##fileformat=VCFv4.1 ##FILTER= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##LeftAlignVariants="analysis_type=LeftAlignVariants bypassFlowAlign=true kmer_len=19 min_var_count=5 short_suffix_match=5 min_indel_size=4 max_hp_length=8 min_var_freq=0.15 min_var_score=10.0 relative_strand_bias=0.8 output_mnv=0 sse_hp_size=0 sse_report_file= target_size=1.0 pref_kmer_max=3 pref_kmer_min=0 pref_delta_max=2 pref_delta_min=0 suff_kmer_max=3 suff_kmer_min=0 suff_delta_max=2 suff_delta_min=0 motif_min_ppv=0.2 generate_flow_position=0 analyze_missmatches=0 sse_rate=0.07 input_file=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD gatk_key=null read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL reference_sequence=/results/referenceLibrary/tmap-f3/hg19/hg19.fasta rodBind=[] nonDeterministicRandomSeed=false downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false BQSR=null defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT unsafe=null num_threads=1 combined_sample_name= num_cpu_threads=null num_io_threads=null num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false variant=(RodBinding name=variant source=/results/analysis/output/Home/Auto_user_UMB-34-RYIA_EXOME_RUN_115_210/plugin_out/variantCaller_out.282/IonXpress_013/small_variants.sorted.vcf) out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub filter_mismatching_base_and_quals=false" ##basecallerVersion="4.2-18/6b3fd1b" ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##contig= ##fileDate=20141126 ##fileUTCtime=2014-11-26T23:31:53 ##parametersDetails="somatic_low_stringency_proton, $Rev$, TS version: 4.2" ##parametersName="Generic - Proton - Somatic - Low Stringency" ##phasing=none ##reference=/results/referenceLibrary/tmap-f3/hg19/hg19.fasta ##reference=file:///results/referenceLibrary/tmap-f3/hg19/hg19.fasta ##source="tvc 4.2-18 (6b3fd1b) - Torrent Variant Caller" ##tmapVersion="4.2.18 (6b3fd1b) (201408050144)" ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##deamination_metric=0.18673837282 ##SnpSiftVersion="SnpSift 4.0e (build 2014-09-13), by Pablo Cingolani" ##SnpSiftCmd="SnpSift filter '( QUAL >= 30 )'" ##FILTER== 30 )"> #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT R3N chr1 762271 . G GA 77.2 PASS AF=1;AO=2;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=6.82098;QD=20.5879;RBI=0.248766;REFB=0;REVB=0.247574;RO=13;SAF=2;SAR=0;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.67888;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0348168;OID=.;OPOS=762272;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:15:15:15:0:5:10:0:0:3:13:2:0:3:10 chr1 762273 . G A 130.03 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0243799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2225;QD=34.6745;RBI=0.0258787;REFB=-0.0650944;REVB=0.00867887;RO=2;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998761;STB=0.55546;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00416871;OID=.;OPOS=762273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:15:15:2:2:11:11:0.733333:8:3:0:2:8:3:0:2 chr1 808922 . G A 1641.9 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.157;QD=60.2533;RBI=0.00978398;REFB=0;REVB=0.00904605;RO=0;SAF=63;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85643e-05;OID=.;OPOS=808922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:46:63:0:0:46:63:0:0 chr1 808928 . C T 1576.91 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00304073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2155;QD=57.8683;RBI=0.0123548;REFB=-0.136993;REVB=0.0119748;RO=1;SAF=63;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106646;STB=0.511109;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00126512;OID=.;OPOS=808928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:109:1:2:107:107:0.981651:44:63:0:1:44:63:0:2 chr1 865694 . C T 777.55 PASS AF=0.476471;AO=81;DP=170;FAO=81;FDP=170;FR=.;FRO=89;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.0491973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3305;QD=18.2953;RBI=0.0492815;REFB=0.0165373;REVB=0.00287963;RO=89;SAF=37;SAR=44;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357439;STB=0.519756;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0146093;OID=.;OPOS=865694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:89:89:81:81:0.476471:44:37:44:45:44:37:44:45 chr1 871215 . C G 451.27 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0542655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7997;QD=22.2851;RBI=0.0639728;REFB=-0.0339093;REVB=0.0338787;RO=36;SAF=22;SAR=22;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159393;STB=0.580211;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0354516;OID=.;OPOS=871215;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:37:44:44:0.54321:22:22:11:25:22:22:12:25 chr1 881627 . G A 454.13 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0750317;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.3367;QD=55.0454;RBI=0.083653;REFB=-0.165233;REVB=0.0369875;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239419;STB=0.512812;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00712634;OID=.;OPOS=881627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:13:19:1:0:13:19:1:0 chr1 887801 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00202447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.239;QD=63.872;RBI=0.0144009;REFB=0;REVB=-0.0142579;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54023e-05;OID=.;OPOS=887801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr1 888639 . T C 897.25 PASS AF=0.969231;AO=64;DP=66;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.141297;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3189;QD=55.2152;RBI=0.141317;REFB=0.0289436;REVB=0.00234122;RO=1;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145314;STB=0.500244;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00429204;OID=.;OPOS=888639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:65:1:2:64:63:0.969231:32:32:0:1:32:31:1:1 chr1 888659 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.978;QD=57.7124;RBI=0.0250098;REFB=0;REVB=-0.016717;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107974;OID=.;OPOS=888659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr1 894071 . A G 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.00627102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.479;QD=17.838;RBI=0.026427;REFB=-0.0111072;REVB=-0.0256722;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167346;STB=0.594474;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0082707;OID=.;OPOS=894071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:4:10:12:2:4:10:12:2 chr1 894573 . G A 908.64 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.038551;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.685;QD=56.7901;RBI=0.0462651;REFB=0.00359638;REVB=0.0255788;RO=1;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119536;STB=0.506327;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=5.4134e-05;OID=.;OPOS=894573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:1:1:62:63:0.984375:39:23:0:1:39:24:0:1 chr1 897325 . G C 709.05 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.075;QD=63.0266;RBI=0.0807643;REFB=0;REVB=0.0473523;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220088;OID=.;OPOS=897325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:21:24:0:0 chr1 897564 . T C 255.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.531;QD=51.1739;RBI=0.193334;REFB=0;REVB=-0.137155;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0084647;OID=.;OPOS=897564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr1 900972 . T G 766.31 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.060833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1472;QD=63.8593;RBI=0.0869513;REFB=0;REVB=-0.0621278;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00163175;OID=.;OPOS=900972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr1 901023 . T C 752.37 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832467;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2894;QD=64.0315;RBI=0.0854139;REFB=0;REVB=0.0191183;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00311688;OID=.;OPOS=901023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr1 909238 . G C 785.67 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.548;QD=57.1396;RBI=0.0307658;REFB=0;REVB=0.0238054;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36122e-05;OID=.;OPOS=909238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:32:22:0:0:32:23:0:0 chr1 909768 . A G 2895.79 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0053238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.906;QD=62.9519;RBI=0.00913912;REFB=0;REVB=-0.00742837;RO=0;SAF=80;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.68126e-08;OID=.;OPOS=909768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:184:0:0:182:184:1:102:80:0:0:104:80:0:0 chr1 911595 . A C,G 1505.35 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=4,99;DP=104;FAO=4,100;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=4,49;FSAR=0,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912714,0.0709446;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.712,91.6105;QD=57.8979;RBI=0.0176761,0.0711074;REFB=0,0;REVB=-0.0151374,-0.00480905;RO=0;SAF=4,48;SAR=0,51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.16469,-0.000394086;OID=.,.;OPOS=911595,911595;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:104:104:0:0:4,99:4,100:0.0384615,0.961538:0,51:4,48:0:0:0,51:4,49:0:0 chr1 914333 . C G 651.15 PASS AF=0.961538;AO=47;DP=50;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0490207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.872;QD=50.0883;RBI=0.0540287;REFB=-0.107279;REVB=0.0227173;RO=1;SAF=10;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125447;STB=0.512495;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.000810281;OID=.;OPOS=914333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:50:52:1:2:47:50:0.961538:37:10:0:1:39:11:0:2 chr1 914852 . G C 736.59 PASS AF=1;AO=47;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0238;QD=58.9271;RBI=0.0989144;REFB=-0.0725445;REVB=0.0890469;RO=0;SAF=37;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312912;OID=.;OPOS=914852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:50:0:0:47:50:1:10:37:0:0:12:38:0:0 chr1 914876 . T C 1102.47 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542565;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.523;QD=60.4092;RBI=0.0176255;REFB=0;REVB=0.0167696;RO=0;SAF=56;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.45227e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57976e-05;OID=.;OPOS=914876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:17:56:0:0:17:56:0:0 chr1 914940 . T C 1140.8 PASS AF=0.9875;AO=50;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0890492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4085;QD=57.0399;RBI=0.0948437;REFB=-0.0548057;REVB=0.032643;RO=1;SAF=11;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119206;STB=0.505049;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0112564;OID=.;OPOS=914940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:50:79:0.9875:39:11:0:1:49:30:0:1 chr1 915227 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.725;QD=48.7366;RBI=0.0222973;REFB=0;REVB=0.0201556;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308216;OID=.;OPOS=915227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:5:11:0:0:6:11:0:0 chr1 916549 . A G 924.57 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.110946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2904;QD=56.8965;RBI=0.117455;REFB=-0.0470603;REVB=-0.0385571;RO=1;SAF=21;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219567;STB=0.511624;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00186591;OID=.;OPOS=916549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:43:21:1:0:43:21:1:0 chr1 948921 . T C 657.72 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00598258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5183;QD=59.7927;RBI=0.0132559;REFB=0.0202285;REVB=-0.0118291;RO=1;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284424;STB=0.515144;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-6.93496e-05;OID=.;OPOS=948921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:16:27:0:1:16:27:0:1 chr1 949654 . A G 699.01 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0351712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.888;QD=54.8241;RBI=0.0351861;REFB=-0.140508;REVB=-0.0010255;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00156647;OID=.;OPOS=949654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:21:29:0:0:21:29:1:0 chr1 981931 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5491;QD=56.7053;RBI=0.0362574;REFB=0;REVB=-0.0130977;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445526;OID=.;OPOS=981931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr1 982994 . T C 897.85 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0859036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.9019;QD=57.9257;RBI=0.1282;REFB=0;REVB=-0.0951621;RO=0;SAF=16;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00178735;OID=.;OPOS=982994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:46:16:0:0:46:16:0:0 chr1 984302 . T C 905.96 PASS AF=0.984375;AO=64;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0666624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.148;QD=56.6223;RBI=0.0724633;REFB=-0.019894;REVB=0.0284087;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000797673;OID=.;OPOS=984302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:64:63:0.984375:34:30:0:0:33:30:0:1 chr1 986443 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8897;QD=52.6132;RBI=0.0304447;REFB=0;REVB=0.0293689;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742246;OID=.;OPOS=986443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:19:3:0:0:19:3:0:0 chr1 987200 . C T 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.87;QD=60.3746;RBI=0.030841;REFB=0;REVB=-0.0226578;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99202e-06;OID=.;OPOS=987200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr1 990280 . C T 1487.02 PASS AF=1;AO=94;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0822862;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1632;QD=61.3202;RBI=0.0826888;REFB=-0.0885535;REVB=-0.0081491;RO=0;SAF=63;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234789;OID=.;OPOS=990280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:97:0:0:94:97:1:31:63:0:0:32:65:0:0 chr1 990806 . G A 634.7 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0427619;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.906;QD=57.7001;RBI=0.0780122;REFB=-0.021673;REVB=0.0652482;RO=2;SAF=22;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407766;STB=0.521729;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000484674;OID=.;OPOS=990806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:44:2:2:42:42:0.954545:20:22:2:0:20:22:2:0 chr1 1026670 . G A 241.67 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00153197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.169;QD=21.9703;RBI=0.0203268;REFB=-0.0172078;REVB=0.020269;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02356;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0181874;OID=.;OPOS=1026670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:21:23:23:0.522727:11:12:11:9:11:12:11:10 chr1 1026707 . C A 1127.9 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00693511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.384;QD=57.8408;RBI=0.0217335;REFB=-0.2146;REVB=0.0205973;RO=1;SAF=47;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099631;STB=0.510414;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00071708;OID=.;OPOS=1026707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:78:1:2:76:76:0.974359:29:47:1:0:29:47:2:0 chr1 1078138 . G A 173.83 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0166297;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.316;QD=18.2979;RBI=0.0167541;REFB=-0.0202691;REVB=0.00203767;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271526;STB=0.642696;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0203691;OID=.;OPOS=1078138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:20:18:18:0.473684:6:12:7:12:6:12:8:12 chr1 1118275 . C T 367.19 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00741386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.6;QD=19.0747;RBI=0.0205212;REFB=-0.0242494;REVB=0.0191352;RO=37;SAF=15;SAR=23;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223846;STB=0.611393;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0243784;OID=.;OPOS=1118275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:39:38:38:0.493506:23:15:24:13:23:15:24:15 chr1 1120431 . G A 294.16 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00686204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.76;QD=17.5619;RBI=0.0413676;REFB=-0.00808265;REVB=0.0407945;RO=35;SAF=23;SAR=9;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068451;STB=0.538437;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00906598;OID=.;OPOS=1120431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:9:23:23:12:9:23:23:12 chr1 1147422 . C T 464.76 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.465;QD=58.0952;RBI=0.0630422;REFB=0;REVB=0.0622866;RO=0;SAF=24;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011925;OID=.;OPOS=1147422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:26:32:1:2:24:0:0:6:26:0:0 chr1 1156131 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.463;QD=57.6806;RBI=0.0186497;REFB=0;REVB=-0.00929146;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132928;OID=.;OPOS=1156131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr1 1158631 . A G 712.8 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410477;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.239;QD=63.36;RBI=0.0432752;REFB=0;REVB=0.013705;RO=0;SAF=33;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014149;OID=.;OPOS=1158631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:11:33:0:0:12:33:0:0 chr1 1179827 . C G 279.71 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00187003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2342;QD=14.1625;RBI=0.00662893;REFB=-0.0101401;REVB=-0.00635969;RO=46;SAF=23;SAR=9;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346931;STB=0.69231;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0211331;OID=.;OPOS=1179827;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:47:32:32:0.405063:9:23:18:28:9:23:19:28 chr1 1216877 . C T 215.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0943394;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9215;QD=16.6014;RBI=0.0957547;REFB=0.0129635;REVB=0.0164022;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10733;STB=0.560652;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00794423;OID=.;OPOS=1216877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:28:28:24:24:0.461538:11:13:12:16:11:13:12:16 chr1 1220954 . G A 2613.87 PASS AF=1;AO=168;DP=174;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518426;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7221;QD=61.1431;RBI=0.093797;REFB=-0.0119076;REVB=0.0781679;RO=0;SAF=95;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014757;OID=.;OPOS=1220954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:174:171:0:0:168:171:1:73:95:0:0:75:96:0:0 chr1 1223385 . G C 1255.25 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0810223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.564;QD=60.4937;RBI=0.0812685;REFB=-0.0716002;REVB=-0.00632194;RO=1;SAF=37;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126271;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296116;OID=.;OPOS=1223385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:83:83:1:0:82:83:1:45:37:1:0:45:38:0:0 chr1 1226292 . G A 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.000487411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.919;QD=30.1268;RBI=0.0148603;REFB=-0.00999582;REVB=0.0148523;RO=12;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106136;STB=0.558205;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00537405;OID=.;OPOS=1226292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:10:14:9:3:10:14:9:3 chr1 1226347 . C CG 348.5 PASS AF=1;AO=3;DP=29;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0892739;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=155.252;QD=51.629;RBI=0.119856;REFB=0;REVB=-0.0799724;RO=26;SAF=3;SAR=0;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497058;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000108396;OID=.;OPOS=1226348;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:29:27:27:0:18:9:0:0:4:26:3:0:18:8 chr1 1226348 . C G 314.25 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0213551;FXX=0.0344709;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.306;QD=44.8921;RBI=0.0216668;REFB=-0.0648966;REVB=-0.00366186;RO=3;SAF=17;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00303005;STB=0.501638;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00277447;OID=.;OPOS=1226348;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:29:28:3:3:25:25:0.892857:8:17:2:1:8:17:2:1 chr1 1242468 . G A 397.23 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020734;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.174;QD=56.7472;RBI=0.037319;REFB=0;REVB=0.0310292;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104932;OID=.;OPOS=1242468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr1 1246004 . A G 1142.34 PASS AF=1;AO=62;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.404;QD=60.1231;RBI=0.0227394;REFB=0;REVB=0.00143904;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165514;OID=.;OPOS=1246004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:62:76:1:26:36:0:0:33:43:0:0 chr1 1246005 . T G 63.46 PASS AF=0.157895;AO=12;DP=76;FAO=12;FDP=76;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0229566;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.9592;QD=3.33984;RBI=0.0379361;REFB=-0.0399455;REVB=0.0302016;RO=64;SAF=5;SAR=7;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217551;STB=0.645689;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0269872;OID=.;OPOS=1246005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:76:76:64:64:12:12:0.157895:7:5:38:26:7:5:38:26 chr1 1247866 . G A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0307426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.253;QD=11.1313;RBI=0.0308901;REFB=-0.0138879;REVB=-0.0030148;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255027;STB=0.65188;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0252298;OID=.;OPOS=1247866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:4:6:6:11:4:6:6:11 chr1 1254436 . A G 1423.41 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0141644;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.015;QD=61.8874;RBI=0.0234652;REFB=-0.125961;REVB=0.0187079;RO=1;SAF=58;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141463;STB=0.507461;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00023529;OID=.;OPOS=1254436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:1:1:91:91:0.98913:33:58:0:1:33:58:0:1 chr1 1254443 . G A,C 1414.71 PASS AF=0.957447,0.0319149;AO=89,4;DP=94;FAO=90,3;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=59,0;FSAR=31,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186037,0.0364987;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=158.977,10.6718;QD=60.2005;RBI=0.0353789,0.0915289;REFB=-0.102442,0.0220065;REVB=0.0300927,-0.0839368;RO=0;SAF=59,0;SAR=30,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.507935,0.5;STBP=0.269,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000444435,0.138973;OID=.,.;OPOS=1254443,1254443;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:94:94:0:1:89,4:90,3:0.957447,0.0319149:30,4:59,0:0:0:31,3:59,0:0:1 chr1 1254841 . C G 129.11 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0812485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.0823;QD=43.0353;RBI=0.0822547;REFB=0;REVB=-0.0128264;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0047081;OID=.;OPOS=1254841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:9:3:0:0 chr1 1262966 . C T 466.93 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4482;QD=56.598;RBI=0.042399;REFB=0;REVB=0.00522058;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019071;OID=.;OPOS=1262966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:10:22:0:0:11:22:0:0 chr1 1263144 . G A 793.35 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240761;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.423;QD=54.714;RBI=0.0500548;REFB=0.0582866;REVB=0.0438842;RO=2;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00233207;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000229422;OID=.;OPOS=1263144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:2:1:56:57:0.982759:26:30:1:1:27:30:1:0 chr1 1269554 . T C 729.06 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000407714;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.299;QD=57.1812;RBI=0.0303975;REFB=0;REVB=0.0303947;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000889472;OID=.;OPOS=1269554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr1 1273116 . A G 2515.98 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0562;QD=61.3653;RBI=0.0517842;REFB=0;REVB=-0.0452273;RO=0;SAF=54;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78303e-05;OID=.;OPOS=1273116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:163:164:1:109:54:0:0:109:55:0:0 chr1 1277533 . T C 989.26 PASS AF=0.958333;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0324351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.0104;QD=54.9586;RBI=0.0327336;REFB=-0.0221701;REVB=0.00441125;RO=3;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435649;STB=0.52307;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000735746;OID=.;OPOS=1277533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:72:3:3:68:69:0.958333:31:37:0:3:31:38:0:3 chr1 1310073 . GC G,GG 560.91 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=11,25;DP=37;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612879,0.0567468;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=252.315,270.458;QD=60.639;RBI=0.0875608,0.09306;REFB=0,0;REVB=0.0625355,0.0737561;RO=1;SAF=0,20;SAR=11,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.826036,-0.0226465;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0061611,0.000732525;OID=.,.;OPOS=1310074,1310074;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.027027,0.972973:11,25:37:1,36:37:0:1,20:0,16:0:0:4:1:0,20:11,5:1:0 chr1 1361544 . G A 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0126783;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=190.083;QD=25.7316;RBI=0.0388886;REFB=-0.044028;REVB=-0.0367639;RO=19;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100292;STB=0.555513;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.023805;OID=.;OPOS=1361544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:13:13:7:12:13:13:7:12 chr1 1361633 . G A 251.82 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538187;FXX=0.136302;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.07;QD=53.0156;RBI=0.0568903;REFB=0;REVB=0.0184406;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198522;OID=.;OPOS=1361633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:20:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr1 1361641 . C T 239.28 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233482;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=177.818;QD=50.3756;RBI=0.0233512;REFB=0;REVB=0.000373129;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45768e-05;OID=.;OPOS=1361641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr1 1375810 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.472;QD=42.1826;RBI=0.0712199;REFB=0;REVB=0.024163;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000733739;OID=.;OPOS=1375810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr1 1375947 . T G 255.68 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0207688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3734;QD=15.734;RBI=0.0229571;REFB=0.0220651;REVB=0.00978183;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076125;STB=0.549262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0298022;OID=.;OPOS=1375947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:13:16:22:13:13:16:23:13 chr1 1376214 . C G 367.6 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.65;QD=54.4598;RBI=0.0597206;REFB=0;REVB=0.0531352;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245156;OID=.;OPOS=1376214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:27:0:0:24:27:1:15:9:0:0:18:9:0:0 chr1 1376567 . A G 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00350679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.799;QD=16.5359;RBI=0.00684094;REFB=-0.0279096;REVB=-0.00587374;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194092;STB=0.599344;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0476399;OID=.;OPOS=1376567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:7:11:9:13:7:11:10:13 chr1 1377535 . G A 189.05 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=-0.0121997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9328;QD=21.0055;RBI=0.0506915;REFB=-0.0523013;REVB=0.0492016;RO=17;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31041;STB=0.671087;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0293508;OID=.;OPOS=1377535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:12:7:1:16:12:7:1:16 chr1 1378173 . G A 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.027488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.573;QD=14.7013;RBI=0.0338163;REFB=0.00290732;REVB=-0.0196964;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415342;STB=0.736509;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00686603;OID=.;OPOS=1378173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:2:13:5:7:2:13 chr1 1387764 . G A 1462.4 PASS AF=0.944954;AO=103;DP=109;FAO=103;FDP=109;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0134611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.498;QD=53.6659;RBI=0.0206279;REFB=-0.0216324;REVB=0.0156305;RO=6;SAF=40;SAR=63;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430719;STB=0.522723;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.000689671;OID=.;OPOS=1387764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:109:109:6:6:103:103:0.944954:63:40:0:6:63:40:0:6 chr1 1390874 . AC AT,GT 637.88 PASS AF=0.97619,0.0238095;AO=39,2;DP=42;FAO=41,1;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588132,-0.0182625;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=162.892,87.2658;QD=60.7505;RBI=0.0607794,0.0276621;REFB=0,0;REVB=-0.0153345,-0.0207767;RO=0;SAF=23,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.43889e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000308891,0.0314199;OID=.,.;OPOS=1390875,1390874;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:42:42:0:0:39,2:41,1:0.97619,0.0238095:16,2:23,0:0:0:17,1:24,0:0:0 chr1 1479333 . A G 678.26 PASS AF=1;AO=31;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0970313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8297;QD=63.0941;RBI=0.125121;REFB=0;REVB=0.0789955;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148647;OID=.;OPOS=1479333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:31:43:1:13:18:0:0:25:18:0:0 chr1 1510801 . C T 566.36 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6324;QD=58.0879;RBI=0.0489657;REFB=0;REVB=0.0251991;RO=1;SAF=19;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240105;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013103;OID=.;OPOS=1510801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:1:0:37:39:1:18:19:1:0:19:20:0:0 chr1 1511104 . G C 538.09 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5199;QD=59.7874;RBI=0.0397699;REFB=0;REVB=-0.0392318;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000811813;OID=.;OPOS=1511104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr1 1558792 . T C 72.73 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0398717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.821;QD=10.0322;RBI=0.0463317;REFB=-0.00991306;REVB=-0.0235982;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27891;STB=0.679662;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0146602;OID=.;OPOS=1558792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:29:29:18:19:10:10:0.344828:6:4:12:6:6:4:13:6 chr1 1562437 . C G 236.0 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.000386575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5521;QD=19.265;RBI=0.0146727;REFB=-0.0217341;REVB=-0.0146676;RO=25;SAF=17;SAR=6;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076169;STB=0.549357;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0246848;OID=.;OPOS=1562437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:6:17:20:5:6:17:21:5 chr1 1562536 . G A 166.85 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0068058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.973;QD=15.1679;RBI=0.027047;REFB=-0.0198619;REVB=-0.0261768;RO=26;SAF=14;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116022;STB=0.567488;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.021158;OID=.;OPOS=1562536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:4:14:18:8:4:14:18:8 chr1 1571829 . A G 322.93 PASS AF=0.262626;AO=31;DP=186;FAO=52;FDP=198;FR=.;FRO=146;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=62;FSRR=84;FWDB=-0.0171723;FXX=0.0149246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.772;QD=6.52373;RBI=0.0218433;REFB=-0.0100274;REVB=-0.0134997;RO=140;SAF=10;SAR=21;SRF=60;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144185;STB=0.515832;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0380912;OID=.;OPOS=1571829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:198:140:146:31:52:0.262626:21:10:60:80:31:21:62:84 chr1 1571841 . A C 204.66 PASS AF=0.203488;AO=35;DP=172;FAO=35;FDP=172;FR=.;FRO=137;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=62;FSRR=75;FWDB=0.0161665;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.634;QD=4.75944;RBI=0.0167504;REFB=-0.00225096;REVB=0.00438414;RO=133;SAF=11;SAR=24;SRF=60;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183885;STB=0.616615;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00689713;OID=.;OPOS=1571841;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:133:137:35:35:0.203488:24:11:60:73:24:11:62:75 chr1 1599812 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.35;QD=35.5757;RBI=0.0528988;REFB=0;REVB=0.0373676;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189928;OID=.;OPOS=1599812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr1 1599888 . A G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2249;QD=50.4105;RBI=0.0779844;REFB=0;REVB=0.0178211;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330488;OID=.;OPOS=1599888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr1 1604499 . G A 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00249184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.983;QD=15.6193;RBI=0.0120109;REFB=-0.00273514;REVB=0.0117496;RO=25;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261701;STB=0.651634;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0048225;OID=.;OPOS=1604499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:13:5:13:12:13:5:13:12 chr1 1635565 . C T 594.44 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2647;QD=60.9677;RBI=0.0558952;REFB=0;REVB=0.037947;RO=0;SAF=32;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29107e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000706777;OID=.;OPOS=1635565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:6:32:0:0:6:33:0:0 chr1 1635928 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0346649;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.85;QD=23.219;RBI=0.0376771;REFB=-0.0908659;REVB=0.0147618;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00215061;OID=.;OPOS=1635928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:0:1:2:3:0:1 chr1 1635979 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.233;QD=44.6898;RBI=0.00547431;REFB=0;REVB=-0.00367271;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66027e-06;OID=.;OPOS=1635979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr1 1636044 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.967;QD=43.4862;RBI=0.0335974;REFB=0;REVB=0.0335592;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363467;OID=.;OPOS=1636044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr1 1638925 . C T 305.98 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0974699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.144;QD=53.2136;RBI=0.106384;REFB=0;REVB=0.042627;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141459;OID=.;OPOS=1638925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:7:15:0:0:7:16:0:0 chr1 1647814 . T C 614.82 PASS AF=0.402299;AO=70;DP=174;FAO=70;FDP=174;FR=.;FRO=104;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=0.008753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.65;QD=14.1339;RBI=0.00883584;REFB=-0.010916;REVB=0.00120713;RO=104;SAF=32;SAR=38;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149788;STB=0.508422;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0190034;OID=.;OPOS=1647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:104:104:70:70:0.402299:38:32:49:55:38:32:49:55 chr1 1647871 . T C 737.42 PASS AF=0.467066;AO=78;DP=167;FAO=78;FDP=167;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=0.0410133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6944;QD=17.6627;RBI=0.041349;REFB=-0.0219524;REVB=0.00525809;RO=88;SAF=33;SAR=45;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137528;STB=0.510172;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0298276;OID=.;OPOS=1647871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:88:89:78:78:0.467066:45:33:36:52:45:33:36:53 chr1 1647893 . C CTTTCTT 445.14 PASS AF=0.382353;AO=45;DP=147;FAO=52;FDP=136;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.00352725;FXX=0.0215812;HRUN=3;LEN=6;MLLD=182.51;QD=13.0925;RBI=0.0314568;REFB=-0.0187213;REVB=-0.0312585;RO=91;SAF=12;SAR=33;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25975;STB=0.604503;STBP=0.086;TYPE=ins;VARB=0.0292166;OID=.;OPOS=1647894;OREF=-;OALT=TTTCTT;OMAPALT=CTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:45:147:52:136:84:14:38:35:49:99:91:12:33:43:48 chr1 1650787 . T C 234.47 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00562417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.28;QD=18.7577;RBI=0.0267345;REFB=-0.0169741;REVB=-0.0261363;RO=26;SAF=16;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085235;STB=0.562444;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0244038;OID=.;OPOS=1650787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:7:16:16:10:7:16:16:11 chr1 1650797 . A G 218.65 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.011549;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.568;QD=15.6181;RBI=0.0219419;REFB=-0.0161956;REVB=-0.0186565;RO=26;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138603;STB=0.578882;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00736051;OID=.;OPOS=1650797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:31:25:25:0.446429:8:17:14:12:8:17:17:14 chr1 1650801 . T C 183.64 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.000363935;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.732;QD=11.8479;RBI=0.0230562;REFB=-0.00952794;REVB=-0.0230533;RO=37;SAF=18;SAR=5;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327555;STB=0.69435;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0135747;OID=.;OPOS=1650801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:39:23:23:0.370968:5:18:19:18:5:18:20:19 chr1 1650832 . A G 317.59 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.000876493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.11;QD=13.0963;RBI=0.0166359;REFB=-0.00122851;REVB=-0.0166128;RO=60;SAF=26;SAR=10;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189953;STB=0.615809;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0017272;OID=.;OPOS=1650832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:61:36:36:0.371134:10:26:34:26:10:26:34:27 chr1 1847979 . T C 697.69 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9361;QD=60.6685;RBI=0.0413097;REFB=0;REVB=0.0306224;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255288;OID=.;OPOS=1847979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:43:46:1:21:22:0:0:22:24:0:0 chr1 1849530 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000802526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.37;QD=56.9568;RBI=0.0331453;REFB=0;REVB=0.0331356;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124844;OID=.;OPOS=1849530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr1 1849744 . G A 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.329;QD=51.1827;RBI=0.104944;REFB=0;REVB=0.0985786;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758913;OID=.;OPOS=1849744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr1 1854109 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00841938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.682;QD=59.8376;RBI=0.0111446;REFB=0;REVB=0.00730176;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.56125e-06;OID=.;OPOS=1854109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr1 1854546 . C T 612.79 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3606;QD=61.2787;RBI=0.147731;REFB=0;REVB=0.0776029;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00336419;OID=.;OPOS=1854546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:36:40:1:23:13:0:0:25:15:0:0 chr1 1855319 . C T 870.13 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0330796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8071;QD=56.1374;RBI=0.0335959;REFB=-0.0185938;REVB=-0.00586723;RO=1;SAF=36;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129329;STB=0.506847;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000708992;OID=.;OPOS=1855319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:25:36:1:0:25:36:1:0 chr1 1858161 . C T 224.29 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0100443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.477;QD=42.721;RBI=0.0274202;REFB=-0.142484;REVB=0.0255143;RO=2;SAF=14;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518128;STB=0.528271;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00412462;OID=.;OPOS=1858161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:5:14:1:1:5:14:1:1 chr1 1859176 . T C 837.57 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.10682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2651;QD=54.0367;RBI=0.10984;REFB=-0.0214405;REVB=0.0255778;RO=1;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154718;STB=0.516661;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00670821;OID=.;OPOS=1859176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:62:1:2:60:60:0.967742:30:30:0:1:29:31:0:2 chr1 1861694 . C T 140.78 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0336275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4014;QD=10.4279;RBI=0.0392676;REFB=0.00432467;REVB=-0.0202765;RO=36;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143384;STB=0.585208;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.0100126;OID=.;OPOS=1861694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:13:5:14:22:13:5:14:22 chr1 1873514 . A G 574.58 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7762;QD=60.4819;RBI=0.115603;REFB=0;REVB=-0.0568117;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00247445;OID=.;OPOS=1873514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr1 1873525 . T C 575.49 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.512;QD=60.5777;RBI=0.0610145;REFB=0;REVB=-0.0334695;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00137071;OID=.;OPOS=1873525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr1 1886888 . C T 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0513404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.567;QD=33.9781;RBI=0.0533493;REFB=-0.0704512;REVB=0.0145023;RO=2;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149612;STB=0.583194;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0225305;OID=.;OPOS=1886888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:7:5:2:0:7:5:2:0 chr1 1887019 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.273;QD=46.848;RBI=0.0431093;REFB=0;REVB=0.0429426;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012362;OID=.;OPOS=1887019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr1 1896440 . G A 205.2 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0291729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0649;QD=12.8249;RBI=0.0297029;REFB=-0.00247597;REVB=-0.00558593;RO=39;SAF=17;SAR=8;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760493;STB=0.543775;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0044575;OID=.;OPOS=1896440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:8:17:24:15:8:17:24:15 chr1 1900106 . T TCTC 627.44 PASS AF=0.436709;AO=68;DP=164;FAO=69;FDP=158;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.00136152;FXX=0.0365831;HRUN=1;LEN=3;MLLD=234.547;QD=15.8844;RBI=0.0169854;REFB=-0.0119978;REVB=-0.0169307;RO=91;SAF=32;SAR=36;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245241;STB=0.509088;STBP=0.864;TYPE=ins;VARB=0.0168602;OID=.;OPOS=1900107;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.436709:68:164:69:158:89:33:36:44:45:99:91:32:36:45:46 chr1 1905565 . C T 421.26 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0218979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.023;QD=20.8028;RBI=0.0242838;REFB=-0.0205763;REVB=0.0104969;RO=37;SAF=10;SAR=32;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947903;STB=0.544028;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0199005;OID=.;OPOS=1905565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:39:42:42:0.518519:32:10:12:25:32:10:12:27 chr1 1916890 . C T 270.94 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00305232;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.212;QD=19.0135;RBI=0.00341222;REFB=-0.0232991;REVB=0.00152533;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139034;STB=0.577616;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0270405;OID=.;OPOS=1916890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:17:12:16:12:17:12:16:12 chr1 1960674 . C T 340.45 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.00319971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3973;QD=18.1572;RBI=0.0177396;REFB=-0.00594837;REVB=0.0174487;RO=39;SAF=18;SAR=18;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252724;STB=0.639928;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00648197;OID=.;OPOS=1960674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:18:18:9:30:18:18:9:30 chr1 1987993 . T C 492.8 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00149148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.079;QD=54.7552;RBI=0.00975812;REFB=-0.0573969;REVB=0.00964347;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00056017;OID=.;OPOS=1987993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:0:1:34:35:0.972222:13:21:0:0:14:21:1:0 chr1 2005740 . T C 344.62 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163966;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.871;QD=55.1398;RBI=0.0352068;REFB=0;REVB=0.0311556;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157137;OID=.;OPOS=2005740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr1 2113285 . G A 172.68 PASS AF=0.515152;AO=14;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0195931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.665;QD=20.9311;RBI=0.0202198;REFB=-0.0129702;REVB=0.00499488;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276179;STB=0.591136;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0175001;OID=.;OPOS=2113285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:14:17:0.515152:9:5:10:5:9:8:10:5 chr1 2144788 . A G 181.25 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0240909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.208;QD=16.4768;RBI=0.0270222;REFB=-0.0183429;REVB=0.0122402;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307323;STB=0.652324;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0229101;OID=.;OPOS=2144788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:25:18:19:0.431818:12:6:16:9:12:7:16:9 chr1 2144982 . G T 770.02 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742915;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.239;QD=64.1682;RBI=0.10149;REFB=0;REVB=0.0691454;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531531;OID=.;OPOS=2144982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr1 2145524 . G A 189.1 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0131701;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.779;QD=21.0106;RBI=0.0131701;REFB=-0.00686749;REVB=2.73489e-05;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501753;STB=0.518499;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00702271;OID=.;OPOS=2145524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:17:19:19:0.527778:14:5:5:11:14:5:5:12 chr1 2289013 . A C 497.96 PASS AF=0.371951;AO=60;DP=163;FAO=61;FDP=164;FR=.;FRO=103;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=-0.0178924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.153;QD=12.1453;RBI=0.0219665;REFB=-0.0100472;REVB=-0.0127432;RO=100;SAF=34;SAR=26;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128321;STB=0.563365;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0137124;OID=.;OPOS=2289013;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:100:103:60:61:0.371951:26:34:45:55:27:34:47:56 chr1 2340200 . T C 143.35 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0530472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.175;QD=9.88596;RBI=0.0556259;REFB=-0.0272184;REVB=-0.0167402;RO=38;SAF=9;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178053;STB=0.611398;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0455893;OID=.;OPOS=2340200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:39:19:19:0.327586:10:9:24:14:10:9:25:14 chr1 2399119 . A G 479.37 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00205522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.415;QD=19.9737;RBI=0.0119443;REFB=-0.00910851;REVB=-0.0117661;RO=44;SAF=19;SAR=28;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105117;STB=0.575482;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00905625;OID=.;OPOS=2399119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:49:47:47:0.489583:28:19:23:21:28:19:27:22 chr1 2428418 . G A 294.51 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0294057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4762;QD=17.8491;RBI=0.0441349;REFB=-0.0150458;REVB=0.032912;RO=34;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288275;STB=0.516119;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0198821;OID=.;OPOS=2428418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:17:15:17:17:17:15:17:17 chr1 2430617 . C T 440.0 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0138396;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.041;QD=19.1304;RBI=0.0183128;REFB=-0.00901558;REVB=-0.0119926;RO=47;SAF=17;SAR=27;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117897;STB=0.560762;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0143445;OID=.;OPOS=2430617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:47:48:44:44:0.478261:27:17:24:23:27:17:24:24 chr1 2444414 . G A 1064.16 PASS AF=0.537234;AO=101;DP=188;FAO=101;FDP=188;FR=.;FRO=87;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=0.0115741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.228;QD=22.6418;RBI=0.0222209;REFB=-0.0464304;REVB=0.0189686;RO=86;SAF=50;SAR=51;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742785;STB=0.542954;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0354375;OID=.;OPOS=2444414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:86:87:101:101:0.537234:51:50:35:51:51:50:35:52 chr1 2446818 . G C 589.41 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0376808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4754;QD=18.5639;RBI=0.0647768;REFB=-0.0501113;REVB=0.0526895;RO=65;SAF=29;SAR=32;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444168;STB=0.520654;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0392278;OID=.;OPOS=2446818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:66:61:61:0.480315:32:29:34:31:32:29:34:32 chr1 2452569 . T C 540.87 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0523577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4906;QD=19.6681;RBI=0.0838445;REFB=-0.025501;REVB=-0.0654872;RO=51;SAF=25;SAR=31;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720268;STB=0.526444;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0246047;OID=.;OPOS=2452569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:51:54:56:56:0.509091:31:25:27:24:31:25:27:27 chr1 2490942 . C A 127.11 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0129911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7932;QD=11.5554;RBI=0.0535824;REFB=-0.0204349;REVB=0.0519837;RO=29;SAF=11;SAR=4;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129549;STB=0.507682;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0182679;OID=.;OPOS=2490942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:4:11:21:8:4:11:21:8 chr1 2491205 . C T 458.76 PASS AF=0.439655;AO=52;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0356763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.414;QD=15.8193;RBI=0.0357029;REFB=-0.0285268;REVB=0.00137701;RO=64;SAF=27;SAR=25;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273864;STB=0.524703;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0326288;OID=.;OPOS=2491205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:65:52:51:0.439655:25:27:35:29:25:26:36:29 chr1 2526746 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.521;QD=53.2761;RBI=0.0234935;REFB=0;REVB=-0.0138095;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22399e-05;OID=.;OPOS=2526746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr1 2535613 . C A 754.87 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.648;QD=56.9712;RBI=0.0762878;REFB=0;REVB=0.0745469;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439625;OID=.;OPOS=2535613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:33:19:0:0:33:20:0:0 chr1 2541269 . A G 670.34 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7906;QD=62.3568;RBI=0.0542029;REFB=0;REVB=-0.02028;RO=0;SAF=6;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260026;OID=.;OPOS=2541269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:36:6:0:0:36:7:0:0 chr1 2573199 . A G 1586.82 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00415847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.632;QD=59.8801;RBI=0.0145411;REFB=0;REVB=0.0139338;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71565e-05;OID=.;OPOS=2573199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:57:48:0:0:58:48:0:0 chr1 2984087 . C A 868.18 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.871;QD=57.8786;RBI=0.0860353;REFB=0;REVB=0.039235;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249649;OID=.;OPOS=2984087;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr1 2985885 . C G 358.01 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.190483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1511;QD=55.0789;RBI=0.193607;REFB=0;REVB=-0.034641;RO=0;SAF=3;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00342072;OID=.;OPOS=2985885;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:23:3:0:0:23:3:0:0 chr1 3301721 . C T 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144;QD=55.805;RBI=0.0314629;REFB=-0.0335568;REVB=0.000976532;RO=1;SAF=34;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136765;STB=0.507244;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00126491;OID=.;OPOS=3301721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:25:34:1:0:25:34:1:0 chr1 3312914 . T G 726.61 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.69;QD=56.9886;RBI=0.0135148;REFB=0;REVB=0.0120732;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6743e-05;OID=.;OPOS=3312914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:20:30:0:0:21:30:0:0 chr1 3328358 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.851;QD=50.4132;RBI=0.0424527;REFB=0;REVB=0.01405;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554161;OID=.;OPOS=3328358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr1 3352009 . G A 823.74 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364058;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.431;QD=56.8099;RBI=0.0388316;REFB=0;REVB=0.0135096;RO=0;SAF=15;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453423;OID=.;OPOS=3352009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:0:0:57:58:1:42:15:0:0:42:16:0:0 chr1 3353890 . A G 1472.55 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.591;QD=63.3353;RBI=0.0294001;REFB=0;REVB=-0.00134379;RO=0;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07066e-05;OID=.;OPOS=3353890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:55:37:0:0:55:38:0:0 chr1 3353949 . A G 1462.91 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.752;QD=61.5964;RBI=0.0293575;REFB=-0.0430007;REVB=-0.0144248;RO=1;SAF=38;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123125;STB=0.506492;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000208588;OID=.;OPOS=3353949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:93:94:0.989474:55:38:1:0:56:38:1:0 chr1 3354595 . T C 1166.02 PASS AF=0.88172;AO=82;DP=94;FAO=82;FDP=93;FR=.;FRO=11;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.000910131;FXX=0.0210504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.5945;QD=50.1512;RBI=0.00128658;REFB=-0.117322;REVB=0.000909371;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50331;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00233434;OID=.;OPOS=3354595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:94:93:0:11:82:82:0.88172:50:32:0:0:50:32:4:7 chr1 3354615 . T C 1207.47 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.021289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.043;QD=57.4986;RBI=0.0235319;REFB=-0.11121;REVB=0.0100265;RO=2;SAF=36;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00256496;STB=0.50402;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.000215317;OID=.;OPOS=3354615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:2:3:81:81:0.964286:45:36:1:1:45:36:1:2 chr1 3383898 . A G 407.61 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.031903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.596;QD=17.7223;RBI=0.031903;REFB=-0.0108674;REVB=1.9287e-05;RO=48;SAF=19;SAR=23;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075305;STB=0.539981;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0144372;OID=.;OPOS=3383898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:50:42:42:0.456522:23:19:18:30:23:19:19:31 chr1 3389727 . C T 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0110832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.373;QD=14.6683;RBI=0.0217675;REFB=-0.0124491;REVB=0.0187346;RO=32;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219411;STB=0.624896;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0134164;OID=.;OPOS=3389727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:15:9:19:13:15:9:19:13 chr1 3394456 . T C 850.37 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.953;QD=57.6522;RBI=0.0149384;REFB=0;REVB=-0.00530984;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.78811e-05;OID=.;OPOS=3394456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr1 3395039 . G A 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0189992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.963;QD=20.0308;RBI=0.0195255;REFB=-0.0171953;REVB=0.00450299;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142352;STB=0.579868;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0208152;OID=.;OPOS=3395039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:13:11:8:18:13:11:8:18 chr1 3413868 . C G 61.35 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0444504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3551;QD=18.8765;RBI=0.0667984;REFB=-0.0547801;REVB=-0.0498618;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151251;STB=0.588011;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0249904;OID=.;OPOS=3413868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:2:3:3:5:2:3 chr1 3414105 . C T 243.46 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00181604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.6831;QD=20.7204;RBI=0.0103081;REFB=-0.014133;REVB=-0.0101469;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969141;STB=0.557574;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0213201;OID=.;OPOS=3414105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:23:23:24:0.510638:9:14:15:6:10:14:16:7 chr1 3416449 . C A 456.07 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0323482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2467;QD=50.6743;RBI=0.0753238;REFB=-0.118752;REVB=0.068024;RO=3;SAF=22;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0183423;OID=.;OPOS=3416449;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:3:3:33:33:0.916667:11:22:2:1:11:22:2:1 chr1 3417275 . C T 648.11 PASS AF=0.537815;AO=64;DP=119;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.032215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9968;QD=21.7852;RBI=0.0332098;REFB=-0.00553665;REVB=-0.00806782;RO=55;SAF=38;SAR=26;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207718;STB=0.613826;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00933391;OID=.;OPOS=3417275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:55:55:64:64:0.537815:26:38:19:36:26:38:19:36 chr1 3418391 . C T 686.72 PASS AF=0.470968;AO=73;DP=155;FAO=73;FDP=155;FR=.;FRO=82;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=53;FSRR=29;FWDB=0.0587616;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.537;QD=17.7218;RBI=0.0600817;REFB=0.00378837;REVB=0.0125255;RO=80;SAF=45;SAR=28;SRF=53;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466484;STB=0.516854;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.00495434;OID=.;OPOS=3418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:80:82:73:73:0.470968:28:45:53:27:28:45:53:29 chr1 3418427 . GGCCCCCCCA GCCCA,GCCCCCA,GGCCCCCCA,GGCCCCCCAC,GGGCCCCCCA 660.01 PASS AF=0.173469,0.234694,0.591837,0,0;AO=13,12,19,10,7;DP=117;FAO=17,23,58,0,0;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=17,7,3,0,0;FSAR=0,16,55,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268343,-0.0509455,-0.10346,-0.0753115,-0.0327438;FXX=0.0841043;HRUN=5,5,7,7,7;LEN=5,3,1,2,1;MLLD=32.248,18.9709,7.22641,9.31194,4.43211;QD=26.9392;RBI=0.0909949,0.140324,0.420111,0.110652,0.288479;REFB=0.0806246,0.128907,0.120682,0.195168,0.0436133;REVB=0.0869482,0.130749,0.407172,0.0810685,0.286615;RO=17;SAF=13,4,1,0,0;SAR=0,8,18,10,7;SRF=0;SRR=17;SSEN=0.375,0.375,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.874997,0.464306,0.294564,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,mnp,snp;VARB=0.0419705,0.00567375,-0.0393679,0.0896125,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=3418428,3418428,3418429,3418435,3418429;OREF=GCCCC,GCC,C,CA,C;OALT=-,-,-,AC,G;OMAPALT=GCCCA,GCCCCCA,GGCCCCCCA,GGCCCCCCAC,GGGCCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.173469,0.234694,0.591837,0,0:13,12,19,10,7:117:17,23,58,0,0:98:0:17,7,3,0,0:0,16,55,0,0:0:0:84:17:13,4,1,0,0:0,8,18,10,7:0:17 chr1 3496479 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.783;QD=62.3508;RBI=0.0194217;REFB=0;REVB=0.0112164;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43367e-05;OID=.;OPOS=3496479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr1 3548136 . T C 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.171;QD=64.1495;RBI=0.069999;REFB=0;REVB=0.0562979;RO=0;SAF=37;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028333;OID=.;OPOS=3548136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:12:37:0:0:12:37:0:0 chr1 3551792 . G A 500.42 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0544795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9943;QD=58.8732;RBI=0.0545653;REFB=0;REVB=-0.00305994;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105433;OID=.;OPOS=3551792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr1 3607520 . G A 1136.58 PASS AF=0.525822;AO=112;DP=214;FAO=112;FDP=213;FR=.;FRO=101;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=59;FSRR=42;FWDB=-0.014282;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.095;QD=21.3443;RBI=0.0220886;REFB=-0.00891801;REVB=0.0168502;RO=101;SAF=58;SAR=54;SRF=59;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577211;STB=0.531544;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00922804;OID=.;OPOS=3607520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:213:101:101:112:112:0.525822:54:58:59:42:54:58:59:42 chr1 3638674 . C T 303.99 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0193755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.051;QD=19.9339;RBI=0.0222248;REFB=-0.0382096;REVB=0.0108873;RO=28;SAF=9;SAR=23;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233213;STB=0.639508;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0407753;OID=.;OPOS=3638674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:32:32:0.52459:23:9:15:13:23:9:16:13 chr1 3743318 . AG A,AA 792.28 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=13,43;DP=56;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=2,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078332,0.0686215;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.005,208.664;QD=56.5912;RBI=0.0784082,0.0686265;REFB=0,0;REVB=0.00345722,0.000834702;RO=0;SAF=10,20;SAR=3,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0269147,0.0019817;OID=.,.;OPOS=3743319,3743319;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0357143,0.964286:13,43:56:2,54:56:0:0,30:2,24:0:0:5:0:10,20:3,23:0:0 chr1 3745924 . G A 1632.19 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.36;QD=59.8969;RBI=0.0123948;REFB=0;REVB=-0.00551971;RO=0;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.32057e-05;OID=.;OPOS=3745924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:58:50:0:0:58:51:0:0 chr1 3786245 . G A 525.16 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.0248748;FXX=0.0161277;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.059;QD=17.2183;RBI=0.0325617;REFB=-0.0200037;REVB=0.0210122;RO=65;SAF=25;SAR=31;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456314;STB=0.528893;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0300829;OID=.;OPOS=3786245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:65:66:56:56:0.459016:31:25:26:39:31:25:26:40 chr1 3801973 . T C 147.83 PASS AF=0.625;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0199272;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.613;QD=24.6376;RBI=0.0298601;REFB=-0.00783961;REVB=0.022238;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468954;STB=0.526281;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0076365;OID=.;OPOS=3801973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:24:9:9:15:15:0.625:9:6:3:6:9:6:3:6 chr1 3807258 . G C 574.72 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00743397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1952;QD=19.6484;RBI=0.0504576;REFB=-0.00407744;REVB=-0.049907;RO=58;SAF=29;SAR=30;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695093;STB=0.538337;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00330809;OID=.;OPOS=3807258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:59:59:0.504274:30:29:33:25:30:29:33:25 chr1 3807450 . C A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0256524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.652;QD=11.9536;RBI=0.0269109;REFB=-0.0101745;REVB=-0.00813331;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305926;STB=0.685222;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0107412;OID=.;OPOS=3807450;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:6:5:6:2:6:5 chr1 4772717 . G A 298.31 PASS AF=0.44;AO=32;DP=74;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00179497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.089;QD=15.9097;RBI=0.0248295;REFB=-0.00626175;REVB=0.0247645;RO=40;SAF=18;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061997;STB=0.52949;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00860882;OID=.;OPOS=4772717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:40:42:32:33:0.44:14:18:20:20:14:19:22:20 chr1 4842988 . C T 1021.79 PASS AF=0.52973;AO=98;DP=186;FAO=98;FDP=185;FR=.;FRO=87;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=0.0106972;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.689;QD=22.0927;RBI=0.0201298;REFB=-0.0042945;REVB=0.0170522;RO=81;SAF=55;SAR=43;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265114;STB=0.500952;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00386195;OID=.;OPOS=4842988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:81:87:98:98:0.52973:43:55:48:33:43:55:49:38 chr1 5624154 . G A 253.08 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0210034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.612;QD=15.109;RBI=0.0217567;REFB=-0.0158552;REVB=0.00567536;RO=38;SAF=10;SAR=19;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309773;STB=0.675008;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0312652;OID=.;OPOS=5624154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:19:10:25:13:19:10:25:13 chr1 5937168 . G A 521.56 PASS AF=0.459016;AO=55;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.0187525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5984;QD=17.1004;RBI=0.0327804;REFB=-0.0155036;REVB=0.0268868;RO=65;SAF=36;SAR=19;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887282;STB=0.538639;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0203679;OID=.;OPOS=5937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:66:55:56:0.459016:19:36:37:28:20:36:38:28 chr1 5948677 . G A 754.57 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.681;QD=54.8775;RBI=0.0243356;REFB=-0.0692631;REVB=-0.0100949;RO=1;SAF=30;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154512;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00231715;OID=.;OPOS=5948677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:24:30:1:0:24:30:1:0 chr1 5965384 . G A 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0131547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.843;QD=16.4202;RBI=0.0138454;REFB=-0.0147111;REVB=-0.00431861;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18881;STB=0.605989;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.016643;OID=.;OPOS=5965384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:16:13:22:12:16:13:22:12 chr1 6157434 . C T 570.68 PASS AF=0.504202;AO=59;DP=118;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.061293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0969;QD=19.1825;RBI=0.0710188;REFB=-0.000322408;REVB=-0.0358725;RO=59;SAF=32;SAR=27;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154297;STB=0.503936;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.000438166;OID=.;OPOS=6157434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:59:59:59:60:0.504202:27:32:31:28:28:32:31:28 chr1 6158562 . A G 592.09 PASS AF=0.488;AO=61;DP=125;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0265898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3303;QD=18.947;RBI=0.0297076;REFB=-0.0105095;REVB=-0.0132486;RO=64;SAF=33;SAR=28;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549202;STB=0.503037;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00883429;OID=.;OPOS=6158562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:64:64:61:61:0.488:28:33:35:29:28:33:35:29 chr1 6162054 . T C 227.52 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00505113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2927;QD=45.5029;RBI=0.00564119;REFB=0.0520132;REVB=0.00251179;RO=1;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316909;STB=0.517223;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.0335971;OID=.;OPOS=6162054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:18:19:0.95:14:4:0:1:14:5:0:1 chr1 6162355 . A T 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.00433537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.592;QD=19.3706;RBI=0.00553855;REFB=0.00151246;REVB=-0.00344676;RO=15;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195604;STB=0.608908;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00254831;OID=.;OPOS=6162355;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:13:3:1:14:13:3:1:14 chr1 6162407 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.594;QD=53.9112;RBI=0.044771;REFB=0;REVB=0.0373814;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150534;OID=.;OPOS=6162407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr1 6163065 . G A 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0950038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.872;QD=13.7474;RBI=0.0957455;REFB=-0.0146494;REVB=-0.0118947;RO=32;SAF=4;SAR=18;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191869;STB=0.611538;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.031376;OID=.;OPOS=6163065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:18:4:10:22:18:4:10:22 chr1 6165419 . C T 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0399629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.67;QD=16.4804;RBI=0.0491934;REFB=-0.00843397;REVB=-0.0286872;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986702;STB=0.556567;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00925222;OID=.;OPOS=6165419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:8:11:12:13:8:11:12:13 chr1 6184092 . A G 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7861;QD=63.2845;RBI=0.0318732;REFB=0;REVB=-0.0234727;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018589;OID=.;OPOS=6184092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr1 6190315 . C T 572.31 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00631076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.228;QD=20.8111;RBI=0.0172593;REFB=-0.0328644;REVB=0.0160642;RO=51;SAF=36;SAR=22;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029088;STB=0.512239;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0306768;OID=.;OPOS=6190315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:51:52:58:58:0.527273:22:36:30:21:22:36:31:21 chr1 6196869 . A G 902.25 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6411;QD=58.2099;RBI=0.121083;REFB=0;REVB=-0.00491763;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00130404;OID=.;OPOS=6196869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr1 6202245 . G A 600.72 PASS AF=0.437086;AO=66;DP=150;FAO=66;FDP=151;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.00967817;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.18;QD=15.9132;RBI=0.00988368;REFB=-0.0132872;REVB=-0.00200505;RO=84;SAF=37;SAR=29;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132059;STB=0.504373;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0194199;OID=.;OPOS=6202245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:84:85:66:66:0.437086:29:37:46:38:29:37:47:38 chr1 6209363 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.069078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6414;QD=54.5145;RBI=0.0849214;REFB=0;REVB=-0.049395;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00298163;OID=.;OPOS=6209363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr1 6211183 . G A 1113.91 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2747;QD=60.2116;RBI=0.0847042;REFB=0;REVB=0.0504325;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000895137;OID=.;OPOS=6211183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:74:0:0:70:74:1:32:38:0:0:35:39:0:0 chr1 6313938 . C T 770.4 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0163909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.76;QD=55.0284;RBI=0.0165206;REFB=-0.0607937;REVB=0.00206579;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184819;STB=0.5098;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000133061;OID=.;OPOS=6313938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:25:30:0:1:25:30:0:1 chr1 6314822 . T C 1011.71 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00674801;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6514;QD=59.5125;RBI=0.0313604;REFB=0;REVB=0.0306258;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111532;OID=.;OPOS=6314822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr1 6614230 . G A 369.08 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0134801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5199;QD=25.0226;RBI=0.0349654;REFB=-0.0352111;REVB=0.0322625;RO=20;SAF=23;SAR=13;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808296;STB=0.562797;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0459847;OID=.;OPOS=6614230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:20:23:36:36:0.610169:13:23:15:5:13:23:18:5 chr1 6615469 . G C 302.81 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.00660987;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.742;QD=14.2499;RBI=0.014077;REFB=-0.0109071;REVB=-0.0124287;RO=50;SAF=21;SAR=13;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940389;STB=0.544477;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0186482;OID=.;OPOS=6615469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:51:34:34:0.4:13:21:35:15:13:21:35:16 chr1 6631063 . A G 205.37 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00342321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8064;QD=14.6692;RBI=0.00660194;REFB=-0.0281655;REVB=-0.00564511;RO=32;SAF=16;SAR=8;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980875;STB=0.555511;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0204686;OID=.;OPOS=6631063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:8:16:24:8:8:16:24:8 chr1 6635231 . A G 193.26 PASS AF=0.888889;AO=15;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5812;QD=42.9465;RBI=0.0516781;REFB=-0.00162336;REVB=0.0456104;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699995;STB=0.538413;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0193239;OID=.;OPOS=6635231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:15:16:0.888889:6:9:0:1:6:10:0:1 chr1 6646959 . GCCTGCCTTC G 85.66 PASS AF=0.243902;AO=19;DP=76;FAO=20;FDP=82;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00163533;FXX=0.0574647;HRUN=2;LEN=9;MLLD=274.282;QD=4.17856;RBI=0.0229855;REFB=-0.0160707;REVB=0.0229272;RO=46;SAF=10;SAR=9;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203685;STB=0.5135;STBP=0.895;TYPE=del;VARB=0.0418669;OID=.;OPOS=6646960;OREF=CCTGCCTTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243902:19:76:20:82:62:11:9:33:29:85:46:10:9:25:21 chr1 6659505 . G A 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00609568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.192;QD=25.2555;RBI=0.00884299;REFB=-0.0234699;REVB=0.00640633;RO=10;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114581;STB=0.563803;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0149419;OID=.;OPOS=6659505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:8:9:7:3:8:9:7:3 chr1 6693097 . A G 283.74 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00227314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.512;QD=23.1624;RBI=0.011469;REFB=0.00245683;REVB=-0.0112415;RO=22;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241507;STB=0.625502;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00203479;OID=.;OPOS=6693097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:26:26:0.530612:17:9:14:8:17:9:14:9 chr1 6695244 . A G 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00907168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6317;QD=18.2477;RBI=0.0156255;REFB=-0.00921569;REVB=-0.0127225;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582442;STB=0.516104;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0129171;OID=.;OPOS=6695244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:8:5:5:6:8:5:5:7 chr1 6704635 . A G 225.94 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0359739;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3801;QD=18.0751;RBI=0.0396034;REFB=-0.0215482;REVB=0.0165622;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286288;STB=0.516116;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0240386;OID=.;OPOS=6704635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:15:9:9:17:15:9:9:17 chr1 6711146 . T C 191.26 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00898268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.113;QD=15.9386;RBI=0.0123546;REFB=-0.0288997;REVB=0.00848214;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153771;STB=0.570104;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0400422;OID=.;OPOS=6711146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:26:28:20:20:0.416667:13:7:13:13:13:7:13:15 chr1 7723588 . C T 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.958;QD=58.1352;RBI=0.0478741;REFB=0;REVB=-0.002581;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262242;OID=.;OPOS=7723588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr1 7723957 . G A 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.509;QD=34.6655;RBI=0.0111738;REFB=-0.106089;REVB=-0.00279523;RO=1;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176689;STB=0.599781;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00611238;OID=.;OPOS=7723957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:8:2:1:0:8:2:1:0 chr1 7792603 . G A 377.69 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0134354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.887;QD=21.5823;RBI=0.029338;REFB=-0.0444768;REVB=0.0260808;RO=31;SAF=14;SAR=24;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979453;STB=0.562467;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0317915;OID=.;OPOS=7792603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:32:38:38:0.542857:24:14:15:16:24:14:16:16 chr1 7811014 . G A 1096.6 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.707;QD=60.0879;RBI=0.0414413;REFB=0;REVB=0.0363909;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48465e-05;OID=.;OPOS=7811014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:39:32:0:0:39:34:0:0 chr1 7870048 . T C 854.11 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0052567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5053;QD=56.0071;RBI=0.0190162;REFB=-0.0839819;REVB=0.0182752;RO=1;SAF=27;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171579;STB=0.509088;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00193761;OID=.;OPOS=7870048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:33:27:1:0:33:27:1:0 chr1 7887248 . G A 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00580156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.264;QD=22.7215;RBI=0.0104492;REFB=-0.0186778;REVB=-0.00869064;RO=22;SAF=19;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554764;STB=0.517755;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.016533;OID=.;OPOS=7887248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:23:31:31:0.574074:12:19:15:7:12:19:15:8 chr1 7887493 . T C 1135.87 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.571;QD=60.5798;RBI=0.0806086;REFB=0;REVB=0.0805583;RO=0;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029776;OID=.;OPOS=7887493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:48:26:0:0:49:26:0:0 chr1 7890064 . A G 214.28 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0128696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.828;QD=24.4886;RBI=0.0157732;REFB=-0.00240661;REVB=0.00911976;RO=14;SAF=2;SAR=17;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402476;STB=0.730881;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00109909;OID=.;OPOS=7890064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:19:19:0.542857:17:2:6:8:17:2:6:8 chr1 7904699 . C T 104.07 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0130231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.938;QD=7.3028;RBI=0.0222468;REFB=-0.00342854;REVB=-0.0180366;RO=41;SAF=5;SAR=10;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376099;STB=0.718825;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0206349;OID=.;OPOS=7904699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:42:15:15:0.263158:10:5:27:14:10:5:27:15 chr1 7906476 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9728;QD=56.1908;RBI=0.0361355;REFB=0;REVB=-0.0218649;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102083;OID=.;OPOS=7906476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr1 7913029 . A G 160.95 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00210516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2707;QD=18.9351;RBI=0.0112682;REFB=-0.0445796;REVB=0.0110698;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527849;STB=0.53;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0470037;OID=.;OPOS=7913029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:8:9:10:7:8:9 chr1 7913430 . G A 142.57 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0112444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.353;QD=14.2568;RBI=0.0490603;REFB=0.000486165;REVB=-0.0477543;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107476;STB=0.562422;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00488445;OID=.;OPOS=7913430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:9:7:13:11:9:7:13:11 chr1 7913445 . C T 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00837138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.821;QD=26.4135;RBI=0.012165;REFB=-0.0246298;REVB=0.00882655;RO=17;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138745;STB=0.576861;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0174193;OID=.;OPOS=7913445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:10:15:7:10:10:15:7:10 chr1 7990367 . G A 132.01 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0223546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4049;QD=14.6674;RBI=0.0360119;REFB=-0.00602536;REVB=0.0282335;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113207;STB=0.565135;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00895922;OID=.;OPOS=7990367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:10:5:5:16:10:5:5:16 chr1 8352240 . C T 255.14 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00324563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.506;QD=22.1859;RBI=0.00573721;REFB=-0.0315746;REVB=-0.0047309;RO=22;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330443;STB=0.518503;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0327336;OID=.;OPOS=8352240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:10:14:12:10:10:14:12:10 chr1 8388200 . T C 340.09 PASS AF=0.414894;AO=36;DP=91;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0236318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.604;QD=14.4719;RBI=0.0343173;REFB=-0.0313765;REVB=-0.0248841;RO=55;SAF=15;SAR=21;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058722;STB=0.55811;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0463209;OID=.;OPOS=8388200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:55:55:36:39:0.414894:21:15:20:35:21:18:20:35 chr1 8390384 . G C 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6169;QD=58.7792;RBI=0.0386948;REFB=0;REVB=-0.0150917;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277073;OID=.;OPOS=8390384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr1 8390495 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.252;QD=40.7607;RBI=0.0458289;REFB=0;REVB=0.0229276;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695479;OID=.;OPOS=8390495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr1 8395560 . G T 785.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.146;QD=64.1482;RBI=0.0362362;REFB=0;REVB=0.0268234;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193317;OID=.;OPOS=8395560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr1 8412989 . A G 1343.71 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00116628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.508;QD=61.0778;RBI=0.00270689;REFB=-0.0981527;REVB=0.00244276;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000282975;OID=.;OPOS=8412989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:0:1:87:87:0.988636:49:38:0:0:49:38:0:1 chr1 8413317 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.833;QD=44.6895;RBI=0.0241132;REFB=0;REVB=0.0130253;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207819;OID=.;OPOS=8413317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr1 8418644 . C A 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00885431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.013;QD=48.626;RBI=0.0223062;REFB=0.0331738;REVB=0.0204736;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369717;STB=0.519982;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000635532;OID=.;OPOS=8418644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:0:1:12:10:0:1 chr1 8418650 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.125;QD=53.2772;RBI=0.00845905;REFB=0;REVB=0.00318623;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53542e-05;OID=.;OPOS=8418650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr1 8425900 . T C 2389.69 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.283;QD=64.1526;RBI=0.0420542;REFB=0;REVB=0.041827;RO=0;SAF=64;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16447e-05;OID=.;OPOS=8425900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:85:64:0:0:85:64:0:0 chr1 9009330 . C CG 32.14 PASS AF=0.277778;AO=16;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0707171;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=41.6647;QD=3.57055;RBI=0.0780208;REFB=-0.0161663;REVB=-0.0329597;RO=17;SAF=0;SAR=16;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.822215;STB=0.775175;STBP=0.112;TYPE=ins;VARB=0.152526;OID=.;OPOS=9009331;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:16:36:10:36:26:1:9:9:17:32:17:0:16:8:9 chr1 9009444 . A C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.962;QD=58.1411;RBI=0.0338727;REFB=0;REVB=-0.00552765;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177888;OID=.;OPOS=9009444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:25:7:0:0:25:7:0:0 chr1 9009451 . G C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0215429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3113;QD=20.1596;RBI=0.0346758;REFB=0.0158186;REVB=0.0271719;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176743;STB=0.598847;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0139886;OID=.;OPOS=9009451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:11:5:2:12:11:5:2:12 chr1 9009470 . G C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.00728304;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.559;QD=15.9167;RBI=0.0146137;REFB=0.00505325;REVB=0.0126696;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248928;STB=0.651975;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.0053125;OID=.;OPOS=9009470;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:8:5:2:12:8:5:2:13 chr1 9011586 . T G 334.48 PASS AF=0.530303;AO=33;DP=64;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0242623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.14;QD=20.2712;RBI=0.0356306;REFB=-0.00572833;REVB=0.0260938;RO=31;SAF=20;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19067;STB=0.586158;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00771486;OID=.;OPOS=9011586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:31:31:33:35:0.530303:13:20:12:19:15:20:12:19 chr1 9011627 . G A 357.49 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00806873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8936;QD=19.5886;RBI=0.0102781;REFB=-0.0349845;REVB=-0.00636677;RO=34;SAF=19;SAR=18;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138463;STB=0.574868;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0327482;OID=.;OPOS=9011627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:36:37:37:0.506849:18:19:12:22:18:19:13:23 chr1 9011722 . G T 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0683011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.686;QD=19.3859;RBI=0.0697178;REFB=-0.0266928;REVB=-0.013983;RO=21;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690132;STB=0.538885;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.015826;OID=.;OPOS=9011722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:14:6:5:16:14:6:5:16 chr1 9017204 . A G 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00280093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.656;QD=19.0005;RBI=0.0242453;REFB=-0.014794;REVB=-0.024083;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258665;STB=0.646886;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.018118;OID=.;OPOS=9017204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:11:6:11:6:11:6:11:6 chr1 9030964 . C T 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00918952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.963;QD=7.27136;RBI=0.0198677;REFB=-0.00676059;REVB=-0.0176148;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243717;STB=0.639684;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0171309;OID=.;OPOS=9030964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:24:25:9:9:0.264706:6:3:13:11:6:3:13:12 chr1 9034421 . G A 154.8 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0455421;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=245.717;QD=14.7425;RBI=0.0470873;REFB=-0.00790027;REVB=-0.0119637;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129296;STB=0.532126;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0110132;OID=.;OPOS=9034421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:25:17:17:0.404762:10:7:6:15:10:7:9:16 chr1 9039704 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.989;QD=46.8467;RBI=0.0248034;REFB=0;REVB=0.0238538;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421218;OID=.;OPOS=9039704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr1 9165669 . G A 358.22 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0312228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5277;QD=17.0583;RBI=0.0995367;REFB=-0.0122762;REVB=0.094513;RO=46;SAF=21;SAR=17;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516303;STB=0.528952;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0153722;OID=.;OPOS=9165669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:17:21:23:23:17:21:23:23 chr1 9307033 . G A 189.32 PASS AF=0.42;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00900339;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.72;QD=15.1452;RBI=0.0414305;REFB=-0.0203706;REVB=0.0404404;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554376;STB=0.531761;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0291262;OID=.;OPOS=9307033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:29:29:21:21:0.42:12:9:14:15:12:9:14:15 chr1 9307138 . T C 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0308347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.685;QD=15.6507;RBI=0.0387662;REFB=-0.016623;REVB=-0.0234956;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238612;STB=0.637413;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0193916;OID=.;OPOS=9307138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:13:8:10:6:13:8 chr1 9323910 . G A 282.67 PASS AF=0.641026;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0133946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.946;QD=28.9921;RBI=0.0152283;REFB=-0.0161113;REVB=0.00724468;RO=14;SAF=5;SAR=19;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741665;STB=0.52196;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00808404;OID=.;OPOS=9323910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:14:14:24:25:0.641026:19:5:4:10:19:6:4:10 chr1 9324571 . T C 229.63 PASS AF=0.5;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00488642;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.624;QD=20.8751;RBI=0.0105195;REFB=-0.00341019;REVB=-0.00931569;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253785;STB=0.523686;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00447012;OID=.;OPOS=9324571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:22:21:22:0.5:9:12:12:8:9:13:14:8 chr1 9324670 . A G 221.64 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00123325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.242;QD=10.1903;RBI=0.00443093;REFB=-0.0153538;REVB=-0.00425584;RO=58;SAF=11;SAR=17;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658403;STB=0.545115;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0277113;OID=.;OPOS=9324670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:59:28:28:0.321839:17:11:26:32:17:11:27:32 chr1 9416151 . G A 172.1 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00761276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.805;QD=18.1157;RBI=0.0130248;REFB=-0.00444258;REVB=-0.0105685;RO=20;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178935;STB=0.602529;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0107761;OID=.;OPOS=9416151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:5:13:11:9:5:13:11:9 chr1 9427842 . A G 1641.04 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530627;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.41;QD=60.2215;RBI=0.0533202;REFB=0;REVB=0.00523399;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07707e-05;OID=.;OPOS=9427842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:56:52:0:0:56:53:0:0 chr1 9427869 . G A 1415.99 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0554154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.462;QD=62.9327;RBI=0.0602804;REFB=0;REVB=0.0237245;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.46661e-05;OID=.;OPOS=9427869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:47:42:0:0:48:42:0:0 chr1 9784423 . C T 369.49 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0134466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.467;QD=16.9882;RBI=0.0227633;REFB=-0.0157757;REVB=-0.0183674;RO=48;SAF=15;SAR=24;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116065;STB=0.565184;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0246352;OID=.;OPOS=9784423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:24:15:24:24:24:15:24:24 chr1 9804693 . C T 154.98 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0632727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.832;QD=22.9607;RBI=0.0635103;REFB=-0.0280184;REVB=0.00548813;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27115;STB=0.651405;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0139746;OID=.;OPOS=9804693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:7:9:2:9:7:9:2:9 chr1 9811541 . A G 490.99 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0108089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.55;QD=19.838;RBI=0.0632943;REFB=-0.00217688;REVB=-0.0623645;RO=50;SAF=29;SAR=19;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042011;STB=0.529323;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00139643;OID=.;OPOS=9811541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:50:51:48:48:0.484848:19:29:28:22:19:29:28:23 chr1 9888202 . C T 651.42 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.33;QD=62.0398;RBI=0.0196891;REFB=0;REVB=-0.0065875;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58315e-05;OID=.;OPOS=9888202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:18:23:0:0:18:24:0:0 chr1 9910357 . AT TC 96.44 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0146072;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.038;QD=16.0739;RBI=0.0202094;REFB=-0.00498081;REVB=-0.013966;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232635;STB=0.558732;STBP=0.696;TYPE=mnp;VARB=0.0067849;OID=.;OPOS=9910357;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:23:24:12:12:11:12:0.5:9:2:2:10:9:3:2:10 chr1 10190575 . G C 438.38 PASS AF=0.4;AO=50;DP=126;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.00363829;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.001;QD=14.0282;RBI=0.0620596;REFB=-0.00896561;REVB=0.0619529;RO=73;SAF=23;SAR=27;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12092;STB=0.575535;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0153838;OID=.;OPOS=10190575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:73:75:50:50:0.4:27:23:42:31:27:23:44:31 chr1 10218439 . T C 291.59 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.046047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0328;QD=19.4393;RBI=0.0461689;REFB=0.00395583;REVB=-0.0033528;RO=29;SAF=10;SAR=21;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178947;STB=0.599933;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00418568;OID=.;OPOS=10218439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:21:10:15:14:21:10:15:14 chr1 10318652 . C G 287.82 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0289067;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9204;QD=15.771;RBI=0.0310023;REFB=-0.0124829;REVB=-0.0112048;RO=41;SAF=9;SAR=23;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335973;STB=0.690081;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0238249;OID=.;OPOS=10318652;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:41:41:32:32:0.438356:23:9:25:16:23:9:25:16 chr1 10339129 . G A 348.8 PASS AF=0.45122;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00645014;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.497;QD=17.0144;RBI=0.0173631;REFB=-0.00800863;REVB=-0.0161206;RO=45;SAF=11;SAR=25;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297352;STB=0.653839;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0111648;OID=.;OPOS=10339129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:45:45:36:37:0.45122:25:11:27:18:25:12:27:18 chr1 10339209 . CAT C 346.07 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=85;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00516768;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=2;MLLD=280.05;QD=16.4794;RBI=0.00595606;REFB=-0.0121264;REVB=-0.00296136;RO=41;SAF=24;SAR=12;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222743;STB=0.632417;STBP=0.034;TYPE=del;VARB=0.0141784;OID=.;OPOS=10339210;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.440476:36:85:37:84:47:25:12:21:26:99:41:24:12:18:23 chr1 10342522 . G A 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0022308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.614;QD=10.1486;RBI=0.00381397;REFB=-0.00673156;REVB=-0.00309352;RO=44;SAF=13;SAR=9;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541762;STB=0.531672;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0098825;OID=.;OPOS=10342522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:9:13:28:16:9:13:28:16 chr1 10366692 . C G 832.99 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.399;QD=57.4475;RBI=0.0559162;REFB=0;REVB=0.0510744;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16819e-05;OID=.;OPOS=10366692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:24:32:0:0:26:32:0:0 chr1 10386322 . C T 334.14 PASS AF=0.6;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00376069;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4716;QD=24.3012;RBI=0.0179833;REFB=0.0118478;REVB=0.0175856;RO=22;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11;STB=0.560403;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00772833;OID=.;OPOS=10386322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:22:22:33:33:0.6:17:16:14:8:17:16:14:8 chr1 10397567 . A G 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0207437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.751;QD=18.4264;RBI=0.0210431;REFB=-0.00368882;REVB=-0.00353703;RO=28;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645329;STB=0.536057;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00400109;OID=.;OPOS=10397567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:13:15:17:11:13:15:17:11 chr1 10428592 . G A 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0134448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.539;QD=22.5344;RBI=0.0134734;REFB=-0.00257499;REVB=0.00087852;RO=15;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068284;STB=0.53842;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00208199;OID=.;OPOS=10428592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:14:5:5:10:14:5:5:10 chr1 10435324 . C A 358.01 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00559051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.626;QD=19.6171;RBI=0.0110096;REFB=0.00217885;REVB=0.00948458;RO=35;SAF=22;SAR=15;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194518;STB=0.601127;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00276691;OID=.;OPOS=10435324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:36:37:37:0.506849:15:22:13:22:15:22:14:22 chr1 10460485 . T C 219.46 PASS AF=0.470588;AO=22;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00377788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151;QD=17.2122;RBI=0.00723784;REFB=-0.0056217;REVB=-0.00617365;RO=27;SAF=15;SAR=7;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024717;STB=0.545418;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0106771;OID=.;OPOS=10460485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:27:22:24:0.470588:7:15:19:8:9:15:19:8 chr1 10473196 . C T 560.84 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000334952;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.711;QD=60.6318;RBI=0.0571686;REFB=0;REVB=-0.0571676;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246908;OID=.;OPOS=10473196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr1 10473200 . G A 81.57 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00985174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.989;QD=8.36622;RBI=0.0920256;REFB=-0.00264506;REVB=-0.0914968;RO=28;SAF=4;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317173;STB=0.693359;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0084271;OID=.;OPOS=10473200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:7:4:18:10:7:4:18:10 chr1 10479791 . G A 348.93 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0136829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.441;QD=22.8808;RBI=0.0198309;REFB=-0.0122265;REVB=-0.0143542;RO=26;SAF=13;SAR=22;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103204;STB=0.556929;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0106726;OID=.;OPOS=10479791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:22:13:13:13:22:13:13:13 chr1 10511544 . C T 432.26 PASS AF=0.709091;AO=39;DP=55;FAO=39;FDP=55;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0158731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.355;QD=31.4369;RBI=0.0214613;REFB=-0.025225;REVB=0.0144442;RO=16;SAF=21;SAR=18;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012987;STB=0.507039;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0103904;OID=.;OPOS=10511544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:16:16:39:39:0.709091:18:21:9:7:18:21:9:7 chr1 10511589 . T C 754.52 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.185;QD=56.945;RBI=0.0326846;REFB=0;REVB=0.0269989;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116286;OID=.;OPOS=10511589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:29:24:0:0 chr1 10596341 . C T 145.51 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00121596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3359;QD=16.1678;RBI=0.0445203;REFB=-0.0161672;REVB=-0.0445037;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296329;STB=0.668724;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0225845;OID=.;OPOS=10596341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:9:7:15:5:9:7:15:5 chr1 10713765 . T C 38.18 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0410191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7188;QD=10.1823;RBI=0.134024;REFB=-0.00935585;REVB=-0.127592;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426681;STB=0.768236;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00332636;OID=.;OPOS=10713765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:4:5:1:5:4:5 chr1 11008102 . G A 802.9 PASS AF=0.554745;AO=75;DP=137;FAO=76;FDP=137;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.00728792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5354;QD=23.4425;RBI=0.0809882;REFB=-0.0195514;REVB=0.0806596;RO=61;SAF=30;SAR=45;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208727;STB=0.609588;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0171331;OID=.;OPOS=11008102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:61:61:75:76:0.554745:45:30:40:21:45:31:40:21 chr1 11008496 . AG A,AA,AC 1181.84 PASS AF=0.160494,0,0.839506;AO=18,3,57;DP=80;FAO=13,0,68;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0,17;FSAR=0,0,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101258,0.0890059,0.102769;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=102.854,84.0053,117.886;QD=58.3623;RBI=0.101378,0.0895886,0.103287;REFB=0,0,0;REVB=0.00493618,0.0102019,0.0103243;RO=0;SAF=18,2,9;SAR=0,1,48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-5.95838e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0130085,0.0274275,0.0204029;OID=.,.,.;OPOS=11008497,11008497,11008497;OREF=G,G,G;OALT=-,A,C;OMAPALT=A,AA,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.160494,0,0.839506:18,3,57:80:13,0,68:81:0:13,0,17:0,0,51:0:0:23:0:18,2,9:0,1,48:0:0 chr1 11008594 . A T 292.19 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00517596;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.326;QD=21.2498;RBI=0.00758406;REFB=-0.0285604;REVB=-0.00554323;RO=24;SAF=8;SAR=22;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141714;STB=0.572204;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0192943;OID=.;OPOS=11008594;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:24:25:30:30:0.545455:22:8:10:14:22:8:10:15 chr1 11008695 . T C 136.11 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0279109;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.887;QD=9.7223;RBI=0.0293153;REFB=-0.00904606;REVB=-0.00896461;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153025;STB=0.590452;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0188795;OID=.;OPOS=11008695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:38:38:18:18:0.321429:8:10:16:22:8:10:16:22 chr1 11009679 . G A 215.99 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0115464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.537;QD=15.1569;RBI=0.019888;REFB=-0.00584162;REVB=0.016193;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197864;STB=0.511227;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0086645;OID=.;OPOS=11009679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:13:12:16:16:13:12:16:16 chr1 11009703 . C T 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0191638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.792;QD=17.223;RBI=0.0223595;REFB=-0.0268859;REVB=0.0115194;RO=36;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262221;STB=0.514697;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0259251;OID=.;OPOS=11009703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:16:16:19:17:16:16:19:17 chr1 11014118 . C T 395.43 PASS AF=0.692308;AO=35;DP=52;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0295716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8023;QD=30.4176;RBI=0.0296974;REFB=-0.00681294;REVB=-0.00272991;RO=16;SAF=22;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775036;STB=0.545121;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00115365;OID=.;OPOS=11014118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:16:16:35:36:0.692308:13:22:8:8:13:23:8:8 chr1 11015165 . A G 670.66 PASS AF=0.496296;AO=67;DP=135;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.00163388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.715;QD=19.8713;RBI=0.0126985;REFB=-0.0146314;REVB=0.0125929;RO=68;SAF=38;SAR=29;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088556;STB=0.548874;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0144955;OID=.;OPOS=11015165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:68:68:67:67:0.496296:29:38:32:36:29:38:32:36 chr1 11018765 . G A 165.77 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.00642504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.24;QD=14.4146;RBI=0.0176094;REFB=-0.00925039;REVB=-0.0163954;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331811;STB=0.66989;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0186842;OID=.;OPOS=11018765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:27:28:18:18:0.391304:10:8:4:23:10:8:5:23 chr1 11087524 . G A 251.56 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0190217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.068;QD=20.5358;RBI=0.0191778;REFB=0.000600869;REVB=0.00244163;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134608;STB=0.575852;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00110452;OID=.;OPOS=11087524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:9:15:12:13:9:15:12:13 chr1 11090916 . C A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.016532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.641;QD=15.9169;RBI=0.0490757;REFB=-0.0351432;REVB=-0.0462073;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139734;STB=0.580879;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0311714;OID=.;OPOS=11090916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:7:8:5:8:7:8 chr1 11137661 . A G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00834651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.03;QD=15.6261;RBI=0.0209834;REFB=-0.0140758;REVB=-0.019252;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291976;STB=0.523781;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0194796;OID=.;OPOS=11137661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:23:17:17:0.425:11:6:8:13:11:6:9:14 chr1 11141187 . C G 133.77 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.129625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4603;QD=25.4797;RBI=0.146328;REFB=0.00302001;REVB=0.0678917;RO=7;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454578;STB=0.52551;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00705693;OID=.;OPOS=11141187;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:5:9:4:3:5:9:4:3 chr1 11150682 . C T 230.25 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0492518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9004;QD=17.7112;RBI=0.138523;REFB=-0.0293838;REVB=-0.129471;RO=20;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156222;STB=0.65741;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0300946;OID=.;OPOS=11150682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:27:25:25:0.480769:9:16:9:11:9:16:9:18 chr1 11159823 . T C 534.28 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00304404;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.685;QD=19.9729;RBI=0.00447594;REFB=-0.0173298;REVB=-0.00328145;RO=52;SAF=29;SAR=26;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0098937;STB=0.505455;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0211901;OID=.;OPOS=11159823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:52:52:55:55:0.514019:26:29:28:24:26:29:28:24 chr1 11166713 . T C 244.04 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00440759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4403;QD=13.0155;RBI=0.0595453;REFB=0.017888;REVB=-0.059382;RO=45;SAF=17;SAR=12;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333477;STB=0.513198;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.0286846;OID=.;OPOS=11166713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:46:29:29:0.386667:12:17:25:20:12:17:26:20 chr1 11167146 . G A 422.71 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.0120444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1889;QD=14.963;RBI=0.0132748;REFB=-0.0130652;REVB=-0.00558148;RO=65;SAF=26;SAR=22;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928353;STB=0.552039;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00867587;OID=.;OPOS=11167146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:65:65:48:48:0.424779:22:26:41:24:22:26:41:24 chr1 11171226 . C T 55.37 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0540496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.2387;QD=10.068;RBI=0.0583693;REFB=-0.0499757;REVB=-0.0220367;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829008;STB=0.590689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0404233;OID=.;OPOS=11171226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:22:12:14:8:8:0.363636:4:4:7:5:4:4:9:5 chr1 11181327 . C T 256.41 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0573403;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6599;QD=23.8517;RBI=0.0577119;REFB=0.00701983;REVB=-0.00653826;RO=19;SAF=5;SAR=18;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20819;STB=0.622054;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0062524;OID=.;OPOS=11181327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:23:24:0.55814:18:5:8:11:19:5:8:11 chr1 11190646 . G A 780.21 PASS AF=0.65;AO=64;DP=99;FAO=65;FDP=100;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0794456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7926;QD=31.2083;RBI=0.0850307;REFB=-0.0490217;REVB=0.0303085;RO=34;SAF=27;SAR=37;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260975;STB=0.515919;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0287724;OID=.;OPOS=11190646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:34:35:64:65:0.65:37:27:13:21:38:27:13:22 chr1 11212458 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00239869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.254;QD=16.417;RBI=0.00278316;REFB=-0.00978009;REVB=-0.00141147;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299972;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0117949;OID=.;OPOS=11212458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:7:7:7:8:7:7:8:8 chr1 11255008 . T C 173.87 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0232171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.089;QD=12.2016;RBI=0.0371989;REFB=-0.0225251;REVB=0.0290641;RO=35;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535415;STB=0.512304;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0421347;OID=.;OPOS=11255008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:35:35:21:22:0.385965:8:13:20:15:9:13:20:15 chr1 11288758 . G A 209.7 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0148036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.214;QD=18.6397;RBI=0.0225123;REFB=-0.0110613;REVB=0.0169604;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593965;STB=0.503368;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0186491;OID=.;OPOS=11288758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:13:8:9:15:13:8:9:15 chr1 11301714 . A G 407.1 PASS AF=0.5;AO=40;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.028984;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.718;QD=19.8583;RBI=0.0432453;REFB=-0.0151963;REVB=-0.0320948;RO=40;SAF=21;SAR=19;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225889;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0155392;OID=.;OPOS=11301714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:41:40:41:0.5:19:21:22:18:19:22:22:19 chr1 11579504 . G C 315.25 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.023112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.9598;QD=15.3782;RBI=0.0256463;REFB=-0.0230078;REVB=0.0111162;RO=45;SAF=13;SAR=22;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120915;STB=0.569744;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0256388;OID=.;OPOS=11579504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:47:35:35:0.426829:22:13:22:23:22:13:23:24 chr1 11589911 . G A 364.06 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0121615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.737;QD=15.8285;RBI=0.012509;REFB=-0.0131087;REVB=0.00292799;RO=53;SAF=9;SAR=30;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245848;STB=0.639922;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0153175;OID=.;OPOS=11589911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:30:9:23:30:30:9:23:30 chr1 11710561 . T G 154.33 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.040239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.729;QD=10.6432;RBI=0.0402535;REFB=-0.0270623;REVB=0.0010785;RO=38;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022432;STB=0.513145;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0477028;OID=.;OPOS=11710561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:13:7:14:24:13:7:14:24 chr1 11810765 . T A 1506.18 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305348;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7082;QD=63.4183;RBI=0.0326441;REFB=0;REVB=0.011544;RO=0;SAF=34;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.12276e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255112;OID=.;OPOS=11810765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:60:34:0:0:60:35:0:0 chr1 11826630 . C T 167.99 PASS AF=0.9375;AO=13;DP=17;FAO=15;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0714351;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=242.594;QD=41.998;RBI=0.0717718;REFB=-0.13945;REVB=-0.00694399;RO=2;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905744;STB=0.521711;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.000429183;OID=.;OPOS=11826630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:17:16:2:1:13:15:0.9375:9:4:0:2:11:4:0:1 chr1 11827304 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.995;QD=46.8451;RBI=0.0151318;REFB=0;REVB=-0.00333753;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128302;OID=.;OPOS=11827304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr1 11828238 . G A 267.96 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.608;QD=51.0393;RBI=0.0667193;REFB=0;REVB=-0.0654342;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293806;OID=.;OPOS=11828238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr1 11828319 . G A 386.72 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0509249;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.128;QD=53.3406;RBI=0.0535793;REFB=-0.0573743;REVB=0.0166552;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517229;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000744355;OID=.;OPOS=11828319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:29:0:1:28:28:0.965517:14:14:0:0:14:14:0:1 chr1 11831615 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00499509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.76;QD=59.8393;RBI=0.0206232;REFB=0;REVB=0.0200091;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187892;OID=.;OPOS=11831615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr1 11832311 . G C 696.6 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0345297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9574;QD=56.8655;RBI=0.107183;REFB=-0.165894;REVB=0.101468;RO=1;SAF=13;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347865;STB=0.503815;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00938096;OID=.;OPOS=11832311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:49:1:3:46:46:0.938776:33:13:1:0:33:13:1:2 chr1 11836628 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.856;QD=56.9383;RBI=0.0192385;REFB=0;REVB=-0.00323016;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80563e-05;OID=.;OPOS=11836628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr1 11836682 . C G,T 749.94 PASS AF=0.0208333,0.979167;AO=2,46;DP=48;FAO=1,47;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016332,0.0921802;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.35,104.1;QD=62.4948;RBI=0.0164602,0.0938083;REFB=0,0;REVB=0.00205035,0.0174014;RO=0;SAF=2,30;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.31553e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.179678,0.000375401;OID=.,.;OPOS=11836682,11836682;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:48:48:0:0:2,46:1,47:0.0208333,0.979167:0,16:2,30:0:0:0,16:1,31:0:0 chr1 11838848 . G T 955.07 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.44;QD=58.7737;RBI=0.0224876;REFB=0;REVB=0.0224604;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82303e-05;OID=.;OPOS=11838848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:24:41:0:0:24:41:0:0 chr1 11839966 . G A 638.71 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0378981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.208;QD=59.4152;RBI=0.0445673;REFB=-0.0179172;REVB=0.0234516;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000524706;OID=.;OPOS=11839966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:21:21:0:1:21:21:0:1 chr1 11839998 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.979;QD=59.4352;RBI=0.024338;REFB=0;REVB=-0.0223711;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.25242e-05;OID=.;OPOS=11839998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr1 11844330 . C T 1494.9 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0128392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.203;QD=56.4113;RBI=0.0146067;REFB=-0.0128037;REVB=0.00696487;RO=3;SAF=51;SAR=52;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270912;STB=0.514283;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000147763;OID=.;OPOS=11844330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:106:3:3:103:103:0.971698:52:51:3:0:52:51:3:0 chr1 11849447 . A G 347.7 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.701;QD=51.5115;RBI=0.0386052;REFB=-0.107581;REVB=0.0371855;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.51514;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00066577;OID=.;OPOS=11849447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:10:16:0:0:10:16:1:0 chr1 11854457 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.447;QD=63.5822;RBI=0.0119565;REFB=0;REVB=0.0109273;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46946e-05;OID=.;OPOS=11854457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:29:17:0:0:30:17:0:0 chr1 11856378 . G A 379.57 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00374824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.408;QD=16.6845;RBI=0.0180514;REFB=-0.00369728;REVB=-0.0176579;RO=51;SAF=19;SAR=21;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054251;STB=0.530463;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.005657;OID=.;OPOS=11856378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:21:19:27:24:21:19:27:24 chr1 11884555 . A G 440.57 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.089;QD=56.8479;RBI=0.0152836;REFB=0;REVB=0.00174305;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67818e-05;OID=.;OPOS=11884555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:14:17:0:0 chr1 11968230 . T C 157.72 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0221281;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.474;QD=11.2658;RBI=0.0223167;REFB=-0.0181712;REVB=-0.00289466;RO=37;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371369;STB=0.529382;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0255852;OID=.;OPOS=11968230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:37:36:20:20:0.357143:12:8:16:21:12:8:16:20 chr1 11968273 . A G 205.9 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0235722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0207;QD=10.8366;RBI=0.0551828;REFB=0.00255037;REVB=0.0498948;RO=49;SAF=10;SAR=16;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120642;STB=0.577259;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00296776;OID=.;OPOS=11968273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:49:50:26:26:0.342105:16:10:24:25:16:10:25:25 chr1 11968316 . T TA 214.68 PASS AF=0.355263;AO=25;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0233647;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=283.824;QD=11.2988;RBI=0.0244418;REFB=-0.00341519;REVB=-0.00717566;RO=49;SAF=10;SAR=15;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570622;STB=0.552806;STBP=0.507;TYPE=ins;VARB=0.00470157;OID=.;OPOS=11968317;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355263:25:76:27:76:49:10:17:22:27:99:49:10:15:22:27 chr1 11969917 . A G 136.33 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0160128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.534;QD=18.1778;RBI=0.0174206;REFB=-0.015012;REVB=-0.00686065;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231787;STB=0.631413;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0153763;OID=.;OPOS=11969917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:11:4:8:7:11:4 chr1 11983206 . A G 133.38 PASS AF=0.432432;AO=5;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=21;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.047539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.652;QD=14.4189;RBI=0.0487328;REFB=-0.0114336;REVB=-0.0107201;RO=15;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267058;STB=0.692019;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0179241;OID=.;OPOS=11983206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:15:21:5:16:0.432432:4:1:6:9:14:2:7:14 chr1 12009955 . C T 242.43 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0100966;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.314;QD=17.631;RBI=0.0124731;REFB=-0.00286937;REVB=-0.00732376;RO=28;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716682;STB=0.547909;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00302621;OID=.;OPOS=12009955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:26:27:0.490909:15:11:14:14:16:11:14:14 chr1 12024235 . C T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0285051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0494;QD=19.9284;RBI=0.0304795;REFB=-0.0122797;REVB=0.0107915;RO=9;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282836;STB=0.516103;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00619926;OID=.;OPOS=12024235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:3:9:7:2:3:9:7:2 chr1 12082926 . A G 227.11 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00576476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.562;QD=21.1261;RBI=0.00781881;REFB=-0.0377624;REVB=-0.00528217;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387148;STB=0.510629;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0210193;OID=.;OPOS=12082926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:21:22:22:0.511628:12:10:10:10:12:10:10:11 chr1 12164437 . C T 327.34 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00595864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.964;QD=17.6938;RBI=0.0196914;REFB=-0.0176385;REVB=0.0187682;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255296;STB=0.514278;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0148241;OID=.;OPOS=12164437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:17:18:19:20:17:18:19:20 chr1 12175729 . C T 588.17 PASS AF=0.9;AO=45;DP=51;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0404494;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.894;QD=47.0532;RBI=0.0406868;REFB=-0.172372;REVB=0.0043883;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361215;STB=0.515688;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00223329;OID=.;OPOS=12175729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:51:50:2:5:45:45:0.9:20:25:2:0:20:25:2:3 chr1 12186058 . A G 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00291286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.242;QD=19.941;RBI=0.0315306;REFB=-0.0373084;REVB=-0.0313957;RO=28;SAF=20;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167713;STB=0.58572;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0284087;OID=.;OPOS=12186058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:32:32:0.52459:12:20:12:16:12:20:13:16 chr1 12198297 . T C 1190.67 PASS AF=0.480469;AO=123;DP=260;FAO=123;FDP=256;FR=.;FRO=133;FSAF=52;FSAR=71;FSRF=55;FSRR=78;FWDB=-0.0320459;FXX=0.015384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.541;QD=18.6042;RBI=0.0482451;REFB=-0.0533456;REVB=-0.0360646;RO=131;SAF=52;SAR=71;SRF=55;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00280219;STB=0.504919;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.057319;OID=.;OPOS=12198297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:256:131:133:123:123:0.480469:71:52:55:76:71:52:55:78 chr1 12252955 . T G 153.39 PASS AF=0.386364;AO=16;DP=43;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00996619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.871;QD=13.9444;RBI=0.0291817;REFB=-0.0121896;REVB=0.0274271;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122584;STB=0.574382;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.027181;OID=.;OPOS=12252955;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:27:16:17:0.386364:8:8:16:10:9:8:16:11 chr1 12268386 . T C 44.51 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0479074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9773;QD=7.12189;RBI=0.106222;REFB=-0.0178825;REVB=-0.094805;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343725;STB=0.699328;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0369867;OID=.;OPOS=12268386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:16:18:7:7:0.28:6:1:6:10:6:1:6:12 chr1 12339619 . A T 143.15 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00459436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.203;QD=14.6822;RBI=0.0160839;REFB=-0.019032;REVB=0.0154138;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110759;STB=0.564024;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0253677;OID=.;OPOS=12339619;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:8:8:14:9:8:8:14:9 chr1 12343459 . C T 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.000994404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1558;QD=12.8691;RBI=0.00214724;REFB=0.00480456;REVB=0.00190311;RO=33;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144325;STB=0.583402;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00458465;OID=.;OPOS=12343459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:13:8:17:16:13:8:17:16 chr1 12401868 . A C 702.47 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.937;QD=62.4419;RBI=0.0682506;REFB=0;REVB=0.0228228;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594748;OID=.;OPOS=12401868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:39:45:1:15:24:0:0:17:28:0:0 chr1 12628188 . T C 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00112979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.483;QD=22.5829;RBI=0.0374844;REFB=-0.00276429;REVB=0.0374674;RO=23;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593157;STB=0.516117;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00271927;OID=.;OPOS=12628188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:10:16:14:9:10:16:14:10 chr1 12628459 . G A 219.82 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0987111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.558;QD=17.5858;RBI=0.0988857;REFB=-0.00938155;REVB=0.00587323;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171408;STB=0.596931;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0197963;OID=.;OPOS=12628459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:12:10:8:20:12:10:8:20 chr1 12638964 . T C,G 669.66 PASS AF=0.931818,0.0681818;AO=41,2;DP=44;FAO=41,3;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=21,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0724563,-0.0632907;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.763,132.767;QD=60.8781;RBI=0.0793016,0.0731152;REFB=0,0;REVB=-0.0322308,-0.0366077;RO=0;SAF=20,0;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.02085e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000214559,0.137988;OID=.,.;OPOS=12638964,12638964;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:44:44:0:0:41,2:41,3:0.931818,0.0681818:21,2:20,0:0:0:21,2:20,1:0:0 chr1 12639168 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.7;QD=54.5176;RBI=0.0309629;REFB=0;REVB=0.0284434;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118122;OID=.;OPOS=12639168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:12:13:0:0 chr1 12639309 . G C 354.3 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.00567199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.68;QD=13.8941;RBI=0.00951902;REFB=-0.0118517;REVB=0.00764462;RO=61;SAF=24;SAR=17;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302425;STB=0.517132;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0191804;OID=.;OPOS=12639309;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:17:24:34:27:17:24:34:27 chr1 12776344 . A T 485.92 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00543577;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.201;QD=23.4176;RBI=0.0309713;REFB=-0.0230136;REVB=0.0304905;RO=35;SAF=24;SAR=22;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13046;STB=0.556938;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0159289;OID=.;OPOS=12776344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:37:46:46:0.554217:22:24:24:11:22:24:24:13 chr1 12779560 . T C 427.3 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.01004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.362;QD=16.9226;RBI=0.0182521;REFB=0.000117318;REVB=0.0152426;RO=53;SAF=21;SAR=25;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689548;STB=0.528688;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.000141773;OID=.;OPOS=12779560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:55:46:46:0.455446:25:21:28:25:25:21:28:27 chr1 12779618 . T C 495.44 PASS AF=0.505155;AO=47;DP=94;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.011633;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.299;QD=20.4305;RBI=0.0120206;REFB=-0.0127955;REVB=0.00302783;RO=46;SAF=26;SAR=21;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671637;STB=0.545975;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0105682;OID=.;OPOS=12779618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:46:48:47:49:0.505155:21:26:22:24:21:28:23:25 chr1 12785494 . G T 229.63 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=41;FAO=20;FDP=44;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.000939349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.579;QD=20.8753;RBI=0.0345517;REFB=-0.0184893;REVB=0.0345389;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215579;STB=0.54995;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0156947;OID=.;OPOS=12785494;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:9:20:10:20:0.454545:4:6:3:6:11:9:11:9 chr1 12799736 . C T 332.54 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00940322;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.923;QD=16.0258;RBI=0.0252035;REFB=-0.0221039;REVB=-0.0233836;RO=47;SAF=13;SAR=23;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904598;STB=0.551063;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0301572;OID=.;OPOS=12799736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:47:47:36:36:0.433735:23:13:21:26:23:13:21:26 chr1 12820870 . T C 278.68 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0072209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.75;QD=21.8571;RBI=0.017012;REFB=-0.0247836;REVB=0.0154035;RO=23;SAF=11;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00132143;STB=0.500734;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.016164;OID=.;OPOS=12820870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:17:11:9:14:17:11:9:14 chr1 12835868 . T C 353.28 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00589175;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.349;QD=13.2066;RBI=0.00770742;REFB=-0.00960431;REVB=0.00496906;RO=65;SAF=28;SAR=14;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225304;STB=0.628143;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0228276;OID=.;OPOS=12835868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:65:65:42:42:0.392523:14:28:30:35:14:28:30:35 chr1 12837634 . T A 764.12 PASS AF=0.49375;AO=79;DP=160;FAO=79;FDP=160;FR=.;FRO=81;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.0057124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8135;QD=19.103;RBI=0.0865927;REFB=-0.00739861;REVB=-0.0864041;RO=81;SAF=49;SAR=30;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385699;STB=0.521271;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00736788;OID=.;OPOS=12837634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:81:81:79:79:0.49375:30:49:47:34:30:49:47:34 chr1 12853403 . A C 42.04 PASS AF=0.189189;AO=6;DP=34;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0132144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2238;QD=4.54449;RBI=0.0483588;REFB=-0.0170246;REVB=0.0465183;RO=28;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760936;STB=0.551855;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0745094;OID=.;OPOS=12853403;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:37:28:30:6:7:0.189189:2:4:17:11:3:4:19:11 chr1 12854428 . C T 127.8 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00465848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.515;QD=8.24506;RBI=0.019257;REFB=-0.00115198;REVB=0.018685;RO=44;SAF=7;SAR=11;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106512;STB=0.56403;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00450156;OID=.;OPOS=12854428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:44:18:18:0.290323:11:7:21:23:11:7:21:23 chr1 12854530 . C G 49.37 PASS AF=0.133333;AO=9;DP=74;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00117584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7498;QD=2.63326;RBI=0.0149869;REFB=-0.00203487;REVB=0.0149407;RO=55;SAF=8;SAR=1;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471396;STB=0.786299;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00746733;OID=.;OPOS=12854530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:75:55:65:9:10:0.133333:1:8:30:25:2:8:31:34 chr1 12854544 . T C 130.51 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0103258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.143;QD=7.35293;RBI=0.0163919;REFB=-0.00467461;REVB=0.0127307;RO=52;SAF=9;SAR=10;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781517;STB=0.547288;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0119609;OID=.;OPOS=12854544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:52:19:19:0.267606:10:9:28:24:10:9:28:24 chr1 12855835 . C G 382.02 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5488;QD=54.5747;RBI=0.135332;REFB=0;REVB=0.120953;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00492291;OID=.;OPOS=12855835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:13:12:0:0:16:12:0:0 chr1 12855845 . G C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9457;QD=56.1885;RBI=0.0436381;REFB=0;REVB=-0.0224082;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000748371;OID=.;OPOS=12855845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr1 12855878 . A C 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0315158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.289;QD=9.47557;RBI=0.0317346;REFB=-0.015782;REVB=-0.00372014;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795232;STB=0.548291;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0282469;OID=.;OPOS=12855878;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:9:12:5:5:9:12 chr1 12856010 . C G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0543602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5461;QD=21.172;RBI=0.0588323;REFB=-0.0452505;REVB=0.022499;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00793731;STB=0.517213;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0351749;OID=.;OPOS=12856010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:7:8:12:12:0.6:5:7:4:3:5:7:5:3 chr1 12856111 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0551069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.806;QD=10.3903;RBI=0.0562394;REFB=-0.0134617;REVB=-0.0112295;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160434;STB=0.509776;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.017904;OID=.;OPOS=12856111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:3:8:5:2:3:8 chr1 12887549 . T C 1471.39 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7454;QD=63.2856;RBI=0.0301597;REFB=0;REVB=0.00820928;RO=0;SAF=60;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139325;OID=.;OPOS=12887549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:33:60:0:0:33:60:0:0 chr1 12907379 . T C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0139515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.241;QD=19.6682;RBI=0.0158437;REFB=-0.0146417;REVB=0.00750841;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238671;STB=0.633674;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.017307;OID=.;OPOS=12907379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:15:4:9:10:15:4 chr1 12907777 . T C 132.94 PASS AF=0.1625;AO=26;DP=160;FAO=26;FDP=160;FR=.;FRO=134;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=63;FSRR=71;FWDB=-0.0189923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.472;QD=3.32347;RBI=0.0598737;REFB=0.0141602;REVB=0.0567817;RO=133;SAF=10;SAR=16;SRF=63;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115648;STB=0.573054;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0672878;OID=.;OPOS=12907777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:133:134:26:26:0.1625:16:10:63:70:16:10:63:71 chr1 12907781 . T C 123.23 PASS AF=0.154321;AO=25;DP=163;FAO=25;FDP=162;FR=.;FRO=137;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=65;FSRR=72;FWDB=0.014028;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.421;QD=3.04266;RBI=0.0341206;REFB=-0.00433008;REVB=-0.0311035;RO=136;SAF=9;SAR=16;SRF=65;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153192;STB=0.59911;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0160381;OID=.;OPOS=12907781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:136:137:25:25:0.154321:16:9:65:71:16:9:65:72 chr1 12907798 . A C 201.07 PASS AF=0.208589;AO=33;DP=161;FAO=34;FDP=163;FR=.;FRO=129;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=70;FWDB=-0.033837;FXX=0.00609719;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.849;QD=4.93416;RBI=0.0341946;REFB=-0.0048351;REVB=0.0049327;RO=128;SAF=14;SAR=19;SRF=59;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474265;STB=0.512944;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0269266;OID=.;OPOS=12907798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:128:129:33:34:0.208589:19:14:59:69:19:15:59:70 chr1 12907802 . CC TT 230.6 PASS AF=0.226994;AO=37;DP=164;FAO=37;FDP=163;FR=.;FRO=126;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=57;FSRR=69;FWDB=-0.0167165;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=2;MLLD=196.243;QD=5.65888;RBI=0.0173737;REFB=-0.00429832;REVB=0.00473359;RO=125;SAF=18;SAR=19;SRF=57;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03863;STB=0.526407;STBP=0.697;TYPE=mnp;VARB=0.0148358;OID=.;OPOS=12907802;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:125:126:37:37:0.226994:19:18:57:68:19:18:57:69 chr1 12907837 . C T 467.47 PASS AF=0.333333;AO=59;DP=177;FAO=59;FDP=177;FR=.;FRO=118;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=58;FSRR=60;FWDB=-0.00895637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.721;QD=10.5642;RBI=0.0236077;REFB=-0.00887098;REVB=-0.0218428;RO=118;SAF=32;SAR=27;SRF=58;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590178;STB=0.533936;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0211306;OID=.;OPOS=12907837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:118:118:59:59:0.333333:27:32:58:60:27:32:58:60 chr1 12907885 . T C 923.48 PASS AF=0.526012;AO=91;DP=172;FAO=91;FDP=173;FR=.;FRO=82;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.0101955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1929;QD=21.3521;RBI=0.0106812;REFB=0.000842284;REVB=-0.00318427;RO=81;SAF=46;SAR=45;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206544;STB=0.514159;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.000707386;OID=.;OPOS=12907885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:81:82:91:91:0.526012:45:46:39:42:45:46:39:43 chr1 12918963 . G T 500.93 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0180034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.443;QD=19.4536;RBI=0.0246134;REFB=-0.0261413;REVB=-0.0167838;RO=51;SAF=28;SAR=24;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272506;STB=0.515054;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0243131;OID=.;OPOS=12918963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:51:52:52:0.504854:24:28:29:22:24:28:29:22 chr1 12919064 . T G 280.57 PASS AF=0.444444;AO=30;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0285735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.306;QD=15.587;RBI=0.028575;REFB=-0.0220634;REVB=-0.000284949;RO=39;SAF=11;SAR=19;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124484;STB=0.571383;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0162282;OID=.;OPOS=12919064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:40:30:32:0.444444:19:11:19:20:20:12:20:20 chr1 12919079 . C G 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0052124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.776;QD=17.5646;RBI=0.00575462;REFB=-0.0146249;REVB=-0.00243853;RO=34;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12985;STB=0.582431;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0128032;OID=.;OPOS=12919079;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:22:10:15:19:22:10:16:19 chr1 12919623 . CC TG 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0332934;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=160.765;QD=5.00556;RBI=0.033958;REFB=-0.0133962;REVB=-0.00668565;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949066;STB=0.563883;STBP=0.768;TYPE=mnp;VARB=0.0521734;OID=.;OPOS=12919623;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:4:2:9:13:4:2:9:13 chr1 12919928 . A G 316.74 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.0254241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1474;QD=15.2645;RBI=0.0568821;REFB=0.0201123;REVB=-0.0508841;RO=48;SAF=10;SAR=25;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188345;STB=0.510632;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.0280988;OID=.;OPOS=12919928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:25:10:13:35:25:10:13:35 chr1 12919934 . A G 313.59 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=0.0472687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0129;QD=14.5856;RBI=0.0475466;REFB=0.00216994;REVB=-0.00513242;RO=50;SAF=10;SAR=25;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072941;STB=0.508192;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00596843;OID=.;OPOS=12919934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:51:35:35:0.406977:25:10:14:36:25:10:14:37 chr1 12919963 . T G 353.9 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0186895;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0645;QD=15.9057;RBI=0.0287812;REFB=0.00220898;REVB=0.0218875;RO=52;SAF=9;SAR=29;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117785;STB=0.57074;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00218295;OID=.;OPOS=12919963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:52:51:38:38:0.426966:29:9:17:35:29:9:17:34 chr1 12920067 . C G 203.36 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.000830051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.539;QD=14.2706;RBI=0.0158592;REFB=0.00141326;REVB=-0.0158374;RO=33;SAF=5;SAR=19;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00579976;STB=0.503308;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.00205387;OID=.;OPOS=12920067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:19:5:7:26:19:5:7:26 chr1 12921110 . A G 210.19 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00898646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.484;QD=15.5694;RBI=0.0106889;REFB=-0.00143482;REVB=-0.00578763;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250762;STB=0.642085;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00484145;OID=.;OPOS=12921110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:15:9:19:11:15:9:19:11 chr1 12921127 . A G 237.01 PASS AF=0.45;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0135555;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.818;QD=15.8004;RBI=0.0269624;REFB=0.0189524;REVB=0.0233071;RO=34;SAF=10;SAR=16;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231002;STB=0.644936;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.018787;OID=.;OPOS=12921127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:33:26:27:0.45:16:10:21:13:17:10:21:12 chr1 12921132 . A G 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00432038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.58;QD=15.9155;RBI=0.00502935;REFB=-0.0117054;REVB=0.00257461;RO=33;SAF=10;SAR=18;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239829;STB=0.642755;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0118653;OID=.;OPOS=12921132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:18:10:20:13:18:10:21:13 chr1 12921332 . TG CA,CG 272.73 PASS AF=0.403509,0.140351;AO=21,8;DP=56;FAO=23,8;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=6,2;FSAR=17,6;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0040676,0.00631579;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=133.348,85.5467;QD=19.1387;RBI=0.00406761,0.0300652;REFB=-0.01356,-0.0226562;REVB=6.62587e-06,-0.0293944;RO=26;SAF=6,2;SAR=15,6;SRF=6;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0678115,0.0311264;STB=0.521109,0.519951;STBP=0.821,0.919;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0128795,0.00749432;OID=.,.;OPOS=12921332,12921332;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:26:26:21,8:23,8:0.403509,0.140351:15,6:6,2:6:20:17,6:6,2:6:20 chr1 12939664 . A T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0488121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.032;QD=20.8976;RBI=0.0489136;REFB=-0.0288914;REVB=-0.00314963;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220925;STB=0.624737;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0189086;OID=.;OPOS=12939664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:6:2:0:4:6:2:0:4 chr1 12939674 . C G 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.145575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1852;QD=18.7434;RBI=0.150224;REFB=0.0113905;REVB=-0.0370806;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219787;STB=0.62471;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.0214995;OID=.;OPOS=12939674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:6:1:0:4:6:1:0:4 chr1 13052907 . T C 577.4 PASS AF=0.296992;AO=76;DP=264;FAO=79;FDP=266;FR=.;FRO=187;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=105;FSRR=82;FWDB=0.00178916;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.58;QD=8.68271;RBI=0.0121873;REFB=-0.00589737;REVB=-0.0120553;RO=187;SAF=39;SAR=37;SRF=105;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590522;STB=0.521121;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.014227;OID=.;OPOS=13052907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:266:187:187:76:79:0.296992:37:39:105:82:37:42:105:82 chr1 13183237 . CT TC 39.43 PASS AF=0.145833;AO=6;DP=54;FAO=7;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0340188;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=2;MLLD=43.2731;QD=3.28548;RBI=0.0521848;REFB=-0.00782934;REVB=-0.0395723;RO=38;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935948;STB=0.555401;STBP=0.777;TYPE=mnp;VARB=0.0452659;OID=.;OPOS=13183237;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:54:48:38:41:6:7:0.145833:3:3:22:16:3:4:26:15 chr1 13183243 . T C 49.55 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0251723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.565;QD=4.30863;RBI=0.0279417;REFB=-0.0240587;REVB=0.0121281;RO=37;SAF=4;SAR=4;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149167;STB=0.608437;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0382966;OID=.;OPOS=13183243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:46:37:38:8:8:0.173913:4:4:23:14:4:4:24:14 chr1 13183248 . TC AA 55.94 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00531562;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.894;QD=5.32784;RBI=0.0166878;REFB=-0.00525367;REVB=0.0158186;RO=32;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196656;STB=0.642965;STBP=0.497;TYPE=mnp;VARB=0.0103767;OID=.;OPOS=13183248;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:43:42:32:33:7:7:0.166667:4:3:19:13:4:3:20:13 chr1 13183422 . T C 207.11 PASS AF=0.194595;AO=36;DP=185;FAO=36;FDP=185;FR=.;FRO=149;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=91;FWDB=-0.025255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.382;QD=4.4781;RBI=0.0282425;REFB=-0.00806841;REVB=-0.0126422;RO=149;SAF=18;SAR=18;SRF=58;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142913;STB=0.589141;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0349343;OID=.;OPOS=13183422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:149:149:36:36:0.194595:18:18:58:91:18:18:58:91 chr1 13183439 . T C 1700.57 PASS AF=0.69;AO=138;DP=200;FAO=138;FDP=200;FR=.;FRO=62;FSAF=60;FSAR=78;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.00928388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.221;QD=34.0114;RBI=0.00928501;REFB=-0.00964773;REVB=0.000144668;RO=62;SAF=60;SAR=78;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186224;STB=0.509976;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00371262;OID=.;OPOS=13183439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:62:62:138:138:0.69:78:60:25:37:78:60:25:37 chr1 13183511 . T C 557.95 PASS AF=0.348958;AO=67;DP=192;FAO=67;FDP=192;FR=.;FRO=125;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=76;FWDB=0.0184716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.351;QD=11.624;RBI=0.0268034;REFB=-0.0105791;REVB=-0.0194222;RO=125;SAF=29;SAR=38;SRF=49;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478041;STB=0.527265;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0198013;OID=.;OPOS=13183511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:125:125:67:67:0.348958:38:29:49:76:38:29:49:76 chr1 13183528 . A C 417.14 PASS AF=0.305556;AO=55;DP=177;FAO=55;FDP=180;FR=.;FRO=125;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=79;FWDB=-0.0334154;FXX=0.00552456;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.49;QD=9.26984;RBI=0.034087;REFB=-0.0101101;REVB=-0.00673328;RO=122;SAF=26;SAR=29;SRF=43;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145266;STB=0.573503;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0221775;OID=.;OPOS=13183528;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:180:122:125:55:55:0.305556:29:26:43:79:29:26:46:79 chr1 13183532 . CC TT 411.13 PASS AF=0.312139;AO=54;DP=175;FAO=54;FDP=173;FR=.;FRO=119;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=79;FWDB=-0.0255363;FXX=0.0114279;HRUN=2;LEN=2;MLLD=196.913;QD=9.50586;RBI=0.025561;REFB=-0.00470415;REVB=0.00112483;RO=119;SAF=25;SAR=29;SRF=40;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154077;STB=0.588845;STBP=0.135;TYPE=mnp;VARB=0.0138408;OID=.;OPOS=13183532;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:173:119:119:54:54:0.312139:29:25:40:79:29:25:40:79 chr1 13183567 . C T 158.76 PASS AF=0.216667;AO=26;DP=121;FAO=26;FDP=120;FR=.;FRO=94;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=63;FWDB=-0.00746573;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5012;QD=5.29202;RBI=0.0157782;REFB=-0.0112575;REVB=-0.0139002;RO=94;SAF=17;SAR=9;SRF=31;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392648;STB=0.738964;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0338561;OID=.;OPOS=13183567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:94:94:26:26:0.216667:9:17:31:63:9:17:31:63 chr1 13183573 . G T 141.87 PASS AF=0.205128;AO=23;DP=116;FAO=24;FDP=117;FR=.;FRO=93;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=64;FWDB=-0.00536432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.592;QD=4.85033;RBI=0.00807043;REFB=-0.00210598;REVB=-0.00602958;RO=92;SAF=17;SAR=6;SRF=29;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503238;STB=0.789194;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00806513;OID=.;OPOS=13183573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:92:93:23:24:0.205128:6:17:29:63:7:17:29:64 chr1 13219048 . T G 176.34 PASS AF=0.452381;AO=16;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0182623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.325;QD=16.7946;RBI=0.0252471;REFB=-0.00549728;REVB=0.0174329;RO=20;SAF=2;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540037;STB=0.677223;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0100332;OID=.;OPOS=13219048;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:23:16:19:0.452381:14:2:12:8:14:5:13:10 chr1 13219469 . GTT GTG,GT 193.64 PASS AF=0.344828,0.586207;AO=8,15;DP=32;FAO=10,17;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=5,10;FSAR=5,7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0199723,0.0555688;FXX=0.0937207;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=185.419,8.57849;QD=26.7084;RBI=0.0199849,0.199086;REFB=-0.0401156,-0.175486;REVB=0.000710011,0.191173;RO=4;SAF=4,10;SAR=4,5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0.442478;SSEP=0,0.347107;SSSB=0.144485,0.16668;STB=0.5,0.509543;STBP=1,0.868;TYPE=snp,del;VARB=-0.00183616,0.216255;OID=.,.;OPOS=13219471,13219470;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GTG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.344828,0.586207:8,15:32:10,17:29:2:5,10:5,7:1:1:76:4:4,10:4,5:1:3 chr1 13219498 . C G 52.6 PASS AF=0.258065;AO=7;DP=30;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00615298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.672;QD=6.78703;RBI=0.0139277;REFB=-0.00744595;REVB=-0.0124949;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371426;STB=0.668882;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.023151;OID=.;OPOS=13219498;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:31:23:23:7:8:0.258065:5:2:14:9:5:3:14:9 chr1 13448283 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.251;QD=37.4883;RBI=0.0474772;REFB=0;REVB=0.0436163;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010473;OID=.;OPOS=13448283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr1 13448303 . A C 32.39 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00341323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.75;QD=16.1962;RBI=0.0182071;REFB=-0.0113389;REVB=-0.0178843;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281149;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00950231;OID=.;OPOS=13448303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:2:3:5:5:0.625:2:3:0:2:2:3:1:2 chr1 13695787 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.05;QD=46.848;RBI=0.0468146;REFB=0;REVB=-0.0363038;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.92014e-05;OID=.;OPOS=13695787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 13695816 . G A 239.97 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.26;QD=50.5205;RBI=0.115795;REFB=0;REVB=0.0567585;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130419;OID=.;OPOS=13695816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:15:19:1:6:9:0:0:10:9:0:0 chr1 13802325 . T C 840.73 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0653785;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.399;QD=56.0489;RBI=0.0653875;REFB=-0.144471;REVB=-0.00108336;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000467542;OID=.;OPOS=13802325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:60:0:1:59:59:0.983333:28:31:0:0:28:31:1:0 chr1 13802437 . G A 349.25 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0129451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.616;QD=20.2462;RBI=0.0131873;REFB=-0.0185868;REVB=0.0025162;RO=33;SAF=21;SAR=15;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00670877;STB=0.50372;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0154912;OID=.;OPOS=13802437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:15:21:19:14:15:21:19:14 chr1 13940864 . C G 1769.36 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022649;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.825;QD=61.0123;RBI=0.0239083;REFB=0;REVB=0.00765681;RO=0;SAF=50;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27283e-05;OID=.;OPOS=13940864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:66:50:0:0:66:50:0:0 chr1 13944236 . C CTT,T 697.09 PASS AF=1,0;AO=42,2;DP=46;FAO=45,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171499,-0.0139863;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=45.2805,176.988;QD=61.9639;RBI=0.0719993,0.0155096;REFB=0,0;REVB=0.0699269,-0.00670323;RO=2;SAF=25,1;SAR=17,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0360825,-0.390188;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000572253,0;OID=.,.;OPOS=13944237,13944236;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:2:0:42,2:45,0:1,0:17,1:25,1:2:0:18,0:27,0:0:0 chr1 14105136 . AGAT AGAA,A 270.33 PASS AF=0.125,0.416667;AO=15,8;DP=49;FAO=6,20;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=0,1;FSAR=6,19;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0226955,0.0095564;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=117.58,133.991;QD=22.5273;RBI=0.0323371,0.0170175;REFB=-0.0575499,-0.0647775;REVB=0.0230349,0.0140808;RO=21;SAF=0,1;SAR=15,7;SRF=3;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.771502,-0.044474;STB=0.997142,0.719403;STBP=0.182,0.107;TYPE=snp,del;VARB=0.0665104,0.0641113;OID=.,.;OPOS=14105139,14105137;OREF=T,GAT;OALT=A,-;OMAPALT=AGAA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.125,0.416667:15,8:49:6,20:48:22:0,1:6,19:4:18:99:21:0,1:15,7:3:18 chr1 14106394 . A ACTC 266.58 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0130601;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=3;MLLD=235.72;QD=20.1189;RBI=0.0187693;REFB=-0.0194025;REVB=0.0134803;RO=26;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108648;STB=0.553036;STBP=0.448;TYPE=ins;VARB=0.0166541;OID=.;OPOS=14106395;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=ACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.528302:28:55:28:53:25:12:16:8:17:99:26:12:16:8:18 chr1 14150709 . C T 613.99 PASS AF=0.539823;AO=59;DP=112;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=12;FWDB=0.00484944;FXX=0.00877116;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.954;QD=21.7341;RBI=0.03078;REFB=-0.017542;REVB=0.0303956;RO=51;SAF=33;SAR=26;SRF=39;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180957;STB=0.607577;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0215908;OID=.;OPOS=14150709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:51:52:59:61:0.539823:26:33:39:12:28:33:40:12 chr1 14150714 . G A 613.64 PASS AF=0.544643;AO=61;DP=112;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=12;FWDB=0.0059679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6115;QD=21.9157;RBI=0.0735952;REFB=-0.0342229;REVB=0.0733528;RO=48;SAF=33;SAR=28;SRF=38;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208078;STB=0.604284;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0397752;OID=.;OPOS=14150714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:48:51:61:61:0.544643:28:33:38:10:28:33:39:12 chr1 14150740 . G T 707.29 PASS AF=0.611111;AO=66;DP=109;FAO=66;FDP=108;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=5;FWDB=-0.00713148;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.365;QD=26.1958;RBI=0.024448;REFB=0.00166516;REVB=0.0233848;RO=41;SAF=35;SAR=31;SRF=36;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252131;STB=0.639137;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00109128;OID=.;OPOS=14150740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:41:42:66:66:0.611111:31:35:36:5:31:35:37:5 chr1 14150992 . T C 486.16 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=0.000518287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.554;QD=15.1925;RBI=0.00960669;REFB=-0.00279057;REVB=0.0095927;RO=73;SAF=29;SAR=25;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170219;STB=0.598588;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00349638;OID=.;OPOS=14150992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:73:74:54:54:0.421875:25:29:27:46:25:29:27:47 chr1 14220216 . A G 400.36 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00826826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.545;QD=21.3527;RBI=0.0449751;REFB=-0.0228009;REVB=-0.0442085;RO=35;SAF=20;SAR=20;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603355;STB=0.533317;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0315573;OID=.;OPOS=14220216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:20:20:20:15:20:20:20:15 chr1 14450771 . G A 794.86 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117346;FXX=0.0666556;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.182;QD=56.7758;RBI=0.0151636;REFB=0;REVB=-0.00960388;RO=0;SAF=11;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385431;OID=.;OPOS=14450771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:43:11:0:0:44:12:0:0 chr1 15438990 . G A 718.13 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00019354;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7563;QD=54.1987;RBI=0.0580332;REFB=-0.137401;REVB=0.0580329;RO=2;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336073;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00524009;OID=.;OPOS=15438990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:53:2:0:51:53:1:27:24:0:2:29:24:0:0 chr1 15490865 . T A 1509.87 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.598;QD=63.5735;RBI=0.0470958;REFB=0;REVB=0.0234678;RO=0;SAF=60;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14594e-05;OID=.;OPOS=15490865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:92:95:1:32:60:0:0:32:63:0:0 chr1 15497727 . T C 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.859;QD=60.6074;RBI=0.0672681;REFB=0;REVB=0.0166023;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329963;OID=.;OPOS=15497727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr1 15702130 . A G 371.38 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0326326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.919;QD=20.0744;RBI=0.0329175;REFB=-0.00455898;REVB=-0.00432152;RO=36;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503064;STB=0.527882;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00365231;OID=.;OPOS=15702130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:20:18:15:21:20:18:15:21 chr1 15708540 . A G 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00166746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.958;QD=20.0176;RBI=0.00546134;REFB=-0.00749019;REVB=-0.00520055;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126496;STB=0.571351;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00574733;OID=.;OPOS=15708540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:9:9:11:6:9:9:11:6 chr1 15710411 . G C 110.63 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0394559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7577;QD=15.2591;RBI=0.0534085;REFB=-0.0281318;REVB=-0.0359958;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957353;STB=0.55547;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0420638;OID=.;OPOS=15710411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:7:9:6:7:7:9 chr1 15723843 . G A 574.98 PASS AF=0.64557;AO=51;DP=79;FAO=51;FDP=79;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.023254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.385;QD=29.1131;RBI=0.0242723;REFB=-0.0346199;REVB=-0.00695668;RO=28;SAF=24;SAR=27;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192351;STB=0.510444;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0153335;OID=.;OPOS=15723843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:28:28:51:51:0.64557:27:24:14:14:27:24:14:14 chr1 15754484 . T C 1182.31 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00564954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.164;QD=58.3858;RBI=0.0288951;REFB=-0.0742655;REVB=0.0283375;RO=2;SAF=36;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00208615;STB=0.501102;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.000715808;OID=.;OPOS=15754484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:2:2:79:79:0.975309:43:36:1:1:43:36:1:1 chr1 15768997 . C T 554.16 PASS AF=0.44697;AO=59;DP=132;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00874667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.12;QD=16.7927;RBI=0.0229845;REFB=0.0020514;REVB=-0.0212552;RO=73;SAF=23;SAR=36;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104762;STB=0.558486;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00194651;OID=.;OPOS=15768997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:73:59:59:0.44697:36:23:36:37:36:23:36:37 chr1 15788269 . A C 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3337;QD=58.2371;RBI=0.0217642;REFB=0;REVB=-0.0185671;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217207;OID=.;OPOS=15788269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr1 15808198 . C T 618.83 PASS AF=0.642857;AO=54;DP=85;FAO=54;FDP=84;FR=.;FRO=30;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0604121;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.713;QD=29.468;RBI=0.0748991;REFB=-0.0291672;REVB=-0.0442748;RO=30;SAF=36;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484202;STB=0.526306;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0173945;OID=.;OPOS=15808198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:30:30:54:54:0.642857:18:36:18:12:18:36:18:12 chr1 15808767 . G A 202.0 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00226227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.718;QD=21.2632;RBI=0.0221419;REFB=-0.0107766;REVB=0.022026;RO=17;SAF=17;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310058;STB=0.69753;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00806217;OID=.;OPOS=15808767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:18:20:20:0.526316:3:17:10:7:3:17:10:8 chr1 15808872 . G A 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.050834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.204;QD=12.4135;RBI=0.0508594;REFB=-0.000687306;REVB=0.0016086;RO=37;SAF=19;SAR=4;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373069;STB=0.718704;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00256784;OID=.;OPOS=15808872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:4:19:20:17:4:19:20:17 chr1 15812432 . A G 1347.32 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.273;QD=61.946;RBI=0.0131588;REFB=0;REVB=-0.00107348;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017545;OID=.;OPOS=15812432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:41:45:0:0:42:45:0:0 chr1 15832543 . T C 934.91 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00665017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4336;QD=58.432;RBI=0.0101037;REFB=0;REVB=0.00760656;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37658e-05;OID=.;OPOS=15832543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:28:34:0:0:29:35:0:0 chr1 15844615 . A G 1479.31 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.177;QD=62.2867;RBI=0.06879;REFB=0;REVB=0.0660396;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000971707;OID=.;OPOS=15844615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:92:95:1:40:52:0:0:40:55:0:0 chr1 15850613 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00596027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.751;QD=53.2752;RBI=0.0396987;REFB=0;REVB=0.0392487;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282052;OID=.;OPOS=15850613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr1 15909850 . C G 685.7 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0170388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.1654;QD=58.3571;RBI=0.0187084;REFB=-0.035495;REVB=0.00772555;RO=2;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493883;STB=0.526304;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000827873;OID=.;OPOS=15909850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:18:27:0:2:18:27:0:2 chr1 15911188 . T C 34.72 PASS AF=0.075;AO=7;DP=80;FAO=6;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=54;FWDB=-0.0773265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7928;QD=1.7361;RBI=0.0895361;REFB=-0.00433881;REVB=-0.0451367;RO=63;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125453;STB=0.575267;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.194385;OID=.;OPOS=15911188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:80:80:63:69:7:6:0.075:5:2:13:50:5:1:15:54 chr1 15911349 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0941755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.754;QD=37.4885;RBI=0.0958827;REFB=0;REVB=0.0180132;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00098299;OID=.;OPOS=15911349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr1 16069644 . C T 326.86 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0273823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.961;QD=20.4285;RBI=0.027729;REFB=-0.0361925;REVB=-0.00437066;RO=30;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249026;STB=0.513804;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0452926;OID=.;OPOS=16069644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:18:16:15:15:18:16:15:15 chr1 16070817 . GCC GC,G 53.5 PASS AF=0.470588,0.0588235;AO=5,3;DP=17;FAO=8,1;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4,0;FSAR=4,1;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0155641,-0.00868213;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=13.5007,18.5862;QD=12.5877;RBI=0.265458,0.146884;REFB=-0.0537655,-0.0302613;REVB=-0.265001,-0.146627;RO=8;SAF=3,0;SAR=2,3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.216847,-0.630366;STB=0.562346,0.986912;STBP=0.715,0.513;TYPE=del,del;VARB=-0.0142181,0.0501658;OID=.,.;OPOS=16070818,16070818;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588,0.0588235:5,3:17:8,1:17:8:4,0:4,1:3:5:38:8:3,0:2,3:3:5 chr1 16096934 . C T 53.81 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.135369;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.3443;QD=15.373;RBI=0.135377;REFB=-0.0772856;REVB=0.00144639;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115856;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0867097;OID=.;OPOS=16096934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:14:14:4:7:7:7:0.5:4:3:1:3:4:3:4:3 chr1 16242620 . C A 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0135352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.936;QD=15.7383;RBI=0.0147804;REFB=-0.00652925;REVB=-0.0059378;RO=36;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253099;STB=0.514276;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00768405;OID=.;OPOS=16242620;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:12:17:22:14:12:17:22:14 chr1 16255644 . C T 105.84 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00804571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1572;QD=21.1685;RBI=0.0539001;REFB=0.000889772;REVB=-0.0532962;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677961;STB=0.538399;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00248589;OID=.;OPOS=16255644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:8:4:2:6:8:4:2:6 chr1 16256007 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0135914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.281;QD=16.3859;RBI=0.0164191;REFB=-0.000832665;REVB=-0.00921193;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450094;STB=0.526257;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.000696323;OID=.;OPOS=16256007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:4:4:5:4:4:4 chr1 16259813 . A G 263.61 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0454773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4171;QD=26.3606;RBI=0.0585478;REFB=-0.0156822;REVB=0.0368735;RO=16;SAF=8;SAR=16;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170291;STB=0.509426;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0128042;OID=.;OPOS=16259813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:16:8:5:11:16:8:5:11 chr1 16260916 . C T 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0280434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.334;QD=17.617;RBI=0.0389469;REFB=-0.00023284;REVB=-0.0270264;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156751;STB=0.588164;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000230791;OID=.;OPOS=16260916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:9:18:12:12:9:18 chr1 16262404 . C T 494.56 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0298032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.374;QD=23.2733;RBI=0.031733;REFB=-0.0226818;REVB=0.0108974;RO=38;SAF=11;SAR=36;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604621;STB=0.533319;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.018603;OID=.;OPOS=16262404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:36:11:11:27:36:11:11:27 chr1 16269040 . G C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0250889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5515;QD=17.4018;RBI=0.0742197;REFB=-0.0144315;REVB=0.0698507;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0161233;OID=.;OPOS=16269040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:6:7:7:6:6:7 chr1 16272250 . A G 108.14 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.013603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0573;QD=13.1082;RBI=0.029098;REFB=-0.0410376;REVB=0.0257226;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242187;STB=0.657299;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0406164;OID=.;OPOS=16272250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:20:20:12:13:0.393939:7:5:13:7:8:5:13:7 chr1 16274769 . C T 253.19 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0177046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.9283;QD=19.1087;RBI=0.0231672;REFB=-0.00665832;REVB=-0.014942;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514262;STB=0.528731;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00631467;OID=.;OPOS=16274769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:14:13:11:15:14:13:11:15 chr1 16330816 . C T 218.98 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00166123;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.544;QD=13.6861;RBI=0.00571021;REFB=-0.0085418;REVB=-0.00546322;RO=35;SAF=18;SAR=7;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256911;STB=0.664375;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0130553;OID=.;OPOS=16330816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:35:38:25:26:0.40625:7:18:17:18:7:19:18:20 chr1 16332679 . T C 167.54 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0123874;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.645;QD=11.7568;RBI=0.0166688;REFB=-0.0206346;REVB=-0.0111535;RO=36;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128624;STB=0.574926;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0276391;OID=.;OPOS=16332679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:36:36:21:21:0.368421:14:7:16:20:14:7:16:20 chr1 16341649 . C T 1239.39 PASS AF=0.933333;AO=84;DP=90;FAO=84;FDP=90;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0198399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.895;QD=55.0841;RBI=0.0661018;REFB=-0.0910654;REVB=0.0630542;RO=6;SAF=54;SAR=30;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019476;STB=0.510307;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00174507;OID=.;OPOS=16341649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:90:90:6:6:84:84:0.933333:30:54:3:3:30:54:3:3 chr1 16341733 . T C 1189.44 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.961;QD=60.9971;RBI=0.0143869;REFB=0;REVB=0.00593577;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62491e-05;OID=.;OPOS=16341733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:36:41:0:0:37:41:0:0 chr1 16342237 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.136;QD=57.1774;RBI=0.0361063;REFB=0;REVB=0.0237117;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152968;OID=.;OPOS=16342237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr1 16344360 . A G 2489.42 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.926;QD=61.4671;RBI=0.0602337;REFB=0;REVB=0.0528959;RO=0;SAF=82;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6227e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92216e-05;OID=.;OPOS=16344360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:154:162:0:0:153:162:1:71:82:0:0:74:88:0:0 chr1 16344402 . G A 2497.35 PASS AF=0.987952;AO=163;DP=166;FAO=164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0871946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2191;QD=60.177;RBI=0.0937197;REFB=-0.105021;REVB=0.0343581;RO=2;SAF=79;SAR=84;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000354113;STB=0.500221;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00852835;OID=.;OPOS=16344402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:166:166:2:2:163:164:0.987952:84:79:1:1:85:79:1:1 chr1 16344494 . G A 975.85 PASS AF=0.971429;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0165111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6176;QD=55.763;RBI=0.102705;REFB=-0.169479;REVB=0.101369;RO=2;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230382;STB=0.511901;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00550705;OID=.;OPOS=16344494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:70:2:2:66:68:0.971429:40:26:0:2:41:27:0:2 chr1 16344625 . C G 823.16 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00684003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3456;QD=56.7693;RBI=0.0154957;REFB=0;REVB=-0.0139043;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798387;OID=.;OPOS=16344625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:25:32:0:0:25:33:0:0 chr1 16344664 . G A 306.33 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00975918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.38;QD=18.2886;RBI=0.0207681;REFB=-0.0206724;REVB=0.0183323;RO=34;SAF=20;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984634;STB=0.555008;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.031723;OID=.;OPOS=16344664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:13:20:17:17:13:20:17:17 chr1 16344683 . C T 327.9 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0462564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.992;QD=20.4937;RBI=0.0465449;REFB=-0.013939;REVB=-0.00517425;RO=30;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845937;STB=0.546848;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.016254;OID=.;OPOS=16344683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:17:17:18:12:17:17:18:12 chr1 16345735 . C T 311.71 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00793112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2327;QD=16.6247;RBI=0.0398683;REFB=-0.0200468;REVB=0.0390715;RO=41;SAF=14;SAR=20;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027207;STB=0.515289;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0387926;OID=.;OPOS=16345735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:20:14:18:23:20:14:18:23 chr1 16351275 . A G 801.1 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.54;QD=57.2212;RBI=0.0145424;REFB=0;REVB=-0.00162656;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8022e-05;OID=.;OPOS=16351275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr1 16355638 . T A 46.88 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0209623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4823;QD=11.0311;RBI=0.0358661;REFB=-0.0458417;REVB=-0.0291026;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125396;STB=0.576693;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0384395;OID=.;OPOS=16355638;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:6:4:2:5:6:4 chr1 16356501 . G A 707.18 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.102514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2908;QD=57.7288;RBI=0.109745;REFB=-0.0634274;REVB=0.0391748;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503104;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00765371;OID=.;OPOS=16356501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:49:49:0:2:46:47:0.959184:20:26:0:0:20:27:1:1 chr1 16358932 . T C 438.51 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.013342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.823;QD=51.5899;RBI=0.0344718;REFB=-0.0154374;REVB=0.0317851;RO=1;SAF=10;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443701;STB=0.54164;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00148024;OID=.;OPOS=16358932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:34:1:2:31:32:0.941176:21:10:1:0:21:11:2:0 chr1 16361916 . G A 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.981;QD=46.8437;RBI=0.036922;REFB=0;REVB=0.0362183;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278518;OID=.;OPOS=16361916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr1 16371067 . G T 262.77 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0635543;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6042;QD=17.2311;RBI=0.0637128;REFB=-0.027001;REVB=-0.00449184;RO=31;SAF=9;SAR=19;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00123345;STB=0.500625;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0471135;OID=.;OPOS=16371067;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:31:32:28:29:0.47541:19:9:10:21:19:10:11:21 chr1 16373124 . A G 801.86 PASS AF=1;AO=48;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0889424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.884;QD=57.2756;RBI=0.0923137;REFB=0;REVB=0.0247197;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573986;OID=.;OPOS=16373124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:48:56:1:28:20:0:0:29:27:0:0 chr1 16374533 . G C 1275.62 PASS AF=0.915789;AO=87;DP=95;FAO=87;FDP=95;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=58;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0041798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.66;QD=53.7102;RBI=0.00680932;REFB=-0.0142385;REVB=-0.00537551;RO=8;SAF=29;SAR=58;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935866;STB=0.549607;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000107794;OID=.;OPOS=16374533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:95:95:8:8:87:87:0.915789:58:29:7:1:58:29:7:1 chr1 16374534 . A C 30.09 PASS AF=0.0860215;AO=8;DP=93;FAO=8;FDP=93;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=56;FWDB=-0.0476168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8871;QD=1.29422;RBI=0.0478332;REFB=-0.0138805;REVB=0.00454564;RO=85;SAF=7;SAR=1;SRF=29;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552245;STB=0.916396;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0141356;OID=.;OPOS=16374534;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:93:93:85:85:8:8:0.0860215:1:7:29:56:1:7:29:56 chr1 16374994 . C T 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185958;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.817;QD=47.8146;RBI=0.03412;REFB=-0.0212892;REVB=0.0286072;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614156;STB=0.533301;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000825774;OID=.;OPOS=16374994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:7:14:0:1:7:14:0:1 chr1 16375063 . CA GC 144.18 PASS AF=0.833333;AO=14;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.118777;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=108.199;QD=32.0398;RBI=0.161604;REFB=-0.147466;REVB=0.109581;RO=3;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530824;STB=0.533289;STBP=0.611;TYPE=mnp;VARB=0.0258435;OID=.;OPOS=16375063;OREF=CA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:3:3:14:15:0.833333:7:7:1:2:7:8:1:2 chr1 16376191 . C T 697.28 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00954223;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7661;QD=54.6885;RBI=0.0506374;REFB=-0.0756898;REVB=0.0497302;RO=0;SAF=48;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.000640244;OID=.;OPOS=16376191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:51:0:1:50:50:0.980392:2:48:0:0:2:48:1:0 chr1 16376319 . T C 1230.77 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214364;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3525;QD=61.5387;RBI=0.0312853;REFB=0;REVB=0.0227871;RO=0;SAF=51;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6022e-06;OID=.;OPOS=16376319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:29:51:0:0:29:51:0:0 chr1 16380196 . T C 1040.33 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.183;QD=59.4472;RBI=0.0265759;REFB=0;REVB=0.00922949;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.64426e-05;OID=.;OPOS=16380196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:41:28:0:0:41:29:0:0 chr1 16380243 . A G 884.14 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00931091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.814;QD=53.5841;RBI=0.0517621;REFB=-0.00341435;REVB=-0.0509178;RO=3;SAF=29;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109664;STB=0.505812;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-3.15985e-05;OID=.;OPOS=16380243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:3:3:63:63:0.954545:34:29:1:2:34:29:1:2 chr1 16380252 . C T 216.66 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0352237;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.9997;QD=13.5414;RBI=0.0449433;REFB=0.0293544;REVB=-0.0279139;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975262;STB=0.546839;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.047349;OID=.;OPOS=16380252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:13:13:15:22:13:13:16:22 chr1 16383348 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0143135;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.856;QD=14.6525;RBI=0.0144224;REFB=-0.00804497;REVB=0.0017691;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247547;STB=0.651594;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00866608;OID=.;OPOS=16383348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:2:3:5:1:2:3 chr1 16383682 . G C 82.57 PASS AF=0.197183;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=71;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00119883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2772;QD=4.65188;RBI=0.0254786;REFB=-0.00635405;REVB=0.0254504;RO=55;SAF=9;SAR=5;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29608;STB=0.686631;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0252735;OID=.;OPOS=16383682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:71:71:55:57:14:14:0.197183:5:9:22:33:5:9:23:34 chr1 16383742 . C G 540.18 PASS AF=0.478992;AO=56;DP=116;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0489442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2598;QD=18.1572;RBI=0.0635601;REFB=-0.0189471;REVB=-0.0405506;RO=60;SAF=20;SAR=36;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429026;STB=0.510393;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0279268;OID=.;OPOS=16383742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:60:62:56:57:0.478992:36:20:24:36:36:21:24:38 chr1 16384986 . G T 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00357553;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.359;QD=24.3278;RBI=0.0282293;REFB=0.00635133;REVB=0.0280019;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174483;STB=0.599732;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00474702;OID=.;OPOS=16384986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:2:0:3:4:2:0 chr1 16384998 . GG CA 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00265576;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=388.75;QD=24.3281;RBI=0.0148137;REFB=-0.0246796;REVB=0.0145737;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145918;STB=0.583115;STBP=0.627;TYPE=mnp;VARB=0.00657203;OID=.;OPOS=16384998;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:2:0:2:5:2:0 chr1 16385042 . G A 74.74 PASS AF=0.9;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.307;QD=29.8946;RBI=0.0602581;REFB=-0.104524;REVB=-0.0577171;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589957;STB=0.529348;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0038094;OID=.;OPOS=16385042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:8:9:0.9:1:7:1:0:1:8:1:0 chr1 16385175 . G A 155.5 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00733447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.175;QD=22.2142;RBI=0.00807239;REFB=-0.00370218;REVB=0.00337182;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27115;STB=0.63142;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00617207;OID=.;OPOS=16385175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:28:28:11:12:16:16:0.571429:9:7:9:2:9:7:9:3 chr1 16386007 . CTT CCT,CT,CTG 527.89 PASS AF=0.944444,0,0.0555556;AO=21,9,2;DP=37;FAO=34,0,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0,0;FSAR=25,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416211,-0.0365975,0.0254539;FXX=0.0270197;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=45.6928,23.4635,12.7468;QD=58.654;RBI=0.249788,0.0370848,0.0775369;REFB=-0.0106636,0.0157931,0.137574;REVB=0.246296,0.00599197,0.0732399;RO=0;SAF=8,0,0;SAR=13,9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.00689679,0,0.0389481;OID=.,.,.;OPOS=16386008,16386008,16386009;OREF=T,T,T;OALT=C,-,G;OMAPALT=CCT,CT,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.944444,0,0.0555556:21,9,2:37:34,0,2:36:0:9,0,0:25,0,2:0:0:8:0:8,0,0:13,9,2:0:0 chr1 16386416 . G A 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9607;QD=49.5952;RBI=0.0832969;REFB=0;REVB=0.0577489;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216539;OID=.;OPOS=16386416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr1 16386447 . G C 205.07 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1014;QD=48.251;RBI=0.0787932;REFB=0;REVB=0.0712517;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0040365;OID=.;OPOS=16386447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr1 16388646 . T C 1044.29 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00901119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.273;QD=59.6739;RBI=0.0274093;REFB=0;REVB=0.0258856;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56776e-05;OID=.;OPOS=16388646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr1 16389026 . T C 73.04 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.064886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.2613;QD=9.12965;RBI=0.0656829;REFB=0.00290771;REVB=-0.0102002;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860954;STB=0.562383;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00639219;OID=.;OPOS=16389026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:21:22:10:10:0.3125:3:7:16:5:3:7:17:5 chr1 16577794 . C T 157.98 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0391557;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6107;QD=9.72182;RBI=0.0409571;REFB=0.00196431;REVB=-0.0120132;RO=44;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131104;STB=0.576852;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00752275;OID=.;OPOS=16577794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:44:44:21:21:0.323077:11:10:16:28:11:10:16:28 chr1 16577908 . G C 543.18 PASS AF=0.449612;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.00901647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.763;QD=16.8429;RBI=0.0113659;REFB=-0.00257526;REVB=-0.00692009;RO=70;SAF=21;SAR=37;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977716;STB=0.559173;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00468556;OID=.;OPOS=16577908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:71:58:58:0.449612:37:21:32:38:37:21:33:38 chr1 16641899 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00897827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.003;QD=14.2621;RBI=0.0139072;REFB=-0.00432119;REVB=-0.0106208;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191666;STB=0.610975;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0086346;OID=.;OPOS=16641899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:7:9:9:15:7:9:9:15 chr1 16723084 . G A 322.83 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0403046;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2464;QD=18.7149;RBI=0.0403927;REFB=-0.00918392;REVB=0.00266648;RO=32;SAF=5;SAR=29;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112602;STB=0.549732;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0187193;OID=.;OPOS=16723084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:32:35:34:34:0.492754:29:5:7:25:29:5:7:28 chr1 16840730 . C T 69.82 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0133206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.316;QD=4.98689;RBI=0.0145711;REFB=-0.00430269;REVB=-0.00590598;RO=45;SAF=6;SAR=5;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697061;STB=0.545372;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0161298;OID=.;OPOS=16840730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:45:45:11:11:0.196429:5:6:22:23:5:6:22:23 chr1 16858909 . G C 403.79 PASS AF=0.369231;AO=48;DP=130;FAO=48;FDP=130;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.00537003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.943;QD=12.4244;RBI=0.0529523;REFB=-0.000216435;REVB=-0.0526793;RO=82;SAF=25;SAR=23;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0039435;STB=0.502247;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.000300587;OID=.;OPOS=16858909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:82:82:48:48:0.369231:23:25:43:39:23:25:43:39 chr1 16860633 . G A 31.01 PASS AF=0.0769231;AO=10;DP=130;FAO=10;FDP=130;FR=.;FRO=120;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=62;FWDB=0.0102833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2961;QD=0.954256;RBI=0.0455337;REFB=-0.00914244;REVB=-0.0443573;RO=120;SAF=4;SAR=6;SRF=58;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925807;STB=0.577484;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.106759;OID=.;OPOS=16860633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:130:130:120:120:10:10:0.0769231:6:4:58:62:6:4:58:62 chr1 16860652 . A C 184.1 PASS AF=0.202703;AO=30;DP=149;FAO=30;FDP=148;FR=.;FRO=118;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=65;FWDB=0.0264923;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6022;QD=4.97559;RBI=0.0265101;REFB=-0.00504901;REVB=-0.000968973;RO=117;SAF=22;SAR=8;SRF=53;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359796;STB=0.727862;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0134054;OID=.;OPOS=16860652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:117:118:30:30:0.202703:8:22:53:64:8:22:53:65 chr1 16860705 . C T 133.23 PASS AF=0.164474;AO=25;DP=152;FAO=25;FDP=152;FR=.;FRO=127;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=68;FSRR=59;FWDB=0.109886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.4472;QD=3.50601;RBI=0.1134;REFB=-0.00825254;REVB=0.0280127;RO=127;SAF=15;SAR=10;SRF=68;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837699;STB=0.554915;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.044549;OID=.;OPOS=16860705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:127:127:25:25:0.164474:10:15:68:59:10:15:68:59 chr1 16861772 . A G 466.14 PASS AF=0.42623;AO=52;DP=122;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=50;FSRR=20;FWDB=-0.00632131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.532;QD=15.2834;RBI=0.0102956;REFB=0.00523308;REVB=-0.00812657;RO=70;SAF=30;SAR=22;SRF=50;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148354;STB=0.582751;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00930993;OID=.;OPOS=16861772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:70:70:52:52:0.42623:22:30:50:20:22:30:50:20 chr1 16861804 . G A 101.03 PASS AF=0.15748;AO=20;DP=127;FAO=20;FDP=127;FR=.;FRO=107;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=60;FSRR=47;FWDB=-0.0441974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.583;QD=3.18191;RBI=0.0442872;REFB=-0.0125051;REVB=-0.00281809;RO=104;SAF=10;SAR=10;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856344;STB=0.55113;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0555662;OID=.;OPOS=16861804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:104:107:20:20:0.15748:10:10:59:45:10:10:60:47 chr1 16861847 . A T 295.0 PASS AF=0.272727;AO=42;DP=154;FAO=42;FDP=154;FR=.;FRO=112;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=66;FWDB=-0.0139072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.099;QD=7.66238;RBI=0.0200637;REFB=-0.0140611;REVB=-0.0144618;RO=112;SAF=21;SAR=21;SRF=46;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109783;STB=0.564905;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0354817;OID=.;OPOS=16861847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:112:112:42:42:0.272727:21:21:46:66:21:21:46:66 chr1 16861849 . A G 282.16 PASS AF=0.264516;AO=41;DP=155;FAO=41;FDP=155;FR=.;FRO=114;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=68;FWDB=0.00217099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.779;QD=7.28156;RBI=0.0357888;REFB=-0.00442203;REVB=-0.0357229;RO=114;SAF=21;SAR=20;SRF=46;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134173;STB=0.579636;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0331601;OID=.;OPOS=16861849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:114:114:41:41:0.264516:20:21:46:68:20:21:46:68 chr1 16862296 . G C 268.88 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0137198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.023;QD=14.1518;RBI=0.0173977;REFB=0.00329367;REVB=0.010698;RO=44;SAF=18;SAR=13;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598435;STB=0.525467;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00270017;OID=.;OPOS=16862296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:45:31:31:0.407895:13:18:28:16:13:18:28:17 chr1 16862340 . G A 110.54 PASS AF=0.182692;AO=19;DP=104;FAO=19;FDP=104;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.00985565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.831;QD=4.25162;RBI=0.0311569;REFB=-0.0119403;REVB=-0.0295571;RO=85;SAF=8;SAR=11;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136831;STB=0.588202;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0355135;OID=.;OPOS=16862340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:85:85:19:19:0.182692:11:8:45:40:11:8:45:40 chr1 16862454 . T G 986.69 PASS AF=0.492386;AO=97;DP=197;FAO=97;FDP=197;FR=.;FRO=100;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=-0.00257813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.523;QD=20.0344;RBI=0.018442;REFB=-0.00583869;REVB=0.0182609;RO=93;SAF=41;SAR=56;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936653;STB=0.56487;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0184617;OID=.;OPOS=16862454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:93:100:97:97:0.492386:56:41:49:44:56:41:55:45 chr1 16862461 . T A 1275.48 PASS AF=0.604167;AO=112;DP=203;FAO=116;FDP=192;FR=.;FRO=76;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.00216526;FXX=0.0679579;HRUN=6;LEN=1;MLLD=205.873;QD=26.5725;RBI=0.00496521;REFB=-0.0201987;REVB=0.00446821;RO=57;SAF=49;SAR=63;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000698272;STB=0.508365;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00665335;OID=.;OPOS=16862461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:192:57:76:112:116:0.604167:63:49:25:32:65:51:35:41 chr1 16862472 . G C 65.84 PASS AF=0.0897436;AO=21;DP=234;FAO=21;FDP=234;FR=.;FRO=213;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=96;FSRR=117;FWDB=-0.00502028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0207;QD=1.12541;RBI=0.0158956;REFB=-0.000616001;REVB=-0.015082;RO=212;SAF=12;SAR=9;SRF=95;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144644;STB=0.608594;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0094289;OID=.;OPOS=16862472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:234:234:212:213:21:21:0.0897436:9:12:95:117:9:12:96:117 chr1 16862502 . A G 1982.17 PASS AF=0.646617;AO=171;DP=265;FAO=172;FDP=266;FR=.;FRO=94;FSAF=93;FSAR=79;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=0.00481699;FXX=0.00746241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2812;QD=29.807;RBI=0.0452368;REFB=-0.00245247;REVB=-0.0449796;RO=93;SAF=93;SAR=78;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253541;STB=0.514442;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00141132;OID=.;OPOS=16862502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:266:93:94:171:172:0.646617:78:93:47:46:79:93:47:47 chr1 16862566 . G A 69.4 PASS AF=0.08;AO=26;DP=324;FAO=26;FDP=325;FR=.;FRO=299;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=148;FSRR=151;FWDB=-0.0101559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.73;QD=0.854215;RBI=0.0420915;REFB=-0.00489691;REVB=-0.0408479;RO=298;SAF=17;SAR=9;SRF=147;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185269;STB=0.646735;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0478141;OID=.;OPOS=16862566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:324:325:298:299:26:26:0.08:9:17:147:151:9:17:148:151 chr1 16863304 . T C 110.09 PASS AF=0.166667;AO=19;DP=124;FAO=21;FDP=126;FR=.;FRO=105;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=0.0061763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.194;QD=3.49475;RBI=0.00655699;REFB=-0.00883953;REVB=-0.0022017;RO=105;SAF=7;SAR=12;SRF=46;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911758;STB=0.549248;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0351584;OID=.;OPOS=16863304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:105:105:19:21:0.166667:12:7:46:59:13:8:46:59 chr1 16863308 . G T 118.87 PASS AF=0.176;AO=22;DP=125;FAO=22;FDP=125;FR=.;FRO=103;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=0.0126789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.56;QD=3.80388;RBI=0.0128464;REFB=-0.00923762;REVB=-0.00206802;RO=103;SAF=9;SAR=13;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487056;STB=0.53157;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0242368;OID=.;OPOS=16863308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:103:103:22:22:0.176:13:9:46:57:13:9:46:57 chr1 16863313 . CA CG,TG 91.37 PASS AF=0.0393701,0.11811;AO=5,16;DP=130;FAO=5,15;FDP=127;FR=.;FRO=107;FSAF=1,8;FSAR=4,7;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=-3.68541e-05,0.00548599;FXX=0.0230751;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=215.978,131.942;QD=2.87787;RBI=0.000344261,0.0125403;REFB=-0.00136435,-1.64843e-05;REVB=0.000342282,0.0112766;RO=106;SAF=1,8;SAR=4,8;SRF=49;SRR=57;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.238439,0.0469801;STB=0.76225,0.565745;STBP=0.295,0.616;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0375845,-0.000870587;OID=.,.;OPOS=16863314,16863313;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:65:130:127:106:107:5,16:5,15:0.0393701,0.11811:4,8:1,8:49:57:4,7:1,8:49:58 chr1 16863328 . T G 172.63 PASS AF=0.217054;AO=28;DP=128;FAO=28;FDP=129;FR=.;FRO=101;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.0117807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.102;QD=5.35276;RBI=0.0149866;REFB=-0.0029689;REVB=-0.00926343;RO=100;SAF=10;SAR=18;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13421;STB=0.587565;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0116798;OID=.;OPOS=16863328;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:100:101:28:28:0.217054:18:10:46:54:18:10:47:54 chr1 16863352 . C T 207.27 PASS AF=0.25;AO=31;DP=126;FAO=31;FDP=124;FR=.;FRO=93;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=-0.00435128;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7186;QD=6.68626;RBI=0.00435128;REFB=-0.00476695;REVB=6.86748e-06;RO=93;SAF=11;SAR=20;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981739;STB=0.559478;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0132533;OID=.;OPOS=16863352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:93:93:31:31:0.25:20:11:40:53:20:11:40:53 chr1 16872419 . T G 179.11 PASS AF=0.273684;AO=21;DP=91;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.00427778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.463;QD=7.5416;RBI=0.0136074;REFB=-0.00412041;REVB=0.0129175;RO=68;SAF=14;SAR=7;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159025;STB=0.519358;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0128751;OID=.;OPOS=16872419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:95:68:69:21:26:0.273684:7:14:37:31:11:15:38:31 chr1 16872432 . C T 156.55 PASS AF=0.229358;AO=24;DP=108;FAO=25;FDP=109;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.000382721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.733;QD=5.7449;RBI=0.000572034;REFB=-0.00106717;REVB=0.000425144;RO=83;SAF=11;SAR=13;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149799;STB=0.609052;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00328234;OID=.;OPOS=16872432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:83:84:24:25:0.229358:13:11:48:35:14:11:49:35 chr1 16874206 . A C 109.73 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.000950216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5051;QD=6.96677;RBI=0.0105682;REFB=-0.0150328;REVB=-0.0105254;RO=46;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810244;STB=0.548963;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.039139;OID=.;OPOS=16874206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:46:46:17:17:0.269841:10:7:16:30:10:7:16:30 chr1 16890441 . C T 84.0 PASS AF=0.121387;AO=20;DP=172;FAO=21;FDP=173;FR=.;FRO=152;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=81;FSRR=71;FWDB=-0.0212978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.392;QD=1.94216;RBI=0.0506732;REFB=-0.00178969;REVB=-0.0459802;RO=151;SAF=10;SAR=10;SRF=80;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368482;STB=0.549651;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0198566;OID=.;OPOS=16890441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:172:173:151:152:20:21:0.121387:10:10:80:71:11:10:81:71 chr1 16890484 . G C 96.49 PASS AF=0.109244;AO=26;DP=238;FAO=26;FDP=238;FR=.;FRO=212;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=107;FSRR=105;FWDB=-0.0129567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7762;QD=1.62161;RBI=0.0233928;REFB=-0.000633948;REVB=-0.0194768;RO=210;SAF=12;SAR=14;SRF=106;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053266;STB=0.538432;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00597729;OID=.;OPOS=16890484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:238:238:210:212:26:26:0.109244:14:12:106:104:14:12:107:105 chr1 16890566 . T C 134.28 PASS AF=0.132479;AO=31;DP=236;FAO=31;FDP=234;FR=.;FRO=203;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=80;FSRR=123;FWDB=-0.0204749;FXX=0.00847422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.816;QD=2.29544;RBI=0.0216176;REFB=-0.00184543;REVB=0.00693534;RO=204;SAF=18;SAR=13;SRF=81;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229766;STB=0.657614;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0129848;OID=.;OPOS=16890566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:234:204:203:31:31:0.132479:13:18:81:123:13:18:80:123 chr1 16890598 . T A 1569.89 PASS AF=0.701087;AO=128;DP=183;FAO=129;FDP=184;FR=.;FRO=55;FSAF=52;FSAR=77;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.000602831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.34;QD=34.128;RBI=0.00357847;REFB=-0.00452824;REVB=-0.00352733;RO=55;SAF=51;SAR=77;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000914149;STB=0.500963;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00255443;OID=.;OPOS=16890598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:55:55:128:129:0.701087:77:51:22:33:77:52:22:33 chr1 16890602 . T G 653.11 PASS AF=0.412429;AO=73;DP=177;FAO=73;FDP=177;FR=.;FRO=104;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=65;FWDB=0.014014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.687;QD=14.7596;RBI=0.0147272;REFB=-0.00695266;REVB=0.00452745;RO=104;SAF=31;SAR=42;SRF=39;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538022;STB=0.530118;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00928498;OID=.;OPOS=16890602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:104:104:73:73:0.412429:42:31:39:65:42:31:39:65 chr1 16890607 . G A 134.06 PASS AF=0.163522;AO=26;DP=159;FAO=26;FDP=159;FR=.;FRO=133;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=82;FWDB=0.0021014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.06;QD=3.37251;RBI=0.00468913;REFB=-0.00291578;REVB=-0.00419191;RO=133;SAF=12;SAR=14;SRF=51;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102042;STB=0.566322;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0236065;OID=.;OPOS=16890607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:133:133:26:26:0.163522:14:12:51:82:14:12:51:82 chr1 16890639 . C T 468.33 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00906406;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.481;QD=16.8768;RBI=0.0169137;REFB=-0.00273448;REVB=-0.0142799;RO=58;SAF=17;SAR=34;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151226;STB=0.576892;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00354769;OID=.;OPOS=16890639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:58:60:51:51:0.459459:34:17:28:30:34:17:28:32 chr1 16890644 . C T 328.87 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.00188012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.1;QD=12.41;RBI=0.0170375;REFB=-0.0103012;REVB=0.0169334;RO=65;SAF=20;SAR=20;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108845;STB=0.566005;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0134812;OID=.;OPOS=16890644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:65:66:40:40:0.377358:20:20:26:39:20:20:26:40 chr1 16890671 . TG CA 795.63 PASS AF=0.835616;AO=60;DP=74;FAO=61;FDP=73;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0041661;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.841;QD=43.5962;RBI=0.026773;REFB=-0.0260681;REVB=0.0264469;RO=11;SAF=20;SAR=40;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675375;STB=0.531395;STBP=0.243;TYPE=mnp;VARB=0.00545609;OID=.;OPOS=16890671;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:74:73:11:12:60:61:0.835616:40:20:6:5:41:20:6:6 chr1 16893701 . G A 30.08 PASS AF=0.0496614;AO=22;DP=443;FAO=22;FDP=443;FR=.;FRO=421;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=216;FSRR=205;FWDB=0.00318657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.863;QD=0.271645;RBI=0.00583197;REFB=-0.00100322;REVB=-0.00488442;RO=418;SAF=11;SAR=11;SRF=216;SRR=202;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163544;STB=0.512404;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0217901;OID=.;OPOS=16893701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:443:443:418:421:22:22:0.0496614:11:11:216:202:11:11:216:205 chr1 16893721 . A C 113.49 PASS AF=0.0848485;AO=42;DP=495;FAO=42;FDP=495;FR=.;FRO=453;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=224;FSRR=229;FWDB=0.00233327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.711;QD=0.917122;RBI=0.00313126;REFB=0.000835493;REVB=0.00208822;RO=451;SAF=30;SAR=12;SRF=224;SRR=227;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258603;STB=0.703346;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0101298;OID=.;OPOS=16893721;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:495:495:451:453:42:42:0.0848485:12:30:224:227:12:30:224:229 chr1 16901668 . T C 64.84 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00723275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.4017;QD=10.3743;RBI=0.0965755;REFB=-0.0474931;REVB=-0.0963042;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589112;STB=0.535635;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0640905;OID=.;OPOS=16901668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:8:8:5:4:8:8 chr1 16907303 . C T 88.95 PASS AF=0.0704698;AO=42;DP=597;FAO=42;FDP=596;FR=.;FRO=554;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=297;FSRR=257;FWDB=-0.0215368;FXX=0.00167501;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.45;QD=0.596986;RBI=0.0307537;REFB=0.000256111;REVB=-0.0219534;RO=554;SAF=17;SAR=25;SRF=296;SRR=258;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143979;STB=0.620791;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00286955;OID=.;OPOS=16907303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:597:596:554:554:42:42:0.0704698:25:17:296:258:25:17:297:257 chr1 16907328 . G T 1963.19 PASS AF=0.433884;AO=209;DP=485;FAO=210;FDP=484;FR=.;FRO=274;FSAF=116;FSAR=94;FSRF=138;FSRR=136;FWDB=-0.00149591;FXX=0.00411514;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.976;QD=16.2247;RBI=0.00983204;REFB=-0.00415107;REVB=-0.00971757;RO=274;SAF=115;SAR=94;SRF=138;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047882;STB=0.527729;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00431185;OID=.;OPOS=16907328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:485:484:274:274:209:210:0.433884:94:115:138:136:94:116:138:136 chr1 16909052 . C T 1300.89 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.305;QD=61.9473;RBI=0.0304565;REFB=0;REVB=0.016122;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90692e-05;OID=.;OPOS=16909052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:81:84:1:32:49:0:0:32:52:0:0 chr1 16909100 . G C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0253649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.409;QD=9.1104;RBI=0.0261871;REFB=-0.00619284;REVB=0.00651046;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509185;STB=0.807002;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0208119;OID=.;OPOS=16909100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:6:2:12:4:6:2:12:4 chr1 16913584 . A C 122.9 PASS AF=0.186441;AO=22;DP=118;FAO=22;FDP=118;FR=.;FRO=96;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=58;FWDB=-0.00390961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8567;QD=4.16594;RBI=0.0472152;REFB=0.00789003;REVB=0.047053;RO=96;SAF=18;SAR=4;SRF=38;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523617;STB=0.832544;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0403569;OID=.;OPOS=16913584;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:96:96:22:22:0.186441:4:18:38:58:4:18:38:58 chr1 16913612 . G A 109.35 PASS AF=0.165354;AO=21;DP=127;FAO=21;FDP=127;FR=.;FRO=106;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=63;FWDB=-0.00241461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5864;QD=3.444;RBI=0.00654261;REFB=-0.00089372;REVB=0.00608074;RO=104;SAF=17;SAR=4;SRF=42;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502623;STB=0.825662;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0113431;OID=.;OPOS=16913612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:104:106:21:21:0.165354:4:17:42:62:4:17:43:63 chr1 16913644 . T C 1079.11 PASS AF=0.765217;AO=84;DP=113;FAO=88;FDP=115;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.00232393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.433;QD=37.5343;RBI=0.0384758;REFB=-0.0205208;REVB=0.0384056;RO=27;SAF=29;SAR=55;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202646;STB=0.610109;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0043081;OID=.;OPOS=16913644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:27:27:84:88:0.765217:55:29:21:6:59:29:21:6 chr1 16914252 . C T 548.5 PASS AF=0.265306;AO=78;DP=294;FAO=78;FDP=294;FR=.;FRO=216;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=158;FSRR=58;FWDB=-0.0417993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8612;QD=7.46253;RBI=0.0572737;REFB=-0.0139017;REVB=0.0391547;RO=215;SAF=29;SAR=49;SRF=158;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430314;STB=0.746969;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0414173;OID=.;OPOS=16914252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:215:216:78:78:0.265306:49:29:158:57:49:29:158:58 chr1 16915357 . C T 136.35 PASS AF=0.311475;AO=18;DP=60;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.00849108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.63;QD=8.94076;RBI=0.0104988;REFB=-0.0133689;REVB=0.0061746;RO=41;SAF=10;SAR=8;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154546;STB=0.580682;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0302703;OID=.;OPOS=16915357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:41:42:18:19:0.311475:8:10:28:13:8:11:29:13 chr1 16918498 . G A 114.45 PASS AF=0.10443;AO=33;DP=316;FAO=33;FDP=316;FR=.;FRO=283;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=120;FSRR=163;FWDB=-0.0463686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.727;QD=1.44873;RBI=0.0469001;REFB=-0.00342857;REVB=-0.00704094;RO=282;SAF=18;SAR=15;SRF=120;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146765;STB=0.607445;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.028764;OID=.;OPOS=16918498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:316:282:283:33:33:0.10443:15:18:120:162:15:18:120:163 chr1 16918502 . A G 1328.47 PASS AF=0.458194;AO=130;DP=294;FAO=137;FDP=299;FR=.;FRO=162;FSAF=71;FSAR=66;FSRF=62;FSRR=100;FWDB=0.0313694;FXX=0.00333322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.616;QD=17.7721;RBI=0.0328591;REFB=-0.00670954;REVB=0.00978145;RO=162;SAF=71;SAR=59;SRF=62;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162532;STB=0.573127;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00913845;OID=.;OPOS=16918502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:299:162:162:130:137:0.458194:59:71:62:100:66:71:62:100 chr1 17004770 . G T 195.78 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.043622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.637;QD=25.2618;RBI=0.0463971;REFB=0.0519531;REVB=0.0158055;RO=12;SAF=13;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179199;STB=0.60618;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0338234;OID=.;OPOS=17004770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:12:12:18:19:0.612903:5:13:6:6:5:14:6:6 chr1 17004785 . A C 63.23 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.071206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6585;QD=8.72145;RBI=0.0733143;REFB=-0.0271573;REVB=0.0174554;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27891;STB=0.639722;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0255905;OID=.;OPOS=17004785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:4:5:15:4:4:5:15:5 chr1 17004794 . T C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00291784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.737;QD=11.3692;RBI=0.0169871;REFB=-0.00718373;REVB=-0.0167347;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792561;STB=0.571306;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0154888;OID=.;OPOS=17004794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:17:19:11:11:0.366667:4:7:12:5:4:7:14:5 chr1 17017717 . C T 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00304262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.504;QD=11.4186;RBI=0.0100495;REFB=-0.00586519;REVB=-0.0095778;RO=46;SAF=11;SAR=15;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856304;STB=0.55669;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0106417;OID=.;OPOS=17017717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:47:26:26:0.356164:15:11:23:23:15:11:24:23 chr1 17017734 . C T 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00278069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.485;QD=10.6294;RBI=0.00298189;REFB=-0.011045;REVB=0.00107677;RO=43;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136143;STB=0.58708;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0206577;OID=.;OPOS=17017734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:44:23:23:0.343284:14:9:22:21:14:9:23:21 chr1 17022952 . C A 545.14 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0263583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6813;QD=57.3835;RBI=0.0487151;REFB=-0.140071;REVB=0.0409682;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.512814;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00368979;OID=.;OPOS=17022952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:18:19:0:0:18:19:1:0 chr1 17023110 . G A 222.57 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0381768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4455;QD=10.3522;RBI=0.0475214;REFB=-0.0104667;REVB=0.0282987;RO=58;SAF=11;SAR=17;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251503;STB=0.514695;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0233956;OID=.;OPOS=17023110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:58:28:28:0.325581:17:11:24:34:17:11:24:34 chr1 17023143 . C T 379.47 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0104303;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.738;QD=21.6842;RBI=0.0106241;REFB=-0.0194206;REVB=0.00201979;RO=32;SAF=15;SAR=23;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630822;STB=0.534865;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0188671;OID=.;OPOS=17023143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:32:38:38:0.542857:23:15:15:17:23:15:15:17 chr1 17023182 . C G 530.09 PASS AF=0.814815;AO=44;DP=54;FAO=44;FDP=54;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00620084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5187;QD=39.2656;RBI=0.00719292;REFB=-0.0286653;REVB=0.00364521;RO=10;SAF=19;SAR=25;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585731;STB=0.531448;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00833738;OID=.;OPOS=17023182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:10:10:44:44:0.814815:25:19:6:4:25:19:6:4 chr1 17023376 . C T 450.13 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.030832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.838;QD=19.3604;RBI=0.0453463;REFB=-0.0251973;REVB=0.0332516;RO=46;SAF=19;SAR=26;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112542;STB=0.559077;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0308103;OID=.;OPOS=17023376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:48:45:45:0.483871:26:19:14:32:26:19:15:33 chr1 17023403 . G A 243.85 PASS AF=0.365854;AO=28;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.0335262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2691;QD=11.8949;RBI=0.0350772;REFB=-0.00263493;REVB=0.0103153;RO=51;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951697;STB=0.527513;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00669666;OID=.;OPOS=17023403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:52:28:30:0.365854:17:11:16:35:19:11:17:35 chr1 17026087 . G A 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0149149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.921;QD=21.0062;RBI=0.151396;REFB=-0.00652024;REVB=0.150659;RO=17;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992363;STB=0.555501;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00583654;OID=.;OPOS=17026087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:5:14:14:3:5:14:14:3 chr1 17029462 . A G 142.62 PASS AF=0.214876;AO=24;DP=113;FAO=26;FDP=121;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.0672356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.5614;QD=4.71462;RBI=0.0822356;REFB=-0.0419346;REVB=-0.0473504;RO=87;SAF=11;SAR=13;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885588;STB=0.528903;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.103832;OID=.;OPOS=17029462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:121:87:95:24:26:0.214876:13:11:46:41:13:13:51:44 chr1 17030504 . T A 296.59 PASS AF=0.194139;AO=53;DP=274;FAO=53;FDP=273;FR=.;FRO=220;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=120;FSRR=100;FWDB=-0.00636112;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5942;QD=4.34558;RBI=0.0106343;REFB=-0.0149599;REVB=-0.00852199;RO=219;SAF=37;SAR=16;SRF=120;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204641;STB=0.630754;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0302581;OID=.;OPOS=17030504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:273:219:220:53:53:0.194139:16:37:120:99:16:37:120:100 chr1 17030515 . G A 252.29 PASS AF=0.177122;AO=48;DP=271;FAO=48;FDP=271;FR=.;FRO=223;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=116;FSRR=107;FWDB=-0.0214622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5383;QD=3.72385;RBI=0.0288248;REFB=-0.00486982;REVB=-0.0192417;RO=220;SAF=31;SAR=17;SRF=115;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162655;STB=0.605977;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0356299;OID=.;OPOS=17030515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:220:223:48:48:0.177122:17:31:115:105:17:31:116:107 chr1 17030518 . CT TG 246.66 PASS AF=0.174721;AO=47;DP=271;FAO=47;FDP=269;FR=.;FRO=222;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=114;FSRR=108;FWDB=-0.0410886;FXX=0.011029;HRUN=1;LEN=2;MLLD=101.252;QD=3.66775;RBI=0.0667343;REFB=-0.00670271;REVB=-0.0525852;RO=217;SAF=31;SAR=16;SRF=114;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178141;STB=0.623567;STBP=0.061;TYPE=mnp;VARB=0.0281565;OID=.;OPOS=17030518;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:269:217:222:47:47:0.174721:16:31:114:103:16:31:114:108 chr1 17030590 . G A 253.2 PASS AF=0.208955;AO=42;DP=204;FAO=42;FDP=201;FR=.;FRO=159;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=75;FSRR=84;FWDB=0.0103595;FXX=0.0147052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4996;QD=5.03872;RBI=0.0238953;REFB=-0.00493836;REVB=0.0215328;RO=158;SAF=26;SAR=16;SRF=74;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192641;STB=0.616643;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0304716;OID=.;OPOS=17030590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:201:158:159:42:42:0.208955:16:26:74:84:16:26:75:84 chr1 17033805 . C T 308.06 PASS AF=0.266272;AO=45;DP=169;FAO=45;FDP=169;FR=.;FRO=124;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=65;FSRR=59;FWDB=0.00259563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.735;QD=7.29128;RBI=0.00296179;REFB=-0.0118784;REVB=-0.0014265;RO=119;SAF=18;SAR=27;SRF=60;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128848;STB=0.591408;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0454272;OID=.;OPOS=17033805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:119:124:45:45:0.266272:27:18:60:59:27:18:65:59 chr1 17033854 . C T 1162.19 PASS AF=0.70073;AO=96;DP=137;FAO=96;FDP=137;FR=.;FRO=41;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0282243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.088;QD=33.9326;RBI=0.0349282;REFB=-0.0335743;REVB=0.020576;RO=41;SAF=41;SAR=55;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210638;STB=0.511299;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00827116;OID=.;OPOS=17033854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:41:41:96:96:0.70073:55:41:16:25:55:41:16:25 chr1 17034455 . CGCGCGCGT C 83.35 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0115125;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=8;MLLD=267.405;QD=8.54888;RBI=0.0173448;REFB=-0.0103242;REVB=0.0129733;RO=28;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315579;STB=0.695286;STBP=0.165;TYPE=del;VARB=0.0205228;OID=.;OPOS=17034456;OREF=GCGCGCGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282051:11:39:11:39:28:8:3:13:15:83:28:8:3:13:15 chr1 17046456 . T C 303.19 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0155451;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.433;QD=14.4377;RBI=0.0454533;REFB=-0.00102607;REVB=-0.0427124;RO=50;SAF=8;SAR=26;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162311;STB=0.592924;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00145305;OID=.;OPOS=17046456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:50:50:34:34:0.404762:26:8:18:32:26:8:18:32 chr1 17053766 . G A 1044.76 PASS AF=0.719008;AO=86;DP=120;FAO=87;FDP=121;FR=.;FRO=34;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0194403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.666;QD=34.5374;RBI=0.0296161;REFB=-0.0514405;REVB=0.0223426;RO=34;SAF=51;SAR=35;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135108;STB=0.509132;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0144217;OID=.;OPOS=17053766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:34:34:86:87:0.719008:35:51:21:13:36:51:21:13 chr1 17053769 . G A 112.44 PASS AF=0.173554;AO=21;DP=121;FAO=21;FDP=121;FR=.;FRO=100;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=-0.00706514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.682;QD=3.71691;RBI=0.0315126;REFB=-0.00467229;REVB=-0.0307104;RO=100;SAF=16;SAR=5;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280385;STB=0.685126;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0257878;OID=.;OPOS=17053769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:100:100:21:21:0.173554:5:16:56:44:5:16:56:44 chr1 17053782 . C A,G 1893.46 PASS AF=0.234375,0.765625;AO=30,96;DP=128;FAO=30,98;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=18,53;FSAR=12,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808229,-0.0130721;FXX=0.00775134;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=123.366,70.9232;QD=59.1707;RBI=0.0172554,0.0510596;REFB=0,0;REVB=-0.0152456,-0.0493579;RO=0;SAF=18,52;SAR=12,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00446545,0.0048149;OID=.,.;OPOS=17053782,17053782;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:128:128:0:0:30,96:30,98:0.234375,0.765625:12,44:18,52:0:0:12,45:18,53:0:0 chr1 17053809 . C T 195.73 PASS AF=0.241935;AO=30;DP=124;FAO=30;FDP=124;FR=.;FRO=94;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=-0.0220275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.72;QD=6.31375;RBI=0.0402474;REFB=-0.0188817;REVB=-0.0336844;RO=94;SAF=16;SAR=14;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416325;STB=0.525279;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0442203;OID=.;OPOS=17053809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:94:94:30:30:0.241935:14:16:47:47:14:16:47:47 chr1 17053834 . A AC 378.95 PASS AF=0.514286;AO=52;DP=107;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00470918;FXX=0.00943307;HRUN=0;LEN=1;MLLD=331.548;QD=14.4363;RBI=0.00769954;REFB=-0.00698243;REVB=-0.00609151;RO=54;SAF=17;SAR=35;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168526;STB=0.58105;STBP=0.097;TYPE=ins;VARB=0.00642241;OID=.;OPOS=17053835;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514286:52:107:54:105:51:18:36:25:26:99:54:17:35:27:27 chr1 17053861 . C T 880.23 PASS AF=0.766667;AO=63;DP=84;FAO=69;FDP=90;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0250744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.285;QD=39.1213;RBI=0.0376646;REFB=-0.0200557;REVB=0.0281051;RO=21;SAF=23;SAR=40;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548832;STB=0.528294;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00747396;OID=.;OPOS=17053861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:90:21:21:63:69:0.766667:40:23:10:11:44:25:10:11 chr1 17084510 . G A 118.35 PASS AF=0.155405;AO=24;DP=148;FAO=23;FDP=148;FR=.;FRO=125;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=73;FWDB=0.0150553;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1173;QD=3.19878;RBI=0.0379638;REFB=-0.00299014;REVB=0.034851;RO=124;SAF=17;SAR=7;SRF=52;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361089;STB=0.76415;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0212605;OID=.;OPOS=17084510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:124:125:24:23:0.155405:7:17:52:72:6:17:52:73 chr1 17084968 . G C 161.86 PASS AF=0.264368;AO=21;DP=85;FAO=23;FDP=87;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0136463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.866;QD=7.4419;RBI=0.0227489;REFB=-0.0104628;REVB=-0.0182014;RO=62;SAF=8;SAR=13;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147838;STB=0.536725;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0309338;OID=.;OPOS=17084968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:62:64:21:23:0.264368:13:8:31:31:13:10:31:33 chr1 17085412 . C T 39.54 PASS AF=0.0682731;AO=17;DP=249;FAO=17;FDP=249;FR=.;FRO=232;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=93;FSRR=139;FWDB=0.053227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.275;QD=0.635152;RBI=0.0535779;REFB=-0.00626285;REVB=0.00612125;RO=228;SAF=6;SAR=11;SRF=91;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533336;STB=0.547454;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.080684;OID=.;OPOS=17085412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:249:249:228:232:17:17:0.0682731:11:6:91:137:11:6:93:139 chr1 17085427 . T C 40.19 PASS AF=0.0661479;AO=17;DP=257;FAO=17;FDP=257;FR=.;FRO=240;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=101;FSRR=139;FWDB=-0.0250363;FXX=0.011538;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4474;QD=0.625517;RBI=0.0287214;REFB=0.000145421;REVB=0.0140751;RO=239;SAF=6;SAR=11;SRF=101;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781212;STB=0.566602;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00344478;OID=.;OPOS=17085427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:257:257:239:240:17:17:0.0661479:11:6:101:138:11:6:101:139 chr1 17085502 . T C 613.48 PASS AF=0.478571;AO=61;DP=133;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0589243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.433;QD=17.528;RBI=0.0591523;REFB=-0.0143038;REVB=-0.00518816;RO=71;SAF=28;SAR=33;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737298;STB=0.52112;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.015943;OID=.;OPOS=17085502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:140:71:73:61:67:0.478571:33:28:38:33:33:34:40:33 chr1 17085834 . G T 206.11 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0269918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.426;QD=16.8255;RBI=0.0324872;REFB=-0.0243553;REVB=0.0180792;RO=27;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409312;STB=0.736549;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0373885;OID=.;OPOS=17085834;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:13:8:22:5:13:8:23:5 chr1 17086052 . T C 54.37 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808152;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0918;QD=36.2452;RBI=0.128583;REFB=0;REVB=0.100012;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0166347;OID=.;OPOS=17086052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 17086941 . C T 165.72 PASS AF=0.234234;AO=26;DP=111;FAO=26;FDP=111;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.00560536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.499;QD=5.97189;RBI=0.0248405;REFB=-0.00378983;REVB=-0.0241998;RO=85;SAF=8;SAR=18;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126401;STB=0.577919;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0109712;OID=.;OPOS=17086941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:85:85:26:26:0.234234:18:8:34:51:18:8:34:51 chr1 17087262 . C T 84.77 PASS AF=0.150442;AO=16;DP=113;FAO=17;FDP=113;FR=.;FRO=96;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=76;FWDB=0.022598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1043;QD=3.00076;RBI=0.0518109;REFB=0.00119118;REVB=0.046623;RO=97;SAF=2;SAR=14;SRF=20;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179789;STB=0.644331;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00360062;OID=.;OPOS=17087262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:113:113:97:96:16:17:0.150442:14:2:20:77:15:2:20:76 chr1 17087292 . A G 34.1 PASS AF=0.0774648;AO=11;DP=142;FAO=11;FDP=142;FR=.;FRO=131;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=100;FWDB=-0.00674321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.844;QD=0.960562;RBI=0.0305913;REFB=0.000351051;REVB=-0.0298388;RO=131;SAF=5;SAR=6;SRF=31;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276222;STB=0.710153;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00475423;OID=.;OPOS=17087292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:142:142:131:131:11:11:0.0774648:6:5:31:100:6:5:31:100 chr1 17087299 . T C 36.97 PASS AF=0.0779221;AO=12;DP=154;FAO=12;FDP=154;FR=.;FRO=142;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=103;FWDB=-0.0201838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4544;QD=0.96028;RBI=0.0698033;REFB=-0.00033039;REVB=-0.0668215;RO=141;SAF=6;SAR=6;SRF=39;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267761;STB=0.707506;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00206992;OID=.;OPOS=17087299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:154:154:141:142:12:12:0.0779221:6:6:39:102:6:6:39:103 chr1 17087305 . G C 54.01 PASS AF=0.0955414;AO=15;DP=157;FAO=15;FDP=157;FR=.;FRO=142;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=103;FWDB=-0.0337706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.056;QD=1.37609;RBI=0.0450969;REFB=-0.00434965;REVB=-0.0298878;RO=142;SAF=6;SAR=9;SRF=39;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168175;STB=0.623808;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0553529;OID=.;OPOS=17087305;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:157:157:142:142:15:15:0.0955414:9:6:39:103:9:6:39:103 chr1 17087365 . C G 1739.02 PASS AF=0.88;AO=112;DP=130;FAO=132;FDP=150;FR=.;FRO=18;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.037704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3616;QD=46.3739;RBI=0.0539146;REFB=-0.0449561;REVB=0.0385382;RO=18;SAF=59;SAR=53;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650009;STB=0.524905;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.010903;OID=.;OPOS=17087365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:130:150:18:18:112:132:0.88:53:59:5:13:68:64:5:13 chr1 17087367 . C G 49.87 PASS AF=0.119718;AO=19;DP=140;FAO=17;FDP=142;FR=.;FRO=125;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=64;FSRR=61;FWDB=-0.05036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.1687;QD=1.40466;RBI=0.0517008;REFB=-0.0391234;REVB=-0.0116982;RO=121;SAF=5;SAR=14;SRF=63;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326323;STB=0.748854;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.238835;OID=.;OPOS=17087367;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:140:142:121:125:19:17:0.119718:14:5:63:58:13:4:64:61 chr1 17087465 . G A 402.64 PASS AF=0.296703;AO=54;DP=182;FAO=54;FDP=182;FR=.;FRO=128;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=70;FSRR=58;FWDB=-0.0147446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.75;QD=8.84925;RBI=0.0148338;REFB=-0.016786;REVB=-0.00162378;RO=127;SAF=26;SAR=28;SRF=69;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074222;STB=0.545881;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0405961;OID=.;OPOS=17087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:127:128:54:54:0.296703:28:26:69:58:28:26:70:58 chr1 17087541 . GGTGCT G 69.03 PASS AF=0.173611;AO=23;DP=149;FAO=25;FDP=144;FR=.;FRO=119;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=56;FSRR=63;FWDB=0.00510456;FXX=0.0204068;HRUN=2;LEN=5;MLLD=259.295;QD=1.91745;RBI=0.0158145;REFB=-0.00253682;REVB=-0.0149681;RO=120;SAF=10;SAR=13;SRF=56;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409682;STB=0.507789;STBP=0.947;TYPE=del;VARB=0.0130847;OID=.;OPOS=17087542;OREF=GTGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173611:23:149:25:144:119:12:13:56:63:69:120:10:13:56:64 chr1 17087582 . G A 137.54 PASS AF=0.198413;AO=24;DP=125;FAO=25;FDP=126;FR=.;FRO=101;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=0.00519372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.131;QD=4.36627;RBI=0.00798847;REFB=-0.00353706;REVB=0.00606968;RO=100;SAF=13;SAR=11;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128736;STB=0.59098;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0211772;OID=.;OPOS=17087582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:100:101:24:25:0.198413:11:13:44:56:11:14:45:56 chr1 17186685 . T C 360.82 PASS AF=0.302469;AO=49;DP=162;FAO=49;FDP=162;FR=.;FRO=113;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=76;FSRR=37;FWDB=0.0157426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0249;QD=8.90903;RBI=0.0235445;REFB=-0.0114179;REVB=0.0175076;RO=113;SAF=32;SAR=17;SRF=76;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260052;STB=0.515145;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0264847;OID=.;OPOS=17186685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:113:113:49:49:0.302469:17:32:76:37:17:32:76:37 chr1 17186719 . T G 541.9 PASS AF=0.335025;AO=66;DP=198;FAO=66;FDP=197;FR=.;FRO=131;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=83;FSRR=48;FWDB=0.0101559;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8252;QD=11.003;RBI=0.0406393;REFB=0.000895758;REVB=0.0393498;RO=131;SAF=37;SAR=29;SRF=83;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870847;STB=0.549835;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00127868;OID=.;OPOS=17186719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:131:131:66:66:0.335025:29:37:83:48:29:37:83:48 chr1 17199074 . T C 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0974;QD=36.3475;RBI=0.0590614;REFB=-0.0661207;REVB=0.0566186;RO=1;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127515;STB=0.571292;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00738032;OID=.;OPOS=17199074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:8:3:1:0:8:3:1:0 chr1 17199076 . T A 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0371109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.19;QD=34.6649;RBI=0.0379766;REFB=0.0596742;REVB=0.00806228;RO=1;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126911;STB=0.57128;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00297837;OID=.;OPOS=17199076;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:7:3:1:0:7:3:1:0 chr1 17200206 . C CT,T 130.15 PASS AF=0.170732,0.0121951;AO=19,6;DP=163;FAO=28,2;FDP=164;FR=.;FRO=134;FSAF=12,2;FSAR=16,0;FSRF=62;FSRR=72;FWDB=0.0180859,-0.00841586;FXX=0.00606024;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=19.8688,91.276;QD=3.17448;RBI=0.0324233,0.0216586;REFB=0.00627658,-0.000762978;REVB=0.0269105,-0.0199566;RO=135;SAF=8,3;SAR=11,3;SRF=63;SRR=72;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.057262,0.0290233;STB=0.528551,0.995339;STBP=0.725,0.118;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0522076,0.00616751;OID=.,.;OPOS=17200207,17200206;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:135:134:19,6:28,2:0.170732,0.0121951:11,3:8,3:63:72:16,0:12,2:62:72 chr1 17200217 . G A 236.99 PASS AF=0.196262;AO=42;DP=212;FAO=42;FDP=214;FR=.;FRO=172;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=75;FSRR=97;FWDB=-0.0107474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.0123;QD=4.42979;RBI=0.0544585;REFB=-0.00226468;REVB=0.0533875;RO=170;SAF=20;SAR=22;SRF=74;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528784;STB=0.532423;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0134334;OID=.;OPOS=17200217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:214:170:172:42:42:0.196262:22:20:74:96:22:20:75:97 chr1 17200270 . T G 2373.9 PASS AF=0.593407;AO=216;DP=364;FAO=216;FDP=364;FR=.;FRO=148;FSAF=117;FSAR=99;FSRF=63;FSRR=85;FWDB=0.0140734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3395;QD=26.0868;RBI=0.0398891;REFB=-0.0346299;REVB=0.0373239;RO=148;SAF=117;SAR=99;SRF=63;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872295;STB=0.547114;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0236512;OID=.;OPOS=17200270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:364:148:148:216:216:0.593407:99:117:63:85:99:117:63:85 chr1 17200289 . C T 2677.12 PASS AF=0.611825;AO=215;DP=365;FAO=238;FDP=389;FR=.;FRO=151;FSAF=125;FSAR=113;FSRF=68;FSRR=83;FWDB=-0.00584748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0976;QD=27.5283;RBI=0.113272;REFB=-0.0610305;REVB=0.113121;RO=150;SAF=125;SAR=90;SRF=67;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10327;STB=0.529052;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.043533;OID=.;OPOS=17200289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:389:150:151:215:238:0.611825:90:125:67:83:113:125:68:83 chr1 17216233 . C A 250.82 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0173864;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.25;QD=16.7214;RBI=0.0220986;REFB=-0.0135625;REVB=-0.0136405;RO=32;SAF=18;SAR=10;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30788;STB=0.672777;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0106379;OID=.;OPOS=17216233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:32:32:28:28:0.466667:10:18:10:22:10:18:10:22 chr1 17248500 . A G 47.01 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0885221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.9815;QD=31.3396;RBI=0.0885221;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0139733;OID=.;OPOS=17248500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:0:5:0:0:0:6:0:0 chr1 17270751 . G A 47.54 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.016228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.7924;QD=11.886;RBI=0.113478;REFB=-0.0398706;REVB=0.112312;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263271;STB=0.6599;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0606653;OID=.;OPOS=17270751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:5:4:5:2:5:4 chr1 17292566 . A AG 63.97 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0152266;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=37.7305;QD=5.56276;RBI=0.035878;REFB=-0.0221577;REVB=-0.0324867;RO=30;SAF=14;SAR=3;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515917;STB=0.835437;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.148041;OID=.;OPOS=17292567;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369565:17:51:17:46:29:14:3:8:21:63:30:14:3:11:19 chr1 17295679 . T C 670.09 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.092;QD=62.3335;RBI=0.0669262;REFB=0;REVB=0.0665478;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00099285;OID=.;OPOS=17295679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:41:43:1:20:21:0:0:22:21:0:0 chr1 17296361 . C G 470.04 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0138328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.954;QD=20.6612;RBI=0.0289486;REFB=-0.0206444;REVB=-0.0254298;RO=45;SAF=26;SAR=20;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127529;STB=0.57058;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0213378;OID=.;OPOS=17296361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:20:26:19:26:20:26:19:26 chr1 17301448 . C T 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.232;QD=44.6875;RBI=0.120237;REFB=0;REVB=0.119727;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011411;OID=.;OPOS=17301448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr1 17313042 . C T 296.36 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0825325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5028;QD=28.913;RBI=0.0896812;REFB=0.0146412;REVB=0.035087;RO=15;SAF=5;SAR=21;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332666;STB=0.685155;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00450193;OID=.;OPOS=17313042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:21:5:9:6:21:5:9:6 chr1 17313454 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234484;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.959;QD=52.6132;RBI=0.0312755;REFB=0;REVB=0.0206961;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60707e-06;OID=.;OPOS=17313454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr1 17314702 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.369;QD=57.545;RBI=0.0393776;REFB=0;REVB=0.0393384;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74522e-05;OID=.;OPOS=17314702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr1 17380497 . G T 1549.85 PASS AF=0.972477;AO=106;DP=110;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0716125;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.568;QD=56.8753;RBI=0.0731327;REFB=-0.0378745;REVB=0.0148339;RO=3;SAF=54;SAR=52;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919493;STB=0.504847;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000773423;OID=.;OPOS=17380497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:110:109:3:3:106:106:0.972477:52:54:1:2:52:54:1:2 chr1 17394613 . T C 820.22 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.554;QD=55.6084;RBI=0.0463297;REFB=0.0149699;REVB=0.0448136;RO=1;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200666;STB=0.510635;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=5.2198e-05;OID=.;OPOS=17394613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:23:35:0:1:23:35:0:1 chr1 17394623 . C T 817.03 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00265782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9323;QD=57.3358;RBI=0.00384044;REFB=0;REVB=-0.00277219;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.32582e-07;OID=.;OPOS=17394623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr1 17395480 . G A 261.52 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0116919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.455;QD=14.7333;RBI=0.0294584;REFB=-0.0292515;REVB=0.0270388;RO=41;SAF=22;SAR=8;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631822;STB=0.535938;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0342736;OID=.;OPOS=17395480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:8:22:28:13:8:22:28:13 chr1 17395521 . G A 392.43 PASS AF=0.433333;AO=38;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0167409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.6;QD=17.4414;RBI=0.0813542;REFB=-0.0410697;REVB=0.0796131;RO=31;SAF=29;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263902;STB=0.599945;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0341661;OID=.;OPOS=17395521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:31:48:38:39:0.433333:9:29:15:16:9:30:30:18 chr1 17396703 . T C 163.56 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.0147795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.801;QD=13.3521;RBI=0.0203974;REFB=-0.0059009;REVB=-0.0140577;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410618;STB=0.720316;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0158171;OID=.;OPOS=17396703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:31:18:18:0.367347:8:10:5:25:8:10:6:25 chr1 17402255 . C T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0914388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.23;QD=19.0582;RBI=0.0937426;REFB=-0.0212438;REVB=-0.0206551;RO=19;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175082;STB=0.572298;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0244667;OID=.;OPOS=17402255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:13:6:3:16:13:6:4:16 chr1 17405809 . G A 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0115919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.131;QD=14.7941;RBI=0.0171837;REFB=-0.0092926;REVB=0.0126849;RO=27;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198628;STB=0.615253;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0126101;OID=.;OPOS=17405809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:6:12:13:14:6:12:13:14 chr1 17413121 . A C 287.33 PASS AF=0.39759;AO=31;DP=82;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0204818;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.525;QD=13.8474;RBI=0.0204937;REFB=-0.0128301;REVB=0.000700603;RO=49;SAF=10;SAR=21;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100257;STB=0.556487;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0186783;OID=.;OPOS=17413121;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:49:50:31:33:0.39759:21:10:20:29:22:11:21:29 chr1 17419024 . G A 175.27 PASS AF=0.396226;AO=19;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0595881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3388;QD=13.2277;RBI=0.0646927;REFB=0.00431838;REVB=0.0251872;RO=32;SAF=5;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306987;STB=0.694083;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00565823;OID=.;OPOS=17419024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:32:32:19:21:0.396226:14:5:17:15:16:5:17:15 chr1 17550121 . G A 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0106677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.328;QD=20.3971;RBI=0.0176732;REFB=-0.0157118;REVB=0.0140904;RO=27;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09098;STB=0.550467;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0140012;OID=.;OPOS=17550121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:16:15:16:11:16:15:16:11 chr1 17557133 . A C 189.43 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0154798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.838;QD=16.1213;RBI=0.0157737;REFB=-0.00536431;REVB=0.00303082;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106659;STB=0.602005;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00761674;OID=.;OPOS=17557133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:24:27:19:20:0.425532:9:10:10:14:9:11:10:17 chr1 17609448 . G T 1268.9 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319259;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8513;QD=61.8977;RBI=0.0437979;REFB=0;REVB=0.0299833;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286995;OID=.;OPOS=17609448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:36:46:0:0:36:46:0:0 chr1 17657534 . G A 246.29 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0347637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.788;QD=13.4952;RBI=0.035393;REFB=0.00451691;REVB=-0.00664461;RO=44;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176118;STB=0.599934;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00968449;OID=.;OPOS=17657534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:15:14:14:30:15:14:14:30 chr1 17657616 . T C 185.45 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0216343;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.165;QD=12.1607;RBI=0.0227432;REFB=-0.0119897;REVB=0.00701497;RO=38;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620648;STB=0.535786;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0232059;OID=.;OPOS=17657616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:38:38:23:23:0.377049:12:11:16:22:12:11:16:22 chr1 17660499 . G C 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0614197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.458;QD=11.9168;RBI=0.0616758;REFB=0.00223644;REVB=-0.00561457;RO=37;SAF=2;SAR=20;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454996;STB=0.772881;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0045269;OID=.;OPOS=17660499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:20:2:13:24:20:2:13:24 chr1 17661128 . A C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00261088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.395;QD=17.4009;RBI=0.0802118;REFB=-0.0257971;REVB=0.0801693;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0200695;OID=.;OPOS=17661128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:6:7:7:6:6:7 chr1 17662639 . T C 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0523855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.098;QD=17.9529;RBI=0.0532976;REFB=0.0151487;REVB=-0.00981765;RO=28;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117635;STB=0.565668;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.0166261;OID=.;OPOS=17662639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:16:11:8:20:16:11:8:20 chr1 17662662 . T C 231.47 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0251512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6821;QD=14.6962;RBI=0.0349116;REFB=-0.0133275;REVB=-0.0242123;RO=36;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135401;STB=0.577219;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0242623;OID=.;OPOS=17662662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:19:8:15:21:19:8:15:21 chr1 17707601 . T C 324.33 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.015797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.26;QD=19.9585;RBI=0.0326158;REFB=-0.0391386;REVB=0.028535;RO=31;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970846;STB=0.553815;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0328357;OID=.;OPOS=17707601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:17:17:12:19:17:17:12:19 chr1 17718671 . AG A 717.25 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.8191;QD=46.2742;RBI=0.191497;REFB=0;REVB=0.116301;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.445205;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00520281;OID=.;OPOS=17718672;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:62:62:62:0:20:42:0:0:13:0:20:41:0:0 chr1 17720545 . C T 271.68 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00607595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.479;QD=20.8988;RBI=0.0250952;REFB=-0.0043408;REVB=0.0243486;RO=24;SAF=8;SAR=20;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866594;STB=0.548351;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00378812;OID=.;OPOS=17720545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:20:8:9:15:20:8:9:15 chr1 17733267 . ATGT A 1903.63 PASS AF=1;AO=110;DP=131;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700403;FXX=0.038165;HRUN=1;LEN=3;MLLD=172.08;QD=60.4327;RBI=0.00756397;REFB=0;REVB=0.00285609;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000190091;OID=.;OPOS=17733268;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:110:131:126:126:0:51:75:0:0:10:0:49:61:0:0 chr1 17733996 . G A 45.99 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00847945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8957;QD=9.19827;RBI=0.0554649;REFB=0.00142694;REVB=0.0548129;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275446;STB=0.671134;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00290674;OID=.;OPOS=17733996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:7:6:5:2:7:6 chr1 17914122 . G A 310.34 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0361943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8915;QD=16.3334;RBI=0.0476298;REFB=-0.0259361;REVB=0.0309609;RO=41;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128943;STB=0.566627;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0249357;OID=.;OPOS=17914122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:42:34:34:0.447368:13:21:20:21:13:21:21:21 chr1 17991052 . T C,G 169.04 PASS AF=0.866667,0.133333;AO=13,2;DP=15;FAO=13,2;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9,2;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224062,-0.0063996;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.568,86.3528;QD=45.0775;RBI=0.0074404,0.00809679;REFB=0,0;REVB=0.00709501,-0.00496015;RO=0;SAF=9,2;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00204896,0.0519393;OID=.,.;OPOS=17991052,17991052;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:15:15:0:0:13,2:13,2:0.866667,0.133333:4,0:9,2:0:0:4,0:9,2:0:0 chr1 18023365 . C T 566.94 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.359;QD=59.6782;RBI=0.0237177;REFB=0;REVB=0.0103099;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142434;OID=.;OPOS=18023365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:18:20:0:0 chr1 18023509 . T C 918.16 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.731;QD=58.296;RBI=0.0272141;REFB=0;REVB=-0.0149225;RO=0;SAF=16;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80534e-05;OID=.;OPOS=18023509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:46:16:0:0:46:17:0:0 chr1 18023690 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.338;QD=62.0207;RBI=0.0308545;REFB=0;REVB=0.00523343;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92289e-05;OID=.;OPOS=18023690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:26:15:0:0:26:16:0:0 chr1 18149510 . G T 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0243615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.374;QD=12.0245;RBI=0.0410119;REFB=-0.00938751;REVB=-0.0329924;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886344;STB=0.552543;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.012088;OID=.;OPOS=18149510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:10:10:7:5:10:10 chr1 18149566 . C A 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0273674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.568;QD=13.6997;RBI=0.0275137;REFB=-0.0166372;REVB=-0.00283345;RO=30;SAF=6;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219969;STB=0.628425;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0224712;OID=.;OPOS=18149566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:12:6:16:14:12:6:16:14 chr1 18807897 . C G 188.9 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00679844;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.19;QD=44.4469;RBI=0.025855;REFB=-0.0485562;REVB=0.0249451;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053738;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464705;OID=.;OPOS=18807897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:17:1:0:16:17:1:8:8:0:1:9:8:0:0 chr1 18807938 . C A,CA 173.54 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=13,2;DP=15;FAO=14,1;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=9,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118341,0.0126391;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=265.978,245.292;QD=46.2764;RBI=0.0413651,0.0409512;REFB=0,0;REVB=0.0396362,0.038952;RO=0;SAF=5,0;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.60098e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.000360705,0.0586864;OID=.,.;OPOS=18807938,18807939;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:15:15:0:0:13,2:14,1:0.933333,0.0666667:8,2:5,0:0:0:9,1:5,0:0:0 chr1 18808292 . C A 438.04 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.721;QD=56.5208;RBI=0.0201817;REFB=0;REVB=0.00556671;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0033757;OID=.;OPOS=18808292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:18:13:0:0 chr1 18808465 . T A 838.7 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000395918;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.067;QD=57.8412;RBI=0.0139648;REFB=0;REVB=0.0139592;RO=0;SAF=41;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313205;OID=.;OPOS=18808465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:16:41:0:0:17:41:0:0 chr1 18808526 . A C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.207;QD=57.5446;RBI=0.0427281;REFB=0;REVB=-0.0385537;RO=0;SAF=44;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49451e-05;OID=.;OPOS=18808526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:14:44:0:0:14:44:0:0 chr1 18808711 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.554;QD=45.8063;RBI=0.00858141;REFB=0;REVB=-0.00802939;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.04472e-05;OID=.;OPOS=18808711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr1 18809896 . A T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.926;QD=61.6838;RBI=0.0264561;REFB=0;REVB=-0.00737554;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35405e-05;OID=.;OPOS=18809896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr1 18810344 . G T 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.98;QD=63.5786;RBI=0.0467497;REFB=0;REVB=0.0314537;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235522;OID=.;OPOS=18810344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr1 18810484 . G A 733.6 PASS AF=1;AO=43;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526835;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.466;QD=63.791;RBI=0.0537141;REFB=0;REVB=0.0104717;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169912;OID=.;OPOS=18810484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:46:0:0:43:46:1:21:22:0:0:23:23:0:0 chr1 18810486 . A C 695.89 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0146344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.031;QD=60.5122;RBI=0.0181696;REFB=-0.0388281;REVB=-0.010769;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199954;STB=0.510634;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=5.21466e-05;OID=.;OPOS=18810486;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:22:23:1:0:22:23:1:0 chr1 18811668 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.764;QD=43.4862;RBI=0.0258022;REFB=0;REVB=0.0230816;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185756;OID=.;OPOS=18811668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr1 19027239 . A G 753.47 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.203964;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4936;QD=64.1251;RBI=0.203973;REFB=0;REVB=-0.00189603;RO=0;SAF=5;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0051689;OID=.;OPOS=19027239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:42:5:0:0:42:5:0:0 chr1 19166294 . G A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0138677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.307;QD=15.1969;RBI=0.018287;REFB=-0.0342473;REVB=-0.0119206;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154289;STB=0.588665;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0342925;OID=.;OPOS=19166294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:5:13:8:6:5:13 chr1 19186129 . G C 784.76 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.384;QD=57.0734;RBI=0.026378;REFB=0;REVB=-0.0252304;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.28763e-05;OID=.;OPOS=19186129;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr1 19201956 . A G 262.18 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=52;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0305199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8946;QD=19.4204;RBI=0.0306417;REFB=-0.0530372;REVB=-0.00272931;RO=24;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114445;STB=0.553153;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0345328;OID=.;OPOS=19201956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:24:26:27:28:0.518519:16:11:13:11:16:12:14:12 chr1 19202896 . G A 203.82 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.00270838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.8;QD=14.3029;RBI=0.00896499;REFB=-0.0104997;REVB=0.0085461;RO=25;SAF=4;SAR=19;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477302;STB=0.79715;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00578588;OID=.;OPOS=19202896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:33:23:24:0.421053:19:4:16:9:19:5:24:9 chr1 19202917 . T C 205.04 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0886728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.798;QD=15.7726;RBI=0.0894493;REFB=-0.00330039;REVB=-0.011761;RO=27;SAF=5;SAR=18;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498653;STB=0.795166;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00201063;OID=.;OPOS=19202917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:29:23:23:0.442308:18:5:20:7:18:5:22:7 chr1 19202926 . T C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.00333455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.15;QD=16.8247;RBI=0.0117165;REFB=-0.00947749;REVB=0.011232;RO=28;SAF=5;SAR=16;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497673;STB=0.783167;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0138786;OID=.;OPOS=19202926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:16:5:21:7:16:5:21:7 chr1 19212122 . T G,TG 48.24 PASS AF=0,0.18;AO=4,13;DP=54;FAO=0,9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=0,4;FSAR=0,5;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0174205,-0.0158103;FXX=0.0740604;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=139.275,108.976;QD=3.85924;RBI=0.0761027,0.0398432;REFB=-0.00170624,-0.00593595;REVB=-0.074082,-0.0365721;RO=37;SAF=0,5;SAR=4,8;SRF=21;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.606955,-0.217481;STB=0.5,0.575055;STBP=1,0.671;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.183671;OID=.,.;OPOS=19212122,19212123;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:49:54:50:37:41:4,13:0,9:0,0.18:4,8:0,5:21:16:0,5:0,4:22:19 chr1 19401405 . G A 370.82 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00576161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.92;QD=22.4743;RBI=0.00582451;REFB=-0.0325326;REVB=0.000853679;RO=28;SAF=16;SAR=21;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252731;STB=0.507074;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0246263;OID=.;OPOS=19401405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:28:29:37:37:0.560606:21:16:13:15:21:16:13:16 chr1 19408294 . G C,GC 122.24 PASS AF=0,0.485714;AO=2,13;DP=37;FAO=0,17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=0,1;FSAR=0,16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0644029,0.288762;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=1,1;MLLD=27.3299,15.4262;QD=13.97;RBI=0.109926,0.296963;REFB=0.00872827,0.00530874;REVB=-0.0890843,-0.0693054;RO=18;SAF=1,0;SAR=1,13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.111109,-0.793132;STB=0.5,0.846512;STBP=1,0.003;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0119534;OID=.,.;OPOS=19408294,19408295;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:37:35:18:18:2,13:0,17:0,0.485714:1,13:1,0:7:11:0,16:0,1:8:10 chr1 19411129 . A G 715.45 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252686;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3218;QD=57.2364;RBI=0.0328662;REFB=0;REVB=-0.0210162;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000516251;OID=.;OPOS=19411129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr1 19413261 . T A 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.14;QD=61.0486;RBI=0.00797939;REFB=0;REVB=0.000528973;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42456e-05;OID=.;OPOS=19413261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:48:30:0:0:48:30:0:0 chr1 19415304 . C T 1512.68 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0361;QD=63.692;RBI=0.0827008;REFB=0;REVB=0.057991;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264274;OID=.;OPOS=19415304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:95:0:0:90:95:1:51:39:0:0:52:43:0:0 chr1 19433449 . A G 341.03 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0161215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.945;QD=20.9867;RBI=0.022742;REFB=-0.035706;REVB=-0.0160403;RO=30;SAF=13;SAR=22;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110946;STB=0.561496;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00980608;OID=.;OPOS=19433449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:22:13:15:15:22:13:15:15 chr1 19447843 . C G 182.84 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0193842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2648;QD=17.413;RBI=0.0815769;REFB=-0.0493759;REVB=-0.0792404;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100215;STB=0.565394;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.052056;OID=.;OPOS=19447843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:12:7:6:16:12:7:6:17 chr1 19481474 . G A 425.12 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0102057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.445;QD=18.8942;RBI=0.0207423;REFB=-0.0149354;REVB=0.0180579;RO=47;SAF=21;SAR=22;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208764;STB=0.511622;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0124337;OID=.;OPOS=19481474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:22:21:24:23:22:21:24:23 chr1 19510394 . A G 575.41 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.564;QD=60.5695;RBI=0.0125766;REFB=0;REVB=0.00166505;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83766e-05;OID=.;OPOS=19510394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr1 19565344 . C G 356.3 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7463;QD=54.816;RBI=0.126158;REFB=0;REVB=0.124025;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00351999;OID=.;OPOS=19565344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:11:15:0:0 chr1 19593851 . G A 393.11 PASS AF=0.5;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00659623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.351;QD=19.6556;RBI=0.0072653;REFB=-0.00672145;REVB=0.00304537;RO=39;SAF=23;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560244;STB=0.525368;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0086998;OID=.;OPOS=19593851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:39:40:40:40:0.5:17:23:20:19:17:23:21:19 chr1 19595137 . C T 784.36 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0783;QD=62.7486;RBI=0.044099;REFB=0;REVB=0.0147677;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00943774;OID=.;OPOS=19595137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:24:24:0:0:24:26:0:0 chr1 19596124 . C T 1723.39 PASS AF=0.991453;AO=113;DP=114;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1707;QD=58.9191;RBI=0.018468;REFB=-0.071127;REVB=-0.0110997;RO=1;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092192;STB=0.504672;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00216088;OID=.;OPOS=19596124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:114:117:1:1:113:116:0.991453:51:62:0:1:53:63:0:1 chr1 19596156 . G T 1750.46 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0546193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1766;QD=59.8449;RBI=0.0774715;REFB=-0.0434657;REVB=0.0549414;RO=1;SAF=59;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825902;STB=0.504347;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00480882;OID=.;OPOS=19596156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:57:59:0:1:57:59:0:1 chr1 19609254 . T C 793.14 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00802956;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.781;QD=55.6588;RBI=0.0913282;REFB=0;REVB=0.0909745;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424852;OID=.;OPOS=19609254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:54:57:1:23:31:0:0:25:32:0:0 chr1 19611241 . T C 1008.38 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7364;QD=59.3163;RBI=0.0693793;REFB=0;REVB=-0.0627906;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295968;OID=.;OPOS=19611241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr1 19612477 . C T 843.09 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0475446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2228;QD=54.3926;RBI=0.0478912;REFB=-0.198305;REVB=0.0057509;RO=1;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185022;STB=0.519224;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0055118;OID=.;OPOS=19612477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:1:2:60:60:0.967742:25:35:0:1:25:35:0:2 chr1 19631656 . A G 267.82 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0422295;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0257;QD=27.4689;RBI=0.0426374;REFB=-0.0274618;REVB=-0.00588343;RO=15;SAF=8;SAR=16;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0149221;OID=.;OPOS=19631656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:15:15:24:24:0.615385:16:8:5:10:16:8:5:10 chr1 19684006 . G C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00556838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.236;QD=16.417;RBI=0.00867922;REFB=-0.0176789;REVB=0.00665747;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178685;STB=0.510294;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0210337;OID=.;OPOS=19684006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:6:10:9:5:6:10 chr1 19810810 . G GC 87.21 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=69;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0354995;FXX=0.0156226;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.45618;QD=5.53698;RBI=0.0937905;REFB=-0.0420215;REVB=-0.0868127;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754799;STB=0.527655;STBP=0.742;TYPE=ins;VARB=0.0423897;OID=.;OPOS=19810811;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:24:69:27:63:36:11:16:13:23:87:41:11:13:16:25 chr1 19953118 . G T 918.74 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000678328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2448;QD=58.3326;RBI=0.0202494;REFB=0;REVB=0.020238;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145238;OID=.;OPOS=19953118;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr1 20020993 . AC GT 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0129726;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.368;QD=10.7536;RBI=0.0148851;REFB=-0.00975074;REVB=0.00729915;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235158;STB=0.627256;STBP=0.271;TYPE=mnp;VARB=0.0173609;OID=.;OPOS=20020993;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:5:8:10:15:5:8:11:15 chr1 20097941 . G T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.95;QD=54.5175;RBI=0.0465937;REFB=0;REVB=0.0215687;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320603;OID=.;OPOS=20097941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr1 20304962 . C G 283.04 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0189653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.461;QD=14.8966;RBI=0.0204134;REFB=-0.0019158;REVB=0.00755147;RO=43;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199285;STB=0.504947;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00363343;OID=.;OPOS=20304962;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:32:32:0.421053:15:17:22:21:15:17:23:21 chr1 20442054 . T C 354.06 PASS AF=0.393939;AO=38;DP=97;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00089045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.13;QD=14.3055;RBI=0.0235771;REFB=-0.0134804;REVB=0.0235602;RO=59;SAF=18;SAR=20;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354915;STB=0.507039;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0204041;OID=.;OPOS=20442054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:59:60:38:39:0.393939:20:18:26:33:21:18:27:33 chr1 20490518 . T C 763.31 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.872;QD=54.5218;RBI=0.0997131;REFB=-0.017973;REVB=0.0978411;RO=0;SAF=40;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000758176;OID=.;OPOS=20490518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:0:1:54:55:0.982143:14:40:0:0:15:40:1:0 chr1 20501582 . G A 185.97 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0129604;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0188;QD=17.2998;RBI=0.030207;REFB=-0.00450418;REVB=-0.0272854;RO=22;SAF=16;SAR=3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228552;STB=0.646882;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0086224;OID=.;OPOS=20501582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:22:24:19:19:0.44186:3:16:15:7:3:16:16:8 chr1 20519808 . G A 221.12 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=0.028387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7656;QD=18.0502;RBI=0.0289893;REFB=-0.00336282;REVB=0.00587894;RO=27;SAF=17;SAR=5;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605121;STB=0.534217;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00540513;OID=.;OPOS=20519808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:5:17:22:5:5:17:22:5 chr1 20520732 . T C 322.24 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0270121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.629;QD=28.0206;RBI=0.0300037;REFB=-0.0255777;REVB=-0.0130603;RO=17;SAF=9;SAR=19;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1932;STB=0.618805;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0148134;OID=.;OPOS=20520732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:18:28:28:0.608696:19:9:10:7:19:9:11:7 chr1 20656824 . A G 1784.91 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.827;QD=61.0225;RBI=0.0469477;REFB=0;REVB=0.0440389;RO=0;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12182e-05;OID=.;OPOS=20656824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:54:63:0:0:54:63:0:0 chr1 20662937 . A AG 496.39 PASS AF=1;AO=4;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10831;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=191.486;QD=55.1544;RBI=0.111421;REFB=0;REVB=-0.0261458;RO=34;SAF=2;SAR=2;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165983;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000108814;OID=.;OPOS=20662938;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:38:36:36:0:13:23:0:0:4:34:2:2:12:22 chr1 20662938 . A G 483.72 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000496451;FXX=0.0270197;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.523;QD=53.7464;RBI=0.0161462;REFB=-0.122895;REVB=0.0161386;RO=2;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406249;STB=0.521726;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.000632325;OID=.;OPOS=20662938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:36:2:2:34:34:0.944444:22:12:0:2:22:12:0:2 chr1 20671961 . G A 305.35 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00366631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.352;QD=53.104;RBI=0.0359458;REFB=0;REVB=0.0357584;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322375;OID=.;OPOS=20671961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr1 20680718 . G A 284.5 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.9542;QD=51.7278;RBI=0.085765;REFB=0;REVB=0.0808519;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00328748;OID=.;OPOS=20680718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:10:10:0:0:12:10:0:0 chr1 20972048 . G A 803.64 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196226;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4176;QD=57.4028;RBI=0.0334532;REFB=0;REVB=-0.0270937;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000603338;OID=.;OPOS=20972048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr1 20972111 . G A 357.43 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00793256;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.355;QD=21.3394;RBI=0.0086326;REFB=-0.00770661;REVB=0.00340534;RO=27;SAF=11;SAR=25;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251605;STB=0.54294;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00378317;OID=.;OPOS=20972111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:27:31:36:36:0.537313:25:11:9:18:25:11:12:19 chr1 20977000 . A C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00538607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.154;QD=18.6449;RBI=0.0342513;REFB=-0.00985109;REVB=0.0338252;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910022;STB=0.589347;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0121384;OID=.;OPOS=20977000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:13:14:14:0.518519:8:6:6:5:8:6:8:5 chr1 20987873 . G C 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.116;QD=59.6783;RBI=0.0207281;REFB=0;REVB=0.0150999;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00047e-05;OID=.;OPOS=20987873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr1 20990904 . C T 288.2 PASS AF=0.596154;AO=27;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0708005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6185;QD=22.1695;RBI=0.0715837;REFB=-0.0589814;REVB=-0.0105602;RO=21;SAF=21;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316796;STB=0.606228;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.106554;OID=.;OPOS=20990904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:27:31:0.596154:6:21:9:12:10:21:9:12 chr1 20992819 . G C 193.85 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0246962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2402;QD=16.8561;RBI=0.0448474;REFB=-0.0154414;REVB=0.0374351;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011497;STB=0.506572;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0210621;OID=.;OPOS=20992819;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:9:11:14:12:9:11:14:12 chr1 21011346 . A G 676.41 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270168;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.877;QD=62.9218;RBI=0.0275077;REFB=0;REVB=-0.00517331;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892457;OID=.;OPOS=21011346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr1 21011622 . C A,CGACA 144.33 PASS AF=0.125,0.75;AO=2,12;DP=16;FAO=2,12;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=2,7;FSAR=0,5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0186469,0.0437897;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,4;MLLD=65.2493,240.578;QD=36.0828;RBI=0.021184,0.0466324;REFB=0.00171745,-0.00323977;REVB=-0.0100527,-0.0160327;RO=2;SAF=2,7;SAR=0,5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.639851,0.0218866;STB=0.992443,0.512175;STBP=0.312,0.884;TYPE=snp,ins;VARB=0.00643461,0.00922826;OID=.,.;OPOS=21011622,21011623;OREF=C,-;OALT=A,GACA;OMAPALT=A,CGACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:11:16:16:2:2:2,12:2,12:0.125,0.75:0,5:2,7:1:1:0,5:2,7:1:1 chr1 21024901 . C T 468.21 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173105;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.651;QD=58.5267;RBI=0.0214628;REFB=0;REVB=0.0126884;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.48274e-05;OID=.;OPOS=21024901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr1 21031046 . C T 449.73 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0284029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.317;QD=18.936;RBI=0.0370956;REFB=-0.0273367;REVB=-0.0238612;RO=50;SAF=30;SAR=15;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184286;STB=0.602894;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.03968;OID=.;OPOS=21031046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:15:30:24:26:15:30:24:26 chr1 21042094 . G A 1360.09 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.606;QD=62.5331;RBI=0.0246806;REFB=0;REVB=0.00532864;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55408e-05;OID=.;OPOS=21042094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:84:87:1:49:35:0:0:49:38:0:0 chr1 21044161 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.571;QD=48.737;RBI=0.0751585;REFB=0;REVB=-0.00699345;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479522;OID=.;OPOS=21044161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr1 21050958 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.719;QD=62.022;RBI=0.0678564;REFB=0;REVB=0.0651687;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215508;OID=.;OPOS=21050958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:11:31:0:0:11:31:0:0 chr1 21167404 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.627;QD=59.3228;RBI=0.0212898;REFB=0;REVB=-0.0129309;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3943e-06;OID=.;OPOS=21167404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr1 21299496 . GT AG,G 74.17 PASS AF=0,0.5;AO=2,16;DP=42;FAO=0,19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=0,10;FSAR=0,9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.111649,-0.173825;FXX=0.0952154;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=19.3542,8.54938;QD=7.80747;RBI=0.112726,0.18612;REFB=-0.0330703,-0.0862086;REVB=0.0155488,-0.0665237;RO=16;SAF=1,9;SAR=1,7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0552398;STB=0.5,0.526435;STBP=1,0.774;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0463186;OID=.,.;OPOS=21299496,21299497;OREF=GT,T;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:72:42:38:16:19:2,16:0,19:0,0.5:1,7:1,9:8:8:0,9:0,10:11:8 chr1 21795388 . A G 808.24 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00202073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.129;QD=53.8828;RBI=0.0148156;REFB=-0.0805254;REVB=0.0146771;RO=2;SAF=32;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00328432;STB=0.501742;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00046862;OID=.;OPOS=21795388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:26:32:1:1:26:32:1:1 chr1 21808159 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.0179551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9898;QD=11.4397;RBI=0.034983;REFB=-0.0237871;REVB=0.0300238;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269689;STB=0.65547;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0176087;OID=.;OPOS=21808159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:13:1:2:7:13:1 chr1 21808207 . A C 33.47 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0295262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.752;QD=19.127;RBI=0.0457438;REFB=-0.0214329;REVB=0.0349385;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0128493;OID=.;OPOS=21808207;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:1:1:1:4:1:1 chr1 21809750 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.661;QD=43.4861;RBI=0.00642492;REFB=0;REVB=0.000327421;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285136;OID=.;OPOS=21809750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr1 21889635 . T C 872.21 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440537;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.028;QD=58.1474;RBI=0.0467527;REFB=0;REVB=0.0156552;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.86022e-05;OID=.;OPOS=21889635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr1 21894735 . T C 151.54 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0139158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.541;QD=10.1029;RBI=0.0204207;REFB=-0.0120391;REVB=0.014945;RO=39;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119905;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0250025;OID=.;OPOS=21894735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:40:20:20:0.333333:12:8:16:23:12:8:16:24 chr1 21900171 . A G 390.73 PASS AF=0.549296;AO=38;DP=70;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0157548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.693;QD=22.0129;RBI=0.0157824;REFB=-0.0142613;REVB=0.000933514;RO=31;SAF=19;SAR=19;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144784;STB=0.579061;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0105454;OID=.;OPOS=21900171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:31:32:38:39:0.549296:19:19:21:10:19:20:22:10 chr1 21904129 . C G 98.17 PASS AF=0.413793;AO=10;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0144173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.164;QD=13.5403;RBI=0.0487747;REFB=-0.0243018;REVB=-0.0465952;RO=17;SAF=9;SAR=1;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414426;STB=0.777181;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0262004;OID=.;OPOS=21904129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:29:17:17:10:12:0.413793:1:9:11:6:1:11:11:6 chr1 21904267 . A G 1411.19 PASS AF=0.943396;AO=100;DP=106;FAO=100;FDP=106;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0332466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4381;QD=53.2525;RBI=0.0390379;REFB=0.000706193;REVB=-0.0204603;RO=5;SAF=57;SAR=43;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338642;STB=0.523131;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00100819;OID=.;OPOS=21904267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:106:106:5:6:100:100:0.943396:43:57:1:4:43:57:1:5 chr1 21935433 . G T 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.009;QD=54.6367;RBI=0.0202721;REFB=-0.0322896;REVB=0.0119987;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171217;STB=0.509087;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000238206;OID=.;OPOS=21935433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:27:24:0:1:27:24:0:1 chr1 21940555 . C T 54.64 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0049999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1701;QD=9.10641;RBI=0.0949736;REFB=-0.00641882;REVB=-0.0948419;RO=16;SAF=7;SAR=1;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132461;STB=0.583101;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0109726;OID=.;OPOS=21940555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:1:7:13:3:1:7:13:3 chr1 21943820 . G A 330.45 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0194984;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.874;QD=17.8623;RBI=0.0222805;REFB=-0.0167545;REVB=0.0107812;RO=39;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052552;STB=0.529395;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0202994;OID=.;OPOS=21943820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:39:39:35:35:0.472973:16:19:19:20:16:19:19:20 chr1 22005665 . C T 96.16 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=306.013;QD=15.3856;RBI=0.00788255;REFB=-0.0470646;REVB=0.00788255;RO=8;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0177581;OID=.;OPOS=22005665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:25:8:14:11:11:0.44:11:0:0:8:11:0:0:14 chr1 22050649 . C A 99.61 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0156193;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.366;QD=12.8527;RBI=0.0241848;REFB=-0.00413003;REVB=-0.0184647;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220102;STB=0.629419;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00753404;OID=.;OPOS=22050649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:7:12:5:7:7:12 chr1 22109370 . G A 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0618255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.078;QD=18.7769;RBI=0.0619212;REFB=-0.0164124;REVB=-0.00344142;RO=26;SAF=6;SAR=20;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171602;STB=0.596935;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0111143;OID=.;OPOS=22109370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:20:6:10:16:20:6:10:16 chr1 22141030 . C T 157.68 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0452576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6531;QD=16.5977;RBI=0.0453807;REFB=-0.0079424;REVB=-0.00333941;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00541022;STB=0.503102;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0140013;OID=.;OPOS=22141030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:10:11:9:8:10:11 chr1 22149935 . T C 410.78 PASS AF=0.518519;AO=41;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0148118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.937;QD=20.2856;RBI=0.0234093;REFB=-0.00441616;REVB=-0.0181275;RO=38;SAF=23;SAR=18;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988427;STB=0.553703;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00346112;OID=.;OPOS=22149935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:41:42:0.518519:18:23:17:21:19:23:17:22 chr1 22157780 . G A 164.97 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0185071;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.113;QD=20.6217;RBI=0.0366179;REFB=-0.0102326;REVB=0.0315968;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261791;STB=0.647315;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0202494;OID=.;OPOS=22157780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:11:4:10:7:11:4 chr1 22168534 . TG T 40.22 PASS AF=0.321429;AO=20;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0954616;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.2259;QD=2.87265;RBI=0.131443;REFB=-0.122516;REVB=-0.0903571;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.5625;SSSB=-0.174197;STB=0.571351;STBP=0.463;TYPE=del;VARB=0.102164;OID=.;OPOS=22168535;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:20:56:18:56:38:9:9:23:15:40:29:9:11:18:11 chr1 22191454 . G A 446.72 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.089;QD=57.6417;RBI=0.109341;REFB=0;REVB=0.0861193;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106594;OID=.;OPOS=22191454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr1 22206649 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1682;QD=60.6094;RBI=0.0157125;REFB=0;REVB=0.0155196;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161662;OID=.;OPOS=22206649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr1 22206942 . G A 942.17 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305688;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.578;QD=58.8855;RBI=0.0526465;REFB=0;REVB=0.0428626;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122708;OID=.;OPOS=22206942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr1 22207235 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0661942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.918;QD=55.6545;RBI=0.0662249;REFB=0;REVB=0.00201776;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000489739;OID=.;OPOS=22207235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr1 22214127 . A G 1026.29 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.056;QD=59.4951;RBI=0.0749448;REFB=0;REVB=-0.0700539;RO=0;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161834;OID=.;OPOS=22214127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:46:22:0:0:46:23:0:0 chr1 22217108 . G A 804.81 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00687236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4635;QD=64.3844;RBI=0.0304537;REFB=0;REVB=0.0296682;RO=0;SAF=12;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260919;OID=.;OPOS=22217108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:38:12:0:0:38:12:0:0 chr1 22303509 . C A 450.31 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0328683;FXX=0.0275204;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.27;QD=16.9928;RBI=0.0339984;REFB=-0.0128934;REVB=-0.00869304;RO=56;SAF=21;SAR=28;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528684;STB=0.523536;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0122397;OID=.;OPOS=22303509;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:106:56:57:49:49:0.462264:28:21:21:35:28:21:22:35 chr1 22303524 . G A 46.58 PASS AF=0.10084;AO=12;DP=119;FAO=12;FDP=119;FR=.;FRO=107;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=65;FWDB=-0.0428554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4469;QD=1.5658;RBI=0.0481925;REFB=-0.00983029;REVB=-0.0220437;RO=107;SAF=8;SAR=4;SRF=42;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316309;STB=0.733682;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0827473;OID=.;OPOS=22303524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:119:119:107:107:12:12:0.10084:4:8:42:65:4:8:42:65 chr1 22307340 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2582;QD=37.4883;RBI=0.0801867;REFB=0;REVB=0.0494831;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00792182;OID=.;OPOS=22307340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr1 22307358 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.984;QD=43.4861;RBI=0.0392245;REFB=0;REVB=0.0179556;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000857259;OID=.;OPOS=22307358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr1 22307538 . C T 1012.84 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.935;QD=57.8763;RBI=0.032259;REFB=-0.158053;REVB=-0.000774734;RO=1;SAF=40;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116725;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000443372;OID=.;OPOS=22307538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:29:40:1:0:29:40:1:0 chr1 22310190 . T C 219.02 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00686351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.491;QD=23.6776;RBI=0.0112049;REFB=-0.00482867;REVB=0.00885671;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572686;STB=0.51678;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0026394;OID=.;OPOS=22310190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:21:21:0.567568:10:11:9:6:10:11:9:7 chr1 22310262 . G C 728.85 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00752376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.964;QD=57.1644;RBI=0.0193594;REFB=0;REVB=-0.0178376;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265356;OID=.;OPOS=22310262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr1 22310725 . G C 866.48 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0056779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7865;QD=57.7651;RBI=0.0984265;REFB=0;REVB=0.0982626;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000999859;OID=.;OPOS=22310725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:30:29:0:0:31:29:0:0 chr1 22310824 . T C 789.29 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103892;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.246;QD=64.4318;RBI=0.0106978;REFB=0;REVB=-0.00255086;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.2354e-05;OID=.;OPOS=22310824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr1 22313161 . T C 526.54 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7349;QD=56.9237;RBI=0.0264865;REFB=-0.124325;REVB=0.0232209;RO=1;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406473;STB=0.521727;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000288499;OID=.;OPOS=22313161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:11:25:0:1:11:25:0:1 chr1 22314015 . GA G 192.97 PASS AF=0.894737;AO=15;DP=18;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0331676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.294;QD=40.6246;RBI=0.0529044;REFB=-0.0220753;REVB=0.0412164;RO=2;SAF=4;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615517;STB=0.525517;STBP=0.555;TYPE=del;VARB=0.00226661;OID=.;OPOS=22314016;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737:15:18:17:19:2:5:12:1:1:10:2:4:11:1:1 chr1 22314240 . A T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.004;QD=33.4285;RBI=0.0160664;REFB=0;REVB=0.0160664;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139812;OID=.;OPOS=22314240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr1 22324705 . T C 651.12 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.092;QD=62.0111;RBI=0.0414827;REFB=0;REVB=0.0245926;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53122e-05;OID=.;OPOS=22324705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr1 22328228 . C G 198.66 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0171815;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4324;QD=11.1923;RBI=0.0234109;REFB=-0.0115455;REVB=0.0159018;RO=44;SAF=8;SAR=17;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182966;STB=0.608502;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0328349;OID=.;OPOS=22328228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:46:25:25:0.352113:17:8:21:23:17:8:22:24 chr1 22329062 . CC GT 193.49 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.010666;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=217.741;QD=32.2487;RBI=0.0304591;REFB=-0.0389592;REVB=0.0285305;RO=6;SAF=11;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12812;STB=0.570675;STBP=0.253;TYPE=mnp;VARB=0.0120343;OID=.;OPOS=22329062;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:7:11:2:4:7:11:2:4 chr1 22332008 . T C 50.16 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.00747475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.926;QD=2.78685;RBI=0.00817862;REFB=-0.000448609;REVB=0.00331932;RO=62;SAF=8;SAR=2;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30116;STB=0.717471;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00286282;OID=.;OPOS=22332008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:72:72:62:62:10:10:0.138889:2:8:36:26:2:8:36:26 chr1 22336277 . C G 500.89 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5447;QD=58.9276;RBI=0.105945;REFB=0;REVB=-0.0139073;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00226541;OID=.;OPOS=22336277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr1 22336305 . C T 44.54 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0142925;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.059;QD=6.14314;RBI=0.0339215;REFB=0.00893337;REVB=-0.0307635;RO=22;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187877;STB=0.621021;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0715041;OID=.;OPOS=22336305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:30:29:22:22:7:7:0.241379:3:4:9:13:3:4:9:13 chr1 22336308 . G A 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0600576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.844;QD=5.78767;RBI=0.0610591;REFB=-0.00351365;REVB=0.0110136;RO=22;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187877;STB=0.603481;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0117631;OID=.;OPOS=22336308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:30:22:23:7:7:0.233333:3:4:9:13:3:4:10:13 chr1 22337430 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.144;QD=35.5759;RBI=0.0435075;REFB=0;REVB=0.0349927;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52234e-05;OID=.;OPOS=22337430;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr1 22835677 . A G 1496.11 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217859;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.535;QD=59.8442;RBI=0.0368284;REFB=0;REVB=0.0296935;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32134e-05;OID=.;OPOS=22835677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:100:0:0:100:100:1:52:48:0:0:52:48:0:0 chr1 22846709 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.716;QD=62.3508;RBI=0.0309078;REFB=0;REVB=0.0123232;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011922;OID=.;OPOS=22846709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr1 22852715 . G C 126.62 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0206819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0744;QD=15.8273;RBI=0.0238981;REFB=0.0215345;REVB=0.011974;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112472;STB=0.53841;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0210039;OID=.;OPOS=22852715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:17:14:15:0.46875:9:5:8:9:9:6:8:9 chr1 22853141 . G A 128.05 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0189898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8038;QD=20.4881;RBI=0.0201683;REFB=-0.0290039;REVB=-0.00679322;RO=11;SAF=2;SAR=12;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583576;STB=0.533283;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0192058;OID=.;OPOS=22853141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:11:11:14:14:0.56:12:2:2:9:12:2:2:9 chr1 22854070 . A G 645.35 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=131;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.00356689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.533;QD=19.7054;RBI=0.00571749;REFB=0.00347159;REVB=0.00446845;RO=66;SAF=38;SAR=27;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505138;STB=0.527896;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0031887;OID=.;OPOS=22854070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:66:66:65:65:0.496183:27:38:35:31:27:38:35:31 chr1 23101688 . T G 304.18 PASS AF=0.414634;AO=28;DP=83;FAO=34;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0417481;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1468;QD=14.838;RBI=0.0703058;REFB=0.00645077;REVB=0.0565685;RO=37;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135642;STB=0.536564;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00645806;OID=.;OPOS=23101688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:37:48:28:34:0.414634:14:14:19:18:17:17:27:21 chr1 23219493 . T C,G 745.04 PASS AF=0.945455,0.0545455;AO=50,4;DP=54;FAO=52,3;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=32,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0780459,-0.0187365;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=83.0796,7.90758;QD=54.1843;RBI=0.103642,0.0485679;REFB=0,0;REVB=0.0681946,-0.0448083;RO=0;SAF=20,0;SAR=30,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000196187,0.182234;OID=.,.;OPOS=23219493,23219493;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:55:0:0:50,4:52,3:0.945455,0.0545455:30,4:20,0:0:0:32,3:20,0:0:0 chr1 23241193 . C T 265.56 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00893444;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.187;QD=17.414;RBI=0.00999549;REFB=0.00580614;REVB=-0.0044817;RO=32;SAF=18;SAR=11;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356535;STB=0.519986;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00601285;OID=.;OPOS=23241193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:11:18:21:11:11:18:21:11 chr1 23280424 . G T 405.55 PASS AF=0.555556;AO=39;DP=71;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0117754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.698;QD=22.5303;RBI=0.0243328;REFB=-0.0101717;REVB=0.0212937;RO=32;SAF=25;SAR=14;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418425;STB=0.53006;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00814367;OID=.;OPOS=23280424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:32:32:39:40:0.555556:14:25:22:10:15:25:22:10 chr1 23413027 . T C 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00165746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.157;QD=21.377;RBI=0.00171626;REFB=-0.0176572;REVB=0.000445378;RO=21;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159835;STB=0.581123;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0153458;OID=.;OPOS=23413027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:16:7:10:11:16:7:10:12 chr1 23418153 . C T 294.49 PASS AF=0.423077;AO=34;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.025546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1977;QD=15.1018;RBI=0.0287775;REFB=0.00663206;REVB=-0.0132494;RO=44;SAF=22;SAR=12;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174692;STB=0.587476;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00927856;OID=.;OPOS=23418153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:45:34:33:0.423077:12:22:21:23:12:21:22:23 chr1 23419261 . G A 66.2 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.04247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.267;QD=12.036;RBI=0.0555238;REFB=-0.0218977;REVB=0.0357657;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208265;STB=0.624716;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.035749;OID=.;OPOS=23419261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:6:7:3:6:6:7 chr1 23419374 . G T 347.52 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00441028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9236;QD=19.8584;RBI=0.00456967;REFB=0.0201364;REVB=-0.00119637;RO=34;SAF=21;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738845;STB=0.54104;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.0255502;OID=.;OPOS=23419374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:15:21:17:17:15:21:17:17 chr1 23419383 . C T 359.51 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00250144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3276;QD=19.9729;RBI=0.0290565;REFB=0.00356712;REVB=-0.0289486;RO=33;SAF=20;SAR=17;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475045;STB=0.512814;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00660823;OID=.;OPOS=23419383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:35:37:37:0.513889:17:20:16:17:17:20:18:17 chr1 23419855 . T C 221.81 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0268211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4419;QD=25.3491;RBI=0.0318053;REFB=-0.0223026;REVB=0.017094;RO=14;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171335;STB=0.509528;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0209007;OID=.;OPOS=23419855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:10:11:7:7:10:11:7:7 chr1 23519633 . A G 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-3.06574e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.547;QD=8.74513;RBI=0.00712364;REFB=0.00113267;REVB=-0.00712357;RO=30;SAF=2;SAR=10;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.615256;STB=0.869014;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0027716;OID=.;OPOS=23519633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:10:2:22:8:10:2:22:8 chr1 23688933 . A G 127.83 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.000826841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.901;QD=18.2608;RBI=0.0037908;REFB=-0.00247083;REVB=0.00369952;RO=13;SAF=11;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374176;STB=0.673226;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00325749;OID=.;OPOS=23688933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:13:14:15:0.535714:3:11:5:8:4:11:5:8 chr1 23696152 . G A 62.67 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0135897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.664;QD=20.8898;RBI=0.045281;REFB=0.0214003;REVB=-0.0431936;RO=4;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336275;STB=0.699397;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0642483;OID=.;OPOS=23696152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:1:7:2:2:1:7:2:2 chr1 23710805 . A G 141.88 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0852593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.679;QD=14.9346;RBI=0.0866964;REFB=-0.0153555;REVB=0.0157198;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172576;STB=0.599874;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0397664;OID=.;OPOS=23710805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:6:10:10:12:6:10:10:12 chr1 23833599 . A AT 64.74 PASS AF=0.414634;AO=27;DP=83;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.121177;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.75448;QD=3.158;RBI=0.159346;REFB=-0.0730556;REVB=0.103476;RO=44;SAF=18;SAR=9;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113837;STB=0.577165;STBP=0.243;TYPE=ins;VARB=0.0183751;OID=.;OPOS=23833600;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:27:83:34:82:48:22:12:25:23:64:44:18:9:25:19 chr1 23833611 . G T 632.29 PASS AF=0.654762;AO=55;DP=84;FAO=55;FDP=84;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00134696;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=238.092;QD=30.1092;RBI=0.00243839;REFB=-0.00857372;REVB=-0.0020326;RO=29;SAF=28;SAR=27;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11546;STB=0.562478;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00321358;OID=.;OPOS=23833611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:29:29:55:55:0.654762:27:28:20:9:27:28:20:9 chr1 23835794 . A G 157.02 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0502155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.542;QD=16.1042;RBI=0.0519748;REFB=0.0238415;REVB=-0.0134085;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876095;STB=0.550399;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0455515;OID=.;OPOS=23835794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:10:7:11:11:10:7:11:11 chr1 23836364 . A G 41.67 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0107622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.326;QD=7.57608;RBI=0.0116037;REFB=-0.00516465;REVB=-0.00433854;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292794;STB=0.615062;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0128934;OID=.;OPOS=23836364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:21:22:15:15:6:7:0.318182:4:2:9:6:4:3:9:6 chr1 23847464 . C A 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00324395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.385;QD=20.0307;RBI=0.00866965;REFB=-0.0122865;REVB=0.00803987;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689873;STB=0.538819;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.011946;OID=.;OPOS=23847464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:13:11:10:16:13:11:10:16 chr1 23885498 . T C 2143.4 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00467019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.106;QD=62.1274;RBI=0.0164302;REFB=-0.0919593;REVB=0.0157525;RO=0;SAF=72;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000386792;OID=.;OPOS=23885498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:0:1:137:137:0.992754:65:72:0:0:65:72:0:1 chr1 23965704 . A C 1437.81 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203364;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4584;QD=63.2003;RBI=0.0248883;REFB=0;REVB=0.0143479;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5187e-05;OID=.;OPOS=23965704;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:43:47:0:0:44:47:0:0 chr1 23966894 . T TAAG 108.69 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0319242;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=3;MLLD=161.347;QD=33.4436;RBI=0.0349342;REFB=-0.00827039;REVB=0.0141859;RO=2;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13189;STB=0.574321;STBP=0.355;TYPE=ins;VARB=0.000816426;OID=.;OPOS=23966895;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=TAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.846154:11:14:11:13:2:2:9:1:1:10:2:2:9:1:1 chr1 24018277 . C G 1695.02 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000442095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1501;QD=60.5364;RBI=0.0378874;REFB=0;REVB=0.0378848;RO=0;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135121;OID=.;OPOS=24018277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:57:55:0:0:57:55:0:0 chr1 24201162 . G A 1020.41 PASS AF=1;AO=60;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.089;QD=59.1543;RBI=0.077335;REFB=0;REVB=0.0114919;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388202;OID=.;OPOS=24201162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:60:69:1:23:37:0:0:24:45:0:0 chr1 24288404 . A G 323.52 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0587154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8127;QD=16.8061;RBI=0.0590972;REFB=-0.0036495;REVB=0.00670651;RO=42;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106238;STB=0.559552;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00446663;OID=.;OPOS=24288404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:17:18:17:25:17:18:17:25 chr1 24288432 . C T 343.97 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0086619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0856;QD=16.3793;RBI=0.0468637;REFB=-0.0284992;REVB=-0.0460563;RO=47;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772384;STB=0.543356;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0243965;OID=.;OPOS=24288432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:20:17:18:29:20:17:18:29 chr1 24288476 . T C 433.32 PASS AF=0.545455;AO=27;DP=80;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00534635;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.904;QD=22.5099;RBI=0.0545271;REFB=-0.0190598;REVB=0.0542644;RO=26;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150845;STB=0.526303;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0210958;OID=.;OPOS=24288476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:77:26:35:27:42:0.545455:17:10:14:12:24:18:17:18 chr1 24288529 . TAAAC T 251.32 PASS AF=0.559322;AO=32;DP=61;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.000310585;FXX=0.0327815;HRUN=3;LEN=4;MLLD=244.957;QD=17.0385;RBI=0.0156541;REFB=-0.00182409;REVB=-0.0156511;RO=26;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197117;STB=0.516726;STBP=0.788;TYPE=del;VARB=0.00113629;OID=.;OPOS=24288530;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.559322:32:61:33:59:26:14:19:12:14:99:26:14:18:12:14 chr1 24289891 . ATGAATGTG ATG,ATGAAGCAT 43.61 PASS AF=0.210526,0.157895;AO=3,3;DP=19;FAO=4,3;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1,0;FSAR=3,3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0322588,-0.0610685;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=6,4;MLLD=126.649,277.025;QD=9.18111;RBI=0.0366688,0.0618982;REFB=-0.00471773,-0.0054718;REVB=-0.0174347,-0.010101;RO=10;SAF=0,0;SAR=3,3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.573898,-0.573898;STB=0.576517,0.99513;STBP=0.812,0.169;TYPE=del,mnp;VARB=0.0274859,-0.00606101;OID=.,.;OPOS=24289892,24289896;OREF=TGAATG,TGTG;OALT=-,GCAT;OMAPALT=ATG,ATGAAGCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210526,0.157895:3,3:19:4,3:19:12:1,0:3,3:4:8:22:10:0,0:3,3:2:8 chr1 24406647 . G A 298.45 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0315531;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.882;QD=18.0877;RBI=0.0320409;REFB=0.00183281;REVB=0.00556963;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520205;STB=0.529052;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00266213;OID=.;OPOS=24406647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:34:34:32:32:0.484848:18:14:13:21:18:14:13:21 chr1 24409191 . C T 558.6 PASS AF=0.425532;AO=60;DP=141;FAO=60;FDP=141;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.0428076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.396;QD=15.8469;RBI=0.0429332;REFB=-0.00786948;REVB=0.00328159;RO=79;SAF=22;SAR=38;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944444;STB=0.546882;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00957108;OID=.;OPOS=24409191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:79:81:60:60:0.425532:38:22:36:43:38:22:36:45 chr1 24413159 . T C 66.84 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0131044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.431;QD=12.7305;RBI=0.109769;REFB=-0.0277932;REVB=0.108984;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464785;STB=0.772324;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0347906;OID=.;OPOS=24413159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:11:12:9:9:0.428571:4:5:11:0:4:5:12:0 chr1 24416059 . T C 820.78 PASS AF=1;AO=44;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.215728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.448;QD=56.6052;RBI=0.218222;REFB=0;REVB=0.0328923;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00647235;OID=.;OPOS=24416059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:0:0:44:58:1:32:12:0:0:35:23:0:0 chr1 24416070 . G C 806.05 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0359358;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.411;QD=55.5896;RBI=0.0431516;REFB=-0.0790391;REVB=0.0238889;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511624;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00014326;OID=.;OPOS=24416070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:36:21:0:0:36:21:1:0 chr1 24418768 . T C 96.69 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.176183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8217;QD=12.4761;RBI=0.176264;REFB=-0.00215933;REVB=0.00532367;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250496;STB=0.629419;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00517678;OID=.;OPOS=24418768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:5:7:6:12:5:7:7:12 chr1 24419496 . A G 385.15 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0158879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.488;QD=20.5412;RBI=0.0163585;REFB=-0.0159879;REVB=-0.00389543;RO=36;SAF=15;SAR=24;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150244;STB=0.58329;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0104453;OID=.;OPOS=24419496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:24:15:20:16:24:15:20:16 chr1 24421474 . G A 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00690624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.695;QD=16.4202;RBI=0.00711721;REFB=-0.00710163;REVB=-0.00172005;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057773;STB=0.532446;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00634426;OID=.;OPOS=24421474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:18:11:11:23:18:11:11:23 chr1 24421950 . C G 236.16 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0243399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1205;QD=19.2783;RBI=0.0342948;REFB=0.00416637;REVB=0.0241599;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16417;STB=0.592514;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00488509;OID=.;OPOS=24421950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:12:11:17:9:12:11:17:9 chr1 24447468 . G C 901.79 PASS AF=0.955224;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0486545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.433;QD=53.838;RBI=0.072924;REFB=-0.14721;REVB=0.0543198;RO=3;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449073;STB=0.523802;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00783958;OID=.;OPOS=24447468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:67:3:3:63:64:0.955224:30:33:0:3:30:34:0:3 chr1 24465113 . C T 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.427;QD=56.9362;RBI=0.0237611;REFB=0;REVB=0.0191554;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83321e-05;OID=.;OPOS=24465113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr1 24658063 . C G 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0511308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.858;QD=18.1631;RBI=0.0513487;REFB=-0.0128889;REVB=0.00472526;RO=42;SAF=17;SAR=21;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072033;STB=0.540216;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0123229;OID=.;OPOS=24658063;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:21:17:22:20:21:17:22:20 chr1 24680915 . C T 841.56 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00764873;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.529;QD=55.1843;RBI=0.0100655;REFB=-0.0744129;REVB=-0.00654309;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.508472;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00692091;OID=.;OPOS=24680915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:61:0:1:58:60:0.983607:31:27:0:0:31:29:1:0 chr1 24706113 . G A 1472.45 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4615;QD=63.3313;RBI=0.0276838;REFB=0;REVB=0.000696752;RO=0;SAF=57;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129537;OID=.;OPOS=24706113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:36:57:0:0:36:57:0:0 chr1 24706269 . A G 1270.36 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122344;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.957;QD=61.9689;RBI=0.0246778;REFB=0;REVB=0.0214316;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259629;OID=.;OPOS=24706269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:52:30:0:0:52:30:0:0 chr1 24706292 . T C 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.727;QD=59.501;RBI=0.0305198;REFB=0;REVB=-0.00159161;RO=0;SAF=22;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64009e-05;OID=.;OPOS=24706292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:47:22:0:0:47:22:0:0 chr1 24718075 . T C 1110.36 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0483909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9437;QD=57.681;RBI=0.0780632;REFB=-0.196127;REVB=0.0612551;RO=2;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242497;STB=0.512817;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00657557;OID=.;OPOS=24718075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:77:2:2:75:75:0.974026:38:37:0:2:38:37:0:2 chr1 24782710 . C T 817.22 PASS AF=0.567164;AO=76;DP=134;FAO=76;FDP=134;FR=.;FRO=58;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00775493;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.802;QD=24.3947;RBI=0.0193238;REFB=-0.00749642;REVB=-0.0176994;RO=52;SAF=40;SAR=36;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235477;STB=0.533588;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00528903;OID=.;OPOS=24782710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:52:58:76:76:0.567164:36:40:29:23:36:40:35:23 chr1 24785393 . C T 352.3 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.00982364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0622;QD=21.0329;RBI=0.0192518;REFB=-0.0418279;REVB=0.0165568;RO=31;SAF=17;SAR=19;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182488;STB=0.600452;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0356532;OID=.;OPOS=24785393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:19:17:8:23:19:17:8:23 chr1 24859617 . G A 556.72 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000861143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4076;QD=60.186;RBI=0.050278;REFB=0;REVB=0.0502706;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196482;OID=.;OPOS=24859617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr1 24859664 . CG AG,CA 702.46 PASS AF=0.06,0.94;AO=3,37;DP=51;FAO=3,47;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=2,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270593,0.0221278;FXX=0.019604;HRUN=5,2;LEN=1,1;MLLD=262.951,293.631;QD=56.1967;RBI=0.0273604,0.0226048;REFB=0,0;REVB=-0.00404798,-0.00461936;RO=0;SAF=1,14;SAR=2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.91909e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.027222,0.00209955;OID=.,.;OPOS=24859664,24859665;OREF=C,G;OALT=A,A;OMAPALT=AG,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:51:50:0:0:3,37:3,47:0.06,0.94:2,23:1,14:0:0:2,29:1,18:0:0 chr1 24861704 . G A 410.82 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.872;QD=56.6641;RBI=0.019941;REFB=0;REVB=0.0043097;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14445e-05;OID=.;OPOS=24861704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr1 25634143 . T C 89.31 PASS AF=0.292683;AO=10;DP=39;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00517835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.189;QD=8.71291;RBI=0.0583232;REFB=-0.0209749;REVB=0.0580929;RO=29;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144526;STB=0.518488;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0604647;OID=.;OPOS=25634143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:39:41:29:29:10:12:0.292683:7:3:9:20:8:4:9:20 chr1 26131654 . G A 1510.65 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000822497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0083;QD=63.6063;RBI=0.0606736;REFB=0;REVB=0.060668;RO=0;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149972;OID=.;OPOS=26131654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:41:54:0:0:41:54:0:0 chr1 26138262 . T C 342.41 PASS AF=1;AO=20;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.178561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7685;QD=54.7861;RBI=0.182089;REFB=0;REVB=0.0356723;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00506048;OID=.;OPOS=26138262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:20:25:1:10:10:0:0:11:14:0:0 chr1 26140573 . C A 790.26 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0126846;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4503;QD=53.5771;RBI=0.031692;REFB=-0.0113358;REVB=0.0290428;RO=2;SAF=28;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500297;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00218382;OID=.;OPOS=26140573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:56:57:0.966102:28:28:1:1:28:29:1:1 chr1 26144674 . G A 465.15 PASS AF=0.782609;AO=34;DP=45;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0032549;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.543;QD=40.448;RBI=0.0133697;REFB=-0.0115417;REVB=0.0129674;RO=8;SAF=17;SAR=17;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882873;STB=0.559724;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00262706;OID=.;OPOS=26144674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:45:46:8:10:34:36:0.782609:17:17:6:2:17:19:8:2 chr1 26146884 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.122;QD=33.4285;RBI=0.083148;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00536702;OID=.;OPOS=26146884;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr1 26158962 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.941;QD=46.848;RBI=0.067741;REFB=0;REVB=-0.0362417;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197503;OID=.;OPOS=26158962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr1 26290745 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.528;QD=53.2772;RBI=0.0230957;REFB=0;REVB=0.0169852;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08984e-06;OID=.;OPOS=26290745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr1 26357656 . C A 289.24 PASS AF=0.56;AO=26;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00639041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.255;QD=23.1393;RBI=0.0144371;REFB=-0.014426;REVB=0.0129458;RO=23;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189767;STB=0.585736;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0144817;OID=.;OPOS=26357656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:22:26:28:0.56:17:9:13:10:18:10:12:10 chr1 26357667 . G A 194.73 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0220723;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.894;QD=16.5728;RBI=0.02772;REFB=-0.00361206;REVB=-0.0167694;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262714;STB=0.649855;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00321326;OID=.;OPOS=26357667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:27:27:20:20:0.425532:8:12:9:18:8:12:9:18 chr1 26385003 . T C 559.89 PASS AF=0.542857;AO=49;DP=105;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00616623;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.4852;QD=21.3292;RBI=0.016156;REFB=0.00706407;REVB=-0.014933;RO=42;SAF=23;SAR=26;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105225;STB=0.564932;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0056007;OID=.;OPOS=26385003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:42:48:49:57:0.542857:26:23:25:17:33:24:27:21 chr1 26450714 . A G 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0135136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.75;QD=18.0352;RBI=0.023216;REFB=-0.01698;REVB=0.0188776;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16847;STB=0.595503;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0231902;OID=.;OPOS=26450714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:12:10:17:10:12:10:17:10 chr1 26488019 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.362;QD=50.4133;RBI=0.13629;REFB=0;REVB=0.135387;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118794;OID=.;OPOS=26488019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:9:10:0:0 chr1 26496651 . T C 128.93 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.793;QD=42.9779;RBI=0.0817106;REFB=0;REVB=-0.0285995;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124857;OID=.;OPOS=26496651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr1 26504035 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00672078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.442;QD=10.1733;RBI=0.0259549;REFB=-0.0198378;REVB=0.0250696;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280298;STB=0.66622;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0338837;OID=.;OPOS=26504035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:8:1:2:4:8:1 chr1 26671719 . C T 42.36 PASS AF=0.190476;AO=4;DP=21;FAO=4;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0390506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9385;QD=8.06837;RBI=0.0570551;REFB=-0.0414272;REVB=-0.0415973;RO=13;SAF=3;SAR=1;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464525;STB=0.823611;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0588577;OID=.;OPOS=26671719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:21:21:13:14:4:4:0.190476:1:3:4:9:1:3:4:10 chr1 26691174 . C A 292.65 PASS AF=0.634146;AO=25;DP=40;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0269544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.533;QD=28.5516;RBI=0.0520386;REFB=-0.0578453;REVB=0.0445137;RO=15;SAF=14;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153141;STB=0.588717;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0408062;OID=.;OPOS=26691174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:15:15:25:26:0.634146:11:14:5:10:11:15:5:10 chr1 26694136 . C T 291.26 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0135292;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.803;QD=16.1809;RBI=0.0169735;REFB=-0.0147661;REVB=0.01025;RO=40;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061997;STB=0.534943;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0148872;OID=.;OPOS=26694136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:40:40:32:32:0.444444:18:14:20:20:18:14:20:20 chr1 26694245 . T C 124.3 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0316885;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.113;QD=16.0381;RBI=0.0319443;REFB=-0.00333384;REVB=0.00403398;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192804;STB=0.612076;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00493474;OID=.;OPOS=26694245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:17:14:14:0.451613:10:4:8:9:10:4:8:9 chr1 26694260 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0205545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.282;QD=14.0792;RBI=0.0225177;REFB=-0.012144;REVB=0.00919575;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284721;STB=0.666389;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0195504;OID=.;OPOS=26694260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:10:6:8:4:10:6 chr1 26700795 . T C 601.23 PASS AF=1;AO=31;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453023;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.564;QD=61.6644;RBI=0.0607402;REFB=0;REVB=0.0404607;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759906;OID=.;OPOS=26700795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:31:39:1:23:8:0:0:28:11:0:0 chr1 26755919 . A G 487.11 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051049;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=352.644;QD=59.0442;RBI=0.0108098;REFB=0;REVB=0.00952849;RO=0;SAF=32;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44964e-05;OID=.;OPOS=26755919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:34:33:1:2:32:0:0:2:31:0:0 chr1 26786627 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.72;QD=52.6132;RBI=0.0367667;REFB=0;REVB=0.028848;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582431;OID=.;OPOS=26786627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:19:3:0:0:19:3:0:0 chr1 26879920 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.63;QD=57.6807;RBI=0.0142919;REFB=0;REVB=0.0137794;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62075e-05;OID=.;OPOS=26879920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr1 26883511 . A C 253.57 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00613586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.097;QD=17.4878;RBI=0.0316438;REFB=-0.0231309;REVB=0.0310432;RO=30;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100826;STB=0.556634;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0240448;OID=.;OPOS=26883511;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:17:11:15:15:17:11:15:15 chr1 26887592 . T C 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0136603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.643;QD=21.3524;RBI=0.0231063;REFB=-0.0101687;REVB=0.0186359;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449419;STB=0.525508;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00920621;OID=.;OPOS=26887592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:5:8:5:4:5:8:5:4 chr1 26900735 . C G 258.63 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0124716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3669;QD=16.4208;RBI=0.0137801;REFB=-0.0110006;REVB=0.00586101;RO=33;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113621;STB=0.570437;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0153099;OID=.;OPOS=26900735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:15:14:12:21:15:14:12:22 chr1 26901319 . G A 232.06 PASS AF=0.490909;AO=22;DP=52;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.061006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6783;QD=16.8767;RBI=0.0757482;REFB=-0.0320983;REVB=0.0449004;RO=25;SAF=15;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337361;STB=0.601267;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0138262;OID=.;OPOS=26901319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:25:28:22:27:0.490909:7:15:8:17:11:16:11:17 chr1 27210721 . T C 530.12 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.495;QD=58.9017;RBI=0.0490192;REFB=0;REVB=0.0285624;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268867;OID=.;OPOS=27210721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:21:13:0:0:21:15:0:0 chr1 27216280 . C CG 33.8 PASS AF=0.3125;AO=12;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0579691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.4305;QD=4.22467;RBI=0.0638001;REFB=-0.0831054;REVB=-0.0266465;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886344;STB=0.672723;STBP=0.21;TYPE=ins;VARB=0.155141;OID=.;OPOS=27216281;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:12:32:10:32:22:3:7:12:10:33:20:5:7:10:10 chr1 27426796 . T C 708.37 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3407;QD=62.9659;RBI=0.0191458;REFB=0;REVB=-0.0186486;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134959;OID=.;OPOS=27426796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr1 27427041 . T C 572.2 PASS AF=0.95122;AO=40;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.063668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5889;QD=55.8241;RBI=0.0674759;REFB=0.0676231;REVB=-0.0223466;RO=1;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153811;STB=0.518125;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.0279992;OID=.;OPOS=27427041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:40:39:0.95122:30:10:0:1:30:9:1:1 chr1 27428621 . C T 206.2 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0402783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2703;QD=10.9974;RBI=0.0432374;REFB=0.00330967;REVB=0.0157204;RO=48;SAF=18;SAR=8;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269053;STB=0.650944;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.007803;OID=.;OPOS=27428621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:48:49:26:26:0.346667:8:18:22:26:8:18:23:26 chr1 27688633 . G A 321.29 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.000384018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.058;QD=18.8994;RBI=0.0189873;REFB=-0.009032;REVB=0.0189834;RO=34;SAF=14;SAR=20;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183877;STB=0.60235;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0123341;OID=.;OPOS=27688633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:20:14:21:13:20:14:21:13 chr1 27709020 . T C 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00322478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.19;QD=16.0287;RBI=0.00372635;REFB=-0.0322601;REVB=-0.0018672;RO=30;SAF=8;SAR=17;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060709;STB=0.53422;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0410071;OID=.;OPOS=27709020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:17:8:8:22:17:8:8:22 chr1 27875824 . C T 88.17 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.327;QD=39.1863;RBI=0.0322017;REFB=0;REVB=0.0304213;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739015;OID=.;OPOS=27875824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr1 27876482 . C A 1923.46 PASS AF=0.984496;AO=126;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0237057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.283;QD=59.6421;RBI=0.0282223;REFB=-0.00707463;REVB=0.0153146;RO=2;SAF=22;SAR=104;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090504;STB=0.504716;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=6.95093e-05;OID=.;OPOS=27876482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:129:129:2:2:126:127:0.984496:104:22:0:2:105:22:0:2 chr1 28020307 . G C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0213;QD=54.517;RBI=0.0621142;REFB=0;REVB=0.0333644;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105118;OID=.;OPOS=28020307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr1 28209305 . A G 200.49 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0166466;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.209;QD=19.5596;RBI=0.0167221;REFB=-0.0289343;REVB=0.00158644;RO=22;SAF=5;SAR=15;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407202;STB=0.740497;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0211047;OID=.;OPOS=28209305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:21:20:20:0.487805:15:5:15:7:15:5:15:6 chr1 28209362 . T C 64.56 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0891769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0355;QD=10.33;RBI=0.116518;REFB=-0.0288114;REVB=-0.0749928;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460438;STB=0.790672;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0241318;OID=.;OPOS=28209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:7:2:10:5:7:2:11:5 chr1 28209366 . A G 65.15 PASS AF=0.375;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0807153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3495;QD=10.8589;RBI=0.128865;REFB=-0.0249538;REVB=-0.100455;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48899;STB=0.77716;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0273027;OID=.;OPOS=28209366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:14:15:9:9:0.375:7:2:10:4:7:2:10:5 chr1 28268835 . A C 240.65 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.000824471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2201;QD=14.8094;RBI=0.00291617;REFB=-0.0117346;REVB=-0.0027972;RO=37;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587412;STB=0.533309;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.014957;OID=.;OPOS=28268835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:12:16:19:18:12:16:19:18 chr1 28282292 . T C 596.67 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0112778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.941;QD=23.3989;RBI=0.0176103;REFB=-0.00871649;REVB=-0.0135252;RO=43;SAF=25;SAR=33;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135067;STB=0.57853;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00760692;OID=.;OPOS=28282292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:43:44:58:58:0.568627:33:25:26:17:33:25:27:17 chr1 28422847 . C T 902.37 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7232;QD=58.2174;RBI=0.0846933;REFB=0;REVB=0.0581889;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125411;OID=.;OPOS=28422847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:41:21:0:0:41:21:0:0 chr1 28607676 . GC G,GG 350.38 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=20,3;DP=71;FAO=63,6;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=39,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.264878,0.137395;FXX=0.028165;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=6.28292,10.9092;QD=20.3117;RBI=0.642731,0.270272;REFB=0,0;REVB=0.585614,0.232744;RO=29;SAF=13,1;SAR=7,2;SRF=5;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.463306,0.234085;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0565918,-0.276178;OID=.,.;OPOS=28607677,28607677;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.913043,0.0869565:20,3:71:63,6:69:0:24,0:39,6:0:0:20:29:13,1:7,2:5:24 chr1 28638859 . A T 1717.94 PASS AF=0.991379;AO=110;DP=112;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.811;QD=59.2391;RBI=0.0398786;REFB=0.00980361;REVB=0.0299437;RO=1;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855347;STB=0.504347;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=3.5925e-05;OID=.;OPOS=28638859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:116:1:1:110:115:0.991379:55:55:0:1:57:58:0:1 chr1 29138975 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.536;QD=37.4885;RBI=0.0676474;REFB=0;REVB=0.0654696;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275418;OID=.;OPOS=29138975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr1 29189597 . C T 341.47 PASS AF=0.586207;AO=35;DP=59;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.000353433;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.63;QD=23.5493;RBI=0.00724019;REFB=-0.00937604;REVB=0.00723156;RO=24;SAF=12;SAR=23;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184421;STB=0.612938;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00436044;OID=.;OPOS=29189597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:24:24:35:34:0.586207:23:12:14:10:23:11:14:10 chr1 31215364 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.043;QD=58.1421;RBI=0.0131677;REFB=0;REVB=0.0127464;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83723e-05;OID=.;OPOS=31215364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr1 31230532 . T C 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0103235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.207;QD=15.7843;RBI=0.0143599;REFB=-0.014248;REVB=-0.00998149;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167604;STB=0.597015;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0232947;OID=.;OPOS=31230532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:8:9:5:9:8:9 chr1 31346057 . A G 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00547731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5005;QD=14.6504;RBI=0.012415;REFB=-0.00460564;REVB=-0.0111415;RO=31;SAF=16;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128134;STB=0.57341;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00512676;OID=.;OPOS=31346057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:7:16:18:13:7:16:18:13 chr1 31346199 . G A 118.46 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00268447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8983;QD=17.55;RBI=0.0317016;REFB=-0.0320889;REVB=0.0315877;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322932;STB=0.516106;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0568716;OID=.;OPOS=31346199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:13:13:14:0.518519:6:7:6:6:6:8:7:6 chr1 31347320 . G A 571.51 PASS AF=0.58427;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0316735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4256;QD=25.686;RBI=0.0960771;REFB=-0.0212553;REVB=0.0907062;RO=37;SAF=26;SAR=26;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113188;STB=0.561774;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0158008;OID=.;OPOS=31347320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:37:37:52:52:0.58427:26:26:24:13:26:26:24:13 chr1 31351513 . G A 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00331766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.144;QD=23.001;RBI=0.0290456;REFB=-0.0201298;REVB=0.0288555;RO=22;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325014;STB=0.517993;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0170698;OID=.;OPOS=31351513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:17:12:10:12:17:12:10:12 chr1 31445932 . C A,G 1248.55 PASS AF=0.0243902,0.97561;AO=6,76;DP=82;FAO=2,80;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=2,45;FSAR=0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138232,-0.0036684;FXX=0.0120467;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.823,102.734;QD=60.9047;RBI=0.0162432,0.0501889;REFB=0,0;REVB=-0.00853003,0.0500547;RO=0;SAF=2,45;SAR=4,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.151004,5.08346e-05;OID=.,.;OPOS=31445932,31445932;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:82:82:0:0:6,76:2,80:0.0243902,0.97561:4,31:2,45:0:0:0,35:2,45:0:0 chr1 31538601 . TCCGGCC T 58.0 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00537229;FXX=0;HRUN=2;LEN=6;MLLD=282.038;QD=13.6476;RBI=0.0180475;REFB=-0.011342;REVB=0.0172293;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376043;STB=0.770771;STBP=0.07;TYPE=del;VARB=0.0124903;OID=.;OPOS=31538602;OREF=CCGGCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:8:16:8:17:9:2:6:7:2:57:5:2:6:4:1 chr1 31653733 . T C 575.01 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.146;QD=60.5269;RBI=0.0803816;REFB=0;REVB=0.0587008;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323324;OID=.;OPOS=31653733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr1 31740706 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.85;QD=53.9084;RBI=0.0479808;REFB=0;REVB=0.0284736;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394145;OID=.;OPOS=31740706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr1 31882665 . C T 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0355921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.877;QD=17.8005;RBI=0.046877;REFB=0.0140863;REVB=0.0305066;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075896;STB=0.585221;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0117081;OID=.;OPOS=31882665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:24:20:20:0.454545:7:13:12:9:7:13:12:12 chr1 31883295 . T C 1309.23 PASS AF=0.988506;AO=82;DP=83;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0198703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7997;QD=60.1945;RBI=0.0598202;REFB=-0.0452021;REVB=0.0564237;RO=1;SAF=35;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133379;STB=0.506848;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000716743;OID=.;OPOS=31883295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:87:1:1:82:86:0.988506:47:35:1:0:50:36:1:0 chr1 31907457 . A G 1253.2 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244017;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7406;QD=60.3953;RBI=0.0352854;REFB=-0.0908052;REVB=-0.0254876;RO=1;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111424;STB=0.505881;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00113484;OID=.;OPOS=31907457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:82:82:0.987952:42:40:0:1:42:40:0:1 chr1 32085143 . C T 515.26 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.00706003;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.312;QD=18.9088;RBI=0.00749172;REFB=-0.00423181;REVB=-0.00250638;RO=55;SAF=30;SAR=24;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754087;STB=0.541651;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00459653;OID=.;OPOS=32085143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:55:55:54:54:0.495413:24:30:35:20:24:30:35:20 chr1 32127953 . G A 409.47 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.527;QD=56.4792;RBI=0.012665;REFB=0;REVB=0.011107;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68061e-05;OID=.;OPOS=32127953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr1 32148571 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.722;QD=57.1059;RBI=0.0317489;REFB=0;REVB=0.0183027;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18263e-05;OID=.;OPOS=32148571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr1 32150144 . CG C 166.64 PASS AF=0.728571;AO=38;DP=70;FAO=51;FDP=70;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.139051;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=7.19619;QD=9.52218;RBI=0.13925;REFB=-0.0522594;REVB=0.00743991;RO=24;SAF=1;SAR=37;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568289;STB=0.555532;STBP=0.307;TYPE=del;VARB=0.125021;OID=.;OPOS=32150145;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.728571:38:70:51:70:19:6:45:4:15:32:24:1:37:6:18 chr1 32197705 . G A 67.99 PASS AF=0.45;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0673906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0963;QD=13.5987;RBI=0.095233;REFB=-0.0520405;REVB=-0.0672893;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280017;STB=0.604168;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0622195;OID=.;OPOS=32197705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:20:9:11:9:9:0.45:5:4:7:2:5:4:7:4 chr1 32280610 . T C 530.0 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.041216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.859;QD=18.1196;RBI=0.0574035;REFB=-0.00329724;REVB=-0.0399551;RO=59;SAF=24;SAR=32;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273434;STB=0.524744;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00587858;OID=.;OPOS=32280610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:61:56:56:0.478632:32:24:27:32:32:24:29:32 chr1 32557486 . A G 292.94 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0616347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1809;QD=17.7542;RBI=0.0622195;REFB=-0.0213669;REVB=-0.0085107;RO=32;SAF=15;SAR=16;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245335;STB=0.621141;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0230812;OID=.;OPOS=32557486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:34:31:32:0.484848:16:15:7:25:16:16:9:25 chr1 32672908 . T G 271.24 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00455625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.481;QD=37.4117;RBI=0.0126557;REFB=-0.0135205;REVB=0.0118071;RO=6;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184039;STB=0.599917;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00625627;OID=.;OPOS=32672908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:6:6:23:23:0.793103:11:12:6:0:11:12:6:0 chr1 32672932 . G A 50.62 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0266001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2558;QD=5.0623;RBI=0.0397031;REFB=-0.00503438;REVB=0.0294749;RO=32;SAF=6;SAR=2;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211737;STB=0.642475;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0442267;OID=.;OPOS=32672932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:2:6:19:13:2:6:19:13 chr1 32674811 . C T 426.62 PASS AF=0.538462;AO=41;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0232246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1903;QD=21.878;RBI=0.0347769;REFB=0.0204478;REVB=-0.0258853;RO=37;SAF=17;SAR=24;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085873;STB=0.533317;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.0185225;OID=.;OPOS=32674811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:36:41:42:0.538462:24:17:19:18:24:18:18:18 chr1 32694819 . A G 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0350263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.689;QD=18.9996;RBI=0.0490849;REFB=-0.00612142;REVB=-0.0343872;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117167;STB=0.566847;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00342293;OID=.;OPOS=32694819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:12:5:7:10:12:5:7:10 chr1 32706791 . G T 280.14 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0166259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.586;QD=17.7865;RBI=0.0172646;REFB=-0.0285759;REVB=0.00465231;RO=32;SAF=12;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150559;STB=0.572848;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0235242;OID=.;OPOS=32706791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:30:31:0.492063:18:12:18:14:18:13:18:14 chr1 32713199 . A G 141.35 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0141071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4937;QD=13.4614;RBI=0.0456431;REFB=0.00352789;REVB=-0.0434083;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448387;STB=0.538873;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.0131101;OID=.;OPOS=32713199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:7:9:13:12:7:9:13:13 chr1 32860028 . A T 94.55 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0139981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3682;QD=21.0121;RBI=0.0221772;REFB=-0.0185137;REVB=0.0172012;RO=7;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567703;STB=0.832591;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0105079;OID=.;OPOS=32860028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:10:1:5:2:10:1:5:2 chr1 33065947 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.885;QD=57.6807;RBI=0.0194471;REFB=0;REVB=0.0192058;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128192;OID=.;OPOS=33065947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr1 33133968 . T C 317.33 PASS AF=0.96;AO=25;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00289214;FXX=0.0384468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.769;QD=50.7733;RBI=0.0165033;REFB=-0.155946;REVB=0.0162479;RO=1;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487725;STB=0.526294;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-8.91998e-05;OID=.;OPOS=33133968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:25:1:1:25:24:0.96:9:16:0:1:9:15:0:1 chr1 33160878 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.994;QD=51.9167;RBI=0.0257276;REFB=0;REVB=0.0243769;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40132e-05;OID=.;OPOS=33160878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr1 33161212 . T C 724.18 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=57;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0121333;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.637;QD=51.7272;RBI=0.0429634;REFB=-0.105583;REVB=0.0412145;RO=2;SAF=25;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362056;STB=0.519224;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00140814;OID=.;OPOS=33161212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:57:56:2:2:53:54:0.964286:28:25:2:0:29:25:2:0 chr1 33328165 . G A 1426.41 PASS AF=0.959184;AO=92;DP=97;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0136431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.381;QD=58.2206;RBI=0.0223517;REFB=-0.00100606;REVB=0.0177049;RO=5;SAF=46;SAR=46;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975575;STB=0.510202;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=5.98915e-06;OID=.;OPOS=33328165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:97:98:5:4:92:94:0.959184:46:46:3:2:47:47:3:1 chr1 33475721 . G C 44.5 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0430482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9777;QD=3.12302;RBI=0.0519021;REFB=0.00438807;REVB=0.0289945;RO=48;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525109;STB=0.529878;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.0273055;OID=.;OPOS=33475721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:48:49:8:8:0.140351:5:3:20:28:5:3:20:29 chr1 33475750 . A G 74.08 PASS AF=0.2;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00603156;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.824;QD=4.93884;RBI=0.0149413;REFB=-0.00890413;REVB=-0.0136698;RO=48;SAF=4;SAR=8;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109677;STB=0.571306;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.026967;OID=.;OPOS=33475750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:61:60:48:48:12:12:0.2:8:4:20:28:8:4:20:28 chr1 33475767 . G A 78.72 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00481759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.361;QD=4.92012;RBI=0.0156738;REFB=-0.0124622;REVB=-0.0149151;RO=51;SAF=4;SAR=9;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163793;STB=0.606048;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0413883;OID=.;OPOS=33475767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:51:51:13:13:0.203125:9:4:22:29:9:4:22:29 chr1 33476474 . TT AA,TA 73.9 PASS AF=0.357143,0.357143;AO=4,4;DP=12;FAO=5,5;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4,5;FSAR=1,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0377351,0.0690391;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=52.9938,44.857;QD=21.1146;RBI=0.0412775,0.0696271;REFB=-0.0528049,-0.0368935;REVB=0.0167301,0.00902935;RO=3;SAF=4,4;SAR=0,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.74182,0.74182;STB=0.760793,0.997326;STBP=0.166,0.012;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0713449,0.0408188;OID=.,.;OPOS=33476474,33476475;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:12:14:3:4:4,4:5,5:0.357143,0.357143:0,0:4,4:1:2:1,0:4,5:1:3 chr1 33646950 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.941;QD=42.1814;RBI=0.0489433;REFB=0;REVB=-0.0234692;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469459;OID=.;OPOS=33646950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr1 33789588 . T C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0170094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.84;QD=11.1978;RBI=0.0181402;REFB=-0.0301847;REVB=-0.00630443;RO=22;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24837;STB=0.649732;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0427712;OID=.;OPOS=33789588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:3:9:12:10:3:9:12:10 chr1 33820033 . C T 75.2 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00581767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.134;QD=11.1408;RBI=0.0078645;REFB=-0.0144033;REVB=-0.00529198;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277675;STB=0.685368;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0266678;OID=.;OPOS=33820033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:17:17:9:10:0.37037:4:5:5:12:4:6:5:12 chr1 33832865 . A G 246.89 PASS AF=0.230769;AO=21;DP=91;FAO=21;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.00376781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.454;QD=10.8521;RBI=0.0194147;REFB=-0.0135562;REVB=-0.0190456;RO=55;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115046;STB=0.615279;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0423573;OID=.;OPOS=33832865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:91:91:55:60:21:21:0.230769:11:10:21:34:10:11:22:38 chr1 33957130 . C A 228.53 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0651909;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.935;QD=20.314;RBI=0.071618;REFB=-0.0223638;REVB=0.0296527;RO=23;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615051;STB=0.534576;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0144368;OID=.;OPOS=33957130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:23:23:22:22:0.488889:7:15:17:6:7:15:17:6 chr1 33957152 . T G 776.92 PASS AF=1;AO=46;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1793;QD=56.503;RBI=0.0611092;REFB=0;REVB=0.0517061;RO=0;SAF=36;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01011;OID=.;OPOS=33957152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:46:55:1:10:36:0:0:19:36:0:0 chr1 33960062 . A G 192.82 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0454827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.594;QD=14.8321;RBI=0.0498779;REFB=-0.0119344;REVB=-0.0204726;RO=30;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806116;STB=0.545915;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0240606;OID=.;OPOS=33960062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:13:9:10:20:13:9:10:20 chr1 33961722 . C T 192.71 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00903052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.1074;QD=23.3587;RBI=0.0689882;REFB=-0.0340614;REVB=0.0683946;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145539;STB=0.551672;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0253366;OID=.;OPOS=33961722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:13:14:19:19:0.575758:13:6:2:11:13:6:3:11 chr1 33981769 . C T 358.11 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00157865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.07;QD=22.3817;RBI=0.00349676;REFB=-0.0152457;REVB=0.00312013;RO=28;SAF=20;SAR=16;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708174;STB=0.538986;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0141002;OID=.;OPOS=33981769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:16:20:18:10:16:20:18:10 chr1 34024928 . T C 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00629226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.092;QD=19.0232;RBI=0.0927978;REFB=-0.000586822;REVB=-0.0925843;RO=35;SAF=27;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270813;STB=0.652079;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.000230284;OID=.;OPOS=34024928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:8:27:18:17:8:27:18:17 chr1 34025030 . A G 262.81 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0213873;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.538;QD=17.2334;RBI=0.0219346;REFB=-0.00963281;REVB=-0.00486925;RO=32;SAF=21;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230065;STB=0.629905;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0131751;OID=.;OPOS=34025030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:32:29:29:0.47541:8:21:16:16:8:21:16:16 chr1 34038214 . T C 204.47 PASS AF=0.351351;AO=25;DP=73;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0267213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1878;QD=11.0525;RBI=0.0313926;REFB=-0.0165966;REVB=-0.0164761;RO=48;SAF=8;SAR=17;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690313;STB=0.549257;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0309543;OID=.;OPOS=34038214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:48:48:25:26:0.351351:17:8:18:30:18:8:18:30 chr1 34071525 . C T 103.88 PASS AF=0.40625;AO=10;DP=29;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0109622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.364;QD=12.9845;RBI=0.0190285;REFB=-0.015824;REVB=0.0155536;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305731;STB=0.664765;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0242892;OID=.;OPOS=34071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:32:19:19:10:13:0.40625:7:3:11:8:9:4:11:8 chr1 34090751 . T A 773.59 PASS AF=0.485207;AO=79;DP=167;FAO=82;FDP=169;FR=.;FRO=87;FSAF=60;FSAR=22;FSRF=59;FSRR=28;FWDB=-0.028139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0532;QD=18.3098;RBI=0.0392589;REFB=-0.0379199;REVB=0.0273762;RO=86;SAF=59;SAR=20;SRF=58;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857413;STB=0.533989;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0401051;OID=.;OPOS=34090751;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:86:87:79:82:0.485207:20:59:58:28:22:60:59:28 chr1 34112303 . G A 400.0 PASS AF=0.428571;AO=41;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0198215;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.461;QD=16.3264;RBI=0.0402296;REFB=-0.0250381;REVB=0.0350076;RO=56;SAF=24;SAR=17;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333084;STB=0.514035;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0337429;OID=.;OPOS=34112303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:41:42:0.428571:17:24:31:25:17:25:32:24 chr1 34270498 . G A 1103.07 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253744;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.285;QD=60.4424;RBI=0.0254177;REFB=0;REVB=-0.00148247;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59876e-05;OID=.;OPOS=34270498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:40:32:0:0:41:32:0:0 chr1 34285342 . G A 1405.56 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0174316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3256;QD=60.4542;RBI=0.021318;REFB=-0.122066;REVB=-0.0122719;RO=2;SAF=47;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197417;STB=0.510414;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0110458;OID=.;OPOS=34285342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:2:2:91:91:0.978495:44:47:2:0:44:47:2:0 chr1 34285381 . C T 1117.98 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00194873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2462;QD=58.841;RBI=0.0111654;REFB=-0.044454;REVB=0.010994;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000308746;OID=.;OPOS=34285381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:76:0:1:73:75:0.986842:32:41:0:0:33:42:0:1 chr1 34329897 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.51;QD=60.2304;RBI=0.00616881;REFB=0;REVB=0.000577681;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05153e-05;OID=.;OPOS=34329897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr1 34330067 . A C 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0143367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.869;QD=20.6014;RBI=0.0176441;REFB=-0.012234;REVB=0.0102846;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810706;STB=0.566864;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0120294;OID=.;OPOS=34330067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:19:20:20:0.512821:9:11:11:6:9:11:13:6 chr1 34578613 . A G 256.6 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.965;QD=51.3193;RBI=0.0673945;REFB=0;REVB=-0.0487609;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16086e-05;OID=.;OPOS=34578613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:11:7:0:0:11:9:0:0 chr1 35184033 . C T 762.2 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00262054;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.289;QD=56.4589;RBI=0.00594628;REFB=0;REVB=0.0053377;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451637;OID=.;OPOS=35184033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:27:27:0:0 chr1 35227362 . C G 435.4 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00772593;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.9922;QD=56.1803;RBI=0.0268678;REFB=0;REVB=0.025733;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354661;OID=.;OPOS=35227362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:13:18:0:0 chr1 35228604 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.566;QD=52.6132;RBI=0.0372167;REFB=0;REVB=0.00533603;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187411;OID=.;OPOS=35228604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr1 35250720 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.849;QD=53.911;RBI=0.0511957;REFB=0;REVB=0.0109643;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301788;OID=.;OPOS=35250720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr1 35251545 . G C 323.91 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9988;QD=53.985;RBI=0.156553;REFB=0;REVB=0.15622;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134865;OID=.;OPOS=35251545;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:13:9:0:0:15:9:0:0 chr1 35251735 . G C 947.01 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0211659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.379;QD=55.7063;RBI=0.0683855;REFB=-0.0198147;REVB=0.0650275;RO=2;SAF=36;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00254515;STB=0.501347;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000696102;OID=.;OPOS=35251735;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:30:36:1:1:30:36:1:1 chr1 35259961 . A G 1268.56 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0307626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.988;QD=60.4074;RBI=0.0320374;REFB=0.0916869;REVB=0.00894745;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000309425;OID=.;OPOS=35259961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:41:42:0:0:41:42:1:0 chr1 35260929 . G A 941.13 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0239617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.779;QD=57.0384;RBI=0.0304841;REFB=-0.0979136;REVB=0.0188446;RO=1;SAF=35;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133067;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000263112;OID=.;OPOS=35260929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:30:35:1:0:30:35:1:0 chr1 35261044 . CAG C,GAC 275.85 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=19,2;DP=22;FAO=19,2;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137295,0.0139525;FXX=0.0869187;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=197.082,139.248;QD=52.5433;RBI=0.061171,0.0177208;REFB=0,0;REVB=0.0611556,-0.010925;RO=0;SAF=12,2;SAR=7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00167068,0.00771079;OID=.,.;OPOS=35261045,35261044;OREF=AG,CAG;OALT=-,GAC;OMAPALT=C,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:22:21:0:0:19,2:19,2:0.904762,0.0952381:7,0:12,2:0:0:7,0:12,2:0:0 chr1 35261232 . C G 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0808;QD=62.3446;RBI=0.0912109;REFB=0;REVB=0.0616957;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117357;OID=.;OPOS=35261232;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr1 35321242 . A C 630.45 PASS AF=0.460993;AO=65;DP=141;FAO=65;FDP=141;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0626928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8128;QD=17.8851;RBI=0.063555;REFB=-0.0173783;REVB=-0.0104336;RO=75;SAF=31;SAR=34;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00297461;STB=0.501749;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0313099;OID=.;OPOS=35321242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:75:76:65:65:0.460993:34:31:36:39:34:31:36:40 chr1 35474440 . TG T,TT 36.91 PASS AF=0.204545,0.0454545;AO=9,2;DP=43;FAO=9,2;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=7,1;FSAR=2,1;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0609305,0.0209555;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.2143,25.0571;QD=3.35519;RBI=0.158869,0.0848264;REFB=-0.0671254,-0.0405367;REVB=0.14672,0.0821973;RO=29;SAF=9,1;SAR=0,1;SRF=11;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.772635,0.11074;STB=0.777161,0.570734;STBP=0.079,0.835;TYPE=del,snp;VARB=0.142754,0.0434013;OID=.,.;OPOS=35474441,35474441;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.204545,0.0454545:9,2:43:9,2:44:33:7,1:2,1:14:19:28:29:9,1:0,1:11:18 chr1 35562965 . G A 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0282817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.013;QD=19.1558;RBI=0.0304144;REFB=0.00564915;REVB=0.0111885;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285203;STB=0.660868;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00635055;OID=.;OPOS=35562965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:13:8:16:7:13:8:16:7 chr1 35563206 . C G 184.86 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0301992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.367;QD=18.4855;RBI=0.0397088;REFB=-0.00363215;REVB=0.0257837;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185783;STB=0.510563;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00262057;OID=.;OPOS=35563206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:13:6:7:14:13:6:7:14 chr1 35757843 . A T 593.77 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6093;QD=60.8992;RBI=0.0759994;REFB=0;REVB=0.0669683;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158539;OID=.;OPOS=35757843;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr1 35864571 . A G 286.4 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0495473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6279;QD=15.6931;RBI=0.0810331;REFB=-0.0104427;REVB=-0.0641204;RO=40;SAF=11;SAR=21;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00680774;STB=0.501424;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00969674;OID=.;OPOS=35864571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:41:32:32:0.438356:21:11:14:26:21:11:14:27 chr1 35900615 . A G 1472.36 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.065;QD=63.3271;RBI=0.0341803;REFB=0;REVB=0.025599;RO=0;SAF=35;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81173e-05;OID=.;OPOS=35900615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:58:35:0:0:58:35:0:0 chr1 36031342 . T A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.361;QD=37.4885;RBI=0.00462572;REFB=0;REVB=0.00462572;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26215e-05;OID=.;OPOS=36031342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr1 36225948 . T C 1277.86 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0248772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.271;QD=58.752;RBI=0.0357271;REFB=-0.0706274;REVB=0.0256428;RO=2;SAF=35;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00377208;STB=0.502092;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.000449381;OID=.;OPOS=36225948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:84:85:0.977011:49:35:1:1:50:35:1:1 chr1 36228767 . CTTTTTTA CTTTTTA,CTTTTTAT,TCTTTTTA 42.78 PASS AF=0.114943,0.0229885,0.0689655;AO=12,4,5;DP=89;FAO=10,2,6;FDP=87;FR=.;FRO=69;FSAF=6,0,4;FSAR=4,2,2;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00873153,-0.0101492,0.0124059;FXX=0.0113623;HRUN=6,6,1;LEN=1,2,2;MLLD=12.3046,181.327,42.6841;QD=1.96694;RBI=0.0583878,0.0101904,0.0352956;REFB=-0.0587081,-0.00330274,-0.0171172;REVB=0.0577313,-0.000914706,0.0330435;RO=58;SAF=9,0,4;SAR=3,4,1;SRF=29;SRR=29;SSEN=0.456311,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.321905,-0.509247,0.324329;STB=0.605849,0.994699,0.671995;STBP=0.479,0.194,0.396;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.120366,0.0178623,0.0972925;OID=.,.,.;OPOS=36228768,36228773,36228767;OREF=T,TA,CT;OALT=-,AT,TC;OMAPALT=CTTTTTA,CTTTTTAT,TCTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:89:87:58:69:12,4,5:10,2,6:0.114943,0.0229885,0.0689655:3,4,1:9,0,4:29:29:4,2,2:6,0,4:33:36 chr1 36359669 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.804;QD=62.0219;RBI=0.0168578;REFB=0;REVB=-0.0101556;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13335e-06;OID=.;OPOS=36359669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr1 36553673 . A G 785.67 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.488;QD=64.1364;RBI=0.0486302;REFB=0;REVB=0.0202085;RO=0;SAF=39;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237895;OID=.;OPOS=36553673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:10:39:0:0:10:39:0:0 chr1 36557619 . G A 429.68 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.00980284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3615;QD=14.5654;RBI=0.0159895;REFB=0.00327363;REVB=0.0126321;RO=69;SAF=30;SAR=19;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298136;STB=0.66705;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00448691;OID=.;OPOS=36557619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:69:69:49:49:0.415254:19:30:22:47:19:30:22:47 chr1 36565739 . C T 406.12 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0430009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2604;QD=24.9922;RBI=0.0444049;REFB=-0.0288415;REVB=0.0110778;RO=25;SAF=21;SAR=18;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10263;STB=0.562469;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0130773;OID=.;OPOS=36565739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:26:39:39:0.6:18:21:17:8:18:21:18:8 chr1 36642420 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.347;QD=64.1536;RBI=0.0746072;REFB=0;REVB=0.0190481;RO=0;SAF=6;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153428;OID=.;OPOS=36642420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:43:6:0:0:43:6:0:0 chr1 36752433 . C T 361.88 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00701275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.191;QD=53.6115;RBI=0.0285943;REFB=0;REVB=0.027721;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393196;OID=.;OPOS=36752433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:10:16:0:0:11:16:0:0 chr1 36773405 . T G 1717.45 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.855;QD=60.2615;RBI=0.0620291;REFB=0;REVB=0.0549736;RO=0;SAF=47;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89139e-05;OID=.;OPOS=36773405;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:114:0:0:109:114:1:62:47:0:0:66:48:0:0 chr1 36794192 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9479;QD=37.4885;RBI=0.0167974;REFB=0;REVB=0.0137531;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011197;OID=.;OPOS=36794192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr1 36888462 . A G 169.4 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0626149;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7866;QD=14.4168;RBI=0.0686151;REFB=-0.0150353;REVB=0.0280608;RO=29;SAF=5;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33568;STB=0.695641;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0385513;OID=.;OPOS=36888462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:29:29:18:18:0.382979:13:5:17:12:13:5:17:12 chr1 36889005 . G A 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0367279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.34;QD=20.4042;RBI=0.0367288;REFB=-0.0099135;REVB=0.000257757;RO=28;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828808;STB=0.545996;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00747713;OID=.;OPOS=36889005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:18:14:15:13:18:14:15:13 chr1 36893968 . A G 319.17 PASS AF=0.595745;AO=27;DP=46;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00240811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.02;QD=27.1635;RBI=0.0137505;REFB=-0.00574304;REVB=0.013538;RO=19;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719909;STB=0.547137;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00837414;OID=.;OPOS=36893968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:19:19:27:28:0.595745:11:16:13:6:12:16:13:6 chr1 36927733 . G A 669.29 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.63;QD=62.2595;RBI=0.0567614;REFB=0;REVB=0.0546594;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571003;OID=.;OPOS=36927733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:21:22:0:0 chr1 37346428 . A G 425.09 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.033585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7624;QD=24.2908;RBI=0.0519483;REFB=0.00080074;REVB=-0.0396316;RO=29;SAF=21;SAR=20;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822318;STB=0.545052;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00162283;OID=.;OPOS=37346428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:20:21:18:11:20:21:18:11 chr1 37948137 . C T 178.9 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0340518;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8077;QD=14.6037;RBI=0.053504;REFB=0.00155694;REVB=0.0412692;RO=31;SAF=12;SAR=7;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535825;STB=0.546052;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00105462;OID=.;OPOS=37948137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:31:30:19:19:0.387755:7:12:21:10:7:12:21:9 chr1 38006359 . A G 621.01 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00915029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.567;QD=55.2012;RBI=0.0145331;REFB=-0.00988172;REVB=-0.0112908;RO=3;SAF=18;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302082;STB=0.516121;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000110234;OID=.;OPOS=38006359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:24:18:2:1:24:18:2:1 chr1 38019747 . C T 37.38 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00459457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.01;QD=8.30606;RBI=0.00617107;REFB=-0.00592864;REVB=0.00411971;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177981;STB=0.610759;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00705979;OID=.;OPOS=38019747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:4:8:3:3:4:8 chr1 38077411 . CG TT 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513951;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=112.421;QD=37.4885;RBI=0.00513951;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000118883;OID=.;OPOS=38077411;OREF=CG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr1 38077415 . CGC TAG 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098096;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=335.934;QD=37.4885;RBI=0.0098096;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000108296;OID=.;OPOS=38077415;OREF=CGC;OALT=TAG;OMAPALT=TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr1 38077419 . TA CC 108.56 PASS AF=1;AO=2;DP=14;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0992598;FXX=0.266489;HRUN=1;LEN=2;MLLD=104.025;QD=39.4761;RBI=0.0992598;REFB=-0.0684192;REVB=0;RO=0;SAF=2;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0945007;OID=.;OPOS=38077419;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:14:11:0:0:2:11:1:0:2:0:0:0:11:0:0 chr1 38148765 . A G 1597.64 PASS AF=0.990741;AO=105;DP=109;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0343731;FXX=0.0442439;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5818;QD=59.172;RBI=0.0355294;REFB=-0.0951281;REVB=-0.00899035;RO=1;SAF=58;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811238;STB=0.504201;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00254712;OID=.;OPOS=38148765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:108:1:1:105:107:0.990741:47:58:1:0:48:59:1:0 chr1 38173983 . TTTC T,TT 204.01 PASS AF=0.528302,0;AO=22,6;DP=53;FAO=28,0;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=10,0;FSAR=18,0;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00263397,-0.00233554;FXX=0.0185151;HRUN=4,4;LEN=3,2;MLLD=230.729,228.355;QD=15.397;RBI=0.0242972,0.0269926;REFB=0.00778426,0.00628358;REVB=-0.024154,-0.0268914;RO=23;SAF=9,1;SAR=13,5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.141866,-0.47679;STB=0.579774,0.5;STBP=0.256,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00787001,-0.0150459;OID=.,.;OPOS=38173984,38173985;OREF=TTC,TC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.528302,0:22,6:53:28,0:53:25:10,0:18,0:13:12:99:23:9,1:13,5:13:10 chr1 38215918 . G A 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0271984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.422;QD=16.8248;RBI=0.0272039;REFB=-0.0233009;REVB=0.000543701;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130437;STB=0.574398;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0160502;OID=.;OPOS=38215918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:11:10:17:11:11:10:17:11 chr1 38266725 . AACTG A 119.36 PASS AF=0.261682;AO=29;DP=106;FAO=28;FDP=107;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.00954971;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=4;MLLD=299.254;QD=4.46195;RBI=0.0186394;REFB=-0.0105934;REVB=-0.0160072;RO=73;SAF=9;SAR=20;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275117;STB=0.694681;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=0.0275882;OID=.;OPOS=38266726;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261682:29:106:28:107:79:8:20:43:36:99:73:9:20:39:34 chr1 38327935 . CAG C 372.22 PASS AF=0.396396;AO=44;DP=113;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.00246105;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.529;QD=13.4133;RBI=0.00246274;REFB=0.00735293;REVB=-9.12821e-05;RO=67;SAF=28;SAR=16;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061181;STB=0.544021;STBP=0.47;TYPE=del;VARB=-0.00851575;OID=.;OPOS=38327936;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396396:44:113:44:111:67:28:16:38:29:99:67:28:16:39:28 chr1 38327982 . G T 239.97 PASS AF=0.3125;AO=29;DP=96;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0818447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3274;QD=9.99882;RBI=0.0888316;REFB=-0.00539551;REVB=0.0345326;RO=66;SAF=17;SAR=12;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15521;STB=0.576819;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00964354;OID=.;OPOS=38327982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:66:66:29:30:0.3125:12:17:30:36:13:17:30:36 chr1 38338795 . A G 133.58 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00586931;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.397;QD=14.4405;RBI=0.0291865;REFB=-0.00932733;REVB=-0.0285903;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177503;STB=0.603631;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0156706;OID=.;OPOS=38338795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:5:10:11:11:5:10:11:11 chr1 38423853 . G C 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.602;QD=59.924;RBI=0.0358643;REFB=0;REVB=0.00138342;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31872e-05;OID=.;OPOS=38423853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:56:49:0:0:56:49:0:0 chr1 38442547 . G A 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000492281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4203;QD=50.4096;RBI=0.0167203;REFB=0;REVB=-0.016713;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000463558;OID=.;OPOS=38442547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr1 38449910 . T C 156.15 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0470112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4967;QD=15.6148;RBI=0.05765;REFB=0.0121372;REVB=-0.0333686;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104704;STB=0.559933;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0196159;OID=.;OPOS=38449910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:11:6:6:17:11:6:6:17 chr1 38450367 . A G 707.56 PASS AF=0.979167;AO=43;DP=44;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0943737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.372;QD=58.9629;RBI=0.0943742;REFB=0.000433694;REVB=-0.000291985;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191664;STB=0.508768;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000717088;OID=.;OPOS=38450367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:48:1:1:43:47:0.979167:19:24:1:0:19:28:1:0 chr1 38462898 . T A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00322216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.218;QD=24.3281;RBI=0.00322216;REFB=0.00632707;REVB=0;RO=2;SAF=7;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100341;OID=.;OPOS=38462898;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:0:7:2:0:0:7:2:0 chr1 38462905 . C G 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7635;QD=39.2016;RBI=0.0321333;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205843;OID=.;OPOS=38462905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr1 38463504 . C T 191.54 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0157997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4224;QD=9.69813;RBI=0.0250399;REFB=-0.0169452;REVB=-0.0194259;RO=52;SAF=13;SAR=12;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451804;STB=0.538897;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.027495;OID=.;OPOS=38463504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:52:54:25:25:0.316456:12:13:25:27:12:13:25:29 chr1 38862336 . T A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0547635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8804;QD=57.2006;RBI=0.0815596;REFB=0;REVB=-0.0604394;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00245196;OID=.;OPOS=38862336;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr1 39329700 . G T 47.08 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00390651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3519;QD=11.0773;RBI=0.0387742;REFB=0.00271181;REVB=-0.0385769;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392579;STB=0.737044;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00484912;OID=.;OPOS=39329700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:3:7:2:5:3:7 chr1 39339449 . C T 263.8 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00145789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.218;QD=12.8682;RBI=0.0155454;REFB=-0.0145145;REVB=-0.0154769;RO=50;SAF=19;SAR=12;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00808322;STB=0.503309;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0348533;OID=.;OPOS=39339449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:51:31:31:0.378049:12:19:31:19:12:19:31:20 chr1 39340282 . C T 590.92 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0685726;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.241;QD=20.2022;RBI=0.0688581;REFB=-0.0091324;REVB=-0.00626394;RO=57;SAF=26;SAR=34;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589977;STB=0.532464;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0131995;OID=.;OPOS=39340282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:57:57:60:60:0.512821:34:26:21:36:34:26:21:36 chr1 39352083 . T G 204.94 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.0484803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.353;QD=15.7644;RBI=0.0575081;REFB=-0.0070299;REVB=0.0309329;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283552;STB=0.65475;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00822888;OID=.;OPOS=39352083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:29:23:23:0.442308:10:13:22:4:10:13:24:5 chr1 39352271 . G T 100.44 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0299792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.511;QD=16.7403;RBI=0.0311695;REFB=-0.0202386;REVB=-0.00853127;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144848;STB=0.583198;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0205274;OID=.;OPOS=39352271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:4:8:6:6:4:8 chr1 39748921 . G A 1055.86 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5343;QD=57.8554;RBI=0.0930684;REFB=0;REVB=0.0912037;RO=2;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255447;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234849;OID=.;OPOS=39748921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:73:73:2:0:71:73:1:36:35:0:2:38:35:0:0 chr1 39789938 . C T 534.04 PASS AF=0.597561;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0149859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4699;QD=26.0509;RBI=0.0165507;REFB=-0.0210533;REVB=-0.00702471;RO=33;SAF=28;SAR=21;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261615;STB=0.51428;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0142375;OID=.;OPOS=39789938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:33:49:49:0.597561:21:28:20:13:21:28:20:13 chr1 39806610 . C T 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0536398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.334;QD=20.7388;RBI=0.0548151;REFB=-0.00171067;REVB=-0.0112899;RO=16;SAF=13;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293214;STB=0.516511;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00197042;OID=.;OPOS=39806610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:5:13:12:4:5:13:12:4 chr1 39812822 . C A 129.35 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0390991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8318;QD=12.9349;RBI=0.0443287;REFB=-0.0250318;REVB=-0.0208877;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065827;STB=0.538412;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0236125;OID=.;OPOS=39812822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:10:5:7:18:10:5:7:18 chr1 39988145 . T C 224.03 PASS AF=0.294118;AO=30;DP=102;FAO=30;FDP=102;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=-0.0315296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.033;QD=8.78561;RBI=0.0319929;REFB=-0.00695635;REVB=0.00542495;RO=71;SAF=19;SAR=11;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311167;STB=0.686193;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0210135;OID=.;OPOS=39988145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:71:72:30:30:0.294118:11:19:26:45:11:19:26:46 chr1 40098328 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.931;QD=56.9569;RBI=0.0103018;REFB=0;REVB=-0.000935284;RO=0;SAF=3;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93525e-06;OID=.;OPOS=40098328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:49:3:0:0:49:3:0:0 chr1 40145297 . C T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.756;QD=63.5817;RBI=0.0461172;REFB=0;REVB=0.012703;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314428;OID=.;OPOS=40145297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr1 40149642 . G T 2403.09 PASS AF=1;AO=154;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.13;QD=61.2253;RBI=0.0398379;REFB=0;REVB=0.034455;RO=0;SAF=74;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19082e-05;OID=.;OPOS=40149642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:154:157:1:80:74:0:0:83:74:0:0 chr1 40230385 . G A 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0067143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.88;QD=6.26197;RBI=0.0183206;REFB=-0.00638059;REVB=0.0170459;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218582;STB=0.639616;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0157429;OID=.;OPOS=40230385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:4:3:13:8:4:3:13:8 chr1 40236074 . A C 326.8 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00960794;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.777;QD=48.414;RBI=0.00978043;REFB=-0.103223;REVB=-0.00182875;RO=2;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206975;STB=0.511173;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00398173;OID=.;OPOS=40236074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:28:27:2:2:25:25:0.925926:9:16:1:1:9:16:1:1 chr1 40236822 . GA G,GG 49.83 PASS AF=0.631579,0.157895;AO=10,4;DP=20;FAO=12,3;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=0,0;FSAR=12,3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=14.1388,17.9883;QD=10.491;RBI=0.0488043,0.0278776;REFB=-0.0520676,-0.0337677;REVB=0.0488043,0.0278776;RO=6;SAF=0,0;SAR=10,4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.783948,-0.65814;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.275,0.222188;OID=.,.;OPOS=40236823,40236823;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631579,0.157895:10,4:20:12,3:19:4:0,0:12,3:0:4:25:6:0,0:10,4:1:5 chr1 40240691 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.328;QD=33.4285;RBI=0.0660658;REFB=0;REVB=0.0432651;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154993;OID=.;OPOS=40240691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr1 40315888 . A T 330.28 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.010927;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.725;QD=20.9703;RBI=0.017239;REFB=-0.0537359;REVB=-0.0133335;RO=27;SAF=13;SAR=20;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850146;STB=0.535658;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.015655;OID=.;OPOS=40315888;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:27:29:33:34:0.539683:20:13:8:19:21:13:9:20 chr1 40349131 . G A 582.4 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00147433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.32;QD=58.2397;RBI=0.0517651;REFB=-0.0253141;REVB=0.0517441;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267753;STB=0.514278;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000328747;OID=.;OPOS=40349131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:22:17:1:0:22:17:1:0 chr1 40363054 . G C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1399;QD=60.2284;RBI=0.0771673;REFB=0;REVB=0.0677764;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143791;OID=.;OPOS=40363054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr1 40533266 . T G 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00646602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.225;QD=53.9069;RBI=0.00647633;REFB=0;REVB=0.000365445;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61818e-05;OID=.;OPOS=40533266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr1 40533286 . AT A,AG 229.95 PASS AF=0.263158,0.736842;AO=5,14;DP=19;FAO=5,14;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=5,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=31.7312,45.1765;QD=48.4113;RBI=0.00447955,0.00343695;REFB=0,0;REVB=0.00447955,0.00343695;RO=0;SAF=0,0;SAR=5,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0110539,0.00153731;OID=.,.;OPOS=40533287,40533287;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.263158,0.736842:5,14:19:5,14:19:0:0,0:5,14:0:0:27:0:0,0:5,14:0:0 chr1 40533315 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.32;QD=50.4131;RBI=0.0258333;REFB=0;REVB=-0.0258333;RO=0;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295195;OID=.;OPOS=40533315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:19:0:0:0:19:0:0:0 chr1 40533320 . T G 239.29 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.396;QD=50.3773;RBI=0.0450188;REFB=0;REVB=0.0450188;RO=0;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535493;OID=.;OPOS=40533320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:19:0:0:0:19:0:0:0 chr1 40533326 . T G 227.23 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0694;QD=50.4959;RBI=0.0268301;REFB=0;REVB=0.0268301;RO=0;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000922661;OID=.;OPOS=40533326;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:18:0:0:0:18:0:0:0 chr1 40533347 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.075;QD=45.8068;RBI=0.0440909;REFB=0;REVB=0.0440909;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336086;OID=.;OPOS=40533347;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:14:0:0:0:14:0:0:0 chr1 40537208 . G A 352.98 PASS AF=0.612245;AO=29;DP=48;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0106722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.309;QD=28.8145;RBI=0.0924958;REFB=-0.0267447;REVB=0.0918781;RO=19;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974148;STB=0.55919;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0211936;OID=.;OPOS=40537208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:19:19:29:30:0.612245:13:16:13:6:14:16:13:6 chr1 40555274 . C G 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0243275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4519;QD=6.78765;RBI=0.0273699;REFB=-0.0154768;REVB=0.0125412;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232136;STB=0.644829;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0156009;OID=.;OPOS=40555274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:16:7:4:4:16:7 chr1 40737589 . T C 280.18 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00863581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.059;QD=16.7273;RBI=0.0542643;REFB=0.00719598;REVB=0.0535727;RO=36;SAF=21;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1261;STB=0.571082;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00417878;OID=.;OPOS=40737589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:10:21:20:16:10:21:20:16 chr1 40773149 . T C 334.89 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0016713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.628;QD=14.4038;RBI=0.00307293;REFB=-0.0256516;REVB=-0.00257869;RO=55;SAF=26;SAR=11;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254661;STB=0.650709;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0271225;OID=.;OPOS=40773149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:55:56:37:37:0.397849:11:26:26:29:11:26:26:30 chr1 40776751 . G GA 439.39 PASS AF=1;AO=4;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103923;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=140.139;QD=53.2592;RBI=0.111701;REFB=0;REVB=0.0409511;RO=30;SAF=0;SAR=4;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000466453;OID=.;OPOS=40776752;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:34:33:33:0:9:24:0:0:4:30:0:4:10:20 chr1 40776752 . C A 375.02 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0199826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.533;QD=44.1203;RBI=0.0497214;REFB=-0.12065;REVB=0.0455292;RO=5;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103249;STB=0.555519;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00384269;OID=.;OPOS=40776752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:34:5:5:29:29:0.852941:20:9:0:5:20:9:0:5 chr1 40777800 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7404;QD=52.612;RBI=0.0891695;REFB=0;REVB=-0.0878517;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00288964;OID=.;OPOS=40777800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr1 40840353 . A G 114.0 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0734341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8714;QD=10.1332;RBI=0.0887104;REFB=-0.00193255;REVB=-0.0497692;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072975;STB=0.552558;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.000939047;OID=.;OPOS=40840353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:14:14:0.311111:8:6:11:19:8:6:11:20 chr1 40881041 . C G 1459.93 PASS AF=0.969697;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0612177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3231;QD=58.9871;RBI=0.0866015;REFB=-0.149759;REVB=0.0612553;RO=3;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293045;STB=0.515148;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0264013;OID=.;OPOS=40881041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:99:3:3:95:96:0.969697:47:48:0:3:48:48:0:3 chr1 40980731 . G T 230.18 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00137986;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.427;QD=46.0366;RBI=0.00342302;REFB=-0.0202072;REVB=0.00313258;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483869;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00254821;OID=.;OPOS=40980731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:10:9:1:0:10:9:1:0 chr1 41013015 . C T 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00998337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.677;QD=51.5087;RBI=0.0222871;REFB=0.0346256;REVB=-0.0199261;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0019607;OID=.;OPOS=41013015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:11:15:0:1:11:15:0:1 chr1 41087734 . C T 122.98 PASS AF=0.722222;AO=10;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0082859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.048;QD=27.3294;RBI=0.0277685;REFB=0.00811971;REVB=0.0265034;RO=5;SAF=9;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194936;STB=0.586092;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00249225;OID=.;OPOS=41087734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:10:13:0.722222:1:9:5:0:1:12:5:0 chr1 41304093 . C G 443.33 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00372052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.0518;QD=20.1513;RBI=0.0520194;REFB=-0.0413932;REVB=0.0518862;RO=44;SAF=17;SAR=27;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636982;STB=0.535354;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0352233;OID=.;OPOS=41304093;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:27:17:20:24:27:17:20:24 chr1 41326886 . C G 629.87 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0023;QD=61.451;RBI=0.0423517;REFB=0;REVB=0.0371802;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166782;OID=.;OPOS=41326886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr1 41474400 . C G 489.51 PASS AF=0.473214;AO=51;DP=111;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0144713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.296;QD=17.4823;RBI=0.015996;REFB=4.27738e-06;REVB=-0.0068155;RO=59;SAF=35;SAR=16;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245767;STB=0.630643;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=1.04385e-05;OID=.;OPOS=41474400;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:59:59:51:53:0.473214:16:35:26:33:17:36:26:33 chr1 41827815 . C T 367.76 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0275983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4277;QD=21.9561;RBI=0.0279391;REFB=-0.0541884;REVB=-0.00435047;RO=30;SAF=29;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191723;STB=0.606632;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0484883;OID=.;OPOS=41827815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:8:29:18:12:8:29:18:12 chr1 41976017 . C T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.725;QD=62.0198;RBI=0.0321682;REFB=0;REVB=0.0296384;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1824e-05;OID=.;OPOS=41976017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr1 41978566 . T G 1523.57 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.0671;QD=58.5989;RBI=0.0823691;REFB=0;REVB=0.0353486;RO=0;SAF=38;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201915;OID=.;OPOS=41978566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:97:104:0:0:96:104:1:58:38:0:0:61:43:0:0 chr1 41978825 . C G 1180.47 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.622;QD=60.537;RBI=0.0606334;REFB=0;REVB=0.0466367;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57375e-05;OID=.;OPOS=41978825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:38:37:0:0:40:38:0:0 chr1 41979156 . A G 88.2 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.518;QD=39.2006;RBI=0.0866108;REFB=0;REVB=-0.084542;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000918722;OID=.;OPOS=41979156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:1:7:0:0:1:8:0:0 chr1 41990461 . G A 346.39 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0054494;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8567;QD=16.6937;RBI=0.0268997;REFB=-0.00352479;REVB=0.026342;RO=46;SAF=18;SAR=19;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775714;STB=0.54354;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00480833;OID=.;OPOS=41990461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:46:46:37:37:0.445783:19:18:26:20:19:18:26:20 chr1 42045747 . T C 411.59 PASS AF=0.419643;AO=46;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0116602;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.995;QD=14.6997;RBI=0.0130656;REFB=0.00793515;REVB=0.00589492;RO=65;SAF=20;SAR=26;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170471;STB=0.60041;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00620308;OID=.;OPOS=42045747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:65:46:47:0.419643:26:20:39:26:27:20:39:26 chr1 42047208 . C G 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0111128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.96;QD=28.402;RBI=0.0429722;REFB=-0.00515475;REVB=-0.0415105;RO=11;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20307;STB=0.6112;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00354063;OID=.;OPOS=42047208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:8:13:10:1:8:13:10:1 chr1 42048745 . T C 650.93 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00147308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.047;QD=61.9934;RBI=0.0118794;REFB=0;REVB=0.0117877;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46023e-05;OID=.;OPOS=42048745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr1 42049032 . G A 3255.99 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342623;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.648;QD=61.7249;RBI=0.0527797;REFB=-0.0878288;REVB=0.040147;RO=1;SAF=124;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00382656;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364676;OID=.;OPOS=42049032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:212:211:1:0:211:211:1:87:124:1:0:87:124:0:0 chr1 42049140 . C G 2126.7 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0535852;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.423;QD=62.0936;RBI=0.0626877;REFB=-0.0740966;REVB=0.0325327;RO=1;SAF=79;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597994;STB=0.503144;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000101391;OID=.;OPOS=42049140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:137:1:1:136:136:0.992701:57:79:1:0:57:79:1:0 chr1 42050366 . C T 424.92 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.022583;FXX=0.0512755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.277;QD=22.9684;RBI=0.0486218;REFB=-0.0212956;REVB=-0.0430592;RO=33;SAF=16;SAR=25;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788428;STB=0.543457;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0139551;OID=.;OPOS=42050366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:74:33:33:41:41:0.554054:25:16:16:17:25:16:16:17 chr1 42619139 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00917927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.188;QD=59.5012;RBI=0.0290018;REFB=0;REVB=0.0275108;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37444e-05;OID=.;OPOS=42619139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr1 42693597 . A G 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.537;QD=61.536;RBI=0.0316272;REFB=0;REVB=-0.030598;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.71599e-05;OID=.;OPOS=42693597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr1 42880516 . T C 154.53 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0166306;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4116;QD=21.3145;RBI=0.0166314;REFB=-0.0185013;REVB=0.000163654;RO=13;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340383;STB=0.694913;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0132429;OID=.;OPOS=42880516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:13:13:16:16:0.551724:13:3:7:6:13:3:7:6 chr1 42898843 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.388;QD=60.2307;RBI=0.014699;REFB=0;REVB=0.00729706;RO=0;SAF=31;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92369e-05;OID=.;OPOS=42898843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:6:31:0:0:6:31:0:0 chr1 42915727 . C G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0179425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.302;QD=12.1824;RBI=0.0256328;REFB=-0.024196;REVB=-0.0183059;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181314;STB=0.608469;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.037188;OID=.;OPOS=42915727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:7:8:7:3:7:8 chr1 42925688 . T G 1447.11 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346282;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0374;QD=62.9178;RBI=0.0509593;REFB=0;REVB=0.0373864;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000846693;OID=.;OPOS=42925688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:90:92:1:40:50:0:0:40:52:0:0 chr1 42986956 . T C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0155908;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.258;QD=18.0506;RBI=0.0164955;REFB=-0.0284223;REVB=-0.005388;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0202701;OID=.;OPOS=42986956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:4:4:5:5:4:4 chr1 43034740 . T C 227.19 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319325;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8765;QD=50.4874;RBI=0.04073;REFB=0;REVB=0.0252834;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112728;OID=.;OPOS=43034740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr1 43042703 . C T 117.18 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00689467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.071;QD=12.0185;RBI=0.0212381;REFB=-0.00618729;REVB=-0.0200878;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179997;STB=0.606587;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00655667;OID=.;OPOS=43042703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:5:9:12:13:5:9:12:13 chr1 43047056 . A AG 99.32 PASS AF=0.342105;AO=6;DP=50;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0348033;FXX=0.20829;HRUN=0;LEN=1;MLLD=163.674;QD=10.4551;RBI=0.0410076;REFB=0.00539401;REVB=-0.0216877;RO=44;SAF=0;SAR=6;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.644065;STB=0.669156;STBP=0.137;TYPE=ins;VARB=-0.016867;OID=.;OPOS=43047057;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105:6:50:13:38:25:4:9:14:11:99:44:0:6:23:21 chr1 43047057 . A G 152.21 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0198187;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.375;QD=12.6843;RBI=0.0205624;REFB=-0.0207136;REVB=0.00548031;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803418;STB=0.547208;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0200056;OID=.;OPOS=43047057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:31:31:17:17:0.354167:10:7:15:16:10:7:15:16 chr1 43108188 . G A 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00287231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.431;QD=9.09231;RBI=0.0029876;REFB=-0.00617051;REVB=0.000821956;RO=32;SAF=3;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273817;STB=0.669009;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0129806;OID=.;OPOS=43108188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:10:3:14:18:10:3:14:18 chr1 43119855 . A C 617.82 PASS AF=0.583333;AO=55;DP=96;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0142463;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.698;QD=25.7426;RBI=0.0185123;REFB=-0.0123125;REVB=0.0118215;RO=40;SAF=21;SAR=34;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113254;STB=0.564493;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0093667;OID=.;OPOS=43119855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:40:40:55:56:0.583333:34:21:21:19:35:21:21:19 chr1 43131653 . G A 488.43 PASS AF=0.490566;AO=51;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.000476394;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.146;QD=18.4314;RBI=0.0206845;REFB=-0.034143;REVB=-0.020679;RO=55;SAF=24;SAR=27;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150616;STB=0.50073;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0250192;OID=.;OPOS=43131653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:54:51:52:0.490566:27:24:25:30:28:24:25:29 chr1 43201534 . G A 182.68 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1709;QD=42.9828;RBI=0.034745;REFB=0.0015142;REVB=0.0261138;RO=1;SAF=13;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338952;STB=0.518496;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.000697441;OID=.;OPOS=43201534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:3:13:1:0:3:13:1:0 chr1 43212111 . C T 299.41 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.878;QD=52.072;RBI=0.0501828;REFB=0;REVB=0.00657445;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000718343;OID=.;OPOS=43212111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:8:15:0:0 chr1 43212430 . GA G,GG 2209.22 PASS AF=0.0939597,0.90604;AO=44,104;DP=150;FAO=14,135;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=7,92;FSAR=7,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195271,0.000240563;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.0752,52.5785;QD=59.308;RBI=0.0257362,0.00411378;REFB=0,0;REVB=-0.0167644,-0.00410674;RO=0;SAF=29,70;SAR=15,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0427539,0.0215207;OID=.,.;OPOS=43212431,43212431;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0939597,0.90604:44,104:150:14,135:149:0:7,92:7,43:0:0:12:0:29,70:15,34:0:0 chr1 43212869 . A T 1118.3 PASS AF=0.9375;AO=73;DP=79;FAO=75;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0526551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.933;QD=55.9152;RBI=0.0548506;REFB=-0.0422479;REVB=0.0153635;RO=1;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111301;STB=0.509405;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00135483;OID=.;OPOS=43212869;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:80:1:3:73:75:0.9375:42:31:0:1:43:32:2:1 chr1 43215571 . A G 1382.2 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.559;QD=61.431;RBI=0.0888779;REFB=0;REVB=0.0884018;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339905;OID=.;OPOS=43215571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:90:0:0:86:90:1:36:50:0:0:39:51:0:0 chr1 43305753 . G A 597.79 PASS AF=0.551402;AO=58;DP=108;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00251007;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.695;QD=22.3472;RBI=0.0162352;REFB=0.000126398;REVB=0.01604;RO=48;SAF=16;SAR=42;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206864;STB=0.616004;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00012082;OID=.;OPOS=43305753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:48:48:58:59:0.551402:42:16:24:24:43:16:24:24 chr1 43309842 . G C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.698;QD=57.8845;RBI=0.0187534;REFB=0;REVB=-0.00530551;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.39851e-05;OID=.;OPOS=43309842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr1 43408966 . G A 215.56 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0114597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.783;QD=10.9146;RBI=0.0114665;REFB=-0.00965062;REVB=-0.000395785;RO=51;SAF=18;SAR=9;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306903;STB=0.683199;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0166944;OID=.;OPOS=43408966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:51:52:27:27:0.341772:9:18:20:31:9:18:20:32 chr1 43457170 . T C 288.78 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.604;QD=52.5055;RBI=0.0251116;REFB=0;REVB=0.0250521;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36641e-05;OID=.;OPOS=43457170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:7:13:0:0:9:13:0:0 chr1 43675467 . G A 690.59 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7208;QD=61.3859;RBI=0.143886;REFB=0;REVB=0.141831;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00288504;OID=.;OPOS=43675467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:25:20:0:0 chr1 43719778 . G A 320.98 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0145919;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8203;QD=18.6072;RBI=0.0362388;REFB=-0.0369364;REVB=0.0331712;RO=35;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397567;STB=0.522171;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.037093;OID=.;OPOS=43719778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:35:35:34:34:0.492754:16:18:17:18:16:18:17:18 chr1 43738420 . A T 229.27 PASS AF=0.479167;AO=21;DP=45;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.015552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.241;QD=19.1057;RBI=0.0158267;REFB=-0.00143789;REVB=-0.00293572;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104038;STB=0.561746;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00138612;OID=.;OPOS=43738420;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:22:25:21:23:0.479167:12:9:7:15:13:10:8:17 chr1 43771016 . TA T 228.4 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.5086;QD=43.5046;RBI=0.024174;REFB=0;REVB=-0.0129467;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000953061;OID=.;OPOS=43771017;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:21:21:21:0:12:9:0:0:4:0:11:9:0:0 chr1 43779564 . T C 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.863;QD=61.2123;RBI=0.0445462;REFB=0;REVB=0.0441141;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16132e-05;OID=.;OPOS=43779564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr1 44035352 . C T 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.04763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.288;QD=60.5091;RBI=0.0766035;REFB=-0.0539146;REVB=0.0599957;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000722349;OID=.;OPOS=44035352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:15:30:0:0:15:30:1:0 chr1 44056806 . C T 217.91 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0156066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.018;QD=18.1595;RBI=0.0647325;REFB=-0.0157849;REVB=-0.062823;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209681;STB=0.606647;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0238486;OID=.;OPOS=44056806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:12:10:17:8:12:10:17:9 chr1 44058265 . C A 760.27 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00887242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.442;QD=53.3525;RBI=0.0515263;REFB=-0.108099;REVB=0.0507566;RO=2;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000601097;STB=0.500319;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00199774;OID=.;OPOS=44058265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:57:57:2:2:55:55:0.964912:27:28:1:1:27:28:1:1 chr1 44071221 . G A 754.3 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0030694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.746;QD=56.9283;RBI=0.0562996;REFB=0;REVB=0.0562159;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151675;OID=.;OPOS=44071221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:23:29:0:0:24:29:0:0 chr1 44072018 . C T 1917.2 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2369;QD=60.8633;RBI=0.0283536;REFB=-0.0988867;REVB=-0.0259461;RO=1;SAF=61;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772572;STB=0.504064;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000523177;OID=.;OPOS=44072018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:64:61:1:0:64:61:1:0 chr1 44072066 . C T 1624.42 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.198;QD=60.1636;RBI=0.0241159;REFB=0;REVB=0.00775101;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.94574e-06;OID=.;OPOS=44072066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:56:52:0:0:56:52:0:0 chr1 44083507 . T C 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00198601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.665;QD=57.1049;RBI=0.0470104;REFB=0;REVB=0.0469684;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119426;OID=.;OPOS=44083507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr1 44083519 . G A 731.1 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00477515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4688;QD=51.3054;RBI=0.023361;REFB=-0.0439548;REVB=0.0228678;RO=3;SAF=27;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165073;STB=0.508769;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0175088;OID=.;OPOS=44083519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:3:3:54:54:0.947368:27:27:1:2:27:27:1:2 chr1 44084739 . C T 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6277;QD=52.6105;RBI=0.0392232;REFB=0;REVB=0.0387208;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109609;OID=.;OPOS=44084739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr1 44086831 . C T 575.41 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.112;QD=60.5693;RBI=0.0754875;REFB=0;REVB=-0.0662844;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102873;OID=.;OPOS=44086831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr1 44137257 . C A 841.95 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.675;QD=57.081;RBI=0.0309886;REFB=0;REVB=0.0280822;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126707;OID=.;OPOS=44137257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:35:23:0:0:36:23:0:0 chr1 44395786 . C T 651.12 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.615;QD=62.0111;RBI=0.0411642;REFB=0;REVB=0.0343042;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197579;OID=.;OPOS=44395786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr1 44401384 . A G 482.67 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.931;QD=58.5057;RBI=0.0791736;REFB=0;REVB=0.0713232;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000793996;OID=.;OPOS=44401384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:13:19:0:0:14:19:0:0 chr1 44401680 . A AC,C 92.88 PASS AF=0.461538,0;AO=13,3;DP=40;FAO=18,0;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=16,0;FSAR=2,0;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0825615,-0.00858463;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=14.3272,115.889;QD=9.52627;RBI=0.0828149,0.025192;REFB=-0.117988,-0.00312063;REVB=0.0064729,-0.0236842;RO=24;SAF=12,3;SAR=1,0;SRF=6;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.72003,0.692132;STB=0.883286,0.5;STBP=0,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.157327,0;OID=.,.;OPOS=44401681,44401680;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:40:39:24:21:13,3:18,0:0.461538,0:1,0:12,3:6:18:2,0:16,0:4:17 chr1 44415415 . C T 891.93 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.342;QD=57.5439;RBI=0.0137265;REFB=0;REVB=0.0109618;RO=0;SAF=16;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183368;OID=.;OPOS=44415415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:45:16:0:0:45:17:0:0 chr1 44457305 . G A 1194.91 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00821267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.188;QD=59.7453;RBI=0.0365561;REFB=0.0588379;REVB=0.0356216;RO=1;SAF=51;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919194;STB=0.504853;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00021987;OID=.;OPOS=44457305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:1:1:78:79:0.9875:27:51:1:0:28:51:1:0 chr1 44595047 . T A 651.53 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.834;QD=62.05;RBI=0.0438341;REFB=0;REVB=0.0312537;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141265;OID=.;OPOS=44595047;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:26:16:0:0 chr1 44595113 . G C 785.14 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7988;QD=57.1009;RBI=0.0398492;REFB=0;REVB=0.0245347;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342286;OID=.;OPOS=44595113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr1 44750583 . CA CAA,C 34.69 PASS AF=0,0.478261;AO=3,10;DP=23;FAO=0,11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=0,5;FSAR=0,6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.168844,0.182699;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.35594,7.41523;QD=6.03229;RBI=0.169094,0.183382;REFB=0.0608269,-0.0395055;REVB=0.00920554,-0.015815;RO=9;SAF=2,5;SAR=1,5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.145032,-0.228715;STB=0.5,0.650906;STBP=1,0.202;TYPE=ins,del;VARB=0.0110218,0.0935805;OID=.,.;OPOS=44750584,44750584;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=CAA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.478261:3,10:23:0,11:23:12:0,5:0,6:9:3:30:9:2,5:1,5:7:2 chr1 44788398 . A T 666.71 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267824;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.186;QD=62.0199;RBI=0.039322;REFB=0;REVB=-0.028791;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166309;OID=.;OPOS=44788398;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:16:26:0:0:16:27:0:0 chr1 45187478 . T C 130.8 PASS AF=0.416667;AO=16;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0515359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1113;QD=14.5336;RBI=0.0797039;REFB=0.0156462;REVB=0.0608011;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11895;STB=0.547446;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.0286711;OID=.;OPOS=45187478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:16:15:0.416667:12:4:7:13:11:4:7:14 chr1 45285631 . G A 224.25 PASS AF=0.578947;AO=20;DP=36;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0423257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4306;QD=23.6052;RBI=0.0471746;REFB=0.0417974;REVB=-0.0208321;RO=16;SAF=2;SAR=18;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321775;STB=0.627965;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00829291;OID=.;OPOS=45285631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:16:16:20:22:0.578947:18:2:5:11:19:3:5:11 chr1 45285664 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7872;QD=55.6553;RBI=0.0295559;REFB=0;REVB=0.023518;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436959;OID=.;OPOS=45285664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr1 45446819 . T A 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0172103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.573;QD=18.4388;RBI=0.0201632;REFB=-0.0295105;REVB=-0.0105052;RO=29;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124366;STB=0.569331;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0253887;OID=.;OPOS=45446819;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:15:14:10:19:15:14:10:19 chr1 45475796 . A G 64.09 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0317465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.739;QD=9.49443;RBI=0.031992;REFB=0.00358681;REVB=0.00395503;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180374;STB=0.609518;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00657541;OID=.;OPOS=45475796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:7:11:4:5:7:11 chr1 45504720 . G C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4181;QD=10.39;RBI=0.0146415;REFB=-0.00541921;REVB=-0.0146415;RO=11;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00686826;OID=.;OPOS=45504720;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:7:0:0:11:7:0:0:11 chr1 45793371 . TGGGC TGG,TGGC 986.42 PASS AF=0,1;AO=33,65;DP=121;FAO=0,120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=0,86;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425001,-0.15096;FXX=0.0322555;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=168.498,13.3661;QD=32.8808;RBI=0.0425002,0.179215;REFB=0.108839,-0.110355;REVB=-0.000118237,0.0965874;RO=9;SAF=25,50;SAR=8,15;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0.336364,0.336364;SSSB=0.290244,0.188061;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.0366309;OID=.,.;OPOS=45793374,45793372;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGG,TGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:33,65:121:0,120:120:0:0,86:0,34:0:0:15:9:25,50:8,15:1:8 chr1 45797505 . C G 344.2 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0460543;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.334;QD=23.7382;RBI=0.0566745;REFB=-0.0316028;REVB=-0.0330304;RO=24;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053422;STB=0.529394;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0206742;OID=.;OPOS=45797505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:16:18:11:13:16:18:11:13 chr1 45805566 . G C 903.13 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.37;QD=58.2666;RBI=0.0223647;REFB=0;REVB=0.0209021;RO=0;SAF=10;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8822e-05;OID=.;OPOS=45805566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:56:62:1:46:10:0:0:50:12:0:0 chr1 45807734 . C T 275.27 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00777251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9782;QD=23.4271;RBI=0.0266329;REFB=-0.0100004;REVB=-0.0254735;RO=22;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197307;STB=0.625311;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00664267;OID=.;OPOS=45807734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:21:25:26:0.553191:10:15:8:14:10:16:7:14 chr1 45810091 . A G 171.45 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0330717;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.331;QD=24.4927;RBI=0.0340683;REFB=0.0063464;REVB=-0.00818023;RO=11;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254005;STB=0.643381;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00389997;OID=.;OPOS=45810091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:28:11:11:17:17:0.607143:13:4:6:5:13:4:6:5 chr1 45810923 . GG AG,CA 315.23 PASS AF=0.571429,0;AO=32,2;DP=56;FAO=32,0;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=20,0;FSAR=12,0;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00534603,-0.00254699;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=163.028,148.254;QD=22.5166;RBI=0.0161279,0.0141775;REFB=0.00781605,0.00316761;REVB=-0.0152161,-0.0139469;RO=22;SAF=20,0;SAR=12,2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0454469,-0.589202;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00715157,0;OID=.,.;OPOS=45810923,45810923;OREF=G,GG;OALT=A,CA;OMAPALT=AG,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:24:32,2:32,0:0.571429,0:12,2:20,0:15:7:12,0:20,0:15:9 chr1 45960746 . GGC G,GG 443.45 PASS AF=1,0;AO=13,11;DP=51;FAO=51,0;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.131061,-0.702095;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=13.5913,7.38291;QD=34.7805;RBI=0.237381,0.930666;REFB=0,0;REVB=-0.19792,0.610903;RO=7;SAF=13,11;SAR=0,0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0.472222,0;SSEP=0,0.536585;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00160902,0;OID=.,.;OPOS=45960747,45960748;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:13,11:51:51,0:51:0:30,0:21,0:0:0:9:7:13,11:0,0:7:0 chr1 45962137 . T C 232.17 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0527624;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.199;QD=22.1111;RBI=0.0527922;REFB=-0.0425966;REVB=0.00177269;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168745;STB=0.50448;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0455058;OID=.;OPOS=45962137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:20:22:22:0.52381:9:13:11:7:9:13:12:8 chr1 45973928 . G A 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00193947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.315;QD=18.2471;RBI=0.00602793;REFB=-0.0152922;REVB=0.0057074;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202754;STB=0.59984;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0168572;OID=.;OPOS=45973928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:9:4:6:5:9:4:6:6 chr1 46073489 . G A 172.19 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00842752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1674;QD=26.4903;RBI=0.0218116;REFB=0.00314242;REVB=0.0201178;RO=9;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208503;STB=0.511614;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.000370175;OID=.;OPOS=46073489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:10:7:4:5:10:7:4:5 chr1 46086077 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0303448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3997;QD=10.6344;RBI=0.0304644;REFB=0.000964587;REVB=0.00269645;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399995;STB=0.776954;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00663603;OID=.;OPOS=46086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:12:13:8:8:0.380952:7:1:5:7:7:1:6:7 chr1 46087577 . G A 330.4 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.0122891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.655;QD=13.4858;RBI=0.0257595;REFB=-0.0259642;REVB=0.0226391;RO=59;SAF=6;SAR=31;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250654;STB=0.638826;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0442842;OID=.;OPOS=46087577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:61:37:37:0.377551:31:6:19:40:31:6:19:42 chr1 46094027 . A G 332.74 PASS AF=0.5;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00912319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.353;QD=19.0135;RBI=0.0248232;REFB=0.0199225;REVB=-0.0230859;RO=34;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406727;STB=0.528909;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.0145847;OID=.;OPOS=46094027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:35:35:35:0.5:16:19:20:14:16:19:21:14 chr1 46095272 . T C 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0379859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8714;QD=19.0576;RBI=0.0428186;REFB=0.0171011;REVB=-0.0197611;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936717;STB=0.566325;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.0181154;OID=.;OPOS=46095272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:20:19:19:0.487179:11:8:10:9:11:8:11:9 chr1 46159001 . G A 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0600109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.007;QD=19.6924;RBI=0.0613654;REFB=-0.00125619;REVB=0.0128223;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512521;STB=0.528679;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00113781;OID=.;OPOS=46159001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:12:14:12:13:12:14:12:13 chr1 46195375 . T C 164.18 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0119121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.182;QD=11.1305;RBI=0.0206447;REFB=-0.00469854;REVB=-0.0168614;RO=38;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553452;STB=0.532227;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0107441;OID=.;OPOS=46195375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:10:11:18:20:10:11:18:20 chr1 46379518 . A G 889.1 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9736;QD=56.451;RBI=0.0850256;REFB=-0.158797;REVB=-0.0802785;RO=1;SAF=27;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171646;STB=0.509088;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00117895;OID=.;OPOS=46379518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:35:27:1:0:35:27:1:0 chr1 46476587 . T G 397.13 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254204;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4018;QD=56.7326;RBI=0.0421149;REFB=0;REVB=0.0335778;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704945;OID=.;OPOS=46476587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:22:6:0:0:22:6:0:0 chr1 46493460 . T G 386.88 PASS AF=0.425743;AO=42;DP=100;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0283111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2892;QD=15.3218;RBI=0.042189;REFB=0.00412672;REVB=0.0312793;RO=57;SAF=25;SAR=17;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107671;STB=0.56121;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00826493;OID=.;OPOS=46493460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:57:58:42:43:0.425743:17:25:28:29:17:26:29:29 chr1 46496709 . A G 448.16 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0166792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.243;QD=17.5747;RBI=0.0200533;REFB=-0.02736;REVB=-0.0111327;RO=54;SAF=32;SAR=16;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14923;STB=0.583298;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0230236;OID=.;OPOS=46496709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:54:48:48:0.470588:16:32:28:26:16:32:28:26 chr1 46498375 . A G 380.37 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0159874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8526;QD=24.9423;RBI=0.0515439;REFB=-0.033142;REVB=-0.0490018;RO=23;SAF=18;SAR=19;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576244;STB=0.511085;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0210502;OID=.;OPOS=46498375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:23:24:37:37:0.606557:19:18:11:12:19:18:11:13 chr1 46500744 . G C 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0039083;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.386;QD=22.5346;RBI=0.00614819;REFB=-0.0195961;REVB=-0.00474611;RO=15;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133499;STB=0.574999;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0135905;OID=.;OPOS=46500744;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:12:7:8:7:12:7:8:7 chr1 46521517 . G A 164.21 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0582696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.264;QD=12.8793;RBI=0.0582742;REFB=-0.00392476;REVB=0.000738825;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184798;STB=0.60725;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00804732;OID=.;OPOS=46521517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:11:8:19:13:11:8:19:13 chr1 46521559 . A T 152.85 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.024884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.438;QD=13.5865;RBI=0.0336928;REFB=-0.00384271;REVB=0.0227153;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189509;STB=0.636704;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0083154;OID=.;OPOS=46521559;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:28:17:17:0.377778:12:5:12:14:12:5:14:14 chr1 46655158 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.543;QD=63.2865;RBI=0.0302031;REFB=0;REVB=0.0221903;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34656e-06;OID=.;OPOS=46655158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr1 46658910 . G A 204.69 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00183488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.3437;QD=16.375;RBI=0.0327213;REFB=-0.0158071;REVB=-0.0326698;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013457;STB=0.507456;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0295539;OID=.;OPOS=46658910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:7:14:19:9:7:14:19:10 chr1 46743900 . C T 442.93 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00863627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.995;QD=20.1333;RBI=0.0195956;REFB=-0.0236574;REVB=-0.0175899;RO=43;SAF=25;SAR=19;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193844;STB=0.612195;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0244332;OID=.;OPOS=46743900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:44:44:44:0.5:19:25:15:28:19:25:15:29 chr1 46746164 . C T 248.6 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.022985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.182;QD=25.4972;RBI=0.0307883;REFB=-0.00995738;REVB=0.0204843;RO=16;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09458;STB=0.552527;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00559522;OID=.;OPOS=46746164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:13:10:9:7:13:10:9:7 chr1 46807711 . C T 261.53 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00803479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.236;QD=14.7342;RBI=0.0200301;REFB=-0.00869578;REVB=0.018348;RO=41;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283384;STB=0.516057;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0122084;OID=.;OPOS=46807711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:16:14:18:23:16:14:18:23 chr1 46810530 . A G 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0261173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3361;QD=10.9406;RBI=0.0262155;REFB=-0.00232192;REVB=0.00226739;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231162;STB=0.63614;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00273476;OID=.;OPOS=46810530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:5:6:15:5:5:6:15:5 chr1 46827456 . A G 539.83 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00189752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.999;QD=24.5375;RBI=0.0138619;REFB=-0.00197342;REVB=-0.0137314;RO=38;SAF=32;SAR=18;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729102;STB=0.540003;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00138131;OID=.;OPOS=46827456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:38:50:50:0.568182:18:32:21:17:18:32:21:17 chr1 46828360 . C T 364.82 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.00202971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.66;QD=17.3724;RBI=0.00267302;REFB=-0.00540629;REVB=0.00173935;RO=41;SAF=20;SAR=19;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180837;STB=0.595697;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00558924;OID=.;OPOS=46828360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:45:39:39:0.464286:19:20:29:12:20:19:30:15 chr1 46871986 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6732;QD=56.9999;RBI=0.0644898;REFB=0;REVB=0.00719099;RO=0;SAF=13;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000795592;OID=.;OPOS=46871986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:41:13:0:0:41:13:0:0 chr1 46978076 . C A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00338956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.618;QD=15.172;RBI=0.00463054;REFB=-0.00593785;REVB=-0.0031548;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359294;STB=0.531755;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00805447;OID=.;OPOS=46978076;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:9:8:10:13:9:8:10:14 chr1 47013180 . A G 242.14 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0384756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1486;QD=16.9925;RBI=0.0386817;REFB=0.015718;REVB=-0.00398838;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451952;STB=0.525405;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0269508;OID=.;OPOS=47013180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:14:13:13:17:14:13:13:17 chr1 47013311 . C T 114.28 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0264432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.764;QD=10.1583;RBI=0.0305288;REFB=-0.0196792;REVB=0.0152565;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100565;STB=0.560423;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0482556;OID=.;OPOS=47013311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:8:6:16:15:8:6:16:15 chr1 47013364 . T C 267.8 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106903;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7904;QD=51.0097;RBI=0.0576571;REFB=0;REVB=0.0566574;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183104;OID=.;OPOS=47013364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:18:21:1:5:13:0:0:6:15:0:0 chr1 47059934 . T C 1231.35 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2179;QD=60.0658;RBI=0.017762;REFB=-0.0472904;REVB=0.012721;RO=1;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106407;STB=0.505617;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00240455;OID=.;OPOS=47059934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:44:37:0:1:44:37:0:1 chr1 47078637 . T C 1552.34 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314787;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.693;QD=64.0142;RBI=0.0324996;REFB=0;REVB=0.00808177;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93118e-05;OID=.;OPOS=47078637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:43:54:0:0:43:54:0:0 chr1 47080679 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6832;QD=57.2016;RBI=0.0580987;REFB=0;REVB=0.00590503;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132821;OID=.;OPOS=47080679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr1 47101015 . C A 460.38 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0183607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.788;QD=21.1669;RBI=0.0214099;REFB=-0.000463279;REVB=-0.0110121;RO=42;SAF=26;SAR=19;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268497;STB=0.514845;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.000571977;OID=.;OPOS=47101015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:19:26:23:19:19:26:23:19 chr1 47131319 . A T 405.8 PASS AF=0.433962;AO=43;DP=103;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0112128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.975;QD=15.3132;RBI=0.011286;REFB=-0.010059;REVB=-0.00128365;RO=60;SAF=18;SAR=25;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119033;STB=0.58136;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0107924;OID=.;OPOS=47131319;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:60:60:43:46:0.433962:25:18:32:28:28:18:32:28 chr1 47279175 . C T 939.77 PASS AF=0.558824;AO=79;DP=158;FAO=95;FDP=170;FR=.;FRO=75;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.00341404;FXX=0.01734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.712;QD=22.1123;RBI=0.0770366;REFB=-0.0105101;REVB=0.0769609;RO=64;SAF=48;SAR=31;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0015297;STB=0.50775;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00903542;OID=.;OPOS=47279175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:170:64:75:79:95:0.558824:31:48:39:25:46:49:40:35 chr1 47280746 . GAT G 228.26 PASS AF=0.358974;AO=26;DP=79;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00280257;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=2;MLLD=284.392;QD=11.7057;RBI=0.0157177;REFB=-0.00988658;REVB=0.0154658;RO=49;SAF=16;SAR=10;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165503;STB=0.569782;STBP=0.387;TYPE=del;VARB=0.0198868;OID=.;OPOS=47280747;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358974:26:79:28:78:50:17:11:25:25:99:49:16:10:23:26 chr1 47280859 . G A 540.64 PASS AF=0.406897;AO=59;DP=145;FAO=59;FDP=145;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=0.000314938;FXX=0.0136045;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.301;QD=14.9141;RBI=0.028093;REFB=-0.0199907;REVB=-0.0280912;RO=85;SAF=26;SAR=33;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563199;STB=0.527437;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0304445;OID=.;OPOS=47280859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:85:86:59:59:0.406897:33:26:33:52:33:26:34:52 chr1 47280884 . C T 617.07 PASS AF=0.445205;AO=64;DP=145;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=0.0113502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.44;QD=16.9061;RBI=0.0113923;REFB=-0.000786578;REVB=0.000979012;RO=80;SAF=29;SAR=35;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537585;STB=0.521844;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00178332;OID=.;OPOS=47280884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:80:81:64:65:0.445205:35:29:32:48:36:29:33:48 chr1 47282772 . C T 264.81 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0225983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.77;QD=20.769;RBI=0.0226015;REFB=-0.0108602;REVB=-0.000376134;RO=24;SAF=8;SAR=18;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162741;STB=0.522372;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00990659;OID=.;OPOS=47282772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:24:26:27:0.529412:18:8:7:17:18:9:7:17 chr1 47395973 . G A 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00801782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2389;QD=13.6197;RBI=0.0164781;REFB=-0.00504019;REVB=0.0143959;RO=38;SAF=10;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951402;STB=0.554413;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00569777;OID=.;OPOS=47395973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:16:10:18:20:16:10:18:20 chr1 47398496 . A G 496.8 PASS AF=0.5;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0763474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2777;QD=19.1076;RBI=0.0771896;REFB=0.00733817;REVB=0.0113713;RO=50;SAF=19;SAR=33;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880076;STB=0.550407;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0108086;OID=.;OPOS=47398496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:50:52:52:52:0.5:33:19:23:27:33:19:24:28 chr1 47399967 . G A 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0159658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7656;QD=25.1491;RBI=0.0167984;REFB=0.00385759;REVB=0.00522274;RO=21;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796803;STB=0.544154;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00174377;OID=.;OPOS=47399967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:13:14:13:8:13:14:13:8 chr1 47571902 . C T 411.94 PASS AF=0.967742;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.998;QD=53.154;RBI=0.0132493;REFB=0.0553421;REVB=-2.67585e-06;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372036;STB=0.518506;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-8.61755e-05;OID=.;OPOS=47571902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:31:1:1:28:30:0.967742:12:16:0:1:13:17:0:1 chr1 47571905 . C T 345.44 PASS AF=0.870968;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0275055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.709;QD=44.5732;RBI=0.0519518;REFB=0.0473671;REVB=0.0440731;RO=4;SAF=15;SAR=12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134041;STB=0.507241;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00833006;OID=.;OPOS=47571905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:31:4:4:27:27:0.870968:12:15:2:2:12:15:2:2 chr1 47607281 . C T 262.11 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0209523;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4066;QD=14.362;RBI=0.0214234;REFB=0.0106764;REVB=0.00446756;RO=43;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050243;STB=0.502855;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0125786;OID=.;OPOS=47607281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:18:12:17:26:18:12:17:26 chr1 47607785 . G A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0296174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.327;QD=21.5459;RBI=0.0492181;REFB=-0.00802641;REVB=0.0393095;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531474;STB=0.530077;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00677549;OID=.;OPOS=47607785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:5:5:6:8:5:5 chr1 47607851 . A T 536.21 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0355841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.039;QD=54.9956;RBI=0.0364069;REFB=-0.0374468;REVB=-0.00769645;RO=2;SAF=22;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406887;STB=0.521728;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00111057;OID=.;OPOS=47607851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:15:22:2:0:15:22:2:0 chr1 47608983 . G T 290.95 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0607998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8933;QD=26.4496;RBI=0.066529;REFB=0.0262034;REVB=-0.0270091;RO=18;SAF=6;SAR=20;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998413;STB=0.555511;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0206646;OID=.;OPOS=47608983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:20:6:6:12:20:6:6:12 chr1 47609489 . T C 1377.31 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.277;QD=61.9014;RBI=0.0705636;REFB=0;REVB=-0.0487214;RO=1;SAF=31;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587967;OID=.;OPOS=47609489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:89:1:0:84:89:1:53:31:1:0:53:36:0:0 chr1 47610065 . A C 238.24 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0208148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1087;QD=16.1517;RBI=0.0563277;REFB=-0.014437;REVB=0.0523408;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099454;STB=0.555944;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.032789;OID=.;OPOS=47610065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:15:12:11:21:15:12:11:21 chr1 47610293 . C T 271.71 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0212826;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2513;QD=19.4075;RBI=0.0212826;REFB=-0.00575261;REVB=-5.08424e-05;RO=27;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913477;STB=0.550985;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00676637;OID=.;OPOS=47610293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:18:11:13:14:18:11:13:14 chr1 47611598 . T C 602.38 PASS AF=0.466667;AO=64;DP=136;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0121145;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5596;QD=17.8483;RBI=0.0187617;REFB=-0.00709363;REVB=-0.0143262;RO=71;SAF=36;SAR=28;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127026;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00948401;OID=.;OPOS=47611598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:71:72:64:63:0.466667:28:36:39:32:28:35:40:32 chr1 47614434 . C T 113.88 PASS AF=0.424242;AO=12;DP=31;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0835344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6914;QD=13.8042;RBI=0.0858384;REFB=-0.0199959;REVB=0.0197543;RO=19;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686173;STB=0.565114;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.039591;OID=.;OPOS=47614434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:19:19:12:14:0.424242:11:1:2:17:13:1:2:17 chr1 47653037 . C T 191.91 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0273191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1292;QD=11.81;RBI=0.0330003;REFB=0.0199314;REVB=0.0185119;RO=40;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164695;STB=0.603026;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0167754;OID=.;OPOS=47653037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:24:24:0.369231:15:9:21:19:15:9:22:19 chr1 47685455 . T C 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.302;QD=54.513;RBI=0.0431966;REFB=0;REVB=-0.0292517;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70983e-05;OID=.;OPOS=47685455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr1 47717189 . A G 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00398113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.704;QD=19.386;RBI=0.00451861;REFB=-0.00975197;REVB=-0.00213739;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668974;STB=0.537859;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0113466;OID=.;OPOS=47717189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:11:10:11:9:11:10 chr1 47767914 . G A 312.11 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0119412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.415;QD=17.1021;RBI=0.0125362;REFB=-0.0227531;REVB=-0.0038163;RO=39;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473393;STB=0.518628;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0293402;OID=.;OPOS=47767914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:39:39:33:34:0.465753:16:17:22:17:16:18:22:17 chr1 47799639 . G C 202.69 PASS AF=0.5;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.000266393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.1249;QD=19.3039;RBI=0.0993758;REFB=-0.124528;REVB=-0.0993755;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703917;STB=0.524452;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0857284;OID=.;OPOS=47799639;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:21:21:21:0.5:9:12:13:7:9:12:13:8 chr1 47842431 . G A 1044.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3214;QD=59.6776;RBI=0.0602051;REFB=0;REVB=0.000536709;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561765;OID=.;OPOS=47842431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:33:37:0:0 chr1 47842666 . A T 1069.78 PASS AF=0.987654;AO=54;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.181012;FXX=0.0240935;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.0104;QD=52.8285;RBI=0.181068;REFB=-0.0974427;REVB=0.00450854;RO=3;SAF=16;SAR=38;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805126;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0300253;OID=.;OPOS=47842666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:3:0:54:80:0.987654:38:16:3:0:45:35:0:0 chr1 47883019 . T C 68.92 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00866059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.634;QD=5.99323;RBI=0.0110599;REFB=-0.0217311;REVB=-0.00687862;RO=36;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00799315;STB=0.505144;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0433263;OID=.;OPOS=47883019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:7:3:11:25:7:3:11:25 chr1 47883024 . A G 656.43 PASS AF=1;AO=31;DP=45;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058733;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7847;QD=61.0631;RBI=0.0622376;REFB=0;REVB=-0.02059;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050884;OID=.;OPOS=47883024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:43:0:0:31:43:1:24:7:0:0:31:12:0:0 chr1 47883025 . C G 52.76 PASS AF=0.183673;AO=7;DP=47;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=0.0314507;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=59.2467;QD=4.30693;RBI=0.033692;REFB=-0.0131929;REVB=-0.0120833;RO=40;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455335;STB=0.775408;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00658572;OID=.;OPOS=47883025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:47:49:40:40:7:9:0.183673:3:4:8:32:4:5:8:32 chr1 47906338 . G A 2255.04 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.787;QD=63.5222;RBI=0.016351;REFB=0;REVB=0.0032067;RO=0;SAF=62;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24749e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47104e-05;OID=.;OPOS=47906338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:80:62:0:0:80:62:0:0 chr1 48459907 . C T 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0463669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.677;QD=18.939;RBI=0.0466759;REFB=-0.0140334;REVB=0.00536232;RO=29;SAF=19;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755164;STB=0.542183;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0104353;OID=.;OPOS=48459907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:11:19:16:13:11:19:16:13 chr1 48697733 . T G 1524.45 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00908124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.52;QD=63.5189;RBI=0.0252587;REFB=0;REVB=0.0235697;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63739e-06;OID=.;OPOS=48697733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:46:50:0:0:46:50:0:0 chr1 48713394 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.933;QD=57.1775;RBI=0.0531235;REFB=0;REVB=0.0381029;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181585;OID=.;OPOS=48713394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr1 48764419 . C T 354.34 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=30;FWDB=0.0233911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.403;QD=21.4754;RBI=0.0260728;REFB=-0.00498672;REVB=-0.0115173;RO=30;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356188;STB=0.692227;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00310564;OID=.;OPOS=48764419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:24:12:0:30:24:12:0:30 chr1 48918749 . A G 377.04 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=0.0669787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.138;QD=13.9645;RBI=0.0670638;REFB=-0.000233584;REVB=-0.00337787;RO=63;SAF=10;SAR=34;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142444;STB=0.577813;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000370772;OID=.;OPOS=48918749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:64:44:44:0.407407:34:10:21:42:34:10:21:43 chr1 49113319 . T C 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00831311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.078;QD=9.53625;RBI=0.0134791;REFB=-0.0083451;REVB=-0.0106103;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198834;STB=0.620056;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0168307;OID=.;OPOS=49113319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:7:5:16:11:7:5:16:11 chr1 49224584 . G T 554.8 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.094;QD=59.9788;RBI=0.0421981;REFB=0;REVB=0.0258346;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174752;OID=.;OPOS=49224584;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr1 49511424 . A G 765.97 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5435;QD=63.8312;RBI=0.0124863;REFB=0;REVB=-0.0112047;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175866;OID=.;OPOS=49511424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr1 50661411 . C T 688.41 PASS AF=0.928571;AO=51;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0840785;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=99.3131;QD=49.172;RBI=0.0847933;REFB=-0.0247054;REVB=0.0109865;RO=4;SAF=15;SAR=36;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724909;STB=0.515917;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.000580441;OID=.;OPOS=50661411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:56:56:4:4:51:52:0.928571:36:15:3:1:36:16:2:2 chr1 50666515 . C T 1271.92 PASS AF=0.945652;AO=84;DP=89;FAO=87;FDP=92;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0298878;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=53.6637;QD=55.3009;RBI=0.0839104;REFB=-0.185993;REVB=0.0784071;RO=5;SAF=30;SAR=54;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00494912;STB=0.501193;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00866968;OID=.;OPOS=50666515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:89:92:5:5:84:87:0.945652:54:30:2:3:54:33:2:3 chr1 51737459 . CAA ACA,CAAA,CA,CAC 31.91 PASS AF=0,0,0.2,0.114286;AO=2,4,9,3;DP=35;FAO=0,0,7,4;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=0,0,2,0;FSAR=0,0,5,4;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0319547,-0.0506431,0.0452933,0.00652094;FXX=0;HRUN=1,6,6,6;LEN=2,1,1,1;MLLD=22.6775,8.53109,7.97833,226.357;QD=3.64647;RBI=0.18123,0.260948,0.261743,0.123485;REFB=-0.104308,0.179551,-0.175482,-0.009488;REVB=-0.178391,0.255987,-0.257794,-0.123313;RO=14;SAF=0,4,3,0;SAR=2,0,6,3;SRF=13;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0.319149,0;SSSB=-0.78398,0.57437,-0.557033,-0.807528;STB=0.5,0.5,0.818928,0.998216;STBP=1,1,0.107,0.002;TYPE=mnp,ins,del,snp;VARB=0.100671,0.0583576,0.0422286,0.20296;OID=.,.,.,.;OPOS=51737459,51737460,51737460,51737461;OREF=CA,-,A,A;OALT=AC,A,-,C;OMAPALT=ACA,CAAA,CA,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:15:35:35:14:24:2,4,9,3:0,0,7,4:0,0,0.2,0.114286:2,0,6,3:0,4,3,0:13:1:0,0,5,4:0,0,2,0:18:6 chr1 51760160 . T G 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0202015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6376;QD=5.6892;RBI=0.0259486;REFB=-0.00613978;REVB=0.0162859;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961294;STB=0.562303;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0178896;OID=.;OPOS=51760160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:2:4:14:5:2:4:14:5 chr1 51873951 . G A 1456.94 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114158;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.629;QD=63.3451;RBI=0.0126896;REFB=0;REVB=0.00554124;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16314e-05;OID=.;OPOS=51873951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr1 52266242 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.368;QD=62.671;RBI=0.00916736;REFB=0;REVB=-0.00909519;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08395e-05;OID=.;OPOS=52266242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:30:13:0:0:31:13:0:0 chr1 52290984 . T G 1409.9 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0890451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2679;QD=61.9737;RBI=0.101591;REFB=0;REVB=0.0489057;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116283;OID=.;OPOS=52290984;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:91:0:0:88:91:1:47:41:0:0:47:44:0:0 chr1 52306063 . ATCT A 79.19 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395712;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=3;MLLD=244.027;QD=39.5967;RBI=0.0963552;REFB=0;REVB=0.0878547;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00266258;OID=.;OPOS=52306064;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:9:8:8:0:6:2:0:0:4:0:6:1:0:0 chr1 52344004 . A AC 67.62 PASS AF=0.174312;AO=23;DP=118;FAO=19;FDP=109;FR=.;FRO=90;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=0.0049308;FXX=0.0267833;HRUN=0;LEN=1;MLLD=118.737;QD=2.48146;RBI=0.0389417;REFB=-0.00219859;REVB=-0.0386283;RO=93;SAF=3;SAR=20;SRF=56;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.592168;STB=0.83929;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.100811;OID=.;OPOS=52344005;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.174312:23:118:19:109:90:3:16:51:39:67:93:3:20:56:37 chr1 52439128 . G GT 574.71 PASS AF=0.552083;AO=50;DP=98;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=8;FWDB=0.0141919;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=216.561;QD=23.9462;RBI=0.0172601;REFB=-0.0254362;REVB=-0.00982349;RO=47;SAF=36;SAR=14;SRF=38;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101602;STB=0.5561;STBP=0.31;TYPE=ins;VARB=0.0237671;OID=.;OPOS=52439129;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.552083:50:98:53:96:43:38:15:35:8:99:47:36:14:38:9 chr1 52498370 . C T 371.97 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0411313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8216;QD=25.6527;RBI=0.0411635;REFB=-0.00350234;REVB=-0.00162709;RO=22;SAF=23;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685549;STB=0.53758;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00225426;OID=.;OPOS=52498370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:13:23:12:10:13:23:12:10 chr1 52703169 . T C 460.55 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0137926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.531;QD=23.9246;RBI=0.0188173;REFB=-0.007857;REVB=0.0128006;RO=33;SAF=21;SAR=23;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147329;STB=0.580704;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00687431;OID=.;OPOS=52703169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:23:21:22:11:23:21:22:11 chr1 52704109 . T A 155.52 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00838626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.313;QD=15.1722;RBI=0.0157683;REFB=-0.0196398;REVB=-0.0133533;RO=24;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44326;STB=0.753818;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0182366;OID=.;OPOS=52704109;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:5:12:6:18:5:12:6:18 chr1 52821898 . G A 334.61 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0853257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1461;QD=33.4609;RBI=0.104904;REFB=-0.0280088;REVB=0.0610282;RO=12;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276553;STB=0.649902;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0146859;OID=.;OPOS=52821898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:14:14:12:0:14:14:12:0 chr1 52823546 . C G 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00738708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4117;QD=16.6184;RBI=0.0189299;REFB=0.00543976;REVB=-0.0174291;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199197;STB=0.612699;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.006977;OID=.;OPOS=52823546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:10:13:10:18:10:13:10:18 chr1 52839012 . C T 575.84 PASS AF=0.48;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0357034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0438;QD=18.427;RBI=0.0360211;REFB=-0.008004;REVB=0.00477328;RO=65;SAF=29;SAR=31;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022864;STB=0.512666;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00912081;OID=.;OPOS=52839012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:65:60:60:0.48:31:29:33:32:31:29:33:32 chr1 52882406 . A G 361.11 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.031896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.896;QD=15.2045;RBI=0.0319649;REFB=-0.000288041;REVB=-0.00209885;RO=56;SAF=12;SAR=27;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792056;STB=0.54493;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000163694;OID=.;OPOS=52882406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:27:12:21:35:27:12:21:35 chr1 52903935 . CA AT 66.47 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.136704;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=2;MLLD=130.483;QD=3.79814;RBI=0.13754;REFB=-0.000962093;REVB=-0.0151461;RO=44;SAF=10;SAR=1;SRF=9;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.739567;STB=0.926131;STBP=0.007;TYPE=mnp;VARB=0.0412555;OID=.;OPOS=52903935;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:72:70:44:57:11:11:0.157143:1:10:9:35:1:10:20:37 chr1 52940771 . C T 349.86 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0454117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8475;QD=17.7143;RBI=0.0454167;REFB=0.0112178;REVB=0.000674984;RO=42;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140508;STB=0.584194;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0156835;OID=.;OPOS=52940771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:36:37:0.468354:17:19:16:26:17:20:16:26 chr1 53072454 . T C 1230.89 PASS AF=0.97619;AO=81;DP=86;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0220221;FXX=0.0232531;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.479;QD=58.614;RBI=0.0220326;REFB=0.00417119;REVB=-0.000679743;RO=1;SAF=40;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011691;STB=0.50029;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-2.65959e-06;OID=.;OPOS=53072454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:84:1:2:81:82:0.97619:41:40:1:0:42:40:1:1 chr1 53250650 . G A 315.71 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0118657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4386;QD=15.0339;RBI=0.0142641;REFB=-0.016264;REVB=0.00791651;RO=49;SAF=26;SAR=9;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245395;STB=0.639915;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.021627;OID=.;OPOS=53250650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:9:26:26:23:9:26:26:23 chr1 53320274 . G T 382.45 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0478422;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.975;QD=17.584;RBI=0.0478471;REFB=-0.00460223;REVB=0.000680874;RO=47;SAF=17;SAR=22;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529225;STB=0.523375;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00589957;OID=.;OPOS=53320274;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:39:40:0.45977:22:17:18:29:23:17:18:29 chr1 53380922 . T G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0516049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.772;QD=17.2295;RBI=0.0634138;REFB=-0.0134995;REVB=0.0368544;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426988;STB=0.749374;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0307184;OID=.;OPOS=53380922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:1:5:2:6:1:5 chr1 53519270 . C T 425.17 PASS AF=0.525;AO=41;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0218213;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1567;QD=21.2587;RBI=0.0488222;REFB=0.0200674;REVB=-0.0436742;RO=38;SAF=22;SAR=19;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100139;STB=0.548671;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.0103086;OID=.;OPOS=53519270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:41:42:0.525:19:22:16:22:20:22:16:22 chr1 53532535 . G C 318.42 PASS AF=0.375;AO=35;DP=95;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0145555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.25;QD=13.2677;RBI=0.0345534;REFB=0.00972002;REVB=0.0313381;RO=60;SAF=25;SAR=10;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285657;STB=0.66902;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0128554;OID=.;OPOS=53532535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:60:60:35:36:0.375:10:25:28:32:10:26:28:32 chr1 53535478 . G A 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00984374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1654;QD=24.1271;RBI=0.0243538;REFB=0.00923033;REVB=0.0222757;RO=10;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253176;STB=0.655562;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00364532;OID=.;OPOS=53535478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:10:11:17:17:0.607143:10:7:8:2:10:7:9:2 chr1 53537266 . G A 896.72 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0615;QD=57.853;RBI=0.0716946;REFB=0;REVB=0.0412691;RO=0;SAF=44;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000713811;OID=.;OPOS=53537266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:17:44:0:0:18:44:0:0 chr1 53544289 . C T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.000334014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.102;QD=7.46497;RBI=0.00717164;REFB=0.00684773;REVB=-0.00716386;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281128;STB=0.678486;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0177633;OID=.;OPOS=53544289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:8:9:2:5:8:9 chr1 53544439 . G A 277.57 PASS AF=0.537037;AO=20;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00703003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.514;QD=20.5608;RBI=0.0125606;REFB=-0.0383384;REVB=-0.010409;RO=21;SAF=4;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261478;STB=0.53331;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0455366;OID=.;OPOS=53544439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:25:20:29:0.537037:16:4:9:12:16:13:13:12 chr1 53544513 . C T 128.06 PASS AF=0.348837;AO=14;DP=42;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0282473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3437;QD=11.913;RBI=0.0326893;REFB=-0.00525543;REVB=0.0164524;RO=28;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517218;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00957116;OID=.;OPOS=53544513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:28:28:14:15:0.348837:5:9:18:10:5:10:18:10 chr1 53544597 . T C 356.12 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0524062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.01;QD=24.5599;RBI=0.0524132;REFB=-0.0278687;REVB=0.000861875;RO=23;SAF=27;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186234;STB=0.602914;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0289516;OID=.;OPOS=53544597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:8:27:13:10:8:27:13:10 chr1 53553702 . A G 906.08 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292928;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.3;QD=58.4567;RBI=0.031493;REFB=0;REVB=0.0115645;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384286;OID=.;OPOS=53553702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:39:22:0:0:40:22:0:0 chr1 53553754 . T C 408.08 PASS AF=0.518987;AO=40;DP=78;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0118087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.261;QD=20.6623;RBI=0.027724;REFB=-0.0179824;REVB=0.0250833;RO=38;SAF=15;SAR=25;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183967;STB=0.514844;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0201442;OID=.;OPOS=53553754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:38:38:40:41:0.518987:25:15:15:23:26:15:15:23 chr1 53558270 . A G 594.36 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3668;QD=60.9603;RBI=0.110912;REFB=0;REVB=0.0985511;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754201;OID=.;OPOS=53558270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr1 53558366 . T C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0243106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.597;QD=14.0977;RBI=0.0389043;REFB=-0.0106096;REVB=-0.0303733;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171008;STB=0.599845;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0133201;OID=.;OPOS=53558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:10:8:8:5:10:8 chr1 53600078 . A G 257.73 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0164263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.758;QD=23.4298;RBI=0.0228912;REFB=-0.00909827;REVB=-0.0159432;RO=18;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651923;STB=0.538429;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00393525;OID=.;OPOS=53600078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:20:24:24:0.545455:10:14:9:9:10:14:10:10 chr1 53676448 . G A 193.15 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00638736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.181;QD=16.4381;RBI=0.0227967;REFB=-0.0174155;REVB=-0.0218836;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236049;STB=0.50442;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0186834;OID=.;OPOS=53676448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:12:8:11:15:12:8:11:16 chr1 53684525 . C G 341.28 PASS AF=1;AO=14;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.595;QD=54.6054;RBI=0.101147;REFB=0;REVB=0.0900092;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155981;OID=.;OPOS=53684525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:14:25:1:7:7:0:0:14:11:0:0 chr1 53716416 . G A 392.54 PASS AF=0.367188;AO=47;DP=128;FAO=47;FDP=128;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.035832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.545;QD=12.2668;RBI=0.0438391;REFB=-0.0286222;REVB=0.0252574;RO=81;SAF=26;SAR=21;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111805;STB=0.506377;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0412646;OID=.;OPOS=53716416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:81:81:47:47:0.367188:21:26:44:37:21:26:44:37 chr1 53732315 . G T 424.68 PASS AF=0.463158;AO=42;DP=93;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0183189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.512;QD=17.8814;RBI=0.0227199;REFB=-0.0203706;REVB=0.0134392;RO=50;SAF=18;SAR=24;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700062;STB=0.529737;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0199051;OID=.;OPOS=53732315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:50:51:42:44:0.463158:24:18:25:25:24:20:26:25 chr1 53792651 . A C 327.72 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0725769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.022;QD=15.2427;RBI=0.0746975;REFB=-0.0127659;REVB=-0.0176726;RO=50;SAF=14;SAR=22;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333359;STB=0.518857;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0146463;OID=.;OPOS=53792651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:22:14:21:29:22:14:21:29 chr1 53995515 . G A 234.03 PASS AF=0.422535;AO=21;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=41;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0849654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.7927;QD=13.1847;RBI=0.245396;REFB=-0.0198309;REVB=0.230218;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175105;STB=0.517591;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0318574;OID=.;OPOS=53995515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:19:41:21:30:0.422535:11:10:13:6:17:13:19:22 chr1 54331996 . GCCCA GCC,GCCA 162.29 PASS AF=0,0.8;AO=7,9;DP=25;FAO=0,20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=0,17;FSAR=0,3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0790265,0.195215;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=154.615,16.0034;QD=25.9657;RBI=0.0952159,0.284226;REFB=-0.0170457,-0.0961939;REVB=0.0531121,0.20658;RO=6;SAF=7,8;SAR=0,1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.3875,0.3875;SSSB=0.812084,0.58021;STB=0.5,0.687642;STBP=1,0.011;TYPE=del,del;VARB=0,0.11665;OID=.,.;OPOS=54331999,54331997;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCC,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.8:7,9:25:0,20:25:5:0,17:0,3:1:4:11:6:7,8:0,1:1:5 chr1 54354654 . A AG 153.05 PASS AF=1;AO=3;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=8.85555;QD=26.617;RBI=0.103273;REFB=-0.00890681;REVB=0.00763306;RO=21;SAF=2;SAR=1;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205794;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00808481;OID=.;OPOS=54354655;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:24:23:23:0:11:12:0:0:3:21:2:1:10:11 chr1 54354658 . T G 233.58 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.107777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8053;QD=40.6234;RBI=0.13668;REFB=0.00954632;REVB=0.0840578;RO=3;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144699;STB=0.578868;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00251087;OID=.;OPOS=54354658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:3:3:20:20:0.869565:12:8:3:0:12:8:3:0 chr1 54571318 . C T 102.98 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0622972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.938;QD=21.6807;RBI=0.0623444;REFB=0.00684477;REVB=0.00242461;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232701;STB=0.545351;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00427371;OID=.;OPOS=54571318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:19:19:6:7:9:9:0.473684:7:2:3:3:6:3:3:4 chr1 54605318 . T TGC 750.81 PASS AF=1;AO=6;DP=60;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680596;FXX=0.017854;HRUN=8;LEN=2;MLLD=226.003;QD=54.6045;RBI=0.0748747;REFB=0;REVB=0.0312107;RO=53;SAF=5;SAR=1;SRF=41;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104616;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00203397;OID=.;OPOS=54605319;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:60:55:55:0:44:11:0:0:4:53:5:1:41:12 chr1 54605319 . G GC 510.11 PASS AF=0.90566;AO=34;DP=59;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00784551;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.428;QD=38.4985;RBI=0.117756;REFB=-0.0261107;REVB=-0.117494;RO=24;SAF=33;SAR=1;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.70673;STB=0.530108;STBP=0.315;TYPE=ins;VARB=0.00295719;OID=.;OPOS=54605320;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.90566:34:59:48:53:5:39:9:5:0:11:24:33:1:12:12 chr1 54605320 . G C 111.04 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=4;FWDB=-0.00898464;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=105.783;QD=7.52805;RBI=0.0129234;REFB=-0.00661358;REVB=0.00928929;RO=43;SAF=6;SAR=10;SRF=39;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601582;STB=0.842422;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00530911;OID=.;OPOS=54605320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:10:6:39:4:10:6:39:4 chr1 54606804 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.971;QD=58.5876;RBI=0.0357407;REFB=0;REVB=0.0334403;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141555;OID=.;OPOS=54606804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr1 54607051 . A G 593.13 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.58;QD=60.8338;RBI=0.0153526;REFB=0;REVB=0.00437539;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79681e-05;OID=.;OPOS=54607051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr1 54637016 . AC A 97.31 PASS AF=0.84;AO=8;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.290667;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=8.77736;QD=15.5698;RBI=0.291078;REFB=-0.0216427;REVB=0.0154731;RO=11;SAF=8;SAR=0;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.722912;STB=0.564289;STBP=0.338;TYPE=del;VARB=0.0493;OID=.;OPOS=54637017;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.84:8:25:21:25:4:19:2:3:1:16:11:8:0:10:1 chr1 54637167 . T C,G 600.98 PASS AF=0.95,0.05;AO=38,2;DP=40;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=9,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239532,-0.121341;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=99.0963,14.8889;QD=60.0975;RBI=0.0385246,0.131675;REFB=0,0;REVB=-0.0301727,-0.0511352;RO=0;SAF=29,0;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00122333,0.115748;OID=.,.;OPOS=54637167,54637167;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:40:40:0:0:38,2:38,2:0.95,0.05:9,2:29,0:0:0:9,2:29,0:0:0 chr1 54637417 . G A 1415.05 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.845;QD=62.8911;RBI=0.0436377;REFB=0;REVB=0.0246131;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89684e-05;OID=.;OPOS=54637417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:50:40:0:0:50:40:0:0 chr1 54637697 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.074;QD=59.8557;RBI=0.0260812;REFB=0;REVB=0.0114154;RO=0;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07182e-05;OID=.;OPOS=54637697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:26:45:0:0:26:45:0:0 chr1 54637915 . C T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4084;QD=37.4867;RBI=0.0674601;REFB=0;REVB=-0.0605737;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00199334;OID=.;OPOS=54637915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr1 54683856 . C G 1539.83 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0677;QD=62.2155;RBI=0.108454;REFB=0;REVB=0.0900239;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177841;OID=.;OPOS=54683856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:99:0:0:92:99:1:41:51:0:0:48:51:0:0 chr1 54686374 . T C 695.73 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0432964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.107;QD=60.4982;RBI=0.0464503;REFB=-0.0246807;REVB=-0.0168241;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00632738;OID=.;OPOS=54686374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:21:23:0:1:22:23:0:1 chr1 54686413 . C G 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00497076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.661;QD=21.0082;RBI=0.016408;REFB=-0.0167285;REVB=0.015637;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555383;STB=0.503081;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0125481;OID=.;OPOS=54686413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:17:13:11:14:17:13:11:14 chr1 54686455 . A G 212.14 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0113775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.786;QD=16.6385;RBI=0.0113975;REFB=-0.00419076;REVB=-0.000674244;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171408;STB=0.585036;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00547598;OID=.;OPOS=54686455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:28:22:23:0.45098:12:10:8:20:13:10:8:20 chr1 54686464 . C T 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0376214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5996;QD=18.0355;RBI=0.0455232;REFB=0.00602762;REVB=-0.0256319;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158016;STB=0.589276;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00522393;OID=.;OPOS=54686464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:12:10:8:19:12:10:8:19 chr1 54703768 . G A 1226.75 PASS AF=0.570732;AO=116;DP=204;FAO=117;FDP=205;FR=.;FRO=88;FSAF=42;FSAR=75;FSRF=58;FSRR=30;FWDB=-0.0165381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.342;QD=23.9365;RBI=0.0183618;REFB=-0.0191281;REVB=0.00797793;RO=86;SAF=42;SAR=74;SRF=56;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22836;STB=0.629701;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0134099;OID=.;OPOS=54703768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:86:88:116:117:0.570732:74:42:56:30:75:42:58:30 chr1 54704567 . A G 187.57 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3558;QD=46.8924;RBI=0.074059;REFB=0;REVB=-0.073008;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128425;OID=.;OPOS=54704567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:14:16:1:12:2:0:0:13:3:0:0 chr1 54704629 . C T 772.75 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0153851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.781;QD=61.82;RBI=0.0341608;REFB=-0.157247;REVB=-0.0305001;RO=0;SAF=9;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55353e-08;STB=0.50617;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000585144;OID=.;OPOS=54704629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:40:9:0:0:40:9:0:1 chr1 55060251 . C T 1289.61 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.789;QD=60.6876;RBI=0.0423033;REFB=-0.0220475;REVB=0.0314974;RO=1;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145713;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200639;OID=.;OPOS=55060251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:85:85:1:0:84:85:1:32:52:0:1:33:52:0:0 chr1 55064980 . G A 1740.64 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111819;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.085;QD=60.5439;RBI=0.0473406;REFB=0;REVB=0.0460011;RO=0;SAF=71;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.03664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270748;OID=.;OPOS=55064980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:113:115:1:42:71:0:0:42:73:0:0 chr1 55070774 . ACAAGTTCCTCTCCTTC A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0218157;FXX=0;HRUN=1;LEN=16;MLLD=602.009;QD=17.2298;RBI=0.0218208;REFB=-0.00571275;REVB=0.000473329;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17296;STB=0.599771;STBP=0.535;TYPE=del;VARB=0.0047013;OID=.;OPOS=55070775;OREF=CAAGTTCCTCTCCTTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:8:14:8:14:6:3:5:1:5:38:6:3:5:1:5 chr1 55075062 . C T 575.4 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158992;FXX=0.0487686;HRUN=5;LEN=1;MLLD=80.6214;QD=59.015;RBI=0.0188686;REFB=0;REVB=0.0101607;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119676;OID=.;OPOS=55075062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:24:12:0:0:24:15:0:0 chr1 55075122 . C G 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6293;QD=57.236;RBI=0.0976226;REFB=0;REVB=-0.0903462;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141351;OID=.;OPOS=55075122;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr1 55118566 . C G 957.38 PASS AF=1;AO=55;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.699;QD=58.9159;RBI=0.0562342;REFB=0;REVB=0.0346775;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221167;OID=.;OPOS=55118566;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:55:65:1:28:27:0:0:31:34:0:0 chr1 55119515 . T G 1104.31 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.99;QD=59.6924;RBI=0.0262076;REFB=0;REVB=0.0250329;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09933e-05;OID=.;OPOS=55119515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:35:38:0:0:35:39:0:0 chr1 55119546 . A G 1072.75 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.409;QD=58.7808;RBI=0.0592314;REFB=0;REVB=0.021595;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282058;OID=.;OPOS=55119546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:73:0:0:64:73:1:38:26:0:0:38:35:0:0 chr1 55136529 . T C 1664.75 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3653;QD=59.4553;RBI=0.0580676;REFB=-0.0727799;REVB=0.0556464;RO=1;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887364;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103355;OID=.;OPOS=55136529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:112:112:1:0:111:112:1:53:58:0:1:54:58:0:0 chr1 55139741 . A G 1658.99 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.057;QD=60.3268;RBI=0.0319354;REFB=0;REVB=0.0303263;RO=0;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89135e-05;OID=.;OPOS=55139741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:108:110:1:52:56:0:0:52:58:0:0 chr1 55144466 . A G 346.73 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00512824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4784;QD=22.3695;RBI=0.00593085;REFB=-0.0498073;REVB=0.00297929;RO=26;SAF=17;SAR=18;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485804;STB=0.534177;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0399999;OID=.;OPOS=55144466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:27:35:35:0.564516:18:17:11:15:18:17:11:16 chr1 55167773 . T A 2769.86 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000752466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0404;QD=62.5957;RBI=0.078555;REFB=0;REVB=0.0785514;RO=0;SAF=82;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261916;OID=.;OPOS=55167773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:177:0:0:173:177:1:91:82:0:0:94:83:0:0 chr1 55181650 . C T 326.66 PASS AF=0.589286;AO=32;DP=55;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00327171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0197;QD=23.3327;RBI=0.00363112;REFB=-0.00930858;REVB=0.00157509;RO=23;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312499;STB=0.522539;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.014636;OID=.;OPOS=55181650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:23:23:32:33:0.589286:14:18:12:11:14:19:12:11 chr1 55182300 . T A 1367.5 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5305;QD=62.1592;RBI=0.0307004;REFB=0;REVB=0.00334879;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409114;OID=.;OPOS=55182300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:37:50:0:0:37:51:0:0 chr1 55251689 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.691;QD=64.4154;RBI=0.0376215;REFB=0;REVB=0.0367092;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93937e-05;OID=.;OPOS=55251689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr1 55266600 . C T 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0116264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.816;QD=18.9019;RBI=0.0140398;REFB=0.000667824;REVB=-0.00787045;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132235;STB=0.573487;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.000619702;OID=.;OPOS=55266600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:17:17:22:12:17:17:22:12 chr1 55271845 . C T 449.68 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.0090528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1205;QD=14.5059;RBI=0.0256911;REFB=-0.0156104;REVB=-0.0240433;RO=67;SAF=38;SAR=13;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223642;STB=0.61647;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0266606;OID=.;OPOS=55271845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:67:73:51:51:0.41129:13:38:37:30:13:38:42:31 chr1 55277514 . C T 147.11 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0350788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.291;QD=17.3073;RBI=0.0410579;REFB=-0.0115048;REVB=0.0213359;RO=17;SAF=2;SAR=14;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963032;STB=0.599858;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0138297;OID=.;OPOS=55277514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:14:2:3:14:14:2:4:14 chr1 55277599 . T C 632.12 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6177;QD=61.6702;RBI=0.0488879;REFB=0;REVB=-0.0397001;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000359775;OID=.;OPOS=55277599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:25:15:0:0:26:15:0:0 chr1 55280690 . G A 221.95 PASS AF=0.419355;AO=22;DP=59;FAO=26;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00921254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.542;QD=14.3194;RBI=0.0206252;REFB=-0.0114736;REVB=-0.0184535;RO=27;SAF=19;SAR=3;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15204;STB=0.598773;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0280208;OID=.;OPOS=55280690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:27:36:22:26:0.419355:3:19:21:6:7:19:21:15 chr1 55307332 . G T 218.79 PASS AF=0.323529;AO=24;DP=99;FAO=33;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0357728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0515;QD=8.58007;RBI=0.0570658;REFB=-0.00965559;REVB=-0.0444614;RO=50;SAF=3;SAR=21;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409671;STB=0.639914;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0652993;OID=.;OPOS=55307332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:50:69:24:33:0.323529:21:3:19:31:22:11:37:32 chr1 55307501 . A G 246.28 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00603869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2817;QD=24.628;RBI=0.0234384;REFB=0.0169441;REVB=-0.0226471;RO=17;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926173;STB=0.551678;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.0198134;OID=.;OPOS=55307501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:16:7:7:10:16:7:7:10 chr1 55446697 . G A 321.79 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0402824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.383;QD=23.836;RBI=0.0403334;REFB=-0.0303381;REVB=0.00202903;RO=22;SAF=21;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878851;STB=0.548476;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0230416;OID=.;OPOS=55446697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:11:21:12:10:11:21:12:10 chr1 55457710 . G A 216.37 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0112117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.515;QD=13.113;RBI=0.015743;REFB=-0.0122132;REVB=-0.0110517;RO=40;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137337;STB=0.578182;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0178501;OID=.;OPOS=55457710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:15:11:12:28:15:11:12:28 chr1 55464986 . G A 241.71 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0276424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.892;QD=21.9736;RBI=0.0368619;REFB=-0.0164111;REVB=0.0243864;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356536;STB=0.519983;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0217815;OID=.;OPOS=55464986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:11:10:10:13:11:10 chr1 55505587 . CGG CGC,CG 238.75 PASS AF=0.230769,0.769231;AO=6,6;DP=26;FAO=6,20;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=6,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444632,0.702353;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=171.464,12.6425;QD=36.7305;RBI=0.071407,0.709983;REFB=0,0;REVB=-0.0558748,-0.10381;RO=12;SAF=0,2;SAR=6,4;SRF=12;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0.364706;SSSB=-0.851554,-0.650739;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0205698,0.00608187;OID=.,.;OPOS=55505589,55505588;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.230769,0.769231:6,6:26:6,20:26:0:0,14:6,6:0:0:35:12:0,2:6,4:12:0 chr1 55523033 . A G 1659.23 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.307;QD=60.3356;RBI=0.0363409;REFB=0;REVB=-0.0358235;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243908;OID=.;OPOS=55523033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:57:53:0:0:57:53:0:0 chr1 55524197 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.088;QD=56.9564;RBI=0.0382378;REFB=0;REVB=-0.0291706;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11304e-05;OID=.;OPOS=55524197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:27:24:0:0:28:24:0:0 chr1 55524237 . G A 952.13 PASS AF=0.985294;AO=63;DP=64;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00864659;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.972;QD=56.0075;RBI=0.0540036;REFB=0.0213538;REVB=0.0533069;RO=1;SAF=31;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149896;STB=0.507934;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000472955;OID=.;OPOS=55524237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:68:1:1:63:67:0.985294:32:31:1:0:36:31:1:0 chr1 55529187 . G A 1494.97 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0433919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.018;QD=56.414;RBI=0.0482614;REFB=-0.11473;REVB=0.021126;RO=3;SAF=60;SAR=43;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464636;STB=0.50245;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00156872;OID=.;OPOS=55529187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:106:3:3:103:103:0.971698:43:60:2:1:43:60:2:1 chr1 55541174 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.501;QD=62.3503;RBI=0.0336901;REFB=0;REVB=0.0334379;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156067;OID=.;OPOS=55541174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr1 55545230 . C G 386.95 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0250727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.982;QD=15.3247;RBI=0.0251564;REFB=-0.0194909;REVB=-0.00204972;RO=58;SAF=24;SAR=19;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653489;STB=0.536706;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0243958;OID=.;OPOS=55545230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:19:24:36:22:19:24:36:22 chr1 55591113 . T C 115.07 PASS AF=0.230769;AO=18;DP=78;FAO=18;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00362803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7888;QD=5.90108;RBI=0.0146004;REFB=-0.0129541;REVB=-0.0141424;RO=60;SAF=9;SAR=9;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620144;STB=0.538419;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0603545;OID=.;OPOS=55591113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:60:60:18:18:0.230769:9:9:27:33:9:9:27:33 chr1 55638075 . G A 1048.07 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.188;QD=58.226;RBI=0.0568375;REFB=-0.023229;REVB=-0.0495761;RO=1;SAF=40;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116725;STB=0.505881;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000380062;OID=.;OPOS=55638075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:69:71:0.986111:29:40:1:0:29:42:1:0 chr1 55842312 . G C 373.04 PASS AF=0.493671;AO=37;DP=77;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00418991;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.384;QD=18.888;RBI=0.0227836;REFB=0.0124752;REVB=0.0223951;RO=39;SAF=25;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183053;STB=0.589239;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00861771;OID=.;OPOS=55842312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:39:40:37:39:0.493671:12:25:19:20:13:26:20:20 chr1 55864258 . C T 678.05 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3823;QD=61.6408;RBI=0.0275875;REFB=0;REVB=-0.000422724;RO=0;SAF=7;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327315;OID=.;OPOS=55864258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:36:7:0:0:37:7:0:0 chr1 57158051 . G A 347.43 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0061305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.628;QD=17.1573;RBI=0.0160575;REFB=-0.00472229;REVB=0.0148412;RO=44;SAF=12;SAR=25;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901002;STB=0.550633;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00567389;OID=.;OPOS=57158051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:25:12:18:26:25:12:18:26 chr1 57158150 . C T 496.16 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0191143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.429;QD=20.8911;RBI=0.0338658;REFB=-0.0357847;REVB=-0.027956;RO=47;SAF=21;SAR=27;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847124;STB=0.546876;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0353108;OID=.;OPOS=57158150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:27:21:25:22:27:21:25:22 chr1 57180867 . A G 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.026465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.967;QD=12.229;RBI=0.0265358;REFB=-0.00621009;REVB=0.00193742;RO=36;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190939;STB=0.511031;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0094876;OID=.;OPOS=57180867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:10:12:19:17:10:12:19:17 chr1 57221548 . C CT,T 478.34 PASS AF=1,0;AO=7,2;DP=43;FAO=42,0;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0711101,-0.039677;FXX=0.0232504;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=20.9579,148.15;QD=45.5563;RBI=0.0711938,0.0405341;REFB=0,0;REVB=0.00345125,-0.0082914;RO=34;SAF=2,0;SAR=5,2;SRF=12;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0925089,-0.382348;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00655817,0;OID=.,.;OPOS=57221549,57221548;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:34:0:7,2:42,0:1,0:5,2:2,0:12:22:28,0:14,0:0:0 chr1 57254697 . G A 702.99 PASS AF=0.482759;AO=70;DP=144;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.0193018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5158;QD=19.3928;RBI=0.0933312;REFB=-0.024089;REVB=0.0913135;RO=74;SAF=34;SAR=36;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509542;STB=0.524609;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0254868;OID=.;OPOS=57254697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:74:75:70:70:0.482759:36:34:40:34:36:34:40:35 chr1 57340727 . C A 483.03 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0229737;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.541;QD=20.1263;RBI=0.0230817;REFB=-0.0186919;REVB=-0.00223009;RO=50;SAF=21;SAR=26;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496127;STB=0.521518;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0200926;OID=.;OPOS=57340727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:50:49:47:47:0.489583:26:21:25:25:25:22:25:24 chr1 57383358 . C T 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0220109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.528;QD=15.1952;RBI=0.0301616;REFB=0.00076272;REVB=-0.0206214;RO=26;SAF=14;SAR=4;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421098;STB=0.744397;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00371774;OID=.;OPOS=57383358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:4:14:10:16:4:14:10:16 chr1 57422484 . C T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.575;QD=61.3755;RBI=0.0158908;REFB=0;REVB=0.00857293;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39523e-05;OID=.;OPOS=57422484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr1 58939634 . G A 1510.86 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.557;QD=63.615;RBI=0.0315516;REFB=0;REVB=0.00595177;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51353e-05;OID=.;OPOS=58939634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:49:46:0:0:49:46:0:0 chr1 59127086 . G A 72.99 PASS AF=0.3125;AO=9;DP=31;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.000743141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.339;QD=9.1239;RBI=0.0202589;REFB=-0.0126218;REVB=0.0202453;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116534;STB=0.531188;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.023795;OID=.;OPOS=59127086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:31:32:22:22:9:10:0.3125:4:5:12:10:5:5:12:10 chr1 59142713 . T C 408.05 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.000164011;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.838;QD=17.7414;RBI=0.0200091;REFB=-0.00638977;REVB=0.0200084;RO=47;SAF=29;SAR=13;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162748;STB=0.61081;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.010123;OID=.;OPOS=59142713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:50:42:42:0.456522:13:29:25:22:13:29:25:25 chr1 59147926 . T C 417.22 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0164604;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6372;QD=19.4056;RBI=0.0867328;REFB=0.0156278;REVB=0.0851566;RO=41;SAF=18;SAR=24;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350705;STB=0.522174;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.0201221;OID=.;OPOS=59147926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:44:42:42:0.488372:24:18:16:25:24:18:17:27 chr1 59160885 . A G 151.53 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00305273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.124;QD=12.8964;RBI=0.00407111;REFB=-0.0140729;REVB=-0.00269346;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107236;STB=0.581995;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0264405;OID=.;OPOS=59160885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:30:17:17:0.361702:9:8:16:12:9:8:18:12 chr1 59248813 . G C 255.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.029;QD=51.1718;RBI=0.0557034;REFB=0;REVB=0.0503689;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490113;OID=.;OPOS=59248813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr1 59249031 . T G 2913.66 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.346;QD=62.9981;RBI=0.05818;REFB=0;REVB=0.0428358;RO=0;SAF=92;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22177e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71857e-05;OID=.;OPOS=59249031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:180:185:0:0:180:185:1:88:92:0:0:92:93:0:0 chr1 59249347 . G C 3152.7 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.097;QD=64.0142;RBI=0.0218784;REFB=0;REVB=-0.00279273;RO=0;SAF=106;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.38741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55835e-06;OID=.;OPOS=59249347;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:197:197:1:91:106:0:0:91:106:0:0 chr1 59364918 . G A 208.76 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0557231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4139;QD=18.1531;RBI=0.0559933;REFB=-0.015606;REVB=-0.0054937;RO=25;SAF=4;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370561;STB=0.713354;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.013533;OID=.;OPOS=59364918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:17:4:13:12:17:4:13:12 chr1 60466814 . T C 669.41 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.020321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1318;QD=52.5029;RBI=0.0338477;REFB=-0.07653;REVB=-0.0270689;RO=2;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268741;STB=0.513883;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00253645;OID=.;OPOS=60466814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:48:49:0.960784:34:14:0:2:35:14:0:2 chr1 61869783 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0109;QD=57.7119;RBI=0.0527968;REFB=0;REVB=0.04986;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321143;OID=.;OPOS=61869783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr1 62232031 . C T 1568.49 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.971;QD=64.0199;RBI=0.0374236;REFB=0;REVB=0.0192319;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68963e-05;OID=.;OPOS=62232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:51:47:0:0:51:47:0:0 chr1 62261168 . A G 1842.69 PASS AF=0.984;AO=122;DP=127;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0207996;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7258;QD=58.966;RBI=0.0220459;REFB=-0.0774205;REVB=0.00730715;RO=2;SAF=55;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169591;STB=0.508771;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000877521;OID=.;OPOS=62261168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:125:2:2:122:123:0.984:67:55:2:0:67:56:2:0 chr1 62318192 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.968;QD=57.2025;RBI=0.0523333;REFB=0;REVB=0.00195675;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293693;OID=.;OPOS=62318192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr1 62330080 . T G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.128;QD=59.0163;RBI=0.0514655;REFB=0;REVB=0.0334627;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021894;OID=.;OPOS=62330080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr1 62380270 . C T 89.1 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0127513;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.096;QD=13.7069;RBI=0.0187654;REFB=0.000593918;REVB=-0.0137676;RO=14;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12889;STB=0.644843;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00098851;OID=.;OPOS=62380270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:27:26:14:15:11:11:0.423077:10:1:2:12:10:1:3:12 chr1 62380298 . G A 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.015846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.664;QD=9.56928;RBI=0.0175804;REFB=-0.00513781;REVB=-0.00761412;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148467;STB=0.512164;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0103157;OID=.;OPOS=62380298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:23:14:15:8:8:0.347826:7:1:1:13:7:1:2:13 chr1 62456014 . G A 562.19 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0403006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4011;QD=54.8474;RBI=0.0476082;REFB=-0.270711;REVB=0.0253457;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228522;STB=0.522716;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.013412;OID=.;OPOS=62456014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:41:1:2:38:39:0.95122:20:18:0:1:21:18:0:2 chr1 62516683 . G C 340.73 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00490391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.103;QD=14.4993;RBI=0.0261179;REFB=-0.00547548;REVB=0.0256534;RO=54;SAF=17;SAR=21;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548443;STB=0.542065;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00795844;OID=.;OPOS=62516683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:54:56:38:38:0.404255:21:17:27:27:21:17:29:27 chr1 62538252 . G A 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00447345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.779;QD=18.7957;RBI=0.0134372;REFB=-0.0150924;REVB=0.0126707;RO=27;SAF=5;SAR=18;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261162;STB=0.649539;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.018514;OID=.;OPOS=62538252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:18:5:12:15:18:5:12:15 chr1 62538372 . A G 76.58 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00253043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.321;QD=11.7813;RBI=0.0133829;REFB=-0.0430765;REVB=0.0131415;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33729;STB=0.6996;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0314841;OID=.;OPOS=62538372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:26:26:14:16:10:10:0.384615:7:3:9:5:7:3:10:6 chr1 62579823 . G A 483.75 PASS AF=0.51087;AO=46;DP=89;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00534949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4426;QD=21.0325;RBI=0.0116359;REFB=-0.0257734;REVB=0.0103333;RO=43;SAF=30;SAR=16;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129187;STB=0.542428;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0351351;OID=.;OPOS=62579823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:43:45:46:47:0.51087:16:30:22:21:18:29:24:21 chr1 62579907 . C T 207.94 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0160364;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.828;QD=12.9964;RBI=0.0172108;REFB=-0.0129703;REVB=-0.00624866;RO=39;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113041;STB=0.506488;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0267822;OID=.;OPOS=62579907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:39:39:25:25:0.390625:15:10:16:23:15:10:16:23 chr1 62594593 . C T 250.75 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.0130789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0988;QD=19.6668;RBI=0.0199855;REFB=-0.00704452;REVB=-0.0151117;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377856;STB=0.695512;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00497262;OID=.;OPOS=62594593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:25:25:26:0.509804:16:9:20:5:16:10:20:5 chr1 62603421 . C T 566.05 PASS AF=0.408805;AO=65;DP=159;FAO=65;FDP=159;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=57;FSRR=37;FWDB=0.0166709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.162;QD=14.2403;RBI=0.0219349;REFB=-0.0104754;REVB=-0.0142556;RO=94;SAF=36;SAR=29;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563742;STB=0.531628;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.012641;OID=.;OPOS=62603421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:94:94:65:65:0.408805:29:36:57:37:29:36:57:37 chr1 62603544 . C T 358.9 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0311853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9468;QD=14.8;RBI=0.0343663;REFB=-0.00747133;REVB=0.0144404;RO=58;SAF=14;SAR=25;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988544;STB=0.556144;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0130497;OID=.;OPOS=62603544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:25:14:26:32:25:14:26:32 chr1 62644118 . A G 251.6 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00344726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.869;QD=20.539;RBI=0.00347432;REFB=0.00120751;REVB=0.000432826;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216524;STB=0.512185;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00255213;OID=.;OPOS=62644118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:10:14:14:11:10:14:14:11 chr1 62672546 . G A 123.28 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00219592;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.344;QD=37.9332;RBI=0.0085231;REFB=-0.151964;REVB=0.00823536;RO=1;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998765;STB=0.55546;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000828801;OID=.;OPOS=62672546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:8:4:1:0:8:4:1:0 chr1 62673037 . T C 198.23 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0171991;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.704;QD=18.4402;RBI=0.0234239;REFB=-0.0150277;REVB=-0.0159019;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156045;STB=0.588696;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0216898;OID=.;OPOS=62673037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:23:20:20:0.465116:12:8:13:10:12:8:13:10 chr1 62673225 . G A 235.39 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0774558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6518;QD=13.2615;RBI=0.0777392;REFB=-0.00119836;REVB=-0.00663233;RO=42;SAF=8;SAR=20;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115017;STB=0.560703;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00192251;OID=.;OPOS=62673225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:28:28:0.394366:20:8:16:26:20:8:16:27 chr1 62675619 . C T 845.11 PASS AF=0.449275;AO=93;DP=207;FAO=93;FDP=207;FR=.;FRO=114;FSAF=28;FSAR=65;FSRF=54;FSRR=60;FWDB=0.010817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7235;QD=16.3307;RBI=0.0174847;REFB=-0.00576456;REVB=-0.013737;RO=114;SAF=28;SAR=65;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18592;STB=0.603601;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00764416;OID=.;OPOS=62675619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:114:114:93:93:0.449275:65:28:54:60:65:28:54:60 chr1 62676091 . C A 36.1 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0423284;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.433;QD=5.3479;RBI=0.0489278;REFB=0.00405439;REVB=0.0245405;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197729;STB=0.629227;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0172523;OID=.;OPOS=62676091;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:27:27:21:21:6:6:0.222222:3:3:7:14:3:3:7:14 chr1 62676612 . A G 145.54 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0473729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.11;QD=16.1712;RBI=0.0566378;REFB=-0.0105432;REVB=0.0310426;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024879;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119225;OID=.;OPOS=62676612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:8:8:9:10:8:8:10:10 chr1 62713224 . C G 2260.25 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=147;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00378518;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.833;QD=61.9246;RBI=0.0135454;REFB=-0.0631639;REVB=0.0130058;RO=3;SAF=74;SAR=70;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199406;STB=0.503448;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-2.76011e-05;OID=.;OPOS=62713224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:147:146:3:1:144:145:0.993151:70:74:0:3:72:73:0:1 chr1 62728784 . A G 185.17 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0547932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8546;QD=10.2871;RBI=0.0919838;REFB=-0.0298521;REVB=-0.0738832;RO=48;SAF=10;SAR=14;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165562;STB=0.596694;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0574424;OID=.;OPOS=62728784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:14:10:27:21:14:10:27:21 chr1 62728838 . T C 458.34 PASS AF=0.42623;AO=51;DP=122;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0084942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6817;QD=15.0276;RBI=0.0121435;REFB=-0.0224985;REVB=-0.00867827;RO=70;SAF=19;SAR=32;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905658;STB=0.543064;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0285799;OID=.;OPOS=62728838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:70:70:51:52:0.42623:32:19:32:38:32:20:32:38 chr1 62728861 . T C 533.27 PASS AF=0.44186;AO=57;DP=127;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.00316289;FXX=0.015266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.1335;QD=16.5355;RBI=0.0250261;REFB=-0.0315139;REVB=-0.0248254;RO=70;SAF=22;SAR=35;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583567;STB=0.525934;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0252381;OID=.;OPOS=62728861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:70:72:57:57:0.44186:35:22:31:39:35:22:31:41 chr1 62728918 . G A 444.24 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.00577058;FXX=0.0180164;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.723;QD=16.3025;RBI=0.0198845;REFB=-0.014641;REVB=0.0190288;RO=60;SAF=18;SAR=31;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184923;STB=0.510324;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0172866;OID=.;OPOS=62728918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:60:49:49:0.449541:31:18:21:39:31:18:21:39 chr1 62732421 . T C 171.04 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0940656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.655;QD=24.4339;RBI=0.0965306;REFB=-0.0274087;REVB=0.0216753;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948632;STB=0.553128;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0217612;OID=.;OPOS=62732421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:28:28:11:11:17:17:0.607143:10:7:6:5:10:7:6:5 chr1 62738904 . T C 485.61 PASS AF=0.452991;AO=52;DP=118;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0160915;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.693;QD=16.6019;RBI=0.0243733;REFB=-0.0290897;REVB=0.0183063;RO=63;SAF=26;SAR=26;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101413;STB=0.554781;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0299688;OID=.;OPOS=62738904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:63:64:52:53:0.452991:26:26:38:25:26:27:39:25 chr1 62740446 . T C 192.94 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.00958311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8671;QD=10.0231;RBI=0.0223047;REFB=-0.00330522;REVB=0.020141;RO=51;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346744;STB=0.524889;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0182265;OID=.;OPOS=62740446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:52:25:25:0.324675:17:8:15:36:17:8:15:37 chr1 62740449 . T C 206.63 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.0020324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5445;QD=11.0204;RBI=0.023015;REFB=-0.0116932;REVB=-0.0229251;RO=49;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138962;STB=0.580135;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0111112;OID=.;OPOS=62740449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:49:26:26:0.346667:15:11:15:34:15:11:15:34 chr1 63881552 . C T 108.34 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00441698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.96;QD=14.9431;RBI=0.0115724;REFB=0.000318882;REVB=-0.0106963;RO=16;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290727;STB=0.670447;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.000420807;OID=.;OPOS=63881552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:3:10:8:8:3:10:8:8 chr1 63991267 . T C 453.58 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00278722;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7923;QD=24.8536;RBI=0.0387705;REFB=-0.014707;REVB=-0.0386702;RO=30;SAF=26;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105503;STB=0.55784;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0093085;OID=.;OPOS=63991267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:30:30:43:43:0.589041:17:26:14:16:17:26:14:16 chr1 64015217 . G A 126.35 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.014056;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7036;QD=10.5294;RBI=0.0196891;REFB=-0.0070212;REVB=-0.0137873;RO=33;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124717;STB=0.574487;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0161698;OID=.;OPOS=64015217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:33:33:15:15:0.3125:7:8:14:19:7:8:14:19 chr1 64097432 . C T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.03935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.743;QD=14.7663;RBI=0.0393862;REFB=-0.00134172;REVB=-0.00169008;RO=33;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147307;STB=0.508373;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00151819;OID=.;OPOS=64097432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:14:11:15:18:14:11:15:18 chr1 64515379 . C T 632.64 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0768;QD=58.8504;RBI=0.12279;REFB=-0.0491776;REVB=0.122509;RO=2;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046837;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247611;OID=.;OPOS=64515379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:43:2:0:40:43:1:19:21:0:2:22:21:0:0 chr1 64608329 . G T 314.04 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.147;QD=52.3395;RBI=0.022969;REFB=0;REVB=-0.00696224;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258718;OID=.;OPOS=64608329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:17:5:0:0:19:5:0:0 chr1 65016349 . A T 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0985432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.559;QD=59.4309;RBI=0.106797;REFB=0;REVB=0.0411673;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112792;OID=.;OPOS=65016349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr1 65113568 . T C 2315.76 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0030777;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8992;QD=63.8831;RBI=0.00978731;REFB=0;REVB=0.00929081;RO=0;SAF=70;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4427e-05;OID=.;OPOS=65113568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:145:145:1:75:70:0:0:75:70:0:0 chr1 65158724 . C T 942.87 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.246;QD=58.0228;RBI=0.0330167;REFB=0;REVB=-0.00990705;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.95681e-05;OID=.;OPOS=65158724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:39:25:0:0:40:25:0:0 chr1 65311262 . G A 1643.56 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.867;QD=59.2272;RBI=0.02807;REFB=-0.0954373;REVB=0.0233551;RO=0;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00047915;OID=.;OPOS=65311262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:110:110:0.990991:49:61:0:0:49:61:1:0 chr1 65591719 . GC G 258.36 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0868877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.5423;QD=43.0604;RBI=0.151568;REFB=0;REVB=-0.124191;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.374101;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0141814;OID=.;OPOS=65591720;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:24:24:24:0:11:13:0:0:5:0:10:13:0:0 chr1 65690461 . G A 284.04 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00261777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.902;QD=15.1486;RBI=0.014589;REFB=-0.0172489;REVB=0.0143522;RO=43;SAF=21;SAR=11;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286852;STB=0.66214;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0202283;OID=.;OPOS=65690461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:11:21:16:27:11:21:16:27 chr1 65858151 . C T 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.609;QD=59.854;RBI=0.00917129;REFB=0;REVB=0.00613259;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87003e-05;OID=.;OPOS=65858151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr1 65860660 . T C 1659.36 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00400648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2258;QD=60.3405;RBI=0.0144276;REFB=0;REVB=0.0138602;RO=0;SAF=51;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90144e-05;OID=.;OPOS=65860660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:59:51:0:0:59:51:0:0 chr1 65860687 . A C 1400.85 PASS AF=0.970297;AO=93;DP=98;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0698966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8073;QD=55.4791;RBI=0.0759087;REFB=-0.0479225;REVB=-0.0296075;RO=3;SAF=35;SAR=58;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389122;STB=0.518069;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0156643;OID=.;OPOS=65860687;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:101:3:3:93:98:0.970297:58:35:3:0:58:40:3:0 chr1 65867518 . AG A,AA 1111.75 PASS AF=0.0135135,0.986486;AO=10,64;DP=74;FAO=1,73;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=0,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403717,0.0554212;FXX=0.0133316;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.584,137.978;QD=60.0946;RBI=0.0405372,0.0554214;REFB=0,0;REVB=0.00365957,0.000151636;RO=0;SAF=8,7;SAR=2,57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.2388e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0135623,0.00371584;OID=.,.;OPOS=65867519,65867519;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0135135,0.986486:10,64:74:1,73:74:0:1,14:0,59:0:0:4:0:8,7:2,57:0:0 chr1 65879252 . A G 340.6 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0919;QD=54.4954;RBI=0.0805413;REFB=0;REVB=0.0651972;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273618;OID=.;OPOS=65879252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr1 65886398 . T C 851.16 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.322;QD=57.7055;RBI=0.0419169;REFB=0;REVB=0.0417423;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92706e-05;OID=.;OPOS=65886398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr1 65886448 . T C 1201.64 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2939;QD=60.8424;RBI=0.0570115;REFB=0;REVB=-0.0496291;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.06042e-05;OID=.;OPOS=65886448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:38:40:0:0:38:41:0:0 chr1 66036441 . A G 73.42 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0710995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8453;QD=9.47374;RBI=0.0918589;REFB=-0.00428033;REVB=-0.0581628;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430323;STB=0.526262;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00105077;OID=.;OPOS=66036441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:7:3:7:14:7:3:7:14 chr1 66058513 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.71;QD=58.9627;RBI=0.0149676;REFB=0;REVB=-0.00640046;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67632e-06;OID=.;OPOS=66058513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:41:25:0:0:41:25:0:0 chr1 66067109 . T C 463.74 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00103584;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.176;QD=21.8231;RBI=0.0156188;REFB=-0.0197776;REVB=0.0155844;RO=39;SAF=20;SAR=25;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793563;STB=0.549716;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.016256;OID=.;OPOS=66067109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:39:40:45:45:0.529412:25:20:21:18:25:20:22:18 chr1 66102257 . G A,T 527.45 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=34,2;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=26,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332724,0.0107191;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.118,116.546;QD=58.6059;RBI=0.0333327,0.0135129;REFB=0,0;REVB=-0.00200397,0.00822789;RO=0;SAF=8,0;SAR=26,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00371123,-0.0162608;OID=.,.;OPOS=66102257,66102257;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:34,2:34,2:0.944444,0.0555556:26,2:8,0:0:0:26,2:8,0:0:0 chr1 67209562 . T C 653.77 PASS AF=0.478261;AO=66;DP=138;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0254745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.698;QD=18.9499;RBI=0.0261144;REFB=-0.0189266;REVB=0.00574568;RO=71;SAF=29;SAR=37;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037326;STB=0.524583;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0205097;OID=.;OPOS=67209562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:71:72:66:66:0.478261:37:29:34:37:37:29:35:37 chr1 67236097 . A T 405.51 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.000670465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6697;QD=22.5285;RBI=0.0271665;REFB=-0.0110241;REVB=-0.0271583;RO=32;SAF=18;SAR=22;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657094;STB=0.536194;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0103175;OID=.;OPOS=67236097;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:22:18:17:15:22:18:17:15 chr1 67242087 . G A 135.33 PASS AF=0.292308;AO=18;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0352037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.952;QD=8.32814;RBI=0.0369477;REFB=-0.0123388;REVB=0.0112176;RO=45;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395752;STB=0.533945;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0254735;OID=.;OPOS=67242087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:46:18:19:0.292308:9:9:21:24:9:10:22:24 chr1 67266756 . T A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9629;QD=62.3505;RBI=0.0233718;REFB=0;REVB=-0.0213456;RO=0;SAF=33;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.8636e-05;OID=.;OPOS=67266756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:10:33:0:0:10:33:0:0 chr1 67288045 . C T 154.36 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00803708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.412;QD=10.6451;RBI=0.010523;REFB=-0.00679879;REVB=0.00679257;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531883;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0106868;OID=.;OPOS=67288045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:38:20:20:0.344828:12:8:14:21:12:8:17:21 chr1 67390416 . G C 1364.11 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00916691;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.39;QD=62.7177;RBI=0.0104074;REFB=0;REVB=-0.00492757;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89205e-06;OID=.;OPOS=67390416;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr1 67390468 . C G 1043.69 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0155612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.864;QD=55.6634;RBI=0.0284747;REFB=-0.0517981;REVB=0.0238465;RO=3;SAF=31;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181442;STB=0.509602;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.000249366;OID=.;OPOS=67390468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:75:3:3:72:72:0.96:41:31:2:1:41:31:2:1 chr1 67558739 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9617;QD=53.9108;RBI=0.0114539;REFB=0;REVB=-0.00939589;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.51932e-05;OID=.;OPOS=67558739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr1 67558756 . C T 158.92 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00104918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.275;QD=17.1805;RBI=0.00415484;REFB=-0.00952822;REVB=0.00402019;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871019;STB=0.565841;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0267266;OID=.;OPOS=67558756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:16:17:0.459459:7:9:13:7:8:9:13:7 chr1 67558763 . A G 169.83 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00364962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.231;QD=16.9834;RBI=0.00681496;REFB=-0.00228649;REVB=-0.00575535;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795846;STB=0.545405;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00252528;OID=.;OPOS=67558763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:14:8:8:10:14:8 chr1 67560956 . C T 2120.95 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0671177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.884;QD=62.8428;RBI=0.0710984;REFB=0;REVB=-0.0234565;RO=0;SAF=85;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104196;OID=.;OPOS=67560956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:134:135:1:49:85:0:0:50:85:0:0 chr1 67561090 . T C 551.39 PASS AF=0.504425;AO=56;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.00593507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.753;QD=19.5182;RBI=0.017907;REFB=-0.0187097;REVB=0.0168948;RO=55;SAF=32;SAR=24;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601107;STB=0.532807;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0163651;OID=.;OPOS=67561090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:55:56:56:57:0.504425:24:32:35:20:24:33:36:20 chr1 67568351 . C T 200.78 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.013449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.512;QD=20.5925;RBI=0.0143883;REFB=-0.0100982;REVB=-0.00511348;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235575;STB=0.615275;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0112575;OID=.;OPOS=67568351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:10:10:4:14:10:10:5:14 chr1 67579386 . A G 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1186;QD=57.1992;RBI=0.0556127;REFB=0;REVB=0.0537106;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011958;OID=.;OPOS=67579386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr1 67579395 . C T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00235375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.299;QD=14.0974;RBI=0.035512;REFB=-0.00971598;REVB=-0.035434;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223717;STB=0.630343;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0183998;OID=.;OPOS=67579395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:11:7:8:5:11:7 chr1 67633812 . G T 724.08 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0175274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.844;QD=59.1088;RBI=0.0177999;REFB=-0.00923433;REVB=0.00310299;RO=2;SAF=27;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335685;STB=0.51785;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000269615;OID=.;OPOS=67633812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:20:27:2:0:20:27:2:0 chr1 67685387 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00931323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.671;QD=60.9783;RBI=0.00938316;REFB=0;REVB=-0.00114341;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88517e-05;OID=.;OPOS=67685387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr1 67733346 . G A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.03;QD=64.1523;RBI=0.00523666;REFB=0;REVB=-0.00392386;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16847e-06;OID=.;OPOS=67733346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:34:15:0:0:34:15:0:0 chr1 67795319 . T C 338.75 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00756309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.374;QD=15.2246;RBI=0.00767504;REFB=-0.0115396;REVB=0.00130613;RO=52;SAF=18;SAR=19;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025815;STB=0.514591;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.014029;OID=.;OPOS=67795319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:19:18:24:28:19:18:24:28 chr1 67852335 . G A 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0131533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.236;QD=19.2749;RBI=0.0227687;REFB=-0.0210986;REVB=0.018585;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174786;STB=0.598844;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0168952;OID=.;OPOS=67852335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:9:14:11:15:9:14:11:15 chr1 68006815 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000486274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.822;QD=45.8068;RBI=0.0181631;REFB=0;REVB=0.0181566;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280456;OID=.;OPOS=68006815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr1 68462247 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00944148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.072;QD=60.2307;RBI=0.0178631;REFB=0;REVB=0.015164;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62613e-05;OID=.;OPOS=68462247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr1 68591253 . C T 242.13 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00708188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.143;QD=16.9917;RBI=0.0131057;REFB=-0.0182959;REVB=-0.0110275;RO=29;SAF=11;SAR=16;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225789;STB=0.634174;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0108781;OID=.;OPOS=68591253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:30:27:27:0.473684:16:11:19:10:16:11:20:10 chr1 68903942 . C T 351.01 PASS AF=0.385321;AO=43;DP=109;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.00859816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2629;QD=12.8811;RBI=0.0238775;REFB=2.87858e-05;REVB=-0.0222756;RO=66;SAF=24;SAR=19;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12645;STB=0.561191;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.000633598;OID=.;OPOS=68903942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:66:67:43:42:0.385321:19:24:29:37:19:23:30:37 chr1 68940883 . T TTA 774.44 PASS AF=0.407407;AO=87;DP=225;FAO=88;FDP=216;FR=.;FRO=128;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=51;FSRR=77;FWDB=0.00914125;FXX=0.013698;HRUN=3;LEN=2;MLLD=206.528;QD=14.3415;RBI=0.0146341;REFB=-0.00696921;REVB=-0.0114278;RO=134;SAF=31;SAR=56;SRF=56;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705839;STB=0.537028;STBP=0.394;TYPE=ins;VARB=0.0107264;OID=.;OPOS=68940884;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:87:225:88:216:128:30:58:51:77:99:134:31:56:56:78 chr1 68940982 . T C 987.4 PASS AF=0.47032;AO=103;DP=219;FAO=103;FDP=219;FR=.;FRO=116;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=65;FSRR=51;FWDB=0.00533593;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.184;QD=18.0348;RBI=0.0195766;REFB=-0.0127501;REVB=0.0188354;RO=111;SAF=40;SAR=63;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161735;STB=0.591928;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0142205;OID=.;OPOS=68940982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:111:116:103:103:0.47032:63:40:62:49:63:40:65:51 chr1 68948280 . A C 215.97 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0116598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.694;QD=15.1559;RBI=0.0251179;REFB=0.00325142;REVB=-0.0222476;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142996;STB=0.580942;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00588309;OID=.;OPOS=68948280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:13:12:20:12:13:12:20:12 chr1 68960349 . T C 231.36 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00622158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.296;QD=22.5718;RBI=0.0220019;REFB=-0.00108312;REVB=0.0211039;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501278;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120967;OID=.;OPOS=68960349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:21:22:0.536585:14:7:6:12:15:7:6:13 chr1 70034372 . G A 612.67 PASS AF=0.806452;AO=50;DP=63;FAO=50;FDP=62;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0224773;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.594;QD=39.5271;RBI=0.0233161;REFB=-0.0295361;REVB=0.00619779;RO=12;SAF=14;SAR=36;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593586;STB=0.531869;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00108426;OID=.;OPOS=70034372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:62:12:12:50:50:0.806452:36:14:5:7:36:14:5:7 chr1 70345344 . A G 594.32 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6676;QD=60.956;RBI=0.0368358;REFB=0;REVB=0.0108733;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189508;OID=.;OPOS=70345344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr1 70611347 . A G 801.19 PASS AF=0.982759;AO=52;DP=52;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00097641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.678;QD=55.2544;RBI=0.0441596;REFB=0.00969631;REVB=0.0441488;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000115573;OID=.;OPOS=70611347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:58:0:1:52:57:0.982759:27:25:0:0:32:25:1:0 chr1 70646053 . A G 240.6 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.0252762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.326;QD=21.873;RBI=0.0296227;REFB=-0.0135424;REVB=0.0154474;RO=21;SAF=6;SAR=16;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485373;STB=0.750266;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0103853;OID=.;OPOS=70646053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:21:22:23:0.522727:16:6:18:3:16:7:18:3 chr1 70820008 . C T 307.99 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.00776315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9541;QD=24.1561;RBI=0.0529067;REFB=0.0214536;REVB=0.0523341;RO=20;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255867;STB=0.627371;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0140111;OID=.;OPOS=70820008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:21:30:30:0.588235:15:15:17:3:15:15:17:4 chr1 70820799 . G T 306.88 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.00135644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3667;QD=18.052;RBI=0.00429319;REFB=-0.0131057;REVB=0.00407328;RO=34;SAF=21;SAR=12;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131864;STB=0.578269;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0108082;OID=.;OPOS=70820799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:35:33:33:0.485294:12:21:26:8:12:21:27:8 chr1 70820880 . G A 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0401728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.08;QD=27.4993;RBI=0.0402116;REFB=0.00362422;REVB=0.0017664;RO=10;SAF=17;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464693;STB=0.763701;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00575024;OID=.;OPOS=70820880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:2:17:4:6:2:17:4:6 chr1 70831841 . C T 300.0 PASS AF=0.459459;AO=31;DP=71;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.026546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.249;QD=16.2162;RBI=0.0337422;REFB=0.00362586;REVB=-0.0208289;RO=40;SAF=21;SAR=10;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302872;STB=0.664429;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00814179;OID=.;OPOS=70831841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:40:40:31:34:0.459459:10:21:15:25:11:23:15:25 chr1 70899534 . G A 340.28 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=83;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.012959;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.624;QD=16.8039;RBI=0.0285944;REFB=-0.000854242;REVB=0.0254893;RO=48;SAF=21;SAR=14;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10391;STB=0.528286;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00164167;OID=.;OPOS=70899534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:48:45:35:36:0.444444:14:21:24:24:15:21:24:21 chr1 71331497 . GA G,GG 386.38 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=3,25;DP=28;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326678,0.0296597;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=208.831,226.583;QD=55.1975;RBI=0.0683828,0.067493;REFB=0,0;REVB=0.0600752,0.0606268;RO=0;SAF=1,17;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0591237,0.000639143;OID=.,.;OPOS=71331498,71331498;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0714286,0.928571:3,25:28:2,26:28:0:0,18:2,8:0:0:6:0:1,17:2,8:0:0 chr1 71419499 . C T 762.69 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.913;QD=63.5578;RBI=0.0411142;REFB=0;REVB=0.0389882;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179374;OID=.;OPOS=71419499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:19:27:0:0:21:27:0:0 chr1 71536574 . G C 583.58 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00260291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.389;QD=20.8421;RBI=0.00518763;REFB=-0.0159774;REVB=0.00448735;RO=53;SAF=28;SAR=31;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514831;STB=0.528292;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0139491;OID=.;OPOS=71536574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:31:28:22:31:31:28:22:31 chr1 72058552 . G A 1034.86 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0477;QD=57.4924;RBI=0.0519237;REFB=-0.0870105;REVB=-0.0503613;RO=2;SAF=34;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000385837;STB=0.507244;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00335975;OID=.;OPOS=72058552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:2:1:69:71:0.986111:35:34:1:1:37:34:1:0 chr1 74506942 . G A 254.39 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0119662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.692;QD=13.0454;RBI=0.0130037;REFB=-0.0081899;REVB=0.00508997;RO=48;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138428;STB=0.579164;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0164549;OID=.;OPOS=74506942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:13:17:21:27:13:17:21:27 chr1 74507315 . C T 295.5 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0198085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7292;QD=20.3792;RBI=0.0372756;REFB=0.00663352;REVB=-0.0315768;RO=27;SAF=19;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232703;STB=0.629056;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0115077;OID=.;OPOS=74507315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:12:19:9:18:12:19:9:18 chr1 74575182 . C T 483.55 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-7.85018e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.704;QD=19.1504;RBI=0.00438501;REFB=0.000508075;REVB=0.00438431;RO=50;SAF=28;SAR=22;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504423;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.000564762;OID=.;OPOS=74575182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:51:50:50:0.49505:22:28:28:22:22:28:29:22 chr1 74648408 . C T 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0495493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6313;QD=15.6032;RBI=0.0611835;REFB=0.0110004;REVB=-0.0358928;RO=38;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664335;STB=0.537524;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.0237217;OID=.;OPOS=74648408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:13:17:19:19:13:17:19:19 chr1 75035240 . C T 340.48 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00236922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.201;QD=18.1587;RBI=0.00279307;REFB=-0.0164978;REVB=0.00147919;RO=39;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155652;STB=0.58662;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0158987;OID=.;OPOS=75035240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:18:18:13:26:18:18:13:26 chr1 75036812 . C T 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.871;QD=59.9375;RBI=0.0308021;REFB=0;REVB=0.0306912;RO=0;SAF=59;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67426e-05;OID=.;OPOS=75036812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:42:59:0:0:42:59:0:0 chr1 75037845 . A G 141.89 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0104987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9153;QD=13.8432;RBI=0.0425056;REFB=-0.0379472;REVB=-0.0411887;RO=24;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974057;STB=0.549231;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0537358;OID=.;OPOS=75037845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:13:3:6:18:13:3:6:19 chr1 75037857 . CCCT C 122.09 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0034903;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=279.471;QD=11.9108;RBI=0.00358795;REFB=-0.0261379;REVB=-0.000831352;RO=17;SAF=3;SAR=14;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961136;STB=0.547889;STBP=0.68;TYPE=del;VARB=0.0331731;OID=.;OPOS=75037858;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.439024:17:37:18:41:23:3:15:5:18:99:17:3:14:2:15 chr1 75038228 . A C 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0132792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.271;QD=16.993;RBI=0.0267595;REFB=-0.0334876;REVB=-0.0232321;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149368;STB=0.584031;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0205519;OID=.;OPOS=75038228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:11:16:13:17:11:16:13:17 chr1 75055419 . T C 130.61 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.0081543;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6456;QD=9.85732;RBI=0.0140368;REFB=-0.00686571;REVB=0.0114253;RO=36;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022962;STB=0.513661;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0322805;OID=.;OPOS=75055419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:36:36:17:17:0.320755:13:4:9:27:13:4:9:27 chr1 75175886 . T C 968.25 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.927;QD=58.6818;RBI=0.0164927;REFB=0;REVB=0.00896831;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.2412e-06;OID=.;OPOS=75175886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:30:35:0:0:31:35:0:0 chr1 75190452 . C T 820.16 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00154457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.667;QD=55.6041;RBI=0.0641346;REFB=0.0165208;REVB=-0.0641159;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000147118;OID=.;OPOS=75190452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:28:30:1:0:28:30:1:0 chr1 75214441 . A G 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.412;QD=55.0944;RBI=0.0288128;REFB=0;REVB=0.0228938;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213605;OID=.;OPOS=75214441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr1 75622616 . C T 282.41 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.00977053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.988;QD=12.4135;RBI=0.0121176;REFB=0.00149602;REVB=0.00716756;RO=57;SAF=16;SAR=17;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142303;STB=0.586156;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00209093;OID=.;OPOS=75622616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:58:33:33:0.362637:17:16:35:22:17:16:36:22 chr1 75672376 . A G 1466.72 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0384907;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.661;QD=62.4136;RBI=0.0384907;REFB=-0.0228001;REVB=-7.82727e-06;RO=1;SAF=37;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126406;STB=0.506665;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00013587;OID=.;OPOS=75672376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:1:1:93:93:0.989362:56:37:1:0:56:37:1:0 chr1 75681511 . T C 1066.08 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0141926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.897;QD=58.4155;RBI=0.0178389;REFB=-0.108875;REVB=0.0108072;RO=1;SAF=24;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192957;STB=0.510201;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-7.2087e-05;OID=.;OPOS=75681511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:48:24:1:0:48:24:1:0 chr1 75716925 . C T 1582.89 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.162466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2342;QD=63.3158;RBI=0.162468;REFB=0;REVB=-0.000681789;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069271;OID=.;OPOS=75716925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:98:100:1:50:48:0:0:51:49:0:0 chr1 76257892 . A T 1175.82 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00465442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.283;QD=59.5354;RBI=0.0340239;REFB=0.0411769;REVB=-0.033704;RO=1;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119826;STB=0.506328;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00148457;OID=.;OPOS=76257892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:39:39:0:1:39:39:0:1 chr1 76344705 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.991;QD=59.8388;RBI=0.0191799;REFB=0;REVB=0.00513622;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07019e-05;OID=.;OPOS=76344705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr1 76344711 . A T 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.258;QD=61.3354;RBI=0.0352035;REFB=0;REVB=-0.0204117;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49849e-05;OID=.;OPOS=76344711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr1 77555481 . C T 166.26 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.054211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6921;QD=12.7892;RBI=0.0548302;REFB=-0.00750195;REVB=-0.00821726;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200469;STB=0.586874;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0120812;OID=.;OPOS=77555481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:31:32:19:20:0.384615:9:10:22:9:9:11:22:10 chr1 77634948 . G A 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.104;QD=59.854;RBI=0.0159636;REFB=0;REVB=0.012082;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93084e-06;OID=.;OPOS=77634948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr1 77763542 . G A 989.31 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.948;QD=59.063;RBI=0.0245546;REFB=0;REVB=0.0235168;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2101e-05;OID=.;OPOS=77763542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:28:37:0:0:30:37:0:0 chr1 78024284 . T C 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0331677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.982;QD=15.7841;RBI=0.0371943;REFB=-0.00268263;REVB=-0.016832;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272828;STB=0.657311;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00602442;OID=.;OPOS=78024284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:6:11:5:9:6:11 chr1 78024345 . C CTAT 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.000662535;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=276.627;QD=14.2309;RBI=0.00421842;REFB=-0.00257494;REVB=0.00416607;RO=37;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162119;STB=0.599923;STBP=0.189;TYPE=ins;VARB=0.00278859;OID=.;OPOS=78024346;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:26:63:26:62:36:16:10:16:20:99:37:16:10:17:20 chr1 78111153 . A G 276.81 PASS AF=0.43662;AO=28;DP=67;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0123538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.73;QD=15.5951;RBI=0.0226683;REFB=-0.0185146;REVB=-0.0190062;RO=39;SAF=6;SAR=22;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273043;STB=0.636368;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0368106;OID=.;OPOS=78111153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:39:40:28:31:0.43662:22:6:17:22:24:7:17:23 chr1 78184325 . A G 741.35 PASS AF=0.427807;AO=80;DP=187;FAO=80;FDP=187;FR=.;FRO=107;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=52;FWDB=0.0148554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0127;QD=15.8577;RBI=0.0190815;REFB=-0.0204476;REVB=0.0119758;RO=107;SAF=38;SAR=42;SRF=55;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400036;STB=0.522327;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0268383;OID=.;OPOS=78184325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:107:107:80:80:0.427807:42:38:55:52:42:38:55:52 chr1 78201745 . G T 211.56 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0140881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5304;QD=10.0744;RBI=0.0417712;REFB=-0.0061266;REVB=-0.0393238;RO=55;SAF=18;SAR=9;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187921;STB=0.611485;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0112144;OID=.;OPOS=78201745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:55:57:27:27:0.321429:9:18:28:27:9:18:29:28 chr1 78245587 . A AC 38.35 PASS AF=0.1875;AO=15;DP=81;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0589307;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.0308;QD=1.91755;RBI=0.0605959;REFB=-0.0131044;REVB=0.0141078;RO=66;SAF=1;SAR=14;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.566229;STB=0.887774;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.0510354;OID=.;OPOS=78245588;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1875:15:81:15:80:65:1:14:28:37:38:66:1:14:28:38 chr1 78511960 . C T 249.68 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0455068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0392;QD=18.4951;RBI=0.0883029;REFB=0.00246063;REVB=0.0756739;RO=27;SAF=18;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23673;STB=0.632811;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000523041;OID=.;OPOS=78511960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:9:18:11:16:9:18:11:16 chr1 78560583 . G A 319.58 PASS AF=0.375;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.0479627;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.523;QD=13.3157;RBI=0.0482453;REFB=-0.0331877;REVB=0.00521383;RO=60;SAF=18;SAR=18;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127847;STB=0.572877;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0457242;OID=.;OPOS=78560583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:60:60:36:36:0.375:18:18:37:23:18:18:37:23 chr1 78585086 . T C 286.07 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00876818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.127;QD=20.4339;RBI=0.0264668;REFB=-0.00887302;REVB=0.0249722;RO=26;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115585;STB=0.564313;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0075621;OID=.;OPOS=78585086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:19:11:13:13:19:11:13:13 chr1 79093818 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.669;QD=57.7119;RBI=0.030143;REFB=0;REVB=0.0300787;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106999;OID=.;OPOS=79093818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr1 79094081 . T A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.748;QD=62.022;RBI=0.0147103;REFB=0;REVB=0.00905228;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94607e-05;OID=.;OPOS=79094081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr1 79095526 . G A 538.2 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00189894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.359;QD=19.2212;RBI=0.00588528;REFB=-0.0137231;REVB=-0.00557051;RO=55;SAF=32;SAR=24;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401659;STB=0.518128;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0230345;OID=.;OPOS=79095526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:55:56:56:56:0.5:24:32:29:26:24:32:30:26 chr1 79095581 . T C 387.57 PASS AF=0.431373;AO=45;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0140634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.012;QD=15.1986;RBI=0.0149022;REFB=-0.0235972;REVB=0.00492927;RO=57;SAF=22;SAR=23;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722357;STB=0.551977;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.027657;OID=.;OPOS=79095581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:58:45:44:0.431373:23:22:32:25:23:21:33:25 chr1 79102726 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.00613997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.952;QD=19.0179;RBI=0.015118;REFB=0.00125602;REVB=-0.013815;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242932;STB=0.636204;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00131235;OID=.;OPOS=79102726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:6:9:12:2:6:9:12:2 chr1 79128570 . G GT 471.03 PASS AF=0.617021;AO=57;DP=98;FAO=58;FDP=94;FR=.;FRO=36;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=-0.00768354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.48;QD=20.0437;RBI=0.0344896;REFB=-0.0320137;REVB=-0.0336229;RO=40;SAF=41;SAR=16;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535696;STB=0.526307;STBP=0.573;TYPE=ins;VARB=0.0157054;OID=.;OPOS=79128571;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.617021:57:98:58:94:36:42:16:28:8:99:40:41:16:31:9 chr1 79357360 . G C 504.9 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0479483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5657;QD=23.4839;RBI=0.0481542;REFB=-0.035106;REVB=0.00444888;RO=38;SAF=25;SAR=23;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122298;STB=0.567057;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0274806;OID=.;OPOS=79357360;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:23:25:14:24:23:25:14:24 chr1 79392756 . C A 131.13 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0199478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.762;QD=16.3916;RBI=0.0218555;REFB=-0.00867027;REVB=-0.00893018;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192804;STB=0.622468;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.01158;OID=.;OPOS=79392756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:17:14:15:0.46875:10:4:8:9:11:4:8:9 chr1 79470895 . G A 123.44 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0216995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9089;QD=14.1076;RBI=0.050754;REFB=-0.0375548;REVB=0.0458814;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297983;STB=0.698139;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00866965;OID=.;OPOS=79470895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:20:14:15:0.428571:10:4:10:7:11:4:12:8 chr1 82421596 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.993;QD=54.5177;RBI=0.0521783;REFB=0;REVB=0.0337195;RO=0;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227062;OID=.;OPOS=82421596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:4:21:0:0:4:21:0:0 chr1 82457662 . G A 1126.79 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0296817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.459;QD=57.7839;RBI=0.0337533;REFB=0.0144373;REVB=-0.0160712;RO=2;SAF=48;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684319;STB=0.503617;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.000880009;OID=.;OPOS=82457662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:28:48:1:1:28:48:1:1 chr1 84335412 . C T 302.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00596259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.994;QD=19.4997;RBI=0.0154086;REFB=-0.00388945;REVB=-0.0142082;RO=30;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168439;STB=0.593691;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00466478;OID=.;OPOS=84335412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:19:13:18:12:19:13:18:12 chr1 84365893 . T C 158.94 PASS AF=0.666667;AO=15;DP=23;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0116639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.856;QD=26.4905;RBI=0.0222482;REFB=-0.0269481;REVB=0.0189456;RO=8;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215614;STB=0.602966;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0075281;OID=.;OPOS=84365893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:24:8:8:15:16:0.666667:6:9:2:6:7:9:2:6 chr1 84640691 . T G 275.7 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0156095;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.747;QD=32.4357;RBI=0.0185754;REFB=-0.0144059;REVB=0.0100692;RO=9;SAF=11;SAR=13;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485391;STB=0.541632;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00581481;OID=.;OPOS=84640691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:34:34:9:10:24:24:0.705882:13:11:5:4:13:11:6:4 chr1 84810815 . A G 169.3 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.003955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.395;QD=16.5173;RBI=0.00689673;REFB=-0.0110429;REVB=-0.00565004;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141979;STB=0.580919;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0198798;OID=.;OPOS=84810815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:16:7:8:10:16:7 chr1 84853957 . A T 851.02 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6087;QD=57.6964;RBI=0.061472;REFB=0;REVB=0.058715;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665071;OID=.;OPOS=84853957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr1 84853981 . G A 326.06 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0109816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.173;QD=17.3897;RBI=0.0165592;REFB=-0.0170326;REVB=0.012394;RO=40;SAF=21;SAR=14;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502169;STB=0.528074;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0184363;OID=.;OPOS=84853981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:14:21:26:14:14:21:26:14 chr1 84855497 . T C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0099974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.508;QD=12.8607;RBI=0.0340716;REFB=0.00300019;REVB=0.0325719;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353209;STB=0.699618;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.00272622;OID=.;OPOS=84855497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:8:0:1:6:8:0 chr1 84944989 . A G 1043.24 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000222156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.239;QD=59.6135;RBI=0.0182941;REFB=0;REVB=0.0182927;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86099e-05;OID=.;OPOS=84944989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:42:28:0:0:42:28:0:0 chr1 85113203 . T C 1414.07 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5602;QD=62.8475;RBI=0.021848;REFB=0;REVB=0.0148401;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153144;OID=.;OPOS=85113203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr1 85113229 . A G 1247.75 PASS AF=1;AO=78;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2883;QD=61.6175;RBI=0.0181184;REFB=0;REVB=-0.00911083;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72114e-05;OID=.;OPOS=85113229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:78:81:1:44:34:0:0:44:37:0:0 chr1 85121255 . A G 1474.64 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0124449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.448;QD=58.4016;RBI=0.0126758;REFB=-0.0162901;REVB=0.00240828;RO=1;SAF=39;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120068;STB=0.506328;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-3.89179e-05;OID=.;OPOS=85121255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:1:1:99:100:0.990099:60:39:1:0:61:39:1:0 chr1 85488030 . G A 281.01 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0196228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6588;QD=21.208;RBI=0.0201742;REFB=-0.000912847;REVB=-0.0046846;RO=24;SAF=9;SAR=20;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10185;STB=0.556223;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.000971308;OID=.;OPOS=85488030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:20:9:5:19:20:9:5:19 chr1 85548077 . A T 296.22 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00487523;FXX=0.0285673;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.51;QD=17.4244;RBI=0.00698408;REFB=-0.00653236;REVB=-0.00500095;RO=36;SAF=10;SAR=22;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239188;STB=0.634529;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00614351;OID=.;OPOS=85548077;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:36:36:32:32:0.470588:22:10:20:16:22:10:20:16 chr1 85589842 . A G 546.27 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00782003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.808;QD=20.2321;RBI=0.0209307;REFB=-0.0146793;REVB=0.019415;RO=52;SAF=31;SAR=25;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638447;STB=0.53518;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0157256;OID=.;OPOS=85589842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:52:56:56:0.518519:25:31:25:27:25:31:25:27 chr1 85594392 . T C 79.26 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00123472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.895;QD=15.8514;RBI=0.0155765;REFB=-0.0020552;REVB=0.0155275;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158885;OID=.;OPOS=85594392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:4:6:6:4:4:6 chr1 85624549 . C T 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.377;QD=57.5433;RBI=0.00499245;REFB=0;REVB=-0.00285636;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10602e-06;OID=.;OPOS=85624549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr1 85624864 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.275;QD=57.1063;RBI=0.0163357;REFB=0;REVB=0.0162631;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92295e-05;OID=.;OPOS=85624864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr1 85648620 . C T 785.78 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.534;QD=64.1449;RBI=0.039503;REFB=0;REVB=0.00416309;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134723;OID=.;OPOS=85648620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr1 85655916 . G A 336.62 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.018588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.911;QD=14.7965;RBI=0.0236918;REFB=-0.0229569;REVB=0.0146897;RO=52;SAF=13;SAR=24;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216422;STB=0.612704;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0388176;OID=.;OPOS=85655916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:54:37:37:0.406593:24:13:29:23:24:13:29:25 chr1 85666156 . T G 452.21 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0130434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.992;QD=19.4499;RBI=0.0130482;REFB=-0.0026652;REVB=0.00035536;RO=47;SAF=19;SAR=26;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159113;STB=0.593397;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00295123;OID=.;OPOS=85666156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:48:45:45:0.483871:26:19:28:19:26:19:29:19 chr1 85785751 . T C 361.83 PASS AF=0.335821;AO=44;DP=133;FAO=45;FDP=134;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=0.00146112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.418;QD=10.8009;RBI=0.00592519;REFB=-0.00652578;REVB=0.00574222;RO=89;SAF=20;SAR=24;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123712;STB=0.577524;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0160505;OID=.;OPOS=85785751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:89:89:44:45:0.335821:24:20:50:39:25:20:50:39 chr1 85870024 . C T 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0153605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.581;QD=28.0163;RBI=0.0162006;REFB=0.00411855;REVB=0.00514907;RO=20;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122903;STB=0.506771;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00280739;OID=.;OPOS=85870024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:13:17:11:9:13:17:11:9 chr1 86202016 . C T 1419.53 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00649781;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.455;QD=63.09;RBI=0.0115955;REFB=0;REVB=0.00960392;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24689e-05;OID=.;OPOS=86202016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:51:39:0:0:51:39:0:0 chr1 86202102 . C A 1111.56 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.207;QD=59.2834;RBI=0.017226;REFB=0;REVB=0.0121124;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5166e-05;OID=.;OPOS=86202102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:75:75:0:0:74:75:1:45:29:0:0:46:29:0:0 chr1 86375654 . C G 1118.04 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.088;QD=60.4346;RBI=0.0264778;REFB=0;REVB=-0.00690513;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03814e-05;OID=.;OPOS=86375654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:35:37:0:0:36:38:0:0 chr1 86487914 . C A 378.66 PASS AF=0.5;AO=34;DP=74;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0674115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.745;QD=18.933;RBI=0.0677016;REFB=-0.0132666;REVB=0.00626019;RO=39;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00148394;STB=0.537481;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.013528;OID=.;OPOS=86487914;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:80:39:40:34:40:0.5:20:14:16:23:20:20:17:23 chr1 86487981 . G A 1030.07 PASS AF=0.985915;AO=71;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.653;QD=58.032;RBI=0.0231533;REFB=-0.027512;REVB=0.0125573;RO=0;SAF=21;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93928e-08;STB=0.505049;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000643525;OID=.;OPOS=86487981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:71:70:0.985915:50:21:0:0:49:21:0:1 chr1 86487992 . A AACAG 599.75 PASS AF=0.830508;AO=47;DP=59;FAO=49;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=43;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00463442;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=274.204;QD=40.6611;RBI=0.00548008;REFB=-0.0308617;REVB=-0.00292463;RO=11;SAF=5;SAR=42;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299359;STB=0.646546;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.00590135;OID=.;OPOS=86487993;OREF=-;OALT=ACAG;OMAPALT=AACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.830508:47:59:49:59:10:6:43:6:4:58:11:5:42:6:5 chr1 86512536 . C T 65.0 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00192902;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.832;QD=20.0005;RBI=0.0246048;REFB=0.0256683;REVB=-0.0245291;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33733;STB=0.691896;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00251223;OID=.;OPOS=86512536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:0:5:4:4:0:5 chr1 86590915 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.551;QD=56.1915;RBI=0.0203736;REFB=0;REVB=-3.59563e-06;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.34204e-05;OID=.;OPOS=86590915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr1 86591141 . A G 93.79 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0123195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.5;QD=10.1398;RBI=0.0232098;REFB=-0.0126219;REVB=-0.0196704;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214241;STB=0.629409;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0173891;OID=.;OPOS=86591141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:8:4:13:12:8:4:13:12 chr1 86591837 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00387493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.193;QD=21.3524;RBI=0.00632552;REFB=-0.009651;REVB=-0.00499971;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677349;STB=0.538402;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00557426;OID=.;OPOS=86591837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:4:5:6:7:4:5 chr1 86818572 . T C 273.31 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0203718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.509;QD=31.2358;RBI=0.0303913;REFB=-0.00751816;REVB=0.0225526;RO=11;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499396;STB=0.527423;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00435553;OID=.;OPOS=86818572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:11:13:5:6:11:13:5:6 chr1 86820267 . C T 883.6 PASS AF=0.5625;AO=81;DP=144;FAO=81;FDP=144;FR=.;FRO=63;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0294914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.602;QD=24.5444;RBI=0.0515696;REFB=-0.0277915;REVB=-0.0423047;RO=63;SAF=52;SAR=29;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112661;STB=0.56154;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0213526;OID=.;OPOS=86820267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:63:63:81:81:0.5625:29:52:32:31:29:52:32:31 chr1 86822231 . A G 260.27 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0453663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5088;QD=16.7914;RBI=0.0508379;REFB=-0.0250547;REVB=-0.0229433;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027027;STB=0.503368;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0333566;OID=.;OPOS=86822231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:33:29:29:0.467742:13:16:18:13:13:16:18:15 chr1 86838158 . C T 1565.8 PASS AF=0.45961;AO=164;DP=357;FAO=165;FDP=359;FR=.;FRO=194;FSAF=89;FSAR=76;FSRF=118;FSRR=76;FWDB=-0.00768085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.728;QD=17.4462;RBI=0.00874512;REFB=-0.00525648;REVB=-0.00418111;RO=191;SAF=88;SAR=76;SRF=116;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698281;STB=0.537658;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00568949;OID=.;OPOS=86838158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:359:191:194:164:165:0.45961:76:88:116:75:76:89:118:76 chr1 86847955 . G A 467.44 PASS AF=0.422764;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.0118026;FXX=0.0159987;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.685;QD=15.2013;RBI=0.0138445;REFB=-0.00819263;REVB=0.00723666;RO=70;SAF=17;SAR=35;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295327;STB=0.662189;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0137532;OID=.;OPOS=86847955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:70:71:52:52:0.422764:35:17:43:27:35:17:43:28 chr1 86900332 . T C 272.2 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=-0.0156349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.212;QD=17.2826;RBI=0.0156765;REFB=0.0169292;REVB=0.00114062;RO=32;SAF=11;SAR=19;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189561;STB=0.610308;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0178572;OID=.;OPOS=86900332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:19:11:6:26:19:11:6:27 chr1 86900372 . C G 223.51 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0245684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.125;QD=14.9008;RBI=0.031006;REFB=-0.01159;REVB=-0.0189146;RO=34;SAF=10;SAR=16;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131571;STB=0.574176;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0168095;OID=.;OPOS=86900372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:16:10:9:25:16:10:9:25 chr1 86939130 . C T 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.012688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.553;QD=14.904;RBI=0.0171901;REFB=-0.0118326;REVB=0.011598;RO=34;SAF=11;SAR=15;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332556;STB=0.68675;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0176633;OID=.;OPOS=86939130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:15:11:26:8:15:11:26:8 chr1 86947975 . A T 437.87 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.022497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0201;QD=15.6383;RBI=0.0341604;REFB=-0.00450076;REVB=0.0257064;RO=63;SAF=29;SAR=20;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163922;STB=0.591799;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00631505;OID=.;OPOS=86947975;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:49:49:0.4375:20:29:27:36:20:29:27:36 chr1 86952324 . A G 1297.79 PASS AF=0.921569;AO=94;DP=102;FAO=94;FDP=102;FR=.;FRO=8;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0170508;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.9969;QD=50.8937;RBI=0.0302454;REFB=-0.140916;REVB=0.0249811;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517995;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00745848;OID=.;OPOS=86952324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:102:102:0:8:94:94:0.921569:49:45:0:0:49:45:2:6 chr1 86959173 . T C 3133.72 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.334;QD=63.9535;RBI=0.0136812;REFB=0;REVB=-0.00988061;RO=0;SAF=104;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50156e-08;OID=.;OPOS=86959173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:196:196:1:92:104:0:0:92:104:0:0 chr1 86965419 . T C 258.61 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00465437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.489;QD=16.4194;RBI=0.0328562;REFB=-0.0208457;REVB=-0.0325248;RO=33;SAF=21;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299775;STB=0.677292;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0181921;OID=.;OPOS=86965419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:8:21:14:19:8:21:14:20 chr1 87045896 . TCCTACA T 109.94 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0289483;FXX=0;HRUN=2;LEN=6;MLLD=263.552;QD=12.9344;RBI=0.0290427;REFB=-0.019684;REVB=0.00233967;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079858;STB=0.556384;STBP=0.569;TYPE=del;VARB=0.0196619;OID=.;OPOS=87045897;OREF=CCTACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:16:34:16:34:18:6:10:5:13:99:17:6:10:5:12 chr1 87101375 . C G 123.9 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00335363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.386;QD=17.0901;RBI=0.0170558;REFB=-0.0137405;REVB=0.0167228;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190444;STB=0.593772;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0221156;OID=.;OPOS=87101375;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:9:5:8:6:9:5:8:7 chr1 87599697 . G A 711.71 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104444;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.501;QD=63.263;RBI=0.0497966;REFB=0;REVB=0.0486889;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113162;OID=.;OPOS=87599697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr1 89225976 . T C 389.89 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0320089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2051;QD=21.6604;RBI=0.0946962;REFB=0.0112743;REVB=0.0891223;RO=33;SAF=20;SAR=19;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128508;STB=0.57078;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0130805;OID=.;OPOS=89225976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:19:20:22:11:19:20:22:11 chr1 89237556 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00900231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8726;QD=19.1336;RBI=0.0150517;REFB=-0.00374004;REVB=-0.0120628;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212944;STB=0.62455;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00428502;OID=.;OPOS=89237556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:0:2:3:2:0:2 chr1 89287606 . A G 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0253492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.248;QD=17.0891;RBI=0.0253826;REFB=-0.0103663;REVB=0.00130288;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355086;STB=0.510566;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0121606;OID=.;OPOS=89287606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:13:12:14:13:13:12:14:14 chr1 89301123 . C T 399.35 PASS AF=0.429907;AO=45;DP=106;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0144124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9495;QD=14.929;RBI=0.0158238;REFB=0.00631878;REVB=-0.00653277;RO=61;SAF=26;SAR=19;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170931;STB=0.600442;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00605047;OID=.;OPOS=89301123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:61:61:45:46:0.429907:19:26:25:36:19:27:25:36 chr1 89322982 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.227;QD=59.8389;RBI=0.0429597;REFB=0;REVB=0.0103965;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130418;OID=.;OPOS=89322982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr1 89426902 . G A 1159.09 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170067;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.857;QD=61.0048;RBI=0.0181224;REFB=0;REVB=-0.00626044;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379628;OID=.;OPOS=89426902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr1 89449390 . T C 50.41 PASS AF=0.0860215;AO=16;DP=186;FAO=16;FDP=186;FR=.;FRO=170;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=89;FSRR=81;FWDB=0.00991844;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.3756;QD=1.08404;RBI=0.0145281;REFB=0.000946548;REVB=0.0106156;RO=169;SAF=6;SAR=10;SRF=89;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174995;STB=0.634859;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0166308;OID=.;OPOS=89449390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:186:186:169:170:16:16:0.0860215:10:6:89:80:10:6:89:81 chr1 89449399 . T C 47.44 PASS AF=0.0852273;AO=15;DP=176;FAO=15;FDP=176;FR=.;FRO=161;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=89;FSRR=72;FWDB=-0.0154582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.829;QD=1.07827;RBI=0.0155555;REFB=0.0019351;REVB=-0.00173648;RO=161;SAF=6;SAR=9;SRF=89;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17471;STB=0.637405;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0220909;OID=.;OPOS=89449399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:176:176:161:161:15:15:0.0852273:9:6:89:72:9:6:89:72 chr1 89449434 . T C 44.72 PASS AF=0.0890411;AO=13;DP=144;FAO=13;FDP=146;FR=.;FRO=133;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=81;FSRR=52;FWDB=-0.00364214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.424;QD=1.2251;RBI=0.00839004;REFB=-0.00173881;REVB=-0.00755828;RO=131;SAF=6;SAR=7;SRF=79;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16487;STB=0.632206;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0207762;OID=.;OPOS=89449434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:144:146:131:133:13:13:0.0890411:7:6:79:52:7:6:81:52 chr1 89474818 . A G 179.56 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0153665;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.106;QD=10.8825;RBI=0.0165138;REFB=-0.00600103;REVB=0.00604807;RO=38;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038805;STB=0.53403;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00864929;OID=.;OPOS=89474818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:38:43:23:23:0.348485:14:9:15:23:14:9:19:24 chr1 89475135 . C T 335.98 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0274828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.992;QD=19.7637;RBI=0.0275939;REFB=-0.0378523;REVB=-0.00247394;RO=33;SAF=19;SAR=15;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126461;STB=0.563284;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.02409;OID=.;OPOS=89475135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:34:35:0.514706:15:19:23:10:15:20:23:10 chr1 89479063 . G A 663.8 PASS AF=0.475177;AO=67;DP=140;FAO=67;FDP=141;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.00674473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.124;QD=18.8312;RBI=0.0159464;REFB=-0.00796996;REVB=0.0144498;RO=73;SAF=29;SAR=38;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210582;STB=0.514714;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00625081;OID=.;OPOS=89479063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:73:74:67:67:0.475177:38:29:30:43:38:29:30:44 chr1 89479074 . C T 597.49 PASS AF=0.470588;AO=58;DP=133;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.00458485;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.606;QD=17.5732;RBI=0.00576742;REFB=-0.00995242;REVB=-0.00349889;RO=71;SAF=26;SAR=32;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541813;STB=0.533888;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0155496;OID=.;OPOS=89479074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:71:72:58:64:0.470588:32:26:28:43:36:28:27:45 chr1 89479758 . T C 825.51 PASS AF=0.967213;AO=60;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0240863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.884;QD=54.1316;RBI=0.0627722;REFB=-0.0517247;REVB=0.0579672;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519224;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00158488;OID=.;OPOS=89479758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:0:2:60:59:0.967213:26:34:0:0:25:34:0:2 chr1 89486037 . C T 817.62 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6795;QD=57.3766;RBI=0.0425656;REFB=0;REVB=0.0136811;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591898;OID=.;OPOS=89486037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr1 89518623 . C T 419.92 PASS AF=0.512195;AO=41;DP=81;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00488893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.181;QD=20.4837;RBI=0.00637398;REFB=-0.0102615;REVB=-0.00408974;RO=40;SAF=18;SAR=23;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583783;STB=0.538353;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00950608;OID=.;OPOS=89518623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:40:40:41:42:0.512195:23:18:15:25:23:19:15:25 chr1 89521841 . G C 534.48 PASS AF=0.515152;AO=48;DP=96;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0176499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.199;QD=21.5951;RBI=0.0176671;REFB=-0.0145361;REVB=0.000779816;RO=47;SAF=22;SAR=26;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159877;STB=0.602942;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0112765;OID=.;OPOS=89521841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:47:48:48:51:0.515152:26:22:30:17:29:22:31:17 chr1 89522646 . G C 1648.59 PASS AF=0.957627;AO=113;DP=118;FAO=113;FDP=118;FR=.;FRO=5;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0255988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.681;QD=55.8844;RBI=0.0305585;REFB=-0.00942135;REVB=0.016689;RO=5;SAF=67;SAR=46;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160035;STB=0.508439;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=7.98593e-05;OID=.;OPOS=89522646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:118:118:5:5:113:113:0.957627:46:67:2:3:46:67:2:3 chr1 89579941 . T C 733.74 PASS AF=0.525926;AO=71;DP=135;FAO=71;FDP=135;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0305508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.081;QD=21.7403;RBI=0.0372723;REFB=-0.00132856;REVB=-0.0213512;RO=64;SAF=30;SAR=41;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946;STB=0.551942;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00116413;OID=.;OPOS=89579941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:64:64:71:71:0.525926:41:30:34:30:41:30:34:30 chr1 89582690 . G C 280.58 PASS AF=0.294574;AO=38;DP=129;FAO=38;FDP=129;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.0241319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.509;QD=8.7001;RBI=0.0304398;REFB=-0.00303725;REVB=-0.0185535;RO=90;SAF=21;SAR=17;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142118;STB=0.579269;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00687963;OID=.;OPOS=89582690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:90:91:38:38:0.294574:17:21:39:51:17:21:40:51 chr1 89599013 . G T 313.78 PASS AF=0.371134;AO=35;DP=96;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00152388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.443;QD=12.9395;RBI=0.0116139;REFB=-0.0202455;REVB=-0.0115135;RO=59;SAF=20;SAR=15;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510151;STB=0.51962;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0271422;OID=.;OPOS=89599013;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:59:61:35:36:0.371134:15:20:31:28:16:20:32:29 chr1 89613280 . G A 463.4 PASS AF=0.480769;AO=46;DP=102;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.00257321;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1481;QD=17.823;RBI=0.0109186;REFB=-0.0164558;REVB=-0.010611;RO=54;SAF=25;SAR=21;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219051;STB=0.625235;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0159057;OID=.;OPOS=89613280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:54:54:46:50:0.480769:21:25:17:37:22:28:17:37 chr1 89637578 . G A 692.04 PASS AF=0.519084;AO=68;DP=131;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0205075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.168;QD=21.131;RBI=0.0214838;REFB=-0.0109434;REVB=0.00640276;RO=63;SAF=29;SAR=39;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160251;STB=0.50881;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.01096;OID=.;OPOS=89637578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:63:63:68:68:0.519084:39:29:28:35:39:29:28:35 chr1 89652078 . A T 269.88 PASS AF=0.315789;AO=36;DP=114;FAO=36;FDP=114;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.0344481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.631;QD=9.46958;RBI=0.0477328;REFB=-0.013543;REVB=-0.0330416;RO=78;SAF=16;SAR=20;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654003;STB=0.538139;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0322922;OID=.;OPOS=89652078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:78:78:36:36:0.315789:20:16:39:39:20:16:39:39 chr1 89652087 . CC TG 233.66 PASS AF=0.284483;AO=32;DP=115;FAO=33;FDP=116;FR=.;FRO=83;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.0217219;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=124.125;QD=8.05712;RBI=0.0246042;REFB=0.00340294;REVB=-0.0115554;RO=83;SAF=14;SAR=18;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834436;STB=0.558788;STBP=0.443;TYPE=mnp;VARB=-0.00913082;OID=.;OPOS=89652087;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:83:83:32:33:0.284483:18:14:42:41:19:14:42:41 chr1 89652090 . T G 223.86 PASS AF=0.278261;AO=31;DP=115;FAO=32;FDP=115;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.0103204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.7259;QD=7.78627;RBI=0.0376914;REFB=-0.00776721;REVB=0.0362509;RO=83;SAF=12;SAR=19;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132272;STB=0.564006;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0151751;OID=.;OPOS=89652090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:83:83:31:32:0.278261:19:12:41:42:19:13:41:42 chr1 89652094 . G A 223.9 PASS AF=0.278261;AO=32;DP=115;FAO=32;FDP=115;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0426267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.837;QD=7.78786;RBI=0.0426591;REFB=-0.00614978;REVB=-0.00166279;RO=82;SAF=13;SAR=19;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999977;STB=0.564006;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0306576;OID=.;OPOS=89652094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:82:83:32:32:0.278261:19:13:40:42:19:13:41:42 chr1 89652097 . C T 235.84 PASS AF=0.289474;AO=33;DP=114;FAO=33;FDP=114;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.000739678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.008;QD=8.2751;RBI=0.00507128;REFB=-0.00470236;REVB=-0.00501704;RO=79;SAF=14;SAR=19;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534636;STB=0.541082;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0187764;OID=.;OPOS=89652097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:79:81:33:33:0.289474:19:14:37:42:19:14:39:42 chr1 89652102 . A T 244.99 PASS AF=0.293103;AO=31;DP=113;FAO=34;FDP=116;FR=.;FRO=82;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.000536148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.409;QD=8.44804;RBI=0.00098971;REFB=-0.00396461;REVB=0.000831908;RO=82;SAF=13;SAR=18;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693157;STB=0.545802;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0133262;OID=.;OPOS=89652102;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:82:82:31:34:0.293103:18:13:39:43:20:14:39:43 chr1 89655787 . T C 193.37 PASS AF=0.466667;AO=17;DP=41;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0577946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.449;QD=17.188;RBI=0.143245;REFB=-0.0832313;REVB=0.131069;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113674;STB=0.576852;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0956333;OID=.;OPOS=89655787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:45:23:24:17:21:0.466667:7:10:16:7:10:11:16:8 chr1 89655994 . C T 128.49 PASS AF=0.636364;AO=10;DP=19;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.142405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.5951;QD=23.3621;RBI=0.142418;REFB=-0.0211317;REVB=0.00192263;RO=6;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123424;STB=0.554715;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0170807;OID=.;OPOS=89655994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:19:22:6:8:10:14:0.636364:8:2:2:4:9:5:4:4 chr1 89847372 . G T 207.64 PASS AF=0.436364;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0387089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.513;QD=15.1009;RBI=0.0390055;REFB=-0.0150108;REVB=-0.00480105;RO=30;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106416;STB=0.581126;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0186193;OID=.;OPOS=89847372;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:31:23:24:0.436364:16:7:12:18:17:7:13:18 chr1 89847411 . C T 203.79 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0476787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9327;QD=15.6763;RBI=0.047763;REFB=0.0245083;REVB=0.00283735;RO=29;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860723;STB=0.526089;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0123565;OID=.;OPOS=89847411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:29:22:23:0.442308:16:6:10:19:16:7:10:19 chr1 89847444 . A G 194.9 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0167266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.735;QD=17.3242;RBI=0.0397663;REFB=-0.015224;REVB=0.0360774;RO=24;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176508;STB=0.506077;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0218202;OID=.;OPOS=89847444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:13:7:8:16:13:7:9:16 chr1 89849742 . A T 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0104936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.721;QD=23.2361;RBI=0.0132898;REFB=-0.00650453;REVB=-0.00815496;RO=13;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161584;STB=0.590805;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00483742;OID=.;OPOS=89849742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:6:12:6:7:6:12:6:7 chr1 90048248 . C T 395.96 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0117135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.612;QD=20.3057;RBI=0.0152872;REFB=-0.0256448;REVB=-0.00982303;RO=37;SAF=18;SAR=22;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318559;STB=0.511622;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0235072;OID=.;OPOS=90048248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:38:40:40:0.512821:22:18:18:19:22:18:18:20 chr1 90171835 . C T 609.98 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8295;QD=60.9983;RBI=0.0569719;REFB=0;REVB=-0.0513386;RO=0;SAF=32;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000769117;OID=.;OPOS=90171835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:8:32:0:0:8:32:0:0 chr1 90178743 . A G 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5405;QD=55.0907;RBI=0.0860813;REFB=0;REVB=-0.0246676;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127715;OID=.;OPOS=90178743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr1 90486412 . T G 1431.55 PASS AF=0.949495;AO=94;DP=99;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0257426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.757;QD=57.8404;RBI=0.0322447;REFB=-0.00565152;REVB=0.0194175;RO=4;SAF=54;SAR=40;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255435;STB=0.519227;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000212071;OID=.;OPOS=90486412;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:99:99:4:5:94:94:0.949495:40:54:1:3:40:54:1:4 chr1 90493026 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3184;QD=40.7628;RBI=0.0849264;REFB=0;REVB=0.0768807;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345564;OID=.;OPOS=90493026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr1 91381679 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.391;QD=40.7629;RBI=0.0293873;REFB=0;REVB=-0.024366;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000772085;OID=.;OPOS=91381679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr1 91728053 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.33;QD=57.1771;RBI=0.0299369;REFB=0;REVB=0.0274494;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64048e-05;OID=.;OPOS=91728053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr1 91781413 . T G 1551.81 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.496;QD=59.6849;RBI=0.0566974;REFB=0;REVB=0.0172118;RO=0;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016744;OID=.;OPOS=91781413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:59:45:0:0:59:45:0:0 chr1 91851253 . T C 517.89 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0328347;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=299.509;QD=54.5144;RBI=0.0348351;REFB=-0.176723;REVB=0.0116345;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.529395;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000932758;OID=.;OPOS=91851253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:0:2:36:36:0.947368:16:20:0:0:16:20:0:2 chr1 91853111 . A C 4491.14 PASS AF=0.986254;AO=282;DP=291;FAO=287;FDP=291;FR=.;FRO=4;FSAF=168;FSAR=119;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0736746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.284;QD=61.7339;RBI=0.0742288;REFB=0.00556283;REVB=0.00905301;RO=4;SAF=163;SAR=119;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00213135;STB=0.501208;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.000106419;OID=.;OPOS=91853111;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:291:291:4:4:282:287:0.986254:119:163:2:2:119:168:2:2 chr1 91859795 . T C 1437.24 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102013;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2053;QD=63.1753;RBI=0.104094;REFB=0;REVB=0.0207105;RO=0;SAF=30;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749261;OID=.;OPOS=91859795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:61:30:0:0:61:30:0:0 chr1 91981371 . G C 37.23 PASS AF=0.272727;AO=4;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0352972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.1231;QD=6.76891;RBI=0.0871273;REFB=-0.0136763;REVB=-0.0796572;RO=10;SAF=4;SAR=0;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.671791;STB=0.802499;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.141215;OID=.;OPOS=91981371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:22:10:14:4:6:0.272727:0:4:6:4:1:5:6:8 chr1 92107937 . C T 524.47 PASS AF=0.547368;AO=47;DP=90;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0186643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5876;QD=22.0829;RBI=0.0222127;REFB=-0.0138372;REVB=0.0120435;RO=43;SAF=25;SAR=22;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00258001;STB=0.510434;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00729203;OID=.;OPOS=92107937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:95:43:43:47:52:0.547368:22:25:23:20:23:29:23:20 chr1 92108119 . A G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.062745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.47;QD=13.5766;RBI=0.0642037;REFB=-0.0196385;REVB=0.013608;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126383;STB=0.574349;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0296949;OID=.;OPOS=92108119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:4:9:11:8:4:9:11:8 chr1 92108899 . C T 767.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.983;QD=63.9215;RBI=0.0236553;REFB=0;REVB=-0.00611469;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66576e-05;OID=.;OPOS=92108899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:30:17:0:0:30:18:0:0 chr1 92174260 . A G 447.58 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00338531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.294;QD=21.0625;RBI=0.00372255;REFB=0.00245923;REVB=-0.00154824;RO=36;SAF=17;SAR=27;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218978;STB=0.535801;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.0021021;OID=.;OPOS=92174260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:36:41:44:44:0.517647:27:17:13:23:27:17:13:28 chr1 92177938 . A G 588.1 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0460329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6099;QD=19.9357;RBI=0.0533168;REFB=0.00870335;REVB=-0.0269008;RO=57;SAF=40;SAR=20;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267151;STB=0.64363;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00906832;OID=.;OPOS=92177938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:57:58:60:60:0.508475:20:40:21:36:20:40:22:36 chr1 92185657 . C T 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00843772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.83;QD=19.5189;RBI=0.015754;REFB=-0.00104782;REVB=-0.0133038;RO=26;SAF=18;SAR=10;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085128;STB=0.547305;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000898999;OID=.;OPOS=92185657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:10:18:19:7:10:18:19:7 chr1 92262874 . T C 615.63 PASS AF=0.591398;AO=55;DP=93;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00576996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.993;QD=26.4787;RBI=0.00628593;REFB=-0.0371434;REVB=0.00249407;RO=38;SAF=28;SAR=27;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919876;STB=0.550139;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0190021;OID=.;OPOS=92262874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:38:38:55:55:0.591398:27:28:24:14:27:28:24:14 chr1 92295565 . C T 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0560392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.12;QD=16.8967;RBI=0.0582827;REFB=-0.0329053;REVB=-0.016015;RO=9;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571067;STB=0.839197;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0360975;OID=.;OPOS=92295565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:9:1:6:3:9:1:6:3 chr1 92428495 . C A 1300.0 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.675;QD=61.9049;RBI=0.0234577;REFB=0;REVB=0.0229902;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92833e-05;OID=.;OPOS=92428495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:46:36:0:0:48:36:0:0 chr1 92457843 . C T 1301.12 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0113619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.311;QD=58.4772;RBI=0.0178652;REFB=-0.0780094;REVB=0.0137867;RO=2;SAF=40;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00150884;STB=0.504466;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00263453;OID=.;OPOS=92457843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:2:3:86:86:0.966292:46:40:1:1:46:40:1:2 chr1 92646021 . G A 574.53 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.85;QD=60.4767;RBI=0.0483658;REFB=0;REVB=-0.00460408;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884955;OID=.;OPOS=92646021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:34:38:1:24:10:0:0:24:14:0:0 chr1 92647223 . A G 246.57 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.799;QD=46.9654;RBI=0.0170082;REFB=-0.117458;REVB=0.00762181;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.526289;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00113938;OID=.;OPOS=92647223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:9:11:0:0:9:11:0:1 chr1 92647532 . C A 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3908;QD=59.8314;RBI=0.0145242;REFB=0;REVB=-0.0139255;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10474e-05;OID=.;OPOS=92647532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:27:9:0:0:27:9:0:0 chr1 92889408 . C T 556.45 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0859673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.649;QD=60.1569;RBI=0.086128;REFB=0;REVB=-0.00525861;RO=0;SAF=6;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393192;OID=.;OPOS=92889408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:30:6:0:0:31:6:0:0 chr1 92946479 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0331;QD=46.8469;RBI=0.0861934;REFB=0;REVB=0.0477028;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00383926;OID=.;OPOS=92946479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr1 92974595 . G A 1441.21 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0114296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.005;QD=58.825;RBI=0.0130565;REFB=-0.0609973;REVB=-0.00631166;RO=4;SAF=45;SAR=49;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177281;STB=0.509358;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.000551267;OID=.;OPOS=92974595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:4:4:94:94:0.959184:49:45:1:3:49:45:1:3 chr1 92979124 . G A 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3854;QD=51.9108;RBI=0.0401293;REFB=0;REVB=-0.0181175;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497525;OID=.;OPOS=92979124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr1 92979354 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0325;QD=59.0181;RBI=0.0274801;REFB=0;REVB=0.0117868;RO=0;SAF=5;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330552;OID=.;OPOS=92979354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:29:5:0:0:29:5:0:0 chr1 93089823 . T C 677.09 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00328556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2668;QD=60.1857;RBI=0.0801754;REFB=-0.0499624;REVB=0.080108;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184156;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00295422;OID=.;OPOS=93089823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:25:18:0:1:25:19:0:1 chr1 93160902 . T C 133.06 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0291559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.528;QD=35.4831;RBI=0.0378667;REFB=-0.0350216;REVB=0.0241624;RO=2;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00929408;STB=0.505147;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00671151;OID=.;OPOS=93160902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:7:6:1:1:7:6:1:1 chr1 93306317 . G A 1150.81 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00574015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1243;QD=60.5688;RBI=0.0770922;REFB=0;REVB=0.0768782;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445543;OID=.;OPOS=93306317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:33:40:0:0:36:40:0:0 chr1 93307908 . T A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00559875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.01;QD=62.9824;RBI=0.00942193;REFB=0;REVB=-0.00757805;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.16913e-06;OID=.;OPOS=93307908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr1 93311708 . G A 1094.44 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0174897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0411;QD=58.3702;RBI=0.0411062;REFB=-0.0844804;REVB=-0.0371998;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.50704;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000831049;OID=.;OPOS=93311708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:73:74:0.986667:38:35:0:0:39:35:1:0 chr1 93440474 . T C 406.07 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.645;QD=56.0094;RBI=0.0514284;REFB=0;REVB=0.0131499;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166786;OID=.;OPOS=93440474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:14:13:0:0:14:15:0:0 chr1 93580581 . G C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.316;QD=58.061;RBI=0.0506039;REFB=0;REVB=0.050439;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42195e-05;OID=.;OPOS=93580581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr1 93581024 . T C 379.07 PASS AF=0.666667;AO=35;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0237469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.924;QD=28.079;RBI=0.0305275;REFB=-0.0090765;REVB=0.0191837;RO=18;SAF=23;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207262;STB=0.603933;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00239235;OID=.;OPOS=93581024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:18:35:36:0.666667:12:23:6:12:13:23:6:12 chr1 93603183 . C CAT,T 263.72 PASS AF=0.425926,0.111111;AO=23,6;DP=55;FAO=23,6;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=14,1;FSAR=9,5;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0221766,-0.004398;FXX=0.0357079;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=121.716,49.1832;QD=19.5349;RBI=0.0364966,0.112135;REFB=-0.0170981,-0.0167176;REVB=-0.0289862,-0.112049;RO=26;SAF=14,1;SAR=9,5;SRF=22;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.251877,-0.693099;STB=0.609475,0.91207;STBP=0.199,0.149;TYPE=ins,snp;VARB=0.0219601,0.0665437;OID=.,.;OPOS=93603184,93603183;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:26:25:23,6:23,6:0.425926,0.111111:9,5:14,1:22:4:9,5:14,1:20:5 chr1 93617546 . T C 885.35 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1776;QD=58.056;RBI=0.0689984;REFB=0;REVB=0.0581186;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000959846;OID=.;OPOS=93617546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr1 93620393 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.000220448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.786;QD=18.637;RBI=0.00199023;REFB=-0.0179174;REVB=-0.00197799;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137869;STB=0.595118;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0100452;OID=.;OPOS=93620393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:6:10:7:8:6:10:7:9 chr1 93646433 . T C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.0148756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.311;QD=11.4396;RBI=0.0156303;REFB=-0.00576272;REVB=-0.00479799;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396765;STB=0.727004;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00968634;OID=.;OPOS=93646433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:7:6:3:21:7:6:3:21 chr1 93672688 . C T 180.1 PASS AF=0.62069;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00428694;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.286;QD=24.8409;RBI=0.021352;REFB=-0.0153396;REVB=-0.0209172;RO=11;SAF=13;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11571;STB=0.539126;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00816101;OID=.;OPOS=93672688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:11:11:17:18:0.62069:4:13:7:4:5:13:7:4 chr1 93672723 . A C 597.39 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192675;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.44;QD=56.8947;RBI=0.0335746;REFB=-0.0842011;REVB=0.0274957;RO=1;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323178;STB=0.516121;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000465838;OID=.;OPOS=93672723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:42:42:1:1:40:41:0.97619:14:26:0:1:15:26:0:1 chr1 93720070 . C G 340.37 PASS AF=0.5;AO=35;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.00128836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.664;QD=18.3985;RBI=0.00785224;REFB=-0.00611136;REVB=-0.00774582;RO=29;SAF=23;SAR=12;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258208;STB=0.684639;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00469025;OID=.;OPOS=93720070;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:37:35:37:0.5:12:23:10:19:13:24:10:27 chr1 93851295 . T C 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.601;QD=63.8655;RBI=0.0490244;REFB=0;REVB=-0.00185289;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015973;OID=.;OPOS=93851295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr1 93989028 . C A 154.73 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.127826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3339;QD=14.736;RBI=0.127907;REFB=-0.0109079;REVB=0.00455871;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507581;STB=0.529377;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0126269;OID=.;OPOS=93989028;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:9:8:13:12:9:8:13:12 chr1 94037329 . C T 239.96 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0269441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.95;QD=16.5492;RBI=0.0275988;REFB=-0.00503767;REVB=0.0059756;RO=30;SAF=10;SAR=17;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185878;STB=0.613317;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00674765;OID=.;OPOS=94037329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:17:10:17:13:17:10:18:13 chr1 94341267 . A G 303.36 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00303674;FXX=0.0294074;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.187;QD=18.3853;RBI=0.00429802;REFB=-0.0186525;REVB=-0.00304158;RO=32;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140362;STB=0.59044;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0158256;OID=.;OPOS=94341267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:33:32:33:0.5:16:16:11:21:16:17:11:22 chr1 94342564 . C A 185.63 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0137716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.298;QD=13.7507;RBI=0.0204033;REFB=-0.0228381;REVB=-0.0150545;RO=32;SAF=6;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313472;STB=0.68068;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0276818;OID=.;OPOS=94342564;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:16:6:18:14:16:6:18:14 chr1 94343023 . A G 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00100587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.99;QD=18.4581;RBI=0.00498712;REFB=-0.00742606;REVB=-0.00488463;RO=41;SAF=15;SAR=23;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657497;STB=0.5367;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00951532;OID=.;OPOS=94343023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:23:15:19:22:23:15:19:22 chr1 94343233 . T C 357.3 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.030685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.437;QD=14.4362;RBI=0.0341364;REFB=-0.0249063;REVB=-0.0149573;RO=60;SAF=17;SAR=22;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00278242;STB=0.50158;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0344928;OID=.;OPOS=94343233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:39:39:0.393939:22:17:26:34:22:17:26:34 chr1 94344716 . C T 119.42 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0513439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.756;QD=8.84565;RBI=0.0514142;REFB=-0.0205516;REVB=0.00268653;RO=38;SAF=4;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36553;STB=0.720868;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0390248;OID=.;OPOS=94344716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:12:4:21:17:12:4:21:17 chr1 94471075 . A G 962.23 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231023;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7276;QD=57.4468;RBI=0.0260606;REFB=-0.0512907;REVB=0.01206;RO=1;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178244;STB=0.509431;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00079215;OID=.;OPOS=94471075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:26:40:0:1:26:40:0:1 chr1 94484123 . T C 393.34 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00294192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.983;QD=22.4768;RBI=0.00343543;REFB=-0.0111031;REVB=0.00177405;RO=31;SAF=22;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649219;STB=0.535775;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00905946;OID=.;OPOS=94484123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:17:22:15:16:17:22:15:16 chr1 94578548 . T C 750.77 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0983819;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.181;QD=63.8954;RBI=0.102928;REFB=0;REVB=0.0302516;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504251;OID=.;OPOS=94578548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:34:13:0:0:34:13:0:0 chr1 94639337 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.529;QD=51.9167;RBI=0.0389532;REFB=0;REVB=0.00826945;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35717e-05;OID=.;OPOS=94639337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr1 94639447 . C T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.744;QD=37.4825;RBI=0.0345978;REFB=0;REVB=-0.0289099;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189896;OID=.;OPOS=94639447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr1 95001600 . A C 831.66 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.052;QD=57.3555;RBI=0.0589923;REFB=0;REVB=0.0071424;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143773;OID=.;OPOS=95001600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:30:27:0:0:30:28:0:0 chr1 95330372 . G A 1263.06 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222164;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.819;QD=61.6127;RBI=0.0228781;REFB=0;REVB=0.0054624;RO=0;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84633e-05;OID=.;OPOS=95330372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:50:31:0:0:50:32:0:0 chr1 95709821 . T C 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.457;QD=61.327;RBI=0.0594444;REFB=0;REVB=0.0418603;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131866;OID=.;OPOS=95709821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr1 95709939 . T G 581.31 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0221821;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.533;QD=24.4761;RBI=0.0230386;REFB=-0.0331022;REVB=0.00622338;RO=42;SAF=24;SAR=29;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189621;STB=0.510396;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0176696;OID=.;OPOS=95709939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:42:42:53:53:0.557895:29:24:20:22:29:24:20:22 chr1 97189091 . G A 769.43 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8887;QD=56.9948;RBI=0.0257013;REFB=0;REVB=-0.00915451;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000397255;OID=.;OPOS=97189091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr1 97272456 . A G 326.37 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00571335;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.106;QD=19.7798;RBI=0.00719749;REFB=-0.0139414;REVB=0.00437738;RO=32;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134131;STB=0.574425;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00943808;OID=.;OPOS=97272456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:18:16:20:12:18:16:20:12 chr1 97915624 . A G 321.67 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0952699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9696;QD=16.4959;RBI=0.116992;REFB=-0.00104142;REVB=-0.067903;RO=40;SAF=22;SAR=13;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126066;STB=0.566628;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00168135;OID=.;OPOS=97915624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:40:43:35:35:0.448718:13:22:20:20:13:22:22:21 chr1 98348885 . G A 536.04 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00212567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.709;QD=20.2281;RBI=0.0199697;REFB=-0.0151561;REVB=0.0198563;RO=51;SAF=24;SAR=31;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149055;STB=0.58208;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0154828;OID=.;OPOS=98348885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:55:55:0.518868:31:24:31:20:31:24:31:20 chr1 99127392 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0537169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9037;QD=51.1845;RBI=0.0611832;REFB=0;REVB=-0.0292896;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00242095;OID=.;OPOS=99127392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr1 99156634 . T A 663.37 PASS AF=0.511628;AO=66;DP=129;FAO=66;FDP=129;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00823422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.181;QD=20.5696;RBI=0.0173684;REFB=0.00763367;REVB=0.0152925;RO=63;SAF=35;SAR=31;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019884;STB=0.510946;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.00553783;OID=.;OPOS=99156634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:63:63:66:66:0.511628:31:35:32:31:31:35:32:31 chr1 99225627 . G A 1677.06 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.874;QD=60.4346;RBI=0.0460432;REFB=0;REVB=-0.000368512;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32955e-05;OID=.;OPOS=99225627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:54:56:0:0:54:57:0:0 chr1 100203648 . C T 407.03 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00633318;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6574;QD=15.2162;RBI=0.0194579;REFB=-0.0111147;REVB=-0.0183984;RO=60;SAF=20;SAR=26;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155751;STB=0.50454;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.020146;OID=.;OPOS=100203648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:60:61:46:46:0.429907:26:20:27:33:26:20:27:34 chr1 100203693 . G A 477.73 PASS AF=0.427419;AO=53;DP=124;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.00617146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8912;QD=15.4108;RBI=0.00776939;REFB=-0.0253767;REVB=-0.00471981;RO=71;SAF=28;SAR=25;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121946;STB=0.568287;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0186297;OID=.;OPOS=100203693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:71:71:53:53:0.427419:25:28:29:42:25:28:29:42 chr1 100336361 . C T 448.91 PASS AF=0.442478;AO=49;DP=115;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00376537;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.605;QD=15.8906;RBI=0.00907274;REFB=-0.0131102;REVB=-0.00825449;RO=63;SAF=25;SAR=24;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00227752;STB=0.504423;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0133159;OID=.;OPOS=100336361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:63:63:49:50:0.442478:24:25:32:31:25:25:32:31 chr1 100340787 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0450073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4371;QD=16.1718;RBI=0.0653817;REFB=-0.0041893;REVB=-0.0474248;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123809;STB=0.571338;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00128271;OID=.;OPOS=100340787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:10:10:6:10:10:10 chr1 100584686 . G GT,T 35.4 PASS AF=0.162791,0;AO=7,2;DP=44;FAO=7,0;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=5,0;FSAR=2,0;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.243617,-0.0630215;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=35.1408,208.245;QD=3.29326;RBI=0.243617,0.0630324;REFB=-0.00458895,0.0019826;REVB=-0.000497167,0.00117206;RO=31;SAF=7,1;SAR=0,1;SRF=15;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.706123,0.0141561;STB=0.68439,0.5;STBP=0.347,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00033702,0;OID=.,.;OPOS=100584687,100584686;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:44:43:31:36:7,2:7,0:0.162791,0:0,1:7,1:15:16:2,0:5,0:18:18 chr1 100598866 . GC AT,TG 868.89 PASS AF=0.95082,0.0491803;AO=58,3;DP=61;FAO=58,3;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29,1;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461821,0.00214943;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=233.45,148.172;QD=56.9764;RBI=0.0236369,0.0171201;REFB=0,0;REVB=0.0231814,-0.0169846;RO=0;SAF=29,1;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.00258291,0.108866;OID=.,.;OPOS=100598866,100598866;OREF=GC,GC;OALT=AT,TG;OMAPALT=AT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:61:61:0:0:58,3:58,3:0.95082,0.0491803:29,2:29,1:0:0:29,2:29,1:0:0 chr1 100672060 . T C 2031.45 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113185;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.424;QD=62.5062;RBI=0.0287614;REFB=0;REVB=0.0264407;RO=0;SAF=56;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.07652e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21578e-05;OID=.;OPOS=100672060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:74:56:0:0:74:56:0:0 chr1 101005855 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.896;QD=59.8559;RBI=0.0167758;REFB=0;REVB=0.0112964;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05411e-05;OID=.;OPOS=101005855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr1 101006577 . A G 746.65 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.202;QD=56.3508;RBI=0.0480947;REFB=0;REVB=0.00777712;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399223;OID=.;OPOS=101006577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:25:28:0:0 chr1 101007036 . T C 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00653129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.896;QD=17.9198;RBI=0.00810888;REFB=-0.0125494;REVB=0.00480585;RO=33;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407372;STB=0.514277;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0126923;OID=.;OPOS=101007036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:34:32:32:0.484848:17:15:14:19:17:15:15:19 chr1 101007055 . C T 907.29 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250005;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.855;QD=58.5345;RBI=0.0251669;REFB=0;REVB=-0.00288856;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296191;OID=.;OPOS=101007055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:32:29:0:0:32:30:0:0 chr1 101203827 . G A 837.18 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284898;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.227;QD=57.7363;RBI=0.0218799;REFB=0;REVB=0.0216936;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23682e-05;OID=.;OPOS=101203827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:33:24:0:0:34:24:0:0 chr1 101440878 . TTA AAA,T,TAA 46.88 PASS AF=0,0.285714,0;AO=4,10,5;DP=53;FAO=0,10,0;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=0,3,0;FSAR=0,7,0;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=0.00823307,-0.269885,0.0110054;FXX=0.255265;HRUN=8,8,8;LEN=2,2,1;MLLD=28.8315,15.3505,11.1633;QD=5.35731;RBI=0.0804919,0.286174,0.159937;REFB=0.0124934,-0.0483359,0.0232287;REVB=0.0800698,-0.0951708,0.159558;RO=24;SAF=4,1,5;SAR=0,9,0;SRF=7;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.713037,-0.363612,0.742438;STB=0.5,0.674149,0.5;STBP=1,0.309,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.102757,0;OID=.,.,.;OPOS=101440878,101440879,101440879;OREF=TT,TA,T;OALT=AA,-,A;OMAPALT=AAA,T,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:49:53:35:24:25:4,10,5:0,10,0:0,0.285714,0:0,9,0:4,1,5:7:17:0,7,0:0,3,0:3:22 chr1 103343278 . CT C,TC,TT 41.88 PASS AF=0.285714,0,0;AO=16,2,2;DP=55;FAO=16,0,0;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=4,0,0;FSAR=12,0,0;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0761647,0.0760812,0.00981669;FXX=0;HRUN=7,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=8.13879,12.6084,224.617;QD=2.99168;RBI=0.201553,0.0978332,0.0133633;REFB=-0.0857519,-0.0504937,0.00211122;REVB=-0.186608,-0.061506,0.00906695;RO=31;SAF=2,1,2;SAR=14,1,0;SRF=17;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.540712,-0.0426356,0.43203;STB=0.692054,0.5,0.5;STBP=0.074,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0738413,0,0;OID=.,.,.;OPOS=103343279,103343278,103343278;OREF=T,CT,C;OALT=-,TC,T;OMAPALT=C,TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:55:56:31:40:16,2,2:16,0,0:0.285714,0,0:14,1,0:2,1,2:17:14:12,0,0:4,0,0:20:20 chr1 103352451 . A G 429.22 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00153158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9825;QD=25.2481;RBI=0.020156;REFB=0.00585838;REVB=0.0200977;RO=26;SAF=18;SAR=23;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394155;STB=0.512777;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.00218772;OID=.;OPOS=103352451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:26:27:41:41:0.602941:23:18:10:16:23:18:11:16 chr1 103354115 . T C 587.64 PASS AF=0.564356;AO=54;DP=98;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0559933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7658;QD=23.2727;RBI=0.0564883;REFB=0.0078558;REVB=-0.00746185;RO=44;SAF=23;SAR=31;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153163;STB=0.568292;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00555165;OID=.;OPOS=103354115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:44:44:54:57:0.564356:31:23:27:17:31:26:27:17 chr1 103354138 . A G 456.91 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.000227076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.796;QD=15.7555;RBI=0.0360812;REFB=-0.0203406;REVB=0.0360805;RO=64;SAF=29;SAR=22;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145588;STB=0.585431;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0200545;OID=.;OPOS=103354138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:65:51:51:0.439655:22:29:27:37:22:29:27:38 chr1 103354428 . A G 240.59 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.011484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.41;QD=12.1815;RBI=0.0197002;REFB=-0.0228624;REVB=0.0160067;RO=50;SAF=7;SAR=22;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405915;STB=0.73449;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0277283;OID=.;OPOS=103354428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:22:7:30:20:22:7:30:20 chr1 103379918 . G A 804.24 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0992949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5661;QD=64.3394;RBI=0.100638;REFB=0;REVB=0.0163867;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103225;OID=.;OPOS=103379918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr1 103444679 . T G 749.86 PASS AF=0.949153;AO=55;DP=61;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0451925;FXX=0.0327815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.845;QD=50.8377;RBI=0.0458577;REFB=-0.082609;REVB=0.00778285;RO=4;SAF=25;SAR=30;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263726;STB=0.505823;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0013818;OID=.;OPOS=103444679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:61:59:4:3:55:56:0.949153:30:25:1:3:31:25:1:2 chr1 103471456 . CCAT C 1034.12 PASS AF=0.641791;AO=126;DP=255;FAO=129;FDP=201;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=123;FSRF=13;FSRR=59;FWDB=-0.06539;FXX=0.385309;HRUN=2;LEN=3;MLLD=210.724;QD=20.5795;RBI=0.0657118;REFB=-0.0256649;REVB=-0.0064948;RO=4;SAF=56;SAR=70;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180342;STB=0.681503;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.0175392;OID=.;OPOS=103471457;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.641791:126:255:129:201:72:6:123:13:59:99:4:56:70:3:1 chr1 104076462 . C T 101.52 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00139404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.104;QD=8.64017;RBI=0.00963619;REFB=-0.00177752;REVB=-0.00953482;RO=34;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17164;STB=0.605101;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00461567;OID=.;OPOS=104076462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:5:8:16:18:5:8:16:18 chr1 104079968 . A T 248.46 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0120627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.422;QD=15.29;RBI=0.0465107;REFB=-0.0148218;REVB=-0.0449192;RO=35;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933254;STB=0.548353;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0193203;OID=.;OPOS=104079968;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:35:36:28:29:0.446154:11:17:18:17:12:17:18:18 chr1 107347089 . T C 1020.24 PASS AF=0.526882;AO=98;DP=186;FAO=98;FDP=186;FR=.;FRO=88;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.00719653;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4148;QD=21.9406;RBI=0.0437226;REFB=-0.000920866;REVB=0.0431262;RO=88;SAF=50;SAR=48;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00882268;STB=0.504828;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.000688519;OID=.;OPOS=107347089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:88:88:98:98:0.526882:48:50:44:44:48:50:44:44 chr1 107600869 . G A 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0105469;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=339.835;QD=14.2704;RBI=0.0121573;REFB=-0.00897638;REVB=-0.00604687;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00789208;STB=0.504501;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0123815;OID=.;OPOS=107600869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:10:14:19:14:10:14:19:14 chr1 107979396 . A C 2579.7 PASS AF=0.994083;AO=167;DP=168;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=102;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.917;QD=61.058;RBI=0.0352928;REFB=-0.0889538;REVB=0.0337365;RO=1;SAF=102;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0046433;STB=0.502439;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000108479;OID=.;OPOS=107979396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:168:169:1:1:167:168:0.994083:65:102:1:0:66:102:1:0 chr1 108113526 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3119;QD=45.8063;RBI=0.0895526;REFB=0;REVB=0.0559902;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00553988;OID=.;OPOS=108113526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr1 108113856 . G A 261.64 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0313132;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.867;QD=14.5354;RBI=0.0330154;REFB=-0.0111748;REVB=0.0104642;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708321;STB=0.545772;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0112713;OID=.;OPOS=108113856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:42:30:30:0.416667:17:13:15:26:17:13:15:27 chr1 108113865 . G A 265.24 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0110979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.521;QD=15.6024;RBI=0.0234742;REFB=-0.00985442;REVB=-0.0206852;RO=37;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502478;STB=0.518506;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00855382;OID=.;OPOS=108113865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:18:12:13:24:18:12:14:24 chr1 108115145 . T C 1156.42 PASS AF=0.987342;AO=70;DP=72;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00562896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3188;QD=58.553;RBI=0.0470006;REFB=-0.0703829;REVB=0.0466623;RO=1;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106256;STB=0.504853;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0123317;OID=.;OPOS=108115145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:79:1:1:70:78:0.987342:44:26:0:1:51:27:0:1 chr1 108313258 . C T 347.28 PASS AF=0.514286;AO=37;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0344804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3195;QD=19.8445;RBI=0.0447389;REFB=-0.0124172;REVB=0.0285073;RO=31;SAF=15;SAR=22;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157204;STB=0.526388;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0155475;OID=.;OPOS=108313258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:34:37:36:0.514286:22:15:12:19:22:14:15:19 chr1 109013193 . ATTTTTTTTC ATTTTTTTC,ATTTTTTTCT 41.03 PASS AF=0.333333,0.0512821;AO=11,4;DP=45;FAO=13,2;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7,2;FSAR=6,0;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.23151,0.0852979;FXX=0.133304;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=8.3837,19.2616;QD=4.20784;RBI=0.231771,0.110943;REFB=-0.0604156,-0.0330904;REVB=0.0110131,-0.0709413;RO=19;SAF=5,4;SAR=6,0;SRF=7;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0933329,0.697755;STB=0.578393,0.995416;STBP=0.483,0.107;TYPE=del,mnp;VARB=0.0513588,0.0931718;OID=.,.;OPOS=109013194,109013201;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=ATTTTTTTC,ATTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.0512821:11,4:45:13,2:39:24:7,2:6,0:10:14:34:19:5,4:6,0:7:12 chr1 109173710 . G A 194.03 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0323364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4751;QD=16.8721;RBI=0.154644;REFB=0.0327786;REVB=-0.151225;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105214;STB=0.559942;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0476945;OID=.;OPOS=109173710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:9:11:17:9:9:11:17:9 chr1 109265029 . G T 619.18 PASS AF=0.521008;AO=61;DP=116;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0176138;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.5236;QD=20.8128;RBI=0.0345214;REFB=-0.0010109;REVB=-0.0296898;RO=54;SAF=39;SAR=22;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592951;STB=0.55139;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00120559;OID=.;OPOS=109265029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:54:57:61:62:0.521008:22:39:31:23:22:40:31:26 chr1 109268573 . T C 304.16 PASS AF=0.358491;AO=38;DP=106;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0447621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5199;QD=11.4777;RBI=0.0456178;REFB=-0.00808069;REVB=0.00879442;RO=67;SAF=18;SAR=20;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541675;STB=0.535695;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00749684;OID=.;OPOS=109268573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:67:68:38:38:0.358491:20:18:35:32:20:18:36:32 chr1 109351501 . A G 242.48 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0073555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.481;QD=19.7944;RBI=0.0760533;REFB=-0.00605036;REVB=0.0756968;RO=25;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123154;STB=0.50819;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00475229;OID=.;OPOS=109351501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:23:24:0.489796:8:15:16:9:9:15:16:9 chr1 109369915 . G T 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.316;QD=56.7032;RBI=0.0117102;REFB=0;REVB=0.0106572;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73035e-05;OID=.;OPOS=109369915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr1 109380200 . G T 180.76 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00967043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7401;QD=13.9044;RBI=0.0139547;REFB=-0.046851;REVB=0.0100607;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207878;STB=0.618767;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0364452;OID=.;OPOS=109380200;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:21:10:11:10:21:10 chr1 109394593 . A C 246.83 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.025024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.535;QD=17.9515;RBI=0.026562;REFB=-0.00480146;REVB=0.00890743;RO=28;SAF=6;SAR=21;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324355;STB=0.683573;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00321593;OID=.;OPOS=109394593;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:21:6:15:13:21:6:15:13 chr1 109394609 . T A 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00120819;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=263.56;QD=19.156;RBI=0.0148941;REFB=-0.00817265;REVB=-0.014845;RO=23;SAF=3;SAR=18;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505293;STB=0.790384;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0138008;OID=.;OPOS=109394609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:18:3:14:9:18:3:14:9 chr1 109395105 . C T 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0084758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.077;QD=21.065;RBI=0.0086638;REFB=-0.0257428;REVB=0.00179509;RO=24;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219854;STB=0.623187;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0294732;OID=.;OPOS=109395105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:10:14:8:16:10:14:8:16 chr1 109461341 . C T 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00382132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.896;QD=9.93222;RBI=0.00458935;REFB=-0.00133067;REVB=-0.00254157;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723881;STB=0.533289;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00223584;OID=.;OPOS=109461341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:35:15:15:0.3:8:7:18:16:8:7:18:17 chr1 109465165 . ACTT ACAA,A 360.74 PASS AF=0.0434783,0.391304;AO=4,34;DP=90;FAO=4,36;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=3,21;FSAR=1,15;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.00821247,-0.0150558;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,3;MLLD=138.629,200.201;QD=15.6843;RBI=0.0206436,0.0221535;REFB=-0.00562483,-0.00779426;REVB=0.0189397,0.0162512;RO=47;SAF=3,21;SAR=1,13;SRF=30;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.131588,-0.0225621;STB=0.642095,0.519597;STBP=0.577,0.766;TYPE=mnp,del;VARB=0.0353483,0.0106365;OID=.,.;OPOS=109465167,109465166;OREF=TT,CTT;OALT=AA,-;OMAPALT=ACAA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0434783,0.391304:4,34:90:4,36:92:52:3,21:1,15:32:20:99:47:3,21:1,13:30:17 chr1 109466858 . G A 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0382585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.205;QD=17.0997;RBI=0.0383202;REFB=0.00691663;REVB=-0.00217272;RO=15;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329044;STB=0.69113;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00599332;OID=.;OPOS=109466858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:11:3:8:7:11:3:8:7 chr1 109472773 . G A 1917.42 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7677;QD=60.8705;RBI=0.0461104;REFB=-0.0651108;REVB=0.0446241;RO=0;SAF=64;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000733824;OID=.;OPOS=109472773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:0:1:125:125:0.992063:61:64:0:0:61:64:1:0 chr1 109479978 . G T 285.96 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0447717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4039;QD=20.4254;RBI=0.0803035;REFB=-0.0177673;REVB=-0.0666644;RO=26;SAF=11;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830809;STB=0.546219;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.015635;OID=.;OPOS=109479978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:19:11:12:14:19:11:12:14 chr1 109486196 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.453;QD=59.017;RBI=0.0909498;REFB=0;REVB=0.08698;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000748019;OID=.;OPOS=109486196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr1 109486222 . G A 181.62 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0104763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.03;QD=24.2163;RBI=0.0477939;REFB=-0.0559775;REVB=-0.0466316;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215988;STB=0.620308;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0361735;OID=.;OPOS=109486222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:30:12:12:18:18:0.6:8:10:3:9:8:10:3:9 chr1 109493033 . T C 239.04 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00130409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.498;QD=20.7862;RBI=0.00328026;REFB=-0.0356502;REVB=0.00300989;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115893;STB=0.565161;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0207308;OID=.;OPOS=109493033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:13:10:13:10:13:10:13:10 chr1 109656946 . T C 1529.97 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.281;QD=63.7488;RBI=0.0393403;REFB=0;REVB=0.0386603;RO=0;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20375e-05;OID=.;OPOS=109656946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:56:40:0:0:56:40:0:0 chr1 109704618 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.85;QD=46.8478;RBI=0.0365139;REFB=0;REVB=-0.0150984;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02796e-05;OID=.;OPOS=109704618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 109735298 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.512;QD=63.8714;RBI=0.00242176;REFB=0;REVB=0.00117582;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97302e-06;OID=.;OPOS=109735298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr1 109735416 . A C 591.37 PASS AF=1;AO=32;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.82;QD=60.653;RBI=0.0620165;REFB=0;REVB=0.0158841;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180925;OID=.;OPOS=109735416;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:32:39:1:13:19:0:0:15:24:0:0 chr1 109737063 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.109515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.052;QD=13.5764;RBI=0.113593;REFB=-0.0148716;REVB=0.0301642;RO=18;SAF=1;SAR=12;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232665;STB=0.631336;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0141727;OID=.;OPOS=109737063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:12:1:3:15:12:1:3:16 chr1 109737090 . G A 133.46 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.0556321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.175;QD=15.7011;RBI=0.055788;REFB=0.011741;REVB=0.00416681;RO=19;SAF=1;SAR=14;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128284;STB=0.575229;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.010151;OID=.;OPOS=109737090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:14:1:2:17:14:1:2:17 chr1 109737132 . T C 205.04 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=-0.0210113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8562;QD=16.4029;RBI=0.0286551;REFB=-0.0130967;REVB=0.0194843;RO=29;SAF=4;SAR=17;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926827;STB=0.552585;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0265483;OID=.;OPOS=109737132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:17:4:4:25:17:4:4:25 chr1 109737172 . C T 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0533036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.897;QD=14.4115;RBI=0.0553153;REFB=-0.00671396;REVB=-0.0147821;RO=28;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696678;STB=0.540103;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0124067;OID=.;OPOS=109737172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:14:4:5:23:14:4:5:23 chr1 109742485 . G A 620.33 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0332915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.478;QD=59.079;RBI=0.0355992;REFB=-0.165478;REVB=0.0126088;RO=1;SAF=26;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177076;STB=0.509429;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0012174;OID=.;OPOS=109742485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:15:26:1:0:15:26:1:0 chr1 109745618 . T C 1210.48 PASS AF=0.987654;AO=76;DP=76;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0615164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9243;QD=59.7767;RBI=0.0615948;REFB=-0.0345822;REVB=-0.00310615;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000783375;OID=.;OPOS=109745618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:81:0:1:76:80:0.987654:38:38:0:0:38:42:0:1 chr1 109771063 . T C 662.46 PASS AF=0.9375;AO=44;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.012591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.165;QD=55.2051;RBI=0.0663263;REFB=-0.135632;REVB=0.0651202;RO=3;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551787;STB=0.528289;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00275701;OID=.;OPOS=109771063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:48:48:3:3:44:45:0.9375:24:20:0:3:25:20:0:3 chr1 109794252 . T C 818.84 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169907;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9544;QD=57.4624;RBI=0.0176288;REFB=0;REVB=0.00470016;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000498845;OID=.;OPOS=109794252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr1 109795608 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.2901;QD=46.8473;RBI=0.0400123;REFB=0;REVB=-0.0288156;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00214501;OID=.;OPOS=109795608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr1 109806834 . C T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0253743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.996;QD=11.4398;RBI=0.0321272;REFB=-0.0100071;REVB=-0.0197053;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557404;STB=0.533261;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0111417;OID=.;OPOS=109806834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:4:10:6:3:4:10 chr1 109807099 . G A 351.55 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.000696423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.832;QD=18.0283;RBI=0.029864;REFB=-0.0101782;REVB=-0.0298558;RO=40;SAF=22;SAR=15;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00522348;STB=0.505019;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00894628;OID=.;OPOS=109807099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:41:37:37:0.474359:15:22:24:16:15:22:24:17 chr1 109810544 . C A 763.01 PASS AF=0.503401;AO=72;DP=145;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=26;FWDB=0.0658153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.116;QD=20.7621;RBI=0.0661205;REFB=-0.0378378;REVB=0.00634619;RO=70;SAF=44;SAR=28;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438792;STB=0.518758;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0325381;OID=.;OPOS=109810544;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:70:73:72:74:0.503401:28:44:46:24:29:45:47:26 chr1 109816176 . A C 289.2 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00457151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.915;QD=52.5814;RBI=0.0111637;REFB=0;REVB=0.0101847;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47878e-05;OID=.;OPOS=109816176;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr1 109818263 . G A 1589.89 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.916;QD=59.9959;RBI=0.0257317;REFB=0;REVB=0.0159924;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9841e-05;OID=.;OPOS=109818263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:51:54:0:0:51:55:0:0 chr1 109825360 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.187;QD=59.0183;RBI=0.0305927;REFB=0;REVB=0.0199973;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59612e-05;OID=.;OPOS=109825360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr1 109836842 . C G 232.23 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.021727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.179;QD=23.8186;RBI=0.0298658;REFB=-0.0080453;REVB=-0.0204916;RO=17;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276289;STB=0.655493;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00853907;OID=.;OPOS=109836842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:17:5:9:8:17:5:9:8 chr1 109838918 . C T 276.42 PASS AF=0.484375;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0287382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5712;QD=17.276;RBI=0.0374537;REFB=-0.051284;REVB=-0.0240185;RO=31;SAF=22;SAR=8;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100452;STB=0.509772;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0580535;OID=.;OPOS=109838918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:33:30:31:0.484375:8:22:23:8:8:23:24:9 chr1 109839433 . A G 1895.78 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0060005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.403;QD=61.6514;RBI=0.00607691;REFB=0;REVB=0.000960592;RO=0;SAF=49;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.74649e-06;OID=.;OPOS=109839433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:74:49:0:0:74:49:0:0 chr1 109856306 . G A 1283.41 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2043;QD=61.851;RBI=0.0584889;REFB=0;REVB=0.0571508;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335748;OID=.;OPOS=109856306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:33:50:0:0:33:50:0:0 chr1 109856384 . CAA C 496.83 PASS AF=1;AO=34;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0910488;FXX=0.041658;HRUN=6;LEN=2;MLLD=22.6567;QD=43.2026;RBI=0.0950183;REFB=0;REVB=0.0271768;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000735694;OID=.;OPOS=109856385;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:45:46:46:0:20:26:0:0:9:0:13:21:0:0 chr1 109884775 . T G 1624.19 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6181;QD=60.1552;RBI=0.0429113;REFB=0;REVB=0.0287905;RO=0;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361311;OID=.;OPOS=109884775;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:57:51:0:0:57:51:0:0 chr1 109897103 . A G 1194.76 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223991;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.7719;QD=61.2699;RBI=0.0479086;REFB=0;REVB=0.0478562;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300454;OID=.;OPOS=109897103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr1 109912221 . GA G 55.18 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0417864;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.08107;QD=10.51;RBI=0.0504114;REFB=-0.0685669;REVB=0.0281993;RO=7;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110704;STB=0.53393;STBP=0.757;TYPE=del;VARB=0.0744594;OID=.;OPOS=109912222;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:11:21:14:21:7:11:3:5:2:24:7:8:3:5:2 chr1 110089102 . C T 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0106545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8694;QD=18.9999;RBI=0.0388997;REFB=0.00286155;REVB=-0.0374122;RO=17;SAF=15;SAR=2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275818;STB=0.660153;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0029778;OID=.;OPOS=110089102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:2:15:12:5:2:15:12:5 chr1 110134183 . C T 152.16 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0067455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.95;QD=13.2309;RBI=0.00923103;REFB=-0.0155673;REVB=-0.00630161;RO=29;SAF=12;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104418;STB=0.561329;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0317274;OID=.;OPOS=110134183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:5:12:18:11:5:12:18:11 chr1 110134217 . C T 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00328147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.98;QD=12.9224;RBI=0.018227;REFB=-0.00623999;REVB=-0.0179291;RO=34;SAF=16;SAR=6;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167192;STB=0.596922;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00981222;OID=.;OPOS=110134217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:6:16:20:14:6:16:20:14 chr1 110136458 . A G 446.23 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.000788806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.655;QD=20.7547;RBI=0.00981175;REFB=-0.0185754;REVB=0.00977999;RO=42;SAF=23;SAR=21;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643566;STB=0.535584;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0157963;OID=.;OPOS=110136458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:21:23:25:17:21:23:25:17 chr1 110148974 . C T 335.8 PASS AF=0.402174;AO=36;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0305171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.473;QD=14.6001;RBI=0.0368151;REFB=-0.0144732;REVB=-0.0205928;RO=54;SAF=17;SAR=19;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878473;STB=0.546016;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0245233;OID=.;OPOS=110148974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:55:36:37:0.402174:19:17:30:24:19:18:31:24 chr1 110170896 . T C,G 1246.55 PASS AF=0.963415,0.0365854;AO=79,3;DP=82;FAO=79,3;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47,2;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00351348,-0.00623685;FXX=0.0120467;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.6018,118.337;QD=60.8075;RBI=0.0241265,0.0103493;REFB=0,0;REVB=0.0238693,0.00825895;RO=0;SAF=47,2;SAR=32,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.45895e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000355371,0.198886;OID=.,.;OPOS=110170896,110170896;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:82:82:0:0:79,3:79,3:0.963415,0.0365854:32,1:47,2:0:0:32,1:47,2:0:0 chr1 110173775 . G T 246.84 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00639323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.571;QD=31.8502;RBI=0.00945865;REFB=0.00514151;REVB=0.00697084;RO=9;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00538181;STB=0.502956;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00148827;OID=.;OPOS=110173775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:12:10:4:5:12:10:4:5 chr1 110201699 . T C 778.43 PASS AF=0.517241;AO=75;DP=145;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0107849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5792;QD=21.4739;RBI=0.0826574;REFB=-0.000469132;REVB=-0.0819508;RO=66;SAF=34;SAR=41;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025131;STB=0.501854;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.00015823;OID=.;OPOS=110201699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:66:70:75:75:0.517241:41:34:28:38:41:34:32:38 chr1 110201809 . G T 505.95 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.00224137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.482;QD=16.3209;RBI=0.0187856;REFB=-0.00480366;REVB=-0.0186514;RO=67;SAF=28;SAR=27;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148524;STB=0.573409;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0108088;OID=.;OPOS=110201809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:67:69:55:55:0.443548:27:28:24:43:27:28:26:43 chr1 110201812 . A G 478.93 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.015708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.136;QD=15.5749;RBI=0.0201186;REFB=-0.0346157;REVB=-0.0125704;RO=70;SAF=27;SAR=26;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125579;STB=0.570222;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0526361;OID=.;OPOS=110201812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:70:70:53:53:0.430894:26:27:27:43:26:27:27:43 chr1 110210780 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.326;QD=45.8067;RBI=0.0557543;REFB=0;REVB=0.016738;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043059;OID=.;OPOS=110210780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr1 110279701 . C T 218.96 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0156075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.637;QD=23.6711;RBI=0.0628444;REFB=-0.0129919;REVB=-0.0608754;RO=16;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185161;STB=0.603672;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0141005;OID=.;OPOS=110279701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:14:7:9:7:14:7:9:7 chr1 110282971 . CG CT,GT 240.87 PASS AF=0.405797,0;AO=25,3;DP=70;FAO=28,0;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=15,0;FSAR=13,0;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0985667,-0.0124032;FXX=0.0142837;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=98.6662,97.1582;QD=13.9633;RBI=0.098945,0.0153473;REFB=-0.00890712,-0.0173246;REVB=0.00864401,0.00903881;RO=31;SAF=12,3;SAR=13,0;SRF=14;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0278056,0.562852;STB=0.515109,0.5;STBP=0.856,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0115747,0;OID=.,.;OPOS=110282972,110282971;OREF=G,CG;OALT=T,GT;OMAPALT=CT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:31:41:25,3:28,0:0.405797,0:13,0:12,3:14:17:13,0:15,0:23:18 chr1 110295772 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.046;QD=59.0187;RBI=0.065767;REFB=0;REVB=0.0657034;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187981;OID=.;OPOS=110295772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr1 110300441 . G A 715.54 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029015;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.467;QD=57.2436;RBI=0.0219581;REFB=0;REVB=-0.0217655;RO=0;SAF=39;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.26928e-05;OID=.;OPOS=110300441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:11:39:0:0:11:39:0:0 chr1 110300504 . A G 970.91 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7807;QD=58.8431;RBI=0.0207612;REFB=0;REVB=-0.0207354;RO=0;SAF=45;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141049;OID=.;OPOS=110300504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:20:45:0:0:21:45:0:0 chr1 110301260 . C T 215.04 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0512232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9619;QD=21.5041;RBI=0.0539373;REFB=0.00323834;REVB=-0.0168944;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127072;STB=0.571361;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00181088;OID=.;OPOS=110301260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:12:9:11:8:12:9:11:8 chr1 110466466 . T C 223.2 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0638741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.959;QD=26.2585;RBI=0.118942;REFB=-0.00965611;REVB=-0.100336;RO=13;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390861;STB=0.521718;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.011272;OID=.;OPOS=110466466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:14:7:5:8:14:7:5:8 chr1 110466555 . G A 253.61 PASS AF=0.323529;AO=33;DP=99;FAO=33;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.00413951;FXX=0.0285687;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.303;QD=9.94535;RBI=0.00627551;REFB=-0.00877848;REVB=0.00471662;RO=64;SAF=16;SAR=17;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362383;STB=0.514277;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0131502;OID=.;OPOS=110466555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:64:69:33:33:0.323529:17:16:29:35:17:16:32:37 chr1 110466709 . T C 3433.55 PASS AF=0.969828;AO=225;DP=232;FAO=225;FDP=232;FR=.;FRO=7;FSAF=103;FSAR=122;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0448784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8884;QD=59.1991;RBI=0.0448918;REFB=-0.000313109;REVB=-0.00109838;RO=5;SAF=103;SAR=122;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225644;STB=0.51643;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-8.76947e-05;OID=.;OPOS=110466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:232:232:5:7:225:225:0.969828:122:103:5:0:122:103:7:0 chr1 110466810 . C A 763.1 PASS AF=0.490683;AO=79;DP=161;FAO=79;FDP=161;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=-0.0261555;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0147;QD=18.959;RBI=0.0300541;REFB=-0.0269908;REVB=0.0148032;RO=80;SAF=34;SAR=45;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520429;STB=0.52738;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0198088;OID=.;OPOS=110466810;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:80:82:79:79:0.490683:45:34:30:50:45:34:31:51 chr1 110467745 . A G 1231.63 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0142865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.525;QD=60.0795;RBI=0.0418457;REFB=-0.146419;REVB=-0.0393314;RO=1;SAF=52;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901911;STB=0.504672;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000283765;OID=.;OPOS=110467745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:80:81:0.987805:28:52:1:0:28:53:1:0 chr1 110738296 . G A 511.58 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00638187;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.451;QD=18.4353;RBI=0.0263102;REFB=-0.0183887;REVB=0.0255245;RO=57;SAF=24;SAR=30;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921929;STB=0.551083;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0216826;OID=.;OPOS=110738296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:57:57:54:54:0.486486:30:24:31:26:30:24:31:26 chr1 110742085 . T C 320.28 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.00887026;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.04;QD=15.8164;RBI=0.00912349;REFB=0.00500379;REVB=-0.00213463;RO=46;SAF=19;SAR=16;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1124;STB=0.563183;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00426672;OID=.;OPOS=110742085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:46:46:35:35:0.432099:16:19:30:16:16:19:30:16 chr1 110882444 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.028;QD=42.1823;RBI=0.0561801;REFB=0;REVB=0.00739904;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591018;OID=.;OPOS=110882444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr1 110883569 . A T 295.19 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.051962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6932;QD=22.2781;RBI=0.0543894;REFB=0.0335029;REVB=-0.0160674;RO=23;SAF=11;SAR=19;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159861;STB=0.508838;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.0154563;OID=.;OPOS=110883569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:19:11:8:15:19:11:8:15 chr1 110883917 . A G 327.97 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.03136;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.527;QD=22.6185;RBI=0.0371557;REFB=-0.00670945;REVB=0.0199273;RO=27;SAF=26;SAR=6;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132694;STB=0.588726;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00468372;OID=.;OPOS=110883917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:27:25:32:33:0.568966:6:26:19:8:6:27:17:8 chr1 110924353 . G A 144.39 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0158413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.101;QD=15.6097;RBI=0.105059;REFB=-0.0143472;REVB=0.103858;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552398;STB=0.532831;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0167815;OID=.;OPOS=110924353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:21:16:16:0.432432:9:7:8:8:9:7:8:13 chr1 110949720 . C T 185.39 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.000570242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.228;QD=13.7327;RBI=0.0334783;REFB=-0.0102808;REVB=-0.0334734;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238079;STB=0.635644;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0332717;OID=.;OPOS=110949720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:12:10:22:10:12:10:22:10 chr1 110998854 . G A 1086.61 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145971;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.84;QD=60.367;RBI=0.0460586;REFB=0;REVB=0.0436843;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50333e-05;OID=.;OPOS=110998854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr1 111060669 . T C 799.58 PASS AF=1;AO=41;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.157;QD=57.1126;RBI=0.0359242;REFB=0;REVB=0.035798;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37976e-05;OID=.;OPOS=111060669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:41:56:1:23:18:0:0:24:32:0:0 chr1 111061011 . C A 419.44 PASS AF=0.451923;AO=45;DP=102;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=0.0116093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.493;QD=16.1323;RBI=0.0141945;REFB=-0.0157368;REVB=0.00816755;RO=57;SAF=23;SAR=22;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17419;STB=0.584683;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0196165;OID=.;OPOS=111061011;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:57:57:45:47:0.451923:22:23:39:18:22:25:39:18 chr1 111061062 . T C 1549.58 PASS AF=0.947368;AO=108;DP=114;FAO=108;FDP=114;FR=.;FRO=6;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00788373;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=358.656;QD=54.3712;RBI=0.0119118;REFB=0.0502366;REVB=-0.00892965;RO=3;SAF=66;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149274;STB=0.506134;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00195999;OID=.;OPOS=111061062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:114:114:3:6:108:108:0.947368:42:66:1:2:42:66:3:3 chr1 111441829 . C T 613.26 PASS AF=0.578947;AO=55;DP=96;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0907268;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5463;QD=25.8215;RBI=0.116728;REFB=0.032316;REVB=-0.0734441;RO=41;SAF=20;SAR=35;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00186905;STB=0.506222;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.0255546;OID=.;OPOS=111441829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:41:40:55:55:0.578947:35:20:15:26:35:20:14:26 chr1 111584463 . G GT 193.46 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0334443;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.6383;QD=10.6006;RBI=0.0335977;REFB=0.0104291;REVB=0.00320644;RO=42;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047492;STB=0.532845;STBP=0.652;TYPE=ins;VARB=-0.0117794;OID=.;OPOS=111584464;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.438356:32:75:32:73:41:13:19:19:22:99:42:13:19:19:23 chr1 111584509 . G A 297.64 PASS AF=0.421687;AO=32;DP=82;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0139118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3879;QD=14.3441;RBI=0.0536601;REFB=-0.00580201;REVB=0.0518254;RO=49;SAF=8;SAR=24;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240439;STB=0.598396;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00551798;OID=.;OPOS=111584509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:49:48:32:35:0.421687:24:8:22:27:25:10:21:27 chr1 111726869 . G A 466.68 PASS AF=0.484211;AO=44;DP=94;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.00663485;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3795;QD=19.6499;RBI=0.00851551;REFB=-0.0242241;REVB=-0.00533786;RO=49;SAF=30;SAR=14;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00905992;STB=0.51219;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0287954;OID=.;OPOS=111726869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:49:49:44:46:0.484211:14:30:33:16:16:30:33:16 chr1 111773568 . G C 160.03 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0431847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8703;QD=18.2888;RBI=0.0435517;REFB=-0.0372023;REVB=-0.00564198;RO=16;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335724;STB=0.683978;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0257576;OID=.;OPOS=111773568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:18:16:17:0.485714:13:3:8:8:13:4:10:8 chr1 111783982 . C A 512.59 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00978852;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.501;QD=17.0863;RBI=0.0377977;REFB=-0.00972019;REVB=-0.0365082;RO=64;SAF=33;SAR=22;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128227;STB=0.567543;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0115713;OID=.;OPOS=111783982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:65:55:55:0.458333:22:33:30:34:22:33:31:34 chr1 111783996 . A G 1977.26 PASS AF=1;AO=126;DP=129;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132212;FXX=0.0155027;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.673;QD=62.2759;RBI=0.0160326;REFB=0;REVB=0.00906887;RO=0;SAF=68;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62409e-06;OID=.;OPOS=111783996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:127:0:0:126:127:1:58:68:0:0:59:68:0:0 chr1 111833488 . C CCT 496.75 PASS AF=0.375;AO=56;DP=162;FAO=60;FDP=160;FR=.;FRO=100;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=-0.0274953;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=2;MLLD=282.175;QD=12.4187;RBI=0.027503;REFB=-0.0214337;REVB=-0.000650541;RO=101;SAF=18;SAR=38;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182984;STB=0.590277;STBP=0.09;TYPE=ins;VARB=0.0307177;OID=.;OPOS=111833489;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:56:162:60:160:100:20:40:47:53:99:101:18:38:48:53 chr1 111833517 . G A 560.03 PASS AF=0.398773;AO=65;DP=163;FAO=65;FDP=163;FR=.;FRO=98;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=-0.0118765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.13;QD=13.743;RBI=0.0416918;REFB=0.00514763;REVB=0.0399644;RO=98;SAF=22;SAR=43;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125307;STB=0.570774;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0173927;OID=.;OPOS=111833517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:98:98:65:65:0.398773:43:22:44:54:43:22:44:54 chr1 111857154 . T C 362.21 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0161313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.592;QD=15.4134;RBI=0.0236296;REFB=-0.0104369;REVB=0.0172667;RO=54;SAF=11;SAR=28;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32915;STB=0.691257;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0122018;OID=.;OPOS=111857154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:54:55:39:39:0.414894:28:11:32:22:28:11:33:22 chr1 111857951 . A G 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0169299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.748;QD=18.7852;RBI=0.017033;REFB=-0.0220203;REVB=-0.00187102;RO=32;SAF=19;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163279;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0187137;OID=.;OPOS=111857951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:14:19:19:13:14:19:19:14 chr1 111858444 . C T 88.75 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0045005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.288;QD=14.2007;RBI=0.0566912;REFB=-0.02186;REVB=-0.0565123;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564329;STB=0.829203;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.013381;OID=.;OPOS=111858444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:2:9:3:11:2:9:3:11 chr1 111861841 . A G 442.78 PASS AF=0.536585;AO=42;DP=80;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0254076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.179;QD=21.5988;RBI=0.0256515;REFB=-0.0220574;REVB=0.00352894;RO=37;SAF=15;SAR=27;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056348;STB=0.53502;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0272212;OID=.;OPOS=111861841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:37:38:42:44:0.536585:27:15:11:26:27:17:12:26 chr1 111861974 . T C 356.12 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00112666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.765;QD=24.56;RBI=0.00129282;REFB=-0.0102057;REVB=0.000634057;RO=23;SAF=21;SAR=14;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107476;STB=0.558791;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00558344;OID=.;OPOS=111861974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:14:21:17:6:14:21:17:6 chr1 111862952 . T G 314.32 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0819632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1536;QD=17.2232;RBI=0.0875008;REFB=-0.00502201;REVB=-0.0306338;RO=39;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611141;STB=0.534227;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00525292;OID=.;OPOS=111862952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:17:17:22:17:17:17:22:17 chr1 111957097 . C G 341.09 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0169216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4062;QD=25.7428;RBI=0.0244827;REFB=-0.0394972;REVB=-0.0176936;RO=20;SAF=24;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21356;STB=0.617685;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0223465;OID=.;OPOS=111957097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:9:24:9:11:9:24:9:11 chr1 111957245 . G A 469.34 PASS AF=0.56962;AO=44;DP=78;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=1.23325e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.535;QD=23.7643;RBI=0.0362689;REFB=-0.017559;REVB=-0.0362689;RO=32;SAF=16;SAR=28;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973258;STB=0.558351;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.011646;OID=.;OPOS=111957245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:32:34:44:45:0.56962:28:16:8:24:29:16:8:26 chr1 111957517 . T C 70.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=-0.0268724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.37;QD=7.04978;RBI=0.035894;REFB=-0.011907;REVB=-0.023796;RO=29;SAF=7;SAR=3;SRF=25;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269441;STB=0.668655;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.038661;OID=.;OPOS=111957517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:29:30:10:10:0.25:3:7:25:4:3:7:26:4 chr1 111957570 . G C 66.22 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.039025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183;QD=12.0393;RBI=0.0490837;REFB=-0.0175432;REVB=0.02977;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424693;STB=0.707368;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.014045;OID=.;OPOS=111957570;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:11:13:8:9:0.409091:7:1:5:6:7:2:7:6 chr1 111957583 . A G 96.76 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0539595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0617;QD=12.485;RBI=0.115458;REFB=-0.0340056;REVB=-0.102073;RO=19;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308734;STB=0.683885;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0394735;OID=.;OPOS=111957583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:9:3:10:9:9:3:10:9 chr1 111957592 . A G 129.81 PASS AF=0.416667;AO=13;DP=34;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0246862;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.405;QD=14.4231;RBI=0.0261492;REFB=-0.013607;REVB=0.00862379;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147588;STB=0.615227;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0218746;OID=.;OPOS=111957592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:21:21:13:15:0.416667:8:5:11:10:10:5:11:10 chr1 111957693 . A G 371.78 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0163301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3343;QD=17.4955;RBI=0.0215761;REFB=0.0111394;REVB=0.0141017;RO=45;SAF=9;SAR=30;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362513;STB=0.709944;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.018246;OID=.;OPOS=111957693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:46:39:39:0.458824:30:9:26:19:30:9:27:19 chr1 112029193 . A G 233.86 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0295945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.515;QD=32.2565;RBI=0.0334871;REFB=0.0404791;REVB=0.0156701;RO=8;SAF=6;SAR=15;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221988;STB=0.512184;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.0108304;OID=.;OPOS=112029193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:15:6:2:6:15:6:2:6 chr1 112033285 . G C 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0228508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.049;QD=14.1957;RBI=0.027244;REFB=-0.00527038;REVB=-0.0148348;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112676;STB=0.564459;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00633971;OID=.;OPOS=112033285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:14:9:16:16:14:9:16:16 chr1 112042632 . A G 364.47 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.013517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.963;QD=18.454;RBI=0.0337598;REFB=-0.00877923;REVB=0.0309356;RO=41;SAF=13;SAR=25;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272663;STB=0.652093;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0115566;OID=.;OPOS=112042632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:25:13:26:15:25:13:26:15 chr1 112045886 . C T 519.15 PASS AF=0.448;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0117452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.323;QD=16.6129;RBI=0.0124593;REFB=-0.00832945;REVB=-0.00415747;RO=67;SAF=21;SAR=35;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592385;STB=0.534579;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00861653;OID=.;OPOS=112045886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:67:69:56:56:0.448:35:21:29:38:35:21:30:39 chr1 112269872 . G A 679.73 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.404;QD=61.7934;RBI=0.0714596;REFB=0;REVB=0.0700368;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023278;OID=.;OPOS=112269872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:17:25:0:0:18:26:0:0 chr1 112308953 . T C 183.09 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0038948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.714;QD=25.2543;RBI=0.0228017;REFB=-0.0272562;REVB=0.0224666;RO=11;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108747;STB=0.560716;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0125415;OID=.;OPOS=112308953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:7:11:5:6:7:11:5:6 chr1 112308972 . G A 176.74 PASS AF=0.73913;AO=16;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0329575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4008;QD=30.7365;RBI=0.0332633;REFB=-0.00400022;REVB=0.00450037;RO=6;SAF=12;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149223;STB=0.586987;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00241961;OID=.;OPOS=112308972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:16:17:0.73913:4:12:3:3:4:13:3:3 chr1 112524974 . C T 389.89 PASS AF=0.431579;AO=39;DP=93;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0255229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.35;QD=16.4164;RBI=0.0270405;REFB=0.00577218;REVB=0.00893141;RO=53;SAF=18;SAR=21;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029744;STB=0.52434;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.00802917;OID=.;OPOS=112524974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:53:54:39:41:0.431579:21:18:26:27:23:18:26:28 chr1 112539061 . A G 139.03 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00348689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1705;QD=12.0893;RBI=0.0193035;REFB=-0.0188143;REVB=0.018986;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14212;STB=0.58368;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0333397;OID=.;OPOS=112539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:7:9:13:17:7:9:13:17 chr1 112991698 . T C 120.72 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.03499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.205;QD=14.2027;RBI=0.0364769;REFB=-0.0181788;REVB=-0.0103085;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142088;STB=0.558741;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.022753;OID=.;OPOS=112991698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:20:13:14:0.411765:7:6:12:8:7:7:12:8 chr1 112999227 . G A 417.86 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0858659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2808;QD=53.9172;RBI=0.0898613;REFB=0.0188372;REVB=-0.0264973;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345091;STB=0.518506;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0136253;OID=.;OPOS=112999227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:13:17:0:1:13:17:0:1 chr1 112999495 . G T 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00455864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.812;QD=23.0937;RBI=0.0235246;REFB=-0.0114277;REVB=-0.0230787;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829262;STB=0.546504;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00648613;OID=.;OPOS=112999495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:7:5:9:8:7:5 chr1 113000565 . A G 373.84 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0234964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.144;QD=23.3647;RBI=0.0395351;REFB=-0.0498853;REVB=0.0317953;RO=26;SAF=17;SAR=20;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569102;STB=0.522172;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0325357;OID=.;OPOS=113000565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:26:27:37:37:0.578125:20:17:10:16:20:17:11:16 chr1 113000946 . GGTCA G 672.37 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0470917;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=301.914;QD=46.3701;RBI=0.0477785;REFB=-0.12871;REVB=0.00807211;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514281;STBP=0.299;TYPE=del;VARB=0.00151101;OID=.;OPOS=113000947;OREF=GTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.965517:55:55:56:58:2:34:22:2:0:4:0:33:22:0:0 chr1 113063125 . A G 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0055364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.469;QD=14.6688;RBI=0.0338991;REFB=-0.0255547;REVB=-0.033444;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215232;STB=0.62893;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0333603;OID=.;OPOS=113063125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:11:13:10:21:11:13:10:22 chr1 113083439 . C T 79.51 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00836946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.876;QD=15.9016;RBI=0.0998065;REFB=-0.0048546;REVB=-0.0994549;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238988;STB=0.655927;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00539329;OID=.;OPOS=113083439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:20:20:8:10:9:10:0.5:6:3:5:3:7:3:6:4 chr1 113093294 . G A 230.8 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00323064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.585;QD=17.7534;RBI=0.00353645;REFB=-0.0101413;REVB=0.00143856;RO=27;SAF=7;SAR=18;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170964;STB=0.596777;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.012408;OID=.;OPOS=113093294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:18:7:12:15:18:7:12:15 chr1 113232232 . C T 530.48 PASS AF=0.478632;AO=51;DP=112;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0759087;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.643;QD=18.1359;RBI=0.0765268;REFB=0.00113653;REVB=-0.00970684;RO=61;SAF=15;SAR=36;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193187;STB=0.575288;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000976674;OID=.;OPOS=113232232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:117:61:61:51:56:0.478632:36:15:29:32:37:19:29:32 chr1 113236681 . C T 415.39 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0143497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.466;QD=22.1539;RBI=0.0185858;REFB=-0.00823492;REVB=0.0118119;RO=34;SAF=27;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113081;STB=0.562469;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0120822;OID=.;OPOS=113236681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:14:27:18:16:14:27:18:16 chr1 113237171 . A G 163.4 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0180354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.378;QD=20.4246;RBI=0.0538404;REFB=0.00955112;REVB=-0.0507298;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261791;STB=0.647315;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0128284;OID=.;OPOS=113237171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:7:10:4:11:7:10:4:11 chr1 113239382 . G A 363.04 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00855016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.689;QD=15.6148;RBI=0.0130915;REFB=-0.0166696;REVB=0.00991379;RO=54;SAF=19;SAR=20;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892712;STB=0.550332;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0229576;OID=.;OPOS=113239382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:20:19:31:23:20:19:31:23 chr1 113241052 . T C 236.98 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0047829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.212;QD=14.1481;RBI=0.00577908;REFB=-0.0131897;REVB=0.00324371;RO=39;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032463;STB=0.507457;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.017494;OID=.;OPOS=113241052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:39:27:28:0.41791:14:13:20:19:14:14:20:19 chr1 113243048 . C T 409.73 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0627387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6948;QD=20.7458;RBI=0.0677407;REFB=-0.00331609;REVB=0.0255473;RO=38;SAF=19;SAR=22;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836609;STB=0.546228;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00254945;OID=.;OPOS=113243048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:22:19:14:24:22:19:14:24 chr1 113255389 . C T 729.67 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000691789;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.565;QD=57.2289;RBI=0.00616987;REFB=0;REVB=0.00613096;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98599e-05;OID=.;OPOS=113255389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:22:27:0:0:24:27:0:0 chr1 113456546 . A T 646.43 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=124;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00314621;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.463;QD=21.1943;RBI=0.0323958;REFB=-0.0303061;REVB=-0.0322426;RO=59;SAF=43;SAR=21;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121825;STB=0.561993;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0217574;OID=.;OPOS=113456546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:59:58:64:64:0.52459:21:43:32:27:21:43:32:26 chr1 113657092 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.542;QD=50.4135;RBI=0.0385672;REFB=0;REVB=0.0170666;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218833;OID=.;OPOS=113657092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr1 114301335 . C T 748.66 PASS AF=0.441989;AO=79;DP=181;FAO=80;FDP=181;FR=.;FRO=101;FSAF=58;FSAR=22;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=0.0202806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.463;QD=16.545;RBI=0.0212042;REFB=-0.0196364;REVB=-0.00618976;RO=100;SAF=57;SAR=22;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202738;STB=0.613345;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0242229;OID=.;OPOS=114301335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:100:101:79:80:0.441989:22:57:54:46:22:58:55:46 chr1 114354942 . T G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.549;QD=15.293;RBI=0.0169319;REFB=-0.0193826;REVB=-0.0169319;RO=9;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0162868;OID=.;OPOS=114354942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:9:0:0:9:9:0:0:9 chr1 114377568 . A G 689.19 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.984;QD=62.6541;RBI=0.0506549;REFB=0;REVB=0.0363732;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021609;OID=.;OPOS=114377568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr1 114424601 . C T 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4207;QD=56.1862;RBI=0.0329491;REFB=0;REVB=0.0224629;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.66781e-05;OID=.;OPOS=114424601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr1 114443899 . G A 402.91 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0313476;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.874;QD=18.9605;RBI=0.0314215;REFB=-0.0100453;REVB=-0.00215428;RO=44;SAF=10;SAR=31;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347788;STB=0.694793;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0153884;OID=.;OPOS=114443899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:44:44:41:41:0.482353:31:10:26:18:31:10:26:18 chr1 114448389 . C T 638.54 PASS AF=0.443038;AO=69;DP=157;FAO=70;FDP=158;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=0.0188637;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.205;QD=16.1655;RBI=0.0197513;REFB=-0.00946356;REVB=0.00585419;RO=88;SAF=35;SAR=34;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110063;STB=0.556946;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0153742;OID=.;OPOS=114448389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:88:88:69:70:0.443038:34:35:35:53:35:35:35:53 chr1 114449662 . T C 493.51 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0134631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.071;QD=20.3507;RBI=0.0192566;REFB=-0.00452027;REVB=0.013768;RO=49;SAF=20;SAR=28;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489358;STB=0.527134;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00400682;OID=.;OPOS=114449662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:28:20:23:26:28:20:23:26 chr1 114455715 . G A 464.92 PASS AF=0.49;AO=48;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0152135;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.985;QD=18.5969;RBI=0.0210215;REFB=0.00692782;REVB=0.014507;RO=51;SAF=30;SAR=18;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548655;STB=0.534468;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00457167;OID=.;OPOS=114455715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:48:49:0.49:18:30:29:22:18:31:29:22 chr1 114505000 . G A 307.23 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0220909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4523;QD=15.5561;RBI=0.0659753;REFB=0.00562246;REVB=-0.062167;RO=45;SAF=21;SAR=13;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110247;STB=0.562319;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0100559;OID=.;OPOS=114505000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:13:21:23:22:13:21:23:22 chr1 114632114 . TTAAAAAA TAAAAA,TAAAAAAT,TTAAAAA,TTTAAAAA 171.48 PASS AF=0.15942,0.0724638,0.391304,0;AO=10,4,16,5;DP=88;FAO=11,5,27,0;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=8,5,8,0;FSAR=3,0,19,0;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0629597,-0.0865296,0.106166,0.159205;FXX=0.188213;HRUN=6,6,7,7;LEN=2,7,1,1;MLLD=13.1169,168.695,7.87136,7.78816;QD=9.94076;RBI=0.063889,0.0869909,0.137723,0.192418;REFB=0.00795798,-0.000428295,-0.0273004,-0.037904;REVB=0.010857,-0.00894704,-0.0877298,-0.108068;RO=25;SAF=9,4,0,0;SAR=1,0,16,5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.392857,0,0,0;SSSB=0.504504,0.605891,-0.820644,-0.686269;STB=0.693514,0.997812,0.589992,0.5;STBP=0.137,0.021,0.223,1;TYPE=del,mnp,del,snp;VARB=0.0701113,0.0203657,0.0825171,0;OID=.,.,.,.;OPOS=114632115,114632115,114632116,114632116;OREF=TA,TAAAAAA,A,A;OALT=-,AAAAAAT,-,T;OMAPALT=TAAAAA,TAAAAAAT,TTAAAAA,TTTAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.15942,0.0724638,0.391304,0:10,4,16,5:88:11,5,27,0:69:26:8,5,8,0:3,0,19,0:12:14:75:25:9,4,0,0:1,0,16,5:14:11 chr1 114680540 . C T 375.72 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.107745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8676;QD=23.8551;RBI=0.108661;REFB=0.0108518;REVB=0.0140822;RO=25;SAF=15;SAR=22;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856771;STB=0.555719;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00890606;OID=.;OPOS=114680540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:26:37:37:0.587302:22:15:13:12:22:15:14:12 chr1 114948281 . A G 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00308548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.372;QD=16.0715;RBI=0.00360493;REFB=-0.0128328;REVB=0.00186422;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497927;STB=0.520593;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.012164;OID=.;OPOS=114948281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:16:13:17:17:16:13:17:18 chr1 115119392 . T C 74.61 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00368223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.183;QD=9.9486;RBI=0.0149798;REFB=-0.00263567;REVB=-0.0145202;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244812;STB=0.63132;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.005396;OID=.;OPOS=115119392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:30:30:16:20:9:10:0.333333:6:3:9:7:6:4:12:8 chr1 115168097 . T C 607.94 PASS AF=0.613636;AO=52;DP=86;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.05518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3224;QD=27.6335;RBI=0.0552023;REFB=-0.00844664;REVB=-0.00156822;RO=34;SAF=32;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863331;STB=0.552219;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0102342;OID=.;OPOS=115168097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:34:34:52:54:0.613636:20:32:17:17:20:34:17:17 chr1 115220086 . C T 289.45 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0442197;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.407;QD=25.1697;RBI=0.045252;REFB=-0.0156522;REVB=0.0096106;RO=18;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460959;STB=0.529594;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0102618;OID=.;OPOS=115220086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:20:26:26:0.565217:10:16:10:8:10:16:11:9 chr1 115428179 . C T 178.65 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0410614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.233;QD=16.2406;RBI=0.0590634;REFB=-0.0334263;REVB=-0.0424552;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853572;STB=0.548875;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0455632;OID=.;OPOS=115428179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:11:14:9:10:11:14 chr1 115537933 . A G 954.96 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4279;QD=58.7667;RBI=0.0489998;REFB=0;REVB=0.00141235;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492311;OID=.;OPOS=115537933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr1 115576023 . A G 754.88 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154213;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1391;QD=56.9723;RBI=0.0237383;REFB=0;REVB=0.018047;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272173;OID=.;OPOS=115576023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:30:22:0:0:31:22:0:0 chr1 115590998 . T C 3505.87 PASS AF=0.9869;AO=226;DP=229;FAO=226;FDP=229;FR=.;FRO=3;FSAF=101;FSAR=125;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0630598;FXX=0.00434764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4463;QD=61.2379;RBI=0.0798752;REFB=0.0295031;REVB=0.0490256;RO=3;SAF=101;SAR=125;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00286807;STB=0.501505;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.000149309;OID=.;OPOS=115590998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:229:229:3:3:226:226:0.9869:125:101:1:2:125:101:1:2 chr1 115604798 . C T 868.2 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402911;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.7981;QD=57.8797;RBI=0.0545914;REFB=0;REVB=0.0368354;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240133;OID=.;OPOS=115604798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:38:21:0:0:38:22:0:0 chr1 116149152 . G A 1596.6 PASS AF=0.981818;AO=107;DP=112;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.01558;FXX=0.0178555;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.049;QD=58.058;RBI=0.0262899;REFB=-0.0685827;REVB=0.021176;RO=2;SAF=47;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00214633;STB=0.501022;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000794392;OID=.;OPOS=116149152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:110:2:2:107:108:0.981818:60:47:1:1:60:48:1:1 chr1 116206718 . G A 506.87 PASS AF=0.411765;AO=56;DP=136;FAO=56;FDP=136;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.00860004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.828;QD=14.9079;RBI=0.0117356;REFB=-0.00320418;REVB=0.00798528;RO=80;SAF=37;SAR=19;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10968;STB=0.561845;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00463719;OID=.;OPOS=116206718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:80:80:56:56:0.411765:19:37:45:35:19:37:45:35 chr1 116234313 . A G 1249.2 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105934;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.52;QD=61.6887;RBI=0.0204924;REFB=0;REVB=0.0175419;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31432e-05;OID=.;OPOS=116234313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr1 116234505 . A G 865.95 PASS AF=1;AO=27;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.57;QD=57.7298;RBI=0.107144;REFB=0;REVB=-0.0115114;RO=0;SAF=0;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108661;OID=.;OPOS=116234505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:27:60:1:27:0:0:0:29:31:0:0 chr1 116236351 . T G 320.82 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.00821259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.947;QD=21.3877;RBI=0.00913783;REFB=-0.019424;REVB=0.00400667;RO=27;SAF=11;SAR=22;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143662;STB=0.578903;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0156191;OID=.;OPOS=116236351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:22:11:5:22:22:11:5:22 chr1 116239633 . T G 780.52 PASS AF=0.544118;AO=74;DP=136;FAO=74;FDP=136;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0165639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6852;QD=22.9565;RBI=0.036146;REFB=-0.0466416;REVB=0.0321274;RO=62;SAF=38;SAR=36;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917456;STB=0.550165;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0297859;OID=.;OPOS=116239633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:62:62:74:74:0.544118:36:38:25:37:36:38:25:37 chr1 116239751 . A G 706.47 PASS AF=0.48951;AO=70;DP=143;FAO=70;FDP=143;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0687915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.913;QD=19.7613;RBI=0.0687978;REFB=-0.0168054;REVB=-0.000934417;RO=72;SAF=31;SAR=39;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655523;STB=0.539808;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0120241;OID=.;OPOS=116239751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:72:73:70:70:0.48951:39:31:37:35:39:31:38:35 chr1 116260532 . A T 358.01 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00612567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.312;QD=19.6172;RBI=0.0160484;REFB=-0.0142894;REVB=0.0148334;RO=35;SAF=21;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471692;STB=0.519869;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0149217;OID=.;OPOS=116260532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:36:37:37:0.506849:16:21:18:17:16:21:19:17 chr1 116382147 . G A 583.72 PASS AF=0.560748;AO=58;DP=105;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00313129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.314;QD=21.8213;RBI=0.0172696;REFB=-0.0219917;REVB=0.0169834;RO=42;SAF=42;SAR=16;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230751;STB=0.637576;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0149604;OID=.;OPOS=116382147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:42:47:58:60:0.560748:16:42:19:23:18:42:19:28 chr1 116382296 . GGC G,GG,GGG 182.85 PASS AF=0.173077,0.403846,0;AO=8,17,3;DP=59;FAO=9,21,0;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=5,8,0;FSAR=4,13,0;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=0.0195283,0.0620776,0.0393547;FXX=0.0877039;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=19.3494,12.9718,15.1044;QD=14.0655;RBI=0.0257184,0.0787969,0.0809289;REFB=-0.00730199,-0.0733915,-0.0641257;REVB=-0.0167357,0.0485316,0.0707156;RO=27;SAF=4,4,1;SAR=4,13,2;SRF=24;SRR=3;SSEN=0.542857,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.504147,-0.618697,-0.61764;STB=0.768829,0.751862,0.5;STBP=0.126,0.007,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0706094,0.117736,0;OID=.,.,.;OPOS=116382297,116382298,116382298;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.173077,0.403846,0:8,17,3:59:9,21,0:52:22:5,8,0:4,13,0:20:2:99:27:4,4,1:4,13,2:24:3 chr1 116382318 . A G 1419.52 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511484;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1515;QD=63.0897;RBI=0.0444673;REFB=0;REVB=-0.0441721;RO=1;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957431;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000332748;OID=.;OPOS=116382318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:1:0:89:90:1:49:40:0:1:50:40:0:0 chr1 116382511 . A T 866.47 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0036208;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0125;QD=57.7646;RBI=0.0166479;REFB=0;REVB=0.0162493;RO=0;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00367263;OID=.;OPOS=116382511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:42:17:0:0:42:18:0:0 chr1 116382778 . T C 1380.84 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05279;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.608;QD=62.7654;RBI=0.076396;REFB=0;REVB=0.0552229;RO=0;SAF=32;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596301;OID=.;OPOS=116382778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:56:32:0:0:56:32:0:0 chr1 116383300 . T C 266.48 PASS AF=0.88;AO=20;DP=24;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000954871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2757;QD=42.6375;RBI=0.0384626;REFB=-0.0580696;REVB=0.0384507;RO=1;SAF=5;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834715;STB=0.556468;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00319292;OID=.;OPOS=116383300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:24:25:1:3:20:22:0.88:15:5:1:0:16:6:2:1 chr1 116384534 . C T 509.2 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0160528;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.162;QD=19.3981;RBI=0.0276196;REFB=-0.00717599;REVB=-0.0224755;RO=52;SAF=22;SAR=31;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195315;STB=0.607803;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.005912;OID=.;OPOS=116384534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:52:52:53:53:0.504762:31:22:33:19:31:22:33:19 chr1 116384580 . C T 530.4 PASS AF=0.554348;AO=47;DP=91;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0729156;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9879;QD=23.0611;RBI=0.0802557;REFB=-0.062306;REVB=0.0335304;RO=44;SAF=17;SAR=30;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125743;STB=0.532821;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0526582;OID=.;OPOS=116384580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:44:41:47:51:0.554348:30:17:22:22:31:20:19:22 chr1 116385122 . T C 166.61 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00105505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.458;QD=31.7353;RBI=0.0052031;REFB=-0.00568356;REVB=0.00509501;RO=5;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266001;STB=0.646877;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00329725;OID=.;OPOS=116385122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:6:10:0:5:6:10:0:5 chr1 116385288 . C T 109.3 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0106771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.651;QD=14.1032;RBI=0.0288363;REFB=-0.0325052;REVB=-0.0267868;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167528;STB=0.575645;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.044573;OID=.;OPOS=116385288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:6:7:12:5:6:7:12:6 chr1 116385467 . A G 214.14 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00710414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.25;QD=21.9631;RBI=0.0168014;REFB=-0.0106814;REVB=-0.0152256;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00472505;STB=0.507456;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.010976;OID=.;OPOS=116385467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:18:20:21:0.538462:11:9:8:10:12:9:8:10 chr1 116386098 . C T 688.26 PASS AF=0.479167;AO=69;DP=144;FAO=69;FDP=144;FR=.;FRO=75;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.028919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9751;QD=19.1184;RBI=0.0647594;REFB=-0.0149846;REVB=-0.0579437;RO=73;SAF=44;SAR=25;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126367;STB=0.577838;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0112835;OID=.;OPOS=116386098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:73:75:69:69:0.479167:25:44:37:36:25:44:37:38 chr1 116386139 . G A 2986.58 PASS AF=1;AO=181;DP=182;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6845;QD=62.8753;RBI=0.0466048;REFB=0;REVB=0.0453153;RO=0;SAF=98;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.19773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250067;OID=.;OPOS=116386139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:190:0:0:181:190:1:83:98:0:0:89:101:0:0 chr1 116605423 . C T 641.81 PASS AF=0.892857;AO=50;DP=56;FAO=50;FDP=56;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0387256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4607;QD=45.8435;RBI=0.0414392;REFB=0.00436991;REVB=0.0147491;RO=6;SAF=27;SAR=23;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093833;STB=0.54998;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00346851;OID=.;OPOS=116605423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:6:6:50:50:0.892857:23:27:6:0:23:27:6:0 chr1 116610388 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4488;QD=59.0174;RBI=0.0376789;REFB=0;REVB=-0.00888623;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464103;OID=.;OPOS=116610388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr1 116670774 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.624;QD=62.0218;RBI=0.027705;REFB=0;REVB=0.0248149;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70006e-05;OID=.;OPOS=116670774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chr1 117102649 . C T 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4147;QD=60.2273;RBI=0.00735922;REFB=0;REVB=-0.00112023;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61781e-05;OID=.;OPOS=117102649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr1 117122130 . T C 1301.24 PASS AF=0.908163;AO=88;DP=99;FAO=89;FDP=98;FR=.;FRO=9;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.000725498;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.43;QD=53.1119;RBI=0.0024522;REFB=0.0115409;REVB=0.00234242;RO=9;SAF=45;SAR=43;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311798;STB=0.51685;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.000843911;OID=.;OPOS=117122130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:99:98:9:9:88:89:0.908163:43:45:3:6:43:46:3:6 chr1 117142613 . C T 104.06 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0432445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0434;QD=7.30258;RBI=0.0437174;REFB=0.0141858;REVB=0.00641223;RO=42;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462241;STB=0.528264;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.034539;OID=.;OPOS=117142613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:8:7:18:24:8:7:18:24 chr1 117142641 . G A 304.83 PASS AF=0.358491;AO=38;DP=106;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0106178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.691;QD=11.5029;RBI=0.0246334;REFB=-0.011853;REVB=-0.0222276;RO=68;SAF=17;SAR=21;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573237;STB=0.532844;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0205478;OID=.;OPOS=117142641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:68:68:38:38:0.358491:21:17:27:41:21:17:27:41 chr1 117142700 . C A 689.58 PASS AF=0.438596;AO=75;DP=172;FAO=75;FDP=171;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.00347333;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.616;QD=16.1304;RBI=0.0406693;REFB=-0.0170281;REVB=0.0405207;RO=96;SAF=38;SAR=37;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696557;STB=0.538787;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0243339;OID=.;OPOS=117142700;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:96:96:75:75:0.438596:37:38:42:54:37:38:42:54 chr1 117142736 . A G 772.0 PASS AF=0.44086;AO=82;DP=186;FAO=82;FDP=186;FR=.;FRO=104;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=-0.000435437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.63;QD=16.6022;RBI=0.0109872;REFB=-0.00820357;REVB=-0.0109786;RO=101;SAF=41;SAR=41;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639489;STB=0.537625;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00872734;OID=.;OPOS=117142736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:101:104:82:82:0.44086:41:41:44:57:41:41:45:59 chr1 117142855 . C T 705.4 PASS AF=0.53125;AO=68;DP=128;FAO=68;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0113392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.686;QD=22.0436;RBI=0.0118203;REFB=-0.0480722;REVB=-0.00333793;RO=44;SAF=36;SAR=32;SRF=9;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2331;STB=0.552689;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0286478;OID=.;OPOS=117142855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:44:60:68:68:0.53125:32:36:9:35:32:36:25:35 chr1 117142868 . CA TG 565.47 PASS AF=0.517544;AO=57;DP=115;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0135764;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=2;MLLD=165.77;QD=19.8412;RBI=0.0157881;REFB=-0.0113107;REVB=0.00805893;RO=53;SAF=28;SAR=29;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336157;STB=0.500894;STBP=0.987;TYPE=mnp;VARB=0.0119738;OID=.;OPOS=117142868;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:53:55:57:59:0.517544:29:28:24:29:31:28:26:29 chr1 117150928 . C T 195.58 PASS AF=0.337838;AO=23;DP=72;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0316255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.684;QD=10.572;RBI=0.0316255;REFB=-0.0210512;REVB=1.05177e-05;RO=47;SAF=10;SAR=13;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182671;STB=0.612813;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0380925;OID=.;OPOS=117150928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:47:49:23:25:0.337838:13:10:28:19:15:10:28:21 chr1 117150933 . G A 165.62 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0196782;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.838;QD=9.4638;RBI=0.0211498;REFB=-0.0146401;REVB=-0.00775126;RO=46;SAF=9;SAR=13;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226603;STB=0.618146;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.013434;OID=.;OPOS=117150933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:48:22:22:0.314286:13:9:28:18:13:9:28:20 chr1 117156459 . C T 219.13 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0347752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4739;QD=13.9127;RBI=0.0348609;REFB=-0.0145436;REVB=0.00244307;RO=37;SAF=17;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150644;STB=0.586139;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.021661;OID=.;OPOS=117156459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:9:17:19:18:9:17:19:18 chr1 117156490 . T C 182.01 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00546431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2079;QD=9.57946;RBI=0.0323597;REFB=-0.00342833;REVB=-0.031895;RO=51;SAF=15;SAR=9;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910248;STB=0.561173;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0117272;OID=.;OPOS=117156490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:51:52:24:24:0.315789:9:15:28:23:9:15:28:24 chr1 117487710 . AT GA 820.44 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565631;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.283;QD=57.5747;RBI=0.00919997;REFB=0;REVB=0.00725574;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.22167e-05;OID=.;OPOS=117487710;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr1 117529458 . G A 1836.82 PASS AF=0.99187;AO=120;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108456;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.459;QD=59.734;RBI=0.0208571;REFB=-0.0806921;REVB=0.0178155;RO=2;SAF=70;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186182;STB=0.504854;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000185501;OID=.;OPOS=117529458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:123:123:2:1:120:122:0.99187:50:70:0:2:51:71:0:1 chr1 117530273 . A G 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.414;QD=59.4317;RBI=0.00595424;REFB=0;REVB=-0.00393803;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.75477e-05;OID=.;OPOS=117530273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr1 117532291 . A G 381.22 PASS AF=0.394737;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0121564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.675;QD=13.3763;RBI=0.0144464;REFB=-0.0129898;REVB=0.00780518;RO=69;SAF=23;SAR=22;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660069;STB=0.537367;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0204275;OID=.;OPOS=117532291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:69:45:45:0.394737:22:23:31:38:22:23:31:38 chr1 117532790 . C T 132.11 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0320006;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.325;QD=13.9064;RBI=0.0321046;REFB=0.00345162;REVB=-0.0025823;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034327;STB=0.509791;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.0040732;OID=.;OPOS=117532790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:23:15:15:0.394737:10:5:7:16:10:5:8:15 chr1 117532798 . C G 100.69 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0168798;FXX=0.119019;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.843;QD=10.8849;RBI=0.02325;REFB=0.000761983;REVB=0.0159885;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187185;STB=0.576791;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00321464;OID=.;OPOS=117532798;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:37:22:25:12:12:0.324324:8:4:11:11:8:4:11:14 chr1 117559726 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00893382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.522;QD=62.0219;RBI=0.010941;REFB=0;REVB=-0.00631611;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.59248e-05;OID=.;OPOS=117559726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr1 117560818 . A G 575.65 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2406;QD=60.5947;RBI=0.027034;REFB=0;REVB=0.00655034;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343779;OID=.;OPOS=117560818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr1 117560929 . C A 482.03 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.014402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.582;QD=20.5117;RBI=0.0154108;REFB=-0.00477515;REVB=-0.00548401;RO=47;SAF=22;SAR=25;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193082;STB=0.510692;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00520391;OID=.;OPOS=117560929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:25:22:21:26:25:22:21:26 chr1 117602960 . C A 954.2 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9176;QD=58.7198;RBI=0.0676926;REFB=0;REVB=0.0388015;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000827359;OID=.;OPOS=117602960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:37:27:0:0:37:28:0:0 chr1 117616324 . G A 534.73 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-7.48472e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.418;QD=23.5046;RBI=0.0317078;REFB=-0.0280874;REVB=-0.0317077;RO=41;SAF=32;SAR=18;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129758;STB=0.571399;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0171358;OID=.;OPOS=117616324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:18:32:20:21:18:32:20:21 chr1 117617705 . A G 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0649519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2771;QD=56.6979;RBI=0.0750447;REFB=0;REVB=0.0375892;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000553247;OID=.;OPOS=117617705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr1 117618067 . C T 130.42 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.187;QD=43.4742;RBI=0.0271327;REFB=0;REVB=-0.014108;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134729;OID=.;OPOS=117618067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr1 117715026 . C T 536.28 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00556209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.453;QD=55.0027;RBI=0.00773588;REFB=-0.0842094;REVB=0.00537653;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301944;STB=0.531233;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000721404;OID=.;OPOS=117715026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:37:37:0.948718:15:22:0:1:15:22:0:2 chr1 117785931 . G A 498.49 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.652;QD=58.6455;RBI=0.0185933;REFB=0;REVB=-0.0185604;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3589e-05;OID=.;OPOS=117785931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:13:20:0:0:13:21:0:0 chr1 117785979 . T C 340.68 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3766;QD=54.5093;RBI=0.0476117;REFB=0;REVB=0.00158036;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547539;OID=.;OPOS=117785979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr1 118065841 . A G 1918.6 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.183;QD=60.9079;RBI=0.0175405;REFB=-0.122392;REVB=0.0125818;RO=0;SAF=52;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00011253;OID=.;OPOS=118065841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:126:0:1:125:125:0.992063:73:52:0:0:73:52:0:1 chr1 118165577 . C G 450.21 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.00946759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8302;QD=15.9368;RBI=0.0130019;REFB=0.00566061;REVB=0.00891151;RO=63;SAF=25;SAR=25;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237273;STB=0.513269;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.0076745;OID=.;OPOS=118165577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:63:50:50:0.442478:25:25:30:33:25:25:30:33 chr1 118165691 . C G 455.16 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.011462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.934;QD=18.026;RBI=0.0131534;REFB=-0.0108697;REVB=0.00645238;RO=53;SAF=28;SAR=20;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884714;STB=0.549228;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00950773;OID=.;OPOS=118165691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:20:28:26:27:20:28:26:27 chr1 118165973 . C T 222.25 PASS AF=0.355263;AO=26;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.01038;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.168;QD=11.6973;RBI=0.0167711;REFB=-0.00102693;REVB=-0.0131728;RO=48;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155331;STB=0.60516;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00101896;OID=.;OPOS=118165973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:49:26:27:0.355263:11:15:21:27:11:16:21:28 chr1 118166750 . A G 121.07 PASS AF=0.375;AO=12;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0107388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4095;QD=12.1071;RBI=0.0543038;REFB=-0.0369359;REVB=0.0532314;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211998;STB=0.646851;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0400943;OID=.;OPOS=118166750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:25:12:15:0.375:8:4:12:11:11:4:12:13 chr1 118166902 . G T 75.66 PASS AF=0.24359;AO=39;DP=82;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0724417;FXX=0.0602337;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.437;QD=3.88023;RBI=0.0752238;REFB=-0.0457165;REVB=-0.0202688;RO=43;SAF=18;SAR=21;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852977;STB=0.841168;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.288903;OID=.;OPOS=118166902;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:82:78:43:59:39:19:0.24359:21:18:16:27:17:2:28:31 chr1 118166904 . CCT C 265.45 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0243915;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=278.297;QD=12.6406;RBI=0.024392;REFB=-0.0084397;REVB=0.00015608;RO=45;SAF=19;SAR=21;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930382;STB=0.558795;STBP=0.295;TYPE=del;VARB=0.0114137;OID=.;OPOS=118166905;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:40:85:40:84:44:19:21:16:28:99:45:19:21:17:28 chr1 118167653 . C T 119.49 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0552406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.738;QD=13.6562;RBI=0.0578945;REFB=-0.00448609;REVB=-0.0173277;RO=19;SAF=11;SAR=3;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681781;STB=0.559232;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0115903;OID=.;OPOS=118167653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:21:14:14:0.4:3:11:14:5:3:11:15:6 chr1 118168611 . GC AA,GCAAA 243.53 PASS AF=0.122807,0.368421;AO=7,20;DP=58;FAO=7,21;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=0,9;FSAR=7,12;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0060237,0.0158326;FXX=0.0172384;HRUN=4,2;LEN=2,3;MLLD=233.863,51.4846;QD=17.0898;RBI=0.00666865,0.0208553;REFB=0.00780687,0.00387517;REVB=-0.00286111,0.0135746;RO=29;SAF=0,9;SAR=7,11;SRF=7;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.641968,0.224834;STB=0.997701,0.614358;STBP=0.067,0.226;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0176111,2.77292e-05;OID=.,.;OPOS=118168611,118168613;OREF=GC,-;OALT=AA,AAA;OMAPALT=AA,GCAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:58:57:29:29:7,20:7,21:0.122807,0.368421:7,11:0,9:7:22:7,12:0,9:7:22 chr1 118449215 . G A 207.66 PASS AF=0.606061;AO=19;DP=32;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0315369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.855;QD=25.1714;RBI=0.0373994;REFB=-0.0155066;REVB=0.0201032;RO=11;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134246;STB=0.526128;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0109154;OID=.;OPOS=118449215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:11:13:19:20:0.606061:10:9:3:8:11:9:5:8 chr1 118483474 . C G 312.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00934022;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.886;QD=19.2346;RBI=0.0170149;REFB=0.00668082;REVB=0.0142221;RO=32;SAF=11;SAR=22;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182883;STB=0.602087;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00722005;OID=.;OPOS=118483474;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:32:32:33:33:0.507692:22:11:17:15:22:11:17:15 chr1 118491102 . G A 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00815065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.956;QD=14.4324;RBI=0.00827524;REFB=-0.0160286;REVB=-0.00143054;RO=44;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180739;STB=0.602161;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0281158;OID=.;OPOS=118491102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:15:16:15:29:15:16:15:29 chr1 118495153 . T G 178.77 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00686724;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.503;QD=20.4311;RBI=0.0147448;REFB=-0.00266685;REVB=-0.013048;RO=19;SAF=14;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168817;STB=0.61586;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00445295;OID=.;OPOS=118495153;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:19:17:18:18:0.514286:4:14:12:7:4:14:10:7 chr1 118509278 . G A 261.43 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00838805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.233;QD=12.3024;RBI=0.0133607;REFB=0.0233971;REVB=0.0103995;RO=54;SAF=23;SAR=8;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251527;STB=0.645857;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0116645;OID=.;OPOS=118509278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:8:23:29:25:8:23:29:25 chr1 118509284 . G T 264.36 PASS AF=0.378049;AO=30;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00392016;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.862;QD=12.8955;RBI=0.02336;REFB=-0.00178799;REVB=-0.0230287;RO=51;SAF=22;SAR=8;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2457;STB=0.647786;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00365183;OID=.;OPOS=118509284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:30:31:0.378049:8:22:27:24:8:23:27:24 chr1 118516082 . A T 957.47 PASS AF=0.534483;AO=92;DP=174;FAO=93;FDP=174;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.0342123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.007;QD=22.0108;RBI=0.0359314;REFB=0.0102801;REVB=-0.0109813;RO=81;SAF=41;SAR=51;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731287;STB=0.542061;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00830514;OID=.;OPOS=118516082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:81:81:92:93:0.534483:51:41:43:38:52:41:43:38 chr1 118530796 . C T 251.86 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0114244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.3;QD=14.8154;RBI=0.0156629;REFB=-0.00721753;REVB=-0.0107149;RO=38;SAF=20;SAR=9;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226958;STB=0.636845;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00802983;OID=.;OPOS=118530796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:38:39:29:29:0.426471:9:20:18:20:9:20:18:21 chr1 118537074 . A G 644.19 PASS AF=0.528926;AO=58;DP=116;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00135711;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.705;QD=21.2956;RBI=0.0138875;REFB=-0.0169424;REVB=0.013821;RO=55;SAF=24;SAR=34;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101206;STB=0.557342;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0146866;OID=.;OPOS=118537074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:121:55:57:58:64:0.528926:34:24:29:26:38:26:30:27 chr1 118624123 . C T 235.02 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0350449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.3;QD=13.0567;RBI=0.0375825;REFB=-0.00627683;REVB=-0.0135757;RO=43;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495363;STB=0.533732;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00706628;OID=.;OPOS=118624123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:43:44:28:28:0.388889:17:11:15:28:17:11:15:29 chr1 118629599 . G A 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0235388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.919;QD=14.9043;RBI=0.0238508;REFB=-0.00284813;REVB=-0.00384497;RO=34;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775006;STB=0.544007;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00396276;OID=.;OPOS=118629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:15:11:17:17:15:11:17:17 chr1 118644430 . A G 220.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00794265;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2327;QD=13.8073;RBI=0.0252774;REFB=-0.0101838;REVB=-0.0239971;RO=37;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229125;STB=0.636691;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.011491;OID=.;OPOS=118644430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:37:38:26:26:0.40625:11:15:13:24:11:15:13:25 chr1 118657952 . C T 417.19 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0021794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.471;QD=17.2036;RBI=0.0143593;REFB=-0.00613518;REVB=-0.0141929;RO=54;SAF=20;SAR=23;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896308;STB=0.550216;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00847527;OID=.;OPOS=118657952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:23:20:30:24:23:20:30:24 chr1 118807059 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.219;QD=61.6836;RBI=0.0245971;REFB=0;REVB=0.0244439;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9012e-05;OID=.;OPOS=118807059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr1 119575818 . C G 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0204348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1662;QD=20.0175;RBI=0.0371912;REFB=-0.00986995;REVB=-0.0310742;RO=17;SAF=15;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387458;STB=0.722609;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00773935;OID=.;OPOS=119575818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:3:15:8:9:3:15:8:9 chr1 120164738 . C T 552.41 PASS AF=0.513514;AO=56;DP=109;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0128504;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.1842;QD=19.9065;RBI=0.0482887;REFB=-0.00700262;REVB=0.0465475;RO=53;SAF=33;SAR=23;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249552;STB=0.626474;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0083761;OID=.;OPOS=120164738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:53:54:56:57:0.513514:23:33:16:37:24:33:17:37 chr1 120166681 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0132503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.706;QD=16.1724;RBI=0.0165692;REFB=-0.00327286;REVB=0.00994826;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617758;STB=0.535668;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00426926;OID=.;OPOS=120166681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:12:4:6:14:12:4:6:14 chr1 120168654 . A C 298.79 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.00242435;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.382;QD=11.8333;RBI=0.00936905;REFB=-0.00920236;REVB=-0.00904995;RO=65;SAF=17;SAR=19;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091162;STB=0.552357;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0177323;OID=.;OPOS=120168654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:65:65:36:36:0.356436:19:17:36:29:19:17:36:29 chr1 120267544 . C T 185.92 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00877644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.557;QD=12.3949;RBI=0.027279;REFB=0.00255612;REVB=-0.0258286;RO=37;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225806;STB=0.629521;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00689945;OID=.;OPOS=120267544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:10:13:13:24:10:13:13:24 chr1 120267597 . GC G 133.1 PASS AF=0.542857;AO=20;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.224878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.2142;QD=15.2119;RBI=0.278538;REFB=0.000210023;REVB=-0.164358;RO=15;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0.298411;SSEP=0;SSSB=0.146377;STB=0.562433;STBP=0.465;TYPE=del;VARB=-0.0263017;OID=.;OPOS=120267598;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542857:20:35:19:35:16:12:7:8:8:99:15:13:7:7:8 chr1 120285546 . G A 2395.13 PASS AF=0.993711;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00633989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.759;QD=60.2548;RBI=0.0289591;REFB=-0.0308797;REVB=0.0282566;RO=1;SAF=81;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583757;STB=0.503067;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000402097;OID=.;OPOS=120285546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:159:1:1:157:158:0.993711:76:81:1:0:77:81:1:0 chr1 120291724 . G A 575.2 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.949;QD=60.5475;RBI=0.0939359;REFB=0;REVB=0.088499;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00074196;OID=.;OPOS=120291724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:20:18:0:0 chr1 120378678 . C T 1254.29 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00390954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.127;QD=60.4477;RBI=0.0048992;REFB=-0.0330285;REVB=-0.00295257;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216712;OID=.;OPOS=120378678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:83:83:0:0:82:83:1:38:44:0:0:38:45:0:0 chr1 120384205 . A G 1288.83 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0292421;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1134;QD=58.5831;RBI=0.0347275;REFB=-0.0255569;REVB=-0.0187324;RO=1;SAF=48;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976784;STB=0.503538;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00255929;OID=.;OPOS=120384205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:87:88:1:3:85:85:0.965909:37:48:1:0:37:48:2:1 chr1 120387046 . A G 769.18 PASS AF=0.503185;AO=77;DP=156;FAO=79;FDP=157;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.014765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.276;QD=19.597;RBI=0.0227736;REFB=-0.00721477;REVB=-0.0173388;RO=78;SAF=30;SAR=47;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126431;STB=0.567377;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00657649;OID=.;OPOS=120387046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:78:78:77:79:0.503185:47:30:41:37:48:31:41:37 chr1 120387120 . G A 1415.03 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8169;QD=62.8902;RBI=0.0456541;REFB=0;REVB=0.00861879;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336078;OID=.;OPOS=120387120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:53:35:0:0:53:37:0:0 chr1 120468425 . G A 557.85 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.331;QD=60.3084;RBI=0.0090323;REFB=0;REVB=0.00775455;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36312e-05;OID=.;OPOS=120468425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:25:11:0:0:25:12:0:0 chr1 120539331 . C T 655.51 PASS AF=0.455782;AO=67;DP=147;FAO=67;FDP=147;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=25;FWDB=-0.0130815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.818;QD=17.8369;RBI=0.0188533;REFB=-0.0177786;REVB=0.0135765;RO=80;SAF=34;SAR=33;SRF=55;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177533;STB=0.598261;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0222941;OID=.;OPOS=120539331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:80:80:67:67:0.455782:33:34:55:25:33:34:55:25 chr1 120611876 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0295022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1587;QD=16.1989;RBI=0.0466992;REFB=-0.0532144;REVB=-0.0361999;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0486098;OID=.;OPOS=120611876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:1:2:2:3:1:2 chr1 121116688 . A G 426.48 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0374611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5293;QD=27.5151;RBI=0.0579374;REFB=-0.00184379;REVB=0.0441974;RO=22;SAF=18;SAR=22;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207848;STB=0.613002;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00171737;OID=.;OPOS=121116688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:22:40:40:0.645161:22:18:17:5:22:18:17:5 chr1 121116733 . A G 112.58 PASS AF=0.202247;AO=18;DP=89;FAO=18;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=0.012616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.513;QD=5.0599;RBI=0.0153288;REFB=-0.00293947;REVB=-0.00870678;RO=60;SAF=13;SAR=5;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357892;STB=0.760777;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0163754;OID=.;OPOS=121116733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:60:71:18:18:0.202247:5:13:26:34:5:13:27:44 chr1 143879823 . T G 37.58 PASS AF=0.0755814;AO=13;DP=172;FAO=13;FDP=172;FR=.;FRO=159;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=80;FSRR=79;FWDB=-0.0223379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3762;QD=0.874054;RBI=0.023918;REFB=0.000907011;REVB=-0.00854942;RO=157;SAF=3;SAR=10;SRF=78;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301379;STB=0.756208;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0177971;OID=.;OPOS=143879823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:172:172:157:159:13:13:0.0755814:10:3:78:79:10:3:80:79 chr1 143879873 . G A 98.76 PASS AF=0.134146;AO=22;DP=164;FAO=22;FDP=164;FR=.;FRO=142;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=65;FSRR=77;FWDB=-0.0182882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.156;QD=2.40877;RBI=0.018842;REFB=0.0062294;REVB=-0.0045346;RO=142;SAF=6;SAR=16;SRF=65;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244906;STB=0.67044;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0272937;OID=.;OPOS=143879873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:164:164:142:142:22:22:0.134146:16:6:65:77:16:6:65:77 chr1 143879895 . G A 72.34 PASS AF=0.119718;AO=17;DP=142;FAO=17;FDP=142;FR=.;FRO=125;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=61;FSRR=64;FWDB=0.00478153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5297;QD=2.0377;RBI=0.0315371;REFB=-0.00368729;REVB=-0.0311725;RO=124;SAF=4;SAR=13;SRF=61;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326836;STB=0.732586;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0136782;OID=.;OPOS=143879895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:142:142:124:125:17:17:0.119718:13:4:61:63:13:4:61:64 chr1 144014051 . G A 278.56 PASS AF=0.316239;AO=37;DP=117;FAO=37;FDP=117;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.0283373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.898;QD=9.52327;RBI=0.0287794;REFB=-0.0079506;REVB=0.0050252;RO=80;SAF=24;SAR=13;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164672;STB=0.59622;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0166788;OID=.;OPOS=144014051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:80:80:37:37:0.316239:13:24:41:39:13:24:41:39 chr1 144014068 . T C 755.06 PASS AF=0.663158;AO=62;DP=94;FAO=63;FDP=95;FR=.;FRO=32;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0561348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.668;QD=31.7919;RBI=0.0613424;REFB=-0.0224296;REVB=0.024734;RO=32;SAF=33;SAR=29;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588794;STB=0.534263;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00915637;OID=.;OPOS=144014068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:32:32:62:63:0.663158:29:33:20:12:30:33:20:12 chr1 144534038 . A G 252.67 PASS AF=0.2;AO=44;DP=220;FAO=44;FDP=220;FR=.;FRO=176;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=119;FSRR=57;FWDB=-0.000725842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.562;QD=4.59393;RBI=0.0217427;REFB=-0.0056625;REVB=-0.0217306;RO=175;SAF=27;SAR=17;SRF=119;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928806;STB=0.553994;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0333419;OID=.;OPOS=144534038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:175:176:44:44:0.2:17:27:119:56:17:27:119:57 chr1 144534045 . T C 1575.35 PASS AF=0.589212;AO=139;DP=238;FAO=142;FDP=241;FR=.;FRO=99;FSAF=96;FSAR=46;FSRF=63;FSRR=36;FWDB=0.00168761;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.686;QD=26.1469;RBI=0.0026139;REFB=-0.0209962;REVB=0.00199611;RO=99;SAF=94;SAR=45;SRF=63;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034479;STB=0.51837;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0154265;OID=.;OPOS=144534045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:241:99:99:139:142:0.589212:45:94:63:36:46:96:63:36 chr1 144534076 . G A 365.05 PASS AF=0.206081;AO=59;DP=297;FAO=61;FDP=296;FR=.;FRO=235;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=146;FSRR=89;FWDB=-0.00365354;FXX=0.00671118;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.126;QD=4.93318;RBI=0.00410529;REFB=0.00175822;REVB=-0.00187217;RO=230;SAF=34;SAR=25;SRF=144;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667162;STB=0.538986;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00683626;OID=.;OPOS=144534076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:296:230:235:59:61:0.206081:25:34:144:86:26:35:146:89 chr1 144534082 . TC CT,TT 3855.42 PASS AF=0.190476,0.720635;AO=60,204;DP=320;FAO=60,227;FDP=315;FR=.;FRO=28;FSAF=43,137;FSAR=17,90;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00335158,-0.0121198;FXX=0.0156245;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=230.807,45.3371;QD=48.9578;RBI=0.0341557,0.0143216;REFB=0.000374935,-0.0160842;REVB=-0.0339909,0.00763023;RO=27;SAF=43,129;SAR=17,75;SRF=11;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.197854,0.0527512;STB=0.602768,0.519904;STBP=0.009,0.077;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00777304,0.0307869;OID=.,.;OPOS=144534082,144534083;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:320:315:27:28:60,204:60,227:0.190476,0.720635:17,75:43,129:11:16:17,90:43,137:12:16 chr1 144534084 . C G 68.94 PASS AF=0.0835821;AO=25;DP=333;FAO=28;FDP=335;FR=.;FRO=307;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=187;FSRR=120;FWDB=-0.00320372;FXX=0.00593454;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.957;QD=0.823218;RBI=0.0222064;REFB=-0.000477383;REVB=-0.0219741;RO=303;SAF=11;SAR=14;SRF=184;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189651;STB=0.690618;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0504291;OID=.;OPOS=144534084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:333:335:303:307:25:28:0.0835821:14:11:184:119:17:11:187:120 chr1 144534092 . G A 2293.28 PASS AF=0.589888;AO=210;DP=355;FAO=210;FDP=356;FR=.;FRO=146;FSAF=120;FSAR=90;FSRF=88;FSRR=58;FWDB=-0.00117249;FXX=0.00280104;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.581;QD=25.7671;RBI=0.00817352;REFB=-0.0107111;REVB=0.00808898;RO=114;SAF=120;SAR=90;SRF=77;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703958;STB=0.513157;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0143805;OID=.;OPOS=144534092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:356:114:146:210:210:0.589888:90:120:77:37:90:120:88:58 chr1 144534096 . T C 2585.9 PASS AF=0.605263;AO=231;DP=381;FAO=230;FDP=380;FR=.;FRO=150;FSAF=133;FSAR=97;FSRF=89;FSRR=61;FWDB=-0.00718879;FXX=0.0026246;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.678;QD=27.22;RBI=0.00762356;REFB=-0.0138295;REVB=-0.0025377;RO=141;SAF=133;SAR=98;SRF=88;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350606;STB=0.50611;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00979027;OID=.;OPOS=144534096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:380:141:150:231:230:0.605263:98:133:88:53:97:133:89:61 chr1 144534186 . TCG T 451.66 PASS AF=0.184211;AO=79;DP=460;FAO=84;FDP=456;FR=.;FRO=372;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=184;FSRR=188;FWDB=-0.00663753;FXX=0.00869546;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.216;QD=3.96193;RBI=0.0157538;REFB=-0.00542575;REVB=-0.0142872;RO=348;SAF=41;SAR=38;SRF=176;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171906;STB=0.514093;STBP=0.765;TYPE=del;VARB=0.0250118;OID=.;OPOS=144534187;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184211:79:460:84:456:372:43:41:184:188:99:348:41:38:176:172 chr1 144534195 . C T 183.86 PASS AF=0.111111;AO=50;DP=458;FAO=51;FDP=459;FR=.;FRO=408;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=202;FSRR=206;FWDB=-0.00042241;FXX=0.00217387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.022;QD=1.60222;RBI=0.012326;REFB=-0.000161442;REVB=-0.0123187;RO=402;SAF=23;SAR=27;SRF=200;SRR=202;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467845;STB=0.521797;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00135779;OID=.;OPOS=144534195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:458:459:402:408:50:51:0.111111:27:23:200:202:27:24:202:206 chr1 144615138 . T G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.105635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.434;QD=30.7903;RBI=0.112872;REFB=-0.00888433;REVB=0.0397658;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286738;STB=0.666169;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00170599;OID=.;OPOS=144615138;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:1:0:7:1:1:0 chr1 144615237 . T G 372.21 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00995005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.431;QD=31.0178;RBI=0.0121905;REFB=-0.0252969;REVB=0.0070431;RO=17;SAF=15;SAR=16;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850425;STB=0.546529;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00789378;OID=.;OPOS=144615237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:16:15:6:11:16:15:6:11 chr1 144615251 . AT A,AA 373.93 PASS AF=0.848485,0;AO=29,2;DP=39;FAO=28,0;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=14,0;FSAR=14,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0134331,0.0144323;FXX=0.131544;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.446,186.101;QD=45.3249;RBI=0.0188796,0.0176655;REFB=-0.00254298,-0.0284987;REVB=0.0132661,0.0101871;RO=5;SAF=14,0;SAR=15,2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0319183,-0.64233;STB=0.515141,0.5;STBP=0.756,1;TYPE=del,snp;VARB=7.59259e-05,0;OID=.,.;OPOS=144615252,144615252;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.848485,0:29,2:39:28,0:33:5:14,0:14,0:3:2:28:5:14,0:15,2:3:2 chr1 144617251 . A G 694.88 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00421043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6752;QD=60.4242;RBI=0.00447995;REFB=-0.00552869;REVB=0.00153043;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000690314;OID=.;OPOS=144617251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:46:1:1:44:45:0.978261:22:22:0:1:22:23:0:1 chr1 144618123 . C T 82.94 PASS AF=0.150943;AO=16;DP=105;FAO=16;FDP=106;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=0.00236318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.77;QD=3.12978;RBI=0.0296702;REFB=-0.00822378;REVB=-0.029576;RO=89;SAF=10;SAR=6;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25868;STB=0.676394;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0280319;OID=.;OPOS=144618123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:105:106:89:90:16:16:0.150943:6:10:37:52:6:10:37:53 chr1 144618144 . A G 1202.88 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.989;QD=59.4013;RBI=0.0283339;REFB=-0.0881997;REVB=0.0180853;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000408388;OID=.;OPOS=144618144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:81:0:1:79:80:0.987654:42:37:0:0:43:37:0:1 chr1 144619346 . G A 955.4 PASS AF=0.971014;AO=63;DP=65;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00577887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.799;QD=55.3855;RBI=0.0362243;REFB=-0.0658523;REVB=0.0357604;RO=2;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277594;STB=0.513885;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00165414;OID=.;OPOS=144619346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:69:2:2:63:67:0.971014:33:30:0:2:35:32:0:2 chr1 144619354 . C T 1126.85 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0198787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.403;QD=57.787;RBI=0.0206486;REFB=-0.0733236;REVB=0.00558571;RO=2;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236442;STB=0.512497;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00104416;OID=.;OPOS=144619354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:78:2:2:75:76:0.974359:39:36:0:2:39:37:0:2 chr1 144811836 . G A 765.17 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00346056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.487;QD=51.8757;RBI=0.0433568;REFB=-0.00854495;REVB=0.0432184;RO=3;SAF=41;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332609;STB=0.517641;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00162733;OID=.;OPOS=144811836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:3:3:56:56:0.949153:15:41:3:0:15:41:3:0 chr1 144811924 . T G 2528.52 PASS AF=1;AO=162;DP=166;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215862;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5415;QD=61.6712;RBI=0.0230092;REFB=0;REVB=-0.00796612;RO=0;SAF=100;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.65925e-06;OID=.;OPOS=144811924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:164:0:0:162:164:1:62:100:0:0:62:102:0:0 chr1 144852390 . C T 205.8 PASS AF=0.290323;AO=27;DP=93;FAO=27;FDP=93;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.000367057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.064;QD=8.8518;RBI=0.0105104;REFB=-0.00146282;REVB=0.010504;RO=66;SAF=13;SAR=14;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112595;STB=0.566618;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00357741;OID=.;OPOS=144852390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:66:66:27:27:0.290323:14:13:38:28:14:13:38:28 chr1 144852476 . TG CA,CG 423.52 PASS AF=0.0957447,0.382979;AO=9,36;DP=94;FAO=9,36;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=2,18;FSAR=7,18;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0110088,-0.0139883;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=145.452,144.229;QD=18.0222;RBI=0.023314,0.0162499;REFB=-0.00184188,-0.00283921;REVB=-0.0205511,-0.00826959;RO=49;SAF=2,18;SAR=7,18;SRF=29;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.440279,-0.0938386;STB=0.800098,0.552912;STBP=0.078,0.431;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00975707,-0.000454516;OID=.,.;OPOS=144852476,144852476;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:94:94:49:49:9,36:9,36:0.0957447,0.382979:7,18:2,18:29:20:7,18:2,18:29:20 chr1 144852518 . C T 41.9 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.01413;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4421;QD=2.74771;RBI=0.0237584;REFB=-0.0171268;REVB=-0.0190999;RO=52;SAF=1;SAR=7;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447367;STB=0.83778;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0216821;OID=.;OPOS=144852518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:61:52:53:8:8:0.131148:7:1:24:28:7:1:25:28 chr1 144852522 . C T 41.72 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00462767;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.166;QD=2.73583;RBI=0.0361179;REFB=0.000476834;REVB=-0.0358202;RO=53;SAF=1;SAR=7;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454163;STB=0.83778;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0110661;OID=.;OPOS=144852522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:53:53:8:8:0.131148:7:1:25:28:7:1:25:28 chr1 144854180 . T C 501.65 PASS AF=0.23565;AO=78;DP=332;FAO=78;FDP=331;FR=.;FRO=253;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=145;FSRR=108;FWDB=-0.0169356;FXX=0.00301196;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5979;QD=6.06223;RBI=0.0192383;REFB=-0.0093759;REVB=-0.0091268;RO=251;SAF=50;SAR=28;SRF=144;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896979;STB=0.554635;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0382049;OID=.;OPOS=144854180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:331:251:253:78:78:0.23565:28:50:144:107:28:50:145:108 chr1 144854528 . A G 236.64 PASS AF=0.234899;AO=35;DP=146;FAO=35;FDP=149;FR=.;FRO=114;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=-0.00371919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.516;QD=6.35261;RBI=0.00374483;REFB=-0.0122778;REVB=0.000437469;RO=111;SAF=16;SAR=19;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256043;STB=0.526139;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.036443;OID=.;OPOS=144854528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:149:111:114:35:35:0.234899:19:16:53:58:19:16:56:58 chr1 144854537 . T C 261.11 PASS AF=0.251613;AO=39;DP=155;FAO=39;FDP=155;FR=.;FRO=116;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=58;FSRR=58;FWDB=-0.0136852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.333;QD=6.73843;RBI=0.0282771;REFB=-0.0159379;REVB=-0.024745;RO=116;SAF=17;SAR=22;SRF=58;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801394;STB=0.548148;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0579437;OID=.;OPOS=144854537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:116:116:39:39:0.251613:22:17:58:58:22:17:58:58 chr1 144854565 . T G 260.07 PASS AF=0.21608;AO=41;DP=197;FAO=43;FDP=199;FR=.;FRO=156;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=71;FSRR=85;FWDB=0.0729897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1982;QD=5.22745;RBI=0.0744399;REFB=-0.00617083;REVB=0.0146218;RO=156;SAF=22;SAR=19;SRF=71;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103895;STB=0.580293;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0259454;OID=.;OPOS=144854565;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:199:156:156:41:43:0.21608:19:22:71:85:19:24:71:85 chr1 144854581 . T C 379.14 PASS AF=0.260465;AO=56;DP=211;FAO=56;FDP=215;FR=.;FRO=159;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=81;FSRR=78;FWDB=0.0357599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7335;QD=7.05372;RBI=0.037122;REFB=-0.0189016;REVB=-0.00996356;RO=155;SAF=25;SAR=31;SRF=81;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943038;STB=0.546648;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0495046;OID=.;OPOS=144854581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:215:155:159:56:56:0.260465:31:25:81:74:31:25:81:78 chr1 144854594 . G T 381.14 PASS AF=0.262911;AO=56;DP=213;FAO=56;FDP=213;FR=.;FRO=157;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=77;FSRR=80;FWDB=-0.0311482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.442;QD=7.15764;RBI=0.0361678;REFB=-0.0207245;REVB=-0.018382;RO=156;SAF=24;SAR=32;SRF=77;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811214;STB=0.545929;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0542222;OID=.;OPOS=144854594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:156:157:56:56:0.262911:32:24:77:79:32:24:77:80 chr1 144854597 . TC CC,CT 732.7 PASS AF=0.558376,0;AO=53,69;DP=206;FAO=110,0;FDP=197;FR=.;FRO=87;FSAF=54,0;FSAR=56,0;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.000682594,-0.0258186;FXX=0.0619018;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=107.279,123.004;QD=14.8771;RBI=0.00183354,0.0381232;REFB=-0.0539359,-0.0187198;REVB=-0.00170175,-0.0280496;RO=81;SAF=24,32;SAR=29,37;SRF=38;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0175609,-0.00524471;STB=0.501477,0.5;STBP=0.984,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0701581,0.141269;OID=.,.;OPOS=144854597,144854597;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:197:81:87:53,69:110,0:0.558376,0:29,37:24,32:38:43:56,0:54,0:43:44 chr1 144865850 . G T 1149.7 PASS AF=0.451852;AO=122;DP=271;FAO=122;FDP=270;FR=.;FRO=148;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=75;FSRR=73;FWDB=-0.0150413;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.581;QD=17.0326;RBI=0.0161674;REFB=-0.00388052;REVB=0.00592808;RO=148;SAF=53;SAR=69;SRF=75;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720716;STB=0.539913;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0045541;OID=.;OPOS=144865850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:270:148:148:122:122:0.451852:69:53:75:73:69:53:75:73 chr1 144866643 . G A 484.0 PASS AF=0.409091;AO=54;DP=133;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.00015706;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.893;QD=14.6667;RBI=0.0192451;REFB=-0.0173164;REVB=0.0192445;RO=78;SAF=27;SAR=27;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673111;STB=0.537865;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0156757;OID=.;OPOS=144866643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:78:78:54:54:0.409091:27:27:44:34:27:27:44:34 chr1 144866662 . T C 397.16 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0479658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8891;QD=14.1844;RBI=0.0487786;REFB=-0.0247759;REVB=-0.00886736;RO=64;SAF=24;SAR=22;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912644;STB=0.549979;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0253765;OID=.;OPOS=144866662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:64:66:46:46:0.410714:22:24:39:25:22:24:40:26 chr1 144868170 . C T 306.16 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.00332852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.666;QD=15.3079;RBI=0.00594633;REFB=-0.00542809;REVB=-0.00492745;RO=46;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144562;STB=0.581261;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0100234;OID=.;OPOS=144868170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:19:15:14:32:19:15:14:32 chr1 144871738 . C A 99.23 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00485059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.278;QD=6.507;RBI=0.00521384;REFB=-0.00493616;REVB=-0.00191204;RO=46;SAF=6;SAR=9;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199726;STB=0.623214;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0210881;OID=.;OPOS=144871738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:9:6:26:20:9:6:26:20 chr1 144871782 . A G 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0423362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.605;QD=7.08574;RBI=0.0428408;REFB=-0.0152602;REVB=-0.00655618;RO=34;SAF=1;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589185;STB=0.878858;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0363714;OID=.;OPOS=144871782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:10:1:18:16:10:1:18:16 chr1 144871837 . C A 81.45 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0116279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.334;QD=8.35383;RBI=0.0426963;REFB=-0.0174293;REVB=-0.0410825;RO=28;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289116;STB=0.685854;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0505235;OID=.;OPOS=144871837;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:10:1:6:22:10:1:6:22 chr1 144873887 . C T 696.19 PASS AF=0.426966;AO=77;DP=179;FAO=76;FDP=178;FR=.;FRO=102;FSAF=54;FSAR=22;FSRF=79;FSRR=23;FWDB=-0.0100899;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3617;QD=15.6446;RBI=0.0150575;REFB=-0.0141013;REVB=0.0111768;RO=102;SAF=55;SAR=22;SRF=78;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652592;STB=0.546292;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0131326;OID=.;OPOS=144873887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:102:102:77:76:0.426966:22:55:78:24:22:54:79:23 chr1 144874760 . T C 367.93 PASS AF=0.40566;AO=40;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.00160608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.159;QD=13.8843;RBI=0.031267;REFB=-0.0129675;REVB=-0.0312257;RO=63;SAF=23;SAR=17;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213096;STB=0.530117;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0301291;OID=.;OPOS=144874760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:63:40:43:0.40566:17:23:35:28:17:26:35:28 chr1 144874815 . T C 349.08 PASS AF=0.381818;AO=41;DP=110;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0236412;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.298;QD=12.6937;RBI=0.0284982;REFB=-0.015984;REVB=-0.0159135;RO=66;SAF=25;SAR=16;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883248;STB=0.557115;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0308125;OID=.;OPOS=144874815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:68:41:42:0.381818:16:25:35:31:16:26:36:32 chr1 144875979 . G C 637.16 PASS AF=0.507937;AO=64;DP=126;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0120603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.909;QD=20.2272;RBI=0.0283423;REFB=-0.00197881;REVB=-0.0256483;RO=62;SAF=29;SAR=35;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141946;STB=0.578132;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00214599;OID=.;OPOS=144875979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:62:62:64:64:0.507937:35:29:38:24:35:29:38:24 chr1 144877176 . C T 446.43 PASS AF=0.358621;AO=52;DP=147;FAO=52;FDP=145;FR=.;FRO=93;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.00605782;FXX=0.0136045;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.366;QD=12.3154;RBI=0.0248363;REFB=0.00145744;REVB=-0.0240862;RO=91;SAF=22;SAR=30;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104728;STB=0.559977;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00316379;OID=.;OPOS=144877176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:91:93:52:52:0.358621:30:22:47:44:30:22:48:45 chr1 144879264 . A G 2088.14 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.768;QD=62.3324;RBI=0.0605433;REFB=0;REVB=0.0492802;RO=0;SAF=58;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34217e-05;OID=.;OPOS=144879264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:134:0:0:125:134:1:67:58:0:0:71:63:0:0 chr1 144879375 . T C 415.37 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0714348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.558;QD=15.243;RBI=0.0714978;REFB=-0.00643555;REVB=0.00300252;RO=60;SAF=11;SAR=36;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269585;STB=0.663594;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00653373;OID=.;OPOS=144879375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:62:47:47:0.431193:36:11:28:32:36:11:30:32 chr1 144882581 . A G 1065.28 PASS AF=0.515152;AO=101;DP=197;FAO=102;FDP=198;FR=.;FRO=96;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.00475159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5747;QD=21.5208;RBI=0.0138045;REFB=-0.0238107;REVB=-0.0129609;RO=95;SAF=51;SAR=50;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369468;STB=0.524936;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0193016;OID=.;OPOS=144882581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:95:96:101:102:0.515152:50:51:44:51:50:52:44:52 chr1 144882823 . C T 555.89 PASS AF=0.441176;AO=58;DP=133;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=22;FSRR=54;FWDB=-0.0136702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.949;QD=16.3496;RBI=0.0140656;REFB=-0.0156178;REVB=0.00331142;RO=74;SAF=16;SAR=42;SRF=21;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00989246;STB=0.516044;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0227327;OID=.;OPOS=144882823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:74:76:58:60:0.441176:42:16:21:53:44:16:22:54 chr1 144886197 . A T 513.45 PASS AF=0.427481;AO=56;DP=132;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0163296;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.334;QD=15.6778;RBI=0.0179189;REFB=-0.0177062;REVB=0.00737787;RO=75;SAF=33;SAR=23;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445391;STB=0.52497;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0231576;OID=.;OPOS=144886197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:75:75:56:56:0.427481:23:33:41:34:23:33:41:34 chr1 144892089 . G T 96.22 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=0.0572855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7189;QD=6.87275;RBI=0.0664767;REFB=0.00140033;REVB=-0.0337273;RO=41;SAF=12;SAR=2;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.683243;STB=0.908626;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00387057;OID=.;OPOS=144892089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:41:42:14:14:0.25:2:12:9:32:2:12:9:33 chr1 144892149 . G A 116.64 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.0275679;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.362;QD=7.06931;RBI=0.0442987;REFB=-0.00798255;REVB=-0.0346754;RO=48;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.492613;STB=0.786589;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.041032;OID=.;OPOS=144892149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:48:49:17:17:0.257576:5:12:13:35:5:12:14:35 chr1 144906508 . C T 330.63 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0157046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.188;QD=23.6163;RBI=0.0394408;REFB=-0.012573;REVB=0.0361793;RO=22;SAF=19;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224655;STB=0.522539;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00904251;OID=.;OPOS=144906508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:23:33:33:0.589286:14:19:12:10:14:19:12:11 chr1 144912153 . A G 2413.98 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145865;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.083;QD=61.5027;RBI=0.0272772;REFB=0;REVB=0.0230495;RO=0;SAF=80;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51589e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20582e-05;OID=.;OPOS=144912153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:157:0:0:155:157:1:75:80:0:0:77:80:0:0 chr1 144912233 . C T 618.42 PASS AF=0.508065;AO=62;DP=124;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0172746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.921;QD=19.949;RBI=0.0178297;REFB=0.00954339;REVB=0.00441431;RO=61;SAF=27;SAR=35;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386726;STB=0.525539;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00895995;OID=.;OPOS=144912233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:61:61:62:63:0.508065:35:27:24:37:35:28:24:37 chr1 144915561 . G A 717.05 PASS AF=0.397129;AO=83;DP=209;FAO=83;FDP=209;FR=.;FRO=126;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=67;FSRR=59;FWDB=-0.0125125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.464;QD=13.7235;RBI=0.0186875;REFB=-0.00913644;REVB=-0.0138801;RO=125;SAF=38;SAR=45;SRF=66;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750478;STB=0.544532;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0148662;OID=.;OPOS=144915561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:125:126:83:83:0.397129:45:38:66:59:45:38:67:59 chr1 144915623 . AG A 498.46 PASS AF=0.386076;AO=58;DP=157;FAO=61;FDP=158;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=-0.019782;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.3;QD=12.6191;RBI=0.0241213;REFB=-0.0133477;REVB=-0.0138026;RO=97;SAF=25;SAR=33;SRF=55;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149306;STB=0.586079;STBP=0.106;TYPE=del;VARB=0.0150226;OID=.;OPOS=144915624;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386076:58:157:61:158:97:26:35:55:42:99:97:25:33:55:42 chr1 144916748 . C G 719.22 PASS AF=0.546154;AO=69;DP=130;FAO=71;FDP=130;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0557563;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8448;QD=22.1298;RBI=0.0572952;REFB=-0.0373581;REVB=0.01319;RO=59;SAF=31;SAR=38;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036275;STB=0.52655;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0288475;OID=.;OPOS=144916748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:59:59:69:71:0.546154:38:31:24:35:38:33:24:35 chr1 144917546 . A G 723.49 PASS AF=0.534351;AO=70;DP=131;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0314781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6566;QD=22.0913;RBI=0.0354661;REFB=-0.0199408;REVB=-0.0163393;RO=61;SAF=43;SAR=27;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645491;STB=0.535421;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0174208;OID=.;OPOS=144917546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:61:61:70:70:0.534351:27:43:33:28:27:43:33:28 chr1 144917841 . T C 689.21 PASS AF=0.544715;AO=67;DP=123;FAO=67;FDP=123;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00541792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.812;QD=22.4135;RBI=0.0134508;REFB=-0.0399627;REVB=0.0123114;RO=56;SAF=34;SAR=33;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620306;STB=0.503397;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0317807;OID=.;OPOS=144917841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:56:56:67:67:0.544715:33:34:28:28:33:34:28:28 chr1 144918957 . T A 474.32 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.0144489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.243;QD=18.9728;RBI=0.0165854;REFB=-0.00531976;REVB=0.00814268;RO=53;SAF=17;SAR=30;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428135;STB=0.5238;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00832626;OID=.;OPOS=144918957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:30:17:17:36:30:17:17:36 chr1 144921924 . G A 1122.8 PASS AF=0.504505;AO=113;DP=223;FAO=112;FDP=222;FR=.;FRO=110;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=-0.0222409;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6564;QD=20.2306;RBI=0.0396368;REFB=-0.0313643;REVB=0.0328088;RO=106;SAF=55;SAR=58;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284033;STB=0.504424;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0302946;OID=.;OPOS=144921924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:106:110:113:112:0.504505:58:55:55:51:57:55:55:55 chr1 144922583 . G A 476.07 PASS AF=0.388489;AO=54;DP=139;FAO=54;FDP=139;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=0.00338064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0762;QD=13.6998;RBI=0.0262279;REFB=-0.00607254;REVB=-0.0260091;RO=85;SAF=31;SAR=23;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156882;STB=0.508874;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0139984;OID=.;OPOS=144922583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:85:85:54:54:0.388489:23:31:50:35:23:31:50:35 chr1 144923728 . GT G 417.72 PASS AF=0.4;AO=78;DP=205;FAO=80;FDP=200;FR=.;FRO=120;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=56;FSRR=64;FWDB=0.0691067;FXX=0.0291248;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.1688;QD=8.3543;RBI=0.0755267;REFB=0.00362996;REVB=-0.030472;RO=118;SAF=31;SAR=47;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753184;STB=0.53313;STBP=0.461;TYPE=del;VARB=-0.00258998;OID=.;OPOS=144923729;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:78:205:80:200:120:33:47:56:64:99:118:31:47:55:63 chr1 144923823 . TAGGAAGAAACGGCA T 1669.27 PASS AF=1;AO=107;DP=143;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136447;FXX=0.176909;HRUN=1;LEN=14;MLLD=349.422;QD=62.4025;RBI=0.0157218;REFB=0;REVB=0.00780999;RO=24;SAF=51;SAR=56;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939992;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.16556e-05;OID=.;OPOS=144923824;OREF=AGGAAGAAACGGCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:107:143:107:107:0:51:56:0:0:9:24:51:56:18:6 chr1 144930596 . C A 613.89 PASS AF=0.496063;AO=59;DP=126;FAO=63;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.00201637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.955;QD=19.3353;RBI=0.00364369;REFB=-0.0173088;REVB=0.00303492;RO=42;SAF=36;SAR=23;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263576;STB=0.591782;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0149239;OID=.;OPOS=144930596;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:42:64:59:63:0.496063:23:36:27:15:25:38:27:37 chr1 144930940 . T C 412.68 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0327109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5758;QD=15.8721;RBI=0.0327179;REFB=0.00787076;REVB=-0.000677495;RO=58;SAF=20;SAR=26;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133286;STB=0.574613;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0105419;OID=.;OPOS=144930940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:46:46:0.442308:26:20:33:25:26:20:33:25 chr1 144931330 . C T 472.56 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0135555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9472;QD=16.1559;RBI=0.018962;REFB=1.8179e-05;REVB=0.0132592;RO=64;SAF=32;SAR=20;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206589;STB=0.611288;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000175891;OID=.;OPOS=144931330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:64:65:52:52:0.444444:20:32:26:38:20:32:27:38 chr1 144931392 . G A 403.53 PASS AF=0.372093;AO=48;DP=129;FAO=48;FDP=129;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.00166969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4153;QD=12.5126;RBI=0.0218217;REFB=-0.0046316;REVB=-0.0217577;RO=81;SAF=25;SAR=23;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840764;STB=0.547837;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00721643;OID=.;OPOS=144931392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:81:81:48:48:0.372093:23:25:36:45:23:25:36:45 chr1 144931517 . G A 129.87 PASS AF=0.235294;AO=19;DP=84;FAO=20;FDP=85;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0235161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0604;QD=6.11144;RBI=0.027824;REFB=0.00138416;REVB=0.0148716;RO=64;SAF=9;SAR=10;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714371;STB=0.529382;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00533294;OID=.;OPOS=144931517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:64:65:19:20:0.235294:10:9:34:30:10:10:35:30 chr1 144944655 . T G 157.3 PASS AF=0.275;AO=22;DP=81;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0019263;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.837;QD=7.86515;RBI=0.0158862;REFB=0.00382081;REVB=0.015769;RO=56;SAF=8;SAR=14;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247664;STB=0.65905;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0179193;OID=.;OPOS=144944655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:56:58:22:22:0.275:14:8:32:24:14:8:34:24 chr1 144952220 . C T 141.84 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=8;FWDB=-0.00309228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.053;QD=9.61658;RBI=0.00455567;REFB=-0.0204828;REVB=-0.00334544;RO=40;SAF=14;SAR=5;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994578;STB=0.558195;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0333837;OID=.;OPOS=144952220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:5:14:32:8:5:14:32:8 chr1 144994658 . C A 893.6 PASS AF=0.553333;AO=81;DP=149;FAO=83;FDP=150;FR=.;FRO=67;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0272907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.447;QD=23.8294;RBI=0.0296633;REFB=-0.0320886;REVB=0.0116245;RO=68;SAF=46;SAR=35;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00770868;STB=0.500409;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0319338;OID=.;OPOS=144994658;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:68:67:81:83:0.553333:35:46:38:30:36:47:38:29 chr1 145014103 . G C 341.84 PASS AF=0.48;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0105303;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.061;QD=18.2316;RBI=0.0199328;REFB=-0.0106793;REVB=0.0169243;RO=39;SAF=23;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098029;STB=0.554833;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0142515;OID=.;OPOS=145014103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:39:39:36:36:0.48:13:23:21:18:13:23:21:18 chr1 145014263 . C T 506.56 PASS AF=0.551724;AO=46;DP=85;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0115118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3751;QD=23.29;RBI=0.0301321;REFB=-0.0296834;REVB=0.0278464;RO=39;SAF=14;SAR=32;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524211;STB=0.535418;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0228692;OID=.;OPOS=145014263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:39:39:46:48:0.551724:32:14:14:25:34:14:14:25 chr1 145018023 . G T 285.24 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00726639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8904;QD=15.4185;RBI=0.031627;REFB=-0.0222744;REVB=0.0307809;RO=41;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202428;STB=0.513058;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0293026;OID=.;OPOS=145018023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:42:31:32:0.432432:18:13:18:23:19:13:18:24 chr1 145021126 . G A 85.48 PASS AF=0.127517;AO=19;DP=149;FAO=19;FDP=149;FR=.;FRO=130;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=76;FWDB=0.0192153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.859;QD=2.29484;RBI=0.0213325;REFB=-0.00314832;REVB=-0.00926561;RO=127;SAF=6;SAR=13;SRF=52;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125342;STB=0.593505;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0242363;OID=.;OPOS=145021126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:149:149:127:130:19:19:0.127517:13:6:52:75:13:6:54:76 chr1 145038889 . G A 45.43 PASS AF=0.101852;AO=11;DP=109;FAO=11;FDP=108;FR=.;FRO=97;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=68;FWDB=0.017434;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.056;QD=1.68277;RBI=0.0374872;REFB=-0.00672266;REVB=-0.0331865;RO=96;SAF=1;SAR=10;SRF=29;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35847;STB=0.792979;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0529625;OID=.;OPOS=145038889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:109:108:96:97:11:11:0.101852:10:1:29:67:10:1:29:68 chr1 145038952 . C T 405.22 PASS AF=0.390244;AO=44;DP=119;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.0057181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.808;QD=13.1777;RBI=0.00749938;REFB=-0.0077778;REVB=-0.00485223;RO=75;SAF=11;SAR=33;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224507;STB=0.625536;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0160873;OID=.;OPOS=145038952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:123:75:75:44:48:0.390244:33:11:32:43:36:12:32:43 chr1 145038954 . G T 118.0 PASS AF=0.177419;AO=22;DP=122;FAO=22;FDP=124;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=64;FWDB=-0.0371907;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.4627;QD=3.80635;RBI=0.043312;REFB=-0.00309457;REVB=0.0221988;RO=100;SAF=6;SAR=16;SRF=37;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141145;STB=0.594504;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0153308;OID=.;OPOS=145038954;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:100:102:22:22:0.177419:16:6:37:63:16:6:38:64 chr1 145039562 . C T 344.65 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0423037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.81;QD=19.1473;RBI=0.047179;REFB=-0.0155139;REVB=-0.0208865;RO=36;SAF=11;SAR=25;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298175;STB=0.516566;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0135678;OID=.;OPOS=145039562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:25:11:10:26:25:11:10:26 chr1 145075683 . C T 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0119278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.859;QD=21.7465;RBI=0.0431009;REFB=-0.057109;REVB=-0.0414176;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595207;STB=0.533304;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0469988;OID=.;OPOS=145075683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:14:8:6:14:14:8:6:14 chr1 145075854 . G C 112.97 PASS AF=0.325581;AO=13;DP=42;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0086121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.057;QD=10.5086;RBI=0.0087296;REFB=-0.0122474;REVB=0.00142746;RO=28;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337048;STB=0.704403;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0248175;OID=.;OPOS=145075854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:28:29:13:14:0.325581:4:9:11:17:4:10:12:17 chr1 145103928 . G A 405.28 PASS AF=0.321212;AO=53;DP=165;FAO=53;FDP=165;FR=.;FRO=112;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=-0.0251533;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.559;QD=9.8249;RBI=0.0305318;REFB=-0.00179156;REVB=-0.0173061;RO=111;SAF=33;SAR=20;SRF=48;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222147;STB=0.631098;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00453591;OID=.;OPOS=145103928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:111:112:53:53:0.321212:20:33:48:63:20:33:48:64 chr1 145103947 . T C 439.61 PASS AF=0.314917;AO=57;DP=181;FAO=57;FDP=181;FR=.;FRO=124;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=69;FWDB=-0.0191788;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152;QD=9.71519;RBI=0.0205631;REFB=-0.00982119;REVB=0.00741723;RO=122;SAF=34;SAR=23;SRF=55;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171451;STB=0.604408;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0153051;OID=.;OPOS=145103947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:122:124:57:57:0.314917:23:34:55:67:23:34:55:69 chr1 145109549 . G T 460.46 PASS AF=0.208556;AO=78;DP=374;FAO=78;FDP=374;FR=.;FRO=296;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=139;FSRR=157;FWDB=-0.0126597;FXX=0.00531901;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.188;QD=4.92475;RBI=0.0140041;REFB=0.000548452;REVB=0.00598734;RO=295;SAF=48;SAR=30;SRF=138;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190024;STB=0.615355;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00256328;OID=.;OPOS=145109549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:374:295:296:78:78:0.208556:30:48:138:157:30:48:139:157 chr1 145109583 . C A 1170.79 PASS AF=0.349515;AO=143;DP=410;FAO=144;FDP=412;FR=.;FRO=268;FSAF=70;FSAR=74;FSRF=124;FSRR=144;FWDB=-0.0117146;FXX=0.00242125;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3119;QD=11.3669;RBI=0.0498638;REFB=0.00371192;REVB=0.0484683;RO=265;SAF=70;SAR=73;SRF=122;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333803;STB=0.51526;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00729012;OID=.;OPOS=145109583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:412:265:268:143:144:0.349515:73:70:122:143:74:70:124:144 chr1 145109661 . G A 139.11 PASS AF=0.111437;AO=39;DP=340;FAO=38;FDP=341;FR=.;FRO=303;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=141;FSRR=162;FWDB=-0.0190301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.251;QD=1.63173;RBI=0.0193348;REFB=-0.00100413;REVB=0.00341932;RO=298;SAF=15;SAR=24;SRF=139;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104043;STB=0.563851;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00902991;OID=.;OPOS=145109661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:341:298:303:39:38:0.111437:24:15:139:159:23:15:141:162 chr1 145112414 . T C 111.46 PASS AF=0.206897;AO=18;DP=87;FAO=18;FDP=87;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.0539184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.438;QD=5.12444;RBI=0.0546802;REFB=-0.0153332;REVB=-0.00909556;RO=69;SAF=4;SAR=14;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264884;STB=0.670452;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0367735;OID=.;OPOS=145112414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:69:69:18:18:0.206897:14:4:28:41:14:4:28:41 chr1 145112420 . C T 52.26 PASS AF=0.129412;AO=11;DP=85;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=0.0151475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0611;QD=2.45911;RBI=0.0152796;REFB=0.00962026;REVB=0.00200456;RO=72;SAF=5;SAR=6;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136979;STB=0.579729;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0423861;OID=.;OPOS=145112420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:85:85:72:74:11:11:0.129412:6:5:25:47:6:5:27:47 chr1 145112428 . C T 102.35 PASS AF=0.197674;AO=17;DP=85;FAO=17;FDP=86;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0358123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.977;QD=4.76047;RBI=0.041825;REFB=0.000172461;REVB=-0.0216057;RO=68;SAF=4;SAR=13;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214805;STB=0.646683;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00105158;OID=.;OPOS=145112428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:68:69:17:17:0.197674:13:4:26:42:13:4:27:42 chr1 145112485 . C T 71.48 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=76;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0605787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7055;QD=3.76198;RBI=0.0630409;REFB=0.00264731;REVB=-0.0174461;RO=62;SAF=5;SAR=8;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450632;STB=0.524275;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.0131238;OID=.;OPOS=145112485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:76:76:62:63:13:13:0.171053:8:5:26:36:8:5:26:37 chr1 145112501 . C T 67.12 PASS AF=0.173913;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0125833;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1568;QD=3.89094;RBI=0.044197;REFB=-0.00412432;REVB=-0.0423678;RO=53;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252091;STB=0.671863;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0280074;OID=.;OPOS=145112501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:70:69:53:57:12:12:0.173913:5:7:20:33:5:7:21:36 chr1 145115810 . A G 801.72 PASS AF=0.315152;AO=102;DP=331;FAO=104;FDP=330;FR=.;FRO=226;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=119;FSRR=107;FWDB=-0.00067523;FXX=0.00302106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.827;QD=9.71784;RBI=0.00630746;REFB=-0.00673706;REVB=-0.00627121;RO=222;SAF=50;SAR=52;SRF=119;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544817;STB=0.531317;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0134783;OID=.;OPOS=145115810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:330:222:226:102:104:0.315152:52:50:119:103:54:50:119:107 chr1 145115820 . T C 124.69 PASS AF=0.108359;AO=35;DP=323;FAO=35;FDP=323;FR=.;FRO=288;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=148;FSRR=140;FWDB=-0.0202172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.166;QD=1.54413;RBI=0.022021;REFB=-0.000175656;REVB=0.00872879;RO=288;SAF=15;SAR=20;SRF=148;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105345;STB=0.575928;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0062373;OID=.;OPOS=145115820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:323:288:288:35:35:0.108359:20:15:148:140:20:15:148:140 chr1 145116100 . G A 84.41 PASS AF=0.149123;AO=17;DP=114;FAO=17;FDP=114;FR=.;FRO=97;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=37;FWDB=-0.0240934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.18;QD=2.96178;RBI=0.0309632;REFB=-0.00781987;REVB=-0.0194481;RO=96;SAF=10;SAR=7;SRF=59;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034602;STB=0.52685;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0328259;OID=.;OPOS=145116100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:114:114:96:97:17:17:0.149123:7:10:59:37:7:10:60:37 chr1 145116147 . T TA 97.46 PASS AF=0.205298;AO=29;DP=154;FAO=31;FDP=151;FR=.;FRO=120;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=70;FSRR=50;FWDB=0.0147017;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.821;QD=2.5818;RBI=0.0567417;REFB=0.0158241;REVB=-0.054804;RO=124;SAF=9;SAR=20;SRF=74;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357612;STB=0.677713;STBP=0.03;TYPE=ins;VARB=-0.062033;OID=.;OPOS=145116148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205298:29:154:31:151:120:11:20:70:50:97:124:9:20:74:50 chr1 145116192 . TG T 184.09 PASS AF=0.309677;AO=50;DP=157;FAO=48;FDP=155;FR=.;FRO=107;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=0.0576411;FXX=0.012738;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.3329;QD=4.75075;RBI=0.115002;REFB=0.0228634;REVB=-0.0995132;RO=99;SAF=29;SAR=21;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756484;STB=0.569684;STBP=0.259;TYPE=del;VARB=-0.0503044;OID=.;OPOS=145116193;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309677:50:157:48:155:107:29:19:54:53:99:99:29:21:51:48 chr1 145116311 . G T 111.73 PASS AF=0.5;AO=11;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00235313;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.754;QD=17.1897;RBI=0.0333656;REFB=-0.01025;REVB=0.0332825;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140286;STB=0.543555;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0172317;OID=.;OPOS=145116311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:13:11:13:0.5:4:7:10:3:4:9:8:5 chr1 145116327 . G T 112.24 PASS AF=0.5;AO=16;DP=24;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.000427034;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.168;QD=17.267;RBI=0.0338685;REFB=-0.0064252;REVB=0.0338658;RO=4;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20168;STB=0.650946;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0109227;OID=.;OPOS=145116327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:26:4:13:16:13:0.5:9:7:4:0:7:6:10:3 chr1 145273302 . A G 552.18 PASS AF=0.283088;AO=77;DP=271;FAO=77;FDP=272;FR=.;FRO=195;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=91;FSRR=104;FWDB=-0.0088845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.871;QD=8.12033;RBI=0.0323824;REFB=-0.00959957;REVB=-0.0311397;RO=194;SAF=31;SAR=46;SRF=91;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827936;STB=0.54686;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0230104;OID=.;OPOS=145273302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:272:194:195:77:77:0.283088:46:31:91:103:46:31:91:104 chr1 145273345 . T C 655.75 PASS AF=0.266854;AO=95;DP=356;FAO=95;FDP=356;FR=.;FRO=261;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=118;FSRR=143;FWDB=-0.0184704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.863;QD=7.36793;RBI=0.0292153;REFB=-0.00639559;REVB=0.0226358;RO=261;SAF=38;SAR=57;SRF=118;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06635;STB=0.539162;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0179869;OID=.;OPOS=145273345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:356:261:261:95:95:0.266854:57:38:118:143:57:38:118:143 chr1 145273431 . A G 443.25 PASS AF=0.256809;AO=66;DP=257;FAO=66;FDP=257;FR=.;FRO=191;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=75;FSRR=116;FWDB=-0.0461404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9349;QD=6.8989;RBI=0.0640225;REFB=0.00102255;REVB=-0.044384;RO=191;SAF=25;SAR=41;SRF=75;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183198;STB=0.5109;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00386921;OID=.;OPOS=145273431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:191:191:66:66:0.256809:41:25:75:116:41:25:75:116 chr1 145277370 . C T 85.85 PASS AF=0.124224;AO=20;DP=162;FAO=20;FDP=161;FR=.;FRO=141;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=86;FSRR=55;FWDB=-6.0048e-05;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.417;QD=2.13301;RBI=0.0208034;REFB=-0.00108546;REVB=-0.0208033;RO=138;SAF=9;SAR=11;SRF=84;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197291;STB=0.637453;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00888208;OID=.;OPOS=145277370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:162:161:138:141:20:20:0.124224:11:9:84:54:11:9:86:55 chr1 145277376 . A G 129.94 PASS AF=0.158537;AO=26;DP=164;FAO=26;FDP=164;FR=.;FRO=138;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=73;FSRR=65;FWDB=0.00155908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.189;QD=3.16927;RBI=0.00703697;REFB=-0.00324074;REVB=0.00686209;RO=138;SAF=24;SAR=2;SRF=73;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575358;STB=0.891997;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0200292;OID=.;OPOS=145277376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:138:138:26:26:0.158537:2:24:73:65:2:24:73:65 chr1 145277384 . T C 145.85 PASS AF=0.169697;AO=28;DP=165;FAO=28;FDP=165;FR=.;FRO=137;FSAF=26;FSAR=2;FSRF=74;FSRR=63;FWDB=-0.0266634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.291;QD=3.53586;RBI=0.027686;REFB=-0.00284613;REVB=0.007455;RO=137;SAF=26;SAR=2;SRF=74;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585389;STB=0.893852;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.023062;OID=.;OPOS=145277384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:137:137:28:28:0.169697:2:26:74:63:2:26:74:63 chr1 145277398 . A G 186.6 PASS AF=0.201258;AO=32;DP=159;FAO=32;FDP=159;FR=.;FRO=127;FSAF=30;FSAR=2;FSRF=68;FSRR=59;FWDB=-0.00453253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.456;QD=4.69433;RBI=0.00518309;REFB=5.42105e-05;REVB=-0.00251408;RO=126;SAF=30;SAR=2;SRF=67;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.623688;STB=0.902959;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000165436;OID=.;OPOS=145277398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:126:127:32:32:0.201258:2:30:67:59:2:30:68:59 chr1 145277402 . A G 189.15 PASS AF=0.203822;AO=32;DP=151;FAO=32;FDP=157;FR=.;FRO=125;FSAF=30;FSAR=2;FSRF=65;FSRR=60;FWDB=-0.0204694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.991;QD=4.81909;RBI=0.0269276;REFB=-0.0107048;REVB=-0.0174956;RO=116;SAF=30;SAR=2;SRF=56;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.655393;STB=0.907019;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.021344;OID=.;OPOS=145277402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:157:116:125:32:32:0.203822:2:30:56:60:2:30:65:60 chr1 145277411 . G A 255.61 PASS AF=0.248366;AO=38;DP=153;FAO=38;FDP=153;FR=.;FRO=115;FSAF=36;FSAR=2;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=-0.0045441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.674;QD=6.68265;RBI=0.00486996;REFB=0.000129589;REVB=0.00175149;RO=115;SAF=36;SAR=2;SRF=57;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.677687;STB=0.920455;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00135891;OID=.;OPOS=145277411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:115:115:38:38:0.248366:2:36:57:58:2:36:57:58 chr1 145277430 . T C 346.99 PASS AF=0.321168;AO=44;DP=137;FAO=44;FDP=137;FR=.;FRO=93;FSAF=42;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.0216359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.54;QD=10.1309;RBI=0.0253399;REFB=-0.00869999;REVB=0.0131909;RO=93;SAF=42;SAR=2;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.717122;STB=0.927548;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0409284;OID=.;OPOS=145277430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:93:93:44:44:0.321168:2:42:43:50:2:42:43:50 chr1 145277457 . A G 362.42 PASS AF=0.333333;AO=45;DP=132;FAO=45;FDP=135;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.0124846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.286;QD=10.7382;RBI=0.0872817;REFB=-0.00206763;REVB=-0.0863843;RO=87;SAF=43;SAR=2;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.705882;STB=0.924296;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00337932;OID=.;OPOS=145277457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:135:87:90:45:45:0.333333:2:43:43:44:2:43:43:47 chr1 145277469 . G A 382.2 PASS AF=0.335821;AO=43;DP=136;FAO=45;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=43;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.0180989;FXX=0.0218962;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.267;QD=11.409;RBI=0.043852;REFB=-0.0285766;REVB=-0.0399427;RO=63;SAF=42;SAR=1;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.819177;STB=0.933361;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0433998;OID=.;OPOS=145277469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:63:84:43:45:0.335821:1:42:18:45:2:43:35:49 chr1 145277481 . A G 360.31 PASS AF=0.330882;AO=45;DP=136;FAO=45;FDP=136;FR=.;FRO=91;FSAF=43;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.00895157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.883;QD=10.5972;RBI=0.0169235;REFB=-0.00411508;REVB=-0.0143622;RO=90;SAF=43;SAR=2;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.717987;STB=0.925694;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.016548;OID=.;OPOS=145277481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:90:91:45:45:0.330882:2:43:42:48:2:43:43:48 chr1 145281408 . C T 373.58 PASS AF=0.263682;AO=53;DP=201;FAO=53;FDP=201;FR=.;FRO=148;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=77;FSRR=71;FWDB=-0.0112661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.238;QD=7.43448;RBI=0.0164465;REFB=-0.0105785;REVB=-0.0119817;RO=148;SAF=28;SAR=25;SRF=77;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099818;STB=0.505927;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0279803;OID=.;OPOS=145281408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:148:148:53:53:0.263682:25:28:77:71:25:28:77:71 chr1 145281543 . C T 301.7 PASS AF=0.275641;AO=43;DP=156;FAO=43;FDP=156;FR=.;FRO=113;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=-0.0117373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.511;QD=7.73601;RBI=0.0130335;REFB=-0.00522956;REVB=-0.0056665;RO=112;SAF=20;SAR=23;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208646;STB=0.515688;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0166153;OID=.;OPOS=145281543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:112:113:43:43:0.275641:23:20:54:58:23:20:55:58 chr1 145281613 . C A 249.06 PASS AF=0.28;AO=35;DP=124;FAO=35;FDP=125;FR=.;FRO=90;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.00774668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9502;QD=7.96998;RBI=0.00919771;REFB=-3.70998e-05;REVB=0.00495851;RO=89;SAF=16;SAR=19;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00941837;STB=0.501151;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139602;OID=.;OPOS=145281613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:89:90:35:35:0.28:19:16:40:49:19:16:41:49 chr1 145281633 . C A 285.11 PASS AF=0.308943;AO=38;DP=123;FAO=38;FDP=123;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.0180627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.141;QD=9.27184;RBI=0.0182859;REFB=-0.0156216;REVB=-0.00284842;RO=85;SAF=17;SAR=21;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693656;STB=0.540519;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0315461;OID=.;OPOS=145281633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:85:85:38:38:0.308943:21:17:43:42:21:17:43:42 chr1 145281656 . A T 258.43 PASS AF=0.302521;AO=35;DP=118;FAO=36;FDP=119;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0146512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.066;QD=8.68665;RBI=0.0409947;REFB=-0.0211389;REVB=-0.0382872;RO=83;SAF=14;SAR=21;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995042;STB=0.546073;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0302475;OID=.;OPOS=145281656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:83:83:35:36:0.302521:21:14:40:43:21:15:40:43 chr1 145290409 . G A 82.28 PASS AF=0.122581;AO=19;DP=158;FAO=19;FDP=155;FR=.;FRO=136;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=82;FSRR=54;FWDB=-0.0368007;FXX=0.0189861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.194;QD=2.12328;RBI=0.0369005;REFB=0.00186449;REVB=0.00271231;RO=134;SAF=4;SAR=15;SRF=81;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469973;STB=0.823439;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00668638;OID=.;OPOS=145290409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:158:155:134:136:19:19:0.122581:15:4:81:53:15:4:82:54 chr1 145290498 . T G 40.17 PASS AF=0.0916667;AO=11;DP=121;FAO=11;FDP=120;FR=.;FRO=109;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=64;FSRR=45;FWDB=0.0300287;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.038;QD=1.33905;RBI=0.0307352;REFB=-0.00364764;REVB=0.00655216;RO=109;SAF=3;SAR=8;SRF=64;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353658;STB=0.770761;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0364963;OID=.;OPOS=145290498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:121:120:109:109:11:11:0.0916667:8:3:64:45:8:3:64:45 chr1 145293425 . C A 138.67 PASS AF=0.142857;AO=30;DP=211;FAO=30;FDP=210;FR=.;FRO=180;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=89;FSRR=91;FWDB=0.00140072;FXX=0.00473911;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.096;QD=2.64128;RBI=0.00453249;REFB=-0.00226059;REVB=0.00431062;RO=177;SAF=14;SAR=16;SRF=89;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461249;STB=0.523824;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0120873;OID=.;OPOS=145293425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:177:180:30:30:0.142857:16:14:89:88:16:14:89:91 chr1 145293428 . G C 368.4 PASS AF=0.255814;AO=55;DP=214;FAO=55;FDP=215;FR=.;FRO=160;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=82;FSRR=78;FWDB=-0.0187713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4643;QD=6.85403;RBI=0.0233981;REFB=0.00280702;REVB=0.0139681;RO=159;SAF=23;SAR=32;SRF=82;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121942;STB=0.570433;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00976083;OID=.;OPOS=145293428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:159:160:55:55:0.255814:32:23:82:77:32:23:82:78 chr1 145293469 . G C 232.84 PASS AF=0.140584;AO=53;DP=377;FAO=53;FDP=377;FR=.;FRO=324;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=160;FSRR=164;FWDB=0.00470531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.165;QD=2.47044;RBI=0.023593;REFB=-0.00168095;REVB=-0.023119;RO=322;SAF=31;SAR=22;SRF=159;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117229;STB=0.578421;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0120027;OID=.;OPOS=145293469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:377:377:322:324:53:53:0.140584:22:31:159:163:22:31:160:164 chr1 145293490 . G C 206.79 PASS AF=0.125592;AO=53;DP=422;FAO=53;FDP=422;FR=.;FRO=369;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=187;FSRR=182;FWDB=-0.0356787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.082;QD=1.9601;RBI=0.0459599;REFB=-0.00435454;REVB=-0.0289714;RO=364;SAF=31;SAR=22;SRF=185;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979389;STB=0.568679;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0398713;OID=.;OPOS=145293490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:422:422:364:369:53:53:0.125592:22:31:185:179:22:31:187:182 chr1 145293498 . G C 184.39 PASS AF=0.117788;AO=49;DP=420;FAO=49;FDP=416;FR=.;FRO=367;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=187;FSRR=180;FWDB=-0.0053861;FXX=0.0142177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.042;QD=1.77299;RBI=0.00971327;REFB=-0.00315317;REVB=0.00808316;RO=359;SAF=27;SAR=22;SRF=182;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556763;STB=0.53669;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0120928;OID=.;OPOS=145293498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:420:416:359:367:49:49:0.117788:22:27:182:177:22:27:187:180 chr1 145293510 . C G 212.44 PASS AF=0.127962;AO=53;DP=421;FAO=54;FDP=422;FR=.;FRO=368;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=188;FSRR=180;FWDB=-0.0239328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4204;QD=2.01369;RBI=0.0272685;REFB=-0.0088079;REVB=0.0130688;RO=364;SAF=30;SAR=23;SRF=185;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073721;STB=0.555407;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0584153;OID=.;OPOS=145293510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:421:422:364:368:53:54:0.127962:23:30:185:179:23:31:188:180 chr1 145293515 . A G 349.9 PASS AF=0.167064;AO=70;DP=420;FAO=70;FDP=419;FR=.;FRO=349;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=184;FSRR=165;FWDB=-0.00387187;FXX=0.0023809;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.941;QD=3.34035;RBI=0.00986999;REFB=-0.0067705;REVB=-0.00907884;RO=347;SAF=33;SAR=37;SRF=183;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725061;STB=0.546363;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0321608;OID=.;OPOS=145293515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:420:419:347:349:70:70:0.167064:37:33:183:164:37:33:184:165 chr1 145293566 . G A 695.58 PASS AF=0.278261;AO=96;DP=345;FAO=96;FDP=345;FR=.;FRO=249;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=139;FSRR=110;FWDB=-0.00918704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.063;QD=8.06472;RBI=0.0101394;REFB=-0.00443175;REVB=0.00429024;RO=248;SAF=47;SAR=49;SRF=139;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872257;STB=0.549456;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0120753;OID=.;OPOS=145293566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:248:249:96:96:0.278261:49:47:139:109:49:47:139:110 chr1 145296372 . A G 291.33 PASS AF=0.39759;AO=32;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.0555549;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.709;QD=14.0399;RBI=0.0563731;REFB=-0.00707341;REVB=-0.00956936;RO=50;SAF=10;SAR=22;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00928021;STB=0.509085;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0101924;OID=.;OPOS=145296372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:32:33:0.39759:22:10:16:34:22:11:16:34 chr1 145296478 . G T 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.762;QD=55.0957;RBI=0.0762701;REFB=0;REVB=0.0136958;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589755;OID=.;OPOS=145296478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr1 145311083 . A C 621.48 PASS AF=0.286667;AO=82;DP=298;FAO=86;FDP=300;FR=.;FRO=214;FSAF=65;FSAR=21;FSRF=172;FSRR=42;FWDB=0.00694662;FXX=0.0066223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.074;QD=8.28634;RBI=0.0146497;REFB=-0.00910755;REVB=0.012898;RO=208;SAF=65;SAR=17;SRF=171;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573535;STB=0.5486;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0228981;OID=.;OPOS=145311083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:300:208:214:82:86:0.286667:17:65:171:37:21:65:172:42 chr1 145311110 . G C 175.62 PASS AF=0.136054;AO=40;DP=294;FAO=40;FDP=294;FR=.;FRO=254;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=203;FSRR=51;FWDB=0.000972709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.564;QD=2.38937;RBI=0.0225556;REFB=-0.00529795;REVB=0.0225346;RO=251;SAF=28;SAR=12;SRF=200;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165112;STB=0.611063;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0190858;OID=.;OPOS=145311110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:251:254:40:40:0.136054:12:28:200:51:12:28:203:51 chr1 145311828 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.466;QD=45.8068;RBI=0.00845324;REFB=0;REVB=0.00831353;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32245e-05;OID=.;OPOS=145311828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr1 145368461 . A C 176.69 PASS AF=0.229508;AO=28;DP=122;FAO=28;FDP=122;FR=.;FRO=94;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=65;FSRR=29;FWDB=-0.00365687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.133;QD=5.79303;RBI=0.00526116;REFB=-0.00856307;REVB=-0.00378248;RO=94;SAF=10;SAR=18;SRF=65;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402284;STB=0.741605;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0413908;OID=.;OPOS=145368461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:94:94:28:28:0.229508:18:10:65:29:18:10:65:29 chr1 145379324 . C A 44.78 PASS AF=0.25;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0497182;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.929;QD=6.39744;RBI=0.0497425;REFB=-0.00456791;REVB=-0.00155551;RO=21;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233142;STB=0.651721;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0158207;OID=.;OPOS=145379324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:29:28:21:21:7:7:0.25:2:5:11:10:2:5:11:10 chr1 145395604 . T C 244.89 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=94;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0480208;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.721;QD=10.6474;RBI=0.0480462;REFB=-0.00499926;REVB=0.00156372;RO=59;SAF=14;SAR=16;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00905925;STB=0.521154;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0108188;OID=.;OPOS=145395604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:59:62:30:30:0.326087:16:14:28:31:16:14:27:35 chr1 145397947 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4463;QD=52.6131;RBI=0.086786;REFB=0;REVB=0.0223625;RO=0;SAF=1;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217986;OID=.;OPOS=145397947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:21:1:0:0:21:1:0:0 chr1 145399229 . C T 336.43 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0158046;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.332;QD=27.4638;RBI=0.0330734;REFB=-0.0403379;REVB=-0.0290528;RO=21;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777283;STB=0.533875;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0130526;OID=.;OPOS=145399229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:21:20:29:29:0.591837:15:14:8:13:15:14:8:12 chr1 145442254 . G C 306.19 PASS AF=0.595745;AO=24;DP=44;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0522549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6267;QD=26.0587;RBI=0.0530191;REFB=-0.0219045;REVB=-0.00896918;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123375;STB=0.525096;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0548294;OID=.;OPOS=145442254;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:19:19:24:28:0.595745:15:9:10:9:15:13:10:9 chr1 145532549 . T C 999.84 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0228874;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.27;QD=54.0456;RBI=0.0229408;REFB=-0.14117;REVB=0.00156502;RO=4;SAF=42;SAR=28;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010603;STB=0.505616;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.000839021;OID=.;OPOS=145532549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:74:74:4:4:70:70:0.945946:28:42:2:2:28:42:2:2 chr1 145536082 . G A 388.63 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00337547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.748;QD=18.7293;RBI=0.00884294;REFB=-0.0218064;REVB=0.00817335;RO=42;SAF=18;SAR=22;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154602;STB=0.591353;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0195454;OID=.;OPOS=145536082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:43:40:40:0.481928:22:18:26:16:22:18:27:16 chr1 145542281 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0211585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.293;QD=17.321;RBI=0.0219951;REFB=-0.0246415;REVB=-0.0060084;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0381324;OID=.;OPOS=145542281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:9:9:8:8:9:9 chr1 145561594 . C T 262.96 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.041653;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.412;QD=47.811;RBI=0.0670527;REFB=-0.0777079;REVB=-0.0525462;RO=1;SAF=17;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263952;STB=0.514272;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00103905;OID=.;OPOS=145561594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:4:17:1:0:4:17:1:0 chr1 145562881 . T C 1804.04 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.128;QD=61.1539;RBI=0.0127998;REFB=0;REVB=0.00721881;RO=0;SAF=54;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45874e-06;OID=.;OPOS=145562881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:64:54:0:0:64:54:0:0 chr1 145586309 . C T 1877.85 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00254627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.931;QD=61.5689;RBI=0.0272849;REFB=0;REVB=0.0271659;RO=0;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54408e-05;OID=.;OPOS=145586309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:64:58:0:0:64:58:0:0 chr1 145586403 . G T 2139.78 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00135922;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.402;QD=62.9347;RBI=0.02235;REFB=0;REVB=0.0223087;RO=0;SAF=62;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39716e-06;OID=.;OPOS=145586403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:73:62:0:0:75:61:0:0 chr1 146395447 . A G 177.78 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.00893317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.538;QD=8.67199;RBI=0.0113866;REFB=-0.0122333;REVB=-0.00706062;RO=58;SAF=11;SAR=13;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273135;STB=0.660235;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0288779;OID=.;OPOS=146395447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:58:58:24:24:0.292683:13:11:40:18:13:11:40:18 chr1 146672906 . C T 1914.98 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.467;QD=61.7735;RBI=0.0199871;REFB=0;REVB=-0.00709734;RO=0;SAF=61;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15854e-05;OID=.;OPOS=146672906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:63:61:0:0:63:61:0:0 chr1 146714392 . G C 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.874;QD=60.2308;RBI=0.0204239;REFB=0;REVB=0.0172507;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5535e-05;OID=.;OPOS=146714392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr1 146728162 . T TA 399.24 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241924;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.2092;QD=43.161;RBI=0.177996;REFB=0;REVB=-0.176344;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345796;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00579348;OID=.;OPOS=146728163;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:37:37:37:0:22:15:0:0:7:1:20:13:0:1 chr1 146751782 . A C 1264.13 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.041;QD=61.665;RBI=0.04421;REFB=0;REVB=0.0417172;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46025e-05;OID=.;OPOS=146751782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:40:40:0:0:42:40:0:0 chr1 146767149 . G T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.114;QD=62.4651;RBI=0.0131385;REFB=0;REVB=-0.00851144;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98819e-06;OID=.;OPOS=146767149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr1 147121977 . C T 2088.17 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.277;QD=62.3334;RBI=0.0234646;REFB=0;REVB=0.0231531;RO=0;SAF=78;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174614;OID=.;OPOS=147121977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:133:134:1:55:78:0:0:55:79:0:0 chr1 147124310 . T G 371.66 PASS AF=0.392857;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0545534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3801;QD=13.2736;RBI=0.0619701;REFB=-0.0249728;REVB=0.0293977;RO=66;SAF=25;SAR=19;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167588;STB=0.585583;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0330246;OID=.;OPOS=147124310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:66:68:44:44:0.392857:19:25:27:39:19:25:29:39 chr1 147229299 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0720386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2761;QD=47.822;RBI=0.0856368;REFB=0;REVB=-0.0463045;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00465975;OID=.;OPOS=147229299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr1 147716794 . C T 54.45 PASS AF=0.146667;AO=10;DP=74;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0115329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.558;QD=2.90408;RBI=0.0117035;REFB=-0.00292375;REVB=-0.00199069;RO=64;SAF=4;SAR=6;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850592;STB=0.59187;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0266345;OID=.;OPOS=147716794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:74:75:64:64:10:11:0.146667:6:4:30:34:7:4:30:34 chr1 147735828 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0867424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6285;QD=55.6549;RBI=0.0980397;REFB=0;REVB=-0.0456896;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00301385;OID=.;OPOS=147735828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr1 147781062 . A G 953.89 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.689;QD=56.9487;RBI=0.0178646;REFB=-0.117528;REVB=0.00542003;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.506171;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000738414;OID=.;OPOS=147781062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:67:0:1:65:66:0.985075:39:26:0:0:40:26:0:1 chr1 147806874 . G C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.951;QD=57.1775;RBI=0.0313831;REFB=0;REVB=-0.008828;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01541e-05;OID=.;OPOS=147806874;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr1 147806880 . T C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.999;QD=63.8709;RBI=0.0259956;REFB=0;REVB=0.00489483;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118883;OID=.;OPOS=147806880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr1 147825769 . G A 272.24 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00594018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.697;QD=17.2849;RBI=0.00799403;REFB=-0.00868586;REVB=-0.00534965;RO=33;SAF=11;SAR=19;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22433;STB=0.625846;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00686576;OID=.;OPOS=147825769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:19:11:20:13:19:11:20:13 chr1 148009507 . C T 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0245318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.823;QD=5.39772;RBI=0.0261878;REFB=0.00197241;REVB=-0.00916462;RO=35;SAF=4;SAR=5;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119078;STB=0.577718;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00499395;OID=.;OPOS=148009507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:5:4:19:16:5:4:19:16 chr1 148009510 . G A 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00365005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.222;QD=5.6964;RBI=0.0319746;REFB=-0.00291943;REVB=-0.0317656;RO=33;SAF=4;SAR=5;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230146;STB=0.647359;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00927195;OID=.;OPOS=148009510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:5:4:21:12:5:4:21:12 chr1 148342488 . T C 89.42 PASS AF=0.117647;AO=22;DP=188;FAO=22;FDP=187;FR=.;FRO=165;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=115;FSRR=50;FWDB=0.00100265;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.772;QD=1.91278;RBI=0.00743974;REFB=-0.000623808;REVB=0.00737187;RO=164;SAF=11;SAR=11;SRF=114;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250865;STB=0.673658;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00429904;OID=.;OPOS=148342488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:188:187:164:165:22:22:0.117647:11:11:114:50:11:11:115:50 chr1 149211947 . C G 95.77 PASS AF=0.2;AO=16;DP=80;FAO=16;FDP=80;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=0.044153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7688;QD=4.78838;RBI=0.0470737;REFB=0.00747212;REVB=-0.0163233;RO=64;SAF=5;SAR=11;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0275207;OID=.;OPOS=149211947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:80:80:64:64:16:16:0.2:11:5:20:44:11:5:20:44 chr1 149211962 . T C 181.49 PASS AF=0.263158;AO=25;DP=95;FAO=25;FDP=95;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=-0.019864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.802;QD=7.6418;RBI=0.023424;REFB=-0.00381941;REVB=-0.0124138;RO=70;SAF=10;SAR=15;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935677;STB=0.55601;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00611736;OID=.;OPOS=149211962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:70:70:25:25:0.263158:15:10:23:47:15:10:23:47 chr1 149211967 . G A 228.35 PASS AF=0.298077;AO=31;DP=104;FAO=31;FDP=104;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=0.00523197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.263;QD=8.7828;RBI=0.00906498;REFB=-0.00950468;REVB=-0.00740273;RO=73;SAF=16;SAR=15;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207042;STB=0.620998;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0128578;OID=.;OPOS=149211967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:73:73:31:31:0.298077:15:16:25:48:15:16:25:48 chr1 149211975 . C A 263.15 PASS AF=0.306452;AO=36;DP=122;FAO=38;FDP=124;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=0.0452063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.896;QD=8.4887;RBI=0.0508268;REFB=-0.0145642;REVB=-0.0232326;RO=86;SAF=21;SAR=15;SRF=30;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275677;STB=0.672484;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0268309;OID=.;OPOS=149211975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:86:86:36:38:0.306452:15:21:30:56:15:23:30:56 chr1 149211992 . G A 468.17 PASS AF=0.353659;AO=58;DP=165;FAO=58;FDP=164;FR=.;FRO=106;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=66;FWDB=-0.000163259;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.864;QD=11.4189;RBI=0.0108077;REFB=0.00281822;REVB=-0.0108064;RO=103;SAF=41;SAR=17;SRF=40;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358254;STB=0.711852;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00436974;OID=.;OPOS=149211992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:103:106:58:58:0.353659:17:41:40:63:17:41:40:66 chr1 149211998 . T G 460.11 PASS AF=0.339181;AO=58;DP=171;FAO=58;FDP=171;FR=.;FRO=113;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=68;FWDB=-0.00901388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.43;QD=10.7629;RBI=0.0148683;REFB=-0.016006;REVB=-0.0118243;RO=107;SAF=41;SAR=17;SRF=39;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384229;STB=0.704397;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0271549;OID=.;OPOS=149211998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:107:113:58:58:0.339181:17:41:39:68:17:41:45:68 chr1 149224135 . G C 77.09 PASS AF=0.111111;AO=20;DP=180;FAO=20;FDP=180;FR=.;FRO=160;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=89;FSRR=71;FWDB=-0.0320481;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.785;QD=1.71318;RBI=0.0321745;REFB=-0.00281471;REVB=-0.00284994;RO=160;SAF=15;SAR=5;SRF=89;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25302;STB=0.68655;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0228944;OID=.;OPOS=149224135;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:180:180:160:160:20:20:0.111111:5:15:89:71:5:15:89:71 chr1 149224148 . G A 67.04 PASS AF=0.104651;AO=18;DP=171;FAO=18;FDP=172;FR=.;FRO=154;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=86;FSRR=68;FWDB=-0.00937659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.539;QD=1.55901;RBI=0.00938254;REFB=-4.99584e-06;REVB=-0.00033409;RO=153;SAF=14;SAR=4;SRF=85;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288655;STB=0.715653;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0119699;OID=.;OPOS=149224148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:171:172:153:154:18:18:0.104651:4:14:85:68:4:14:86:68 chr1 149224185 . C A 399.54 PASS AF=0.288591;AO=43;DP=155;FAO=43;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0120788;FXX=0.0387072;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.788;QD=10.7259;RBI=0.019427;REFB=-0.00330294;REVB=0.0152155;RO=77;SAF=25;SAR=18;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240333;STB=0.595599;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0103159;OID=.;OPOS=149224185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:149:77:93:43:43:0.288591:18:25:28:49:18:25:41:52 chr1 149278870 . C A 128.29 PASS AF=0.212766;AO=20;DP=94;FAO=20;FDP=94;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.00853252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.952;QD=5.45916;RBI=0.00874286;REFB=0.00128788;REVB=-0.0019062;RO=74;SAF=12;SAR=8;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240758;STB=0.649855;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00453664;OID=.;OPOS=149278870;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:74:74:20:20:0.212766:8:12:30:44:8:12:30:44 chr1 149286406 . T C 89.86 PASS AF=0.186275;AO=14;DP=96;FAO=19;FDP=102;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=56;FWDB=-0.0913448;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.4395;QD=3.5238;RBI=0.0917346;REFB=-0.0231867;REVB=0.00844771;RO=82;SAF=4;SAR=10;SRF=26;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463048;STB=0.561336;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0245146;OID=.;OPOS=149286406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:96:102:82:83:14:19:0.186275:10:4:26:56:14:5:27:56 chr1 149286469 . C G 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=31;FWDB=-0.0300566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.629;QD=8.42982;RBI=0.0306251;REFB=-0.00247254;REVB=0.00587352;RO=35;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992989;STB=0.559916;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00566505;OID=.;OPOS=149286469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:11:2:4:31:11:2:4:31 chr1 149287392 . T G 470.7 PASS AF=0.31746;AO=60;DP=189;FAO=60;FDP=189;FR=.;FRO=129;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=69;FSRR=60;FWDB=-0.0262346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.177;QD=9.96199;RBI=0.0332577;REFB=-0.00595978;REVB=-0.0204407;RO=129;SAF=27;SAR=33;SRF=69;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100031;STB=0.557825;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0164197;OID=.;OPOS=149287392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:129:129:60:60:0.31746:33:27:69:60:33:27:69:60 chr1 149294658 . G A 468.48 PASS AF=0.412214;AO=45;DP=123;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=27;FWDB=0.0207751;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.049;QD=14.3047;RBI=0.0209856;REFB=-0.0079918;REVB=0.00296497;RO=75;SAF=16;SAR=29;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307058;STB=0.618686;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00919265;OID=.;OPOS=149294658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:131:75:77:45:54:0.412214:29:16:48:27:30:24:50:27 chr1 149294693 . G C 502.51 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=0.007157;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.609;QD=15.7033;RBI=0.0091958;REFB=-0.00647809;REVB=-0.00577408;RO=70;SAF=22;SAR=33;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199493;STB=0.622247;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00693661;OID=.;OPOS=149294693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:70:73:55:55:0.429688:33:22:42:28:33:22:45:28 chr1 149298542 . CAAA AAAA,AAAC 35.3 PASS AF=0.111111,0.166667;AO=2,2;DP=17;FAO=2,3;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=1,2;FSAR=1,1;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0199908,-0.0885283;FXX=0.09995;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=181.788,70.0111;QD=7.84364;RBI=0.0210347,0.0925054;REFB=-0.016787,-0.00915261;REVB=0.00654419,0.0268324;RO=6;SAF=0,1;SAR=2,1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.562437,0.168213;STB=0.599043,0.704562;STBP=0.783,0.526;TYPE=snp,mnp;VARB=0.103211,0.0138009;OID=.,.;OPOS=149298542,149298542;OREF=C,CAAA;OALT=A,AAAC;OMAPALT=AAAA,AAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:17:18:6:8:2,2:2,3:0.111111,0.166667:2,1:0,1:2:4:1,1:1,2:3:5 chr1 149298554 . C A 65.22 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0339246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9146;QD=10.8695;RBI=0.0340302;REFB=-0.00801496;REVB=-0.00267811;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920876;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0162361;OID=.;OPOS=149298554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:7:8:4:5:7:8 chr1 149298562 . GC AT 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00501705;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.774;QD=12.8689;RBI=0.0215441;REFB=-0.0140742;REVB=-0.0209518;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304135;STB=0.680509;STBP=0.142;TYPE=mnp;VARB=0.0167357;OID=.;OPOS=149298562;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:3:8:7:9:3:8:7:9 chr1 149298603 . G A 117.15 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.016794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.597;QD=12.015;RBI=0.0197889;REFB=-0.0133343;REVB=-0.0104671;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137756;STB=0.58163;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0340324;OID=.;OPOS=149298603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:5:9:13:12:5:9:13:12 chr1 149334339 . G C 1008.56 PASS AF=0.320293;AO=131;DP=409;FAO=131;FDP=409;FR=.;FRO=278;FSAF=45;FSAR=86;FSRF=108;FSRR=170;FWDB=-0.00766828;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.573;QD=9.86371;RBI=0.00778141;REFB=-0.00351604;REVB=0.00132209;RO=277;SAF=45;SAR=86;SRF=108;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059392;STB=0.533182;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00705987;OID=.;OPOS=149334339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:409:277:278:131:131:0.320293:86:45:108:169:86:45:108:170 chr1 149398890 . G T 46.9 PASS AF=0.35;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0593936;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.735;QD=9.37947;RBI=0.0732025;REFB=-0.0238432;REVB=0.0427902;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190473;STB=0.517191;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.04522;OID=.;OPOS=149398890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:14:13:6:7:0.35:5:1:4:10:5:2:4:9 chr1 149664423 . A G 580.35 PASS AF=0.42953;AO=60;DP=146;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.0446191;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.468;QD=15.5799;RBI=0.0467869;REFB=-0.00821204;REVB=-0.0140766;RO=83;SAF=25;SAR=35;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142469;STB=0.550183;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0124107;OID=.;OPOS=149664423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:149:83:85:60:64:0.42953:35:25:46:37:35:29:46:39 chr1 149676401 . A G 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0304514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.605;QD=11.4257;RBI=0.0326581;REFB=-0.00539137;REVB=-0.011801;RO=37;SAF=8;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147518;STB=0.585894;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0101569;OID=.;OPOS=149676401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:13:8:19:18:13:8:19:18 chr1 149680227 . A G 923.09 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0465505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.134;QD=56.8055;RBI=0.0465618;REFB=-0.0326808;REVB=0.00102537;RO=1;SAF=35;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133044;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=3.63944e-05;OID=.;OPOS=149680227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:29:35:1:0:29:35:1:0 chr1 149680250 . G A 34.39 PASS AF=0.112903;AO=8;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0139076;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7367;QD=2.21876;RBI=0.0547865;REFB=-0.000283629;REVB=0.0529919;RO=54;SAF=5;SAR=3;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129291;STB=0.539422;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00820188;OID=.;OPOS=149680250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:54:55:8:7:0.112903:3:5:28:26:3:4:29:26 chr1 149680293 . A C 30.41 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00383335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1522;QD=2.21182;RBI=0.00674643;REFB=0.00292066;REVB=-0.00555155;RO=45;SAF=4;SAR=2;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278834;STB=0.705223;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00731562;OID=.;OPOS=149680293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:45:49:6:6:0.109091:2:4:19:26:2:4:21:28 chr1 149684085 . T C 46.76 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00111618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5055;QD=9.84485;RBI=0.0169708;REFB=0.000557701;REVB=0.016934;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408238;STB=0.742287;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.0166421;OID=.;OPOS=149684085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:2:10:3:4:2:10 chr1 149684119 . TA T 646.59 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.699;QD=61.5804;RBI=0.0334864;REFB=0;REVB=-0.0112248;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.90825e-05;OID=.;OPOS=149684120;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:42:42:42:0:16:26:0:0:4:0:16:24:0:0 chr1 149684166 . G A 124.08 PASS AF=0.298246;AO=18;DP=56;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0157115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3683;QD=8.70763;RBI=0.088806;REFB=-0.0152943;REVB=-0.0874051;RO=38;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275507;STB=0.69211;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0255557;OID=.;OPOS=149684166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:38:40:18:17:0.298246:9:9:10:28:8:9:10:30 chr1 149684169 . G A 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.0567799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.529;QD=9.14898;RBI=0.0569577;REFB=-0.00494621;REVB=-0.0044976;RO=40;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295159;STB=0.672245;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0205228;OID=.;OPOS=149684169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:9:9:10:30:9:9:10:30 chr1 149684171 . A T 134.16 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.00995437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.925;QD=9.41455;RBI=0.0120692;REFB=-0.0441009;REVB=0.0068247;RO=39;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285511;STB=0.666502;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0418754;OID=.;OPOS=149684171;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:9:9:10:29:9:9:10:29 chr1 149711815 . G A 59.1 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00471156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.734;QD=3.42609;RBI=0.0084019;REFB=-0.00238364;REVB=0.00695652;RO=55;SAF=5;SAR=6;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64765e-08;STB=0.505309;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0136136;OID=.;OPOS=149711815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:69:69:55:58:11:11:0.15942:6:5:25:30:6:5:26:32 chr1 149711845 . C A 48.65 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=0.00843381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0138;QD=2.59477;RBI=0.0113844;REFB=-0.00589341;REVB=0.00764696;RO=64;SAF=4;SAR=6;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116849;STB=0.571293;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0444926;OID=.;OPOS=149711845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:74:75:64:65:10:10:0.133333:6:4:20:44:6:4:21:44 chr1 149895842 . G T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.011331;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.925;QD=17.2298;RBI=0.0119191;REFB=-0.00829831;REVB=0.00369769;RO=6;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392868;STB=0.736128;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00620519;OID=.;OPOS=149895842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:7:1:3:3:7:1:3:3 chr1 149908108 . A G 202.95 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.010536;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.731;QD=14.4965;RBI=0.010537;REFB=-0.000405704;REVB=0.000145333;RO=29;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185096;STB=0.599914;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.000133327;OID=.;OPOS=149908108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:32:24:24:0.428571:8:16:14:15:8:16:16:16 chr1 149908123 . CTT C 172.76 PASS AF=0.5;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0594557;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=41.8503;QD=13.8209;RBI=0.0654349;REFB=-0.0216919;REVB=-0.0273267;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074191;STB=0.540161;STBP=0.624;TYPE=del;VARB=0.0206709;OID=.;OPOS=149908124;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:24:50:25:50:25:13:12:15:10:99:24:12:12:14:10 chr1 149914683 . G A 124.77 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.1119;QD=41.59;RBI=0.120324;REFB=0;REVB=0.0321915;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123883;OID=.;OPOS=149914683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:7:3:0:0:7:5:0:0 chr1 150199039 . CTCCTCTTCCTCT CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC 113.76 PASS AF=0.205128,0.153846;AO=8,6;DP=41;FAO=8,6;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=3,5;FSAR=5,1;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0513754,-0.0381412;FXX=0.0487686;HRUN=2,2;LEN=6,1;MLLD=136.919,43.7229;QD=11.6674;RBI=0.0513754,0.0647563;REFB=-0.0288255,-0.0282161;REVB=-8.33801e-05,-0.0523318;RO=24;SAF=3,5;SAR=5,1;SRF=17;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.377471,0.206555;STB=0.718927,0.670988;STBP=0.193,0.456;TYPE=del,snp;VARB=0.10545,0.0978979;OID=.,.;OPOS=150199040,150199051;OREF=TCCTCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205128,0.153846:8,6:41:8,6:39:25:3,5:5,1:17:8:59:24:3,5:5,1:17:7 chr1 150199123 . G T 62.67 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0655184;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0052;QD=17.9046;RBI=0.0708157;REFB=-0.0439515;REVB=0.0268739;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122361;STB=0.571253;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0157989;OID=.;OPOS=150199123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:15:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:4:2:4:4:4:2 chr1 150257054 . C T 141.63 PASS AF=0.322034;AO=18;DP=57;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0301144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.994;QD=9.60174;RBI=0.039066;REFB=-0.0101583;REVB=-0.0248852;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185963;STB=0.602068;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0249466;OID=.;OPOS=150257054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:38:40:18:19:0.322034:8:10:27:11:9:10:27:13 chr1 150278741 . G GTC 158.17 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0102873;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=2;MLLD=271.336;QD=33.2998;RBI=0.0105578;REFB=-0.0294324;REVB=0.00237452;RO=4;SAF=11;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106638;STB=0.504498;STBP=0.987;TYPE=ins;VARB=0.00344461;OID=.;OPOS=150278742;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.789474:15:21:15:19:4:11:4:3:1:21:4:11:4:2:2 chr1 150526044 . G C 241.28 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.053798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4992;QD=21.9342;RBI=0.0562601;REFB=0.043046;REVB=0.0164614;RO=21;SAF=16;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159835;STB=0.58994;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.040632;OID=.;OPOS=150526044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:7:16:11:10:7:16:11:10 chr1 150531008 . T C 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.583;QD=64.4129;RBI=0.0131283;REFB=0;REVB=0.0130823;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67397e-05;OID=.;OPOS=150531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr1 150531050 . G A 687.52 PASS AF=0.981132;AO=38;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140231;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3763;QD=51.888;RBI=0.139194;REFB=-0.272643;REVB=0.138486;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000926002;OID=.;OPOS=150531050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:54:53:0:1:38:52:0.981132:11:27:0:0:23:29:0:1 chr1 150531170 . C T 545.15 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00588808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.928;QD=57.3837;RBI=0.013535;REFB=-0.0873507;REVB=0.0121872;RO=1;SAF=19;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240105;STB=0.512814;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000912239;OID=.;OPOS=150531170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:18:19:1:0:18:19:1:0 chr1 150548887 . C CCTAT,T 49.56 PASS AF=1,0;AO=2,4;DP=6;FAO=6,0;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289763,-0.0060087;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=280.836,103.144;QD=33.043;RBI=0.0309819,0.00769672;REFB=0,0;REVB=0.010966,-0.00480988;RO=0;SAF=2,2;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000280139,0;OID=.,.;OPOS=150548888,150548887;OREF=-,C;OALT=CTAT,T;OMAPALT=CCTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:2,4:6,0:1,0:0,2:2,2:0:0:2,0:4,0:0:0 chr1 150679033 . G A 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1155;QD=56.9995;RBI=0.05025;REFB=0;REVB=0.0161358;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197958;OID=.;OPOS=150679033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr1 150727539 . G A 651.11 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7256;QD=62.0105;RBI=0.0329634;REFB=0;REVB=-0.0104848;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000588158;OID=.;OPOS=150727539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr1 150771703 . T C 1011.75 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345982;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.17;QD=59.5147;RBI=0.0346078;REFB=0;REVB=0.000816418;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41037e-05;OID=.;OPOS=150771703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr1 150779755 . C T 1490.96 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0263029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.613;QD=57.3447;RBI=0.0287607;REFB=0.0144317;REVB=-0.0116332;RO=2;SAF=55;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169388;STB=0.508927;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000879665;OID=.;OPOS=150779755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:102:102:0.980769:47:55:2:0:47:55:2:0 chr1 150808889 . C G 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.823;QD=57.2358;RBI=0.0268139;REFB=0;REVB=0.0105392;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120403;OID=.;OPOS=150808889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr1 150825757 . CAAAAAAAAAAAGT CAAAAAAAAAAGT,CAAAAAAAAAAGTA 79.42 PASS AF=0.636364,0.318182;AO=7,3;DP=24;FAO=14,7;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=4,1;FSAR=10,6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.495819,-0.253655;FXX=0.0832986;HRUN=11,11;LEN=1,3;MLLD=4.91637,9.5822;QD=14.4398;RBI=0.546003,0.28302;REFB=0.127352,0.107899;REVB=0.228653,-0.125537;RO=2;SAF=2,1;SAR=5,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.145918,0.272699;STB=0.523776,0.538356;STBP=0.628,0.653;TYPE=del,mnp;VARB=0.0313407,-0.0534173;OID=.,.;OPOS=150825758,150825768;OREF=A,AGT;OALT=-,GTA;OMAPALT=CAAAAAAAAAAGT,CAAAAAAAAAAGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.636364,0.318182:7,3:24:14,7:22:1:4,1:10,6:0:1:21:2:2,1:5,2:0:2 chr1 150937766 . ATTTTT AATTTT,ATTTT,ATTTTA 1857.29 PASS AF=0,0.119497,0.880503;AO=6,46,68;DP=159;FAO=0,19,140;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,93;FSAR=0,5,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838344,0.0511809,-0.0295893;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=8.62101,15.2532,17.118;QD=46.7242;RBI=0.0868262,0.0962611,0.214374;REFB=0,0,0;REVB=0.0225962,0.0815274,0.212322;RO=4;SAF=2,26,50;SAR=4,20,18;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.119263,0.00993666,0.0311612;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0,-0.0713106,0.0417058;OID=.,.,.;OPOS=150937767,150937767,150937771;OREF=T,T,T;OALT=A,-,A;OMAPALT=AATTTT,ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.119497,0.880503:6,46,68:159:0,19,140:159:0:0,14,93:0,5,47:0:0:25:4:2,26,50:4,20,18:2:2 chr1 150940357 . GC TT 497.83 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.16046e-05;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=2;MLLD=147.794;QD=58.5677;RBI=0.00350606;REFB=0;REVB=-0.00350599;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000279701;OID=.;OPOS=150940357;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:20:14:0:0 chr1 150960350 . A C 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0038506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.001;QD=18.4984;RBI=0.00581571;REFB=-0.0363863;REVB=0.00435836;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131904;STB=0.573717;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0281069;OID=.;OPOS=150960350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:14:13:17:10:14:13:17:10 chr1 150969567 . A G 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000578311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.74;QD=62.6684;RBI=0.00827443;REFB=0;REVB=0.00825419;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79566e-05;OID=.;OPOS=150969567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr1 150969992 . T C 289.98 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.837;QD=52.7229;RBI=0.0459892;REFB=0;REVB=0.0394099;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256205;OID=.;OPOS=150969992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:5:15:0:0:7:15:0:0 chr1 150970577 . G T 780.9 PASS AF=1;AO=43;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9395;QD=63.7471;RBI=0.0950138;REFB=0;REVB=0.0726829;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161086;OID=.;OPOS=150970577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:43:49:1:20:23:0:0:22:27:0:0 chr1 150975108 . T C 519.11 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000784974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.599;QD=59.327;RBI=0.00426631;REFB=0;REVB=0.00419348;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29988e-05;OID=.;OPOS=150975108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr1 150995236 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.519;QD=33.4285;RBI=0.0151979;REFB=0;REVB=-0.0151408;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210467;OID=.;OPOS=150995236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr1 150999737 . A G 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.047529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8612;QD=14.8521;RBI=0.0590561;REFB=-0.00344237;REVB=0.0350515;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211899;STB=0.621262;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00658691;OID=.;OPOS=150999737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:21:8:9:10:21:8 chr1 151006539 . C A 101.79 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3436;QD=40.7157;RBI=0.12834;REFB=0;REVB=0.127903;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00656146;OID=.;OPOS=151006539;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:6:4:0:0 chr1 151019180 . A G 690.24 PASS AF=1;AO=39;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0813847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.3293;QD=62.7487;RBI=0.0855055;REFB=0;REVB=0.0262244;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018174;OID=.;OPOS=151019180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:39:44:1:22:17:0:0:25:19:0:0 chr1 151040435 . G A 342.85 PASS AF=0.45122;AO=35;DP=80;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00102028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.529;QD=16.7244;RBI=0.00881697;REFB=-0.0134521;REVB=0.00875774;RO=43;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431157;STB=0.549973;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0199567;OID=.;OPOS=151040435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:43:45:35:37:0.45122:17:18:24:19:19:18:26:19 chr1 151104950 . G A 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.738;QD=53.2674;RBI=0.0623751;REFB=0;REVB=0.0560788;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496105;OID=.;OPOS=151104950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr1 151108132 . T TG 444.65 PASS AF=1;AO=5;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.279323;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.7049;QD=38.6655;RBI=0.285527;REFB=0;REVB=0.0592019;RO=41;SAF=5;SAR=0;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.624107;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00719386;OID=.;OPOS=151108133;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:46:46:46:0:24:22:0:0:9:41:5:0:19:22 chr1 151108137 . T G 724.29 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0973263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.4607;QD=62.9819;RBI=0.104155;REFB=0;REVB=0.037092;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000792148;OID=.;OPOS=151108137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:22:24:0:0 chr1 151140731 . C T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0298547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.005;QD=15.5723;RBI=0.0642956;REFB=-0.0180146;REVB=-0.0569439;RO=9;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171427;STB=0.662823;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.023293;OID=.;OPOS=151140731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:9:12:11:11:0.478261:2:9:6:3:2:9:7:5 chr1 151144769 . T C 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00305942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.089;QD=19.156;RBI=0.00327346;REFB=-0.00604134;REVB=0.00116425;RO=23;SAF=2;SAR=19;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513638;STB=0.798998;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00744316;OID=.;OPOS=151144769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:19:2:11:12:19:2:11:12 chr1 151209063 . C T 739.6 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0179451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.051;QD=54.7854;RBI=0.0854679;REFB=-0.176001;REVB=-0.0835628;RO=1;SAF=26;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177765;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000966533;OID=.;OPOS=151209063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:27:26:1:0:27:26:1:0 chr1 151239051 . T C 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.023;QD=57.1046;RBI=0.0250426;REFB=0;REVB=0.0119308;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59012e-05;OID=.;OPOS=151239051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr1 151254041 . T C 887.39 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351586;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.487;QD=58.1895;RBI=0.0389445;REFB=0;REVB=0.0167494;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106568;OID=.;OPOS=151254041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr1 151288172 . G A 278.32 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0598281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.058;QD=46.3868;RBI=0.0700197;REFB=-0.149311;REVB=0.036378;RO=2;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577469;STB=0.515138;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00281766;OID=.;OPOS=151288172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:2:1:22:23:0.958333:15:7:0:2:16:7:0:1 chr1 151288391 . A G 971.1 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.598;QD=58.8543;RBI=0.0454465;REFB=0;REVB=0.0451491;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173311;OID=.;OPOS=151288391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:23:43:0:0:23:43:0:0 chr1 151316161 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00407561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.156;QD=37.4885;RBI=0.0243428;REFB=0;REVB=0.0239992;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200085;OID=.;OPOS=151316161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr1 151376067 . A G 644.24 PASS AF=0.897959;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0214072;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=94.3949;QD=52.5911;RBI=0.0221032;REFB=0.00517299;REVB=-0.00550298;RO=4;SAF=20;SAR=24;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462901;STB=0.514919;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-8.77856e-05;OID=.;OPOS=151376067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:49:49:4:5:44:44:0.897959:24:20:3:1:24:20:3:2 chr1 151376075 . T C 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0667786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6292;QD=61.6759;RBI=0.0949093;REFB=0;REVB=-0.0674418;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00205149;OID=.;OPOS=151376075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr1 151377407 . A C 1156.99 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319948;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.087;QD=60.8941;RBI=0.0350518;REFB=0;REVB=0.0143164;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116856;OID=.;OPOS=151377407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr1 151666826 . CTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTC,TCTTTTTTTTTT 140.87 PASS AF=0.787234,0.148936,0;AO=14,5,4;DP=50;FAO=37,7,0;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=22,2,0;FSAR=15,5,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.211491,0.156006,-0.0122929;FXX=0.059988;HRUN=11,11,1;LEN=1,1,2;MLLD=4.90602,17.4324,16.1874;QD=11.9885;RBI=0.239615,0.172962,0.109575;REFB=-0.058455,-0.00788372,-0.0331816;REVB=-0.112637,-0.0746878,-0.108883;RO=17;SAF=7,2,4;SAR=7,3,0;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0837908,-0.21266,0.636236;STB=0.520156,0.517191,0.5;STBP=0.397,0.975,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0972834,-0.038272,0;OID=.,.,.;OPOS=151666827,151666837,151666826;OREF=T,T,CT;OALT=-,C,TC;OMAPALT=CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTC,TCTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:50:47:17:3:14,5,4:37,7,0:0.787234,0.148936,0:7,3,0:7,2,4:10:7:15,5,0:22,2,0:1:2 chr1 151670590 . CAG C,CGG 276.86 PASS AF=0.527273,0;AO=25,3;DP=61;FAO=29,0;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=13,0;FSAR=16,0;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.019071,-0.0154641;FXX=0.0350816;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=250.503,240.522;QD=20.1354;RBI=0.0444238,0.0296098;REFB=-0.0220775,-0.0144553;REVB=0.0401219,-0.0252507;RO=20;SAF=12,1;SAR=13,2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0159779,-0.182508;STB=0.506325,0.5;STBP=0.949,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0136308,0;OID=.,.;OPOS=151670591,151670591;OREF=AG,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527273,0:25,3:61:29,0:55:26:13,0:16,0:12:14:99:20:12,1:13,2:10:10 chr1 151675414 . A G 223.06 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6539;QD=49.5694;RBI=0.0210814;REFB=0;REVB=0.00993834;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281408;OID=.;OPOS=151675414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr1 151686983 . T A 630.08 PASS AF=0.934783;AO=39;DP=42;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0495663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7861;QD=54.7894;RBI=0.0571695;REFB=-0.046409;REVB=-0.0284874;RO=3;SAF=21;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623867;STB=0.528289;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0177512;OID=.;OPOS=151686983;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:46:3:3:39:43:0.934783:18:21:3:0:18:25:3:0 chr1 151733335 . T G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.07756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3742;QD=12.0156;RBI=0.0987045;REFB=0.0201397;REVB=0.0610495;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.0198793;OID=.;OPOS=151733335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:2:5:4:2:2:5 chr1 151735545 . A G 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0192171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.638;QD=19.3697;RBI=0.0291058;REFB=0.0209992;REVB=-0.0218598;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101694;STB=0.557453;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.0169359;OID=.;OPOS=151735545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:6:10:11:4:6:10:11:4 chr1 151740666 . T C 904.63 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0385594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0145;QD=54.0078;RBI=0.0617508;REFB=-0.000124129;REVB=0.0482321;RO=2;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337022;STB=0.502105;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00170289;OID=.;OPOS=151740666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:67:67:2:2:64:65:0.970149:27:37:0:2:28:37:1:1 chr1 151747970 . A G 505.23 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0343097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3684;QD=22.707;RBI=0.0356755;REFB=-0.0197226;REVB=0.00977672;RO=40;SAF=26;SAR=22;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693875;STB=0.502355;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0172736;OID=.;OPOS=151747970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:41:48:48:0.539326:22:26:22:18:22:26:22:19 chr1 151801951 . G A 371.5 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0177739;FXX=0.0128189;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.2472;QD=19.2987;RBI=0.0377565;REFB=-0.0242795;REVB=0.0333112;RO=36;SAF=24;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190928;STB=0.600781;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0235715;OID=.;OPOS=151801951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:36:39:38:38:0.493506:14:24:15:21:14:24:17:22 chr1 151814234 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.124;QD=58.5877;RBI=0.0509954;REFB=0;REVB=0.0294132;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102197;OID=.;OPOS=151814234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr1 151820298 . G C 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6174;QD=57.5431;RBI=0.0580421;REFB=0;REVB=0.057831;RO=0;SAF=40;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645577;OID=.;OPOS=151820298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:18:40:0:0:18:40:0:0 chr1 151820324 . T C 803.22 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569132;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1054;QD=57.373;RBI=0.0689081;REFB=0;REVB=0.0388487;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333132;OID=.;OPOS=151820324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:52:56:1:16:36:0:0:17:39:0:0 chr1 151825991 . G T 682.31 PASS AF=0.912281;AO=52;DP=57;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0101587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.043;QD=47.8811;RBI=0.042486;REFB=-0.0436884;REVB=0.0412536;RO=3;SAF=24;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013245;STB=0.51219;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.000625306;OID=.;OPOS=151825991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:57:57:3:5:52:52:0.912281:28:24:1:2:28:24:3:2 chr1 151845569 . A G 601.12 PASS AF=0.97561;AO=31;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00753577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.348;QD=58.6454;RBI=0.013069;REFB=-0.0537212;REVB=0.0106776;RO=0;SAF=31;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526302;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00211763;OID=.;OPOS=151845569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:31:40:0.97561:0:31:0:0:9:31:0:1 chr1 151845650 . G C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7757;QD=52.6093;RBI=0.0328686;REFB=0;REVB=0.0188457;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703697;OID=.;OPOS=151845650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr1 151862661 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1128;QD=44.6897;RBI=0.0311224;REFB=0;REVB=-0.00798235;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00190134;OID=.;OPOS=151862661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr1 151867560 . G A 773.12 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275045;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.206;QD=55.2225;RBI=0.0289348;REFB=-0.0990329;REVB=0.00898474;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192354;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000654011;OID=.;OPOS=151867560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:31:24:1:0:31:24:1:0 chr1 152058192 . G A 1455.65 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615653;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.766;QD=63.2892;RBI=0.0658396;REFB=0;REVB=0.023336;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237025;OID=.;OPOS=152058192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:40:52:0:0:40:52:0:0 chr1 152079989 . T G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.39;QD=59.3229;RBI=0.0280774;REFB=0;REVB=0.0168903;RO=0;SAF=47;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10162e-05;OID=.;OPOS=152079989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:21:47:0:0:21:47:0:0 chr1 152081921 . G C 820.58 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0241791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2451;QD=55.6328;RBI=0.0252405;REFB=-0.0509517;REVB=0.00724263;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017147;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00121972;OID=.;OPOS=152081921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:59:1:1:57:58:0.983051:30:27:1:0:30:28:1:0 chr1 152085505 . A C 992.18 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.031847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4569;QD=57.5174;RBI=0.0852671;REFB=-0.123573;REVB=0.0790965;RO=1;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141074;STB=0.50746;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00584585;OID=.;OPOS=152085505;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:33:35:0:1:33:35:0:1 chr1 152129087 . T C 754.3 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.574;QD=56.9282;RBI=0.0702152;REFB=0;REVB=0.061075;RO=0;SAF=12;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194893;OID=.;OPOS=152129087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:41:12:0:0:41:12:0:0 chr1 152129094 . A G 689.09 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.718;QD=62.6443;RBI=0.0951872;REFB=0;REVB=0.0624192;RO=0;SAF=5;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414092;OID=.;OPOS=152129094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:44:0:0:40:44:1:35:5:0:0:38:6:0:0 chr1 152129100 . CA TG 164.17 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=-0.00823381;FXX=0.0454442;HRUN=2;LEN=2;MLLD=153.045;QD=15.6353;RBI=0.0120122;REFB=-0.0901746;REVB=-0.00874622;RO=22;SAF=4;SAR=13;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228795;STB=0.588149;STBP=0.486;TYPE=mnp;VARB=0.0767659;OID=.;OPOS=152129100;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:22:24:17:18:0.428571:13:4:2:20:14:4:3:21 chr1 152129115 . T C 69.87 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=44;FWDB=-0.022256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6406;QD=4.36712;RBI=0.0262525;REFB=-0.0265433;REVB=0.0139236;RO=52;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295581;STB=0.519199;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0668917;OID=.;OPOS=152129115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:64:64:52:52:12:12:0.1875:10:2:8:44:10:2:8:44 chr1 152185750 . G A 1859.4 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1021;QD=61.4678;RBI=0.0648362;REFB=0;REVB=0.0137434;RO=0;SAF=85;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002071;OID=.;OPOS=152185750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:121:0:0:117:121:1:32:85:0:0:32:89:0:0 chr1 152188413 . C T 333.22 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0158092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.184;QD=19.0414;RBI=0.0454363;REFB=-0.0203539;REVB=0.0425972;RO=35;SAF=21;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122696;STB=0.558106;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0183219;OID=.;OPOS=152188413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:35:34:35:0.5:13:21:17:18:14:21:17:18 chr1 152190835 . G A 545.61 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.021578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.395;QD=57.4327;RBI=0.0581089;REFB=-0.201189;REVB=0.053954;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191166;STB=0.510199;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00357915;OID=.;OPOS=152190835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:13:24:1:0:13:24:1:0 chr1 152190945 . C T 1949.32 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.107;QD=61.396;RBI=0.0417534;REFB=0;REVB=0.0361781;RO=0;SAF=61;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595454;OID=.;OPOS=152190945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:127:0:0:121:127:1:60:61:0:0:62:65:0:0 chr1 152192555 . T C 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.877;QD=57.2345;RBI=0.0214255;REFB=0;REVB=-0.00476149;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24687e-05;OID=.;OPOS=152192555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr1 152192687 . T C 1091.93 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.156;QD=59.832;RBI=0.0354117;REFB=0;REVB=0.0344655;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045015;OID=.;OPOS=152192687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:38:34:0:0:38:35:0:0 chr1 152192978 . T C 1514.69 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0239998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.54;QD=62.4616;RBI=0.0269058;REFB=-0.142241;REVB=-0.0121628;RO=1;SAF=56;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839387;STB=0.504424;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000189134;OID=.;OPOS=152192978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:40:56:1:0:40:56:1:0 chr1 152193052 . A G 1572.98 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00753679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0939;QD=59.923;RBI=0.0289461;REFB=0;REVB=0.0279477;RO=0;SAF=65;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.02925e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2342e-05;OID=.;OPOS=152193052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:40:65:0:0:40:65:0:0 chr1 152193547 . G A 885.42 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.123;QD=58.0605;RBI=0.017441;REFB=0;REVB=0.0140556;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21551e-05;OID=.;OPOS=152193547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:32:28:0:0:33:28:0:0 chr1 152275453 . G A 428.7 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.038;QD=57.16;RBI=0.0526603;REFB=0;REVB=-0.044943;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000306822;OID=.;OPOS=152275453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr1 152276149 . C T 2005.18 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178548;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.24;QD=62.1761;RBI=0.0600803;REFB=0;REVB=0.0573659;RO=0;SAF=61;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205789;OID=.;OPOS=152276149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:129:129:0:0:128:129:1:67:61:0:0:68:61:0:0 chr1 152276659 . TG CC 172.23 PASS AF=0.842105;AO=15;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00452348;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=231.413;QD=36.2595;RBI=0.0155746;REFB=-0.00533502;REVB=-0.0149033;RO=3;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507033;STBP=0.961;TYPE=mnp;VARB=0.000977019;OID=.;OPOS=152276659;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:15:16:0.842105:10:5:1:2:10:6:1:2 chr1 152276671 . C T 300.3 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0112041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.252;QD=44.4894;RBI=0.0112098;REFB=-0.0367282;REVB=-0.000358097;RO=3;SAF=9;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0091406;STB=0.504946;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0107087;OID=.;OPOS=152276671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:15:9:1:2:15:9:1:2 chr1 152276772 . C A 1863.24 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200684;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.677;QD=61.5947;RBI=0.0842418;REFB=0;REVB=0.0818164;RO=0;SAF=64;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82604e-05;OID=.;OPOS=152276772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:56:64:0:0:57:64:0:0 chr1 152276871 . A G 2143.93 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416829;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.798;QD=63.0569;RBI=0.0423652;REFB=0;REVB=-0.00757257;RO=0;SAF=77;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81408e-05;OID=.;OPOS=152276871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:135:136:1:58:77:0:0:58:78:0:0 chr1 152276889 . A G 2017.32 PASS AF=1;AO=128;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.331;QD=61.5976;RBI=0.0146412;REFB=0;REVB=-0.00498765;RO=0;SAF=79;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.72477e-05;OID=.;OPOS=152276889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:128:131:1:49:79:0:0:51:80:0:0 chr1 152277055 . C G 811.01 PASS AF=0.909091;AO=60;DP=67;FAO=60;FDP=66;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0330383;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.594;QD=49.1518;RBI=0.0380239;REFB=0.0240635;REVB=0.0188226;RO=5;SAF=30;SAR=30;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144779;STB=0.515146;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00220101;OID=.;OPOS=152277055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:67:66:5:6:60:60:0.909091:30:30:3:2:30:30:4:2 chr1 152277168 . A G 1775.6 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.942;QD=60.7041;RBI=0.0534371;REFB=0;REVB=0.0509436;RO=0;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183611;OID=.;OPOS=152277168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:54:61:0:0:54:63:0:0 chr1 152277345 . C T 1446.09 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0512628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4157;QD=56.1587;RBI=0.0692005;REFB=-0.0459854;REVB=0.0464847;RO=2;SAF=59;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00345677;STB=0.502309;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00386007;OID=.;OPOS=152277345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:103:2:3:100:100:0.970874:41:59:1:1:41:59:2:1 chr1 152277396 . T C 1138.9 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00973931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7874;QD=59.1638;RBI=0.0248755;REFB=-0.0404462;REVB=0.0228897;RO=1;SAF=46;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101772;STB=0.505375;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00360992;OID=.;OPOS=152277396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:30:46:1:0:30:46:1:0 chr1 152277717 . C A 674.98 PASS AF=1;AO=38;DP=47;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.741;QD=62.7889;RBI=0.0699148;REFB=0;REVB=0.0244938;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515959;OID=.;OPOS=152277717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:43:0:0:38:43:1:20:18:0:0:16:27:0:0 chr1 152278555 . T C 296.12 PASS AF=0.485294;AO=31;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0326158;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.223;QD=17.4188;RBI=0.0400719;REFB=-0.0302735;REVB=0.0232802;RO=36;SAF=19;SAR=12;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00180422;STB=0.528042;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0372249;OID=.;OPOS=152278555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:35:31:33:0.485294:12:19:22:14:14:19:22:13 chr1 152278689 . C A 3432.66 PASS AF=0.991111;AO=204;DP=207;FAO=223;FDP=225;FR=.;FRO=2;FSAF=127;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0456215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.615;QD=61.0251;RBI=0.0643439;REFB=-0.158994;REVB=0.0453742;RO=3;SAF=114;SAR=90;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156095;STB=0.505154;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000593107;OID=.;OPOS=152278689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:207:225:3:2:204:223:0.991111:90:114:0:3:96:127:0:2 chr1 152278762 . A C 36.59 PASS AF=0.062963;AO=17;DP=271;FAO=17;FDP=270;FR=.;FRO=253;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=127;FSRR=126;FWDB=-0.00251342;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.85;QD=0.542012;RBI=0.0221053;REFB=-0.00112259;REVB=-0.0219619;RO=252;SAF=11;SAR=6;SRF=127;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152382;STB=0.63668;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0162377;OID=.;OPOS=152278762;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:271:270:252:253:17:17:0.062963:6:11:127:125:6:11:127:126 chr1 152278775 . T A 33.9 PASS AF=0.0604982;AO=17;DP=281;FAO=17;FDP=281;FR=.;FRO=264;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=137;FSRR=127;FWDB=-0.0332708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.019;QD=0.482537;RBI=0.0571114;REFB=-0.000149568;REVB=0.0464194;RO=260;SAF=11;SAR=6;SRF=135;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135521;STB=0.622143;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0157273;OID=.;OPOS=152278775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:281:281:260:264:17:17:0.0604982:6:11:135:125:6:11:137:127 chr1 152278788 . G A 32.62 PASS AF=0.0582192;AO=17;DP=292;FAO=17;FDP=292;FR=.;FRO=275;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=147;FSRR=128;FWDB=0.0213851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.07;QD=0.446879;RBI=0.0313949;REFB=-0.00246536;REVB=-0.0229851;RO=274;SAF=11;SAR=6;SRF=147;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115991;STB=0.608458;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0619284;OID=.;OPOS=152278788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:292:292:274:275:17:17:0.0582192:6:11:147:127:6:11:147:128 chr1 152278814 . C T 73.16 PASS AF=0.0888889;AO=24;DP=270;FAO=24;FDP=270;FR=.;FRO=246;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=146;FSRR=100;FWDB=-0.0582821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.179;QD=1.08385;RBI=0.0585368;REFB=-0.00150554;REVB=-0.00545469;RO=243;SAF=10;SAR=14;SRF=144;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206231;STB=0.656915;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0131003;OID=.;OPOS=152278814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:270:270:243:246:24:24:0.0888889:14:10:144:99:14:10:146:100 chr1 152278856 . T G 515.74 PASS AF=0.35;AO=61;DP=180;FAO=63;FDP=180;FR=.;FRO=117;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=73;FSRR=44;FWDB=0.00328771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.087;QD=11.4608;RBI=0.00579158;REFB=-0.0200769;REVB=-0.00476795;RO=116;SAF=35;SAR=26;SRF=72;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554985;STB=0.54544;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0441234;OID=.;OPOS=152278856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:116:117:61:63:0.35:26:35:72:44:28:35:73:44 chr1 152279019 . G A 167.14 PASS AF=0.283951;AO=21;DP=79;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00178821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.791;QD=8.25396;RBI=0.0123676;REFB=-0.00225752;REVB=0.0122376;RO=58;SAF=10;SAR=11;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129993;STB=0.540158;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00777183;OID=.;OPOS=152279019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:58:58:21:23:0.283951:11:10:27:31:11:12:27:31 chr1 152279729 . C T 2624.18 PASS AF=0.951087;AO=175;DP=185;FAO=175;FDP=184;FR=.;FRO=9;FSAF=83;FSAR=92;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.048133;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.336;QD=57.0474;RBI=0.0490229;REFB=-0.150173;REVB=-0.00929872;RO=4;SAF=83;SAR=92;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117459;STB=0.520289;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00310718;OID=.;OPOS=152279729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:185:184:4:9:175:175:0.951087:92:83:3:1:92:83:8:1 chr1 152279841 . G C 1556.45 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.424;QD=59.8635;RBI=0.0662807;REFB=0;REVB=0.0660543;RO=0;SAF=65;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115791;OID=.;OPOS=152279841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:39:65:0:0:39:65:0:0 chr1 152279920 . A G 1464.16 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0406173;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.483;QD=60.3778;RBI=0.0411864;REFB=-0.0512545;REVB=0.00682298;RO=1;SAF=35;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796946;STB=0.502647;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.000648311;OID=.;OPOS=152279920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:97:97:1:2:94:95:0.979381:59:35:0:1:59:36:1:1 chr1 152280032 . T C 2894.02 PASS AF=0.994681;AO=185;DP=188;FAO=187;FDP=188;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0253846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2044;QD=61.5749;RBI=0.0737586;REFB=-0.130289;REVB=0.0692529;RO=3;SAF=93;SAR=92;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01527;STB=0.502645;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00244792;OID=.;OPOS=152280032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:188:188:3:1:185:187:0.994681:92:93:0:3:94:93:0:1 chr1 152280170 . C G 1380.73 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0648334;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1007;QD=62.7602;RBI=0.066527;REFB=0;REVB=-0.0149152;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000498183;OID=.;OPOS=152280170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:50:37:0:0:51:37:0:0 chr1 152280685 . C A 37.86 PASS AF=0.0725389;AO=14;DP=189;FAO=14;FDP=193;FR=.;FRO=179;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=108;FSRR=71;FWDB=-0.042218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.359;QD=0.784762;RBI=0.0683031;REFB=0.00142137;REVB=-0.0536931;RO=175;SAF=3;SAR=11;SRF=105;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410504;STB=0.831884;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0264249;OID=.;OPOS=152280685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:189:193:175:179:14:14:0.0725389:11:3:105:70:11:3:108:71 chr1 152280687 . CA TG 38.08 PASS AF=0.0729167;AO=14;DP=192;FAO=14;FDP=192;FR=.;FRO=178;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=108;FSRR=70;FWDB=-0.0123505;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=206.88;QD=0.793328;RBI=0.0342467;REFB=-0.000997242;REVB=-0.0319421;RO=178;SAF=3;SAR=11;SRF=108;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414751;STB=0.83359;STBP=0.02;TYPE=mnp;VARB=0.0304862;OID=.;OPOS=152280687;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:192:192:178:178:14:14:0.0729167:11:3:108:70:11:3:108:70 chr1 152280691 . A T 48.72 PASS AF=0.0829016;AO=16;DP=192;FAO=16;FDP=193;FR=.;FRO=177;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=107;FSRR=70;FWDB=-0.0583234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.57;QD=1.00965;RBI=0.067258;REFB=-0.0035574;REVB=-0.0334965;RO=171;SAF=5;SAR=11;SRF=102;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319738;STB=0.752307;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.03896;OID=.;OPOS=152280691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:192:193:171:177:16:16:0.0829016:11:5:102:69:11:5:107:70 chr1 152280736 . T C 169.27 PASS AF=0.184971;AO=31;DP=173;FAO=32;FDP=173;FR=.;FRO=141;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=88;FSRR=53;FWDB=-0.00844569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.275;QD=3.91384;RBI=0.0138371;REFB=-0.00352234;REVB=-0.0109606;RO=141;SAF=13;SAR=18;SRF=88;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258588;STB=0.672053;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0175307;OID=.;OPOS=152280736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:141:141:31:32:0.184971:18:13:88:53:19:13:88:53 chr1 152280759 . A G 266.6 PASS AF=0.253165;AO=40;DP=158;FAO=40;FDP=158;FR=.;FRO=118;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=76;FSRR=42;FWDB=-0.0031303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.483;QD=6.74933;RBI=0.0145017;REFB=-0.00693118;REVB=-0.0141598;RO=116;SAF=16;SAR=24;SRF=75;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299188;STB=0.676388;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0149819;OID=.;OPOS=152280759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:116:118:40:40:0.253165:24:16:75:41:24:16:76:42 chr1 152280782 . A G 1992.78 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759622;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2033;QD=62.2745;RBI=0.0248765;REFB=0;REVB=-0.0236884;RO=0;SAF=67;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203066;OID=.;OPOS=152280782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:61:67:0:0:61:67:0:0 chr1 152280788 . T G 366.48 PASS AF=0.372881;AO=43;DP=119;FAO=44;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.0509286;FXX=0.00840265;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.135;QD=12.4232;RBI=0.0509305;REFB=-0.0171255;REVB=0.00044763;RO=52;SAF=16;SAR=27;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201816;STB=0.621587;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0251346;OID=.;OPOS=152280788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:52:74:43:44:0.372881:27:16:30:22:27:17:43:31 chr1 152280864 . A G 1080.04 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.556;QD=60.0022;RBI=0.0302207;REFB=0;REVB=0.00773202;RO=0;SAF=21;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16551e-05;OID=.;OPOS=152280864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:50:21:0:0:50:22:0:0 chr1 152280900 . T G 685.26 PASS AF=0.623762;AO=63;DP=101;FAO=63;FDP=101;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00871307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7456;QD=27.1391;RBI=0.012655;REFB=-0.00680564;REVB=-0.00917783;RO=38;SAF=23;SAR=40;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116236;STB=0.563175;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00633873;OID=.;OPOS=152280900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:38:38:63:63:0.623762:40:23:20:18:40:23:20:18 chr1 152281007 . AA GG 1303.92 PASS AF=0.505792;AO=130;DP=259;FAO=131;FDP=259;FR=.;FRO=128;FSAF=71;FSAR=60;FSRF=67;FSRR=61;FWDB=-0.00931004;FXX=0.00384601;HRUN=2;LEN=2;MLLD=93.0897;QD=20.1378;RBI=0.0149529;REFB=-0.0199482;REVB=-0.011701;RO=128;SAF=71;SAR=59;SRF=67;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206864;STB=0.509216;STBP=0.759;TYPE=mnp;VARB=0.0185796;OID=.;OPOS=152281007;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:128:128:130:131:0.505792:59:71:67:61:60:71:67:61 chr1 152281039 . G A 1392.7 PASS AF=0.472313;AO=145;DP=307;FAO=145;FDP=307;FR=.;FRO=162;FSAF=85;FSAR=60;FSRF=89;FSRR=73;FWDB=-0.000292671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.506;QD=18.146;RBI=0.0517652;REFB=-0.0186677;REVB=0.0517644;RO=157;SAF=85;SAR=60;SRF=87;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310316;STB=0.519887;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0207919;OID=.;OPOS=152281039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:307:157:162:145:145:0.472313:60:85:87:70:60:85:89:73 chr1 152281228 . C G 805.66 PASS AF=0.445026;AO=84;DP=192;FAO=85;FDP=191;FR=.;FRO=106;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=0.0832701;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4097;QD=16.8725;RBI=0.0856217;REFB=-0.034855;REVB=-0.0199293;RO=100;SAF=47;SAR=37;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068455;STB=0.525694;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0394203;OID=.;OPOS=152281228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:100:106:84:85:0.445026:37:47:49:51:37:48:55:51 chr1 152281290 . A G 338.74 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0121761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.011;QD=15.2244;RBI=0.0203648;REFB=-0.0206159;REVB=-0.0163238;RO=51;SAF=24;SAR=13;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225623;STB=0.633056;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0282481;OID=.;OPOS=152281290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:52:37:37:0.41573:13:24:22:29:13:24:22:30 chr1 152281304 . A C 290.44 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0299025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.698;QD=14.1678;RBI=0.0300053;REFB=-0.0299786;REVB=-0.00248134;RO=49;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154159;STB=0.587576;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0497959;OID=.;OPOS=152281304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:14:19:21:28:14:19:21:28 chr1 152281479 . G T 3327.22 PASS AF=1;AO=213;DP=213;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00793524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3221;QD=62.1911;RBI=0.049615;REFB=0;REVB=0.0489763;RO=0;SAF=121;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5057e-05;OID=.;OPOS=152281479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:214:0:0:213:214:1:92:121:0:0:93:121:0:0 chr1 152281523 . A C 716.92 PASS AF=0.376106;AO=81;DP=218;FAO=85;FDP=226;FR=.;FRO=141;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=78;FSRR=63;FWDB=0.0141348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4531;QD=12.6888;RBI=0.0176945;REFB=-0.00219925;REVB=-0.0106443;RO=137;SAF=40;SAR=41;SRF=77;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075699;STB=0.529534;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00313259;OID=.;OPOS=152281523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:226:137:141:81:85:0.376106:41:40:77:60:42:43:78:63 chr1 152281534 . A T 623.2 PASS AF=0.348416;AO=77;DP=221;FAO=77;FDP=221;FR=.;FRO=144;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=82;FSRR=62;FWDB=-0.00743462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.525;QD=11.2796;RBI=0.0187877;REFB=0.00404719;REVB=-0.0172541;RO=144;SAF=42;SAR=35;SRF=82;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277179;STB=0.515803;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00867415;OID=.;OPOS=152281534;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:144:144:77:77:0.348416:35:42:82:62:35:42:82:62 chr1 152281690 . C T 2945.63 PASS AF=0.974359;AO=189;DP=194;FAO=190;FDP=195;FR=.;FRO=5;FSAF=103;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0264285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.065;QD=60.4232;RBI=0.0291785;REFB=-0.0572114;REVB=-0.012366;RO=4;SAF=102;SAR=87;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213853;STB=0.508821;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00048355;OID=.;OPOS=152281690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:194:195:4:5:189:190:0.974359:87:102:0:4:87:103:1:4 chr1 152281948 . G A 2169.62 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.304;QD=62.8877;RBI=0.0432429;REFB=0;REVB=0.0407588;RO=0;SAF=75;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47591e-05;OID=.;OPOS=152281948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:136:138:1:61:75:0:0:63:75:0:0 chr1 152282267 . G A 1020.27 PASS AF=1;AO=66;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032749;FXX=0.054787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.059;QD=59.1458;RBI=0.0736104;REFB=0;REVB=0.0659242;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136794;OID=.;OPOS=152282267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:66:69:1:37:29:0:0:40:29:0:0 chr1 152282311 . C T 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7856;QD=57.1038;RBI=0.0349246;REFB=0;REVB=-0.0248786;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18213e-06;OID=.;OPOS=152282311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr1 152282917 . G T 1667.98 PASS AF=0.982456;AO=111;DP=115;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00459178;FXX=0.0172399;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.202;QD=58.5255;RBI=0.021972;REFB=-0.138093;REVB=0.0214868;RO=1;SAF=43;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0069312;STB=0.50215;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.000485133;OID=.;OPOS=152282917;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:114:1:2:111:112:0.982456:68:43:0:1:69:43:1:1 chr1 152283236 . T C 817.64 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.02;QD=57.3781;RBI=0.0535527;REFB=0;REVB=0.0421803;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241821;OID=.;OPOS=152283236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr1 152283283 . C G,T 661.99 PASS AF=0.0465116,0.953488;AO=2,41;DP=43;FAO=2,41;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129487,0.00485995;FXX=0.0227221;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.512,77.5844;QD=61.5801;RBI=0.0181396,0.00913029;REFB=0,0;REVB=-0.0127034,0.00772936;RO=0;SAF=1,16;SAR=1,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.1719e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0501491,-0.0103588;OID=.,.;OPOS=152283283,152283283;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:43:43:0:0:2,41:2,41:0.0465116,0.953488:1,25:1,16:0:0:1,25:1,16:0:0 chr1 152283862 . G C 1057.25 PASS AF=0.903614;AO=72;DP=80;FAO=75;FDP=83;FR=.;FRO=8;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0258139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.469;QD=50.9519;RBI=0.0492913;REFB=-0.0324222;REVB=0.0419913;RO=8;SAF=34;SAR=38;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0052471;STB=0.504532;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00547045;OID=.;OPOS=152283862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:80:83:8:8:72:75:0.903614:38:34:4:4:41:34:4:4 chr1 152283975 . A G 1831.2 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.352;QD=61.04;RBI=0.0461929;REFB=0;REVB=0.0455707;RO=0;SAF=60;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48287e-05;OID=.;OPOS=152283975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:120:0:0:118:120:1:58:60:0:0:58:62:0:0 chr1 152284854 . A G 2517.76 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761985;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.79;QD=61.4088;RBI=0.0199535;REFB=0;REVB=0.0184413;RO=0;SAF=75;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.81127e-06;OID=.;OPOS=152284854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:164:0:0:159:164:1:84:75:0:0:86:78:0:0 chr1 152285099 . C T 1039.06 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.824;QD=59.3748;RBI=0.0491484;REFB=0;REVB=0.0312503;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46036e-05;OID=.;OPOS=152285099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:70:0:0:65:70:1:36:29:0:0:40:30:0:0 chr1 152285930 . G A 2531.45 PASS AF=0.993976;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=112;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00223337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.553;QD=60.9987;RBI=0.00355663;REFB=-0.10544;REVB=-0.00276797;RO=0;SAF=112;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502222;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=8.74707e-05;OID=.;OPOS=152285930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:166:166:0:1:165:165:0.993976:53:112:0:0:53:112:1:0 chr1 152286002 . T C 1742.49 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988526;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2589;QD=60.6083;RBI=0.0232772;REFB=0;REVB=0.0210739;RO=0;SAF=89;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581143;OID=.;OPOS=152286002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:25:89:0:0:26:89:0:0 chr1 152286032 . C T 1862.02 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.021618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.189;QD=60.5534;RBI=0.0237474;REFB=-0.0785527;REVB=-0.00982855;RO=1;SAF=70;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067388;STB=0.503546;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000115706;OID=.;OPOS=152286032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:52:70:1:0:52:70:1:0 chr1 152286367 . C A 868.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.527;QD=57.8802;RBI=0.0317432;REFB=0;REVB=0.0241346;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02083e-05;OID=.;OPOS=152286367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:21:39:0:0:21:39:0:0 chr1 152323132 . G T 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00240808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.257;QD=62.162;RBI=0.00866632;REFB=0;REVB=0.00832504;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83325e-06;OID=.;OPOS=152323132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr1 152324464 . C T 552.2 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0440193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7538;QD=18.1048;RBI=0.0455442;REFB=-0.0383777;REVB=-0.0116865;RO=64;SAF=34;SAR=24;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19823;STB=0.609828;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0420581;OID=.;OPOS=152324464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:64:58:58:0.47541:24:34:24:40:24:34:24:40 chr1 152325732 . G A 1396.34 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000495089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.69;QD=62.7568;RBI=0.0132406;REFB=0;REVB=-0.0132313;RO=0;SAF=56;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00429e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60262e-05;OID=.;OPOS=152325732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:31:56:0:0:33:56:0:0 chr1 152326843 . C T 940.9 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0439586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.448;QD=57.0242;RBI=0.0443501;REFB=-0.0389291;REVB=0.00588001;RO=1;SAF=24;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192744;STB=0.510201;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00106772;OID=.;OPOS=152326843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:41:24:1:0:41:24:1:0 chr1 152327469 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.751;QD=58.5876;RBI=0.046453;REFB=0;REVB=0.0258489;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368754;OID=.;OPOS=152327469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr1 152327502 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.239;QD=45.8065;RBI=0.0410661;REFB=0;REVB=0.0280211;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422718;OID=.;OPOS=152327502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr1 152327526 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.296;QD=33.4283;RBI=0.0652971;REFB=0;REVB=0.0605639;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013045;OID=.;OPOS=152327526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr1 152327633 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1713;QD=33.4259;RBI=0.075537;REFB=0;REVB=0.0647018;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00953171;OID=.;OPOS=152327633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 152327652 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.408;QD=37.4885;RBI=0.0297702;REFB=0;REVB=0.0178538;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12417e-05;OID=.;OPOS=152327652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr1 152327656 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.977;QD=37.4885;RBI=0.0167679;REFB=0;REVB=0.00544396;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.82921e-05;OID=.;OPOS=152327656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr1 152327658 . T A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.054;QD=39.2068;RBI=0.0216199;REFB=0;REVB=0.0211636;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261074;OID=.;OPOS=152327658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr1 152327667 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.063;QD=44.689;RBI=0.0240891;REFB=0;REVB=-0.00360938;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151357;OID=.;OPOS=152327667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr1 152328411 . A G 239.18 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.296;QD=50.3541;RBI=0.0508303;REFB=0;REVB=0.00611414;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248628;OID=.;OPOS=152328411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:12:6:0:0:12:7:0:0 chr1 152329435 . C T 857.77 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.761;QD=57.1848;RBI=0.0286195;REFB=0;REVB=-0.0101605;RO=0;SAF=16;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122783;OID=.;OPOS=152329435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:42:16:0:0:43:17:0:0 chr1 152331240 . G A 992.81 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304973;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.921;QD=59.2724;RBI=0.0373915;REFB=0;REVB=0.0216342;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169205;OID=.;OPOS=152331240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:64:67:1:27:37:0:0:29:38:0:0 chr1 152382120 . C T 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4958;QD=63.581;RBI=0.0748308;REFB=0;REVB=0.0352813;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121724;OID=.;OPOS=152382120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr1 152484129 . G A 329.27 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=45;FWDB=-0.000185228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.393;QD=15.6794;RBI=0.0101115;REFB=-0.0137713;REVB=0.0101098;RO=47;SAF=4;SAR=32;SRF=3;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136348;STB=0.578909;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0159829;OID=.;OPOS=152484129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:48:36:36:0.428571:32:4:3:44:32:4:3:45 chr1 152487979 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0446183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3575;QD=18.82;RBI=0.0507111;REFB=-0.0303396;REVB=0.0241002;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217336;STB=0.624787;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0361886;OID=.;OPOS=152487979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:4:8:4:6:4:8:4:6 chr1 152488063 . C T 298.68 PASS AF=0.54;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.034166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3416;QD=23.8946;RBI=0.0509389;REFB=0.00580695;REVB=0.0377817;RO=23;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813267;STB=0.551738;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00293983;OID=.;OPOS=152488063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:23:26:27:0.54:10:16:12:11:10:17:12:11 chr1 152488146 . G A 277.02 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0501683;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5632;QD=24.6242;RBI=0.0724464;REFB=-0.028259;REVB=0.052265;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127416;STB=0.570865;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0250343;OID=.;OPOS=152488146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:20:20:25:25:0.555556:14:11:12:8:14:11:12:8 chr1 152488428 . T C 353.65 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00904898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.945;QD=20.803;RBI=0.0506396;REFB=0.00982111;REVB=0.0498246;RO=31;SAF=15;SAR=21;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00231036;STB=0.510045;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00330605;OID=.;OPOS=152488428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:31:32:36:36:0.529412:21:15:13:18:21:15:14:18 chr1 152552285 . C A 240.99 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=2;FWDB=0.0113415;FXX=0.0212721;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.4226;QD=20.9555;RBI=0.0604216;REFB=-0.0181327;REVB=0.0593476;RO=23;SAF=15;SAR=8;SRF=21;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285613;STB=0.657421;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0188896;OID=.;OPOS=152552285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:8:15:21:2:8:15:21:2 chr1 152659471 . T G 361.87 PASS AF=0.553846;AO=35;DP=66;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.01751;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.491;QD=22.2692;RBI=0.0341151;REFB=-0.0279529;REVB=0.0292787;RO=25;SAF=3;SAR=32;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321468;STB=0.705742;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0192786;OID=.;OPOS=152659471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:25:29:35:36:0.553846:32:3:7:18:32:4:11:18 chr1 152671913 . C G 74.25 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0544133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.059;QD=10.2414;RBI=0.0544315;REFB=0.000980391;REVB=-0.0014063;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23035;STB=0.636124;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.000401987;OID=.;OPOS=152671913;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:6:4:4:15:6:4:4:15 chr1 152692512 . G A 126.17 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0262678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.651;QD=10.9712;RBI=0.0721507;REFB=0.00516622;REVB=-0.0671991;RO=31;SAF=12;SAR=3;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946343;STB=0.556881;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00546023;OID=.;OPOS=152692512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:3:12:23:8:3:12:23:8 chr1 152732174 . T C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00873032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.919;QD=16.0426;RBI=0.00942743;REFB=-0.00536537;REVB=0.00355779;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162409;STB=0.592501;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00720198;OID=.;OPOS=152732174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:8:11:19:7:8:11:19:7 chr1 152732436 . G C 218.04 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0242914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.728;QD=15.5743;RBI=0.0276892;REFB=-0.0262588;REVB=-0.0132899;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105835;STB=0.559952;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0345084;OID=.;OPOS=152732436;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:14:11:17:14:14:11:17:14 chr1 152732567 . G A 259.15 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0325559;FXX=0.065563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.438;QD=18.1862;RBI=0.0397192;REFB=-0.0257658;REVB=0.0227537;RO=28;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528073;STB=0.546942;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0219989;OID=.;OPOS=152732567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:28:29:27:28:0.491228:16:11:13:15:17:11:14:15 chr1 152734390 . C T 431.71 PASS AF=0.478261;AO=43;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.0028256;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.476;QD=18.7701;RBI=0.00312169;REFB=-0.0136187;REVB=-0.001327;RO=49;SAF=20;SAR=23;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134761;STB=0.575724;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0157811;OID=.;OPOS=152734390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:48:43:44:0.478261:23:20:16:33:24:20:15:33 chr1 152760352 . T A 229.93 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0485666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.579;QD=9.88936;RBI=0.0546798;REFB=-0.0196221;REVB=0.0251229;RO=64;SAF=9;SAR=20;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231734;STB=0.636549;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0557973;OID=.;OPOS=152760352;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:64:64:29:29:0.311828:20:9:32:32:20:9:32:32 chr1 152760628 . T C 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.021999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.559;QD=9.37563;RBI=0.0370978;REFB=-0.00999834;REVB=-0.0298712;RO=41;SAF=15;SAR=4;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356643;STB=0.714041;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0231224;OID=.;OPOS=152760628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:4:15:21:20:4:15:21:20 chr1 152760642 . C T 148.08 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0117288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.918;QD=9.40168;RBI=0.0289177;REFB=0.00107948;REVB=-0.0264323;RO=43;SAF=16;SAR=4;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351331;STB=0.710879;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00153868;OID=.;OPOS=152760642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:4:16:23:20:4:16:23:20 chr1 152760644 . C T 148.1 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0137236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.793;QD=9.40328;RBI=0.0221322;REFB=-0.00996439;REVB=-0.0173637;RO=42;SAF=16;SAR=4;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361072;STB=0.710879;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0114212;OID=.;OPOS=152760644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:42:43:20:20:0.31746:4:16:22:20:4:16:23:20 chr1 152760647 . C A 148.08 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0125495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.359;QD=9.40158;RBI=0.0163693;REFB=0.0166145;REVB=-0.0105101;RO=43;SAF=16;SAR=4;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351331;STB=0.710879;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0050915;OID=.;OPOS=152760647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:4:16:23:20:4:16:23:20 chr1 152760651 . C T 148.08 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00727226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.892;QD=9.40172;RBI=0.0160834;REFB=-0.0240706;REVB=0.0143454;RO=43;SAF=16;SAR=4;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351331;STB=0.710879;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0216147;OID=.;OPOS=152760651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:4:16:23:20:4:16:23:20 chr1 152770521 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.126028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.93;QD=16.8222;RBI=0.13164;REFB=-0.0242762;REVB=0.0380245;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258094;STB=0.650752;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0324342;OID=.;OPOS=152770521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:1:4:3:4:1:4 chr1 152770533 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0154184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.297;QD=12.0159;RBI=0.015768;REFB=-0.0622141;REVB=0.00330198;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0173782;OID=.;OPOS=152770533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:3:4:3:3:3:4 chr1 152770589 . A G 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00485213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.426;QD=25.4291;RBI=0.015483;REFB=-0.0247072;REVB=0.0147031;RO=15;SAF=17;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160483;STB=0.589818;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0256348;OID=.;OPOS=152770589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:5:17:9:6:5:17:9:6 chr1 152771207 . C A 159.69 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0921825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1665;QD=18.787;RBI=0.0921916;REFB=-0.0530237;REVB=-0.00129459;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187276;STB=0.587528;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0311596;OID=.;OPOS=152771207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:17:16:17:0.5:9:7:11:6:9:8:11:6 chr1 152771293 . A G 297.86 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00587813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.646;QD=15.886;RBI=0.0125348;REFB=-0.0336538;REVB=0.011071;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085874;STB=0.548358;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0408327;OID=.;OPOS=152771293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:17:16:24:18:17:16:24:18 chr1 152771360 . A T 409.44 PASS AF=0.461538;AO=41;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0158582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3846;QD=17.9972;RBI=0.0161134;REFB=-0.0369085;REVB=-0.00285622;RO=49;SAF=20;SAR=21;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1209;STB=0.560411;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0319427;OID=.;OPOS=152771360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:41:42:0.461538:21:20:30:19:21:21:30:19 chr1 152777908 . C T 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.0200228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5038;QD=8.25415;RBI=0.0200228;REFB=-0.0121191;REVB=0;RO=12;SAF=6;SAR=0;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0207018;OID=.;OPOS=152777908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:0:6:12:0:0:6:12:0 chr1 152882610 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00876908;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.306;QD=15.5715;RBI=0.0134824;REFB=-0.00467807;REVB=0.010241;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408741;STB=0.523766;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00200531;OID=.;OPOS=152882610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:6:6:6:5:6:6 chr1 152883680 . A G 59.18 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0215159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.651;QD=15.78;RBI=0.038677;REFB=-0.0538413;REVB=0.03214;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566609;STB=0.53325;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0813751;OID=.;OPOS=152883680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:3:4:4:4:3:4 chr1 152884111 . G A 268.9 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0551464;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6998;QD=13.9688;RBI=0.0557891;REFB=-0.0148115;REVB=0.00844391;RO=41;SAF=17;SAR=14;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881673;STB=0.576776;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0287165;OID=.;OPOS=152884111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:41:46:31:31:0.402597:14:17:26:15:14:17:31:15 chr1 152884246 . GA TG 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0638093;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.973;QD=15.2625;RBI=0.0644433;REFB=0.00731684;REVB=-0.00901708;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406961;STB=0.73435;STBP=0.041;TYPE=mnp;VARB=-0.00819244;OID=.;OPOS=152884246;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:12:4:9:4:12:4 chr1 152944594 . C T 463.54 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00163925;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.645;QD=23.7713;RBI=0.0276801;REFB=-0.00094099;REVB=0.0276315;RO=31;SAF=16;SAR=28;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950532;STB=0.562015;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000726447;OID=.;OPOS=152944594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:31:34:44:44:0.564103:28:16:15:16:28:16:17:17 chr1 152957832 . C A 37.82 PASS AF=0.375;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0280053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.1677;QD=9.45424;RBI=0.153602;REFB=-0.018902;REVB=0.151028;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114905;STB=0.545299;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0361299;OID=.;OPOS=152957832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:9:10:6:6:0.375:2:4:5:4:2:4:6:4 chr1 152957887 . G A 86.18 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00364352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.797;QD=12.3116;RBI=0.0299972;REFB=-0.0195525;REVB=-0.0297751;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299689;STB=0.726859;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0284446;OID=.;OPOS=152957887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:14:17:11:11:0.392857:3:8:6:8:3:8:6:11 chr1 152958238 . A G 241.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0413219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5613;QD=14.8581;RBI=0.048964;REFB=-0.0422455;REVB=-0.0262673;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130255;STB=0.573718;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0545879;OID=.;OPOS=152958238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:13:15:15:22:13:15:15:22 chr1 152958267 . T C 199.37 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0261996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6797;QD=15.6369;RBI=0.0503955;REFB=-0.0170367;REVB=-0.0430498;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111863;STB=0.56358;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0232589;OID=.;OPOS=152958267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:12:10:10:19:12:10:10:19 chr1 152975495 . G A 198.63 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.028681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7733;QD=19.3787;RBI=0.028784;REFB=0.00263244;REVB=0.00243242;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224193;STB=0.638681;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00795072;OID=.;OPOS=152975495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:7:13:8:12:7:13:8:13 chr1 152975936 . C G 116.01 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00249939;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9533;QD=10.5463;RBI=0.0176887;REFB=-0.0226261;REVB=0.0175112;RO=30;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341819;STB=0.702851;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0120777;OID=.;OPOS=152975936;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:30:30:14:14:0.318182:5:9:10:20:5:9:10:20 chr1 152975941 . C G 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0251964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.963;QD=12.0844;RBI=0.0255773;REFB=-0.0114014;REVB=-0.00439787;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24979;STB=0.646103;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.015806;OID=.;OPOS=152975941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:7:9:10:20:7:9:10:20 chr1 152976108 . C T 169.48 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0165361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.121;QD=16.5348;RBI=0.0169143;REFB=-0.0153321;REVB=-0.00355682;RO=23;SAF=4;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290801;STB=0.668585;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0211161;OID=.;OPOS=152976108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:14:4:11:12:14:4:11:12 chr1 152976114 . G C 159.5 PASS AF=0.439024;AO=16;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.029029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6954;QD=15.5606;RBI=0.0422353;REFB=-0.0550255;REVB=-0.0306779;RO=23;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259816;STB=0.668585;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0458209;OID=.;OPOS=152976114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:23:16:18:0.439024:12:4:11:12:14:4:11:12 chr1 152976306 . T G 223.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0220844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.332;QD=19.4664;RBI=0.0238531;REFB=-0.00845428;REVB=-0.00901403;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165118;STB=0.615893;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00856258;OID=.;OPOS=152976306;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:24:22:22:0.478261:14:8:12:10:14:8:14:10 chr1 153004848 . T C 47.39 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0143682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8931;QD=11.847;RBI=0.0145277;REFB=-0.0190976;REVB=-0.00214698;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150213;STB=0.509065;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0595731;OID=.;OPOS=153004848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:5:4:3:4:5:4 chr1 153004853 . C T 38.64 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0158067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.806;QD=11.041;RBI=0.022215;REFB=-0.0227414;REVB=-0.0156095;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271446;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0343557;OID=.;OPOS=153004853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:5:3:4:2:5:3 chr1 153005156 . C T 94.69 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0923645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8389;QD=10.822;RBI=0.0942755;REFB=0.0124359;REVB=0.0188854;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208428;STB=0.62421;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0125583;OID=.;OPOS=153005156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:7:5:14:9:7:5:14:9 chr1 153066072 . T C 319.02 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=10;FWDB=0.0285772;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.097;QD=15.7542;RBI=0.0378335;REFB=0.00476829;REVB=0.0247935;RO=44;SAF=31;SAR=4;SRF=35;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182283;STB=0.618156;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00749345;OID=.;OPOS=153066072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:46:35:35:0.432099:4:31:35:9:4:31:36:10 chr1 153085029 . G T 635.14 PASS AF=0.440252;AO=70;DP=159;FAO=70;FDP=159;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=0.0150001;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.518;QD=15.9785;RBI=0.0353731;REFB=-0.018502;REVB=-0.0320352;RO=87;SAF=44;SAR=26;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159718;STB=0.583401;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0194792;OID=.;OPOS=153085029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:87:89:70:70:0.440252:26:44:41:46:26:44:43:46 chr1 153113139 . G A 158.71 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0289517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5478;QD=17.1582;RBI=0.0533695;REFB=-0.024602;REVB=0.0448342;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22951;STB=0.629081;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0313835;OID=.;OPOS=153113139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:11:6:3:17:11:6:3:17 chr1 153277423 . C T 1320.7 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0039167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3043;QD=62.1508;RBI=0.00948729;REFB=0;REVB=-0.00864107;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.30821e-05;OID=.;OPOS=153277423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr1 153314153 . C A 911.76 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00368745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.363;QD=55.2583;RBI=0.00871519;REFB=-0.044928;REVB=0.00789666;RO=2;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248459;STB=0.513154;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00136491;OID=.;OPOS=153314153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:37:27:0:2:37:27:0:2 chr1 153315579 . A G 965.02 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0046119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.4325;QD=56.7661;RBI=0.0452204;REFB=0.137303;REVB=0.0449846;RO=1;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165747;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000576613;OID=.;OPOS=153315579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:28:38:0:1:29:38:0:1 chr1 153320334 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806815;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.705;QD=50.4135;RBI=0.0152414;REFB=0;REVB=-0.0129307;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.57817e-06;OID=.;OPOS=153320334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr1 153320372 . T G 207.07 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7734;QD=48.7229;RBI=0.0327026;REFB=0;REVB=0.0255288;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108715;OID=.;OPOS=153320372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr1 153410822 . C A 619.62 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00722383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.527;QD=59.0118;RBI=0.0110428;REFB=-0.112885;REVB=0.00835221;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000249453;OID=.;OPOS=153410822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:18:23:1:0:18:23:1:0 chr1 153412392 . T G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000615839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.076;QD=61.3359;RBI=0.0444168;REFB=0;REVB=0.0444125;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108596;OID=.;OPOS=153412392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr1 153431406 . C G 1014.79 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275179;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9537;QD=57.9878;RBI=0.0412344;REFB=-0.0814311;REVB=-0.0307089;RO=0;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000856421;OID=.;OPOS=153431406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:0:1:69:69:0.985714:46:23:0:0:46:23:1:0 chr1 153588279 . G A 278.28 PASS AF=0.526316;AO=27;DP=56;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00466002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.768;QD=19.5285;RBI=0.06584;REFB=-0.0172397;REVB=0.0656749;RO=28;SAF=19;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200229;STB=0.556738;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0127285;OID=.;OPOS=153588279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:27:27:30:0.526316:8:19:14:14:11:19:14:13 chr1 153588340 . C T 205.37 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00934076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.046;QD=14.669;RBI=0.00964299;REFB=-0.018762;REVB=0.00239528;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192999;STB=0.617551;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0228715;OID=.;OPOS=153588340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:14:10:19:12:14:10:20:12 chr1 153604029 . C T 635.8 PASS AF=0.924528;AO=47;DP=52;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00793028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6644;QD=47.9849;RBI=0.0437128;REFB=-0.0116086;REVB=0.0429874;RO=5;SAF=11;SAR=36;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131099;STB=0.544919;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00579187;OID=.;OPOS=153604029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:52:53:5:4:47:49:0.924528:36:11:4:1:36:13:3:1 chr1 153676713 . C A 1358.56 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.281;QD=62.4627;RBI=0.0516997;REFB=0;REVB=0.0262296;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86e-05;OID=.;OPOS=153676713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr1 153743234 . T C 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0404298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.491;QD=20.8995;RBI=0.0404897;REFB=-0.0337219;REVB=-0.00220202;RO=24;SAF=9;SAR=19;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498316;STB=0.527758;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0307353;OID=.;OPOS=153743234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:19:9:9:15:19:9:9:15 chr1 153913770 . A G 815.65 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.749;QD=57.2387;RBI=0.0672623;REFB=0;REVB=0.0383294;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101644;OID=.;OPOS=153913770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:34:21:0:0:34:23:0:0 chr1 153923986 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0176283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.73;QD=17.8274;RBI=0.0347321;REFB=-0.0075937;REVB=0.0299259;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342141;STB=0.689426;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00330356;OID=.;OPOS=153923986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:3:9:11:0:3:9:11:0 chr1 154034091 . CA C 34.99 PASS AF=0.28;AO=9;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.11482;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.3564;QD=5.59871;RBI=0.192993;REFB=-0.0439104;REVB=-0.155122;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.678061;STB=0.883214;STBP=0.032;TYPE=del;VARB=0.0682677;OID=.;OPOS=154034092;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:9:25:7:25:18:1:6:13:5:34:15:1:8:12:3 chr1 154089438 . T C 327.27 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0279314;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8574;QD=16.783;RBI=0.0426978;REFB=0.00414868;REVB=0.0322945;RO=42;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125823;STB=0.562879;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00238159;OID=.;OPOS=154089438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:18:17:15:27:18:17:16:27 chr1 154108387 . G A 987.3 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324076;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.893;QD=58.0762;RBI=0.0370029;REFB=0;REVB=-0.0178595;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043891;OID=.;OPOS=154108387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:65:68:1:38:27:0:0:38:30:0:0 chr1 154144681 . A T 71.67 PASS AF=0.6;AO=7;DP=13;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0228415;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=219.377;QD=19.1107;RBI=0.0310743;REFB=-0.0280645;REVB=-0.0210683;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00829122;OID=.;OPOS=154144681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:15:1:6:7:9:0.6:1:6:0:1:3:6:4:2 chr1 154144853 . C T 197.17 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0563668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8652;QD=18.3411;RBI=0.100573;REFB=0.0124363;REVB=0.0832925;RO=23;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494088;STB=0.537275;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.013442;OID=.;OPOS=154144853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:23:19:20:0.465116:14:5:7:16:15:5:7:16 chr1 154270155 . A G 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.000330742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.153;QD=23.9647;RBI=0.00769084;REFB=-0.0223773;REVB=0.00768373;RO=18;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131239;STB=0.573211;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0115465;OID=.;OPOS=154270155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:9:14:8:10:9:14:8:10 chr1 154293675 . G A 119.12 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0103212;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.449;QD=12.5386;RBI=0.0225966;REFB=-0.0181316;REVB=0.0201018;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106491;STB=0.562414;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0297184;OID=.;OPOS=154293675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:24:24:14:14:0.368421:6:8:16:8:6:8:16:8 chr1 154295592 . C T 266.59 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0765003;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.98;QD=15.6815;RBI=0.0769481;REFB=-0.00231261;REVB=-0.00828851;RO=38;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00696865;STB=0.503934;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00258879;OID=.;OPOS=154295592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:38:38:30:30:0.441176:14:16:20:18:14:16:20:18 chr1 154296076 . T C 324.52 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=81;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0286921;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.072;QD=16.8583;RBI=0.0323106;REFB=-0.00191593;REVB=0.0148573;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100293;STB=0.54664;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00367451;OID=.;OPOS=154296076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:77:40:42:34:35:0.454545:18:16:23:17:18:17:24:18 chr1 154303976 . T C 243.14 PASS AF=0.376623;AO=28;DP=76;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00582393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.649;QD=12.6306;RBI=0.0166834;REFB=-0.00813693;REVB=0.0156339;RO=46;SAF=11;SAR=17;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708433;STB=0.550985;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0227131;OID=.;OPOS=154303976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:46:48:28:29:0.376623:17:11:21:25:18:11:22:26 chr1 154313689 . G A 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0102691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.204;QD=15.7812;RBI=0.0102837;REFB=-0.0022624;REVB=0.000548465;RO=29;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25302;STB=0.644354;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00232229;OID=.;OPOS=154313689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:7:16:13:16:7:16:13:16 chr1 154316434 . C T 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0130205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.796;QD=24.4929;RBI=0.0135296;REFB=-0.0330394;REVB=0.0036765;RO=15;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381435;STB=0.521226;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0286828;OID=.;OPOS=154316434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:8:13:10:5:8:13:10:5 chr1 154320942 . A G 427.99 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0161999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.598;QD=19.4539;RBI=0.0168506;REFB=-0.0274946;REVB=-0.00463768;RO=45;SAF=23;SAR=20;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605277;STB=0.533602;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0243989;OID=.;OPOS=154320942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:20:23:27:18:20:23:27:18 chr1 154322473 . A G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0106086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.142;QD=16.3859;RBI=0.0107316;REFB=-0.00925255;REVB=-0.00162011;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450094;STB=0.526257;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.010237;OID=.;OPOS=154322473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:4:4:4:5:4:4 chr1 154474131 . C G 124.09 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0073432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.402;QD=38.1819;RBI=0.0302913;REFB=-0.0424333;REVB=0.0293878;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000938233;OID=.;OPOS=154474131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:0:1:7:5:0:1 chr1 154516571 . T C 689.06 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.034;QD=62.6417;RBI=0.0222201;REFB=0;REVB=0.0122918;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.51237e-06;OID=.;OPOS=154516571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:27:17:0:0 chr1 154516578 . G A 651.96 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.37;QD=62.0909;RBI=0.0577355;REFB=0;REVB=0.0249285;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172939;OID=.;OPOS=154516578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:25:17:0:0 chr1 154556663 . G A 701.33 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0665507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.512;QD=51.006;RBI=0.0770396;REFB=-0.164524;REVB=0.0388086;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159663;STB=0.512363;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00142347;OID=.;OPOS=154556663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:55:55:1:3:52:52:0.945455:29:23:0:1:29:23:2:1 chr1 154573967 . T C 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344368;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.013;QD=61.8144;RBI=0.0344417;REFB=0.0236312;REVB=-0.000582053;RO=1;SAF=10;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119172;STB=0.506327;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=4.31398e-05;OID=.;OPOS=154573967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:39:10:0:1:39:10:0:1 chr1 154574820 . T C 1212.68 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00363383;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.826;QD=61.4015;RBI=0.00492643;REFB=0;REVB=0.0033264;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.0137e-05;OID=.;OPOS=154574820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr1 154575040 . C T 775.06 PASS AF=0.910448;AO=57;DP=66;FAO=61;FDP=67;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.056446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.688;QD=46.272;RBI=0.0671904;REFB=-0.222236;REVB=0.0364471;RO=5;SAF=20;SAR=37;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10434;STB=0.555537;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00878615;OID=.;OPOS=154575040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:66:67:5:6:57:61:0.910448:37:20:5:0:37:24:6:0 chr1 154600372 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.776;QD=49.5991;RBI=0.10173;REFB=0;REVB=0.0118775;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410601;OID=.;OPOS=154600372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr1 154744807 . C G 135.88 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00588548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.797;QD=9.70579;RBI=0.0306782;REFB=-0.0152347;REVB=-0.0301084;RO=38;SAF=3;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437297;STB=0.763563;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0160225;OID=.;OPOS=154744807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:15:3:19:19:15:3:19:19 chr1 154744852 . A G 497.89 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109242;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.95;QD=58.5751;RBI=0.109355;REFB=0;REVB=0.00495882;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192919;OID=.;OPOS=154744852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:19:15:0:0 chr1 154917314 . G A 1048.86 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.993;QD=58.2699;RBI=0.0307141;REFB=0;REVB=0.0252379;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117977;OID=.;OPOS=154917314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:70:72:1:42:28:0:0:44:28:0:0 chr1 154919080 . C T 725.61 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000247015;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=127.859;QD=60.4675;RBI=0.0429788;REFB=-0.0520705;REVB=0.0429781;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.50943;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=5.21451e-05;OID=.;OPOS=154919080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:48:0:1:46:47:0.979167:21:25:0:0:21:26:1:0 chr1 154931757 . T A 326.57 PASS AF=0.454545;AO=33;DP=79;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.00217123;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.602;QD=16.9646;RBI=0.00326448;REFB=-0.0140929;REVB=0.00243774;RO=42;SAF=17;SAR=16;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151978;STB=0.583536;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0166497;OID=.;OPOS=154931757;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:42:42:33:35:0.454545:16:17:28:14:17:18:28:14 chr1 154987526 . C T 631.97 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.859;QD=61.6554;RBI=0.115954;REFB=0;REVB=0.0970703;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023586;OID=.;OPOS=154987526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr1 154988957 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.119373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.65;QD=48.7372;RBI=0.119782;REFB=0;REVB=-0.00988991;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000664303;OID=.;OPOS=154988957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr1 155006091 . A G 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0243908;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.217;QD=16.1058;RBI=0.0268168;REFB=-0.0126811;REVB=-0.011146;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968596;STB=0.567489;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0183762;OID=.;OPOS=155006091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:8:9:9:12:8:9:9:13 chr1 155006999 . C T 269.91 PASS AF=0.648649;AO=19;DP=34;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0208387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5192;QD=29.1794;RBI=0.11216;REFB=-0.00733016;REVB=0.110207;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209385;STB=0.612151;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0170058;OID=.;OPOS=155006999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:14:13:19:24:0.648649:12:7:9:5:15:9:9:4 chr1 155019710 . A C 223.73 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00742461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.767;QD=12.7843;RBI=0.0143705;REFB=-0.0100524;REVB=-0.0123039;RO=43;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105386;STB=0.560217;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0180235;OID=.;OPOS=155019710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:15:12:15:28:15:12:15:28 chr1 155026942 . A C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.088;QD=60.2288;RBI=0.0458073;REFB=0;REVB=0.00738471;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283774;OID=.;OPOS=155026942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr1 155033317 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.333;QD=57.202;RBI=0.0295023;REFB=0;REVB=0.00342063;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115994;OID=.;OPOS=155033317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr1 155059851 . A G 676.39 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=54;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.038949;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.624;QD=51.0484;RBI=0.0445751;REFB=-0.0733465;REVB=0.0216774;RO=3;SAF=37;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545614;STB=0.510575;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.000783044;OID=.;OPOS=155059851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:54:53:3:2:50:51:0.962264:13:37:1:2:14:37:1:1 chr1 155106697 . G A 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.362;QD=53.3626;RBI=0.01835;REFB=-0.0930524;REVB=0.00253839;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00104438;OID=.;OPOS=155106697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:1:0:15:14:1:0 chr1 155149718 . G A 45.04 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0333046;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.85;QD=6.67257;RBI=0.0333906;REFB=-0.00108924;REVB=-0.00239531;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856982;STB=0.555391;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00285683;OID=.;OPOS=155149718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:27:20:20:7:7:0.259259:5:2:7:13:5:2:7:13 chr1 155162067 . C T 260.16 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008635;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.797;QD=52.0327;RBI=0.0162113;REFB=0;REVB=-0.0137202;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232396;OID=.;OPOS=155162067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr1 155172725 . T C 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0450959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.48;QD=26.4937;RBI=0.0487215;REFB=-0.0654294;REVB=0.0184431;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121332;STB=0.567489;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0143133;OID=.;OPOS=155172725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:9:8:6:3:9:8:6:3 chr1 155178743 . TC CG,TCG 49.33 PASS AF=0,0.354167;AO=3,9;DP=53;FAO=0,17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=0,3;FSAR=0,14;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0703736,-0.0498005;FXX=0.0769083;HRUN=2,0;LEN=2,1;MLLD=25.4063,14.2845;QD=4.11089;RBI=0.0892484,0.0817175;REFB=-0.0320927,-0.097546;REVB=-0.0548893,0.0647893;RO=40;SAF=1,5;SAR=2,4;SRF=20;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.16255,0.0680129;STB=0.5,0.834939;STBP=1,0;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.151249;OID=.,.;OPOS=155178743,155178745;OREF=TC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:53:48:40:31:3,9:0,17:0,0.354167:2,4:1,5:20:20:0,14:0,3:22:9 chr1 155178782 . A T 601.12 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0292093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3633;QD=58.6455;RBI=0.0319968;REFB=-0.147603;REVB=0.0130619;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218106;STB=0.511622;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00356107;OID=.;OPOS=155178782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:21:19:0:1:21:19:0:1 chr1 155186729 . T C 2455.42 PASS AF=0.981928;AO=160;DP=165;FAO=163;FDP=166;FR=.;FRO=3;FSAF=101;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0512138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6633;QD=59.1668;RBI=0.0521628;REFB=0.00358114;REVB=-0.00990448;RO=3;SAF=100;SAR=60;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108594;STB=0.505473;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000663659;OID=.;OPOS=155186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:165:166:3:3:160:163:0.981928:60:100:1:2:62:101:1:2 chr1 155186742 . G A 874.51 PASS AF=0.540373;AO=82;DP=157;FAO=87;FDP=161;FR=.;FRO=74;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=25;FWDB=-0.00659739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.091;QD=21.727;RBI=0.0852645;REFB=-0.00046516;REVB=0.0850089;RO=74;SAF=50;SAR=32;SRF=49;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482542;STB=0.541614;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000656194;OID=.;OPOS=155186742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:161:74:74:82:87:0.540373:32:50:49:25:37:50:49:25 chr1 155217434 . T TA 167.95 PASS AF=1;AO=3;DP=30;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585012;FXX=0.128991;HRUN=1;LEN=1;MLLD=8.43407;QD=24.8818;RBI=0.137382;REFB=0;REVB=-0.124303;RO=27;SAF=2;SAR=1;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26727;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000373283;OID=.;OPOS=155217435;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:30:27:27:0:10:17:0:0:4:27:2:1:11:16 chr1 155217436 . GGA ATT,TTA,TTG 390.98 PASS AF=0.862069,0.0689655,0.0689655;AO=24,2,2;DP=29;FAO=25,2,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11,2,2;FSAR=14,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221652,0.0309279,0.0109846;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=3,2,3;MLLD=158.887,84.2423,126.109;QD=53.9282;RBI=0.0645767,0.0772901,0.0727164;REFB=0,0,0;REVB=0.0606535,0.0708323,0.0718819;RO=0;SAF=11,2,2;SAR=13,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,mnp;VARB=2.87658e-05,0.109921,-0.00617575;OID=.,.,.;OPOS=155217436,155217436,155217436;OREF=GGA,GG,GGA;OALT=ATT,TT,TTG;OMAPALT=ATT,TTA,TTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:10:29:29:0:0:24,2,2:25,2,2:0.862069,0.0689655,0.0689655:13,0,0:11,2,2:0:0:14,0,0:11,2,2:0:0 chr1 155221353 . CA CGA,GC 36.54 PASS AF=0.156863,0;AO=10,2;DP=53;FAO=8,0;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=6,0;FSAR=2,0;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0328292,-0.0308076;FXX=0.0377287;HRUN=0,1;LEN=1,2;MLLD=56.6948,119.357;QD=2.86557;RBI=0.099834,0.0762767;REFB=-0.00671675,-0.000192242;REVB=-0.0942819,-0.0697784;RO=40;SAF=7,2;SAR=3,0;SRF=22;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.194307,0.393145;STB=0.676949,0.5;STBP=0.339,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0915433,0.14057;OID=.,.;OPOS=155221354,155221353;OREF=-,CA;OALT=G,GC;OMAPALT=CGA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:53:51:40:43:10,2:8,0:0.156863,0:3,0:7,2:22:18:2,0:6,0:24:19 chr1 155230131 . C T 546.08 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.013239;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=228.788;QD=57.4816;RBI=0.014366;REFB=-0.057109;REVB=0.00557784;RO=1;SAF=10;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445302;STB=0.523796;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00027957;OID=.;OPOS=155230131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:38:1:1:37:37:0.973684:27:10:1:0:27:10:1:0 chr1 155258752 . G A 711.77 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196313;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.613;QD=63.2681;RBI=0.0222152;REFB=0;REVB=0.0103983;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05823e-05;OID=.;OPOS=155258752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr1 155258756 . C T 657.69 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.807;QD=59.7898;RBI=0.040619;REFB=-0.0461648;REVB=0.0325412;RO=1;SAF=26;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177216;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00289245;OID=.;OPOS=155258756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:17:26:1:0:17:26:1:0 chr1 155260383 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.464;QD=50.4135;RBI=0.0533557;REFB=0;REVB=0.0248644;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342892;OID=.;OPOS=155260383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr1 155294274 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.167;QD=47.8216;RBI=0.0622404;REFB=0;REVB=0.0220595;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569149;OID=.;OPOS=155294274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr1 155296882 . TGGGGGC TGGG,TGGGC,TGGGG,TGGGGC 236.45 PASS AF=0,0.692308,0,0.307692;AO=4,5,3,8;DP=22;FAO=0,18,0,8;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,0,2;FSAR=0,10,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522852,0.0628429,-0.192267,0.114893;FXX=0.0370233;HRUN=5,5,5,5;LEN=3,2,2,1;MLLD=18.0511,19.2666,7.51562,13.6049;QD=36.3764;RBI=0.0637473,0.0710472,0.200475,0.131675;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0364688,-0.0331431,-0.0567787,-0.0643255;RO=0;SAF=3,2,3,2;SAR=1,3,0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.375,0.375,0.375,0.375;SSEP=0,0,0,0;SSSB=4.86674e-08,0,0,-5.58669e-08;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=-0.0562138,-0.0350297,0,0.0491082;OID=.,.,.,.;OPOS=155296886,155296883,155296887,155296883;OREF=GGC,GG,GC,G;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGC,TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.692308,0,0.307692:4,5,3,8:22:0,18,0,8:26:0:0,8,0,2:0,10,0,6:0:0:30:0:3,2,3,2:1,3,0,6:0:0 chr1 155408635 . T C 679.94 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241772;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4272;QD=60.4394;RBI=0.071694;REFB=-0.108339;REVB=0.0674944;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.510199;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00500796;OID=.;OPOS=155408635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:0:1:44:44:0.977778:20:24:0:0:20:24:1:0 chr1 155532316 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.947;QD=35.5749;RBI=0.00320342;REFB=0;REVB=0.00320342;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112069;OID=.;OPOS=155532316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr1 155532325 . T C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2476;QD=35.574;RBI=0.0315831;REFB=0;REVB=-0.0315831;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00293454;OID=.;OPOS=155532325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr1 155532332 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.629;QD=35.5756;RBI=0.0722581;REFB=0;REVB=0.0722581;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178357;OID=.;OPOS=155532332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr1 155532341 . T C 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0364;QD=37.4791;RBI=0.0761486;REFB=0;REVB=-0.0761486;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00610771;OID=.;OPOS=155532341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr1 155581311 . T C 211.53 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02504;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.483;QD=49.7706;RBI=0.0250982;REFB=0;REVB=0.00170835;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61657e-05;OID=.;OPOS=155581311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr1 155583937 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.827;QD=44.6898;RBI=0.0150654;REFB=0;REVB=0.0150654;RO=0;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53808e-05;OID=.;OPOS=155583937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:13:0:0:0:13:0:0:0 chr1 155658085 . T C 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00485017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.246;QD=54.4806;RBI=0.00495579;REFB=-0.0771964;REVB=0.0010177;RO=1;SAF=21;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217036;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00305565;OID=.;OPOS=155658085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:10:21:1:0:10:21:1:0 chr1 155735012 . T C 820.81 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00743247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.985;QD=55.6483;RBI=0.0324776;REFB=-0.0501779;REVB=0.0316157;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177973;STB=0.509431;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000315567;OID=.;OPOS=155735012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:32:26:1:0:32:26:1:0 chr1 155755097 . G A 801.18 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000998326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.943;QD=57.227;RBI=0.00655494;REFB=0;REVB=0.00647847;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53572e-05;OID=.;OPOS=155755097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr1 155837865 . G C 623.71 PASS AF=1;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294283;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.698;QD=62.3709;RBI=0.0315378;REFB=0;REVB=0.0113404;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305616;OID=.;OPOS=155837865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr1 155838267 . T C 437.26 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491679;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.693;QD=58.3012;RBI=0.0332984;REFB=0;REVB=0.0329334;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547792;OID=.;OPOS=155838267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr1 155880573 . C G 661.42 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.419;QD=61.5271;RBI=0.0605404;REFB=0;REVB=0.0524939;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12905e-05;OID=.;OPOS=155880573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:18:24:0:0:19:24:0:0 chr1 155904177 . T C 1402.8 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.313;QD=62.3469;RBI=0.0187459;REFB=0;REVB=-0.0135316;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01064e-07;OID=.;OPOS=155904177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:39:50:0:0:40:50:0:0 chr1 155912321 . T C 304.86 PASS AF=0.358491;AO=37;DP=105;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.00123602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.248;QD=11.5042;RBI=0.00125193;REFB=-0.00908587;REVB=-0.000198967;RO=68;SAF=23;SAR=14;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039446;STB=0.529396;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.015889;OID=.;OPOS=155912321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:68:68:37:38:0.358491:14:23:40:28:14:24:40:28 chr1 155912486 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1051;QD=51.9165;RBI=0.0512088;REFB=0;REVB=0.0125799;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115941;OID=.;OPOS=155912486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr1 156146218 . C T 504.28 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0460573;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.237;QD=53.0822;RBI=0.0492864;REFB=-0.226721;REVB=0.0175463;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507882;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00151967;OID=.;OPOS=156146218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:38:38:0:2:35:36:0.947368:23:12:0:0:23:13:1:1 chr1 156180895 . TA T,TT 204.07 PASS AF=0.434783,0.478261;AO=6,10;DP=23;FAO=10,11;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=1,0;FSAR=9,11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.186993,0.107449;FXX=0.0416493;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.4927,18.9145;QD=35.4895;RBI=0.316244,0.193218;REFB=-0.145719,-0.185018;REVB=0.255037,0.160586;RO=3;SAF=0,0;SAR=6,10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.754681,-0.804487;STB=0.549906,0.5;STBP=0.627,1;TYPE=del,snp;VARB=0.138747,-0.0724195;OID=.,.;OPOS=156180896,156180896;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.434783,0.478261:6,10:23:10,11:23:2:1,0:9,11:0:2:42:3:0,0:6,10:1:2 chr1 156202173 . A G 193.33 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0411776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.658;QD=22.7444;RBI=0.0415801;REFB=-0.0467487;REVB=-0.00577145;RO=15;SAF=14;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334242;STB=0.688317;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0139505;OID=.;OPOS=156202173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:5:14:5:10:5:14:5:10 chr1 156215899 . G A 1981.35 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00813591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6089;QD=60.4994;RBI=0.0647537;REFB=-0.061934;REVB=0.0642406;RO=2;SAF=67;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000563111;STB=0.503703;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00247274;OID=.;OPOS=156215899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:131:131:2:1:129:130:0.992366:62:67:1:1:63:67:1:0 chr1 156220056 . T C 527.65 PASS AF=0.926829;AO=36;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0223393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.613;QD=51.478;RBI=0.0264146;REFB=0.0133491;REVB=0.0140957;RO=3;SAF=22;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841154;STB=0.504708;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0046954;OID=.;OPOS=156220056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:36:38:0.926829:14:22:2:1:15:23:2:1 chr1 156233189 . C T 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.996;QD=61.6774;RBI=0.0644401;REFB=0;REVB=0.0371374;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046063;OID=.;OPOS=156233189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr1 156255456 . G A 289.66 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.002;QD=52.6662;RBI=0.0433304;REFB=0;REVB=0.0404329;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00085155;OID=.;OPOS=156255456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:14:7:0:0:15:7:0:0 chr1 156263940 . T C 729.64 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4765;QD=56.1259;RBI=0.00484363;REFB=0;REVB=-0.00468271;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615926;OID=.;OPOS=156263940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:33:17:0:0:34:18:0:0 chr1 156264000 . G A 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.318;QD=59.8352;RBI=0.0205201;REFB=0;REVB=0.0153946;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01435e-05;OID=.;OPOS=156264000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr1 156280969 . G A 191.02 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4037;QD=47.7547;RBI=0.0640526;REFB=0;REVB=0.0614012;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173342;OID=.;OPOS=156280969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr1 156280971 . G A 191.23 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4973;QD=47.8086;RBI=0.0188972;REFB=0;REVB=0.0134597;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572071;OID=.;OPOS=156280971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr1 156306918 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0347171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.018;QD=23.2199;RBI=0.0347193;REFB=-0.165373;REVB=-0.000396646;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00270033;OID=.;OPOS=156306918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:4:1:0:0:4:1:1:0 chr1 156347834 . T A 749.06 PASS AF=0.563492;AO=69;DP=128;FAO=71;FDP=126;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0637587;FXX=0.0307669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2097;QD=23.7795;RBI=0.117605;REFB=-0.0455683;REVB=0.0988223;RO=54;SAF=21;SAR=48;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140919;STB=0.569888;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0443321;OID=.;OPOS=156347834;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:54:55:69:71:0.563492:48:21:25:29:49:22:25:30 chr1 156348054 . C T 430.05 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0311401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.665;QD=17.3756;RBI=0.0335433;REFB=-0.0167623;REVB=0.012468;RO=54;SAF=30;SAR=14;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171581;STB=0.602302;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0177163;OID=.;OPOS=156348054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:55:44:44:0.444444:14:30:28:26:14:30:28:27 chr1 156351699 . G A 456.03 PASS AF=0.425;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.000585616;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.916;QD=15.2009;RBI=0.00514554;REFB=-0.0210534;REVB=0.00511211;RO=67;SAF=27;SAR=24;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053774;STB=0.52911;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.027864;OID=.;OPOS=156351699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:67:69:51:51:0.425:24:27:39:28:24:27:40:29 chr1 156354293 . A G 478.0 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0257776;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.128;QD=18.0376;RBI=0.0269161;REFB=-0.00740737;REVB=-0.00774532;RO=52;SAF=29;SAR=22;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097975;STB=0.568601;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00826753;OID=.;OPOS=156354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:52:55:51:51:0.481132:22:29:24:28:22:29:24:31 chr1 156354367 . A G 832.12 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6059;QD=57.3875;RBI=0.0746669;REFB=0;REVB=0.012004;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797711;OID=.;OPOS=156354367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr1 156446903 . T C,G 596.91 PASS AF=0.926829,0.0731707;AO=37,2;DP=40;FAO=38,3;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=16,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473113,-0.0219092;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.0609,127.152;QD=58.2351;RBI=0.0475305,0.022379;REFB=0,0;REVB=0.0045598,0.00456115;RO=0;SAF=21,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.7558e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0195975,0.162006;OID=.,.;OPOS=156446903,156446903;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:40:41:0:0:37,2:38,3:0.926829,0.0731707:16,2:21,0:0:0:16,3:22,0:0:0 chr1 156450740 . G A 405.41 PASS AF=0.9375;AO=29;DP=33;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0238494;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.116;QD=50.6765;RBI=0.0254713;REFB=-0.185408;REVB=-0.00894395;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.533311;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00271946;OID=.;OPOS=156450740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:33:32:1:2:29:30:0.9375:16:13:1:0:16:14:2:0 chr1 156499969 . T C 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7176;QD=62.3133;RBI=0.0217144;REFB=0;REVB=0.0191932;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011118;OID=.;OPOS=156499969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr1 156518379 . G A 868.12 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.086;QD=57.8748;RBI=0.0264193;REFB=0;REVB=0.00711065;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48703e-05;OID=.;OPOS=156518379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr1 156526444 . T C 1120.3 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808428;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.798;QD=60.5567;RBI=0.0432258;REFB=0;REVB=0.0424631;RO=1;SAF=42;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111316;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72179e-05;OID=.;OPOS=156526444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:1:0:74:74:1:32:42:1:0:32:42:0:0 chr1 156532977 . T C 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.076431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7148;QD=46.0579;RBI=0.0776466;REFB=-0.100544;REVB=-0.0136859;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540538;STB=0.529381;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0055493;OID=.;OPOS=156532977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:8:11:0:1:8:11:0:1 chr1 156536221 . G C 851.18 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000513415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.863;QD=57.7071;RBI=0.0396377;REFB=0;REVB=-0.0396343;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60813e-05;OID=.;OPOS=156536221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr1 156536251 . T C 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.597;QD=60.7153;RBI=0.0287377;REFB=0;REVB=0.0285109;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26726e-05;OID=.;OPOS=156536251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:46:30:0:0:46:30:0:0 chr1 156556321 . G A 645.0 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201012;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.8162;QD=59.9998;RBI=0.0417071;REFB=0;REVB=0.0416587;RO=0;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012112;OID=.;OPOS=156556321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:10:31:0:0:12:31:0:0 chr1 156561651 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.743;QD=39.2067;RBI=0.113016;REFB=0;REVB=0.112675;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177092;OID=.;OPOS=156561651;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr1 156563375 . G A 465.06 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207412;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.723;QD=58.132;RBI=0.0407798;REFB=0;REVB=0.0351111;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99315e-05;OID=.;OPOS=156563375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr1 156563726 . A C 2250.62 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7705;QD=63.3977;RBI=0.0177549;REFB=0;REVB=0.0082151;RO=0;SAF=87;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48387e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72843e-07;OID=.;OPOS=156563726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:141:142:1:54:87:0:0:55:87:0:0 chr1 156563813 . G A 1475.55 PASS AF=0.989474;AO=88;DP=89;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0564294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.406;QD=62.1283;RBI=0.0566648;REFB=-0.076978;REVB=0.00515971;RO=1;SAF=53;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885804;STB=0.504201;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000834405;OID=.;OPOS=156563813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:95:1:1:88:94:0.989474:35:53:1:0:35:59:1:0 chr1 156563852 . C T 781.52 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0091;QD=56.8375;RBI=0.0125634;REFB=0;REVB=-0.0115716;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.97939e-05;OID=.;OPOS=156563852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr1 156565049 . A AAC,AC 311.11 PASS AF=1,0;AO=19,4;DP=24;FAO=23,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101552,-0.00628602;FXX=0.0416493;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=287.83,266.758;QD=54.1061;RBI=0.0414772,0.0424292;REFB=0,0;REVB=0.0402148,0.0419609;RO=1;SAF=9,2;SAR=10,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0437955,0.166656;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.000224316,0;OID=.,.;OPOS=156565050,156565050;OREF=-,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AAC,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:19,4:24:23,0:23:0:11,0:12,0:0:0:4:1:9,2:10,2:0:1 chr1 156571188 . G A 622.19 PASS AF=0.424242;AO=69;DP=164;FAO=70;FDP=165;FR=.;FRO=95;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=0.0213898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5816;QD=15.0833;RBI=0.0382031;REFB=-0.0125584;REVB=0.0316536;RO=95;SAF=31;SAR=38;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00750184;STB=0.500439;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0178978;OID=.;OPOS=156571188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:95:95:69:70:0.424242:38:31:42:53:39:31:42:53 chr1 156595447 . G A 701.09 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0201854;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=242.116;QD=50.9884;RBI=0.0472828;REFB=-0.116227;REVB=0.0427576;RO=1;SAF=51;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00914944;STB=0.51428;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000389256;OID=.;OPOS=156595447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:55:55:1:3:52:52:0.945455:1:51:1:0:1:51:3:0 chr1 156627996 . T C 362.53 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00640644;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3362;QD=20.424;RBI=0.026403;REFB=-0.0334249;REVB=0.025614;RO=34;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746419;STB=0.541277;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0188879;OID=.;OPOS=156627996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:15:22:23:11:15:22:23:11 chr1 156639636 . G A 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0261324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.404;QD=18.7119;RBI=0.0302337;REFB=-0.0187185;REVB=0.0152044;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132058;STB=0.574391;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0212836;OID=.;OPOS=156639636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:12:6:4:15:12:6:4:15 chr1 156639753 . G A 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00604921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.846;QD=45.1047;RBI=0.00689914;REFB=-0.111603;REVB=-0.0033174;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437188;STB=0.523783;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000787262;OID=.;OPOS=156639753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:8:10:1:0:8:10:1:0 chr1 156640156 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547608;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.476;QD=47.8224;RBI=0.0354424;REFB=0;REVB=0.0350168;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33026e-05;OID=.;OPOS=156640156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr1 156640308 . C T 155.11 PASS AF=0.5;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0347718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1987;QD=18.2487;RBI=0.0385327;REFB=-0.00371293;REVB=0.016604;RO=14;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109589;STB=0.575127;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.011491;OID=.;OPOS=156640308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:17:16:17:0.5:12:4:5:9:13:4:6:11 chr1 156640503 . C T 628.86 PASS AF=0.471014;AO=60;DP=133;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.115751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8194;QD=18.2277;RBI=0.138823;REFB=-0.0160557;REVB=0.0766387;RO=73;SAF=28;SAR=32;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799639;STB=0.521306;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0207739;OID=.;OPOS=156640503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:138:73:73:60:65:0.471014:32:28:40:33:32:33:40:33 chr1 156640678 . G A 752.27 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0385659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.9036;QD=61.4099;RBI=0.0420614;REFB=-0.0848732;REVB=0.0167877;RO=1;SAF=5;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110698;STB=0.505745;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.000610108;OID=.;OPOS=156640678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:42:5:0:1:43:5:0:1 chr1 156705593 . G C 1134.75 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.418;QD=60.5197;RBI=0.0571511;REFB=0;REVB=0.0189107;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108012;OID=.;OPOS=156705593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:34:39:0:0:35:40:0:0 chr1 156713512 . C T 575.55 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0027;QD=60.5845;RBI=0.0393011;REFB=0;REVB=-0.00809461;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308941;OID=.;OPOS=156713512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr1 156752048 . C G 575.67 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2115;QD=60.597;RBI=0.041698;REFB=0;REVB=-0.00737294;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532869;OID=.;OPOS=156752048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr1 156760887 . C A 343.72 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00261521;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.952;QD=21.4824;RBI=0.00836233;REFB=-0.0196827;REVB=-0.00794287;RO=29;SAF=24;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259434;STB=0.643764;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0138009;OID=.;OPOS=156760887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:29:29:35:35:0.546875:11:24:11:18:11:24:11:18 chr1 156779195 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0212399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5336;QD=7.76119;RBI=0.0334641;REFB=-0.0177558;REVB=-0.0258595;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213472;STB=0.629283;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0163091;OID=.;OPOS=156779195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:12:1:1:5:12:1 chr1 156784982 . T C 655.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.675;QD=60.9459;RBI=0.0604853;REFB=0;REVB=0.0143608;RO=0;SAF=8;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566853;OID=.;OPOS=156784982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:34:8:0:0:34:9:0:0 chr1 156785617 . G A 876.39 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0620681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.746;QD=54.7742;RBI=0.0626593;REFB=-0.106865;REVB=0.00858681;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149869;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600983;OID=.;OPOS=156785617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:1:2:62:62:0.96875:31:31:1:0:31:31:1:1 chr1 156814027 . G A 463.69 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0291139;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1729;QD=21.8208;RBI=0.0405557;REFB=-0.00201534;REVB=0.0282337;RO=40;SAF=21;SAR=24;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573815;STB=0.543562;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00163428;OID=.;OPOS=156814027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:24:21:16:24:24:21:15:25 chr1 156877457 . T C 668.46 PASS AF=0.944444;AO=50;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00279096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4189;QD=49.5159;RBI=0.0625694;REFB=-0.0316229;REVB=0.0625071;RO=3;SAF=32;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421128;STB=0.522379;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0162272;OID=.;OPOS=156877457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:50:51:0.944444:18:32:3:0:19:32:3:0 chr1 156883493 . G A 322.16 PASS AF=0.55;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00837051;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.504;QD=21.4773;RBI=0.0102663;REFB=-0.0196034;REVB=-0.00594397;RO=27;SAF=13;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731707;STB=0.540516;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0218867;OID=.;OPOS=156883493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:27:27:33:33:0.55:20:13:13:14:20:13:13:14 chr1 156883546 . A G 789.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.74;QD=56.3733;RBI=0.0160902;REFB=0;REVB=0.015246;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18392e-05;OID=.;OPOS=156883546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr1 156902259 . G A 880.84 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539672;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7773;QD=56.8282;RBI=0.0685581;REFB=-0.0634683;REVB=0.0422817;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00096249;OID=.;OPOS=156902259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:62:0:0:61:62:1:25:36:0:0:26:36:0:0 chr1 156907081 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.778;QD=46.848;RBI=0.0355424;REFB=0;REVB=0.0246662;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.81102e-06;OID=.;OPOS=156907081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr1 156907115 . T C 216.19 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000155338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5385;QD=48.0431;RBI=0.211703;REFB=0;REVB=0.211703;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00957326;OID=.;OPOS=156907115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:15:18:1:3:12:0:0:5:13:0:0 chr1 157069154 . A G 504.04 PASS AF=0.638889;AO=46;DP=72;FAO=46;FDP=72;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0803289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8406;QD=28.0025;RBI=0.0890527;REFB=0.00153081;REVB=-0.0384402;RO=26;SAF=25;SAR=21;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224087;STB=0.51219;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00205564;OID=.;OPOS=157069154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:26:26:46:46:0.638889:21:25:15:11:21:25:15:11 chr1 157095470 . A G 227.43 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00382505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.03;QD=16.5405;RBI=0.0704681;REFB=-0.0182018;REVB=-0.0703642;RO=26;SAF=5;SAR=21;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334172;STB=0.671256;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0360114;OID=.;OPOS=157095470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:26:29:26:26:0.472727:21:5:13:13:21:5:13:16 chr1 157497597 . C T 50.06 PASS AF=0.388889;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0549897;FXX=0.181736;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.002;QD=11.1255;RBI=0.0553476;REFB=-0.0104169;REVB=0.00628336;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442109;STB=0.69701;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0113528;OID=.;OPOS=157497597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:22:18:15:11:6:7:0.388889:5:1:8:7:6:1:4:7 chr1 157508882 . C T 412.18 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0224931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7936;QD=35.079;RBI=0.0281509;REFB=-0.00917091;REVB=0.0169273;RO=14;SAF=16;SAR=17;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473444;STB=0.525758;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00365946;OID=.;OPOS=157508882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:17:16:8:6:17:16:8:6 chr1 157509025 . C T 337.01 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0111193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.309;QD=19.8239;RBI=0.0438796;REFB=-0.0156579;REVB=-0.0424474;RO=31;SAF=22;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429081;STB=0.542229;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0102062;OID=.;OPOS=157509025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:31:33:35:35:0.514706:13:22:18:13:13:22:18:15 chr1 157514097 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.441;QD=60.2043;RBI=0.0320607;REFB=0;REVB=-0.00930169;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42948e-05;OID=.;OPOS=157514097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:40:32:0:0:40:33:0:0 chr1 157557701 . G A 118.81 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0656461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.543;QD=22.631;RBI=0.0677082;REFB=-0.00276938;REVB=-0.0165828;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801912;STB=0.545384;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000254734;OID=.;OPOS=157557701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:8:5:4:4:8:5:4:4 chr1 157567751 . A G 191.22 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0519847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7951;QD=47.8043;RBI=0.100578;REFB=0;REVB=0.0861017;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181495;OID=.;OPOS=157567751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:13:16:1:4:9:0:0:7:9:0:0 chr1 157668390 . T C,G 528.72 PASS AF=0.972222,0.0277778;AO=34,2;DP=36;FAO=35,1;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309423,-0.028718;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=59.6573,11.5224;QD=58.7465;RBI=0.106868,0.0328346;REFB=0,0;REVB=0.10229,-0.0159182;RO=0;SAF=21,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00466132,0.0396483;OID=.,.;OPOS=157668390,157668390;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:36:36:0:0:34,2:35,1:0.972222,0.0277778:13,0:21,2:0:0:13,0:22,1:0:0 chr1 157670290 . C G 922.89 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1208;QD=56.7934;RBI=0.0292623;REFB=0.0410248;REVB=0.0203421;RO=1;SAF=25;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185161;STB=0.509801;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00774104;OID=.;OPOS=157670290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:39:25:1:0:39:25:1:0 chr1 157738449 . CCG C,CGG 37.57 PASS AF=0.235294,0;AO=7,6;DP=41;FAO=8,0;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3,0;FSAR=5,0;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.261905,-0.163667;FXX=0.0285633;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.3113,18.1357;QD=4.41951;RBI=0.26894,0.166242;REFB=-0.0499964,-0.014279;REVB=0.0611117,-0.0291498;RO=23;SAF=3,6;SAR=4,0;SRF=8;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0993443,0.747789;STB=0.507793,0.5;STBP=0.996,1;TYPE=del,snp;VARB=0.141318,0;OID=.,.;OPOS=157738450,157738450;OREF=CG,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294,0:7,6:41:8,0:34:26:3,0:5,0:10:16:38:23:3,6:4,0:8:15 chr1 157768000 . G C 183.56 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00771374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.428;QD=11.8424;RBI=0.00872872;REFB=-0.0250307;REVB=-0.00408519;RO=39;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294405;STB=0.517031;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0325421;OID=.;OPOS=157768000;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:13:10:18:21:13:10:18:21 chr1 157802979 . C T 195.12 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0122774;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.527;QD=15.3035;RBI=0.0178946;REFB=0.00700156;REVB=0.0130186;RO=29;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497246;STB=0.528277;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00520451;OID=.;OPOS=157802979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:29:29:22:22:0.431373:15:7:8:21:15:7:8:21 chr1 158066834 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2011;QD=58.1403;RBI=0.0501014;REFB=0;REVB=0.0322672;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000775061;OID=.;OPOS=158066834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr1 158151332 . TG T 60.46 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.126375;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.8266;QD=5.75786;RBI=0.243959;REFB=-0.0130111;REVB=0.208675;RO=23;SAF=14;SAR=1;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.690332;STB=0.852094;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.030674;OID=.;OPOS=158151333;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:15:42:16:42:26:14:2:9:17:60:23:14:1:8:15 chr1 158324425 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.096;QD=62.9829;RBI=0.0583893;REFB=0;REVB=0.0177439;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106797;OID=.;OPOS=158324425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr1 158368315 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0134252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.863;QD=11.1039;RBI=0.0222051;REFB=-0.011509;REVB=-0.017687;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22218;STB=0.635955;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0172394;OID=.;OPOS=158368315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:5:5:2:5:5:5 chr1 158368541 . A G 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00479256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.776;QD=12.7372;RBI=0.0263998;REFB=0.00208913;REVB=-0.0259611;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117265;STB=0.581292;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00262241;OID=.;OPOS=158368541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:27:28:16:16:0.363636:6:10:14:13:6:10:14:14 chr1 158368846 . T C 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00337426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.176;QD=24.8183;RBI=0.00901867;REFB=-0.014367;REVB=-0.00836366;RO=18;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472351;STB=0.526294;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00481319;OID=.;OPOS=158368846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:16:8:7:11:16:8:7:11 chr1 158390252 . T G 339.45 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0049736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.294;QD=15.4297;RBI=0.0201975;REFB=-0.00789037;REVB=0.0195755;RO=50;SAF=17;SAR=20;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102142;STB=0.563002;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00869522;OID=.;OPOS=158390252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:51:37:37:0.420455:20:17:28:22:20:17:29:22 chr1 158436299 . T C 754.56 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.338;QD=56.948;RBI=0.0715035;REFB=0;REVB=0.0705782;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0613e-05;OID=.;OPOS=158436299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:25:28:0:0 chr1 158450238 . G A 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0218398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.31;QD=20.5628;RBI=0.02204;REFB=-0.00630486;REVB=0.00296351;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109602;STB=0.560744;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00520958;OID=.;OPOS=158450238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:16:13:8:17:16:13:8:17 chr1 158450314 . A G 428.83 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4741;QD=57.1778;RBI=0.0876071;REFB=0;REVB=-0.084683;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126205;OID=.;OPOS=158450314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr1 158450382 . C T 754.66 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.844;QD=56.9551;RBI=0.030138;REFB=0;REVB=0.022473;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1629e-05;OID=.;OPOS=158450382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:27:26:0:0 chr1 158517142 . C T 291.39 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0038701;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.102;QD=19.1078;RBI=0.0293797;REFB=-0.0175474;REVB=-0.0291236;RO=26;SAF=20;SAR=11;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193554;STB=0.548663;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0209842;OID=.;OPOS=158517142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:26:30:31:31:0.508197:11:20:22:4:11:20:22:8 chr1 158517353 . G A 178.23 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0351998;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.241;QD=20.3689;RBI=0.0366533;REFB=-0.0168518;REVB=0.0102196;RO=17;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255477;STB=0.645976;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.013876;OID=.;OPOS=158517353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:17:17:18:18:0.514286:14:4:8:9:14:4:8:9 chr1 158533140 . A G 790.96 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9654;QD=63.2769;RBI=0.0808262;REFB=0;REVB=-0.0465565;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138221;OID=.;OPOS=158533140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:23:27:0:0 chr1 158533224 . A G 767.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5971;QD=56.8524;RBI=0.0225379;REFB=0;REVB=0.021955;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202684;OID=.;OPOS=158533224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr1 158549264 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.643;QD=56.7066;RBI=0.0192813;REFB=0;REVB=0.00211974;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83617e-05;OID=.;OPOS=158549264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr1 158549420 . C T 633.52 PASS AF=0.862069;AO=50;DP=59;FAO=50;FDP=58;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0131461;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0914;QD=43.691;RBI=0.0261934;REFB=-0.0837015;REVB=-0.0226555;RO=4;SAF=19;SAR=31;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192885;STB=0.537988;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0119832;OID=.;OPOS=158549420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:58:4:8:50:50:0.862069:31:19:1:3:31:19:1:7 chr1 158549492 . C T 806.66 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00952495;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.379;QD=56.6079;RBI=0.0274199;REFB=0;REVB=0.0257124;RO=0;SAF=13;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60164e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194337;OID=.;OPOS=158549492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:56:57:1:43:13:0:0:43:14:0:0 chr1 158549511 . A G 696.8 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020125;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.27;QD=54.6508;RBI=0.020126;REFB=0.00666612;REVB=0.000206371;RO=1;SAF=13;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348197;STB=0.517234;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-4.0569e-05;OID=.;OPOS=158549511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:49:50:0.980392:36:13:1:0:36:14:1:0 chr1 158582646 . T C 461.37 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0105695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.661;QD=18.8312;RBI=0.0155948;REFB=-0.0277271;REVB=-0.0114667;RO=52;SAF=23;SAR=23;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549568;STB=0.530599;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0206526;OID=.;OPOS=158582646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:23:23:29:23:23:23:29:23 chr1 158584091 . A G 175.74 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0102232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.257;QD=11.9147;RBI=0.0146958;REFB=0.00196428;REVB=-0.0105571;RO=37;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103631;STB=0.560215;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00150722;OID=.;OPOS=158584091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:15:7:15:22:15:7:15:22 chr1 158587390 . C T 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.000892975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.4;QD=20.5425;RBI=0.0486905;REFB=-0.0158791;REVB=-0.0486823;RO=25;SAF=16;SAR=8;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556567;STB=0.531225;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0172577;OID=.;OPOS=158587390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:8:16:18:7:8:16:18:7 chr1 158587858 . G A 236.1 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0193942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3596;QD=19.2734;RBI=0.0692401;REFB=0.0118047;REVB=-0.0664685;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157279;STB=0.508889;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0144131;OID=.;OPOS=158587858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:14:12:11:12:14:12 chr1 158592935 . G A 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00899384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.502;QD=20.7548;RBI=0.0364204;REFB=-0.037153;REVB=0.0352925;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207806;STB=0.617491;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0320575;OID=.;OPOS=158592935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:8:4:9:6:8:4 chr1 158597507 . G C 234.26 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0283613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.87;QD=13.7802;RBI=0.0300322;REFB=-0.000772189;REVB=-0.00987771;RO=40;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032837;STB=0.504392;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00111443;OID=.;OPOS=158597507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:40:40:27:28:0.411765:17:10:16:24:17:11:16:24 chr1 158606449 . G T 439.47 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00835735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.895;QD=15.8366;RBI=0.0350646;REFB=-0.0125866;REVB=-0.0340541;RO=62;SAF=31;SAR=18;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714652;STB=0.540053;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.015334;OID=.;OPOS=158606449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:62:49:49:0.441441:18:31:35:27:18:31:35:27 chr1 158612236 . A G 1462.49 PASS AF=0.52;AO=143;DP=275;FAO=143;FDP=275;FR=.;FRO=132;FSAF=79;FSAR=64;FSRF=68;FSRR=64;FWDB=0.00242466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.625;QD=21.2726;RBI=0.0162395;REFB=-0.0136201;REVB=0.0160574;RO=130;SAF=79;SAR=64;SRF=68;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258068;STB=0.51803;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0142179;OID=.;OPOS=158612236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:130:132:143:143:0.52:64:79:68:62:64:79:68:64 chr1 158619728 . A C 1299.16 PASS AF=0.945652;AO=60;DP=92;FAO=87;FDP=92;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.027836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.991;QD=56.4852;RBI=0.0307921;REFB=0.0141043;REVB=0.0131649;RO=0;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31043e-08;STB=0.506375;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.0005802;OID=.;OPOS=158619728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:92:92:0:5:60:87:0.945652:19:41:0:0:42:45:2:3 chr1 158647495 . A T 905.81 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283614;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.924;QD=58.4394;RBI=0.00296505;REFB=0;REVB=0.000864764;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.53519e-06;OID=.;OPOS=158647495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr1 158647522 . A G 217.76 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0932701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2868;QD=13.6101;RBI=0.108618;REFB=0.00118466;REVB=0.0556643;RO=38;SAF=18;SAR=8;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237636;STB=0.636255;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0021208;OID=.;OPOS=158647522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:8:18:18:20:8:18:18:20 chr1 158655036 . G A 1024.36 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3983;QD=58.5348;RBI=0.102039;REFB=0;REVB=-0.00576037;RO=0;SAF=13;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011751;OID=.;OPOS=158655036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:62:70:0:0:62:70:1:49:13:0:0:49:21:0:0 chr1 158656281 . T C 1279.02 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.014454;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.497;QD=59.4893;RBI=0.0215588;REFB=-0.145658;REVB=0.0159957;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.512817;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000405195;OID=.;OPOS=158656281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:86:0:2:84:84:0.976744:38:46:0:0:38:46:0:2 chr1 158687163 . G A 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00854693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.68;QD=18.4779;RBI=0.00908823;REFB=-0.00334543;REVB=-0.00308964;RO=38;SAF=16;SAR=20;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271502;STB=0.515143;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00375633;OID=.;OPOS=158687163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:20:16:18:20:20:16:18:20 chr1 158687224 . G A 169.38 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0438216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5073;QD=16.525;RBI=0.0755584;REFB=-0.00153974;REVB=-0.0615527;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253998;STB=0.645175;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00116042;OID=.;OPOS=158687224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:11:7:15:8:11:7:15:8 chr1 158735595 . C T 335.47 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0279262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.039;QD=16.9856;RBI=0.0292641;REFB=-0.0144143;REVB=0.00874709;RO=42;SAF=19;SAR=17;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117814;STB=0.559182;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0192701;OID=.;OPOS=158735595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:43:36:36:0.455696:17:19:17:25:17:19:18:25 chr1 158735691 . T C 232.42 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0256606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2892;QD=12.5631;RBI=0.0376101;REFB=-0.00208737;REVB=0.0274964;RO=46;SAF=16;SAR=12;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778441;STB=0.544715;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00507613;OID=.;OPOS=158735691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:12:16:23:23:12:16:23:23 chr1 158735740 . A G 284.05 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0255044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4472;QD=15.1494;RBI=0.110041;REFB=-0.0174347;REVB=-0.107045;RO=43;SAF=18;SAR=14;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122052;STB=0.569008;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0210874;OID=.;OPOS=158735740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:14:18:19:24:14:18:19:24 chr1 158735892 . A G 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0625793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.422;QD=16.5035;RBI=0.0625962;REFB=0.0080492;REVB=0.0014536;RO=30;SAF=7;SAR=19;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241486;STB=0.637083;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00334964;OID=.;OPOS=158735892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:19:7:15:15:19:7:15:15 chr1 158736215 . G A 137.49 PASS AF=0.339623;AO=17;DP=50;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0350076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.201;QD=10.3769;RBI=0.0401469;REFB=-0.0120569;REVB=-0.0196532;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166646;STB=0.601991;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0353126;OID=.;OPOS=158736215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:32:35:17:18:0.339623:7:10:14:18:7:11:16:19 chr1 158736445 . C T 265.05 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00717532;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.83;QD=15.1459;RBI=0.00791503;REFB=-0.00924929;REVB=-0.00334102;RO=40;SAF=16;SAR=14;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169128;STB=0.509572;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00977397;OID=.;OPOS=158736445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:14:16:22:18:14:16:22:18 chr1 158746678 . T C 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00631747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.613;QD=17.2245;RBI=0.0124805;REFB=-0.0126804;REVB=0.0107635;RO=39;SAF=14;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097395;STB=0.554617;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0118727;OID=.;OPOS=158746678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:20:14:20:19:20:14:20:19 chr1 158746847 . A G 178.2 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0374885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.817;QD=14.8504;RBI=0.0504953;REFB=-0.00123904;REVB=-0.0338288;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101077;STB=0.558437;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00180777;OID=.;OPOS=158746847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:11:8:15:14:11:8:15:14 chr1 158813819 . A G 226.0 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0437893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.798;QD=20.5454;RBI=0.0437993;REFB=0.0108821;REVB=0.000938369;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161935;STB=0.590829;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.0130402;OID=.;OPOS=158813819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:7:15:11:11:7:15 chr1 158986477 . G C 154.73 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.116526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9462;QD=14.7357;RBI=0.117174;REFB=-0.00985779;REVB=-0.0123097;RO=24;SAF=2;SAR=15;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348999;STB=0.726547;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00930887;OID=.;OPOS=158986477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:25:17:17:0.404762:15:2:8:16:15:2:9:16 chr1 158990247 . A G 245.28 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00574003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.995;QD=13.2585;RBI=0.0062958;REFB=-0.0167067;REVB=-0.00258633;RO=44;SAF=17;SAR=12;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162606;STB=0.586147;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0251826;OID=.;OPOS=158990247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:45:29:29:0.391892:12:17:19:25:12:17:20:25 chr1 159002377 . C A 439.31 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0253159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0408;QD=24.75;RBI=0.0568271;REFB=-0.011378;REVB=0.0508765;RO=29;SAF=19;SAR=23;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553228;STB=0.530278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00784144;OID=.;OPOS=159002377;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:42:42:0.591549:23:19:11:18:23:19:11:18 chr1 159002389 . T A 444.43 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00155646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.717;QD=23.0875;RBI=0.00399535;REFB=-0.0116681;REVB=0.00367971;RO=32;SAF=19;SAR=24;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781804;STB=0.52679;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00769711;OID=.;OPOS=159002389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:34:43:43:0.558442:24:19:11:21:24:19:13:21 chr1 159169641 . T C 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0374348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.987;QD=57.8243;RBI=0.0384858;REFB=-0.0787621;REVB=0.00893239;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00307122;OID=.;OPOS=159169641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:0:1:19:19:0:1 chr1 159175354 . G A 298.76 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.00485539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.858;QD=11.8321;RBI=0.0196984;REFB=-0.0021323;REVB=-0.0190906;RO=65;SAF=17;SAR=19;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091162;STB=0.552357;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00399793;OID=.;OPOS=159175354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:65:65:36:36:0.356436:19:17:36:29:19:17:36:29 chr1 159409734 . G T 746.76 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0615796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1036;QD=63.554;RBI=0.0724534;REFB=0;REVB=-0.0381766;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136258;OID=.;OPOS=159409734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr1 159409857 . A G 236.51 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0138274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2747;QD=15.7673;RBI=0.0142093;REFB=-0.000956353;REVB=0.00327246;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154838;STB=0.601155;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00128608;OID=.;OPOS=159409857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:33:27:27:0.45:14:13:20:11:14:13:22:11 chr1 159409884 . G A 352.53 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00950893;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.928;QD=23.502;RBI=0.0121137;REFB=-0.0020481;REVB=-0.00750481;RO=25;SAF=25;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133484;STB=0.573726;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0021254;OID=.;OPOS=159409884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:25:25:35:35:0.583333:10:25:14:11:10:25:14:11 chr1 159505297 . C T 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000358545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5112;QD=56.9346;RBI=0.0470243;REFB=0;REVB=-0.0470229;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222223;OID=.;OPOS=159505297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr1 159505657 . A G 66.26 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0137537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.514;QD=12.0476;RBI=0.0337906;REFB=-0.0145784;REVB=-0.0308648;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167732;STB=0.599782;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0275596;OID=.;OPOS=159505657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:8:5:5:4:8:5 chr1 159558150 . G A 327.86 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.00311021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.054;QD=23.008;RBI=0.0127215;REFB=0.00216023;REVB=-0.0123355;RO=24;SAF=16;SAR=17;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247042;STB=0.635118;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00172666;OID=.;OPOS=159558150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:17:16:4:20:17:16:4:20 chr1 159558258 . A G 754.41 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.655;QD=56.9368;RBI=0.0280081;REFB=0;REVB=0.00217851;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.83168e-05;OID=.;OPOS=159558258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:18:34:0:0:19:34:0:0 chr1 159752066 . G A 637.03 PASS AF=0.568807;AO=62;DP=109;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00852348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.702;QD=23.3772;RBI=0.00872862;REFB=-0.0138089;REVB=0.00188126;RO=47;SAF=25;SAR=37;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354384;STB=0.519371;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0096626;OID=.;OPOS=159752066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:47:47:62:62:0.568807:37:25:21:26:37:25:21:26 chr1 159776366 . G A 275.59 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00493938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.239;QD=18.0715;RBI=0.0131686;REFB=0.0016088;REVB=0.0122072;RO=30;SAF=8;SAR=22;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232785;STB=0.624603;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00109285;OID=.;OPOS=159776366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:22:8:15:15:22:8:15:16 chr1 159778910 . G A 333.62 PASS AF=0.455696;AO=35;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.00335691;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.76;QD=16.8922;RBI=0.0180938;REFB=-0.0238705;REVB=0.0177797;RO=42;SAF=21;SAR=14;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119288;STB=0.565375;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0264118;OID=.;OPOS=159778910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:43:35:36:0.455696:14:21:30:12:15:21:30:13 chr1 159778983 . T C 310.03 PASS AF=0.478873;AO=29;DP=66;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00419018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.227;QD=17.4666;RBI=0.00422003;REFB=-0.0272853;REVB=0.000501001;RO=37;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161973;STB=0.567573;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0235053;OID=.;OPOS=159778983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:71:37:37:29:34:0.478873:18:11:20:17:20:14:20:17 chr1 159785413 . C T 270.11 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.00101901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.802;QD=12.0048;RBI=0.00390177;REFB=-0.0102727;REVB=0.00376635;RO=57;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782456;STB=0.502957;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0208462;OID=.;OPOS=159785413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:58:32:32:0.355556:20:12:21:36:20:12:22:36 chr1 159785425 . A G 251.59 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0354998;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.46;QD=12.2727;RBI=0.0357237;REFB=-0.00177445;REVB=0.00399325;RO=52;SAF=10;SAR=20;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842973;STB=0.548639;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00229877;OID=.;OPOS=159785425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:52:52:30:30:0.365854:20:10:21:31:20:10:21:31 chr1 159796752 . T A 154.31 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0031544;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.058;QD=12.8588;RBI=0.0173034;REFB=-0.0198738;REVB=0.0170134;RO=30;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132633;STB=0.505045;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.026114;OID=.;OPOS=159796752;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:30:31:17:17:0.354167:10:7:12:18:10:7:13:18 chr1 159799839 . G A 544.81 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0115385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.512;QD=22.9394;RBI=0.0171312;REFB=-0.00574123;REVB=0.0126625;RO=44;SAF=19;SAR=32;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240589;STB=0.632307;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00327231;OID=.;OPOS=159799839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:44:51:51:0.536842:32:19:29:15:32:19:29:15 chr1 159824967 . G C 1286.26 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.817;QD=61.2505;RBI=0.0813092;REFB=0;REVB=0.0583989;RO=1;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902207;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324828;OID=.;OPOS=159824967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:1:0:83:84:1:52:31:0:1:53:31:0:0 chr1 159850401 . C G 289.23 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0255562;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.97;QD=21.0346;RBI=0.0264003;REFB=-0.012618;REVB=-0.00662217;RO=25;SAF=15;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819671;STB=0.545424;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0101161;OID=.;OPOS=159850401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:25:25:30:30:0.545455:15:15:10:15:15:15:10:15 chr1 159897132 . T C 123.09 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0138021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.252;QD=16.4116;RBI=0.023851;REFB=-0.0181128;REVB=0.0194518;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457514;STB=0.526279;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0164524;OID=.;OPOS=159897132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:11:5:5:9:11:5 chr1 159897638 . T C 400.11 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=-0.0106411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.779;QD=14.6829;RBI=0.0113221;REFB=-0.00453472;REVB=0.00386746;RO=63;SAF=24;SAR=22;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19288;STB=0.608031;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00576609;OID=.;OPOS=159897638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:22:24:21:42:22:24:21:42 chr1 159898100 . A G 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0227524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.218;QD=14.2611;RBI=0.106114;REFB=-0.01583;REVB=-0.103646;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0291113;OID=.;OPOS=159898100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:12:12:8:8:12:12 chr1 159923111 . T G 770.61 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0100417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6593;QD=55.0437;RBI=0.0455215;REFB=-0.0693341;REVB=0.0444002;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00114014;OID=.;OPOS=159923111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:22:33:0:0:22:33:1:0 chr1 160062472 . C T 694.19 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.177571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2866;QD=56.6686;RBI=0.186942;REFB=-0.123245;REVB=0.0584436;RO=3;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216656;STB=0.51154;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0442668;OID=.;OPOS=160062472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:22:24:1:2:22:24:1:2 chr1 160062727 . A G 1785.86 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.469;QD=61.0549;RBI=0.0480615;REFB=0;REVB=-0.0456223;RO=0;SAF=64;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.14618e-05;OID=.;OPOS=160062727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:53:64:0:0:53:64:0:0 chr1 160124875 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0296756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.212;QD=17.5419;RBI=0.0297631;REFB=-0.0145634;REVB=-0.00228101;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233128;STB=0.634425;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0162129;OID=.;OPOS=160124875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:11:4:8:8:11:4:8:8 chr1 160134205 . C T 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.000231857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.486;QD=17.7903;RBI=0.0875667;REFB=-0.01627;REVB=-0.0875664;RO=33;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330593;STB=0.518507;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0182291;OID=.;OPOS=160134205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:18:13:15:18:18:13:15:18 chr1 160141171 . T G 246.6 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.00626401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.258;QD=11.3378;RBI=0.022212;REFB=-0.00224716;REVB=-0.0213105;RO=57;SAF=7;SAR=23;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467698;STB=0.770575;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0116792;OID=.;OPOS=160141171;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:57:30:30:0.344828:23:7:37:20:23:7:37:20 chr1 160141196 . C T 1293.77 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5097;QD=60.8834;RBI=0.0541287;REFB=0;REVB=-0.00754084;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323677;OID=.;OPOS=160141196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:45:38:0:0:46:39:0:0 chr1 160303416 . G A 211.43 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00432633;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.972;QD=18.7939;RBI=0.00597088;REFB=-0.00573004;REVB=0.00411512;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106569;STB=0.560452;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00697212;OID=.;OPOS=160303416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:24:21:21:0.466667:12:9:13:11:12:9:13:11 chr1 160341142 . T C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0414057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=331.814;QD=12.8607;RBI=0.0414221;REFB=-0.00373528;REVB=0.00116443;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437863;STB=0.749497;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00652733;OID=.;OPOS=160341142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:0:8:4:3:0:8 chr1 160342015 . T G 287.93 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.000689046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.916;QD=18.5762;RBI=0.0117926;REFB=-0.025839;REVB=0.0117725;RO=31;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145807;STB=0.581101;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0261007;OID=.;OPOS=160342015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:15:16:21:10:15:16:21:10 chr1 160393905 . A G 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00736204;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.99;QD=14.904;RBI=0.0112379;REFB=-0.00614034;REVB=-0.0084906;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00745939;STB=0.504234;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00826699;OID=.;OPOS=160393905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:9:17:22:12:9:17:22:12 chr1 160396221 . T C 241.98 PASS AF=0.460317;AO=26;DP=60;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.00523408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.861;QD=15.3636;RBI=0.0212069;REFB=-0.0259547;REVB=-0.0205508;RO=32;SAF=8;SAR=18;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147706;STB=0.587429;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.027347;OID=.;OPOS=160396221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:32:34:26:29:0.460317:18:8:6:26:19:10:7:27 chr1 160397254 . G T 143.97 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.7584;QD=44.2991;RBI=0.18031;REFB=0;REVB=0.18031;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0238457;OID=.;OPOS=160397254;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:10:13:1:10:0:0:0:13:0:0:0 chr1 160398239 . AT A 37.79 PASS AF=0.487179;AO=11;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0922648;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.66811;QD=3.87639;RBI=0.178075;REFB=-0.0979491;REVB=-0.152308;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301978;STB=0.58972;STBP=0.3;TYPE=del;VARB=0.0754008;OID=.;OPOS=160398240;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487179:11:39:19:39:20:9:10:13:7:37:20:4:7:13:7 chr1 160585554 . C G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.62;QD=62.0215;RBI=0.0451151;REFB=0;REVB=0.0403858;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90146e-05;OID=.;OPOS=160585554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr1 160650913 . A G 507.74 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328979;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.304;QD=58.0269;RBI=0.0930993;REFB=0;REVB=0.0870931;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143162;OID=.;OPOS=160650913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:15:19:0:0:16:19:0:0 chr1 160793442 . A G 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00387172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8737;QD=16.5613;RBI=0.0211529;REFB=0.00206542;REVB=-0.0207956;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138825;STB=0.501278;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.00321276;OID=.;OPOS=160793442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:13:14:16:14:13:14:16:15 chr1 160793560 . A G 72.34 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0138374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.263;QD=8.51099;RBI=0.0229072;REFB=-0.00725974;REVB=-0.0182555;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134942;STB=0.582123;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0173799;OID=.;OPOS=160793560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:4:6:17:7:4:6:17:7 chr1 160793962 . G C 426.95 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00410785;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.363;QD=21.6175;RBI=0.00625247;REFB=-0.00984367;REVB=0.00471371;RO=37;SAF=24;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954208;STB=0.552702;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00821236;OID=.;OPOS=160793962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:37:37:42:42:0.531646:18:24:17:20:18:24:17:20 chr1 160850433 . G T 331.27 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00493841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.828;QD=13.6606;RBI=0.00569594;REFB=-0.0131806;REVB=-0.00283829;RO=59;SAF=23;SAR=14;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178469;STB=0.606904;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0169771;OID=.;OPOS=160850433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:60:37:37:0.381443:14:23:27:32:14:23:27:33 chr1 160851826 . A T 1793.08 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7214;QD=60.7824;RBI=0.0410262;REFB=0;REVB=-0.0323569;RO=0;SAF=49;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82382e-05;OID=.;OPOS=160851826;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:68:49:0:0:69:49:0:0 chr1 160851894 . G A 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7706;QD=62.3139;RBI=0.0302784;REFB=0;REVB=-0.0017908;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001656;OID=.;OPOS=160851894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:53:33:0:0:53:33:0:0 chr1 160920966 . C T 1139.06 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0789206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.608;QD=59.1717;RBI=0.0803422;REFB=0.00732114;REVB=0.0150468;RO=1;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114027;STB=0.506023;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000143076;OID=.;OPOS=160920966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:41:35:0:1:41:35:0:1 chr1 160968609 . G A 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0118192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.02;QD=9.11037;RBI=0.0149626;REFB=-0.00394263;REVB=-0.00917517;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185755;STB=0.599733;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00757324;OID=.;OPOS=160968609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:2:6:9:6:2:6:10:6 chr1 160971146 . A G 631.55 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.67;QD=61.615;RBI=0.0122851;REFB=0;REVB=0.0100248;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56681e-05;OID=.;OPOS=160971146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:25:14:0:0:26:15:0:0 chr1 160971155 . G C 316.16 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0439761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.58;QD=31.6159;RBI=0.0449128;REFB=-0.0408697;REVB=0.00912491;RO=13;SAF=11;SAR=16;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620662;STB=0.533956;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0110693;OID=.;OPOS=160971155;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:16:11:4:9:16:11:4:9 chr1 160990875 . TC CA 233.69 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0106843;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=110.43;QD=21.2448;RBI=0.0256597;REFB=0.017399;REVB=0.0233295;RO=18;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114165;STB=0.609659;STBP=0.148;TYPE=mnp;VARB=-0.0112971;OID=.;OPOS=160990875;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:18:21:22:23:0.522727:8:14:9:9:8:15:9:12 chr1 160990878 . C T 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0053024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.71;QD=21.9719;RBI=0.0218948;REFB=-0.0148167;REVB=-0.021243;RO=20;SAF=15;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213713;STB=0.609659;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0160339;OID=.;OPOS=160990878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:8:15:8:12:8:15:9:12 chr1 161068836 . A C 259.24 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0183699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7234;QD=16.7251;RBI=0.0293202;REFB=0.00370494;REVB=-0.0228522;RO=29;SAF=15;SAR=5;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119103;STB=0.557322;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.072475;OID=.;OPOS=161068836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:62:29:32:20:20:0.322581:5:15:22:7:8:12:22:10 chr1 161141432 . C G 142.67 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0348946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4677;QD=22.8274;RBI=0.0349135;REFB=0.025237;REVB=0.00114769;RO=10;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627389;STB=0.535166;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.0187233;OID=.;OPOS=161141432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:11:4:2:8:11:4:2:8 chr1 161163037 . T C 265.4 PASS AF=0.366667;AO=30;DP=86;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00829243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.087;QD=11.7957;RBI=0.0664715;REFB=-0.0207236;REVB=0.0659522;RO=52;SAF=19;SAR=11;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434455;STB=0.561144;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0365765;OID=.;OPOS=161163037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:90:52:57:30:33:0.366667:11:19:31:21:12:21:31:26 chr1 161183516 . C T 551.34 PASS AF=0.56044;AO=50;DP=90;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00560322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.539;QD=24.2348;RBI=0.00591673;REFB=-0.00523662;REVB=-0.0019004;RO=40;SAF=21;SAR=29;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045308;STB=0.519433;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00374294;OID=.;OPOS=161183516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:40:40:50:51:0.56044:29:21:19:21:29:22:19:21 chr1 161202605 . G A 306.28 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0239616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.855;QD=47.1205;RBI=0.0269463;REFB=-0.0829483;REVB=0.0123266;RO=2;SAF=16;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054487;STB=0.529388;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00111296;OID=.;OPOS=161202605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:8:16:2:0:8:16:2:0 chr1 161284224 . A AGT 158.71 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0161111;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=298.819;QD=17.1573;RBI=0.0184306;REFB=-0.00213744;REVB=-0.00895081;RO=19;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792681;STB=0.565138;STBP=0.458;TYPE=ins;VARB=0.00258154;OID=.;OPOS=161284225;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459459:17:37:17:37:20:12:5:12:8:99:19:12:5:12:7 chr1 161332608 . G A 85.05 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0197277;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.668;QD=22.6787;RBI=0.0197277;REFB=-0.0246648;REVB=0;RO=4;SAF=10;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0098319;OID=.;OPOS=161332608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:4:5:10:10:0.666667:0:10:4:0:0:10:5:0 chr1 161333191 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0264305;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.096;QD=15.2589;RBI=0.0265994;REFB=-0.0171629;REVB=0.00299309;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477234;STB=0.788535;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0119717;OID=.;OPOS=161333191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:6:1:4:2:6:1:4:2 chr1 161337604 . G A 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00994027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.899;QD=18.6368;RBI=0.0142717;REFB=0.00257086;REVB=0.0102407;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0027381;OID=.;OPOS=161337604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:5:11:11:5:5:11:11:5 chr1 161369479 . G A 179.59 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00769586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.045;QD=15.6169;RBI=0.00803989;REFB=-0.00664938;REVB=-0.00232669;RO=27;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143041;STB=0.508227;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0166272;OID=.;OPOS=161369479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:8:11:16:11:8:11:16:11 chr1 161390656 . G A 588.52 PASS AF=0.564356;AO=56;DP=100;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0371729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.652;QD=23.3077;RBI=0.0375503;REFB=-0.0210908;REVB=0.00531021;RO=44;SAF=30;SAR=26;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010475;STB=0.509259;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0140542;OID=.;OPOS=161390656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:44:44:56:57:0.564356:26:30:23:21:26:31:23:21 chr1 161410044 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.592;QD=35.5759;RBI=0.0583867;REFB=0;REVB=-0.0137307;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672988;OID=.;OPOS=161410044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr1 161479745 . A G 534.62 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0162208;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.011;QD=19.9859;RBI=0.0163709;REFB=-0.0215311;REVB=-0.00221177;RO=51;SAF=33;SAR=22;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114593;STB=0.568157;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0175415;OID=.;OPOS=161479745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:51:52:55:55:0.514019:22:33:24:27:22:33:24:28 chr1 161487863 . C T 364.58 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0203658;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.289;QD=20.8332;RBI=0.021038;REFB=0.0118205;REVB=-0.00527547;RO=30;SAF=18;SAR=19;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704034;STB=0.529396;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0121311;OID=.;OPOS=161487863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:30:33:37:37:0.528571:19:18:12:18:19:18:14:19 chr1 161488017 . T C 99.81 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0102524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.879;QD=15.3555;RBI=0.0270654;REFB=0.0271333;REVB=0.0250484;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20736;STB=0.620056;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00415268;OID=.;OPOS=161488017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:9:5:7:5:9:5 chr1 161493623 . G GA 162.35 PASS AF=0.651515;AO=32;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.160565;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.96271;QD=9.83946;RBI=0.276121;REFB=0.0784663;REVB=0.224637;RO=26;SAF=9;SAR=23;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196994;STB=0.517438;STBP=0.74;TYPE=ins;VARB=0.0270124;OID=.;OPOS=161493624;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.651515:32:66:43:66:23:17:26:8:15:40:26:9:23:13:13 chr1 161495040 . C T 205.0 PASS AF=0.645161;AO=18;DP=29;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0462507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.285;QD=26.4517;RBI=0.0463426;REFB=-0.00743995;REVB=0.00291606;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308902;STB=0.501627;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00677049;OID=.;OPOS=161495040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:31:11:11:18:20:0.645161:9:9:5:6:11:9:5:6 chr1 161495477 . A T 750.0 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9164;QD=56.6036;RBI=0.0571668;REFB=0;REVB=0.0468568;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242326;OID=.;OPOS=161495477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:25:27:0:0:26:27:0:0 chr1 161495885 . T C 302.88 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.6411;QD=52.6755;RBI=0.104383;REFB=0;REVB=0.102583;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00555878;OID=.;OPOS=161495885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr1 161500130 . A G 321.27 PASS AF=0.630435;AO=27;DP=44;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.0291937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8216;QD=27.9367;RBI=0.0316847;REFB=-0.00349677;REVB=0.0123146;RO=16;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256658;STB=0.641729;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00283104;OID=.;OPOS=161500130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:16:17:27:29:0.630435:11:16:15:1:12:17:16:1 chr1 161500975 . A G 84.31 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0308276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.351;QD=10.5393;RBI=0.0404643;REFB=0.00933501;REVB=-0.0262111;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075548;STB=0.545372;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.0514325;OID=.;OPOS=161500975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:6:5:11:10:6:5:11:10 chr1 161514542 . A C 345.14 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00413193;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=337.138;QD=16.633;RBI=0.00465248;REFB=0.00435326;REVB=0.0021384;RO=46;SAF=22;SAR=15;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137036;STB=0.577007;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00577574;OID=.;OPOS=161514542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:15:22:21:25:15:22:21:25 chr1 161518336 . C T 83.74 PASS AF=0.0968992;AO=25;DP=258;FAO=25;FDP=258;FR=.;FRO=233;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=120;FSRR=113;FWDB=-0.0186705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.484;QD=1.29826;RBI=0.0357966;REFB=-0.00114058;REVB=-0.0305419;RO=233;SAF=9;SAR=16;SRF=120;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186428;STB=0.639888;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0266648;OID=.;OPOS=161518336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:258:258:233:233:25:25:0.0968992:16:9:120:113:16:9:120:113 chr1 161561151 . G A 159.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0122007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.46;QD=17.7305;RBI=0.0711267;REFB=0.00844015;REVB=0.0700725;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146892;STB=0.583241;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0128799;OID=.;OPOS=161561151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:14:5:7:10:14:5 chr1 161565408 . T C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00979166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3807;QD=12.6379;RBI=0.015538;REFB=-0.0326951;REVB=0.0120646;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089691;STB=0.552409;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.052742;OID=.;OPOS=161565408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:9:4:5:16:9:4:5:16 chr1 161565479 . G A 192.17 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00368751;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.36;QD=21.3525;RBI=0.0362765;REFB=-0.00871019;REVB=-0.0360886;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649904;STB=0.523784;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00996584;OID=.;OPOS=161565479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:17:19:19:0.527778:11:8:8:8:11:8:8:9 chr1 161565604 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.189752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.252;QD=56.7057;RBI=0.19372;REFB=0;REVB=0.0390113;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000705325;OID=.;OPOS=161565604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr1 161565705 . A G 137.93 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2456;QD=39.4071;RBI=0.0941234;REFB=-0.15947;REVB=0.0908203;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533084;STB=0.529367;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0102624;OID=.;OPOS=161565705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:14:1:1:13:13:0.928571:8:5:0:1:8:5:0:1 chr1 161574654 . G A 1068.14 PASS AF=0.961039;AO=72;DP=75;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0181393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.468;QD=55.488;RBI=0.0230026;REFB=-0.112983;REVB=0.0141451;RO=2;SAF=27;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00679972;STB=0.501867;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0004515;OID=.;OPOS=161574654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:77:2:3:72:74:0.961039:45:27:1:1:46:28:1:2 chr1 161591542 . G A 204.86 PASS AF=0.446809;AO=22;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0217458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.643;QD=17.4347;RBI=0.0272751;REFB=-0.0189259;REVB=0.0164636;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237076;STB=0.567566;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.054808;OID=.;OPOS=161591542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:26:22:21:0.446809:12:10:5:19:13:8:7:19 chr1 161591548 . C T 743.37 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.88;QD=63.2656;RBI=0.0500225;REFB=0;REVB=0.0269199;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140718;OID=.;OPOS=161591548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:31:14:0:0:32:15:0:0 chr1 161599693 . T C 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0882236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3863;QD=52.1511;RBI=0.114964;REFB=-0.0714975;REVB=0.0737104;RO=1;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197971;STB=0.510631;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00870446;OID=.;OPOS=161599693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:23:4:0:1:23:4:0:1 chr1 161600995 . C T 295.85 PASS AF=0.434211;AO=30;DP=74;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0380665;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.824;QD=15.5708;RBI=0.0383372;REFB=-0.0175407;REVB=-0.00454734;RO=43;SAF=8;SAR=22;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180464;STB=0.572908;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0211989;OID=.;OPOS=161600995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:43:43:30:33:0.434211:22:8:18:25:23:10:18:25 chr1 161643269 . C T 123.95 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00995587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.234;QD=17.0963;RBI=0.0452818;REFB=-0.0227544;REVB=-0.0441737;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269989;STB=0.624838;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0287702;OID=.;OPOS=161643269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:15:14:14:0.482759:6:8:12:2:6:8:12:3 chr1 161681780 . A G 602.28 PASS AF=0.931818;AO=42;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0024941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.391;QD=54.7526;RBI=0.0118337;REFB=-0.0196723;REVB=-0.0115679;RO=2;SAF=12;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719999;STB=0.559969;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00916683;OID=.;OPOS=161681780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:2:3:42:41:0.931818:30:12:2:0:30:11:3:0 chr1 161695639 . G T 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6634;QD=52.6088;RBI=0.085954;REFB=0;REVB=0.0829625;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165897;OID=.;OPOS=161695639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr1 161696088 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00874684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.139;QD=49.5966;RBI=0.0292841;REFB=0;REVB=0.0279473;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11188e-05;OID=.;OPOS=161696088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr1 161697072 . G C 868.14 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0561574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6416;QD=57.876;RBI=0.0607726;REFB=0;REVB=-0.0232306;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000725169;OID=.;OPOS=161697072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr1 161697149 . G T 990.3 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.714;QD=59.1221;RBI=0.0297372;REFB=0;REVB=0.00906654;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82724e-05;OID=.;OPOS=161697149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr1 161705871 . C G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3082;QD=53.9096;RBI=0.0442134;REFB=0;REVB=-0.0122906;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00139754;OID=.;OPOS=161705871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr1 161721707 . C T 181.92 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0259772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2019;QD=16.9229;RBI=0.0275051;REFB=-0.00927527;REVB=-0.00903949;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147036;STB=0.583855;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0249229;OID=.;OPOS=161721707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:9:15:9:10:9:15 chr1 161722204 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.020811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.271;QD=13.4417;RBI=0.0260343;REFB=-0.0034871;REVB=-0.0156425;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20469;STB=0.620451;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00266685;OID=.;OPOS=161722204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:5:8:4:6:5:8 chr1 161751741 . A G 318.78 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.019011;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.276;QD=17.9596;RBI=0.03167;REFB=-0.0296653;REVB=0.0253292;RO=37;SAF=12;SAR=21;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290374;STB=0.65028;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.018285;OID=.;OPOS=161751741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:33:34:0.478873:21:12:25:12:21:13:25:12 chr1 161823011 . T A 97.62 PASS AF=0.375;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0128814;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.264;QD=12.2021;RBI=0.0395923;REFB=-0.00616277;REVB=0.0374382;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539816;STB=0.813823;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.012175;OID=.;OPOS=161823011;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:32:20:20:12:12:0.375:9:3:16:4:9:3:16:4 chr1 161928327 . A G 1283.47 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.341;QD=61.8539;RBI=0.0640958;REFB=0;REVB=-0.0426762;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43315e-06;OID=.;OPOS=161928327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:40:42:0:0:40:43:0:0 chr1 161953402 . G A 234.61 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00814046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3132;QD=13.2173;RBI=0.0400832;REFB=-0.0391038;REVB=-0.0392479;RO=43;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208735;STB=0.618965;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0446309;OID=.;OPOS=161953402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:12:16:16:27:12:16:16:27 chr1 161967681 . A G 352.51 PASS AF=0.614035;AO=34;DP=56;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00688511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5554;QD=24.7378;RBI=0.0258646;REFB=-0.00441796;REVB=-0.0249313;RO=22;SAF=20;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642892;STB=0.527903;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00346226;OID=.;OPOS=161967681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:22:22:34:35:0.614035:14:20:11:11:15:20:11:11 chr1 161976234 . A G 104.65 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0021509;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.746;QD=17.4423;RBI=0.00215203;REFB=-0.00242403;REVB=-6.97331e-05;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784743;STB=0.545377;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00216175;OID=.;OPOS=161976234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:24:12:12:12:12:0.5:8:4:5:7:8:4:5:7 chr1 162313735 . C T 580.71 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581982;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.539;QD=61.1275;RBI=0.0988111;REFB=0;REVB=0.0798537;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583564;OID=.;OPOS=162313735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr1 162344102 . C T 1540.57 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.203;QD=59.8281;RBI=0.0396814;REFB=0;REVB=-0.0122583;RO=0;SAF=43;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59213e-05;OID=.;OPOS=162344102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:60:43:0:0:60:43:0:0 chr1 162345091 . G A 1612.56 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.912;QD=59.1767;RBI=0.105829;REFB=-0.0563991;REVB=0.100475;RO=0;SAF=65;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000733298;OID=.;OPOS=162345091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:108:109:0:0:107:109:1:42:65:0:0:43:66:0:0 chr1 162467014 . C G 266.56 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=103;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.020365;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.876;QD=10.4535;RBI=0.0214211;REFB=-0.0109396;REVB=-0.0066428;RO=68;SAF=19;SAR=15;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11807;STB=0.568429;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0239676;OID=.;OPOS=162467014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:68:68:34:34:0.333333:15:19:31:37:15:19:31:37 chr1 162493009 . C T 114.61 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0630587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.881;QD=10.4188;RBI=0.0636392;REFB=-0.0360668;REVB=-0.00857649;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214125;STB=0.615223;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0798247;OID=.;OPOS=162493009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:30:14:14:0.318182:6:8:11:18:6:8:12:18 chr1 162737116 . C G 343.2 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0106404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4827;QD=18.8057;RBI=0.0133937;REFB=-0.0326529;REVB=-0.00813474;RO=35;SAF=19;SAR=17;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188278;STB=0.602209;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0346959;OID=.;OPOS=162737116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:37:36:36:0.493151:17:19:11:24:17:19:12:25 chr1 162740313 . T C 463.8 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.015794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6699;QD=19.325;RBI=0.0225297;REFB=-0.0255528;REVB=-0.0160666;RO=49;SAF=15;SAR=31;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000468302;STB=0.508193;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0270124;OID=.;OPOS=162740313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:50:46:46:0.479167:31:15:16:33:31:15:17:33 chr1 162740327 . T C 1122.7 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143455;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4234;QD=54.1062;RBI=0.0583426;REFB=-0.130529;REVB=0.0565514;RO=0;SAF=28;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50795e-08;STB=0.504586;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00317715;OID=.;OPOS=162740327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:0:1:81:82:0.987952:53:28:0:0:54:28:0:1 chr1 162760622 . G C 496.21 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00660058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.074;QD=23.6292;RBI=0.01318;REFB=-0.0300055;REVB=0.0114081;RO=36;SAF=21;SAR=26;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020266;STB=0.517604;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0229362;OID=.;OPOS=162760622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:37:47:47:0.559524:26:21:17:19:26:21:18:19 chr1 162765475 . G C 222.81 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1166;QD=49.5133;RBI=0.0661198;REFB=0;REVB=-0.0466449;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55852e-06;OID=.;OPOS=162765475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr1 163479278 . G A 470.28 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=38;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00977603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.448;QD=20.6714;RBI=0.0111696;REFB=-0.00602099;REVB=0.00540277;RO=45;SAF=38;SAR=8;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337892;STB=0.689518;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0105057;OID=.;OPOS=163479278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:8:38:24:21:8:38:24:21 chr1 164529120 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.53;QD=51.9165;RBI=0.0209285;REFB=0;REVB=-0.00449618;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53794e-05;OID=.;OPOS=164529120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr1 164608825 . G A 1209.62 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.009;QD=61.2466;RBI=0.0200886;REFB=0;REVB=0.0185348;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62084e-05;OID=.;OPOS=164608825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:42:36:0:0:43:36:0:0 chr1 165173216 . A G 1079.61 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00828141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4285;QD=59.9782;RBI=0.0522621;REFB=0;REVB=0.0516018;RO=0;SAF=68;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312872;OID=.;OPOS=165173216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:4:68:0:0:4:68:0:0 chr1 165218792 . G A 1088.46 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4534;QD=58.8358;RBI=0.0194691;REFB=0;REVB=0.00119833;RO=1;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103952;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133224;OID=.;OPOS=165218792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:1:0:72:74:1:45:27:0:1:46:28:0:0 chr1 165377552 . G A 1197.06 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0714134;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6784;QD=59.8529;RBI=0.0862452;REFB=0.115428;REVB=-0.0483567;RO=0;SAF=28;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50877;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00298796;OID=.;OPOS=165377552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:0:1:79:79:0.9875:51:28:0:0:51:28:1:0 chr1 165389129 . G A 550.63 PASS AF=0.5;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00347018;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.912;QD=19.3205;RBI=0.00393927;REFB=-0.00951142;REVB=0.00186432;RO=57;SAF=38;SAR=19;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135352;STB=0.574973;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00915561;OID=.;OPOS=165389129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:57:57:57:57:0.5:19:38:30:27:19:38:30:27 chr1 165513717 . G A 390.05 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00819148;FXX=0.0377323;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.025;QD=15.296;RBI=0.0147867;REFB=-0.00275495;REVB=0.0123104;RO=61;SAF=26;SAR=18;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169531;STB=0.581358;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00276467;OID=.;OPOS=165513717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:102:61:58:44:44:0.431373:18:26:26:35:18:26:26:32 chr1 165601466 . G A 915.07 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00790894;FXX=0.0302984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.042;QD=57.1917;RBI=0.00803099;REFB=-0.129036;REVB=0.00139479;RO=1;SAF=35;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013302;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=4.04992e-05;OID=.;OPOS=165601466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:28:35:1:0:28:35:1:0 chr1 165624799 . G T 205.09 PASS AF=0.42;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0149987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4548;QD=16.4075;RBI=0.0434158;REFB=-0.0369352;REVB=-0.0407427;RO=27;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360537;STB=0.731382;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0284128;OID=.;OPOS=165624799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:27:29:20:21:0.42:5:15:11:16:5:16:11:18 chr1 165630698 . A G 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1823;QD=64.1521;RBI=0.0474012;REFB=0;REVB=0.0175709;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079125;OID=.;OPOS=165630698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr1 165652273 . A G 678.22 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0344935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8557;QD=57.7211;RBI=0.0651283;REFB=0.0557314;REVB=-0.055244;RO=2;SAF=24;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00267472;STB=0.501424;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00524769;OID=.;OPOS=165652273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:2:2:45:45:0.957447:21:24:1:1:21:24:1:1 chr1 165737704 . C G 374.83 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.020389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.457;QD=49.9767;RBI=0.0284495;REFB=0.0119445;REVB=0.0198409;RO=1;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489106;STB=0.549963;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000405116;OID=.;OPOS=165737704;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:1:2:28:28:0.933333:9:19:0:1:9:19:0:2 chr1 166591271 . T C 463.8 PASS AF=0.419355;AO=51;DP=123;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0260867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5277;QD=14.9611;RBI=0.0419359;REFB=-0.00113383;REVB=0.0328345;RO=71;SAF=20;SAR=31;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326862;STB=0.515999;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00160829;OID=.;OPOS=166591271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:71:72:51:52:0.419355:31:20:30:41:31:21:31:41 chr1 166818566 . A G 837.9 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00902527;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.38;QD=57.7863;RBI=0.0164439;REFB=0;REVB=0.0137458;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85098e-06;OID=.;OPOS=166818566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chr1 166822566 . A G 355.12 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0451918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9997;QD=18.9397;RBI=0.0452077;REFB=-0.00318899;REVB=-0.00119741;RO=36;SAF=22;SAR=15;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205784;STB=0.626267;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00671091;OID=.;OPOS=166822566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:38:37:37:0.493333:15:22:13:23:15:22:13:25 chr1 166825797 . A ACAGATCCAG 223.09 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00389073;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=305.47;QD=13.7284;RBI=0.00894773;REFB=-0.0099281;REVB=0.00805755;RO=39;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15396;STB=0.5626;STBP=0.447;TYPE=ins;VARB=0.013038;OID=.;OPOS=166825798;OREF=-;OALT=CAGATCCAG;OMAPALT=ACAGATCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415385:26:66:27:65:38:10:17:18:20:99:39:9:17:19:20 chr1 166958601 . T C 479.11 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0295354;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.637;QD=18.9748;RBI=0.0305796;REFB=-0.0193789;REVB=0.00792261;RO=50;SAF=29;SAR=21;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50588;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0145722;OID=.;OPOS=166958601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:51:50:50:0.49505:21:29:29:21:21:29:29:22 chr1 166958710 . T G 481.68 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0403918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.315;QD=20.4971;RBI=0.0459962;REFB=-0.0177939;REVB=-0.0220036;RO=47;SAF=36;SAR=11;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322343;STB=0.679856;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0248258;OID=.;OPOS=166958710;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:11:36:21:26:11:36:21:26 chr1 167038265 . G T 514.38 PASS AF=0.5;AO=53;DP=107;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00394915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3767;QD=18.7048;RBI=0.0196148;REFB=0.0152934;REVB=0.0192131;RO=54;SAF=23;SAR=30;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110982;STB=0.563994;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0146473;OID=.;OPOS=167038265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:54:55:53:55:0.5:30:23:30:24:32:23:30:25 chr1 167059462 . G C 281.64 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0204849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4502;QD=17.0688;RBI=0.0626191;REFB=0.0199403;REVB=-0.0591737;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287321;STB=0.516119;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.00906105;OID=.;OPOS=167059462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:16:15:18:17:16:15:18:17 chr1 167095163 . G C 597.38 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.00204726;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6018;QD=17.9662;RBI=0.0370791;REFB=-0.0291188;REVB=0.0370226;RO=70;SAF=32;SAR=30;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426964;STB=0.519877;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.03642;OID=.;OPOS=167095163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:70:71:62:62:0.466165:30:32:33:37:30:32:34:37 chr1 167095765 . G A 237.6 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0102824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.175;QD=13.7741;RBI=0.0234359;REFB=-0.025457;REVB=-0.0210598;RO=40;SAF=9;SAR=19;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116334;STB=0.575702;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0410731;OID=.;OPOS=167095765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:28:28:0.405797:19:9:17:23:19:9:18:23 chr1 167095881 . G A 450.24 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0524336;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.915;QD=19.5754;RBI=0.0524706;REFB=-0.0478053;REVB=-0.00196953;RO=47;SAF=22;SAR=23;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117605;STB=0.565168;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.044068;OID=.;OPOS=167095881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:47:47:45:45:0.48913:23:22:17:30:23:22:17:30 chr1 167097739 . C A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0105661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.853;QD=22.8308;RBI=0.0213356;REFB=-0.0234712;REVB=0.0185356;RO=10;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102466;STB=0.558057;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0213411;OID=.;OPOS=167097739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:12:3:3:7:12:3:3:7 chr1 167510996 . G A 670.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1032;QD=62.3428;RBI=0.0735482;REFB=0;REVB=0.0566654;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70436e-05;OID=.;OPOS=167510996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr1 167511035 . C G 196.52 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0218474;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2875;QD=17.4685;RBI=0.0344136;REFB=-0.0138076;REVB=0.0265893;RO=25;SAF=15;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131022;STB=0.575263;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0245032;OID=.;OPOS=167511035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:5:15:16:9:5:15:16:9 chr1 167815030 . A G 134.19 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0420862;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.497;QD=15.3357;RBI=0.0422962;REFB=0.0116416;REVB=-0.00420971;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820866;STB=0.547465;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.023722;OID=.;OPOS=167815030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:11:9:8:7:11:9 chr1 167817639 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.696;QD=62.6708;RBI=0.0165968;REFB=0;REVB=-0.0155307;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.55712e-05;OID=.;OPOS=167817639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr1 167825485 . T C 1685.63 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00177337;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.942;QD=60.2009;RBI=0.0130414;REFB=0;REVB=0.0129203;RO=0;SAF=64;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892042;OID=.;OPOS=167825485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:47:64:0:0:47:65:0:0 chr1 167825606 . A G 334.3 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0189057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4661;QD=19.3799;RBI=0.0220143;REFB=0.000539282;REVB=0.0112785;RO=34;SAF=19;SAR=16;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939993;STB=0.552159;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00052692;OID=.;OPOS=167825606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:16:19:22:12:16:19:22:12 chr1 167906239 . A C 775.97 PASS AF=1;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00618289;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.732;QD=64.6646;RBI=0.0404681;REFB=0;REVB=0.0399929;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365785;OID=.;OPOS=167906239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:48:0:0:47:48:1:33:14:0:0:34:14:0:0 chr1 168013850 . T C 356.18 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00561071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.012;QD=21.9191;RBI=0.0294461;REFB=0.00671896;REVB=0.0289067;RO=29;SAF=16;SAR=20;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114363;STB=0.563105;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00902392;OID=.;OPOS=168013850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:20:16:17:12:20:16:17:12 chr1 168511284 . T C 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=0.0161528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.98;QD=3.78992;RBI=0.0286636;REFB=0.00151642;REVB=0.0236789;RO=40;SAF=4;SAR=4;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390869;STB=0.725041;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00806779;OID=.;OPOS=168511284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:40:43:8:8:0.156863:4:4:32:8:4:4:33:10 chr1 168513129 . C T 395.09 PASS AF=0.43617;AO=39;DP=92;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00766041;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.869;QD=16.8122;RBI=0.022592;REFB=-0.0150384;REVB=0.0212536;RO=51;SAF=21;SAR=18;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107044;STB=0.502898;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0181374;OID=.;OPOS=168513129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:51:53:39:41:0.43617:18:21:28:23:18:23:30:23 chr1 168545949 . G A 353.78 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0132386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.284;QD=21.4411;RBI=0.0246035;REFB=-0.0121867;REVB=0.0207382;RO=29;SAF=14;SAR=21;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117388;STB=0.521041;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00953948;OID=.;OPOS=168545949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:30:35:36:0.545455:21:14:12:17:22:14:13:17 chr1 168683476 . C T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00406275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.767;QD=10.668;RBI=0.00655144;REFB=-0.013463;REVB=-0.0051396;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240468;STB=0.642595;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0227883;OID=.;OPOS=168683476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:13:5:5:5:13:5 chr1 169101935 . C T 177.35 PASS AF=0.392857;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0294754;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6809;QD=12.668;RBI=0.0319402;REFB=-0.0257602;REVB=-0.0123037;RO=33;SAF=4;SAR=17;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831902;STB=0.57628;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0460001;OID=.;OPOS=169101935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:34:21:22:0.392857:17:4:8:25:18:4:9:25 chr1 169272451 . A T 1384.11 PASS AF=0.957895;AO=91;DP=95;FAO=91;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0955048;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=108.534;QD=58.2782;RBI=0.0956318;REFB=-0.147158;REVB=0.00492605;RO=2;SAF=45;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020599;STB=0.510754;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.000977728;OID=.;OPOS=169272451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:95:95:2:4:91:91:0.957895:46:45:2:0:46:45:3:1 chr1 169272453 . G A 1457.18 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0149845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2461;QD=62.0076;RBI=0.0149965;REFB=-0.0755321;REVB=0.000600205;RO=1;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101945;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000757331;OID=.;OPOS=169272453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:1:1:92:93:0.989362:46:46:0:1:46:47:0:1 chr1 169293721 . G A 170.12 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0324201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7429;QD=12.6011;RBI=0.0326367;REFB=-0.00973432;REVB=-0.00375407;RO=31;SAF=8;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238511;STB=0.618934;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0260319;OID=.;OPOS=169293721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:33:21:21:0.388889:13:8:19:12:13:8:19:14 chr1 169345868 . A G 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.024472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5728;QD=15.645;RBI=0.0268249;REFB=0.00117297;REVB=-0.0109861;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120507;STB=0.568566;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00163393;OID=.;OPOS=169345868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:11:11:18:11:11:11:18:11 chr1 169366516 . G A 1037.55 PASS AF=0.490826;AO=89;DP=203;FAO=107;FDP=218;FR=.;FRO=111;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=0.0341791;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.157;QD=19.0377;RBI=0.0432851;REFB=-0.016828;REVB=0.0265592;RO=113;SAF=48;SAR=41;SRF=61;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000503185;STB=0.500777;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0164496;OID=.;OPOS=169366516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:218:113:111:89:107:0.490826:41:48:61:52:49:58:60:51 chr1 169391154 . A G 1421.53 PASS AF=0.918919;AO=102;DP=112;FAO=102;FDP=111;FR=.;FRO=9;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0108497;FXX=0.00892777;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.829;QD=51.2262;RBI=0.0108864;REFB=-0.00971076;REVB=-0.00089365;RO=9;SAF=50;SAR=52;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240783;STB=0.512727;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.000434223;OID=.;OPOS=169391154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:112:111:9:9:102:102:0.918919:52:50:3:6:52:50:3:6 chr1 169435027 . C T 784.96 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.657;QD=57.0876;RBI=0.0295328;REFB=0;REVB=-0.0278346;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.84455e-05;OID=.;OPOS=169435027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr1 169510139 . G A 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=0;FWDB=0.00582012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.238;QD=12.8691;RBI=0.036055;REFB=-0.00173428;REVB=-0.0355821;RO=32;SAF=20;SAR=1;SRF=32;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408705;STB=0.725903;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00261499;OID=.;OPOS=169510139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:1:20:32:0:1:20:33:0 chr1 169510247 . G A 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=44;FSRR=0;FWDB=-0.0229023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.42;QD=2.56872;RBI=0.0229023;REFB=-0.0223253;REVB=0;RO=42;SAF=6;SAR=0;SRF=42;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.144552;OID=.;OPOS=169510247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:42:44:6:6:0.12:0:6:42:0:0:6:44:0 chr1 169510389 . GGA G 81.37 PASS AF=0.625;AO=8;DP=18;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0325033;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=28.7454;QD=20.3419;RBI=0.181414;REFB=-0.110035;REVB=0.178478;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502688;STB=0.756209;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.0867266;OID=.;OPOS=169510390;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:8:18:10:16:6:2:8:5:1:36:8:2:6:7:1 chr1 169510475 . G T 47.85 PASS AF=0.25;AO=5;DP=21;FAO=5;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.000574006;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.274;QD=9.5706;RBI=0.0179507;REFB=-0.00548453;REVB=-0.0179416;RO=11;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154572;STB=0.5996;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.054167;OID=.;OPOS=169510475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:21:20:11:11:5:5:0.25:2:3:5:6:2:3:5:6 chr1 169519049 . T C 874.65 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.235;QD=57.354;RBI=0.0319259;REFB=0;REVB=0.0189505;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512704;OID=.;OPOS=169519049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:33:26:0:0:34:27:0:0 chr1 169519112 . C T 249.97 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00595676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.032;QD=12.0467;RBI=0.0131152;REFB=-0.00352885;REVB=0.0116845;RO=52;SAF=15;SAR=15;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211886;STB=0.50602;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00643938;OID=.;OPOS=169519112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:53:30:30:0.361446:15:15:25:27:15:15:26:27 chr1 169521849 . T C 532.86 PASS AF=0.543478;AO=51;DP=90;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.0298742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8333;QD=23.1677;RBI=0.0302819;REFB=-0.00848678;REVB=-0.00495205;RO=39;SAF=33;SAR=18;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170738;STB=0.525349;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00656928;OID=.;OPOS=169521849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:39:42:51:50:0.543478:18:33:26:13:18:32:29:13 chr1 169529826 . C A 1932.25 PASS AF=1;AO=100;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00475365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.732;QD=61.8319;RBI=0.0117853;REFB=0;REVB=0.0107841;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34399e-06;OID=.;OPOS=169529826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:100:125:1:52:48:0:0:64:61:0:0 chr1 169529973 . C T 1491.66 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.161;QD=63.4749;RBI=0.0369532;REFB=0;REVB=0.0154649;RO=0;SAF=33;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.19147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05669e-05;OID=.;OPOS=169529973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:61:33:0:0:61:33:0:0 chr1 169562904 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.976;QD=60.23;RBI=0.0764982;REFB=0;REVB=0.000442727;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572197;OID=.;OPOS=169562904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr1 169566313 . C T 1212.84 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.919;QD=59.8935;RBI=0.0116097;REFB=-0.112462;REVB=0.000973469;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.506492;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00128662;OID=.;OPOS=169566313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:78:80:0.987654:42:36:0:0:42:38:1:0 chr1 169580885 . C T 300.07 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6079;QD=52.1864;RBI=0.0268133;REFB=0;REVB=-0.0151181;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00405692;OID=.;OPOS=169580885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:9:14:0:0 chr1 169828219 . GGC GCG 41.92 PASS AF=0.0957447;AO=10;DP=94;FAO=9;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0331889;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=47.3328;QD=1.78386;RBI=0.044201;REFB=-0.00814968;REVB=-0.0291929;RO=74;SAF=8;SAR=2;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410196;STB=0.883554;STBP=0.022;TYPE=mnp;VARB=0.20477;OID=.;OPOS=169828220;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0957447:10:94:9:94:81:8:1:38:43:28:74:8:2:34:40 chr1 169847822 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0366742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.137;QD=9.76019;RBI=0.0515506;REFB=-0.021197;REVB=-0.036228;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577328;STB=0.535609;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.032974;OID=.;OPOS=169847822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:4:8:5:2:4:8 chr1 169927228 . T TG 489.42 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.5035;QD=44.4924;RBI=0.132876;REFB=0;REVB=0.0645939;RO=0;SAF=37;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43317e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00498055;OID=.;OPOS=169927229;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:44:44:44:0:37:7:0:0:9:0:37:5:0:0 chr1 169951997 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=331.573;QD=60.2046;RBI=0.0210684;REFB=0;REVB=0.00649957;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87261e-05;OID=.;OPOS=169951997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr1 170501385 . A C,G 387.19 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=25,3;DP=28;FAO=27,1;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605782,0.0655146;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.807,92.3472;QD=55.3121;RBI=0.0909418,0.0765322;REFB=0,0;REVB=0.0678285,-0.0395602;RO=0;SAF=12,0;SAR=13,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.94263e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000108952,0.164338;OID=.,.;OPOS=170501385,170501385;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:28:28:0:0:25,3:27,1:0.964286,0.0357143:13,3:12,0:0:0:15,1:12,0:0:0 chr1 170521376 . G A 1243.54 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00785121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0932;QD=59.9294;RBI=0.0298684;REFB=-0.110815;REVB=0.028818;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507245;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00108928;OID=.;OPOS=170521376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:48:34:0:0:48:34:1:0 chr1 170705685 . CTATATATATA C 1226.93 PASS AF=0.760563;AO=79;DP=121;FAO=108;FDP=142;FR=.;FRO=34;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=0.0713873;FXX=0.112493;HRUN=1;LEN=10;MLLD=280.136;QD=34.5615;RBI=0.0878373;REFB=-0.053295;REVB=0.0511786;RO=0;SAF=49;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53895e-08;STB=0.601833;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.00977161;OID=.;OPOS=170705686;OREF=TATATATATA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.760563:79:121:108:142:34:43:65:28:6:99:0:49:30:0:0 chr1 170916646 . G T 347.87 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0166105;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.033;QD=17.1789;RBI=0.017468;REFB=-0.00302963;REVB=0.00540571;RO=42;SAF=21;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872503;STB=0.549269;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00254788;OID=.;OPOS=170916646;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:44:37:37:0.45679:16:21:20:22:16:21:21:23 chr1 170928671 . T C 151.55 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0188265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9624;QD=10.1031;RBI=0.0419406;REFB=-0.0294555;REVB=-0.0374777;RO=40;SAF=6;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960994;STB=0.556759;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.080271;OID=.;OPOS=170928671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:14:6:15:25:14:6:15:25 chr1 171076966 . G A 461.4 PASS AF=0.494624;AO=40;DP=92;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0195258;FXX=0.0510152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.496;QD=19.8452;RBI=0.0198861;REFB=-0.00490686;REVB=-0.00376817;RO=51;SAF=13;SAR=27;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320168;STB=0.592121;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00449604;OID=.;OPOS=171076966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:51:47:40:46:0.494624:27:13:33:18:27:19:28:19 chr1 171112490 . C T 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.000814602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.159;QD=10.1691;RBI=0.0862236;REFB=0.00755004;REVB=-0.0862197;RO=22;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397039;STB=0.738702;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00972451;OID=.;OPOS=171112490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:3:8:8:14:3:8:8:14 chr1 171130236 . G A 351.77 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0663371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.176;QD=19.8181;RBI=0.0674722;REFB=-0.0188027;REVB=0.0123239;RO=34;SAF=23;SAR=14;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303735;STB=0.516845;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0167942;OID=.;OPOS=171130236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:14:23:20:14:14:23:20:14 chr1 171130346 . G A 408.85 PASS AF=0.443299;AO=41;DP=95;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0160932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2703;QD=16.86;RBI=0.0389434;REFB=0.00734755;REVB=0.0354626;RO=50;SAF=23;SAR=18;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208145;STB=0.501204;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.00598349;OID=.;OPOS=171130346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:50:54:41:43:0.443299:18:23:27:23:20:23:29:25 chr1 171168584 . CA TG 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00434579;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=339.445;QD=16.7848;RBI=0.00446073;REFB=-0.0049753;REVB=0.00100611;RO=33;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030655;STB=0.517229;STBP=0.838;TYPE=mnp;VARB=0.00538623;OID=.;OPOS=171168584;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:15:14:17:16:15:14:17:16 chr1 171174531 . A G 370.85 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0145185;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.239;QD=17.0505;RBI=0.0147084;REFB=-0.00786974;REVB=-0.00235573;RO=48;SAF=17;SAR=22;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0016018;STB=0.500898;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00958759;OID=.;OPOS=171174531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:48:48:39:39:0.448276:22:17:21:27:22:17:21:27 chr1 171223134 . G A 267.89 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0643722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2065;QD=21.8686;RBI=0.0692205;REFB=-0.0266855;REVB=-0.02545;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507457;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0218751;OID=.;OPOS=171223134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:24:24:25:0.510204:16:8:8:16:17:8:8:16 chr1 171461787 . G A 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.375;QD=59.0117;RBI=0.0340549;REFB=0;REVB=-0.0264196;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70616e-05;OID=.;OPOS=171461787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr1 171509327 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9962;QD=45.8068;RBI=0.0232933;REFB=0;REVB=-0.00716873;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129698;OID=.;OPOS=171509327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr1 171511039 . C G 467.0 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0943867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7818;QD=50.4865;RBI=0.0955119;REFB=-0.0153623;REVB=-0.0146173;RO=3;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208524;STB=0.511176;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0226552;OID=.;OPOS=171511039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:3:3:34:34:0.918919:18:16:1:2:18:16:1:2 chr1 171514731 . C G 531.58 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00363675;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.859;QD=57.4679;RBI=0.0344885;REFB=-0.143962;REVB=0.0342962;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517232;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000272599;OID=.;OPOS=171514731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:0:1:36:36:0.972973:14:22:0:0:14:22:0:1 chr1 171526570 . G A 256.39 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0262981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.434;QD=44.5902;RBI=0.0433505;REFB=-0.0568012;REVB=0.0344627;RO=2;SAF=12;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116515;STB=0.506323;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00991475;OID=.;OPOS=171526570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:9:12:1:1:9:12:1:1 chr1 171556165 . G C 687.86 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.46;QD=62.533;RBI=0.0163697;REFB=0;REVB=0.00785596;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206894;OID=.;OPOS=171556165;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:24:20:0:0 chr1 171558516 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.693;QD=60.9781;RBI=0.0559704;REFB=0;REVB=0.0511912;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182249;OID=.;OPOS=171558516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr1 171621525 . C T 118.29 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0178011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.522;QD=13.1429;RBI=0.0377336;REFB=-0.0313778;REVB=-0.0332708;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10609;STB=0.583218;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0497821;OID=.;OPOS=171621525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:22:13:14:0.388889:7:6:8:14:7:7:8:14 chr1 171810960 . A G 612.76 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.865;QD=61.2757;RBI=0.0535451;REFB=0;REVB=-0.003098;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117611;OID=.;OPOS=171810960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:26:13:0:0:27:13:0:0 chr1 172157585 . C A 193.98 PASS AF=0.442308;AO=20;DP=50;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0354912;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.003;QD=14.9216;RBI=0.0367523;REFB=-0.0346256;REVB=-0.00954513;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309;STB=0.695482;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0368754;OID=.;OPOS=172157585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:29:29:20:23:0.442308:7:13:10:19:7:16:10:19 chr1 172308238 . C T 271.67 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00338031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.66;QD=20.8979;RBI=0.0120336;REFB=-0.000682848;REVB=-0.0115491;RO=24;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345638;STB=0.519217;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.000533013;OID=.;OPOS=172308238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:14:14:11:13:14:14:11:13 chr1 172356437 . A G 960.68 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200454;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.665;QD=59.119;RBI=0.0306581;REFB=0;REVB=-0.023197;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325442;OID=.;OPOS=172356437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:43:22:0:0:43:22:0:0 chr1 172410967 . G A 728.27 PASS AF=1;AO=42;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1754;QD=57.1193;RBI=0.166742;REFB=0;REVB=0.160308;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159342;OID=.;OPOS=172410967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:42:51:1:18:24:0:0:25:26:0:0 chr1 172411496 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.846;QD=37.4875;RBI=0.0136347;REFB=0;REVB=-0.00809074;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99343e-05;OID=.;OPOS=172411496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr1 172412995 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0799192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3536;QD=62.0196;RBI=0.087254;REFB=0;REVB=-0.035017;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00168231;OID=.;OPOS=172412995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr1 172425640 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0298216;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.236;QD=14.9794;RBI=0.0305372;REFB=-0.0321207;REVB=-0.0065725;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51996;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0369177;OID=.;OPOS=172425640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:4:6:6:4:4:6:7:4 chr1 172434812 . C T 418.08 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00188545;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.917;QD=53.946;RBI=0.0019078;REFB=-0.17177;REVB=0.000291177;RO=1;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216881;STB=0.51162;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000808125;OID=.;OPOS=172434812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:21:9:0:1:21:9:0:1 chr1 172437592 . G A 972.72 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.362;QD=58.0727;RBI=0.056496;REFB=0;REVB=-0.00584207;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351716;OID=.;OPOS=172437592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:63:67:1:37:26:0:0:39:28:0:0 chr1 172501643 . T C 112.23 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0221551;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.708;QD=7.73977;RBI=0.0223496;REFB=-0.00339309;REVB=-0.00294232;RO=43;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088891;STB=0.545398;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0122554;OID=.;OPOS=172501643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:43:42:16:16:0.275862:7:9:21:22:7:9:21:21 chr1 172502479 . T C 598.05 PASS AF=0.434483;AO=63;DP=145;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=0.00236036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8031;QD=16.4978;RBI=0.0696275;REFB=0.0114665;REVB=-0.0695875;RO=81;SAF=30;SAR=33;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921913;STB=0.554665;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0153565;OID=.;OPOS=172502479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:81:82:63:63:0.434483:33:30:46:35:33:30:47:35 chr1 172547465 . A G 561.3 PASS AF=0.425532;AO=60;DP=143;FAO=60;FDP=141;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=0.023387;FXX=0.013985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.981;QD=15.9234;RBI=0.0247011;REFB=-0.00665425;REVB=-0.00794954;RO=81;SAF=32;SAR=28;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128618;STB=0.571942;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00913172;OID=.;OPOS=172547465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:81:81:60:60:0.425532:28:32:33:48:28:32:33:48 chr1 172558235 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00472466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.211;QD=19.0179;RBI=0.012818;REFB=-0.0205361;REVB=-0.0119154;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250535;STB=0.514267;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0178452;OID=.;OPOS=172558235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:6:8:9:6:6:8 chr1 172634889 . C T 324.8 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=45;FWDB=-0.0076647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.96;QD=12.6137;RBI=0.019617;REFB=-0.0122466;REVB=-0.0180577;RO=63;SAF=22;SAR=17;SRF=19;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279683;STB=0.661737;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0126859;OID=.;OPOS=172634889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:64:39:39:0.378641:17:22:19:44:17:22:19:45 chr1 173429995 . G A 417.81 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0150766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.737;QD=22.584;RBI=0.0152127;REFB=-0.0184764;REVB=0.00203035;RO=33;SAF=19;SAR=22;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017419;STB=0.509592;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0136346;OID=.;OPOS=173429995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:22:19:16:17:22:19:16:17 chr1 173457017 . C T 618.06 PASS AF=0.565657;AO=55;DP=98;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00398029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.404;QD=24.9721;RBI=0.00838904;REFB=-0.00411602;REVB=-0.00738466;RO=43;SAF=29;SAR=26;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624325;STB=0.537835;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00317679;OID=.;OPOS=173457017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:43:43:55:56:0.565657:26:29:26:17:27:29:26:17 chr1 173474429 . T C 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.097;QD=58.4179;RBI=0.0513693;REFB=0;REVB=0.044505;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000658841;OID=.;OPOS=173474429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr1 173516871 . G C 672.85 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.57;QD=61.1681;RBI=0.0683953;REFB=0;REVB=0.0228133;RO=0;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012645;OID=.;OPOS=173516871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:32:9:0:0:32:12:0:0 chr1 173516903 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.239;QD=59.4328;RBI=0.0467339;REFB=0;REVB=0.015404;RO=0;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505246;OID=.;OPOS=173516903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:28:7:0:0:28:7:0:0 chr1 173878832 . T C 280.22 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0224888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7376;QD=16.7297;RBI=0.0243285;REFB=0.00155411;REVB=-0.00928073;RO=36;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174433;STB=0.59764;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00315487;OID=.;OPOS=173878832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:15:16:12:24:15:16:12:24 chr1 173878862 . T C 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00974357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.502;QD=13.3417;RBI=0.0169838;REFB=-0.0242631;REVB=-0.0139109;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220718;STB=0.62622;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0257155;OID=.;OPOS=173878862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:10:11:10:22:10:11:10:22 chr1 173906106 . AT A 50.19 PASS AF=0.47619;AO=8;DP=22;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00254504;FXX=0.0454339;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.3429;QD=9.56013;RBI=0.0347336;REFB=-0.0662987;REVB=-0.0346402;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117224;STB=0.571288;STBP=0.553;TYPE=del;VARB=0.0948434;OID=.;OPOS=173906107;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:8:22:10:21:11:5:5:7:4:49:11:5:3:7:4 chr1 174959108 . G A 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00242454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.046;QD=21.7465;RBI=0.0353887;REFB=-0.0280375;REVB=0.0353055;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042422;STB=0.523788;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0227506;OID=.;OPOS=174959108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:11:11:9:11:11:11:9:11 chr1 175087884 . CA TG 498.92 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0280428;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=127.776;QD=24.0442;RBI=0.0289125;REFB=-0.0141446;REVB=0.00703835;RO=36;SAF=24;SAR=23;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961368;STB=0.55269;STBP=0.297;TYPE=mnp;VARB=0.00889156;OID=.;OPOS=175087884;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:23:24:14:22:23:24:14:22 chr1 175092674 . C T 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.672;QD=58.7797;RBI=0.035586;REFB=0;REVB=0.0107623;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53875e-05;OID=.;OPOS=175092674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr1 175113578 . T C 1592.07 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894179;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.803;QD=60.078;RBI=0.0322244;REFB=0;REVB=0.0309589;RO=0;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16708e-05;OID=.;OPOS=175113578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:58:48:0:0:58:48:0:0 chr1 175129946 . C T 447.61 PASS AF=0.475728;AO=45;DP=100;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0124666;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.77;QD=17.3831;RBI=0.0174026;REFB=-0.0589541;REVB=0.0121423;RO=55;SAF=23;SAR=22;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734158;STB=0.534428;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0503933;OID=.;OPOS=175129946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:55:54:45:49:0.475728:22:23:24:31:24:25:24:30 chr1 175299301 . T C 650.18 PASS AF=0.93617;AO=43;DP=48;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0437222;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4986;QD=55.3344;RBI=0.044227;REFB=-0.00317257;REVB=-0.0066635;RO=3;SAF=21;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624851;STB=0.5319;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00218185;OID=.;OPOS=175299301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:47:3:3:43:44:0.93617:22:21:3:0:22:22:3:0 chr1 175324651 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.454;QD=57.3859;RBI=0.0314548;REFB=0;REVB=-0.0304119;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75718e-05;OID=.;OPOS=175324651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:20:37:0:0:20:37:0:0 chr1 175348723 . C T 2203.66 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00690314;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.6993;QD=61.6409;RBI=0.0562256;REFB=-0.106489;REVB=-0.0558002;RO=1;SAF=78;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605734;STB=0.506328;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000955578;OID=.;OPOS=175348723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:142:143:1:2:141:141:0.986014:63:78:1:0:63:78:2:0 chr1 175355391 . A G 1411.11 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0349219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.205;QD=61.3528;RBI=0.0364144;REFB=-0.0295425;REVB=-0.0103184;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000222734;OID=.;OPOS=175355391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:48:43:0:0:48:43:0:1 chr1 175375469 . C A 1692.83 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00658187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.783;QD=60.4581;RBI=0.0116399;REFB=0;REVB=-0.0096003;RO=0;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.38746e-06;OID=.;OPOS=175375469;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:49:62:0:0:50:62:0:0 chr1 175375683 . T C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.833;QD=62.0081;RBI=0.0128376;REFB=0;REVB=0.0101203;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79798e-05;OID=.;OPOS=175375683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr1 175375802 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.183;QD=62.0212;RBI=0.0386805;REFB=0;REVB=0.03866;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110347;OID=.;OPOS=175375802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr1 176102974 . T C 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00325535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.018;QD=14.6163;RBI=0.0105198;REFB=0.0104758;REVB=0.0100035;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035246;STB=0.519986;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00896522;OID=.;OPOS=176102974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:16:12:15:23:16:12:15:23 chr1 176103053 . TAC T,TAT 261.0 PASS AF=0.509434,0.0188679;AO=26,2;DP=55;FAO=27,1;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=10,1;FSAR=17,0;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00769027,0.0109706;FXX=0.036357;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=259.662,100.366;QD=19.6977;RBI=0.00769666,0.0464515;REFB=-0.0198725,-0.00776921;REVB=0.000313398,-0.0451375;RO=25;SAF=9,1;SAR=17,1;SRF=7;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0656053,0.222056;STB=0.547697,0.993903;STBP=0.524,0.15;TYPE=del,snp;VARB=0.0144775,-0.0192869;OID=.,.;OPOS=176103054,176103055;OREF=AC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509434,0.0188679:26,2:55:27,1:53:25:10,1:17,0:7:18:99:25:9,1:17,1:7:18 chr1 176118219 . G A 183.08 PASS AF=0.527778;AO=16;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0141015;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.76;QD=20.3422;RBI=0.024097;REFB=-0.0219961;REVB=0.01954;RO=19;SAF=3;SAR=13;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493005;STB=0.691148;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0315535;OID=.;OPOS=176118219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:17:16:19:0.527778:13:3:13:6:14:5:11:6 chr1 176526147 . G C 223.42 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0114926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4406;QD=14.8944;RBI=0.0236703;REFB=-0.0236582;REVB=-0.0206931;RO=31;SAF=7;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166422;STB=0.575696;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0609301;OID=.;OPOS=176526147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:31:34:26:26:0.433333:19:7:13:18:19:7:13:21 chr1 176833497 . G C 566.43 PASS AF=0.56383;AO=52;DP=92;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0970354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8362;QD=24.1035;RBI=0.0980291;REFB=0.0151338;REVB=-0.0139219;RO=40;SAF=33;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131032;STB=0.56069;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00905072;OID=.;OPOS=176833497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:40:41:52:53:0.56383:19:33:19:21:20:33:20:21 chr1 176863836 . G C 341.25 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0239574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60;QD=48.7499;RBI=0.0239574;REFB=-0.142687;REVB=-2.69184e-05;RO=2;SAF=19;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464325;STB=0.524981;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0100144;OID=.;OPOS=176863836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:28:28:2:2:26:26:0.928571:7:19:2:0:7:19:2:0 chr1 176863842 . C T 110.53 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0191608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2129;QD=15.2454;RBI=0.0199255;REFB=-0.0195036;REVB=0.00546703;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210764;STB=0.582665;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0291391;OID=.;OPOS=176863842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:4:9:13:2:4:9:13:3 chr1 176863867 . T C 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9097;QD=59.429;RBI=0.056782;REFB=0;REVB=-0.0389527;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132928;OID=.;OPOS=176863867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr1 177901713 . T C 458.37 PASS AF=0.446429;AO=51;DP=114;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0290314;FXX=0.0508431;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2953;QD=16.3704;RBI=0.0406626;REFB=-0.00174924;REVB=-0.0284715;RO=58;SAF=25;SAR=26;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139848;STB=0.562475;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000719531;OID=.;OPOS=177901713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:58:62:51:50:0.446429:26:25:20:38:25:25:24:38 chr1 177902753 . G C 108.62 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.000897968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.046;QD=13.577;RBI=0.0121578;REFB=-0.0054783;REVB=0.0121246;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123178;STB=0.571326;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00810131;OID=.;OPOS=177902753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:9:4:4:15:9:4:4:15 chr1 177908852 . C T 389.96 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0178012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.551;QD=16.4193;RBI=0.0185632;REFB=-0.00772116;REVB=0.0052639;RO=54;SAF=21;SAR=20;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310274;STB=0.517445;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0109218;OID=.;OPOS=177908852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:20:21:26:28:20:21:26:28 chr1 177915474 . A C 409.4 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.022348;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.267;QD=20.7293;RBI=0.0252249;REFB=-0.0114584;REVB=0.0116988;RO=38;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107113;STB=0.559145;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.011152;OID=.;OPOS=177915474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:19:22:25:13:19:22:25:13 chr1 177929521 . G A 157.83 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0107609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.347;QD=16.6139;RBI=0.0121888;REFB=-0.00813256;REVB=-0.00572462;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267137;STB=0.63814;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00863522;OID=.;OPOS=177929521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:21:17:17:0.447368:7:10:6:14:7:10:7:14 chr1 177929554 . C T 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0154102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6142;QD=16.8841;RBI=0.0428773;REFB=-0.00364879;REVB=-0.0400124;RO=17;SAF=3;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399955;STB=0.732057;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00686677;OID=.;OPOS=177929554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:12:3:10:7:12:3:10:7 chr1 177929987 . T C 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8358;QD=63.8682;RBI=0.0785259;REFB=0;REVB=0.0780424;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650202;OID=.;OPOS=177929987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr1 177930027 . G GAGGGATGTAGAACTTCATGGGTGCTTTGGGACC 52.39 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0136106;FXX=0.081616;HRUN=1;LEN=33;MLLD=687.926;QD=4.65688;RBI=0.0147144;REFB=-0.00194155;REVB=-0.00559135;RO=40;SAF=7;SAR=1;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564319;STB=0.896531;STBP=0.033;TYPE=ins;VARB=0.0221356;OID=.;OPOS=177930028;OREF=-;OALT=AGGGATGTAGAACTTCATGGGTGCTTTGGGACC;OMAPALT=GAGGGATGTAGAACTTCATGGGTGCTTTGGGACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177778:8:49:8:45:37:7:1:13:24:52:40:7:1:16:24 chr1 177935050 . T A 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0100394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.827;QD=19.4667;RBI=0.0109972;REFB=-0.00801944;REVB=0.00448866;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985473;STB=0.565159;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00750788;OID=.;OPOS=177935050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:11:11:14:9:11:11:15:9 chr1 177937009 . G A 490.55 PASS AF=0.5;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00385555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9142;QD=19.2371;RBI=0.0193585;REFB=-0.0253355;REVB=0.0189706;RO=49;SAF=30;SAR=21;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124311;STB=0.559417;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0271297;OID=.;OPOS=177937009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:49:51:51:51:0.5:21:30:22:27:21:30:24:27 chr1 178062359 . G A 217.62 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0248307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.335;QD=22.9074;RBI=0.0285935;REFB=0.0167332;REVB=-0.0141783;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291162;STB=0.646925;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0142272;OID=.;OPOS=178062359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:9:12:3:13:9:12:4:13 chr1 178514165 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.608;QD=51.9163;RBI=0.0191366;REFB=0;REVB=0.0181631;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138677;OID=.;OPOS=178514165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr1 178514560 . A AT 296.29 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027292;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.9511;QD=35.9133;RBI=0.120782;REFB=0;REVB=-0.117658;RO=2;SAF=15;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581366;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00302325;OID=.;OPOS=178514561;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:33:33:33:0:17:16:0:0:6:2:15:14:2:0 chr1 178646884 . C T 162.13 PASS AF=0.338235;AO=16;DP=63;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00296246;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.813;QD=9.53678;RBI=0.00302415;REFB=-0.0226865;REVB=-0.000607747;RO=46;SAF=7;SAR=9;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496864;STB=0.536367;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.049887;OID=.;OPOS=178646884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:46:45:16:23:0.338235:9:7:22:24:11:12:21:24 chr1 178820159 . C A 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6526;QD=57.7078;RBI=0.0169531;REFB=0;REVB=-0.0115522;RO=0;SAF=42;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46923e-06;OID=.;OPOS=178820159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:17:42:0:0:17:42:0:0 chr1 179044723 . A G 231.0 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0235587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9207;QD=16.4998;RBI=0.0238483;REFB=-0.0023672;REVB=-0.00370508;RO=30;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112134;STB=0.563331;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00414855;OID=.;OPOS=179044723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:16:10:15:15:16:10:15:15 chr1 179055020 . C T 234.37 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00932089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8867;QD=13.0203;RBI=0.00950715;REFB=0.0181332;REVB=0.00187269;RO=44;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971358;STB=0.555516;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0212683;OID=.;OPOS=179055020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:14:14:18:26:14:14:18:26 chr1 179068851 . A G 166.05 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0350092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0538;QD=22.1395;RBI=0.0356972;REFB=0.0601446;REVB=-0.0069746;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522387;STB=0.529377;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0463312;OID=.;OPOS=179068851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:6:7:8:9:6:7 chr1 179072728 . T C 277.49 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0255117;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.81;QD=15.8567;RBI=0.0255777;REFB=0.00188066;REVB=-0.00183625;RO=38;SAF=13;SAR=18;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155635;STB=0.580593;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00156916;OID=.;OPOS=179072728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:39:31:31:0.442857:18:13:22:16:18:13:22:17 chr1 179095548 . C T 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00997644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.16;QD=16.4527;RBI=0.0164371;REFB=-0.000547692;REVB=0.0130632;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585114;STB=0.532869;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.000661542;OID=.;OPOS=179095548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:17:16:17:23:17:16:17:23 chr1 179170643 . A G 381.28 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00458924;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.974;QD=22.1031;RBI=0.0156842;REFB=-0.00989996;REVB=-0.0149978;RO=30;SAF=25;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106379;STB=0.567684;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00776624;OID=.;OPOS=179170643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:30:31:38:38:0.550725:13:25:16:14:13:25:16:15 chr1 179310262 . C T 242.91 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0127872;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1882;QD=14.9484;RBI=0.0428149;REFB=-0.00842402;REVB=-0.0408608;RO=38;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188654;STB=0.614376;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0105583;OID=.;OPOS=179310262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:38:37:28:28:0.430769:17:11:22:16:17:11:22:15 chr1 179312752 . C T 228.93 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.000365424;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.425;QD=11.5912;RBI=0.000684498;REFB=-0.0170506;REVB=0.000578794;RO=51;SAF=15;SAR=13;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104093;STB=0.559995;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0311294;OID=.;OPOS=179312752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:51:51:28:28:0.35443:13:15:32:19:13:15:32:19 chr1 179319541 . C G 416.68 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0143994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.628;QD=19.6087;RBI=0.0198082;REFB=-0.020188;REVB=-0.0136022;RO=42;SAF=21;SAR=21;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429031;STB=0.517639;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0201923;OID=.;OPOS=179319541;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:43:42:42:0.494118:21:21:19:23:21:21:20:23 chr1 179347832 . T C 209.02 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0199104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.983;QD=9.50076;RBI=0.0201502;REFB=-0.00326022;REVB=0.0030996;RO=60;SAF=14;SAR=13;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567264;STB=0.527007;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00937895;OID=.;OPOS=179347832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:60:61:27:27:0.306818:13:14:34:26:13:14:34:27 chr1 179363143 . G T 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0149303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.196;QD=17.8006;RBI=0.0151124;REFB=0.000515055;REVB=-0.00233873;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165484;STB=0.509425;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.000702476;OID=.;OPOS=179363143;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:12:8:10:14:12:8:10:14 chr1 179398730 . T C 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0189489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.6691;QD=12.9419;RBI=0.0383403;REFB=-0.00922701;REVB=-0.0333304;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05679;STB=0.533289;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0134521;OID=.;OPOS=179398730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:7:8:12:13:7:8:12:13 chr1 179504025 . AAAGAAGAAGAAG AAAGAAGAAG,AAAGAAGAAGAAC 132.78 PASS AF=0.416667,0.583333;AO=4,7;DP=14;FAO=5,7;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3;FSAR=3,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0614302,-0.0111119;FXX=0.142755;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=132.17,60.8463;QD=44.2605;RBI=0.0730801,0.0264354;REFB=0,0;REVB=-0.0395857,0.0239866;RO=0;SAF=1,3;SAR=3,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0785501,-0.0136676;OID=.,.;OPOS=179504026,179504037;OREF=AAG,G;OALT=-,C;OMAPALT=AAAGAAGAAG,AAAGAAGAAGAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.416667,0.583333:4,7:14:5,7:12:0:2,3:3,4:0:0:32:0:1,3:3,4:0:0 chr1 179504040 . C G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0251599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.29;QD=12.7387;RBI=0.0253371;REFB=-0.0295433;REVB=-0.00299071;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245631;STB=0.514669;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0157513;OID=.;OPOS=179504040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:4:6:5:3:4:6 chr1 179504043 . C G 155.46 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0879;QD=44.4176;RBI=0.161082;REFB=0;REVB=0.0307337;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0178935;OID=.;OPOS=179504043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:7:7:0:0 chr1 179504130 . G A 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0180188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.314;QD=58.2429;RBI=0.0194473;REFB=-0.0464342;REVB=0.00731588;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253303;STB=0.513507;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00138588;OID=.;OPOS=179504130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:18:21:0:1:18:21:0:1 chr1 179520151 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.609;QD=58.2396;RBI=0.0210618;REFB=0;REVB=0.000517236;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39673e-05;OID=.;OPOS=179520151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr1 179520506 . G A 327.39 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242605;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.401;QD=54.5653;RBI=0.0322263;REFB=0;REVB=-0.0212123;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58786e-05;OID=.;OPOS=179520506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr1 179562740 . G C 622.92 PASS AF=0.564815;AO=61;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00442977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.919;QD=23.071;RBI=0.00756511;REFB=-0.0136908;REVB=-0.00613254;RO=47;SAF=32;SAR=29;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569647;STB=0.531125;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0100267;OID=.;OPOS=179562740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:47:61:61:0.564815:29:32:28:19:29:32:28:19 chr1 179604864 . C T 783.6 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.923;QD=63.9674;RBI=0.0125052;REFB=0;REVB=-0.00151767;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86293e-05;OID=.;OPOS=179604864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr1 179852074 . T C 169.25 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0703039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.75;QD=13.0192;RBI=0.0716949;REFB=-0.0100287;REVB=-0.0140544;RO=31;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00835411;STB=0.509082;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0161307;OID=.;OPOS=179852074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:31:32:19:20:0.384615:13:6:10:21:14:6:10:22 chr1 179858444 . G A 497.18 PASS AF=0.44;AO=54;DP=124;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.00088835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.114;QD=15.9099;RBI=0.000888863;REFB=-0.0124883;REVB=-3.01913e-05;RO=69;SAF=34;SAR=20;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223494;STB=0.510726;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0184436;OID=.;OPOS=179858444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:69:70:54:55:0.44:20:34:42:27:21:34:42:28 chr1 179876988 . C G 376.55 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0013775;FXX=0.0370325;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.95;QD=19.3104;RBI=0.00179666;REFB=-0.0117068;REVB=-0.00115347;RO=33;SAF=21;SAR=14;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280285;STB=0.626302;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00670345;OID=.;OPOS=179876988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:33:37:35:35:0.448718:14:21:9:24:14:21:13:24 chr1 179883190 . G A 184.65 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00702542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.912;QD=12.1082;RBI=0.010345;REFB=-0.00212283;REVB=-0.00759357;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707387;STB=0.540854;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00321999;OID=.;OPOS=179883190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:10:13:19:19:10:13:19:19 chr1 179887125 . G A 267.35 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0123674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4027;QD=21.8248;RBI=0.0129003;REFB=-0.0147696;REVB=-0.00366928;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162165;STB=0.509084;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0133825;OID=.;OPOS=179887125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:11:14:13:11:11:14:13:11 chr1 179989742 . G C 95.98 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.000697362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6919;QD=22.5846;RBI=0.0196861;REFB=0.0066508;REVB=-0.0196738;RO=6;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287382;STB=0.662866;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00716756;OID=.;OPOS=179989742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:7:4:5:1:7:4:5:1 chr1 180010911 . A G 207.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00562687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.646;QD=13.4152;RBI=0.00972822;REFB=-0.0290852;REVB=-0.00793578;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119208;STB=0.56807;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0379927;OID=.;OPOS=180010911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:12:13:15:22:12:13:15:22 chr1 180034320 . G A 491.83 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0243878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6416;QD=22.613;RBI=0.0255788;REFB=-0.0218615;REVB=-0.00771418;RO=40;SAF=25;SAR=22;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151793;STB=0.508354;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0144776;OID=.;OPOS=180034320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:22:25:22:18:22:25:22:18 chr1 180145088 . A G 1555.98 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198309;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5755;QD=64.1641;RBI=0.0198396;REFB=0;REVB=-0.000589186;RO=0;SAF=61;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000503485;OID=.;OPOS=180145088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:36:61:0:0:36:61:0:0 chr1 180167414 . C G 379.5 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0098858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5237;QD=16.6813;RBI=0.0298549;REFB=-0.0192397;REVB=-0.0281707;RO=50;SAF=20;SAR=20;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138943;STB=0.571394;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0340228;OID=.;OPOS=180167414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:51:40:40:0.43956:20:20:32:18:20:20:32:19 chr1 180243524 . A G 754.25 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.42;QD=56.9245;RBI=0.0405773;REFB=0;REVB=0.00192501;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88127e-05;OID=.;OPOS=180243524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr1 180854067 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.076;QD=64.1535;RBI=0.00171301;REFB=0;REVB=4.90902e-05;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49979e-06;OID=.;OPOS=180854067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr1 180885430 . T C 1004.27 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.077;QD=59.0745;RBI=0.00311415;REFB=0;REVB=-0.00286153;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.78128e-06;OID=.;OPOS=180885430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:37:30:0:0:37:31:0:0 chr1 180897569 . C T 699.02 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00444389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.176;QD=54.8249;RBI=0.0375778;REFB=-0.0576995;REVB=0.0373141;RO=1;SAF=28;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165169;STB=0.508768;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00022534;OID=.;OPOS=180897569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:22:28:1:0:22:28:1:0 chr1 180905294 . C T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0161269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.885;QD=9.56986;RBI=0.0189594;REFB=-0.000977978;REVB=-0.00996916;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303091;STB=0.683772;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00256689;OID=.;OPOS=180905294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:5:10:3:5:5:10 chr1 180905694 . C T 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0527945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6598;QD=16.6248;RBI=0.0531044;REFB=-0.0216668;REVB=-0.00572913;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185092;STB=0.60719;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0175629;OID=.;OPOS=180905694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:7:7:9:4:7:7 chr1 180913597 . A G 709.98 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0156409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3006;QD=60.4235;RBI=0.0837028;REFB=-0.0406595;REVB=-0.0822285;RO=1;SAF=27;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170902;STB=0.508768;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000316475;OID=.;OPOS=180913597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:45:46:0.978723:18:27:1:0:18:28:1:0 chr1 180944532 . T TAA 730.02 PASS AF=1;AO=53;DP=68;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0667068;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=2;MLLD=28.7741;QD=46.3505;RBI=0.0947459;REFB=0;REVB=0.0672829;RO=5;SAF=14;SAR=39;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00114599;OID=.;OPOS=180944533;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:68:63:63:0:21:42:0:0:13:5:14:39:4:1 chr1 180953853 . A G 659.73 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257673;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.527;QD=62.8312;RBI=0.0265796;REFB=0;REVB=-0.00652112;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000869353;OID=.;OPOS=180953853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr1 181059822 . T C 67.55 PASS AF=0.45;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0378929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.52;QD=13.5101;RBI=0.0451385;REFB=-0.0256338;REVB=0.0245279;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221468;STB=0.651856;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0339189;OID=.;OPOS=181059822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:11:11:8:9:0.45:4:4:8:3:5:4:8:3 chr1 181752923 . AAGCTT A 50.0 PASS AO=78;DP=121;LEN=5;RO=43;SAF=44;SAR=34;SRF=20;SRR=23;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=181752924;OREF=AGCTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:121:43:78:34:44:20:23 chr1 181768186 . T C 353.7 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0273488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.049;QD=18.6156;RBI=0.0302329;REFB=-0.020312;REVB=0.012887;RO=39;SAF=21;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978992;STB=0.554574;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0152317;OID=.;OPOS=181768186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:16:21:18:21:16:21:18:21 chr1 182026813 . G C 90.33 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00182585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.939;QD=16.4232;RBI=0.0246138;REFB=-0.0160061;REVB=-0.024546;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822389;STB=0.547738;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0238938;OID=.;OPOS=182026813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:7:4:5:6:7:4:5:6 chr1 182027022 . C T 824.96 PASS AF=0.583333;AO=76;DP=124;FAO=77;FDP=132;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.018604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.9127;QD=24.9988;RBI=0.0247891;REFB=-0.0366744;REVB=0.0163825;RO=48;SAF=28;SAR=48;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142545;STB=0.601764;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0388299;OID=.;OPOS=182027022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:132:48:55:76:77:0.583333:48:28:27:21:48:29:34:21 chr1 182356399 . A G 645.34 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6085;QD=60.0312;RBI=0.0703718;REFB=-0.0648442;REVB=0.0409146;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154986;OID=.;OPOS=182356399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:23:20:0:0 chr1 182369078 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000736756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.882;QD=56.7066;RBI=0.0337677;REFB=0;REVB=0.0337597;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104146;OID=.;OPOS=182369078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr1 182369233 . A G 528.73 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.6962;QD=57.1601;RBI=0.0833537;REFB=-0.128869;REVB=0.0826091;RO=1;SAF=22;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00505143;OID=.;OPOS=182369233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:37:1:0:36:37:1:14:22:1:0:14:23:0:0 chr1 182496829 . A G 384.06 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0240888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5457;QD=17.6579;RBI=0.0246975;REFB=-0.0114534;REVB=-0.00544958;RO=47;SAF=19;SAR=21;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753849;STB=0.542148;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0124451;OID=.;OPOS=182496829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:21:19:26:21:21:19:26:21 chr1 182551337 . A C 1344.63 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.75;QD=61.1196;RBI=0.0188796;REFB=-0.040578;REVB=0.0154438;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.505493;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000180749;OID=.;OPOS=182551337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:0:1:87:87:0.988636:42:45:0:0:42:45:1:0 chr1 182554557 . C T 1964.8 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.857;QD=61.4;RBI=0.0247478;REFB=0;REVB=0.0142437;RO=0;SAF=66;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124656;OID=.;OPOS=182554557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:128:0:0:122:128:1:56:66:0:0:62:66:0:0 chr1 182568204 . G C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.369;QD=60.5473;RBI=0.0241875;REFB=0;REVB=0.0177672;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06672e-05;OID=.;OPOS=182568204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr1 182569626 . T C 562.22 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8259;QD=59.1814;RBI=0.0273863;REFB=0;REVB=0.0193429;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757677;OID=.;OPOS=182569626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:23:13:0:0:23:15:0:0 chr1 182778367 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.048;QD=48.7371;RBI=0.00935142;REFB=0;REVB=0.00836007;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99864e-05;OID=.;OPOS=182778367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr1 182850727 . T C 1413.8 PASS AF=0.970297;AO=94;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0106041;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8953;QD=55.9919;RBI=0.0655701;REFB=-0.00672138;REVB=0.0647069;RO=3;SAF=38;SAR=56;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159091;STB=0.507557;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00320221;OID=.;OPOS=182850727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:101:101:3:3:94:98:0.970297:56:38:2:1:57:41:2:1 chr1 183105534 . T C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0343091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.499;QD=24.328;RBI=0.0348226;REFB=-0.0245939;REVB=0.00595846;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278747;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0159971;OID=.;OPOS=183105534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:1:1:3:4:1:1 chr1 183112041 . G C 268.54 PASS AF=0.402597;AO=30;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00998596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.102;QD=13.9501;RBI=0.0101504;REFB=-0.00843654;REVB=-0.00181993;RO=46;SAF=13;SAR=17;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938847;STB=0.563316;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0134716;OID=.;OPOS=183112041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:30:31:0.402597:17:13:16:30:17:14:16:30 chr1 183112412 . A G 391.5 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0277856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5195;QD=24.8568;RBI=0.0337328;REFB=0.0225967;REVB=-0.0191275;RO=25;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335499;STB=0.518385;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00782439;OID=.;OPOS=183112412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:20:18:13:12:20:18:13:12 chr1 183112505 . T C 513.6 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0135535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.849;QD=22.0904;RBI=0.0149528;REFB=-0.0135228;REVB=-0.00631588;RO=44;SAF=30;SAR=19;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393956;STB=0.52173;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0121349;OID=.;OPOS=183112505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:44:49:49:0.526882:19:30:25:19:19:30:25:19 chr1 183112566 . T C 654.88 PASS AF=0.640449;AO=53;DP=85;FAO=57;FDP=89;FR=.;FRO=32;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=1.45473e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.668;QD=29.4328;RBI=0.00209306;REFB=-0.00290033;REVB=0.00209301;RO=32;SAF=33;SAR=20;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131361;STB=0.558026;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00181703;OID=.;OPOS=183112566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:32:32:53:57:0.640449:20:33:14:18:23:34:14:18 chr1 183112764 . A G 227.28 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00642707;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.071;QD=14.4304;RBI=0.0132194;REFB=-0.00449778;REVB=0.0115518;RO=33;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172553;STB=0.576214;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.006383;OID=.;OPOS=183112764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:33:36:26:27:0.428571:9:17:16:17:10:17:18:18 chr1 183114634 . G A 226.25 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0128671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.769;QD=11.173;RBI=0.0428039;REFB=-0.00112049;REVB=-0.0408242;RO=52;SAF=9;SAR=19;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101124;STB=0.566842;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00158928;OID=.;OPOS=183114634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:52:53:28:28:0.345679:19:9:21:31:19:9:22:31 chr1 183155482 . C A 300.36 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00215845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.288;QD=24.5188;RBI=0.0132582;REFB=-0.0312285;REVB=-0.0130814;RO=22;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108515;STB=0.560394;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0209919;OID=.;OPOS=183155482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:10:17:11:11:10:17:11:11 chr1 183206573 . G A 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00841321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.499;QD=12.5696;RBI=0.0137786;REFB=-0.00491925;REVB=-0.0109118;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175881;STB=0.60252;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00867803;OID=.;OPOS=183206573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:7:8:18:8:7:8:18:8 chr1 183212548 . T G 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0587645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4488;QD=10.6675;RBI=0.059907;REFB=-0.00864664;REVB=-0.0116441;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167346;STB=0.60135;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0184945;OID=.;OPOS=183212548;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:3:7:10:8:3:7:10:8 chr1 183486859 . G A 1592.3 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118422;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.791;QD=60.0867;RBI=0.0132861;REFB=0;REVB=0.00602345;RO=0;SAF=60;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54947e-05;OID=.;OPOS=183486859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:45:60:0:0:46:60:0:0 chr1 183542387 . T C 356.09 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0395659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7722;QD=16.5622;RBI=0.0405633;REFB=-0.0115432;REVB=-0.00894009;RO=48;SAF=15;SAR=23;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00113896;STB=0.50064;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00991798;OID=.;OPOS=183542387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:23:15:19:29:23:15:19:29 chr1 183592594 . A G 404.86 PASS AF=0.493976;AO=40;DP=82;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0223624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157;QD=19.5111;RBI=0.0293257;REFB=-0.0288367;REVB=-0.0189715;RO=42;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00109798;STB=0.505879;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0267948;OID=.;OPOS=183592594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:42:42:40:41:0.493976:21:19:20:22:21:20:20:22 chr1 183596703 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0211244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.016;QD=12.7299;RBI=0.0355388;REFB=-0.00544001;REVB=-0.0285791;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16722;STB=0.599771;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0089348;OID=.;OPOS=183596703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:6:6:6:3:6:6 chr1 183599638 . C T 334.28 PASS AF=0.528571;AO=32;DP=65;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00825337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3239;QD=19.1016;RBI=0.0588385;REFB=-0.0404768;REVB=0.0582568;RO=32;SAF=20;SAR=12;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608825;STB=0.560408;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0375814;OID=.;OPOS=183599638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:70:32:33:32:37:0.528571:12:20:22:10:17:20:22:11 chr1 183616884 . C T 349.83 PASS AF=0.413043;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=13;FWDB=-0.00913128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.018;QD=15.21;RBI=0.0211334;REFB=-0.0127408;REVB=0.0190589;RO=54;SAF=24;SAR=13;SRF=41;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133718;STB=0.584041;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0200731;OID=.;OPOS=183616884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:54:54:37:38:0.413043:13:24:41:13:14:24:41:13 chr1 183616926 . T C 429.06 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=14;FWDB=-0.00724866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.328;QD=15.7453;RBI=0.0113176;REFB=-0.00262002;REVB=0.00869166;RO=59;SAF=32;SAR=16;SRF=45;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111609;STB=0.568319;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00335717;OID=.;OPOS=183616926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:61:48:48:0.440367:16:32:45:14:16:32:47:14 chr1 183617094 . G A 404.48 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00736258;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1402;QD=24.148;RBI=0.02026;REFB=0.0321525;REVB=0.0188748;RO=28;SAF=24;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349823;STB=0.519221;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.0137493;OID=.;OPOS=183617094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:28:28:39:39:0.58209:15:24:16:12:15:24:16:12 chr1 183617105 . A G 359.39 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0015295;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=288.852;QD=19.9661;RBI=0.00213964;REFB=-0.00388621;REVB=-0.00149622;RO=34;SAF=22;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831712;STB=0.553746;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00347922;OID=.;OPOS=183617105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:37:37:0.513889:15:22:17:17:15:22:17:18 chr1 183617311 . T A 95.85 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5297;QD=22.5539;RBI=0.0551852;REFB=0.0428599;REVB=0.0531356;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461225;STB=0.526267;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0229068;OID=.;OPOS=183617311;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:3:8:4:2:3:8:4:2 chr1 183617413 . T C 301.07 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0132569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3105;QD=25.0888;RBI=0.140219;REFB=-0.0247174;REVB=0.139591;RO=21;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172045;STB=0.509547;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0261055;OID=.;OPOS=183617413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:11:16:12:9:11:16:12:9 chr1 183617693 . G A 406.44 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.0103563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.022;QD=17.6715;RBI=0.0159962;REFB=0.00126316;REVB=0.0121911;RO=50;SAF=20;SAR=22;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216505;STB=0.620458;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00191634;OID=.;OPOS=183617693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:22:20:35:15:22:20:35:15 chr1 183895312 . CAAAAA CAAAA,CAAAAG 93.38 PASS AF=0.4,0.06;AO=23,3;DP=50;FAO=20,3;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10,0;FSAR=10,3;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0950532,-0.0125109;FXX=0.019604;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.5005,30.8687;QD=7.47057;RBI=0.110176,0.0194035;REFB=-0.113079,-0.0448192;REVB=-0.0557096,-0.0148315;RO=22;SAF=12,0;SAR=11,3;SRF=5;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.25554,-0.495784;STB=0.595652,0.995364;STBP=0.264,0.158;TYPE=del,snp;VARB=0.101967,-0.0862601;OID=.,.;OPOS=183895313,183895317;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAAAA,CAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0.06:23,3:50:20,3:50:27:10,0:10,3:9:18:75:22:12,0:11,3:5:17 chr1 184322912 . C T 118.78 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.26288;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.764;QD=43.1926;RBI=0.26288;REFB=0;REVB=-0.000201152;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257186;OID=.;OPOS=184322912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr1 184589718 . C G 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00609772;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.415;QD=14.6859;RBI=0.0162863;REFB=-0.00522254;REVB=0.0151017;RO=43;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912265;STB=0.551631;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00654972;OID=.;OPOS=184589718;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:16:15:17:26:16:15:17:26 chr1 184660205 . T A 471.55 PASS AF=0.875;AO=34;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0148867;FXX=0.0243843;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.646;QD=47.1548;RBI=0.0158476;REFB=-0.00277686;REVB=-0.00543439;RO=5;SAF=13;SAR=21;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466171;STB=0.526301;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.000295554;OID=.;OPOS=184660205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:40:40:5:5:34:35:0.875:21:13:1:4:21:14:1:4 chr1 184662181 . C T 280.83 PASS AF=0.54717;AO=27;DP=51;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00296383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.707;QD=21.195;RBI=0.0313452;REFB=-0.0148768;REVB=0.0312047;RO=24;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148935;STB=0.560997;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0123037;OID=.;OPOS=184662181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:24:24:27:29:0.54717:11:16:10:14:13:16:10:14 chr1 184663537 . A C 260.5 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0195307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.278;QD=18.9452;RBI=0.0511301;REFB=-0.0179246;REVB=0.0472529;RO=27;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117005;STB=0.565172;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0154246;OID=.;OPOS=184663537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:15:13:9:18:15:13:9:18 chr1 184663581 . T C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.017438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.237;QD=21.2674;RBI=0.0404233;REFB=0.0135194;REVB=0.0364686;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150576;STB=0.58452;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0117558;OID=.;OPOS=184663581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:4:10:9:8:4:10 chr1 184675814 . G A 560.89 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0017386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.755;QD=21.7822;RBI=0.011617;REFB=-0.0150397;REVB=-0.0114862;RO=47;SAF=33;SAR=23;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307848;STB=0.516904;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0104344;OID=.;OPOS=184675814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:47:56:56:0.543689:23:33:26:21:23:33:26:21 chr1 184677464 . G A 1134.85 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00916109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9324;QD=60.5253;RBI=0.0225912;REFB=0;REVB=-0.0206503;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225158;OID=.;OPOS=184677464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:44:30:0:0:44:31:0:0 chr1 184706212 . GTT GT,GTA 1286.33 PASS AF=1,0;AO=81,4;DP=88;FAO=88,0;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=47,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0724284,-0.0595039;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.451,5.34725;QD=58.4693;RBI=0.0876582,0.086143;REFB=0,0;REVB=-0.049377,-0.0622889;RO=0;SAF=38,1;SAR=43,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18592e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00187622,0.0323361;OID=.,.;OPOS=184706213,184706214;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GT,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:81,4:88:88,0:88:0:41,0:47,0:0:0:7:0:38,1:43,3:0:0 chr1 184764067 . C G 186.21 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0186989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.993;QD=12.4137;RBI=0.0190882;REFB=-0.00353298;REVB=-0.00383553;RO=35;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220421;STB=0.509083;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00626742;OID=.;OPOS=184764067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:37:23:23:0.383333:14:9:13:22:14:9:15:22 chr1 184777177 . C A 239.57 PASS AF=0.391892;AO=22;DP=68;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0157028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.595;QD=12.9494;RBI=0.0203597;REFB=-0.0471146;REVB=0.0129592;RO=45;SAF=9;SAR=13;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240163;STB=0.543697;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0723863;OID=.;OPOS=184777177;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:74:45:45:22:29:0.391892:13:9:28:17:13:16:28:17 chr1 185069561 . A G 135.11 PASS AF=0.355556;AO=14;DP=43;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00842941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4514;QD=12.0094;RBI=0.0416147;REFB=-0.0287611;REVB=0.040752;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119751;STB=0.593102;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0461389;OID=.;OPOS=185069561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:28:29:14:16:0.355556:8:6:15:13:10:6:15:14 chr1 185069843 . T A 207.5 PASS AF=0.428571;AO=22;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00248675;FXX=0.019996;HRUN=9;LEN=1;MLLD=248.1;QD=16.9389;RBI=0.0198137;REFB=0.0026495;REVB=-0.0196571;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165649;STB=0.520938;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0027245;OID=.;OPOS=185069843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:28:22:21:0.428571:9:13:17:11:9:12:17:11 chr1 185125689 . A C 87.59 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0257871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.093;QD=13.4751;RBI=0.0257979;REFB=-0.0443217;REVB=0.000745946;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236675;STB=0.661345;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0194738;OID=.;OPOS=185125689;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:8:3:7:7:8:3:8:7 chr1 185984517 . T C 728.99 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.351;QD=57.176;RBI=0.0148333;REFB=0;REVB=0.0144593;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37884e-05;OID=.;OPOS=185984517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:27:23:0:0:28:23:0:0 chr1 186026474 . T C 590.46 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00791193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0466;QD=24.3488;RBI=0.0459654;REFB=-0.00652908;REVB=0.0452794;RO=41;SAF=31;SAR=23;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494505;STB=0.517663;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00550857;OID=.;OPOS=186026474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:43:54:54:0.556701:23:31:21:20:23:31:23:20 chr1 186031041 . C T 176.88 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=63;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0467356;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.985;QD=11.4114;RBI=0.0479087;REFB=-0.0101453;REVB=0.0105373;RO=40;SAF=7;SAR=15;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156324;STB=0.558815;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0182676;OID=.;OPOS=186031041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:40:39:22:23:0.370968:15:7:18:22:15:8:17:22 chr1 186039864 . C T 489.76 PASS AF=0.485981;AO=51;DP=106;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0462465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7704;QD=18.3086;RBI=0.0471423;REFB=-0.0173621;REVB=0.00914666;RO=55;SAF=27;SAR=24;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190317;STB=0.505216;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0192041;OID=.;OPOS=186039864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:55:55:51:52:0.485981:24:27:28:27:25:27:28:27 chr1 186050417 . A G 769.9 PASS AF=0.663462;AO=69;DP=104;FAO=69;FDP=104;FR=.;FRO=35;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0155155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.16;QD=29.6114;RBI=0.0262874;REFB=0.0129808;REVB=-0.0212202;RO=35;SAF=35;SAR=34;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134157;STB=0.507244;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00668289;OID=.;OPOS=186050417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:35:35:69:69:0.663462:34:35:17:18:34:35:17:18 chr1 186052064 . C A 105.54 PASS AF=0.142077;AO=27;DP=182;FAO=26;FDP=183;FR=.;FRO=157;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=105;FSRR=52;FWDB=-0.0546765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.118;QD=2.30687;RBI=0.104118;REFB=-0.0108355;REVB=-0.0886059;RO=142;SAF=16;SAR=11;SRF=99;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145626;STB=0.514275;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0884581;OID=.;OPOS=186052064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:142:157:27:26:0.142077:11:16:99:43:9:17:105:52 chr1 186052065 . CA C,CC 572.03 PASS AF=0.628743,0.173653;AO=83,20;DP=169;FAO=105,29;FDP=167;FR=.;FRO=33;FSAF=73,17;FSAR=32,12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.127525,0.0464383;FXX=0.0511335;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.41245,22.2241;QD=13.7012;RBI=0.153388,0.151578;REFB=-0.172902,-0.0981476;REVB=0.0852369,0.14429;RO=38;SAF=56,10;SAR=27,10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0949495,-0.0294301;STB=0.53284,0.505717;STBP=0.207,0.947;TYPE=del,snp;VARB=0.169813,-0.0161462;OID=.,.;OPOS=186052066,186052066;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.628743,0.173653:83,20:169:105,29:167:33:73,17:32,12:19:14:99:38:56,10:27,10:20:18 chr1 186101539 . A G 210.27 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.000239703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.975;QD=15.5755;RBI=0.0067521;REFB=-0.00971935;REVB=0.00674785;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105652;STB=0.566274;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00950509;OID=.;OPOS=186101539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:30:24:24:0.444444:15:9:8:21:15:9:8:22 chr1 186277088 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0599;QD=48.7371;RBI=0.0355947;REFB=0;REVB=0.03217;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328833;OID=.;OPOS=186277088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr1 186316436 . G A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0157319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.3;QD=17.3251;RBI=0.0178953;REFB=-0.0127231;REVB=-0.00852929;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127152;STB=0.560915;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0212338;OID=.;OPOS=186316436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:9:11:10:14:9:11:11:14 chr1 186839879 . AAG A 186.67 PASS AF=0.30303;AO=39;DP=150;FAO=40;FDP=132;FR=.;FRO=92;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=60;FWDB=-0.0092235;FXX=0.119992;HRUN=2;LEN=2;MLLD=242.928;QD=5.65678;RBI=0.0287947;REFB=-0.0122506;REVB=-0.0272775;RO=92;SAF=13;SAR=26;SRF=32;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193454;STB=0.501666;STBP=0.987;TYPE=del;VARB=0.0258281;OID=.;OPOS=186839880;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303:39:150:40:132:92:14:26:32:60:99:92:13:26:32:60 chr1 186946912 . G A 1374.39 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2327;QD=61.084;RBI=0.0687852;REFB=0;REVB=-0.068558;RO=1;SAF=46;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101917;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56187e-05;OID=.;OPOS=186946912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:1:0:89:90:1:43:46:1:0:43:47:0:0 chr1 187610537 . AC AG,GG 675.0 PASS AF=0.571429,0.428571;AO=28,21;DP=52;FAO=28,21;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=12,11;FSAR=16,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252761,0.00851592;FXX=0.0576812;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=249.028,240.331;QD=55.1019;RBI=0.0214689,0.0169735;REFB=0,0;REVB=0.0213195,0.0146826;RO=0;SAF=12,11;SAR=16,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.51176e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00735792,-0.00760528;OID=.,.;OPOS=187610538,187610537;OREF=C,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:52:49:0:0:28,21:28,21:0.571429,0.428571:16,10:12,11:0:0:16,10:12,11:0:0 chr1 187610852 . A C,T 408.16 PASS AF=0.333333,0.666667;AO=10,19;DP=29;FAO=10,20;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=5,8;FSAR=5,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154124,0.000485225;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=171.049,183.563;QD=54.4213;RBI=0.0181344,0.00970439;REFB=0,0;REVB=0.00955584,0.00969225;RO=0;SAF=5,8;SAR=5,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.41338e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0150517,0.00745947;OID=.,.;OPOS=187610852,187610852;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:75:29:30:0:0:10,19:10,20:0.333333,0.666667:5,11:5,8:0:0:5,12:5,8:0:0 chr1 192781172 . C G 311.91 PASS AF=0.397727;AO=34;DP=87;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00706269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.627;QD=14.1776;RBI=0.0272125;REFB=-0.00879884;REVB=-0.02628;RO=53;SAF=21;SAR=13;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157905;STB=0.577937;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.010669;OID=.;OPOS=192781172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:53:53:34:35:0.397727:13:21:25:28:14:21:25:28 chr1 192844886 . G A 127.89 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.020569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.414;QD=16.5016;RBI=0.0226866;REFB=-0.0125936;REVB=-0.00957082;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354429;STB=0.705648;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0150365;OID=.;OPOS=192844886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:14:15:0.483871:7:7:2:14:7:8:2:14 chr1 193054154 . G A 585.33 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0249358;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.618;QD=25.1753;RBI=0.0249801;REFB=-0.009451;REVB=0.00148627;RO=39;SAF=24;SAR=29;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105892;STB=0.563083;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00618286;OID=.;OPOS=193054154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:39:40:53:53:0.569892:29:24:23:16:29:24:24:16 chr1 193074651 . T A 366.53 PASS AF=0.475;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0162325;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0403;QD=18.3267;RBI=0.0430253;REFB=-0.0310494;REVB=0.0398457;RO=42;SAF=24;SAR=14;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105277;STB=0.558873;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0365518;OID=.;OPOS=193074651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:42:42:38:38:0.475:14:24:22:20:14:24:22:20 chr1 193701055 . G C 249.89 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.04715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.98;QD=16.6593;RBI=0.0472687;REFB=-0.0269873;REVB=0.00334639;RO=32;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523077;STB=0.529391;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0185868;OID=.;OPOS=193701055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:16:12:12:20:16:12:12:20 chr1 193701480 . G A 395.56 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00605512;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.184;QD=17.3873;RBI=0.010445;REFB=-0.00664798;REVB=-0.00851078;RO=50;SAF=21;SAR=20;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119615;STB=0.506699;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00763409;OID=.;OPOS=193701480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:20:21:25:25:20:21:25:25 chr1 193701489 . C T 360.63 PASS AF=0.419355;AO=38;DP=91;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0576233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.737;QD=15.5109;RBI=0.0583336;REFB=-0.0255068;REVB=0.00907581;RO=53;SAF=21;SAR=17;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12195;STB=0.554428;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0325291;OID=.;OPOS=193701489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:53:54:38:39:0.419355:17:21:23:30:18:21:24:30 chr1 194457292 . T C 820.26 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00781654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.605;QD=55.611;RBI=0.0369086;REFB=-0.105883;REVB=0.0360714;RO=1;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219308;STB=0.511624;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000471231;OID=.;OPOS=194457292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:21:37:0:1:21:37:0:1 chr1 196227526 . A G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.389;QD=62.9081;RBI=0.0113247;REFB=0;REVB=-0.0112506;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.1687e-06;OID=.;OPOS=196227526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:41:49:0:0:41:49:0:0 chr1 196288696 . G A 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00469103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.837;QD=23.8208;RBI=0.00502764;REFB=-0.0212354;REVB=0.00180869;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229021;STB=0.627472;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0184616;OID=.;OPOS=196288696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:13:9:12:5:13:9:12:5 chr1 196309523 . C T 1022.24 PASS AF=0.554286;AO=97;DP=176;FAO=97;FDP=175;FR=.;FRO=78;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.004429;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.972;QD=23.3656;RBI=0.0061531;REFB=0.00578925;REVB=0.00427137;RO=78;SAF=58;SAR=39;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123421;STB=0.567325;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00591665;OID=.;OPOS=196309523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:78:78:97:97:0.554286:39:58:35:43:39:58:35:43 chr1 196654324 . A C 543.58 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=-0.0196371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8195;QD=22.649;RBI=0.0396159;REFB=-0.00284826;REVB=-0.0344065;RO=44;SAF=25;SAR=26;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218784;STB=0.613464;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00136782;OID=.;OPOS=196654324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:44:45:51:51:0.53125:26:25:33:11:26:25:33:12 chr1 196659237 . C T 378.5 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0031805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.468;QD=16.4565;RBI=0.0117228;REFB=-0.00843782;REVB=-0.0112831;RO=51;SAF=21;SAR=19;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931983;STB=0.546615;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.014499;OID=.;OPOS=196659237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:51:52:40:40:0.434783:19:21:22:29:19:21:23:29 chr1 196695742 . A G 396.57 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0098033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.646;QD=15.1073;RBI=0.0222734;REFB=-0.0137443;REVB=0.02;RO=60;SAF=28;SAR=17;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193256;STB=0.608647;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0174228;OID=.;OPOS=196695742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:60:45:45:0.428571:17:28:26:34:17:28:26:34 chr1 196709774 . G T 476.12 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0353753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6201;QD=19.6337;RBI=0.0374375;REFB=-0.00491928;REVB=0.0122538;RO=50;SAF=25;SAR=22;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262216;STB=0.514557;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00499024;OID=.;OPOS=196709774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:22:25:28:22:22:25:28:22 chr1 196757392 . C T 339.26 PASS AF=0.298701;AO=46;DP=154;FAO=46;FDP=154;FR=.;FRO=108;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=63;FWDB=0.00637053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.048;QD=8.81193;RBI=0.0118289;REFB=-0.0103065;REVB=-0.00996688;RO=104;SAF=26;SAR=20;SRF=43;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179041;STB=0.603086;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0210409;OID=.;OPOS=196757392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:104:108:46:46:0.298701:20:26:43:61:20:26:45:63 chr1 196757874 . G A 226.96 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0215618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.042;QD=15.652;RBI=0.0470406;REFB=-0.0148519;REVB=-0.041808;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144906;STB=0.572504;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0144577;OID=.;OPOS=196757874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:12:14:12:19:12:14:13:19 chr1 196757881 . G T 260.45 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0133233;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.502;QD=17.079;RBI=0.0193044;REFB=-0.0092935;REVB=-0.0139695;RO=33;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683008;STB=0.540268;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0104286;OID=.;OPOS=196757881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:32:28:29:0.47541:15:13:13:20:15:14:13:19 chr1 196874356 . G T 2385.7 PASS AF=0.97546;AO=158;DP=163;FAO=159;FDP=163;FR=.;FRO=4;FSAF=78;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0102785;FXX=0.0121205;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.034;QD=58.5448;RBI=0.0123899;REFB=-0.107406;REVB=0.00691822;RO=4;SAF=77;SAR=81;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111543;STB=0.505906;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=7.30958e-05;OID=.;OPOS=196874356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:163:163:4:4:158:159:0.97546:81:77:1:3:81:78:1:3 chr1 196876458 . A G 1824.22 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0250956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.988;QD=59.3242;RBI=0.0382258;REFB=0.0670723;REVB=0.0288344;RO=2;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141761;STB=0.507461;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.000372317;OID=.;OPOS=196876458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:2:2:121:121:0.98374:66:55:0:2:66:55:0:2 chr1 196920148 . C T 221.79 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.035723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.029;QD=18.4823;RBI=0.0358773;REFB=-0.0209839;REVB=-0.00332413;RO=26;SAF=16;SAR=6;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840968;STB=0.5479;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0225448;OID=.;OPOS=196920148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:6:16:17:9:6:16:17:9 chr1 197009798 . A G 1419.33 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0307585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9672;QD=60.3972;RBI=0.0308572;REFB=-0.152224;REVB=-0.00246609;RO=2;SAF=44;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210581;STB=0.511109;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00179118;OID=.;OPOS=197009798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:2:2:92:92:0.978723:48:44:2:0:48:44:2:0 chr1 197030201 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.07;QD=59.4355;RBI=0.0112429;REFB=0;REVB=0.010496;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17864e-05;OID=.;OPOS=197030201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr1 197031021 . C T 1785.82 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.738;QD=61.0537;RBI=0.0108839;REFB=0;REVB=-0.0105025;RO=0;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89009e-05;OID=.;OPOS=197031021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:64:53:0:0:64:53:0:0 chr1 197070776 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00516553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.609;QD=16.1192;RBI=0.0056436;REFB=-0.00446138;REVB=-0.0022732;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410576;STB=0.52377;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00302357;OID=.;OPOS=197070776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:7:6:5:7:7:6 chr1 197070815 . T C 435.21 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0063843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.351;QD=54.4015;RBI=0.113235;REFB=-0.0915799;REVB=0.113055;RO=1;SAF=20;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227444;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00100945;OID=.;OPOS=197070815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:30:31:0.96875:10:20:1:0:10:21:1:0 chr1 197070901 . A G 778.89 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4329;QD=56.6466;RBI=0.0371263;REFB=0;REVB=0.0195603;RO=0;SAF=40;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78166e-05;OID=.;OPOS=197070901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:14:40:0:0:14:41:0:0 chr1 197091537 . A T 526.74 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0190042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.245;QD=56.945;RBI=0.0196503;REFB=-0.0987945;REVB=0.00499774;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=7.02237e-05;OID=.;OPOS=197091537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:18:18:0:0:18:18:0:1 chr1 197094030 . C T 430.89 PASS AF=0.390625;AO=49;DP=127;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.0093782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.036;QD=13.4654;RBI=0.0333415;REFB=0.00219164;REVB=0.0319954;RO=78;SAF=29;SAR=20;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449821;STB=0.51785;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.0031441;OID=.;OPOS=197094030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:78:78:49:50:0.390625:20:29:43:35:21:29:43:35 chr1 197112533 . G A 772.66 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0422496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.366;QD=61.8125;RBI=0.0422553;REFB=0.0232974;REVB=0.000693098;RO=1;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241219;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00130586;OID=.;OPOS=197112533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:19:30:0:1:19:30:0:1 chr1 197127491 . A C 504.38 PASS AF=0.494949;AO=47;DP=98;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.00112742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.563;QD=20.3789;RBI=0.00455501;REFB=-0.00473443;REVB=0.00441328;RO=50;SAF=19;SAR=28;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628285;STB=0.525681;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00551432;OID=.;OPOS=197127491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:50:50:47:49:0.494949:28:19:17:33:30:19:17:33 chr1 197128726 . G A 360.61 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0218005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2462;QD=17.5907;RBI=0.028212;REFB=-0.00282688;REVB=0.0179069;RO=44;SAF=20;SAR=18;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129003;STB=0.571948;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00362429;OID=.;OPOS=197128726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:18:20:29:15:18:20:29:15 chr1 197390368 . A G 1396.42 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.674;QD=62.7606;RBI=0.01759;REFB=0;REVB=-0.00899653;RO=0;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9059e-06;OID=.;OPOS=197390368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:35:54:0:0:35:54:0:0 chr1 197398696 . C T 894.66 PASS AF=0.47482;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=41;FWDB=-0.0197086;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.589;QD=25.7456;RBI=0.0244492;REFB=-0.0351685;REVB=0.0144685;RO=44;SAF=35;SAR=31;SRF=4;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320067;STB=0.664687;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0421049;OID=.;OPOS=197398696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:44:47:66:66:0.47482:31:35:4:40:31:35:6:41 chr1 197446702 . G T 229.65 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00318982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7488;QD=11.9297;RBI=0.0430278;REFB=-0.00181361;REVB=-0.0429094;RO=49;SAF=20;SAR=8;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26225;STB=0.652061;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00213635;OID=.;OPOS=197446702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:8:20:24:25:8:20:24:25 chr1 197480927 . C T 249.17 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.055664;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.7357;QD=11.7254;RBI=0.0556664;REFB=-0.00476002;REVB=0.000509003;RO=53;SAF=21;SAR=9;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183375;STB=0.596832;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00773424;OID=.;OPOS=197480927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:53:55:30:30:0.352941:9:21:29:24:9:21:31:24 chr1 197742171 . C T 446.57 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6724;QD=57.6213;RBI=0.0332303;REFB=0;REVB=0.0086534;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124096;OID=.;OPOS=197742171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr1 197872019 . G T 367.5 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0345187;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.669;QD=34.1858;RBI=0.0356242;REFB=-0.0495232;REVB=0.00880607;RO=13;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891438;STB=0.548557;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0163619;OID=.;OPOS=197872019;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:13:13:30:30:0.697674:14:16:9:4:14:16:9:4 chr1 197896728 . T C 632.13 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.578;QD=61.6712;RBI=0.0177129;REFB=0;REVB=0.00610909;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24447e-05;OID=.;OPOS=197896728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr1 199977631 . T A 141.83 PASS AF=0.204545;AO=18;DP=88;FAO=18;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0191825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.5816;QD=6.44681;RBI=0.0279197;REFB=-0.0142493;REVB=0.0202865;RO=63;SAF=17;SAR=1;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.677739;STB=0.92815;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0732066;OID=.;OPOS=199977631;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:63:65:18:18:0.204545:1:17:28:35:1:17:30:35 chr1 199977636 . C A 1325.39 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.792;QD=60.9377;RBI=0.0575751;REFB=0;REVB=0.0150329;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204954;OID=.;OPOS=199977636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:87:0:0:82:87:1:37:45:0:0:37:50:0:0 chr1 199977724 . G T 728.41 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0758859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.962;QD=57.1305;RBI=0.0811557;REFB=0;REVB=0.0287679;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000534868;OID=.;OPOS=199977724;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr1 200146493 . GAAT GA,GAT,GATT 212.51 PASS AF=0,1,0;AO=6,8,8;DP=23;FAO=0,19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,0;FSAR=0,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217305,-0.000262202,-0.0492455;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=17.6444,19.8543,16.9316;QD=44.7392;RBI=0.118042,0.0975088,0.0635932;REFB=0,0,0;REVB=-0.116024,-0.0975085,-0.0402365;RO=0;SAF=1,5,4;SAR=5,3,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.18042e-08,4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0495046,0.00948701,-0.149158;OID=.,.,.;OPOS=200146495,200146494,200146495;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=GA,GAT,GATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:6,8,8:23:0,19,0:19:0:0,8,0:0,11,0:0:0:3:0:1,5,4:5,3,4:0:0 chr1 200182834 . A G 1227.87 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8058;QD=61.3935;RBI=0.0395322;REFB=0;REVB=0.0374474;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251292;OID=.;OPOS=200182834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:78:80:1:40:38:0:0:41:39:0:0 chr1 200183398 . C A 977.94 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.031;QD=58.3845;RBI=0.0572644;REFB=0;REVB=-0.0224794;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114531;OID=.;OPOS=200183398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:67:0:0:61:67:1:37:24:0:0:37:30:0:0 chr1 200311868 . C G 638.64 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5364;QD=59.408;RBI=0.0204044;REFB=-0.132519;REVB=0.0117099;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00500175;OID=.;OPOS=200311868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:21:21:1:0:21:21:1:0 chr1 200522566 . G C 563.69 PASS AF=0.487603;AO=58;DP=120;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.00224755;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.633;QD=18.6345;RBI=0.0129018;REFB=-0.00960745;REVB=0.0127045;RO=62;SAF=24;SAR=34;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170201;STB=0.59717;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0110303;OID=.;OPOS=200522566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:62:62:58:59:0.487603:34:24:37:25:35:24:37:25 chr1 200534248 . C T 101.52 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0105098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.171;QD=8.64009;RBI=0.0393525;REFB=-0.0001886;REVB=-0.0379231;RO=34;SAF=8;SAR=5;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10379;STB=0.563659;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.000208703;OID=.;OPOS=200534248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:5:8:18:16:5:8:18:16 chr1 200558363 . T C 366.45 PASS AF=0.315789;AO=23;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0104442;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.161;QD=19.2867;RBI=0.0333032;REFB=-0.00528004;REVB=-0.0316232;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348915;STB=0.701201;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0272055;OID=.;OPOS=200558363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:29:29:23:24:0.315789:14:9:22:7:15:9:22:7 chr1 200559350 . A G 463.78 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0384142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.913;QD=19.3242;RBI=0.0428735;REFB=-0.0137522;REVB=-0.0190391;RO=49;SAF=29;SAR=17;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20785;STB=0.620621;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0234973;OID=.;OPOS=200559350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:50:46:46:0.479167:17:29:20:29:17:29:20:30 chr1 200574959 . T C 357.02 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00214662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.026;QD=18.3087;RBI=0.00230885;REFB=-0.0191469;REVB=-0.000850192;RO=40;SAF=24;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972333;STB=0.559131;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0175763;OID=.;OPOS=200574959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:40:40:37:38:0.487179:13:24:22:18:13:25:22:18 chr1 200618238 . T C 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.509;QD=59.1423;RBI=0.0318907;REFB=0;REVB=0.026;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71895e-05;OID=.;OPOS=200618238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr1 200843305 . G T 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0163975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.568;QD=24.8032;RBI=0.0446578;REFB=-0.0029934;REVB=0.0415384;RO=4;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381322;STB=0.521694;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00130859;OID=.;OPOS=200843305;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:2:8:3:1:2:8:3:1 chr1 200867552 . C T 990.53 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00182021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.18;QD=59.1364;RBI=0.00595203;REFB=0;REVB=0.00566688;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10266e-05;OID=.;OPOS=200867552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr1 200880869 . A C 854.06 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0772203;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.834;QD=57.9021;RBI=0.0773703;REFB=0;REVB=0.00481661;RO=0;SAF=7;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54021e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365424;OID=.;OPOS=200880869;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:52:7:0:0:52:7:0:0 chr1 200880978 . C T 129.71 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0987057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6461;QD=43.2365;RBI=0.0987191;REFB=0;REVB=-0.00162397;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00454841;OID=.;OPOS=200880978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr1 200956288 . A G 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.969;QD=59.5007;RBI=0.0215268;REFB=0;REVB=0.0115517;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34534e-05;OID=.;OPOS=200956288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr1 200957691 . G C 95.0 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0429499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.354;QD=34.5442;RBI=0.04568;REFB=-0.0741336;REVB=0.0155552;RO=1;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176689;STB=0.599781;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00342255;OID=.;OPOS=200957691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:2:8:0:1:2:8:0:1 chr1 200959302 . G A 699.82 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.967;QD=60.8538;RBI=0.0536001;REFB=-0.035957;REVB=0.049532;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553376;OID=.;OPOS=200959302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:1:0:45:46:1:25:20:0:1:26:20:0:0 chr1 200969921 . G A 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0333259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.766;QD=24.0297;RBI=0.0412872;REFB=-0.00544315;REVB=-0.0243725;RO=9;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126109;STB=0.571326;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00849348;OID=.;OPOS=200969921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:12:3:3:6:12:3:3:6 chr1 201009182 . A G 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0166116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3256;QD=21.7456;RBI=0.0271278;REFB=0.00538547;REVB=-0.0214469;RO=20;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121974;STB=0.568656;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00550855;OID=.;OPOS=201009182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:15:7:9:11:15:7:9:11 chr1 201112981 . A G 410.52 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7036;QD=56.6239;RBI=0.0785054;REFB=0;REVB=0.0227812;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183254;OID=.;OPOS=201112981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr1 201115822 . A G 320.62 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.053218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.628;QD=16.234;RBI=0.0647947;REFB=-0.00765604;REVB=-0.0369621;RO=43;SAF=19;SAR=16;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180075;STB=0.592104;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00838278;OID=.;OPOS=201115822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:43:44:35:35:0.443038:16:19:31:12:16:19:31:13 chr1 201122947 . T G 805.1 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6893;QD=64.408;RBI=0.0126368;REFB=0;REVB=0.00785617;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018203;OID=.;OPOS=201122947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr1 201166383 . G A 190.66 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=-0.0322606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1338;QD=15.2527;RBI=0.0410082;REFB=-0.0239169;REVB=0.0253166;RO=30;SAF=11;SAR=9;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314876;STB=0.677674;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0312216;OID=.;OPOS=201166383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:9:11:25:5:9:11:25:5 chr1 201166435 . T C 208.75 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.02842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.81;QD=18.1519;RBI=0.0285553;REFB=-0.0135807;REVB=0.00277644;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2782;STB=0.655501;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0171598;OID=.;OPOS=201166435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:21:4:9:12:21:4 chr1 201168803 . G T 308.08 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0469479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3985;QD=20.887;RBI=0.0549354;REFB=-0.0137687;REVB=0.028527;RO=27;SAF=20;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121889;STB=0.567643;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.012734;OID=.;OPOS=201168803;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:12:20:13:14:12:20:13:14 chr1 201175227 . C A 1037.22 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6451;QD=59.2699;RBI=0.0512122;REFB=0;REVB=0.0303417;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.80999e-05;OID=.;OPOS=201175227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:28:41:0:0:28:42:0:0 chr1 201175715 . G T 1000.36 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.013248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.512;QD=56.3584;RBI=0.0449982;REFB=-0.146621;REVB=0.0430039;RO=2;SAF=29;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004054;STB=0.502302;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000751455;OID=.;OPOS=201175715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:71:2:2:68:69:0.971831:39:29:1:1:40:29:1:1 chr1 201176018 . A G 196.72 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0156263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.025;QD=43.7158;RBI=0.0165622;REFB=-0.115572;REVB=-0.00548857;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538535;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00543525;OID=.;OPOS=201176018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:0:1:9:8:1:0 chr1 201176108 . G A 104.81 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00940655;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.229;QD=10.7498;RBI=0.0143614;REFB=-0.0198533;REVB=0.010852;RO=23;SAF=2;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459362;STB=0.792295;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0219986;OID=.;OPOS=201176108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:26:13:13:0.333333:11:2:12:11:11:2:14:12 chr1 201176968 . A G 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00711585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.659;QD=22.9084;RBI=0.0258925;REFB=-0.0208501;REVB=-0.0248955;RO=14;SAF=16;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274633;STB=0.624496;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0242742;OID=.;OPOS=201176968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:17:21:21:0.552632:5:16:6:8:5:16:9:8 chr1 201177246 . T C 210.5 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0441961;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.008;QD=12.0288;RBI=0.0466207;REFB=-0.00990493;REVB=-0.0148388;RO=44;SAF=8;SAR=18;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311705;STB=0.67986;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0198345;OID=.;OPOS=201177246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:44:44:26:26:0.371429:18:8:26:18:18:8:26:18 chr1 201177278 . C T 288.45 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0231433;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.392;QD=13.5739;RBI=0.0237188;REFB=-0.013806;REVB=-0.00519303;RO=51;SAF=12;SAR=21;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179728;STB=0.608629;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0219704;OID=.;OPOS=201177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:51:52:33:33:0.388235:21:12:27:24:21:12:28:24 chr1 201177538 . G T 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.000633659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.948;QD=26.3418;RBI=0.000656349;REFB=-0.0117216;REVB=-0.000171083;RO=11;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.567201;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00513928;OID=.;OPOS=201177538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:12:7:6:5:12:7:6:5 chr1 201178819 . G A 34.95 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0204149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.675;QD=8.73714;RBI=0.0218035;REFB=-0.0201023;REVB=-0.00765667;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11246;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0619157;OID=.;OPOS=201178819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:15:16:10:10:5:6:0.375:3:2:3:7:4:2:3:7 chr1 201181217 . A G 274.21 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00986347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0266;QD=24.9281;RBI=0.0461653;REFB=-0.0111193;REVB=0.0450993;RO=19;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459805;STB=0.525527;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00750552;OID=.;OPOS=201181217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:12:13:11:8:12:13:11:8 chr1 201181223 . A G 707.87 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.349;QD=62.9218;RBI=0.039853;REFB=0;REVB=0.00699975;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81967e-05;OID=.;OPOS=201181223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr1 201181920 . G T 272.78 PASS AF=0.631579;AO=13;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.195754;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=25.6921;QD=28.7132;RBI=0.205779;REFB=-0.112951;REVB=-0.0634453;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386461;STB=0.619917;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0855831;OID=.;OPOS=201181920;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:38:38:12:12:13:24:0.631579:5:8:12:0:5:19:12:0 chr1 201181994 . A G 154.77 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=2;FWDB=0.0131823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.465;QD=14.7398;RBI=0.0131833;REFB=0.00385912;REVB=0.000167714;RO=25;SAF=16;SAR=1;SRF=23;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881915;STB=0.551657;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00837017;OID=.;OPOS=201181994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:1:16:23:2:1:16:23:2 chr1 201183363 . C T 526.57 PASS AF=0.435115;AO=57;DP=131;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=3.41394e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.104;QD=16.0785;RBI=0.00988713;REFB=-0.00998723;REVB=0.00988707;RO=72;SAF=32;SAR=25;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941265;STB=0.542717;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0129726;OID=.;OPOS=201183363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:72:74:57:57:0.435115:25:32:47:25:25:32:47:27 chr1 201183402 . T C 683.92 PASS AF=0.454545;AO=72;DP=163;FAO=75;FDP=165;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.00562269;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.871;QD=16.5798;RBI=0.0150004;REFB=-0.00844749;REVB=-0.0139067;RO=88;SAF=36;SAR=36;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787225;STB=0.525541;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0110525;OID=.;OPOS=201183402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:88:90:72:75:0.454545:36:36:51:37:36:39:51:39 chr1 201184275 . C T 300.27 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00550342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.47;QD=24.5122;RBI=0.0133826;REFB=0.0291434;REVB=-0.0121987;RO=22;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148691;STB=0.58264;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0128389;OID=.;OPOS=201184275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:16:11:13:9:16:11:13:9 chr1 201187764 . T C 859.77 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395031;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.802;QD=58.2896;RBI=0.0308024;REFB=0;REVB=0.030548;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406168;OID=.;OPOS=201187764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr1 201195119 . C T 1721.05 PASS AF=0.959016;AO=117;DP=122;FAO=117;FDP=122;FR=.;FRO=5;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0487274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.942;QD=56.4278;RBI=0.0622283;REFB=-0.115114;REVB=0.0387041;RO=4;SAF=51;SAR=66;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00408607;STB=0.501496;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00427679;OID=.;OPOS=201195119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:122:122:4:5:117:117:0.959016:66:51:2:2:66:51:2:3 chr1 201285759 . A G 1237.48 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00181323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.402;QD=58.9275;RBI=0.0137659;REFB=0.0358433;REVB=0.013646;RO=2;SAF=28;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326237;STB=0.517237;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=1.54107e-05;OID=.;OPOS=201285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:54:28:2:0:54:28:2:0 chr1 201299263 . A G 1010.94 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182511;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.314;QD=59.4668;RBI=0.0185724;REFB=0;REVB=0.0034393;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34017e-05;OID=.;OPOS=201299263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr1 201331554 . T G 241.11 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0513926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0803;QD=14.613;RBI=0.0581344;REFB=-0.0147889;REVB=-0.0271737;RO=37;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197763;STB=0.616362;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0279402;OID=.;OPOS=201331554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:38:28:28:0.424242:16:12:9:28:16:12:9:29 chr1 201334382 . G A 213.49 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0225609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.419;QD=16.1124;RBI=0.0403312;REFB=0.00678879;REVB=-0.0334307;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10211;STB=0.547131;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00750402;OID=.;OPOS=201334382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:29:24:24:0.45283:12:12:11:17:12:12:12:17 chr1 201341175 . CAGAAG C 239.49 PASS AF=0.4;AO=26;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=8;FWDB=-0.00615649;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=5;MLLD=218.275;QD=13.6851;RBI=0.0760843;REFB=-0.0283795;REVB=0.0758348;RO=35;SAF=21;SAR=5;SRF=29;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348322;STB=0.549966;STBP=0.586;TYPE=del;VARB=0.0414456;OID=.;OPOS=201341176;OREF=AGAAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:26:71:28:70:42:21:7:34:8:99:35:21:5:29:6 chr1 201342226 . A C 53.27 PASS AF=0.12766;AO=11;DP=94;FAO=12;FDP=94;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.102889;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.425;QD=2.26683;RBI=0.103895;REFB=-0.00337403;REVB=-0.0144243;RO=82;SAF=10;SAR=1;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.573109;STB=0.919174;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0743021;OID=.;OPOS=201342226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:94:94:82:82:11:12:0.12766:1:10:35:47:1:11:35:47 chr1 201355522 . T C 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0165731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.192;QD=44.606;RBI=0.0169642;REFB=-0.0232697;REVB=0.00362173;RO=1;SAF=20;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301145;STB=0.655549;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00402734;OID=.;OPOS=201355522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:1:2:21:21:0.913043:1:20:0:1:1:20:1:1 chr1 201355943 . C T 1098.39 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.351;QD=60.1857;RBI=0.0216714;REFB=0;REVB=0.00636216;RO=0;SAF=51;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52453e-05;OID=.;OPOS=201355943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:22:51:0:0:22:51:0:0 chr1 201356001 . CCCACCAA CCCAA,CCCACCAC 213.36 PASS AF=0.40625,0;AO=23,3;DP=64;FAO=26,0;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=15,0;FSAR=11,0;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0115802,-0.173092;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=195.448,64.5737;QD=13.335;RBI=0.0227115,0.175985;REFB=-0.040639,-0.0311197;REVB=-0.0195375,-0.0317805;RO=31;SAF=12,3;SAR=11,0;SRF=12;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.135064,0.593368;STB=0.530464,0.5;STBP=0.693,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0549007,0;OID=.,.;OPOS=201356002,201356008;OREF=CCA,A;OALT=-,C;OMAPALT=CCCAA,CCCACCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625,0:23,3:64:26,0:64:38:15,0:11,0:20:18:99:31:12,3:11,0:12:19 chr1 201358304 . C A 306.62 PASS AF=0.507692;AO=24;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0151199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1114;QD=18.8686;RBI=0.0202203;REFB=-0.0164611;REVB=-0.0134257;RO=10;SAF=5;SAR=19;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140742;STB=0.512813;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0248297;OID=.;OPOS=201358304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:10:32:24:33:0.507692:19:5:4:6:23:10:9:23 chr1 201360281 . A G 142.92 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0270613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1972;QD=18.4416;RBI=0.0582439;REFB=-0.00945545;REVB=-0.0515755;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675673;STB=0.526284;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0155622;OID=.;OPOS=201360281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:15:15:16:0.516129:5:10:11:4:5:11:11:4 chr1 201383643 . A C 369.33 PASS AF=0.875;AO=28;DP=34;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0223632;FXX=0.0588062;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.794;QD=46.166;RBI=0.0653283;REFB=-0.000305136;REVB=0.0613814;RO=4;SAF=21;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242142;OID=.;OPOS=201383643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:34:32:4:4:28:28:0.875:7:21:3:1:7:21:3:1 chr1 201851701 . T C 358.02 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0388894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.021;QD=19.6175;RBI=0.0400324;REFB=-0.0116548;REVB=-0.00949809;RO=36;SAF=17;SAR=20;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139705;STB=0.577318;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0137377;OID=.;OPOS=201851701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:20:17:11:25:20:17:11:25 chr1 201860626 . A G 432.69 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13551;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.992;QD=57.6914;RBI=0.136575;REFB=0;REVB=-0.0170252;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101914;OID=.;OPOS=201860626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr1 201861016 . C G 187.61 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.000312081;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.16;QD=19.2421;RBI=0.0136135;REFB=0.00561733;REVB=0.0136099;RO=20;SAF=3;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340777;STB=0.703049;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00618864;OID=.;OPOS=201861016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:20:18:19:0.487179:15:3:9:11:16:3:9:11 chr1 201865763 . A G 551.86 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.9848;QD=59.6601;RBI=0.0933824;REFB=0;REVB=-0.0334188;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000957549;OID=.;OPOS=201865763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:21:16:0:0 chr1 201952574 . T C 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0178155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.993;QD=17.5685;RBI=0.0234208;REFB=0.000517606;REVB=-0.0152033;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922242;STB=0.551688;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.000556712;OID=.;OPOS=201952574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:16:13:17:14:16:13:17:14 chr1 201952598 . G A 354.34 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.000975987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.845;QD=21.4754;RBI=0.0265245;REFB=-0.000657152;REVB=0.0265066;RO=30;SAF=15;SAR=21;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17735;STB=0.597936;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00101187;OID=.;OPOS=201952598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:21:15:19:11:21:15:19:11 chr1 201970562 . T C 1751.82 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00236616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.954;QD=59.8912;RBI=0.0142562;REFB=-0.0808421;REVB=-0.0140584;RO=0;SAF=58;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000139237;OID=.;OPOS=201970562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:0:1:116:116:0.991453:58:58:0:0:58:58:0:1 chr1 201973565 . G A 1108.22 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0156104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.118;QD=57.5698;RBI=0.0215311;REFB=-0.172165;REVB=0.0148291;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.500869;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000647405;OID=.;OPOS=201973565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:0:2:75:75:0.974026:35:40:0:0:35:40:1:1 chr1 201981862 . T C 215.36 PASS AF=0.44898;AO=7;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0193501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.675;QD=17.5807;RBI=0.0250395;REFB=-0.0177006;REVB=0.0158919;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.572649;STB=0.722987;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00974404;OID=.;OPOS=201981862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:27:7:22:0.44898:6:1:13:7:18:4:14:13 chr1 202092332 . C G 87.95 PASS AF=0.578947;AO=5;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.209806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.723;QD=18.516;RBI=0.214847;REFB=0.00615367;REVB=-0.0462681;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313619;STB=0.672611;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00610919;OID=.;OPOS=202092332;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:19:19:8:8:5:11:0.578947:3:2:1:7:5:6:1:7 chr1 202092360 . G A 78.6 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0126223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5762;QD=14.9712;RBI=0.0183232;REFB=-0.0161997;REVB=-0.0132823;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108107;STB=0.517207;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0077567;OID=.;OPOS=202092360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:7:3:2:8:7:3:3:8 chr1 202092415 . A G 632.79 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00408501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.422;QD=61.736;RBI=0.0362723;REFB=0;REVB=0.0360415;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22805e-05;OID=.;OPOS=202092415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:24:17:0:0 chr1 202092580 . T C 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0595772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.239;QD=17.0589;RBI=0.0597713;REFB=-0.0169245;REVB=0.00481265;RO=38;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21691;STB=0.621141;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0151393;OID=.;OPOS=202092580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:18:15:26:12:18:15:26:12 chr1 202129826 . T C 466.81 PASS AF=0.40458;AO=51;DP=130;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=26;FWDB=-0.022607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.057;QD=14.2539;RBI=0.0300773;REFB=-0.0294793;REVB=-0.0198386;RO=77;SAF=27;SAR=24;SRF=51;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143952;STB=0.572749;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0443477;OID=.;OPOS=202129826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:77:78:51:53:0.40458:24:27:51:26:24:29:52:26 chr1 202129895 . G A 806.21 PASS AF=0.408257;AO=87;DP=219;FAO=89;FDP=218;FR=.;FRO=129;FSAF=58;FSAR=31;FSRF=87;FSRR=42;FWDB=0.0112004;FXX=0.0438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.153;QD=14.7929;RBI=0.0148568;REFB=-0.0149008;REVB=-0.00976101;RO=128;SAF=58;SAR=29;SRF=86;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00623562;STB=0.514947;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0270461;OID=.;OPOS=202129895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:128:129:87:89:0.408257:29:58:86:42:31:58:87:42 chr1 202130700 . G A 57.65 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0147396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.178;QD=12.8103;RBI=0.0209032;REFB=-0.0367708;REVB=0.0148219;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164676;STB=0.624687;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0455995;OID=.;OPOS=202130700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:7:8:0.444444:3:4:4:6:3:5:4:6 chr1 202155543 . A C 2074.2 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.611;QD=62.3819;RBI=0.0839878;REFB=0;REVB=0.0512069;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48995e-05;OID=.;OPOS=202155543;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:133:0:0:124:133:1:65:59:0:0:69:64:0:0 chr1 202156628 . A C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00514271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.642;QD=58.4195;RBI=0.00982671;REFB=0;REVB=0.00837358;RO=0;SAF=18;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12068e-06;OID=.;OPOS=202156628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:45:18:0:0:45:18:0:0 chr1 202183308 . C T 346.39 PASS AF=0.507042;AO=34;DP=70;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00360514;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.045;QD=19.515;RBI=0.0258834;REFB=-0.0280705;REVB=0.0256311;RO=34;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790486;STB=0.562465;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0186071;OID=.;OPOS=202183308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:35:34:36:0.507042:18:16:19:15:20:16:20:15 chr1 202200799 . G A 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.224882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.305;QD=25.711;RBI=0.225093;REFB=0.0109876;REVB=0.00975762;RO=6;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181453;STB=0.599871;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00602108;OID=.;OPOS=202200799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:12:1:0:6:12:1:0:6 chr1 202200812 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.0405302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8354;QD=10.6345;RBI=0.0462793;REFB=-0.0139574;REVB=0.0223399;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127525;STB=0.57559;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0189292;OID=.;OPOS=202200812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:7:1:1:12:7:1:1:12 chr1 202245521 . T C 678.2 PASS AF=0.540984;AO=66;DP=123;FAO=66;FDP=122;FR=.;FRO=56;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0227669;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.051;QD=22.236;RBI=0.0250485;REFB=0.00914024;REVB=0.010445;RO=54;SAF=42;SAR=24;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10131;STB=0.556925;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00935789;OID=.;OPOS=202245521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:54:56:66:66:0.540984:24:42:28:26:24:42:29:27 chr1 202245609 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0491321;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.596;QD=21.613;RBI=0.0493255;REFB=-0.0233967;REVB=0.00436361;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625897;STB=0.535027;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0188256;OID=.;OPOS=202245609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:14:10:8:15:14:10:8:15 chr1 202287156 . C T 454.65 PASS AF=0.425;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00138923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2356;QD=15.1551;RBI=0.0123064;REFB=-0.0428301;REVB=-0.0122277;RO=68;SAF=26;SAR=25;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399291;STB=0.518124;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0623162;OID=.;OPOS=202287156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:68:69:51:51:0.425:25:26:32:36:25:26:33:36 chr1 202287206 . T C 443.21 PASS AF=0.463918;AO=31;DP=99;FAO=45;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00786958;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.462;QD=18.2767;RBI=0.0128293;REFB=-0.0302893;REVB=-0.0101322;RO=52;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101435;STB=0.547097;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0247362;OID=.;OPOS=202287206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:52:52:31:45:0.463918:15:16:22:30:22:23:22:30 chr1 202287754 . G A 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0225323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.845;QD=14.3333;RBI=0.0278099;REFB=-0.00675004;REVB=0.0162998;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15627;STB=0.592381;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00709539;OID=.;OPOS=202287754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:5:5:6:3:5:5 chr1 202287813 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.136594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.752;QD=23.2183;RBI=0.13669;REFB=-0.0411562;REVB=0.00511337;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0117872;OID=.;OPOS=202287813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr1 202304868 . T C 428.0 PASS AF=0.583333;AO=41;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00795348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.558;QD=23.7779;RBI=0.0289904;REFB=-0.0263233;REVB=0.0278781;RO=29;SAF=22;SAR=19;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144073;STB=0.574965;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0209916;OID=.;OPOS=202304868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:30:41:42:0.583333:19:22:10:19:19:23:11:19 chr1 202418250 . C T 582.09 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.000590616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.283;QD=17.5063;RBI=0.0226499;REFB=-0.0178437;REVB=-0.0226422;RO=71;SAF=22;SAR=39;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13281;STB=0.570708;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0287421;OID=.;OPOS=202418250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:71:72:61:61:0.458647:39:22:35:36:39:22:35:37 chr1 202555036 . C T 385.18 PASS AF=0.52;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0179607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.605;QD=20.5431;RBI=0.03115;REFB=-0.0320121;REVB=0.0254506;RO=35;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502107;STB=0.520537;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0268998;OID=.;OPOS=202555036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:35:36:39:39:0.52:19:20:20:15:19:20:20:16 chr1 202565948 . G A 367.45 PASS AF=0.357143;AO=45;DP=126;FAO=45;FDP=126;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=0.0645834;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3483;QD=11.6652;RBI=0.0754698;REFB=-0.0194481;REVB=0.039047;RO=81;SAF=32;SAR=13;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163549;STB=0.585947;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.049571;OID=.;OPOS=202565948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:81:81:45:45:0.357143:13:32:47:34:13:32:48:33 chr1 202705455 . G C 348.17 PASS AF=0.383929;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0467472;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.38;QD=12.4348;RBI=0.0486352;REFB=-0.00163361;REVB=0.0134195;RO=69;SAF=24;SAR=19;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102241;STB=0.558113;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00241647;OID=.;OPOS=202705455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:69:69:43:43:0.383929:19:24:32:37:19:24:32:37 chr1 202715284 . G A 146.79 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00654937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.835;QD=11.2916;RBI=0.027425;REFB=-0.000757968;REVB=-0.0266315;RO=33;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731003;STB=0.558014;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.000392414;OID=.;OPOS=202715284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:18:18:0.346154:13:5:11:22:13:5:12:22 chr1 202718202 . G A 222.35 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0230704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6118;QD=18.9236;RBI=0.0269766;REFB=-0.00618427;REVB=-0.0139819;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250368;STB=0.641242;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0114612;OID=.;OPOS=202718202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:17:8:13:9:17:8 chr1 202733238 . C T 132.79 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00492091;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.419;QD=14.3558;RBI=0.013371;REFB=-0.00937282;REVB=-0.0124326;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175409;STB=0.510191;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0181478;OID=.;OPOS=202733238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:22:22:15:15:0.405405:10:5:7:15:10:5:7:15 chr1 202861342 . A G 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00185891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.772;QD=16.1154;RBI=0.0137025;REFB=-0.0125809;REVB=-0.0135759;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122972;STB=0.569582;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0136363;OID=.;OPOS=202861342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:13:11:17:12:13:11:17:12 chr1 202884063 . C T 296.34 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00778233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.552;QD=28.9111;RBI=0.0233964;REFB=-0.00610717;REVB=-0.0220641;RO=14;SAF=10;SAR=16;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185558;STB=0.519985;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00372068;OID=.;OPOS=202884063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:15:26:26:0.634146:16:10:5:9:16:10:5:10 chr1 202888947 . T C 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00458228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.214;QD=13.0887;RBI=0.0182658;REFB=-0.0124436;REVB=0.0176817;RO=27;SAF=12;SAR=4;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131155;STB=0.507683;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0212624;OID=.;OPOS=202888947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:4:12:20:7:4:12:20:7 chr1 202935911 . T C 407.27 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0637932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.667;QD=22.9448;RBI=0.0639125;REFB=-0.00428572;REVB=-0.00390363;RO=30;SAF=27;SAR=13;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364492;STB=0.530228;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00346777;OID=.;OPOS=202935911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:31:40:40:0.56338:13:27:19:11:13:27:19:12 chr1 203003870 . G A 90.74 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0126519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5437;QD=8.06614;RBI=0.0891799;REFB=-0.017074;REVB=0.0882779;RO=33;SAF=8;SAR=4;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412686;STB=0.525382;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0334446;OID=.;OPOS=203003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:4:8:23:10:4:8:23:10 chr1 203004367 . C T 867.86 PASS AF=0.445498;AO=94;DP=211;FAO=94;FDP=211;FR=.;FRO=117;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=55;FSRR=62;FWDB=0.0479518;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.233;QD=16.4524;RBI=0.0525241;REFB=-0.022312;REVB=0.0214337;RO=115;SAF=40;SAR=54;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044306;STB=0.525071;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.025005;OID=.;OPOS=203004367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:115:117:94:94:0.445498:54:40:54:61:54:40:55:62 chr1 203008174 . G C 848.55 PASS AF=1;AO=52;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00195937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.357;QD=57.5288;RBI=0.0289798;REFB=0;REVB=0.0289135;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.60574e-05;OID=.;OPOS=203008174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:52:59:1:19:33:0:0:25:34:0:0 chr1 203053768 . T C,G 2218.13 PASS AF=0.965035,0.034965;AO=136,6;DP=143;FAO=138,5;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=98,0;FSAR=40,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239708,-0.032882;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=130.589,30.1591;QD=62.0457;RBI=0.0415418,0.0332866;REFB=0,0;REVB=0.0414726,0.00517419;RO=0;SAF=98,0;SAR=38,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.65333e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00063693,0.16032;OID=.,.;OPOS=203053768,203053768;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:143:143:0:0:136,6:138,5:0.965035,0.034965:38,6:98,0:0:0:40,5:98,0:0:0 chr1 203148633 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.742;QD=56.1901;RBI=0.0216056;REFB=0;REVB=0.021205;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270049;OID=.;OPOS=203148633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr1 203194186 . C T 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00224386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.243;QD=22.1885;RBI=0.0222816;REFB=-0.0188408;REVB=0.0221683;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525558;STB=0.529384;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00804581;OID=.;OPOS=203194186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:7:14:13:5:7:14:13:5 chr1 203309966 . G C 1504.11 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7041;QD=59.5686;RBI=0.0610323;REFB=0;REVB=-0.0261835;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160678;OID=.;OPOS=203309966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:101:0:0:98:101:1:51:47:0:0:52:49:0:0 chr1 203317161 . AC A,AT 513.4 PASS AF=0.194444,0.805556;AO=6,28;DP=36;FAO=7,29;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=7,24;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00639992,0.00912008;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=210.863,225.474;QD=57.0445;RBI=0.0598147,0.0865803;REFB=0,0;REVB=0.0594714,0.0860986;RO=0;SAF=6,23;SAR=0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.39272e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00298297,0.000350797;OID=.,.;OPOS=203317162,203317162;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.194444,0.805556:6,28:36:7,29:36:0:7,24:0,5:0:0:32:0:6,23:0,5:0:0 chr1 203652444 . A G 545.21 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0140724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.135;QD=57.3908;RBI=0.0498786;REFB=-0.00109069;REVB=-0.0478523;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000120292;OID=.;OPOS=203652444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:1:0:20:17:1:0 chr1 203667409 . T C 1552.11 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266316;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.835;QD=64.0045;RBI=0.0300756;REFB=0;REVB=-0.0139748;RO=0;SAF=37;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37445e-05;OID=.;OPOS=203667409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:59:37:0:0:60:37:0:0 chr1 203681085 . T C 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0187489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.786;QD=21.63;RBI=0.0211815;REFB=-0.0209713;REVB=-0.00985574;RO=24;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148025;STB=0.582034;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0277659;OID=.;OPOS=203681085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:18:12:14:10:18:12:14:10 chr1 203712996 . T C 1259.67 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9666;QD=61.4474;RBI=0.0438142;REFB=0;REVB=0.0338536;RO=0;SAF=51;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266603;OID=.;OPOS=203712996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:82:0:0:79:82:1:28:51:0:0:29:53:0:0 chr1 203713133 . G A 222.16 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00713522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.696;QD=18.9069;RBI=0.0457096;REFB=-0.0302065;REVB=-0.0451493;RO=23;SAF=16;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353587;STB=0.50485;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.019088;OID=.;OPOS=203713133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:25:22:22:0.468085:6:16:16:7:6:16:18:7 chr1 203743122 . G A 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00203713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.496;QD=14.7345;RBI=0.00630166;REFB=-0.0233536;REVB=0.0059633;RO=35;SAF=17;SAR=10;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296535;STB=0.522942;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0275311;OID=.;OPOS=203743122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:36:27:27:0.428571:10:17:23:12:10:17:24:12 chr1 203743653 . C T 175.02 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.052101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6593;QD=20.0018;RBI=0.0851861;REFB=-0.00636017;REVB=0.0673955;RO=15;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171356;STB=0.569501;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00561093;OID=.;OPOS=203743653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:17:18:18:0.514286:11:7:9:6:11:7:9:8 chr1 203766964 . A G 123.1 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0188403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.173;QD=16.4136;RBI=0.0376048;REFB=-0.0181896;REVB=0.0325447;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057851;STB=0.533286;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0170273;OID=.;OPOS=203766964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:7:9:7:7:7:9 chr1 203768328 . T C 421.22 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00737063;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5682;QD=23.0803;RBI=0.0369802;REFB=-0.00432475;REVB=-0.0362382;RO=33;SAF=19;SAR=22;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139345;STB=0.570445;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0024484;OID=.;OPOS=203768328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:33:32:41:41:0.561644:22:19:21:12:22:19:20:12 chr1 203769532 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0230887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.903;QD=18.6369;RBI=0.0263166;REFB=0.00474469;REVB=-0.0126283;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221033;STB=0.624853;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00415643;OID=.;OPOS=203769532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:12:4:8:8:12:4 chr1 203787700 . T C 986.65 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.042;QD=58.9045;RBI=0.0123798;REFB=0;REVB=-0.0119996;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03048e-05;OID=.;OPOS=203787700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:31:35:0:0:31:36:0:0 chr1 204110334 . A G 709.08 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2864;QD=63.0292;RBI=0.131019;REFB=0;REVB=0.0716258;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245908;OID=.;OPOS=204110334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:14:30:0:0:15:30:0:0 chr1 204159611 . CT C 32.01 PASS AF=0.5;AO=4;DP=11;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0016113;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.884;QD=12.8027;RBI=0.00959016;REFB=-0.0307457;REVB=0.00945383;RO=6;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959372;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0322938;OID=.;OPOS=204159612;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:4:11:5:10:5:2:3:2:3:29:6:1:3:2:4 chr1 204159701 . G T 102.06 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0582856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.542;QD=29.1612;RBI=0.0623298;REFB=-0.025229;REVB=-0.0220859;RO=3;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141846;STB=0.578816;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00352833;OID=.;OPOS=204159701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:8:3:0:3:8:3:0:3 chr1 204230581 . G A 537.32 PASS AF=0.459677;AO=56;DP=121;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00512196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.198;QD=17.3328;RBI=0.00633164;REFB=-0.0122782;REVB=-0.00372225;RO=65;SAF=30;SAR=26;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567943;STB=0.51826;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0202558;OID=.;OPOS=204230581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:65:67:56:57:0.459677:26:30:31:34:27:30:33:34 chr1 204237416 . C T 481.78 PASS AF=0.477064;AO=51;DP=111;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.00721432;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.398;QD=17.6799;RBI=0.015785;REFB=-0.0192688;REVB=-0.01404;RO=57;SAF=21;SAR=30;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254137;STB=0.519992;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0263281;OID=.;OPOS=204237416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:57:57:51:52:0.477064:30:21:22:35:30:22:22:35 chr1 204242838 . A C 277.84 PASS AF=0.354839;AO=28;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.0149618;FXX=0.0510152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.795;QD=11.95;RBI=0.018013;REFB=-0.0109359;REVB=0.0100307;RO=65;SAF=13;SAR=15;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26862;STB=0.670787;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0146449;OID=.;OPOS=204242838;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:65:60:28:33:0.354839:15:13:45:20:20:13:40:20 chr1 204379617 . T C 1360.58 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205302;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.486;QD=62.5555;RBI=0.0223146;REFB=0;REVB=0.00874366;RO=0;SAF=53;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43603e-05;OID=.;OPOS=204379617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:34:53:0:0:34:53:0:0 chr1 204403659 . A G 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0136716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1181;QD=11.2143;RBI=0.0409398;REFB=0.00780764;REVB=-0.0385896;RO=33;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859621;STB=0.550957;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.0123041;OID=.;OPOS=204403659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:8:8:14:19:8:8:14:19 chr1 204425028 . G A 326.37 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=56;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00386706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.851;QD=22.5079;RBI=0.0461603;REFB=-0.0344913;REVB=0.045998;RO=21;SAF=15;SAR=17;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537781;STB=0.523795;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0310822;OID=.;OPOS=204425028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:21:25:32:33:0.568966:17:15:10:11:18:15:10:15 chr1 204436066 . G A 379.11 PASS AF=0.540541;AO=34;DP=68;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.114691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.748;QD=20.4924;RBI=0.114826;REFB=-0.0313465;REVB=0.00557231;RO=29;SAF=20;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200795;STB=0.625606;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0423065;OID=.;OPOS=204436066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:74:29:34:34:40:0.540541:14:20:10:19:16:24:11:23 chr1 204438334 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.751;QD=55.6558;RBI=0.0206696;REFB=0;REVB=-0.0136624;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18896e-05;OID=.;OPOS=204438334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:21:6:0:0:21:6:0:0 chr1 204438643 . G T 519.95 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0273429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.247;QD=54.731;RBI=0.0338926;REFB=-0.136976;REVB=0.0200269;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526301;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00168971;OID=.;OPOS=204438643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:37:38:0:2:36:36:0.947368:18:18:0:0:18:18:0:2 chr1 204501383 . C T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00036102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.622;QD=14.1389;RBI=0.0100385;REFB=-0.0148415;REVB=-0.0100321;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17156;STB=0.615217;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0223989;OID=.;OPOS=204501383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:20:13:14:0.411765:5:8:9:11:5:9:9:11 chr1 204531567 . C T 789.12 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104584;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.614;QD=64.4176;RBI=0.0523149;REFB=0;REVB=0.0512589;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121262;OID=.;OPOS=204531567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr1 204587047 . G A 157.72 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0402482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8559;QD=11.266;RBI=0.0415067;REFB=0.00459472;REVB=0.0101435;RO=36;SAF=7;SAR=13;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285036;STB=0.665914;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00669282;OID=.;OPOS=204587047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:13:7:22:14:13:7:22:14 chr1 204587240 . G A 350.87 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0176658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.812;QD=15.4229;RBI=0.0201867;REFB=-0.00869903;REVB=0.00976845;RO=52;SAF=18;SAR=20;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269648;STB=0.509844;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0150329;OID=.;OPOS=204587240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:53:38:38:0.417582:20:18:26:26:20:18:26:27 chr1 204587569 . G C 308.1 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0231234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.694;QD=24.165;RBI=0.025062;REFB=-0.0263406;REVB=0.00966498;RO=20;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604774;STB=0.523544;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0184517;OID=.;OPOS=204587569;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:21:30:30:0.588235:16:14:11:9:16:14:11:10 chr1 204588140 . G A 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0114639;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.139;QD=19.37;RBI=0.0215428;REFB=-0.0258319;REVB=-0.0182393;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818777;STB=0.5465;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0269188;OID=.;OPOS=204588140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:8:7:9:7:8:7 chr1 204589101 . G A 62.12 PASS AF=0.470588;AO=6;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0409834;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.549;QD=14.6155;RBI=0.041265;REFB=-0.0232434;REVB=-0.00481256;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138347;STB=0.596769;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0185612;OID=.;OPOS=204589101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:17:17:6:9:6:8:0.470588:3:3:4:2:3:5:4:5 chr1 204589150 . C T 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0188305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2536;QD=19.7012;RBI=0.138447;REFB=-0.00472301;REVB=-0.137161;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825894;STB=0.546708;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00270524;OID=.;OPOS=204589150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:6:10:9:8:6:10 chr1 204589623 . G A 197.04 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0035114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.914;QD=18.3294;RBI=0.0355253;REFB=-0.00678767;REVB=0.0353513;RO=23;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188871;STB=0.616314;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00404134;OID=.;OPOS=204589623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:23:19:20:0.465116:5:14:13:10:5:15:13:10 chr1 204590044 . G A 1525.67 PASS AF=0.99;AO=95;DP=97;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.015;QD=61.0268;RBI=0.0318977;REFB=-0.131449;REVB=0.0293769;RO=2;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185879;STB=0.504586;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000966594;OID=.;OPOS=204590044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:100:2:1:95:99:0.99:50:45:0:2:54:45:0:1 chr1 204591237 . A G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.028;QD=61.334;RBI=0.0320196;REFB=0;REVB=0.0313138;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86106e-05;OID=.;OPOS=204591237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr1 204943947 . C A 293.71 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.000829856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.457;QD=19.9126;RBI=0.00180107;REFB=-0.0209635;REVB=-0.00159849;RO=27;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655688;STB=0.520535;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0145597;OID=.;OPOS=204943947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:28:30:31:0.525424:18:12:11:16:19:12:12:16 chr1 204966690 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.025;QD=63.871;RBI=0.0548043;REFB=0;REVB=0.043788;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30509e-05;OID=.;OPOS=204966690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr1 204966703 . C T 237.83 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00196334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.467;QD=20.2407;RBI=0.0071741;REFB=-0.00733979;REVB=0.00690022;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595413;STB=0.533553;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00797306;OID=.;OPOS=204966703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:12:12:13:10:12:12 chr1 204985668 . C T 134.18 PASS AF=0.315789;AO=17;DP=56;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0118103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.209;QD=9.41595;RBI=0.0336977;REFB=-0.0034059;REVB=0.0315602;RO=37;SAF=12;SAR=5;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204383;STB=0.637366;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00724085;OID=.;OPOS=204985668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:37:39:17:18:0.315789:5:12:20:17:5:13:21:18 chr1 204991770 . C T 1401.23 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0471997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3528;QD=61.5926;RBI=0.0475475;REFB=-0.12036;REVB=-0.00574072;RO=1;SAF=53;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885968;STB=0.504672;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00182552;OID=.;OPOS=204991770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:37:53:1:0:37:53:1:0 chr1 205041158 . C T 2829.67 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412811;FXX=0.0163925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.614;QD=62.8815;RBI=0.07949;REFB=0;REVB=0.0679304;RO=0;SAF=91;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.27878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243451;OID=.;OPOS=205041158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:180:0:0:179:180:1:88:91:0:0:88:92:0:0 chr1 205042840 . G A 346.34 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0141567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.713;QD=16.8944;RBI=0.0253044;REFB=-0.0221392;REVB=0.0209739;RO=43;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116633;STB=0.56464;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0179423;OID=.;OPOS=205042840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:45:37:37:0.45122:17:20:18:25:17:20:19:26 chr1 205042939 . C T 554.53 PASS AF=0.617284;AO=50;DP=80;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0439401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7439;QD=27.3841;RBI=0.0597904;REFB=-0.035123;REVB=0.0405483;RO=30;SAF=30;SAR=20;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730163;STB=0.544485;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.02721;OID=.;OPOS=205042939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:30:31:50:50:0.617284:20:30:21:9:20:30:22:9 chr1 205052723 . C T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0072965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.259;QD=17.9407;RBI=0.00806151;REFB=-0.0137957;REVB=-0.00342768;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237772;STB=0.634384;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0165781;OID=.;OPOS=205052723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:6:16:9:10:6:16 chr1 205052939 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.255;QD=59.0183;RBI=0.0192524;REFB=0;REVB=0.0192234;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96831e-05;OID=.;OPOS=205052939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr1 205053150 . A G 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0142344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.191;QD=22.3902;RBI=0.0143364;REFB=0.00648222;REVB=0.00170686;RO=26;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713385;STB=0.503935;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00566766;OID=.;OPOS=205053150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:18:16:12:14:18:16:12:14 chr1 205053219 . C T 809.15 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00396111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.378;QD=53.9434;RBI=0.0245476;REFB=-0.20414;REVB=0.0242259;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145145;STB=0.515146;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00221937;OID=.;OPOS=205053219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:60:1:2:58:58:0.966667:32:26:0:1:32:26:0:2 chr1 205056844 . T A,TTA,TTTA 125.6 PASS AF=0,0.8,0.0666667;AO=3,9,2;DP=18;FAO=0,12,1;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=0,5,0;FSAR=0,7,1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0541282,-0.0343141,-0.0123119;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,3;MLLD=224.675,267.355,261.752;QD=33.4941;RBI=0.0544383,0.0343142,0.0124209;REFB=0.0438889,0.0519549,0.0554117;REVB=0.0058024,8.46557e-05,-0.00164195;RO=3;SAF=1,4,0;SAR=2,5,2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.255936,-0.0974346,-0.666583;STB=0.5,0.512175,0.986712;STBP=1,0.884,0.516;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,-0.00945972,-0.0103311;OID=.,.,.;OPOS=205056844,205056845,205056845;OREF=T,-,-;OALT=A,TA,TTA;OMAPALT=A,TTA,TTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:11:18:15:3:2:3,9,2:0,12,1:0,0.8,0.0666667:2,5,2:1,4,0:2:1:0,7,1:0,5,0:1:1 chr1 205057482 . A T 184.2 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0168268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.458;QD=18.8927;RBI=0.0213052;REFB=-0.0130951;REVB=0.013068;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303562;STB=0.517223;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0154119;OID=.;OPOS=205057482;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:12:7:8:12:12:7:8:12 chr1 205113595 . AG CA 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0081402;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=198.342;QD=12.2129;RBI=0.00988369;REFB=-0.0245877;REVB=-0.00560576;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767043;STB=0.545384;STBP=0.683;TYPE=mnp;VARB=0.0491155;OID=.;OPOS=205113595;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:5:8:12:10:5:8:12:10 chr1 205129319 . G A 245.16 PASS AF=0.444444;AO=29;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0560165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3033;QD=15.5658;RBI=0.056017;REFB=0.000746937;REVB=-0.000228586;RO=34;SAF=19;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155149;STB=0.574414;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000168075;OID=.;OPOS=205129319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:29:28:0.444444:10:19:17:17:10:18:18:17 chr1 205130413 . A G 1044.27 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.963;QD=59.6723;RBI=0.0104644;REFB=0;REVB=-0.00542469;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93554e-06;OID=.;OPOS=205130413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr1 205180474 . G A 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0074858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.858;QD=20.4403;RBI=0.023807;REFB=-0.0412312;REVB=0.0225994;RO=28;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217468;STB=0.519276;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0343954;OID=.;OPOS=205180474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:29:33:33:0.532258:18:15:12:16:18:15:12:17 chr1 205197808 . C T 125.84 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0215686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.818;QD=18.643;RBI=0.0614145;REFB=-0.00290724;REVB=0.0575024;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282102;STB=0.516106;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00713869;OID=.;OPOS=205197808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:6:7:8:6:6:7 chr1 205271619 . G C 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0153204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6006;QD=19.2746;RBI=0.0361279;REFB=-0.013425;REVB=0.0327187;RO=25;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384939;STB=0.511535;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0236615;OID=.;OPOS=205271619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:12:11:13:12:12:11:13:13 chr1 205275421 . A G 708.33 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00983858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.688;QD=62.9626;RBI=0.0214986;REFB=0;REVB=0.0191153;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110385;OID=.;OPOS=205275421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr1 205306590 . G A 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00316648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.839;QD=13.5148;RBI=0.0120464;REFB=-0.0202118;REVB=-0.0116228;RO=42;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556023;STB=0.531652;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0314917;OID=.;OPOS=205306590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:18:10:13:29:18:10:13:29 chr1 205353492 . A C 197.86 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00522573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.139;QD=20.2929;RBI=0.0101674;REFB=-0.0104387;REVB=0.00872174;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138931;STB=0.5877;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0104693;OID=.;OPOS=205353492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:19:19:20:0.512821:10:9:12:7:11:9:12:7 chr1 205492756 . A G 504.04 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229442;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5356;QD=59.2991;RBI=0.0229584;REFB=0;REVB=0.000807107;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000989648;OID=.;OPOS=205492756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr1 205501843 . A G 956.43 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154936;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5459;QD=58.8572;RBI=0.0365429;REFB=0;REVB=-0.0330958;RO=0;SAF=12;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177452;OID=.;OPOS=205501843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:53:12:0:0:53:12:0:0 chr1 205554085 . G C 538.56 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0135764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.919;QD=19.7637;RBI=0.0940181;REFB=-0.0513716;REVB=0.0930327;RO=52;SAF=28;SAR=28;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336078;STB=0.522928;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0478947;OID=.;OPOS=205554085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:53:56:56:0.513761:28:28:24:28:28:28:24:29 chr1 205554095 . A C 513.0 PASS AF=0.509434;AO=52;DP=105;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00423148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.751;QD=19.3585;RBI=0.0233988;REFB=-0.0246038;REVB=-0.023013;RO=52;SAF=26;SAR=26;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01738;STB=0.518512;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0245816;OID=.;OPOS=205554095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:52:52:52:54:0.509434:26:26:25:27:26:28:25:27 chr1 205561372 . C T 345.7 PASS AF=0.378788;AO=44;DP=118;FAO=50;FDP=132;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.0721327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=28.0873;QD=10.4757;RBI=0.0725714;REFB=-0.0693374;REVB=0.00796839;RO=74;SAF=17;SAR=27;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977352;STB=0.544994;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0737941;OID=.;OPOS=205561372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:132:74:82:44:50:0.378788:27:17:35:39:28:22:42:40 chr1 205564196 . T A 49.33 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=12;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0182585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.417;QD=15.1798;RBI=0.0544035;REFB=-0.0421433;REVB=-0.0512481;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275357;STB=0.60839;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0422091;OID=.;OPOS=205564196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:13:6:6:6:7:0.538462:4:2:4:2:4:3:4:2 chr1 205570406 . T A 319.44 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.029487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1633;QD=15.775;RBI=0.0444489;REFB=-0.0164394;REVB=-0.03326;RO=44;SAF=12;SAR=23;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162157;STB=0.605202;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0273845;OID=.;OPOS=205570406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:44:46:35:35:0.432099:23:12:22:22:23:12:24:22 chr1 205738166 . T C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.159;QD=58.5851;RBI=0.0446936;REFB=0;REVB=0.0238791;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147514;OID=.;OPOS=205738166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr1 205779231 . G A 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0162179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.136;QD=15.5688;RBI=0.0200241;REFB=-0.00558335;REVB=-0.011745;RO=35;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211215;STB=0.511937;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00682539;OID=.;OPOS=205779231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:15:13:17:18:15:13:17:18 chr1 205811828 . A T 559.3 PASS AF=0.547368;AO=51;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00238995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6115;QD=23.5496;RBI=0.0185424;REFB=-0.0178573;REVB=0.0183877;RO=43;SAF=35;SAR=16;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251357;STB=0.629919;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0180147;OID=.;OPOS=205811828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:43:51:52:0.547368:16:35:17:26:17:35:17:26 chr1 205812912 . A G 82.18 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.167913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3646;QD=19.3373;RBI=0.167924;REFB=-0.0227251;REVB=-0.00193858;RO=7;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672177;STB=0.538388;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00311752;OID=.;OPOS=205812912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:8:2:1:6:8:2:1:6 chr1 205814485 . G A 209.08 PASS AF=0.389831;AO=19;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=33;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0065003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4429;QD=14.1747;RBI=0.0335898;REFB=-0.0472692;REVB=0.0329548;RO=22;SAF=5;SAR=14;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170313;STB=0.539929;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0460104;OID=.;OPOS=205814485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:33:19:23:0.389831:14:5:3:19:16:7:12:21 chr1 205814497 . T C 958.32 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0059296;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.805;QD=58.9737;RBI=0.00812906;REFB=0;REVB=0.0055607;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27593e-05;OID=.;OPOS=205814497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr1 205817018 . T C 109.92 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0467276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.241;QD=14.6556;RBI=0.0582678;REFB=0.00219416;REVB=0.0348091;RO=17;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339284;STB=0.701766;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0103896;OID=.;OPOS=205817018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:11:2:7:10:11:2:7:10 chr1 205819039 . C T 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00504709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.875;QD=23.8205;RBI=0.0094222;REFB=-0.0017182;REVB=0.00795643;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185057;STB=0.603155;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00350422;OID=.;OPOS=205819039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:9:13:6:11:9:13:6:11 chr1 205819104 . G A 422.93 PASS AF=0.672414;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00591148;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.151;QD=29.1679;RBI=0.0266284;REFB=-0.0227339;REVB=0.025964;RO=19;SAF=20;SAR=19;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868352;STB=0.547196;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0106795;OID=.;OPOS=205819104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:19:19:39:39:0.672414:19:20:7:12:19:20:7:12 chr1 205890895 . G A 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.0358257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.43;QD=19.0005;RBI=0.0389674;REFB=0.00964233;REVB=0.0153288;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208244;STB=0.61632;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00390953;OID=.;OPOS=205890895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:5:12:15:2:5:12:15:2 chr1 206230958 . G A 370.14 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0150223;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.774;QD=21.773;RBI=0.0170048;REFB=-0.0399363;REVB=-0.00796838;RO=31;SAF=9;SAR=28;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333246;STB=0.685208;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.023634;OID=.;OPOS=206230958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:28:9:19:12:28:9:19:12 chr1 206230986 . G A 230.6 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0263974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6941;QD=17.7381;RBI=0.0361489;REFB=-0.00565169;REVB=0.0246966;RO=27;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3417;STB=0.691359;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00641509;OID=.;OPOS=206230986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:16:9:20:7:16:9:20:7 chr1 206516261 . C T 219.03 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00395618;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0502;QD=11.2323;RBI=0.00624157;REFB=-0.0317529;REVB=0.00482761;RO=50;SAF=15;SAR=12;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175958;STB=0.50432;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0169808;OID=.;OPOS=206516261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:51:27:27:0.346154:12:15:27:23:12:15:28:23 chr1 206566188 . C T 39.01 PASS AF=0.0943396;AO=10;DP=105;FAO=10;FDP=106;FR=.;FRO=96;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=59;FWDB=-0.0499993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.091;QD=1.47197;RBI=0.0521586;REFB=-0.00384656;REVB=-0.0148521;RO=94;SAF=4;SAR=6;SRF=36;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208139;STB=0.513807;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0702853;OID=.;OPOS=206566188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:105:106:94:96:10:10:0.0943396:6:4:36:58:6:4:37:59 chr1 206566195 . C T 123.8 PASS AF=0.19802;AO=20;DP=102;FAO=20;FDP=101;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.0195072;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5412;QD=4.90278;RBI=0.0234835;REFB=-0.00201938;REVB=-0.0130746;RO=81;SAF=6;SAR=14;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163431;STB=0.604642;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00763986;OID=.;OPOS=206566195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:81:81:20:20:0.19802:14:6:34:47:14:6:34:47 chr1 206566903 . GT AC,GC 379.26 PASS AF=0.0703125,0.304688;AO=9,39;DP=128;FAO=9,39;FDP=128;FR=.;FRO=80;FSAF=5,20;FSAR=4,19;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.0268059,-0.0209128;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=168.852,135.369;QD=11.852;RBI=0.0269855,0.0248508;REFB=-0.0159059,-0.0198106;REVB=-0.00310839,0.0134244;RO=78;SAF=5,20;SAR=4,19;SRF=47;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0566693,-0.104034;STB=0.529198,0.550342;STBP=0.876,0.456;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0676057,0.0214238;OID=.,.;OPOS=206566903,206566904;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:128:128:78:80:9,39:9,39:0.0703125,0.304688:4,19:5,20:47:31:4,19:5,20:47:33 chr1 206566937 . C T 211.17 PASS AF=0.18593;AO=37;DP=200;FAO=37;FDP=199;FR=.;FRO=162;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=90;FSRR=72;FWDB=0.0220561;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0238;QD=4.24463;RBI=0.039484;REFB=0.0024374;REVB=-0.0327494;RO=160;SAF=20;SAR=17;SRF=89;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203735;STB=0.512322;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.0093885;OID=.;OPOS=206566937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:160:162:37:37:0.18593:17:20:89:71:17:20:90:72 chr1 206603535 . G A 354.38 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00889171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.095;QD=54.5196;RBI=0.015611;REFB=0;REVB=0.0128312;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39589e-05;OID=.;OPOS=206603535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr1 206635570 . C T 1817.02 PASS AF=0.983607;AO=122;DP=124;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00502093;FXX=0.0161277;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.382;QD=59.5744;RBI=0.00800148;REFB=-0.0852545;REVB=-0.00623009;RO=2;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160976;STB=0.50877;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000125351;OID=.;OPOS=206635570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:122:2:2:122:120:0.983607:58:64:0:2:56:64:0:2 chr1 206637595 . C T 463.77 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.037267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0513;QD=14.9603;RBI=0.0476349;REFB=-0.0114181;REVB=-0.029669;RO=72;SAF=26;SAR=26;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0165951;OID=.;OPOS=206637595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:72:52:52:0.419355:26:26:36:36:26:26:36:36 chr1 206647742 . A G 1453.21 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3028;QD=63.1832;RBI=0.0397185;REFB=0;REVB=-0.0396858;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258911;OID=.;OPOS=206647742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:43:48:0:0:44:48:0:0 chr1 206647787 . T C 1573.48 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00913946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.468;QD=58.8216;RBI=0.0235283;REFB=0.030102;REVB=0.0216806;RO=1;SAF=50;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093969;STB=0.504853;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000138021;OID=.;OPOS=206647787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:107:1:1:105:106:0.990654:55:50:1:0:55:51:1:0 chr1 206651107 . G A 1094.62 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.561;QD=57.6117;RBI=0.0548343;REFB=-0.132618;REVB=0.0502844;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000450756;OID=.;OPOS=206651107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:76:76:0:1:74:75:0.986842:33:41:0:0:33:42:1:0 chr1 206665052 . C T 226.07 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0372545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9854;QD=20.095;RBI=0.0493939;REFB=0.0209335;REVB=-0.0324323;RO=23;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283335;STB=0.660716;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.017628;OID=.;OPOS=206665052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:16:6:13:10:16:6:13:10 chr1 206665837 . G A 464.84 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00899647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.6994;QD=22.1353;RBI=0.0256427;REFB=0.00241228;REVB=0.0240127;RO=39;SAF=9;SAR=36;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207341;STB=0.615328;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00389568;OID=.;OPOS=206665837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:36:9:15:24:36:9:15:24 chr1 206665896 . C G 244.48 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0292219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.187;QD=13.0391;RBI=0.0302139;REFB=-0.0081626;REVB=0.00767877;RO=45;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141607;STB=0.570827;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0106564;OID=.;OPOS=206665896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:46:29:29:0.386667:17:12:13:32:17:12:14:32 chr1 206669465 . C T 263.12 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00655303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9718;QD=19.4903;RBI=0.010579;REFB=-0.00740543;REVB=-0.00830502;RO=26;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969565;STB=0.554051;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00874944;OID=.;OPOS=206669465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:15:13:15:11:15:13:15:11 chr1 206758077 . T A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1505;QD=44.6889;RBI=0.0194916;REFB=0;REVB=-0.00241572;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000477573;OID=.;OPOS=206758077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr1 206773659 . A G 1094.44 PASS AF=1;AO=24;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031724;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.621;QD=59.9695;RBI=0.128325;REFB=0;REVB=0.124342;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127869;OID=.;OPOS=206773659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:24:73:1:16:8:0:0:30:43:0:0 chr1 206941864 . A G 357.94 PASS AF=0.383929;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.0422914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6926;QD=12.7836;RBI=0.042773;REFB=-0.0113889;REVB=-0.0064007;RO=69;SAF=20;SAR=23;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810183;STB=0.545968;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0184871;OID=.;OPOS=206941864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:69:69:43:43:0.383929:23:20:27:42:23:20:27:42 chr1 207015957 . T C 1132.87 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00636685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.434;QD=58.0961;RBI=0.0167753;REFB=-0.141004;REVB=0.0155202;RO=1;SAF=31;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150195;STB=0.50769;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00606924;OID=.;OPOS=207015957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:45:31:1:0:45:32:1:0 chr1 207039913 . T C 417.97 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0109167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.798;QD=19.9035;RBI=0.01413;REFB=-0.0201609;REVB=-0.00897122;RO=42;SAF=28;SAR=14;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200468;STB=0.611516;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0149912;OID=.;OPOS=207039913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:14:28:19:23:14:28:19:23 chr1 207110936 . T C 356.06 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.014303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.139;QD=24.5555;RBI=0.0199648;REFB=-0.00835554;REVB=0.013929;RO=23;SAF=23;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198033;STB=0.608898;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00937514;OID=.;OPOS=207110936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:12:23:9:14:12:23:9:14 chr1 207132345 . A G 126.66 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0108357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.882;QD=11.2583;RBI=0.0522844;REFB=-0.0128086;REVB=-0.0511493;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335991;STB=0.695425;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0143269;OID=.;OPOS=207132345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:7:8:7:23:7:8:7:23 chr1 207140440 . C T 200.9 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.000406244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.342;QD=16.3997;RBI=0.0220942;REFB=-0.0163864;REVB=-0.0220904;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156462;STB=0.541137;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0212082;OID=.;OPOS=207140440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:20:21:0.428571:12:8:15:12:12:9:14:14 chr1 207143422 . A G 80.85 PASS AF=0.25;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00535022;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.068;QD=7.35008;RBI=0.0221437;REFB=0.000387137;REVB=-0.0214877;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108433;STB=0.567779;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00149607;OID=.;OPOS=207143422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:45:44:33:33:11:11:0.25:6:5:18:15:6:5:18:15 chr1 207195779 . A G 443.19 PASS AF=0.941176;AO=30;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00417959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7989;QD=52.1397;RBI=0.103104;REFB=0.00641961;REVB=0.103019;RO=3;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649592;STB=0.521726;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00146341;OID=.;OPOS=207195779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:3:2:30:32:0.941176:20:10:0:3:22:10:0:2 chr1 207217359 . T C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00338767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.466;QD=9.91643;RBI=0.0077678;REFB=-0.00451027;REVB=0.00699017;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10141;STB=0.561271;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0120357;OID=.;OPOS=207217359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:11:6:4:5:11:6 chr1 207220800 . C A 219.83 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0339195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.497;QD=17.5868;RBI=0.0363785;REFB=-0.0275798;REVB=0.0131478;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165649;STB=0.509425;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.022685;OID=.;OPOS=207220800;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:13:9:11:17:13:9:11:17 chr1 207238419 . C T 277.85 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00208361;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7997;QD=20.5815;RBI=0.0136439;REFB=-0.00857917;REVB=-0.0134839;RO=25;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408433;STB=0.522682;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00839834;OID=.;OPOS=207238419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:13:16:15:10:13:16:15:10 chr1 207263829 . A G 227.27 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00723345;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.184;QD=18.1818;RBI=0.0309305;REFB=-0.0198091;REVB=-0.0300728;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354698;STB=0.519983;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0180642;OID=.;OPOS=207263829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:12:12:12:14:12:12:12:14 chr1 207297680 . T C 620.23 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00668117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.709;QD=60.5098;RBI=0.00782817;REFB=0;REVB=-0.00407948;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253417;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15826e-05;OID=.;OPOS=207297680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:1:0:40:41:1:22:18:1:0:22:19:0:0 chr1 207653395 . C A 842.12 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.491;QD=57.0926;RBI=0.0493372;REFB=0;REVB=0.0395574;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77125e-05;OID=.;OPOS=207653395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:56:59:1:18:38:0:0:19:40:0:0 chr1 207679307 . A G 2971.2 PASS AF=0.97449;AO=191;DP=198;FAO=191;FDP=196;FR=.;FRO=5;FSAF=103;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0185512;FXX=0.0101005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.428;QD=60.6368;RBI=0.0268897;REFB=-0.0528269;REVB=0.0194656;RO=5;SAF=103;SAR=88;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00679903;STB=0.503572;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00107181;OID=.;OPOS=207679307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:198:196:5:5:191:191:0.97449:88:103:2:3:88:103:2:3 chr1 207753621 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.844;QD=61.5362;RBI=0.0374166;REFB=0;REVB=0.0350361;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6949e-05;OID=.;OPOS=207753621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr1 207782916 . A T 1118.17 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9832;QD=58.851;RBI=0.0404775;REFB=0;REVB=0.0372461;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216269;OID=.;OPOS=207782916;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:76:0:0:67:76:1:32:35:0:0:38:38:0:0 chr1 207782931 . A G 972.9 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.236;QD=58.9636;RBI=0.0744289;REFB=0;REVB=0.0366949;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537228;OID=.;OPOS=207782931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:32:33:0:0:32:34:0:0 chr1 207790088 . C G 1861.64 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0287547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.973;QD=60.541;RBI=0.0288036;REFB=-0.140595;REVB=-0.00167768;RO=0;SAF=48;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91599e-08;STB=0.503355;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000229185;OID=.;OPOS=207790088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:0:1:122:122:0.99187:74:48:0:0:74:48:0:1 chr1 207795320 . A G 1712.72 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.895;QD=60.6272;RBI=0.0334517;REFB=0;REVB=0.0254498;RO=0;SAF=51;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165253;OID=.;OPOS=207795320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:62:51:0:0:62:51:0:0 chr1 207812791 . A G 696.44 PASS AF=0.929825;AO=52;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0120298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.737;QD=48.873;RBI=0.0328586;REFB=-0.0808488;REVB=0.0305773;RO=4;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626724;STB=0.532246;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00301443;OID=.;OPOS=207812791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:4:4:52:53:0.929825:28:24:0:4:29:24:0:4 chr1 207851611 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.994;QD=62.6711;RBI=0.036621;REFB=0;REVB=0.0222067;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126756;OID=.;OPOS=207851611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chr1 207857254 . A G 1404.19 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0848684;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5447;QD=61.7225;RBI=0.08662;REFB=-0.0485121;REVB=0.0173315;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.504949;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00129598;OID=.;OPOS=207857254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:0:1:90:90:0.989011:50:40:0:0:50:40:0:1 chr1 207875116 . GAGA G 309.83 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100391;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=3;MLLD=315.795;QD=53.8833;RBI=0.0321783;REFB=0;REVB=0.0305722;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.32976e-05;OID=.;OPOS=207875117;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:23:23:23:0:7:16:0:0:4:0:7:15:0:0 chr1 207881557 . A G 2039.72 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101739;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.713;QD=61.8096;RBI=0.0155125;REFB=-0.0657855;REVB=0.0117103;RO=1;SAF=62;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760425;STB=0.503999;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000876316;OID=.;OPOS=207881557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:69:62:1:0:69:62:1:0 chr1 207884105 . C A 1027.64 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0546729;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7812;QD=59.5733;RBI=0.0595389;REFB=0;REVB=0.0235746;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168897;OID=.;OPOS=207884105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr1 207884107 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.938;QD=59.5014;RBI=0.0501186;REFB=0;REVB=0.0152884;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.48587e-05;OID=.;OPOS=207884107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr1 207885881 . C T 1419.3 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00136432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.691;QD=61.7087;RBI=0.0277869;REFB=0.0412396;REVB=-0.0277534;RO=1;SAF=55;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129844;STB=0.506848;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000601034;OID=.;OPOS=207885881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:36:55:0:1:36:55:0:1 chr1 207886150 . C T 2718.31 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215296;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.492;QD=62.4898;RBI=0.0217276;REFB=0;REVB=0.00292659;RO=0;SAF=72;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6694e-05;OID=.;OPOS=207886150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:174:0:0:174:174:1:102:72:0:0:102:72:0:0 chr1 207888739 . G T 1964.38 PASS AF=0.992248;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0103055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.127;QD=60.9109;RBI=0.011423;REFB=0.00168745;REVB=-0.00492771;RO=1;SAF=55;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856097;STB=0.504424;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=7.99535e-05;OID=.;OPOS=207888739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:129:1:1:126:128:0.992248:71:55:1:0:72:56:1:0 chr1 207941190 . AG A,AT 775.23 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=13,43;DP=56;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=1,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443368,0.0482879;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.404,159.302;QD=55.3733;RBI=0.0476101,0.0484854;REFB=0,0;REVB=-0.0173485,0.00437141;RO=0;SAF=9,17;SAR=4,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.75441e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.060224,0.00280318;OID=.,.;OPOS=207941191,207941191;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0178571,0.982143:13,43:56:1,55:56:0:0,26:1,29:0:0:5:0:9,17:4,26:0:0 chr1 208063067 . G A,C 172.37 PASS AF=0.866667,0.133333;AO=13,2;DP=15;FAO=13,2;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534509,0.0494749;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.0202,205.716;QD=45.9649;RBI=0.0598282,0.0604025;REFB=0,0;REVB=0.0595889,0.034651;RO=0;SAF=7,2;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0216627,0.0129551;OID=.,.;OPOS=208063067,208063067;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:15:15:0:0:13,2:13,2:0.866667,0.133333:6,0:7,2:0:0:6,0:7,2:0:0 chr1 208207839 . G A 200.9 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0326374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.166;QD=14.0984;RBI=0.0563313;REFB=-0.0286313;REVB=0.0459131;RO=33;SAF=7;SAR=16;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136058;STB=0.586132;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0386513;OID=.;OPOS=208207839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:33:23:24:0.421053:16:7:14:19:17:7:14:19 chr1 208227814 . C T 335.45 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0105139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.543;QD=16.985;RBI=0.0153378;REFB=-0.0109249;REVB=0.0111671;RO=42;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862193;STB=0.542792;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0140426;OID=.;OPOS=208227814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:43:36:36:0.455696:22:14:20:22:22:14:20:23 chr1 209782343 . A G 466.53 PASS AF=0.5;AO=45;DP=92;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0174136;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.438;QD=19.8523;RBI=0.017745;REFB=-0.00359765;REVB=-0.00341346;RO=47;SAF=30;SAR=15;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147648;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00283331;OID=.;OPOS=209782343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:47:47:45:47:0.5:15:30:32:15:15:32:32:15 chr1 209788703 . T C 213.03 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.02321;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.864;QD=18.9357;RBI=0.0343403;REFB=-0.0178662;REVB=-0.0253091;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439257;STB=0.552583;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0192122;OID=.;OPOS=209788703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:26:24:21:21:0.466667:12:9:10:16:12:9:8:16 chr1 209791929 . G T 637.11 PASS AF=0.44;AO=66;DP=150;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.00520663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.229;QD=16.9895;RBI=0.0161035;REFB=0.00623464;REVB=-0.0152386;RO=84;SAF=32;SAR=34;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390985;STB=0.521803;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00717602;OID=.;OPOS=209791929;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:84:84:66:66:0.44:34:32:44:40:34:32:44:40 chr1 209797198 . A G 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00149414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2273;QD=15.7729;RBI=0.0207966;REFB=-0.00983313;REVB=-0.0207429;RO=33;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069021;STB=0.539004;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0139846;OID=.;OPOS=209797198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:12:15:16:17:12:15:16:17 chr1 209797253 . T C 320.8 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0192506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.881;QD=21.3863;RBI=0.029945;REFB=-0.0313247;REVB=-0.0229372;RO=27;SAF=16;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00274028;STB=0.501516;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0274429;OID=.;OPOS=209797253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:17:16:13:14:17:16:13:14 chr1 209799205 . A G 187.1 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00958104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.184;QD=19.6945;RBI=0.0171185;REFB=-0.0326659;REVB=-0.0141861;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184613;STB=0.604287;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0241061;OID=.;OPOS=209799205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:12:7:11:8:12:7 chr1 209799253 . A G 207.29 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0095948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4809;QD=24.3866;RBI=0.0349012;REFB=0.0146227;REVB=0.0335564;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370888;STB=0.520689;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0100916;OID=.;OPOS=209799253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:11:9:7:7:11:9:7:7 chr1 209800230 . C T 723.44 PASS AF=0.596491;AO=67;DP=113;FAO=68;FDP=114;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00151353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.58;QD=25.384;RBI=0.00426253;REFB=-0.00816732;REVB=0.00398478;RO=46;SAF=34;SAR=33;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106798;STB=0.50284;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00560488;OID=.;OPOS=209800230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:46:46:67:68:0.596491:33:34:24:22:33:35:24:22 chr1 209807815 . T C 392.01 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0302486;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9379;QD=19.1226;RBI=0.0353655;REFB=0.00723351;REVB=-0.0183231;RO=42;SAF=13;SAR=27;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192177;STB=0.607271;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00741763;OID=.;OPOS=209807815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:27:13:22:20:27:13:22:20 chr1 209823354 . G A 670.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9659;QD=62.3455;RBI=0.00784995;REFB=0;REVB=0.00774314;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126611;OID=.;OPOS=209823354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr1 209849406 . T G 315.63 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0059911;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.406;QD=22.1493;RBI=0.0128063;REFB=-0.0530897;REVB=0.0113185;RO=24;SAF=19;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219706;STB=0.616667;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0383775;OID=.;OPOS=209849406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:24:25:31:32:0.561404:12:19:8:16:12:20:9:16 chr1 209950760 . C G 2980.26 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.806;QD=63.4097;RBI=0.0497503;REFB=0;REVB=0.0368694;RO=0;SAF=93;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90376e-05;OID=.;OPOS=209950760;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:188:188:1:95:93:0:0:95:93:0:0 chr1 209956542 . C A 71.41 PASS AF=0.25;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0122887;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.226;QD=7.14105;RBI=0.0141488;REFB=-0.00578965;REVB=-0.00701258;RO=31;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462145;STB=0.777284;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0101716;OID=.;OPOS=209956542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:41:40:31:30:10:10:0.25:3:7:9:22:3:7:9:21 chr1 209968684 . C A 322.83 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0326283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.515;QD=11.7393;RBI=0.032644;REFB=-0.0101268;REVB=0.00101497;RO=70;SAF=23;SAR=17;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068163;STB=0.539043;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0158663;OID=.;OPOS=209968684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:70:70:40:40:0.363636:17:23:36:34:17:23:36:34 chr1 210004199 . C G 940.76 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111593;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.669;QD=58.7972;RBI=0.0215181;REFB=0;REVB=-0.0183984;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011317;OID=.;OPOS=210004199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:40:24:0:0:40:24:0:0 chr1 210004332 . G A 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0218897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.433;QD=20.5431;RBI=0.0220001;REFB=-0.0338235;REVB=-0.00220143;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179339;STB=0.599924;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0364164;OID=.;OPOS=210004332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:5:20:15:9:5:20 chr1 210006603 . C T 1134.99 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0288714;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.02;QD=56.7496;RBI=0.0327673;REFB=-0.191809;REVB=0.0154964;RO=1;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133301;STB=0.508007;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000494057;OID=.;OPOS=210006603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:80:80:1:3:77:77:0.9625:35:42:0:1:35:42:1:2 chr1 210027654 . T C 245.48 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.014454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.789;QD=13.4507;RBI=0.0159862;REFB=-0.0118734;REVB=0.00682947;RO=43;SAF=19;SAR=10;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180395;STB=0.610438;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0237651;OID=.;OPOS=210027654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:10:19:21:22:10:19:21:23 chr1 210027669 . TGA T 251.66 PASS AF=0.47619;AO=17;DP=72;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00799815;FXX=0.0999857;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.77;QD=15.9783;RBI=0.00923483;REFB=-0.0187093;REVB=-0.00461645;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674181;STB=0.576871;STBP=0.271;TYPE=del;VARB=0.0213271;OID=.;OPOS=210027670;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:17:72:30:63:33:18:12:15:18:99:23:10:7:12:11 chr1 210335028 . T C 308.93 PASS AF=0.862069;AO=24;DP=28;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00660496;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=155.027;QD=42.6103;RBI=0.0103419;REFB=-0.142749;REVB=0.00795804;RO=4;SAF=16;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484346;STB=0.520693;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00198542;OID=.;OPOS=210335028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:28:29:4:4:24:25:0.862069:8:16:2:2:9:16:2:2 chr1 210335066 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00869077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.087;QD=58.6001;RBI=0.0105126;REFB=0;REVB=0.00591479;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.25061e-06;OID=.;OPOS=210335066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr1 210337043 . A G 446.85 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.887;QD=57.6582;RBI=0.160413;REFB=0;REVB=0.0372104;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137728;OID=.;OPOS=210337043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr1 210407031 . G T 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.388;QD=57.1723;RBI=0.0831524;REFB=0;REVB=0.0690766;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394546;OID=.;OPOS=210407031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr1 210547505 . C G 1013.28 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.508;QD=57.9017;RBI=0.0273736;REFB=-0.0243226;REVB=0.0247984;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=8.77379e-05;OID=.;OPOS=210547505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:26:43:0:0:26:43:1:0 chr1 210547517 . C T 372.38 PASS AF=0.464286;AO=40;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00475557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.552;QD=17.7324;RBI=0.035817;REFB=-0.00931474;REVB=0.0354999;RO=43;SAF=21;SAR=19;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118649;STB=0.545432;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00805567;OID=.;OPOS=210547517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:45:40:39:0.464286:19:21:28:15:18:21:28:17 chr1 210577873 . G C 1194.45 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00558053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.396;QD=59.7226;RBI=0.0105105;REFB=-0.134105;REVB=-0.00890663;RO=1;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114068;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000609563;OID=.;OPOS=210577873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:41:38:0:1:41:38:0:1 chr1 210577884 . G A 353.38 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00545262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.912;QD=18.599;RBI=0.00810061;REFB=-0.0207533;REVB=0.00599073;RO=39;SAF=13;SAR=24;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222582;STB=0.624209;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0236058;OID=.;OPOS=210577884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:24:13:23:16:24:13:23:16 chr1 210804430 . G A 234.7 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0240615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.005;QD=13.2224;RBI=0.0291644;REFB=-0.00967014;REVB=-0.0164804;RO=43;SAF=13;SAR=14;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23128;STB=0.619638;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0158286;OID=.;OPOS=210804430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:43:43:27:28:0.394366:14:13:30:13:14:14:30:13 chr1 211380770 . T C 1900.32 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222467;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.196;QD=61.7989;RBI=0.0336659;REFB=0;REVB=0.0252681;RO=0;SAF=65;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277413;OID=.;OPOS=211380770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:121:123:1:56:65:0:0:57:66:0:0 chr1 211451467 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.019;QD=56.7066;RBI=0.0262271;REFB=0;REVB=0.00455991;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117683;OID=.;OPOS=211451467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr1 211836789 . T C 67.33 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0262208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.276;QD=13.4658;RBI=0.027893;REFB=-0.004686;REVB=0.00951257;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33333;STB=0.69952;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00656047;OID=.;OPOS=211836789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:6:5:7:2:6:5 chr1 211840498 . T C 246.43 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0274705;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.329;QD=23.4692;RBI=0.0292913;REFB=-0.0205016;REVB=0.0101664;RO=19;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107913;STB=0.560386;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0122884;OID=.;OPOS=211840498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:15:8:9:10:15:8:9:10 chr1 211846876 . A G 753.09 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0057739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0779;QD=54.7704;RBI=0.0208486;REFB=-0.0219106;REVB=0.0200332;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177809;STB=0.50943;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000487001;OID=.;OPOS=211846876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:26:28:0:1:26:28:0:1 chr1 211922603 . G A 357.99 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0272513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.135;QD=17.2526;RBI=0.0277503;REFB=-0.0125984;REVB=-0.00523876;RO=45;SAF=21;SAR=17;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286223;STB=0.501603;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0162607;OID=.;OPOS=211922603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:17:21:25:20:17:21:25:20 chr1 212273639 . C T 740.96 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026886;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.163;QD=56.9966;RBI=0.027397;REFB=0;REVB=-0.00526645;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58295e-05;OID=.;OPOS=212273639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:22:30:0:0 chr1 212274413 . A C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.898;QD=60.2307;RBI=0.0489011;REFB=0;REVB=0.0163797;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012021;OID=.;OPOS=212274413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr1 212276276 . A G 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0185071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.914;QD=13.3678;RBI=0.0223072;REFB=-0.00844934;REVB=-0.0124538;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524461;STB=0.530578;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.017699;OID=.;OPOS=212276276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:9:9:14:17:9:9:14:17 chr1 212515613 . C T 190.46 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0707294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.339;QD=16.9299;RBI=0.0710823;REFB=0.00397597;REVB=-0.00707445;RO=25;SAF=14;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228949;STB=0.513076;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.00217595;OID=.;OPOS=212515613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:6:14:17:8:6:14:17:8 chr1 212526288 . C T 1265.86 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.696;QD=61.0055;RBI=0.0350051;REFB=0;REVB=0.0156549;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68857e-05;OID=.;OPOS=212526288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:35:46:0:0:37:46:0:0 chr1 212534377 . T A 263.49 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.000997541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.976;QD=19.5179;RBI=0.00154866;REFB=-0.022297;REVB=0.0011846;RO=26;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948994;STB=0.553034;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0226742;OID=.;OPOS=212534377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:10:18:14:12:10:18:14:12 chr1 212534448 . T C 232.0 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0188036;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.239;QD=16.5716;RBI=0.0226147;REFB=-0.00309519;REVB=0.0125638;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331864;STB=0.505614;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00334651;OID=.;OPOS=212534448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:25:26:0.464286:10:15:17:13:11:15:17:13 chr1 212560327 . A G 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.092516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9096;QD=55.6486;RBI=0.1469;REFB=0;REVB=-0.114107;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00479621;OID=.;OPOS=212560327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr1 212619339 . T C 766.22 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.245;QD=63.8517;RBI=0.0403335;REFB=0;REVB=0.00488951;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126015;OID=.;OPOS=212619339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr1 212799870 . A G 233.21 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0177619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4475;QD=12.7786;RBI=0.0255178;REFB=-0.00502362;REVB=-0.0183213;RO=45;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107669;STB=0.5616;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00704002;OID=.;OPOS=212799870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:14:14:18:27:14:14:18:27 chr1 212799949 . C T 219.54 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00338312;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.119;QD=13.7211;RBI=0.0221975;REFB=-0.0144234;REVB=-0.0219381;RO=37;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022457;STB=0.506324;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0206152;OID=.;OPOS=212799949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:37:38:26:26:0.40625:16:10:15:22:16:10:15:23 chr1 212900487 . A G 787.47 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297047;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.03;QD=57.2705;RBI=0.0383953;REFB=0;REVB=0.0243275;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31539e-05;OID=.;OPOS=212900487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr1 212911836 . T C 639.01 PASS AF=0.575758;AO=57;DP=99;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.000643613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.255;QD=25.8187;RBI=0.0113093;REFB=-0.000543385;REVB=0.0112909;RO=42;SAF=26;SAR=31;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526542;STB=0.528775;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000935966;OID=.;OPOS=212911836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:42:57:57:0.575758:31:26:22:20:31:26:22:20 chr1 213009469 . A G 82.69 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00434759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.348;QD=9.1881;RBI=0.00493174;REFB=-0.0046111;REVB=-0.00232821;RO=25;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164126;STB=0.600962;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0114329;OID=.;OPOS=213009469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:8:3:10:15:8:3:10:15 chr1 213031948 . G C 224.92 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.02344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6255;QD=21.4209;RBI=0.0286467;REFB=-0.0621591;REVB=-0.0164682;RO=14;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133032;STB=0.57405;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0278974;OID=.;OPOS=213031948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:14:19:23:23:0.547619:11:12:10:4:11:12:13:6 chr1 213068595 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0226813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.652;QD=18.8208;RBI=0.0277038;REFB=-0.00780369;REVB=-0.0159078;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013628;STB=0.5078;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00327062;OID=.;OPOS=213068595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:4:6:7:5:4:6 chr1 214492286 . G A 1029.95 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.105998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4115;QD=58.0256;RBI=0.106302;REFB=-0.0685841;REVB=-0.00803079;RO=1;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103923;STB=0.505493;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000481353;OID=.;OPOS=214492286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:45:25:0:1:45:25:0:1 chr1 214542819 . T C 769.19 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1322;QD=56.9773;RBI=0.055602;REFB=0;REVB=0.049721;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259862;OID=.;OPOS=214542819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:29:25:0:0 chr1 214564340 . T C 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.259;QD=61.6814;RBI=0.0253739;REFB=0;REVB=0.00332777;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.78194e-05;OID=.;OPOS=214564340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr1 214571251 . A C 112.97 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0551205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9787;QD=17.3802;RBI=0.0633616;REFB=-0.0220523;REVB=0.0312478;RO=13;SAF=11;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416664;STB=0.743928;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0601803;OID=.;OPOS=214571251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:2:11:6:7:2:11:6:7 chr1 214779147 . T C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.014055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.963;QD=12.9748;RBI=0.0151314;REFB=-0.014179;REVB=-0.00560516;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170731;STB=0.59984;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.016685;OID=.;OPOS=214779147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:12:6:6:6:12:6 chr1 214781971 . C T 164.86 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0513956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.864;QD=31.4015;RBI=0.051917;REFB=-0.0523043;REVB=0.00733888;RO=5;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100199;STB=0.555485;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0154782;OID=.;OPOS=214781971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:10:6:3:2:10:6:3:2 chr1 214811244 . C G 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.021033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5447;QD=23.3815;RBI=0.041053;REFB=-0.0168278;REVB=-0.0352556;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157268;STB=0.588141;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0117834;OID=.;OPOS=214811244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:12:7:8:6:12:7:8:6 chr1 214816013 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.012622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.609;QD=16.8228;RBI=0.0135759;REFB=0.00109059;REVB=0.00499915;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292301;STB=0.666293;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00316689;OID=.;OPOS=214816013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:5:0:2:5:5:0 chr1 214816224 . G A 371.47 PASS AF=0.513514;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00062989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.971;QD=20.0795;RBI=0.0383887;REFB=-0.00967935;REVB=-0.0383835;RO=35;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471692;STB=0.538884;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0136733;OID=.;OPOS=214816224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:36:37:38:0.513514:21:16:17:18:22:16:18:18 chr1 214818223 . T A 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0136916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.578;QD=22.9086;RBI=0.0165349;REFB=-0.00890861;REVB=-0.00927059;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11202;STB=0.562442;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00671574;OID=.;OPOS=214818223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:12:9:5:12:12:9:5:12 chr1 214818775 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00957596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.56;QD=13.486;RBI=0.0185823;REFB=-0.0152474;REVB=-0.0159249;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202897;STB=0.620415;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0141574;OID=.;OPOS=214818775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:6:5:6:3:6:5 chr1 214826196 . G A 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.373;QD=57.1971;RBI=0.0103828;REFB=0;REVB=0.00576261;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4284e-05;OID=.;OPOS=214826196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr1 214830617 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.405;QD=59.8385;RBI=0.022967;REFB=0;REVB=0.0227095;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100492;OID=.;OPOS=214830617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr1 214837110 . C G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.151;QD=62.349;RBI=0.0193584;REFB=0;REVB=0.0176723;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81937e-05;OID=.;OPOS=214837110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr1 215342615 . C T 1494.64 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116386;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.541;QD=63.6018;RBI=0.0156687;REFB=0;REVB=0.0104905;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91974e-06;OID=.;OPOS=215342615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:48:46:0:0:48:46:0:0 chr1 215792511 . C T 1000.32 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0312417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5009;QD=56.3562;RBI=0.0328761;REFB=-0.158094;REVB=-0.0102368;RO=1;SAF=40;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116725;STB=0.512192;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00186648;OID=.;OPOS=215792511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:1:2:69:69:0.971831:29:40:1:0:29:40:2:0 chr1 215792535 . C G 976.22 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542332;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.404;QD=59.1651;RBI=0.0324161;REFB=0;REVB=0.0319592;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20219e-05;OID=.;OPOS=215792535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr1 215793855 . T C 871.5 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000638452;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.473;QD=58.0998;RBI=0.0431544;REFB=0;REVB=0.0431496;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67595e-05;OID=.;OPOS=215793855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:21:39:0:0:21:39:0:0 chr1 215794414 . A G 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00603297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.869;QD=55.6056;RBI=0.0162056;REFB=-0.0816372;REVB=0.0150408;RO=1;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241769;STB=0.512816;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00055463;OID=.;OPOS=215794414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:19:39:0:1:19:39:0:1 chr1 215799170 . T C 2784.79 PASS AF=1;AO=176;DP=182;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020822;FXX=0.0164826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.268;QD=62.23;RBI=0.0265937;REFB=0;REVB=0.0165431;RO=0;SAF=66;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103331;OID=.;OPOS=215799170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:179:0:0:176:179:1:110:66:0:0:111:68:0:0 chr1 215808022 . T C 1017.59 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0168746;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.8546;QD=53.5574;RBI=0.0479586;REFB=-0.0290444;REVB=-0.0448918;RO=4;SAF=26;SAR=46;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413458;STB=0.521903;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0001226;OID=.;OPOS=215808022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:76:76:4:4:72:72:0.947368:46:26:3:1:46:26:3:1 chr1 215821909 . C T 347.65 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0425502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.938;QD=51.5032;RBI=0.0429946;REFB=-0.0407766;REVB=0.00616588;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00390044;OID=.;OPOS=215821909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:14:12:0:0:14:12:1:0 chr1 215821939 . C T 629.2 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0111654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.038;QD=57.2001;RBI=0.0160483;REFB=-0.025043;REVB=-0.0115275;RO=1;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164729;STB=0.517233;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.000424819;OID=.;OPOS=215821939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:42:42:0.954545:28:14:0:1:28:14:0:2 chr1 215821971 . G A 867.15 PASS AF=0.926471;AO=63;DP=68;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00364741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.768;QD=51.0086;RBI=0.0177805;REFB=-0.148337;REVB=0.0174024;RO=3;SAF=26;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223603;STB=0.500963;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.000968586;OID=.;OPOS=215821971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:68:68:3:5:63:63:0.926471:37:26:2:1:37:26:2:3 chr1 215848641 . T C 976.46 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265402;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1643;QD=59.1795;RBI=0.00736111;REFB=0;REVB=0.00686602;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.67307e-05;OID=.;OPOS=215848641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr1 215960167 . T G 976.36 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.137;QD=57.4328;RBI=0.0201064;REFB=0.000740403;REVB=0.00177829;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=2.04036e-05;OID=.;OPOS=215960167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:45:22:0:0:45:22:1:0 chr1 215987222 . T C 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.64;QD=58.7806;RBI=0.0242073;REFB=0;REVB=-0.0200141;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2619e-05;OID=.;OPOS=215987222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr1 216011361 . T C 1922.04 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0318988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.403;QD=60.0638;RBI=0.0348592;REFB=-0.117331;REVB=0.014058;RO=2;SAF=63;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148438;STB=0.507811;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00257965;OID=.;OPOS=216011361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:128:2:2:126:126:0.984375:63:63:2:0:63:63:2:0 chr1 216051125 . G A 769.74 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103118;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.14;QD=64.1448;RBI=0.030708;REFB=0;REVB=0.0289249;RO=0;SAF=9;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396452;OID=.;OPOS=216051125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:45:48:1:36:9:0:0:39:9:0:0 chr1 216172380 . A G 386.36 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00230752;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.11;QD=25.7572;RBI=0.00728161;REFB=0.000358998;REVB=-0.00690631;RO=21;SAF=24;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151758;STB=0.601615;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.000171708;OID=.;OPOS=216172380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:21:23:37:37:0.616667:13:24:9:12:13:24:9:14 chr1 216219781 . A G 1498.96 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340352;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8948;QD=59.9583;RBI=0.04243;REFB=0;REVB=0.0253359;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299878;OID=.;OPOS=216219781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:48:52:0:0:48:52:0:0 chr1 216348764 . C T 1587.78 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7131;QD=64.1528;RBI=0.0507256;REFB=0;REVB=-0.0343396;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000387827;OID=.;OPOS=216348764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:51:48:0:0:51:48:0:0 chr1 216592003 . T C 601.55 PASS AF=0.606742;AO=51;DP=87;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00143932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.566;QD=27.0361;RBI=0.00600135;REFB=-0.0125877;REVB=0.00582619;RO=35;SAF=16;SAR=35;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249256;STB=0.52156;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00697551;OID=.;OPOS=216592003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:35:35:51:54:0.606742:35:16:12:23:38:16:12:23 chr1 216595306 . C T 449.83 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00984115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.137;QD=24.3149;RBI=0.0152243;REFB=0.00768599;REVB=-0.0116159;RO=31;SAF=27;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113779;STB=0.56247;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00528215;OID=.;OPOS=216595306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:16:27:15:16:16:27:15:16 chr1 216692669 . C T 940.58 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437067;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.605;QD=58.7859;RBI=0.0437272;REFB=0;REVB=-0.00133778;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120869;OID=.;OPOS=216692669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr1 217480756 . G A 413.73 PASS AF=0.43;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.00809383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.375;QD=16.5492;RBI=0.0106125;REFB=-0.00596649;REVB=0.00686396;RO=54;SAF=12;SAR=31;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856467;STB=0.559905;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00622003;OID=.;OPOS=217480756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:54:57:43:43:0.43:31:12:19:35:31:12:21:36 chr1 217804325 . G A 692.3 PASS AF=0.474026;AO=73;DP=152;FAO=73;FDP=154;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=-0.0089578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.01;QD=17.9818;RBI=0.0106781;REFB=-0.0111378;REVB=-0.00581193;RO=78;SAF=32;SAR=41;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390745;STB=0.529928;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0119153;OID=.;OPOS=217804325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:78:81:73:73:0.474026:41:32:31:47:41:32:31:50 chr1 217856622 . A G 540.88 PASS AF=0.475;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0366993;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.088;QD=18.0293;RBI=0.0414359;REFB=-0.0326695;REVB=0.0192379;RO=63;SAF=31;SAR=26;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190756;STB=0.510585;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0173671;OID=.;OPOS=217856622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:63:63:57:57:0.475:26:31:33:30:26:31:33:30 chr1 217856626 . G A 536.5 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.01054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.82;QD=18.991;RBI=0.022191;REFB=-0.00975283;REVB=-0.0195282;RO=56;SAF=29;SAR=27;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081219;STB=0.548728;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0106546;OID=.;OPOS=217856626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:57:56:56:0.495575:27:29:34:22:27:29:35:22 chr1 217915324 . C T 111.4 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0100344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.581;QD=15.9138;RBI=0.0190264;REFB=-0.0459247;REVB=-0.0161653;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317486;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0340422;OID=.;OPOS=217915324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:15:15:12:13:0.464286:6:6:8:7:7:6:8:7 chr1 217947738 . G A 1419.68 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784025;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.268;QD=63.097;RBI=0.0238721;REFB=0;REVB=0.0225479;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96565e-05;OID=.;OPOS=217947738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:90:0:0:86:90:1:38:48:0:0:40:50:0:0 chr1 219383866 . G GC 411.63 PASS AF=1;AO=9;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753517;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=121.316;QD=54.8833;RBI=0.172666;REFB=0;REVB=0.155357;RO=20;SAF=0;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.795562;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00104503;OID=.;OPOS=219383867;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:29:30:30:0:14:16:0:0:4:20:0:9:13:7 chr1 219383905 . A G 519.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.908;QD=59.4273;RBI=0.00546126;REFB=0;REVB=0.00517151;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94325e-06;OID=.;OPOS=219383905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr1 220136115 . A G 308.24 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0010332;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2989;QD=18.1319;RBI=0.0311642;REFB=-0.00220238;REVB=0.0311471;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211013;STB=0.617293;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00221934;OID=.;OPOS=220136115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:35:35:33:33:0.485294:16:17:10:25:16:17:10:25 chr1 220154768 . C T 254.39 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0156462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.628;QD=15.4177;RBI=0.0624575;REFB=-0.0191035;REVB=-0.060466;RO=37;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000981208;STB=0.500555;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.019275;OID=.;OPOS=220154768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:18:11:14:23:18:11:14:23 chr1 220156704 . T C 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0115903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.332;QD=11.617;RBI=0.0303192;REFB=-0.0178574;REVB=0.0280164;RO=34;SAF=9;SAR=10;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189649;STB=0.610125;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0276324;OID=.;OPOS=220156704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:10:9:22:12:10:9:22:12 chr1 220156729 . C T 126.7 PASS AF=0.326087;AO=16;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0195369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.826;QD=11.017;RBI=0.0318438;REFB=-0.00251849;REVB=0.0251463;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116415;STB=0.597574;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0219407;OID=.;OPOS=220156729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:31:16:15:0.326087:8:8:17:11:8:7:19:12 chr1 220162004 . C T 279.86 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00287924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7193;QD=16.7079;RBI=0.0899203;REFB=-0.0104806;REVB=-0.0898742;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170958;STB=0.585032;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0114011;OID=.;OPOS=220162004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:36:30:31:0.462687:17:13:22:14:17:14:22:14 chr1 220197625 . G T 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.247;QD=57.105;RBI=0.0145817;REFB=0;REVB=-0.000391649;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114225;OID=.;OPOS=220197625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr1 220298664 . A G 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.019517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.692;QD=12.083;RBI=0.0251381;REFB=0.00566236;REVB=0.0158433;RO=35;SAF=12;SAR=9;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129223;STB=0.5744;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0087618;OID=.;OPOS=220298664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:9:12:24:11:9:12:24:11 chr1 220578893 . AACACACACACACACACACACACACACAC AACACACACACACACACACACACACA,AACACACACACACACACACACACACACACA,AACACACACACACACACACACACACAC 186.67 PASS AF=0.25,0.25,0.5;AO=5,3,4;DP=23;FAO=4,4,8;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4,4,0;FSAR=0,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497517,0.0480561,0.0392206;FXX=0.157812;HRUN=1,0,1;LEN=3,1,2;MLLD=153.07,44.8308,160.921;QD=46.6674;RBI=0.0798106,0.0566948,0.0584384;REFB=0,0,0;REVB=0.0624059,0.0300817,0.0433219;RO=4;SAF=5,3,1;SAR=0,0,3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.745569,0.683038,-0.223593;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,ins,del;VARB=-0.007866,0.0476325,0.00810712;OID=.,.,.;OPOS=220578919,220578922,220578894;OREF=CAC,-,AC;OALT=-,A,-;OMAPALT=AACACACACACACACACACACACACA,AACACACACACACACACACACACACACACA,AACACACACACACACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.25,0.25,0.5:5,3,4:23:4,4,8:16:0:4,4,0:0,0,8:0:0:29:4:5,3,1:0,0,3:2:2 chr1 220603310 . TGTGA AGAGA,T,TGAGA,TGTGT 101.95 PASS AF=0.2,0.2,0.6,0;AO=3,2,4,6;DP=18;FAO=2,2,6,0;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1,6,0;FSAR=0,1,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.126471,-0.0390906,-0.0341594,-0.0085553;FXX=0.230592;HRUN=1,1,1,1;LEN=3,4,1,1;MLLD=45.0358,47.2204,45.9583,55.1437;QD=40.7802;RBI=0.127268,0.18922,0.0472456,0.16077;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0142195,0.185139,-0.0326388,0.160543;RO=0;SAF=3,1,4,3;SAR=0,1,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,snp,snp;VARB=0.102613,0.0444073,0.0101775,0;OID=.,.,.,.;OPOS=220603310,220603311,220603312,220603314;OREF=TGT,GTGA,T,A;OALT=AGA,-,A,T;OMAPALT=AGAGA,T,TGAGA,TGTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:18:18:10:0:0:3,2,4,6:2,2,6,0:0.2,0.2,0.6,0:0,1,0,3:3,1,4,3:0:0:0,1,0,0:2,1,6,0:0:0 chr1 220607685 . G A 483.2 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0599;QD=58.5701;RBI=0.0984045;REFB=0;REVB=-0.0886307;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0014632;OID=.;OPOS=220607685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr1 220970028 . A G 272.58 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0129228;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4021;QD=14.7341;RBI=0.0154751;REFB=-0.0198476;REVB=-0.00851347;RO=43;SAF=13;SAR=18;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047675;STB=0.527045;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0292065;OID=.;OPOS=220970028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:18:13:20:23:18:13:20:23 chr1 221055463 . G A 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0228336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.785;QD=11.6279;RBI=0.0279932;REFB=-0.0126763;REVB=-0.0161941;RO=46;SAF=18;SAR=8;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152674;STB=0.588714;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.021519;OID=.;OPOS=221055463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:8:18:26:20:8:18:26:20 chr1 221057646 . C T 81.02 PASS AF=0.666667;AO=9;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00133627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.526;QD=21.6041;RBI=0.0241551;REFB=-0.0214539;REVB=0.0241181;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289354;STB=0.670882;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0216854;OID=.;OPOS=221057646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:15:15:5:5:9:10:0.666667:6:3:4:1:7:3:4:1 chr1 221057662 . G A 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0145345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.839;QD=17.6435;RBI=0.0153704;REFB=-0.0074819;REVB=0.00499955;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381184;STB=0.719537;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00472501;OID=.;OPOS=221057662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:6:1:6:3:6:1 chr1 221509332 . G A 1282.85 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.192;QD=61.824;RBI=0.0400603;REFB=0;REVB=0.0263093;RO=0;SAF=58;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89926e-05;OID=.;OPOS=221509332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:23:58:0:0:23:60:0:0 chr1 221912361 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.897;QD=60.3767;RBI=0.0252617;REFB=0;REVB=0.0251278;RO=0;SAF=51;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64719e-05;OID=.;OPOS=221912361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:23:51:0:0:23:51:0:0 chr1 221912808 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.241;QD=58.2396;RBI=0.0282554;REFB=0;REVB=0.0100196;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49536e-05;OID=.;OPOS=221912808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr1 222649341 . A C 290.84 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8486;QD=52.8801;RBI=0.210793;REFB=0;REVB=0.210762;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00563602;OID=.;OPOS=222649341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:18:22:1:7:11:0:0:11:11:0:0 chr1 222713503 . C G 220.87 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.000693695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.497;QD=14.2496;RBI=0.00404036;REFB=-0.0244368;REVB=-0.00398036;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175592;STB=0.509992;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0242351;OID=.;OPOS=222713503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:12:14:20:16:12:14:20:16 chr1 222713631 . G C 205.3 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0376582;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6799;QD=12.8315;RBI=0.0387581;REFB=-0.0200526;REVB=-0.00916793;RO=39;SAF=17;SAR=8;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239121;STB=0.637662;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0293546;OID=.;OPOS=222713631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:39:39:25:25:0.390625:8:17:18:21:8:17:18:21 chr1 222798106 . G A,T 949.08 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=62,3;DP=65;FAO=62,4;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33,2;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00249642,-0.0157435;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.44,80.0641;QD=57.52;RBI=0.0225378,0.0174418;REFB=0,0;REVB=0.0223991,0.00750709;RO=0;SAF=33,1;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000475709,0.152867;OID=.,.;OPOS=222798106,222798106;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:65:66:0:0:62,3:62,4:0.939394,0.0606061:29,2:33,1:0:0:29,2:33,2:0:0 chr1 222802006 . A G 708.35 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.927;QD=62.9646;RBI=0.0692494;REFB=0;REVB=0.0362048;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336189;OID=.;OPOS=222802006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr1 222802376 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00422127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.317;QD=52.6132;RBI=0.0474522;REFB=0;REVB=0.0472641;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168123;OID=.;OPOS=222802376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr1 222802925 . G GT 94.77 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118288;FXX=0.346021;HRUN=0;LEN=1;MLLD=111.566;QD=22.2992;RBI=0.0118418;REFB=0;REVB=0.000554864;RO=24;SAF=3;SAR=0;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.627715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00436137;OID=.;OPOS=222802926;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:27:17:17:0:3:14:0:0:3:24:3:0:9:15 chr1 222802926 . C A,T 348.76 PASS AF=0.115385,0.884615;AO=3,22;DP=26;FAO=3,23;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3,8;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198183,0.0433985;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=13.3621,166.297;QD=53.6549;RBI=0.0955896,0.0435234;REFB=0,0;REVB=-0.0935126,-0.00329437;RO=0;SAF=3,7;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.79751e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.127729,-0.000195739;OID=.,.;OPOS=222802926,222802926;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:26:26:0:0:3,22:3,23:0.115385,0.884615:0,15:3,7:0:0:0,15:3,8:0:0 chr1 222803204 . A G 738.95 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.914;QD=62.8897;RBI=0.0589296;REFB=0;REVB=0.0492409;RO=0;SAF=34;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190924;OID=.;OPOS=222803204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:10:34:0:0:12:35:0:0 chr1 222823529 . A C 178.25 PASS AF=0.45283;AO=19;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0297681;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9759;QD=13.4525;RBI=0.0594627;REFB=-0.0530968;REVB=0.0514749;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294338;STB=0.547904;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0463978;OID=.;OPOS=222823529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:29:19:24:0.45283:8:11:14:9:8:16:17:12 chr1 222825403 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0681341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.845;QD=54.5166;RBI=0.0693243;REFB=0;REVB=0.0127911;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000909588;OID=.;OPOS=222825403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr1 222833601 . T C 1261.7 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0611978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.03;QD=61.5462;RBI=0.0615722;REFB=0;REVB=-0.00677965;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158694;OID=.;OPOS=222833601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr1 222838216 . C T 498.9 PASS AF=1;AO=27;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042601;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.604;QD=58.6939;RBI=0.0449694;REFB=0;REVB=0.0144014;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614453;OID=.;OPOS=222838216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:27:34:1:11:16:0:0:11:23:0:0 chr1 222886119 . A G 263.8 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00794938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9442;QD=12.8682;RBI=0.0278874;REFB=0.00849881;REVB=-0.0267304;RO=51;SAF=18;SAR=13;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988575;STB=0.556664;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.0119983;OID=.;OPOS=222886119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:13:18:25:26:13:18:25:26 chr1 222886134 . T C 137.76 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0248712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.506;QD=10.0189;RBI=0.0339086;REFB=-0.0245807;REVB=-0.0230482;RO=37;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231622;STB=0.636577;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0514469;OID=.;OPOS=222886134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:7:11:15:22:7:11:15:22 chr1 222904795 . T C 441.01 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00681617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.946;QD=22.3297;RBI=0.00930388;REFB=-0.0206508;REVB=0.00633262;RO=36;SAF=27;SAR=16;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627983;STB=0.534637;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0168103;OID=.;OPOS=222904795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:16:27:20:16:16:27:20:16 chr1 222923351 . A G 346.92 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.026473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0469;QD=22.3818;RBI=0.026499;REFB=0.00398524;REVB=0.00117362;RO=26;SAF=24;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242562;STB=0.627224;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00416568;OID=.;OPOS=222923351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:26:27:35:35:0.564516:11:24:10:16:11:24:11:16 chr1 223116472 . G A 259.96 PASS AF=0.472727;AO=20;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.108028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.309;QD=18.9063;RBI=0.109148;REFB=-0.0129138;REVB=-0.015598;RO=21;SAF=2;SAR=18;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185187;STB=0.574651;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0135018;OID=.;OPOS=223116472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:26:20:26:0.472727:18:2:4:17:20:6:9:17 chr1 223116474 . G T 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0350269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.754;QD=16.5615;RBI=0.0351426;REFB=-0.00232945;REVB=-0.00284988;RO=31;SAF=7;SAR=20;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144431;STB=0.581865;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00136235;OID=.;OPOS=223116474;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:20:7:12:19:20:7:12:19 chr1 223177574 . A G 384.04 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0188429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.867;QD=17.6571;RBI=0.0317108;REFB=-0.00602208;REVB=-0.0255053;RO=47;SAF=17;SAR=23;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103716;STB=0.55803;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00642326;OID=.;OPOS=223177574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:23:17:25:22:23:17:25:22 chr1 223177661 . T C 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00736679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.084;QD=17.1669;RBI=0.008876;REFB=-0.0178017;REVB=-0.00495114;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523286;STB=0.529391;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0187612;OID=.;OPOS=223177661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:17:12:15:17:17:12:15:17 chr1 223178561 . A C 142.42 PASS AF=0.457143;AO=14;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0158736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.144;QD=16.2768;RBI=0.0191608;REFB=-0.0387032;REVB=-0.0107316;RO=14;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373859;STB=0.583835;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0287765;OID=.;OPOS=223178561;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:14:19:14:16:0.457143:10:4:10:4:10:6:10:9 chr1 223283910 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00392013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.632;QD=61.683;RBI=0.0163039;REFB=0;REVB=-0.0158256;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.80173e-05;OID=.;OPOS=223283910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:12:28:0:0:13:28:0:0 chr1 223284528 . A G 1344.61 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0536911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.423;QD=61.1188;RBI=0.0547123;REFB=-0.123633;REVB=0.0105214;RO=1;SAF=31;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150381;STB=0.507935;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000173345;OID=.;OPOS=223284528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:56:31:1:0:56:31:1:0 chr1 223568559 . C G 135.93 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00411572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.4472;QD=17.5395;RBI=0.0131868;REFB=-0.0111821;REVB=-0.012528;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414798;STB=0.523777;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0131065;OID=.;OPOS=223568559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:5:10:10:6:5:10:10:6 chr1 223715248 . GT G 830.5 PASS AF=1;AO=66;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0945408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.8417;QD=45.5071;RBI=0.0950183;REFB=0;REVB=-0.00951445;RO=1;SAF=14;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325479;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00182401;OID=.;OPOS=223715249;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:72:73:73:0:19:54:0:0:15:1:14:52:1:0 chr1 223717484 . G A 324.01 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.000359682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6609;QD=28.8012;RBI=0.034285;REFB=-0.0350286;REVB=0.0342831;RO=17;SAF=15;SAR=13;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204475;STB=0.612167;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0299195;OID=.;OPOS=223717484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:13:15:4:13:13:15:4:13 chr1 223718651 . G A 423.33 PASS AF=0.577465;AO=40;DP=70;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0153478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.041;QD=23.8497;RBI=0.0153501;REFB=-0.00657876;REVB=-0.000267379;RO=29;SAF=20;SAR=20;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145452;STB=0.579672;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00677846;OID=.;OPOS=223718651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:29:30:40:41:0.577465:20:20:9:20:21:20:9:21 chr1 223718670 . G A 346.77 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00747497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.901;QD=22.3722;RBI=0.00753061;REFB=-0.00436156;REVB=0.000913751;RO=25;SAF=18;SAR=17;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146805;STB=0.578468;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00302519;OID=.;OPOS=223718670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:27:35:35:0.564516:17:18:8:17:17:18:9:18 chr1 223722780 . G A 339.09 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0227995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.958;QD=20.5509;RBI=0.0298778;REFB=-0.0279379;REVB=-0.0193097;RO=31;SAF=21;SAR=14;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170124;STB=0.509429;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0193741;OID=.;OPOS=223722780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:14:21:18:13:14:21:18:13 chr1 223813586 . G T 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00142133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.128;QD=18.7117;RBI=0.0243784;REFB=0.0149177;REVB=-0.0243369;RO=19;SAF=3;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201868;STB=0.616293;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0200493;OID=.;OPOS=223813586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:15:3:6:13:15:3:6:13 chr1 223877789 . T C 959.72 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0354774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4447;QD=57.2965;RBI=0.0476548;REFB=-0.0863192;REVB=0.0318172;RO=1;SAF=27;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171739;STB=0.509088;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00101749;OID=.;OPOS=223877789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:38:27:1:0:39:27:1:0 chr1 223900408 . C G 990.1 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.227;QD=59.1102;RBI=0.0536917;REFB=0;REVB=0.0454578;RO=0;SAF=45;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269677;OID=.;OPOS=223900408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:22:45:0:0:22:45:0:0 chr1 223900544 . A G 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00702936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.499;QD=24.2686;RBI=0.00844044;REFB=-0.0126282;REVB=0.00467216;RO=22;SAF=12;SAR=21;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10363;STB=0.557058;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00874385;OID=.;OPOS=223900544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:21:12:11:11:21:12:11:11 chr1 223905532 . G A 167.83 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.006858;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.164;QD=30.5136;RBI=0.00731892;REFB=-0.042241;REVB=0.00255624;RO=6;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164308;STB=0.590799;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0161359;OID=.;OPOS=223905532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:8:8:5:1:8:8:5:1 chr1 223934720 . G A 921.94 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0110554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.794;QD=55.875;RBI=0.0202315;REFB=-0.0584554;REVB=-0.0169437;RO=2;SAF=28;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325423;STB=0.508472;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000294835;OID=.;OPOS=223934720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:2:1:64:65:0.984848:36:28:2:0:36:29:1:0 chr1 224492746 . C T 507.87 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7465;QD=56.4297;RBI=0.0410263;REFB=-0.0915034;REVB=-0.0392871;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283378;STB=0.515143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00167773;OID=.;OPOS=224492746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:19:16:1:0:19:16:1:0 chr1 224495852 . C T 1873.48 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9064;QD=61.4257;RBI=0.0794044;REFB=0;REVB=-0.0622028;RO=0;SAF=66;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000526246;OID=.;OPOS=224495852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:120:122:1:54:66:0:0:56:66:0:0 chr1 224505569 . AT ATAA,TA 591.89 PASS AF=1,0;AO=35,2;DP=39;FAO=39,0;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.125067,-0.15102;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=42.5698,4.53356;QD=60.707;RBI=0.156771,0.160604;REFB=0,0;REVB=0.0945276,-0.0546491;RO=0;SAF=13,0;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.39865e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.000410451,0;OID=.,.;OPOS=224505571,224505569;OREF=-,AT;OALT=AA,TA;OMAPALT=ATAA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:35,2:39,0:1,0:22,2:13,0:0:0:24,0:15,0:0:0 chr1 224517842 . C T 410.35 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.851;QD=56.6;RBI=0.0777969;REFB=0;REVB=0.00405026;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178951;OID=.;OPOS=224517842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:12:17:0:0 chr1 224575373 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.748;QD=58.2393;RBI=0.047019;REFB=0;REVB=0.0464909;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013903;OID=.;OPOS=224575373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr1 225230608 . C T 870.82 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0126907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.606;QD=56.182;RBI=0.0241367;REFB=0.0481113;REVB=0.0205311;RO=1;SAF=41;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113736;STB=0.506022;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-1.04376e-05;OID=.;OPOS=225230608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:19:41:1:0:20:41:1:0 chr1 225266966 . C G 705.35 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238432;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3733;QD=56.4283;RBI=0.0283752;REFB=0;REVB=-0.0153836;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00405145;OID=.;OPOS=225266966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:49:50:1:31:18:0:0:32:18:0:0 chr1 225268343 . A G 279.31 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00982476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9396;QD=48.5756;RBI=0.0532474;REFB=0.0714381;REVB=0.0523332;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.514273;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.0234623;OID=.;OPOS=225268343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:17:5:0:0:17:5:0:1 chr1 225268346 . G A 289.36 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.147;QD=52.6108;RBI=0.0301394;REFB=0;REVB=0.0275528;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254671;OID=.;OPOS=225268346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:16:5:0:0:17:5:0:0 chr1 225270409 . A T 601.17 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00558858;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=136.896;QD=58.6508;RBI=0.0387866;REFB=-0.040151;REVB=0.0383819;RO=1;SAF=24;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191432;STB=0.510199;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000323639;OID=.;OPOS=225270409;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:16:24:1:0:16:24:1:0 chr1 225273248 . G T 612.65 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.641;QD=61.2652;RBI=0.0285583;REFB=0;REVB=0.0114293;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67426e-05;OID=.;OPOS=225273248;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:21:16:0:0:23:17:0:0 chr1 225373072 . C T 392.36 PASS AF=0.506329;AO=39;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0209721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.094;QD=19.8662;RBI=0.0210513;REFB=0.000498368;REVB=-0.00182447;RO=39;SAF=22;SAR=17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02354;STB=0.507459;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.000203226;OID=.;OPOS=225373072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:39:40:0.506329:17:22:23:16:17:23:23:16 chr1 225463772 . A G 237.66 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0236763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0264;QD=17.9363;RBI=0.0236781;REFB=-0.0315255;REVB=-0.000289473;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122813;STB=0.565988;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0556273;OID=.;OPOS=225463772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:27:26:26:0.490566:13:13:16:9:13:13:17:10 chr1 225528183 . C A 258.35 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00568729;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.185;QD=14.1561;RBI=0.00601336;REFB=-0.0107154;REVB=-0.00195326;RO=42;SAF=12;SAR=18;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020485;STB=0.502855;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0147033;OID=.;OPOS=225528183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:43:30:30:0.410959:18:12:16:26:18:12:17:26 chr1 225533684 . A G 280.1 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.00222206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.394;QD=11.919;RBI=0.0315585;REFB=0.000107912;REVB=0.0314801;RO=58;SAF=18;SAR=15;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850452;STB=0.562093;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.000592753;OID=.;OPOS=225533684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:58:61:33:33:0.351064:15:18:36:22:15:18:39:22 chr1 225534219 . T C 254.31 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00458929;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.043;QD=14.9595;RBI=0.0150587;REFB=-0.0108748;REVB=-0.0143423;RO=37;SAF=20;SAR=9;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132703;STB=0.563652;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00997188;OID=.;OPOS=225534219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:39:29:29:0.426471:9:20:21:16:9:20:23:16 chr1 225534348 . G A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0112365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.428;QD=17.4276;RBI=0.0158887;REFB=-0.0342661;REVB=-0.0112335;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508962;STB=0.546169;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0426558;OID=.;OPOS=225534348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:6:13:14:8:6:13:14:9 chr1 225555512 . C T 268.96 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00391971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2246;QD=22.4135;RBI=0.018733;REFB=-0.0286354;REVB=0.0183183;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470952;STB=0.526295;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0283265;OID=.;OPOS=225555512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:10:15:15:8:10:15:15:8 chr1 225555602 . T G 378.23 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0100836;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.748;QD=21.3088;RBI=0.013489;REFB=-0.017946;REVB=0.00895949;RO=32;SAF=19;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258601;STB=0.521116;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0232485;OID=.;OPOS=225555602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:32:33:38:38:0.535211:19:19:17:15:19:19:18:15 chr1 225565015 . T C 709.95 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0309606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1123;QD=54.6113;RBI=0.0418025;REFB=-0.0531648;REVB=0.0280872;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00655895;OID=.;OPOS=225565015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:29:22:0:0:29:22:0:1 chr1 225565073 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.798;QD=57.1772;RBI=0.0158202;REFB=0;REVB=0.00987096;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78218e-05;OID=.;OPOS=225565073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr1 225569241 . T G 1365.9 PASS AF=0.947368;AO=90;DP=98;FAO=90;FDP=95;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0053452;FXX=0.0306091;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.778;QD=57.5115;RBI=0.0224688;REFB=-0.0243705;REVB=0.0218238;RO=2;SAF=48;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193374;STB=0.507041;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00068473;OID=.;OPOS=225569241;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:98:95:2:5:90:90:0.947368:42:48:2:0:42:48:2:3 chr1 225601647 . C T 359.4 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.063;QD=55.2927;RBI=0.109492;REFB=0;REVB=0.0840168;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128247;OID=.;OPOS=225601647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:14:9:0:0:17:9:0:0 chr1 225607144 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.623;QD=57.5448;RBI=0.00385375;REFB=0;REVB=0.00157035;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0394e-06;OID=.;OPOS=225607144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr1 225609884 . A G 1540.03 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00500329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.718;QD=59.8072;RBI=0.0223309;REFB=0;REVB=0.0217632;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84811e-06;OID=.;OPOS=225609884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:103:0:0:100:103:1:50:50:0:0:51:52:0:0 chr1 225611661 . C T 1549.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.88;QD=63.878;RBI=0.02871;REFB=0;REVB=-0.0189211;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08314e-06;OID=.;OPOS=225611661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:49:47:0:0:49:48:0:0 chr1 225682560 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.401;QD=48.7371;RBI=0.0179676;REFB=0;REVB=0.0146113;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225611;OID=.;OPOS=225682560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr1 226026406 . A G 196.5 PASS AF=0.72;AO=17;DP=26;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0514175;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.613;QD=31.4394;RBI=0.0518869;REFB=-0.0307781;REVB=-0.00696295;RO=4;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13066;STB=0.612792;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00623216;OID=.;OPOS=226026406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:26:25:4:7:17:18:0.72:12:5:0:4:12:6:0:7 chr1 226032229 . C T 275.73 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.027673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6099;QD=25.6491;RBI=0.0351843;REFB=-0.0061898;REVB=-0.0217288;RO=18;SAF=22;SAR=3;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156354;STB=0.587708;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00605337;OID=.;OPOS=226032229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:3:22:14:4:3:22:14:4 chr1 226055595 . G A 196.8 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0327266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5612;QD=17.4935;RBI=0.0343542;REFB=-0.0158178;REVB=-0.0104491;RO=24;SAF=15;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228891;STB=0.645414;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0325069;OID=.;OPOS=226055595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:25:20:20:0.444444:5:15:13:11:5:15:13:12 chr1 226074563 . T G 253.62 PASS AF=0.509434;AO=25;DP=51;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0171622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4868;QD=19.1411;RBI=0.0826518;REFB=-0.0201602;REVB=-0.0808503;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167788;STB=0.527912;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0175805;OID=.;OPOS=226074563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:26:26:25:27:0.509434:13:12:12:14:13:14:12:14 chr1 226125385 . G A 240.29 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00775403;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=162.053;QD=15.7567;RBI=0.00781219;REFB=-0.0202399;REVB=-0.000951489;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028402;STB=0.505297;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0203832;OID=.;OPOS=226125385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:31:33:27:28:0.459016:13:14:17:14:13:15:18:15 chr1 226352490 . CTTTTTTTTTC CTTTTTTTGTC,CTTTTTTTTCT 242.51 PASS AF=0.421875,0;AO=19,4;DP=66;FAO=27,0;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=19,0;FSAR=8,0;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0440291,-0.173305;FXX=0.0302984;HRUN=9,9;LEN=1,2;MLLD=210.454,16.5388;QD=15.1571;RBI=0.0488516,0.196687;REFB=0.0154793,-0.0405551;REVB=0.021164,0.0930122;RO=17;SAF=13,4;SAR=6,0;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0212108,0.604804;STB=0.542139,0.5;STBP=0.626,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000594874,0.0911036;OID=.,.;OPOS=226352498,226352499;OREF=T,TC;OALT=G,CT;OMAPALT=CTTTTTTTGTC,CTTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421875,0:19,4:66:27,0:64:34:19,0:8,0:26:8:99:17:13,4:6,0:12:5 chr1 226474132 . G A 738.3 PASS AF=0.677778;AO=61;DP=92;FAO=61;FDP=90;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0245551;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.231;QD=32.8132;RBI=0.0259685;REFB=-0.0178732;REVB=-0.00845062;RO=31;SAF=22;SAR=39;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161808;STB=0.575457;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00825177;OID=.;OPOS=226474132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:31:29:61:61:0.677778:39:22:19:12:39:22:17:12 chr1 226555302 . A G 311.64 PASS AF=0.453333;AO=32;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0295728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7653;QD=16.6207;RBI=0.0355515;REFB=-0.0189245;REVB=-0.0197321;RO=41;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297673;STB=0.501193;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0163507;OID=.;OPOS=226555302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:32:34:0.453333:17:15:18:23:19:15:18:23 chr1 226570840 . T C 127.89 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00772678;FXX=0.0217344;HRUN=6;LEN=1;MLLD=163.678;QD=11.3681;RBI=0.008169;REFB=-0.0278769;REVB=-0.0026513;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232083;STB=0.631413;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0371764;OID=.;OPOS=226570840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:28:30:15:15:0.333333:7:8:9:19:7:8:10:20 chr1 226573364 . A G 375.58 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.078;QD=55.6413;RBI=0.0647137;REFB=0;REVB=0.0513516;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511835;OID=.;OPOS=226573364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr1 226589833 . T C 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0202558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.492;QD=17.3782;RBI=0.0210617;REFB=-0.0195326;REVB=0.0057706;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455781;STB=0.526268;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0158021;OID=.;OPOS=226589833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:6:4:5:6:6:4 chr1 226589958 . G A 208.83 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00788991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.17;QD=25.3127;RBI=0.00789024;REFB=-0.00880828;REVB=7.21643e-05;RO=13;SAF=16;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395086;STB=0.721979;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0121063;OID=.;OPOS=226589958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:4:16:4:9:4:16:4:9 chr1 226613233 . T C 212.9 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00280399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.838;QD=16.0682;RBI=0.0215986;REFB=-0.00428113;REVB=0.0214158;RO=29;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171701;STB=0.579643;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00665015;OID=.;OPOS=226613233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:29:23:24:0.45283:15:8:15:14:15:9:15:14 chr1 226613287 . A G 162.97 PASS AF=0.486486;AO=12;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0663448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4342;QD=17.6183;RBI=0.0968599;REFB=-0.0708156;REVB=0.0705707;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.654488;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0327331;OID=.;OPOS=226613287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:12:18:0.486486:8:4:8:10:14:4:9:10 chr1 226923505 . G T 982.29 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00512853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.043;QD=56.1309;RBI=0.019876;REFB=-0.128427;REVB=0.0192029;RO=2;SAF=28;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325639;STB=0.517236;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000575896;OID=.;OPOS=226923505;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:40:28:2:0:40:28:2:0 chr1 227069677 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.024;QD=57.2025;RBI=0.0257253;REFB=0;REVB=-0.0163085;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94789e-06;OID=.;OPOS=227069677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr1 227069737 . C T 130.27 PASS AF=0.56;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0197883;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.126;QD=20.8433;RBI=0.0277627;REFB=-0.0632946;REVB=0.0194728;RO=11;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147755;STB=0.584289;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0389115;OID=.;OPOS=227069737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:11:11:14:14:0.56:4:10:6:5:4:10:6:5 chr1 227071525 . C T 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0224368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9311;QD=16.5039;RBI=0.0245233;REFB=0.00941223;REVB=0.0098986;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124164;STB=0.56978;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0129985;OID=.;OPOS=227071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:14:12:10:20:14:12:10:20 chr1 227071543 . G C 224.5 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0265519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.642;QD=19.5215;RBI=0.0325383;REFB=-0.023614;REVB=0.0188079;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141864;STB=0.551819;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0287078;OID=.;OPOS=227071543;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:24:21:22:0.478261:14:7:11:12:14:8:11:13 chr1 227178948 . G A 669.8 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0203158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9814;QD=54.6778;RBI=0.0709369;REFB=0.00270162;REVB=-0.0679655;RO=4;SAF=23;SAR=22;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366015;STB=0.519519;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00357401;OID=.;OPOS=227178948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:49:49:4:4:45:45:0.918367:22:23:3:1:22:23:3:1 chr1 227182033 . G A 577.16 PASS AF=0.975;AO=35;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00383075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.654;QD=57.7164;RBI=0.0643313;REFB=-0.0238886;REVB=0.0642171;RO=1;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549101;STB=0.521728;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000541921;OID=.;OPOS=227182033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:35:39:0.975:8:27:0:1:11:28:0:1 chr1 227182575 . A G 919.6 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4974;QD=58.3871;RBI=0.00998006;REFB=0;REVB=0.00307852;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81253e-05;OID=.;OPOS=227182575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:21:41:0:0:21:42:0:0 chr1 227216662 . T C 247.17 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0232952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.185;QD=13.7316;RBI=0.0480884;REFB=-0.0196991;REVB=0.0420694;RO=43;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00679677;STB=0.503873;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0363424;OID=.;OPOS=227216662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:13:16:24:19:13:16:24:19 chr1 227216775 . C T 388.3 PASS AF=0.470588;AO=39;DP=83;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00898405;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.722;QD=18.2729;RBI=0.00900523;REFB=-0.00642624;REVB=-0.000617308;RO=43;SAF=13;SAR=26;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217768;STB=0.622692;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0063226;OID=.;OPOS=227216775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:43:45:39:40:0.470588:26:13:24:19:26:14:26:19 chr1 227504794 . T C 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0104082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.193;QD=20.4039;RBI=0.0334843;REFB=-0.00284904;REVB=0.0318255;RO=28;SAF=12;SAR=20;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116225;STB=0.564182;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00195148;OID=.;OPOS=227504794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:20:12:7:21:20:12:7:21 chr1 227681475 . T C 1412.54 PASS AF=0.632653;AO=119;DP=191;FAO=124;FDP=196;FR=.;FRO=72;FSAF=50;FSAR=74;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.02407;FXX=0.0150746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2568;QD=28.8274;RBI=0.0918365;REFB=-0.0364202;REVB=0.088626;RO=67;SAF=45;SAR=74;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14926;STB=0.58194;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0261255;OID=.;OPOS=227681475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:196:67:72:119:124:0.632653:74:45:40:27:74:50:45:27 chr1 227920103 . G A 1512.89 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415922;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3519;QD=63.7007;RBI=0.0659426;REFB=0;REVB=0.0511714;RO=0;SAF=62;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542973;OID=.;OPOS=227920103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:33:62:0:0:33:62:0:0 chr1 227922918 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.509;QD=39.2067;RBI=0.00869847;REFB=0;REVB=-0.00614864;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011734;OID=.;OPOS=227922918;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr1 227935444 . A G 828.57 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128325;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.239;QD=57.1426;RBI=0.0175165;REFB=0;REVB=0.0119227;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014122;OID=.;OPOS=227935444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:26:31:0:0:26:32:0:0 chr1 227946825 . A T 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00406021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.377;QD=20.6402;RBI=0.00406474;REFB=-0.00241119;REVB=0.000191773;RO=32;SAF=12;SAR=24;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202047;STB=0.612181;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.002036;OID=.;OPOS=227946825;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:24:12:18:14:24:12:18:14 chr1 227963491 . G T 772.72 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.151;QD=61.818;RBI=0.0368376;REFB=-0.0684123;REVB=0.0337259;RO=1;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015953;STB=0.508471;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000261212;OID=.;OPOS=227963491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:29:20:0:1:29:20:0:1 chr1 228003839 . C T 1568.52 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.871;QD=64.0211;RBI=0.0501484;REFB=0;REVB=0.0237467;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70085e-05;OID=.;OPOS=228003839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:54:43:0:0:54:44:0:0 chr1 228033197 . A G 858.93 PASS AF=1;AO=57;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00986801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2026;QD=57.2619;RBI=0.0617656;REFB=0;REVB=0.0609722;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642187;OID=.;OPOS=228033197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:57:60:1:18:39:0:0:20:40:0:0 chr1 228033667 . G C 268.56 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0133273;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.692;QD=13.9512;RBI=0.0175659;REFB=-0.000280553;REVB=0.0114431;RO=45;SAF=20;SAR=11;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211881;STB=0.614784;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00039581;OID=.;OPOS=228033667;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:46:31:31:0.402597:11:20:20:25:11:20:21:25 chr1 228113046 . C T 433.67 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00960261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.234;QD=18.4539;RBI=0.0278483;REFB=-0.0324003;REVB=0.0261404;RO=49;SAF=20;SAR=24;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334863;STB=0.524261;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0315938;OID=.;OPOS=228113046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:50:44:44:0.468085:24:20:24:25:24:20:25:25 chr1 228113163 . A G 361.96 PASS AF=0.528571;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00992771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2003;QD=20.6833;RBI=0.0200743;REFB=-0.00930037;REVB=-0.0174476;RO=33;SAF=12;SAR=24;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290466;STB=0.506326;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0146521;OID=.;OPOS=228113163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:33:33:36:37:0.528571:24:12:12:21:24:13:12:21 chr1 228284991 . C T 163.02 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00863129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.022;QD=14.1755;RBI=0.0291694;REFB=-0.0220292;REVB=-0.0278631;RO=28;SAF=16;SAR=1;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578221;STB=0.758771;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.031598;OID=.;OPOS=228284991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:28:17:18:0.391304:1:16:17:11:2:16:17:11 chr1 228327999 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00231372;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.396;QD=9.44486;RBI=0.0109356;REFB=-0.0270666;REVB=-0.0106881;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100718;STB=0.562295;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0529574;OID=.;OPOS=228327999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:4:6:3:3:4:6 chr1 228335125 . C T 239.78 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0180032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.148;QD=28.2097;RBI=0.0247269;REFB=-0.0280402;REVB=0.01695;RO=12;SAF=17;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213855;STB=0.619088;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0304629;OID=.;OPOS=228335125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:5:17:6:6:5:17:6:6 chr1 228335959 . C T 458.79 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00810906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.566;QD=16.9921;RBI=0.00995534;REFB=-0.0352695;REVB=0.00577512;RO=58;SAF=31;SAR=19;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102062;STB=0.556934;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0325237;OID=.;OPOS=228335959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:19:31:30:28:19:31:30:28 chr1 228352160 . T C 271.19 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.137;QD=51.6555;RBI=0.0256498;REFB=0;REVB=0.0146437;RO=1;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317962;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.09934e-05;OID=.;OPOS=228352160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:1:0:20:21:1:14:6:0:1:15:6:0:0 chr1 228399482 . C G 324.42 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00607166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.054;QD=19.6616;RBI=0.00655639;REFB=-0.0103307;REVB=0.00247412;RO=30;SAF=19;SAR=15;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153262;STB=0.596065;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.011814;OID=.;OPOS=228399482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:32:34:34:0.515152:15:19:22:8:15:19:24:8 chr1 228399799 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0535862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.392;QD=23.2183;RBI=0.0623865;REFB=-0.0822291;REVB=0.0319468;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0203388;OID=.;OPOS=228399799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr1 228402047 . A G 574.28 PASS AF=0.435714;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.0214739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0531;QD=16.4081;RBI=0.0386655;REFB=5.78557e-05;REVB=-0.0321542;RO=79;SAF=39;SAR=22;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875561;STB=0.549008;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.000205166;OID=.;OPOS=228402047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:79:79:61:61:0.435714:22:39:44:35:22:39:44:35 chr1 228402121 . A G 294.63 PASS AF=0.336283;AO=38;DP=113;FAO=38;FDP=113;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0354008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.626;QD=10.4292;RBI=0.0402876;REFB=-0.00235748;REVB=-0.0192321;RO=73;SAF=24;SAR=14;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034894;STB=0.531479;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00404183;OID=.;OPOS=228402121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:73:75:38:38:0.336283:14:24:44:29:14:24:44:31 chr1 228402508 . C T 208.78 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0103117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2044;QD=18.1548;RBI=0.0835416;REFB=-0.00791371;REVB=0.0829027;RO=23;SAF=5;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173167;STB=0.607485;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0116971;OID=.;OPOS=228402508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:25:21:21:0.456522:16:5:9:14:16:5:10:15 chr1 228404198 . G A 439.26 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00722082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7792;QD=22.2409;RBI=0.158528;REFB=-0.0387666;REVB=0.158363;RO=33;SAF=24;SAR=19;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820848;STB=0.564344;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0324993;OID=.;OPOS=228404198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:33:36:43:43:0.544304:19:24:15:18:19:24:15:21 chr1 228412227 . TG CA 153.59 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00193967;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=2;MLLD=179.04;QD=13.0714;RBI=0.00735751;REFB=-0.0133572;REVB=0.00709723;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129068;STB=0.575825;STBP=0.404;TYPE=mnp;VARB=0.0230163;OID=.;OPOS=228412227;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:6:11:16:14:6:11:16:14 chr1 228412308 . G A 212.37 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00756512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.945;QD=14.3981;RBI=0.0075742;REFB=-0.00488623;REVB=0.000370562;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031249;STB=0.517794;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00687452;OID=.;OPOS=228412308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:14:11:16:18:14:11:16:18 chr1 228444565 . T A 348.42 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000914883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.083;QD=53.6033;RBI=0.0438051;REFB=0;REVB=0.0437955;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540673;OID=.;OPOS=228444565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:15:11:0:0 chr1 228461129 . A G 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.010493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2551;QD=16.0646;RBI=0.0396578;REFB=-0.0163775;REVB=-0.0382445;RO=24;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173256;STB=0.599886;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0314073;OID=.;OPOS=228461129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:12:6:12:12:12:6:12:12 chr1 228464248 . T G 73.03 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0112953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.187;QD=9.12852;RBI=0.0284636;REFB=-0.0148385;REVB=-0.0261264;RO=22;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115241;STB=0.571275;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0312713;OID=.;OPOS=228464248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:2:8:16:6:2:8:16:6 chr1 228464276 . T C 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0150372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.446;QD=10.4723;RBI=0.0255999;REFB=-0.0116226;REVB=-0.0207181;RO=24;SAF=10;SAR=2;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304537;STB=0.687142;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0167663;OID=.;OPOS=228464276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:2:10:15:9:2:10:15:9 chr1 228467711 . G A 501.39 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.000262442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.493;QD=17.1416;RBI=0.0353703;REFB=-0.0521277;REVB=-0.0353693;RO=58;SAF=20;SAR=34;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140809;STB=0.567754;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.051031;OID=.;OPOS=228467711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:58:63:54:54:0.461538:34:20:30:28:34:20:31:32 chr1 228468244 . G A 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0117054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.912;QD=14.834;RBI=0.0144606;REFB=-0.0100039;REVB=0.00849059;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859778;STB=0.557641;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0135196;OID=.;OPOS=228468244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:11:11:12:17:11:11:12:18 chr1 228469870 . C T 291.12 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0502902;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.641;QD=15.322;RBI=0.0503219;REFB=-0.01163;REVB=0.00178623;RO=44;SAF=16;SAR=16;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0180741;OID=.;OPOS=228469870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:44:44:32:32:0.421053:16:16:22:22:16:16:22:22 chr1 228469903 . AG TT 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00913774;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.444;QD=14.9204;RBI=0.0130607;REFB=-0.00928762;REVB=-0.00933193;RO=37;SAF=18;SAR=10;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213748;STB=0.621293;STBP=0.117;TYPE=mnp;VARB=0.0113185;OID=.;OPOS=228469903;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:10:18:16:21:10:18:16:21 chr1 228476366 . GA TT 117.51 PASS AF=0.52;AO=11;DP=26;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0249727;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.628;QD=18.802;RBI=0.0411694;REFB=-0.023479;REVB=0.0327305;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293955;STB=0.638489;STBP=0.178;TYPE=mnp;VARB=0.0252517;OID=.;OPOS=228476366;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:12:12:11:13:0.52:3:8:5:7:4:9:5:7 chr1 228476414 . G A 160.49 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00478644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.518;QD=18.3412;RBI=0.0339528;REFB=-0.0122675;REVB=-0.0336137;RO=18;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224182;STB=0.628868;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0383268;OID=.;OPOS=228476414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:4:13:10:8:4:13:10:8 chr1 228480282 . A G 238.18 PASS AF=0.489362;AO=21;DP=45;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00174218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.732;QD=20.2706;RBI=0.0036712;REFB=-0.0124383;REVB=-0.00323148;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121916;STB=0.596247;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00880555;OID=.;OPOS=228480282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:23:24:21:23:0.489362:11:10:14:9:13:10:15:9 chr1 228494696 . G A 314.96 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0222628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.674;QD=22.4971;RBI=0.0307942;REFB=-0.0375898;REVB=0.0212757;RO=24;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489193;STB=0.52701;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0266206;OID=.;OPOS=228494696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:14:18:12:12:14:18:12:12 chr1 228503677 . A G 265.41 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0022058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.278;QD=17.9937;RBI=0.104442;REFB=-0.0346959;REVB=-0.104419;RO=30;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445683;STB=0.524924;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0384483;OID=.;OPOS=228503677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:13:16:18:12:13:16:18:12 chr1 228504472 . T C 239.17 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0205489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.729;QD=20.7972;RBI=0.0238114;REFB=-0.00129296;REVB=0.0120302;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215997;STB=0.629107;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00273544;OID=.;OPOS=228504472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:11:12:6:16:11:12:6:17 chr1 228505204 . G A 470.82 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00779846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2557;QD=20.9253;RBI=0.0557777;REFB=-0.0254828;REVB=0.0552298;RO=43;SAF=23;SAR=23;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101633;STB=0.511106;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0321778;OID=.;OPOS=228505204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:44:46:46:0.511111:23:23:21:22:23:23:21:23 chr1 228505668 . C G 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0212101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.398;QD=11.1264;RBI=0.0791612;REFB=-0.0118297;REVB=-0.0762669;RO=34;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389917;STB=0.729467;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0134561;OID=.;OPOS=228505668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:5:12:12:22:5:12:12:22 chr1 228505699 . T C 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0361702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0362;QD=7.66773;RBI=0.0363222;REFB=-0.00171712;REVB=-0.003319;RO=35;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113036;STB=0.50703;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00296787;OID=.;OPOS=228505699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:9:3:9:26:9:3:9:26 chr1 228505727 . C T 203.36 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0277671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.458;QD=14.2708;RBI=0.0335148;REFB=-0.00897463;REVB=-0.0187678;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190201;STB=0.607394;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0129853;OID=.;OPOS=228505727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:14:10:8:25:14:10:8:25 chr1 228505750 . C T 278.33 PASS AF=0.508475;AO=28;DP=57;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0626356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.563;QD=18.8699;RBI=0.0627479;REFB=-0.0131772;REVB=0.00375204;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179685;STB=0.598522;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0258141;OID=.;OPOS=228505750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:29:29:28:30:0.508475:16:12:7:22:17:13:7:22 chr1 228509427 . A G 197.75 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00946197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7185;QD=14.6481;RBI=0.039269;REFB=-0.0440799;REVB=-0.038112;RO=30;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115483;STB=0.515334;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0584257;OID=.;OPOS=228509427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:11:12:16:14:11:12:17:14 chr1 228526665 . T C 1133.53 PASS AF=0.497817;AO=112;DP=229;FAO=114;FDP=229;FR=.;FRO=115;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=0.0316195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.942;QD=19.7997;RBI=0.0429796;REFB=-0.0336235;REVB=-0.0291111;RO=112;SAF=56;SAR=56;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243915;STB=0.510915;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0343005;OID=.;OPOS=228526665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:112:115:112:114:0.497817:56:56:53:59:57:57:55:60 chr1 228528563 . C G 183.01 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0247663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.082;QD=13.31;RBI=0.0272798;REFB=-0.0122733;REVB=-0.0114376;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700725;STB=0.54011;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0195574;OID=.;OPOS=228528563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:8:14:23:10:8:14:23:10 chr1 228547901 . C T 383.93 PASS AF=0.550725;AO=37;DP=68;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0149613;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.708;QD=22.257;RBI=0.0165338;REFB=-0.0236235;REVB=0.00703732;RO=31;SAF=19;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244523;STB=0.507243;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0157225;OID=.;OPOS=228547901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:31:31:37:38:0.550725:18:19:15:16:19:19:15:16 chr1 228548197 . G A 151.85 PASS AF=0.551724;AO=13;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00434005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.147;QD=20.9447;RBI=0.0144557;REFB=-0.0289443;REVB=0.0137888;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191108;STB=0.504581;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0313031;OID=.;OPOS=228548197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:13:16:0.551724:10:3:5:7:10:6:5:8 chr1 228550426 . C T 643.09 PASS AF=0.466216;AO=64;DP=142;FAO=69;FDP=148;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=58;FWDB=-0.0136897;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=71.9904;QD=17.3807;RBI=0.0156477;REFB=-0.0371282;REVB=0.00757921;RO=78;SAF=23;SAR=41;SRF=22;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853419;STB=0.579773;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.028147;OID=.;OPOS=228550426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:148:78:79:64:69:0.466216:41:23:22:56:41:28:21:58 chr1 228558891 . CCG CCC,CC,C 265.85 PASS AF=0,0.925926,0;AO=2,15,4;DP=27;FAO=0,25,0;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=0,11,0;FSAR=0,14,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.341378,0.243145,-0.0877597;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=8.45323,21.3649,7.4799;QD=39.3845;RBI=0.343098,0.243203,0.0930702;REFB=-0.0752219,-0.0148512,0.0551425;REVB=0.0343112,0.00530979,-0.0309886;RO=5;SAF=0,3,4;SAR=2,12,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.384615,0.416667;SSSB=-0.64233,-0.234373,0.700982;STB=0.5,0.533307,0.5;STBP=1,0.306,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0111398,0;OID=.,.,.;OPOS=228558893,228558893,228558892;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.925926,0:2,15,4:27:0,25,0:27:2:0,11,0:0,14,0:0:2:9:5:0,3,4:2,12,0:3:2 chr1 228559994 . C T 201.85 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0306881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.072;QD=9.96798;RBI=0.0317195;REFB=-0.00566273;REVB=0.00802271;RO=54;SAF=11;SAR=15;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193688;STB=0.618467;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0133431;OID=.;OPOS=228559994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:55:26:26:0.320988:15:11:32:22:15:11:33:22 chr1 228560139 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.461;QD=51.1846;RBI=0.0177201;REFB=0;REVB=0.0158138;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160802;OID=.;OPOS=228560139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr1 228560700 . T C 3048.4 PASS AF=0.990099;AO=200;DP=203;FAO=200;FDP=202;FR=.;FRO=2;FSAF=108;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00627728;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0879;QD=60.3643;RBI=0.0700134;REFB=-0.0317448;REVB=-0.0697315;RO=2;SAF=108;SAR=92;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000759153;STB=0.500399;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=5.11158e-05;OID=.;OPOS=228560700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:203:202:2:2:200:200:0.990099:92:108:1:1:92:108:1:1 chr1 228564884 . G A 374.24 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.010284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.463;QD=18.0355;RBI=0.0257717;REFB=-0.0408439;REVB=0.0236309;RO=43;SAF=25;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05963;STB=0.528387;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0379169;OID=.;OPOS=228564884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:14:25:25:18:14:25:26:18 chr1 228602660 . G C 564.62 PASS AF=0.508772;AO=57;DP=113;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.00638228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.761;QD=19.8111;RBI=0.00706122;REFB=-0.0178764;REVB=-0.00302115;RO=56;SAF=26;SAR=31;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904783;STB=0.545664;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.014151;OID=.;OPOS=228602660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:56:56:57:58:0.508772:31:26:20:36:32:26:20:36 chr1 228612838 . G T 180.92 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00437856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.096;QD=12.9225;RBI=0.00563318;REFB=0.0100784;REVB=0.00354414;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09314;STB=0.553523;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0175524;OID=.;OPOS=228612838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:11:11:14:20:11:11:14:20 chr1 228680869 . C G 216.43 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0673228;FXX=0.0338926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.896;QD=15.188;RBI=0.0688557;REFB=-0.0189118;REVB=-0.0144481;RO=32;SAF=16;SAR=9;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160006;STB=0.509084;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0293969;OID=.;OPOS=228680869;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:32:32:25:25:0.438596:9:16:20:12:9:16:20:12 chr1 228699477 . T C 195.43 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0376764;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2853;QD=16.9939;RBI=0.0446424;REFB=-0.0104978;REVB=-0.0239465;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562407;STB=0.532079;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0184783;OID=.;OPOS=228699477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:8:12:17:9:8:12:17:9 chr1 228743499 . C A 1139.51 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=82;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0698801;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1796;QD=56.9753;RBI=0.0866479;REFB=-0.149523;REVB=0.051231;RO=3;SAF=54;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255682;STB=0.51351;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00307294;OID=.;OPOS=228743499;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:80:3:3:77:77:0.9625:23:54:3:0:23:54:3:0 chr1 228783671 . C T 253.38 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00363772;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2306;QD=12.8293;RBI=0.00974752;REFB=0.00238683;REVB=-0.00904329;RO=50;SAF=19;SAR=11;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17002;STB=0.591122;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0118753;OID=.;OPOS=228783671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:50:49:30:30:0.379747:11:19:24:26:11:19:24:25 chr1 229386237 . T A 255.16 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0110569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.865;QD=22.1875;RBI=0.0130929;REFB=-0.0254145;REVB=0.00701209;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139454;STB=0.565164;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0374242;OID=.;OPOS=229386237;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:24:24:0.521739:12:12:7:14:12:12:8:14 chr1 229460246 . A T 330.75 PASS AF=0.439024;AO=35;DP=81;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0283414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.801;QD=16.1339;RBI=0.0424239;REFB=-0.0188249;REVB=-0.0315682;RO=46;SAF=19;SAR=16;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000629943;STB=0.508839;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0248912;OID=.;OPOS=229460246;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:46:46:35:36:0.439024:16:19:25:21:17:19:25:21 chr1 229461024 . C T 291.54 PASS AF=0.445946;AO=31;DP=71;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00120129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.584;QD=15.7589;RBI=0.0176194;REFB=0.00698845;REVB=0.0175784;RO=39;SAF=18;SAR=13;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062008;STB=0.536138;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00526992;OID=.;OPOS=229461024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:39:41:31:33:0.445946:13:18:25:14:15:18:25:16 chr1 229596415 . CA C 31.51 PASS AF=0.3125;AO=18;DP=49;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.128522;FXX=0.020404;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.07174;QD=2.62552;RBI=0.271403;REFB=-0.0954389;REVB=0.239043;RO=25;SAF=15;SAR=3;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.393701;SSSB=0.388781;STB=0.66642;STBP=0.167;TYPE=del;VARB=0.0821935;OID=.;OPOS=229596416;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:18:49:15:48:33:12:3:20:13:31:25:15:3:13:12 chr1 229622162 . A G 201.88 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.101644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3083;QD=21.2502;RBI=0.114681;REFB=-0.0155939;REVB=0.053107;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888256;STB=0.54995;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.019809;OID=.;OPOS=229622162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:9:11:8:10:9:11:8:10 chr1 229623338 . T C 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0103306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.769;QD=12.275;RBI=0.0264484;REFB=-0.0102264;REVB=-0.0243474;RO=32;SAF=12;SAR=5;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609495;STB=0.535674;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0137864;OID=.;OPOS=229623338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:5:12:24:8:5:12:24:8 chr1 229631734 . T C 275.1 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0168941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1856;QD=15.4985;RBI=0.042874;REFB=-0.0181303;REVB=0.0394052;RO=40;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211615;STB=0.618627;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0188939;OID=.;OPOS=229631734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:16:15:11:29:16:15:11:29 chr1 229635521 . A G 257.14 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0157209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4268;QD=16.0713;RBI=0.026997;REFB=-0.00306017;REVB=0.0219475;RO=35;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720445;STB=0.540513;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00296204;OID=.;OPOS=229635521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:17:12:12:23:17:12:12:23 chr1 229652698 . G T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0134352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.525;QD=11.6341;RBI=0.0184481;REFB=-0.00819147;REVB=-0.0126423;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129195;STB=0.576773;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0112848;OID=.;OPOS=229652698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:10:6:5:5:10:6 chr1 229663064 . GAGGAA G 159.64 PASS AF=0.882353;AO=14;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0256092;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=5;MLLD=208.623;QD=37.5615;RBI=0.036665;REFB=-0.0564792;REVB=0.0262391;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52171;STBP=0.785;TYPE=del;VARB=0.00965592;OID=.;OPOS=229663065;OREF=AGGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353:14:17:15:17:2:5:10:1:1:10:0:5:9:0:0 chr1 229683264 . G A 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.019059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.825;QD=14.1959;RBI=0.019629;REFB=-0.0138642;REVB=-0.00469593;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175009;STB=0.509991;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0134418;OID=.;OPOS=229683264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:14:9:12:20:14:9:12:20 chr1 229730452 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0300358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.444;QD=10.6346;RBI=0.033886;REFB=-0.0225022;REVB=-0.0156878;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104179;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.030167;OID=.;OPOS=229730452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:8:5:3:5:8:5 chr1 229737680 . C T 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0193624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.418;QD=21.227;RBI=0.0198212;REFB=-0.0298249;REVB=0.00424018;RO=24;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371465;STB=0.520625;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0220366;OID=.;OPOS=229737680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:12:17:13:11:12:17:13:11 chr1 229738170 . T G 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.192;QD=62.465;RBI=0.0195892;REFB=0;REVB=-0.0158432;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50938e-06;OID=.;OPOS=229738170;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:36:51:0:0:36:51:0:0 chr1 229738235 . C CA 1056.6 PASS AF=1;AO=9;DP=75;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815101;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=114.918;QD=58.7;RBI=0.0855774;REFB=0;REVB=-0.0260691;RO=64;SAF=3;SAR=6;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202407;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.2098e-05;OID=.;OPOS=229738236;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:75:72:72:0:35:37:0:0:6:64:3:6:32:32 chr1 229738236 . G A 792.28 PASS AF=0.861111;AO=60;DP=70;FAO=62;FDP=72;FR=.;FRO=10;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00306955;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=121.365;QD=44.0154;RBI=0.0133901;REFB=-0.136399;REVB=-0.0130335;RO=10;SAF=29;SAR=31;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223703;STB=0.513884;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00120341;OID=.;OPOS=229738236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:70:72:10:10:60:62:0.861111:31:29:4:6:31:31:4:6 chr1 229772693 . T G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.168;QD=43.4841;RBI=0.0555457;REFB=0;REVB=0.0384893;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472731;OID=.;OPOS=229772693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr1 229772932 . A G 433.7 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00507555;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.773;QD=23.4432;RBI=0.00541826;REFB=-0.0139145;REVB=0.0018964;RO=32;SAF=9;SAR=33;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10647;STB=0.558794;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00833599;OID=.;OPOS=229772932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:33:9:10:22:33:9:10:22 chr1 229773441 . C T 369.51 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0261367;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9959;QD=13.5599;RBI=0.0261367;REFB=-0.00607662;REVB=1.61979e-05;RO=64;SAF=17;SAR=27;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888961;STB=0.555482;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0141785;OID=.;OPOS=229773441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:64:65:44:44:0.40367:27:17:30:34:27:17:31:34 chr1 229790048 . A G 2493.68 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0014488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8064;QD=60.8214;RBI=0.0702197;REFB=0.0391105;REVB=-0.0702047;RO=1;SAF=98;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726434;STB=0.503816;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00226505;OID=.;OPOS=229790048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:1:1:163:163:0.993902:65:98:0:1:65:98:0:1 chr1 230417557 . T C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00259278;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.348;QD=18.6371;RBI=0.0252966;REFB=0.00546019;REVB=0.0251634;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172481;STB=0.597446;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00456726;OID=.;OPOS=230417557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:7:9:12:4:7:9:12:4 chr1 230417560 . A G 149.72 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0529039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0023;QD=19.3181;RBI=0.0532254;REFB=-0.0195778;REVB=-0.00584084;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151806;STB=0.585672;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.043651;OID=.;OPOS=230417560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:11:4:7:9:11:4 chr1 230498061 . C T 116.72 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0248543;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.172;QD=8.48886;RBI=0.0266116;REFB=-0.00618363;REVB=0.00950999;RO=39;SAF=3;SAR=13;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420011;STB=0.756614;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0140733;OID=.;OPOS=230498061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:39:39:16:16:0.290909:13:3:20:19:13:3:20:19 chr1 230498094 . A C 79.73 PASS AF=0.244444;AO=10;DP=44;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0451004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7354;QD=7.08688;RBI=0.0462086;REFB=-0.0232741;REVB=0.010059;RO=34;SAF=2;SAR=8;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360178;STB=0.7495;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0741005;OID=.;OPOS=230498094;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:45:34:34:10:11:0.244444:8:2:16:18:9:2:16:18 chr1 230829139 . A G 658.68 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0136444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5459;QD=56.0579;RBI=0.0596887;REFB=-0.115243;REVB=0.0581083;RO=3;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477192;STB=0.525412;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.033365;OID=.;OPOS=230829139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:47:47:3:3:44:44:0.93617:28:16:0:3:28:16:0:3 chr1 230841687 . T C 1388.12 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7965;QD=62.3875;RBI=0.0387364;REFB=0;REVB=-0.0385669;RO=0;SAF=32;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150978;OID=.;OPOS=230841687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:56:32:0:0:57:32:0:0 chr1 230845794 . A G 757.44 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213401;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.591;QD=57.1649;RBI=0.0231791;REFB=0;REVB=-0.00904817;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21866e-05;OID=.;OPOS=230845794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:54:53:1:22:32:0:0:22:31:0:0 chr1 230910339 . G A 404.39 PASS AF=0.488095;AO=42;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00828504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.439;QD=19.2566;RBI=0.0161748;REFB=-0.0124348;REVB=-0.0138919;RO=40;SAF=22;SAR=20;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112256;STB=0.535194;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0155854;OID=.;OPOS=230910339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:43:42:41:0.488095:20:22:26:14:19:22:26:17 chr1 230974609 . C T 521.25 PASS AF=0.510204;AO=48;DP=96;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.000564339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.708;QD=21.2753;RBI=0.00138454;REFB=0.000160476;REVB=-0.00126431;RO=48;SAF=33;SAR=15;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216682;STB=0.519131;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.000108174;OID=.;OPOS=230974609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:48:48:48:50:0.510204:15:33:32:16:15:35:32:16 chr1 231042732 . T A 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00273326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.281;QD=13.5806;RBI=0.012152;REFB=-0.0203951;REVB=0.0118406;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693722;STB=0.540422;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0305282;OID=.;OPOS=231042732;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:9:8:15:13:9:8:15:13 chr1 231057247 . A T 420.05 PASS AF=0.481928;AO=32;DP=78;FAO=40;FDP=83;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=38;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0118457;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1079;QD=20.2433;RBI=0.0120754;REFB=-0.0105366;REVB=-0.00234432;RO=27;SAF=9;SAR=23;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153389;STB=0.582546;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0194327;OID=.;OPOS=231057247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:83:27:38:32:40:0.481928:23:9:12:15:29:11:16:22 chr1 231339713 . C T 1977.67 PASS AF=0.517426;AO=193;DP=375;FAO=193;FDP=373;FR=.;FRO=180;FSAF=107;FSAR=86;FSRF=90;FSRR=90;FWDB=0.00624014;FXX=0.00533319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.258;QD=21.2083;RBI=0.0149791;REFB=-0.0119632;REVB=0.0136174;RO=177;SAF=107;SAR=86;SRF=87;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554011;STB=0.526413;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.011016;OID=.;OPOS=231339713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:373:177:180:193:193:0.517426:86:107:87:90:86:107:90:90 chr1 231355918 . CG GT 217.9 PASS AF=0.435484;AO=18;DP=63;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0193786;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=2;MLLD=286.309;QD=14.0581;RBI=0.0251973;REFB=-0.0193364;REVB=0.0161051;RO=33;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781493;STB=0.518505;STBP=0.836;TYPE=mnp;VARB=0.0268569;OID=.;OPOS=231355918;OREF=CG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:33:35:18:27:0.435484:8:10:16:17:14:13:18:17 chr1 231355986 . G T 203.25 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0136128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.231;QD=14.2633;RBI=0.0210915;REFB=-0.00675741;REVB=0.0161103;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162079;STB=0.59176;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0146434;OID=.;OPOS=231355986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:33:24:24:0.421053:14:10:18:13:14:10:19:14 chr1 231401902 . G A 442.69 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00203627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.682;QD=20.1223;RBI=0.0084602;REFB=-0.00428552;REVB=-0.00821149;RO=44;SAF=14;SAR=30;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309638;STB=0.671796;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00635892;OID=.;OPOS=231401902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:30:14:29:15:30:14:29:15 chr1 231488524 . C T 262.83 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0305651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4424;QD=12.6666;RBI=0.0411331;REFB=-0.019187;REVB=-0.0275266;RO=51;SAF=16;SAR=15;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165392;STB=0.5868;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0193269;OID=.;OPOS=231488524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:52:31:31:0.373494:15:16:34:17:15:16:34:18 chr1 232002332 . C G 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00831883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.489;QD=21.9711;RBI=0.0143609;REFB=-0.00996921;REVB=0.0117061;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317187;STB=0.51779;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00687893;OID=.;OPOS=232002332;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:9:11:10:7:9:11:10:7 chr1 232534957 . T C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.98;QD=57.5442;RBI=0.049393;REFB=0;REVB=0.0391928;RO=0;SAF=16;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87965e-05;OID=.;OPOS=232534957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:42:16:0:0:42:16:0:0 chr1 232539219 . C T 546.87 PASS AF=0.56044;AO=50;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0058866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9042;QD=24.038;RBI=0.0203612;REFB=-0.0366252;REVB=-0.0194917;RO=40;SAF=34;SAR=16;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23551;STB=0.631716;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0256595;OID=.;OPOS=232539219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:40:50:51:0.56044:16:34:16:24:16:35:16:24 chr1 232650750 . A G 1194.57 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951746;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.843;QD=61.2599;RBI=0.00964366;REFB=0;REVB=0.00155501;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92041e-05;OID=.;OPOS=232650750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr1 232940863 . G A 369.41 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0502686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.852;QD=16.9842;RBI=0.0506382;REFB=-0.0298558;REVB=-0.00610624;RO=46;SAF=13;SAR=26;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387732;STB=0.537795;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0261227;OID=.;OPOS=232940863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:46:48:39:39:0.448276:26:13:17:29:26:13:19:29 chr1 232940953 . T C 527.82 PASS AF=0.555556;AO=48;DP=87;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00386708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.172;QD=23.4587;RBI=0.00878964;REFB=-0.0296106;REVB=0.00789326;RO=39;SAF=16;SAR=32;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196014;STB=0.608241;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0244089;OID=.;OPOS=232940953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:39:40:48:50:0.555556:32:16:22:17:34:16:22:18 chr1 232941677 . G T 480.14 PASS AF=0.581395;AO=42;DP=78;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.00553621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.9267;QD=22.3319;RBI=0.113821;REFB=-0.0464084;REVB=0.113686;RO=34;SAF=27;SAR=15;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841857;STB=0.554434;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0439543;OID=.;OPOS=232941677;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:86:34:36:42:50:0.581395:15:27:25:9:20:30:26:10 chr1 232942251 . A G 99.71 PASS AF=0.375;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00750121;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.638;QD=12.4632;RBI=0.0157131;REFB=-0.0191307;REVB=-0.013807;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153067;STB=0.608509;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0417055;OID=.;OPOS=232942251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:19:20:12:12:0.375:4:8:10:9:4:8:10:10 chr1 232942546 . A G 205.05 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0311984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.2;QD=15.7729;RBI=0.032773;REFB=0.00284114;REVB=0.0100361;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147856;STB=0.583954;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00384145;OID=.;OPOS=232942546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:10:13:12:17:10:13:12:17 chr1 232944569 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0401107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.632;QD=14.6497;RBI=0.0401562;REFB=-0.00942468;REVB=-0.00191057;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00761006;STB=0.504418;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00879852;OID=.;OPOS=232944569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:11:8:6:8:11:8 chr1 232945039 . G A 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0171383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.067;QD=14.7006;RBI=0.0171581;REFB=-0.00611103;REVB=-0.000825335;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784743;STB=0.578812;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.01239;OID=.;OPOS=232945039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:15:12:12:0.444444:8:4:5:7:8:4:7:8 chr1 232945255 . C G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0382329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8823;QD=10.0746;RBI=0.0674459;REFB=-0.0126161;REVB=-0.0555626;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149874;STB=0.590689;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.011447;OID=.;OPOS=232945255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:5:9:4:4:5:9 chr1 232967889 . T C 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.778;QD=57.7075;RBI=0.025777;REFB=0;REVB=0.0149178;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.27009e-06;OID=.;OPOS=232967889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr1 233086483 . GCC G,GC 233.48 PASS AF=0,1;AO=5,25;DP=37;FAO=0,39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412947,-0.0810531;FXX=0.0249938;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=9.64893,8.41386;QD=23.9461;RBI=0.0636498,0.123864;REFB=0,0;REVB=-0.048436,-0.0936631;RO=2;SAF=2,12;SAR=3,13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0491618,-0.00274738;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0879593,-0.0304959;OID=.,.;OPOS=233086484,233086484;OREF=CC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,25:37:0,39:39:0:0,16:0,23:0:0:5:2:2,12:3,13:1:1 chr1 233398713 . C T 648.96 PASS AF=0.555556;AO=58;DP=110;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0192877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.568;QD=22.1868;RBI=0.0194544;REFB=-0.0142921;REVB=0.00254108;RO=52;SAF=34;SAR=24;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108084;STB=0.541127;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0126546;OID=.;OPOS=233398713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:117:52:52:58:65:0.555556:24:34:24:28:29:36:24:28 chr1 233514934 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.175;QD=44.6897;RBI=0.0190301;REFB=0;REVB=0.00886341;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217815;OID=.;OPOS=233514934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr1 233514975 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.491;QD=45.8067;RBI=0.0317849;REFB=0;REVB=-0.0234191;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54986e-05;OID=.;OPOS=233514975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr1 233515071 . C T 708.47 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.371;QD=62.9749;RBI=0.0498963;REFB=0;REVB=0.0481684;RO=0;SAF=33;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248213;OID=.;OPOS=233515071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:11:33:0:0:11:34:0:0 chr1 233515102 . T G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.323;QD=59.4347;RBI=0.00306969;REFB=0;REVB=0.00260168;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8008e-06;OID=.;OPOS=233515102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr1 233759918 . T C 195.16 PASS AF=0.285714;AO=26;DP=91;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0134944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.909;QD=8.57833;RBI=0.013819;REFB=-0.00211661;REVB=0.00297733;RO=63;SAF=14;SAR=12;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175518;STB=0.522017;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0117475;OID=.;OPOS=233759918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:63:65:26:26:0.285714:12:14:33:30:12:14:33:32 chr1 233759939 . C T 187.31 PASS AF=0.320513;AO=22;DP=76;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0187539;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.314;QD=9.60542;RBI=0.0226564;REFB=0.000770703;REVB=-0.0127123;RO=54;SAF=10;SAR=12;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322096;STB=0.532761;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00173442;OID=.;OPOS=233759939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:54:53:22:25:0.320513:12:10:26:28:12:13:25:28 chr1 233767008 . T A 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00464641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.625;QD=16.4438;RBI=0.00561144;REFB=-0.00309421;REVB=0.00314628;RO=27;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137497;STB=0.578984;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00383604;OID=.;OPOS=233767008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:13:7:13:14:13:7:13:14 chr1 233767023 . A G 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0141256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8074;QD=16.0336;RBI=0.0203471;REFB=-0.00110281;REVB=-0.0146449;RO=28;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180969;STB=0.604436;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000663645;OID=.;OPOS=233767023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:14:6:13:15:14:6:13:15 chr1 233767059 . T C 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00543087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.422;QD=18.3009;RBI=0.00545313;REFB=-0.0102336;REVB=0.00049225;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297829;STB=0.669683;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.010577;OID=.;OPOS=233767059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:14:6:14:9:14:6:14:9 chr1 233785786 . A C 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.802;QD=63.3363;RBI=0.0157902;REFB=0;REVB=0.0109365;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.39207e-07;OID=.;OPOS=233785786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr1 234442257 . A T 443.19 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00291755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.551;QD=25.6923;RBI=0.0320998;REFB=0.00276583;REVB=0.0319669;RO=27;SAF=19;SAR=23;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00573401;STB=0.503134;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00205739;OID=.;OPOS=234442257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:23:19:12:15:23:19:12:15 chr1 234509259 . G C 261.71 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0636116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.575;QD=17.161;RBI=0.066204;REFB=-0.048258;REVB=0.0183447;RO=32;SAF=10;SAR=19;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924638;STB=0.552021;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.052491;OID=.;OPOS=234509259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:19:10:14:18:19:10:14:18 chr1 234509972 . A G 413.67 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0122324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.424;QD=16.3831;RBI=0.0182305;REFB=-0.00366765;REVB=0.0135173;RO=56;SAF=17;SAR=28;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141558;STB=0.579361;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00450115;OID=.;OPOS=234509972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:28:17:29:27:28:17:29:27 chr1 234529519 . C T 249.61 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.00698702;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.092;QD=11.4764;RBI=0.00699286;REFB=-0.00200532;REVB=0.000285685;RO=53;SAF=7;SAR=23;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316771;STB=0.698593;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00462137;OID=.;OPOS=234529519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:57:30:30:0.344828:23:7:26:27:23:7:29:28 chr1 234529540 . G A 159.25 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0185781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.132;QD=8.38157;RBI=0.0204974;REFB=0.00802978;REVB=0.00866007;RO=53;SAF=5;SAR=17;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360075;STB=0.722724;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0135913;OID=.;OPOS=234529540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:53:54:22:22:0.289474:17:5:27:26:17:5:28:26 chr1 234529552 . C T 83.25 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0181397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.982;QD=5.64413;RBI=0.0190386;REFB=-0.00118772;REVB=0.0057809;RO=46;SAF=3;SAR=10;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39327;STB=0.750275;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00715395;OID=.;OPOS=234529552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:46:46:13:13:0.220339:10:3:25:21:10:3:25:21 chr1 234529570 . G A 69.15 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.020854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.293;QD=6.14672;RBI=0.0208647;REFB=3.9891e-05;REVB=-0.000668713;RO=35;SAF=1;SAR=9;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539265;STB=0.856327;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.000835711;OID=.;OPOS=234529570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:9:1:17:18:9:1:17:18 chr1 234541801 . A G 191.6 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0518857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.541;QD=15.641;RBI=0.0522286;REFB=-0.00290369;REVB=0.00597528;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124427;STB=0.571359;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00485226;OID=.;OPOS=234541801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:10:10:11:18:10:10:11:18 chr1 234546245 . C T 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0340016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5919;QD=16.7556;RBI=0.0352393;REFB=0.00145193;REVB=0.00925735;RO=28;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534778;STB=0.530277;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00167025;OID=.;OPOS=234546245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:9:15:16:12:9:15:16:12 chr1 234569192 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0517722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.65;QD=12.2165;RBI=0.0623582;REFB=-0.0107998;REVB=0.0347589;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216769;STB=0.626798;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0327722;OID=.;OPOS=234569192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:18:9:8:7:18:9 chr1 234573025 . T C 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0299296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7399;QD=21.7443;RBI=0.0831299;REFB=0.00642122;REVB=0.0775552;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262645;STB=0.64691;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00410181;OID=.;OPOS=234573025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:11:8:12:4:11:8:12:4 chr1 234582651 . T C 282.01 PASS AF=0.438356;AO=31;DP=72;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00308838;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.604;QD=15.4528;RBI=0.0168157;REFB=-0.0153532;REVB=0.0165297;RO=40;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134699;STB=0.575296;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0203042;OID=.;OPOS=234582651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:40:41:31:32:0.438356:16:15:14:26:16:16:15:26 chr1 234584231 . C T 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00692327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.339;QD=21.5459;RBI=0.0224745;REFB=-0.0327336;REVB=0.0213816;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976611;STB=0.555473;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0113513;OID=.;OPOS=234584231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:4:6:10:4:4:6 chr1 234606998 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0473897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.792;QD=14.1699;RBI=0.0473965;REFB=-0.012264;REVB=-0.000807405;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155332;STB=0.590733;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00923964;OID=.;OPOS=234606998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:8:4:5:5:8:4 chr1 235040004 . G A 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0534348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.115;QD=24.3903;RBI=0.0534428;REFB=-0.0189318;REVB=0.000925656;RO=13;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117913;STB=0.555497;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00954121;OID=.;OPOS=235040004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:20:20:0.588235:15:5:5:8:15:5:5:9 chr1 235040045 . A G 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0295994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8918;QD=25.7311;RBI=0.0427932;REFB=-0.0409368;REVB=-0.0309053;RO=19;SAF=7;SAR=19;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178583;STB=0.599524;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0289656;OID=.;OPOS=235040045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:19:7:9:10:19:7:9:10 chr1 235324497 . G A 79.19 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0141246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2996;QD=15.8381;RBI=0.0671471;REFB=-0.01584;REVB=0.0656447;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266665;STB=0.655927;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0183857;OID=.;OPOS=235324497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:6:4:7:3:6:4 chr1 235652513 . T C 777.33 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0480055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1102;QD=53.6087;RBI=0.0674093;REFB=-0.024023;REVB=0.0473232;RO=2;SAF=23;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555122;STB=0.503175;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00620921;OID=.;OPOS=235652513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:57:58:2:2:55:56:0.965517:32:23:1:1:33:23:1:1 chr1 235705001 . G T 789.88 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6218;QD=55.4302;RBI=0.0331671;REFB=-0.124076;REVB=0.0121958;RO=1;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154585;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00307044;OID=.;OPOS=235705001;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:1:0:56:57:1:30:26:0:1:31:26:0:0 chr1 235715523 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.984;QD=62.6702;RBI=0.014031;REFB=0;REVB=-0.00550892;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.96643e-05;OID=.;OPOS=235715523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr1 235973750 . T C 371.72 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.000793149;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.386;QD=25.2012;RBI=0.0317066;REFB=-0.00106912;REVB=0.0316967;RO=22;SAF=23;SAR=13;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06784;STB=0.543341;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00108242;OID=.;OPOS=235973750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:23:36:36:0.610169:13:23:16:6:13:23:17:6 chr1 236141174 . T C 1153.54 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.5;QD=60.7127;RBI=0.0130431;REFB=0;REVB=0.012374;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40936e-05;OID=.;OPOS=236141174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:29:47:0:0:29:47:0:0 chr1 236144951 . A G 867.06 PASS AF=1;AO=40;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.279927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3033;QD=57.8042;RBI=0.280302;REFB=0;REVB=-0.0144974;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297876;OID=.;OPOS=236144951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:40:60:1:26:14:0:0:26:34:0:0 chr1 236175339 . T C 1018.97 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00373551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.466;QD=59.0707;RBI=0.0112094;REFB=0;REVB=0.0105687;RO=0;SAF=17;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.21173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29183e-05;OID=.;OPOS=236175339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:66:69:1:49:17:0:0:51:18:0:0 chr1 236208773 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.017;QD=57.1051;RBI=0.0104462;REFB=0;REVB=5.7854e-05;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95765e-06;OID=.;OPOS=236208773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr1 236381825 . G C 376.02 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0325147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.486;QD=21.184;RBI=0.0550531;REFB=-0.0405627;REVB=0.0444257;RO=33;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161457;STB=0.508924;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.034497;OID=.;OPOS=236381825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:20:18:15:18:20:18:15:18 chr1 236413230 . T A 255.74 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.116105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.575;QD=22.2379;RBI=0.121026;REFB=-0.0220152;REVB=0.0341602;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968126;STB=0.561745;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0263882;OID=.;OPOS=236413230;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:22:23:24:0.521739:9:14:11:11:9:15:11:11 chr1 236415347 . T C 47.87 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0192434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.132;QD=11.2642;RBI=0.0266811;REFB=-0.00175862;REVB=0.0184816;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352313;STB=0.709151;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0016904;OID=.;OPOS=236415347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:8:2:4:3:8:2 chr1 236557771 . G A 733.98 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149792;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.942;QD=61.1653;RBI=0.0453631;REFB=-0.129487;REVB=0.0428186;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000932029;OID=.;OPOS=236557771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:23:24:0:0:23:24:0:1 chr1 236557804 . G A 277.52 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0652124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0787;QD=20.5569;RBI=0.0831117;REFB=-0.0137932;REVB=-0.0515258;RO=24;SAF=16;SAR=13;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242897;STB=0.641511;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0201852;OID=.;OPOS=236557804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:25:29:29:0.537037:13:16:6:18:13:16:6:19 chr1 236702210 . A G 466.47 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0188486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2439;QD=22.4805;RBI=0.0233802;REFB=-0.0151176;REVB=-0.0138335;RO=38;SAF=22;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00923629;STB=0.505086;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00772099;OID=.;OPOS=236702210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:23:22:19:19:23:22:19:19 chr1 236706278 . G T 328.78 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0249621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.917;QD=15.472;RBI=0.0284624;REFB=-0.00030139;REVB=-0.0136749;RO=49;SAF=18;SAR=18;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729484;STB=0.541154;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000168061;OID=.;OPOS=236706278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:18:18:28:21:18:18:28:21 chr1 236706283 . G A 280.01 PASS AF=0.4;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0397912;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6044;QD=14.0006;RBI=0.0974856;REFB=-0.0209693;REVB=-0.0889949;RO=48;SAF=16;SAR=16;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658988;STB=0.549969;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0318177;OID=.;OPOS=236706283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:48:48:32:32:0.4:16:16:27:21:16:16:28:20 chr1 236706300 . T A 254.32 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0165311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.07;QD=13.042;RBI=0.0181164;REFB=-0.00196193;REVB=0.00741132;RO=48;SAF=15;SAR=15;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896871;STB=0.551248;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00354783;OID=.;OPOS=236706300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:15:15:28:20:15:15:28:20 chr1 236706780 . C T 344.35 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00389978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.243;QD=13.118;RBI=0.0153647;REFB=-0.00650186;REVB=-0.0148616;RO=64;SAF=25;SAR=16;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185155;STB=0.605163;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00864973;OID=.;OPOS=236706780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:64:41:41:0.390476:16:25:28:36:16:25:28:36 chr1 236706862 . G C 431.53 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00637017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7197;QD=14.8804;RBI=0.0125442;REFB=-0.00768086;REVB=0.0108064;RO=67;SAF=27;SAR=22;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755507;STB=0.542457;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0102605;OID=.;OPOS=236706862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:67:67:49:49:0.422414:22:27:32:35:22:27:32:35 chr1 236719135 . T C 490.01 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0116145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9607;QD=56.0012;RBI=0.0244374;REFB=-0.0213762;REVB=0.0215009;RO=1;SAF=30;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153351;STB=0.508192;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0100618;OID=.;OPOS=236719135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:4:30:1:0:4:30:1:0 chr1 236721610 . G A 54.22 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0223484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0127;QD=8.67566;RBI=0.0331943;REFB=-0.00423217;REVB=0.0245441;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107891;STB=0.56684;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0207666;OID=.;OPOS=236721610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:8:9:5:3:8:9 chr1 236721660 . T C 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00640238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.688;QD=15.1962;RBI=0.0133315;REFB=-0.0221025;REVB=0.0116935;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176619;STB=0.510193;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0244151;OID=.;OPOS=236721660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:8:10:14:12:8:10:14:12 chr1 236721731 . T C 830.8 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0795913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4853;QD=56.3256;RBI=0.0823446;REFB=0;REVB=0.0211153;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173109;OID=.;OPOS=236721731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:59:1:0:58:59:1:30:28:1:0:30:29:0:0 chr1 236723074 . G C 376.73 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=0.00126696;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9962;QD=13.9531;RBI=0.0146817;REFB=-0.0145892;REVB=0.0146269;RO=64;SAF=27;SAR=17;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012613;STB=0.507121;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0340235;OID=.;OPOS=236723074;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:64:44:44:0.407407:17:27:40:24:17:27:40:24 chr1 236723108 . C T 187.91 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.00473858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.93;QD=10.8936;RBI=0.0262579;REFB=-0.0231109;REVB=-0.0258268;RO=45;SAF=15;SAR=9;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506534;STB=0.529388;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0374365;OID=.;OPOS=236723108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:9:15:30:15:9:15:30:15 chr1 236724504 . G A 146.22 PASS AF=1;AO=7;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.037;QD=44.9905;RBI=0.0656087;REFB=0;REVB=0.045978;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000830648;OID=.;OPOS=236724504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:7:13:1:5:2:0:0:10:3:0:0 chr1 236732427 . G A 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0223441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9479;QD=17.7995;RBI=0.0244594;REFB=-0.0187604;REVB=0.00995016;RO=24;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205379;STB=0.617524;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0204292;OID=.;OPOS=236732427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:14:6:12:12:14:6:12:12 chr1 236737983 . A G 478.95 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.00560364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.469;QD=15.5755;RBI=0.00940092;REFB=-0.0170747;REVB=-0.00754828;RO=68;SAF=24;SAR=29;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475477;STB=0.526938;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0166537;OID=.;OPOS=236737983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:68:70:53:53:0.430894:29:24:34:34:29:24:35:35 chr1 236746443 . C T 353.77 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0123242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.705;QD=18.6196;RBI=0.014237;REFB=-0.0256509;REVB=-0.00712799;RO=39;SAF=22;SAR=15;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447903;STB=0.524931;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.024392;OID=.;OPOS=236746443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:15:22:25:14:15:22:25:14 chr1 236748433 . G A 371.77 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00481429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.219;QD=17.4951;RBI=0.018853;REFB=-0.0301304;REVB=-0.018228;RO=46;SAF=20;SAR=19;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114366;STB=0.563869;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0322513;OID=.;OPOS=236748433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:19:20:29:17:19:20:29:17 chr1 236748505 . T C 140.62 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0128119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.655;QD=9.37496;RBI=0.0135467;REFB=-0.0251883;REVB=0.00440103;RO=40;SAF=11;SAR=8;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337776;STB=0.512532;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0518785;OID=.;OPOS=236748505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:41:19:19:0.316667:8:11:22:18:8:11:23:18 chr1 236749626 . C T 230.63 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0292839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4553;QD=23.0625;RBI=0.0319107;REFB=-0.0237662;REVB=-0.0126786;RO=18;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11138;STB=0.562441;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0189573;OID=.;OPOS=236749626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:15:7:8:10:15:7:8:10 chr1 236749730 . C T 171.93 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0506912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0376;QD=18.0978;RBI=0.0571347;REFB=-0.0321742;REVB=-0.0263586;RO=20;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130549;STB=0.574743;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0401122;OID=.;OPOS=236749730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:13:5:8:12:13:5:8:12 chr1 236751269 . C T 105.34 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00603259;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.49;QD=30.0972;RBI=0.0600782;REFB=-0.0203691;REVB=0.0597746;RO=3;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119933;STB=0.567442;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00286493;OID=.;OPOS=236751269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:4:7:1:2:4:7:1:2 chr1 236755837 . C T 56.22 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0351611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.523;QD=11.2436;RBI=0.0412547;REFB=-0.00674473;REVB=-0.0215789;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359997;STB=0.713795;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0186503;OID=.;OPOS=236755837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:3:9:3:5:3:9 chr1 236758887 . T C 130.14 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=24;FWDB=-0.0463793;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.503;QD=12.6961;RBI=0.0501806;REFB=-0.0184596;REVB=0.0191585;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496999;STB=0.779608;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0378737;OID=.;OPOS=236758887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:26:26:15:15:0.365854:7:8:2:24:7:8:2:24 chr1 236767330 . A G 460.39 PASS AF=0.494624;AO=45;DP=92;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00412079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.578;QD=19.8015;RBI=0.00737614;REFB=-0.0182094;REVB=-0.00611772;RO=47;SAF=23;SAR=22;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387686;STB=0.52687;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0195576;OID=.;OPOS=236767330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:47:47:45:46:0.494624:22:23:26:21:23:23:26:21 chr1 236882303 . T C 636.7 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0340325;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.868;QD=50.936;RBI=0.0451593;REFB=-0.128371;REVB=0.0296843;RO=2;SAF=18;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00947167;STB=0.51785;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0014056;OID=.;OPOS=236882303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:50:50:2:3:47:47:0.94:29:18:1:1:29:18:2:1 chr1 236883421 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.466;QD=59.6792;RBI=0.0275596;REFB=0;REVB=-0.012143;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.22154e-05;OID=.;OPOS=236883421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr1 236898942 . G C 143.37 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0202427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.418;QD=9.88721;RBI=0.0226872;REFB=-0.00513928;REVB=-0.0102441;RO=37;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223754;STB=0.63144;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0117739;OID=.;OPOS=236898942;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:37:39:19:19:0.327586:7:12:16:21:7:12:17:22 chr1 236899899 . TC T 121.67 PASS AF=0.375;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0706932;FXX=0.0123442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.7672;QD=6.0837;RBI=0.153981;REFB=-0.040896;REVB=-0.136794;RO=46;SAF=11;SAR=19;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075779;STB=0.512945;STBP=0.861;TYPE=del;VARB=0.0690286;OID=.;OPOS=236899900;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:30:81:30:80:50:12:18:21:29:99:46:11:19:20:26 chr1 236910983 . G A 261.33 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00340704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7706;QD=17.1366;RBI=0.0179993;REFB=-0.00171874;REVB=0.0176739;RO=32;SAF=9;SAR=20;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245383;STB=0.638199;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00275783;OID=.;OPOS=236910983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:20:9:18:14:20:9:18:14 chr1 236926445 . T C 171.93 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0231973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.718;QD=9.29327;RBI=0.0264706;REFB=-0.0149826;REVB=0.0127506;RO=51;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00104377;STB=0.500616;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0286156;OID=.;OPOS=236926445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:23:23:0.310811:14:9:20:31:14:9:20:31 chr1 237054569 . A G 530.87 PASS AF=0.456;AO=56;DP=124;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0223977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.133;QD=16.9878;RBI=0.0270316;REFB=0.00358149;REVB=-0.0151344;RO=67;SAF=28;SAR=28;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218882;STB=0.503228;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00360941;OID=.;OPOS=237054569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:67:68:56:57:0.456:28:28:35:32:28:29:35:33 chr1 237058744 . C A 296.43 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00234424;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.721;QD=17.6975;RBI=0.0117006;REFB=-0.0332255;REVB=0.0114634;RO=35;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495286;STB=0.519988;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0499026;OID=.;OPOS=237058744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:35:31:32:0.477612:17:14:14:21:18:14:14:21 chr1 237058748 . C T 283.44 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0295476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.426;QD=17.4424;RBI=0.0504107;REFB=-0.0409473;REVB=0.0408433;RO=33;SAF=10;SAR=20;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919343;STB=0.547914;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0480839;OID=.;OPOS=237058748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:34:30:31:0.476923:20:10:14:19:20:11:15:19 chr1 237058828 . C T 99.55 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0996755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.116;QD=15.3154;RBI=0.0998832;REFB=-0.00381862;REVB=-0.00643721;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402532;STB=0.731348;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00641144;OID=.;OPOS=237058828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:4:8:3:11:4:8:3:11 chr1 237061056 . A C 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0249132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.751;QD=10.1415;RBI=0.026012;REFB=-0.00775564;REVB=0.00748032;RO=24;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438817;STB=0.745391;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0104297;OID=.;OPOS=237061056;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:24:25:12:12:0.324324:4:8:6:18:4:8:7:18 chr1 237063504 . A G 196.8 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0262391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.436;QD=18.3072;RBI=0.0505538;REFB=-0.00753879;REVB=0.0432111;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143588;STB=0.581316;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0129347;OID=.;OPOS=237063504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:8:15:10:10:8:15 chr1 237066853 . C T 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00660947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.28;QD=14.4201;RBI=0.060193;REFB=-0.0187896;REVB=-0.059829;RO=37;SAF=14;SAR=13;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133658;STB=0.575703;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0253484;OID=.;OPOS=237066853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:13:14:24:13:13:14:24:13 chr1 237433625 . C T 2317.16 PASS AF=0.993506;AO=152;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0414756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.275;QD=60.186;RBI=0.0426215;REFB=-0.0331226;REVB=-0.00981705;RO=1;SAF=58;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00813053;STB=0.504201;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000313342;OID=.;OPOS=237433625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:154:1:1:152:153:0.993506:94:58:1:0:94:59:1:0 chr1 237711797 . A G 1008.03 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5126;QD=59.2956;RBI=0.0605673;REFB=0;REVB=0.0277702;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585448;OID=.;OPOS=237711797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr1 237718431 . C A 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00445465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.459;QD=12.0147;RBI=0.0046884;REFB=-0.0042537;REVB=-0.00146192;RO=34;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148881;STB=0.586312;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0118205;OID=.;OPOS=237718431;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:9:11:14:20:9:11:14:20 chr1 237766440 . C A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00465286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.175;QD=21.1726;RBI=0.01754;REFB=-0.0225032;REVB=-0.0169116;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879115;STB=0.549917;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0172172;OID=.;OPOS=237766440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:3:5:6:6:3:5 chr1 237766753 . A G 184.15 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00265821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.299;QD=18.4153;RBI=0.0241598;REFB=-0.0287878;REVB=-0.0240132;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104911;STB=0.558841;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0339964;OID=.;OPOS=237766753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:21:18:19:0.475:11:7:10:10:12:7:10:11 chr1 237801770 . T C 1119.97 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0485083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3472;QD=58.9458;RBI=0.0659943;REFB=-0.119924;REVB=0.0447458;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00141762;OID=.;OPOS=237801770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:49:26:0:0:49:26:0:1 chr1 237814783 . C T 323.32 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0701718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4286;QD=53.8865;RBI=0.086019;REFB=0;REVB=-0.0497513;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00289137;OID=.;OPOS=237814783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr1 237863718 . T G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.203;QD=57.7123;RBI=0.0429842;REFB=0;REVB=0.0134074;RO=0;SAF=16;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.38355e-05;OID=.;OPOS=237863718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:43:16:0:0:43:16:0:0 chr1 237881770 . C T 2071.34 PASS AF=0.992537;AO=131;DP=133;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00387332;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.215;QD=61.831;RBI=0.00802066;REFB=-0.0802646;REVB=-0.00702342;RO=0;SAF=55;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03346e-08;STB=0.504504;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=7.54044e-05;OID=.;OPOS=237881770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:134:0:1:131:133:0.992537:76:55:0:0:78:55:1:0 chr1 237890437 . C T 1526.03 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118951;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.868;QD=59.8442;RBI=0.0119471;REFB=0;REVB=0.00111293;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99842e-05;OID=.;OPOS=237890437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:58:44:0:0:58:44:0:0 chr1 237997087 . A G 224.61 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0443484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.779;QD=14.2612;RBI=0.0489426;REFB=-0.0287799;REVB=-0.0207025;RO=36;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126032;STB=0.58176;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0261903;OID=.;OPOS=237997087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:26:27:0.428571:15:11:11:25:15:12:11:25 chr1 240073300 . G A 293.99 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0625165;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5518;QD=16.1087;RBI=0.0627607;REFB=-0.00618889;REVB=0.00553218;RO=38;SAF=13;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526424;STB=0.545582;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00468868;OID=.;OPOS=240073300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:38:40:33:33:0.452055:20:13:17:21:20:13:19:21 chr1 240370934 . G C 38.54 PASS AF=0.5;AO=2;DP=8;FAO=4;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0174211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.552;QD=19.2676;RBI=0.01751;REFB=0.00698896;REVB=-0.00176247;RO=2;SAF=1;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390188;STB=0.748744;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0410471;OID=.;OPOS=240370934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:8:8:2:2:2:4:0.5:1:1:2:0:3:1:2:0 chr1 240492734 . G A 402.82 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00183209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.643;QD=19.1821;RBI=0.007584;REFB=-0.0152097;REVB=-0.00735938;RO=43;SAF=17;SAR=24;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153417;STB=0.585324;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0144889;OID=.;OPOS=240492734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:24:17:25:18:24:17:25:18 chr1 240497265 . A C 1859.33 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.26;QD=61.4655;RBI=0.049084;REFB=0;REVB=-0.0186198;RO=0;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.851e-05;OID=.;OPOS=240497265;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:64:57:0:0:64:57:0:0 chr1 241712134 . C T 525.22 PASS AF=0.39726;AO=58;DP=146;FAO=58;FDP=146;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-0.0150588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.143;QD=14.3896;RBI=0.0174645;REFB=-0.00587541;REVB=-0.00884542;RO=86;SAF=29;SAR=29;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493155;STB=0.527388;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00717611;OID=.;OPOS=241712134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:86:88:58:58:0.39726:29:29:47:39:29:29:48:40 chr1 241798631 . C T 1120.28 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794873;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.17;QD=60.5558;RBI=0.0194739;REFB=0;REVB=0.0177778;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23528e-05;OID=.;OPOS=241798631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr1 241904819 . A T 397.41 PASS AF=0.519481;AO=41;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0232153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.75;QD=20.6447;RBI=0.0350524;REFB=-0.00986274;REVB=-0.0262626;RO=36;SAF=20;SAR=21;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103223;STB=0.50649;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00888533;OID=.;OPOS=241904819;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:37:41:40:0.519481:21:20:18:18:20:20:18:19 chr1 242016716 . C T 205.34 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0352379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7998;QD=14.6672;RBI=0.0802986;REFB=0.0136779;REVB=-0.0721537;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104225;STB=0.559298;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0390435;OID=.;OPOS=242016716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:13:11:18:14:13:11:18:14 chr1 242030151 . A G 556.95 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.397;QD=60.211;RBI=0.0498071;REFB=0;REVB=0.0495702;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216975;OID=.;OPOS=242030151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr1 242042301 . G A 1396.38 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.458;QD=62.7588;RBI=0.0270026;REFB=0;REVB=0.0131558;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76558e-05;OID=.;OPOS=242042301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr1 242045275 . C T 1735.66 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248788;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.088;QD=60.9002;RBI=0.0283425;REFB=0;REVB=0.0135773;RO=0;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192776;OID=.;OPOS=242045275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:114:0:0:113:114:1:54:59:0:0:54:60:0:0 chr1 242053042 . A G,T 551.75 PASS AF=0.923077,0.0512821;AO=36,2;DP=39;FAO=36,2;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17,0;FSAR=19,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274208,-0.00573898;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=204.883,19.0527;QD=56.5894;RBI=0.0431386,0.0107374;REFB=-0.00614831,0.0061841;REVB=0.0333023,-0.00907506;RO=0;SAF=17,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.514278,0.993266;STBP=0.315,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000269404,0.130022;OID=.,.;OPOS=242053042,242053042;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:39:0:1:36,2:36,2:0.923077,0.0512821:19,2:17,0:0:0:19,2:17,0:1:0 chr1 242222754 . A G 386.75 PASS AF=0.4;AO=45;DP=114;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.0314594;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.798;QD=13.452;RBI=0.0317338;REFB=-0.00154697;REVB=-0.00416388;RO=69;SAF=22;SAR=23;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096937;STB=0.560637;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00340357;OID=.;OPOS=242222754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:69:69:45:46:0.4:23:22:40:29:24:22:40:29 chr1 242253024 . T C 659.64 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00140985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.185;QD=59.967;RBI=0.00548648;REFB=-0.0979079;REVB=0.00530224;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229007;STB=0.512189;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000316856;OID=.;OPOS=242253024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:44:1:1:43:43:0.977273:20:23:0:1:20:23:0:1 chr1 242687390 . G A 225.34 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0150123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.434;QD=27.3142;RBI=0.113247;REFB=0.00194947;REVB=0.112247;RO=12;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474479;STB=0.526291;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00074305;OID=.;OPOS=242687390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:9:12:6:6:9:12:6:6 chr1 243493907 . A T 338.74 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.066108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.207;QD=15.2243;RBI=0.0665605;REFB=2.79865e-05;REVB=0.00774758;RO=51;SAF=12;SAR=25;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330032;STB=0.514395;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=6.48054e-05;OID=.;OPOS=243493907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:52:37:37:0.41573:25:12:18:33:25:12:18:34 chr1 243579112 . G A 541.51 PASS AF=0.95;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0352465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7195;QD=54.1509;RBI=0.0453018;REFB=-0.0539832;REVB=0.0284594;RO=1;SAF=19;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240105;STB=0.524987;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.016723;OID=.;OPOS=243579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:40:1:2:37:38:0.95:18:19:1:0:19:19:2:0 chr1 244219563 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.896;QD=56.9569;RBI=0.0054456;REFB=0;REVB=0.00256968;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74363e-06;OID=.;OPOS=244219563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr1 244773784 . T C 392.31 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00478675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.06;QD=50.62;RBI=0.0143081;REFB=-0.0814048;REVB=0.0134837;RO=2;SAF=12;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071485;STB=0.538435;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00323387;OID=.;OPOS=244773784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:17:12:2:0:17:12:2:0 chr1 244773803 . T C 463.44 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0467776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.17;QD=52.964;RBI=0.0486316;REFB=-0.0922409;REVB=0.0132998;RO=2;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491206;STB=0.5263;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00319308;OID=.;OPOS=244773803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:18:15:0:2:18:15:0:2 chr1 244817239 . G T 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00921836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.636;QD=16.8741;RBI=0.0250009;REFB=-0.00729047;REVB=-0.0232393;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12494;STB=0.571358;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00845201;OID=.;OPOS=244817239;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:9:11:11:15:9:11:11:15 chr1 245018909 . G A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.023064;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=344.586;QD=17.9561;RBI=0.0257324;REFB=-0.0214679;REVB=-0.011411;RO=17;SAF=2;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326871;STB=0.691071;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0202507;OID=.;OPOS=245018909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:14:2:6:11:14:2:6:11 chr1 245027349 . C T 1030.04 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0727396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4191;QD=58.0304;RBI=0.0763073;REFB=-0.0163857;REVB=0.0230601;RO=0;SAF=2;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00304685;OID=.;OPOS=245027349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:68:2:0:0:68:2:0:1 chr1 245297243 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0937513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.921;QD=14.6502;RBI=0.0957003;REFB=0.000379805;REVB=-0.0192155;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223452;STB=0.625958;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00368907;OID=.;OPOS=245297243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:13:10:7:24:13:10:7:24 chr1 245297324 . G T 210.22 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.00842488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.197;QD=11.8436;RBI=0.0347417;REFB=-0.0105253;REVB=-0.0337047;RO=45;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221757;STB=0.626577;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0241066;OID=.;OPOS=245297324;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:14:12:12:33:14:12:12:33 chr1 245850806 . G A 283.0 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0692025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5207;QD=23.1018;RBI=0.098386;REFB=-0.0285839;REVB=0.0699345;RO=22;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183204;STB=0.503309;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0288322;OID=.;OPOS=245850806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:26:26:0.530612:16:10:8:14:16:10:9:14 chr1 245861571 . C T 119.42 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.000461094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.876;QD=8.84561;RBI=0.00983401;REFB=-0.00239622;REVB=-0.00982319;RO=38;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315079;STB=0.684985;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00537922;OID=.;OPOS=245861571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:8:8:9:29:8:8:9:29 chr1 246670481 . C G 2950.11 PASS AF=0.989848;AO=193;DP=198;FAO=195;FDP=197;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0475457;FXX=0.0198995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6942;QD=59.9007;RBI=0.0481582;REFB=0.0138519;REVB=0.00765617;RO=1;SAF=97;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493492;STB=0.500026;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00161948;OID=.;OPOS=246670481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:198:197:1:2:193:195:0.989848:96:97:0:1:98:97:1:1 chr1 246714587 . G A 710.47 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00302703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.832;QD=54.6514;RBI=0.00999199;REFB=-0.139164;REVB=0.00952244;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000332616;OID=.;OPOS=246714587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:26:25:0:1:26:25:0:1 chr1 246720798 . G A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8065;QD=56.9556;RBI=0.0499048;REFB=0;REVB=-0.0440145;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023426;OID=.;OPOS=246720798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr1 246755124 . T C 225.34 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0881448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1982;QD=27.3143;RBI=0.0917677;REFB=0.00214036;REVB=0.0255304;RO=12;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809039;STB=0.544867;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00254488;OID=.;OPOS=246755124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:13:8:6:6:13:8:6:6 chr1 246829616 . T C 1677.39 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.993;QD=60.4465;RBI=0.016155;REFB=0;REVB=0.0057836;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36249e-05;OID=.;OPOS=246829616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:53:58:0:0:53:58:0:0 chr1 246922390 . A G 405.61 PASS AF=0.451613;AO=40;DP=91;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0136822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.731;QD=17.4454;RBI=0.0273675;REFB=-0.0122135;REVB=0.0237019;RO=51;SAF=21;SAR=19;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170929;STB=0.580608;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0108632;OID=.;OPOS=246922390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:51:51:40:42:0.451613:19:21:18:33:21:21:18:33 chr1 246939513 . G A 178.25 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.023909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0227;QD=15.1697;RBI=0.0998226;REFB=-0.0135384;REVB=0.096917;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245234;STB=0.641277;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0298833;OID=.;OPOS=246939513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:7:12:11:17:7:12:11:17 chr1 246939856 . G A 316.0 PASS AF=0.479452;AO=31;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0116337;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2443;QD=17.3149;RBI=0.0151157;REFB=0.0111596;REVB=-0.00965103;RO=35;SAF=8;SAR=23;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29306;STB=0.59929;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00749797;OID=.;OPOS=246939856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:38:31:35:0.479452:23:8:19:16:23:12:20:18 chr1 246942159 . G A 369.28 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00405975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.946;QD=25.0362;RBI=0.0046851;REFB=-0.00730361;REVB=0.00233851;RO=23;SAF=19;SAR=17;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267465;STB=0.514656;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00545616;OID=.;OPOS=246942159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:17:19:13:10:17:19:13:10 chr1 246942171 . G A 196.8 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0212338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0975;QD=12.9049;RBI=0.0692063;REFB=0.0223947;REVB=0.0658683;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00119715;STB=0.500687;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0337643;OID=.;OPOS=246942171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:11:13:20:17:11:13:20:17 chr1 247007232 . TAAAAAAA TAAAAAA,TAAAAAAT,TAAAAA 146.53 PASS AF=0.511628,0.0232558,0.0930233;AO=16,2,7;DP=47;FAO=22,1,4;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=4,0,0;FSAR=18,1,4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.225109,0.0273042,0.121404;FXX=0.104145;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=9.47461,145.195,14.9629;QD=13.6303;RBI=0.225356,0.0274986,0.121523;REFB=0.0223003,0.00219917,0.0142591;REVB=0.0105452,-0.00326383,0.00537786;RO=14;SAF=2,0,0;SAR=14,2,7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.47945,-0.576453,-0.76724;STB=0.646908,0.988464,0.99676;STBP=0.071,0.472,0.056;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.0189667,0.0201274,0.113039;OID=.,.,.;OPOS=247007233,247007239,247007233;OREF=A,A,AA;OALT=-,T,-;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAAT,TAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.511628,0.0232558,0.0930233:16,2,7:47:22,1,4:43:16:4,0,0:18,1,4:7:9:57:14:2,0,0:14,2,7:8:6 chr1 247024399 . T C 187.61 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0236893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5328;QD=12.7191;RBI=0.0314432;REFB=-0.00491166;REVB=0.0206759;RO=36;SAF=8;SAR=15;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250728;STB=0.644318;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0140285;OID=.;OPOS=247024399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:15:8:21:15:15:8:21:15 chr1 247150740 . T C 619.1 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0903186;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0782;QD=58.9619;RBI=0.117192;REFB=0.0240419;REVB=0.0746754;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228826;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00184812;OID=.;OPOS=247150740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:20:21:0:1:20:21:0:1 chr1 247151557 . A G 45.62 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0310235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.296;QD=26.0675;RBI=0.0327216;REFB=-0.0810053;REVB=-0.0104039;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00293524;OID=.;OPOS=247151557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:0:1:6:6:0.857143:3:3:0:0:3:3:0:1 chr1 247162658 . C T 754.89 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.292;QD=56.9729;RBI=0.0444455;REFB=0;REVB=0.00562412;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07972e-05;OID=.;OPOS=247162658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:24:27:0:0:24:29:0:0 chr1 247419509 . T C 674.25 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873949;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7251;QD=62.7205;RBI=0.0430734;REFB=0;REVB=0.0421775;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000761177;OID=.;OPOS=247419509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr1 247419664 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.695;QD=49.5992;RBI=0.0374418;REFB=0;REVB=-0.00521318;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203041;OID=.;OPOS=247419664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr1 247587477 . G A 257.8 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00922941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.049;QD=23.4362;RBI=0.0283684;REFB=-0.0142043;REVB=0.026825;RO=18;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927516;STB=0.557328;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0092605;OID=.;OPOS=247587477;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:20:24:24:0.545455:8:16:10:8:8:16:11:9 chr1 247587531 . A G 632.23 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.687;QD=61.6809;RBI=0.0640812;REFB=0;REVB=-0.00951305;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122159;OID=.;OPOS=247587531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:21:20:0:0 chr1 247588053 . C T 160.45 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0406854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.509;QD=18.337;RBI=0.0478957;REFB=-0.00802273;REVB=0.0252726;RO=18;SAF=3;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482716;STB=0.777425;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.013168;OID=.;OPOS=247588053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:14:3:12:6:14:3:12:6 chr1 247614617 . C T 769.16 PASS AF=0.920635;AO=57;DP=63;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0442675;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8903;QD=48.8355;RBI=0.0635033;REFB=-0.0739878;REVB=0.0455308;RO=5;SAF=46;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487036;STB=0.522719;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.014325;OID=.;OPOS=247614617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:63:63:5:5:57:58:0.920635:11:46:3:2:12:46:3:2 chr1 247614693 . C T 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.727;QD=59.8346;RBI=0.01864;REFB=0;REVB=0.00198803;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203531;OID=.;OPOS=247614693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:10:26:0:0:10:26:0:0 chr1 247615252 . G A 511.16 PASS AF=0.477876;AO=52;DP=112;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=14;FWDB=0.0381372;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.362;QD=18.0943;RBI=0.0400087;REFB=-0.0205885;REVB=0.0120932;RO=57;SAF=26;SAR=26;SRF=45;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275043;STB=0.637121;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00625646;OID=.;OPOS=247615252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:57:59:52:54:0.477876:26:26:45:12:27:27:45:14 chr1 247615261 . GA G 261.82 PASS AF=0.381944;AO=55;DP=143;FAO=55;FDP=144;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.106904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.4775;QD=7.27268;RBI=0.20699;REFB=-0.0143554;REVB=-0.177247;RO=83;SAF=23;SAR=32;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119793;STB=0.502146;STBP=0.97;TYPE=del;VARB=0.0222828;OID=.;OPOS=247615262;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.381944:55:143:55:144:89:27:28:44:45:99:83:23:32:44:39 chr1 247654993 . T C 1200.21 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0435105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6804;QD=59.2695;RBI=0.0447889;REFB=-0.00889899;REVB=-0.0106246;RO=1;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114068;STB=0.506023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000252067;OID=.;OPOS=247654993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:79:80:0.987654:41:38:0:1:41:39:0:1 chr1 247655275 . T C 463.36 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00106436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0814;QD=52.9558;RBI=0.00159928;REFB=-0.0184632;REVB=-0.00119367;RO=2;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825435;STB=0.504422;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00832532;OID=.;OPOS=247655275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:14:19:1:1:14:19:1:1 chr1 247690320 . C T 2027.91 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5783;QD=62.3972;RBI=0.0199466;REFB=0;REVB=-0.0075214;RO=0;SAF=56;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22939e-05;OID=.;OPOS=247690320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:73:56:0:0:74:56:0:0 chr1 247695612 . G A 976.45 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016279;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.854;QD=57.4384;RBI=0.0173129;REFB=-0.0953068;REVB=0.00589331;RO=1;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141052;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000217396;OID=.;OPOS=247695612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:33:34:0:1:33:34:0:1 chr1 247695756 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.28;QD=55.0986;RBI=0.0301074;REFB=0;REVB=0.00617105;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185411;OID=.;OPOS=247695756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr1 247752019 . G C 1031.34 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7238;QD=58.9337;RBI=0.0462958;REFB=0;REVB=0.0452846;RO=1;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108681;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281984;OID=.;OPOS=247752019;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:1:0:69:70:1:43:26:0:1:44:26:0:0 chr1 247752161 . T C 316.66 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406369;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.071;QD=55.0712;RBI=0.040946;REFB=0;REVB=0.00502183;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053684;OID=.;OPOS=247752161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:23:0:0:25:23:1:12:13:0:0:11:12:0:0 chr1 247752367 . A G 1625.83 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000593282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.146;QD=59.121;RBI=0.0131012;REFB=-0.0691965;REVB=0.0130878;RO=0;SAF=43;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75032e-08;STB=0.503759;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=8.87474e-06;OID=.;OPOS=247752367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:110:0:1:108:109:0.990909:65:43:0:0:66:43:0:1 chr1 247769752 . A G 1252.33 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.080441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.657;QD=60.3531;RBI=0.0812106;REFB=-0.125107;REVB=0.0111536;RO=1;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119881;STB=0.506328;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000846332;OID=.;OPOS=247769752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:83:1:1:82:82:0.987952:39:43:0:1:39:43:0:1 chr1 247835674 . G A 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0652553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2494;QD=61.1854;RBI=0.0653153;REFB=0.00953088;REVB=0.00279706;RO=1;SAF=17;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268575;STB=0.51428;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00158093;OID=.;OPOS=247835674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:30:17:1:0:30:17:1:0 chr1 247835908 . T A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.884;QD=57.2026;RBI=0.0256076;REFB=0;REVB=0.0240898;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93506e-05;OID=.;OPOS=247835908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr1 247836008 . G A 727.65 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.941;QD=63.2737;RBI=0.0462375;REFB=0;REVB=0.0448374;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111472;OID=.;OPOS=247836008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr1 247836207 . T A 738.97 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.225;QD=54.7382;RBI=0.0197505;REFB=0.0129209;REVB=0.0167641;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177765;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=1.34739e-06;OID=.;OPOS=247836207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:26:27:0:1:26:27:0:1 chr1 247921100 . T G 62.23 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.485;QD=35.5622;RBI=0.0343048;REFB=0;REVB=-0.0155911;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558221;OID=.;OPOS=247921100;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:3:4:0:0 chr1 247921352 . C T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.076;QD=61.334;RBI=0.0345129;REFB=0;REVB=0.0330893;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182402;OID=.;OPOS=247921352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr1 247921717 . C A 786.23 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=366.891;QD=64.1819;RBI=0.0221716;REFB=0;REVB=-0.00131726;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72539e-06;OID=.;OPOS=247921717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:35:13:0:0:35:14:0:0 chr1 247921788 . CA CAGT,GT 163.18 PASS AF=0.75,0;AO=6,5;DP=24;FAO=15,0;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=3,0;FSAR=12,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.202489,0.0377516;FXX=0.166597;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=67.2728,53.773;QD=32.6361;RBI=0.286503,0.0777102;REFB=-0.191873,-0.135799;REVB=0.202687,0.0679241;RO=3;SAF=2,0;SAR=4,5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.73361;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.110373,0.123761;OID=.,.;OPOS=247921790,247921788;OREF=-,CA;OALT=GT,GT;OMAPALT=CAGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:24:20:3:5:6,5:15,0:0.75,0:4,5:2,0:1:2:12,0:3,0:1:4 chr1 247921888 . C T 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1827;QD=61.6805;RBI=0.038232;REFB=0;REVB=-0.027187;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63778e-06;OID=.;OPOS=247921888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr1 247978319 . A G 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.349;QD=60.5464;RBI=0.0314021;REFB=0;REVB=0.0306306;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34321e-05;OID=.;OPOS=247978319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr1 247978541 . AAGG A 368.16 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150615;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=262.998;QD=47.5049;RBI=0.00586336;REFB=0;REVB=0.00566661;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.20846e-05;OID=.;OPOS=247978542;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:30:31:31:0:15:16:0:0:7:0:14:15:0:0 chr1 248004614 . G A 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0358332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.688;QD=53.9323;RBI=0.0577203;REFB=-0.0637947;REVB=0.0452506;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251989;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00329153;OID=.;OPOS=248004614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:12:18:1:0:12:18:1:0 chr1 248004686 . GC G,GG 212.01 PASS AF=0.222222,0.777778;AO=3,13;DP=17;FAO=4,14;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3,7;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485349,0.0456165;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=238.011,250.824;QD=47.113;RBI=0.0806211,0.0841066;REFB=0,0;REVB=0.0643749,0.0706616;RO=0;SAF=2,7;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0177294,-0.00475306;OID=.,.;OPOS=248004687,248004687;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.222222,0.777778:3,13:17:4,14:18:0:3,7:1,7:0:0:16:0:2,7:1,6:0:0 chr1 248004775 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.529;QD=51.9155;RBI=0.055747;REFB=0;REVB=0.0372321;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875096;OID=.;OPOS=248004775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr1 248004848 . G C 295.45 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9386;QD=51.3821;RBI=0.0496521;REFB=0;REVB=0.0129205;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00347639;OID=.;OPOS=248004848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:16:6:0:0:16:7:0:0 chr1 248004877 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.308;QD=53.2748;RBI=0.0419574;REFB=0;REVB=0.0330646;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037481;OID=.;OPOS=248004877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr1 248004884 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.195;QD=51.9167;RBI=0.0284234;REFB=0;REVB=0.026888;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258032;OID=.;OPOS=248004884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr1 248005213 . G C 392.74 PASS AF=0.967742;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00450582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.991;QD=50.6765;RBI=0.00522453;REFB=-0.0981167;REVB=0.00264449;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442673;STB=0.519987;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00222903;OID=.;OPOS=248005213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:1:1:28:30:0.967742:18:10:1:0:18:12:1:0 chr1 248020556 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.273;QD=37.4884;RBI=0.11384;REFB=0;REVB=0.113781;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000843905;OID=.;OPOS=248020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr1 248028219 . G A 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.693;QD=42.1797;RBI=0.0341378;REFB=0;REVB=0.00618114;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149171;OID=.;OPOS=248028219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr1 248039451 . C T 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00860553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.776;QD=17.4902;RBI=0.00929458;REFB=0.00675459;REVB=-0.00351199;RO=30;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588617;STB=0.532972;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00967504;OID=.;OPOS=248039451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:12:16:19:11:12:16:19:11 chr1 248039713 . A G 163.02 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0242042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9241;QD=15.9043;RBI=0.0242761;REFB=0.00362134;REVB=0.00186691;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319444;STB=0.691657;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00410347;OID=.;OPOS=248039713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:23:17:18:0.439024:5:12:9:14:5:13:9:14 chr1 248059423 . C T 1465.83 PASS AF=0.99;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348292;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.187;QD=58.6333;RBI=0.0439554;REFB=-0.120157;REVB=0.0268142;RO=1;SAF=49;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958248;STB=0.505049;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000456717;OID=.;OPOS=248059423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:100:1:1:99:99:0.99:50:49:1:0:50:49:1:0 chr1 248059456 . G A 593.54 PASS AF=0.455882;AO=62;DP=136;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0174933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4485;QD=17.4571;RBI=0.0356217;REFB=8.41604e-05;REVB=0.0310305;RO=74;SAF=33;SAR=29;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711286;STB=0.539561;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-1.65869e-05;OID=.;OPOS=248059456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:74:74:62:62:0.455882:29:33:34:40:29:33:34:40 chr1 248059476 . A C 807.9 PASS AF=0.488235;AO=83;DP=170;FAO=83;FDP=170;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=-0.0254722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3132;QD=19.0094;RBI=0.0321744;REFB=-0.0185997;REVB=-0.0196561;RO=86;SAF=46;SAR=37;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288174;STB=0.519064;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0168684;OID=.;OPOS=248059476;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:86:87:83:83:0.488235:37:46:45:41:37:46:45:42 chr1 248059703 . T A 775.08 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417685;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.165;QD=64.5903;RBI=0.0105665;REFB=0;REVB=0.00970589;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228066;OID=.;OPOS=248059703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr1 248059712 . T C 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00360713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.534;QD=61.5105;RBI=0.0221381;REFB=-0.0936116;REVB=0.0218423;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000110573;OID=.;OPOS=248059712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:24:24:1:0:24:24:1:0 chr1 248059856 . T C 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0824602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3187;QD=62.3458;RBI=0.0842935;REFB=0;REVB=0.0174843;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000904822;OID=.;OPOS=248059856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr1 248060029 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.989;QD=48.7373;RBI=0.0551283;REFB=0;REVB=0.0167874;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041538;OID=.;OPOS=248060029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr1 248060230 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378867;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.43;QD=40.7629;RBI=0.0383505;REFB=0;REVB=0.00594625;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301977;OID=.;OPOS=248060230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr1 248060265 . A C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.034654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.605;QD=12.8605;RBI=0.0820084;REFB=-0.0306925;REVB=-0.0743269;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280299;STB=0.666221;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0225928;OID=.;OPOS=248060265;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:2:6:3:4:2:6 chr1 248060279 . C T 182.84 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.032247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4055;QD=43.0215;RBI=0.0375561;REFB=-0.145475;REVB=-0.0192507;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043542;STB=0.52378;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0101777;OID=.;OPOS=248060279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:10:6:0:1:10:6:0:1 chr1 248060380 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9169;QD=57.6806;RBI=0.0252882;REFB=0;REVB=0.025054;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578431;OID=.;OPOS=248060380;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr1 248084434 . G A 1111.83 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00364316;FXX=0.0384566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.856;QD=59.2979;RBI=0.00949679;REFB=0.0271148;REVB=-0.0087702;RO=1;SAF=51;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201214;STB=0.510635;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=5.84845e-05;OID=.;OPOS=248084434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:74:74:0.986667:23:51:0:1:23:51:0:1 chr1 248084464 . T C 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000280676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.955;QD=57.0313;RBI=0.0164009;REFB=-0.0391872;REVB=0.0163985;RO=1;SAF=41;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113841;STB=0.506022;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=1.88049e-05;OID=.;OPOS=248084464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:24:41:1:0:24:41:1:0 chr1 248085108 . C T 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.13;QD=61.3333;RBI=0.0266411;REFB=0;REVB=0.0106553;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255747;OID=.;OPOS=248085108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr1 248112627 . T C 483.56 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00792096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.111;QD=19.1509;RBI=0.0106194;REFB=-0.0259225;REVB=0.0070732;RO=51;SAF=24;SAR=26;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116235;STB=0.5643;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0203544;OID=.;OPOS=248112627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:51:50:50:0.49505:26:24:31:20:26:24:31:20 chr1 248112745 . G T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00629819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.348;QD=58.9627;RBI=0.0108541;REFB=0;REVB=-0.00883991;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90466e-05;OID=.;OPOS=248112745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr1 248112762 . TG CA 889.58 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110834;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.786;QD=58.3328;RBI=0.0112127;REFB=0;REVB=0.00169759;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.18677e-05;OID=.;OPOS=248112762;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:31:29:0:0:32:29:0:0 chr1 248112771 . C T 917.83 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.219;QD=58.2747;RBI=0.0174144;REFB=0;REVB=0.0168972;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90893e-06;OID=.;OPOS=248112771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:31:29:0:0:33:30:0:0 chr1 248112809 . A G 955.08 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.354;QD=58.7741;RBI=0.00772605;REFB=0;REVB=0.00236804;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27781e-05;OID=.;OPOS=248112809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr1 248112836 . A G 834.35 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.945;QD=57.5415;RBI=0.0420668;REFB=0;REVB=0.039542;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360401;OID=.;OPOS=248112836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr1 248112915 . A G 225.13 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0136299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1791;QD=27.2885;RBI=0.0162871;REFB=0.00159791;REVB=0.00891607;RO=12;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701954;STB=0.538868;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.000638818;OID=.;OPOS=248112915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:11:10:7:5:11:10:7:5 chr1 248113026 . T A 955.74 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.178;QD=58.8145;RBI=0.0441553;REFB=0;REVB=-0.000900414;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02686e-05;OID=.;OPOS=248113026;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:35:29:0:0:35:30:0:0 chr1 248113040 . A G 1026.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3601;QD=59.4958;RBI=0.0241019;REFB=0;REVB=-0.0114876;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195873;OID=.;OPOS=248113040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr1 248128929 . G A 162.38 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0208327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.489;QD=23.1964;RBI=0.0209645;REFB=-0.023215;REVB=0.00234635;RO=11;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102808;STB=0.565136;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0175602;OID=.;OPOS=248128929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:16:17:0.607143:12:4:4:7:13:4:4:7 chr1 248129240 . G A 352.46 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0126642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7278;QD=21.0426;RBI=0.0303107;REFB=-0.0151943;REVB=0.0275383;RO=31;SAF=21;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163683;STB=0.590521;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0142857;OID=.;OPOS=248129240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:15:21:12:19:15:21:12:19 chr1 248224690 . C T 229.67 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.028966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.226;QD=11.9309;RBI=0.0289748;REFB=-0.00852271;REVB=-0.000715675;RO=49;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856368;STB=0.549261;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0165267;OID=.;OPOS=248224690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:15:13:19:30:15:13:19:30 chr1 248264018 . C T 1453.15 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.457;QD=63.1805;RBI=0.0244654;REFB=0;REVB=0.00837796;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01541e-05;OID=.;OPOS=248264018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr1 248309201 . A T 1000.66 PASS AF=0.450644;AO=105;DP=234;FAO=105;FDP=233;FR=.;FRO=128;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=70;FSRR=58;FWDB=0.000857129;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.281;QD=17.1788;RBI=0.0374611;REFB=-0.00645769;REVB=-0.0374513;RO=128;SAF=49;SAR=56;SRF=70;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793887;STB=0.543992;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00839232;OID=.;OPOS=248309201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:128:128:105:105:0.450644:56:49:70:58:56:49:70:58 chr1 248343543 . C T 1360.03 PASS AF=0.95098;AO=96;DP=102;FAO=97;FDP=102;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0199995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1958;QD=53.3347;RBI=0.0748499;REFB=-0.129651;REVB=0.0721286;RO=5;SAF=38;SAR=58;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199139;STB=0.510048;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0183133;OID=.;OPOS=248343543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:102:102:5:5:96:97:0.95098:58:38:3:2:58:39:3:2 chr1 248343945 . C G 2649.78 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1865;QD=61.983;RBI=0.0595507;REFB=0;REVB=0.0585406;RO=0;SAF=71;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110744;OID=.;OPOS=248343945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:171:0:0:166:171:1:95:71:0:0:97:74:0:0 chr1 248343990 . T C 2558.58 PASS AF=0.988166;AO=167;DP=170;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0225631;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.217;QD=60.5581;RBI=0.045218;REFB=-0.0403726;REVB=0.0391864;RO=1;SAF=81;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583927;STB=0.500177;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000435458;OID=.;OPOS=248343990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:169:1:2:167:167:0.988166:86:81:1:0:86:81:1:1 chr1 248366702 . G A 2162.62 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477978;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.338;QD=63.1423;RBI=0.0558171;REFB=0;REVB=0.0288257;RO=0;SAF=78;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015121;OID=.;OPOS=248366702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:137:0:0:137:137:1:59:78:0:0:59:78:0:0 chr1 248367014 . TG CA 567.2 PASS AF=0.36413;AO=67;DP=185;FAO=67;FDP=184;FR=.;FRO=117;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=55;FSRR=62;FWDB=-0.071344;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=2;MLLD=186.043;QD=12.3304;RBI=0.0745488;REFB=-0.0202942;REVB=0.021623;RO=110;SAF=26;SAR=41;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651454;STB=0.553576;STBP=0.282;TYPE=mnp;VARB=0.0366045;OID=.;OPOS=248367014;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:110:117:67:67:0.36413:41:26:49:61:41:26:55:62 chr1 248402758 . C T 861.91 PASS AF=0.983871;AO=50;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.979;QD=55.6071;RBI=0.0261197;REFB=-0.0421236;REVB=0.0192063;RO=1;SAF=18;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254311;STB=0.509431;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000710929;OID=.;OPOS=248402758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:50:61:0.983871:32:18:1:0:35:26:1:0 chr1 248436611 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.879;QD=53.9101;RBI=0.0359099;REFB=0;REVB=0.0247968;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51348e-05;OID=.;OPOS=248436611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr1 248436616 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00712933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.501;QD=53.9107;RBI=0.0400495;REFB=0;REVB=0.0394099;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209186;OID=.;OPOS=248436616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr1 248436805 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.018;QD=43.4862;RBI=0.00965672;REFB=0;REVB=0.00954452;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54679e-05;OID=.;OPOS=248436805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr1 248457979 . C A 1529.87 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.085;QD=63.7447;RBI=0.0376484;REFB=0;REVB=0.0357118;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30269e-05;OID=.;OPOS=248457979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:48:48:0:0:48:48:0:0 chr1 248458676 . T C 891.69 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0140434;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.83;QD=56.6155;RBI=0.0289393;REFB=-0.0772814;REVB=0.0253035;RO=1;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129354;STB=0.506847;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00152954;OID=.;OPOS=248458676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:62:62:0.984127:36:26:0:1:36:26:0:1 chr1 248458689 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.357;QD=60.0305;RBI=0.00770766;REFB=0;REVB=-0.00403979;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17949e-06;OID=.;OPOS=248458689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr1 248458717 . C G 1491.5 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.92;QD=63.4682;RBI=0.0292469;REFB=0;REVB=-0.0138595;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92905e-05;OID=.;OPOS=248458717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:48:46:0:0:48:46:0:0 chr1 248487252 . G A 810.26 PASS AF=0.466667;AO=84;DP=181;FAO=84;FDP=180;FR=.;FRO=96;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=0.00337861;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.284;QD=18.0058;RBI=0.00984057;REFB=-0.00678207;REVB=-0.00924239;RO=96;SAF=43;SAR=41;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616016;STB=0.534083;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00684407;OID=.;OPOS=248487252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:96:96:84:84:0.466667:41:43:43:53:41:43:43:53 chr1 248487300 . C T 3137.36 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00715272;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.067;QD=64.0277;RBI=0.0607673;REFB=0;REVB=0.0603449;RO=0;SAF=94;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5996e-05;OID=.;OPOS=248487300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:196:0:0:194:196:1:100:94:0:0:102:94:0:0 chr1 248487338 . C A 3220.44 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0038798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.542;QD=61.6353;RBI=0.0343527;REFB=0;REVB=0.0341329;RO=0;SAF=101;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91844e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80271e-05;OID=.;OPOS=248487338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:209:0:0:208:209:1:107:101:0:0:107:102:0:0 chr1 248487638 . A G 1948.17 PASS AF=0.984615;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0186086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.241;QD=59.9438;RBI=0.0207879;REFB=-0.125736;REVB=0.00926576;RO=2;SAF=60;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139719;STB=0.507245;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00170987;OID=.;OPOS=248487638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:130:2:2:127:128:0.984615:67:60:0:2:68:60:0:2 chr1 248487768 . A G 791.85 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0766434;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.5196;QD=53.6845;RBI=0.079938;REFB=-0.0969335;REVB=-0.0227131;RO=2;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448451;STB=0.523801;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00169034;OID=.;OPOS=248487768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:20:37:0:2:20:37:0:2 chr1 248512094 . C T 488.04 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00192955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.715;QD=16.829;RBI=0.00715809;REFB=-0.0197102;REVB=-0.00689312;RO=61;SAF=25;SAR=28;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193665;STB=0.519693;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.016404;OID=.;OPOS=248512094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:63:53:53:0.456897:28:25:30:31:28:25:32:31 chr1 248512498 . A G 369.12 PASS AF=0.62069;AO=35;DP=57;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00869936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.664;QD=25.4567;RBI=0.0131602;REFB=-0.0241931;REVB=0.00987477;RO=22;SAF=16;SAR=19;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341893;STB=0.524071;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0150643;OID=.;OPOS=248512498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:22:22:35:36:0.62069:19:16:9:13:19:17:9:13 chr1 248512637 . C T 310.64 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0357394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.741;QD=16.3493;RBI=0.0399975;REFB=-0.0237252;REVB=-0.0179582;RO=42;SAF=23;SAR=11;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205587;STB=0.616001;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0341297;OID=.;OPOS=248512637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:11:23:20:22:11:23:20:22 chr1 248512749 . G A 196.92 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0136798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.744;QD=12.9126;RBI=0.0152717;REFB=-0.0320723;REVB=0.00678886;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192069;STB=0.582022;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.038676;OID=.;OPOS=248512749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:34:37:24:24:0.393443:11:13:12:22:11:13:15:22 chr1 248512767 . G T 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.011344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5333;QD=15.1565;RBI=0.0144669;REFB=-0.000447532;REVB=0.00897805;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814413;STB=0.546182;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000751832;OID=.;OPOS=248512767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:12:13:14:18:12:13:14:18 chr1 248525100 . G A 30.59 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=26;FWDB=0.0717858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5524;QD=1.35963;RBI=0.0722775;REFB=0.0042451;REVB=-0.00841649;RO=80;SAF=3;SAR=5;SRF=55;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350752;STB=0.759765;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0384964;OID=.;OPOS=248525100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:90:80:82:8:8:0.0888889:5:3:55:25:5:3:56:26 chr1 248525135 . G A 33.45 PASS AF=0.0865385;AO=9;DP=104;FAO=9;FDP=104;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=-0.0577375;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.978;QD=1.28667;RBI=0.0638947;REFB=-0.00108913;REVB=-0.0273664;RO=86;SAF=4;SAR=5;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117331;STB=0.620793;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0214575;OID=.;OPOS=248525135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:104:104:86:95:9:9:0.0865385:5:4:47:39:5:4:55:40 chr1 248525138 . C T 38.36 PASS AF=0.0925926;AO=10;DP=108;FAO=10;FDP=108;FR=.;FRO=98;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=-0.0171799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.47;QD=1.42057;RBI=0.0335511;REFB=-0.00412117;REVB=-0.0288188;RO=98;SAF=5;SAR=5;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353762;STB=0.527722;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0258518;OID=.;OPOS=248525138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:108:108:98:98:10:10:0.0925926:5:5:52:46:5:5:52:46 chr1 248525285 . T C 63.9 PASS AF=0.135417;AO=13;DP=96;FAO=13;FDP=96;FR=.;FRO=83;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=56;FWDB=-0.0188576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.069;QD=2.66249;RBI=0.0376459;REFB=-0.00533484;REVB=0.0325822;RO=83;SAF=4;SAR=9;SRF=27;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251247;STB=0.517598;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.036081;OID=.;OPOS=248525285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:96:96:83:83:13:13:0.135417:9:4:27:56:9:4:27:56 chr1 248525290 . CG TC 73.91 PASS AF=0.150538;AO=13;DP=93;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=55;FWDB=-0.012908;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=129.472;QD=3.17912;RBI=0.0289698;REFB=-0.00441537;REVB=-0.0259352;RO=78;SAF=3;SAR=10;SRF=25;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137717;STB=0.518492;STBP=0.87;TYPE=mnp;VARB=0.0320937;OID=.;OPOS=248525290;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:93:93:78:79:13:14:0.150538:10:3:25:53:10:4:24:55 chr1 248525330 . A G 181.11 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=-0.0258304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.603;QD=9.40843;RBI=0.0263671;REFB=-0.0203209;REVB=-0.0052927;RO=53;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279758;STB=0.662217;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0561698;OID=.;OPOS=248525330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:12:12:14:39:12:12:14:39 chr1 248525647 . C A 369.66 PASS AF=0.453488;AO=38;DP=85;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0346881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.987;QD=17.1934;RBI=0.0349956;REFB=-0.0291632;REVB=0.00462845;RO=47;SAF=18;SAR=20;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553126;STB=0.510442;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0492442;OID=.;OPOS=248525647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:47:47:38:39:0.453488:20:18:22:25:20:19:22:25 chr1 248525650 . C T 353.63 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00661552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.874;QD=16.4479;RBI=0.013457;REFB=-0.0190557;REVB=0.0117186;RO=48;SAF=19;SAR=19;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206883;STB=0.511622;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0273616;OID=.;OPOS=248525650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:19:19:23:25:19:19:23:25 chr1 248525657 . G A 302.74 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0258429;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.902;QD=14.5898;RBI=0.0266076;REFB=-0.00519346;REVB=-0.0063331;RO=47;SAF=14;SAR=19;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460704;STB=0.528891;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0095873;OID=.;OPOS=248525657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:47:49:33:34:0.409639:19:14:22:25:19:15:24:25 chr1 248525780 . C T 247.53 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=42;FWDB=0.0221009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.766;QD=11.5131;RBI=0.0265973;REFB=-0.012104;REVB=-0.0147976;RO=56;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31726;STB=0.680744;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0239747;OID=.;OPOS=248525780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:14:16:14:42:14:16:14:42 chr1 248550970 . A G 247.17 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00653105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4684;QD=16.2079;RBI=0.0176086;REFB=-0.00507702;REVB=0.0163526;RO=33;SAF=19;SAR=9;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27749;STB=0.656621;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00296632;OID=.;OPOS=248550970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:9:19:13:20:9:19:13:20 chr1 248550976 . T G 260.53 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0259798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.093;QD=16.8083;RBI=0.0260973;REFB=-0.0156635;REVB=0.00247405;RO=33;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176039;STB=0.605308;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0178073;OID=.;OPOS=248550976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:33:33:28:29:0.467742:11:17:14:19:11:18:14:19 chr1 248551203 . T C 249.37 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.164592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.606;QD=33.2488;RBI=0.164864;REFB=0.00871365;REVB=-0.00945711;RO=8;SAF=7;SAR=15;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388349;STB=0.521258;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=2.63577e-05;OID=.;OPOS=248551203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:15:7:2:6:15:7:2:6 chr1 248551560 . C T 253.35 PASS AF=0.379747;AO=31;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00998526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1577;QD=12.8279;RBI=0.0382449;REFB=-0.00467696;REVB=0.0369184;RO=48;SAF=12;SAR=19;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144197;STB=0.569184;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.012357;OID=.;OPOS=248551560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:49:31:30:0.379747:19:12:25:23:18:12:25:24 chr1 248551636 . T G 375.41 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=119;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.00772047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.316;QD=12.619;RBI=0.0139668;REFB=-0.0247692;REVB=-0.011639;RO=74;SAF=21;SAR=24;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512105;STB=0.529135;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0399628;OID=.;OPOS=248551636;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:74:74:45:45:0.378151:24:21:38:36:24:21:38:36 chr1 248616401 . G A 1203.7 PASS AF=0.473684;AO=123;DP=263;FAO=126;FDP=266;FR=.;FRO=140;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=67;FSRR=73;FWDB=0.00351137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.363;QD=18.1008;RBI=0.00735153;REFB=-0.0110725;REVB=0.00645874;RO=138;SAF=58;SAR=65;SRF=65;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000509909;STB=0.505448;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0117595;OID=.;OPOS=248616401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:266:138:140:123:126:0.473684:65:58:65:73:67:59:67:73 chr1 248616408 . C T 1212.7 PASS AF=0.473684;AO=126;DP=266;FAO=126;FDP=266;FR=.;FRO=140;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=68;FSRR=72;FWDB=0.0171777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4203;QD=18.236;RBI=0.0328271;REFB=0.00211882;REVB=-0.027974;RO=140;SAF=59;SAR=67;SRF=68;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167175;STB=0.509215;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00280079;OID=.;OPOS=248616408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:140:140:126:126:0.473684:67:59:68:72:67:59:68:72 chr1 248637046 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0309702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.992;QD=16.1988;RBI=0.0359106;REFB=-0.0270811;REVB=0.0181773;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0154531;OID=.;OPOS=248637046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:2:1:2:3:2:1 chr1 248637362 . C T 400.23 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0358266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7636;QD=53.3644;RBI=0.0656321;REFB=-0.076316;REVB=0.0549911;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518506;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00224682;OID=.;OPOS=248637362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:13:16:0:0:13:16:0:1 chr1 248637416 . GC CT 604.8 PASS AF=0.806452;AO=49;DP=62;FAO=50;FDP=62;FR=.;FRO=12;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0334881;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.263;QD=39.0191;RBI=0.0334983;REFB=-0.0252372;REVB=0.000827011;RO=12;SAF=27;SAR=22;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188642;STB=0.507779;STBP=0.834;TYPE=mnp;VARB=0.00569907;OID=.;OPOS=248637416;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:12:12:49:50:0.806452:22:27:6:6:23:27:6:6 chr1 248637480 . A G 334.47 PASS AF=0.304965;AO=43;DP=142;FAO=43;FDP=141;FR=.;FRO=98;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=65;FSRR=33;FWDB=0.00743335;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7372;QD=9.48844;RBI=0.00956186;REFB=-0.00479238;REVB=0.00601452;RO=96;SAF=19;SAR=24;SRF=63;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250653;STB=0.650467;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0140392;OID=.;OPOS=248637480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:96:98:43:43:0.304965:24:19:63:33:24:19:65:33 chr1 248637543 . C T 403.19 PASS AF=0.33121;AO=52;DP=158;FAO=52;FDP=157;FR=.;FRO=105;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=69;FSRR=36;FWDB=0.00416094;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.276;QD=10.2723;RBI=0.0320127;REFB=-0.0157965;REVB=0.0317412;RO=104;SAF=31;SAR=21;SRF=68;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706186;STB=0.54304;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0226339;OID=.;OPOS=248637543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:104:105:52:52:0.33121:21:31:68:36:21:31:69:36 chr1 248685253 . T C 941.1 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582329;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.82;QD=58.8186;RBI=0.0301214;REFB=0;REVB=0.0295532;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38941e-05;OID=.;OPOS=248685253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr1 248685295 . C T 289.12 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00429591;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.398;QD=21.0268;RBI=0.00665776;REFB=-0.012437;REVB=-0.00508634;RO=25;SAF=18;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999999;STB=0.555518;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0139294;OID=.;OPOS=248685295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:25:25:30:30:0.545455:12:18:12:13:12:18:12:13 chr1 248685719 . A T 295.59 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0150901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.148;QD=20.3852;RBI=0.0151748;REFB=-0.00838834;REVB=-0.00160129;RO=27;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00200484;STB=0.501113;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00775356;OID=.;OPOS=248685719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:15:16:14:13:15:16:14:13 chr1 248722611 . C G 101.69 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.804;QD=40.6742;RBI=0.0404999;REFB=0;REVB=0.0146625;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000932055;OID=.;OPOS=248722611;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:6:4:0:0 chr1 248722621 . G A 74.5 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00793152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.629;QD=22.9242;RBI=0.0501475;REFB=-0.0149032;REVB=0.0495163;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321495;STB=0.685824;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00717434;OID=.;OPOS=248722621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:7:2:3:1:7:2:3:1 chr1 248722624 . C T 86.83 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00886971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.207;QD=24.808;RBI=0.0110093;REFB=0.0256858;REVB=0.0065217;RO=4;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329371;STB=0.689234;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0017932;OID=.;OPOS=248722624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:8:2:3:1:8:2:3:1 chr1 248722659 . C T 128.71 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.029509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8409;QD=19.8011;RBI=0.136788;REFB=-0.0227248;REVB=0.133567;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228296;STB=0.636185;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0211409;OID=.;OPOS=248722659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:11:11:14:15:0.576923:8:6:8:3:9:6:8:3 chr1 248722671 . T A,G 374.23 PASS AF=0.896552,0.0689655;AO=26,2;DP=29;FAO=26,2;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15,2;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00723803,-0.0119248;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=162.637,79.7778;QD=51.6173;RBI=0.0374373,0.021238;REFB=-0.135305,-0.0354818;REVB=0.036731,-0.0175742;RO=1;SAF=15,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0403563,0.697199;STB=0.521722,0.993266;STBP=0.298,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=0.00215922,0.0245369;OID=.,.;OPOS=248722671,248722671;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:1:1:26,2:26,2:0.896552,0.0689655:11,0:15,2:0:1:11,0:15,2:0:1 chr1 248722739 . G C 87.16 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0301756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5769;QD=6.2256;RBI=0.0303455;REFB=-0.00241074;REVB=-0.00320725;RO=43;SAF=11;SAR=2;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476446;STB=0.804368;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00650255;OID=.;OPOS=248722739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:2:11:21:22:2:11:21:22 chr1 248722752 . A G 82.99 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0772248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3427;QD=5.72375;RBI=0.0808242;REFB=-0.0328924;REVB=-0.0238513;RO=40;SAF=11;SAR=2;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526767;STB=0.805941;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.118981;OID=.;OPOS=248722752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:53:58:40:45:13:13:0.224138:2:11:17:23:2:11:22:23 chr1 248722756 . T A 80.25 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0334767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.238;QD=5.17738;RBI=0.0354449;REFB=-0.00217724;REVB=-0.0116469;RO=49;SAF=11;SAR=2;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439778;STB=0.787473;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0124666;OID=.;OPOS=248722756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:2:11:26:23:2:11:26:23 chr1 248722767 . T C 84.42 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0171878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.833;QD=5.82201;RBI=0.0182282;REFB=-0.00578014;REVB=0.00607004;RO=45;SAF=11;SAR=2;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416784;STB=0.77023;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0517106;OID=.;OPOS=248722767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:45:45:13:13:0.224138:2:11:25:20:2:11:25:20 chr1 248722777 . T A 594.54 PASS AF=0.842105;AO=48;DP=57;FAO=48;FDP=57;FR=.;FRO=9;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0112534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1067;QD=41.7221;RBI=0.013367;REFB=0.00714307;REVB=0.00721372;RO=9;SAF=32;SAR=16;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106223;STB=0.556938;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00151048;OID=.;OPOS=248722777;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:9:9:48:48:0.842105:16:32:3:6:16:32:3:6 chr1 248722788 . G T 87.14 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0282174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1552;QD=6.22442;RBI=0.0282281;REFB=-0.00911653;REVB=-0.00077543;RO=41;SAF=11;SAR=2;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433615;STB=0.780162;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0281333;OID=.;OPOS=248722788;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:41:43:13:13:0.232143:2:11:22:19:2:11:23:20 chr1 248737259 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0738155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8264;QD=33.4283;RBI=0.0738155;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00625717;OID=.;OPOS=248737259;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr1 248737293 . GC AG 171.79 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.148904;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=141.211;QD=15.6178;RBI=0.149537;REFB=-0.095622;REVB=0.0137474;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131879;STB=0.5733;STBP=0.314;TYPE=mnp;VARB=0.147299;OID=.;OPOS=248737293;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:13:11:6:14:13:11:6:14 chr1 248737319 . G A 216.62 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00724561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1446;QD=13.3304;RBI=0.0590648;REFB=-0.00264517;REVB=0.0586187;RO=39;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213409;STB=0.621406;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00607396;OID=.;OPOS=248737319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:12:14:13:26:12:14:13:26 chr1 248737329 . C T 71.44 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=76;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0152077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9887;QD=3.76014;RBI=0.0202847;REFB=-5.14199e-05;REVB=0.0134237;RO=63;SAF=8;SAR=5;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286607;STB=0.687229;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000283345;OID=.;OPOS=248737329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:76:76:63:63:13:13:0.171053:5:8:24:39:5:8:24:39 chr1 248737343 . C T 100.72 PASS AF=0.188889;AO=17;DP=90;FAO=17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.0145221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.584;QD=4.47636;RBI=0.0362593;REFB=-0.008532;REVB=-0.0332242;RO=71;SAF=8;SAR=9;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791747;STB=0.560037;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0376186;OID=.;OPOS=248737343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:71:73:17:17:0.188889:9:8:29:42:9:8:29:44 chr1 248737348 . G A 608.31 PASS AF=0.56701;AO=55;DP=97;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.00165078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9856;QD=25.0847;RBI=0.00231924;REFB=0.00973604;REVB=0.00162905;RO=42;SAF=26;SAR=29;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130791;STB=0.571403;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00471441;OID=.;OPOS=248737348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:42:55:55:0.56701:29:26:13:29:29:26:13:29 chr1 248737454 . A G 97.64 PASS AF=0.135484;AO=21;DP=155;FAO=21;FDP=155;FR=.;FRO=134;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=72;FWDB=0.0344137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.822;QD=2.51971;RBI=0.0346287;REFB=-0.00283409;REVB=0.00385288;RO=133;SAF=12;SAR=9;SRF=62;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132017;STB=0.593319;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0263482;OID=.;OPOS=248737454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:155:155:133:134:21:21:0.135484:9:12:62:71:9:12:62:72 chr1 248737511 . A G 41.39 PASS AF=0.117647;AO=9;DP=82;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0691457;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.0078;QD=1.94788;RBI=0.0697116;REFB=0.0101665;REVB=-0.00886477;RO=73;SAF=3;SAR=6;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160754;STB=0.571285;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.0382513;OID=.;OPOS=248737511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:82:85:73:75:9:10:0.117647:6:3:34:39:6:4:36:39 chr1 248737595 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0149809;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.325;QD=11.8306;RBI=0.0176588;REFB=-0.0109226;REVB=-0.00934911;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271872;STB=0.5161;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0160328;OID=.;OPOS=248737595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:9:2:3:15:9:2:3:15 chr1 248789504 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.79;QD=53.9112;RBI=0.0318254;REFB=0;REVB=0.00802875;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211812;OID=.;OPOS=248789504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chr1 248790075 . A G 188.55 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.177;QD=47.1364;RBI=0.0881541;REFB=0;REVB=0.0872392;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877259;OID=.;OPOS=248790075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:5:10:0:0:6:10:0:0 chr1 248801592 . C T 410.1 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00656721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.729;QD=51.2618;RBI=0.0253306;REFB=-0.215143;REVB=0.0244645;RO=2;SAF=23;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422343;STB=0.522712;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00396138;OID=.;OPOS=248801592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:7:23:1:1:7:23:1:1 chr1 248801602 . T TCA 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294462;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=326.711;QD=57.6807;RBI=0.0683171;REFB=0;REVB=0.0616453;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000192672;OID=.;OPOS=248801603;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:31:31:31:0:23:8:0:0:4:0:23:8:0:0 chr1 248801610 . GC AT 421.83 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353473;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.167;QD=58.183;RBI=0.0666622;REFB=0;REVB=0.0565192;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000738694;OID=.;OPOS=248801610;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr1 248801633 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.38;QD=57.6807;RBI=0.0477552;REFB=0;REVB=0.0150624;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124966;OID=.;OPOS=248801633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:8:23:0:0:8:23:0:0 chr1 248801778 . A T 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.008;QD=27.3839;RBI=0.0412428;REFB=-0.0564377;REVB=0.0412428;RO=3;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.011889;OID=.;OPOS=248801778;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:10:0:0:3:10:0:0:3 chr1 248801897 . G A 61.11 PASS AF=0.225;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=0.0181795;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0418;QD=6.11147;RBI=0.0450032;REFB=0.0260836;REVB=0.0411679;RO=32;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281469;STB=0.66637;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.0836415;OID=.;OPOS=248801897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:41:40:32:31:9:9:0.225:6:3:5:27:6:3:5:26 chr1 248801944 . TCAGCACG T 111.56 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=19;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0358545;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=7;MLLD=265.095;QD=24.7911;RBI=0.0393363;REFB=-0.0225586;REVB=0.0161802;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161641;STB=0.599822;STBP=0.287;TYPE=del;VARB=0.0128752;OID=.;OPOS=248801945;OREF=CAGCACG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:11:19:12:18:6:3:9:3:3:38:6:3:8:3:3 chr1 248814052 . T A 370.3 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0129277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.829;QD=36.1271;RBI=0.0418723;REFB=-0.0108429;REVB=0.0398267;RO=11;SAF=15;SAR=15;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672509;STB=0.536561;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00424187;OID=.;OPOS=248814052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:11:11:30:30:0.731707:15:15:4:7:15:15:4:7 chr1 248814080 . A C 659.41 PASS AF=0.9375;AO=44;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00668832;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.453;QD=54.9507;RBI=0.0457891;REFB=-0.200285;REVB=0.045298;RO=3;SAF=21;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172786;STB=0.508376;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00129355;OID=.;OPOS=248814080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:44:45:0.9375:23:21:1:2:24:21:1:2 chr1 248814126 . G A 704.69 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.307;QD=59.9737;RBI=0.0376517;REFB=0;REVB=-0.0225003;RO=1;SAF=18;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025391;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000825208;OID=.;OPOS=248814126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:47:1:0:45:47:1:27:18:1:0:27:20:0:0 chr1 248845097 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.294;QD=40.7629;RBI=0.035583;REFB=0;REVB=0.00854822;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672899;OID=.;OPOS=248845097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr1 248845411 . G A 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.502;QD=57.1754;RBI=0.0351897;REFB=0;REVB=0.0127726;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37739e-05;OID=.;OPOS=248845411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:15:36:0:0:15:36:0:0 chr1 248845458 . C T 694.59 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00044618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6391;QD=61.7412;RBI=0.0650434;REFB=0;REVB=0.0650419;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172472;OID=.;OPOS=248845458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:18:27:0:0 chr1 248845471 . T C 708.45 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00839659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.852;QD=62.9733;RBI=0.0460776;REFB=0;REVB=0.0453061;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130812;OID=.;OPOS=248845471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr1 248845499 . A G 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.866;QD=59.4311;RBI=0.0574314;REFB=0;REVB=0.0510187;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662463;OID=.;OPOS=248845499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr1 249142169 . C T 148.02 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0210417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9578;QD=17.9412;RBI=0.021132;REFB=-0.00789617;REVB=0.00195147;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193565;STB=0.610548;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00945925;OID=.;OPOS=249142169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:6:10:7:10:6:10:7:10 chr1 249150116 . G C 395.31 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0135912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.38;QD=17.5694;RBI=0.0144412;REFB=-0.0204791;REVB=0.0048815;RO=49;SAF=20;SAR=21;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614384;STB=0.534363;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0236595;OID=.;OPOS=249150116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:21:20:27:22:21:20:27:22 chr1 249168107 . G C 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00320737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.423;QD=12.4555;RBI=0.0211812;REFB=-0.000615022;REVB=-0.0209369;RO=34;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254597;STB=0.514717;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00104749;OID=.;OPOS=249168107;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:10:11:17:17:10:11:17:17 chr1 249168516 . A G 1211.93 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2945;QD=60.5967;RBI=0.0757055;REFB=0;REVB=-0.074373;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000448649;OID=.;OPOS=249168516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:44:35:0:0:44:36:0:0 chr1 249208772 . C T 227.77 PASS AF=0.48;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.000378337;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.621;QD=18.2219;RBI=0.00976516;REFB=-0.0516014;REVB=-0.00975782;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163737;STB=0.579935;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0424758;OID=.;OPOS=249208772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:25:26:24:24:0.48:12:12:17:8:12:12:17:9 chr2 224919 . A G 344.84 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0117857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.469;QD=21.8943;RBI=0.0152914;REFB=-0.0140573;REVB=-0.00974291;RO=28;SAF=21;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194846;STB=0.607534;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0154034;OID=.;OPOS=224919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:14:21:10:18:14:21:10:18 chr2 242793 . G C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0201324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9576;QD=14.9789;RBI=0.05771;REFB=-0.0181149;REVB=0.0540845;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403938;STB=0.749464;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0254709;OID=.;OPOS=242793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:11:11:9:10:0.47619:7:2:7:4:8:2:7:4 chr2 264019 . C A 252.59 PASS AF=0.5;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.1298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.709;QD=21.0495;RBI=0.129804;REFB=-0.018139;REVB=0.00110928;RO=22;SAF=6;SAR=18;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741;STB=0.552586;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0146868;OID=.;OPOS=264019;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:24:24:24:0.5:18:6:7:15:18:6:8:16 chr2 272203 . C T 540.27 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0172546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.5;QD=18.0091;RBI=0.0299324;REFB=-0.0067598;REVB=-0.0244587;RO=63;SAF=12;SAR=45;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286453;STB=0.660518;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0103297;OID=.;OPOS=272203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:63:57:57:0.475:45:12:29:34:45:12:29:34 chr2 277003 . A G 300.21 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0533732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.107;QD=16.45;RBI=0.0540957;REFB=-0.0136298;REVB=0.0088114;RO=39;SAF=13;SAR=20;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164944;STB=0.59944;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0130989;OID=.;OPOS=277003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:40:33:33:0.452055:20:13:22:17:20:13:23:17 chr2 1079320 . C T 1338.79 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8523;QD=62.2693;RBI=0.0212793;REFB=0;REVB=-0.0170644;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61289e-05;OID=.;OPOS=1079320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr2 1099076 . TA TC,TT 1659.48 PASS AF=0.674419,0.286822;AO=48,16;DP=115;FAO=87,37;FDP=129;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=57,21;FSAR=30,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001079,0.00237331;FXX=0.00769172;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.7066,100.061;QD=51.4567;RBI=0.101321,0.0270517;REFB=0,0;REVB=0.101316,0.0269474;RO=0;SAF=40,8;SAR=8,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=7.98835e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000665749,0.0521453;OID=.,.;OPOS=1099077,1099077;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=TC,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.674419,0.286822:48,16:115:87,37:129:0:57,21:30,16:0:0:99:0:40,8:8,8:0:0 chr2 1133367 . G A 335.58 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0436489;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.168;QD=18.6431;RBI=0.0464416;REFB=-0.00737413;REVB=0.0158615;RO=36;SAF=25;SAR=11;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289927;STB=0.516149;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0117756;OID=.;OPOS=1133367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:36:36:36:36:0.5:11:25:24:12:11:25:24:12 chr2 1271230 . A G 467.5 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0322953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.874;QD=19.6843;RBI=0.0360995;REFB=-0.0424924;REVB=-0.0161305;RO=46;SAF=24;SAR=23;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483268;STB=0.526399;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0456831;OID=.;OPOS=1271230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:48:47:47:0.494737:23:24:21:25:23:24:22:26 chr2 1320143 . C T 277.71 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0358195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1396;QD=11.6928;RBI=0.0434181;REFB=-0.0101203;REVB=-0.0245377;RO=61;SAF=16;SAR=17;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078264;STB=0.509886;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0205243;OID=.;OPOS=1320143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:62:33:33:0.347368:17:16:30:31:17:16:31:31 chr2 1546327 . C G 833.64 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8143;QD=57.4926;RBI=0.0234141;REFB=0;REVB=0.0120118;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166211;OID=.;OPOS=1546327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr2 1637648 . T C 177.3 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00863535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.551;QD=12.2278;RBI=0.0200715;REFB=-0.00967413;REVB=0.018119;RO=36;SAF=7;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232941;STB=0.635053;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0144927;OID=.;OPOS=1637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:15:7:19:17:15:7:19:17 chr2 1647171 . T C 1301.54 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.104;QD=61.9779;RBI=0.0289699;REFB=0;REVB=0.024946;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90376e-06;OID=.;OPOS=1647171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:43:40:0:0:43:41:0:0 chr2 1652822 . T G 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.894;QD=62.0078;RBI=0.0331312;REFB=0;REVB=0.0207881;RO=0;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03737e-05;OID=.;OPOS=1652822;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:32:52:0:0:32:52:0:0 chr2 1664654 . A G 2050.17 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734947;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.362;QD=62.6006;RBI=0.0409472;REFB=0;REVB=0.0402822;RO=0;SAF=59;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435398;OID=.;OPOS=1664654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:129:131:1:70:59:0:0:70:61:0:0 chr2 1842968 . T C 1509.22 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.152;QD=63.5462;RBI=0.0102656;REFB=0;REVB=0.00143755;RO=0;SAF=33;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28171e-05;OID=.;OPOS=1842968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:60:33:0:0:60:35:0:0 chr2 1893133 . C T 424.82 PASS AF=0.606061;AO=39;DP=68;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0149202;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.841;QD=25.7467;RBI=0.0179628;REFB=-0.0314358;REVB=-0.0100026;RO=27;SAF=24;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747439;STB=0.535696;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0199801;OID=.;OPOS=1893133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:27:26:39:40:0.606061:15:24:14:13:15:25:14:12 chr2 1926437 . G T 710.32 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00589081;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.799;QD=54.6402;RBI=0.0262823;REFB=-0.108706;REVB=0.0256136;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165215;STB=0.508768;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000284507;OID=.;OPOS=1926437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:23:28:1:0:23:28:1:0 chr2 1946914 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.64;QD=63.582;RBI=0.048743;REFB=0;REVB=-0.00210756;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150462;OID=.;OPOS=1946914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr2 1946968 . C T 330.75 PASS AF=0.439024;AO=37;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00217724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8607;QD=16.1342;RBI=0.00268811;REFB=-0.0396047;REVB=0.00157657;RO=45;SAF=22;SAR=15;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392278;STB=0.510411;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0554363;OID=.;OPOS=1946968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:46:37:36:0.439024:15:22:25:20:15:21:26:20 chr2 3212704 . C A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00101289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.143;QD=8.6913;RBI=0.00996999;REFB=-0.0125254;REVB=-0.00991841;RO=16;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232832;STB=0.635966;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0268535;OID=.;OPOS=3212704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:16:17:8:8:0.32:1:7:12:4:1:7:13:4 chr2 3392075 . T C 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0372307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.397;QD=58.6484;RBI=0.0393965;REFB=-0.129616;REVB=0.0128827;RO=1;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153811;STB=0.508193;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0045293;OID=.;OPOS=3392075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:30:10:0:1:30:10:0:1 chr2 3392295 . A G 587.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00722034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.797;QD=60.2755;RBI=0.0624286;REFB=0;REVB=0.0620096;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284657;OID=.;OPOS=3392295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:26:12:0:0:27:12:0:0 chr2 3392513 . TT CA 414.96 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912988;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=2;MLLD=146.161;QD=57.2355;RBI=0.012597;REFB=0;REVB=-0.00867922;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.63333e-06;OID=.;OPOS=3392513;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr2 3425514 . G C 1317.62 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.249;QD=62.0054;RBI=0.00829858;REFB=0;REVB=-0.00717996;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47737e-05;OID=.;OPOS=3425514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:43:40:0:0:44:41:0:0 chr2 3425729 . C T 724.24 PASS AF=1;AO=45;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8601;QD=56.8033;RBI=0.0726678;REFB=0;REVB=0.0340607;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866484;OID=.;OPOS=3425729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:45:51:1:29:16:0:0:29:22:0:0 chr2 3469463 . G C 260.08 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0093686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.963;QD=16.7794;RBI=0.00979413;REFB=-0.0225514;REVB=0.00285557;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192498;STB=0.614632;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0206614;OID=.;OPOS=3469463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:16:13:21:11:16:13:22:11 chr2 3470115 . T C 473.64 PASS AF=0.56962;AO=44;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00122406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6133;QD=23.9816;RBI=0.0131145;REFB=-0.036839;REVB=-0.0130572;RO=32;SAF=17;SAR=27;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655401;STB=0.531236;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0251956;OID=.;OPOS=3470115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:34:44:45:0.56962:27:17:15:17:27:18:16:18 chr2 3470124 . G A 438.71 PASS AF=0.573333;AO=41;DP=72;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0187155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.5002;QD=23.3977;RBI=0.0210115;REFB=-0.0318922;REVB=0.00955047;RO=31;SAF=14;SAR=27;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144085;STB=0.56803;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0156979;OID=.;OPOS=3470124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:31:32:41:43:0.573333:27:14:16:15:28:15:16:16 chr2 3483205 . C T 322.53 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.731;QD=53.7547;RBI=0.0567883;REFB=0;REVB=-0.0190753;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141329;OID=.;OPOS=3483205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr2 3488502 . A G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.004;QD=61.3753;RBI=0.0393225;REFB=0;REVB=0.018341;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104651;OID=.;OPOS=3488502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr2 3504687 . A G 1286.94 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00710712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.519;QD=60.5616;RBI=0.0135518;REFB=-0.11354;REVB=-0.0115386;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000376592;OID=.;OPOS=3504687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:85:0:1:84:84:0.988235:48:36:0:0:48:36:0:1 chr2 3518643 . T C 283.69 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00290718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0187;QD=23.1584;RBI=0.00904208;REFB=-0.0237526;REVB=-0.00856198;RO=23;SAF=7;SAR=19;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161199;STB=0.59042;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0289243;OID=.;OPOS=3518643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:19:7:10:13:19:7:10:13 chr2 3597974 . T C 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.017045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.198;QD=14.4116;RBI=0.0188297;REFB=-0.00261314;REVB=0.00800157;RO=27;SAF=3;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396821;STB=0.726985;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00587639;OID=.;OPOS=3597974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:15:3:13:14:15:3:13:15 chr2 3605468 . A G 223.13 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0547839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1263;QD=19.4022;RBI=0.0558486;REFB=-0.0156709;REVB=0.0108533;RO=20;SAF=17;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271434;STB=0.644407;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0116299;OID=.;OPOS=3605468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:24:22:22:0.478261:5:17:10:10:5:17:13:11 chr2 3652616 . G C 2347.85 PASS AF=0.993631;AO=144;DP=151;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255409;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.639;QD=59.8178;RBI=0.0428864;REFB=-0.0685285;REVB=0.0344515;RO=1;SAF=79;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598183;STB=0.503105;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00155485;OID=.;OPOS=3652616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:151:157:1:1:144:156:0.993631:65:79:1:0:76:80:1:0 chr2 3652617 . A AG 455.78 PASS AF=0.512821;AO=69;DP=152;FAO=80;FDP=156;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.000125119;FXX=0.0126574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.7169;QD=11.6865;RBI=0.18795;REFB=0.00215741;REVB=0.18795;RO=78;SAF=38;SAR=31;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118432;STB=0.531382;STBP=0.444;TYPE=ins;VARB=0.00581495;OID=.;OPOS=3652618;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512821:69:152:80:156:76:38:42:41:35:99:78:38:31:42:36 chr2 3653844 . T C 289.45 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.08;QD=52.6267;RBI=0.0359507;REFB=0;REVB=0.0341227;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299407;OID=.;OPOS=3653844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:11:9:0:0:11:11:0:0 chr2 3721729 . A G 1475.89 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=97;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0773425;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.1309;QD=62.1429;RBI=0.082807;REFB=-0.109949;REVB=0.0295827;RO=1;SAF=55;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854286;STB=0.504424;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00274019;OID=.;OPOS=3721729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:95:1:1:93:94:0.989474:38:55:1:0:38:56:1:0 chr2 3729254 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00147751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.908;QD=17.0328;RBI=0.0156169;REFB=-0.00623259;REVB=-0.0155468;RO=22;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351447;STB=0.701476;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0134697;OID=.;OPOS=3729254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:5:13:8:14:5:13:8:14 chr2 3749151 . GGAAGAAGAAGC GGAAGAAGAAG,GGAAGAAGC 384.5 PASS AF=0.120482,0.506024;AO=12,39;DP=84;FAO=10,42;FDP=83;FR=.;FRO=31;FSAF=0,23;FSAR=10,19;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0515806,-0.0121244;FXX=0.0348797;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=21.1211,204.942;QD=18.5302;RBI=0.151451,0.0189665;REFB=-0.11914,-0.0188018;REVB=-0.142397,0.0145852;RO=27;SAF=0,22;SAR=12,17;SRF=19;SRR=8;SSEN=0.455837,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.820338,-0.107679;STB=0.998976,0.542117;STBP=0,0.411;TYPE=del,del;VARB=0.117465,0.016463;OID=.,.;OPOS=3749162,3749152;OREF=C,GAA;OALT=-,-;OMAPALT=GGAAGAAGAAG,GGAAGAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.120482,0.506024:12,39:84:10,42:83:31:0,23:10,19:20:11:99:27:0,22:12,17:19:8 chr2 3789604 . G A 430.23 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00638496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.419;QD=22.6434;RBI=0.0156647;REFB=0.00856702;REVB=0.0143044;RO=33;SAF=17;SAR=25;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654936;STB=0.530191;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00794645;OID=.;OPOS=3789604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:34:42:42:0.552632:25:17:16:17:25:17:16:18 chr2 3800383 . C T 1226.19 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00148925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.806;QD=61.3097;RBI=0.0200741;REFB=0;REVB=-0.0200188;RO=0;SAF=52;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.16893e-05;OID=.;OPOS=3800383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:28:52:0:0:28:52:0:0 chr2 3826387 . T C 204.41 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00756657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.483;QD=22.712;RBI=0.0645734;REFB=-0.0209334;REVB=0.0641285;RO=15;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128771;STB=0.522324;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0097669;OID=.;OPOS=3826387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:11:9:7:8:11:9:8:8 chr2 5835512 . TGGGGC TGGG,TGGGC,TGGGG 200.76 PASS AF=0.92,0,0;AO=12,3,4;DP=25;FAO=23,0,0;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=15,0,0;FSAR=8,0,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.293741,0.370274,0.181424;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=20.3982,10.1009,10.4683;QD=32.1214;RBI=0.297882,0.495878,0.458689;REFB=-0.112333,-0.155221,-0.026544;REVB=0.0494945,-0.329837,0.421286;RO=3;SAF=9,1,4;SAR=3,2,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0.445161,0.445161,0.435897;SSEP=0,0,0.466667;SSSB=-0.128918,-0.483116,0;STB=0.531223,0.5,0.5;STBP=0.434,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0354066,0,0;OID=.,.,.;OPOS=5835516,5835513,5835517;OREF=GC,G,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGC,TGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.92,0,0:12,3,4:25:23,0,0:25:2:15,0,0:8,0,0:2:0:8:3:9,1,4:3,2,0:3:0 chr2 5837271 . T C 38.88 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0104093;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.45;QD=9.14821;RBI=0.0507269;REFB=-0.000181952;REVB=0.0496474;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107451;STB=0.599715;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.000718649;OID=.;OPOS=5837271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:17:17:9:11:6:6:0.352941:1:5:8:1:1:5:10:1 chr2 5838030 . G A 211.02 PASS AF=0.438596;AO=22;DP=54;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00724326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.691;QD=14.8086;RBI=0.00724328;REFB=-0.0152224;REVB=-1.5033e-05;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20718;STB=0.615291;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0185991;OID=.;OPOS=5838030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:32:32:22:25:0.438596:8:14:14:18:9:16:14:18 chr2 5839686 . A G 224.7 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.020128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9754;QD=19.9737;RBI=0.0203162;REFB=-0.0393637;REVB=-0.00275896;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255233;STB=0.643438;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0248441;OID=.;OPOS=5839686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:13:9:16:7:13:9:16:7 chr2 6990020 . C T 373.05 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0110688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.803;QD=20.4412;RBI=0.013166;REFB=-0.0135944;REVB=-0.00712926;RO=35;SAF=18;SAR=20;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642093;STB=0.53554;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0132559;OID=.;OPOS=6990020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:20:18:14:21:20:18:14:21 chr2 7003680 . T C 510.81 PASS AF=0.458333;AO=54;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0481074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.079;QD=17.0269;RBI=0.0481351;REFB=-0.00598257;REVB=0.00163054;RO=64;SAF=28;SAR=26;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939046;STB=0.552112;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0177194;OID=.;OPOS=7003680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:65:54:55:0.458333:26:28:27:37:26:29:28:37 chr2 7017943 . T C 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00838722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.493;QD=23.8368;RBI=0.0094426;REFB=-0.00514666;REVB=0.00433787;RO=22;SAF=17;SAR=15;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785619;STB=0.543198;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00429766;OID=.;OPOS=7017943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:15:17:14:8:15:17:14:8 chr2 7036038 . A C 221.69 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=0.0103074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.548;QD=12.3163;RBI=0.0311745;REFB=0.00437295;REVB=0.0294211;RO=45;SAF=12;SAR=15;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308799;STB=0.675557;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00747582;OID=.;OPOS=7036038;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:15:12:33:12:15:12:33:12 chr2 7137067 . A G 642.78 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=116;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00415494;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.178;QD=22.3575;RBI=0.00442583;REFB=-0.0245536;REVB=-0.00152462;RO=52;SAF=31;SAR=32;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541331;STB=0.529646;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0174869;OID=.;OPOS=7137067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:52:52:63:63:0.547826:32:31:29:23:32:31:29:23 chr2 7154632 . T C 1246.58 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.011;QD=61.5593;RBI=0.0226895;REFB=0;REVB=0.0210337;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62665e-05;OID=.;OPOS=7154632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:32:47:0:0:33:48:0:0 chr2 7717019 . G A 292.78 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0711918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7311;QD=17.2225;RBI=0.0713469;REFB=0.0142376;REVB=0.00470306;RO=36;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137216;STB=0.576875;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.0136983;OID=.;OPOS=7717019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:14:18:15:21:14:18:15:21 chr2 9491017 . C T 1190.41 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8583;QD=61.0466;RBI=0.0440586;REFB=0;REVB=-0.0351785;RO=0;SAF=58;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034746;OID=.;OPOS=9491017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:20:58:0:0:20:58:0:0 chr2 9755405 . G A 130.99 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00319483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3838;QD=14.161;RBI=0.0219649;REFB=0.00322745;REVB=0.0217313;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165407;STB=0.507237;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00729781;OID=.;OPOS=9755405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:22:15:15:0.405405:7:8:11:9:7:8:12:10 chr2 9880827 . A G 340.94 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.030636;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8005;QD=17.944;RBI=0.0388094;REFB=-0.0157429;REVB=-0.0238246;RO=41;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04138;STB=0.523796;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0285202;OID=.;OPOS=9880827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:40:35:36:0.473684:19:16:17:24:20:16:16:24 chr2 9983686 . G T 1080.23 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1014;QD=60.013;RBI=0.0241637;REFB=0;REVB=-0.0194035;RO=0;SAF=6;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02279e-05;OID=.;OPOS=9983686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:66:6:0:0:66:6:0:0 chr2 9983716 . A C 844.62 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.248;QD=57.2623;RBI=0.0716114;REFB=0;REVB=0.0274681;RO=0;SAF=2;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0313e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54163e-05;OID=.;OPOS=9983716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:59:0:0:55:59:1:53:2:0:0:57:2:0:0 chr2 10045014 . C A,T 1813.56 PASS AF=0.217742,0.782258;AO=28,90;DP=118;FAO=27,97;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=16,59;FSAR=11,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272815,0.00310712;FXX=0.0312476;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.717,79.5295;QD=58.502;RBI=0.00357878,0.029297;REFB=0,0;REVB=-0.00231622,-0.0291317;RO=0;SAF=18,53;SAR=10,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0219585,-0.00953448;OID=.,.;OPOS=10045014,10045014;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:118:124:0:0:28,90:27,97:0.217742,0.782258:10,37:18,53:0:0:11,38:16,59:0:0 chr2 10045015 . A T 30.61 PASS AF=0.0746269;AO=10;DP=134;FAO=10;FDP=134;FR=.;FRO=124;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=72;FSRR=52;FWDB=-0.00780934;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=113.674;QD=0.91377;RBI=0.0391109;REFB=0.000283709;REVB=-0.0383233;RO=124;SAF=8;SAR=2;SRF=72;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262219;STB=0.72923;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.000984399;OID=.;OPOS=10045015;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:134:134:124:124:10:10:0.0746269:2:8:72:52:2:8:72:52 chr2 10045024 . G A 2241.48 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163373;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.052;QD=63.1404;RBI=0.0600866;REFB=0;REVB=0.057823;RO=0;SAF=86;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122389;OID=.;OPOS=10045024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:141:142:1:55:86:0:0:55:87:0:0 chr2 10050946 . CT C,CA,CC 1223.9 PASS AF=0,0.0227273,0.977273;AO=20,6,62;DP=88;FAO=0,2,86;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,38;FSAR=0,0,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100465,-0.0155773,0.0727219;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=72.7826,60.4149,88.3205;QD=55.6316;RBI=0.0342929,0.0284681,0.0782739;REFB=0,0,0;REVB=0.0327883,0.0238281,0.0289539;RO=0;SAF=19,6,15;SAR=1,0,47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.97126e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0169586,0.109838,0.0123424;OID=.,.,.;OPOS=10050947,10050947,10050947;OREF=T,T,T;OALT=-,A,C;OMAPALT=C,CA,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0227273,0.977273:20,6,62:88:0,2,86:88:0:0,2,38:0,0,48:0:0:3:0:19,6,15:1,0,47:0:0 chr2 10050960 . A G 1286.36 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0433489;FXX=0.0114929;HRUN=5;LEN=1;MLLD=74.3628;QD=59.8306;RBI=0.0435076;REFB=-0.0503756;REVB=0.00371338;RO=2;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201477;STB=0.505262;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0036404;OID=.;OPOS=10050960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:2:1:84:85:0.988372:46:38:0:2:47:38:0:1 chr2 10053412 . C T 1267.78 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0180803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8471;QD=60.3703;RBI=0.0356772;REFB=0.0768858;REVB=-0.0307566;RO=1;SAF=46;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101856;STB=0.505375;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00129863;OID=.;OPOS=10053412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:37:46:1:0:37:46:1:0 chr2 10059770 . G T 651.03 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.07;QD=62.0032;RBI=0.0231893;REFB=0;REVB=0.000761224;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225024;OID=.;OPOS=10059770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr2 10094992 . A G 64.22 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00483685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6192;QD=10.7028;RBI=0.00750667;REFB=-0.081959;REVB=-0.00574064;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655979;STB=0.571292;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0746953;OID=.;OPOS=10094992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:24:12:14:10:10:0.416667:4:6:8:4:4:6:10:4 chr2 10126330 . G A 250.72 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.023024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.968;QD=13.5524;RBI=0.0231289;REFB=-0.00499073;REVB=0.00220085;RO=42;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799317;STB=0.512789;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0088042;OID=.;OPOS=10126330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:44:30:30:0.405405:12:18:22:20:13:17:24:20 chr2 10188649 . A T 688.84 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.249;QD=62.6213;RBI=0.0252731;REFB=0;REVB=0.0232789;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52646e-05;OID=.;OPOS=10188649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:18:25:0:0:19:25:0:0 chr2 10262920 . T G 90.39 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0253774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.288;QD=12.9133;RBI=0.0286219;REFB=-0.0180424;REVB=0.0132363;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473621;STB=0.72184;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0240212;OID=.;OPOS=10262920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:28:28:16:16:11:12:0.428571:9:2:10:6:9:3:10:6 chr2 10436178 . TCCCCCCCA TCCCCCC,TCCCCCCA 34.33 PASS AF=0,0.405405;AO=5,10;DP=38;FAO=0,15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=0,14;FSAR=0,1;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0407269,-0.0624511;FXX=0.0263089;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=122.978,7.40118;QD=3.7116;RBI=0.0477228,0.29071;REFB=-0.00782856,-0.100838;REVB=0.0248754,0.283923;RO=18;SAF=5,10;SAR=0,0;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.709451,0.7915;STB=0.5,0.869844;STBP=1,0.007;TYPE=del,del;VARB=0,0.0723372;OID=.,.;OPOS=10436185,10436179;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=TCCCCCC,TCCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.405405:5,10:38:0,15:37:22:0,14:0,1:11:11:35:18:5,10:0,0:8:10 chr2 10580967 . G A 399.68 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0228355;FXX=0.0222198;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.297;QD=18.1673;RBI=0.0292639;REFB=0.00804648;REVB=-0.0183006;RO=45;SAF=27;SAR=14;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206575;STB=0.627132;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.010164;OID=.;OPOS=10580967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:45:47:41:41:0.465909:14:27:20:25:14:27:20:27 chr2 10712278 . C T 1199.03 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00270967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0239;QD=58.4891;RBI=0.120072;REFB=-0.0529981;REVB=0.120041;RO=2;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262835;STB=0.513885;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00197301;OID=.;OPOS=10712278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:35:45:0:2:35:45:0:2 chr2 10784491 . A G 739.03 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.013391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.108;QD=54.743;RBI=0.0692201;REFB=0.00775686;REVB=0.0679125;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000385563;OID=.;OPOS=10784491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:25:28:0:0:26:27:1:0 chr2 10808776 . C A,CAA 1986.32 PASS AF=0.0763359,0.923664;AO=14,113;DP=140;FAO=10,121;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=3,71;FSAR=7,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0808813,0.0149523;FXX=0.0296274;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=39.2796,145.765;QD=60.6511;RBI=0.081999,0.0331555;REFB=0,0;REVB=-0.0134926,0.0295925;RO=11;SAF=7,64;SAR=7,49;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0352117,0.0190519;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0140951,0.00346616;OID=.,.;OPOS=10808776,10808777;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:140:131:11:0:14,113:10,121:0.0763359,0.923664:7,49:7,64:5:6:7,50:3,71:0:0 chr2 10908893 . A G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00257752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1246;QD=17.8274;RBI=0.0210224;REFB=0.019702;REVB=-0.0208638;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321591;STB=0.518487;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.0179183;OID=.;OPOS=10908893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:5:6:7:5:5:6 chr2 10928906 . T C 286.13 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0144056;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.016;QD=29.3471;RBI=0.0145757;REFB=-0.0167218;REVB=-0.00222067;RO=14;SAF=7;SAR=18;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112942;STB=0.562448;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00846617;OID=.;OPOS=10928906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:14:14:25:25:0.641026:18:7:6:8:18:7:6:8 chr2 10930903 . T C 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0140223;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.97;QD=21.227;RBI=0.014024;REFB=-0.0143032;REVB=0.000215255;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140682;STB=0.507807;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0105089;OID=.;OPOS=10930903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:15:14:12:12:15:14:12:12 chr2 10933249 . C T 316.89 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00330388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1068;QD=25.8688;RBI=0.0281189;REFB=-0.0235833;REVB=0.0279241;RO=21;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076257;STB=0.542139;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0188148;OID=.;OPOS=10933249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:12:16:14:7:12:16:14:7 chr2 10942687 . C T 287.92 PASS AF=0.5;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0413177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0303;QD=18.5754;RBI=0.0706067;REFB=0.00765918;REVB=-0.0572553;RO=30;SAF=18;SAR=13;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29949;STB=0.671945;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0145518;OID=.;OPOS=10942687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:31:31:31:0.5:13:18:7:23:13:18:7:24 chr2 11053020 . A G 603.84 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7933;QD=60.3843;RBI=0.0224527;REFB=0;REVB=0.00576068;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030579;OID=.;OPOS=11053020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:21:17:0:0:23:17:0:0 chr2 11053740 . C T 1817.46 PASS AF=1;AO=118;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6276;QD=60.0814;RBI=0.0180486;REFB=-0.0483712;REVB=-0.00747949;RO=1;SAF=75;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629139;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459277;OID=.;OPOS=11053740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:121:121:1:0:118:121:1:43:75:1:0:45:76:0:0 chr2 11264830 . G A 1766.34 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1461;QD=60.9082;RBI=0.053568;REFB=0;REVB=0.037261;RO=0;SAF=46;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346267;OID=.;OPOS=11264830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:70:46:0:0:70:46:0:0 chr2 11484230 . G A 176.68 PASS AF=0.894737;AO=15;DP=18;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0727744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.421;QD=37.1948;RBI=0.0733948;REFB=-0.0187921;REVB=-0.00952287;RO=2;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101074;STB=0.545402;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00391436;OID=.;OPOS=11484230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:18:19:2:2:15:17:0.894737:8:7:0:2:10:7:0:2 chr2 11702661 . A C 657.81 PASS AF=0.444444;AO=73;DP=162;FAO=72;FDP=162;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=-0.0232774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8017;QD=16.2422;RBI=0.0728598;REFB=0.01332;REVB=-0.0690414;RO=88;SAF=44;SAR=29;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179495;STB=0.61108;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0209877;OID=.;OPOS=11702661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:88:90:73:72:0.444444:29:44:37:51:28:44:37:53 chr2 11706693 . T C 773.1 PASS AF=0.585366;AO=72;DP=123;FAO=72;FDP=123;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0421626;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3959;QD=25.1413;RBI=0.0434344;REFB=-0.00748317;REVB=-0.0104334;RO=51;SAF=30;SAR=42;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101702;STB=0.555388;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00626652;OID=.;OPOS=11706693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:51:51:72:72:0.585366:42:30:28:23:42:30:28:23 chr2 11725049 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.738;QD=58.1415;RBI=0.0572452;REFB=0;REVB=0.0116076;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388094;OID=.;OPOS=11725049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr2 11727507 . G A 784.93 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7637;QD=57.0856;RBI=0.0285544;REFB=0;REVB=0.0153177;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397859;OID=.;OPOS=11727507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:28:27:0:0 chr2 11733134 . C G 301.43 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00660728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0476;QD=16.7463;RBI=0.0127575;REFB=-0.0160462;REVB=-0.0109132;RO=37;SAF=26;SAR=7;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172777;STB=0.604582;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0181958;OID=.;OPOS=11733134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:39:33:33:0.458333:7:26:24:13:7:26:25:14 chr2 11738091 . T C 542.28 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475881;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.202;QD=60.2537;RBI=0.0706259;REFB=0;REVB=0.052186;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364447;OID=.;OPOS=11738091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:10:26:0:0:10:26:0:0 chr2 11752635 . T C 975.76 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0491662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8693;QD=57.3979;RBI=0.0565468;REFB=-0.0483762;REVB=0.0279325;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00178244;OID=.;OPOS=11752635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:31:36:0:0:31:36:1:0 chr2 11774324 . G A 271.5 PASS AF=0.428571;AO=25;DP=71;FAO=30;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0126427;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4723;QD=15.5142;RBI=0.017757;REFB=-0.00137547;REVB=0.0124689;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203268;STB=0.576421;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000341489;OID=.;OPOS=11774324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:39:25:30:0.428571:11:14:13:23:16:14:13:26 chr2 11965541 . A G 307.01 PASS AF=0.365385;AO=36;DP=107;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0043818;FXX=0.0280348;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.2025;QD=11.8079;RBI=0.0221409;REFB=-0.00271858;REVB=-0.021703;RO=43;SAF=21;SAR=15;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181365;STB=0.567865;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0087027;OID=.;OPOS=11965541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:104:43:66:36:38:0.365385:15:21:17:26:15:23:33:33 chr2 12864766 . C T 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0159356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.975;QD=16.4202;RBI=0.0243845;REFB=-0.0148581;REVB=-0.0184569;RO=34;SAF=19;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262572;STB=0.647862;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0162388;OID=.;OPOS=12864766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:10:19:13:21:10:19:13:21 chr2 12877501 . G GA 532.12 PASS AF=0.471074;AO=55;DP=122;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00320151;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=82.6677;QD=17.5909;RBI=0.00920582;REFB=-0.0164029;REVB=0.00863119;RO=65;SAF=32;SAR=23;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277976;STB=0.507784;STBP=0.883;TYPE=ins;VARB=0.0170699;OID=.;OPOS=12877502;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.471074:55:122:57:121:64:32:25:35:29:99:65:32:23:36:29 chr2 12882822 . ATC A 788.76 PASS AF=0.524476;AO=71;DP=146;FAO=75;FDP=143;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.00561739;FXX=0.027209;HRUN=1;LEN=2;MLLD=317.715;QD=22.0632;RBI=0.00561887;REFB=-0.0125665;REVB=-0.000129299;RO=66;SAF=29;SAR=42;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131995;STB=0.501457;STBP=0.972;TYPE=del;VARB=0.0101751;OID=.;OPOS=12882823;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.524476:71:146:75:143:68:30:45:27:41:99:66:29:42:26:40 chr2 15542352 . C T 277.87 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00902649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.438;QD=21.7933;RBI=0.0190773;REFB=0.00555896;REVB=-0.0168067;RO=23;SAF=18;SAR=9;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272394;STB=0.508879;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00498674;OID=.;OPOS=15542352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:23:27:28:0.54902:9:18:16:7:9:19:16:7 chr2 15743344 . T C 451.5 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0240384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2342;QD=14.8033;RBI=0.0372948;REFB=-0.0160066;REVB=0.0285141;RO=70;SAF=22;SAR=29;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564956;STB=0.527947;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0257186;OID=.;OPOS=15743344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:70:71:51:51:0.418033:29:22:34:36:29:22:34:37 chr2 15747393 . C T 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.431;QD=61.049;RBI=0.0180127;REFB=0;REVB=-0.0128874;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84776e-07;OID=.;OPOS=15747393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr2 15840522 . G T 200.97 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00162553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.282;QD=15.1673;RBI=0.0110795;REFB=-0.00437473;REVB=-0.0109596;RO=30;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696964;STB=0.539595;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00519594;OID=.;OPOS=15840522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:13:10:11:19:13:10:11:19 chr2 15840645 . T C 375.26 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0310005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7478;QD=15.8002;RBI=0.0627477;REFB=-0.0120997;REVB=0.0545549;RO=55;SAF=20;SAR=20;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159189;STB=0.58943;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0179495;OID=.;OPOS=15840645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:55:40:40:0.421053:20:20:19:36:20:20:19:36 chr2 16090820 . T C 104.6 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0311522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.625;QD=19.9239;RBI=0.0571729;REFB=-0.0102021;REVB=0.0479405;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114312;OID=.;OPOS=16090820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:4:8:6:3:4:8:6:3 chr2 17304295 . A G 944.52 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2916;QD=57.2433;RBI=0.0848673;REFB=-0.0488647;REVB=-0.00802981;RO=1;SAF=31;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014995;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206984;OID=.;OPOS=17304295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:66:1:0:65:66:1:34:31:1:0:34:32:0:0 chr2 17696573 . C T 2373.33 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0304391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.764;QD=63.2888;RBI=0.0330633;REFB=-0.00364668;REVB=-0.012909;RO=1;SAF=88;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077333;STB=0.504065;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=2.96752e-05;OID=.;OPOS=17696573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:1:1:149:149:0.993333:61:88:0:1:61:88:0:1 chr2 17698678 . A G 2465.19 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103263;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.758;QD=61.2469;RBI=0.0156301;REFB=0;REVB=0.0117333;RO=0;SAF=75;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8661e-05;OID=.;OPOS=17698678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:160:161:1:85:75:0:0:85:76:0:0 chr2 17942775 . T A 795.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0781783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5459;QD=55.8093;RBI=0.0992152;REFB=0;REVB=0.0610885;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464263;OID=.;OPOS=17942775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:34:22:0:0:35:22:0:0 chr2 17954027 . G A 989.79 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8125;QD=58.2231;RBI=0.0620227;REFB=0;REVB=-0.0436673;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000616693;OID=.;OPOS=17954027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:33:34:0:0:33:35:0:0 chr2 17954421 . C G 1044.2 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.57;QD=59.6686;RBI=0.0593625;REFB=0;REVB=0.0501276;RO=0;SAF=20;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380653;OID=.;OPOS=17954421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:49:20:0:0:50:20:0:0 chr2 17962450 . A G 834.22 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9603;QD=57.5321;RBI=0.0410934;REFB=0;REVB=0.0335576;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111266;OID=.;OPOS=17962450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr2 17962518 . C T 486.79 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562329;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.614;QD=59.0049;RBI=0.00911173;REFB=0;REVB=-0.00716954;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.89322e-06;OID=.;OPOS=17962518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:16:16:0:0:17:16:0:0 chr2 18112473 . G A 1728.56 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0093;QD=60.6512;RBI=0.150385;REFB=0;REVB=0.150212;RO=0;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000784334;OID=.;OPOS=18112473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:114:0:0:108:114:1:61:47:0:0:65:49:0:0 chr2 18113508 . G A 305.49 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00893338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.452;QD=17.7093;RBI=0.00897891;REFB=-0.0241559;REVB=0.000903097;RO=36;SAF=15;SAR=18;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094047;STB=0.5526;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0167792;OID=.;OPOS=18113508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:18:15:20:16:18:15:20:16 chr2 18113623 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00481975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.245;QD=62.9826;RBI=0.00858812;REFB=0;REVB=-0.00710816;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.22316e-05;OID=.;OPOS=18113623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr2 20135283 . T C 406.68 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00531861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.234;QD=14.2696;RBI=0.0116119;REFB=0.00279581;REVB=-0.0103223;RO=66;SAF=19;SAR=28;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131716;STB=0.570106;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00411505;OID=.;OPOS=20135283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:66:67:47:47:0.412281:28:19:35:31:28:19:35:32 chr2 20175312 . G A 404.18 PASS AF=0.393443;AO=47;DP=122;FAO=48;FDP=122;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0101762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.968;QD=13.2517;RBI=0.0155011;REFB=-0.00363916;REVB=0.0116931;RO=74;SAF=22;SAR=25;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344637;STB=0.51264;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0103697;OID=.;OPOS=20175312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:74:74:47:48:0.393443:25:22:37:37:25:23:37:37 chr2 20192931 . G A 465.1 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.054589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.487;QD=19.583;RBI=0.0545932;REFB=-0.0169915;REVB=0.000678153;RO=49;SAF=28;SAR=18;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149815;STB=0.583297;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.020096;OID=.;OPOS=20192931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:18:28:22:27:18:28:22:27 chr2 20205680 . C T 440.96 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0727154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0292;QD=22.3271;RBI=0.0737992;REFB=0.00861521;REVB=0.0126011;RO=36;SAF=21;SAR=22;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101366;STB=0.555791;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00605215;OID=.;OPOS=20205680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:22:21:22:14:22:21:22:14 chr2 20205848 . G A 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0133768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.731;QD=17.5009;RBI=0.0159829;REFB=0.000654393;REVB=-0.0087473;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658746;STB=0.537009;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.000640175;OID=.;OPOS=20205848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:13:13:12:16:13:13:12:16 chr2 20240668 . C A 337.81 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0190046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9599;QD=20.1675;RBI=0.0346206;REFB=-0.0105792;REVB=-0.0289381;RO=32;SAF=21;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114552;STB=0.5636;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00816872;OID=.;OPOS=20240668;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:14:21:15:17:14:21:15:17 chr2 20375110 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00185765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.282;QD=10.6345;RBI=0.00767597;REFB=-0.0100476;REVB=0.00744779;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457906;STB=0.768678;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0244423;OID=.;OPOS=20375110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:11:2:5:3:11:2 chr2 20375332 . A G 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00867384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.486;QD=17.9404;RBI=0.0309022;REFB=-0.0205885;REVB=0.0296599;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225554;STB=0.628892;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0160308;OID=.;OPOS=20375332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:6:13:10:12:6:13:10:12 chr2 20403794 . A T 747.04 PASS AF=1;AO=34;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00105557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.459;QD=63.5776;RBI=0.0220453;REFB=0;REVB=0.02202;RO=0;SAF=32;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152123;OID=.;OPOS=20403794;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:34:47:1:2:32:0:0:14:33:0:0 chr2 20403949 . C T 267.45 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.087323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2342;QD=16.2088;RBI=0.090703;REFB=-0.0400127;REVB=0.0245302;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041025;STB=0.530283;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0632713;OID=.;OPOS=20403949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:15:15:19:16:15:15:20:16 chr2 20448561 . A G 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0460199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1866;QD=14.2605;RBI=0.050965;REFB=0.00519814;REVB=0.0218998;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172932;STB=0.59988;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00491314;OID=.;OPOS=20448561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:16:8:8:8:16:8 chr2 20601461 . C T 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0128411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.486;QD=25.2766;RBI=0.0205633;REFB=-0.023622;REVB=-0.0160609;RO=12;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398011;STB=0.522161;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.014006;OID=.;OPOS=20601461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:9:10:7:5:9:10:7:5 chr2 20680665 . C A 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0176752;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.974;QD=6.25134;RBI=0.0255044;REFB=-0.0107218;REVB=0.0183864;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135013;STB=0.585943;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0277613;OID=.;OPOS=20680665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:4:13:4:2:4:13 chr2 20680693 . G A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.14443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5657;QD=8.69114;RBI=0.150672;REFB=-0.0391717;REVB=0.0429186;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72236e-08;STB=0.51348;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0218688;OID=.;OPOS=20680693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:16:17:8:8:0.32:6:2:4:12:6:2:4:13 chr2 20818454 . T A 454.36 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.391;QD=56.7954;RBI=0.0353631;REFB=0;REVB=0.0315723;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255908;OID=.;OPOS=20818454;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:1:0:31:32:1:17:14:0:1:18:14:0:0 chr2 20818517 . T C 281.94 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.00480973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.508;QD=14.6461;RBI=0.0249498;REFB=-0.00617513;REVB=-0.0244818;RO=45;SAF=7;SAR=25;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376852;STB=0.521423;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0121899;OID=.;OPOS=20818517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:25:7:11:34:25:7:11:34 chr2 20823724 . T C 557.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.091;QD=60.2769;RBI=0.0588367;REFB=0;REVB=0.0258328;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220731;OID=.;OPOS=20823724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:27:9:0:0:27:10:0:0 chr2 20824498 . C T 327.4 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00814331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.876;QD=17.6972;RBI=0.013738;REFB=0.00376509;REVB=0.0110643;RO=39;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052552;STB=0.529395;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00373486;OID=.;OPOS=20824498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:19:16:20:19:19:16:20:19 chr2 20824559 . C T 381.97 PASS AF=0.47561;AO=36;DP=83;FAO=39;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0669216;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.0198;QD=18.6326;RBI=0.0938707;REFB=-0.060038;REVB=-0.0658271;RO=33;SAF=16;SAR=20;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176773;STB=0.50763;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0574369;OID=.;OPOS=20824559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:33:42:36:39:0.47561:20:16:14:19:21:18:20:22 chr2 20838318 . G A 462.99 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.000385104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.215;QD=17.4714;RBI=0.00756187;REFB=-0.00222683;REVB=-0.00755206;RO=47;SAF=23;SAR=27;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118697;STB=0.5306;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00111675;OID=.;OPOS=20838318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:47:56:50:50:0.471698:27:23:28:19:27:23:29:27 chr2 21231524 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.843;QD=56.9569;RBI=0.0334918;REFB=0;REVB=0.0281154;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24283e-05;OID=.;OPOS=21231524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr2 21232803 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.349;QD=53.2769;RBI=0.0266183;REFB=0;REVB=-0.00167031;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236554;OID=.;OPOS=21232803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:4:18:0:0:4:19:0:0 chr2 21235475 . T C 1878.21 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00954201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.942;QD=60.5875;RBI=0.03784;REFB=-0.0413673;REVB=0.0366171;RO=0;SAF=60;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64881e-08;STB=0.504132;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000471349;OID=.;OPOS=21235475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:123:124:0:1:122:123:0.991935:62:60:0:0:63:60:1:0 chr2 21250914 . G A 1162.41 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840943;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.662;QD=61.1794;RBI=0.0162986;REFB=0;REVB=-0.0139616;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623034;OID=.;OPOS=21250914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:38:37:0:0:39:37:0:0 chr2 21360583 . A G 418.04 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00164508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.138;QD=53.9406;RBI=0.0482592;REFB=-0.091402;REVB=0.0482312;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282472;STB=0.515141;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00164236;OID=.;OPOS=21360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:16:14:0:1:16:14:0:1 chr2 23865260 . T C 686.69 PASS AF=0.408602;AO=76;DP=186;FAO=76;FDP=186;FR=.;FRO=110;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=69;FSRR=41;FWDB=-0.0132836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.813;QD=14.7676;RBI=0.0182689;REFB=-0.0109507;REVB=0.0125418;RO=108;SAF=42;SAR=34;SRF=67;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724723;STB=0.545049;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0157608;OID=.;OPOS=23865260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:108:110:76:76:0.408602:34:42:67:41:34:42:69:41 chr2 23919375 . C T 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00137867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.293;QD=15.268;RBI=0.0220342;REFB=-0.0222457;REVB=-0.021991;RO=33;SAF=10;SAR=16;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408068;STB=0.523143;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0303894;OID=.;OPOS=23919375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:16:10:14:19:16:10:14:19 chr2 23926659 . T C 279.33 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.028622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.58;QD=18.9377;RBI=0.0287378;REFB=-0.0294538;REVB=0.00257711;RO=28;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884831;STB=0.542183;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0261838;OID=.;OPOS=23926659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:30:30:0.508475:19:11:13:15:19:11:13:16 chr2 23973799 . T C 222.83 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0119003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1479;QD=18.9638;RBI=0.0397853;REFB=0.00900926;REVB=-0.0379638;RO=25;SAF=7;SAR=15;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369798;STB=0.7087;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0167259;OID=.;OPOS=23973799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:15:7:18:7:15:7:18:7 chr2 24055058 . G C 433.87 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04765;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3162;QD=57.8496;RBI=0.0509848;REFB=0;REVB=-0.0181364;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116374;OID=.;OPOS=24055058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr2 24108652 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00202781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.289;QD=57.7124;RBI=0.0152268;REFB=0;REVB=0.0150912;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94617e-05;OID=.;OPOS=24108652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr2 24369674 . C T 128.04 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00603388;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.645;QD=10.8968;RBI=0.0471211;REFB=-0.0110524;REVB=-0.0467332;RO=31;SAF=8;SAR=7;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167141;STB=0.584906;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0325154;OID=.;OPOS=24369674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:31:32:15:15:0.319149:7:8:21:10:7:8:21:11 chr2 24384424 . T C 63.46 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0618079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3477;QD=8.18833;RBI=0.0677937;REFB=-0.0182635;REVB=0.0278526;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951184;STB=0.558696;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0395037;OID=.;OPOS=24384424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:31:31:22:22:9:9:0.290323:4:5:14:8:4:5:14:8 chr2 24387178 . G GC 79.27 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0543156;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.1397;QD=12.1959;RBI=0.0565871;REFB=-0.016459;REVB=-0.0158719;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484683;STB=0.545378;STBP=0.655;TYPE=ins;VARB=0.0235113;OID=.;OPOS=24387179;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:12:27:12:26:14:7:5:7:7:79:15:7:5:8:7 chr2 24390517 . G A 826.57 PASS AF=0.526667;AO=77;DP=150;FAO=79;FDP=150;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.0193353;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.545;QD=22.0418;RBI=0.0237988;REFB=-0.0119725;REVB=0.0138754;RO=72;SAF=41;SAR=36;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451053;STB=0.534477;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00964174;OID=.;OPOS=24390517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:72:71:77:79:0.526667:36:41:42:30:38:41:42:29 chr2 24402127 . C CAA 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0147635;FXX=0;HRUN=0;LEN=2;MLLD=251.652;QD=15.6262;RBI=0.0156201;REFB=-0.00882374;REVB=-0.00510154;RO=27;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137074;STB=0.578864;STBP=0.404;TYPE=ins;VARB=0.0168818;OID=.;OPOS=24402128;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413043:19:46:19:46:27:11:8:12:15:99:27:11:8:12:15 chr2 24439048 . A G 131.24 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00593126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9232;QD=14.1881;RBI=0.00626675;REFB=-0.00783189;REVB=-0.00202294;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340922;STB=0.519829;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.021993;OID=.;OPOS=24439048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:11:11:8:7:11:11 chr2 24524958 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0677938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.288;QD=16.417;RBI=0.0678414;REFB=0.00398943;REVB=-0.00254109;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193277;STB=0.611489;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.0044342;OID=.;OPOS=24524958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:7:9:5:9:7:9 chr2 24587571 . A G 668.99 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.557;QD=62.2315;RBI=0.0280922;REFB=0;REVB=0.00609763;RO=0;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016126;OID=.;OPOS=24587571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:32:11:0:0:32:11:0:0 chr2 24899185 . C G 142.52 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0400084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9453;QD=17.2746;RBI=0.0414349;REFB=-0.0251625;REVB=-0.0107786;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121036;STB=0.547469;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.035525;OID=.;OPOS=24899185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:6:9:8:9:7:9:8:9 chr2 24899204 . A G 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0522762;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.9161;QD=17.7318;RBI=0.0544317;REFB=-0.00587196;REVB=0.015166;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201429;STB=0.614753;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00853118;OID=.;OPOS=24899204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:7:12:7:10:7:12 chr2 24905927 . G C 563.77 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.102218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6416;QD=57.8226;RBI=0.10574;REFB=-0.0713745;REVB=-0.0270627;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00296286;OID=.;OPOS=24905927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:23:15:0:0:23:15:0:1 chr2 24974945 . T G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.885;QD=57.0001;RBI=0.0562789;REFB=0;REVB=0.0150021;RO=0;SAF=12;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281567;OID=.;OPOS=24974945;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:42:12:0:0:42:12:0:0 chr2 25022598 . A G 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00238769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.554;QD=9.89824;RBI=0.00595647;REFB=-0.000787516;REVB=0.00545697;RO=32;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141216;STB=0.584301;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00212119;OID=.;OPOS=25022598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:8:6:10:22:8:6:10:22 chr2 25046090 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.689;QD=49.5992;RBI=0.0649955;REFB=0;REVB=0.0353992;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041007;OID=.;OPOS=25046090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr2 25047408 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0116756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.262;QD=10.8848;RBI=0.0117641;REFB=-0.0291807;REVB=-0.0014408;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350904;STB=0.713775;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0366765;OID=.;OPOS=25047408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:2:7:7:8:2:7:7:8 chr2 25050977 . T C 699.22 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0198263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.042;QD=54.8406;RBI=0.0305273;REFB=-0.119807;REVB=0.0232129;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192104;STB=0.5102;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000583447;OID=.;OPOS=25050977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:24:26:0:1:24:26:0:1 chr2 25064157 . G C 479.36 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.021382;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0093;QD=18.9846;RBI=0.0232683;REFB=-0.00905836;REVB=0.00917748;RO=50;SAF=27;SAR=23;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542741;STB=0.525198;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00765438;OID=.;OPOS=25064157;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:50:51:50:50:0.49505:23:27:24:26:23:27:25:26 chr2 25141434 . G A 421.19 PASS AF=0.625;AO=39;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00560749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.302;QD=26.3243;RBI=0.0423752;REFB=-0.0335902;REVB=0.0420025;RO=24;SAF=23;SAR=16;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255104;STB=0.519283;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0134046;OID=.;OPOS=25141434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:39:40:0.625:16:23:15:9:17:23:15:9 chr2 25141538 . A G 399.38 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0138584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3465;QD=23.8434;RBI=0.0218287;REFB=-0.000603776;REVB=-0.0168653;RO=26;SAF=24;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114982;STB=0.579398;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00090809;OID=.;OPOS=25141538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:26:28:39:39:0.58209:15:24:12:14:15:24:12:16 chr2 25194741 . G A 2249.12 PASS AF=1;AO=148;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.181;QD=59.5794;RBI=0.0502971;REFB=0;REVB=0.0471957;RO=1;SAF=84;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562876;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213511;OID=.;OPOS=25194741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:151:151:1:0:148:151:1:64:84:1:0:66:85:0:0 chr2 25314186 . T C 280.15 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00301212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.522;QD=16.7254;RBI=0.0260287;REFB=-0.025377;REVB=-0.0258538;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180902;STB=0.599556;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.036702;OID=.;OPOS=25314186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:36:31:31:0.462687:17:14:22:12:17:14:23:13 chr2 25359422 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0241259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8669;QD=12.3283;RBI=0.0315386;REFB=0.00154837;REVB=-0.0203132;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444202;STB=0.526268;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00507827;OID=.;OPOS=25359422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:10:7:5:6:10:7 chr2 25377176 . T C 519.67 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.653;QD=59.3911;RBI=0.0999628;REFB=0;REVB=0.0913123;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345985;OID=.;OPOS=25377176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:20:15:0:0 chr2 25602142 . G A 199.36 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00752033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4041;QD=27.4985;RBI=0.0667317;REFB=-0.0189508;REVB=0.0663066;RO=10;SAF=16;SAR=3;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716822;STB=0.539529;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0123244;OID=.;OPOS=25602142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:3:16:9:1:3:16:9:1 chr2 26149968 . C T 529.96 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.095;QD=58.8843;RBI=0.0188258;REFB=0;REVB=-0.018077;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010839;OID=.;OPOS=26149968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:18:18:0:0 chr2 26149988 . G C 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00107893;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=239.177;QD=21.7452;RBI=0.0128209;REFB=-0.0163151;REVB=-0.0127754;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122574;STB=0.568791;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00947296;OID=.;OPOS=26149988;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:9:10:6:10:9:10:6:10 chr2 26204640 . G A 287.36 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0411262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8449;QD=24.4561;RBI=0.043212;REFB=-0.0178648;REVB=0.0132633;RO=21;SAF=18;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139728;STB=0.560391;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00505781;OID=.;OPOS=26204640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:21:25:26:0.553191:7:18:12:9:8:18:12:9 chr2 26321526 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.804;QD=60.2306;RBI=0.0151413;REFB=0;REVB=0.00824268;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3428e-05;OID=.;OPOS=26321526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr2 26358110 . G C 207.0 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9009;QD=48.7053;RBI=0.0599417;REFB=0;REVB=0.0578777;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158846;OID=.;OPOS=26358110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr2 26358156 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0345223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.384;QD=11.9536;RBI=0.0369702;REFB=0.0156415;REVB=0.0132291;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166061;STB=0.599747;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00957517;OID=.;OPOS=26358156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:6:5:5:3:6:5 chr2 26399214 . G A 1662.49 PASS AF=0.965812;AO=108;DP=113;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00543056;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.934;QD=56.8371;RBI=0.0353753;REFB=-0.0434807;REVB=0.034956;RO=4;SAF=51;SAR=57;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151111;STB=0.506957;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00145092;OID=.;OPOS=26399214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:113:117:4:4:108:113:0.965812:57:51:1:3:62:51:1:3 chr2 26477124 . TG CT,TGACT 240.14 PASS AF=0.0392157,0.470588;AO=2,25;DP=51;FAO=2,24;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=2,11;FSAR=0,13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00692805,-0.0288335;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=177.048,184.153;QD=18.8342;RBI=0.00956027,0.0294731;REFB=-0.0126315,-0.0197262;REVB=-0.00658794,0.0061068;RO=24;SAF=2,12;SAR=0,13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.547397,0.0924322;STB=0.995585,0.530096;STBP=0.102,0.664;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00783185,0.0223625;OID=.,.;OPOS=26477124,26477126;OREF=TG,-;OALT=CT,ACT;OMAPALT=CT,TGACT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:51:51:24:25:2,25:2,24:0.0392157,0.470588:0,13:2,12:9:15:0,13:2,11:10:15 chr2 26507076 . A T 123.63 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00670437;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.225;QD=9.50985;RBI=0.00772287;REFB=-0.00368824;REVB=-0.0038333;RO=36;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725667;STB=0.543424;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0091143;OID=.;OPOS=26507076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:36:36:16:16:0.307692:9:7:18:18:9:7:18:18 chr2 26512957 . G C 202.21 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00642227;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2009;QD=17.9746;RBI=0.00644748;REFB=-0.0287032;REVB=0.000569541;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176008;STB=0.599904;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0432571;OID=.;OPOS=26512957;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:25:20:20:0.444444:10:10:17:8:10:10:17:8 chr2 26534801 . G A 146.33 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00164594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.726;QD=16.7237;RBI=0.0287554;REFB=-0.0200308;REVB=0.0287083;RO=19;SAF=13;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417651;STB=0.742524;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0214112;OID=.;OPOS=26534801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:3:13:8:11:3:13:8:11 chr2 26536694 . C T 184.73 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00636203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.203;QD=26.3906;RBI=0.0150397;REFB=-0.0153987;REVB=-0.0136278;RO=9;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29381;STB=0.644374;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00426176;OID=.;OPOS=26536694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:9:10:18:18:0.642857:11:7:8:1:11:7:8:2 chr2 26590084 . T G 587.17 PASS AF=0.536364;AO=59;DP=110;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0136804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.6;QD=21.3515;RBI=0.0184365;REFB=0.00321371;REVB=0.0123593;RO=50;SAF=28;SAR=31;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966631;STB=0.54764;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00116227;OID=.;OPOS=26590084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:50:51:59:59:0.536364:31:28:18:32:31:28:19:32 chr2 26606154 . T C 424.88 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00528631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.824;QD=18.8835;RBI=0.0232657;REFB=-0.0084889;REVB=0.0226572;RO=46;SAF=29;SAR=14;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151441;STB=0.591141;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00810378;OID=.;OPOS=26606154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:46:47:43:43:0.477778:14:29:24:22:14:29:24:23 chr2 26607992 . T C 1282.93 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8547;QD=61.8281;RBI=0.0193785;REFB=0;REVB=-0.00434671;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111475;OID=.;OPOS=26607992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:49:34:0:0:49:34:0:0 chr2 26613056 . C T 1287.54 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199355;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.719;QD=62.0499;RBI=0.101129;REFB=0;REVB=-0.0991448;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00048458;OID=.;OPOS=26613056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr2 26613329 . A G 362.55 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0508547;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9625;QD=15.1064;RBI=0.0521635;REFB=-0.00715893;REVB=0.0116117;RO=57;SAF=16;SAR=23;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211641;STB=0.619591;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00988835;OID=.;OPOS=26613329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:57:57:39:39:0.40625:23:16:35:22:23:16:35:22 chr2 26614583 . T TA,TAA 377.69 PASS AF=1,0;AO=46,17;DP=87;FAO=77,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.256192,-0.135735;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=7.43087,8.32238;QD=19.6202;RBI=0.260887,0.137865;REFB=0.00634429,0.00755927;REVB=-0.0492708,-0.02414;RO=21;SAF=20,11;SAR=26,6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00365709,0.213306;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00362568,0;OID=.,.;OPOS=26614584,26614584;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:46,17:87:77,0:77:0:37,0:40,0:0:0:6:21:20,11:26,6:9:12 chr2 26647277 . T G 212.04 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.012406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.669;QD=16.3109;RBI=0.0142522;REFB=-0.0127178;REVB=0.00701559;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135504;STB=0.519215;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0115949;OID=.;OPOS=26647277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:28:23:24:0.461538:11:12:15:13:12:12:15:13 chr2 26653457 . G A 333.84 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=14;FWDB=-0.029667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.242;QD=14.2061;RBI=0.0302637;REFB=-0.0113903;REVB=0.00597975;RO=57;SAF=27;SAR=10;SRF=43;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339934;STB=0.519278;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0215426;OID=.;OPOS=26653457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:37:37:0.393617:10:27:43:14:10:27:43:14 chr2 26667615 . T C 746.98 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=61;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00629807;FXX=0.0327815;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.3682;QD=50.6424;RBI=0.00836055;REFB=-0.234868;REVB=-0.00549846;RO=2;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495292;STB=0.513171;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00921134;OID=.;OPOS=26667615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:61:59:2:4:55:55:0.932203:18:37:0:2:18:37:2:2 chr2 26676322 . A G 919.83 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.736;QD=58.4018;RBI=0.0307182;REFB=0;REVB=0.0284564;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308989;OID=.;OPOS=26676322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr2 26676395 . G T 164.53 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0128821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.325;QD=17.7867;RBI=0.0216781;REFB=-0.0112256;REVB=0.0174354;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743401;STB=0.567828;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0219361;OID=.;OPOS=26676395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:18:19:17:18:0.486486:7:10:12:6:8:10:13:6 chr2 26679394 . G A 360.66 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.00222407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.238;QD=17.5932;RBI=0.0187891;REFB=0.00134741;REVB=-0.018657;RO=44;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173973;STB=0.59683;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0014961;OID=.;OPOS=26679394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:20:18:13:31:20:18:13:31 chr2 26684679 . G A 289.74 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00274477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.876;QD=18.9991;RBI=0.013606;REFB=-0.0075521;REVB=0.0133263;RO=28;SAF=9;SAR=22;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196168;STB=0.613164;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00687876;OID=.;OPOS=26684679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:30:31:31:0.508197:22:9:14:14:22:9:15:15 chr2 26699126 . C G 600.12 PASS AF=0.440559;AO=63;DP=143;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=57;FSRR=23;FWDB=0.000753313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.58;QD=16.7865;RBI=0.0414363;REFB=-0.0122855;REVB=0.0414294;RO=80;SAF=38;SAR=25;SRF=57;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118099;STB=0.565591;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0182659;OID=.;OPOS=26699126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:80:80:63:63:0.440559:25:38:57:23:25:38:57:23 chr2 26699855 . G C 273.64 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00195561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.265;QD=18.8714;RBI=0.00678171;REFB=-0.0178731;REVB=-0.00649363;RO=27;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390347;STB=0.531893;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0114415;OID=.;OPOS=26699855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:27:28:30:30:0.517241:12:18:15:12:12:18:15:13 chr2 26700700 . G A 587.97 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0206781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.287;QD=22.6143;RBI=0.0206781;REFB=-0.0400056;REVB=-3.66317e-06;RO=46;SAF=29;SAR=29;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878417;STB=0.54806;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0272882;OID=.;OPOS=26700700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:46:58:58:0.557692:29:29:28:18:29:29:28:18 chr2 26741961 . G A 197.47 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00764345;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.681;QD=17.5532;RBI=0.0126091;REFB=-0.0031032;REVB=0.0100284;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193849;STB=0.610509;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00547916;OID=.;OPOS=26741961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:25:20:20:0.444444:8:12:10:15:8:12:10:15 chr2 26750769 . G A 97.29 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0580469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0792;QD=12.9725;RBI=0.0611111;REFB=-0.0246067;REVB=0.0191081;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891716;STB=0.552241;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0446064;OID=.;OPOS=26750769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:6:12:7:5:6:12 chr2 26800422 . G A 479.55 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=38;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.0153756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.621;QD=22.5671;RBI=0.0206137;REFB=-0.0245842;REVB=-0.0137301;RO=38;SAF=38;SAR=8;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503198;STB=0.542838;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0166225;OID=.;OPOS=26800422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:38:39:46:46:0.541176:8:38:30:8:8:38:30:9 chr2 26804218 . G A 2252.05 PASS AF=0.981132;AO=146;DP=152;FAO=156;FDP=159;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0317601;FXX=0.0185174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2944;QD=56.6554;RBI=0.0352688;REFB=-0.0891128;REVB=0.0153356;RO=3;SAF=66;SAR=80;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00458897;STB=0.501735;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00368857;OID=.;OPOS=26804218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:152:159:3:3:146:156:0.981132:80:66:1:2:90:66:1:2 chr2 26804247 . T C 840.38 PASS AF=0.546667;AO=82;DP=152;FAO=82;FDP=150;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0204445;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8834;QD=22.4102;RBI=0.020973;REFB=-0.0252818;REVB=0.00467865;RO=68;SAF=30;SAR=52;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659371;STB=0.536074;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0171779;OID=.;OPOS=26804247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:150:68:68:82:82:0.546667:52:30:30:38:52:30:30:38 chr2 26864154 . T C 30.25 PASS AF=0.0625;AO=9;DP=64;FAO=4;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.103372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0187;QD=1.89089;RBI=0.108785;REFB=-0.0197084;REVB=-0.0338904;RO=48;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528059;STB=0.58293;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.124862;OID=.;OPOS=26864154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:64:64:48:56:9:4:0.0625:2:7:15:33:2:2:23:33 chr2 26951449 . G A,C 607.97 PASS AF=0.975,0.025;AO=36,3;DP=39;FAO=39,1;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=7,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177544,-0.0978009;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=198.303,18.2084;QD=60.7965;RBI=0.170891,0.125131;REFB=0,0;REVB=0.169966,0.0780554;RO=0;SAF=32,0;SAR=4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000899925,0.0638746;OID=.,.;OPOS=26951449,26951449;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:39:40:0:0:36,3:39,1:0.975,0.025:4,3:32,0:0:0:7,1:32,0:0:0 chr2 27169842 . C A 313.69 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=48;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0745694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.547;QD=25.607;RBI=0.0752124;REFB=-0.0141558;REVB=0.00981433;RO=20;SAF=10;SAR=17;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10238;STB=0.533957;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.014201;OID=.;OPOS=27169842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:20:21:27:28:0.571429:17:10:5:15:18:10:6:15 chr2 27246285 . C T 1012.28 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0371275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.835;QD=57.8444;RBI=0.0374256;REFB=-0.120704;REVB=-0.00471393;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000644986;OID=.;OPOS=27246285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:25:44:0:0:25:44:1:0 chr2 27260469 . G A 255.04 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0235436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7568;QD=22.1777;RBI=0.0293314;REFB=0.00290445;REVB=-0.0174937;RO=22;SAF=18;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741;STB=0.541631;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00645927;OID=.;OPOS=27260469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:6:18:15:7:6:18:15:7 chr2 27260957 . C T 91.75 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0681119;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8228;QD=10.1939;RBI=0.0902555;REFB=-0.0142342;REVB=0.0592184;RO=24;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330072;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0389865;OID=.;OPOS=27260957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:35:36:24:24:11:12:0.333333:8:3:6:18:9:3:6:18 chr2 27261329 . A G 608.58 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.66;QD=60.8583;RBI=0.0291886;REFB=0;REVB=0.0287327;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80056e-05;OID=.;OPOS=27261329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:19:21:0:0 chr2 27290525 . A G 416.24 PASS AF=0.5;AO=41;DP=85;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.027977;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2443;QD=19.8208;RBI=0.0556304;REFB=-0.0122665;REVB=-0.0480835;RO=41;SAF=28;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249834;STB=0.637106;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00905798;OID=.;OPOS=27290525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:41:42:41:42:0.5:13:28:17:24:13:29:18:24 chr2 27303755 . A G 483.19 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.1;QD=58.569;RBI=0.0564806;REFB=0;REVB=0.0258384;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163207;OID=.;OPOS=27303755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:18:15:0:0 chr2 27323385 . C T 109.23 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00386045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.834;QD=8.56727;RBI=0.038668;REFB=-0.0178439;REVB=-0.0384748;RO=35;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141719;STB=0.558059;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0454147;OID=.;OPOS=27323385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:37:14:14:0.27451:8:6:11:24:8:6:13:24 chr2 27324036 . G A 163.78 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00410204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.077;QD=12.8455;RBI=0.0434665;REFB=-0.0128207;REVB=0.0432725;RO=32;SAF=14;SAR=5;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247579;STB=0.51442;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0191014;OID=.;OPOS=27324036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:5:14:23:9:5:14:23:9 chr2 27324724 . G C 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0125715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.118;QD=17.3782;RBI=0.0190012;REFB=0.00552303;REVB=-0.0142479;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376028;STB=0.521699;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00546659;OID=.;OPOS=27324724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:5:5:6:5:5:5 chr2 27324751 . G T 80.16 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0107921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.964;QD=17.8143;RBI=0.0129344;REFB=-0.0144227;REVB=0.00712947;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096204;STB=0.555446;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0406648;OID=.;OPOS=27324751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:5:3:5:5:5:3 chr2 27351948 . T G 708.4 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.604;QD=62.9689;RBI=0.0524751;REFB=0;REVB=0.0442718;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288399;OID=.;OPOS=27351948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:22:23:0:0 chr2 27353507 . G C 166.17 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00684806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.326;QD=14.7703;RBI=0.0145254;REFB=-0.0336515;REVB=-0.0128099;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364109;STB=0.534488;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0383475;OID=.;OPOS=27353507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:11:7:11:15:11:7:12:15 chr2 27355991 . G T 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00660694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7744;QD=12.481;RBI=0.0626356;REFB=0.0184469;REVB=-0.0622862;RO=19;SAF=10;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337861;STB=0.703835;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0141017;OID=.;OPOS=27355991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:2:10:11:8:2:10:11:8 chr2 27361246 . C T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0186805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.72;QD=17.588;RBI=0.024151;REFB=-0.0137415;REVB=0.0153071;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125275;STB=0.571363;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00995463;OID=.;OPOS=27361246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:13:15:9:13:13:15 chr2 27424636 . G A 1127.66 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.210245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3851;QD=57.8286;RBI=0.219034;REFB=-0.138788;REVB=0.0614226;RO=2;SAF=25;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00936295;STB=0.504949;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0173319;OID=.;OPOS=27424636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:78:2:2:76:76:0.974359:51:25:1:1:51:25:1:1 chr2 27428295 . A G 1270.11 PASS AF=0.988235;AO=80;DP=83;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00586128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0611;QD=59.7698;RBI=0.00627424;REFB=0.0178824;REVB=0.00223862;RO=1;SAF=40;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116896;STB=0.505617;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00148545;OID=.;OPOS=27428295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:85:1:1:80:84:0.988235:40:40:1:0:40:44:1:0 chr2 27435250 . A G 1194.46 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00414458;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.292;QD=60.4788;RBI=0.0702236;REFB=0;REVB=0.0701012;RO=0;SAF=57;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523381;OID=.;OPOS=27435250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:74:79:1:17:57:0:0:21:58:0:0 chr2 27440784 . C CT 558.28 PASS AF=1;AO=8;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238896;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=112.625;QD=46.5233;RBI=0.0477724;REFB=0;REVB=-0.0413701;RO=37;SAF=1;SAR=7;SRF=32;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.747488;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00430376;OID=.;OPOS=27440785;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:47:48:48:0:35:13:0:0:4:37:1:7:32:5 chr2 27440785 . C T 469.23 PASS AF=0.75;AO=36;DP=48;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=32;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0372144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.7;QD=39.1027;RBI=0.0377622;REFB=-0.091918;REVB=0.00640921;RO=11;SAF=32;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423315;STB=0.748032;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00968099;OID=.;OPOS=27440785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:48:48:11:12:36:36:0.75:4:32:3:8:4:32:3:9 chr2 27730940 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.198;QD=55.0987;RBI=0.0270181;REFB=0;REVB=0.00402207;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96606e-05;OID=.;OPOS=27730940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr2 27789861 . T A 160.46 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0088311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.806;QD=18.3387;RBI=0.0187203;REFB=-0.0364616;REVB=0.0165064;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214115;STB=0.512181;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.038926;OID=.;OPOS=27789861;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:11:7:7:10:11:7 chr2 27801403 . C G 169.46 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0168964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.545;QD=17.3807;RBI=0.0257525;REFB=-0.0335846;REVB=-0.0194346;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215916;STB=0.623093;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0445357;OID=.;OPOS=27801403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:7:11:8:13:7:11:8:13 chr2 27801418 . C A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00531121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.192;QD=14.6498;RBI=0.0316552;REFB=-0.00970883;REVB=-0.0312065;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249257;STB=0.643871;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0120122;OID=.;OPOS=27801418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:6:13:6:8:6:13 chr2 27802805 . A G 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.000349844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.647;QD=16.4164;RBI=0.0218235;REFB=-0.00382925;REVB=0.0218207;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118918;STB=0.567811;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00545482;OID=.;OPOS=27802805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:4:10:13:3:4:10:13:3 chr2 27838058 . C A 175.8 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0147694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.261;QD=11.9185;RBI=0.015679;REFB=-0.0175463;REVB=-0.0052629;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146328;STB=0.508467;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0349571;OID=.;OPOS=27838058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:11:11:18:19:11:11:18:19 chr2 27849928 . GTC G 492.76 PASS AF=0.504762;AO=50;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0226099;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=2;MLLD=141.357;QD=18.7718;RBI=0.0673107;REFB=-0.0647571;REVB=-0.0633997;RO=51;SAF=25;SAR=25;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268087;STB=0.533033;STBP=0.512;TYPE=del;VARB=0.0609121;OID=.;OPOS=27849929;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.504762:50:105:53:105:52:25:28:28:24:99:51:25:25:27:24 chr2 27873415 . G A 385.73 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0408765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3266;QD=21.7312;RBI=0.048956;REFB=-0.0192868;REVB=-0.0269408;RO=31;SAF=22;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128142;STB=0.514989;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0226383;OID=.;OPOS=27873415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:32:39:39:0.549296:17:22:17:14:17:22:17:15 chr2 27887034 . C A 281.43 PASS AF=0.324561;AO=37;DP=114;FAO=37;FDP=114;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.00705376;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=280.354;QD=9.87484;RBI=0.0163587;REFB=-0.000340299;REVB=0.0147598;RO=75;SAF=19;SAR=18;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540718;STB=0.539751;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.000844478;OID=.;OPOS=27887034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:75:77:37:37:0.324561:18:19:35:40:18:19:35:42 chr2 28761981 . G C 174.87 PASS AF=0.45;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00726016;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.952;QD=17.4872;RBI=0.0131598;REFB=-0.00380647;REVB=-0.0109758;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536527;STB=0.530692;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0047748;OID=.;OPOS=28761981;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:22:22:18:18:0.45:8:10:11:11:8:10:11:11 chr2 28824793 . C G 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00711634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.766;QD=6.92872;RBI=0.0266582;REFB=0.00721275;REVB=0.0256908;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265793;STB=0.666173;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0211518;OID=.;OPOS=28824793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:3:3:4:11:3:3:4:11 chr2 29001691 . A G 333.53 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0266282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9841;QD=24.257;RBI=0.0536178;REFB=-0.0513201;REVB=0.0465382;RO=22;SAF=13;SAR=20;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115048;STB=0.506325;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0328164;OID=.;OPOS=29001691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:20:13:9:13:20:13:9:13 chr2 29023749 . A G 369.25 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00774942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4009;QD=17.7949;RBI=0.0161727;REFB=-0.00500514;REVB=-0.0141952;RO=44;SAF=28;SAR=11;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160773;STB=0.590254;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00477034;OID=.;OPOS=29023749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:11:28:25:19:11:28:25:19 chr2 29092679 . T C 280.05 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.0169808;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.25;QD=16.4733;RBI=0.0263769;REFB=-0.029586;REVB=-0.020184;RO=37;SAF=9;SAR=22;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568945;STB=0.531895;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0199658;OID=.;OPOS=29092679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:22:9:9:28:22:9:9:28 chr2 29092850 . G T 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0129143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.414;QD=16.4202;RBI=0.0172483;REFB=-0.0248949;REVB=0.0114335;RO=33;SAF=8;SAR=21;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983468;STB=0.567519;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0271962;OID=.;OPOS=29092850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:21:8:12:21:21:8:13:21 chr2 29129418 . A G 197.68 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00234818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5441;QD=18.8267;RBI=0.0193901;REFB=-0.0251144;REVB=-0.0192473;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195137;STB=0.619603;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0177645;OID=.;OPOS=29129418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:19:20:0.47619:9:10:7:15:9:11:7:15 chr2 29135468 . C G 805.86 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00392923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.487;QD=56.5517;RBI=0.0224676;REFB=0;REVB=0.0221213;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54148e-05;OID=.;OPOS=29135468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:57:0:0:53:57:1:32:21:0:0:35:22:0:0 chr2 29152456 . A G 315.98 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00616131;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2514;QD=24.3061;RBI=0.039793;REFB=0.0133291;REVB=0.0393131;RO=21;SAF=12;SAR=19;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137342;STB=0.575708;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00637136;OID=.;OPOS=29152456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:19:12:12:9:19:12:12:9 chr2 29169612 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.6729;QD=33.4272;RBI=0.0385179;REFB=0;REVB=0.0379711;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0031667;OID=.;OPOS=29169612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr2 29170623 . G T 383.25 PASS AF=0.353383;AO=43;DP=129;FAO=47;FDP=133;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.000723427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.277;QD=11.5264;RBI=0.00625742;REFB=-0.0183841;REVB=0.00621547;RO=75;SAF=18;SAR=25;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199809;STB=0.549451;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0394634;OID=.;OPOS=29170623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:133:75:86:43:47:0.353383:25:18:45:30:26:21:45:41 chr2 29222070 . G A 212.51 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0165375;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.058;QD=18.4787;RBI=0.0218088;REFB=-0.0383624;REVB=-0.0142174;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112262;STB=0.563615;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0592197;OID=.;OPOS=29222070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:16:9:10:11:16:9 chr2 29226498 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1764;QD=55.6542;RBI=0.00703891;REFB=0;REVB=-0.00629715;RO=0;SAF=2;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.18567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.32229e-05;OID=.;OPOS=29226498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:25:2:0:0:25:2:0:0 chr2 29226512 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.385;QD=54.5174;RBI=0.0323124;REFB=0;REVB=-0.0102088;RO=0;SAF=2;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34264e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98515e-05;OID=.;OPOS=29226512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:23:2:0:0:23:2:0:0 chr2 29246044 . T C 958.39 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444073;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.484;QD=58.9777;RBI=0.0614537;REFB=0;REVB=0.04248;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1057e-06;OID=.;OPOS=29246044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:39:25:0:0:40:25:0:0 chr2 29268375 . A C 175.27 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.00158398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.553;QD=10.0156;RBI=0.0226633;REFB=-0.000417857;REVB=0.0226079;RO=43;SAF=7;SAR=16;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00267358;STB=0.522369;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00154154;OID=.;OPOS=29268375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:47:23:23:0.328571:16:7:13:30:16:7:13:34 chr2 29274704 . C T 157.11 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0109762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.053;QD=9.66844;RBI=0.0146873;REFB=-0.00742465;REVB=-0.00975917;RO=44;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00657337;STB=0.503872;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0157986;OID=.;OPOS=29274704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:13:8:17:27:13:8:17:27 chr2 29274720 . A G 140.92 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0172509;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5533;QD=7.82899;RBI=0.0303412;REFB=-0.000134285;REVB=-0.0249598;RO=50;SAF=9;SAR=11;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012052;STB=0.505612;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.000283626;OID=.;OPOS=29274720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:50:52:20:20:0.277778:11:9:22:28:11:9:23:29 chr2 29286509 . T C 339.09 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0403272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8044;QD=17.847;RBI=0.0432003;REFB=0.0141537;REVB=-0.0154914;RO=40;SAF=17;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034074;STB=0.526301;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.0110272;OID=.;OPOS=29286509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:35:36:0.473684:18:17:18:22:18:18:18:22 chr2 29287926 . C CGCT 198.64 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0207883;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=3;MLLD=229.661;QD=18.4781;RBI=0.0243977;REFB=-0.0418404;REVB=-0.0127707;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289935;STB=0.555765;STBP=0.515;TYPE=ins;VARB=0.0438558;OID=.;OPOS=29287927;OREF=-;OALT=GCT;OMAPALT=CGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465116:19:48:20:43:23:9:11:8:15:99:29:8:11:13:16 chr2 29294629 . C T 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.00971791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.534;QD=17.7911;RBI=0.0106621;REFB=-0.00985784;REVB=0.00438654;RO=33;SAF=17;SAR=14;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140821;STB=0.578464;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0119686;OID=.;OPOS=29294629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:14:17:23:10:14:17:23:10 chr2 29294754 . G C 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00242679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.86;QD=13.9118;RBI=0.010038;REFB=0.00186429;REVB=-0.00974024;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15687;STB=0.590079;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0026837;OID=.;OPOS=29294754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:12:9:18:13:12:9:18:13 chr2 29295016 . A G 284.1 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0350986;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.099;QD=21.854;RBI=0.0403176;REFB=-0.0141554;REVB=-0.0198392;RO=23;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184538;STB=0.602338;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.010389;OID=.;OPOS=29295016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:23:23:29:29:0.557692:18:11:14:9:18:11:14:9 chr2 29295676 . G A 167.3 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0218423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3679;QD=11.7404;RBI=0.0424526;REFB=-0.0114953;REVB=0.0364024;RO=36;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167286;STB=0.596923;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0202959;OID=.;OPOS=29295676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:9:12:15:21:9:12:15:21 chr2 29296870 . C T 166.36 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.024319;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5907;QD=14.1586;RBI=0.0391673;REFB=0.00501391;REVB=0.0307029;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130602;STB=0.586759;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0249067;OID=.;OPOS=29296870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:30:29:18:18:0.382979:8:10:13:17:8:10:12:17 chr2 29297068 . C T 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0194209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.121;QD=21.0076;RBI=0.0194306;REFB=-0.0111714;REVB=0.000611354;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799136;STB=0.5045;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0102636;OID=.;OPOS=29297068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:7:10:11:8:7:10 chr2 29416025 . C CATTG 1350.98 PASS AF=0.884956;AO=95;DP=117;FAO=100;FDP=113;FR=.;FRO=13;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00804984;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=4;MLLD=288.979;QD=47.8224;RBI=0.0111601;REFB=0.0173905;REVB=-0.00772963;RO=16;SAF=45;SAR=50;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411072;STB=0.514419;STBP=0.431;TYPE=ins;VARB=-0.00197736;OID=.;OPOS=29416026;OREF=-;OALT=ATTG;OMAPALT=CATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.884956:95:117:100:113:13:49:51:8:5:55:16:45:50:10:6 chr2 29416366 . G C 1568.46 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.053;QD=64.0187;RBI=0.0311298;REFB=0;REVB=-0.00440795;RO=0;SAF=60;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.97067e-05;OID=.;OPOS=29416366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:38:60:0:0:38:60:0:0 chr2 29416481 . T C 1457.7 PASS AF=0.969388;AO=91;DP=94;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0778069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8727;QD=59.4978;RBI=0.0838545;REFB=-0.174014;REVB=0.0312676;RO=3;SAF=49;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281362;STB=0.513759;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.01443;OID=.;OPOS=29416481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:98:3:3:91:95:0.969388:42:49:3:0:42:53:3:0 chr2 29416572 . T C 732.65 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0269739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3924;QD=61.0543;RBI=0.0772369;REFB=0.0460842;REVB=0.0723737;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00275283;OID=.;OPOS=29416572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:48:1:1:45:47:0.979167:23:22:1:0:25:22:1:0 chr2 29430942 . GTC G 848.7 PASS AF=1;AO=57;DP=61;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00117448;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=2;MLLD=294.561;QD=58.531;RBI=0.00594433;REFB=0;REVB=-0.00582715;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.82069e-05;OID=.;OPOS=29430943;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:61:58:58:0:32:26:0:0:5:0:32:25:0:0 chr2 29444076 . G T 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.412;QD=63.8682;RBI=0.0576391;REFB=0;REVB=0.0268979;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168337;OID=.;OPOS=29444076;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:35:13:0:0:35:13:0:0 chr2 29444095 . C T 676.76 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.641;QD=60.1562;RBI=0.0120855;REFB=-0.00285918;REVB=0.000264958;RO=1;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144582;STB=0.507689;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=3.11289e-05;OID=.;OPOS=29444095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:32:12:0:1:32:12:0:1 chr2 29445458 . G T 466.68 PASS AF=1;AO=29;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.606;QD=58.3347;RBI=0.048501;REFB=0;REVB=0.0164615;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332318;OID=.;OPOS=29445458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:29:32:1:9:20:0:0:12:20:0:0 chr2 29543663 . T C 1546.35 PASS AF=0.972477;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=83;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0191756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.594;QD=56.7466;RBI=0.019268;REFB=0.0690217;REVB=-0.00188488;RO=3;SAF=83;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338123;STB=0.51784;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00281039;OID=.;OPOS=29543663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:109:3:3:106:106:0.972477:23:83:1:2:23:83:1:2 chr2 29903931 . T A 348.39 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0288223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6037;QD=51.6138;RBI=0.103025;REFB=-0.0806923;REVB=0.0989115;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516117;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00570794;OID=.;OPOS=29903931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:27:27:0:1:26:26:0.962963:15:11:0:0:15:11:0:1 chr2 29940529 . A T 445.73 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0463531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.016;QD=52.4388;RBI=0.0497529;REFB=-0.0316617;REVB=-0.018076;RO=2;SAF=16;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054844;STB=0.529393;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000878414;OID=.;OPOS=29940529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:16:16:2:0:16:16:2:0 chr2 30381505 . T C 1206.53 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7863;QD=61.09;RBI=0.0452136;REFB=0;REVB=0.0444906;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424325;OID=.;OPOS=30381505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr2 30957326 . A G 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0017121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.265;QD=14.6857;RBI=0.0182636;REFB=0.000999284;REVB=-0.0181832;RO=42;SAF=14;SAR=17;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16884;STB=0.588179;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00127753;OID=.;OPOS=30957326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:43:31:31:0.418919:17:14:26:16:17:14:26:17 chr2 30976058 . C T 234.41 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.0189069;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2362;QD=10.3038;RBI=0.0246919;REFB=0.00252448;REVB=-0.0158815;RO=62;SAF=21;SAR=8;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107825;STB=0.563461;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00360833;OID=.;OPOS=30976058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:62:29:29:0.318681:8:21:40:22:8:21:40:22 chr2 30980940 . C T 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00350117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.787;QD=18.6755;RBI=0.00716761;REFB=-0.0232499;REVB=0.00625431;RO=32;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112005;STB=0.562461;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0288964;OID=.;OPOS=30980940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:18:14:18:14:18:14:18:14 chr2 31135184 . G T 1282.34 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00426225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.092;QD=61.7996;RBI=0.0195906;REFB=0;REVB=0.0191213;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83469e-05;OID=.;OPOS=31135184;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr2 31178818 . C T 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00104688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.345;QD=15.2612;RBI=0.00642117;REFB=-0.0397279;REVB=-0.00633525;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230345;STB=0.513348;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.034772;OID=.;OPOS=31178818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:7:9:7:6:7:9 chr2 31399988 . C T 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0170603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5035;QD=17.2645;RBI=0.0171284;REFB=-0.0200947;REVB=0.00152513;RO=41;SAF=20;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877529;STB=0.555525;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0202239;OID=.;OPOS=31399988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:16:20:19:22:16:20:19:23 chr2 31410653 . C T 129.2 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.048382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1192;QD=12.92;RBI=0.050954;REFB=-0.0113082;REVB=-0.0159842;RO=25;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0164717;OID=.;OPOS=31410653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:12:3:5:20:12:3:5:20 chr2 31414223 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-5.71289e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.219;QD=13.4858;RBI=0.00199333;REFB=-0.00402264;REVB=0.00199251;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00947861;STB=0.505605;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0314302;OID=.;OPOS=31414223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:5:6:5:4:5:6 chr2 31414807 . C G 1260.97 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9879;QD=61.5109;RBI=0.0117589;REFB=0;REVB=-0.0113189;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3615e-05;OID=.;OPOS=31414807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:31:50:0:0:32:50:0:0 chr2 31423443 . G A 663.55 PASS AF=0.492647;AO=66;DP=136;FAO=67;FDP=136;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.00332371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.19;QD=19.5161;RBI=0.0122332;REFB=-0.0340956;REVB=-0.0117731;RO=69;SAF=30;SAR=36;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888939;STB=0.552223;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0331104;OID=.;OPOS=31423443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:69:69:66:67:0.492647:36:30:38:31:37:30:38:31 chr2 31451224 . G C 207.83 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0256366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1726;QD=13.4084;RBI=0.0431474;REFB=-0.00439761;REVB=0.0347053;RO=36;SAF=9;SAR=16;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336459;STB=0.683276;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00893617;OID=.;OPOS=31451224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:37:25:25:0.403226:16:9:25:11:16:9:25:12 chr2 31490716 . C G 709.56 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0556605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2921;QD=54.5818;RBI=0.0560929;REFB=0.0115894;REVB=0.00695138;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000473551;OID=.;OPOS=31490716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:26:25:0:1:26:25:0:1 chr2 31571786 . A G 750.82 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-7.21394e-05;FXX=0.036357;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.883;QD=56.666;RBI=0.013079;REFB=0;REVB=-0.0130788;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021442;OID=.;OPOS=31571786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:21:30:0:0:21:32:0:0 chr2 31589847 . G A 285.36 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00236758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.086;QD=16.7861;RBI=0.0107472;REFB=-0.00690171;REVB=0.0104832;RO=34;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12985;STB=0.561185;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00750569;OID=.;OPOS=31589847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:36:32:32:0.470588:22:10:15:19:22:10:15:21 chr2 31805880 . A AG 267.74 PASS AF=1;AO=24;DP=31;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.8798;QD=38.2483;RBI=0.211795;REFB=0;REVB=0.108109;RO=7;SAF=14;SAR=10;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563797;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0143966;OID=.;OPOS=31805881;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:31:28:28:0:17:11:0:0:5:7:14:10:5:2 chr2 32342508 . A T 4053.99 PASS AF=1;AO=261;DP=263;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225048;FXX=0.00751851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6181;QD=61.4241;RBI=0.0470017;REFB=-0.0295439;REVB=0.0412637;RO=2;SAF=129;SAR=132;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00716798;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504819;OID=.;OPOS=32342508;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:263:264:2:0:261:264:1:132:129:0:2:134:130:0:0 chr2 32667182 . G C 1062.11 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.572;QD=59.8373;RBI=0.048668;REFB=0;REVB=0.0277939;RO=0;SAF=19;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97654e-05;OID=.;OPOS=32667182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:52:19:0:0:52:19:0:0 chr2 32713706 . A T 437.92 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0299888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.386;QD=21.6256;RBI=0.0299971;REFB=-0.00262295;REVB=0.000704142;RO=38;SAF=17;SAR=26;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113198;STB=0.562544;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.002033;OID=.;OPOS=32713706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:26:17:20:18:26:17:20:18 chr2 32822957 . G A 242.53 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.00228332;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.414;QD=12.4375;RBI=0.0193523;REFB=-0.0213297;REVB=-0.0192171;RO=48;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116525;STB=0.557582;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0253157;OID=.;OPOS=32822957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:48:49:29:29:0.371795:17:12:15:33:17:12:16:33 chr2 32843281 . GTTTATTTTATTTTA GTTTATTTTA,GTTTATTTTATT,GTTTATTTTATTT,GTTTATTTTTATTTT 267.98 PASS AF=0.173913,0.695652,0.0869565,0;AO=4,4,4,3;DP=24;FAO=4,16,2,0;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=0,8,2,0;FSAR=4,8,0,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0215967,-0.0282255,-0.0301916,-0.0323302;FXX=0.079968;HRUN=4,4,4,1;LEN=5,3,2,6;MLLD=147.154,151.335,150.504,138.512;QD=46.6059;RBI=0.02206,0.102288,0.107887,0.100036;REFB=-0.137036,-0.171459,-0.165011,-0.132287;REVB=0.00449736,0.0983163,0.103576,0.0946676;RO=1;SAF=0,2,3,3;SAR=4,2,1,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0.166656,0.272709,0.727144;STB=0.5,0.529375,0.993266,0.5;STBP=1,0.508,0.227,1;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=-0.0273862,-0.00584717,0.0159709,0;OID=.,.,.,.;OPOS=32843282,32843293,32843294,32843290;OREF=TTTAT,TTA,TA,ATTTTA;OALT=-,-,-,TATTTT;OMAPALT=GTTTATTTTA,GTTTATTTTATT,GTTTATTTTATTT,GTTTATTTTTATTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.173913,0.695652,0.0869565,0:4,4,4,3:24:4,16,2,0:23:1:0,8,2,0:4,8,0,0:0:1:13:1:0,2,3,3:4,2,1,0:0:1 chr2 32855615 . A G 868.06 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5299;QD=57.8708;RBI=0.0426074;REFB=0;REVB=0.0254276;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517962;OID=.;OPOS=32855615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:28:32:0:0 chr2 33412077 . G A 144.8 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.014783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.013;QD=15.6538;RBI=0.0167113;REFB=-0.00508331;REVB=0.007793;RO=21;SAF=3;SAR=13;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765971;STB=0.543808;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00939473;OID=.;OPOS=33412077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:13:3:3:18:13:3:3:18 chr2 33447202 . C T 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0121007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.708;QD=11.016;RBI=0.0155604;REFB=0.00637183;REVB=0.00978262;RO=28;SAF=2;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47057;STB=0.786419;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0197461;OID=.;OPOS=33447202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:12:2:14:14:12:2:14:14 chr2 33510890 . C G 406.99 PASS AF=0.545455;AO=38;DP=71;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0503896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.5214;QD=21.1422;RBI=0.0515513;REFB=-0.031285;REVB=0.0108822;RO=32;SAF=23;SAR=15;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100894;STB=0.577545;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0306829;OID=.;OPOS=33510890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:77:32:35:38:42:0.545455:15:23:23:9:19:23:25:10 chr2 33540248 . G A 588.77 PASS AF=0.595506;AO=53;DP=89;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0301345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4734;QD=26.4616;RBI=0.0303574;REFB=-0.00593632;REVB=-0.00367252;RO=36;SAF=25;SAR=28;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202909;STB=0.511069;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00309132;OID=.;OPOS=33540248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:36:36:53:53:0.595506:28:25:16:20:28:25:16:20 chr2 33557974 . A G 197.55 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0259397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.685;QD=26.3394;RBI=0.0306948;REFB=-0.0135575;REVB=-0.0164103;RO=11;SAF=15;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207316;STB=0.616304;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00553876;OID=.;OPOS=33557974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:4:15:6:5:4:15:6:5 chr2 33585796 . T C 1615.12 PASS AF=0.990991;AO=107;DP=112;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0665888;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1745;QD=58.2024;RBI=0.0714003;REFB=-0.0930195;REVB=0.025767;RO=2;SAF=51;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182467;STB=0.504586;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00478684;OID=.;OPOS=33585796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:111:2:1:107:110:0.990991:56:51:2:0:56:54:1:0 chr2 33764286 . T C 477.76 PASS AF=0.464286;AO=49;DP=109;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0164834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6917;QD=17.0628;RBI=0.0180403;REFB=-0.0207159;REVB=-0.00733147;RO=59;SAF=26;SAR=23;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878213;STB=0.535701;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0232686;OID=.;OPOS=33764286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:59:60:49:52:0.464286:23:26:26:33:26:26:26:34 chr2 33952413 . T C 259.83 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387658;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8717;QD=51.9655;RBI=0.0436154;REFB=0;REVB=0.0199879;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000403275;OID=.;OPOS=33952413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:21:20:1:9:12:0:0:8:12:0:0 chr2 33952456 . C G 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.979;QD=46.8377;RBI=0.0454382;REFB=0;REVB=0.0369775;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384994;OID=.;OPOS=33952456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr2 33952621 . G A 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0114558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.474;QD=20.8112;RBI=0.0403144;REFB=-0.0214683;REVB=0.0386524;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147333;STB=0.567458;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0177227;OID=.;OPOS=33952621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:13:10:6:16:13:10:7:16 chr2 36704144 . C T 587.11 PASS AF=0.557692;AO=56;DP=105;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0105022;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.117;QD=22.581;RBI=0.0254946;REFB=0.00426054;REVB=-0.023231;RO=46;SAF=27;SAR=29;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682085;STB=0.544025;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00384539;OID=.;OPOS=36704144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:46:46:56:58:0.557692:29:27:26:20:31:27:26:20 chr2 36756288 . T C 206.04 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0380339;FXX=0.0129853;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.147;QD=10.8442;RBI=0.0406318;REFB=-0.00972523;REVB=0.0142956;RO=47;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828657;STB=0.526296;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0170232;OID=.;OPOS=36756288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:47:50:26:26:0.342105:13:13:20:27:13:13:23:27 chr2 36776049 . GT G 179.94 PASS AF=0.5;AO=29;DP=57;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.112049;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.2206;QD=12.8525;RBI=0.11412;REFB=-0.00131576;REVB=0.0216379;RO=26;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146442;STB=0.517844;STBP=0.803;TYPE=del;VARB=-0.00581097;OID=.;OPOS=36776050;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:29:57:28:56:28:14:14:15:13:99:26:15:14:13:13 chr2 36782886 . G A 346.05 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0169516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.006;QD=24.7176;RBI=0.0215982;REFB=-0.0290859;REVB=-0.0133838;RO=22;SAF=15;SAR=19;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090428;STB=0.54954;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0175334;OID=.;OPOS=36782886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:19:15:7:15:19:15:7:15 chr2 36808732 . T G 184.47 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0300176;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.6906;QD=18.4472;RBI=0.0308865;REFB=-0.0119164;REVB=-0.00727467;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516853;STB=0.529381;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0200702;OID=.;OPOS=36808732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:10:11:11:8:10:11 chr2 37094945 . A G 481.71 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0452902;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=136.957;QD=53.5228;RBI=0.0529916;REFB=-0.0122582;REVB=0.0275121;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252651;STB=0.501638;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000437619;OID=.;OPOS=37094945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:1:2:34:34:0.944444:16:18:1:0:16:18:1:1 chr2 37111123 . G A 287.89 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00685823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.777;QD=18.5735;RBI=0.00698977;REFB=-0.0134964;REVB=-0.00134967;RO=31;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579364;STB=0.532338;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0182077;OID=.;OPOS=37111123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:14:17:15:16:14:17:15:16 chr2 37227797 . C G 225.01 PASS AF=0.35;AO=27;DP=77;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0169993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5908;QD=11.2507;RBI=0.061506;REFB=-0.00382359;REVB=-0.0591101;RO=50;SAF=20;SAR=7;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406237;STB=0.749821;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00889287;OID=.;OPOS=37227797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:50:52:27:28:0.35:7:20:19:31:7:21:19:33 chr2 37296064 . C A 261.15 PASS AF=0.529412;AO=22;DP=46;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0482848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.616;QD=20.4822;RBI=0.0489993;REFB=-0.0165922;REVB=0.00833727;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00721544;STB=0.52306;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0127611;OID=.;OPOS=37296064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:51:24:24:22:27:0.529412:13:9:10:14:17:10:10:14 chr2 37306343 . G A 2267.27 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0055659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.985;QD=63.4201;RBI=0.0118392;REFB=0;REVB=0.0104492;RO=0;SAF=75;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20846e-06;OID=.;OPOS=37306343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:67:75:0:0:67:76:0:0 chr2 37317869 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.166;QD=58.2392;RBI=0.0141163;REFB=0;REVB=-0.0118385;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94309e-06;OID=.;OPOS=37317869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:21:41:0:0:21:41:0:0 chr2 37406644 . A G 327.54 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0218191;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.266;QD=20.1562;RBI=0.029406;REFB=-0.000156062;REVB=0.0197139;RO=30;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810794;STB=0.552316;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.000216174;OID=.;OPOS=37406644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:30:31:34:34:0.523077:18:16:17:13:18:16:18:13 chr2 37406680 . C G 265.02 PASS AF=0.476923;AO=27;DP=63;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00303613;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.626;QD=16.3089;RBI=0.0148565;REFB=-0.00357887;REVB=0.0145429;RO=30;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423401;STB=0.523794;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0067097;OID=.;OPOS=37406680;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:30:34:27:31:0.476923:12:15:18:12:16:15:18:16 chr2 37438993 . G A 141.09 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0148991;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8635;QD=12.5415;RBI=0.0319835;REFB=-0.0294663;REVB=-0.0283013;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209485;STB=0.622079;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0512488;OID=.;OPOS=37438993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:29:29:16:16:0.355556:8:8:20:9:8:8:20:9 chr2 37456032 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.754;QD=47.8221;RBI=0.0478541;REFB=0;REVB=0.0331638;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88917e-05;OID=.;OPOS=37456032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr2 37458711 . G A 333.68 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00499843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.887;QD=24.2679;RBI=0.0297888;REFB=-0.00347287;REVB=0.0293665;RO=22;SAF=27;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423728;STB=0.73525;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00562153;OID=.;OPOS=37458711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:6:27:7:15:6:27:7:15 chr2 37477794 . C A 145.0 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.001415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0736;QD=15.6758;RBI=0.0368274;REFB=-0.00600089;REVB=-0.0368002;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412697;STB=0.513601;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00723522;OID=.;OPOS=37477794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:16:16:0.432432:11:5:7:13:11:5:7:14 chr2 37518045 . G C 206.09 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0647708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.986;QD=16.8236;RBI=0.066609;REFB=-0.00607126;REVB=-0.0155405;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142358;STB=0.581318;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00546367;OID=.;OPOS=37518045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:12:9:16:12:12:9:16:12 chr2 37599963 . A C 247.89 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0558843;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.104;QD=15.993;RBI=0.0561717;REFB=-0.0104864;REVB=0.00567412;RO=32;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116173;STB=0.561873;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0114052;OID=.;OPOS=37599963;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:32:34:28:28:0.451613:13:15:21:11:13:15:22:12 chr2 37872508 . G A 195.85 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.0556606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.803;QD=8.7046;RBI=0.0573437;REFB=-0.00484895;REVB=-0.0137913;RO=64;SAF=8;SAR=18;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387737;STB=0.728757;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00659788;OID=.;OPOS=37872508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:64:64:26:26:0.288889:18:8:41:23:18:8:41:23 chr2 38179134 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.764;QD=57.7121;RBI=0.0572653;REFB=0;REVB=-0.000522126;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254295;OID=.;OPOS=38179134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr2 38298150 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.198;QD=57.7122;RBI=0.0369749;REFB=0;REVB=0.00204175;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131304;OID=.;OPOS=38298150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr2 38298203 . C G 712.31 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216418;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6773;QD=63.3166;RBI=0.0219176;REFB=0;REVB=-0.00346591;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156578;OID=.;OPOS=38298203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr2 38302390 . G C 65.05 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.03355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.8437;QD=11.313;RBI=0.0891368;REFB=-0.0235521;REVB=0.0825819;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565464;STB=0.533905;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0386846;OID=.;OPOS=38302390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:7:7:4:5:7:7 chr2 38916970 . A T 451.73 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.00367428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.636;QD=16.133;RBI=0.00439709;REFB=-0.0130203;REVB=0.00241538;RO=62;SAF=28;SAR=22;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915338;STB=0.551161;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0147768;OID=.;OPOS=38916970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:62:50:50:0.446429:22:28:29:33:22:28:29:33 chr2 39008949 . G A 215.56 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00952274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.302;QD=10.9143;RBI=0.0101607;REFB=-0.00803506;REVB=0.00354366;RO=52;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693362;STB=0.5402;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00954034;OID=.;OPOS=39008949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:15:12:20:32:15:12:20:32 chr2 39025555 . G A 785.53 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.59;QD=64.1251;RBI=0.039514;REFB=0;REVB=0.00288944;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010851;OID=.;OPOS=39025555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr2 39050141 . A C 453.95 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0274314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.598;QD=55.0246;RBI=0.02822;REFB=-0.161057;REVB=-0.00662485;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00106254;OID=.;OPOS=39050141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:17:15:0:0:17:15:0:1 chr2 39082344 . T C 995.25 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0113228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.19;QD=57.6958;RBI=0.0253841;REFB=-0.145565;REVB=0.0227189;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136989;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000830946;OID=.;OPOS=39082344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:34:34:1:0:34:34:1:0 chr2 39347531 . GA G 211.39 PASS AF=1;AO=25;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.258873;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=7.96944;QD=20.1322;RBI=0.275717;REFB=0.0194928;REVB=0.0948933;RO=11;SAF=19;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0234191;OID=.;OPOS=39347532;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:42:42:42:0:26:16:0:0:3:11:19:6:6:5 chr2 39417562 . C A 267.33 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00179351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.785;QD=18.4364;RBI=0.0155476;REFB=0.00448917;REVB=0.0154438;RO=29;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309096;STB=0.517271;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00418981;OID=.;OPOS=39417562;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:15:14:13:16:15:14:13:16 chr2 39477170 . T C 455.58 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.891;QD=56.9478;RBI=0.0365144;REFB=0;REVB=0.0272358;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707521;OID=.;OPOS=39477170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:18:13:0:0:19:13:0:0 chr2 39507417 . T A 403.85 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00850343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.598;QD=53.847;RBI=0.0357686;REFB=-0.103603;REVB=0.0347431;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238003;OID=.;OPOS=39507417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:30:30:1:0:29:30:1:15:14:0:1:16:14:0:0 chr2 39583446 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6908;QD=61.6836;RBI=0.0152118;REFB=0;REVB=-0.00526859;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102944;OID=.;OPOS=39583446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr2 42396722 . A G 201.17 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=0;FWDB=-0.0194555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.767;QD=14.1175;RBI=0.0361408;REFB=-0.037398;REVB=0.0304572;RO=22;SAF=20;SAR=3;SRF=22;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326888;STB=0.719888;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0652537;OID=.;OPOS=42396722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:33:23:24:0.421053:3:20:22:0:3:21:33:0 chr2 42510018 . A G 1399.64 PASS AF=0.971154;AO=95;DP=101;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0553485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1421;QD=53.8322;RBI=0.0564573;REFB=-0.0075994;REVB=-0.0111342;RO=4;SAF=48;SAR=47;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195332;STB=0.50495;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00169582;OID=.;OPOS=42510018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:101:104:4:3:95:101:0.971154:47:48:1:3:50:51:1:2 chr2 42515388 . A G 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0145642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.272;QD=15.0641;RBI=0.0155318;REFB=0.00165158;REVB=-0.00539644;RO=35;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374231;STB=0.521181;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00250061;OID=.;OPOS=42515388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:16:11:13:22:16:11:13:22 chr2 42515437 . A G 237.67 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0327011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6589;QD=18.6411;RBI=0.0330413;REFB=-0.00309485;REVB=0.00472949;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753369;STB=0.534196;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00507342;OID=.;OPOS=42515437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:16:9:11:14:16:9:11:15 chr2 42560975 . A G 174.85 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0123275;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6262;QD=11.6565;RBI=0.0267346;REFB=0.00605675;REVB=0.0237228;RO=39;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870907;STB=0.558229;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.0112807;OID=.;OPOS=42560975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:39:38:22:22:0.366667:13:9:19:20:13:9:19:19 chr2 42577803 . T TAAATACACAC 46.52 PASS AF=0.35;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.000455437;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=10;MLLD=306.294;QD=9.30416;RBI=0.0158126;REFB=-0.0089029;REVB=-0.015806;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414775;STB=0.521677;STBP=0.941;TYPE=ins;VARB=0.0171585;OID=.;OPOS=42577804;OREF=-;OALT=AAATACACAC;OMAPALT=TAAATACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:6:21:7:20:13:4:3:7:6:46:13:3:3:7:6 chr2 42588195 . T C 340.86 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.080073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0965;QD=13.9125;RBI=0.108473;REFB=-0.00341776;REVB=-0.0731751;RO=59;SAF=26;SAR=12;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233143;STB=0.628726;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0042079;OID=.;OPOS=42588195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:59:60:38:38:0.387755:12:26:28:31:12:26:29:31 chr2 42990101 . G C 423.81 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.000725784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.31;QD=21.1906;RBI=0.0115213;REFB=-0.0098784;REVB=0.0114984;RO=38;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656031;STB=0.536249;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0066322;OID=.;OPOS=42990101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:20:22:17:21:20:22:17:21 chr2 42990336 . T G 328.01 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00550143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.129;QD=30.5127;RBI=0.00821301;REFB=-0.0415248;REVB=-0.00609817;RO=14;SAF=7;SAR=21;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226579;STB=0.616349;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0157043;OID=.;OPOS=42990336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:15:28:28:0.651163:21:7:8:6:21:7:8:7 chr2 42990522 . C T 242.32 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0414854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.584;QD=14.9122;RBI=0.056614;REFB=-0.0244494;REVB=-0.0385242;RO=36;SAF=21;SAR=7;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326996;STB=0.680535;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0616251;OID=.;OPOS=42990522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:7:21:16:20:7:21:17:20 chr2 43015704 . T A 187.6 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0197973;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.948;QD=19.2407;RBI=0.0202269;REFB=-0.0199359;REVB=-0.00414636;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671228;STB=0.538004;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00840888;OID=.;OPOS=43015704;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:12:8:9:10:12:8 chr2 43015719 . T C 582.48 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.16;QD=58.2476;RBI=0.0195513;REFB=-0.0372749;REVB=-0.00845687;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.511622;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000302826;OID=.;OPOS=43015719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:18:21:0:0:18:21:1:0 chr2 43015757 . G A 427.72 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0214366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.486;QD=51.8451;RBI=0.0214411;REFB=-0.13001;REVB=-0.000440729;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.541639;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00101575;OID=.;OPOS=43015757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:0:2:31:31:0.939394:11:20:0:0:11:20:0:2 chr2 43037672 . C T 1154.51 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9911;QD=59.9746;RBI=0.0346543;REFB=0;REVB=0.0337601;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565641;OID=.;OPOS=43037672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:42:33:0:0:44:33:0:0 chr2 43450901 . AAT A 309.79 PASS AF=0.420168;AO=48;DP=118;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0014936;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=322.491;QD=10.4132;RBI=0.00591609;REFB=-0.00206932;REVB=0.00572444;RO=59;SAF=37;SAR=11;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195755;STB=0.625379;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.00224217;OID=.;OPOS=43450902;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.420168:48:118:50:119:69:37:13:38:31:99:59:37:11:36:23 chr2 43452334 . G A 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0368981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.439;QD=10.3894;RBI=0.0515246;REFB=-0.0196643;REVB=-0.0359627;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205271;STB=0.624653;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0300301;OID=.;OPOS=43452334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:4:7:3:4:4:7 chr2 43452618 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0230673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.86;QD=19.0176;RBI=0.0288296;REFB=-0.0232871;REVB=-0.017293;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14611;STB=0.582179;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0180505;OID=.;OPOS=43452618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:11:4:2:12:11:4:2:12 chr2 43455063 . CCACA CC,CCA 177.82 PASS AF=0.118644,0.271186;AO=8,12;DP=61;FAO=7,16;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=6,7;FSAR=1,9;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0113026,-0.00951598;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=257.904,257.558;QD=12.0553;RBI=0.0167574,0.0111092;REFB=-0.0262814,-0.0233008;REVB=0.0123717,0.00573238;RO=33;SAF=7,6;SAR=1,6;SRF=11;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.61474,0.199952;STB=0.850333,0.504872;STBP=0.069,0.972;TYPE=del,del;VARB=0.0271775,0.040199;OID=.,.;OPOS=43455065,43455064;OREF=ACA,CA;OALT=-,-;OMAPALT=CC,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.118644,0.271186:8,12:61:7,16:59:36:6,7:1,9:16:20:99:33:7,6:1,6:11:22 chr2 43625184 . T A 560.33 PASS AF=0.431655;AO=59;DP=138;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.00987282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.24;QD=16.1245;RBI=0.0153844;REFB=-0.00710509;REVB=-0.0117986;RO=79;SAF=31;SAR=28;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323902;STB=0.513509;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0106971;OID=.;OPOS=43625184;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:79:79:59:60:0.431655:28:31:44:35:28:32:44:35 chr2 43635506 . T C 399.19 PASS AF=0.66;AO=28;DP=45;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0410451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.992;QD=31.9355;RBI=0.043055;REFB=-0.0166829;REVB=0.013001;RO=17;SAF=12;SAR=16;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957971;STB=0.565126;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00916443;OID=.;OPOS=43635506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:50:17:17:28:33:0.66:16:12:5:12:17:16:5:12 chr2 43732823 . T C 214.2 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00209852;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=353.285;QD=12.6003;RBI=0.00235946;REFB=-0.0100064;REVB=-0.00107855;RO=42;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151394;STB=0.587088;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0138413;OID=.;OPOS=43732823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:42:42:26:26:0.382353:10:16:20:22:10:16:20:22 chr2 43793725 . G A 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0133125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.167;QD=11.4389;RBI=0.0186394;REFB=-0.00587138;REVB=-0.0130462;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351636;STB=0.502089;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0081297;OID=.;OPOS=43793725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:13:11:6:7:13:11 chr2 43801712 . A G 73.04 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.061145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0026;QD=9.12962;RBI=0.0620242;REFB=-0.00468084;REVB=-0.010406;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261009;STB=0.658232;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0252385;OID=.;OPOS=43801712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:4:6:8:14:4:6:8:14 chr2 43804229 . T C 197.59 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.053052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8546;QD=18.8183;RBI=0.109193;REFB=-0.0405666;REVB=-0.0954394;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904798;STB=0.521717;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0404325;OID=.;OPOS=43804229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:22:20:20:0.47619:9:11:13:7:9:11:13:9 chr2 43804375 . T C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0203813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.424;QD=17.4275;RBI=0.0204069;REFB=-0.0161129;REVB=-0.00102185;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208944;STB=0.618204;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0141937;OID=.;OPOS=43804375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:6:17:10:9:6:17 chr2 43805739 . C T 183.81 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00538655;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.166;QD=17.0989;RBI=0.032636;REFB=0.00486484;REVB=-0.0321884;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267085;STB=0.653102;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00515173;OID=.;OPOS=43805739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:24:19:19:0.44186:6:13:10:14:6:13:10:14 chr2 43819124 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0181854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.828;QD=11.6341;RBI=0.0230359;REFB=0.00234647;REVB=0.0141401;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644098;STB=0.538385;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.0028108;OID=.;OPOS=43819124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:9:7:5:5:9:7 chr2 43819139 . A G 127.8 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0261607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4965;QD=20.4472;RBI=0.0900079;REFB=-0.0171574;REVB=0.0861223;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519971;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0182942;OID=.;OPOS=43819139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:10:11:14:14:0.56:7:7:5:5:7:7:5:6 chr2 43902511 . G C 268.25 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0333684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1655;QD=22.3541;RBI=0.0509648;REFB=-0.028444;REVB=0.0385223;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00312376;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0586192;OID=.;OPOS=43902511;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:25:26:0.541667:13:12:10:11:13:13:11:11 chr2 43903066 . A G 246.79 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00439429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7844;QD=17.9487;RBI=0.0375781;REFB=-0.0116349;REVB=0.0373203;RO=28;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180119;STB=0.600473;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0099032;OID=.;OPOS=43903066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:13:14:20:8:13:14:20:8 chr2 43903354 . T C 546.37 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00351462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.051;QD=18.8402;RBI=0.00987084;REFB=-0.019246;REVB=-0.00922393;RO=59;SAF=33;SAR=24;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142661;STB=0.57892;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0202629;OID=.;OPOS=43903354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:59:57:57:0.491379:24:33:25:34:24:33:25:34 chr2 43926943 . T A 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00610904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.455;QD=13.3339;RBI=0.00660358;REFB=-0.00774161;REVB=0.00250737;RO=38;SAF=10;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201934;STB=0.622548;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00342259;OID=.;OPOS=43926943;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:16:10:22:16:16:10:23:16 chr2 43931176 . T C 244.42 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00916529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.52;QD=17.4585;RBI=0.0429468;REFB=0.00923803;REVB=0.0419574;RO=29;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00357308;STB=0.502007;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.00693693;OID=.;OPOS=43931176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:12:15:16:13:12:15:16:13 chr2 43934666 . C T 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.00674557;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.315;QD=23.6753;RBI=0.041275;REFB=-0.0534948;REVB=-0.0407201;RO=16;SAF=5;SAR=16;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131019;STB=0.572456;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0372409;OID=.;OPOS=43934666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:16:5:2:14:16:5:2:14 chr2 43993448 . G C 353.63 PASS AF=0.5625;AO=35;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0269236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.607;QD=22.1017;RBI=0.0284776;REFB=-0.0784448;REVB=0.00927856;RO=28;SAF=23;SAR=12;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856617;STB=0.542146;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0354238;OID=.;OPOS=43993448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:35:36:0.5625:12:23:21:7:12:24:21:7 chr2 44004010 . T C 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0107463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.136;QD=15.6538;RBI=0.0112457;REFB=-0.00700161;REVB=0.00331408;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165583;STB=0.593596;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00892567;OID=.;OPOS=44004010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:11:15:13:19:11:15:13:19 chr2 44021826 . T A 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0169776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.082;QD=15.8126;RBI=0.0181994;REFB=-0.00841732;REVB=-0.00655594;RO=44;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108379;STB=0.560941;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0106321;OID=.;OPOS=44021826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:18:16:16:28:18:16:16:28 chr2 44036922 . T C 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0215985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.312;QD=15.2292;RBI=0.0219295;REFB=0.0036542;REVB=0.00379621;RO=28;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139408;STB=0.580559;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0058199;OID=.;OPOS=44036922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:12:7:14:14:12:7:14:14 chr2 44040401 . G C 200.74 PASS AF=0.367647;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0034712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.822;QD=11.8083;RBI=0.00398935;REFB=-0.0217895;REVB=0.00196614;RO=43;SAF=15;SAR=9;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506117;STB=0.512185;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0343152;OID=.;OPOS=44040401;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:43:43:24:25:0.367647:9:15:25:18:10:15:25:18 chr2 44065090 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0024799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.026;QD=10.0752;RBI=0.0113193;REFB=-0.012561;REVB=-0.0110443;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133032;STB=0.581189;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0280378;OID=.;OPOS=44065090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:7:7:3:5:7:7 chr2 44066174 . T G 204.16 PASS AF=0.402985;AO=15;DP=53;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0633326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0294;QD=12.1887;RBI=0.06455;REFB=-0.0325461;REVB=-0.0124774;RO=38;SAF=9;SAR=6;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088559;STB=0.615757;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0758383;OID=.;OPOS=44066174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:67:38:40:15:27:0.402985:6:9:20:18:8:19:21:19 chr2 44066247 . G C 555.14 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0157428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.169;QD=22.4298;RBI=0.0157624;REFB=-0.00178892;REVB=0.000785961;RO=46;SAF=23;SAR=29;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495145;STB=0.532617;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00141781;OID=.;OPOS=44066247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:47:52:52:0.525253:29:23:23:23:29:23:24:23 chr2 44071743 . A G 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0154556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.58;QD=21.971;RBI=0.0218632;REFB=0.00219877;REVB=-0.0154637;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207215;STB=0.615888;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.000696523;OID=.;OPOS=44071743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:11:9:12:5:11:9:12:5 chr2 44078853 . G A 301.54 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00202861;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.753;QD=21.5388;RBI=0.0199594;REFB=-0.0242854;REVB=-0.0198561;RO=25;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934377;STB=0.551691;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0199584;OID=.;OPOS=44078853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:25:25:31:31:0.553571:16:15:15:10:16:15:15:10 chr2 44101538 . C T 1348.32 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.113;QD=59.9254;RBI=0.0269778;REFB=0;REVB=0.00810598;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202339;OID=.;OPOS=44101538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:90:0:0:81:90:1:41:40:0:0:42:48:0:0 chr2 44104925 . T C 956.42 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721757;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6576;QD=58.8565;RBI=0.0791799;REFB=0;REVB=0.0325597;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594443;OID=.;OPOS=44104925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:62:65:1:38:24:0:0:38:27:0:0 chr2 44201376 . T C 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00445775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.646;QD=14.0443;RBI=0.00516755;REFB=-0.011726;REVB=-0.00261382;RO=40;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111111;STB=0.506325;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0205565;OID=.;OPOS=44201376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:15:13:19:21:15:13:19:21 chr2 44502788 . A C 439.36 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0491729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.532;QD=19.3125;RBI=0.0492002;REFB=-0.015871;REVB=0.00163772;RO=44;SAF=24;SAR=20;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182919;STB=0.594017;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0225666;OID=.;OPOS=44502788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:44:47:44:44:0.483516:20:24:15:29:20:24:17:30 chr2 44547574 . G A 289.22 PASS AF=0.457143;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00403535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.324;QD=16.5266;RBI=0.0074132;REFB=-0.00558791;REVB=0.00621864;RO=38;SAF=21;SAR=10;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183088;STB=0.608708;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.012289;OID=.;OPOS=44547574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:38:31:32:0.457143:10:21:19:19:10:22:19:19 chr2 45171842 . A G 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.236;QD=63.282;RBI=0.0286487;REFB=0;REVB=0.0126738;RO=0;SAF=36;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133872;OID=.;OPOS=45171842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:10:36:0:0:10:36:0:0 chr2 45620134 . T G,TG 45.05 PASS AF=0,0.236842;AO=2,6;DP=38;FAO=0,9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=0,8;FSAR=0,1;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0113807,-0.101557;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.047,21.6205;QD=4.74199;RBI=0.0206783,0.120618;REFB=-0.00522909,0.0134583;REVB=0.0172647,0.0650765;RO=29;SAF=2,5;SAR=0,1;SRF=12;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.502779,0.491396;STB=0.5,0.877176;STBP=1,0.016;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.0495351;OID=.,.;OPOS=45620134,45620135;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:38:38:29:29:2,6:0,9:0,0.236842:0,1:2,5:12:17:0,1:0,8:12:17 chr2 46313481 . C T 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00588859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.14;QD=13.5518;RBI=0.00786977;REFB=-0.00504868;REVB=-0.00522091;RO=35;SAF=12;SAR=12;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193602;STB=0.610082;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00696965;OID=.;OPOS=46313481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:12:12:24:11:12:12:24:11 chr2 46414169 . G A 353.72 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.00936083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5578;QD=18.6166;RBI=0.0340475;REFB=-0.0426918;REVB=-0.0327354;RO=39;SAF=15;SAR=22;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147463;STB=0.581707;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0322586;OID=.;OPOS=46414169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:22:15:10:29:22:15:10:29 chr2 46414434 . C A 336.2 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0184797;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.982;QD=20.3756;RBI=0.020874;REFB=-0.0256165;REVB=0.00970689;RO=32;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00160893;STB=0.516036;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0163572;OID=.;OPOS=46414434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:31:34:35:0.530303:16:18:17:15:17:18:17:14 chr2 46414446 . G A 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0184634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.423;QD=17.1669;RBI=0.0184748;REFB=2.66793e-05;REVB=-0.0006501;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192832;STB=0.510825;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-9.80985e-05;OID=.;OPOS=46414446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:13:16:17:15:13:16:17:15 chr2 46707808 . C G 33.49 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0413328;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.268;QD=3.18905;RBI=0.041822;REFB=-0.0125934;REVB=-0.00637808;RO=36;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389221;STB=0.788431;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.105215;OID=.;OPOS=46707808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:42:36:36:6:6:0.142857:5:1:17:19:5:1:17:19 chr2 46707851 . G A 72.71 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0422554;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.965;QD=8.07878;RBI=0.0433255;REFB=-0.0315447;REVB=-0.00956978;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105809;STB=0.506566;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0801131;OID=.;OPOS=46707851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:36:36:26:26:10:10:0.277778:7:3:8:18:7:3:8:18 chr2 46739830 . A G 206.32 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0519561;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.412;QD=14.7371;RBI=0.052292;REFB=-0.0275866;REVB=0.00591757;RO=32;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234915;STB=0.634032;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00720307;OID=.;OPOS=46739830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:16:8:18:14:16:8:18:14 chr2 46799852 . G T 445.61 PASS AF=0.418033;AO=50;DP=116;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.077776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9347;QD=14.6103;RBI=0.0851122;REFB=-0.0176701;REVB=-0.0345686;RO=66;SAF=35;SAR=15;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569185;STB=0.552346;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.021154;OID=.;OPOS=46799852;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:122:66:71:50:51:0.418033:15:35:43:23:16:35:43:28 chr2 46839477 . T C 1096.67 PASS AF=0.484716;AO=111;DP=230;FAO=111;FDP=229;FR=.;FRO=118;FSAF=29;FSAR=82;FSRF=24;FSRR=94;FWDB=0.00186887;FXX=0.00865763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0812;QD=19.1558;RBI=0.00204462;REFB=-0.00836474;REVB=0.000829324;RO=116;SAF=29;SAR=82;SRF=24;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679811;STB=0.540099;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0110237;OID=.;OPOS=46839477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:116:118:111:111:0.484716:82:29:24:92:82:29:24:94 chr2 46987300 . T G 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0163344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6003;QD=8.69049;RBI=0.113887;REFB=-0.0144065;REVB=-0.112709;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351886;STB=0.713796;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0231953;OID=.;OPOS=46987300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:12:5:5:3:12:5 chr2 47045309 . C T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1518;QD=55.6539;RBI=0.0756931;REFB=0;REVB=-0.0225057;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121303;OID=.;OPOS=47045309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr2 47201797 . A T 258.65 PASS AF=0.362745;AO=34;DP=94;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0252763;FXX=0.0097078;HRUN=6;LEN=1;MLLD=28.5213;QD=10.1432;RBI=0.0253278;REFB=-0.0644315;REVB=0.00161323;RO=58;SAF=15;SAR=19;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213923;STB=0.622576;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0216595;OID=.;OPOS=47201797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:102:58:65:34:37:0.362745:19:15:37:21:22:15:39:26 chr2 47251469 . G C 303.84 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0326051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4986;QD=17.3623;RBI=0.0327097;REFB=-0.0371264;REVB=-0.0026133;RO=37;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00467095;STB=0.502616;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0441281;OID=.;OPOS=47251469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:18:15:17:20:18:15:17:20 chr2 47278901 . G A 652.34 PASS AF=0.52;AO=64;DP=124;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00478009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.185;QD=20.875;RBI=0.00513287;REFB=-0.0294258;REVB=-0.00187006;RO=59;SAF=37;SAR=27;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105709;STB=0.565036;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0368718;OID=.;OPOS=47278901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:59:60:64:65:0.52:27:37:27:32:27:38:27:33 chr2 47301029 . A G 242.98 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0134549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.341;QD=17.0511;RBI=0.0137378;REFB=-0.0168687;REVB=-0.00277342;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234422;STB=0.637673;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0239267;OID=.;OPOS=47301029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:30:26:27:0.473684:10:16:11:19:10:17:11:19 chr2 47301624 . T C,TTGGGGCCTC 502.41 PASS AF=0.0714286,0.714286;AO=7,37;DP=58;FAO=4,40;FDP=56;FR=.;FRO=12;FSAF=2,22;FSAR=2,18;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.000716712,-0.0220189;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,9;MLLD=155.704,195.862;QD=35.8865;RBI=0.0043204,0.0220838;REFB=-0.0535752,-0.0342061;REVB=-0.00426054,-0.00169219;RO=12;SAF=4,22;SAR=3,15;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0125019,0.00528211;STB=0.562193,0.507778;STBP=0.801,0.861;TYPE=snp,ins;VARB=0.0167465,0.0105262;OID=.,.;OPOS=47301624,47301625;OREF=T,-;OALT=C,TGGGGCCTC;OMAPALT=C,TTGGGGCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:72:58:56:12:12:7,37:4,40:0.0714286,0.714286:3,15:4,22:7:5:2,18:2,22:7:5 chr2 47537870 . C T 181.54 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0785768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.041;QD=24.2055;RBI=0.0830721;REFB=-0.00624912;REVB=-0.0269567;RO=10;SAF=14;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285304;STB=0.69976;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00571292;OID=.;OPOS=47537870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:10:12:18:18:0.6:4:14:4:6:4:14:4:8 chr2 47601106 . T C 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9846;QD=61.3333;RBI=0.0395046;REFB=0;REVB=-0.0249144;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04251e-05;OID=.;OPOS=47601106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr2 47739551 . A G 395.27 PASS AF=0.555556;AO=39;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00614208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.649;QD=21.9595;RBI=0.00724829;REFB=-0.0102064;REVB=0.00384871;RO=28;SAF=22;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492174;STB=0.505615;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00808066;OID=.;OPOS=47739551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:32:39:40:0.555556:17:22:14:14:18:22:18:14 chr2 48602252 . C T 561.14 PASS AF=0.5;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00435892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.157;QD=19.3495;RBI=0.00514068;REFB=-0.0237293;REVB=-0.00272514;RO=58;SAF=24;SAR=34;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110144;STB=0.560867;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0251522;OID=.;OPOS=48602252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:58:58:58:0.5:34:24:31:27:34:24:31:27 chr2 48756682 . C G 2186.51 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802735;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7573;QD=62.9211;RBI=0.109121;REFB=0;REVB=0.0739163;RO=0;SAF=73;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576125;OID=.;OPOS=48756682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:137:139:1:64:73:0:0:66:73:0:0 chr2 48807796 . A C 205.89 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0297352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.502;QD=31.6754;RBI=0.0297952;REFB=-0.0637552;REVB=-0.00188973;RO=7;SAF=11;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00376217;STB=0.502073;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0225153;OID=.;OPOS=48807796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:8:11:4:3:8:11:4:3 chr2 48807976 . T C 132.53 PASS AF=0.394737;AO=13;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00880088;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=87.3183;QD=13.9509;RBI=0.0238231;REFB=-0.0204296;REVB=0.0221378;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656314;STB=0.505569;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0190104;OID=.;OPOS=48807976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:21:13:15:0.394737:7:6:10:9:7:8:11:10 chr2 48808152 . G C 130.48 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00516725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2951;QD=22.6921;RBI=0.0143788;REFB=-0.0363045;REVB=0.0134183;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150374;STB=0.584301;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0149743;OID=.;OPOS=48808152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:6:8:7:2:6:8:7:2 chr2 48808594 . C T 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0121101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.54;QD=14.411;RBI=0.0188913;REFB=-0.0101432;REVB=-0.0144992;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813272;STB=0.547211;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0161436;OID=.;OPOS=48808594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:7:11:15:13:7:11:15:13 chr2 48808882 . T A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00674664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.564;QD=14.2621;RBI=0.00761854;REFB=-0.0129033;REVB=-0.00353907;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172932;STB=0.59988;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0188025;OID=.;OPOS=48808882;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:8:16:8:8:8:16 chr2 48808898 . C T 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00178164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.31;QD=15.1716;RBI=0.0105863;REFB=-0.00379853;REVB=0.0104353;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180203;STB=0.613508;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00318996;OID=.;OPOS=48808898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:8:9:8:15:8:9:8:16 chr2 48809593 . G T 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0137073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.313;QD=15.101;RBI=0.0155567;REFB=-0.0153971;REVB=0.00735653;RO=31;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152318;STB=0.586395;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0133873;OID=.;OPOS=48809593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:13:11:19:12:13:11:19:12 chr2 48822381 . G A 144.87 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00901454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.16;QD=44.5765;RBI=0.0381041;REFB=0;REVB=0.0370224;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791391;OID=.;OPOS=48822381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:3:8:0:0:5:8:0:0 chr2 48825650 . C G 575.62 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7406;QD=60.5917;RBI=0.0590976;REFB=0;REVB=0.0569456;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121792;OID=.;OPOS=48825650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr2 48873978 . A G 482.76 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0442914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4357;QD=26.0949;RBI=0.0456732;REFB=0.0191508;REVB=-0.0111495;RO=29;SAF=26;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689929;STB=0.537696;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.0137335;OID=.;OPOS=48873978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:29:45:45:0.608108:19:26:14:15:19:26:14:15 chr2 48898798 . T A 1897.14 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0206543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0232;QD=60.7084;RBI=0.0438497;REFB=0.0703107;REVB=-0.0386807;RO=1;SAF=66;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812134;STB=0.504273;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00258889;OID=.;OPOS=48898798;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:58:66:0:1:58:66:0:1 chr2 48915871 . A G 777.8 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4375;QD=54.5826;RBI=0.0794293;REFB=-0.101935;REVB=0.0603591;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149611;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00442035;OID=.;OPOS=48915871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:57:1:0:54:57:1:31:23:0:1:32:25:0:0 chr2 48921375 . T C 793.03 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0341986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.032;QD=53.7644;RBI=0.0413375;REFB=-0.211503;REVB=0.0232216;RO=1;SAF=34;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136707;STB=0.514281;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00152348;OID=.;OPOS=48921375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:59:1:2:57:57:0.966102:23:34:1:0:23:34:2:0 chr2 48948856 . A G 92.21 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0263349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.542;QD=8.99617;RBI=0.0322358;REFB=-0.00153712;REVB=-0.0185908;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347068;STB=0.718405;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00367506;OID=.;OPOS=48948856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:28:29:12:12:0.292683:4:8:10:18:4:8:10:19 chr2 49003458 . C T 229.31 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0264876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.207;QD=22.3717;RBI=0.0916815;REFB=-0.0474659;REVB=-0.0877719;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146164;STB=0.59083;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.055242;OID=.;OPOS=49003458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:22:22:0.536585:10:12:13:5:10:12:14:5 chr2 49189921 . C T 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00307997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.331;QD=17.6943;RBI=0.0255676;REFB=-0.0204466;REVB=-0.0253814;RO=38;SAF=25;SAR=10;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241369;STB=0.630174;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0278257;OID=.;OPOS=49189921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:10:25:18:20:10:25:19:20 chr2 49191041 . C T 222.07 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00892614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.579;QD=25.3792;RBI=0.00972359;REFB=-0.00698979;REVB=0.00385647;RO=14;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00318777;OID=.;OPOS=49191041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:12:9:6:8:12:9:6:8 chr2 50148972 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00628827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.715;QD=14.0792;RBI=0.012447;REFB=-0.00273553;REVB=-0.0107417;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147216;STB=0.586802;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00362081;OID=.;OPOS=50148972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:3:9:10:6:3:9:10:6 chr2 50201110 . A G 965.26 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0702243;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6972;QD=55.9573;RBI=0.0748858;REFB=-0.105143;REVB=0.0260085;RO=2;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00122819;STB=0.50065;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00589892;OID=.;OPOS=50201110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:69:2:2:67:67:0.971014:32:35:1:1:32:35:1:1 chr2 51125707 . C G 289.75 PASS AF=0.247191;AO=20;DP=87;FAO=22;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=-0.0668939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2691;QD=13.0225;RBI=0.0672846;REFB=0.0043272;REVB=-0.0072404;RO=53;SAF=18;SAR=2;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369117;STB=0.5999;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0316195;OID=.;OPOS=51125707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:53:54:20:22:0.247191:2:18:38:15:4:18:39:15 chr2 52929658 . A G 2368.77 PASS AF=0.481113;AO=242;DP=505;FAO=242;FDP=503;FR=.;FRO=261;FSAF=118;FSAR=124;FSRF=134;FSRR=127;FWDB=-0.0041093;FXX=0.00396032;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.228;QD=18.8371;RBI=0.00866282;REFB=-0.00741236;REVB=-0.00762615;RO=251;SAF=118;SAR=124;SRF=126;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133712;STB=0.513389;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0073593;OID=.;OPOS=52929658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:505:503:251:261:242:242:0.481113:124:118:126:125:124:118:134:127 chr2 53992593 . A T 1737.26 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544604;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4243;QD=60.9564;RBI=0.0554011;REFB=0;REVB=-0.010166;RO=0;SAF=76;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181761;OID=.;OPOS=53992593;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:38:76:0:0:38:76:0:0 chr2 54115904 . A G 888.76 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.894;QD=56.429;RBI=0.0270747;REFB=-0.0468987;REVB=-0.00250394;RO=1;SAF=32;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145233;STB=0.50769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000225868;OID=.;OPOS=54115904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:61:62:0.984127:29:32:1:0:30:32:1:0 chr2 54120025 . A T 1549.16 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.164;QD=63.8829;RBI=0.0223235;REFB=0;REVB=-0.0166826;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53069e-06;OID=.;OPOS=54120025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:46:51:0:0:46:51:0:0 chr2 54120820 . G A 306.28 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8649;QD=53.2655;RBI=0.141911;REFB=0;REVB=-0.0881626;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00512608;OID=.;OPOS=54120820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:11:12:0:0 chr2 54125495 . T C 544.91 PASS AF=0.863636;AO=36;DP=49;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00200559;FXX=0.10202;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.371;QD=49.5377;RBI=0.0339398;REFB=-0.0302786;REVB=0.0338805;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.530032;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00107241;OID=.;OPOS=54125495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:49:44:0:6:36:38:0.863636:19:17:0:0:21:17:4:2 chr2 54127041 . C T 1822.31 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2398;QD=61.254;RBI=0.0317707;REFB=0;REVB=-0.019854;RO=1;SAF=69;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959426;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190134;OID=.;OPOS=54127041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:1:0:118:119:1:49:69:0:1:50:69:0:0 chr2 54362645 . T C 201.4 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.166605;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=28.0514;QD=23.0174;RBI=0.170998;REFB=-0.0401106;REVB=-0.0385118;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726419;STB=0.546878;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0197456;OID=.;OPOS=54362645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:35:35:10:13:15:20:0.571429:9:6:5:5:13:7:6:7 chr2 54482964 . C T 102.42 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.014598;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.35;QD=8.5346;RBI=0.0150684;REFB=-0.00479733;REVB=-0.0037356;RO=33;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355211;STB=0.709186;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.012359;OID=.;OPOS=54482964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:33:35:13:13:0.270833:5:8:10:23:5:8:11:24 chr2 54482989 . C T 372.22 PASS AF=0.645833;AO=30;DP=47;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00536831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.271;QD=31.0182;RBI=0.0130471;REFB=-0.0123858;REVB=0.0118916;RO=17;SAF=9;SAR=21;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242341;STB=0.620173;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00961827;OID=.;OPOS=54482989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:17:17:30:31:0.645833:21:9:11:6:21:10:11:6 chr2 54587596 . C T 45.86 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=3.36536e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1689;QD=9.65508;RBI=0.00815079;REFB=-0.0371227;REVB=-0.00815072;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350103;STB=0.691747;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0652775;OID=.;OPOS=54587596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:19:11:12:7:7:0.368421:5:2:7:4:5:2:7:5 chr2 54756740 . C T 122.12 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0081853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.222;QD=25.7104;RBI=0.00913423;REFB=-0.0235981;REVB=-0.00405402;RO=6;SAF=10;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282611;STB=0.660109;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0245643;OID=.;OPOS=54756740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:3:10:2:4:3:10:2:4 chr2 54844790 . C T 438.52 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.022203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.081;QD=19.2754;RBI=0.0256041;REFB=0.00201899;REVB=-0.0127512;RO=46;SAF=19;SAR=25;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219946;STB=0.62648;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00182936;OID=.;OPOS=54844790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:47:44:44:0.483516:25:19:31:15:25:19:32:15 chr2 55040426 . A G 385.21 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0149171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.146;QD=20.5448;RBI=0.0321524;REFB=-0.0283012;REVB=0.0284826;RO=34;SAF=15;SAR=24;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173044;STB=0.58329;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0257005;OID=.;OPOS=55040426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:36:39:39:0.52:24:15:20:14:24:15:20:16 chr2 55155551 . C T 256.44 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0192081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.408;QD=22.7947;RBI=0.0291303;REFB=-0.0286554;REVB=-0.0219003;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387692;STB=0.530587;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0240428;OID=.;OPOS=55155551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:21:23:24:0.533333:11:12:10:11:11:13:10:11 chr2 55186394 . A C 246.86 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.000798283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.502;QD=13.7146;RBI=0.00381955;REFB=-0.0161892;REVB=0.0037352;RO=43;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791611;STB=0.545158;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0130591;OID=.;OPOS=55186394;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:17:12:21:22:17:12:21:22 chr2 55404794 . G A 346.9 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0257925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.926;QD=14.6065;RBI=0.0274717;REFB=-0.00882057;REVB=-0.00945729;RO=57;SAF=23;SAR=15;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140535;STB=0.57979;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0240623;OID=.;OPOS=55404794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:38:38:0.4:15:23:27:30:15:23:27:30 chr2 55407754 . C T 657.76 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420293;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.116;QD=62.6441;RBI=0.052581;REFB=0;REVB=0.0315959;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544513;OID=.;OPOS=55407754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr2 55449464 . T C 166.51 PASS AF=0.328358;AO=21;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.000675548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.428;QD=9.94091;RBI=0.00406341;REFB=-0.0144639;REVB=-0.00400686;RO=45;SAF=5;SAR=16;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269648;STB=0.628275;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0270413;OID=.;OPOS=55449464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:21:22:0.328358:16:5:20:25:16:6:20:25 chr2 55470115 . C T 153.15 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0177748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1456;QD=13.9223;RBI=0.0413944;REFB=-0.000392915;REVB=-0.0373838;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671255;STB=0.538878;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00085572;OID=.;OPOS=55470115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:11:6:8:19:11:6:8:19 chr2 55490819 . G T 194.88 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00280565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.022;QD=17.3228;RBI=0.0569018;REFB=-0.00487495;REVB=0.0568326;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194604;STB=0.5111;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00525155;OID=.;OPOS=55490819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:10:10:13:12:10:10:13:12 chr2 55516723 . C T 754.32 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.396;QD=56.9295;RBI=0.0318585;REFB=0;REVB=-0.0277513;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47291e-05;OID=.;OPOS=55516723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr2 55522422 . A G 1642.57 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.45;QD=60.2777;RBI=0.00568077;REFB=0;REVB=0.00554989;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24058e-06;OID=.;OPOS=55522422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:56:52:0:0:57:52:0:0 chr2 55599655 . G A 308.85 PASS AF=0.425;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00718334;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.009;QD=15.4424;RBI=0.00948911;REFB=-0.00657684;REVB=-0.00620022;RO=47;SAF=10;SAR=24;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127242;STB=0.529588;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0100348;OID=.;OPOS=55599655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:47:46:34:34:0.425:24:10:19:28:23:11:17:29 chr2 55771161 . A G 1227.36 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0896;QD=61.3679;RBI=0.0409085;REFB=0;REVB=-0.0170225;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55167e-05;OID=.;OPOS=55771161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr2 55771169 . A T 1171.92 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00434872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.479;QD=60.8788;RBI=0.0109392;REFB=0;REVB=-0.0100376;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49759e-05;OID=.;OPOS=55771169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr2 55805440 . T C 601.9 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0991167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0342;QD=60.1903;RBI=0.105805;REFB=0;REVB=0.0370209;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00339162;OID=.;OPOS=55805440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:25:14:0:0:25:15:0:0 chr2 55872537 . TT CC,TC 785.56 PASS AF=0.06,0.94;AO=3,47;DP=50;FAO=3,47;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=3,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115416,0.00193274;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=14.752,56.8375;QD=62.8451;RBI=0.0098622,0.0191237;REFB=0,0;REVB=0.00979443,0.0190258;RO=0;SAF=0,26;SAR=3,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0883318,0.0108549;OID=.,.;OPOS=55872537,55872538;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:50:50:0:0:3,47:3,47:0.06,0.94:3,21:0,26:0:0:3,21:0,26:0:0 chr2 55873385 . C G 1189.53 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0516;QD=61.0014;RBI=0.0801436;REFB=0;REVB=0.0419249;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000829778;OID=.;OPOS=55873385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr2 56612594 . C T 351.11 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.010854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5179;QD=18.0056;RBI=0.0764426;REFB=0.00862257;REVB=-0.0756681;RO=41;SAF=19;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447548;STB=0.524987;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.0156561;OID=.;OPOS=56612594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:18:19:23:18:18:19:23:18 chr2 58388696 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.009;QD=53.9112;RBI=0.00413754;REFB=0;REVB=0.00221288;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0439e-05;OID=.;OPOS=58388696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr2 60614572 . G A 376.0 PASS AF=0.75;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0143234;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.246;QD=37.5999;RBI=0.0252209;REFB=0.0222383;REVB=0.0207589;RO=10;SAF=7;SAR=23;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155091;STB=0.584685;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00675808;OID=.;OPOS=60614572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:41:40:10:10:30:30:0.75:23:7:5:5:23:7:5:5 chr2 60687959 . A G 346.1 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00701889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.986;QD=19.4986;RBI=0.0151813;REFB=0.000729453;REVB=-0.0134613;RO=35;SAF=19;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373201;STB=0.52074;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.000843526;OID=.;OPOS=60687959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:17:19:17:18:17:19:17:18 chr2 61149107 . A G 277.3 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.00949586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9056;QD=26.4094;RBI=0.060405;REFB=-0.0380485;REVB=0.0596539;RO=17;SAF=4;SAR=21;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021977;STB=0.512185;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.018139;OID=.;OPOS=61149107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:21:4:3:14:21:4:3:14 chr2 61175312 . T C 243.81 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=32;FWDB=0.0137196;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.932;QD=15.2379;RBI=0.0148537;REFB=0.000330789;REVB=0.0056924;RO=36;SAF=3;SAR=25;SRF=4;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101964;STB=0.505776;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.000461655;OID=.;OPOS=61175312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:25:3:4:32:25:3:4:32 chr2 61450454 . A G 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00739667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.8288;QD=62.6659;RBI=0.0158339;REFB=0;REVB=0.014;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89577e-05;OID=.;OPOS=61450454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr2 61522123 . T C 902.31 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00171912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2242;QD=58.2138;RBI=0.0603688;REFB=0;REVB=0.0603443;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556196;OID=.;OPOS=61522123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:35:27:0:0 chr2 61575308 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.763;QD=57.1051;RBI=0.051109;REFB=0;REVB=0.0254367;RO=0;SAF=42;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015375;OID=.;OPOS=61575308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:12:42:0:0:12:43:0:0 chr2 61577435 . T C 330.13 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0141681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.123;QD=31.4405;RBI=0.0388946;REFB=-0.00733334;REVB=0.0362223;RO=14;SAF=12;SAR=16;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00401721;OID=.;OPOS=61577435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:16:12:6:8:16:12:6:8 chr2 61647901 . A G 157.99 PASS AF=0.425;AO=18;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0242586;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3007;QD=15.7993;RBI=0.0261097;REFB=-0.0218676;REVB=-0.00965578;RO=22;SAF=16;SAR=2;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428142;STB=0.739567;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0270783;OID=.;OPOS=61647901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:22:23:18:17:0.425:2:16:13:9:2:15:14:9 chr2 62066927 . A G 1306.1 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223335;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9585;QD=62.1953;RBI=0.0224581;REFB=0;REVB=0.00236212;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281289;OID=.;OPOS=62066927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:51:33:0:0:51:33:0:0 chr2 62067433 . T C 180.59 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=80;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.010618;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.269;QD=9.14371;RBI=0.0114857;REFB=-0.00786432;REVB=-0.00437929;RO=54;SAF=15;SAR=9;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252389;STB=0.642516;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0107947;OID=.;OPOS=62067433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:54:55:24:24:0.303797:9:15:22:32:9:15:23:32 chr2 62081012 . A C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.333;QD=58.9627;RBI=0.0347204;REFB=0;REVB=0.00932974;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2921e-05;OID=.;OPOS=62081012;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr2 62112222 . G A 79.23 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0334457;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=58.7998;QD=9.32129;RBI=0.0358517;REFB=0.00823718;REVB=-0.0129123;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435331;STB=0.545372;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.00407088;OID=.;OPOS=62112222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:31:34:14:23:11:11:0.323529:5:6:7:7:5:6:11:12 chr2 62450631 . A G 285.98 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0247594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7055;QD=21.9984;RBI=0.0794426;REFB=0.0032804;REVB=0.0754858;RO=23;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524312;STB=0.529073;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.000762848;OID=.;OPOS=62450631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:12:17:12:11:12:17:12:11 chr2 62450743 . T C 517.77 PASS AF=0.440945;AO=56;DP=127;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.00112731;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.073;QD=16.3077;RBI=0.0364829;REFB=0.00826263;REVB=0.0364655;RO=70;SAF=34;SAR=22;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659042;STB=0.541386;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00957257;OID=.;OPOS=62450743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:70:71:56:56:0.440945:22:34:38:32:22:34:38:33 chr2 62451422 . A G 168.68 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00470493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.044;QD=16.0647;RBI=0.0315627;REFB=-0.0201961;REVB=0.0312101;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152282;STB=0.571351;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0228109;OID=.;OPOS=62451422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:24:17:18:0.428571:8:9:15:7:9:9:15:9 chr2 62718561 . T G 76.7 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0242442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.084;QD=12.7834;RBI=0.0252878;REFB=-0.0206674;REVB=0.00718986;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910242;STB=0.583171;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0216375;OID=.;OPOS=62718561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:14:14:9:10:0.416667:5:4:5:9:5:5:5:9 chr2 62729674 . T C 995.59 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009232;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.454;QD=59.4384;RBI=0.0713804;REFB=0;REVB=0.0707809;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659896;OID=.;OPOS=62729674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:35:31:0:0:36:31:0:0 chr2 62733253 . C T 1069.16 PASS AF=0.509434;AO=107;DP=212;FAO=108;FDP=212;FR=.;FRO=104;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=0.0525107;FXX=0.00469462;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.916;QD=20.1728;RBI=0.0545575;REFB=-0.0324603;REVB=0.0148037;RO=96;SAF=48;SAR=59;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626663;STB=0.518086;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.037033;OID=.;OPOS=62733253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:96:104:107:108:0.509434:59:48:50:46:59:49:51:53 chr2 62738931 . G C 1453.24 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00335673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1918;QD=63.1843;RBI=0.0347316;REFB=0;REVB=0.034569;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126218;OID=.;OPOS=62738931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr2 63395979 . G A 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00311573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.225;QD=19.6978;RBI=0.0229224;REFB=-0.000977872;REVB=0.0227096;RO=22;SAF=15;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12761;STB=0.572447;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0014385;OID=.;OPOS=63395979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:6:15:13:9:6:15:13:9 chr2 63436117 . T C 132.88 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0240271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.549;QD=16.1065;RBI=0.0247294;REFB=-0.0193241;REVB=-0.00585169;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19662;STB=0.573675;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0206924;OID=.;OPOS=63436117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:17:18:14:15:0.454545:7:7:5:12:8:7:6:12 chr2 63849491 . T C 461.36 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00667122;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.765;QD=15.9091;RBI=0.00727558;REFB=-0.0179174;REVB=-0.00290326;RO=65;SAF=24;SAR=27;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557099;STB=0.531142;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0190998;OID=.;OPOS=63849491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:65:65:51:51:0.439655:27:24:27:38:27:24:27:38 chr2 64069732 . G A 300.76 PASS AF=0.892857;AO=18;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0437524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4198;QD=42.9663;RBI=0.0551093;REFB=-0.147187;REVB=0.0335077;RO=4;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166085;STB=0.542824;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0136336;OID=.;OPOS=64069732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:28:28:4:3:18:25:0.892857:9:9:0:4:16:9:0:3 chr2 64567910 . ACCCCCCA ACCCCCAC,ACCCCCGA 220.65 PASS AF=0,0.428571;AO=2,18;DP=57;FAO=0,24;FDP=56;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=31;FSAF=0,10;FSAR=0,14;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.258507,-0.00845494;FXX=0.0175408;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=19.0774,64.6138;QD=15.7607;RBI=0.258556,0.0195195;REFB=-0.0671491,-0.084582;REVB=0.00505313,-0.0175933;RO=19;SAF=2,6;SAR=0,12;SRF=3;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.710029,0.193773;STB=0.5,0.555511;STBP=1,0.497;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0525405;OID=.,.;OPOS=64567916,64567916;OREF=CA,C;OALT=AC,G;OMAPALT=ACCCCCAC,ACCCCCGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.428571:2,18:57:0,24:56:31:0,10:0,14:10:21:99:19:2,6:0,12:3:16 chr2 64819380 . G A 272.09 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00130188;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.802;QD=19.4348;RBI=0.0143706;REFB=-0.00903153;REVB=-0.0143115;RO=23;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310924;STB=0.500616;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00781512;OID=.;OPOS=64819380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:23:27:29:29:0.517857:15:14:12:11:15:14:13:14 chr2 64861279 . AAT A,AAA 161.65 PASS AF=0.46,0;AO=16,8;DP=70;FAO=23,0;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=4,0;FSAR=19,0;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.18252,-0.007473;FXX=0.0384541;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=21.6031,16.4621;QD=12.9317;RBI=0.192941,0.138499;REFB=-0.0856983,0.018455;REVB=-0.0625516,0.138298;RO=39;SAF=1,1;SAR=15,7;SRF=16;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.585662,-0.418563;STB=0.709683,0.5;STBP=0.012,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0692662,0;OID=.,.;OPOS=64861280,64861281;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46,0:16,8:70:23,0:50:27:4,0:19,0:13:14:99:39:1,1:15,7:16:23 chr2 65044680 . C T 323.32 PASS AF=0.591837;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0451418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.309;QD=26.3935;RBI=0.0462695;REFB=0.000966965;REVB=0.0101527;RO=20;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165919;STB=0.596007;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.000336927;OID=.;OPOS=65044680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:28:29:0.591837:16:12:13:7:17:12:13:7 chr2 65245365 . G A 189.24 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0532013;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.177;QD=10.9702;RBI=0.0533556;REFB=-0.0168714;REVB=-0.00405496;RO=44;SAF=10;SAR=14;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14339;STB=0.590286;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0269848;OID=.;OPOS=65245365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:44:45:24:24:0.347826:14:10:24:20:14:10:25:20 chr2 65296798 . G A 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00817972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.961;QD=27.235;RBI=0.00822266;REFB=-0.00620535;REVB=0.000839262;RO=14;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636059;STB=0.535181;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00210528;OID=.;OPOS=65296798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:12:11:8:6:12:11:8:6 chr2 65298839 . A G 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0122904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.855;QD=16.8245;RBI=0.0335403;REFB=-0.0295391;REVB=-0.0312073;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107314;STB=0.561345;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0274478;OID=.;OPOS=65298839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:9:12:13:15:9:12:13:15 chr2 65300752 . C T 438.27 PASS AF=0.406504;AO=48;DP=122;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0123026;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.042;QD=14.2528;RBI=0.012358;REFB=-0.00982927;REVB=0.00116894;RO=74;SAF=18;SAR=30;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137029;STB=0.581785;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0136664;OID=.;OPOS=65300752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:74:73:48:50:0.406504:30:18:37:37:32:18:36:37 chr2 65311031 . A G 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0233453;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.3928;QD=18.0079;RBI=0.0239197;REFB=-0.0174103;REVB=-0.00521045;RO=37;SAF=14;SAR=23;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100306;STB=0.559338;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0189932;OID=.;OPOS=65311031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:41:37:37:0.474359:23:14:18:19:23:14:20:21 chr2 65311555 . C T 134.22 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0162562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.945;QD=16.2693;RBI=0.0277555;REFB=-0.000847482;REVB=-0.0224967;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058016;STB=0.548323;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.000710693;OID=.;OPOS=65311555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:18:15:15:0.454545:7:8:8:9:7:8:8:10 chr2 65495887 . G A 1925.25 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00736494;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.814;QD=62.1047;RBI=0.01185;REFB=0;REVB=0.00928336;RO=0;SAF=54;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06245e-05;OID=.;OPOS=65495887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:124:0:0:124:124:1:70:54:0:0:70:54:0:0 chr2 65496018 . C G 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00637787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.753;QD=57.5425;RBI=0.0165513;REFB=0;REVB=-0.0152732;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05337e-05;OID=.;OPOS=65496018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr2 65496144 . A G 841.06 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03505;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4609;QD=58.0041;RBI=0.0490831;REFB=0;REVB=0.0343606;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760251;OID=.;OPOS=65496144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:27:31:0:0 chr2 65496187 . G A 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.522;QD=56.9367;RBI=0.0405435;REFB=0;REVB=0.0179846;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122608;OID=.;OPOS=65496187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr2 65497571 . C A 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0912617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.369;QD=56.4874;RBI=0.0930927;REFB=-0.12559;REVB=0.0183725;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000860172;OID=.;OPOS=65497571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:16:19:0:0:16:19:0:1 chr2 65540905 . C G 332.53 PASS AF=0.473684;AO=34;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00449691;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.889;QD=17.5015;RBI=0.0125704;REFB=-0.0122047;REVB=0.0117385;RO=41;SAF=19;SAR=15;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751731;STB=0.522715;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0115416;OID=.;OPOS=65540905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:41:40:34:36:0.473684:15:19:26:15:15:21:25:15 chr2 67630980 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7035;QD=53.2768;RBI=0.059566;REFB=0;REVB=-0.0457094;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134282;OID=.;OPOS=67630980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr2 67631831 . G A 40.73 PASS AF=0.375;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0193902;FXX=0.111049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.558;QD=10.1821;RBI=0.0261039;REFB=-0.00501328;REVB=-0.0174768;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336785;STB=0.683735;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00729393;OID=.;OPOS=67631831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:18:16:11:10:6:6:0.375:4:2:1:10:4:2:1:9 chr2 67632125 . C T 823.19 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8212;QD=56.772;RBI=0.0617962;REFB=0;REVB=0.0596131;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531903;OID=.;OPOS=67632125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:1:0:54:58:1:27:27:1:0:29:29:0:0 chr2 68270068 . A G 643.96 PASS AF=0.604167;AO=51;DP=93;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0132766;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.714;QD=26.8318;RBI=0.0142478;REFB=-0.00909394;REVB=0.00517004;RO=35;SAF=31;SAR=20;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197421;STB=0.596245;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00251545;OID=.;OPOS=68270068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:35:38:51:58:0.604167:20:31:12:23:24:34:13:25 chr2 68364478 . T C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.000126581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9948;QD=17.4276;RBI=0.0107329;REFB=0.00917408;REVB=0.0107322;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258183;STB=0.645027;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00913198;OID=.;OPOS=68364478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:19:4:8:11:19:4 chr2 68385097 . A G 574.83 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00982873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0551;QD=60.5083;RBI=0.0115274;REFB=0;REVB=-0.00602313;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113385;OID=.;OPOS=68385097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:26:11:0:0:27:11:0:0 chr2 68388823 . A G 508.71 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0328522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.653;QD=18.1682;RBI=0.0357798;REFB=-0.00187737;REVB=-0.0141751;RO=58;SAF=26;SAR=28;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00119399;STB=0.500662;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00140392;OID=.;OPOS=68388823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:58:58:54:54:0.482143:28:26:28:30:28:26:28:30 chr2 68407926 . A G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00183135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.102;QD=18.6448;RBI=0.0024811;REFB=0.00497357;REVB=0.00167392;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162718;STB=0.592465;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00634526;OID=.;OPOS=68407926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:4:9:7:7:4:9 chr2 68415767 . G A 260.53 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0223251;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.323;QD=14.2758;RBI=0.0224914;REFB=-0.00206591;REVB=-0.00272984;RO=42;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830129;STB=0.553698;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00252795;OID=.;OPOS=68415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:42:43:30:30:0.410959:14:16:19:23:14:16:19:24 chr2 68607947 . G T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.981;QD=57.2373;RBI=0.011816;REFB=0;REVB=0.00238627;RO=0;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66677e-05;OID=.;OPOS=68607947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:40:16:0:0:40:16:0:0 chr2 68622914 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.101;QD=59.8394;RBI=0.0366615;REFB=0;REVB=0.00987123;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113664;OID=.;OPOS=68622914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr2 68882468 . T C 384.16 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0157764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.369;QD=17.6623;RBI=0.0182237;REFB=-0.011513;REVB=0.00912189;RO=47;SAF=24;SAR=16;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128727;STB=0.572057;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0150098;OID=.;OPOS=68882468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:16:24:22:25:16:24:22:25 chr2 68882661 . A G 200.68 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0100487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.958;QD=21.1246;RBI=0.0231534;REFB=-0.0024885;REVB=0.0208591;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209274;STB=0.624877;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00292426;OID=.;OPOS=68882661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:19:20:0.526316:11:8:12:6:12:8:12:6 chr2 69049941 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.76;QD=44.6896;RBI=0.0487658;REFB=0;REVB=0.0310529;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.5337e-05;OID=.;OPOS=69049941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr2 69204629 . T C 201.89 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0221866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.174;QD=9.96983;RBI=0.0483897;REFB=-0.00727675;REVB=0.0430037;RO=55;SAF=13;SAR=13;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094921;STB=0.555513;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0141424;OID=.;OPOS=69204629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:55:55:26:26:0.320988:13:13:32:23:13:13:32:23 chr2 69204671 . A T 374.4 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0133962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.142;QD=15.6;RBI=0.0134112;REFB=-0.0222821;REVB=-0.000632328;RO=56;SAF=20;SAR=20;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553655;STB=0.531234;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0278883;OID=.;OPOS=69204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:56:40:40:0.416667:20:20:31:25:20:20:31:25 chr2 69300243 . G A 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0152563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.91;QD=19.0235;RBI=0.0154996;REFB=0.00939664;REVB=0.00273548;RO=35;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00847316;OID=.;OPOS=69300243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:16:19:19:16:16:19:19:16 chr2 69362161 . C T 776.5 PASS AF=0.448087;AO=82;DP=184;FAO=82;FDP=183;FR=.;FRO=101;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=0.0112787;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.448;QD=16.9726;RBI=0.0240722;REFB=-0.00767322;REVB=-0.0212664;RO=101;SAF=44;SAR=38;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413294;STB=0.522964;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00981448;OID=.;OPOS=69362161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:101:101:82:82:0.448087:38:44:50:51:38:44:50:51 chr2 69659126 . A T 293.26 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0574447;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.78;QD=17.2503;RBI=0.0605717;REFB=0.000737101;REVB=-0.0192102;RO=34;SAF=11;SAR=21;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123502;STB=0.58665;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.000523811;OID=.;OPOS=69659126;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:34:36:32:32:0.470588:21:11:16:18:21:11:18:18 chr2 69693006 . C T 330.9 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00684961;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.699;QD=29.4136;RBI=0.00699327;REFB=-0.0753525;REVB=-0.00141019;RO=13;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00205596;STB=0.507686;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0330867;OID=.;OPOS=69693006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:46:45:13:12:24:25:0.555556:13:11:6:7:14:11:5:7 chr2 69698158 . G A 151.42 PASS AF=0.459459;AO=15;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0190279;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.944;QD=16.3695;RBI=0.0261508;REFB=0.00097057;REVB=0.0179389;RO=17;SAF=3;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483787;STB=0.670846;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00129756;OID=.;OPOS=69698158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:20:15:17:0.459459:12:3:12:5:12:5:12:8 chr2 69702628 . C T 260.92 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0034254;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.22;QD=16.8334;RBI=0.0458945;REFB=0.0048052;REVB=-0.0457664;RO=33;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173684;STB=0.59728;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00474272;OID=.;OPOS=69702628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:33:33:29:29:0.467742:14:15:11:22:14:15:11:22 chr2 69741609 . C T 65.1 PASS AF=0.36;AO=7;DP=23;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00493063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.483;QD=10.4164;RBI=0.00598527;REFB=-0.0575062;REVB=0.00339298;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214682;STB=0.545355;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.087135;OID=.;OPOS=69741609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:25:16:16:7:9:0.36:3:4:6:10:5:4:6:10 chr2 69741753 . CTGTTGTTGT CTGTTGT,CTGTTGTTGC 190.39 PASS AF=0.318182,0.136364;AO=13,5;DP=46;FAO=14,6;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=5,6;FSAR=9,0;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0174859,-0.00530681;FXX=0.0434688;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=109.955,103.374;QD=17.3079;RBI=0.0185413,0.0865919;REFB=-0.0210334,-0.0155146;REVB=-0.00616643,-0.0864292;RO=20;SAF=6,5;SAR=7,0;SRF=16;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.347155,0.609488;STB=0.711947,0.997449;STBP=0.05,0.073;TYPE=del,snp;VARB=0.0368635,0.0553331;OID=.,.;OPOS=69741754,69741762;OREF=TGT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTGTTGT,CTGTTGTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182,0.136364:13,5:46:14,6:44:24:5,6:9,0:17:7:99:20:6,5:7,0:16:4 chr2 69741854 . T G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.413;QD=56.9569;RBI=0.0591279;REFB=0;REVB=0.0292761;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145598;OID=.;OPOS=69741854;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr2 70015181 . C T 240.45 PASS AF=0.647059;AO=21;DP=33;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0148616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.689;QD=28.2878;RBI=0.0225075;REFB=-0.0264564;REVB=0.0169033;RO=12;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124558;STB=0.574401;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.010472;OID=.;OPOS=70015181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:34:12:12:21:22:0.647059:10:11:4:8:10:12:4:8 chr2 70033584 . C T 419.47 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00978394;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.911;QD=17.1211;RBI=0.0548697;REFB=-0.00987051;REVB=-0.0539903;RO=54;SAF=16;SAR=27;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130553;STB=0.57891;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0149202;OID=.;OPOS=70033584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:54:55:43:43:0.438776:27:16:27:27:27:16:28:27 chr2 70162534 . T G 821.93 PASS AF=0.9375;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0316455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5004;QD=51.3708;RBI=0.0518598;REFB=-0.207558;REVB=0.0410853;RO=3;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398368;STB=0.511698;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0126169;OID=.;OPOS=70162534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:64:3:4:60:60:0.9375:34:26:0:3:34:26:1:3 chr2 70182805 . T C 241.67 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00218599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.009;QD=21.9702;RBI=0.0266216;REFB=-0.0150726;REVB=-0.0265317;RO=20;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179173;STB=0.533305;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0264617;OID=.;OPOS=70182805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:22:23:0.522727:7:15:14:6:8:15:15:6 chr2 70188676 . T C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-9.2122e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.115;QD=11.9536;RBI=0.0235685;REFB=0.00936557;REVB=0.0235684;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306568;STB=0.626586;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00934358;OID=.;OPOS=70188676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:3:5:9:1:3:5:9:2 chr2 70191360 . C T 215.84 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00486657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.967;QD=15.147;RBI=0.0122733;REFB=-0.0202888;REVB=-0.0112673;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190972;STB=0.608305;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0168889;OID=.;OPOS=70191360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:15:10:19:13:15:10:19:13 chr2 70457923 . A G 136.17 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0395711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.485;QD=10.8939;RBI=0.0493362;REFB=0.00459025;REVB=0.029465;RO=34;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646991;STB=0.538414;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00917951;OID=.;OPOS=70457923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:9:7:13:21:9:7:13:21 chr2 70524577 . G A 178.44 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00946516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.076;QD=22.3054;RBI=0.01209;REFB=-0.00606022;REVB=-0.00752187;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239703;STB=0.616313;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00622479;OID=.;OPOS=70524577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:10:8:10:3:10:8:10:4 chr2 70674582 . A T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.021588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7153;QD=16.6272;RBI=0.0351295;REFB=-0.00597119;REVB=-0.0277136;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230409;STB=0.632566;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00382559;OID=.;OPOS=70674582;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:5:9:5:8:5:9 chr2 70900403 . G A 414.66 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0348951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.843;QD=19.2864;RBI=0.0349977;REFB=-0.0234798;REVB=0.00267813;RO=44;SAF=22;SAR=20;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084474;STB=0.546939;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0255035;OID=.;OPOS=70900403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:20:22:19:25:20:22:19:25 chr2 71004492 . T C 81.48 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0545659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.0838;QD=21.729;RBI=0.0825155;REFB=-0.00836919;REVB=-0.061898;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258094;STB=0.659985;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0148659;OID=.;OPOS=71004492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:15:15:5:5:7:8:0.533333:3:4:1:4:3:5:1:4 chr2 71004494 . A T 73.25 PASS AF=0.642857;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0463875;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.518;QD=20.9281;RBI=0.0464213;REFB=-0.00483612;REVB=-0.00177131;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276405;STB=0.666296;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00322504;OID=.;OPOS=71004494;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:14:5:5:8:9:0.642857:3:5:1:4:3:6:1:4 chr2 71012604 . G A 1531.06 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5742;QD=59.4587;RBI=0.0503388;REFB=0;REVB=-0.0454692;RO=0;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198858;OID=.;OPOS=71012604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:55:47:0:0:55:48:0:0 chr2 71012734 . C G 94.24 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0442692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9054;QD=10.4706;RBI=0.0608774;REFB=-0.0212167;REVB=-0.0417886;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036388;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0464604;OID=.;OPOS=71012734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:36:23:24:12:12:0.333333:8:4:7:16:8:4:8:16 chr2 71036482 . T C 165.25 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0138095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6554;QD=12.4716;RBI=0.0271804;REFB=-0.00688476;REVB=0.023411;RO=31;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179536;STB=0.623675;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00479351;OID=.;OPOS=71036482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:31:33:20:20:0.377358:13:7:16:15:13:7:18:15 chr2 71043461 . C T 242.49 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0116047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.242;QD=14.9223;RBI=0.029095;REFB=-0.00759392;REVB=-0.0266805;RO=37;SAF=5;SAR=23;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350433;STB=0.70164;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00796261;OID=.;OPOS=71043461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:23:5:17:20:23:5:17:20 chr2 71044211 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0275476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1588;QD=16.0425;RBI=0.0279373;REFB=0.000614228;REVB=-0.00465024;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180399;STB=0.603143;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.000343102;OID=.;OPOS=71044211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:9:10:9:17:9:10:9:17 chr2 71058835 . A G 548.49 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00888176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4723;QD=20.5045;RBI=0.0652737;REFB=-0.0254207;REVB=-0.0646667;RO=51;SAF=32;SAR=24;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709397;STB=0.53907;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0306483;OID=.;OPOS=71058835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:51:56:56:0.523364:24:32:25:26:24:32:25:26 chr2 71061001 . T A 393.15 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00151095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.537;QD=17.0934;RBI=0.017001;REFB=-0.0193509;REVB=-0.0169337;RO=51;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459164;STB=0.525744;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0262854;OID=.;OPOS=71061001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:22:19:26:25:22:19:26:25 chr2 71062648 . G A 347.83 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0158752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.073;QD=13.7755;RBI=0.0197627;REFB=-0.0232011;REVB=-0.0117704;RO=61;SAF=16;SAR=24;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150838;STB=0.585614;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0256974;OID=.;OPOS=71062648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:61:40:40:0.39604:24:16:33:28:24:16:33:28 chr2 71062833 . G C,GC 654.36 PASS AF=0.0869565,0.913043;AO=4,37;DP=48;FAO=4,42;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=4,18;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235811,0.0387462;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.552,25.8141;QD=56.9008;RBI=0.00262636,0.114819;REFB=0,0;REVB=-0.00115633,0.108084;RO=7;SAF=4,17;SAR=0,20;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.751977,0.0520039;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00407586,0.0109465;OID=.,.;OPOS=71062833,71062834;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:48:46:7:0:4,37:4,42:0.0869565,0.913043:0,20:4,17:2:5:0,24:4,18:0:0 chr2 71170807 . C T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0966456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.999;QD=46.8448;RBI=0.104739;REFB=0;REVB=-0.0403731;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159888;OID=.;OPOS=71170807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr2 71190384 . C T 144.06 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0801342;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5042;QD=14.4064;RBI=0.0829298;REFB=-0.0342256;REVB=-0.021351;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200326;STB=0.61749;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.059833;OID=.;OPOS=71190384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:12:4:10:14:12:4:10:14 chr2 71273543 . C T 548.46 PASS AF=0.41844;AO=58;DP=143;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=31;FWDB=0.0066472;FXX=0.0275843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.313;QD=15.559;RBI=0.00717262;REFB=-0.0204149;REVB=0.00269465;RO=79;SAF=31;SAR=27;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102748;STB=0.556587;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0258128;OID=.;OPOS=71273543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:79:82:58:59:0.41844:27:31:50:29:28:31:51:31 chr2 71305456 . C T 846.22 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.796;QD=57.3708;RBI=0.0420256;REFB=0;REVB=0.0166108;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.774e-05;OID=.;OPOS=71305456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:28:30:0:0:29:30:0:0 chr2 71351403 . C A 664.16 PASS AF=0.610526;AO=58;DP=95;FAO=58;FDP=95;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0122375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.509;QD=27.9648;RBI=0.0248635;REFB=-0.00172166;REVB=-0.0216434;RO=37;SAF=32;SAR=26;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123695;STB=0.567271;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000695942;OID=.;OPOS=71351403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:37:37:58:58:0.610526:26:32:14:23:26:32:14:23 chr2 71357824 . C T 304.85 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0121398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.006;QD=26.5088;RBI=0.0163635;REFB=-0.028231;REVB=-0.0109722;RO=19;SAF=9;SAR=18;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148185;STB=0.508191;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0124791;OID=.;OPOS=71357824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:18:9:6:13:18:9:6:13 chr2 71360282 . G A 285.07 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.013513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5412;QD=23.756;RBI=0.0183435;REFB=-0.0167835;REVB=-0.0124051;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00330235;STB=0.508796;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.011653;OID=.;OPOS=71360282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:25:26:0.541667:16:9:8:14:17:9:8:14 chr2 71365805 . A G 273.6 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0250863;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.691;QD=17.3714;RBI=0.0264008;REFB=0.0160122;REVB=-0.0082267;RO=33;SAF=8;SAR=22;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199336;STB=0.612511;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00597608;OID=.;OPOS=71365805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:33:33:30:30:0.47619:22:8:15:18:22:8:15:18 chr2 71366957 . C A 139.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0840385;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.168;QD=19.2923;RBI=0.0842158;REFB=-0.00183518;REVB=0.00546263;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171792;STB=0.596895;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00342414;OID=.;OPOS=71366957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:3:11:9:6:3:11 chr2 71415479 . T C 651.05 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5298;QD=62.0052;RBI=0.0460589;REFB=0;REVB=-0.0209089;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000686825;OID=.;OPOS=71415479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:32:10:0:0:32:10:0:0 chr2 71417065 . G T 838.18 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128883;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.799;QD=57.8053;RBI=0.0154187;REFB=0;REVB=-0.00846339;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104287;OID=.;OPOS=71417065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr2 71417134 . C T 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0420316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5553;QD=16.9307;RBI=0.0901311;REFB=0.0165935;REVB=-0.0797306;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288616;STB=0.666389;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.01823;OID=.;OPOS=71417134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:8:4:8:4:8:4:8:4 chr2 71615534 . C T 112.58 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.00386225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.21;QD=9.1898;RBI=0.00422686;REFB=-0.0161836;REVB=0.00171738;RO=35;SAF=7;SAR=7;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291542;STB=0.673251;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0479843;OID=.;OPOS=71615534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:7:7:26:9:7:7:26:9 chr2 71615571 . C T 649.02 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0987179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6936;QD=61.8113;RBI=0.0987313;REFB=0;REVB=-0.00162435;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663159;OID=.;OPOS=71615571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:20:20:0:0:20:22:0:0 chr2 71620563 . A G 541.6 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00840115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.899;QD=24.9011;RBI=0.0146792;REFB=-0.00322206;REVB=0.0120374;RO=37;SAF=22;SAR=28;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161065;STB=0.588093;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00190316;OID=.;OPOS=71620563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:37:50:50:0.574713:28:22:24:13:28:22:24:13 chr2 71631109 . A G 393.03 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.018623;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.821;QD=17.0882;RBI=0.0219941;REFB=-0.0108611;REVB=-0.0117016;RO=50;SAF=14;SAR=27;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00159636;STB=0.507039;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0150806;OID=.;OPOS=71631109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:50:51:41:41:0.445652:27:14:17:33:27:14:18:33 chr2 71654175 . G A 1861.95 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000897523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.191;QD=60.5511;RBI=0.0225178;REFB=-0.0184307;REVB=0.0224999;RO=1;SAF=56;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840784;STB=0.504424;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000135959;OID=.;OPOS=71654175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:66:56:1:0:66:56:1:0 chr2 71654450 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0517639;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=290.163;QD=10.3903;RBI=0.0528642;REFB=-0.00387358;REVB=-0.0107295;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425288;STB=0.756881;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00709494;OID=.;OPOS=71654450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:3:8:2:5:3:8 chr2 71658541 . C T 275.27 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.0457107;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7646;QD=12.954;RBI=0.0619145;REFB=-0.0218393;REVB=-0.0417604;RO=53;SAF=19;SAR=13;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251995;STB=0.643748;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0441835;OID=.;OPOS=71658541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:53:53:32:32:0.376471:13:19:19:34:13:19:19:34 chr2 71747923 . C T 438.8 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0567087;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6949;QD=21.405;RBI=0.0710888;REFB=-0.0308675;REVB=-0.0428689;RO=38;SAF=14;SAR=29;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889584;STB=0.557319;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0278311;OID=.;OPOS=71747923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:38:39:43:43:0.52439:29:14:16:22:29:14:17:22 chr2 71762232 . C T 186.14 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0109221;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=65.8289;QD=12.4091;RBI=0.0414178;REFB=-0.00255735;REVB=0.0399517;RO=36;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00151022;STB=0.51437;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00426555;OID=.;OPOS=71762232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:37:23:23:0.383333:16:7:11:25:16:7:12:25 chr2 71780215 . T C 292.36 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00133651;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.63;QD=14.2614;RBI=0.0205187;REFB=-0.0135735;REVB=-0.0204752;RO=49;SAF=16;SAR=17;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162705;STB=0.509247;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.018747;OID=.;OPOS=71780215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:49:49:33:33:0.402439:17:16:23:26:17:16:23:26 chr2 71838597 . C A 359.37 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.012741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.761;QD=17.319;RBI=0.0235002;REFB=-0.020906;REVB=0.0197466;RO=45;SAF=16;SAR=22;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130378;STB=0.573024;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0246056;OID=.;OPOS=71838597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:22:16:25:20:22:16:25:20 chr2 72356449 . G T 248.24 PASS AF=0.509434;AO=22;DP=49;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.010068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.426;QD=18.735;RBI=0.0159209;REFB=-0.00805403;REVB=0.0123332;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123185;STB=0.583388;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00907095;OID=.;OPOS=72356449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:24:26:22:27:0.509434:13:9:13:11:16:11:15:11 chr2 72356627 . T G 294.26 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00885677;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.4395;QD=17.3091;RBI=0.00908331;REFB=-0.00623561;REVB=-0.00201597;RO=36;SAF=20;SAR=12;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172757;STB=0.596954;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00600136;OID=.;OPOS=72356627;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:12:20:16:20:12:20:16:20 chr2 72356745 . T TG 283.71 PASS AF=0.523256;AO=13;DP=94;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.104276;FXX=0.0752607;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.4916;QD=13.1958;RBI=0.111162;REFB=0.0150148;REVB=0.0385171;RO=81;SAF=2;SAR=11;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.537212;STB=0.56636;STBP=0.225;TYPE=ins;VARB=-0.00953902;OID=.;OPOS=72356746;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.523256:13:94:45:86:41:26:19:18:23:99:81:2:11:49:32 chr2 72356747 . A G 226.76 PASS AF=0.365591;AO=14;DP=82;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0285906;FXX=0.0106372;HRUN=8;LEN=1;MLLD=47.8105;QD=9.75296;RBI=0.0444177;REFB=-0.0466464;REVB=-0.0339928;RO=32;SAF=11;SAR=3;SRF=4;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.666146;STB=0.832794;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0119178;OID=.;OPOS=72356747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:93:32:59:14:34:0.365591:3:11:4:28:5:29:21:38 chr2 72692272 . A AAG 1150.75 PASS AF=1;AO=75;DP=80;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128874;FXX=0.0506265;HRUN=2;LEN=2;MLLD=251.238;QD=61.3736;RBI=0.028973;REFB=0;REVB=0.025949;RO=3;SAF=46;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00409173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.91139e-05;OID=.;OPOS=72692273;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:75:80:75:75:0:46:29:0:0:6:3:46:29:2:1 chr2 73226090 . G A 149.25 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0144725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2404;QD=9.6288;RBI=0.0396626;REFB=-0.0100297;REVB=-0.0369279;RO=41;SAF=9;SAR=11;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235375;STB=0.643851;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0253529;OID=.;OPOS=73226090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:41:42:20:20:0.322581:11:9:27:14:11:9:28:14 chr2 73339708 . G A 192.52 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.076978;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.674;QD=15.7162;RBI=0.0789497;REFB=-0.00242141;REVB=0.0175338;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144846;STB=0.563612;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00214725;OID=.;OPOS=73339708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:29:20:20:0.408163:9:11:13:10:9:11:19:10 chr2 73475048 . A G 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.00821101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.436;QD=25.7311;RBI=0.0113327;REFB=0.00972094;REVB=0.0078109;RO=19;SAF=21;SAR=5;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116036;STB=0.563753;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00600263;OID=.;OPOS=73475048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:5:21:17:2:5:21:17:2 chr2 73492614 . A T 213.48 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00325293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.188;QD=16.112;RBI=0.00541984;REFB=-0.0150527;REVB=-0.0043351;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217963;STB=0.505542;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0335931;OID=.;OPOS=73492614;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:27:29:24:24:0.45283:11:13:14:13:11:13:16:13 chr2 73518867 . G A 391.1 PASS AF=0.612903;AO=37;DP=61;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0232087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0122;QD=25.2322;RBI=0.0609718;REFB=-0.0327317;REVB=0.0563819;RO=24;SAF=12;SAR=25;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104989;STB=0.54842;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0090537;OID=.;OPOS=73518867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:24:24:37:38:0.612903:25:12:11:13:25:13:11:13 chr2 73519220 . A AC,C 34.62 PASS AF=0.0841121,0.0373832;AO=14,5;DP=111;FAO=9,4;FDP=107;FR=.;FRO=94;FSAF=6,4;FSAR=3,0;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=-0.0572264,-0.0632454;FXX=0.0446389;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=38.8834,59.4656;QD=1.29436;RBI=0.0687861,0.0862284;REFB=-0.00943345,-0.00557711;REVB=-0.0381664,-0.0586119;RO=89;SAF=5,5;SAR=9,0;SRF=50;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.250828,0.456671;STB=0.635455,0.997308;STBP=0.386,0.03;TYPE=ins,snp;VARB=0.189208,0.199817;OID=.,.;OPOS=73519221,73519220;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:111:107:89:94:14,5:9,4:0.0841121,0.0373832:9,0:5,5:50:39:3,0:6,4:49:45 chr2 73675227 . T TCTC 510.8 PASS AF=0.473684;AO=53;DP=122;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=44;FWDB=0.000153732;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=3;MLLD=292.795;QD=17.9229;RBI=0.00369164;REFB=-0.0176372;REVB=0.00368844;RO=63;SAF=19;SAR=34;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792632;STB=0.550606;STBP=0.37;TYPE=ins;VARB=0.0186083;OID=.;OPOS=73675228;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:53:122:54:114:60:19:35:16:44:99:63:19:34:18:45 chr2 73675669 . T G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0126479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9904;QD=14.6525;RBI=0.0750326;REFB=-0.033329;REVB=0.0739589;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120202;STB=0.571205;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0171053;OID=.;OPOS=73675669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:1:4:4:2:1:4 chr2 73675844 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0476205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.28;QD=12.7812;RBI=0.0492878;REFB=-0.00520598;REVB=-0.0127113;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276263;STB=0.666296;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0108058;OID=.;OPOS=73675844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:2:8:8:6:2:8:8:6 chr2 73716810 . G A 145.0 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0238148;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8774;QD=10.1755;RBI=0.023841;REFB=-0.00814025;REVB=-0.00111752;RO=38;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600118;STB=0.535279;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0148213;OID=.;OPOS=73716810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:38:38:19:19:0.333333:10:9:16:22:10:9:16:22 chr2 73717103 . G C 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0296368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.595;QD=21.0155;RBI=0.0302909;REFB=-0.0338101;REVB=0.00626102;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152971;STB=0.586102;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0235147;OID=.;OPOS=73717103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:4:9:8:8:4:9 chr2 73828538 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.057375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5598;QD=22.6774;RBI=0.127541;REFB=-0.00305296;REVB=0.113907;RO=5;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721239;STB=0.540904;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0116117;OID=.;OPOS=73828538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:7:3:1:4:7:3:1:4 chr2 73927931 . A G 352.52 PASS AF=0.410526;AO=38;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.0510671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.667;QD=14.8431;RBI=0.0513502;REFB=-0.0219136;REVB=0.00538525;RO=56;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195673;STB=0.601777;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0309199;OID=.;OPOS=73927931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:38:39:0.410526:18:20:19:37:19:20:19:37 chr2 73928098 . C G 316.17 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.0233645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.565;QD=31.6169;RBI=0.0244229;REFB=-0.029708;REVB=0.00711187;RO=13;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245082;STB=0.632569;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0111392;OID=.;OPOS=73928098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:18:9:0:13:18:9:0:13 chr2 73928366 . G C 64.7 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0266655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.6467;QD=11.2514;RBI=0.0726813;REFB=-0.0155801;REVB=-0.0676131;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206442;STB=0.62712;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0199274;OID=.;OPOS=73928366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:23:14:14:9:9:0.391304:8:1:3:11:8:1:3:11 chr2 73957124 . A G 189.95 PASS AF=0.4;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0159388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.444;QD=15.1957;RBI=0.0239422;REFB=-0.00792038;REVB=-0.0178657;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887593;STB=0.53996;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0159106;OID=.;OPOS=73957124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:30:20:20:0.4:10:10:17:12:10:10:17:13 chr2 74007136 . T C 417.2 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0191901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.164;QD=25.285;RBI=0.0224059;REFB=-0.0159883;REVB=-0.0115657;RO=25;SAF=20;SAR=20;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703517;STB=0.545432;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00871715;OID=.;OPOS=74007136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:26:40:40:0.606061:20:20:15:10:20:20:16:10 chr2 74135797 . T C 253.81 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0158954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.489;QD=19.1553;RBI=0.0160166;REFB=-0.0269134;REVB=0.001967;RO=26;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215813;STB=0.620697;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0236864;OID=.;OPOS=74135797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:17:10:16:10:17:10:16:10 chr2 74135898 . A G 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00288352;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.616;QD=19.6967;RBI=0.0132318;REFB=-0.00353939;REVB=-0.0129138;RO=22;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671671;STB=0.53778;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00365884;OID=.;OPOS=74135898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:15:6:5:17:15:6:5:17 chr2 74300717 . T C 180.08 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0127205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.525;QD=11.0818;RBI=0.0203212;REFB=0.000823488;REVB=-0.0158474;RO=42;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241623;STB=0.514044;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00147633;OID=.;OPOS=74300717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:12:11:21:21:12:11:21:21 chr2 74334462 . G A 668.13 PASS AF=0.461538;AO=70;DP=154;FAO=72;FDP=156;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.00357605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.672;QD=17.1314;RBI=0.0241808;REFB=-0.0268301;REVB=-0.0239149;RO=81;SAF=39;SAR=31;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10888;STB=0.55554;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0241657;OID=.;OPOS=74334462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:81:84:70:72:0.461538:31:39:36:45:32:40:38:46 chr2 74362090 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0167984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.187;QD=14.0965;RBI=0.0313098;REFB=0.00494358;REVB=-0.0264219;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17847;STB=0.604131;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00570331;OID=.;OPOS=74362090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:5:9:5:6:5:9 chr2 74362118 . G A 140.16 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00506223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.793;QD=20.7651;RBI=0.0164552;REFB=-0.0171808;REVB=0.0156572;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801109;STB=0.545393;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0148906;OID=.;OPOS=74362118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:6:6:9:6:6:6 chr2 74362459 . T TAGC 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0100913;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=260.26;QD=12.3289;RBI=0.0247273;REFB=-0.0188876;REVB=0.0225744;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244882;STB=0.631371;STBP=0.354;TYPE=ins;VARB=0.0311681;OID=.;OPOS=74362460;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:11:29:11:28:17:7:4:14:3:86:18:7:4:15:3 chr2 74590160 . T C 251.67 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0045333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.679;QD=17.0624;RBI=0.0191801;REFB=-0.0215982;REVB=0.0186366;RO=31;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037623;STB=0.521112;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0247279;OID=.;OPOS=74590160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:17:11:11:20:17:11:11:20 chr2 74641624 . G C 1065.77 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0799704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3616;QD=58.3985;RBI=0.0967166;REFB=-0.00183912;REVB=-0.0543951;RO=1;SAF=35;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133212;STB=0.50704;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0011464;OID=.;OPOS=74641624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:37:35:1:0:37:35:1:0 chr2 74682512 . C T 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.745;QD=58.2366;RBI=0.0367371;REFB=0;REVB=0.00294996;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54046e-05;OID=.;OPOS=74682512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr2 74687549 . CTCA CCA,CCAC,CCCA 707.96 PASS AF=0.960784,0,0.0392157;AO=16,2,19;DP=49;FAO=49,0,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0,1;FSAR=31,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167835,0.109953,0.169438;FXX=0.0192271;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=168.635,136.485,166.479;QD=55.5261;RBI=0.168151,0.110416,0.16975;REFB=0,0,0;REVB=-0.0103193,-0.0101087,-0.0102785;RO=2;SAF=6,2,1;SAR=10,0,18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.129916,0,-0.445426;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.00461648,0,0.00312328;OID=.,.,.;OPOS=74687550,74687550,74687550;OREF=T,TCA,T;OALT=-,CAC,C;OMAPALT=CCA,CCAC,CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.960784,0,0.0392157:16,2,19:49:49,0,2:51:0:18,0,1:31,0,1:0:0:10:2:6,2,1:10,0,18:2:0 chr2 74690039 . G A 2468.71 PASS AF=0.852792;AO=163;DP=197;FAO=168;FDP=197;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=78;FSAR=90;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0378985;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=210.904;QD=50.1261;RBI=0.0388165;REFB=-0.0695345;REVB=-0.0083916;RO=4;SAF=73;SAR=90;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138934;STB=0.525111;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.000951623;OID=.;OPOS=74690039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:197:197:4:20:163:168:0.852792:90:73:3:1:90:78:14:6 chr2 74690378 . C T 774.8 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9252;QD=56.3488;RBI=0.03591;REFB=0;REVB=0.0272578;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000947751;OID=.;OPOS=74690378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:31:22:0:0:32:23:0:0 chr2 74699778 . C A 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0806872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.819;QD=56.9995;RBI=0.08121;REFB=0;REVB=-0.00920067;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47599e-05;OID=.;OPOS=74699778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr2 74702790 . A G 279.26 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=48;FWDB=-0.020709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.386;QD=11.7581;RBI=0.0307241;REFB=-0.0077777;REVB=-0.0226959;RO=62;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145795;STB=0.583287;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0148675;OID=.;OPOS=74702790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:62:33:33:0.347368:22:11:14:48:22:11:14:48 chr2 74710491 . C T 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.544;QD=60.9753;RBI=0.0348106;REFB=0;REVB=0.0230444;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11862e-05;OID=.;OPOS=74710491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr2 74725144 . T C 689.34 PASS AF=0.980392;AO=47;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00134476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.6728;QD=54.0658;RBI=0.0887992;REFB=-0.0819284;REVB=0.088789;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208969;STB=0.5102;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.019885;OID=.;OPOS=74725144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:1:1:47:50:0.980392:22:25:0:1:24:26:0:1 chr2 74725178 . G A 733.53 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588452;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.4196;QD=61.1276;RBI=0.063054;REFB=-0.138894;REVB=-0.0226507;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218674;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00704153;OID=.;OPOS=74725178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:48:48:1:0:47:48:1:26:21:1:0:26:22:0:0 chr2 74746322 . A T 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.809;QD=57.3818;RBI=0.0116223;REFB=0;REVB=9.55529e-05;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19621e-05;OID=.;OPOS=74746322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr2 74756176 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000863873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=339.094;QD=53.9112;RBI=0.00784977;REFB=0;REVB=0.00780209;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80413e-05;OID=.;OPOS=74756176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr2 74758666 . G A 380.46 PASS AF=0.362205;AO=46;DP=127;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.000958398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104;QD=11.9828;RBI=0.00925152;REFB=-0.0140728;REVB=-0.00920174;RO=80;SAF=18;SAR=28;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163539;STB=0.58974;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0222691;OID=.;OPOS=74758666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:80:81:46:46:0.362205:28:18:43:37:28:18:43:38 chr2 74761539 . T A 285.22 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0208041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.992;QD=15.4174;RBI=0.0641339;REFB=-0.0240006;REVB=0.0606658;RO=42;SAF=15;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00749708;STB=0.504235;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.033239;OID=.;OPOS=74761539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:17:15:20:22:17:15:20:22 chr2 74763258 . C G 523.26 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00384934;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3175;QD=23.5173;RBI=0.00821287;REFB=-0.00965161;REVB=0.00725491;RO=40;SAF=23;SAR=26;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126781;STB=0.569575;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00665442;OID=.;OPOS=74763258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:40:49:49:0.550562:26:23:25:15:26:23:25:15 chr2 75113657 . C T 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0098359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.319;QD=25.2545;RBI=0.0867466;REFB=-0.00234054;REVB=-0.0861871;RO=11;SAF=16;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220164;STB=0.624838;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000285092;OID=.;OPOS=75113657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:2:16:8:3:2:16:8:3 chr2 75113789 . C G 386.77 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0829036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.7448;QD=21.1931;RBI=0.0838898;REFB=0.0343314;REVB=-0.0128253;RO=33;SAF=19;SAR=20;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232132;STB=0.50597;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.0159054;OID=.;OPOS=75113789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:34:39:39:0.534247:20:19:17:16:20:19:17:17 chr2 75115108 . A G 472.43 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.011239;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.48;QD=26.2463;RBI=0.0229693;REFB=-0.0223793;REVB=-0.0200318;RO=28;SAF=14;SAR=30;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00266011;STB=0.501453;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0156758;OID=.;OPOS=75115108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:28:28:44:44:0.611111:30:14:9:19:30:14:9:19 chr2 75118737 . C T 129.37 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00790427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5409;QD=12.9373;RBI=0.0511742;REFB=0.000400779;REVB=-0.0505601;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225933;STB=0.631413;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00235402;OID=.;OPOS=75118737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:7:8:8:17:7:8:8:17 chr2 75124037 . C T 234.61 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0163246;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.075;QD=12.6816;RBI=0.0271267;REFB=-0.00430533;REVB=-0.0216648;RO=46;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215858;STB=0.623488;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.010343;OID=.;OPOS=75124037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:46:46:28:28:0.378378:12:16:17:29:12:16:17:29 chr2 75196731 . A G 246.82 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0128523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.302;QD=17.9502;RBI=0.0129595;REFB=-0.0225259;REVB=-0.00166308;RO=27;SAF=8;SAR=19;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275941;STB=0.66421;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0204953;OID=.;OPOS=75196731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:19:8:16:11:19:8:17:11 chr2 75276649 . C T 315.59 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00523684;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.48;QD=14.851;RBI=0.029452;REFB=-0.0109278;REVB=-0.0289827;RO=47;SAF=25;SAR=10;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113695;STB=0.5893;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0285495;OID=.;OPOS=75276649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:47:50:35:35:0.411765:10:25:29:18:10:25:29:21 chr2 75425728 . A G 471.64 PASS AF=0.49;AO=50;DP=101;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0447963;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0149;QD=18.8654;RBI=0.081109;REFB=0.0123324;REVB=-0.0676163;RO=51;SAF=28;SAR=22;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461173;STB=0.521141;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.0149668;OID=.;OPOS=75425728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:51:51:50:49:0.49:22:28:26:25:22:27:26:25 chr2 76672457 . G T 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0337182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.893;QD=23.3815;RBI=0.0343142;REFB=-0.00985279;REVB=0.00636755;RO=14;SAF=3;SAR=16;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137681;STB=0.576088;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00436059;OID=.;OPOS=76672457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:16:3:1:13:16:3:1:13 chr2 79254261 . T C 1463.32 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0205895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9881;QD=60.9715;RBI=0.0316836;REFB=-0.0184381;REVB=-0.0240816;RO=2;SAF=46;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000420359;STB=0.500222;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000649348;OID=.;OPOS=79254261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:48:46:1:1:48:46:1:1 chr2 79255325 . G C 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00194106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.684;QD=16.8734;RBI=0.0771142;REFB=-0.0266063;REVB=-0.0770898;RO=26;SAF=18;SAR=2;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404668;STB=0.738507;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0264585;OID=.;OPOS=79255325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:2:18:17:9:2:18:17:9 chr2 79312414 . G A 231.26 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00664709;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.923;QD=16.5188;RBI=0.0237859;REFB=-0.0194895;REVB=-0.0228383;RO=29;SAF=21;SAR=5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267405;STB=0.665351;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0272964;OID=.;OPOS=79312414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:30:26:26:0.464286:5:21:17:12:5:21:17:13 chr2 79350347 . A G 476.61 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.039;QD=57.7706;RBI=0.0528638;REFB=0;REVB=0.0446476;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113113;OID=.;OPOS=79350347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr2 79385786 . TG CA 131.8 PASS AF=0.194915;AO=23;DP=118;FAO=23;FDP=118;FR=.;FRO=95;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=-0.0160081;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.242;QD=4.46777;RBI=0.0172558;REFB=0.000392994;REVB=-0.00644232;RO=94;SAF=10;SAR=13;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290878;STB=0.52308;STBP=0.807;TYPE=mnp;VARB=-0.00243827;OID=.;OPOS=79385786;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:94:95:23:23:0.194915:13:10:43:51:13:10:44:51 chr2 79385823 . T G 71.64 PASS AF=0.140187;AO=14;DP=107;FAO=15;FDP=107;FR=.;FRO=92;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=-0.0102501;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.45;QD=2.6781;RBI=0.0118648;REFB=-0.00703573;REVB=-0.00597561;RO=91;SAF=5;SAR=9;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158947;STB=0.558856;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0473613;OID=.;OPOS=79385823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:107:107:91:92:14:15:0.140187:9:5:44:47:9:6:43:49 chr2 79385857 . G T 43.6 PASS AF=0.111111;AO=10;DP=90;FAO=10;FDP=90;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.00890262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.348;QD=1.93787;RBI=0.0154126;REFB=0.0021739;REVB=0.0125814;RO=80;SAF=4;SAR=6;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119682;STB=0.589107;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0173284;OID=.;OPOS=79385857;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:90:90:80:80:10:10:0.111111:6:4:40:40:6:4:40:40 chr2 79385866 . C G 40.9 PASS AF=0.116883;AO=9;DP=77;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0402149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.411;QD=2.12486;RBI=0.0471287;REFB=-0.00326996;REVB=-0.0245739;RO=66;SAF=3;SAR=6;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268712;STB=0.694494;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0534846;OID=.;OPOS=79385866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:77:77:66:68:9:9:0.116883:6:3:37:29:6:3:38:30 chr2 79864080 . G C 127.37 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0361963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.6444;QD=9.26349;RBI=0.0362;REFB=-0.0258967;REVB=-0.000520471;RO=37;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643875;STB=0.530997;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0562068;OID=.;OPOS=79864080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:37:38:17:17:0.309091:11:6:15:22:11:6:15:23 chr2 79914689 . G A 235.23 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0300909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1952;QD=14.0437;RBI=0.0365783;REFB=-0.0191849;REVB=0.0207969;RO=38;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302594;STB=0.519467;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0143971;OID=.;OPOS=79914689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:27:28:0.41791:12:15:20:18:12:16:21:18 chr2 80101321 . T G 823.6 PASS AF=0.469613;AO=85;DP=181;FAO=85;FDP=181;FR=.;FRO=96;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0263409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3564;QD=18.201;RBI=0.0487578;REFB=-0.0229779;REVB=-0.0410303;RO=94;SAF=40;SAR=45;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380898;STB=0.52114;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0225854;OID=.;OPOS=80101321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:94:96:85:85:0.469613:45:40:48:46:45:40:49:47 chr2 80529956 . T C 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0140126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.341;QD=14.4117;RBI=0.0143498;REFB=-0.0161317;REVB=0.00309243;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132711;STB=0.576838;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0179284;OID=.;OPOS=80529956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:16:12:10:8:16:12 chr2 82194270 . A G 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0267654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.89;QD=14.6982;RBI=0.0277958;REFB=-0.0288146;REVB=0.00749807;RO=21;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823145;STB=0.526284;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0364727;OID=.;OPOS=82194270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:23:16:16:0.410256:12:4:4:17:12:4:5:18 chr2 84756049 . G A 1904.63 PASS AF=0.962121;AO=127;DP=132;FAO=127;FDP=132;FR=.;FRO=5;FSAF=76;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0145646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.572;QD=57.7161;RBI=0.039163;REFB=-0.101328;REVB=0.036354;RO=3;SAF=76;SAR=51;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00311385;STB=0.507967;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0032135;OID=.;OPOS=84756049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:132:132:3:5:127:127:0.962121:51:76:2:1:51:76:4:1 chr2 84771480 . G A 1097.29 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.88;QD=60.1256;RBI=0.0450191;REFB=0;REVB=-0.00410929;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023541;OID=.;OPOS=84771480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:46:26:0:0:46:27:0:0 chr2 84771567 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00163306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.717;QD=57.8847;RBI=0.012619;REFB=0;REVB=0.0125129;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62479e-05;OID=.;OPOS=84771567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr2 84800605 . C A 567.44 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0403396;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.972;QD=58.1991;RBI=0.0453874;REFB=0.0161442;REVB=0.0208022;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000950886;OID=.;OPOS=84800605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:0:1:38:38:0.974359:19:19:0:0:19:19:1:0 chr2 84897516 . T TG 482.8 PASS AF=0.972973;AO=8;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0442406;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=127.449;QD=52.1947;RBI=0.0792624;REFB=0.00611421;REVB=0.065767;RO=29;SAF=8;SAR=0;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.697422;STB=0.509799;STBP=0.59;TYPE=ins;VARB=2.28235e-05;OID=.;OPOS=84897517;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.972973:8:37:36:37:1:25:11:1:0:5:29:8:0:18:11 chr2 84897517 . A G 342.98 PASS AF=0.756757;AO=28;DP=37;FAO=28;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.00623389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.461;QD=37.0786;RBI=0.0592282;REFB=-0.0412526;REVB=0.0588992;RO=8;SAF=17;SAR=11;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176346;STB=0.604583;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0014573;OID=.;OPOS=84897517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:8:9:28:28:0.756757:11:17:8:0:11:17:9:0 chr2 85049165 . C T 710.82 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.852;QD=55.7506;RBI=0.0512614;REFB=0;REVB=0.0256467;RO=1;SAF=20;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000834098;OID=.;OPOS=85049165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:1:0:50:51:1:30:20:1:0:30:21:0:0 chr2 85546615 . C T 1059.75 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.321;QD=59.7043;RBI=0.0228487;REFB=0;REVB=0.00281486;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50112e-05;OID=.;OPOS=85546615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:68:71:1:35:33:0:0:36:35:0:0 chr2 85549527 . T C 446.53 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0438716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.704;QD=54.1246;RBI=0.0443612;REFB=-0.0835073;REVB=0.00657275;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516119;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00117321;OID=.;OPOS=85549527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:0:1:31:32:0.969697:15:16:0:0:15:17:0:1 chr2 85549547 . C T 554.66 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0280961;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.212;QD=55.4657;RBI=0.0376943;REFB=-0.116675;REVB=0.0251291;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253186;STB=0.501319;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000822613;OID=.;OPOS=85549547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:18:20:0:1:18:20:1:1 chr2 85553784 . C T 771.77 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8336;QD=55.1263;RBI=0.190143;REFB=0;REVB=0.182818;RO=1;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303527;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00363681;OID=.;OPOS=85553784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:1:0:51:56:1:15:36:0:1:20:36:0:0 chr2 85554080 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.416;QD=51.9167;RBI=0.0227432;REFB=0;REVB=0.0130253;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102708;OID=.;OPOS=85554080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr2 85573033 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.416;QD=58.7812;RBI=0.0227554;REFB=0;REVB=0.0222765;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236527;OID=.;OPOS=85573033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr2 85622059 . T C 464.95 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.91;QD=58.1192;RBI=0.0937928;REFB=0;REVB=0.0917282;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425465;OID=.;OPOS=85622059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr2 85769711 . C G 788.06 PASS AF=0.627119;AO=70;DP=113;FAO=74;FDP=118;FR=.;FRO=44;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00827198;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.713;QD=26.7137;RBI=0.0102053;REFB=-0.0169442;REVB=0.00597677;RO=41;SAF=37;SAR=33;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557458;STB=0.531256;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00979691;OID=.;OPOS=85769711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:118:41:44:70:74:0.627119:33:37:25:16:33:41:28:16 chr2 85780131 . G A 297.88 PASS AF=0.44;AO=32;DP=74;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.000172673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.474;QD=15.887;RBI=0.00552553;REFB=-0.0126867;REVB=0.00552283;RO=42;SAF=20;SAR=12;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265908;STB=0.654584;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0241402;OID=.;OPOS=85780131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:42:42:32:33:0.44:12:20:15:27:12:21:15:27 chr2 85780536 . C T 187.61 PASS AF=0.403846;AO=19;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.132991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4025;QD=14.4312;RBI=0.133003;REFB=0.00493734;REVB=0.00184549;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343794;STB=0.597214;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.0153562;OID=.;OPOS=85780536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:29:19:21:0.403846:10:9:3:20:11:10:9:20 chr2 85781318 . T G 272.57 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0030776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.342;QD=51.9183;RBI=0.076734;REFB=0;REVB=0.0766723;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316158;OID=.;OPOS=85781318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:8:13:0:0 chr2 85806266 . C T 134.44 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0395991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1235;QD=18.5429;RBI=0.0567348;REFB=0.000131354;REVB=0.0406294;RO=13;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200652;STB=0.642646;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00487634;OID=.;OPOS=85806266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:12:3:5:8:12:3:6:8 chr2 85808737 . A G 289.96 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0498081;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5286;QD=16.5689;RBI=0.0502006;REFB=0.0178213;REVB=-0.00626485;RO=37;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129192;STB=0.579842;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.0222793;OID=.;OPOS=85808737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:37:38:32:32:0.457143:13:19:17:20:13:19:17:21 chr2 85808982 . T C 508.81 PASS AF=0.45082;AO=54;DP=121;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0548169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0303;QD=16.6822;RBI=0.0549598;REFB=0.00792535;REVB=-0.0039614;RO=67;SAF=26;SAR=28;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335359;STB=0.523716;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00781445;OID=.;OPOS=85808982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:67:67:54:55:0.45082:28:26:30:37:28:27:30:37 chr2 85824084 . G C 305.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00618522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.034;QD=15.0666;RBI=0.0151262;REFB=-0.0145151;REVB=-0.0138038;RO=47;SAF=22;SAR=12;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014119;STB=0.507983;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0209659;OID=.;OPOS=85824084;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:12:22:31:16:12:22:31:16 chr2 85824251 . T C 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00304495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.92;QD=18.1184;RBI=0.0180874;REFB=-0.0210154;REVB=0.0178292;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148193;STB=0.602529;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0205786;OID=.;OPOS=85824251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:18:18:0.473684:5:13:11:8:5:13:11:9 chr2 85846329 . G A 95.58 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00271295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0243;QD=14.1595;RBI=0.0333032;REFB=-0.023215;REVB=-0.0331925;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11125;STB=0.518488;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0283074;OID=.;OPOS=85846329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:25:27:14:15:11:12:0.444444:5:6:6:8:6:6:7:8 chr2 85852667 . G A 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00148766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.509;QD=18.1184;RBI=0.0483962;REFB=-0.0282924;REVB=-0.0483734;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519108;STB=0.502955;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0153688;OID=.;OPOS=85852667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:8:10:11:9:8:10:11:9 chr2 85892782 . C T 212.88 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0188255;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.447;QD=26.6103;RBI=0.0188445;REFB=-0.0158525;REVB=0.000845564;RO=12;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125126;STB=0.56955;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0120063;OID=.;OPOS=85892782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:32:32:12:12:20:20:0.625:8:12:5:7:8:12:5:7 chr2 85894308 . G T 696.5 PASS AF=0.963636;AO=50;DP=52;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000188315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.524;QD=50.6548;RBI=0.0146014;REFB=-0.19647;REVB=0.0146002;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.531238;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000956495;OID=.;OPOS=85894308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:52:55:0:2:50:53:0.963636:15:35:0:0:15:38:0:2 chr2 85895338 . T G 1099.6 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.91;QD=60.252;RBI=0.0363445;REFB=0;REVB=0.035926;RO=0;SAF=18;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54779e-05;OID=.;OPOS=85895338;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:52:18:0:0:55:18:0:0 chr2 85924729 . C T 1918.66 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271512;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.933;QD=61.8922;RBI=0.0295024;REFB=0;REVB=0.0115415;RO=0;SAF=52;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01979e-05;OID=.;OPOS=85924729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:72:52:0:0:72:52:0:0 chr2 85925529 . A G 378.83 PASS AF=0.673077;AO=33;DP=52;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.0566556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.783;QD=29.1411;RBI=0.0758123;REFB=-0.0305222;REVB=-0.050375;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.627841;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00370993;OID=.;OPOS=85925529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:0:17:33:35:0.673077:14:19:0:0:15:20:16:1 chr2 85925756 . C G 784.05 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5811;QD=57.0221;RBI=0.0141967;REFB=0;REVB=6.71021e-05;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15079e-05;OID=.;OPOS=85925756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:30:25:0:0 chr2 85925848 . C G 990.62 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.573;QD=58.2719;RBI=0.0372437;REFB=0;REVB=0.0254181;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141514;OID=.;OPOS=85925848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:34:32:0:0:34:34:0:0 chr2 86015096 . G A 251.21 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0355624;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5624;QD=25.1211;RBI=0.0380498;REFB=-0.0231606;REVB=-0.0135314;RO=16;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118554;STB=0.555506;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0538891;OID=.;OPOS=86015096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:17:23:23:0.575:15:8:8:8:15:8:8:9 chr2 86088311 . T C 181.78 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00583242;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.579;QD=16.1584;RBI=0.0274241;REFB=-0.00795727;REVB=-0.0267968;RO=26;SAF=14;SAR=5;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055766;STB=0.532129;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0119733;OID=.;OPOS=86088311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:26:26:19:19:0.422222:5:14:18:8:5:14:18:8 chr2 86094686 . C T 244.02 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00147656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0555;QD=18.7709;RBI=0.00191299;REFB=0.00825629;REVB=-0.00121626;RO=26;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00643265;OID=.;OPOS=86094686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:15:11:11:15:15:11:11:15 chr2 86315741 . C T 932.64 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.248;QD=55.6799;RBI=0.0199329;REFB=-0.164437;REVB=-0.0154301;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.506327;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000563662;OID=.;OPOS=86315741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:66:67:0:1:64:66:0.985075:27:37:0:0:27:39:1:0 chr2 86317037 . G C 993.87 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195728;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.545;QD=59.3355;RBI=0.0198363;REFB=0;REVB=-0.00322277;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79407e-06;OID=.;OPOS=86317037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr2 86363074 . A G 1267.95 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463985;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.559;QD=61.8513;RBI=0.0705858;REFB=0;REVB=0.0531934;RO=0;SAF=54;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028154;OID=.;OPOS=86363074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:28:54:0:0:28:54:0:0 chr2 86385728 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.662;QD=55.0986;RBI=0.013226;REFB=0;REVB=0.0116952;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59974e-05;OID=.;OPOS=86385728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr2 86400824 . G A 1207.5 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=84;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0111148;FXX=0.0238067;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.207;QD=58.9023;RBI=0.0149473;REFB=-0.0223503;REVB=0.00999414;RO=1;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119854;STB=0.500305;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000145037;OID=.;OPOS=86400824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:82:1:2:80:80:0.97561:39:41:0:1:39:41:1:1 chr2 86440718 . T C 1026.26 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.038;QD=59.4933;RBI=0.0223306;REFB=0;REVB=-0.00432582;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78638e-05;OID=.;OPOS=86440718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr2 86441334 . C CTGTT 701.91 PASS AF=0.980769;AO=48;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00663197;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=4;MLLD=275.117;QD=53.993;RBI=0.0228905;REFB=-0.066441;REVB=0.0219087;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018447;STB=0.50943;STBP=0.512;TYPE=ins;VARB=0.00131626;OID=.;OPOS=86441335;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.980769:48:53:51:52:1:26:25:1:0:4:1:25:23:1:0 chr2 86481835 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.63;QD=64.4154;RBI=0.0184413;REFB=0;REVB=-0.00170088;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.46471e-05;OID=.;OPOS=86481835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr2 86683642 . A G,T 473.57 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=31,2;DP=34;FAO=32,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116756,-0.0161785;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.7691,230.824;QD=55.714;RBI=0.130219,0.0179285;REFB=0,0;REVB=0.0576635,-0.00772573;RO=0;SAF=8,0;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.39343e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00729157,0.171599;OID=.,.;OPOS=86683642,86683642;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:31,2:32,2:0.941176,0.0588235:23,2:8,0:0:0:23,2:9,0:0:0 chr2 86691250 . G A 2796.83 PASS AF=0.989011;AO=179;DP=181;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0103889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.871;QD=61.4687;RBI=0.0357522;REFB=-0.040384;REVB=0.0342095;RO=2;SAF=92;SAR=87;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108169;STB=0.505617;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000155035;OID=.;OPOS=86691250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:181:182:2:2:179:180:0.989011:87:92:0:2:88:92:0:2 chr2 86831701 . G A 88.11 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00738715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1783;QD=14.0981;RBI=0.0160271;REFB=-0.00642047;REVB=0.0142232;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200253;STB=0.617431;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00516404;OID=.;OPOS=86831701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:6:8:4:7:6:8 chr2 86979093 . G A 611.53 PASS AF=0.650602;AO=53;DP=82;FAO=54;FDP=83;FR=.;FRO=29;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.00105783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8567;QD=29.4715;RBI=0.0137885;REFB=0.0514825;REVB=0.0137478;RO=29;SAF=36;SAR=17;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340464;STB=0.522927;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0217127;OID=.;OPOS=86979093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:29:29:53:54:0.650602:17:36:21:8:18:36:21:8 chr2 87015633 . T TGA 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0190063;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=300.706;QD=55.4105;RBI=0.0269468;REFB=-0.0266605;REVB=0.0191021;RO=1;SAF=26;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177934;STB=0.509431;STBP=0.32;TYPE=ins;VARB=0.000744086;OID=.;OPOS=87015634;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.982759:57:58:57:58:1:26:31:1:0:4:1:26:31:1:0 chr2 87069379 . G A 238.16 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0689283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.257;QD=50.139;RBI=0.0690329;REFB=0;REVB=0.00379966;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000674173;OID=.;OPOS=87069379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr2 87069431 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.67;QD=35.5759;RBI=0.0448858;REFB=0;REVB=-0.00409392;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187016;OID=.;OPOS=87069431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr2 87276811 . T C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.027987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.165;QD=18.7436;RBI=0.0736219;REFB=0.00661107;REVB=-0.0680949;RO=4;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219787;STB=0.62471;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00631513;OID=.;OPOS=87276811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:1:6:4:0:1:6:4:0 chr2 88315954 . C A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203792;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=372.809;QD=53.9112;RBI=0.0204707;REFB=0;REVB=-0.0019336;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39883e-05;OID=.;OPOS=88315954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr2 88315993 . A G 323.37 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9762;QD=53.8951;RBI=0.0376022;REFB=0;REVB=-0.0370293;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000816278;OID=.;OPOS=88315993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr2 88316021 . G A 55.38 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0259202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.138;QD=9.63158;RBI=0.0263649;REFB=-0.00741667;REVB=0.00482222;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255737;STB=0.608437;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0106871;OID=.;OPOS=88316021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:23:15:15:7:8:0.347826:4:3:10:5:4:4:10:5 chr2 88387403 . C A 812.41 PASS AF=1;AO=42;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165376;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.507;QD=57.0113;RBI=0.0383513;REFB=0;REVB=0.0346025;RO=0;SAF=34;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161231;OID=.;OPOS=88387403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:42:57:1:8:34:0:0:23:34:0:0 chr2 88407959 . T C 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2564;QD=60.3733;RBI=0.0379206;REFB=0;REVB=0.0278294;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391211;OID=.;OPOS=88407959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr2 88411605 . A T 1028.65 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00634539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1199;QD=56.3645;RBI=0.0161989;REFB=-0.0835475;REVB=0.0149043;RO=2;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270022;STB=0.514282;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0123313;OID=.;OPOS=88411605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:34:37:0:2:34:37:0:2 chr2 88472791 . G A 1266.58 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324024;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.085;QD=61.7842;RBI=0.0324925;REFB=0;REVB=-0.00241848;RO=0;SAF=59;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22452e-05;OID=.;OPOS=88472791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:23:59:0:0:23:59:0:0 chr2 88874891 . C A 335.84 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0046051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.37;QD=22.3892;RBI=0.0157981;REFB=-0.0136012;REVB=-0.015112;RO=25;SAF=15;SAR=19;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958339;STB=0.542144;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0109401;OID=.;OPOS=88874891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:26:34:34:0.566667:19:15:8:17:19:15:9:17 chr2 88879131 . T C 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0134661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.546;QD=19.1729;RBI=0.0150322;REFB=-0.023663;REVB=-0.00668063;RO=32;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419664;STB=0.52335;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0205469;OID=.;OPOS=88879131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:17:16:14:18:17:16:14:18 chr2 88895123 . T C 250.53 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00363074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.819;QD=14.5233;RBI=0.0362766;REFB=-0.00216565;REVB=0.0360944;RO=38;SAF=18;SAR=11;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690126;STB=0.518189;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00280754;OID=.;OPOS=88895123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:40:29:29:0.42029:11:18:26:12:11:18:26:14 chr2 88895351 . T C 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0137471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.062;QD=12.1199;RBI=0.0137493;REFB=-0.00990754;REVB=0.000244147;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182305;STB=0.604988;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0227707;OID=.;OPOS=88895351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:10:13:15:23:10:13:15:23 chr2 88913273 . G C 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0121083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.991;QD=17.8517;RBI=0.0223806;REFB=-0.009836;REVB=-0.0188224;RO=40;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525798;STB=0.529395;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0122295;OID=.;OPOS=88913273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:20:16:20:20:20:16:20:20 chr2 89156948 . C G 596.55 PASS AF=0.398844;AO=68;DP=172;FAO=69;FDP=173;FR=.;FRO=104;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=0.00740648;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8083;QD=13.7931;RBI=0.0674113;REFB=-0.0237584;REVB=-0.0670032;RO=102;SAF=34;SAR=34;SRF=43;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836937;STB=0.547729;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0214204;OID=.;OPOS=89156948;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:102:104:68:69:0.398844:34:34:43:59:35:34:43:61 chr2 89157153 . A G 180.11 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.11707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.345;QD=16.0095;RBI=0.117364;REFB=-0.0130204;REVB=-0.00829247;RO=26;SAF=4;SAR=14;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662459;STB=0.548119;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0213781;OID=.;OPOS=89157153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:26:18:19:0.422222:14:4:7:19:15:4:7:19 chr2 89197190 . C T 3124.26 PASS AF=0.967442;AO=207;DP=218;FAO=208;FDP=215;FR=.;FRO=7;FSAF=115;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0201097;FXX=0.0137608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.216;QD=58.1258;RBI=0.0262135;REFB=-0.0151659;REVB=0.0168152;RO=7;SAF=115;SAR=92;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169722;STB=0.50878;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=3.41668e-05;OID=.;OPOS=89197190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:218:215:7:7:207:208:0.967442:92:115:2:5:93:115:2:5 chr2 89246951 . C T 1286.69 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870877;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0373;QD=62.0093;RBI=0.061;REFB=0;REVB=-0.0603752;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225229;OID=.;OPOS=89246951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr2 89278103 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00968479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.326;QD=35.5753;RBI=0.0655434;REFB=0;REVB=-0.0648239;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00178623;OID=.;OPOS=89278103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr2 89278489 . A C 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5483;QD=62.3122;RBI=0.0212367;REFB=0;REVB=0.0163735;RO=0;SAF=54;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154929;OID=.;OPOS=89278489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:32:54:0:0:32:54:0:0 chr2 89292182 . A G 941.02 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445724;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.312;QD=58.8139;RBI=0.0556755;REFB=0;REVB=0.0554968;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031349;OID=.;OPOS=89292182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:21:43:0:0:21:43:0:0 chr2 89292201 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.117;QD=57.7121;RBI=0.0174123;REFB=0;REVB=0.0130771;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48443e-05;OID=.;OPOS=89292201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:21:38:0:0:21:38:0:0 chr2 89292401 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.044;QD=63.5829;RBI=0.0171178;REFB=0;REVB=0.00349634;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31704e-05;OID=.;OPOS=89292401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr2 89309542 . T G 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1989;QD=60.2015;RBI=0.0265245;REFB=0;REVB=0.0122518;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283311;OID=.;OPOS=89309542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr2 89309554 . T A 900.14 PASS AF=0.942029;AO=60;DP=64;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.122813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1146;QD=52.1821;RBI=0.124374;REFB=-0.0894247;REVB=0.0196461;RO=4;SAF=32;SAR=28;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554194;STB=0.527019;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00495124;OID=.;OPOS=89309554;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:64:69:4:4:60:65:0.942029:28:32:4:0:30:35:4:0 chr2 89309735 . A G 255.12 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2435;QD=51.0236;RBI=0.0795064;REFB=0;REVB=0.0603494;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272594;OID=.;OPOS=89309735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:10:10:0:0 chr2 89309762 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.432;QD=45.8048;RBI=0.0457469;REFB=0;REVB=0.0445793;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366211;OID=.;OPOS=89309762;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr2 89513004 . A G 1237.44 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0397099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6678;QD=58.9259;RBI=0.064145;REFB=0.00665505;REVB=0.0503756;RO=2;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201434;STB=0.510636;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000308731;OID=.;OPOS=89513004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:46:36:0:2:46:36:0:2 chr2 89533687 . T G 549.94 PASS AF=0.857143;AO=36;DP=41;FAO=36;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0347369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.909;QD=52.3749;RBI=0.0455112;REFB=-0.128674;REVB=0.0294044;RO=2;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274091;STB=0.512813;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0153381;OID=.;OPOS=89533687;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:41:42:2:3:36:36:0.857143:19:17:1:1:18:18:1:2 chr2 89533810 . C T 1525.72 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.594;QD=59.8322;RBI=0.0247046;REFB=0;REVB=0.015954;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18318e-05;OID=.;OPOS=89533810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:49:53:0:0:49:53:0:0 chr2 89544473 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.179;QD=42.1825;RBI=0.0738046;REFB=0;REVB=-0.000915738;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011868;OID=.;OPOS=89544473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr2 90121675 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00524235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.349;QD=53.9107;RBI=0.0146862;REFB=0;REVB=-0.0137186;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017145;OID=.;OPOS=90121675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr2 90121845 . A G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0028812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.548;QD=18.1541;RBI=0.00797111;REFB=-0.00118549;REVB=-0.00743218;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652453;STB=0.506323;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00120318;OID=.;OPOS=90121845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:25:21:21:0.456522:9:12:11:11:9:12:14:11 chr2 90121849 . A G 222.81 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0039224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.642;QD=18.9625;RBI=0.0225601;REFB=-0.0309707;REVB=-0.0222165;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180797;STB=0.507805;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0155396;OID=.;OPOS=90121849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:23:25:22:22:0.468085:10:12:13:10:10:12:14:11 chr2 90121926 . G T 359.63 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00127953;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0746;QD=19.7056;RBI=0.0264057;REFB=-0.00210828;REVB=0.0263747;RO=36;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109441;STB=0.560798;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00318445;OID=.;OPOS=90121926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:36:36:37:37:0.506849:21:16:20:16:21:16:20:16 chr2 90121985 . A G 259.04 PASS AF=0.32381;AO=34;DP=105;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.053818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.155;QD=9.86816;RBI=0.0579159;REFB=0.00188932;REVB=-0.021398;RO=71;SAF=12;SAR=22;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229765;STB=0.633819;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00587687;OID=.;OPOS=90121985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:71:71:34:34:0.32381:22:12:39:32:22:12:39:32 chr2 90139116 . G A 319.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.000113931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.498;QD=15.7534;RBI=0.0511871;REFB=-0.017233;REVB=-0.051187;RO=46;SAF=21;SAR=14;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166685;STB=0.594006;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0200366;OID=.;OPOS=90139116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:14:21:20:26:14:21:20:26 chr2 90212126 . A C 129.41 PASS AF=0.375;AO=14;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0104696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4347;QD=12.9413;RBI=0.0493272;REFB=-0.00192994;REVB=-0.0482033;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119122;STB=0.596359;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00173218;OID=.;OPOS=90212126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:25:14:15:0.375:5:9:14:12:5:10:13:12 chr2 95542416 . A G 40.74 PASS AF=0.123288;AO=6;DP=70;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00132969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.421;QD=2.23229;RBI=0.00911425;REFB=-0.00718454;REVB=-0.00901674;RO=64;SAF=0;SAR=6;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.607691;STB=0.890706;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.033077;OID=.;OPOS=95542416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:70:73:64:64:6:9:0.123288:6:0:36:28:8:1:36:28 chr2 95542419 . G A 42.78 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00368394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3277;QD=2.34387;RBI=0.0066494;REFB=0.00183761;REVB=-0.00553562;RO=62;SAF=1;SAR=8;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542747;STB=0.890706;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0153292;OID=.;OPOS=95542419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:72:73:62:64:9:9:0.123288:8:1:35:27:8:1:36:28 chr2 95847040 . TGCG T 455.46 PASS AF=1;AO=26;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455181;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=3;MLLD=198.196;QD=56.932;RBI=0.00765259;REFB=0;REVB=0.00615168;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000191067;OID=.;OPOS=95847041;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:32:32:32:0:17:15:0:0:4:0:15:11:0:0 chr2 95945667 . G A 30.32 PASS AF=0.130435;AO=4;DP=45;FAO=6;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.07877;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6242;QD=2.63676;RBI=0.087405;REFB=-0.0164508;REVB=-0.0378805;RO=32;SAF=3;SAR=1;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552842;STB=0.910786;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.104835;OID=.;OPOS=95945667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:45:46:32:40:4:6:0.130435:1:3:7:25:1:5:10:30 chr2 95947099 . G A 1525.4 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581223;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.567;QD=62.9031;RBI=0.0583901;REFB=0;REVB=-0.00558601;RO=0;SAF=33;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.56331e-06;OID=.;OPOS=95947099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:63:33:0:0:63:34:0:0 chr2 96195632 . T C 1252.4 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142135;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.581;QD=60.3564;RBI=0.0374143;REFB=0.0103387;REVB=0.0346094;RO=1;SAF=64;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00734346;STB=0.503875;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-4.05544e-05;OID=.;OPOS=96195632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:82:82:0.987952:18:64:1:0:18:64:1:0 chr2 96195730 . C T 596.6 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00934868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.657;QD=58.2053;RBI=0.0276143;REFB=-0.0840198;REVB=-0.0259836;RO=1;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374593;STB=0.51999;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00251971;OID=.;OPOS=96195730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:39:40:0.97561:12:27:0:1:12:28:0:1 chr2 96196322 . A G 937.08 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.793;QD=58.5676;RBI=0.0151085;REFB=0;REVB=0.00483862;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47395e-05;OID=.;OPOS=96196322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:28:35:0:0:29:35:0:0 chr2 96217197 . C G 920.87 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00588458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.153;QD=54.1688;RBI=0.0190369;REFB=-0.0268874;REVB=0.0181045;RO=3;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514377;STB=0.527264;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.000534263;OID=.;OPOS=96217197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:68:68:3:3:65:65:0.955882:26:39:0:3:26:39:0:3 chr2 96217234 . C G 1147.0 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.345;QD=59.5843;RBI=0.0488426;REFB=0;REVB=0.00367918;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240306;OID=.;OPOS=96217234;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:77:0:0:75:77:1:43:32:0:0:44:33:0:0 chr2 96517452 . T C 48.04 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.00530254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.2;QD=2.4957;RBI=0.0117385;REFB=0.00346598;REVB=0.0104726;RO=67;SAF=4;SAR=6;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345001;STB=0.524542;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0144997;OID=.;OPOS=96517452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:77:77:67:67:10:10:0.12987:6:4:25:42:6:4:25:42 chr2 96517471 . A G 77.13 PASS AF=0.170732;AO=14;DP=82;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=-0.0440909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.3115;QD=3.76264;RBI=0.0442849;REFB=-0.000567778;REVB=0.00414046;RO=68;SAF=5;SAR=9;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00574676;STB=0.503797;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.000361644;OID=.;OPOS=96517471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:82:82:68:68:14:14:0.170732:9:5:24:44:9:5:24:44 chr2 96517474 . G A 60.14 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=-0.0219534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.778;QD=2.86387;RBI=0.0227081;REFB=-0.000999779;REVB=-0.00580554;RO=72;SAF=6;SAR=6;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210997;STB=0.642639;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0181047;OID=.;OPOS=96517474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:84:84:72:72:12:12:0.142857:6:6:24:48:6:6:24:48 chr2 96517484 . T G 120.82 PASS AF=0.215909;AO=19;DP=88;FAO=19;FDP=88;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=0.0633847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7147;QD=5.49187;RBI=0.0963175;REFB=-0.00325863;REVB=0.072522;RO=69;SAF=7;SAR=12;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280037;STB=0.517492;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0159988;OID=.;OPOS=96517484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:69:69:19:19:0.215909:12:7:24:45:12:7:24:45 chr2 96517502 . A C 115.25 PASS AF=0.214286;AO=18;DP=88;FAO=18;FDP=84;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.012779;FXX=0.0561735;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.665;QD=5.48789;RBI=0.0324043;REFB=-0.00021627;REVB=0.0297781;RO=66;SAF=9;SAR=9;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11412;STB=0.571351;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00127833;OID=.;OPOS=96517502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:84:66:66:18:18:0.214286:9:9:27:39:9:9:27:39 chr2 96517518 . A G 191.57 PASS AF=0.295455;AO=25;DP=87;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0266223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.6441;QD=8.70765;RBI=0.0343174;REFB=-0.022531;REVB=-0.0216549;RO=61;SAF=12;SAR=13;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104305;STB=0.56813;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0612313;OID=.;OPOS=96517518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:61:62:25:26:0.295455:13:12:24:37:13:13:25:37 chr2 96517882 . G A 80.66 PASS AF=0.129496;AO=18;DP=139;FAO=18;FDP=139;FR=.;FRO=121;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=60;FWDB=-0.0426732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.526;QD=2.32103;RBI=0.0427913;REFB=-0.00521286;REVB=-0.00317733;RO=119;SAF=13;SAR=5;SRF=61;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269132;STB=0.695251;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0335259;OID=.;OPOS=96517882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:139:139:119:121:18:18:0.129496:5:13:61:58:5:13:61:60 chr2 96517885 . G A 67.63 PASS AF=0.118519;AO=16;DP=135;FAO=16;FDP=135;FR=.;FRO=119;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=64;FSRR=55;FWDB=-0.0377057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.17;QD=2.00395;RBI=0.0435663;REFB=-0.00347513;REVB=-0.0218244;RO=116;SAF=10;SAR=6;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124054;STB=0.578648;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.060802;OID=.;OPOS=96517885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:135:135:116:119:16:16:0.118519:6:10:61:55:6:10:64:55 chr2 96521107 . G T 214.89 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0284139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.797;QD=14.82;RBI=0.0285917;REFB=-0.00696249;REVB=-0.00318291;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163856;STB=0.59878;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00772365;OID=.;OPOS=96521107;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:11:14:23:9:11:14:24:9 chr2 96521455 . A G 39.11 PASS AF=0.135593;AO=6;DP=58;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0060504;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.141;QD=2.65157;RBI=0.00607182;REFB=-0.00661553;REVB=0.000509584;RO=51;SAF=3;SAR=3;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172432;STB=0.708022;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0258877;OID=.;OPOS=96521455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:58:59:51:51:6:8:0.135593:3:3:18:33:3:5:19:32 chr2 96521481 . C T 55.74 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0127337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.846;QD=2.93354;RBI=0.0308384;REFB=-0.0064469;REVB=-0.0280867;RO=65;SAF=7;SAR=4;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21447;STB=0.648188;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0125536;OID=.;OPOS=96521481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:76:65:65:11:11:0.144737:4:7:30:35:4:7:30:35 chr2 96521483 . TG CA 36.34 PASS AF=0.12;AO=7;DP=75;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.00512512;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.774;QD=1.93788;RBI=0.0106762;REFB=-0.00445055;REVB=-0.00936555;RO=65;SAF=4;SAR=3;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12488;STB=0.683808;STBP=0.28;TYPE=mnp;VARB=0.0201363;OID=.;OPOS=96521483;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:75:75:65:66:7:9:0.12:3:4:30:35:3:6:30:36 chr2 96521486 . G A 42.09 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=78;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.00842187;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.987;QD=2.18655;RBI=0.020956;REFB=-0.00453959;REVB=-0.0191892;RO=63;SAF=7;SAR=3;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325813;STB=0.715688;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0239729;OID=.;OPOS=96521486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:78:77:63:67:10:10:0.12987:3:7:27:36:3:7:30:37 chr2 96521512 . A C 222.99 PASS AF=0.275862;AO=32;DP=116;FAO=32;FDP=116;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.0349826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1526;QD=7.68916;RBI=0.0407729;REFB=0.0102102;REVB=0.0209439;RO=83;SAF=20;SAR=12;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14703;STB=0.592047;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.0364357;OID=.;OPOS=96521512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:83:84:32:32:0.275862:12:20:42:41:12:20:42:42 chr2 96521548 . G A 274.42 PASS AF=0.258278;AO=39;DP=151;FAO=39;FDP=151;FR=.;FRO=112;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=-0.00424526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.441;QD=7.26952;RBI=0.0132135;REFB=-0.00300926;REVB=0.012513;RO=110;SAF=23;SAR=16;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1228;STB=0.573587;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0116529;OID=.;OPOS=96521548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:110:112:39:39:0.258278:16:23:54:56:16:23:55:57 chr2 96521556 . T C 265.29 PASS AF=0.251572;AO=40;DP=159;FAO=40;FDP=159;FR=.;FRO=119;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=59;FSRR=60;FWDB=-0.00303237;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.328;QD=6.67391;RBI=0.00552399;REFB=-0.0073902;REVB=-0.00461727;RO=118;SAF=24;SAR=16;SRF=58;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135917;STB=0.578641;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0247403;OID=.;OPOS=96521556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:118:119:40:40:0.251572:16:24:58:60:16:24:59:60 chr2 96521563 . G A 124.89 PASS AF=0.15625;AO=25;DP=160;FAO=25;FDP=160;FR=.;FRO=135;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=68;FSRR=67;FWDB=-0.0199003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.661;QD=3.1223;RBI=0.023291;REFB=-0.00167485;REVB=-0.0121016;RO=134;SAF=14;SAR=11;SRF=67;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766503;STB=0.547605;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0460594;OID=.;OPOS=96521563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:134:135:25:25:0.15625:11:14:67:67:11:14:68:67 chr2 96521607 . GGT CAC 143.68 PASS AF=0.154255;AO=29;DP=190;FAO=29;FDP=188;FR=.;FRO=159;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=87;FSRR=72;FWDB=-0.00269436;FXX=0.015706;HRUN=2;LEN=3;MLLD=224.609;QD=3.05711;RBI=0.0150597;REFB=0.00152662;REVB=0.0148167;RO=157;SAF=14;SAR=15;SRF=85;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749621;STB=0.554299;STBP=0.547;TYPE=mnp;VARB=-0.00835954;OID=.;OPOS=96521607;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:188:157:159:29:29:0.154255:15:14:85:72:15:14:87:72 chr2 96523096 . T C 395.95 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0359553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.167;QD=20.3054;RBI=0.036466;REFB=-0.0199159;REVB=-0.00608197;RO=37;SAF=20;SAR=20;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10566;STB=0.564071;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.018902;OID=.;OPOS=96523096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:38:40:40:0.512821:20:20:23:14:20:20:24:14 chr2 96541695 . C T 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0612214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2971;QD=14.6487;RBI=0.0715123;REFB=-0.00704624;REVB=-0.0369589;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17581;STB=0.615223;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00485334;OID=.;OPOS=96541695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:6:8:7:11:6:8:7:12 chr2 96548068 . C T 343.33 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.079039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.287;QD=13.8718;RBI=0.0818867;REFB=0.00492216;REVB=-0.0214073;RO=61;SAF=19;SAR=19;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620739;STB=0.535335;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0231802;OID=.;OPOS=96548068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:61:38:38:0.383838:19:19:34:27:19:19:34:27 chr2 96563206 . A T 92.1 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0629047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.473;QD=8.98571;RBI=0.0654197;REFB=-0.00885559;REVB=0.0179649;RO=29;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00342653;STB=0.502089;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0186519;OID=.;OPOS=96563206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:5:7:17:12:5:7:17:12 chr2 96583735 . A C 128.86 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0447936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.593;QD=12.8859;RBI=0.0448174;REFB=-0.0132965;REVB=-0.00146159;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745361;STB=0.526281;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0329464;OID=.;OPOS=96583735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:9:6:8:16:9:6:9:16 chr2 96587496 . C T 392.7 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.779;QD=56.0992;RBI=0.0432839;REFB=0;REVB=0.0302661;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372819;OID=.;OPOS=96587496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:15:13:0:0 chr2 96593000 . A G 94.13 PASS AF=0.137931;AO=20;DP=145;FAO=20;FDP=145;FR=.;FRO=125;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=79;FWDB=-0.0223716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.916;QD=2.59677;RBI=0.0234478;REFB=-0.00437402;REVB=0.00702197;RO=125;SAF=8;SAR=12;SRF=46;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425974;STB=0.529041;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0421529;OID=.;OPOS=96593000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:145:145:125:125:20:20:0.137931:12:8:46:79:12:8:46:79 chr2 96593016 . C A 126.71 PASS AF=0.158537;AO=26;DP=165;FAO=26;FDP=164;FR=.;FRO=138;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=91;FWDB=-0.0628877;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0602;QD=3.09039;RBI=0.126141;REFB=-0.0142594;REVB=-0.109347;RO=134;SAF=14;SAR=12;SRF=47;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239676;STB=0.663179;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0668198;OID=.;OPOS=96593016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:134:138:26:26:0.158537:12:14:47:87:12:14:47:91 chr2 96593025 . C T 136.16 PASS AF=0.161677;AO=27;DP=167;FAO=27;FDP=167;FR=.;FRO=140;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=92;FWDB=-0.0229816;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.201;QD=3.26119;RBI=0.0330842;REFB=-0.00220823;REVB=-0.0237994;RO=139;SAF=15;SAR=12;SRF=48;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267021;STB=0.673458;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0359831;OID=.;OPOS=96593025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:139:140:27:27:0.161677:12:15:48:91:12:15:48:92 chr2 96593108 . T G 109.02 PASS AF=0.146667;AO=22;DP=150;FAO=22;FDP=150;FR=.;FRO=128;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=81;FWDB=0.0485208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0393;QD=2.90723;RBI=0.0532875;REFB=-0.00412794;REVB=0.0220294;RO=128;SAF=12;SAR=10;SRF=47;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225259;STB=0.6491;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0327175;OID=.;OPOS=96593108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:128:128:22:22:0.146667:10:12:47:81:10:12:47:81 chr2 96593118 . T A 65.84 PASS AF=0.114286;AO=16;DP=140;FAO=16;FDP=140;FR=.;FRO=124;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=78;FWDB=0.0162228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2399;QD=1.88118;RBI=0.0365588;REFB=0.00488805;REVB=0.0327623;RO=124;SAF=10;SAR=6;SRF=46;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303896;STB=0.714041;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0379726;OID=.;OPOS=96593118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:140:140:124:124:16:16:0.114286:6:10:46:78:6:10:46:78 chr2 96594902 . ATTTG ATTG,ATTTGA 43.19 PASS AF=0,0.205128;AO=15,16;DP=82;FAO=0,16;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=0,8;FSAR=0,8;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.336878,0.151201;FXX=0.0487745;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=17.8044,17.6936;QD=2.21466;RBI=0.346582,0.152606;REFB=-0.0243185,0.0204996;REVB=-0.0814363,-0.0206611;RO=45;SAF=14,8;SAR=1,8;SRF=15;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.712068,0.203234;STB=0.5,0.525609;STBP=1,0.856;TYPE=del,ins;VARB=0,-0.0576897;OID=.,.;OPOS=96594903,96594907;OREF=T,-;OALT=-,A;OMAPALT=ATTG,ATTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.205128:15,16:82:0,16:78:62:0,8:0,8:29:33:43:45:14,8:1,8:15:30 chr2 96594958 . G A 112.93 PASS AF=0.304348;AO=13;DP=45;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00740892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7172;QD=9.82017;RBI=0.00821669;REFB=-0.0113221;REVB=0.00355273;RO=31;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100478;STB=0.592461;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0212076;OID=.;OPOS=96594958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:31:32:13:14:0.304348:7:6:17:14:8:6:18:14 chr2 96594966 . T G 245.67 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0822371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8458;QD=23.968;RBI=0.101317;REFB=-0.00545147;REVB=0.0591801;RO=18;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772773;STB=0.504307;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00744696;OID=.;OPOS=96594966;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:10:13:10:8:10:13:10:8 chr2 96595032 . A T 312.6 PASS AF=0.764706;AO=25;DP=33;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00411704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.511;QD=36.7761;RBI=0.00446517;REFB=-0.0343009;REVB=0.00172851;RO=8;SAF=13;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00889597;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0130911;OID=.;OPOS=96595032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:33:34:8:8:25:26:0.764706:12:13:4:4:13:13:4:4 chr2 96601240 . G A 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00784098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7029;QD=11.3682;RBI=0.0495334;REFB=-0.0254353;REVB=0.0489088;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198379;STB=0.620445;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.038558;OID=.;OPOS=96601240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:9:2:6:13:9:2:6:13 chr2 96601345 . T C 184.2 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0148104;FXX=0.078416;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.752;QD=15.6764;RBI=0.0450452;REFB=-0.00959163;REVB=0.0425408;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159409;STB=0.630124;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.010368;OID=.;OPOS=96601345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:47:22:27:19:20:0.425532:8:11:9:13:8:12:10:17 chr2 96601364 . C T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00350507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.72;QD=14.1956;RBI=0.00843123;REFB=0.00282246;REVB=-0.00766813;RO=22;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301784;STB=0.676676;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00478195;OID=.;OPOS=96601364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:4:11:10:12:4:11:10:12 chr2 96604576 . C T 56.45 PASS AF=0.0837004;AO=19;DP=228;FAO=19;FDP=227;FR=.;FRO=208;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=115;FSRR=93;FWDB=0.00737954;FXX=0.00438577;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.257;QD=0.994705;RBI=0.0218157;REFB=-0.00129597;REVB=-0.0205297;RO=207;SAF=11;SAR=8;SRF=115;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275048;STB=0.524278;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0192528;OID=.;OPOS=96604576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:228:227:207:208:19:19:0.0837004:8:11:115:92:8:11:115:93 chr2 96604591 . A G 1340.96 PASS AF=0.542735;AO=127;DP=234;FAO=127;FDP=234;FR=.;FRO=107;FSAF=72;FSAR=55;FSRF=56;FSRR=51;FWDB=0.0162225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.295;QD=22.9225;RBI=0.0166885;REFB=-0.0198337;REVB=-0.00391602;RO=106;SAF=72;SAR=55;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326706;STB=0.520171;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0172431;OID=.;OPOS=96604591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:106:107:127:127:0.542735:55:72:56:50:55:72:56:51 chr2 96604632 . A T 982.11 PASS AF=0.463964;AO=103;DP=223;FAO=103;FDP=222;FR=.;FRO=119;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=67;FSRR=52;FWDB=0.0103115;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5129;QD=17.6957;RBI=0.0133578;REFB=-0.0114376;REVB=0.00849134;RO=118;SAF=54;SAR=49;SRF=67;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422566;STB=0.52086;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0228953;OID=.;OPOS=96604632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:118:119:103:103:0.463964:49:54:67:51:49:54:67:52 chr2 96604730 . T C 126.78 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0166926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.097;QD=8.04931;RBI=0.0224313;REFB=-0.0125701;REVB=-0.014984;RO=45;SAF=7;SAR=11;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120575;STB=0.572629;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0390845;OID=.;OPOS=96604730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:45:18:18:0.285714:11:7:22:23:11:7:22:23 chr2 96606944 . C T 68.78 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0561322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7212;QD=6.11393;RBI=0.060481;REFB=-0.0123524;REVB=-0.0225193;RO=35;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181401;STB=0.618786;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0686193;OID=.;OPOS=96606944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:45:45:35:35:10:10:0.222222:8:2:11:24:8:2:11:24 chr2 96610399 . C A 53.11 PASS AF=0.109244;AO=14;DP=122;FAO=13;FDP=119;FR=.;FRO=106;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=65;FWDB=-0.00230359;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.737;QD=1.78532;RBI=0.00600452;REFB=-0.00108827;REVB=-0.00554506;RO=107;SAF=8;SAR=6;SRF=44;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193787;STB=0.695372;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00673628;OID=.;OPOS=96610399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:122:119:107:106:14:13:0.109244:6:8:44:63:5:8:41:65 chr2 96610410 . T A 35.94 PASS AF=0.0869565;AO=10;DP=115;FAO=10;FDP=115;FR=.;FRO=105;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=63;FWDB=-0.000285683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.577;QD=1.25017;RBI=0.0137259;REFB=-0.000543631;REVB=0.013723;RO=104;SAF=7;SAR=3;SRF=42;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328708;STB=0.758144;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00201181;OID=.;OPOS=96610410;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:115:115:104:105:10:10:0.0869565:3:7:42:62:3:7:42:63 chr2 96610420 . G T 40.73 PASS AF=0.0990991;AO=9;DP=109;FAO=11;FDP=111;FR=.;FRO=100;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=61;FWDB=0.0306114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.893;QD=1.46771;RBI=0.0307014;REFB=-0.00243969;REVB=0.00235005;RO=99;SAF=8;SAR=1;SRF=39;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525758;STB=0.783602;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0455122;OID=.;OPOS=96610420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:109:111:99:100:9:11:0.0990991:1:8:39:60:3:8:39:61 chr2 96610899 . T C 1021.19 PASS AF=0.647059;AO=88;DP=136;FAO=88;FDP=136;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=61;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0139251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.3678;QD=30.0351;RBI=0.0257193;REFB=-0.0162543;REVB=0.0216234;RO=46;SAF=27;SAR=61;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767958;STB=0.544012;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0102966;OID=.;OPOS=96610899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:46:48:88:88:0.647059:61:27:19:27:61:27:20:28 chr2 96610921 . T G 1110.07 PASS AF=0.673913;AO=93;DP=138;FAO=93;FDP=138;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=61;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0197973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.995;QD=32.176;RBI=0.0199895;REFB=-0.0177002;REVB=0.00276501;RO=45;SAF=32;SAR=61;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370369;STB=0.519941;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0127237;OID=.;OPOS=96610921;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:45:45:93:93:0.673913:61:32:18:27:61:32:18:27 chr2 96619688 . T G 65.77 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00504116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.314;QD=11.439;RBI=0.0322481;REFB=-0.00587656;REVB=0.0318516;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020009;STB=0.516093;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0108407;OID=.;OPOS=96619688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:14:14:8:9:0.391304:5:3:5:9:6:3:5:9 chr2 96619734 . C T 76.12 PASS AF=0.4;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.000691817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8199;QD=12.1793;RBI=0.0340024;REFB=-0.0050109;REVB=-0.0339954;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103585;STB=0.540901;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00340083;OID=.;OPOS=96619734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:9:10:0.4:6:3:6:8:6:4:7:8 chr2 96626292 . C T 204.13 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.193;QD=48.031;RBI=0.035729;REFB=0;REVB=0.0167019;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261617;OID=.;OPOS=96626292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:6:11:0:0 chr2 96780716 . T G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0147534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.072;QD=15.5715;RBI=0.0436118;REFB=-0.038163;REVB=-0.0410406;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198913;STB=0.615787;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0234841;OID=.;OPOS=96780716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:5:7:4:7:5:7 chr2 96780986 . C T 51.01 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0490505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2982;QD=5.36909;RBI=0.0495839;REFB=-0.0108554;REVB=0.00725341;RO=28;SAF=4;SAR=4;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35754;STB=0.710093;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0479564;OID=.;OPOS=96780986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:28:30:8:8:0.210526:4:4:22:6:4:4:23:7 chr2 96781853 . T C 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=3.8732e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.64;QD=16.1058;RBI=0.0245228;REFB=-0.00336655;REVB=-0.0245228;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149397;STB=0.586103;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00433072;OID=.;OPOS=96781853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:6:11:11:11:6:11:11:11 chr2 96789787 . T C 308.58 PASS AF=0.447368;AO=32;DP=75;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00216391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.94;QD=16.2412;RBI=0.00221675;REFB=-0.00526737;REVB=0.000481123;RO=40;SAF=23;SAR=9;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801683;STB=0.520893;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00294534;OID=.;OPOS=96789787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:42:32:34:0.447368:9:23:26:14:11:23:27:15 chr2 96795608 . T G 114.11 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0701639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0508;QD=10.3736;RBI=0.077127;REFB=-0.00924088;REVB=-0.0320251;RO=29;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374615;STB=0.732159;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0197088;OID=.;OPOS=96795608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:30:14:14:0.318182:4:10:11:18:4:10:11:19 chr2 96795714 . G A 1062.1 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.185;QD=59.8367;RBI=0.0634248;REFB=0;REVB=0.0613083;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218606;OID=.;OPOS=96795714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr2 96795857 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.253;QD=62.0191;RBI=0.0448894;REFB=0;REVB=0.0269679;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020472;OID=.;OPOS=96795857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr2 96809331 . T C 1133.48 PASS AF=0.918605;AO=79;DP=86;FAO=79;FDP=86;FR=.;FRO=7;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0451228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.081;QD=52.72;RBI=0.0454146;REFB=-0.059514;REVB=0.0051398;RO=6;SAF=52;SAR=27;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515566;STB=0.518195;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0109435;OID=.;OPOS=96809331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:86:86:6:7:79:79:0.918605:27:52:6:0:27:52:6:1 chr2 96874576 . C G 152.92 PASS AF=0.551724;AO=14;DP=32;FAO=16;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0487754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.279;QD=21.0923;RBI=0.0740675;REFB=-0.0150768;REVB=0.0557401;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629108;STB=0.540489;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00934246;OID=.;OPOS=96874576;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:29:14:13:14:16:0.551724:6:8:7:7:6:10:7:6 chr2 96874590 . TT CC 160.7 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0110427;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=64.4361;QD=15.3048;RBI=0.0324592;REFB=-0.0603339;REVB=-0.0305231;RO=20;SAF=2;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54119;STB=0.655273;STBP=0.089;TYPE=mnp;VARB=0.0747933;OID=.;OPOS=96874590;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:24:13:18:0.428571:11:2:13:7:11:7:16:8 chr2 96917588 . T G 976.1 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00247552;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.311;QD=59.1573;RBI=0.015879;REFB=0;REVB=0.0156849;RO=0;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39051e-05;OID=.;OPOS=96917588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:45:21:0:0:45:21:0:0 chr2 96918245 . A G 175.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.102379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9929;QD=20.6204;RBI=0.140818;REFB=-0.0177234;REVB=-0.0966865;RO=13;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114146;STB=0.523783;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00851328;OID=.;OPOS=96918245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:13:16:18:18:0.529412:11:7:7:6:11:7:7:9 chr2 96934393 . C T 556.57 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0226159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.117;QD=17.1253;RBI=0.0232548;REFB=-0.00875142;REVB=-0.00541358;RO=71;SAF=21;SAR=38;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111969;STB=0.562478;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00998561;OID=.;OPOS=96934393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:71:59:59:0.453846:38:21:33:38:38:21:33:38 chr2 96944553 . G A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0324372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0245;QD=16.2713;RBI=0.0679702;REFB=0.00231124;REVB=0.0597308;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745182;STB=0.542801;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0041326;OID=.;OPOS=96944553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:7:11:8:7:7:11 chr2 96993298 . G A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0244985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5428;QD=16.0423;RBI=0.0398307;REFB=-0.000415543;REVB=0.0314056;RO=26;SAF=5;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296716;STB=0.671527;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0015639;OID=.;OPOS=96993298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:14:5:14:12:14:5:14:12 chr2 97166204 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0784025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.558;QD=62.9803;RBI=0.0785081;REFB=0;REVB=0.00407025;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131768;OID=.;OPOS=97166204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr2 97217273 . AGCCCCCA AGCCCCA,AGCCCCAC,CAGCCCCA 182.75 PASS AF=0.38835,0.038835,0;AO=38,9,4;DP=105;FAO=40,4,0;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=13,4,0;FSAR=27,0,0;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0616338,-0.0294994,0.0115569;FXX=0.0190458;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,3;MLLD=10.6636,167.8,21.2816;QD=7.09688;RBI=0.100343,0.0408817,0.0969283;REFB=-0.100838,-0.0148237,-0.0434523;REVB=-0.0791836,-0.0283036,-0.0962369;RO=43;SAF=8,9,1;SAR=30,0,3;SRF=27;SRR=16;SSEN=0.5625,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.427185,0.672724,-0.383759;STB=0.624214,0.997235,0.5;STBP=0.059,0.039,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.114458,0.123114,0;OID=.,.,.;OPOS=97217275,97217279,97217273;OREF=C,CA,AGC;OALT=-,AC,CAG;OMAPALT=AGCCCCA,AGCCCCAC,CAGCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:43:59:38,9,4:40,4,0:0.38835,0.038835,0:30,0,3:8,9,1:27:16:27,0,0:13,4,0:31:28 chr2 97351840 . A G 278.96 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0181536;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.561;QD=20.6637;RBI=0.0452576;REFB=-0.000742145;REVB=-0.0414572;RO=25;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642393;STB=0.53569;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-7.23572e-05;OID=.;OPOS=97351840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:25:25:29:29:0.537037:14:15:11:14:14:15:11:14 chr2 97559759 . G A 669.37 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.23;QD=62.2669;RBI=0.0166915;REFB=0;REVB=-0.00577919;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38956e-05;OID=.;OPOS=97559759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:18:24:0:0:18:25:0:0 chr2 97613616 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0160369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.704;QD=12.7388;RBI=0.0348436;REFB=1.36759e-05;REVB=-0.0309337;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418021;STB=0.749374;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.000440486;OID=.;OPOS=97613616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:7:3:6:2:7:3 chr2 97637905 . T C 107.97 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00599187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.715;QD=13.087;RBI=0.0519671;REFB=-0.0236163;REVB=0.0516205;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910385;STB=0.553406;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0440412;OID=.;OPOS=97637905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:11:9:7:6:11:9 chr2 97638038 . A G 47.18 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.015205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.37;QD=11.1015;RBI=0.134662;REFB=-0.0108352;REVB=-0.133801;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525367;STB=0.510175;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.014921;OID=.;OPOS=97638038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:2:5:6:3:2:5:7:3 chr2 97643576 . T C 422.05 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0129757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2223;QD=20.8421;RBI=0.0173501;REFB=-0.000358043;REVB=0.0115177;RO=39;SAF=19;SAR=23;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163018;STB=0.590045;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000674338;OID=.;OPOS=97643576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:23:19:25:14:23:19:25:14 chr2 97766551 . G A 165.02 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00574494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.437;QD=14.0445;RBI=0.00888581;REFB=0.00526718;REVB=0.00677888;RO=29;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166178;STB=0.596904;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.013023;OID=.;OPOS=97766551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:12:6:14:15:12:6:14:15 chr2 97766574 . G A 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.029869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.86;QD=13.0884;RBI=0.029954;REFB=-0.0247726;REVB=-0.00225581;RO=27;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152617;STB=0.589789;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.024221;OID=.;OPOS=97766574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:11:5:12:15:11:5:12:15 chr2 97808349 . T C 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0174591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.23;QD=6.54485;RBI=0.0175821;REFB=-0.0127597;REVB=0.00207647;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198082;STB=0.624707;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0335506;OID=.;OPOS=97808349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:4:4:8:16:4:4:8:16 chr2 97808394 . C G 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00507886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.976;QD=3.15743;RBI=0.0069025;REFB=-0.00305678;REVB=0.00467436;RO=36;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27508;STB=0.689934;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0185834;OID=.;OPOS=97808394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:3:3:10:26:3:3:10:26 chr2 97820417 . T G 31.81 PASS AF=0.102941;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0163915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.542;QD=1.87096;RBI=0.017065;REFB=0.00254811;REVB=0.004747;RO=61;SAF=6;SAR=1;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366839;STB=0.797075;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0117417;OID=.;OPOS=97820417;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:68:68:61:61:7:7:0.102941:1:6:35:26:1:6:35:26 chr2 97820430 . CC TA 31.81 PASS AF=0.102941;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00478595;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=215.935;QD=1.87099;RBI=0.0345055;REFB=-0.000863897;REVB=-0.034172;RO=61;SAF=6;SAR=1;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366839;STB=0.797075;STBP=0.142;TYPE=mnp;VARB=0.0102196;OID=.;OPOS=97820430;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:68:68:61:61:7:7:0.102941:1:6:35:26:1:6:35:26 chr2 97820434 . T G 33.23 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.011577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.316;QD=1.98389;RBI=0.0483768;REFB=-0.0119155;REVB=-0.0469711;RO=50;SAF=6;SAR=1;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37504;STB=0.790937;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0320643;OID=.;OPOS=97820434;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:67:50:60:7:7:0.104478:1:6:29:21:1:6:35:25 chr2 97827839 . G A 159.65 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0396006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9377;QD=11.6107;RBI=0.0396314;REFB=0.00758849;REVB=-0.00156232;RO=35;SAF=16;SAR=4;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385207;STB=0.727025;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0143331;OID=.;OPOS=97827839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:4:16:17:18:4:16:17:18 chr2 97833342 . G A 45.07 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0251847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.952;QD=7.83816;RBI=0.0399701;REFB=-0.0257813;REVB=-0.0310377;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426633;STB=0.764002;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.02341;OID=.;OPOS=97833342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:5:11:2:5:5:11 chr2 97833466 . C T 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0111683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4436;QD=15.6498;RBI=0.0113907;REFB=-0.0143426;REVB=0.00224;RO=21;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154904;STB=0.590044;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0254366;OID=.;OPOS=97833466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:4:12:13:8:4:12:13:8 chr2 97849219 . T C 300.58 PASS AF=0.368421;AO=34;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=17;FWDB=-0.00315849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.815;QD=12.6561;RBI=0.00330491;REFB=-0.0082526;REVB=0.000972813;RO=59;SAF=18;SAR=16;SRF=42;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206953;STB=0.628798;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.018317;OID=.;OPOS=97849219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:60:34:35:0.368421:16:18:42:17:17:18:43:17 chr2 97851069 . A G 134.68 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0467511;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.129;QD=24.4881;RBI=0.0469508;REFB=-0.0129529;REVB=0.00432541;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808139;STB=0.54539;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00742012;OID=.;OPOS=97851069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:22:8:8:14:14:0.636364:7:7:3:5:7:7:3:5 chr2 97860487 . T C 394.25 PASS AF=0.424528;AO=44;DP=105;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0225902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.545;QD=14.8773;RBI=0.0234497;REFB=-0.0128034;REVB=-0.0062906;RO=61;SAF=19;SAR=25;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113293;STB=0.501061;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0161975;OID=.;OPOS=97860487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:61:61:44:45:0.424528:25:19:27:34:25:20:27:34 chr2 97864333 . CC AT 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00382347;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=277.517;QD=9.14879;RBI=0.0194823;REFB=-0.00209734;REVB=-0.0191034;RO=38;SAF=12;SAR=6;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112358;STB=0.53161;STBP=0.748;TYPE=mnp;VARB=0.00443796;OID=.;OPOS=97864333;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:38:40:18:18:0.310345:6:12:25:13:6:12:25:15 chr2 97864374 . G T 112.94 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00295758;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.994;QD=11.0182;RBI=0.00981978;REFB=-0.00512556;REVB=-0.0093638;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176876;STB=0.565127;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00936618;OID=.;OPOS=97864374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:13:14:0.341463:6:7:18:8:6:8:18:9 chr2 97873515 . C T 42.28 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0130091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9361;QD=4.69811;RBI=0.0543328;REFB=-0.00617569;REVB=-0.0527525;RO=29;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227532;STB=0.650753;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0169265;OID=.;OPOS=97873515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:4:3:18:11:4:3:18:11 chr2 97877292 . C A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0134155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.816;QD=11.1978;RBI=0.0183754;REFB=-0.0107806;REVB=0.012557;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198826;STB=0.617462;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0215963;OID=.;OPOS=97877292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:7:15:6:6:7:15 chr2 97877399 . T C 286.01 PASS AF=0.366667;AO=31;DP=89;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0278607;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.904;QD=12.7116;RBI=0.0278714;REFB=-0.021629;REVB=0.000771577;RO=57;SAF=15;SAR=16;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279253;STB=0.534392;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0320121;OID=.;OPOS=97877399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:57:57:31:33:0.366667:16:15:29:28:18:15:29:28 chr2 97877440 . T C 304.63 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00799237;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.846;QD=12.434;RBI=0.017609;REFB=-0.000971067;REVB=0.0156907;RO=63;SAF=12;SAR=23;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137901;STB=0.579548;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00174781;OID=.;OPOS=97877440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:63:63:35:35:0.357143:23:12:29:34:23:12:29:34 chr2 97884763 . T C 188.27 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=0.00381491;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.918;QD=12.7643;RBI=0.0411202;REFB=-0.0352428;REVB=0.0409428;RO=35;SAF=15;SAR=8;SRF=29;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223614;STB=0.609967;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0623246;OID=.;OPOS=97884763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:35:36:23:23:0.389831:8:15:29:6:8:15:29:7 chr2 97909739 . G A 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00652817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.497;QD=5.95794;RBI=0.0136334;REFB=0.00430566;REVB=0.0119688;RO=18;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31649;STB=0.71347;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0183249;OID=.;OPOS=97909739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:1:5:11:7:1:5:11:7 chr2 98128194 . GGT CAC 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00409684;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=206.519;QD=10.5421;RBI=0.0312531;REFB=0.0039765;REVB=0.0309834;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274871;STB=0.664511;STBP=0.232;TYPE=mnp;VARB=-0.00929463;OID=.;OPOS=98128194;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:4:7:8:13:4:7:8:13 chr2 98128256 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00945509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.569;QD=13.4559;RBI=0.0179558;REFB=-0.0241425;REVB=-0.0152648;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231583;STB=0.636116;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0188169;OID=.;OPOS=98128256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:6:9:4:7:6:9 chr2 98128258 . G C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.021748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.35;QD=14.7986;RBI=0.0223611;REFB=-0.0189359;REVB=-0.00520057;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170018;STB=0.59672;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0319833;OID=.;OPOS=98128258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:10:11:0.458333:4:6:5:7:4:7:6:7 chr2 98844674 . C G 226.67 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00293475;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1235;QD=20.1484;RBI=0.0176269;REFB=-0.0166336;REVB=-0.0173809;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590749;STB=0.533303;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0165138;OID=.;OPOS=98844674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:23:22:22:0.488889:11:11:10:13:11:11:10:13 chr2 98853173 . G A 275.42 PASS AF=0.33;AO=33;DP=100;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.00805244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9402;QD=11.0167;RBI=0.0324593;REFB=-0.0139485;REVB=-0.0314446;RO=65;SAF=11;SAR=22;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260996;STB=0.529394;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0236056;OID=.;OPOS=98853173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:65:67:33:33:0.33:22:11:23:42:22:11:25:42 chr2 98858744 . G A 419.43 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.003977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.486;QD=25.8113;RBI=0.0102375;REFB=-0.0162703;REVB=-0.00943346;RO=25;SAF=24;SAR=16;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169238;STB=0.592546;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00868058;OID=.;OPOS=98858744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:16:24:9:16:16:24:9:16 chr2 98928494 . G A 565.32 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6352;QD=57.9819;RBI=0.0934681;REFB=-0.136995;REVB=0.0787274;RO=2;SAF=22;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939152;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00797066;OID=.;OPOS=98928494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:39:39:2:0:37:39:1:15:22:1:1:16:23:0:0 chr2 98948224 . C A 370.09 PASS AF=0.520548;AO=37;DP=72;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00498524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.757;QD=20.2788;RBI=0.0110867;REFB=-0.0191279;REVB=-0.0099026;RO=35;SAF=12;SAR=25;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200566;STB=0.615204;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0118382;OID=.;OPOS=98948224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:35:35:37:38:0.520548:25:12:19:16:26:12:19:16 chr2 98994641 . G A 413.71 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.00305581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.401;QD=15.0441;RBI=0.0114084;REFB=-0.00296831;REVB=-0.0109915;RO=63;SAF=31;SAR=16;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00807545;STB=0.504534;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00366594;OID=.;OPOS=98994641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:63:47:47:0.427273:16:31:42:21:16:31:42:21 chr2 99172244 . A G 72.88 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.00726783;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1791;QD=18.22;RBI=0.0294404;REFB=0.0261633;REVB=-0.0285292;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364502;STB=0.705518;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0142532;OID=.;OPOS=99172244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:0:7:5:4:0:7 chr2 99193496 . C T 700.43 PASS AF=0.496454;AO=70;DP=141;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0159523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.026;QD=19.8704;RBI=0.0195846;REFB=-0.0274882;REVB=-0.0113614;RO=71;SAF=33;SAR=37;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190063;STB=0.510479;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0322787;OID=.;OPOS=99193496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:71:71:70:70:0.496454:37:33:32:39:37:33:32:39 chr2 99219071 . T C 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00729077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.897;QD=18.7119;RBI=0.0193281;REFB=-0.0219405;REVB=0.0179002;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271526;STB=0.654372;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0255016;OID=.;OPOS=99219071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:12:6:12:7:12:6:12:7 chr2 99226173 . T A 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0252044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.801;QD=28.9921;RBI=0.0253702;REFB=-0.0199664;REVB=-0.0028961;RO=14;SAF=17;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219782;STB=0.621405;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00521299;OID=.;OPOS=99226173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:8:17:5:9:8:17:5:9 chr2 99778735 . A G 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00597482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.837;QD=24.0731;RBI=0.0223881;REFB=-0.0124371;REVB=0.0215761;RO=7;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176469;STB=0.59984;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00844933;OID=.;OPOS=99778735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:4:9:3:4:4:9:3:4 chr2 99778985 . T C 1395.79 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5505;QD=62.7324;RBI=0.0213408;REFB=0;REVB=-0.00701673;RO=0;SAF=35;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09154e-05;OID=.;OPOS=99778985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:54:35:0:0:54:35:0:0 chr2 99779131 . T C 239.46 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0341768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3326;QD=16.5148;RBI=0.0341806;REFB=-0.033874;REVB=-0.000506664;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525914;STB=0.538433;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0374697;OID=.;OPOS=99779131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:31:31:26:27:0.465517:12:14:15:16:12:15:15:16 chr2 99804642 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.858;QD=54.5166;RBI=0.0634457;REFB=0;REVB=0.0620199;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329407;OID=.;OPOS=99804642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr2 99812070 . G A 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4412;QD=58.9616;RBI=0.0518784;REFB=0;REVB=-0.0488128;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000461783;OID=.;OPOS=99812070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr2 99978048 . G A 206.15 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0811454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.595;QD=16.8283;RBI=0.0811914;REFB=-0.00937604;REVB=-0.0027324;RO=24;SAF=6;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256283;STB=0.688439;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0158823;OID=.;OPOS=99978048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:49:24:28:21:21:0.428571:15:6:13:11:15:6:17:11 chr2 99995804 . T C 1234.19 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232626;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.021;QD=61.7093;RBI=0.0303624;REFB=0;REVB=0.0195123;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80699e-05;OID=.;OPOS=99995804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr2 100019495 . C CG 590.36 PASS AF=1;AO=7;DP=52;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480283;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=103.489;QD=50.243;RBI=0.0492378;REFB=0;REVB=0.010846;RO=45;SAF=7;SAR=0;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.672725;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00138443;OID=.;OPOS=100019496;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:52:47:47:0:23:24:0:0:4:45:7:0:21:24 chr2 100019496 . A G 559.64 PASS AF=0.851064;AO=39;DP=47;FAO=40;FDP=47;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.024008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.666;QD=47.6286;RBI=0.0244055;REFB=-0.0799887;REVB=-0.00438652;RO=7;SAF=15;SAR=24;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176054;STB=0.589698;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00128861;OID=.;OPOS=100019496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:7:7:39:40:0.851064:24:15:7:0:24:16:7:0 chr2 100055158 . T C 364.39 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0702805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0278;QD=23.8941;RBI=0.0735817;REFB=0.00122065;REVB=0.0217927;RO=25;SAF=20;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566298;STB=0.531118;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.000676461;OID=.;OPOS=100055158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:16:20:12:13:16:20:12:13 chr2 100055506 . A G 554.64 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00585134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.734;QD=55.4639;RBI=0.00751105;REFB=0.00274963;REVB=-0.00470931;RO=2;SAF=22;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407079;STB=0.521728;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000206811;OID=.;OPOS=100055506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:16:22:2:0:16:22:2:0 chr2 100343557 . C T 867.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00527753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.626;QD=57.8143;RBI=0.00581049;REFB=0;REVB=0.00243094;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.22455e-06;OID=.;OPOS=100343557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr2 100897573 . G A 801.21 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.605;QD=57.2291;RBI=0.0177734;REFB=0;REVB=0.0106212;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44296e-05;OID=.;OPOS=100897573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr2 100915772 . A G 724.06 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0232177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5456;QD=59.1066;RBI=0.0294914;REFB=0.0130423;REVB=-0.0181846;RO=2;SAF=10;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321966;STB=0.517146;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.000897178;OID=.;OPOS=100915772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:37:10:1:1:37:10:1:1 chr2 100916306 . A G 1135.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000184676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.732;QD=60.5456;RBI=0.0193365;REFB=0;REVB=-0.0193356;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81573e-05;OID=.;OPOS=100916306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr2 100916315 . A G 361.1 PASS AF=0.521127;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00572567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.906;QD=20.3438;RBI=0.025057;REFB=0.00062807;REVB=0.0243941;RO=32;SAF=21;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181324;STB=0.510103;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.000635814;OID=.;OPOS=100916315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:32:34:36:37:0.521127:15:21:18:14:16:21:20:14 chr2 100917109 . C T 665.35 PASS AF=0.482014;AO=67;DP=139;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.00415218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.343;QD=19.1466;RBI=0.00458399;REFB=-0.0107025;REVB=0.00194225;RO=71;SAF=28;SAR=39;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122797;STB=0.57153;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0106764;OID=.;OPOS=100917109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:71:72:67:67:0.482014:39:28:39:32:39:28:40:32 chr2 101008566 . GC AA 486.31 PASS AF=0.522222;AO=46;DP=91;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0070949;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.76;QD=21.614;RBI=0.0229531;REFB=-0.0168296;REVB=-0.021829;RO=41;SAF=24;SAR=22;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127125;STB=0.500473;STBP=0.992;TYPE=mnp;VARB=0.0147677;OID=.;OPOS=101008566;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:41:43:46:47:0.522222:22:24:22:19:23:24:22:21 chr2 101009908 . G A 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00371701;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.281;QD=13.9955;RBI=0.00832192;REFB=-0.00922671;REVB=-0.00744568;RO=42;SAF=13;SAR=16;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20019;STB=0.613538;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0111298;OID=.;OPOS=101009908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:16:13:27:15:16:13:27:15 chr2 101010082 . G C 1571.18 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125622;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.677;QD=64.1297;RBI=0.0153133;REFB=0;REVB=0.00875716;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35554e-05;OID=.;OPOS=101010082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:48:50:0:0:48:50:0:0 chr2 101019031 . G A 314.42 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0077994;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3415;QD=16.9957;RBI=0.00839274;REFB=-0.000197376;REVB=-0.00309959;RO=40;SAF=20;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861273;STB=0.548358;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.000232944;OID=.;OPOS=101019031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:40:34:34:0.459459:14:20:20:20:14:20:20:20 chr2 101031561 . G T 242.2 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0128373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7045;QD=14.9043;RBI=0.0197771;REFB=-0.0125423;REVB=-0.0150445;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223542;STB=0.51267;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0187238;OID=.;OPOS=101031561;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:13:15:19:18:13:15:19:18 chr2 101086966 . C T 143.9 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0184327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0471;QD=15.1473;RBI=0.0473895;REFB=-0.010454;REVB=0.0436578;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113452;STB=0.56514;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0154063;OID=.;OPOS=101086966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:10:6:6:16:10:6:6:16 chr2 101096960 . C T 1246.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.68;QD=61.5775;RBI=0.0245069;REFB=0;REVB=0.0242582;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16219e-05;OID=.;OPOS=101096960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:34:45:0:0:35:46:0:0 chr2 101186088 . C T 1499.29 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6026;QD=62.4702;RBI=0.019661;REFB=0;REVB=0.0113569;RO=0;SAF=30;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158612;OID=.;OPOS=101186088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:65:30:0:0:65:31:0:0 chr2 101437561 . G A 1096.68 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246402;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.444;QD=60.0922;RBI=0.0294728;REFB=0;REVB=0.0161711;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148632;OID=.;OPOS=101437561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:35:37:0:0:37:36:0:0 chr2 101437601 . C G 1008.43 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.049;QD=59.3193;RBI=0.0391463;REFB=0;REVB=0.01841;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27839e-05;OID=.;OPOS=101437601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr2 101591304 . A G 212.73 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=-0.0311574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2864;QD=10.3768;RBI=0.0339112;REFB=-0.0320243;REVB=-0.013386;RO=55;SAF=16;SAR=11;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167634;STB=0.596833;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0741852;OID=.;OPOS=101591304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:55:27:27:0.329268:11:16:40:15:11:16:40:15 chr2 101609827 . C T 764.36 PASS AF=0.427083;AO=82;DP=192;FAO=82;FDP=192;FR=.;FRO=110;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=0.0131344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.479;QD=15.9242;RBI=0.0292691;REFB=-0.00698519;REVB=-0.0261566;RO=102;SAF=37;SAR=45;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00961729;STB=0.528054;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0102396;OID=.;OPOS=101609827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:102:110:82:82:0.427083:45:37:47:55:45:37:55:55 chr2 101612568 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0598524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.067;QD=18.8865;RBI=0.0647281;REFB=-0.061085;REVB=-0.0246457;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151251;STB=0.588011;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0297245;OID=.;OPOS=101612568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:5:3:3:2:5:3:3:2 chr2 101612615 . T C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00857952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.873;QD=53.9058;RBI=0.0190198;REFB=0;REVB=0.0169749;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86898e-05;OID=.;OPOS=101612615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr2 101624471 . T C 109.83 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0355898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3281;QD=14.644;RBI=0.0456387;REFB=-0.00867581;REVB=0.0285703;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142857;STB=0.583204;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0110999;OID=.;OPOS=101624471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:9:8:8:5:9:8 chr2 101638888 . A G 411.3 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00187999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.271;QD=21.0926;RBI=0.00902854;REFB=-0.0211159;REVB=0.00883064;RO=37;SAF=23;SAR=18;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772525;STB=0.542635;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0118127;OID=.;OPOS=101638888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:18:23:24:13:18:23:24:13 chr2 101644855 . G A 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0110439;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.145;QD=14.3999;RBI=0.0168607;REFB=-0.0118118;REVB=-0.0127403;RO=34;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499562;STB=0.528433;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0151163;OID=.;OPOS=101644855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:12:13:16:18:12:13:16:18 chr2 101869588 . G T 159.58 PASS AF=0.615385;AO=4;DP=28;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0042872;FXX=0.0714031;HRUN=6;LEN=1;MLLD=183.882;QD=24.5507;RBI=0.0319901;REFB=-0.0589782;REVB=0.0317015;RO=3;SAF=4;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505611;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0277303;OID=.;OPOS=101869588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:28:26:3:10:4:16:0.615385:0:4:3:0:5:11:7:3 chr2 101898412 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.765;QD=61.6834;RBI=0.0381603;REFB=0;REVB=0.00825265;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178128;OID=.;OPOS=101898412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr2 101911488 . T C 506.09 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00384213;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9544;QD=25.3046;RBI=0.0308662;REFB=-0.0415627;REVB=-0.0306262;RO=33;SAF=32;SAR=15;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877602;STB=0.548118;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0211514;OID=.;OPOS=101911488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:33:33:47:47:0.5875:15:32:19:14:15:32:19:14 chr2 102019083 . C T 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.004398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.937;QD=15.5688;RBI=0.0114719;REFB=-0.0265157;REVB=0.0105954;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567502;STB=0.532087;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0369485;OID=.;OPOS=102019083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:16:12:17:18:16:12:17:18 chr2 102038849 . T A 1062.26 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.868;QD=59.8458;RBI=0.0568585;REFB=0;REVB=0.0556318;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254847;OID=.;OPOS=102038849;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:28:43:0:0:28:43:0:0 chr2 102038936 . T A,G 955.81 PASS AF=0.0714286,0.9;AO=5,63;DP=70;FAO=5,63;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=2,36;FSAR=3,27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0130975,0.0220977;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.179,118.589;QD=54.6178;RBI=0.0187071,0.0242436;REFB=-0.051283,-0.0596216;REVB=0.013357,0.00997214;RO=0;SAF=2,36;SAR=3,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.31521e-08;STB=0.666029,0.513509;STBP=0.302,0.252;TYPE=snp,snp;VARB=0.0277966,-0.00392842;OID=.,.;OPOS=102038936,102038936;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:70:70:0:2:5,63:5,63:0.0714286,0.9:3,27:2,36:0:0:3,27:2,36:2:0 chr2 102957716 . C T 1859.38 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.667;QD=61.4671;RBI=0.0119585;REFB=0;REVB=0.0102275;RO=0;SAF=67;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43405e-06;OID=.;OPOS=102957716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:54:67:0:0:54:67:0:0 chr2 103001402 . C T 686.22 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000584185;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.712;QD=59.6715;RBI=0.0414839;REFB=0;REVB=0.0414797;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682587;OID=.;OPOS=103001402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:42:46:1:19:23:0:0:21:25:0:0 chr2 103059779 . A G 309.69 PASS AF=0.578947;AO=31;DP=55;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0427244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0508;QD=21.7327;RBI=0.0579361;REFB=-0.0350376;REVB=-0.0391308;RO=24;SAF=5;SAR=26;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164708;STB=0.570686;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0296412;OID=.;OPOS=103059779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:24:24:31:33:0.578947:26:5:7:17:27:6:7:17 chr2 103095404 . G A 1132.85 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4974;QD=60.4187;RBI=0.12296;REFB=0;REVB=-0.00181387;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000771442;OID=.;OPOS=103095404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr2 103149100 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.748;QD=63.2866;RBI=0.0332416;REFB=0;REVB=0.0315349;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104616;OID=.;OPOS=103149100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr2 103431404 . T C 1642.87 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577376;FXX=0.0357111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1423;QD=60.8471;RBI=0.0663945;REFB=0;REVB=0.0327811;RO=0;SAF=45;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010032;OID=.;OPOS=103431404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:63:45:0:0:63:45:0:0 chr2 105709023 . T C 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.963;QD=57.1737;RBI=0.0385956;REFB=0;REVB=0.00786858;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77894e-05;OID=.;OPOS=105709023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr2 105883499 . CT CTC,GT,TC 81.57 PASS AF=0.307692,0.0512821,0;AO=8,2,2;DP=40;FAO=12,2,0;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=11,2,0;FSAR=1,0,0;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0125088,-0.0179746,-0.0199768;FXX=0;HRUN=0,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=91.598,114.56,101.978;QD=8.3665;RBI=0.0662327,0.116374,0.0283061;REFB=0.00143591,-0.00214119,0.00557663;REVB=0.0650408,-0.114978,-0.0200539;RO=27;SAF=7,2,2;SAR=1,0,0;SRF=20;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.258158,0.386095,0.386095;STB=0.778928,0.993041,0.5;STBP=0.055,0.308,1;TYPE=ins,snp,mnp;VARB=0.0260998,0.0114784,0;OID=.,.,.;OPOS=105883501,105883499,105883499;OREF=-,C,CT;OALT=C,G,TC;OMAPALT=CTC,GT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:40:39:27:25:8,2,2:12,2,0:0.307692,0.0512821,0:1,0,0:7,2,2:20:7:1,0,0:11,2,0:17:8 chr2 105883624 . TTTCCATGTACATTCATAGAGCCTGGTCA T 50.0 PASS AO=32;DP=69;LEN=28;RO=37;SAF=15;SAR=22;SRF=17;SRR=15;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=105883625;OREF=TTCCATGTACATTCATAGAGCCTGGTCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:69:37:32:22:15:17:15 chr2 105885873 . C T 767.28 PASS AF=0.503401;AO=74;DP=147;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0517655;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.901;QD=20.8785;RBI=0.0529826;REFB=-0.000409117;REVB=-0.0112909;RO=73;SAF=40;SAR=34;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104256;STB=0.557374;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.000584215;OID=.;OPOS=105885873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:73:73:74:74:0.503401:34:40:31:42:34:40:31:42 chr2 105915128 . G A 1479.31 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129449;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2804;QD=62.2866;RBI=0.0597856;REFB=-0.100746;REVB=0.0583673;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00168956;OID=.;OPOS=105915128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:94:94:0.989474:47:47:0:0:47:47:0:1 chr2 105924510 . A G 1008.37 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.739;QD=59.3157;RBI=0.0893646;REFB=0;REVB=-0.0893069;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334924;OID=.;OPOS=105924510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr2 105953938 . G GC 1207.29 PASS AF=1;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025305;FXX=0.0123442;HRUN=0;LEN=1;MLLD=168.803;QD=60.3646;RBI=0.0364133;REFB=0;REVB=0.0261836;RO=1;SAF=52;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901803;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.56913e-05;OID=.;OPOS=105953939;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:82:80:80:0:52:28:0:0:7:1:52:27:1:0 chr2 106510472 . CACACTA C,CACACAC 402.16 PASS AF=0.443038,0.0759494;AO=35,6;DP=85;FAO=35,6;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=23,6;FSAR=12,0;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0175299,-0.00939403;FXX=0.0919435;HRUN=1,1;LEN=6,2;MLLD=163.486,59.7756;QD=20.3624;RBI=0.0416281,0.0150427;REFB=-0.0593009,-0.0352263;REVB=0.0377571,0.0117488;RO=38;SAF=23,6;SAR=12,0;SRF=22;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0784088,0.627903;STB=0.543893,0.997885;STBP=0.496,0.025;TYPE=del,mnp;VARB=0.0600121,0.135301;OID=.,.;OPOS=106510473,106510477;OREF=ACACTA,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=C,CACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.443038,0.0759494:35,6:85:35,6:79:38:23,6:12,0:22:16:99:38:23,6:12,0:22:16 chr2 106710108 . C A,T 778.27 PASS AF=0.02,0.98;AO=2,45;DP=48;FAO=1,49;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327494,-0.00943306;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.7407,129.381;QD=62.2618;RBI=0.0383695,0.0177684;REFB=0,0;REVB=0.0199923,0.0150577;RO=0;SAF=1,25;SAR=1,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.09779e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0309041,0.0021563;OID=.,.;OPOS=106710108,106710108;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:48:50:0:0:2,45:1,49:0.02,0.98:1,20:1,25:0:0:1,21:0,28:0:0 chr2 106742139 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.131;QD=53.277;RBI=0.0686006;REFB=0;REVB=-0.0239956;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210323;OID=.;OPOS=106742139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr2 107049604 . T C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0811168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.582;QD=21.8419;RBI=0.0816974;REFB=-0.0337961;REVB=-0.00972294;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284202;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0263451;OID=.;OPOS=107049604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:0:2:2:4:0:2 chr2 107073469 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3632;QD=33.4263;RBI=0.009982;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000942362;OID=.;OPOS=107073469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr2 107073501 . C T 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3708;QD=33.4195;RBI=0.0134409;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120985;OID=.;OPOS=107073501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr2 107084739 . A G 1463.35 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0225562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.005;QD=60.9729;RBI=0.0242445;REFB=-0.0695584;REVB=0.00888888;RO=2;SAF=47;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215518;OID=.;OPOS=107084739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:47:47:1:1:47:47:1:1 chr2 107107511 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0122806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.131;QD=19.4667;RBI=0.0123582;REFB=-0.00402342;REVB=-0.00138253;RO=24;SAF=4;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322761;STB=0.685089;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00599832;OID=.;OPOS=107107511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:18:4:11:13:18:4:11:13 chr2 107107567 . G C 557.01 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00886719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9311;QD=60.2177;RBI=0.0656965;REFB=0;REVB=-0.0650953;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322556;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011972;OID=.;OPOS=107107567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:1:0:36:37:1:22:14:1:0:22:15:0:0 chr2 107450525 . T C 433.14 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00129605;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.289;QD=17.8613;RBI=0.0016123;REFB=-0.00702117;REVB=-0.000959046;RO=52;SAF=33;SAR=11;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216615;STB=0.62868;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00635285;OID=.;OPOS=107450525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:52:53:44:44:0.453608:11:33:29:23:11:33:29:24 chr2 107450589 . C T 384.15 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0083716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.052;QD=17.6622;RBI=0.0164768;REFB=-0.00712976;REVB=0.0141916;RO=46;SAF=26;SAR=14;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1077;STB=0.555527;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00420558;OID=.;OPOS=107450589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:47:40:40:0.45977:14:26:25:21:14:26:26:21 chr2 108863650 . A C 320.52 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0155758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9624;QD=21.7303;RBI=0.098789;REFB=-0.0179355;REVB=0.0975534;RO=26;SAF=26;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308971;STB=0.672299;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00918594;OID=.;OPOS=108863650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:7:26:12:14:7:26:12:14 chr2 108863767 . A C 1305.58 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0502319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3128;QD=60.7245;RBI=0.0559803;REFB=-0.116614;REVB=0.0247094;RO=1;SAF=45;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104115;STB=0.505493;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00274369;OID=.;OPOS=108863767;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:1:1:85:85:0.988372:40:45:1:0:40:45:1:0 chr2 108875198 . G A 284.38 PASS AF=0.330357;AO=37;DP=109;FAO=37;FDP=112;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0146038;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.155;QD=10.1563;RBI=0.0200252;REFB=-0.00437505;REVB=-0.0137018;RO=72;SAF=15;SAR=22;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077759;STB=0.532854;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0130134;OID=.;OPOS=108875198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:72:75:37:37:0.330357:22:15:34:38:22:15:34:41 chr2 108875244 . T C 209.62 PASS AF=0.281553;AO=29;DP=102;FAO=29;FDP=103;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0310073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.053;QD=8.14045;RBI=0.0313909;REFB=-0.00232676;REVB=0.00489212;RO=73;SAF=11;SAR=18;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139536;STB=0.588094;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00993197;OID=.;OPOS=108875244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:73:74:29:29:0.281553:18:11:36:37:18:11:37:37 chr2 108875464 . AAAACTTGGTCAGGTGATGTTAT A,AAAACTTTGTCAGGTGATGTTAT 1001.94 PASS AF=0.267606,0.732394;AO=19,43;DP=74;FAO=19,52;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=10,33;FSAR=9,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955704,-0.030061;FXX=0.0405351;HRUN=4,2;LEN=22,1;MLLD=641.059,41.6648;QD=56.4475;RBI=0.0130208,0.0342755;REFB=0,0;REVB=0.00884325,-0.0164665;RO=0;SAF=10,29;SAR=9,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.341232,0;SSSB=-3.33753e-08,-3.13233e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00532246,-0.00039855;OID=.,.;OPOS=108875465,108875471;OREF=AAACTTGGTCAGGTGATGTTAT,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AAAACTTTGTCAGGTGATGTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.267606,0.732394:19,43:74:19,52:71:0:10,33:9,19:0:0:99:0:10,29:9,14:0:0 chr2 108877062 . T A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.411;QD=57.5452;RBI=0.019047;REFB=0;REVB=0.0186354;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64738e-05;OID=.;OPOS=108877062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr2 109099572 . C G 408.43 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.672;QD=56.3356;RBI=0.0350088;REFB=0;REVB=-0.0108323;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349476;OID=.;OPOS=109099572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:17:11:0:0:17:12:0:0 chr2 109106381 . A G 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00873042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.801;QD=56.4171;RBI=0.00895888;REFB=0.10349;REVB=0.00201031;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000444081;OID=.;OPOS=109106381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:32:30:0:0:32:30:0:1 chr2 109380929 . G A 266.12 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.116729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.298;QD=21.2897;RBI=0.117367;REFB=0.014587;REVB=0.012216;RO=25;SAF=7;SAR=18;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452841;STB=0.525335;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.023025;OID=.;OPOS=109380929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:18:7:6:19:18:7:6:19 chr2 109389463 . G A 1065.29 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1873;QD=58.3723;RBI=0.0515307;REFB=-0.0470756;REVB=-0.014947;RO=1;SAF=26;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178383;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169911;OID=.;OPOS=109389463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:72:73:1:0:71:73:1:45:26:1:0:45:28:0:0 chr2 109429146 . T A 804.21 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0512593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3931;QD=64.3365;RBI=0.0535056;REFB=0;REVB=0.0153406;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043597;OID=.;OPOS=109429146;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr2 109510937 . G A 2136.29 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386882;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3757;QD=62.832;RBI=0.0420412;REFB=0;REVB=0.0164523;RO=0;SAF=58;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65362e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.26328e-05;OID=.;OPOS=109510937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:78:58:0:0:78:58:0:0 chr2 109512234 . T C 174.42 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.722;QD=46.5121;RBI=0.109263;REFB=0;REVB=-0.105;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000885204;OID=.;OPOS=109512234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:7:8:0:0 chr2 109513601 . A G 593.21 PASS AF=0.433333;AO=65;DP=151;FAO=65;FDP=150;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.00981476;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.563;QD=15.8188;RBI=0.0122476;REFB=-0.017911;REVB=0.00732619;RO=84;SAF=25;SAR=40;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154543;STB=0.583307;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0214156;OID=.;OPOS=109513601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:84:85:65:65:0.433333:40:25:45:39:40:25:45:40 chr2 109513654 . G A 1769.16 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00395712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.336;QD=59.9716;RBI=0.0443919;REFB=-0.174044;REVB=0.0442152;RO=1;SAF=49;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693364;STB=0.503649;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00175944;OID=.;OPOS=109513654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:68:49:0:1:68:49:0:1 chr2 109526969 . G A 877.21 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245471;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.056;QD=57.522;RBI=0.0256188;REFB=0;REVB=0.00733221;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175534;OID=.;OPOS=109526969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:60:61:1:29:31:0:0:30:31:0:0 chr2 109527373 . A G 851.06 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0542795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7538;QD=57.6989;RBI=0.0563949;REFB=0;REVB=-0.015301;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000550337;OID=.;OPOS=109527373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr2 109745176 . G A 1443.59 PASS AF=0.990291;AO=99;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0300278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.411;QD=56.0617;RBI=0.038197;REFB=-0.160466;REVB=0.0236081;RO=3;SAF=42;SAR=57;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013802;STB=0.505617;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000626678;OID=.;OPOS=109745176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:103:3:1:99:102:0.990291:57:42:2:1:58:44:1:0 chr2 110015138 . C T 568.04 PASS AF=0.487603;AO=59;DP=121;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.139424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.269;QD=18.778;RBI=0.139429;REFB=0.0042953;REVB=0.00121705;RO=62;SAF=35;SAR=24;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425922;STB=0.523582;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00500071;OID=.;OPOS=110015138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:62:62:59:59:0.487603:24:35:34:28:24:35:34:28 chr2 110015309 . T C 874.23 PASS AF=0.452261;AO=89;DP=198;FAO=90;FDP=199;FR=.;FRO=109;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=-0.0459461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.552;QD=17.5724;RBI=0.0517323;REFB=-0.0164423;REVB=-0.0237737;RO=107;SAF=56;SAR=33;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180411;STB=0.597585;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0217616;OID=.;OPOS=110015309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:107:109:89:90:0.452261:33:56:48:59:33:57:50:59 chr2 110053570 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0212129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.855;QD=12.7301;RBI=0.0215357;REFB=-0.0272867;REVB=0.00371467;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428568;STB=0.764191;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0306085;OID=.;OPOS=110053570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:11:12:9:9:0.428571:3:6:2:9:3:6:2:10 chr2 110373197 . G A 2320.87 PASS AF=1;AO=123;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=87;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0800095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0696;QD=63.153;RBI=0.0849045;REFB=0;REVB=-0.0284122;RO=0;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354544;OID=.;OPOS=110373197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:123:147:1:57:66:0:0:60:87:0:0 chr2 110373938 . T G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.728;QD=53.9112;RBI=0.0246068;REFB=0;REVB=-0.000651556;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150596;OID=.;OPOS=110373938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr2 110374215 . T C 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0392;QD=59.4266;RBI=0.0499896;REFB=0;REVB=0.0339149;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833907;OID=.;OPOS=110374215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr2 110375025 . C T 1135.07 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8634;QD=60.5371;RBI=0.0189665;REFB=0;REVB=-0.0187708;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08768e-05;OID=.;OPOS=110375025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr2 110376019 . A G 222.98 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0969541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.542;QD=20.7427;RBI=0.0970056;REFB=0.000163871;REVB=0.00316244;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31754;STB=0.688361;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000918439;OID=.;OPOS=110376019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:21:21:22:0.511628:14:7:13:5:14:8:16:5 chr2 110855123 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.677;QD=53.9112;RBI=0.0868065;REFB=0;REVB=0.0864001;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224284;OID=.;OPOS=110855123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:4:20:0:0:4:20:0:0 chr2 110922703 . C T 187.42 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.0128885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.347;QD=14.6994;RBI=0.0283542;REFB=-0.0352368;REVB=-0.0252557;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210762;STB=0.618948;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0268714;OID=.;OPOS=110922703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:14:7:5:25:14:7:5:25 chr2 112582766 . CTT C 91.26 PASS AF=0.346939;AO=15;DP=48;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0154912;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=263.939;QD=7.45016;RBI=0.0155148;REFB=0.00311663;REVB=-0.000855013;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153031;STB=0.619818;STBP=0.246;TYPE=del;VARB=-0.00540426;OID=.;OPOS=112582767;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346939:15:48:17:49:32:8:9:21:11:91:30:8:7:20:10 chr2 112641149 . G C 119.18 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.032429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.353;QD=13.6205;RBI=0.0328425;REFB=-0.0131156;REVB=-0.005195;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217504;STB=0.521709;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0234721;OID=.;OPOS=112641149;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:11:3:4:16:11:3:4:17 chr2 112641256 . GA AG 149.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672947;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=155.607;QD=42.64;RBI=0.0674184;REFB=0;REVB=-0.00408184;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00490885;OID=.;OPOS=112641256;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:6:8:0:0 chr2 112641266 . G C 38.67 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0830147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1999;QD=11.0491;RBI=0.106007;REFB=0.00892114;REVB=0.0659247;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757641;STB=0.571195;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.0149269;OID=.;OPOS=112641266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:5:8:6:6:0.428571:3:3:2:3:3:3:5:3 chr2 112641283 . A G 32.39 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0560484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4162;QD=16.1952;RBI=0.056383;REFB=-0.0401694;REVB=-0.00613295;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.032608;OID=.;OPOS=112641283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr2 112922603 . C T 133.31 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.020453;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=143.12;QD=15.6833;RBI=0.0255301;REFB=-0.00184378;REVB=-0.0152795;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158751;STB=0.59132;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00409909;OID=.;OPOS=112922603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:7:12:7:8:7:12 chr2 112939548 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0091114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5028;QD=39.2066;RBI=0.108989;REFB=0;REVB=0.108608;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0066673;OID=.;OPOS=112939548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr2 113089267 . T C 1552.84 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265709;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4715;QD=64.0346;RBI=0.0278761;REFB=0;REVB=-0.00842993;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102042;OID=.;OPOS=113089267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:47:50:0:0:47:50:0:0 chr2 113090047 . T C 1047.24 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0413229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4375;QD=58.1798;RBI=0.0424449;REFB=-0.1527;REVB=-0.00969437;RO=1;SAF=31;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150093;STB=0.507934;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0020509;OID=.;OPOS=113090047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:40:31:1:0:40:31:1:0 chr2 113091685 . T G 840.31 PASS AF=0.938462;AO=62;DP=65;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0812195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.521;QD=51.7116;RBI=0.0839045;REFB=-0.102961;REVB=0.021056;RO=2;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255073;STB=0.511119;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00815939;OID=.;OPOS=113091685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:65:65:2:4:62:61:0.938462:36:26:0:2:35:26:1:3 chr2 113277949 . T C 420.52 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.533;QD=17.8943;RBI=0.01958;REFB=-0.0264844;REVB=0.0115643;RO=50;SAF=21;SAR=22;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660061;STB=0.541647;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.026349;OID=.;OPOS=113277949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:51:43:43:0.457447:22:21:21:29:22:21:21:30 chr2 113289032 . A G 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0140383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1631;QD=15.2556;RBI=0.0195348;REFB=0.00509057;REVB=0.0135844;RO=30;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357916;STB=0.52064;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.00736531;OID=.;OPOS=113289032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:12:8:13:17:12:8:13:17 chr2 113308516 . T A 265.14 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0115684;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7364;QD=15.3701;RBI=0.0345138;REFB=-0.00654702;REVB=0.0325173;RO=39;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199356;STB=0.612827;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0134529;OID=.;OPOS=113308516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:39:39:30:30:0.434783:19:11:22:17:19:11:22:17 chr2 113309473 . C T 223.79 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0212631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.245;QD=19.4598;RBI=0.023338;REFB=-0.00361255;REVB=0.00962;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00593965;STB=0.506377;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00317288;OID=.;OPOS=113309473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:8:13:15:9:8:14:15:9 chr2 113344047 . T C 172.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0153478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.677;QD=18.1172;RBI=0.0191365;REFB=-0.0764082;REVB=-0.0114303;RO=20;SAF=2;SAR=16;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41094;STB=0.740412;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0464011;OID=.;OPOS=113344047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:16:2:8:12:16:2:8:12 chr2 113482779 . A C 444.65 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9011;QD=57.3744;RBI=0.0656921;REFB=0;REVB=-0.0602464;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173185;OID=.;OPOS=113482779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr2 113484319 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.799;QD=53.9112;RBI=0.0396931;REFB=0;REVB=0.00894168;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140067;OID=.;OPOS=113484319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr2 113498566 . A G 1513.76 PASS AF=0.971963;AO=100;DP=103;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0476589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.847;QD=56.5892;RBI=0.0534399;REFB=-0.0443372;REVB=0.0241754;RO=3;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247332;STB=0.513041;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000527735;OID=.;OPOS=113498566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:107:3:3:100:104:0.971963:56:44:0:3:56:48:0:3 chr2 113513825 . T C 1480.18 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6572;QD=58.6211;RBI=0.0457137;REFB=-0.0642637;REVB=0.0438893;RO=1;SAF=59;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797265;STB=0.504131;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000496504;OID=.;OPOS=113513825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:1:1:99:100:0.990099:40:59:1:0:40:60:1:0 chr2 113671378 . G T 740.33 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3871;QD=56.9486;RBI=0.0188793;REFB=0;REVB=-0.0155902;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190934;OID=.;OPOS=113671378;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr2 113671410 . A G 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.861;QD=62.6657;RBI=0.0391462;REFB=0;REVB=-0.0050365;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139012;OID=.;OPOS=113671410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr2 113763463 . A C 259.39 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0103249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6146;QD=14.2132;RBI=0.0447367;REFB=0.00247909;REVB=0.0435289;RO=43;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118415;STB=0.567228;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00296545;OID=.;OPOS=113763463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:14:16:18:25:14:16:18:25 chr2 113763574 . CA C,CG,TC 1296.28 PASS AF=0.0581395,0.94186,0;AO=17,63,4;DP=86;FAO=5,81,0;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=3,38,0;FSAR=2,43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239032,0.0194795,0.00713215;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=103.367,112.625,99.3214;QD=60.2923;RBI=0.0268826,0.0366101,0.00810155;REFB=0,0,0;REVB=0.0123008,0.0309975,-0.00384286;RO=0;SAF=5,36,0;SAR=12,27,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-5.31521e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0263015,0.0141138,0;OID=.,.,.;OPOS=113763575,113763575,113763574;OREF=A,A,CA;OALT=-,G,TC;OMAPALT=C,CG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:86:86:0:0:17,63,4:5,81,0:0.0581395,0.94186,0:12,27,4:5,36,0:0:0:2,43,0:3,38,0:0:0 chr2 113789316 . C T 206.93 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0140228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1041;QD=16.892;RBI=0.0428873;REFB=-0.0398121;REVB=-0.0405301;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897061;STB=0.5479;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0404158;OID=.;OPOS=113789316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:28:21:21:0.428571:11:10:10:16:11:10:11:17 chr2 113870663 . G A 1325.16 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00369841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.572;QD=60.9269;RBI=0.0358481;REFB=-0.113604;REVB=0.0356568;RO=1;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111471;STB=0.505881;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00056771;OID=.;OPOS=113870663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:86:86:0.988506:42:44:0:1:42:44:0:1 chr2 113890304 . T C 283.53 PASS AF=0.421053;AO=33;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00210383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.098;QD=14.9225;RBI=0.0467436;REFB=-0.00886961;REVB=-0.0466962;RO=43;SAF=21;SAR=12;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339402;STB=0.506989;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0199912;OID=.;OPOS=113890304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:33:32:0.421053:12:21:26:17:12:20:27:17 chr2 113940681 . T C 344.64 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118323;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9409;QD=55.1427;RBI=0.016831;REFB=0;REVB=-0.01197;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000568747;OID=.;OPOS=113940681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr2 113940839 . G C 699.31 PASS AF=0.913793;AO=53;DP=58;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00152671;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=294.97;QD=48.2283;RBI=0.00963247;REFB=-0.0994241;REVB=0.00951071;RO=4;SAF=33;SAR=20;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179644;STB=0.516393;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000529158;OID=.;OPOS=113940839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:58:58:4:5:53:53:0.913793:20:33:3:1:20:33:4:1 chr2 113943467 . T TG 125.26 PASS AF=1;AO=3;DP=29;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00919591;FXX=0.344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.8318;QD=26.3712;RBI=0.19334;REFB=-0.0470629;REVB=0.193121;RO=25;SAF=3;SAR=0;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561636;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0678186;OID=.;OPOS=113943468;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:29:19:19:0:9:10:0:0:3:25:3:0:13:12 chr2 113943469 . GA G,GC,GG 380.39 PASS AF=0.464286,0.0714286,0.464286;AO=4,3,21;DP=29;FAO=13,2,13;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8,1,8;FSAR=5,1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587475,0.0021256,-0.00776546;FXX=0.0344709;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=83.7414,71.6724,84.1018;QD=54.341;RBI=0.132054,0.0526211,0.140427;REFB=0,0,0;REVB=-0.131923,-0.0525782,-0.140212;RO=0;SAF=0,3,14;SAR=4,0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00109703,-0.00840492,0.0241369;OID=.,.,.;OPOS=113943470,113943470,113943470;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.464286,0.0714286,0.464286:4,3,21:29:13,2,13:28:0:8,1,8:5,1,5:0:0:53:0:0,3,14:4,0,7:0:0 chr2 113955074 . G A 1044.18 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00524556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.696;QD=59.6674;RBI=0.0294251;REFB=0;REVB=0.0289538;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14585e-05;OID=.;OPOS=113955074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr2 113956371 . G C 272.71 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.459;QD=51.9447;RBI=0.070251;REFB=0;REVB=0.0629819;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423358;OID=.;OPOS=113956371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:8:12:0:0:8:13:0:0 chr2 114220055 . T C 1031.0 PASS AF=0.461207;AO=106;DP=232;FAO=107;FDP=232;FR=.;FRO=125;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=0.0141854;FXX=0.00429166;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.334;QD=17.7759;RBI=0.0357374;REFB=-0.0221427;REVB=0.0328015;RO=124;SAF=63;SAR=43;SRF=59;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116776;STB=0.559236;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.025694;OID=.;OPOS=114220055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:124:125:106:107:0.461207:43:63:59:65:44:63:60:65 chr2 114256840 . C T 126.49 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.044895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3134;QD=29.7617;RBI=0.082249;REFB=-0.0682194;REVB=0.0689154;RO=4;SAF=9;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910764;STB=0.550939;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0300872;OID=.;OPOS=114256840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:17:17:4:4:13:13:0.764706:4:9:2:2:4:9:2:2 chr2 114256859 . C T 62.8 PASS AF=0.666667;AO=3;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.251105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.5642;QD=20.9346;RBI=0.251319;REFB=-0.112039;REVB=0.0103876;RO=4;SAF=2;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149914;STB=0.599732;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0976991;OID=.;OPOS=114256859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:3:8:0.666667:1:2:2:2:2:6:2:2 chr2 114391721 . T C 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0155653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.314;QD=15.0641;RBI=0.0157669;REFB=-0.00663867;REVB=0.00251316;RO=35;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117746;STB=0.566618;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00747359;OID=.;OPOS=114391721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:14:13:21:14:14:13:21:14 chr2 114392716 . C T 222.55 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00156932;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.656;QD=18.1674;RBI=0.0133153;REFB=-0.00707961;REVB=-0.0132225;RO=26;SAF=4;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333658;STB=0.685524;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0121425;OID=.;OPOS=114392716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:27:22:22:0.44898:18:4:12:14:18:4:12:15 chr2 116099725 . A T 727.24 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0258;QD=63.2379;RBI=0.0184229;REFB=0;REVB=-0.0181933;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219662;OID=.;OPOS=116099725;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr2 116510817 . G C 543.11 PASS AF=0.401274;AO=63;DP=158;FAO=63;FDP=157;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=-0.0207051;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.8;QD=13.8373;RBI=0.0273321;REFB=-0.00942911;REVB=-0.0178422;RO=94;SAF=33;SAR=30;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140245;STB=0.501519;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0196954;OID=.;OPOS=116510817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:94:94:63:63:0.401274:30:33:48:46:30:33:49:45 chr2 116525960 . G A 923.24 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126449;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.353;QD=58.6183;RBI=0.0165613;REFB=0;REVB=0.010695;RO=0;SAF=45;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.32873e-06;OID=.;OPOS=116525960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:18:45:0:0:18:45:0:0 chr2 118575215 . C G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0249277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.159;QD=15.2931;RBI=0.025304;REFB=0.00115137;REVB=0.00434801;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36755;STB=0.713832;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00114087;OID=.;OPOS=118575215;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:7:2:6:3:7:2 chr2 118583940 . C T 209.25 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00725577;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.065;QD=11.4655;RBI=0.0170206;REFB=-0.0078721;REVB=-0.0153966;RO=47;SAF=14;SAR=12;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078145;STB=0.545228;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0172946;OID=.;OPOS=118583940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:47:47:26:26:0.356164:12:14:22:25:12:14:22:25 chr2 118589808 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.031;QD=47.8223;RBI=0.0343776;REFB=0;REVB=-0.0293452;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07247e-05;OID=.;OPOS=118589808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr2 118731573 . G A 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0103995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.451;QD=16.4202;RBI=0.0104311;REFB=-0.00660012;REVB=-0.000811826;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227607;STB=0.628047;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0106897;OID=.;OPOS=118731573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:18:11:21:13:18:11:21:13 chr2 118774025 . C T 77.89 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0373494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.2127;QD=14.1615;RBI=0.0380314;REFB=-0.067507;REVB=0.00717002;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405402;STB=0.639755;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0453033;OID=.;OPOS=118774025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:20:22:10:12:10:10:0.454545:6:4:0:10:6:4:2:10 chr2 118774082 . T C 512.71 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0221564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.697;QD=53.9696;RBI=0.034463;REFB=-0.116827;REVB=0.0263968;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207916;STB=0.520822;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00170465;OID=.;OPOS=118774082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:35:36:0.947368:22:13:0:1:23:13:0:2 chr2 118774178 . G C 393.21 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.202617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2083;QD=56.1734;RBI=0.202876;REFB=0;REVB=-0.0102488;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00442978;OID=.;OPOS=118774178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr2 119915249 . T C 1011.95 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153367;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.582;QD=59.5263;RBI=0.0195268;REFB=0;REVB=0.0120865;RO=0;SAF=20;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107568;OID=.;OPOS=119915249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:67:68:1:47:20:0:0:48:20:0:0 chr2 119988565 . G A 1620.85 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.801;QD=59.4806;RBI=0.0652417;REFB=0;REVB=0.064407;RO=0;SAF=66;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362759;OID=.;OPOS=119988565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:109:0:0:106:109:1:40:66:0:0:40:69:0:0 chr2 120021785 . T C 1525.73 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7393;QD=59.8324;RBI=0.0241056;REFB=0;REVB=0.00122974;RO=0;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.50563e-05;OID=.;OPOS=120021785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:61:41:0:0:61:41:0:0 chr2 120022977 . G A 435.49 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00887101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6001;QD=23.8623;RBI=0.0590565;REFB=0.000242812;REVB=0.0583865;RO=31;SAF=21;SAR=21;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124739;STB=0.506846;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000651169;OID=.;OPOS=120022977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:21:21:16:15:21:21:16:15 chr2 120060082 . T C 371.48 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0446596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5451;QD=22.8604;RBI=0.0751629;REFB=0.0257036;REVB=0.0604565;RO=28;SAF=22;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010202;STB=0.505615;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.0180752;OID=.;OPOS=120060082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:15:22:17:11:15:22:17:11 chr2 120078778 . T C 1258.79 PASS AF=0.496124;AO=128;DP=259;FAO=128;FDP=258;FR=.;FRO=130;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=53;FSRR=77;FWDB=0.0214065;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.937;QD=19.5161;RBI=0.030469;REFB=-0.0158061;REVB=0.0216823;RO=130;SAF=53;SAR=75;SRF=53;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00603189;STB=0.503311;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0187968;OID=.;OPOS=120078778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:258:130:130:128:128:0.496124:75:53:53:77:75:53:53:77 chr2 120125029 . A G 112.72 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0158905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.184;QD=17.3411;RBI=0.0380777;REFB=-0.0102016;REVB=0.0346035;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325318;STB=0.685445;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0144079;OID=.;OPOS=120125029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:10:3:8:5:10:3 chr2 120194651 . A AGTGTGC 748.14 PASS AF=1;AO=52;DP=76;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775422;FXX=0.0877039;HRUN=0;LEN=6;MLLD=327.386;QD=57.5491;RBI=0.0131665;REFB=0;REVB=-0.0106409;RO=21;SAF=11;SAR=41;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387962;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.58801e-06;OID=.;OPOS=120194652;OREF=-;OALT=GTGTGC;OMAPALT=AGTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:76:52:52:0:11:41:0:0:4:21:11:41:18:3 chr2 120199140 . A G 430.97 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439671;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.314;QD=55.6093;RBI=0.0477955;REFB=0;REVB=-0.0187432;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195155;OID=.;OPOS=120199140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:15:14:0:0:17:14:0:0 chr2 120303820 . A T 453.82 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0335697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.406;QD=55.0084;RBI=0.0337802;REFB=0.0173989;REVB=-0.00376575;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00384678;OID=.;OPOS=120303820;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:17:15:0:1:17:15:0:1 chr2 120369300 . T C 925.25 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221577;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.296;QD=58.7457;RBI=0.0244472;REFB=0;REVB=0.0103297;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42059e-05;OID=.;OPOS=120369300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr2 120388412 . G A 1302.1 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7099;QD=62.0047;RBI=0.099145;REFB=0;REVB=-0.0971866;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000645511;OID=.;OPOS=120388412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr2 120438523 . A G 635.3 PASS AF=0.586538;AO=61;DP=104;FAO=61;FDP=104;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00528946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.578;QD=24.4346;RBI=0.0052949;REFB=-0.027821;REVB=-0.000240153;RO=43;SAF=23;SAR=38;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00400363;STB=0.502183;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0168151;OID=.;OPOS=120438523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:43:43:61:61:0.586538:38:23:16:27:38:23:16:27 chr2 120438696 . A G 958.52 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292393;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.906;QD=58.9858;RBI=0.0293322;REFB=0;REVB=0.0023335;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153592;OID=.;OPOS=120438696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr2 120439230 . C G 152.77 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0352527;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6167;QD=11.5297;RBI=0.0404971;REFB=0.00251197;REVB=-0.0199314;RO=33;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121719;STB=0.535677;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00381737;OID=.;OPOS=120439230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:33:34:19:19:0.358491:10:9:16:17:10:9:18:16 chr2 120439459 . C A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0394694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.232;QD=20.0176;RBI=0.0398834;REFB=-0.000947277;REVB=-0.00573204;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757821;STB=0.54281;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000148946;OID=.;OPOS=120439459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:9:9:7:10:9:9:7:10 chr2 120704166 . G T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.523;QD=55.6561;RBI=0.0306428;REFB=0;REVB=-0.00250558;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82029e-05;OID=.;OPOS=120704166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr2 120830815 . A G 467.77 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0605139;FXX=0.108079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.721;QD=56.6998;RBI=0.07898;REFB=-0.191591;REVB=0.0507534;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517231;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00625507;OID=.;OPOS=120830815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:33:33:0:1:32:32:0.969697:14:18:0:0:14:18:0:1 chr2 120885310 . G A 734.22 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0489588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.462;QD=61.185;RBI=0.0500241;REFB=0.0566729;REVB=0.0102688;RO=1;SAF=18;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025408;STB=0.513508;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=6.92461e-05;OID=.;OPOS=120885310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:29:18:1:0:29:18:1:0 chr2 120980428 . G C 771.98 PASS AF=0.920635;AO=59;DP=63;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00518015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1508;QD=49.0146;RBI=0.0272849;REFB=-0.0478071;REVB=0.0267887;RO=2;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314298;STB=0.540969;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0198058;OID=.;OPOS=120980428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:63:63:2:5:59:58:0.920635:29:30:0:2:28:30:0:5 chr2 121726447 . G A 403.11 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0853553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3676;QD=48.8623;RBI=0.0890559;REFB=-0.104647;REVB=0.0254055;RO=2;SAF=7;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422343;STB=0.551964;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0124594;OID=.;OPOS=121726447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:33:33:2:3:30:30:0.909091:23:7:1:1:23:7:2:1 chr2 121746956 . G T 1308.96 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795613;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.387;QD=62.3316;RBI=0.0652443;REFB=0;REVB=0.0647574;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12547e-05;OID=.;OPOS=121746956;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:84:0:0:84:84:1:37:47:0:0:37:47:0:0 chr2 121747406 . G A,C 790.51 PASS AF=0.95,0.0333333;AO=54,3;DP=58;FAO=57,2;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=18,1;FSAR=39,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00683399,-0.0126903;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.9636,55.4013;QD=52.7009;RBI=0.0192615,0.107333;REFB=-0.130089,-0.0422116;REVB=-0.0180084,-0.10658;RO=1;SAF=18,1;SAR=36,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0129132,0.163246;STB=0.506327,0.665164;STBP=0.611,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=0.00235867,0.0604179;OID=.,.;OPOS=121747406,121747406;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:58:60:1:1:54,3:57,2:0.95,0.0333333:36,2:18,1:0:1:39,1:18,1:0:1 chr2 121747429 . A G 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4732;QD=58.4187;RBI=0.0321178;REFB=0;REVB=0.00612045;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177759;OID=.;OPOS=121747429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:43:20:0:0:43:20:0:0 chr2 121749067 . G C 990.63 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.999;QD=59.142;RBI=0.0387914;REFB=0;REVB=0.00615501;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41497e-05;OID=.;OPOS=121749067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:65:67:1:33:32:0:0:35:32:0:0 chr2 121948262 . A G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0256488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.642;QD=11.0924;RBI=0.0360462;REFB=-0.00431942;REVB=-0.0253272;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00788407;OID=.;OPOS=121948262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:3:3:2:3:3:3 chr2 121980405 . TC T 247.4 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3634;QD=44.9823;RBI=0.0129192;REFB=0;REVB=0.00335375;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000472229;OID=.;OPOS=121980406;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:22:22:22:0:17:5:0:0:5:0:17:5:0:0 chr2 121989489 . G A 1376.28 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4174;QD=62.5584;RBI=0.0549459;REFB=0;REVB=-0.0205214;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163966;OID=.;OPOS=121989489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:45:42:0:0:45:43:0:0 chr2 122096257 . C T 442.59 PASS AF=0.52381;AO=41;DP=81;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00198595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.259;QD=21.0757;RBI=0.00851143;REFB=-0.0266564;REVB=0.0082765;RO=39;SAF=22;SAR=19;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020979;STB=0.532772;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0254859;OID=.;OPOS=122096257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:39:40:41:44:0.52381:19:22:20:19:19:25:20:20 chr2 122098360 . G A 467.86 PASS AF=0.485714;AO=49;DP=104;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.00396989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.355;QD=17.8234;RBI=0.00819311;REFB=-0.00320125;REVB=-0.00716709;RO=51;SAF=26;SAR=23;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717044;STB=0.532719;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00398155;OID=.;OPOS=122098360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:51:54:49:51:0.485714:23:26:31:20:24:27:32:22 chr2 122409207 . A G 219.8 PASS AF=0.44;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00959691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.409;QD=17.5839;RBI=0.0103604;REFB=-0.0231708;REVB=0.00390346;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314148;STB=0.539964;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0308799;OID=.;OPOS=122409207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:28:21:22:0.44:11:10:12:15:11:11:12:16 chr2 122484976 . G A 244.18 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00506923;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.359;QD=22.1985;RBI=0.00718521;REFB=-0.00125741;REVB=-0.00509216;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252709;STB=0.652041;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00165748;OID=.;OPOS=122484976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:15:8:13:7:15:8:14:7 chr2 125192068 . T C 1128.76 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.028;QD=60.2006;RBI=0.0375797;REFB=0;REVB=0.0351481;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135113;OID=.;OPOS=125192068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:33:40:0:0:33:42:0:0 chr2 125746817 . A G 465.05 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0708;QD=58.1319;RBI=0.0720191;REFB=0;REVB=0.0302177;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103449;OID=.;OPOS=125746817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:11:20:0:0:11:21:0:0 chr2 127453664 . A C 407.94 PASS AF=1;AO=14;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0793696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4134;QD=56.2676;RBI=0.117485;REFB=0;REVB=0.086621;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183883;OID=.;OPOS=127453664;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:14:29:1:1:13:0:0:16:13:0:0 chr2 128065075 . TAAAAAAG TAAAAAG,TAAAAAGA,TAAAAATG 317.45 PASS AF=0.669903,0,0;AO=41,5,4;DP=101;FAO=69,0,0;FDP=103;FR=.;FRO=34;FSAF=38,0,0;FSAR=31,0,0;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.0250267,-0.08293,-0.017837;FXX=0.046292;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=9.90396,10.1523,85.6988;QD=12.3279;RBI=0.140988,0.0849609,0.019256;REFB=-0.0371365,-0.0695226,-0.00461032;REVB=0.138749,0.0184655,0.00725483;RO=35;SAF=20,3,4;SAR=21,2,0;SRF=8;SRR=27;SSEN=0,0,0;SSEP=0.456311,0,0;SSSB=0.218987,0.431579,0.717248;STB=0.612361,0.5,0.5;STBP=0.003,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0651897,0,0.0182243;OID=.,.,.;OPOS=128065076,128065081,128065081;OREF=A,AG,A;OALT=-,GA,T;OMAPALT=TAAAAAG,TAAAAAGA,TAAAAATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.669903,0,0:41,5,4:101:69,0,0:103:34:38,0,0:31,0,0:7:27:99:35:20,3,4:21,2,0:8:27 chr2 128177584 . T C 205.58 PASS AF=0.356164;AO=25;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0178729;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.16;QD=11.2644;RBI=0.0188258;REFB=-0.00999169;REVB=-0.00591359;RO=48;SAF=9;SAR=16;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00716415;STB=0.515683;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0165546;OID=.;OPOS=128177584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:47:25:26:0.356164:16:9:17:31:16:10:17:30 chr2 128180872 . G T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101;QD=59.4338;RBI=0.090766;REFB=0;REVB=0.0889057;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000865615;OID=.;OPOS=128180872;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr2 128185946 . G C 383.17 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.014513;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.04;QD=14.597;RBI=0.0487426;REFB=-0.00302553;REVB=0.0465318;RO=62;SAF=12;SAR=32;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287381;STB=0.666587;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00784301;OID=.;OPOS=128185946;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:62:61:44:44:0.419048:32:12:33:29:32:12:33:28 chr2 128321770 . G A 1477.87 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0325545;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.076;QD=58.5294;RBI=0.0433104;REFB=-0.0730689;REVB=0.0285655;RO=1;SAF=46;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102011;STB=0.505375;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000262514;OID=.;OPOS=128321770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:101:1:1:100:100:0.990099:54:46:1:0:54:46:1:0 chr2 128400608 . C T 754.0 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.3474;QD=56.9053;RBI=0.0455295;REFB=0;REVB=-0.0192511;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136562;OID=.;OPOS=128400608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:36:16:0:0:36:17:0:0 chr2 128460956 . G A 765.79 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.696;QD=63.8158;RBI=0.130077;REFB=0;REVB=0.0108863;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212217;OID=.;OPOS=128460956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:24:21:0:0:24:24:0:0 chr2 128526579 . T TTAAA 165.41 PASS AF=0.695652;AO=12;DP=79;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0324989;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=4;MLLD=153.393;QD=28.7669;RBI=0.0417936;REFB=-0.07291;REVB=0.0262779;RO=66;SAF=4;SAR=8;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227251;STB=0.502759;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0335345;OID=.;OPOS=128526580;OREF=-;OALT=TAAA;OMAPALT=TTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.695652:12:79:16:23:7:7:9:3:4:45:66:4:8:34:32 chr2 128610648 . T C 205.37 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=2.16765e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.613;QD=14.6689;RBI=0.000936518;REFB=-0.00287322;REVB=0.000936267;RO=32;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033801;STB=0.519215;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00379362;OID=.;OPOS=128610648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:9:15:21:11:9:15:21:11 chr2 128744457 . G A 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.0195396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.462;QD=18.7959;RBI=0.0395497;REFB=-0.0153216;REVB=0.0343859;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284954;STB=0.659667;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.022868;OID=.;OPOS=128744457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:12:11:21:6:12:11:21:6 chr2 128750835 . G A 50.38 PASS AF=0.120879;AO=11;DP=93;FAO=11;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.0472077;FXX=0.0215031;HRUN=6;LEN=1;MLLD=26.6516;QD=2.21445;RBI=0.0499664;REFB=-0.0441934;REVB=-0.0163728;RO=60;SAF=2;SAR=9;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413562;STB=0.792991;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.180562;OID=.;OPOS=128750835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:93:91:60:78:11:11:0.120879:9:2:30:30:9:2:39:39 chr2 128849114 . T C 998.52 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.99;QD=57.8849;RBI=0.0814605;REFB=0;REVB=0.0392349;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133112;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157725;OID=.;OPOS=128849114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:69:1:0:67:69:1:35:32:0:1:36:33:0:0 chr2 128870808 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.609;QD=56.7065;RBI=0.0904604;REFB=0;REVB=0.0867222;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417797;OID=.;OPOS=128870808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr2 128878014 . G A 730.34 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0809057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4331;QD=54.0989;RBI=0.0827182;REFB=-0.0166372;REVB=-0.0172213;RO=2;SAF=22;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040906;STB=0.510634;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00125086;OID=.;OPOS=128878014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:2:1:52:53:0.981481:30:22:2:0:30:23:1:0 chr2 128934400 . T C 160.47 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.000254144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.322;QD=18.3392;RBI=0.00445715;REFB=-0.00576509;REVB=0.0044499;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060353;STB=0.555916;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0124876;OID=.;OPOS=128934400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:5:12:11:6:5:12:11:7 chr2 129023282 . G C 567.57 PASS AF=0.483871;AO=36;DP=94;FAO=45;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0590889;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5787;QD=24.4114;RBI=0.0786749;REFB=-0.0229881;REVB=0.0519447;RO=24;SAF=12;SAR=24;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183784;STB=0.598673;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0270521;OID=.;OPOS=129023282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:24:28:36:45:0.483871:24:12:3:21:26:19:5:23 chr2 129075877 . G T 50.64 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0158438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.471;QD=5.06444;RBI=0.0180048;REFB=-0.0108364;REVB=0.00855263;RO=32;SAF=2;SAR=6;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495383;STB=0.817488;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.036087;OID=.;OPOS=129075877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:6:2:22:10:6:2:22:10 chr2 130738163 . G A 93.75 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.000610826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.062;QD=11.0295;RBI=0.00859712;REFB=-0.000790524;REVB=0.00857539;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509707;STB=0.558727;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00239309;OID=.;OPOS=130738163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:33:34:22:22:11:12:0.352941:6:5:9:13:6:6:9:13 chr2 130738329 . C A 96.21 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0241956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2214;QD=12.0267;RBI=0.0686991;REFB=0.0319642;REVB=0.0642973;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212814;STB=0.624805;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.0447218;OID=.;OPOS=130738329;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:6:14:6:6:6:14 chr2 130739164 . A G 217.2 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.00155029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.957;QD=11.2833;RBI=0.015251;REFB=0.000652572;REVB=-0.015172;RO=50;SAF=16;SAR=11;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320415;STB=0.518542;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00123299;OID=.;OPOS=130739164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:11:16:31:19:11:16:31:19 chr2 130739444 . TGAAGACG T 340.1 PASS AF=0.9;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0376441;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=7;MLLD=278.531;QD=45.3468;RBI=0.0397319;REFB=-0.030318;REVB=0.0127099;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518505;STBP=0.608;TYPE=del;VARB=0.00368403;OID=.;OPOS=130739445;OREF=GAAGACG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:26:28:27:30:3:14:13:1:2:15:0:13:13:0:0 chr2 130739526 . A AGAGG 44.67 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0123907;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=225.457;QD=9.40384;RBI=0.0126905;REFB=-0.0283568;REVB=-0.00274212;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468168;STB=0.69515;STBP=0.283;TYPE=ins;VARB=0.0465116;OID=.;OPOS=130739527;OREF=-;OALT=GAGG;OMAPALT=AGAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:6:21:7:19:12:3:4:9:3:44:14:2:4:11:3 chr2 130739542 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00258847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.458;QD=12.0157;RBI=0.0137502;REFB=-0.0188566;REVB=0.0135044;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32405;STB=0.69176;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0297005;OID=.;OPOS=130739542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:6:1:3:3:6:1 chr2 130739646 . TTAAC T 127.02 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00306145;FXX=0.119952;HRUN=3;LEN=4;MLLD=285.014;QD=23.0948;RBI=0.0168706;REFB=-0.012019;REVB=-0.0165905;RO=9;SAF=13;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397386;STB=0.708758;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=0.00852023;OID=.;OPOS=130739647;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.681818:15:26:15:22:7:13:2:3:4:42:9:13:2:4:5 chr2 130739802 . A G 132.81 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00979692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0426;QD=15.1784;RBI=0.0149342;REFB=-0.015903;REVB=-0.0112717;RO=19;SAF=2;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38882;STB=0.748298;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0258946;OID=.;OPOS=130739802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:13:2:8:11:13:2:9:11 chr2 130739891 . T A 282.27 PASS AF=0.526316;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00320428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.269;QD=19.8083;RBI=0.00687849;REFB=0.00204384;REVB=-0.00608656;RO=27;SAF=17;SAR=12;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277124;STB=0.657433;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00253427;OID=.;OPOS=130739891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:27:27:29:30:0.526316:12:17:7:20:12:18:7:20 chr2 130740230 . C T 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00388383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.161;QD=18.948;RBI=0.00579525;REFB=-0.0122535;REVB=-0.00430126;RO=27;SAF=9;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1832;STB=0.602683;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0100114;OID=.;OPOS=130740230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:19:9:14:13:19:9:14:13 chr2 130832531 . A G 32.92 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0152194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.105;QD=2.99308;RBI=0.017168;REFB=-0.00641012;REVB=-0.00794413;RO=37;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376799;STB=0.774853;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0180231;OID=.;OPOS=130832531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:37:38:6:6:0.136364:1:5:20:17:1:5:21:17 chr2 130866805 . C G 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0130522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.318;QD=7.79844;RBI=0.0244359;REFB=0.0163142;REVB=-0.0206581;RO=23;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072486;STB=0.545351;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.0407103;OID=.;OPOS=130866805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:6:3:9:14:6:3:9:14 chr2 130897234 . C T 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.132358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.435;QD=27.499;RBI=0.132359;REFB=0.00924818;REVB=0.000225379;RO=9;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138841;STB=0.507455;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00465722;OID=.;OPOS=130897234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:9:10:19:19:0.655172:11:8:4:5:11:8:4:6 chr2 130900188 . A G 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0102997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.014;QD=11.2962;RBI=0.0119396;REFB=-0.0105905;REVB=0.00603909;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983387;STB=0.557629;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0131148;OID=.;OPOS=130900188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:9:9:14:20:9:9:14:20 chr2 130902067 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0224977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.587;QD=11.0197;RBI=0.0579862;REFB=-0.0335965;REVB=-0.0534439;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162008;STB=0.599657;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0276798;OID=.;OPOS=130902067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:4:4:2:4:4:4 chr2 130925088 . C T 505.55 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00294938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.315;QD=19.8256;RBI=0.0127348;REFB=-0.00504073;REVB=-0.0123885;RO=49;SAF=30;SAR=22;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413802;STB=0.518426;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00440327;OID=.;OPOS=130925088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:49:50:52:52:0.509804:22:30:26:23:22:30:27:23 chr2 130939348 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.077803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.773;QD=14.0965;RBI=0.0864152;REFB=-0.000360472;REVB=-0.0376067;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957667;STB=0.556415;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00245447;OID=.;OPOS=130939348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:8:3:5:9:8:3:5:9 chr2 130949491 . G A 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.032295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.686;QD=6.90641;RBI=0.0437685;REFB=0.000292986;REVB=-0.0295418;RO=35;SAF=2;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430617;STB=0.775325;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00606055;OID=.;OPOS=130949491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:9:2:18:17:9:2:18:17 chr2 130951548 . G A 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.237;QD=58.8004;RBI=0.0602856;REFB=0.0402662;REVB=0.0592429;RO=1;SAF=52;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901237;STB=0.504761;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-1.64771e-05;OID=.;OPOS=130951548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:22:52:1:0:22:52:1:0 chr2 130951566 . G A 1183.35 PASS AF=0.9875;AO=77;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00969364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.26;QD=59.1677;RBI=0.0677819;REFB=0.097621;REVB=0.0670852;RO=1;SAF=58;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00809152;STB=0.504131;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00049149;OID=.;OPOS=130951566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:77:79:0.9875:19:58:1:0:19:60:1:0 chr2 130951581 . A G 248.85 PASS AF=0.426471;AO=27;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.030928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.687;QD=14.6384;RBI=0.0320207;REFB=-0.0393658;REVB=-0.00829359;RO=39;SAF=21;SAR=6;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494352;STB=0.541147;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0372459;OID=.;OPOS=130951581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:39:39:27:29:0.426471:6:21:29:10:6:23:29:10 chr2 130951584 . T C 265.39 PASS AF=0.43662;AO=28;DP=68;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.0127984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.214;QD=14.9518;RBI=0.0175895;REFB=-0.0127308;REVB=0.0120662;RO=39;SAF=24;SAR=4;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157718;STB=0.547913;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00977984;OID=.;OPOS=130951584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:39:40:28:31:0.43662:4:24:30:9:6:25:30:10 chr2 130951754 . G T 447.08 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0085142;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4122;QD=18.4362;RBI=0.0687619;REFB=-0.00953268;REVB=0.0682327;RO=50;SAF=16;SAR=29;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845237;STB=0.549273;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0154884;OID=.;OPOS=130951754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:52:45:45:0.463918:29:16:22:28:29:16:23:29 chr2 130951949 . G A 85.75 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00504575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.929;QD=11.8271;RBI=0.0273252;REFB=-0.0157914;REVB=0.0268553;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431518;STB=0.760047;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0332891;OID=.;OPOS=130951949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:9:2:10:8:9:2:10:8 chr2 130952718 . G A 85.48 PASS AF=0.15534;AO=16;DP=104;FAO=16;FDP=103;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0353173;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.055;QD=3.31959;RBI=0.0364665;REFB=-0.000588848;REVB=-0.00908287;RO=87;SAF=6;SAR=10;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16535;STB=0.611107;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00281163;OID=.;OPOS=130952718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:104:103:87:87:16:16:0.15534:10:6:44:43:10:6:44:43 chr2 130952725 . C T 61.96 PASS AF=0.127451;AO=13;DP=102;FAO=13;FDP=102;FR=.;FRO=89;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.00257916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.452;QD=2.42973;RBI=0.0324151;REFB=-0.00953346;REVB=-0.0323123;RO=88;SAF=4;SAR=9;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252822;STB=0.675071;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0380307;OID=.;OPOS=130952725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:102:102:88:89:13:13:0.127451:9:4:45:43:9:4:45:44 chr2 131031142 . T G 298.8 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0162614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2752;QD=18.6748;RBI=0.0557258;REFB=0.00282162;REVB=0.0533004;RO=32;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283245;STB=0.5158;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00246841;OID=.;OPOS=131031142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:18:14:15:17:18:14:15:17 chr2 131033040 . C T 503.06 PASS AF=0.363095;AO=61;DP=168;FAO=61;FDP=168;FR=.;FRO=107;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=60;FWDB=-0.0146622;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.68;QD=11.9775;RBI=0.0166935;REFB=-0.0039533;REVB=-0.00798084;RO=106;SAF=32;SAR=29;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100877;STB=0.554176;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00728567;OID=.;OPOS=131033040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:106:107:61:61:0.363095:29:32:46:60:29:32:47:60 chr2 131036000 . C T 402.8 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0367836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.295;QD=19.181;RBI=0.0374447;REFB=-0.00541703;REVB=-0.00700512;RO=43;SAF=22;SAR=19;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870141;STB=0.548382;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00632408;OID=.;OPOS=131036000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:19:22:19:24:19:22:19:24 chr2 131037784 . T C 161.18 PASS AF=0.252747;AO=23;DP=91;FAO=23;FDP=91;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00999392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.168;QD=7.08487;RBI=0.0114665;REFB=0.00286793;REVB=0.00562165;RO=68;SAF=7;SAR=16;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215147;STB=0.63146;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0134255;OID=.;OPOS=131037784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:68:68:23:23:0.252747:16:7:32:36:16:7:32:36 chr2 131037817 . A C 182.76 PASS AF=0.271739;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=92;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0288875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6097;QD=7.9461;RBI=0.0407847;REFB=-0.00999959;REVB=-0.0287907;RO=66;SAF=6;SAR=19;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320901;STB=0.699547;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0289176;OID=.;OPOS=131037817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:66:67:25:25:0.271739:19:6:32:34:19:6:33:34 chr2 131037849 . G A 167.74 PASS AF=0.2875;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0437337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.439;QD=8.38688;RBI=0.0438061;REFB=0.000532406;REVB=0.00251722;RO=56;SAF=7;SAR=16;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18146;STB=0.615998;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.000707871;OID=.;OPOS=131037849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:56:57:23:23:0.2875:16:7:25:31:16:7:26:31 chr2 131266530 . C A 636.2 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0881283;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.471;QD=62.0683;RBI=0.0938901;REFB=0;REVB=0.0323845;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532017;OID=.;OPOS=131266530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr2 131414176 . C T 292.74 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.011881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1757;QD=17.2199;RBI=0.0844649;REFB=-0.0070936;REVB=-0.0836252;RO=35;SAF=17;SAR=15;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202286;STB=0.617909;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00577908;OID=.;OPOS=131414176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:36:32:32:0.470588:15:17:26:9:15:17:27:9 chr2 131414338 . G A 65.79 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0244651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.126;QD=11.4417;RBI=0.0260782;REFB=-0.00442172;REVB=0.00902964;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247851;STB=0.650796;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00377277;OID=.;OPOS=131414338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:7:2:6:8:7:2:6:8 chr2 131487673 . A C 972.56 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.173;QD=58.9429;RBI=0.0138015;REFB=0;REVB=-0.00834813;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24223e-05;OID=.;OPOS=131487673;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:32:33:0:0:32:34:0:0 chr2 131520663 . T C 894.33 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.531;QD=57.6985;RBI=0.00850173;REFB=0;REVB=0.00124183;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75513e-05;OID=.;OPOS=131520663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:35:26:0:0:35:27:0:0 chr2 131524230 . T C 45.45 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0364181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6949;QD=25.9716;RBI=0.0561766;REFB=-0.194685;REVB=-0.042773;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0139464;OID=.;OPOS=131524230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:7:0:1:6:6:0.857143:5:1:0:0:5:1:0:1 chr2 131672950 . A G 259.93 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808534;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.657;QD=51.9857;RBI=0.087375;REFB=0;REVB=0.0331227;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355944;OID=.;OPOS=131672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr2 131673316 . C T 52.93 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00350514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.713;QD=21.1728;RBI=0.0854488;REFB=-0.00776059;REVB=-0.0853769;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.799037;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.000512522;OID=.;OPOS=131673316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:0:3:7:7:0.7:1:6:0:0:1:6:0:3 chr2 131674285 . A G 1101.02 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00901547;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.604;QD=56.4628;RBI=0.0143247;REFB=0.0268725;REVB=0.0111318;RO=3;SAF=47;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226436;STB=0.511979;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.000726866;OID=.;OPOS=131674285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:3:3:75:75:0.961538:28:47:1:2:28:47:1:2 chr2 131802045 . C T 275.33 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0202904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.794;QD=13.4307;RBI=0.0242329;REFB=-0.0218036;REVB=-0.013249;RO=49;SAF=13;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132779;STB=0.569956;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0300623;OID=.;OPOS=131802045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:50:32:32:0.390244:19:13:26:23:19:13:26:24 chr2 131906250 . C G 313.21 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0110013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.923;QD=19.5757;RBI=0.0252897;REFB=-0.0283298;REVB=0.0227715;RO=31;SAF=20;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163571;STB=0.590984;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0247952;OID=.;OPOS=131906250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:13:20:13:18:13:20:13:18 chr2 132044992 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0931762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6164;QD=44.6893;RBI=0.0942989;REFB=0;REVB=0.0145077;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00352297;OID=.;OPOS=132044992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr2 132129774 . C T 91.88 PASS AF=0.131579;AO=20;DP=152;FAO=20;FDP=152;FR=.;FRO=132;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=81;FWDB=-0.0306997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.785;QD=2.4179;RBI=0.0473012;REFB=0.00216283;REVB=-0.0359852;RO=131;SAF=7;SAR=13;SRF=51;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527203;STB=0.53396;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.0203409;OID=.;OPOS=132129774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:152:152:131:132:20:20:0.131579:13:7:51:80:13:7:51:81 chr2 132129810 . A C 126.13 PASS AF=0.157233;AO=24;DP=160;FAO=25;FDP=159;FR=.;FRO=134;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=87;FWDB=0.00500599;FXX=0.0124216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.336;QD=3.17303;RBI=0.0234644;REFB=-0.00640014;REVB=-0.0229242;RO=134;SAF=7;SAR=17;SRF=47;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857932;STB=0.529122;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0382015;OID=.;OPOS=132129810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:134:134:24:25:0.157233:17:7:47:87:17:8:47:87 chr2 132129841 . C A 155.94 PASS AF=0.190141;AO=27;DP=142;FAO=27;FDP=142;FR=.;FRO=115;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=76;FWDB=-0.00585307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5959;QD=4.39273;RBI=0.0309359;REFB=-0.00503519;REVB=0.0303771;RO=114;SAF=8;SAR=19;SRF=38;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054759;STB=0.540199;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0134555;OID=.;OPOS=132129841;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:114:115:27:27:0.190141:19:8:38:76:19:8:39:76 chr2 132129844 . G A 149.97 PASS AF=0.188406;AO=25;DP=138;FAO=26;FDP=138;FR=.;FRO=112;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=76;FWDB=-0.00584501;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.02;QD=4.347;RBI=0.0238225;REFB=-0.00121592;REVB=-0.0230943;RO=105;SAF=7;SAR=18;SRF=35;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798018;STB=0.551241;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00344048;OID=.;OPOS=132129844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:105:112:25:26:0.188406:18:7:35:70:19:7:36:76 chr2 132137239 . C T 1488.66 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00544596;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.409;QD=59.5463;RBI=0.0233616;REFB=0;REVB=0.022718;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249799;OID=.;OPOS=132137239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:47:52:0:0:47:53:0:0 chr2 132140090 . A C 692.34 PASS AF=0.482517;AO=69;DP=144;FAO=69;FDP=143;FR=.;FRO=74;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.0360843;FXX=0.00694396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6869;QD=19.3662;RBI=0.0938398;REFB=0.0167646;REVB=0.0866247;RO=75;SAF=41;SAR=28;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170243;STB=0.5908;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0166188;OID=.;OPOS=132140090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:75:74:69:69:0.482517:28:41:31:44:28:41:31:43 chr2 132140200 . C A 797.09 PASS AF=0.4375;AO=84;DP=194;FAO=84;FDP=192;FR=.;FRO=108;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=72;FWDB=-0.0107835;FXX=0.0103087;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.949;QD=16.606;RBI=0.0107835;REFB=-0.00923985;REVB=-1.96737e-05;RO=108;SAF=42;SAR=42;SRF=36;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168973;STB=0.593728;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0103869;OID=.;OPOS=132140200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:192:108:108:84:84:0.4375:42:42:36:72:42:42:36:72 chr2 132141767 . A G 314.96 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00212847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.46;QD=19.9972;RBI=0.0146782;REFB=-0.00808108;REVB=-0.014523;RO=29;SAF=20;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106;STB=0.567473;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00796999;OID=.;OPOS=132141767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:30:33:33:0.52381:13:20:14:15:13:20:14:16 chr2 132200256 . T C 188.96 PASS AF=0.527778;AO=21;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00183332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.513;QD=20.9957;RBI=0.123194;REFB=-0.0161565;REVB=-0.12318;RO=14;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103053;STB=0.63144;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0228154;OID=.;OPOS=132200256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:17:21:19:0.527778:12:9:8:6:12:7:11:6 chr2 132200307 . G A 325.3 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0100418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.066;QD=22.4345;RBI=0.0220516;REFB=-0.0299713;REVB=0.0196325;RO=25;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114654;STB=0.506325;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0238233;OID=.;OPOS=132200307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:15:18:14:11:15:18:14:11 chr2 132200345 . C T 373.1 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0164551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.606;QD=20.444;RBI=0.0305272;REFB=-0.0350089;REVB=-0.0257127;RO=35;SAF=24;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803939;STB=0.544605;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0287796;OID=.;OPOS=132200345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:14:24:19:16:14:24:19:16 chr2 132200529 . A G 154.31 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0327809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6904;QD=9.07713;RBI=0.0759454;REFB=0.0133591;REVB=-0.0685063;RO=45;SAF=7;SAR=14;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135941;STB=0.597842;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0315942;OID=.;OPOS=132200529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:45:47:21:21:0.308824:14:7:20:25:14:7:22:25 chr2 132200568 . C T 358.11 PASS AF=0.5625;AO=35;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0154054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.332;QD=22.3817;RBI=0.0154381;REFB=-0.0178827;REVB=0.00100365;RO=26;SAF=19;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180498;STB=0.586159;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00950818;OID=.;OPOS=132200568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:28:35:36:0.5625:16:19:8:18:16:20:10:18 chr2 132201288 . A G 110.87 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0263083;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.556;QD=6.24633;RBI=0.0329841;REFB=-0.00356532;REVB=0.0198953;RO=54;SAF=11;SAR=6;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944493;STB=0.558599;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00822368;OID=.;OPOS=132201288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:54:54:17:17:0.239437:6:11:31:23:6:11:31:23 chr2 132201305 . C T 152.95 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0246331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2111;QD=8.86655;RBI=0.0682669;REFB=-0.0203777;REVB=-0.0636677;RO=48;SAF=15;SAR=6;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14516;STB=0.586768;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0461048;OID=.;OPOS=132201305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:6:15:29:19:6:15:29:19 chr2 132201468 . G A 420.34 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0200557;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.423;QD=16.484;RBI=0.0345491;REFB=0.00592334;REVB=0.028132;RO=56;SAF=29;SAR=17;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243459;STB=0.513618;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00330805;OID=.;OPOS=132201468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:56:56:46:46:0.45098:17:29:34:22:17:29:34:22 chr2 132201582 . A G 472.49 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0163443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0819;QD=21.2354;RBI=0.041554;REFB=-0.0240039;REVB=-0.0382047;RO=42;SAF=28;SAR=18;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546228;STB=0.525344;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0218589;OID=.;OPOS=132201582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:43:46:46:0.516854:18:28:23:19:18:28:24:19 chr2 132201663 . T C 227.54 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0318961;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.25;QD=15.4265;RBI=0.0327301;REFB=-0.0118813;REVB=-0.00734128;RO=36;SAF=19;SAR=7;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14239;STB=0.599919;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0143971;OID=.;OPOS=132201663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:36:33:26:26:0.440678:7:19:22:14:7:19:19:14 chr2 132201718 . T C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00192015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.114;QD=13.58;RBI=0.0285796;REFB=-0.00289619;REVB=-0.028515;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352677;STB=0.533294;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00971207;OID=.;OPOS=132201718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:17:17:0.377778:7:10:15:12:7:10:15:13 chr2 132201736 . C G 141.59 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00574483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2845;QD=11.105;RBI=0.0461903;REFB=-0.00782019;REVB=0.0458317;RO=34;SAF=9;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669335;STB=0.539489;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0259598;OID=.;OPOS=132201736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:8:9:20:14:8:9:20:14 chr2 132201862 . C G 413.81 PASS AF=0.43;AO=42;DP=99;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0109447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.702;QD=16.5524;RBI=0.0111326;REFB=-0.00404821;REVB=-0.00203656;RO=57;SAF=23;SAR=19;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057799;STB=0.5383;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00703225;OID=.;OPOS=132201862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:57:57:42:43:0.43:19:23:28:29:19:24:28:29 chr2 132201889 . C A 327.48 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0240122;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2972;QD=14.8854;RBI=0.0267175;REFB=-0.0266574;REVB=0.0117149;RO=49;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520861;STB=0.545429;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0366702;OID=.;OPOS=132201889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:52:36:36:0.409091:18:18:22:27:18:18:22:30 chr2 132201930 . T C 236.47 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00443011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6525;QD=13.5128;RBI=0.0107632;REFB=-0.018975;REVB=0.00980918;RO=42;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150611;STB=0.585655;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0248745;OID=.;OPOS=132201930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:14:14:15:27:14:14:15:27 chr2 132248379 . T G 225.23 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00202724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7823;QD=15.2698;RBI=0.0654672;REFB=-0.0272757;REVB=-0.0654358;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117025;STB=0.57289;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0286371;OID=.;OPOS=132248379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:14:12:11:21:14:12:11:22 chr2 132248582 . CTT CT,CTC 498.4 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=5,26;DP=36;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343151,-0.0578198;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.5764,35.9675;QD=55.378;RBI=0.0583646,0.0805372;REFB=0,0;REVB=-0.0472112,-0.0560635;RO=0;SAF=2,10;SAR=3,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,7.71087e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0564467,0.0108932;OID=.,.;OPOS=132248583,132248584;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:5,26:36:2,34:36:0:1,13:1,21:0:0:7:0:2,10:3,16:0:0 chr2 132266142 . G C 493.26 PASS AF=0.398551;AO=53;DP=138;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.00432579;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.433;QD=14.2974;RBI=0.0110206;REFB=-0.0122479;REVB=0.0101361;RO=79;SAF=21;SAR=32;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144869;STB=0.564682;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0169971;OID=.;OPOS=132266142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:79:83:53:55:0.398551:32:21:42:37:33:22:42:41 chr2 132274474 . G A 454.18 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0110082;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.774;QD=16.2206;RBI=0.0177489;REFB=-0.026882;REVB=0.0139227;RO=60;SAF=22;SAR=28;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590016;STB=0.542307;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.030709;OID=.;OPOS=132274474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:60:62:50:50:0.446429:28:22:30:30:28:22:32:30 chr2 132275343 . G T 372.18 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0324499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0149;QD=16.9172;RBI=0.0769331;REFB=-0.0262698;REVB=0.0697545;RO=48;SAF=14;SAR=25;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279689;STB=0.660191;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0479513;OID=.;OPOS=132275343;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:39:40:0.454545:25:14:31:17:26:14:31:17 chr2 132275396 . T C 461.84 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0275221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.474;QD=21.4811;RBI=0.0398141;REFB=-0.00471203;REVB=-0.0287697;RO=39;SAF=19;SAR=26;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141052;STB=0.589044;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00742913;OID=.;OPOS=132275396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:41:45:45:0.523256:26:19:23:16:26:19:25:16 chr2 132277686 . C T 111.71 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0414766;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7874;QD=11.4576;RBI=0.0434745;REFB=-0.0247136;REVB=-0.0130278;RO=25;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184108;STB=0.609591;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0471055;OID=.;OPOS=132277686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:25:25:14:14:0.358974:4:10:14:11:4:10:14:11 chr2 132277962 . T C 141.84 PASS AF=0.339623;AO=19;DP=54;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.180602;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1907;QD=10.7046;RBI=0.180694;REFB=-0.0345578;REVB=0.00575538;RO=33;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00560478;STB=0.547891;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0573304;OID=.;OPOS=132277962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:33:35:19:18:0.339623:12:7:12:21:12:6:14:21 chr2 132277984 . G A 192.56 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0225583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.939;QD=16.3882;RBI=0.0226209;REFB=-0.00858768;REVB=0.00168141;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143041;STB=0.50442;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0110234;OID=.;OPOS=132277984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:19:20:0.425532:11:8:11:16:12:8:11:16 chr2 132287824 . C T 492.63 PASS AF=0.630769;AO=33;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0121958;FXX=0.0714184;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.738;QD=30.3155;RBI=0.0290278;REFB=-0.0521666;REVB=0.0263415;RO=13;SAF=21;SAR=12;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170165;STB=0.584798;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0240914;OID=.;OPOS=132287824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:13:15:33:41:0.630769:12:21:12:1:18:23:13:2 chr2 132909843 . T C 1903.24 PASS AF=0.992;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122608;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.719;QD=60.9037;RBI=0.0145306;REFB=-0.108038;REVB=0.00779816;RO=1;SAF=67;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826253;STB=0.504347;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000100087;OID=.;OPOS=132909843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:125:1:1:124:124:0.992:57:67:0:1:57:67:0:1 chr2 133010786 . C T 420.78 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0152091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8531;QD=20.526;RBI=0.0393277;REFB=-0.0131549;REVB=-0.0362677;RO=40;SAF=21;SAR=21;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132354;STB=0.573137;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0116699;OID=.;OPOS=133010786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:21:21:14:26:21:21:14:26 chr2 133010796 . C T 38.14 PASS AF=0.104651;AO=9;DP=86;FAO=9;FDP=86;FR=.;FRO=77;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0327521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.305;QD=1.77418;RBI=0.0473295;REFB=0.00106427;REVB=0.034167;RO=76;SAF=1;SAR=8;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488536;STB=0.873443;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0121453;OID=.;OPOS=133010796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:86:86:76:77:9:9:0.104651:8:1:39:37:8:1:39:38 chr2 133010802 . T C 43.89 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.00673219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0063;QD=1.97236;RBI=0.00894871;REFB=-0.00729658;REVB=0.00589551;RO=79;SAF=1;SAR=9;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50813;STB=0.884077;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0558472;OID=.;OPOS=133010802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:89:89:79:79:10:10:0.11236:9:1:40:39:9:1:40:39 chr2 133010834 . TG CA 49.94 PASS AF=0.11828;AO=11;DP=94;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0451468;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.148;QD=2.1479;RBI=0.0499823;REFB=-0.00443745;REVB=-0.0214474;RO=82;SAF=2;SAR=9;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398647;STB=0.794102;STBP=0.054;TYPE=mnp;VARB=0.0408812;OID=.;OPOS=133010834;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:94:93:82:82:11:11:0.11828:9:2:41:41:9:2:41:41 chr2 133010838 . G C 56.49 PASS AF=0.126316;AO=12;DP=95;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0264612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.438;QD=2.37864;RBI=0.0268965;REFB=-0.00426482;REVB=-0.0048197;RO=82;SAF=2;SAR=10;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42642;STB=0.804706;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0540623;OID=.;OPOS=133010838;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:95:82:83:12:12:0.126316:10:2:41:41:10:2:41:42 chr2 133010847 . CA TG 49.88 PASS AF=0.11828;AO=11;DP=93;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0292535;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.689;QD=2.14518;RBI=0.0787082;REFB=-0.00186844;REVB=-0.0730699;RO=81;SAF=2;SAR=9;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40495;STB=0.794102;STBP=0.054;TYPE=mnp;VARB=0.021014;OID=.;OPOS=133010847;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:93:81:82:11:11:0.11828:9:2:41:40:9:2:41:41 chr2 133011929 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0531156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2346;QD=8.73792;RBI=0.0601012;REFB=-0.0173008;REVB=-0.0281227;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192227;STB=0.618777;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0365765;OID=.;OPOS=133011929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:3:6:10:10:3:6:10:10 chr2 133011933 . G A 34.72 PASS AF=0.2;AO=5;DP=29;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0295395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.611;QD=4.62988;RBI=0.032014;REFB=-0.000947393;REVB=0.0123415;RO=24;SAF=1;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.511473;STB=0.866243;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00875075;OID=.;OPOS=133011933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:30:24:24:5:6:0.2:4:1:16:8:5:1:16:8 chr2 133011947 . C G 44.16 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0121046;FXX=0.0555401;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.847;QD=5.19552;RBI=0.0499058;REFB=0.00236504;REVB=0.0484156;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434081;STB=0.517192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0310402;OID=.;OPOS=133011947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:35:34:6:27:7:7:0.205882:3:4:0:6:3:4:16:11 chr2 133011953 . T C 120.92 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0403779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2545;QD=12.7286;RBI=0.0563666;REFB=-0.0309672;REVB=-0.0393296;RO=23;SAF=11;SAR=3;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434355;STB=0.763673;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0324131;OID=.;OPOS=133011953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:23:14:15:0.394737:3:11:9:14:3:12:9:14 chr2 133011994 . T C 71.38 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00256723;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.369;QD=6.07483;RBI=0.0284478;REFB=-0.0140449;REVB=-0.0283318;RO=37;SAF=7;SAR=3;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265437;STB=0.672137;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0656875;OID=.;OPOS=133011994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:47:47:37:37:10:10:0.212766:3:7:18:19:3:7:18:19 chr2 133012005 . C T 40.41 PASS AF=0.145833;AO=6;DP=47;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0530377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.745;QD=3.3677;RBI=0.0552034;REFB=-0.012064;REVB=0.0153105;RO=41;SAF=1;SAR=5;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497436;STB=0.762011;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0540517;OID=.;OPOS=133012005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:48:41:41:6:7:0.145833:5:1:25:16:5:2:25:16 chr2 133012006 . G A 58.66 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0477553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7756;QD=4.99227;RBI=0.0477554;REFB=-0.00780205;REVB=0.000103001;RO=36;SAF=6;SAR=3;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174346;STB=0.617379;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.022012;OID=.;OPOS=133012006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:36:38:9:9:0.191489:3:6:19:17:3:6:20:18 chr2 133012007 . T C 63.73 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0593241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.243;QD=5.42424;RBI=0.0709576;REFB=-0.00519813;REVB=-0.0389312;RO=36;SAF=8;SAR=2;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415675;STB=0.76308;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0346267;OID=.;OPOS=133012007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:46:47:36:37:10:10:0.212766:2:8:17:19:2:8:18:19 chr2 133012011 . G C 61.54 PASS AF=0.204545;AO=6;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0078953;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.114;QD=5.59499;RBI=0.0130774;REFB=-0.0149788;REVB=0.0104251;RO=38;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621912;STB=0.624716;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0505589;OID=.;OPOS=133012011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:44:44:38:35:6:9:0.204545:3:3:21:17:3:6:18:17 chr2 133012012 . C A 68.92 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0101403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.522;QD=5.9929;RBI=0.0179116;REFB=-0.00675994;REVB=-0.0147648;RO=36;SAF=4;SAR=6;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252284;STB=0.660709;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0618441;OID=.;OPOS=133012012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:6:4:22:14:6:4:22:14 chr2 133012022 . G A 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0362455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.014;QD=4.04945;RBI=0.0547019;REFB=-0.0122427;REVB=-0.0409703;RO=33;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280358;STB=0.703637;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0518218;OID=.;OPOS=133012022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:41:33:34:7:7:0.170732:5:2:17:16:5:2:18:16 chr2 133012034 . C G 86.35 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00575614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.469;QD=8.0323;RBI=0.014674;REFB=-0.0107118;REVB=0.0134979;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197382;STB=0.583171;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.158725;OID=.;OPOS=133012034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:43:27:26:10:10:0.232558:5:5:18:9:5:5:16:10 chr2 133012061 . C T 36.38 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0100589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.408;QD=2.50902;RBI=0.0197708;REFB=-0.00269529;REVB=-0.0170207;RO=50;SAF=4;SAR=3;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107876;STB=0.587985;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.02247;OID=.;OPOS=133012061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:50:51:7:7:0.12069:3:4:24:26:3:4:24:27 chr2 133012078 . C T 43.84 PASS AF=0.137931;AO=7;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00574586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.314;QD=3.02337;RBI=0.050675;REFB=-0.00319521;REVB=-0.0503482;RO=50;SAF=4;SAR=3;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107876;STB=0.624688;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0188988;OID=.;OPOS=133012078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:7:8:0.137931:3:4:24:26:3:5:24:26 chr2 133012079 . G A 113.63 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.022207;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.769;QD=7.97385;RBI=0.0277132;REFB=0.000905985;REVB=0.0165793;RO=41;SAF=4;SAR=12;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400993;STB=0.743056;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0045477;OID=.;OPOS=133012079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:12:4:24:17:12:4:24:17 chr2 133012080 . A AC 142.23 PASS AF=0.425926;AO=21;DP=57;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0157681;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.7677;QD=10.5352;RBI=0.0379851;REFB=0.0326439;REVB=0.0345577;RO=36;SAF=8;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190576;STB=0.626089;STBP=0.132;TYPE=ins;VARB=-0.0423528;OID=.;OPOS=133012081;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425926:21:57:23:54:31:9:14:19:12:99:36:8:13:20:16 chr2 133012099 . G A 147.94 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00788075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.353;QD=9.39322;RBI=0.0140109;REFB=-0.00160423;REVB=-0.0115845;RO=42;SAF=8;SAR=12;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247577;STB=0.637366;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00491707;OID=.;OPOS=133012099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:43:20:20:0.31746:12:8:26:16:12:8:26:17 chr2 133012111 . T C 120.96 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.026434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.886;QD=8.20045;RBI=0.0280363;REFB=-0.00415558;REVB=-0.00934211;RO=40;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204046;STB=0.623335;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0156209;OID=.;OPOS=133012111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:40:42:17:17:0.288136:6:11:19:21:6:11:20:22 chr2 133012126 . A C 45.48 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=55;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0156064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.706;QD=3.24884;RBI=0.0157722;REFB=-0.00446256;REVB=-0.00228113;RO=48;SAF=4;SAR=3;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357142;STB=0.573208;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0348628;OID=.;OPOS=133012126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:56:48:48:7:8:0.142857:3:4:26:22:3:5:26:22 chr2 133012130 . C T 38.42 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0150047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.526;QD=2.84582;RBI=0.0232864;REFB=-0.00426762;REVB=0.0178077;RO=47;SAF=5;SAR=2;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224908;STB=0.666174;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0231732;OID=.;OPOS=133012130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:2:5:25:22:2:5:25:22 chr2 133012147 . A G 44.5 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0238995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.82;QD=3.12307;RBI=0.0284192;REFB=-0.00136894;REVB=-0.0153774;RO=49;SAF=5;SAR=3;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670375;STB=0.547824;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00344547;OID=.;OPOS=133012147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:49:49:8:8:0.140351:3:5:28:21:3:5:28:21 chr2 133012170 . CC AA 144.7 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00451758;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=2;MLLD=171.218;QD=11.1306;RBI=0.0050059;REFB=-0.0134385;REVB=-0.00215651;RO=33;SAF=8;SAR=10;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307523;STB=0.684462;STBP=0.065;TYPE=mnp;VARB=0.0154455;OID=.;OPOS=133012170;OREF=CC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:33:34:18:18:0.346154:10:8:24:9:10:8:25:9 chr2 133012172 . T C 45.77 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0128172;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.629;QD=3.32883;RBI=0.0250732;REFB=-0.00710558;REVB=-0.0215496;RO=46;SAF=6;SAR=2;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166574;STB=0.612602;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0305525;OID=.;OPOS=133012172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:46:47:8:8:0.145455:2:6:29:17:2:6:30:17 chr2 133012182 . C T 169.87 PASS AF=0.381818;AO=19;DP=53;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.00736807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.27;QD=12.3541;RBI=0.00747913;REFB=-0.0137886;REVB=-0.00128407;RO=34;SAF=10;SAR=9;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236316;STB=0.606463;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0218405;OID=.;OPOS=133012182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:34:34:19:21:0.381818:9:10:25:9:9:12:25:9 chr2 133012250 . T C 100.22 PASS AF=0.186813;AO=17;DP=91;FAO=17;FDP=91;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=53;FWDB=-0.0410668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.64;QD=4.40534;RBI=0.059041;REFB=-0.00441617;REVB=-0.0424189;RO=73;SAF=12;SAR=5;SRF=20;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506549;STB=0.808061;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0328059;OID=.;OPOS=133012250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:73:74:17:17:0.186813:5:12:20:53:5:12:21:53 chr2 133012267 . T C 562.81 PASS AF=0.55914;AO=51;DP=92;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0107767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.811;QD=24.207;RBI=0.0142789;REFB=-0.0151711;REVB=0.00936746;RO=41;SAF=7;SAR=44;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515119;STB=0.768346;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00818145;OID=.;OPOS=133012267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:41:41:51:52:0.55914:44:7:27:14:44:8:27:14 chr2 133012274 . T C 598.45 PASS AF=0.580645;AO=54;DP=93;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00366556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.288;QD=25.7396;RBI=0.0159867;REFB=-0.00854398;REVB=0.0155608;RO=39;SAF=9;SAR=45;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45448;STB=0.750968;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0106875;OID=.;OPOS=133012274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:39:54:54:0.580645:45:9:26:13:45:9:26:13 chr2 133012309 . A G 571.6 PASS AF=0.58427;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0194976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.972;QD=25.69;RBI=0.0202849;REFB=-0.00790084;REVB=0.00559651;RO=37;SAF=9;SAR=43;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413311;STB=0.728329;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0109606;OID=.;OPOS=133012309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:37:37:52:52:0.58427:43:9:23:14:43:9:23:14 chr2 133012317 . G A 65.53 PASS AF=0.142857;AO=13;DP=91;FAO=13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=52;FWDB=-0.00238813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.394;QD=2.88052;RBI=0.0193766;REFB=-0.0112658;REVB=-0.0192289;RO=77;SAF=7;SAR=6;SRF=26;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250667;STB=0.671946;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0535043;OID=.;OPOS=133012317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:91:91:77:78:13:13:0.142857:6:7:26:51:6:7:26:52 chr2 133012350 . T C 43.46 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0517847;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.419;QD=5.11319;RBI=0.0517854;REFB=-0.00522643;REVB=0.000281912;RO=27;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114136;STB=0.576694;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.035115;OID=.;OPOS=133012350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:34:34:27:27:7:7:0.205882:5:2:10:17:5:2:10:17 chr2 133012358 . G A 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00543909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.933;QD=5.78795;RBI=0.0291095;REFB=0.00458755;REVB=-0.0285968;RO=23;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446805;STB=0.799041;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0540729;OID=.;OPOS=133012358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:6:1:11:12:6:1:11:12 chr2 133012361 . CCA CGG 46.13 PASS AF=0.206897;AO=3;DP=27;FAO=6;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00164057;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=182.686;QD=6.36295;RBI=0.0232743;REFB=-0.0069057;REVB=0.0232164;RO=21;SAF=0;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.580372;STB=0.773641;STBP=0.186;TYPE=mnp;VARB=0.0784157;OID=.;OPOS=133012362;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206897:3:27:6:29:21:1:5:10:11:33:21:0:3:10:11 chr2 133012369 . A G 72.32 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0210371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.137;QD=8.50861;RBI=0.0427704;REFB=-0.0194345;REVB=-0.037239;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115465;STB=0.590719;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0408198;OID=.;OPOS=133012369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:23:24:10:10:0.294118:7:3:9:14:7:3:10:14 chr2 133012401 . G A 83.5 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0200365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.125;QD=10.1213;RBI=0.0225996;REFB=-0.0162438;REVB=-0.0104537;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819168;STB=0.530671;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0384327;OID=.;OPOS=133012401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:21:22:11:11:0.333333:6:5:8:13:6:5:9:13 chr2 133012414 . G A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0096064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.676;QD=13.0908;RBI=0.0167217;REFB=-0.0150079;REVB=-0.0136869;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697263;STB=0.540999;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.028388;OID=.;OPOS=133012414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:8:5:9:11:8:5:9:11 chr2 133012432 . G C 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0205669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.174;QD=3.07317;RBI=0.0219596;REFB=-0.00134762;REVB=-0.00769592;RO=37;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301655;STB=0.715734;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0150152;OID=.;OPOS=133012432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:2:4:15:22:2:4:15:22 chr2 133012439 . A AGAAC,C 459.79 PASS AF=0.344828,0.195402;AO=28,17;DP=88;FAO=30,17;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=28,17;FSAR=2,0;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0155619,-0.0299395;FXX=0.0113623;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=235.484,67.8177;QD=21.1398;RBI=0.021095,0.030892;REFB=-0.00685943,-0.011771;REVB=-0.0142417,-0.00761216;RO=38;SAF=27,17;SAR=1,0;SRF=15;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.75167,0.815737;STB=0.885762,0.999298;STBP=0,0;TYPE=ins,snp;VARB=0.00507801,-0.063022;OID=.,.;OPOS=133012440,133012439;OREF=-,A;OALT=GAAC,C;OMAPALT=AGAAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:38:40:28,17:30,17:0.344828,0.195402:1,0:27,17:15:23:2,0:28,17:17:23 chr2 133012458 . GT AC 3080.2 PASS AF=0.834559;AO=226;DP=276;FAO=227;FDP=272;FR=.;FRO=45;FSAF=133;FSAR=94;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.000743502;FXX=0.0180499;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.272;QD=45.297;RBI=0.00898459;REFB=-0.022884;REVB=0.00895377;RO=45;SAF=133;SAR=93;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603588;STB=0.531347;STBP=0.015;TYPE=mnp;VARB=0.00238099;OID=.;OPOS=133012458;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:272:45:45:226:227:0.834559:93:133:18:27:94:133:18:27 chr2 133012504 . A G 4451.02 PASS AF=0.856383;AO=319;DP=374;FAO=322;FDP=376;FR=.;FRO=54;FSAF=203;FSAR=119;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0129651;FXX=0.00265245;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.95;QD=47.3513;RBI=0.0158721;REFB=-0.00762687;REVB=-0.00915586;RO=53;SAF=202;SAR=117;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675073;STB=0.533762;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00103467;OID=.;OPOS=133012504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:376:53:54:319:322:0.856383:117:202:21:32:119:203:22:32 chr2 133012508 . T C 4838.47 PASS AF=0.903485;AO=322;DP=374;FAO=337;FDP=373;FR=.;FRO=36;FSAF=208;FSAR=129;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00456482;FXX=0.0106098;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.383;QD=51.887;RBI=0.038263;REFB=-0.00512723;REVB=0.0379897;RO=33;SAF=200;SAR=122;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365793;STB=0.520285;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000497295;OID=.;OPOS=133012508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:373:33:36:322:337:0.903485:122:200:14:19:129:208:15:21 chr2 133012516 . T G 4417.17 PASS AF=0.853403;AO=308;DP=365;FAO=326;FDP=382;FR=.;FRO=56;FSAF=206;FSAR=120;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0418025;FXX=0.0103624;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.5891;QD=46.2531;RBI=0.0419059;REFB=-0.00943177;REVB=-0.00294077;RO=56;SAF=203;SAR=105;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562135;STB=0.526045;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00341432;OID=.;OPOS=133012516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:382:56:56:308:326:0.853403:105:203:27:29:120:206:26:30 chr2 133012523 . A G 4782.73 PASS AF=0.875648;AO=337;DP=385;FAO=338;FDP=386;FR=.;FRO=48;FSAF=215;FSAR=123;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0381377;FXX=0.00258391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.799;QD=49.5619;RBI=0.0426249;REFB=-0.0178872;REVB=0.0190367;RO=48;SAF=214;SAR=123;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496425;STB=0.526288;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00121698;OID=.;OPOS=133012523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:386:48:48:337:338:0.875648:123:214:21:27:123:215:21:27 chr2 133012542 . T C 5016.36 PASS AF=0.896907;AO=345;DP=389;FAO=348;FDP=388;FR=.;FRO=40;FSAF=225;FSAR=123;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00355278;FXX=0.00257063;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.307;QD=51.7151;RBI=0.0135585;REFB=0.00882851;REVB=-0.0130848;RO=40;SAF=225;SAR=120;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485979;STB=0.524625;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.000887095;OID=.;OPOS=133012542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:388:40:40:345:348:0.896907:120:225:17:23:123:225:17:23 chr2 133012571 . T C 5327.31 PASS AF=0.91358;AO=369;DP=405;FAO=370;FDP=405;FR=.;FRO=35;FSAF=247;FSAR=123;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00431524;FXX=0.00246299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.451;QD=52.6154;RBI=0.00580281;REFB=-0.0190898;REVB=0.0038796;RO=36;SAF=246;SAR=123;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568773;STB=0.530954;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00105447;OID=.;OPOS=133012571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:405:405:36:35:369:370:0.91358:123:246:13:23:123:247:12:23 chr2 133012612 . T C 2673.93 PASS AF=0.859649;AO=182;DP=214;FAO=196;FDP=228;FR=.;FRO=32;FSAF=117;FSAR=79;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0318263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.605;QD=46.911;RBI=0.0332129;REFB=-0.00918271;REVB=-0.00949631;RO=32;SAF=104;SAR=78;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047313;STB=0.527509;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00152923;OID=.;OPOS=133012612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:228:32:32:182:196:0.859649:78:104:13:19:79:117:13:19 chr2 133012633 . AC ACT,ACTT,GC,TT 179.42 PASS AF=0,0.292683,0.097561,0.121951;AO=7,5,4,5;DP=41;FAO=0,12,4,5;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=0,2,1,0;FSAR=0,10,3,5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00124838,-0.000675282,0.0901467,-0.00544378;FXX=0;HRUN=1,1,1,1;LEN=1,2,1,2;MLLD=24.6246,44.0305,146.722,288.971;QD=17.5044;RBI=0.0138422,0.00714488,0.0906862,0.0145334;REFB=0.024611,0.012887,-0.000939203,-0.00122459;REVB=0.0137858,0.0071129,-0.00987714,-0.0134753;RO=20;SAF=0,2,1,0;SAR=7,3,3,5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.723973,-0.0591769,-0.243565,-0.671973;STB=0.5,0.723259,0.680857,0.997446;STBP=1,0.088,0.489,0.031;TYPE=ins,ins,snp,mnp;VARB=0,0.0235247,0.00142407,-0.00368793;OID=.,.,.,.;OPOS=133012635,133012635,133012633,133012633;OREF=-,-,A,AC;OALT=T,TT,G,TT;OMAPALT=ACT,ACTT,GC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:94:41:41:20:20:7,5,4,5:0,12,4,5:0,0.292683,0.097561,0.121951:7,3,3,5:0,2,1,0:9:11:0,10,3,5:0,2,1,0:9:11 chr2 133012642 . TT CC 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00826385;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=283.16;QD=10.7151;RBI=0.0146647;REFB=-0.0129713;REVB=0.0121146;RO=29;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225815;STB=0.513494;STBP=0.915;TYPE=mnp;VARB=0.0233729;OID=.;OPOS=133012642;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:8:6:13:16:8:6:13:16 chr2 133012655 . A G 546.83 PASS AF=0.644737;AO=49;DP=76;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00366583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.336;QD=28.7803;RBI=0.00917372;REFB=-0.0139397;REVB=0.00840945;RO=27;SAF=16;SAR=33;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846571;STB=0.54608;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00393635;OID=.;OPOS=133012655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:27:27:49:49:0.644737:33:16:12:15:33:16:12:15 chr2 133012674 . A G 981.66 PASS AF=0.909091;AO=70;DP=79;FAO=70;FDP=77;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.013245;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6654;QD=50.9955;RBI=0.0141799;REFB=-0.0136428;REVB=0.00506346;RO=7;SAF=29;SAR=41;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227886;STB=0.512089;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0023136;OID=.;OPOS=133012674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:79:77:7:7:70:70:0.909091:41:29:2:5:41:29:2:5 chr2 133012680 . A G 777.1 PASS AF=0.724138;AO=63;DP=87;FAO=63;FDP=87;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0165715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0191;QD=35.7289;RBI=0.0442859;REFB=-0.0213271;REVB=-0.0410685;RO=24;SAF=23;SAR=40;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948801;STB=0.551074;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0162863;OID=.;OPOS=133012680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:24:24:63:63:0.724138:40:23:13:11:40:23:13:11 chr2 133012688 . A G 763.75 PASS AF=0.729412;AO=62;DP=85;FAO=62;FDP=85;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.012528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.889;QD=35.9409;RBI=0.0308475;REFB=-0.00554832;REVB=0.0281889;RO=23;SAF=23;SAR=39;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101653;STB=0.554703;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00111626;OID=.;OPOS=133012688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:23:23:62:62:0.729412:39:23:13:10:39:23:13:10 chr2 133012691 . T C 1038.02 PASS AF=0.872093;AO=75;DP=86;FAO=75;FDP=86;FR=.;FRO=11;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0117747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.086;QD=48.2802;RBI=0.0266648;REFB=-0.00258511;REVB=0.0239242;RO=11;SAF=32;SAR=43;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155431;STB=0.508257;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.000292024;OID=.;OPOS=133012691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:86:86:11:11:75:75:0.872093:43:32:4:7:43:32:4:7 chr2 133012712 . T C 1270.11 PASS AF=0.92;AO=92;DP=101;FAO=92;FDP=100;FR=.;FRO=8;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00974923;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8226;QD=50.8043;RBI=0.0240689;REFB=0.00517729;REVB=0.0220061;RO=8;SAF=40;SAR=52;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479881;STB=0.525373;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.000129221;OID=.;OPOS=133012712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:101:100:8:8:92:92:0.92:52:40:1:7:52:40:1:7 chr2 133012716 . A G 1240.93 PASS AF=0.877358;AO=93;DP=107;FAO=93;FDP=106;FR=.;FRO=13;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0197756;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.833;QD=46.8275;RBI=0.0197889;REFB=-0.00238256;REVB=0.000723399;RO=13;SAF=41;SAR=52;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132162;STB=0.507006;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.000311251;OID=.;OPOS=133012716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:107:106:13:13:93:93:0.877358:52:41:5:8:52:41:5:8 chr2 133012797 . C CCG 415.64 PASS AF=0.685185;AO=36;DP=86;FAO=37;FDP=54;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00419156;FXX=0.181791;HRUN=1;LEN=2;MLLD=92.8419;QD=30.7885;RBI=0.0425181;REFB=-0.0288529;REVB=0.042311;RO=49;SAF=14;SAR=22;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323208;STB=0.586089;STBP=0.069;TYPE=ins;VARB=0.0270737;OID=.;OPOS=133012798;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.685185:36:86:37:54:17:14:23:11:6:99:49:14:22:35:14 chr2 133012799 . AAACT CTTGC 431.52 PASS AF=0.74;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00754987;FXX=0.180298;HRUN=3;LEN=5;MLLD=245.464;QD=34.5216;RBI=0.00801018;REFB=-0.0133275;REVB=0.00267627;RO=11;SAF=14;SAR=23;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112739;STB=0.56344;STBP=0.139;TYPE=mnp;VARB=0.00542834;OID=.;OPOS=133012799;OREF=AAACT;OALT=CTTGC;OMAPALT=CTTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:61:50:11:13:37:37:0.74:23:14:7:4:23:14:8:5 chr2 133012807 . A G 503.82 PASS AF=0.681818;AO=45;DP=67;FAO=45;FDP=66;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0152661;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.2;QD=30.5346;RBI=0.0192493;REFB=-0.0315355;REVB=0.0117252;RO=21;SAF=16;SAR=29;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159954;STB=0.586841;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0133602;OID=.;OPOS=133012807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:21:21:45:45:0.681818:29:16:13:8:29:16:13:8 chr2 133012832 . T C 618.85 PASS AF=0.697368;AO=51;DP=76;FAO=53;FDP=76;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.031918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7024;QD=32.5711;RBI=0.0495624;REFB=0.00461111;REVB=-0.0379166;RO=23;SAF=19;SAR=32;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637605;STB=0.525658;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00230682;OID=.;OPOS=133012832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:23:23:51:53:0.697368:32:19:11:12:32:21:11:12 chr2 133012839 . T C 698.21 PASS AF=0.716049;AO=57;DP=80;FAO=58;FDP=81;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00416876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.319;QD=34.4795;RBI=0.00873253;REFB=-0.0241172;REVB=-0.00767324;RO=23;SAF=24;SAR=33;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00750069;STB=0.501084;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00856088;OID=.;OPOS=133012839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:23:23:57:58:0.716049:33:24:10:13:33:25:10:13 chr2 133012901 . T C 247.05 PASS AF=0.575;AO=22;DP=39;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00454054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.781;QD=24.7048;RBI=0.00694964;REFB=-0.0145926;REVB=0.00526128;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229677;STB=0.503265;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00948981;OID=.;OPOS=133012901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:17:22:23:0.575:11:11:9:8:11:12:9:8 chr2 133012903 . TG CA,CG 135.41 PASS AF=0.105263,0.315789;AO=4,12;DP=38;FAO=4,12;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=1,8;FSAR=3,4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0378325,-0.0354996;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=161.083,73.5968;QD=14.2532;RBI=0.0415762,0.0372813;REFB=-0.00355146,0.0264355;REVB=-0.0172419,0.0113872;RO=22;SAF=1,8;SAR=3,4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.335891,0.138903;STB=0.748753,0.58319;STBP=0.374,0.554;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0173864,0.000520047;OID=.,.;OPOS=133012903,133012903;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:38:38:22:22:4,12:4,12:0.105263,0.315789:3,4:1,8:12:10:3,4:1,8:12:10 chr2 133012923 . A T 83.03 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0176349;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.767;QD=8.74034;RBI=0.0275749;REFB=-0.0165338;REVB=-0.0211987;RO=25;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334064;STB=0.683071;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0281564;OID=.;OPOS=133012923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:38:25:27:11:11:0.289474:3:8:11:14:3:8:13:14 chr2 133012930 . A G 70.49 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0362392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.703;QD=7.04929;RBI=0.0397993;REFB=-0.000917935;REVB=-0.016453;RO=29;SAF=8;SAR=2;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368776;STB=0.726777;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0100124;OID=.;OPOS=133012930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:29:30:10:10:0.25:2:8:15:14:2:8:16:14 chr2 133012945 . T C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0132744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.57;QD=7.965;RBI=0.0183825;REFB=-0.0113729;REVB=-0.0127164;RO=26;SAF=8;SAR=2;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344369;STB=0.717471;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0475215;OID=.;OPOS=133012945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:2:8:14:12:2:8:14:12 chr2 133012982 . GT AC 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.000533946;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.605;QD=9.19978;RBI=0.013041;REFB=-0.00597187;REVB=0.0130301;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476186;STB=0.529329;STBP=0.845;TYPE=mnp;VARB=0.00539928;OID=.;OPOS=133012982;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:8:5:3:4:8:5 chr2 133013144 . A G 294.89 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0640342;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3139;QD=27.4315;RBI=0.0721547;REFB=-0.0392799;REVB=-0.0332553;RO=15;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412641;STB=0.503594;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0482823;OID=.;OPOS=133013144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:15:17:26:26:0.604651:14:12:6:9:14:12:8:9 chr2 133013145 . C T 56.32 PASS AF=0.195652;AO=8;DP=45;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00952105;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.686;QD=4.89751;RBI=0.0284518;REFB=-0.00888032;REVB=-0.0268115;RO=32;SAF=1;SAR=7;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419876;STB=0.728628;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0247389;OID=.;OPOS=133013145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:45:46:32:37:8:9:0.195652:7:1:13:19:7:2:18:19 chr2 133013175 . T G 573.99 PASS AF=0.824561;AO=47;DP=57;FAO=47;FDP=57;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.115523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7461;QD=40.2801;RBI=0.115555;REFB=0.0147065;REVB=-0.002736;RO=9;SAF=20;SAR=27;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00579802;STB=0.513302;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00153348;OID=.;OPOS=133013175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:9:10:47:47:0.824561:27:20:4:5:27:20:5:5 chr2 133013183 . A G 347.19 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00363334;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.369;QD=24.7989;RBI=0.00787658;REFB=-0.0084462;REVB=-0.00698852;RO=22;SAF=14;SAR=20;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00197488;STB=0.501084;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00977631;OID=.;OPOS=133013183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:22:22:34:34:0.607143:20:14:9:13:20:14:9:13 chr2 133013189 . A G 328.22 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0206749;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0132;QD=23.0333;RBI=0.0570541;REFB=0.00166177;REVB=0.0531763;RO=22;SAF=15;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033459;STB=0.53396;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=7.78258e-05;OID=.;OPOS=133013189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:24:33:33:0.578947:18:15:9:13:18:15:9:15 chr2 133013201 . C G 584.85 PASS AF=0.839286;AO=45;DP=56;FAO=47;FDP=56;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0371322;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.807;QD=41.7749;RBI=0.0371637;REFB=-0.0126456;REVB=0.00153079;RO=9;SAF=17;SAR=28;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147547;STB=0.511881;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00384036;OID=.;OPOS=133013201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:56:56:9:9:45:47:0.839286:28:17:3:6:28:19:3:6 chr2 133013224 . A C 494.81 PASS AF=0.773585;AO=41;DP=64;FAO=41;FDP=53;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0297526;FXX=0.171848;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.167;QD=37.3444;RBI=0.0322897;REFB=0.041264;REVB=0.0125462;RO=12;SAF=17;SAR=24;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366642;STB=0.519764;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00291953;OID=.;OPOS=133013224;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:64:53:12:12:41:41:0.773585:24:17:6:6:24:17:6:6 chr2 133013266 . T G 213.68 PASS AF=0.4;AO=25;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0237413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.739;QD=13.1495;RBI=0.0271544;REFB=0.00275231;REVB=-0.01318;RO=39;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760493;STB=0.551959;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00093956;OID=.;OPOS=133013266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:39:39:25:26:0.4:17:8:15:24:18:8:15:24 chr2 133013270 . A G 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0061112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.281;QD=9.6222;RBI=0.0246859;REFB=-0.00143664;REVB=-0.0239175;RO=40;SAF=5;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149883;STB=0.589374;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00129981;OID=.;OPOS=133013270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:14:5:15:25:14:5:15:25 chr2 133013286 . AG CA 142.84 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00477847;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.806;QD=12.9859;RBI=0.00912767;REFB=-0.00428787;REVB=0.00777692;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175384;STB=0.615203;STBP=0.345;TYPE=mnp;VARB=-0.00627505;OID=.;OPOS=133013286;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:44:44:26:27:12:12:0.272727:6:6:9:17:6:6:9:18 chr2 133013318 . A G 227.13 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0127615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.374;QD=21.1282;RBI=0.0165153;REFB=-0.0022043;REVB=-0.0104833;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594698;STB=0.533447;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00084706;OID=.;OPOS=133013318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:13:9:10:11:13:9:10:11 chr2 133013324 . C A 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00808269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.811;QD=5.12634;RBI=0.00858198;REFB=-0.00404545;REVB=-0.00288454;RO=37;SAF=2;SAR=7;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342082;STB=0.728628;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0166792;OID=.;OPOS=133013324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:7:2:18:19:7:2:18:19 chr2 133013327 . G T 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0122104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.497;QD=4.99985;RBI=0.0277378;REFB=0.00152243;REVB=-0.0249057;RO=38;SAF=2;SAR=7;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329029;STB=0.721125;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0168021;OID=.;OPOS=133013327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:7:2:18:20:7:2:18:20 chr2 133013332 . T C 123.03 PASS AF=0.319149;AO=14;DP=46;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0280222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0846;QD=10.4704;RBI=0.0387547;REFB=-0.024296;REVB=0.0267709;RO=32;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144939;STB=0.606604;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0536462;OID=.;OPOS=133013332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:32:32:14:15:0.319149:7:7:12:20:7:8:12:20 chr2 133013343 . T C 149.48 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0246666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.333;QD=11.9581;RBI=0.02727;REFB=0.0055294;REVB=0.0116282;RO=33;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214878;STB=0.626304;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0126878;OID=.;OPOS=133013343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:7:10:13:20:7:10:13:20 chr2 133013351 . G A 67.16 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0104124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2534;QD=5.26764;RBI=0.0192596;REFB=-0.000380687;REVB=-0.0162022;RO=39;SAF=3;SAR=7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293318;STB=0.674343;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000933769;OID=.;OPOS=133013351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:39:41:10:10:0.196078:7:3:21:18:7:3:21:20 chr2 133013378 . A G 247.28 PASS AF=0.48;AO=18;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0353542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.243;QD=19.7825;RBI=0.0357501;REFB=-0.0336682;REVB=0.00530536;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765217;STB=0.541632;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.03834;OID=.;OPOS=133013378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:18:24:0.48:11:7:12:14:11:13:12:14 chr2 133013388 . C T 112.56 PASS AF=0.285714;AO=13;DP=48;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0160323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0681;QD=9.18843;RBI=0.0566003;REFB=-0.0103274;REVB=-0.0542823;RO=35;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187757;STB=0.633239;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0123537;OID=.;OPOS=133013388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:35:35:13:14:0.285714:5:8:16:19:5:9:16:19 chr2 133013418 . A G 171.1 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00370926;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.028;QD=16.6928;RBI=0.0199268;REFB=-0.0146005;REVB=-0.0195785;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651628;STB=0.551474;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0117793;OID=.;OPOS=133013418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:23:18:18:0.439024:11:7:10:12:11:7:11:12 chr2 133013449 . G A 35.31 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0182604;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.473;QD=4.55563;RBI=0.0184883;REFB=0.010535;REVB=0.00289407;RO=25;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504241;STB=0.840992;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0190578;OID=.;OPOS=133013449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:32:31:25:25:6:6:0.193548:5:1:15:10:5:1:15:10 chr2 133013475 . A G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00330203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3603;QD=9.4916;RBI=0.0044983;REFB=-0.000687413;REVB=0.00305472;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660765;STB=0.540449;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00171963;OID=.;OPOS=133013475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:11:7:3:6:11:7 chr2 133013489 . C T 45.31 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0205364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.835;QD=8.23809;RBI=0.0327228;REFB=-0.0179231;REVB=-0.0254763;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478097;STB=0.804999;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0802054;OID=.;OPOS=133013489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:1:6:7:8:1:6:7:8 chr2 133013492 . C T 45.64 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.122595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4006;QD=8.69269;RBI=0.122708;REFB=-0.0101361;REVB=-0.00527614;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527602;STB=0.81719;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0658031;OID=.;OPOS=133013492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:1:6:5:8:1:6:6:8 chr2 133013513 . A C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00591556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.301;QD=12.7387;RBI=0.00803209;REFB=-0.0247871;REVB=-0.00543329;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258322;STB=0.655832;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0295526;OID=.;OPOS=133013513;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:5:5:2:6:5:5 chr2 133013590 . A C,G 281.96 PASS AF=0.181818,0.818182;AO=4,18;DP=22;FAO=4,18;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2,13;FSAR=2,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401112,0.035791;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.211,141;QD=51.265;RBI=0.0542759,0.0443848;REFB=0,0;REVB=-0.0365645,-0.026249;RO=0;SAF=2,13;SAR=2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0229761,-0.00534117;OID=.,.;OPOS=133013590,133013590;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:22:22:0:0:4,18:4,18:0.181818,0.818182:2,5:2,13:0:0:2,5:2,13:0:0 chr2 133013631 . G A 128.82 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00582957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3818;QD=12.5675;RBI=0.020259;REFB=-0.00644175;REVB=-0.0194021;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173508;STB=0.510191;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00962164;OID=.;OPOS=133013631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:6:9:16:10:6:9:16:10 chr2 133013644 . G A 102.71 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0139586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.879;QD=9.33677;RBI=0.0285624;REFB=-0.00661311;REVB=-0.0249193;RO=30;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111619;STB=0.576399;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0168901;OID=.;OPOS=133013644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:31:13:13:0.295455:6:7:19:11:6:7:20:11 chr2 133013680 . G A 387.01 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0139879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5637;QD=30.3534;RBI=0.0214674;REFB=-0.0100333;REVB=-0.0162846;RO=16;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100314;STB=0.554525;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00643006;OID=.;OPOS=133013680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:16:35:35:0.686275:17:18:11:5:17:18:11:5 chr2 133013687 . T C 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0172747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.296;QD=9.26207;RBI=0.0246306;REFB=-0.00532023;REVB=0.0175571;RO=38;SAF=8;SAR=9;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216025;STB=0.627764;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0122401;OID=.;OPOS=133013687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:9:8:25:13:9:8:25:13 chr2 133013695 . CA CG,TG 348.98 PASS AF=0.345455,0.290909;AO=19,16;DP=55;FAO=19,16;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=11,7;FSAR=8,9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.000364793,0.017439;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=108.998,175.2;QD=25.3807;RBI=0.00969528,0.0314667;REFB=-0.0252761,-0.00486967;REVB=-0.00968841,-0.0261922;RO=20;SAF=11,7;SAR=8,9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.164384,-0.296329;STB=0.592501,0.668724;STBP=0.322,0.105;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0068813,-0.00825848;OID=.,.;OPOS=133013696,133013695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:19,16:19,16:0.345455,0.290909:8,9:11,7:15:5:8,9:11,7:15:5 chr2 133013704 . G A 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0226755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.496;QD=10.474;RBI=0.0256861;REFB=-0.0180895;REVB=-0.0120663;RO=37;SAF=12;SAR=7;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752888;STB=0.544331;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0301607;OID=.;OPOS=133013704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:7:12:21:16:7:12:21:16 chr2 133013756 . G A 190.68 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00718683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.74;QD=15.2546;RBI=0.0366815;REFB=-0.0122398;REVB=-0.0359706;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0190532;OID=.;OPOS=133013756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:8:12:18:12:8:12:18:12 chr2 133014602 . G C 69.62 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.03441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3658;QD=16.3803;RBI=0.0795084;REFB=0.00763581;REVB=0.0716767;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355772;STB=0.709643;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00225931;OID=.;OPOS=133014602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:5:3:7:2:5:3 chr2 133014612 . A C 52.2 PASS AF=0.4375;AO=9;DP=18;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0103393;FXX=0.111049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.035;QD=13.0505;RBI=0.0154916;REFB=-0.0137028;REVB=0.0115364;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195767;STB=0.6599;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0544309;OID=.;OPOS=133014612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:18:16:9:9:9:7:0.4375:6:3:5:4:5:2:5:4 chr2 133014633 . T C 30.34 PASS AF=0.25;AO=5;DP=20;FAO=5;FDP=20;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0432598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.354;QD=6.06784;RBI=0.052865;REFB=-0.0108398;REVB=-0.030386;RO=12;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109349;STB=0.798801;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0307313;OID=.;OPOS=133014633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:20:20:12:15:5:5:0.25:2:3:6:6:1:4:6:9 chr2 133036254 . T C 49.06 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0111256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.009;QD=4.00512;RBI=0.0289826;REFB=-0.0152068;REVB=0.0267621;RO=38;SAF=3;SAR=5;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214072;STB=0.652891;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0148824;OID=.;OPOS=133036254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:49:38:41:8:8:0.163265:5:3:21:17:5:3:23:18 chr2 133036257 . TG CA 48.11 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=47;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00572583;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=294.49;QD=4.009;RBI=0.0137607;REFB=-0.00403666;REVB=-0.0125129;RO=39;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131434;STB=0.643974;STBP=0.428;TYPE=mnp;VARB=0.020993;OID=.;OPOS=133036257;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:47:48:39:40:7:8:0.166667:4:3:21:18:5:3:22:18 chr2 133036263 . A G 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0347191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.781;QD=4.10129;RBI=0.0578608;REFB=0.0016862;REVB=0.0462867;RO=40;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211041;STB=0.643974;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00628578;OID=.;OPOS=133036263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:5:3:22:18:5:3:22:18 chr2 133036280 . A C 58.94 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00922444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.759;QD=5.12562;RBI=0.00986673;REFB=-0.000227379;REVB=0.00350173;RO=37;SAF=3;SAR=6;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252398;STB=0.666297;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00135714;OID=.;OPOS=133036280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:6:3:20:17:6:3:20:17 chr2 133036337 . A G 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.015609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.55;QD=5.01788;RBI=0.0281915;REFB=0.00345218;REVB=-0.023476;RO=27;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243322;STB=0.663232;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0122524;OID=.;OPOS=133036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:5:2:13:14:5:2:13:14 chr2 133036343 . C T 43.13 PASS AF=0.205882;AO=6;DP=33;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0514637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5559;QD=5.07432;RBI=0.0608698;REFB=0.0128939;REVB=0.0325057;RO=27;SAF=1;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405372;STB=0.663232;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0422628;OID=.;OPOS=133036343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:33:34:27:27:6:7:0.205882:5:1:13:14:5:2:13:14 chr2 133036364 . G A 42.82 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0175038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8304;QD=5.1898;RBI=0.0181857;REFB=-0.00748415;REVB=-0.00493348;RO=26;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34273;STB=0.725858;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0604936;OID=.;OPOS=133036364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:5:2:15:11:5:2:15:11 chr2 133036572 . G T 99.22 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0109805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6879;QD=14.7;RBI=0.0109923;REFB=-0.0105213;REVB=-0.000510337;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163849;STB=0.509538;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0159983;OID=.;OPOS=133036572;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:6:9:7:5:6:9 chr2 133036619 . CC TG 44.07 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.018989;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=2;MLLD=153.898;QD=5.68588;RBI=0.0190978;REFB=-0.00209662;REVB=0.00203613;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355558;STB=0.523297;STBP=0.949;TYPE=mnp;VARB=0.0108676;OID=.;OPOS=133036619;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:32:31:24:24:7:7:0.225806:4:3:11:13:4:3:11:13 chr2 133036632 . G A 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.036601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.022;QD=5.69628;RBI=0.036776;REFB=-0.00432812;REVB=-0.0035833;RO=32;SAF=1;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502916;STB=0.830318;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0281183;OID=.;OPOS=133036632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:32:33:9:9:0.214286:8:1:15:17:8:1:15:18 chr2 133036650 . T G 269.39 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00711576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9204;QD=18.9046;RBI=0.0468828;REFB=-0.0154396;REVB=0.0463396;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453435;STB=0.525322;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0212501;OID=.;OPOS=133036650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:17:12:13:15:17:12:13:15 chr2 133036661 . A AT 203.47 PASS AF=0.436364;AO=33;DP=66;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.000330758;FXX=0.017854;HRUN=0;LEN=1;MLLD=81.7864;QD=14.7978;RBI=0.0116504;REFB=-0.00116024;REVB=-0.0116457;RO=33;SAF=19;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109143;STB=0.520107;STBP=0.811;TYPE=ins;VARB=-0.000747527;OID=.;OPOS=133036662;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.436364:33:66:24:55:31:10:14:14:17:99:33:19:14:15:18 chr2 133036666 . AC A 314.93 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00487972;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2441;QD=19.6832;RBI=0.00545451;REFB=-0.00939299;REVB=0.00243721;RO=32;SAF=20;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132106;STB=0.557587;STBP=0.346;TYPE=del;VARB=0.00116027;OID=.;OPOS=133036667;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:34:67:34:64:30:20:14:14:16:99:32:20:14:14:18 chr2 133036669 . G T 363.79 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0121287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.559;QD=21.0892;RBI=0.0405508;REFB=-0.0171278;REVB=-0.0386944;RO=30;SAF=23;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101837;STB=0.572651;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00743649;OID=.;OPOS=133036669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:32:37:37:0.536232:14:23:15:15:14:23:15:17 chr2 133036693 . T G 642.22 PASS AF=0.679012;AO=55;DP=81;FAO=55;FDP=81;FR=.;FRO=26;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0070778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.557;QD=31.7145;RBI=0.0139455;REFB=-0.0283222;REVB=0.0120159;RO=26;SAF=31;SAR=24;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837989;STB=0.545315;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0120973;OID=.;OPOS=133036693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:26:26:55:55:0.679012:24:31:11:15:24:31:11:15 chr2 133036695 . C A 33.33 PASS AF=0.0987654;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=81;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-2.68827e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.348;QD=1.64595;RBI=0.0270273;REFB=-0.00111408;REVB=-0.0270273;RO=73;SAF=4;SAR=4;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237341;STB=0.518472;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0301437;OID=.;OPOS=133036695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:81:81:73:73:8:8:0.0987654:4:4:38:35:4:4:38:35 chr2 133036697 . A G 642.22 PASS AF=0.679012;AO=55;DP=81;FAO=55;FDP=81;FR=.;FRO=26;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0296583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.83;QD=31.7146;RBI=0.0298036;REFB=-0.000657479;REVB=-0.0029392;RO=26;SAF=31;SAR=24;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837989;STB=0.545315;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000437997;OID=.;OPOS=133036697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:26:26:55:55:0.679012:24:31:11:15:24:31:11:15 chr2 133036704 . T C 457.53 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00600948;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.812;QD=22.5938;RBI=0.0189691;REFB=-0.0128312;REVB=-0.017992;RO=37;SAF=25;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682697;STB=0.537617;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00873927;OID=.;OPOS=133036704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:19:25:18:19:19:25:18:19 chr2 133036714 . A G 453.43 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0123781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6779;QD=22.3915;RBI=0.0158284;REFB=-0.0123154;REVB=-0.00986512;RO=37;SAF=26;SAR=18;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065434;STB=0.536066;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0115166;OID=.;OPOS=133036714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:18:26:19:18:18:26:19:18 chr2 133036716 . G T 413.52 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00255288;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.845;QD=20.9379;RBI=0.012495;REFB=-0.0222784;REVB=-0.0122315;RO=34;SAF=24;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469364;STB=0.516846;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0123762;OID=.;OPOS=133036716;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:38:41:41:0.518987:17:24:18:16:18:23:20:18 chr2 133036720 . T C 40.45 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0117698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.616;QD=2.04833;RBI=0.0201793;REFB=-0.00445699;REVB=-0.0163913;RO=70;SAF=5;SAR=4;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192167;STB=0.514254;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0246201;OID=.;OPOS=133036720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:70:70:9:9:0.113924:4:5:40:30:4:5:40:30 chr2 133036742 . T C 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0142016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2397;QD=19.0778;RBI=0.0148861;REFB=-0.00951918;REVB=0.00446224;RO=31;SAF=22;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246278;STB=0.637592;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0103253;OID=.;OPOS=133036742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:10:22:13:18:10:22:13:18 chr2 133036757 . A G 191.61 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0791995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.15;QD=14.4608;RBI=0.0804777;REFB=-0.00925187;REVB=-0.0142864;RO=31;SAF=18;SAR=4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370366;STB=0.726136;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0254125;OID=.;OPOS=133036757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:30:22:23:0.433962:4:18:16:15:4:19:15:15 chr2 133036787 . C A 37.0 PASS AF=0.230769;AO=5;DP=25;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.000638927;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.879;QD=5.69154;RBI=0.0152842;REFB=-0.0012349;REVB=-0.0152708;RO=19;SAF=4;SAR=1;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343502;STB=0.631132;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00555762;OID=.;OPOS=133036787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:25:26:19:20:5:6:0.230769:1:4:10:9:2:4:10:10 chr2 133037226 . T C 89.97 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00428248;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.016;QD=12.4094;RBI=0.00806352;REFB=-0.0114805;REVB=-0.00683232;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565967;STB=0.520511;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0124665;OID=.;OPOS=133037226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:28:29:16:18:11:11:0.37931:4:7:11:5:4:7:12:6 chr2 133037311 . C A 172.6 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00691522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0072;QD=18.6591;RBI=0.0202764;REFB=0.0189814;REVB=-0.0190608;RO=19;SAF=14;SAR=3;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123809;STB=0.579613;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0203494;OID=.;OPOS=133037311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:17:18:0.486486:3:14:14:5:3:15:14:5 chr2 133037397 . C T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0197156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.071;QD=18.2511;RBI=0.0357928;REFB=-0.00355076;REVB=0.0298735;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617645;STB=0.535165;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00437634;OID=.;OPOS=133037397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:10:5:6:9:10:5 chr2 133037812 . A G 315.45 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0240618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.207;QD=22.5324;RBI=0.0240838;REFB=-0.0326996;REVB=0.00102785;RO=24;SAF=16;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971059;STB=0.553538;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0194049;OID=.;OPOS=133037812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:16:16:9:15:16:16:9:15 chr2 133038179 . AG CG,CT 233.31 PASS AF=0.555556,0.222222;AO=15,6;DP=28;FAO=15,6;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=7,3;FSAR=8,3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00129667,0.0017418;FXX=0.0357015;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=88.973,131.437;QD=34.5637;RBI=0.022664,0.0371001;REFB=-0.0242951,-0.0266515;REVB=-0.0226269,0.0370592;RO=6;SAF=7,3;SAR=8,3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.017146,0;STB=0.509541,0.5;STBP=0.931,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0141493,0.00480678;OID=.,.;OPOS=133038179,133038179;OREF=A,AG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:42:28:27:6:6:15,6:15,6:0.555556,0.222222:8,3:7,3:3:3:8,3:7,3:3:3 chr2 133038188 . T C 34.56 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0493857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7929;QD=4.45916;RBI=0.0628045;REFB=0.016984;REVB=-0.0388002;RO=25;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710764;STB=0.548228;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.0755055;OID=.;OPOS=133038188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:3:3:11:14:3:3:11:14 chr2 133038228 . C T 70.78 PASS AF=0.25641;AO=9;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.033266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.428;QD=7.25972;RBI=0.0415138;REFB=-0.00145642;REVB=-0.0248348;RO=29;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00462376;STB=0.536768;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00386467;OID=.;OPOS=133038228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:9:10:0.25641:5:4:13:16:6:4:13:16 chr2 133038234 . C T 70.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00452955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.877;QD=7.04995;RBI=0.0161396;REFB=-0.00299324;REVB=-0.015491;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807581;STB=0.550917;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00661679;OID=.;OPOS=133038234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:6:4:14:16:6:4:14:16 chr2 133038264 . G A 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0373964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5746;QD=6.20622;RBI=0.0474617;REFB=0.0141964;REVB=0.0292252;RO=30;SAF=3;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165787;STB=0.606898;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.0158522;OID=.;OPOS=133038264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:6:3:14:16:6:3:14:16 chr2 133038275 . C T 60.52 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.000979448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.296;QD=6.2067;RBI=0.00508881;REFB=-0.00242169;REVB=0.00499366;RO=29;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00462376;STB=0.508651;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0100123;OID=.;OPOS=133038275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:29:30:9:9:0.230769:5:4:13:16:5:4:13:17 chr2 133038280 . A C 74.57 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00957276;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.305;QD=8.06136;RBI=0.0319635;REFB=-0.00663238;REVB=-0.0304964;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842904;STB=0.54046;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0226541;OID=.;OPOS=133038280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:38:37:28:27:10:10:0.27027:5:5:12:16:5:5:12:15 chr2 133038365 . G T 122.12 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0218975;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.8581;QD=14.8026;RBI=0.0219384;REFB=-0.000594786;REVB=-0.00133889;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249257;STB=0.643871;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00119186;OID=.;OPOS=133038365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:6:13:6:8:6:13 chr2 133038378 . A G 100.94 PASS AF=0.413793;AO=9;DP=27;FAO=12;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.000393775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.416;QD=13.9229;RBI=0.00972065;REFB=-0.0223421;REVB=0.00971267;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271144;STB=0.583194;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0404529;OID=.;OPOS=133038378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:12:16:9:12:0.413793:5:4:5:7:5:7:7:9 chr2 133038383 . GC AT 86.76 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0117541;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.23;QD=11.5684;RBI=0.0146822;REFB=-0.0188665;REVB=0.00879808;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162248;STB=0.578172;STBP=0.557;TYPE=mnp;VARB=0.0268266;OID=.;OPOS=133038383;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:30:18:19:11:11:0.366667:5:6:7:11:5:6:8:11 chr2 133038400 . GA G 51.57 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0221751;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.5455;QD=6.0675;RBI=0.0894898;REFB=-0.0369087;REVB=-0.0866988;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205969;STB=0.538402;STBP=0.769;TYPE=del;VARB=0.062944;OID=.;OPOS=133038401;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:12:33:13:34:21:6:7:11:10:51:19:4:8:10:9 chr2 133038421 . G C 131.44 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0271282;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.717;QD=13.4809;RBI=0.0303376;REFB=-0.0133093;REVB=-0.0135807;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224101;STB=0.6314;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0238902;OID=.;OPOS=133038421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:24:15:15:0.384615:5:10:11:13:5:10:11:13 chr2 133038438 . C T 139.85 PASS AF=0.347826;AO=14;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0349778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.985;QD=12.161;RBI=0.0822496;REFB=-0.00818704;REVB=0.0744416;RO=30;SAF=4;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357277;STB=0.733036;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0215764;OID=.;OPOS=133038438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:30:14:16:0.347826:10:4:18:12:12:4:18:12 chr2 133038491 . T C 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0220184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.416;QD=7.74617;RBI=0.0221214;REFB=-0.000415828;REVB=0.00213243;RO=42;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205785;STB=0.624844;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00260077;OID=.;OPOS=133038491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:6:10:19:23:6:10:19:23 chr2 133038501 . G A 107.75 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0177762;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.269;QD=6.95184;RBI=0.0187469;REFB=-0.00888867;REVB=-0.00595422;RO=46;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153648;STB=0.593884;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0124697;OID=.;OPOS=133038501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:46:46:16:16:0.258065:7:9:20:26:7:9:20:26 chr2 133038515 . A G 112.35 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0200046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.241;QD=6.60895;RBI=0.0224165;REFB=-0.00391405;REVB=0.0101152;RO=51;SAF=10;SAR=7;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16682;STB=0.60229;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0162547;OID=.;OPOS=133038515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:51:17:17:0.25:7:10:23:28:7:10:23:28 chr2 133038530 . A G 101.41 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0123879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.417;QD=5.79496;RBI=0.0124496;REFB=-0.00275686;REVB=0.00123817;RO=54;SAF=9;SAR=7;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122604;STB=0.576417;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0140695;OID=.;OPOS=133038530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:54:54:16:16:0.228571:7:9:25:29:7:9:25:29 chr2 133038543 . A G 99.54 PASS AF=0.219178;AO=16;DP=73;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0202359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.408;QD=5.45424;RBI=0.022736;REFB=-0.00316458;REVB=-0.010365;RO=57;SAF=10;SAR=6;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167515;STB=0.605403;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0189485;OID=.;OPOS=133038543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:57:57:16:16:0.219178:6:10:28:29:6:10:28:29 chr2 133038569 . T C 97.17 PASS AF=0.192771;AO=16;DP=83;FAO=16;FDP=83;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0172564;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.271;QD=4.68275;RBI=0.021973;REFB=-0.0048067;REVB=-0.0136025;RO=66;SAF=7;SAR=9;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973908;STB=0.568336;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0230933;OID=.;OPOS=133038569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:83:83:66:67:16:16:0.192771:9:7:34:32:9:7:35:32 chr2 133038580 . C T 172.9 PASS AF=0.266667;AO=24;DP=90;FAO=24;FDP=90;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0116801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.591;QD=7.68453;RBI=0.0135327;REFB=-0.0104817;REVB=0.00683444;RO=65;SAF=13;SAR=11;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600139;STB=0.530587;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0261226;OID=.;OPOS=133038580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:65:66:24:24:0.266667:11:13:32:33:11:13:33:33 chr2 133038625 . G A 101.15 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0146024;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.823;QD=5.69879;RBI=0.0395903;REFB=-0.0102151;REVB=-0.0367989;RO=55;SAF=8;SAR=8;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563011;STB=0.535167;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0430353;OID=.;OPOS=133038625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:55:55:16:16:0.225352:8:8:30:25:8:8:30:25 chr2 133038681 . T C 34.55 PASS AF=0.0785714;AO=11;DP=140;FAO=11;FDP=140;FR=.;FRO=129;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=109;FWDB=0.0100351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.479;QD=0.987235;RBI=0.0128797;REFB=-0.000802306;REVB=0.00807368;RO=129;SAF=3;SAR=8;SRF=20;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205918;STB=0.655851;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0276812;OID=.;OPOS=133038681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:140:140:129:129:11:11:0.0785714:8:3:20:109:8:3:20:109 chr2 133038686 . A G 1349.11 PASS AF=0.766423;AO=105;DP=137;FAO=105;FDP=137;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=99;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0219906;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.674;QD=39.3902;RBI=0.0237394;REFB=-0.0154137;REVB=0.00894275;RO=32;SAF=6;SAR=99;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457121;STB=0.749125;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00473986;OID=.;OPOS=133038686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:32:32:105:105:0.766423:99:6:15:17:99:6:15:17 chr2 133038693 . A T 1112.73 PASS AF=0.678832;AO=93;DP=137;FAO=93;FDP=137;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=90;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0354648;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.05;QD=32.4884;RBI=0.0355743;REFB=0.010939;REVB=0.00278936;RO=43;SAF=3;SAR=90;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.622103;STB=0.851501;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00324506;OID=.;OPOS=133038693;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:43:44:93:93:0.678832:90:3:18:25:90:3:19:25 chr2 133038724 . T C 413.02 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0366217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.357;QD=24.2954;RBI=0.038677;REFB=-0.0207968;REVB=-0.0124402;RO=26;SAF=2;SAR=38;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.634821;STB=0.853689;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0265349;OID=.;OPOS=133038724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:28:40:40:0.588235:38:2:14:12:38:2:14:14 chr2 133038728 . CT CG,GG 146.39 PASS AF=0.24,0.28;AO=6,7;DP=25;FAO=6,7;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4,2;FSAR=2,5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0288031,-0.00242888;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=79.2355,97.4143;QD=23.4231;RBI=0.0305089,0.0198128;REFB=-0.0062286,-0.0140712;REVB=0.0100587,0.0196634;RO=9;SAF=4,2;SAR=2,5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.219799,-0.163877;STB=0.635901,0.5997;STBP=0.403,0.56;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0261143,0.0124588;OID=.,.;OPOS=133038729,133038728;OREF=T,CT;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:59:25:25:9:9:6,7:6,7:0.24,0.28:2,5:4,2:4:5:2,5:4,2:4:5 chr2 133038740 . G A 44.71 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0314415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.502;QD=7.4513;RBI=0.0333048;REFB=-0.0117244;REVB=-0.0109837;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156386;STB=0.5997;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.050492;OID=.;OPOS=133038740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:7:10:5:2:7:10 chr2 133038745 . T C 52.88 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00897449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6872;QD=9.61497;RBI=0.0267036;REFB=0.00598389;REVB=0.0251503;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187917;STB=0.620278;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.011504;OID=.;OPOS=133038745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:22:22:14:14:6:6:0.272727:4:2:7:7:4:2:7:7 chr2 133039014 . A G 45.65 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00622925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.734;QD=8.69436;RBI=0.0218877;REFB=-0.0132923;REVB=-0.0209825;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502138;STB=0.81719;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0286573;OID=.;OPOS=133039014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:1:6:6:8:1:6:6:8 chr2 133039048 . A G 39.74 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.026913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.937;QD=8.3671;RBI=0.0269566;REFB=-0.009286;REVB=0.00153259;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528175;STB=0.812575;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0349074;OID=.;OPOS=133039048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:19:19:11:12:7:7:0.368421:1:6:4:7:1:6:5:7 chr2 133039087 . A G 31.32 PASS AF=0.238095;AO=4;DP=24;FAO=5;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0172207;FXX=0.124948;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.546;QD=5.96509;RBI=0.0172427;REFB=-0.0128605;REVB=0.000871184;RO=16;SAF=3;SAR=1;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230765;STB=0.74893;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0331041;OID=.;OPOS=133039087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:24:21:16:16:4:5:0.238095:1:3:9:7:1:4:8:8 chr2 133039090 . T C 76.68 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0202868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.432;QD=12.7806;RBI=0.0265034;REFB=-0.0105536;REVB=-0.017055;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341696;STB=0.705428;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.022178;OID=.;OPOS=133039090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:2:8:7:7:2:8:7:7 chr2 133039101 . A G 73.01 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.015062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.078;QD=9.12671;RBI=0.0376377;REFB=-6.1505e-05;REVB=-0.0344924;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261009;STB=0.658232;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.000932556;OID=.;OPOS=133039101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:4:6:8:14:4:6:8:14 chr2 133039105 . T C 73.0 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0366781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7464;QD=9.12501;RBI=0.0506535;REFB=-0.0033712;REVB=0.0349355;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261009;STB=0.658232;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0113355;OID=.;OPOS=133039105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:4:6:8:14:4:6:8:14 chr2 133039132 . T C 33.7 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0711776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6301;QD=4.6477;RBI=0.0790513;REFB=-0.00480864;REVB=-0.0343927;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392085;STB=0.52623;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0394274;OID=.;OPOS=133039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:29:29:23:23:6:6:0.206897:4:2:7:16:4:2:7:16 chr2 133039135 . G T 53.58 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00904204;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.93;QD=6.91406;RBI=0.0238849;REFB=0.00243517;REVB=-0.0221073;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213535;STB=0.644829;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0224828;OID=.;OPOS=133039135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:32:31:22:23:8:8:0.258065:4:4:7:15:4:4:7:16 chr2 133039137 . A G 62.07 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0488507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3054;QD=7.5241;RBI=0.0612144;REFB=-0.00283842;REVB=-0.0368892;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236878;STB=0.657567;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00743735;OID=.;OPOS=133039137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:23:24:9:9:0.272727:4:5:8:15:4:5:8:16 chr2 133039143 . C T 60.95 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00363642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3047;QD=6.58951;RBI=0.017329;REFB=-0.0093954;REVB=0.0169432;RO=28;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315976;STB=0.704208;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0602684;OID=.;OPOS=133039143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:28:28:9:9:0.243243:7:2:13:15:7:2:13:15 chr2 133039156 . TG CA,CG 390.13 PASS AF=0.212766,0.489362;AO=10,23;DP=46;FAO=10,23;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=3,17;FSAR=7,6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0179837,-0.0244351;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=144.911,133.437;QD=33.2022;RBI=0.0203965,0.0482075;REFB=-0.0183276,0.016288;REVB=-0.00962315,-0.0415559;RO=13;SAF=3,17;SAR=7,6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0825183,0.349363;STB=0.562383,0.706416;STBP=0.695,0.002;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0098347,-0.00936149;OID=.,.;OPOS=133039156,133039156;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:46:47:13:14:10,23:10,23:0.212766,0.489362:7,6:3,17:3:10:7,6:3,17:3:11 chr2 133039164 . C T 68.68 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00139001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.709;QD=5.84506;RBI=0.0153729;REFB=-0.0216719;REVB=0.01531;RO=37;SAF=3;SAR=7;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323664;STB=0.708447;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0601012;OID=.;OPOS=133039164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:7:3:21:16:7:3:21:16 chr2 133039166 . T C 206.94 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0611891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8535;QD=17.2452;RBI=0.119251;REFB=-0.0167479;REVB=-0.102356;RO=27;SAF=16;SAR=5;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430583;STB=0.746211;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0150234;OID=.;OPOS=133039166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:5:16:9:18:5:16:9:18 chr2 133039171 . C G 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0214838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.566;QD=15.6433;RBI=0.0220958;REFB=-0.0121464;REVB=0.0051646;RO=29;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420347;STB=0.742023;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00759668;OID=.;OPOS=133039171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:5:15:10:19:5:15:10:19 chr2 133039176 . A G 178.19 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00766308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.693;QD=14.849;RBI=0.00777593;REFB=-0.00622987;REVB=-0.00131993;RO=29;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474483;STB=0.774984;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00622951;OID=.;OPOS=133039176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:4:15:10:19:4:15:10:19 chr2 133039199 . AC TG 140.2 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0245963;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.842;QD=12.462;RBI=0.0248925;REFB=-0.00259704;REVB=-0.00382844;RO=28;SAF=14;SAR=1;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.678613;STB=0.915811;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0226351;OID=.;OPOS=133039199;OREF=AC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:28:29:15:16:0.355556:1:14:11:17:1:15:11:18 chr2 133039208 . AC GT 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00784661;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=315.006;QD=11.2612;RBI=0.0175841;REFB=-0.00360146;REVB=-0.0157363;RO=30;SAF=14;SAR=1;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.692732;STB=0.917424;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.00674465;OID=.;OPOS=133039208;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:1:14:11:19:1:14:11:19 chr2 133039221 . C T 101.65 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.027852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3858;QD=8.83887;RBI=0.0313109;REFB=-0.000611258;REVB=0.0143052;RO=33;SAF=3;SAR=10;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493566;STB=0.798286;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00537025;OID=.;OPOS=133039221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:10:3:22:11:10:3:22:11 chr2 133281214 . A G 305.98 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.044605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2716;QD=24.9776;RBI=0.048416;REFB=-0.0321307;REVB=0.0188282;RO=21;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173304;STB=0.5956;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0183293;OID=.;OPOS=133281214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:26:26:0.530612:10:16:17:4:10:16:17:4 chr2 133539566 . G A 1170.54 PASS AF=0.975;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00985746;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.488;QD=58.527;RBI=0.0151488;REFB=-0.163036;REVB=0.0115029;RO=1;SAF=36;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129667;STB=0.51351;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000893347;OID=.;OPOS=133539566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:80:1:2:78:78:0.975:42:36:1:0:42:36:2:0 chr2 133541444 . T C 2346.14 PASS AF=1;AO=153;DP=156;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121706;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.001;QD=60.9388;RBI=0.0147197;REFB=0;REVB=0.00827923;RO=0;SAF=81;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.87631e-05;OID=.;OPOS=133541444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:154:0:0:153:154:1:72:81:0:0:72:82:0:0 chr2 133541454 . A G 2292.88 PASS AF=0.986577;AO=146;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00441605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.603;QD=61.5538;RBI=0.015871;REFB=-0.0788081;REVB=-0.0152443;RO=2;SAF=84;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150916;STB=0.507811;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-8.11279e-05;OID=.;OPOS=133541454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:149:149:2:2:146:147:0.986577:62:84:0:2:63:84:0:2 chr2 133541575 . C T 914.8 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0638745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.596;QD=55.4422;RBI=0.0645059;REFB=-0.143519;REVB=0.00900352;RO=1;SAF=33;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140954;STB=0.507934;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00085092;OID=.;OPOS=133541575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:65:66:1:1:63:65:0.984848:30:33:1:0:31:34:0:1 chr2 133542014 . T C 1128.93 PASS AF=1;AO=57;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566937;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2785;QD=60.2095;RBI=0.181142;REFB=0;REVB=0.172042;RO=0;SAF=46;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194286;OID=.;OPOS=133542014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:57:75:1:11:46:0:0:28:47:0:0 chr2 133542545 . G A 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00404862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.904;QD=57.6765;RBI=0.0134875;REFB=0;REVB=-0.0128655;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7375e-05;OID=.;OPOS=133542545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr2 133554288 . A G 769.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3172;QD=56.99;RBI=0.070092;REFB=0;REVB=-0.0226452;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519957;OID=.;OPOS=133554288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr2 134884697 . G C 170.14 PASS AF=0.45;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00315277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1641;QD=17.0141;RBI=0.0867161;REFB=-0.000825359;REVB=0.0866587;RO=21;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291993;STB=0.680025;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00251098;OID=.;OPOS=134884697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:22:18:18:0.45:13:5:12:9:13:5:13:9 chr2 135214259 . G A 270.77 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.038564;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.9409;QD=19.3408;RBI=0.0428362;REFB=-0.0215122;REVB=0.0186484;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00484298;STB=0.515141;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0199329;OID=.;OPOS=135214259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:27:28:29:0.517857:12:16:15:11:12:17:15:12 chr2 135710322 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9298;QD=59.0185;RBI=0.0447386;REFB=0;REVB=0.0152341;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694209;OID=.;OPOS=135710322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr2 135711516 . C A,T 128.14 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=2,10;DP=12;FAO=2,10;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113527,-0.0336316;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.988,66.6381;QD=42.7127;RBI=0.0131214,0.0338374;REFB=0,0;REVB=-0.00657922,0.00372657;RO=0;SAF=1,6;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0375725,0.0618475;OID=.,.;OPOS=135711516,135711516;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:12:12:0:0:2,10:2,10:0.166667,0.833333:1,4:1,6:0:0:1,4:1,6:0:0 chr2 135711657 . G A 668.88 PASS AF=0.977778;AO=41;DP=42;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0488972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.877;QD=59.4558;RBI=0.0575479;REFB=-0.11946;REVB=0.030345;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.50943;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000373016;OID=.;OPOS=135711657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:45:0:1:41:44:0.977778:25:16:0:0:26:18:0:1 chr2 135740863 . C A 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0503981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.281;QD=14.4906;RBI=0.0504073;REFB=-0.00387145;REVB=0.000963791;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150841;STB=0.586869;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00567402;OID=.;OPOS=135740863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:10:9:10:20:10:9:10:20 chr2 135744416 . C G 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0475301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4423;QD=22.5818;RBI=0.066877;REFB=-0.0608685;REVB=-0.047047;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892086;STB=0.550377;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0349852;OID=.;OPOS=135744416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:5:7:5:2:5:7:5:2 chr2 135745545 . C T 177.47 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0297741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6328;QD=14.7894;RBI=0.0401362;REFB=0.00131518;REVB=-0.026915;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630543;STB=0.536386;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00261283;OID=.;OPOS=135745545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:17:12:9:10:17:12 chr2 135745552 . T C 274.84 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0108449;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.862;QD=24.4302;RBI=0.0108973;REFB=-0.0303075;REVB=0.00106723;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240149;STB=0.513358;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0440888;OID=.;OPOS=135745552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:12:13:11:9:12:13:11:9 chr2 135745722 . A G 118.81 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00489853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.559;QD=22.6298;RBI=0.0243722;REFB=0.0137397;REVB=-0.0238748;RO=8;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180069;STB=0.510188;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0118535;OID=.;OPOS=135745722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:3:10:6:2:3:10:6:2 chr2 135891507 . A G 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0282185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.64;QD=12.3391;RBI=0.0282529;REFB=-0.00227163;REVB=-0.0013931;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726495;STB=0.549496;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00759466;OID=.;OPOS=135891507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:39:24:24:0.380952:13:11:19:17:13:11:21:18 chr2 135893372 . A G 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0831697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.454;QD=10.4724;RBI=0.0831706;REFB=-0.0278183;REVB=0.000375454;RO=23;SAF=2;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363668;STB=0.738186;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0219391;OID=.;OPOS=135893372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:23:24:12:12:0.333333:10:2:10:13:10:2:11:13 chr2 135911422 . T C 362.46 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0104968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.9352;QD=20.7118;RBI=0.0191083;REFB=-0.0154324;REVB=0.015967;RO=33;SAF=13;SAR=24;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19564;STB=0.608498;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0136901;OID=.;OPOS=135911422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:24:13:19:14:24:13:19:14 chr2 136393658 . A G 263.96 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0362449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.192;QD=15.3022;RBI=0.0362768;REFB=-0.0165023;REVB=-0.00151989;RO=39;SAF=9;SAR=21;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274037;STB=0.655482;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0156773;OID=.;OPOS=136393658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:21:9:22:17:21:9:22:17 chr2 136396300 . T C 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0131199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.76;QD=17.0326;RBI=0.0132113;REFB=-0.00906003;REVB=-0.00155113;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345678;STB=0.519752;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0174991;OID=.;OPOS=136396300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:10:8:9:13:10:8:9:13 chr2 136407479 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.405;QD=59.6794;RBI=0.0267174;REFB=0;REVB=-0.0199478;RO=0;SAF=53;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03696e-06;OID=.;OPOS=136407479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:17:53:0:0:17:53:0:0 chr2 136481627 . A AC,C 103.11 PASS AF=0.30137,0;AO=17,5;DP=72;FAO=22,0;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=6,0;FSAR=16,0;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0507643,-0.0550224;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=80.6865,208.56;QD=5.64966;RBI=0.0508131,0.0556161;REFB=-0.00569187,-0.00633254;REVB=-0.00222731,-0.00810442;RO=50;SAF=5,0;SAR=12,5;SRF=19;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.117438,-0.536478;STB=0.581318,0.5;STBP=0.393,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.156684,0;OID=.,.;OPOS=136481628,136481627;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:50:51:17,5:22,0:0.30137,0:12,5:5,0:19:31:16,0:6,0:19:32 chr2 136511817 . A G 421.35 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00719522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.704;QD=23.4081;RBI=0.0219541;REFB=-0.00473061;REVB=-0.0207416;RO=30;SAF=22;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233176;STB=0.519116;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00470944;OID=.;OPOS=136511817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:31:41:41:0.569444:19:22:17:13:19:22:18:13 chr2 136546110 . A G 267.05 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0446306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.851;QD=20.155;RBI=0.0458203;REFB=0.00433581;REVB=-0.0103734;RO=25;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114493;STB=0.563713;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00402175;OID=.;OPOS=136546110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:15:13:15:10:15:13:15:10 chr2 136555659 . T C 201.7 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0179512;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.23;QD=13.9105;RBI=0.0180336;REFB=-0.0149232;REVB=0.00172166;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120938;STB=0.568909;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0223406;OID=.;OPOS=136555659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:34:34:24:24:0.413793:12:12:13:21:12:12:13:21 chr2 136561557 . G A 435.32 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.00904683;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.042;QD=17.7682;RBI=0.0134732;REFB=-0.00119574;REVB=-0.00998405;RO=52;SAF=21;SAR=25;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186402;STB=0.603556;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00133181;OID=.;OPOS=136561557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:98:52:52:46:46:0.469388:25:21:34:18:25:21:34:18 chr2 136575534 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00115063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.417;QD=35.5759;RBI=0.0296695;REFB=0;REVB=0.0296472;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324276;OID=.;OPOS=136575534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr2 136590746 . C T 373.1 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.01032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8835;QD=15.3855;RBI=0.0160509;REFB=0.00132345;REVB=-0.0122935;RO=57;SAF=23;SAR=17;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177122;STB=0.59995;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00203097;OID=.;OPOS=136590746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:57:40:40:0.412371:17:23:23:34:17:23:23:34 chr2 136594158 . G A 266.58 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0252401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.589;QD=13.4976;RBI=0.0265603;REFB=-0.020322;REVB=-0.0082696;RO=48;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172137;STB=0.597827;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0272972;OID=.;OPOS=136594158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:15:16:17:31:15:16:17:31 chr2 136873084 . G A 627.05 PASS AF=0.583333;AO=56;DP=96;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.00154712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.393;QD=26.127;RBI=0.00616808;REFB=-0.0110114;REVB=0.0059709;RO=40;SAF=30;SAR=26;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178589;STB=0.597311;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00858128;OID=.;OPOS=136873084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:40:40:56:56:0.583333:26:30:12:28:26:30:12:28 chr2 136873548 . AA TT 112.12 PASS AF=0.287879;AO=8;DP=63;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00949667;FXX=0.0149231;HRUN=8;LEN=2;MLLD=70.1221;QD=6.79507;RBI=0.0116629;REFB=-0.0234648;REVB=0.00677021;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298001;STB=0.673347;STBP=0.081;TYPE=mnp;VARB=0.0544698;OID=.;OPOS=136873548;OREF=AA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:18:47:8:19:0.287879:2:6:9:9:5:14:24:23 chr2 137814138 . T C 518.48 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.0211917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.003;QD=18.0341;RBI=0.0212442;REFB=-0.023305;REVB=0.00149227;RO=60;SAF=26;SAR=29;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103721;STB=0.557496;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0220673;OID=.;OPOS=137814138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:60:60:55:55:0.478261:29:26:35:25:29:26:35:25 chr2 137917922 . T A 147.64 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=77;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0213985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.523;QD=7.66934;RBI=0.0214793;REFB=-0.00898301;REVB=-0.001861;RO=56;SAF=6;SAR=15;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230489;STB=0.63986;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.010764;OID=.;OPOS=137917922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:56:56:21:21:0.272727:15:6:26:30:15:6:26:30 chr2 138237038 . C T 601.0 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0801102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1433;QD=58.6336;RBI=0.14987;REFB=-0.0465989;REVB=-0.126662;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199568;STB=0.510633;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00164343;OID=.;OPOS=138237038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:17:23:1:0:17:23:1:0 chr2 138413094 . T A 556.67 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00741138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.365;QD=22.7213;RBI=0.020611;REFB=-0.019666;REVB=0.0192324;RO=45;SAF=31;SAR=21;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920085;STB=0.556198;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0160104;OID=.;OPOS=138413094;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:45:46:52:52:0.530612:21:31:22:23:21:31:22:24 chr2 138420996 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.755;QD=58.0609;RBI=0.0570206;REFB=0;REVB=0.0457397;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141523;OID=.;OPOS=138420996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:30:30:0:0:30:31:0:0 chr2 138773229 . G A 223.33 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.000326824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.91;QD=16.5433;RBI=0.0681152;REFB=-0.00621564;REVB=-0.0681144;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05214;STB=0.538431;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00808793;OID=.;OPOS=138773229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:29:25:25:0.462963:13:12:15:13:13:12:16:13 chr2 139045852 . A G 257.64 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00213197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.444;QD=23.4218;RBI=0.0128111;REFB=-0.0407145;REVB=0.0126325;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340521;STB=0.518996;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0297843;OID=.;OPOS=139045852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:13:11:10:10:13:11:10:10 chr2 139045972 . T C 805.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7062;QD=64.4035;RBI=0.0266169;REFB=0;REVB=0.011331;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320143;OID=.;OPOS=139045972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr2 139326879 . G C 817.74 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.761;QD=57.3854;RBI=0.0107343;REFB=0;REVB=-0.00829329;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.23946e-06;OID=.;OPOS=139326879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:22:34:0:0:22:35:0:0 chr2 139429068 . G A 489.45 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0100363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.916;QD=18.2972;RBI=0.0311464;REFB=-0.00591705;REVB=0.0294851;RO=55;SAF=25;SAR=27;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127042;STB=0.570328;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00514265;OID=.;OPOS=139429068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:27:25:34:21:27:25:34:21 chr2 139621308 . C T 350.09 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0142064;FXX=0.0519413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2232;QD=19.183;RBI=0.0197754;REFB=-0.00900509;REVB=0.0137566;RO=38;SAF=15;SAR=21;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288961;STB=0.505879;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.008035;OID=.;OPOS=139621308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:38:37:36:36:0.493151:21:15:17:21:21:15:15:22 chr2 139621319 . A ATCT,T 199.27 PASS AF=0.314286,0.0571429;AO=21,4;DP=71;FAO=22,4;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=9,4;FSAR=13,0;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0129436,0.0096297;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=224.63,78.1435;QD=11.387;RBI=0.020951,0.0205296;REFB=-0.0132087,-0.00403252;REVB=0.0164744,0.0181311;RO=45;SAF=8,4;SAR=13,0;SRF=21;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.10167,0.564501;STB=0.546176,0.997406;STBP=0.598,0.033;TYPE=ins,snp;VARB=0.0198863,0.00929301;OID=.,.;OPOS=139621320,139621319;OREF=-,A;OALT=TCT,T;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:45:44:21,4:22,4:0.314286,0.0571429:13,0:8,4:21:24:13,0:9,4:21:23 chr2 139621326 . G A 247.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0383536;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4015;QD=15.6959;RBI=0.039194;REFB=-0.0102879;REVB=0.00807292;RO=35;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638848;STB=0.536057;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00648328;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:15:13:14:21:15:13:14:21 chr2 140979107 . C T 1321.55 PASS AF=0.821138;AO=99;DP=123;FAO=101;FDP=123;FR=.;FRO=22;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0308883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.484;QD=42.9771;RBI=0.0404194;REFB=-0.0148863;REVB=-0.0260699;RO=0;SAF=40;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43337e-08;STB=0.527606;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00236182;OID=.;OPOS=140979107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:0:22:99:101:0.821138:59:40:0:0:61:40:12:10 chr2 141274576 . T C 92.17 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0274195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.321;QD=6.2487;RBI=0.0276121;REFB=-0.00305692;REVB=-0.00325633;RO=45;SAF=2;SAR=12;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457628;STB=0.792631;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0090698;OID=.;OPOS=141274576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:12:2:21:24:12:2:21:24 chr2 141571329 . T C 1386.71 PASS AF=0.978261;AO=87;DP=87;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0174508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.382;QD=60.2916;RBI=0.0278013;REFB=-0.0447055;REVB=0.0216422;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511361;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000733814;OID=.;OPOS=141571329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:92:0:2:87:90:0.978261:46:41:0:0:47:43:2:0 chr2 141707868 . G T 803.96 PASS AF=0.456522;AO=84;DP=183;FAO=84;FDP=184;FR=.;FRO=100;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=-0.0208584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.908;QD=17.4774;RBI=0.0290366;REFB=-0.0105708;REVB=-0.0202003;RO=99;SAF=51;SAR=33;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159971;STB=0.591456;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.010464;OID=.;OPOS=141707868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:99:100:84:84:0.456522:33:51:44:55:33:51:44:56 chr2 141709419 . T G 396.5 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0639643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1079;QD=18.2299;RBI=0.0661924;REFB=-0.043757;REVB=0.0170296;RO=45;SAF=27;SAR=14;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146203;STB=0.50373;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0512635;OID=.;OPOS=141709419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:46:41:41:0.471264:14:27:29:16:14:27:30:16 chr2 141750164 . A T 290.03 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00992914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.934;QD=16.573;RBI=0.0392106;REFB=-0.0154901;REVB=-0.0379327;RO=38;SAF=18;SAR=14;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210405;STB=0.617886;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0123224;OID=.;OPOS=141750164;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:14:18:13:25:14:18:13:25 chr2 141751592 . G A 642.03 PASS AF=0.636364;AO=55;DP=87;FAO=56;FDP=88;FR=.;FRO=32;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00703509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.042;QD=29.1834;RBI=0.0101019;REFB=-0.0186795;REVB=-0.00724952;RO=32;SAF=32;SAR=23;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201789;STB=0.604465;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0144301;OID=.;OPOS=141751592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:32:32:55:56:0.636364:23:32:9:23:24:32:9:23 chr2 141773397 . C A 513.05 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0042564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.764;QD=24.4308;RBI=0.00903586;REFB=0.0138659;REVB=0.00797056;RO=36;SAF=25;SAR=23;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163026;STB=0.508934;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0165427;OID=.;OPOS=141773397;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:23:25:18:18:23:25:18:18 chr2 141816621 . A G 891.95 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.287;QD=57.5453;RBI=0.0529193;REFB=0;REVB=0.0418627;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011798;OID=.;OPOS=141816621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:33:28:0:0:33:29:0:0 chr2 142567910 . T C 482.15 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.000186096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.229;QD=23.2361;RBI=0.00619997;REFB=-0.0134209;REVB=0.00619717;RO=36;SAF=23;SAR=23;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444118;STB=0.530107;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00954716;OID=.;OPOS=142567910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:37:46:46:0.554217:23:23:16:20:23:23:16:21 chr2 143849094 . G A 427.66 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0377382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5175;QD=19.4389;RBI=0.037946;REFB=-0.0203197;REVB=-0.00396573;RO=45;SAF=19;SAR=24;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230561;STB=0.512815;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0209119;OID=.;OPOS=143849094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:24:19:21:24:24:19:21:24 chr2 144899559 . C A 309.38 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0109547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9951;QD=16.0718;RBI=0.0485582;REFB=-0.00327781;REVB=-0.0473063;RO=43;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017668;STB=0.509948;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00326416;OID=.;OPOS=144899559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:18:16:21:22:18:16:21:22 chr2 145145719 . CTTTTTA CTTTTA,CTTTTAT 38.4 PASS AF=0.217391,0.0652174;AO=12,2;DP=48;FAO=10,3;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=8,3;FSAR=2,0;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0994433,8.05303e-05;FXX=0.0212721;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.2787,218.947;QD=3.33892;RBI=0.134543,0.0104798;REFB=-0.0777834,-0.000172004;REVB=0.0906241,-0.0104795;RO=29;SAF=10,2;SAR=2,0;SRF=10;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.558483,0.541223;STB=0.820815,0.997233;STBP=0.044,0.023;TYPE=del,mnp;VARB=0.0843111,0.204638;OID=.,.;OPOS=145145720,145145724;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=CTTTTA,CTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.217391,0.0652174:12,2:48:10,3:46:33:8,3:2,0:12:21:30:29:10,2:2,0:10:19 chr2 145145728 . TA T 61.99 PASS AF=0.465116;AO=18;DP=45;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0437342;FXX=0.0444346;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.72156;QD=5.76674;RBI=0.200036;REFB=-0.108466;REVB=-0.195197;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0.368071;SSEP=0;SSSB=0.142977;STB=0.660349;STBP=0.054;TYPE=del;VARB=0.124071;OID=.;OPOS=145145729;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465116:18:45:20:43:23:13:7:8:15:61:20:10:8:8:12 chr2 148657117 . G A 1324.86 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.727;QD=60.9131;RBI=0.0226153;REFB=-0.0450681;REVB=0.0154407;RO=1;SAF=38;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123019;STB=0.506328;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000178501;OID=.;OPOS=148657117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:87:1:1:84:86:0.988506:46:38:1:0:47:39:1:0 chr2 148716428 . T C 455.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992639;FXX=0.0605877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.031;QD=58.8375;RBI=0.0104765;REFB=0;REVB=0.00335036;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156688;OID=.;OPOS=148716428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr2 149799216 . T C 296.7 PASS AF=0.5;AO=26;DP=58;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00856131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.676;QD=18.5436;RBI=0.0450926;REFB=-0.0498113;REVB=0.0442724;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218419;STB=0.653752;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0236828;OID=.;OPOS=149799216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:64:32:32:26:32:0.5:14:12:22:10:20:12:22:10 chr2 150432976 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.995;QD=51.1846;RBI=0.0660705;REFB=0;REVB=0.0647775;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333794;OID=.;OPOS=150432976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr2 151219274 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00131555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9013;QD=64.1536;RBI=0.0529795;REFB=0;REVB=0.0529632;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568988;OID=.;OPOS=151219274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:15:34:0:0:15:34:0:0 chr2 151219315 . C T 799.15 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00505739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4393;QD=52.4031;RBI=0.0294835;REFB=-0.177019;REVB=-0.0290465;RO=2;SAF=37;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248175;STB=0.519474;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0035809;OID=.;OPOS=151219315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:61:61:2:3:58:58:0.95082:21:37:2:0:21:37:3:0 chr2 152117957 . T C 284.07 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.037427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.843;QD=12.7673;RBI=0.0414345;REFB=-0.0212375;REVB=-0.0177773;RO=55;SAF=9;SAR=24;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17985;STB=0.599468;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0318411;OID=.;OPOS=152117957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:56:33:33:0.370787:24:9:23:32:24:9:23:33 chr2 152318818 . A G 724.82 PASS AF=0.538462;AO=70;DP=130;FAO=70;FDP=130;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0328406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3159;QD=22.302;RBI=0.0397025;REFB=-0.0293417;REVB=0.0223111;RO=60;SAF=37;SAR=33;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241029;STB=0.513206;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0427059;OID=.;OPOS=152318818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:60:60:70:70:0.538462:33:37:30:30:33:37:30:30 chr2 152423951 . C T 257.72 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00569346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2465;QD=19.8244;RBI=0.0150701;REFB=0.012162;REVB=-0.0139532;RO=25;SAF=24;SAR=3;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360222;STB=0.705696;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0109983;OID=.;OPOS=152423951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:3:24:16:9:3:24:16:9 chr2 152490458 . A G 2064.69 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.182;QD=62.5664;RBI=0.0316827;REFB=0;REVB=0.0287302;RO=0;SAF=66;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92028e-05;OID=.;OPOS=152490458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:66:66:0:0:66:66:0:0 chr2 152496526 . A G 359.92 PASS AF=0.423913;AO=37;DP=90;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.0839465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8045;QD=15.6488;RBI=0.0857864;REFB=-0.0126976;REVB=-0.0176719;RO=53;SAF=22;SAR=15;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072234;STB=0.527714;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0131889;OID=.;OPOS=152496526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:53:53:37:39:0.423913:15:22:35:18:15:24:35:18 chr2 152512713 . G A 219.37 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0051723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.7;QD=17.5493;RBI=0.00883801;REFB=-0.0139344;REVB=0.00716643;RO=28;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103197;STB=0.558881;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0237384;OID=.;OPOS=152512713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:8:14:15:13:8:14:15:13 chr2 152521096 . C T 219.35 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.035463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0487;QD=17.9065;RBI=0.058264;REFB=-0.0176593;REVB=-0.0462285;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110302;STB=0.571365;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0198212;OID=.;OPOS=152521096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:11:11:16:10:11:11:17:10 chr2 152527572 . C T 853.43 PASS AF=0.556338;AO=79;DP=142;FAO=79;FDP=142;FR=.;FRO=63;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.0264498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.413;QD=24.0404;RBI=0.027497;REFB=-0.00474931;REVB=0.00751622;RO=63;SAF=46;SAR=33;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443529;STB=0.52419;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00352864;OID=.;OPOS=152527572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:63:63:79:79:0.556338:33:46:40:23:33:46:40:23 chr2 152527608 . C T 407.01 PASS AF=0.375;AO=48;DP=126;FAO=48;FDP=128;FR=.;FRO=80;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.0176653;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.156;QD=12.7189;RBI=0.0357683;REFB=-0.00123113;REVB=-0.0311016;RO=75;SAF=36;SAR=12;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262094;STB=0.657824;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00163467;OID=.;OPOS=152527608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:75:80:48:48:0.375:12:36:40:35:12:36:42:38 chr2 152531077 . A G 502.32 PASS AF=0.521739;AO=47;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00875308;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.68;QD=21.8399;RBI=0.0190947;REFB=-0.0171428;REVB=-0.0169703;RO=44;SAF=23;SAR=24;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110522;STB=0.555583;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0136577;OID=.;OPOS=152531077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:47:48:0.521739:24:23:16:28:25:23:16:28 chr2 152534609 . G A 1028.73 PASS AF=0.507317;AO=104;DP=205;FAO=104;FDP=205;FR=.;FRO=101;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=63;FSRR=38;FWDB=-0.0157545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.721;QD=20.0727;RBI=0.0161341;REFB=-0.0129874;REVB=0.00347949;RO=98;SAF=50;SAR=54;SRF=60;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116097;STB=0.570161;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.013388;OID=.;OPOS=152534609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:98:101:104:104:0.507317:54:50:60:38:54:50:63:38 chr2 152536498 . T A 758.0 PASS AF=0.513889;AO=73;DP=142;FAO=74;FDP=144;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.00141833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4679;QD=21.0556;RBI=0.0522545;REFB=0.00159778;REVB=0.0522353;RO=69;SAF=32;SAR=41;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484814;STB=0.526189;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.000966918;OID=.;OPOS=152536498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:69:70:73:74:0.513889:41:32:34:35:42:32:34:36 chr2 152573981 . A G 438.97 PASS AF=0.471154;AO=47;DP=101;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0012671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.172;QD=16.8835;RBI=0.0322776;REFB=-0.00897407;REVB=-0.0322527;RO=54;SAF=23;SAR=24;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457018;STB=0.5306;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0121756;OID=.;OPOS=152573981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:54:55:47:49:0.471154:24:23:29:25:26:23:29:26 chr2 152698480 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.812;QD=58.2396;RBI=0.020202;REFB=0;REVB=-0.0163791;RO=0;SAF=43;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.56224e-06;OID=.;OPOS=152698480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:18:43:0:0:18:44:0:0 chr2 152828106 . T G 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00555976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.135;QD=13.6198;RBI=0.0116876;REFB=-0.00453706;REVB=-0.0102806;RO=37;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00215339;STB=0.508468;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00761676;OID=.;OPOS=152828106;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:14:12:17:20:14:12:17:21 chr2 152988610 . C CT 556.09 PASS AF=1;AO=43;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0562571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.5772;QD=45.3949;RBI=0.110328;REFB=0;REVB=-0.0949074;RO=5;SAF=23;SAR=20;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263553;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00373728;OID=.;OPOS=152988611;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:49:49:49:0:25:24:0:0:10:5:23:20:2:3 chr2 153378459 . T C 322.42 PASS AF=0.507463;AO=32;DP=65;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0230182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.772;QD=19.2487;RBI=0.0237695;REFB=-0.0118536;REVB=0.0059287;RO=33;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206044;STB=0.623957;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00489197;OID=.;OPOS=153378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:33:33:32:34:0.507463:17:15:23:10:19:15:23:10 chr2 153399253 . GA AG,G 775.31 PASS AF=0.0967742,0.903226;AO=6,16;DP=62;FAO=6,56;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=6,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306275,0.889961;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=208.451,22.068;QD=50.0202;RBI=0.0336908,0.899264;REFB=0.0133149,-0.0158373;REVB=-0.0140366,0.129022;RO=39;SAF=0,0;SAR=6,16;SRF=36;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.840813,-0.875272;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0331444,0.0716128;OID=.,.;OPOS=153399253,153399254;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:62:62:39:0:6,16:6,56:0.0967742,0.903226:6,16:0,0:36:3:6,19:0,37:0:0 chr2 153405594 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.428;QD=56.9379;RBI=0.0183921;REFB=0;REVB=-0.0112378;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59917e-06;OID=.;OPOS=153405594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr2 153476066 . G GCCA 134.45 PASS AF=1;AO=5;DP=32;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0713776;HRUN=5;LEN=3;MLLD=231.943;QD=41.3699;RBI=0.00926792;REFB=0;REVB=0.00926792;RO=26;SAF=0;SAR=5;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.595897;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.28821e-05;OID=.;OPOS=153476067;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:32:13:13:0:0:13:0:0:4:26:0:5:7:19 chr2 153476069 . C A 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.023;QD=17.6444;RBI=0.0299011;REFB=0.00197143;REVB=0.0299011;RO=7;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122079;OID=.;OPOS=153476069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:9:0:0:7:9:0:0:7 chr2 153476072 . T C 57.34 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.767;QD=16.3834;RBI=0.0552121;REFB=-0.0446882;REVB=0.0552121;RO=6;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0699447;OID=.;OPOS=153476072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:8:0:0:6:8:0:0:6 chr2 153511027 . T C 1437.54 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.482;QD=61.8295;RBI=0.0696843;REFB=-0.095388;REVB=0.0687293;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.504761;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000438295;OID=.;OPOS=153511027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:52:40:0:0:52:40:0:1 chr2 153577013 . G A 1120.77 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.833;QD=58.9878;RBI=0.0222041;REFB=-0.0261487;REVB=0.000284123;RO=1;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133266;STB=0.50704;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000109379;OID=.;OPOS=153577013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:35:40:0:1:35:40:0:1 chr2 155265623 . G A,T 709.26 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=47,3;DP=50;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357295,-0.0156836;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.799,123.049;QD=55.628;RBI=0.0358929,0.0196624;REFB=0,0;REVB=0.00342071,-0.011859;RO=0;SAF=23,1;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00146607,0.106136;OID=.,.;OPOS=155265623,155265623;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:51:0:0:47,3:49,2:0.960784,0.0392157:24,2:23,1:0:0:24,2:25,0:0:0 chr2 155307336 . G C 1462.51 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150861;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.326;QD=63.5872;RBI=0.00477437;REFB=0;REVB=0.00452976;RO=0;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379559;OID=.;OPOS=155307336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:0:0:92:92:1:56:36:0:0:56:36:0:0 chr2 155712135 . A T 165.74 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0428256;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=257.165;QD=41.4355;RBI=0.0437548;REFB=-0.17322;REVB=0.00896936;RO=1;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338159;STB=0.518494;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.000441682;OID=.;OPOS=155712135;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:16:16:1:1:15:15:0.9375:13:2:0:1:13:2:0:1 chr2 156120552 . A G 349.72 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00239905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.392;QD=20.2733;RBI=0.00846418;REFB=-0.022424;REVB=-0.00811708;RO=33;SAF=17;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000756791;STB=0.507242;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0175037;OID=.;OPOS=156120552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:33:35:36:0.521739:18:17:16:17:18:18:16:17 chr2 156168039 . T G 145.91 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0370019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.198;QD=10.6119;RBI=0.0371227;REFB=-0.00369826;REVB=0.00299177;RO=36;SAF=7;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218091;STB=0.605204;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.014952;OID=.;OPOS=156168039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:36:36:18:19:0.345455:11:7:21:15:11:8:21:15 chr2 157189011 . G C 289.36 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.148;QD=52.6099;RBI=0.0557615;REFB=0;REVB=0.0402956;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000737284;OID=.;OPOS=157189011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:4:17:0:0:4:18:0:0 chr2 157257361 . G A 1330.64 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.909;QD=61.8905;RBI=0.0330207;REFB=0;REVB=-0.0104643;RO=0;SAF=23;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11062e-05;OID=.;OPOS=157257361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:62:23:0:0:62:24:0:0 chr2 157406249 . G A 888.34 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9747;QD=56.4023;RBI=0.0530194;REFB=-0.154845;REVB=0.046674;RO=1;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230178;STB=0.512191;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00515766;OID=.;OPOS=157406249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:20:42:0:1:20:42:0:1 chr2 158155446 . ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCG ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA 687.93 PASS AF=0.647059,0.352941;AO=27,12;DP=48;FAO=33,18;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16,5;FSAR=17,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145897,0.0295251;FXX=0.0377287;HRUN=2,2;LEN=8,1;MLLD=197.337,272.875;QD=53.9556;RBI=0.0154956,0.0297414;REFB=0,0;REVB=0.00522082,0.00358092;RO=0;SAF=12,5;SAR=15,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000874091,0.00129283;OID=.,.;OPOS=158155447,158155472;OREF=CGGAAGAC,G;OALT=-,A;OMAPALT=ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.647059,0.352941:27,12:48:33,18:51:0:16,5:17,13:0:0:99:0:12,5:15,7:0:0 chr2 158155480 . A G 55.98 PASS AF=0.195652;AO=7;DP=42;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0187432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.937;QD=4.86763;RBI=0.0277919;REFB=-0.00945897;REVB=-0.0205203;RO=34;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225178;STB=0.57695;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0550461;OID=.;OPOS=158155480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:42:46:34:37:7:9:0.195652:3:4:13:21:5:4:13:24 chr2 158155576 . G A 501.45 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00435596;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=217.788;QD=58.9944;RBI=0.00815502;REFB=0;REVB=0.0068942;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92761e-05;OID=.;OPOS=158155576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr2 158157361 . C T 2308.42 PASS AF=1;AO=150;DP=153;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111184;FXX=0.0194793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.157;QD=61.1502;RBI=0.0167563;REFB=0;REVB=0.0125361;RO=0;SAF=72;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07746e-05;OID=.;OPOS=158157361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:151:0:0:150:151:1:78:72:0:0:78:73:0:0 chr2 158291187 . AA AC,GC 410.26 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=25,2;DP=30;FAO=28,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040059,0.0414793;FXX=0.0624805;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=205.009,176.815;QD=54.7009;RBI=0.0429229,0.0417992;REFB=0,0;REVB=0.0154161,0.0051615;RO=0;SAF=5,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0028021,-0.0355675;OID=.,.;OPOS=158291188,158291187;OREF=A,AA;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:30:30:0:0:25,2:28,2:0.933333,0.0666667:20,2:5,0:0:0:23,2:5,0:0:0 chr2 158386938 . C T 1135.17 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0049955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.897;QD=60.5424;RBI=0.0519714;REFB=0;REVB=-0.0517308;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.91229e-05;OID=.;OPOS=158386938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr2 158626980 . C T 853.28 PASS AF=0.983607;AO=56;DP=57;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00161825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.228;QD=55.953;RBI=0.00850507;REFB=-0.0685977;REVB=0.0083497;RO=1;SAF=23;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200576;STB=0.510635;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000151211;OID=.;OPOS=158626980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:61:1:1:56:60:0.983607:33:23:1:0:37:23:1:0 chr2 158636910 . G A 1338.82 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114891;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.244;QD=62.2705;RBI=0.0517752;REFB=0;REVB=0.0504844;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114877;OID=.;OPOS=158636910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:49:36:0:0:49:37:0:0 chr2 159166069 . T C 556.96 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0106;QD=60.2117;RBI=0.133947;REFB=0;REVB=0.0534392;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00294422;OID=.;OPOS=159166069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chr2 159537868 . A G 788.97 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304315;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.989;QD=64.4054;RBI=0.0651053;REFB=0;REVB=0.0575554;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198006;OID=.;OPOS=159537868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr2 160019863 . A G 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.3721;QD=63.8679;RBI=0.0529518;REFB=0;REVB=-0.0516599;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243845;OID=.;OPOS=160019863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr2 160035207 . T C 884.82 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.805;QD=58.0206;RBI=0.0521674;REFB=0;REVB=0.0127378;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49115e-05;OID=.;OPOS=160035207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:34:25:0:0:35:26:0:0 chr2 160084473 . A C 226.95 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0515308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7541;QD=15.6514;RBI=0.0936615;REFB=-0.00983463;REVB=0.0782115;RO=32;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18585;STB=0.605397;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0141962;OID=.;OPOS=160084473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:17:9:17:15:17:9:17:15 chr2 160086653 . CA TG 541.85 PASS AF=0.407895;AO=62;DP=153;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=58;FWDB=0.00814482;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=2;MLLD=176.781;QD=14.2591;RBI=0.0218341;REFB=-0.0192181;REVB=-0.0202581;RO=90;SAF=29;SAR=33;SRF=32;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120009;STB=0.567262;STBP=0.188;TYPE=mnp;VARB=0.0266791;OID=.;OPOS=160086653;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:90:90:62:62:0.407895:33:29:32:58:33:29:32:58 chr2 160086692 . A G 561.14 PASS AF=0.415584;AO=63;DP=153;FAO=64;FDP=154;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=0.0323692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.928;QD=14.5749;RBI=0.0326917;REFB=0.000377913;REVB=0.00458024;RO=90;SAF=40;SAR=23;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145377;STB=0.574976;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.000365213;OID=.;OPOS=160086692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:90:90:63:64:0.415584:23:40:45:45:24:40:45:45 chr2 160136337 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.85;QD=53.9112;RBI=0.0194867;REFB=0;REVB=0.0137276;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.04614e-07;OID=.;OPOS=160136337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr2 160269003 . T G 998.15 PASS AF=0.922078;AO=72;DP=76;FAO=71;FDP=77;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0677907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4078;QD=51.8521;RBI=0.0897073;REFB=-0.0300643;REVB=0.0587521;RO=4;SAF=33;SAR=39;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053945;STB=0.542845;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0252152;OID=.;OPOS=160269003;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:76:77:4:6:72:71:0.922078:39:33:4:0:39:32:6:0 chr2 160289579 . G A 1034.82 PASS AF=0.973333;AO=63;DP=76;FAO=73;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0777805;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.9864;QD=55.1903;RBI=0.0975432;REFB=-0.0397337;REVB=0.0588631;RO=2;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294914;STB=0.507244;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00979558;OID=.;OPOS=160289579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:2:1:63:73:0.973333:31:32:0:2:34:39:0:1 chr2 160604452 . C T 753.88 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00538731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.254;QD=56.8965;RBI=0.0450257;REFB=0;REVB=0.0447022;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169028;OID=.;OPOS=160604452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:23:27:0:0:26:27:0:0 chr2 160605268 . T C 648.73 PASS AF=1;AO=32;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.799;QD=61.7838;RBI=0.0324544;REFB=0;REVB=0.0234103;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966551;OID=.;OPOS=160605268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:32:42:1:19:13:0:0:26:16:0:0 chr2 160673526 . A G,T 637.54 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=40,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137676,-0.0083136;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.7477,207.845;QD=60.7177;RBI=0.0160489,0.00891013;REFB=0,0;REVB=0.00824749,0.00320537;RO=0;SAF=15,0;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00156184,0.064351;OID=.,.;OPOS=160673526,160673526;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:40,2:40,2:0.952381,0.047619:25,2:15,0:0:0:25,2:15,0:0:0 chr2 160676343 . CAA CA,CCA,GAC 34.95 PASS AF=0.130435,0,0.0724638;AO=11,5,4;DP=71;FAO=9,0,5;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=2,0,0;FSAR=7,0,5;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=-0.0162529,0.0179926,-0.00723868;FXX=0.0675584;HRUN=5,5,2;LEN=1,1,3;MLLD=9.92172,26.0307,240.181;QD=2.02602;RBI=0.163678,0.105456,0.0310637;REFB=-0.102334,-0.052048,-0.00969678;REVB=-0.162869,-0.10391,-0.0302085;RO=42;SAF=5,0,0;SAR=6,5,4;SRF=33;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.411284,-0.741095,-0.710327;STB=0.869191,0.5,0.998669;STBP=0.034,1,0;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0122334,0,0.0324697;OID=.,.,.;OPOS=160676344,160676344,160676343;OREF=A,A,CAA;OALT=-,C,GAC;OMAPALT=CA,CCA,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:71:69:42:55:11,5,4:9,0,5:0.130435,0,0.0724638:6,5,4:5,0,0:33:9:7,0,5:2,0,0:40:15 chr2 160676427 . C A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.58;QD=57.2365;RBI=0.0610848;REFB=0;REVB=0.0232358;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309286;OID=.;OPOS=160676427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr2 160710922 . T C 2531.11 PASS AF=0.993976;AO=164;DP=165;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.695;QD=60.9906;RBI=0.0353434;REFB=-0.0980457;REVB=0.0298498;RO=1;SAF=88;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537716;STB=0.502825;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000248758;OID=.;OPOS=160710922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:166:1:1:164:165:0.993976:76:88:1:0:77:88:1:0 chr2 160729005 . C T 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0798322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2453;QD=58.2381;RBI=0.0834578;REFB=0;REVB=0.0243316;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000558883;OID=.;OPOS=160729005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr2 160737663 . T A 369.69 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00784186;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.829;QD=16.804;RBI=0.00969249;REFB=-0.00464289;REVB=0.00569644;RO=49;SAF=19;SAR=20;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103633;STB=0.546806;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00569148;OID=.;OPOS=160737663;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:49:49:39:39:0.443182:20:19:29:20:20:19:28:21 chr2 160761136 . A G 105.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0133436;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.513;QD=17.599;RBI=0.0133868;REFB=-0.0148395;REVB=-0.0010746;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152196;STB=0.588084;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0152135;OID=.;OPOS=160761136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:24:12:12:12:12:0.5:8:4:6:6:8:4:6:6 chr2 160808075 . C T 164.38 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0115722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.78;QD=13.6987;RBI=0.0115739;REFB=0.0111625;REVB=-0.000197688;RO=30;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186249;STB=0.609247;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0185151;OID=.;OPOS=160808075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:13:5:13:17:13:5:13:17 chr2 160833188 . A G 1812.78 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955873;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.7;QD=61.45;RBI=0.0138912;REFB=0;REVB=0.0100795;RO=0;SAF=74;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22492e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27714e-05;OID=.;OPOS=160833188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:118:0:0:118:118:1:44:74:0:0:44:74:0:0 chr2 160885418 . G C 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0485352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.496;QD=19.7635;RBI=0.0485455;REFB=-0.00209375;REVB=-0.000999265;RO=33;SAF=11;SAR=24;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187046;STB=0.604255;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00171509;OID=.;OPOS=160885418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:24:11:17:16:24:11:17:16 chr2 160885442 . T C 188.24 PASS AF=0.433962;AO=19;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0382546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.452;QD=14.2068;RBI=0.0398068;REFB=-0.0133486;REVB=-0.0110078;RO=29;SAF=0;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.822691;STB=0.741952;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0509318;OID=.;OPOS=160885442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:30:19:23:0.433962:19:0:15:14:19:4:16:14 chr2 160901517 . A G 850.49 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3889;QD=57.6604;RBI=0.0558227;REFB=0;REVB=-0.0245567;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000814332;OID=.;OPOS=160901517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr2 160983060 . G C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.218;QD=58.1421;RBI=0.029715;REFB=0;REVB=0.0296236;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60085e-05;OID=.;OPOS=160983060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr2 161029218 . G A 579.43 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0879772;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.791;QD=60.9923;RBI=0.0881921;REFB=0;REVB=-0.00615321;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00432e-05;OID=.;OPOS=161029218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:37:38:1:25:12:0:0:25:13:0:0 chr2 161174693 . C T 39.96 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0530845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.537;QD=7.99173;RBI=0.054104;REFB=-0.00698685;REVB=-0.0104535;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34615;STB=0.713673;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0229399;OID=.;OPOS=161174693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:5:8:2:5:5:8 chr2 161253376 . A G 246.08 PASS AF=0.408451;AO=28;DP=70;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0151738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.152;QD=13.8637;RBI=0.0166091;REFB=-0.0135073;REVB=-0.00675395;RO=39;SAF=19;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204972;STB=0.622555;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0168152;OID=.;OPOS=161253376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:42:28:29:0.408451:9:19:19:20:10:19:19:23 chr2 162092241 . AC AA,ACAA,ACA,CA 254.72 PASS AF=0.025641,0.0641026,0.794872,0.0512821;AO=4,13,35,5;DP=78;FAO=2,5,62,4;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=0,2,23,2;FSAR=2,3,39,2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0116488,0.0169434,0.0606239,0.0544626;FXX=0.0126566;HRUN=1,8,8,5;LEN=1,2,1,2;MLLD=205.246,6.66959,4.91095,24.845;QD=13.0627;RBI=0.0138322,0.0299289,0.0807416,0.0544634;REFB=-0.00391548,-0.149974,-0.314457,-0.172143;REVB=-0.00745887,-0.024671,-0.0533286,-0.000287173;RO=14;SAF=1,2,9,1;SAR=3,11,26,4;SRF=12;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.614482,-0.618402,-0.337706,-0.6453;STB=0.995714,0.691596,0.533694,0.665923;STBP=0.088,0.318,0.059,0.478;TYPE=snp,ins,ins,mnp;VARB=0.0264477,0.138213,-0.0554049,-0.0356625;OID=.,.,.,.;OPOS=162092242,162092243,162092243,162092241;OREF=C,-,-,AC;OALT=A,AA,A,CA;OMAPALT=AA,ACAA,ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:13:78:78:14:5:4,13,35,5:2,5,62,4:0.025641,0.0641026,0.794872,0.0512821:3,11,26,4:1,2,9,1:12:2:2,3,39,2:0,2,23,2:4:1 chr2 162696414 . C T 578.23 PASS AF=0.537037;AO=55;DP=102;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0600292;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0003;QD=21.4158;RBI=0.0753848;REFB=-0.0432896;REVB=-0.0456;RO=46;SAF=25;SAR=30;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127361;STB=0.595975;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0331522;OID=.;OPOS=162696414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:108:46:50:55:58:0.537037:30:25:28:18:33:25:32:18 chr2 163353469 . T C 288.54 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.011252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1349;QD=20.9848;RBI=0.0466368;REFB=-0.0134295;REVB=0.0452591;RO=24;SAF=17;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120286;STB=0.575524;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0176325;OID=.;OPOS=163353469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:25:30:30:0.545455:13:17:10:14:13:17:10:15 chr2 163374577 . G A 572.29 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0627262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1196;QD=20.8104;RBI=0.0627587;REFB=-0.0106791;REVB=-0.00201743;RO=52;SAF=21;SAR=37;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156016;STB=0.585943;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00582216;OID=.;OPOS=163374577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:52:52:58:58:0.527273:37:21:28:24:37:21:28:24 chr2 164145582 . C A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.908;QD=55.6561;RBI=0.025467;REFB=0;REVB=0.0187666;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19485e-05;OID=.;OPOS=164145582;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr2 165353712 . C T 315.61 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00575623;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8514;QD=20.0386;RBI=0.0917907;REFB=-0.0146971;REVB=-0.09161;RO=30;SAF=21;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925601;STB=0.551483;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00993402;OID=.;OPOS=165353712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:12:21:16:14:12:21:16:14 chr2 165600310 . A C 460.41 PASS AF=0.564103;AO=43;DP=79;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0316845;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.434;QD=23.611;RBI=0.032012;REFB=-0.0137649;REVB=0.00456752;RO=34;SAF=26;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109591;STB=0.563813;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0146516;OID=.;OPOS=165600310;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:34:34:43:44:0.564103:17:26:16:18:17:27:16:18 chr2 165698547 . G A 255.68 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00505683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.775;QD=29.2201;RBI=0.0245009;REFB=-0.0244622;REVB=0.0239734;RO=12;SAF=19;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277819;STB=0.655019;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0125386;OID=.;OPOS=165698547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:4:19:6:6:4:19:6:6 chr2 165996107 . T A 1305.94 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0557946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.066;QD=60.7413;RBI=0.0573826;REFB=-0.0293353;REVB=0.0134062;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000280033;OID=.;OPOS=165996107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:85:85:0.988372:52:33:0:0:52:33:0:1 chr2 166170127 . T C 2755.24 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977719;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5497;QD=62.619;RBI=0.0427806;REFB=0;REVB=0.0416484;RO=0;SAF=107;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63227e-05;OID=.;OPOS=166170127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:176:0:0:176:176:1:69:107:0:0:69:107:0:0 chr2 166248047 . G A 1194.32 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0190205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.419;QD=59.7161;RBI=0.0235261;REFB=-0.0152537;REVB=0.0138454;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.507245;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000121053;OID=.;OPOS=166248047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:45:34:0:0:45:34:1:0 chr2 166535918 . C T 283.02 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00622439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.269;QD=14.8956;RBI=0.00656306;REFB=0.000665699;REVB=0.00208106;RO=44;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101339;STB=0.557341;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00108244;OID=.;OPOS=166535918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:15:17:19:25:15:17:19:25 chr2 166605010 . A T 574.85 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.689;QD=60.5101;RBI=0.0588151;REFB=0;REVB=0.00464166;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558964;OID=.;OPOS=166605010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:33:38:1:15:18:0:0:16:22:0:0 chr2 166618262 . C T 920.06 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.108;QD=58.4167;RBI=0.0313199;REFB=0;REVB=0.0217564;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123925;OID=.;OPOS=166618262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:32:31:0:0 chr2 166770120 . A G 365.45 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.013304;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7938;QD=15.5509;RBI=0.0207995;REFB=0.00521528;REVB=0.0159882;RO=52;SAF=20;SAR=19;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130062;STB=0.508461;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00974204;OID=.;OPOS=166770120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:52:55:39:39:0.414894:19:20:26:26:19:20:29:26 chr2 166773971 . G A 244.75 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0749199;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.103;QD=17.482;RBI=0.0749557;REFB=0.0116483;REVB=0.0023183;RO=28;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556173;STB=0.523792;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0164487;OID=.;OPOS=166773971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:28:29:27:27:0.482143:17:10:12:16:17:10:12:17 chr2 166788336 . T C 927.48 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.814;QD=57.0759;RBI=0.0331848;REFB=-0.110587;REVB=0.0258905;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724799;OID=.;OPOS=166788336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:65:0:0:64:65:1:39:25:0:0:40:25:0:0 chr2 166797646 . C T 258.99 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0139026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8297;QD=14.1912;RBI=0.027796;REFB=-0.0423702;REVB=-0.0240695;RO=43;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560106;STB=0.531771;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0555403;OID=.;OPOS=166797646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:18:12:15:28:18:12:15:28 chr2 166810161 . G A 49.12 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.017892;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3734;QD=12.2791;RBI=0.0232041;REFB=-0.0331591;REVB=0.0147753;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419664;STB=0.745189;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0518772;OID=.;OPOS=166810161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:1:8:3:4:1:8 chr2 166892788 . C T 1549.18 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.786;QD=63.8837;RBI=0.0702127;REFB=0;REVB=-0.0171264;RO=0;SAF=37;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106738;OID=.;OPOS=166892788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:60:37:0:0:60:37:0:0 chr2 166897864 . A G 1552.69 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.906;QD=59.719;RBI=0.0411431;REFB=0;REVB=0.0355149;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243535;OID=.;OPOS=166897864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:53:50:0:0:54:50:0:0 chr2 166903445 . T C 1283.06 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2184;QD=61.8344;RBI=0.0150212;REFB=0;REVB=-0.00251582;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.8079e-05;OID=.;OPOS=166903445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:48:34:0:0:49:34:0:0 chr2 167099158 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.573;QD=60.8835;RBI=0.031148;REFB=0;REVB=0.0106563;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.448e-05;OID=.;OPOS=167099158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr2 167144974 . A T 404.77 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.00258634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9603;QD=17.2241;RBI=0.060773;REFB=-0.0312698;REVB=-0.0607179;RO=52;SAF=16;SAR=26;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26584;STB=0.648633;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0469401;OID=.;OPOS=167144974;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:26:16:34:18:26:16:34:18 chr2 167144995 . T C 469.27 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.0111712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.198;QD=17.0643;RBI=0.0226332;REFB=-0.0187869;REVB=0.0196842;RO=59;SAF=23;SAR=28;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16841;STB=0.593603;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0139498;OID=.;OPOS=167144995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:59:51:51:0.463636:28:23:37:22:28:23:37:22 chr2 167145142 . A G 135.87 PASS AF=0.321429;AO=19;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0100196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.043;QD=9.70485;RBI=0.0245341;REFB=-0.0111048;REVB=-0.0223949;RO=36;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32418;STB=0.66068;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0286717;OID=.;OPOS=167145142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:38:19:18:0.321429:7:12:12:24:7:11:14:24 chr2 167163043 . T C 566.19 PASS AF=0.565217;AO=51;DP=92;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0371778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4468;QD=24.6167;RBI=0.0723708;REFB=-0.0122613;REVB=0.0620914;RO=40;SAF=23;SAR=28;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193926;STB=0.514353;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00768607;OID=.;OPOS=167163043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:40:40:51:52:0.565217:28:23:19:21:29:23:19:21 chr2 167168093 . C T 556.34 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.000992392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.284;QD=18.7005;RBI=0.00262071;REFB=-0.0104088;REVB=0.00242555;RO=60;SAF=33;SAR=25;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048613;STB=0.523033;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0105861;OID=.;OPOS=167168093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:60:61:58:58:0.487395:25:33:31:29:25:33:32:29 chr2 167262088 . T G 297.07 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00765775;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.812;QD=20.4873;RBI=0.00793922;REFB=-0.0127762;REVB=0.00209526;RO=27;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127179;STB=0.570425;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00640413;OID=.;OPOS=167262088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:27:27:31:31:0.534483:15:16:18:9:15:16:18:9 chr2 167262353 . C G 239.82 PASS AF=0.302752;AO=31;DP=108;FAO=33;FDP=109;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=51;FWDB=0.00813237;FXX=0.0353951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4027;QD=8.80063;RBI=0.0110182;REFB=-0.0172131;REVB=-0.00743408;RO=75;SAF=13;SAR=18;SRF=24;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125938;STB=0.548397;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0206141;OID=.;OPOS=167262353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:75:76:31:33:0.302752:18:13:24:51:20:13:25:51 chr2 167262746 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00659893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=357.157;QD=10.6346;RBI=0.0140795;REFB=-0.00108634;REVB=0.0124373;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313669;STB=0.6918;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00194687;OID=.;OPOS=167262746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:2:6:6:7:2:6:6:7 chr2 167266344 . G A 264.68 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.000449776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.559;QD=13.0705;RBI=0.0231441;REFB=-0.0110016;REVB=-0.0231397;RO=49;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127869;STB=0.57873;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0164128;OID=.;OPOS=167266344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:50:31:31:0.382716:14:17:21:28:14:17:21:29 chr2 167279777 . C T 268.74 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0158494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3584;QD=22.3952;RBI=0.035048;REFB=0.0131034;REVB=-0.0312595;RO=23;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142568;STB=0.579768;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.0188205;OID=.;OPOS=167279777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:15:10:13:10:15:10:13:10 chr2 167279922 . C A 725.32 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1819;QD=63.0714;RBI=0.0500214;REFB=0;REVB=-0.0476447;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000877003;OID=.;OPOS=167279922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr2 167334085 . G T 1745.05 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.977;QD=60.1742;RBI=0.00977271;REFB=0;REVB=0.00300229;RO=0;SAF=59;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35612e-05;OID=.;OPOS=167334085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:114:116:1:55:59:0:0:57:59:0:0 chr2 168726659 . A C 323.75 PASS AF=0.341667;AO=40;DP=119;FAO=41;FDP=120;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.00475513;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.555;QD=10.7916;RBI=0.0146346;REFB=-0.00751642;REVB=0.0138406;RO=78;SAF=22;SAR=18;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130139;STB=0.569135;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0147691;OID=.;OPOS=168726659;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:78:79:40:41:0.341667:18:22:34:44:18:23:36:43 chr2 169629494 . G A 578.47 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0174282;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.463;QD=26.2942;RBI=0.0185213;REFB=-0.00105391;REVB=-0.00626894;RO=36;SAF=29;SAR=23;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146544;STB=0.579969;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000711206;OID=.;OPOS=169629494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:36:36:52:52:0.590909:23:29:13:23:23:29:13:23 chr2 169681151 . C T 263.48 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00234211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.988;QD=17.5651;RBI=0.0358991;REFB=0.018883;REVB=-0.0358226;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922242;STB=0.551688;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.0350786;OID=.;OPOS=169681151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:16:13:17:14:16:13:17:14 chr2 169707428 . C T 461.08 PASS AF=0.523256;AO=44;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0365609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.752;QD=21.4456;RBI=0.0366284;REFB=-0.00579332;REVB=-0.00222171;RO=40;SAF=21;SAR=23;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11073;STB=0.548568;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00398126;OID=.;OPOS=169707428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:41:44:45:0.523256:23:21:14:26:24:21:15:26 chr2 169721377 . G A 585.3 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0220811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5943;QD=54.4469;RBI=0.0220814;REFB=-0.0456743;REVB=-0.000116687;RO=2;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360683;STB=0.519221;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0425405;OID=.;OPOS=169721377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:25:16:0:2:25:16:0:2 chr2 169721381 . A G 127.0 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.013356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.412;QD=11.814;RBI=0.0310372;REFB=-0.00707561;REVB=0.0280166;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128693;STB=0.566575;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00829599;OID=.;OPOS=169721381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:27:28:15:15:0.348837:10:5:12:15:10:5:12:16 chr2 169764176 . G C 357.28 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0184829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.315;QD=19.3127;RBI=0.0194248;REFB=-0.0227281;REVB=0.00597527;RO=37;SAF=17;SAR=20;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245114;STB=0.513626;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0330655;OID=.;OPOS=169764176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:20:17:16:21:20:17:16:21 chr2 169764236 . GCCA CGAC,CGCC,GCC,GCGC 71.41 PASS AF=0.0819672,0.0491803,0.131148,0.0491803;AO=2,2,18,3;DP=57;FAO=5,3,8,3;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=0,0,2,0;FSAR=5,3,6,3;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00471293,0.0153993,0.0322426,-0.00375928;FXX=0.0161264;HRUN=1,1,5,2;LEN=4,4,1,2;MLLD=106.432,43.9719,12.0787,119.497;QD=4.68264;RBI=0.0533646,0.0607796,0.232911,0.0759554;REFB=-0.0140034,-0.045512,-0.163482,-0.010021;REVB=-0.0531561,-0.0587964,-0.230669,-0.0758623;RO=26;SAF=0,0,2,0;SAR=2,2,16,3;SRF=26;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.872328,-0.872328,-0.774833,-0.873703;STB=0.998386,0.99749,0.817488,0.99749;STBP=0.002,0.022,0.084,0.022;TYPE=mnp,mnp,del,mnp;VARB=0.17026,0.151277,0.10219,0.252451;OID=.,.,.,.;OPOS=169764236,169764236,169764239,169764238;OREF=GCCA,GCCA,A,CA;OALT=CGAC,CGCC,-,GC;OMAPALT=CGAC,CGCC,GCC,GCGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:24:57:61:26:42:2,2,18,3:5,3,8,3:0.0819672,0.0491803,0.131148,0.0491803:2,2,16,3:0,0,2,0:26:0:5,3,6,3:0,0,2,0:28:14 chr2 169787310 . G A 352.87 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.038096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4445;QD=15.8593;RBI=0.0382454;REFB=0.00114201;REVB=-0.00337768;RO=51;SAF=22;SAR=16;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149735;STB=0.584371;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00143995;OID=.;OPOS=169787310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:16:22:22:29:16:22:22:29 chr2 169789016 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.437;QD=57.0007;RBI=0.0318149;REFB=0;REVB=0.0173288;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8288e-05;OID=.;OPOS=169789016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:29:25:0:0 chr2 169826877 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.876;QD=54.5171;RBI=0.0375215;REFB=0;REVB=-0.0313792;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000437273;OID=.;OPOS=169826877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr2 169830328 . A G 1044.31 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4446;QD=59.6749;RBI=0.0702209;REFB=0;REVB=0.0264449;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755138;OID=.;OPOS=169830328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr2 169847412 . A G 223.03 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0597245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.763;QD=22.8746;RBI=0.0627157;REFB=-0.0473264;REVB=0.0191376;RO=17;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743127;STB=0.527421;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.03844;OID=.;OPOS=169847412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:17:21:22:0.564103:8:13:9:8:9:13:9:8 chr2 169870855 . A G 427.13 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00729206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.524;QD=24.7613;RBI=0.0111514;REFB=-0.0210769;REVB=0.0084368;RO=27;SAF=18;SAR=23;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580475;STB=0.539426;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0159493;OID=.;OPOS=169870855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:28:41:41:0.594203:23:18:14:13:23:18:15:13 chr2 170003432 . T G 1754.42 PASS AF=0.991525;AO=115;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0362349;FXX=0.00840265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.375;QD=59.4717;RBI=0.0380059;REFB=0.144192;REVB=0.0114665;RO=2;SAF=58;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000141119;STB=0.504347;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000337611;OID=.;OPOS=170003432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:2:1:115:117:0.991525:57:58:1:1:57:60:0:1 chr2 170010985 . T C 260.36 PASS AF=0.547619;AO=11;DP=39;FAO=23;FDP=42;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0180806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.296;QD=24.7959;RBI=0.0181006;REFB=-0.0347878;REVB=-0.000850969;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277675;STB=0.584541;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0848971;OID=.;OPOS=170010985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:15:17:11:23:0.547619:9:2:6:9:9:14:7:10 chr2 170053505 . C T 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0170676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.35;QD=23.8203;RBI=0.0179849;REFB=-0.0183673;REVB=-0.00567058;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04913;STB=0.527421;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0151865;OID=.;OPOS=170053505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:13:9:8:9:13:9:8:9 chr2 170062078 . G C 434.31 PASS AF=0.396825;AO=50;DP=126;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.00368872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.091;QD=13.7875;RBI=0.00764253;REFB=-0.00503816;REVB=0.0066934;RO=76;SAF=32;SAR=18;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208001;STB=0.617713;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00718292;OID=.;OPOS=170062078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:76:76:50:50:0.396825:18:32:34:42:18:32:34:42 chr2 170099473 . T C 310.35 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0658087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6046;QD=21.4037;RBI=0.0701495;REFB=-0.0352785;REVB=0.0242933;RO=26;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197117;STB=0.51091;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.031465;OID=.;OPOS=170099473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:18:14:12:14:18:14:12:14 chr2 170103336 . T C 840.73 PASS AF=0.525;AO=84;DP=160;FAO=84;FDP=160;FR=.;FRO=76;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=51;FWDB=-0.0185129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.967;QD=21.0183;RBI=0.0195423;REFB=-0.0106424;REVB=-0.00625895;RO=75;SAF=41;SAR=43;SRF=24;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145722;STB=0.575894;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0084795;OID=.;OPOS=170103336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:75:76:84:84:0.525:43:41:24:51:43:41:25:51 chr2 170115588 . T C 397.43 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0032675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.983;QD=20.6458;RBI=0.00331936;REFB=-0.00614162;REVB=0.000584443;RO=37;SAF=19;SAR=21;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126792;STB=0.570101;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00472843;OID=.;OPOS=170115588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:21:19:23:14:21:19:23:14 chr2 170150671 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7572;QD=51.915;RBI=0.0108276;REFB=0;REVB=-0.00977282;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242219;OID=.;OPOS=170150671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr2 170218847 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.815;QD=53.9112;RBI=0.0361795;REFB=0;REVB=0.0327022;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146994;OID=.;OPOS=170218847;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr2 170402752 . T C 57.66 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0138387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7896;QD=13.5671;RBI=0.0321478;REFB=-0.00211389;REVB=0.0290168;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401081;STB=0.523751;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00285748;OID=.;OPOS=170402752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:3:6:5:3:3:6 chr2 170403030 . T C 346.37 PASS AF=0.417582;AO=37;DP=90;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0467607;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.672;QD=15.225;RBI=0.048183;REFB=-0.0172987;REVB=-0.0116207;RO=52;SAF=15;SAR=22;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157608;STB=0.599947;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0264308;OID=.;OPOS=170403030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:52:53:37:38:0.417582:22:15:29:23:23:15:30:23 chr2 170411693 . T C 229.32 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00195454;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.567;QD=15.5473;RBI=0.00215585;REFB=-0.00302;REVB=0.000909664;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102619;STB=0.503934;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00352703;OID=.;OPOS=170411693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:26:33:26:26:0.440678:12:14:11:15:12:14:18:15 chr2 170441001 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.565;QD=61.3357;RBI=0.0392474;REFB=0;REVB=0.0262083;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40102e-05;OID=.;OPOS=170441001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr2 170493103 . T A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.348;QD=37.4885;RBI=0.0627679;REFB=0;REVB=0.0311475;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037697;OID=.;OPOS=170493103;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr2 170605981 . C T 757.19 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281799;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7766;QD=57.1465;RBI=0.0404502;REFB=0;REVB=-0.0290192;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319373;OID=.;OPOS=170605981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr2 170672843 . G A 373.27 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1065;QD=55.2985;RBI=0.01328;REFB=0;REVB=-0.00458308;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275365;OID=.;OPOS=170672843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:12:15:0:0 chr2 170762566 . A T 1129.06 PASS AF=0.9625;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0582228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.733;QD=56.4531;RBI=0.0616413;REFB=-0.153269;REVB=0.0202426;RO=3;SAF=44;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031174;STB=0.503178;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00655023;OID=.;OPOS=170762566;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:80:3:3:76:77:0.9625:32:44:3:0:32:45:2:1 chr2 170917648 . A G 474.1 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.180629;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2801;QD=55.776;RBI=0.183058;REFB=0;REVB=0.0297259;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00472636;OID=.;OPOS=170917648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:34:1:0:33:34:1:18:15:1:0:18:16:0:0 chr2 170938659 . G A 438.65 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00268956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.893;QD=54.8314;RBI=0.0112626;REFB=-0.127057;REVB=0.0109367;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.513505;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00318605;OID=.;OPOS=170938659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:32:0:1:30:31:0.96875:17:13:0:0:18:13:0:1 chr2 170976590 . A G 454.91 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00584752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.831;QD=56.8641;RBI=0.0060724;REFB=0;REVB=-0.00163724;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00082007;OID=.;OPOS=170976590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:21:11:0:0 chr2 171070912 . T C 198.01 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0146456;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.834;QD=12.572;RBI=0.0225966;REFB=-0.0125288;REVB=-0.017208;RO=39;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11324;STB=0.565163;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0237294;OID=.;OPOS=171070912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:39:39:24:24:0.380952:11:13:17:22:11:13:17:22 chr2 171073887 . G A 400.01 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0428228;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.927;QD=21.0533;RBI=0.0429378;REFB=-0.00311589;REVB=-0.00313964;RO=35;SAF=21;SAR=19;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112781;STB=0.55435;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00361817;OID=.;OPOS=171073887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:35:36:40:40:0.526316:19:21:23:12:19:21:23:13 chr2 171260787 . G A 801.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.171;QD=57.2305;RBI=0.0417326;REFB=0;REVB=0.029819;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6425e-06;OID=.;OPOS=171260787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr2 171260820 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00879186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4521;QD=57.1767;RBI=0.0250947;REFB=0;REVB=0.0235042;RO=0;SAF=40;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179126;OID=.;OPOS=171260820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:11:40:0:0:11:40:0:0 chr2 171355198 . A G 402.94 PASS AF=0.966667;AO=23;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0898564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.742;QD=53.7258;RBI=0.0908531;REFB=0.0101596;REVB=-0.0134206;RO=2;SAF=6;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446753;STB=0.514276;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000223724;OID=.;OPOS=171355198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:2:1:23:29:0.966667:17:6:1:1:17:12:0:1 chr2 171356274 . G A 1439.82 PASS AF=1;AO=79;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.806;QD=61.9276;RBI=0.0277861;REFB=0;REVB=0.0205677;RO=0;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290849;OID=.;OPOS=171356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:79:93:1:49:30:0:0:61:32:0:0 chr2 171570151 . C T 805.07 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3389;QD=64.4058;RBI=0.02037;REFB=0;REVB=-0.0193176;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165119;OID=.;OPOS=171570151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr2 171570488 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.103;QD=33.4285;RBI=0.0543508;REFB=0;REVB=0.0371473;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000787017;OID=.;OPOS=171570488;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr2 171822465 . C CT 411.89 PASS AF=1;AO=6;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.146005;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=163.383;QD=47.0732;RBI=0.146543;REFB=0;REVB=-0.012549;RO=29;SAF=0;SAR=6;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.595578;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00253676;OID=.;OPOS=171822466;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:35:35:35:0:5:30:0:0:4:29:0:6:5:24 chr2 171822466 . C T 361.1 PASS AF=0.763158;AO=29;DP=38;FAO=29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0117496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.546;QD=38.0105;RBI=0.0218526;REFB=-0.0944783;REVB=0.018425;RO=7;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127495;STB=0.584853;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00265581;OID=.;OPOS=171822466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:38:38:7:9:29:29:0.763158:22:7:0:7:22:7:0:9 chr2 171822576 . C T 256.79 PASS AF=0.446154;AO=27;DP=63;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0136743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2895;QD=15.8024;RBI=0.0892201;REFB=-0.0346241;REVB=0.088166;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193842;STB=0.533454;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0430913;OID=.;OPOS=171822576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:36:36:27:29:0.446154:16:11:14:22:16:13:14:22 chr2 171850329 . T G 280.2 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00913249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.357;QD=16.7283;RBI=0.0205078;REFB=-0.0155502;REVB=-0.0183621;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796361;STB=0.536209;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0153545;OID=.;OPOS=171850329;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:16:15:14:21:16:15:15:21 chr2 171854232 . TA T 76.48 PASS AF=0.404762;AO=14;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0896974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.7932;QD=7.28401;RBI=0.251408;REFB=-0.0441848;REVB=-0.234863;RO=26;SAF=3;SAR=11;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.569013;STB=0.76162;STBP=0.015;TYPE=del;VARB=0.0900515;OID=.;OPOS=171854233;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404762:14:42:17:42:25:5:12:19:6:76:26:3:11:20:6 chr2 172174150 . AA GC 289.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03695;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=200.929;QD=52.6459;RBI=0.0394585;REFB=0;REVB=-0.0138444;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00014393;OID=.;OPOS=172174150;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:12:10:0:0 chr2 172180771 . A G 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.057;QD=62.7621;RBI=0.0219;REFB=0;REVB=0.0177975;RO=0;SAF=58;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33135e-05;OID=.;OPOS=172180771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:31:58:0:0:31:58:0:0 chr2 172216969 . T C 54.97 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0561822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.7316;QD=9.55971;RBI=0.065292;REFB=0.00810148;REVB=-0.0332657;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497295;STB=0.791515;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0303569;OID=.;OPOS=172216969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:2:13:3:5:2:13 chr2 172336601 . T C 448.38 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0346743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.601;QD=18.6823;RBI=0.0346834;REFB=-0.00666485;REVB=-0.00079744;RO=51;SAF=22;SAR=23;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386008;STB=0.521508;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00697144;OID=.;OPOS=172336601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:23:22:27:24:23:22:27:24 chr2 172378818 . A G 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6149;QD=54.5141;RBI=0.0505557;REFB=0;REVB=-0.0344303;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118905;OID=.;OPOS=172378818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr2 172379781 . G A 649.59 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00982758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.846;QD=49.0256;RBI=0.0343511;REFB=-0.0146403;REVB=0.0329153;RO=2;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03761;STB=0.538446;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.000856941;OID=.;OPOS=172379781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:53:53:2:4:49:49:0.924528:24:25:0:2:24:25:0:4 chr2 172411273 . G A 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0518617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.445;QD=23.8999;RBI=0.0524269;REFB=0.00394839;REVB=-0.00767716;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147912;STB=0.582031;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00434743;OID=.;OPOS=172411273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:14:13:7:16:14:13:7:16 chr2 172671686 . G T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0441872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7419;QD=12.7388;RBI=0.0507418;REFB=0.0120082;REVB=-0.0249444;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341689;STB=0.705344;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0209726;OID=.;OPOS=172671686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:4:6:2:6:4:6 chr2 172693780 . G A 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.065983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7934;QD=60.9723;RBI=0.0686917;REFB=0;REVB=0.0190994;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00059719;OID=.;OPOS=172693780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr2 172709215 . G C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.605;QD=53.9099;RBI=0.0907893;REFB=0;REVB=-0.00917615;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179332;OID=.;OPOS=172709215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr2 172725301 . A G 1190.28 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00185169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.326;QD=61.0403;RBI=0.00650223;REFB=0;REVB=-0.006233;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.52157e-06;OID=.;OPOS=172725301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr2 172926226 . G T 517.44 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0148443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7833;QD=54.4674;RBI=0.024753;REFB=0.0217359;REVB=0.019808;RO=2;SAF=19;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467499;STB=0.524986;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00920737;OID=.;OPOS=172926226;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:17:19:2:0:17:19:2:0 chr2 172964638 . C A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.683;QD=45.8068;RBI=0.0245526;REFB=0;REVB=0.0102714;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54208e-05;OID=.;OPOS=172964638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr2 172966250 . T C 1809.71 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0151764;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.894;QD=60.3237;RBI=0.0257906;REFB=0.0363814;REVB=0.0208526;RO=1;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082599;STB=0.504347;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000292991;OID=.;OPOS=172966250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:118:119:0.991667:57:61:0:1:57:62:0:1 chr2 173352157 . A T 362.5 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00764482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.794;QD=27.8848;RBI=0.0294668;REFB=-0.0499827;REVB=0.0284579;RO=18;SAF=17;SAR=17;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0222586;OID=.;OPOS=173352157;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:17:17:9:9:17:17:9:9 chr2 173686663 . G T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0093359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.1;QD=59.018;RBI=0.0659515;REFB=0;REVB=0.0652874;RO=0;SAF=26;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227571;OID=.;OPOS=173686663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:8:26:0:0:8:26:0:0 chr2 173917425 . G A 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.509;QD=59.1403;RBI=0.00637252;REFB=0;REVB=-0.00285253;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86054e-06;OID=.;OPOS=173917425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr2 174068513 . G C 769.5 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.078;QD=57;RBI=0.0185828;REFB=0;REVB=0.00215678;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014241;OID=.;OPOS=174068513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:16:37:0:0:16:38:0:0 chr2 174091088 . T C 1208.55 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8759;QD=61.1924;RBI=0.0337234;REFB=0;REVB=0.0336894;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.25559e-05;OID=.;OPOS=174091088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr2 174097106 . A G 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.015885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.041;QD=11.8154;RBI=0.0164198;REFB=0.00122201;REVB=-0.00415645;RO=41;SAF=12;SAR=12;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146886;STB=0.584547;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00212827;OID=.;OPOS=174097106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:12:12:26:15:12:12:26:15 chr2 174103160 . T C 220.57 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0149423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3475;QD=14.2302;RBI=0.0224035;REFB=-0.00368173;REVB=0.0166926;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056658;STB=0.532233;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0151822;OID=.;OPOS=174103160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:13:13:20:16:13:13:20:16 chr2 174128513 . C T 268.73 PASS AF=0.648649;AO=22;DP=34;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00559591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9647;QD=29.0521;RBI=0.0502905;REFB=-0.0355046;REVB=0.0499782;RO=12;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244462;STB=0.501133;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.023617;OID=.;OPOS=174128513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:12:13:22:24:0.648649:12:10:5:7:13:11:6:7 chr2 174939984 . G A 128.68 PASS AF=0.764706;AO=2;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0193013;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=195.804;QD=30.278;RBI=0.124568;REFB=-0.0325419;REVB=-0.123064;RO=2;SAF=2;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555473;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0245133;OID=.;OPOS=174939984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:2:13:0.764706:0:2:2:0:5:8:2:0 chr2 175201299 . C G 1506.29 PASS AF=1;AO=90;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305134;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.692;QD=59.6551;RBI=0.0278517;REFB=0;REVB=0.0276841;RO=0;SAF=55;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016776;OID=.;OPOS=175201299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:90:101:1:35:55:0:0:45:56:0:0 chr2 175287778 . G A 285.86 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0525048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.222;QD=20.4188;RBI=0.0535099;REFB=0.00201957;REVB=-0.0103228;RO=25;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10397;STB=0.54901;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.00157099;OID=.;OPOS=175287778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:30:30:0.535714:13:17:11:14:13:17:12:14 chr2 175292580 . TTCAAATTTATCAG T 39.24 PASS AF=0.173913;AO=12;DP=76;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0296597;FXX=0.0799893;HRUN=2;LEN=13;MLLD=287.058;QD=2.27455;RBI=0.0297469;REFB=0.00166633;REVB=0.00227567;RO=49;SAF=1;SAR=11;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586898;STB=0.893585;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=-0.00539416;OID=.;OPOS=175292581;OREF=TCAAATTTATCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173913:12:76:12:69:57:1:11:29:28:39:49:1:11:25:24 chr2 175300997 . G A 416.05 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00261714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.814;QD=16.9817;RBI=0.0119583;REFB=-0.0130191;REVB=0.0116684;RO=54;SAF=22;SAR=21;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299253;STB=0.521811;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0150227;OID=.;OPOS=175300997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:55:43:43:0.438776:21:22:26:28:21:22:26:29 chr2 175424825 . A T 117.79 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0427383;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=54.2622;QD=14.7232;RBI=0.0432627;REFB=-0.00871583;REVB=-0.00671515;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371638;STB=0.74002;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00310686;OID=.;OPOS=175424825;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:17:18:13:14:0.4375:10:3:10:7:11:3:11:7 chr2 175425476 . G A 650.02 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.763;QD=61.9064;RBI=0.0319963;REFB=0;REVB=0.0306772;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76861e-05;OID=.;OPOS=175425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:17:23:0:0:19:23:0:0 chr2 175425642 . T C 334.7 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00491771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.678;QD=16.9467;RBI=0.011092;REFB=-0.017527;REVB=-0.00994225;RO=43;SAF=17;SAR=19;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607494;STB=0.534064;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0169929;OID=.;OPOS=175425642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:19:17:23:20:19:17:23:20 chr2 175426274 . C G 940.76 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228103;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2016;QD=58.7973;RBI=0.0270331;REFB=0;REVB=0.0145077;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210712;OID=.;OPOS=175426274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr2 175436576 . A C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.0195708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.646;QD=10.3788;RBI=0.0313438;REFB=-0.033625;REVB=-0.024483;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457361;STB=0.761504;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0389527;OID=.;OPOS=175436576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:15:1:4:5:15:1 chr2 175436940 . G A 526.08 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.317;QD=55.3769;RBI=0.0697441;REFB=0.0194621;REVB=0.0657154;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228293;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000678267;OID=.;OPOS=175436940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:36:37:0.973684:16:20:1:0:17:20:1:0 chr2 175614716 . G A 344.33 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.019656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.537;QD=13.1172;RBI=0.0204054;REFB=-0.0146831;REVB=0.00547943;RO=64;SAF=22;SAR=19;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188853;STB=0.606846;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0254967;OID=.;OPOS=175614716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:64:41:41:0.390476:19:22:23:41:19:22:23:41 chr2 176866917 . G C,GC 30.42 PASS AF=0.0416667,0.25;AO=2,3;DP=24;FAO=1,6;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=0,1;FSAR=1,5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.000259911,0.0150854;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=30.3764,17.6515;QD=5.0692;RBI=0.101128,0.289809;REFB=0.0125367,0.00894929;REVB=0.101127,0.289416;RO=19;SAF=0,1;SAR=2,2;SRF=6;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.449404,0.0218184;STB=0.986962,0.685563;STBP=0.454,0.407;TYPE=snp,ins;VARB=0.00466903,0.0596368;OID=.,.;OPOS=176866917,176866918;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:24:24:19:17:2,3:1,6:0.0416667,0.25:2,2:0,1:6:13:1,5:0,1:6:11 chr2 176988290 . C CGCA 57.35 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0423392;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=3;MLLD=288.603;QD=10.9232;RBI=0.0427019;REFB=-0.0381719;REVB=-0.00555329;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100478;STB=0.555414;STBP=0.77;TYPE=ins;VARB=0.0513045;OID=.;OPOS=176988291;OREF=-;OALT=GCA;OMAPALT=CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:8:23:8:21:13:5:3:7:6:57:15:5:3:8:7 chr2 177036754 . T C 48.05 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0715406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.3322;QD=12.8141;RBI=0.0723983;REFB=-0.0746761;REVB=-0.0111108;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119504;STB=0.603481;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.071373;OID=.;OPOS=177036754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:8:7:7:0.466667:4:3:4:3:4:3:5:3 chr2 178085137 . G A 249.75 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00135218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.59;QD=18.4996;RBI=0.00851796;REFB=0.0029613;REVB=-0.00840995;RO=26;SAF=10;SAR=17;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278756;STB=0.663408;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00649332;OID=.;OPOS=178085137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:17:10:18:8:17:10:19:8 chr2 178417142 . C T 1440.68 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6224;QD=62.6381;RBI=0.0517913;REFB=0;REVB=0.00592795;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129035;OID=.;OPOS=178417142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:51:40:0:0:52:40:0:0 chr2 178417225 . C T 1084.17 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0834773;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.354;QD=60.2314;RBI=0.0834842;REFB=0;REVB=-0.00108005;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483405;OID=.;OPOS=178417225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr2 178481818 . G T 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.916;QD=60.8835;RBI=0.0153319;REFB=0;REVB=0.000204444;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55254e-05;OID=.;OPOS=178481818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:48:29:0:0:48:29:0:0 chr2 178482094 . C T 68.49 PASS AF=1;AO=6;DP=9;FAO=7;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605507;FXX=0.221976;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.651;QD=39.1395;RBI=0.0225221;REFB=0;REVB=0.0216929;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103216;OID=.;OPOS=178482094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:9:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:4:3:0:0 chr2 178491217 . G A 990.53 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.076;QD=59.1362;RBI=0.0193878;REFB=0;REVB=0.0157067;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14257e-05;OID=.;OPOS=178491217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr2 178493301 . G T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.149;QD=55.0986;RBI=0.0252188;REFB=0;REVB=-0.00556103;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74862e-05;OID=.;OPOS=178493301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr2 178494173 . G GGGA 1725.94 PASS AF=0.916667;AO=110;DP=134;FAO=121;FDP=132;FR=.;FRO=11;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0255501;FXX=0.00751823;HRUN=4;LEN=3;MLLD=287.962;QD=52.3011;RBI=0.0256525;REFB=-0.0337474;REVB=0.00228984;RO=17;SAF=54;SAR=56;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00972672;STB=0.514509;STBP=0.279;TYPE=ins;VARB=0.00190871;OID=.;OPOS=178494174;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916667:110:134:121:132:11:56:65:7:4:36:17:54:56:9:8 chr2 178562082 . T C 428.51 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00688992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0266;QD=22.2604;RBI=0.0145108;REFB=-0.00310589;REVB=-0.0127708;RO=35;SAF=18;SAR=24;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186964;STB=0.602893;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00223789;OID=.;OPOS=178562082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:24:18:23:12:24:18:23:12 chr2 178682603 . T C 362.66 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0179233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.949;QD=20.7235;RBI=0.017951;REFB=-0.0181986;REVB=0.000996035;RO=33;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965411;STB=0.553459;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0120106;OID=.;OPOS=178682603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:21:16:18:15:21:16:18:15 chr2 178682655 . A G 321.31 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00741803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.49;QD=18.9007;RBI=0.0139081;REFB=-0.00219548;REVB=0.0117647;RO=34;SAF=12;SAR=22;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111081;STB=0.562006;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00182651;OID=.;OPOS=178682655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:22:12:16:18:22:12:16:18 chr2 178936373 . T G 494.6 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.47;QD=58.1882;RBI=0.0362369;REFB=0;REVB=0.013498;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481662;OID=.;OPOS=178936373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:15:16:0:0:16:18:0:0 chr2 178936614 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.163;QD=49.5992;RBI=0.0268698;REFB=0;REVB=-0.0247355;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.29131e-05;OID=.;OPOS=178936614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr2 179188959 . G A 774.78 PASS AF=0.493827;AO=80;DP=161;FAO=80;FDP=162;FR=.;FRO=82;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.0194719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.993;QD=19.1304;RBI=0.0194976;REFB=-0.0263774;REVB=0.000999821;RO=80;SAF=48;SAR=32;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137505;STB=0.576041;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.028126;OID=.;OPOS=179188959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:80:82:80:80:0.493827:32:48:36:44:32:48:37:45 chr2 179201048 . G T 273.13 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0168847;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.846;QD=14.9658;RBI=0.0169273;REFB=-0.00750678;REVB=0.00120088;RO=42;SAF=22;SAR=8;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189678;STB=0.613885;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0153495;OID=.;OPOS=179201048;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:30:31:0.424658:8:22:24:18:8:23:24:18 chr2 179203796 . C CA 226.95 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860416;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=39.0511;QD=45.3902;RBI=0.0864701;REFB=0;REVB=0.00859774;RO=18;SAF=0;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499987;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00311779;OID=.;OPOS=179203797;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:20:20:0:8:12:0:0:4:18:0:2:8:10 chr2 179203797 . G A 226.51 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00279062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4157;QD=45.3021;RBI=0.0320359;REFB=-0.0753585;REVB=-0.0319141;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399998;STB=0.521716;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00961793;OID=.;OPOS=179203797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:11:8:0:1:11:8:0:1 chr2 179260382 . A G 345.14 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00636571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.701;QD=16.6331;RBI=0.0326368;REFB=-0.00850598;REVB=0.03201;RO=46;SAF=26;SAR=11;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150389;STB=0.584858;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00688178;OID=.;OPOS=179260382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:11:26:26:20:11:26:26:20 chr2 179296511 . C T 90.86 PASS AF=0.208333;AO=15;DP=72;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.022806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1089;QD=5.04803;RBI=0.0342508;REFB=-0.00232045;REVB=-0.0255539;RO=57;SAF=9;SAR=6;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114641;STB=0.572936;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00841009;OID=.;OPOS=179296511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:72:72:57:57:15:15:0.208333:6:9:29:28:6:9:29:28 chr2 179296626 . G A 104.74 PASS AF=0.21519;AO=16;DP=78;FAO=17;FDP=79;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.035217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.901;QD=5.30332;RBI=0.0440386;REFB=-0.00778818;REVB=-0.0264416;RO=61;SAF=11;SAR=5;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322547;STB=0.710864;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0403187;OID=.;OPOS=179296626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:61:62:16:17:0.21519:5:11:26:35:5:12:27:35 chr2 179296666 . T C 86.77 PASS AF=0.215385;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0136379;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.236;QD=5.33951;RBI=0.0471787;REFB=-0.000324841;REVB=0.0451645;RO=50;SAF=8;SAR=6;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112913;STB=0.563785;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00200431;OID=.;OPOS=179296666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:66:65:50:51:14:14:0.215385:6:8:24:26:6:8:25:26 chr2 179296821 . G A 130.01 PASS AF=0.222222;AO=20;DP=90;FAO=20;FDP=90;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0131664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.802;QD=5.77826;RBI=0.0246688;REFB=-0.000328006;REVB=-0.0208613;RO=63;SAF=8;SAR=12;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209823;STB=0.589196;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.000821343;OID=.;OPOS=179296821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:63:70:20:20:0.222222:12:8:36:27:12:8:36:34 chr2 179300971 . G A 110.55 PASS AF=0.202247;AO=17;DP=88;FAO=18;FDP=89;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.00716861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.539;QD=4.96837;RBI=0.00810928;REFB=0.00195013;REVB=-0.00379098;RO=68;SAF=12;SAR=5;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282421;STB=0.651345;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0069167;OID=.;OPOS=179300971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:68:71:17:18:0.202247:5:12:33:35:6:12:34:37 chr2 179308114 . A G 55.89 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=77;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0733425;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.2;QD=2.94163;RBI=0.0733454;REFB=0.00082413;REVB=-0.000644991;RO=65;SAF=8;SAR=3;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311395;STB=0.716309;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0230448;OID=.;OPOS=179308114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:77:76:65:65:11:11:0.144737:3:8:31:34:3:8:31:34 chr2 179309165 . G A 43.63 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=70;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.010723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6954;QD=2.4583;RBI=0.0134039;REFB=-0.0117975;REVB=0.00804253;RO=61;SAF=7;SAR=2;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234806;STB=0.681871;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0742354;OID=.;OPOS=179309165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:70:71:61:62:9:9:0.126761:2:7:37:24:2:7:37:25 chr2 179358665 . A G 1320.88 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0631;QD=62.1592;RBI=0.0536108;REFB=0;REVB=0.0400291;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512372;OID=.;OPOS=179358665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:41:43:0:0:41:44:0:0 chr2 179367086 . A G 322.63 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7527;QD=53.7718;RBI=0.0289524;REFB=0;REVB=0.00292083;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000654213;OID=.;OPOS=179367086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chr2 179393111 . A G 423.7 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0206872;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.359;QD=16.141;RBI=0.0308463;REFB=-0.0115406;REVB=-0.0228808;RO=58;SAF=29;SAR=18;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265197;STB=0.647983;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0148467;OID=.;OPOS=179393111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:58:58:47:47:0.447619:18:29:20:38:18:29:20:38 chr2 179395560 . G A 355.81 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.000466676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.202;QD=16.5495;RBI=0.0434857;REFB=0.0181397;REVB=0.0434832;RO=48;SAF=25;SAR=13;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14306;STB=0.580602;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0170989;OID=.;OPOS=179395560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:13:25:25:23:13:25:25:23 chr2 179395760 . G A 503.94 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00282728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.125;QD=17.5284;RBI=0.00418917;REFB=-0.0119066;REVB=0.00309122;RO=61;SAF=29;SAR=25;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432371;STB=0.524031;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.010834;OID=.;OPOS=179395760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:54:54:0.469565:25:29:30:31:25:29:30:31 chr2 179395958 . T C 955.1 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0025548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.541;QD=58.7756;RBI=0.0464486;REFB=0;REVB=0.0463782;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50427e-05;OID=.;OPOS=179395958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr2 179396354 . G A 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0366897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3652;QD=12.569;RBI=0.036693;REFB=0.0308019;REVB=-0.000491118;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225901;STB=0.633152;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.0578742;OID=.;OPOS=179396354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:10:5:14:12:10:5:14:12 chr2 179397561 . C T 815.31 PASS AF=0.51875;AO=83;DP=160;FAO=83;FDP=160;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=54;FSRR=23;FWDB=-0.0325527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.044;QD=20.3828;RBI=0.0325876;REFB=-0.0260983;REVB=0.00150639;RO=77;SAF=28;SAR=55;SRF=54;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31686;STB=0.673696;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0140953;OID=.;OPOS=179397561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:77:77:83:83:0.51875:55:28:54:23:55:28:54:23 chr2 179398509 . C A 618.84 PASS AF=0.554545;AO=61;DP=110;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00198283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.254;QD=22.5031;RBI=0.00639481;REFB=-0.0035536;REVB=0.00607964;RO=49;SAF=35;SAR=26;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690124;STB=0.5378;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00358806;OID=.;OPOS=179398509;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:49:49:61:61:0.554545:26:35:24:25:26:35:24:25 chr2 179398823 . G A 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0310449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8953;QD=8.25433;RBI=0.076002;REFB=0.00143794;REVB=0.0693723;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726992;STB=0.559795;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.00589374;OID=.;OPOS=179398823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:10:12:6:6:0.333333:2:4:6:4:2:4:7:5 chr2 179400895 . C T 337.74 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.0106831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.938;QD=15.0108;RBI=0.0153549;REFB=-0.0101995;REVB=-0.0110293;RO=52;SAF=24;SAR=13;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360982;STB=0.697572;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0192387;OID=.;OPOS=179400895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:52:53:37:37:0.411111:13:24:15:37:13:24:16:37 chr2 179404628 . T A 105.77 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0133958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.941;QD=21.1548;RBI=0.0142069;REFB=-0.0156065;REVB=-0.0047319;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139548;STB=0.549917;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0152862;OID=.;OPOS=179404628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:7:8:12:12:0.6:6:6:2:5:6:6:3:5 chr2 179406191 . C T 459.47 PASS AF=0.40625;AO=52;DP=128;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=-0.0112487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.224;QD=14.3584;RBI=0.0150579;REFB=-0.0123053;REVB=-0.0100103;RO=75;SAF=33;SAR=19;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00609839;STB=0.501941;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0184261;OID=.;OPOS=179406191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:75:76:52:52:0.40625:19:33:48:27:19:33:48:28 chr2 179413110 . G A 204.04 PASS AF=0.419355;AO=24;DP=60;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.00523139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.029;QD=13.1641;RBI=0.0427866;REFB=-0.0134642;REVB=0.0424656;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155015;STB=0.609058;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0162829;OID=.;OPOS=179413110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:36:36:24:26:0.419355:10:14:26:10:12:14:26:10 chr2 179421694 . A G 1007.22 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0752374;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.487;QD=57.5554;RBI=0.0755763;REFB=-0.124102;REVB=0.0071495;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154939;STB=0.507934;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00242991;OID=.;OPOS=179421694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:68:69:0.985714:38:30:1:0:38:31:1:0 chr2 179427186 . A G 1730.17 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436463;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0682;QD=60.7078;RBI=0.0459031;REFB=0;REVB=0.0142161;RO=0;SAF=69;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147541;OID=.;OPOS=179427186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:45:69:0:0:45:69:0:0 chr2 179427536 . T C 1378.96 PASS AF=0.967742;AO=89;DP=94;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0173862;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.837;QD=59.3101;RBI=0.0517607;REFB=-0.115204;REVB=0.0487534;RO=0;SAF=63;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18583e-08;STB=0.527267;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000250775;OID=.;OPOS=179427536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:93:0:3:89:90:0.967742:26:63:0:0:26:64:0:3 chr2 179430997 . G A 1117.74 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.934;QD=60.4183;RBI=0.0261132;REFB=0;REVB=0.0144306;RO=0;SAF=48;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.73107e-06;OID=.;OPOS=179430997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:71:74:1:23:48:0:0:26:48:0:0 chr2 179431797 . A T 142.7 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.000208891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.708;QD=22.8312;RBI=0.00292815;REFB=-0.0100379;REVB=-0.00292069;RO=10;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190814;STB=0.608537;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00416256;OID=.;OPOS=179431797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:12:3:4:6:12:3:4:6 chr2 179434516 . C T 161.65 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00159572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.208;QD=19.0173;RBI=0.0457785;REFB=-0.00509873;REVB=-0.0457507;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170902;STB=0.597581;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00597181;OID=.;OPOS=179434516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:5:12:9:8:5:12:9:8 chr2 179436020 . G A 195.2 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.000298046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.578;QD=14.1962;RBI=0.00507189;REFB=-0.0202633;REVB=0.00506313;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538882;STB=0.530779;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0161651;OID=.;OPOS=179436020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:11:12:15:17:11:12:15:17 chr2 179444768 . C G 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.34;QD=59.9959;RBI=0.0379338;REFB=0;REVB=0.0182291;RO=0;SAF=45;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6869e-05;OID=.;OPOS=179444768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:61:45:0:0:61:45:0:0 chr2 179444939 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.149428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1268;QD=37.4884;RBI=0.163389;REFB=0;REVB=-0.0660831;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0158225;OID=.;OPOS=179444939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr2 179447848 . T C 1368.77 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193317;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.376;QD=62.2168;RBI=0.0209185;REFB=0;REVB=0.00799183;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7406e-05;OID=.;OPOS=179447848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:36:51:0:0:36:52:0:0 chr2 179451420 . G A 1544.07 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137882;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.159;QD=59.9641;RBI=0.0153682;REFB=0;REVB=-0.00678722;RO=0;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333714;OID=.;OPOS=179451420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:103:0:0:103:103:1:59:44:0:0:59:44:0:0 chr2 179454394 . A G 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0012243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.35;QD=59.3214;RBI=0.0242332;REFB=0;REVB=0.0242023;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54027e-05;OID=.;OPOS=179454394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr2 179455207 . T C 2092.41 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201226;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.21;QD=62.4599;RBI=0.0969287;REFB=0;REVB=0.0948169;RO=0;SAF=92;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239669;OID=.;OPOS=179455207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:131:134:1:39:92:0:0:41:93:0:0 chr2 179457147 . G A 134.9 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00813988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1543;QD=16.8628;RBI=0.0215475;REFB=-0.00773524;REVB=-0.0199508;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058016;STB=0.533289;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0237985;OID=.;OPOS=179457147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:9:8:8:7:9:8 chr2 179458591 . C T 310.9 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.000722094;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.353;QD=28.2639;RBI=0.00450462;REFB=0.00415802;REVB=0.00444637;RO=17;SAF=13;SAR=14;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174575;STB=0.595857;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00285603;OID=.;OPOS=179458591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:14:13:4:13:14:13:4:13 chr2 179464527 . T C 1157.14 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.37;QD=59.3405;RBI=0.0159961;REFB=-0.00682084;REVB=0.00370437;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.507461;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=8.20391e-05;OID=.;OPOS=179464527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:44:33:0:0:44:33:1:0 chr2 179543217 . C T 1510.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1374;QD=63.608;RBI=0.0431496;REFB=0;REVB=-0.0308494;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308719;OID=.;OPOS=179543217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:49:45:0:0:49:46:0:0 chr2 179558366 . T C 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000882994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.638;QD=62.3135;RBI=0.00229189;REFB=0;REVB=0.00211496;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17469e-06;OID=.;OPOS=179558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:37:49:0:0:37:49:0:0 chr2 179578730 . G A 2216.85 PASS AF=1;AO=122;DP=137;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.622;QD=63.3385;RBI=0.0429301;REFB=0;REVB=0.0343418;RO=0;SAF=74;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69859e-06;OID=.;OPOS=179578730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:140:0:0:122:140:1:48:74:0:0:66:74:0:0 chr2 179579093 . T C 696.65 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00208397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.935;QD=52.5773;RBI=0.0255058;REFB=-0.0157061;REVB=0.0254205;RO=2;SAF=16;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148715;STB=0.507039;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.000128248;OID=.;OPOS=179579093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:53:2:2:50:51:0.962264:34:16:1:1:34:17:1:1 chr2 179579212 . T C 1899.4 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00338199;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.041;QD=61.7691;RBI=0.0285329;REFB=0;REVB=0.0283318;RO=0;SAF=53;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.66488e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85858e-05;OID=.;OPOS=179579212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:70:53:0:0:70:53:0:0 chr2 179579822 . T A 1791.78 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0116974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8442;QD=59.2323;RBI=0.0297851;REFB=-0.0139144;REVB=0.027392;RO=1;SAF=68;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693438;STB=0.501205;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00100453;OID=.;OPOS=179579822;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:1:2:119:119:0.983471:51:68:1:0:51:68:1:1 chr2 179582327 . C T 924.82 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000934836;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.037;QD=58.7187;RBI=0.0250809;REFB=0;REVB=0.0250635;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51059e-05;OID=.;OPOS=179582327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr2 179582537 . G T 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.938;QD=61.677;RBI=0.0441476;REFB=0;REVB=-0.0333765;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98866e-05;OID=.;OPOS=179582537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr2 179583496 . T G 946.9 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00344108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.13;QD=55.7002;RBI=0.0268961;REFB=-0.0381185;REVB=0.026675;RO=1;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136944;STB=0.514281;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000180508;OID=.;OPOS=179583496;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:1:2:66:66:0.970588:34:32:0:1:34:32:0:2 chr2 179585266 . C T 785.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6874;QD=57.0993;RBI=0.0266083;REFB=0;REVB=-0.0238539;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105169;OID=.;OPOS=179585266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr2 179585393 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000866934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.057;QD=54.5176;RBI=0.0153571;REFB=0;REVB=0.0153326;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67637e-05;OID=.;OPOS=179585393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr2 179587130 . C G 1026.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.105;QD=59.5048;RBI=0.0553537;REFB=0;REVB=0.00178715;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75022e-05;OID=.;OPOS=179587130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:38:30:0:0:38:31:0:0 chr2 179593462 . C T 997.94 PASS AF=0.513228;AO=97;DP=189;FAO=97;FDP=189;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.00564398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.83;QD=21.1203;RBI=0.00619689;REFB=-0.00784387;REVB=-0.00255871;RO=92;SAF=37;SAR=60;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117818;STB=0.564692;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00939943;OID=.;OPOS=179593462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:92:92:97:97:0.513228:60:37:47:45:60:37:47:45 chr2 179600563 . G A 1452.04 PASS AF=0.979381;AO=93;DP=96;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0127952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.796;QD=59.8781;RBI=0.0151069;REFB=-0.115288;REVB=-0.00803127;RO=3;SAF=57;SAR=36;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378767;STB=0.512818;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000537091;OID=.;OPOS=179600563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:96:97:3:2:93:95:0.979381:36:57:0:3:38:57:0:2 chr2 179603029 . G A 343.99 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0174643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.617;QD=16.3806;RBI=0.0179964;REFB=0.00378432;REVB=-0.00434402;RO=47;SAF=24;SAR=13;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204743;STB=0.615321;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00558307;OID=.;OPOS=179603029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:13:24:21:26:13:24:21:26 chr2 179605180 . C T 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.163;QD=56.7011;RBI=0.0229682;REFB=0;REVB=-0.0144849;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142177;OID=.;OPOS=179605180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr2 179614952 . A G 1475.86 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200664;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.598;QD=63.4779;RBI=0.0228855;REFB=0;REVB=0.0110039;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172127;OID=.;OPOS=179614952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:54:39:0:0:54:39:0:0 chr2 179615887 . T C 358.58 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.499;QD=55.1655;RBI=0.141269;REFB=0;REVB=0.0625923;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202141;OID=.;OPOS=179615887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:13:11:0:0:14:12:0:0 chr2 179615931 . C G 791.68 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379855;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.761;QD=64.6268;RBI=0.00578496;REFB=0;REVB=-0.00436311;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141984;OID=.;OPOS=179615931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr2 179615994 . T C 932.38 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00354419;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.518;QD=55.6646;RBI=0.00657296;REFB=0.0272103;REVB=-0.00553557;RO=2;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255209;STB=0.513509;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00072107;OID=.;OPOS=179615994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:67:2:2:65:65:0.970149:36:29:0:2:36:29:0:2 chr2 179620951 . C T 714.48 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00882212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.575;QD=60.8065;RBI=0.0201794;REFB=-0.111246;REVB=0.0181488;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229252;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000473916;OID=.;OPOS=179620951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:26:20:1:0:26:20:1:0 chr2 179621477 . C T 1409.01 PASS AF=0.978723;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.030496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.509;QD=59.9578;RBI=0.0351082;REFB=-0.0135232;REVB=0.0173949;RO=2;SAF=42;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220344;STB=0.511625;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000143688;OID=.;OPOS=179621477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:94:2:2:91:92:0.978723:49:42:2:0:50:42:2:0 chr2 179623758 . C T 1811.81 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.486;QD=60.9013;RBI=0.0241189;REFB=0;REVB=0.0108896;RO=0;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91363e-05;OID=.;OPOS=179623758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:117:119:1:64:53:0:0:66:53:0:0 chr2 179629363 . T C 976.01 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214687;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.795;QD=59.1518;RBI=0.0291536;REFB=0;REVB=0.0197237;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22169e-05;OID=.;OPOS=179629363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr2 179629461 . C T 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.507;QD=61.3325;RBI=0.00860012;REFB=0;REVB=-0.00838282;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30905e-05;OID=.;OPOS=179629461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr2 179644035 . G A 1258.58 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.734;QD=61.394;RBI=0.0406522;REFB=0;REVB=0.0150823;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42877e-05;OID=.;OPOS=179644035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:82:0:0:79:82:1:44:35:0:0:47:35:0:0 chr2 179659912 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.258;QD=58.9622;RBI=0.0845981;REFB=0;REVB=0.0820882;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408186;OID=.;OPOS=179659912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr2 179702268 . A G 799.72 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00778504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.362;QD=55.1529;RBI=0.0120894;REFB=0.148622;REVB=0.00924913;RO=1;SAF=26;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177894;STB=0.509431;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.000261757;OID=.;OPOS=179702268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:56:57:0.982759:30:26:1:0:31:26:1:0 chr2 179839833 . A G 610.19 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.946;QD=61.0189;RBI=0.028564;REFB=0;REVB=0.00503221;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201554;OID=.;OPOS=179839833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr2 180047908 . T C 799.57 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351216;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.676;QD=54.2079;RBI=0.0406966;REFB=-0.109011;REVB=0.0205593;RO=1;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0194842;OID=.;OPOS=180047908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:59:1:0:55:59:1:32:23:0:1:36:23:0:0 chr2 180308028 . C T 138.58 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0244779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6228;QD=19.7974;RBI=0.0329568;REFB=0.0286284;REVB=-0.0220676;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156693;STB=0.599867;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0272665;OID=.;OPOS=180308028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:13:14:15:0.535714:6:8:5:8:6:9:5:8 chr2 180810202 . C T 746.89 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00576749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5278;QD=63.565;RBI=0.00640242;REFB=0;REVB=0.00277975;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31059e-05;OID=.;OPOS=180810202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:21:26:0:0 chr2 180810264 . A T 521.72 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503204;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.104;QD=59.6251;RBI=0.0694126;REFB=0;REVB=-0.06923;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00665e-05;OID=.;OPOS=180810264;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr2 182347072 . T C 340.4 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00145597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1706;QD=18.1548;RBI=0.0354695;REFB=-0.00387851;REVB=0.0354396;RO=39;SAF=26;SAR=10;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622773;STB=0.534864;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00462012;OID=.;OPOS=182347072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:10:26:26:13:10:26:26:13 chr2 182374534 . A G 312.58 PASS AF=0.515625;AO=31;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0302835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.565;QD=19.5365;RBI=0.0305339;REFB=0.000233796;REVB=-0.00390211;RO=31;SAF=9;SAR=22;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273694;STB=0.623579;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.000113918;OID=.;OPOS=182374534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:31:31:33:0.515625:22:9:18:13:22:11:18:13 chr2 182374567 . A G 155.76 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.012138;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.462;QD=14.8342;RBI=0.0149312;REFB=0.00443057;REVB=-0.00869537;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11529;STB=0.566496;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00531074;OID=.;OPOS=182374567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:25:25:17:17:0.404762:9:8:9:16:9:8:9:16 chr2 182392143 . G C 319.93 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0100538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.138;QD=15.9963;RBI=0.0177929;REFB=-0.0251921;REVB=0.0146802;RO=45;SAF=19;SAR=16;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956769;STB=0.505389;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0193142;OID=.;OPOS=182392143;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:16:19:24:21:16:19:24:21 chr2 182395345 . G A 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.00280874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.05;QD=14.9039;RBI=0.00586547;REFB=0.00277646;REVB=-0.00514924;RO=34;SAF=19;SAR=7;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309859;STB=0.517614;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00262592;OID=.;OPOS=182395345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:7:19:24:10:7:19:24:10 chr2 182399097 . T C 237.13 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0324161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.832;QD=19.7609;RBI=0.0376033;REFB=0.00302252;REVB=0.019058;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262252;STB=0.647562;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0036567;OID=.;OPOS=182399097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:14:9:17:8:14:9:17:8 chr2 182399638 . A G 1896.11 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9631;QD=61.6621;RBI=0.0543594;REFB=0;REVB=0.00513731;RO=0;SAF=59;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319952;OID=.;OPOS=182399638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:64:59:0:0:64:59:0:0 chr2 182400905 . T G 1249.59 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0653071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.086;QD=60.221;RBI=0.0667596;REFB=-0.0897406;REVB=0.0138499;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.507041;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000337898;OID=.;OPOS=182400905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:0:1:81:82:0.987952:35:46:0:0:35:47:0:1 chr2 182401109 . T TGATACA 137.25 PASS AF=0.390244;AO=13;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0327706;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=277.751;QD=13.3902;RBI=0.0351648;REFB=-0.0138411;REVB=0.0127535;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107536;STB=0.565954;STBP=0.485;TYPE=ins;VARB=0.0198552;OID=.;OPOS=182401110;OREF=-;OALT=GATACA;OMAPALT=TGATACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390244:13:41:16:41:25:6:10:12:13:99:25:5:8:12:13 chr2 182403851 . G A 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.424;QD=57.8829;RBI=0.0166618;REFB=0;REVB=0.0152669;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99945e-05;OID=.;OPOS=182403851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr2 182413259 . A G 195.48 PASS AF=0.428571;AO=19;DP=47;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0063895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.325;QD=15.9573;RBI=0.0255963;REFB=-0.00467079;REVB=0.024786;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108024;STB=0.589309;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0101703;OID=.;OPOS=182413259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:28:28:19:21:0.428571:8:11:19:9:10:11:19:9 chr2 182521578 . G A 209.23 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00139161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.579;QD=13.0769;RBI=0.0453878;REFB=-0.0268823;REVB=0.0453664;RO=37;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04882;STB=0.561547;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0331345;OID=.;OPOS=182521578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:25:26:0.40625:11:14:19:18:11:15:18:20 chr2 182543455 . T C 254.39 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=6;FWDB=-0.00294645;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.157;QD=15.4172;RBI=0.00379576;REFB=-0.0263708;REVB=-0.00239295;RO=35;SAF=20;SAR=9;SRF=29;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170645;STB=0.604679;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0269172;OID=.;OPOS=182543455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:35:37:29:29:0.439394:9:20:29:6:9:20:31:6 chr2 182763586 . G A 227.11 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00866747;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.348;QD=17.1406;RBI=0.0242297;REFB=-0.0159397;REVB=-0.0226264;RO=25;SAF=17;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401997;STB=0.522166;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0230439;OID=.;OPOS=182763586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:25:28:25:25:0.471698:8:17:16:9:8:17:18:10 chr2 182780307 . G A 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00750524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.139;QD=18.9488;RBI=0.0149426;REFB=-0.0278476;REVB=-0.012921;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813953;STB=0.545422;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.022079;OID=.;OPOS=182780307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:14:14:11:16:14:14:11:16 chr2 182792984 . T A 261.23 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0219813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5634;QD=25.4857;RBI=0.0240789;REFB=-0.06638;REVB=-0.0098293;RO=17;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118729;STB=0.565982;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0476675;OID=.;OPOS=182792984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:15:9:9:8:15:9:9:8 chr2 182925120 . T C 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0157317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.574;QD=17.3782;RBI=0.0321161;REFB=-0.0239867;REVB=0.0279993;RO=10;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286528;STB=0.666349;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0194694;OID=.;OPOS=182925120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:3:8:4:6:3:8:4:6 chr2 182926144 . T C 492.24 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0102686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7783;QD=22.6316;RBI=0.0287825;REFB=-0.0109203;REVB=0.0268884;RO=40;SAF=21;SAR=26;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168438;STB=0.59259;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0146582;OID=.;OPOS=182926144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:26:21:26:14:26:21:26:14 chr2 183007502 . A G 151.59 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0258516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3983;QD=13.4742;RBI=0.032564;REFB=0.0090212;REVB=0.0198017;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234306;STB=0.63668;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00663881;OID=.;OPOS=183007502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:11:6:16:12:11:6:16:12 chr2 183738620 . T C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0288652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2523;QD=16.4542;RBI=0.0354447;REFB=-0.0159574;REVB=-0.0205701;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279564;STB=0.66611;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0117869;OID=.;OPOS=183738620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:3:1:4:2:3:1 chr2 183789649 . C A 375.07 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00902467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.726;QD=55.5665;RBI=0.0233031;REFB=0;REVB=0.0214846;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111589;OID=.;OPOS=183789649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:17:10:0:0 chr2 183799558 . G C 1524.58 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0726959;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.452;QD=58.6378;RBI=0.0733222;REFB=-0.0358171;REVB=0.00956299;RO=1;SAF=46;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102034;STB=0.505375;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000315267;OID=.;OPOS=183799558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:1:1:103:103:0.990385:57:46:1:0:57:46:1:0 chr2 183948210 . A G 192.39 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0433548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1097;QD=16.0321;RBI=0.0452733;REFB=-0.00413945;REVB=-0.0130396;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122888;STB=0.570469;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0117387;OID=.;OPOS=183948210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:11:9:16:12:11:9:16:12 chr2 183961650 . A C 1534.65 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0306137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.488;QD=62.6389;RBI=0.0350996;REFB=-0.0397233;REVB=0.0171693;RO=1;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854568;STB=0.504504;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000116325;OID=.;OPOS=183961650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:1:1:97:97:0.989796:55:42:0:1:55:42:0:1 chr2 183961668 . A G 320.85 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0134875;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.193;QD=16.0425;RBI=0.0139419;REFB=-0.00694753;REVB=0.00353064;RO=42;SAF=15;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468395;STB=0.521727;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00924347;OID=.;OPOS=183961668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:42:45:35:35:0.4375:20:15:20:22:20:15:21:24 chr2 184814072 . T C 746.76 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.821;QD=63.5541;RBI=0.0339543;REFB=0;REVB=0.00924959;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201556;OID=.;OPOS=184814072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr2 185469503 . C T 317.07 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0127626;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.086;QD=15.0985;RBI=0.0141665;REFB=-0.0105322;REVB=-0.00614857;RO=49;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138129;STB=0.578049;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.011505;OID=.;OPOS=185469503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:49:49:35:35:0.416667:16:19:20:29:16:19:20:29 chr2 185800905 . A T 113.82 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00206857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.866;QD=9.89754;RBI=0.0237062;REFB=-0.00773923;REVB=-0.0236158;RO=32;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153747;STB=0.592461;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0169732;OID=.;OPOS=185800905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:6:8:14:18:6:8:14:18 chr2 185801747 . G A 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0499341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.922;QD=7.89711;RBI=0.0515749;REFB=-0.0069803;REVB=-0.0129057;RO=30;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858716;STB=0.553389;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00904148;OID=.;OPOS=185801747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:4:7:17:13:4:7:17:13 chr2 185801755 . A G 91.73 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00943027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.409;QD=8.94896;RBI=0.0237314;REFB=-0.0122725;REVB=-0.0217772;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743733;STB=0.561298;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0457855;OID=.;OPOS=185801755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:41:28:29:12:12:0.292683:4:8:17:11:4:8:17:12 chr2 185801917 . A G 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0148035;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=306.8;QD=20.2097;RBI=0.0149062;REFB=-0.00919147;REVB=-0.00174726;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696635;STB=0.539509;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0053561;OID=.;OPOS=185801917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:3:7:8:5:3:7 chr2 185802211 . C CACA 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00321486;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=242.995;QD=10.0347;RBI=0.0318333;REFB=0.00286996;REVB=-0.0316706;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286688;STB=0.676751;STBP=0.436;TYPE=ins;VARB=-0.00718971;OID=.;OPOS=185802212;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:5:12:5:12:7:3:2:2:5:30:7:3:2:2:5 chr2 185802243 . C A 30.4 PASS AF=0.333333;AO=4;DP=15;FAO=5;FDP=15;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0245627;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.248;QD=8.10749;RBI=0.024697;REFB=-0.0155084;REVB=0.00257147;RO=11;SAF=3;SAR=1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328321;STB=0.726281;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0326369;OID=.;OPOS=185802243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:15:11:10:4:5:0.333333:1:3:5:6:1:4:5:5 chr2 185802363 . A G 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0407513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.706;QD=17.7529;RBI=0.0410823;REFB=-0.00936099;REVB=0.00520413;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137579;STB=0.577275;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00849877;OID=.;OPOS=185802363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:13:12:17:10:13:12:17:10 chr2 185803042 . T C 119.08 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0153966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.713;QD=22.6827;RBI=0.0404775;REFB=0.0066189;REVB=0.0374349;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594792;STB=0.545384;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00711489;OID=.;OPOS=185803042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:8:8:12:13:0.619048:7:5:4:4:8:5:4:4 chr2 186526579 . G A 422.9 PASS AF=0.467391;AO=42;DP=91;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0191147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7803;QD=18.3869;RBI=0.0473157;REFB=0.00446906;REVB=-0.0432828;RO=49;SAF=21;SAR=21;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294967;STB=0.522476;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00482161;OID=.;OPOS=186526579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:49:49:42:43:0.467391:21:21:26:23:22:21:26:23 chr2 186625770 . A G 427.7 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00105464;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=248.426;QD=51.8427;RBI=0.00467193;REFB=-0.0617426;REVB=0.00455133;RO=2;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444006;STB=0.523794;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.000204083;OID=.;OPOS=186625770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:20:11:0:2:20:11:0:2 chr2 186627943 . T C 1069.84 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0362024;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.575;QD=58.6215;RBI=0.0381672;REFB=-0.135505;REVB=-0.0120881;RO=1;SAF=39;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119732;STB=0.506327;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00143012;OID=.;OPOS=186627943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:33:39:1:0:33:39:1:0 chr2 186653954 . A G 212.48 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.00821711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.277;QD=16.0362;RBI=0.0187427;REFB=-0.0132657;REVB=0.0168454;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181523;STB=0.601928;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0196818;OID=.;OPOS=186653954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:14:10:7:22:14:10:7:22 chr2 186654411 . A G 450.1 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0124951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.704;QD=15.9327;RBI=0.017724;REFB=-0.0108898;REVB=0.0125703;RO=62;SAF=20;SAR=30;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178878;STB=0.604199;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0135781;OID=.;OPOS=186654411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:63:50:50:0.442478:30:20:36:26:30:20:37:26 chr2 186654592 . A G 935.98 PASS AF=1;AO=62;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648069;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.72;QD=57.5988;RBI=0.0788458;REFB=0;REVB=0.078579;RO=1;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125907;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202478;OID=.;OPOS=186654592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:1:0:62:65:1:37:25:0:1:40:25:0:0 chr2 186654867 . G C 754.32 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.719;QD=56.93;RBI=0.0480553;REFB=0;REVB=0.0405615;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642041;OID=.;OPOS=186654867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr2 186655726 . G A 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00319576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5569;QD=56.9356;RBI=0.0289549;REFB=0;REVB=-0.028778;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020407;OID=.;OPOS=186655726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr2 186656657 . C T 896.99 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6276;QD=57.8704;RBI=0.0603131;REFB=0;REVB=-0.060082;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.53868e-05;OID=.;OPOS=186656657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:27:33:0:0:27:35:0:0 chr2 186656956 . T C 294.46 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242161;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.389;QD=53.5387;RBI=0.0651379;REFB=0;REVB=0.0604692;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117653;OID=.;OPOS=186656956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr2 186657089 . C A 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176223;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.582;QD=57.6364;RBI=0.0176633;REFB=0.00290613;REVB=-0.00120342;RO=1;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111219;STB=0.505881;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=1.33103e-05;OID=.;OPOS=186657089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:42:26:0:1:42:26:0:1 chr2 186658056 . G A 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00564204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.343;QD=58.1344;RBI=0.0266023;REFB=0;REVB=-0.0259971;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.08304e-05;OID=.;OPOS=186658056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr2 186658438 . C T 379.54 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000787866;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.745;QD=56.2281;RBI=0.0167635;REFB=0;REVB=-0.0167449;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20754e-05;OID=.;OPOS=186658438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr2 186658565 . G T 772.66 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0412941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.026;QD=61.8124;RBI=0.0413572;REFB=-0.0216162;REVB=0.00228205;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000201348;OID=.;OPOS=186658565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:25:24:0:0:25:24:0:1 chr2 186659359 . G T 715.0 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.034;QD=60.8508;RBI=0.0204551;REFB=-0.0776279;REVB=-0.00552195;RO=1;SAF=25;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184352;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000626821;OID=.;OPOS=186659359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:21:25:1:0:21:25:1:0 chr2 186661673 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.107;QD=57.2005;RBI=0.0191959;REFB=0;REVB=-0.00294326;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78814e-05;OID=.;OPOS=186661673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr2 186664473 . T C 2294.65 PASS AF=1;AO=143;DP=146;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00739887;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.356;QD=63.7403;RBI=0.0134904;REFB=0;REVB=0.0112804;RO=0;SAF=59;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95825e-05;OID=.;OPOS=186664473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:144:0:0:143:144:1:84:59:0:0:84:60:0:0 chr2 186664963 . C A 469.87 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.115837;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.822;QD=55.279;RBI=0.115924;REFB=0.0280217;REVB=-0.00449831;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000655023;OID=.;OPOS=186664963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:0:1:19:14:0:1 chr2 186665432 . G A 601.99 PASS AF=1;AO=30;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0545549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.804;QD=58.7307;RBI=0.0988639;REFB=0;REVB=0.082449;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147994;OID=.;OPOS=186665432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:30:41:1:14:16:0:0:17:24:0:0 chr2 186665824 . A G 567.56 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0472071;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.578;QD=58.211;RBI=0.0575751;REFB=0.0415167;REVB=-0.0329603;RO=1;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191259;STB=0.510199;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.000427327;OID=.;OPOS=186665824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:1:1:38:38:0.974359:24:14:0:1:24:14:0:1 chr2 186667121 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997185;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.232;QD=51.9167;RBI=0.0140445;REFB=0;REVB=0.00988996;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9486e-05;OID=.;OPOS=186667121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr2 186670104 . A C 774.35 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0258664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.728;QD=53.4033;RBI=0.040165;REFB=-0.0469081;REVB=0.0307272;RO=2;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00233207;STB=0.501237;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00799599;OID=.;OPOS=186670104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:26:30:1:1:26:30:1:1 chr2 186670780 . T A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00620142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.824;QD=57.6807;RBI=0.0379437;REFB=0;REVB=0.0374335;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78753e-05;OID=.;OPOS=186670780;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr2 186670979 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00728641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.42;QD=57.2024;RBI=0.0439073;REFB=0;REVB=0.0432985;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016919;OID=.;OPOS=186670979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr2 186671357 . G A 918.8 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.437;QD=58.3368;RBI=0.0240698;REFB=0;REVB=-0.0154934;RO=0;SAF=44;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05574e-06;OID=.;OPOS=186671357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:18:44:0:0:18:45:0:0 chr2 186671912 . G A 1219.3 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132746;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.588;QD=60.9648;RBI=0.0347055;REFB=0;REVB=0.0320664;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94658e-05;OID=.;OPOS=186671912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:78:80:1:42:36:0:0:42:38:0:0 chr2 186697876 . A G 1058.38 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00789318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0936;QD=55.7044;RBI=0.0237705;REFB=-0.135164;REVB=0.0224217;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522382;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00272341;OID=.;OPOS=186697876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:0:3:73:73:0.960526:41:32:0:0:41:32:3:0 chr2 187487160 . G A 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.268;QD=59.3213;RBI=0.0090274;REFB=0;REVB=-0.00760172;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18042e-06;OID=.;OPOS=187487160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:44:24:0:0:44:24:0:0 chr2 187532417 . G A 1320.91 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0333;QD=62.1604;RBI=0.030818;REFB=0;REVB=0.0226879;RO=0;SAF=74;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231356;OID=.;OPOS=187532417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:11:74:0:0:11:74:0:0 chr2 187558960 . G A 131.33 PASS AF=0.666667;AO=13;DP=20;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0369807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.634;QD=25.0145;RBI=0.116881;REFB=-0.0459509;REVB=0.110876;RO=7;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127659;STB=0.561321;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0272088;OID=.;OPOS=187558960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:21:7:7:13:14:0.666667:4:9:6:1:4:10:6:1 chr2 187559029 . A ACAGCAG,G 149.37 PASS AF=0.193548,0.145161;AO=11,9;DP=62;FAO=12,9;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=9,8;FSAR=3,1;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0206627,0.000205934;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=6,1;MLLD=170.013,100.136;QD=9.63661;RBI=0.0561468,0.0571891;REFB=-0.0250237,-0.0219051;REVB=-0.0522065,-0.0571888;RO=41;SAF=9,8;SAR=2,1;SRF=19;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.452321,0.546535;STB=0.727765,0.871163;STBP=0.093,0.02;TYPE=ins,snp;VARB=0.0679657,0.0451095;OID=.,.;OPOS=187559030,187559029;OREF=-,A;OALT=CAGCAG,G;OMAPALT=ACAGCAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:62:62:41:41:11,9:12,9:0.193548,0.145161:2,1:9,8:19:22:3,1:9,8:19:22 chr2 187559047 . G A,GCAA 259.34 PASS AF=0.0736842,0.284211;AO=8,25;DP=109;FAO=7,27;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=2,11;FSAR=5,16;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0281197,0.0123715;FXX=0.0686207;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=93.4423,128.118;QD=10.9194;RBI=0.0648906,0.0450687;REFB=-0.0256393,-0.0243925;REVB=-0.0584814,-0.0433374;RO=73;SAF=2,10;SAR=6,15;SRF=41;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.35329,-0.197641;STB=0.725505,0.592524;STBP=0.279,0.267;TYPE=snp,ins;VARB=0.0943868,0.0586999;OID=.,.;OPOS=187559047,187559048;OREF=G,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,GCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:109:95:73:61:8,25:7,27:0.0736842,0.284211:6,15:2,10:41:32:5,16:2,11:33:28 chr2 187698751 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.926;QD=60.6102;RBI=0.0331244;REFB=0;REVB=-0.0147927;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57281e-05;OID=.;OPOS=187698751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr2 188250301 . T A 1459.45 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.336;QD=62.1041;RBI=0.019036;REFB=-0.114375;REVB=0.0145197;RO=1;SAF=40;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117049;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340384;OID=.;OPOS=188250301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:94:1:0:93:94:1:53:40:1:0:53:41:0:0 chr2 189460553 . T C 1584.13 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437188;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.1706;QD=59.7783;RBI=0.0144256;REFB=0;REVB=-0.0137472;RO=0;SAF=61;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275939;OID=.;OPOS=189460553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:106:106:0:0:106:106:1:45:61:0:0:45:61:0:0 chr2 189861962 . A G 487.9 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0125274;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.788;QD=18.0705;RBI=0.0175111;REFB=-0.00944998;REVB=-0.0122353;RO=52;SAF=29;SAR=23;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698073;STB=0.530096;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.017418;OID=.;OPOS=189861962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:52:56:52:52:0.481481:23:29:25:27:23:29:28:28 chr2 189863054 . C T 159.75 PASS AF=0.355932;AO=20;DP=61;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.0038248;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.702;QD=10.8307;RBI=0.00438165;REFB=-0.00379621;REVB=0.00213771;RO=38;SAF=4;SAR=16;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181227;STB=0.525091;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0128956;OID=.;OPOS=189863054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:38:38:20:21:0.355932:16:4:8:30:16:5:8:30 chr2 189863389 . C T 387.27 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00713295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.121;QD=23.8318;RBI=0.0157179;REFB=-0.00968201;REVB=0.0140062;RO=27;SAF=21;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259947;STB=0.514278;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00673324;OID=.;OPOS=189863389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:17:21:14:13:17:21:14:13 chr2 189864080 . G A 490.91 PASS AF=0.398551;AO=55;DP=138;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.0216987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.673;QD=14.2293;RBI=0.0228569;REFB=-0.00667699;REVB=0.0071836;RO=77;SAF=25;SAR=30;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107595;STB=0.581123;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0114242;OID=.;OPOS=189864080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:77:83:55:55:0.398551:30:25:43:34:30:25:49:34 chr2 189866199 . T A 2579.23 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.894;QD=61.7779;RBI=0.0318969;REFB=0;REVB=0.030025;RO=0;SAF=96;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.28438e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87172e-06;OID=.;OPOS=189866199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:167:0:0:166:167:1:70:96:0:0:70:97:0:0 chr2 189870953 . C A 250.68 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00939943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5736;QD=14.532;RBI=0.0213016;REFB=-0.0154941;REVB=-0.0191157;RO=40;SAF=22;SAR=7;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137982;STB=0.57889;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0217083;OID=.;OPOS=189870953;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:7:22:26:14:7:22:26:14 chr2 189875421 . T G 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.434;QD=64.4121;RBI=0.0355472;REFB=0;REVB=0.032034;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122141;OID=.;OPOS=189875421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr2 189907937 . A G 1118.02 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421852;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4426;QD=60.4335;RBI=0.0468305;REFB=0;REVB=0.0203348;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726431;OID=.;OPOS=189907937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr2 189932831 . T C 1326.64 PASS AF=1;AO=81;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000245073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.772;QD=61.7041;RBI=0.0101225;REFB=0;REVB=0.0101195;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00056863;OID=.;OPOS=189932831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:81:86:1:44:37:0:0:44:42:0:0 chr2 189974958 . G T 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8783;QD=58.5832;RBI=0.0234624;REFB=0;REVB=-0.0102217;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000574157;OID=.;OPOS=189974958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr2 190323530 . A G 417.81 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.011149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.292;QD=22.5842;RBI=0.0166197;REFB=0.00561032;REVB=0.0123253;RO=32;SAF=25;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133486;STB=0.501729;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00453429;OID=.;OPOS=190323530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:33:41:41:0.554054:16:25:19:13:16:25:20:13 chr2 190430177 . A G 608.01 PASS AF=0.463235;AO=62;DP=135;FAO=63;FDP=136;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0175219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6307;QD=17.8826;RBI=0.0673886;REFB=0.0125871;REVB=0.0650708;RO=73;SAF=32;SAR=30;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223501;STB=0.507934;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.014488;OID=.;OPOS=190430177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:73:73:62:63:0.463235:30:32:36:37:31:32:36:37 chr2 190430214 . G A 665.03 PASS AF=0.489051;AO=64;DP=137;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00188495;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1556;QD=19.4168;RBI=0.0024226;REFB=0.000950872;REVB=0.00152183;RO=73;SAF=38;SAR=26;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162538;STB=0.563558;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.000558875;OID=.;OPOS=190430214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:73:70:64:67:0.489051:26:38:31:42:29:38:31:39 chr2 190531426 . G A 820.64 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.223;QD=55.6363;RBI=0.0128676;REFB=-0.0954401;REVB=-5.1392e-05;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000227379;OID=.;OPOS=190531426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:0:1:57:58:0.983051:22:35:0:0:22:36:0:1 chr2 190595258 . G T 1605.39 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0910001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.345;QD=60.0146;RBI=0.0940877;REFB=0;REVB=0.0239057;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00036596;OID=.;OPOS=190595258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:55:51:0:0:56:51:0:0 chr2 190602513 . T C 814.96 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185508;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.1458;QD=54.3306;RBI=0.0209779;REFB=-0.123025;REVB=-0.00979482;RO=1;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229942;STB=0.511107;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.001774;OID=.;OPOS=190602513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:60:1:1:57:59:0.983333:20:37:0:1:22:37:0:1 chr2 190617643 . A G,T 978.57 PASS AF=0.867647,0.132353;AO=55,13;DP=68;FAO=59,9;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=30,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00915857,-0.0475568;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.334,36.8198;QD=57.5626;RBI=0.0167434,0.0531863;REFB=0,0;REVB=0.0140165,-0.0238146;RO=0;SAF=25,4;SAR=30,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00160111,0.130424;OID=.,.;OPOS=190617643,190617643;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:43:68:68:0:0:55,13:59,9:0.867647,0.132353:30,9:25,4:0:0:30,9:29,0:0:0 chr2 190618249 . T A 747.28 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.652;QD=63.5981;RBI=0.00675412;REFB=0;REVB=0.00184663;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81999e-05;OID=.;OPOS=190618249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:14:32:0:0:14:33:0:0 chr2 190636411 . C G 230.39 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0221332;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.518;QD=14.1779;RBI=0.0221421;REFB=-0.00796553;REVB=-0.000627244;RO=38;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693357;STB=0.539505;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0147857;OID=.;OPOS=190636411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:38:38:27:27:0.415385:11:16:20:18:11:16:20:18 chr2 190788123 . G T 499.25 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00858518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.696;QD=21.473;RBI=0.00859369;REFB=-0.0126384;REVB=-0.000382364;RO=45;SAF=24;SAR=24;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291969;STB=0.516122;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0107158;OID=.;OPOS=190788123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:24:24:21:24:24:24:21:24 chr2 190788844 . T TC 317.5 PASS AF=1;AO=13;DP=29;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412298;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=77.854;QD=52.917;RBI=0.135186;REFB=0;REVB=0.128745;RO=13;SAF=12;SAR=1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.614861;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00285623;OID=.;OPOS=190788845;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:29:24:24:0:14:10:0:0:4:13:12:1:5:8 chr2 190788845 . G C 105.45 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.0581838;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=66.8377;QD=15.0643;RBI=0.128746;REFB=0.00188017;REVB=0.114848;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.575603;STB=0.829761;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00593737;OID=.;OPOS=190788845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:28:14:14:12:14:0.5:9:3:13:1:11:3:13:1 chr2 190815211 . G A 526.76 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00369777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.329;QD=56.9474;RBI=0.010026;REFB=-0.0514234;REVB=0.00931917;RO=1;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191068;STB=0.510198;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00193708;OID=.;OPOS=190815211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:24:12:0:1:24:12:0:1 chr2 191066769 . C T 628.18 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.211;QD=61.286;RBI=0.0445791;REFB=0;REVB=0.0414226;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021221;OID=.;OPOS=191066769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:20:19:0:0:22:19:0:0 chr2 191161622 . T C 1002.95 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.922;QD=56.504;RBI=0.0144367;REFB=-0.0726017;REVB=0.00729049;RO=1;SAF=31;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150047;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00112707;OID=.;OPOS=191161622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:71:71:1:1:69:70:0.985915:38:31:1:0:39:31:1:0 chr2 191231458 . G A 1373.12 PASS AF=0.947917;AO=91;DP=96;FAO=91;FDP=96;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00119285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9523;QD=57.2133;RBI=0.00154175;REFB=-0.0294963;REVB=-0.000976783;RO=4;SAF=33;SAR=58;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330648;STB=0.513271;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0190755;OID=.;OPOS=191231458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:96:96:4:5:91:91:0.947917:58:33:3:1:58:33:3:2 chr2 191235901 . A C 1130.11 PASS AF=0.987342;AO=72;DP=73;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00762211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1063;QD=57.2208;RBI=0.121478;REFB=-0.0477974;REVB=0.121238;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.505746;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00294344;OID=.;OPOS=191235901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:79:0:1:72:78:0.987342:29:43:0:0:35:43:1:0 chr2 191354491 . T C 1153.5 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000702334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.743;QD=60.7106;RBI=0.0454602;REFB=0;REVB=0.0454547;RO=0;SAF=22;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76878e-05;OID=.;OPOS=191354491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:54:22:0:0:54:22:0:0 chr2 191379268 . G A 300.53 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.113228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8347;QD=44.5233;RBI=0.121549;REFB=-0.0332396;REVB=-0.0442001;RO=2;SAF=15;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188647;STB=0.533952;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00329972;OID=.;OPOS=191379268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:2:3:24:24:0.888889:9:15:1:1:9:15:1:2 chr2 191402654 . A G 111.39 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0368779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8188;QD=15.913;RBI=0.0617438;REFB=0.00691116;REVB=-0.049521;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664503;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.0168326;OID=.;OPOS=191402654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:7:8:6:7:7:8 chr2 191402685 . A C 646.68 PASS AF=0.739726;AO=54;DP=73;FAO=54;FDP=73;FR=.;FRO=19;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.571;QD=35.4346;RBI=0.0148036;REFB=-0.00633508;REVB=-0.0111042;RO=19;SAF=38;SAR=16;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981872;STB=0.552948;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00364783;OID=.;OPOS=191402685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:19:19:54:54:0.739726:16:38:10:9:16:38:10:9 chr2 191402698 . A C 716.56 PASS AF=0.769231;AO=40;DP=78;FAO=60;FDP=78;FR=.;FRO=18;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00975284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.7773;QD=36.7468;RBI=0.0367198;REFB=0.0191517;REVB=-0.0354009;RO=15;SAF=23;SAR=17;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553191;STB=0.544013;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00532238;OID=.;OPOS=191402698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:15:18:40:60:0.769231:17:23:7:8:17:43:10:8 chr2 191402702 . T C 740.66 PASS AF=0.75;AO=60;DP=80;FAO=60;FDP=80;FR=.;FRO=20;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0499393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7989;QD=37.0331;RBI=0.07809;REFB=-0.00939697;REVB=-0.0600343;RO=19;SAF=43;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125832;STB=0.563024;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00767394;OID=.;OPOS=191402702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:19:20:60:60:0.75:17:43:9:10:17:43:10:10 chr2 191402710 . T C 823.75 PASS AF=0.764706;AO=65;DP=85;FAO=65;FDP=85;FR=.;FRO=20;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00468589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.785;QD=38.7648;RBI=0.0222531;REFB=-0.0344953;REVB=0.0217541;RO=20;SAF=48;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150695;STB=0.581037;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0141579;OID=.;OPOS=191402710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:20:20:65:65:0.764706:17:48:9:11:17:48:9:11 chr2 191402712 . TA CG 823.75 PASS AF=0.764706;AO=65;DP=85;FAO=65;FDP=85;FR=.;FRO=20;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00190967;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=109.811;QD=38.7648;RBI=0.011019;REFB=-0.00542474;REVB=-0.0108523;RO=19;SAF=48;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134316;STB=0.581037;STBP=0.013;TYPE=mnp;VARB=0.00148391;OID=.;OPOS=191402712;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:19:20:65:65:0.764706:17:48:9:10:17:48:9:11 chr2 191402748 . A T 769.99 PASS AF=0.75;AO=62;DP=84;FAO=63;FDP=84;FR=.;FRO=21;FSAF=46;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00977042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.528;QD=36.6663;RBI=0.0169827;REFB=-0.0173164;REVB=0.0138906;RO=21;SAF=45;SAR=17;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872923;STB=0.561716;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00947747;OID=.;OPOS=191402748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:21:21:62:63:0.75:17:45:12:9:17:46:11:10 chr2 191402761 . G A 689.25 PASS AF=0.730769;AO=56;DP=77;FAO=57;FDP=78;FR=.;FRO=21;FSAF=44;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0520481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.903;QD=35.346;RBI=0.0578105;REFB=0.0115732;REVB=-0.0251605;RO=21;SAF=43;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156834;STB=0.585955;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00275336;OID=.;OPOS=191402761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:21:21:56:57:0.730769:13:43:11:10:13:44:11:10 chr2 191402775 . T C 446.45 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=61;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=35;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0262933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.092;QD=29.2755;RBI=0.0302547;REFB=-0.0526058;REVB=-0.0149669;RO=20;SAF=35;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317148;STB=0.674599;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00397834;OID=.;OPOS=191402775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:20:20:41:41:0.672131:6:35:10:10:6:35:10:10 chr2 191402778 . T C 404.63 PASS AF=0.655172;AO=38;DP=58;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=35;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00128861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.134;QD=27.9057;RBI=0.0176711;REFB=-0.000719422;REVB=-0.017624;RO=20;SAF=35;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485328;STB=0.771001;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000167176;OID=.;OPOS=191402778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:20:38:38:0.655172:3:35:10:10:3:35:10:10 chr2 191828203 . A T 214.36 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00292834;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6382;QD=16.1782;RBI=0.0191039;REFB=-0.0270156;REVB=-0.0188782;RO=27;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228265;STB=0.650452;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0335739;OID=.;OPOS=191828203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:29:24:24:0.45283:17:7:14:13:17:7:16:13 chr2 191828205 . C A 197.79 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0303412;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.584;QD=14.6507;RBI=0.0320907;REFB=-0.0138143;REVB=0.010451;RO=31;SAF=7;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255591;STB=0.646333;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0193432;OID=.;OPOS=191828205;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:16:7:17:14:16:7:17:14 chr2 191828686 . A G 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00305498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.141;QD=19.1085;RBI=0.0124169;REFB=-0.000617999;REVB=-0.0120352;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787225;STB=0.545355;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.000363223;OID=.;OPOS=191828686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:4:2:4:5:4:2 chr2 191845325 . TAAAA TAAA,TAAAC 54.38 PASS AF=0.322581,0.0322581;AO=10,2;DP=31;FAO=10,1;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=3,0;FSAR=7,1;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0287231,0.0284063;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.4851,23.6156;QD=7.01653;RBI=0.0637117,0.125402;REFB=-0.0706112,-0.0521565;REVB=-0.0568698,-0.122142;RO=16;SAF=3,0;SAR=7,2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0.452514,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.442247,-0.656611;STB=0.726832,0.992472;STBP=0.095,0.237;TYPE=del,snp;VARB=0.0974068,0.0739997;OID=.,.;OPOS=191845326,191845329;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=TAAA,TAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581,0.0322581:10,2:31:10,1:31:20:3,0:7,1:13:7:48:16:3,0:7,2:12:4 chr2 191874667 . A G 255.69 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.00698969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.008;QD=17.9429;RBI=0.00786448;REFB=-0.0211935;REVB=-0.00360475;RO=29;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161362;STB=0.581097;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0241951;OID=.;OPOS=191874667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:27:28:0.491228:12:15:21:8:12:16:21:8 chr2 192160839 . A T 310.23 PASS AF=0.388889;AO=34;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0759397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.115;QD=13.7882;RBI=0.0759441;REFB=-0.0037039;REVB=0.000819071;RO=54;SAF=22;SAR=12;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103663;STB=0.572251;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00550881;OID=.;OPOS=192160839;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:55:34:35:0.388889:12:22:30:24:12:23:30:25 chr2 192160875 . C T 364.83 PASS AF=0.425532;AO=39;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00817144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.822;QD=15.5248;RBI=0.00986366;REFB=-0.0066589;REVB=-0.00552443;RO=54;SAF=26;SAR=13;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16048;STB=0.579024;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0120318;OID=.;OPOS=192160875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:39:40:0.425532:13:26:28:26:14:26:28:26 chr2 192214966 . T C 205.98 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.00608431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.597;QD=16.8147;RBI=0.0190519;REFB=-0.00333546;REVB=0.0180542;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433128;STB=0.719369;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00527094;OID=.;OPOS=192214966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:28:20:21:0.428571:7:13:6:23:8:13:6:22 chr2 192250726 . G A 1036.85 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.688;QD=59.2488;RBI=0.0735318;REFB=0;REVB=0.0227453;RO=0;SAF=17;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.21173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010439;OID=.;OPOS=192250726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:66:70:1:49:17:0:0:52:18:0:0 chr2 192279327 . T C 1283.74 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00701345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.429;QD=61.8668;RBI=0.0348136;REFB=0;REVB=0.0340998;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95346e-05;OID=.;OPOS=192279327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:33:48:0:0:34:49:0:0 chr2 192699639 . A AG 1158.96 PASS AF=1;AO=98;DP=103;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125596;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.274;QD=47.3047;RBI=0.135554;REFB=0;REVB=0.0509961;RO=2;SAF=56;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00256152;OID=.;OPOS=192699640;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:98:103:98:98:0:56:42:0:0:21:2:56:42:2:0 chr2 192701393 . A G 1568.46 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.586;QD=64.0189;RBI=0.0312657;REFB=0;REVB=0.00633481;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6605e-05;OID=.;OPOS=192701393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:46:52:0:0:46:52:0:0 chr2 195523141 . G T 739.51 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0715437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0984;QD=54.7788;RBI=0.104822;REFB=-0.162336;REVB=0.0766109;RO=1;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165303;STB=0.508769;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00440778;OID=.;OPOS=195523141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:28:25:0:1:28:25:0:1 chr2 196600107 . CA CAA,C 55.87 PASS AF=0,0.558824;AO=4,11;DP=34;FAO=0,19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=0,11;FSAR=0,8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0676306,-0.0574782;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.60317,6.51478;QD=6.57266;RBI=0.308017,0.298896;REFB=0.00934712,-0.0299645;REVB=-0.3005,0.293317;RO=15;SAF=3,8;SAR=1,3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.324872,0.272488;STB=0.5,0.509544;STBP=1,0.934;TYPE=ins,del;VARB=0.0724498,0.112585;OID=.,.;OPOS=196600108,196600108;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=CAA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.558824:4,11:34:0,19:34:15:0,11:0,8:9:6:23:15:3,8:1,3:7:8 chr2 196602102 . ATCAATCACATTGCAT A,ATCAATCAATCAGCTG 122.31 PASS AF=0.368421,0;AO=12,2;DP=41;FAO=14,0;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6,0;FSAR=8,0;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00344011,-0.0167997;FXX=0.0952154;HRUN=1,1;LEN=15,8;MLLD=266.195,205.804;QD=12.8742;RBI=0.0409156,0.0361304;REFB=-0.0239413,-0.0110618;REVB=-0.0407707,-0.0319871;RO=19;SAF=6,0;SAR=6,2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0272843,-0.505018;STB=0.545389,0.5;STBP=0.672,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0310472,0;OID=.,.;OPOS=196602103,196602110;OREF=TCAATCACATTGCAT,CATTGCAT;OALT=-,ATCAGCTG;OMAPALT=A,ATCAATCAATCAGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421,0:12,2:41:14,0:38:24:6,0:8,0:12:12:99:19:6,0:6,2:9:10 chr2 196602132 . GTGAT G 172.91 PASS AF=0.461538;AO=19;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00631343;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=4;MLLD=249.347;QD=17.734;RBI=0.00943043;REFB=-0.0235979;REVB=0.00700525;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667811;STB=0.534845;STBP=0.714;TYPE=del;VARB=0.0236651;OID=.;OPOS=196602133;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:19:40:18:39:21:10:8:13:8:99:20:11:8:13:7 chr2 196673533 . A G 430.94 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000946601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3757;QD=57.458;RBI=0.178939;REFB=0;REVB=0.178937;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354835;OID=.;OPOS=196673533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:26:30:1:12:14:0:0:16:14:0:0 chr2 196791276 . T G 775.03 PASS AF=0.965517;AO=57;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0505019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7419;QD=53.4504;RBI=0.0525223;REFB=-0.0371648;REVB=0.0144275;RO=1;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136707;STB=0.503865;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0187851;OID=.;OPOS=196791276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:57:56:0.965517:34:23:0:1:34:22:1:1 chr2 196851911 . G A 747.65 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.544;QD=63.6297;RBI=0.00552581;REFB=0;REVB=-0.00240961;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86383e-06;OID=.;OPOS=196851911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:30:16:0:0:30:17:0:0 chr2 196866420 . C T 1752.52 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204065;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.54;QD=60.9572;RBI=0.0204345;REFB=0;REVB=0.00107004;RO=0;SAF=66;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.49054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4413e-05;OID=.;OPOS=196866420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:49:66:0:0:49:66:0:0 chr2 196915991 . A G 1190.19 PASS AF=0.895833;AO=80;DP=91;FAO=86;FDP=96;FR=.;FRO=10;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00280381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7706;QD=49.5911;RBI=0.00581685;REFB=-0.00447129;REVB=0.00509652;RO=10;SAF=35;SAR=45;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344024;STB=0.51663;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0195953;OID=.;OPOS=196915991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:91:96:10:10:80:86:0.895833:45:35:6:4:48:38:6:4 chr2 197004439 . A G 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.911;QD=60.1633;RBI=0.0368992;REFB=0;REVB=0.0145015;RO=0;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77083e-05;OID=.;OPOS=197004439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:50:58:0:0:50:58:0:0 chr2 197021276 . T C 1426.18 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.8;QD=62.6893;RBI=0.0784897;REFB=0;REVB=-0.00296512;RO=0;SAF=55;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09269e-05;OID=.;OPOS=197021276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:85:91:0:0:84:91:1:29:55:0:0:29:62:0:0 chr2 197021372 . T A 685.47 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00120088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.564;QD=51.7335;RBI=0.0145106;REFB=-0.074647;REVB=0.0144608;RO=2;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408839;STB=0.501866;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.000239321;OID=.;OPOS=197021372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:50:51:0.962264:22:28:0:2:23:28:1:1 chr2 197065221 . A G 1476.87 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00783488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.421;QD=62.1842;RBI=0.0724083;REFB=-0.0603099;REVB=0.0719832;RO=1;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011424;STB=0.506023;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00011872;OID=.;OPOS=197065221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:41:53:0:1:41:53:0:1 chr2 197118729 . C T 751.04 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960571;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.115;QD=63.9181;RBI=0.0268373;REFB=0;REVB=-0.0250594;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000397723;OID=.;OPOS=197118729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr2 197154234 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.275;QD=58.2394;RBI=0.0170825;REFB=0;REVB=0.0135313;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40711e-06;OID=.;OPOS=197154234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr2 197183638 . C T 323.56 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.020204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.82;QD=16.8081;RBI=0.0306805;REFB=0.001878;REVB=0.0230888;RO=42;SAF=22;SAR=13;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128522;STB=0.572261;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00246443;OID=.;OPOS=197183638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:13:22:21:21:13:22:21:21 chr2 197184321 . C T 790.12 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0206758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.962;QD=50.9755;RBI=0.0263168;REFB=-0.140042;REVB=-0.0162815;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52085;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00101119;OID=.;OPOS=197184321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:62:62:0:4:58:58:0.935484:33:25:0:0:33:25:3:1 chr2 197504545 . C G 645.57 PASS AF=1;AO=34;DP=43;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464041;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.815;QD=62.9826;RBI=0.155095;REFB=0;REVB=0.147991;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140783;OID=.;OPOS=197504545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:41:0:0:34:41:1:18:16:0:0:24:17:0:0 chr2 197594714 . A G 218.86 PASS AF=0.36;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00148369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2471;QD=11.6724;RBI=0.0144056;REFB=0.00122253;REVB=0.014329;RO=46;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183118;STB=0.507687;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00301471;OID=.;OPOS=197594714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:46:48:27:27:0.36:16:11:18:28:16:11:19:29 chr2 198498557 . C A 429.2 PASS AF=0.460784;AO=46;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0352344;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2267;QD=16.8315;RBI=0.0364198;REFB=0.0132803;REVB=-0.00921616;RO=53;SAF=29;SAR=17;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462097;STB=0.509662;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00971415;OID=.;OPOS=198498557;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:55:46:47:0.460784:17:29:31:22:18:29:33:22 chr2 198572076 . A ATTC 218.43 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0191215;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=3;MLLD=186.011;QD=37.9871;RBI=0.0293457;REFB=-0.00680905;REVB=-0.0222607;RO=4;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20271;STB=0.610993;STBP=0.037;TYPE=ins;VARB=0.00199167;OID=.;OPOS=198572077;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.826087:19:24:19:23:4:12:7:0:4:21:4:12:7:0:4 chr2 198572679 . CAAAAAAC ACAAAAAC,CAAAAAA,CAAAAAC,CAAAAACC,CACAAAAA 168.03 PASS AF=0.0454545,0.0151515,0.469697,0,0.0757576;AO=6,9,15,3,4;DP=65;FAO=3,1,31,0,5;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=0,1,7,0,0;FSAR=3,0,24,0,5;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0229123,-0.367143,0.248927,0.315522,-0.0220595;FXX=0;HRUN=1,7,6,6,6;LEN=2,1,1,1,6;MLLD=129.046,8.45693,8.27461,8.46621,154.643;QD=10.1836;RBI=0.0241647,0.37108,0.249047,0.316593,0.0478476;REFB=-0.00695464,-0.0372892,-0.0781204,-0.0248116,-0.00275444;REVB=-0.00767829,-0.0539136,0.00775426,0.0260193,-0.0424591;RO=12;SAF=0,9,1,0,0;SAR=6,0,14,3,4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.710852,0.809089,-0.443172,-0.590401,-0.644715;STB=0.997478,0.986272,0.728,0.5,0.998325;STBP=0.021,0.493,0.002,1,0.002;TYPE=mnp,del,del,snp,mnp;VARB=0.169854,0.063835,0.179425,0.0437795,0.157963;OID=.,.,.,.,.;OPOS=198572679,198572686,198572680,198572685,198572681;OREF=CA,C,A,A,AAAAAC;OALT=AC,-,-,C,CAAAAA;OMAPALT=ACAAAAAC,CAAAAAA,CAAAAAC,CAAAAACC,CACAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:65:65:66:12:26:6,9,15,3,4:3,1,31,0,5:0.0454545,0.0151515,0.469697,0,0.0757576:6,0,14,3,4:0,9,1,0,0:4:8:3,0,24,0,5:0,1,7,0,0:18:8 chr2 198592986 . T C 327.92 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00379368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.829;QD=20.4951;RBI=0.00459954;REFB=-0.0249945;REVB=-0.00260072;RO=30;SAF=12;SAR=22;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182614;STB=0.510116;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0241603;OID=.;OPOS=198592986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:22:12:10:20:22:12:10:20 chr2 200136583 . T A 755.01 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.45;QD=55.9263;RBI=0.0405575;REFB=0;REVB=-0.000469281;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106105;OID=.;OPOS=200136583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:18:34:0:0:20:34:0:0 chr2 200792881 . C T 250.8 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00112805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.047;QD=12.2342;RBI=0.0267654;REFB=-0.00140069;REVB=-0.0267417;RO=52;SAF=20;SAR=10;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250802;STB=0.64453;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0019282;OID=.;OPOS=200792881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:10:20:23:29:10:20:23:29 chr2 201344434 . A G 43.81 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00994078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8574;QD=6.25875;RBI=0.0264784;REFB=-0.0104145;REVB=0.0245415;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374923;STB=0.738924;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.028106;OID=.;OPOS=201344434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:20:21:7:7:0.25:6:1:8:12:6:1:8:13 chr2 201344491 . G A 190.51 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00770864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0453;QD=15.2411;RBI=0.00932818;REFB=0.00349688;REVB=0.00525279;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091965;STB=0.553137;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00447224;OID=.;OPOS=201344491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:13:7:13:17:13:7:13:17 chr2 201344732 . C T 422.61 PASS AF=0.512195;AO=41;DP=81;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00648004;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.097;QD=20.615;RBI=0.00738146;REFB=-0.028402;REVB=-0.00353483;RO=39;SAF=25;SAR=16;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154502;STB=0.583391;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0301425;OID=.;OPOS=201344732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:39:40:41:42:0.512195:16:25:17:22:17:25:17:23 chr2 201437328 . C A 196.59 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0128268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1143;QD=18.2876;RBI=0.0131661;REFB=-0.0245452;REVB=-0.00297012;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046355;STB=0.515207;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.013667;OID=.;OPOS=201437328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:9:11:11:11:9:11:12:11 chr2 201437334 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.432;QD=61.3364;RBI=0.00769679;REFB=0;REVB=-0.00430978;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30883e-06;OID=.;OPOS=201437334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr2 201468732 . C G 117.85 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00671317;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.164;QD=11.2237;RBI=0.0344401;REFB=-0.00645406;REVB=0.0337795;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40041;STB=0.71398;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00631449;OID=.;OPOS=201468732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:28:14:14:0.333333:4:10:8:16:4:10:11:17 chr2 201534389 . A G 363.35 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00146881;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.21;QD=15.4616;RBI=0.0207278;REFB=-0.0311818;REVB=-0.0206757;RO=55;SAF=15;SAR=24;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748643;STB=0.542351;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0386946;OID=.;OPOS=201534389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:55:55:39:39:0.414894:24:15:25:30:24:15:25:30 chr2 201541621 . C T 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00941539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.862;QD=15.6502;RBI=0.0094994;REFB=-0.00796017;REVB=-0.00126058;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222638;STB=0.627753;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0108325;OID=.;OPOS=201541621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:7:14:7:9:7:14 chr2 202122995 . A G 463.11 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=43;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.000156181;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.088;QD=17.4758;RBI=0.0139669;REFB=0.00238581;REVB=-0.013966;RO=56;SAF=43;SAR=7;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27354;STB=0.654617;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00244708;OID=.;OPOS=202122995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:56:50:50:0.471698:7:43:38:18:7:43:38:18 chr2 202215492 . C G 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0388442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.609;QD=10.2705;RBI=0.048631;REFB=-0.00671931;REVB=-0.0292592;RO=34;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203246;STB=0.627302;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0222957;OID=.;OPOS=202215492;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:35:16:16:0.313725:8:8:11:23:8:8:11:24 chr2 202245244 . A G 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0026571;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.771;QD=13.224;RBI=0.0112093;REFB=-0.00127195;REVB=0.0108898;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146552;STB=0.508396;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00215428;OID=.;OPOS=202245244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:11:13:20:16:11:13:20:16 chr2 202260049 . G A 211.29 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262592;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.636;QD=49.7141;RBI=0.0319635;REFB=0;REVB=0.0182242;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185958;OID=.;OPOS=202260049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr2 202264156 . C T 407.83 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00173029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.555;QD=17.7316;RBI=0.0075106;REFB=-9.20028e-05;REVB=-0.00730857;RO=50;SAF=20;SAR=22;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157797;STB=0.508822;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=8.25732e-05;OID=.;OPOS=202264156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:22:20:23:27:22:20:23:27 chr2 202337730 . A G 1396.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.151;QD=62.7596;RBI=0.0270696;REFB=0;REVB=0.0233551;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73143e-05;OID=.;OPOS=202337730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:42:47:0:0:42:47:0:0 chr2 202342402 . G T 474.09 PASS AF=0.495146;AO=49;DP=101;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00710466;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.523;QD=18.4114;RBI=0.0113373;REFB=-0.0204377;REVB=0.008835;RO=52;SAF=25;SAR=24;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262374;STB=0.504585;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0189172;OID=.;OPOS=202342402;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:52:52:49:51:0.495146:24:25:28:24:24:27:28:24 chr2 202352433 . G A 527.22 PASS AF=0.44186;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0185879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0341;QD=16.3477;RBI=0.0591238;REFB=-0.003144;REVB=-0.0561259;RO=69;SAF=37;SAR=20;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131057;STB=0.563321;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00856623;OID=.;OPOS=202352433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:69:72:57:57:0.44186:20:37:36:33:20:37:39:33 chr2 202357949 . A C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8445;QD=58.5863;RBI=0.0650168;REFB=0;REVB=-0.0272552;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576601;OID=.;OPOS=202357949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr2 202469361 . C T 348.57 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0833116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.852;QD=53.6266;RBI=0.0833127;REFB=0;REVB=0.000426409;RO=1;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238057;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268807;OID=.;OPOS=202469361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:1:0:25:26:1:19:6:0:1:20:6:0:0 chr2 202508115 . A C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.581;QD=16.931;RBI=0.004628;REFB=-0.0026083;REVB=-0.004628;RO=12;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00359914;OID=.;OPOS=202508115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:12:0:0:12:12:0:0:12 chr2 202512449 . C T 258.37 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00553038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.58;QD=13.9657;RBI=0.00629271;REFB=-0.00428897;REVB=0.00300217;RO=44;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105691;STB=0.560104;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00870926;OID=.;OPOS=202512449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:14:16:19:25:14:16:19:25 chr2 202525096 . A G 225.24 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0012379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.059;QD=20.0211;RBI=0.00742447;REFB=-0.00206506;REVB=0.00732054;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119823;STB=0.555506;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00189342;OID=.;OPOS=202525096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:23:21:22:0.488889:10:11:15:8:10:12:15:8 chr2 202528830 . A AT 199.21 PASS AF=0.425676;AO=57;DP=150;FAO=63;FDP=148;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=0.0297876;FXX=0.0133324;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.2547;QD=5.38402;RBI=0.110536;REFB=-0.00564582;REVB=0.106447;RO=81;SAF=27;SAR=30;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339443;STB=0.532951;STBP=0.494;TYPE=ins;VARB=-0.0192889;OID=.;OPOS=202528831;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425676:57:150:63:148:85:29:34:44:41:99:81:27:30:41:40 chr2 202557702 . C T 414.72 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693949;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8756;QD=57.2021;RBI=0.0789628;REFB=0;REVB=0.0376758;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122158;OID=.;OPOS=202557702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr2 202575821 . G A 357.98 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1245;QD=55.0736;RBI=0.0463006;REFB=0;REVB=-0.0266495;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101435;OID=.;OPOS=202575821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr2 202593280 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00659757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.138;QD=18.3452;RBI=0.00723598;REFB=-0.016487;REVB=0.00297179;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126365;STB=0.571823;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0192008;OID=.;OPOS=202593280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:11:7:9:8:11:7 chr2 202598113 . C T 252.73 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00728948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.659;QD=21.0606;RBI=0.0249745;REFB=-0.00937894;REVB=-0.0238871;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056906;STB=0.541632;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0112049;OID=.;OPOS=202598113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:12:12:10:13:12:12:10:14 chr2 202625615 . C T 1212.45 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0060474;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.82;QD=61.3897;RBI=0.0202333;REFB=0;REVB=-0.0193084;RO=1;SAF=49;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23384e-05;OID=.;OPOS=202625615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:1:0:79:79:1:30:49:0:1:30:49:0:0 chr2 202741247 . G C 400.23 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0178017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.669;QD=15.8506;RBI=0.0286993;REFB=-0.0184588;REVB=-0.0225111;RO=56;SAF=25;SAR=19;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13906;STB=0.582661;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0275263;OID=.;OPOS=202741247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:57:44:44:0.435644:19:25:24:32:19:25:24:33 chr2 202741256 . A T 1548.78 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.171;QD=63.8672;RBI=0.0190538;REFB=0;REVB=-0.01359;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42572e-07;OID=.;OPOS=202741256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:49:48:0:0:49:48:0:0 chr2 202741269 . G A 1381.06 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0217754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.11;QD=61.3804;RBI=0.0430496;REFB=-0.031199;REVB=0.0371362;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.505493;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=7.84007e-05;OID=.;OPOS=202741269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:88:89:0.988889:45:43:0:0:45:44:0:1 chr2 202964380 . G A 364.45 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0053918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.866;QD=23.8984;RBI=0.00562129;REFB=-0.00983036;REVB=-0.00158976;RO=25;SAF=14;SAR=22;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548393;STB=0.530081;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00688126;OID=.;OPOS=202964380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:22:14:8:17:22:14:8:17 chr2 203640713 . T C 462.42 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.705;QD=57.8024;RBI=0.00993721;REFB=0;REVB=-0.00334528;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0145e-05;OID=.;OPOS=203640713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:19:13:0:0 chr2 204062061 . A G 1715.3 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00242482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.204;QD=59.6628;RBI=0.00826057;REFB=-0.0643443;REVB=0.00789667;RO=0;SAF=67;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3323e-08;STB=0.503703;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=3.62866e-05;OID=.;OPOS=204062061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:0:1:114:114:0.991304:47:67:0:0:47:67:1:0 chr2 204090887 . C G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.275;QD=63.2868;RBI=0.022199;REFB=0;REVB=0.00779191;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83506e-05;OID=.;OPOS=204090887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr2 204116690 . C T 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.563;QD=57.7094;RBI=0.0624166;REFB=0;REVB=-0.0624007;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132247;OID=.;OPOS=204116690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr2 204206977 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.087;QD=55.6561;RBI=0.0174265;REFB=0;REVB=-0.013895;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16023e-05;OID=.;OPOS=204206977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr2 204298783 . A C 592.18 PASS AF=0.732394;AO=50;DP=71;FAO=52;FDP=71;FR=.;FRO=19;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0700075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6558;QD=33.362;RBI=0.0943904;REFB=-0.108029;REVB=0.0633127;RO=20;SAF=28;SAR=22;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163063;STB=0.59212;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0496615;OID=.;OPOS=204298783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:20:19:50:52:0.732394:22:28:5:15:23:29:4:15 chr2 204298785 . A C 118.62 PASS AF=0.271429;AO=18;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0264664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.577;QD=6.77834;RBI=0.0380458;REFB=-0.044711;REVB=0.0273316;RO=51;SAF=4;SAR=14;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410244;STB=0.759208;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.103367;OID=.;OPOS=204298785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:51:18:19:0.271429:14:4:28:23:15:4:28:23 chr2 204298787 . A C 146.23 PASS AF=0.304348;AO=20;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.0567813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3872;QD=8.47718;RBI=0.0856573;REFB=-0.0308829;REVB=-0.0641331;RO=49;SAF=17;SAR=3;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.619572;STB=0.873679;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0790813;OID=.;OPOS=204298787;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:48:20:21:0.304348:3:17:15:34:3:18:14:34 chr2 204299540 . A G 290.82 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0189876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.389;QD=16.6183;RBI=0.0221037;REFB=-0.0338339;REVB=-0.0113155;RO=38;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555751;STB=0.53123;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0370986;OID=.;OPOS=204299540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:15:17:18:20:15:17:18:20 chr2 204322298 . T C 101.86 PASS AF=0.35;AO=12;DP=37;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0453739;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=50.5904;QD=10.1859;RBI=0.0521827;REFB=-0.050256;REVB=0.0257729;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331058;STB=0.57366;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0632148;OID=.;OPOS=204322298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:25:26:12:14:0.35:8:4:9:16:10:4:10:16 chr2 204602211 . GA G 71.31 PASS AF=0.5;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.211101;FXX=0.0434594;HRUN=5;LEN=1;MLLD=19.4607;QD=12.9656;RBI=0.211956;REFB=-0.0258441;REVB=0.0190122;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.354839;SSSB=-0.286528;STB=0.633914;STBP=0.252;TYPE=del;VARB=-0.000922783;OID=.;OPOS=204602212;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:10:22:11:22:11:5:6:8:3:61:11:4:6:8:3 chr2 204732714 . A G 162.74 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.000952515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.684;QD=20.3419;RBI=0.0120386;REFB=-0.014979;REVB=-0.0120009;RO=15;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213639;STB=0.621364;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00764932;OID=.;OPOS=204732714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:12:5:8:7:12:5:8:7 chr2 205829991 . C T 614.7 PASS AF=0.913043;AO=41;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0277072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.701;QD=53.4521;RBI=0.0331137;REFB=-0.246218;REVB=0.0181337;RO=1;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347212;STB=0.519084;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00469639;OID=.;OPOS=205829991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:46:46:1:4:41:42:0.913043:13:28:0:1:13:29:2:2 chr2 205912403 . T C 258.35 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00192947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.276;QD=13.9649;RBI=0.0117108;REFB=0.00384434;REVB=0.0115508;RO=44;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823579;STB=0.54693;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00611524;OID=.;OPOS=205912403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:12:18:23:21:12:18:23:21 chr2 205969220 . G A 610.31 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.493;QD=61.0308;RBI=0.0200993;REFB=0;REVB=-0.000881917;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150291;OID=.;OPOS=205969220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:28:10:0:0:28:12:0:0 chr2 205986321 . A G 197.8 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0122571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6716;QD=14.6515;RBI=0.0304639;REFB=-0.0115531;REVB=0.0278893;RO=30;SAF=15;SAR=8;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204658;STB=0.524454;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0162715;OID=.;OPOS=205986321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:8:15:19:11:8:15:19:12 chr2 205990353 . C T 627.29 PASS AF=0.583333;AO=55;DP=95;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0165668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.656;QD=26.1369;RBI=0.0232428;REFB=-0.0249643;REVB=0.0163024;RO=39;SAF=26;SAR=29;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693359;STB=0.546046;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0154231;OID=.;OPOS=205990353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:39:40:55:56:0.583333:29:26:22:17:30:26:23:17 chr2 206218963 . G A 290.42 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0102371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.922;QD=14.1666;RBI=0.0124781;REFB=-0.00953053;REVB=0.00713471;RO=49;SAF=9;SAR=24;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345619;STB=0.697125;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0110276;OID=.;OPOS=206218963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:24:9:29:20:24:9:29:20 chr2 206219012 . TA CC 306.31 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00162861;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=2;MLLD=165.008;QD=15.1265;RBI=0.0204;REFB=-0.0163838;REVB=-0.0203348;RO=47;SAF=10;SAR=24;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257018;STB=0.646064;STBP=0.033;TYPE=mnp;VARB=0.0278828;OID=.;OPOS=206219012;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:47:47:34:34:0.419753:24:10:25:22:24:10:25:22 chr2 206364737 . T C 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.839;QD=60.716;RBI=0.0167926;REFB=0;REVB=0.00402824;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.40879e-05;OID=.;OPOS=206364737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr2 206581033 . G A 1864.49 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299665;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5035;QD=61.1308;RBI=0.0278797;REFB=-0.0578686;REVB=-0.0277182;RO=0;SAF=55;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297725;OID=.;OPOS=206581033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:122:122:0:0:122:122:1:67:55:0:0:67:55:0:0 chr2 206592695 . T C 626.59 PASS AF=0.43949;AO=69;DP=157;FAO=69;FDP=157;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=55;FWDB=-0.0280915;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.02;QD=15.964;RBI=0.0326226;REFB=-0.00196657;REVB=-0.0165861;RO=88;SAF=32;SAR=37;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905141;STB=0.550369;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00297845;OID=.;OPOS=206592695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:88:88:69:69:0.43949:37:32:33:55:37:32:33:55 chr2 206608039 . T C 708.46 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3484;QD=62.9743;RBI=0.0175057;REFB=0;REVB=-0.012053;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000241221;OID=.;OPOS=206608039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr2 206608103 . G A 200.85 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00225802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.312;QD=20.6003;RBI=0.031796;REFB=-0.0189034;REVB=-0.0317157;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205806;STB=0.615275;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0238027;OID=.;OPOS=206608103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:5:14:10:10:5:14 chr2 206610502 . T G 531.22 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.214;QD=59.0245;RBI=0.0107879;REFB=0;REVB=-0.0100999;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295651;OID=.;OPOS=206610502;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:13:22:0:0:14:22:0:0 chr2 206863874 . C T 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0930202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6484;QD=12.6374;RBI=0.0936239;REFB=0.0151088;REVB=-0.0106153;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216322;STB=0.634337;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0332966;OID=.;OPOS=206863874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:8:5:4:16:8:5:4:17 chr2 206874339 . G A 488.09 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=43;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.00107821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.358;QD=16.8308;RBI=0.0331092;REFB=-0.00380077;REVB=-0.0330917;RO=62;SAF=43;SAR=10;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201506;STB=0.620888;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00437299;OID=.;OPOS=206874339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:62:63:53:53:0.456897:10:43:41:21:10:43:41:22 chr2 206911228 . G A 117.06 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00385683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.868;QD=12.0061;RBI=0.00415222;REFB=-0.0154368;REVB=-0.00153809;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138098;STB=0.545391;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0272249;OID=.;OPOS=206911228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:25:14:14:0.358974:6:8:16:7:6:8:16:9 chr2 206921451 . G A 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00354134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=340.612;QD=55.6056;RBI=0.0074196;REFB=0.028709;REVB=0.00651992;RO=1;SAF=33;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140815;STB=0.50746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000564177;OID=.;OPOS=206921451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:25:33:1:0:25:33:1:0 chr2 207086148 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.276;QD=62.0197;RBI=0.0255798;REFB=0;REVB=0.0108016;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.47792e-05;OID=.;OPOS=207086148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr2 207172627 . A G 363.09 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.000970357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3377;QD=18.1546;RBI=0.0785659;REFB=-0.0223013;REVB=0.0785599;RO=41;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532275;STB=0.521728;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0283403;OID=.;OPOS=207172627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:42:38:38:0.475:22:16:15:26:22:16:16:26 chr2 207174316 . T C 314.86 PASS AF=0.472973;AO=33;DP=72;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0134196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.747;QD=17.0194;RBI=0.0146072;REFB=-0.00331398;REVB=-0.00576928;RO=39;SAF=16;SAR=17;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150336;STB=0.567069;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00315418;OID=.;OPOS=207174316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:39:39:33:35:0.472973:17:16:25:14:17:18:25:14 chr2 207472683 . C CTA 634.42 PASS AF=0.492308;AO=64;DP=132;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00498616;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.169;QD=19.5207;RBI=0.0116562;REFB=-0.011611;REVB=0.010536;RO=66;SAF=31;SAR=33;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000435504;STB=0.500241;STBP=0.99;TYPE=ins;VARB=0.0116612;OID=.;OPOS=207472684;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492308:64:132:64:130:66:31:33:32:34:99:66:31:33:32:34 chr2 207603234 . T G 354.02 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0186049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7996;QD=29.5015;RBI=0.028831;REFB=-0.0199063;REVB=0.0220245;RO=18;SAF=13;SAR=17;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310282;STB=0.517034;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00924531;OID=.;OPOS=207603234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:17:13:7:11:17:13:7:11 chr2 207621759 . A G 1008.47 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9515;QD=59.3219;RBI=0.04985;REFB=0;REVB=0.0426287;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448534;OID=.;OPOS=207621759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:39:28:0:0:39:29:0:0 chr2 207647981 . C T 208.66 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00917439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4;QD=41.7314;RBI=0.0399687;REFB=0.0377679;REVB=0.0389015;RO=2;SAF=6;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130434;STB=0.571347;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00401985;OID=.;OPOS=207647981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:12:6:2:0:12:6:2:0 chr2 207653653 . G A 457.22 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0140174;FXX=0.0238067;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.77;QD=22.3036;RBI=0.0196968;REFB=-0.0132157;REVB=-0.0138374;RO=37;SAF=18;SAR=26;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175829;STB=0.590868;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0174238;OID=.;OPOS=207653653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:37:38:44:44:0.536585:26:18:23:14:26:18:23:15 chr2 207820276 . G A 391.47 PASS AF=0.541667;AO=38;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0355966;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.821;QD=21.7484;RBI=0.0357039;REFB=-0.000698572;REVB=0.00276695;RO=32;SAF=15;SAR=23;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891529;STB=0.534866;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000532065;OID=.;OPOS=207820276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:33:38:39:0.541667:23:15:16:16:23:16:16:17 chr2 207824384 . T G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.419;QD=59.0183;RBI=0.0437422;REFB=0;REVB=0.0171827;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189659;OID=.;OPOS=207824384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr2 207825656 . A T 318.84 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0181813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3107;QD=18.2197;RBI=0.0181923;REFB=-0.0123808;REVB=0.000630184;RO=35;SAF=12;SAR=22;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100068;STB=0.54997;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0121442;OID=.;OPOS=207825656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:22:12:16:19:22:12:16:20 chr2 207833983 . A G 814.06 PASS AF=0.518987;AO=82;DP=158;FAO=82;FDP=158;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.00534226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.895;QD=20.6091;RBI=0.00842293;REFB=-0.00739143;REVB=-0.00651198;RO=76;SAF=32;SAR=50;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753661;STB=0.541391;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00558968;OID=.;OPOS=207833983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:76:76:82:82:0.518987:50:32:36:40:50:32:36:40 chr2 207945785 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7204;QD=37.4879;RBI=0.0902911;REFB=0;REVB=0.0901413;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00823323;OID=.;OPOS=207945785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr2 207988613 . C T 1555.15 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373402;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=82.8531;QD=58.6848;RBI=0.0383593;REFB=-0.0845374;REVB=0.00878312;RO=1;SAF=76;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160805;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479262;OID=.;OPOS=207988613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:106:106:1:0:105:106:1:29:76:0:1:30:76:0:0 chr2 208477852 . G A 1064.12 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125521;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.675;QD=59.9506;RBI=0.0214968;REFB=0;REVB=0.0174516;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245718;OID=.;OPOS=208477852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:38:32:0:0:38:33:0:0 chr2 208477956 . C T 936.87 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.496;QD=58.5543;RBI=0.0360957;REFB=0;REVB=0.0324884;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31121e-05;OID=.;OPOS=208477956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:27:35:0:0:29:35:0:0 chr2 208489101 . C A 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00701898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.665;QD=21.0081;RBI=0.00711108;REFB=-0.00616235;REVB=0.00114077;RO=25;SAF=12;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00629235;OID=.;OPOS=208489101;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:18:12:10:15:18:12:10:15 chr2 208633627 . C T 714.87 PASS AF=0.480769;AO=74;DP=157;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00972447;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.695;QD=18.33;RBI=0.0138413;REFB=-0.0156226;REVB=0.00984968;RO=80;SAF=39;SAR=35;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00191015;STB=0.507717;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0177631;OID=.;OPOS=208633627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:80:81:74:75:0.480769:35:39:42:38:35:40:42:39 chr2 208811097 . C T 993.3 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0047771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5655;QD=57.5825;RBI=0.0912848;REFB=-0.103244;REVB=0.0911597;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.508472;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00181165;OID=.;OPOS=208811097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:69:0:1:66:68:0.985507:27:39:0:0:29:39:0:1 chr2 208841964 . A G 311.45 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0144178;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.744;QD=21.4796;RBI=0.0232058;REFB=-0.0115665;REVB=0.0181834;RO=26;SAF=21;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13337;STB=0.573984;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00710764;OID=.;OPOS=208841964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:26:26:32:32:0.551724:11:21:13:13:11:21:13:13 chr2 208918917 . C T 310.56 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00866674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4885;QD=16.3453;RBI=0.0658734;REFB=-0.0152828;REVB=-0.0653008;RO=40;SAF=23;SAR=11;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179608;STB=0.590177;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0192835;OID=.;OPOS=208918917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:40:42:34:34:0.447368:11:23:20:20:11:23:22:20 chr2 208938866 . G T 170.07 PASS AF=0.45;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0159351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.806;QD=17.0066;RBI=0.0314797;REFB=-0.0326907;REVB=0.0271485;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288764;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0517056;OID=.;OPOS=208938866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:17:18:0.45:8:9:11:11:9:9:11:11 chr2 208986637 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.765;QD=59.8394;RBI=0.0393211;REFB=0;REVB=0.033669;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179082;OID=.;OPOS=208986637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr2 209007559 . T G 961.6 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159346;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3963;QD=59.1755;RBI=0.0277101;REFB=0;REVB=-0.0226702;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000370571;OID=.;OPOS=209007559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr2 209033173 . A G 565.29 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.172;QD=59.5044;RBI=0.0426394;REFB=0;REVB=-0.0173393;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030342;OID=.;OPOS=209033173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:23:14:0:0:24:14:0:0 chr2 209036712 . T C 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00613317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=351.585;QD=61.8526;RBI=0.0280852;REFB=0;REVB=0.0274074;RO=0;SAF=54;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9494e-05;OID=.;OPOS=209036712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:29:54:0:0:29:54:0:0 chr2 209036778 . A G 1227.44 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.445;QD=61.3718;RBI=0.0663467;REFB=0;REVB=0.0634794;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021387;OID=.;OPOS=209036778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr2 209184980 . G A 663.44 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00532147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8241;QD=60.3129;RBI=0.0447581;REFB=0;REVB=0.0444406;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254854;OID=.;OPOS=209184980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:28:13:0:0:31:13:0:0 chr2 209184999 . C T 657.62 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.054017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.595;QD=55.9675;RBI=0.0540282;REFB=-0.020504;REVB=-0.00109828;RO=2;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276275;STB=0.507039;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=3.2715e-05;OID=.;OPOS=209184999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:2:3:44:44:0.93617:33:11:0:2:33:11:1:2 chr2 209190330 . T C 1001.15 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=75;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0902957;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.268;QD=54.116;RBI=0.101379;REFB=-0.133605;REVB=0.0460918;RO=1;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111254;STB=0.519547;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0042976;OID=.;OPOS=209190330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:75:74:1:4:70:70:0.945946:42:28:0:1:42:28:3:1 chr2 209190519 . A T 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.352;QD=62.3459;RBI=0.0158792;REFB=0;REVB=0.0154017;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82527e-05;OID=.;OPOS=209190519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr2 209190528 . C G 644.05 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3887;QD=61.3382;RBI=0.017082;REFB=0;REVB=-0.0124542;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342822;OID=.;OPOS=209190528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:18:24:0:0 chr2 209191082 . C A 182.69 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0286692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4422;QD=42.9861;RBI=0.0299878;REFB=-0.0141729;REVB=0.00879484;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526283;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0173216;OID=.;OPOS=209191082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:7:9:0:0:7:9:1:0 chr2 209191099 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6164;QD=40.762;RBI=0.0452299;REFB=0;REVB=-0.00405387;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556553;OID=.;OPOS=209191099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr2 209209827 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.222;QD=58.1421;RBI=0.0116597;REFB=0;REVB=0.00998281;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17394e-05;OID=.;OPOS=209209827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr2 209212707 . G A 1195.42 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00870235;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.668;QD=57.6105;RBI=0.0193849;REFB=-0.038976;REVB=0.0173218;RO=2;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230823;STB=0.518068;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000332015;OID=.;OPOS=209212707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:83:2:3:80:80:0.963855:40:40:0:2:40:40:0:3 chr2 209214770 . A G 832.56 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0145458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.089;QD=52.861;RBI=0.0479482;REFB=-0.144601;REVB=0.0456886;RO=2;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254976;STB=0.50331;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00101106;OID=.;OPOS=209214770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:2:3:60:60:0.952381:36:24:0:2:36:24:1:2 chr2 209215586 . A G 1133.86 PASS AF=0.9625;AO=75;DP=79;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0121321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.472;QD=56.693;RBI=0.0178272;REFB=-0.0331915;REVB=-0.0130622;RO=4;SAF=49;SAR=26;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102425;STB=0.500181;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00890564;OID=.;OPOS=209215586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:80:4:3:75:77:0.9625:26:49:3:1:26:51:2:1 chr2 209220157 . G T 2407.73 PASS AF=0.987578;AO=158;DP=161;FAO=159;FDP=161;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=104;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0249045;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.39;QD=59.8194;RBI=0.0251177;REFB=0.0322183;REVB=0.00326626;RO=1;SAF=55;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00857141;STB=0.508927;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000326639;OID=.;OPOS=209220157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:161:161:1:2:158:159:0.987578:103:55:1:0:104:55:2:0 chr2 209220238 . G C 2634.43 PASS AF=0.982857;AO=172;DP=175;FAO=172;FDP=175;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=118;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.057568;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1768;QD=60.2156;RBI=0.0584234;REFB=-0.0866991;REVB=0.00996107;RO=3;SAF=54;SAR=118;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132826;STB=0.506981;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00104174;OID=.;OPOS=209220238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:175:175:3:3:172:172:0.982857:118:54:2:1:118:54:2:1 chr2 209224874 . CAA CA,CAC 785.57 PASS AF=0.866667,0.116667;AO=49,7;DP=60;FAO=52,7;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=25,7;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0731768,0.0357648;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.9826,10.1059;QD=52.3716;RBI=0.0940842,0.0599858;REFB=0.118563,0.0820984;REVB=-0.0591354,-0.0481578;RO=1;SAF=25,7;SAR=24,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0192048,0.794046;STB=0.509087,0.997454;STBP=0.499,0.048;TYPE=del,snp;VARB=-0.0117852,0.000340677;OID=.,.;OPOS=209224875,209224876;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.866667,0.116667:49,7:60:52,7:60:1:25,7:27,0:0:1:32:1:25,7:24,0:0:1 chr2 209358027 . C T 359.16 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0199985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.453;QD=19.9531;RBI=0.0200944;REFB=-0.0337996;REVB=-0.00196102;RO=34;SAF=21;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00768224;STB=0.501912;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0201169;OID=.;OPOS=209358027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:37:37:0.513889:16:21:19:15:16:21:20:15 chr2 209785278 . A G 3660.76 PASS AF=1;AO=227;DP=227;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.898;QD=63.1166;RBI=0.0135915;REFB=0;REVB=0.0108075;RO=0;SAF=134;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.80228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54192e-07;OID=.;OPOS=209785278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:227:232:0:0:227:232:1:93:134:0:0:98:134:0:0 chr2 210586685 . T C 1525.42 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.21;QD=63.5592;RBI=0.0137074;REFB=0;REVB=0.00790887;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33143e-05;OID=.;OPOS=210586685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:96:0:0:92:96:1:44:48:0:0:45:51:0:0 chr2 210685100 . G A 414.3 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=-0.00605507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.864;QD=16.7394;RBI=0.00733975;REFB=-0.00311414;REVB=-0.00414826;RO=56;SAF=20;SAR=23;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185299;STB=0.603403;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00226835;OID=.;OPOS=210685100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:23:20:16:40:23:20:16:40 chr2 210843383 . G A 313.2 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0252758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.527;QD=19.5753;RBI=0.0273972;REFB=-0.0221271;REVB=-0.0105708;RO=31;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435953;STB=0.502423;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0287028;OID=.;OPOS=210843383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:19:14:13:18:19:14:13:18 chr2 211060050 . T G 300.63 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0554691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.619;QD=21.4735;RBI=0.0556604;REFB=0.0130824;REVB=0.00461043;RO=25;SAF=12;SAR=19;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109243;STB=0.506049;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00716623;OID=.;OPOS=211060050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:19:12:10:15:19:12:10:15 chr2 211074909 . T C 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00474772;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=274.932;QD=6.22528;RBI=0.00474792;REFB=-0.00217846;REVB=4.31673e-05;RO=43;SAF=7;SAR=6;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089409;STB=0.556078;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00626699;OID=.;OPOS=211074909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:6:7:20:23:6:7:20:23 chr2 211098113 . C T 1546.61 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.281;QD=59.4848;RBI=0.0155811;REFB=0;REVB=-0.0010636;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01405e-05;OID=.;OPOS=211098113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:104:0:0:100:104:1:41:59:0:0:41:63:0:0 chr2 211098308 . G A 30.11 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0326184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4284;QD=10.0361;RBI=0.0441837;REFB=-0.0519359;REVB=-0.0298033;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0575891;OID=.;OPOS=211098308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:3:4:3:2:3:4 chr2 211342502 . G A 1080.48 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.481;QD=60.0266;RBI=0.0525366;REFB=0;REVB=0.0448505;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17268e-05;OID=.;OPOS=211342502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:33:38:0:0:33:39:0:0 chr2 211421452 . A ATCT,T 594.46 PASS AF=0.544444,0.0666667;AO=49,6;DP=90;FAO=49,6;FDP=90;FR=.;FRO=35;FSAF=27,1;FSAR=22,5;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00260202,0.0108947;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=213.045,103.271;QD=26.4205;RBI=0.0132424,0.0477171;REFB=-0.00602303,-0.0101905;REVB=0.0129842,0.0464568;RO=34;SAF=27,1;SAR=22,5;SRF=19;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00591207,-0.464644;STB=0.503433,0.825343;STBP=0.964,0.139;TYPE=ins,snp;VARB=0.00471247,0.0394946;OID=.,.;OPOS=211421453,211421452;OREF=-,A;OALT=TCT,T;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:34:35:49,6:49,6:0.544444,0.0666667:22,5:27,1:19:15:22,5:27,1:19:16 chr2 211456637 . A G 772.4 PASS AF=0.417085;AO=83;DP=199;FAO=83;FDP=199;FR=.;FRO=116;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=66;FWDB=0.00201048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.809;QD=15.5256;RBI=0.00217755;REFB=0.000256062;REVB=-0.000836462;RO=114;SAF=45;SAR=38;SRF=48;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124923;STB=0.56452;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00125668;OID=.;OPOS=211456637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:114:116:83:83:0.417085:38:45:48:66:38:45:50:66 chr2 211456639 . C T 771.71 PASS AF=0.415;AO=83;DP=200;FAO=83;FDP=200;FR=.;FRO=117;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=50;FSRR=67;FWDB=-0.000344759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.843;QD=15.4343;RBI=0.0298713;REFB=-0.0133456;REVB=-0.0298694;RO=117;SAF=46;SAR=37;SRF=50;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132112;STB=0.573879;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0196147;OID=.;OPOS=211456639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:117:117:83:83:0.415:37:46:50:67:37:46:50:67 chr2 211481257 . C G 225.28 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0338075;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5274;QD=17.3295;RBI=0.0388513;REFB=-0.0358804;REVB=0.0191436;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14441;STB=0.58133;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0459971;OID=.;OPOS=211481257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:15:10:15:12:15:10:15:12 chr2 212640299 . G T 1226.26 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00360721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7447;QD=57.7065;RBI=0.0294823;REFB=0.16746;REVB=-0.0292608;RO=1;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976474;STB=0.515148;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00514011;OID=.;OPOS=212640299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:1:3:82:82:0.964706:48:34:0:1:48:34:0:3 chr2 212642775 . TT AT,CC,CT 701.35 PASS AF=0.0392157,0.0392157,0.921569;AO=2,2,47;DP=52;FAO=2,2,47;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,29;FSAR=0,2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00808931,-0.0157469,0.0100325;FXX=0.0192271;HRUN=2,2,2;LEN=1,2,1;MLLD=72.8745,79.9853,182.076;QD=55.008;RBI=0.00946828,0.0159802,0.0264827;REFB=0,0,0;REVB=0.00492052,0.00272081,0.0245088;RO=0;SAF=2,0,29;SAR=0,2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=0.13017,-0.0169153,0.00086327;OID=.,.,.;OPOS=212642775,212642775,212642775;OREF=T,TT,T;OALT=A,CC,C;OMAPALT=AT,CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:8:52:51:0:0:2,2,47:2,2,47:0.0392157,0.0392157,0.921569:0,2,18:2,0,29:0:0:0,2,18:2,0,29:0:0 chr2 212642845 . G C 738.87 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0272609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8281;QD=54.7314;RBI=0.0461063;REFB=0.0456397;REVB=0.0371838;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177765;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00119515;OID=.;OPOS=212642845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:26:27:0:1:26:27:0:1 chr2 213866714 . G A 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00283861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.158;QD=61.3752;RBI=0.00919935;REFB=0;REVB=0.00875044;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99976e-05;OID=.;OPOS=213866714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr2 213886454 . A T 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010512;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.496;QD=56.9556;RBI=0.0462283;REFB=0;REVB=0.0450173;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05948e-05;OID=.;OPOS=213886454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr2 214012405 . AA AC,CA 1055.68 PASS AF=0.303371,0.617978;AO=3,42;DP=84;FAO=27,55;FDP=89;FR=.;FRO=7;FSAF=16,20;FSAR=11,35;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0173368,0.0213963;FXX=0.0219756;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=130.483,92.0249;QD=47.4463;RBI=0.0313801,0.0446613;REFB=-0.0516166,-0.144376;REVB=0.0261561,0.0392024;RO=0;SAF=3,11;SAR=0,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.72514e-08;STB=0.504501,0.524991;STBP=0.943,0.3;TYPE=snp,snp;VARB=0.00771293,0.00784881;OID=.,.;OPOS=214012406,214012405;OREF=A,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:84:89:0:7:3,42:27,55:0.303371,0.617978:0,31:3,11:0:0:11,35:16,20:4:3 chr2 214637044 . A G 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0144168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.919;QD=18.0506;RBI=0.0159675;REFB=-0.00523678;REVB=-0.00686432;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573375;STB=0.533264;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00355362;OID=.;OPOS=214637044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:8:2:2:6:8:2:2:6 chr2 214727221 . A C 569.55 PASS AF=0.577778;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0137932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8541;QD=25.3134;RBI=0.0407905;REFB=-0.00235104;REVB=-0.0383876;RO=35;SAF=24;SAR=28;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244996;STB=0.506022;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00117946;OID=.;OPOS=214727221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:35:38:52:52:0.577778:28:24:15:20:28:24:17:21 chr2 214794743 . A C 512.43 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.00186318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.963;QD=18.6339;RBI=0.00627743;REFB=-0.0171539;REVB=0.00599455;RO=56;SAF=21;SAR=33;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247235;STB=0.636677;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0174076;OID=.;OPOS=214794743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:54:54:0.490909:33:21:37:19:33:21:37:19 chr2 215102929 . T A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.122;QD=57.2026;RBI=0.0244125;REFB=0;REVB=0.0206657;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53214e-05;OID=.;OPOS=215102929;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr2 215595645 . C T 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0217934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.033;QD=18.4902;RBI=0.0561491;REFB=-0.00305347;REVB=-0.0517472;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137578;STB=0.507805;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0027875;OID=.;OPOS=215595645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:13:9:11:15:13:9:11:15 chr2 215632255 . CA CG,TG 1766.23 PASS AF=0.533333,0.466667;AO=64,56;DP=121;FAO=64,56;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=30,36;FSAR=34,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145139,0.0198291;FXX=0.00826378;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=57.5063,181.682;QD=58.8744;RBI=0.0272432,0.0295195;REFB=0,0;REVB=0.0230551,0.0218679;RO=0;SAF=30,36;SAR=34,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.57266e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0198721,0.0171758;OID=.,.;OPOS=215632256,215632255;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:121:120:0:0:64,56:64,56:0.533333,0.466667:34,20:30,36:0:0:34,20:30,36:0:0 chr2 215645464 . C G 278.94 PASS AF=0.455882;AO=28;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.00161299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.142;QD=16.4082;RBI=0.00370035;REFB=-0.00247399;REVB=-0.00333029;RO=29;SAF=16;SAR=12;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249721;STB=0.647086;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00218365;OID=.;OPOS=215645464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:37:28:31:0.455882:12:16:24:5:15:16:29:8 chr2 215674224 . G A 540.18 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00353072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.727;QD=19.4659;RBI=0.00519993;REFB=-0.0195984;REVB=-0.0038175;RO=54;SAF=40;SAR=16;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225429;STB=0.621423;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0259802;OID=.;OPOS=215674224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:55:56:56:0.504505:16:40:26:28:16:40:27:28 chr2 215796568 . T C 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00594989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.726;QD=19.4398;RBI=0.0138849;REFB=-0.0161015;REVB=0.0125455;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118517;STB=0.565874;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0140998;OID=.;OPOS=215796568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:15:16:11:18:15:16:11:18 chr2 215820013 . G A 131.5 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.000954115;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.867;QD=13.4874;RBI=0.00558062;REFB=-0.0138134;REVB=-0.00549845;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10328;STB=0.559924;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0217729;OID=.;OPOS=215820013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:24:15:15:0.384615:5:10:18:6:5:10:18:6 chr2 215876166 . A T 786.82 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00429347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1156;QD=55.2152;RBI=0.0637509;REFB=-0.0481464;REVB=-0.0636062;RO=1;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229889;STB=0.512191;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00239415;OID=.;OPOS=215876166;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:20:36:0:1:20:36:0:1 chr2 215901774 . C T 240.33 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0284313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.474;QD=20.0276;RBI=0.0338988;REFB=-0.0226346;REVB=0.0184604;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352015;STB=0.519981;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0260485;OID=.;OPOS=215901774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:21:21:0.4375:13:8:10:14:13:8:10:14 chr2 216235089 . C T 978.59 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00332902;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.853;QD=59.3085;RBI=0.00722359;REFB=0;REVB=-0.00641076;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120673;OID=.;OPOS=216235089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr2 216242917 . T A 654.81 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210333;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0888;QD=62.3631;RBI=0.103778;REFB=0;REVB=0.101625;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128457;OID=.;OPOS=216242917;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr2 216249587 . C T 952.17 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.963;QD=57.7072;RBI=0.129564;REFB=0;REVB=0.126199;RO=0;SAF=48;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014832;OID=.;OPOS=216249587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:66:0:0:61:66:1:13:48:0:0:18:48:0:0 chr2 216272900 . T G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.735;QD=62.022;RBI=0.0244388;REFB=0;REVB=0.0242753;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29092e-05;OID=.;OPOS=216272900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr2 216272907 . A T 692.86 PASS AF=1;AO=38;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.543;QD=61.5872;RBI=0.027795;REFB=0;REVB=-0.0127588;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323521;OID=.;OPOS=216272907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:38:45:1:11:27:0:0:15:30:0:0 chr2 216299550 . G A 721.5 PASS AF=1;AO=2;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.477;QD=56.5878;RBI=0.00791653;REFB=0;REVB=-0.00347118;RO=0;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29461e-05;OID=.;OPOS=216299550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:2:51:1:2:0:0:0:28:23:0:0 chr2 216300482 . T A 654.99 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289681;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0215;QD=62.3801;RBI=0.0442937;REFB=0;REVB=0.033508;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000926516;OID=.;OPOS=216300482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr2 216878008 . C G 738.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.033579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5306;QD=54.6716;RBI=0.0669028;REFB=-0.143124;REVB=0.0578657;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.507689;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00426275;OID=.;OPOS=216878008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:32:21:0:0:32:21:0:1 chr2 216904019 . A T 440.26 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.0397964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1353;QD=20.477;RBI=0.0532352;REFB=0.0115289;REVB=-0.0353587;RO=41;SAF=24;SAR=20;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167326;STB=0.596488;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00997302;OID=.;OPOS=216904019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:41:42:44:44:0.511628:20:24:30:11:20:24:31:11 chr2 216923679 . C T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00546194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.187;QD=11.4398;RBI=0.0513292;REFB=-0.00827934;REVB=0.0510378;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373608;STB=0.721757;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00878898;OID=.;OPOS=216923679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:4:10:3:6:4:10 chr2 216965461 . A G 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0368815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2416;QD=2.2809;RBI=0.0494315;REFB=-0.0012066;REVB=0.0329124;RO=47;SAF=1;SAR=5;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3147;STB=0.745345;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0211116;OID=.;OPOS=216965461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:47:48:6:6:0.111111:5:1:19:28:5:1:19:29 chr2 217012901 . A G 606.07 PASS AF=0.907407;AO=47;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0140521;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=85.161;QD=44.8941;RBI=0.022783;REFB=-0.189056;REVB=0.0179334;RO=6;SAF=24;SAR=23;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033114;STB=0.506451;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00485815;OID=.;OPOS=217012901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:54:54:6:5:47:49:0.907407:23:24:4:2:23:26:3:2 chr2 217148417 . C A 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0220497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.166;QD=19.7024;RBI=0.0226839;REFB=-0.0398535;REVB=0.00532614;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154764;STB=0.60427;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0330546;OID=.;OPOS=217148417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:11:6:8:7:11:6:9:7 chr2 217342931 . T A 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=-0.00489934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.62;QD=8.08852;RBI=0.0188713;REFB=-0.00618773;REVB=0.0182242;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267329;STB=0.658266;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0177118;OID=.;OPOS=217342931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:2:7:20:2:2:7:20:2 chr2 217363597 . C T 355.74 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00372709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8476;QD=14.2295;RBI=0.0373216;REFB=-0.0135781;REVB=-0.0371351;RO=60;SAF=22;SAR=17;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864719;STB=0.544307;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0180349;OID=.;OPOS=217363597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:61:39:39:0.39:17:22:29:31:17:22:30:31 chr2 217363638 . G A 299.89 PASS AF=0.404762;AO=33;DP=83;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0453291;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.031;QD=14.2803;RBI=0.0467741;REFB=-0.00835307;REVB=0.0115362;RO=48;SAF=11;SAR=22;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116456;STB=0.56697;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0131947;OID=.;OPOS=217363638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:48:50:33:34:0.404762:22:11:21:27:22:12:23:27 chr2 217364539 . C T 2626.49 PASS AF=1;AO=168;DP=171;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3782;QD=60.7282;RBI=0.00520657;REFB=-0.0565313;REVB=0.00380634;RO=0;SAF=68;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111745;OID=.;OPOS=217364539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:173:0:0:168:173:1:100:68:0:0:102:71:0:0 chr2 217364764 . G T 356.18 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.0184728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.422;QD=12.6081;RBI=0.0220013;REFB=-0.0213818;REVB=-0.0119504;RO=70;SAF=26;SAR=17;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220986;STB=0.625554;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0330128;OID=.;OPOS=217364764;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:70:70:43:43:0.380531:17:26:28:42:17:26:28:42 chr2 217541582 . T C 1135.22 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000968849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.504;QD=60.5453;RBI=0.0026571;REFB=0;REVB=0.00247417;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96333e-06;OID=.;OPOS=217541582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:36:38:0:0:36:39:0:0 chr2 218577819 . C G 206.3 PASS AF=0.431034;AO=19;DP=59;FAO=25;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0219727;FXX=0.0169463;HRUN=7;LEN=1;MLLD=272.683;QD=14.2279;RBI=0.0220195;REFB=-0.0045584;REVB=-0.00143363;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560016;STB=0.55429;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00605342;OID=.;OPOS=218577819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:24:33:19:25:0.431034:10:9:10:14:12:13:14:19 chr2 218604247 . A C 750.68 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807281;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.898;QD=63.8874;RBI=0.0842284;REFB=0;REVB=0.0240288;RO=0;SAF=11;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366214;OID=.;OPOS=218604247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:46:47:1:35:11:0:0:36:11:0:0 chr2 218664633 . T G 1472.55 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.85;QD=63.3355;RBI=0.038287;REFB=0;REVB=0.0360413;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78381e-05;OID=.;OPOS=218664633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:47:46:0:0:47:46:0:0 chr2 218674697 . C T 171.02 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0234302;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.594;QD=16.6845;RBI=0.0244066;REFB=-0.0204566;REVB=0.00683438;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257126;STB=0.524469;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0238186;OID=.;OPOS=218674697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:11:7:8:14:11:7:8:15 chr2 218682474 . A G 260.52 PASS AF=0.509091;AO=21;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0150107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.51;QD=18.9467;RBI=0.0179074;REFB=-0.0199976;REVB=0.00976485;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19514;STB=0.59117;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0187041;OID=.;OPOS=218682474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:27:21:28:0.509091:8:13:20:5:11:17:21:6 chr2 218682771 . A G 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00202505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2894;QD=9.3352;RBI=0.0560512;REFB=-0.00299607;REVB=-0.0560146;RO=30;SAF=3;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266707;STB=0.655478;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00452223;OID=.;OPOS=218682771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:31:13:13:0.295455:10:3:13:17:10:3:13:18 chr2 218683368 . C T 93.28 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00473452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.297;QD=9.56708;RBI=0.0315539;REFB=-0.0258524;REVB=-0.0311966;RO=24;SAF=10;SAR=2;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425792;STB=0.776192;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0624011;OID=.;OPOS=218683368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:39:24:27:12:12:0.307692:2:10:12:12:2:10:13:14 chr2 218694551 . A G 926.13 PASS AF=0.45;AO=99;DP=219;FAO=99;FDP=220;FR=.;FRO=121;FSAF=25;FSAR=74;FSRF=43;FSRR=78;FWDB=-0.00210785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.547;QD=16.8388;RBI=0.0128144;REFB=-0.00493202;REVB=-0.0126398;RO=120;SAF=25;SAR=74;SRF=43;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128039;STB=0.569732;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.007968;OID=.;OPOS=218694551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:120:121:99:99:0.45:74:25:43:77:74:25:43:78 chr2 218695102 . G A 174.08 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0508225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.997;QD=19.3421;RBI=0.050917;REFB=-0.0201942;REVB=0.00310006;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538518;STB=0.530578;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0347836;OID=.;OPOS=218695102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:12:6:7:11:12:6:7:11 chr2 218706857 . T C 1732.58 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00158713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.103;QD=59.7442;RBI=0.0301582;REFB=0.0104789;REVB=0.0301164;RO=1;SAF=67;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070355;STB=0.503703;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=1.95656e-05;OID=.;OPOS=218706857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:48:67:1:0:48:67:1:0 chr2 218712306 . C T 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4206;QD=56.9555;RBI=0.0692389;REFB=0;REVB=0.0692217;RO=0;SAF=51;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700194;OID=.;OPOS=218712306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:1:51:0:0:1:51:0:0 chr2 218712606 . G A 999.42 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0330126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.857;QD=54.0225;RBI=0.066228;REFB=-0.245759;REVB=0.0574135;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524993;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00132793;OID=.;OPOS=218712606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:74:74:0:4:70:70:0.945946:32:38:0:0:32:38:4:0 chr2 218712726 . A G 834.3 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.845;QD=57.5376;RBI=0.0180791;REFB=0;REVB=-0.0180138;RO=0;SAF=44;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141622;OID=.;OPOS=218712726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:14:44:0:0:14:44:0:0 chr2 218712918 . C T 100.42 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9992;QD=40.1689;RBI=0.0553066;REFB=0;REVB=0.0360652;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00452496;OID=.;OPOS=218712918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:5:5:0:0 chr2 218712936 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.887;QD=33.425;RBI=0.081525;REFB=0;REVB=0.0789513;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025252;OID=.;OPOS=218712936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr2 218713282 . G A 715.24 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126786;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.637;QD=57.2192;RBI=0.0214492;REFB=0;REVB=0.0173009;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119561;OID=.;OPOS=218713282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr2 218745685 . G A 387.11 PASS AF=0.380165;AO=46;DP=122;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=0.0332151;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.308;QD=12.797;RBI=0.0366673;REFB=-0.00189217;REVB=0.0155321;RO=75;SAF=35;SAR=11;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419192;STB=0.739056;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0103723;OID=.;OPOS=218745685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:75:75:46:46:0.380165:11:35:29:46:11:35:29:46 chr2 218925608 . C T 252.97 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0216697;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.902;QD=14.8804;RBI=0.0232275;REFB=-0.0174858;REVB=0.00836324;RO=39;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390698;STB=0.522127;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.022112;OID=.;OPOS=218925608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:39:39:29:29:0.426471:16:13:16:23:16:13:16:23 chr2 218940259 . C T 75.98 PASS AF=0.454545;AO=8;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0102975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.873;QD=13.8151;RBI=0.0284922;REFB=-0.0168528;REVB=-0.0265662;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926992;STB=0.533269;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0293389;OID=.;OPOS=218940259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:22:22:9:12:8:10:0.454545:6:2:3:6:7:3:3:9 chr2 219000292 . C T 436.24 PASS AF=0.544304;AO=42;DP=78;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00558706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1228;QD=22.0879;RBI=0.0436842;REFB=0.00375181;REVB=0.0433254;RO=36;SAF=30;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174439;STB=0.585515;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00208435;OID=.;OPOS=219000292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:36:36:42:43:0.544304:12:30:19:17:13:30:19:17 chr2 219000734 . T C 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0516313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8215;QD=21.0074;RBI=0.05186;REFB=0.0267534;REVB=-0.00486506;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501753;STB=0.518499;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.0125079;OID=.;OPOS=219000734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:14:5:5:11:14:5:5:12 chr2 219028932 . G A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0729775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.925;QD=18.251;RBI=0.0742542;REFB=-0.00761132;REVB=0.0137103;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598629;STB=0.5342;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00691056;OID=.;OPOS=219028932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:7:8:9:6:7:8 chr2 219029843 . A C 283.88 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0447058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.804;QD=17.4695;RBI=0.044706;REFB=-0.00469689;REVB=-0.000128585;RO=33;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213486;STB=0.61599;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00474726;OID=.;OPOS=219029843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:30:31:0.476923:14:16:10:23:14:17:11:23 chr2 219110555 . A G 429.37 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0356;QD=57.2491;RBI=0.0401534;REFB=0;REVB=0.0241483;RO=0;SAF=25;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.12307e-05;OID=.;OPOS=219110555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:4:25:0:0:5:25:0:0 chr2 219128506 . C T 3370.93 PASS AF=0.977778;AO=218;DP=227;FAO=220;FDP=225;FR=.;FRO=5;FSAF=132;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00534794;FXX=0.00881018;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.482;QD=59.9276;RBI=0.00622264;REFB=-0.0143462;REVB=0.00318131;RO=4;SAF=131;SAR=87;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00360757;STB=0.504621;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=9.06299e-05;OID=.;OPOS=219128506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:227:225:4:5:218:220:0.977778:87:131:2:2:88:132:2:3 chr2 219140282 . G A 452.22 PASS AF=0.517241;AO=41;DP=84;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0598249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.032;QD=20.7915;RBI=0.0635444;REFB=-0.00741557;REVB=0.0214212;RO=42;SAF=15;SAR=26;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104656;STB=0.526468;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00639639;OID=.;OPOS=219140282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:42:42:41:45:0.517241:26:15:20:22:26:19:20:22 chr2 219144815 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.832;QD=57.0005;RBI=0.0336048;REFB=0;REVB=0.0325803;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129338;OID=.;OPOS=219144815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr2 219146796 . AGGGGGC AGGGGC,AGGGGGCA 215.42 PASS AF=0,1;AO=3,2;DP=18;FAO=0,19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108737,0.047252;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=1,1;MLLD=11.3472,71.2143;QD=45.3524;RBI=0.175035,0.0804962;REFB=0,0;REVB=0.137163,0.0651681;RO=12;SAF=2,2;SAR=1,0;SRF=10;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.371429,0;SSSB=-0.241822,0.460273;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0,0.00107904;OID=.,.;OPOS=219146797,219146803;OREF=G,-;OALT=-,A;OMAPALT=AGGGGC,AGGGGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,2:18:0,19:19:0:0,15:0,4:0:0:4:12:2,2:1,0:10:2 chr2 219146803 . G A 208.48 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0837264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7394;QD=41.695;RBI=0.0920245;REFB=-0.182836;REVB=0.0381889;RO=2;SAF=14;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612241;STB=0.533298;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00395871;OID=.;OPOS=219146803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:4:14:2:0:4:14:2:0 chr2 219229428 . G A 1490.16 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0102867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.635;QD=60.2084;RBI=0.0478238;REFB=-0.106435;REVB=0.0467043;RO=1;SAF=68;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016633;STB=0.513592;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.000212918;OID=.;OPOS=219229428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:99:99:1:3:96:96:0.969697:28:68:0:1:28:68:1:2 chr2 219231807 . C T 545.24 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.219;QD=58.9452;RBI=0.0190518;REFB=0;REVB=-0.000705578;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148448;OID=.;OPOS=219231807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:16:21:0:0 chr2 219254622 . A G 1282.8 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.796;QD=61.8216;RBI=0.0119648;REFB=0;REVB=0.00445757;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88698e-05;OID=.;OPOS=219254622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr2 219259458 . G A 163.06 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00703398;FXX=0.0731529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.509;QD=17.1647;RBI=0.0122018;REFB=-0.0314249;REVB=0.00997028;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407305;STB=0.523337;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0393285;OID=.;OPOS=219259458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:9:12:9:8:9:12 chr2 219259732 . G A 232.06 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0535133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2567;QD=14.734;RBI=0.0543384;REFB=-0.00710974;REVB=0.00943358;RO=36;SAF=8;SAR=19;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192223;STB=0.609671;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00842199;OID=.;OPOS=219259732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:19:8:17:19:19:8:17:19 chr2 219265094 . T C 605.86 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.11;QD=60.5861;RBI=0.0641821;REFB=0;REVB=0.0241455;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135536;OID=.;OPOS=219265094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:30:9:0:0:30:10:0:0 chr2 219267781 . C T 122.29 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0102545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9644;QD=15.7792;RBI=0.0184584;REFB=-0.0133885;REVB=-0.0153479;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139967;STB=0.580533;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0250327;OID=.;OPOS=219267781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:6:11:7:7:6:11 chr2 219319657 . A G 804.86 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.726;QD=64.3884;RBI=0.0243153;REFB=0;REVB=0.0191424;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50649e-05;OID=.;OPOS=219319657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr2 219492924 . T C 821.59 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300055;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0014;QD=57.6554;RBI=0.0527307;REFB=0;REVB=0.0433612;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137029;OID=.;OPOS=219492924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr2 219508988 . T C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.051;QD=61.3756;RBI=0.0523036;REFB=0;REVB=-0.0144416;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88554e-05;OID=.;OPOS=219508988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr2 219509618 . C A 785.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3972;QD=57.1235;RBI=0.0698352;REFB=0;REVB=0.0685783;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541363;OID=.;OPOS=219509618;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:29:26:0:0 chr2 219602516 . C T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0842809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2952;QD=18.6449;RBI=0.0842958;REFB=0.0113798;REVB=0.00158522;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206183;STB=0.640271;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00611434;OID=.;OPOS=219602516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:10:13:13:14:0.518519:7:6:2:8:8:6:2:11 chr2 219692696 . G C 469.74 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00336187;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.3502;QD=18.2423;RBI=0.00699251;REFB=-0.0224256;REVB=0.00613131;RO=52;SAF=17;SAR=33;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257427;STB=0.510524;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0204452;OID=.;OPOS=219692696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:52:53:50:50:0.485437:33:17:19:33:33:17:19:34 chr2 219695487 . G C 149.0 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0259766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3847;QD=9.61277;RBI=0.0299447;REFB=0.000551686;REVB=-0.0148964;RO=42;SAF=9;SAR=11;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111696;STB=0.565851;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00141976;OID=.;OPOS=219695487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:11:9:23:19:11:9:23:19 chr2 219920037 . A G 1955.94 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.54;QD=60.6492;RBI=0.0427562;REFB=0;REVB=0.0259186;RO=0;SAF=48;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59988e-05;OID=.;OPOS=219920037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:129:0:0:121:129:1:73:48:0:0:77:52:0:0 chr2 219940484 . C T 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0013814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.166;QD=60.5095;RBI=0.046434;REFB=-0.0483299;REVB=-0.0464135;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018429;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000403018;OID=.;OPOS=219940484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:25:20:0:1:25:20:0:1 chr2 219967380 . T C 617.06 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00630685;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0053;QD=61.7061;RBI=0.0357909;REFB=0;REVB=0.0352308;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117311;OID=.;OPOS=219967380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr2 220037393 . A G 330.79 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0270688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.612;QD=50.8902;RBI=0.0324499;REFB=-0.0712627;REVB=0.0178963;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040273;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00618811;OID=.;OPOS=220037393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:1:1:24:25:0.961538:13:11:1:0:14:11:1:0 chr2 220045454 . G A 1449.25 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00901346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5545;QD=61.0212;RBI=0.0246775;REFB=-0.0336774;REVB=0.0229725;RO=2;SAF=37;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249341;STB=0.506492;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00150123;OID=.;OPOS=220045454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:2:1:93:94:0.989474:56:37:2:0:56:38:1:0 chr2 220072766 . G T 669.77 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0669394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7936;QD=54.6753;RBI=0.0686571;REFB=0.0203811;REVB=0.0152615;RO=4;SAF=17;SAR=28;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209114;STB=0.511149;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0107893;OID=.;OPOS=220072766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:49:49:4:4:45:45:0.918367:28:17:1:3:28:17:1:3 chr2 220083279 . C T 294.94 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0204981;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.567;QD=15.3216;RBI=0.0275444;REFB=-0.0103014;REVB=0.0183989;RO=44;SAF=12;SAR=21;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186819;STB=0.605704;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0197072;OID=.;OPOS=220083279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:21:12:24:20:21:12:24:20 chr2 220084864 . G A 154.35 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0114889;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.842;QD=10.6445;RBI=0.0142862;REFB=-0.0146645;REVB=-0.00849126;RO=38;SAF=11;SAR=9;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155462;STB=0.59034;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0203795;OID=.;OPOS=220084864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:9:11:26:12:9:11:26:12 chr2 220084902 . G A 461.25 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=70;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0125329;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=126.805;QD=26.7392;RBI=0.0127402;REFB=-0.0299462;REVB=0.00228902;RO=25;SAF=32;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178572;STB=0.608022;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0271923;OID=.;OPOS=220084902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:25:26:43:43:0.623188:11:32:13:12:11:32:13:13 chr2 220085845 . A G 132.68 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0486234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2122;QD=15.1631;RBI=0.0600325;REFB=-0.036552;REVB=-0.035209;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329428;STB=0.519058;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0404439;OID=.;OPOS=220085845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:10:10:8:7:10:10 chr2 220097257 . G C 235.2 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00430609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9992;QD=25.4271;RBI=0.0124576;REFB=0.017531;REVB=0.0116897;RO=15;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243011;STB=0.513501;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.0116092;OID=.;OPOS=220097257;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:11:11:8:7:11:11:8:7 chr2 220108300 . T C 101.81 PASS AF=0.5;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0277575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.635;QD=16.9691;RBI=0.0384192;REFB=-0.0042461;REVB=-0.0265623;RO=10;SAF=10;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260731;STB=0.672746;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00318945;OID=.;OPOS=220108300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:22:24:10:12:12:12:0.5:2:10:6:4:2:10:7:5 chr2 220113242 . T G 3405.85 PASS AF=0.990991;AO=219;DP=224;FAO=220;FDP=222;FR=.;FRO=2;FSAF=120;FSAR=100;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00377707;FXX=0.00892817;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.149;QD=61.3667;RBI=0.0173239;REFB=-0.0217398;REVB=0.0169072;RO=1;SAF=120;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395413;STB=0.504132;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=2.761e-05;OID=.;OPOS=220113242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:224:222:1:2:219:220:0.990991:99:120:1:0:100:120:2:0 chr2 220117458 . G A 176.2 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0123758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.31;QD=20.7295;RBI=0.0173307;REFB=-0.0119361;REVB=-0.0121323;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301636;STB=0.668617;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0151341;OID=.;OPOS=220117458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:8:10:3:13:8:10:3:13 chr2 220118531 . G C 97.94 PASS AF=0.387097;AO=9;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.00849803;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.76;QD=12.6374;RBI=0.0129889;REFB=-0.00200704;REVB=-0.00982321;RO=19;SAF=9;SAR=0;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.83673;STB=0.825623;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0170808;OID=.;OPOS=220118531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:31:19:19:9:12:0.387097:0:9:3:16:3:9:3:16 chr2 220136059 . C A 394.04 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0175982;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5757;QD=19.4585;RBI=0.0431911;REFB=-0.00690523;REVB=0.0394433;RO=41;SAF=19;SAR=21;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338734;STB=0.518829;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00782309;OID=.;OPOS=220136059;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:41:41:40:40:0.493827:21:19:21:20:21:19:21:20 chr2 220136155 . T C 1320.57 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000668899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3643;QD=62.1444;RBI=0.0200936;REFB=0;REVB=-0.0200824;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.87093e-05;OID=.;OPOS=220136155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:40:44:0:0:41:44:0:0 chr2 220136239 . C T 416.7 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0280055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.319;QD=17.1836;RBI=0.0292793;REFB=-0.0304089;REVB=-0.00854207;RO=52;SAF=16;SAR=27;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14724;STB=0.573299;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0291808;OID=.;OPOS=220136239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:54:43:43:0.443299:27:16:27:25:27:16:27:27 chr2 220136351 . G C 327.85 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.021382;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3899;QD=14.7347;RBI=0.0256889;REFB=0.0147043;REVB=-0.0142384;RO=51;SAF=20;SAR=16;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476581;STB=0.516364;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0193102;OID=.;OPOS=220136351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:51:53:36:36:0.404494:16:20:26:25:16:20:28:25 chr2 220136360 . C T 301.08 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0148891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4466;QD=14.1684;RBI=0.0265814;REFB=-0.0225943;REVB=-0.0220201;RO=51;SAF=17;SAR=17;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724617;STB=0.541152;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0265144;OID=.;OPOS=220136360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:17:17:29:22:17:17:29:22 chr2 220136371 . T C 1214.06 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0548683;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.744;QD=61.4711;RBI=0.0553528;REFB=0;REVB=0.00730774;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97032e-05;OID=.;OPOS=220136371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr2 220162054 . G A 538.06 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.01661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5539;QD=24.1823;RBI=0.0372588;REFB=-0.0321775;REVB=0.0333515;RO=39;SAF=25;SAR=25;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102415;STB=0.505616;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0369375;OID=.;OPOS=220162054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:39:50:50:0.561798:25:25:20:19:25:25:20:19 chr2 220172576 . A C 371.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0139868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.134;QD=22.8673;RBI=0.0175613;REFB=-0.0140572;REVB=0.0106192;RO=28;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318208;STB=0.51752;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0112168;OID=.;OPOS=220172576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:20:17:14:14:20:17:14:14 chr2 220193917 . C T 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00535529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.248;QD=9.21744;RBI=0.0108814;REFB=-0.00951181;REVB=-0.00947235;RO=37;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273068;STB=0.66188;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0177846;OID=.;OPOS=220193917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:7:9:12:25:7:9:12:25 chr2 220197321 . C T 453.84 PASS AF=0.447368;AO=50;DP=113;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.0210359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.495;QD=15.9241;RBI=0.0239827;REFB=-0.0227132;REVB=0.0115179;RO=62;SAF=28;SAR=22;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216577;STB=0.619486;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0321922;OID=.;OPOS=220197321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:62:63:50:51:0.447368:22:28:21:41:22:29:22:41 chr2 220197388 . C A 315.49 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00125835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8689;QD=18.0278;RBI=0.00862494;REFB=-0.0296639;REVB=0.00853265;RO=31;SAF=17;SAR=17;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180812;STB=0.571387;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0469943;OID=.;OPOS=220197388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:31:36:34:34:0.485714:17:17:9:22:17:17:13:23 chr2 220250147 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.571;QD=58.1397;RBI=0.00210589;REFB=0;REVB=0.000185653;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11098e-05;OID=.;OPOS=220250147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr2 220283259 . A G 59.37 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000741851;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.119;QD=33.9274;RBI=0.106402;REFB=-0.00997114;REVB=-0.106399;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00835052;OID=.;OPOS=220283259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:8:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr2 220283277 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.227;QD=37.4885;RBI=0.0811663;REFB=0;REVB=0.0272452;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00449776;OID=.;OPOS=220283277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr2 220285309 . C T 324.4 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0227566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7152;QD=19.6605;RBI=0.0233813;REFB=-0.00893068;REVB=0.00536837;RO=32;SAF=13;SAR=21;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00680176;STB=0.503778;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00772707;OID=.;OPOS=220285309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:21:13:12:20:21:13:12:20 chr2 220285666 . G C 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0784644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1534;QD=20.0306;RBI=0.0787891;REFB=0.00298826;REVB=-0.00714602;RO=26;SAF=7;SAR=17;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173108;STB=0.598062;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.001801;OID=.;OPOS=220285666;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:17:7:12:14:17:7:12:14 chr2 220286142 . G A 434.91 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0135395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.137;QD=20.9595;RBI=0.013561;REFB=-0.00288298;REVB=-0.000762888;RO=40;SAF=27;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932332;STB=0.551639;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00263754;OID=.;OPOS=220286142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:16:27:21:19:16:27:21:19 chr2 220315970 . G A 216.94 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.025244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.808;QD=13.9964;RBI=0.0257731;REFB=-0.010277;REVB=0.00519578;RO=36;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083816;STB=0.559149;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0127351;OID=.;OPOS=220315970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:36:25:26:0.419355:14:11:13:23:14:12:13:23 chr2 220330804 . T C 68.78 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0515326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7325;QD=15.2835;RBI=0.0662401;REFB=-0.0239214;REVB=0.041619;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782009;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0678291;OID=.;OPOS=220330804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:8:9:9:9:0.5:6:3:2:6:6:3:3:6 chr2 220333950 . T C 791.94 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.88;QD=63.3549;RBI=0.0283407;REFB=0;REVB=0.0272261;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119077;OID=.;OPOS=220333950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:15:34:0:0:16:34:0:0 chr2 220347848 . T TC 36.65 PASS AF=0.1375;AO=13;DP=80;FAO=11;FDP=80;FR=.;FRO=69;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.063929;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=94.2374;QD=1.83233;RBI=0.0757731;REFB=-0.00612349;REVB=-0.0406774;RO=65;SAF=3;SAR=10;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341584;STB=0.890323;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.149028;OID=.;OPOS=220347849;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1375:13:80:11:80:69:1:10:35:34:36:65:3:10:32:33 chr2 220353013 . G A 193.11 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0241377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1466;QD=16.435;RBI=0.0666955;REFB=-0.0120881;REVB=-0.0621745;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22768;STB=0.630124;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0147134;OID=.;OPOS=220353013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:12:8:17:10:12:8:17:10 chr2 220354108 . A G 83.41 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0377303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1902;QD=9.81322;RBI=0.0735731;REFB=-0.0145738;REVB=-0.0631619;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104359;STB=0.550468;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.052552;OID=.;OPOS=220354108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:22:23:11:11:0.323529:7:4:10:12:7:4:10:13 chr2 220354365 . C T 103.27 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4111;QD=18.776;RBI=0.00134233;REFB=-0.0208289;REVB=-0.00134233;RO=10;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0562066;OID=.;OPOS=220354365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:12:0:0:10:12:0:0:10 chr2 220355529 . A G 380.53 PASS AF=0.519481;AO=39;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-2.06472e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.878;QD=19.7681;RBI=0.00542026;REFB=-0.0271549;REVB=0.00542023;RO=34;SAF=28;SAR=11;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124669;STB=0.513268;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0263939;OID=.;OPOS=220355529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:37:39:40:0.519481:11:28:24:10:11:29:26:11 chr2 220356520 . G T 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0310326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.041;QD=21.1302;RBI=0.0363594;REFB=0.000331753;REVB=0.0189468;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228018;STB=0.512809;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-4.92934e-05;OID=.;OPOS=220356520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:10:12:12:9:10:12:12:9 chr2 220357594 . C A 354.91 PASS AF=0.4;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0128339;FXX=0.0404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.222;QD=14.9434;RBI=0.0194994;REFB=-0.0139671;REVB=0.0146805;RO=56;SAF=17;SAR=21;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185093;STB=0.598961;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.01929;OID=.;OPOS=220357594;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:56:57:38:38:0.4:21:17:35:21:21:17:35:22 chr2 220362557 . C T 408.57 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.00405213;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0673;QD=16.8481;RBI=0.00931141;REFB=-0.0287636;REVB=-0.00838348;RO=49;SAF=24;SAR=18;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815105;STB=0.537976;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.039259;OID=.;OPOS=220362557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:49:55:42:42:0.43299:18:24:32:17:18:24:35:20 chr2 220362899 . C G 346.46 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.139349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8336;QD=51.328;RBI=0.1397;REFB=-0.113485;REVB=0.00989989;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00896387;OID=.;OPOS=220362899;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:0:1:25:26:0.962963:13:12:0:0:13:13:1:0 chr2 220379560 . C G 592.65 PASS AF=0.69863;AO=52;DP=74;FAO=51;FDP=73;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.00817541;FXX=0.0135117;HRUN=6;LEN=1;MLLD=146.499;QD=32.474;RBI=0.010409;REFB=-0.0283319;REVB=-0.00644275;RO=22;SAF=28;SAR=24;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131431;STB=0.574197;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.011133;OID=.;OPOS=220379560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:22:22:52:51:0.69863:24:28:17:5:24:27:17:5 chr2 220402671 . G T 603.29 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0130763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.098;QD=54.8441;RBI=0.0192376;REFB=-0.188061;REVB=-0.0141102;RO=2;SAF=33;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275966;STB=0.521729;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00141859;OID=.;OPOS=220402671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:44:44:2:3:41:41:0.931818:8:33:2:0:8:33:3:0 chr2 220402680 . T C,G 720.86 PASS AF=0.980769,0.0192308;AO=48,2;DP=50;FAO=51,1;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=43,1;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142004,-0.0012129;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.1306,205.959;QD=55.4505;RBI=0.0687806,0.0428332;REFB=0,0;REVB=0.0672988,-0.042816;RO=0;SAF=42,2;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.07197e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00768431,0.111372;OID=.,.;OPOS=220402680,220402680;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:50:52:0:0:48,2:51,1:0.980769,0.0192308:6,0:42,2:0:0:8,0:43,1:0:0 chr2 220404381 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.358;QD=57.1997;RBI=0.0384491;REFB=0;REVB=-0.032675;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010024;OID=.;OPOS=220404381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr2 220405321 . T C 1822.55 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.073;QD=61.2623;RBI=0.0568563;REFB=0;REVB=-0.0512351;RO=0;SAF=54;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50394e-05;OID=.;OPOS=220405321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:64:54:0:0:64:55:0:0 chr2 220406722 . T C 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00685907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.881;QD=44.6838;RBI=0.0104083;REFB=0;REVB=-0.00782857;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166511;OID=.;OPOS=220406722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr2 220408003 . C A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0128298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.152;QD=7.76175;RBI=0.0198749;REFB=0.00131014;REVB=0.0151792;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420034;STB=0.732613;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0034788;OID=.;OPOS=220408003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:12:13:6:6:0.315789:2:4:3:9:2:4:4:9 chr2 220412256 . T C 463.02 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2048;QD=57.8777;RBI=0.00818587;REFB=0;REVB=-0.000411491;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161192;OID=.;OPOS=220412256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr2 220414016 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.372;QD=52.6132;RBI=0.0428892;REFB=0;REVB=0.0265469;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195903;OID=.;OPOS=220414016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr2 220419236 . T C 2624.52 PASS AF=0.988506;AO=169;DP=171;FAO=172;FDP=174;FR=.;FRO=2;FSAF=98;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.023215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.211;QD=60.3338;RBI=0.0485692;REFB=-0.0852165;REVB=0.0426619;RO=2;SAF=97;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00168284;STB=0.500818;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000679054;OID=.;OPOS=220419236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:171:174:2:2:169:172:0.988506:72:97:1:1:74:98:1:1 chr2 220419339 . T C 2509.69 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133675;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.783;QD=61.5875;RBI=0.033916;REFB=0;REVB=-0.0311706;RO=0;SAF=84;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74677e-05;OID=.;OPOS=220419339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:0:0:162:163:1:78:84:0:0:78:85:0:0 chr2 220420956 . A G 258.72 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124847;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2253;QD=51.7433;RBI=0.0620699;REFB=0;REVB=0.0608013;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107814;OID=.;OPOS=220420956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:7:12:0:0:8:12:0:0 chr2 220421417 . C G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.779;QD=63.2863;RBI=0.0244969;REFB=0;REVB=0.0191562;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135724;OID=.;OPOS=220421417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr2 220422731 . C T 646.63 PASS AF=0.488722;AO=65;DP=133;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0332806;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.539;QD=19.4475;RBI=0.0338022;REFB=-0.00754776;REVB=0.00591482;RO=68;SAF=36;SAR=29;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227987;STB=0.512601;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0077057;OID=.;OPOS=220422731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:68:68:65:65:0.488722:29:36:36:32:29:36:36:32 chr2 220430203 . C T 1240.1 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0410036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4519;QD=59.0525;RBI=0.128615;REFB=-0.128741;REVB=0.121903;RO=1;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116923;STB=0.506171;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00432989;OID=.;OPOS=220430203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:84:84:1:1:82:83:0.988095:40:42:0:1:40:43:0:1 chr2 220435034 . A G 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.231;QD=50.134;RBI=0.0186611;REFB=-0.00888386;REVB=-0.000511018;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526294;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000200446;OID=.;OPOS=220435034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:15:9:0:0:15:9:1:0 chr2 220435375 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.026;QD=49.5988;RBI=0.077897;REFB=0;REVB=0.0442782;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132015;OID=.;OPOS=220435375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr2 220462640 . G T 1866.62 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0322105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.852;QD=59.7318;RBI=0.0360917;REFB=0.0259158;REVB=0.0162816;RO=2;SAF=61;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00012357;STB=0.500065;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.000398465;OID=.;OPOS=220462640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:2:2:123:123:0.984:62:61:1:1:62:61:1:1 chr2 220466199 . G T 742.91 PASS AF=0.948276;AO=54;DP=57;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0364821;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.22;QD=51.2352;RBI=0.0423034;REFB=-0.13013;REVB=0.0214156;RO=1;SAF=36;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129132;STB=0.519993;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000921155;OID=.;OPOS=220466199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:58:1:3:54:55:0.948276:18:36:1:0:19:36:3:0 chr2 220471116 . C G 958.56 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0394192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.289;QD=57.2275;RBI=0.0402089;REFB=-0.0465518;REVB=0.00792988;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154888;STB=0.508194;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000210564;OID=.;OPOS=220471116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:36:30:1:0:36:30:1:0 chr2 220473355 . G A 357.63 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0213416;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.839;QD=14.9011;RBI=0.0214148;REFB=-0.0127759;REVB=-0.00176997;RO=55;SAF=28;SAR=11;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159333;STB=0.60426;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0181008;OID=.;OPOS=220473355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:57:39:39:0.40625:11:28:32:23:11:28:32:25 chr2 220476443 . C T 1080.83 PASS AF=1;AO=63;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.188;QD=60.0464;RBI=0.0676071;REFB=0;REVB=0.0101635;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214705;OID=.;OPOS=220476443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:63:72:1:34:29:0:0:35:37:0:0 chr2 220479312 . T C 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.462;QD=58.238;RBI=0.0126242;REFB=0;REVB=0.0118427;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84633e-05;OID=.;OPOS=220479312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr2 220494117 . CACT CCCT,CCT,CCTC 625.12 PASS AF=0.357143,0.619048,0.0238095;AO=25,12,2;DP=41;FAO=15,26,1;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=6,12,1;FSAR=9,14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287462,0.0354576,0.0328231;FXX=0.0232504;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=226.813,228.345,207.247;QD=59.5349;RBI=0.0288027,0.0354936,0.0328953;REFB=0,0,0;REVB=-0.00180279,-0.00159695,-0.00217853;RO=0;SAF=9,7,1;SAR=16,5,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.00853537,-0.00876978,-0.0231045;OID=.,.,.;OPOS=220494118,220494118,220494118;OREF=A,A,ACT;OALT=C,-,CTC;OMAPALT=CCCT,CCT,CCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.357143,0.619048,0.0238095:25,12,2:41:15,26,1:42:0:6,12,1:9,14,0:0:0:38:0:9,7,1:16,5,1:0:0 chr2 220500423 . A G 1472.11 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1044;QD=63.3167;RBI=0.0229295;REFB=0;REVB=-0.00749962;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180094;OID=.;OPOS=220500423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:41:52:0:0:41:52:0:0 chr2 220500426 . A G 1456.31 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00588587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9002;QD=61.9706;RBI=0.0361017;REFB=-0.0204791;REVB=-0.0356186;RO=1;SAF=50;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938661;STB=0.504761;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=3.11922e-05;OID=.;OPOS=220500426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:91:93:0.989362:41:50:1:0:41:52:1:0 chr2 220502367 . A C 160.08 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0241871;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.156;QD=12.5551;RBI=0.0242349;REFB=-0.00613166;REVB=-0.00152252;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535825;STB=0.516761;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00851258;OID=.;OPOS=220502367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:31:32:19:19:0.372549:12:7:10:21:12:7:11:21 chr2 220505265 . T C 152.69 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0321388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.726;QD=8.72507;RBI=0.040426;REFB=-0.0206666;REVB=-0.0245226;RO=49;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697967;STB=0.541626;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.051524;OID=.;OPOS=220505265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:14:7:19:30:14:7:19:30 chr2 220771223 . C T 1591.43 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018945;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.081;QD=58.942;RBI=0.0226352;REFB=-0.13308;REVB=0.0123871;RO=0;SAF=40;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9105e-08;STB=0.506172;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000188892;OID=.;OPOS=220771223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:107:107:0.990741:67:40:0:0:67:40:1:0 chr2 220771290 . G A 1652.38 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000383386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.719;QD=60.0867;RBI=0.010374;REFB=0;REVB=0.0103669;RO=0;SAF=39;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84033e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57032e-05;OID=.;OPOS=220771290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:70:39:0:0:70:40:0:0 chr2 222282765 . C T 758.41 PASS AF=0.325342;AO=95;DP=293;FAO=95;FDP=292;FR=.;FRO=197;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=101;FSRR=96;FWDB=0.0100596;FXX=0.00341285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.636;QD=10.3891;RBI=0.010347;REFB=-0.00921353;REVB=0.00242146;RO=193;SAF=48;SAR=47;SRF=99;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00899269;STB=0.505011;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0175015;OID=.;OPOS=222282765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:292:193:197:95:95:0.325342:47:48:99:94:47:48:101:96 chr2 222283000 . A T 121.78 PASS AF=0.301887;AO=15;DP=52;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00196263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.194;QD=9.19119;RBI=0.00197152;REFB=-0.0157324;REVB=0.000187038;RO=37;SAF=9;SAR=6;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00660537;STB=0.522863;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0357897;OID=.;OPOS=222283000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:37:37:15:16:0.301887:6:9:22:15:7:9:22:15 chr2 222290027 . T G 201.07 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=15;FWDB=-0.0186284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.168;QD=9.80828;RBI=0.0187147;REFB=-0.0117695;REVB=0.00179445;RO=56;SAF=12;SAR=14;SRF=41;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312689;STB=0.68061;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0461513;OID=.;OPOS=222290027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:56:26:26:0.317073:14:12:41:15:14:12:41:15 chr2 223161889 . A G 994.19 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0166742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0438;QD=57.6342;RBI=0.0376253;REFB=0.00545568;REVB=-0.0337288;RO=1;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122746;STB=0.506492;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00350359;OID=.;OPOS=223161889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:1:1:67:68:0.985507:38:29:0:1:38:30:0:1 chr2 223169150 . G T 275.19 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00774449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4082;QD=18.0455;RBI=0.0501546;REFB=-0.0197082;REVB=0.0495531;RO=31;SAF=7;SAR=23;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20519;STB=0.615713;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.04781;OID=.;OPOS=223169150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:23:7:13:18:23:7:13:18 chr2 223423362 . A G 702.92 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529572;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5023;QD=62.482;RBI=0.0844851;REFB=0;REVB=0.0658275;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917285;OID=.;OPOS=223423362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:22:23:0:0 chr2 223436607 . C T 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00119542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2081;QD=58.9614;RBI=0.00384397;REFB=0;REVB=0.00365336;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70557e-05;OID=.;OPOS=223436607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr2 223785740 . A G 487.09 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00752547;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.591;QD=59.0412;RBI=0.0313823;REFB=0;REVB=0.0304666;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132574;OID=.;OPOS=223785740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr2 223807380 . C A 1666.7 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013537;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.342;QD=60.6072;RBI=0.0159326;REFB=0;REVB=0.00840215;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96077e-05;OID=.;OPOS=223807380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:50:59:0:0:51:59:0:0 chr2 223917812 . T C 1521.51 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220715;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.359;QD=64.0635;RBI=0.0477403;REFB=0;REVB=0.0423319;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42014e-05;OID=.;OPOS=223917812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:93:95:1:50:43:0:0:51:44:0:0 chr2 223918080 . C G 453.27 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0474117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3344;QD=54.9415;RBI=0.0484161;REFB=-0.00252798;REVB=-0.00981089;RO=1;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239419;STB=0.512812;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00298799;OID=.;OPOS=223918080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:19:13:0:1:19:13:0:1 chr2 223918363 . T C 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.0733;QD=60.158;RBI=0.0324411;REFB=-0.110105;REVB=0.0267856;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00105992;OID=.;OPOS=223918363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:27:17:0:0:27:17:1:0 chr2 223919502 . C T 120.02 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00806489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.386;QD=6.76161;RBI=0.0084264;REFB=0.0116437;REVB=0.00244167;RO=53;SAF=10;SAR=8;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124854;STB=0.57624;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.031568;OID=.;OPOS=223919502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:53:18:18:0.253521:8:10:24:29:8:10:24:29 chr2 224463871 . A T 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0431308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.225;QD=13.9955;RBI=0.0440616;REFB=-0.00694411;REVB=0.00900873;RO=42;SAF=10;SAR=19;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214883;STB=0.622555;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00631168;OID=.;OPOS=224463871;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:19:10:23:19:19:10:23:19 chr2 224620181 . G T 499.29 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00016515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.044;QD=58.7398;RBI=0.0147691;REFB=0;REVB=-0.0147682;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22744e-05;OID=.;OPOS=224620181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr2 224622860 . TAA TA,T 40.54 PASS AF=0.407407,0.0740741;AO=10,3;DP=27;FAO=11,2;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7,0;FSAR=4,2;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0516272,-0.0305077;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.34292,13.9791;QD=6.00562;RBI=0.0966743,0.0504011;REFB=-0.0764103,-0.0428289;REVB=0.0817346,0.0401192;RO=12;SAF=5,1;SAR=5,2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.155332,0;STB=0.689811,0.992568;STBP=0.122,0.323;TYPE=del,del;VARB=-0.0135095,0.0391746;OID=.,.;OPOS=224622861,224622861;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407,0.0740741:10,3:27:11,2:27:14:7,0:4,2:4:10:26:12:5,1:5,2:4:8 chr2 225338022 . G A 246.71 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.000130224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.394;QD=15.9169;RBI=0.0209565;REFB=-0.0166487;REVB=-0.0209561;RO=33;SAF=17;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313006;STB=0.527427;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0220851;OID=.;OPOS=225338022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:11:17:19:14:11:17:19:15 chr2 225346646 . T C 255.77 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00811046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.082;QD=15.7394;RBI=0.0136319;REFB=-0.0182285;REVB=-0.0109567;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515259;STB=0.517749;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0295275;OID=.;OPOS=225346646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:34:36:28:29:0.446154:13:15:20:14:13:16:21:15 chr2 225630233 . C T 199.63 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0569648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1859;QD=20.4752;RBI=0.0661447;REFB=-0.00261905;REVB=-0.0336173;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018852;STB=0.510628;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.000176006;OID=.;OPOS=225630233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:12:8:8:11:12:8:8:11 chr2 225750861 . C T 364.09 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0213478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.555;QD=15.8299;RBI=0.0237628;REFB=-0.0212954;REVB=-0.0104374;RO=53;SAF=25;SAR=14;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250044;STB=0.640953;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0249051;OID=.;OPOS=225750861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:14:25:21:32:14:25:21:32 chr2 226273689 . T C 557.3 PASS AF=0.487395;AO=57;DP=118;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00631789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.667;QD=18.7329;RBI=0.00801509;REFB=-0.00398773;REVB=0.00493214;RO=61;SAF=31;SAR=26;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09431;STB=0.54699;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00421235;OID=.;OPOS=226273689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:61:61:57:58:0.487395:26:31:27:34:27:31:27:34 chr2 226447735 . C T 811.96 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0244364;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1584;QD=54.1304;RBI=0.0299921;REFB=-0.0103093;REVB=0.0173893;RO=2;SAF=26;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00328432;STB=0.501742;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00279985;OID=.;OPOS=226447735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:60:2:2:58:58:0.966667:32:26:1:1:32:26:1:1 chr2 226491770 . A C 747.81 PASS AF=1;AO=38;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.242696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9185;QD=63.6431;RBI=0.248487;REFB=0;REVB=-0.0533312;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302093;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00271428;OID=.;OPOS=226491770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:38:47:1:23:15:1:0:23:24:0:0 chr2 226516913 . A G 860.94 PASS AF=0.939394;AO=62;DP=67;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.010591;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.419;QD=52.1784;RBI=0.0146486;REFB=-0.0254383;REVB=0.0101199;RO=3;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387624;STB=0.511462;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00131291;OID=.;OPOS=226516913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:67:66:3:4:62:62:0.939394:35:27:0:3:35:27:1:3 chr2 227661043 . T C 232.88 PASS AF=0.442623;AO=24;DP=58;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0142812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.829;QD=15.271;RBI=0.0257197;REFB=-0.0141022;REVB=-0.0213904;RO=34;SAF=4;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412054;STB=0.649409;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0201892;OID=.;OPOS=227661043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:34:34:24:27:0.442623:20:4:17:17:20:7:17:17 chr2 227663185 . G A 329.76 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0314917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.612;QD=18.3202;RBI=0.0630985;REFB=-0.0147303;REVB=0.054678;RO=36;SAF=20;SAR=15;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110723;STB=0.512188;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.016047;OID=.;OPOS=227663185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:35:35:0.486111:15:20:21:15:15:20:22:15 chr2 227663901 . C T 212.66 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0135993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.925;QD=14.4173;RBI=0.0268997;REFB=-0.0189852;REVB=-0.0232089;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042925;STB=0.524456;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0239214;OID=.;OPOS=227663901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:10:15:19:15:10:15:19:15 chr2 227664191 . A C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.00422124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.121;QD=15.1602;RBI=0.0396196;REFB=-0.00767042;REVB=-0.0393941;RO=22;SAF=13;SAR=3;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620068;STB=0.536035;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.009565;OID=.;OPOS=227664191;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:3:13:17:5:3:13:17:5 chr2 227807202 . G T 255.58 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4222;QD=51.1163;RBI=0.0313381;REFB=0;REVB=-0.00119225;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317549;OID=.;OPOS=227807202;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr2 227872182 . G A 1078.35 PASS AF=1;AO=55;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00530403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3667;QD=58.2894;RBI=0.00963273;REFB=0;REVB=0.00804094;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00264841;OID=.;OPOS=227872182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:55:74:1:25:30:0:0:34:40:0:0 chr2 227872995 . T C 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4775;QD=63.2841;RBI=0.0170815;REFB=0;REVB=-0.013605;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268301;OID=.;OPOS=227872995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr2 227886773 . A G 1514.27 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00621971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.428;QD=59.3833;RBI=0.0177579;REFB=0;REVB=0.0166331;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39748e-06;OID=.;OPOS=227886773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:102:0:0:94:102:1:43:51:0:0:49:53:0:0 chr2 227892619 . C T 676.82 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.2;QD=60.1615;RBI=0.0293763;REFB=-0.0407509;REVB=-0.0247291;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000175697;OID=.;OPOS=227892619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:22:22:0:0:22:22:1:0 chr2 227892720 . C T 356.68 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.405;QD=54.8742;RBI=0.0257875;REFB=0;REVB=-0.00523657;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132274;OID=.;OPOS=227892720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:24:26:1:17:7:0:0:17:9:0:0 chr2 227896886 . C T 2482.1 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00978256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.94;QD=60.9105;RBI=0.0159853;REFB=0;REVB=0.0126424;RO=0;SAF=84;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80655e-07;OID=.;OPOS=227896886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:150:163:0:0:150:163:1:66:84:0:0:75:88:0:0 chr2 227896976 . C T 2194.56 PASS AF=0.992908;AO=138;DP=140;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00121255;FXX=0.013985;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.431;QD=62.257;RBI=0.0182155;REFB=-0.0123764;REVB=-0.0181751;RO=1;SAF=63;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748681;STB=0.503936;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00128559;OID=.;OPOS=227896976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:141:1:1:138:140:0.992908:75:63:1:0:77:63:1:0 chr2 227915832 . G A 153.87 PASS AF=0.338983;AO=19;DP=60;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0134622;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.638;QD=10.4318;RBI=0.0181301;REFB=-0.00507951;REVB=0.0121437;RO=39;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330444;STB=0.67089;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0167464;OID=.;OPOS=227915832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:39:39:19:20:0.338983:7:12:13:26:8:12:13:26 chr2 227954599 . G A 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0189486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.732;QD=22.5829;RBI=0.0212892;REFB=0.00213047;REVB=0.00970487;RO=24;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104497;STB=0.558574;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0017743;OID=.;OPOS=227954599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:18:8:10:14:18:8:10:14 chr2 228102752 . C A 926.39 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0272147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.324;QD=55.3067;RBI=0.0366216;REFB=-0.100532;REVB=0.0245052;RO=2;SAF=38;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00490527;STB=0.502597;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00253728;OID=.;OPOS=228102752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:27:38:1:1:27:38:1:1 chr2 228111435 . T C 1381.12 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.631;QD=62.073;RBI=0.0383901;REFB=0;REVB=-0.024731;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.92122e-05;OID=.;OPOS=228111435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:87:89:1:44:43:0:0:44:45:0:0 chr2 228111600 . G T 721.26 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00797013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0762;QD=62.7186;RBI=0.0104596;REFB=0;REVB=-0.00677355;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158369;OID=.;OPOS=228111600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr2 228113175 . A G 1102.42 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.068861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0261;QD=58.7957;RBI=0.0690762;REFB=-0.00642501;REVB=0.00544754;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.50704;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000522724;OID=.;OPOS=228113175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:39:35:0:0:39:35:1:0 chr2 228128540 . C T 3479.62 PASS AF=0.966667;AO=230;DP=238;FAO=232;FDP=240;FR=.;FRO=8;FSAF=114;FSAR=118;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0236652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2126;QD=57.9937;RBI=0.0394405;REFB=-0.0372489;REVB=-0.0315517;RO=7;SAF=114;SAR=116;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118086;STB=0.503881;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00364997;OID=.;OPOS=228128540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:238:240:7:8:230:232:0.966667:116:114:2:5:118:114:3:5 chr2 228135631 . C T 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0138298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.386;QD=15.9137;RBI=0.0144582;REFB=-0.0147761;REVB=-0.00421604;RO=37;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162275;STB=0.509144;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0184766;OID=.;OPOS=228135631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:19:11:13:24:19:11:13:24 chr2 228177479 . C T 360.77 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.000337849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.015;QD=17.5987;RBI=0.00891486;REFB=-0.00305082;REVB=-0.00890845;RO=42;SAF=20;SAR=18;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110824;STB=0.571948;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00313582;OID=.;OPOS=228177479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:42:44:38:38:0.463415:18:20:27:15:18:20:29:15 chr2 228177825 . C G 483.71 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=68;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.012062;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.391;QD=28.8783;RBI=0.0398955;REFB=-0.0173849;REVB=0.0380284;RO=23;SAF=17;SAR=27;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222022;STB=0.620635;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0140799;OID=.;OPOS=228177825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:23:23:44:44:0.656716:27:17:17:6:27:17:17:6 chr2 228179238 . G A 737.56 PASS AF=0.382222;AO=87;DP=224;FAO=86;FDP=225;FR=.;FRO=139;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=62;FSRR=77;FWDB=-0.0475807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9967;QD=13.1122;RBI=0.0782393;REFB=-0.0149751;REVB=-0.0621085;RO=137;SAF=35;SAR=52;SRF=62;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559862;STB=0.524763;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0239768;OID=.;OPOS=228179238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:137:139:87:86:0.382222:52:35:62:75:51:35:62:77 chr2 228197238 . G A 1098.22 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4212;QD=60.1762;RBI=0.0531228;REFB=0;REVB=0.000127851;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281812;OID=.;OPOS=228197238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:39:33:0:0:40:33:0:0 chr2 228416712 . A G 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0456439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.628;QD=14.7015;RBI=0.0458806;REFB=-0.0239024;REVB=-0.00465499;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111711;STB=0.565108;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0292487;OID=.;OPOS=228416712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:8:7:7:5:8:7 chr2 228476253 . C G 972.23 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1324;QD=58.9232;RBI=0.0514371;REFB=0;REVB=-0.0264123;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00061077;OID=.;OPOS=228476253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr2 228493211 . G A 259.39 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0280327;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.47;QD=11.7902;RBI=0.0426723;REFB=-0.0136141;REVB=0.0321729;RO=56;SAF=18;SAR=13;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130053;STB=0.580593;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0262035;OID=.;OPOS=228493211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:57:31:31:0.352273:13:18:26:30:13:18:26:31 chr2 228627806 . G A 168.66 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.0175959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.228;QD=16.063;RBI=0.0780235;REFB=-0.00503018;REVB=-0.0760135;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149904;STB=0.585021;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0102079;OID=.;OPOS=228627806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:5:13:20:4:5:13:20:4 chr2 228776996 . T C 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0112538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.906;QD=24.03;RBI=0.0279945;REFB=-7.39261e-05;REVB=-0.0256329;RO=9;SAF=12;SAR=3;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481477;STB=0.77155;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000202702;OID=.;OPOS=228776996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:3:12:1:8:3:12:1:8 chr2 228882970 . T C 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0323335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.363;QD=14.097;RBI=0.0630843;REFB=-0.00258576;REVB=0.054168;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376723;STB=0.71668;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00312706;OID=.;OPOS=228882970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:4:14:5:8:4:14 chr2 228883029 . A C 324.51 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00528047;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.724;QD=28.2185;RBI=0.0559486;REFB=-0.0143426;REVB=-0.0556989;RO=18;SAF=16;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288863;STB=0.515912;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00686251;OID=.;OPOS=228883029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:18:18:28:28:0.608696:12:16:11:7:12:16:11:7 chr2 228883721 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.281;QD=61.3361;RBI=0.0339328;REFB=0;REVB=0.00155868;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118257;OID=.;OPOS=228883721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:10:30:0:0:10:30:0:0 chr2 230045542 . C G 1144.5 PASS AF=0.583333;AO=106;DP=180;FAO=105;FDP=180;FR=.;FRO=75;FSAF=70;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0411466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3065;QD=25.4334;RBI=0.041259;REFB=0.00582174;REVB=0.00304246;RO=74;SAF=70;SAR=36;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149733;STB=0.588218;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00279692;OID=.;OPOS=230045542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:74:75:106:105:0.583333:36:70:35:39:35:70:35:40 chr2 230045545 . T C 1229.14 PASS AF=0.607735;AO=110;DP=180;FAO=110;FDP=181;FR=.;FRO=71;FSAF=75;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.00469157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.444;QD=27.1634;RBI=0.0199232;REFB=-0.0329562;REVB=-0.0193629;RO=70;SAF=75;SAR=35;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172981;STB=0.597077;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0159455;OID=.;OPOS=230045545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:70:71:110:110:0.607735:35:75:32:38:35:75:32:39 chr2 230045554 . G C 1426.51 PASS AF=0.645503;AO=122;DP=189;FAO=122;FDP=189;FR=.;FRO=67;FSAF=84;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.00957486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.024;QD=30.1906;RBI=0.0278194;REFB=-0.00755696;REVB=-0.0261198;RO=67;SAF=84;SAR=38;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181217;STB=0.597848;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00408414;OID=.;OPOS=230045554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:67:67:122:122:0.645503:38:84:29:38:38:84:29:38 chr2 230045564 . T C 1339.51 PASS AF=0.644444;AO=116;DP=181;FAO=116;FDP=180;FR=.;FRO=64;FSAF=83;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0235028;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.338;QD=29.7668;RBI=0.0311247;REFB=-0.0179079;REVB=0.0204051;RO=62;SAF=83;SAR=33;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211375;STB=0.615445;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0179099;OID=.;OPOS=230045564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:62:64:116:116:0.644444:33:83:26:36:33:83:27:37 chr2 230045568 . T C 1359.09 PASS AF=0.662857;AO=117;DP=178;FAO=116;FDP=175;FR=.;FRO=59;FSAF=84;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.00614867;FXX=0.016853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.767;QD=31.0648;RBI=0.0313853;REFB=-0.00277109;REVB=-0.0307771;RO=60;SAF=86;SAR=31;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226887;STB=0.619529;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00222509;OID=.;OPOS=230045568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:175:60:59:117:116:0.662857:31:86:25:35:32:84:24:35 chr2 230045615 . G A 1206.0 PASS AF=0.684211;AO=103;DP=152;FAO=104;FDP=152;FR=.;FRO=48;FSAF=83;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0053844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.145;QD=31.7368;RBI=0.0164842;REFB=-0.000462221;REVB=0.01558;RO=48;SAF=82;SAR=21;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30614;STB=0.666159;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000162577;OID=.;OPOS=230045615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:48:48:103:104:0.684211:21:82:18:30:21:83:18:30 chr2 230045628 . GT G 89.88 PASS AF=0.339286;AO=20;DP=57;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.22057;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.8599;QD=6.42013;RBI=0.225156;REFB=0.0120538;REVB=-0.0452106;RO=35;SAF=2;SAR=18;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0.308261;SSSB=-0.391113;STB=0.844268;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=-0.0411251;OID=.;OPOS=230045629;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.339286:20:57:19:56:37:1:18:12:25:89:35:2:18:11:24 chr2 230135711 . G C,GC 1401.26 PASS AF=0,1;AO=6,73;DP=104;FAO=0,94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=0,63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0627084,-0.16527;FXX=0.0208312;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=4.5626,23.3273;QD=59.628;RBI=0.133103,0.240601;REFB=0,0;REVB=0.117405,0.174857;RO=22;SAF=2,22;SAR=4,51;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.248483,-0.11879;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,7.86102e-05;OID=.,.;OPOS=230135711,230135712;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:8:104:94:22:0:6,73:0,94:0,1:4,51:2,22:12:10:0,63:0,31:0:0 chr2 230653540 . T C 494.16 PASS AF=0.495238;AO=51;DP=104;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0276202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8316;QD=18.8251;RBI=0.0540199;REFB=0.0024957;REVB=0.0464249;RO=53;SAF=32;SAR=19;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129451;STB=0.564539;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00264571;OID=.;OPOS=230653540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:53:53:51:52:0.495238:19:32:26:27:20:32:26:27 chr2 230668858 . T C 283.9 PASS AF=0.330357;AO=36;DP=111;FAO=37;FDP=112;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0115568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.898;QD=10.1392;RBI=0.0195502;REFB=-0.00177379;REVB=0.0157687;RO=75;SAF=17;SAR=19;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555047;STB=0.522419;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00324071;OID=.;OPOS=230668858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:75:75:36:37:0.330357:19:17:39:36:19:18:39:36 chr2 230723777 . G C 118.86 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.000658613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.311;QD=13.2062;RBI=0.0234826;REFB=-0.00590903;REVB=0.0234734;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700618;STB=0.540926;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0147834;OID=.;OPOS=230723777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:8:14:8:6:8:14 chr2 230841074 . C T 184.21 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00666622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.317;QD=18.8934;RBI=0.0163561;REFB=-0.0223529;REVB=-0.014936;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924797;STB=0.538004;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0187951;OID=.;OPOS=230841074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:20:18:19:0.487179:9:9:12:8:9:10:12:8 chr2 230901647 . A G 271.37 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0188637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.089;QD=23.5975;RBI=0.0225683;REFB=-0.0193258;REVB=0.012389;RO=21;SAF=18;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133935;STB=0.580717;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0152835;OID=.;OPOS=230901647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:21:24:25:0.543478:6:18:13:8:6:19:13:8 chr2 230922983 . C T 68.8 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0404898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.967;QD=15.2899;RBI=0.0692336;REFB=-0.0321078;REVB=-0.0561593;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400241;STB=0.736288;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0165214;OID=.;OPOS=230922983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:2:7:3:6:2:7:3:6 chr2 231050715 . A G 1771.58 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8456;QD=60.0537;RBI=0.0468635;REFB=0;REVB=0.0228172;RO=0;SAF=73;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294181;OID=.;OPOS=231050715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:118:0:0:116:118:1:43:73:0:0:45:73:0:0 chr2 231072709 . C T 787.59 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00505022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4773;QD=50.8125;RBI=0.0451103;REFB=-0.0172806;REVB=-0.0448267;RO=4;SAF=30;SAR=28;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588482;STB=0.531239;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0260018;OID=.;OPOS=231072709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:62:4:4:58:58:0.935484:28:30:4:0:28:30:4:0 chr2 231077725 . A G 504.68 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315548;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8364;QD=59.3737;RBI=0.0463897;REFB=0;REVB=0.0340044;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765686;OID=.;OPOS=231077725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:28:6:0:0:28:6:0:0 chr2 231118041 . A C 288.74 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0209949;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.831;QD=16.0412;RBI=0.0252588;REFB=-0.018253;REVB=0.0140435;RO=38;SAF=13;SAR=19;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117071;STB=0.566625;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0323357;OID=.;OPOS=231118041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:38:40:32:32:0.444444:19:13:20:18:19:13:21:19 chr2 231149097 . T C 318.93 PASS AF=0.5;AO=33;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.000450918;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.813;QD=18.7603;RBI=0.0359317;REFB=-0.0431861;REVB=0.0359289;RO=32;SAF=20;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399079;STB=0.530018;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0313778;OID=.;OPOS=231149097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:34:33:34:0.5:13:20:18:14:14:20:18:16 chr2 231149108 . G A 943.09 PASS AF=1;AO=52;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10921;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2127;QD=58.0363;RBI=0.156363;REFB=0;REVB=0.111904;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980302;OID=.;OPOS=231149108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:52:65:1:23:29:0:0:31:34:0:0 chr2 231222655 . G T 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00980382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.076;QD=18.6423;RBI=0.0170668;REFB=-0.00099467;REVB=0.01397;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164593;STB=0.593658;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00128865;OID=.;OPOS=231222655;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:14:7:12:12:14:7:12:12 chr2 231222675 . T C 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0122942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.58;QD=14.6982;RBI=0.0122952;REFB=-0.0007098;REVB=-0.000159761;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179752;STB=0.604675;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000944641;OID=.;OPOS=231222675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:11:5:11:12:11:5:11:12 chr2 231248261 . C T 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0158402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.064;QD=18.9663;RBI=0.0356071;REFB=-0.0234785;REVB=-0.0318897;RO=22;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125399;STB=0.585578;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.023433;OID=.;OPOS=231248261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:25:22:22:0.468085:8:14:11:11:8:14:12:13 chr2 231258150 . C T 310.01 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0079446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5718;QD=13.7784;RBI=0.0317578;REFB=-0.0124607;REVB=0.030748;RO=54;SAF=21;SAR=14;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068716;STB=0.545428;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0207613;OID=.;OPOS=231258150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:54:55:35:35:0.388889:14:21:29:25:14:21:29:26 chr2 231331896 . G A 784.88 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.637;QD=57.0822;RBI=0.024064;REFB=0;REVB=-0.0178871;RO=0;SAF=46;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93022e-06;OID=.;OPOS=231331896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:9:46:0:0:9:46:0:0 chr2 231333763 . A G 1222.02 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1348;QD=61.1012;RBI=0.0430668;REFB=0;REVB=0.00944632;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227614;OID=.;OPOS=231333763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:35:44:0:0:35:45:0:0 chr2 231333834 . G A 1080.3 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.953;QD=60.0164;RBI=0.0237513;REFB=0;REVB=0.0115148;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44377e-05;OID=.;OPOS=231333834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr2 231334216 . T C 650.83 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00271716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6995;QD=57.8519;RBI=0.00493894;REFB=-0.101477;REVB=-0.00412433;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184156;STB=0.50943;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0105333;OID=.;OPOS=231334216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:45:45:1:1:43:44:0.977778:25:18:0:1:26:18:0:1 chr2 231406070 . G A 691.69 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366077;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4451;QD=62.8807;RBI=0.053389;REFB=0;REVB=0.038862;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32583e-06;OID=.;OPOS=231406070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr2 231406680 . T C 888.4 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139567;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.24;QD=58.2556;RBI=0.034222;REFB=0;REVB=0.0312467;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154663;OID=.;OPOS=231406680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:62:61:1:27:35:0:0:27:34:0:0 chr2 231451851 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.393;QD=45.8068;RBI=0.0278579;REFB=0;REVB=0.0216073;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96779e-05;OID=.;OPOS=231451851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr2 231684790 . T C 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0267618;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=244.542;QD=18.7119;RBI=0.0268911;REFB=0.00401547;REVB=-0.00263391;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134812;STB=0.576835;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00381698;OID=.;OPOS=231684790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:6:12:10:9:6:12:10:9 chr2 231738168 . G A 849.67 PASS AF=0.925373;AO=62;DP=67;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0554694;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=235.157;QD=50.7263;RBI=0.056495;REFB=-0.0124991;REVB=0.0107164;RO=3;SAF=35;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00905279;STB=0.502694;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.000131687;OID=.;OPOS=231738168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:67:67:3:5:62:62:0.925373:27:35:2:1:27:35:3:2 chr2 231738263 . C T 830.83 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00873943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6759;QD=55.3888;RBI=0.0145002;REFB=-0.133702;REVB=-0.0115706;RO=1;SAF=20;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229942;STB=0.511624;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00944955;OID=.;OPOS=231738263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:1:1:57:59:0.983333:37:20:1:0:38:21:1:0 chr2 231738269 . G A 715.66 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223142;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.05;QD=57.253;RBI=0.0587264;REFB=0;REVB=0.0543219;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157904;OID=.;OPOS=231738269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr2 231861043 . GCC CGT,GCT,GTC 590.73 PASS AF=0,0.05,0.95;AO=2,2,32;DP=38;FAO=0,2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,23;FSAR=0,0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504978,0.058937,0.063678;FXX=0.0476077;HRUN=1,3,3;LEN=3,1,1;MLLD=117.322,138.015,175.144;QD=59.0726;RBI=0.0544128,0.0614345,0.0716243;REFB=0,0,0;REVB=0.0202665,0.0173386,0.0327897;RO=0;SAF=2,2,18;SAR=0,0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=0,-0.0571535,0.00448205;OID=.,.,.;OPOS=231861043,231861045,231861044;OREF=GCC,C,C;OALT=CGT,T,T;OMAPALT=CGT,GCT,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:9:38:40:0:0:2,2,32:0,2,38:0,0.05,0.95:0,0,14:2,2,18:0:0:0,0,15:0,2,23:0:0 chr2 231861071 . T C 199.2 PASS AF=0.4375;AO=19;DP=46;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0476733;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.839;QD=16.5996;RBI=0.0477921;REFB=-0.0264333;REVB=-0.00336837;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251679;STB=0.623633;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0511314;OID=.;OPOS=231861071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:26:27:19:21:0.4375:10:9:6:20:11:10:7:20 chr2 231865090 . T C 751.01 PASS AF=0.421875;AO=81;DP=191;FAO=81;FDP=192;FR=.;FRO=111;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=54;FSRR=57;FWDB=-0.053459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8424;QD=15.6461;RBI=0.0665232;REFB=-0.0211747;REVB=-0.0395914;RO=110;SAF=38;SAR=43;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131116;STB=0.510054;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0297997;OID=.;OPOS=231865090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:110:111:81:81:0.421875:43:38:53:57:43:38:54:57 chr2 231865144 . G C 1028.82 PASS AF=0.515625;AO=68;DP=192;FAO=99;FDP=192;FR=.;FRO=93;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=-0.0302575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2239;QD=21.4337;RBI=0.0384951;REFB=-0.0116576;REVB=-0.0237982;RO=89;SAF=43;SAR=25;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220889;STB=0.521721;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0124195;OID=.;OPOS=231865144;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:89:93:68:99:0.515625:25:43:37:52:52:47:40:53 chr2 232087474 . AT GA 720.08 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595195;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.412;QD=48.8192;RBI=0.144606;REFB=0;REVB=0.131789;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00526083;OID=.;OPOS=232087474;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:56:59:1:32:24:0:0:33:26:0:0 chr2 232196564 . C T 74.66 PASS AF=0.37037;AO=8;DP=25;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0322878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.481;QD=11.061;RBI=0.0328794;REFB=-0.00778187;REVB=-0.00620923;RO=17;SAF=8;SAR=0;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.723915;STB=0.583153;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0223285;OID=.;OPOS=232196564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:25:27:17:17:8:10:0.37037:0:8:12:5:2:8:12:5 chr2 232196597 . G A 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0114276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.334;QD=16.4257;RBI=0.0267343;REFB=-0.00143738;REVB=-0.0241688;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933525;STB=0.554352;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.000893257;OID=.;OPOS=232196597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:7:4:3:8:7:4 chr2 232225535 . C CG 1289.68 PASS AF=1;AO=91;DP=161;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.284031;FXX=0.0191071;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.4284;QD=33.4982;RBI=0.291651;REFB=0;REVB=-0.0662316;RO=64;SAF=20;SAR=71;SRF=50;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44957;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00505152;OID=.;OPOS=232225536;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:91:161:154:154:0:66:88:0:0:25:64:20:71:50:14 chr2 232263127 . G A 306.52 PASS AF=0.459459;AO=32;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00614091;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.837;QD=16.5688;RBI=0.00633261;REFB=-0.0140801;REVB=0.00154632;RO=40;SAF=9;SAR=23;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280586;STB=0.627196;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0256979;OID=.;OPOS=232263127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:40:40:32:34:0.459459:23:9:22:18:23:11:22:18 chr2 232320581 . T G 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0069266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.511;QD=13.6997;RBI=0.00693579;REFB=-0.0280506;REVB=0.000356982;RO=30;SAF=14;SAR=4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300678;STB=0.677205;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0421326;OID=.;OPOS=232320581;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:4:14:16:14:4:14:16:14 chr2 232458443 . T C 644.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.822;QD=61.351;RBI=0.0141039;REFB=0;REVB=-0.00540558;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533153;OID=.;OPOS=232458443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:23:19:0:0 chr2 232672932 . C T 733.55 PASS AF=1;AO=33;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180335;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.521;QD=59.8814;RBI=0.0203191;REFB=0;REVB=0.00936261;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300937;OID=.;OPOS=232672932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:33:49:1:16:17:0:0:29:20:0:0 chr2 233201328 . A G 181.59 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00558717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.435;QD=24.2122;RBI=0.0206173;REFB=-0.0820024;REVB=-0.0198459;RO=12;SAF=3;SAR=15;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377244;STB=0.714013;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0308402;OID=.;OPOS=233201328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:30:30:12:12:18:18:0.6:15:3:7:5:15:3:7:5 chr2 233243586 . C T 167.33 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0142564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.721;QD=11.7426;RBI=0.0166947;REFB=-0.0116287;REVB=0.00868717;RO=36;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137805;STB=0.579924;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0206103;OID=.;OPOS=233243586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:9:12:16:20:9:12:16:20 chr2 233243793 . C T 43.91 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0555754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7788;QD=6.27341;RBI=0.0568701;REFB=0.0016391;REVB=0.0120659;RO=21;SAF=1;SAR=6;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.648302;STB=0.901703;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00117805;OID=.;OPOS=233243793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:6:1:16:5:6:1:16:5 chr2 233243796 . T C 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0561941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.551;QD=5.7876;RBI=0.0873369;REFB=-0.00444537;REVB=-0.0668577;RO=23;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.63636;STB=0.89904;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0211739;OID=.;OPOS=233243796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:6:1:17:6:6:1:17:6 chr2 233244586 . C G 483.23 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0897716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4436;QD=58.5737;RBI=0.10515;REFB=0;REVB=-0.0547503;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064406;OID=.;OPOS=233244586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr2 233245026 . G A 44.15 PASS AF=0.388889;AO=6;DP=17;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.000294694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2765;QD=9.81198;RBI=0.0317245;REFB=-0.0279994;REVB=0.0317232;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132203;STB=0.613693;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0846669;OID=.;OPOS=233245026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:17:18:11:11:6:7:0.388889:4:2:5:6:5:2:5:6 chr2 233245958 . C A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00147194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.67;QD=12.9747;RBI=0.00379417;REFB=-0.0275637;REVB=0.00349702;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566036;STB=0.533278;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0335295;OID=.;OPOS=233245958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:8:10:6:6:8:10 chr2 233274145 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1103;QD=33.4285;RBI=0.0404533;REFB=0;REVB=0.00229608;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00394067;OID=.;OPOS=233274145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr2 233349588 . G A 854.15 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000608538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.099;QD=56.0096;RBI=0.00460815;REFB=-0.0776813;REVB=0.00456779;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-9.86389e-05;OID=.;OPOS=233349588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:30:30:0:0:30:30:0:1 chr2 233385396 . G A 589.33 PASS AF=0.423077;AO=66;DP=153;FAO=66;FDP=156;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=0.00561499;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2236;QD=15.1109;RBI=0.0472267;REFB=-0.0363833;REVB=0.0468917;RO=83;SAF=36;SAR=30;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00330939;STB=0.518862;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0353163;OID=.;OPOS=233385396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:156:83:90:66:66:0.423077:30:36:45:38:30:36:52:38 chr2 233386583 . T C 531.57 PASS AF=0.482759;AO=55;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.00229675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.644;QD=18.33;RBI=0.0099815;REFB=-0.0125474;REVB=0.00971366;RO=60;SAF=30;SAR=25;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182311;STB=0.604105;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.011971;OID=.;OPOS=233386583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:55:56:0.482759:25:30:21:39:25:31:21:39 chr2 233406178 . G A 285.2 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0026392;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8354;QD=15.2104;RBI=0.0660821;REFB=0.00829131;REVB=0.0660294;RO=42;SAF=16;SAR=16;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119807;STB=0.559963;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00791756;OID=.;OPOS=233406178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:43:32:32:0.426667:16:16:16:26:16:16:17:26 chr2 233410294 . C T 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0495119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.617;QD=12.0148;RBI=0.0504331;REFB=-0.00990518;REVB=-0.0095952;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347294;STB=0.674931;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0136624;OID=.;OPOS=233410294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:34:20:20:0.37037:11:9:25:7:11:9:25:9 chr2 233413771 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8464;QD=47.8217;RBI=0.0241542;REFB=0;REVB=0.00706974;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365561;OID=.;OPOS=233413771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr2 233413825 . G A 65.32 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0261238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.902;QD=10.8869;RBI=0.0263248;REFB=-0.0280288;REVB=0.00324643;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227806;STB=0.636074;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.022232;OID=.;OPOS=233413825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:5:10:4:5:5:10 chr2 233414341 . C T 152.08 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0384684;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2858;QD=19.6234;RBI=0.0432145;REFB=0.0258685;REVB=0.0196894;RO=14;SAF=13;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260868;STB=0.673331;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0206928;OID=.;OPOS=233414341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:14:15:16:16:0.516129:3:13:8:6:3:13:8:7 chr2 233414660 . G A 126.8 PASS AF=0.583333;AO=13;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0166005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1656;QD=21.1329;RBI=0.0527032;REFB=-0.013574;REVB=0.0500205;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513374;STB=0.555473;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0139148;OID=.;OPOS=233414660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:11:10:13:14:0.583333:9:4:4:7:10:4:4:6 chr2 233414721 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0177279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.453;QD=16.1192;RBI=0.017823;REFB=0.0190285;REVB=0.00183798;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506435;STB=0.529362;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.0167654;OID=.;OPOS=233414721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:5:8:8:4:5:8 chr2 233414832 . T G 74.21 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.00679663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.522;QD=10.2365;RBI=0.00688269;REFB=-0.00818497;REVB=-0.00108504;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284721;STB=0.676633;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0175791;OID=.;OPOS=233414832;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:18:19:10:10:0.344828:4:6:15:3:4:6:16:3 chr2 233498669 . G T 1120.94 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0329615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.584;QD=58.9968;RBI=0.0340789;REFB=-0.110403;REVB=0.00865517;RO=1;SAF=41;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114011;STB=0.506022;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000199493;OID=.;OPOS=233498669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:34:41:1:0:34:41:1:0 chr2 233537125 . A G 157.11 PASS AF=0.323077;AO=20;DP=64;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.000855493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.198;QD=9.66852;RBI=0.00963469;REFB=-0.0137172;REVB=-0.00959663;RO=44;SAF=11;SAR=9;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581478;STB=0.516114;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0319688;OID=.;OPOS=233537125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:44:44:20:21:0.323077:9:11:22:22:10:11:22:22 chr2 233543682 . C T 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0194852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.922;QD=15.1563;RBI=0.0199776;REFB=-0.00234923;REVB=-0.00440804;RO=31;SAF=9;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18737;STB=0.615291;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.015697;OID=.;OPOS=233543682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:16:9:17:14:16:9:18:14 chr2 233543689 . T C 215.97 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0134669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.681;QD=15.156;RBI=0.0168805;REFB=-0.018902;REVB=0.010178;RO=32;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202906;STB=0.615291;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0226102;OID=.;OPOS=233543689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:16:9:18:14:16:9:18:14 chr2 233708806 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.066;QD=50.4133;RBI=0.102078;REFB=0;REVB=0.083244;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142473;OID=.;OPOS=233708806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr2 233712226 . CACA C,CGCA 450.02 PASS AF=0.5625,0.4375;AO=16,15;DP=32;FAO=18,14;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11,8;FSAR=7,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268054,0.041216;FXX=0.0302939;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=173.728,90.3737;QD=56.2525;RBI=0.0424985,0.0432844;REFB=0,0;REVB=0.0329787,0.0132206;RO=0;SAF=9,9;SAR=7,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0270219,-0.00371096;OID=.,.;OPOS=233712227,233712227;OREF=ACA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5625,0.4375:16,15:32:18,14:32:0:11,8:7,6:0:0:99:0:9,9:7,6:0:0 chr2 233712248 . G A 81.24 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0230558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.907;QD=18.0534;RBI=0.0323703;REFB=-0.0245002;REVB=-0.0227215;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123877;STB=0.545363;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0214291;OID=.;OPOS=233712248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:7:8:10:10:0.555556:4:6:3:4:4:6:4:4 chr2 233723182 . G A 867.66 PASS AF=1;AO=55;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00552347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.877;QD=57.8441;RBI=0.0260877;REFB=0;REVB=0.0254963;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15802e-05;OID=.;OPOS=233723182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:55:60:1:22:33:0:0:24:36:0:0 chr2 233740227 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.238;QD=56.7066;RBI=0.027212;REFB=0;REVB=0.0144087;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56806e-05;OID=.;OPOS=233740227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr2 233744021 . G A 282.13 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0174002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6443;QD=22.5705;RBI=0.0184316;REFB=-0.0010148;REVB=-0.00607909;RO=24;SAF=17;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307637;STB=0.671602;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000626411;OID=.;OPOS=233744021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:9:17:7:17:9:17:7:17 chr2 233750074 . C T 268.36 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00860284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.851;QD=12.6286;RBI=0.0135829;REFB=-0.0079894;REVB=0.0105113;RO=53;SAF=13;SAR=19;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072579;STB=0.541609;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0144629;OID=.;OPOS=233750074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:19:13:25:28:19:13:25:28 chr2 233757679 . G A 238.32 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00539489;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.735;QD=13.8157;RBI=0.042677;REFB=-0.0170197;REVB=0.0423346;RO=41;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041077;STB=0.523388;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0263217;OID=.;OPOS=233757679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:41:41:28:28:0.405797:16:12:16:25:16:12:16:25 chr2 233757697 . A G 905.53 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0299668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.354;QD=56.5956;RBI=0.036446;REFB=0.138154;REVB=0.0207438;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140954;STB=0.50746;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00177496;OID=.;OPOS=233757697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:33:30:0:1:33:30:0:1 chr2 233785015 . G A 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.973;QD=62.6658;RBI=0.0389891;REFB=0;REVB=-0.0372194;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.89016e-05;OID=.;OPOS=233785015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chr2 233834975 . A G 1480.57 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195399;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.867;QD=58.6364;RBI=0.02034;REFB=-0.00761842;REVB=0.00564872;RO=1;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903581;STB=0.504761;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=3.37042e-05;OID=.;OPOS=233834975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:52:48:0:1:52:48:0:1 chr2 233899126 . C A 342.99 PASS AF=0.468354;AO=33;DP=77;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0236625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.828;QD=17.3666;RBI=0.023674;REFB=-0.0146562;REVB=-0.000737411;RO=42;SAF=11;SAR=22;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544347;STB=0.553703;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0110438;OID=.;OPOS=233899126;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:42:42:33:37:0.468354:22:11:12:30:23:14:12:30 chr2 234055004 . T C 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.136;QD=57.1758;RBI=0.0494183;REFB=0;REVB=0.049233;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179746;OID=.;OPOS=234055004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr2 234066969 . C A,G 789.55 PASS AF=0.04,0.96;AO=2,48;DP=50;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=2,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167465,0.0357296;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.438,58.9679;QD=63.164;RBI=0.0416693,0.044063;REFB=0,0;REVB=-0.0381561,0.0257864;RO=0;SAF=0,23;SAR=2,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.190416,0.00236935;OID=.,.;OPOS=234066969,234066969;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:2,48:2,48:0.04,0.96:2,25:0,23:0:0:2,25:0,23:0:0 chr2 234113057 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0170824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.805;QD=13.6309;RBI=0.0635207;REFB=-0.035343;REVB=0.0611806;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523751;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0474015;OID=.;OPOS=234113057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:3:5:5:3:3:5:6:3 chr2 234183368 . A G 543.3 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0124154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5574;QD=22.6373;RBI=0.0128432;REFB=0.00303902;REVB=0.00328719;RO=45;SAF=24;SAR=27;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797721;STB=0.543864;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00260033;OID=.;OPOS=234183368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:27:24:17:28:27:24:17:28 chr2 234184417 . G A 184.5 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.0152721;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.043;QD=9.97296;RBI=0.0185884;REFB=-0.0111414;REVB=-0.0105967;RO=50;SAF=18;SAR=6;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730418;STB=0.543066;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0289646;OID=.;OPOS=234184417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:50:50:24:24:0.324324:6:18:35:15:6:18:35:15 chr2 234227523 . A G 409.08 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0475245;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.313;QD=17.7861;RBI=0.047527;REFB=-0.011764;REVB=0.000485831;RO=47;SAF=14;SAR=28;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944947;STB=0.551156;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0155779;OID=.;OPOS=234227523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:47:50:42:42:0.456522:28:14:20:27:28:14:21:29 chr2 234255547 . G A 328.66 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0254214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4075;QD=18.0088;RBI=0.0269164;REFB=-0.0183575;REVB=-0.00884545;RO=38;SAF=12;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153211;STB=0.585817;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0335285;OID=.;OPOS=234255547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:23:12:19:19:23:12:19:19 chr2 234449316 . G A 616.68 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.38903e-05;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5333;QD=61.6682;RBI=0.0108536;REFB=0;REVB=-0.0108533;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.14269e-05;OID=.;OPOS=234449316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr2 234469664 . T C 1368.4 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00372912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.653;QD=60.1493;RBI=0.0150762;REFB=-0.0374954;REVB=0.0146078;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509998;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00384389;OID=.;OPOS=234469664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:0:2:89:89:0.978022:40:49:0:0:40:49:2:0 chr2 234526422 . T C 293.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0175215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.083;QD=19.9049;RBI=0.026729;REFB=-0.0142544;REVB=0.0201851;RO=28;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780386;STB=0.543331;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.012192;OID=.;OPOS=234526422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:15:16:17:11:15:16:17:11 chr2 234526871 . C G 420.75 PASS AF=0.488636;AO=41;DP=86;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0294899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4781;QD=19.1251;RBI=0.0295284;REFB=-0.0131583;REVB=-0.00150636;RO=45;SAF=17;SAR=24;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102353;STB=0.557496;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0160859;OID=.;OPOS=234526871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:45:45:41:43:0.488636:24:17:14:31:25:18:14:31 chr2 234590616 . C A 270.77 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00646812;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.763;QD=16.923;RBI=0.00665954;REFB=-0.0128901;REVB=0.00158521;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683539;STB=0.546844;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0175721;OID=.;OPOS=234590616;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:34:29:30:0.46875:15:14:14:20:15:15:14:20 chr2 234590970 . T G 422.49 PASS AF=0.567568;AO=41;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00925058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.294;QD=22.8375;RBI=0.027305;REFB=-0.00398249;REVB=0.0256903;RO=33;SAF=22;SAR=19;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568497;STB=0.520199;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00182138;OID=.;OPOS=234590970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:32:41:42:0.567568:19:22:20:13:19:23:19:13 chr2 234590974 . CG AA 426.6 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00858477;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=2;MLLD=180.936;QD=24.0336;RBI=0.0196509;REFB=0.00686068;REVB=-0.0176765;RO=29;SAF=23;SAR=18;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00708428;STB=0.502441;STBP=0.974;TYPE=mnp;VARB=-0.0033704;OID=.;OPOS=234590974;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:29:30:41:41:0.577465:18:23:16:13:18:23:17:13 chr2 234591205 . T C 351.58 PASS AF=0.457831;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00511632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.886;QD=16.9435;RBI=0.0294894;REFB=-0.026639;REVB=0.0290422;RO=44;SAF=13;SAR=24;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129939;STB=0.521184;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0290054;OID=.;OPOS=234591205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:44:45:37:38:0.457831:24:13:16:28:25:13:17:28 chr2 234591248 . ATTTTTTC ATTTTTC,ATTTTTCT 33.93 PASS AF=0.224138,0.0517241;AO=12,5;DP=59;FAO=13,3;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=9,3;FSAR=4,0;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.159997,-0.0889638;FXX=0.0169463;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.94426,117.921;QD=2.33984;RBI=0.161723,0.0889704;REFB=-0.145947,-0.00618781;REVB=0.0235639,0.00108494;RO=30;SAF=9,5;SAR=3,0;SRF=5;SRR=25;SSEN=0.526316,0;SSEP=0,0;SSSB=0.609713,0.786403;STB=0.809614,0.998078;STBP=0.024,0.006;TYPE=del,mnp;VARB=0.102616,0.159043;OID=.,.;OPOS=234591249,234591254;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.224138,0.0517241:12,5:59:13,3:58:42:9,3:4,0:10:32:24:30:9,5:3,0:5:25 chr2 234601669 . T G 478.08 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.000413713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.029;QD=19.7144;RBI=0.014811;REFB=-0.0152111;REVB=-0.0148053;RO=50;SAF=27;SAR=20;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698082;STB=0.538786;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0196081;OID=.;OPOS=234601669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:20:27:25:25:20:27:25:25 chr2 234601965 . A G 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.0049276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5689;QD=8.45116;RBI=0.00914435;REFB=0.0176518;REVB=0.00770311;RO=43;SAF=10;SAR=8;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205088;STB=0.621089;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0248115;OID=.;OPOS=234601965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:8:10:31:12:8:10:31:12 chr2 234602191 . A G 216.37 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=-0.00947436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.532;QD=11.0957;RBI=0.0189253;REFB=-0.0117548;REVB=0.016383;RO=50;SAF=6;SAR=21;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282082;STB=0.512186;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0192611;OID=.;OPOS=234602191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:51:27:27:0.346154:21:6:12:38:21:6:12:39 chr2 234602202 . A C 197.23 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=-0.0206361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.051;QD=10.9571;RBI=0.0248537;REFB=-0.00973892;REVB=-0.0138512;RO=47;SAF=4;SAR=21;SRF=10;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100323;STB=0.558885;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0214579;OID=.;OPOS=234602202;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:21:4:10:37:21:4:10:37 chr2 234622429 . T C 623.5 PASS AF=0.460432;AO=64;DP=139;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.00712626;FXX=0.0141834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.098;QD=17.9423;RBI=0.00811886;REFB=-0.0232086;REVB=0.00389002;RO=74;SAF=37;SAR=27;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127886;STB=0.574588;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.029739;OID=.;OPOS=234622429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:74:75:64:64:0.460432:27:37:33:41:27:37:33:42 chr2 234627937 . T C 2585.0 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207194;FXX=0.0175428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3273;QD=61.5476;RBI=0.0511146;REFB=0;REVB=0.0467269;RO=0;SAF=99;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1834e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122996;OID=.;OPOS=234627937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:166:168:1:67:99:0:0:69:99:0:0 chr2 234637803 . T C 226.16 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.017095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8482;QD=11.1683;RBI=0.0202407;REFB=-0.0140157;REVB=-0.0108373;RO=52;SAF=16;SAR=12;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734367;STB=0.534521;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0383592;OID=.;OPOS=234637803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:53:28:28:0.345679:12:16:33:19:12:16:33:20 chr2 234637853 . G A 437.19 PASS AF=0.433628;AO=47;DP=112;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.00939053;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.849;QD=15.4757;RBI=0.0219402;REFB=-0.0229053;REVB=0.019829;RO=65;SAF=17;SAR=30;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0083822;STB=0.504868;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.024396;OID=.;OPOS=234637853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:65:64:47:49:0.433628:30:17:24:41:31:18:23:41 chr2 234637912 . T C 574.66 PASS AF=0.657895;AO=50;DP=76;FAO=50;FDP=76;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=25;FWDB=-0.0239142;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.606;QD=30.2452;RBI=0.0239219;REFB=-0.00318768;REVB=-0.000605474;RO=26;SAF=19;SAR=31;SRF=1;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245357;STB=0.631783;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00292192;OID=.;OPOS=234637912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:26:26:50:50:0.657895:31:19:1:25:31:19:1:25 chr2 234638249 . A G 802.66 PASS AF=0.526316;AO=80;DP=152;FAO=80;FDP=152;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.0078478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.53;QD=21.1227;RBI=0.0116412;REFB=-0.00701406;REVB=-0.00859826;RO=72;SAF=41;SAR=39;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613702;STB=0.533622;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0057374;OID=.;OPOS=234638249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:72:72:80:80:0.526316:39:41:42:30:39:41:42:30 chr2 234652347 . C G 320.27 PASS AF=0.432099;AO=36;DP=82;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00983805;FXX=0.0121936;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.512;QD=15.8159;RBI=0.0125405;REFB=-0.0214109;REVB=-0.00777672;RO=46;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976085;STB=0.503595;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0264875;OID=.;OPOS=234652347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:46:46:36:35:0.432099:20:16:20:26:20:15:20:26 chr2 234688036 . C A 642.14 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0233865;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3232;QD=59.7339;RBI=0.0248052;REFB=-0.0875729;REVB=0.00826888;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177147;STB=0.509429;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00197333;OID=.;OPOS=234688036;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:42:42:0.976744:16:26:1:0:16:26:1:0 chr2 234702459 . T C 1644.81 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00661953;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.295;QD=60.3599;RBI=0.0268958;REFB=0;REVB=0.0260685;RO=0;SAF=38;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37329e-05;OID=.;OPOS=234702459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:71:38:0:0:71:38:0:0 chr2 234703136 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2588;QD=60.9774;RBI=0.0621121;REFB=0;REVB=0.0568474;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122659;OID=.;OPOS=234703136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr2 234704318 . A G 676.65 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000842101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.605;QD=60.1469;RBI=0.0474414;REFB=-0.0367287;REVB=-0.0474339;RO=1;SAF=25;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184224;STB=0.509799;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00242579;OID=.;OPOS=234704318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:19:25:1:0:19:25:1:0 chr2 234704690 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.823;QD=52.613;RBI=0.0422566;REFB=0;REVB=0.0363926;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205609;OID=.;OPOS=234704690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr2 234708428 . G A 520.49 PASS AF=0.635135;AO=47;DP=75;FAO=47;FDP=74;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0450281;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9407;QD=28.1347;RBI=0.0500396;REFB=-0.0328804;REVB=0.0218273;RO=28;SAF=23;SAR=24;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806285;STB=0.551069;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0157683;OID=.;OPOS=234708428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:28:27:47:47:0.635135:24:23:17:11:24:23:17:10 chr2 234725502 . T C 820.42 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000637923;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5267;QD=57.5736;RBI=0.00811721;REFB=0;REVB=-0.00809211;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197901;OID=.;OPOS=234725502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr2 234727986 . C T 313.3 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0243475;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.057;QD=14.2408;RBI=0.0820982;REFB=-0.0126832;REVB=-0.0784048;RO=52;SAF=22;SAR=13;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571315;STB=0.527743;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0169176;OID=.;OPOS=234727986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:88:52:53:35:35:0.397727:13:22:30:22:13:22:31:22 chr2 234728078 . T C 1036.08 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0374465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4188;QD=56.7717;RBI=0.0388541;REFB=-0.0395553;REVB=-0.0103634;RO=2;SAF=40;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230558;STB=0.512192;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00237521;OID=.;OPOS=234728078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:31:40:2:0:31:40:2:0 chr2 234730807 . G A 713.3 PASS AF=0.480769;AO=75;DP=156;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.0120466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6705;QD=18.2898;RBI=0.0273727;REFB=-0.00639471;REVB=0.0245793;RO=81;SAF=38;SAR=37;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120616;STB=0.506665;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00923601;OID=.;OPOS=234730807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:81:81:75:75:0.480769:37:38:40:41:37:38:40:41 chr2 234732317 . A G 184.77 PASS AF=0.358209;AO=23;DP=68;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=-0.0625507;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.608;QD=11.0308;RBI=0.0749962;REFB=-0.0167552;REVB=-0.0413745;RO=42;SAF=16;SAR=7;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911203;STB=0.547693;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0496218;OID=.;OPOS=234732317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:42:43:23:24:0.358209:7:16:32:10:7:17:33:10 chr2 234737372 . C A 555.13 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00672539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.769;QD=22.4293;RBI=0.00763084;REFB=-0.0227612;REVB=-0.00360539;RO=46;SAF=34;SAR=18;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100179;STB=0.551102;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0211584;OID=.;OPOS=234737372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:47:52:52:0.525253:18:34:25:21:18:34:26:21 chr2 234737632 . A G 504.97 PASS AF=0.509434;AO=52;DP=104;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00269675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7606;QD=19.0554;RBI=0.0497704;REFB=-0.0171804;REVB=0.0496973;RO=52;SAF=41;SAR=11;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258114;STB=0.618561;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0170294;OID=.;OPOS=234737632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:52:52:52:54:0.509434:11:41:29:23:13:41:29:23 chr2 234740136 . G A 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0514025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.517;QD=17.379;RBI=0.0517552;REFB=-0.00411333;REVB=0.006032;RO=37;SAF=21;SAR=12;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243326;STB=0.636281;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00388628;OID=.;OPOS=234740136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:12:21:14:23:12:21:14:23 chr2 234740157 . G A 250.53 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00159852;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.287;QD=15.9068;RBI=0.00994449;REFB=-0.00498469;REVB=0.00981517;RO=33;SAF=19;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308928;STB=0.680618;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00408097;OID=.;OPOS=234740157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:35:27:28:0.444444:8:19:13:20:8:20:14:21 chr2 234749354 . G A 140.1 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0607672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.331;QD=12.7363;RBI=0.0628207;REFB=0.0148128;REVB=0.0159308;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343667;STB=0.520109;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.0211669;OID=.;OPOS=234749354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:5:11:20:8:5:11:20:8 chr2 234749780 . G C 173.06 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.00181039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9932;QD=18.709;RBI=0.0120447;REFB=-0.0218941;REVB=-0.0119079;RO=19;SAF=15;SAR=3;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144349;STB=0.508188;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0374095;OID=.;OPOS=234749780;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:3:15:16:3:3:15:16:3 chr2 234750542 . G C 458.96 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0101694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.253;QD=20.862;RBI=0.0376122;REFB=-0.0203928;REVB=0.0362113;RO=43;SAF=12;SAR=33;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220293;STB=0.622584;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0217478;OID=.;OPOS=234750542;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:33:12:21:22:33:12:21:22 chr2 234750831 . T C 510.79 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.822;QD=58.3757;RBI=0.0410875;REFB=0;REVB=0.026704;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312997;OID=.;OPOS=234750831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:22:12:0:0:23:12:0:0 chr2 234761225 . C T 179.12 PASS AF=0.3;AO=24;DP=80;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.0417399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.845;QD=8.95587;RBI=0.0417409;REFB=0.0015329;REVB=-0.000280869;RO=55;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136359;STB=0.585038;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00526911;OID=.;OPOS=234761225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:55:56:24:24:0.3:13:11:19:36:13:11:19:37 chr2 234762480 . A T 517.94 PASS AF=0.519608;AO=52;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.00689843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.884;QD=20.3112;RBI=0.00742998;REFB=-0.0100214;REVB=0.00275973;RO=45;SAF=39;SAR=13;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660071;STB=0.548778;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00462004;OID=.;OPOS=234762480;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:49:52:53:0.519608:13:39:31:14:14:39:32:17 chr2 234775675 . G T 511.35 PASS AF=0.38125;AO=61;DP=160;FAO=61;FDP=160;FR=.;FRO=99;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.00568626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.884;QD=12.7838;RBI=0.00569574;REFB=-0.00627621;REVB=0.000328438;RO=99;SAF=29;SAR=32;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544295;STB=0.530811;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00956703;OID=.;OPOS=234775675;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:99:99:61:61:0.38125:32:29:52:47:32:29:52:47 chr2 234854540 . G C 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0274907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4117;QD=14.766;RBI=0.0635467;REFB=0.00361786;REVB=-0.0572927;RO=33;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382709;STB=0.521722;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.00500945;OID=.;OPOS=234854540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:10:15:21:12:10:15:21:12 chr2 234854552 . A G 221.89 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0485172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4316;QD=14.5499;RBI=0.0506176;REFB=-0.0123636;REVB=0.01443;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628739;STB=0.535687;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0170541;OID=.;OPOS=234854552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:21:14:12:14:21:14 chr2 234856212 . C T 278.59 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00700391;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.035;QD=13.266;RBI=0.00707013;REFB=0.00159814;REVB=-0.000965329;RO=49;SAF=21;SAR=11;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204136;STB=0.514697;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00398084;OID=.;OPOS=234856212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:49:52:32:32:0.380952:11:21:33:16:11:21:33:19 chr2 234863788 . G A 662.79 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.92;QD=61.6552;RBI=0.024832;REFB=0;REVB=0.00259277;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686122;OID=.;OPOS=234863788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:14:28:0:0:14:29:0:0 chr2 234959637 . T A 396.19 PASS AF=0.379032;AO=47;DP=124;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.00189563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.457;QD=12.7802;RBI=0.00957078;REFB=-0.0105283;REVB=0.00938117;RO=75;SAF=21;SAR=26;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650325;STB=0.529136;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0146263;OID=.;OPOS=234959637;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:75:77:47:47:0.379032:26:21:38:37:26:21:38:39 chr2 234967539 . T A 1138.59 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173685;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.62;QD=60.7249;RBI=0.023357;REFB=0;REVB=-0.0156168;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25322e-06;OID=.;OPOS=234967539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr2 235402279 . T C 171.78 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00771137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.358;QD=11.0825;RBI=0.0128715;REFB=-0.0129521;REVB=-0.0103059;RO=40;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083207;STB=0.548343;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0190337;OID=.;OPOS=235402279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:11:11:23:17:11:11:23:17 chr2 235950187 . T C 629.74 PASS AF=0.632184;AO=55;DP=88;FAO=55;FDP=87;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0124915;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.059;QD=28.9534;RBI=0.0172946;REFB=-0.0256681;REVB=-0.0119611;RO=32;SAF=17;SAR=38;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00269859;STB=0.501466;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0138711;OID=.;OPOS=235950187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:32:32:55:55:0.632184:38:17:10:22:38:17:10:22 chr2 235951819 . A G 222.07 PASS AF=0.35443;AO=27;DP=78;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00843984;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.503;QD=11.2439;RBI=0.0177815;REFB=-0.0161738;REVB=-0.0156509;RO=49;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179466;STB=0.508638;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0169151;OID=.;OPOS=235951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:49:51:27:28:0.35443:15:12:21:28:15:13:23:28 chr2 236433161 . G A 146.22 PASS AF=0.380952;AO=12;DP=39;FAO=16;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00897228;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.1948;QD=13.9255;RBI=0.0127683;REFB=-0.0104858;REVB=-0.00908451;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126958;STB=0.53654;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0186899;OID=.;OPOS=236433161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:25:25:12:16:0.380952:8:4:11:14:8:8:11:14 chr2 236708166 . C T 190.99 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0425207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.602;QD=13.4025;RBI=0.0445843;REFB=-0.0123684;REVB=-0.013407;RO=34;SAF=7;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914448;STB=0.55263;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0184569;OID=.;OPOS=236708166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:16:7:13:21:16:7:13:21 chr2 236761396 . C T 808.22 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.124;QD=54.7948;RBI=0.0171644;REFB=-0.0752049;REVB=-0.00408942;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00042353;OID=.;OPOS=236761396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:0:1:57:58:0.983051:29:28:0:0:29:29:1:0 chr2 236957822 . G A 1766.88 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.006;QD=60.9269;RBI=0.00812853;REFB=0;REVB=0.00735965;RO=0;SAF=67;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38241e-05;OID=.;OPOS=236957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:49:67:0:0:49:67:0:0 chr2 237032607 . T G 402.01 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00531486;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.279;QD=18.6983;RBI=0.0813893;REFB=-0.0314747;REVB=-0.0812156;RO=45;SAF=25;SAR=16;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948831;STB=0.552942;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0377397;OID=.;OPOS=237032607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:45:45:41:41:0.476744:16:25:23:22:16:25:23:22 chr2 237032703 . T C 568.28 PASS AF=0.504274;AO=56;DP=114;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00268472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.075;QD=19.4285;RBI=0.00475617;REFB=-0.00984056;REVB=-0.00392599;RO=57;SAF=31;SAR=25;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08893;STB=0.538114;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.006541;OID=.;OPOS=237032703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:57:58:56:59:0.504274:25:31:26:31:27:32:27:31 chr2 237103548 . G A 141.88 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0122795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.036;QD=9.61903;RBI=0.0124266;REFB=0.000549835;REVB=-0.00190628;RO=40;SAF=13;SAR=6;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298604;STB=0.676653;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00177819;OID=.;OPOS=237103548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:6:13:17:23:6:13:17:23 chr2 237103623 . A G 209.28 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0301084;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.123;QD=24.6208;RBI=0.0413633;REFB=-0.0364177;REVB=0.0283621;RO=15;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128426;STB=0.555497;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0293946;OID=.;OPOS=237103623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:14:19:20:0.588235:14:5:6:9:15:5:5:9 chr2 237103697 . G T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0120863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.347;QD=16.199;RBI=0.0251525;REFB=-0.0223041;REVB=0.0220583;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0196342;OID=.;OPOS=237103697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:0:3:3:2:0:3 chr2 237150166 . A C 224.6 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0768457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.068;QD=17.6157;RBI=0.0768791;REFB=-0.00162201;REVB=-0.00226759;RO=26;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216291;STB=0.611559;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00120528;OID=.;OPOS=237150166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:10:14:9:17:10:14:10:17 chr2 237923852 . G A 161.19 PASS AF=0.328358;AO=17;DP=62;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00801755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.771;QD=9.62329;RBI=0.00814901;REFB=-0.00943175;REVB=0.00145781;RO=45;SAF=9;SAR=8;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048494;STB=0.507456;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0187778;OID=.;OPOS=237923852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:67:45:45:17:22:0.328358:8:9:22:23:11:11:22:23 chr2 238233410 . C G 337.8 PASS AF=0.411111;AO=36;DP=89;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0436962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.366;QD=15.0132;RBI=0.0449538;REFB=-0.0195164;REVB=-0.0105588;RO=53;SAF=17;SAR=19;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982231;STB=0.546737;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0252731;OID=.;OPOS=238233410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:53:53:36:37:0.411111:19:17:30:23:19:18:30:23 chr2 238233483 . G A 405.34 PASS AF=0.885714;AO=25;DP=31;FAO=31;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0237605;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.62;QD=46.3241;RBI=0.0256434;REFB=-0.0850767;REVB=-0.00964487;RO=4;SAF=16;SAR=9;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102852;STB=0.55552;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0138264;OID=.;OPOS=238233483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:35:4:4:25:31:0.885714:9:16:4:0:15:16:4:0 chr2 238243292 . G A 1066.17 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00937154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.612;QD=58.4203;RBI=0.0492144;REFB=-0.0378562;REVB=0.0483139;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000193826;OID=.;OPOS=238243292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:37:35:0:0:37:35:0:1 chr2 238243464 . C G 761.51 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5524;QD=55.3828;RBI=0.0490041;REFB=0;REVB=-0.0323526;RO=1;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159704;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00303029;OID=.;OPOS=238243464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:53:55:1:29:24:0:1:31:24:0:0 chr2 238244963 . A G 1619.11 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.899;QD=59.9672;RBI=0.00871198;REFB=0;REVB=-0.00593119;RO=0;SAF=77;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04271e-05;OID=.;OPOS=238244963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:30:77:0:0:30:78:0:0 chr2 238249630 . C T 651.09 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.65;QD=62.0085;RBI=0.0196361;REFB=0;REVB=0.011207;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6577e-05;OID=.;OPOS=238249630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr2 238258813 . T TG 1224.6 PASS AF=1;AO=12;DP=112;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581773;FXX=0.0178555;HRUN=0;LEN=1;MLLD=222.258;QD=44.531;RBI=0.0601417;REFB=-0.0250278;REVB=0.0152454;RO=97;SAF=4;SAR=8;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100584;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.37667e-05;OID=.;OPOS=238258814;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:112:110:110:0:45:65:0:0:19:97:4:8:40:57 chr2 238258814 . C G 1279.07 PASS AF=0.864865;AO=95;DP=112;FAO=96;FDP=111;FR=.;FRO=15;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00981983;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.392;QD=46.0927;RBI=0.0211412;REFB=-0.1859;REVB=0.0187222;RO=15;SAF=38;SAR=57;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500875;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00152335;OID=.;OPOS=238258814;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:112:111:15:15:95:96:0.864865:57:38:6:9:57:39:6:9 chr2 238434249 . C T 771.93 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00893095;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5775;QD=55.1381;RBI=0.0190402;REFB=-0.0529553;REVB=-0.0168157;RO=2;SAF=37;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143499;STB=0.506664;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000934627;OID=.;OPOS=238434249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:2:1:54:55:0.982143:17:37:1:1:18:37:1:0 chr2 238443226 . A G 750.7 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344532;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.403;QD=63.8897;RBI=0.0602485;REFB=0;REVB=0.0494253;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021505;OID=.;OPOS=238443226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr2 238449007 . T C 788.7 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415173;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.765;QD=57.3597;RBI=0.0441096;REFB=0;REVB=0.0148988;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029427;OID=.;OPOS=238449007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr2 238449023 . T C 955.19 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.258;QD=58.7808;RBI=0.0330219;REFB=0;REVB=0.0328831;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31509e-05;OID=.;OPOS=238449023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:41:22:0:0:43:22:0:0 chr2 238449107 . A G 1065.78 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0608456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3709;QD=58.3988;RBI=0.0610002;REFB=-0.0144625;REVB=0.00433988;RO=1;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103952;STB=0.505493;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00211504;OID=.;OPOS=238449107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:45:27:0:1:45:27:0:1 chr2 238494742 . A G 253.26 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0138934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.607;QD=17.4659;RBI=0.0386842;REFB=-0.00440168;REVB=-0.0361031;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114913;STB=0.573697;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00515019;OID=.;OPOS=238494742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:17:11:15:14:17:11:16:14 chr2 238499863 . A AAATTCTTCAGGAGACTCT 76.07 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00904586;FXX=0.0491723;HRUN=2;LEN=18;MLLD=612.766;QD=5.24646;RBI=0.012845;REFB=-0.0022121;REVB=0.00911951;RO=47;SAF=9;SAR=3;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264164;STB=0.694103;STBP=0.138;TYPE=ins;VARB=0.0093639;OID=.;OPOS=238499864;OREF=-;OALT=AATTCTTCAGGAGACTCT;OMAPALT=AAATTCTTCAGGAGACTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206897:12:64:12:58:46:9:3:24:22:76:47:9:3:26:21 chr2 238499866 . C T 107.71 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00375687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.681;QD=6.94929;RBI=0.0371187;REFB=-0.00768839;REVB=-0.0369281;RO=46;SAF=13;SAR=3;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414165;STB=0.757499;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.015785;OID=.;OPOS=238499866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:46:46:16:16:0.258065:3:13:23:23:3:13:23:23 chr2 238500617 . G A 227.03 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0569858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7134;QD=21.1193;RBI=0.0570793;REFB=0.0298612;REVB=0.00326637;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15081;STB=0.584342;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0104934;OID=.;OPOS=238500617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:6:15:12:10:6:15 chr2 238500642 . A G 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0252745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.269;QD=20.0176;RBI=0.0378134;REFB=0.0131436;REVB=0.0281257;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221765;STB=0.624866;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00850692;OID=.;OPOS=238500642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:8:10:5:12:8:10:5:12 chr2 238503559 . C G 156.19 PASS AF=0.271605;AO=21;DP=81;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=12;FWDB=-0.00193988;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.885;QD=7.71307;RBI=0.0417531;REFB=-0.0155314;REVB=-0.041708;RO=58;SAF=9;SAR=12;SRF=47;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454797;STB=0.740084;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0488435;OID=.;OPOS=238503559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:59:21:22:0.271605:12:9:47:11:12:10:47:12 chr2 238503561 . C A 154.29 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=11;FWDB=-0.0055233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1107;QD=7.52621;RBI=0.0285277;REFB=-0.00797179;REVB=0.0279879;RO=59;SAF=9;SAR=13;SRF=48;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473542;STB=0.777125;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0223346;OID=.;OPOS=238503561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:60:22:22:0.268293:13:9:48:11:13:9:49:11 chr2 238643907 . G A 151.51 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0020522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.926;QD=12.8943;RBI=0.0420374;REFB=-0.0144918;REVB=0.0419873;RO=30;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455863;STB=0.763865;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0237645;OID=.;OPOS=238643907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:5:12:8:22:5:12:8:22 chr2 238668783 . A G 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0281902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5598;QD=17.2644;RBI=0.0554726;REFB=0.00838927;REVB=0.0477758;RO=42;SAF=14;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131718;STB=0.573871;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.0121735;OID=.;OPOS=238668783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:22:14:22:20:22:14:22:20 chr2 238668802 . A G 1230.66 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00485274;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.363;QD=59.309;RBI=0.0219218;REFB=-0.18822;REVB=0.0213779;RO=2;SAF=37;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249049;STB=0.506492;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00077833;OID=.;OPOS=238668802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:2:1:81:82:0.987952:44:37:2:0:44:38:1:0 chr2 238671328 . A G 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0188245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.437;QD=18.7122;RBI=0.0484981;REFB=-0.0264256;REVB=-0.0446957;RO=19;SAF=17;SAR=1;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449851;STB=0.766513;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0303581;OID=.;OPOS=238671328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:1:17:14:5:1:17:14:5 chr2 238672425 . G C 69.34 PASS AF=0.5;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0640331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.5483;QD=15.4095;RBI=0.0641797;REFB=-0.0693478;REVB=-0.00433577;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394541;STB=0.689682;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0529073;OID=.;OPOS=238672425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:16:18:7:9:9:9:0.5:7:2:5:2:7:2:5:4 chr2 238672703 . C G 129.1 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.193;QD=43.0319;RBI=0.0305069;REFB=0;REVB=0.0124888;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000899276;OID=.;OPOS=238672703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:7:5:0:0 chr2 238672938 . T C 306.82 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0708159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4887;QD=18.0479;RBI=0.0761729;REFB=-0.01226;REVB=0.028061;RO=35;SAF=9;SAR=24;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778775;STB=0.543662;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0187896;OID=.;OPOS=238672938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:24:9:12:23:24:9:12:23 chr2 238673302 . T A 134.43 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00708848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.961;QD=16.8033;RBI=0.014225;REFB=-0.0181592;REVB=0.012333;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150849;STB=0.56423;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0235365;OID=.;OPOS=238673302;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:17:14:15:0.46875:6:8:7:10:7:8:7:10 chr2 238729954 . A C 208.75 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00527965;FXX=0.0540395;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.008;QD=23.8569;RBI=0.0102391;REFB=-0.0077014;REVB=0.0087729;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103819;STB=0.558081;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00529388;OID=.;OPOS=238729954;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:15:15:20:20:0.571429:8:12:7:8:8:12:7:8 chr2 238881805 . C T 121.61 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=51;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00865358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.1;QD=9.00829;RBI=0.0103792;REFB=-0.00035875;REVB=-0.00573085;RO=33;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20048;STB=0.629495;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00308911;OID=.;OPOS=238881805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:33:36:15:18:0.333333:9:6:8:25:9:9:11:25 chr2 238991733 . C A 332.93 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.013371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.043;QD=19.0245;RBI=0.013391;REFB=-0.0206225;REVB=-0.000732257;RO=35;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076948;STB=0.542833;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0272398;OID=.;OPOS=238991733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:19:16:19:16:19:16:19:16 chr2 238991796 . C T 419.43 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0132529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.537;QD=20.2134;RBI=0.0155131;REFB=-0.00293073;REVB=-0.00806329;RO=41;SAF=23;SAR=19;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534542;STB=0.529635;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00425309;OID=.;OPOS=238991796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:19:23:20:21:19:23:20:21 chr2 239006879 . C T 243.02 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0150701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.375;QD=22.6069;RBI=0.0201536;REFB=-0.00608935;REVB=0.0133812;RO=20;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165061;STB=0.574402;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0085623;OID=.;OPOS=239006879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:20:22:23:0.534884:15:7:10:10:15:8:10:10 chr2 239010719 . T C 543.29 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0375618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.611;QD=22.637;RBI=0.0389968;REFB=-0.0329502;REVB=0.0104815;RO=44;SAF=22;SAR=29;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774181;STB=0.537686;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0265599;OID=.;OPOS=239010719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:44:45:51:51:0.53125:29:22:23:21:29:22:23:22 chr2 239016539 . C G 525.25 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0177082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5047;QD=18.9279;RBI=0.0188699;REFB=-0.000181387;REVB=0.00651865;RO=54;SAF=32;SAR=23;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994784;STB=0.503875;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=4.42361e-05;OID=.;OPOS=239016539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:56:55:55:0.495495:23:32:32:22:23:32:33:23 chr2 239025630 . T C 392.15 PASS AF=0.418182;AO=43;DP=107;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.028377;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4329;QD=14.2601;RBI=0.0343367;REFB=-0.0278971;REVB=-0.0193327;RO=59;SAF=16;SAR=27;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160402;STB=0.560229;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0307623;OID=.;OPOS=239025630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:59:64:43:46:0.418182:27:16:31:28:27:19:33:31 chr2 239025645 . C T 398.56 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.034702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.358;QD=15.4782;RBI=0.0365671;REFB=-0.0233316;REVB=-0.0115294;RO=58;SAF=19;SAR=26;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960395;STB=0.553889;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0265499;OID=.;OPOS=239025645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:58:45:45:0.436893:26:19:30:28:26:19:30:28 chr2 239036270 . C T 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00542641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.485;QD=17.7319;RBI=0.00714285;REFB=-0.0353762;REVB=0.00464482;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807695;STB=0.560984;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0385628;OID=.;OPOS=239036270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:10:7:9:9:10:7:10:9 chr2 239038912 . T C 1448.87 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.082811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2201;QD=57.3811;RBI=0.10074;REFB=-0.0231376;REVB=-0.0573661;RO=1;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958248;STB=0.509998;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00148117;OID=.;OPOS=239038912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:1:2:99:99:0.980198:49:50:0:1:49:50:0:2 chr2 239039057 . A G 1026.18 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1779;QD=59.4887;RBI=0.0467598;REFB=0;REVB=0.00717518;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235355;OID=.;OPOS=239039057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr2 239039075 . G T 1358.47 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.73;QD=62.4582;RBI=0.0521518;REFB=0;REVB=0.0401414;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140443;OID=.;OPOS=239039075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:48:38:0:0:48:39:0:0 chr2 239039840 . CA C,CG 319.85 PASS AF=0.12,0.88;AO=4,21;DP=25;FAO=3,22;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3,13;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170828,0.0350782;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.6176,110.901;QD=51.1765;RBI=0.0396001,0.057882;REFB=0,0;REVB=0.035726,0.0460417;RO=0;SAF=3,13;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0200665,-0.000668897;OID=.,.;OPOS=239039841,239039841;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.12,0.88:4,21:25:3,22:25:0:3,13:0,9:0:0:16:0:3,13:1,8:0:0 chr2 239039896 . G C 1148.45 PASS AF=0.940476;AO=79;DP=84;FAO=79;FDP=84;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0184178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0896;QD=54.6883;RBI=0.0271734;REFB=0.0244511;REVB=-0.0199794;RO=5;SAF=36;SAR=43;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163307;STB=0.508642;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.0103463;OID=.;OPOS=239039896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:84:84:5:5:79:79:0.940476:43:36:3:2:43:36:3:2 chr2 239040187 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.39;QD=50.413;RBI=0.0798146;REFB=0;REVB=0.0522634;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.18285e-05;OID=.;OPOS=239040187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:10:9:0:0 chr2 239049540 . G A 200.81 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0334812;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2466;QD=19.1244;RBI=0.035114;REFB=-0.0202479;REVB=0.0105833;RO=22;SAF=14;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113182;STB=0.564449;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0192762;OID=.;OPOS=239049540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:6:14:13:9:6:14:13:9 chr2 239049928 . G A 293.34 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00898984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.565;QD=19.8876;RBI=0.0108837;REFB=-0.0464303;REVB=-0.00613491;RO=25;SAF=8;SAR=23;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23859;STB=0.613645;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0405194;OID=.;OPOS=239049928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:25:28:31:31:0.525424:23:8:13:12:23:8:13:15 chr2 239050033 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.8671;QD=35.5757;RBI=0.131185;REFB=0;REVB=0.0330228;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102446;OID=.;OPOS=239050033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr2 239051550 . T C 2104.22 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470793;FXX=0.00740686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.9397;QD=62.8124;RBI=0.0531784;REFB=0;REVB=0.0247283;RO=0;SAF=58;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.36063e-05;OID=.;OPOS=239051550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:134:134:1:76:58:0:0:76:58:0:0 chr2 239054358 . C T 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=9;FWDB=-0.0262619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.221;QD=12.5475;RBI=0.026859;REFB=-0.0138979;REVB=-0.00563183;RO=44;SAF=10;SAR=17;SRF=35;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436126;STB=0.746183;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0186642;OID=.;OPOS=239054358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:17:10:35:9:17:10:35:9 chr2 239059484 . T C 885.31 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.29;QD=58.0529;RBI=0.0386297;REFB=0;REVB=0.0323514;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192246;OID=.;OPOS=239059484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:33:27:0:0:34:27:0:0 chr2 239075935 . A G 272.75 PASS AF=0.52;AO=24;DP=48;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0198823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7282;QD=21.8201;RBI=0.0261254;REFB=-0.0642305;REVB=-0.0169479;RO=24;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378335;STB=0.517228;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0404817;OID=.;OPOS=239075935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:24:24:24:26:0.52:10:14:13:11:11:15:13:11 chr2 239261866 . G A 419.54 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0070076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.387;QD=22.9882;RBI=0.00796061;REFB=-0.00250986;REVB=-0.00377688;RO=32;SAF=23;SAR=18;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239534;STB=0.513178;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00165838;OID=.;OPOS=239261866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:18:23:17:15:18:23:17:15 chr2 239321367 . A T 267.88 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.00697659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.654;QD=12.4594;RBI=0.00698189;REFB=0.00265271;REVB=-0.000272135;RO=54;SAF=19;SAR=13;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00131246;STB=0.500753;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.00455497;OID=.;OPOS=239321367;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:13:19:32:22:13:19:32:22 chr2 239969974 . G C 145.17 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00631071;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5909;QD=15.6938;RBI=0.0194817;REFB=-0.0585543;REVB=0.0184312;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122295;STB=0.522156;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0726848;OID=.;OPOS=239969974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:16:16:0.432432:9:7:9:11:9:7:10:11 chr2 239972883 . C T 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00370645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.021;QD=13.336;RBI=0.00450925;REFB=0.0075187;REVB=-0.00256817;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482327;STB=0.528264;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.0101551;OID=.;OPOS=239972883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:5:10:15:9:5:10:15:9 chr2 240003870 . G A 1238.99 PASS AF=0.913978;AO=85;DP=93;FAO=85;FDP=93;FR=.;FRO=8;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0136024;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.538;QD=53.29;RBI=0.0453907;REFB=-0.16185;REVB=0.0433047;RO=8;SAF=41;SAR=44;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286942;STB=0.501519;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00165351;OID=.;OPOS=240003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:93:93:8:8:85:85:0.913978:44:41:4:4:44:41:4:4 chr2 240007543 . AC A,AT 129.14 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,10;DP=12;FAO=1,11;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113226,0.110966;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.5755,142.19;QD=43.0477;RBI=0.121776,0.122552;REFB=0,0;REVB=0.0448249,0.0520142;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00869038,0.00645507;OID=.,.;OPOS=240007544,240007544;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:2,10:12:1,11:12:0:0,3:1,8:0:0:3:0:0,3:2,7:0:0 chr2 240273472 . A C 303.86 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00483676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.066;QD=18.141;RBI=0.0054216;REFB=-0.00914042;REVB=-0.00244937;RO=34;SAF=18;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946641;STB=0.552814;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0158913;OID=.;OPOS=240273472;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:15:18:15:19:15:18:15:19 chr2 240323905 . T TG 198.79 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0117056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.659;QD=14.4576;RBI=0.0752566;REFB=0.0416894;REVB=-0.0743407;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476899;STB=0.526639;STBP=0.698;TYPE=ins;VARB=-0.0439881;OID=.;OPOS=240323906;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509091:28:55:28:55:27:15:13:13:14:99:27:15:13:13:14 chr2 240323977 . C T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0498602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.372;QD=17.4543;RBI=0.0498768;REFB=-0.0226905;REVB=0.00128707;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030689;STB=0.517229;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0226426;OID=.;OPOS=240323977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:14:13:13:16:14:13:13:16 chr2 240500173 . T C 785.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00400749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.793;QD=57.0997;RBI=0.0198516;REFB=0;REVB=-0.0194429;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.77157e-05;OID=.;OPOS=240500173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr2 240500249 . C T 182.9 PASS AF=0.365079;AO=22;DP=62;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0244056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.679;QD=11.6129;RBI=0.0280464;REFB=-0.00806218;REVB=0.0138192;RO=39;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00132538;STB=0.522219;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0151268;OID=.;OPOS=240500249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:39:40:22:23:0.365079:13:9:16:23:14:9:17:23 chr2 240500413 . A G 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.294;QD=60.7154;RBI=0.0247962;REFB=0;REVB=-0.0125922;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47908e-05;OID=.;OPOS=240500413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr2 240500437 . C T 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00680844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.463;QD=62.3146;RBI=0.00950892;REFB=0;REVB=0.00663813;RO=0;SAF=58;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43957e-05;OID=.;OPOS=240500437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:28:58:0:0:28:58:0:0 chr2 240900607 . TGGGGG TGGGG,TGGGGA 134.68 PASS AF=0.453125,0;AO=19,3;DP=64;FAO=29,0;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13,0;FSAR=16,0;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.144165,0.046244;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.3921,13.3872;QD=8.41745;RBI=0.149048,0.0486307;REFB=-0.0239468,-0.0394393;REVB=-0.0378379,-0.015048;RO=25;SAF=6,2;SAR=13,1;SRF=10;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0924023,0.277399;STB=0.504893,0.5;STBP=0.969,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00605226,0.00340241;OID=.,.;OPOS=240900608,240900612;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=TGGGG,TGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453125,0:19,3:64:29,0:64:35:13,0:16,0:16:19:99:25:6,2:13,1:10:15 chr2 240923050 . C T 722.63 PASS AF=0.477987;AO=74;DP=158;FAO=76;FDP=159;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.0298883;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.44;QD=18.1794;RBI=0.0302037;REFB=-0.0182236;REVB=-0.00435365;RO=82;SAF=37;SAR=37;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927562;STB=0.553908;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0205562;OID=.;OPOS=240923050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:82:83:74:76:0.477987:37:37:33:49:37:39:34:49 chr2 240946766 . T C 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0207288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.083;QD=14.948;RBI=0.023741;REFB=-0.00512676;REVB=-0.0115739;RO=42;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00781075;STB=0.504422;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00701435;OID=.;OPOS=240946766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:15:16:22:20:15:16:22:20 chr2 240957243 . C T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0726631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2182;QD=17.6437;RBI=0.0727132;REFB=-0.00176224;REVB=0.00269905;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193732;STB=0.613759;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00601234;OID=.;OPOS=240957243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:2:7:4:3:2:7:4:3 chr2 240961728 . T C 1191.15 PASS AF=1;AO=57;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237926;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.875;QD=56.054;RBI=0.0634182;REFB=0;REVB=0.0587859;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00252764;OID=.;OPOS=240961728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:57:85:1:25:32:0:0:50:35:0:0 chr2 240981262 . A C 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00193206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.437;QD=20.0308;RBI=0.00214395;REFB=-0.0120931;REVB=0.000929325;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778135;STB=0.543882;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0134906;OID=.;OPOS=240981262;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:14:10:13:13:14:10:13:13 chr2 240981375 . T A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00867204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.792;QD=59.0185;RBI=0.0367737;REFB=0;REVB=0.0357365;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176584;OID=.;OPOS=240981375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr2 240982312 . G A 104.36 PASS AF=0.323529;AO=10;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0103939;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=140.778;QD=12.2772;RBI=0.0482082;REFB=-0.00993994;REVB=-0.0470744;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442247;STB=0.726859;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0581719;OID=.;OPOS=240982312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:34:34:16:19:10:11:0.323529:7:3:12:4:8:3:12:7 chr2 240984833 . C G 226.35 PASS AF=0.52381;AO=18;DP=38;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0295003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.234;QD=21.5567;RBI=0.0397875;REFB=-0.0386562;REVB=0.026698;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142977;STB=0.568903;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0377695;OID=.;OPOS=240984833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:20:20:18:22:0.52381:8:10:8:12:10:12:8:12 chr2 240985347 . G A 108.55 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0150216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1742;QD=5.86744;RBI=0.0150683;REFB=-0.000873705;REVB=-0.00118518;RO=57;SAF=8;SAR=9;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904631;STB=0.556194;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00210455;OID=.;OPOS=240985347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:57:57:17:17:0.22973:9:8:31:26:9:8:31:26 chr2 241066280 . C T 103.77 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0229302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8905;QD=10.1241;RBI=0.0239309;REFB=-0.0205182;REVB=-0.00684762;RO=28;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927648;STB=0.555897;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.015419;OID=.;OPOS=241066280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:5:8:15:13:5:8:15:13 chr2 241390027 . C G 863.86 PASS AF=0.441315;AO=94;DP=213;FAO=94;FDP=213;FR=.;FRO=119;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=65;FSRR=54;FWDB=-0.0160875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.836;QD=16.2227;RBI=0.0178074;REFB=-0.00866396;REVB=-0.0076352;RO=119;SAF=44;SAR=50;SRF=65;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784295;STB=0.543577;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00804689;OID=.;OPOS=241390027;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:119:119:94:94:0.441315:50:44:65:54:50:44:65:54 chr2 241463515 . T A 138.47 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0725332;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8796;QD=11.7844;RBI=0.0727301;REFB=-0.0210134;REVB=0.00534842;RO=27;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126225;STB=0.551935;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0234713;OID=.;OPOS=241463515;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:31:16:16:0.340426:7:9:12:15:7:9:15:16 chr2 241468563 . G A 409.05 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0116149;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.3753;QD=20.1999;RBI=0.0122002;REFB=-0.0195478;REVB=0.00373361;RO=39;SAF=25;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132419;STB=0.5678;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0119768;OID=.;OPOS=241468563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:39:40:41:41:0.506173:16:25:18:21:16:25:19:21 chr2 241492255 . G T 1087.66 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174102;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7697;QD=59.5977;RBI=0.0486585;REFB=0;REVB=-0.0454371;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000401381;OID=.;OPOS=241492255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:71:73:1:31:40:0:0:31:42:0:0 chr2 241537421 . G A 582.35 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.125;QD=58.2353;RBI=0.0322092;REFB=-0.0662247;REVB=0.0273436;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253303;STB=0.513507;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00075567;OID=.;OPOS=241537421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:18:21:0:1:18:21:0:1 chr2 241538074 . A G 720.98 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000604401;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.697;QD=62.6937;RBI=0.0430046;REFB=0;REVB=-0.0430004;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26157e-05;OID=.;OPOS=241538074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:45:46:1:28:17:0:0:28:18:0:0 chr2 241558397 . G A 708.97 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.173;QD=63.0192;RBI=0.0330262;REFB=0;REVB=-0.00925019;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131691;OID=.;OPOS=241558397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:32:12:0:0:33:12:0:0 chr2 241570249 . A C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0917566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.024;QD=53.9111;RBI=0.0939082;REFB=0;REVB=-0.0199871;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241044;OID=.;OPOS=241570249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr2 241570391 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.046;QD=59.4356;RBI=0.0592558;REFB=0;REVB=0.0318113;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172423;OID=.;OPOS=241570391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr2 241621799 . GC G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5695;QD=40.7585;RBI=0.0607475;REFB=0;REVB=-0.0442105;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000195589;OID=.;OPOS=241621800;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:10:10:10:0:3:7:0:0:4:0:3:7:0:0 chr2 241622195 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.378;QD=51.1831;RBI=0.0920497;REFB=0;REVB=-0.0710757;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.22569e-05;OID=.;OPOS=241622195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:3:17:0:0:3:17:0:0 chr2 241622209 . T C 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0908;QD=49.5936;RBI=0.0857907;REFB=0;REVB=0.080831;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197874;OID=.;OPOS=241622209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:3:15:0:0:3:15:0:0 chr2 241627928 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00145969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.334;QD=60.2306;RBI=0.0159702;REFB=0;REVB=-0.0159034;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83177e-05;OID=.;OPOS=241627928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:10:27:0:0:10:27:0:0 chr2 241631476 . C G 364.96 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.075045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9729;QD=52.1367;RBI=0.0822338;REFB=-0.0176063;REVB=0.0336252;RO=1;SAF=17;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265715;STB=0.514275;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00010727;OID=.;OPOS=241631476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:10:17:1:0:10:17:1:0 chr2 241664801 . C T 501.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.965;QD=59.0081;RBI=0.0693131;REFB=0;REVB=0.0392212;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000936262;OID=.;OPOS=241664801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr2 241667783 . C G,T 402.38 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=2,27;DP=29;FAO=2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123824,-0.0557307;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.637,140.685;QD=55.5005;RBI=0.0141187,0.060962;REFB=0,0;REVB=-0.0067835,0.0247074;RO=0;SAF=0,12;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.105264,0.00160945;OID=.,.;OPOS=241667783,241667783;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:0:0:2,27:2,27:0.0689655,0.931034:2,15:0,12:0:0:2,15:0,12:0:0 chr2 241696840 . ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT,ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC 869.86 PASS AF=0.796875,0,0.203125;AO=10,15,13;DP=63;FAO=51,0,13;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0,3;FSAR=34,0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643352,0.0478337,0.0155534;FXX=0.085702;HRUN=2,2,1;LEN=4,3,4;MLLD=99.7229,95.8764,75.9208;QD=54.366;RBI=0.162568,0.104311,0.0994277;REFB=0,0,0;REVB=0.149297,0.0926964,0.0982037;RO=0;SAF=7,2,3;SAR=3,13,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0171503,0,0.0525311;OID=.,.,.;OPOS=241696869,241696841,241696840;OREF=CCTC,TCC,ATCC;OALT=-,-,CTCA;OMAPALT=ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT,ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:67:63:64:0:0:10,15,13:51,0,13:0.796875,0,0.203125:3,13,10:7,2,3:0:0:34,0,10:17,0,3:0:0 chr2 241722445 . G A 710.25 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9343;QD=54.6344;RBI=0.0530518;REFB=0.0493137;REVB=0.0486749;RO=1;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254383;STB=0.513508;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000524277;OID=.;OPOS=241722445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:18:33:0:1:18:33:0:1 chr2 241826517 . C T 1551.41 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.054;QD=59.1013;RBI=0.0324387;REFB=0;REVB=0.0262653;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135856;OID=.;OPOS=241826517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:96:105:0:0:96:105:1:43:53:0:0:44:61:0:0 chr2 241828034 . A G 450.82 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.376;QD=56.3523;RBI=0.06751;REFB=0;REVB=0.0109342;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168252;OID=.;OPOS=241828034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:32:0:0:28:32:1:18:10:0:0:20:12:0:0 chr2 241831167 . C T 884.9 PASS AF=0.517647;AO=88;DP=170;FAO=88;FDP=170;FR=.;FRO=82;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=0.0324393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.811;QD=20.8212;RBI=0.0334642;REFB=-0.0239233;REVB=0.00821889;RO=81;SAF=46;SAR=42;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396623;STB=0.518514;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0199928;OID=.;OPOS=241831167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:81:82:88:88:0.517647:42:46:46:35:42:46:46:36 chr2 241865156 . T C 2348.49 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.964;QD=63.4726;RBI=0.01272;REFB=0;REVB=-0.0114515;RO=0;SAF=70;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19898e-05;OID=.;OPOS=241865156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:148:0:0:147:148:1:77:70:0:0:78:70:0:0 chr2 241872722 . G A 773.69 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.019;QD=61.8949;RBI=0.0447767;REFB=-0.0810708;REVB=0.0312446;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021881;STB=0.511623;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00148718;OID=.;OPOS=241872722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:49:49:0.98:21:28:0:1:21:28:0:1 chr2 241922430 . T C 272.79 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.100222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.378;QD=14.9474;RBI=0.103855;REFB=-0.0111217;REVB=-0.0272274;RO=42;SAF=8;SAR=23;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174493;STB=0.599515;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0138857;OID=.;OPOS=241922430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:23:8:17:25:23:8:17:25 chr2 241925343 . T C 1236.47 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.928;QD=61.0602;RBI=0.0235482;REFB=0;REVB=0.0128307;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39557e-05;OID=.;OPOS=241925343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:38:42:0:0:38:43:0:0 chr2 241929228 . A G 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.518;QD=62.3139;RBI=0.0162362;REFB=0;REVB=0.0131153;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07864e-05;OID=.;OPOS=241929228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:53:33:0:0:53:33:0:0 chr2 241973223 . C T 341.21 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0171884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7777;QD=25.7515;RBI=0.0223387;REFB=-0.0258022;REVB=0.0142679;RO=20;SAF=15;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315375;STB=0.501729;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0150867;OID=.;OPOS=241973223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:18:15:9:11:18:15:9:11 chr2 241979550 . T C 189.87 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0125817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.222;QD=11.3355;RBI=0.0198073;REFB=8.54118e-05;REVB=0.0152981;RO=43;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00220386;STB=0.501278;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122233;OID=.;OPOS=241979550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:14:10:18:25:14:10:18:25 chr2 241991875 . G A 190.65 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0393504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.336;QD=21.7884;RBI=0.0438552;REFB=-0.0284209;REVB=0.0193603;RO=14;SAF=13;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193404;STB=0.593535;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0223402;OID=.;OPOS=241991875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:16:18:19:0.542857:5:13:7:7:5:14:9:7 chr2 242002306 . G A 189.89 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0272683;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5045;QD=20.5289;RBI=0.0351824;REFB=-0.0283997;REVB=0.0222315;RO=17;SAF=4;SAR=15;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442963;STB=0.508466;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0241143;OID=.;OPOS=242002306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:18:19:19:0.513514:15:4:3:14:15:4:4:14 chr2 242003487 . C T 803.26 PASS AF=0.435897;AO=85;DP=197;FAO=85;FDP=195;FR=.;FRO=110;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=34;FSRR=76;FWDB=0.0156679;FXX=0.0151508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.225;QD=16.477;RBI=0.0188437;REFB=-0.0206136;REVB=0.010469;RO=101;SAF=37;SAR=48;SRF=31;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130722;STB=0.57377;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0214609;OID=.;OPOS=242003487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:195:101:110:85:85:0.435897:48:37:31:70:48:37:34:76 chr2 242004866 . A G 270.87 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0598786;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.719;QD=22.5727;RBI=0.0598797;REFB=-0.0145596;REVB=-0.000362071;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655864;STB=0.523791;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0132378;OID=.;OPOS=242004866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:14:11:8:14:14:11:9:14 chr2 242011330 . C A 346.38 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.080643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4576;QD=26.6447;RBI=0.0903611;REFB=0.0136239;REVB=0.0407658;RO=19;SAF=11;SAR=22;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184121;STB=0.599945;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00576421;OID=.;OPOS=242011330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:22:11:2:17:22:11:2:17 chr2 242021742 . G T 2074.02 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0432657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8072;QD=61.4524;RBI=0.0450589;REFB=0.0637069;REVB=-0.0125851;RO=1;SAF=62;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760493;STB=0.503936;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00147223;OID=.;OPOS=242021742;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:133:134:0.992593:71:62:1:0:71:63:1:0 chr2 242028762 . T C 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.478;QD=57.1726;RBI=0.0322442;REFB=0;REVB=0.00206388;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94984e-05;OID=.;OPOS=242028762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr2 242046785 . A C 766.29 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.936;QD=63.8571;RBI=0.0404946;REFB=0;REVB=0.0391637;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62834e-05;OID=.;OPOS=242046785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:27:21:0:0 chr2 242051777 . G A 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.928;QD=60.1583;RBI=0.0340021;REFB=0.0309493;REVB=0.0127851;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184224;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000158301;OID=.;OPOS=242051777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:25:19:0:1:25:19:0:1 chr2 242054403 . G A 1619.84 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=114;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0151876;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.942;QD=57.3394;RBI=0.015414;REFB=-0.0248293;REVB=0.00263171;RO=3;SAF=56;SAR=54;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885478;STB=0.504666;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=9.91439e-06;OID=.;OPOS=242054403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:114:113:3:3:110:110:0.973451:54:56:1:2:54:56:1:2 chr2 242062162 . C T 385.51 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0332618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.795;QD=48.1884;RBI=0.0379323;REFB=0.00741863;REVB=0.0182349;RO=2;SAF=20;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443379;STB=0.502511;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.0156989;OID=.;OPOS=242062162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:2:3:29:29:0.90625:9:20:2:0:9:20:2:1 chr2 242066156 . C T 603.54 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00397712;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=115.436;QD=56.1433;RBI=0.0176488;REFB=-0.0962314;REVB=-0.0171948;RO=2;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046837;STB=0.523798;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000482253;OID=.;OPOS=242066156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:43:2:2:40:41:0.953488:19:21:0:2:20:21:0:2 chr2 242066314 . T C 483.74 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.327;QD=58.6351;RBI=0.059471;REFB=0;REVB=0.0248682;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131956;OID=.;OPOS=242066314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:25:7:0:0:25:8:0:0 chr2 242066789 . A G 1069.96 PASS AF=0.973684;AO=71;DP=74;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00938031;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9859;QD=56.3138;RBI=0.0146348;REFB=-0.0372081;REVB=0.0112333;RO=2;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255447;STB=0.512817;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00144244;OID=.;OPOS=242066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:76:2:2:71:74:0.973684:36:35:0:2:38:36:0:2 chr2 242075362 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4288;QD=57.385;RBI=0.0411359;REFB=0;REVB=0.0411105;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258246;OID=.;OPOS=242075362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr2 242082262 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.098;QD=57.2371;RBI=0.0233127;REFB=0;REVB=0.0230892;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75528e-05;OID=.;OPOS=242082262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr2 242122391 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.364;QD=57.8841;RBI=0.0118182;REFB=0;REVB=-0.0109222;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.51967e-06;OID=.;OPOS=242122391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr2 242122820 . G A 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3564;QD=63.2828;RBI=0.10684;REFB=0;REVB=0.0824286;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021634;OID=.;OPOS=242122820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr2 242122844 . C T 710.99 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0415145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.397;QD=51.7082;RBI=0.0593971;REFB=-0.0633147;REVB=0.0424801;RO=2;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392057;STB=0.520825;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000571939;OID=.;OPOS=242122844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:52:53:0.963636:23:29:0:2:23:30:0:2 chr2 242129515 . G A 872.82 PASS AF=0.514793;AO=87;DP=169;FAO=87;FDP=169;FR=.;FRO=82;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=0.0207324;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.816;QD=20.6584;RBI=0.0322916;REFB=-0.0145034;REVB=0.0247572;RO=80;SAF=45;SAR=42;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804706;STB=0.549663;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0095205;OID=.;OPOS=242129515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:80:82:87:87:0.514793:42:45:34:46:42:45:34:48 chr2 242148764 . T A 2372.62 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014101;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.572;QD=61.2289;RBI=0.0551018;REFB=0;REVB=0.053267;RO=0;SAF=83;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17447e-05;OID=.;OPOS=242148764;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:155:155:1:72:83:0:0:72:83:0:0 chr2 242157228 . G C 733.58 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7684;QD=56.4292;RBI=0.0276589;REFB=0;REVB=-0.0170194;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19675e-05;OID=.;OPOS=242157228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:19:30:0:0:19:33:0:0 chr2 242162732 . G C 1432.19 PASS AF=0.96875;AO=91;DP=95;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0669533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.093;QD=59.6748;RBI=0.0675016;REFB=0.0267109;REVB=0.00858599;RO=3;SAF=32;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207397;STB=0.510574;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00609247;OID=.;OPOS=242162732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:96:3:3:91:93:0.96875:59:32:2:1:60:33:2:1 chr2 242168976 . T C 1072.68 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0324295;FXX=0.0266631;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.52;QD=58.7767;RBI=0.0324348;REFB=0.0436512;REVB=0.000587748;RO=1;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155009;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000128773;OID=.;OPOS=242168976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:71:72:0.986301:30:41:0:1:31:41:0:1 chr2 242195810 . T C 434.48 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0273049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.596;QD=18.2939;RBI=0.0283716;REFB=-0.0181464;REVB=-0.0077065;RO=51;SAF=17;SAR=27;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546134;STB=0.530421;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0201061;OID=.;OPOS=242195810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:27:17:17:34:27:17:17:34 chr2 242203916 . A C 1510.48 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.333;QD=63.5993;RBI=0.00890168;REFB=0;REVB=-0.00584706;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75507e-07;OID=.;OPOS=242203916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:43:51:0:0:44:51:0:0 chr2 242207043 . G A 340.25 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00776008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.215;QD=48.6075;RBI=0.0372872;REFB=-0.116127;REVB=0.0364708;RO=2;SAF=12;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713042;STB=0.538432;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00408643;OID=.;OPOS=242207043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:14:12:2:0:14:12:2:0 chr2 242380748 . T A 771.33 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113876;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.212;QD=57.1359;RBI=0.0116282;REFB=0;REVB=0.00235342;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.95033e-05;OID=.;OPOS=242380748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr2 242430994 . C T 1319.85 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0848656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5708;QD=62.1108;RBI=0.112822;REFB=0;REVB=0.0743411;RO=0;SAF=55;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119298;OID=.;OPOS=242430994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:30:55:0:0:30:55:0:0 chr2 242572846 . A G 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.264;QD=59.4319;RBI=0.0440072;REFB=0;REVB=0.0160035;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281506;OID=.;OPOS=242572846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr2 242573211 . T C 519.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.103;QD=59.4231;RBI=0.0149796;REFB=0;REVB=0.000455569;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46168e-05;OID=.;OPOS=242573211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr2 242610773 . T A 1549.05 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.491;QD=63.8784;RBI=0.096112;REFB=0;REVB=0.0740333;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277725;OID=.;OPOS=242610773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:42:55:0:0:42:55:0:0 chr2 242695112 . A C 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.00207003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.05;QD=8.08966;RBI=0.0273225;REFB=-0.00199007;REVB=0.027244;RO=22;SAF=1;SAR=8;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.713516;STB=0.926063;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00929923;OID=.;OPOS=242695112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:8:1:18:4:8:1:18:4 chr2 242695114 . A T 62.71 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.00390229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1798;QD=8.09219;RBI=0.00740819;REFB=0.00023469;REVB=0.0062971;RO=22;SAF=1;SAR=8;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.713516;STB=0.926063;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.000539342;OID=.;OPOS=242695114;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:8:1:18:4:8:1:18:4 chr2 242695126 . G A 413.17 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0196102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.0212;QD=51.6461;RBI=0.0329291;REFB=-0.167112;REVB=0.0264531;RO=2;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443379;STB=0.511104;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00344161;OID=.;OPOS=242695126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:32:32:2:1:29:31:0.96875:20:9:0:2:22:9:0:1 chr2 242695131 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.074;QD=60.6102;RBI=0.0719747;REFB=0;REVB=0.0348115;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183441;OID=.;OPOS=242695131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr2 242695138 . C T 681.23 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00956911;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.049;QD=60.554;RBI=0.0254995;REFB=-0.0231141;REVB=0.0236359;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000484634;OID=.;OPOS=242695138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:0:1:44:44:0.977778:31:13:0:0:31:13:0:1 chr2 242695144 . C T 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9738;QD=57.1736;RBI=0.0231197;REFB=0;REVB=0.0160622;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232476;OID=.;OPOS=242695144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr2 242695151 . T A 955.02 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.021;QD=58.7703;RBI=0.0527269;REFB=0;REVB=0.0500755;RO=0;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142364;OID=.;OPOS=242695151;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:44:21:0:0:44:21:0:0 chr2 242742875 . C T 480.2 PASS AF=0.403361;AO=46;DP=120;FAO=48;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.00249322;FXX=0.00833264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.8668;QD=16.1412;RBI=0.00293298;REFB=-0.035185;REVB=0.00154473;RO=54;SAF=19;SAR=27;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20765;STB=0.609564;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0232396;OID=.;OPOS=242742875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:54:62:46:48:0.403361:27:19:34:20:28:20:38:24 chr2 242755374 . C G 78.54 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0928444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.047;QD=6.68457;RBI=0.0941387;REFB=-0.0104977;REVB=0.0155568;RO=35;SAF=6;SAR=5;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315585;STB=0.513594;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0357135;OID=.;OPOS=242755374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:47:47:35:36:11:11:0.234043:5:6:19:16:5:6:19:17 chr2 242757411 . C T 217.75 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0312504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.331;QD=16.7497;RBI=0.0338364;REFB=-0.0056681;REVB=0.0129737;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461679;STB=0.526122;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00633127;OID=.;OPOS=242757411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:14:10:13:15:14:10:13:15 chr2 242758203 . T C 133.63 PASS AF=0.301587;AO=15;DP=61;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.000903806;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.19;QD=8.48419;RBI=0.0051585;REFB=-0.0185981;REVB=0.00507871;RO=46;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172331;STB=0.541624;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0462427;OID=.;OPOS=242758203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:46:44:15:19:0.301587:7:8:18:28:11:8:16:28 chr2 242758326 . G A 238.59 PASS AF=0.509434;AO=24;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0810669;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.963;QD=18.0066;RBI=0.0819482;REFB=-0.0154447;REVB=0.0119865;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113498;STB=0.529893;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0146594;OID=.;OPOS=242758326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:26:24:27:0.509434:13:11:8:16:15:12:10:16 chr2 242793273 . A G 990.57 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.369;QD=59.1387;RBI=0.0269252;REFB=0;REVB=-0.0253;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47477e-05;OID=.;OPOS=242793273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr2 242793433 . G A 87.52 PASS AF=0.357143;AO=8;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.000497375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7529;QD=12.5029;RBI=0.030639;REFB=-0.037031;REVB=-0.030635;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205275;STB=0.557266;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0649287;OID=.;OPOS=242793433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:16:16:8:10:0.357143:4:4:11:5:4:6:11:5 chr2 242813124 . T C 524.41 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368434;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0343;QD=59.9325;RBI=0.074602;REFB=0;REVB=0.0648693;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000874451;OID=.;OPOS=242813124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr2 242814009 . G A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0493947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.282;QD=24.293;RBI=0.050991;REFB=-0.0165653;REVB=0.0126588;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222253;STB=0.622295;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00993518;OID=.;OPOS=242814009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:13:6:1:12:13:6:1:12 chr2 242814283 . C T 291.01 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0910444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7769;QD=26.4556;RBI=0.112752;REFB=-0.0182838;REVB=0.0665131;RO=18;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17887;STB=0.598883;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.017043;OID=.;OPOS=242814283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:15:11:12:6:15:11:12:6 chr2 242814360 . T C 284.7 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=-0.0412481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.077;QD=17.7934;RBI=0.0416877;REFB=-0.0165123;REVB=-0.00603791;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236796;STB=0.630992;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.020314;OID=.;OPOS=242814360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:13:18:27:6:13:18:27:6 chr2 242814463 . A T 298.16 PASS AF=0.44;AO=32;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0120202;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.777;QD=15.902;RBI=0.0171396;REFB=-0.00774942;REVB=-0.0122181;RO=42;SAF=18;SAR=14;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582474;STB=0.524985;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00654836;OID=.;OPOS=242814463;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:42:32:33:0.44:14:18:26:16:14:19:26:16 chr2 242814639 . T C 55.49 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=32;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0437309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.574;QD=6.72666;RBI=0.0437941;REFB=-0.00732406;REVB=0.00235234;RO=23;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164016;STB=0.615148;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0237863;OID=.;OPOS=242814639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:32:33:23:24:6:9:0.272727:5:1:6:17:5:4:7:17 chr2 242815059 . C T 395.41 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00032742;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.747;QD=19.5263;RBI=0.00551033;REFB=0.00542703;REVB=-0.00550059;RO=36;SAF=19;SAR=21;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139798;STB=0.543416;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00337409;OID=.;OPOS=242815059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:41:40:40:0.493827:21:19:23:13:21:19:23:18 chr2 242839363 . G C 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3248;QD=59.1422;RBI=0.0445893;REFB=0;REVB=-0.0242508;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000462013;OID=.;OPOS=242839363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr3 361508 . C T 263.46 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0152424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9909;QD=19.5158;RBI=0.0314033;REFB=-0.0416522;REVB=-0.0274561;RO=26;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162587;STB=0.590488;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0295124;OID=.;OPOS=361508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:13:15:9:17:13:15:9:17 chr3 383734 . G A 242.51 PASS AF=0.509804;AO=24;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00947327;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.408;QD=19.0206;RBI=0.0173982;REFB=-0.017563;REVB=0.0145929;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709782;STB=0.548982;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0141409;OID=.;OPOS=383734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:25:24:26:0.509804:12:12:11:15:13:13:10:15 chr3 391100 . A G 1492.64 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.013;QD=58.535;RBI=0.0177145;REFB=0.0269022;REVB=0.0132638;RO=1;SAF=41;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114303;STB=0.506023;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-3.0314e-05;OID=.;OPOS=391100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:1:1:101:101:0.990196:60:41:1:0:60:41:1:0 chr3 439963 . A G 769.03 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305242;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4929;QD=56.9651;RBI=0.0332262;REFB=0;REVB=-0.0131247;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001579;OID=.;OPOS=439963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr3 440028 . T C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.851;QD=62.6689;RBI=0.0240727;REFB=0;REVB=0.0240196;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66182e-05;OID=.;OPOS=440028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr3 450391 . T C 567.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.08;QD=59.6872;RBI=0.0938586;REFB=0;REVB=0.0863891;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075179;OID=.;OPOS=450391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:11:26:0:0:12:26:0:0 chr3 450534 . T C 1283.14 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.769;QD=61.8379;RBI=0.0582001;REFB=0;REVB=0.044614;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629389;OID=.;OPOS=450534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:37:46:0:0:37:46:0:0 chr3 1107455 . T C 694.1 PASS AF=0.962264;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00428224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.294;QD=52.3849;RBI=0.0225189;REFB=-0.0415762;REVB=0.022108;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021881;STB=0.520825;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00171972;OID=.;OPOS=1107455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:50:53:1:2:49:51:0.962264:21:28:0:1:23:28:0:2 chr3 1424718 . G A 1405.29 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00187414;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.41;QD=61.7712;RBI=0.0231807;REFB=-0.0164782;REVB=-0.0231048;RO=1;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101926;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000161679;OID=.;OPOS=1424718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:46:44:0:1:46:44:0:1 chr3 3081750 . A T 2125.44 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472683;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1992;QD=62.9759;RBI=0.0240006;REFB=0;REVB=0.0235305;RO=0;SAF=66;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68013e-05;OID=.;OPOS=3081750;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:134:135:1:68:66:0:0:69:66:0:0 chr3 3081825 . T C 2473.96 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00448929;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.332;QD=61.4648;RBI=0.0294828;REFB=0;REVB=0.029139;RO=0;SAF=91;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.72236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185391;OID=.;OPOS=3081825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:161:0:0:160:161:1:69:91:0:0:70:91:0:0 chr3 3098041 . G C 1618.26 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.791;QD=59.9356;RBI=0.0238408;REFB=0;REVB=0.0203559;RO=0;SAF=71;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28558e-05;OID=.;OPOS=3098041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:106:108:1:35:71:0:0:37:71:0:0 chr3 3099460 . T C 322.89 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0517264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.884;QD=19.2767;RBI=0.053223;REFB=-0.0186488;REVB=0.0125324;RO=33;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142602;STB=0.507932;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0185712;OID=.;OPOS=3099460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:16:18:18:15:16:18:18:15 chr3 3139957 . T C 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00226943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.662;QD=9.47556;RBI=0.00641364;REFB=0.00593441;REVB=0.00599871;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350957;STB=0.712955;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0118209;OID=.;OPOS=3139957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:3:7:8:13:3:7:8:13 chr3 3170792 . C T 1200.04 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7267;QD=60.0021;RBI=0.029728;REFB=-0.071145;REVB=0.00147428;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264903;OID=.;OPOS=3170792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:80:80:0:0:79:80:1:40:39:0:0:41:39:0:0 chr3 3189279 . A G 863.79 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0103341;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.011;QD=54.8437;RBI=0.01487;REFB=-0.14426;REVB=0.0106923;RO=2;SAF=24;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377095;STB=0.519993;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000373376;OID=.;OPOS=3189279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:63:2:2:60:61:0.968254:36:24:2:0:37:24:2:0 chr3 3192635 . A AG 1511.58 PASS AF=1;AO=16;DP=120;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475229;FXX=0.025208;HRUN=0;LEN=1;MLLD=162.833;QD=52.1235;RBI=0.123546;REFB=0.130893;REVB=-0.11404;RO=103;SAF=7;SAR=9;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191482;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-9.90639e-06;OID=.;OPOS=3192636;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:120:116:116:0:66:50:0:0:7:103:7:9:61:42 chr3 3192636 . A G 1378.77 PASS AF=0.887931;AO=101;DP=119;FAO=103;FDP=116;FR=.;FRO=13;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.000213484;FXX=0.025208;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.555;QD=47.5437;RBI=0.00671531;REFB=0.0317496;REVB=-0.00671192;RO=13;SAF=60;SAR=41;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797533;STB=0.542638;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.000563238;OID=.;OPOS=3192636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:119:116:13:13:101:103:0.887931:41:60:3:10:41:62:3:10 chr3 3192638 . A T 39.19 PASS AF=0.092437;AO=13;DP=119;FAO=11;FDP=119;FR=.;FRO=108;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=65;FSRR=43;FWDB=-0.00208988;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.9401;QD=1.31716;RBI=0.0516794;REFB=-0.0201507;REVB=-0.0516371;RO=101;SAF=3;SAR=10;SRF=61;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434945;STB=0.780019;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.202519;OID=.;OPOS=3192638;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:119:119:101:108:13:11:0.092437:10:3:61:40:8:3:65:43 chr3 3197918 . A G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.309;QD=62.0198;RBI=0.0701845;REFB=0;REVB=0.00548959;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333685;OID=.;OPOS=3197918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr3 3886580 . A G 791.78 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0257219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.059;QD=53.68;RBI=0.0376094;REFB=0.0720931;REVB=0.0274382;RO=2;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000560599;STB=0.500297;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.000446269;OID=.;OPOS=3886580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:28:29:1:1:28:29:1:1 chr3 3886721 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.476;QD=40.7629;RBI=0.0516604;REFB=0;REVB=-0.0172423;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000849471;OID=.;OPOS=3886721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr3 3886847 . G C 795.41 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7409;QD=63.6327;RBI=0.0320389;REFB=0;REVB=0.0283157;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258429;OID=.;OPOS=3886847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:23:27:0:0 chr3 3886919 . C T 1306.05 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0277682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.274;QD=60.7466;RBI=0.0299833;REFB=-0.0413819;REVB=0.0113106;RO=1;SAF=43;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108899;STB=0.505746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-3.75464e-05;OID=.;OPOS=3886919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:42:43:1:0:42:43:1:0 chr3 3889222 . G T 358.4 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.357;QD=55.1382;RBI=0.0101273;REFB=0;REVB=-0.00662681;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04395e-06;OID=.;OPOS=3889222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:9:17:0:0 chr3 4403837 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.492;QD=60.61;RBI=0.0335461;REFB=0;REVB=0.0325908;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126298;OID=.;OPOS=4403837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr3 4817057 . T C 728.01 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553143;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.347;QD=57.0988;RBI=0.0559179;REFB=0;REVB=0.00819351;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239378;OID=.;OPOS=4817057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr3 4829732 . A G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00480301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.467;QD=10.2403;RBI=0.00827669;REFB=-0.0146359;REVB=0.00674052;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285136;STB=0.517207;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0486124;OID=.;OPOS=4829732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:10:9:5:5:10:9 chr3 4856180 . T C 818.15 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6225;QD=57.4142;RBI=0.0367439;REFB=0;REVB=0.0302792;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300717;OID=.;OPOS=4856180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:28:29:0:0 chr3 4856234 . G A 119.44 PASS AF=0.518519;AO=11;DP=25;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00603458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.381;QD=17.6948;RBI=0.0192373;REFB=-0.0106007;REVB=0.0182663;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420583;STB=0.659579;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0106376;OID=.;OPOS=4856234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:27:12:13:11:14:0.518519:8:3:9:3:8:6:10:3 chr3 5021403 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0130174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.418;QD=18.8205;RBI=0.0362079;REFB=-0.0394972;REVB=0.033787;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013628;STB=0.5078;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0326814;OID=.;OPOS=5021403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:6:4:5:7:6:4 chr3 5024771 . T C 377.93 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0187469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.833;QD=26.9948;RBI=0.0211451;REFB=-0.0204981;REVB=0.00978104;RO=20;SAF=23;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616936;STB=0.533736;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.019695;OID=.;OPOS=5024771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:13:23:11:9:13:23:11:9 chr3 5025645 . G C 116.63 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00942013;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=262.19;QD=7.4051;RBI=0.00943137;REFB=-0.00147432;REVB=-0.00046044;RO=45;SAF=9;SAR=8;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584162;STB=0.542324;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00505817;OID=.;OPOS=5025645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:46:17:17:0.269841:8:9:26:19:8:9:27:19 chr3 5025650 . G T 157.97 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0209612;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=202.324;QD=9.87303;RBI=0.0223808;REFB=0.00188893;REVB=-0.00784405;RO=43;SAF=12;SAR=9;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116444;STB=0.506843;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00987445;OID=.;OPOS=5025650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:9:12:25:18:9:12:25:18 chr3 5025654 . G A 155.17 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0373058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.284;QD=9.40422;RBI=0.0373667;REFB=-0.0122251;REVB=0.00213192;RO=45;SAF=12;SAR=9;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186405;STB=0.511003;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0534726;OID=.;OPOS=5025654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:9:12:25:20:9:12:25:20 chr3 5241309 . C A 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0202668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.945;QD=12.5794;RBI=0.0218902;REFB=-0.00477082;REVB=0.00827286;RO=31;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770094;STB=0.545399;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0121529;OID=.;OPOS=5241309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:12:5:11:20:12:5:11:20 chr3 6828348 . A C 280.8 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0170212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.767;QD=28.0796;RBI=0.0184257;REFB=-0.00363391;REVB=0.00705579;RO=15;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00907371;STB=0.505006;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00218556;OID=.;OPOS=6828348;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:12:13:8:7:12:13:8:7 chr3 6828364 . A G 208.01 PASS AF=0.571429;AO=18;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0969291;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.147;QD=23.7724;RBI=0.097027;REFB=0.0308586;REVB=-0.00435695;RO=11;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688812;STB=0.529382;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.0237512;OID=.;OPOS=6828364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:11:15:18:20:0.571429:8:10:5:6:8:12:8:7 chr3 6903297 . C T 2763.47 PASS AF=1;AO=172;DP=175;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043475;FXX=0.0276228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.191;QD=62.8061;RBI=0.0443472;REFB=0;REVB=0.00875239;RO=0;SAF=72;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.86819e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74539e-05;OID=.;OPOS=6903297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:176:0:0:172:176:1:100:72:0:0:102:74:0:0 chr3 7494417 . A T 364.22 PASS AF=0.544118;AO=34;DP=65;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00896836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.369;QD=21.4247;RBI=0.0218126;REFB=-0.0210442;REVB=0.0198836;RO=30;SAF=13;SAR=21;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157188;STB=0.533315;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0199614;OID=.;OPOS=7494417;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:30:31:34:37:0.544118:21:13:12:18:24:13:13:18 chr3 7620168 . A G 169.23 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00586675;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.561;QD=10.4142;RBI=0.0115313;REFB=-0.0150794;REVB=-0.00992735;RO=41;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136058;STB=0.507685;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0306041;OID=.;OPOS=7620168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:41:43:22:22:0.338462:11:11:20:21:11:11:21:22 chr3 7620382 . C T 354.83 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0246334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0045;QD=13.3897;RBI=0.0268198;REFB=-0.0150345;REVB=-0.0106066;RO=64;SAF=23;SAR=19;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669403;STB=0.537882;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0180291;OID=.;OPOS=7620382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:64:64:42:42:0.396226:19:23:39:25:19:23:39:25 chr3 7620789 . T C 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.194;QD=56.9968;RBI=0.0600893;REFB=0;REVB=0.0550291;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372041;OID=.;OPOS=7620789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr3 7620828 . G A 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00129382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.31;QD=15.6536;RBI=0.010564;REFB=-0.0104242;REVB=-0.0104845;RO=32;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143575;STB=0.508124;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0117788;OID=.;OPOS=7620828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:15:11:14:18:15:11:14:18 chr3 8556639 . AG A 410.95 PASS AF=0.488636;AO=40;DP=90;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00546438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.259;QD=18.6796;RBI=0.0338302;REFB=-0.0297396;REVB=-0.033386;RO=44;SAF=20;SAR=20;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854437;STB=0.533883;STBP=0.576;TYPE=del;VARB=0.0315614;OID=.;OPOS=8556640;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488636:40:90:43:88:45:22:21:26:19:99:44:20:20:26:18 chr3 8676204 . A G 1175.73 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153434;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.407;QD=61.077;RBI=0.0421055;REFB=0;REVB=0.0392103;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170676;OID=.;OPOS=8676204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:46:31:0:0:46:31:0:0 chr3 8701430 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.356;QD=47.8223;RBI=0.0791015;REFB=0;REVB=0.0410295;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880786;OID=.;OPOS=8701430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr3 8705555 . T C 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0164479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.208;QD=8.6278;RBI=0.0195689;REFB=-0.00229233;REVB=-0.0106024;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116253;STB=0.559889;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00384998;OID=.;OPOS=8705555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:37:38:26:27:11:11:0.289474:7:4:12:14:7:4:12:15 chr3 8775661 . C T 211.58 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0527497;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.598;QD=15.9681;RBI=0.0537685;REFB=-0.023668;REVB=0.0104175;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833033;STB=0.547131;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0187045;OID=.;OPOS=8775661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:29:24:24:0.45283:12:12:12:17:12:12:12:17 chr3 8809222 . C T 1430.44 PASS AF=0.554167;AO=132;DP=240;FAO=133;FDP=240;FR=.;FRO=107;FSAF=74;FSAR=59;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=0.0287572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118;QD=23.8407;RBI=0.0479318;REFB=-0.0313845;REVB=0.0383468;RO=106;SAF=73;SAR=59;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359358;STB=0.523229;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0218464;OID=.;OPOS=8809222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:106:107:132:133:0.554167:59:73:54:52:59:74:54:53 chr3 8809703 . G A 617.16 PASS AF=0.578947;AO=55;DP=96;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0142889;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.67;QD=25.9858;RBI=0.0237304;REFB=-0.0173804;REVB=0.0189462;RO=39;SAF=32;SAR=23;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01379;STB=0.513699;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0151639;OID=.;OPOS=8809703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:39:40:55:55:0.578947:23:32:22:17:23:32:22:18 chr3 8955389 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0179733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.576;QD=21.6127;RBI=0.0285133;REFB=-0.00540366;REVB=-0.0221353;RO=22;SAF=18;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383919;STB=0.707684;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00677281;OID=.;OPOS=8955389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:6:18:7:15:6:18:8:15 chr3 8973271 . G T 58.88 PASS AF=0.5;AO=5;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0369638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.525;QD=14.721;RBI=0.048342;REFB=-0.0382275;REVB=0.0311549;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430337;STB=0.562346;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0576359;OID=.;OPOS=8973271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:16:16:8:8:5:8:0.5:4:1:5:3:4:4:5:3 chr3 8973283 . C G 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0281557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5301;QD=15.8391;RBI=0.0483648;REFB=0.0174375;REVB=0.0393244;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170899;STB=0.59976;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00871375;OID=.;OPOS=8973283;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:5:2:4:4:5:2 chr3 9005078 . C T 757.3 PASS AF=0.45977;AO=80;DP=174;FAO=80;FDP=174;FR=.;FRO=94;FSAF=21;FSAR=59;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=0.0185119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.371;QD=17.4092;RBI=0.0186869;REFB=-0.0180539;REVB=-0.00255124;RO=93;SAF=21;SAR=59;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165953;STB=0.590376;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0201549;OID=.;OPOS=9005078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:93:94:80:80:0.45977:59:21:38:55:59:21:38:56 chr3 9024017 . A G 80.25 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0336593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.796;QD=16.8948;RBI=0.0363831;REFB=0.00764524;REVB=-0.0138125;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22118;STB=0.628944;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0099538;OID=.;OPOS=9024017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:4:5:3:7:4:5 chr3 9024146 . C A 225.26 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0175121;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1026;QD=15.0175;RBI=0.019043;REFB=-0.0257154;REVB=-0.00748066;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183856;STB=0.603983;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0284152;OID=.;OPOS=9024146;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:34:34:26:26:0.433333:14:12:22:12:14:12:22:12 chr3 9026818 . G A 269.22 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0324611;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.514;QD=21.9775;RBI=0.0324618;REFB=-0.0312156;REVB=-0.000215817;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257136;STB=0.628931;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0247966;OID=.;OPOS=9026818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:24:25:0.510204:15:9:16:8:15:10:16:8 chr3 9091151 . C G 185.68 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00877156;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.262;QD=13.7539;RBI=0.0115147;REFB=-0.0199549;REVB=-0.00745983;RO=31;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17463;STB=0.590826;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0209456;OID=.;OPOS=9091151;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:32:22:22:0.407407:9:13:13:18:9:13:14:18 chr3 9122948 . A G 854.33 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0413208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.028;QD=56.0218;RBI=0.052447;REFB=-0.0277374;REVB=0.0322999;RO=1;SAF=34;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136765;STB=0.50704;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000368654;OID=.;OPOS=9122948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:59:60:0.983607:25:34:1:0:25:35:1:0 chr3 9406836 . T C 1529.77 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2257;QD=63.7402;RBI=0.025948;REFB=0;REVB=0.018819;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011754;OID=.;OPOS=9406836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:48:48:0:0:48:48:0:0 chr3 9422210 . T C 1053.49 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0023957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.037;QD=59.3518;RBI=0.00579768;REFB=0;REVB=-0.00527956;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029269;OID=.;OPOS=9422210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:40:30:0:0:41:30:0:0 chr3 9425911 . G A 629.06 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.294;QD=61.3716;RBI=0.0226456;REFB=0;REVB=0.0193914;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38677e-05;OID=.;OPOS=9425911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:18:23:0:0 chr3 9495513 . G A 284.59 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.019704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0747;QD=17.7871;RBI=0.0208703;REFB=-0.0120789;REVB=-0.00687906;RO=33;SAF=22;SAR=9;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326465;STB=0.683109;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0136237;OID=.;OPOS=9495513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:9:22:12:21:9:22:12:21 chr3 9540366 . C G 1066.48 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024358;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.914;QD=60.0836;RBI=0.0419463;REFB=0;REVB=0.0341494;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272861;OID=.;OPOS=9540366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr3 9867625 . C T 167.32 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0161361;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.456;QD=14.5494;RBI=0.0221148;REFB=-0.0121465;REVB=0.0151225;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246517;STB=0.631434;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00869875;OID=.;OPOS=9867625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:27:28:18:18:0.391304:11:7:17:10:11:7:17:11 chr3 9870857 . G A 236.07 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.006398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.409;QD=19.2712;RBI=0.00667247;REFB=-0.00363748;REVB=0.00189405;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974748;STB=0.555112;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00268405;OID=.;OPOS=9870857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:13:10:14:12:13:10:14:12 chr3 9871030 . T G 183.86 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0236046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.106;QD=17.938;RBI=0.0236048;REFB=-0.00184174;REVB=0.000104832;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341979;STB=0.694453;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00185745;OID=.;OPOS=9871030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:6:13:7:15:6:13:7:15 chr3 9874914 . C T 494.89 PASS AF=0.505263;AO=47;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.11216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6739;QD=20.8374;RBI=0.112288;REFB=-0.0156825;REVB=0.00536923;RO=44;SAF=23;SAR=24;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291873;STB=0.505261;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.015227;OID=.;OPOS=9874914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:47:47:48:0.505263:24:23:23:21:24:24:24:23 chr3 9879813 . G A 181.88 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0114575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.569;QD=16.9194;RBI=0.0123487;REFB=-0.0347665;REVB=0.00460597;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675636;STB=0.521254;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.058673;OID=.;OPOS=9879813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:7:12:16:7:7:12:16:8 chr3 9885636 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.015;QD=17.2298;RBI=0.00310044;REFB=-0.0196219;REVB=0.00310044;RO=6;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00971333;OID=.;OPOS=9885636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:8:0:0:6:8:0:0:6 chr3 9908749 . G C 264.38 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0363235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7937;QD=15.3263;RBI=0.0379639;REFB=-0.0317374;REVB=0.0110388;RO=39;SAF=16;SAR=14;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309655;STB=0.517498;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0388396;OID=.;OPOS=9908749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:14:16:22:17:14:16:22:17 chr3 9918861 . C A 194.46 PASS AF=0.44;AO=19;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0207911;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.025;QD=15.5568;RBI=0.0296839;REFB=-0.0334306;REVB=0.0211864;RO=30;SAF=6;SAR=13;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333295;STB=0.664055;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0366541;OID=.;OPOS=9918861;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:28:19:22:0.44:13:6:19:11:15:7:17:11 chr3 9934605 . T C 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00432413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.271;QD=13.5054;RBI=0.038321;REFB=-0.0233405;REVB=-0.0380763;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353727;STB=0.708727;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0386511;OID=.;OPOS=9934605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:3:9:7:10:3:9:7:10 chr3 9965713 . T A 239.09 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0216797;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.926;QD=16.2097;RBI=0.0225554;REFB=-0.00928425;REVB=0.00622396;RO=29;SAF=5;SAR=22;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166592;STB=0.599919;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0154705;OID=.;OPOS=9965713;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:29:32:27:27:0.457627:22:5:9:20:22:5:10:22 chr3 9976159 . A G 1228.68 PASS AF=1;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00490584;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1224;QD=61.434;RBI=0.0261287;REFB=0;REVB=-0.025664;RO=0;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05288e-05;OID=.;OPOS=9976159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:79:80:1:49:30:0:0:50:30:0:0 chr3 9985656 . C T 584.59 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=105;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00416596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.407;QD=22.2699;RBI=0.00468424;REFB=-2.78717e-05;REVB=-0.00214171;RO=47;SAF=22;SAR=36;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228387;STB=0.625121;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=2.02875e-06;OID=.;OPOS=9985656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:47:47:58:58:0.552381:36:22:31:16:36:22:31:16 chr3 9990800 . G C 202.96 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0450136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.834;QD=21.9413;RBI=0.0642064;REFB=-0.0136691;REVB=0.0457847;RO=17;SAF=3;SAR=17;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482878;STB=0.774932;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0245747;OID=.;OPOS=9990800;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:17:3:11:6:17:3:11:6 chr3 9991101 . C G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00482973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.275;QD=15.8821;RBI=0.032527;REFB=-0.00483505;REVB=-0.0321664;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308745;STB=0.68252;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00588995;OID=.;OPOS=9991101;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:2:8:5:5:2:8:5:5 chr3 9991388 . G C 1623.28 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3025;QD=60.1216;RBI=0.0187984;REFB=0;REVB=-0.00819709;RO=0;SAF=47;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.13095e-05;OID=.;OPOS=9991388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:60:47:0:0:60:48:0:0 chr3 10044457 . C T 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0222992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2575;QD=32.35;RBI=0.0507648;REFB=0.0716739;REVB=0.0456049;RO=2;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012578;STB=0.507029;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.0128814;OID=.;OPOS=10044457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:6:5:1:1:6:5:1:1 chr3 10044626 . T C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0182291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.298;QD=14.654;RBI=0.034745;REFB=-0.00142794;REVB=-0.029579;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323874;STB=0.687096;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000989976;OID=.;OPOS=10044626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:1:7:4:4:1:7 chr3 10049287 . T C 141.17 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00222892;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.112;QD=20.167;RBI=0.00373373;REFB=-0.0152312;REVB=-0.00299543;RO=11;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296397;STB=0.673226;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0218318;OID=.;OPOS=10049287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:11:13:15:15:0.535714:4:11:4:7:4:11:5:8 chr3 10077955 . A G 322.69 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.010747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.566;QD=19.2651;RBI=0.0117102;REFB=-0.0115803;REVB=-0.00465078;RO=33;SAF=15;SAR=19;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426559;STB=0.52371;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0112886;OID=.;OPOS=10077955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:19:15:13:20:19:15:13:20 chr3 10079255 . G A 42.47 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00886308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.21;QD=4.85378;RBI=0.126513;REFB=-0.00286239;REVB=-0.126202;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097573;STB=0.565841;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0245769;OID=.;OPOS=10079255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:2:5:18:10:2:5:18:10 chr3 10081545 . G C 131.28 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0129615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1451;QD=14.1921;RBI=0.0441956;REFB=-0.0149737;REVB=-0.0422522;RO=22;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419404;STB=0.743451;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.021246;OID=.;OPOS=10081545;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:4:11:7:15:4:11:7:15 chr3 10085536 . A G 280.87 PASS AF=0.339623;AO=36;DP=106;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0117324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.036;QD=10.5989;RBI=0.0153107;REFB=-0.00601633;REVB=0.0098371;RO=69;SAF=15;SAR=21;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211046;STB=0.50806;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0129613;OID=.;OPOS=10085536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:69:70:36:36:0.339623:21:15:30:39:21:15:30:40 chr3 10088266 . G T 131.5 PASS AF=0.227273;AO=20;DP=89;FAO=20;FDP=88;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.00280835;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.409;QD=5.97712;RBI=0.0142807;REFB=-0.00289322;REVB=0.0140018;RO=68;SAF=5;SAR=15;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388343;STB=0.741135;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.01347;OID=.;OPOS=10088266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:68:68:20:20:0.227273:15:5:38:30:15:5:38:30 chr3 10088299 . C T 133.53 PASS AF=0.240964;AO=20;DP=83;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.012639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.323;QD=6.43531;RBI=0.0258728;REFB=-0.00361907;REVB=0.0225756;RO=63;SAF=5;SAR=15;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334054;STB=0.70679;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00944597;OID=.;OPOS=10088299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:63:63:20:20:0.240964:15:5:32:31:15:5:32:31 chr3 10088308 . T C 134.64 PASS AF=0.243902;AO=20;DP=83;FAO=20;FDP=82;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00247599;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.789;QD=6.56758;RBI=0.00522317;REFB=0.000109565;REVB=-0.00459902;RO=63;SAF=5;SAR=15;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334054;STB=0.701088;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.000347646;OID=.;OPOS=10088308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:63:62:20:20:0.243902:15:5:32:31:15:5:31:31 chr3 10088343 . A G 122.42 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0041177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.167;QD=7.20087;RBI=0.0189133;REFB=-0.001262;REVB=-0.0184596;RO=49;SAF=6;SAR=12;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217798;STB=0.639842;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.01046;OID=.;OPOS=10088343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:50:18:18:0.264706:12:6:25:24:12:6:26:24 chr3 10088404 . C T 39.7 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.000465878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.834;QD=4.29161;RBI=0.0209411;REFB=-0.0279722;REVB=0.0209359;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188497;STB=0.621336;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.1083;OID=.;OPOS=10088404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:37:37:29:29:8:8:0.216216:4:4:19:10:4:4:19:10 chr3 10089723 . G A 231.99 PASS AF=0.322222;AO=28;DP=89;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0499653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.403;QD=10.3107;RBI=0.0499859;REFB=0.00460722;REVB=0.00143585;RO=60;SAF=6;SAR=22;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220757;STB=0.611029;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00420168;OID=.;OPOS=10089723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:60:61:28:29:0.322222:22:6:22:38:22:7:23:38 chr3 10089738 . A G 180.42 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0264859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7197;QD=9.25207;RBI=0.0265768;REFB=-0.00635981;REVB=-0.00219685;RO=53;SAF=7;SAR=17;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113537;STB=0.576205;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0125465;OID=.;OPOS=10089738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:53:54:24:24:0.307692:17:7:20:33:17:7:21:33 chr3 10106532 . C T 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00340617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.673;QD=10.4727;RBI=0.0053767;REFB=-0.00401975;REVB=0.00416015;RO=34;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137661;STB=0.573371;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00774276;OID=.;OPOS=10106532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:35:17:17:0.326923:11:6:16:18:11:6:16:19 chr3 10133949 . A G 113.62 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0257167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.733;QD=18.9366;RBI=0.0447537;REFB=-0.0285063;REVB=0.0366271;RO=11;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23622;STB=0.578384;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0306286;OID=.;OPOS=10133949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:11:11:12:13:0.541667:10:2:4:7:10:3:4:7 chr3 10138069 . T G 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0138884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.039;QD=13.9118;RBI=0.0144338;REFB=0.00322787;REVB=0.00393009;RO=31;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758736;STB=0.543684;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00409319;OID=.;OPOS=10138069;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:13:8:14:17:13:8:14:17 chr3 10183274 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4972;QD=39.2055;RBI=0.0536921;REFB=0;REVB=-0.0177822;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204613;OID=.;OPOS=10183274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:5:4:0:0 chr3 10264480 . C G 250.88 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00866875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.512;QD=19.6769;RBI=0.040113;REFB=-0.0144672;REVB=-0.0391651;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525473;STB=0.529389;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0153324;OID=.;OPOS=10264480;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:13:13:14:11:13:13:14:11 chr3 10276163 . T A 1362.56 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.419;QD=61.9345;RBI=0.0210297;REFB=0;REVB=0.0142686;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308598;OID=.;OPOS=10276163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:85:88:1:42:43:0:0:42:46:0:0 chr3 10302045 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0399278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.165;QD=16.6264;RBI=0.0528162;REFB=-0.019363;REVB=-0.0345734;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101714;STB=0.519969;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0110971;OID=.;OPOS=10302045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:14:13:13:0.481481:7:6:7:5:7:6:7:7 chr3 10302056 . A G 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0431045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6016;QD=15.3768;RBI=0.0477361;REFB=-0.0557724;REVB=0.020512;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781007;STB=0.545378;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0359551;OID=.;OPOS=10302056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:7:7:7:5:7:7 chr3 10302172 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.548;QD=51.1844;RBI=0.0518432;REFB=0;REVB=0.0297184;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45315e-05;OID=.;OPOS=10302172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr3 10353550 . T C 307.95 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0811233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7676;QD=24.1528;RBI=0.119824;REFB=-0.0199469;REVB=-0.0881865;RO=21;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780665;STB=0.543052;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0107503;OID=.;OPOS=10353550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:14:16:9:12:14:16:9:12 chr3 10353626 . C T 620.08 PASS AF=0.584158;AO=58;DP=101;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0243367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.449;QD=24.5578;RBI=0.0265317;REFB=-0.0211137;REVB=0.0105666;RO=41;SAF=22;SAR=36;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047472;STB=0.527004;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0146445;OID=.;OPOS=10353626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:41:42:58:59:0.584158:36:22:18:23:36:23:19:23 chr3 10368577 . C A 221.55 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0169303;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.326;QD=12.1398;RBI=0.0196312;REFB=-0.0107088;REVB=0.00993732;RO=45;SAF=10;SAR=17;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202388;STB=0.610174;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0182431;OID=.;OPOS=10368577;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:45:46:27:27:0.369863:17:10:25:20:17:10:25:21 chr3 10368948 . G A 473.91 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00166779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.037;QD=16.3416;RBI=0.00302837;REFB=-0.00639165;REVB=0.00252775;RO=59;SAF=24;SAR=28;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00376056;STB=0.503998;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00639075;OID=.;OPOS=10368948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:64:52:52:0.448276:28:24:27:32:28:24:30:34 chr3 10379923 . C T 2187.21 PASS AF=0.985915;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0272669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.099;QD=61.6115;RBI=0.0566259;REFB=-0.0884416;REVB=0.0496288;RO=2;SAF=77;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00135228;STB=0.500711;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000207284;OID=.;OPOS=10379923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:142:142:2:2:140:140:0.985915:63:77:1:1:63:77:1:1 chr3 10413715 . G A 169.56 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00520282;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.454;QD=15.7728;RBI=0.0188881;REFB=0.00489341;REVB=0.0181574;RO=25;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976554;STB=0.55651;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00655777;OID=.;OPOS=10413715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:25:25:18:18:0.418605:13:5:9:16:13:5:9:16 chr3 10443827 . G C 406.79 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=-0.00224805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.089;QD=15.9525;RBI=0.0204849;REFB=-0.0219432;REVB=-0.0203612;RO=57;SAF=32;SAR=13;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112848;STB=0.506326;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0281993;OID=.;OPOS=10443827;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:13:32:40:17:13:32:40:17 chr3 10885920 . T C 564.7 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.030848;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.787;QD=22.1449;RBI=0.0355711;REFB=-0.00786689;REVB=-0.0177118;RO=44;SAF=35;SAR=21;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900356;STB=0.534562;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00613049;OID=.;OPOS=10885920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:44:46:56:56:0.54902:21:35:32:12:21:35:32:14 chr3 11302884 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.376;QD=56.7059;RBI=0.0139861;REFB=0;REVB=-0.00769599;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.3299e-05;OID=.;OPOS=11302884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr3 11302933 . A G 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.482;QD=59.4319;RBI=0.0964159;REFB=0;REVB=0.0961422;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425637;OID=.;OPOS=11302933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr3 11303874 . T C 1190.24 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00862556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.73;QD=61.0378;RBI=0.0160197;REFB=0;REVB=0.0134993;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70012e-05;OID=.;OPOS=11303874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr3 11304575 . A G 54.45 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00051308;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.503;QD=36.2976;RBI=0.0484982;REFB=0;REVB=-0.0484954;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000228055;OID=.;OPOS=11304575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr3 11596302 . T C 217.95 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00992724;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.113;QD=13.2092;RBI=0.0125854;REFB=-0.0197751;REVB=-0.00773579;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679611;STB=0.547022;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0275401;OID=.;OPOS=11596302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:39:40:26:26:0.393939:15:11:19:20:15:11:20:20 chr3 11596348 . C T 278.83 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0314809;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.57;QD=16.402;RBI=0.0339737;REFB=-0.013643;REVB=-0.0127736;RO=33;SAF=11;SAR=20;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531185;STB=0.513866;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0199028;OID=.;OPOS=11596348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:37:31:31:0.455882:20:11:10:23:20:11:14:23 chr3 11643465 . T C 694.61 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041182;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.962;QD=63.1463;RBI=0.0104298;REFB=0;REVB=0.00958236;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125405;OID=.;OPOS=11643465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr3 11871215 . T C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.000700036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.269;QD=16.2717;RBI=0.0151086;REFB=-0.00642943;REVB=-0.0150924;RO=18;SAF=13;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354044;STB=0.708759;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00672748;OID=.;OPOS=11871215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:2:13:11:7:2:13:11:7 chr3 11886451 . G A 169.38 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00417948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3726;QD=16.5244;RBI=0.00530079;REFB=-0.00386755;REVB=0.00326043;RO=23;SAF=14;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158021;STB=0.59144;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00404507;OID=.;OPOS=11886451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:4:14:15:8:4:14:15:8 chr3 11887991 . C G 1350.82 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0974583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.025;QD=62.1068;RBI=0.0992211;REFB=0;REVB=0.01862;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254168;OID=.;OPOS=11887991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:37:48:0:0:38:49:0:0 chr3 11994493 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0341079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.804;QD=13.4417;RBI=0.0356951;REFB=-0.00677209;REVB=0.0105258;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18415;STB=0.606553;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00810418;OID=.;OPOS=11994493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:11:2:3:7:11:2 chr3 12046076 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.929;QD=40.7622;RBI=0.0254394;REFB=0;REVB=0.0254394;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232692;OID=.;OPOS=12046076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr3 12229015 . A G 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7363;QD=57.7105;RBI=0.0384947;REFB=0;REVB=-0.0349534;RO=0;SAF=10;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.63382e-05;OID=.;OPOS=12229015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:49:10:0:0:49:10:0:0 chr3 12232074 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.383;QD=56.9569;RBI=0.0196382;REFB=0;REVB=0.00876655;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43179e-05;OID=.;OPOS=12232074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr3 12475557 . C T 286.79 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0082007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.15;QD=31.0048;RBI=0.0263621;REFB=-0.0460592;REVB=0.0250542;RO=12;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184967;STB=0.601687;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0104236;OID=.;OPOS=12475557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:16:9:8:4:16:9:8:4 chr3 12872995 . C T 231.93 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0231047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.674;QD=14.7259;RBI=0.0485431;REFB=-0.0133216;REVB=-0.042692;RO=36;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15085;STB=0.585247;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0169491;OID=.;OPOS=12872995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:14:13:12:24:14:13:12:24 chr3 13358204 . G A 693.53 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331353;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8059;QD=63.0484;RBI=0.168167;REFB=0;REVB=0.16487;RO=1;SAF=34;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169023;OID=.;OPOS=13358204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:1:0:43:44:1:9:34:0:1:10:34:0:0 chr3 13361287 . C T 1284.53 PASS AF=0.945055;AO=86;DP=92;FAO=86;FDP=91;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00200796;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.119;QD=56.4629;RBI=0.0471215;REFB=-0.0772321;REVB=0.0470787;RO=4;SAF=48;SAR=38;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261806;STB=0.519851;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00245243;OID=.;OPOS=13361287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:92:91:4:5:86:86:0.945055:38:48:1:3:38:48:1:4 chr3 13361391 . A G 1510.65 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.719;QD=63.6064;RBI=0.0191557;REFB=0;REVB=0.0171888;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05729e-05;OID=.;OPOS=13361391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:45:50:0:0:45:50:0:0 chr3 13364876 . G T 818.58 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.017;QD=57.4441;RBI=0.186481;REFB=0;REVB=0.177333;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023903;OID=.;OPOS=13364876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:26:29:0:0:28:29:0:0 chr3 13367406 . C T 1830.92 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0233846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.866;QD=59.5423;RBI=0.0435472;REFB=-0.0771224;REVB=0.0367358;RO=2;SAF=58;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160967;STB=0.508473;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000235311;OID=.;OPOS=13367406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:123:123:2:2:121:121:0.98374:63:58:2:0:63:58:2:0 chr3 13612020 . T C 301.48 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.0515956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4178;QD=16.7487;RBI=0.0517725;REFB=-0.0423034;REVB=-0.00427596;RO=38;SAF=20;SAR=13;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164239;STB=0.580629;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0448093;OID=.;OPOS=13612020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:13:20:29:9:13:20:29:10 chr3 13612936 . A G 314.37 PASS AF=0.454545;AO=31;DP=73;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00961532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.498;QD=16.3309;RBI=0.00971811;REFB=-0.041397;REVB=-0.0014097;RO=41;SAF=20;SAR=11;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279148;STB=0.602883;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0424216;OID=.;OPOS=13612936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:41:42:31:35:0.454545:11:20:15:26:15:20:16:26 chr3 13670481 . A G 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4431;QD=56.9534;RBI=0.0288771;REFB=0;REVB=0.016138;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279767;OID=.;OPOS=13670481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chr3 13670536 . A G 730.22 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0981678;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4846;QD=63.4977;RBI=0.104546;REFB=0;REVB=0.0359572;RO=0;SAF=9;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709172;OID=.;OPOS=13670536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:36:9:0:0:36:10:0:0 chr3 13670776 . T C 609.54 PASS AF=0.97619;AO=32;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00108293;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.038;QD=58.0516;RBI=0.043286;REFB=-0.115868;REVB=0.0432724;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.517233;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00393187;OID=.;OPOS=13670776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:32:41:0.97619:23:9:0:0:27:14:1:0 chr3 13679203 . G A 1100.49 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00261154;FXX=0.0129853;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.102;QD=57.9206;RBI=0.0545654;REFB=-0.119176;REVB=0.0545028;RO=1;SAF=24;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.009557;STB=0.505049;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00105831;OID=.;OPOS=13679203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:76:1:1:73:75:0.986842:49:24:0:1:49:26:0:1 chr3 13679335 . C T 716.18 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.084147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.171;QD=53.0501;RBI=0.0856496;REFB=-0.0849641;REVB=0.0159734;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00127749;OID=.;OPOS=13679335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:52:53:0.981481:27:25:0:0:27:26:1:0 chr3 13896140 . A G 519.4 PASS AF=0.509434;AO=53;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0291612;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.965;QD=19.6;RBI=0.0291628;REFB=-0.0208205;REVB=-0.000301705;RO=52;SAF=22;SAR=31;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104005;STB=0.507934;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0207986;OID=.;OPOS=13896140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:53:54:0.509434:31:22:21:31:32:22:22:30 chr3 13896284 . C T 802.53 PASS AF=0.526316;AO=80;DP=152;FAO=80;FDP=152;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.0163435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.977;QD=21.1193;RBI=0.0238385;REFB=-0.00973813;REVB=0.017354;RO=72;SAF=30;SAR=50;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254058;STB=0.513934;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00761444;OID=.;OPOS=13896284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:72:72:80:80:0.526316:50:30:29:43:50:30:29:43 chr3 14106499 . G A 258.52 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0185072;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.071;QD=18.466;RBI=0.018867;REFB=0.00628304;REVB=0.00366751;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978324;STB=0.554791;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00508663;OID=.;OPOS=14106499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:17:11:14:14:17:11:14:14 chr3 14174427 . A T 517.87 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00612636;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.461;QD=54.5124;RBI=0.0069686;REFB=-0.00414423;REVB=0.00332102;RO=2;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359871;STB=0.51922;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=3.36494e-05;OID=.;OPOS=14174427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:25:11:0:2:25:11:0:2 chr3 14175262 . T C 1098.56 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.514;QD=60.1953;RBI=0.070516;REFB=0;REVB=0.0696113;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46827e-05;OID=.;OPOS=14175262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr3 14184056 . AAAAACAAAACA AAAAAC,AAAAACA,AAAAACAA 461.86 PASS AF=0.0243902,0.97561,0;AO=9,19,5;DP=42;FAO=1,40,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25,0;FSAR=0,15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509741,0.00514416,0.00519091;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=6,5,4;MLLD=262.068,267.174,261.017;QD=45.0591;RBI=0.0222176,0.0183065,0.0134034;REFB=0,0,0;REVB=0.021625,0.0175689,0.0123574;RO=0;SAF=8,13,0;SAR=1,6,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.851e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.006026,0.000199183,-0.00180052;OID=.,.,.;OPOS=14184062,14184057,14184063;OREF=AAAACA,AAAAC,AAAC;OALT=-,-,-;OMAPALT=AAAAAC,AAAAACA,AAAAACAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0243902,0.97561,0:9,19,5:42:1,40,0:41:0:1,25,0:0,15,0:0:0:5:0:8,13,0:1,6,5:0:0 chr3 14187449 . G T 1320.94 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.522;QD=62.1621;RBI=0.0459817;REFB=0;REVB=0.0370407;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24158e-05;OID=.;OPOS=14187449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:44:40:0:0:45:40:0:0 chr3 14197987 . A T 223.67 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.418;QD=49.7034;RBI=0.0370832;REFB=0;REVB=0.0127042;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271873;OID=.;OPOS=14197987;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:2:14:0:0:2:16:0:0 chr3 14199887 . G A 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6047;QD=58.5831;RBI=0.0399513;REFB=0;REVB=-0.0351136;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100281;OID=.;OPOS=14199887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr3 14436184 . GT G 1039.65 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.991;QD=57.7586;RBI=0.0453668;REFB=0;REVB=0.0232055;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00102706;OID=.;OPOS=14436185;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:66:72:72:0:37:35:0:0:6:0:31:34:0:0 chr3 14526538 . G A 1213.87 PASS AF=0.504237;AO=119;DP=237;FAO=119;FDP=236;FR=.;FRO=117;FSAF=47;FSAR=72;FSRF=71;FSRR=46;FWDB=0.0693201;FXX=0.00840301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.264;QD=20.5741;RBI=0.070337;REFB=-0.000746776;REVB=0.0119167;RO=117;SAF=47;SAR=72;SRF=71;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191501;STB=0.605024;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000536475;OID=.;OPOS=14526538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:117:117:119:119:0.504237:72:47:71:46:72:47:71:46 chr3 14526656 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0360176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5993;QD=9.75968;RBI=0.0406088;REFB=-0.0170571;REVB=-0.0187566;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384023;STB=0.734638;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0197457;OID=.;OPOS=14526656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:4:8:2:5:4:8 chr3 14551444 . A G 1244.91 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4201;QD=61.4772;RBI=0.0214407;REFB=0;REVB=0.00786741;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101444;OID=.;OPOS=14551444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:35:45:0:0:35:46:0:0 chr3 14552994 . A G 383.97 PASS AF=0.966667;AO=26;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021201;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.4388;QD=51.1964;RBI=0.0454229;REFB=-0.162349;REVB=0.0401715;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371368;STB=0.518506;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0122257;OID=.;OPOS=14552994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:30:30:1:1:26:29:0.966667:12:14:0:1:13:16:0:1 chr3 14555216 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8908;QD=63.5808;RBI=0.0625873;REFB=0;REVB=-0.0488367;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112796;OID=.;OPOS=14555216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr3 14555811 . A G 256.07 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00980562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.092;QD=51.2148;RBI=0.0204173;REFB=0;REVB=0.0179085;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30059e-05;OID=.;OPOS=14555811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:10:10:0:0 chr3 14561627 . A AG 567.53 PASS AF=1;AO=48;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.254597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.8693;QD=45.4023;RBI=0.254621;REFB=0;REVB=-0.00350011;RO=3;SAF=29;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00723029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00603441;OID=.;OPOS=14561628;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:51:50:50:0:30:20:0:0:11:3:29:19:2:1 chr3 14563258 . A G 727.66 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5911;QD=63.2747;RBI=0.0128815;REFB=0;REVB=0.000425529;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125008;OID=.;OPOS=14563258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr3 14745857 . G A 146.07 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00199807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.697;QD=16.6936;RBI=0.0132395;REFB=-0.0235957;REVB=0.0130878;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664805;STB=0.503812;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0234013;OID=.;OPOS=14745857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:10:6:7:12:10:6:7:12 chr3 14755572 . A G 274.99 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0225126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.053;QD=15.4924;RBI=0.0232915;REFB=-0.00948519;REVB=-0.00597299;RO=40;SAF=21;SAR=10;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850369;STB=0.548161;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0140489;OID=.;OPOS=14755572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:10:21:24:16:10:21:24:16 chr3 14755617 . C G 246.5 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00258165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.1012;QD=15.9031;RBI=0.0167619;REFB=-0.0161785;REVB=-0.0165619;RO=33;SAF=19;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166943;STB=0.587806;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0280979;OID=.;OPOS=14755617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:9:19:17:16:9:19:18:16 chr3 14763260 . A G 237.67 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0136518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7837;QD=18.6407;RBI=0.0536754;REFB=-0.00906526;REVB=0.0519102;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312591;STB=0.681682;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00722444;OID=.;OPOS=14763260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:15:10:19:6:15:10:20:6 chr3 14798976 . G A 741.68 PASS AF=0.513158;AO=72;DP=146;FAO=78;FDP=152;FR=.;FRO=74;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00339873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.146;QD=19.518;RBI=0.009118;REFB=-0.0192231;REVB=0.00846088;RO=74;SAF=39;SAR=33;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755167;STB=0.557521;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0237896;OID=.;OPOS=14798976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:152:74:74:72:78:0.513158:33:39:34:40:33:45:34:40 chr3 14801487 . G A 629.51 PASS AF=0.520661;AO=63;DP=121;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0220678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.028;QD=20.8102;RBI=0.0281482;REFB=-0.0181103;REVB=-0.0174738;RO=58;SAF=32;SAR=31;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219362;STB=0.512063;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0177727;OID=.;OPOS=14801487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:58:58:63:63:0.520661:31:32:28:30:31:32:28:30 chr3 15216429 . C T 328.78 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00057534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3578;QD=15.4722;RBI=0.00937164;REFB=0.00837646;REVB=0.00935397;RO=49;SAF=16;SAR=20;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468283;STB=0.502644;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.0110789;OID=.;OPOS=15216429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:20:16:22:27:20:16:22:27 chr3 15216703 . A T 340.58 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.016919;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.358;QD=17.6925;RBI=0.0177237;REFB=-0.00333103;REVB=0.00528014;RO=41;SAF=21;SAR=15;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114743;STB=0.564234;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00671997;OID=.;OPOS=15216703;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:41:41:36:36:0.467532:15:21:19:22:15:21:19:22 chr3 15476011 . C G 285.97 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=24;FWDB=0.049015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.9118;QD=20.4266;RBI=0.049494;REFB=-0.0139587;REVB=0.00686889;RO=25;SAF=9;SAR=21;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240847;STB=0.636716;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0253531;OID=.;OPOS=15476011;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:30:30:0.535714:21:9:2:23:21:9:2:24 chr3 15531117 . C G 330.07 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00155898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3365;QD=18.3372;RBI=0.0342736;REFB=-0.0251004;REVB=-0.0342381;RO=37;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125912;STB=0.514278;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.037474;OID=.;OPOS=15531117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:37:34:35:0.486111:17:17:18:19:17:18:18:19 chr3 15643043 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.178;QD=56.956;RBI=0.0614915;REFB=0;REVB=0.0376096;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251338;OID=.;OPOS=15643043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:16:36:0:0:16:36:0:0 chr3 15686776 . T C 629.44 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=123;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0263574;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.298;QD=20.6373;RBI=0.0264247;REFB=-0.00408837;REVB=-0.00188472;RO=58;SAF=32;SAR=31;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231484;STB=0.508459;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00642671;OID=.;OPOS=15686776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:58:59:63:63:0.516393:31:32:31:27:31:32:31:28 chr3 15710011 . T C 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0407951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.057;QD=21.0076;RBI=0.0507012;REFB=-0.00557869;REVB=0.030106;RO=17;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186606;STB=0.605229;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00249494;OID=.;OPOS=15710011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:12:7:10:7:12:7:10:7 chr3 15737689 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0175537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4493;QD=19.0582;RBI=0.0207307;REFB=0.0200913;REVB=-0.0110286;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688944;STB=0.539042;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0241281;OID=.;OPOS=15737689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:10:9:11:9:10:9:11:9 chr3 15737698 . T C 173.04 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0726891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3563;QD=18.707;RBI=0.07334;REFB=0.0242259;REVB=0.00974945;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741419;STB=0.542122;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0275274;OID=.;OPOS=15737698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:10:8:10:9:10:8:10:9 chr3 15753641 . A G 60.56 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0575219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7291;QD=6.37522;RBI=0.0575335;REFB=0.00662519;REVB=0.00115749;RO=26;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270363;STB=0.645037;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0159238;OID=.;OPOS=15753641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:26:29:9:9:0.236842:7:2:11:15:7:2:11:18 chr3 16268974 . T A 442.44 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0118931;FXX=0.0159987;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.68;QD=14.3882;RBI=0.0120801;REFB=-0.000748375;REVB=-0.00211718;RO=73;SAF=16;SAR=34;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163785;STB=0.592709;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00213016;OID=.;OPOS=16268974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:73:73:50:50:0.406504:34:16:34:39:34:16:34:39 chr3 16268986 . C A 423.74 PASS AF=0.422414;AO=45;DP=112;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0148809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.077;QD=14.6117;RBI=0.0155831;REFB=-0.0199633;REVB=-0.00462538;RO=65;SAF=14;SAR=31;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153368;STB=0.589557;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0373022;OID=.;OPOS=16268986;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:116:65:67:45:49:0.422414:31:14:29:36:34:15:30:37 chr3 16327909 . C T 2296.66 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240761;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.37;QD=63.7961;RBI=0.0384744;REFB=0;REVB=-0.0300103;RO=0;SAF=46;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38246e-05;OID=.;OPOS=16327909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:144:144:1:98:46:0:0:98:46:0:0 chr3 16358584 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.504;QD=60.3767;RBI=0.0241228;REFB=0;REVB=0.00725941;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87984e-05;OID=.;OPOS=16358584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr3 16364919 . A C 808.33 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0179107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9557;QD=53.8889;RBI=0.0872209;REFB=-0.0325241;REVB=0.0853621;RO=1;SAF=31;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149748;STB=0.501154;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00172906;OID=.;OPOS=16364919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:1:2:58:58:0.966667:27:31:1:0:27:31:1:1 chr3 16646745 . C G 472.94 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0332229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.693;QD=55.6401;RBI=0.0333428;REFB=-0.144688;REVB=0.00282499;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252499;STB=0.513505;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00264934;OID=.;OPOS=16646745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:1:1:33:33:0.970588:15:18:1:0:15:18:1:0 chr3 17051328 . T C 175.62 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569099;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.751;QD=46.8317;RBI=0.00610777;REFB=0;REVB=0.00221753;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56748e-05;OID=.;OPOS=17051328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr3 17053499 . A G 603.37 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7336;QD=58.8652;RBI=0.105005;REFB=0;REVB=-0.0887381;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00922e-06;OID=.;OPOS=17053499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:1:0:39:41:1:19:20:1:0:19:22:0:0 chr3 17741409 . C G 872.49 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144048;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8328;QD=58.1662;RBI=0.0289613;REFB=0;REVB=0.0251249;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588456;OID=.;OPOS=17741409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr3 18055231 . A C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.852;QD=58.7814;RBI=0.0513567;REFB=0;REVB=-0.00179001;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122265;OID=.;OPOS=18055231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr3 18308478 . T C 242.71 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00681918;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.193;QD=14.4898;RBI=0.0336745;REFB=-0.00505022;REVB=0.0329769;RO=38;SAF=7;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305807;STB=0.682788;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00679897;OID=.;OPOS=18308478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:21:7:20:18:21:7:21:18 chr3 18427924 . G T 2152.04 PASS AF=0.926829;AO=150;DP=164;FAO=152;FDP=164;FR=.;FRO=12;FSAF=84;FSAR=68;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0105919;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=214.058;QD=52.4889;RBI=0.0180053;REFB=-0.0189254;REVB=0.0145604;RO=11;SAF=84;SAR=66;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257363;STB=0.516169;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.000148348;OID=.;OPOS=18427924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:164:164:11:12:150:152:0.926829:66:84:4:7:68:84:4:8 chr3 20216519 . T A 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0602324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.389;QD=11.8143;RBI=0.060281;REFB=-0.00460768;REVB=-0.00242243;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768092;STB=0.545386;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0100408;OID=.;OPOS=20216519;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:9:14:7:6:9:14 chr3 20549191 . G A 159.19 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.0153447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.31;QD=10.1072;RBI=0.0163979;REFB=-0.0186734;REVB=0.0057819;RO=41;SAF=11;SAR=8;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189295;STB=0.587568;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0456152;OID=.;OPOS=20549191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:42:19:21:0.333333:8:11:30:11:8:13:31:11 chr3 21462754 . A G 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.935;QD=62.4645;RBI=0.0436714;REFB=0;REVB=0.0303898;RO=0;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37453e-06;OID=.;OPOS=21462754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:33:54:0:0:33:54:0:0 chr3 21462787 . G A 1457.17 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0190332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.065;QD=62.0071;RBI=0.0537836;REFB=-0.0675132;REVB=0.0503032;RO=0;SAF=57;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09153e-08;STB=0.506848;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000501868;OID=.;OPOS=21462787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:93:93:0.989362:36:57:0:0:36:57:0:1 chr3 23312442 . C G 228.26 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0222307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.069;QD=21.739;RBI=0.0274199;REFB=0.00857744;REVB=-0.0160515;RO=20;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798932;STB=0.50448;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.0118288;OID=.;OPOS=23312442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:13:9:8:12:13:9:8:12 chr3 24006477 . T A 805.1 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2111;QD=64.4082;RBI=0.0274305;REFB=0;REVB=-0.0188697;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77124e-06;OID=.;OPOS=24006477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:28:22:0:0 chr3 24562877 . G T 615.64 PASS AF=0.492424;AO=58;DP=124;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=63;FWDB=0.0415851;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.894;QD=18.6559;RBI=0.0417021;REFB=-0.0245348;REVB=-0.00312165;RO=66;SAF=7;SAR=51;SRF=3;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201877;STB=0.634812;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0232056;OID=.;OPOS=24562877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:132:66:67:58:65:0.492424:51:7:3:63:51:14:4:63 chr3 25393837 . T C 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0171421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.915;QD=10.6676;RBI=0.0307653;REFB=-0.0278073;REVB=-0.0255471;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284721;STB=0.666388;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0502412;OID=.;OPOS=25393837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:3:15:6:4:3:15 chr3 25393860 . A G 84.32 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0113153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.78;QD=10.5399;RBI=0.0123887;REFB=-0.00726154;REVB=0.00504424;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223664;STB=0.631371;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0134357;OID=.;OPOS=25393860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:4:17:7:4:4:17 chr3 25639394 . T G 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0263423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.036;QD=5.78798;RBI=0.0278492;REFB=-0.00685208;REVB=0.00903671;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360822;STB=0.726722;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0105473;OID=.;OPOS=25639394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:3:4:6:17:3:4:6:17 chr3 25679738 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0176001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.657;QD=14.6653;RBI=0.0194028;REFB=-0.0138578;REVB=0.00816741;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200359;STB=0.511612;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0105056;OID=.;OPOS=25679738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:8:13:9:6:8:13 chr3 27424718 . A G 1491.67 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.308;QD=63.4753;RBI=0.0508174;REFB=0;REVB=0.0454783;RO=0;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353789;OID=.;OPOS=27424718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:42:52:0:0:42:52:0:0 chr3 28520417 . T A 543.2 PASS AF=0.449612;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0206984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.056;QD=16.8433;RBI=0.0207228;REFB=-0.00526199;REVB=-0.00100462;RO=70;SAF=30;SAR=28;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039283;STB=0.52546;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00474689;OID=.;OPOS=28520417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:71:58:58:0.449612:28:30:39:31:28:30:40:31 chr3 28533658 . G A 224.65 PASS AF=0.65625;AO=19;DP=30;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0107911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.518;QD=28.0806;RBI=0.0317896;REFB=-0.0148601;REVB=0.0299021;RO=10;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783405;STB=0.57136;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00771719;OID=.;OPOS=28533658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:32:10:11:19:21:0.65625:9:10:4:6:9:12:4:7 chr3 29804487 . A T 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0141688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.614;QD=11.1312;RBI=0.014196;REFB=-0.0181757;REVB=-0.000877356;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737803;STB=0.504416;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0310032;OID=.;OPOS=29804487;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:12:5:3:7:12:5 chr3 29922333 . C T 170.62 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0376019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.952;QD=10.8333;RBI=0.0376362;REFB=-0.010875;REVB=0.00160678;RO=41;SAF=6;SAR=16;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178997;STB=0.605162;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0215492;OID=.;OPOS=29922333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:16:6:17:24:16:6:17:24 chr3 30046191 . G T 173.51 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00820607;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.124;QD=11.378;RBI=0.0173698;REFB=0.00158212;REVB=-0.0153092;RO=39;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141023;STB=0.508189;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.00326905;OID=.;OPOS=30046191;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:39:39:22:22:0.360656:11:11:19:20:11:11:19:20 chr3 30713842 . C T 599.22 PASS AF=0.476923;AO=62;DP=130;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.00881503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.587;QD=18.4375;RBI=0.0108705;REFB=-0.0134626;REVB=0.00636114;RO=67;SAF=35;SAR=27;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818757;STB=0.549311;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0185936;OID=.;OPOS=30713842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:67:68:62:62:0.476923:27:35:32:35:27:35:32:36 chr3 30827904 . A G 186.64 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00417469;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.252;QD=27.6502;RBI=0.127684;REFB=-0.00473735;REVB=0.127616;RO=8;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300687;STB=0.649831;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00133146;OID=.;OPOS=30827904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:8:9:18:18:0.666667:6:12:1:7:6:12:2:7 chr3 31270258 . T C 237.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0609113;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.864;QD=19.3558;RBI=0.0670339;REFB=-0.00671174;REVB=0.0279884;RO=26;SAF=6;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283473;STB=0.66133;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00953086;OID=.;OPOS=31270258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:17:6:14:12:17:6:14:12 chr3 31705649 . C T 751.4 PASS AF=0.537313;AO=72;DP=134;FAO=72;FDP=134;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0216993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.559;QD=22.4298;RBI=0.0230791;REFB=-0.0134436;REVB=0.0078603;RO=60;SAF=36;SAR=36;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276849;STB=0.522382;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00915642;OID=.;OPOS=31705649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:60:62:72:72:0.537313:36:36:28:32:36:36:28:34 chr3 31712393 . C T 1248.47 PASS AF=1;AO=47;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00475605;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.365;QD=60.1674;RBI=0.00622419;REFB=0;REVB=0.00401503;RO=0;SAF=37;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78889e-05;OID=.;OPOS=31712393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:47:83:1:10:37:0:0:44:39:0:0 chr3 31725316 . G A 557.93 PASS AF=0.457364;AO=59;DP=129;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0224074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9989;QD=17.3;RBI=0.0348867;REFB=-0.0272688;REVB=0.0267392;RO=70;SAF=31;SAR=28;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526223;STB=0.529278;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.036897;OID=.;OPOS=31725316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:70:59:59:0.457364:28:31:33:37:28:31:33:37 chr3 31725478 . G A 533.54 PASS AF=0.456;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0117132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.336;QD=17.0734;RBI=0.020317;REFB=0.00171167;REVB=0.0166007;RO=65;SAF=26;SAR=31;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122712;STB=0.571483;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00236955;OID=.;OPOS=31725478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:68:57:57:0.456:31:26:38:27:31:26:40:28 chr3 31789582 . T C 1134.24 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0626846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0236;QD=56.7119;RBI=0.0779112;REFB=0.0314018;REVB=0.0462687;RO=3;SAF=31;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436187;STB=0.523071;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00149273;OID=.;OPOS=31789582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:3:3:77:77:0.9625:46:31:3:0:46:31:3:0 chr3 31839242 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.925;QD=62.0213;RBI=0.0589432;REFB=0;REVB=0.0576941;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202813;OID=.;OPOS=31839242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr3 32031962 . A G 127.21 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.041538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5806;QD=11.5646;RBI=0.0461074;REFB=-0.0241211;REVB=-0.0200122;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082336;STB=0.535122;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0260339;OID=.;OPOS=32031962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:15:15:0.340909:7:8:17:11:7:8:17:12 chr3 32208621 . T C 331.75 PASS AF=0.58;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0164788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.512;QD=26.5402;RBI=0.016923;REFB=-0.0142241;REVB=-0.00385227;RO=20;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645617;STB=0.537165;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00984634;OID=.;OPOS=32208621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:20:21:28:29:0.58:13:15:9:11:14:15:9:12 chr3 32209927 . A G 327.34 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0324642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.021;QD=17.6941;RBI=0.0336581;REFB=-0.0118593;REVB=0.00888497;RO=39;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052552;STB=0.529395;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0147113;OID=.;OPOS=32209927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:16:19:19:20:16:19:19:20 chr3 32214179 . A T 255.37 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.011481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0431;QD=13.2661;RBI=0.0357049;REFB=-0.0139176;REVB=-0.0338087;RO=43;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033329;STB=0.547401;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0109311;OID=.;OPOS=32214179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:47:30:30:0.38961:17:13:20:23:17:13:24:23 chr3 32214212 . A C 281.78 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00908266;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.699;QD=14.4501;RBI=0.014562;REFB=-0.00314411;REVB=0.0113823;RO=46;SAF=12;SAR=19;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120738;STB=0.556062;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0114985;OID=.;OPOS=32214212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:31:32:0.410256:19:12:23:23:19:13:23:23 chr3 32524707 . T C 138.76 PASS AF=0.322034;AO=16;DP=51;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0216327;FXX=0.0166639;HRUN=7;LEN=1;MLLD=152.912;QD=9.40751;RBI=0.0297041;REFB=-0.0192382;REVB=-0.0203557;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894054;STB=0.550134;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0272954;OID=.;OPOS=32524707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:59:17:40:16:19:0.322034:10:6:8:9:11:8:14:26 chr3 32611671 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0409229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.378;QD=11.0198;RBI=0.0453037;REFB=0.00274557;REVB=0.0194355;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210115;STB=0.555379;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00409999;OID=.;OPOS=32611671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:4:2:1:6:4:2:2:6 chr3 32815230 . CA C,CT 431.83 PASS AF=0.0967742,0.903226;AO=10,20;DP=31;FAO=3,28;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452274,0.0488306;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=222.773,233.545;QD=55.7204;RBI=0.0541142,0.0558753;REFB=0,0;REVB=0.0297124,0.0271591;RO=0;SAF=8,7;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0372357,-4.16009e-05;OID=.,.;OPOS=32815231,32815231;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0967742,0.903226:10,20:31:3,28:31:0:2,14:1,14:0:0:11:0:8,7:2,13:0:0 chr3 32927509 . G T 744.36 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0876193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.372;QD=53.1682;RBI=0.0922166;REFB=-0.109124;REVB=0.0287534;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519224;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00156409;OID=.;OPOS=32927509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:56:56:0:2:54:54:0.964286:29:25:0:0:29:25:2:0 chr3 32933036 . G A 1030.33 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.075;QD=58.0466;RBI=0.031194;REFB=-0.143251;REVB=0.0150855;RO=1;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185343;STB=0.509801;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000439911;OID=.;OPOS=32933036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:25:45:0:1:25:45:0:1 chr3 32996509 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00465084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.152;QD=62.0213;RBI=0.0138258;REFB=0;REVB=-0.0130201;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61293e-05;OID=.;OPOS=32996509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr3 33038747 . C G 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.053781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1223;QD=21.0647;RBI=0.0620437;REFB=-0.00832921;REVB=-0.0309359;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114584;STB=0.564461;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00582274;OID=.;OPOS=33038747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:15:9:12:12:15:9:12:12 chr3 33055721 . A G 1343.08 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147139;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.593;QD=62.4688;RBI=0.017732;REFB=0;REVB=0.00989568;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68926e-05;OID=.;OPOS=33055721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:51:35:0:0:51:35:0:0 chr3 33138544 . A G 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.855;QD=60.8818;RBI=0.0421086;REFB=0;REVB=0.0265625;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22967e-05;OID=.;OPOS=33138544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr3 33138549 . G A 1106.81 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00737539;FXX=0.0259707;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6077;QD=59.0298;RBI=0.0172107;REFB=0.0304321;REVB=-0.0155503;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00066313;OID=.;OPOS=33138549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:0:1:74:74:0.986667:42:32:0:0:42:32:1:0 chr3 33174156 . T G 115.36 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00648511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.153;QD=8.24031;RBI=0.0130968;REFB=0.00350923;REVB=-0.0113785;RO=40;SAF=7;SAR=9;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190263;STB=0.614398;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00438414;OID=.;OPOS=33174156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:9:7:24:16:9:7:24:16 chr3 33174168 . G A 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00969921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.968;QD=9.33499;RBI=0.0101736;REFB=-0.0117734;REVB=-0.00307056;RO=31;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174626;STB=0.605379;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0185972;OID=.;OPOS=33174168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:7:6:19:12:7:6:19:12 chr3 33194990 . C A 272.39 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00175189;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=104.809;QD=17.5736;RBI=0.00259952;REFB=-0.00590286;REVB=0.00192052;RO=24;SAF=8;SAR=21;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959546;STB=0.526298;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0146119;OID=.;OPOS=33194990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:24:32:29:30:0.483871:21:8:9:15:21:9:11:21 chr3 33255592 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.836;QD=43.4862;RBI=0.0314782;REFB=0;REVB=-0.00742741;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174581;OID=.;OPOS=33255592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr3 33434831 . G A 328.92 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.00105662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.166;QD=12.899;RBI=0.0243337;REFB=-0.0121713;REVB=-0.0243107;RO=63;SAF=25;SAR=14;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198844;STB=0.613438;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.018082;OID=.;OPOS=33434831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:63:39:39:0.382353:14:25:29:34:14:25:29:34 chr3 33458266 . T C 240.12 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0188951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.183;QD=16.5602;RBI=0.0189587;REFB=-0.0118165;REVB=0.00155226;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633789;STB=0.535688;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0122904;OID=.;OPOS=33458266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:14:13:17:14:14:13:17:14 chr3 33533554 . C T 258.1 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00446106;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.351;QD=29.4975;RBI=0.0384578;REFB=-0.00316297;REVB=-0.0381982;RO=12;SAF=22;SAR=1;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306202;STB=0.673274;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000899933;OID=.;OPOS=33533554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:35:12:12:23:23:0.657143:1:22:10:2:1:22:10:2 chr3 33539893 . A G 233.53 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0140692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.878;QD=24.5823;RBI=0.022557;REFB=-0.00435277;REVB=0.0176317;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163159;STB=0.590826;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00483868;OID=.;OPOS=33539893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:13:9:10:6:13:9:10:6 chr3 33877626 . G A 378.86 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0413434;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.471;QD=18.7093;RBI=0.0422606;REFB=-0.0276191;REVB=-0.00875717;RO=42;SAF=20;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102296;STB=0.505701;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0253773;OID=.;OPOS=33877626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:42:42:39:39:0.481481:19:20:22:20:19:20:22:20 chr3 33895391 . A G 733.58 PASS AF=0.5;AO=75;DP=148;FAO=75;FDP=150;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.000490001;FXX=0.0259723;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.859;QD=19.562;RBI=0.0279082;REFB=-0.0104822;REVB=0.0279039;RO=71;SAF=36;SAR=39;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385169;STB=0.506679;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0100816;OID=.;OPOS=33895391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:71:75:75:75:0.5:39:36:31:40:39:36:35:40 chr3 33905566 . C T 328.58 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0528668;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.848;QD=17.7608;RBI=0.0575866;REFB=-0.0232988;REVB=0.0228324;RO=40;SAF=22;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149542;STB=0.589853;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0289217;OID=.;OPOS=33905566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:39:35:35:0.472973:13:22:19:21:13:22:18:21 chr3 33907945 . A G 237.12 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0164057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.383;QD=16.076;RBI=0.017243;REFB=-0.00650312;REVB=-0.00530787;RO=30;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093721;STB=0.555514;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00766131;OID=.;OPOS=33907945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:32:27:27:0.457627:17:10:14:16:17:10:15:17 chr3 33911018 . ATT AAT,TAA,TAT 59.12 PASS AF=0,0,0.169811;AO=4,4,8;DP=97;FAO=0,0,18;FDP=106;FR=.;FRO=88;FSAF=0,0,1;FSAR=0,0,17;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.0838588,-0.0492879,-0.0603788;FXX=0.00934492;HRUN=6,1,1;LEN=1,3,2;MLLD=25.1393,52.5717,26.6499;QD=2.23107;RBI=0.169391,0.0851743,0.119901;REFB=0.000216495,0.00431568,-0.0167029;REVB=-0.147177,-0.0694649,-0.103589;RO=72;SAF=0,0,1;SAR=4,4,7;SRF=36;SRR=36;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.471364,-0.471364,-0.451148;STB=0.5,0.5,0.917193;STBP=1,1,0;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.0225001,0.129351,-0.0447617;OID=.,.,.;OPOS=33911019,33911018,33911018;OREF=T,ATT,AT;OALT=A,TAA,TA;OMAPALT=AAT,TAA,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:55:97:106:72:88:4,4,8:0,0,18:0,0,0.169811:4,4,7:0,0,1:36:36:0,0,17:0,0,1:41:47 chr3 35725250 . C T 2779.07 PASS AF=0.983607;AO=180;DP=183;FAO=180;FDP=183;FR=.;FRO=3;FSAF=92;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0170772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8534;QD=60.7447;RBI=0.029215;REFB=0.086518;REVB=-0.023704;RO=3;SAF=92;SAR=88;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159502;STB=0.508379;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00328258;OID=.;OPOS=35725250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:183:183:3:3:180:180:0.983607:88:92:0:3:88:92:0:3 chr3 35778773 . A G 268.49 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00918539;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9314;QD=24.976;RBI=0.0168532;REFB=-0.0331339;REVB=0.01413;RO=17;SAF=5;SAR=19;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246462;STB=0.604456;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0256722;OID=.;OPOS=35778773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:17:18:24:25:0.581395:19:5:8:9:19:6:8:10 chr3 35779750 . A G 684.39 PASS AF=0.564103;AO=65;DP=116;FAO=66;FDP=117;FR=.;FRO=51;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0127914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.667;QD=23.398;RBI=0.0164908;REFB=-0.00450934;REVB=0.010408;RO=51;SAF=37;SAR=28;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641319;STB=0.537724;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0037744;OID=.;OPOS=35779750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:51:51:65:66:0.564103:28:37:25:26:28:38:25:26 chr3 36898757 . G A 402.78 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0232516;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.52;QD=24.4111;RBI=0.0241147;REFB=-0.0125659;REVB=-0.0063937;RO=27;SAF=19;SAR=20;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05094;STB=0.527936;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.010357;OID=.;OPOS=36898757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:27:27:39:39:0.590909:20:19:15:12:20:19:15:12 chr3 36940741 . G T 592.29 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0232862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.736;QD=56.4083;RBI=0.0501467;REFB=0.0149069;REVB=-0.0444122;RO=2;SAF=23;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390505;STB=0.520823;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000125947;OID=.;OPOS=36940741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:2:2:40:40:0.952381:17:23:2:0:17:23:2:0 chr3 37034476 . A G 135.96 PASS AF=0.517241;AO=11;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00276175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.643;QD=18.7525;RBI=0.033294;REFB=-0.0247442;REVB=0.0331793;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169053;STB=0.642646;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0263116;OID=.;OPOS=37034476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:11:15:0.517241:3:8:8:6:3:12:8:6 chr3 37042468 . G A 172.92 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0350644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6032;QD=11.1564;RBI=0.0414;REFB=-0.0210284;REVB=0.0220102;RO=39;SAF=6;SAR=16;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355657;STB=0.714088;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0408216;OID=.;OPOS=37042468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:40:22:22:0.354839:16:6:23:16:16:6:24:16 chr3 37094902 . T C 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0277816;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.099;QD=12.8974;RBI=0.028086;REFB=-0.00781873;REVB=0.00412335;RO=30;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465242;STB=0.771961;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0259003;OID=.;OPOS=37094902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:4:13:10:20:4:13:10:20 chr3 37163039 . G A 723.34 PASS AF=1;AO=43;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9061;QD=55.6413;RBI=0.0150588;REFB=0;REVB=0.00394127;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09993e-05;OID=.;OPOS=37163039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:43:52:1:29:14:0:0:32:20:0:0 chr3 37368784 . GAAAAAAAC AGAAAAAAC,GAAAAAAC,GAAAAAACA 86.84 PASS AF=0,0.404762,0.047619;AO=4,13,4;DP=41;FAO=0,17,2;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=0,6,1;FSAR=0,11,1;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.132873,-0.125811,-0.13824;FXX=0;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,2;MLLD=16.5026,10.1568,17.1555;QD=8.27047;RBI=0.191789,0.13811,0.146887;REFB=-0.0207574,-0.0748142,-0.0206149;REVB=-0.138302,-0.0569742,-0.0496531;RO=18;SAF=1,3,3;SAR=3,10,1;SRF=6;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.113566,-0.130454,0.449394;STB=0.5,0.503222,0.638718;STBP=1,0.971,0.709;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0243041,0.064073,0.131309;OID=.,.,.;OPOS=37368784,37368785,37368791;OREF=GA,A,AC;OALT=AG,-,CA;OMAPALT=AGAAAAAAC,GAAAAAAC,GAAAAAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:77:41:42:18:23:4,13,4:0,17,2:0,0.404762,0.047619:3,10,1:1,3,3:6:12:0,11,1:0,6,1:8:15 chr3 37535984 . C G 99.3 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=-0.0122538;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.223;QD=6.9685;RBI=0.0529698;REFB=-0.0220993;REVB=-0.0515329;RO=31;SAF=9;SAR=5;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863667;STB=0.587277;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0514709;OID=.;OPOS=37535984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:43:14:14:0.245614:5:9:22:9:5:9:32:11 chr3 37574951 . G A 240.12 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0548999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3095;QD=16.5601;RBI=0.0592115;REFB=0.0314572;REVB=0.0221812;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032854;STB=0.518505;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0452644;OID=.;OPOS=37574951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:14:13:16:15:14:13:16:15 chr3 37778481 . G C 517.92 PASS AF=0.578947;AO=36;DP=81;FAO=44;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00431571;FXX=0.0617208;HRUN=8;LEN=1;MLLD=213.422;QD=27.2591;RBI=0.0118451;REFB=0.000802012;REVB=-0.0110309;RO=16;SAF=7;SAR=29;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190036;STB=0.593503;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00456049;OID=.;OPOS=37778481;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:76:16:21:36:44:0.578947:29:7:7:9:32:12:11:10 chr3 38080952 . T G 738.97 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0447274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6823;QD=54.7384;RBI=0.0541638;REFB=-0.0360943;REVB=0.0305479;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00310807;OID=.;OPOS=38080952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:0:1:53:53:0.981481:26:27:0:0:26:27:1:0 chr3 38081031 . A T 792.18 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580965;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4396;QD=56.5846;RBI=0.0584392;REFB=0;REVB=-0.00631897;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000331498;OID=.;OPOS=38081031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:25:31:0:0 chr3 38125705 . G A 1401.74 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293755;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6496;QD=62.9996;RBI=0.0432203;REFB=0;REVB=-0.0431203;RO=0;SAF=64;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000645701;OID=.;OPOS=38125705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:89:89:1:25:64:0:0:25:64:0:0 chr3 38135216 . T C 100.45 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=-0.0720364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.8564;QD=8.37097;RBI=0.0720963;REFB=-0.0360955;REVB=0.00293917;RO=30;SAF=11;SAR=1;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.75947;STB=0.94225;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.132605;OID=.;OPOS=38135216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:48:48:30:33:12:12:0.25:1:11:5:25:1:11:7:26 chr3 38151731 . T C 867.73 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.4063;QD=57.8489;RBI=0.0315244;REFB=0;REVB=-0.00772464;RO=0;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012979;OID=.;OPOS=38151731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:42:17:0:0:42:18:0:0 chr3 38158122 . G A 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0060796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.871;QD=19.9928;RBI=0.0161247;REFB=-0.0259454;REVB=0.0149347;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100462;STB=0.556453;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0279241;OID=.;OPOS=38158122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:16:7:9:13:16:7 chr3 38158347 . C T 152.12 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0173918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.744;QD=13.2275;RBI=0.017659;REFB=-0.0119058;REVB=-0.0030603;RO=29;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21761;STB=0.627942;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0168605;OID=.;OPOS=38158347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:12:5:14:15:12:5:14:15 chr3 38170810 . C G 112.36 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.01143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2897;QD=9.17211;RBI=0.0127792;REFB=-0.000403499;REVB=0.00571521;RO=35;SAF=11;SAR=3;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406236;STB=0.748852;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00207319;OID=.;OPOS=38170810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:3:11:16:19:3:11:16:19 chr3 38271881 . C T 584.68 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0266507;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.929;QD=21.0697;RBI=0.0267732;REFB=-0.00507392;REVB=0.00255842;RO=51;SAF=29;SAR=30;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508566;STB=0.523074;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00331143;OID=.;OPOS=38271881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:51:52:59:59:0.531532:30:29:22:29:30:29:23:29 chr3 38307510 . T C 301.54 PASS AF=0.507937;AO=30;DP=64;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00356073;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6969;QD=19.1452;RBI=0.0605722;REFB=-0.0481705;REVB=0.0604674;RO=34;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911889;STB=0.523322;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0320455;OID=.;OPOS=38307510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:31:30:32:0.507937:13:17:16:18:15:17:15:16 chr3 38350479 . T C 642.64 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=145;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0154774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.524;QD=17.728;RBI=0.0184504;REFB=-0.00464144;REVB=0.0100433;RO=79;SAF=28;SAR=38;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105733;STB=0.558806;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00517079;OID=.;OPOS=38350479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:79:79:66:66:0.455172:38:28:42:37:38:28:42:37 chr3 38350519 . G A 565.66 PASS AF=0.42;AO=63;DP=150;FAO=63;FDP=150;FR=.;FRO=87;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.0697577;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.965;QD=15.0842;RBI=0.0701569;REFB=-0.0105167;REVB=0.00747351;RO=86;SAF=26;SAR=37;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11477;STB=0.561185;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0144279;OID=.;OPOS=38350519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:86:87:63:63:0.42:37:26:45:41:37:26:45:42 chr3 38350543 . A G 492.65 PASS AF=0.388889;AO=55;DP=143;FAO=56;FDP=144;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-0.0138107;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.766;QD=13.6848;RBI=0.0440699;REFB=-0.00342154;REVB=-0.04185;RO=88;SAF=27;SAR=28;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468877;STB=0.538619;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00508349;OID=.;OPOS=38350543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:88:88:55:56:0.388889:28:27:47:41:29:27:48:40 chr3 38357961 . C G 180.14 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=23;FWDB=-0.0205705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4946;QD=16.0121;RBI=0.0458537;REFB=-0.0191118;REVB=0.0409806;RO=25;SAF=4;SAR=15;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228822;STB=0.591355;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0346702;OID=.;OPOS=38357961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:15:4:2:23:15:4:3:23 chr3 38401839 . T C 991.94 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454125;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.007;QD=59.2204;RBI=0.039817;REFB=0;REVB=0.0395572;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216868;OID=.;OPOS=38401839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr3 38404472 . C A 228.22 PASS AF=0.322222;AO=27;DP=88;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.0171019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.466;QD=10.1433;RBI=0.0195475;REFB=-0.0237716;REVB=-0.00946729;RO=60;SAF=15;SAR=12;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114336;STB=0.594532;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0340012;OID=.;OPOS=38404472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:60:61:27:29:0.322222:12:15:39:21:14:15:40:21 chr3 38406773 . G T 306.85 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.637;QD=53.3659;RBI=0.0742513;REFB=0;REVB=0.0300142;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458473;OID=.;OPOS=38406773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:14:7:0:0:16:7:0:0 chr3 38408361 . G A 1362.38 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.005857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.782;QD=61.2304;RBI=0.0231399;REFB=-0.0300186;REVB=0.0223864;RO=1;SAF=31;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824214;STB=0.504347;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=1.77772e-05;OID=.;OPOS=38408361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:57:31:0:1:57:31:0:1 chr3 38534141 . AT A,AA,TA 127.29 PASS AF=0.219512,0.121951,0.097561;AO=10,18,6;DP=71;FAO=9,5,4;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6,0,4;FSAR=3,5,0;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0230052,-0.0124832,-0.0881225;FXX=0.0888691;HRUN=1,1,8;LEN=1,1,2;MLLD=173.703,175.207,17.941;QD=12.4188;RBI=0.0278501,0.0199513,0.127904;REFB=-0.0127257,-0.0122032,-0.0349899;REVB=-0.0156967,-0.0155636,-0.0927036;RO=34;SAF=4,3,6;SAR=6,15,0;SRF=13;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0223641,-0.315748,0.707689;STB=0.719538,0.997151,0.997783;STBP=0.148,0.072,0.017;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.00472077,0.0266921,0.247182;OID=.,.,.;OPOS=38534142,38534142,38534141;OREF=T,T,AT;OALT=-,A,TA;OMAPALT=A,AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:71:41:34:23:10,18,6:9,5,4:0.219512,0.121951,0.097561:6,15,0:4,3,6:13:21:3,5,0:6,0,4:8:15 chr3 38589666 . T TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC 122.27 PASS AF=0.424242;AO=12;DP=36;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0146896;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=25;MLLD=502.243;QD=14.8201;RBI=0.0153076;REFB=-0.0237527;REVB=0.0043056;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938032;STB=0.605916;STBP=0.31;TYPE=ins;VARB=0.0236402;OID=.;OPOS=38589667;OREF=-;OALT=CCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC;OMAPALT=TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:12:36:14:33:19:7:7:13:6:99:21:7:5:14:7 chr3 38590358 . C CT 162.24 PASS AF=0.5;AO=24;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0115432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.7585;QD=12.4797;RBI=0.0453208;REFB=-0.00439072;REVB=0.0438262;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164399;STB=0.557478;STBP=0.458;TYPE=ins;VARB=0.0048182;OID=.;OPOS=38590359;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:24:52:26:52:26:12:14:15:11:99:27:10:14:16:11 chr3 38592406 . A G 1594.41 PASS AF=0.981818;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0763517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8101;QD=57.9786;RBI=0.0814533;REFB=-0.101616;REVB=-0.0283735;RO=2;SAF=57;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163608;STB=0.508473;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00148376;OID=.;OPOS=38592406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:110:2:2:107:108:0.981818:50:57:2:0:50:58:2:0 chr3 38622467 . T C 1008.27 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0082;QD=59.3098;RBI=0.0445009;REFB=0;REVB=0.0431875;RO=0;SAF=51;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298978;OID=.;OPOS=38622467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:17:51:0:0:17:51:0:0 chr3 38674712 . T C 2999.15 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.816;QD=63.474;RBI=0.0250981;REFB=0;REVB=0.0250765;RO=0;SAF=112;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40625e-05;OID=.;OPOS=38674712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:77:112:0:0:77:112:0:0 chr3 38739574 . T C 1406.46 PASS AF=1;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027458;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9871;QD=63.2115;RBI=0.0993897;REFB=0;REVB=0.0993517;RO=1;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977072;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552865;OID=.;OPOS=38739574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:1:0:88:89:1:48:40:0:1:49:40:0:0 chr3 38739845 . A G 785.71 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.194;QD=64.1398;RBI=0.0454072;REFB=0;REVB=-0.00157038;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334644;OID=.;OPOS=38739845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr3 38740001 . C T 78.6 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0720325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.838;QD=14.9712;RBI=0.0742118;REFB=-0.030068;REVB=0.0178526;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289235;STB=0.66637;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0487706;OID=.;OPOS=38740001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:2:9:5:5:2:9 chr3 38748833 . T C 514.31 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00618842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.3746;QD=18.8736;RBI=0.0214678;REFB=-0.0169496;REVB=0.0205565;RO=55;SAF=32;SAR=22;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175336;STB=0.596979;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0191584;OID=.;OPOS=38748833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:55:54:54:0.495413:22:32:22:33:22:32:22:33 chr3 38766675 . A G 866.83 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0781713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.276;QD=57.7884;RBI=0.0786887;REFB=0;REVB=0.00900885;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28948e-05;OID=.;OPOS=38766675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:35:23:0:0:35:25:0:0 chr3 38766701 . C T 291.68 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00953774;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.845;QD=16.9091;RBI=0.0249752;REFB=-0.00754081;REVB=0.0230823;RO=37;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116347;STB=0.565177;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00392109;OID=.;OPOS=38766701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:37:37:32:32:0.463768:16:16:14:23:16:16:14:23 chr3 38768334 . T C 435.99 PASS AF=0.536585;AO=39;DP=83;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.014506;FXX=0.0238067;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.27;QD=21.2679;RBI=0.0173556;REFB=-0.0217914;REVB=-0.00952861;RO=29;SAF=22;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00974507;STB=0.519622;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0172535;OID=.;OPOS=38768334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:29:38:39:44:0.536585:17:22:16:13:18:26:24:14 chr3 38793940 . A G 105.53 PASS AF=0.40625;AO=11;DP=30;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00242813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0267;QD=13.1913;RBI=0.0345242;REFB=-0.0196369;REVB=0.0344387;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933329;STB=0.556013;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.020496;OID=.;OPOS=38793940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:19:19:11:13:0.40625:6:5:7:12:7:6:7:12 chr3 38802251 . A G 128.84 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.048993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3571;QD=12.5694;RBI=0.0491377;REFB=-0.00120883;REVB=0.00376815;RO=27;SAF=10;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10776;STB=0.587663;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00499893;OID=.;OPOS=38802251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:26:14:15:0.365854:4:10:17:10:4:11:16:10 chr3 38805069 . T C 391.72 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0137149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.23;QD=19.3443;RBI=0.0141734;REFB=-0.00878481;REVB=-0.00357588;RO=41;SAF=21;SAR=19;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100213;STB=0.555665;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.009136;OID=.;OPOS=38805069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:19:21:17:24:19:21:17:24 chr3 38945560 . A G 375.39 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0055481;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.12;QD=20.5692;RBI=0.0101626;REFB=-0.0150138;REVB=-0.00851457;RO=35;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161146;STB=0.588996;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0148278;OID=.;OPOS=38945560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:19:19:24:11:19:19:24:11 chr3 38966940 . C T 319.96 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00919552;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3587;QD=20.981;RBI=0.0761748;REFB=-0.0190837;REVB=-0.0756178;RO=27;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273752;STB=0.523322;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0186026;OID=.;OPOS=38966940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:27:28:33:33:0.540984:17:16:14:13:17:16:15:13 chr3 39077433 . T C 266.12 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.00946599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.427;QD=15.8876;RBI=0.0401419;REFB=-0.00786029;REVB=0.0390099;RO=37;SAF=19;SAR=11;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105313;STB=0.559078;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0158211;OID=.;OPOS=39077433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:11:19:27:10:11:19:27:10 chr3 39077530 . T C 397.41 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0194063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1241;QD=20.6446;RBI=0.0488875;REFB=0.0100082;REVB=0.0448707;RO=37;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12503;STB=0.569176;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00732551;OID=.;OPOS=39077530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:22:18:22:15:22:18:22:15 chr3 39111140 . C A 441.44 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00809536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7118;QD=22.638;RBI=0.0390923;REFB=-0.00839481;REVB=-0.0382449;RO=35;SAF=21;SAR=22;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160649;STB=0.588195;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00803556;OID=.;OPOS=39111140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:22:21:24:11:22:21:24:11 chr3 39138082 . C T 74.21 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0381125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8596;QD=10.2359;RBI=0.0385359;REFB=-0.00347956;REVB=-0.00569688;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192793;STB=0.616207;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0201113;OID=.;OPOS=39138082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:8:11:4:6:8:11 chr3 39152345 . G A 381.8 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0160195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8797;QD=17.1597;RBI=0.0229176;REFB=-0.00649313;REVB=0.0163887;RO=49;SAF=21;SAR=19;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458471;STB=0.525679;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0106742;OID=.;OPOS=39152345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:19:21:28:21:19:21:28:21 chr3 39161456 . G A 293.04 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0490704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1114;QD=27.9086;RBI=0.052006;REFB=0.03303;REVB=-0.0172255;RO=16;SAF=17;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155825;STB=0.586139;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0249765;OID=.;OPOS=39161456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:9:17:7:9:9:17:7:9 chr3 39161464 . G A 292.0 PASS AF=0.577778;AO=25;DP=43;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0296042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.659;QD=25.9555;RBI=0.031121;REFB=-0.0273105;REVB=0.00959739;RO=17;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962864;STB=0.561356;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00627668;OID=.;OPOS=39161464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:17:19:25:26:0.577778:10:15:8:9:10:16:9:10 chr3 39180099 . T C 386.52 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0155035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.746;QD=18.1889;RBI=0.0228029;REFB=0.0218104;REVB=-0.0167216;RO=45;SAF=17;SAR=23;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205917;STB=0.614703;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0301912;OID=.;OPOS=39180099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:23:17:29:16:23:17:29:16 chr3 39180263 . G A 226.42 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00637171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.556;QD=13.5173;RBI=0.0483392;REFB=-0.0140461;REVB=0.0479175;RO=40;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843064;STB=0.548137;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0219018;OID=.;OPOS=39180263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:12:15:19:21:12:15:19:21 chr3 39184959 . C T 229.47 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0153514;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.992;QD=17.6518;RBI=0.0407342;REFB=-0.00857809;REVB=-0.0377308;RO=27;SAF=8;SAR=17;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319577;STB=0.679856;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0118608;OID=.;OPOS=39184959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:17:8:18:9:17:8:18:9 chr3 39185077 . G A 110.66 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.013972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.681;QD=15.2636;RBI=0.0371058;REFB=-0.0326857;REVB=0.0343747;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154499;STB=0.589338;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0331635;OID=.;OPOS=39185077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:10:6:7:6:10:6 chr3 39185248 . A G 141.74 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0163113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.339;QD=17.1809;RBI=0.0347792;REFB=0.00243626;REVB=-0.030717;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112057;STB=0.545398;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00247538;OID=.;OPOS=39185248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:7:8:7:10:8:8:7:10 chr3 39186728 . C T 588.8 PASS AF=0.595506;AO=53;DP=89;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.000996098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.168;QD=26.4628;RBI=0.00644374;REFB=-0.0464113;REVB=0.00636629;RO=35;SAF=28;SAR=25;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518943;STB=0.533886;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0323718;OID=.;OPOS=39186728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:35:36:53:53:0.595506:25:28:16:19:25:28:16:20 chr3 39226127 . C T 214.2 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00172455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.914;QD=14.7723;RBI=0.013491;REFB=-0.019685;REVB=-0.0133804;RO=32;SAF=7;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175007;STB=0.593328;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0237883;OID=.;OPOS=39226127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:18:7:14:18:18:7:14:19 chr3 39227664 . G A 309.93 PASS AF=0.5;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00344526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.066;QD=18.7834;RBI=0.0100494;REFB=-0.0223906;REVB=0.00944034;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404696;STB=0.515571;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0153529;OID=.;OPOS=39227664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:32:33:0.5:18:14:13:20:19:14:13:20 chr3 39228043 . T G 142.87 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00555237;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.545;QD=13.6063;RBI=0.00740147;REFB=-0.010947;REVB=-0.00489418;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29751;STB=0.676099;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0172261;OID=.;OPOS=39228043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:26:15:16:0.380952:7:8:7:20:7:9:7:19 chr3 39229900 . T C 1363.76 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.984;QD=61.2925;RBI=0.0285972;REFB=-0.196864;REVB=0.0127552;RO=1;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129795;STB=0.506848;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00091679;OID=.;OPOS=39229900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:36:51:0:1:36:52:0:1 chr3 39230997 . A G 274.44 PASS AF=0.330275;AO=35;DP=108;FAO=36;FDP=109;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.020167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.135;QD=10.0713;RBI=0.0307131;REFB=-0.013195;REVB=-0.0231644;RO=73;SAF=22;SAR=13;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16009;STB=0.5801;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0327405;OID=.;OPOS=39230997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:73:73:35:36:0.330275:13:22:36:37:14:22:36:37 chr3 39323163 . A C 920.92 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0266793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.878;QD=56.6722;RBI=0.0359028;REFB=0.036132;REVB=0.0240255;RO=1;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145288;STB=0.50746;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000218774;OID=.;OPOS=39323163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:32:31:0:1:33:31:0:1 chr3 39431081 . G A 487.17 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00422833;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.426;QD=59.0511;RBI=0.00510357;REFB=0;REVB=0.00285791;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4297e-05;OID=.;OPOS=39431081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr3 40231883 . C T 1338.27 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.846;QD=60.1468;RBI=0.142225;REFB=0;REVB=0.0978701;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00427872;OID=.;OPOS=40231883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:89:0:0:81:89:1:45:36:0:0:53:36:0:0 chr3 40286017 . T C 1505.91 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341811;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.964;QD=61.4657;RBI=0.0384897;REFB=0;REVB=0.0176949;RO=0;SAF=31;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153808;OID=.;OPOS=40286017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:98:0:0:90:98:1:59:31:0:0:64:34:0:0 chr3 40286018 . G C 34.99 PASS AF=0.0918367;AO=9;DP=98;FAO=9;FDP=98;FR=.;FRO=89;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=58;FWDB=-0.131597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1269;QD=1.42799;RBI=0.137451;REFB=-0.0687108;REVB=-0.039689;RO=89;SAF=3;SAR=6;SRF=31;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190521;STB=0.515118;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.121729;OID=.;OPOS=40286018;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:98:98:89:89:9:9:0.0918367:6:3:31:58:6:3:31:58 chr3 40351484 . C T 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5996;QD=59.8332;RBI=0.111786;REFB=0;REVB=0.00434714;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863222;OID=.;OPOS=40351484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr3 40435890 . A G 35.78 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0981552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8415;QD=6.22186;RBI=0.102583;REFB=-0.0390578;REVB=-0.0298134;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100585;STB=0.565004;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.132497;OID=.;OPOS=40435890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:7:10:3:3:7:10 chr3 40468896 . C T 512.7 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.021691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.196;QD=20.3049;RBI=0.0223763;REFB=-0.00947433;REVB=-0.0054954;RO=49;SAF=24;SAR=28;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114161;STB=0.56295;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0155104;OID=.;OPOS=40468896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:28:24:29:20:28:24:29:20 chr3 40499182 . C T 500.69 PASS AF=0.618421;AO=46;DP=76;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0664674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4505;QD=26.3519;RBI=0.0780869;REFB=-0.0362755;REVB=0.0409836;RO=28;SAF=26;SAR=20;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457196;STB=0.522175;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0264668;OID=.;OPOS=40499182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:28:29:46:47:0.618421:20:26:14:14:20:27:15:14 chr3 40503520 . A ACTG,G 73.82 PASS AF=0.6,0.2;AO=4,2;DP=15;FAO=6,2;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5,0;FSAR=1,2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0919695,0.0372892;FXX=0.166528;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=134.422,87.957;QD=29.5288;RBI=0.0947151,0.0650819;REFB=-0.1327,-0.0493607;REVB=0.0226398,0.0533402;RO=9;SAF=3,0;SAR=1,2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.233048,-0.751971;STB=0.583085,0.994977;STBP=0.683,0.131;TYPE=ins,snp;VARB=0.0576142,0.0933758;OID=.,.;OPOS=40503521,40503520;OREF=-,A;OALT=CTG,G;OMAPALT=ACTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:15:10:9:2:4,2:6,2:0.6,0.2:1,2:3,0:8:1:1,2:5,0:2:0 chr3 40519429 . T C 323.08 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00836235;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.289;QD=47.8645;RBI=0.0246846;REFB=-0.0615596;REVB=-0.023225;RO=2;SAF=9;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09246;STB=0.549959;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00567316;OID=.;OPOS=40519429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:16:9:2:0:16:9:2:0 chr3 40523409 . T G 523.52 PASS AF=0.495495;AO=54;DP=110;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0162287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.314;QD=18.8654;RBI=0.0169889;REFB=-0.0220361;REVB=0.00502524;RO=56;SAF=32;SAR=22;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700577;STB=0.54242;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0183661;OID=.;OPOS=40523409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:56:56:54:55:0.495495:22:32:29:27:22:33:29:27 chr3 40559078 . G C 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00963214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5827;QD=18.4384;RBI=0.0122351;REFB=-0.00514924;REVB=0.00754443;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031042;STB=0.517353;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00811387;OID=.;OPOS=40559078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:13:16:15:14:13:16:15:14 chr3 41841716 . A C 240.71 PASS AF=0.474576;AO=24;DP=55;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00523355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0942;QD=16.3191;RBI=0.0304221;REFB=-0.0221948;REVB=0.0299686;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569455;STB=0.506694;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.067684;OID=.;OPOS=41841716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:29:31:24:28:0.474576:11:13:14:15:15:13:14:17 chr3 41910571 . T C 81.11 PASS AF=0.384615;AO=7;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0280475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3646;QD=12.4788;RBI=0.0529743;REFB=0.0294443;REVB=-0.0449401;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237604;STB=0.580483;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0263534;OID=.;OPOS=41910571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:26:10:15:7:10:0.384615:6:1:3:7:6:4:8:7 chr3 41925398 . C T 1540.31 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.556;QD=59.8179;RBI=0.0281401;REFB=0;REVB=0.0271526;RO=0;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23404e-05;OID=.;OPOS=41925398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:59:44:0:0:59:44:0:0 chr3 41925423 . T C 1534.39 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00783971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.849;QD=62.628;RBI=0.0119507;REFB=-0.147335;REVB=0.00901987;RO=1;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797141;STB=0.504201;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000740823;OID=.;OPOS=41925423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:1:1:97:97:0.989796:59:38:0:1:59:38:0:1 chr3 41937000 . C T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.963;QD=59.1424;RBI=0.0295264;REFB=0;REVB=-0.00133347;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21178e-05;OID=.;OPOS=41937000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr3 41939993 . T A 656.63 PASS AF=1;AO=26;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.205239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.856;QD=61.0821;RBI=0.217987;REFB=0;REVB=-0.0734526;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0252041;OID=.;OPOS=41939993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:26:43:1:16:10:0:0:25:18:0:0 chr3 41957466 . T G 803.39 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00379572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.021;QD=55.4059;RBI=0.0365088;REFB=-0.141387;REVB=0.0363109;RO=1;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192443;STB=0.510201;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000871113;OID=.;OPOS=41957466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:24:33:0:1:24:33:0:1 chr3 41960006 . T C 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.397;QD=55.0931;RBI=0.0990907;REFB=0;REVB=0.0948342;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139509;OID=.;OPOS=41960006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr3 41996136 . T C 1173.89 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.042233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.608;QD=57.9696;RBI=0.048443;REFB=-0.119807;REVB=0.0237297;RO=1;SAF=41;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114068;STB=0.511902;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000401821;OID=.;OPOS=41996136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:1:2:79:79:0.975309:38:41:1:0:38:41:2:0 chr3 42236415 . A G 45.05 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0771823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1205;QD=7.83495;RBI=0.0851819;REFB=-0.0184482;REVB=-0.0360396;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21358;STB=0.631241;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0287883;OID=.;OPOS=42236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:4:12:4:3:4:12 chr3 42244321 . G A 432.8 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0101288;FXX=0.0180164;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.081;QD=15.8827;RBI=0.010814;REFB=-0.0260735;REVB=-0.00378811;RO=59;SAF=12;SAR=36;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386742;STB=0.725022;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0298472;OID=.;OPOS=42244321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:59:61:48:48:0.440367:36:12:37:22:36:12:39:22 chr3 42304784 . A G 698.81 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.116651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1906;QD=54.8082;RBI=0.14857;REFB=-0.0111448;REVB=-0.0920083;RO=1;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149453;STB=0.507933;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00217166;OID=.;OPOS=42304784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:31:19:0:1:31:19:0:1 chr3 42438754 . T C 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.050289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0861;QD=12.083;RBI=0.0523943;REFB=0.00465772;REVB=-0.0147027;RO=35;SAF=7;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171839;STB=0.599902;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00972849;OID=.;OPOS=42438754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:14:7:17:18:14:7:17:18 chr3 42568929 . T C 75.6 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0143398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.79;QD=11.6313;RBI=0.0309804;REFB=-0.00206446;REVB=-0.0274619;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261436;STB=0.653567;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00408723;OID=.;OPOS=42568929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:4:12:5:5:4:12 chr3 42599091 . G A 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0282421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.156;QD=19.0005;RBI=0.0312627;REFB=-0.0160126;REVB=-0.0134067;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104463;STB=0.55937;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0156652;OID=.;OPOS=42599091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:9:8:10:7:9:8 chr3 42610374 . A G 206.55 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00496528;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.354;QD=22.9502;RBI=0.0150553;REFB=-0.0139511;REVB=0.014213;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149104;STB=0.583252;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0133689;OID=.;OPOS=42610374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:16:20:20:0.555556:10:10:11:5:10:10:11:5 chr3 42610515 . G A 88.07 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.021616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.089;QD=14.0917;RBI=0.0291396;REFB=-0.050228;REVB=0.0195414;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250796;STB=0.514679;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0579383;OID=.;OPOS=42610515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:6:8:6:5:6:8 chr3 42636141 . G A 48.9 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.131944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.771;QD=13.9716;RBI=0.13195;REFB=-0.0237748;REVB=0.00123434;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.594352;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0262988;OID=.;OPOS=42636141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:13:14:6:7:6:7:0.5:5:1:1:5:5:2:1:6 chr3 42700456 . C T 322.44 PASS AF=0.391304;AO=32;DP=87;FAO=36;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0299579;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.342;QD=14.0192;RBI=0.0422504;REFB=-0.0206571;REVB=-0.029793;RO=38;SAF=20;SAR=12;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124007;STB=0.604259;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0196646;OID=.;OPOS=42700456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:92:38:56:32:36:0.391304:12:20:19:19:15:21:23:33 chr3 42700630 . A G 326.91 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0189102;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.344;QD=14.8594;RBI=0.0304325;REFB=-0.00753457;REVB=-0.0238441;RO=53;SAF=23;SAR=13;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14036;STB=0.573449;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0120073;OID=.;OPOS=42700630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:53:52:36:36:0.409091:13:23:27:26:13:23:27:25 chr3 42717967 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00952095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.673;QD=18.8207;RBI=0.0116732;REFB=-0.0302046;REVB=0.00675385;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670073;STB=0.538397;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.012918;OID=.;OPOS=42717967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:5:5:5:7:5:5 chr3 42728144 . A G 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00220717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.35;QD=21.2932;RBI=0.0241555;REFB=0.00112262;REVB=-0.0240545;RO=23;SAF=18;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111201;STB=0.591164;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00240753;OID=.;OPOS=42728144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:25:25:25:0.5:7:18:14:9:7:18:14:11 chr3 42733468 . T C 275.96 PASS AF=0.491803;AO=31;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0937311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.303;QD=18.0958;RBI=0.093804;REFB=-0.00884839;REVB=0.0036961;RO=28;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137695;STB=0.524574;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00665339;OID=.;OPOS=42733468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:31:31:30:0.491803:15:16:14:14:15:15:17:14 chr3 42772038 . A T 344.69 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00544703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.259;QD=21.8852;RBI=0.00548843;REFB=-0.0236087;REVB=-0.000672818;RO=27;SAF=12;SAR=23;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23068;STB=0.620395;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0159037;OID=.;OPOS=42772038;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:28:35:35:0.555556:23:12:17:10:23:12:17:11 chr3 42787469 . A G 228.68 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0169104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4169;QD=16.0479;RBI=0.0558265;REFB=-0.0161938;REVB=-0.0532038;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101127;STB=0.55692;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0259247;OID=.;OPOS=42787469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:15:11:10:21:15:11:10:21 chr3 42826168 . A G 69.27 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0684262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.5956;QD=30.7855;RBI=0.0699621;REFB=0.0340622;REVB=-0.0145792;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.545344;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.000598515;OID=.;OPOS=42826168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:8:8:0.888889:5:3:0:0:5:3:0:1 chr3 42915878 . C T 343.78 PASS AF=0.468354;AO=26;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.025345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3562;QD=17.4064;RBI=0.052688;REFB=-0.0293883;REVB=-0.0461915;RO=41;SAF=18;SAR=8;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505528;STB=0.602785;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0296594;OID=.;OPOS=42915878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:26:37:0.468354:8:18:30:11:17:20:30:11 chr3 42915879 . G T 48.57 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=20;FWDB=-0.025127;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.29;QD=2.45942;RBI=0.0274731;REFB=-0.0315239;REVB=0.0111087;RO=62;SAF=1;SAR=9;SRF=48;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.70645;STB=0.938784;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0989889;OID=.;OPOS=42915879;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:72:79:62:69:10:10:0.126582:9:1:48:14:9:1:49:20 chr3 42917047 . A G 1171.84 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.512;QD=60.8748;RBI=0.0351782;REFB=0;REVB=0.0342536;RO=0;SAF=24;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54445e-05;OID=.;OPOS=42917047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:50:24:0:0:53:24:0:0 chr3 42956273 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.722;QD=59.8391;RBI=0.068605;REFB=0;REVB=0.0513243;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739425;OID=.;OPOS=42956273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr3 43074430 . A G 227.75 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00232593;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.639;QD=27.6061;RBI=0.00342981;REFB=-0.0468797;REVB=-0.00252064;RO=13;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12859;STB=0.556468;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0197788;OID=.;OPOS=43074430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:33:13:12:21:21:0.636364:12:9:8:5:12:9:7:5 chr3 43074871 . A G 2168.02 PASS AF=1;AO=137;DP=141;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663063;FXX=0.0384591;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.715;QD=57.8138;RBI=0.0210689;REFB=0;REVB=0.0199984;RO=0;SAF=70;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00812532;OID=.;OPOS=43074871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:150:0:0:137:150:1:67:70:0:0:77:73:0:0 chr3 43074872 . C G 58.79 PASS AF=0.0993789;AO=14;DP=159;FAO=16;FDP=161;FR=.;FRO=145;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=72;FSRR=73;FWDB=-0.020721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6285;QD=1.4607;RBI=0.0217929;REFB=-0.0129214;REVB=0.0067507;RO=145;SAF=4;SAR=10;SRF=72;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247358;STB=0.728142;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0182265;OID=.;OPOS=43074872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:159:161:145:145:14:16:0.0993789:10:4:72:73:12:4:72:73 chr3 43095101 . A G 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00254303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.814;QD=14.6983;RBI=0.00461183;REFB=0.0027639;REVB=0.00384734;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041821;STB=0.524241;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.0040864;OID=.;OPOS=43095101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:9:7:11:12:9:7:11:12 chr3 43121559 . C T 893.7 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.516;QD=57.6581;RBI=0.0308794;REFB=0;REVB=0.0306017;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121604;OID=.;OPOS=43121559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:32:28:0:0:34:28:0:0 chr3 43122966 . G A 237.27 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0878862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.457;QD=11.574;RBI=0.0879006;REFB=-0.00121488;REVB=0.00159153;RO=52;SAF=11;SAR=18;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115681;STB=0.573592;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00450389;OID=.;OPOS=43122966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:53:29:29:0.353659:18:11:25:27:18:11:26:27 chr3 43390387 . C CT 556.65 PASS AF=1;AO=49;DP=67;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056888;FXX=0.0468677;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.2059;QD=36.5017;RBI=0.125417;REFB=-0.026908;REVB=-0.111772;RO=13;SAF=28;SAR=21;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111623;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00277102;OID=.;OPOS=43390388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:67:61:61:0:37:24:0:0:8:13:28:21:11:2 chr3 43392356 . G A,GTA 818.32 PASS AF=0.106061,0.833333;AO=8,53;DP=75;FAO=7,55;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=0,29;FSAR=7,26;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0129256,0.0585057;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=108.045,185.082;QD=49.5949;RBI=0.0649273,0.0758864;REFB=-0.0814276,-0.168181;REVB=0.0636277,0.0483304;RO=14;SAF=0,28;SAR=8,25;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.819384,-0.101353;STB=0.998177,0.532246;STBP=0,0.073;TYPE=snp,ins;VARB=0.0274094,0.00632865;OID=.,.;OPOS=43392356,43392357;OREF=G,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:75:66:14:4:8,53:7,55:0.106061,0.833333:8,25:0,28:11:3:7,26:0,29:4:0 chr3 43414318 . A G 1517.95 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.313;QD=59.5274;RBI=0.0356544;REFB=0;REVB=0.0148182;RO=0;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15078e-05;OID=.;OPOS=43414318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:102:0:0:99:102:1:55:44:0:0:57:45:0:0 chr3 43602803 . C T 619.73 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0632949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.4985;QD=59.0219;RBI=0.0649198;REFB=-0.120723;REVB=0.0144341;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240543;STB=0.512814;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00290684;OID=.;OPOS=43602803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:22:19:1:0:22:19:1:0 chr3 43607136 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297397;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.335;QD=51.1846;RBI=0.0297618;REFB=0;REVB=0.00114668;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16151e-05;OID=.;OPOS=43607136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr3 44283672 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5353;QD=37.4885;RBI=0.118564;REFB=0;REVB=-0.111278;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00509311;OID=.;OPOS=44283672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr3 44283808 . C A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.195;QD=57.6807;RBI=0.0441926;REFB=0;REVB=0.0441249;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33622e-05;OID=.;OPOS=44283808;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr3 44284584 . G A 180.89 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00428198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.515;QD=12.921;RBI=0.0199391;REFB=-0.00817764;REVB=-0.0194739;RO=34;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147695;STB=0.585205;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.018855;OID=.;OPOS=44284584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:14:8:17:17:14:8:17:17 chr3 44540791 . TTC T 674.45 PASS AF=0.967213;AO=53;DP=58;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0110871;FXX=0.031741;HRUN=5;LEN=2;MLLD=328.527;QD=44.226;RBI=0.0182639;REFB=0.0410781;REVB=-0.0145136;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501399;STBP=0.877;TYPE=del;VARB=-0.00131146;OID=.;OPOS=44540792;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.967213:53:58:59:61:2:27:32:1:1:4:0:24:29:0:0 chr3 44607013 . T C 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0139142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.21;QD=17.542;RBI=0.0160862;REFB=-0.0192835;REVB=-0.00807231;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300857;STB=0.517218;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0186891;OID=.;OPOS=44607013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:8:8:7:8:8:8 chr3 44611896 . A G 152.83 PASS AF=0.313433;AO=20;DP=68;FAO=21;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00368742;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2735;QD=9.12445;RBI=0.01082;REFB=-0.0183664;REVB=0.0101723;RO=28;SAF=2;SAR=18;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384491;STB=0.831998;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0649213;OID=.;OPOS=44611896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:28:46:20:21:0.313433:18:2:9:19:19:2:21:25 chr3 44612050 . C T 507.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.806;QD=58.0147;RBI=0.0827617;REFB=0;REVB=0.0174546;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000870685;OID=.;OPOS=44612050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:21:14:0:0 chr3 44612895 . C G 180.84 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00473794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.609;QD=13.9104;RBI=0.0173645;REFB=-0.00201303;REVB=0.0167056;RO=31;SAF=15;SAR=6;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314893;STB=0.68164;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00268417;OID=.;OPOS=44612895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:6:15:13:18:6:15:13:18 chr3 44637799 . T C 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.117095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.912;QD=8.73783;RBI=0.117455;REFB=-0.00922033;REVB=-0.0091914;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192227;STB=0.618777;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0100528;OID=.;OPOS=44637799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:10:10:6:3:10:10 chr3 44640492 . G A 105.83 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00834791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.177;QD=23.5174;RBI=0.015207;REFB=-0.028365;REVB=0.0127108;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134614;STB=0.583194;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0133202;OID=.;OPOS=44640492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:5:6:11:12:0.666667:4:7:2:3:5:7:2:4 chr3 44692564 . C G 294.31 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0170187;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6222;QD=17.3123;RBI=0.0170194;REFB=-0.0244803;REVB=0.00015342;RO=35;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524244;STB=0.529393;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0252143;OID=.;OPOS=44692564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:35:36:31:32:0.470588:15:16:20:15:16:16:20:16 chr3 44700347 . G A 234.47 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00137397;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.212;QD=24.0482;RBI=0.00586569;REFB=-0.0420163;REVB=-0.0057025;RO=17;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400618;STB=0.522367;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0313212;OID=.;OPOS=44700347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:17:17:22:22:0.564103:14:8:7:10:14:8:7:10 chr3 44763037 . A C 91.23 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00134492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.852;QD=17.3773;RBI=0.0325619;REFB=-0.00426284;REVB=0.0325341;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185184;STB=0.621126;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00235897;OID=.;OPOS=44763037;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:10:10:10:11:0.52381:3:7:5:5:3:8:5:5 chr3 44775962 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0161923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.639;QD=18.8286;RBI=0.0162474;REFB=0.0035656;REVB=0.00133657;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176201;STB=0.5999;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00232447;OID=.;OPOS=44775962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:12:8:13:9:12:8:13:9 chr3 44777795 . CT TC 180.84 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00688049;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=2;MLLD=218.661;QD=22.6057;RBI=0.00785246;REFB=0.0071871;REVB=0.00378418;RO=13;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114146;STB=0.580895;STBP=0.308;TYPE=mnp;VARB=-0.00411188;OID=.;OPOS=44777795;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:7:11:6:7:7:11:6:8 chr3 44869026 . A T 2546.25 PASS AF=0.955556;AO=173;DP=181;FAO=172;FDP=180;FR=.;FRO=8;FSAF=99;FSAR=73;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0379661;FXX=0.00552456;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4452;QD=56.5833;RBI=0.103175;REFB=-0.0871032;REVB=0.095936;RO=3;SAF=99;SAR=74;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00312939;STB=0.509097;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00286518;OID=.;OPOS=44869026;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:181:180:3:8:173:172:0.955556:74:99:2:1:73:99:3:5 chr3 44884647 . C A 225.21 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0259981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.704;QD=15.2683;RBI=0.0380369;REFB=-0.0308713;REVB=-0.0277652;RO=33;SAF=4;SAR=22;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227598;STB=0.631033;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0296699;OID=.;OPOS=44884647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:22:4:10:23:22:4:10:23 chr3 44929287 . G C 429.61 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0558755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5989;QD=22.6109;RBI=0.0584474;REFB=-0.0285051;REVB=0.0171473;RO=34;SAF=18;SAR=24;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139705;STB=0.507689;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0176373;OID=.;OPOS=44929287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:24:18:14:20:24:18:14:20 chr3 44943069 . C T 352.18 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222045;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.864;QD=52.1747;RBI=0.0239194;REFB=-0.00621142;REVB=0.0088936;RO=1;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841069;STB=0.545418;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000141841;OID=.;OPOS=44943069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:27:1:1:26:26:0.962963:5:21:0:1:5:21:0:1 chr3 44943389 . G A 551.09 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00383718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7397;QD=56.5224;RBI=0.0795387;REFB=0.00690979;REVB=0.079446;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.513506;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000733921;OID=.;OPOS=44943389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:0:1:37:38:0.974359:18:19:0:0:20:18:1:0 chr3 44948479 . C T 803.47 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.527;QD=55.4119;RBI=0.0337584;REFB=0.00225732;REVB=0.022032;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184904;STB=0.5098;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=6.35522e-05;OID=.;OPOS=44948479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:32:25:1:0:32:25:1:0 chr3 44948590 . G A 955.04 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.847;QD=58.7714;RBI=0.021088;REFB=0;REVB=0.0128192;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27695e-05;OID=.;OPOS=44948590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr3 44968319 . CT C 335.03 PASS AF=0.95;AO=34;DP=54;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0269755;FXX=0.0163908;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.94886;QD=22.3356;RBI=0.147859;REFB=0.032883;REVB=0.145377;RO=12;SAF=29;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912755;STB=0.517235;STBP=0.325;TYPE=del;VARB=0.0299892;OID=.;OPOS=44968320;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95:34:54:57:60:3:42:15:3:0:5:12:29:5:9:3 chr3 45052775 . G C 2274.25 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.893;QD=63.6153;RBI=0.0182441;REFB=0;REVB=0.0141784;RO=0;SAF=67;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56404e-05;OID=.;OPOS=45052775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:76:67:0:0:76:67:0:0 chr3 45077123 . G A 688.57 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0422851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.33;QD=55.0854;RBI=0.0487358;REFB=-0.0723068;REVB=0.0242311;RO=4;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815158;STB=0.543459;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00064583;OID=.;OPOS=45077123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:50:50:4:4:46:46:0.92:21:25:0:4:21:25:0:4 chr3 45127515 . T C 1002.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0788187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0696;QD=58.9784;RBI=0.102527;REFB=0;REVB=0.0655701;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129499;OID=.;OPOS=45127515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:42:25:0:0:42:26:0:0 chr3 45130609 . G A 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0147329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.475;QD=22.3411;RBI=0.016388;REFB=-0.0273702;REVB=0.00717697;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143909;STB=0.580895;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0155775;OID=.;OPOS=45130609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:7:11:6:8:7:11:6:8 chr3 45134822 . T C 789.25 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117226;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.781;QD=64.4282;RBI=0.0250654;REFB=0;REVB=-0.0250379;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.96642e-05;OID=.;OPOS=45134822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr3 45153708 . G A 645.55 PASS AF=0.528926;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00811938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5313;QD=21.3406;RBI=0.00895285;REFB=-0.0146834;REVB=-0.00377216;RO=55;SAF=22;SAR=42;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176512;STB=0.598034;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0173959;OID=.;OPOS=45153708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:55:57:64:64:0.528926:42:22:30:25:42:22:31:26 chr3 45297083 . C T 192.83 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.008235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3226;QD=14.8333;RBI=0.0401211;REFB=0.0161181;REVB=0.0392669;RO=30;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00950606;STB=0.50543;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.020854;OID=.;OPOS=45297083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:13:9:12:18:13:9:12:18 chr3 45527218 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.186;QD=57.7123;RBI=0.0192344;REFB=0;REVB=0.0136651;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29524e-07;OID=.;OPOS=45527218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr3 45533224 . G A 1212.41 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041841;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.309;QD=61.3879;RBI=0.0456648;REFB=0;REVB=0.0182921;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.27935e-05;OID=.;OPOS=45533224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr3 45559519 . T C 1297.64 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.627;QD=61.7922;RBI=0.038557;REFB=0;REVB=0.0228874;RO=0;SAF=30;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.39174e-06;OID=.;OPOS=45559519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:53:30:0:0:53:31:0:0 chr3 45565554 . A G 2329.37 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431203;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.71;QD=63.8184;RBI=0.0462441;REFB=0;REVB=-0.016708;RO=0;SAF=57;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.295e-05;OID=.;OPOS=45565554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:146:0:0:145:146:1:88:57:0:0:88:58:0:0 chr3 45637253 . C T 929.44 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00280739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.305;QD=55.4891;RBI=0.0153197;REFB=-0.118951;REVB=0.0150603;RO=2;SAF=36;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255209;STB=0.513509;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-3.81242e-05;OID=.;OPOS=45637253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:29:36:2:0:29:36:2:0 chr3 45637439 . T C 3352.11 PASS AF=1;AO=182;DP=215;FAO=214;FDP=214;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=108;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305406;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.488;QD=62.6562;RBI=0.0704295;REFB=0;REVB=0.0634633;RO=0;SAF=106;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24841e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.83434e-05;OID=.;OPOS=45637439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:214:0:0:182:214:1:76:106:0:0:106:108:0:0 chr3 45722654 . C G 195.18 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0093356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3629;QD=14.1946;RBI=0.0338629;REFB=-0.0400201;REVB=-0.0325506;RO=32;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265306;STB=0.651035;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0336808;OID=.;OPOS=45722654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:9:14:11:21:9:14:11:21 chr3 45730482 . C G 222.8 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00153097;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1432;QD=16.5039;RBI=0.0694388;REFB=-0.0118197;REVB=0.0694219;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197345;STB=0.610695;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0155246;OID=.;OPOS=45730482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:13:12:8:21:13:12:8:21 chr3 45779136 . A T 315.26 PASS AF=0.540984;AO=32;DP=60;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00464926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.376;QD=20.6731;RBI=0.0222107;REFB=-0.015319;REVB=0.0217187;RO=27;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976323;STB=0.537291;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0140221;OID=.;OPOS=45779136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:28:32:33:0.540984:14:18:12:15:15:18:13:15 chr3 45799922 . T C 244.91 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.013954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4428;QD=15.5498;RBI=0.0644154;REFB=-0.000101864;REVB=0.0628858;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655511;STB=0.555516;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00184711;OID=.;OPOS=45799922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:35:27:28:0.444444:13:14:21:15:14:14:21:14 chr3 45811713 . C T 1000.62 PASS AF=0.454545;AO=105;DP=231;FAO=105;FDP=231;FR=.;FRO=126;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=68;FSRR=58;FWDB=-0.0129913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.796;QD=17.3268;RBI=0.0167518;REFB=-0.0063115;REVB=-0.0105758;RO=125;SAF=57;SAR=48;SRF=68;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00113026;STB=0.501744;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00756361;OID=.;OPOS=45811713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:125:126:105:105:0.454545:48:57:68:57:48:57:68:58 chr3 45811740 . C T 866.18 PASS AF=0.439252;AO=94;DP=215;FAO=94;FDP=214;FR=.;FRO=120;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=61;FSRR=59;FWDB=0.0140705;FXX=0.0138242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.171;QD=16.1903;RBI=0.0672091;REFB=-0.0170054;REVB=-0.0657197;RO=119;SAF=48;SAR=46;SRF=61;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00197772;STB=0.501293;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0102753;OID=.;OPOS=45811740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:119:120:94:94:0.439252:46:48:61:58:46:48:61:59 chr3 45817418 . A G 198.35 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0151022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.238;QD=13.2232;RBI=0.0521412;REFB=-0.0208021;REVB=-0.0499062;RO=36;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367567;STB=0.70951;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0252449;OID=.;OPOS=45817418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:8:16:11:25:8:16:11:25 chr3 45821573 . G C 132.37 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0250872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.932;QD=15.1279;RBI=0.0258456;REFB=-0.0224585;REVB=0.00621521;RO=20;SAF=3;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345039;STB=0.702404;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0434468;OID=.;OPOS=45821573;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:12:3:10:10:12:3:10:10 chr3 45959515 . A T 823.04 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271459;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.9;QD=55.7993;RBI=0.030698;REFB=-0.138778;REVB=0.0143341;RO=1;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149748;STB=0.507934;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=5.30118e-05;OID=.;OPOS=45959515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:1:1:58:58:0.983051:31:27:0:1:31:27:0:1 chr3 45989044 . T G 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0113723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.793;QD=9.47551;RBI=0.0174829;REFB=-0.00920126;REVB=0.0132787;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132937;STB=0.580488;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0195416;OID=.;OPOS=45989044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:8:13:5:5:8:13 chr3 45989461 . C A 211.64 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.0309491;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.174;QD=11.5968;RBI=0.0362028;REFB=-0.0238532;REVB=-0.0187829;RO=47;SAF=21;SAR=5;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219554;STB=0.628991;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.044753;OID=.;OPOS=45989461;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:5:21:31:16:5:21:31:16 chr3 45989519 . T C 277.09 PASS AF=0.340206;AO=32;DP=96;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.00313685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.236;QD=11.4263;RBI=0.00490228;REFB=0.0020303;REVB=-0.0037673;RO=62;SAF=23;SAR=9;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175714;STB=0.611394;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00453899;OID=.;OPOS=45989519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:62:64:32:33:0.340206:9:23:36:26:9:24:37:27 chr3 45996761 . G A 2102.65 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.285;QD=62.7658;RBI=0.011459;REFB=0;REVB=-0.00334108;RO=0;SAF=61;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.72667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11584e-05;OID=.;OPOS=45996761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:73:61:0:0:73:61:0:0 chr3 46003735 . C T 424.96 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0154938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4844;QD=18.8872;RBI=0.0156183;REFB=-0.0243789;REVB=-0.00196855;RO=46;SAF=25;SAR=18;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068492;STB=0.530817;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0265107;OID=.;OPOS=46003735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:47:43:43:0.477778:18:25:30:16:18:25:30:17 chr3 46005843 . C A 394.37 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00164265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.333;QD=19.9682;RBI=0.00184114;REFB=-0.0153869;REVB=-0.000831566;RO=39;SAF=15;SAR=25;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192695;STB=0.606975;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0275845;OID=.;OPOS=46005843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:25:15:23:16:25:15:23:16 chr3 46007823 . G T 341.16 PASS AF=0.555556;AO=39;DP=71;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0859839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.522;QD=18.9535;RBI=0.103764;REFB=-0.073874;REVB=0.0580843;RO=32;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104771;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0686047;OID=.;OPOS=46007823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:32:32:39:40:0.555556:20:19:16:16:20:20:16:16 chr3 46007825 . T C 389.58 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0193962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.567;QD=21.6433;RBI=0.0210673;REFB=0.000752274;REVB=-0.00822295;RO=33;SAF=20;SAR=19;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232132;STB=0.512814;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.000483457;OID=.;OPOS=46007825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:19:20:16:17:19:20:16:17 chr3 46008087 . G A 132.52 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0226509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.199;QD=15.145;RBI=0.0290816;REFB=-0.0235768;REVB=0.0182393;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329428;STB=0.519058;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0338946;OID=.;OPOS=46008087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:10:10:8:7:10:10 chr3 46009487 . G A 300.1 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=13;FWDB=-0.0143566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.947;QD=13.9582;RBI=0.0373673;REFB=-0.000615986;REVB=0.0344993;RO=51;SAF=23;SAR=11;SRF=38;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859849;STB=0.552645;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.000881516;OID=.;OPOS=46009487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:52:34:34:0.395349:11:23:38:13:11:23:39:13 chr3 46009491 . C T 578.21 PASS AF=0.604651;AO=52;DP=87;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=41;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0142198;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.414;QD=26.8936;RBI=0.0193531;REFB=-0.0104592;REVB=-0.0131278;RO=34;SAF=41;SAR=11;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112468;STB=0.561619;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00763702;OID=.;OPOS=46009491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:34:34:52:52:0.604651:11:41:23:11:11:41:23:11 chr3 46009864 . C G 618.96 PASS AF=0.629213;AO=52;DP=85;FAO=56;FDP=89;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0665778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.142;QD=27.8183;RBI=0.067037;REFB=-0.024224;REVB=-0.00783299;RO=33;SAF=26;SAR=26;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539888;STB=0.521522;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0167658;OID=.;OPOS=46009864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:33:33:52:56:0.629213:26:26:19:14:27:29:19:14 chr3 46010007 . T C 785.88 PASS AF=0.62069;AO=72;DP=116;FAO=72;FDP=116;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0172921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2793;QD=27.0994;RBI=0.0223843;REFB=-0.039667;REVB=0.0142141;RO=44;SAF=32;SAR=40;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251217;STB=0.513615;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0312971;OID=.;OPOS=46010007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:44:44:72:72:0.62069:40:32:18:26:40:32:18:26 chr3 46010077 . C T 1372.75 PASS AF=0.988889;AO=86;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0548026;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.654;QD=61.011;RBI=0.0610536;REFB=-0.0800783;REVB=0.0269112;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000658475;OID=.;OPOS=46010077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:86:89:0.988889:49:37:0:0:50:39:0:1 chr3 46021218 . G T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.954;QD=58.1421;RBI=0.0306547;REFB=0;REVB=9.67052e-05;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108866;OID=.;OPOS=46021218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr3 46063329 . T C 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0206086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.781;QD=12.1813;RBI=0.0661154;REFB=0.00310539;REVB=-0.0628214;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687321;STB=0.540901;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00891756;OID=.;OPOS=46063329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:7:8:6:4:7:8 chr3 46416470 . G T 787.25 PASS AF=0.966667;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0154016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3287;QD=52.4834;RBI=0.0546776;REFB=-0.0879046;REVB=0.0524636;RO=3;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398041;STB=0.513509;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00634939;OID=.;OPOS=46416470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:60:3:2:56:58:0.966667:34:22:0:3:36:22:0:2 chr3 46417312 . G T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.757;QD=55.6561;RBI=0.0413305;REFB=0;REVB=0.0365498;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169424;OID=.;OPOS=46417312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr3 46449978 . A C,T 992.67 PASS AF=0.955882,0.0441176;AO=64,3;DP=68;FAO=65,3;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34,3;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225119,-0.00610732;FXX=0.0144907;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=170.15,65.2351;QD=58.3925;RBI=0.0330902,0.02278;REFB=0,0;REVB=0.0330136,0.0219461;RO=0;SAF=33,3;SAR=31,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000662955,0.00774932;OID=.,.;OPOS=46449978,46449978;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:68:68:0:0:64,3:65,3:0.955882,0.0441176:31,0:33,3:0:0:31,0:34,3:0:0 chr3 46450070 . T A 853.55 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249095;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.264;QD=57.868;RBI=0.0647891;REFB=0;REVB=0.0598092;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019157;OID=.;OPOS=46450070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:25:33:0:0:25:34:0:0 chr3 46480801 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00984555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.057;QD=62.0213;RBI=0.0335522;REFB=0;REVB=0.0320751;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118875;OID=.;OPOS=46480801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr3 46484964 . G A 1097.26 PASS AF=1;AO=59;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.86;QD=60.1238;RBI=0.062279;REFB=0;REVB=0.0525926;RO=0;SAF=13;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384532;OID=.;OPOS=46484964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:59:73:1:46:13:0:0:47:26:0:0 chr3 46501213 . T C 1463.47 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0249253;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.322;QD=60.9779;RBI=0.0349224;REFB=0.0440276;REVB=0.0244603;RO=1;SAF=61;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771032;STB=0.503397;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.000385447;OID=.;OPOS=46501213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:1:2:94:94:0.979167:33:61:1:0:33:61:1:1 chr3 46501268 . C T 1415.4 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.869;QD=62.9067;RBI=0.0278893;REFB=0;REVB=0.0266784;RO=0;SAF=56;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18564e-05;OID=.;OPOS=46501268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:34:56:0:0:34:56:0:0 chr3 46501284 . C CCTT,T 1141.16 PASS AF=1,0;AO=73,3;DP=82;FAO=75,0;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46,0;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261021,0.00132519;FXX=0.0384566;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=224.247,56.1175;QD=60.8621;RBI=0.0191254,0.0269613;REFB=0,0;REVB=0.0189464,0.0269287;RO=6;SAF=46,1;SAR=27,2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00562299,-0.317885;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000150118,0;OID=.,.;OPOS=46501285,46501284;OREF=-,C;OALT=CTT,T;OMAPALT=CCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:75:6:0:73,3:75,0:1,0:27,2:46,1:4:2:29,0:46,0:0:0 chr3 46509712 . A G 241.69 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.020652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.528;QD=21.9721;RBI=0.0284857;REFB=-0.0173284;REVB=-0.0196197;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206751;STB=0.52172;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0146461;OID=.;OPOS=46509712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:21:22:23:0.522727:11:11:11:10:12:11:11:10 chr3 46580591 . G T 243.9 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0256968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.059;QD=15.2438;RBI=0.0556768;REFB=-0.0247651;REVB=-0.0493921;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00734069;STB=0.50234;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0385171;OID=.;OPOS=46580591;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:17:11:14:21:17:11:14:22 chr3 46620614 . T C 2615.57 PASS AF=0.994152;AO=169;DP=170;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0289378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1318;QD=61.183;RBI=0.058114;REFB=-0.0698994;REVB=0.0503969;RO=0;SAF=79;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502762;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000516576;OID=.;OPOS=46620614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:171:0:1:169:170:0.994152:90:79:0:0:90:80:0:1 chr3 46654132 . G A 1141.7 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.246;QD=59.3091;RBI=0.0364593;REFB=-0.0885846;REVB=0.0362295;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350425;OID=.;OPOS=46654132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:77:0:0:75:77:1:38:37:0:0:40:37:0:0 chr3 46658737 . A G 1157.61 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525677;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4877;QD=60.9267;RBI=0.0671151;REFB=0;REVB=0.0417261;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430703;OID=.;OPOS=46658737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr3 46713457 . C G 355.05 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0738403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2021;QD=16.324;RBI=0.0757417;REFB=0.0318561;REVB=0.0168648;RO=49;SAF=15;SAR=23;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971449;STB=0.554702;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0355918;OID=.;OPOS=46713457;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:23:15:24:25:23:15:24:25 chr3 46714821 . C G 243.1 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0123396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.272;QD=12.9654;RBI=0.0123837;REFB=-0.00985378;REVB=0.00104417;RO=45;SAF=18;SAR=11;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231941;STB=0.521724;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0190476;OID=.;OPOS=46714821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:46:29:29:0.386667:11:18:27:18:11:18:27:19 chr3 46722692 . G T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9316;QD=63.2863;RBI=0.0205224;REFB=0;REVB=0.0142699;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217466;OID=.;OPOS=46722692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr3 46723551 . G A 48.55 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00438546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1719;QD=12.9457;RBI=0.0668822;REFB=-0.00164681;REVB=0.0667383;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427406;STB=0.555391;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00545734;OID=.;OPOS=46723551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:15:15:8:8:6:7:0.466667:4:2:3:5:5:2:3:5 chr3 46729757 . C G 276.23 PASS AF=0.5;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.032864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1017;QD=17.8211;RBI=0.0397117;REFB=-0.0407969;REVB=0.0222928;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028787;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0401547;OID=.;OPOS=46729757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:31:30:31:0.5:15:15:17:15:15:16:16:15 chr3 46755937 . C T 215.95 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0177842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.366;QD=15.1541;RBI=0.0230437;REFB=-0.0105754;REVB=-0.0146539;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151217;STB=0.585706;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0180294;OID=.;OPOS=46755937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:11:14:13:19:11:14:13:19 chr3 46759010 . T G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0150186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.041;QD=9.49166;RBI=0.0647462;REFB=-0.0145009;REVB=-0.0629803;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439844;STB=0.772207;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0427158;OID=.;OPOS=46759010;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:17:18:9:9:0.333333:6:3:13:4:6:3:14:4 chr3 46933960 . C G 210.06 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0290807;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8465;QD=17.877;RBI=0.0290999;REFB=-0.0138264;REVB=-0.00105776;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134722;STB=0.576541;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0259852;OID=.;OPOS=46933960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:16:10:11:10:16:10 chr3 46944274 . T C 241.71 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00209872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4625;QD=16.9618;RBI=0.010125;REFB=-0.0164096;REVB=0.00990505;RO=27;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207666;STB=0.596707;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0142729;OID=.;OPOS=46944274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:30:27:27:0.473684:12:15:21:6:12:15:22:8 chr3 47018214 . T C 1047.74 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0123289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.632;QD=58.2077;RBI=0.014316;REFB=-0.0899025;REVB=-0.00727652;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000343198;OID=.;OPOS=47018214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:33:38:0:0:33:38:1:0 chr3 47036756 . C G 97.28 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0321224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5255;QD=12.971;RBI=0.0741527;REFB=-0.0154909;REVB=-0.0668339;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279999;STB=0.66637;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0186426;OID=.;OPOS=47036756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:9:3:9:9:9:3:9:9 chr3 47043538 . C T 382.85 PASS AF=0.419048;AO=45;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0120324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0057;QD=14.5847;RBI=0.0180149;REFB=-0.0150156;REVB=0.0134074;RO=59;SAF=30;SAR=15;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116319;STB=0.578514;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0185685;OID=.;OPOS=47043538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:61:45:44:0.419048:15:30:33:26:14:30:34:27 chr3 47043622 . G A 330.62 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0271971;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.858;QD=22.801;RBI=0.0360456;REFB=-0.0300423;REVB=0.0236559;RO=25;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586247;STB=0.532339;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0201838;OID=.;OPOS=47043622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:17:16:14:11:17:16:14:11 chr3 47045739 . C G 119.41 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0244685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.18;QD=13.2672;RBI=0.0270787;REFB=-0.00214832;REVB=0.0115995;RO=22;SAF=1;SAR=13;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362999;STB=0.72181;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00280951;OID=.;OPOS=47045739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:13:1:5:17:13:1:5:17 chr3 47045846 . C T 46.44 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0793905;FXX=0.0384468;HRUN=6;LEN=1;MLLD=53.2478;QD=7.42995;RBI=0.0956025;REFB=-0.0222906;REVB=0.0532633;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327529;STB=0.702782;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0619831;OID=.;OPOS=47045846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:25:25:18:18:7:7:0.28:3:4:5:13:3:4:5:13 chr3 47125385 . G A 264.02 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.0147834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.106;QD=15.3052;RBI=0.0149415;REFB=-0.0148996;REVB=-0.00216793;RO=39;SAF=26;SAR=4;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176696;STB=0.601347;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0211914;OID=.;OPOS=47125385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:4:26:30:9:4:26:30:9 chr3 47161214 . T C 48.33 PASS AF=0.388889;AO=8;DP=19;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0225452;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.442;QD=10.7393;RBI=0.0401065;REFB=-0.00503161;REVB=-0.03317;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131886;STB=0.624653;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0103883;OID=.;OPOS=47161214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:18:11:11:8:7:0.388889:4:4:4:7:3:4:4:7 chr3 47162661 . A G 294.17 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00585396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.635;QD=34.6079;RBI=0.0172659;REFB=-0.0205942;REVB=0.0162433;RO=9;SAF=13;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365898;STB=0.519984;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00569435;OID=.;OPOS=47162661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:12:13:4:5:12:13:4:5 chr3 47282303 . G A 254.74 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.023696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.345;QD=15.4389;RBI=0.0252281;REFB=-0.00309825;REVB=-0.00865757;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125492;STB=0.589414;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00244992;OID=.;OPOS=47282303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:34:37:29:29:0.439394:14:15:22:12:14:15:25:12 chr3 47322496 . C T 201.21 PASS AF=0.454545;AO=21;DP=46;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0316502;FXX=0.0434688;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5394;QD=18.2922;RBI=0.0710583;REFB=0.00445624;REVB=0.0636204;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975156;STB=0.562436;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.000965571;OID=.;OPOS=47322496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:25:24:21:20:0.454545:13:8:12:13:13:7:11:13 chr3 47385585 . C A 275.51 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0130768;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.912;QD=20.408;RBI=0.0155128;REFB=-0.0535456;REVB=0.00834544;RO=21;SAF=20;SAR=9;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220759;STB=0.516605;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0532022;OID=.;OPOS=47385585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:25:29:29:0.537037:9:20:15:6:9:20:18:7 chr3 47386059 . TG CC 762.08 PASS AF=1;AO=3;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.168969;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=54.5624;QD=54.4345;RBI=0.234693;REFB=0;REVB=0.162881;RO=0;SAF=1;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00384676;OID=.;OPOS=47386059;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:3:56:1:2:1:0:0:29:27:0:0 chr3 47449058 . T C 105.61 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0498505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.715;QD=35.2035;RBI=0.0757755;REFB=-0.144093;REVB=0.0570689;RO=1;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596689;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00327369;OID=.;OPOS=47449058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:10:11:0.916667:3:7:1:0:4:7:1:0 chr3 47452118 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2898;QD=33.4258;RBI=0.0617447;REFB=0;REVB=0.0576487;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0072513;OID=.;OPOS=47452118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr3 47454398 . CG AC,CA 154.55 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=2,10;DP=14;FAO=2,12;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016568,0.0617963;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=73.0356,41.2813;QD=44.156;RBI=0.0182309,0.0696972;REFB=0,0;REVB=-0.00760691,-0.0322322;RO=0;SAF=2,3;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0115651,0.00219833;OID=.,.;OPOS=47454398,47454399;OREF=CG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:14:14:0:0:2,10:2,12:0.142857,0.857143:0,7:2,3:0:0:0,9:2,3:0:0 chr3 47454494 . T C,TC 61.2 PASS AF=0,0.189189;AO=4,13;DP=73;FAO=0,14;FDP=74;FR=.;FRO=60;FSAF=0,13;FSAR=0,1;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0225604,-0.0257587;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=165.916,77.9785;QD=3.30787;RBI=0.0303661,0.179044;REFB=-0.00280442,-0.00270999;REVB=-0.0203256,-0.177181;RO=53;SAF=2,10;SAR=2,3;SRF=28;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0285172,0.321294;STB=0.5,0.897963;STBP=1,0.005;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0640506;OID=.,.;OPOS=47454494,47454495;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:61:73:74:53:60:4,13:0,14:0,0.189189:2,3:2,10:28:25:0,1:0,13:31:29 chr3 47462200 . T C 616.55 PASS AF=1;AO=30;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.615;QD=61.6545;RBI=0.0480566;REFB=0;REVB=0.0474108;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218984;OID=.;OPOS=47462200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:30:40:1:12:18:0:0:16:24:0:0 chr3 47539702 . T C 323.48 PASS AF=0.578947;AO=32;DP=56;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.015204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.715;QD=22.7002;RBI=0.0394946;REFB=-0.0320823;REVB=0.0364508;RO=24;SAF=21;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222862;STB=0.611582;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0346971;OID=.;OPOS=47539702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:24:24:32:33:0.578947:11:21:9:15:12:21:9:15 chr3 47539751 . T C 1208.74 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.784;QD=61.202;RBI=0.019789;REFB=0;REVB=-0.0186758;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.75824e-06;OID=.;OPOS=47539751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr3 47953405 . A C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0013891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.251;QD=36.3483;RBI=0.0106885;REFB=0.0324807;REVB=-0.0105978;RO=1;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127515;STB=0.571292;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.000453404;OID=.;OPOS=47953405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:8:3:1:0:8:3:1:0 chr3 47953733 . C A 775.26 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0199213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.901;QD=53.4663;RBI=0.0200008;REFB=-0.0838789;REVB=-0.0017813;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184862;STB=0.519224;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000475104;OID=.;OPOS=47953733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:31:25:1:0:31:25:2:0 chr3 47956424 . C T 1442.33 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770716;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.822;QD=63.3992;RBI=0.0770732;REFB=0;REVB=0.000505833;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355684;OID=.;OPOS=47956424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:50:41:0:0:50:41:0:0 chr3 47957996 . C G 314.96 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.056816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.919;QD=19.9977;RBI=0.0612353;REFB=-0.0108723;REVB=-0.0228409;RO=30;SAF=17;SAR=16;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155554;STB=0.586156;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0175433;OID=.;OPOS=47957996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:16:17:10:20:16:17:10:20 chr3 47958037 . G T 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.165;QD=59.8551;RBI=0.0384781;REFB=0;REVB=0.024793;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04742e-05;OID=.;OPOS=47958037;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr3 48040283 . C T 241.18 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.000837859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.762;QD=14.6169;RBI=0.0129563;REFB=-0.00997389;REVB=0.0129292;RO=38;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136923;STB=0.577795;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.020185;OID=.;OPOS=48040283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:17:11:20:18:17:11:20:18 chr3 48282651 . TGCGC T,TGCGT 336.01 PASS AF=0.92,0.08;AO=21,2;DP=25;FAO=23,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746493,0.0742016;FXX=0.0384468;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=213.79,73.6114;QD=53.7622;RBI=0.103084,0.150079;REFB=0,0;REVB=0.0710893,0.130452;RO=0;SAF=11,0;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.51176e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00221513,0.0575973;OID=.,.;OPOS=48282652,48282655;OREF=GCGC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TGCGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.92,0.08:21,2:25:23,2:25:0:12,0:11,2:0:0:10:0:11,0:10,2:0:0 chr3 48282695 . A G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8256;QD=50.4101;RBI=0.122632;REFB=0;REVB=-0.120258;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00488511;OID=.;OPOS=48282695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr3 48299439 . T C 1171.76 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.831;QD=60.8706;RBI=0.0601526;REFB=0;REVB=0.0409128;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300305;OID=.;OPOS=48299439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:36:40:0:0:37:40:0:0 chr3 48309828 . C G 736.62 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.288;QD=55.5938;RBI=0.0482199;REFB=0;REVB=0.0480559;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213281;OID=.;OPOS=48309828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:21:30:0:0:22:31:0:0 chr3 48327729 . T C 673.87 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826517;FXX=0.0227221;HRUN=6;LEN=1;MLLD=272.993;QD=62.6852;RBI=0.0109553;REFB=0;REVB=-0.00719062;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21624e-06;OID=.;OPOS=48327729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:18:24:0:0:18:25:0:0 chr3 48327751 . G A 740.69 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.532;QD=56.9761;RBI=0.0561646;REFB=0;REVB=0.0224317;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296097;OID=.;OPOS=48327751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:21:30:0:0:21:31:0:0 chr3 48360992 . T G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.177;QD=57.1062;RBI=0.0217699;REFB=0;REVB=0.0196676;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47747e-05;OID=.;OPOS=48360992;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:19:36:0:0:19:36:0:0 chr3 48419897 . C T 199.21 PASS AF=0.384615;AO=24;DP=64;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00209836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.114;QD=12.2588;RBI=0.0283335;REFB=-0.0071198;REVB=0.0282556;RO=40;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03649;STB=0.509379;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0204349;OID=.;OPOS=48419897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:40:40:24:25:0.384615:13:11:17:23:14:11:17:23 chr3 48421387 . G T 39.64 PASS AF=0.4;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0103736;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2546;QD=10.5718;RBI=0.056665;REFB=-0.0140597;REVB=0.0557074;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228861;STB=0.644611;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.055361;OID=.;OPOS=48421387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:15:9:9:6:6:0.4:5:1:3:6:5:1:3:6 chr3 48422235 . T A 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00217451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.684;QD=19.7019;RBI=0.044099;REFB=-0.0215803;REVB=0.0440454;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894416;STB=0.550504;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0192434;OID=.;OPOS=48422235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:7:10:11:5:7:10:11:5 chr3 48465168 . T C 272.09 PASS AF=0.520833;AO=26;DP=49;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0210759;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.833;QD=22.6742;RBI=0.0317909;REFB=-0.0031982;REVB=-0.0238007;RO=21;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573847;STB=0.500834;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0036153;OID=.;OPOS=48465168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:21:23:26:25:0.520833:13:13:12:9:12:13:12:11 chr3 48474249 . A G 218.98 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.010012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2351;QD=23.6739;RBI=0.0242406;REFB=0.00518303;REVB=-0.0220764;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184479;STB=0.510299;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.0046607;OID=.;OPOS=48474249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:10:11:8:8:10:11:8:8 chr3 48476431 . C G 1587.09 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.901;QD=64.1248;RBI=0.0327649;REFB=0;REVB=0.0245927;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55127e-06;OID=.;OPOS=48476431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:51:48:0:0:51:48:0:0 chr3 48508585 . C T 309.28 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0102332;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.891;QD=20.9681;RBI=0.0263821;REFB=-0.036085;REVB=-0.0243166;RO=27;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366786;STB=0.52033;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0173523;OID=.;OPOS=48508585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:27:27:32:32:0.542373:18:14:13:14:18:14:13:14 chr3 48617084 . G A 301.12 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0183626;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.339;QD=24.5809;RBI=0.0240606;REFB=-0.0179156;REVB=-0.0155476;RO=20;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098771;STB=0.554418;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0069236;OID=.;OPOS=48617084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:20:20:29:29:0.591837:15:14:7:13:15:14:7:13 chr3 48625266 . T C 86.29 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0520157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.501;QD=12.3275;RBI=0.0558107;REFB=0.00503219;REVB=0.0202289;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644098;STB=0.545372;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0042581;OID=.;OPOS=48625266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:16:17:10:11:0.392857:5:5:7:9:5:6:8:9 chr3 48637964 . C A 217.98 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.112434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5252;QD=13.6236;RBI=0.171722;REFB=0.0193468;REVB=0.129796;RO=38;SAF=24;SAR=2;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506057;STB=0.7997;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0195454;OID=.;OPOS=48637964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:2:24:24:14:2:24:24:14 chr3 48727112 . G A 688.51 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.159;QD=61.2005;RBI=0.0652847;REFB=0;REVB=0.0149659;RO=1;SAF=28;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164853;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516213;OID=.;OPOS=48727112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:1:0:44:45:1:16:28:1:0:16:29:0:0 chr3 48731961 . A G 116.18 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0245867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.862;QD=20.2054;RBI=0.0250225;REFB=0.00172937;REVB=0.00464969;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696635;STB=0.539509;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00192623;OID=.;OPOS=48731961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:3:7:8:5:3:7 chr3 48995487 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.879;QD=51.1846;RBI=0.0223843;REFB=0;REVB=0.0139403;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254276;OID=.;OPOS=48995487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr3 49053219 . A G 1196.14 PASS AF=1;AO=68;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185697;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.417;QD=60.564;RBI=0.01859;REFB=0;REVB=0.000868973;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02116e-05;OID=.;OPOS=49053219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:68:79:1:38:30:0:0:42:37:0:0 chr3 49053220 . T G 46.78 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0290026;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.6894;QD=2.33891;RBI=0.0317701;REFB=-0.0228666;REVB=0.0129687;RO=70;SAF=7;SAR=3;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307517;STB=0.720157;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0415769;OID=.;OPOS=49053220;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:80:80:70:70:10:10:0.125:3:7:31:39:3:7:31:39 chr3 49054692 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00712023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.01;QD=64.1537;RBI=0.0335141;REFB=0;REVB=0.032749;RO=0;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25863e-05;OID=.;OPOS=49054692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:13:36:0:0:13:36:0:0 chr3 49161660 . T C 152.75 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0657355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0109;QD=13.5778;RBI=0.0734118;REFB=0.0170176;REVB=0.0326823;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199556;STB=0.526729;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.0288868;OID=.;OPOS=49161660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:28:17:17:0.377778:11:6:10:17:11:6:11:17 chr3 49162284 . C T 162.35 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.013934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.817;QD=16.6508;RBI=0.0155622;REFB=-0.023224;REVB=-0.00692999;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05124;STB=0.512806;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0205826;OID=.;OPOS=49162284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:9:8:11:10:9:9:11:10 chr3 49200627 . A G 199.05 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.773;QD=46.835;RBI=0.0697883;REFB=0;REVB=0.0132592;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218423;OID=.;OPOS=49200627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:10:7:0:0 chr3 49200692 . T A 400.53 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.405;QD=55.2451;RBI=0.271301;REFB=0;REVB=0.268431;RO=0;SAF=26;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00375058;OID=.;OPOS=49200692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:1:26:0:0:3:26:0:0 chr3 49273996 . C T 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0432111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.981;QD=44.0922;RBI=0.0495199;REFB=-0.0562635;REVB=-0.0241873;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436347;STB=0.523782;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000998188;OID=.;OPOS=49273996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:10:7:0:1:10:7:0:1 chr3 49298139 . G A 750.43 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0528323;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2946;QD=63.8667;RBI=0.0534438;REFB=0;REVB=-0.00806196;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000577614;OID=.;OPOS=49298139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr3 49298204 . GT AC,GC 735.14 PASS AF=0.0612245,0.918367;AO=3,44;DP=50;FAO=3,45;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=0,22;FSAR=3,23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000145262,-0.0395102;FXX=0.019996;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=160.12,117.943;QD=60.0114;RBI=0.0293913,0.0442316;REFB=-0.150948,-0.126398;REVB=0.029391,0.019884;RO=0;SAF=0,22;SAR=3,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.510634;STBP=1,0.511;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0434908,0.00624311;OID=.,.;OPOS=49298204,49298205;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:50:49:0:1:3,44:3,45:0.0612245,0.918367:3,22:0,22:0:0:3,23:0,22:0:1 chr3 49314052 . G A 228.77 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00638504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.257;QD=16.0543;RBI=0.0197605;REFB=-0.0241175;REVB=0.0187005;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114912;STB=0.550981;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0266017;OID=.;OPOS=49314052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:25:26:0.45614:10:15:15:16:11:15:15:16 chr3 49314110 . T C 235.67 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00312852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.362;QD=17.4568;RBI=0.00735706;REFB=-0.00331782;REVB=0.00665873;RO=28;SAF=18;SAR=8;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341832;STB=0.69216;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00452688;OID=.;OPOS=49314110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:8:18:9:19:8:18:9:19 chr3 49455330 . C T 186.23 PASS AF=0.370968;AO=24;DP=59;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0678151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4685;QD=12.0148;RBI=0.0882507;REFB=-0.0260633;REVB=0.0564739;RO=35;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224169;STB=0.556911;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.031686;OID=.;OPOS=49455330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:35:39:24:23:0.370968:16:8:11:24:16:7:15:24 chr3 49548008 . C G 680.64 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0324693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0927;QD=57.927;RBI=0.0411816;REFB=-0.137415;REVB=0.0253311;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199884;STB=0.500473;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00216412;OID=.;OPOS=49548008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:47:1:2:44:45:0.957447:23:21:0:1:23:22:1:1 chr3 49570200 . C T 241.73 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0272848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.517;QD=22.4865;RBI=0.0275035;REFB=-0.0162751;REVB=0.00346181;RO=20;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330111;STB=0.683444;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0201987;OID=.;OPOS=49570200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:14:9:16:4:14:9:16:4 chr3 49570882 . T C 416.0 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=9;FWDB=0.0326081;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.951;QD=19.3486;RBI=0.0326995;REFB=-0.0113168;REVB=0.00244299;RO=44;SAF=27;SAR=15;SRF=35;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16195;STB=0.589314;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0212684;OID=.;OPOS=49570882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:15:27:35:9:15:27:35:9 chr3 49689210 . G A 264.22 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0432455;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.369;QD=25.7772;RBI=0.0463802;REFB=0.00854694;REVB=0.0167615;RO=17;SAF=7;SAR=17;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194465;STB=0.608406;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00154014;OID=.;OPOS=49689210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:17:17:24:24:0.585366:17:7:9:8:17:7:9:8 chr3 49690199 . G A,C 1355.18 PASS AF=0.912088,0.0769231;AO=81,6;DP=89;FAO=83,7;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=37,7;FSAR=46,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0656043,0.101673;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=167.616,9.50898;QD=59.5682;RBI=0.0704692,0.102346;REFB=-0.140541,-0.137301;REVB=0.0257291,0.0117203;RO=1;SAF=37,6;SAR=44,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0126256,0;STB=0.506665,0.5;STBP=0.309,1;TYPE=snp,snp;VARB=-1.744e-05,0.148833;OID=.,.;OPOS=49690199,49690199;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:89:91:1:1:81,6:83,7:0.912088,0.0769231:44,0:37,6:1:0:46,0:37,7:1:0 chr3 49690496 . C T 338.32 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0127323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.709;QD=12.5303;RBI=0.01291;REFB=-0.0129322;REVB=-0.00213449;RO=66;SAF=18;SAR=23;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664246;STB=0.542629;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0248222;OID=.;OPOS=49690496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:66:67:41:41:0.37963:23:18:33:33:23:18:34:33 chr3 49691123 . TG T 44.51 PASS AF=0.6;AO=4;DP=16;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.141594;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.3144;QD=11.8692;RBI=0.267007;REFB=-0.0634224;REVB=-0.226371;RO=6;SAF=1;SAR=3;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.623982;STB=0.753262;STBP=0.041;TYPE=del;VARB=0.0769624;OID=.;OPOS=49691124;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:4:16:9:15:6:2:7:5:1:26:6:1:3:6:0 chr3 49701298 . G A 358.4 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.021297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.649;QD=17.0668;RBI=0.0228418;REFB=8.33773e-05;REVB=-0.00825756;RO=46;SAF=21;SAR=17;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938369;STB=0.552604;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-2.79248e-06;OID=.;OPOS=49701298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:17:21:21:25:17:21:21:25 chr3 49701983 . G A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0102628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.794;QD=17.4275;RBI=0.0169366;REFB=-0.0168915;REVB=0.013473;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190857;STB=0.609021;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0266556;OID=.;OPOS=49701983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:12:7:13:10:12:7:13:10 chr3 49705512 . T A 207.9 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0134496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3175;QD=13.4128;RBI=0.0528494;REFB=-0.0221417;REVB=-0.0511094;RO=37;SAF=17;SAR=8;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263586;STB=0.651132;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0241191;OID=.;OPOS=49705512;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:8:17:16:21:8:17:16:21 chr3 49708769 . T C 491.95 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00897801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7819;QD=22.6186;RBI=0.0147415;REFB=-0.0149385;REVB=0.0116922;RO=39;SAF=25;SAR=22;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112638;STB=0.554873;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.012936;OID=.;OPOS=49708769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:40:47:47:0.54023:22:25:26:13:22:25:26:14 chr3 49714225 . T C 406.15 PASS AF=0.5;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.000424054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.755;QD=19.812;RBI=0.000712065;REFB=-0.00303669;REVB=-0.000572027;RO=40;SAF=10;SAR=30;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186791;STB=0.603407;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0048991;OID=.;OPOS=49714225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:40:41:40:41:0.5:30:10:17:23:31:10:17:24 chr3 49721532 . G A 832.61 PASS AF=0.598425;AO=76;DP=122;FAO=76;FDP=127;FR=.;FRO=51;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0223317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.004;QD=26.2241;RBI=0.027387;REFB=-0.0381761;REVB=0.0158538;RO=46;SAF=38;SAR=38;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453911;STB=0.535424;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0271128;OID=.;OPOS=49721532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:127:46:51:76:76:0.598425:38:38:20:26:38:38:21:30 chr3 49721798 . C A 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00418693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.003;QD=23.8205;RBI=0.00446925;REFB=0.00673786;REVB=0.00156329;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140481;STB=0.578383;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00478367;OID=.;OPOS=49721798;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:9:13:7:10:9:13:7:10 chr3 49723784 . C A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.023534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.426;QD=21.1692;RBI=0.0634985;REFB=-0.0591321;REVB=0.0589764;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202067;STB=0.615098;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00946022;OID=.;OPOS=49723784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:0:3:5:2:0:3 chr3 49724808 . T C 1769.62 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00563227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.5753;QD=59.9873;RBI=0.0157763;REFB=0.0506717;REVB=0.0147367;RO=1;SAF=49;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959372;STB=0.50505;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=3.57604e-05;OID=.;OPOS=49724808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:68:49:1:0:68:49:1:0 chr3 49739507 . G C 255.75 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1946;QD=51.1507;RBI=0.0419751;REFB=0;REVB=0.0192939;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000441504;OID=.;OPOS=49739507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr3 49760039 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.437;QD=59.8389;RBI=0.0367444;REFB=0;REVB=-0.00548954;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148641;OID=.;OPOS=49760039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr3 49829326 . G A 201.92 PASS AF=0.44898;AO=20;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0604362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4382;QD=16.4832;RBI=0.0639893;REFB=-0.014611;REVB=0.0210259;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173129;STB=0.589276;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0218372;OID=.;OPOS=49829326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:27:20:22:0.44898:9:11:20:8:10:12:19:8 chr3 49832692 . T C 166.43 PASS AF=0.4;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0234257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1433;QD=14.7934;RBI=0.0499327;REFB=-0.00290687;REVB=-0.0440966;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205747;STB=0.599893;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00486763;OID=.;OPOS=49832692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:17:18:0.4:9:8:18:9:9:9:18:9 chr3 49836707 . G A 145.55 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00550993;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.83;QD=15.3211;RBI=0.00738815;REFB=-0.0369125;REVB=-0.00492193;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00659381;STB=0.503812;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0649215;OID=.;OPOS=49836707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:22:16:16:0.421053:11:5:7:15:11:5:7:15 chr3 49837225 . G A 253.71 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0259867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2475;QD=28.1896;RBI=0.0278467;REFB=-0.0327348;REVB=0.0100065;RO=13;SAF=4;SAR=19;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202109;STB=0.612794;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0225601;OID=.;OPOS=49837225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:19:4:5:8:19:4:5:8 chr3 49928691 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.263;QD=54.5154;RBI=0.0267407;REFB=0;REVB=-0.0137204;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163825;OID=.;OPOS=49928691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr3 49933461 . C T 351.11 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0303722;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=209.554;QD=34.2546;RBI=0.0303737;REFB=-0.0047422;REVB=0.000295996;RO=11;SAF=16;SAR=13;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492811;STB=0.515244;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0023915;OID=.;OPOS=49933461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:11:12:29:29:0.707317:13:16:5:6:13:16:6:6 chr3 50114515 . C T 323.38 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.544;QD=53.8966;RBI=0.0279076;REFB=0;REVB=-0.0166559;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59857e-05;OID=.;OPOS=50114515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:12:12:0:0 chr3 50129399 . C T 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000480087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.572;QD=62.0168;RBI=0.042924;REFB=0;REVB=-0.0429213;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.80287e-05;OID=.;OPOS=50129399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr3 50131278 . C T 70.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0292923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.028;QD=7.04962;RBI=0.0292989;REFB=-0.00674585;REVB=-0.000622371;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613067;STB=0.549901;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0144531;OID=.;OPOS=50131278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:29:30:10:10:0.25:5:5:13:16:5:5:13:17 chr3 50144951 . T C 371.0 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000932198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9437;QD=52.9993;RBI=0.0735717;REFB=0;REVB=0.0735657;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00390801;OID=.;OPOS=50144951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:24:28:1:17:7:0:0:19:9:0:0 chr3 50153356 . T C 834.08 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2559;QD=57.5226;RBI=0.0331215;REFB=0;REVB=0.0330264;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203961;OID=.;OPOS=50153356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr3 50197097 . C T 1027.56 PASS AF=0.935065;AO=72;DP=78;FAO=72;FDP=77;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00756147;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8586;QD=53.3796;RBI=0.0306864;REFB=-0.0341827;REVB=0.0297402;RO=5;SAF=24;SAR=48;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00915913;STB=0.504853;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.000867626;OID=.;OPOS=50197097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:78:77:5:5:72:72:0.935065:48:24:2:3:48:24:2:3 chr3 50222926 . T A 821.41 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134793;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.214;QD=57.6429;RBI=0.0578151;REFB=0;REVB=0.0562219;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154684;OID=.;OPOS=50222926;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr3 50251833 . A AG 334.7 PASS AF=1;AO=31;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.166947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.4938;QD=39.376;RBI=0.177563;REFB=0;REVB=0.0604755;RO=2;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00182271;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0090359;OID=.;OPOS=50251834;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:34:34:34:0:17:17:0:0:7:2:15:16:1:1 chr3 50296407 . C T 102.62 PASS AF=0.444444;AO=14;DP=29;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0136423;FXX=0.0689417;HRUN=9;LEN=1;MLLD=119.487;QD=15.2028;RBI=0.0198254;REFB=-0.0120069;REVB=0.0143852;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644073;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138088;OID=.;OPOS=50296407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:27:14:15:14:12:0.444444:8:6:5:9:8:4:5:10 chr3 50338047 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0646352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7375;QD=18.4435;RBI=0.0647104;REFB=-0.00149709;REVB=-0.00311741;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241378;STB=0.639731;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00017681;OID=.;OPOS=50338047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:3:8:4:5:3:8:4:5 chr3 50355764 . C G 245.64 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0178639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.983;QD=23.9649;RBI=0.0178697;REFB=-0.00280549;REVB=0.000452821;RO=18;SAF=16;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110635;STB=0.568061;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00171115;OID=.;OPOS=50355764;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:22:23:0.560976:6:16:11:7:6:17:11:7 chr3 50597092 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.389;QD=60.9776;RBI=0.0556186;REFB=0;REVB=0.0538611;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023535;OID=.;OPOS=50597092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr3 50609624 . T G 1043.57 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518822;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.437;QD=59.6328;RBI=0.0520666;REFB=0;REVB=-0.00437849;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000335353;OID=.;OPOS=50609624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr3 51273773 . T C 929.84 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000310697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.909;QD=55.5127;RBI=0.00788251;REFB=-0.200274;REVB=0.00787638;RO=1;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133067;STB=0.513885;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000893645;OID=.;OPOS=51273773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:67:1:2:65:65:0.970149:35:30:0:1:35:30:0:2 chr3 51432895 . T C 636.95 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0241425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9114;QD=59.251;RBI=0.0547915;REFB=-0.162533;REVB=0.0491859;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00407869;OID=.;OPOS=51432895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:24:18:0:0:24:18:0:1 chr3 51434215 . A C 518.54 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.432;QD=59.2622;RBI=0.0165929;REFB=0;REVB=-0.00900611;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74923e-05;OID=.;OPOS=51434215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:14:19:0:0:15:20:0:0 chr3 51728573 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.065863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.095;QD=60.2305;RBI=0.07117;REFB=0;REVB=0.0269672;RO=0;SAF=29;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025111;OID=.;OPOS=51728573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:8:29:0:0:8:29:0:0 chr3 51911118 . C T 67.25 PASS AF=0.875;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182375;FXX=0.27248;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.75;QD=33.6233;RBI=0.0182378;REFB=-0.00129788;REVB=0.000108702;RO=3;SAF=7;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104411;OID=.;OPOS=51911118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:11:8:3:1:7:7:0.875:0:7:3:0:0:7:1:0 chr3 51978220 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.501;QD=60.6099;RBI=0.00708587;REFB=0;REVB=0.00636152;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16513e-05;OID=.;OPOS=51978220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr3 51990930 . G C 118.53 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0655091;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6343;QD=12.1567;RBI=0.0658104;REFB=0.016203;REVB=0.00629088;RO=25;SAF=11;SAR=3;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234094;STB=0.513793;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.0477991;OID=.;OPOS=51990930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:25:25:14:14:0.358974:3:11:20:5:3:11:20:5 chr3 52014910 . G A 398.75 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0237595;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.618;QD=23.4558;RBI=0.0263573;REFB=0.0069911;REVB=-0.0114102;RO=29;SAF=17;SAR=22;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901369;STB=0.549558;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00644913;OID=.;OPOS=52014910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:29:29:39:39:0.573529:22:17:16:13:22:17:16:13 chr3 52097310 . C T 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0184593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.476;QD=19.9734;RBI=0.0222288;REFB=0.00312683;REVB=-0.0123843;RO=35;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199286;STB=0.6101;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00363772;OID=.;OPOS=52097310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:19:18:25:10:19:18:25:10 chr3 52237970 . C T 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00124966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.187;QD=16.9412;RBI=0.0521421;REFB=0.00688972;REVB=0.0521271;RO=24;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254427;STB=0.646575;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00646844;OID=.;OPOS=52237970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:5:14:12:12:5:14:12:12 chr3 52256697 . C T 195.78 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.01681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7111;QD=17.7987;RBI=0.0214248;REFB=-0.0201866;REVB=0.0132833;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067669;STB=0.538424;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.030427;OID=.;OPOS=52256697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:12:8:8:16:12:8:8:16 chr3 52291078 . G A 806.32 PASS AF=0.434146;AO=89;DP=205;FAO=89;FDP=205;FR=.;FRO=116;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=70;FSRR=46;FWDB=-0.0104444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2328;QD=15.733;RBI=0.0159857;REFB=-0.00747455;REVB=0.0121019;RO=115;SAF=57;SAR=32;SRF=69;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438078;STB=0.522439;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0102684;OID=.;OPOS=52291078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:115:116:89:89:0.434146:32:57:69:46:32:57:70:46 chr3 52325759 . A G 538.84 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0148502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.142;QD=21.7714;RBI=0.0296669;REFB=-0.000249678;REVB=-0.0256827;RO=47;SAF=32;SAR=19;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123731;STB=0.573961;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00019406;OID=.;OPOS=52325759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:48:51:51:0.515152:19:32:23:24:19:32:23:25 chr3 52400905 . T TC 58.62 PASS AF=0.181818;AO=17;DP=81;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0715975;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=35.6087;QD=3.0453;RBI=0.0779597;REFB=-0.0250425;REVB=-0.0308465;RO=63;SAF=8;SAR=9;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128838;STB=0.574359;STBP=0.537;TYPE=ins;VARB=0.120704;OID=.;OPOS=52400906;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818:17:81:14:77:63:5:9:28:35:58:63:8:9:29:34 chr3 52407041 . C T 349.24 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0257297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.154;QD=20.246;RBI=0.0266757;REFB=-0.00236733;REVB=-0.00704104;RO=32;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530973;STB=0.536212;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00201319;OID=.;OPOS=52407041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:33:36:36:0.521739:18:18:18:14:18:18:19:14 chr3 52412619 . TGGGGCCCCC TGGG,TGGGCCCC,TGGGCCCCC,TGGGCCCCCC 78.0 PASS AF=0.115385,0,0.461538,0.0769231;AO=3,3,7,2;DP=26;FAO=3,0,12,2;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=3,0,2,0;FSAR=0,0,10,2;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00559141,0.0794557,0.192577,0.146785;FXX=0;HRUN=4,4,4,4;LEN=6,2,1,1;MLLD=57.4552,13.6869,8.48342,9.16534;QD=12.0004;RBI=0.026306,0.108095,0.193297,0.157135;REFB=-0.0780895,-0.299342,-0.255875,0.0464255;REVB=-0.0257049,-0.073289,-0.0166693,0.0560853;RO=8;SAF=3,0,0,0;SAR=0,3,7,2;SRF=0;SRR=8;SSEN=0.436937,0.436937,0.436937,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.819744,0,0,0;STB=0.997774,0.5,0.545383,0.990863;STBP=0.005,1,0.785,0.507;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0608651,0.0585615,0.183015,0.20449;OID=.,.,.,.;OPOS=52412623,52412623,52412620,52412623;OREF=GCCCCC,GC,G,G;OALT=-,-,-,C;OMAPALT=TGGG,TGGGCCCC,TGGGCCCCC,TGGGCCCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.115385,0,0.461538,0.0769231:3,3,7,2:26:3,0,12,2:26:9:3,0,2,0:0,0,10,2:1:8:29:8:3,0,0,0:0,3,7,2:0:8 chr3 52430526 . G A 330.82 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.014346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.228;QD=25.4475;RBI=0.0154271;REFB=0.00120133;REVB=0.00567344;RO=20;SAF=14;SAR=18;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441632;STB=0.524257;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.000882615;OID=.;OPOS=52430526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:18:14:10:10:18:14:10:10 chr3 52430698 . A G 804.21 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.661;QD=64.3371;RBI=0.0256324;REFB=0;REVB=0.0148708;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22962e-05;OID=.;OPOS=52430698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr3 52453893 . C T 1079.95 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.106;QD=59.9973;RBI=0.0581933;REFB=0;REVB=0.0574245;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25718e-05;OID=.;OPOS=52453893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:26:43:0:0:26:46:0:0 chr3 52477080 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00879462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.717;QD=63.2865;RBI=0.0233759;REFB=0;REVB=-0.0216585;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146941;OID=.;OPOS=52477080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr3 52492707 . T C 802.48 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451492;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.149;QD=56.3147;RBI=0.0477774;REFB=0;REVB=0.015628;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263534;OID=.;OPOS=52492707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:54:57:1:26:28:0:0:29:28:0:0 chr3 52492727 . T A,TA 83.05 PASS AF=0.0151515,0.257576;AO=3,15;DP=66;FAO=1,17;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=1,15;FSAR=0,2;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.010703,0.0891571;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=281.655,15.1805;QD=5.03332;RBI=0.0126333,0.089927;REFB=-0.00464745,-0.0449416;REVB=-0.00671153,-0.0117424;RO=47;SAF=3,13;SAR=0,2;SRF=15;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.575754,0.633615;STB=0.993544,0.896997;STBP=0.173,0;TYPE=snp,ins;VARB=0.0188867,0.098771;OID=.,.;OPOS=52492727,52492728;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:80:66:66:47:48:3,15:1,17:0.0151515,0.257576:0,2:3,13:15:32:0,2:1,15:15:33 chr3 52510592 . G A 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0161598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.005;QD=52.7687;RBI=0.0166676;REFB=-0.0761748;REVB=-0.00408274;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282029;STB=0.515141;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00520842;OID=.;OPOS=52510592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:16:12:0:1:16:12:0:1 chr3 52523404 . G GT 483.08 PASS AF=1;AO=9;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182724;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=16.3583;QD=46.0072;RBI=0.194661;REFB=0;REVB=-0.0671172;RO=33;SAF=9;SAR=0;SRF=29;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.648033;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0031985;OID=.;OPOS=52523405;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:43:42:42:0:38:4:0:0:4:33:9:0:29:4 chr3 52540773 . T C 416.11 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.029399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.927;QD=16.1596;RBI=0.0335921;REFB=-0.00899658;REVB=-0.016252;RO=56;SAF=30;SAR=16;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206535;STB=0.611399;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0141332;OID=.;OPOS=52540773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:57:46:46:0.446602:16:30:25:31:16:30:26:31 chr3 52544470 . A G 204.2 PASS AF=0.384615;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0444756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.97;QD=12.5664;RBI=0.0474205;REFB=0.0109864;REVB=-0.0164507;RO=39;SAF=5;SAR=19;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176926;STB=0.566663;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0203332;OID=.;OPOS=52544470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:24:25:0.384615:19:5:13:26:19:6:13:27 chr3 52551010 . C T 365.31 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0262183;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.7801;QD=21.1775;RBI=0.0423308;REFB=-0.0114054;REVB=0.033234;RO=33;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172425;STB=0.602738;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00552458;OID=.;OPOS=52551010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:33:32:37:37:0.536232:21:16:21:12:21:16:21:11 chr3 52554304 . G C 763.32 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00385815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6925;QD=51.7506;RBI=0.0100482;REFB=-0.0196741;REVB=-0.00927794;RO=3;SAF=24;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231841;STB=0.512311;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00499921;OID=.;OPOS=52554304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:3:3:56:56:0.949153:32:24:2:1:32:24:2:1 chr3 52555957 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00682883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7559;QD=14.7986;RBI=0.0716228;REFB=-0.00388709;REVB=-0.0712965;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195771;STB=0.615163;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00169474;OID=.;OPOS=52555957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:7:6:3:8:7:6 chr3 52556369 . C T 175.61 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0300013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.222;QD=20.66;RBI=0.0334175;REFB=-0.0423608;REVB=-0.0147191;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183655;STB=0.582689;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0383475;OID=.;OPOS=52556369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:16:17:18:0.529412:11:6:9:7:11:7:9:7 chr3 52558008 . T C 164.81 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0171009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.152;QD=21.2664;RBI=0.0180669;REFB=-0.0357268;REVB=0.00582858;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235764;STB=0.513292;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0152296;OID=.;OPOS=52558008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:8:9:7:7:8:9:7:7 chr3 52720080 . A C 185.72 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00393685;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.768;QD=17.2767;RBI=0.004023;REFB=-0.00726108;REVB=0.000828095;RO=24;SAF=16;SAR=3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25238;STB=0.646882;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0214499;OID=.;OPOS=52720080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:24:24:19:19:0.44186:3:16:16:8:3:16:16:8 chr3 52745087 . T C 95.61 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0257352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.239;QD=11.5893;RBI=0.026649;REFB=0.00555273;REVB=-0.00691891;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202481;STB=0.523521;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.0115237;OID=.;OPOS=52745087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:33:21:21:11:12:0.363636:7:4:8:13:7:5:8:13 chr3 52830764 . C T 336.62 PASS AF=0.392157;AO=39;DP=101;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.0043335;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.92;QD=13.2009;RBI=0.022951;REFB=-0.0140255;REVB=-0.0225381;RO=60;SAF=23;SAR=16;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674914;STB=0.544186;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0185883;OID=.;OPOS=52830764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:60:62:39:40:0.392157:16:23:39:21:17:23:40:22 chr3 52833805 . C A 412.87 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0214797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.158;QD=21.448;RBI=0.0240787;REFB=-0.0241255;REVB=0.0108815;RO=35;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631765;STB=0.528722;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0207133;OID=.;OPOS=52833805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:36:41:41:0.532468:23:18:18:17:23:18:18:18 chr3 52864584 . A G 272.49 PASS AF=0.517857;AO=27;DP=54;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0142271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.515;QD=19.4636;RBI=0.0186114;REFB=-0.0130326;REVB=-0.0119989;RO=27;SAF=9;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721968;STB=0.552449;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0153131;OID=.;OPOS=52864584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:27:27:27:29:0.517857:18:9:11:16:20:9:11:16 chr3 52864635 . A G 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0190481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.04;QD=18.2486;RBI=0.0299093;REFB=-0.00126161;REVB=-0.0230593;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191108;STB=0.610503;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000717576;OID=.;OPOS=52864635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:10:3:5:7:10:3:5:7 chr3 52867715 . G C 1395.95 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00212991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.378;QD=62.7394;RBI=0.0217109;REFB=0;REVB=0.0216062;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09741e-05;OID=.;OPOS=52867715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:35:53:0:0:36:53:0:0 chr3 52873984 . C T 381.1 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00432727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.16;QD=16.9378;RBI=0.026815;REFB=-0.018946;REVB=-0.0264635;RO=50;SAF=25;SAR=15;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18499;STB=0.60388;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0242971;OID=.;OPOS=52873984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:15:25:22:28:15:25:22:28 chr3 52874446 . C T 104.38 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0174282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1801;QD=10.4376;RBI=0.0463678;REFB=-0.00449219;REVB=-0.0429678;RO=27;SAF=11;SAR=2;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239084;STB=0.646799;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0127742;OID=.;OPOS=52874446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:2:11:19:8:2:11:19:8 chr3 52968909 . C T 197.15 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.021793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.02;QD=18.7758;RBI=0.0239448;REFB=-0.00946072;REVB=-0.00992048;RO=22;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447561;STB=0.547014;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0144416;OID=.;OPOS=52968909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:22:19:20:0.47619:14:5:5:17:14:6:5:17 chr3 53003179 . A C 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.030624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.858;QD=21.1726;RBI=0.0308672;REFB=-0.00378885;REVB=-0.00386707;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879115;STB=0.549917;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0025718;OID=.;OPOS=53003179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:5:3:6:6:5:3 chr3 53125922 . T C 218.04 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0387348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2052;QD=15.5743;RBI=0.0420209;REFB=-0.00373588;REVB=0.0162902;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066703;STB=0.537773;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00888922;OID=.;OPOS=53125922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:13:12:17:14:13:12:17:14 chr3 53215875 . A C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.102;QD=57.2377;RBI=0.0486655;REFB=0;REVB=0.0359719;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112172;OID=.;OPOS=53215875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:39:17:0:0:39:17:0:0 chr3 53222761 . C T 763.45 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.59;QD=56.5519;RBI=0.0109047;REFB=0;REVB=0.00430463;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708649;OID=.;OPOS=53222761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:21:32:0:0:21:33:0:0 chr3 53223927 . C G 1123.23 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0131408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6431;QD=57.6014;RBI=0.0146229;REFB=0.128692;REVB=0.00641487;RO=2;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197104;STB=0.510414;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.0024057;OID=.;OPOS=53223927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:47:29:0:2:47:29:0:2 chr3 53224002 . T C 849.5 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0690852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8848;QD=57.5933;RBI=0.0706367;REFB=0;REVB=-0.0147237;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000837267;OID=.;OPOS=53224002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:40:19:0:0:40:19:0:0 chr3 53259850 . C T 142.89 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=0.045552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2157;QD=15.0413;RBI=0.0590614;REFB=0.0393314;REVB=0.0375934;RO=21;SAF=2;SAR=13;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900687;STB=0.603548;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0383235;OID=.;OPOS=53259850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:15:16:0.421053:13:2:2:19:13:3:2:20 chr3 53264485 . A G 455.37 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00794264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.194;QD=22.7682;RBI=0.00902599;REFB=-0.0223908;REVB=-0.00428755;RO=36;SAF=21;SAR=23;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109122;STB=0.559996;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0216143;OID=.;OPOS=53264485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:23:21:22:14:23:21:22:14 chr3 53269046 . T C 367.87 PASS AF=0.421053;AO=39;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0647128;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.33;QD=15.4894;RBI=0.073814;REFB=-0.0232176;REVB=-0.0355071;RO=55;SAF=25;SAR=14;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650912;STB=0.526302;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0370953;OID=.;OPOS=53269046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:55:39:40:0.421053:14:25:32:23:15:25:32:23 chr3 53269163 . G A 103.08 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0211775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.483;QD=9.58852;RBI=0.023246;REFB=0.00118464;REVB=0.00958586;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259418;STB=0.662928;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00417616;OID=.;OPOS=53269163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:6:7:9:20:6:7:9:21 chr3 53277653 . G T 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0248363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.261;QD=10.6295;RBI=0.0258691;REFB=-0.00104915;REVB=0.00723663;RO=44;SAF=5;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374772;STB=0.720824;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0014229;OID=.;OPOS=53277653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:18:5:23:21:18:5:23:21 chr3 53321631 . A C 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0497908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.062;QD=22.3901;RBI=0.05027;REFB=-0.0149274;REVB=0.00692424;RO=26;SAF=19;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136311;STB=0.575151;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0146743;OID=.;OPOS=53321631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:15:19:10:16:15:19:10:16 chr3 53324819 . ATGGCAC A 260.59 PASS AF=0.913043;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00897085;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=6;MLLD=321.664;QD=45.3192;RBI=0.00993002;REFB=0.00193234;REVB=-0.00425784;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535681;STBP=0.317;TYPE=del;VARB=-0.000344215;OID=.;OPOS=53324820;OREF=TGGCAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.913043:20:22:21:23:2:8:13:0:2:10:0:8:12:0:0 chr3 53766026 . T C 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.868;QD=59.8371;RBI=0.0321924;REFB=0;REVB=0.0305779;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249775;OID=.;OPOS=53766026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr3 53769479 . C T 113.71 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0626089;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.235;QD=16.2449;RBI=0.0640163;REFB=0.00541261;REVB=0.0133498;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149726;STB=0.508657;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00207344;OID=.;OPOS=53769479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:9:6:5:8:9:6 chr3 53804489 . C T 373.2 PASS AF=0.527027;AO=35;DP=70;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00198216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.809;QD=20.1727;RBI=0.0425127;REFB=-0.0220864;REVB=-0.0424665;RO=35;SAF=22;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131903;STB=0.590428;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0205834;OID=.;OPOS=53804489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:35:35:35:39:0.527027:13:22:17:18:13:26:17:18 chr3 53845918 . C A 527.17 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0126609;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.72;QD=19.1696;RBI=0.0126696;REFB=-0.00835336;REVB=-0.000468449;RO=54;SAF=14;SAR=41;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107739;STB=0.567102;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00867295;OID=.;OPOS=53845918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:54:55:55:55:0.5:41:14:19:35:41:14:20:35 chr3 53856653 . C T 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.000466311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.14;QD=20.8996;RBI=0.012899;REFB=-0.000911299;REVB=0.0128906;RO=24;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598704;STB=0.533309;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000778691;OID=.;OPOS=53856653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:16:12:12:12:16:12:12:12 chr3 53857803 . A C 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.131687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.627;QD=62.0181;RBI=0.135125;REFB=0;REVB=0.0302881;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000469354;OID=.;OPOS=53857803;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr3 53882663 . G A 811.39 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00861148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.121;QD=55.0095;RBI=0.0152706;REFB=-0.0836965;REVB=0.0126109;RO=0;SAF=44;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000406957;OID=.;OPOS=53882663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:59:0:1:58:58:0.983051:14:44:0:0:14:44:1:0 chr3 53882673 . G GT 313.3 PASS AF=1;AO=36;DP=57;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0791591;FXX=0.019996;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.3182;QD=25.5753;RBI=0.134567;REFB=-0.0680852;REVB=0.108822;RO=17;SAF=31;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262346;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0154203;OID=.;OPOS=53882674;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:57:49:49:0:40:9:0:0:3:17:31:5:10:7 chr3 53883722 . C G 402.68 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=121;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.0166803;FXX=0.00826378;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3426;QD=13.4227;RBI=0.0190633;REFB=0.00213115;REVB=-0.00922926;RO=73;SAF=24;SAR=23;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401198;STB=0.522718;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00226209;OID=.;OPOS=53883722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:73:73:47:47:0.391667:23:24:40:33:23:24:40:33 chr3 53886912 . C T 171.78 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0094817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.045;QD=11.0826;RBI=0.0136973;REFB=-0.00371153;REVB=-0.00988503;RO=40;SAF=13;SAR=9;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394461;STB=0.522915;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00959754;OID=.;OPOS=53886912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:9:13:25:15:9:13:25:15 chr3 53905308 . T C 369.46 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0954914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.9582;QD=19.7046;RBI=0.0954961;REFB=-0.00794825;REVB=0.000937718;RO=35;SAF=24;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803939;STB=0.533316;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0053189;OID=.;OPOS=53905308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:37:38:38:0.506667:14:24:19:16:14:24:21:16 chr3 53906513 . G A 176.81 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00795852;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.094;QD=10.1036;RBI=0.0341686;REFB=-0.00793581;REVB=-0.0332288;RO=45;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873361;STB=0.564301;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0148356;OID=.;OPOS=53906513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:45:47:23:23:0.328571:11:12:20:25:11:12:20:27 chr3 53916130 . A G 132.88 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0551771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.138;QD=10.6305;RBI=0.0552857;REFB=0.0109926;REVB=-0.00346464;RO=31;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129861;STB=0.614214;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.0234504;OID=.;OPOS=53916130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:34:16:16:0.32:11:5:13:18:11:5:16:18 chr3 54354510 . T C 300.24 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.017608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3419;QD=16.4517;RBI=0.0177826;REFB=0.029035;REVB=-0.00248583;RO=40;SAF=24;SAR=9;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901098;STB=0.550866;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.0339972;OID=.;OPOS=54354510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:9:24:26:14:9:24:26:14 chr3 54401650 . C A 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0203165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.694;QD=20.4559;RBI=0.0293101;REFB=-0.00804704;REVB=-0.0211263;RO=15;SAF=13;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281952;STB=0.660812;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00348697;OID=.;OPOS=54401650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:4:13:7:8:4:13:7:8 chr3 54401666 . G A 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0137799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.243;QD=17.8403;RBI=0.0274161;REFB=-0.00287232;REVB=-0.0237014;RO=14;SAF=12;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460672;STB=0.768787;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00647492;OID=.;OPOS=54401666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:2:12:6:8:2:12:6:8 chr3 54419977 . C T 362.67 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.000413207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.624;QD=20.7237;RBI=0.0376466;REFB=-0.0072935;REVB=-0.0376443;RO=33;SAF=12;SAR=25;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197555;STB=0.609695;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00976117;OID=.;OPOS=54419977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:25:12:18:15:25:12:18:15 chr3 54798258 . G A 1590.15 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0845719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.632;QD=60.0057;RBI=0.0845857;REFB=0;REVB=-0.00152444;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40143e-05;OID=.;OPOS=54798258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:106:0:0:96:106:1:49:47:0:0:49:57:0:0 chr3 54961949 . C T 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0119516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9196;QD=13.3364;RBI=0.0377082;REFB=0.0192528;REVB=0.0357641;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252682;STB=0.646282;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.0251689;OID=.;OPOS=54961949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:8:7:17:7:8:7:17:7 chr3 55501002 . G C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.736;QD=62.6707;RBI=0.0345054;REFB=0;REVB=0.0141331;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013582;OID=.;OPOS=55501002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr3 56106226 . C T 281.42 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.043218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8492;QD=19.4085;RBI=0.0438296;REFB=-0.00800457;REVB=-0.00729651;RO=28;SAF=9;SAR=21;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18804;STB=0.60519;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0081539;OID=.;OPOS=56106226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:21:9:14:14:21:9:14:14 chr3 56114861 . T C 442.11 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=19;FWDB=0.0107342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.78;QD=14.8609;RBI=0.0208886;REFB=-0.00697519;REVB=0.0179196;RO=69;SAF=32;SAR=18;SRF=50;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980746;STB=0.554866;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00752558;OID=.;OPOS=56114861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:69:69:50:50:0.420168:18:32:50:19:18:32:50:19 chr3 56219210 . T C 405.15 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0540053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9043;QD=18.0066;RBI=0.0574439;REFB=-0.0176897;REVB=0.0195763;RO=45;SAF=17;SAR=25;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700297;STB=0.540115;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0122274;OID=.;OPOS=56219210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:48:42:42:0.466667:25:17:15:30:25:17:16:32 chr3 56627598 . A G 1397.5 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0818899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.133;QD=62.809;RBI=0.0820489;REFB=0;REVB=-0.00510582;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201624;OID=.;OPOS=56627598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:89:0:0:85:89:1:41:44:0:0:42:47:0:0 chr3 56650012 . G C 874.44 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000109422;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1716;QD=58.2957;RBI=0.0058004;REFB=0;REVB=-0.00579937;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231819;OID=.;OPOS=56650012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr3 56650054 . T TCTC 992.03 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0279295;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=226.35;QD=57.5088;RBI=0.0535803;REFB=-0.011161;REVB=0.0457252;RO=1;SAF=33;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141028;STB=0.50704;STBP=0.507;TYPE=ins;VARB=0.00019291;OID=.;OPOS=56650055;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.985507:66:69:68:69:1:35:33:1:0:3:1:33:33:1:0 chr3 56658871 . T C 930.46 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.967;QD=57.2593;RBI=0.04256;REFB=-0.0550505;REVB=0.0408598;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278389;OID=.;OPOS=56658871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:65:0:0:64:65:1:24:40:0:0:25:40:0:0 chr3 56667682 . G C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0777;QD=57.6802;RBI=0.0375837;REFB=0;REVB=0.0347184;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268437;OID=.;OPOS=56667682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr3 56716785 . C T 61.02 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0141502;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.318;QD=17.4351;RBI=0.0147065;REFB=-0.040333;REVB=-0.00400665;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946669;STB=0.555414;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0291481;OID=.;OPOS=56716785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:15:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:3:3:3:5:3:3 chr3 56716922 . T G 684.71 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4611;QD=62.2461;RBI=0.0201168;REFB=0;REVB=-0.0188446;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.60816e-05;OID=.;OPOS=56716922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:42:44:1:15:27:0:0:16:28:0:0 chr3 56763228 . T C 490.07 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00543897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.513;QD=56.0081;RBI=0.0200172;REFB=-0.0157357;REVB=0.0192641;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373615;STB=0.519988;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=9.63363e-05;OID=.;OPOS=56763228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:22:12:1:0:22:12:1:0 chr3 56763316 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.611;QD=61.684;RBI=0.0177634;REFB=0;REVB=0.00629761;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80332e-05;OID=.;OPOS=56763316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr3 56763328 . T C 631.6 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6688;QD=61.619;RBI=0.0377723;REFB=0;REVB=-0.0377145;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000505118;OID=.;OPOS=56763328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr3 56763525 . A G 1510.86 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247754;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.421;QD=63.615;RBI=0.0309757;REFB=0;REVB=0.0185923;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24196e-05;OID=.;OPOS=56763525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:56:39:0:0:56:39:0:0 chr3 56763619 . A G 1348.72 PASS AF=0.967033;AO=87;DP=94;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00334585;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2468;QD=59.2845;RBI=0.00493783;REFB=-0.137972;REVB=0.00363145;RO=3;SAF=34;SAR=53;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399842;STB=0.520543;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00280459;OID=.;OPOS=56763619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:91:3:3:87:88:0.967033:53:34:3:0:53:35:3:0 chr3 56766435 . C G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.052;QD=58.7813;RBI=0.0184459;REFB=0;REVB=0.00318159;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58706e-05;OID=.;OPOS=56766435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr3 57109095 . T C 712.09 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313419;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8886;QD=63.2965;RBI=0.0393545;REFB=0;REVB=-0.0238003;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141959;OID=.;OPOS=57109095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr3 57131529 . A C 320.03 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.018479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.928;QD=16.0015;RBI=0.020957;REFB=-0.00521987;REVB=0.00988556;RO=45;SAF=19;SAR=16;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578488;STB=0.532543;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00503314;OID=.;OPOS=57131529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:16:19:27:18:16:19:27:18 chr3 57132200 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8354;QD=56.9556;RBI=0.0518657;REFB=0;REVB=-0.0296727;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000856731;OID=.;OPOS=57132200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr3 57136585 . C T 4483.94 PASS AF=1;AO=284;DP=290;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208478;FXX=0.0137452;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4918;QD=62.4939;RBI=0.0413429;REFB=-0.152923;REVB=0.0357016;RO=1;SAF=141;SAR=143;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332318;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604879;OID=.;OPOS=57136585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:290:287:1:0:284:287:1:143:141:0:1:145:142:0:0 chr3 57139972 . A G 1514.69 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235876;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7041;QD=63.7763;RBI=0.0494015;REFB=0;REVB=-0.0434066;RO=0;SAF=33;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257554;OID=.;OPOS=57139972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:62:33:0:0:62:33:0:0 chr3 57176505 . A G 541.89 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.324;QD=58.5822;RBI=0.0100244;REFB=0;REVB=0.0099225;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115472;OID=.;OPOS=57176505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:20:15:0:0:21:16:0:0 chr3 57323170 . A G 586.78 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.180354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.895;QD=57.2468;RBI=0.180783;REFB=-0.14079;REVB=0.0124488;RO=2;SAF=18;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492729;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00118748;OID=.;OPOS=57323170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:2:1:39:40:0.97561:21:18:2:0:21:19:1:0 chr3 57335876 . C T 1960.62 PASS AF=0.992188;AO=124;DP=127;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148724;FXX=0.0153834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.454;QD=61.2694;RBI=0.0234854;REFB=-0.0654862;REVB=0.0181763;RO=1;SAF=52;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655358;STB=0.503355;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=6.96222e-05;OID=.;OPOS=57335876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:127:128:1:1:124:127:0.992188:72:52:0:1:74:53:0:1 chr3 57386148 . C G 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.878;QD=63.2816;RBI=0.00437632;REFB=0;REVB=-0.00376887;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45446e-05;OID=.;OPOS=57386148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr3 57388114 . C T 742.95 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0444111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.232;QD=59.4357;RBI=0.0446513;REFB=-0.0695745;REVB=0.00462519;RO=2;SAF=30;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303353;STB=0.516122;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000917801;OID=.;OPOS=57388114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:18:30:2:0:18:30:2:0 chr3 57414071 . G A 2292.69 PASS AF=1;AO=150;DP=152;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397647;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8058;QD=61.1385;RBI=0.0397679;REFB=0;REVB=-0.00050838;RO=0;SAF=85;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15105e-05;OID=.;OPOS=57414071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:150:0:0:150:150:1:65:85:0:0:65:85:0:0 chr3 57414434 . A G 670.68 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104295;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.049;QD=62.389;RBI=0.113139;REFB=0;REVB=0.0438513;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823112;OID=.;OPOS=57414434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:22:21:0:0 chr3 57419497 . C T 519.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.078;QD=59.3484;RBI=0.0671269;REFB=0;REVB=-0.022363;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000849582;OID=.;OPOS=57419497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:17:16:0:0:17:18:0:0 chr3 57430988 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.376;QD=60.6102;RBI=0.0211036;REFB=0;REVB=0.0177633;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9841e-05;OID=.;OPOS=57430988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr3 57431985 . G A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.281;QD=55.0964;RBI=0.0249809;REFB=0;REVB=0.00869072;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.24916e-05;OID=.;OPOS=57431985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr3 57475351 . T G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.632;QD=63.2868;RBI=0.017957;REFB=0;REVB=0.0111316;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77572e-05;OID=.;OPOS=57475351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr3 57479493 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0769455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8725;QD=55.099;RBI=0.082002;REFB=0;REVB=-0.0283499;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00171238;OID=.;OPOS=57479493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:21:4:0:0:22:4:0:0 chr3 57542173 . C T 969.37 PASS AF=0.855422;AO=70;DP=85;FAO=71;FDP=83;FR=.;FRO=12;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.024548;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0284;QD=46.7165;RBI=0.0337247;REFB=-0.0107901;REVB=-0.0231247;RO=0;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0379e-08;STB=0.607112;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00307948;OID=.;OPOS=57542173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:85:83:0:12:70:71:0.855422:21:49:0:0:22:49:0:12 chr3 57611237 . A G 306.19 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8426;QD=53.2503;RBI=0.0679706;REFB=0;REVB=0.0513471;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601177;OID=.;OPOS=57611237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr3 57882601 . C T 977.12 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805175;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.27;QD=59.2195;RBI=0.0313662;REFB=0;REVB=-0.0303152;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55433e-05;OID=.;OPOS=57882601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr3 58081888 . T C 880.05 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.469;QD=57.7084;RBI=0.0565879;REFB=0;REVB=0.0369493;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4885e-05;OID=.;OPOS=58081888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr3 58109162 . G A 871.39 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0257791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9867;QD=56.2186;RBI=0.0273502;REFB=-0.165541;REVB=0.00913617;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00270106;OID=.;OPOS=58109162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:62:0:1:59:61:0.983871:31:28:0:0:33:28:1:0 chr3 58112440 . A G 762.37 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7243;QD=56.4715;RBI=0.038204;REFB=0;REVB=0.0230527;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467712;OID=.;OPOS=58112440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:52:54:1:25:27:0:0:25:29:0:0 chr3 58112488 . C T 400.88 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.338;QD=55.2937;RBI=0.124698;REFB=0;REVB=0.000166;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540536;OID=.;OPOS=58112488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:26:29:1:15:11:0:0:15:14:0:0 chr3 58118555 . G A 689.0 PASS AF=0.980769;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7891;QD=53;RBI=0.0443955;REFB=-0.167635;REVB=0.037615;RO=1;SAF=12;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375989;STB=0.517235;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00526351;OID=.;OPOS=58118555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:52:1:1:49:51:0.980769:37:12:1:0:37:14:1:0 chr3 58154327 . C T 1360.82 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0190944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.945;QD=61.1605;RBI=0.0219763;REFB=-0.0251344;REVB=0.0108795;RO=1;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938395;STB=0.504949;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000248474;OID=.;OPOS=58154327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:50:38:0:1:50:38:0:1 chr3 58179028 . T C 188.4 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0424819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0174;QD=13.4572;RBI=0.0494554;REFB=-0.0346037;REVB=-0.0253205;RO=30;SAF=16;SAR=6;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47722;STB=0.765543;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0188729;OID=.;OPOS=58179028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:30:33:22:23:0.410714:6:16:7:23:6:17:9:24 chr3 58191266 . C T 390.04 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0231035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.912;QD=21.6688;RBI=0.0232002;REFB=-0.00595668;REVB=0.00211518;RO=33;SAF=13;SAR=26;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159318;STB=0.588189;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00385905;OID=.;OPOS=58191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:26:13:17:16:26:13:17:16 chr3 58280206 . TTA T,TTT 42.61 PASS AF=0.181818,0;AO=7,2;DP=51;FAO=8,0;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=2,0;FSAR=6,0;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0704604,-0.089109;FXX=0.0222173;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=27.7382,21.7489;QD=3.8734;RBI=0.0718217,0.0908846;REFB=-0.00399751,-0.00853696;REVB=0.013917,-0.0178774;RO=39;SAF=1,0;SAR=6,2;SRF=18;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.423626,-0.401702;STB=0.694609,0.5;STBP=0.285,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0191035,0;OID=.,.;OPOS=58280207,58280208;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818,0:7,2:51:8,0:44:36:2,0:6,0:17:19:43:39:1,0:6,2:18:21 chr3 58305033 . A C 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00278772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.312;QD=9.09232;RBI=0.0461376;REFB=-0.00446393;REVB=-0.0460534;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225499;STB=0.646244;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0132268;OID=.;OPOS=58305033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:32:13:13:0.288889:8:5:18:13:8:5:19:13 chr3 58305079 . T C 143.66 PASS AF=0.327586;AO=18;DP=56;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00897139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.162;QD=9.90752;RBI=0.0279249;REFB=-0.0149197;REVB=0.0264445;RO=38;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00338631;STB=0.527646;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0264538;OID=.;OPOS=58305079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:38:39:18:19:0.327586:10:8:17:21:11:8:18:21 chr3 58305235 . G T 203.65 PASS AF=0.466667;AO=19;DP=43;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.000165199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.198;QD=18.1024;RBI=0.00531546;REFB=0.00823816;REVB=-0.00531289;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123789;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00825898;OID=.;OPOS=58305235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:21:24:19:21:0.466667:12:7:8:13:14:7:8:16 chr3 58395891 . C G 71.45 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0300644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.113;QD=7.72414;RBI=0.0362042;REFB=-0.00341708;REVB=-0.0201712;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199615;STB=0.613797;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00854633;OID=.;OPOS=58395891;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:37:26:27:10:10:0.27027:7:3:12:14:7:3:12:15 chr3 58409173 . A T 299.0 PASS AF=0.576923;AO=29;DP=51;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0329767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.187;QD=22.9997;RBI=0.0359898;REFB=-0.0332214;REVB=0.0144154;RO=22;SAF=18;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267732;STB=0.650916;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00745017;OID=.;OPOS=58409173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:22:22:29:30:0.576923:11:18:6:16:11:19:6:16 chr3 58416538 . T C 1066.2 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.959;QD=59.2333;RBI=0.037125;REFB=0;REVB=0.0319473;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62369e-05;OID=.;OPOS=58416538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:68:72:1:27:41:0:0:29:43:0:0 chr3 58520306 . G C 972.86 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339853;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0032;QD=57.227;RBI=0.0242388;REFB=-0.0718557;REVB=0.0239994;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154834;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00365004;OID=.;OPOS=58520306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:68:1:0:64:68:1:30:34:0:1:32:36:0:0 chr3 58572577 . C G 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0232415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.824;QD=18.7119;RBI=0.0316785;REFB=-0.0239159;REVB=0.0215258;RO=19;SAF=14;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168817;STB=0.596783;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0232505;OID=.;OPOS=58572577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:4:14:12:7:4:14:12:7 chr3 59908126 . A G 185.78 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0325173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.965;QD=19.054;RBI=0.0350347;REFB=-0.00857484;REVB=0.0130407;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721724;STB=0.54094;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00824169;OID=.;OPOS=59908126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:10:10:8:11:10:10 chr3 60519224 . G A 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1566;QD=54.5129;RBI=0.0241244;REFB=0;REVB=0.0111838;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173829;OID=.;OPOS=60519224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr3 62189189 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.613;QD=55.6559;RBI=0.0410731;REFB=0;REVB=0.0346873;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306873;OID=.;OPOS=62189189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr3 62229553 . C T 717.86 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6277;QD=54.1777;RBI=0.0602494;REFB=0;REVB=0.057157;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198534;OID=.;OPOS=62229553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:53:0:0:48:53:1:26:22:0:0:28:25:0:0 chr3 62384314 . A G 596.59 PASS AF=1;AO=29;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.799;QD=59.659;RBI=0.0338199;REFB=0;REVB=0.033385;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34014e-05;OID=.;OPOS=62384314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:29:40:1:18:11:0:0:25:15:0:0 chr3 62384315 . T G 50.46 PASS AF=0.2;AO=7;DP=39;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0278855;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=69.2622;QD=5.04551;RBI=0.043436;REFB=-0.00419203;REVB=0.0333029;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158538;STB=0.642475;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0346984;OID=.;OPOS=62384315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:40:32:32:7:8:0.2:5:2:13:19:6:2:13:19 chr3 62431415 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.376;QD=51.1845;RBI=0.0139662;REFB=0;REVB=0.000451386;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4035e-05;OID=.;OPOS=62431415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:11:7:0:0:11:9:0:0 chr3 62556622 . A G 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.85;QD=53.3624;RBI=0.0293281;REFB=0.0548091;REVB=0.0229417;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300429;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00230932;OID=.;OPOS=62556622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:0:1:15:14:0:1 chr3 62578336 . C T 427.98 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0144743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.719;QD=19.4536;RBI=0.0191211;REFB=-0.000368435;REVB=-0.0124945;RO=45;SAF=22;SAR=21;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122892;STB=0.568139;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.000341318;OID=.;OPOS=62578336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:21:22:29:16:21:22:29:16 chr3 63817430 . G C 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00174118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2199;QD=13.7735;RBI=0.0128165;REFB=-0.00967298;REVB=0.0126977;RO=31;SAF=13;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421786;STB=0.524391;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0164708;OID=.;OPOS=63817430;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:7:13:19:12:7:13:19:12 chr3 63967900 . A G 325.74 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0106668;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.077;QD=14.8066;RBI=0.0180957;REFB=-0.00383423;REVB=-0.0146176;RO=52;SAF=27;SAR=9;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342105;STB=0.695008;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00544118;OID=.;OPOS=63967900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:9:27:23:29:9:27:23:29 chr3 63976489 . G A 546.07 PASS AF=0.41844;AO=59;DP=142;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.0225326;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.512;QD=15.4912;RBI=0.0225335;REFB=-0.0237507;REVB=-0.000207401;RO=81;SAF=25;SAR=34;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00420242;STB=0.501844;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0271163;OID=.;OPOS=63976489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:81:82:59:59:0.41844:34:25:34:47:34:25:35:47 chr3 63982082 . G A 124.82 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00315484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.478;QD=16.6426;RBI=0.0245813;REFB=-0.0134468;REVB=-0.024378;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291666;STB=0.666444;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00962247;OID=.;OPOS=63982082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:4:12:6:8:4:12 chr3 64133350 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.613;QD=46.8453;RBI=0.0618275;REFB=0;REVB=0.0315896;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000828206;OID=.;OPOS=64133350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr3 66287056 . G A 2206.1 PASS AF=0.992958;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00834665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4253;QD=62.1436;RBI=0.0272598;REFB=-0.0797666;REVB=-0.0259505;RO=1;SAF=66;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638221;STB=0.503355;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00207321;OID=.;OPOS=66287056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:142:1:1:140:141:0.992958:74:66:0:1:74:67:0:1 chr3 66354911 . G C 1294.66 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050167;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4102;QD=62.3932;RBI=0.0696679;REFB=0;REVB=0.0483414;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709997;OID=.;OPOS=66354911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:39:43:0:0:39:44:0:0 chr3 66374361 . G C 347.63 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00620878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.356;QD=51.5007;RBI=0.0875766;REFB=-0.00212136;REVB=0.0873562;RO=1;SAF=6;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712358;STB=0.538431;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00287544;OID=.;OPOS=66374361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:20:6:1:0:20:6:1:0 chr3 66396845 . G A 145.21 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.183;QD=44.6808;RBI=0.0557672;REFB=0;REVB=0.0040669;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406951;OID=.;OPOS=66396845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr3 66419956 . C T 487.13 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181839;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.075;QD=59.0456;RBI=0.0283577;REFB=0;REVB=0.0217602;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31765e-05;OID=.;OPOS=66419956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr3 66429448 . G A 235.17 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0653207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.976;QD=14.9314;RBI=0.0657794;REFB=-0.0155386;REVB=0.00775499;RO=35;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933254;STB=0.552807;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0158196;OID=.;OPOS=66429448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:11:17:18:17:11:17:18:17 chr3 66433676 . A G 1245.96 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2817;QD=61.5291;RBI=0.0617654;REFB=0;REVB=-0.0615218;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000461466;OID=.;OPOS=66433676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr3 66434643 . T C 1348.37 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.242;QD=61.2896;RBI=0.0156809;REFB=0;REVB=0.00802132;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050542;OID=.;OPOS=66434643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:85:88:1:43:42:0:0:46:42:0:0 chr3 67048761 . GT CG,G,GC,GG 651.17 PASS AF=0,0.266667,0.733333,0;AO=2,8,33,2;DP=45;FAO=0,12,33,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,17,0;FSAR=0,12,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0549995,-0.114663,-0.00899798,-0.0315638;FXX=0;HRUN=1,1,1,1;LEN=2,1,1,1;MLLD=6.9107,57.1228,69.9837,36.9157;QD=57.8813;RBI=0.082284,0.116124,0.0144426,0.0363464;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0612022,0.0183621,0.0112972,-0.018022;RO=0;SAF=0,0,17,0;SAR=2,8,16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,4.60901e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,snp,snp;VARB=0,0.0338364,-0.00787991,0;OID=.,.,.,.;OPOS=67048761,67048762,67048762,67048762;OREF=GT,T,T,T;OALT=CG,-,C,G;OMAPALT=CG,G,GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:59:45:45:0:0:2,8,33,2:0,12,33,0:0,0.266667,0.733333,0:2,8,16,2:0,0,17,0:0:0:0,12,16,0:0,0,17,0:0:0 chr3 67411165 . T TG 416.54 PASS AF=1;AO=4;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015467;FXX=0.0540395;HRUN=0;LEN=1;MLLD=157.998;QD=47.6041;RBI=0.029326;REFB=0;REVB=0.0249155;RO=33;SAF=3;SAR=1;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323237;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000336796;OID=.;OPOS=67411166;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:37:35:35:0:16:19:0:0:4:33:3:1:15:18 chr3 67411166 . A G,T 539.95 PASS AF=0.891892,0.108108;AO=33,4;DP=37;FAO=33,4;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15,3;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032875,-0.0344688;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=187.357,11.9907;QD=58.373;RBI=0.0264587,0.0510984;REFB=0,0;REVB=0.0262537,0.037722;RO=0;SAF=15,3;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.64315e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00029356,0.105767;OID=.,.;OPOS=67411166,67411166;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:37:37:0:0:33,4:33,4:0.891892,0.108108:18,1:15,3:0:0:18,1:15,3:0:0 chr3 67884900 . G A 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0363533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.177;QD=13.6198;RBI=0.0556425;REFB=-0.0180131;REVB=-0.0421252;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126804;STB=0.507241;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0287936;OID=.;OPOS=67884900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:12:14:20:18:12:14:20:18 chr3 69024687 . C CT,CTT 50.12 PASS AF=0.0263158,0.315789;AO=7,7;DP=42;FAO=1,12;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=1,6;FSAR=0,6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0049361,-0.000813772;FXX=0.0256345;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=6.43555,11.5757;QD=5.27536;RBI=0.193032,0.10555;REFB=-0.100377,-0.0522938;REVB=-0.192969,-0.105547;RO=22;SAF=4,3;SAR=3,4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0307537,-0.135998;STB=0.990174,0.513491;STBP=0.464,0.937;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0198874,-0.112152;OID=.,.;OPOS=69024688,69024688;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0263158,0.315789:7,7:42:1,12:38:25:1,6:0,6:12:13:34:22:4,3:3,4:12:10 chr3 69070563 . A C 143.81 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0070559;FXX=0.0263089;HRUN=7;LEN=1;MLLD=222.692;QD=15.5465;RBI=0.0156518;REFB=-0.0154259;REVB=0.0139711;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249743;STB=0.52171;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.01473;OID=.;OPOS=69070563;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:13:19:14:15:0.405405:5:9:8:5:5:10:12:7 chr3 69096614 . G A 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0311464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.65;QD=10.4727;RBI=0.0350449;REFB=-0.00346769;REVB=0.0160638;RO=35;SAF=9;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480656;STB=0.528441;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.011401;OID=.;OPOS=69096614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:8:9:20:15:8:9:20:15 chr3 69098188 . AT A 157.39 PASS AF=0.530435;AO=56;DP=113;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=54;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=0.0166115;FXX=0.00861995;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.12835;QD=5.47432;RBI=0.105664;REFB=-0.113436;REVB=-0.10435;RO=47;SAF=6;SAR=50;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299686;STB=0.632762;STBP=0.027;TYPE=del;VARB=0.0711055;OID=.;OPOS=69098189;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.530435:56:113:61:115:54:7:54:14:40:99:47:6:50:14:33 chr3 69168864 . C T 335.17 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00337971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.531;QD=19.7158;RBI=0.0426032;REFB=-0.011944;REVB=-0.042469;RO=33;SAF=25;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219815;STB=0.626731;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00448884;OID=.;OPOS=69168864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:33:33:34:35:0.514706:9:25:17:16:9:26:17:16 chr3 69230061 . G A 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0302788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.522;QD=37.893;RBI=0.0369481;REFB=-0.00227959;REVB=0.0211744;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-4.69139e-05;OID=.;OPOS=69230061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:1:0:7:5:1:0 chr3 69230801 . G A 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0157485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.685;QD=14.8336;RBI=0.117675;REFB=-0.000615737;REVB=0.116616;RO=30;SAF=17;SAR=5;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086509;STB=0.504946;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00230034;OID=.;OPOS=69230801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:5:17:23:7:5:17:23:7 chr3 69245454 . T C 817.36 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.736;QD=57.3584;RBI=0.00704214;REFB=0;REVB=0.00377578;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82788e-05;OID=.;OPOS=69245454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:21:35:0:0:22:35:0:0 chr3 69246152 . A G 241.11 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0383793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8244;QD=14.6126;RBI=0.0416766;REFB=-0.00389987;REVB=0.0162471;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098704;STB=0.555882;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00415764;OID=.;OPOS=69246152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:13:15:24:14:13:15:24:14 chr3 70016904 . C T 361.93 PASS AF=0.419355;AO=37;DP=92;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0194231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.618;QD=15.5668;RBI=0.019495;REFB=-0.00662792;REVB=-0.00167199;RO=54;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176251;STB=0.610225;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0131716;OID=.;OPOS=70016904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:54:54:37:39:0.419355:15:22:23:31:15:24:23:31 chr3 71876449 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0154922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.551;QD=14.1695;RBI=0.0208615;REFB=0.0025519;REVB=-0.0139713;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315376;STB=0.681502;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00326325;OID=.;OPOS=71876449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:10:2:5:5:10:2 chr3 72424471 . A G 35.02 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0171423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0399;QD=5.00282;RBI=0.0409033;REFB=0.00355579;REVB=0.0371379;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344535;STB=0.726565;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0273715;OID=.;OPOS=72424471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:4:2:14:8:4:2:14:8 chr3 72426901 . A G 5537.85 PASS AF=1;AO=346;DP=347;FAO=347;FDP=347;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8828;QD=63.8368;RBI=0.128809;REFB=0;REVB=0.060299;RO=1;SAF=173;SAR=173;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274995;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244639;OID=.;OPOS=72426901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:347:347:1:0:346:347:1:173:173:1:0:173:174:0:0 chr3 72495777 . C G 786.81 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.041506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1162;QD=55.2148;RBI=0.0540396;REFB=-0.0334112;REVB=0.0346054;RO=2;SAF=34;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00932197;STB=0.511624;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00624793;OID=.;OPOS=72495777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:2:1:54:56:0.982456:20:34:1:1:21:35:0:1 chr3 72495945 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0812283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.661;QD=56.1916;RBI=0.081411;REFB=0;REVB=0.00545235;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204516;OID=.;OPOS=72495945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:23:5:0:0:23:5:0:0 chr3 73024274 . C T 583.58 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00315032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.376;QD=20.8423;RBI=0.0141681;REFB=-0.009026;REVB=0.0138134;RO=53;SAF=35;SAR=24;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240992;STB=0.513256;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00956253;OID=.;OPOS=73024274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:24:35:30:23:24:35:30:23 chr3 73024350 . C A 2332.67 PASS AF=0.993243;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7747;QD=63.045;RBI=0.0613076;REFB=0.00635978;REVB=-0.0568231;RO=1;SAF=79;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598224;STB=0.503105;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000579033;OID=.;OPOS=73024350;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:148:1:1:146:147:0.993243:67:79:1:0:67:80:1:0 chr3 73111368 . T C 229.58 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0443685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4938;QD=14.3486;RBI=0.137153;REFB=0.000349458;REVB=-0.129778;RO=37;SAF=17;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175558;STB=0.599925;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00413695;OID=.;OPOS=73111368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:10:17:17:20:10:17:17:20 chr3 73111480 . AC ACA,CA 203.95 PASS AF=0.415385,0;AO=24,3;DP=66;FAO=27,0;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=15,0;FSAR=12,0;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0225924,-0.041587;FXX=0.0151492;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=23.0128,26.2186;QD=12.5507;RBI=0.0229534,0.0646634;REFB=0.0123266,-0.00605154;REVB=0.00405477,0.0495164;RO=38;SAF=13,2;SAR=11,1;SRF=13;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.210811,0.314866;STB=0.637487,0.5;STBP=0.074,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.0173678,0.0146401;OID=.,.;OPOS=73111482,73111480;OREF=-,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:38:38:24,3:27,0:0.415385,0:11,1:13,2:13:25:12,0:15,0:12:26 chr3 73111973 . A G 183.79 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0601891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.233;QD=17.931;RBI=0.0602691;REFB=-0.0165082;REVB=-0.00310507;RO=22;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287215;STB=0.664621;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0150877;OID=.;OPOS=73111973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:14:5:12:10:14:5:12:10 chr3 73111998 . C T 158.01 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0437243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1199;QD=16.633;RBI=0.0454095;REFB=-0.0318762;REVB=-0.012256;RO=21;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309601;STB=0.679215;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0176981;OID=.;OPOS=73111998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:13:4:11:10:13:4:11:10 chr3 73112378 . A G 194.9 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00779901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.882;QD=17.3243;RBI=0.0126832;REFB=-0.019664;REVB=-0.0100019;RO=25;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929098;STB=0.553137;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0228155;OID=.;OPOS=73112378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:7:13:14:11:7:13:14:11 chr3 73114003 . T C 270.84 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0440824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3732;QD=12.1725;RBI=0.0481638;REFB=-0.00984418;REVB=0.0194033;RO=57;SAF=15;SAR=17;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535133;STB=0.530766;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0193276;OID=.;OPOS=73114003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:32:32:0.359551:17:15:24:33:17:15:24:33 chr3 73453325 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.978;QD=58.6006;RBI=0.048677;REFB=0;REVB=-0.0450434;RO=0;SAF=62;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21079e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21354e-05;OID=.;OPOS=73453325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:2:62:0:0:2:62:0:0 chr3 74215209 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0861326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2495;QD=14.0964;RBI=0.094643;REFB=0.00610312;REVB=0.0392233;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245576;STB=0.642612;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00343722;OID=.;OPOS=74215209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:4:10:5:6:4:10 chr3 74349062 . T C 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00313077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.777;QD=18.7852;RBI=0.00586909;REFB=-0.00720096;REVB=0.00496432;RO=33;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00800242;OID=.;OPOS=74349062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:16:17:17:16:16:17:17:16 chr3 74350625 . A T 431.95 PASS AF=0.56;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0166384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.822;QD=23.0374;RBI=0.0168103;REFB=-0.00807503;REVB=-0.00239743;RO=32;SAF=23;SAR=19;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13829;STB=0.567133;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00643406;OID=.;OPOS=74350625;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:32:33:42:42:0.56:19:23:23:9:19:23:23:10 chr3 74413676 . T C 785.78 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.17;QD=64.1451;RBI=0.0484743;REFB=0;REVB=0.0452482;RO=0;SAF=35;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129256;OID=.;OPOS=74413676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:13:35:0:0:13:36:0:0 chr3 75232044 . C T 706.87 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330335;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=105.603;QD=61.4673;RBI=0.0403174;REFB=0;REVB=0.0231146;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122711;OID=.;OPOS=75232044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:18:25:0:0:18:28:0:0 chr3 75475670 . A C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0365246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.87;QD=12.7388;RBI=0.0419291;REFB=-0.011634;REVB=-0.0205914;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20901;STB=0.624687;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0124913;OID=.;OPOS=75475670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:4:6:3:5:4:6 chr3 75679930 . A C 75.9 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0114619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.439;QD=5.23466;RBI=0.0161792;REFB=-0.00467609;REVB=-0.0114189;RO=45;SAF=7;SAR=5;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895729;STB=0.566363;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0227764;OID=.;OPOS=75679930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:57:58:45:46:12:12:0.206897:5:7:23:22:5:7:23:23 chr3 75679937 . G A 34.41 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00482103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.731;QD=2.2199;RBI=0.013806;REFB=7.33937e-05;REVB=-0.0129369;RO=54;SAF=3;SAR=4;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838466;STB=0.555397;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00482202;OID=.;OPOS=75679937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:54:55:7:7:0.112903:4:3:27:27:4:3:27:28 chr3 75679938 . T C 71.88 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00057403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.146;QD=4.63731;RBI=0.00770411;REFB=-0.00124001;REVB=-0.00768269;RO=49;SAF=7;SAR=5;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140751;STB=0.598767;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0160878;OID=.;OPOS=75679938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:49:50:12:12:0.193548:5:7:23:26:5:7:23:27 chr3 75679945 . C G 39.13 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00495722;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.356;QD=2.37129;RBI=0.0162756;REFB=-0.00210234;REVB=-0.0155023;RO=58;SAF=2;SAR=6;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338859;STB=0.749376;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0596005;OID=.;OPOS=75679945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:67:66:58:58:8:8:0.121212:6:2:31:27:6:2:31:27 chr3 75679958 . C T 36.19 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00297614;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=301.921;QD=1.98286;RBI=0.00451155;REFB=2.23839e-05;REVB=-0.00339068;RO=65;SAF=4;SAR=4;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903921;STB=0.506832;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.000195411;OID=.;OPOS=75679958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:65:65:8:8:0.109589:4:4:33:32:4:4:33:32 chr3 75679963 . C T 89.75 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00406169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4611;QD=4.85128;RBI=0.0204867;REFB=-0.00995766;REVB=0.02008;RO=59;SAF=7;SAR=8;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052164;STB=0.533289;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.036611;OID=.;OPOS=75679963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:59:59:15:15:0.202703:8:7:30:29:8:7:30:29 chr3 75679965 . C A 89.74 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0120566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.571;QD=4.85108;RBI=0.0148851;REFB=6.28869e-05;REVB=-0.00872958;RO=59;SAF=9;SAR=6;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156492;STB=0.599867;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.000644006;OID=.;OPOS=75679965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:59:59:15:15:0.202703:6:9:28:31:6:9:28:31 chr3 75679973 . A G 35.5 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00788127;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.099;QD=1.89309;RBI=0.0115593;REFB=-0.00351515;REVB=-0.00845598;RO=67;SAF=4;SAR=4;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262096;STB=0.51995;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0358842;OID=.;OPOS=75679973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:75:67:67:8:8:0.106667:4:4:32:35:4:4:32:35 chr3 75679975 . C T 97.85 PASS AF=0.210526;AO=16;DP=76;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0103523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.457;QD=5.15005;RBI=0.0132574;REFB=-0.00471817;REVB=-0.00828176;RO=60;SAF=9;SAR=7;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119197;STB=0.575316;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0161682;OID=.;OPOS=75679975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:76:76:60:60:16:16:0.210526:7:9:28:32:7:9:28:32 chr3 75679988 . A G 106.76 PASS AF=0.220779;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0333084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4998;QD=5.54603;RBI=0.0342875;REFB=0.0165942;REVB=0.00813506;RO=60;SAF=9;SAR=8;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778983;STB=0.548723;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0533428;OID=.;OPOS=75679988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:60:60:17:17:0.220779:8:9:28:32:8:9:28:32 chr3 75679993 . C T 83.27 PASS AF=0.192308;AO=14;DP=77;FAO=15;FDP=78;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00549584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.715;QD=4.27023;RBI=0.0205176;REFB=-0.00869142;REVB=-0.0197678;RO=61;SAF=6;SAR=8;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590495;STB=0.507708;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0155221;OID=.;OPOS=75679993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:77:78:61:63:14:15:0.192308:8:6:29:32:8:7:30:33 chr3 75679997 . C T 98.31 PASS AF=0.21519;AO=14;DP=76;FAO=17;FDP=79;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0125203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2962;QD=4.97765;RBI=0.0474774;REFB=-0.00869891;REVB=0.0457968;RO=62;SAF=9;SAR=5;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237879;STB=0.56076;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0383698;OID=.;OPOS=75679997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:76:79:62:62:14:17:0.21519:5:9:28:34:8:9:28:34 chr3 75680006 . T C 53.71 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.000846257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.518;QD=2.65222;RBI=0.0107423;REFB=-0.000425048;REVB=-0.0107089;RO=70;SAF=3;SAR=8;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284943;STB=0.701702;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00242934;OID=.;OPOS=75680006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:81:70:70:11:11:0.135802:8:3:35:35:8:3:35:35 chr3 75680010 . T C 33.08 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0369661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3959;QD=1.61383;RBI=0.037029;REFB=-0.00756765;REVB=0.00215751;RO=74;SAF=4;SAR=4;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467862;STB=0.536495;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0218396;OID=.;OPOS=75680010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:74:74:8:8:0.097561:4:4:34:40:4:4:34:40 chr3 75713564 . T C 322.65 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0115721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.189;QD=11.7327;RBI=0.0288612;REFB=-0.00700213;REVB=-0.0264397;RO=67;SAF=24;SAR=16;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15135;STB=0.573492;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0130953;OID=.;OPOS=75713564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:67:70:40:40:0.363636:16:24:31:36:16:24:34:36 chr3 75714298 . A G 498.97 PASS AF=0.44;AO=54;DP=124;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.00297268;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.509;QD=15.9672;RBI=0.0107252;REFB=-0.00869054;REVB=0.010305;RO=69;SAF=31;SAR=23;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385401;STB=0.522247;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0097673;OID=.;OPOS=75714298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:69:70:54:55:0.44:23:31:37:32:23:32:38:32 chr3 75714311 . G A 117.29 PASS AF=0.171875;AO=22;DP=128;FAO=22;FDP=128;FR=.;FRO=106;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=-0.00389256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8605;QD=3.66534;RBI=0.0205062;REFB=0.0099151;REVB=-0.0201334;RO=100;SAF=16;SAR=6;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228951;STB=0.660397;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.0277579;OID=.;OPOS=75714311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:100:106:22:22:0.171875:6:16:56:44:6:16:58:48 chr3 75714337 . T G 765.66 PASS AF=0.513889;AO=73;DP=143;FAO=74;FDP=144;FR=.;FRO=70;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.000152583;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.364;QD=21.2684;RBI=0.00568531;REFB=-0.0252858;REVB=0.00568326;RO=69;SAF=46;SAR=27;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471141;STB=0.525604;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0180443;OID=.;OPOS=75714337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:69:70:73:74:0.513889:27:46:40:29:28:46:40:30 chr3 75714345 . G T 343.03 PASS AF=0.305556;AO=44;DP=145;FAO=44;FDP=144;FR=.;FRO=100;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=41;FWDB=-0.00621739;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.182;QD=9.5287;RBI=0.0173973;REFB=-0.012911;REVB=-0.0162483;RO=100;SAF=25;SAR=19;SRF=59;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265832;STB=0.515497;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0186015;OID=.;OPOS=75714345;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:100:100:44:44:0.305556:19:25:59:41:19:25:59:41 chr3 75714702 . A G 235.44 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00515262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.548;QD=13.2643;RBI=0.039427;REFB=0.00175891;REVB=0.0390889;RO=43;SAF=16;SAR=12;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876739;STB=0.549965;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00183677;OID=.;OPOS=75714702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:12:16:28:15:12:16:28:15 chr3 75714809 . C T 42.98 PASS AF=0.0849673;AO=11;DP=153;FAO=13;FDP=153;FR=.;FRO=140;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=71;FSRR=69;FWDB=-0.00385133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.095;QD=1.12367;RBI=0.012466;REFB=-0.0159356;REVB=0.0118562;RO=91;SAF=6;SAR=5;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738307;STB=0.541645;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0688424;OID=.;OPOS=75714809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:153:153:91:140:11:13:0.0849673:5:6:44:47:7:6:71:69 chr3 75714819 . G A 96.65 PASS AF=0.124324;AO=23;DP=184;FAO=23;FDP=185;FR=.;FRO=162;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=89;FSRR=73;FWDB=-0.0198873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.368;QD=2.08976;RBI=0.0265667;REFB=-0.0014944;REVB=-0.0176149;RO=161;SAF=10;SAR=13;SRF=88;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139153;STB=0.599356;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0121976;OID=.;OPOS=75714819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:184:185:161:162:23:23:0.124324:13:10:88:73:13:10:89:73 chr3 75714825 . G A 630.85 PASS AF=0.289474;AO=55;DP=191;FAO=55;FDP=190;FR=.,HEALED;FRO=113;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=64;FSRR=49;FWDB=0.0165962;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5425;QD=13.2811;RBI=0.0282786;REFB=-0.0113571;REVB=-0.0228964;RO=111;SAF=31;SAR=24;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598566;STB=0.50187;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0306606;OID=.;OPOS=75714825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:111:113:55:55:0.289474:24:31:62:49:24:31:64:49 chr3 75714831 . G A 183.75 PASS AF=0.169903;AO=35;DP=198;FAO=35;FDP=206;FR=.;FRO=171;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=97;FSRR=74;FWDB=-0.0233602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.985;QD=3.56792;RBI=0.0236128;REFB=-0.00687549;REVB=0.00344474;RO=163;SAF=12;SAR=23;SRF=89;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259942;STB=0.682818;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0414321;OID=.;OPOS=75714831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:206:163:171:35:35:0.169903:23:12:89:74:23:12:97:74 chr3 75714835 . C T 163.48 PASS AF=0.153846;AO=34;DP=222;FAO=34;FDP=221;FR=.;FRO=187;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=107;FSRR=80;FWDB=0.00382802;FXX=0.0045043;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.702;QD=2.95884;RBI=0.0136905;REFB=-0.00528818;REVB=-0.0131445;RO=187;SAF=12;SAR=22;SRF=107;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276835;STB=0.681312;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0337151;OID=.;OPOS=75714835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:221:187:187:34:34:0.153846:22:12:107:80:22:12:107:80 chr3 75714840 . A G 850.16 PASS AF=0.407725;AO=94;DP=230;FAO=95;FDP=233;FR=.;FRO=138;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=82;FSRR=56;FWDB=0.0327718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6013;QD=14.595;RBI=0.0330087;REFB=-0.0027638;REVB=0.0039472;RO=136;SAF=48;SAR=46;SRF=82;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978887;STB=0.55273;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00444735;OID=.;OPOS=75714840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:233:136:138:94:95:0.407725:46:48:82:54:47:48:82:56 chr3 75714843 . T A 374.25 PASS AF=0.236515;AO=57;DP=241;FAO=57;FDP=241;FR=.;FRO=184;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=102;FSRR=82;FWDB=0.0017855;FXX=0.00823011;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7936;QD=6.21161;RBI=0.0077476;REFB=0.00557639;REVB=0.00753905;RO=180;SAF=33;SAR=24;SRF=100;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300858;STB=0.519138;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.0246689;OID=.;OPOS=75714843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:180:184:57:57:0.236515:24:33:100:80:24:33:102:82 chr3 75714853 . G A 419.79 PASS AF=0.247104;AO=64;DP=259;FAO=64;FDP=259;FR=.;FRO=195;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=110;FSRR=85;FWDB=0.00862581;FXX=0.00766254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3968;QD=6.48317;RBI=0.0132878;REFB=-0.00907048;REVB=-0.0101075;RO=190;SAF=37;SAR=27;SRF=106;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258578;STB=0.510782;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0237494;OID=.;OPOS=75714853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:190:195:64:64:0.247104:27:37:106:84:27:37:110:85 chr3 75714898 . G A 479.15 PASS AF=0.246575;AO=71;DP=290;FAO=72;FDP=292;FR=.;FRO=220;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=139;FSRR=81;FWDB=-0.0351487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.467;QD=6.56369;RBI=0.0825249;REFB=-0.0103753;REVB=0.0746655;RO=219;SAF=34;SAR=37;SRF=138;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190661;STB=0.609168;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0325909;OID=.;OPOS=75714898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:292:219:220:71:72:0.246575:37:34:138:81:37:35:139:81 chr3 75714917 . G A 348.38 PASS AF=0.219231;AO=54;DP=259;FAO=57;FDP=260;FR=.,HEALED;FRO=203;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=117;FSRR=86;FWDB=-0.0186192;FXX=0.0076333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.98;QD=5.35974;RBI=0.0205668;REFB=-0.00594679;REVB=-0.00873599;RO=155;SAF=34;SAR=20;SRF=110;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111401;STB=0.545207;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0238951;OID=.;OPOS=75714917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:260:155:203:54:57:0.219231:20:34:110:45:21:36:117:86 chr3 75714929 . G A 326.98 PASS AF=0.212851;AO=53;DP=249;FAO=53;FDP=249;FR=.;FRO=196;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=111;FSRR=85;FWDB=-0.0534976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.69;QD=5.25263;RBI=0.0538856;REFB=-0.0234902;REVB=-0.00645504;RO=194;SAF=35;SAR=18;SRF=111;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119318;STB=0.578343;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.045592;OID=.;OPOS=75714929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:194:196:53:53:0.212851:18:35:111:83:18:35:111:85 chr3 75714950 . C A 289.17 PASS AF=0.214286;AO=48;DP=224;FAO=48;FDP=224;FR=.;FRO=176;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=93;FSRR=83;FWDB=0.00703629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.006;QD=5.16382;RBI=0.0156417;REFB=-0.0164601;REVB=-0.0139698;RO=176;SAF=34;SAR=14;SRF=93;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241804;STB=0.649659;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0412239;OID=.;OPOS=75714950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:176:176:48:48:0.214286:14:34:93:83:14:34:93:83 chr3 75714971 . C A 305.32 PASS AF=0.244681;AO=46;DP=189;FAO=46;FDP=188;FR=.;FRO=142;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=88;FSRR=54;FWDB=-0.000823524;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3289;QD=6.49615;RBI=0.00729261;REFB=-0.0163705;REVB=-0.00724596;RO=142;SAF=27;SAR=19;SRF=88;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428662;STB=0.525735;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0436739;OID=.;OPOS=75714971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:142:142:46:46:0.244681:19:27:88:54:19:27:88:54 chr3 75714976 . C T 394.82 PASS AF=0.296089;AO=53;DP=178;FAO=53;FDP=179;FR=.;FRO=126;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=77;FSRR=49;FWDB=0.0523436;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7792;QD=8.82276;RBI=0.0532706;REFB=-0.000972849;REVB=0.00989477;RO=120;SAF=31;SAR=22;SRF=72;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018606;STB=0.51911;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00176684;OID=.;OPOS=75714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:120:126:53:53:0.296089:22:31:72:48:22:31:77:49 chr3 75714980 . C A 180.08 PASS AF=0.189349;AO=32;DP=170;FAO=32;FDP=169;FR=.;FRO=137;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=80;FSRR=57;FWDB=0.0136114;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.143;QD=4.26222;RBI=0.0384752;REFB=-0.00895733;REVB=0.0359871;RO=132;SAF=23;SAR=9;SRF=76;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199002;STB=0.620779;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0120867;OID=.;OPOS=75714980;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:132:137:32:32:0.189349:9:23:76:56:9:23:80:57 chr3 75715118 . G A 59.15 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0181078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.794;QD=5.25778;RBI=0.018312;REFB=-0.00649083;REVB=-0.00272672;RO=36;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677036;STB=0.544455;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0606465;OID=.;OPOS=75715118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:5:4:18:18:5:4:18:18 chr3 75715124 . C T 94.64 PASS AF=0.282609;AO=12;DP=45;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0148549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9566;QD=8.22939;RBI=0.0493493;REFB=-0.0223856;REVB=0.0470604;RO=33;SAF=4;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253115;STB=0.615207;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0573854;OID=.;OPOS=75715124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:45:46:33:33:12:13:0.282609:8:4:18:15:8:5:18:15 chr3 75715173 . CT TG 95.47 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00221361;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.499;QD=5.78633;RBI=0.0082048;REFB=-0.0169627;REVB=0.00790054;RO=51;SAF=7;SAR=8;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531793;STB=0.533289;STBP=0.808;TYPE=mnp;VARB=0.0583156;OID=.;OPOS=75715173;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:66:66:51:51:15:15:0.227273:8:7:26:25:8:7:26:25 chr3 75715181 . G A 101.41 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0273347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.266;QD=5.79505;RBI=0.0281026;REFB=-0.0110593;REVB=-0.00652439;RO=54;SAF=9;SAR=7;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546682;STB=0.53413;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0349556;OID=.;OPOS=75715181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:54:54:16:16:0.228571:7:9:28:26:7:9:28:26 chr3 75779724 . T C 379.27 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0430269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.691;QD=19.2038;RBI=0.0764727;REFB=-0.0173295;REVB=0.06322;RO=40;SAF=20;SAR=19;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171997;STB=0.595253;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0241375;OID=.;OPOS=75779724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:19:20:28:12:19:20:28:12 chr3 75779727 . A G 362.43 PASS AF=0.475;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0523532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2271;QD=18.1214;RBI=0.0528537;REFB=-0.0292009;REVB=-0.00725633;RO=40;SAF=20;SAR=18;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162489;STB=0.57443;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0241507;OID=.;OPOS=75779727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:40:42:38:38:0.475:18:20:28:12:18:20:28:14 chr3 75779742 . G A 225.48 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.0105999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.969;QD=10.9989;RBI=0.0125917;REFB=-0.00375276;REVB=-0.00679658;RO=52;SAF=15;SAR=13;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112971;STB=0.575169;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0331262;OID=.;OPOS=75779742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:54:28:28:0.341463:13:15:33:19:13:15:35:19 chr3 75779762 . G T 203.76 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0330964;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9387;QD=10.3168;RBI=0.04571;REFB=-0.0323964;REVB=0.0315282;RO=53;SAF=13;SAR=13;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976222;STB=0.556919;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.073102;OID=.;OPOS=75779762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:53:53:26:26:0.329114:13:13:31:22:13:13:31:22 chr3 75779769 . C G 300.47 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0264983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.987;QD=16.4638;RBI=0.0265701;REFB=-0.039962;REVB=0.0019515;RO=34;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147982;STB=0.546639;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0357284;OID=.;OPOS=75779769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:73:34:40:33:33:0.452055:16:17:23:11:16:17:24:16 chr3 75779777 . TA T 118.04 PASS AF=0.38806;AO=27;DP=74;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0488512;FXX=0.0945818;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.4843;QD=7.04696;RBI=0.0661956;REFB=0.0111196;REVB=-0.04467;RO=35;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0.338931;SSSB=0.0127768;STB=0.509957;STBP=0.911;TYPE=del;VARB=-0.00318931;OID=.;OPOS=75779778;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38806:27:74:26:67:41:15:11:23:18:99:35:15:12:19:16 chr3 75781222 . C T 289.69 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0270675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1182;QD=18.996;RBI=0.0719841;REFB=-0.00647051;REVB=0.0667013;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042487;STB=0.523692;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00800716;OID=.;OPOS=75781222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:18:13:14:16:18:13:14:16 chr3 75781257 . T G 219.2 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0286511;FXX=0.0806322;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8969;QD=15.3825;RBI=0.0337416;REFB=-0.00445578;REVB=0.0178217;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111469;STB=0.506324;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00557868;OID=.;OPOS=75781257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:57:32:32:25:25:0.438596:13:12:15:17:13:12:15:17 chr3 75781263 . T C 289.59 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00854738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2672;QD=18.9897;RBI=0.0142142;REFB=0.00679828;REVB=-0.0113572;RO=30;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133803;STB=0.507458;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.00667013;OID=.;OPOS=75781263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:17:14:14:16:17:14:14:16 chr3 75781272 . C A 233.3 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0507437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2528;QD=16.9675;RBI=0.102408;REFB=0.0252841;REVB=-0.0889523;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111235;STB=0.562453;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0326315;OID=.;OPOS=75781272;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:14:12:10:19:14:12:10:19 chr3 75786031 . A C 145.45 PASS AF=0.184397;AO=25;DP=141;FAO=26;FDP=141;FR=.;FRO=115;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=74;FSRR=41;FWDB=0.00354772;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0524;QD=4.12626;RBI=0.0303996;REFB=-0.00330624;REVB=-0.0301918;RO=116;SAF=12;SAR=13;SRF=75;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213673;STB=0.616936;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0172343;OID=.;OPOS=75786031;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:116:115:25:26:0.184397:13:12:75:41:13:13:74:41 chr3 75786036 . A C 78.88 PASS AF=0.123288;AO=18;DP=133;FAO=18;FDP=146;FR=.;FRO=128;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=79;FSRR=49;FWDB=-0.00701849;FXX=0.0135126;HRUN=6;LEN=1;MLLD=184.802;QD=2.161;RBI=0.0249448;REFB=-0.0029989;REVB=-0.0239371;RO=114;SAF=10;SAR=8;SRF=71;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870899;STB=0.555322;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0275659;OID=.;OPOS=75786036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:133:146:114:128:18:18:0.123288:8:10:71:43:8:10:79:49 chr3 75786042 . G A 512.46 PASS AF=0.294872;AO=43;DP=158;FAO=46;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.00169327;FXX=0.031054;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.169;QD=13.14;RBI=0.00879118;REFB=-0.0114695;REVB=-0.00862656;RO=97;SAF=31;SAR=12;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213763;STB=0.602693;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0201179;OID=.;OPOS=75786042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:97:93:43:46:0.294872:12:31:54:43:13:33:54:39 chr3 75786059 . CA TA,TG 738.97 PASS AF=0.28934,0.142132;AO=55,28;DP=196;FAO=57,28;FDP=197;FR=.;FRO=112;FSAF=35,15;FSAR=22,13;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=-0.0114857,0.0035028;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=122.908,184.707;QD=15.0046;RBI=0.011712,0.0229953;REFB=-0.00684234,-0.0036748;REVB=0.00229099,-0.022727;RO=103;SAF=35,15;SAR=20,13;SRF=61;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0532747,-0.0726051;STB=0.541455,0.514378;STBP=0.423,0.886;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0137789,0.0348517;OID=.,.;OPOS=75786059,75786059;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:103:112:55,28:57,28:0.28934,0.142132:20,13:35,15:61:42:22,13:35,15:62:50 chr3 75786071 . C A 553.07 PASS AF=0.327189;AO=71;DP=218;FAO=71;FDP=217;FR=.;FRO=146;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=81;FSRR=65;FWDB=-0.0066837;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.406;QD=10.1949;RBI=0.00720085;REFB=-0.00849273;REVB=0.00267961;RO=145;SAF=44;SAR=27;SRF=80;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821629;STB=0.545319;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.019265;OID=.;OPOS=75786071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:145:146:71:71:0.327189:27:44:80:65:27:44:81:65 chr3 75786073 . C G 171.68 PASS AF=0.158371;AO=35;DP=221;FAO=35;FDP=221;FR=.;FRO=186;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=109;FSRR=77;FWDB=0.0211879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1794;QD=3.10737;RBI=0.027526;REFB=0.00169712;REVB=-0.0175713;RO=186;SAF=19;SAR=16;SRF=109;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563636;STB=0.536808;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.0112196;OID=.;OPOS=75786073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:186:186:35:35:0.158371:16:19:109:77:16:19:109:77 chr3 75786079 . CG CT,TA 1242.79 PASS AF=0.194872,0.415385;AO=37,80;DP=226;FAO=38,81;FDP=195;FR=.;FRO=76;FSAF=16,53;FSAR=22,28;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=-0.0189527,-0.00846316;FXX=0.14473;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=64.3867,134.936;QD=25.4931;RBI=0.0238516,0.0110951;REFB=-0.00627939,-0.0122058;REVB=0.0144808,-0.00717464;RO=75;SAF=16,52;SAR=21,28;SRF=47;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.221586,0.0224128;STB=0.629362,0.518978;STBP=0.073,0.659;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0361541,0.0177165;OID=.,.;OPOS=75786080,75786079;OREF=G,CG;OALT=T,TA;OMAPALT=CT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:226:195:75:76:37,80:38,81:0.194872,0.415385:21,28:16,52:47:28:22,28:16,53:47:29 chr3 75786132 . T C 1027.74 PASS AF=0.45;AO=107;DP=240;FAO=108;FDP=240;FR=.;FRO=132;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=68;FSRR=64;FWDB=-0.0116471;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.217;QD=17.129;RBI=0.0173196;REFB=-0.0122081;REVB=-0.0128185;RO=131;SAF=61;SAR=46;SRF=67;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588192;STB=0.532806;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0157645;OID=.;OPOS=75786132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:131:132:107:108:0.45:46:61:67:64:46:62:68:64 chr3 75786163 . C T 1099.44 PASS AF=0.550802;AO=102;DP=188;FAO=103;FDP=187;FR=.;FRO=84;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0085127;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7508;QD=23.5175;RBI=0.0270641;REFB=-0.000404217;REVB=-0.0256904;RO=84;SAF=54;SAR=48;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440908;STB=0.526933;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.000473815;OID=.;OPOS=75786163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:84:84:102:103:0.550802:48:54:40:44:49:54:39:45 chr3 75786175 . C A 64.91 PASS AF=0.101124;AO=18;DP=178;FAO=18;FDP=178;FR=.;FRO=160;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=77;FSRR=83;FWDB=-0.00544399;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.492;QD=1.45858;RBI=0.00610091;REFB=-0.000291021;REVB=0.00275392;RO=160;SAF=9;SAR=9;SRF=77;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225564;STB=0.516835;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00829955;OID=.;OPOS=75786175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:178:178:160:160:18:18:0.101124:9:9:77:83:9:9:77:83 chr3 75786211 . A G 1177.97 PASS AF=0.675497;AO=102;DP=150;FAO=102;FDP=151;FR=.;FRO=49;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0120179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7661;QD=31.2044;RBI=0.0130769;REFB=-0.0166069;REVB=-0.00515509;RO=48;SAF=47;SAR=55;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482562;STB=0.522714;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00959494;OID=.;OPOS=75786211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:48:49:102:102:0.675497:55:47:26:22:55:47:26:23 chr3 75786230 . C T 34.66 PASS AF=0.0833333;AO=11;DP=121;FAO=10;FDP=120;FR=.;FRO=110;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=-0.0187631;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5099;QD=1.15519;RBI=0.0444183;REFB=0.00119316;REVB=-0.0402608;RO=110;SAF=7;SAR=4;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198225;STB=0.623518;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.0192001;OID=.;OPOS=75786230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:121:120:110:110:11:10:0.0833333:4:7:51:59:4:6:51:59 chr3 75786243 . C T 702.02 PASS AF=0.633663;AO=64;DP=101;FAO=64;FDP=101;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0152164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.175;QD=27.8029;RBI=0.0300386;REFB=-0.00413034;REVB=-0.0258994;RO=37;SAF=25;SAR=39;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139816;STB=0.575848;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00346194;OID=.;OPOS=75786243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:37:37:64:64:0.633663:39:25:22:15:39:25:22:15 chr3 75786245 . T A 718.1 PASS AF=0.642105;AO=61;DP=95;FAO=61;FDP=95;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0019408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.445;QD=30.2358;RBI=0.00201625;REFB=-0.00159179;REVB=0.00054642;RO=34;SAF=25;SAR=36;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156907;STB=0.585034;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00174845;OID=.;OPOS=75786245;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:34:34:61:61:0.642105:36:25:22:12:36:25:22:12 chr3 75786252 . G T 703.3 PASS AF=0.686047;AO=56;DP=83;FAO=59;FDP=86;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00517514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.331;QD=32.7117;RBI=0.00517777;REFB=-0.00286695;REVB=0.000164893;RO=26;SAF=25;SAR=31;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143572;STB=0.560074;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0026163;OID=.;OPOS=75786252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:26:27:56:59:0.686047:31:25:18:8:31:28:18:9 chr3 75786256 . T A 566.31 PASS AF=0.614458;AO=51;DP=83;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00604888;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.799;QD=27.2918;RBI=0.0061144;REFB=-0.00228919;REVB=-0.00089268;RO=31;SAF=21;SAR=30;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205271;STB=0.617065;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00175356;OID=.;OPOS=75786256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:31:32:51:51:0.614458:30:21:22:9:30:21:23:9 chr3 75786278 . A C 330.62 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-1.6556e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.11;QD=23.6159;RBI=0.0350321;REFB=-0.0418173;REVB=0.0350321;RO=23;SAF=13;SAR=20;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284307;STB=0.655993;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0301362;OID=.;OPOS=75786278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:20:13:18:5:20:13:18:5 chr3 75786302 . G A 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.00117894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.81;QD=13.3134;RBI=0.0302183;REFB=-0.00904531;REVB=0.0301953;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266054;STB=0.650564;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0215312;OID=.;OPOS=75786302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:10:12:26:7:10:12:26:7 chr3 75786314 . CCTACATTCT C 111.94 PASS AF=0.38;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=-0.016357;FXX=0.0740604;HRUN=2;LEN=9;MLLD=327.788;QD=8.95516;RBI=0.0182305;REFB=-0.00751116;REVB=0.00804987;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32867;STB=0.677259;STBP=0.077;TYPE=del;VARB=0.0132826;OID=.;OPOS=75786315;OREF=CTACATTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38:19:53:19:50:31:10:9:25:6:99:29:10:9:24:5 chr3 75786379 . T C 159.27 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=14;FWDB=0.00829827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.538;QD=8.38251;RBI=0.0423767;REFB=-0.00408899;REVB=0.0415563;RO=54;SAF=10;SAR=12;SRF=40;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338041;STB=0.697517;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0122882;OID=.;OPOS=75786379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:54:22:22:0.289474:12:10:40:14:12:10:40:14 chr3 75786381 . T C 218.91 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00260607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1646;QD=11.6754;RBI=0.0358825;REFB=0.00985945;REVB=0.0357878;RO=48;SAF=19;SAR=8;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099103;STB=0.557518;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.0171992;OID=.;OPOS=75786381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:8:19:30:18:8:19:30:18 chr3 75786385 . C G 204.1 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=-0.00309729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.156;QD=10.4668;RBI=0.0205757;REFB=-0.00116962;REVB=0.0203412;RO=49;SAF=14;SAR=12;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204523;STB=0.631487;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0038072;OID=.;OPOS=75786385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:49:52:26:26:0.333333:12:14:35:14:12:14:38:14 chr3 75786417 . T C 82.11 PASS AF=0.164835;AO=15;DP=91;FAO=15;FDP=91;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=26;FWDB=-0.00501387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.616;QD=3.60936;RBI=0.0126588;REFB=-0.00635988;REVB=-0.0116235;RO=76;SAF=8;SAR=7;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161716;STB=0.605837;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0666741;OID=.;OPOS=75786417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:91:91:76:76:15:15:0.164835:7:8:50:26:7:8:50:26 chr3 75786438 . G A 58.37 PASS AF=0.134831;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.00933122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.623;QD=2.62323;RBI=0.0268696;REFB=-0.00489479;REVB=-0.0251973;RO=73;SAF=6;SAR=6;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110804;STB=0.595352;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0354973;OID=.;OPOS=75786438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:88:89:73:77:12:12:0.134831:6:6:43:30:6:6:47:30 chr3 75786440 . C T 554.65 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=81;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.027773;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.1421;QD=25.5009;RBI=0.0674753;REFB=-0.0506137;REVB=-0.0614945;RO=30;SAF=32;SAR=19;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00428846;STB=0.543123;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0345598;OID=.;OPOS=75786440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:87:30:36:51:51:0.586207:19:32:19:11:19:32:19:17 chr3 75786450 . G A 57.36 PASS AF=0.130435;AO=12;DP=92;FAO=12;FDP=92;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.0356325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.306;QD=2.494;RBI=0.040748;REFB=-0.00654637;REVB=-0.0197666;RO=79;SAF=6;SAR=6;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702329;STB=0.554258;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0642989;OID=.;OPOS=75786450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:92:92:79:80:12:12:0.130435:6:6:44:35:6:6:45:35 chr3 75786453 . C T 109.25 PASS AF=0.195652;AO=18;DP=92;FAO=18;FDP=92;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0327258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.28;QD=4.75017;RBI=0.0648267;REFB=-0.00852532;REVB=-0.05596;RO=74;SAF=12;SAR=6;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181476;STB=0.616409;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0320992;OID=.;OPOS=75786453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:74:74:18:18:0.195652:6:12:39:35:6:12:39:35 chr3 75786469 . G A 49.14 PASS AF=0.115789;AO=11;DP=95;FAO=11;FDP=95;FR=.;FRO=84;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.0202872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.48;QD=2.06907;RBI=0.0210345;REFB=0.00194889;REVB=-0.00555703;RO=79;SAF=5;SAR=6;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13931;STB=0.612278;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.007531;OID=.;OPOS=75786469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:95:95:79:84:11:11:0.115789:6:5:45:34:6:5:49:35 chr3 75786476 . G A 30.43 PASS AF=0.0879121;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=91;FR=.;FRO=83;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.0139543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3575;QD=1.3377;RBI=0.0720588;REFB=-0.00289002;REVB=-0.0706948;RO=82;SAF=4;SAR=4;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832431;STB=0.67957;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0220784;OID=.;OPOS=75786476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:91:82:83:8:8:0.0879121:4:4:47:35:5:3:48:35 chr3 75786490 . C G 43.31 PASS AF=0.10989;AO=10;DP=91;FAO=10;FDP=91;FR=.;FRO=81;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=-0.0137854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7207;QD=1.90372;RBI=0.032834;REFB=-0.00287832;REVB=0.0297999;RO=81;SAF=5;SAR=5;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962281;STB=0.571289;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0212563;OID=.;OPOS=75786490;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:91:91:81:81:10:10:0.10989:5:5:47:34:5:5:47:34 chr3 75786499 . CAT CGA,TGT 55.34 PASS AF=0.0987654,0.0493827;AO=8,4;DP=82;FAO=8,4;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=6,3;FSAR=2,1;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.00958595,-0.017061;FXX=0.0240935;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=248.151,225.64;QD=2.73265;RBI=0.0124763,0.0235783;REFB=-0.00216577,-0.00222287;REVB=-0.00798546,-0.0162745;RO=67;SAF=6,3;SAR=2,1;SRF=37;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.244974,0.193519;STB=0.702916,0.71113;STBP=0.266,0.412;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00781357,0.012429;OID=.,.;OPOS=75786500,75786499;OREF=AT,CA;OALT=GA,TG;OMAPALT=CGA,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:82:81:67:69:8,4:8,4:0.0987654,0.0493827:2,1:6,3:37:30:2,1:6,3:37:32 chr3 75786515 . GG AG,AT 80.49 PASS AF=0.151899,0.0379747;AO=12,4;DP=79;FAO=12,3;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=10,1;FSAR=2,2;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.002334,0.00135842;FXX=0.0124984;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=192.44,191.236;QD=4.07527;RBI=0.00237906,0.00428963;REFB=-0.00177411,-0.00112096;REVB=0.000460853,-0.00406886;RO=63;SAF=10,2;SAR=2,2;SRF=32;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.431713,-0.00760599;STB=0.792743,0.672125;STBP=0.042,0.604;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00317156,0.0196657;OID=.,.;OPOS=75786515,75786515;OREF=G,GG;OALT=A,AT;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:79:79:63:64:12,4:12,3:0.151899,0.0379747:2,2:10,2:32:31:2,2:10,1:33:31 chr3 75786518 . A C 45.17 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=85;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0221536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0309;QD=2.12565;RBI=0.0294002;REFB=-0.0012906;REVB=-0.0193285;RO=75;SAF=8;SAR=2;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353317;STB=0.763263;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0117556;OID=.;OPOS=75786518;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:85:85:75:75:10:10:0.117647:2:8:39:36:2:8:39:36 chr3 75786521 . G A 43.6 PASS AF=0.111111;AO=10;DP=90;FAO=10;FDP=90;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00909227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.747;QD=1.93791;RBI=0.0251012;REFB=-0.000535542;REVB=-0.0233966;RO=80;SAF=8;SAR=2;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356698;STB=0.769388;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00323693;OID=.;OPOS=75786521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:90:90:80:80:10:10:0.111111:2:8:41:39:2:8:41:39 chr3 75786555 . C CTG 236.47 PASS AF=0.326087;AO=25;DP=94;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00442193;FXX=0.0212743;HRUN=0;LEN=2;MLLD=237.739;QD=10.2812;RBI=0.0132218;REFB=-9.36254e-05;REVB=0.0124604;RO=63;SAF=16;SAR=9;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18067;STB=0.545159;STBP=0.566;TYPE=ins;VARB=0.000227856;OID=.;OPOS=75786556;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326087:25:94:30:92:62:17:13:31:31:99:63:16:9:31:32 chr3 75786572 . T C 63.27 PASS AF=0.132653;AO=13;DP=99;FAO=13;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=0.0221748;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.985;QD=2.58258;RBI=0.0229294;REFB=-0.00383363;REVB=0.00583381;RO=83;SAF=5;SAR=8;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23624;STB=0.662335;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0202512;OID=.;OPOS=75786572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:99:98:83:85:13:13:0.132653:8:5:48:35:8:5:49:36 chr3 75786586 . G T 33.42 PASS AF=0.0865385;AO=9;DP=104;FAO=9;FDP=104;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=0.00398182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.564;QD=1.2852;RBI=0.0173988;REFB=-8.0867e-06;REVB=-0.0169371;RO=95;SAF=4;SAR=5;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139801;STB=0.611573;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0210949;OID=.;OPOS=75786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:104:104:95:95:9:9:0.0865385:5:4:54:41:5:4:54:41 chr3 75786620 . G A 35.29 PASS AF=0.0854701;AO=10;DP=117;FAO=10;FDP=117;FR=.;FRO=107;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=60;FSRR=47;FWDB=-0.000959967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.515;QD=1.20647;RBI=0.0327605;REFB=-0.000106623;REVB=-0.0327464;RO=103;SAF=6;SAR=4;SRF=60;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206267;STB=0.536768;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.000588089;OID=.;OPOS=75786620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:117:117:103:107:10:10:0.0854701:4:6:60:43:4:6:60:47 chr3 75786623 . G T 438.96 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.0177657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.859;QD=14.8801;RBI=0.0215279;REFB=-0.000197806;REVB=-0.0121585;RO=68;SAF=30;SAR=20;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588641;STB=0.533088;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.000364368;OID=.;OPOS=75786623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:68:50:50:0.423729:20:30:37:31:20:30:37:31 chr3 75786628 . G C 178.78 PASS AF=0.235294;AO=28;DP=119;FAO=28;FDP=119;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=36;FWDB=-0.00746616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.643;QD=6.00941;RBI=0.0145261;REFB=-0.00445904;REVB=0.0124605;RO=89;SAF=12;SAR=16;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219712;STB=0.631984;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0149825;OID=.;OPOS=75786628;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:89:91:28:28:0.235294:16:12:54:35:16:12:55:36 chr3 75786662 . A T 32.84 PASS AF=0.08;AO=10;DP=125;FAO=10;FDP=125;FR=.;FRO=115;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=60;FSRR=55;FWDB=0.000127324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.85;QD=1.05096;RBI=0.00099361;REFB=-0.00076794;REVB=-0.000985419;RO=113;SAF=7;SAR=3;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212348;STB=0.668518;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0384223;OID=.;OPOS=75786662;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:125:125:113:115:10:10:0.08:3:7:58:55:3:7:60:55 chr3 75786670 . G A 457.21 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00206215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.84;QD=15.4987;RBI=0.00461311;REFB=-0.00876141;REVB=0.00412654;RO=66;SAF=27;SAR=24;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143968;STB=0.503998;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00737611;OID=.;OPOS=75786670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:67:51:51:0.432203:24:27:34:32:24:27:35:32 chr3 75786672 . C T 31.42 PASS AF=0.079646;AO=6;DP=112;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=0.00259153;FXX=0.0423693;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.953;QD=1.11224;RBI=0.0235959;REFB=-0.0016539;REVB=-0.0234531;RO=100;SAF=5;SAR=1;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343917;STB=0.774091;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0327995;OID=.;OPOS=75786672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:112:113:100:104:6:9:0.079646:1:5:48:52:2:7:50:54 chr3 75786681 . G A 697.27 PASS AF=0.563025;AO=67;DP=119;FAO=67;FDP=119;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0295006;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.012;QD=23.4378;RBI=0.0295804;REFB=-0.00591216;REVB=0.00217191;RO=51;SAF=32;SAR=35;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409961;STB=0.526572;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00755468;OID=.;OPOS=75786681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:51:52:67:67:0.563025:35:32:27:24:35:32:28:24 chr3 75786737 . A T 660.16 PASS AF=0.597938;AO=58;DP=97;FAO=58;FDP=97;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0247863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.126;QD=27.223;RBI=0.02521;REFB=0.00629783;REVB=-0.00460263;RO=37;SAF=31;SAR=27;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111371;STB=0.549823;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00476978;OID=.;OPOS=75786737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:37:39:58:58:0.597938:27:31:14:23:27:31:16:23 chr3 75786741 . A G 483.35 PASS AF=0.49505;AO=47;DP=98;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0268341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.735;QD=19.1425;RBI=0.0268369;REFB=0.00688225;REVB=-0.000388481;RO=49;SAF=24;SAR=23;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379199;STB=0.514846;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00351414;OID=.;OPOS=75786741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:49:51:47:50:0.49505:23:24:23:26:25:25:24:27 chr3 75786748 . C T 41.55 PASS AF=0.103093;AO=10;DP=97;FAO=10;FDP=97;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.0201848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.983;QD=1.71346;RBI=0.0224879;REFB=0.00172113;REVB=-0.00991352;RO=86;SAF=6;SAR=4;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131798;STB=0.594851;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.0220258;OID=.;OPOS=75786748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:97:97:86:87:10:10:0.103093:4:6:42:44:4:6:43:44 chr3 75786753 . C T 266.31 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=94;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0157875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.327;QD=11.213;RBI=0.0186994;REFB=-0.00369667;REVB=-0.0100211;RO=62;SAF=14;SAR=18;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107865;STB=0.557276;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0174183;OID=.;OPOS=75786753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:62:63:32:32:0.336842:18:14:33:29:18:14:33:30 chr3 75786759 . T C 511.01 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0162531;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.558;QD=21.2921;RBI=0.0175596;REFB=-0.0113075;REVB=-0.00664655;RO=41;SAF=26;SAR=23;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095841;STB=0.5306;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00863117;OID=.;OPOS=75786759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:47:49:49:0.510417:23:26:17:24:23:26:22:25 chr3 75786773 . T A 463.73 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00147247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6462;QD=19.322;RBI=0.0219844;REFB=-0.00731951;REVB=0.021935;RO=50;SAF=24;SAR=22;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390818;STB=0.52173;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00988032;OID=.;OPOS=75786773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:46:46:0.479167:22:24:24:26:22:24:24:26 chr3 75786802 . G A 305.42 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00815259;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.862;QD=14.7192;RBI=0.0186868;REFB=0.00126365;REVB=-0.0168147;RO=50;SAF=20;SAR=14;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935542;STB=0.546735;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.001623;OID=.;OPOS=75786802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:50:49:34:34:0.409639:14:20:25:25:14:20:25:24 chr3 75786827 . A T 472.21 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00158742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.22;QD=23.6106;RBI=0.0116848;REFB=-0.0228861;REVB=0.0115765;RO=34;SAF=26;SAR=19;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618057;STB=0.540735;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0188057;OID=.;OPOS=75786827;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:34:35:45:45:0.5625:19:26:17:17:19:26:17:18 chr3 75786832 . C T 730.37 PASS AF=0.714286;AO=59;DP=84;FAO=60;FDP=84;FR=.;FRO=24;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0111523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.23;QD=34.7795;RBI=0.011563;REFB=-0.0126599;REVB=-0.00305445;RO=23;SAF=35;SAR=24;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612437;STB=0.536278;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00357672;OID=.;OPOS=75786832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:23:24:59:60:0.714286:24:35:11:12:25:35:11:13 chr3 75786833 . G A 40.61 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=82;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0111019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.63;QD=1.95708;RBI=0.0131026;REFB=-0.00366077;REVB=-0.0069589;RO=73;SAF=5;SAR=4;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00910421;STB=0.513483;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0149498;OID=.;OPOS=75786833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:82:83:73:74:9:9:0.108434:4:5:40:33:4:5:40:34 chr3 75786845 . T C 634.26 PASS AF=0.662651;AO=50;DP=79;FAO=55;FDP=83;FR=.;FRO=28;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00837138;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.607;QD=30.5669;RBI=0.0262451;REFB=-0.0314741;REVB=0.0248741;RO=28;SAF=33;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884717;STB=0.53595;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0153235;OID=.;OPOS=75786845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:28:28:50:55:0.662651:17:33:15:13:20:35:15:13 chr3 75786854 . A T 367.28 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00158692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.474;QD=16.507;RBI=0.021865;REFB=-0.00146322;REVB=-0.0218074;RO=49;SAF=29;SAR=10;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277496;STB=0.663189;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00499213;OID=.;OPOS=75786854;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:50:39:39:0.438202:10:29:24:25:10:29:24:26 chr3 75786866 . G T 63.02 PASS AF=0.131313;AO=13;DP=99;FAO=13;FDP=99;FR=.;FRO=86;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.0350193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.005;QD=2.54617;RBI=0.0361394;REFB=-0.0133812;REVB=-0.00892791;RO=86;SAF=5;SAR=8;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198193;STB=0.638806;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0486201;OID=.;OPOS=75786866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:99:99:86:86:13:13:0.131313:8:5:47:39:8:5:47:39 chr3 75786888 . C T 61.25 PASS AF=0.12069;AO=14;DP=116;FAO=14;FDP=116;FR=.;FRO=102;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=0.000699912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.523;QD=2.112;RBI=0.0291794;REFB=-0.00131036;REVB=-0.029171;RO=102;SAF=8;SAR=6;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051933;STB=0.53726;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00931736;OID=.;OPOS=75786888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:116:116:102:102:14:14:0.12069:6:8:54:48:6:8:54:48 chr3 75786892 . A C 107.68 PASS AF=0.173913;AO=20;DP=115;FAO=20;FDP=115;FR=.;FRO=95;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=0.0106217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.122;QD=3.74532;RBI=0.0114437;REFB=-0.000790203;REVB=-0.00425905;RO=95;SAF=9;SAR=11;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123082;STB=0.579869;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00450915;OID=.;OPOS=75786892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:95:95:20:20:0.173913:11:9:52:43:11:9:52:43 chr3 75786899 . T C 170.67 PASS AF=0.182609;AO=20;DP=116;FAO=21;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=0.168886;FXX=0.00861995;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.4678;QD=5.93638;RBI=0.176762;REFB=-0.00937861;REVB=-0.0521771;RO=70;SAF=10;SAR=10;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071505;STB=0.514692;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.000748785;OID=.;OPOS=75786899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:70:83:20:21:0.182609:10:10:39:31:10:11:45:38 chr3 75786916 . C A 136.64 PASS AF=0.171233;AO=25;DP=144;FAO=25;FDP=146;FR=.;FRO=121;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=70;FSRR=51;FWDB=-0.00442276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.623;QD=3.74366;RBI=0.00482644;REFB=0.000960639;REVB=0.0019323;RO=117;SAF=14;SAR=11;SRF=66;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00531938;STB=0.515613;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.00487231;OID=.;OPOS=75786916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:117:121:25:25:0.171233:11:14:66:51:11:14:70:51 chr3 75786919 . A T 135.2 PASS AF=0.166667;AO=25;DP=150;FAO=25;FDP=150;FR=.;FRO=125;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=74;FSRR=51;FWDB=-0.00424469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.825;QD=3.60532;RBI=0.00482785;REFB=-0.00101681;REVB=0.00230015;RO=117;SAF=14;SAR=11;SRF=69;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388313;STB=0.527212;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00649065;OID=.;OPOS=75786919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:117:125:25:25:0.166667:11:14:69:48:11:14:74:51 chr3 75786942 . C A 68.98 PASS AF=0.111111;AO=17;DP=153;FAO=17;FDP=153;FR=.;FRO=136;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=80;FSRR=56;FWDB=-0.0541653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3705;QD=1.80331;RBI=0.0542097;REFB=-0.00591541;REVB=-0.00219433;RO=136;SAF=7;SAR=10;SRF=80;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213021;STB=0.652981;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0633722;OID=.;OPOS=75786942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:153:153:136:136:17:17:0.111111:10:7:80:56:10:7:80:56 chr3 75786965 . C T 549.17 PASS AF=0.414474;AO=64;DP=152;FAO=63;FDP=152;FR=.;FRO=89;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.00371177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.267;QD=14.4518;RBI=0.0115915;REFB=-0.00961149;REVB=-0.0109811;RO=87;SAF=36;SAR=28;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469731;STB=0.516219;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0148332;OID=.;OPOS=75786965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:87:89:64:63:0.414474:28:36:45:42:28:35:47:42 chr3 75786991 . C T 565.87 PASS AF=0.418301;AO=64;DP=153;FAO=64;FDP=153;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.0302967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5697;QD=14.7939;RBI=0.0311359;REFB=-0.00942262;REVB=-0.00718015;RO=89;SAF=33;SAR=31;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363375;STB=0.520362;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0249938;OID=.;OPOS=75786991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:89:89:64:64:0.418301:31:33:49:40:31:33:49:40 chr3 75787015 . C T 100.83 PASS AF=0.14094;AO=21;DP=149;FAO=21;FDP=149;FR=.;FRO=128;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=60;FWDB=0.00410074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.612;QD=2.70693;RBI=0.00458461;REFB=-0.00102724;REVB=0.00205002;RO=128;SAF=13;SAR=8;SRF=68;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112752;STB=0.576949;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00700873;OID=.;OPOS=75787015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:128:128:21:21:0.14094:8:13:68:60:8:13:68:60 chr3 75787032 . T C 523.18 PASS AF=0.391892;AO=58;DP=148;FAO=58;FDP=148;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=0.00942662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.059;QD=14.1399;RBI=0.0183706;REFB=-0.00393488;REVB=0.0157676;RO=90;SAF=32;SAR=26;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319656;STB=0.51806;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00657255;OID=.;OPOS=75787032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:90:90:58:58:0.391892:26:32:47:43:26:32:47:43 chr3 75787043 . G A 215.95 PASS AF=0.230769;AO=67;DP=143;FAO=33;FDP=143;FR=.;FRO=110;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=60;FSRR=50;FWDB=0.00194628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0278;QD=6.04052;RBI=0.0154141;REFB=0.00226818;REVB=-0.0152908;RO=76;SAF=41;SAR=26;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971285;STB=0.547797;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0122817;OID=.;OPOS=75787043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:76:110:67:33:0.230769:26:41:39:37:13:20:60:50 chr3 75787049 . C A 52.97 PASS AF=0.101449;AO=14;DP=137;FAO=14;FDP=138;FR=.;FRO=124;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=66;FSRR=58;FWDB=-0.0138364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.209;QD=1.53543;RBI=0.0186524;REFB=-0.00439271;REVB=-0.0125087;RO=123;SAF=9;SAR=5;SRF=65;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139092;STB=0.601763;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0537742;OID=.;OPOS=75787049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:137:138:123:124:14:14:0.101449:5:9:65:58:5:9:66:58 chr3 75787057 . G A 512.47 PASS AF=0.430769;AO=53;DP=126;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.00590751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.626;QD=15.7684;RBI=0.0129745;REFB=-0.00406931;REVB=0.0115516;RO=69;SAF=31;SAR=22;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501008;STB=0.522945;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0133822;OID=.;OPOS=75787057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:130:69:74:53:56:0.430769:22:31:37:32:25:31:38:36 chr3 75787098 . CCT C 83.38 PASS AF=0.203252;AO=20;DP=129;FAO=25;FDP=123;FR=.;FRO=98;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.023274;FXX=0.0238076;HRUN=4;LEN=2;MLLD=217.289;QD=2.71144;RBI=0.0252733;REFB=-0.00370507;REVB=-0.00985208;RO=100;SAF=12;SAR=8;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139948;STB=0.62858;STBP=0.17;TYPE=del;VARB=0.0193785;OID=.;OPOS=75787099;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.203252:20:129:25:123:98:16:9:47:51:83:100:12:8:49:51 chr3 75787145 . T C 94.86 PASS AF=0.154472;AO=19;DP=122;FAO=19;FDP=123;FR=.;FRO=104;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=-0.00263323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.719;QD=3.08504;RBI=0.00265078;REFB=-0.00127164;REVB=0.000304505;RO=102;SAF=10;SAR=9;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00392994;STB=0.502144;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00682661;OID=.;OPOS=75787145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:122:123:102:104:19:19:0.154472:9:10:54:48:9:10:55:49 chr3 75787159 . C T 135.66 PASS AF=0.188976;AO=24;DP=127;FAO=24;FDP=127;FR=.;FRO=103;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=-0.0166692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.242;QD=4.2726;RBI=0.0169939;REFB=0.00321083;REVB=-0.00330603;RO=102;SAF=15;SAR=9;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136396;STB=0.591105;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.030835;OID=.;OPOS=75787159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:102:103:24:24:0.188976:9:15:53:49:9:15:53:50 chr3 75787169 . G A 238.66 PASS AF=0.274194;AO=34;DP=124;FAO=34;FDP=124;FR=.;FRO=90;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=-0.0141867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.812;QD=7.69871;RBI=0.014232;REFB=-0.0077707;REVB=0.00113365;RO=89;SAF=18;SAR=16;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012127;STB=0.510956;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0204026;OID=.;OPOS=75787169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:89:90:34:34:0.274194:16:18:48:41:16:18:49:41 chr3 75787186 . C T 188.51 PASS AF=0.243697;AO=29;DP=119;FAO=29;FDP=119;FR=.;FRO=90;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0187077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.58;QD=6.3363;RBI=0.0216811;REFB=-0.00169574;REVB=-0.0109586;RO=89;SAF=14;SAR=15;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702756;STB=0.546527;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00194768;OID=.;OPOS=75787186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:89:90:29:29:0.243697:15:14:48:41:15:14:49:41 chr3 75787202 . G T 35.93 PASS AF=0.0869565;AO=10;DP=115;FAO=10;FDP=115;FR=.;FRO=105;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=58;FSRR=47;FWDB=-0.0416253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.669;QD=1.24987;RBI=0.0479925;REFB=-0.000951306;REVB=-0.0238874;RO=105;SAF=5;SAR=5;SRF=58;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598365;STB=0.547731;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0265456;OID=.;OPOS=75787202;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:115:115:105:105:10:10:0.0869565:5:5:58:47:5:5:58:47 chr3 75787204 . C A 36.26 PASS AF=0.0877193;AO=10;DP=115;FAO=10;FDP=114;FR=.;FRO=104;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=-0.0235606;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.771;QD=1.27239;RBI=0.0342574;REFB=-0.00527135;REVB=-0.0248689;RO=104;SAF=5;SAR=5;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772133;STB=0.552528;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0573745;OID=.;OPOS=75787204;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:115:114:104:104:10:10:0.0877193:5:5:59:45:5:5:58:46 chr3 75787208 . G A 30.2 PASS AF=0.0782609;AO=9;DP=115;FAO=9;FDP=115;FR=.;FRO=106;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=60;FSRR=46;FWDB=-0.0240913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.154;QD=1.05026;RBI=0.0295854;REFB=-0.00406953;REVB=-0.0171727;RO=106;SAF=5;SAR=4;SRF=60;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117448;STB=0.509782;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0991462;OID=.;OPOS=75787208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:115:115:106:106:9:9:0.0782609:4:5:60:46:4:5:60:46 chr3 75787221 . C T 48.85 PASS AF=0.106796;AO=10;DP=103;FAO=11;FDP=103;FR=.;FRO=92;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=36;FWDB=-0.0324305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.003;QD=1.89699;RBI=0.0379757;REFB=-0.00188397;REVB=-0.019759;RO=91;SAF=2;SAR=8;SRF=56;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46277;STB=0.852357;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0583494;OID=.;OPOS=75787221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:103:103:91:92:10:11:0.106796:8:2:56:35:9:2:56:36 chr3 75787224 . C T 37.46 PASS AF=0.0978261;AO=9;DP=100;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.067091;FXX=0.0891001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.974;QD=1.62866;RBI=0.0796245;REFB=-0.00050207;REVB=-0.0428818;RO=81;SAF=7;SAR=2;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289035;STB=0.719795;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00291083;OID=.;OPOS=75787224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:100:92:81:83:9:9:0.0978261:2:7:44:37:2:7:46:37 chr3 75787240 . A G 30.69 PASS AF=0.0879121;AO=8;DP=92;FAO=8;FDP=91;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.000763154;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.03;QD=1.34897;RBI=0.00653721;REFB=-0.00395225;REVB=-0.00649251;RO=79;SAF=6;SAR=2;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2828;STB=0.719432;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0392406;OID=.;OPOS=75787240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:92:91:79:83:8:8:0.0879121:2:6:40:39:2:6:43:40 chr3 75787382 . T C 509.0 PASS AF=0.860465;AO=36;DP=44;FAO=37;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0947121;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.996;QD=47.3489;RBI=0.0960001;REFB=-0.0367929;REVB=0.0156728;RO=7;SAF=18;SAR=18;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648427;STB=0.54828;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0205892;OID=.;OPOS=75787382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:44:43:7:6:36:37:0.860465:18:18:2:5:18:19:1:5 chr3 75787405 . C T 80.31 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00267534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.624;QD=5.18115;RBI=0.0253441;REFB=-0.012819;REVB=-0.0252025;RO=49;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135343;STB=0.586077;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.042201;OID=.;OPOS=75787405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:6:7:21:28:6:7:21:28 chr3 75787416 . C T 81.45 PASS AF=0.191781;AO=14;DP=73;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0052583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8296;QD=4.46302;RBI=0.0703355;REFB=0.00118261;REVB=-0.0701386;RO=59;SAF=7;SAR=7;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742241;STB=0.547877;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00505248;OID=.;OPOS=75787416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:73:73:59:59:14:14:0.191781:7:7:26:33:7:7:26:33 chr3 75787424 . C G 96.34 PASS AF=0.197531;AO=15;DP=77;FAO=16;FDP=81;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.00240885;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.772;QD=4.75742;RBI=0.0368134;REFB=0.00262269;REVB=-0.0367345;RO=61;SAF=9;SAR=6;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234454;STB=0.639772;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.0106047;OID=.;OPOS=75787424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:77:81:61:65:15:16:0.197531:6:9:25:36:7:9:25:40 chr3 75787427 . T C 77.19 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=79;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.00115045;FXX=0.0119033;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.076;QD=3.71984;RBI=0.0190446;REFB=0.000969395;REVB=-0.0190099;RO=64;SAF=7;SAR=7;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981794;STB=0.578204;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00534335;OID=.;OPOS=75787427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:79:83:64:69:14:14:0.168675:7:7:27:37:7:7:28:41 chr3 75787464 . C T 117.03 PASS AF=0.195876;AO=20;DP=97;FAO=19;FDP=97;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=-0.0149663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0896;QD=4.82595;RBI=0.0186823;REFB=-0.00485809;REVB=-0.011182;RO=76;SAF=12;SAR=8;SRF=27;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301055;STB=0.66193;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00680235;OID=.;OPOS=75787464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:76:78:20:19:0.195876:8:12:27:49:8:11:29:49 chr3 75787486 . C T 169.04 PASS AF=0.245098;AO=23;DP=102;FAO=25;FDP=102;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.00287534;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.528;QD=6.62886;RBI=0.00384402;REFB=-0.00386018;REVB=0.00255125;RO=79;SAF=14;SAR=9;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221175;STB=0.598213;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00996244;OID=.;OPOS=75787486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:79:77:23:25:0.245098:9:14:34:45:11:14:33:44 chr3 75787516 . C G 92.3 PASS AF=0.161905;AO=17;DP=101;FAO=17;FDP=105;FR=.;FRO=88;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.000312607;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.14;QD=3.5162;RBI=0.0214218;REFB=-0.00151213;REVB=-0.0214196;RO=84;SAF=12;SAR=5;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370475;STB=0.747307;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00849692;OID=.;OPOS=75787516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:101:105:84:88:17:17:0.161905:5:12:34:50:5:12:35:53 chr3 75787519 . CT AG,CG 197.97 PASS AF=0.188679,0.0943396;AO=20,10;DP=106;FAO=20,10;FDP=106;FR=.;FRO=76;FSAF=13,4;FSAR=7,6;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.00245613,-0.0168962;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=107.915,139.803;QD=7.47038;RBI=0.0302815,0.0173533;REFB=-0.00326169,-0.0018972;REVB=0.0301817,0.00395667;RO=75;SAF=13,4;SAR=7,6;SRF=31;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.292588,-0.0165999;STB=0.686811,0.507232;STBP=0.066,0.992;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00486051,0.0117874;OID=.,.;OPOS=75787519,75787520;OREF=CT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:75:76:20,10:20,10:0.188679,0.0943396:7,6:13,4:31:44:7,6:13,4:31:45 chr3 75787576 . A G 84.19 PASS AF=0.149123;AO=17;DP=115;FAO=17;FDP=114;FR=.;FRO=97;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=0.00219026;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.021;QD=2.95391;RBI=0.00901056;REFB=-0.00457001;REVB=-0.0087403;RO=96;SAF=9;SAR=8;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108234;STB=0.511878;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0146648;OID=.;OPOS=75787576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:115:114:96:97:17:17:0.149123:8:9:50:46:8:9:50:47 chr3 75787583 . AC GA 73.78 PASS AF=0.137615;AO=14;DP=109;FAO=15;FDP=109;FR=.;FRO=94;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=0.0271591;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.169;QD=2.70734;RBI=0.0291665;REFB=-0.00868705;REVB=-0.0106334;RO=93;SAF=8;SAR=6;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288886;STB=0.507984;STBP=0.945;TYPE=mnp;VARB=0.0394546;OID=.;OPOS=75787583;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:109:109:93:94:14:15:0.137615:6:8:51:42:7:8:51:43 chr3 75787620 . T C 121.71 PASS AF=0.196078;AO=20;DP=102;FAO=20;FDP=102;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.0168117;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1224;QD=4.77305;RBI=0.029846;REFB=-0.00624045;REVB=0.0246607;RO=81;SAF=9;SAR=11;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101898;STB=0.569267;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0263385;OID=.;OPOS=75787620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:81:82:20:20:0.196078:11:9:43:38:11:9:44:38 chr3 75787637 . C T 56.2 PASS AF=0.125;AO=13;DP=96;FAO=12;FDP=96;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.0127339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.944;QD=2.34167;RBI=0.0307124;REFB=-0.00494182;REVB=-0.0279481;RO=79;SAF=9;SAR=4;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206268;STB=0.60851;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0267669;OID=.;OPOS=75787637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:96:96:79:84:13:12:0.125:4:9:42:37:4:8:46:38 chr3 75787679 . T C 59.88 PASS AF=0.122642;AO=13;DP=106;FAO=13;FDP=106;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=0.022527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.099;QD=2.25981;RBI=0.0275609;REFB=-0.00202065;REVB=-0.0158789;RO=91;SAF=7;SAR=6;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510188;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0123273;OID=.;OPOS=75787679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:106:106:91:93:13:13:0.122642:6:7:49:42:6:7:49:44 chr3 75787688 . T A 40.13 PASS AF=0.0943396;AO=10;DP=106;FAO=10;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=96;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.0609159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6828;QD=1.51431;RBI=0.0966286;REFB=-0.00420505;REVB=0.075009;RO=75;SAF=5;SAR=5;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401345;STB=0.51883;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0474178;OID=.;OPOS=75787688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:106:106:75:96:10:10:0.0943396:5:5:35:40:5:5:50:46 chr3 75787702 . C G 381.06 PASS AF=0.365079;AO=46;DP=125;FAO=46;FDP=126;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0219012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7336;QD=12.0972;RBI=0.0732736;REFB=-0.0210287;REVB=-0.0699239;RO=77;SAF=20;SAR=26;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121516;STB=0.572971;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0396074;OID=.;OPOS=75787702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:77:80:46:46:0.365079:26:20:42:35:26:20:44:36 chr3 75787726 . G A 1152.05 PASS AF=0.723077;AO=94;DP=130;FAO=94;FDP=130;FR=.;FRO=36;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00567032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.18;QD=35.4478;RBI=0.00875239;REFB=-0.00219883;REVB=-0.00666722;RO=36;SAF=48;SAR=46;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485447;STB=0.526;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00388262;OID=.;OPOS=75787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:36:36:94:94:0.723077:46:48:15:21:46:48:15:21 chr3 75787728 . C T 202.47 PASS AF=0.238462;AO=31;DP=130;FAO=31;FDP=130;FR=.;FRO=99;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=0.00612133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4541;QD=6.2297;RBI=0.0426384;REFB=0.00987969;REVB=-0.0421967;RO=99;SAF=13;SAR=18;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107714;STB=0.565544;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00444289;OID=.;OPOS=75787728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:99:99:31:31:0.238462:18:13:50:49:18:13:50:49 chr3 75787732 . A C 98.89 PASS AF=0.151515;AO=20;DP=132;FAO=20;FDP=132;FR=.;FRO=112;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=55;FWDB=-0.0109899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.9504;QD=2.99661;RBI=0.0110482;REFB=0.000672197;REVB=0.00113332;RO=111;SAF=8;SAR=12;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132785;STB=0.592612;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00424013;OID=.;OPOS=75787732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:132:132:111:112:20:20:0.151515:12:8:56:55:12:8:57:55 chr3 75787739 . A T 1851.62 PASS AF=1;AO=108;DP=128;FAO=122;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223918;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.067;QD=60.7088;RBI=0.0372832;REFB=0;REVB=0.0298102;RO=0;SAF=57;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586482;OID=.;OPOS=75787739;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:128:122:0:0:108:122:1:51:57:0:0:59:63:0:0 chr3 75787794 . A G 647.48 PASS AF=0.44375;AO=71;DP=160;FAO=71;FDP=160;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=34;FWDB=0.00716096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.485;QD=16.187;RBI=0.0272854;REFB=-0.0301869;REVB=0.026329;RO=88;SAF=39;SAR=32;SRF=55;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767701;STB=0.538864;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0305739;OID=.;OPOS=75787794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:88:89:71:71:0.44375:32:39:55:33:32:39:55:34 chr3 75787801 . TG CA 155.94 PASS AF=0.177914;AO=29;DP=163;FAO=29;FDP=163;FR=.;FRO=134;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=75;FSRR=59;FWDB=0.0180114;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.424;QD=3.82686;RBI=0.026034;REFB=-0.00601521;REVB=0.0187978;RO=134;SAF=20;SAR=9;SRF=75;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176139;STB=0.613914;STBP=0.202;TYPE=mnp;VARB=0.0211589;OID=.;OPOS=75787801;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:134:134:29:29:0.177914:9:20:75:59:9:20:75:59 chr3 75787809 . T C 643.57 PASS AF=0.413793;AO=72;DP=175;FAO=72;FDP=174;FR=.;FRO=102;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=55;FSRR=47;FWDB=0.0155031;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.887;QD=14.7947;RBI=0.0157751;REFB=-0.0158716;REVB=0.00291662;RO=101;SAF=41;SAR=31;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263277;STB=0.517974;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.020222;OID=.;OPOS=75787809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:101:102:72:72:0.413793:31:41:55:46:31:41:55:47 chr3 75787829 . C G 110.27 PASS AF=0.132275;AO=25;DP=189;FAO=25;FDP=189;FR=.;FRO=164;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=94;FSRR=70;FWDB=0.00880427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.663;QD=2.33375;RBI=0.00925118;REFB=-0.00332349;REVB=-0.00284063;RO=164;SAF=10;SAR=15;SRF=94;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215792;STB=0.647189;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0153494;OID=.;OPOS=75787829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:164:164:25:25:0.132275:15:10:94:70:15:10:94:70 chr3 75787840 . C A 75.03 PASS AF=0.106952;AO=20;DP=187;FAO=20;FDP=187;FR=.;FRO=167;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=91;FSRR=76;FWDB=-0.00400027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.971;QD=1.60492;RBI=0.00714034;REFB=-1.70282e-05;REVB=0.00591459;RO=166;SAF=10;SAR=10;SRF=90;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515179;STB=0.540067;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.000209246;OID=.;OPOS=75787840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:187:187:166:167:20:20:0.106952:10:10:90:76:10:10:91:76 chr3 75787863 . AT TA 55.57 PASS AF=0.0899471;AO=17;DP=190;FAO=17;FDP=189;FR=.;FRO=172;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=92;FSRR=80;FWDB=-0.0161408;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=2;MLLD=195.062;QD=1.17619;RBI=0.0307558;REFB=-0.00191578;REVB=-0.02618;RO=169;SAF=8;SAR=9;SRF=91;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797285;STB=0.558245;STBP=0.649;TYPE=mnp;VARB=0.0191584;OID=.;OPOS=75787863;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:190:189:169:172:17:17:0.0899471:9:8:91:78:9:8:92:80 chr3 75787869 . CA TG 952.09 PASS AF=0.531429;AO=92;DP=176;FAO=93;FDP=175;FR=.;FRO=82;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0173293;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.609;QD=21.7621;RBI=0.0460548;REFB=-0.00884136;REVB=-0.0426701;RO=82;SAF=50;SAR=42;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597543;STB=0.500494;STBP=0.991;TYPE=mnp;VARB=0.00650625;OID=.;OPOS=75787869;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:82:82:92:93:0.531429:42:50:44:38:43:50:44:38 chr3 75787876 . G T 1062.93 PASS AF=0.555556;AO=100;DP=181;FAO=100;FDP=180;FR=.;FRO=80;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00867311;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.205;QD=23.6206;RBI=0.00867982;REFB=-0.0276443;REVB=-0.000341112;RO=78;SAF=54;SAR=46;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021968;STB=0.512274;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0200173;OID=.;OPOS=75787876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:78:80:100:100:0.555556:46:54:40:38:46:54:41:39 chr3 75787880 . A G 96.69 PASS AF=0.124324;AO=23;DP=183;FAO=23;FDP=185;FR=.;FRO=162;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=83;FSRR=79;FWDB=-0.0146249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.577;QD=2.0906;RBI=0.051678;REFB=-0.00291519;REVB=-0.0495653;RO=159;SAF=10;SAR=13;SRF=83;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109027;STB=0.567813;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0277309;OID=.;OPOS=75787880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:183:185:159:162:23:23:0.124324:13:10:83:76:13:10:83:79 chr3 75787897 . T C 595.56 PASS AF=0.382514;AO=70;DP=184;FAO=70;FDP=183;FR=.;FRO=113;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=0.00672042;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.378;QD=13.0178;RBI=0.0114108;REFB=-0.00880577;REVB=0.00922187;RO=113;SAF=38;SAR=32;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517621;STB=0.529256;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0129772;OID=.;OPOS=75787897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:113:113:70:70:0.382514:32:38:56:57:32:38:56:57 chr3 75787918 . C T 48.04 PASS AF=0.0862069;AO=15;DP=174;FAO=15;FDP=174;FR=.;FRO=159;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=80;FSRR=79;FWDB=-0.0103388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.056;QD=1.10432;RBI=0.0183368;REFB=0.000951453;REVB=-0.0151443;RO=159;SAF=7;SAR=8;SRF=80;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421461;STB=0.533289;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0138509;OID=.;OPOS=75787918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:174:174:159:159:15:15:0.0862069:8:7:80:79:8:7:80:79 chr3 75787926 . T C 38.13 PASS AF=0.0764706;AO=13;DP=170;FAO=13;FDP=170;FR=.;FRO=157;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=77;FSRR=80;FWDB=0.00202008;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.385;QD=0.897067;RBI=0.0110733;REFB=-0.000435933;REVB=0.0108874;RO=152;SAF=6;SAR=7;SRF=74;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028481;STB=0.526704;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0408433;OID=.;OPOS=75787926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:170:170:152:157:13:13:0.0764706:7:6:74:78:7:6:77:80 chr3 75787927 . A G 920.67 PASS AF=0.532544;AO=89;DP=169;FAO=90;FDP=169;FR=.;FRO=79;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.00238113;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.304;QD=21.791;RBI=0.00692556;REFB=-0.00385063;REVB=-0.00650335;RO=78;SAF=41;SAR=48;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446062;STB=0.529723;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00327605;OID=.;OPOS=75787927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:78:79:89:90:0.532544:48:41:40:38:49:41:41:38 chr3 75787949 . C T 1131.11 PASS AF=0.650685;AO=93;DP=144;FAO=95;FDP=146;FR=.;FRO=51;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0147321;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.551;QD=30.9892;RBI=0.0155209;REFB=-0.0389932;REVB=-0.00488511;RO=51;SAF=44;SAR=49;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241143;STB=0.512633;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0172909;OID=.;OPOS=75787949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:51:51:93:95:0.650685:49:44:26:25:50:45:26:25 chr3 75787961 . A G 704.95 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00584081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.171;QD=21.2014;RBI=0.00863364;REFB=-0.0265036;REVB=0.00635804;RO=59;SAF=33;SAR=36;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460697;STB=0.504586;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0182382;OID=.;OPOS=75787961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:59:64:69:69:0.518797:36:33:25:34:36:33:30:34 chr3 75788010 . A C 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.571;QD=62.3147;RBI=0.0401144;REFB=0;REVB=0.00943324;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04807e-05;OID=.;OPOS=75788010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:47:39:0:0:47:39:0:0 chr3 75788023 . C T 541.11 PASS AF=0.705882;AO=45;DP=68;FAO=48;FDP=68;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00977361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9637;QD=31.8299;RBI=0.0300277;REFB=-0.0533284;REVB=-0.0283926;RO=20;SAF=21;SAR=24;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00951517;STB=0.502468;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0158675;OID=.;OPOS=75788023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:20:20:45:48:0.705882:24:21:9:11:26:22:9:11 chr3 75788028 . G C 460.27 PASS AF=0.683333;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0214109;FXX=0.0908953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.093;QD=30.6844;RBI=0.0279647;REFB=0.0160561;REVB=-0.0179889;RO=17;SAF=20;SAR=21;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041206;STB=0.521162;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00946883;OID=.;OPOS=75788028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:60:17:19:41:41:0.683333:21:20:7:10:21:20:8:11 chr3 75788068 . A C 473.17 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00593129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.088;QD=23.958;RBI=0.0238204;REFB=-0.0349893;REVB=0.0230701;RO=34;SAF=27;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568905;STB=0.531236;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0212433;OID=.;OPOS=75788068;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:18:27:18:16:18:27:18:16 chr3 75788076 . A C 695.57 PASS AF=0.725;AO=56;DP=78;FAO=58;FDP=80;FR=.;FRO=22;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0254042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2005;QD=34.7787;RBI=0.0575193;REFB=0.00522926;REVB=0.0516052;RO=22;SAF=31;SAR=25;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198192;STB=0.510913;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00217226;OID=.;OPOS=75788076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:22:22:56:58:0.725:25:31:13:9:26:32:13:9 chr3 75788115 . G A 932.41 PASS AF=0.689655;AO=78;DP=116;FAO=80;FDP=116;FR=.;FRO=36;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=1.1839e-05;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6469;QD=32.152;RBI=0.0227927;REFB=-0.00146627;REVB=0.0227927;RO=36;SAF=48;SAR=30;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367052;STB=0.518456;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00125013;OID=.;OPOS=75788115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:36:36:78:80:0.689655:30:48:20:16:31:49:20:16 chr3 75788130 . C A 817.12 PASS AF=0.590551;AO=75;DP=129;FAO=75;FDP=127;FR=.;FRO=52;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0059701;FXX=0.0155027;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.674;QD=25.736;RBI=0.00872914;REFB=-0.00400791;REVB=-0.00636834;RO=52;SAF=45;SAR=30;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915548;STB=0.549826;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00286865;OID=.;OPOS=75788130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:52:52:75:75:0.590551:30:45:25:27:30:45:25:27 chr3 75788152 . T C 991.69 PASS AF=0.651163;AO=84;DP=141;FAO=84;FDP=129;FR=.;FRO=45;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00496513;FXX=0.0915429;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.339;QD=30.7499;RBI=0.0419219;REFB=0.00614522;REVB=0.0416269;RO=45;SAF=51;SAR=33;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493949;STB=0.526672;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00201484;OID=.;OPOS=75788152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:129:45:45:84:84:0.651163:33:51:24:21:33:51:24:21 chr3 75788158 . G C 124.63 PASS AF=0.157895;AO=24;DP=152;FAO=24;FDP=152;FR=.;FRO=128;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=72;FSRR=56;FWDB=0.00305257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2923;QD=3.27973;RBI=0.0163866;REFB=0.00120694;REVB=-0.0160997;RO=127;SAF=14;SAR=10;SRF=71;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315609;STB=0.517922;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00791756;OID=.;OPOS=75788158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:127:128:24:24:0.157895:10:14:71:56:10:14:72:56 chr3 75788199 . T C 1105.72 PASS AF=0.562842;AO=103;DP=183;FAO=103;FDP=183;FR=.;FRO=80;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.00782518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.778;QD=24.1688;RBI=0.0544485;REFB=-0.0155495;REVB=0.0538832;RO=80;SAF=61;SAR=42;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348495;STB=0.518975;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0134762;OID=.;OPOS=75788199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:80:80:103:103:0.562842:42:61:44:36:42:61:44:36 chr3 75788226 . CA AG,GG 1261.15 PASS AF=0.558659,0.0837989;AO=99,15;DP=180;FAO=100,15;FDP=179;FR=.;FRO=64;FSAF=59,9;FSAR=41,6;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00761008,-0.00739604;FXX=0.00555525;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=237.468,206.865;QD=28.1822;RBI=0.0236045,0.0182198;REFB=-0.0107518,-0.00774353;REVB=-0.0223441,-0.0166511;RO=63;SAF=59,9;SAR=40,6;SRF=33;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0531888,0.0966747;STB=0.523489,0.556625;STBP=0.476,0.645;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00484187,0.0116483;OID=.,.;OPOS=75788226,75788226;OREF=CA,CA;OALT=AG,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:63:64:99,15:100,15:0.558659,0.0837989:40,6:59,9:33:30:41,6:59,9:34:30 chr3 75788245 . C T 44.57 PASS AF=0.0838323;AO=14;DP=167;FAO=14;FDP=167;FR=.;FRO=153;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=89;FSRR=64;FWDB=-0.00571038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.49;QD=1.0675;RBI=0.0176569;REFB=-0.00185373;REVB=-0.016708;RO=153;SAF=8;SAR=6;SRF=89;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120498;STB=0.509619;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0276167;OID=.;OPOS=75788245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:167:167:153:153:14:14:0.0838323:6:8:89:64:6:8:89:64 chr3 75788258 . C A 1111.02 PASS AF=0.647059;AO=99;DP=153;FAO=99;FDP=153;FR=.;FRO=54;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.000916962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.022;QD=29.0463;RBI=0.00414045;REFB=-0.00115755;REVB=0.00403764;RO=53;SAF=56;SAR=43;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024498;STB=0.510248;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.000575139;OID=.;OPOS=75788258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:53:54:99:99:0.647059:43:56:28:25:43:56:29:25 chr3 75788281 . T C 1054.4 PASS AF=0.647482;AO=90;DP=139;FAO=90;FDP=139;FR=.;FRO=49;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00860892;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.292;QD=30.3423;RBI=0.00980853;REFB=0.00921896;REVB=0.0047004;RO=49;SAF=53;SAR=37;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10589;STB=0.55716;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00836841;OID=.;OPOS=75788281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:49:49:90:90:0.647482:37:53:21:28:37:53:21:28 chr3 75788291 . AT AA,GA 760.06 PASS AF=0.117647,0.495798;AO=13,59;DP=120;FAO=14,59;FDP=119;FR=.;FRO=46;FSAF=7,36;FSAR=7,23;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0158629,0.00284853;FXX=0.00833264;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=99.8729,220.333;QD=25.5483;RBI=0.0162872,0.00879104;REFB=0.00446276,0.00536488;REVB=-0.00369322,-0.00831675;RO=46;SAF=6,36;SAR=7,23;SRF=19;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0604954,0.159342;STB=0.566573,0.587246;STBP=0.614,0.046;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0181354,0.00316775;OID=.,.;OPOS=75788292,75788291;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:120:119:46:46:13,59:14,59:0.117647,0.495798:7,23:6,36:19:27:7,23:7,36:19:27 chr3 75788314 . T C 30.66 PASS AF=0.0851064;AO=8;DP=93;FAO=8;FDP=94;FR=.;FRO=86;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=-0.0114277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.395;QD=1.30489;RBI=0.0238679;REFB=-0.00614155;REVB=-0.0209543;RO=84;SAF=5;SAR=3;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487212;STB=0.541561;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0552582;OID=.;OPOS=75788314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:93:94:84:86:8:8:0.0851064:3:5:49:35:3:5:50:36 chr3 75788316 . C T 341.64 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0127002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7629;QD=15.8902;RBI=0.0386301;REFB=-0.0208982;REVB=0.0364827;RO=49;SAF=23;SAR=14;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136094;STB=0.576807;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0280433;OID=.;OPOS=75788316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:14:23:24:25:14:23:24:25 chr3 75790444 . G A 206.78 PASS AF=0.267857;AO=30;DP=107;FAO=30;FDP=112;FR=.;FRO=82;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=61;FWDB=-0.00354394;FXX=0.00884877;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.896;QD=7.38491;RBI=0.0188861;REFB=-0.00775814;REVB=-0.0185506;RO=77;SAF=10;SAR=20;SRF=20;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105257;STB=0.566392;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0202561;OID=.;OPOS=75790444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:112:77:82:30:30:0.267857:20:10:20:57:20:10:21:61 chr3 75790479 . C T 895.49 PASS AF=0.620155;AO=79;DP=128;FAO=80;FDP=129;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=57;FSRF=11;FSRR=38;FWDB=0.0107101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.779;QD=27.7673;RBI=0.0121108;REFB=-0.0126063;REVB=-0.0056537;RO=49;SAF=22;SAR=57;SRF=11;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486508;STB=0.529947;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0106727;OID=.;OPOS=75790479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:49:49:79:80:0.620155:57:22:11:38:57:23:11:38 chr3 75790513 . T C 1862.01 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479931;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.002;QD=61.554;RBI=0.053778;REFB=0;REVB=0.0242638;RO=0;SAF=34;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40355e-05;OID=.;OPOS=75790513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:86:34:0:0:86:35:0:0 chr3 75790822 . A G 163.4 PASS AF=0.73913;AO=16;DP=22;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0669703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.4;QD=28.4182;RBI=0.0718272;REFB=-0.0857556;REVB=-0.0259638;RO=6;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642547;STB=0.523532;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0257672;OID=.;OPOS=75790822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:22:23:6:6:16:17:0.73913:10:6:3:3:10:7:3:3 chr3 75986663 . C A 1050.41 PASS AF=0.403448;AO=109;DP=282;FAO=117;FDP=290;FR=.;FRO=173;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=76;FSRR=97;FWDB=0.00405852;FXX=0.00343631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.65;QD=14.4883;RBI=0.013435;REFB=-0.0306939;REVB=0.0128073;RO=170;SAF=51;SAR=58;SRF=75;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029157;STB=0.508248;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.035127;OID=.;OPOS=75986663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:290:170:173:109:117:0.403448:58:51:75:95:64:53:76:97 chr3 75986686 . A G 1062.8 PASS AF=0.388013;AO=123;DP=319;FAO=123;FDP=317;FR=.;FRO=194;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=90;FSRR=104;FWDB=0.00897095;FXX=0.0062694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7892;QD=13.4108;RBI=0.0191687;REFB=-0.0251683;REVB=-0.0169399;RO=194;SAF=57;SAR=66;SRF=90;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000550634;STB=0.500309;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.04171;OID=.;OPOS=75986686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:317:194:194:123:123:0.388013:66:57:90:104:66:57:90:104 chr3 75986695 . G A 58.9 PASS AF=0.0738462;AO=24;DP=321;FAO=24;FDP=325;FR=.;FRO=301;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=143;FSRR=158;FWDB=-0.0139216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.055;QD=0.724892;RBI=0.01589;REFB=-0.00198997;REVB=-0.00766053;RO=297;SAF=7;SAR=17;SRF=140;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207508;STB=0.675346;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0293532;OID=.;OPOS=75986695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:321:325:297:301:24:24:0.0738462:17:7:140:157:17:7:143:158 chr3 75986717 . G A 232.17 PASS AF=0.14881;AO=50;DP=336;FAO=50;FDP=336;FR=.;FRO=286;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=128;FSRR=158;FWDB=-0.00504984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.103;QD=2.76392;RBI=0.00550182;REFB=-0.00751999;REVB=0.00218384;RO=285;SAF=22;SAR=28;SRF=128;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118951;STB=0.50651;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.049443;OID=.;OPOS=75986717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:336:285:286:50:50:0.14881:28:22:128:157:28:22:128:158 chr3 75986719 . G C 1078.93 PASS AF=0.378788;AO=125;DP=332;FAO=125;FDP=330;FR=.;FRO=205;FSAF=53;FSAR=72;FSRF=93;FSRR=112;FWDB=-0.00777812;FXX=0.00900874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3569;QD=13.0779;RBI=0.0264207;REFB=-0.00748854;REVB=0.0252498;RO=194;SAF=53;SAR=72;SRF=90;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439168;STB=0.518749;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0183828;OID=.;OPOS=75986719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:330:194:205:125:125:0.378788:72:53:90:104:72:53:93:112 chr3 77860987 . A G 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0425812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8312;QD=22.9573;RBI=0.0471005;REFB=0.0118116;REVB=0.020132;RO=11;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880256;STB=0.504944;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00746063;OID=.;OPOS=77860987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:6:10:7:4:6:10:7:4 chr3 78700901 . G T 331.09 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00348382;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.673;QD=15.5805;RBI=0.0216611;REFB=-0.0172207;REVB=-0.0213791;RO=48;SAF=18;SAR=18;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633301;STB=0.541154;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0217621;OID=.;OPOS=78700901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:49:36:36:0.423529:18:18:27:21:18:18:28:21 chr3 78717343 . C T 105.48 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00670165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.242;QD=8.11409;RBI=0.014935;REFB=-0.00699092;REVB=-0.013347;RO=37;SAF=11;SAR=3;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380867;STB=0.743749;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0279317;OID=.;OPOS=78717343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:37:38:14:14:0.269231:3:11:18:19:3:11:18:20 chr3 80677187 . T C 666.99 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0096307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.824;QD=57.9991;RBI=0.0314271;REFB=0.0237597;REVB=-0.0299151;RO=2;SAF=18;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493711;STB=0.526304;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00034422;OID=.;OPOS=80677187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:46:2:2:44:44:0.956522:26:18:2:0:26:18:2:0 chr3 81643166 . A C 61.27 PASS AF=0.169231;AO=10;DP=65;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0593623;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.0953;QD=3.77023;RBI=0.11563;REFB=-0.00891792;REVB=0.099229;RO=53;SAF=10;SAR=0;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.682295;STB=0.861301;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0490893;OID=.;OPOS=81643166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:53:54:10:11:0.169231:0:10:30:23:1:10:30:24 chr3 81643167 . T C 689.05 PASS AF=0.84375;AO=53;DP=63;FAO=54;FDP=64;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.023993;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.729;QD=43.0659;RBI=0.0240751;REFB=0.023228;REVB=-0.0019873;RO=9;SAF=30;SAR=23;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122356;STB=0.571403;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00145942;OID=.;OPOS=81643167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:63:64:9:10:53:54:0.84375:23:30:9:0:24:30:10:0 chr3 81698130 . T C 851.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000894265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.06;QD=57.7181;RBI=0.0149498;REFB=0;REVB=0.0149231;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15087e-05;OID=.;OPOS=81698130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:29:29:0:0:29:30:0:0 chr3 81810702 . A AG 541.35 PASS AF=1;AO=47;DP=53;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.0951;QD=46.0724;RBI=0.18406;REFB=0;REVB=0.144003;RO=6;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122081;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00700485;OID=.;OPOS=81810703;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:53:47:47:0:27:20:0:0:10:6:27:20:0:6 chr3 81810725 . C T 122.31 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0132725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9257;QD=15.7814;RBI=0.0195284;REFB=-0.0683126;REVB=0.0143248;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133846;STB=0.576818;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0249536;OID=.;OPOS=81810725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:12:5:6:8:12:5 chr3 85434950 . CTTTT CTCTC,CTTTC,CT,CTTT 505.74 PASS AF=0.0512821,0.282051,0.628205,0.0384615;AO=3,6,12,9;DP=84;FAO=4,22,49,3;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,29,3;FSAR=4,21,20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346778,0.0326609,0.240105,0.694744;FXX=0.103436;HRUN=15,15,15,15;LEN=3,1,3,1;MLLD=122.623,140.087,9.07697,3.33805;QD=25.9352;RBI=0.128059,0.109521,0.319131,0.877537;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.123274,-0.104538,-0.210224,-0.536098;RO=6;SAF=0,0,6,9;SAR=3,6,6,0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.804025,-0.826071,-0.298628,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,del,del;VARB=0.0413325,0.024124,0.0767891,-0.268355;OID=.,.,.,.;OPOS=85434952,85434954,85434951,85434951;OREF=TTT,T,TTT,T;OALT=CTC,C,-,-;OMAPALT=CTCTC,CTTTC,CT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0512821,0.282051,0.628205,0.0384615:3,6,12,9:84:4,22,49,3:78:0:0,1,29,3:4,21,20,0:0:0:99:6:0,0,6,9:3,6,6,0:6:0 chr3 86028436 . A G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0314435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.278;QD=21.1725;RBI=0.0325498;REFB=0.00459433;REVB=-0.00841395;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124999;STB=0.571306;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00247758;OID=.;OPOS=86028436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:8:4:4:4:8:4:4:4 chr3 86117224 . G T 239.28 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.003296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.157;QD=14.075;RBI=0.00457828;REFB=-0.0121232;REVB=-0.00317759;RO=37;SAF=9;SAR=18;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108301;STB=0.55748;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0162011;OID=.;OPOS=86117224;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:37:40:27:28:0.411765:18:9:16:21:18:10:18:22 chr3 86411485 . A G 204.72 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0165133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.502;QD=24.0851;RBI=0.0303698;REFB=-0.0169315;REVB=-0.025488;RO=13;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13631;STB=0.538884;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.010721;OID=.;OPOS=86411485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:14:20:20:0.588235:10:10:9:4:9:11:9:5 chr3 86995839 . T TC 57.59 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.115996;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.0856;QD=8.53193;RBI=0.144424;REFB=0.0161135;REVB=0.0860433;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581876;STB=0.507677;STBP=0.991;TYPE=ins;VARB=0.00109417;OID=.;OPOS=86995840;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:10:30:10:27:17:4:6:7:10:57:20:4:6:7:13 chr3 87295049 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.095;QD=58.7814;RBI=0.029658;REFB=0;REVB=0.0187329;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141137;OID=.;OPOS=87295049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr3 87304561 . G A 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00284188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.397;QD=20.8995;RBI=0.00798342;REFB=-0.00551278;REVB=-0.00746048;RO=24;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398445;STB=0.522145;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00303338;OID=.;OPOS=87304561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:13:15:14:10:13:15:14:10 chr3 88041650 . G A 1399.79 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127782;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.765;QD=62.9121;RBI=0.0148354;REFB=0;REVB=0.007537;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11434e-05;OID=.;OPOS=88041650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr3 88101694 . G T 2077.95 PASS AF=0.978261;AO=135;DP=138;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00373046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4632;QD=60.2304;RBI=0.0252421;REFB=-0.0195571;REVB=-0.024965;RO=3;SAF=54;SAR=81;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00287054;STB=0.50151;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00159738;OID=.;OPOS=88101694;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:138:3:3:135:135:0.978261:81:54:1:2:81:54:1:2 chr3 88105264 . A C 2022.44 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0258254;FXX=0.0148137;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.21;QD=60.8253;RBI=0.0261927;REFB=-0.140675;REVB=-0.00437086;RO=1;SAF=60;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785553;STB=0.500636;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-1.85424e-05;OID=.;OPOS=88105264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:1:2:131:131:0.984962:71:60:1:0:71:60:1:1 chr3 88105818 . T C 728.94 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4807;QD=57.1718;RBI=0.0912808;REFB=0;REVB=0.0895097;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000914802;OID=.;OPOS=88105818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr3 88105879 . TACTTC T 414.96 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210996;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=5;MLLD=296.36;QD=57.2355;RBI=0.0439626;REFB=0;REVB=0.0385684;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000176592;OID=.;OPOS=88105880;OREF=ACTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:30:29:29:0:18:11:0:0:4:0:18:11:0:0 chr3 88189341 . T C 769.22 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4864;QD=56.979;RBI=0.0733654;REFB=0;REVB=0.0662833;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306258;OID=.;OPOS=88189341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr3 88190768 . C A 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00755824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.477;QD=60.9768;RBI=0.0076353;REFB=0;REVB=-0.00108205;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55758e-05;OID=.;OPOS=88190768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr3 88190809 . C T 871.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116393;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.362;QD=58.083;RBI=0.0127943;REFB=0;REVB=-0.00531245;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41523e-05;OID=.;OPOS=88190809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr3 88191144 . A G,T 555.79 PASS AF=0.097561,0.853659;AO=5,34;DP=41;FAO=4,35;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=1,20;FSAR=3,15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00158466,-0.00347389;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=248.126,286.932;QD=54.2235;RBI=0.00379539,0.00352343;REFB=-0.0482052,-0.0682227;REVB=0.00344875,0.000588793;RO=0;SAF=2,19;SAR=3,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.40663e-08;STB=0.599463,0.503935;STBP=0.614,0.863;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0256878,0.000235871;OID=.,.;OPOS=88191144,88191144;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:41:41:0:2:5,34:4,35:0.097561,0.853659:3,15:2,19:0:0:3,15:1,20:1:1 chr3 88191170 . TGGGGA TGGG,TGGGA 465.21 PASS AF=0,1;AO=26,14;DP=46;FAO=0,44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283629,0.0168342;FXX=0.0434688;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=187.607,19.0642;QD=42.2917;RBI=0.0432738,0.144991;REFB=0,0;REVB=0.0326828,-0.14401;RO=0;SAF=8,10;SAR=18,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.28381e-08,3.63386e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00336182;OID=.,.;OPOS=88191174,88191171;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:26,14:46:0,44:44:0:0,20:0,24:0:0:9:0:8,10:18,4:0:0 chr3 88192423 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.815;QD=56.9376;RBI=0.0592388;REFB=0;REVB=0.0223369;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265707;OID=.;OPOS=88192423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr3 88192484 . T C 749.21 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0048;QD=54.4883;RBI=0.126043;REFB=-0.0379435;REVB=0.111764;RO=1;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00317062;OID=.;OPOS=88192484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:55:1:0:53:55:1:33:20:0:1:34:21:0:0 chr3 88199298 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.401;QD=49.599;RBI=0.0282412;REFB=0;REVB=0.0282159;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020746;OID=.;OPOS=88199298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr3 93593119 . T C 300.29 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0163199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2682;QD=24.5138;RBI=0.0626192;REFB=-0.0276504;REVB=0.0604552;RO=22;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331718;STB=0.518445;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0192817;OID=.;OPOS=93593119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:17:10:9:13:17:10:9:13 chr3 96327750 . C T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0162231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.816;QD=18.0506;RBI=0.0165796;REFB=0.00906186;REVB=-0.00342002;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784731;STB=0.545363;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00711508;OID=.;OPOS=96327750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:4:4:4:6:4:4 chr3 97365038 . G A 342.15 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0102166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.789;QD=12.9113;RBI=0.0299457;REFB=-0.00387656;REVB=0.028149;RO=65;SAF=27;SAR=14;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856474;STB=0.548811;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00501813;OID=.;OPOS=97365038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:65:65:41:41:0.386792:14:27:38:27:14:27:38:27 chr3 97365074 . A G 401.22 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00801151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0685;QD=16.3762;RBI=0.0220711;REFB=-0.0113084;REVB=-0.0205657;RO=56;SAF=25;SAR=17;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981461;STB=0.555255;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0270681;OID=.;OPOS=97365074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:17:25:28:28:17:25:28:28 chr3 97673268 . A C 1808.28 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136234;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.856;QD=61.2977;RBI=0.0136235;REFB=0;REVB=-5.45155e-05;RO=0;SAF=49;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40302e-05;OID=.;OPOS=97673268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:68:49:0:0:69:49:0:0 chr3 97726747 . T A 1249.67 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023564;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.843;QD=61.7121;RBI=0.0401914;REFB=0;REVB=0.0325589;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70559e-05;OID=.;OPOS=97726747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr3 97731225 . G A 113.71 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00198019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.238;QD=15.1613;RBI=0.0505557;REFB=-0.00562008;REVB=-0.0505169;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233471;STB=0.633156;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00794402;OID=.;OPOS=97731225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:12:4:7:7:12:4 chr3 97806616 . G A 258.38 PASS AF=0.460317;AO=27;DP=61;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00602612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9622;QD=16.4051;RBI=0.0285507;REFB=-0.0238243;REVB=-0.0279075;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559319;STB=0.503873;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0156936;OID=.;OPOS=97806616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:33:34:27:29:0.460317:13:14:19:14:13:16:19:15 chr3 98001777 . G C 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0204645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.205;QD=15.8613;RBI=0.0256842;REFB=-0.00377022;REVB=-0.0155203;RO=51;SAF=19;SAR=19;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996306;STB=0.505615;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0047182;OID=.;OPOS=98001777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:19:19:25:26:19:19:25:26 chr3 98002419 . A G 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00898887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.353;QD=16.2724;RBI=0.00949213;REFB=0.00101113;REVB=-0.00304971;RO=38;SAF=19;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117071;STB=0.573157;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.000767228;OID=.;OPOS=98002419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:32:32:0.450704:13:19:18:20:13:19:18:21 chr3 98002587 . A G 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0111177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.707;QD=12.2158;RBI=0.0112995;REFB=-0.00101152;REVB=0.00201889;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106654;STB=0.562619;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00168707;OID=.;OPOS=98002587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:10:17:8:7:10:17 chr3 98073313 . A G 349.47 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.0180505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.688;QD=18.1541;RBI=0.0180544;REFB=0.0028928;REVB=-0.000375921;RO=40;SAF=21;SAR=16;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153488;STB=0.585179;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00296863;OID=.;OPOS=98073313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:16:21:29:11:16:21:29:11 chr3 98109640 . G A 574.54 PASS AF=0.5;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00689368;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.181;QD=19.476;RBI=0.00765243;REFB=-0.00364893;REVB=0.00332217;RO=57;SAF=29;SAR=30;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472232;STB=0.516958;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00290013;OID=.;OPOS=98109640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:57:59:59:59:0.5:30:29:25:32:30:29:27:32 chr3 98304467 . T C 192.6 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0243215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.76;QD=14.8154;RBI=0.0247892;REFB=-0.00531275;REVB=0.00479304;RO=30;SAF=5;SAR=17;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398624;STB=0.729258;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00595148;OID=.;OPOS=98304467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:17:5:18:12:17:5:18:12 chr3 98501080 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.341;QD=51.1846;RBI=0.028304;REFB=0;REVB=-0.00135122;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171305;OID=.;OPOS=98501080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr3 98519481 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.897;QD=57.3858;RBI=0.0389274;REFB=0;REVB=-0.037349;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132853;OID=.;OPOS=98519481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr3 98541012 . G A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.525;QD=56.9552;RBI=0.0151906;REFB=0;REVB=0.011683;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62298e-05;OID=.;OPOS=98541012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr3 98544136 . A G 39.23 PASS AF=0.142857;AO=2;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=31;FWDB=-0.123312;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=213.921;QD=3.73579;RBI=0.123345;REFB=-0.000483202;REVB=-0.00285593;RO=33;SAF=1;SAR=1;SRF=2;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.60369;STB=0.946002;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-2.03226e-06;OID=.;OPOS=98544136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:42:42:33:35:2:6:0.142857:1:1:2:31:1:5:4:31 chr3 98619997 . G C 335.67 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.635;QD=53.7067;RBI=0.0238374;REFB=0;REVB=0.0236868;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212204;OID=.;OPOS=98619997;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:12:13:0:0 chr3 99549394 . G A 727.47 PASS AF=0.469512;AO=77;DP=164;FAO=77;FDP=164;FR=.;FRO=87;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0206602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.598;QD=17.7432;RBI=0.0235219;REFB=-0.0197507;REVB=0.0112443;RO=87;SAF=36;SAR=41;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366663;STB=0.520299;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0224522;OID=.;OPOS=99549394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:87:87:77:77:0.469512:41:36:44:43:41:36:44:43 chr3 99643176 . C T 374.23 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00308371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.675;QD=18.0352;RBI=0.0140337;REFB=0.00194006;REVB=-0.0136907;RO=43;SAF=19;SAR=20;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229696;STB=0.506795;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00229677;OID=.;OPOS=99643176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:20:19:22:21:20:19:22:22 chr3 99860401 . G A 693.12 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321156;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6861;QD=63.0106;RBI=0.034154;REFB=0;REVB=-0.0116224;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282803;OID=.;OPOS=99860401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr3 100170553 . G A 208.9 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0648776;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.704;QD=17.408;RBI=0.0648866;REFB=0.0269653;REVB=-0.00107928;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109538;STB=0.588149;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0203558;OID=.;OPOS=100170553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:27:21:21:0.4375:14:7:11:14:14:7:13:14 chr3 100170633 . T C 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00515353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.657;QD=13.6609;RBI=0.0152378;REFB=-0.00504051;REVB=-0.0143399;RO=21;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2342;STB=0.639769;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00656904;OID=.;OPOS=100170633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:12:2:6:15:12:2:6:15 chr3 100287764 . T C 588.16 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=0.000467985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.346;QD=23.764;RBI=0.0114725;REFB=-0.0183559;REVB=0.0114629;RO=45;SAF=33;SAR=21;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109646;STB=0.559979;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0134637;OID=.;OPOS=100287764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:45:54:54:0.545455:21:33:33:12:21:33:33:12 chr3 100368546 . A G 320.66 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.006272;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.98;QD=22.1141;RBI=0.00699776;REFB=-0.0196052;REVB=0.00310335;RO=25;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665003;STB=0.536666;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0172717;OID=.;OPOS=100368546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:16:17:15:10:16:17:15:10 chr3 100374740 . T C 280.69 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0412217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0789;QD=19.3576;RBI=0.0542259;REFB=-0.0304596;REVB=0.035231;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174038;STB=0.586151;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0244812;OID=.;OPOS=100374740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:28:30:30:0.517241:15:15:8:19:15:15:9:19 chr3 100467018 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.855;QD=52.6132;RBI=0.0257667;REFB=0;REVB=0.024087;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113193;OID=.;OPOS=100467018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr3 100468407 . C CAGTT 668.88 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000658865;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=4;MLLD=289.306;QD=56.926;RBI=0.018233;REFB=-0.0734101;REVB=0.0182211;RO=3;SAF=22;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598573;STB=0.5319;STBP=0.113;TYPE=ins;VARB=0.0029076;OID=.;OPOS=100468408;OREF=-;OALT=AGTT;OMAPALT=CAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.93617:44:49:44:47:3:22:22:3:0:13:3:22:22:3:0 chr3 100617680 . C T 1554.75 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00180853;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.99;QD=64.1135;RBI=0.00199911;REFB=0;REVB=0.00085185;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29663e-05;OID=.;OPOS=100617680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:56:41:0:0:56:41:0:0 chr3 100949842 . G A 264.71 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0654136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.551;QD=20.7612;RBI=0.0689941;REFB=0.00702309;REVB=-0.0219373;RO=24;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549235;STB=0.53059;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00531689;OID=.;OPOS=100949842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:14:13:10:14:14:13:10:14 chr3 100963154 . G A 300.16 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0378236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.827;QD=13.9611;RBI=0.0378258;REFB=-0.0149389;REVB=-0.000410503;RO=52;SAF=18;SAR=16;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051655;STB=0.529394;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0215743;OID=.;OPOS=100963154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:16:18:25:27:16:18:25:27 chr3 101043906 . G A 1017.82 PASS AF=0.972222;AO=71;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00854478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2358;QD=56.5454;RBI=0.00927037;REFB=-0.0181892;REVB=-0.00359535;RO=1;SAF=39;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119714;STB=0.512817;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00327314;OID=.;OPOS=101043906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:71:70:0.972222:32:39:1:0:32:38:2:0 chr3 101080694 . T C 979.66 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140726;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.486;QD=57.627;RBI=0.0174904;REFB=0.0678831;REVB=0.0103863;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165774;STB=0.508769;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.000921862;OID=.;OPOS=101080694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:1:1:67:67:0.985294:39:28:1:0:39:28:1:0 chr3 101085413 . G A 866.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209996;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.903;QD=57.751;RBI=0.00526943;REFB=0;REVB=-0.00483291;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02633e-05;OID=.;OPOS=101085413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr3 101219889 . G C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.148;QD=64.1528;RBI=0.0580298;REFB=0;REVB=0.0573255;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6279e-05;OID=.;OPOS=101219889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr3 101221069 . T C 581.66 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0300291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5846;QD=58.1658;RBI=0.0309704;REFB=0.120109;REVB=-0.00757778;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.512189;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0159631;OID=.;OPOS=101221069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:20:19:0:1:20:19:0:1 chr3 101231921 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.499;QD=60.7162;RBI=0.0350378;REFB=0;REVB=0.0191891;RO=0;SAF=25;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.96415e-06;OID=.;OPOS=101231921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:51:25:0:0:51:25:0:0 chr3 101334753 . C A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.041;QD=57.6806;RBI=0.0218687;REFB=0;REVB=0.00106811;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.00976e-05;OID=.;OPOS=101334753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr3 101484335 . G A 1490.52 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200837;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.4619;QD=57.8843;RBI=0.0321484;REFB=0;REVB=-0.0251031;RO=1;SAF=39;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0036877;OID=.;OPOS=101484335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:103:1:0:100:103:1:61:39:0:1:64:39:0:0 chr3 101520537 . C T 401.49 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0170116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.061;QD=18.8938;RBI=0.024785;REFB=-0.0013868;REVB=0.018025;RO=44;SAF=16;SAR=25;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125246;STB=0.569808;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00176149;OID=.;OPOS=101520537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:25:16:23:21:25:16:23:21 chr3 101571550 . A G 799.28 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.357;QD=63.9424;RBI=0.0299211;REFB=0;REVB=0.0284378;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019746;OID=.;OPOS=101571550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr3 101576027 . GGT ACC,GGTACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC 293.48 PASS AF=0.179487,0.512821;AO=7,18;DP=40;FAO=7,20;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=7,7;FSAR=0,13;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0192246,0.00150254;FXX=0.0249938;HRUN=2,1;LEN=3,23;MLLD=195.583,439.305;QD=30.1004;RBI=0.022373,0.00842072;REFB=-0.0116616,-0.0184604;REVB=-0.0114441,-0.00828559;RO=13;SAF=7,6;SAR=0,12;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.69997,-0.373106;STB=0.997427,0.67774;STBP=0.199,0.01;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0134253,0.0035186;OID=.,.;OPOS=101576027,101576030;OREF=GGT,-;OALT=ACC,ACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC;OMAPALT=ACC,GGTACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:95:40:39:13:12:7,18:7,20:0.179487,0.512821:0,12:7,6:11:2:0,13:7,7:10:2 chr3 101576175 . T C 1731.1 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3203;QD=60.7403;RBI=0.0276979;REFB=0;REVB=0.0261139;RO=0;SAF=83;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157876;OID=.;OPOS=101576175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:31:83:0:0:31:83:0:0 chr3 103879569 . G A 3897.57 PASS AF=1;AO=239;DP=241;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.86;QD=63.8946;RBI=0.0541539;REFB=0;REVB=0.00526513;RO=0;SAF=101;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04249e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90783e-05;OID=.;OPOS=103879569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:241:244:0:0:239:244:1:138:101:0:0:141:103:0:0 chr3 103879598 . AT A,AA 1465.99 PASS AF=0.676471,0.323529;AO=17,60;DP=97;FAO=69,33;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=30,10;FSAR=39,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100991,0.101783;FXX=0.0467246;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.894,174.239;QD=57.4898;RBI=0.101692,0.101962;REFB=0,0;REVB=0.0119158,0.00604389;RO=18;SAF=0,21;SAR=17,39;SRF=14;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.856341,-0.189656;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00267996,0.00231367;OID=.,.;OPOS=103879599,103879599;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.676471,0.323529:17,60:97:69,33:102:0:30,10:39,23:0:0:25:18:0,21:17,39:14:4 chr3 105258861 . A G 319.8 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.024645;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=110.796;QD=18.5393;RBI=0.0312857;REFB=-0.00303434;REVB=-0.0192722;RO=33;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142602;STB=0.521428;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00253;OID=.;OPOS=105258861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:35:34:34:0.492754:16:18:18:15:16:18:20:15 chr3 105260596 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.744;QD=57.5452;RBI=0.014037;REFB=0;REVB=0.0015919;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62974e-05;OID=.;OPOS=105260596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:41:17:0:0:41:17:0:0 chr3 105422844 . C T 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.085;QD=60.0287;RBI=0.0297104;REFB=0;REVB=-0.0290756;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.52084e-05;OID=.;OPOS=105422844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr3 106613060 . T G 355.27 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0175098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6987;QD=18.9476;RBI=0.0190129;REFB=0.0235076;REVB=0.00740926;RO=38;SAF=27;SAR=10;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183804;STB=0.602919;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0244261;OID=.;OPOS=106613060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:10:27:21:17:10:27:21:17 chr3 106617500 . C T 583.1 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0453216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.003;QD=58.3096;RBI=0.0470343;REFB=-0.168576;REVB=-0.0125771;RO=1;SAF=25;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183853;STB=0.509799;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00077769;OID=.;OPOS=106617500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:40:1:1:39:39:0.975:14:25:1:0:14:25:1:0 chr3 107096547 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00405577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.657;QD=14.6498;RBI=0.0231875;REFB=-0.00334373;REVB=-0.02283;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224506;STB=0.618869;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0045118;OID=.;OPOS=107096547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:4:10:9:9:4:10:10:9 chr3 107646728 . G A 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00989355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.16;QD=29.0929;RBI=0.0345308;REFB=-0.0272475;REVB=0.0330831;RO=13;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757973;STB=0.541633;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0166309;OID=.;OPOS=107646728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:8:16:10:3:8:16:10:3 chr3 107646807 . G T 378.66 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0404087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.791;QD=27.047;RBI=0.0444649;REFB=-0.0163991;REVB=0.0185543;RO=19;SAF=22;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493096;STB=0.514698;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00501246;OID=.;OPOS=107646807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:20:36:36:0.642857:14:22:13:6:14:22:13:7 chr3 107646895 . T C 124.55 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0425139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0071;QD=17.793;RBI=0.0743155;REFB=0.00212487;REVB=-0.0609538;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584636;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00984329;OID=.;OPOS=107646895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:14:14:14:0.5:8:6:6:6:8:6:6:8 chr3 107765249 . T C 353.57 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-7.86153e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.771;QD=23.9709;RBI=0.0346322;REFB=0.02995;REVB=-0.0346322;RO=23;SAF=21;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655168;STB=0.510632;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.0142711;OID=.;OPOS=107765249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:24:35:35:0.59322:14:21:14:9:14:21:15:9 chr3 107765392 . G A 217.78 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.078208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6474;QD=16.752;RBI=0.101185;REFB=0.0177766;REVB=0.0642027;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180257;STB=0.601827;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0168486;OID=.;OPOS=107765392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:14:10:17:11:14:10:17:11 chr3 108072298 . T C 389.96 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00427698;FXX=0.019998;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.873;QD=15.9167;RBI=0.0066985;REFB=-0.00911347;REVB=0.00515532;RO=57;SAF=23;SAR=18;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125884;STB=0.570968;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0163158;OID=.;OPOS=108072298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:18:23:25:32:18:23:25:32 chr3 108096098 . C G 421.55 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00418599;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.689;QD=15.9074;RBI=0.00955255;REFB=-0.00466162;REVB=-0.00858654;RO=58;SAF=21;SAR=26;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527742;STB=0.52503;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00593613;OID=.;OPOS=108096098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:58:59:47:47:0.443396:26:21:29:29:26:21:29:30 chr3 108112954 . C T 232.77 PASS AF=0.3625;AO=28;DP=81;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.000500578;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.388;QD=11.6384;RBI=0.0123885;REFB=-0.0103636;REVB=0.0123784;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193856;STB=0.588477;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0183662;OID=.;OPOS=108112954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:38:51:28:29:0.3625:16:12:17:21:16:13:30:21 chr3 108135680 . C T 293.04 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00860892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.871;QD=14.8375;RBI=0.0110927;REFB=-0.0225972;REVB=0.00699535;RO=46;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096705;STB=0.554667;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.034593;OID=.;OPOS=108135680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:17:16:18:28:17:16:18:28 chr3 108159977 . G A 91.33 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0281191;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1279;QD=7.94209;RBI=0.0287877;REFB=0.00126615;REVB=0.0061684;RO=34;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540151;STB=0.508183;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00300168;OID=.;OPOS=108159977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:47:46:34:34:12:12:0.26087:8:4:10:24:8:4:11:23 chr3 108298260 . C T 190.47 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0268676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.442;QD=15.8722;RBI=0.0301167;REFB=-0.0110231;REVB=0.0136069;RO=28;SAF=5;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364816;STB=0.717166;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00831246;OID=.;OPOS=108298260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:28:19:20:0.416667:14:5:17:11:15:5:17:11 chr3 108367749 . ATTTTTTA ATTTTTA,ATTTTTAT 828.46 PASS AF=0.857143,0;AO=86,17;DP=192;FAO=162,0;FDP=189;FR=.;FRO=27;FSAF=66,0;FSAR=96,0;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.139016,-0.132484;FXX=0.0104707;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.55552,101.236;QD=17.5336;RBI=0.251816,0.135584;REFB=-0.158364,-0.0223119;REVB=0.209967,0.0288299;RO=68;SAF=34,17;SAR=52,0;SRF=10;SRR=58;SSEN=0.40625,0;SSEP=0,0;SSSB=0.222722,0.851336;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.166013,0;OID=.,.;OPOS=108367750,108367755;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTTA,ATTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143,0:86,17:192:162,0:189:27:66,0:96,0:11:16:43:68:34,17:52,0:10:58 chr3 108403086 . T C 1515.94 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.657;QD=59.4485;RBI=0.023153;REFB=0;REVB=0.00376666;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173342;OID=.;OPOS=108403086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:102:0:0:98:102:1:51:47:0:0:51:51:0:0 chr3 108557820 . T C 724.12 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.494;QD=54.6506;RBI=0.0274946;REFB=0.09547;REVB=-0.00733867;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016526;STB=0.508769;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000901347;OID=.;OPOS=108557820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:24:28:1:0:24:28:1:0 chr3 108703587 . C T 288.84 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0185846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4857;QD=21.0067;RBI=0.0188663;REFB=0.00327903;REVB=0.0032482;RO=24;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115205;STB=0.57348;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00342263;OID=.;OPOS=108703587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:25:30:30:0.545455:18:12:13:11:18:12:14:11 chr3 108754238 . A T 314.93 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0175144;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.869;QD=19.9955;RBI=0.0205013;REFB=-0.0182344;REVB=-0.0106559;RO=30;SAF=18;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104641;STB=0.50581;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0182525;OID=.;OPOS=108754238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:15:18:16:14:15:18:16:14 chr3 108867128 . A G 229.42 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0277636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5089;QD=14.1181;RBI=0.0377083;REFB=0.00925773;REVB=-0.0255165;RO=38;SAF=7;SAR=20;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245632;STB=0.640914;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0207635;OID=.;OPOS=108867128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:20:7:18:20:20:7:18:20 chr3 109047928 . C T 131.5 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0199046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.461;QD=14.2156;RBI=0.0199789;REFB=-0.0127154;REVB=0.00172123;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012446;STB=0.507237;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0131658;OID=.;OPOS=109047928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:7:8:12:10:7:8:12:10 chr3 109052732 . T C 206.64 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00379191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.885;QD=13.1197;RBI=0.00561982;REFB=-0.00644704;REVB=0.00414775;RO=38;SAF=10;SAR=15;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214228;STB=0.622545;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0083687;OID=.;OPOS=109052732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:15:10:23:15:15:10:23:15 chr3 109178707 . C G 661.82 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0351945;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.039;QD=58.828;RBI=0.0352287;REFB=-0.0658728;REVB=-0.00155062;RO=2;SAF=17;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00910618;STB=0.50943;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000284535;OID=.;OPOS=109178707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:2:1:43:44:0.977778:26:17:1:1:26:18:0:1 chr3 109178758 . C T 557.04 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6857;QD=60.2204;RBI=0.0418227;REFB=0;REVB=0.0385163;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169791;OID=.;OPOS=109178758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr3 109321666 . TG T 39.71 PASS AF=0.375;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0252275;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.183;QD=9.92822;RBI=0.0257817;REFB=-0.00970582;REVB=0.00531686;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163877;STB=0.599699;STBP=0.632;TYPE=del;VARB=0.0125587;OID=.;OPOS=109321667;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:6:17:6:16:10:4:2:8:2:39:10:4:2:8:2 chr3 110611137 . G A 594.45 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2565;QD=60.9697;RBI=0.0658943;REFB=0;REVB=-0.0658486;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000526332;OID=.;OPOS=110611137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr3 110611201 . C T 113.42 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0448911;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9218;QD=9.65283;RBI=0.0500544;REFB=-0.00960258;REVB=-0.022141;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275309;STB=0.682115;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0222064;OID=.;OPOS=110611201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:13:14:0.297872:6:7:10:23:6:8:10:23 chr3 110790879 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00646409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.808;QD=14.6525;RBI=0.108277;REFB=-0.0102114;REVB=0.108084;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.571205;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0238121;OID=.;OPOS=110790879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:4:1:2:4:4:1 chr3 110793050 . G A 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00612623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.293;QD=18.0813;RBI=0.0474156;REFB=-0.005105;REVB=0.0470181;RO=47;SAF=19;SAR=22;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452169;STB=0.525251;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00706452;OID=.;OPOS=110793050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:22:19:24:23:22:19:24:23 chr3 111313457 . T C 947.31 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0771355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0214;QD=55.7239;RBI=0.0799392;REFB=-0.193603;REVB=0.0209852;RO=2;SAF=44;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103745;STB=0.505493;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0077571;OID=.;OPOS=111313457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:68:2:2:66:66:0.970588:22:44:1:1:22:44:1:1 chr3 111313854 . C T 230.21 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0402852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.934;QD=46.0423;RBI=0.0488553;REFB=-0.122056;REVB=0.0276395;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.521716;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.010211;OID=.;OPOS=111313854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:8:11:0:0:8:11:1:0 chr3 111356083 . G C 1936.08 PASS AF=0.992248;AO=99;DP=131;FAO=128;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=60;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0804407;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.559;QD=60.0335;RBI=0.0838907;REFB=0;REVB=0.0238104;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0124133;OID=.;OPOS=111356083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:131:129:0:0:99:128:0.992248:54:45:0:0:68:60:0:0 chr3 111694438 . T C 815.0 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185349;FXX=0.0666556;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5304;QD=58.214;RBI=0.0448986;REFB=0;REVB=0.0408943;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789224;OID=.;OPOS=111694438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr3 111694825 . A G 350.81 PASS AF=0.463415;AO=37;DP=81;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0124945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.591;QD=17.1126;RBI=0.0124946;REFB=-0.00583199;REVB=4.95672e-05;RO=44;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351019;STB=0.512189;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00649867;OID=.;OPOS=111694825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:44:44:37:38:0.463415:19:18:23:21:19:19:23:21 chr3 111760771 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738664;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.791;QD=59.6795;RBI=0.0228697;REFB=0;REVB=0.021644;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43359e-05;OID=.;OPOS=111760771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:32:37:0:0:33:37:0:0 chr3 111765834 . G A 593.96 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00667163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.497;QD=56.5679;RBI=0.0079574;REFB=-0.214146;REVB=0.004337;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531234;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00288246;OID=.;OPOS=111765834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:42:42:0:2:40:40:0.952381:25:15:0:0:25:15:2:0 chr3 111780646 . C T 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6198;QD=57.7097;RBI=0.0278207;REFB=0;REVB=-0.0259069;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360785;OID=.;OPOS=111780646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr3 111780741 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.008;QD=62.3507;RBI=0.0261492;REFB=0;REVB=-0.0185266;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81613e-07;OID=.;OPOS=111780741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:31:12:0:0:31:12:0:0 chr3 111795792 . C T 1558.05 PASS AF=0.99;AO=97;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00439;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.29;QD=62.3222;RBI=0.0246067;REFB=-0.142328;REVB=0.0242119;RO=2;SAF=52;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00138925;STB=0.504672;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000101301;OID=.;OPOS=111795792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:100:2:1:97:99:0.99:45:52:1:1:46:53:1:0 chr3 111799845 . A T 2679.55 PASS AF=0.994253;AO=173;DP=174;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.062472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8979;QD=61.5988;RBI=0.0654453;REFB=0.0180466;REVB=-0.0195024;RO=0;SAF=83;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502762;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000264525;OID=.;OPOS=111799845;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:174:0:1:173:173:0.994253:90:83:0:0:90:83:0:1 chr3 111799862 . T C 537.88 PASS AF=0.376471;AO=64;DP=169;FAO=64;FDP=170;FR=.;FRO=106;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=-0.00741896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4398;QD=12.656;RBI=0.00857375;REFB=-0.00434916;REVB=-0.00429746;RO=100;SAF=32;SAR=32;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043209;STB=0.523522;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00508068;OID=.;OPOS=111799862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:100:106:64:64:0.376471:32:32:46:54:32:32:49:57 chr3 111821747 . A G 169.41 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00956497;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.817;QD=10.4255;RBI=0.0100127;REFB=-0.00290011;REVB=-0.00296054;RO=43;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657557;STB=0.538427;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00467971;OID=.;OPOS=111821747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:11:11:19:24:11:11:19:24 chr3 111828384 . G GT 287.46 PASS AF=0.519608;AO=46;DP=103;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.024673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.8745;QD=11.2729;RBI=0.0336585;REFB=-0.0180177;REVB=-0.0228941;RO=51;SAF=32;SAR=14;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294231;STB=0.633433;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=-0.00351312;OID=.;OPOS=111828385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.519608:46:103:53:102:49:35:18:19:30:99:51:32:14:20:31 chr3 111828423 . G A 1330.94 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0407836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.566;QD=59.8177;RBI=0.0407987;REFB=-0.101404;REVB=0.00111041;RO=2;SAF=45;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000734801;STB=0.500388;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00132795;OID=.;OPOS=111828423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:42:45:1:1:42:45:1:1 chr3 111918215 . CA CG,TG 976.35 PASS AF=0.352941,0.647059;AO=23,44;DP=71;FAO=24,44;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=12,23;FSAR=12,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0012771,-0.00131601;FXX=0.0422476;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=73.4586,208.043;QD=57.4322;RBI=0.0471568,0.00807407;REFB=0,0;REVB=-0.0471395,-0.0079661;RO=0;SAF=11,23;SAR=12,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.2717e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00853316,0.00474198;OID=.,.;OPOS=111918216,111918215;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:71:68:0:0:23,44:24,44:0.352941,0.647059:12,21:11,23:0:0:12,21:12,23:0:0 chr3 111921116 . C A 395.29 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00354363;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8237;QD=17.3756;RBI=0.00662055;REFB=-0.0178568;REVB=-0.00559235;RO=49;SAF=28;SAR=13;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159232;STB=0.596039;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0356183;OID=.;OPOS=111921116;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:49:50:41:41:0.450549:13:28:26:23:13:28:26:24 chr3 111921225 . G T 705.66 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000891864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.917;QD=62.7251;RBI=0.0169113;REFB=0;REVB=0.0168878;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139628;OID=.;OPOS=111921225;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:25:20:0:0 chr3 111923123 . G A 990.03 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.781;QD=59.1065;RBI=0.00866296;REFB=0;REVB=0.00852004;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7432e-05;OID=.;OPOS=111923123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:23:44:0:0:23:44:0:0 chr3 111962851 . T C 309.71 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00335687;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.953;QD=15.8827;RBI=0.0086241;REFB=-0.00779189;REVB=0.00794397;RO=44;SAF=20;SAR=14;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263774;STB=0.514858;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00890013;OID=.;OPOS=111962851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:44:44:34:34:0.435897:14:20:27:17:14:20:27:17 chr3 111981849 . C T 650.07 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0786873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.3386;QD=50.9855;RBI=0.0875201;REFB=-0.182418;REVB=0.0383156;RO=2;SAF=25;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00156907;STB=0.501204;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0106603;OID=.;OPOS=111981849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:51:51:2:2:48:49:0.960784:23:25:1:1:23:26:1:1 chr3 111981878 . T C 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.354;QD=64.1497;RBI=0.0279608;REFB=0;REVB=0.027615;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103179;OID=.;OPOS=111981878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr3 111981924 . T C 414.68 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188509;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2169;QD=57.1965;RBI=0.0228854;REFB=0;REVB=0.0129763;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320063;OID=.;OPOS=111981924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr3 111985107 . T C 747.74 PASS AF=0.432432;AO=80;DP=185;FAO=80;FDP=185;FR=.;FRO=105;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=0.00772411;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.117;QD=16.1673;RBI=0.020938;REFB=-0.0110845;REVB=0.0194612;RO=105;SAF=48;SAR=32;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183986;STB=0.602566;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0148742;OID=.;OPOS=111985107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:105:105:80:80:0.432432:32:48:44:61:32:48:44:61 chr3 111996554 . T C 254.84 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0117474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.619;QD=22.1603;RBI=0.0158883;REFB=-0.0323715;REVB=-0.0106975;RO=22;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15059;STB=0.584543;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0391643;OID=.;OPOS=111996554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:8:16:11:11:8:16:11:11 chr3 112059768 . C G 575.53 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.117;QD=60.5826;RBI=0.0669761;REFB=0;REVB=0.000378614;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301356;OID=.;OPOS=112059768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr3 112066562 . G A 533.79 PASS AF=0.590361;AO=50;DP=84;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.0241525;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.221;QD=25.725;RBI=0.0257183;REFB=-0.0118056;REVB=0.00883679;RO=32;SAF=19;SAR=31;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127026;STB=0.573913;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00795536;OID=.;OPOS=112066562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:32:34:50:49:0.590361:31:19:7:25:31:18:7:27 chr3 112081560 . T TTA 1422.46 PASS AF=0.953271;AO=86;DP=129;FAO=102;FDP=107;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0619085;FXX=0.0272702;HRUN=3;LEN=2;MLLD=196.425;QD=53.1759;RBI=0.112319;REFB=-0.136292;REVB=0.0937172;RO=31;SAF=43;SAR=43;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878113;STB=0.503763;STBP=0.776;TYPE=ins;VARB=0.00646231;OID=.;OPOS=112081561;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.953271:86:129:102:107:5:49:53:2:3:13:31:43:43:10:21 chr3 112185025 . G A 1157.54 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0250521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.152;QD=59.361;RBI=0.0266086;REFB=-0.118461;REVB=0.00896696;RO=1;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129652;STB=0.506848;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00037875;OID=.;OPOS=112185025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:36:41:0:1:36:41:0:1 chr3 112190137 . G T 868.27 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.628;QD=57.8848;RBI=0.04853;REFB=0;REVB=0.048517;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95345e-05;OID=.;OPOS=112190137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:30:29:0:0:31:29:0:0 chr3 112546306 . C A 627.07 PASS AF=0.508065;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00669838;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6886;QD=20.2279;RBI=0.0155462;REFB=-0.0448566;REVB=0.0140291;RO=59;SAF=39;SAR=24;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851376;STB=0.556242;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0444593;OID=.;OPOS=112546306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:59:61:63:63:0.508065:24:39:31:28:24:39:31:30 chr3 112546473 . G A 329.3 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0294236;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.532;QD=20.5814;RBI=0.0318994;REFB=-0.025375;REVB=0.0123217;RO=31;SAF=8;SAR=26;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329332;STB=0.689676;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0364798;OID=.;OPOS=112546473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:31:30:34:34:0.53125:26:8:18:13:26:8:18:12 chr3 112642568 . C G 229.84 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0074297;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0358;QD=11.3502;RBI=0.0106491;REFB=-0.00102463;REVB=0.0076291;RO=53;SAF=16;SAR=12;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704896;STB=0.540896;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00422918;OID=.;OPOS=112642568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:12:16:27:26:12:16:27:26 chr3 112647832 . A C 275.2 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.016368;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2987;QD=21.5845;RBI=0.0229817;REFB=-0.0337986;REVB=-0.0161321;RO=22;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908685;STB=0.537546;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0123629;OID=.;OPOS=112647832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:22:23:28:28:0.54902:12:16:15:7:12:16:15:8 chr3 112647988 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00332239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.121;QD=15.6262;RBI=0.00340945;REFB=-0.00846159;REVB=0.000765583;RO=27;SAF=16;SAR=3;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496251;STB=0.789275;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0114219;OID=.;OPOS=112647988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:3:16:11:16:3:16:11:16 chr3 112648125 . G T 241.3 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00321925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.007;QD=12.3742;RBI=0.0196071;REFB=-0.0216135;REVB=0.019341;RO=49;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1635;STB=0.593605;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0176644;OID=.;OPOS=112648125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:14:15:18:31:14:15:18:31 chr3 112648127 . T G 157.85 PASS AF=0.363636;AO=29;DP=78;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0588445;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.898;QD=8.2;RBI=0.0598317;REFB=-0.0404161;REVB=0.0108239;RO=48;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141107;STB=0.605987;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.10638;OID=.;OPOS=112648127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:48:49:29:28:0.363636:15:14:17:31:13:15:18:31 chr3 112648222 . T C 286.01 PASS AF=0.349515;AO=37;DP=106;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=0.0671739;FXX=0.0282992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7129;QD=11.107;RBI=0.0725123;REFB=-0.0120769;REVB=0.0273073;RO=69;SAF=14;SAR=23;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194073;STB=0.512648;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0158229;OID=.;OPOS=112648222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:103:69:67:37:36:0.349515:23:14:25:44:23:13:23:44 chr3 112727184 . A T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.25;QD=58.0611;RBI=0.00789135;REFB=0;REVB=0.0044491;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.15566e-06;OID=.;OPOS=112727184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr3 112935138 . C G 992.8 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105892;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.187;QD=59.2716;RBI=0.0235098;REFB=0;REVB=-0.02099;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42444e-05;OID=.;OPOS=112935138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr3 112997554 . A G 197.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0404374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.782;QD=19.2891;RBI=0.0627571;REFB=0.0257451;REVB=-0.0479925;RO=21;SAF=2;SAR=18;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527966;STB=0.806521;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0187043;OID=.;OPOS=112997554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:18:2:11:10:18:2:11:10 chr3 112998265 . A G 460.02 PASS AF=0.5;AO=33;DP=94;FAO=46;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0544809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.506;QD=20.0007;RBI=0.0544815;REFB=0.00703179;REVB=0.000264213;RO=26;SAF=19;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15203;STB=0.579746;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00764453;OID=.;OPOS=112998265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:26:46:33:46:0.5:14:19:10:16:16:30:23:23 chr3 113003273 . G T 461.68 PASS AF=0.546512;AO=45;DP=78;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.123618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.608;QD=21.4737;RBI=0.128835;REFB=-0.0271678;REVB=0.0362893;RO=31;SAF=21;SAR=24;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128652;STB=0.545435;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0169101;OID=.;OPOS=113003273;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:86:31:39:45:47:0.546512:24:21:15:16:24:23:23:16 chr3 113010466 . T C 876.6 PASS AF=0.473404;AO=88;DP=189;FAO=89;FDP=188;FR=.;FRO=99;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=-0.016793;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.167;QD=18.6512;RBI=0.0182263;REFB=-0.0181244;REVB=-0.00708459;RO=100;SAF=51;SAR=37;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939944;STB=0.503964;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0204537;OID=.;OPOS=113010466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:100:99:88:89:0.473404:37:51:57:43:38:51:56:43 chr3 113022870 . T C 1556.31 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.79453e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.888;QD=59.8582;RBI=0.0215578;REFB=0;REVB=0.0215577;RO=0;SAF=59;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66964e-05;OID=.;OPOS=113022870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:45:59:0:0:45:59:0:0 chr3 113046640 . A G 332.77 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0100873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112;QD=26.6217;RBI=0.0203166;REFB=-0.00881178;REVB=-0.0176354;RO=20;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491134;STB=0.514276;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00473268;OID=.;OPOS=113046640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:21:29:29:0.58:12:17:13:7:12:17:13:8 chr3 113164109 . A G 66.81 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0412384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6192;QD=12.7248;RBI=0.0967637;REFB=0.00950373;REVB=0.0875364;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243311;STB=0.644834;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00272984;OID=.;OPOS=113164109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:5:7:3:6:5:7 chr3 113176122 . G A 341.71 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0219073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.417;QD=15.8935;RBI=0.0246338;REFB=-1.24939e-05;REVB=-0.0112648;RO=49;SAF=24;SAR=13;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125035;STB=0.570635;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.000177908;OID=.;OPOS=113176122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:13:24:26:23:13:24:26:23 chr3 113222036 . G A 864.95 PASS AF=0.614173;AO=78;DP=127;FAO=78;FDP=127;FR=.;FRO=49;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0165708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.082;QD=27.2424;RBI=0.0251609;REFB=0.0116896;REVB=0.0189335;RO=49;SAF=41;SAR=37;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106246;STB=0.557509;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00655407;OID=.;OPOS=113222036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:49:49:78:78:0.614173:37:41:33:16:37:41:33:16 chr3 113373930 . A G 1237.14 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4264;QD=61.0936;RBI=0.0605823;REFB=0;REVB=0.00869154;RO=1;SAF=27;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172104;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477589;OID=.;OPOS=113373930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:1:0:80:81:1:53:27:1:0:53:28:0:0 chr3 113377505 . T G 327.92 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.011616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.749;QD=20.4951;RBI=0.0281841;REFB=-0.00621049;REVB=0.025679;RO=30;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530325;STB=0.529394;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00489106;OID=.;OPOS=113377505;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:18:16:16:14:18:16:16:14 chr3 113503151 . A T 614.48 PASS AF=0.448276;AO=61;DP=142;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.0121547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.514;QD=16.9512;RBI=0.0173316;REFB=-0.0216528;REVB=-0.012355;RO=78;SAF=30;SAR=31;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304404;STB=0.514902;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0253256;OID=.;OPOS=113503151;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:78:80:61:65:0.448276:31:30:36:42:34:31:36:44 chr3 113557787 . AGCC A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205813;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=322.9;QD=42.1826;RBI=0.0215874;REFB=0;REVB=0.00651325;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000135362;OID=.;OPOS=113557788;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:11:11:11:0:2:9:0:0:4:0:2:9:0:0 chr3 113655207 . C T 270.23 PASS AF=0.333333;AO=35;DP=105;FAO=35;FDP=105;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.026746;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4542;QD=10.2945;RBI=0.0298154;REFB=0.0044359;REVB=0.0131761;RO=70;SAF=19;SAR=16;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0136529;OID=.;OPOS=113655207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:70:70:35:35:0.333333:16:19:38:32:16:19:38:32 chr3 113673125 . A G 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00645392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3541;QD=64.4134;RBI=0.0530073;REFB=0;REVB=-0.0526129;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000722288;OID=.;OPOS=113673125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr3 113679589 . C A 328.76 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0061442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.646;QD=18.0142;RBI=0.00989397;REFB=-0.0153709;REVB=-0.00775496;RO=38;SAF=21;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702882;STB=0.539303;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0132855;OID=.;OPOS=113679589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:14:21:20:18:14:21:20:18 chr3 113801826 . C T 229.39 PASS AF=0.45614;AO=27;DP=58;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0489629;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5473;QD=16.0972;RBI=0.0722762;REFB=0.00695349;REVB=-0.0531647;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116996;STB=0.519759;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.0145049;OID=.;OPOS=113801826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:31:31:27:26:0.45614:11:16:18:13:10:16:18:13 chr3 113858350 . C T 1279.62 PASS AF=0.976744;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00041113;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.21;QD=59.517;RBI=0.028223;REFB=0.015575;REVB=-0.02822;RO=1;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116936;STB=0.512192;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=5.46925e-05;OID=.;OPOS=113858350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:86:1:2:83:84:0.976744:40:43:0:1:40:44:0:2 chr3 113890815 . C T 1377.4 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.575;QD=62.6093;RBI=0.00719676;REFB=0;REVB=-0.000267292;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43705e-05;OID=.;OPOS=113890815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:50:38:0:0:50:38:0:0 chr3 113955164 . T G 668.07 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.106;QD=62.1462;RBI=0.00609094;REFB=0;REVB=0.00579758;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63179e-05;OID=.;OPOS=113955164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr3 113955187 . A C 740.79 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0047453;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.618;QD=56.9841;RBI=0.012893;REFB=0;REVB=-0.011988;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.74073e-05;OID=.;OPOS=113955187;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr3 113955265 . G A 1268.1 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397706;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.315;QD=61.8587;RBI=0.0397762;REFB=0;REVB=0.000665331;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52401e-05;OID=.;OPOS=113955265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr3 113955320 . C T 1064.43 PASS AF=1;AO=64;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1896;QD=59.1351;RBI=0.0294397;REFB=0;REVB=0.0174597;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.59349e-05;OID=.;OPOS=113955320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:64:72:1:30:34:0:0:38:34:0:0 chr3 116301660 . C T 135.67 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718404;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.503;QD=45.2239;RBI=0.0731959;REFB=0;REVB=0.0140214;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534351;OID=.;OPOS=116301660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr3 116683964 . G C 5359.77 PASS AF=1;AO=335;DP=339;FAO=337;FDP=337;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110429;FXX=0.0117299;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.119;QD=63.6175;RBI=0.0225725;REFB=-0.0906706;REVB=0.0196869;RO=1;SAF=179;SAR=156;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0030484;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45076e-05;OID=.;OPOS=116683964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:339:337:1:0:335:337:1:156:179:0:1:157:180:0:0 chr3 118269774 . A G 1328.93 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101097;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.266;QD=62.5377;RBI=0.104622;REFB=0;REVB=0.0269306;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298314;OID=.;OPOS=118269774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr3 118381320 . C A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.000719512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.068;QD=8.69122;RBI=0.00245044;REFB=-0.0104598;REVB=-0.00234242;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107891;STB=0.56684;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0217593;OID=.;OPOS=118381320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:9:8:3:5:9:8 chr3 118619477 . T C 707.02 PASS AF=0.477707;AO=74;DP=152;FAO=75;FDP=157;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.00213096;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.2463;QD=18.0131;RBI=0.0444779;REFB=-0.00662683;REVB=-0.0444268;RO=78;SAF=38;SAR=36;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036375;STB=0.529524;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00767865;OID=.;OPOS=118619477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:157:78:82:74:75:0.477707:36:38:37:41:36:39:38:44 chr3 118649060 . G T 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0295202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.149;QD=17.5017;RBI=0.0329484;REFB=-0.0120286;REVB=0.014634;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326118;STB=0.68169;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0127494;OID=.;OPOS=118649060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:11:15:6:22:11:15:6:22 chr3 118824042 . A ATTC 161.65 PASS AF=0.666667;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.000338896;FXX=0.11107;HRUN=2;LEN=3;MLLD=221.477;QD=26.9416;RBI=0.0147265;REFB=-0.0143836;REVB=-0.0147226;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901393;STB=0.583232;STBP=0.287;TYPE=ins;VARB=0.00655278;OID=.;OPOS=118824043;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:15:27:16:24:8:8:8:2:6:58:9:7:8:3:6 chr3 118865801 . C T 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0269649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.605;QD=19.3853;RBI=0.0281559;REFB=-0.011109;REVB=-0.00810228;RO=21;SAF=5;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315537;STB=0.679809;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0124029;OID=.;OPOS=118865801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:15:5:12:9:15:5:12:9 chr3 118865970 . G A 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0309864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.754;QD=19.1784;RBI=0.122293;REFB=-0.00980758;REVB=-0.118303;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131312;STB=0.575046;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00584569;OID=.;OPOS=118865970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:5:6:5:8:5:6 chr3 118867047 . C G 185.98 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00381439;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.714;QD=13.7766;RBI=0.00719812;REFB=-0.0204903;REVB=0.00610438;RO=31;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775949;STB=0.554557;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0274616;OID=.;OPOS=118867047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:32:22:22:0.407407:9:13:16:15:9:13:16:16 chr3 118878789 . C T 176.72 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00576671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.699;QD=14.1374;RBI=0.0144621;REFB=-0.00557479;REVB=0.0132626;RO=31;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22655;STB=0.63144;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.010932;OID=.;OPOS=118878789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:7:12:13:18:7:12:13:18 chr3 118909159 . A G 483.89 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7293;QD=58.6529;RBI=0.0769365;REFB=0;REVB=-0.00980675;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000859126;OID=.;OPOS=118909159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:15:16:0:0:15:18:0:0 chr3 118948716 . G A 431.31 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.000161374;FXX=0.0198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.285;QD=17.4267;RBI=0.0194478;REFB=-0.00905225;REVB=-0.0194472;RO=52;SAF=17;SAR=29;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153025;STB=0.504464;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00903392;OID=.;OPOS=118948716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:52:53:46:46:0.464646:29:17:20:32:29:17:20:33 chr3 119118104 . A G 393.24 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7559;QD=56.1769;RBI=0.0624206;REFB=0;REVB=0.0592534;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070547;OID=.;OPOS=119118104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr3 119133183 . G A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.893;QD=62.9811;RBI=0.0397171;REFB=0;REVB=0.0325891;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50875e-05;OID=.;OPOS=119133183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr3 119133554 . G A 311.38 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0223999;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.556;QD=16.1757;RBI=0.0235139;REFB=-0.0154583;REVB=0.00715169;RO=43;SAF=22;SAR=12;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184919;STB=0.604333;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0194859;OID=.;OPOS=119133554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:43:43:34:34:0.441558:12:22:20:23:12:22:20:23 chr3 119196166 . T C 527.52 PASS AF=0.583333;AO=48;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0142796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3175;QD=25.1199;RBI=0.0497221;REFB=-0.0443072;REVB=0.0476275;RO=35;SAF=22;SAR=26;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231279;STB=0.508604;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.02515;OID=.;OPOS=119196166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:35:48:49:0.583333:26:22:15:20:27:22:15:20 chr3 119197285 . A G 1358.58 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.854;QD=62.4632;RBI=0.0158792;REFB=0;REVB=0.00664105;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.68368e-05;OID=.;OPOS=119197285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr3 119211384 . T G 74.18 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.000701669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.716;QD=10.2321;RBI=0.0302569;REFB=-0.0144095;REVB=0.0302488;RO=19;SAF=1;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.603237;STB=0.788143;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0589493;OID=.;OPOS=119211384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:19:19:9:10:0.344828:8:1:12:7:8:2:12:7 chr3 119248301 . G A 3439.26 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0713582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4777;QD=62.249;RBI=0.0752148;REFB=0;REVB=-0.0237756;RO=0;SAF=91;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26472e-05;OID=.;OPOS=119248301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:221:0:0:220:221:1:129:91:0:0:129:92:0:0 chr3 119248321 . A G 2881.08 PASS AF=1;AO=88;DP=191;FAO=188;FDP=188;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=87;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137207;FXX=0.0552736;HRUN=9;LEN=1;MLLD=259.961;QD=61.2996;RBI=0.0423623;REFB=0;REVB=-0.04234;RO=0;SAF=70;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74457e-05;OID=.;OPOS=119248321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:191:188:0:0:88:188:1:18:70:0:0:101:87:0:0 chr3 119263680 . C T 346.08 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0325677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3316;QD=24.7202;RBI=0.032608;REFB=0.00835533;REVB=0.00162226;RO=21;SAF=11;SAR=23;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448048;STB=0.517762;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00612213;OID=.;OPOS=119263680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:22:34:34:0.607143:23:11:8:13:23:11:8:14 chr3 119305379 . T A 508.53 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.000662156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.177;QD=23.3805;RBI=0.030048;REFB=-0.00567175;REVB=-0.0300407;RO=39;SAF=32;SAR=16;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255483;STB=0.640565;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00363851;OID=.;OPOS=119305379;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:39:48:48:0.551724:16:32:14:25:16:32:14:25 chr3 119338956 . A G 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.121;QD=64.154;RBI=0.00342411;REFB=0;REVB=-0.00111505;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.70405e-06;OID=.;OPOS=119338956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:46:53:0:0:46:53:0:0 chr3 119361412 . T C 227.64 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0302769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.335;QD=15.433;RBI=0.0305896;REFB=-0.0176339;REVB=-0.00436243;RO=31;SAF=4;SAR=22;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207518;STB=0.631033;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0296562;OID=.;OPOS=119361412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:33:26:26:0.440678:22:4:9:22:22:4:10:23 chr3 119361415 . A G 313.88 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=55;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0143388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8414;QD=22.4203;RBI=0.0233209;REFB=-0.00616298;REVB=-0.0183919;RO=24;SAF=9;SAR=22;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817825;STB=0.539976;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00430648;OID=.;OPOS=119361415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:24:24:31:32:0.571429:22:9:5:19:23:9:5:19 chr3 119367390 . T C 547.78 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.327;QD=59.2194;RBI=0.0451562;REFB=0;REVB=0.0446656;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347712;OID=.;OPOS=119367390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:23:14:0:0 chr3 119378872 . G A 1917.93 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00750465;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9918;QD=61.8687;RBI=0.0367144;REFB=0;REVB=0.0359392;RO=0;SAF=55;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020966;OID=.;OPOS=119378872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:69:55:0:0:69:55:0:0 chr3 119379186 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4991;QD=57.2371;RBI=0.0604322;REFB=0;REVB=0.0603112;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028981;OID=.;OPOS=119379186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr3 119395799 . A C 446.75 PASS AF=0.454545;AO=44;DP=104;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.033365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.334;QD=16.2453;RBI=0.0428891;REFB=-0.0208291;REVB=-0.0269491;RO=57;SAF=14;SAR=30;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167154;STB=0.555533;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0299591;OID=.;OPOS=119395799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:110:57:60:44:50:0.454545:30:14:27:30:30:20:30:30 chr3 119426307 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000740309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.083;QD=57.6806;RBI=0.0493474;REFB=0;REVB=0.0493418;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634183;OID=.;OPOS=119426307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr3 119434527 . G C 1434.45 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.515;QD=63.0525;RBI=0.026094;REFB=0;REVB=0.00583844;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83662e-05;OID=.;OPOS=119434527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:48:43:0:0:48:43:0:0 chr3 119533910 . T C 955.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.2;QD=58.7786;RBI=0.0556774;REFB=0;REVB=0.0465939;RO=0;SAF=48;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.33797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315475;OID=.;OPOS=119533910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:17:48:0:0:17:48:0:0 chr3 119886548 . G C 732.93 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6147;QD=56.3794;RBI=0.0549137;REFB=0;REVB=0.0482996;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418615;OID=.;OPOS=119886548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:21:29:0:0:22:30:0:0 chr3 119886776 . T A 1500.52 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0012254;FXX=0.0204061;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.184;QD=62.5217;RBI=0.0281261;REFB=-0.00315323;REVB=0.0280994;RO=1;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117069;STB=0.506172;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=7.73277e-05;OID=.;OPOS=119886776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:96:1:1:95:95:0.989583:40:55:0:1:40:55:0:1 chr3 120048432 . T A 72.15 PASS AF=0.277778;AO=9;DP=35;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00216978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.921;QD=8.01672;RBI=0.0112745;REFB=-0.00513664;REVB=0.0110638;RO=25;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542697;STB=0.765141;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0104873;OID=.;OPOS=120048432;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:36:25:26:9:10:0.277778:2:7:7:18:3:7:8:18 chr3 120067797 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0126133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.431;QD=15.8391;RBI=0.0134423;REFB=0.000550747;REVB=0.0046478;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226064;STB=0.635965;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.000524895;OID=.;OPOS=120067797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:7:1:2:5:7:1:2:5 chr3 120389316 . T A 329.48 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00780768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.529;QD=15.6897;RBI=0.00906922;REFB=-0.0172429;REVB=0.00461421;RO=48;SAF=23;SAR=13;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12421;STB=0.570208;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0229089;OID=.;OPOS=120389316;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:13:23:25:23:13:23:25:23 chr3 120500093 . C T 575.6 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9765;QD=60.5899;RBI=0.0788355;REFB=0;REVB=0.0733896;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751838;OID=.;OPOS=120500093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr3 121137976 . C T 726.74 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0166664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.693;QD=52.8534;RBI=0.0166929;REFB=0.0138435;REVB=0.000941738;RO=2;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392157;STB=0.520825;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00105317;OID=.;OPOS=121137976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:23:30:0:2:23:30:0:2 chr3 121138015 . C T 717.48 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00137466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7789;QD=54.1496;RBI=0.0156262;REFB=-0.0420327;REVB=0.0155657;RO=1;SAF=31;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149495;STB=0.507689;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000410455;OID=.;OPOS=121138015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:20:31:1:0:20:32:1:0 chr3 121151784 . G A 194.6 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0113684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.606;QD=17.2975;RBI=0.0359241;REFB=-0.0145263;REVB=-0.0340779;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494707;STB=0.528189;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0180048;OID=.;OPOS=121151784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:15:10:9:11:15:10 chr3 121154974 . T C 1507.86 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0145438;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.185;QD=57.4421;RBI=0.0260574;REFB=0.0260413;REVB=-0.021621;RO=2;SAF=60;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215547;STB=0.511361;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00102916;OID=.;OPOS=121154974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:105:2:2:103:103:0.980952:43:60:0:2:43:60:0:2 chr3 121208176 . T C 354.19 PASS AF=0.583333;AO=34;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0663984;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3355;QD=23.6126;RBI=0.124084;REFB=0.0212126;REVB=0.104825;RO=25;SAF=23;SAR=11;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388594;STB=0.529585;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00796243;OID=.;OPOS=121208176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:34:35:0.583333:11:23:18:7:12:23:18:7 chr3 121208833 . G C 348.72 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00422456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.922;QD=53.6487;RBI=0.0313298;REFB=0;REVB=0.0310437;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237443;OID=.;OPOS=121208833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:16:10:0:0 chr3 121238749 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.068;QD=57.0006;RBI=0.072257;REFB=0;REVB=-0.0721477;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030735;OID=.;OPOS=121238749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr3 121240941 . CAGG C 524.04 PASS AF=0.6;AO=47;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00799842;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=3;MLLD=306.229;QD=26.2021;RBI=0.0189973;REFB=-0.00835205;REVB=-0.0172314;RO=32;SAF=31;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532122;STB=0.532096;STBP=0.514;TYPE=del;VARB=0.00573475;OID=.;OPOS=121240942;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:47:80:48:80:32:32:16:19:13:99:32:31:16:19:13 chr3 121263720 . C A 1428.16 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=95;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301196;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3613;QD=62.0937;RBI=0.0438472;REFB=-0.142347;REVB=0.0318651;RO=1;SAF=47;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099791;STB=0.505262;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00124455;OID=.;OPOS=121263720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:92:1:1:91:91:0.98913:44:47:1:0:44:47:1:0 chr3 121350966 . C G 289.32 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.177;QD=52.6027;RBI=0.0290059;REFB=0;REVB=0.0129993;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047425;OID=.;OPOS=121350966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:14:7:0:0:15:7:0:0 chr3 121351315 . G A 90.26 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0295963;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.197;QD=9.50126;RBI=0.0404387;REFB=-0.0243623;REVB=0.0275563;RO=27;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00588784;STB=0.507793;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0835763;OID=.;OPOS=121351315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:39:38:27:26:8:8:0.210526:5:3:10:17:5:3:10:16 chr3 121353254 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.785;QD=47.8223;RBI=0.0166755;REFB=0;REVB=0.0130199;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222207;OID=.;OPOS=121353254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr3 121354583 . G A 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00650741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.133;QD=18.2897;RBI=0.0306891;REFB=-0.0106224;REVB=0.0299913;RO=33;SAF=9;SAR=23;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257938;STB=0.644765;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0125143;OID=.;OPOS=121354583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:23:9:18:15:23:9:18:15 chr3 121361787 . G A 147.19 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.014209;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.703;QD=16.3541;RBI=0.0145933;REFB=-0.00267802;REVB=0.00332714;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138256;STB=0.579042;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00324552;OID=.;OPOS=121361787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:20:16:16:0.444444:9:7:6:14:9:7:6:14 chr3 121372875 . A G 483.11 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.389;QD=58.5585;RBI=0.0449352;REFB=0;REVB=0.0109974;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000725388;OID=.;OPOS=121372875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr3 121373058 . T C 409.49 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00939948;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8323;QD=33.4279;RBI=0.0380611;REFB=0.0239616;REVB=0.0368822;RO=16;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158267;STB=0.586156;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.010886;OID=.;OPOS=121373058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:16:16:33:33:0.673469:17:16:12:4:17:16:12:4 chr3 121373111 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.465;QD=61.684;RBI=0.0384893;REFB=0;REVB=0.0343193;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76009e-05;OID=.;OPOS=121373111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr3 121374361 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0196852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4103;QD=15.5714;RBI=0.0227137;REFB=0.0140794;REVB=0.0113316;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115026;STB=0.566808;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0148424;OID=.;OPOS=121374361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:5:7:5:6:5:7 chr3 121383340 . G A 249.52 PASS AF=0.528302;AO=25;DP=50;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0392831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.023;QD=18.8317;RBI=0.0396882;REFB=-0.0237121;REVB=0.0056563;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215942;STB=0.635884;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0143153;OID=.;OPOS=121383340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:25:25:25:28:0.528302:16:9:15:10:19:9:15:10 chr3 121414061 . C T 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00312139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.979;QD=15.2375;RBI=0.0114419;REFB=-0.00904523;REVB=-0.0110079;RO=36;SAF=9;SAR=19;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187128;STB=0.606304;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00914518;OID=.;OPOS=121414061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:19:9:18:18:19:9:18:18 chr3 121415720 . T C 215.13 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.00220788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.35;QD=10.8925;RBI=0.00222134;REFB=-0.00164586;REVB=0.000244162;RO=52;SAF=14;SAR=13;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177767;STB=0.602577;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00222015;OID=.;OPOS=121415720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:13:14:35:17:13:14:35:17 chr3 121416623 . G C 295.78 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0175729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.051;QD=22.3229;RBI=0.0497919;REFB=-0.012563;REVB=-0.0465878;RO=23;SAF=15;SAR=15;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18828;STB=0.603707;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00537753;OID=.;OPOS=121416623;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:15:15:6:17:15:15:6:17 chr3 121435621 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6333;QD=39.2062;RBI=0.0201628;REFB=0;REVB=0.0172069;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175697;OID=.;OPOS=121435621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr3 121435624 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.795;QD=40.7629;RBI=0.0313482;REFB=0;REVB=0.0299334;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339623;OID=.;OPOS=121435624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr3 121563355 . T C 474.28 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0121307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4687;QD=18.9711;RBI=0.0445656;REFB=-0.0121417;REVB=0.0428828;RO=53;SAF=20;SAR=27;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983318;STB=0.554771;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0163958;OID=.;OPOS=121563355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:27:20:28:25:27:20:28:25 chr3 121641693 . G A 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0502495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.312;QD=12.2164;RBI=0.0655203;REFB=-0.00477156;REVB=0.0420465;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243762;STB=0.514358;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00792374;OID=.;OPOS=121641693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:12:15:8:7:12:15 chr3 121642048 . A T 428.84 PASS AF=0.56;AO=41;DP=74;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0101887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2438;QD=22.8715;RBI=0.0451361;REFB=0.0138543;REVB=-0.0439711;RO=33;SAF=21;SAR=20;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150713;STB=0.576888;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0130095;OID=.;OPOS=121642048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:33:33:41:42:0.56:20:21:23:10:20:22:23:10 chr3 121643170 . A T 202.15 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0159204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.791;QD=21.2792;RBI=0.0332261;REFB=0.00776932;REVB=-0.0291635;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846433;STB=0.547704;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.00849344;OID=.;OPOS=121643170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:7:13:10:8:7:13:10:8 chr3 121643804 . C T 350.63 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.033952;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.8702;QD=18.2148;RBI=0.0345493;REFB=-0.0209856;REVB=-0.00639643;RO=39;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229959;STB=0.518977;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0133824;OID=.;OPOS=121643804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:40:37:37:0.480519:18:19:21:18:18:19:22:18 chr3 121646641 . A G 215.94 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0250202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.997;QD=15.1539;RBI=0.0436853;REFB=-0.00179699;REVB=-0.0358106;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913967;STB=0.559275;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00233116;OID=.;OPOS=121646641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:13:12:12:19:13:12:12:20 chr3 121647286 . C T 210.23 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0205779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.856;QD=11.8441;RBI=0.0370085;REFB=0.000952548;REVB=0.03076;RO=45;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189075;STB=0.510909;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.000875859;OID=.;OPOS=121647286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:14:12:20:25:14:12:20:25 chr3 121648168 . G A 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00528583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.723;QD=16.504;RBI=0.0195436;REFB=0.000384223;REVB=-0.0188152;RO=29;SAF=17;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375563;STB=0.527757;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.000551312;OID=.;OPOS=121648168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:9:17:20:9:9:17:21:9 chr3 121712051 . A C 579.65 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00886878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5669;QD=59.451;RBI=0.0739571;REFB=0;REVB=0.0734234;RO=1;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322556;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018262;OID=.;OPOS=121712051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:1:0:36:39:1:14:22:0:1:17:22:0:0 chr3 121825197 . G A 1283.22 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.585;QD=61.8421;RBI=0.0117766;REFB=0;REVB=0.0030292;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05276e-05;OID=.;OPOS=121825197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr3 121836966 . TGA T 506.85 PASS AF=1;AO=31;DP=37;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022768;FXX=0.0810592;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.673;QD=59.6298;RBI=0.0237049;REFB=0;REVB=0.00659856;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00017345;OID=.;OPOS=121836967;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:37:34:34:0:17:17:0:0:4:0:15:16:0:0 chr3 121838319 . G A 420.15 PASS AF=0.421053;AO=45;DP=111;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=18;FWDB=-0.014685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.016;QD=14.742;RBI=0.017854;REFB=-0.0103212;REVB=0.0101546;RO=64;SAF=19;SAR=26;SRF=47;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317294;STB=0.652738;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0204648;OID=.;OPOS=121838319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:64:66:45:48:0.421053:26:19:47:17:26:22:48:18 chr3 122003045 . G C 1671.35 PASS AF=1;AO=98;DP=116;FAO=111;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339868;FXX=0.0347796;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.864;QD=60.2287;RBI=0.0536159;REFB=0;REVB=0.0414675;RO=0;SAF=62;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205305;OID=.;OPOS=122003045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:111:0:0:98:111:1:36:62:0:0:47:64:0:0 chr3 122003769 . A G 774.72 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.299;QD=55.3371;RBI=0.0352178;REFB=-0.0452878;REVB=0.0198816;RO=1;SAF=21;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219106;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726195;OID=.;OPOS=122003769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:56:1:0:54:56:1:33:21:1:0:34:22:0:0 chr3 122003832 . G C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.273;QD=62.0211;RBI=0.0346024;REFB=0;REVB=-0.0340145;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183732;OID=.;OPOS=122003832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr3 122140919 . T C 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0211811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.093;QD=18.7119;RBI=0.0221196;REFB=-0.00885706;REVB=-0.00637498;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126213;STB=0.571785;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0100871;OID=.;OPOS=122140919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:10:9:11:7:10:9 chr3 122144347 . C G 355.15 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0205799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.811;QD=18.9411;RBI=0.0380745;REFB=-0.00325311;REVB=0.0320334;RO=38;SAF=15;SAR=22;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875159;STB=0.548763;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00384104;OID=.;OPOS=122144347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:22:15:19:19:22:15:19:19 chr3 122144873 . G A 113.13 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0568401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.968;QD=18.8549;RBI=0.0620891;REFB=-0.0172939;REVB=-0.0249853;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190057;STB=0.620075;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.017146;OID=.;OPOS=122144873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:12:13:0.541667:6:6:3:8:6:7:3:8 chr3 122145470 . C A 532.17 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=83;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0139124;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=340.771;QD=25.6468;RBI=0.0139227;REFB=0.00667836;REVB=-0.000534816;RO=34;SAF=9;SAR=40;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390277;STB=0.715465;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00344791;OID=.;OPOS=122145470;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:34:34:49:49:0.590361:40:9:21:13:40:9:21:13 chr3 122186188 . C T 940.06 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413802;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.243;QD=58.7534;RBI=0.019522;REFB=0;REVB=0.0190784;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255926;OID=.;OPOS=122186188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:22:42:0:0:22:42:0:0 chr3 122259606 . T C 542.04 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.0122556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2262;QD=19.7105;RBI=0.051115;REFB=-0.0211535;REVB=0.049624;RO=53;SAF=28;SAR=28;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175279;STB=0.599966;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0248496;OID=.;OPOS=122259606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:54:56:56:0.509091:28:28:16:37:28:28:16:38 chr3 122259640 . T C 549.68 PASS AF=0.545455;AO=52;DP=98;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0254281;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.625;QD=22.2093;RBI=0.0660286;REFB=-0.0284834;REVB=0.0609359;RO=42;SAF=25;SAR=27;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160627;STB=0.5701;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0104098;OID=.;OPOS=122259640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:42:45:52:54:0.545455:27:25:12:30:29:25:14:31 chr3 122288210 . G A 108.79 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00407248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.794;QD=14.0374;RBI=0.134951;REFB=-0.0501011;REVB=-0.134889;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226252;STB=0.618857;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0623113;OID=.;OPOS=122288210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:18:13:13:0.419355:9:4:9:8:9:4:9:9 chr3 122290579 . C T 383.21 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00109437;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.623;QD=14.5984;RBI=0.0039681;REFB=0.00605318;REVB=-0.0038142;RO=59;SAF=16;SAR=28;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467284;STB=0.528532;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00649996;OID=.;OPOS=122290579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:59:61:44:44:0.419048:28:16:24:35:28:16:25:36 chr3 122334580 . ATTTTTAC ATTTTAC,ATTTTACT 209.62 PASS AF=0.548387,0.0322581;AO=34,4;DP=64;FAO=34,2;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=30,2;FSAR=4,0;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.108066,-0.0284577;FXX=0.0312451;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=11.7804,139.308;QD=13.524;RBI=0.192576,0.0289982;REFB=-0.110211,-0.0127451;REVB=0.159396,0.00557292;RO=21;SAF=30,4;SAR=4,0;SRF=1;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.638607,0.83985;STB=0.851302,0.997858;STBP=0,0.004;TYPE=del,mnp;VARB=0.103152,0.109639;OID=.,.;OPOS=122334581,122334585;OREF=T,TAC;OALT=-,ACT;OMAPALT=ATTTTAC,ATTTTACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.548387,0.0322581:34,4:64:34,2:62:26:30,2:4,0:4:22:99:21:30,4:4,0:1:20 chr3 122418750 . G A 130.15 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0176692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3424;QD=13.3491;RBI=0.0202337;REFB=-6.81559e-05;REVB=-0.00985913;RO=23;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167764;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00248727;OID=.;OPOS=122418750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:24:15:15:0.384615:5:10:15:8:5:10:16:8 chr3 122419083 . C A 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0112758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.726;QD=12.8974;RBI=0.0134786;REFB=-0.00851441;REVB=0.00738449;RO=30;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140389;STB=0.581995;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0159484;OID=.;OPOS=122419083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:9:8:18:12:9:8:18:12 chr3 122437321 . T C 820.22 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00152713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5819;QD=55.6078;RBI=0.0141714;REFB=-0.11205;REVB=0.0140889;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145145;STB=0.50769;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0015356;OID=.;OPOS=122437321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:32:26:0:1:32:26:0:1 chr3 122439754 . C G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0218149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.922;QD=19.1804;RBI=0.0218432;REFB=-0.00653237;REVB=0.00111115;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181889;STB=0.602692;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00512391;OID=.;OPOS=122439754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:2:9:8:5:2:9 chr3 122459290 . G GAGA 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00674234;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=257.069;QD=14.8515;RBI=0.0298642;REFB=-0.0202396;REVB=-0.0290932;RO=29;SAF=14;SAR=5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181067;STB=0.60548;STBP=0.253;TYPE=ins;VARB=0.0298307;OID=.;OPOS=122459291;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395833:19:48:19:48:29:14:5:17:12:99:29:14:5:17:12 chr3 122459477 . A G 751.87 PASS AF=0.563492;AO=72;DP=127;FAO=71;FDP=126;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00656162;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.484;QD=23.8689;RBI=0.0189592;REFB=-0.0237858;REVB=-0.0177875;RO=52;SAF=34;SAR=38;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00659653;STB=0.505259;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.015963;OID=.;OPOS=122459477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:52:55:72:71:0.563492:38:34:25:27:37:34:27:28 chr3 122605701 . T A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.03355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.852;QD=13.9591;RBI=0.0469371;REFB=0.00931225;REVB=0.0328251;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119504;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0134477;OID=.;OPOS=122605701;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:4:3:4:3:4:3 chr3 122630256 . A T 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00982345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.219;QD=17.5683;RBI=0.0240776;REFB=-0.0102185;REVB=0.0219825;RO=31;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134707;STB=0.575704;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0136106;OID=.;OPOS=122630256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:19:10:15:16:19:10:15:16 chr3 122631855 . C A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.168828;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.36;QD=18.767;RBI=0.16883;REFB=-0.0242958;REVB=-0.000901384;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200664;STB=0.615062;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00620429;OID=.;OPOS=122631855;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:5:1:0:3:5:1:0:3 chr3 122680141 . A G 651.08 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.911;QD=62.0076;RBI=0.028517;REFB=0;REVB=0.0232219;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227115;OID=.;OPOS=122680141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr3 122843110 . G T 597.43 PASS AF=0.469697;AO=61;DP=130;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=-0.0114031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0623;QD=18.1039;RBI=0.0116121;REFB=0.00177634;REVB=-0.00219353;RO=66;SAF=23;SAR=38;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228643;STB=0.63421;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00149789;OID=.;OPOS=122843110;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:66:70:61:62:0.469697:38:23:41:25:38:24:45:25 chr3 122864436 . G A 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.148;QD=60.7139;RBI=0.00822489;REFB=0;REVB=0.00765067;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25419e-05;OID=.;OPOS=122864436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr3 122991021 . A T 864.35 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00935994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.985;QD=57.6234;RBI=0.0111769;REFB=0;REVB=-0.00610865;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77918e-06;OID=.;OPOS=122991021;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr3 122991038 . C T 1062.35 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2759;QD=59.8508;RBI=0.0371192;REFB=0;REVB=0.0171626;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37291e-05;OID=.;OPOS=122991038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr3 123008709 . G A 1377.26 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0632827;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3921;QD=60.5387;RBI=0.0830383;REFB=-0.142661;REVB=0.0537649;RO=0;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58117e-08;STB=0.508927;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00207426;OID=.;OPOS=123008709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:91:0:2:89:89:0.978022:34:55:0:0:34:55:2:0 chr3 123218524 . TTAAAA T 136.18 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0362366;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=5;MLLD=329.281;QD=12.9696;RBI=0.0362497;REFB=-0.00364647;REVB=0.000973157;RO=21;SAF=14;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343283;STB=0.679429;STBP=0.041;TYPE=del;VARB=0.00518271;OID=.;OPOS=123218525;OREF=TAAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:19:43:20:42:22:14:6:8:14:99:21:14:5:8:13 chr3 123357037 . A G 405.0 PASS AF=0.6;AO=38;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00156169;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.305;QD=24.9229;RBI=0.00341605;REFB=-8.2882e-05;REVB=0.00303818;RO=25;SAF=15;SAR=23;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264856;STB=0.526735;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=5.28932e-05;OID=.;OPOS=123357037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:26:38:39:0.6:23:15:9:16:23:16:9:17 chr3 123418913 . G A 964.71 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00171465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.549;QD=55.9249;RBI=0.00231965;REFB=-0.0816422;REVB=-0.0015623;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145389;STB=0.515147;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000332376;OID=.;OPOS=123418913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:1:2:67:67:0.971014:32:35:0:1:32:35:0:2 chr3 123419116 . GTTC G 1219.85 PASS AF=0.922414;AO=106;DP=114;FAO=107;FDP=116;FR=.;FRO=9;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00531017;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=3;MLLD=261.669;QD=42.0637;RBI=0.0222287;REFB=-0.0639305;REVB=0.0215851;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521903;STBP=0.096;TYPE=del;VARB=0.0048901;OID=.;OPOS=123419117;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.922414:106:114:107:116:9:53:54:7:2:9:0:52:54:0:0 chr3 123419288 . C T 795.8 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.85;QD=63.664;RBI=0.0443766;REFB=0;REVB=0.0233127;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147972;OID=.;OPOS=123419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:34:13:0:0:37:13:0:0 chr3 123419573 . G T 1190.37 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0103;QD=61.0448;RBI=0.062732;REFB=0;REVB=-0.0606662;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312112;OID=.;OPOS=123419573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr3 123419733 . A G 1030.03 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610451;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.159;QD=59.7118;RBI=0.0610505;REFB=0;REVB=-0.000805886;RO=0;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01283e-05;OID=.;OPOS=123419733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:45:23:0:0:45:24:0:0 chr3 123451773 . G C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.139;QD=58.7806;RBI=0.0396311;REFB=0;REVB=0.0325132;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122337;OID=.;OPOS=123451773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr3 123452838 . G A,C 1682.54 PASS AF=0.933333,0.0333333;AO=111,5;DP=120;FAO=112,4;FDP=120;FR=.;FRO=4;FSAF=53,0;FSAR=59,4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0191956,0.0232026;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=261.109,210.803;QD=56.0845;RBI=0.0223136,0.0232406;REFB=-0.0691291,-0.0838667;REVB=0.0113765,0.0013283;RO=2;SAF=53,0;SAR=58,5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.017576,-0.78221;STB=0.50956,0.996869;STBP=0.254,0.022;TYPE=snp,snp;VARB=0.000843653,0.0206376;OID=.,.;OPOS=123452838,123452838;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:120:120:2:4:111,5:112,4:0.933333,0.0333333:58,5:53,0:2:0:59,4:53,0:3:1 chr3 123457893 . G A 87.45 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0980914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6334;QD=13.4541;RBI=0.0983012;REFB=-0.0128206;REVB=-0.00641866;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716086;STB=0.542293;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0214688;OID=.;OPOS=123457893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:5:10:8:3:5:10 chr3 123512627 . G T 436.41 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0211446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.167;QD=21.2882;RBI=0.0286096;REFB=-0.00491799;REVB=-0.0192721;RO=39;SAF=23;SAR=20;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138003;STB=0.576003;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00459148;OID=.;OPOS=123512627;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:20:23:27:12:20:23:27:12 chr3 123634046 . G A 1560.4 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000646425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9858;QD=63.6897;RBI=0.0204483;REFB=0;REVB=0.0204381;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27449e-05;OID=.;OPOS=123634046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr3 123665902 . T G 1914.39 PASS AF=0.976744;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0350125;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8298;QD=59.3608;RBI=0.0701311;REFB=-0.126241;REVB=0.0607659;RO=3;SAF=72;SAR=54;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256625;STB=0.513511;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00230916;OID=.;OPOS=123665902;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:129:129:3:3:126:126:0.976744:54:72:0:3:54:72:0:3 chr3 123988039 . T C 365.13 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.028428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.097;QD=16.0499;RBI=0.0345944;REFB=-0.0184532;REVB=0.0197134;RO=52;SAF=26;SAR=13;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176919;STB=0.599947;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0257892;OID=.;OPOS=123988039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:13:26:26:26:13:26:26:26 chr3 124044949 . C T 1662.72 PASS AF=1;AO=95;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=68;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.087;QD=59.3828;RBI=0.105699;REFB=0;REVB=0.0299113;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186167;OID=.;OPOS=124044949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:95:112:1:44:51:0:0:44:68:0:0 chr3 124181454 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00561016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1056;QD=11.1977;RBI=0.021142;REFB=0.0130286;REVB=-0.020384;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139567;STB=0.583194;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.0234316;OID=.;OPOS=124181454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:7:5:12:10:7:5:12:10 chr3 124196094 . A T 462.32 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00519709;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.65;QD=23.7086;RBI=0.0103118;REFB=-0.0149671;REVB=-0.00890638;RO=29;SAF=27;SAR=17;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032095;STB=0.524897;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00897768;OID=.;OPOS=124196094;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:29:34:44:44:0.564103:17:27:19:10:17:27:19:15 chr3 124351316 . G A 1182.38 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0276234;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6848;QD=59.8671;RBI=0.0277598;REFB=-0.00172747;REVB=-0.00274836;RO=1;SAF=45;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104034;STB=0.505493;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000124723;OID=.;OPOS=124351316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:79:1:1:78:78:0.987342:33:45:1:0:33:45:1:0 chr3 124351424 . T C 1391.01 PASS AF=0.951456;AO=97;DP=104;FAO=98;FDP=103;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0106118;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.828;QD=54.0197;RBI=0.0181264;REFB=-0.0951915;REVB=0.0146954;RO=5;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450956;STB=0.523805;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00570473;OID=.;OPOS=124351424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:104:103:5:5:97:98:0.951456:50:47:0:5:50:48:0:5 chr3 124376653 . G A 818.14 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.863;QD=57.4136;RBI=0.0341209;REFB=0;REVB=0.0149431;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30065e-05;OID=.;OPOS=124376653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:28:28:0:0:29:28:0:0 chr3 124379748 . G C 326.76 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0165031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.367;QD=15.0234;RBI=0.0171478;REFB=-0.0100039;REVB=-0.00465791;RO=50;SAF=11;SAR=25;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212441;STB=0.627045;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0199079;OID=.;OPOS=124379748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:51:36:36:0.413793:25:11:25:25:25:11:26:25 chr3 124379817 . T C 529.83 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0153304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5841;QD=16.5573;RBI=0.0379096;REFB=-0.0183953;REVB=0.0346716;RO=71;SAF=19;SAR=38;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166832;STB=0.593373;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0217848;OID=.;OPOS=124379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:71:71:57:57:0.445312:38:19:35:36:38:19:35:36 chr3 124412634 . G T 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0132231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.536;QD=11.9922;RBI=0.013806;REFB=0.000373289;REVB=-0.00396949;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146771;STB=0.565145;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00100481;OID=.;OPOS=124412634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:33:18:18:0.352941:8:10:13:18:8:10:15:18 chr3 124451284 . T C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=0.00116467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.563;QD=16.2717;RBI=0.0142407;REFB=0.00546721;REVB=0.014193;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=18;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429852;STB=0.73663;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0100487;OID=.;OPOS=124451284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:5:10:18:0:5:10:18:0 chr3 124482494 . TTTGTTGAAC T 151.91 PASS AF=0.409836;AO=23;DP=59;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0145643;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=9;MLLD=279.507;QD=9.96141;RBI=0.0151557;REFB=-0.0151587;REVB=-0.00419243;RO=33;SAF=7;SAR=16;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136058;STB=0.608732;STBP=0.183;TYPE=del;VARB=0.0227276;OID=.;OPOS=124482495;OREF=TTGTTGAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409836:23:59:25:61:36:7:18:16:20:99:33:7:16:14:19 chr3 124627024 . T G 282.62 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0287164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.633;QD=15.2768;RBI=0.0307008;REFB=-0.0141031;REVB=-0.0108586;RO=42;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119169;STB=0.567364;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0230628;OID=.;OPOS=124627024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:13:19:20:22:13:19:20:22 chr3 124646703 . GGA AAG,GGAAAG 1054.54 PASS AF=0,1;AO=4,36;DP=75;FAO=0,71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179131,-0.00221172;FXX=0.013887;HRUN=3,3;LEN=3,3;MLLD=185.126,236.911;QD=59.4108;RBI=0.0575615,0.0889644;REFB=0,0;REVB=0.0547032,0.0889369;RO=7;SAF=0,6;SAR=4,30;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0975905;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.00180959;OID=.,.;OPOS=124646703,124646706;OREF=GGA,-;OALT=AAG,AAG;OMAPALT=AAG,GGAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:75:71:7:0:4,36:0,71:0,1:4,30:0,6:0:7:0,64:0,7:0:0 chr3 124688787 . A AT 236.09 PASS AF=1;AO=4;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740976;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.7951;QD=49.7026;RBI=0.173438;REFB=0;REVB=-0.17328;RO=16;SAF=2;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217519;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0119837;OID=.;OPOS=124688788;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:20:19:19:0:6:13:0:0:4:16:2:2:5:11 chr3 124688791 . A T 148.12 PASS AF=0.75;AO=14;DP=19;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0406733;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=35.9731;QD=29.6248;RBI=0.0843094;REFB=-0.136676;REVB=-0.0738495;RO=5;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228263;STB=0.596762;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0186594;OID=.;OPOS=124688791;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:20:5:5:14:15:0.75:11:3:3:2:11:4:3:2 chr3 124692689 . C G,T 1526.54 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=5,96;DP=101;FAO=3,102;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=2,49;FSAR=1,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116516,0.016247;FXX=0.0186898;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=13.3528,78.4546;QD=58.1539;RBI=0.029049,0.0162583;REFB=0,0;REVB=-0.0266098,-0.000606067;RO=0;SAF=2,47;SAR=3,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.53995e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.12559,0.00309858;OID=.,.;OPOS=124692689,124692689;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:101:105:0:0:5,96:3,102:0.0285714,0.971429:3,49:2,47:0:0:1,53:2,49:0:0 chr3 124731485 . C G 1066.15 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.502;QD=58.4192;RBI=0.0359922;REFB=-0.117344;REVB=0.0278985;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.50769;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000822127;OID=.;OPOS=124731485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:40:32:0:0:40:32:1:0 chr3 124731689 . T A 2197.66 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.306;QD=63.242;RBI=0.00802638;REFB=0;REVB=0.00506945;RO=0;SAF=67;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10899e-06;OID=.;OPOS=124731689;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:72:67:0:0:72:67:0:0 chr3 124733649 . T G 2089.22 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.279;QD=62.3647;RBI=0.031643;REFB=0;REVB=0.0316073;RO=0;SAF=67;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64865e-05;OID=.;OPOS=124733649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:134:0:0:130:134:1:63:67:0:0:66:68:0:0 chr3 124738285 . G C 272.75 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0140498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.869;QD=24.2441;RBI=0.0175758;REFB=-0.0163553;REVB=0.01056;RO=20;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759698;STB=0.542338;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0155629;OID=.;OPOS=124738285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:9:16:11:9:9:16:11:9 chr3 124746347 . T C 769.32 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00748906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.615;QD=56.9866;RBI=0.0126235;REFB=0;REVB=0.010162;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05386e-06;OID=.;OPOS=124746347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr3 124826408 . T C 368.91 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0348802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.392;QD=25.0106;RBI=0.0348865;REFB=0.00751161;REVB=-0.000665205;RO=22;SAF=20;SAR=16;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896518;STB=0.53844;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00594089;OID=.;OPOS=124826408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:22:23:36:36:0.610169:16:20:15:7:16:20:15:8 chr3 124837684 . T C 1555.35 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3661;QD=59.8213;RBI=0.0274885;REFB=0;REVB=0.0129528;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31539e-05;OID=.;OPOS=124837684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:101:104:1:50:51:0:0:53:51:0:0 chr3 124839470 . G A 1497.54 PASS AF=0.964602;AO=102;DP=110;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=76;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0132235;FXX=0.0341851;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.249;QD=53.0104;RBI=0.0238283;REFB=-0.0814216;REVB=0.0198223;RO=5;SAF=73;SAR=29;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921148;STB=0.502215;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000634101;OID=.;OPOS=124839470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:110:113:5:4:102:109:0.964602:29:73:4:1:33:76:3:1 chr3 124951821 . C T 74.26 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0150597;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.429;QD=9.28289;RBI=0.0155212;REFB=-0.00668163;REVB=-0.00375668;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531188;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0100891;OID=.;OPOS=124951821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:33:32:18:22:10:10:0.3125:5:5:9:9:5:5:10:12 chr3 125235852 . A ATTTAT 208.21 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0108495;FXX=0.0327815;HRUN=3;LEN=5;MLLD=280.533;QD=14.1158;RBI=0.0129674;REFB=-0.0123758;REVB=0.00710225;RO=35;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103791;STB=0.562113;STBP=0.43;TYPE=ins;VARB=0.0144768;OID=.;OPOS=125235853;OREF=-;OALT=TTTAT;OMAPALT=ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423729:24:62:25:59:34:13:12:14:20:99:35:12:12:14:21 chr3 125653291 . A G 232.05 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0155363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.193;QD=46.41;RBI=0.0237026;REFB=-0.172655;REVB=0.0179007;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.523785;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00278918;OID=.;OPOS=125653291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:20:20:0:1:19:19:0.95:10:9:0:0:10:9:0:1 chr3 125692141 . G A 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.358;QD=63.8873;RBI=0.0530146;REFB=0;REVB=0.0301904;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23005e-05;OID=.;OPOS=125692141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:51:46:0:0:51:46:0:0 chr3 125692148 . G A 533.82 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0306249;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2081;QD=19.9558;RBI=0.0323825;REFB=-0.00865161;REVB=0.0105234;RO=51;SAF=31;SAR=24;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149055;STB=0.586455;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00877568;OID=.;OPOS=125692148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:52:55:55:0.514019:24:31:20:31:24:31:20:32 chr3 125725268 . TAACA T 180.62 PASS AF=0.541667;AO=21;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00165793;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=266.884;QD=15.0514;RBI=0.0108477;REFB=0.00786202;REVB=0.0107202;RO=17;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062401;STB=0.524253;STBP=0.731;TYPE=del;VARB=-0.00619479;OID=.;OPOS=125725269;OREF=AACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667:21:47:26:48:22:14:12:13:9:99:17:12:9:11:6 chr3 125726047 . CG C,CC 858.69 PASS AF=0.0166667,0.983333;AO=6,54;DP=60;FAO=1,59;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414082,0.0656071;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.344,193.442;QD=57.2459;RBI=0.0417011,0.0657442;REFB=0,0;REVB=0.00493309,0.00424217;RO=0;SAF=6,24;SAR=0,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00124143,0.00113134;OID=.,.;OPOS=125726048,125726048;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0166667,0.983333:6,54:60:1,59:60:0:1,29:0,30:0:0:3:0:6,24:0,30:0:0 chr3 125775227 . CT C,CC 921.7 PASS AF=0.015873,0.984127;AO=24,38;DP=63;FAO=1,62;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=1,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00642259,-0.00573313;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.472,122.984;QD=58.5204;RBI=0.104839,0.137745;REFB=0,0;REVB=0.104643,0.137625;RO=0;SAF=0,30;SAR=24,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.26572e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.073604,0.00205111;OID=.,.;OPOS=125775228,125775228;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.015873,0.984127:24,38:63:1,62:63:0:0,30:1,32:0:0:3:0:0,30:24,8:0:0 chr3 125786879 . T C 777.97 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0652813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0135;QD=56.5797;RBI=0.0667344;REFB=0;REVB=0.0138503;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206;OID=.;OPOS=125786879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:20:34:0:0:21:34:0:0 chr3 125826059 . T C 267.49 PASS AF=0.43662;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0754476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4775;QD=15.0697;RBI=0.0812482;REFB=0.016145;REVB=0.0301483;RO=40;SAF=19;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879154;STB=0.556585;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.0203636;OID=.;OPOS=125826059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:40:30:31:0.43662:11:19:22:18:11:20:22:18 chr3 125854311 . TC TCC,T 157.88 PASS AF=0,0.625;AO=10,46;DP=94;FAO=0,60;FDP=96;FR=.;FRO=36;FSAF=0,26;FSAR=0,34;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0389495,0.032124;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.01562,6.72677;QD=6.57836;RBI=0.227189,0.220841;REFB=0.0371118,-0.0535989;REVB=-0.223825,0.218492;RO=36;SAF=2,22;SAR=8,24;SRF=13;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.241318,0.0943586;STB=0.5,0.538559;STBP=1,0.336;TYPE=ins,del;VARB=-0.00105878,0.113403;OID=.,.;OPOS=125854312,125854312;OREF=-,C;OALT=C,-;OMAPALT=TCC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.625:10,46:94:0,60:96:36:0,26:0,34:12:24:54:36:2,22:8,24:13:23 chr3 125854409 . T C 433.07 PASS AF=0.583333;AO=41;DP=71;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00283554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.243;QD=24.0594;RBI=0.0189067;REFB=-0.036016;REVB=-0.0186929;RO=29;SAF=14;SAR=27;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562647;STB=0.526303;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0236673;OID=.;OPOS=125854409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:29:30:41:42:0.583333:27:14:8:21:27:15:9:21 chr3 125856695 . C A 209.2 PASS AF=0.361111;AO=25;DP=71;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.0477645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7878;QD=11.6224;RBI=0.071039;REFB=-0.0229588;REVB=0.0525841;RO=45;SAF=14;SAR=11;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148998;STB=0.579538;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0423838;OID=.;OPOS=125856695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:45:46:25:26:0.361111:11:14:31:14:11:15:32:14 chr3 125865766 . C A 253.88 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0118845;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.26;QD=21.6066;RBI=0.0142485;REFB=-0.0212311;REVB=-0.00785988;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181034;STB=0.509796;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.018944;OID=.;OPOS=125865766;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:23:23:24:0.510638:12:11:11:13:13:11:11:12 chr3 125879232 . A T 317.99 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0376997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2421;QD=15.8995;RBI=0.0394202;REFB=-0.0157287;REVB=-0.011519;RO=43;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592586;STB=0.521727;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0326658;OID=.;OPOS=125879232;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:45:35:35:0.4375:20:15:21:22:20:15:21:24 chr3 126137558 . C T 255.12 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00561767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.501;QD=22.1847;RBI=0.0512592;REFB=-0.0220739;REVB=-0.0509505;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655076;STB=0.545918;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0207285;OID=.;OPOS=126137558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:24:24:0.521739:11:13:13:8:11:13:14:8 chr3 126138889 . G T 402.56 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0141268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.533;QD=15.6335;RBI=0.0157801;REFB=-0.00817756;REVB=0.0070318;RO=57;SAF=10;SAR=35;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258679;STB=0.652776;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00661278;OID=.;OPOS=126138889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:58:45:45:0.436893:35:10:25:32:35:10:26:32 chr3 126169230 . C T 1183.61 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0154211;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.029;QD=57.737;RBI=0.0183789;REFB=-0.171682;REVB=0.00999859;RO=1;SAF=48;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976132;STB=0.510471;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00206181;OID=.;OPOS=126169230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:83:82:1:3:79:79:0.963415:31:48:1:0:31:48:1:2 chr3 126169472 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.565;QD=48.7371;RBI=0.06075;REFB=0;REVB=0.0327792;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389223;OID=.;OPOS=126169472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr3 126178648 . G C 235.06 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0203644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2447;QD=25.4123;RBI=0.0308243;REFB=0.0171009;REVB=-0.0231393;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131376;STB=0.585289;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0123343;OID=.;OPOS=126178648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:15:22:22:0.594595:10:12:5:9:10:12:5:10 chr3 126194076 . T C 715.31 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.181;QD=56.1028;RBI=0.0369456;REFB=0;REVB=0.0215808;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108197;OID=.;OPOS=126194076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:28:20:0:0:28:23:0:0 chr3 126202257 . G A 1696.76 PASS AF=0.445844;AO=177;DP=399;FAO=177;FDP=397;FR=.;FRO=220;FSAF=89;FSAR=88;FSRF=113;FSRR=107;FWDB=-0.0241095;FXX=0.00501241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.19;QD=17.0958;RBI=0.0316781;REFB=-0.0371916;REVB=0.0205483;RO=217;SAF=89;SAR=88;SRF=110;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00407195;STB=0.505991;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0431917;OID=.;OPOS=126202257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:397:217:220:177:177:0.445844:88:89:110:107:88:89:113:107 chr3 126218167 . G A 455.51 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00621535;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.484;QD=16.716;RBI=0.0271487;REFB=-0.00489583;REVB=-0.0264277;RO=57;SAF=22;SAR=28;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00136278;STB=0.508952;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00575446;OID=.;OPOS=126218167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:57:59:50:50:0.458716:28:22:25:32:28:22:25:34 chr3 126329910 . A G 410.79 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.952;QD=56.6601;RBI=0.00988895;REFB=0;REVB=0.00945922;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116216;OID=.;OPOS=126329910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr3 126737268 . C A 985.94 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.121;QD=58.8622;RBI=0.0737647;REFB=0;REVB=0.027159;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506548;OID=.;OPOS=126737268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:40:26:0:0:40:27:0:0 chr3 126754774 . TCTG T 157.02 PASS AF=0.386364;AO=14;DP=43;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.0500299;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.676;QD=14.2749;RBI=0.0508436;REFB=-0.00760451;REVB=-0.00905962;RO=26;SAF=2;SAR=12;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999271;STB=0.50908;STBP=0.982;TYPE=del;VARB=0.010329;OID=.;OPOS=126754775;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386364:14:43:17:44:27:3:14:5:22:99:26:2:12:5:21 chr3 126916371 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.435;QD=55.0979;RBI=0.0676195;REFB=0;REVB=-0.0278435;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00077159;OID=.;OPOS=126916371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr3 126916433 . T TTTC 295.45 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940311;FXX=0.0832986;HRUN=3;LEN=3;MLLD=263.225;QD=53.7184;RBI=0.014364;REFB=0;REVB=-0.0108584;RO=2;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173342;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.98289e-05;OID=.;OPOS=126916434;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:24:22:22:0:8:14:0:0:4:2:8:12:1:1 chr3 127398896 . G T 466.14 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=40;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0220359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.961;QD=25.1965;RBI=0.0571265;REFB=-0.022737;REVB=-0.0527054;RO=29;SAF=40;SAR=4;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292544;STB=0.680527;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0208142;OID=.;OPOS=127398896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:30:44:44:0.594595:4:40:21:8:4:40:21:9 chr3 127409941 . T C 134.13 PASS AF=0.283582;AO=18;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00335317;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.279;QD=8.00783;RBI=0.0184857;REFB=-0.00315958;REVB=-0.0181791;RO=48;SAF=13;SAR=5;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302374;STB=0.650887;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.012867;OID=.;OPOS=127409941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:18:19:0.283582:5:13:23:25:6:13:23:25 chr3 127410915 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0854982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.05;QD=57.6807;RBI=0.0855971;REFB=0;REVB=-0.00411353;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000459321;OID=.;OPOS=127410915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr3 127410959 . G T 139.87 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7787;QD=43.0374;RBI=0.165488;REFB=0;REVB=0.16468;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0292656;OID=.;OPOS=127410959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:13:0:0:10:13:1:2:8:0:0:3:10:0:0 chr3 127434580 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5947;QD=53.2744;RBI=0.0671986;REFB=0;REVB=0.0671449;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194665;OID=.;OPOS=127434580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:9:14:0:0 chr3 127641968 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.754;QD=51.9167;RBI=0.00626636;REFB=0;REVB=0.00291539;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38468e-05;OID=.;OPOS=127641968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr3 127983495 . T C 822.92 PASS AF=1;AO=48;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.657;QD=56.7527;RBI=0.0619789;REFB=0;REVB=0.00137093;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115112;OID=.;OPOS=127983495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:48:58:1:36:12:0:0:35:23:0:0 chr3 128181537 . C T 595.53 PASS AF=0.551402;AO=59;DP=108;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00623352;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6121;QD=22.2626;RBI=0.0356249;REFB=-0.00765155;REVB=0.0350753;RO=47;SAF=32;SAR=27;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430454;STB=0.519077;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00890822;OID=.;OPOS=128181537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:47:48:59:59:0.551402:27:32:23:24:27:32:24:24 chr3 128182074 . G A 803.85 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201525;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.73;QD=57.4175;RBI=0.0297024;REFB=0;REVB=0.0218199;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.226e-06;OID=.;OPOS=128182074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr3 128204685 . A AG 59.96 PASS AF=0.214286;AO=11;DP=58;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00704066;FXX=0.0175408;HRUN=0;LEN=1;MLLD=53.2288;QD=4.283;RBI=0.0563057;REFB=-0.00931852;REVB=-0.0558638;RO=46;SAF=9;SAR=2;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309879;STB=0.734849;STBP=0.097;TYPE=ins;VARB=0.0958955;OID=.;OPOS=128204686;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:11:58:12:56:44:10:2:26:18:59:46:9:2:28:18 chr3 128204951 . C T 59.55 PASS AF=0.615385;AO=7;DP=12;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00139512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.08;QD=18.3238;RBI=0.09684;REFB=-0.0222307;REVB=0.0968299;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935942;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0168526;OID=.;OPOS=128204951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:12:13:5:5:7:8:0.615385:2:5:3:2:3:5:3:2 chr3 128292213 . A G 788.19 PASS AF=0.424242;AO=84;DP=198;FAO=84;FDP=198;FR=.;FRO=114;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=63;FWDB=-0.00850385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.734;QD=15.9229;RBI=0.0103112;REFB=-0.00855159;REVB=0.00583148;RO=114;SAF=55;SAR=29;SRF=51;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218213;STB=0.622051;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0148918;OID=.;OPOS=128292213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:114:114:84:84:0.424242:29:55:51:63:29:55:51:63 chr3 128292844 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00812088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3687;QD=35.5758;RBI=0.0534405;REFB=0;REVB=0.0528198;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000918368;OID=.;OPOS=128292844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr3 128292858 . T C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00736789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.766;QD=16.4544;RBI=0.0289023;REFB=-0.0175623;REVB=-0.0279474;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.559127;STB=0.832219;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00903162;OID=.;OPOS=128292858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:1:5:0:4:1:5:0:4 chr3 128344786 . G A 359.58 PASS AF=0.457831;AO=37;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0225677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.392;QD=17.329;RBI=0.0228571;REFB=0.00535506;REVB=0.00362558;RO=44;SAF=21;SAR=16;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687184;STB=0.536823;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00552861;OID=.;OPOS=128344786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:45:37:38:0.457831:16:21:28:16:16:22:29:16 chr3 128356852 . C T 229.83 PASS AF=0.424242;AO=26;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0257008;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9604;QD=13.9289;RBI=0.0295139;REFB=-0.00710187;REVB=-0.0145099;RO=38;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148572;STB=0.600787;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00925366;OID=.;OPOS=128356852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:38:26:28:0.424242:14:12:23:15:16:12:23:15 chr3 128618283 . T C 416.63 PASS AF=0.494118;AO=41;DP=84;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00794786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5102;QD=19.606;RBI=0.0242568;REFB=0.0050778;REVB=0.0229177;RO=43;SAF=16;SAR=25;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710298;STB=0.531289;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.00282141;OID=.;OPOS=128618283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:43:43:41:42:0.494118:25:16:20:23:25:17:20:23 chr3 128890350 . G A 223.08 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.72;QD=49.5731;RBI=0.0480847;REFB=0;REVB=-0.0283856;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143703;OID=.;OPOS=128890350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:10:6:0:0:10:8:0:0 chr3 129130197 . T C 191.47 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00599126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.588;QD=22.5254;RBI=0.0329046;REFB=0.00264389;REVB=0.0323546;RO=14;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147905;STB=0.57241;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00106895;OID=.;OPOS=129130197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:14:5:6:8:14:5:6:9 chr3 129134242 . G A 265.3 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00882147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.701;QD=21.2236;RBI=0.0124207;REFB=-0.0217287;REVB=-0.00874393;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106875;STB=0.559952;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0323874;OID=.;OPOS=129134242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:14:11:14:11:14:11:14:11 chr3 129137127 . G A 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00405521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.861;QD=17.4543;RBI=0.0314822;REFB=0.00299024;REVB=0.03122;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00357308;STB=0.502007;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.0014501;OID=.;OPOS=129137127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:15:12:13:16:15:12:13:16 chr3 129140499 . T C 437.12 PASS AF=0.558442;AO=41;DP=75;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.00791943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.235;QD=22.7077;RBI=0.0149966;REFB=-0.0137556;REVB=-0.0127351;RO=34;SAF=31;SAR=10;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00965135;STB=0.501688;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00988775;OID=.;OPOS=129140499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:34:34:41:43:0.558442:10:31:26:8:10:33:26:8 chr3 129155451 . C T 264.49 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0379345;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.471;QD=17.6324;RBI=0.0405361;REFB=-0.0160291;REVB=-0.0142882;RO=32;SAF=19;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235767;STB=0.639856;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0201722;OID=.;OPOS=129155451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:32:31:29:29:0.483333:10:19:13:19:10:19:12:19 chr3 129158609 . C T 240.93 PASS AF=0.647059;AO=21;DP=33;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0346656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2649;QD=28.3443;RBI=0.0521887;REFB=-0.0115035;REVB=-0.0390123;RO=12;SAF=13;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188659;STB=0.608595;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00679946;OID=.;OPOS=129158609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:34:12:12:21:22:0.647059:8:13:4:8:8:14:4:8 chr3 129202517 . G A 346.96 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0113634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.335;QD=14.6087;RBI=0.0144961;REFB=-0.0134944;REVB=0.00900055;RO=56;SAF=19;SAR=19;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169629;STB=0.589428;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0251915;OID=.;OPOS=129202517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:57:38:38:0.4:19:19:37:19:19:19:37:20 chr3 129207102 . C T 454.7 PASS AF=0.425;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.0191448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.006;QD=15.1568;RBI=0.0342011;REFB=-0.0139013;REVB=-0.0283406;RO=69;SAF=22;SAR=29;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122231;STB=0.568601;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0188637;OID=.;OPOS=129207102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:69:69:51:51:0.425:29:22:38:31:29:22:38:31 chr3 129210977 . G C 62.67 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00731061;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.317;QD=17.9049;RBI=0.0202454;REFB=0.00602885;REVB=0.0188793;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566609;STB=0.571253;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.00460714;OID=.;OPOS=129210977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:15:14:7:6:8:8:0.571429:4:4:4:3:4:4:4:2 chr3 129279597 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0575256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.234;QD=56.7064;RBI=0.066942;REFB=0;REVB=0.0342351;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185236;OID=.;OPOS=129279597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr3 129281980 . C T 860.67 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5926;QD=57.3778;RBI=0.0358314;REFB=0;REVB=-0.0019598;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138449;OID=.;OPOS=129281980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:25:34:0:0:25:35:0:0 chr3 129286413 . G C 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0506281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.102;QD=14.4116;RBI=0.0507;REFB=0.00163571;REVB=-0.00269957;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173827;STB=0.599896;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0058798;OID=.;OPOS=129286413;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:8:20:10:8:8:20 chr3 129286635 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0257426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.537;QD=19.646;RBI=0.0260085;REFB=-0.0272594;REVB=-0.00370957;RO=8;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276816;STB=0.659488;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0174783;OID=.;OPOS=129286635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:3:8:3:5:3:8:3:5 chr3 129290634 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0284475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.975;QD=16.3858;RBI=0.0285078;REFB=-0.0135518;REVB=0.00185353;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243059;STB=0.640727;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0160989;OID=.;OPOS=129290634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:2:6:4:5:2:6 chr3 129291751 . T C 191.63 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0389544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2668;QD=16.6633;RBI=0.082423;REFB=0.00419572;REVB=-0.0726368;RO=25;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20808;STB=0.609264;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00847942;OID=.;OPOS=129291751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:7:13:11:14:7:13:12:14 chr3 129293183 . T C 1001.96 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257363;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.998;QD=58.9388;RBI=0.0452401;REFB=0;REVB=-0.0451668;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240848;OID=.;OPOS=129293183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:67:68:1:27:40:0:0:28:40:0:0 chr3 129293256 . T C 506.78 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0123648;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4644;QD=17.7819;RBI=0.0292328;REFB=-0.023611;REVB=-0.026489;RO=60;SAF=34;SAR=20;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376641;STB=0.502091;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0247397;OID=.;OPOS=129293256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:60:60:54:54:0.473684:20:34:38:22:20:34:38:22 chr3 129297223 . C G 163.41 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.017119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1835;QD=20.4259;RBI=0.0409237;REFB=-0.00125513;REVB=0.0371711;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806589;STB=0.545403;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00144436;OID=.;OPOS=129297223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:6:11:11:4:6:11:11:4 chr3 129366898 . C T 585.85 PASS AF=0.634146;AO=52;DP=82;FAO=52;FDP=82;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00251265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.301;QD=28.5781;RBI=0.00723311;REFB=-0.0270974;REVB=-0.00678266;RO=30;SAF=27;SAR=25;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999137;STB=0.554225;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0173554;OID=.;OPOS=129366898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:30:30:52:52:0.634146:25:27:20:10:25:27:20:10 chr3 129367024 . T A 815.52 PASS AF=0.923077;AO=60;DP=65;FAO=60;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0555868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.854;QD=50.1859;RBI=0.0556398;REFB=-0.131639;REVB=0.00242662;RO=4;SAF=23;SAR=37;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451137;STB=0.533358;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00181122;OID=.;OPOS=129367024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:65:65:4:5:60:60:0.923077:37:23:3:1:37:23:4:1 chr3 129538635 . A G 526.34 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0253309;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.364;QD=51.35;RBI=0.0299016;REFB=-0.0979334;REVB=0.0158887;RO=4;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431493;STB=0.523105;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00406816;OID=.;OPOS=129538635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:42:41:4:4:37:37:0.902439:19:18:1:3:19:18:1:3 chr3 129546729 . T C,G 705.46 PASS AF=0.96,0.04;AO=48,2;DP=50;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150995,0.00694558;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.614,125.416;QD=56.4366;RBI=0.0277757,0.027381;REFB=0,0;REVB=-0.023313,0.0264854;RO=0;SAF=25,2;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00623408,0.0747195;OID=.,.;OPOS=129546729,129546729;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:48,2:48,2:0.96,0.04:23,0:25,2:0:0:23,0:25,2:0:0 chr3 129695954 . T C 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.572;QD=58.5803;RBI=0.0761648;REFB=0;REVB=0.074196;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000738011;OID=.;OPOS=129695954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr3 129696041 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.778;QD=60.6102;RBI=0.0269516;REFB=0;REVB=0.0157347;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35185e-05;OID=.;OPOS=129696041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr3 129800888 . G A 49.99 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0150252;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=169.442;QD=3.33245;RBI=0.0257699;REFB=-0.00328869;REVB=-0.0209363;RO=51;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00806831;STB=0.505606;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0118115;OID=.;OPOS=129800888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:51:51:9:9:0.15:5:4:23:28:5:4:23:28 chr3 129800895 . G A 56.05 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0118288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.208;QD=3.61599;RBI=0.0181907;REFB=-0.00468732;REVB=-0.0138196;RO=52;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770707;STB=0.552525;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0485646;OID=.;OPOS=129800895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:52:52:10:10:0.16129:6:4:24:28:6:4:24:28 chr3 130095241 . G A 271.99 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=82;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0319741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6719;QD=13.1078;RBI=0.0359285;REFB=-0.0181833;REVB=-0.0163864;RO=51;SAF=20;SAR=11;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00225051;STB=0.50623;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0179536;OID=.;OPOS=130095241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:51:51:31:32:0.385542:11:20:33:18:11:21:33:18 chr3 130095492 . C T 284.76 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00618705;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.932;QD=17.2584;RBI=0.0228017;REFB=-0.00954566;REVB=-0.0219462;RO=33;SAF=19;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147764;STB=0.583692;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00966297;OID=.;OPOS=130095492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:33:35:31:31:0.469697:12:19:15:18:12:19:16:19 chr3 130098349 . G A 460.99 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0250778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7136;QD=16.0343;RBI=0.0348934;REFB=0.00103171;REVB=0.0242622;RO=62;SAF=22;SAR=29;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611546;STB=0.523251;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00127226;OID=.;OPOS=130098349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:64:51:51:0.443478:29:22:23:39:29:22:25:39 chr3 130098809 . A G 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00166827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.412;QD=19.3697;RBI=0.0177946;REFB=-0.00458954;REVB=-0.0177162;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08522;STB=0.548327;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00478828;OID=.;OPOS=130098809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:6:9:8:8:6:9 chr3 130103709 . G A 257.72 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0115853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.956;QD=19.8243;RBI=0.0230008;REFB=0.0150326;REVB=0.01987;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222163;STB=0.62912;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00836398;OID=.;OPOS=130103709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:25:26:27:0.519231:15:11:17:8:16:11:17:8 chr3 130104062 . T C 1100.79 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.635;QD=59.5024;RBI=0.0219898;REFB=0;REVB=-0.000774272;RO=0;SAF=22;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245389;OID=.;OPOS=130104062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:50:22:0:0:52:22:0:0 chr3 130104206 . A G 565.91 PASS AF=0.684932;AO=50;DP=74;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0430605;FXX=0.0135117;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.9782;QD=31.0085;RBI=0.0468921;REFB=-0.00042833;REVB=0.0185651;RO=22;SAF=19;SAR=31;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966026;STB=0.546314;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00119249;OID=.;OPOS=130104206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:22:23:50:50:0.684932:31:19:12:10:31:19:12:11 chr3 130110550 . A G 170.3 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00195209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.192;QD=17.0303;RBI=0.00784815;REFB=-0.00544566;REVB=-0.0076015;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651628;STB=0.537314;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0066494;OID=.;OPOS=130110550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:11:7:10:12:11:7:10:12 chr3 130116684 . G A 447.43 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00505353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.328;QD=19.4535;RBI=0.0206629;REFB=-0.0183733;REVB=0.0200354;RO=46;SAF=30;SAR=14;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327192;STB=0.679413;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0271879;OID=.;OPOS=130116684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:47:44:45:0.48913:14:30:15:31:14:31:16:31 chr3 130119955 . G A 341.5 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.000776294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.852;QD=13.392;RBI=0.0399821;REFB=-0.000449307;REVB=-0.0399746;RO=61;SAF=16;SAR=24;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643915;STB=0.542147;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000533234;OID=.;OPOS=130119955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:62:40:40:0.392157:24:16:28:33:24:16:29:33 chr3 130124430 . A G 403.14 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00197814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.993;QD=24.8088;RBI=0.00564565;REFB=0.00809276;REVB=0.00528775;RO=25;SAF=18;SAR=21;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015478;STB=0.515505;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00516588;OID=.;OPOS=130124430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:26:39:39:0.6:21:18:11:14:21:18:11:15 chr3 130134563 . G A 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0100559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.969;QD=16.1557;RBI=0.0106206;REFB=-0.0119228;REVB=-0.00341697;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032491;STB=0.518311;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0163948;OID=.;OPOS=130134563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:16:11:12:20:16:11:12:20 chr3 130162395 . A G 243.13 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0204356;FXX=0.036357;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.9966;QD=18.3494;RBI=0.0428939;REFB=-0.00548043;REVB=-0.0377131;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105531;STB=0.550858;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00980853;OID=.;OPOS=130162395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:27:26:26:0.490566:16:10:13:13:16:10:13:14 chr3 130174334 . G A 290.11 PASS AF=0.457143;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.00751938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.944;QD=16.5774;RBI=0.00931347;REFB=-0.0145146;REVB=0.00549542;RO=38;SAF=20;SAR=11;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716189;STB=0.550751;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0215051;OID=.;OPOS=130174334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:38:31:32:0.457143:11:20:27:11:12:20:27:11 chr3 130187817 . T C 1481.81 PASS AF=0.980952;AO=101;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00432582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.734;QD=56.4498;RBI=0.0232707;REFB=-0.0322556;REVB=0.0228651;RO=1;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978143;STB=0.50065;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.001179;OID=.;OPOS=130187817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:105:105:1:2:101:103:0.980952:48:53:0:1:48:55:1:1 chr3 130190716 . G A 239.75 PASS AF=0.536585;AO=17;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00502548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.187;QD=23.3898;RBI=0.0139653;REFB=-0.0346415;REVB=0.0130298;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555506;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0321986;OID=.;OPOS=130190716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:17:18:17:22:0.536585:6:11:11:6:10:12:12:6 chr3 130202848 . TAA T 176.47 PASS AF=0.45;AO=22;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00160711;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=37.7295;QD=11.7648;RBI=0.0227324;REFB=0.0181371;REVB=-0.0226755;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=20;SSEN=0.357143;SSEP=0;SSSB=0.00973697;STB=0.545421;STBP=0.58;TYPE=del;VARB=-0.0239751;OID=.;OPOS=130202849;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:22:60:27:60:33:12:15:12:21:99:31:8:14:11:20 chr3 130284284 . G A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.000997885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5561;QD=13.0909;RBI=0.0229812;REFB=0.00579786;REVB=-0.0229595;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281525;STB=0.661168;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00492458;OID=.;OPOS=130284284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:8:5:3:17:8:5:3:17 chr3 130287194 . AG A 101.67 PASS AF=0.607143;AO=15;DP=27;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0663436;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.4334;QD=14.5243;RBI=0.0780958;REFB=-0.0888244;REVB=-0.0412005;RO=11;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.221239;SSSB=0.085345;STB=0.555494;STBP=0.524;TYPE=del;VARB=0.0563265;OID=.;OPOS=130287195;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.607143:15:27:17:28:11:5:12:2:9:51:11:4:11:2:9 chr3 130287370 . G A 309.72 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=-0.0305795;FXX=0.039996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.271;QD=12.905;RBI=0.0323132;REFB=-0.00588341;REVB=-0.0104422;RO=52;SAF=20;SAR=15;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111597;STB=0.566527;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.013764;OID=.;OPOS=130287370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:96:52:61:35:35:0.364583:15:20:35:17:15:20:41:20 chr3 130300650 . T C 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.000403179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8251;QD=21.7454;RBI=0.00241982;REFB=-0.00365141;REVB=-0.002386;RO=20;SAF=4;SAR=18;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479425;STB=0.771163;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00356276;OID=.;OPOS=130300650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:18:4:14:6:18:4:14:6 chr3 130317283 . G A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.000198776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.182;QD=17.247;RBI=0.0158943;REFB=-0.00887362;REVB=0.015893;RO=27;SAF=4;SAR=16;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398029;STB=0.735516;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0165533;OID=.;OPOS=130317283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:27:20:21:0.4375:16:4:15:12:17:4:15:12 chr3 130360527 . C T 2585.24 PASS AF=0.461039;AO=198;DP=470;FAO=213;FDP=462;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=171;FSAF=119;FSAR=94;FSRF=142;FSRR=29;FWDB=0.0981975;FXX=0.0107064;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.5338;QD=22.3831;RBI=0.103324;REFB=-0.0378652;REVB=-0.0321403;RO=146;SAF=114;SAR=84;SRF=132;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278008;STB=0.62632;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.035205;OID=.;OPOS=130360527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:470:462:146:171:198:213:0.461039:84:114:132:14:94:119:142:29 chr3 130361856 . G A 435.7 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.031104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.258;QD=23.8742;RBI=0.0465242;REFB=-0.00194417;REVB=0.0345983;RO=31;SAF=21;SAR=21;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13749;STB=0.575307;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00116557;OID=.;OPOS=130361856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:21:21:21:10:21:21:21:10 chr3 130368069 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.924;QD=57.1762;RBI=0.0388321;REFB=0;REVB=0.0327192;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164844;OID=.;OPOS=130368069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr3 130368301 . G A 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0118963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.231;QD=27.6512;RBI=0.0334756;REFB=-0.0487262;REVB=0.0312904;RO=9;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132849;STB=0.573689;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0184765;OID=.;OPOS=130368301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:8:10:3:6:8:10:3:6 chr3 130395749 . A G 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0154388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.183;QD=14.4904;RBI=0.0326658;REFB=0.000332238;REVB=0.0287871;RO=30;SAF=2;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390618;STB=0.733508;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.000970622;OID=.;OPOS=130395749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:17:2:10:20:17:2:10:20 chr3 130449222 . A G 255.09 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0395816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7861;QD=22.182;RBI=0.0436999;REFB=-0.00318441;REVB=-0.0185197;RO=22;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103831;STB=0.505809;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00225712;OID=.;OPOS=130449222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:15:9:8:14:15:9:8:14 chr3 130852185 . TG CA,CG 430.8 PASS AF=0.419355,0.580645;AO=13,18;DP=31;FAO=13,18;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=5,6;FSAR=8,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253885,0.0463339;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=235.673,186.439;QD=55.5869;RBI=0.0255793,0.0466247;REFB=0,0;REVB=0.00311826,0.00519924;RO=0;SAF=5,6;SAR=8,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.60098e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00154702,0.000813977;OID=.,.;OPOS=130852185,130852185;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:31:31:0:0:13,18:13,18:0.419355,0.580645:8,12:5,6:0:0:8,12:5,6:0:0 chr3 130947435 . A T 409.87 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0027059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.226;QD=20.753;RBI=0.0303624;REFB=-0.0442548;REVB=-0.0302416;RO=38;SAF=24;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291198;STB=0.516121;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0420096;OID=.;OPOS=130947435;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:17:24:21:17:17:24:21:17 chr3 131136797 . T C 391.67 PASS AF=0.493827;AO=39;DP=80;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.00870538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.996;QD=19.3419;RBI=0.0152378;REFB=-0.0238902;REVB=0.0125063;RO=41;SAF=28;SAR=11;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391304;STB=0.705058;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0258914;OID=.;OPOS=131136797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:41:41:39:40:0.493827:11:28:12:29:12:28:12:29 chr3 131268824 . T C 745.86 PASS AF=0.636364;AO=63;DP=100;FAO=63;FDP=99;FR=.;FRO=36;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.000175466;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.463;QD=30.1357;RBI=0.029065;REFB=-0.0269272;REVB=0.0290645;RO=36;SAF=39;SAR=24;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956611;STB=0.551708;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0114694;OID=.;OPOS=131268824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:36:36:63:63:0.636364:24:39:27:9:24:39:27:9 chr3 131624120 . C G 450.61 PASS AF=0.479167;AO=45;DP=93;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0626621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.4849;QD=18.7755;RBI=0.0630535;REFB=-0.0514163;REVB=-0.00701502;RO=45;SAF=23;SAR=22;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120902;STB=0.562017;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0627644;OID=.;OPOS=131624120;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:45:50:45:46:0.479167:22:23:29:16:22:24:32:18 chr3 131947937 . A G 1135.12 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4129;QD=60.5395;RBI=0.0389069;REFB=0;REVB=0.0355707;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151248;OID=.;OPOS=131947937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr3 132218623 . G T 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.189;QD=59.8291;RBI=0.0279856;REFB=0;REVB=0.0253538;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24931e-05;OID=.;OPOS=132218623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:53:50:0:0:53:50:0:0 chr3 132257747 . G A 409.46 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.037102;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.388;QD=16.2162;RBI=0.0371466;REFB=-0.0102649;REVB=-0.0018197;RO=56;SAF=23;SAR=22;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993063;STB=0.555531;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.011726;OID=.;OPOS=132257747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:56:56:45:45:0.445545:22:23:23:33:22:23:23:33 chr3 132320525 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0340779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.651;QD=18.7441;RBI=0.0345606;REFB=-0.010874;REVB=0.00575606;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149414;STB=0.58797;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00706347;OID=.;OPOS=132320525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:2:2:2:5:2:2 chr3 132337477 . C A 243.64 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0363297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2339;QD=15.2277;RBI=0.0760745;REFB=-0.0360286;REVB=-0.0668392;RO=36;SAF=22;SAR=6;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301831;STB=0.672737;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0426057;OID=.;OPOS=132337477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:6:22:19:17:6:22:19:17 chr3 132360883 . C T 1306.25 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0155064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.08;QD=60.7558;RBI=0.0168291;REFB=-0.12895;REVB=-0.00653986;RO=1;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101877;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000125603;OID=.;OPOS=132360883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:46:39:0:1:46:39:0:1 chr3 132401600 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0334551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.5553;QD=18.4826;RBI=0.0390716;REFB=0.0100975;REVB=0.0201828;RO=21;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795846;STB=0.545405;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0176402;OID=.;OPOS=132401600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:14:5:7:14:14:5:7:14 chr3 132409455 . C T 673.76 PASS AF=0.528;AO=66;DP=126;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0172678;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0551;QD=21.5603;RBI=0.0212407;REFB=-0.00430384;REVB=-0.0123689;RO=58;SAF=36;SAR=30;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241812;STB=0.517539;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00338428;OID=.;OPOS=132409455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:58:59:66:66:0.528:30:36:30:28:30:36:30:29 chr3 132436967 . A G 508.4 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1229;QD=56.4892;RBI=0.0369439;REFB=-0.030554;REVB=0.035205;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.513506;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00105061;OID=.;OPOS=132436967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:18:17:0:0:18:17:0:1 chr3 133114893 . C T 719.51 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127169;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.571;QD=61.2348;RBI=0.0133709;REFB=-0.0653437;REVB=-0.00413083;RO=1;SAF=26;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177403;STB=0.50943;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00034695;OID=.;OPOS=133114893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:1:1:46:46:0.978723:20:26:1:0:20:26:1:0 chr3 133167363 . G A 64.44 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0489121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8705;QD=9.91372;RBI=0.0491313;REFB=-0.00666319;REVB=-0.00463643;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075443;STB=0.545359;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0126777;OID=.;OPOS=133167363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:2:7:14:3:2:7:14:3 chr3 133306810 . A C 167.46 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00736414;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=224.172;QD=10.149;RBI=0.00868883;REFB=-0.00578419;REVB=-0.00461142;RO=42;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765655;STB=0.530958;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0108947;OID=.;OPOS=133306810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:44:22:22:0.333333:13:9:20:22:13:9:20:24 chr3 133329943 . G A 177.52 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00495824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.958;QD=12.2425;RBI=0.00666115;REFB=-0.00778538;REVB=-0.00444823;RO=36;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651976;STB=0.551678;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0101568;OID=.;OPOS=133329943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:36:21:22:0.37931:11:10:15:21:11:11:15:21 chr3 133342218 . C T 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0266609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.016;QD=18.8072;RBI=0.0483403;REFB=-0.00725302;REVB=-0.0403234;RO=37;SAF=18;SAR=18;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614821;STB=0.534228;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00826328;OID=.;OPOS=133342218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:18:18:21:16:18:18:21:16 chr3 133368362 . T G 525.61 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0163546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.314;QD=21.6745;RBI=0.0301679;REFB=-0.0127328;REVB=0.0253501;RO=46;SAF=26;SAR=24;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173829;STB=0.50454;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0103895;OID=.;OPOS=133368362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:47:50:50:0.515464:24:26:23:23:24:26:24:23 chr3 133465283 . A G 859.63 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0446553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4683;QD=54.5795;RBI=0.0464291;REFB=-0.0184047;REVB=-0.0127109;RO=2;SAF=34;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269576;STB=0.514281;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0030175;OID=.;OPOS=133465283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:27:34:2:0:27:34:2:0 chr3 133474328 . G A 412.82 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.016628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.313;QD=18.7646;RBI=0.0204005;REFB=-0.0132093;REVB=0.0118191;RO=45;SAF=16;SAR=26;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281445;STB=0.660942;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0135458;OID=.;OPOS=133474328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:45:46:42:42:0.477273:26:16:31:14:26:16:32:14 chr3 133475722 . C T 448.74 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0536945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0494;QD=18.8942;RBI=0.0566125;REFB=-0.0230907;REVB=0.0179407;RO=49;SAF=22;SAR=23;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390689;STB=0.52687;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0333587;OID=.;OPOS=133475722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:50:45:45:0.473684:23:22:26:23:23:22:27:23 chr3 133483696 . T C 212.24 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0174767;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.968;QD=12.3035;RBI=0.0177661;REFB=-0.00939199;REVB=-0.00319325;RO=43;SAF=8;SAR=18;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344908;STB=0.698296;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0199109;OID=.;OPOS=133483696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:18:8:27:16:18:8:27:16 chr3 133485133 . A G 1085.02 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285999;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.751;QD=60.2787;RBI=0.0201917;REFB=0;REVB=0.0199881;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225098;OID=.;OPOS=133485133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr3 133547245 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0383629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8103;QD=18.6371;RBI=0.0385266;REFB=0.0132972;REVB=-0.00354819;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658609;STB=0.537338;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.0158527;OID=.;OPOS=133547245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:5:11:12:4:5:11:12:4 chr3 133547692 . G A 474.79 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0239879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.795;QD=21.3388;RBI=0.026561;REFB=-0.0153768;REVB=0.0114048;RO=42;SAF=29;SAR=17;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339616;STB=0.523067;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0136504;OID=.;OPOS=133547692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:43:46:46:0.516854:17:29:28:14:17:29:29:14 chr3 133647207 . C G 318.85 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0246761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.178;QD=26.5706;RBI=0.0248411;REFB=-0.0147409;REVB=0.00285859;RO=20;SAF=22;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223947;STB=0.624902;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0107814;OID=.;OPOS=133647207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:6:22:11:9:6:22:11:9 chr3 133647493 . G C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00131142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.153;QD=18.7442;RBI=0.0625966;REFB=-0.00988681;REVB=0.0625829;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115856;STB=0.567381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00517732;OID=.;OPOS=133647493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:3:1:3:4:3:1 chr3 133672568 . G A 163.22 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0177323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.005;QD=21.0612;RBI=0.0268289;REFB=0.0250984;REVB=0.0201334;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117832;STB=0.577269;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0086789;OID=.;OPOS=133672568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:14:16:17:0.548387:8:8:9:5:9:8:9:5 chr3 133941320 . C T 383.42 PASS AF=0.59375;AO=37;DP=63;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00146366;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1595;QD=23.9639;RBI=0.00308622;REFB=-0.0209823;REVB=-0.00271707;RO=26;SAF=10;SAR=27;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134903;STB=0.57756;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0124241;OID=.;OPOS=133941320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:26:26:37:38:0.59375:27:10:11:15:28:10:11:15 chr3 134075522 . A G 1523.12 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0271098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.695;QD=58.5815;RBI=0.0273811;REFB=-0.0639879;REVB=-0.00384426;RO=1;SAF=57;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825169;STB=0.504273;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.000510006;OID=.;OPOS=134075522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:102:103:0.990385:45:57:1:0:45:58:1:0 chr3 134077470 . C G 1647.33 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00664413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.065;QD=58.3125;RBI=0.0168763;REFB=0.0543465;REVB=0.0155133;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.508332;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-8.69835e-05;OID=.;OPOS=134077470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:0:2:111:111:0.982301:52:59:0:0:52:59:2:0 chr3 134278270 . C T 136.86 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0171639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.681;QD=18.2484;RBI=0.0173595;REFB=-0.0127007;REVB=0.00259873;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0203385;OID=.;OPOS=134278270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:7:8:8:7:7:8:8:7 chr3 134280395 . T A 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.218;QD=59.6782;RBI=0.0119276;REFB=0;REVB=-0.00782114;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04906e-07;OID=.;OPOS=134280395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr3 134319982 . A G 105.29 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00134707;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.718;QD=13.5863;RBI=0.0443952;REFB=-0.00414152;REVB=-0.0443747;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170437;STB=0.599845;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00646152;OID=.;OPOS=134319982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:17:18:12:13:0.419355:7:5:10:7:8:5:10:8 chr3 134322163 . C A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00946171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.825;QD=64.4154;RBI=0.00990945;REFB=0;REVB=-0.00294502;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58853e-05;OID=.;OPOS=134322163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr3 134322742 . A G 695.9 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00820256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.875;QD=60.5126;RBI=0.0276222;REFB=-0.0692093;REVB=-0.0263762;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000595878;OID=.;OPOS=134322742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:27:18:0:0:27:18:1:0 chr3 134323156 . A G 1116.72 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.6449;QD=60.3632;RBI=0.0612176;REFB=0;REVB=-0.0611965;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357465;OID=.;OPOS=134323156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr3 134499419 . G A 487.1 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292377;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.657;QD=59.0427;RBI=0.041582;REFB=0;REVB=-0.0295672;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000880003;OID=.;OPOS=134499419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr3 134670524 . C T 290.43 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.00917166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.412;QD=14.1672;RBI=0.00994626;REFB=-0.0107183;REVB=0.00384821;RO=49;SAF=17;SAR=16;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168309;STB=0.595183;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0181428;OID=.;OPOS=134670524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:16:17:33:16:16:17:33:16 chr3 134898742 . C T 568.41 PASS AF=0.451852;AO=60;DP=135;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0114081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.242;QD=16.8419;RBI=0.0155011;REFB=-0.0191294;REVB=0.0104947;RO=73;SAF=26;SAR=34;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594353;STB=0.540825;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0231723;OID=.;OPOS=134898742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:74:60:61:0.451852:34:26:36:37:35:26:37:37 chr3 135720851 . G T 296.01 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0110688;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.891;QD=14.0957;RBI=0.0275315;REFB=0.00419232;REVB=-0.0252085;RO=45;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117205;STB=0.550725;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00634657;OID=.;OPOS=135720851;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:84:45:51:33:33:0.392857:16:17:18:27:16:17:22:29 chr3 136002721 . A G 237.6 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0066287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.323;QD=13.7736;RBI=0.0377919;REFB=0.00338484;REVB=-0.037206;RO=39;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124612;STB=0.571977;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.00392897;OID=.;OPOS=136002721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:41:28:28:0.405797:17:11:20:19:17:11:21:20 chr3 136573440 . A G 1066.01 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0492307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9576;QD=58.4114;RBI=0.0537955;REFB=0.00727426;REVB=0.0216862;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137071;STB=0.507244;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000348822;OID=.;OPOS=136573440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:34:38:0:1:34:38:0:1 chr3 136574501 . A G 1257.15 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0839308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.724;QD=60.5856;RBI=0.0840325;REFB=0;REVB=0.00413256;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177884;OID=.;OPOS=136574501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:83:0:0:82:83:1:41:41:0:0:41:42:0:0 chr3 136574578 . T A,TTAA 794.52 PASS AF=0.02,0.98;AO=2,47;DP=56;FAO=1,49;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082303,0.011957;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=54.4804,238.653;QD=63.5615;RBI=0.0276758,0.0264448;REFB=0,0;REVB=0.0264237,0.0235873;RO=6;SAF=0,27;SAR=2,20;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.794076,-0.0937573;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0659473,0.00171829;OID=.,.;OPOS=136574578,136574579;OREF=T,-;OALT=A,TAA;OMAPALT=A,TTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:56:50:6:0:2,47:1,49:0.02,0.98:2,20:0,27:6:0:1,22:0,27:0:0 chr3 136649463 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.666;QD=62.0217;RBI=0.0384054;REFB=0;REVB=0.0352259;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121893;OID=.;OPOS=136649463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr3 138033181 . C T 538.46 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0950044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3214;QD=59.829;RBI=0.100034;REFB=0;REVB=0.0313212;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213062;OID=.;OPOS=138033181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr3 138187568 . C T 2601.65 PASS AF=0.977273;AO=171;DP=176;FAO=172;FDP=176;FR=.;FRO=4;FSAF=92;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0247603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.98;QD=59.1283;RBI=0.0297756;REFB=-0.122539;REVB=0.0165383;RO=4;SAF=92;SAR=79;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125834;STB=0.5065;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-4.77641e-05;OID=.;OPOS=138187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:176:176:4:4:171:172:0.977273:79:92:1:3:80:92:1:3 chr3 138191232 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0157601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.181;QD=16.1192;RBI=0.0197106;REFB=-0.042996;REVB=0.0118375;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173529;STB=0.59984;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0393881;OID=.;OPOS=138191232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:4:9:6:6:4:9 chr3 138191448 . A T 286.19 PASS AF=0.375;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0414236;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.65;QD=13.0085;RBI=0.049514;REFB=-0.00639178;REVB=-0.0271242;RO=52;SAF=16;SAR=17;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250328;STB=0.507582;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0102456;OID=.;OPOS=138191448;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:52:55:33:33:0.375:17:16:24:28:17:16:26:29 chr3 138218994 . T C 936.71 PASS AF=0.582781;AO=88;DP=147;FAO=88;FDP=151;FR=.;FRO=63;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0049376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9046;QD=24.8134;RBI=0.0222345;REFB=-0.0421666;REVB=-0.0216793;RO=59;SAF=51;SAR=37;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103981;STB=0.50347;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0337275;OID=.;OPOS=138218994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:151:59:63:88:88:0.582781:37:51:35:24:37:51:36:27 chr3 138289163 . T C 266.2 PASS AF=0.52;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00919469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.996;QD=21.2962;RBI=0.0199791;REFB=-0.0173272;REVB=0.0177376;RO=24;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141537;STB=0.51514;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0181743;OID=.;OPOS=138289163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:24:25:26:0.52:9:16:15:9:9:17:15:9 chr3 138289221 . C T 1289.71 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0022494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.41;QD=61.4146;RBI=0.0259226;REFB=0;REVB=-0.0258248;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581436;OID=.;OPOS=138289221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:35:47:0:0:36:48:0:0 chr3 138329862 . G A 820.35 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103444;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.216;QD=57.5681;RBI=0.0294543;REFB=0;REVB=0.0275781;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103262;OID=.;OPOS=138329862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr3 138724757 . C G 110.92 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00366015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3177;QD=10.0837;RBI=0.00802832;REFB=-0.0263414;REVB=-0.00714543;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100268;STB=0.571327;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0637169;OID=.;OPOS=138724757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:30:14:14:0.318182:6:8:14:15:6:8:14:16 chr3 138739617 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.339;QD=37.4885;RBI=0.0314187;REFB=0;REVB=-0.029149;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157016;OID=.;OPOS=138739617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr3 138762707 . C G 450.12 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=91;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0117407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.38;QD=19.5705;RBI=0.0173431;REFB=-0.00784262;REVB=-0.0127647;RO=45;SAF=20;SAR=24;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919102;STB=0.555531;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0134405;OID=.;OPOS=138762707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:45:47:44:45:0.48913:24:20:25:20:25:20:26:21 chr3 138763627 . GTGC G 1109.89 PASS AF=1;AO=63;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244888;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=274.298;QD=59.1943;RBI=0.0645368;REFB=0;REVB=0.0597102;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.29307e-05;OID=.;OPOS=138763628;OREF=TGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:73:75:75:0:46:29:0:0:6:0:40:23:0:0 chr3 139102120 . C A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00432242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.005;QD=57.0008;RBI=0.011192;REFB=0;REVB=0.0103237;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00415e-05;OID=.;OPOS=139102120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr3 139257603 . A G 237.17 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.000839566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.529;QD=18.6014;RBI=0.0423391;REFB=-0.00204294;REVB=-0.0423308;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073882;STB=0.529757;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00782844;OID=.;OPOS=139257603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:26:24:25:0.490196:11:13:12:14:12:13:12:14 chr3 139258508 . G A 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0514587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.2633;QD=28.5376;RBI=0.0692939;REFB=-0.022422;REVB=-0.0464074;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000821643;OID=.;OPOS=139258508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:1:6:0:1:1:6:0:1 chr3 139303248 . G A 253.11 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00908525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.845;QD=50.6212;RBI=0.0566195;REFB=0;REVB=0.0558858;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221441;OID=.;OPOS=139303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:13:6:0:0:13:7:0:0 chr3 139328739 . C T 175.62 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5601;QD=46.832;RBI=0.0758417;REFB=0;REVB=0.0583571;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304658;OID=.;OPOS=139328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr3 140167536 . A G 1072.16 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0213749;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.429;QD=57.1821;RBI=0.0215121;REFB=-0.00329494;REVB=-0.002426;RO=2;SAF=32;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00287303;STB=0.501668;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=2.03259e-05;OID=.;OPOS=140167536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:72:73:0.973333:40:32:1:1:41:32:1:1 chr3 140178485 . G A 847.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.83;QD=57.4708;RBI=0.0104414;REFB=0;REVB=0.0103057;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9701e-05;OID=.;OPOS=140178485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:32:25:0:0:34:25:0:0 chr3 140401693 . A G 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0723621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9487;QD=61.6821;RBI=0.0744026;REFB=0;REVB=0.0173051;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000882438;OID=.;OPOS=140401693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr3 141274764 . T C 131.44 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0351779;FXX=0.0285633;HRUN=6;LEN=1;MLLD=114.951;QD=15.4629;RBI=0.0364652;REFB=-0.00813771;REVB=-0.00960338;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295747;STB=0.648464;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0104409;OID=.;OPOS=141274764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:13:19:14:15:0.441176:7:7:2:11:7:8:5:14 chr3 141497168 . C T 480.6 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00780699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.261;QD=20.2359;RBI=0.00914136;REFB=-0.00246271;REVB=0.00475556;RO=48;SAF=20;SAR=27;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278143;STB=0.51541;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00290536;OID=.;OPOS=141497168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:27:20:19:29:27:20:19:29 chr3 141497469 . A T 471.34 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=38;FWDB=-0.00425036;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4122;QD=20.0568;RBI=0.0363604;REFB=-0.0156826;REVB=-0.0361111;RO=43;SAF=23;SAR=23;SRF=8;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276839;STB=0.648877;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00711996;OID=.;OPOS=141497469;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:43:48:46:46:0.489362:23:23:8:35:23:23:10:38 chr3 142139172 . T C 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.0375371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.182;QD=14.6983;RBI=0.0378629;REFB=-0.00449152;REVB=0.00495622;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289144;STB=0.664231;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00312433;OID=.;OPOS=142139172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:19:4:7:9:19:4 chr3 142168331 . C T 1110.06 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0463556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6598;QD=58.4244;RBI=0.0512893;REFB=-0.106463;REVB=0.0219489;RO=1;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126164;STB=0.506665;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00825601;OID=.;OPOS=142168331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:37:38:0:1:37:38:0:1 chr3 142222284 . A G 500.98 PASS AF=0.51;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.00503552;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.739;QD=20.0393;RBI=0.026093;REFB=-0.0162353;REVB=0.0256025;RO=50;SAF=24;SAR=27;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204109;STB=0.608351;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.016931;OID=.;OPOS=142222284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:50:49:51:51:0.51:27:24:35:15:27:24:34:15 chr3 142277536 . A G 479.83 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.0695313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.907;QD=17.1368;RBI=0.0721048;REFB=-0.0179676;REVB=-0.0190922;RO=60;SAF=22;SAR=30;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730578;STB=0.540583;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.025533;OID=.;OPOS=142277536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:60:52:52:0.464286:30:22:21:39:30:22:21:39 chr3 142277575 . A T 427.41 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0054713;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.158;QD=18.9959;RBI=0.00613311;REFB=-0.0131209;REVB=0.00277127;RO=45;SAF=17;SAR=26;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00446926;STB=0.504852;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0147694;OID=.;OPOS=142277575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:45:47:43:43:0.477778:26:17:18:27:26:17:19:28 chr3 142281612 . A G 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0133031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.939;QD=16.1191;RBI=0.0183793;REFB=-0.000683;REVB=0.0126818;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109955;STB=0.563652;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000770836;OID=.;OPOS=142281612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:6:7:5:7:6:7 chr3 142392596 . T TC 196.99 PASS AF=0.532258;AO=29;DP=63;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.133159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.8297;QD=12.7092;RBI=0.156126;REFB=0.0720798;REVB=-0.0815102;RO=31;SAF=21;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15188;STB=0.594534;STBP=0.132;TYPE=ins;VARB=-0.0840796;OID=.;OPOS=142392597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.532258:29:63:33:62:29:24:9:16:13:99:31:21:8:18:13 chr3 142408606 . G A 430.94 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00772917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.548;QD=17.5893;RBI=0.00920375;REFB=0.000841153;REVB=0.00499689;RO=54;SAF=20;SAR=24;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448952;STB=0.525128;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00115744;OID=.;OPOS=142408606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:24:20:27:27:24:20:27:27 chr3 142431000 . G C 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0359891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5885;QD=19.7019;RBI=0.0370787;REFB=0.00842951;REVB=0.00892299;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765883;STB=0.543427;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.0105191;OID=.;OPOS=142431000;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:7:10:8:8:7:10:8:8 chr3 142503605 . G A 697.51 PASS AF=0.454545;AO=75;DP=164;FAO=75;FDP=165;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.00493104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.477;QD=16.9093;RBI=0.0134695;REFB=-0.0064662;REVB=-0.0125344;RO=89;SAF=44;SAR=31;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472473;STB=0.523544;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00692069;OID=.;OPOS=142503605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:89:90:75:75:0.454545:31:44:48:41:31:44:49:41 chr3 142523349 . G A 361.42 PASS AF=0.487179;AO=36;DP=79;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0104152;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.787;QD=18.5341;RBI=0.0104152;REFB=-0.00920823;REVB=-2.57931e-05;RO=40;SAF=11;SAR=25;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.006179;STB=0.524341;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0101161;OID=.;OPOS=142523349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:40:40:36:38:0.487179:25:11:12:28:25:13:12:28 chr3 142524858 . G A 411.71 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0113285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.673;QD=14.8365;RBI=0.0232826;REFB=-0.0119282;REVB=0.0203408;RO=64;SAF=32;SAR=15;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115088;STB=0.564915;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0184941;OID=.;OPOS=142524858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:64:47:47:0.423423:15:32:37:27:15:32:37:27 chr3 142730774 . T G 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0378949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0683;QD=24.5155;RBI=0.0409502;REFB=-0.0254335;REVB=-0.015521;RO=22;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149647;STB=0.508315;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.01894;OID=.;OPOS=142730774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:13:14:11:11:13:14:11:11 chr3 142779294 . C T 170.3 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00348933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.115;QD=17.0298;RBI=0.0182303;REFB=-0.00384032;REVB=0.0178932;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874523;STB=0.549945;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00321505;OID=.;OPOS=142779294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:13:9:9:9:13:9 chr3 143293012 . A G 162.5 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0254056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9861;QD=19.6967;RBI=0.0293603;REFB=0.00742358;REVB=-0.0147168;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208313;STB=0.616733;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00647272;OID=.;OPOS=143293012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:3:13:10:7:3:13 chr3 143692018 . C G 231.46 PASS AF=0.666667;AO=21;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0879891;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0172;QD=28.0563;RBI=0.0950195;REFB=-0.0640662;REVB=-0.0358694;RO=12;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246589;STB=0.515745;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0240095;OID=.;OPOS=143692018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:12:11:21:22:0.666667:13:8:5:7:13:9:4:7 chr3 145782812 . T C 35.51 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00438582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4957;QD=5.91802;RBI=0.00595211;REFB=-0.00314761;REVB=0.00402395;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550146;STB=0.85415;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00335029;OID=.;OPOS=145782812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:5:1:12:6:5:1:12:6 chr3 145783440 . T C 1083.2 PASS AF=0.443182;AO=117;DP=264;FAO=117;FDP=264;FR=.;FRO=147;FSAF=70;FSAR=47;FSRF=78;FSRR=69;FWDB=-0.00223385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.124;QD=16.4121;RBI=0.00287389;REFB=-0.00973494;REVB=0.00180809;RO=145;SAF=70;SAR=47;SRF=78;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617778;STB=0.538598;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0138518;OID=.;OPOS=145783440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:145:147:117:117:0.443182:47:70:78:67:47:70:78:69 chr3 145803138 . T C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0473053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5189;QD=8.69802;RBI=0.0489094;REFB=0.0246593;REVB=0.0124236;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448782;STB=0.785954;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0399093;OID=.;OPOS=145803138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:6:1:7:7:6:1:7:7 chr3 145803142 . T A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0112365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.663;QD=9.76019;RBI=0.0327133;REFB=-0.0193823;REVB=-0.030723;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369272;STB=0.733907;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0286904;OID=.;OPOS=145803142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:6:1:5:7:6:1:5:7 chr3 146177815 . C T 495.86 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00535058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.536;QD=17.8689;RBI=0.0756919;REFB=-0.00788009;REVB=-0.0755025;RO=58;SAF=30;SAR=23;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626377;STB=0.534783;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0079795;OID=.;OPOS=146177815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:58:53:53:0.477477:23:30:29:29:23:30:29:29 chr3 146234853 . C T 284.2 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0196008;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.002;QD=14.9579;RBI=0.0233249;REFB=-0.0159397;REVB=-0.0126434;RO=42;SAF=21;SAR=11;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298178;STB=0.679501;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0355596;OID=.;OPOS=146234853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:42:44:32:32:0.421053:11:21:15:27:11:21:15:29 chr3 146289323 . T C 199.3 PASS AF=0.588235;AO=17;DP=31;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0414222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4625;QD=23.4469;RBI=0.0491399;REFB=-0.0354217;REVB=0.0264373;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522387;STB=0.520689;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0356025;OID=.;OPOS=146289323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:13:14:17:20:0.588235:8:9:6:7:11:9:7:7 chr3 147111694 . C T 159.72 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0299371;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.605;QD=12.5272;RBI=0.0300679;REFB=0.00342098;REVB=0.00280196;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313818;STB=0.680463;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00554998;OID=.;OPOS=147111694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:32:32:19:19:0.372549:8:11:9:23:8:11:9:23 chr3 148459395 . C T 695.41 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0336955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3171;QD=60.4708;RBI=0.0441231;REFB=-0.0631953;REVB=0.0284862;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199954;STB=0.510634;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00203583;OID=.;OPOS=148459395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:23:22:0:1:23:22:0:1 chr3 148460467 . C A 1970.87 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.604;QD=62.0747;RBI=0.0229563;REFB=0;REVB=0.0220552;RO=0;SAF=63;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77168e-05;OID=.;OPOS=148460467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:64:63:0:0:64:63:0:0 chr3 148597612 . C T 761.42 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790168;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.044;QD=56.4015;RBI=0.0397151;REFB=0;REVB=-0.0389211;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162272;OID=.;OPOS=148597612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:27:27:0:0 chr3 148727133 . G A 226.5 PASS AF=0.578947;AO=20;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00345621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.274;QD=23.8417;RBI=0.00721026;REFB=-0.0159926;REVB=-0.00632791;RO=16;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330788;STB=0.542676;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0247853;OID=.;OPOS=148727133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:16:20:22:0.578947:13:7:5:11:13:9:5:11 chr3 148759325 . T C 339.87 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0218478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6812;QD=29.5538;RBI=0.0221216;REFB=-0.0453997;REVB=0.00346972;RO=17;SAF=23;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840979;STB=0.546403;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0286106;OID=.;OPOS=148759325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:6:23:12:5:6:23:12:5 chr3 148786085 . T C 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00535765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.324;QD=11.1268;RBI=0.00535786;REFB=-0.0026613;REVB=4.79614e-05;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263856;STB=0.655781;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00429244;OID=.;OPOS=148786085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:6:11:14:20:6:11:14:20 chr3 148786108 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.942;QD=63.8719;RBI=0.0221996;REFB=0;REVB=0.00282477;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91613e-05;OID=.;OPOS=148786108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr3 148872987 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0253416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7112;QD=17.5417;RBI=0.0273991;REFB=-0.0122906;REVB=0.0104172;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212664;STB=0.622055;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0124951;OID=.;OPOS=148872987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:10:5:9:7:10:5:9:7 chr3 148890344 . G A 274.39 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0119699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9762;QD=19.9556;RBI=0.0186953;REFB=-0.00576595;REVB=-0.0143609;RO=26;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550256;STB=0.530591;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00433472;OID=.;OPOS=148890344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:13:16:16:10:13:16:16:10 chr3 148916235 . T A 982.01 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0170275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5018;QD=56.1147;RBI=0.0189506;REFB=-0.0297998;REVB=0.00831797;RO=1;SAF=41;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113897;STB=0.511901;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00112229;OID=.;OPOS=148916235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:1:2:68:68:0.971429:27:41:1:0:27:41:2:0 chr3 149093238 . A G 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.236;QD=57.2366;RBI=0.0306692;REFB=0;REVB=0.0136586;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47825e-05;OID=.;OPOS=149093238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr3 149192676 . G A 506.4 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0197651;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.854;QD=19.1093;RBI=0.0206198;REFB=-0.0125873;REVB=0.00587528;RO=53;SAF=25;SAR=28;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102071;STB=0.556402;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0112504;OID=.;OPOS=149192676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:53:53:53:0.5:28:25:31:22:28:25:31:22 chr3 149205540 . C T 217.18 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.000563467;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.103;QD=10.9964;RBI=0.00171221;REFB=-0.0135123;REVB=-0.00161684;RO=50;SAF=13;SAR=14;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207502;STB=0.512186;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0256169;OID=.;OPOS=149205540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:52:27:27:0.341772:14:13:25:25:14:13:26:26 chr3 149238595 . C CTTAA 203.28 PASS AF=0.373134;AO=21;DP=72;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00995736;FXX=0.0563301;HRUN=0;LEN=4;MLLD=204.962;QD=12.1358;RBI=0.0112283;REFB=-0.00851881;REVB=0.00518899;RO=44;SAF=11;SAR=10;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00124551;STB=0.512535;STBP=0.848;TYPE=ins;VARB=0.0119913;OID=.;OPOS=149238596;OREF=-;OALT=TTAA;OMAPALT=CTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373134:21:72:25:67:42:13:12:21:21:99:44:11:10:23:21 chr3 149459341 . A G 1227.33 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107136;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.423;QD=61.3666;RBI=0.023375;REFB=0;REVB=0.0207752;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00921e-05;OID=.;OPOS=149459341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr3 149678534 . C T 444.98 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3862;QD=53.9374;RBI=0.0178257;REFB=-0.0217456;REVB=-0.00637916;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516119;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0012278;OID=.;OPOS=149678534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:0:1:31:32:0.969697:15:16:0:0:15:17:0:1 chr3 149682941 . T C 212.24 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0682501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8607;QD=27.3857;RBI=0.0912839;REFB=-0.00313227;REVB=0.0606191;RO=11;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111446;STB=0.561979;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00159653;OID=.;OPOS=149682941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:14:6:5:6:14:6:5:6 chr3 150263928 . C T 108.52 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0787528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.861;QD=13.5645;RBI=0.0789019;REFB=-0.00137147;REVB=-0.00484786;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927383;STB=0.554371;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00261052;OID=.;OPOS=150263928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:8:5:9:10:8:5:9:10 chr3 150347833 . G A 548.94 PASS AF=0.95;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0032437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.051;QD=54.8937;RBI=0.0112824;REFB=0.00731191;REVB=0.010806;RO=2;SAF=14;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623005;STB=0.533316;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00251379;OID=.;OPOS=150347833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:37:38:0.95:23:14:2:0:24:14:2:0 chr3 150403749 . T C 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1462;QD=60.2269;RBI=0.0562697;REFB=0;REVB=-0.0216538;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494888;OID=.;OPOS=150403749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr3 150421419 . G A 584.23 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0582775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.501;QD=54.3469;RBI=0.0618153;REFB=-0.140085;REVB=0.0206124;RO=3;SAF=14;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00239326;STB=0.501278;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00232826;OID=.;OPOS=150421419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:43:43:3:3:40:40:0.930233:26:14:1:2:26:14:1:2 chr3 150903122 . G A 560.44 PASS AF=0.457364;AO=59;DP=129;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.00305835;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.767;QD=17.378;RBI=0.0145661;REFB=-0.0101886;REVB=0.0142415;RO=67;SAF=23;SAR=36;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100668;STB=0.55338;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0153328;OID=.;OPOS=150903122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:67:70:59:59:0.457364:36:23:33:34:36:23:34:36 chr3 150905972 . A G 109.49 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00180248;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.945;QD=13.2712;RBI=0.00542131;REFB=0.000663424;REVB=-0.00511289;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369152;STB=0.704757;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00107766;OID=.;OPOS=150905972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:21:20:13:13:0.393939:4:9:7:14:4:9:7:13 chr3 150911405 . T C 431.01 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00175345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.503;QD=17.5924;RBI=0.0022933;REFB=0.00485482;REVB=0.00147805;RO=54;SAF=18;SAR=26;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126793;STB=0.570996;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00470843;OID=.;OPOS=150911405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:26:18:29:25:26:18:29:25 chr3 150916327 . T C 556.26 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0268845;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.263;QD=19.5177;RBI=0.0379941;REFB=-0.0371376;REVB=-0.0268472;RO=55;SAF=32;SAR=26;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699238;STB=0.543015;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0342225;OID=.;OPOS=150916327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:55:56:58:58:0.508772:26:32:26:29:26:32:26:30 chr3 151012497 . T C 1423.92 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2;QD=61.9097;RBI=0.0228409;REFB=-0.0777955;REVB=0.0227177;RO=1;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111514;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000931569;OID=.;OPOS=151012497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:91:92:1:0:90:92:1:42:48:0:1:43:49:0:0 chr3 151046308 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.596;QD=58.5877;RBI=0.0116346;REFB=0;REVB=-0.000228299;RO=0;SAF=5;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04031e-05;OID=.;OPOS=151046308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:28:5:0:0:28:5:0:0 chr3 151056598 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.986;QD=47.8222;RBI=0.0555111;REFB=0;REVB=0.0418114;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594875;OID=.;OPOS=151056598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:7:9:0:0 chr3 151056616 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.262;QD=39.2068;RBI=0.0162495;REFB=0;REVB=0.0049594;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262889;OID=.;OPOS=151056616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr3 151112568 . G A 391.11 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0219842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.884;QD=19.8031;RBI=0.0509627;REFB=-0.00333563;REVB=-0.0459771;RO=39;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101383;STB=0.55623;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0035812;OID=.;OPOS=151112568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:22:18:22:17:22:18:22:17 chr3 151131077 . C T 292.3 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0457359;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1102;QD=17.4505;RBI=0.0760114;REFB=-0.013446;REVB=0.0607121;RO=36;SAF=11;SAR=20;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052442;STB=0.55099;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.019046;OID=.;OPOS=151131077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:35:31:32:0.477612:20:11:11:25:20:12:10:25 chr3 151134104 . AGCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT A 50.0 PASS AO=58;DP=143;LEN=87;RO=85;SAF=8;SAR=67;SRF=0;SRR=68;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=151134105;OREF=GCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:143:85:58:67:8:0:68 chr3 151143447 . G T 501.47 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.502;QD=58.9967;RBI=0.017099;REFB=0;REVB=0.0103229;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05734e-05;OID=.;OPOS=151143447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr3 151150968 . T G 653.34 PASS AF=1;AO=17;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00182484;FXX=0.0222173;HRUN=13;LEN=1;MLLD=205.554;QD=59.3946;RBI=0.206139;REFB=0;REVB=-0.206131;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00551014;OID=.;OPOS=151150968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:17:44:1:6:11:0:0:20:24:0:0 chr3 151154666 . T C 1343.89 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00740651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.16;QD=61.0857;RBI=0.0149878;REFB=-0.129996;REVB=0.0130299;RO=1;SAF=53;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885716;STB=0.504672;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000653562;OID=.;OPOS=151154666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:34:53:1:0:34:53:1:0 chr3 151155620 . G A 925.94 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3799;QD=56.9808;RBI=0.0629516;REFB=0;REVB=0.0333083;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161482;OID=.;OPOS=151155620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:62:65:1:23:39:0:0:24:41:0:0 chr3 151161112 . A G 244.89 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00911435;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.806;QD=16.0585;RBI=0.0601745;REFB=-0.0290073;REVB=-0.0594802;RO=31;SAF=20;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177227;STB=0.602018;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.019209;OID=.;OPOS=151161112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:31:33:27:28:0.459016:7:20:18:13:8:20:18:15 chr3 151165678 . T C 374.83 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0180232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.957;QD=49.9769;RBI=0.0183844;REFB=-0.0103191;REVB=-0.00362622;RO=2;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901772;STB=0.504851;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00028331;OID=.;OPOS=151165678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:16:12:1:1:16:12:1:1 chr3 151166058 . G A 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00495483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.567;QD=17.0328;RBI=0.00668427;REFB=-0.00139903;REVB=-0.00448656;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157753;STB=0.599893;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000990245;OID=.;OPOS=151166058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:9:9:14:7:9:9:15:7 chr3 151166422 . C T 192.16 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00592449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.697;QD=16.354;RBI=0.00686089;REFB=-0.027504;REVB=-0.00346008;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0021328;STB=0.517839;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0324188;OID=.;OPOS=151166422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:19:20:0.425532:7:12:17:10:8:12:17:10 chr3 151166771 . C T 457.05 PASS AF=0.475728;AO=50;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0452842;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9367;QD=17.7494;RBI=0.0453401;REFB=0.00541629;REVB=-0.00225003;RO=52;SAF=20;SAR=30;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147878;STB=0.510494;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00440135;OID=.;OPOS=151166771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:54:50:49:0.475728:30:20:20:32:29:20:21:33 chr3 151171439 . A C 395.5 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00382815;FXX=0.0140825;HRUN=6;LEN=1;MLLD=189.3;QD=22.6;RBI=0.0161377;REFB=-0.0179504;REVB=-0.0156771;RO=27;SAF=21;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425705;STB=0.538442;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0173374;OID=.;OPOS=151171439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:27:31:39:39:0.557143:18:21:13:14:18:21:14:17 chr3 151171542 . A G 741.51 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212368;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.073;QD=63.107;RBI=0.021239;REFB=0;REVB=0.000305366;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000983676;OID=.;OPOS=151171542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:46:47:1:29:17:0:0:30:17:0:0 chr3 151283691 . C A 250.4 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00766768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.28;QD=18.5483;RBI=0.00775348;REFB=-0.036712;REVB=-0.00115025;RO=27;SAF=8;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112321;STB=0.563134;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0396015;OID=.;OPOS=151283691;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:19:8:11:16:19:8:11:16 chr3 151463421 . G T 268.04 PASS AF=0.407895;AO=30;DP=75;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00377808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.266;QD=14.1073;RBI=0.0185074;REFB=-0.0133928;REVB=0.0181177;RO=43;SAF=12;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446603;STB=0.521686;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.013738;OID=.;OPOS=151463421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:43:45:30:31:0.407895:18:12:19:24:19:12:19:26 chr3 151463423 . G A 449.81 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00273548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.869;QD=24.3139;RBI=0.0417275;REFB=0.00465025;REVB=-0.0416377;RO=31;SAF=19;SAR=24;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042659;STB=0.523372;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00259009;OID=.;OPOS=151463423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:24:19:12:19:24:19:12:19 chr3 151545601 . G A 867.89 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.459;QD=57.859;RBI=0.0443062;REFB=0;REVB=0.0149546;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.43435e-05;OID=.;OPOS=151545601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:28:32:0:0 chr3 152181040 . T C 85.85 PASS AF=0.55;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0123657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.572;QD=17.1695;RBI=0.012461;REFB=-0.00779074;REVB=-0.00153829;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518632;STB=0.76476;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00434999;OID=.;OPOS=152181040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:8:9:10:11:0.55:8:2:7:1:8:3:8:1 chr3 152555521 . CTTTG C 163.73 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00451227;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=256.405;QD=12.3572;RBI=0.00529387;REFB=-0.0112547;REVB=0.00276847;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592592;STB=0.546246;STBP=0.53;TYPE=del;VARB=0.014922;OID=.;OPOS=152555522;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.471698:24:52:25:53:28:13:12:17:11:99:23:13:11:14:9 chr3 152852067 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.0344333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.304;QD=11.6341;RBI=0.0344593;REFB=-0.0149819;REVB=0.00133862;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.59424;STB=0.839497;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.011035;OID=.;OPOS=152852067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:15:1:7:3:15:1 chr3 152852070 . T C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.0141348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.198;QD=11.6342;RBI=0.0215043;REFB=-0.0147358;REVB=0.0162063;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.59424;STB=0.839497;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.011883;OID=.;OPOS=152852070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:15:1:7:3:15:1 chr3 152852188 . T C 222.94 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00607036;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.711;QD=16.5137;RBI=0.0112742;REFB=-0.00230375;REVB=-0.00950043;RO=30;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0069541;STB=0.508878;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00253409;OID=.;OPOS=152852188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:29:25:25:0.462963:9:16:19:11:9:16:19:10 chr3 152883036 . G A 542.27 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254406;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.272;QD=60.2526;RBI=0.0270444;REFB=0;REVB=-0.00917461;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54907e-05;OID=.;OPOS=152883036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr3 152885599 . A T 789.2 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259146;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.104;QD=64.4246;RBI=0.0291196;REFB=0;REVB=0.013281;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13588e-05;OID=.;OPOS=152885599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr3 153839866 . G C 2317.5 PASS AF=0.987179;AO=154;DP=156;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.015345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.592;QD=59.4232;RBI=0.0171658;REFB=-0.018948;REVB=0.00769388;RO=2;SAF=76;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00015835;STB=0.500083;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000299483;OID=.;OPOS=153839866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:156:2:2:154:154:0.987179:78:76:1:1:78:76:1:1 chr3 153839959 . CT TC 871.14 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0493226;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=70.0747;QD=56.2027;RBI=0.0494013;REFB=-0.0274897;REVB=0.00278835;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.526;TYPE=mnp;VARB=0.00307334;OID=.;OPOS=153839959;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:36:25:0:0:36:25:0:1 chr3 153970897 . TGT GTG,TG 129.34 PASS AF=0,0.511111;AO=2,21;DP=45;FAO=0,23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=0,13;FSAR=0,10;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0575698,-0.0595566;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=116.147,12.7649;QD=11.497;RBI=0.112281,0.061601;REFB=-0.0101301,-0.124624;REVB=-0.0963989,0.0157386;RO=20;SAF=0,14;SAR=2,7;SRF=15;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0.439024;SSSB=-0.640575,-0.0841203;STB=0.5,0.605975;STBP=1,0.198;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.142845;OID=.,.;OPOS=153970897,153970899;OREF=TGT,T;OALT=GTG,-;OMAPALT=GTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:45:45:20:22:2,21:0,23:0,0.511111:2,7:0,14:15:5:0,10:0,13:17:5 chr3 154018887 . G C 313.46 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00566395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.111;QD=50.1529;RBI=0.0120642;REFB=-0.0517243;REVB=0.010652;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000388276;OID=.;OPOS=154018887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:13:11:0:1:13:11:0:1 chr3 154029489 . T C 550.46 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0118865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.254;QD=21.5866;RBI=0.0123869;REFB=-0.0228945;REVB=-0.0034849;RO=46;SAF=24;SAR=31;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177646;STB=0.592323;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.012786;OID=.;OPOS=154029489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:46:47:55:55:0.539216:31:24:30:16:31:24:30:17 chr3 155200562 . C T 716.3 PASS AF=0.571429;AO=68;DP=120;FAO=68;FDP=119;FR=.;FRO=51;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0268659;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7637;QD=24.0774;RBI=0.0293703;REFB=-0.0111955;REVB=-0.0118675;RO=46;SAF=47;SAR=21;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870416;STB=0.540521;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0087782;OID=.;OPOS=155200562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:46:51:68:68:0.571429:21:47:27:19:21:47:31:20 chr3 155241740 . A G 825.59 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161302;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.988;QD=55.9719;RBI=0.0233199;REFB=-0.0614443;REVB=-0.0168414;RO=1;SAF=31;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149748;STB=0.507934;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000172989;OID=.;OPOS=155241740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:27:31:1:0:27:31:1:0 chr3 155314034 . A G 277.16 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0112266;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.609;QD=15.3977;RBI=0.0198728;REFB=-0.0349296;REVB=0.0163979;RO=41;SAF=18;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942202;STB=0.553311;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0398295;OID=.;OPOS=155314034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:41:41:31:31:0.430556:13:18:20:21:13:18:20:21 chr3 155481609 . G A 801.15 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6718;QD=57.2249;RBI=0.0209863;REFB=0;REVB=-0.0173231;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252187;OID=.;OPOS=155481609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr3 155485302 . C T 417.5 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.281;QD=55.666;RBI=0.081509;REFB=0;REVB=0.0106467;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629856;OID=.;OPOS=155485302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:15:15:0:0 chr3 156249214 . T C 395.34 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0147869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2283;QD=17.5705;RBI=0.0335859;REFB=-0.0239552;REVB=0.0301556;RO=48;SAF=18;SAR=23;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792003;STB=0.549976;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0256726;OID=.;OPOS=156249214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:49:41:41:0.455556:23:18:25:23:23:18:26:23 chr3 156266774 . C T 147.66 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0822982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0527;QD=26.8474;RBI=0.0824704;REFB=0.0209487;REVB=-0.00532717;RO=7;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993172;STB=0.555481;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.00672672;OID=.;OPOS=156266774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:6:9:3:4:6:9:3:4 chr3 156544584 . C T 1829.45 PASS AF=0.991803;AO=117;DP=118;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8464;QD=59.9821;RBI=0.0486951;REFB=0.0216366;REVB=0.0457176;RO=0;SAF=61;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00016284;OID=.;OPOS=156544584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:122:0:1:117:121:0.991803:56:61:0:0:58:63:1:0 chr3 156570811 . A G 365.84 PASS AF=0.37931;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0155878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.934;QD=12.6153;RBI=0.0163631;REFB=-0.0180562;REVB=0.00497702;RO=72;SAF=23;SAR=21;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039931;STB=0.522717;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0326449;OID=.;OPOS=156570811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:72:72:44:44:0.37931:21:23:35:37:21:23:35:37 chr3 157099109 . A G 441.99 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00580989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0243;QD=19.8649;RBI=0.0116893;REFB=-0.00560102;REVB=-0.0101432;RO=45;SAF=20;SAR=24;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710969;STB=0.539401;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00448473;OID=.;OPOS=157099109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:24:20:17:28:24:20:17:28 chr3 157155314 . C A 227.01 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0117708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.872;QD=13.5531;RBI=0.0308154;REFB=0.000387153;REVB=-0.0284787;RO=40;SAF=15;SAR=12;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074322;STB=0.542342;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.000724901;OID=.;OPOS=157155314;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:12:15:25:15:12:15:25:15 chr3 157161305 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0673525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.502;QD=11.4394;RBI=0.0738217;REFB=-0.0471815;REVB=0.0302205;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19924;STB=0.618791;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0504927;OID=.;OPOS=157161305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:9:5:5:4:9:5 chr3 157815088 . G A 1299.4 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.697;QD=61.8763;RBI=0.0317261;REFB=0;REVB=0.0219309;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44734e-06;OID=.;OPOS=157815088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr3 158187189 . G A 529.94 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0239254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.541;QD=22.5508;RBI=0.0239787;REFB=-0.0033319;REVB=-0.00159803;RO=44;SAF=22;SAR=28;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125185;STB=0.506894;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00324044;OID=.;OPOS=158187189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:44:50:50:0.531915:28:22:20:24:28:22:20:24 chr3 158306630 . T G 183.87 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0249742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2112;QD=17.938;RBI=0.0343901;REFB=0.00358034;REVB=-0.0236425;RO=21;SAF=16;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417765;STB=0.754412;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00799398;OID=.;OPOS=158306630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:3:16:10:11:3:16:10:12 chr3 158320597 . T C 179.03 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.00294105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.031;QD=10.8505;RBI=0.0274768;REFB=0.00254137;REVB=0.0273189;RO=43;SAF=12;SAR=11;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22827;STB=0.631403;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00381816;OID=.;OPOS=158320597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:11:12:31:12:11:12:31:12 chr3 158362441 . T C 449.48 PASS AF=0.361842;AO=55;DP=154;FAO=55;FDP=152;FR=.;FRO=97;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=-0.0368043;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2018;QD=11.8284;RBI=0.0401475;REFB=-0.00735919;REVB=-0.0160396;RO=92;SAF=34;SAR=21;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109032;STB=0.573707;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.01694;OID=.;OPOS=158362441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:152:92:97:55:55:0.361842:21:34:48:44:21:34:49:48 chr3 158366900 . G A 335.94 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0306494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.935;QD=19.7613;RBI=0.0338777;REFB=0.0175587;REVB=0.014433;RO=33;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129518;STB=0.571866;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00872086;OID=.;OPOS=158366900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:19:16:20:13:19:16:20:13 chr3 158388780 . T C 122.32 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0218286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.07;QD=8.43573;RBI=0.0222042;REFB=0.000118033;REVB=-0.004067;RO=41;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163081;STB=0.597474;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.000645438;OID=.;OPOS=158388780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:8:9:16:25:8:9:16:25 chr3 158520011 . C T 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.000325299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.114;QD=21.9446;RBI=0.00791818;REFB=-0.00870554;REVB=0.00791149;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126935;STB=0.571341;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00699033;OID=.;OPOS=158520011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:4:8:8:8:4:8 chr3 158537443 . A G 342.18 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0250088;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4764;QD=29.7548;RBI=0.0589454;REFB=-0.0205525;REVB=0.0533771;RO=17;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151333;STB=0.508315;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0189582;OID=.;OPOS=158537443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:13:16:9:8:13:16:9:8 chr3 158952315 . C A 354.32 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.000607332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.454;QD=21.474;RBI=0.00141361;REFB=-0.00376491;REVB=0.00127649;RO=30;SAF=21;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123908;STB=0.56849;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00349875;OID=.;OPOS=158952315;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:15:21:13:17:15:21:13:17 chr3 159744438 . C T 249.61 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=0.0322848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.149;QD=18.4896;RBI=0.0326966;REFB=-0.0412711;REVB=0.00517285;RO=26;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232561;STB=0.635103;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0150121;OID=.;OPOS=159744438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:12:15:21:5:12:15:22:5 chr3 159744440 . C T 274.22 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=0.0214123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.966;QD=19.9432;RBI=0.026454;REFB=-0.0108616;REVB=0.0155347;RO=26;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240526;STB=0.632351;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00407209;OID=.;OPOS=159744440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:12:17:22:4:12:17:22:4 chr3 160131347 . A G 463.08 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00910749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0617;QD=17.4748;RBI=0.0439394;REFB=-0.0320605;REVB=0.0429851;RO=55;SAF=26;SAR=24;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274236;STB=0.519992;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.036572;OID=.;OPOS=160131347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:56:50:50:0.471698:24:26:27:28:24:26:27:29 chr3 160132026 . GA TT 327.63 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0141036;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=107.745;QD=12.2477;RBI=0.0208342;REFB=-0.00683671;REVB=-0.0153346;RO=67;SAF=17;SAR=23;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254146;STB=0.51451;STBP=0.813;TYPE=mnp;VARB=0.00837454;OID=.;OPOS=160132026;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:67:67:40:40:0.373832:23:17:30:37:23:17:30:37 chr3 160227606 . A G 100.07 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.034251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.024;QD=15.3956;RBI=0.0374242;REFB=-0.00555195;REVB=0.015081;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050746;STB=0.529364;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00740288;OID=.;OPOS=160227606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:4:8:10:4:4:8:10:4 chr3 160939776 . T A 82.58 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0449157;FXX=0;HRUN=30;LEN=1;MLLD=21.1126;QD=16.5167;RBI=0.0666548;REFB=-0.0837045;REVB=0.0492487;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320985;STB=0.685364;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0574016;OID=.;OPOS=160939776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:20:9:9:11:11:0.55:3:8:3:6:3:8:3:6 chr3 160967354 . G A 1220.14 PASS AF=1;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031996;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4826;QD=61.7793;RBI=0.0358143;REFB=0;REVB=-0.016091;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174614;OID=.;OPOS=160967354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr3 161062631 . T C 1175.37 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322516;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.782;QD=61.058;RBI=0.0323824;REFB=0;REVB=0.00290751;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05442e-05;OID=.;OPOS=161062631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr3 161062848 . G A 868.2 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.916;QD=57.8802;RBI=0.0187721;REFB=0;REVB=0.0185194;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80072e-05;OID=.;OPOS=161062848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:27:33:0:0 chr3 164714532 . C T 1822.52 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.402;QD=61.2612;RBI=0.011624;REFB=0;REVB=-0.0108511;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33779e-05;OID=.;OPOS=164714532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:61:58:0:0:61:58:0:0 chr3 164764719 . C A 580.97 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.0173775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.334;QD=17.3423;RBI=0.0205992;REFB=-0.010079;REVB=-0.0110611;RO=73;SAF=31;SAR=30;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658589;STB=0.536621;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00738897;OID=.;OPOS=164764719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:73:73:61:61:0.455224:30:31:42:31:30:31:42:31 chr3 164773057 . G A 266.28 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.000343765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.106;QD=15.6633;RBI=0.00233007;REFB=-0.0222075;REVB=-0.00230457;RO=37;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223904;STB=0.619485;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0185743;OID=.;OPOS=164773057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:11:19:15:22:11:19:16:22 chr3 164783165 . T C 509.54 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0102703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.541;QD=21.0117;RBI=0.0131021;REFB=-0.00472585;REVB=0.00813543;RO=47;SAF=28;SAR=21;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110671;STB=0.566345;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0041271;OID=.;OPOS=164783165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:48:49:49:0.505155:21:28:21:26:21:28:21:27 chr3 164793758 . C A 1095.42 PASS AF=0.458824;AO=110;DP=250;FAO=117;FDP=255;FR=.;FRO=138;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=73;FSRR=65;FWDB=0.000818802;FXX=0.0077818;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.102;QD=17.183;RBI=0.000949475;REFB=-0.011849;REVB=0.000480694;RO=138;SAF=45;SAR=65;SRF=75;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135476;STB=0.555277;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0123852;OID=.;OPOS=164793758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:255:138:138:110:117:0.458824:65:45:75:63:67:50:73:65 chr3 164905224 . A T 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0347035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.804;QD=19.6679;RBI=0.0491462;REFB=-0.00383352;REVB=0.0347997;RO=19;SAF=4;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665353;STB=0.537807;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00491881;OID=.;OPOS=164905224;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:15:4:5:14:15:4:5:14 chr3 165491280 . C T 227.66 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00289761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.25;QD=12.8257;RBI=0.0259839;REFB=-0.0124519;REVB=-0.0258219;RO=43;SAF=11;SAR=17;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199097;STB=0.61376;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0213545;OID=.;OPOS=165491280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:17:11:25:18:17:11:25:18 chr3 166900401 . C G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0230905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6828;QD=16.3855;RBI=0.089226;REFB=-0.0213309;REVB=-0.0861865;RO=8;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44639;STB=0.768498;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0114358;OID=.;OPOS=166900401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:1:8:4:4:1:8:4:4 chr3 166966436 . C T 911.64 PASS AF=0.443439;AO=98;DP=217;FAO=98;FDP=221;FR=.;FRO=123;FSAF=61;FSAR=37;FSRF=68;FSRR=55;FWDB=-0.00333048;FXX=0.0045043;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.599;QD=16.5002;RBI=0.00631324;REFB=-0.0126732;REVB=-0.00536329;RO=118;SAF=61;SAR=37;SRF=64;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819729;STB=0.540386;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0165454;OID=.;OPOS=166966436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:221:118:123:98:98:0.443439:37:61:64:54:37:61:68:55 chr3 167000256 . G C 159.17 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00591632;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.747;QD=24.4882;RBI=0.0133425;REFB=0.0127174;REVB=-0.0119591;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111394;STB=0.562422;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.0117787;OID=.;OPOS=167000256;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:26:10:10:16:16:0.615385:7:9:4:6:7:9:4:6 chr3 167051726 . A G 312.76 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0078292;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.5918;QD=16.6807;RBI=0.0157322;REFB=-0.00213242;REVB=-0.0136458;RO=41;SAF=14;SAR=20;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027207;STB=0.515289;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00240312;OID=.;OPOS=167051726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:20:14:18:23:20:14:18:23 chr3 167077691 . T A 769.45 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.169;QD=56.9962;RBI=0.0444178;REFB=0;REVB=0.0116302;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19774e-05;OID=.;OPOS=167077691;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:25:28:0:0:25:29:0:0 chr3 167164187 . A G 308.4 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00826612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.482;QD=18.412;RBI=0.0226553;REFB=-0.0197157;REVB=0.0210935;RO=34;SAF=19;SAR=14;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671979;STB=0.537431;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0223401;OID=.;OPOS=167164187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:14:19:22:12:14:19:22:12 chr3 167167100 . C T 457.78 PASS AF=0.475728;AO=47;DP=101;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00494372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.892;QD=17.7778;RBI=0.0559572;REFB=-0.00266644;REVB=-0.0557383;RO=54;SAF=23;SAR=24;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253483;STB=0.524742;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00161261;OID=.;OPOS=167167100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:54:54:47:49:0.475728:24:23:25:29:24:25:25:29 chr3 167167186 . T A 1098.7 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00263612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.623;QD=60.2026;RBI=0.0462324;REFB=0;REVB=0.0461572;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84165e-05;OID=.;OPOS=167167186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:39:33:0:0:39:34:0:0 chr3 167184878 . T C 1346.31 PASS AF=1;AO=49;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1502;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.792;QD=63.3556;RBI=0.152448;REFB=0;REVB=0.0260871;RO=1;SAF=17;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268741;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393183;OID=.;OPOS=167184878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:1:0:49:85:1:32:17:1:0:31:54:0:0 chr3 167189607 . A C 227.16 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0244996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.792;QD=21.131;RBI=0.0259939;REFB=-0.0126879;REVB=0.00868637;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511617;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0110152;OID=.;OPOS=167189607;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:11:11:10:10:11:11:10:11 chr3 167217960 . C T 416.05 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00462922;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6819;QD=17.1566;RBI=0.0336255;REFB=-0.0101983;REVB=-0.0333053;RO=53;SAF=24;SAR=19;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109424;STB=0.501457;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0216678;OID=.;OPOS=167217960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:54:43:43:0.443299:19:24:29:24:19:24:30:24 chr3 167217964 . A G 1546.71 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00454757;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.836;QD=63.1311;RBI=0.0130227;REFB=0;REVB=0.0122029;RO=0;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64468e-05;OID=.;OPOS=167217964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:94:98:1:42:52:0:0:42:56:0:0 chr3 167415751 . T G 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00135363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.728;QD=18.4901;RBI=0.00916869;REFB=-0.00445597;REVB=0.00906822;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204856;STB=0.616751;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0065916;OID=.;OPOS=167415751;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:26:22:22:0.458333:14:8:14:10:14:8:15:11 chr3 168538993 . A G 1519.68 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175538;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.625;QD=63.3198;RBI=0.0307057;REFB=0;REVB=0.0251933;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80354e-05;OID=.;OPOS=168538993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:93:96:1:52:41:0:0:54:42:0:0 chr3 168546914 . C T 1548.76 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228841;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.082;QD=63.8662;RBI=0.0339745;REFB=0;REVB=0.0338974;RO=0;SAF=39;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43624e-05;OID=.;OPOS=168546914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:58:39:0:0:58:39:0:0 chr3 169098992 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00180755;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.932;QD=19.5232;RBI=0.0170843;REFB=-0.00819504;REVB=0.0169884;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675494;STB=0.538407;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00777269;OID=.;OPOS=169098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:5:7:7:7:5:7 chr3 169485639 . C T 220.4 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.000262994;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.909;QD=17.2859;RBI=0.00715449;REFB=0.00366201;REVB=-0.00714966;RO=28;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934047;STB=0.545418;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00409581;OID=.;OPOS=169485639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:28:27:24:24:0.470588:9:15:20:8:9:15:19:8 chr3 169490099 . A T 72.72 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0083564;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.158;QD=8.81472;RBI=0.0123509;REFB=0.00350015;REVB=-0.0090948;RO=22;SAF=9;SAR=1;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.544725;STB=0.836411;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0132992;OID=.;OPOS=169490099;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:22:23:10:10:0.30303:1:9:11:11:1:9:12:11 chr3 169492101 . C T 181.2 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0195262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.035;QD=16.4727;RBI=0.0687108;REFB=-0.0105935;REVB=-0.065878;RO=25;SAF=13;SAR=6;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418538;STB=0.523919;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0128768;OID=.;OPOS=169492101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:6:13:18:7:6:13:18:7 chr3 169513320 . A T 335.73 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.00973643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2822;QD=19.7486;RBI=0.0168553;REFB=-0.0283199;REVB=0.0137588;RO=33;SAF=11;SAR=24;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143212;STB=0.578906;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0266815;OID=.;OPOS=169513320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:24:11:6:27:24:11:6:27 chr3 169514585 . A T 235.85 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0120372;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3629;QD=15.4654;RBI=0.0149647;REFB=-0.000649422;REVB=-0.00889085;RO=34;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924603;STB=0.552365;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000305139;OID=.;OPOS=169514585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:34:34:27:27:0.442623:16:11:17:17:16:11:17:17 chr3 169518455 . T C 632.13 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.043;QD=61.6715;RBI=0.0414053;REFB=0;REVB=0.0357873;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400165;OID=.;OPOS=169518455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr3 169540397 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7965;QD=37.4885;RBI=0.0743419;REFB=0;REVB=0.0742941;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00554868;OID=.;OPOS=169540397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr3 169558025 . C T 692.82 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0212278;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.0132;QD=49.4872;RBI=0.0340322;REFB=-0.10884;REVB=0.0266002;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501375;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00272744;OID=.;OPOS=169558025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:56:56:0:4:52:52:0.928571:27:25:0:0:27:25:2:2 chr3 169643955 . C T 205.89 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0137524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.943;QD=23.5297;RBI=0.0855642;REFB=-0.0323389;REVB=-0.0844518;RO=15;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873407;STB=0.548969;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0192971;OID=.;OPOS=169643955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:6:14:9:6:6:14:9:6 chr3 169644710 . G C 99.02 PASS AF=0.4;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.000515517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5394;QD=13.202;RBI=0.0386271;REFB=-0.0364466;REVB=0.0386236;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302407;STB=0.696084;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0306376;OID=.;OPOS=169644710;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:18:12:12:0.4:3:9:8:9:3:9:8:10 chr3 169654216 . G A 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00444093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.122;QD=27.3906;RBI=0.0125434;REFB=-0.0196905;REVB=0.011731;RO=11;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873047;STB=0.548339;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00712394;OID=.;OPOS=169654216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:10:10:4:7:10:10:4:7 chr3 169703671 . A C 379.13 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.049489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0026;QD=16.4838;RBI=0.0542252;REFB=7.70752e-05;REVB=0.0221632;RO=51;SAF=18;SAR=22;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140072;STB=0.571235;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000124821;OID=.;OPOS=169703671;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:51:52:40:40:0.434783:22:18:16:35:22:18:17:35 chr3 169713483 . C T 329.54 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00454415;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7118;QD=17.5755;RBI=0.0150285;REFB=-0.0181737;REVB=-0.014325;RO=40;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104038;STB=0.558107;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0174307;OID=.;OPOS=169713483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:19:16:14:26:19:16:14:26 chr3 169802930 . G T 582.7 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.526;QD=59.7641;RBI=0.010433;REFB=0;REVB=0.00408237;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147535;OID=.;OPOS=169802930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:14:24:0:0:15:24:0:0 chr3 169894680 . G A 772.84 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00133126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.284;QD=61.8268;RBI=0.0341417;REFB=-0.0989748;REVB=0.0341157;RO=1;SAF=38;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122265;STB=0.506491;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.000273373;OID=.;OPOS=169894680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:11:38:1:0:11:38:1:0 chr3 169962666 . TAAAAAAT TAAAAA,TAAAAAT,TAAAT,TAACAAAT 329.51 PASS AF=0.133333,0.533333,0,0.333333;AO=6,10,4,3;DP=32;FAO=4,16,0,10;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4,12,0,0;FSAR=0,4,0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0797461,0.0560866,0.019999,-0.0163354;FXX=0.0624805;HRUN=6,6,6,6;LEN=2,1,3,1;MLLD=10.1641,13.3893,17.889,93.8616;QD=43.9346;RBI=0.110102,0.160398,0.0603972,0.077244;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0759143,-0.150272,-0.05699,0.0754969;RO=1;SAF=6,9,0,0;SAR=0,1,4,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-0.0471711,-0.749895,-0.727144;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0255999,-0.128995,0.0868243,0.0627167;OID=.,.,.,.;OPOS=169962672,169962667,169962667,169962669;OREF=AT,A,AAA,A;OALT=-,-,-,C;OMAPALT=TAAAAA,TAAAAAT,TAAAT,TAACAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.133333,0.533333,0,0.333333:6,10,4,3:32:4,16,0,10:30:0:4,12,0,0:0,4,0,10:0:0:80:1:6,9,0,0:0,1,4,3:1:0 chr3 170078232 . C T 278.71 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449887;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.928;QD=53.0882;RBI=0.0453675;REFB=0;REVB=0.00585093;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000946881;OID=.;OPOS=170078232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr3 170198181 . A C 46.47 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0051264;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.185;QD=8.08196;RBI=0.00712658;REFB=-0.00874295;REVB=-0.00495057;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369678;STB=0.731059;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0193135;OID=.;OPOS=170198181;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:6:10:2:5:6:10 chr3 170608213 . T G 166.38 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00897525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7095;QD=14.7894;RBI=0.0112952;REFB=0.00525143;REVB=-0.00685758;RO=27;SAF=6;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270465;STB=0.656541;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00763438;OID=.;OPOS=170608213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:12:6:16:11:12:6:16:11 chr3 170715830 . G A 197.4 PASS AF=0.454545;AO=21;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0111127;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.911;QD=17.9453;RBI=0.0157125;REFB=0.00871288;REVB=0.0111081;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223937;STB=0.52737;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.0147858;OID=.;OPOS=170715830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:24:21:20:0.454545:10:11:12:12:9:11:12:12 chr3 170825905 . C G 1606.58 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.172;QD=60.0589;RBI=0.0325517;REFB=0;REVB=0.0190449;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79017e-05;OID=.;OPOS=170825905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:48:57:0:0:49:58:0:0 chr3 170825920 . G A 361.79 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0648433;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.4466;QD=13.3995;RBI=0.10608;REFB=-0.0180117;REVB=0.0839536;RO=62;SAF=23;SAR=20;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868891;STB=0.562391;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0289085;OID=.;OPOS=170825920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:65:43:43:0.398148:20:23:28:34:20:23:28:37 chr3 170843782 . C A 557.43 PASS AF=0.614458;AO=51;DP=83;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0110453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.893;QD=26.8643;RBI=0.0148889;REFB=-0.0279657;REVB=0.00998405;RO=32;SAF=25;SAR=26;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952885;STB=0.551867;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0198968;OID=.;OPOS=170843782;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:32:51:51:0.614458:26:25:20:12:26:25:20:12 chr3 170893070 . G A 223.41 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.00850747;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.668;QD=18.6172;RBI=0.047869;REFB=0.00120245;REVB=-0.0471069;RO=25;SAF=17;SAR=5;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373911;STB=0.502686;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00193835;OID=.;OPOS=170893070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:26:22:22:0.458333:5:17:20:5:5:17:20:6 chr3 170946002 . A G 194.02 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00495519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.447;QD=16.8711;RBI=0.00662878;REFB=-0.0122029;REVB=0.00440305;RO=26;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173827;STB=0.599896;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0101943;OID=.;OPOS=170946002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:14:6:12:14:14:6:12:14 chr3 171065030 . AG AC,CA 74.1 PASS AF=0.75,0.25;AO=5,2;DP=8;FAO=6,2;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=6,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00867775,-0.0380716;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=167.468,157.579;QD=37.051;RBI=0.00871493,0.0381068;REFB=0,0;REVB=-0.00080414,-0.00163683;RO=0;SAF=0,1;SAR=5,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00233288,-0.0083813;OID=.,.;OPOS=171065031,171065030;OREF=G,AG;OALT=C,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:8:8:0:0:5,2:6,2:0.75,0.25:5,1:0,1:0:0:6,1:0,1:0:0 chr3 171338237 . T G 271.66 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00416596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8304;QD=20.8967;RBI=0.0125839;REFB=0.0033061;REVB=0.0118743;RO=24;SAF=17;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257992;STB=0.643143;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00350813;OID=.;OPOS=171338237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:11:17:7:17:11:17:7:17 chr3 171395468 . A G 326.28 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0180795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2366;QD=15.916;RBI=0.0296512;REFB=-0.018917;REVB=-0.0235016;RO=42;SAF=25;SAR=11;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265174;STB=0.673245;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0358765;OID=.;OPOS=171395468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:46:36:36:0.439024:11:25:18:24:11:25:18:28 chr3 171404478 . C A 334.19 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0249204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.133;QD=16.7093;RBI=0.0249532;REFB=-0.0111673;REVB=-0.00127955;RO=44;SAF=18;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222543;STB=0.512493;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0127913;OID=.;OPOS=171404478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:18:18:23:21:18:18:23:21 chr3 171844787 . A T 1298.52 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.801;QD=61.8342;RBI=0.0629555;REFB=0;REVB=0.0595702;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187991;OID=.;OPOS=171844787;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:84:0:0:80:84:1:38:42:0:0:40:44:0:0 chr3 171904558 . C T 32.54 PASS AF=0.111111;AO=12;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=54;FWDB=-0.0168625;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.7433;QD=1.60677;RBI=0.0235518;REFB=-0.0202987;REVB=0.0164422;RO=69;SAF=11;SAR=1;SRF=15;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.733338;STB=0.943533;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.151054;OID=.;OPOS=171904558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:81:81:69:72:12:9:0.111111:1:11:15:54:1:8:18:54 chr3 171969077 . C G 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.073;QD=57.3824;RBI=0.0375901;REFB=0;REVB=-0.0119813;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116009;OID=.;OPOS=171969077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr3 172046861 . T C 283.71 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0497138;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5805;QD=14.3649;RBI=0.0528301;REFB=0.0073084;REVB=0.0178759;RO=47;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198472;STB=0.612305;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00989117;OID=.;OPOS=172046861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:47:47:32:32:0.405063:15:17:16:31:15:17:16:31 chr3 172165727 . C T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00163655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.883;QD=12.5695;RBI=0.00166293;REFB=-0.00431241;REVB=-0.000294999;RO=26;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158646;STB=0.594457;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0117904;OID=.;OPOS=172165727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:12:3:8:18:12:3:8:18 chr3 172166033 . G A 132.68 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0549796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8286;QD=15.1631;RBI=0.0607421;REFB=-0.0202054;REVB=0.0258233;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122474;STB=0.586091;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0257512;OID=.;OPOS=172166033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:20:14:15:0.428571:8:6:11:9:9:6:11:9 chr3 172224303 . A G 644.54 PASS AF=1;AO=32;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00414751;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=83.2832;QD=59.9575;RBI=0.0415661;REFB=0;REVB=-0.0413587;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000785719;OID=.;OPOS=172224303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:32:43:1:17:15:0:0:21:22:0:0 chr3 172428782 . T C 452.37 PASS AF=0.483871;AO=44;DP=92;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0434156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.445;QD=19.4569;RBI=0.0475761;REFB=-0.00616325;REVB=0.019457;RO=48;SAF=7;SAR=37;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244318;STB=0.640691;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.006922;OID=.;OPOS=172428782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:48:48:44:45:0.483871:37:7:16:32:38:7:16:32 chr3 172489076 . C T 210.65 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0106658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.387;QD=19.1495;RBI=0.0520994;REFB=-0.0110455;REVB=-0.0509959;RO=23;SAF=14;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100971;STB=0.557321;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00925773;OID=.;OPOS=172489076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:7:14:13:10:7:14:13:10 chr3 172514294 . G A 970.3 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5258;QD=58.8059;RBI=0.0735241;REFB=0;REVB=0.0732097;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516328;OID=.;OPOS=172514294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:22:43:0:0:23:43:0:0 chr3 173997153 . G A 541.72 PASS AF=0.508929;AO=54;DP=109;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.00339821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.048;QD=19.3471;RBI=0.00438883;REFB=-0.00350974;REVB=0.00277741;RO=55;SAF=23;SAR=31;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760955;STB=0.546959;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0041455;OID=.;OPOS=173997153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:55:55:54:57:0.508929:31:23:19:36:32:25:19:36 chr3 174581888 . T C 494.7 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.29;QD=58.1998;RBI=0.0332411;REFB=0;REVB=-6.38928e-05;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111753;OID=.;OPOS=174581888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:22:11:0:0:23:11:0:0 chr3 174814738 . G A 1120.73 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0028796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.565;QD=58.986;RBI=0.0368965;REFB=0.00426586;REVB=-0.0367839;RO=1;SAF=30;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155095;STB=0.508195;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.000175167;OID=.;OPOS=174814738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:45:30:1:0:45:30:1:0 chr3 174814920 . A G 874.33 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0276289;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.414;QD=56.4084;RBI=0.0280604;REFB=-0.0425276;REVB=0.00490206;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00019786;OID=.;OPOS=174814920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:24:37:0:0:24:37:0:1 chr3 174951756 . T C,G 529.06 PASS AF=0.972222,0.0277778;AO=33,3;DP=36;FAO=35,1;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218499,-0.00742489;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.477,179.101;QD=58.7847;RBI=0.0290035,0.00770241;REFB=0,0;REVB=0.0190731,0.00204893;RO=0;SAF=18,3;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.64315e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000158332,0.182944;OID=.,.;OPOS=174951756,174951756;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:36:36:0:0:33,3:35,1:0.972222,0.0277778:15,0:18,3:0:0:15,0:20,1:0:0 chr3 175165079 . C T 648.71 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0194997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.174;QD=54.0589;RBI=0.0225234;REFB=-0.104668;REVB=0.0112723;RO=2;SAF=24;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03755;STB=0.503815;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00261067;OID=.;OPOS=175165079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:2:4:44:44:0.916667:20:24:2:0:20:24:2:2 chr3 175189447 . G A 534.17 PASS AF=1;AO=31;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.509;QD=59.3525;RBI=0.0310695;REFB=0;REVB=-0.027708;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444802;OID=.;OPOS=175189447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:31:36:1:12:19:0:0:13:23:0:0 chr3 175327309 . G A 2433.82 PASS AF=0.993789;AO=159;DP=160;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0390122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5728;QD=60.4677;RBI=0.0484685;REFB=-0.062589;REVB=-0.0287618;RO=0;SAF=77;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000166542;OID=.;OPOS=175327309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:161:0:1:159:160:0.993789:82:77:0:0:82:78:1:0 chr3 175345143 . C G 1138.58 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031592;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.142;QD=60.7244;RBI=0.01029;REFB=0;REVB=0.00979303;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59805e-06;OID=.;OPOS=175345143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr3 175473047 . T C 1591.58 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184336;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2142;QD=60.0597;RBI=0.027165;REFB=0;REVB=0.0199534;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82138e-05;OID=.;OPOS=175473047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:55:51:0:0:55:51:0:0 chr3 175521509 . A G 502.22 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00597524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.057;QD=22.0757;RBI=0.0158614;REFB=-0.0184619;REVB=-0.0146929;RO=43;SAF=30;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159781;STB=0.588198;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0173908;OID=.;OPOS=175521509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:18:30:19:24:18:30:19:24 chr3 175521611 . A G 260.64 PASS AF=0.491803;AO=26;DP=59;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00469033;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.009;QD=17.0913;RBI=0.00693602;REFB=-0.00521376;REVB=-0.00510971;RO=32;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145028;STB=0.613559;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00605845;OID=.;OPOS=175521611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:32:31:26:30:0.491803:10:16:15:17:10:20:14:17 chr3 176838513 . GC G,GG 434.68 PASS AF=0.129032,0.870968;AO=6,25;DP=32;FAO=4,27;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=3,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00676987,0.0656622;FXX=0.0312402;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.544,132.151;QD=56.0878;RBI=0.0103992,0.0660898;REFB=0,0;REVB=0.0078938,0.00750578;RO=0;SAF=3,14;SAR=3,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.99383e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00327611,-0.00117357;OID=.,.;OPOS=176838514,176838514;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.129032,0.870968:6,25:32:4,27:31:0:1,16:3,11:0:0:15:0:3,14:3,11:0:0 chr3 178742690 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.51;QD=57.8837;RBI=0.0155399;REFB=0;REVB=0.0150721;RO=0;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83269e-05;OID=.;OPOS=178742690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:41:19:0:0:41:19:0:0 chr3 178815528 . G A 439.39 PASS AF=0.420168;AO=49;DP=118;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.0152828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2057;QD=14.7693;RBI=0.0377741;REFB=-0.0259179;REVB=0.0345445;RO=59;SAF=25;SAR=24;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134267;STB=0.605002;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0295102;OID=.;OPOS=178815528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:59:69:49:50:0.420168:24:25:22:37:25:25:22:47 chr3 178957855 . G C 196.62 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0969023;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0935;QD=24.5773;RBI=0.0996607;REFB=-0.0306232;REVB=-0.0232853;RO=12;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133485;STB=0.557317;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.015776;OID=.;OPOS=178957855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:12:13:19:19:0.59375:9:10:4:8:9:10:5:8 chr3 178968568 . A C 286.47 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0104638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.055;QD=24.3805;RBI=0.0141362;REFB=-0.0372149;REVB=0.00950487;RO=21;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118234;STB=0.506574;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0320229;OID=.;OPOS=178968568;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:12:14:11:10:12:14:11:10 chr3 178976777 . C T 63.33 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0482715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7158;QD=8.44431;RBI=0.0505015;REFB=-0.0218007;REVB=-0.0148413;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24873;STB=0.651856;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0523352;OID=.;OPOS=178976777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:7:14:4:5:7:14 chr3 179096508 . C G 700.94 PASS AF=0.912281;AO=50;DP=57;FAO=52;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0230021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2862;QD=49.1886;RBI=0.0421229;REFB=0.00988251;REVB=0.0352879;RO=3;SAF=21;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268013;STB=0.522152;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00327112;OID=.;OPOS=179096508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:57:57:3:4:50:52:0.912281:29:21:2:1:29:23:3:1 chr3 179114529 . GATTA G 30.46 PASS AF=0.217391;AO=4;DP=26;FAO=5;FDP=23;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0164152;FXX=0.11534;HRUN=1;LEN=4;MLLD=268.598;QD=5.29668;RBI=0.0205146;REFB=0.00542754;REVB=0.0123041;RO=14;SAF=3;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559248;STB=0.603392;STBP=0.699;TYPE=del;VARB=-0.0204308;OID=.;OPOS=179114530;OREF=ATTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.217391:4:26:5:23:18:3:2:13:5:30:14:3:1:11:3 chr3 179118998 . C T 278.91 PASS AF=0.4;AO=33;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0398534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.618;QD=13.9453;RBI=0.0420019;REFB=0.00601633;REVB=-0.0132615;RO=47;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070698;STB=0.524984;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0111042;OID=.;OPOS=179118998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:48:33:32:0.4:16:17:21:26:16:16:22:26 chr3 179298999 . C T 368.25 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.00153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.529;QD=12.9211;RBI=0.047685;REFB=-0.00257165;REVB=-0.0476604;RO=70;SAF=22;SAR=22;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108276;STB=0.561376;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00391846;OID=.;OPOS=179298999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:70:70:44:44:0.385965:22:22:42:28:22:22:42:28 chr3 179306775 . C T 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0351172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9182;QD=10.6292;RBI=0.0351979;REFB=-0.0160327;REVB=-0.00238133;RO=43;SAF=12;SAR=11;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120083;STB=0.575852;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0262069;OID=.;OPOS=179306775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:44:23:23:0.343284:11:12:27:16:11:12:28:16 chr3 179322385 . A C 715.34 PASS AF=0.635417;AO=61;DP=96;FAO=61;FDP=96;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0307705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2348;QD=29.8058;RBI=0.0367065;REFB=-0.0237477;REVB=0.0200137;RO=35;SAF=29;SAR=32;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453345;STB=0.524582;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0142746;OID=.;OPOS=179322385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:35:35:61:61:0.635417:32:29:19:16:32:29:19:16 chr3 179325566 . G GCTGT 289.52 PASS AF=0.361702;AO=33;DP=98;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=13;FWDB=-0.021002;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=4;MLLD=276.613;QD=12.3202;RBI=0.0210251;REFB=-0.0075247;REVB=-0.000984246;RO=62;SAF=15;SAR=18;SRF=47;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338987;STB=0.695606;STBP=0.011;TYPE=ins;VARB=0.0117376;OID=.;OPOS=179325567;OREF=-;OALT=CTGT;OMAPALT=GCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361702:33:98:34:94:60:16:18:47:13:99:62:15:18:47:15 chr3 179371154 . C T 509.64 PASS AF=0.411765;AO=56;DP=137;FAO=56;FDP=136;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=0.0155086;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.317;QD=14.9893;RBI=0.0225242;REFB=-0.0111676;REVB=0.0163348;RO=80;SAF=19;SAR=37;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267857;STB=0.515076;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0132173;OID=.;OPOS=179371154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:80:80:56:56:0.411765:37:19:29:51:37:19:29:51 chr3 179502007 . T A 46.21 PASS AF=0.466667;AO=4;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.225801;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5232;QD=12.3237;RBI=0.230564;REFB=-0.00840082;REVB=0.0466241;RO=8;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.826069;STB=0.899038;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0680535;OID=.;OPOS=179502007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:15:15:8:8:4:7:0.466667:0:4:0:8:1:6:0:8 chr3 182554905 . A G 251.7 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00557512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.755;QD=17.064;RBI=0.014754;REFB=-0.0182686;REVB=-0.0136601;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462645;STB=0.540975;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0194894;OID=.;OPOS=182554905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:31:28:28:0.474576:13:15:17:12:13:15:19:12 chr3 182631792 . C A 270.29 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0382522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0867;QD=12.0127;RBI=0.0409539;REFB=-0.0180067;REVB=-0.0146284;RO=58;SAF=11;SAR=21;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180368;STB=0.60425;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0228578;OID=.;OPOS=182631792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:21:11:29:29:21:11:29:29 chr3 182790249 . G A 769.57 PASS AF=0.98;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.084;QD=61.5659;RBI=0.0289084;REFB=-0.0316908;REVB=0.0270334;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00136947;OID=.;OPOS=182790249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:50:0:1:48:49:0.98:23:25:0:0:24:25:0:1 chr3 182871962 . C T 206.11 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0643618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.371;QD=16.8249;RBI=0.0646668;REFB=-0.0114048;REVB=-0.00627274;RO=28;SAF=2;SAR=19;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308018;STB=0.681062;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0169418;OID=.;OPOS=182871962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:19:2:7:21:19:2:7:21 chr3 182897920 . A G 230.78 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0260085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.119;QD=17.7527;RBI=0.0430752;REFB=0.0133808;REVB=-0.034337;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081781;STB=0.556918;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0150229;OID=.;OPOS=182897920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:24:25:0.480769:10:14:18:9:11:14:18:9 chr3 182925404 . T C 715.3 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1805;QD=55.0234;RBI=0.10966;REFB=0;REVB=0.109571;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141106;OID=.;OPOS=182925404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:49:52:1:17:32:0:0:19:33:0:0 chr3 182989978 . CTAATAGAGTAAGTTACATTTATTTTACAAAGCAGGA C 96.23 PASS AF=0.265306;AO=12;DP=54;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.00195725;FXX=0.0925755;HRUN=1;LEN=36;MLLD=915.413;QD=7.8557;RBI=0.0032798;REFB=-0.0114454;REVB=0.00263178;RO=30;SAF=4;SAR=8;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47547;STB=0.765027;STBP=0.039;TYPE=del;VARB=0.0293773;OID=.;OPOS=182989979;OREF=TAATAGAGTAAGTTACATTTATTTTACAAAGCAGGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265306:12:54:13:49:36:4:9:25:11:96:30:4:8:23:7 chr3 183027542 . T G 183.03 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0300375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.453;QD=13.3112;RBI=0.0301277;REFB=-0.00649721;REVB=-0.00233074;RO=33;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161765;STB=0.593134;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0108153;OID=.;OPOS=183027542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:14:8:17:16:14:8:17:16 chr3 183056598 . G A 280.89 PASS AF=0.657895;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0139542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.445;QD=29.5672;RBI=0.0141492;REFB=0.0171039;REVB=-0.00234136;RO=12;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788774;STB=0.548348;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00954238;OID=.;OPOS=183056598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:12:13:24:25:0.657895:9:15:6:6:10:15:6:7 chr3 183107570 . G A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.000593626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.931;QD=23.263;RBI=0.0262148;REFB=-0.0464953;REVB=-0.0262081;RO=19;SAF=17;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281565;STB=0.658168;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0209548;OID=.;OPOS=183107570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:6:17:8:11:6:17:8:11 chr3 183211894 . G A 257.94 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0368138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.669;QD=18.4246;RBI=0.0403025;REFB=-0.0107835;REVB=0.0164023;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175439;STB=0.517982;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0140376;OID=.;OPOS=183211894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:13:15:15:12:13:15:16:12 chr3 183211906 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000900478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.591;QD=57.8848;RBI=0.00399511;REFB=0;REVB=-0.00389231;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.43519e-06;OID=.;OPOS=183211906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr3 183476685 . G A 247.25 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0505063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8291;QD=13.7359;RBI=0.059984;REFB=-0.0133249;REVB=-0.0323604;RO=43;SAF=7;SAR=22;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139783;STB=0.580277;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0192356;OID=.;OPOS=183476685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:22:7:15:28:22:7:15:28 chr3 183521133 . A G 287.56 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0109732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.584;QD=15.9755;RBI=0.0112675;REFB=0.00673023;REVB=0.00255867;RO=40;SAF=19;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118161;STB=0.566625;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00605945;OID=.;OPOS=183521133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:13:19:19:21:13:19:19:21 chr3 183524193 . T C 249.98 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00567337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.9757;QD=18.517;RBI=0.00909548;REFB=-0.0151321;REVB=0.0071092;RO=27;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136717;STB=0.576217;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00781923;OID=.;OPOS=183524193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:12:15:19:8:12:15:19:8 chr3 183533964 . T C 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.017795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7683;QD=10.3772;RBI=0.0298402;REFB=-0.00379737;REVB=-0.0239536;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475971;STB=0.779962;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00884939;OID=.;OPOS=183533964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:13:3:6:3:13:3 chr3 183558402 . C G 1858.54 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7609;QD=61.4394;RBI=0.031375;REFB=0;REVB=0.00616458;RO=0;SAF=59;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130969;OID=.;OPOS=183558402;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:62:59:0:0:62:59:0:0 chr3 183560195 . A G 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.663;QD=60.9751;RBI=0.033394;REFB=0;REVB=0.0130204;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235528;OID=.;OPOS=183560195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr3 183660585 . G A 434.44 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00635342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7073;QD=18.2922;RBI=0.045079;REFB=-0.0135055;REVB=0.044629;RO=51;SAF=25;SAR=19;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754975;STB=0.542149;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0182977;OID=.;OPOS=183660585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:19:25:25:26:19:25:25:26 chr3 183685534 . A G 241.68 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0486415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1934;QD=21.971;RBI=0.068014;REFB=-0.00399448;REVB=0.0475385;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2083;STB=0.615905;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00274209;OID=.;OPOS=183685534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:11:12:16:5:11:12:16:5 chr3 183696402 . A G 269.69 PASS AF=0.442857;AO=28;DP=65;FAO=31;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0306067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.047;QD=15.4109;RBI=0.0314297;REFB=-0.0158163;REVB=-0.00714535;RO=20;SAF=10;SAR=18;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907134;STB=0.60815;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0100842;OID=.;OPOS=183696402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:70:20:39:28:31:0.442857:18:10:5:15:18:13:24:15 chr3 183753777 . G A 53.14 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.188556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6986;QD=10.1217;RBI=0.196831;REFB=0.0132749;REVB=-0.0564724;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22218;STB=0.646696;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.102926;OID=.;OPOS=183753777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:21:21:10:13:7:8:0.380952:5:2:5:5:5:3:8:5 chr3 183754294 . G C 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.031503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0202;QD=10.7925;RBI=0.0323173;REFB=-0.00949661;REVB=-0.00720877;RO=35;SAF=9;SAR=9;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243153;STB=0.641365;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0122255;OID=.;OPOS=183754294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:9:9:25:10:9:9:25:10 chr3 183755822 . G A 728.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0541;QD=57.1712;RBI=0.0672034;REFB=0;REVB=0.0671613;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453212;OID=.;OPOS=183755822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr3 183756702 . G A 863.49 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.757;QD=57.5657;RBI=0.0342948;REFB=0;REVB=0.028263;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116142;OID=.;OPOS=183756702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr3 183756742 . C T 277.35 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0913813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.929;QD=26.4145;RBI=0.0925192;REFB=-0.0648873;REVB=0.0144658;RO=17;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226004;STB=0.512514;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0268441;OID=.;OPOS=183756742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:14:11:8:9:14:11:8:9 chr3 183774762 . C A 433.14 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0469387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.202;QD=20.6257;RBI=0.0607905;REFB=-0.00208395;REVB=0.0386296;RO=41;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209965;STB=0.511622;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00378793;OID=.;OPOS=183774762;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:21:22:20:21:21:22:20:21 chr3 183778010 . G C 285.79 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=0.00536936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.702;QD=13.14;RBI=0.0121484;REFB=-0.022211;REVB=-0.0108974;RO=54;SAF=19;SAR=14;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12475;STB=0.570971;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0326198;OID=.;OPOS=183778010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:14:19:37:17:14:19:37:17 chr3 183818416 . G A 120.37 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0761591;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.206;QD=13.3749;RBI=0.0783308;REFB=0.00243446;REVB=-0.0183166;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942026;STB=0.555473;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00327305;OID=.;OPOS=183818416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:22:22:14:14:0.388889:10:4:8:14:10:4:8:14 chr3 183863084 . AAG A 97.04 PASS AF=0.565217;AO=11;DP=15;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.020337;FXX=0.0416493;HRUN=4;LEN=2;MLLD=222.151;QD=16.8763;RBI=0.0209291;REFB=-0.0252872;REVB=0.00494303;RO=1;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.324176;SSEP=0;SSSB=0.052924;STB=0.591095;STBP=0.376;TYPE=del;VARB=0.0135417;OID=.;OPOS=183863085;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217:11:15:13:23:10:4:9:5:5:66:1:3:8:0:1 chr3 183899832 . C T 391.79 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0202702;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8542;QD=18.8813;RBI=0.0320699;REFB=0.002492;REVB=0.0248515;RO=45;SAF=21;SAR=19;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136098;STB=0.565925;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0028208;OID=.;OPOS=183899832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:45:43:40:40:0.481928:19:21:30:15:19:21:28:15 chr3 183900680 . G C 169.15 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00817225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0952;QD=13.0118;RBI=0.0340035;REFB=-0.011412;REVB=0.0330069;RO=32;SAF=13;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164631;STB=0.59552;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0195403;OID=.;OPOS=183900680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:7:13:16:16:7:13:16:16 chr3 183900729 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.431;QD=60.2307;RBI=0.00964571;REFB=0;REVB=-0.00133636;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95258e-05;OID=.;OPOS=183900729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr3 183901281 . G A 245.65 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0193872;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8706;QD=14.8876;RBI=0.0337664;REFB=0.00407949;REVB=-0.0276461;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296056;STB=0.530281;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0110033;OID=.;OPOS=183901281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:38:28:28:0.424242:14:14:17:15:14:14:17:21 chr3 183907032 . G C,T 2384.79 PASS AF=0.981366,0.0186335;AO=144,9;DP=153;FAO=158,3;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=84,3;FSAR=74,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104475,0.00939475;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.371,109.177;QD=59.2494;RBI=0.0513092,0.0107599;REFB=0,0;REVB=0.0512986,0.00524534;RO=0;SAF=83,3;SAR=61,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000997946,0.0482791;OID=.,.;OPOS=183907032,183907032;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:153:161:0:0:144,9:158,3:0.981366,0.0186335:61,6:83,3:0:0:74,0:84,3:0:0 chr3 183908761 . C T 257.03 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.000553261;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.804;QD=22.3507;RBI=0.0112412;REFB=-0.0067;REVB=-0.0112276;RO=22;SAF=18;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163314;STB=0.567508;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00785325;OID=.;OPOS=183908761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:22:24:24:0.521739:6:18:13:9:6:18:14:8 chr3 183975365 . C T 834.14 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.036;QD=56.5517;RBI=0.07776;REFB=0;REVB=0.0648872;RO=1;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428742;OID=.;OPOS=183975365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:1:0:58:59:1:22:36:0:1:23:36:0:0 chr3 183996068 . C T 474.73 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00703039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.949;QD=21.5785;RBI=0.00715545;REFB=-0.012151;REVB=0.00133193;RO=42;SAF=10;SAR=36;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310291;STB=0.672815;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00867386;OID=.;OPOS=183996068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:36:10:22:20:36:10:22:20 chr3 184010230 . C T 547.57 PASS AF=0.427536;AO=59;DP=138;FAO=59;FDP=138;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.000763397;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.997;QD=15.8715;RBI=0.00908227;REFB=-0.0249537;REVB=-0.00905013;RO=78;SAF=33;SAR=26;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182098;STB=0.513367;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0316082;OID=.;OPOS=184010230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:78:79:59:59:0.427536:26:33:45:33:26:33:46:33 chr3 184037533 . A G 1049.07 PASS AF=1;AO=54;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606654;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7551;QD=58.2818;RBI=0.0239797;REFB=0;REVB=-0.0231996;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000335082;OID=.;OPOS=184037533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:54:72:1:38:16:0:0:45:27:0:0 chr3 184039666 . A G 632.11 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.009847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9573;QD=61.6688;RBI=0.0120527;REFB=0;REVB=0.00695006;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27637e-05;OID=.;OPOS=184039666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr3 184046470 . C T 496.29 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00634127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.672;QD=20.8963;RBI=0.0127399;REFB=-0.00955346;REVB=-0.0110496;RO=45;SAF=23;SAR=25;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163657;STB=0.588712;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00680151;OID=.;OPOS=184046470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:47:48:48:0.505263:25:23:30:15:25:23:31:16 chr3 184071063 . G C 285.08 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00854222;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.001;QD=29.2385;RBI=0.0241737;REFB=-0.0224939;REVB=-0.0226142;RO=13;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351143;STB=0.530374;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0131685;OID=.;OPOS=184071063;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:13:14:25:25:0.641026:11:14:8:5:11:14:9:5 chr3 184075047 . A G 260.58 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00086691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.207;QD=18.9511;RBI=0.0164095;REFB=-0.0154148;REVB=-0.0163866;RO=27;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144509;STB=0.580588;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0223217;OID=.;OPOS=184075047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:15:13:17:10:15:13:17:10 chr3 184099378 . C A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0279203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.385;QD=11.9191;RBI=0.0310893;REFB=-0.00578713;REVB=0.0136748;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118071;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0119881;OID=.;OPOS=184099378;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:4:5:3:4:4:5 chr3 184102396 . C T 290.08 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.0180718;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0331;QD=11.3756;RBI=0.0188482;REFB=-0.0016556;REVB=0.00535408;RO=63;SAF=18;SAR=18;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969791;STB=0.56859;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00247356;OID=.;OPOS=184102396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:66:36:36:0.352941:18:18:26:37:18:18:26:40 chr3 184103903 . A C 268.96 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00478607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.936;QD=18.8741;RBI=0.00589043;REFB=-0.00715934;REVB=-0.00343376;RO=25;SAF=11;SAR=17;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00632625;STB=0.507457;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00829996;OID=.;OPOS=184103903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:28:28:29:0.508772:17:11:10:15:17:12:12:16 chr3 184144585 . A G 637.53 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672618;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8094;QD=60.7168;RBI=0.0719342;REFB=-0.0452781;REVB=-0.0255028;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022831;OID=.;OPOS=184144585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:42:0:0:43:42:1:25:18:0:0:25:17:0:0 chr3 184293769 . T C 160.5 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0134894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.732;QD=18.3431;RBI=0.0259744;REFB=-0.0140449;REVB=-0.022197;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126365;STB=0.571823;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0183187;OID=.;OPOS=184293769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:11:7:9:8:11:7 chr3 184299068 . G A 350.26 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0227249;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.874;QD=20.0151;RBI=0.0240816;REFB=-0.0162265;REVB=0.0079689;RO=34;SAF=7;SAR=29;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350978;STB=0.696993;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.010452;OID=.;OPOS=184299068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:34:34:36:36:0.514286:29:7:18:16:29:7:18:16 chr3 184299167 . T C 141.65 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00772111;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.0707;QD=9.60332;RBI=0.0302293;REFB=0.014875;REVB=0.0292266;RO=40;SAF=5;SAR=14;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179858;STB=0.607318;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0214378;OID=.;OPOS=184299167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:14:5:16:24:14:5:16:24 chr3 184300041 . AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGC AGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGC,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGC 144.7 PASS AF=0.307692,0.0769231,0.615385;AO=2,4,3;DP=14;FAO=4,1,8;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,8;FSAR=2,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115103,0.07117,0.0759257;FXX=0.133244;HRUN=1,1,1;LEN=12,6,5;MLLD=166.702,121.642,170.168;QD=44.5224;RBI=0.00291284,0.122149,0.0788767;REFB=0,0,0;REVB=0.00267578,0.0992735,0.0213733;RO=0;SAF=2,4,3;SAR=0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0409421,0.0104144,0.00583019;OID=.,.,.;OPOS=184300058,184300042,184300061;OREF=GTGTGTGTGCGC,GTGTGT,TGTGT;OALT=-,-,CGCGC;OMAPALT=AGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGC,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.307692,0.0769231,0.615385:2,4,3:14:4,1,8:13:0:2,0,8:2,1,0:0:0:27:0:2,4,3:0,0,0:0:0 chr3 184428903 . T G 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0145869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.97;QD=15.2187;RBI=0.0381975;REFB=-0.00952362;REVB=-0.0353025;RO=41;SAF=19;SAR=12;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226765;STB=0.512812;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.012219;OID=.;OPOS=184428903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:12:19:26:15:12:19:26:15 chr3 184429133 . A ATCC 126.32 PASS AF=0.405405;AO=12;DP=53;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00130968;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=3;MLLD=226.734;QD=13.6561;RBI=0.0455083;REFB=-0.0179847;REVB=0.0454894;RO=38;SAF=6;SAR=6;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160563;STB=0.57338;STBP=0.497;TYPE=ins;VARB=0.0266178;OID=.;OPOS=184429134;OREF=-;OALT=TCC;OMAPALT=ATCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405405:12:53:15:37:22:7:8:13:9:99:38:6:6:24:14 chr3 184429411 . AGGC AGC,AGGA 60.69 PASS AF=0.272727,0.454545;AO=3,5;DP=12;FAO=3,5;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3,3;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.12242,0.0195831;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=22.7208,321.192;QD=22.0697;RBI=0.138093,0.0257513;REFB=-0.0267019,-0.0158806;REVB=0.0638976,0.0167222;RO=4;SAF=3,3;SAR=0,2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.308901,0;SSSB=0.729277,0.251123;STB=0.996656,0.713517;STBP=0.041,0.175;TYPE=del,snp;VARB=0.115089,0.0279338;OID=.,.;OPOS=184429412,184429414;OREF=G,C;OALT=-,A;OMAPALT=AGC,AGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.272727,0.454545:3,5:12:3,5:11:3:3,3:0,2:0:3:19:4:3,3:0,2:1:3 chr3 184429718 . A G 95.98 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.041214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1995;QD=22.5846;RBI=0.083005;REFB=0.034323;REVB=-0.0720503;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461225;STB=0.526267;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.011468;OID=.;OPOS=184429718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:8:3:2:4:8:3:2:4 chr3 184550501 . A G 790.69 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368002;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.707;QD=64.5462;RBI=0.070488;REFB=0;REVB=0.0601191;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174986;OID=.;OPOS=184550501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr3 184573555 . C T 446.91 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3035;QD=57.6659;RBI=0.00722476;REFB=0;REVB=0.000784138;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75731e-05;OID=.;OPOS=184573555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:12:19:0:0 chr3 184647413 . T A,C 739.05 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=2,45;DP=47;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656256,-0.00758633;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.605,233.585;QD=62.8978;RBI=0.0133727,0.0077207;REFB=0,0;REVB=-0.0116517,-0.00143413;RO=0;SAF=1,26;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.15971e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0282228,-0.000621104;OID=.,.;OPOS=184647413,184647413;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:47:0:0:2,45:2,45:0.0425532,0.957447:1,19:1,26:0:0:1,19:1,26:0:0 chr3 184700356 . A C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.443;QD=53.9112;RBI=0.0657402;REFB=0;REVB=0.04943;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346226;OID=.;OPOS=184700356;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr3 184700426 . C T 374.22 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0294;QD=55.4395;RBI=0.0575357;REFB=0;REVB=-0.0417077;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696726;OID=.;OPOS=184700426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:19:7:0:0:19:8:0:0 chr3 184766325 . G A 458.58 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.010026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.479;QD=16.9845;RBI=0.0134682;REFB=-0.0207513;REVB=0.0089928;RO=58;SAF=23;SAR=27;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959983;STB=0.553362;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0225712;OID=.;OPOS=184766325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:27:23:21:37:27:23:21:37 chr3 184795895 . A G 820.99 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0394376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.274;QD=55.6601;RBI=0.0493631;REFB=-0.110256;REVB=0.0296883;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00035782;OID=.;OPOS=184795895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:30:28:0:1:30:28:0:1 chr3 184798067 . T C 719.39 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0074293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.136;QD=54.2938;RBI=0.0438308;REFB=-0.133008;REVB=0.0431966;RO=1;SAF=30;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154433;STB=0.508194;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000376407;OID=.;OPOS=184798067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:22:30:1:0:22:30:1:0 chr3 185046975 . T C 332.14 PASS AF=0.362832;AO=41;DP=114;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.000609443;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.241;QD=11.7572;RBI=0.00983649;REFB=0.00150394;REVB=0.00981759;RO=71;SAF=24;SAR=17;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14924;STB=0.589611;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00304012;OID=.;OPOS=185046975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:71:72:41:41:0.362832:17:24:32:39:17:24:32:40 chr3 185226396 . A G 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00113937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.661;QD=21.8389;RBI=0.00241896;REFB=0.00493836;REVB=0.00213382;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125218;STB=0.570191;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00521386;OID=.;OPOS=185226396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:15:10:13:11:15:10:13:11 chr3 185229464 . T C 192.81 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00666704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.599;QD=14.8313;RBI=0.0118469;REFB=-0.0127549;REVB=0.00979289;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171759;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0203844;OID=.;OPOS=185229464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:30:22:22:0.423077:11:11:14:15:11:11:15:15 chr3 185434443 . G A 314.34 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00291601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.026;QD=17.224;RBI=0.0287788;REFB=0.000411986;REVB=-0.0286307;RO=38;SAF=15;SAR=19;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105045;STB=0.552027;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.000571957;OID=.;OPOS=185434443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:38:39:34:34:0.465753:19:15:21:17:19:15:21:18 chr3 185485688 . C T 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0488927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5786;QD=22.6782;RBI=0.0520649;REFB=-0.0126121;REVB=-0.0178958;RO=5;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160449;STB=0.592391;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00360976;OID=.;OPOS=185485688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:8:2:2:3:8:2:2:3 chr3 185765580 . G GT,T 37.56 PASS AF=0.529412,0;AO=3,2;DP=18;FAO=9,0;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3,0;FSAR=6,0;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0253227,-0.00171029;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=11.2022,302.231;QD=8.83647;RBI=0.139782,0.01767;REFB=-0.0300515,-0.000870855;REVB=-0.137469,-0.0175871;RO=12;SAF=2,0;SAR=1,2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.267894,-0.532086;STB=0.583142,0.5;STBP=0.575,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0340158,0;OID=.,.;OPOS=185765581,185765580;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:18:17:12:8:3,2:9,0:0.529412,0:1,2:2,0:5:7:6,0:3,0:4:4 chr3 185867550 . G C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.00340127;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.867;QD=13.486;RBI=0.00592416;REFB=-0.0117101;REVB=0.00485047;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29032;STB=0.666369;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0136873;OID=.;OPOS=185867550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:1:10:6:3:1:10 chr3 185990096 . C T 230.5 PASS AF=0.367647;AO=20;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00934634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.473;QD=13.5585;RBI=0.0203674;REFB=-0.0172721;REVB=0.0180964;RO=40;SAF=10;SAR=10;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567044;STB=0.518504;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0282729;OID=.;OPOS=185990096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:20:25:0.367647:10:10:22:18:12:13:22:18 chr3 186006566 . T C 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0149266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.587;QD=16.0331;RBI=0.0970892;REFB=0.00551324;REVB=-0.0959349;RO=28;SAF=14;SAR=6;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624358;STB=0.53568;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00796307;OID=.;OPOS=186006566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:6:14:21:7:6:14:21:7 chr3 186006618 . G C 728.83 PASS AF=1;AO=38;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281885;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=118.238;QD=55.006;RBI=0.0836599;REFB=0;REVB=0.0787679;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638059;OID=.;OPOS=186006618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:38:53:1:22:16:0:0:29:24:0:0 chr3 186015283 . A G 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00678512;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=317.905;QD=12.2757;RBI=0.00883392;REFB=-0.0003307;REVB=0.00565688;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166646;STB=0.597971;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.000678736;OID=.;OPOS=186015283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:10:7:18:14:10:7:18:14 chr3 186301703 . A G 546.42 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00629457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.008;QD=23.2517;RBI=0.0206849;REFB=-0.0182307;REVB=0.0197039;RO=43;SAF=28;SAR=23;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891528;STB=0.549;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0133977;OID=.;OPOS=186301703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:43:51:51:0.542553:23:28:19:24:23:28:19:24 chr3 186337713 . T C 692.96 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0880108;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.639;QD=62.9961;RBI=0.0968501;REFB=0;REVB=0.0404231;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682647;OID=.;OPOS=186337713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr3 186338382 . G C 769.35 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.701;QD=56.9887;RBI=0.0139112;REFB=0;REVB=0.0128476;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96962e-05;OID=.;OPOS=186338382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr3 186338425 . A C 764.15 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.288;QD=63.6793;RBI=0.0236518;REFB=0;REVB=-0.00601414;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4601e-05;OID=.;OPOS=186338425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:26:19:0:0:28:20:0:0 chr3 186358366 . A C 630.02 PASS AF=0.639535;AO=55;DP=86;FAO=55;FDP=86;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0371843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.646;QD=29.3033;RBI=0.0457131;REFB=-0.0166196;REVB=-0.0265898;RO=31;SAF=16;SAR=39;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121759;STB=0.566287;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00752293;OID=.;OPOS=186358366;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:31:31:55:55:0.639535:39:16:14:17:39:16:14:17 chr3 186370333 . G C,T 736.07 PASS AF=0.0212766,0.978723;AO=2,45;DP=47;FAO=1,46;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0566087,-0.0183431;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.3431,58.5413;QD=62.6445;RBI=0.0699013,0.0269022;REFB=0,0;REVB=-0.0410079,0.0196789;RO=0;SAF=1,24;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.103789,0.00199476;OID=.,.;OPOS=186370333,186370333;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:47:47:0:0:2,45:1,46:0.0212766,0.978723:1,21:1,24:0:0:1,21:0,25:0:0 chr3 186370350 . A G 187.36 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0050663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.096;QD=14.6945;RBI=0.00553743;REFB=0.000970161;REVB=-0.00223511;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655719;STB=0.537537;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00144301;OID=.;OPOS=186370350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:9:12:19:11:9:12:19:11 chr3 186390627 . C T 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0191715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.478;QD=56.0077;RBI=0.0450404;REFB=-0.0264457;REVB=0.0407564;RO=1;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165565;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000219109;OID=.;OPOS=186390627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:28:32:0:1:28:32:0:1 chr3 186395113 . A G 34.33 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0121184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.103;QD=5.28155;RBI=0.0130934;REFB=-0.00467032;REVB=0.00495819;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349537;STB=0.72495;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0808107;OID=.;OPOS=186395113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:26:26:19:20:6:6:0.230769:1:5:11:8:1:5:12:8 chr3 186395180 . T C 294.26 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0810183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9489;QD=51.1764;RBI=0.125758;REFB=0;REVB=0.0961822;RO=0;SAF=17;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0173215;OID=.;OPOS=186395180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:19:23:1:2:17:0:0:3:20:0:0 chr3 186395572 . A T 382.06 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0552717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.226;QD=52.6981;RBI=0.0586703;REFB=-0.0403997;REVB=0.0196785;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372036;STB=0.519986;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0227322;OID=.;OPOS=186395572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:16:12:1:0:16:12:1:0 chr3 186435370 . G A 171.55 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0312257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.83;QD=12.4766;RBI=0.0475199;REFB=-0.0167861;REVB=-0.0358203;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117371;STB=0.567506;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0267402;OID=.;OPOS=186435370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:9:12:23:11:9:12:23:11 chr3 186437944 . T C 511.95 PASS AF=0.5;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0205554;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1705;QD=20.8959;RBI=0.0206368;REFB=-0.00935832;REVB=-0.00183123;RO=48;SAF=34;SAR=15;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258532;STB=0.64868;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0143369;OID=.;OPOS=186437944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:48:49:49:49:0.5:15:34:20:28:15:34:20:29 chr3 186443018 . T C 148.77 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00213344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.179;QD=11.9019;RBI=0.00272883;REFB=-0.0326257;REVB=0.00170146;RO=33;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226796;STB=0.634595;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0478621;OID=.;OPOS=186443018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:5:12:17:16:5:12:17:16 chr3 186459475 . C G 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00322168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.891;QD=17.6895;RBI=0.0046652;REFB=0.00785099;REVB=0.00337415;RO=26;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15506;STB=0.588392;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00741442;OID=.;OPOS=186459475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:8:13:12:14:8:13:12:14 chr3 186459646 . G A 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00224367;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.132;QD=19.6682;RBI=0.00231677;REFB=-0.0013892;REVB=-0.00057738;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467664;STB=0.526435;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00131969;OID=.;OPOS=186459646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:10:9:8:11:10:9:8:11 chr3 186459775 . C T 130.64 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0238749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7625;QD=13.7511;RBI=0.0243387;REFB=0.00341181;REVB=-0.00472868;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257187;STB=0.649291;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00543266;OID=.;OPOS=186459775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:6:9:8:15:6:9:8:15 chr3 186459927 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7635;QD=55.0978;RBI=0.0576179;REFB=0;REVB=0.00907712;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114453;OID=.;OPOS=186459927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr3 186460110 . G C 66.81 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0332601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1923;QD=12.7258;RBI=0.0676601;REFB=0.00129098;REVB=0.0589207;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865477;STB=0.551606;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-9.32118e-05;OID=.;OPOS=186460110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:5:7:6:3:5:7 chr3 186461524 . C T 190.2 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00795412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8733;QD=15.5265;RBI=0.0156936;REFB=-0.00333827;REVB=0.0135285;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362745;STB=0.530582;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00377275;OID=.;OPOS=186461524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:10:10:15:13:10:10:16:13 chr3 186504148 . T C 414.94 PASS AF=0.371212;AO=49;DP=132;FAO=49;FDP=132;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.01006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.758;QD=12.574;RBI=0.0298929;REFB=-0.000523858;REVB=-0.0281493;RO=82;SAF=30;SAR=19;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177934;STB=0.597718;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.000760304;OID=.;OPOS=186504148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:82:83:49:49:0.371212:19:30:37:45:19:30:38:45 chr3 186570892 . T G 258.83 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0306454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.398;QD=14.5819;RBI=0.0307916;REFB=-0.024438;REVB=0.00299692;RO=40;SAF=18;SAR=11;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117346;STB=0.581767;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0323578;OID=.;OPOS=186570892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:41:29:30:0.422535:11:18:29:11:12:18:30:11 chr3 186917751 . C G 771.04 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0397175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.704;QD=55.0739;RBI=0.0490907;REFB=-0.0911616;REVB=0.0288516;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.512191;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000740437;OID=.;OPOS=186917751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:20:35:0:0:20:35:0:1 chr3 186937568 . A G 994.17 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181884;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.106;QD=59.3534;RBI=0.0301072;REFB=0;REVB=0.0239922;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125527;OID=.;OPOS=186937568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr3 186953808 . C T 237.51 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0130774;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.333;QD=19.3888;RBI=0.0151898;REFB=0.00939842;REVB=-0.00772727;RO=26;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252341;STB=0.642732;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0149285;OID=.;OPOS=186953808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:15:8:16:10:15:8:16:10 chr3 186954285 . A G 943.68 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5955;QD=58.0726;RBI=0.0650243;REFB=0;REVB=0.0466349;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111485;OID=.;OPOS=186954285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:35:29:0:0:35:30:0:0 chr3 187088812 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.923;QD=60.2045;RBI=0.028342;REFB=0;REVB=0.00821118;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03475e-05;OID=.;OPOS=187088812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:47:26:0:0:47:26:0:0 chr3 187088903 . C A 708.54 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5262;QD=62.9814;RBI=0.0643255;REFB=0;REVB=0.0567642;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105704;OID=.;OPOS=187088903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:24:21:0:0 chr3 187088926 . G A 785.8 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.836;QD=64.1469;RBI=0.0236552;REFB=0;REVB=0.0229134;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111784;OID=.;OPOS=187088926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr3 187089031 . C A 284.18 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00378265;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.182;QD=17.2227;RBI=0.0348068;REFB=-0.0239865;REVB=-0.0346007;RO=34;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469033;STB=0.524984;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0224294;OID=.;OPOS=187089031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:34:35:30:31:0.469697:18:12:12:22:19:12:12:23 chr3 187416634 . C A 316.66 PASS AF=0.421687;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00469635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2867;QD=15.2607;RBI=0.00983543;REFB=0.022968;REVB=0.00864176;RO=48;SAF=13;SAR=21;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592672;STB=0.540049;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.031301;OID=.;OPOS=187416634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:34:35:0.421687:21:13:21:27:22:13:21:27 chr3 187416666 . C T 376.97 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0105548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.826;QD=26.9265;RBI=0.0208469;REFB=-0.0411172;REVB=0.0179774;RO=20;SAF=17;SAR=19;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508311;STB=0.527762;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0217444;OID=.;OPOS=187416666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:19:17:11:9:19:17:11:9 chr3 187416719 . T C 142.63 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0206761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.157;QD=14.2632;RBI=0.0611238;REFB=-0.0200619;REVB=-0.0575206;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179752;STB=0.594472;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0321515;OID=.;OPOS=187416719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:5:11:12:11:5:11:13:11 chr3 187419816 . T C 210.01 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00662518;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.915;QD=15.5562;RBI=0.0132077;REFB=-0.00487574;REVB=0.0114259;RO=30;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578566;STB=0.532785;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0056279;OID=.;OPOS=187419816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:30:24:24:0.444444:11:13:18:12:11:13:18:12 chr3 187443314 . G A 257.0 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0692693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4038;QD=16.0628;RBI=0.114876;REFB=-0.0128267;REVB=0.0916414;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136982;STB=0.576955;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0162993;OID=.;OPOS=187443314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:14:15:23:12:14:15:23:12 chr3 187446335 . A G 129.9 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0625489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9462;QD=13.3228;RBI=0.0634905;REFB=-0.00880931;REVB=0.0108939;RO=24;SAF=12;SAR=2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387669;STB=0.742473;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0233973;OID=.;OPOS=187446335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:24:14:15:0.384615:2:12:14:10:2:13:14:10 chr3 187447032 . G A 306.52 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=0.0395322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.473;QD=18.0303;RBI=0.0718111;REFB=-0.0264652;REVB=0.0599504;RO=34;SAF=28;SAR=5;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888109;STB=0.545425;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0304286;OID=.;OPOS=187447032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:35:33:33:0.485294:5:28:27:7:5:28:28:7 chr3 187450128 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0382864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8271;QD=11.9201;RBI=0.0591454;REFB=-0.0024631;REVB=-0.0450814;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.64763;STB=0.88425;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000571905;OID=.;OPOS=187450128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:1:8:1:6:1:8 chr3 187897059 . G A 217.31 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.016143;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5036;QD=15.25;RBI=0.0293894;REFB=0.0121176;REVB=0.0245589;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231547;STB=0.594828;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.0151004;OID=.;OPOS=187897059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:29:32:25:25:0.438596:13:12:7:22:13:12:10:22 chr3 187897283 . G A 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0201146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.615;QD=26.3056;RBI=0.0927797;REFB=-0.0119897;REVB=0.0905731;RO=12;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124558;STB=0.582096;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00658978;OID=.;OPOS=187897283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:12:13:21:21:0.617647:10:11:4:8:10:11:4:9 chr3 187897614 . C G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0064481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.772;QD=10.2397;RBI=0.0184653;REFB=-0.00875774;REVB=-0.0173028;RO=19;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.520284;STB=0.824905;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0175406;OID=.;OPOS=187897614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:1:9:10:9:1:9:10:9 chr3 187897954 . T A 413.01 PASS AF=0.396694;AO=49;DP=120;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0480312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.064;QD=13.6534;RBI=0.0564934;REFB=-0.022806;REVB=0.0297407;RO=69;SAF=23;SAR=26;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092435;STB=0.500172;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0387913;OID=.;OPOS=187897954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:69:73:49:48:0.396694:26:23:33:36:25:23:35:38 chr3 187898523 . T C 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0022556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.054;QD=8.40199;RBI=0.029158;REFB=0.0145796;REVB=0.0290706;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345317;STB=0.695229;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0156283;OID=.;OPOS=187898523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:20:21:9:9:0.3:3:6:7:13:3:6:8:13 chr3 188464248 . G GT 1142.24 PASS AF=1;AO=92;DP=107;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0679702;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.1851;QD=45.2372;RBI=0.198677;REFB=0;REVB=-0.186689;RO=9;SAF=72;SAR=20;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794716;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00203496;OID=.;OPOS=188464249;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:92:107:101:101:0:74:27:0:0:20:9:72:20:4:5 chr3 188593570 . C T 112.24 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0189085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.191;QD=16.6278;RBI=0.0237258;REFB=-0.0151637;REVB=0.0143311;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290292;STB=0.66642;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0171647;OID=.;OPOS=188593570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:10:4:8:5:10:4 chr3 188868715 . A C 585.07 PASS AF=0.5;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=0.0113048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.127;QD=19.5022;RBI=0.0114806;REFB=-0.00784677;REVB=0.00200154;RO=60;SAF=30;SAR=30;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16652;STB=0.591637;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00971413;OID=.;OPOS=188868715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:60:60:60:0.5:30:30:19:41:30:30:19:41 chr3 188868753 . A G 504.0 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0119126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.857;QD=18.841;RBI=0.0146945;REFB=-0.0128028;REVB=-0.00860326;RO=52;SAF=27;SAR=26;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180777;STB=0.597855;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0100426;OID=.;OPOS=188868753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:52:54:53:53:0.495327:26:27:16:36:26:27:17:37 chr3 189033292 . C G 286.24 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0367371;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.102;QD=12.8648;RBI=0.0370083;REFB=-0.0269401;REVB=-0.00447236;RO=55;SAF=16;SAR=17;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00661644;STB=0.509531;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0426231;OID=.;OPOS=189033292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:56:33:33:0.370787:17:16:27:28:17:16:28:28 chr3 189712010 . G A 369.16 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.015732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.877;QD=17.7907;RBI=0.0255955;REFB=-0.00771832;REVB=-0.0201899;RO=43;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00112116;STB=0.506795;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00849274;OID=.;OPOS=189712010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:20:19:21:22:20:19:22:22 chr3 190023552 . T C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00943781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.152;QD=12.8608;RBI=0.0187251;REFB=-0.00460332;REVB=0.0161727;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490947;STB=0.788741;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00251343;OID=.;OPOS=190023552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:1:7:2:5:1:7 chr3 190024457 . A G 201.78 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00327672;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.075;QD=16.1423;RBI=0.0042102;REFB=-0.001383;REVB=-0.00264366;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448264;STB=0.525524;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.000654389;OID=.;OPOS=190024457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:12:10:14:14:12:10:14:14 chr3 190030680 . A C,G 1297.18 PASS AF=0.0795455,0.909091;AO=6,77;DP=85;FAO=7,80;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=3,38;FSAR=4,42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107455,0.0192455;FXX=0.0434735;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.6979,126.208;QD=58.9629;RBI=0.0167834,0.0606997;REFB=-0.15792,-0.159147;REVB=-0.0128925,0.0575679;RO=1;SAF=2,36;SAR=4,41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.171372,-0.0129652;STB=0.571224,0.506492;STBP=0.543,0.32;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00222492,0.000768;OID=.,.;OPOS=190030680,190030680;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:85:88:1:1:6,77:7,80:0.0795455,0.909091:4,41:2,36:1:0:4,42:3,38:1:0 chr3 190030681 . C G 35.18 PASS AF=0.0927835;AO=8;DP=96;FAO=9;FDP=97;FR=.;FRO=88;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.00994966;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=76.473;QD=1.4506;RBI=0.0342491;REFB=0.00558394;REVB=0.032772;RO=88;SAF=6;SAR=2;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346394;STB=0.801121;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00533829;OID=.;OPOS=190030681;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:96:97:88:88:8:9:0.0927835:2:6:38:50:2:7:38:50 chr3 190333162 . TG T,TT 1018.51 PASS AF=1,0;AO=64,4;DP=68;FAO=69,0;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507978,-0.00457858;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=370.313,352.443;QD=59.0438;RBI=0.00512276,0.0045797;REFB=0,0;REVB=0.000662158,0.00010126;RO=0;SAF=33,3;SAR=31,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-1.69611e-05,0;OID=.,.;OPOS=190333163,190333163;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:64,4:68:69,0:69:0:36,0:33,0:0:0:6:0:33,3:31,1:0:0 chr3 190578566 . A G 1339.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00178041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.907;QD=62.3229;RBI=0.0458177;REFB=0;REVB=0.0457831;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5312e-05;OID=.;OPOS=190578566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:42:43:0:0:43:43:0:0 chr3 190999917 . C A 241.3 PASS AF=0.466667;AO=25;DP=57;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0187089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7466;QD=16.0868;RBI=0.0187119;REFB=-0.0285268;REVB=0.000333684;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596718;STB=0.558352;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0464689;OID=.;OPOS=190999917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:32:32:25:28:0.466667:14:11:16:16:17:11:16:16 chr3 191047532 . A G 1511.02 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.11;QD=63.6219;RBI=0.0623573;REFB=0;REVB=0.0487129;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75535e-05;OID=.;OPOS=191047532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:46:47:0:0:48:47:0:0 chr3 191074873 . C G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.439;QD=54.5175;RBI=0.0429532;REFB=0;REVB=0.0030727;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134911;OID=.;OPOS=191074873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr3 191097966 . T C 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00654496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.925;QD=18.7769;RBI=0.0105499;REFB=-0.008424;REVB=-0.00827432;RO=26;SAF=21;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229074;STB=0.629889;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0071414;OID=.;OPOS=191097966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:5:21:16:10:5:21:16:10 chr3 191098539 . C G 374.66 PASS AF=0.527778;AO=37;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0155312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.811;QD=20.8142;RBI=0.0397681;REFB=-0.0213207;REVB=-0.0366098;RO=34;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392166;STB=0.51541;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0225368;OID=.;OPOS=191098539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:34:37:38:0.527778:18:19:19:15:18:20:19:15 chr3 191100561 . C A 236.22 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0999823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2988;QD=17.4979;RBI=0.118768;REFB=-0.0140478;REVB=-0.0641052;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10436;STB=0.558694;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00645544;OID=.;OPOS=191100561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:11:15:13:15:11:15:13:15 chr3 191810914 . TA CG 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0143784;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.84;QD=19.2749;RBI=0.02596;REFB=0.00863816;REVB=0.0216144;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203315;STB=0.614614;STBP=0.15;TYPE=mnp;VARB=-0.0120869;OID=.;OPOS=191810914;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:13:10:17:9:13:10:17:9 chr3 192515557 . G A 793.11 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00238273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.454;QD=63.449;RBI=0.0243447;REFB=0;REVB=-0.0242279;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000864889;OID=.;OPOS=192515557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:24:26:0:0 chr3 192517421 . T C 171.85 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00342363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.809;QD=18.0889;RBI=0.0034339;REFB=-0.00409663;REVB=-0.000265342;RO=20;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254495;STB=0.618047;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00595977;OID=.;OPOS=192517421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:20:17:18:0.473684:12:5:11:9:12:6:11:9 chr3 192994543 . A G 374.05 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0262851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3099;QD=18.0266;RBI=0.0419063;REFB=-0.0146781;REVB=0.0326378;RO=44;SAF=19;SAR=20;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184538;STB=0.602655;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0365746;OID=.;OPOS=192994543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:20:19:30:14:20:19:30:14 chr3 193031926 . C T 255.66 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0737352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8056;QD=22.7256;RBI=0.105425;REFB=-0.06559;REVB=-0.0753494;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139454;STB=0.577715;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0520766;OID=.;OPOS=193031926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:12:12:7:14:12:12:7:14 chr3 193036794 . G C 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00327033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.397;QD=13.336;RBI=0.00818093;REFB=-0.0204801;REVB=-0.00749884;RO=23;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157922;STB=0.606996;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0271909;OID=.;OPOS=193036794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:24:15:15:0.384615:5:10:12:11:5:10:12:12 chr3 193042776 . T C 235.52 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0365598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.745;QD=19.2259;RBI=0.0387049;REFB=-0.0212627;REVB=-0.0127062;RO=25;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148715;STB=0.592514;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0108262;OID=.;OPOS=193042776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:26:23:23:0.469388:12:11:16:9:12:11:17:9 chr3 193080344 . C T 280.38 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0111546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.84;QD=14.3782;RBI=0.0115598;REFB=0.00521443;REVB=-0.00303364;RO=46;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903964;STB=0.55125;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.0114834;OID=.;OPOS=193080344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:16:16:19:27:16:16:19:27 chr3 193081122 . G T 703.43 PASS AF=0.514925;AO=69;DP=134;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.0319791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7533;QD=20.9979;RBI=0.0320247;REFB=0.00956007;REVB=0.00170792;RO=64;SAF=29;SAR=40;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178248;STB=0.59416;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00827662;OID=.;OPOS=193081122;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:64:65:69:69:0.514925:40:29:40:24:40:29:40:25 chr3 193171979 . T A 425.24 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00292783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.786;QD=21.531;RBI=0.011446;REFB=-0.0206727;REVB=0.0110652;RO=37;SAF=24;SAR=18;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072645;STB=0.540127;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0182156;OID=.;OPOS=193171979;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:18:24:18:19:18:24:18:19 chr3 193180592 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.818;QD=62.022;RBI=0.0153648;REFB=0;REVB=-0.00813083;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.44826e-05;OID=.;OPOS=193180592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr3 193183817 . A G 771.64 PASS AF=0.98;AO=37;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.297;QD=61.7308;RBI=0.0436013;REFB=-0.0278714;REVB=0.0287851;RO=1;SAF=21;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217802;STB=0.509087;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000205366;OID=.;OPOS=193183817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:37:49:0.98:16:21:1:0:22:27:1:0 chr3 193209178 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3805;QD=55.6558;RBI=0.0254797;REFB=0;REVB=0.0231777;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514676;OID=.;OPOS=193209178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr3 193210768 . A G 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.203;QD=59.3204;RBI=0.0223855;REFB=0;REVB=0.0134611;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104237;OID=.;OPOS=193210768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr3 193334991 . G A 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0356313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2107;QD=19.4205;RBI=0.0356857;REFB=-0.0124201;REVB=0.00197007;RO=27;SAF=19;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18801;STB=0.605021;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0185393;OID=.;OPOS=193334991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:10:19:12:15:10:19:12:15 chr3 193355074 . T C 1622.09 PASS AF=0.991071;AO=108;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00406797;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.782;QD=57.9317;RBI=0.023539;REFB=0.0233705;REVB=0.0231848;RO=2;SAF=36;SAR=72;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130021;STB=0.503401;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000162317;OID=.;OPOS=193355074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:111:112:2:1:108:111:0.991071:72:36:0:2:73:38:0:1 chr3 193374964 . T C 300.32 PASS AF=0.395349;AO=33;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00671132;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.805;QD=13.9683;RBI=0.0263416;REFB=-0.00728354;REVB=0.0254723;RO=52;SAF=12;SAR=21;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209784;STB=0.625445;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0198819;OID=.;OPOS=193374964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:33:34:0.395349:21:12:29:23:22:12:29:23 chr3 193386239 . C T 368.02 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0425575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5961;QD=19.3695;RBI=0.0425743;REFB=0.00707801;REVB=0.00119556;RO=36;SAF=24;SAR=14;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115862;STB=0.558253;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00468071;OID=.;OPOS=193386239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:38:38:38:0.5:14:24:27:9:14:24:28:10 chr3 193863706 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8301;QD=54.5174;RBI=0.0306915;REFB=0;REVB=-0.0250349;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139967;OID=.;OPOS=193863706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr3 194061826 . C T 113.49 PASS AF=0.291667;AO=13;DP=47;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0540061;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.977;QD=9.4574;RBI=0.0547528;REFB=-0.0411668;REVB=-0.00901129;RO=34;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782869;STB=0.526279;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0887238;OID=.;OPOS=194061826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:34:34:13:14:0.291667:8:5:11:23:9:5:11:23 chr3 194061906 . T C 1080.51 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3327;QD=60.0281;RBI=0.0321543;REFB=0;REVB=-0.0298062;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.88316e-05;OID=.;OPOS=194061906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:46:26:0:0:46:26:0:0 chr3 194063300 . T C 1512.97 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146205;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3307;QD=59.9197;RBI=0.00156756;REFB=0;REVB=0.000565377;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916333;OID=.;OPOS=194063300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:101:0:0:101:101:1:50:51:0:0:50:51:0:0 chr3 194079603 . A G 111.43 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0134506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4146;QD=15.9181;RBI=0.0310059;REFB=0.00122658;REVB=-0.0279365;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057665;STB=0.533283;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00145471;OID=.;OPOS=194079603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:9:6:6:7:9:6 chr3 194080125 . C T 208.75 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0270517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5985;QD=18.1521;RBI=0.0318176;REFB=-0.00866898;REVB=0.01675;RO=25;SAF=3;SAR=18;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481467;STB=0.778322;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0213353;OID=.;OPOS=194080125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:18:3:14:11:18:3:14:11 chr3 194118874 . T C 630.99 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.48;QD=61.5603;RBI=0.0279085;REFB=0;REVB=0.0192751;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110908;OID=.;OPOS=194118874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:25:14:0:0:25:16:0:0 chr3 194124421 . A G 276.25 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00163963;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.298;QD=13.1546;RBI=0.00167061;REFB=-0.0168657;REVB=-0.000320261;RO=51;SAF=14;SAR=18;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119729;STB=0.574138;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0239046;OID=.;OPOS=194124421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:51:52:32:32:0.380952:18:14:28:23:18:14:29:23 chr3 194219566 . G A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0307657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.355;QD=20.898;RBI=0.0324756;REFB=-0.0238029;REVB=0.0103988;RO=4;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171168;STB=0.599732;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00755343;OID=.;OPOS=194219566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:2:6:2:2:2:6:2:2 chr3 194313832 . T C 380.91 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602056;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.446;QD=56.4311;RBI=0.0612206;REFB=0;REVB=-0.0111019;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256652;OID=.;OPOS=194313832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr3 194337901 . T C 351.15 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00871445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.396;QD=18.0075;RBI=0.0308114;REFB=-0.00193584;REVB=-0.0295534;RO=41;SAF=19;SAR=18;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699983;STB=0.539079;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00204908;OID=.;OPOS=194337901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:18:19:18:23:18:19:18:23 chr3 194338423 . CG TC 136.28 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0102244;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=147.371;QD=9.73456;RBI=0.0145281;REFB=-0.010262;REVB=-0.0103213;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654866;STB=0.553513;STBP=0.574;TYPE=mnp;VARB=0.0225723;OID=.;OPOS=194338423;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:38:18:18:0.321429:9:9:15:19:9:9:16:22 chr3 194353875 . G T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00172924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5384;QD=12.3953;RBI=0.0756406;REFB=0.00219751;REVB=0.0756208;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331615;STB=0.691764;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00700725;OID=.;OPOS=194353875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:0:5:4:1:0:5 chr3 194373832 . TG CA 2109.86 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447773;FXX=0.0147048;HRUN=2;LEN=2;MLLD=333.848;QD=62.9808;RBI=0.0461312;REFB=0;REVB=0.0110944;RO=0;SAF=72;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.47538e-05;OID=.;OPOS=194373832;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:134:0:0:134:134:1:62:72:0:0:62:72:0:0 chr3 194387300 . C T 619.14 PASS AF=1;AO=37;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639544;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.058;QD=61.9141;RBI=0.0764542;REFB=0;REVB=0.0418937;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002512;OID=.;OPOS=194387300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:40:0:0:37:40:1:22:15:0:0:24:16:0:0 chr3 194842785 . C G 377.92 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00442194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4381;QD=26.9943;RBI=0.0320418;REFB=-0.00851191;REVB=-0.0317352;RO=20;SAF=19;SAR=17;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145824;STB=0.507964;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00537223;OID=.;OPOS=194842785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:17:19:11:9:17:19:11:9 chr3 194842876 . CA CG,TG 817.67 PASS AF=0.610169,0.389831;AO=36,22;DP=58;FAO=36,23;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=13,10;FSAR=23,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106946,0.0268814;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=235.364,214.383;QD=55.4349;RBI=0.0125813,0.0292167;REFB=0,0;REVB=-0.00662695,-0.0114459;RO=0;SAF=13,9;SAR=23,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.21415e-08,5.2029e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00526712,0.0137523;OID=.,.;OPOS=194842877,194842876;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:58:59:0:0:36,22:36,23:0.610169,0.389831:23,13:13,9:0:0:23,13:13,10:0:0 chr3 194842911 . A G 727.65 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.409;QD=63.2735;RBI=0.0325932;REFB=0;REVB=0.0184316;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137832;OID=.;OPOS=194842911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr3 195076877 . C G 230.98 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00665715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.73;QD=17.7676;RBI=0.0408662;REFB=-0.0185233;REVB=0.0403203;RO=27;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269287;STB=0.51514;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0172252;OID=.;OPOS=195076877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:16:9:9:18:16:9:9:18 chr3 195131730 . G C 185.79 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.01268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.766;QD=13.7621;RBI=0.01268;REFB=0.0013168;REVB=9.64177e-06;RO=32;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753835;STB=0.527002;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00167242;OID=.;OPOS=195131730;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:32:32:21:22:0.407407:12:9:16:16:12:10:16:16 chr3 195242526 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.107;QD=44.6897;RBI=0.0568537;REFB=0;REVB=0.00998044;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038921;OID=.;OPOS=195242526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr3 195345828 . AG GA 386.99 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259761;FXX=0.0999667;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.306;QD=57.3325;RBI=0.0261881;REFB=0;REVB=-0.00332559;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000151743;OID=.;OPOS=195345828;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr3 195345953 . C T 101.03 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.048851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2984;QD=9.62182;RBI=0.051717;REFB=-0.0310275;REVB=0.016977;RO=28;SAF=11;SAR=2;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272638;STB=0.660916;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.108912;OID=.;OPOS=195345953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:29:13:13:0.309524:2:11:19:9:2:11:20:9 chr3 195346352 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0390626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5846;QD=16.4543;RBI=0.0418017;REFB=-0.0469636;REVB=-0.0148829;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28888;STB=0.666218;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0181675;OID=.;OPOS=195346352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:0:4:4:2:0:4 chr3 195346468 . T C 89.1 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0160665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.485;QD=5.7482;RBI=0.0313327;REFB=-0.00544879;REVB=-0.0269;RO=48;SAF=6;SAR=8;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015;STB=0.509421;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0172735;OID=.;OPOS=195346468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:8:6:20:28:8:6:20:28 chr3 195346477 . C T 42.31 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00496771;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2908;QD=2.72988;RBI=0.00724234;REFB=-0.00474568;REVB=-0.00527005;RO=53;SAF=4;SAR=4;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125894;STB=0.596542;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0303723;OID=.;OPOS=195346477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:61:62:53:54:8:8:0.129032:4:4:21:32:4:4:21:33 chr3 195346623 . A G 74.2 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0260476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.179;QD=5.60013;RBI=0.0301552;REFB=-0.00732987;REVB=0.015194;RO=41;SAF=4;SAR=7;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183514;STB=0.627353;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0379142;OID=.;OPOS=195346623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:41:42:11:11:0.207547:7:4:21:20:7:4:22:20 chr3 195346665 . G A 87.1 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00954989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.417;QD=6.22161;RBI=0.0282409;REFB=-0.0206077;REVB=-0.0265772;RO=43;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531239;STB=0.533283;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0568053;OID=.;OPOS=195346665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:7:6:18:25:7:6:18:25 chr3 195391111 . T C 64.08 PASS AF=0.12;AO=15;DP=125;FAO=15;FDP=125;FR=.;FRO=110;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=72;FSRR=38;FWDB=-0.029279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.667;QD=2.05048;RBI=0.040764;REFB=-0.00320309;REVB=-0.0283627;RO=110;SAF=12;SAR=3;SRF=72;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21779;STB=0.661052;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.023547;OID=.;OPOS=195391111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:125:125:110:110:15:15:0.12:3:12:72:38:3:12:72:38 chr3 195399475 . C G 115.36 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=0.0102335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4798;QD=8.2399;RBI=0.0293526;REFB=0.00184178;REVB=-0.0275109;RO=40;SAF=3;SAR=13;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.611518;STB=0.861052;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00856984;OID=.;OPOS=195399475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:13:3:30:10:13:3:30:10 chr3 195399502 . C G 165.77 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.019329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.8176;QD=7.98897;RBI=0.0194279;REFB=-0.010568;REVB=0.00195805;RO=55;SAF=4;SAR=19;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548384;STB=0.81517;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0347813;OID=.;OPOS=195399502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:60:23:23:0.277108:19:4:35:20:19:4:36:24 chr3 195399505 . C T 200.45 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00952664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.724;QD=9.66;RBI=0.0219951;REFB=-0.0114926;REVB=-0.019825;RO=55;SAF=16;SAR=10;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226761;STB=0.632252;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0212801;OID=.;OPOS=195399505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:57:26:26:0.313253:10:16:23:32:10:16:24:33 chr3 195404649 . A G 95.32 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0028;QD=34.663;RBI=0.0324092;REFB=-0.0511585;REVB=0.026791;RO=1;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176689;STB=0.599781;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0181543;OID=.;OPOS=195404649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:8:2:1:0:8:2:1:0 chr3 195410640 . T C 39.19 PASS AF=0.0642857;AO=18;DP=280;FAO=18;FDP=280;FR=.;FRO=262;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=142;FSRR=120;FWDB=-0.0132006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.728;QD=0.559787;RBI=0.0399552;REFB=-0.00355137;REVB=-0.0377115;RO=260;SAF=9;SAR=9;SRF=141;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454038;STB=0.539242;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0719979;OID=.;OPOS=195410640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:280:280:260:262:18:18:0.0642857:9:9:141:119:9:9:142:120 chr3 195447886 . G C 324.07 PASS AF=0.292517;AO=43;DP=147;FAO=43;FDP=147;FR=.;FRO=104;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=62;FSRR=42;FWDB=0.0138534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4617;QD=8.81821;RBI=0.015249;REFB=-0.013866;REVB=-0.00637306;RO=104;SAF=33;SAR=10;SRF=62;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241644;STB=0.643589;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0414386;OID=.;OPOS=195447886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:104:104:43:43:0.292517:10:33:62:42:10:33:62:42 chr3 195447911 . TTTC T 45.91 PASS AF=0.145833;AO=18;DP=144;FAO=21;FDP=144;FR=.;FRO=123;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=75;FSRR=48;FWDB=-0.0279688;FXX=0.0335548;HRUN=4;LEN=3;MLLD=163.625;QD=1.27518;RBI=0.0279957;REFB=-0.00880771;REVB=-0.00122699;RO=115;SAF=10;SAR=8;SRF=72;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913954;STB=0.613012;STBP=0.287;TYPE=del;VARB=0.0440206;OID=.;OPOS=195447912;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.145833:18:144:21:144:123:10:11:75:48:45:115:10:8:72:43 chr3 195451880 . AG GA 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375506;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=125.487;QD=37.488;RBI=0.0375952;REFB=0;REVB=-0.00183119;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000903181;OID=.;OPOS=195451880;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr3 195452770 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.347;QD=51.1845;RBI=0.0221933;REFB=0;REVB=0.0151873;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024495;OID=.;OPOS=195452770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr3 195452799 . C T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0773465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0727;QD=56.7046;RBI=0.0928958;REFB=0;REVB=0.0514505;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024314;OID=.;OPOS=195452799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr3 195452950 . T C 38.57 PASS AF=0.14;AO=6;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0325485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.218;QD=3.08553;RBI=0.0448272;REFB=-0.00781076;REVB=-0.0308233;RO=43;SAF=6;SAR=0;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.61836;STB=0.799042;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.147918;OID=.;OPOS=195452950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:50:50:43:43:6:7:0.14:0:6:24:19:1:6:24:19 chr3 195452951 . G C 310.61 PASS AF=0.584906;AO=30;DP=52;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.0382669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6528;QD=23.4421;RBI=0.0804668;REFB=0.00468528;REVB=-0.0707852;RO=22;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322054;STB=0.678339;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00806708;OID=.;OPOS=195452951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:22:22:30:31:0.584906:17:13:19:3:18:13:19:3 chr3 195453017 . GC G 71.93 PASS AF=0.3;AO=13;DP=48;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0417019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.5502;QD=5.75439;RBI=0.0418965;REFB=-0.0020383;REVB=0.0040332;RO=35;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342474;STB=0.733022;STBP=0.045;TYPE=del;VARB=0.00483993;OID=.;OPOS=195453018;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:13:48:15:50:35:11:4:14:21:71:35:9:4:14:21 chr3 195453064 . T G 803.04 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0129751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3425;QD=55.3823;RBI=0.0173856;REFB=0.0792577;REVB=-0.0115717;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154619;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00940984;OID=.;OPOS=195453064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:27:30:1:0:27:30:1:0 chr3 195453288 . A C 112.1 PASS AF=0.283019;AO=14;DP=52;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0273652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.687;QD=8.46011;RBI=0.0274687;REFB=-0.00326031;REVB=0.00238201;RO=38;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747851;STB=0.528016;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0108978;OID=.;OPOS=195453288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:38:38:14:15:0.283019:10:4:9:29:11:4:9:29 chr3 195456545 . C T 129.55 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0171526;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.36;QD=18.5068;RBI=0.0211445;REFB=-0.0134297;REVB=-0.0123644;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629108;STB=0.536031;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0252615;OID=.;OPOS=195456545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:7:7:6:8:7:7 chr3 195477791 . G A 1511.15 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.799;QD=62.9646;RBI=0.0469852;REFB=0;REVB=0.0263952;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48266e-05;OID=.;OPOS=195477791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:96:0:0:86:96:1:34:52:0:0:42:54:0:0 chr3 195479256 . T C 650.99 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1575;QD=61.9988;RBI=0.0763444;REFB=0;REVB=0.0692805;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467578;OID=.;OPOS=195479256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:32:10:0:0:32:10:0:0 chr3 195489009 . C A 2353.73 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035205;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.835;QD=61.1359;RBI=0.0477502;REFB=0;REVB=0.0322596;RO=0;SAF=80;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60016e-05;OID=.;OPOS=195489009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:154:154:1:74:80:0:0:74:80:0:0 chr3 195489067 . C G 2512.85 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0467719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8949;QD=60.9176;RBI=0.0740686;REFB=-0.0879877;REVB=-0.0574331;RO=0;SAF=73;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17809e-08;STB=0.502732;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-8.33697e-05;OID=.;OPOS=195489067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:165:0:1:164:164:0.993939:91:73:0:0:91:73:0:1 chr3 195495916 . G C 1067.83 PASS AF=0.865169;AO=75;DP=89;FAO=77;FDP=89;FR=.;FRO=12;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0365382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.511;QD=47.9921;RBI=0.0365386;REFB=-0.0769931;REVB=0.000176758;RO=9;SAF=43;SAR=32;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424708;STB=0.536415;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00233123;OID=.;OPOS=195495916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:89:89:9:12:75:77:0.865169:32:43:7:2:33:44:10:2 chr3 195495917 . T C 43.65 PASS AF=0.11236;AO=9;DP=88;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0669767;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.092;QD=1.96196;RBI=0.0797394;REFB=-0.0376474;REVB=-0.0432723;RO=79;SAF=7;SAR=2;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251005;STB=0.612903;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0588754;OID=.;OPOS=195495917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:88:89:79:79:9:10:0.11236:2:7:46:33:3:7:46:33 chr3 195497174 . C G 1453.44 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8412;QD=63.1929;RBI=0.0555899;REFB=0;REVB=0.0133936;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348533;OID=.;OPOS=195497174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr3 195497743 . T C 754.28 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.646;QD=56.9264;RBI=0.0335531;REFB=0;REVB=0.0184877;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54399e-05;OID=.;OPOS=195497743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr3 195501149 . C T 1162.48 PASS AF=0.930233;AO=76;DP=81;FAO=80;FDP=86;FR=.;FRO=6;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.101621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6612;QD=54.0688;RBI=0.106801;REFB=-0.172736;REVB=0.0328566;RO=5;SAF=39;SAR=37;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364938;STB=0.51429;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0112679;OID=.;OPOS=195501149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:81:86:5:6:76:80:0.930233:37:39:1:4:37:43:2:4 chr3 195505664 . G A 502.9 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.325;QD=55.8773;RBI=0.0220401;REFB=0.0429218;REVB=0.0134131;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00168943;OID=.;OPOS=195505664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:0:1:34:35:0.972222:10:24:0:0:11:24:1:0 chr3 195505788 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.844;QD=45.8068;RBI=0.0785729;REFB=0;REVB=0.0171526;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484376;OID=.;OPOS=195505788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr3 195515594 . C G 1101.6 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.046;QD=59.5462;RBI=0.04718;REFB=0;REVB=0.0460077;RO=0;SAF=49;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75404e-05;OID=.;OPOS=195515594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:74:0:0:69:74:1:20:49:0:0:24:50:0:0 chr3 195515617 . G C 1205.56 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0571278;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6576;QD=58.0994;RBI=0.16137;REFB=-0.0982561;REVB=0.15092;RO=2;SAF=58;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411056;STB=0.504272;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00451223;OID=.;OPOS=195515617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:83:83:2:1:80:82:0.987952:22:58:0:2:24:58:1:0 chr3 195516630 . G T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00682255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.954;QD=58.5878;RBI=0.0156969;REFB=0;REVB=0.0141367;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60238e-05;OID=.;OPOS=195516630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr3 195516878 . T C 340.77 PASS AF=1;AO=15;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.187554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.968;QD=54.5231;RBI=0.212576;REFB=0;REVB=0.10006;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285823;OID=.;OPOS=195516878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:15:25:1:11:4:0:0:17:8:0:0 chr3 195517258 . G A 1012.46 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288815;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.603;QD=59.5564;RBI=0.0295595;REFB=0;REVB=0.00629466;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230385;OID=.;OPOS=195517258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:26:42:0:0:26:42:0:0 chr3 195517321 . G A 1057.3 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00737976;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.272;QD=54.9245;RBI=0.0547659;REFB=-0.172295;REVB=0.0542664;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.530295;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00272107;OID=.;OPOS=195517321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:78:77:0:4:73:73:0.948052:31:42:0:0:31:42:0:4 chr3 195517553 . A C 556.92 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.591;QD=60.2072;RBI=0.0426709;REFB=0;REVB=0.0413007;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267006;OID=.;OPOS=195517553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr3 195518112 . T A,TGTCTCCTGCGTAACA 815.24 PASS AF=0.0777778,0.666667;AO=7,57;DP=94;FAO=7,60;FDP=90;FR=.;FRO=23;FSAF=7,21;FSAR=0,39;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00374107,0.0166096;FXX=0.0322546;HRUN=1,1;LEN=1,15;MLLD=102.177,418.9;QD=36.2328;RBI=0.0158822,0.0171161;REFB=-0.0172309,0.00416486;REVB=0.0154353,0.00413319;RO=24;SAF=7,21;SAR=0,36;SRF=18;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.664641,-0.211542;STB=0.997619,0.622045;STBP=0.087,0;TYPE=snp,ins;VARB=0.00123888,0.00224224;OID=.,.;OPOS=195518112,195518113;OREF=T,-;OALT=A,GTCTCCTGCGTAACA;OMAPALT=A,TGTCTCCTGCGTAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:94:90:24:23:7,57:7,60:0.0777778,0.666667:0,36:7,21:18:6:0,39:7,21:18:5 chr3 195518330 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.499;QD=51.1841;RBI=0.0340808;REFB=0;REVB=0.0139697;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248636;OID=.;OPOS=195518330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr3 195597245 . G C 235.1 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=-0.0270335;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=188.93;QD=15.4161;RBI=0.0271838;REFB=-0.01083;REVB=-0.00285452;RO=34;SAF=5;SAR=22;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143762;STB=0.508124;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0189767;OID=.;OPOS=195597245;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:22:5:6:28:22:5:6:28 chr3 195606019 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0170367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.081;QD=18.8207;RBI=0.0171304;REFB=-0.0103627;REVB=0.00178961;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360738;STB=0.705552;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0113691;OID=.;OPOS=195606019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:8:2:8:4:8:2 chr3 195611804 . C T 34.1 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0256255;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.79;QD=3.49739;RBI=0.0508305;REFB=-0.0171718;REVB=-0.0438984;RO=29;SAF=5;SAR=1;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405181;STB=0.756617;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0670213;OID=.;OPOS=195611804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:37:39:29:33:6:6:0.153846:1:5:15:14:1:5:19:14 chr3 195615376 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0597207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.159;QD=62.0219;RBI=0.0608152;REFB=0;REVB=0.0114859;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256344;OID=.;OPOS=195615376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr3 195666742 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2651;QD=35.5758;RBI=0.0207643;REFB=0;REVB=0.00693747;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103871;OID=.;OPOS=195666742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr3 195690251 . A G 47.2 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0024693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.566;QD=3.56259;RBI=0.0299229;REFB=0.000530267;REVB=-0.0298208;RO=45;SAF=5;SAR=3;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318749;STB=0.522332;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00491031;OID=.;OPOS=195690251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:45:45:8:8:0.150943:3:5:27:18:3:5:27:18 chr3 195701278 . C T 72.14 PASS AF=0.147368;AO=14;DP=95;FAO=14;FDP=95;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0134909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.776;QD=3.03729;RBI=0.0142845;REFB=-8.86784e-05;REVB=-0.00469485;RO=80;SAF=6;SAR=8;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739502;STB=0.545389;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0023119;OID=.;OPOS=195701278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:95:95:80:81:14:14:0.147368:8:6:39:41:8:6:39:42 chr3 195701285 . G T 112.07 PASS AF=0.184466;AO=19;DP=103;FAO=19;FDP=103;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.0239085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.388;QD=4.35233;RBI=0.0261819;REFB=-0.00489146;REVB=-0.0106714;RO=84;SAF=7;SAR=12;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168233;STB=0.60858;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0193109;OID=.;OPOS=195701285;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:84:84:19:19:0.184466:12:7:42:42:12:7:42:42 chr3 195701301 . A T 104.42 PASS AF=0.174312;AO=19;DP=109;FAO=19;FDP=109;FR=.;FRO=90;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.0271846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.695;QD=3.83177;RBI=0.0276216;REFB=-0.00508207;REVB=-0.00489373;RO=88;SAF=7;SAR=12;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834635;STB=0.56506;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.042101;OID=.;OPOS=195701301;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:88:90:19:19:0.174312:12:7:38:50:12:7:40:50 chr3 195701304 . C T 310.4 PASS AF=0.354545;AO=39;DP=110;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0164502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.618;QD=11.2872;RBI=0.0268215;REFB=-0.00226689;REVB=0.0211846;RO=71;SAF=13;SAR=26;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186613;STB=0.607538;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0070481;OID=.;OPOS=195701304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:71:71:39:39:0.354545:26:13:35:36:26:13:35:36 chr3 195701310 . C CAA 191.77 PASS AF=0.342342;AO=36;DP=114;FAO=38;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.000938579;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=2;MLLD=40.6324;QD=6.91049;RBI=0.00557456;REFB=-0.000904612;REVB=-0.00549498;RO=75;SAF=11;SAR=25;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229182;STB=0.614008;STBP=0.105;TYPE=ins;VARB=-0.000781975;OID=.;OPOS=195701311;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342342:36:114:38:111:73:12:26:35:38:99:75:11:25:37:38 chr3 195701331 . G A 402.25 PASS AF=0.366412;AO=48;DP=131;FAO=48;FDP=131;FR=.;FRO=83;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.00736485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.444;QD=12.2825;RBI=0.0701496;REFB=-0.00235725;REVB=0.0697619;RO=83;SAF=16;SAR=32;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172792;STB=0.598888;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00672451;OID=.;OPOS=195701331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:83:83:48:48:0.366412:32:16:40:43:32:16:40:43 chr3 195709088 . T C 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00379774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.016;QD=19.6674;RBI=0.0590721;REFB=-0.0695351;REVB=0.0589499;RO=19;SAF=15;SAR=4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665353;STB=0.537807;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.067119;OID=.;OPOS=195709088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:4:15:14:5:4:15:14:5 chr3 195710989 . G A 372.78 PASS AF=0.421053;AO=29;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00452011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.438;QD=15.6958;RBI=0.0202474;REFB=-0.0101057;REVB=0.0197365;RO=48;SAF=4;SAR=25;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462945;STB=0.579474;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0423426;OID=.;OPOS=195710989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:55:29:40:0.421053:25:4:23:25:25:15:28:27 chr3 195710993 . A G 432.94 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0487697;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.164;QD=17.8533;RBI=0.0549489;REFB=-0.00241768;REVB=-0.0253161;RO=51;SAF=16;SAR=28;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144853;STB=0.582167;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00206943;OID=.;OPOS=195710993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:51:53:44:44:0.453608:28:16:26:25:28:16:27:26 chr3 195711042 . C G 426.42 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00954289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.5587;QD=16.401;RBI=0.0494801;REFB=-0.00419114;REVB=0.0485512;RO=56;SAF=22;SAR=25;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212071;STB=0.506576;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00979229;OID=.;OPOS=195711042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:57:47:47:0.451923:25:22:25:31:25:22:26:31 chr3 195800811 . C T 389.96 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00709337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.309;QD=21.6643;RBI=0.0334771;REFB=-0.0142522;REVB=-0.032717;RO=33;SAF=20;SAR=19;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734354;STB=0.54052;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0115118;OID=.;OPOS=195800811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:19:20:14:19:19:20:14:19 chr3 195936382 . G A 102.48 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0709809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.157;QD=17.8228;RBI=0.0716504;REFB=0.00657628;REVB=0.00977171;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321591;STB=0.518487;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.00481986;OID=.;OPOS=195936382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:6:5:5:7:6:5 chr3 195941216 . C G 458.47 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00931291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.302;QD=17.8047;RBI=0.0185375;REFB=-0.0268179;REVB=0.0160283;RO=51;SAF=24;SAR=25;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000368098;STB=0.50436;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0248837;OID=.;OPOS=195941216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:54:49:49:0.475728:25:24:25:26:25:24:26:28 chr3 195955762 . G A 434.95 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0114834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.644;QD=15.2615;RBI=0.013534;REFB=-0.00697257;REVB=0.00716249;RO=65;SAF=30;SAR=19;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930361;STB=0.552261;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00873975;OID=.;OPOS=195955762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:65:49:49:0.429825:19:30:34:31:19:30:34:31 chr3 195956827 . T C 337.22 PASS AF=0.493151;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0150758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0563;QD=18.4777;RBI=0.0211864;REFB=-0.0115655;REVB=0.0148857;RO=37;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050436;STB=0.534582;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.018363;OID=.;OPOS=195956827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:35:36:0.493151:18:17:20:17:19:17:20:17 chr3 196054439 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00053675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.152;QD=56.7066;RBI=0.00558994;REFB=0;REVB=-0.00556411;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97594e-05;OID=.;OPOS=196054439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr3 196199204 . G T 423.71 PASS AF=0.472527;AO=42;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0518066;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3314;QD=18.6245;RBI=0.0795382;REFB=-0.0098568;REVB=-0.0603524;RO=48;SAF=21;SAR=21;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796661;STB=0.537892;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00974866;OID=.;OPOS=196199204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:42:43:0.472527:21:21:28:20:21:22:28:20 chr3 196234781 . AC A 33.89 PASS AF=0.232558;AO=13;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0131012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.003;QD=3.1526;RBI=0.0285466;REFB=-0.0187491;REVB=-0.0253627;RO=29;SAF=12;SAR=1;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.649594;STB=0.865491;STBP=0.023;TYPE=del;VARB=0.123476;OID=.;OPOS=196234782;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232558:13:43:10:43:33:9:1:16:17:33:29:12:1:12:17 chr3 196294104 . C G 999.05 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.157;QD=58.7678;RBI=0.00987981;REFB=0;REVB=0.00479313;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07746e-05;OID=.;OPOS=196294104;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:37:30:0:0:38:30:0:0 chr3 196386964 . C G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.082;QD=61.6953;RBI=0.042729;REFB=0;REVB=0.0383457;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7298e-05;OID=.;OPOS=196386964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr3 196435534 . T C 301.1 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0724784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.591;QD=21.5069;RBI=0.0725204;REFB=-0.0113354;REVB=-0.0024663;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136207;STB=0.580593;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0052777;OID=.;OPOS=196435534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:25:30:31:0.553571:17:13:15:10:18:13:15:10 chr3 196438826 . G T 59.74 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0106798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5018;QD=5.68959;RBI=0.0276362;REFB=-0.0215555;REVB=-0.0254893;RO=33;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152821;STB=0.599772;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0708163;OID=.;OPOS=196438826;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:6:3:15:18:6:3:15:18 chr3 196443803 . T C 1901.0 PASS AF=0.458333;AO=194;DP=428;FAO=198;FDP=432;FR=.;FRO=234;FSAF=88;FSAR=110;FSRF=124;FSRR=110;FWDB=0.0325221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.173;QD=17.6019;RBI=0.0363849;REFB=-0.00994279;REVB=0.0163148;RO=232;SAF=86;SAR=108;SRF=124;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900891;STB=0.546387;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0115753;OID=.;OPOS=196443803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:428:432:232:234:194:198:0.458333:108:86:124:108:110:88:124:110 chr3 196448103 . C T 294.92 PASS AF=0.586957;AO=26;DP=45;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.000250756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.56;QD=25.6451;RBI=0.0242936;REFB=0.00060519;REVB=0.0242923;RO=19;SAF=18;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405526;STB=0.533309;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.000372307;OID=.;OPOS=196448103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:19:19:26:27:0.586957:8:18:14:5:9:18:14:5 chr3 196511870 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0321016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9646;QD=16.3859;RBI=0.0324143;REFB=0.00416207;REVB=-0.00449122;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571344;STB=0.53326;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00682364;OID=.;OPOS=196511870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:3:5:5:4:3:5 chr3 196511920 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00909274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.994;QD=12.8607;RBI=0.00909712;REFB=0.0100683;REVB=0.000282225;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.538351;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00579836;OID=.;OPOS=196511920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:4:4:3:4:4:4 chr3 196613075 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0293859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.895;QD=16.2715;RBI=0.0366831;REFB=-0.00934347;REVB=-0.0219573;RO=18;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191332;STB=0.610954;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0179238;OID=.;OPOS=196613075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:4:11:10:8:4:11:10:8 chr3 196660820 . C T 354.33 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.031288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9642;QD=21.4743;RBI=0.0348091;REFB=-0.0191191;REVB=-0.0152555;RO=30;SAF=21;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150737;STB=0.583287;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.01289;OID=.;OPOS=196660820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:15:21:12:18:15:21:12:18 chr3 196674749 . C T 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1466;QD=62.0181;RBI=0.0974323;REFB=0;REVB=0.06904;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122406;OID=.;OPOS=196674749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr3 196674879 . A G 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1646;QD=63.8668;RBI=0.0469517;REFB=0;REVB=-0.00803476;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000679118;OID=.;OPOS=196674879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr3 196674916 . A C 618.26 PASS AF=1;AO=38;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320814;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.76;QD=61.8258;RBI=0.077036;REFB=0;REVB=0.070038;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301542;OID=.;OPOS=196674916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:38:40:1:23:15:0:0:25:15:0:0 chr3 196674972 . CT TC 480.38 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108476;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.587;QD=58.2279;RBI=0.0144251;REFB=0;REVB=0.00950855;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00012188;OID=.;OPOS=196674972;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:33:0:0:31:33:1:19:12:0:0:19:14:0:0 chr3 196770355 . TAAGG T 1694.2 PASS AF=1;AO=133;DP=139;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477364;FXX=0.0287749;HRUN=2;LEN=4;MLLD=169.247;QD=50.1985;RBI=0.047743;REFB=0;REVB=0.000791832;RO=1;SAF=50;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.32372e-05;OID=.;OPOS=196770356;OREF=AAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:133:139:135:135:0:51:84:0:0:30:1:50:83:0:1 chr3 196771245 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.115;QD=62.3506;RBI=0.0301154;REFB=0;REVB=-0.0103438;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.44436e-05;OID=.;OPOS=196771245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr3 197020780 . G A,GA,GAA 564.95 PASS AF=0.106383,0.893617,0;AO=11,39,14;DP=118;FAO=10,84,0;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=4,47,0;FSAR=6,37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122319,0.034773,0.0190756;FXX=0.0105252;HRUN=1,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=255.84,8.05426,8.65803;QD=24.0405;RBI=0.021265,0.0383059,0.0212092;REFB=-0.00539849,0.0120021,0.013117;REVB=-0.0173948,-0.016068,-0.00927094;RO=53;SAF=4,29,6;SAR=7,10,8;SRF=27;SRR=26;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.181744,0.265527,-0.100511;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.0185221,-0.0325029,-0.103494;OID=.,.,.;OPOS=197020780,197020781,197020781;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:41:118:94:53:0:11,39,14:10,84,0:0.106383,0.893617,0:7,10,8:4,29,6:27:26:6,37,0:4,47,0:0:0 chr3 197495334 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8991;QD=62.9825;RBI=0.0313922;REFB=0;REVB=0.0280328;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148279;OID=.;OPOS=197495334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr3 197579466 . C T 432.96 PASS AF=0.445455;AO=48;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0128119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.63;QD=15.744;RBI=0.0130067;REFB=-0.0241747;REVB=-0.00224221;RO=62;SAF=24;SAR=24;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324402;STB=0.50798;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0186684;OID=.;OPOS=197579466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:61:48:49:0.445455:24:24:29:33:25:24:29:32 chr3 197659160 . C G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.221;QD=60.6099;RBI=0.0335752;REFB=0;REVB=0.0202162;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.71649e-05;OID=.;OPOS=197659160;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr3 197665599 . G T 1126.75 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0139308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.89;QD=57.782;RBI=0.0389163;REFB=0.094355;REVB=-0.0363375;RO=2;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225227;STB=0.511902;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00189192;OID=.;OPOS=197665599;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:41:35:0:2:41:35:0:2 chr3 197701913 . G T 218.97 PASS AF=0.567568;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0415723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5102;QD=23.6727;RBI=0.0439699;REFB=-0.00228152;REVB=-0.0143212;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495686;STB=0.53724;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=2.32177e-05;OID=.;OPOS=197701913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:16:20:21:0.567568:10:10:9:7:11:10:9:7 chr3 197712759 . T C 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0194678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.462;QD=17.3254;RBI=0.0258162;REFB=0.00958627;REVB=0.0169553;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00984044;STB=0.505612;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.023572;OID=.;OPOS=197712759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:14:11:9:11:14:11 chr4 53428 . G A 788.2 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0436939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.628;QD=55.3123;RBI=0.0636491;REFB=-0.119618;REVB=0.0462823;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000539886;OID=.;OPOS=53428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:57:0:1:55:56:0.982456:30:25:0:0:30:26:0:1 chr4 59350 . A G 58.61 PASS AF=0.0895522;AO=18;DP=201;FAO=18;FDP=201;FR=.;FRO=183;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=92;FSRR=91;FWDB=-0.0426003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.755;QD=1.16628;RBI=0.0503356;REFB=-0.00328353;REVB=-0.0268121;RO=181;SAF=7;SAR=11;SRF=91;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134115;STB=0.603878;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0320827;OID=.;OPOS=59350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:201:201:181:183:18:18:0.0895522:11:7:91:90:11:7:92:91 chr4 85995 . C CA,CAA 163.74 PASS AF=1,0;AO=14,2;DP=20;FAO=19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106109,0.0636671;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=15.9606,8.07968;QD=34.4707;RBI=0.109598,0.0659598;REFB=-0.0236801,-0.038073;REVB=-0.0274329,-0.0172396;RO=4;SAF=5,0;SAR=9,2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0474116,-0.569412;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00601002,0.0385479;OID=.,.;OPOS=85996,85996;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=CA,CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:14,2:20:19,0:19:0:5,0:14,0:0:0:3:4:5,0:9,2:1:3 chr4 86022 . CAG ATA 84.08 PASS AF=0.9;AO=8;DP=11;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134525;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=3;MLLD=128.281;QD=33.6332;RBI=0.0270771;REFB=-0.0379935;REVB=-0.0234989;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080241;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=mnp;VARB=0.00315254;OID=.;OPOS=86022;OREF=CAG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:11:10:1:1:8:9:0.9:5:3:0:1:6:3:0:1 chr4 86040 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.998;QD=37.4884;RBI=0.0720641;REFB=0;REVB=0.000435082;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212752;OID=.;OPOS=86040;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr4 86042 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.299;QD=35.5759;RBI=0.0246362;REFB=0;REVB=0.0220056;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012855;OID=.;OPOS=86042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr4 86044 . G A 62.34 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.674;QD=35.6246;RBI=0.0576964;REFB=0;REVB=0.0240821;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147146;OID=.;OPOS=86044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:4:3:0:0 chr4 86738 . A G 553.09 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.374;QD=59.7938;RBI=0.0499523;REFB=0;REVB=0.0456126;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51805e-05;OID=.;OPOS=86738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:1:0:35:37:1:16:19:1:0:17:20:0:0 chr4 86798 . C T 242.32 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00897988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.095;QD=29.3716;RBI=0.015356;REFB=-0.0240459;REVB=-0.0124566;RO=9;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136763;STB=0.605384;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0120582;OID=.;OPOS=86798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:9:11:22:22:0.666667:13:9:6:3:13:9:8:3 chr4 87113 . T C 153.6 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0381924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4034;QD=21.9426;RBI=0.0721848;REFB=-0.0490482;REVB=0.0612535;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143451;STB=0.597225;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0148939;OID=.;OPOS=87113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:11:12:16:16:0.571429:9:7:7:4:9:7:8:4 chr4 87277 . G C 250.42 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314863;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7389;QD=47.6982;RBI=0.0325858;REFB=0.0493735;REVB=-0.00839334;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00192757;OID=.;OPOS=87277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:1:0:10:10:1:0 chr4 87313 . G GA 314.24 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.519;QD=44.8909;RBI=0.141988;REFB=0;REVB=0.0928233;RO=3;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319132;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000525034;OID=.;OPOS=87314;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:29:28:28:0:13:15:0:0:6:3:13:13:1:2 chr4 331740 . G T 358.1 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00804757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8134;QD=22.3814;RBI=0.0268638;REFB=-0.022516;REVB=-0.0256301;RO=27;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00722172;STB=0.512167;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0155574;OID=.;OPOS=331740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:28:36:36:0.5625:19:17:13:14:19:17:14:14 chr4 376888 . C A 70.75 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0214849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.761;QD=9.43314;RBI=0.0214911;REFB=-0.000759694;REVB=0.000514254;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289506;STB=0.697974;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00252873;OID=.;OPOS=376888;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:30:30:20:20:9:10:0.333333:2:7:11:9:2:8:11:9 chr4 420664 . G T 678.6 PASS AF=0.470588;AO=72;DP=154;FAO=72;FDP=153;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.00580887;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.874;QD=17.7412;RBI=0.0127626;REFB=-0.0127444;REVB=-0.011364;RO=81;SAF=32;SAR=40;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827549;STB=0.545839;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0167536;OID=.;OPOS=420664;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:81:81:72:72:0.470588:40:32:43:38:40:32:43:38 chr4 420688 . C T 672.46 PASS AF=0.467949;AO=70;DP=153;FAO=73;FDP=156;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=0.015217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8428;QD=17.2427;RBI=0.0321255;REFB=-0.0150501;REVB=-0.0282929;RO=82;SAF=30;SAR=40;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117007;STB=0.562747;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0177875;OID=.;OPOS=420688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:156:82:83:70:73:0.467949:40:30:45:37:42:31:45:38 chr4 437831 . C T 389.84 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0113526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4537;QD=16.5887;RBI=0.0621362;REFB=-0.0239625;REVB=-0.0610903;RO=52;SAF=29;SAR=12;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083728;STB=0.554996;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0304692;OID=.;OPOS=437831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:52:53:41:41:0.43617:12:29:33:19:12:29:33:20 chr4 515489 . G A 211.69 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00632164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.181;QD=15.9766;RBI=0.0984986;REFB=-0.0199738;REVB=0.0982956;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195392;STB=0.610501;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0331654;OID=.;OPOS=515489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:14:10:18:11:14:10:18:11 chr4 517376 . T C 415.07 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.00388579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.732;QD=16.7706;RBI=0.0106711;REFB=-0.0130197;REVB=0.00993843;RO=54;SAF=20;SAR=23;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107865;STB=0.559897;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.012183;OID=.;OPOS=517376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:56:43:43:0.434343:23:20:31:23:23:20:32:24 chr4 517461 . T C 429.31 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00582425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.373;QD=19.7385;RBI=0.00935365;REFB=-0.0143071;REVB=-0.00731907;RO=44;SAF=17;SAR=26;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00857566;STB=0.50476;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0166374;OID=.;OPOS=517461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:26:17:17:27:26:17:17:27 chr4 517622 . C T 476.32 PASS AF=0.68254;AO=43;DP=63;FAO=43;FDP=63;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.018254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3087;QD=30.2426;RBI=0.0397809;REFB=-0.0477677;REVB=0.0353456;RO=20;SAF=20;SAR=23;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204744;STB=0.511106;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0227029;OID=.;OPOS=517622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:20:20:43:43:0.68254:23:20:10:10:23:20:10:10 chr4 520853 . G A 432.63 PASS AF=0.56;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00202985;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1469;QD=23.0736;RBI=0.00314792;REFB=-0.0186484;REVB=-0.00240606;RO=32;SAF=28;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114531;STB=0.557664;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0196821;OID=.;OPOS=520853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:32:33:42:42:0.56:14:28:17:15:14:28:18:15 chr4 527677 . T C 239.29 PASS AF=0.42029;AO=25;DP=65;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00122456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.795;QD=13.8716;RBI=0.00692394;REFB=-0.0125496;REVB=-0.00681479;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14333;STB=0.543294;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0218308;OID=.;OPOS=527677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:39:40:25:29:0.42029:13:12:24:15:13:16:25:15 chr4 533001 . T C 208.01 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00456989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2222;QD=18.0875;RBI=0.0658442;REFB=-0.0368599;REVB=-0.0656854;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217335;STB=0.609756;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0413885;OID=.;OPOS=533001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:11:10:17:7:11:10:17:8 chr4 648643 . G A 319.85 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.594;QD=53.3081;RBI=0.0328469;REFB=0;REVB=0.0204401;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426859;OID=.;OPOS=648643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:18:5:0:0:19:5:0:0 chr4 663908 . A G 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0165898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.606;QD=17.4899;RBI=0.0178961;REFB=-0.0143489;REVB=0.00671199;RO=30;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287411;STB=0.516118;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0162948;OID=.;OPOS=663908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:13:15:17:13:13:15:17:13 chr4 673772 . C T 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.000264163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.992;QD=22.1886;RBI=0.0098447;REFB=-0.0105038;REVB=-0.00984116;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987524;STB=0.555501;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0084159;OID=.;OPOS=673772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:7:14:10:8:7:14:10:8 chr4 677103 . G A 274.47 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0312717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1031;QD=19.9617;RBI=0.0313576;REFB=-0.0456496;REVB=0.00231974;RO=24;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199591;STB=0.528282;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0310847;OID=.;OPOS=677103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:24:26:29:29:0.527273:14:15:13:11:14:15:15:11 chr4 780286 . C G 793.39 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.257;QD=56.671;RBI=0.0661706;REFB=0;REVB=0.0472647;RO=0;SAF=38;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132017;OID=.;OPOS=780286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:56:0:0:50:56:1:12:38:0:0:16:40:0:0 chr4 843695 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.198;QD=48.737;RBI=0.068673;REFB=0;REVB=-0.0573336;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00033317;OID=.;OPOS=843695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr4 858941 . T C 713.1 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0246;QD=60.6895;RBI=0.0806597;REFB=0;REVB=0.080266;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166333;OID=.;OPOS=858941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:43:47:1:21:22:0:0:25:22:0:0 chr4 954885 . G T 113.14 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0158754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.533;QD=17.4058;RBI=0.0386727;REFB=-0.00781809;REVB=0.035264;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135944;STB=0.578191;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00779088;OID=.;OPOS=954885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:7:6:8:5:7:6 chr4 961373 . G A 828.73 PASS AF=0.530612;AO=77;DP=145;FAO=78;FDP=147;FR=.;FRO=69;FSAF=56;FSAR=22;FSRF=57;FSRR=12;FWDB=-0.000388293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.436;QD=22.5504;RBI=0.00125966;REFB=-0.0197076;REVB=-0.00119832;RO=68;SAF=55;SAR=22;SRF=56;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121765;STB=0.566271;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0264718;OID=.;OPOS=961373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:68:69:77:78:0.530612:22:55:56:12:22:56:57:12 chr4 962669 . CCG C,CCC 125.53 PASS AF=0.442308,0;AO=15,11;DP=64;FAO=23,0;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=5,0;FSAR=18,0;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0521089,0.0634612;FXX=0.0714158;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=17.6019,13.3861;QD=9.65646;RBI=0.0973236,0.123539;REFB=-0.0776935,0.00437287;REVB=-0.0821983,-0.105994;RO=30;SAF=3,1;SAR=12,10;SRF=20;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.517413,-0.668083;STB=0.740387,0.5;STBP=0.004,1;TYPE=del,snp;VARB=0.123696,0;OID=.,.;OPOS=962670,962671;OREF=CG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442308,0:15,11:64:23,0:52:29:5,0:18,0:18:11:99:30:3,1:12,10:20:10 chr4 982852 . G A 1075.79 PASS AF=0.534031;AO=102;DP=191;FAO=102;FDP=191;FR=.;FRO=89;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=30;FSRR=59;FWDB=0.0242534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.565;QD=22.5297;RBI=0.0307273;REFB=-0.0200067;REVB=0.0188664;RO=89;SAF=50;SAR=52;SRF=30;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131214;STB=0.571562;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0218685;OID=.;OPOS=982852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:89:89:102:102:0.534031:52:50:30:59:52:50:30:59 chr4 983060 . T C 821.54 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272974;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.544;QD=57.6516;RBI=0.048682;REFB=0;REVB=0.0403087;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100718;OID=.;OPOS=983060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr4 983809 . C T 381.27 PASS AF=0.654545;AO=36;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=33;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00138347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7814;QD=27.7286;RBI=0.00229741;REFB=-0.041504;REVB=0.00183415;RO=19;SAF=33;SAR=3;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209477;STB=0.615924;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0287499;OID=.;OPOS=983809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:19:36:36:0.654545:3:33:15:4:3:33:15:4 chr4 985727 . A G 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.856;QD=62.3147;RBI=0.0502293;REFB=0;REVB=0.0501831;RO=0;SAF=54;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66537e-05;OID=.;OPOS=985727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:32:54:0:0:32:54:0:0 chr4 1018271 . T C 1179.45 PASS AF=0.473896;AO=117;DP=249;FAO=118;FDP=249;FR=.;FRO=131;FSAF=66;FSAR=52;FSRF=80;FSRR=51;FWDB=-0.0119346;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.7;QD=18.947;RBI=0.01461;REFB=-0.00900079;REVB=-0.00842714;RO=130;SAF=65;SAR=52;SRF=79;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507361;STB=0.527584;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0111867;OID=.;OPOS=1018271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:130:131:117:118:0.473896:52:65:79:51:52:66:80:51 chr4 1050653 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0104567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.119;QD=16.1192;RBI=0.0357294;REFB=-0.0256488;REVB=-0.034165;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109955;STB=0.563652;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0306661;OID=.;OPOS=1050653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:6:7:5:7:6:7 chr4 1102195 . A G 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.000875662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.969;QD=21.2648;RBI=0.0128963;REFB=-0.0133988;REVB=-0.0128665;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385902;STB=0.521717;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0102296;OID=.;OPOS=1102195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:8:12:10:8:8:12:10:8 chr4 1164277 . C G 357.88 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.308;QD=55.058;RBI=0.0515581;REFB=0;REVB=0.0515453;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048956;OID=.;OPOS=1164277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:10:16:0:0 chr4 1164552 . A G 463.41 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.32;QD=57.9262;RBI=0.0525043;REFB=0;REVB=0.0468548;RO=0;SAF=28;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012647;OID=.;OPOS=1164552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:3:28:0:0:3:29:0:0 chr4 1165130 . G T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.127;QD=59.4352;RBI=0.0937124;REFB=0;REVB=0.0822307;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112869;OID=.;OPOS=1165130;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr4 1165741 . A G 1096.84 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2126;QD=60.1007;RBI=0.0347954;REFB=0;REVB=0.0233347;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.02383e-06;OID=.;OPOS=1165741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:30:42:0:0:31:42:0:0 chr4 1194630 . T C 508.96 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.178;QD=58.1667;RBI=0.0291339;REFB=0;REVB=0.0175976;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82187e-05;OID=.;OPOS=1194630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:24:10:0:0:24:11:0:0 chr4 1215585 . T C 133.22 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00491178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6127;QD=16.148;RBI=0.0634086;REFB=-0.0260688;REVB=0.0632181;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146131;STB=0.555481;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0334327;OID=.;OPOS=1215585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:18:15:15:0.454545:9:6:8:6:9:6:9:9 chr4 1244416 . A G 1066.17 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00617598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.788;QD=58.4202;RBI=0.0101009;REFB=-0.0124512;REVB=-0.00799282;RO=1;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113966;STB=0.506022;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-3.03681e-06;OID=.;OPOS=1244416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:41:31:0:1:41:31:0:1 chr4 1330759 . T C 142.85 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0334385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6327;QD=16.8054;RBI=0.0346915;REFB=-0.0297339;REVB=0.00923954;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745182;STB=0.558751;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0488638;OID=.;OPOS=1330759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:7:8:11:7:8:8:11:7 chr4 1343405 . T C 452.47 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00124085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.604;QD=19.4611;RBI=0.00950585;REFB=-0.0119541;REVB=0.00942452;RO=48;SAF=14;SAR=31;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12896;STB=0.571923;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0104807;OID=.;OPOS=1343405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:31:14:21:27:31:14:21:27 chr4 1374695 . C A 336.86 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00352581;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.503;QD=19.5279;RBI=0.027535;REFB=-0.00331939;REVB=0.0273083;RO=31;SAF=14;SAR=21;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100119;STB=0.564669;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00334813;OID=.;OPOS=1374695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:31:34:35:35:0.507246:21:14:16:15:21:14:18:16 chr4 1374774 . C T 260.47 PASS AF=0.545455;AO=20;DP=45;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0207271;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.134;QD=23.6791;RBI=0.0217876;REFB=-0.0299472;REVB=0.00671467;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177651;STB=0.522708;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0198723;OID=.;OPOS=1374774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:18:20:20:24:0.545455:8:12:7:11:12:12:9:11 chr4 1377615 . A G 109.0 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00531859;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.585;QD=12.457;RBI=0.0139998;REFB=-0.00295434;REVB=-0.0129501;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118539;STB=0.524192;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00566055;OID=.;OPOS=1377615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:22:13:13:0.371429:7:6:11:8:7:6:11:11 chr4 1619865 . T C 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00599637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.269;QD=15.6261;RBI=0.0525362;REFB=-0.000594127;REVB=0.0521928;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832917;STB=0.547895;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00135501;OID=.;OPOS=1619865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:12:15:9:10:12:15 chr4 1685211 . T C 212.62 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0116085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.443;QD=20.2493;RBI=0.0117957;REFB=-0.0342656;REVB=-0.00209294;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132605;STB=0.5744;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.017018;OID=.;OPOS=1685211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:12:9:6:15:12:9:6:15 chr4 1701317 . G A 286.37 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0330322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.706;QD=15.6914;RBI=0.0400148;REFB=-0.0274059;REVB=-0.0225844;RO=41;SAF=21;SAR=11;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125723;STB=0.571124;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0241028;OID=.;OPOS=1701317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:11:21:22:19:11:21:22:19 chr4 1719294 . T C 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00522688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.826;QD=16.1191;RBI=0.00646416;REFB=0.000419176;REVB=-0.0038033;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222009;STB=0.610921;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000411221;OID=.;OPOS=1719294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:8:4:7:5:8:4:7:6 chr4 1737502 . C T 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00794997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3274;QD=12.2752;RBI=0.0347717;REFB=-0.0060372;REVB=0.0338507;RO=32;SAF=14;SAR=3;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412798;STB=0.746868;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00921456;OID=.;OPOS=1737502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:3:14:16:16:3:14:16:16 chr4 1739518 . CGCCATCCCTGCCATC CGCCATC,CGCCAT 94.65 PASS AF=0.234043,0.12766;AO=10,6;DP=53;FAO=11,6;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=4,6;FSAR=7,0;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0388174,-0.0419862;FXX=0.113186;HRUN=3,3;LEN=9,10;MLLD=243.27,252.465;QD=8.05533;RBI=0.0548762,0.0544759;REFB=-0.0275849,-0.0262229;REVB=-0.0387892,-0.03471;RO=15;SAF=2,6;SAR=8,0;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.446729,0.446729;SSSB=-0.480118,0.696563;STB=0.75167,0.997413;STBP=0.095,0.079;TYPE=del,del;VARB=0.0536586,0.0360139;OID=.,.;OPOS=1739519,1739524;OREF=GCCATCCCT,CCCTGCCATC;OALT=-,-;OMAPALT=CGCCATC,CGCCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234043,0.12766:10,6:53:11,6:47:30:4,6:7,0:22:8:50:15:2,6:8,0:10:5 chr4 1739592 . A G 219.86 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0229136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.141;QD=17.5886;RBI=0.0744165;REFB=-0.0345963;REVB=-0.070801;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183646;STB=0.604224;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0309759;OID=.;OPOS=1739592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:10:12:10:18:10:12:10:18 chr4 1807894 . G A 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6983;QD=52.6061;RBI=0.0907731;REFB=0;REVB=0.0338967;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00339143;OID=.;OPOS=1807894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr4 1809127 . CGT C,TGC 1500.05 PASS AF=0.980392,0.00980392;AO=78,10;DP=108;FAO=100,1;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=11,0;FSAR=89,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.118484,-0.0586164;FXX=0.105254;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=82.0476,71.4278;QD=58.8256;RBI=0.122439,0.082607;REFB=-0.0512045,0.0471693;REVB=0.0308705,-0.0582069;RO=1;SAF=6,2;SAR=72,8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00653043,0.0526894;STB=0.502793,0.5;STBP=0.604,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00573255,0.185946;OID=.,.;OPOS=1809128,1809127;OREF=GT,CGT;OALT=-,TGC;OMAPALT=C,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:102:1:1:78,10:100,1:0.980392,0.00980392:72,8:6,2:0:1:89,1:11,0:0:1 chr4 1815990 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.995;QD=56.1916;RBI=0.0217731;REFB=0;REVB=0.020803;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86568e-05;OID=.;OPOS=1815990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr4 1818594 . C T 1529.04 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.3;QD=63.7102;RBI=0.0141281;REFB=0;REVB=0.00490858;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00729e-05;OID=.;OPOS=1818594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:96:0:0:91:96:1:48:43:0:0:51:45:0:0 chr4 1954945 . A G 1695.27 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.858;QD=60.5455;RBI=0.0132756;REFB=0;REVB=-0.0122344;RO=0;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54895e-05;OID=.;OPOS=1954945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:57:55:0:0:57:55:0:0 chr4 1986542 . C T 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3163;QD=53.9068;RBI=0.0675291;REFB=0;REVB=0.0404263;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111932;OID=.;OPOS=1986542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr4 2160894 . C T 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00127456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.819;QD=11.1849;RBI=0.032578;REFB=-0.000292762;REVB=-0.032553;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018117;STB=0.504985;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.000246471;OID=.;OPOS=2160894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:35:19:19:0.351852:8:11:18:14:8:11:20:15 chr4 2175733 . A G 340.22 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00835722;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.967;QD=15.2906;RBI=0.0113157;REFB=0.00888402;REVB=-0.007629;RO=51;SAF=20;SAR=17;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114776;STB=0.512501;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.0128071;OID=.;OPOS=2175733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:51:52:37:37:0.41573:17:20:27:24:17:20:27:25 chr4 2176454 . G A 142.73 PASS AF=0.34;AO=16;DP=49;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00568377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.499;QD=11.4182;RBI=0.0229939;REFB=-0.00727659;REVB=0.0222803;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881603;STB=0.529377;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0127413;OID=.;OPOS=2176454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:33:33:16:17:0.34:7:9:16:17:8:9:16:17 chr4 2181080 . T C 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0049712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.88;QD=20.2743;RBI=0.00636711;REFB=0.00172602;REVB=0.00397835;RO=24;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181011;STB=0.602204;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00520639;OID=.;OPOS=2181080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:15:8:13:11:15:8:13:11 chr4 2194946 . C T 150.93 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.035863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.128;QD=12.5777;RBI=0.0372886;REFB=-0.0106183;REVB=-0.0102119;RO=27;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671255;STB=0.521714;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0152861;OID=.;OPOS=2194946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:31:17:17:0.354167:6:11:19:8:6:11:21:10 chr4 2194953 . G A 164.32 PASS AF=0.367347;AO=19;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0122696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.033;QD=13.4136;RBI=0.026948;REFB=-0.00050002;REVB=-0.0239927;RO=29;SAF=13;SAR=6;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00660177;STB=0.507684;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00134179;OID=.;OPOS=2194953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:31:19:18:0.367347:6:13:20:9:6:12:21:10 chr4 2195024 . T G 174.3 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0522782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.872;QD=11.6197;RBI=0.0535315;REFB=-0.0124766;REVB=0.0115157;RO=38;SAF=13;SAR=9;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162679;STB=0.509425;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0219848;OID=.;OPOS=2195024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:9:13:23:15:9:13:23:15 chr4 2306374 . C A 677.58 PASS AF=0.644444;AO=58;DP=91;FAO=58;FDP=90;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0939828;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3995;QD=30.1148;RBI=0.117278;REFB=-0.0270741;REVB=0.0701524;RO=32;SAF=24;SAR=34;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00510284;STB=0.502766;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0159368;OID=.;OPOS=2306374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:32:32:58:58:0.644444:34:24:13:19:34:24:13:19 chr4 2341194 . T C 747.18 PASS AF=0.533333;AO=71;DP=134;FAO=72;FDP=135;FR=.;FRO=63;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=-0.0311069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.521;QD=22.1387;RBI=0.0311248;REFB=0.00314501;REVB=0.00105595;RO=63;SAF=49;SAR=22;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32273;STB=0.678447;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00525125;OID=.;OPOS=2341194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:63:63:71:72:0.533333:22:49:20:43:22:50:20:43 chr4 2451694 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.716;QD=59.8394;RBI=0.0360966;REFB=0;REVB=0.0188692;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.07675e-05;OID=.;OPOS=2451694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr4 2461888 . A G 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00626794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.134;QD=54.6368;RBI=0.0751659;REFB=0.0333987;REVB=0.0749041;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015962;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-5.13029e-08;OID=.;OPOS=2461888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:22:29:1:0:22:29:1:0 chr4 2743999 . A G 557.73 PASS AF=0.491525;AO=57;DP=117;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=47;FWDB=0.00223495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.939;QD=18.9062;RBI=0.00787129;REFB=-0.00728208;REVB=-0.00754733;RO=60;SAF=18;SAR=39;SRF=13;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111643;STB=0.566946;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00597897;OID=.;OPOS=2743999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:60:60:57:58:0.491525:39:18:13:47:39:19:13:47 chr4 2822467 . G T 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0598455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.707;QD=18.9136;RBI=0.0682928;REFB=-0.0381028;REVB=0.0329001;RO=27;SAF=7;SAR=22;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273014;STB=0.663802;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0185237;OID=.;OPOS=2822467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:29:29:0.508772:22:7:14:13:22:7:15:13 chr4 2826400 . T C 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9494;QD=57.2345;RBI=0.0740377;REFB=0;REVB=-0.0439826;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000945907;OID=.;OPOS=2826400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr4 2828771 . T G 151.8 PASS AF=0.933333;AO=15;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.116575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.516;QD=40.4796;RBI=0.125213;REFB=-0.0656368;REVB=0.0457026;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519972;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0265838;OID=.;OPOS=2828771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:15:14:0.933333:13:2:0:0:12:2:0:1 chr4 2831383 . T G 222.79 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0159743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.899;QD=19.3727;RBI=0.01775;REFB=-0.00935335;REVB=0.0077384;RO=24;SAF=15;SAR=6;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937039;STB=0.569319;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0117509;OID=.;OPOS=2831383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:6:15:19:5:7:15:19:5 chr4 2928413 . T C 914.93 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0301657;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.075;QD=55.4501;RBI=0.0398192;REFB=-0.10145;REVB=0.0259922;RO=1;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165659;STB=0.501922;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00109203;OID=.;OPOS=2928413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:66:1:2:63:64:0.969697:28:35:0:1:28:36:1:1 chr4 2943361 . T C 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0144013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2353;QD=25.7313;RBI=0.0295331;REFB=0.0141537;REVB=-0.0257839;RO=19;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793635;STB=0.544007;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00986789;OID=.;OPOS=2943361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:11:15:9:10:11:15:9:10 chr4 3039150 . T C 975.38 PASS AF=0.985915;AO=67;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0728973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.53;QD=54.9508;RBI=0.0750918;REFB=-0.0830336;REVB=0.0180211;RO=4;SAF=29;SAR=38;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608374;STB=0.50769;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00063759;OID=.;OPOS=3039150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:4:1:67:70:0.985915:38:29:4:0:38:32:1:0 chr4 3201519 . G A 476.93 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.029201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9979;QD=27.6482;RBI=0.0326758;REFB=-0.0114314;REVB=0.0146631;RO=24;SAF=20;SAR=24;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248351;STB=0.505317;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00566507;OID=.;OPOS=3201519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:24:25:44:44:0.637681:24:20:10:14:24:20:11:14 chr4 3219613 . A C 2105.59 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.264;QD=61.9292;RBI=0.0625113;REFB=0.0406391;REVB=0.0588963;RO=1;SAF=59;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621409;STB=0.503267;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-7.36623e-05;OID=.;OPOS=3219613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:135:135:0.992647:76:59:0:1:76:59:0:1 chr4 3231661 . G A 204.35 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0369982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.487;QD=16.0274;RBI=0.0434837;REFB=0.0111781;REVB=0.0228465;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771642;STB=0.50718;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0123234;OID=.;OPOS=3231661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:20:21:0.411765:12:8:11:16:13:8:11:17 chr4 3318413 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.098;QD=63.5827;RBI=0.0162356;REFB=0;REVB=0.0145211;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04696e-05;OID=.;OPOS=3318413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr4 3319271 . C T 272.76 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=0;FWDB=0.0120364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.651;QD=24.2454;RBI=0.0677222;REFB=-0.0205002;REVB=0.066644;RO=19;SAF=21;SAR=3;SRF=19;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287392;STB=0.656158;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.018486;OID=.;OPOS=3319271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:24:25:0.555556:3:21:19:0:3:22:20:0 chr4 3319553 . C T 270.5 PASS AF=0.318584;AO=36;DP=113;FAO=36;FDP=113;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0250972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0914;QD=9.57536;RBI=0.0398702;REFB=-0.0240155;REVB=-0.0309801;RO=76;SAF=15;SAR=21;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520193;STB=0.535213;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0615664;OID=.;OPOS=3319553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:76:77:36:36:0.318584:21:15:35:41:21:15:36:41 chr4 3424231 . C T 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0146135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.688;QD=13.0369;RBI=0.0201379;REFB=0.00242053;REVB=0.0138557;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15802;STB=0.599893;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00339918;OID=.;OPOS=3424231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:9:9:11:20:9:9:11:21 chr4 3444503 . G A 94.7 PASS AF=0.342857;AO=13;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00557349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5225;QD=10.8233;RBI=0.0190671;REFB=-0.0344064;REVB=0.0182344;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106099;STB=0.509418;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0267078;OID=.;OPOS=3444503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:13:12:0.342857:4:9:17:5:3:9:17:6 chr4 3446091 . G T 147.62 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0356248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.6249;QD=26.8394;RBI=0.0471216;REFB=-0.0377995;REVB=-0.0308434;RO=6;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220378;STB=0.642671;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0346127;OID=.;OPOS=3446091;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:6:7:15:15:0.681818:9:6:5:1:9:6:6:1 chr4 3446132 . C G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.2;QD=53.9104;RBI=0.0278103;REFB=0;REVB=0.0266868;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76549e-05;OID=.;OPOS=3446132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr4 3449652 . G A 287.85 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0215154;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1532;QD=17.9907;RBI=0.0551803;REFB=-0.0208802;REVB=-0.0508129;RO=32;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724452;STB=0.53284;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0184948;OID=.;OPOS=3449652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:32:33:31:31:0.484375:17:14:17:15:17:14:17:16 chr4 3449886 . G A 788.04 PASS AF=0.512821;AO=80;DP=156;FAO=80;FDP=156;FR=.;FRO=76;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.00214397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6664;QD=20.2061;RBI=0.0659525;REFB=-0.0278397;REVB=0.0659177;RO=74;SAF=44;SAR=36;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396301;STB=0.514282;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0294982;OID=.;OPOS=3449886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:74:76:80:80:0.512821:36:44:44:30:36:44:44:32 chr4 3451109 . G A 422.71 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=-0.0104132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.773;QD=14.963;RBI=0.0107418;REFB=-0.0143199;REVB=-0.00263662;RO=65;SAF=20;SAR=28;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838483;STB=0.546976;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0195187;OID=.;OPOS=3451109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:65:65:48:48:0.424779:28:20:22:43:28:20:22:43 chr4 3475252 . T C 3438.36 PASS AF=0.982379;AO=222;DP=226;FAO=223;FDP=227;FR=.;FRO=4;FSAF=112;FSAR=111;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0212253;FXX=0.00438577;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7926;QD=60.5878;RBI=0.0214566;REFB=-0.00791305;REVB=0.00314214;RO=3;SAF=111;SAR=111;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423379;STB=0.50004;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=2.67621e-05;OID=.;OPOS=3475252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:226:227:3:4:222:223:0.982379:111:111:1:2:111:112:2:2 chr4 3494600 . A G 143.39 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0384647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.981;QD=14.7063;RBI=0.0463569;REFB=-0.0330727;REVB=0.0258733;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20977;STB=0.604198;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0469803;OID=.;OPOS=3494600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:23:15:16:0.410256:9:6:5:18:10:6:5:18 chr4 3494826 . A C 91.42 PASS AF=0.55;AO=9;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0221394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.149;QD=18.2841;RBI=0.0286385;REFB=-0.00995928;REVB=0.0181662;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946172;STB=0.588621;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0145473;OID=.;OPOS=3494826;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:9:11:0.55:5:4:5:4:7:4:5:4 chr4 3494847 . G A 109.67 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00566318;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=102.775;QD=20.8889;RBI=0.0184609;REFB=-0.0202499;REVB=0.0175708;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514683;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0155622;OID=.;OPOS=3494847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:20:21:8:8:12:13:0.619048:6:6:4:4:7:6:4:4 chr4 3494898 . C T 216.27 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00963579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.919;QD=29.8298;RBI=0.0365666;REFB=-0.0071998;REVB=0.0352741;RO=9;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059495;STB=0.532839;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0053341;OID=.;OPOS=3494898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:11:9:5:4:11:9:5:4 chr4 3514695 . A G 547.56 PASS AF=0.479339;AO=57;DP=123;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0282906;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1785;QD=18.101;RBI=0.0291985;REFB=-0.0227079;REVB=-0.00722469;RO=62;SAF=30;SAR=27;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247536;STB=0.504847;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0197295;OID=.;OPOS=3514695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:62:63:57:58:0.479339:27:30:31:31:28:30:32:31 chr4 3526786 . C T 383.36 PASS AF=0.52;AO=38;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.00671811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.98;QD=20.4456;RBI=0.00671811;REFB=-0.0111747;REVB=5.86844e-06;RO=36;SAF=21;SAR=17;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128038;STB=0.564632;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0157614;OID=.;OPOS=3526786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:38:39:0.52:17:21:25:11:17:22:25:11 chr4 3589689 . C A 341.91 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00585619;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0585;QD=20.4126;RBI=0.0170011;REFB=-0.0256448;REVB=0.0159606;RO=30;SAF=18;SAR=16;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00332685;STB=0.523064;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0325899;OID=.;OPOS=3589689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:30:32:34:35:0.522388:16:18:16:14:17:18:18:14 chr4 3589719 . CA C 328.86 PASS AF=0.597222;AO=41;DP=71;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00938271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.0507;QD=18.2697;RBI=0.0906774;REFB=-0.0411932;REVB=-0.0901907;RO=29;SAF=26;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118678;STB=0.550241;STBP=0.329;TYPE=del;VARB=0.025044;OID=.;OPOS=3589720;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.597222:41:71:43:72:29:26:17:14:15:99:29:26:15:14:15 chr4 3590683 . T G 162.32 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=65;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.00120243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.13;QD=9.83746;RBI=0.00262981;REFB=-0.00625262;REVB=0.00233881;RO=44;SAF=9;SAR=12;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285621;STB=0.648522;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0107539;OID=.;OPOS=3590683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:44:44:21:22:0.333333:12:9:30:14:12:10:30:14 chr4 3590711 . G T 141.89 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=0.00587997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8883;QD=9.61991;RBI=0.0112996;REFB=-0.00222292;REVB=0.00964915;RO=40;SAF=8;SAR=11;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367521;STB=0.713114;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00574382;OID=.;OPOS=3590711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:11:8:30:10:11:8:30:10 chr4 3590730 . G A 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0059684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.194;QD=11.6173;RBI=0.00868792;REFB=-0.00624188;REVB=0.00631334;RO=34;SAF=9;SAR=10;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319581;STB=0.683423;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00654195;OID=.;OPOS=3590730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:10:9:26:8:10:9:26:8 chr4 3590817 . T C 228.19 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=3;FWDB=-0.0121856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.284;QD=17.222;RBI=0.0363387;REFB=-0.0558803;REVB=-0.0342346;RO=28;SAF=17;SAR=8;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257371;STB=0.642352;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0578648;OID=.;OPOS=3590817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:8:17:25:3:8:17:25:3 chr4 3590822 . AGACAC AG,AGAC,GCACAG 234.35 PASS AF=0.448276,0.241379,0.0689655;AO=10,7,2;DP=35;FAO=13,7,2;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=10,7,2;FSAR=3,0,0;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0308168,-0.0387768,-0.0254115;FXX=0.17138;HRUN=1,1,1;LEN=4,2,6;MLLD=109.18,49.0377,96.2053;QD=32.3244;RBI=0.0495031,0.0467024,0.0503128;REFB=-0.0832761,-0.176638,-0.101948;REVB=0.0387412,-0.0260283,0.0434238;RO=6;SAF=9,7,2;SAR=1,0,0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.224249,0,0;STB=0.545388,0.997298,0.991064;STBP=0.713,0.249,0.47;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.105435,0.0956548,0.093834;OID=.,.,.;OPOS=3590824,3590824,3590822;OREF=ACAC,AC,AGACAC;OALT=-,-,GCACAG;OMAPALT=AG,AGAC,GCACAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:35:29:6:7:10,7,2:13,7,2:0.448276,0.241379,0.0689655:1,0,0:9,7,2:6:0:3,0,0:10,7,2:6:1 chr4 3590878 . C T 456.12 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00270601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.514;QD=20.7329;RBI=0.0468257;REFB=-0.042751;REVB=0.0467475;RO=43;SAF=29;SAR=16;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00648651;STB=0.503588;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0438682;OID=.;OPOS=3590878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:16:29:28:15:16:29:28:15 chr4 3590911 . A C 613.31 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0142062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8057;QD=18.4454;RBI=0.0196572;REFB=-0.0114042;REVB=0.0135864;RO=69;SAF=35;SAR=28;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04587;STB=0.529402;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0104456;OID=.;OPOS=3590911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:69:70:63:63:0.473684:28:35:35:34:28:35:35:35 chr4 3591015 . A C 732.35 PASS AF=0.401914;AO=84;DP=212;FAO=84;FDP=209;FR=.;FRO=125;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=64;FSRR=61;FWDB=-0.0561404;FXX=0.0141503;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.984;QD=14.0163;RBI=0.0569148;REFB=-0.00140186;REVB=-0.00935682;RO=119;SAF=41;SAR=43;SRF=61;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256633;STB=0.514292;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00227511;OID=.;OPOS=3591015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:209:119:125:84:84:0.401914:43:41:61:58:43:41:64:61 chr4 3591049 . C T 631.04 PASS AF=0.395722;AO=71;DP=184;FAO=74;FDP=187;FR=.;FRO=113;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=0.0209784;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.4735;QD=13.4982;RBI=0.0722815;REFB=-0.00247562;REVB=0.0691702;RO=113;SAF=34;SAR=37;SRF=54;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00108651;STB=0.516536;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00514596;OID=.;OPOS=3591049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:187:113:113:71:74:0.395722:37:34:54:59:40:34:55:58 chr4 3591069 . C T 633.66 PASS AF=0.421965;AO=68;DP=169;FAO=73;FDP=173;FR=.;FRO=100;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=-0.0251068;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.78;QD=14.651;RBI=0.0329002;REFB=-0.0106421;REVB=-0.0212619;RO=95;SAF=32;SAR=36;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00322977;STB=0.51405;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0165532;OID=.;OPOS=3591069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:173:95:100:68:73:0.421965:36:32:45:50:39:34:49:51 chr4 3770069 . G C 88.81 PASS AF=0.769231;AO=9;DP=12;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0683813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7672;QD=27.3268;RBI=0.0688551;REFB=0.0682058;REVB=-0.00806361;RO=3;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974346;STB=0.562373;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00571295;OID=.;OPOS=3770069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:13:3:3:9:10:0.769231:4:5:1:2:4:6:1:2 chr4 4199634 . A T 1151.7 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442477;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.957;QD=60.6159;RBI=0.0444728;REFB=0;REVB=-0.00446952;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308972;OID=.;OPOS=4199634;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:74:76:1:39:35:0:0:39:37:0:0 chr4 4199760 . G A 120.5 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00533009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.015;QD=14.176;RBI=0.0137766;REFB=-0.00603877;REVB=0.0127037;RO=20;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309762;STB=0.636159;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00887654;OID=.;OPOS=4199760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:20:13:14:0.411765:3:10:10:10:4:10:10:10 chr4 4204299 . T C 766.79 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00131741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.457;QD=56.7995;RBI=0.00131854;REFB=0;REVB=5.45933e-05;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.20225e-07;OID=.;OPOS=4204299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:24:27:0:0:24:30:0:0 chr4 4239587 . G T 216.39 PASS AF=0.276786;AO=31;DP=113;FAO=31;FDP=112;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0362879;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4206;QD=7.72823;RBI=0.0383312;REFB=-0.0100542;REVB=-0.0123479;RO=81;SAF=15;SAR=16;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00290667;STB=0.501729;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0249768;OID=.;OPOS=4239587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:81:81:31:31:0.276786:16:15:39:42:16:15:39:42 chr4 4276132 . T C 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0789545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.941;QD=59.8339;RBI=0.0898552;REFB=0;REVB=0.0428969;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552891;OID=.;OPOS=4276132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr4 5448429 . A G 255.72 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=-0.00595804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.635;QD=17.9454;RBI=0.029924;REFB=-0.00890191;REVB=-0.0293249;RO=29;SAF=14;SAR=14;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333505;STB=0.684097;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00736978;OID=.;OPOS=5448429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:14:14:4:25:14:14:4:25 chr4 5527214 . G C 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00315794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.82;QD=7.71671;RBI=0.00494967;REFB=-0.0131998;REVB=0.00381139;RO=27;SAF=7;SAR=3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181351;STB=0.613797;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0401016;OID=.;OPOS=5527214;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:3:7:15:12:3:7:15:12 chr4 5570221 . G A 1526.65 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944673;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.197;QD=59.2874;RBI=0.0523294;REFB=0;REVB=0.0514697;RO=0;SAF=78;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027099;OID=.;OPOS=5570221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:103:0:0:102:103:1:24:78:0:0:24:79:0:0 chr4 5624670 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0690982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.432;QD=51.9159;RBI=0.0693097;REFB=0;REVB=-0.00541137;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000534144;OID=.;OPOS=5624670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr4 5690902 . T A,C 1022.38 PASS AF=0.0416667,0.944444;AO=3,68;DP=72;FAO=3,68;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=1,45;FSAR=2,23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0074258,-0.00695659;FXX=0.0136968;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.8,164.364;QD=56.7992;RBI=0.0189442,0.0174831;REFB=-0.144853,0.0205112;REVB=0.0174281,0.0160395;RO=1;SAF=1,45;SAR=2,23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.266641,-0.010389;STB=0.665547,0.505493;STBP=0.558,0.621;TYPE=snp,snp;VARB=0.0391361,0.000680102;OID=.,.;OPOS=5690902,5690902;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:72:72:1:1:3,68:3,68:0.0416667,0.944444:2,23:1,45:1:0:2,23:1,45:1:0 chr4 5743509 . C T 1396.73 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.249;QD=62.7745;RBI=0.0482501;REFB=0;REVB=0.0189309;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28538e-05;OID=.;OPOS=5743509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:51:37:0:0:51:38:0:0 chr4 5743512 . T C 1377.16 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.296;QD=62.5982;RBI=0.0510142;REFB=0;REVB=0.0174866;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120968;OID=.;OPOS=5743512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:50:38:0:0:50:38:0:0 chr4 5750003 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.862;QD=51.1822;RBI=0.0309496;REFB=0;REVB=-0.00107916;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089234;OID=.;OPOS=5750003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:3:17:0:0:3:17:0:0 chr4 5755542 . C A 1228.32 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.173;QD=61.416;RBI=0.0334222;REFB=0;REVB=0.0321997;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16688e-05;OID=.;OPOS=5755542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:31:46:0:0:34:46:0:0 chr4 5785442 . G A 380.72 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0407125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.996;QD=16.9208;RBI=0.0407167;REFB=-0.00229704;REVB=0.00057951;RO=50;SAF=27;SAR=13;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163023;STB=0.591777;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00374295;OID=.;OPOS=5785442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:13:27:26:24:13:27:26:24 chr4 5795383 . C T 399.64 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0278262;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1087;QD=19.7354;RBI=0.0278267;REFB=-0.0135298;REVB=-0.000168458;RO=39;SAF=22;SAR=18;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106327;STB=0.543375;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0159071;OID=.;OPOS=5795383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:39:41:40:40:0.493827:18:22:26:13:18:22:26:15 chr4 5838513 . C G 545.35 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.0599018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3623;QD=17.1764;RBI=0.0600737;REFB=-0.00610808;REVB=0.0045411;RO=69;SAF=23;SAR=35;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00535658;STB=0.502981;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00872663;OID=.;OPOS=5838513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:69:69:58:58:0.456693:35:23:27:42:35:23:27:42 chr4 5841350 . A G 285.98 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00397339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.24;QD=21.9985;RBI=0.0115436;REFB=-0.0118735;REVB=-0.0108382;RO=23;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657034;STB=0.536399;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00992347;OID=.;OPOS=5841350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:14:15:10:13:14:15:10:13 chr4 5975538 . G A 952.83 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196654;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.437;QD=56.049;RBI=0.0277433;REFB=-0.160055;REVB=0.0195695;RO=2;SAF=34;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000842368;STB=0.507244;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000677483;OID=.;OPOS=5975538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:69:68:2:1:66:67:0.985294:32:34:1:1:33:34:1:0 chr4 5990110 . C A 1535.88 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=110;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00656957;FXX=0.0181802;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.507;QD=56.8843;RBI=0.00764643;REFB=-0.108696;REVB=0.00391262;RO=3;SAF=62;SAR=43;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415344;STB=0.502189;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.000436863;OID=.;OPOS=5990110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:110:108:3:3:105:105:0.972222:43:62:2:1:43:62:2:1 chr4 5990339 . G A 1105.3 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.462;QD=59.746;RBI=0.0135812;REFB=0;REVB=0.0127163;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00221e-05;OID=.;OPOS=5990339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:34:38:0:0:35:39:0:0 chr4 5990551 . G A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1262;QD=52.6108;RBI=0.0388376;REFB=0;REVB=-0.036409;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00142497;OID=.;OPOS=5990551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr4 5990599 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.145;QD=50.4134;RBI=0.0184345;REFB=0;REVB=0.0141168;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74831e-05;OID=.;OPOS=5990599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr4 5990791 . A G 805.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00962524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.598;QD=64.4093;RBI=0.0319021;REFB=0;REVB=0.0304154;RO=0;SAF=39;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91197e-05;OID=.;OPOS=5990791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:11:39:0:0:11:39:0:0 chr4 5991384 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0919683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.42;QD=57.2008;RBI=0.0950326;REFB=0;REVB=-0.0239379;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709514;OID=.;OPOS=5991384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr4 5991476 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.15;QD=39.2068;RBI=0.0303552;REFB=0;REVB=0.0261608;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455007;OID=.;OPOS=5991476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr4 6293696 . C G 3191.0 PASS AF=1;AO=207;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514845;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.09;QD=61.3654;RBI=0.0514882;REFB=0.0275855;REVB=-0.000618704;RO=0;SAF=109;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150425;OID=.;OPOS=6293696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:208:208:0:0:207:208:1:98:109:0:0:98:110:0:0 chr4 6302519 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00679219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.665;QD=62.6703;RBI=0.00731833;REFB=0;REVB=0.00272472;RO=0;SAF=10;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51188e-05;OID=.;OPOS=6302519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:34:10:0:0:34:10:0:0 chr4 6302707 . C T 789.29 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0012939;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.792;QD=64.4322;RBI=0.0295376;REFB=0;REVB=0.0295093;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40726e-05;OID=.;OPOS=6302707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr4 6303022 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.496;QD=57.2025;RBI=0.0180616;REFB=0;REVB=-0.0108581;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90242e-05;OID=.;OPOS=6303022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr4 6303955 . G A 651.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.049;QD=62.0259;RBI=0.0251487;REFB=0;REVB=0.00844149;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81669e-05;OID=.;OPOS=6303955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:13:27:0:0:13:29:0:0 chr4 6304087 . A G 769.99 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810995;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.229;QD=64.1661;RBI=0.061348;REFB=0;REVB=-0.0608096;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128625;OID=.;OPOS=6304087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr4 6304242 . T C 491.51 PASS AF=0.857143;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0646532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1955;QD=46.8106;RBI=0.0778672;REFB=-0.0893825;REVB=-0.0433966;RO=6;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819296;STB=0.543976;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0121979;OID=.;OPOS=6304242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:42:42:6:6:36:36:0.857143:19:17:1:5:19:17:1:5 chr4 6304286 . C T 695.76 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3398;QD=60.5012;RBI=0.044495;REFB=-0.189058;REVB=-0.0350041;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00610088;OID=.;OPOS=6304286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:23:22:1:0:23:22:1:0 chr4 6304344 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.332;QD=57.7123;RBI=0.0227311;REFB=0;REVB=0.0190714;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02397e-05;OID=.;OPOS=6304344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr4 6322293 . G A 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.054455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.062;QD=8.23122;RBI=0.0546064;REFB=-0.00149605;REVB=-0.00406352;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18386;STB=0.613411;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00321278;OID=.;OPOS=6322293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:6:4:14:11:6:4:14:11 chr4 6325086 . G A 1234.65 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017778;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.903;QD=60.227;RBI=0.045841;REFB=-0.0420722;REVB=0.0422533;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.508195;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00118515;OID=.;OPOS=6325086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:51:30:0:0:51:30:1:0 chr4 6382919 . C T 154.76 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0146636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.605;QD=15.0981;RBI=0.0153801;REFB=-0.0107968;REVB=-0.00463951;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359294;STB=0.531755;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0166856;OID=.;OPOS=6382919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:9:8:10:13:9:8:10:14 chr4 6415618 . G A 184.92 PASS AF=0.425926;AO=20;DP=50;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00741658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.355;QD=13.6978;RBI=0.00831181;REFB=-0.0149559;REVB=0.0037524;RO=27;SAF=3;SAR=17;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478031;STB=0.736203;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0238544;OID=.;OPOS=6415618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:27:31:20:23:0.425926:17:3:15:12:19:4:16:15 chr4 6536979 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.258;QD=63.8719;RBI=0.0655449;REFB=0;REVB=0.06283;RO=0;SAF=34;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263986;OID=.;OPOS=6536979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:14:34:0:0:14:34:0:0 chr4 6596360 . G A 2328.73 PASS AF=0.981132;AO=155;DP=159;FAO=156;FDP=159;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0554656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.201;QD=58.5843;RBI=0.0564706;REFB=-0.0615633;REVB=0.0106063;RO=4;SAF=67;SAR=88;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154468;STB=0.504421;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00255794;OID=.;OPOS=6596360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:159:159:4:3:155:156:0.981132:88:67:3:1:88:68:2:1 chr4 6619165 . A G 577.11 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.364;QD=56.3038;RBI=0.0335758;REFB=-0.147398;REVB=0.0274545;RO=1;SAF=28;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164445;STB=0.508768;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00349021;OID=.;OPOS=6619165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:41:1:1:38:40:0.97561:10:28:1:0:12:28:1:0 chr4 6619204 . G A 263.49 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00246277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.896;QD=26.3494;RBI=0.020326;REFB=-0.00599641;REVB=0.0201763;RO=16;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22688;STB=0.624902;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00503465;OID=.;OPOS=6619204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:12:12:13:3:12:12:13:3 chr4 6698667 . T C 758.26 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.275;QD=56.1673;RBI=0.0616446;REFB=0;REVB=0.0240926;RO=0;SAF=12;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619983;OID=.;OPOS=6698667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:41:12:0:0:41:13:0:0 chr4 6698706 . A C 885.24 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8315;QD=58.0485;RBI=0.0258373;REFB=0;REVB=0.00379289;RO=0;SAF=15;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7396e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198671;OID=.;OPOS=6698706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:46:15:0:0:46:15:0:0 chr4 6718775 . G T 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00969295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.15;QD=5.19174;RBI=0.0104643;REFB=-0.00512718;REVB=0.00394319;RO=26;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381282;STB=0.749319;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0112498;OID=.;OPOS=6718775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:2:5:10:16:2:5:10:16 chr4 6719092 . TAGTC T 126.22 PASS AF=0.303571;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00464962;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=4;MLLD=306.816;QD=9.01588;RBI=0.0123817;REFB=-0.00758359;REVB=-0.0114755;RO=36;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321224;STB=0.529377;STBP=0.776;TYPE=del;VARB=0.0171987;OID=.;OPOS=6719093;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.303571:16:56:17:56:39:9:8:19:20:99:36:8:8:19:17 chr4 6884329 . T C 669.91 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.000735859;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=158.379;QD=54.6865;RBI=0.02098;REFB=0.057207;REVB=0.0209671;RO=3;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182553;STB=0.519519;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0010247;OID=.;OPOS=6884329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:49:49:3:4:45:45:0.918367:23:22:1:2:23:22:1:3 chr4 6925217 . A G 658.77 PASS AF=0.424419;AO=73;DP=172;FAO=73;FDP=172;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=57;FSRR=42;FWDB=0.0341182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.312;QD=15.3203;RBI=0.0349771;REFB=-0.00806801;REVB=0.00770337;RO=98;SAF=33;SAR=40;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122013;STB=0.570866;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0108434;OID=.;OPOS=6925217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:98:99:73:73:0.424419:40:33:56:42:40:33:57:42 chr4 6925389 . C G 106.29 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0105237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1398;QD=11.8101;RBI=0.0373648;REFB=-0.0297813;REVB=0.0358522;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149372;STB=0.588607;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0560363;OID=.;OPOS=6925389;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:5:8:11:12:5:8:11:12 chr4 6956059 . T C 341.21 PASS AF=0.344;AO=42;DP=125;FAO=43;FDP=125;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.0647213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0323;QD=10.9187;RBI=0.0649833;REFB=-0.00475642;REVB=-0.0058296;RO=82;SAF=22;SAR=20;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273165;STB=0.522911;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0102924;OID=.;OPOS=6956059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:82:82:42:43:0.344:20:22:41:41:20:23:41:41 chr4 7057037 . C G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0152342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.27;QD=14.1699;RBI=0.0191562;REFB=-0.00049844;REVB=-0.0116138;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655979;STB=0.538386;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.000662495;OID=.;OPOS=7057037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:8:4:4:6:8:4 chr4 7057106 . G C 67.21 PASS AF=0.473684;AO=6;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0195293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.915;QD=14.1491;RBI=0.032536;REFB=-0.0230069;REVB=0.0260231;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100718;STB=0.642535;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0135268;OID=.;OPOS=7057106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:6:9:0.473684:3:3:6:4:6:3:6:4 chr4 7057982 . CT C 147.02 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0154885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.442;QD=17.2959;RBI=0.0292048;REFB=-0.0251343;REVB=0.0247593;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170379;STB=0.596222;STBP=0.402;TYPE=del;VARB=0.0409937;OID=.;OPOS=7057983;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:16:34:16:34:18:5:11:3:15:99:18:5:11:3:15 chr4 7058191 . T C 271.91 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00387959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.655;QD=19.4219;RBI=0.00413633;REFB=-0.00506478;REVB=-0.00143456;RO=27;SAF=8;SAR=21;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26143;STB=0.64648;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00381605;OID=.;OPOS=7058191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:21:8:15:12:21:8:15:12 chr4 7325840 . G T 446.16 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0621465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.588;QD=20.7517;RBI=0.062266;REFB=-0.0160182;REVB=-0.00385537;RO=42;SAF=25;SAR=19;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460814;STB=0.525477;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0150151;OID=.;OPOS=7325840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:19:25:26:16:19:25:26:16 chr4 7435379 . A G 929.42 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0179239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0481;QD=55.4878;RBI=0.024565;REFB=-0.129732;REVB=-0.016798;RO=1;SAF=35;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133067;STB=0.501154;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00283131;OID=.;OPOS=7435379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:1:2:65:65:0.970149:30:35:1:0:30:35:1:1 chr4 7461826 . C CCCA 140.72 PASS AF=0.386364;AO=15;DP=46;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0111242;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=232.113;QD=12.7929;RBI=0.0144986;REFB=-0.0221967;REVB=0.00929842;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756906;STB=0.596706;STBP=0.328;TYPE=ins;VARB=0.037489;OID=.;OPOS=7461827;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386364:15:46:17:44:27:8:9:17:10:99:30:8:7:18:12 chr4 7655855 . C T 425.64 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.000380576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1582;QD=15.3384;RBI=0.0206551;REFB=-0.0215299;REVB=0.0206516;RO=62;SAF=24;SAR=24;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146383;STB=0.576545;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.027631;OID=.;OPOS=7655855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:63:48:48:0.432432:24:24:40:22:24:24:40:23 chr4 7714490 . T C 901.56 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0616398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7065;QD=53.8245;RBI=0.0616753;REFB=0.0209648;REVB=-0.00209063;RO=3;SAF=30;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011493;STB=0.50609;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0025409;OID=.;OPOS=7714490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:3:3:64:64:0.955224:34:30:1:2:34:30:1:2 chr4 7716910 . C T 346.02 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0183307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4584;QD=24.7154;RBI=0.0583972;REFB=-0.00687067;REVB=0.0554457;RO=22;SAF=13;SAR=21;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142301;STB=0.507808;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00391554;OID=.;OPOS=7716910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:21:13:8:14:21:13:8:14 chr4 7716932 . T C 902.41 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.608;QD=58.2197;RBI=0.0449741;REFB=0;REVB=0.0417017;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41756e-05;OID=.;OPOS=7716932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:62:0:0:57:62:1:38:19:0:0:41:21:0:0 chr4 7717012 . G A 357.31 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.00961155;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.411;QD=18.8059;RBI=0.00962441;REFB=-0.0172511;REVB=-0.000497442;RO=39;SAF=16;SAR=21;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119464;STB=0.566337;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0181872;OID=.;OPOS=7717012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:21:16:12:27:21:16:12:27 chr4 7783125 . G A 163.74 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00137831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.374;QD=13.3662;RBI=0.0132076;REFB=-0.0137725;REVB=0.0131355;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192366;STB=0.601254;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0167145;OID=.;OPOS=7783125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:31:18:18:0.367347:7:11:11:15:7:11:14:17 chr4 7783172 . G A 1138.15 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0308227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.652;QD=59.1249;RBI=0.0471627;REFB=-0.106685;REVB=0.0356971;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00398254;OID=.;OPOS=7783172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:35:41:0:0:35:41:0:1 chr4 7844953 . G A 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0207706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.872;QD=12.0714;RBI=0.0389734;REFB=-0.00192931;REVB=0.0329774;RO=39;SAF=15;SAR=9;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398748;STB=0.516515;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00314901;OID=.;OPOS=7844953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:40:24:24:0.375:9:15:23:16:9:15:24:16 chr4 7940903 . A G 1433.69 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.401;QD=63.0193;RBI=0.0757777;REFB=0;REVB=-0.075707;RO=0;SAF=32;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141588;OID=.;OPOS=7940903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:87:91:1:55:32:0:0:59:32:0:0 chr4 7940915 . C T 1360.83 PASS AF=0.978261;AO=75;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00165086;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.112;QD=59.1665;RBI=0.0257758;REFB=-0.0779625;REVB=0.0257229;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.000163091;OID=.;OPOS=7940915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:92:92:0:2:75:90:0.978261:49:26:0:0:60:30:1:1 chr4 7941788 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.003;QD=44.6898;RBI=0.0151206;REFB=0;REVB=-0.0138981;RO=0;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.44345e-05;OID=.;OPOS=7941788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:1:12:0:0:1:12:0:0 chr4 7941901 . A C 400.21 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.995;QD=53.3616;RBI=0.0517737;REFB=-0.0975333;REVB=0.0418563;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.512812;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00115393;OID=.;OPOS=7941901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:0:1:28:29:0.966667:9:19:0:0:10:19:1:0 chr4 8010757 . G A 276.39 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00760324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.643;QD=16.5006;RBI=0.018944;REFB=-0.0104874;REVB=-0.0173512;RO=35;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367399;STB=0.519012;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0121777;OID=.;OPOS=8010757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:36:30:31:0.462687:14:16:20:15:14:17:21:15 chr4 8031471 . A G 389.73 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00381369;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.889;QD=21.0663;RBI=0.0343027;REFB=-0.0104078;REVB=-0.03409;RO=34;SAF=25;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733913;STB=0.549023;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00828342;OID=.;OPOS=8031471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:35:39:39:0.527027:14:25:19:15:14:25:19:16 chr4 8062689 . TG CA,CG 652.86 PASS AF=0.545455,0.454545;AO=24,17;DP=44;FAO=24,20;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13,12;FSAR=11,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339484,-0.0286463;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=137.487,118.364;QD=59.3504;RBI=0.0403452,0.0348139;REFB=0,0;REVB=-0.0218001,-0.0197837;RO=0;SAF=13,11;SAR=11,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00655521,0.0153918;OID=.,.;OPOS=8062689,8062689;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:44:44:0:0:24,17:24,20:0.545455,0.454545:11,6:13,11:0:0:11,8:13,12:0:0 chr4 8108315 . C T 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0382951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.644;QD=16.5272;RBI=0.0394537;REFB=-0.00468031;REVB=0.00949088;RO=29;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205896;STB=0.511619;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00429403;OID=.;OPOS=8108315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:10:15:18:11:10:15:18:11 chr4 8228731 . T C 1719.31 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.826;QD=60.3266;RBI=0.0842463;REFB=0;REVB=0.00776292;RO=0;SAF=53;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169473;OID=.;OPOS=8228731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:61:53:0:0:61:53:0:0 chr4 8228894 . T C 1217.26 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7712;QD=60.8632;RBI=0.0324052;REFB=0;REVB=-0.0111779;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164636;OID=.;OPOS=8228894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:34:45:0:0:34:46:0:0 chr4 8229218 . A G 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.305;QD=63.0523;RBI=0.0464529;REFB=0;REVB=-0.0158524;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.48538e-05;OID=.;OPOS=8229218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr4 8229326 . T C 393.74 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.126;QD=56.2486;RBI=0.0556443;REFB=0;REVB=-0.0186431;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00049781;OID=.;OPOS=8229326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:26:28:1:19:7:0:0:19:9:0:0 chr4 8242466 . A G 2971.17 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389473;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.266;QD=62.551;RBI=0.0402046;REFB=0;REVB=0.00997576;RO=0;SAF=101;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228417;OID=.;OPOS=8242466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:190:0:0:182:190:1:81:101:0:0:87:103:0:0 chr4 8358361 . G A 372.92 PASS AF=0.933333;AO=29;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0403519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4753;QD=49.7224;RBI=0.0545123;REFB=-0.0441075;REVB=0.0366513;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.549963;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0237822;OID=.;OPOS=8358361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:0:2:29:28:0.933333:19:10:0:0:19:9:2:0 chr4 8454639 . A G 734.23 PASS AF=0.979167;AO=48;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00113986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.977;QD=61.1862;RBI=0.0190663;REFB=0.00769884;REVB=0.0190322;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000379244;OID=.;OPOS=8454639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:48:47:0.979167:29:19:0:0:28:19:0:1 chr4 8602884 . T C 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000975286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4911;QD=58.5814;RBI=0.00917965;REFB=0;REVB=-0.00912769;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128254;OID=.;OPOS=8602884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr4 8602935 . A G 635.78 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207219;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.555;QD=62.027;RBI=0.0441037;REFB=0;REVB=-0.0389325;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121531;OID=.;OPOS=8602935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr4 8603117 . A T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0137889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.536;QD=17.3211;RBI=0.0173379;REFB=-0.0104074;REVB=0.0105104;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299989;STB=0.674283;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0269691;OID=.;OPOS=8603117;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:13:3:8:10:13:3:8:10 chr4 8616096 . T C 213.03 PASS AF=0.462963;AO=23;DP=52;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00496382;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5525;QD=15.7803;RBI=0.0622359;REFB=-0.00396579;REVB=-0.0620377;RO=29;SAF=2;SAR=21;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527929;STB=0.70674;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00816958;OID=.;OPOS=8616096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:29:29:23:25:0.462963:21:2:13:16:21:4:13:16 chr4 8616179 . T C 851.18 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0933;QD=57.707;RBI=0.021151;REFB=0;REVB=-0.00877956;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227158;OID=.;OPOS=8616179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:38:20:0:0:39:20:0:0 chr4 8620153 . C T 129.12 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0287733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.2;QD=16.6611;RBI=0.03126;REFB=-0.00221239;REVB=-0.0122182;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112138;STB=0.580682;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00408517;OID=.;OPOS=8620153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:16:14:15:0.483871:8:6:5:11:8:7:5:11 chr4 8621194 . A G 728.7 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5432;QD=57.1528;RBI=0.0503004;REFB=0;REVB=0.0326733;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60802e-05;OID=.;OPOS=8621194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:15:36:0:0:15:36:0:0 chr4 8951816 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.516;QD=45.8068;RBI=0.0476663;REFB=0;REVB=0.014108;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221287;OID=.;OPOS=8951816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr4 9360905 . C A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0015335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.561;QD=23.218;RBI=0.0312523;REFB=-0.00313253;REVB=0.0312147;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00350023;OID=.;OPOS=9360905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr4 9388888 . A G 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00106095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.93;QD=3.29625;RBI=0.00121753;REFB=-0.00254348;REVB=-0.000597305;RO=42;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286813;STB=0.70529;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0152043;OID=.;OPOS=9388888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:2:5:20:22:2:5:20:22 chr4 9446325 . AG A 357.47 PASS AF=0.416667;AO=39;DP=101;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00332533;FXX=0.0495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.263;QD=14.8947;RBI=0.00999357;REFB=-0.00442404;REVB=0.0094241;RO=56;SAF=20;SAR=19;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691148;STB=0.566357;STBP=0.308;TYPE=del;VARB=0.00470681;OID=.;OPOS=9446326;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:39:101:40:96:56:21:19:23:33:99:56:20:19:25:31 chr4 9557815 . TAGAAGG T 32.46 PASS AF=0.416667;AO=4;DP=14;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0182347;FXX=0.142755;HRUN=1;LEN=6;MLLD=267.126;QD=10.8216;RBI=0.0182351;REFB=-0.00949296;REVB=0.000113929;RO=6;SAF=1;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254893;STB=0.665925;STBP=0.476;TYPE=del;VARB=0.0124522;OID=.;OPOS=9557816;OREF=AGAAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:4:14:5:12:7:1:4:3:4:32:6:1:3:3:3 chr4 9784631 . C T 331.22 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.000790739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.035;QD=21.0295;RBI=0.0223712;REFB=-0.0171202;REVB=-0.0223573;RO=28;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135027;STB=0.582125;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0143213;OID=.;OPOS=9784631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:29:34:34:0.539683:19:15:17:11:19:15:18:11 chr4 9922130 . C T 871.24 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.074272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5055;QD=56.2092;RBI=0.0825396;REFB=-0.0421795;REVB=0.0360063;RO=1;SAF=21;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219443;STB=0.511624;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00133314;OID=.;OPOS=9922130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:40:21:1:0:40:21:1:0 chr4 9982330 . A G 330.21 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0327547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0871;QD=50.8007;RBI=0.0510654;REFB=-0.0682197;REVB=-0.0391766;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.517228;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0105113;OID=.;OPOS=9982330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:1:1:24:25:0.961538:11:13:1:0:11:14:1:0 chr4 9998440 . C T 1189.1 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000919465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.843;QD=60.2077;RBI=0.0323224;REFB=0;REVB=0.0323093;RO=1;SAF=58;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00809254;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7751e-05;OID=.;OPOS=9998440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:1:0:78:79:1:20:58:1:0:20:59:0:0 chr4 9998493 . A G 1996.91 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0137269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.373;QD=60.5124;RBI=0.0224026;REFB=0.012713;REVB=0.0177045;RO=2;SAF=77;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121835;STB=0.506409;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000212247;OID=.;OPOS=9998493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:2:2:130:130:0.984848:53:77:2:0:53:77:2:0 chr4 10022981 . C T 602.58 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0466465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.964;QD=54.78;RBI=0.0549351;REFB=-0.235637;REVB=0.0290168;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545432;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0027238;OID=.;OPOS=10022981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:44:44:0:3:41:41:0.931818:26:15:0:0:26:15:3:0 chr4 10090178 . T C 789.07 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165072;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.974;QD=64.4135;RBI=0.017239;REFB=0;REVB=0.00496968;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.02878e-05;OID=.;OPOS=10090178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:28:21:0:0 chr4 10442602 . C CTACTT,T 301.09 PASS AF=0.492063,0.015873;AO=30,3;DP=65;FAO=31,1;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=21,1;FSAR=10,0;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00399319,-0.0197859;FXX=0.0307645;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=118.236,189.205;QD=19.1171;RBI=0.0279735,0.0242781;REFB=-0.00609987,-0.0175468;REVB=0.027687,-0.0140693;RO=31;SAF=20,2;SAR=10,1;SRF=20;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0217754,0.0243358;STB=0.518202,0.987183;STBP=0.797,0.475;TYPE=ins,snp;VARB=0.00324181,0.14749;OID=.,.;OPOS=10442603,10442602;OREF=-,C;OALT=TACTT,T;OMAPALT=CTACTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:31:31:30,3:31,1:0.492063,0.015873:10,1:20,2:20:11:10,0:21,1:20:11 chr4 10442676 . A C 565.69 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00947119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.717;QD=22.1841;RBI=0.0183871;REFB=-0.00541785;REVB=-0.0157601;RO=45;SAF=35;SAR=21;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215334;STB=0.50781;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00390772;OID=.;OPOS=10442676;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:46:56:56:0.54902:21:35:27:18:21:35:28:18 chr4 10442700 . C T 377.86 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0240943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3458;QD=14.818;RBI=0.0319628;REFB=-0.000433396;REVB=0.0210021;RO=58;SAF=23;SAR=20;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887558;STB=0.553992;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.000943828;OID=.;OPOS=10442700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:59:43:43:0.421569:20:23:36:22:20:23:37:22 chr4 10445427 . A T 281.87 PASS AF=0.415584;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.000759339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.98;QD=14.6427;RBI=0.00872821;REFB=-0.0125656;REVB=-0.00869512;RO=44;SAF=15;SAR=16;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204271;STB=0.610324;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0137847;OID=.;OPOS=10445427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:31:32:0.415584:16:15:30:14:16:16:31:14 chr4 10446385 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.514;QD=62.9826;RBI=0.0142377;REFB=0;REVB=0.00771321;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23808e-05;OID=.;OPOS=10446385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr4 10446906 . A G 772.18 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342447;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.58;QD=64.3479;RBI=0.0379165;REFB=0;REVB=0.0162778;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000398931;OID=.;OPOS=10446906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr4 10447640 . A G 87.04 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.032637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4501;QD=12.8948;RBI=0.0335322;REFB=-0.0445374;REVB=0.00769632;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875907;STB=0.571292;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0644217;OID=.;OPOS=10447640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:27:16:16:10:11:0.407407:3:7:10:6:3:8:10:6 chr4 10447679 . C T 54.02 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0191456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7836;QD=8.31023;RBI=0.0241197;REFB=0.00863427;REVB=0.0146699;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400023;STB=0.524936;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0209245;OID=.;OPOS=10447679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:18:18:8:8:0.307692:2:6:13:5:2:6:13:5 chr4 10447848 . T G 390.32 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0712782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7806;QD=16.6093;RBI=0.0765323;REFB=-0.0326845;REVB=0.0278675;RO=51;SAF=18;SAR=23;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703018;STB=0.539887;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0429522;OID=.;OPOS=10447848;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:53:41:41:0.43617:23:18:26:25:23:18:27:26 chr4 10447976 . C T 253.52 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00372877;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.795;QD=19.1333;RBI=0.00381298;REFB=-0.000971939;REVB=0.000796964;RO=25;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11026;STB=0.54932;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00117004;OID=.;OPOS=10447976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:25:26:27:27:0.509434:15:12:8:17:15:12:9:17 chr4 10447985 . AT A 134.09 PASS AF=0.44898;AO=20;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.125578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.118;QD=10.9464;RBI=0.12961;REFB=-0.0130876;REVB=-0.0320778;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236049;STB=0.546832;STBP=0.567;TYPE=del;VARB=0.00700412;OID=.;OPOS=10447986;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44898:20:48:22:49:27:8:14:12:15:99:26:8:12:11:15 chr4 10502937 . T G 736.12 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7202;QD=54.5274;RBI=0.0218552;REFB=-0.113333;REVB=0.00744255;RO=1;SAF=39;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119271;STB=0.506171;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00205411;OID=.;OPOS=10502937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:1:1:52:53:0.981481:13:39:1:0:13:40:1:0 chr4 11401012 . A G 238.18 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0678391;FXX=0.019996;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.578;QD=19.4435;RBI=0.068001;REFB=-0.0271126;REVB=-0.00468984;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15186;STB=0.503728;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0236914;OID=.;OPOS=11401012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:17:26:23:23:0.469388:9:14:7:10:9:14:16:10 chr4 11401087 . A G 134.23 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00816397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.168;QD=16.2704;RBI=0.0123423;REFB=-0.0369706;REVB=-0.00925643;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174048;STB=0.585251;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0322524;OID=.;OPOS=11401087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:6:9:7:10:6:9:8:10 chr4 13530604 . T C 528.03 PASS AF=0.662338;AO=46;DP=70;FAO=51;FDP=77;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0334294;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2409;QD=27.4303;RBI=0.043506;REFB=-0.0489104;REVB=0.0278432;RO=24;SAF=26;SAR=20;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658059;STB=0.5357;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0256177;OID=.;OPOS=13530604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:77:24:26:46:51:0.662338:20:26:16:8:25:26:16:10 chr4 13545792 . G C,T 234.7 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=2,17;DP=19;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208643,0.120479;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=183.161,75.0095;QD=49.4113;RBI=0.0295151,0.124648;REFB=0,0;REVB=-0.0208764,0.031969;RO=0;SAF=0,7;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0973749,0.0151437;OID=.,.;OPOS=13545792,13545792;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:19:19:0:0:2,17:2,17:0.105263,0.894737:2,10:0,7:0:0:2,10:0,7:0:0 chr4 13548796 . T G 667.34 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8547;QD=62.0783;RBI=0.0436982;REFB=0;REVB=0.0429274;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286362;OID=.;OPOS=13548796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr4 13601337 . G A 853.34 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124776;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.531;QD=57.8536;RBI=0.0302162;REFB=0;REVB=0.0275196;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03304e-05;OID=.;OPOS=13601337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr4 13601827 . C T 386.98 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0106595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.328;QD=30.3514;RBI=0.0138567;REFB=-0.0229796;REVB=-0.00885346;RO=16;SAF=23;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059198;STB=0.532259;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00949973;OID=.;OPOS=13601827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:16:35:35:0.686275:12:23:9:7:12:23:9:7 chr4 13606576 . A T 1219.85 PASS AF=0.894737;AO=85;DP=95;FAO=85;FDP=95;FR=.;FRO=10;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00499815;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6921;QD=51.3623;RBI=0.00753538;REFB=-0.0190589;REVB=-0.00563919;RO=9;SAF=44;SAR=41;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471542;STB=0.519241;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.012128;OID=.;OPOS=13606576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:95:95:9:10:85:85:0.894737:41:44:7:2:41:44:7:3 chr4 15095619 . G GAGGGAGGAC 333.69 PASS AF=0.546875;AO=32;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00801206;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=277.925;QD=20.8554;RBI=0.00817571;REFB=-0.0261529;REVB=0.00162764;RO=29;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107426;STB=0.551695;STBP=0.377;TYPE=ins;VARB=0.0124972;OID=.;OPOS=15095620;OREF=-;OALT=AGGGAGGAC;OMAPALT=GAGGGAGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.546875:32:64:35:64:29:19:16:19:10:99:29:17:15:19:10 chr4 15095629 . G A 85.86 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0166333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.671;QD=5.20367;RBI=0.021844;REFB=-0.00782789;REVB=-0.0141596;RO=52;SAF=10;SAR=4;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274404;STB=0.675417;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.017011;OID=.;OPOS=15095629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:66:66:52:52:14:14:0.212121:4:10:26:26:4:10:26:26 chr4 15516389 . C T 2273.76 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0460013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8193;QD=63.6018;RBI=0.05883;REFB=0;REVB=-0.0366723;RO=0;SAF=74;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000340748;OID=.;OPOS=15516389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:69:74:0:0:69:74:0:0 chr4 15689928 . G A 505.33 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.337;QD=57.7517;RBI=0.0803339;REFB=0;REVB=-0.0685724;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157071;OID=.;OPOS=15689928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:31:35:1:17:14:0:0:17:18:0:0 chr4 15690233 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.649;QD=46.848;RBI=0.0413199;REFB=0;REVB=0.0124178;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159122;OID=.;OPOS=15690233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr4 15709188 . C T 556.44 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.000104293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.074;QD=17.1213;RBI=0.00182026;REFB=0.00813667;REVB=-0.00181727;RO=70;SAF=39;SAR=20;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939325;STB=0.549279;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00952843;OID=.;OPOS=15709188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:70:71:59:59:0.453846:20:39:40:30:20:39:41:30 chr4 15709252 . G A 429.92 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0113344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.934;QD=17.3703;RBI=0.0440426;REFB=-0.0186392;REVB=0.0425592;RO=51;SAF=26;SAR=18;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153674;STB=0.566235;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00658632;OID=.;OPOS=15709252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:55:44:44:0.444444:18:26:22:29:18:26:26:29 chr4 15713446 . C T 159.76 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0183295;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7944;QD=10.1433;RBI=0.0339224;REFB=-0.00290895;REVB=-0.028544;RO=43;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227475;STB=0.626386;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0058723;OID=.;OPOS=15713446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:43:42:21:21:0.333333:8:13:18:25:8:13:18:24 chr4 15724487 . T G 494.19 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=22;FWDB=0.0126027;FXX=0.00806387;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.356;QD=16.0713;RBI=0.0148476;REFB=-0.00841021;REVB=0.00784999;RO=64;SAF=21;SAR=33;SRF=45;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299228;STB=0.660137;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00937193;OID=.;OPOS=15724487;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:64:69:54:54:0.439024:33:21:45:19:33:21:47:22 chr4 15733454 . A C 358.61 PASS AF=0.41;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-0.0130737;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.88;QD=14.3444;RBI=0.0291939;REFB=-0.0117057;REVB=-0.0261029;RO=59;SAF=21;SAR=20;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192977;STB=0.608389;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0177863;OID=.;OPOS=15733454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:59:59:41:41:0.41:20:21:41:18:20:21:41:18 chr4 15739390 . T G 317.23 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0139466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.022;QD=25.8961;RBI=0.0213592;REFB=0.0152836;REVB=-0.0161774;RO=21;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651959;STB=0.536057;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.012666;OID=.;OPOS=15739390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:13:15:13:8:13:15:13:8 chr4 15780083 . T C 429.86 PASS AF=0.655738;AO=39;DP=60;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00590119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.885;QD=28.1875;RBI=0.0549825;REFB=-0.0273068;REVB=0.0546649;RO=21;SAF=20;SAR=19;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037694;STB=0.524578;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0164652;OID=.;OPOS=15780083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:21:21:39:40:0.655738:19:20:12:9:20:20:12:9 chr4 15835844 . A C 661.39 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0651601;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.085;QD=60.1264;RBI=0.0784028;REFB=-0.113586;REVB=0.0436023;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218371;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000835493;OID=.;OPOS=15835844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:21:22:0:1:21:22:0:1 chr4 15937731 . T C 1305.42 PASS AF=0.989011;AO=79;DP=82;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0975091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4323;QD=57.3811;RBI=0.101371;REFB=-0.0503766;REVB=0.0277139;RO=3;SAF=38;SAR=41;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359128;STB=0.505049;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00619403;OID=.;OPOS=15937731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:91:3:1:79:90:0.989011:41:38:3:0:41:49:1:0 chr4 15964485 . G A 191.5 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0119651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.965;QD=22.5292;RBI=0.0413988;REFB=-0.0105823;REVB=0.039632;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863657;STB=0.562436;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00565327;OID=.;OPOS=15964485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:15:18:19:0.558824:9:9:8:5:9:10:10:5 chr4 15964501 . G A 147.94 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0127366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9627;QD=17.932;RBI=0.0134333;REFB=-0.0332331;REVB=0.00426981;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236024;STB=0.51218;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0180905;OID=.;OPOS=15964501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:17:15:16:0.484848:6:9:10:6:6:10:11:6 chr4 15964573 . A G 623.52 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228743;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.545;QD=59.3826;RBI=0.0439188;REFB=-0.0507905;REVB=-0.0374917;RO=1;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323178;STB=0.517233;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.000328494;OID=.;OPOS=15964573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:40:41:0.97619:14:26:0:1:14:27:0:1 chr4 15964763 . C T 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.0134366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.294;QD=14.0473;RBI=0.0156419;REFB=0.000416435;REVB=0.00800785;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316843;STB=0.680676;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.000472836;OID=.;OPOS=15964763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:23:6:9:9:23:6 chr4 16037352 . C T 216.21 PASS AF=0.4;AO=25;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00413774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.531;QD=13.3053;RBI=0.0155516;REFB=-0.012714;REVB=-0.014991;RO=38;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349259;STB=0.539847;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0183079;OID=.;OPOS=16037352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:39:25:26:0.4:15:10:14:24:15:11:14:25 chr4 16164193 . T TTA 425.17 PASS AF=0.467391;AO=37;DP=97;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00650956;FXX=0.0416623;HRUN=3;LEN=2;MLLD=300.097;QD=18.4858;RBI=0.0139036;REFB=-0.00734742;REVB=-0.0122856;RO=54;SAF=12;SAR=25;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951456;STB=0.534044;STBP=0.538;TYPE=ins;VARB=0.00810766;OID=.;OPOS=16164194;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.467391:37:97:43:92:49:15:28:20:29:99:54:12:25:22:32 chr4 16198378 . A G 140.08 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00669517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.857;QD=16.4804;RBI=0.0118202;REFB=-0.0147833;REVB=-0.00974125;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191332;STB=0.576514;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0127485;OID=.;OPOS=16198378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:11:4:8:10:11:5:8:10 chr4 16675898 . C A 323.41 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.018226;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.853;QD=47.9118;RBI=0.0322917;REFB=-0.0635763;REVB=0.0266564;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403161;STB=0.504501;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000545063;OID=.;OPOS=16675898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:1:2:25:25:0.925926:11:14:0:1:11:14:1:1 chr4 17488286 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.451;QD=44.6876;RBI=0.0354412;REFB=0;REVB=0.0323643;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282997;OID=.;OPOS=17488286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr4 17488346 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.323;QD=44.6898;RBI=0.0461923;REFB=0;REVB=0.0398029;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152446;OID=.;OPOS=17488346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr4 17488351 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.038;QD=44.6893;RBI=0.0233579;REFB=0;REVB=0.0208507;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781714;OID=.;OPOS=17488351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr4 17503433 . C T 726.7 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00606103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9058;QD=52.8509;RBI=0.0188941;REFB=-0.0765626;REVB=-0.0178955;RO=2;SAF=23;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00459838;STB=0.502442;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00330587;OID=.;OPOS=17503433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:30:23:1:1:30:23:1:1 chr4 17511595 . A T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.011176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.025;QD=10.0752;RBI=0.0269161;REFB=-0.00453746;REVB=-0.0244862;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167732;STB=0.599781;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0121127;OID=.;OPOS=17511595;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:12:2:2:6:12:2 chr4 17511634 . G A 34.49 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0499481;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.7733;QD=8.11415;RBI=0.0718425;REFB=-0.0087032;REVB=0.0516384;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195996;STB=0.605667;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0762028;OID=.;OPOS=17511634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:17:17:10:11:6:6:0.352941:1:5:7:3:1:5:8:3 chr4 17517099 . A G 268.13 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0309327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9776;QD=46.6307;RBI=0.0594564;REFB=-0.0995784;REVB=0.0507763;RO=2;SAF=19;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159697;STB=0.512809;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00737309;OID=.;OPOS=17517099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:2:1:21:22:0.956522:2:19:1:1:3:19:1:0 chr4 17528480 . G A 164.72 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0262585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.56;QD=21.2547;RBI=0.0521548;REFB=-0.03631;REVB=-0.0450623;RO=14;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455802;STB=0.525662;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0167193;OID=.;OPOS=17528480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:7:10:9:5:7:10:9:5 chr4 17586703 . T C 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.842;QD=58.7796;RBI=0.0169752;REFB=0;REVB=-0.00755186;RO=0;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33091e-05;OID=.;OPOS=17586703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:46:19:0:0:46:19:0:0 chr4 17627294 . A G 741.05 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.8;QD=54.8924;RBI=0.0239625;REFB=-0.100329;REVB=0.00421737;RO=1;SAF=40;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116329;STB=0.506022;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000524077;OID=.;OPOS=17627294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:54:1:1:52:53:0.981481:12:40:1:0:12:41:1:0 chr4 17627332 . T C 521.95 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00915669;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=313.003;QD=50.9217;RBI=0.0161384;REFB=0.0142089;REVB=0.0132892;RO=3;SAF=31;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042684;STB=0.515431;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.000386308;OID=.;OPOS=17627332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:41:41:3:4:37:37:0.902439:6:31:2:1:6:31:3:1 chr4 17634213 . A G 1073.88 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8851;QD=59.6601;RBI=0.104883;REFB=0;REVB=0.0897698;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115737;OID=.;OPOS=17634213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:68:72:1:29:39:0:0:33:39:0:0 chr4 17660082 . C T 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.255;QD=56.9504;RBI=0.0486203;REFB=0;REVB=0.0324784;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466998;OID=.;OPOS=17660082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr4 17694943 . A G 677.17 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7673;QD=60.1932;RBI=0.0320665;REFB=0.0870467;REVB=-0.01857;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218371;STB=0.511623;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0274112;OID=.;OPOS=17694943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:21:22:0:1:21:23:0:1 chr4 17711076 . T C 777.95 PASS AF=0.453039;AO=82;DP=181;FAO=82;FDP=181;FR=.;FRO=99;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=-0.0163495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.05;QD=17.1923;RBI=0.0163495;REFB=-0.009342;REVB=-9.55701e-07;RO=98;SAF=38;SAR=44;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344828;STB=0.51602;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0102533;OID=.;OPOS=17711076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:98:99:82:82:0.453039:44:38:42:56:44:38:43:56 chr4 17818885 . T C 939.61 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226383;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.919;QD=58.7257;RBI=0.0579965;REFB=0;REVB=0.0533957;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246021;OID=.;OPOS=17818885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:34:29:0:0:35:29:0:0 chr4 19183454 . A G 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0337473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.361;QD=19.523;RBI=0.0348027;REFB=-0.0245428;REVB=-0.00850562;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191154;STB=0.608543;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.01958;OID=.;OPOS=19183454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:4:8:6:8:4:8 chr4 20520993 . T C 719.66 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0335998;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4761;QD=53.3084;RBI=0.0479519;REFB=-0.0436287;REVB=0.0342118;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018468;STB=0.519223;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000862317;OID=.;OPOS=20520993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:54:1:2:52:52:0.962963:27:25:1:0:27:25:2:0 chr4 20709411 . C T 79.17 PASS AF=0.555556;AO=8;DP=17;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0301962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.284;QD=17.5932;RBI=0.031427;REFB=-0.0314235;REVB=-0.00870919;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23873;STB=0.545363;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0246901;OID=.;OPOS=20709411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:18:8:8:8:10:0.555556:6:2:4:4:6:4:4:4 chr4 20733708 . C A,CA 139.45 PASS AF=0,0.530612;AO=3,20;DP=54;FAO=0,26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=0,13;FSAR=0,13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00616998,0.0610421;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=230.736,9.48017;QD=11.3834;RBI=0.0132105,0.167553;REFB=-0.00791977,0.0334347;REVB=-0.0116812,-0.156038;RO=26;SAF=2,10;SAR=1,10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0582917,-0.114232;STB=0.5,0.530589;STBP=1,0.65;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0116101;OID=.,.;OPOS=20733708,20733709;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:70:54:49:26:23:3,20:0,26:0,0.530612:1,10:2,10:16:10:0,13:0,13:13:10 chr4 20852166 . A G 271.69 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00742556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.771;QD=20.8994;RBI=0.0207261;REFB=-0.00288018;REVB=0.0193503;RO=24;SAF=20;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264158;STB=0.628646;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00303557;OID=.;OPOS=20852166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:24:27:28:0.538462:7:20:11:13:8:20:11:13 chr4 20852244 . A G 288.79 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0523565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.996;QD=21.0029;RBI=0.055301;REFB=-0.0122355;REVB=-0.0178045;RO=23;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00711446;STB=0.518784;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00806953;OID=.;OPOS=20852244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:25:30:30:0.545455:12:18:14:9:12:18:14:11 chr4 21950259 . A G 3040.75 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301519;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.987;QD=60.5125;RBI=0.0473772;REFB=-0.102442;REVB=0.0365439;RO=1;SAF=59;SAR=125;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.008001;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273444;OID=.;OPOS=21950259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:185:201:1:0:184:201:1:125:59:1:0:142:59:0:0 chr4 22416195 . C G 720.65 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640549;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.389;QD=62.6654;RBI=0.0822605;REFB=0;REVB=0.0516117;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126782;OID=.;OPOS=22416195;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:27:18:0:0:27:19:0:0 chr4 22439914 . A C 1325.3 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0257623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.027;QD=60.9335;RBI=0.0635862;REFB=-0.142294;REVB=0.0581335;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000544311;OID=.;OPOS=22439914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:0:1:86:86:0.988506:39:47:0:0:39:47:1:0 chr4 22444692 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.782;QD=46.848;RBI=0.0626002;REFB=0;REVB=0.0395423;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83342e-05;OID=.;OPOS=22444692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr4 22457478 . C T 1135.09 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.067233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1092;QD=60.5379;RBI=0.0684412;REFB=0;REVB=0.0128033;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358769;OID=.;OPOS=22457478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr4 22820504 . A T 1257.09 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0372429;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.444;QD=60.5827;RBI=0.0377834;REFB=-0.0234412;REVB=-0.00636795;RO=1;SAF=43;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108864;STB=0.505746;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000402614;OID=.;OPOS=22820504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:83:1:1:82:82:0.987952:39:43:1:0:39:43:1:0 chr4 23815924 . T C 440.84 PASS AF=0.416667;AO=50;DP=120;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00406469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.378;QD=14.6945;RBI=0.00446577;REFB=-0.014631;REVB=-0.00184971;RO=70;SAF=25;SAR=25;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592689;STB=0.53332;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0194734;OID=.;OPOS=23815924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:70:70:50:50:0.416667:25:25:31:39:25:25:31:39 chr4 24801354 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00279999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.51;QD=33.4271;RBI=0.0800118;REFB=0;REVB=-0.0799628;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117831;OID=.;OPOS=24801354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr4 24802323 . G C 323.25 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.030656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.661;QD=47.8892;RBI=0.0391656;REFB=-0.12628;REVB=0.0243754;RO=2;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545422;STB=0.529389;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00571426;OID=.;OPOS=24802323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:16:9:0:2:16:9:0:2 chr4 25001439 . T C 1097.74 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4608;QD=60.1501;RBI=0.0404562;REFB=0;REVB=0.0390792;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187667;OID=.;OPOS=25001439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr4 25005193 . G A 1098.7 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.391;QD=60.203;RBI=0.0198192;REFB=0;REVB=0.019691;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27788e-05;OID=.;OPOS=25005193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:30:42:0:0:31:42:0:0 chr4 25032135 . C T 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00259321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.565;QD=5.37738;RBI=0.0192139;REFB=-0.00578627;REVB=-0.0190381;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136405;STB=0.588546;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0212686;OID=.;OPOS=25032135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:3:4:17:8:3:4:17:8 chr4 25253995 . C T 203.33 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0168829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.576;QD=14.2688;RBI=0.0436592;REFB=-0.00463857;REVB=-0.0402628;RO=33;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577191;STB=0.532915;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00571158;OID=.;OPOS=25253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:11:13:16:17:11:13:16:17 chr4 25315754 . G C 316.29 PASS AF=0.561404;AO=16;DP=58;FAO=32;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0246814;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4639;QD=22.1956;RBI=0.0627269;REFB=-0.0330655;REVB=0.0576671;RO=11;SAF=16;SAR=0;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.818052;STB=0.561366;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0201034;OID=.;OPOS=25315754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:11:25:16:32:0.561404:0:16:8:3:16:16:9:16 chr4 25363901 . T A 1092.6 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0544643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2221;QD=56.7586;RBI=0.0545866;REFB=-0.103033;REVB=0.00365227;RO=1;SAF=30;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155074;STB=0.50769;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00436296;OID=.;OPOS=25363901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:77:77:1:1:74:76:0.987013:44:30:1:0:44:32:1:0 chr4 25371399 . C T 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00607366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.114;QD=17.9197;RBI=0.0321974;REFB=-0.00983212;REVB=-0.0316193;RO=34;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877416;STB=0.549102;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00896703;OID=.;OPOS=25371399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:13:19:17:17:13:19:17:17 chr4 25371460 . C T 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00581225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.119;QD=15.8126;RBI=0.00735726;REFB=-0.0185012;REVB=-0.00451077;RO=44;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159699;STB=0.589692;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0274125;OID=.;OPOS=25371460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:17:17:15:29:17:17:15:29 chr4 25678199 . A G 270.11 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00636729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.632;QD=20.7779;RBI=0.022292;REFB=-0.0746302;REVB=-0.0213633;RO=23;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641169;STB=0.516517;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0585559;OID=.;OPOS=25678199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:24:27:28:0.538462:15:12:12:11:15:13:12:12 chr4 25760693 . A G 861.96 PASS AF=0.96875;AO=59;DP=63;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0152696;FXX=0.0153822;HRUN=5;LEN=1;MLLD=101.209;QD=53.8726;RBI=0.0187626;REFB=-0.210151;REVB=0.010903;RO=3;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042201;STB=0.514701;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00207729;OID=.;OPOS=25760693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:64:3:2:59:62:0.96875:32:27:0:3:33:29:0:2 chr4 25915648 . G A 161.03 PASS AF=0.5;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0134479;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.169;QD=18.945;RBI=0.0204356;REFB=-0.0197117;REVB=0.0153873;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134542;STB=0.561973;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.028056;OID=.;OPOS=25915648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:16:17:0.5:9:7:5:12:10:7:5:12 chr4 25915858 . C A 345.94 PASS AF=0.468354;AO=35;DP=77;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0311819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7366;QD=17.5162;RBI=0.0450886;REFB=0.000681052;REVB=0.032568;RO=40;SAF=17;SAR=18;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108642;STB=0.559313;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-1.56988e-05;OID=.;OPOS=25915858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:40:42:35:37:0.468354:18:17:24:16:20:17:24:18 chr4 26274274 . T A 201.5 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.00697515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.135;QD=13.8968;RBI=0.036952;REFB=-0.00668957;REVB=-0.0362877;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212689;STB=0.620595;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00766261;OID=.;OPOS=26274274;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:12:12:24:10:12:12:24:10 chr4 26417136 . T C 224.73 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0190474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8651;QD=19.1263;RBI=0.0623675;REFB=-0.0252382;REVB=0.0593877;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595413;STB=0.533553;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0273226;OID=.;OPOS=26417136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:12:12:13:10:12:12 chr4 26673761 . T A 1380.05 PASS AF=0.738854;AO=93;DP=157;FAO=116;FDP=157;FR=.;FRO=41;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0157484;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=33.5541;QD=35.1605;RBI=0.0252281;REFB=0.00042909;REVB=0.0197091;RO=13;SAF=46;SAR=47;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457066;STB=0.507691;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00427235;OID=.;OPOS=26673761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:13:41:93:116:0.738854:47:46:9:4:60:56:21:20 chr4 26673787 . A G 2918.08 PASS AF=0.974359;AO=185;DP=194;FAO=190;FDP=195;FR=.;FRO=5;FSAF=74;FSAR=116;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0396166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.037;QD=59.8581;RBI=0.0401266;REFB=-0.137054;REVB=0.00637704;RO=3;SAF=72;SAR=113;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194211;STB=0.516338;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000383999;OID=.;OPOS=26673787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:194:195:3:5:185:190:0.974359:113:72:3:0:116:74:5:0 chr4 27004011 . G A 851.14 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8484;QD=57.7042;RBI=0.0332749;REFB=0;REVB=0.00817417;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441776;OID=.;OPOS=27004011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr4 28712912 . C G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00966072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9823;QD=58.1406;RBI=0.00966072;REFB=0;REVB=1.17069e-05;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138273;OID=.;OPOS=28712912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr4 28712968 . A G 562.74 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053228;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6453;QD=60.8368;RBI=0.0533476;REFB=0;REVB=-0.00357003;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323143;OID=.;OPOS=28712968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr4 30724579 . GCCC GCC,GTCT 903.14 PASS AF=0.925532,0.0531915;AO=71,5;DP=94;FAO=87,5;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=85,0;FSAR=2,5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.103509,-0.0638263;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=14.8219,108.625;QD=38.4314;RBI=0.275318,0.109291;REFB=0.0178171,0.0319771;REVB=0.25512,0.0887176;RO=8;SAF=71,0;SAR=0,5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.892237,-0.779142;STB=0.505813,0.997126;STBP=0.59,0.02;TYPE=del,mnp;VARB=0.0228885,0.0033497;OID=.,.;OPOS=30724580,30724580;OREF=C,CCC;OALT=-,TCT;OMAPALT=GCC,GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.925532,0.0531915:71,5:94:87,5:94:2:85,0:2,5:2:0:15:8:71,0:0,5:6:2 chr4 30725696 . G A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0104496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.867;QD=23.0936;RBI=0.0113445;REFB=-0.0052077;REVB=0.00441641;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289954;STB=0.662461;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00715155;OID=.;OPOS=30725696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:11:6:9:3:11:6:9:3 chr4 30725987 . G A 233.61 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00348119;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.862;QD=14.8321;RBI=0.0113713;REFB=-0.0130318;REVB=0.0108254;RO=36;SAF=15;SAR=12;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860247;STB=0.548701;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0206968;OID=.;OPOS=30725987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:36:36:27:27:0.428571:12:15:23:13:12:15:23:13 chr4 34967877 . T C 417.96 PASS AF=0.72549;AO=37;DP=51;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0052628;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.621;QD=32.7809;RBI=0.00618142;REFB=-0.0145035;REVB=-0.00324235;RO=14;SAF=18;SAR=19;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293776;STB=0.515915;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00569301;OID=.;OPOS=34967877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:14:14:37:37:0.72549:19:18:6:8:19:18:6:8 chr4 36081878 . C T 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.418;QD=57.3829;RBI=0.0516033;REFB=0;REVB=-0.00386523;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165969;OID=.;OPOS=36081878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr4 36163128 . G A 249.26 PASS AF=0.414286;AO=28;DP=69;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0076252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.674;QD=14.2432;RBI=0.00772424;REFB=-0.0187222;REVB=0.00123291;RO=41;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115691;STB=0.573309;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0173185;OID=.;OPOS=36163128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:41:41:28:29:0.414286:18:10:19:22:19:10:19:22 chr4 36258197 . T C 3135.82 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000496241;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.268;QD=63.6715;RBI=0.0259336;REFB=-0.050714;REVB=0.0259288;RO=1;SAF=99;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483516;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92115e-05;OID=.;OPOS=36258197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:197:1:0:197:197:1:98:99:0:1:98:99:0:0 chr4 36292018 . T A 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1896;QD=57.1721;RBI=0.0614289;REFB=0;REVB=0.0595581;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553443;OID=.;OPOS=36292018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr4 37593173 . G A 241.78 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00385629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.359;QD=21.9799;RBI=0.0230383;REFB=-0.00352428;REVB=0.0227133;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743672;STB=0.541715;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00327251;OID=.;OPOS=37593173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:14:9:10:11:14:9:10:11 chr4 37612486 . T A 631.94 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.153;QD=61.6531;RBI=0.0166553;REFB=0;REVB=0.0163991;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62745e-05;OID=.;OPOS=37612486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:19:22:0:0 chr4 37612569 . A G 281.31 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0194807;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3139;QD=19.072;RBI=0.0265138;REFB=-0.0406071;REVB=-0.0179857;RO=28;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00207205;STB=0.509085;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0473185;OID=.;OPOS=37612569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:28:29:30:30:0.508475:16:14:13:15:16:14:13:16 chr4 37612732 . A AAAAG,AAAG 97.31 PASS AF=0,0.387097;AO=5,6;DP=36;FAO=0,12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=0,6;FSAR=0,6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0457226,-0.0151642;FXX=0.0312402;HRUN=8,8;LEN=4,3;MLLD=300.939,301.654;QD=12.5561;RBI=0.0462338,0.0166651;REFB=-0.000315055,-0.000635589;REVB=0.00685602,0.00691187;RO=24;SAF=4,2;SAR=1,4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.476343,-0.0536394;STB=0.5,0.612725;STBP=1,0.346;TYPE=ins,ins;VARB=0.0200962,-0.00521727;OID=.,.;OPOS=37612733,37612733;OREF=-,-;OALT=AAAG,AAG;OMAPALT=AAAAG,AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.387097:5,6:36:0,12:31:19:0,6:0,6:6:13:66:24:4,2:1,4:9:15 chr4 37903756 . T C 711.28 PASS AF=1;AO=44;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.497;QD=54.7141;RBI=0.08765;REFB=0;REVB=-0.0820855;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119599;OID=.;OPOS=37903756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:44:52:1:20:24:0:0:27:25:0:0 chr4 37904082 . T C 132.61 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0545145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9874;QD=15.1558;RBI=0.0549421;REFB=-0.00911488;REVB=0.00684105;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292813;STB=0.631413;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0153278;OID=.;OPOS=37904082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:20:15:15:0.428571:7:8:4:14:7:8:6:14 chr4 37962186 . G C 508.72 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0838;QD=58.1394;RBI=0.0304043;REFB=0;REVB=0.0132131;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104671;OID=.;OPOS=37962186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr4 38016395 . T G 632.09 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.441;QD=61.6668;RBI=0.033839;REFB=0;REVB=0.00982102;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48131e-05;OID=.;OPOS=38016395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:25:16:0:0 chr4 38023302 . C G 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0256974;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.316;QD=23.0884;RBI=0.0296408;REFB=-0.0256244;REVB=0.0147723;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118842;STB=0.566453;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0165119;OID=.;OPOS=38023302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:13:9:10:8:13:9:10:8 chr4 38062233 . T A 229.55 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0146432;FXX=0.0333278;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.255;QD=15.8312;RBI=0.0146806;REFB=-0.00511758;REVB=0.00104748;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125;STB=0.503997;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0150959;OID=.;OPOS=38062233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:29:32:26:26:0.448276:12:14:16:13:12:14:17:15 chr4 38062263 . G A 251.46 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00155356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1531;QD=20.5272;RBI=0.0219018;REFB=-0.00834271;REVB=-0.0218466;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509426;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.016176;OID=.;OPOS=38062263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:13:11:11:13:13:11:11:14 chr4 38138856 . G A 247.12 PASS AF=0.575;AO=22;DP=39;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0388173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.935;QD=24.7117;RBI=0.042187;REFB=-0.0128697;REVB=0.0165216;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585855;STB=0.540446;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0119598;OID=.;OPOS=38138856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:17:22:23:0.575:10:12:8:9:10:13:8:9 chr4 38139024 . C T 240.28 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0339166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.118;QD=21.3582;RBI=0.0547531;REFB=-0.0280268;REVB=0.0429833;RO=19;SAF=17;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240908;STB=0.674162;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0285254;OID=.;OPOS=38139024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:22:23:23:0.511111:6:17:9:10:6:17:9:13 chr4 38258908 . G T 453.8 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0511196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4231;QD=55.0065;RBI=0.051226;REFB=0.00856621;REVB=0.00330045;RO=1;SAF=23;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198723;STB=0.510632;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00375137;OID=.;OPOS=38258908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:9:23:1:0:9:23:1:0 chr4 38259005 . T G 212.28 PASS AF=0.8;AO=16;DP=24;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.000782694;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=103.114;QD=33.9649;RBI=0.00348016;REFB=-0.00719;REVB=0.00339101;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.510906;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000146045;OID=.;OPOS=38259005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:24:25:0:5:16:20:0.8:5:11:0:0:7:13:3:2 chr4 38259310 . T C 246.41 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0567646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6036;QD=46.9361;RBI=0.0583453;REFB=-0.0789288;REVB=-0.0134888;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00330481;OID=.;OPOS=38259310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:0:1:10:10:0:1 chr4 38268871 . C T 799.18 PASS AF=0.449198;AO=84;DP=187;FAO=84;FDP=187;FR=.;FRO=103;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=-0.0102392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4044;QD=17.0948;RBI=0.0133156;REFB=0.0059413;REVB=-0.00851263;RO=103;SAF=36;SAR=48;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473533;STB=0.526309;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00740516;OID=.;OPOS=38268871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:103:103:84:84:0.449198:48:36:49:54:48:36:49:54 chr4 38628725 . C T 132.14 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.115529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1067;QD=24.0255;RBI=0.117036;REFB=-0.0528377;REVB=0.0187211;RO=8;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126876;STB=0.571326;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0225736;OID=.;OPOS=38628725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:8:6:5:3:8:6:5:3 chr4 38700169 . G C 153.31 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00512657;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.192;QD=12.5154;RBI=0.00885908;REFB=-0.00803013;REVB=0.00722506;RO=29;SAF=6;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236209;STB=0.638732;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0160348;OID=.;OPOS=38700169;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:29:31:18:18:0.367347:12:6:16:13:12:6:17:14 chr4 38702437 . A G 702.89 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.97;QD=62.4794;RBI=0.0237067;REFB=0;REVB=-0.000596956;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140738;OID=.;OPOS=38702437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:26:19:0:0 chr4 38774785 . A G 332.39 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0199988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.67;QD=26.5912;RBI=0.0203236;REFB=-0.0153577;REVB=-0.00361912;RO=21;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846746;STB=0.546821;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00788038;OID=.;OPOS=38774785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:17:12:11:10:17:12:11:10 chr4 38775040 . A G 352.43 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0442059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2185;QD=18.3079;RBI=0.0497544;REFB=-0.00233857;REVB=0.0228329;RO=40;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358309;STB=0.519989;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0036939;OID=.;OPOS=38775040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:19:18:21:19:19:18:21:19 chr4 38775639 . G A 131.44 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00786823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.524;QD=14.2091;RBI=0.0111252;REFB=0.00868585;REVB=0.00786512;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172185;STB=0.612754;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.0175036;OID=.;OPOS=38775639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:22:15:15:0.405405:6:9:9:12:6:9:9:13 chr4 38776107 . T G 410.81 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.588;QD=56.6638;RBI=0.012863;REFB=0;REVB=0.00102906;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124848;OID=.;OPOS=38776107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr4 38776180 . C A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0256579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.596;QD=16.898;RBI=0.0444688;REFB=-0.0339461;REVB=-0.03632;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264286;STB=0.673141;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.020658;OID=.;OPOS=38776180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:8:9:10:10:0.526316:6:4:6:2:6:4:7:2 chr4 38776235 . A G 67.53 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.057696;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4519;QD=11.744;RBI=0.089017;REFB=-0.00285316;REVB=0.0677879;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533261;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0111659;OID=.;OPOS=38776235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:23:12:14:9:9:0.391304:3:6:8:4:3:6:10:4 chr4 38776303 . T C 163.64 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0208027;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.8742;QD=16.7841;RBI=0.0406524;REFB=-0.0271713;REVB=0.0349266;RO=21;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277875;STB=0.667479;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0192817;OID=.;OPOS=38776303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:5:12:9:12:5:13:9:12 chr4 38776320 . C T 229.58 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0278311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.625;QD=22.3985;RBI=0.0291159;REFB=-0.0179353;REVB=-0.00855363;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213544;STB=0.625708;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0121421;OID=.;OPOS=38776320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:19:21:22:0.536585:12:9:13:6:13:9:13:6 chr4 38776491 . T G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301061;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.229;QD=64.4154;RBI=0.0436093;REFB=0;REVB=0.0315499;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93046e-05;OID=.;OPOS=38776491;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr4 38776725 . C A 277.32 PASS AF=0.595238;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0335693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.185;QD=26.4117;RBI=0.0398371;REFB=-0.0443785;REVB=-0.0214499;RO=17;SAF=7;SAR=17;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538627;STB=0.53544;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0198578;OID=.;OPOS=38776725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:17:17:24:25:0.595238:17:7:6:11:18:7:6:11 chr4 38777059 . C T 365.4 PASS AF=0.464286;AO=36;DP=81;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00541269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3866;QD=17.4002;RBI=0.00961729;REFB=-0.0216142;REVB=-0.00794953;RO=43;SAF=21;SAR=15;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1375;STB=0.56407;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0893674;OID=.;OPOS=38777059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:43:45:36:39:0.464286:15:21:19:24:17:22:20:25 chr4 38777173 . A T 972.01 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0198312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.951;QD=54.7608;RBI=0.0287249;REFB=-0.0191097;REVB=-0.0207809;RO=3;SAF=38;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181978;STB=0.509637;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000434593;OID=.;OPOS=38777173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:3:3:68:68:0.957746:30:38:1:2:30:38:1:2 chr4 38777236 . T G 683.3 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0977654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6516;QD=52.5611;RBI=0.101473;REFB=-0.0394017;REVB=0.0271791;RO=2;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469855;STB=0.5238;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000780235;OID=.;OPOS=38777236;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:2:2:49:50:0.961538:19:30:0:2:20:30:0:2 chr4 38798515 . G A 197.66 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.003953;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.629;QD=14.6416;RBI=0.00602811;REFB=-0.0186285;REVB=-0.00455103;RO=31;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161409;STB=0.592509;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0188849;OID=.;OPOS=38798515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:31:23:23:0.425926:7:16:17:14:7:16:17:14 chr4 38798648 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.115;QD=56.7066;RBI=0.0190319;REFB=0;REVB=-0.0117965;RO=0;SAF=25;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51489e-05;OID=.;OPOS=38798648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:4:25:0:0:4:25:0:0 chr4 38798935 . C T 135.5 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00277665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.098;QD=20.8457;RBI=0.00408806;REFB=-0.0445581;REVB=-0.00300041;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375461;STB=0.662967;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0147077;OID=.;OPOS=38798935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:26:26:10:11:14:15:0.576923:7:7:10:0:7:8:10:1 chr4 38799710 . T C 88.73 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0849964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6667;QD=14.7879;RBI=0.0867829;REFB=-0.0325757;REVB=0.017518;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111229;STB=0.538392;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0225651;OID=.;OPOS=38799710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:12:13:11:11:0.458333:5:6:8:4:5:6:8:5 chr4 38800323 . A G 485.22 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00128267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.847;QD=17.8062;RBI=0.0114702;REFB=-0.0112124;REVB=-0.0113982;RO=56;SAF=27;SAR=25;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826396;STB=0.540573;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0122521;OID=.;OPOS=38800323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:56:57:52:52:0.477064:25:27:34:22:25:27:34:23 chr4 38829320 . C A 187.38 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0248983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1436;QD=14.6966;RBI=0.0591293;REFB=-0.00112839;REVB=-0.0536317;RO=30;SAF=14;SAR=7;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724277;OID=.;OPOS=38829320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:7:14:20:10:7:14:20:10 chr4 38830350 . A G 785.11 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0896473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6366;QD=57.0989;RBI=0.0970209;REFB=0;REVB=-0.0371001;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629811;OID=.;OPOS=38830350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr4 38937372 . T C 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3414;QD=60.6023;RBI=0.0370871;REFB=0;REVB=0.0215483;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141753;OID=.;OPOS=38937372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr4 38995374 . T C 595.11 PASS AF=0.526316;AO=59;DP=113;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00828501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.033;QD=20.8811;RBI=0.0108657;REFB=-0.0150032;REVB=0.00703007;RO=53;SAF=30;SAR=29;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333271;STB=0.518458;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00945536;OID=.;OPOS=38995374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:53:54:59:60:0.526316:29:30:29:24:29:31:30:24 chr4 39064162 . A C,T 1230.71 PASS AF=0.891566,0.108434;AO=72,9;DP=81;FAO=74,9;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=52,6;FSAR=22,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123586,0.00421296;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.8191,174.512;QD=59.3113;RBI=0.0310421,0.0051678;REFB=0,0;REVB=0.0284759,-0.00299285;RO=0;SAF=51,6;SAR=21,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.84448e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00395374,0.0748072;OID=.,.;OPOS=39064162,39064162;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:81:83:0:0:72,9:74,9:0.891566,0.108434:21,3:51,6:0:0:22,3:52,6:0:0 chr4 39094738 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.921;QD=58.5878;RBI=0.01657;REFB=0;REVB=0.0145907;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60418e-05;OID=.;OPOS=39094738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr4 39299266 . A G 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00377006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4717;QD=6.25134;RBI=0.00400224;REFB=-0.00544531;REVB=-0.00134333;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311628;STB=0.6951;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0136995;OID=.;OPOS=39299266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:4:13:3:3:4:13 chr4 39302029 . T C 131.96 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.123125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1859;QD=14.6626;RBI=0.123248;REFB=-0.00149435;REVB=-0.00551044;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872643;STB=0.550496;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00121612;OID=.;OPOS=39302029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:8:13:8:7:8:13 chr4 39303925 . A G 347.45 PASS AF=0.469136;AO=35;DP=78;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0295251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.164;QD=17.1579;RBI=0.0295418;REFB=-0.0125153;REVB=-0.000991461;RO=43;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988515;STB=0.572878;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0156876;OID=.;OPOS=39303925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:43:43:35:38:0.469136:16:19:19:24:16:22:19:24 chr4 39448542 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.585;QD=50.4134;RBI=0.0654524;REFB=0;REVB=0.00454965;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390619;OID=.;OPOS=39448542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr4 39450229 . C A 118.41 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0432307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.252;QD=13.1564;RBI=0.0435151;REFB=-0.00758696;REVB=-0.00496724;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409598;STB=0.543937;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0096515;OID=.;OPOS=39450229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:22:13:14:0.388889:7:6:11:11:8:6:11:11 chr4 39458051 . A G 481.4 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0179796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3543;QD=53.4885;RBI=0.0764249;REFB=-0.0631932;REVB=0.0742799;RO=2;SAF=10;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846904;STB=0.545427;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00862299;OID=.;OPOS=39458051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:24:10:2:0:24:10:2:0 chr4 39459724 . T A,C 1562.92 PASS AF=0.020202,0.979798;AO=4,95;DP=99;FAO=2,97;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=2,40;FSAR=0,57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489961,-0.0236312;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.5693,154.715;QD=63.1485;RBI=0.0264273,0.0363736;REFB=0,0;REVB=-0.0259691,0.0276516;RO=0;SAF=2,40;SAR=2,55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0631907,0.00193869;OID=.,.;OPOS=39459724,39459724;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:99:99:0:0:4,95:2,97:0.020202,0.979798:2,55:2,40:0:0:0,57:2,40:0:0 chr4 39460490 . C G 444.75 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00426605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.737;QD=20.4483;RBI=0.00692255;REFB=-0.0191394;REVB=-0.00545184;RO=43;SAF=15;SAR=29;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239265;STB=0.632722;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0137725;OID=.;OPOS=39460490;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:29:15:26:17:29:15:26:17 chr4 39463903 . C A 306.13 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.146292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.134;QD=15.3065;RBI=0.146292;REFB=-0.0063559;REVB=-0.000456067;RO=46;SAF=14;SAR=20;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215827;STB=0.512188;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00722128;OID=.;OPOS=39463903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:20:14:18:28:20:14:18:28 chr4 39472842 . T A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00288646;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.4;QD=15.293;RBI=0.048642;REFB=1.26873e-05;REVB=0.0485562;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124428;STB=0.573595;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.000335449;OID=.;OPOS=39472842;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:2:7:6:3:2:7:6:3 chr4 39501086 . G A 140.21 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0621884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2722;QD=12.4634;RBI=0.125831;REFB=-0.00734191;REVB=0.10939;RO=28;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632847;STB=0.520932;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0115582;OID=.;OPOS=39501086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:28:29:16:16:0.355556:6:10:19:9:6:10:19:10 chr4 39510264 . A G 911.68 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0666889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.009;QD=55.2531;RBI=0.068098;REFB=-0.0496306;REVB=0.0137817;RO=2;SAF=26;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.005552;STB=0.50294;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00114103;OID=.;OPOS=39510264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:38:26:1:1:38:26:1:1 chr4 39515736 . A G 683.35 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5334;QD=62.1229;RBI=0.0915135;REFB=0;REVB=0.0796849;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121106;OID=.;OPOS=39515736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:23:21:0:0 chr4 39515806 . TAAAAAGA T 132.8 PASS AF=0.514286;AO=13;DP=37;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0126123;FXX=0.0540395;HRUN=5;LEN=7;MLLD=186.555;QD=15.1766;RBI=0.0129002;REFB=-0.0148259;REVB=0.00271012;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148023;STB=0.521715;STBP=0.853;TYPE=del;VARB=0.0126235;OID=.;OPOS=39515807;OREF=AAAAAGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514286:13:37:18:35:17:6:12:5:12:99:13:5:8:3:10 chr4 39921942 . A G 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00285622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.95;QD=19.5232;RBI=0.0268764;REFB=-0.0190383;REVB=0.0267242;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256667;STB=0.646839;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0181417;OID=.;OPOS=39921942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:7:5:10:4:7:5 chr4 40121562 . G A 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.99;QD=56.9509;RBI=0.0253669;REFB=0;REVB=0.0156273;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24864e-05;OID=.;OPOS=40121562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr4 40337566 . C T 410.53 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00392129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.92;QD=51.3156;RBI=0.0039525;REFB=-0.199865;REVB=-0.000495689;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.527759;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00375178;OID=.;OPOS=40337566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:32:32:1:2:30:30:0.9375:13:17:1:0:13:17:2:0 chr4 40337908 . T C 871.24 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407218;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.829;QD=58.0828;RBI=0.0410164;REFB=0;REVB=0.00490666;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34496e-05;OID=.;OPOS=40337908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr4 40356422 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6581;QD=63.2848;RBI=0.0157047;REFB=0;REVB=-0.0156203;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.41645e-05;OID=.;OPOS=40356422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr4 40428010 . T C 1502.69 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.552;QD=63.2712;RBI=0.0323312;REFB=0;REVB=0.0101558;RO=0;SAF=30;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103505;OID=.;OPOS=40428010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:64:30:0:0:65:30:0:0 chr4 40438576 . A G 492.69 PASS AF=0.461538;AO=51;DP=114;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.00759887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.437;QD=16.844;RBI=0.00769321;REFB=-0.0128176;REVB=0.00120114;RO=62;SAF=27;SAR=24;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347095;STB=0.508667;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0174494;OID=.;OPOS=40438576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:62:63:51:54:0.461538:24:27:35:27:24:30:36:27 chr4 40440215 . T C 476.7 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00427955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.255;QD=24.7637;RBI=0.00728678;REFB=-0.0223543;REVB=-0.00589768;RO=32;SAF=26;SAR=19;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118506;STB=0.506491;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0174026;OID=.;OPOS=40440215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:32:45:45:0.584416:19:26:18:14:19:26:18:14 chr4 40778146 . C T 320.19 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0157267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.879;QD=13.625;RBI=0.0182275;REFB=-0.0135295;REVB=-0.00921496;RO=58;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120788;STB=0.568661;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0253115;OID=.;OPOS=40778146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:19:17:21:37:19:17:21:37 chr4 40778162 . T G 283.02 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0110467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.901;QD=12.5784;RBI=0.0114509;REFB=-0.0127976;REVB=-0.00301564;RO=57;SAF=14;SAR=19;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638432;STB=0.536564;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0208061;OID=.;OPOS=40778162;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:19:14:21:36:19:14:21:36 chr4 40810747 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.903;QD=61.6827;RBI=0.0207688;REFB=0;REVB=0.0152784;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91971e-05;OID=.;OPOS=40810747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr4 40870972 . C T 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.000549155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.596;QD=23.9645;RBI=0.0138156;REFB=-0.0262126;REVB=-0.0138047;RO=18;SAF=15;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351596;STB=0.519613;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0204684;OID=.;OPOS=40870972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:8:15:11:7:8:15:11:7 chr4 41015823 . G A 660.06 PASS AF=0.566372;AO=63;DP=112;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0209625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7062;QD=23.365;RBI=0.0210003;REFB=-0.0200621;REVB=0.00125859;RO=49;SAF=20;SAR=43;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982833;STB=0.556085;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.014349;OID=.;OPOS=41015823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:49:49:63:64:0.566372:43:20:21:28:44:20:21:28 chr4 41015899 . C T 1472.28 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00082156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.26;QD=63.3238;RBI=0.0215959;REFB=0;REVB=0.0215802;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95977e-05;OID=.;OPOS=41015899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:56:37:0:0:56:37:0:0 chr4 41258970 . A G 315.93 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00681454;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7566;QD=14.6943;RBI=0.0436849;REFB=-0.0415705;REVB=-0.0431501;RO=48;SAF=17;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571817;STB=0.514278;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0511792;OID=.;OPOS=41258970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:48:51:35:35:0.406977:18:17:26:22:18:17:26:25 chr4 41258978 . C T 311.93 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00726277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.392;QD=14.1786;RBI=0.056282;REFB=-0.00965978;REVB=-0.0558115;RO=52;SAF=18;SAR=17;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150358;STB=0.514278;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0120646;OID=.;OPOS=41258978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:52:53:35:35:0.397727:17:18:26:26:17:18:26:27 chr4 41259633 . C A 146.45 PASS AF=0.470588;AO=14;DP=31;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0441516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1022;QD=17.2294;RBI=0.0725293;REFB=-0.0579958;REVB=0.0575425;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837908;STB=0.562422;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0678912;OID=.;OPOS=41259633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:17:18:14:16:0.470588:7:7:10:7:9:7:10:8 chr4 41634859 . C T 332.78 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0618062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.633;QD=19.0157;RBI=0.0619274;REFB=-0.0185676;REVB=0.00387368;RO=35;SAF=9;SAR=26;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329135;STB=0.518352;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0172278;OID=.;OPOS=41634859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:26:9:10:25:26:9:10:25 chr4 41672759 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.618;QD=57.6806;RBI=0.025263;REFB=0;REVB=-0.0141538;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233658;OID=.;OPOS=41672759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr4 41673604 . T C 1773.34 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281887;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.926;QD=60.1132;RBI=0.0316484;REFB=0.0062795;REVB=0.014388;RO=1;SAF=67;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940386;STB=0.50495;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=3.39908e-05;OID=.;OPOS=41673604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:118:1:1:117:117:0.991525:50:67:0:1:50:67:0:1 chr4 41701247 . CA TG 586.12 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0038943;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.621;QD=60.115;RBI=0.0072278;REFB=0;REVB=-0.00608896;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000318888;OID=.;OPOS=41701247;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:23:16:0:0 chr4 41749668 . C T 2175.71 PASS AF=0.979021;AO=140;DP=144;FAO=140;FDP=143;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=78;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0398318;FXX=0.00694396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.314;QD=60.8591;RBI=0.0503005;REFB=-0.0965715;REVB=0.0307176;RO=0;SAF=62;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35543e-08;STB=0.511809;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000351802;OID=.;OPOS=41749668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:144:143:0:3:140:140:0.979021:78:62:0:0:78:62:3:0 chr4 41984118 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.587;QD=57.0005;RBI=0.0464271;REFB=0;REVB=0.0316993;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199553;OID=.;OPOS=41984118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr4 41985101 . A G 3036.25 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363904;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.727;QD=63.5864;RBI=0.0524059;REFB=0;REVB=0.037711;RO=0;SAF=93;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126625;OID=.;OPOS=41985101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:191:0:0:191:191:1:98:93:0:0:98:93:0:0 chr4 41985478 . A G 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.14;QD=63.2845;RBI=0.0142866;REFB=0;REVB=0.0112895;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47504e-05;OID=.;OPOS=41985478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr4 41985689 . C T 1116.43 PASS AF=1;AO=52;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.210808;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.5613;QD=59.5429;RBI=0.215873;REFB=0;REVB=-0.0464919;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230685;OID=.;OPOS=41985689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:52:75:1:38:14:0:0:39:36:0:0 chr4 41986857 . A G 1142.4 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0354985;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9105;QD=59.3453;RBI=0.0404973;REFB=-0.123912;REVB=0.0194908;RO=1;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111346;STB=0.505881;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0015759;OID=.;OPOS=41986857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:42:34:0:1:42:34:0:1 chr4 41987892 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.699;QD=57.0008;RBI=0.0345833;REFB=0;REVB=0.0303066;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78057e-05;OID=.;OPOS=41987892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr4 41988385 . TAC T 789.55 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412973;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.911;QD=64.4526;RBI=0.00602101;REFB=0;REVB=0.00438154;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.89382e-05;OID=.;OPOS=41988386;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:50:49:49:0:23:26:0:0:4:0:23:26:0:0 chr4 41992677 . C G 3800.8 PASS AF=1;AO=240;DP=241;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438021;FXX=0.00414921;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.736;QD=63.3467;RBI=0.0807991;REFB=-0.0807101;REVB=0.0678961;RO=0;SAF=121;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406772;OID=.;OPOS=41992677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:241:240:0:0:240:240:1:119:121:0:0:119:121:0:0 chr4 42003671 . A G 773.86 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.749;QD=56.281;RBI=0.0225871;REFB=0;REVB=0.0200893;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41987e-05;OID=.;OPOS=42003671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:52:55:1:21:31:0:0:21:34:0:0 chr4 42020142 . A G 1526.15 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0294347;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1763;QD=58.6982;RBI=0.0295675;REFB=-0.0925273;REVB=0.00279864;RO=0;SAF=60;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00158616;OID=.;OPOS=42020142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:102:103:0.990385:42:60:0:0:43:60:0:1 chr4 42022464 . C A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.814;QD=58.0609;RBI=0.0376942;REFB=0;REVB=0.029816;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26651e-05;OID=.;OPOS=42022464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr4 42457545 . G A 238.79 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0458041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.522;QD=27.29;RBI=0.0483817;REFB=-0.0180275;REVB=-0.0155811;RO=12;SAF=11;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106522;STB=0.542818;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00671037;OID=.;OPOS=42457545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:12:13:22:22:0.628571:11:11:4:8:11:11:5:8 chr4 42629038 . C T 573.46 PASS AF=0.540816;AO=52;DP=96;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00264064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.104;QD=23.4063;RBI=0.00266871;REFB=-0.00855299;REVB=-0.000386053;RO=44;SAF=30;SAR=22;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051251;STB=0.526431;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0083863;OID=.;OPOS=42629038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:44:45:52:53:0.540816:22:30:28:16:23:30:28:17 chr4 44295839 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.685;QD=63.8714;RBI=0.0146916;REFB=0;REVB=-0.00646148;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10978e-05;OID=.;OPOS=44295839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:35:13:0:0:35:13:0:0 chr4 44626641 . A G 696.82 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00439982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.042;QD=52.5902;RBI=0.0224346;REFB=-0.0386811;REVB=0.0219989;RO=1;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241356;STB=0.52499;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00377983;OID=.;OPOS=44626641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:51:51:0.962264:19:32:0:1:19:32:0:2 chr4 44652030 . C T 604.19 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=128;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.00327366;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.542;QD=19.1805;RBI=0.0594372;REFB=-0.0013603;REVB=-0.059347;RO=64;SAF=18;SAR=44;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251497;STB=0.639558;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00163534;OID=.;OPOS=44652030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:64:64:62:62:0.492063:44:18:35:29:44:18:35:29 chr4 44684438 . A G 366.05 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00754088;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.146;QD=24.0033;RBI=0.0172795;REFB=-0.00915187;REVB=0.0155472;RO=24;SAF=7;SAR=29;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182494;STB=0.61541;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00544212;OID=.;OPOS=44684438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:24:25:36:36:0.590164:29:7:9:15:29:7:10:15 chr4 44696527 . A G 232.06 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0176146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7282;QD=14.7341;RBI=0.0231758;REFB=-0.032361;REVB=-0.0150613;RO=36;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908113;STB=0.551685;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0411125;OID=.;OPOS=44696527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:18:9:15:21:18:9:15:21 chr4 44704757 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.573;QD=59.8391;RBI=0.047606;REFB=0;REVB=-0.0138769;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18175e-05;OID=.;OPOS=44704757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr4 46314593 . T C 271.0 PASS AF=0.397436;AO=28;DP=79;FAO=31;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0332495;FXX=0.0126566;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.132;QD=13.8976;RBI=0.0459457;REFB=-0.0119838;REVB=-0.0317093;RO=28;SAF=9;SAR=19;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708826;STB=0.584137;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0222255;OID=.;OPOS=46314593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:28:47:28:31:0.397436:19:9:11:17:20:11:23:24 chr4 46334702 . A G 311.06 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.01683;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6904;QD=28.2782;RBI=0.0188062;REFB=0.0100981;REVB=-0.00839188;RO=17;SAF=19;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219878;STB=0.621724;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00363841;OID=.;OPOS=46334702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:8:19:7:10:8:19:7:10 chr4 47034626 . C G 1395.8 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0257271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.375;QD=59.3959;RBI=0.0777705;REFB=-0.128258;REVB=0.0733919;RO=3;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292946;STB=0.515461;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000482088;OID=.;OPOS=47034626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:3:3:91:91:0.968085:47:44:0:3:47:44:0:3 chr4 47322190 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0807;QD=52.6096;RBI=0.0834813;REFB=0;REVB=0.0833324;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165179;OID=.;OPOS=47322190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr4 47428305 . G A 522.82 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0105222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.584;QD=18.6723;RBI=0.0105315;REFB=-0.00746161;REVB=0.000443228;RO=55;SAF=28;SAR=27;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493083;STB=0.518007;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00764279;OID=.;OPOS=47428305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:55:57:55:55:0.491071:27:28:25:30:27:28:27:30 chr4 47560015 . A G 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.901;QD=56.9991;RBI=0.00954975;REFB=0;REVB=-0.00642921;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.22796e-05;OID=.;OPOS=47560015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr4 47560163 . C A 1292.26 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00211692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.679;QD=59.4143;RBI=0.0046371;REFB=0.0612515;REVB=-0.00412569;RO=2;SAF=34;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00453058;STB=0.502392;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00064121;OID=.;OPOS=47560163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:51:34:1:1:51:34:1:1 chr4 47589203 . G A 370.3 PASS AF=0.409524;AO=42;DP=104;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.00366514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.273;QD=14.1066;RBI=0.00728724;REFB=-0.00422622;REVB=-0.00629847;RO=62;SAF=27;SAR=15;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220622;STB=0.629153;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00529917;OID=.;OPOS=47589203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:62:62:42:43:0.409524:15:27:27:35:15:28:27:35 chr4 47667064 . T C 661.22 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0171538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2973;QD=58.775;RBI=0.230416;REFB=-0.0736331;REVB=0.229777;RO=1;SAF=34;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136105;STB=0.507039;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0036975;OID=.;OPOS=47667064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:45:1:1:42:44:0.977778:8:34:1:0:9:35:1:0 chr4 47839929 . C T 287.27 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00296807;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1733;QD=18.239;RBI=0.0193687;REFB=-0.0223723;REVB=0.0191399;RO=31;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579364;STB=0.524675;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0298529;OID=.;OPOS=47839929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:31:32:31:31:0.492063:17:14:16:15:17:14:16:16 chr4 47887536 . T C 251.15 PASS AF=0.482759;AO=26;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0083394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.151;QD=17.3205;RBI=0.0083394;REFB=0.00267713;REVB=-4.61841e-06;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484183;STB=0.517229;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.0022963;OID=.;OPOS=47887536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:30:26:28:0.482759:13:13:16:13:14:14:16:14 chr4 47887991 . G A 626.16 PASS AF=0.470588;AO=64;DP=136;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0529352;FXX=0.0144917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.967;QD=18.4164;RBI=0.0594613;REFB=-0.0137086;REVB=-0.0270833;RO=72;SAF=37;SAR=27;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101732;STB=0.556438;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0203066;OID=.;OPOS=47887991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:72:72:64:64:0.470588:27:37:34:38:27:37:34:38 chr4 47901476 . G A 283.17 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0233542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.335;QD=17.4255;RBI=0.0336029;REFB=-0.00645548;REVB=-0.0241607;RO=33;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270675;STB=0.506954;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00596849;OID=.;OPOS=47901476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:34:31:31:0.476923:15:16:18:15:15:16:18:16 chr4 47936972 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0473717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.311;QD=18.7668;RBI=0.0481465;REFB=-0.0165389;REVB=0.00860251;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194334;STB=0.614989;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00409188;OID=.;OPOS=47936972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:2:1:4:2:2:1 chr4 47945455 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.229;QD=35.5758;RBI=0.0308286;REFB=0;REVB=-0.0147264;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000756295;OID=.;OPOS=47945455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr4 48108107 . T TA 33.72 PASS AF=0.347826;AO=3;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0232188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.5204;QD=5.86482;RBI=0.0597281;REFB=-0.0312021;REVB=0.0550302;RO=18;SAF=0;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604808;STB=0.817276;STBP=0.053;TYPE=ins;VARB=0.00205729;OID=.;OPOS=48108108;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:3:23:8:23:15:1:7:8:7:33:18:0:3:9:9 chr4 48170669 . A G 312.37 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646098;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.303;QD=54.3254;RBI=0.0305944;REFB=0;REVB=-0.0299044;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51664e-05;OID=.;OPOS=48170669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr4 48172266 . G A 708.36 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.989;QD=62.9651;RBI=0.00777911;REFB=0;REVB=0.000843;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38137e-05;OID=.;OPOS=48172266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr4 48424839 . T A 416.43 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0325892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4155;QD=19.5965;RBI=0.0382708;REFB=-0.043009;REVB=0.0200649;RO=42;SAF=15;SAR=27;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155097;STB=0.581112;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0343807;OID=.;OPOS=48424839;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:43:42:42:0.494118:27:15:22:20:27:15:22:21 chr4 48426066 . A T 362.61 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0368215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.264;QD=20.7206;RBI=0.0425026;REFB=-0.0176383;REVB=-0.0212285;RO=32;SAF=16;SAR=21;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308556;STB=0.510583;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0221963;OID=.;OPOS=48426066;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:21:16:15:17:21:16:15:18 chr4 48582909 . G A 184.42 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00672733;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5576;QD=13.9184;RBI=0.0100213;REFB=-0.0166856;REVB=-0.00742765;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161855;STB=0.603683;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0320905;OID=.;OPOS=48582909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:31:21:22:0.415094:11:10:10:21:11:11:10:21 chr4 48588742 . C T 369.66 PASS AF=0.560606;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.000428602;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=291.846;QD=22.4036;RBI=0.00725354;REFB=-0.00913936;REVB=-0.00724086;RO=29;SAF=8;SAR=28;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181288;STB=0.522173;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00566759;OID=.;OPOS=48588742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:36:37:0.560606:28:8:6:23:28:9:6:23 chr4 48625212 . AC A,AA 643.96 PASS AF=0.119048,0.880952;AO=10,28;DP=39;FAO=5,37;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=5,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0994838,0.103412;FXX=0.0454442;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=248.242,248.348;QD=61.3293;RBI=0.0997809,0.103691;REFB=0,0;REVB=0.00769447,0.00760977;RO=0;SAF=3,5;SAR=7,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.39272e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00857212,0.00380408;OID=.,.;OPOS=48625213,48625213;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.119048,0.880952:10,28:39:5,37:42:0:0,11:5,26:0:0:16:0:3,5:7,23:0:0 chr4 49063872 . C A 353.9 PASS AF=0.506849;AO=35;DP=71;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00346507;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.631;QD=19.3915;RBI=0.00541225;REFB=-0.0186171;REVB=-0.00415761;RO=36;SAF=27;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310041;STB=0.659285;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0133743;OID=.;OPOS=49063872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:36:36:35:37:0.506849:8:27:17:19:9:28:17:19 chr4 52714354 . A ATTTC 168.45 PASS AF=0.375;AO=20;DP=61;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00245705;FXX=0.0175408;HRUN=5;LEN=4;MLLD=277.844;QD=12.0321;RBI=0.0202717;REFB=-0.0026135;REVB=-0.0201223;RO=33;SAF=17;SAR=3;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412503;STB=0.685577;STBP=0.054;TYPE=ins;VARB=0.00351475;OID=.;OPOS=52714355;OREF=-;OALT=TTTC;OMAPALT=ATTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:20:61:21:56:35:17:4:20:15:99:33:17:3:18:15 chr4 52752812 . A T 552.93 PASS AF=0.55102;AO=53;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0113768;FXX=0.0297;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.772;QD=22.5685;RBI=0.0180262;REFB=-0.0217589;REVB=0.0139825;RO=42;SAF=29;SAR=24;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152306;STB=0.577357;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0128676;OID=.;OPOS=52752812;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:44:53:54:0.55102:24:29:15:27:25:29:16:28 chr4 52780048 . G C 525.21 PASS AF=0.391892;AO=58;DP=148;FAO=58;FDP=148;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.00422442;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6883;QD=14.1947;RBI=0.00559804;REFB=-0.00599643;REVB=-0.00367319;RO=87;SAF=31;SAR=27;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00614149;STB=0.507481;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00633901;OID=.;OPOS=52780048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:87:90:58:58:0.391892:27:31:46:41:27:31:47:43 chr4 52889602 . T A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00590432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.988;QD=16.199;RBI=0.0071057;REFB=-0.00988937;REVB=0.00395348;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00416619;OID=.;OPOS=52889602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:1:2:2:3:1:2 chr4 52938243 . T C 271.15 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00959305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1971;QD=19.3677;RBI=0.013116;REFB=-0.0328008;REVB=0.00894445;RO=27;SAF=19;SAR=10;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307249;STB=0.671016;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0229312;OID=.;OPOS=52938243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:10:19:8:19:10:19:8:19 chr4 53463164 . G C 417.43 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.00896653;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.499;QD=17.0379;RBI=0.011361;REFB=-0.00625173;REVB=-0.00697665;RO=55;SAF=25;SAR=18;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115318;STB=0.564431;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0105053;OID=.;OPOS=53463164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:55:55:43:43:0.438776:18:25:38:17:18:25:38:17 chr4 53610272 . C T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00141572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.689;QD=19.9759;RBI=0.0228917;REFB=0.00271736;REVB=-0.0228479;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22276;STB=0.624883;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00394157;OID=.;OPOS=53610272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:15:5:10:10:15:5 chr4 53611668 . T C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.037728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.597;QD=14.0438;RBI=0.0380417;REFB=-0.0218108;REVB=0.00487507;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543107;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0376817;OID=.;OPOS=53611668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:1:3:4:1:1:3 chr4 53822267 . CAAG C 286.0 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0122687;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=140.049;QD=19.3897;RBI=0.0161172;REFB=0.00318172;REVB=0.0104519;RO=23;SAF=23;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00397579;STB=0.514369;STBP=0.811;TYPE=del;VARB=-0.00201571;OID=.;OPOS=53822268;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.59322:35:59:35:59:24:23:12:15:9:99:23:23:12:15:8 chr4 54011603 . C T 2185.19 PASS AF=1;AO=137;DP=140;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200206;FXX=0.0142847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.686;QD=63.3388;RBI=0.0225247;REFB=0;REVB=-0.0103218;RO=0;SAF=72;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.06349e-05;OID=.;OPOS=54011603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:138:0:0:137:138:1:65:72:0:0:66:72:0:0 chr4 54232110 . G A 808.54 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0144149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.332;QD=53.9028;RBI=0.0150354;REFB=0.0510184;REVB=0.00427467;RO=2;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349076;STB=0.518512;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.000354927;OID=.;OPOS=54232110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:26:32:0:2:26:32:0:2 chr4 54352468 . GC G 536.01 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338078;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.8627;QD=44.6674;RBI=0.0937844;REFB=0;REVB=-0.0874788;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00121393;OID=.;OPOS=54352469;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:48:48:48:0:23:25:0:0:10:0:23:25:0:0 chr4 54966667 . C T 263.21 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.00535723;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.823;QD=12.5338;RBI=0.0165559;REFB=-0.0290384;REVB=-0.0156652;RO=49;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940366;STB=0.519171;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0415969;OID=.;OPOS=54966667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:49:53:31:31:0.369048:19:12:15:34:19:12:19:34 chr4 54966830 . G A 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.466;QD=56.9478;RBI=0.0335246;REFB=0.0457439;REVB=0.0285333;RO=1;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445069;STB=0.523796;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00101303;OID=.;OPOS=54966830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:10:26:0:1:10:26:0:1 chr4 55130078 . T C 324.06 PASS AF=0.622222;AO=27;DP=44;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0223117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.939;QD=28.8055;RBI=0.0282176;REFB=-0.0204148;REVB=-0.0172749;RO=17;SAF=16;SAR=11;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285365;STB=0.645863;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0295835;OID=.;OPOS=55130078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:17:27:28:0.622222:11:16:3:14:12:16:3:14 chr4 55133726 . T G 356.31 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.011621;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3613;QD=21.927;RBI=0.0190313;REFB=-0.032194;REVB=0.0150712;RO=29;SAF=24;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100364;STB=0.555524;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0237619;OID=.;OPOS=55133726;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:12:24:16:13:12:24:16:13 chr4 55141055 . A G 1881.97 PASS AF=0.991935;AO=89;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0048503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.375;QD=60.7087;RBI=0.0171085;REFB=-0.116485;REVB=0.0164065;RO=0;SAF=35;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50495;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00024064;OID=.;OPOS=55141055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:124:124:0:1:89:123:0.991935:54:35:0:0:73:50:1:0 chr4 55161391 . T C 1662.4 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434985;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.604;QD=60.451;RBI=0.059021;REFB=0;REVB=0.0588605;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.40508e-05;OID=.;OPOS=55161391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:54:56:0:0:54:56:0:0 chr4 55161517 . A G 2456.79 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.808;QD=61.4196;RBI=0.0157155;REFB=0;REVB=0.00197829;RO=0;SAF=51;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01377e-05;OID=.;OPOS=55161517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:160:0:0:158:160:1:107:51:0:0:108:52:0:0 chr4 55593464 . A C 203.93 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0309268;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.414;QD=12.3593;RBI=0.0316323;REFB=-0.00712778;REVB=-0.00664354;RO=40;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25583;STB=0.653724;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0159349;OID=.;OPOS=55593464;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:40:41:25:25:0.378788:9:16:16:24:9:16:16:25 chr4 55602765 . G C 393.82 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=0.0232939;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2931;QD=16.7585;RBI=0.032468;REFB=-0.00852454;REVB=-0.0226178;RO=53;SAF=21;SAR=20;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208104;STB=0.616135;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00888687;OID=.;OPOS=55602765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:53:53:41:41:0.43617:20:21:38:15:20:21:38:15 chr4 55606427 . G T 550.4 PASS AF=0.437037;AO=58;DP=134;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=26;FWDB=0.00553305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.015;QD=16.3082;RBI=0.00608144;REFB=0.00223425;REVB=-0.00252375;RO=76;SAF=28;SAR=30;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177135;STB=0.593359;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00260179;OID=.;OPOS=55606427;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:76:76:58:59:0.437037:30:28:50:26:30:29:50:26 chr4 55946081 . A G 1728.09 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.106;QD=60.6349;RBI=0.0245829;REFB=0;REVB=0.0242811;RO=0;SAF=67;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49709e-05;OID=.;OPOS=55946081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:112:114:1:45:67:0:0:46:68:0:0 chr4 55955089 . C T 286.05 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0342502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8875;QD=20.4324;RBI=0.0577654;REFB=-0.0468462;REVB=-0.0465163;RO=26;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919229;STB=0.551035;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0237569;OID=.;OPOS=55955089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:16:14:15:11:16:14:15:11 chr4 55972974 . T A 84.08 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00706558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.001;QD=10.849;RBI=0.00785918;REFB=-0.0174647;REVB=-0.00344154;RO=20;SAF=9;SAR=1;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304345;STB=0.705413;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0168446;OID=.;OPOS=55972974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:10:11:0.354839:1:9:15:5:1:10:15:5 chr4 55979558 . C T 997.2 PASS AF=0.502488;AO=101;DP=202;FAO=101;FDP=201;FR=.;FRO=100;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=-0.00889586;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.26;QD=19.8447;RBI=0.0228465;REFB=-0.00669732;REVB=-0.0210435;RO=98;SAF=46;SAR=55;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584127;STB=0.527221;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00897345;OID=.;OPOS=55979558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:98:100:101:101:0.502488:55:46:51:47:55:46:51:49 chr4 56301010 . T C 175.86 PASS AF=0.282353;AO=24;DP=85;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0160173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.401;QD=8.27586;RBI=0.0214157;REFB=-0.0143623;REVB=-0.0142154;RO=61;SAF=18;SAR=6;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199731;STB=0.620582;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0366501;OID=.;OPOS=56301010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:61:61:24:24:0.282353:6:18:37:24:6:18:37:24 chr4 56756531 . T C 244.28 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00162334;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.354;QD=17.1423;RBI=0.0151092;REFB=-0.0167358;REVB=0.0150218;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445654;STB=0.559792;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0151974;OID=.;OPOS=56756531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:33:30:27:27:0.473684:16:11:12:21:16:11:9:21 chr4 56771089 . G A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0265797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.797;QD=18.6419;RBI=0.0271441;REFB=-0.0276459;REVB=0.00550656;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181455;STB=0.510196;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0237805;OID=.;OPOS=56771089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:13:12:13:13:13:12:13:13 chr4 56835309 . T C 318.58 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0593996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.917;QD=20.8905;RBI=0.0613665;REFB=-0.0310519;REVB=0.0154125;RO=28;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151161;STB=0.583696;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0307551;OID=.;OPOS=56835309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:19:14:17:11:19:14:17:11 chr4 57154737 . T C 686.13 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0526987;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.785;QD=54.89;RBI=0.0760572;REFB=-0.139835;REVB=0.0548411;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00209849;OID=.;OPOS=57154737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:50:0:1:49:49:0.98:25:24:0:0:25:24:0:1 chr4 57176832 . T C 671.53 PASS AF=0.532258;AO=65;DP=123;FAO=66;FDP=124;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0117407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.151;QD=21.6622;RBI=0.0820726;REFB=-0.0182735;REVB=0.0812284;RO=57;SAF=36;SAR=29;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980945;STB=0.545441;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0116374;OID=.;OPOS=57176832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:57:58:65:66:0.532258:29:36:25:32:30:36:26:32 chr4 57180563 . G C 210.7 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0241241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.095;QD=26.3371;RBI=0.0424014;REFB=-0.0766706;REVB=0.0348698;RO=11;SAF=6;SAR=14;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942045;STB=0.522705;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0292865;OID=.;OPOS=57180563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:32:32:11:12:20:20:0.625:14:6:2:9:14:6:3:9 chr4 57180990 . A G 657.48 PASS AF=0.496241;AO=66;DP=133;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.0372098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.4235;QD=19.7738;RBI=0.0638571;REFB=-0.013391;REVB=-0.0518957;RO=67;SAF=37;SAR=29;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169907;STB=0.593644;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0140889;OID=.;OPOS=57180990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:67:67:66:66:0.496241:29:37:25:42:29:37:25:42 chr4 57181629 . C T 598.74 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00140173;FXX=0.00819605;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.045;QD=19.793;RBI=0.0145621;REFB=-0.0143026;REVB=0.0144945;RO=60;SAF=25;SAR=36;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037014;STB=0.520427;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0128858;OID=.;OPOS=57181629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:60:60:61:61:0.504132:36:25:27:33:36:25:27:33 chr4 57181632 . G C 1844.9 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.812;QD=60.4884;RBI=0.0956618;REFB=0;REVB=0.0629327;RO=0;SAF=51;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158367;OID=.;OPOS=57181632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:122:0:0:115:122:1:64:51:0:0:70:52:0:0 chr4 57181995 . C T 398.61 PASS AF=0.56338;AO=37;DP=70;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.101235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2556;QD=22.4568;RBI=0.101887;REFB=0.00928063;REVB=0.0115047;RO=31;SAF=6;SAR=31;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352741;STB=0.637457;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00179925;OID=.;OPOS=57181995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:31:31:37:40:0.56338:31:6:15:16:31:9:15:16 chr4 57182647 . G A 400.35 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.000426806;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.732;QD=21.3522;RBI=0.0112585;REFB=-0.0225015;REVB=0.0112504;RO=35;SAF=22;SAR=18;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303509;STB=0.51677;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.028566;OID=.;OPOS=57182647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:18:22:18:17:18:22:18:17 chr4 57182758 . C T 576.19 PASS AF=0.546392;AO=51;DP=95;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0586775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.863;QD=23.7604;RBI=0.0599252;REFB=-0.0427844;REVB=0.0121648;RO=44;SAF=21;SAR=30;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221713;STB=0.522094;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.036423;OID=.;OPOS=57182758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:44:44:51:53:0.546392:30:21:17:27:30:23:17:27 chr4 57194329 . G T 449.98 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0451838;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0848;QD=18.9467;RBI=0.0532556;REFB=0.0103721;REVB=-0.0281883;RO=51;SAF=29;SAR=16;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241725;STB=0.639544;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0158996;OID=.;OPOS=57194329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:51:50:45:45:0.473684:16:29:20:31:16:29:19:31 chr4 57204890 . AT A 42.16 PASS AF=0.518519;AO=9;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.120394;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.39419;QD=6.24658;RBI=0.264749;REFB=-0.134229;REVB=-0.23579;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50325;STB=0.629457;STBP=0.209;TYPE=del;VARB=0.138566;OID=.;OPOS=57204891;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518519:9:27:14:27:13:7:7:10:3:42:10:2:7:8:2 chr4 57221348 . T C 172.09 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00853376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4979;QD=18.1151;RBI=0.0314287;REFB=-0.0129259;REVB=0.0302479;RO=20;SAF=14;SAR=4;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453023;STB=0.75874;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0155778;OID=.;OPOS=57221348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:4:14:6:14:4:14:6:14 chr4 57248716 . G C 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0178329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.118;QD=17.1559;RBI=0.0268981;REFB=-0.013175;REVB=0.0201369;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309692;STB=0.674815;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0213003;OID=.;OPOS=57248716;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:8:9:4:16:8:9:4:16 chr4 57250285 . T C 313.6 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0362223;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.1422;QD=19.2984;RBI=0.0498887;REFB=0.00675532;REVB=-0.0343049;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715104;STB=0.539749;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00340262;OID=.;OPOS=57250285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:18:15:12:20:18:15:12:20 chr4 57266959 . G A 273.93 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0232329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.663;QD=17.6728;RBI=0.0285128;REFB=-0.0204586;REVB=0.0165292;RO=31;SAF=18;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693006;STB=0.519987;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0265578;OID=.;OPOS=57266959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:29:30:0.483871:11:18:17:14:12:18:18:14 chr4 57270197 . T C 711.88 PASS AF=0.622449;AO=60;DP=97;FAO=61;FDP=98;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0010592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.588;QD=29.0564;RBI=0.0306058;REFB=-0.0290704;REVB=0.0305875;RO=37;SAF=32;SAR=28;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108431;STB=0.555019;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0143478;OID=.;OPOS=57270197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:37:37:60:61:0.622449:28:32:14:23:29:32:14:23 chr4 57356588 . A G 710.35 PASS AF=0.492958;AO=70;DP=141;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=18;FSRR=54;FWDB=0.0288697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7312;QD=20.0099;RBI=0.0292547;REFB=-0.00259051;REVB=0.00473034;RO=70;SAF=22;SAR=48;SRF=18;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618067;STB=0.538894;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00248639;OID=.;OPOS=57356588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:70:72:70:70:0.492958:48:22:18:52:48:22:18:54 chr4 57368807 . C T 142.06 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00191528;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.166;QD=13.2146;RBI=0.0256228;REFB=-0.020262;REVB=-0.0255512;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377554;STB=0.717984;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0338615;OID=.;OPOS=57368807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:27:27:16:16:0.372093:10:6:20:7:10:6:20:7 chr4 57368852 . A G 318.74 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00350573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.888;QD=20.9012;RBI=0.0036266;REFB=0.00213839;REVB=-0.000928488;RO=27;SAF=25;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258307;STB=0.654052;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00124546;OID=.;OPOS=57368852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:28:33:33:0.540984:8:25:13:14:8:25:13:15 chr4 57377377 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0080664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.028;QD=17.5419;RBI=0.00848271;REFB=-0.00664661;REVB=0.00262481;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839727;STB=0.547883;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0104851;OID=.;OPOS=57377377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:11:5:6:9:11:5 chr4 57516896 . G A 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0132671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.45;QD=16.6614;RBI=0.0191942;REFB=-0.0185771;REVB=-0.0138708;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339068;STB=0.519079;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0157925;OID=.;OPOS=57516896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:15:13:16:16:15:13:16:16 chr4 57660802 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8263;QD=42.1825;RBI=0.0236251;REFB=0;REVB=-0.0235716;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144028;OID=.;OPOS=57660802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr4 57797100 . G T 160.13 PASS AF=0.485714;AO=15;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0910752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0399;QD=18.3;RBI=0.091294;REFB=-0.0271056;REVB=0.00631796;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312891;STB=0.659813;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0314654;OID=.;OPOS=57797100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:15:17:0.485714:10:5:12:6:11:6:12:6 chr4 57797308 . A C 46.9 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00789173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4787;QD=10.4223;RBI=0.05618;REFB=-0.00202432;REVB=-0.0556229;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283636;STB=0.516083;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.00319333;OID=.;OPOS=57797308;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:18:10:11:7:7:0.388889:4:3:4:6:4:3:5:6 chr4 57797414 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0333409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3513;QD=12.7812;RBI=0.041443;REFB=0.0166266;REVB=0.0246152;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302009;STB=0.677085;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0158843;OID=.;OPOS=57797414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:4:10:4:6:4:10 chr4 57798189 . G A 245.63 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0394801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.055;QD=23.9636;RBI=0.0458435;REFB=-0.0251019;REVB=0.0233013;RO=18;SAF=5;SAR=18;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268376;STB=0.651019;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0153486;OID=.;OPOS=57798189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:18:5:9:9:18:5:9:9 chr4 57887150 . C T 108.99 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0357154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8267;QD=14.5316;RBI=0.0360064;REFB=0.00830982;REVB=-0.00456808;RO=17;SAF=10;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374704;STB=0.658418;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00886621;OID=.;OPOS=57887150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:17:12:13:0.433333:2:10:9:8:3:10:9:8 chr4 57889677 . C T 1062.35 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.103;QD=59.8507;RBI=0.0451264;REFB=0;REVB=0.0359809;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03008e-05;OID=.;OPOS=57889677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr4 62598689 . C T 1158.33 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375859;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.514;QD=60.9645;RBI=0.0398933;REFB=0;REVB=-0.0133707;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162369;OID=.;OPOS=62598689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr4 62800728 . T C 941.05 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00757354;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4662;QD=58.8158;RBI=0.0192303;REFB=0;REVB=0.0176761;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476691;OID=.;OPOS=62800728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr4 66197804 . C T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00116276;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.867;QD=19.3436;RBI=0.0022318;REFB=-0.00776645;REVB=0.00190497;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148563;STB=0.58428;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0104387;OID=.;OPOS=66197804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:11:7:10:8:11:7:10:8 chr4 67142620 . G A 196.91 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0275717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2682;QD=12.912;RBI=0.038642;REFB=-0.00276224;REVB=-0.0270741;RO=36;SAF=9;SAR=15;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272267;STB=0.662519;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00293813;OID=.;OPOS=67142620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:37:24:24:0.393443:15:9:23:13:15:9:24:13 chr4 68295465 . C A 120.99 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00396178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.736;QD=8.20257;RBI=0.0318886;REFB=0.00428109;REVB=-0.0316416;RO=41;SAF=13;SAR=4;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371927;STB=0.718878;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0137869;OID=.;OPOS=68295465;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:42:17:17:0.288136:4:13:19:22:4:13:20:22 chr4 68374597 . C T 535.29 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00860847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7292;QD=20.9916;RBI=0.0623977;REFB=-0.0238632;REVB=-0.0618011;RO=48;SAF=34;SAR=20;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150041;STB=0.582681;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.018959;OID=.;OPOS=68374597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:48:54:54:0.529412:20:34:22:26:20:34:22:26 chr4 68376708 . T C 198.39 PASS AF=0.4;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.000101627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.68;QD=13.2258;RBI=0.0258729;REFB=-0.0278933;REVB=-0.0258727;RO=34;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173551;STB=0.576426;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0291106;OID=.;OPOS=68376708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:34:36:24:24:0.4:13:11:10:24:13:11:12:24 chr4 68378155 . C A 503.65 PASS AF=0.5;AO=52;DP=105;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0122381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.632;QD=19.0057;RBI=0.0457624;REFB=-0.0211465;REVB=-0.0440957;RO=53;SAF=29;SAR=23;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615118;STB=0.538006;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0243956;OID=.;OPOS=68378155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:53:53:52:53:0.5:23:29:26:27:23:30:26:27 chr4 68380215 . G A 391.93 PASS AF=0.435644;AO=41;DP=99;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00155915;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4116;QD=15.5221;RBI=0.0687111;REFB=-0.0226808;REVB=0.0686935;RO=58;SAF=16;SAR=25;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00686158;STB=0.523981;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0398512;OID=.;OPOS=68380215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:58:57:41:44:0.435644:25:16:23:35:28:16:23:34 chr4 68384008 . C T 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0062721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.698;QD=13.3676;RBI=0.00689794;REFB=-0.00914195;REVB=0.00287095;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778116;STB=0.545404;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0139614;OID=.;OPOS=68384008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:8:10:15:16:8:10:15:16 chr4 68436883 . T C 1064.36 PASS AF=1;AO=55;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6363;QD=59.1312;RBI=0.111565;REFB=0;REVB=0.0468368;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00082056;OID=.;OPOS=68436883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:55:72:1:29:26:0:0:30:42:0:0 chr4 68442968 . A G 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0175979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.923;QD=21.9526;RBI=0.0213762;REFB=-0.0119452;REVB=0.0121348;RO=25;SAF=11;SAR=21;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208561;STB=0.615484;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00685075;OID=.;OPOS=68442968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:21:11:15:10:21:11:15:10 chr4 68490709 . T C 184.62 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00775009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.16;QD=18.4618;RBI=0.028777;REFB=-0.00777321;REVB=0.0277137;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223024;STB=0.625546;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0128014;OID=.;OPOS=68490709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:9:10:16:5:9:10:16:5 chr4 68497597 . C A 150.09 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0335362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3291;QD=19.3663;RBI=0.0342382;REFB=-0.0217439;REVB=-0.0068979;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818777;STB=0.5465;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0208253;OID=.;OPOS=68497597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:8:7:9:7:8:7 chr4 68500171 . A G 483.43 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0308378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.943;QD=17.5794;RBI=0.0316592;REFB=-0.000493714;REVB=-0.0071646;RO=57;SAF=31;SAR=21;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100284;STB=0.551581;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00084376;OID=.;OPOS=68500171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:58:52:52:0.472727:21:31:28:29:21:31:29:29 chr4 68534392 . C T 199.03 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0469412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.268;QD=11.3732;RBI=0.0469865;REFB=-0.0226482;REVB=-0.00206234;RO=45;SAF=7;SAR=18;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151148;STB=0.588161;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.036089;OID=.;OPOS=68534392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:18:7:18:27:18:7:18:27 chr4 68567025 . T G 166.95 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0002806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.869;QD=15.5301;RBI=0.0382816;REFB=-0.00686572;REVB=-0.0382806;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556242;STB=0.55021;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0087056;OID=.;OPOS=68567025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:25:17:18:0.418605:10:7:9:16:10:8:9:16 chr4 68780399 . A G 3226.97 PASS AF=1;AO=208;DP=210;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312676;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.457;QD=61.466;RBI=0.0583999;REFB=-0.0242722;REVB=0.0493242;RO=1;SAF=113;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498801;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263243;OID=.;OPOS=68780399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:210:210:1:0:208:210:1:95:113:0:1:96:114:0:0 chr4 68784774 . T C,G 1329.2 PASS AF=0.954023,0.045977;AO=82,5;DP=87;FAO=83,4;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38,3;FSAR=45,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154987,-0.0168988;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.78,78.317;QD=61.1128;RBI=0.0155594,0.0303665;REFB=0,0;REVB=0.00137264,-0.0252301;RO=0;SAF=38,3;SAR=44,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.11453e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00389417,0.133851;OID=.,.;OPOS=68784774,68784774;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:87:87:0:0:82,5:83,4:0.954023,0.045977:44,2:38,3:0:0:45,1:38,3:0:0 chr4 68812283 . C T 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.603;QD=54.5147;RBI=0.038183;REFB=0;REVB=0.0163169;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248485;OID=.;OPOS=68812283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr4 68995529 . C T 1400.36 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0274047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.674;QD=61.5541;RBI=0.0314933;REFB=-0.0652734;REVB=0.015518;RO=1;SAF=27;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00746502;STB=0.503936;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000963534;OID=.;OPOS=68995529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:63:27:0:1:63:27:0:1 chr4 69078113 . T C 747.21 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.689;QD=56.3932;RBI=0.033075;REFB=0;REVB=0.0328184;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264971;OID=.;OPOS=69078113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:25:27:0:0:26:27:0:0 chr4 69094507 . T A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.43;QD=60.6102;RBI=0.0307489;REFB=0;REVB=-0.0214673;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64589e-06;OID=.;OPOS=69094507;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr4 69094575 . T G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.903;QD=60.9782;RBI=0.0254569;REFB=0;REVB=-0.0132087;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.283e-05;OID=.;OPOS=69094575;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr4 69095197 . T C 545.12 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0363733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8834;QD=57.3813;RBI=0.0656792;REFB=0.0584121;REVB=0.0546876;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526301;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0017587;OID=.;OPOS=69095197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:28:9:0:0:28:9:1:0 chr4 69179300 . GTTTTTTA GTTTTA,GTTTTT,GTTTTTAA 82.86 PASS AF=0,0.615385,0;AO=4,5,7;DP=33;FAO=0,16,0;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=0,9,0;FSAR=0,7,0;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.166892,0.0339736,-0.390649;FXX=0.0370233;HRUN=6,6,6;LEN=2,2,1;MLLD=13.7177,12.9363,9.33013;QD=12.7469;RBI=0.169374,0.119416,0.395122;REFB=-0.00656604,-0.0803911,0.0674584;REVB=0.0288905,0.114481,-0.0592821;RO=8;SAF=4,0,6;SAR=0,5,1;SRF=0;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.826069,0,0.683595;STB=0.5,0.599877,0.5;STBP=1,0.2,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0416635,0.0841541,0;OID=.,.,.;OPOS=69179301,69179306,69179306;OREF=TT,TA,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=GTTTTA,GTTTTT,GTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.615385,0:4,5,7:33:0,16,0:26:10:0,9,0:0,7,0:3:7:53:8:4,0,6:0,5,1:0:8 chr4 69203080 . T C 286.43 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00749598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.884;QD=22.465;RBI=0.00761075;REFB=-0.0426165;REVB=-0.00131678;RO=20;SAF=15;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101965;STB=0.561361;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0321531;OID=.;OPOS=69203080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:20:22:28:29:0.568627:13:15:8:12:13:16:9:13 chr4 69203551 . A T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.654;QD=56.9569;RBI=0.0383328;REFB=0;REVB=0.0366183;RO=0;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128462;OID=.;OPOS=69203551;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:15:37:0:0:15:37:0:0 chr4 69340500 . A G 341.89 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0186938;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.719;QD=20.4116;RBI=0.0207586;REFB=-0.0094224;REVB=-0.00902573;RO=32;SAF=15;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516512;STB=0.520536;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00944349;OID=.;OPOS=69340500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:32:34:35:0.522388:19:15:16:16:19:16:16:16 chr4 69342019 . C G 586.89 PASS AF=0.588889;AO=53;DP=90;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0137781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.552;QD=26.0839;RBI=0.0191596;REFB=-0.017314;REVB=-0.0133136;RO=37;SAF=36;SAR=17;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487448;STB=0.526653;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00825005;OID=.;OPOS=69342019;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:37:53:53:0.588889:17:36:23:14:17:36:23:14 chr4 69342021 . G A 571.46 PASS AF=0.58427;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0189382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7024;QD=25.6838;RBI=0.0256505;REFB=-0.0131995;REVB=0.0173;RO=37;SAF=36;SAR=16;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613407;STB=0.533584;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00929759;OID=.;OPOS=69342021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:37:37:52:52:0.58427:16:36:23:14:16:36:23:14 chr4 69417570 . A G 837.23 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090974;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.077;QD=57.7398;RBI=0.0169006;REFB=0;REVB=0.0142432;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15553e-05;OID=.;OPOS=69417570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr4 69512847 . T G 607.31 PASS AF=0.793651;AO=50;DP=63;FAO=50;FDP=63;FR=.;FRO=13;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0160416;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.837;QD=38.5594;RBI=0.0352023;REFB=-0.00296185;REVB=0.0313348;RO=13;SAF=37;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162029;STB=0.587265;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000220319;OID=.;OPOS=69512847;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:63:63:13:13:50:50:0.793651:13:37:5:8:13:37:5:8 chr4 69512848 . T G 40.83 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.0142924;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=74.3131;QD=2.59259;RBI=0.0142954;REFB=-0.0235336;REVB=-0.000292187;RO=55;SAF=5;SAR=3;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629357;STB=0.545344;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0173494;OID=.;OPOS=69512848;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:55:55:8:8:0.126984:3:5:37:18:3:5:37:18 chr4 69536084 . A C 347.66 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00729754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.572;QD=19.8662;RBI=0.00843984;REFB=0.00193701;REVB=0.0042399;RO=34;SAF=19;SAR=17;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152234;STB=0.584339;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0018677;OID=.;OPOS=69536084;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:17:19:12:22:17:19:12:22 chr4 69687987 . C A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000412641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.843;QD=58.4196;RBI=0.00182647;REFB=0;REVB=0.00177925;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19866e-06;OID=.;OPOS=69687987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr4 69795626 . C T 227.43 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0173233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8797;QD=21.1558;RBI=0.0823632;REFB=-0.00824908;REVB=-0.0805208;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202888;STB=0.625417;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00391968;OID=.;OPOS=69795626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:14:8:12:8:14:8:13:8 chr4 69874654 . T C 574.76 PASS AF=0.546392;AO=52;DP=95;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.00483735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.553;QD=23.7015;RBI=0.0111326;REFB=-0.010184;REVB=0.0100267;RO=43;SAF=35;SAR=17;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00125665;STB=0.50134;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0100191;OID=.;OPOS=69874654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:43:44:52:53:0.546392:17:35:29:14:17:36:30:14 chr4 69962610 . A G 211.71 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00723378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5896;QD=16.2853;RBI=0.009198;REFB=-0.00876993;REVB=-0.00568117;RO=27;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611233;STB=0.530277;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00918788;OID=.;OPOS=69962610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:27:28:23:24:0.461538:8:15:16:11:9:15:16:12 chr4 69964337 . AT TC 299.75 PASS AF=0.837838;AO=31;DP=37;FAO=31;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.246398;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=52.9865;QD=32.405;RBI=0.25109;REFB=-0.089201;REVB=0.0483144;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252169;STB=0.542829;STBP=0.147;TYPE=mnp;VARB=0.0943309;OID=.;OPOS=69964337;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:37:37:1:4:31:31:0.837838:13:18:1:0:12:19:1:3 chr4 69972949 . C G 2831.29 PASS AF=1;AO=180;DP=181;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924851;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.469;QD=62.9175;RBI=0.0093902;REFB=0;REVB=0.00162507;RO=0;SAF=87;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35909e-06;OID=.;OPOS=69972949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:180:0:0:180:180:1:93:87:0:0:93:87:0:0 chr4 70066319 . G T 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0228061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.013;QD=15.2191;RBI=0.0236209;REFB=-0.0127168;REVB=0.00615049;RO=36;SAF=8;SAR=23;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306981;STB=0.646486;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0124738;OID=.;OPOS=70066319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:41:31:31:0.430556:23:8:20:16:23:8:20:21 chr4 70070366 . A T 396.48 PASS AF=0.488372;AO=40;DP=82;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0442745;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0902;QD=18.4411;RBI=0.0743315;REFB=-0.036576;REVB=-0.0597071;RO=42;SAF=18;SAR=22;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197482;STB=0.615794;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0447988;OID=.;OPOS=70070366;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:42:44:40:42:0.488372:22:18:28:14:23:19:30:14 chr4 70146230 . G A 594.61 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2184;QD=60.9856;RBI=0.0491342;REFB=0;REVB=0.00399742;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552234;OID=.;OPOS=70146230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:12:25:0:0:13:26:0:0 chr4 70146719 . G C 740.9 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0096995;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4097;QD=56.9924;RBI=0.0109716;REFB=0;REVB=0.005128;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269945;OID=.;OPOS=70146719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:51:52:1:17:34:0:0:18:34:0:0 chr4 70160338 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.064;QD=39.2067;RBI=0.0449506;REFB=0;REVB=-0.00523863;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000618215;OID=.;OPOS=70160338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr4 70160342 . TG CC 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112953;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.452;QD=39.2068;RBI=0.0114483;REFB=0;REVB=-0.00186562;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.76635e-05;OID=.;OPOS=70160342;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr4 70160378 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.735;QD=51.1842;RBI=0.022183;REFB=0;REVB=0.00485699;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245354;OID=.;OPOS=70160378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr4 70296603 . A G 179.93 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192777;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4728;QD=47.9803;RBI=0.0251481;REFB=0;REVB=-0.0161493;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00264126;OID=.;OPOS=70296603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr4 70296641 . A G 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0128098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.843;QD=8.24621;RBI=0.0145071;REFB=-0.0192985;REVB=0.00680915;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570552;STB=0.856123;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0426285;OID=.;OPOS=70296641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:1:6:5:10:1:6:5:10 chr4 70296644 . A G 45.32 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0204804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.229;QD=8.23986;RBI=0.0578829;REFB=-0.00371022;REVB=-0.0541385;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.622945;STB=0.856123;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.000867478;OID=.;OPOS=70296644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:13:15:7:7:0.318182:1:6:3:10:1:6:5:10 chr4 70296648 . T G 45.36 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00532094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.521;QD=8.24655;RBI=0.0534193;REFB=-0.010008;REVB=-0.0531537;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570552;STB=0.856123;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0136314;OID=.;OPOS=70296648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:1:6:5:10:1:6:5:10 chr4 70296653 . GCCT TGGG 35.54 PASS AF=0.3;AO=4;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.026771;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=4;MLLD=289.674;QD=7.10819;RBI=0.0268856;REFB=0.00640649;REVB=0.00247936;RO=14;SAF=3;SAR=1;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.486683;STB=0.858263;STBP=0.068;TYPE=mnp;VARB=-0.0159446;OID=.;OPOS=70296653;OREF=GCCT;OALT=TGGG;OMAPALT=TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:20:20:14:14:4:6:0.3:1:3:4:10:1:5:4:10 chr4 70296660 . A G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0121876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5675;QD=10.0752;RBI=0.0367081;REFB=0.0243097;REVB=0.0346258;RO=14;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.614538;STB=0.874062;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0238781;OID=.;OPOS=70296660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:1:7:4:10:1:7:4:10 chr4 70296662 . C T 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.000501056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.83;QD=8.2446;RBI=0.0180263;REFB=0.00666758;REVB=-0.0180194;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311218;STB=0.713674;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0146221;OID=.;OPOS=70296662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:14:15:7:7:0.318182:5:2:8:6:5:2:9:6 chr4 70352417 . G A 240.01 PASS AF=0.358025;AO=28;DP=82;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0631765;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.668;QD=11.8523;RBI=0.063186;REFB=-0.00157805;REVB=-0.00109494;RO=52;SAF=11;SAR=17;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205574;STB=0.626399;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00188682;OID=.;OPOS=70352417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:52:52:28:29:0.358025:17:11:30:22:18:11:30:22 chr4 70355211 . T C 1622.96 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0285144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.685;QD=59.0166;RBI=0.0285232;REFB=-0.0935143;REVB=0.000705714;RO=1;SAF=54;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870981;STB=0.504586;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000259208;OID=.;OPOS=70355211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:55:54:1:0:55:54:1:0 chr4 70391429 . G A 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0781522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.705;QD=8.37065;RBI=0.0836977;REFB=-0.000217337;REVB=-0.0299589;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201571;STB=0.624186;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00249488;OID=.;OPOS=70391429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:4:7:13:15:4:7:13:15 chr4 70391454 . G A 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00997601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.724;QD=10.14;RBI=0.0099966;REFB=0.015551;REVB=-0.000641234;RO=28;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301512;STB=0.681536;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0331358;OID=.;OPOS=70391454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:4:9:12:16:4:9:12:16 chr4 70513139 . C T 613.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5814;QD=61.3256;RBI=0.0559311;REFB=0;REVB=-0.0541309;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000430215;OID=.;OPOS=70513139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr4 70821025 . A G 180.05 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00414672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4724;QD=16.0045;RBI=0.017705;REFB=-0.0152444;REVB=0.0172126;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264839;STB=0.515206;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.023095;OID=.;OPOS=70821025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:9:10:13:13:9:10:13:13 chr4 70898953 . C G,T 1315.35 PASS AF=0.0465116,0.953488;AO=4,82;DP=86;FAO=4,82;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=3,31;FSAR=1,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0600397,-0.0120091;FXX=0.0114929;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=19.7829,84.7025;QD=61.1791;RBI=0.0600451,0.0132458;REFB=0,0;REVB=-0.000806113,-0.00558852;RO=0;SAF=3,31;SAR=1,51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,3.2938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.194376,0.00125632;OID=.,.;OPOS=70898953,70898953;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:86:86:0:0:4,82:4,82:0.0465116,0.953488:1,51:3,31:0:0:1,51:3,31:0:0 chr4 70944452 . G A 1908.35 PASS AF=1;AO=123;DP=126;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000564661;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.331;QD=62.06;RBI=0.00568912;REFB=0;REVB=0.00566103;RO=0;SAF=69;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75147e-05;OID=.;OPOS=70944452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:123:0:0:123:123:1:54:69:0:0:54:69:0:0 chr4 71027282 . CT C 44.16 PASS AF=0.392157;AO=22;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0458599;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.31054;QD=3.4639;RBI=0.109945;REFB=-0.0940041;REVB=-0.0999243;RO=25;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124505;STB=0.512183;STBP=0.884;TYPE=del;VARB=0.102959;OID=.;OPOS=71027283;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392157:22:51:20:51:31:8:12:13:18:44:25:7:15:11:14 chr4 71201388 . C T 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5945;QD=53.2716;RBI=0.0294697;REFB=0;REVB=-0.021798;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03021e-05;OID=.;OPOS=71201388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr4 71232388 . G A 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275314;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.539;QD=62.3147;RBI=0.0307979;REFB=0;REVB=0.0138035;RO=0;SAF=66;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31751e-05;OID=.;OPOS=71232388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:20:66:0:0:20:66:0:0 chr4 71232430 . T C 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3215;QD=62.3463;RBI=0.041221;REFB=0;REVB=0.0230738;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90464e-05;OID=.;OPOS=71232430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr4 71275232 . C T 1275.59 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.05;QD=61.4743;RBI=0.0356455;REFB=0;REVB=0.0229206;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44453e-05;OID=.;OPOS=71275232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:83:0:0:79:83:1:43:36:0:0:46:37:0:0 chr4 71339723 . G A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00320091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6345;QD=56.1899;RBI=0.0733253;REFB=0;REVB=-0.0732554;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0017405;OID=.;OPOS=71339723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr4 71339728 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.46;QD=56.1912;RBI=0.0308466;REFB=0;REVB=-0.0294173;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181169;OID=.;OPOS=71339728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr4 71346701 . C G 286.98 PASS AF=0.92;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0105253;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=170.951;QD=45.9161;RBI=0.0144882;REFB=-0.050356;REVB=-0.00995626;RO=2;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102305;STB=0.549956;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00113839;OID=.;OPOS=71346701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:25:2:2:22:23:0.92:8:14:0:2:9:14:0:2 chr4 71384488 . C T 899.5 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.013;QD=58.0322;RBI=0.0295442;REFB=0;REVB=0.0122373;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122047;OID=.;OPOS=71384488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:28:33:0:0:28:34:0:0 chr4 71472426 . A G 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.107682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.459;QD=22.5856;RBI=0.1087;REFB=-0.00153754;REVB=0.0148408;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461225;STB=0.526267;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00255285;OID=.;OPOS=71472426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:8:3:2:4:8:3:2:4 chr4 71657772 . G A,T 764.21 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=51,2;DP=54;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34,1;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740189,0.00419663;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.308,18.0839;QD=54.5866;RBI=0.0487915,0.0404862;REFB=0,0;REVB=0.0482268,-0.0402681;RO=0;SAF=31,1;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.13361e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000500263,0.159525;OID=.,.;OPOS=71657772,71657772;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:54:56:0:0:51,2:54,2:0.964286,0.0357143:20,1:31,1:0:0:20,1:34,1:0:0 chr4 71704965 . C T 433.36 PASS AF=1;AO=26;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6667;QD=55.9169;RBI=0.121464;REFB=0;REVB=0.0625827;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00545277;OID=.;OPOS=71704965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:26:31:1:8:18:0:0:10:21:0:0 chr4 71849697 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.312;QD=57.2024;RBI=0.0296291;REFB=0;REVB=0.0262159;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72384e-05;OID=.;OPOS=71849697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr4 71849888 . G T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.02;QD=58.2396;RBI=0.045027;REFB=0;REVB=0.0323428;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93653e-05;OID=.;OPOS=71849888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr4 72425863 . C T 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0117047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.706;QD=14.0972;RBI=0.0215157;REFB=-0.01727;REVB=-0.0180534;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148003;STB=0.586817;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0295961;OID=.;OPOS=72425863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:4:9:10:8:4:9:10:8 chr4 72433642 . TG T,TT 270.53 PASS AF=0.441176,0;AO=26,6;DP=71;FAO=30,0;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=12,0;FSAR=18,0;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.00611293,-0.0049885;FXX=0.0555478;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=260.817,259.808;QD=15.9137;RBI=0.00961847,0.00548118;REFB=0.00126443,-0.00119924;REVB=0.00742611,0.00227117;RO=35;SAF=10,3;SAR=16,3;SRF=10;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.108943,0.264483;STB=0.565996,0.5;STBP=0.387,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0011538,-0.03135;OID=.,.;OPOS=72433643,72433643;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176,0:26,6:71:30,0:68:38:12,0:18,0:11:27:99:35:10,3:16,3:10:25 chr4 72434406 . G C 310.62 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0457907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4558;QD=16.3483;RBI=0.0460251;REFB=-0.00514898;REVB=-0.00463869;RO=42;SAF=12;SAR=22;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475099;STB=0.526663;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00614121;OID=.;OPOS=72434406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:22:12:13:29:22:12:13:29 chr4 72436804 . G A 1734.38 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118549;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.191;QD=60.8553;RBI=0.026972;REFB=0;REVB=0.024227;RO=0;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46701e-05;OID=.;OPOS=72436804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:53:61:0:0:53:61:0:0 chr4 72618296 . T C 2197.76 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.142;QD=63.2449;RBI=0.0373374;REFB=0;REVB=0.0301522;RO=0;SAF=70;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117218;OID=.;OPOS=72618296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:69:70:0:0:69:70:0:0 chr4 72622566 . A G 1175.81 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.058028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.987;QD=59.5348;RBI=0.0587365;REFB=-0.162125;REVB=0.00909576;RO=1;SAF=38;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122936;STB=0.506492;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000364226;OID=.;OPOS=72622566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:40:38:1:0:40:38:1:0 chr4 73414286 . C T 939.69 PASS AF=1;AO=55;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.871;QD=58.7304;RBI=0.0576258;REFB=0;REVB=0.0569631;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114369;OID=.;OPOS=73414286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:55:64:1:18:37:0:0:26:38:0:0 chr4 73930552 . G A 224.08 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0329601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.278;QD=14.9386;RBI=0.0371764;REFB=-0.0127376;REVB=-0.0171963;RO=33;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171366;STB=0.603983;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0198182;OID=.;OPOS=73930552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:34:26:26:0.433333:12:14:12:21:12:14:12:22 chr4 73941933 . A C 251.05 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0222751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7975;QD=19.6904;RBI=0.0367628;REFB=0.00276724;REVB=-0.0292459;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505672;STB=0.528309;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00280723;OID=.;OPOS=73941933;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:15:11:12:13:15:11:12:13 chr4 73942678 . C T 424.18 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0229116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.504;QD=18.6452;RBI=0.025047;REFB=-0.000196288;REVB=-0.0101198;RO=48;SAF=15;SAR=28;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29807;STB=0.665916;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000154339;OID=.;OPOS=73942678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:28:15:32:16:28:15:32:16 chr4 73956736 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0175655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.602;QD=14.1699;RBI=0.0682775;REFB=0.0112809;REVB=0.0659793;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34042;STB=0.693571;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00866882;OID=.;OPOS=73956736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:11:1:4:6:11:1 chr4 73991006 . T C 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.971;QD=56.9367;RBI=0.019136;REFB=0;REVB=0.0047757;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61135e-05;OID=.;OPOS=73991006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr4 74285239 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0267234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.918;QD=14.6525;RBI=0.0395935;REFB=-0.0399789;REVB=-0.0292148;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392076;STB=0.739831;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0520977;OID=.;OPOS=74285239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:2:3:1:5:2:3 chr4 74302071 . T A 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00905205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.525;QD=18.1942;RBI=0.0108643;REFB=-0.0154901;REVB=0.00600781;RO=36;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111134;STB=0.562139;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0173479;OID=.;OPOS=74302071;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:21:13:18:18:21:13:18:18 chr4 74302870 . T C 409.01 PASS AF=0.445545;AO=44;DP=100;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=-0.021012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6244;QD=16.1982;RBI=0.0625504;REFB=-0.00955132;REVB=-0.0589156;RO=56;SAF=34;SAR=10;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786824;STB=0.54817;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0117251;OID=.;OPOS=74302870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:56:56:44:45:0.445545:10:34:40:16:10:35:40:16 chr4 74318330 . A G 620.09 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0592671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.782;QD=59.0559;RBI=0.0592967;REFB=-0.113943;REVB=-0.00187326;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.514279;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00161826;OID=.;OPOS=74318330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:24:17:0:0:24:17:1:0 chr4 74347503 . TA T 415.11 PASS AF=0.983051;AO=42;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0677464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.9093;QD=28.1428;RBI=0.13662;REFB=-0.0149579;REVB=-0.118641;RO=6;SAF=25;SAR=17;SRF=2;SRR=4;SSEN=0.328125;SSEP=0;SSSB=0.0625973;STB=0.50769;STBP=0.51;TYPE=del;VARB=0.0166188;OID=.;OPOS=74347504;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.983051:42:59:58:59:1:32:26:1:0:3:6:25:17:2:4 chr4 74447510 . A C 1125.4 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00838559;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.426;QD=55.5755;RBI=0.00906329;REFB=0.0462303;REVB=-0.00343877;RO=4;SAF=27;SAR=50;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152258;STB=0.508057;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.000839778;OID=.;OPOS=74447510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:81:81:4:4:77:77:0.950617:50:27:2:2:50:27:2:2 chr4 74863997 . T C 876.73 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.078437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5287;QD=54.7954;RBI=0.0924818;REFB=-0.0587563;REVB=0.048995;RO=2;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349353;STB=0.518513;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00192916;OID=.;OPOS=74863997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:26:36:0:2:26:36:0:2 chr4 75023609 . T C 975.64 PASS AF=0.985294;AO=68;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.123403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5609;QD=57.3908;RBI=0.127153;REFB=0.020221;REVB=-0.0306514;RO=0;SAF=47;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00402902;OID=.;OPOS=75023609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:68:67:0.985294:21:47:0:0:21:46:1:0 chr4 75023709 . C T 340.0 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.00446527;FXX=0.0215031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.126;QD=14.9451;RBI=0.0102676;REFB=-0.02506;REVB=-0.00924576;RO=51;SAF=15;SAR=22;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206131;STB=0.620747;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0277258;OID=.;OPOS=75023709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:51:54:37:37:0.406593:22:15:31:20:22:15:33:21 chr4 75046465 . C G 757.4 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2186;QD=63.1167;RBI=0.0682338;REFB=0;REVB=0.0391057;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050539;OID=.;OPOS=75046465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:21:26:0:0:22:26:0:0 chr4 75254282 . G A 398.27 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.00769271;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.046;QD=14.098;RBI=0.0105883;REFB=-0.00952564;REVB=-0.00727553;RO=66;SAF=19;SAR=27;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138691;STB=0.573992;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0177064;OID=.;OPOS=75254282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:66:67:46:46:0.40708:27:19:36:30:27:19:36:31 chr4 75937971 . C T 174.07 PASS AF=0.529412;AO=15;DP=30;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0463187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0526;QD=20.479;RBI=0.15569;REFB=-0.0109517;REVB=0.14864;RO=15;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342688;STB=0.612117;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.015752;OID=.;OPOS=75937971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:34:15:16:15:18:0.529412:3:12:7:8:6:12:7:9 chr4 75938179 . G A 190.94 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0083761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7063;QD=30.55;RBI=0.0133406;REFB=0.0958663;REVB=0.0103832;RO=7;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183229;STB=0.599904;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.0144849;OID=.;OPOS=75938179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:14:4:0:7:14:4:0:7 chr4 75938236 . A G 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.000311694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.065;QD=22.8306;RBI=0.0246795;REFB=-0.00373881;REVB=0.0246775;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520923;STB=0.529372;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00653994;OID=.;OPOS=75938236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:10:5:4:6:10:5:4:6 chr4 76407217 . A ACT,T 1538.96 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=94,5;DP=113;FAO=100,5;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47,4;FSAR=53,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161027,0.0306731;FXX=0.0454504;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=248.851,83.4531;QD=58.627;RBI=0.0164483,0.0578971;REFB=0,0;REVB=-0.00335386,0.0491044;RO=8;SAF=47,4;SAR=47,1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.018534,0.430337;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00120147,-0.0378824;OID=.,.;OPOS=76407218,76407217;OREF=-,A;OALT=CT,T;OMAPALT=ACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:113:105:8:0:94,5:100,5:0.952381,0.047619:47,1:47,4:3:5:53,1:47,4:0:0 chr4 76455189 . G GA 125.62 PASS AF=0.45;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0594733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.3582;QD=8.3749;RBI=0.0619042;REFB=0.00220587;REVB=0.0171775;RO=35;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450998;STB=0.503976;STBP=0.969;TYPE=ins;VARB=-0.0135672;OID=.;OPOS=76455190;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:26:62:27:60:33:10:17:12:21:99:35:10:16:12:23 chr4 76489345 . C T 163.63 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0396664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3514;QD=20.4543;RBI=0.0681634;REFB=0.0417739;REVB=-0.0554331;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464767;STB=0.526285;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0242604;OID=.;OPOS=76489345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:7:10:8:7:7:10:8:7 chr4 76568785 . A C 253.87 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0196751;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.574;QD=17.5085;RBI=0.0200261;REFB=0.00404926;REVB=-0.00373304;RO=28;SAF=6;SAR=22;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458416;STB=0.538433;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00375231;OID=.;OPOS=76568785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:30:28:28:0.482759:22:6:7:21:22:6:8:22 chr4 76569553 . A G 166.91 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0258383;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.538;QD=21.5373;RBI=0.0324429;REFB=-0.0113716;REVB=0.0196195;RO=14;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207734;STB=0.618628;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00921017;OID=.;OPOS=76569553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:14:14:17:17:0.548387:14:3:5:9:14:3:5:9 chr4 76720885 . T C 710.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.547;QD=54.6362;RBI=0.0205417;REFB=0.0219581;REVB=-0.001556;RO=1;SAF=17;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268896;STB=0.51428;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=3.59778e-05;OID=.;OPOS=76720885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:34:17:1:0:34:17:1:0 chr4 76722353 . G A 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0287352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7219;QD=21.7441;RBI=0.0353301;REFB=0.033721;REVB=0.020555;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176946;STB=0.599867;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.023553;OID=.;OPOS=76722353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:6:9:4:7:6:9:4:7 chr4 76787673 . T C 849.4 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3245;QD=57.5866;RBI=0.0981567;REFB=0;REVB=0.0980784;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010409;OID=.;OPOS=76787673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:29:28:0:0:31:28:0:0 chr4 76793228 . A G 1108.61 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0159382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.887;QD=57.59;RBI=0.142408;REFB=-0.125092;REVB=-0.141514;RO=2;SAF=31;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00438581;STB=0.502318;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000342432;OID=.;OPOS=76793228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:44:31:1:1:44:31:1:1 chr4 76794345 . T G 1325.98 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462491;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.891;QD=62.3991;RBI=0.0054364;REFB=0;REVB=-0.00285739;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415125;OID=.;OPOS=76794345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr4 76805902 . C T 837.18 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196873;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.672;QD=57.7366;RBI=0.0257858;REFB=0;REVB=-0.0166528;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55747e-06;OID=.;OPOS=76805902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr4 76807218 . C G 666.68 PASS AF=0.771429;AO=54;DP=72;FAO=54;FDP=70;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.000208717;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7597;QD=38.0961;RBI=0.0397663;REFB=0.0110073;REVB=-0.0397658;RO=15;SAF=6;SAR=48;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223393;STB=0.507934;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00222989;OID=.;OPOS=76807218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:15:16:54:54:0.771429:48:6:2:13:48:6:2:14 chr4 76807249 . C G 636.67 PASS AF=0.746479;AO=53;DP=72;FAO=53;FDP=71;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=50;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0168782;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8875;QD=35.8685;RBI=0.0340491;REFB=0.0161018;REVB=-0.0295714;RO=18;SAF=3;SAR=50;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326494;STB=0.679031;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00613272;OID=.;OPOS=76807249;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:18:18:53:53:0.746479:50:3:5:13:50:3:5:13 chr4 76807252 . C A 597.55 PASS AF=0.71831;AO=52;DP=72;FAO=51;FDP=71;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=48;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0682244;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7015;QD=33.6646;RBI=0.0687596;REFB=-0.0393573;REVB=0.00856226;RO=20;SAF=3;SAR=49;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362986;STB=0.698928;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0213745;OID=.;OPOS=76807252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:20:20:52:51:0.71831:49:3:6:14:48:3:6:14 chr4 76807270 . C T 591.07 PASS AF=0.69863;AO=50;DP=73;FAO=51;FDP=73;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=48;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0150844;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.995;QD=32.3875;RBI=0.0191876;REFB=-0.0274739;REVB=0.0118585;RO=21;SAF=3;SAR=47;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436539;STB=0.73937;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0119601;OID=.;OPOS=76807270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:21:22:50:51:0.69863:47:3:8:13:48:3:8:14 chr4 76807288 . A G 588.22 PASS AF=0.689189;AO=50;DP=73;FAO=51;FDP=74;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=48;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00713232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.886;QD=31.7957;RBI=0.0217661;REFB=-0.0339863;REVB=0.0205644;RO=22;SAF=2;SAR=48;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527996;STB=0.736278;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0100116;OID=.;OPOS=76807288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:22:23:50:51:0.689189:48:2:8:14:48:3:8:15 chr4 76807302 . A G 579.58 PASS AF=0.68;AO=49;DP=73;FAO=51;FDP=75;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=49;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0562793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2799;QD=30.9111;RBI=0.059954;REFB=-0.00999702;REVB=-0.0206668;RO=24;SAF=2;SAR=47;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574983;STB=0.823346;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0108413;OID=.;OPOS=76807302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:24:24:49:51:0.68:47:2:10:14:49:2:10:14 chr4 76807304 . A G 572.34 PASS AF=0.675676;AO=50;DP=74;FAO=50;FDP=74;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=48;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0105349;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.629;QD=30.9373;RBI=0.0122205;REFB=-0.00645235;REVB=0.0061933;RO=24;SAF=2;SAR=48;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.576636;STB=0.822671;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00221736;OID=.;OPOS=76807304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:24:24:50:50:0.675676:48:2:10:14:48:2:10:14 chr4 76807313 . C A 582.35 PASS AF=0.671053;AO=51;DP=76;FAO=51;FDP=76;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=49;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0222969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.185;QD=30.6501;RBI=0.0223965;REFB=-0.0365012;REVB=0.00210991;RO=25;SAF=2;SAR=49;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597765;STB=0.834673;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00909832;OID=.;OPOS=76807313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:25:25:51:51:0.671053:49:2:11:14:49:2:11:14 chr4 76807325 . T A 405.42 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=37;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0114626;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.792;QD=25.3387;RBI=0.0157022;REFB=-0.0138607;REVB=0.0107316;RO=25;SAF=2;SAR=37;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597812;STB=0.837948;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00835585;OID=.;OPOS=76807325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:37:2:12:13:37:2:12:13 chr4 76807334 . T C 252.67 PASS AF=0.5;AO=14;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0238415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.527;QD=21.0562;RBI=0.0291695;REFB=-0.00533802;REVB=0.016806;RO=21;SAF=2;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430803;STB=0.818812;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0122979;OID=.;OPOS=76807334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:24:14:24:0.5:12:2:10:11:22:2:12:12 chr4 76809386 . A G 1896.07 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7599;QD=61.6608;RBI=0.0493129;REFB=0;REVB=-0.00197077;RO=0;SAF=61;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153389;OID=.;OPOS=76809386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:62:61:0:0:62:61:0:0 chr4 76836137 . A G 671.65 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0214215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4902;QD=52.6785;RBI=0.02374;REFB=-0.0617856;REVB=0.0102326;RO=2;SAF=25;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0007528;STB=0.5004;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0335189;OID=.;OPOS=76836137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:24:25:1:1:24:25:1:1 chr4 76857309 . C T 725.47 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8215;QD=56.8993;RBI=0.0204047;REFB=0;REVB=0.00208477;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277531;OID=.;OPOS=76857309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr4 76857388 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.531;QD=57.2025;RBI=0.0464528;REFB=0;REVB=0.00863196;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286245;OID=.;OPOS=76857388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr4 76878688 . G A 679.85 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901543;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.801;QD=63.242;RBI=0.0211701;REFB=0;REVB=-0.0191545;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705022;OID=.;OPOS=76878688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr4 76942943 . C G 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5574;QD=62.9074;RBI=0.0380313;REFB=0;REVB=-0.0101879;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299833;OID=.;OPOS=76942943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:40:50:0:0:40:50:0:0 chr4 76943137 . G C 972.86 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6597;QD=58.9612;RBI=0.0812251;REFB=0;REVB=0.0344559;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747515;OID=.;OPOS=76943137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:31:34:0:0:32:34:0:0 chr4 76955914 . T C 845.9 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406972;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.434;QD=57.3493;RBI=0.0503555;REFB=0;REVB=0.0296549;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176376;OID=.;OPOS=76955914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:33:23:0:0:33:26:0:0 chr4 76956188 . T C 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0027249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.698;QD=60.1583;RBI=0.0163029;REFB=0.0255533;REVB=0.0160736;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229092;STB=0.51219;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-7.01018e-05;OID=.;OPOS=76956188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:24:20:1:0:24:20:1:0 chr4 77021432 . TC T,TT 717.18 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=6,40;DP=46;FAO=2,44;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138319,0.0200378;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=202.293,215.308;QD=62.3631;RBI=0.0173306,0.0222919;REFB=0,0;REVB=0.0104417,0.00976807;RO=0;SAF=4,25;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0578028,0.000628709;OID=.,.;OPOS=77021433,77021433;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0434783,0.956522:6,40:46:2,44:46:0:1,28:1,16:0:0:5:0:4,25:2,15:0:0 chr4 77033590 . C T 1669.68 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00286155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2308;QD=58.5854;RBI=0.0300081;REFB=0;REVB=0.0298713;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648324;OID=.;OPOS=77033590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:114:0:0:110:114:1:54:56:0:0:54:60:0:0 chr4 77105911 . A G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00758159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.013;QD=16.8984;RBI=0.0198462;REFB=-0.0235634;REVB=0.018341;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172877;STB=0.624753;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0178668;OID=.;OPOS=77105911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:10:10:0.526316:4:6:3:5:4:6:3:6 chr4 77192868 . G A 754.12 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5211;QD=56.915;RBI=0.039828;REFB=0;REVB=0.00480638;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523521;OID=.;OPOS=77192868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr4 77201487 . C T 693.75 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0679199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.238;QD=53.3651;RBI=0.0739801;REFB=-0.0462708;REVB=-0.0293249;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177622;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000813094;OID=.;OPOS=77201487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:52:1:1:50:51:0.980769:26:24:0:1:26:25:0:1 chr4 77817362 . T C 169.66 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0135355;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.688;QD=15.4234;RBI=0.0437674;REFB=-0.0196877;REVB=-0.0416218;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711626;STB=0.544221;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0266007;OID=.;OPOS=77817362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:26:18:18:0.409091:7:11:13:11:7:11:14:12 chr4 77955743 . GTTTTA G 117.84 PASS AF=0.431818;AO=17;DP=40;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0017285;FXX=0.0638162;HRUN=4;LEN=5;MLLD=222.674;QD=10.7125;RBI=0.0133961;REFB=-0.013746;REVB=0.0132841;RO=13;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179487;STB=0.57694;STBP=0.415;TYPE=del;VARB=0.0171178;OID=.;OPOS=77955744;OREF=TTTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431818:17:40:19:44:25:13:6:14:11:99:13:11:6:11:2 chr4 77955960 . C T 840.97 PASS AF=0.543046;AO=82;DP=151;FAO=82;FDP=151;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=21;FSRR=48;FWDB=-0.0194173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.034;QD=22.2774;RBI=0.019741;REFB=-0.0182929;REVB=-0.00356023;RO=69;SAF=30;SAR=52;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563946;STB=0.530778;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0162006;OID=.;OPOS=77955960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:69:69:82:82:0.543046:52:30:21:48:52:30:21:48 chr4 77957910 . CT C 82.67 PASS AF=0.492063;AO=26;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0429447;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.57945;QD=5.24918;RBI=0.0487793;REFB=-0.019256;REVB=0.0231337;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641081;STB=0.539558;STBP=0.569;TYPE=del;VARB=0.031491;OID=.;OPOS=77957911;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492063:26:63:31:63:32:14:17:12:20:80:28:12:14:11:17 chr4 77959131 . G A 648.35 PASS AF=0.606383;AO=57;DP=94;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0397051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0041;QD=27.5892;RBI=0.0465095;REFB=-0.0134418;REVB=-0.0242207;RO=36;SAF=32;SAR=25;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242014;STB=0.519043;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0105862;OID=.;OPOS=77959131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:36:37:57:57:0.606383:25:32:19:17:25:32:19:18 chr4 77977391 . G C 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00751859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.54;QD=18.4897;RBI=0.0129211;REFB=-0.00911095;REVB=-0.0105083;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265418;STB=0.649869;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00706802;OID=.;OPOS=77977391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:9:13:8:18:9:13:8:18 chr4 78638730 . T C 494.46 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00384351;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.102;QD=22.9983;RBI=0.0577884;REFB=-0.00247878;REVB=0.0576604;RO=37;SAF=36;SAR=11;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949462;STB=0.558835;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00396966;OID=.;OPOS=78638730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:39:47:47:0.546512:11:36:25:12:11:36:26:13 chr4 78669454 . A G 192.86 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0042209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.145;QD=16.4137;RBI=0.00939434;REFB=-0.00662966;REVB=0.00839271;RO=27;SAF=13;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617371;STB=0.535433;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0113459;OID=.;OPOS=78669454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:7:13:16:11:7:13:16:11 chr4 78804474 . A G 387.87 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.0122206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.511;QD=14.2336;RBI=0.0206306;REFB=0.00289241;REVB=-0.0166217;RO=63;SAF=31;SAR=14;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987749;STB=0.552283;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00373798;OID=.;OPOS=78804474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:64:45:45:0.412844:14:31:38:25:14:31:39:25 chr4 78987157 . A G 435.49 PASS AF=0.468085;AO=41;DP=92;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0153279;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.718;QD=18.5314;RBI=0.0162864;REFB=-0.0228108;REVB=-0.00550478;RO=47;SAF=13;SAR=28;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113748;STB=0.556509;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0297264;OID=.;OPOS=78987157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:47:50:41:44:0.468085:28:13:20:27:29:15:22:28 chr4 79186047 . G A 805.58 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0836316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1797;QD=64.4467;RBI=0.0959061;REFB=0;REVB=0.0469438;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316514;OID=.;OPOS=79186047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:48:50:1:24:24:0:0:25:25:0:0 chr4 79186171 . G A 976.13 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108976;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.114;QD=59.1593;RBI=0.0266545;REFB=0;REVB=0.024325;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10327e-05;OID=.;OPOS=79186171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr4 79205699 . T A 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.016;QD=62.7621;RBI=0.0396541;REFB=0;REVB=0.0343124;RO=0;SAF=34;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75862e-05;OID=.;OPOS=79205699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:55:34:0:0:55:34:0:0 chr4 79238649 . T C 1801.15 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501588;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.846;QD=61.0559;RBI=0.0502218;REFB=0;REVB=0.00251454;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.30289e-05;OID=.;OPOS=79238649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:59:58:0:0:59:59:0:0 chr4 79240063 . A G 1062.33 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00832098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.374;QD=59.8497;RBI=0.0481588;REFB=0;REVB=-0.0474345;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00046042;OID=.;OPOS=79240063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr4 79284694 . C T 164.07 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00292789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.836;QD=12.8685;RBI=0.00292953;REFB=-0.0150245;REVB=-9.811e-05;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111933;STB=0.565241;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0259896;OID=.;OPOS=79284694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:12:7:15:17:12:7:15:17 chr4 79300993 . G A 602.45 PASS AF=0.510638;AO=47;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0169156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4855;QD=25.6362;RBI=0.0345317;REFB=0.0191544;REVB=0.0301049;RO=28;SAF=24;SAR=23;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215155;STB=0.600386;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00864758;OID=.;OPOS=79300993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:28:31:47:48:0.510638:23:24:23:5:23:25:24:7 chr4 79372930 . C T 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0236669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.421;QD=11.2669;RBI=0.0343172;REFB=-0.00301075;REVB=-0.0248506;RO=36;SAF=15;SAR=5;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774475;STB=0.545407;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00572262;OID=.;OPOS=79372930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:5:15:25:11:5:15:25:11 chr4 79385719 . G A 781.58 PASS AF=0.513699;AO=75;DP=146;FAO=75;FDP=146;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0094848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.408;QD=21.4132;RBI=0.0139175;REFB=-0.00828319;REVB=0.010185;RO=71;SAF=30;SAR=45;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588854;STB=0.532386;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00809834;OID=.;OPOS=79385719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:71:71:75:75:0.513699:45:30:33:38:45:30:33:38 chr4 79387464 . A G 1547.4 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00660533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0207;QD=62.5211;RBI=0.00670072;REFB=0.0992748;REVB=0.00112658;RO=1;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903379;STB=0.504761;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00148792;OID=.;OPOS=79387464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:99:1:1:97:98:0.989899:52:45:0:1:52:46:0:1 chr4 79387586 . A G 100.76 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0430917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.9446;QD=8.22524;RBI=0.0482879;REFB=0.0115008;REVB=-0.0217905;RO=36;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107079;STB=0.566328;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.036057;OID=.;OPOS=79387586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:9:4:14:22:9:4:14:22 chr4 79400868 . C T 255.25 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00131061;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.856;QD=27.5946;RBI=0.00573953;REFB=-0.00719843;REVB=0.00558789;RO=14;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764437;STB=0.542336;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00460355;OID=.;OPOS=79400868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:14:14:23:23:0.621622:9:14:7:7:9:14:7:7 chr4 79437155 . C T 380.63 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.00460536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.908;QD=16.9169;RBI=0.0170088;REFB=-0.00527828;REVB=-0.0163734;RO=50;SAF=24;SAR=16;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207291;STB=0.511622;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00862227;OID=.;OPOS=79437155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:16:24:31:19:16:24:31:19 chr4 79447763 . T C 355.04 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0047784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.763;QD=16.3238;RBI=0.00478098;REFB=-0.0174367;REVB=0.000157115;RO=49;SAF=13;SAR=25;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113693;STB=0.564118;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0184982;OID=.;OPOS=79447763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:25:13:22:27:25:13:22:27 chr4 79455714 . C G 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.045756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.234;QD=16.5275;RBI=0.0561247;REFB=0.0117361;REVB=0.0325018;RO=29;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106179;STB=0.559952;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00468055;OID=.;OPOS=79455714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:14:11:16:13:14:11:16:13 chr4 79455733 . C T 226.28 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0150229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.303;QD=17.0774;RBI=0.018945;REFB=0.000952993;REVB=0.0115424;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10733;STB=0.548154;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.000706497;OID=.;OPOS=79455733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:28:24:25:0.471698:13:11:16:12:13:12:16:12 chr4 79525481 . A G 222.52 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.00112852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.748;QD=10.3498;RBI=0.00446003;REFB=-0.00274018;REVB=0.00431489;RO=57;SAF=12;SAR=16;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295769;STB=0.522169;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00465618;OID=.;OPOS=79525481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:58:28:28:0.325581:16:12:23:34:16:12:23:35 chr4 79832286 . CCTT C 169.63 PASS AF=0.435484;AO=25;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0189596;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=3;MLLD=193.415;QD=10.9438;RBI=0.0246798;REFB=-0.00663578;REVB=-0.0157996;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151217;STB=0.607996;STBP=0.152;TYPE=del;VARB=0.00729019;OID=.;OPOS=79832287;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435484:25:61:27:62:35:11:16:21:14:99:32:11:14:19:13 chr4 79832706 . C G 253.73 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00804362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.532;QD=28.1924;RBI=0.00952425;REFB=-0.0129954;REVB=0.00510015;RO=13;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215946;STB=0.618947;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0162382;OID=.;OPOS=79832706;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:13:10:10:3:13:10:10:3 chr4 79845007 . C A 363.25 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.737;QD=51.8928;RBI=0.0249321;REFB=0.0474984;REVB=0.0206809;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519985;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00014716;OID=.;OPOS=79845007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:15:12:0:0:15:12:1:0 chr4 80329343 . T C 203.34 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0631775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.037;QD=14.2696;RBI=0.0632721;REFB=-0.013742;REVB=0.00345731;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790217;STB=0.547905;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0172257;OID=.;OPOS=80329343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:33:24:24:0.421053:15:9:14:17:15:9:15:18 chr4 80827062 . T C 1347.01 PASS AF=0.956989;AO=89;DP=93;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0125354;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=327.09;QD=57.9357;RBI=0.0157731;REFB=-0.234846;REVB=-0.00957362;RO=4;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411521;STB=0.521734;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0010627;OID=.;OPOS=80827062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:93:93:4:4:89:89:0.956989:44:45:0:4:44:45:0:4 chr4 80905990 . C G 375.91 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.116;QD=55.6898;RBI=0.0516099;REFB=0;REVB=0.0410095;RO=0;SAF=23;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.66402e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544673;OID=.;OPOS=80905990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:1:23:0:0:1:26:0:0 chr4 80977078 . T G 1002.26 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255138;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6272;QD=58.9567;RBI=0.0439806;REFB=0;REVB=0.0358237;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000429681;OID=.;OPOS=80977078;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:67:68:1:31:36:0:0:31:37:0:0 chr4 81124596 . G C 2729.36 PASS AF=0.978022;AO=177;DP=182;FAO=178;FDP=182;FR=.;FRO=4;FSAF=89;FSAR=89;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0102878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0388;QD=59.9859;RBI=0.050455;REFB=-0.031823;REVB=0.049395;RO=5;SAF=89;SAR=88;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00507875;STB=0.505494;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0033266;OID=.;OPOS=81124596;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:182:182:5:4:177:178:0.978022:88:89:3:2:89:89:3:1 chr4 81207963 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.439;QD=53.9111;RBI=0.00319805;REFB=0;REVB=0.00168106;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59681e-05;OID=.;OPOS=81207963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:7:16:0:0:8:16:0:0 chr4 81529518 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.147;QD=57.2374;RBI=0.0267439;REFB=0;REVB=0.026519;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62759e-05;OID=.;OPOS=81529518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr4 81884722 . G A 1731.31 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0073863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.279;QD=60.7476;RBI=0.0081358;REFB=0;REVB=-0.00341084;RO=0;SAF=44;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91148e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06835e-05;OID=.;OPOS=81884722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:69:44:0:0:69:45:0:0 chr4 81967188 . C T 651.86 PASS AF=0.977778;AO=39;DP=40;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0764583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.844;QD=57.943;RBI=0.0776567;REFB=-0.0771582;REVB=0.0135899;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253303;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00138453;OID=.;OPOS=81967188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:45:1:1:39:44:0.977778:21:18:1:0:22:22:1:0 chr4 81974809 . T C 262.99 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.101945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.369;QD=47.8164;RBI=0.118362;REFB=-0.0374552;REVB=0.0601394;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00129463;OID=.;OPOS=81974809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:9:12:0:0:9:12:0:1 chr4 81975088 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00265463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.915;QD=51.9138;RBI=0.0296768;REFB=0;REVB=0.0295579;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442975;OID=.;OPOS=81975088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr4 81977690 . C T 668.01 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0525787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.858;QD=51.3854;RBI=0.0549029;REFB=-0.0465333;REVB=0.0158053;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.527766;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0039119;OID=.;OPOS=81977690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:0:2:48:48:0.923077:31:17:0:0:31:17:2:0 chr4 81977730 . A T 1031.77 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0282454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.103;QD=54.3039;RBI=0.0284204;REFB=-0.210461;REVB=-0.00314863;RO=1;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995774;STB=0.508819;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00274335;OID=.;OPOS=81977730;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:76:76:1:4:72:72:0.947368:47:25:0:1:47:25:2:2 chr4 83274634 . C T 167.77 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0141582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2814;QD=12.9056;RBI=0.037765;REFB=-0.0166531;REVB=-0.0350106;RO=32;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746874;STB=0.543263;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0204022;OID=.;OPOS=83274634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:12:8:15:17:12:8:15:17 chr4 83406549 . ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGA ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGA 114.86 PASS AF=0.416667,0.5;AO=3,4;DP=16;FAO=5,6;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4,1;FSAR=1,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.115772,0.00506355;FXX=0.293945;HRUN=3,0;LEN=1,6;MLLD=16.2056,173.446;QD=38.2857;RBI=0.117902,0.0779477;REFB=-0.104945,-0.0242922;REVB=-0.0223097,0.077783;RO=1;SAF=3,0;SAR=0,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.224812,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.749895;STB=0.555346,0.666027;STBP=0.649,0.127;TYPE=del,ins;VARB=0.151185,0.00306282;OID=.,.;OPOS=83406572,83406550;OREF=A,-;OALT=-,TGTGTG;OMAPALT=ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.416667,0.5:3,4:16:5,6:12:1:4,1:1,5:1:0:38:1:3,0:0,4:1:0 chr4 83551007 . G A 308.33 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0153157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.208;QD=18.4078;RBI=0.0155716;REFB=-0.0102537;REVB=0.00281168;RO=33;SAF=18;SAR=14;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206004;STB=0.61174;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0209658;OID=.;OPOS=83551007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:32:33:0.492537:14:18:11:22:14:19:12:22 chr4 83551119 . T C 139.52 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.112622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.895;QD=12.4015;RBI=0.112633;REFB=-0.00517564;REVB=0.00158241;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188739;STB=0.511097;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0139098;OID=.;OPOS=83551119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:8:8:15:14:8:8:15:14 chr4 83582064 . G T 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0136882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.164;QD=18.3439;RBI=0.0490006;REFB=-0.0157037;REVB=0.0470498;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212378;STB=0.629996;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0217431;OID=.;OPOS=83582064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:18:17:17:0.485714:8:9:13:4:8:9:14:4 chr4 83582211 . C G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00872742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.967;QD=9.91657;RBI=0.0234599;REFB=-0.00163055;REVB=-0.0217762;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340276;STB=0.702085;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00289043;OID=.;OPOS=83582211;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:13:4:5:4:13:4 chr4 83788344 . A T 982.98 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214492;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.221;QD=59.5747;RBI=0.0439293;REFB=0;REVB=0.0383369;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202673;OID=.;OPOS=83788344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr4 83792555 . C A 150.01 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00321058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.778;QD=19.3558;RBI=0.0258393;REFB=0.00575651;REVB=-0.0256391;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199849;STB=0.612769;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00629138;OID=.;OPOS=83792555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:11:4:8:8:11:4 chr4 83795806 . T C 112.09 PASS AF=0.288462;AO=12;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0460542;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.958;QD=8.6226;RBI=0.0613978;REFB=0.0241251;REVB=-0.0406043;RO=30;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162398;STB=0.533289;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.0604647;OID=.;OPOS=83795806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:37:12:15:0.288462:4:8:16:14:7:8:18:19 chr4 83838217 . G A 1305.36 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0056964;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5021;QD=62.1601;RBI=0.00952863;REFB=0;REVB=0.00763845;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002127;OID=.;OPOS=83838217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:49:35:0:0:49:35:0:0 chr4 83838262 . G T 475.31 PASS AF=0.52809;AO=42;DP=84;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00442391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.587;QD=21.3622;RBI=0.0152674;REFB=-0.0154717;REVB=0.0146124;RO=42;SAF=25;SAR=17;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171574;STB=0.569766;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0138836;OID=.;OPOS=83838262;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:89:42:42:42:47:0.52809:17:25:17:25:21:26:17:25 chr4 83839799 . A G 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.428;QD=57.2345;RBI=0.0207481;REFB=0;REVB=-0.0065898;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51989e-05;OID=.;OPOS=83839799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr4 83849057 . G A 284.64 PASS AF=0.357895;AO=32;DP=96;FAO=34;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0367882;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.6831;QD=11.9847;RBI=0.133608;REFB=-0.0185967;REVB=-0.128443;RO=48;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449333;STB=0.542144;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0368424;OID=.;OPOS=83849057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:48:61:32:34:0.357895:18:14:19:29:19:15:23:38 chr4 83900043 . A G 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.486;QD=59.5002;RBI=0.0294182;REFB=0;REVB=-0.00769683;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48064e-05;OID=.;OPOS=83900043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:45:24:0:0:45:24:0:0 chr4 84191031 . AT GC,GT 491.25 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,32;DP=34;FAO=2,32;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=2,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173431,-0.00681276;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=93.6082,64.8347;QD=57.7937;RBI=0.0452671,0.0899065;REFB=0,0;REVB=0.0418131,0.089648;RO=0;SAF=0,20;SAR=2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0194291,0.00444548;OID=.,.;OPOS=84191031,84191031;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:2,32:2,32:0.0588235,0.941176:2,12:0,20:0:0:2,12:0,20:0:0 chr4 84230619 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8937;QD=53.2753;RBI=0.0189683;REFB=0;REVB=-0.00321783;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000592994;OID=.;OPOS=84230619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr4 84353302 . A C 79.06 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00847529;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3966;QD=13.7493;RBI=0.0135951;REFB=0.0123845;REVB=0.0106299;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315376;STB=0.69532;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00430576;OID=.;OPOS=84353302;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:24:23:12:13:10:10:0.434783:5:5:2:10:5:5:2:11 chr4 84364751 . A G 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.313;QD=61.5098;RBI=0.0231139;REFB=-0.0507829;REVB=0.007652;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229399;STB=0.51219;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0024115;OID=.;OPOS=84364751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:28:20:1:0:28:20:1:0 chr4 84370091 . A G 708.38 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.954;QD=62.9672;RBI=0.0417686;REFB=0;REVB=0.0344893;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155126;OID=.;OPOS=84370091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr4 84374349 . GAAAAAAA GAAAAAA,GAAAAAAT 60.11 PASS AF=0.428571,0.190476;AO=3,4;DP=22;FAO=9,4;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8,4;FSAR=1,0;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.057599,0.0828363;FXX=0.0454339;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.48733,12.656;QD=11.4489;RBI=0.252104,0.0850394;REFB=-0.0511494,0.0251138;REVB=-0.245436,0.0192318;RO=7;SAF=3,4;SAR=0,0;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.590815,0.645224;STB=0.516092,0.995351;STBP=1,0.342;TYPE=del,snp;VARB=-0.00140612,-0.21235;OID=.,.;OPOS=84374350,84374356;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAAAAAA,GAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0.190476:3,4:22:9,4:21:8:8,4:1,0:7:1:29:7:3,4:0,0:6:1 chr4 84374480 . C T 1510.94 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8772;QD=59.8391;RBI=0.0491762;REFB=0;REVB=0.0390279;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87836e-05;OID=.;OPOS=84374480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:101:0:0:98:101:1:53:45:0:0:55:46:0:0 chr4 84376743 . A T 888.41 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0956952;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.416;QD=58.256;RBI=0.096606;REFB=0;REVB=-0.0132338;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272578;OID=.;OPOS=84376743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr4 84380955 . G T 777.7 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.764;QD=56.5598;RBI=0.024822;REFB=0;REVB=0.0143014;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17672e-05;OID=.;OPOS=84380955;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:27:28:0:0 chr4 84382552 . A T 885.42 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.286;QD=58.06;RBI=0.0140889;REFB=0;REVB=0.0067112;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04648e-05;OID=.;OPOS=84382552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:31:29:0:0:31:30:0:0 chr4 84383810 . C T 1676.28 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.978;QD=60.4065;RBI=0.0372057;REFB=0;REVB=0.034575;RO=0;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97036e-05;OID=.;OPOS=84383810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:111:0:0:108:111:1:50:58:0:0:52:59:0:0 chr4 84557407 . G C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0289018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.004;QD=12.73;RBI=0.029921;REFB=-0.00877068;REVB=-0.00774302;RO=12;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347481;STB=0.713701;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.010143;OID=.;OPOS=84557407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:1:8:8:4:1:8:8:4 chr4 85609112 . A C 206.91 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0370361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.66;QD=17.2422;RBI=0.0387038;REFB=-0.0206967;REVB=-0.0112387;RO=27;SAF=4;SAR=17;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1494;STB=0.586118;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0328439;OID=.;OPOS=85609112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:17:4:8:19:17:4:8:19 chr4 85623597 . C T 53.41 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=0.0104894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.285;QD=7.62961;RBI=0.0109092;REFB=-0.0122328;REVB=0.00299732;RO=19;SAF=7;SAR=1;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538833;STB=0.543376;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0317086;OID=.;OPOS=85623597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:19:20:8:8:0.285714:1:7:17:2:1:7:18:2 chr4 85762385 . T C 503.87 PASS AF=0.402878;AO=56;DP=139;FAO=56;FDP=139;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0195655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.464;QD=14.4999;RBI=0.0209608;REFB=-0.0142656;REVB=-0.00751964;RO=83;SAF=24;SAR=32;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571336;STB=0.532213;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0246493;OID=.;OPOS=85762385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:83:83:56:56:0.402878:32:24:40:43:32:24:40:43 chr4 86021741 . C T 873.71 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.413;QD=57.2925;RBI=0.0357363;REFB=0;REVB=0.00222293;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306697;OID=.;OPOS=86021741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:29:29:0:0:29:32:0:0 chr4 86021765 . C T 884.59 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.104733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8293;QD=55.2866;RBI=0.104776;REFB=-0.160534;REVB=0.00300483;RO=2;SAF=29;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314482;STB=0.508194;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00550843;OID=.;OPOS=86021765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:2:1:62:63:0.984375:33:29:2:0:33:30:1:0 chr4 86021967 . C T 727.36 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00228094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.382;QD=60.6129;RBI=0.0191945;REFB=0.0281279;REVB=0.0190585;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000479747;OID=.;OPOS=86021967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:0:1:47:47:0.979167:22:25:0:0:22:25:0:1 chr4 86844835 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.484;QD=57.7124;RBI=0.0340995;REFB=0;REVB=0.0338261;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29563e-05;OID=.;OPOS=86844835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr4 86915848 . T C 993.58 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510235;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6068;QD=59.3181;RBI=0.0310353;REFB=0;REVB=0.030613;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163656;OID=.;OPOS=86915848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:44:23:0:0:44:23:0:0 chr4 86915923 . G A 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.303;QD=59.4326;RBI=0.0160952;REFB=0;REVB=-0.0158193;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120251;OID=.;OPOS=86915923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr4 86922187 . A T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.964;QD=59.6795;RBI=0.0148704;REFB=0;REVB=0.0041954;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17671e-05;OID=.;OPOS=86922187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr4 87024409 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.484;QD=60.2299;RBI=0.0697988;REFB=0;REVB=0.0430446;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362977;OID=.;OPOS=87024409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr4 87809387 . G T 661.37 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189363;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.561;QD=60.1245;RBI=0.0234177;REFB=-0.124123;REVB=0.013777;RO=1;SAF=26;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177216;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00118645;OID=.;OPOS=87809387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:1:1:43:43:0.977273:17:26:1:0:17:26:1:0 chr4 87968041 . C T 330.93 PASS AF=0.48;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0414442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7779;QD=17.6498;RBI=0.0420407;REFB=-0.0255798;REVB=0.00705659;RO=39;SAF=22;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183807;STB=0.607487;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0343565;OID=.;OPOS=87968041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:39:35:36:0.48:13:22:17:22:13:23:17:22 chr4 88056925 . A G 204.5 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158796;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.056;QD=48.1175;RBI=0.0272409;REFB=-0.0306668;REVB=-0.0271946;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232678;OID=.;OPOS=88056925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr4 88057353 . G A 804.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7021;QD=64.3354;RBI=0.037097;REFB=0;REVB=-0.0246562;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000496049;OID=.;OPOS=88057353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr4 88059415 . G A 1062.25 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00626288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6466;QD=59.8449;RBI=0.0194933;REFB=0;REVB=0.0184598;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111529;OID=.;OPOS=88059415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr4 88059642 . GGTGTGTGTGT G,GGT 279.33 PASS AF=0.0606061,0.666667;AO=3,20;DP=26;FAO=2,22;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=0,6;FSAR=2,16;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0143875,0.040552;FXX=0.153807;HRUN=2,1;LEN=10,8;MLLD=214.758,284.099;QD=33.8585;RBI=0.0241404,0.0779725;REFB=0.000135933,-0.0336444;REVB=0.0193844,0.0665977;RO=0;SAF=0,6;SAR=3,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.5931e-08;STB=0.996368,0.658077;STBP=0.051,0.013;TYPE=del,del;VARB=0.0262196,0.00853518;OID=.,.;OPOS=88059643,88059643;OREF=GTGTGTGTGT,GTGTGTGT;OALT=-,-;OMAPALT=G,GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0606061,0.666667:3,20:26:2,22:33:9:0,6:2,16:7:2:70:0:0,6:3,14:0:0 chr4 88061624 . ATATAT A 153.77 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000478659;FXX=0.133244;HRUN=1;LEN=5;MLLD=168.032;QD=47.3141;RBI=0.0187854;REFB=0;REVB=0.0187793;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000612373;OID=.;OPOS=88061625;OREF=TATAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:12:13:13:0:8:5:0:0:3:0:8:4:0:0 chr4 88258483 . T C 761.12 PASS AF=0.919355;AO=56;DP=62;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0396456;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=101.943;QD=49.1043;RBI=0.0416731;REFB=-0.113661;REVB=0.0128403;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.511663;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.000955451;OID=.;OPOS=88258483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:62:62:0:5:56:57:0.919355:26:30:0:0:26:31:2:3 chr4 88308058 . G A 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.015616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9974;QD=18.1182;RBI=0.0240303;REFB=0.0139076;REVB=-0.0182646;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859637;STB=0.565962;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0220222;OID=.;OPOS=88308058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:6:12:11:8:6:12:11:9 chr4 88333389 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5128;QD=57.2023;RBI=0.0478685;REFB=0;REVB=-0.0476994;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100138;OID=.;OPOS=88333389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr4 88333400 . A T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.294;QD=56.7064;RBI=0.0817467;REFB=0;REVB=0.0816861;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248837;OID=.;OPOS=88333400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr4 88534065 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8561;QD=53.2739;RBI=0.073035;REFB=0;REVB=0.0599834;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326153;OID=.;OPOS=88534065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr4 88534235 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.292;QD=43.4861;RBI=0.0187192;REFB=0;REVB=0.00572644;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120721;OID=.;OPOS=88534235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr4 88536362 . G A 95.59 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0849492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1864;QD=34.761;RBI=0.0849931;REFB=-0.169164;REVB=-0.00273288;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533268;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0122854;OID=.;OPOS=88536362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:7:3:0:0:7:3:0:1 chr4 88536448 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0537077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.77;QD=16.1988;RBI=0.0590303;REFB=-0.0690859;REVB=0.0244961;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335094;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0237157;OID=.;OPOS=88536448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:2:1:4:1:2:1 chr4 88536451 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0252374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.688;QD=18.7673;RBI=0.126372;REFB=0.0206079;REVB=0.123826;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194334;STB=0.614989;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.000610435;OID=.;OPOS=88536451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:2:1:4:2:2:1 chr4 88536457 . T C 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0322333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.87;QD=23.3998;RBI=0.0780045;REFB=-0.0173105;REVB=0.0710331;RO=3;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226465;STB=0.631225;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00587773;OID=.;OPOS=88536457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:6:2:2:1:6:2:2:1 chr4 88583135 . A T 267.64 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00352839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.77;QD=21.8479;RBI=0.0228546;REFB=-0.025773;REVB=0.0225806;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162165;STB=0.509084;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0238174;OID=.;OPOS=88583135;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:14:11:11:13:14:11:11:13 chr4 88732531 . T C 135.0 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0243929;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4823;QD=15.8827;RBI=0.0279328;REFB=-0.0357237;REVB=0.0136098;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192548;STB=0.511096;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0179048;OID=.;OPOS=88732531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:19:15:15:0.441176:10:5:6:13:10:5:6:13 chr4 88732746 . A G 165.86 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00192455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.874;QD=15.4291;RBI=0.0139428;REFB=-0.0227884;REVB=-0.0138094;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192031;STB=0.621973;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0270627;OID=.;OPOS=88732746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:25:17:18:0.418605:7:10:10:15:7:11:10:15 chr4 88732874 . A G 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00204077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.36;QD=14.1319;RBI=0.00296648;REFB=-0.00539835;REVB=-0.00215296;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13593;STB=0.578864;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00509639;OID=.;OPOS=88732874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:8:11:14:17:8:11:14:17 chr4 88813503 . T C 1236.12 PASS AF=0.559242;AO=117;DP=210;FAO=118;FDP=211;FR=.;FRO=93;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=31;FSRR=62;FWDB=0.00424575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.474;QD=23.4335;RBI=0.0181189;REFB=-0.015028;REVB=0.0176144;RO=91;SAF=50;SAR=67;SRF=30;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814308;STB=0.541299;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0104193;OID=.;OPOS=88813503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:91:93:117:118:0.559242:67:50:30:61:68:50:31:62 chr4 88902692 . T C 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00647873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.852;QD=15.7816;RBI=0.0231442;REFB=-4.84708e-06;REVB=0.0222189;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210125;STB=0.511935;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.000301656;OID=.;OPOS=88902692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:12:17:13:10:12:17 chr4 88903789 . A G 383.96 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00349893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.258;QD=13.7128;RBI=0.0276157;REFB=-0.00363139;REVB=-0.0273931;RO=66;SAF=29;SAR=16;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141217;STB=0.576124;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00460901;OID=.;OPOS=88903789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:67:45:45:0.401786:16:29:34:32:16:29:35:32 chr4 88903853 . C T 289.31 PASS AF=0.343434;AO=34;DP=99;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.00708591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.155;QD=11.6893;RBI=0.00773595;REFB=-0.0191471;REVB=-0.003104;RO=64;SAF=15;SAR=19;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205744;STB=0.622517;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0315468;OID=.;OPOS=88903853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:65:34:34:0.343434:19:15:40:24:19:15:41:24 chr4 88921446 . G C 401.2 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00680927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5085;QD=18.8801;RBI=0.030214;REFB=0.0075792;REVB=0.0294367;RO=44;SAF=14;SAR=27;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215917;STB=0.620447;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00796308;OID=.;OPOS=88921446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:27:14:25:19:27:14:25:19 chr4 88921512 . G A 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0490459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.705;QD=17.223;RBI=0.0490759;REFB=-0.00249001;REVB=-0.00171632;RO=35;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119192;STB=0.576563;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00358939;OID=.;OPOS=88921512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:36:32:32:0.470588:22:10:15:20:22:10:16:20 chr4 89052323 . G T 326.73 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00858416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.194;QD=15.0222;RBI=0.0107279;REFB=0.0107448;REVB=0.00643434;RO=51;SAF=16;SAR=20;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476581;STB=0.526977;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.0168871;OID=.;OPOS=89052323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:20:16:25:26:20:16:25:26 chr4 89061114 . C T 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00176338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.664;QD=22.9084;RBI=0.00723523;REFB=-0.00211476;REVB=-0.00701706;RO=17;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210514;STB=0.618066;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00226693;OID=.;OPOS=89061114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:14:7:10:7:14:7:10:7 chr4 89182518 . T C 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2189;QD=59.4318;RBI=0.0289715;REFB=0;REVB=0.0263738;RO=0;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293899;OID=.;OPOS=89182518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:28:7:0:0:28:7:0:0 chr4 89300132 . GCCCCG GCCC,GCCCG 35.72 PASS AF=0.0454545,0.409091;AO=3,5;DP=22;FAO=1,9;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=1,8;FSAR=0,1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.187505,-0.170809;FXX=0.0434594;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=20.834,12.9955;QD=6.49479;RBI=0.231127,0.179624;REFB=0.00861803,-0.0719969;REVB=-0.135134,0.055579;RO=9;SAF=2,5;SAR=1,0;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.23456,0.739778;STB=0.990896,0.830316;STBP=0.273,0.019;TYPE=del,del;VARB=-0.103731,0.096007;OID=.,.;OPOS=89300136,89300133;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0454545,0.409091:3,5:22:1,9:22:12:1,8:0,1:5:7:30:9:2,5:1,0:4:5 chr4 89311962 . T C 1471.38 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.025;QD=61.953;RBI=0.0172679;REFB=-0.0347025;REVB=0.00322833;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000642269;OID=.;OPOS=89311962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:0:1:93:94:0.989474:47:46:0:0:47:47:1:0 chr4 89319296 . T C 219.9 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3101;QD=48.8659;RBI=0.0697203;REFB=0;REVB=0.0687952;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223233;OID=.;OPOS=89319296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:7:11:0:0 chr4 89397091 . A G 1548.48 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.298;QD=63.8549;RBI=0.0252683;REFB=0;REVB=0.0206705;RO=0;SAF=36;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112524;OID=.;OPOS=89397091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:60:36:0:0:61:36:0:0 chr4 89415396 . T C 1121.56 PASS AF=0.950617;AO=76;DP=80;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0453757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5044;QD=55.3858;RBI=0.04603;REFB=-0.00453238;REVB=0.00773351;RO=4;SAF=40;SAR=36;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045;STB=0.523803;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00243474;OID=.;OPOS=89415396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:80:81:4:4:76:77:0.950617:36:40:4:0:37:40:4:0 chr4 89443162 . G A 210.03 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0850754;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.936;QD=15.558;RBI=0.0859083;REFB=-0.000769846;REVB=0.0119332;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354698;STB=0.537006;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.000283763;OID=.;OPOS=89443162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:26:30:24:24:0.444444:12:12:12:14:12:12:13:17 chr4 89504991 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.812;QD=58.1415;RBI=0.0254226;REFB=0;REVB=0.0182059;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2432e-06;OID=.;OPOS=89504991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr4 89505014 . CA AT 291.4 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361988;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=2;MLLD=267.232;QD=52.981;RBI=0.0378823;REFB=0;REVB=0.0111679;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.35913e-05;OID=.;OPOS=89505014;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:21:22:1:15:6:0:0:15:7:0:0 chr4 89577214 . A T 1549.18 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.223;QD=63.8835;RBI=0.0437726;REFB=0;REVB=-0.00316732;RO=0;SAF=29;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6894e-05;OID=.;OPOS=89577214;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:68:29:0:0:68:29:0:0 chr4 89617387 . A G 1339.25 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.858;QD=62.2909;RBI=0.0119101;REFB=0;REVB=0.00578448;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29081e-05;OID=.;OPOS=89617387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:35:51:0:0:35:51:0:0 chr4 89618837 . T C 519.48 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.832;QD=59.3693;RBI=0.01763;REFB=0;REVB=0.0102411;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89545e-05;OID=.;OPOS=89618837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr4 89619276 . A G 987.53 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038848;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.833;QD=59.85;RBI=0.0479263;REFB=0;REVB=0.0280672;RO=0;SAF=7;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155256;OID=.;OPOS=89619276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:59:7:0:0:59:7:0:0 chr4 89647798 . AAC AAA,AA,A 418.59 PASS AF=0,0,1;AO=11,6,15;DP=37;FAO=0,0,31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,18;FSAR=0,0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00843406,-0.00504858,-0.00141457;FXX=0.0605877;HRUN=1,1,7;LEN=1,1,2;MLLD=261.172,268.486,275.144;QD=54.011;RBI=0.023232,0.0225457,0.0219865;REFB=0,0,0;REVB=0.021647,0.0219732,0.0219409;RO=0;SAF=3,4,9;SAR=8,2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,-0.0186321,0.000361474;OID=.,.,.;OPOS=89647800,89647800,89647799;OREF=C,C,AC;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1:11,6,15:37:0,0,31:31:0:0,0,18:0,0,13:0:0:4:0:3,4,9:8,2,6:0:0 chr4 89670155 . C T 1571.85 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00435894;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.754;QD=64.1571;RBI=0.00757;REFB=0;REVB=0.00618906;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15391e-06;OID=.;OPOS=89670155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:57:41:0:0:57:41:0:0 chr4 90168415 . A T 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.020952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.537;QD=20.6013;RBI=0.0232227;REFB=-0.0180828;REVB=0.0100154;RO=19;SAF=16;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291795;STB=0.666481;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00809654;OID=.;OPOS=90168415;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:4:16:10:9:4:16:10:9 chr4 90168566 . C A 338.17 PASS AF=0.522388;AO=33;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0389241;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.418;QD=20.1895;RBI=0.0389895;REFB=-0.0343582;REVB=-0.00225811;RO=33;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027484;STB=0.538045;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00893796;OID=.;OPOS=90168566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:32:33:35:0.522388:18:15:14:19:18:17:13:19 chr4 90168572 . C T 301.22 PASS AF=0.516129;AO=30;DP=60;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0206077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9926;QD=19.4333;RBI=0.0260407;REFB=-0.0495099;REVB=-0.0159198;RO=30;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502048;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0384196;OID=.;OPOS=90168572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:30:30:30:32:0.516129:17:13:13:17:18:14:13:17 chr4 90169925 . A G 248.59 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00356816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.715;QD=25.4965;RBI=0.00460341;REFB=-0.0209273;REVB=0.00290855;RO=16;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332028;STB=0.684523;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.018031;OID=.;OPOS=90169925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:16:7:12:4:16:7:12:4 chr4 90874879 . T C 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0791803;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.558;QD=56.2289;RBI=0.0802005;REFB=0;REVB=0.0127514;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302445;OID=.;OPOS=90874879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr4 91291407 . C T 1443.71 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187321;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.006;QD=63.4596;RBI=0.0256927;REFB=0;REVB=0.0175847;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288067;OID=.;OPOS=91291407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:91:91:1:40:51:0:0:40:51:0:0 chr4 91584992 . A G 1785.6 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.46;QD=61.0461;RBI=0.0319059;REFB=0;REVB=0.00821644;RO=0;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71664e-05;OID=.;OPOS=91584992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:59:58:0:0:59:58:0:0 chr4 91585060 . A T 1246.77 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.507;QD=61.569;RBI=0.0647277;REFB=0;REVB=0.062837;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0648e-05;OID=.;OPOS=91585060;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:42:38:0:0:43:38:0:0 chr4 92240278 . A T 2015.21 PASS AF=0.978723;AO=83;DP=142;FAO=138;FDP=141;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=59;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0141851;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.1926;QD=57.169;RBI=0.135945;REFB=-0.13249;REVB=0.135203;RO=2;SAF=39;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134667;STB=0.501057;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.021427;OID=.;OPOS=92240278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:142:141:2:2:83:138:0.978723:44:39:1:1:79:59:1:1 chr4 92240802 . C T 877.18 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207973;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6835;QD=58.4785;RBI=0.0335095;REFB=0;REVB=-0.0262747;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326443;OID=.;OPOS=92240802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:60:0:0:60:60:1:21:39:0:0:21:39:0:0 chr4 92246344 . G A 2283.98 PASS AF=0.987013;AO=152;DP=154;FAO=152;FDP=154;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0369581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.497;QD=59.3241;RBI=0.0475394;REFB=-0.07549;REVB=0.0299014;RO=2;SAF=85;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01106;STB=0.505813;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000736695;OID=.;OPOS=92246344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:154:154:2:2:152:152:0.987013:67:85:2:0:67:85:2:0 chr4 94316763 . T G 1405.68 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00346855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3913;QD=60.4594;RBI=0.0115481;REFB=-0.023041;REVB=0.0110149;RO=1;SAF=58;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0081035;STB=0.503189;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00142402;OID=.;OPOS=94316763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:93:1:2:91:91:0.978495:33:58:1:0:33:58:1:1 chr4 94411809 . G A 1942.93 PASS AF=0.425447;AO=212;DP=504;FAO=214;FDP=503;FR=.;FRO=289;FSAF=122;FSAR=92;FSRF=188;FSRR=101;FWDB=0.00252428;FXX=0.00396032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.053;QD=15.4507;RBI=0.0131358;REFB=-0.00970364;REVB=0.012891;RO=287;SAF=121;SAR=91;SRF=187;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867484;STB=0.547762;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0152212;OID=.;OPOS=94411809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:504:503:287:289:212:214:0.425447:91:121:187:100:92:122:188:101 chr4 95134165 . C G 730.0 PASS AF=1;AO=32;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.632;QD=63.4785;RBI=0.0268768;REFB=0;REVB=0.0243203;RO=0;SAF=27;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317511;OID=.;OPOS=95134165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:32:46:1:5:27:0:0:18:28:0:0 chr4 95169682 . G T 871.04 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0163696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6776;QD=56.196;RBI=0.047245;REFB=-0.0120484;REVB=0.0443185;RO=1;SAF=26;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178082;STB=0.509431;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00207814;OID=.;OPOS=95169682;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:35:26:1:0:35:26:1:0 chr4 95170839 . G A 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.626;QD=59.3219;RBI=0.0494983;REFB=0;REVB=0.0400992;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33956e-05;OID=.;OPOS=95170839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr4 95173779 . T C 545.17 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0606;QD=57.3864;RBI=0.0372875;REFB=0.0424328;REVB=0.0257423;RO=1;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374231;STB=0.519989;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.000597831;OID=.;OPOS=95173779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:12:25:0:1:12:25:0:1 chr4 95186055 . A G 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00714076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.515;QD=57.0313;RBI=0.0142215;REFB=0.0764944;REVB=-0.0122988;RO=1;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160106;STB=0.508472;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0016156;OID=.;OPOS=95186055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:29:36:0:1:29:36:0:1 chr4 95197520 . C T 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.42;QD=58.7788;RBI=0.0202849;REFB=0;REVB=-8.16637e-05;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.93588e-05;OID=.;OPOS=95197520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr4 95211610 . T C 392.79 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0326842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.798;QD=50.682;RBI=0.041787;REFB=-0.184172;REVB=-0.0260364;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503368;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00205512;OID=.;OPOS=95211610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:31:31:0:2:29:29:0.935484:13:16:0:0:13:16:1:1 chr4 95503902 . T C 685.81 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0249481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4846;QD=58.3671;RBI=0.0303529;REFB=0.0381916;REVB=0.0172885;RO=2;SAF=18;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00830737;STB=0.504423;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00677434;OID=.;OPOS=95503902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:27:18:1:1:27:18:1:1 chr4 95531417 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.911;QD=58.2396;RBI=0.0485764;REFB=0;REVB=0.0143201;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133031;OID=.;OPOS=95531417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr4 95539267 . G A 1190.04 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.525;QD=61.0279;RBI=0.0211666;REFB=0;REVB=0.0104508;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7607e-05;OID=.;OPOS=95539267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr4 95561459 . A G 581.08 PASS AF=0.931818;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0308212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.425;QD=52.825;RBI=0.0602867;REFB=-0.0100665;REVB=0.0518125;RO=4;SAF=14;SAR=26;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116667;STB=0.545432;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=9.3623e-05;OID=.;OPOS=95561459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:4:3:40:41:0.931818:26:14:4:0:26:15:3:0 chr4 95578588 . G A 1432.8 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7639;QD=62.9803;RBI=0.00921769;REFB=0;REVB=0.00439889;RO=0;SAF=55;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63221e-05;OID=.;OPOS=95578588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:36:55:0:0:36:55:0:0 chr4 95587587 . T C 1389.33 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337984;FXX=0.0217368;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.7099;QD=61.7481;RBI=0.0516762;REFB=0.0956954;REVB=-0.0390909;RO=1;SAF=43;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108942;STB=0.505746;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000849584;OID=.;OPOS=95587587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:46:43:1:0:46:43:1:0 chr4 96075965 . C T 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.054;QD=62.6146;RBI=0.0425103;REFB=0;REVB=0.0414802;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87045e-05;OID=.;OPOS=96075965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr4 96106322 . A G 1607.13 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000196319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.437;QD=64.2851;RBI=0.017084;REFB=0;REVB=0.0170829;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35997e-05;OID=.;OPOS=96106322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:54:45:0:0:54:46:0:0 chr4 96123981 . C T 1177.03 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020995;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7049;QD=61.1446;RBI=0.0232405;REFB=0;REVB=0.00996641;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162811;OID=.;OPOS=96123981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chr4 96127869 . T G 743.01 PASS AF=1;AO=45;DP=49;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.508;QD=56.0761;RBI=0.111547;REFB=0;REVB=0.107336;RO=0;SAF=35;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257976;OID=.;OPOS=96127869;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:53:0:0:45:53:1:10:35:0:0:11:42:0:0 chr4 96256616 . A G 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0818813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6216;QD=60.2019;RBI=0.082072;REFB=0;REVB=0.00559272;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000746993;OID=.;OPOS=96256616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr4 96256673 . G A 1032.68 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00383282;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.204;QD=58.1789;RBI=0.0145463;REFB=-0.0981826;REVB=-0.0140322;RO=1;SAF=34;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137031;STB=0.507244;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00181794;OID=.;OPOS=96256673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:36:34:1:0:36:34:1:0 chr4 97270063 . C A 177.84 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0207558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.708;QD=14.82;RBI=0.039395;REFB=-0.0177199;REVB=-0.0334838;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321382;STB=0.599025;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0193491;OID=.;OPOS=97270063;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:29:19:19:0.395833:8:11:12:10:8:11:12:17 chr4 98893437 . A G 129.39 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00620181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.192;QD=12.939;RBI=0.0348315;REFB=-0.0270176;REVB=-0.034275;RO=25;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077181;STB=0.545393;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0488532;OID=.;OPOS=98893437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:5:10:15:10:5:10:15:10 chr4 98893476 . C T 221.8 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0106369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.884;QD=18.4836;RBI=0.0237931;REFB=-0.010282;REVB=0.021283;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939972;STB=0.541629;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0133368;OID=.;OPOS=98893476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:11:11:15:10:11:11:15:11 chr4 99802070 . A C 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00459323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.515;QD=22.5856;RBI=0.00638693;REFB=-0.00808207;REVB=-0.00443792;RO=6;SAF=9;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364473;STB=0.710095;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00343363;OID=.;OPOS=99802070;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:2:9:2:4:2:9:2:4 chr4 99850126 . A G 182.84 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0140231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1696;QD=11.7964;RBI=0.0359715;REFB=-0.00293482;REVB=-0.0331256;RO=35;SAF=6;SAR=17;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341238;STB=0.685929;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00665056;OID=.;OPOS=99850126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:39:23:23:0.370968:17:6:20:15:17:6:21:18 chr4 100045574 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.932;QD=55.0974;RBI=0.0250052;REFB=0;REVB=0.0244998;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212888;OID=.;OPOS=100045574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr4 100045616 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.897;QD=53.277;RBI=0.0432681;REFB=0;REVB=-0.040769;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000399399;OID=.;OPOS=100045616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr4 100045647 . A G 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.182;QD=50.4089;RBI=0.0416443;REFB=0;REVB=0.0384973;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443454;OID=.;OPOS=100045647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr4 100048414 . T C 1063.3 PASS AF=1;AO=58;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018842;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.508;QD=59.072;RBI=0.0584108;REFB=0;REVB=0.0552883;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100127;OID=.;OPOS=100048414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:58:72:1:25:33:0:0:28:44:0:0 chr4 100052733 . C A 409.09 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.793;QD=56.4267;RBI=0.00987892;REFB=0;REVB=0.00373423;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95514e-05;OID=.;OPOS=100052733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:27:29:1:11:16:0:0:13:16:0:0 chr4 100062819 . A G 883.73 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.291;QD=57.9498;RBI=0.031572;REFB=0;REVB=0.0287816;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23096e-05;OID=.;OPOS=100062819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:28:31:0:0:29:32:0:0 chr4 100064247 . G T 1125.37 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2595;QD=60.0199;RBI=0.0688821;REFB=0;REVB=-0.0217906;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024807;OID=.;OPOS=100064247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:73:75:1:29:44:0:0:29:46:0:0 chr4 100064305 . C G 1142.41 PASS AF=0.97561;AO=74;DP=77;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00765529;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.286;QD=55.7275;RBI=0.0142448;REFB=-0.0271325;REVB=0.0120129;RO=1;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160326;STB=0.50362;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00892172;OID=.;OPOS=100064305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:82:1:2:74:80:0.97561:29:45:0:1:29:51:1:1 chr4 100131618 . A C 67.75 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00759987;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.959;QD=10.4227;RBI=0.00796262;REFB=-0.00517765;REVB=0.002376;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277675;STB=0.666325;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0110413;OID=.;OPOS=100131618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:27:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:12:5:5:4:12:5 chr4 100140306 . A T 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00179543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.363;QD=56.9985;RBI=0.036634;REFB=0;REVB=0.03659;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245363;OID=.;OPOS=100140306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr4 100235053 . A G 2049.28 PASS AF=0.992481;AO=129;DP=131;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0142516;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5624;QD=61.6326;RBI=0.0209856;REFB=0.00999911;REVB=-0.0154041;RO=2;SAF=66;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000337527;STB=0.503816;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.000312662;OID=.;OPOS=100235053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:133:2:1:129:132:0.992481:63:66:1:1:65:67:0:1 chr4 100239319 . T C 576.67 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0223075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3397;QD=21.358;RBI=0.0405718;REFB=-0.00239193;REVB=0.0338888;RO=50;SAF=29;SAR=29;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337155;STB=0.518512;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00213991;OID=.;OPOS=100239319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:50:58:58:0.537037:29:29:27:23:29:29:27:23 chr4 100260746 . C T 251.14 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0218308;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9093;QD=16.7425;RBI=0.0588665;REFB=-0.0318802;REVB=-0.0546688;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00424893;STB=0.502391;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0233502;OID=.;OPOS=100260746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:32:32:28:28:0.466667:15:13:15:17:15:13:15:17 chr4 100266133 . T C 714.23 PASS AF=0.475;AO=75;DP=159;FAO=76;FDP=160;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=-0.0253409;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.045;QD=17.8558;RBI=0.0326561;REFB=-0.026327;REVB=0.0205976;RO=84;SAF=26;SAR=49;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218773;STB=0.615547;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0456229;OID=.;OPOS=100266133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:84:84:75:76:0.475:49:26:48:36:49:27:48:36 chr4 100268190 . A C 1940.83 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0372756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3776;QD=60.651;RBI=0.0397314;REFB=-0.0299289;REVB=-0.0137519;RO=0;SAF=73;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43441e-08;STB=0.503355;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000705391;OID=.;OPOS=100268190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:128:0:1:126:127:0.992188:53:73:0:0:53:74:1:0 chr4 100356179 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00279878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.799;QD=14.7422;RBI=0.0223676;REFB=-0.0128718;REVB=0.0221918;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152274;STB=0.588131;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.016156;OID=.;OPOS=100356179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:10:7:14:11:10:7:14:11 chr4 100443720 . G A 284.06 PASS AF=0.383721;AO=32;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0355309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.207;QD=13.2121;RBI=0.0535416;REFB=0.00614921;REVB=-0.0400532;RO=54;SAF=13;SAR=19;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837016;STB=0.56071;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00740154;OID=.;OPOS=100443720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:53:32:33:0.383721:19:13:26:28:20:13:26:27 chr4 100443782 . T C 194.6 PASS AF=0.403226;AO=23;DP=60;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.031187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.492;QD=12.5548;RBI=0.0457744;REFB=-0.048995;REVB=0.0335062;RO=37;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216043;STB=0.615293;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0656425;OID=.;OPOS=100443782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:37:37:23:25:0.403226:14:9:22:15:15:10:22:15 chr4 100443784 . C G 148.75 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0388394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.547;QD=9.59643;RBI=0.0391946;REFB=-0.0406175;REVB=-0.00526484;RO=37;SAF=9;SAR=11;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159482;STB=0.565851;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0251463;OID=.;OPOS=100443784;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:42:20:20:0.322581:11:9:22:15:11:9:23:19 chr4 100443800 . G A 231.87 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0503142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3866;QD=14.722;RBI=0.0519058;REFB=0.016427;REVB=-0.0127549;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13914;STB=0.578889;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0200144;OID=.;OPOS=100443800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:15:12:21:15:15:12:21:15 chr4 100457117 . A ACAGT,T 363.09 PASS AF=0.515625,0.078125;AO=32,3;DP=63;FAO=33,5;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=25,5;FSAR=8,0;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0213654,-0.0260316;FXX=0.0153822;HRUN=1,2;LEN=4,1;MLLD=199.766,156.615;QD=22.6934;RBI=0.0213706,0.027396;REFB=-0.0101443,-0.004113;REVB=0.000473783,0.00853792;RO=27;SAF=24,3;SAR=8,0;SRF=13;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.25214,0.567561;STB=0.65002,0.997812;STBP=0.017,0.021;TYPE=ins,snp;VARB=0.00574999,-0.0557181;OID=.,.;OPOS=100457118,100457117;OREF=-,A;OALT=CAGT,T;OMAPALT=ACAGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:27:26:32,3:33,5:0.515625,0.078125:8,0:24,3:13:14:8,0:25,5:12:14 chr4 100485255 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.00374898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.654;QD=18.249;RBI=0.0218662;REFB=-0.00631515;REVB=0.0215424;RO=12;SAF=11;SAR=2;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126337;STB=0.57133;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00507216;OID=.;OPOS=100485255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:2:11:11:1:2:11:11:1 chr4 100504664 . T C 239.52 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0154282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7719;QD=11.9757;RBI=0.0203689;REFB=-0.00188348;REVB=-0.0132989;RO=47;SAF=18;SAR=11;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210452;STB=0.643854;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00176589;OID=.;OPOS=100504664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:51:29:29:0.3625:11:18:20:27:11:18:20:31 chr4 100784980 . C T 307.38 PASS AF=0.613636;AO=26;DP=43;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0176468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.668;QD=27.9437;RBI=0.0178283;REFB=-0.0197476;REVB=-0.00253727;RO=17;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240878;STB=0.507241;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0085523;OID=.;OPOS=100784980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:17:17:26:27:0.613636:10:16:11:6:10:17:11:6 chr4 100805207 . C A 1167.46 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.124;QD=59.1117;RBI=0.0107582;REFB=-0.06913;REVB=0.010278;RO=1;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106357;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280807;OID=.;OPOS=100805207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:79:79:1:0:77:79:1:44:33:0:1:45:34:0:0 chr4 101368661 . A G 154.11 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0256365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.609;QD=14.6772;RBI=0.03213;REFB=-0.0191364;REVB=-0.0193677;RO=25;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322092;STB=0.688236;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.042243;OID=.;OPOS=101368661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:4:13:12:13:4:13:12:13 chr4 101401161 . TAAC T 361.66 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.000389499;FXX=0.0161277;HRUN=2;LEN=3;MLLD=236.992;QD=11.8579;RBI=0.00133882;REFB=0.00373847;REVB=0.00128091;RO=60;SAF=26;SAR=30;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141499;STB=0.568158;STBP=0.165;TYPE=del;VARB=-0.00423497;OID=.;OPOS=101401162;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459016:56:122:56:122:66:26:30:39:27:99:60:26:30:37:23 chr4 102251501 . T C 335.95 PASS AF=0.35;AO=42;DP=120;FAO=42;FDP=120;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0138866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4812;QD=11.1984;RBI=0.055347;REFB=-0.0101632;REVB=0.0535766;RO=77;SAF=18;SAR=24;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149021;STB=0.513311;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0275212;OID=.;OPOS=102251501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:77:78:42:42:0.35:24:18:34:43:24:18:35:43 chr4 102751276 . C T 468.18 PASS AF=0.555556;AO=44;DP=80;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=7.93758e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.829;QD=23.1199;RBI=0.0401848;REFB=-0.00558858;REVB=-0.0401848;RO=36;SAF=22;SAR=22;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113695;STB=0.566473;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0056374;OID=.;OPOS=102751276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:36:36:44:45:0.555556:22:22:23:13:23:22:23:13 chr4 102839287 . G A 415.33 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0553399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1185;QD=19.3178;RBI=0.0553622;REFB=-0.00882804;REVB=0.00157067;RO=44;SAF=22;SAR=20;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621196;STB=0.534505;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00925988;OID=.;OPOS=102839287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:20:22:26:18:20:22:26:18 chr4 102965043 . T C 716.03 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328438;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.825;QD=57.2822;RBI=0.012898;REFB=0;REVB=-0.0124728;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72742e-05;OID=.;OPOS=102965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr4 103514658 . T C 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00875672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.099;QD=56.9977;RBI=0.0154741;REFB=0;REVB=0.012758;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38286e-05;OID=.;OPOS=103514658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:16:38:0:0:16:38:0:0 chr4 103555992 . A G 1496.42 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.426;QD=63.0072;RBI=0.0611066;REFB=0;REVB=-0.041524;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000416459;OID=.;OPOS=103555992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:41:53:0:0:42:53:0:0 chr4 103557077 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.58;QD=60.61;RBI=0.0219622;REFB=0;REVB=0.0191002;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52344e-05;OID=.;OPOS=103557077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr4 103808862 . T C 100.8 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.01035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.955;QD=8.2283;RBI=0.0407121;REFB=-0.00977996;REVB=-0.0393746;RO=36;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174106;STB=0.607935;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0295544;OID=.;OPOS=103808862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:4:9:20:16:4:9:20:16 chr4 103866480 . G A 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0269095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.11;QD=19.3703;RBI=0.0341562;REFB=-0.0131301;REVB=-0.0210362;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142319;STB=0.580547;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00819609;OID=.;OPOS=103866480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:5:10:8:8:5:10 chr4 103911069 . C A 457.62 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00757763;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.931;QD=55.4695;RBI=0.00877686;REFB=-0.0808107;REVB=-0.00442864;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00303714;OID=.;OPOS=103911069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:0:1:32:32:0.969697:18:14:0:0:18:14:1:0 chr4 103964529 . A C 242.4 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0071916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.868;QD=12.5923;RBI=0.0150273;REFB=-0.00726841;REVB=-0.0131947;RO=48;SAF=15;SAR=14;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413156;STB=0.523708;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0123321;OID=.;OPOS=103964529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:14:15:23:25:14:15:23:25 chr4 104000922 . T C 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00483887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1143;QD=6.7874;RBI=0.0310512;REFB=-0.0214639;REVB=-0.0306719;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821548;STB=0.548267;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0556479;OID=.;OPOS=104000922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:21:23:8:8:0.258065:4:4:12:9:4:4:13:10 chr4 104012930 . A T 242.14 PASS AF=0.309278;AO=27;DP=97;FAO=30;FDP=97;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0220099;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.268;QD=9.985;RBI=0.0224861;REFB=-0.00430899;REVB=0.00460278;RO=67;SAF=15;SAR=12;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935059;STB=0.585005;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00930189;OID=.;OPOS=104012930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:67:67:27:30:0.309278:12:15:32:35:12:18:32:35 chr4 104013796 . T C 229.09 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00893747;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.251;QD=17.6226;RBI=0.0103052;REFB=-0.00755025;REVB=0.00513008;RO=27;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116764;STB=0.565863;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00789625;OID=.;OPOS=104013796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:27:25:25:0.480769:16:9:13:14:16:9:13:14 chr4 104061993 . C G 493.48 PASS AF=0.432;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0138253;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.567;QD=15.7915;RBI=0.0138257;REFB=-0.0106363;REVB=-0.000101535;RO=69;SAF=38;SAR=16;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212287;STB=0.641765;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0208547;OID=.;OPOS=104061993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:69:71:54:54:0.432:16:38:35:34:15:39:35:36 chr4 104062223 . C T 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.000733833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.463;QD=22.7947;RBI=0.00660853;REFB=0.00132082;REVB=-0.00656766;RO=21;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726545;STB=0.540507;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.0013087;OID=.;OPOS=104062223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:14:10:7:14:14:10:7:14 chr4 104082349 . C T 490.73 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.010346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.117;QD=22.3059;RBI=0.0238718;REFB=-0.0092055;REVB=-0.0215133;RO=39;SAF=22;SAR=25;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266951;STB=0.513613;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00513346;OID=.;OPOS=104082349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:41:47:47:0.534091:25:22:17:22:25:22:18:23 chr4 106159644 . T A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437694;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=327.105;QD=49.5992;RBI=0.0437695;REFB=0;REVB=3.96741e-05;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17988e-05;OID=.;OPOS=106159644;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr4 106317429 . C G 650.66 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.362;QD=61.9676;RBI=0.0365875;REFB=0;REVB=0.0262202;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191185;OID=.;OPOS=106317429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:40:42:1:26:14:0:0:27:15:0:0 chr4 106328200 . A G 124.13 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.759;QD=41.378;RBI=0.0335811;REFB=0;REVB=0.0335422;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253466;OID=.;OPOS=106328200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:7:5:0:0 chr4 106474096 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.908;QD=56.9378;RBI=0.00769926;REFB=0;REVB=-0.00641796;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.46787e-06;OID=.;OPOS=106474096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr4 106861730 . A G 765.99 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0929399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.08;QD=61.2793;RBI=0.0934452;REFB=-0.0342279;REVB=-0.00970539;RO=1;SAF=19;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241145;STB=0.51219;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000775019;OID=.;OPOS=106861730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:48:49:0.98:29:19:1:0:29:20:1:0 chr4 106924931 . G A 315.74 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0355451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.005;QD=17.5411;RBI=0.0404068;REFB=-0.00905998;REVB=-0.0192159;RO=38;SAF=19;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192877;STB=0.510791;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0098406;OID=.;OPOS=106924931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:15:19:22:16:15:19:22:16 chr4 107152882 . T A 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0052202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.277;QD=24.8187;RBI=0.00720678;REFB=-0.0281182;REVB=0.00496862;RO=18;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112762;STB=0.56245;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0126359;OID=.;OPOS=107152882;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:10:14:13:5:10:14:13:5 chr4 107168431 . G C 785.13 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1561;QD=57.1002;RBI=0.0347368;REFB=0;REVB=0.0316984;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156207;OID=.;OPOS=107168431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:38:16:0:0:39:16:0:0 chr4 107249244 . C G 831.6 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324119;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.524;QD=57.3517;RBI=0.0350888;REFB=0;REVB=0.0134422;RO=0;SAF=16;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66081e-05;OID=.;OPOS=107249244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:41:16:0:0:42:16:0:0 chr4 107288449 . G A 1399.82 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198266;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.898;QD=62.913;RBI=0.0313083;REFB=0;REVB=0.0242305;RO=0;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30715e-05;OID=.;OPOS=107288449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:34:55:0:0:34:55:0:0 chr4 107956663 . C A 575.37 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0472014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0871;QD=19.6708;RBI=0.0472372;REFB=0.02067;REVB=0.0018396;RO=58;SAF=38;SAR=21;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717608;STB=0.539659;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.017862;OID=.;OPOS=107956663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:59:59:0.504274:21:38:33:25:21:38:33:25 chr4 108356274 . G A 79.38 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0141707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8275;QD=15.876;RBI=0.0245136;REFB=0.00716055;REVB=-0.0200026;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858363;STB=0.549901;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00522327;OID=.;OPOS=108356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:4:6:5:5:4:6 chr4 108575989 . G A 646.72 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0746031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.126;QD=21.5573;RBI=0.0746222;REFB=-0.0295179;REVB=0.0016896;RO=56;SAF=33;SAR=31;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171055;STB=0.509387;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0252206;OID=.;OPOS=108575989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:56:56:64:64:0.533333:31:33:30:26:31:33:30:26 chr4 108641300 . T C 779.11 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022353;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.19;QD=54.6745;RBI=0.0366379;REFB=-0.0477868;REVB=-0.0290289;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165384;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492272;OID=.;OPOS=108641300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:1:0:55:57:1:27:28:1:0:27:30:0:0 chr4 108641317 . G A 222.44 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0888159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.096;QD=16.7882;RBI=0.0890285;REFB=-0.0401646;REVB=-0.00614843;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520842;STB=0.548154;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0688945;OID=.;OPOS=108641317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:27:28:24:25:0.471698:12:12:12:15:12:13:12:16 chr4 108931039 . T C 802.7 PASS AF=0.966667;AO=55;DP=57;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.102845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4935;QD=53.5136;RBI=0.106038;REFB=0.0111553;REVB=0.0258245;RO=2;SAF=21;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825585;STB=0.502958;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00300452;OID=.;OPOS=108931039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:57:60:2:2:55:58:0.966667:34:21:1:1:34:24:1:1 chr4 109478108 . C G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00715637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4657;QD=61.6838;RBI=0.0121264;REFB=0;REVB=-0.00978958;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258487;OID=.;OPOS=109478108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr4 109541499 . C T 1783.42 PASS AF=1;AO=101;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4594;QD=59.9468;RBI=0.167838;REFB=0;REVB=0.0901853;RO=0;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179178;OID=.;OPOS=109541499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:119:119:0:0:101:119:1:60:41:0:0:68:51:0:0 chr4 109541603 . T A 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.765;QD=57.1931;RBI=0.0375068;REFB=0;REVB=0.00576199;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164791;OID=.;OPOS=109541603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:24:6:0:0:24:6:0:0 chr4 109674116 . A G 264.63 PASS AF=0.531915;AO=23;DP=45;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0249299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.374;QD=22.5213;RBI=0.0255299;REFB=-0.0264005;REVB=0.00550202;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13598;STB=0.549448;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0240477;OID=.;OPOS=109674116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:22:22:23:25:0.531915:9:14:10:12:11:14:10:12 chr4 109677604 . C T 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.002133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.95;QD=17.4901;RBI=0.0190189;REFB=-0.0146325;REVB=-0.0188989;RO=30;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00220455;STB=0.501237;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0160108;OID=.;OPOS=109677604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:13:15:16:14:13:15:16:14 chr4 109735133 . T C 119.55 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.009887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.1;QD=13.6624;RBI=0.0314744;REFB=-0.0240022;REVB=0.0298811;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221272;STB=0.602361;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0303838;OID=.;OPOS=109735133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:21:14:14:0.4:5:9:8:11:5:9:10:11 chr4 109745336 . T G 456.37 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00910137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.542;QD=57.0457;RBI=0.0132855;REFB=0;REVB=-0.00967829;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166263;OID=.;OPOS=109745336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:17:15:0:0 chr4 109769899 . C T 1484.17 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00277278;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.366;QD=59.9665;RBI=0.0121199;REFB=0;REVB=-0.0117985;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.80295e-05;OID=.;OPOS=109769899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:52:47:0:0:52:47:0:0 chr4 109969337 . G T 594.02 PASS AF=0.87037;AO=47;DP=55;FAO=47;FDP=54;FR=.;FRO=7;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.012861;FXX=0.0181785;HRUN=6;LEN=1;MLLD=176.634;QD=44.0014;RBI=0.020285;REFB=-0.000811405;REVB=0.0156868;RO=7;SAF=33;SAR=14;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114439;STB=0.561298;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-2.31903e-06;OID=.;OPOS=109969337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:54:7:7:47:47:0.87037:14:33:2:5:14:33:2:5 chr4 109969338 . G T 30.37 PASS AF=0.109091;AO=5;DP=54;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.0267145;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=56.1231;QD=2.20903;RBI=0.0316641;REFB=-0.0190199;REVB=0.0169985;RO=49;SAF=1;SAR=4;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505964;STB=0.790414;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0410329;OID=.;OPOS=109969338;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:55:49:49:5:6:0.109091:4:1:34:15:4:2:34:15 chr4 110581363 . T A 193.59 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=0.0266767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0235;QD=16.8341;RBI=0.0296912;REFB=-0.00582938;REVB=-0.0130353;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385517;STB=0.716203;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00753773;OID=.;OPOS=110581363;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:9:11:4:22:9:11:4:22 chr4 110603784 . T C 210.69 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0414307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.998;QD=19.1534;RBI=0.0416225;REFB=-0.0103787;REVB=-0.00399137;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148248;STB=0.567506;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0109451;OID=.;OPOS=110603784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:23:21:21:0.477273:12:9:6:16:12:9:7:16 chr4 110661937 . G A 340.54 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.271;QD=54.4861;RBI=0.0293935;REFB=0;REVB=-0.00764959;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207832;OID=.;OPOS=110661937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr4 110678925 . T C 502.43 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.188853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2096;QD=59.1096;RBI=0.189225;REFB=0;REVB=0.0118514;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259802;OID=.;OPOS=110678925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:24:7:0:0:24:10:0:0 chr4 110737389 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.168;QD=56.706;RBI=0.0461544;REFB=0;REVB=-0.00440697;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165881;OID=.;OPOS=110737389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr4 110773067 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00375435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.02;QD=48.7372;RBI=0.0184805;REFB=0;REVB=-0.0180951;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171195;OID=.;OPOS=110773067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr4 110790911 . A T 1933.54 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.726;QD=61.8731;RBI=0.0218799;REFB=0;REVB=0.0182804;RO=0;SAF=55;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87959e-06;OID=.;OPOS=110790911;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:69:55:0:0:69:56:0:0 chr4 110914427 . A T 1331.81 PASS AF=1;AO=74;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115482;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5228;QD=61.9447;RBI=0.0186891;REFB=0;REVB=-0.0146943;RO=0;SAF=52;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43921e-05;OID=.;OPOS=110914427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:74:86:1:22:52:0:0:33:53:0:0 chr4 111398004 . C T 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00442462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.746;QD=21.5105;RBI=0.011349;REFB=-0.0157371;REVB=0.010451;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118771;STB=0.566935;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0134727;OID=.;OPOS=111398004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:7:11:7:8:7:11:7:8 chr4 111398208 . A G 250.4 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0113111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3147;QD=20.0317;RBI=0.030784;REFB=-0.000225019;REVB=0.0286306;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709782;STB=0.539967;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000673703;OID=.;OPOS=111398208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:12:12:15:11:12:12:15:11 chr4 112252643 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1661;QD=53.2769;RBI=0.055977;REFB=0;REVB=-0.0419692;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133717;OID=.;OPOS=112252643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr4 113178894 . ATTTGT A 99.97 PASS AF=0.267442;AO=22;DP=88;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=19;FWDB=-0.0107124;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=5;MLLD=250.896;QD=4.64973;RBI=0.0280285;REFB=-0.014111;REVB=0.0259006;RO=58;SAF=17;SAR=5;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785141;STB=0.582134;STBP=0.379;TYPE=del;VARB=0.0386669;OID=.;OPOS=113178895;OREF=TTTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.267442:22:88:23:86:63:18:5:44:19:99:58:17:5:42:16 chr4 113198805 . G C 227.61 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.056236;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.181;QD=15.4312;RBI=0.0562361;REFB=-0.00841325;REVB=-0.000107537;RO=33;SAF=9;SAR=17;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193432;STB=0.60822;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0120315;OID=.;OPOS=113198805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:33:33:26:26:0.440678:17:9:6:27:17:9:6:27 chr4 113199075 . A G 279.86 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.0431488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9856;QD=14.1701;RBI=0.0479392;REFB=-0.00894784;REVB=-0.0208888;RO=45;SAF=18;SAR=14;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184913;STB=0.613158;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00862662;OID=.;OPOS=113199075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:47:32:32:0.405063:14:18:33:12:14:18:35:12 chr4 113344925 . C T 391.78 PASS AF=0.5;AO=35;DP=75;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.000293824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.856;QD=19.5889;RBI=0.00655291;REFB=-0.0108972;REVB=-0.00654632;RO=38;SAF=16;SAR=19;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185512;STB=0.586806;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0118283;OID=.;OPOS=113344925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:80:38:40:35:40:0.5:19:16:25:13:22:18:25:15 chr4 113352397 . G A 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.00116179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.693;QD=11.8415;RBI=0.0183581;REFB=-0.0103594;REVB=0.0183213;RO=39;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149072;STB=0.585297;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0146523;OID=.;OPOS=113352397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:15:8:9:30:15:8:9:30 chr4 113352628 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.946;QD=52.6131;RBI=0.0628422;REFB=0;REVB=0.034031;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682615;OID=.;OPOS=113352628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr4 113352899 . G A 240.34 PASS AF=0.402778;AO=28;DP=69;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0321835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.177;QD=13.3519;RBI=0.0370484;REFB=-0.0195917;REVB=-0.0183521;RO=41;SAF=10;SAR=18;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238625;STB=0.633591;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0346957;OID=.;OPOS=113352899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:41:43:28:29:0.402778:18:10:24:17:18:11:26:17 chr4 113353285 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.587;QD=55.6553;RBI=0.0397818;REFB=0;REVB=-0.0382274;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118622;OID=.;OPOS=113353285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr4 113353310 . C CA 116.87 PASS AF=0.571429;AO=4;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00332342;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=75.5178;QD=16.6954;RBI=0.0158522;REFB=-0.0205712;REVB=0.0154999;RO=24;SAF=3;SAR=1;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206807;STB=0.665025;STBP=0.054;TYPE=ins;VARB=0.0189029;OID=.;OPOS=113353311;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:4:28:16:28:12:7:9:10:2:74:24:3:1:14:10 chr4 113353311 . G A 98.52 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.01278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.504;QD=14.0737;RBI=0.018437;REFB=-0.0179672;REVB=0.0132888;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443658;STB=0.755176;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.018726;OID=.;OPOS=113353311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:13:3:8:4:13:3 chr4 113353433 . A C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0174968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.289;QD=8.81109;RBI=0.0195873;REFB=-0.0216305;REVB=0.00880472;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730921;STB=0.545308;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0426251;OID=.;OPOS=113353433;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:8:3:2:4:8:3 chr4 113353449 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0124283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.241;QD=12.1823;RBI=0.0202281;REFB=-0.0120143;REVB=0.0159597;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225189;STB=0.631346;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0189863;OID=.;OPOS=113353449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:12:3:4:6:12:3 chr4 113359703 . A G 1223.4 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.163;QD=61.1701;RBI=0.0517251;REFB=0;REVB=0.0470336;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186127;OID=.;OPOS=113359703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:78:80:1:34:44:0:0:35:45:0:0 chr4 113360925 . G A 564.12 PASS AF=0.513043;AO=57;DP=114;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00580441;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.436;QD=19.6215;RBI=0.0117637;REFB=-0.0202019;REVB=0.010232;RO=52;SAF=29;SAR=28;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742033;STB=0.529748;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0171831;OID=.;OPOS=113360925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:52:56:57:59:0.513043:28:29:22:30:28:31:26:30 chr4 113362316 . A G 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00321718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.997;QD=14.132;RBI=0.00349089;REFB=-0.018548;REVB=0.00135499;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148107;STB=0.585281;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0287088;OID=.;OPOS=113362316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:8:11:22:9:8:11:22:9 chr4 113362609 . G A 266.15 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0416663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6458;QD=21.2916;RBI=0.0417312;REFB=-0.00960974;REVB=-0.00232708;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213164;STB=0.618957;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00659882;OID=.;OPOS=113362609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:13:12:18:7:13:12:18:7 chr4 113362622 . C G 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1987;QD=63.866;RBI=0.0338797;REFB=0;REVB=-0.0176613;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000486429;OID=.;OPOS=113362622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr4 113436044 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.51;QD=40.7627;RBI=0.0359827;REFB=0;REVB=0.0228467;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.49031e-05;OID=.;OPOS=113436044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr4 113539969 . T C 194.98 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0337932;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.763;QD=23.6344;RBI=0.0338547;REFB=-0.0197697;REVB=-0.00203943;RO=14;SAF=14;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257878;STB=0.645227;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0135175;OID=.;OPOS=113539969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:14:14:19:19:0.575758:5:14:6:8:5:14:6:8 chr4 113549989 . G A 140.88 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00831643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.54;QD=21.6743;RBI=0.0194209;REFB=-0.00872779;REVB=-0.0175502;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105797;STB=0.543983;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00676446;OID=.;OPOS=113549989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:11:11:14:15:0.576923:7:7:7:4:7:8:7:4 chr4 114067145 . G A 152.78 PASS AF=0.369565;AO=12;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.000523738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.21;QD=13.2849;RBI=0.0355885;REFB=-0.018294;REVB=0.0355847;RO=29;SAF=2;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353973;STB=0.692812;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0370835;OID=.;OPOS=114067145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:12:17:0.369565:10:2:12:17:14:3:12:17 chr4 114081490 . A G 446.63 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.805;QD=57.6302;RBI=0.0312893;REFB=0;REVB=-0.00487116;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91307e-05;OID=.;OPOS=114081490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr4 114309839 . C T 1619.33 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.337;QD=59.9751;RBI=0.0261693;REFB=0;REVB=0.0249391;RO=0;SAF=59;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04473e-06;OID=.;OPOS=114309839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:106:108:1:47:59:0:0:48:60:0:0 chr4 114341210 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=23;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.95;QD=57.6803;RBI=0.0207602;REFB=0;REVB=0.00239317;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.78362e-05;OID=.;OPOS=114341210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:23:31:1:15:8:0:0:15:16:0:0 chr4 114341631 . T C 398.26 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0859465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.582;QD=51.3887;RBI=0.0866785;REFB=-0.184114;REVB=-0.0112414;RO=2;SAF=16;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00626798;STB=0.515141;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00204426;OID=.;OPOS=114341631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:2:1:29:30:0.967742:13:16:1:1:14:16:1:0 chr4 114822485 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.51;QD=57.8849;RBI=0.0122946;REFB=0;REVB=0.000507034;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51533e-05;OID=.;OPOS=114822485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr4 115544713 . CA CG,TG 706.1 PASS AF=0.44,0.52;AO=22,27;DP=50;FAO=22,26;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=8,17;FSAR=14,9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.017347,-0.00483408;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=78.6612,106.119;QD=56.4879;RBI=0.029637,0.0110356;REFB=-0.17795,-0.0900519;REVB=-0.0240298,-0.00992054;RO=1;SAF=8,18;SAR=14,9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0542958,-0.0251379;STB=0.555504,0.527757;STBP=0.133,0.434;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0133565,-0.00376301;OID=.,.;OPOS=115544714,115544713;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:50:50:1:2:22,27:22,26:0.44,0.52:14,9:8,18:1:0:14,9:8,17:2:0 chr4 115589302 . A G 1465.53 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00116487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.599;QD=61.0638;RBI=0.0162915;REFB=-0.128688;REVB=0.0162498;RO=1;SAF=35;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796946;STB=0.508332;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00151152;OID=.;OPOS=115589302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:96:96:1:2:94:94:0.979167:59:35:0:1:59:35:0:2 chr4 115749005 . C T 341.5 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00595761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.618;QD=18.4596;RBI=0.0205626;REFB=-0.0137324;REVB=0.0196806;RO=38;SAF=13;SAR=23;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836418;STB=0.546725;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0172675;OID=.;OPOS=115749005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:23:13:17:21:23:13:17:21 chr4 117760488 . G A 243.6 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00520903;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.415;QD=14.9905;RBI=0.0183485;REFB=-0.00663225;REVB=-0.0175936;RO=38;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799782;STB=0.545423;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00864558;OID=.;OPOS=117760488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:38:37:27:28:0.430769:15:12:14:24:16:12:13:24 chr4 119237348 . T C 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.669;QD=60.0293;RBI=0.0710301;REFB=0;REVB=0.00771587;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124235;OID=.;OPOS=119237348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr4 119273712 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2798;QD=40.7628;RBI=0.0377101;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00179716;OID=.;OPOS=119273712;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr4 119435079 . C T 344.65 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0204927;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2234;QD=18.8852;RBI=0.0335263;REFB=0.0167396;REVB=-0.0265341;RO=36;SAF=12;SAR=24;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107496;STB=0.554424;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0179741;OID=.;OPOS=119435079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:36:37:36:36:0.493151:24:12:16:20:24:12:16:21 chr4 119475063 . C G 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0147625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.491;QD=13.0909;RBI=0.0195353;REFB=-0.0126875;REVB=-0.0127943;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105786;STB=0.562401;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0161492;OID=.;OPOS=119475063;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:4:9:12:8:4:9:12:8 chr4 119736796 . A C 1418.6 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125092;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8019;QD=63.0487;RBI=0.0443146;REFB=0;REVB=0.0425124;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423751;OID=.;OPOS=119736796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:40:49:0:0:41:49:0:0 chr4 119944611 . G T 706.41 PASS AF=0.979167;AO=42;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00846613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4715;QD=58.8672;RBI=0.0101942;REFB=-0.0602086;REVB=-0.00567856;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00244564;OID=.;OPOS=119944611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:0:1:42:47:0.979167:20:22:0:0:25:22:1:0 chr4 119947961 . AAAG A 188.99 PASS AF=0.460317;AO=27;DP=66;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.000400719;FXX=0.0596926;HRUN=3;LEN=3;MLLD=168.252;QD=11.9996;RBI=0.0324734;REFB=-0.00644247;REVB=-0.0324709;RO=33;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501146;STB=0.503873;STBP=0.959;TYPE=del;VARB=0.00740123;OID=.;OPOS=119947962;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460317:27:66:29:63:34:16:13:19:15:99:33:15:12:20:13 chr4 119948046 . A C 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0168007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.146;QD=24.1067;RBI=0.0168008;REFB=-0.00614359;REVB=4.30165e-05;RO=19;SAF=17;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160789;STB=0.589943;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00386442;OID=.;OPOS=119948046;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:7:17:10:9:7:17:10:9 chr4 119951647 . A G 533.54 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.5389;QD=59.2825;RBI=0.0831537;REFB=0;REVB=0.05737;RO=0;SAF=29;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203935;OID=.;OPOS=119951647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:5:29:0:0:6:30:0:0 chr4 120133549 . T G 121.54 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0759571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.709;QD=15.6827;RBI=0.0787958;REFB=-0.00469951;REVB=-0.0209595;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322174;STB=0.64335;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00932416;OID=.;OPOS=120133549;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:13:14:0.451613:10:3:9:8:10:4:9:8 chr4 120158685 . T G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0035543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.137;QD=15.651;RBI=0.014321;REFB=-0.0137079;REVB=0.013873;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465414;STB=0.732226;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00896688;OID=.;OPOS=120158685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:21:16:16:0.432432:6:10:2:17:6:10:4:17 chr4 120181724 . A G 242.35 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.00320162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.061;QD=12.5897;RBI=0.0571593;REFB=0.00300746;REVB=0.0570696;RO=48;SAF=19;SAR=10;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394583;STB=0.522598;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00523406;OID=.;OPOS=120181724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:10:19:33:15:10:19:33:15 chr4 120241849 . A G 149.75 PASS AF=0.5;AO=15;DP=32;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.000614916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.858;QD=17.6171;RBI=0.0569314;REFB=-0.0173538;REVB=0.0569281;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414798;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0247387;OID=.;OPOS=120241849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:16:17:15:17:0.5:5:10:10:6:7:10:10:7 chr4 120241902 . T C 271.89 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00490584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.212;QD=19.4209;RBI=0.00840796;REFB=0.00817993;REVB=0.00682836;RO=27;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206896;STB=0.604071;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00492699;OID=.;OPOS=120241902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:27:28:29:0.517857:16:12:18:9:16:13:18:9 chr4 120528327 . G A 673.24 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00314819;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.838;QD=62.6271;RBI=0.0229584;REFB=0;REVB=0.0227415;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190897;OID=.;OPOS=120528327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr4 120868354 . C T 241.45 PASS AF=0.575;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00105203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.868;QD=24.1449;RBI=0.00969449;REFB=-0.0227032;REVB=0.00963724;RO=17;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598506;STB=0.525526;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0169903;OID=.;OPOS=120868354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:22:23:0.575:8:14:12:5:8:15:12:5 chr4 121738049 . T C 480.15 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.3464;QD=58.2;RBI=0.0119196;REFB=0;REVB=-0.000162949;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108818;OID=.;OPOS=121738049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr4 121957051 . C T 2926.41 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009662;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.966;QD=63.2737;RBI=0.0190282;REFB=0;REVB=-0.0163926;RO=0;SAF=86;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16095e-06;OID=.;OPOS=121957051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:185:0:0:184:185:1:98:86:0:0:98:87:0:0 chr4 121957559 . G A 346.0 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.0148869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5489;QD=14.4167;RBI=0.030296;REFB=0.00728641;REVB=0.0263861;RO=58;SAF=31;SAR=7;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253023;STB=0.645747;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.016261;OID=.;OPOS=121957559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:7:31:37:21:7:31:37:21 chr4 121957734 . T C 1470.55 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00725311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.744;QD=63.2493;RBI=0.0361648;REFB=0;REVB=0.03543;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64235e-05;OID=.;OPOS=121957734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:38:54:0:0:38:55:0:0 chr4 121958091 . T G 175.31 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00244062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.08;QD=15.583;RBI=0.0246369;REFB=-0.00977917;REVB=0.0245157;RO=26;SAF=14;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143955;STB=0.583241;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0160812;OID=.;OPOS=121958091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:5:14:16:10:5:14:16:10 chr4 121958187 . A G 420.25 PASS AF=0.594203;AO=40;DP=68;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0247928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.623;QD=24.3621;RBI=0.0259907;REFB=-0.0034235;REVB=-0.00779948;RO=28;SAF=22;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162753;STB=0.514238;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0025226;OID=.;OPOS=121958187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:28:28:40:41:0.594203:18:22:16:12:19:22:16:12 chr4 121958691 . T C 148.9 PASS AF=0.435897;AO=14;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00117446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6903;QD=15.2716;RBI=0.0273072;REFB=-0.00640679;REVB=0.0272819;RO=20;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19746;STB=0.567489;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0110341;OID=.;OPOS=121958691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:22:14:17:0.435897:9:5:11:9:9:8:13:9 chr4 121958697 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0195451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.796;QD=18.637;RBI=0.0195461;REFB=0.00145325;REVB=-0.000201672;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562335;STB=0.53196;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00106732;OID=.;OPOS=121958697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:9:7:6:10:9:7:6:10 chr4 121966807 . C T 771.17 PASS AF=0.98;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0115023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.041;QD=61.6938;RBI=0.0118291;REFB=-0.04723;REVB=0.00276142;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=3.84381e-05;OID=.;OPOS=121966807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:50:0:1:47:49:0.98:22:25:0:0:22:27:0:1 chr4 122137662 . T A,G 607.64 PASS AF=0.170732,0.829268;AO=9,30;DP=39;FAO=7,34;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=5,13;FSAR=2,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00856532,0.0320409;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=215.234,79.431;QD=59.2822;RBI=0.0104169,0.0470842;REFB=0,0;REVB=-0.00592845,0.0345009;RO=0;SAF=5,13;SAR=4,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.63861e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0434031,0.00103254;OID=.,.;OPOS=122137662,122137662;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:39:41:0:0:9,30:7,34:0.170732,0.829268:4,17:5,13:0:0:2,21:5,13:0:0 chr4 122250272 . C G 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0144852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.373;QD=15.7843;RBI=0.0332139;REFB=-0.0242409;REVB=-0.0298888;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195189;STB=0.611503;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0375536;OID=.;OPOS=122250272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:4:13:8:6:4:13 chr4 122257950 . A G 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0111018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.412;QD=23.2361;RBI=0.0232496;REFB=-0.0190614;REVB=0.0204278;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287626;STB=0.516111;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0173063;OID=.;OPOS=122257950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:9:9:7:6:9:9:7:6 chr4 122683007 . G A 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.785;QD=59.9953;RBI=0.034417;REFB=0;REVB=-0.0325634;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.97859e-05;OID=.;OPOS=122683007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:52:54:0:0:52:54:0:0 chr4 122687238 . A G 500.18 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00397431;FXX=0.0347796;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.318;QD=18.0245;RBI=0.00864708;REFB=-0.0219595;REVB=-0.00767964;RO=55;SAF=38;SAR=15;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242972;STB=0.650341;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0355652;OID=.;OPOS=122687238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:55:58:53:53:0.477477:15:38:26:29:15:38:26:32 chr4 122687491 . G C 1381.51 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7605;QD=61.4005;RBI=0.0392794;REFB=-0.0576442;REVB=-0.0373675;RO=1;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126361;STB=0.506665;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000489164;OID=.;OPOS=122687491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:37:52:0:1:37:52:0:1 chr4 122742217 . T C 1381.34 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0789287;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.229;QD=62.7883;RBI=0.0841913;REFB=0;REVB=0.0292991;RO=0;SAF=56;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539973;OID=.;OPOS=122742217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:32:56:0:0:32:56:0:0 chr4 122800889 . C T 352.89 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00509958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.676;QD=26.1399;RBI=0.00891516;REFB=-0.0171432;REVB=-0.00731262;RO=20;SAF=20;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00822328;STB=0.504502;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0095404;OID=.;OPOS=122800889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:14:20:12:8:14:20:12:8 chr4 122824052 . C T 527.37 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.034782;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.943;QD=19.0041;RBI=0.0373379;REFB=-0.00855263;REVB=0.0135768;RO=56;SAF=21;SAR=34;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1429;STB=0.579129;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00923963;OID=.;OPOS=122824052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:56:56:55:55:0.495495:34:21:30:26:34:21:30:26 chr4 122872719 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00417337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.546;QD=15.2589;RBI=0.056635;REFB=-0.015;REVB=0.056481;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218735;STB=0.627576;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0122621;OID=.;OPOS=122872719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:5:1:3:4:5:1 chr4 123113428 . A G 388.32 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00230297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.427;QD=21.2776;RBI=0.0232062;REFB=-0.0269584;REVB=0.0230917;RO=34;SAF=22;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207371;STB=0.511455;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.023483;OID=.;OPOS=123113428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:17:22:20:14:17:22:20:14 chr4 123145751 . T A 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0038233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.411;QD=20.5632;RBI=0.0087219;REFB=-0.0135731;REVB=-0.00783925;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356987;STB=0.519833;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0102235;OID=.;OPOS=123145751;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:15:14:11:14:15:14:11:14 chr4 123192383 . T C 353.98 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0206177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.747;QD=18.6306;RBI=0.0334578;REFB=-0.0172089;REVB=0.0263502;RO=38;SAF=15;SAR=22;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863188;STB=0.55302;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0175784;OID=.;OPOS=123192383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:22:15:12:26:22:15:12:27 chr4 123229132 . C T 1212.84 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000321626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.487;QD=59.8935;RBI=0.000665643;REFB=-0.0419517;REVB=0.000582784;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.505375;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000104298;OID=.;OPOS=123229132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:34:46:0:0:34:46:1:0 chr4 123536963 . G A 1537.88 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536994;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.87;QD=59.7234;RBI=0.0580627;REFB=0;REVB=0.0220831;RO=0;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3475e-05;OID=.;OPOS=123536963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:97:103:0:0:97:103:1:59:38:0:0:65:38:0:0 chr4 123664204 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00017166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.931;QD=21.0138;RBI=0.0299367;REFB=-0.015826;REVB=0.0299362;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270925;STB=0.653205;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0058035;OID=.;OPOS=123664204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:1:6:5:6:1:6 chr4 123664445 . C T 98.56 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0396615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8086;QD=14.0801;RBI=0.0399624;REFB=-0.0213552;REVB=-0.00489539;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107329;STB=0.562399;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0304806;OID=.;OPOS=123664445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:5:11:7:5:5:11 chr4 123665991 . C G 331.1 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00862458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.209;QD=18.6537;RBI=0.0285702;REFB=-0.0142242;REVB=-0.0272373;RO=35;SAF=25;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14545;STB=0.575991;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0150868;OID=.;OPOS=123665991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:36:35:35:0.492958:10:25:20:15:10:25:21:15 chr4 123748086 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0188978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.197;QD=12.3977;RBI=0.0238074;REFB=-0.0831783;REVB=0.01448;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471002;STB=0.776909;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0330993;OID=.;OPOS=123748086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:5:0:3:2:5:0 chr4 123838758 . A G 1826.12 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.043;QD=60.3678;RBI=0.0451325;REFB=0;REVB=0.0308222;RO=0;SAF=60;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113056;OID=.;OPOS=123838758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:60:60:0:0:60:61:0:0 chr4 123843716 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.408;QD=39.2068;RBI=0.044727;REFB=0;REVB=-0.00521865;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00077186;OID=.;OPOS=123843716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr4 123949556 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000432853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.308;QD=55.6552;RBI=0.00117011;REFB=0;REVB=0.0010871;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88032e-06;OID=.;OPOS=123949556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr4 126240510 . T C 434.79 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0381946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3508;QD=20.9538;RBI=0.0381968;REFB=-0.0115715;REVB=0.000412456;RO=40;SAF=23;SAR=20;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203069;STB=0.611923;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0112514;OID=.;OPOS=126240510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:20:23:12:28:20:23:12:28 chr4 126241335 . C G 270.9 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.00477341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.916;QD=12.1753;RBI=0.0240556;REFB=-0.0143322;REVB=-0.0235773;RO=57;SAF=18;SAR=14;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232327;STB=0.633024;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.03069;OID=.;OPOS=126241335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:32:32:0.359551:14:18:20:37:14:18:20:37 chr4 126241871 . C T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.012908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.592;QD=15.5714;RBI=0.0196299;REFB=-0.000271803;REVB=-0.0147891;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420583;STB=0.743751;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000308039;OID=.;OPOS=126241871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:3:9:3:8:3:9 chr4 126284056 . C T 263.54 PASS AF=0.518519;AO=29;DP=55;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0019045;FXX=0.0181785;HRUN=6;LEN=1;MLLD=252.012;QD=19.5213;RBI=0.00774465;REFB=-0.0130761;REVB=-0.00750683;RO=26;SAF=10;SAR=19;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151915;STB=0.57503;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.011735;OID=.;OPOS=126284056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:26:26:29:28:0.518519:19:10:5:21:19:9:5:21 chr4 126329789 . T C 1507.88 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00765934;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282;QD=59.718;RBI=0.0311936;REFB=0;REVB=0.0302386;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22626e-05;OID=.;OPOS=126329789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:54:47:0:0:54:47:0:0 chr4 126369872 . G C 820.42 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513771;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.751;QD=57.573;RBI=0.00597111;REFB=0;REVB=0.00304271;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.63771e-06;OID=.;OPOS=126369872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr4 126373789 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.801;QD=57.2372;RBI=0.0121709;REFB=0;REVB=-0.00210713;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82692e-05;OID=.;OPOS=126373789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr4 126397321 . C T 277.06 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0486979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.017;QD=18.4703;RBI=0.0487973;REFB=-0.0299865;REVB=0.00311222;RO=29;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516693;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0229957;OID=.;OPOS=126397321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:29:30:29:30:0.5:14:15:15:14:14:16:15:15 chr4 126402890 . G A 337.2 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00312816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.865;QD=17.5171;RBI=0.00721721;REFB=-0.00594769;REVB=0.00650406;RO=38;SAF=13;SAR=23;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586096;STB=0.516644;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0061814;OID=.;OPOS=126402890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:41:36:36:0.467532:23:13:16:22:23:13:16:25 chr4 126412332 . C T 249.55 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0282638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0859;QD=16.6368;RBI=0.0298817;REFB=-0.00304194;REVB=-0.00969914;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889054;STB=0.549965;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00285222;OID=.;OPOS=126412332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:14:14:19:13:14:14:19:13 chr4 126412575 . A G 179.68 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0419049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2456;QD=15.6243;RBI=0.0470433;REFB=0.0546204;REVB=0.0213787;RO=27;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208009;STB=0.621162;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0755038;OID=.;OPOS=126412575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:15:4:10:17:15:4:10:17 chr4 128565000 . A G 211.27 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0214703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.981;QD=19.2064;RBI=0.0288138;REFB=-0.0229084;REVB=0.0192162;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204483;STB=0.501084;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0169421;OID=.;OPOS=128565000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:23:20:21:0.477273:10:10:11:12:11:10:11:12 chr4 128584580 . G A 100.61 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.035392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.721;QD=16.0977;RBI=0.0376959;REFB=-0.0236435;REVB=-0.0129765;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256116;STB=0.648398;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0390246;OID=.;OPOS=128584580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:8:5:8:4:8:5 chr4 128689936 . A G 208.38 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0011651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.753;QD=11.4182;RBI=0.00158806;REFB=0.000298385;REVB=0.00107911;RO=46;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144611;STB=0.588975;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.000449375;OID=.;OPOS=128689936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:47:26:26:0.356164:13:13:17:29:13:13:17:30 chr4 128723042 . T C 314.28 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0661336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7255;QD=17.2209;RBI=0.0747432;REFB=-0.0317719;REVB=0.0348266;RO=38;SAF=23;SAR=11;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176094;STB=0.593236;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0502754;OID=.;OPOS=128723042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:11:23:19:19:11:23:20:19 chr4 128807219 . T A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00195767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.638;QD=14.6579;RBI=0.020828;REFB=-0.00426042;REVB=0.0207357;RO=17;SAF=12;SAR=1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516963;STB=0.812935;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00289609;OID=.;OPOS=128807219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:1:12:10:7:1:12:10:7 chr4 128814964 . G T 380.25 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0407756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4286;QD=24.9346;RBI=0.045526;REFB=0.0033525;REVB=-0.0202476;RO=24;SAF=21;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788758;STB=0.543241;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00313181;OID=.;OPOS=128814964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:16:21:11:13:16:21:11:13 chr4 128842876 . C G 366.18 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00237939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.128;QD=16.2744;RBI=0.00634174;REFB=0.00538431;REVB=-0.00587845;RO=50;SAF=15;SAR=24;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157127;STB=0.58329;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00647507;OID=.;OPOS=128842876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:50:51:39:39:0.433333:24:15:27:23:24:15:27:24 chr4 129012181 . G A 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.372;QD=57.8351;RBI=0.0194879;REFB=-0.0337495;REVB=0.00693306;RO=1;SAF=34;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013701;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000246827;OID=.;OPOS=129012181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:35:34:1:0:35:34:1:0 chr4 129012638 . A G 1030.24 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154621;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.337;QD=59.7243;RBI=0.0267582;REFB=0;REVB=0.0218386;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114152;OID=.;OPOS=129012638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr4 129029009 . G GA,GAA 241.33 PASS AF=1,0;AO=27,4;DP=40;FAO=38,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740652,0.0420205;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=9.70502,8.45298;QD=25.4029;RBI=0.0860772,0.0475383;REFB=0.0387461,0.0362461;REVB=0.0438592,0.0222299;RO=9;SAF=16,2;SAR=11,2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.01753,-0.0579645;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00319213,-0.102688;OID=.,.;OPOS=129029010,129029010;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:27,4:40:38,0:38:0:21,0:17,0:0:0:3:9:16,2:11,2:5:4 chr4 129030052 . AATC A 74.1 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0081153;FXX=0.105208;HRUN=4;LEN=3;MLLD=292.023;QD=17.4353;RBI=0.00904229;REFB=-0.00790255;REVB=0.00398809;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0.416667;SSEP=0;SSSB=0.274707;STB=0.657229;STBP=0.259;TYPE=del;VARB=0.00858596;OID=.;OPOS=129030053;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:9:19:9:17:8:4:5:1:7:59:8:4:5:1:7 chr4 129043204 . C G 1008.33 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.933;QD=59.3136;RBI=0.0810364;REFB=0;REVB=0.035481;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120091;OID=.;OPOS=129043204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr4 129043286 . C T 1135.29 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.037;QD=60.5488;RBI=0.0289784;REFB=0;REVB=0.0223428;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156349;OID=.;OPOS=129043286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr4 129043614 . G T 115.09 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.698;QD=41.8504;RBI=0.0920516;REFB=0;REVB=0.0776838;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294755;OID=.;OPOS=129043614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:2:8:0:0:3:8:0:0 chr4 129043617 . T G 77.41 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00203618;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=164.393;QD=28.1485;RBI=0.00582625;REFB=-0.120431;REVB=-0.00545887;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772509;STB=0.55539;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0168869;OID=.;OPOS=129043617;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:11:11:2:2:6:7:0.636364:2:4:1:1:2:5:1:1 chr4 129100643 . G A 1180.98 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610935;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4774;QD=60.563;RBI=0.00612224;REFB=0;REVB=-0.000397065;RO=1;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126164;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068885;OID=.;OPOS=129100643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:1:0:75:78:1:37:38:0:1:39:39:0:0 chr4 129677184 . C A 269.64 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0132605;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.129;QD=14.0072;RBI=0.0161815;REFB=-0.0133772;REVB=0.00927366;RO=46;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153513;STB=0.587101;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0286276;OID=.;OPOS=129677184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:46:46:31:31:0.402597:15:16:17:29:15:16:17:29 chr4 129677239 . T C 929.98 PASS AF=1;AO=41;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.548;QD=59.0465;RBI=0.109932;REFB=0;REVB=0.0197844;RO=0;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567096;OID=.;OPOS=129677239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:41:63:1:32:9:0:0:32:31:0:0 chr4 129867280 . T A 300.47 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0328102;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.738;QD=24.5277;RBI=0.0349738;REFB=-0.0225197;REVB=0.0121104;RO=19;SAF=14;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120816;STB=0.57502;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0101906;OID=.;OPOS=129867280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:19:20:29:29:0.591837:15:14:6:13:15:14:6:14 chr4 129924977 . C A 394.09 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0448076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1621;QD=19.9541;RBI=0.0548684;REFB=-0.013795;REVB=-0.0316674;RO=39;SAF=19;SAR=21;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349493;STB=0.51938;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0124468;OID=.;OPOS=129924977;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:21:19:17:22:21:19:17:22 chr4 130030652 . A G 190.69 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0145742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.091;QD=15.2554;RBI=0.0256828;REFB=-0.0112233;REVB=0.0211471;RO=30;SAF=13;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12709;STB=0.573454;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0221575;OID=.;OPOS=130030652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:7:13:16:14:7:13:16:14 chr4 132641498 . T A 562.64 PASS AF=0.483607;AO=51;DP=124;FAO=59;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=2.88621e-05;FXX=0.0161277;HRUN=7;LEN=1;MLLD=228.246;QD=18.4473;RBI=0.00407837;REFB=-0.000175477;REVB=-0.00407827;RO=40;SAF=23;SAR=28;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210754;STB=0.509636;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00017124;OID=.;OPOS=132641498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:40:63:51:59:0.483607:28:23:17:23:32:27:30:33 chr4 133367588 . T C 1044.22 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00105305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2335;QD=59.6695;RBI=0.0433544;REFB=0;REVB=0.0433416;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177035;OID=.;OPOS=133367588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:34:36:0:0 chr4 134082967 . T C 6763.27 PASS AF=1;AO=413;DP=429;FAO=433;FDP=433;FR=.;FRO=0;FSAF=186;FSAR=247;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247149;FXX=0.0225729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.741;QD=62.4782;RBI=0.0731747;REFB=0;REVB=0.0688747;RO=1;SAF=178;SAR=235;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00202676;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134999;OID=.;OPOS=134082967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:429:433:1:0:413:433:1:235:178:0:1:247:186:0:0 chr4 135121066 . T G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.078;QD=60.6103;RBI=0.054741;REFB=0;REVB=-0.0524231;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.5763e-05;OID=.;OPOS=135121066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr4 135121368 . G T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00390222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.954;QD=57.3853;RBI=0.0227785;REFB=0;REVB=0.0224418;RO=0;SAF=15;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54626e-05;OID=.;OPOS=135121368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:42:15:0:0:42:15:0:0 chr4 135121601 . C T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.341;QD=55.6538;RBI=0.0241519;REFB=0;REVB=-0.0186848;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11885e-05;OID=.;OPOS=135121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr4 138449683 . A G 367.21 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0120867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.047;QD=19.076;RBI=0.0158662;REFB=-0.0303842;REVB=0.0102786;RO=39;SAF=19;SAR=19;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011665;STB=0.50649;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0331037;OID=.;OPOS=138449683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:19:19:19:20:19:19:19:20 chr4 138453453 . G A 541.94 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.000130894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.183;QD=20.8438;RBI=0.00396965;REFB=-0.0227029;REVB=0.0039675;RO=49;SAF=25;SAR=30;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117176;STB=0.564437;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0245996;OID=.;OPOS=138453453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:49:55:55:0.528846:30:25:29:20:30:25:29:20 chr4 139086246 . A G 199.99 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0113491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.585;QD=15.6851;RBI=0.0161102;REFB=-0.00807688;REVB=-0.0114341;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102497;STB=0.530275;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0110747;OID=.;OPOS=139086246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:28:29:21:22:0.431373:7:14:16:12:8:14:17:12 chr4 139092719 . A G 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0592936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.896;QD=22.9079;RBI=0.05998;REFB=-0.00565084;REVB=0.00904791;RO=17;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17346;STB=0.596923;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00663369;OID=.;OPOS=139092719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:9:12:6:11:9:12:6:11 chr4 139100372 . C T 472.05 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.897;QD=55.5349;RBI=0.0160747;REFB=-0.125365;REVB=-0.00966794;RO=1;SAF=22;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207674;STB=0.511104;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000887964;OID=.;OPOS=139100372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:11:22:1:0:11:22:1:0 chr4 139135799 . T C 2754.21 PASS AF=0.644022;AO=235;DP=380;FAO=237;FDP=368;FR=.;FRO=131;FSAF=99;FSAR=138;FSRF=49;FSRR=82;FWDB=0.0301243;FXX=0.0315781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.077;QD=29.9371;RBI=0.0304041;REFB=0.00132894;REVB=0.00411529;RO=127;SAF=98;SAR=137;SRF=46;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371072;STB=0.516063;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.000825486;OID=.;OPOS=139135799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:368:127:131:235:237:0.644022:137:98:46:81:138:99:49:82 chr4 140005294 . A G 1079.36 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000838438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1799;QD=58.344;RBI=0.0521862;REFB=0.0683947;REVB=-0.0521794;RO=1;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126112;STB=0.506492;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00745622;OID=.;OPOS=140005294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:1:1:72:73:0.986486:37:35:0:1:38:35:0:1 chr4 140121564 . G C 280.98 PASS AF=0.508197;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0456606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9239;QD=18.425;RBI=0.051053;REFB=-0.0427482;REVB=0.0228367;RO=29;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190724;STB=0.509798;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0273484;OID=.;OPOS=140121564;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:30:30:31:0.508197:12:18:18:11:13:18:18:12 chr4 140310520 . T C 225.52 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0108715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.024;QD=12.1901;RBI=0.0154753;REFB=-0.0108801;REVB=-0.0110134;RO=45;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050362;STB=0.522228;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0149943;OID=.;OPOS=140310520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:46:28:28:0.378378:13:15:22:23:13:15:23:23 chr4 140417671 . G C 870.08 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248528;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.526;QD=58.0055;RBI=0.0308541;REFB=0;REVB=-0.0182842;RO=0;SAF=11;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133506;OID=.;OPOS=140417671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:47:11:0:0:47:13:0:0 chr4 140606425 . G A 247.43 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0448414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0564;QD=16.2248;RBI=0.0507768;REFB=-0.00769044;REVB=-0.023823;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634328;STB=0.543828;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00650465;OID=.;OPOS=140606425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:15:13:17:15:15:13:18:15 chr4 140606447 . G T 254.13 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00651667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.063;QD=17.5264;RBI=0.0349532;REFB=-0.00978247;REVB=0.0343403;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963337;STB=0.569804;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00734144;OID=.;OPOS=140606447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:30:27:28:0.482759:13:14:12:17:13:15:12:18 chr4 140640703 . G T 371.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0160384;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.202;QD=22.8673;RBI=0.0233761;REFB=-0.0179157;REVB=0.0170061;RO=28;SAF=21;SAR=16;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897984;STB=0.54933;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0103095;OID=.;OPOS=140640703;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:16:21:19:9:16:21:19:9 chr4 140640795 . C T 284.19 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0242725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4712;QD=17.7618;RBI=0.0244246;REFB=-0.0345743;REVB=-0.00272081;RO=30;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175867;STB=0.502584;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0387537;OID=.;OPOS=140640795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:33:31:31:0.484375:13:18:18:12:13:18:19:14 chr4 140651584 . TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC 134.64 PASS AF=0,1;AO=3,3;DP=13;FAO=0,13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666055,0.0686607;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=232.394,251.354;QD=41.4263;RBI=0.0974434,0.105775;REFB=0,0;REVB=0.0711262,0.0804616;RO=0;SAF=3,3;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000988078;OID=.,.;OPOS=140651609,140651585;OREF=CTGC,CTG;OALT=-,-;OMAPALT=TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,3:13:0,13:13:0:0,11:0,2:0:0:4:0:3,3:0,0:0:0 chr4 140810334 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.663;QD=58.7817;RBI=0.00397791;REFB=0;REVB=0.00384608;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1727e-06;OID=.;OPOS=140810334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr4 140810637 . C T 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0162276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.219;QD=21.7439;RBI=0.0165904;REFB=-0.0649584;REVB=-0.0034505;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00573328;STB=0.503222;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0277055;OID=.;OPOS=140810637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:12:7:6:10:12:7:6:10 chr4 140811084 . C T 46.67 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.105826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.437;QD=9.82617;RBI=0.114589;REFB=-0.0660916;REVB=-0.0439482;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403885;STB=0.776868;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0820861;OID=.;OPOS=140811084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:12:12:6:7:0.368421:1:5:6:6:1:6:6:6 chr4 140811135 . T C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0239323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.771;QD=19.1341;RBI=0.0267988;REFB=-0.00533701;REVB=0.0120592;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413629;STB=0.748924;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00529164;OID=.;OPOS=140811135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:0:2:1:4:0:2 chr4 141264871 . A G 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00181412;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.785;QD=21.7452;RBI=0.00183937;REFB=-0.000726591;REVB=-0.000303718;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185367;STB=0.603555;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00048435;OID=.;OPOS=141264871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:4:12:10:9:4:12 chr4 141294814 . G C 240.73 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0129347;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.182;QD=20.9328;RBI=0.01454;REFB=-0.00337157;REVB=-0.00664115;RO=23;SAF=18;SAR=5;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414229;STB=0.734477;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00751523;OID=.;OPOS=141294814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:5:18:8:15:5:18:8:15 chr4 141317068 . G A 473.81 PASS AF=0.516854;AO=31;DP=90;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0135468;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8485;QD=21.2949;RBI=0.0507017;REFB=-0.0392798;REVB=0.0488585;RO=43;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188427;STB=0.626187;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0389523;OID=.;OPOS=141317068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:43:43:31:46:0.516854:13:18:17:26:16:30:17:26 chr4 141364579 . CTTAT C 134.7 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0165899;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=4;MLLD=273.128;QD=16.3275;RBI=0.0211898;REFB=-0.018634;REVB=-0.0131827;RO=11;SAF=13;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188052;STB=0.597587;STBP=0.264;TYPE=del;VARB=0.0167606;OID=.;OPOS=141364580;OREF=TTAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:17:33:18:33:15:13:5:8:7:95:11:13:4:6:5 chr4 141383121 . A T 375.47 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00173885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.643;QD=55.6246;RBI=0.00281223;REFB=0;REVB=-0.00221021;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.74969e-06;OID=.;OPOS=141383121;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr4 141386106 . T C 196.69 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00676838;FXX=0.078416;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.561;QD=16.7399;RBI=0.0365259;REFB=-0.00541044;REVB=0.0358933;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151504;STB=0.57253;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00470605;OID=.;OPOS=141386106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:47:25:26:21:21:0.446809:11:10:8:17:11:10:9:17 chr4 141483471 . T A 627.47 PASS AF=0.508065;AO=60;DP=122;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.000778778;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.021;QD=20.2409;RBI=0.00535113;REFB=0.00189109;REVB=0.00529415;RO=59;SAF=29;SAR=31;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161839;STB=0.589084;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0019533;OID=.;OPOS=141483471;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:59:61:60:63:0.508065:31:29:18:41:32:31:19:42 chr4 141499166 . G A 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00393495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.694;QD=16.2363;RBI=0.018795;REFB=-0.00782902;REVB=0.0183785;RO=36;SAF=12;SAR=18;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127463;STB=0.571383;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0131281;OID=.;OPOS=141499166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:18:12:10:26:18:12:10:26 chr4 141543997 . G A 975.41 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00706506;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.978;QD=59.116;RBI=0.0337741;REFB=0;REVB=0.0330269;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064293;OID=.;OPOS=141543997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:41:25:0:0:41:25:0:0 chr4 141789196 . C A 457.72 PASS AF=0.451327;AO=48;DP=111;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00167928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.721;QD=16.2024;RBI=0.0107234;REFB=-0.0141751;REVB=0.0105911;RO=60;SAF=33;SAR=15;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14833;STB=0.560485;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0110469;OID=.;OPOS=141789196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:60:62:48:51:0.451327:15:33:33:27:17:34:35:27 chr4 141974816 . A C 98.33 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0120674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.999;QD=13.5629;RBI=0.147502;REFB=-0.0143705;REVB=0.147008;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444202;STB=0.551639;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.033826;OID=.;OPOS=141974816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:29:17:17:11:12:0.413793:5:6:10:7:6:6:10:7 chr4 142640637 . A G 200.79 PASS AF=0.4;AO=18;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0164893;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=252.686;QD=14.6031;RBI=0.0267271;REFB=-0.0211482;REVB=-0.0210343;RO=20;SAF=4;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252279;STB=0.50957;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0272005;OID=.;OPOS=142640637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:29:18:22:0.4:14:4:9:11:14:8:11:18 chr4 144124596 . CA C,CT 41.44 PASS AF=0.132075,0.0754717;AO=7,4;DP=52;FAO=7,4;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=5,4;FSAR=2,0;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.231596,-0.0363873;FXX=0.0185151;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.3772,139.519;QD=3.12754;RBI=0.232967,0.0668442;REFB=-0.053618,-0.000616394;REVB=0.0252388,-0.0560724;RO=35;SAF=5,4;SAR=2,0;SRF=13;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.397033,0.641654;STB=0.721914,0.997509;STBP=0.263,0.023;TYPE=del,snp;VARB=-0.0169548,0.0526743;OID=.,.;OPOS=144124597,144124597;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.132075,0.0754717:7,4:52:7,4:53:42:5,4:2,0:19:23:18:35:5,4:2,0:13:22 chr4 144135718 . G A 655.75 PASS AF=0.93617;AO=43;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0271748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7613;QD=55.8088;RBI=0.0388317;REFB=-0.0532923;REVB=-0.0277387;RO=3;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850856;STB=0.542837;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0152069;OID=.;OPOS=144135718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:43:44:0.93617:15:28:0:3:16:28:0:3 chr4 144442611 . T C 206.99 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000364051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.058;QD=48.7025;RBI=0.0138018;REFB=0;REVB=-0.013797;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121616;OID=.;OPOS=144442611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr4 144442735 . C T 355.05 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00959191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0026;QD=54.6237;RBI=0.0367559;REFB=0;REVB=0.0354823;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00438992;OID=.;OPOS=144442735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:20:4:0:0:22:4:0:0 chr4 144467104 . T C 722.1 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.455;QD=62.7917;RBI=0.0318632;REFB=0;REVB=-0.0209091;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03755e-06;OID=.;OPOS=144467104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:20:26:0:0 chr4 144532644 . A G 338.38 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0591874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.538;QD=15.2079;RBI=0.0598533;REFB=0.00730043;REVB=-0.00890377;RO=51;SAF=15;SAR=22;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141421;STB=0.512651;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00964862;OID=.;OPOS=144532644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:51:52:37:37:0.41573:22:15:20:31:22:15:20:32 chr4 144542213 . A G 329.77 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.000271279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.154;QD=15.7031;RBI=0.000490596;REFB=-0.00984824;REVB=0.000408769;RO=48;SAF=25;SAR=11;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124756;STB=0.570651;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0158941;OID=.;OPOS=144542213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:11:25:28:20:11:25:28:20 chr4 144617397 . A T 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0291429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.684;QD=19.1476;RBI=0.0299364;REFB=0.0123962;REVB=-0.00684703;RO=36;SAF=14;SAR=22;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260627;STB=0.514508;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.014791;OID=.;OPOS=144617397;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:22:14:15:21:22:14:15:21 chr4 144618610 . G C 933.03 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.405;QD=58.3144;RBI=0.021337;REFB=0;REVB=-0.020771;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26324e-05;OID=.;OPOS=144618610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr4 144619921 . C T 240.29 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0284143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7012;QD=21.3593;RBI=0.0472035;REFB=-0.0531748;REVB=-0.0376935;RO=22;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183898;STB=0.60368;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0445349;OID=.;OPOS=144619921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:16:7:11:11:16:7:11:11 chr4 144794616 . C T 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00524106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.307;QD=13.3417;RBI=0.00524433;REFB=-0.0153667;REVB=-0.00018517;RO=32;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139972;STB=0.580569;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.01714;OID=.;OPOS=144794616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:12:9:18:14:12:9:18:14 chr4 144799840 . G A 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0128845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.683;QD=23.5978;RBI=0.0388391;REFB=0.000304658;REVB=-0.0366396;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127416;STB=0.559952;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.000292022;OID=.;OPOS=144799840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:11:14:8:12:11:14:9:12 chr4 144801662 . C G,T 1181.81 PASS AF=0.353659,0.634146;AO=29,51;DP=82;FAO=29,52;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=16,25;FSAR=13,27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00825126,-0.0548552;FXX=0.0120467;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=134.642,38.8251;QD=57.6491;RBI=0.0387667,0.0791615;REFB=-1.46414e-05,-0.0497492;REVB=-0.0378784,-0.057074;RO=1;SAF=16,25;SAR=13,26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0344827,0.0177671;STB=0.518506,0.509087;STBP=0.329,0.499;TYPE=snp,snp;VARB=0.019743,0.00762781;OID=.,.;OPOS=144801662,144801662;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:82:82:1:1:29,51:29,52:0.353659,0.634146:13,26:16,25:0:1:13,27:16,25:0:1 chr4 145041686 . A G 272.51 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.369;QD=51.9058;RBI=0.0582103;REFB=0;REVB=0.0317435;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245918;OID=.;OPOS=145041686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr4 145041741 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.726;QD=51.1844;RBI=0.0672551;REFB=0;REVB=-0.026884;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247333;OID=.;OPOS=145041741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr4 146479246 . AC A,AA 235.09 PASS AF=1,0;AO=2,9;DP=15;FAO=19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113883,0.136041;FXX=0.049975;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.059,213.858;QD=49.4928;RBI=0.114125,0.136234;REFB=0,0;REVB=0.00742713,0.00724639;RO=3;SAF=1,1;SAR=1,8;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.473628,-0.513504;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000643365,0;OID=.,.;OPOS=146479247,146479247;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:2,9:15:19,0:19:0:5,0:14,0:0:0:3:3:1,1:1,8:3:0 chr4 146576418 . G C 1653.64 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834042;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5468;QD=60.1325;RBI=0.0608485;REFB=0;REVB=0.0602742;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171713;OID=.;OPOS=146576418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:109:110:1:55:54:0:0:55:55:0:0 chr4 147788709 . C T 836.54 PASS AF=0.441748;AO=89;DP=204;FAO=91;FDP=206;FR=.;FRO=115;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=0.00291673;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.085;QD=16.2435;RBI=0.011414;REFB=-0.00436609;REVB=0.0110351;RO=114;SAF=36;SAR=53;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978634;STB=0.550531;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00561984;OID=.;OPOS=147788709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:206:114:115:89:91:0.441748:53:36:57:57:54:37:57:58 chr4 147824864 . G A 152.7 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0216384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3502;QD=10.3528;RBI=0.0326307;REFB=0.00406263;REVB=-0.0244242;RO=39;SAF=7;SAR=13;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187585;STB=0.610322;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0075248;OID=.;OPOS=147824864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:13:7:20:19:13:7:20:19 chr4 148461037 . T C 425.97 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0642878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5699;QD=16.3833;RBI=0.0720763;REFB=-0.00439062;REVB=0.0325894;RO=55;SAF=26;SAR=21;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428748;STB=0.524485;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00785271;OID=.;OPOS=148461037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:55:57:47:47:0.451923:21:26:28:27:21:26:29:28 chr4 148461073 . G A 306.42 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00148692;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.327;QD=15.1319;RBI=0.00869542;REFB=-0.00834124;REVB=0.00856734;RO=46;SAF=18;SAR=15;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691186;STB=0.523242;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0125777;OID=.;OPOS=148461073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:33:34:0.419753:15:18:22:24:16:18:23:24 chr4 149000024 . C T 339.37 PASS AF=0.423077;AO=26;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=1.83607e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.518;QD=17.4036;RBI=0.0121391;REFB=-0.00710165;REVB=-0.012139;RO=40;SAF=17;SAR=9;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219216;STB=0.670049;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0298396;OID=.;OPOS=149000024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:41:26:33:0.423077:9:17:18:22:9:24:18:23 chr4 149002016 . AT AA,A 102.58 PASS AF=0,0.578947;AO=2,13;DP=40;FAO=0,22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=0,9;FSAR=0,13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0942756,-0.0470542;FXX=0.0731529;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=13.9177,10.2926;QD=10.7975;RBI=0.0953404,0.0498889;REFB=0.0312236,0.0302132;REVB=-0.0142091,0.0165775;RO=15;SAF=1,4;SAR=1,9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.10165,-0.0955707;STB=0.5,0.514912;STBP=1,0.841;TYPE=snp,del;VARB=0,-0.00681517;OID=.,.;OPOS=149002017,149002017;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.578947:2,13:40:0,22:38:16:0,9:0,13:6:10:73:15:1,4:1,9:6:9 chr4 149356516 . A G 1560.57 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315812;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.209;QD=58.8893;RBI=0.0324625;REFB=-0.0871933;REVB=-0.00751295;RO=1;SAF=58;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811238;STB=0.504273;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=7.67067e-05;OID=.;OPOS=149356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:1:1:105:105:0.990566:47:58:1:0:47:58:1:0 chr4 149357475 . C T 306.26 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.104;QD=53.263;RBI=0.0119896;REFB=0;REVB=-0.0106437;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.71148e-05;OID=.;OPOS=149357475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr4 149358014 . G C 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0209416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.454;QD=24.0275;RBI=0.0211158;REFB=-0.016026;REVB=-0.00270673;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126876;STB=0.571326;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00654071;OID=.;OPOS=149358014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:6:8:3:5:6:8:3:5 chr4 151120242 . C T 375.55 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.01027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7228;QD=21.1577;RBI=0.01027;REFB=-0.0210649;REVB=-3.11567e-05;RO=33;SAF=20;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348725;STB=0.519278;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0137706;OID=.;OPOS=151120242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:18:20:16:17:18:20:16:17 chr4 151177340 . CC TG 212.05 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=2;MLLD=302.024;QD=49.8951;RBI=0.02684;REFB=0;REVB=0.02684;RO=0;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000266577;OID=.;OPOS=151177340;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:16:17:1:16:0:0:0:17:0:0:0 chr4 151505322 . T A 358.04 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.565;QD=55.0832;RBI=0.0486858;REFB=0;REVB=-0.035752;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00058021;OID=.;OPOS=151505322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr4 151505505 . A G 170.32 PASS AF=0.45;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00788363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.9462;QD=17.032;RBI=0.0119877;REFB=-0.00445889;REVB=-0.0090307;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119423;STB=0.580022;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00411829;OID=.;OPOS=151505505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:22:18:18:0.45:10:8:12:9:10:8:13:9 chr4 152041502 . C G 97.24 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0311877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.251;QD=12.9655;RBI=0.0334669;REFB=-0.0144968;REVB=-0.0121391;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28767;STB=0.66642;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0162749;OID=.;OPOS=152041502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:4:14:6:6:4:14 chr4 152070633 . T A 457.93 PASS AF=0.390977;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=133;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.0173214;FXX=0.0148137;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.802;QD=13.7723;RBI=0.0175817;REFB=-0.0136084;REVB=-0.00301438;RO=74;SAF=25;SAR=27;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791161;STB=0.544883;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0193001;OID=.;OPOS=152070633;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:133:74:81:52:52:0.390977:27:25:30:44:27:25:33:48 chr4 152212603 . T G 281.65 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.058145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0173;QD=17.0694;RBI=0.0632283;REFB=-0.00707292;REVB=0.024839;RO=35;SAF=19;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956469;STB=0.553734;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00730116;OID=.;OPOS=152212603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:12:19:18:17:12:19:18:17 chr4 152498625 . C T 410.2 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.000424133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.466;QD=18.231;RBI=0.0101775;REFB=-0.00451649;REVB=-0.0101686;RO=48;SAF=27;SAR=15;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606166;STB=0.533882;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00511473;OID=.;OPOS=152498625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:15:27:28:20:15:27:28:20 chr4 152622498 . G A 217.87 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0249685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8877;QD=13.6166;RBI=0.0255226;REFB=0.00904114;REVB=-0.00528948;RO=32;SAF=18;SAR=8;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04044;STB=0.557905;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.0136679;OID=.;OPOS=152622498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:38:26:26:0.40625:8:18:21:11:8:18:23:15 chr4 153690842 . T C 1154.21 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7999;QD=60.7481;RBI=0.0251029;REFB=0;REVB=0.0227788;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93318e-05;OID=.;OPOS=153690842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:45:30:0:0:46:30:0:0 chr4 153896358 . C T 998.49 PASS AF=0.485849;AO=103;DP=212;FAO=103;FDP=212;FR=.;FRO=109;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=-0.00563614;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.286;QD=18.8395;RBI=0.0105232;REFB=-0.00505391;REVB=0.0088866;RO=107;SAF=46;SAR=57;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193281;STB=0.515786;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00482396;OID=.;OPOS=153896358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:107:109:103:103:0.485849:57:46:50:57:57:46:52:57 chr4 153897770 . G A 236.1 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0102354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.891;QD=19.2735;RBI=0.0356569;REFB=-0.0114414;REVB=0.0341563;RO=26;SAF=16;SAR=7;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849801;STB=0.547786;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0124726;OID=.;OPOS=153897770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:7:16:20:6:7:16:20:6 chr4 153898178 . A G 446.9 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0727356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9211;QD=57.6638;RBI=0.0751342;REFB=0;REVB=0.018833;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010981;OID=.;OPOS=153898178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr4 154216710 . G A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.012175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.399;QD=15.1603;RBI=0.0129262;REFB=-0.0188047;REVB=0.00434245;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113452;STB=0.56514;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0252726;OID=.;OPOS=154216710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:6:10:16:6:6:10:16:6 chr4 154387597 . G C 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0560019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5368;QD=19.1082;RBI=0.0726622;REFB=0.0366771;REVB=-0.0462988;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235001;STB=0.636055;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0300362;OID=.;OPOS=154387597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:3:6:2:4:3:6:2:4 chr4 154478222 . C T 265.99 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0513444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8412;QD=21.279;RBI=0.0678094;REFB=-0.000954272;REVB=-0.0442929;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147135;STB=0.54095;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00135319;OID=.;OPOS=154478222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:16:9:13:12:15:10:12:13 chr4 154479430 . T C 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0102486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.051;QD=8.81162;RBI=0.0357659;REFB=-0.00271134;REVB=0.0342661;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388743;STB=0.736389;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00888692;OID=.;OPOS=154479430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:7:3:15:8:7:3:15:8 chr4 154525458 . C T 421.79 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198977;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.898;QD=54.4242;RBI=0.0272091;REFB=-0.0677497;REVB=0.0185584;RO=1;SAF=22;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207257;STB=0.511104;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00219436;OID=.;OPOS=154525458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:31:1:1:30:30:0.967742:8:22:1:0:8:22:1:0 chr4 154624656 . T C 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00709392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.614;QD=20.6011;RBI=0.00880943;REFB=-0.00843337;REVB=-0.00522325;RO=19;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173701;STB=0.509794;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00814163;OID=.;OPOS=154624656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:7:13:12:7:7:13:12:7 chr4 154625409 . T C 194.33 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0253647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.069;QD=24.291;RBI=0.0273461;REFB=0.00358103;REVB=-0.0102196;RO=13;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127572;STB=0.571352;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00294616;OID=.;OPOS=154625409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:7:12:6:7:7:12:6:7 chr4 154631543 . A T 1152.01 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241549;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.671;QD=59.0773;RBI=0.0436537;REFB=-0.107163;REVB=-0.0363618;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000668362;OID=.;OPOS=154631543;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:76:77:0.987179:45:31:0:0:45:32:1:0 chr4 154702283 . G C 75.22 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0857184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8188;QD=11.1439;RBI=0.0865052;REFB=-0.00540247;REVB=0.0116406;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128126;STB=0.507677;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00534851;OID=.;OPOS=154702283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:7:10:6:4:7:10 chr4 154709856 . A C 585.66 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.423;QD=60.0675;RBI=0.0291894;REFB=0;REVB=0.0243345;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46054e-05;OID=.;OPOS=154709856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:24:14:0:0:25:14:0:0 chr4 155156207 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.626;QD=63.5828;RBI=0.0359441;REFB=0;REVB=0.0210224;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110731;OID=.;OPOS=155156207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:15:32:0:0:15:32:0:0 chr4 155241572 . G A 451.8 PASS AF=0.421488;AO=45;DP=118;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.00519691;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.854;QD=14.9355;RBI=0.0105446;REFB=-0.00789138;REVB=-0.00917497;RO=70;SAF=19;SAR=26;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726641;STB=0.566346;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0136105;OID=.;OPOS=155241572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:121:70:70:45:51:0.421488:26:19:25:45:27:24:25:45 chr4 155243573 . C T 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.861;QD=59.8551;RBI=0.036839;REFB=0;REVB=-0.0351498;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131368;OID=.;OPOS=155243573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr4 155243604 . T C 940.85 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0472485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8728;QD=57.021;RBI=0.0472667;REFB=-0.0406045;REVB=0.00131143;RO=1;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119601;STB=0.506327;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00538855;OID=.;OPOS=155243604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:39:26:0:1:39:26:0:1 chr4 155244401 . TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG,TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTT 363.29 PASS AF=0.846154,0.153846;AO=15,2;DP=30;FAO=22,4;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338133,0.0349369;FXX=0.133289;HRUN=3,1;LEN=4,1;MLLD=184.329,173.588;QD=55.8913;RBI=0.0338813,0.0349478;REFB=0,0;REVB=0.00214579,-0.000873492;RO=0;SAF=8,0;SAR=7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0148337,0.196095;OID=.,.;OPOS=155244402,155244425;OREF=TTTG,G;OALT=-,T;OMAPALT=TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG,TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.846154,0.153846:15,2:30:22,4:26:0:12,2:10,2:0:0:23:0:8,0:7,2:0:0 chr4 155244475 . G T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.972;QD=56.7066;RBI=0.0386561;REFB=0;REVB=-0.0075603;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202138;OID=.;OPOS=155244475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr4 155256177 . A G 267.81 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00296943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.433;QD=16.231;RBI=0.00775553;REFB=-0.0198135;REVB=-0.00716454;RO=36;SAF=9;SAR=21;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126227;STB=0.571379;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0306895;OID=.;OPOS=155256177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:21:9:15:21:21:9:15:21 chr4 155256205 . G A 749.33 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.931;QD=56.5529;RBI=0.0407047;REFB=0;REVB=0.0356578;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148778;OID=.;OPOS=155256205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:53:0:0:49:53:1:32:17:0:0:34:19:0:0 chr4 155287535 . T C 267.35 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0156684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.05;QD=18.4381;RBI=0.0248578;REFB=-0.0136333;REVB=0.019298;RO=29;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628569;STB=0.535085;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0146778;OID=.;OPOS=155287535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:16:13:11:18:16:13:11:18 chr4 155295076 . A G 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.051774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.364;QD=27.6512;RBI=0.0602991;REFB=-0.0140584;REVB=0.0309101;RO=9;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141679;STB=0.578857;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.010105;OID=.;OPOS=155295076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:12:6:5:4:12:6:5:4 chr4 155312411 . G A 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00540161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.769;QD=14.742;RBI=0.0138462;REFB=-0.024104;REVB=0.0127491;RO=25;SAF=12;SAR=5;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176311;STB=0.510192;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0233333;OID=.;OPOS=155312411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:5:12:18:7:5:12:18:7 chr4 155407680 . A G 194.7 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0187941;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.9081;QD=16.5699;RBI=0.0188185;REFB=0.021082;REVB=0.000958396;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458884;STB=0.517839;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.01669;OID=.;OPOS=155407680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:27:20:20:0.425532:12:8:10:18:12:8:10:17 chr4 155410822 . G A 430.99 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00155526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3858;QD=17.9581;RBI=0.0222806;REFB=-0.0146181;REVB=-0.0222263;RO=51;SAF=22;SAR=22;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471504;STB=0.531236;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0196777;OID=.;OPOS=155410822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:52:44:44:0.458333:22:22:23:28:22:22:23:29 chr4 155410909 . A G 894.84 PASS AF=0.46798;AO=94;DP=203;FAO=95;FDP=203;FR=.;FRO=108;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=-0.0276124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5423;QD=17.6323;RBI=0.0425414;REFB=0.00276925;REVB=-0.0323625;RO=108;SAF=44;SAR=50;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219497;STB=0.51472;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00362498;OID=.;OPOS=155410909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:108:108:94:95:0.46798:50:44:53:55:51:44:53:55 chr4 155411065 . T C 448.89 PASS AF=0.374101;AO=52;DP=139;FAO=52;FDP=139;FR=.;FRO=87;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=-0.0116785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.257;QD=12.9178;RBI=0.0131626;REFB=-0.00204849;REVB=0.00607173;RO=86;SAF=20;SAR=32;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038937;STB=0.519112;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00322776;OID=.;OPOS=155411065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:86:87:52:52:0.374101:32:20:36:50:32:20:36:51 chr4 155411104 . A C 2296.04 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00752196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0381;QD=62.9053;RBI=0.026474;REFB=-0.118069;REVB=-0.0253829;RO=0;SAF=64;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000347921;OID=.;OPOS=155411104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:0:1:145:145:0.993151:81:64:0:0:81:64:1:0 chr4 155411939 . A C 549.04 PASS AF=0.430657;AO=59;DP=138;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.0137503;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.93;QD=16.0305;RBI=0.0423726;REFB=-0.00306077;REVB=-0.0400795;RO=78;SAF=39;SAR=20;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170967;STB=0.595926;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00464656;OID=.;OPOS=155411939;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:78:78:59:59:0.430657:20:39:39:39:20:39:39:39 chr4 155412464 . C T 412.88 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0366456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.485;QD=21.4482;RBI=0.0584407;REFB=-0.00450263;REVB=0.0455238;RO=36;SAF=27;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210314;STB=0.61638;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0067263;OID=.;OPOS=155412464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:14:27:15:21:14:27:15:21 chr4 155673436 . G T 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.000827282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.489;QD=13.5805;RBI=0.028539;REFB=-0.00994715;REVB=-0.028527;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283057;STB=0.657342;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0196485;OID=.;OPOS=155673436;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:28:17:17:0.377778:12:5:14:11:12:5:15:13 chr4 155720274 . T C 617.55 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000550589;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.781;QD=61.7547;RBI=0.0190653;REFB=0;REVB=0.0190573;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20831e-05;OID=.;OPOS=155720274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr4 156135676 . C T 347.97 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0322367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7584;QD=14.8071;RBI=0.0588148;REFB=-0.0043901;REVB=0.0491932;RO=56;SAF=20;SAR=18;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287813;STB=0.516302;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00611305;OID=.;OPOS=156135676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:18:20:31:25:18:20:31:25 chr4 156276289 . C T 218.04 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00893618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7556;QD=15.5744;RBI=0.0231109;REFB=-0.000978509;REVB=-0.0213133;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12946;STB=0.5732;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.000525052;OID=.;OPOS=156276289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:12:13:12:19:12:13:12:19 chr4 156276317 . A G 199.73 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.02637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2964;QD=19.973;RBI=0.0267576;REFB=0.0148756;REVB=0.00453808;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177743;STB=0.599904;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.014911;OID=.;OPOS=156276317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:6:14:10:10:6:14 chr4 156294333 . T C 318.75 PASS AF=0.540984;AO=31;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00509623;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.744;QD=20.9014;RBI=0.0267849;REFB=-0.0336279;REVB=0.0262956;RO=27;SAF=22;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324001;STB=0.679132;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0127275;OID=.;OPOS=156294333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:28:31:33:0.540984:9:22:9:18:9:24:10:18 chr4 156379973 . G T 308.32 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00106111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.484;QD=13.4051;RBI=0.0238626;REFB=-0.0111;REVB=-0.023839;RO=57;SAF=18;SAR=17;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321409;STB=0.518347;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.013966;OID=.;OPOS=156379973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:57:35:35:0.380435:17:18:31:26:17:18:31:26 chr4 156382738 . A C 232.41 PASS AF=0.411765;AO=26;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0358074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.134;QD=13.6714;RBI=0.0358542;REFB=0.00226451;REVB=0.00183027;RO=41;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334685;STB=0.532445;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.00432516;OID=.;OPOS=156382738;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:41:40:26:28:0.411765:16:10:17:24:16:12:15:25 chr4 156632391 . A G 759.18 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00196322;FXX=0.0163908;HRUN=6;LEN=1;MLLD=275.127;QD=50.6122;RBI=0.00362128;REFB=-0.174918;REVB=0.00304294;RO=4;SAF=30;SAR=26;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270755;STB=0.514383;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00086534;OID=.;OPOS=156632391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:61:60:4:4:56:56:0.933333:26:30:3:1:26:30:3:1 chr4 156680340 . G T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.00602719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.717;QD=13.4415;RBI=0.0110852;REFB=-0.0242604;REVB=0.00930351;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339259;STB=0.69532;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0489801;OID=.;OPOS=156680340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:2:11:5:5:2:11 chr4 156706412 . C T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0603502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0301;QD=17.542;RBI=0.0712074;REFB=-0.0352716;REVB=0.0377935;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366125;STB=0.705648;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0282604;OID=.;OPOS=156706412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:8:7:14:2:8:7:14:2 chr4 156706482 . G A 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0235218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.877;QD=21.0061;RBI=0.0246101;REFB=-0.0126008;REVB=0.00723746;RO=16;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43507;STB=0.730107;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00822136;OID=.;OPOS=156706482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:13:6:14:2:13:6:14:3 chr4 156787340 . G A 198.45 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0174786;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.747;QD=18.4606;RBI=0.0315869;REFB=-0.0252791;REVB=-0.0263103;RO=23;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00224885;STB=0.501278;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0278964;OID=.;OPOS=156787340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:23:20:20:0.465116:13:7:8:15:13:7:8:15 chr4 156847230 . A G 503.25 PASS AF=0.925;AO=36;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0134935;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=40.3126;QD=50.3252;RBI=0.0217199;REFB=-0.0228857;REVB=-0.01702;RO=2;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425118;STB=0.531898;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0170698;OID=.;OPOS=156847230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:40:40:2:3:36:37:0.925:21:15:0:2:22:15:0:3 chr4 156847236 . AAG AAA,AA,A 356.03 PASS AF=0,0.0588235,0.941176;AO=9,22,5;DP=37;FAO=0,2,32;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,13;FSAR=0,2,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109464,-0.00248227,-0.134963;FXX=0.0285633;HRUN=2,2,8;LEN=1,1,2;MLLD=3.33894,9.21179,14.6758;QD=41.8862;RBI=0.128507,0.0477836,0.136534;REFB=0,0,0;REVB=-0.0673178,-0.0477191,0.0206507;RO=0;SAF=1,8,4;SAR=8,14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.036076,0.0363487,0.0254558;OID=.,.,.;OPOS=156847238,156847238,156847237;OREF=G,G,AG;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0588235,0.941176:9,22,5:37:0,2,32:34:0:0,0,13:0,2,19:0:0:7:0:1,8,4:8,14,1:0:0 chr4 157557726 . A G 1066.15 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.04275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.3828;QD=58.4189;RBI=0.0677017;REFB=-0.0896912;REVB=-0.0524972;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00117047;OID=.;OPOS=157557726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:31:41:0:0:31:41:0:1 chr4 157684248 . T C 375.3 PASS AF=0.587302;AO=35;DP=61;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00267202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.248;QD=23.8287;RBI=0.00507427;REFB=-0.0161673;REVB=0.00431376;RO=22;SAF=23;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161279;STB=0.50787;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0105861;OID=.;OPOS=157684248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:22:26:35:37:0.587302:12:23:14:8:12:25:18:8 chr4 158043559 . C T 407.06 PASS AF=0.5;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0284105;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.66;QD=19.8566;RBI=0.0422103;REFB=-0.00291109;REVB=-0.0312178;RO=41;SAF=12;SAR=29;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235288;STB=0.631175;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00377719;OID=.;OPOS=158043559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:41:41:41:41:0.5:29:12:22:19:29:12:22:19 chr4 158065038 . T C 1185.79 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.488;QD=60.8096;RBI=0.0554935;REFB=0;REVB=-0.00241333;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33931e-05;OID=.;OPOS=158065038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:33:44:0:0:33:45:0:0 chr4 158238830 . T C 1275.42 PASS AF=0.506122;AO=124;DP=245;FAO=124;FDP=245;FR=.;FRO=121;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=0.0285467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.349;QD=20.8232;RBI=0.0290629;REFB=-0.00985699;REVB=0.0054533;RO=120;SAF=68;SAR=56;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286427;STB=0.517878;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00910442;OID=.;OPOS=158238830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:120:121:124:124:0.506122:56:68:62:58:56:68:62:59 chr4 159076826 . C T 1205.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.473;QD=61.0594;RBI=0.0207536;REFB=0;REVB=-0.0144944;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03119e-05;OID=.;OPOS=159076826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr4 159092633 . A G 1505.2 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4171;QD=63.3769;RBI=0.0220152;REFB=0;REVB=-0.0214255;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94049e-05;OID=.;OPOS=159092633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:54:41:0:0:54:41:0:0 chr4 159601676 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0070357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.585;QD=63.871;RBI=0.0070829;REFB=0;REVB=-0.000816276;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35795e-05;OID=.;OPOS=159601676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr4 159791519 . G A 98.42 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0225955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.024;QD=13.5758;RBI=0.0352049;REFB=-0.000198651;REVB=0.0269969;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27891;STB=0.69194;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00193082;OID=.;OPOS=159791519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:29:16:17:12:12:0.413793:10:2:6:10:10:2:7:10 chr4 159826773 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=366.063;QD=56.7066;RBI=0.0299374;REFB=0;REVB=0.0198098;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62683e-05;OID=.;OPOS=159826773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr4 159894250 . C T 545.25 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00684481;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.904;QD=57.3942;RBI=0.00771264;REFB=-0.0779494;REVB=0.00355434;RO=1;SAF=21;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217802;STB=0.511622;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-3.29079e-05;OID=.;OPOS=159894250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:16:21:1:0:16:21:1:0 chr4 159894305 . T C 814.28 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00894263;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.273;QD=57.1423;RBI=0.0264044;REFB=0;REVB=0.0248439;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069084;OID=.;OPOS=159894305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:55:57:1:25:30:0:0:27:30:0:0 chr4 159894391 . G A 196.93 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0434672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.158;QD=12.9137;RBI=0.0454689;REFB=-0.00213952;REVB=0.0133426;RO=36;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590533;STB=0.52644;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00308421;OID=.;OPOS=159894391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:37:24:24:0.393443:14:10:17:19:14:10:17:20 chr4 160159949 . C A 247.35 PASS AF=0.467742;AO=26;DP=65;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.013654;FXX=0.13887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.225;QD=15.9582;RBI=0.0190735;REFB=0.00192924;REVB=0.0133178;RO=29;SAF=19;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156816;STB=0.562086;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00272878;OID=.;OPOS=160159949;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:29:33:26:29:0.467742:7:19:17:12:10:19:18:15 chr4 160277276 . C T 104.98 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.015179;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.1489;QD=11.0509;RBI=0.0166798;REFB=-0.0119806;REVB=0.00691468;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323268;STB=0.615207;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.010652;OID=.;OPOS=160277276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:25:12:13:0.342105:4:8:8:14:5:8:11:14 chr4 160280301 . GTTTTTTTG GTTTTT,GTTTTTT,GTTTTTTG,TGTTTTTTG 59.17 PASS AF=0,0,0.576923,0.0384615;AO=4,3,4,2;DP=26;FAO=0,0,15,1;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=0,0,5,1;FSAR=0,0,10,0;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0116012,0.0124854,-0.255263,-0.136569;FXX=0;HRUN=7,7,7,1;LEN=3,2,1,2;MLLD=233.198,234.266,9.6664,10.4756;QD=9.10351;RBI=0.0135308,0.014365,0.258237,0.204712;REFB=0.0222518,0.0187959,-0.0158089,0.0261442;REVB=-0.00696393,-0.00710411,-0.0390772,-0.152499;RO=8;SAF=3,1,1,0;SAR=1,2,3,2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.272394,-0.177018,-0.272394,-0.590874;STB=0.5,0.5,0.57133,0.989266;STBP=1,1,0.404,0.5;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=0,0,-0.00600449,-0.273599;OID=.,.,.,.;OPOS=160280307,160280308,160280302,160280301;OREF=TTG,TG,T,GT;OALT=-,-,-,TG;OMAPALT=GTTTTT,GTTTTTT,GTTTTTTG,TGTTTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:47:26:26:8:10:4,3,4,2:0,0,15,1:0,0,0.576923,0.0384615:1,2,3,2:3,1,1,0:4:4:0,0,10,0:0,0,5,1:5:5 chr4 160428588 . G A 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00489564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.486;QD=10.8093;RBI=0.00881829;REFB=-0.0151707;REVB=0.0073345;RO=36;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578512;STB=0.533945;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0316432;OID=.;OPOS=160428588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:11:8:17:19:11:8:17:19 chr4 162307312 . C A 685.21 PASS AF=0.623762;AO=63;DP=101;FAO=63;FDP=101;FR=.;FRO=38;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.000358784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.623;QD=27.1369;RBI=0.0179577;REFB=-0.00447714;REVB=-0.0179541;RO=38;SAF=36;SAR=27;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050122;STB=0.527212;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00246556;OID=.;OPOS=162307312;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:38:38:63:63:0.623762:27:36:19:19:27:36:19:19 chr4 164048199 . G C 1286.83 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00262118;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7567;QD=62.016;RBI=0.0131992;REFB=0;REVB=0.0129363;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39801e-05;OID=.;OPOS=164048199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr4 164085425 . T C 2078.57 PASS AF=0.91358;AO=147;DP=162;FAO=148;FDP=162;FR=.;FRO=14;FSAF=72;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0369999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.578;QD=51.3227;RBI=0.0524131;REFB=-0.132432;REVB=0.0371233;RO=14;SAF=71;SAR=76;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562465;STB=0.529762;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00191218;OID=.;OPOS=164085425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:162:162:14:14:147:148:0.91358:76:71:2:12:76:72:2:12 chr4 164393117 . T A 125.26 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0190157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.205;QD=10.4381;RBI=0.0457456;REFB=-0.00824506;REVB=-0.041606;RO=33;SAF=11;SAR=4;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036407;STB=0.521711;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0172539;OID=.;OPOS=164393117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:4:11:25:8:4:11:25:8 chr4 164533702 . T C 276.04 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.000107754;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.387;QD=13.1448;RBI=0.00431887;REFB=0.000491727;REVB=0.00431753;RO=52;SAF=22;SAR=10;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29064;STB=0.666561;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00142018;OID=.;OPOS=164533702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:52:52:32:32:0.380952:10:22:22:30:10:22:22:30 chr4 164750185 . G A 612.32 PASS AF=0.627907;AO=54;DP=86;FAO=54;FDP=86;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0168722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.649;QD=28.48;RBI=0.0243205;REFB=-0.032648;REVB=0.0175162;RO=32;SAF=27;SAR=27;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021388;STB=0.511624;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0191147;OID=.;OPOS=164750185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:32:32:54:54:0.627907:27:27:17:15:27:27:17:15 chr4 165118652 . C T 368.85 PASS AF=0.413462;AO=39;DP=107;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=55;FSRR=6;FWDB=-0.0159947;FXX=0.0714222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.602;QD=14.1867;RBI=0.0205304;REFB=-0.0270854;REVB=-0.012871;RO=62;SAF=29;SAR=10;SRF=58;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329942;STB=0.624952;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0317219;OID=.;OPOS=165118652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:104:62:61:39:43:0.413462:10:29:58:4:10:33:55:6 chr4 165118796 . G A 534.0 PASS AF=0.597561;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.00422526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.845;QD=26.0487;RBI=0.0304261;REFB=-0.0269199;REVB=0.0301313;RO=31;SAF=33;SAR=16;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296053;STB=0.525033;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.017329;OID=.;OPOS=165118796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:31:33:49:49:0.597561:16:33:22:9:16:33:24:9 chr4 165878335 . A G 1029.75 PASS AF=0.985915;AO=53;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0341585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2321;QD=58.0138;RBI=0.0375843;REFB=0.0373407;REVB=0.0156772;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.000540957;OID=.;OPOS=165878335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:53:70:0.985915:18:35:0:0:33:37:1:0 chr4 166000194 . CA C,CG 733.08 PASS AF=0.145833,0.854167;AO=7,39;DP=47;FAO=7,41;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=2,29;FSAR=5,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369552,0.032082;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.128,132.829;QD=61.0901;RBI=0.038583,0.0331412;REFB=0,0;REVB=-0.0110888,0.00831187;RO=0;SAF=1,29;SAR=6,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.36384e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00643938,-0.00233667;OID=.,.;OPOS=166000195,166000195;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.145833,0.854167:7,39:47:7,41:48:0:2,29:5,12:0:0:29:0:1,29:6,10:0:0 chr4 166231868 . A G 341.35 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.0143783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6976;QD=13.3864;RBI=0.015791;REFB=-0.0129658;REVB=-0.00652835;RO=62;SAF=24;SAR=16;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326311;STB=0.518509;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0155518;OID=.;OPOS=166231868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:16:24:39:23:16:24:39:23 chr4 166264119 . A G 751.95 PASS AF=0.525547;AO=72;DP=139;FAO=72;FDP=137;FR=.;FRO=65;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0204009;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.395;QD=21.9548;RBI=0.0205499;REFB=-0.0175876;REVB=0.00247041;RO=63;SAF=41;SAR=31;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120303;STB=0.500103;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0155313;OID=.;OPOS=166264119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:63:65:72:72:0.525547:31:41:35:28:31:41:37:28 chr4 166929102 . G A 192.97 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0360932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8027;QD=13.7834;RBI=0.0419931;REFB=-0.0364394;REVB=0.0214641;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244828;STB=0.514006;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0432538;OID=.;OPOS=166929102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:11:12:18:15:11:12:18:15 chr4 166951606 . T C 207.35 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00548618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.33;QD=11.2079;RBI=0.0150153;REFB=-0.0126714;REVB=-0.0139772;RO=48;SAF=17;SAR=9;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243641;STB=0.6414;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.019657;OID=.;OPOS=166951606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:9:17:21:27:9:17:21:27 chr4 167012381 . G A 2705.05 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4355;QD=62.185;RBI=0.0242094;REFB=0;REVB=0.00101311;RO=0;SAF=89;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285864;OID=.;OPOS=167012381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:173:174:1:84:89:0:0:85:89:0:0 chr4 167012480 . T C 1561.91 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.108737;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.028;QD=58.9402;RBI=0.113395;REFB=-0.145964;REVB=0.0321664;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00116023;OID=.;OPOS=167012480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:0:1:105:105:0.990566:52:53:0:0:52:53:0:1 chr4 167020644 . A G 452.22 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0419457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.571;QD=19.4503;RBI=0.0423633;REFB=0.0083251;REVB=-0.00593395;RO=48;SAF=18;SAR=27;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0040332;STB=0.502241;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.0100467;OID=.;OPOS=167020644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:27:18:19:29:27:18:19:29 chr4 167023255 . A G 182.31 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0274948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7485;QD=11.5755;RBI=0.0324276;REFB=-0.00278307;REVB=0.0171926;RO=40;SAF=9;SAR=14;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252412;STB=0.645738;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0106823;OID=.;OPOS=167023255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:14:9:25:15:14:9:25:15 chr4 167063842 . C T 137.22 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00167224;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2748;QD=16.1432;RBI=0.0379913;REFB=-0.0213028;REVB=-0.0379545;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320951;STB=0.518494;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0364427;OID=.;OPOS=167063842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:12:7:6:9:12:7 chr4 167654960 . C A,G 513.97 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=2,32;DP=34;FAO=1,34;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883014,-0.00219958;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.675,147.982;QD=58.7399;RBI=0.0300565,0.00263374;REFB=0,0;REVB=-0.0287301,0.00144858;RO=0;SAF=1,28;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0503604,0.000375824;OID=.,.;OPOS=167654960,167654960;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:34:35:0:0:2,32:1,34:0.0285714,0.971429:1,4:1,28:0:0:0,6:1,28:0:0 chr4 168004426 . C T 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00595851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.526;QD=20.5464;RBI=0.0363053;REFB=-0.0108679;REVB=0.035813;RO=22;SAF=5;SAR=17;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154503;STB=0.58768;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0103402;OID=.;OPOS=168004426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:17:5:8:14:17:5:8:14 chr4 168584259 . T A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.027;QD=48.737;RBI=0.0468709;REFB=0;REVB=0.0442975;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650017;OID=.;OPOS=168584259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr4 169141748 . T A 82.66 PASS AF=0.109677;AO=36;DP=312;FAO=34;FDP=310;FR=.;FRO=276;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=124;FSRR=152;FWDB=-0.0279422;FXX=0.00958436;HRUN=5;LEN=1;MLLD=130.284;QD=1.06659;RBI=0.0316526;REFB=-0.00247752;REVB=-0.0148702;RO=262;SAF=5;SAR=31;SRF=119;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437713;STB=0.805011;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.219614;OID=.;OPOS=169141748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:312:310:262:276:36:34:0.109677:31:5:119:143:29:5:124:152 chr4 169141768 . TAAAAAAT TAAAAAT,TAAAAATA,TTAAAAAT 196.38 PASS AF=0.348548,0.0497925,0;AO=64,15,42;DP=246;FAO=84,12,0;FDP=241;FR=.;FRO=145;FSAF=9,0,0;FSAR=75,12,0;FSRF=81;FSRR=64;FWDB=0.11635,-0.00964039,0.0343779;FXX=0.0203244;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=7.55015,124.886,21.2158;QD=3.25933;RBI=0.220415,0.0365174,0.061053;REFB=-0.242355,-0.0209691,-0.1333;REVB=-0.187204,-0.0352219,-0.0504542;RO=104;SAF=7,0,2;SAR=57,15,40;SRF=71;SRR=33;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.659921,-0.749239,-0.768412;STB=0.843551,0.999195,0.5;STBP=0,0,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.187745,0.0948695,0;OID=.,.,.;OPOS=169141769,169141774,169141769;OREF=A,AT,A;OALT=-,TA,T;OMAPALT=TAAAAAT,TAAAAATA,TTAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348548,0.0497925,0:64,15,42:246:84,12,0:241:145:9,0,0:75,12,0:81:64:99:104:7,0,2:57,15,40:71:33 chr4 169282355 . T C 334.78 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=82;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.00317942;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.601;QD=16.5325;RBI=0.00593309;REFB=-0.00341429;REVB=0.00500928;RO=44;SAF=12;SAR=23;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273883;STB=0.51687;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00443193;OID=.;OPOS=169282355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:44:45:35:36:0.444444:23:12:14:30:23:13:15:30 chr4 169299528 . T C 375.46 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0169235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.612;QD=18.3149;RBI=0.023802;REFB=-0.009625;REVB=0.0167371;RO=43;SAF=21;SAR=18;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407423;STB=0.522716;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0115587;OID=.;OPOS=169299528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:18:21:25:18:18:21:25:18 chr4 169315760 . C A 1049.78 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.073;QD=58.3208;RBI=0.0122007;REFB=-0.0990327;REVB=0.00333622;RO=1;SAF=24;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242581;OID=.;OPOS=169315760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:72:72:1:0:71:72:1:47:24:1:0:47:25:0:0 chr4 169317279 . C T 87.5 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0407057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5186;QD=13.4609;RBI=0.0485185;REFB=-0.0442684;REVB=-0.0264024;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448621;STB=0.766915;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0148788;OID=.;OPOS=169317279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:9:2:9:6:9:2:9:6 chr4 169327191 . C T 348.94 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00847315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.479;QD=22.8811;RBI=0.0102602;REFB=-0.0111801;REVB=-0.00578588;RO=26;SAF=12;SAR=23;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158268;STB=0.587375;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00861905;OID=.;OPOS=169327191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:23:12:14:12:23:12:14:12 chr4 169336662 . T C 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0384371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8304;QD=52.769;RBI=0.0392939;REFB=-0.118969;REVB=-0.00816075;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515141;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00665092;OID=.;OPOS=169336662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:12:16:0:0:12:16:1:0 chr4 169341435 . A G 1492.44 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.376;QD=62.185;RBI=0.0562172;REFB=-0.0354319;REVB=-0.0548909;RO=1;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104202;STB=0.505375;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000808276;OID=.;OPOS=169341435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:1:1:94:95:0.989583:45:49:0:1:46:49:0:1 chr4 169362557 . C G 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0494771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1536;QD=18.4901;RBI=0.0557318;REFB=-0.00163724;REVB=-0.0256524;RO=25;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00196504;STB=0.517226;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00518217;OID=.;OPOS=169362557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:15:7:8:17:15:7:9:17 chr4 169369820 . T A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.75;QD=61.3363;RBI=0.0471683;REFB=0;REVB=0.0433798;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117051;OID=.;OPOS=169369820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr4 169369853 . A T 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0968961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.389;QD=59.8353;RBI=0.0983389;REFB=0;REVB=0.0167831;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489866;OID=.;OPOS=169369853;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr4 169369920 . C T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00335854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.112;QD=21.3533;RBI=0.0148664;REFB=-0.0183455;REVB=-0.0144821;RO=9;SAF=4;SAR=9;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181636;STB=0.60163;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0106018;OID=.;OPOS=169369920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:9:4:1:8:9:4:1:8 chr4 169393595 . A G 801.31 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4361;QD=57.2362;RBI=0.0317775;REFB=0;REVB=0.00951647;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353918;OID=.;OPOS=169393595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:32:24:0:0 chr4 169606649 . C A 479.46 PASS AF=0.516484;AO=44;DP=88;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0142541;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.749;QD=21.075;RBI=0.0231977;REFB=-0.0152626;REVB=0.0183018;RO=43;SAF=21;SAR=23;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113311;STB=0.570003;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0141317;OID=.;OPOS=169606649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:43:44:44:47:0.516484:23:21:26:17:25:22:27:17 chr4 169630204 . T G 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00389199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.091;QD=17.289;RBI=0.00508351;REFB=-0.0053212;REVB=0.00327024;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164542;STB=0.592295;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00502117;OID=.;OPOS=169630204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:18:12:19:14:18:12:19:14 chr4 169806527 . A G 958.69 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202863;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9968;QD=58.9962;RBI=0.0506487;REFB=0;REVB=0.0464087;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013142;OID=.;OPOS=169806527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr4 169846359 . GCT G 703.72 PASS AF=1;AO=46;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324565;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.516;QD=56.2975;RBI=0.0411147;REFB=0;REVB=0.0252387;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000110613;OID=.;OPOS=169846360;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:50:50:50:0:26:24:0:0:4:0:23:23:0:0 chr4 169928842 . G T 4114.21 PASS AF=1;AO=263;DP=264;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334575;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.999;QD=62.5735;RBI=0.0336074;REFB=0;REVB=-0.00317038;RO=0;SAF=135;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35257e-05;OID=.;OPOS=169928842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:264:263:0:0:263:263:1:128:135:0:0:128:135:0:0 chr4 170037572 . G A 173.78 PASS AF=0.5;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0123562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2129;QD=19.3083;RBI=0.0427815;REFB=-0.0594159;REVB=0.0409583;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126365;STB=0.555495;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0544824;OID=.;OPOS=170037572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:17:18:0.5:9:8:11:7:9:9:11:7 chr4 170581570 . G A 1086.16 PASS AF=0.986667;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0666495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9003;QD=57.9287;RBI=0.0676885;REFB=-0.0054601;REVB=-0.0118139;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000936406;OID=.;OPOS=170581570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:75:0:1:72:74:0.986667:38:34:0:0:39:35:0:1 chr4 170663235 . C T 633.04 PASS AF=0.923077;AO=52;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0214994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.338;QD=48.6956;RBI=0.0226227;REFB=0.0381417;REVB=0.00704013;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.512169;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00304117;OID=.;OPOS=170663235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:52:52:0:4:52:48:0.923077:33:19:0:0:31:17:2:2 chr4 170678993 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.489;QD=55.6561;RBI=0.0580728;REFB=0;REVB=0.0367795;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133222;OID=.;OPOS=170678993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr4 170987636 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00220731;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=313.781;QD=57.0008;RBI=0.00719793;REFB=0;REVB=0.00685113;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8299e-06;OID=.;OPOS=170987636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr4 172735897 . C G 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1521;QD=60.3736;RBI=0.0432482;REFB=0;REVB=-0.036617;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105901;OID=.;OPOS=172735897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr4 174062875 . A G 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.38;QD=53.9047;RBI=0.0778259;REFB=0;REVB=-0.0777493;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000958491;OID=.;OPOS=174062875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr4 174090004 . G A 932.24 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00767983;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.026;QD=55.656;RBI=0.0360788;REFB=-0.0185608;REVB=0.035252;RO=2;SAF=48;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523785;STB=0.527769;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000192668;OID=.;OPOS=174090004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:67:2:2:65:65:0.970149:17:48:0:2:17:48:0:2 chr4 174458022 . T A 376.06 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0179854;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5141;QD=15.6691;RBI=0.0208792;REFB=0.000139542;REVB=0.010605;RO=56;SAF=22;SAR=18;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601084;STB=0.533882;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.000820729;OID=.;OPOS=174458022;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:56:56:40:40:0.416667:18:22:34:22:18:22:34:22 chr4 174537221 . T C 309.57 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00286061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6915;QD=16.0814;RBI=0.0202358;REFB=-0.0266498;REVB=0.0200326;RO=42;SAF=12;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172786;STB=0.591717;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0347546;OID=.;OPOS=174537221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:43:34:34:0.441558:22:12:22:20:22:12:22:21 chr4 174537356 . T A 375.47 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0132882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.367;QD=18.3156;RBI=0.0133877;REFB=-0.0234492;REVB=0.00162976;RO=41;SAF=22;SAR=17;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00292397;STB=0.515508;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0164108;OID=.;OPOS=174537356;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:43:39:39:0.47561:17:22:23:18:17:22:23:20 chr4 174537471 . G A 559.13 PASS AF=0.495726;AO=57;DP=116;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00989376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.542;QD=19.1155;RBI=0.0175888;REFB=-0.0121987;REVB=-0.0145423;RO=59;SAF=32;SAR=25;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334126;STB=0.522238;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0116595;OID=.;OPOS=174537471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:59:59:57:58:0.495726:25:32:31:28:25:33:31:28 chr4 175237408 . T C 344.13 PASS AF=0.537313;AO=34;DP=65;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0174859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.726;QD=20.5451;RBI=0.0182255;REFB=-0.0173475;REVB=0.00513954;RO=30;SAF=16;SAR=18;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117585;STB=0.567128;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0172215;OID=.;OPOS=175237408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:30:31:34:36:0.537313:18:16:10:20:18:18:11:20 chr4 175443156 . C T 369.3 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0409921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.322;QD=25.0369;RBI=0.0412432;REFB=-0.013948;REVB=-0.004544;RO=23;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463718;STB=0.52541;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00608632;OID=.;OPOS=175443156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:18:18:13:10:18:18:13:10 chr4 175598280 . A G 440.25 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0192847;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.35;QD=15.8647;RBI=0.0194739;REFB=-0.00633269;REVB=-0.00270851;RO=59;SAF=29;SAR=20;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180507;STB=0.587441;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00859931;OID=.;OPOS=175598280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:59:62:49:49:0.441441:20:29:24:35:20:29:27:35 chr4 175598334 . T C 1559.79 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100005;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.033;QD=58.86;RBI=0.0247339;REFB=0.00961577;REVB=0.022622;RO=1;SAF=53;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0088696;STB=0.504586;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=6.67407e-05;OID=.;OPOS=175598334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:51:53:1:0:51:54:1:0 chr4 175688138 . A G 1026.2 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.459;QD=59.49;RBI=0.00844549;REFB=0;REVB=0.00709915;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55715e-05;OID=.;OPOS=175688138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr4 175688141 . G A 70.39 PASS AF=0.0555556;AO=35;DP=70;FAO=2;FDP=36;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.000303832;FXX=0.485645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.541;QD=7.82088;RBI=0.0161912;REFB=4.48415e-05;REVB=-0.0161883;RO=34;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.105239;OID=.;OPOS=175688141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:70:36:34:34:35:2:0.0555556:17:18:17:17:1:1:17:17 chr4 176555585 . A C 1623.56 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6062;QD=60.1319;RBI=0.0380473;REFB=0;REVB=-0.00885127;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153183;OID=.;OPOS=176555585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:50:57:0:0:51:57:0:0 chr4 176573028 . T C 279.84 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00626881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.958;QD=14.1689;RBI=0.0114333;REFB=-0.00506999;REVB=0.00956156;RO=47;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00216372;STB=0.50123;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00693828;OID=.;OPOS=176573028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:19:13:19:28:19:13:19:28 chr4 177073026 . G A 930.35 PASS AF=1;AO=46;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.917;QD=58.147;RBI=0.0426624;REFB=0;REVB=0.0403861;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11574e-05;OID=.;OPOS=177073026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:46:64:1:25:21:0:0:28:36:0:0 chr4 177073027 . C A 90.83 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0705336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.4192;QD=5.58971;RBI=0.094203;REFB=-0.0432392;REVB=-0.0624437;RO=48;SAF=15;SAR=2;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578269;STB=0.857535;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.237828;OID=.;OPOS=177073027;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:65:65:48:48:17:17:0.261538:2:15:21:27:2:15:21:27 chr4 177087322 . C T 861.24 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0538662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.047;QD=57.4158;RBI=0.0550991;REFB=0;REVB=0.0115907;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.95137e-05;OID=.;OPOS=177087322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:35:24:0:0:35:25:0:0 chr4 177113779 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.276;QD=58.6006;RBI=0.00320517;REFB=0;REVB=-0.00160342;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0874e-06;OID=.;OPOS=177113779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr4 177113956 . A G 634.75 PASS AF=0.467626;AO=65;DP=139;FAO=65;FDP=139;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=0.10609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.292;QD=18.2662;RBI=0.10691;REFB=-0.011365;REVB=-0.013216;RO=73;SAF=33;SAR=32;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384425;STB=0.517496;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0115272;OID=.;OPOS=177113956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:73:74:65:65:0.467626:32:33:40:33:32:33:40:34 chr4 177137988 . C T 1189.18 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0522953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4255;QD=57.3097;RBI=0.0764132;REFB=0.011554;REVB=-0.0557151;RO=3;SAF=52;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265318;STB=0.514015;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.0105114;OID=.;OPOS=177137988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:83:83:3:3:80:80:0.963855:28:52:3:0:28:52:3:0 chr4 177605081 . CTCA C 801.51 PASS AF=0.921875;AO=59;DP=64;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00360764;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=3;MLLD=312.884;QD=50.0942;RBI=0.00869709;REFB=0.00647468;REVB=0.00791356;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507152;STBP=0.773;TYPE=del;VARB=-0.000674065;OID=.;OPOS=177605082;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.921875:59:64:59:64:5:30:29:3:2:20:0:30:29:0:0 chr4 178102691 . C G 610.36 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.038092;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4118;QD=19.3764;RBI=0.0475967;REFB=0.00812176;REVB=0.0285385;RO=64;SAF=28;SAR=34;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717052;STB=0.539571;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.0070394;OID=.;OPOS=178102691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:64:62:62:0.492063:34:28:24:40:34:28:24:40 chr4 178274835 . A C 38.51 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0289322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.546;QD=11.0035;RBI=0.0319444;REFB=-0.00922289;REVB=0.0135413;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271446;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00684632;OID=.;OPOS=178274835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:5:3:4:2:5:3 chr4 178281754 . G A 1226.68 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0173253;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.523;QD=57.726;RBI=0.0394006;REFB=-0.0339461;REVB=0.035387;RO=3;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318953;STB=0.51685;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000515525;OID=.;OPOS=178281754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:3:3:82:82:0.964706:43:39:0:3:43:39:0:3 chr4 178359960 . G C 772.59 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254252;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1649;QD=55.1846;RBI=0.0378318;REFB=-0.0940547;REVB=0.0280143;RO=1;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285388;STB=0.51428;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00128818;OID=.;OPOS=178359960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:54:55:0.982143:16:38:0:1:17:38:0:1 chr4 179037990 . C T 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0140531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.377;QD=20.6009;RBI=0.0207557;REFB=0.0155226;REVB=-0.0152746;RO=19;SAF=16;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245201;STB=0.639845;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.014461;OID=.;OPOS=179037990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:4:16:11:8:4:16:11:8 chr4 179327856 . G A 1700.37 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.060459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9739;QD=59.1435;RBI=0.068798;REFB=-0.0772475;REVB=-0.0328309;RO=0;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00472246;OID=.;OPOS=179327856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:115:0:1:113:114:0.991304:53:60:0:0:53:61:1:0 chr4 183601847 . T C 1381.08 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0343776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8631;QD=61.3813;RBI=0.0646042;REFB=-0.00107237;REVB=0.0546981;RO=0;SAF=34;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58117e-08;STB=0.507245;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000742485;OID=.;OPOS=183601847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:0:1:89:89:0.988889:55:34:0:0:55:34:1:0 chr4 183652175 . T C 2450.44 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00720996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.14;QD=61.2611;RBI=0.0471167;REFB=0;REVB=0.0465618;RO=0;SAF=93;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9146e-05;OID=.;OPOS=183652175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:67:93:0:0:67:93:0:0 chr4 183815688 . A G 416.57 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00633372;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9178;QD=16.8312;RBI=0.00788847;REFB=-0.00713369;REVB=0.00470234;RO=56;SAF=22;SAR=21;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476453;STB=0.526748;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0099786;OID=.;OPOS=183815688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:21:22:26:30:21:22:26:30 chr4 184237193 . A AC 591.53 PASS AF=1;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144603;FXX=0.443131;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.6022;QD=48.2884;RBI=0.0959791;REFB=0;REVB=0.0948835;RO=35;SAF=24;SAR=25;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127296;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000222948;OID=.;OPOS=184237194;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:86:49:49:0:24:25:0:0:11:35:24:25:23:12 chr4 184237195 . A T 324.77 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00423228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.988;QD=14.5966;RBI=0.0166678;REFB=0.00380382;REVB=0.0161215;RO=53;SAF=24;SAR=12;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211141;STB=0.620087;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00780516;OID=.;OPOS=184237195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:12:24:25:28:12:24:25:28 chr4 184238670 . C G 282.75 PASS AF=0.56;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0280655;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1338;QD=22.6197;RBI=0.0440191;REFB=-0.00816147;REVB=-0.0339118;RO=22;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643703;STB=0.535689;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00148345;OID=.;OPOS=184238670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:22:22:28:28:0.56:13:15:10:12:13:15:10:12 chr4 184243528 . G A 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0152399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.293;QD=21.7444;RBI=0.0152406;REFB=-0.0129127;REVB=0.000138483;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285642;STB=0.516108;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0107328;OID=.;OPOS=184243528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:4:7:9:6:4:7 chr4 184366145 . C T 497.76 PASS AF=0.482143;AO=53;DP=112;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.0586043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3269;QD=17.777;RBI=0.0863547;REFB=-0.00408777;REVB=0.0634245;RO=57;SAF=28;SAR=25;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808377;STB=0.553172;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00428133;OID=.;OPOS=184366145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:58:53:54:0.482143:25:28:35:22:26:28:36:22 chr4 184367558 . TCTG T,TCAT 87.97 PASS AF=0.428571,0.0952381;AO=9,2;DP=21;FAO=9,2;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5,0;FSAR=4,2;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0288364,-0.00386844;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=271.929,197.733;QD=16.7569;RBI=0.0293096,0.0177167;REFB=-0.0114527,0.00568334;REVB=-0.0052458,-0.0172892;RO=10;SAF=5,0;SAR=4,2;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.312786,-0.487131;STB=0.681452,0.99171;STBP=0.194,0.396;TYPE=del,mnp;VARB=0.025495,-0.0571542;OID=.,.;OPOS=184367559,184367560;OREF=CTG,TG;OALT=-,AT;OMAPALT=T,TCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0.0952381:9,2:21:9,2:21:10:5,0:4,2:2:8:71:10:5,0:4,2:2:8 chr4 184368714 . T C 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.017593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.03;QD=16.0334;RBI=0.0187674;REFB=-0.016783;REVB=0.00653461;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10902;STB=0.562438;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0221442;OID=.;OPOS=184368714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:17:11:10:10:17:11 chr4 184426387 . C T 2175.9 PASS AF=0.97351;AO=147;DP=152;FAO=147;FDP=151;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=81;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0225463;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.11;QD=57.6396;RBI=0.0634984;REFB=-0.0443487;REVB=0.0593608;RO=4;SAF=66;SAR=81;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279484;STB=0.514704;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.000280276;OID=.;OPOS=184426387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:152:151:4:4:147:147:0.97351:81:66:4:0:81:66:4:0 chr4 184560790 . G A 179.76 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00528497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.728;QD=15.6314;RBI=0.00546965;REFB=-0.0021623;REVB=-0.00140931;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120822;STB=0.569404;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00313923;OID=.;OPOS=184560790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:10:9:16:11:10:9:16:11 chr4 184596814 . G A 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00621761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.968;QD=17.1561;RBI=0.0178333;REFB=-0.0323905;REVB=-0.0167143;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144153;STB=0.582682;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0266547;OID=.;OPOS=184596814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:6:11:10:10:6:11:10:10 chr4 184596850 . A G 563.77 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5647;QD=57.8225;RBI=0.0211434;REFB=-0.00237437;REVB=-0.0173812;RO=1;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302093;STB=0.51612;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=6.19182e-06;OID=.;OPOS=184596850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:15:23:0:1:15:23:0:1 chr4 184600571 . C A 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00872789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.122;QD=14.9204;RBI=0.0157804;REFB=-0.0120608;REVB=-0.0131471;RO=37;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103392;STB=0.558556;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0163911;OID=.;OPOS=184600571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:15:13:21:16:15:13:21:16 chr4 184600601 . A G 1106.79 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00680323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.874;QD=57.4955;RBI=0.01077;REFB=-0.0606854;REVB=-0.00834923;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512192;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000185709;OID=.;OPOS=184600601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:77:0:2:74:75:0.974026:34:40:0:0:35:40:2:0 chr4 184612553 . G C 427.34 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0134375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.147;QD=16.9242;RBI=0.0170216;REFB=-0.0321503;REVB=0.0104483;RO=54;SAF=20;SAR=26;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991509;STB=0.55054;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0379852;OID=.;OPOS=184612553;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:55:46:46:0.455446:26:20:29:25:26:20:29:26 chr4 184626158 . T C 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0120027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.319;QD=25.2765;RBI=0.0120033;REFB=-0.00346076;REVB=-0.000113789;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952202;STB=0.553135;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00353838;OID=.;OPOS=184626158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:7:12:6:6:7:12:6:6 chr4 184931818 . G A 274.75 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0337472;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.571;QD=24.4222;RBI=0.0338797;REFB=-0.0101639;REVB=0.00299408;RO=19;SAF=8;SAR=17;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102209;STB=0.536659;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00764823;OID=.;OPOS=184931818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:19:20:25:25:0.555556:17:8:4:15:17:8:5:15 chr4 184932016 . C T 37.37 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0307402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6437;QD=8.7934;RBI=0.0563432;REFB=-0.00826887;REVB=-0.0472186;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730921;STB=0.545308;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0111575;OID=.;OPOS=184932016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:3:8:4:2:3:8 chr4 185012398 . T C 217.8 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.00494961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.224;QD=16.7541;RBI=0.0227936;REFB=-0.0023288;REVB=0.0222497;RO=28;SAF=18;SAR=5;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448534;STB=0.532682;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00356839;OID=.;OPOS=185012398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:28:23:24:0.461538:5:18:21:7:5:19:21:7 chr4 185200094 . G A 57.35 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00542285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.053;QD=12.7434;RBI=0.00644727;REFB=-0.0149156;REVB=-0.00348711;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187303;STB=0.610847;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0149083;OID=.;OPOS=185200094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:3:7:4:4:3:7 chr4 185310218 . C T 171.2 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00250576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.996;QD=12.4512;RBI=0.00374756;REFB=-0.0144653;REVB=-0.00278664;RO=34;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154496;STB=0.589656;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0105457;OID=.;OPOS=185310218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:7:14:18:16:7:14:18:16 chr4 185587165 . A G 1044.07 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.845;QD=59.6614;RBI=0.0198568;REFB=0;REVB=-0.00504804;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4457e-05;OID=.;OPOS=185587165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:39:30:0:0:39:31:0:0 chr4 185655171 . C T 661.01 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.036551;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.211;QD=48.9638;RBI=0.0386694;REFB=-0.0338051;REVB=0.0126231;RO=4;SAF=14;SAR=36;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372478;STB=0.519848;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00297643;OID=.;OPOS=185655171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:54:4:4:50:50:0.925926:36:14:2:2:36:14:2:2 chr4 185655190 . C G 395.95 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0183705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.963;QD=52.7939;RBI=0.0255041;REFB=-0.150531;REVB=0.0176913;RO=1;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238715;STB=0.512187;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000843799;OID=.;OPOS=185655190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:19:9:0:1:20:9:0:1 chr4 185678110 . A G 1661.2 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0299936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.559;QD=59.3284;RBI=0.0312996;REFB=-0.0908483;REVB=0.00894696;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.504347;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000390554;OID=.;OPOS=185678110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:0:1:111:111:0.991071:54:57:0:0:54:57:1:0 chr4 185678118 . C G 1612.93 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106792;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.667;QD=60.2964;RBI=0.0415173;REFB=0;REVB=0.0401203;RO=0;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216713;OID=.;OPOS=185678118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:51:55:0:0:52:55:0:0 chr4 185686032 . C T 692.1 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291024;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6745;QD=62.9182;RBI=0.0867786;REFB=0;REVB=0.0817532;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500247;OID=.;OPOS=185686032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr4 185687129 . G A 244.09 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.058612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3162;QD=18.7764;RBI=0.0883449;REFB=-0.0117023;REVB=0.0661018;RO=26;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137164;STB=0.576864;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.012233;OID=.;OPOS=185687129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:15:11:15:11:15:11:15:11 chr4 185735054 . G A 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0297567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.47;QD=14.834;RBI=0.0314946;REFB=-0.0236022;REVB=0.0103174;RO=30;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158969;STB=0.590826;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0381203;OID=.;OPOS=185735054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:13:9:17:13:13:9:17:13 chr4 186091487 . G A 253.33 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0120887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.699;QD=15.1241;RBI=0.0253684;REFB=-0.0418931;REVB=0.022303;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509777;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0434283;OID=.;OPOS=186091487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:38:28:29:0.432836:14:14:19:19:14:15:19:19 chr4 186097045 . C T 184.28 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=90;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.00804082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.856;QD=8.19005;RBI=0.00869667;REFB=0.00145829;REVB=-0.00331318;RO=62;SAF=12;SAR=13;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197634;STB=0.618957;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00545702;OID=.;OPOS=186097045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:62:65:25:25:0.277778:13:12:40:22:13:12:42:23 chr4 186111639 . T C 257.67 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0100801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.485;QD=19.821;RBI=0.0200001;REFB=-0.0137147;REVB=0.0172741;RO=25;SAF=17;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199461;STB=0.611427;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0144552;OID=.;OPOS=186111639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:10:17:10:15:10:17:10:15 chr4 186112111 . G A 228.47 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.000384338;FXX=0.0370302;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.469;QD=17.5749;RBI=0.0317204;REFB=-0.0144332;REVB=0.0317181;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181455;STB=0.50077;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0101847;OID=.;OPOS=186112111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:27:25:25:0.480769:12:13:13:13:12:13:14:13 chr4 186339584 . A G 519.97 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.312;QD=59.4249;RBI=0.0356207;REFB=0;REVB=0.0185524;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142788;OID=.;OPOS=186339584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr4 186347055 . G A 142.68 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00919153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.852;QD=22.8295;RBI=0.0812141;REFB=0.0110178;REVB=0.0806923;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154046;STB=0.586099;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00300545;OID=.;OPOS=186347055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:9:6:2:8:9:6:2:8 chr4 186357523 . C G 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00251544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.71;QD=59.6783;RBI=0.0326288;REFB=0;REVB=-0.0325317;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108503;OID=.;OPOS=186357523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr4 186361876 . A G 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.788;QD=58.9613;RBI=0.0179183;REFB=0;REVB=0.00265618;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79569e-05;OID=.;OPOS=186361876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr4 186366671 . A G 460.24 PASS AF=0.517241;AO=43;DP=85;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00145719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.324;QD=21.1606;RBI=0.0276508;REFB=-0.0211828;REVB=0.0276124;RO=42;SAF=22;SAR=21;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032132;STB=0.506931;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0180072;OID=.;OPOS=186366671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:42:42:43:45:0.517241:21:22:23:19:21:24:23:19 chr4 186379371 . G A 1339.73 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2779;QD=62.3128;RBI=0.0259637;REFB=0;REVB=0.0102763;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.38839e-05;OID=.;OPOS=186379371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:37:49:0:0:37:49:0:0 chr4 186379899 . G C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0336506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.213;QD=18.645;RBI=0.0348189;REFB=-0.00572819;REVB=0.00894392;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219641;STB=0.625487;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00674546;OID=.;OPOS=186379899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:8:5:9:5:8:5 chr4 186380243 . A C 167.85 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0280133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0983;QD=15.6135;RBI=0.071388;REFB=0.00688424;REVB=0.065662;RO=25;SAF=14;SAR=4;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795149;STB=0.546046;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00576244;OID=.;OPOS=186380243;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:4:14:18:7:4:14:18:7 chr4 186380295 . A G 275.8 PASS AF=0.525424;AO=29;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0482833;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7351;QD=18.6985;RBI=0.0567079;REFB=0.00940573;REVB=0.0297408;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319937;STB=0.512957;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00193599;OID=.;OPOS=186380295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:28:29:31:0.525424:12:17:18:11:13:18:17:11 chr4 186380515 . G A 300.71 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00538402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.721;QD=21.4795;RBI=0.00898144;REFB=-0.0112167;REVB=-0.00718878;RO=25;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109591;STB=0.512753;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00856721;OID=.;OPOS=186380515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:25:30:31:0.553571:14:16:13:12:14:17:13:12 chr4 186380846 . A T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0104741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.591;QD=19.0172;RBI=0.011472;REFB=-0.017983;REVB=-0.00467976;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885829;STB=0.550392;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0208972;OID=.;OPOS=186380846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:6:8:7:8:6:8 chr4 186381115 . G T 139.96 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0438857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6205;QD=10.3671;RBI=0.0506607;REFB=0.00363447;REVB=-0.0253091;RO=36;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319187;STB=0.518808;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.00935306;OID=.;OPOS=186381115;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:10:8:15:21:10:8:15:21 chr4 186381165 . G A 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0622966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.678;QD=11.9919;RBI=0.0632584;REFB=-0.0051592;REVB=-0.0109892;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527664;STB=0.517302;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0103472;OID=.;OPOS=186381165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:18:18:0.352941:11:7:11:21:11:7:12:21 chr4 186382206 . A G 176.6 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0054577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.008;QD=14.128;RBI=0.00805226;REFB=-0.00551637;REVB=0.0059205;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193915;STB=0.612646;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0102173;OID=.;OPOS=186382206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:12:7:17:14:12:7:17:14 chr4 186423637 . G A 165.28 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00301378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7395;QD=14.0662;RBI=0.0313997;REFB=0.00857652;REVB=-0.0312548;RO=27;SAF=1;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.639328;STB=0.887949;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0216522;OID=.;OPOS=186423637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:29:18:18:0.382979:17:1:13:14:17:1:14:15 chr4 186507298 . AAT A 78.62 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00287122;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=2;MLLD=207.499;QD=8.98491;RBI=0.00317403;REFB=-0.00941296;REVB=-0.00135298;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105786;STB=0.59984;STBP=0.417;TYPE=del;VARB=0.0163165;OID=.;OPOS=186507299;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429:13:36:13:35:22:9:4:12:10:78:20:9:4:12:8 chr4 186528433 . T C 178.49 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00845718;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.388;QD=15.5208;RBI=0.00999626;REFB=-0.00518215;REVB=0.00532929;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130074;STB=0.583249;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00556603;OID=.;OPOS=186528433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:27:19:19:0.413043:9:10:17:9:9:10:18:9 chr4 186544435 . C T 94.55 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.010445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.445;QD=21.0115;RBI=0.0233029;REFB=0.0332074;REVB=0.020831;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175522;STB=0.599822;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000862658;OID=.;OPOS=186544435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:5:2:6:5:5:2 chr4 187074833 . A G 1591.94 PASS AF=0.975207;AO=89;DP=121;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0056804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.398;QD=52.6262;RBI=0.0535324;REFB=-0.0615156;REVB=0.0532302;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502903;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00273323;OID=.;OPOS=187074833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:121:0:3:89:118:0.975207:43:46:0:0:65:53:1:2 chr4 187077206 . A G 1817.3 PASS AF=0.975806;AO=121;DP=124;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00708031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.438;QD=58.6227;RBI=0.0233744;REFB=-0.0858935;REVB=-0.0222762;RO=2;SAF=60;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153185;STB=0.503932;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.000315608;OID=.;OPOS=187077206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:124:124:2:3:121:121:0.975806:61:60:0:2:61:60:1:2 chr4 187078785 . A G 2460.84 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=163;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281491;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.043;QD=60.7615;RBI=0.0310764;REFB=-0.106064;REVB=0.0131671;RO=0;SAF=80;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2572e-08;STB=0.503105;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000336225;OID=.;OPOS=187078785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:162:0:1:161:161:0.993827:81:80:0:0:81:80:1:0 chr4 187078819 . C G 767.15 PASS AF=0.506849;AO=74;DP=145;FAO=74;FDP=146;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.0727587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9651;QD=21.0178;RBI=0.0741774;REFB=-0.011412;REVB=0.014438;RO=71;SAF=32;SAR=42;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11667;STB=0.567549;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00484513;OID=.;OPOS=187078819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:71:72:74:74:0.506849:42:32:40:31:42:32:41:31 chr4 187078866 . C T 461.75 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0299219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.0293;QD=18.8469;RBI=0.0318279;REFB=-0.00592609;REVB=0.0108486;RO=50;SAF=22;SAR=24;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737552;STB=0.549979;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0047525;OID=.;OPOS=187078866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:52:46:46:0.469388:24:22:20:30:24:22:20:32 chr4 187079047 . A G 318.43 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00232971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9358;QD=23.1583;RBI=0.058375;REFB=-0.0127204;REVB=-0.0583285;RO=23;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161805;STB=0.58911;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00884891;OID=.;OPOS=187079047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:18:14:15:8:18:14:15:8 chr4 187122355 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.128;QD=57.8844;RBI=0.0167377;REFB=0;REVB=0.0151782;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79843e-05;OID=.;OPOS=187122355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr4 187133576 . A C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.677;QD=57.3858;RBI=0.0445168;REFB=0;REVB=0.0309947;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136503;OID=.;OPOS=187133576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr4 187158034 . G A 712.1 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00989081;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7463;QD=63.2976;RBI=0.023197;REFB=0;REVB=0.0209827;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124219;OID=.;OPOS=187158034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr4 187178473 . G A 2944.93 PASS AF=0.974359;AO=188;DP=195;FAO=190;FDP=195;FR=.;FRO=5;FSAF=90;FSAR=100;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0689281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.092;QD=60.4088;RBI=0.0699611;REFB=0.0351261;REVB=0.0119779;RO=5;SAF=88;SAR=100;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262821;STB=0.513512;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.000964036;OID=.;OPOS=187178473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:195:195:5:5:188:190:0.974359:100:88:5:0:100:90:5:0 chr4 187179210 . T C 373.18 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.604;QD=55.2858;RBI=0.0397038;REFB=0;REVB=-0.00113636;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580174;OID=.;OPOS=187179210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:25:27:1:14:11:0:0:14:13:0:0 chr4 187209702 . G T 209.31 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0715055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9086;QD=11.628;RBI=0.0732219;REFB=0.00982893;REVB=0.0157613;RO=45;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17523;STB=0.606686;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.0296293;OID=.;OPOS=187209702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:46:26:26:0.361111:12:14:17:28:12:14:17:29 chr4 187209729 . G A 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00557107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.603;QD=13.1195;RBI=0.00796707;REFB=-0.01345;REVB=0.00569538;RO=38;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172569;STB=0.598664;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0303227;OID=.;OPOS=187209729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:11:14:15:23:11:14:15:23 chr4 187422331 . C A 336.44 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0107088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8599;QD=17.2534;RBI=0.0397139;REFB=0.00500952;REVB=0.0382429;RO=42;SAF=12;SAR=24;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190605;STB=0.607082;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00491505;OID=.;OPOS=187422331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:24:12:22:20:24:12:22:20 chr4 187516880 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.646;QD=62.3509;RBI=0.0497692;REFB=0;REVB=0.0172242;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016307;OID=.;OPOS=187516880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr4 187517758 . G A 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00417226;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.8;QD=18.9485;RBI=0.0519236;REFB=-0.0116784;REVB=-0.0517557;RO=27;SAF=27;SAR=1;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.655132;STB=0.882442;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0089049;OID=.;OPOS=187517758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:1:27:16:11:1:27:16:11 chr4 187519206 . C G 1829.71 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301833;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.851;QD=61.5028;RBI=0.0586789;REFB=0;REVB=0.0586012;RO=0;SAF=51;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68662e-05;OID=.;OPOS=187519206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:119:0:0:113:119:1:62:51:0:0:68:51:0:0 chr4 187522528 . C T 412.88 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0210209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.524;QD=21.4483;RBI=0.0280155;REFB=-0.0133096;REVB=0.01852;RO=36;SAF=14;SAR=27;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14138;STB=0.578274;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00978075;OID=.;OPOS=187522528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:27:14:18:18:27:14:18:18 chr4 187525020 . A C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.972;QD=53.2724;RBI=0.034997;REFB=0;REVB=0.0165327;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309391;OID=.;OPOS=187525020;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr4 187531022 . A G 395.56 PASS AF=0.476744;AO=40;DP=85;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.000444771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.256;QD=18.398;RBI=0.0172413;REFB=-0.00457896;REVB=0.0172356;RO=45;SAF=24;SAR=16;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220669;STB=0.51999;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.005015;OID=.;OPOS=187531022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:45:40:41:0.476744:16:24:28:17:17:24:28:17 chr4 187534362 . C CA 353.36 PASS AF=0.814815;AO=10;DP=97;FAO=44;FDP=54;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.058199;FXX=0.459954;HRUN=0;LEN=1;MLLD=124.214;QD=26.1746;RBI=0.0641398;REFB=-0.0325345;REVB=0.026959;RO=87;SAF=8;SAR=2;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303204;STB=0.571398;STBP=0.057;TYPE=ins;VARB=-0.0017378;OID=.;OPOS=187534363;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.814815:10:97:44:54:10:30:14:10:0:51:87:8:2:49:38 chr4 187534363 . G A 1089.72 PASS AF=0.826923;AO=86;DP=104;FAO=86;FDP=104;FR=.;FRO=18;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.0192621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.03;QD=41.9125;RBI=0.019269;REFB=-0.100608;REVB=0.000517971;RO=13;SAF=47;SAR=39;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753796;STB=0.560433;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00149;OID=.;OPOS=187534363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:104:104:13:18:86:86:0.826923:39:47:11:2:39:47:16:2 chr4 187534375 . A G 637.0 PASS AF=0.568807;AO=62;DP=109;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00881593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.019;QD=23.3762;RBI=0.011544;REFB=-0.00795535;REVB=-0.00745277;RO=47;SAF=37;SAR=25;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000843733;STB=0.500461;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00671626;OID=.;OPOS=187534375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:47:47:62:62:0.568807:25:37:28:19:25:37:28:19 chr4 187538330 . G A 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0440181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.655;QD=17.8517;RBI=0.0456077;REFB=-0.0185466;REVB=0.0119359;RO=40;SAF=12;SAR=24;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934275;STB=0.552351;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0162231;OID=.;OPOS=187538330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:24:12:17:23:24:12:17:23 chr4 187538942 . T G 1599.77 PASS AF=0.897638;AO=114;DP=128;FAO=114;FDP=127;FR=.;FRO=13;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00175848;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4096;QD=50.3864;RBI=0.0133713;REFB=-0.0863682;REVB=-0.0132552;RO=13;SAF=55;SAR=59;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257338;STB=0.521471;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00517593;OID=.;OPOS=187538942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:128:127:13:13:114:114:0.897638:59:55:8:5:59:55:9:4 chr4 187539217 . G A 231.42 PASS AF=0.777778;AO=20;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00309659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8134;QD=34.2844;RBI=0.0233438;REFB=0.016474;REVB=0.0231375;RO=6;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294061;STB=0.521719;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00618651;OID=.;OPOS=187539217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:20:21:0.777778:8:12:4:2:9:12:4:2 chr4 187540150 . A G 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0219851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.042;QD=19.0575;RBI=0.0227209;REFB=-0.0138491;REVB=0.00573519;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667811;STB=0.537776;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0156263;OID=.;OPOS=187540150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:13:7:8:11:13:7 chr4 187540635 . T G 237.92 PASS AF=0.489362;AO=17;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00701506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.382;QD=20.2483;RBI=0.0177577;REFB=-0.0205234;REVB=0.0163133;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300915;STB=0.598427;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0323808;OID=.;OPOS=187540635;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:17:23:0.489362:12:5:14:10:14:9:14:10 chr4 187540654 . T A 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0343496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.565;QD=18.118;RBI=0.0443323;REFB=-0.0338835;REVB=-0.028026;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238777;STB=0.635689;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0257001;OID=.;OPOS=187540654;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:13:7:11:7:13:7 chr4 187540918 . G C 117.16 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0314528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0577;QD=12.0168;RBI=0.0316015;REFB=-0.000581453;REVB=0.00306195;RO=25;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139864;STB=0.583209;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00349559;OID=.;OPOS=187540918;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:4:10:15:10:4:10:15:10 chr4 187541761 . G A 325.74 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0043216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.694;QD=14.8066;RBI=0.00443213;REFB=-0.00722219;REVB=0.000983608;RO=52;SAF=23;SAR=13;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016999;STB=0.509623;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00713338;OID=.;OPOS=187541761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:13:23:34:18:13:23:34:18 chr4 187542316 . T C 111.88 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0181973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.578;QD=17.2127;RBI=0.0223214;REFB=-0.0347761;REVB=0.0129269;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334352;STB=0.692012;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0246238;OID=.;OPOS=187542316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:4:9:4:9:4:9:4:9 chr4 187542736 . T C 489.17 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0151539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.4;QD=21.9851;RBI=0.015312;REFB=-0.00217311;REVB=0.00219492;RO=42;SAF=30;SAR=17;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177269;STB=0.50978;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.000908349;OID=.;OPOS=187542736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:17:30:26:16:17:30:26:16 chr4 187542755 . T C 374.24 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.00878428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.574;QD=18.0355;RBI=0.0464075;REFB=-0.0350126;REVB=0.0455685;RO=44;SAF=22;SAR=17;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161954;STB=0.589931;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0428167;OID=.;OPOS=187542755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:17:22:32:12:17:22:32:12 chr4 187549428 . C T 435.68 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0399024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.361;QD=18.5394;RBI=0.0399056;REFB=-0.013509;REVB=0.000503463;RO=49;SAF=27;SAR=17;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119566;STB=0.561914;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0194577;OID=.;OPOS=187549428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:50:44:44:0.468085:17:27:24:25:17:27:25:25 chr4 187557893 . T C 2381.87 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9335;QD=61.0736;RBI=0.0564411;REFB=0;REVB=0.0482601;RO=0;SAF=89;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227999;OID=.;OPOS=187557893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:67:89:0:0:67:89:0:0 chr4 187627792 . T C 265.2 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00659322;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.196;QD=25.8729;RBI=0.021559;REFB=-0.0276408;REVB=-0.0205261;RO=15;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695422;STB=0.512185;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0194921;OID=.;OPOS=187627792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:17:24:24:0.585366:12:12:6:9:12:12:8:9 chr4 187628398 . C G 427.9 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00219617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.366;QD=19.4498;RBI=0.00323374;REFB=-0.0194887;REVB=0.00237359;RO=44;SAF=29;SAR=14;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12673;STB=0.565984;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0155901;OID=.;OPOS=187628398;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:45:43:43:0.488636:14:29:24:20:14:29:25:20 chr4 187629140 . G C 238.86 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0145278;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.659;QD=18.0275;RBI=0.0199007;REFB=-0.00417871;REVB=-0.0136008;RO=26;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348936;STB=0.530168;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00467716;OID=.;OPOS=187629140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:27:26:26:0.490566:15:11:12:14:15:11:13:14 chr4 187629497 . G A 105.95 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00463319;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.409;QD=10.8668;RBI=0.0048466;REFB=-0.0117212;REVB=-0.00142232;RO=26;SAF=4;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339943;STB=0.702816;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0164174;OID=.;OPOS=187629497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:26:26:13:13:0.333333:9:4:16:10:9:4:16:10 chr4 187629538 . C T 102.67 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0324395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.187;QD=9.334;RBI=0.0385849;REFB=-0.00691112;REVB=0.0208919;RO=31;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249079;STB=0.64927;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0208109;OID=.;OPOS=187629538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:7:6:21:10:7:6:21:10 chr4 187629770 . A C 187.56 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0190022;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.215;QD=12.5041;RBI=0.024388;REFB=0.000408266;REVB=-0.0152869;RO=37;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749353;STB=0.543245;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.000464055;OID=.;OPOS=187629770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:9:14:20:17:9:14:20:17 chr4 188924979 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00313261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.536;QD=16.8984;RBI=0.00620588;REFB=0.000619328;REVB=0.00535721;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128055;STB=0.574318;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.000463984;OID=.;OPOS=188924979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:5:4:6:4:5:4 chr4 188925176 . T TGAC 306.34 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00204259;FXX=0.0144907;HRUN=0;LEN=3;MLLD=321.547;QD=18.0202;RBI=0.00708368;REFB=-0.00698871;REVB=-0.0067828;RO=36;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749594;STB=0.548416;STBP=0.465;TYPE=ins;VARB=0.00720447;OID=.;OPOS=188925177;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=TGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485294:33:70:33:68:35:20:13:18:17:99:36:20:13:19:17 chr4 189012728 . G C 1153.57 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.222;QD=60.7143;RBI=0.0193977;REFB=0;REVB=0.00163534;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34734e-05;OID=.;OPOS=189012728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:32:43:0:0:32:44:0:0 chr4 189012809 . C T 339.17 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0461647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.436;QD=17.8509;RBI=0.0490013;REFB=0.00113708;REVB=0.01643;RO=40;SAF=15;SAR=21;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079421;STB=0.54442;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00121171;OID=.;OPOS=189012809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:21:15:20:20:21:15:20:20 chr4 189022324 . C T 259.47 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0155901;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.651;QD=14.0255;RBI=0.0172272;REFB=0.00156276;REVB=-0.00732976;RO=45;SAF=18;SAR=12;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231232;STB=0.638208;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00268304;OID=.;OPOS=189022324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:45:44:30:30:0.405405:12:18:17:28:12:18:16:28 chr4 189042746 . T C 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0249124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.821;QD=16.6612;RBI=0.025926;REFB=-0.01276;REVB=0.00717842;RO=32;SAF=6;SAR=22;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315911;STB=0.679635;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0193703;OID=.;OPOS=189042746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:22:6:16:16:22:6:16:16 chr4 189067987 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00913577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.598;QD=9.11039;RBI=0.0917845;REFB=-0.00672557;REVB=-0.0913287;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703661;STB=0.543368;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0115307;OID=.;OPOS=189067987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:3:5:9:7:3:5:9:7 chr4 190630720 . C G 72.34 PASS AF=0.119718;AO=17;DP=142;FAO=17;FDP=142;FR=.;FRO=125;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=76;FSRR=49;FWDB=0.0261319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.007;QD=2.03777;RBI=0.04117;REFB=-0.00175964;REVB=-0.0318134;RO=125;SAF=11;SAR=6;SRF=76;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513298;STB=0.536779;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0135656;OID=.;OPOS=190630720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:142:142:125:125:17:17:0.119718:6:11:76:49:6:11:76:49 chr4 190630778 . GC AT 1882.23 PASS AF=0.719626;AO=154;DP=217;FAO=154;FDP=214;FR=.;FRO=60;FSAF=92;FSAR=62;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=-0.00950597;FXX=0.0138242;HRUN=1;LEN=2;MLLD=144.516;QD=35.182;RBI=0.0124564;REFB=-0.0608863;REVB=0.00804968;RO=49;SAF=92;SAR=62;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036121;STB=0.515419;STBP=0.458;TYPE=mnp;VARB=0.021171;OID=.;OPOS=190630778;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:214:49:60:154:154:0.719626:62:92:33:16:62:92:39:21 chr4 190630782 . C T 137.63 PASS AF=0.138393;AO=31;DP=225;FAO=31;FDP=224;FR=.;FRO=193;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=117;FSRR=76;FWDB=0.0155526;FXX=0.00444425;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.334;QD=2.45776;RBI=0.01629;REFB=-0.00172985;REVB=0.00484587;RO=193;SAF=19;SAR=12;SRF=116;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158086;STB=0.506049;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0131525;OID=.;OPOS=190630782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:193:193:31:31:0.138393:12:19:116:77:12:19:117:76 chr4 190630786 . A G 2023.81 PASS AF=0.722467;AO=164;DP=226;FAO=164;FDP=227;FR=.;FRO=63;FSAF=98;FSAR=66;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.0185494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.734;QD=35.6619;RBI=0.0261398;REFB=-0.0208198;REVB=-0.0184176;RO=62;SAF=98;SAR=66;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255758;STB=0.515449;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0123315;OID=.;OPOS=190630786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:227:62:63:164:164:0.722467:66:98:40:22:66:98:41:22 chr4 190630805 . G C 236.31 PASS AF=0.184549;AO=43;DP=233;FAO=43;FDP=233;FR=.;FRO=190;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=119;FSRR=71;FWDB=-0.0162555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.475;QD=4.05687;RBI=0.059132;REFB=-0.00539341;REVB=0.0568538;RO=190;SAF=24;SAR=19;SRF=119;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907522;STB=0.557079;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0218269;OID=.;OPOS=190630805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:190:190:43:43:0.184549:19:24:119:71:19:24:119:71 chr4 190815066 . CA C,CG,GC 119.08 PASS AF=0.611111,0.111111,0;AO=9,2,2;DP=18;FAO=11,2,0;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=7,0,0;FSAR=4,2,0;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0400388,0.0810771,-0.0829846;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=122.117,123.997,103.274;QD=26.4628;RBI=0.0412931,0.0820831,0.0852783;REFB=-0.0147572,0.0210824,-0.0190581;REVB=-0.0101004,-0.0128117,-0.0196452;RO=5;SAF=5,0,2;SAR=4,2,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.157607,-0.705406,0.544828;STB=0.556863,0.995714,0.5;STBP=0.559,0.088,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.00614179,-0.00589723,0;OID=.,.,.;OPOS=190815067,190815067,190815066;OREF=A,A,CA;OALT=-,G,GC;OMAPALT=C,CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:18:18:5:5:9,2,2:11,2,0:0.611111,0.111111,0:4,2,0:5,0,2:4:1:4,2,0:7,0,0:4:1 chr4 190862155 . T G 577.1 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00870731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.8908;QD=24.299;RBI=0.0544975;REFB=-0.0190755;REVB=-0.0537974;RO=42;SAF=25;SAR=28;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00363246;STB=0.501991;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.027306;OID=.;OPOS=190862155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:42:53:53:0.557895:28:25:20:22:28:25:20:22 chr4 190862182 . C T 621.92 PASS AF=0.565657;AO=55;DP=98;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00303165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.444;QD=25.1282;RBI=0.0129179;REFB=-0.0170336;REVB=-0.0125571;RO=43;SAF=26;SAR=29;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125568;STB=0.502708;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0101993;OID=.;OPOS=190862182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:43:43:55:56:0.565657:29:26:21:22:29:27:21:22 chr4 190874206 . T A 173.49 PASS AF=0.225806;AO=27;DP=123;FAO=28;FDP=124;FR=.;FRO=96;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=0.000582711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.156;QD=5.59647;RBI=0.0425136;REFB=0.00495362;REVB=-0.0425096;RO=96;SAF=20;SAR=7;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373029;STB=0.707507;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00619885;OID=.;OPOS=190874206;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:96:96:27:28:0.225806:7:20:43:53:8:20:43:53 chr4 190874234 . C T 227.98 PASS AF=0.239437;AO=34;DP=142;FAO=34;FDP=142;FR=.;FRO=108;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=0.00107218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.68;QD=6.42205;RBI=0.00306109;REFB=-0.00642267;REVB=-0.00286718;RO=107;SAF=23;SAR=11;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285829;STB=0.676367;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0205281;OID=.;OPOS=190874234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:107:108:34:34:0.239437:11:23:48:59:11:23:48:60 chr4 190874255 . A T 32.2 PASS AF=0.0728477;AO=11;DP=151;FAO=11;FDP=151;FR=.;FRO=140;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=70;FSRR=70;FWDB=-0.0136412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.955;QD=0.853034;RBI=0.0178412;REFB=-0.00189766;REVB=-0.011499;RO=139;SAF=7;SAR=4;SRF=69;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15346;STB=0.626887;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0329714;OID=.;OPOS=190874255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:151:151:139:140:11:11:0.0728477:4:7:69:70:4:7:70:70 chr4 190874290 . T A 41.86 PASS AF=0.0828025;AO=13;DP=157;FAO=13;FDP=157;FR=.;FRO=144;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=74;FSRR=70;FWDB=-0.00659217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.606;QD=1.06641;RBI=0.00756196;REFB=0.00210948;REVB=0.00370493;RO=144;SAF=7;SAR=6;SRF=74;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280196;STB=0.522559;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.0334846;OID=.;OPOS=190874290;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:157:157:144:144:13:13:0.0828025:6:7:74:70:6:7:74:70 chr4 190876195 . C T 623.27 PASS AF=0.582524;AO=60;DP=103;FAO=60;FDP=103;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0140177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.45;QD=24.2047;RBI=0.0193176;REFB=-0.00647352;REVB=-0.0132918;RO=42;SAF=29;SAR=31;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102268;STB=0.550516;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0046457;OID=.;OPOS=190876195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:42:43:60:60:0.582524:31:29:26:16:31:29:26:17 chr4 190876196 . G A 54.1 PASS AF=0.116505;AO=12;DP=103;FAO=12;FDP=103;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.00217527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.126;QD=2.10102;RBI=0.016011;REFB=-0.00437654;REVB=-0.0158625;RO=89;SAF=7;SAR=5;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677749;STB=0.549834;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0270493;OID=.;OPOS=190876196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:103:103:89:91:12:12:0.116505:5:7:47:42:5:7:48:43 chr4 190876204 . G A 558.52 PASS AF=0.54902;AO=54;DP=105;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0046113;FXX=0.0467246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4553;QD=21.9028;RBI=0.0623346;REFB=-0.00472205;REVB=0.0621638;RO=46;SAF=28;SAR=26;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575261;STB=0.539202;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00368523;OID=.;OPOS=190876204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:102:46:46:54:56:0.54902:26:28:27:19:28:28:27:19 chr4 190876242 . G A 957.24 PASS AF=0.651163;AO=84;DP=129;FAO=84;FDP=129;FR=.;FRO=45;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.028354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4611;QD=29.6818;RBI=0.0479673;REFB=-0.0209164;REVB=-0.03869;RO=44;SAF=45;SAR=39;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208305;STB=0.514776;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0125703;OID=.;OPOS=190876242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:44:45:84:84:0.651163:39:45:25:19:39:45:26:19 chr4 190876256 . C T 116.04 PASS AF=0.167939;AO=22;DP=131;FAO=22;FDP=131;FR=.;FRO=109;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=-0.0346765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.469;QD=3.54328;RBI=0.0362371;REFB=-0.00537359;REVB=-0.0105198;RO=109;SAF=9;SAR=13;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189968;STB=0.623604;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0228547;OID=.;OPOS=190876256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:109:109:22:22:0.167939:13:9:61:48:13:9:61:48 chr4 190878563 . C A 74.9 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.03162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.512;QD=5.07827;RBI=0.0370569;REFB=-0.00849907;REVB=-0.0193232;RO=43;SAF=7;SAR=5;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116744;STB=0.591397;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0203157;OID=.;OPOS=190878563;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:58:59:43:47:12:12:0.20339:5:7:21:22:5:7:22:25 chr4 190878597 . C T 243.51 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0101154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.401;QD=12.9872;RBI=0.0815934;REFB=-0.0120903;REVB=-0.080964;RO=46;SAF=9;SAR=20;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320949;STB=0.683791;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0222898;OID=.;OPOS=190878597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:20:9:28:18:20:9:28:18 chr4 190878654 . C G 146.36 PASS AF=0.265823;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0258415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6434;QD=7.41077;RBI=0.0484155;REFB=-0.00770776;REVB=-0.0409424;RO=57;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283405;STB=0.661827;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0181862;OID=.;OPOS=190878654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:57:58:21:21:0.265823:9:12:19:38:9:12:20:38 chr4 190881933 . A G 34.13 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0247064;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.4443;QD=4.70693;RBI=0.0345193;REFB=-0.00862133;REVB=-0.0241075;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275267;STB=0.650654;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0382535;OID=.;OPOS=190881933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:27:29:21:23:6:6:0.206897:4:2:12:9:4:2:12:11 chr4 190881969 . G A 42.47 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0498408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.981;QD=4.8542;RBI=0.0506023;REFB=0.00694356;REVB=-0.00874576;RO=28;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169404;STB=0.612587;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0284537;OID=.;OPOS=190881969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:4:3:16:12:4:3:16:12 chr4 190881992 . T C 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00142467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.783;QD=4.16562;RBI=0.00401152;REFB=0.00411731;REVB=-0.00375002;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139864;STB=0.595474;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.0178187;OID=.;OPOS=190881992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:4:3:18:15:4:3:18:15 chr4 190881997 . A G 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0184826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.255;QD=4.16576;RBI=0.0185193;REFB=-0.0070293;REVB=0.00116554;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139864;STB=0.595474;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0329334;OID=.;OPOS=190881997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:4:3:18:15:4:3:18:15 chr4 190884225 . T TTTC 156.43 PASS AF=0.472222;AO=15;DP=39;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00538105;FXX=0.0526177;HRUN=4;LEN=3;MLLD=302.575;QD=17.3811;RBI=0.00687433;REFB=-0.00105446;REVB=0.00427793;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29946;STB=0.640865;STBP=0.124;TYPE=ins;VARB=0.00150563;OID=.;OPOS=190884226;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472222:15:39:17:36:19:10:7:6:13:99:23:9:6:7:16 chr4 190903688 . C T 58.35 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0188403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.259;QD=14.5865;RBI=0.0364932;REFB=0.00561153;REVB=0.0312537;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309389;STB=0.681384;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.0215586;OID=.;OPOS=190903688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:2:6:3:5:2:6 chr4 190903938 . C T 283.46 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0117076;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.059;QD=12.4599;RBI=0.0257261;REFB=-0.00208467;REVB=0.0229078;RO=58;SAF=27;SAR=6;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304338;STB=0.6778;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00334531;OID=.;OPOS=190903938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:58:33:33:0.362637:6:27:35:23:6:27:35:23 chr4 190903950 . A G 283.22 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0235624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.403;QD=12.5874;RBI=0.0240647;REFB=-0.00630397;REVB=-0.00489106;RO=56;SAF=26;SAR=7;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264767;STB=0.66109;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0139337;OID=.;OPOS=190903950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:57:33:33:0.366667:7:26:33:23:7:26:33:24 chr4 190904058 . G A 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0426099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.706;QD=7.46507;RBI=0.0601376;REFB=-0.0152746;REVB=-0.0424373;RO=17;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523944;STB=0.834432;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0209912;OID=.;OPOS=190904058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:1:6:7:10:1:6:7:10 chr4 190904645 . G A 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.00863015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.649;QD=7.04802;RBI=0.0163947;REFB=0.00255773;REVB=0.0139393;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385824;STB=0.732877;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00711697;OID=.;OPOS=190904645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:4:18:4:4:4:18 chr4 190906025 . G A 430.77 PASS AF=0.56;AO=41;DP=74;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=36;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00193087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.06;QD=22.9744;RBI=0.0363606;REFB=-0.0291611;REVB=-0.0363093;RO=32;SAF=35;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249379;STB=0.65446;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0173739;OID=.;OPOS=190906025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:32:33:41:42:0.56:6:35:21:11:6:36:21:12 chr5 163260 . A C 42.94 PASS AF=0.28;AO=6;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0155233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.824;QD=6.87055;RBI=0.0175435;REFB=-0.00783711;REVB=-0.00817333;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247213;STB=0.529329;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0344638;OID=.;OPOS=163260;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:24:25:17:18:6:7:0.28:4:2:6:11:4:3:7:11 chr5 174106 . G A 945.34 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0228467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.795;QD=53.2585;RBI=0.0391014;REFB=-0.193609;REVB=0.0317324;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145389;STB=0.529403;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00151883;OID=.;OPOS=174106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:1:4:67:67:0.943662:32:35:0:1:32:35:0:4 chr5 181659 . GT G,GG 673.94 PASS AF=0.0681818,0.931818;AO=9,34;DP=44;FAO=3,41;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=1,32;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198738,0.0159863;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.299,171.447;QD=61.2671;RBI=0.0716174,0.0701836;REFB=0,0;REVB=0.0688047,0.0683387;RO=0;SAF=0,32;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0331348,0.0193544;OID=.,.;OPOS=181660,181660;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0681818,0.931818:9,34:44:3,41:44:0:1,32:2,9:0:0:14:0:0,32:9,2:0:0 chr5 181730 . C G 747.94 PASS AF=0.948276;AO=56;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0124223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4225;QD=51.5823;RBI=0.0646072;REFB=-0.0736081;REVB=-0.0634017;RO=2;SAF=38;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132289;STB=0.500356;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00291032;OID=.;OPOS=181730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:2:3:56:55:0.948276:18:38:1:1:18:37:2:1 chr5 181762 . A G 735.39 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.86;QD=56.5687;RBI=0.061818;REFB=0;REVB=0.0617813;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258;OID=.;OPOS=181762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:15:35:0:0:15:37:0:0 chr5 223625 . G A 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0161845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.138;QD=5.57551;RBI=0.0266887;REFB=-0.000476066;REVB=-0.0212215;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045161;STB=0.542737;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00589907;OID=.;OPOS=223625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:23:24:7:7:0.225806:3:4:14:9:3:4:15:9 chr5 231111 . T C 1551.32 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132499;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.408;QD=63.9721;RBI=0.0272617;REFB=0;REVB=0.0238252;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96017e-05;OID=.;OPOS=231111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:96:97:1:44:52:0:0:45:52:0:0 chr5 311478 . T C 542.25 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023472;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.564;QD=60.2502;RBI=0.0290625;REFB=0;REVB=0.0171376;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63481e-05;OID=.;OPOS=311478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr5 422955 . C G 235.54 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=39;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00513887;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.8468;QD=22.9799;RBI=0.0166884;REFB=0.0132183;REVB=0.0158775;RO=17;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904992;STB=0.519613;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.00710776;OID=.;OPOS=422955;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:17:18:22:23:0.560976:14:8:6:11:15:8:7:11 chr5 453567 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.018892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.366;QD=12.7388;RBI=0.0480743;REFB=-0.0172694;REVB=-0.0442067;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20901;STB=0.624687;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0073325;OID=.;OPOS=453567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:6:4:5:3:6:4 chr5 462465 . C A 582.9 PASS AF=0.462121;AO=61;DP=132;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0120007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.102;QD=17.6635;RBI=0.0248408;REFB=-0.029583;REVB=0.0217496;RO=70;SAF=35;SAR=26;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302364;STB=0.521063;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0243733;OID=.;OPOS=462465;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:71:61:61:0.462121:26:35:38:32:26:35:38:33 chr5 472950 . G GC 100.22 PASS AF=0.511111;AO=6;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00276264;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=202.065;QD=8.90834;RBI=0.0411618;REFB=-0.00138177;REVB=-0.041069;RO=37;SAF=4;SAR=2;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175473;STB=0.521721;STBP=0.843;TYPE=ins;VARB=0.00528991;OID=.;OPOS=472951;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.511111:6:45:23:45:22:17:6:17:5:99:37:4:2:29:8 chr5 472951 . T C 139.27 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.00028691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.831;QD=12.3795;RBI=0.00122624;REFB=0.000635786;REVB=-0.00119221;RO=29;SAF=12;SAR=4;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126902;STB=0.507453;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00138263;OID=.;OPOS=472951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:4:12:22:7:4:12:22:7 chr5 472952 . T G 32.51 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.00625213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7016;QD=2.95546;RBI=0.00639057;REFB=-0.000399565;REVB=-0.00132294;RO=28;SAF=5;SAR=1;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246834;STB=0.624532;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0350838;OID=.;OPOS=472952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:44:44:28:38:6:6:0.136364:1:5:23:5:1:5:28:10 chr5 475104 . A G 97.92 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.014778;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.467;QD=11.5199;RBI=0.050694;REFB=-0.010738;REVB=-0.0484922;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148529;STB=0.588093;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.021011;OID=.;OPOS=475104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:8:14:6:6:8:14 chr5 601893 . C CG 55.55 PASS AF=0.188679;AO=14;DP=111;FAO=20;FDP=106;FR=.;FRO=86;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.0514693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.1011;QD=2.09628;RBI=0.0806444;REFB=-0.00737763;REVB=-0.0620841;RO=94;SAF=12;SAR=2;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464274;STB=0.868689;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=-0.0259004;OID=.;OPOS=601894;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.188679:14:111:20:106:86:18:2:43:43:55:94:12:2:47:47 chr5 601966 . T A 653.02 PASS AF=0.449664;AO=67;DP=149;FAO=67;FDP=149;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.0477157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.731;QD=17.5308;RBI=0.0542567;REFB=-0.00629024;REVB=0.0258263;RO=79;SAF=35;SAR=32;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648821;STB=0.525728;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00941843;OID=.;OPOS=601966;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:79:82:67:67:0.449664:32:35:36:43:32:35:39:43 chr5 665280 . T C 344.96 PASS AF=0.445783;AO=36;DP=82;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00790632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.715;QD=16.6246;RBI=0.0140943;REFB=0.000611236;REVB=-0.0116678;RO=45;SAF=22;SAR=14;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228869;STB=0.623244;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.000737362;OID=.;OPOS=665280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:45:46:36:37:0.445783:14:22:17:28:15:22:17:29 chr5 678062 . A G 727.45 PASS AF=0.469512;AO=77;DP=164;FAO=77;FDP=164;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=-0.0291272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.692;QD=17.7428;RBI=0.0292352;REFB=-0.0107156;REVB=0.00250987;RO=86;SAF=30;SAR=47;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00574232;STB=0.507052;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0104395;OID=.;OPOS=678062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:86:87:77:77:0.469512:47:30:34:52:47:30:35:52 chr5 741736 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.369;QD=42.1826;RBI=0.0357627;REFB=0;REVB=0.0168212;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861869;OID=.;OPOS=741736;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr5 745306 . A C 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.00419802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.035;QD=6.25159;RBI=0.024172;REFB=-0.00273466;REVB=-0.0238047;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227996;STB=0.642457;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00933681;OID=.;OPOS=745306;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:3:14:4:2:3:14 chr5 766910 . C T 3527.95 PASS AF=1;AO=223;DP=230;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151796;FXX=0.025861;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.634;QD=62.4415;RBI=0.0167481;REFB=-0.0749465;REVB=0.00707664;RO=1;SAF=125;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00379679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435671;OID=.;OPOS=766910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:230:226:1:0:223:226:1:98:125:1:0:101:125:0:0 chr5 767033 . A C 1515.69 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402361;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.116;QD=59.4389;RBI=0.0477203;REFB=0;REVB=0.0256571;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227778;OID=.;OPOS=767033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:102:0:0:96:102:1:48:48:0:0:51:51:0:0 chr5 795933 . C G 51.63 PASS AF=0.258065;AO=7;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0512919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2323;QD=6.66131;RBI=0.0859372;REFB=-0.0272319;REVB=0.0689518;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209277;STB=0.548267;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0874841;OID=.;OPOS=795933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:31:31:23:23:7:8:0.258065:3:4:9:14:4:4:10:13 chr5 796221 . G A 44.33 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0210032;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.462;QD=13.6403;RBI=0.0237982;REFB=0.00122913;REVB=-0.0111903;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.659146;STB=0.873989;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.000242002;OID=.;OPOS=796221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:13:13:7:6:6:7:0.538462:1:5:0:7:1:6:0:6 chr5 825280 . C T 371.6 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0301669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.764;QD=20.0864;RBI=0.0306646;REFB=-0.0122688;REVB=-0.00550188;RO=36;SAF=16;SAR=22;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290856;STB=0.516121;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0109777;OID=.;OPOS=825280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:22:16:14:22:22:16:14:22 chr5 840342 . A G 246.86 PASS AF=0.233533;AO=39;DP=167;FAO=39;FDP=167;FR=.;FRO=128;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=72;FWDB=-0.00654522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.882;QD=5.91275;RBI=0.0454206;REFB=-0.0151827;REVB=-0.0449466;RO=128;SAF=22;SAR=17;SRF=56;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158672;STB=0.596175;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0457967;OID=.;OPOS=840342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:128:128:39:39:0.233533:17:22:56:72:17:22:56:72 chr5 840506 . C T 636.14 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377442;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.888;QD=62.0626;RBI=0.0385083;REFB=0;REVB=-0.00763345;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87472e-05;OID=.;OPOS=840506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr5 843723 . C A 219.82 PASS AF=0.186916;AO=40;DP=214;FAO=40;FDP=214;FR=.;FRO=174;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=88;FSRR=86;FWDB=0.00363418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.671;QD=4.10882;RBI=0.00969221;REFB=-0.0160793;REVB=-0.00898508;RO=173;SAF=20;SAR=20;SRF=87;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00371862;STB=0.504671;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.058987;OID=.;OPOS=843723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:173:174:40:40:0.186916:20:20:87:86:20:20:88:86 chr5 843815 . C T 134.57 PASS AF=0.207921;AO=21;DP=101;FAO=21;FDP=101;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.0370143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.567;QD=5.32954;RBI=0.0403842;REFB=-0.0104121;REVB=-0.0161501;RO=79;SAF=7;SAR=14;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191379;STB=0.625728;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0326146;OID=.;OPOS=843815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:79:80:21:21:0.207921:14:7:38:41:14:7:39:41 chr5 878525 . T A 188.33 PASS AF=0.196429;AO=33;DP=169;FAO=33;FDP=168;FR=.;FRO=135;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=70;FSRR=65;FWDB=-0.0429686;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.75;QD=4.48393;RBI=0.0435517;REFB=-0.000677335;REVB=-0.00710267;RO=136;SAF=7;SAR=26;SRF=71;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411666;STB=0.758457;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00272537;OID=.;OPOS=878525;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:136:135:33:33:0.196429:26:7:71:65:26:7:70:65 chr5 1057615 . A G 740.78 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049255;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.623;QD=56.9829;RBI=0.0494483;REFB=0;REVB=-0.00436844;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101452;OID=.;OPOS=1057615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr5 1063027 . TC T 1129.14 PASS AF=0.59322;AO=102;DP=177;FAO=105;FDP=177;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.012183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.171;QD=25.5173;RBI=0.012331;REFB=-0.00663832;REVB=-0.00190524;RO=71;SAF=39;SAR=63;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959438;STB=0.500678;STBP=0.987;TYPE=del;VARB=0.00464751;OID=.;OPOS=1063028;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.59322:102:177:105:177:72:41:64:28:44:99:71:39:63:28:43 chr5 1063998 . G A 1270.97 PASS AF=0.537445;AO=122;DP=227;FAO=122;FDP=227;FR=.;FRO=105;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=0.0244169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.818;QD=22.3959;RBI=0.0431023;REFB=-0.0167631;REVB=0.0355193;RO=105;SAF=66;SAR=56;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030824;STB=0.516819;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0146438;OID=.;OPOS=1063998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:105:105:122:122:0.537445:56:66:53:52:56:66:53:52 chr5 1081767 . C T 1230.8 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0849189;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.407;QD=61.5398;RBI=0.0877886;REFB=0;REVB=0.0222624;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412111;OID=.;OPOS=1081767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:33:47:0:0:33:47:0:0 chr5 1208964 . T C 149.07 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0915628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5632;QD=18.6339;RBI=0.0921255;REFB=-0.0157773;REVB=0.0101662;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619456;STB=0.535353;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00991441;OID=.;OPOS=1208964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:5:11:10:6:5:11:10:6 chr5 1216775 . A G 367.27 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0363823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.16;QD=16.5065;RBI=0.0449401;REFB=-0.0263619;REVB=-0.0263807;RO=50;SAF=23;SAR=16;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709126;STB=0.539885;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0457207;OID=.;OPOS=1216775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:16:23:26:24:16:23:26:24 chr5 1216868 . G A 215.74 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0117603;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3176;QD=18.3604;RBI=0.0343191;REFB=0.018801;REVB=0.0322412;RO=23;SAF=5;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127965;STB=0.530777;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00506572;OID=.;OPOS=1216868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:25:21:22:0.468085:16:5:8:15:16:6:8:17 chr5 1225613 . G A 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00102276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.517;QD=10.4728;RBI=0.00768491;REFB=-0.0154318;REVB=-0.00761655;RO=35;SAF=12;SAR=5;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16742;STB=0.599877;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0243691;OID=.;OPOS=1225613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:5:12:20:15:5:12:20:15 chr5 1225626 . T A 179.67 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.022599;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9814;QD=12.6085;RBI=0.0433184;REFB=-0.0414559;REVB=-0.0369563;RO=34;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170992;STB=0.59168;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0282599;OID=.;OPOS=1225626;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:35:22:22:0.385965:7:15:18:16:7:15:19:16 chr5 1225687 . CT TC 216.41 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00253669;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.198;QD=13.116;RBI=0.0378341;REFB=-0.0102953;REVB=0.037749;RO=39;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256457;STB=0.653728;STBP=0.058;TYPE=mnp;VARB=0.0128029;OID=.;OPOS=1225687;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:39:40:26:26:0.393939:9:17:16:23:9:17:16:24 chr5 1225703 . A G 235.42 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0322928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.409;QD=13.2629;RBI=0.0389627;REFB=-0.00852197;REVB=-0.0218006;RO=43;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256635;STB=0.653096;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0180047;OID=.;OPOS=1225703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:43:43:27:28:0.394366:11:16:15:28:11:17:15:28 chr5 1268700 . C T 220.58 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0762028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.058;QD=18.0064;RBI=0.0762633;REFB=-0.0145791;REVB=-0.003039;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262375;STB=0.514912;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0183274;OID=.;OPOS=1268700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:10:12:14:13:10:12:14:13 chr5 1272369 . C T 1321.13 PASS AF=0.456026;AO=139;DP=309;FAO=140;FDP=307;FR=.;FRO=167;FSAF=61;FSAR=79;FSRF=59;FSRR=108;FWDB=0.0250674;FXX=0.00967711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.139;QD=17.2134;RBI=0.0268392;REFB=-0.010603;REVB=-0.00959006;RO=165;SAF=60;SAR=79;SRF=58;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813422;STB=0.546123;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0108311;OID=.;OPOS=1272369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:307:165:167:139:140:0.456026:79:60:58:107:79:61:59:108 chr5 1364617 . G C 170.75 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0573383;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.379;QD=12.4185;RBI=0.0575631;REFB=-0.0163767;REVB=-0.00508312;RO=30;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101643;STB=0.567506;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0462153;OID=.;OPOS=1364617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:30:34:21:21:0.381818:12:9:10:20:12:9:11:23 chr5 1394815 . A G 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.028882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.282;QD=20.9025;RBI=0.0304462;REFB=-0.0112212;REVB=-0.00963347;RO=28;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812778;STB=0.504502;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0102527;OID=.;OPOS=1394815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:18:15:13:15:18:15:13:15 chr5 1411412 . T C 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0291221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3451;QD=13.3357;RBI=0.0366514;REFB=-0.0236935;REVB=-0.0222536;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149589;STB=0.587511;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0362325;OID=.;OPOS=1411412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:13:11:9:6:13:11 chr5 1466919 . G A 658.22 PASS AF=0.591837;AO=58;DP=98;FAO=58;FDP=98;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0087246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.157;QD=26.8662;RBI=0.0222516;REFB=-0.0047039;REVB=0.0204698;RO=40;SAF=31;SAR=27;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116796;STB=0.506367;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0029761;OID=.;OPOS=1466919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:40:40:58:58:0.591837:27:31:22:18:27:31:22:18 chr5 1814783 . T C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0637459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.119;QD=15.8391;RBI=0.0650397;REFB=-0.0283805;REVB=-0.0129082;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170899;STB=0.59976;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0273947;OID=.;OPOS=1814783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:5:2:4:4:5:2 chr5 1880865 . T C 372.34 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0080488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.35;QD=15.1976;RBI=0.0136023;REFB=-0.0143405;REVB=-0.0109654;RO=58;SAF=23;SAR=17;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430138;STB=0.52434;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0192054;OID=.;OPOS=1880865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:17:23:31:27:17:23:31:27 chr5 2184901 . C T 477.95 PASS AF=0.484536;AO=46;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.0230362;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.478;QD=19.7093;RBI=0.0318217;REFB=-0.0317875;REVB=-0.0219534;RO=50;SAF=28;SAR=18;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714516;STB=0.545857;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0347616;OID=.;OPOS=2184901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:46:47:0.484536:18:28:34:16:19:28:34:16 chr5 2755191 . G C 867.82 PASS AF=1;AO=56;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419802;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.4196;QD=57.8544;RBI=0.112139;REFB=0;REVB=0.103985;RO=0;SAF=41;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665512;OID=.;OPOS=2755191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:56:60:1:15:41:0:0:15:45:0:0 chr5 3599376 . AC A 95.93 PASS AF=0.833333;AO=7;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.281371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.1693;QD=21.3182;RBI=0.295661;REFB=-0.0474111;REVB=-0.0908075;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497472;STB=0.559925;STBP=0.358;TYPE=del;VARB=0.0514375;OID=.;OPOS=3599377;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:7:18:15:18:3:11:4:3:0:14:8:3:4:8:0 chr5 3600334 . T C 1376.57 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.832;QD=62.5711;RBI=0.0175373;REFB=0;REVB=-0.0161947;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.62215e-05;OID=.;OPOS=3600334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:43:45:0:0:43:45:0:0 chr5 3610658 . T C 1482.92 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822604;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2454;QD=63.1031;RBI=0.0305498;REFB=0;REVB=0.0294215;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597658;OID=.;OPOS=3610658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:48:45:0:0:48:46:0:0 chr5 5146335 . C G 406.64 PASS AF=0.506173;AO=42;DP=78;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0813733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2519;QD=20.0809;RBI=0.0818017;REFB=-0.0426505;REVB=0.00836155;RO=36;SAF=27;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17065;STB=0.594666;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0374017;OID=.;OPOS=5146335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:36:40:42:41:0.506173:15:27:16:20:14:27:19:21 chr5 5146377 . T C 369.69 PASS AF=0.610169;AO=34;DP=57;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00362715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.639;QD=25.0636;RBI=0.0216378;REFB=-0.0130572;REVB=-0.0213317;RO=23;SAF=25;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181311;STB=0.605998;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0108701;OID=.;OPOS=5146377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:23:23:34:36:0.610169:9:25:12:11:9:27:12:11 chr5 5146395 . A G 180.09 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=8;FWDB=-0.00226804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.795;QD=11.0822;RBI=0.0331108;REFB=-0.0145235;REVB=-0.0330331;RO=41;SAF=17;SAR=6;SRF=33;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100127;STB=0.562449;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0230356;OID=.;OPOS=5146395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:42:23:23:0.353846:6:17:33:8:6:17:34:8 chr5 5200281 . C T 176.91 PASS AF=0.431373;AO=19;DP=48;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.000795847;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.896;QD=13.8749;RBI=0.0194942;REFB=-0.0069602;REVB=0.019478;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00794639;STB=0.548975;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0114229;OID=.;OPOS=5200281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:28:29:19:22:0.431373:8:11:16:12:11:11:17:12 chr5 5239921 . C T 658.58 PASS AF=0.458065;AO=71;DP=154;FAO=71;FDP=155;FR=.;FRO=84;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.00778911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.591;QD=16.9957;RBI=0.0143457;REFB=-0.0222927;REVB=0.0120469;RO=80;SAF=47;SAR=24;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150613;STB=0.572817;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0216522;OID=.;OPOS=5239921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:80:84:71:71:0.458065:24:47:41:39:24:47:45:39 chr5 5240002 . C A 527.17 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0293673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.392;QD=19.1698;RBI=0.0300993;REFB=-0.0369271;REVB=-0.00659768;RO=55;SAF=31;SAR=24;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166722;STB=0.509216;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0167457;OID=.;OPOS=5240002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:24:31:30:25:24:31:30:25 chr5 5436609 . G A 1778.91 PASS AF=0.476562;AO=178;DP=383;FAO=183;FDP=384;FR=.;FRO=201;FSAF=96;FSAR=87;FSRF=83;FSRR=118;FWDB=0.00866907;FXX=0.0128531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.723;QD=18.5304;RBI=0.0211033;REFB=-0.00335795;REVB=-0.0192405;RO=197;SAF=95;SAR=83;SRF=82;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111806;STB=0.558244;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00336495;OID=.;OPOS=5436609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:384:197:201:178:183:0.476562:83:95:82:115:87:96:83:118 chr5 5460569 . C T 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0166941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6457;QD=11.9919;RBI=0.035259;REFB=-0.0272717;REVB=-0.0310564;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219389;STB=0.627319;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.03449;OID=.;OPOS=5460569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:9:9:23:10:9:9:23:10 chr5 5460619 . G C 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0107671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.594;QD=13.4054;RBI=0.0115796;REFB=-0.00449146;REVB=-0.00426109;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204071;STB=0.61692;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00647999;OID=.;OPOS=5460619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:14:9:20:14:14:9:20:14 chr5 5462148 . G A 89.55 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0277915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.386;QD=15.5739;RBI=0.0278264;REFB=-0.00178599;REVB=-0.00139462;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20624;STB=0.617991;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00217911;OID=.;OPOS=5462148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:10:2:4:7:10:2 chr5 5490326 . G A 479.49 PASS AF=0.52809;AO=46;DP=88;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0163228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.466;QD=21.5502;RBI=0.0179291;REFB=-0.0186411;REVB=-0.0074175;RO=41;SAF=16;SAR=30;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227382;STB=0.633827;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0163268;OID=.;OPOS=5490326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:41:42:46:47:0.52809:30:16:25:16:31:16:26:16 chr5 6337241 . T A 395.94 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0417205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.521;QD=20.3046;RBI=0.0459177;REFB=-0.0197825;REVB=-0.019179;RO=38;SAF=26;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183335;STB=0.6018;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0256063;OID=.;OPOS=6337241;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:14:26:17:21:14:26:17:21 chr5 6599476 . G A 73.82 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0120353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6465;QD=9.84228;RBI=0.0142725;REFB=-0.00955462;REVB=-0.00767175;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403168;STB=0.726832;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0170371;OID=.;OPOS=6599476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:19:20:10:10:0.333333:3:7:6:13:3:7:7:13 chr5 6602544 . T C 888.49 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00275873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0717;QD=56.4118;RBI=0.0252178;REFB=0.0232413;REVB=0.0250665;RO=1;SAF=33;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140928;STB=0.50746;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000291456;OID=.;OPOS=6602544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:29:33:1:0:29:33:1:0 chr5 6604787 . C T 683.02 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0286125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.227;QD=52.5399;RBI=0.0290806;REFB=-0.129856;REVB=-0.00519722;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.502339;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00142508;OID=.;OPOS=6604787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:0:2:50:50:0.961538:28:22:0:0:28:22:1:1 chr5 6748659 . T C 407.29 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0215644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.785;QD=22.9458;RBI=0.0247068;REFB=-0.00221433;REVB=-0.0120582;RO=31;SAF=23;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123706;STB=0.568067;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00205532;OID=.;OPOS=6748659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:17:23:13:18:17:23:13:18 chr5 7520881 . G T 390.31 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=119;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0136558;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6894;QD=13.231;RBI=0.0151074;REFB=-0.00714416;REVB=-0.0064618;RO=72;SAF=24;SAR=22;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383307;STB=0.52173;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0118765;OID=.;OPOS=7520881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:72:72:46:46:0.389831:22:24:35:37:22:24:35:37 chr5 7743787 . C T 610.98 PASS AF=0.433121;AO=68;DP=157;FAO=68;FDP=157;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.0160639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.801;QD=15.5664;RBI=0.0160828;REFB=-0.0190734;REVB=-0.000777895;RO=89;SAF=39;SAR=29;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114846;STB=0.564137;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0206685;OID=.;OPOS=7743787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:89:89:68:68:0.433121:29:39:41:48:29:39:41:48 chr5 7826680 . T C 253.52 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0192071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.125;QD=10.6746;RBI=0.0192077;REFB=-0.00709862;REVB=0.000157848;RO=63;SAF=18;SAR=13;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479553;STB=0.533771;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0176775;OID=.;OPOS=7826680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:63:64:31:31:0.326316:13:18:34:29:13:18:34:30 chr5 7828404 . C T 470.95 PASS AF=0.511111;AO=45;DP=88;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0110474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7501;QD=20.9312;RBI=0.0113073;REFB=-0.0146811;REVB=0.00241023;RO=43;SAF=26;SAR=19;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457595;STB=0.535699;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.015718;OID=.;OPOS=7828404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:43:44:45:46:0.511111:19:26:27:16:20:26:28:16 chr5 7835555 . C G 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0242892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6994;QD=15.1009;RBI=0.0255173;REFB=-0.0104178;REVB=0.00782114;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112108;STB=0.563584;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0148461;OID=.;OPOS=7835555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:12:12:19:12:12:12:19:12 chr5 7866821 . T C 242.21 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0214624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2109;QD=14.9051;RBI=0.0242904;REFB=0.0160183;REVB=-0.0113749;RO=37;SAF=9;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175627;STB=0.599926;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0213997;OID=.;OPOS=7866821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:19:9:18:19:19:9:18:19 chr5 7866967 . G C 1476.51 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.236;QD=62.1686;RBI=0.0273079;REFB=0.056251;REVB=-0.00133564;RO=1;SAF=57;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126417;STB=0.506665;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.000815919;OID=.;OPOS=7866967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:37:57:0:1:37:57:0:1 chr5 7868030 . T C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.657;QD=62.9081;RBI=0.0161108;REFB=0;REVB=0.00919231;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39617e-05;OID=.;OPOS=7868030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr5 7878179 . C T 327.75 PASS AF=0.523077;AO=33;DP=63;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.027011;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0193;QD=20.1693;RBI=0.0270539;REFB=0.0271638;REVB=-0.00152429;RO=30;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369692;STB=0.535035;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.022699;OID=.;OPOS=7878179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:30:31:33:34:0.523077:19:14:14:16:20:14:15:16 chr5 7897319 . G A 116.66 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00687732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.456;QD=11.666;RBI=0.0258099;REFB=-0.0192436;REVB=-0.0248767;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00615386;STB=0.503644;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.036404;OID=.;OPOS=7897319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:6:8:15:11:6:8:15:11 chr5 9041924 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.845;QD=57.6786;RBI=0.0840418;REFB=0;REVB=0.0833058;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509318;OID=.;OPOS=9041924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr5 9041935 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.296;QD=56.1911;RBI=0.0276707;REFB=0;REVB=0.00643108;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60657e-05;OID=.;OPOS=9041935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr5 9053945 . C T 305.76 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.531;QD=53.1764;RBI=0.0857492;REFB=0;REVB=0.0309952;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111891;OID=.;OPOS=9053945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr5 9108333 . C T 770.34 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.899;QD=55.0242;RBI=0.0352059;REFB=-0.132364;REVB=0.0321088;RO=1;SAF=25;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184819;STB=0.5098;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000989695;OID=.;OPOS=9108333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:30:25:1:0:30:25:1:0 chr5 9122926 . C T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.966;QD=63.5825;RBI=0.0362719;REFB=0;REVB=-0.011316;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8071e-05;OID=.;OPOS=9122926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr5 9190404 . G A 1549.49 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.579;QD=63.8967;RBI=0.0170921;REFB=0;REVB=3.38474e-05;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11063e-05;OID=.;OPOS=9190404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:51:45:0:0:51:46:0:0 chr5 9238005 . G A 584.84 PASS AF=0.465649;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.00283184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.519;QD=17.8577;RBI=0.00677157;REFB=-0.0058833;REVB=-0.006151;RO=70;SAF=26;SAR=35;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688177;STB=0.538151;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0083939;OID=.;OPOS=9238005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:70:70:61:61:0.465649:35:26:25:45:35:26:25:45 chr5 9265602 . C T 447.6 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00700123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.902;QD=21.0635;RBI=0.0149234;REFB=-0.0142938;REVB=-0.0131791;RO=40;SAF=27;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569412;STB=0.538486;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0133455;OID=.;OPOS=9265602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:41:44:44:0.517647:17:27:22:18:17:27:22:19 chr5 9280957 . C A 670.13 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8781;QD=62.3372;RBI=0.00442402;REFB=0;REVB=-0.00403645;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61784e-05;OID=.;OPOS=9280957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr5 9629813 . C T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00993706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.374;QD=17.4015;RBI=0.0125857;REFB=-0.00729095;REVB=0.00772372;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27476;STB=0.658287;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00742631;OID=.;OPOS=9629813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:8:5:9:4:8:5 chr5 9630187 . T C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00319994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.657;QD=13.5757;RBI=0.0211609;REFB=0.00313386;REVB=0.0209175;RO=19;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172805;STB=0.60224;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00370593;OID=.;OPOS=9630187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:3:10:12:7:3:10:12:7 chr5 9761013 . C A 62.68 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0159824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.996;QD=8.08822;RBI=0.0206073;REFB=-0.000623999;REVB=-0.0130085;RO=22;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291584;STB=0.680454;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00615949;OID=.;OPOS=9761013;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:3:6:9:13:3:6:9:13 chr5 9761022 . C T 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00265221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.581;QD=13.7529;RBI=0.0169851;REFB=1.73945e-05;REVB=0.0167767;RO=23;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448652;STB=0.763673;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000268094;OID=.;OPOS=9761022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:3:12:9:14:3:12:9:14 chr5 10237036 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471993;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.465;QD=56.7059;RBI=0.00478708;REFB=0;REVB=-0.000799;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06274e-05;OID=.;OPOS=10237036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr5 10239261 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00928127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.498;QD=58.2396;RBI=0.0214031;REFB=0;REVB=0.019286;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28724e-05;OID=.;OPOS=10239261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr5 10239278 . C T 1190.34 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.154;QD=61.0431;RBI=0.0269177;REFB=0;REVB=0.0228738;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34712e-05;OID=.;OPOS=10239278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:30:48:0:0:30:48:0:0 chr5 10250430 . G A 978.19 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.110707;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.7637;QD=54.3438;RBI=0.143032;REFB=-0.12295;REVB=0.0905649;RO=1;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133153;STB=0.51351;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00790394;OID=.;OPOS=10250430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:69:70:0.972222:35:34:0:1:36:34:0:2 chr5 10250443 . T C 1220.95 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0071357;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.063;QD=60.2938;RBI=0.0180929;REFB=-0.0341865;REVB=0.0166264;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91692e-05;OID=.;OPOS=10250443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:82:81:0:0:80:81:1:42:38:0:0:43:38:0:0 chr5 10254817 . A G 729.44 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.891;QD=57.2107;RBI=0.0437125;REFB=0;REVB=0.043299;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98053e-05;OID=.;OPOS=10254817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:34:16:0:0:35:16:0:0 chr5 10256161 . T C 1414.4 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.875;QD=62.8622;RBI=0.109726;REFB=0;REVB=0.0202512;RO=0;SAF=34;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039924;OID=.;OPOS=10256161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:56:34:0:0:56:34:0:0 chr5 10261966 . G A 785.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4292;QD=64.1488;RBI=0.0827086;REFB=0;REVB=-0.0820729;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115375;OID=.;OPOS=10261966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr5 10282396 . A G 188.88 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00246229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.319;QD=11.1103;RBI=0.0053948;REFB=-0.0056321;REVB=0.00480011;RO=44;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107661;STB=0.562293;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0134381;OID=.;OPOS=10282396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:13:11:16:28:13:11:16:28 chr5 10564846 . C T 1168.12 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0991723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5003;QD=59.9037;RBI=0.0994485;REFB=0;REVB=0.00740657;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173355;OID=.;OPOS=10564846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:45:31:0:0:45:33:0:0 chr5 10624887 . T C 334.27 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0213142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.085;QD=16.7135;RBI=0.0350849;REFB=-0.0146854;REVB=-0.0278685;RO=44;SAF=22;SAR=14;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176434;STB=0.599107;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0096863;OID=.;OPOS=10624887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:14:22:19:25:14:22:19:25 chr5 10649412 . G C 455.6 PASS AF=0.474227;AO=45;DP=96;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.00236467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.831;QD=18.7874;RBI=0.0140337;REFB=-0.0120227;REVB=0.013833;RO=49;SAF=24;SAR=21;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211303;STB=0.618617;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0216807;OID=.;OPOS=10649412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:49:51:45:46:0.474227:21:24:15:34:22:24:15:36 chr5 10973727 . G A 823.21 PASS AF=0.442786;AO=89;DP=201;FAO=89;FDP=201;FR=.;FRO=112;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=-0.00800999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.152;QD=16.3823;RBI=0.0267045;REFB=-0.0199154;REVB=0.0254749;RO=112;SAF=44;SAR=45;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414183;STB=0.523017;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.022901;OID=.;OPOS=10973727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:112:112:89:89:0.442786:45:44:60:52:45:44:60:52 chr5 11117583 . C T 260.23 PASS AF=0.410959;AO=28;DP=71;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0980745;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.822;QD=14.2591;RBI=0.10944;REFB=-0.00758933;REVB=0.0485647;RO=43;SAF=19;SAR=9;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234342;STB=0.52082;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0145354;OID=.;OPOS=11117583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:43:43:28:30:0.410959:9:19:30:13:10:20:30:13 chr5 13701525 . T C 735.5 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9703;QD=56.5769;RBI=0.0252726;REFB=0;REVB=0.00386862;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600167;OID=.;OPOS=13701525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:31:20:0:0:31:21:0:0 chr5 13701536 . T C 726.22 PASS AF=1;AO=38;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0725589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.866;QD=63.1494;RBI=0.0803917;REFB=0;REVB=0.0346124;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249591;OID=.;OPOS=13701536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:38:46:1:22:16:0:0:29:17:0:0 chr5 13719022 . T G 989.2 PASS AF=0.985507;AO=61;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00526709;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0257;QD=57.3449;RBI=0.0353844;REFB=-0.126721;REVB=-0.0349902;RO=1;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129329;STB=0.505881;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00293304;OID=.;OPOS=13719022;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:69:1:1:61:68:0.985507:36:25:0:1:42:26:0:1 chr5 13719089 . G A 1223.31 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478985;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.345;QD=61.1655;RBI=0.0479341;REFB=0;REVB=-0.00184682;RO=0;SAF=23;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18563e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529871;OID=.;OPOS=13719089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:54:23:0:0:55:25:0:0 chr5 13811775 . T C 596.2 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=94;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0198934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2547;QD=25.3704;RBI=0.0238876;REFB=-0.0192325;REVB=0.0132238;RO=40;SAF=29;SAR=25;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106303;STB=0.558109;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.016058;OID=.;OPOS=13811775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:40:40:54:54:0.574468:25:29:16:24:25:29:16:24 chr5 13829799 . G A 398.94 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0153137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.682;QD=26.5959;RBI=0.0158848;REFB=-0.0117816;REVB=0.00422119;RO=22;SAF=15;SAR=23;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221732;STB=0.621017;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0059064;OID=.;OPOS=13829799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:22:38:38:0.633333:23:15:16:6:23:15:16:6 chr5 13845045 . G A 421.35 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00372049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.141;QD=23.4084;RBI=0.00376998;REFB=-0.02407;REVB=-0.000608831;RO=31;SAF=22;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916514;STB=0.550347;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0175966;OID=.;OPOS=13845045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:19:22:13:18:19:22:13:18 chr5 13900345 . A G 1840.88 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.751;QD=61.3628;RBI=0.0327651;REFB=0;REVB=0.0282296;RO=0;SAF=67;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61876e-05;OID=.;OPOS=13900345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:52:67:0:0:52:68:0:0 chr5 13902220 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.082;QD=48.7372;RBI=0.0892334;REFB=0;REVB=-0.0191527;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883265;OID=.;OPOS=13902220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr5 13913885 . A G 2313.21 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.265;QD=63.8126;RBI=0.0217319;REFB=0;REVB=-0.0123095;RO=0;SAF=76;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60188e-06;OID=.;OPOS=13913885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:68:76:0:0:68:77:0:0 chr5 13931340 . C T 732.55 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00921297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9965;QD=54.2632;RBI=0.0163807;REFB=0.0440477;REVB=0.0135443;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177719;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000393783;OID=.;OPOS=13931340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:26:26:0:1:27:26:0:1 chr5 13944512 . A C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6757;QD=56.9564;RBI=0.0096307;REFB=0;REVB=0.00759611;RO=0;SAF=42;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155293;OID=.;OPOS=13944512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:10:42:0:0:10:42:0:0 chr5 14184022 . G A 414.69 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880011;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.42;QD=57.1992;RBI=0.0107517;REFB=0;REVB=-0.00617707;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339874;OID=.;OPOS=14184022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr5 14184079 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4902;QD=57.2005;RBI=0.0388001;REFB=0;REVB=0.0156642;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267334;OID=.;OPOS=14184079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr5 14397238 . T C 240.16 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00517318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.747;QD=16.5627;RBI=0.040326;REFB=-0.0222566;REVB=0.0399928;RO=30;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215618;STB=0.629534;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0165071;OID=.;OPOS=14397238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:10:17:12:18:10:17:12:19 chr5 14420027 . A C 229.79 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.054722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9831;QD=14.1408;RBI=0.0557842;REFB=-0.0181883;REVB=-0.0108343;RO=37;SAF=10;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201908;STB=0.622335;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0226298;OID=.;OPOS=14420027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:38:27:27:0.415385:17:10:21:16:17:10:22:16 chr5 14709412 . A AT 203.94 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.7968;QD=47.9859;RBI=0.080677;REFB=0;REVB=0.0177503;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00430136;OID=.;OPOS=14709413;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:17:17:17:0:11:6:0:0:4:0:10:6:0:0 chr5 14710363 . G GACTT 80.91 PASS AF=0.25;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0200022;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=4;MLLD=243.986;QD=7.35531;RBI=0.0272184;REFB=-0.015973;REVB=-0.0184595;RO=33;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861616;STB=0.554353;STBP=0.701;TYPE=ins;VARB=0.0534112;OID=.;OPOS=14710364;OREF=-;OALT=ACTT;OMAPALT=GACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:11:45:11:44:33:3:8:11:22:80:33:3:8:11:22 chr5 14769103 . G A 461.64 PASS AF=0.378571;AO=53;DP=140;FAO=53;FDP=140;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=-0.00600109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.259;QD=13.1896;RBI=0.00648782;REFB=-0.00118551;REVB=0.00246549;RO=86;SAF=27;SAR=26;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111695;STB=0.5593;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00219464;OID=.;OPOS=14769103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:86:87:53:53:0.378571:26:27:35:51:26:27:36:51 chr5 16478200 . G A 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0304183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7557;QD=13.7411;RBI=0.0304412;REFB=-0.00110029;REVB=0.00118038;RO=43;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928009;STB=0.552986;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00461971;OID=.;OPOS=16478200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:18:11:20:23:18:11:20:23 chr5 16508674 . A G 286.32 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.063595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2615;QD=15.6886;RBI=0.0946316;REFB=-0.0436846;REVB=0.0700771;RO=41;SAF=11;SAR=21;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24323;STB=0.637381;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0633477;OID=.;OPOS=16508674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:21:11:24:17:21:11:24:17 chr5 16666180 . A G 323.48 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.073135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.7333;QD=47.9234;RBI=0.0784011;REFB=-0.191996;REVB=-0.028249;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529389;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00605709;OID=.;OPOS=16666180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:0:2:25:25:0.925926:16:9:0:0:16:9:0:2 chr5 16673975 . C G 613.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482198;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.372;QD=61.3794;RBI=0.049365;REFB=0;REVB=0.0105715;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205074;OID=.;OPOS=16673975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:17:21:0:0:17:23:0:0 chr5 16769273 . G A 141.91 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.014744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7899;QD=13.8444;RBI=0.0148426;REFB=-0.0317823;REVB=-0.00170799;RO=25;SAF=2;SAR=14;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216785;STB=0.629026;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0306025;OID=.;OPOS=16769273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:14:2:6:19:14:2:6:19 chr5 16794780 . G A 109.92 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0176205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.853;QD=14.6564;RBI=0.103744;REFB=-0.0234167;REVB=0.102236;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170731;STB=0.59984;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0235964;OID=.;OPOS=16794780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:8:9:9:4:8:9 chr5 16815530 . G C 123.11 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0221282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0518;QD=16.415;RBI=0.0294384;REFB=0.0054278;REVB=0.0194156;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180327;STB=0.603627;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00284356;OID=.;OPOS=16815530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:6:10:6:8:6:10 chr5 16877744 . C T 251.61 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-3.50682e-07;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.297;QD=20.5398;RBI=0.0205433;REFB=-0.0145183;REVB=-0.0205433;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181252;STB=0.510196;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0143222;OID=.;OPOS=16877744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:12:12:13:12:12:12:13:12 chr5 17117752 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0217069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.944;QD=21.3532;RBI=0.0232134;REFB=0.000478395;REVB=0.00822655;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214541;STB=0.512176;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.00035095;OID=.;OPOS=17117752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:4:9:6:3:4:9:6:3 chr5 17240819 . A G 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0489715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0646;QD=19.0588;RBI=0.0489715;REFB=-0.0173472;REVB=1.78513e-05;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158713;STB=0.58972;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0222896;OID=.;OPOS=17240819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:10:9:13:7:10:9:13:7 chr5 17275552 . C T 31.59 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.116389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.709;QD=14.0413;RBI=0.118494;REFB=-0.00541563;REVB=-0.0222344;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422723;STB=0.749163;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00742814;OID=.;OPOS=17275552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:0:4:2:3:0:4 chr5 19721490 . T C,G 1509.97 PASS AF=0.945946,0.027027;AO=95,7;DP=105;FAO=105,3;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=39,2;FSAR=66,1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0337145,-0.0190792;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=48.3247,101.665;QD=54.4133;RBI=0.0477025,0.0235643;REFB=-0.0487369,-0.0117394;REVB=0.033747,-0.0138296;RO=3;SAF=34,4;SAR=61,3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0193667,-0.0505826;STB=0.508741,0.5;STBP=0.318,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0201133,0.0913941;OID=.,.;OPOS=19721490,19721490;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:111:3:3:95,7:105,3:0.945946,0.027027:61,3:34,4:2:1:66,1:39,2:2:1 chr5 22078584 . C T 373.6 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0159665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2527;QD=23.3497;RBI=0.0168205;REFB=0.00244545;REVB=-0.00529167;RO=27;SAF=19;SAR=18;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166295;STB=0.591205;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00157551;OID=.;OPOS=22078584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:18:19:8:19:18:19:8:19 chr5 23976115 . G A 1973.29 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000144898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6165;QD=61.1874;RBI=0.0306393;REFB=-0.095835;REVB=0.0306389;RO=1;SAF=77;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940861;STB=0.50495;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00048604;OID=.;OPOS=23976115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:129:1:1:127:128:0.992248:50:77:0:1:50:78:0:1 chr5 24910721 . C G 446.94 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6772;QD=57.6696;RBI=0.06075;REFB=0;REVB=-0.0125626;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00074891;OID=.;OPOS=24910721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr5 26198575 . G T 1568.73 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0164;QD=64.0299;RBI=0.0339542;REFB=0;REVB=-0.0178247;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89996e-05;OID=.;OPOS=26198575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:51:46:0:0:51:47:0:0 chr5 26198591 . C T 1520.76 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104651;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.763;QD=63.3651;RBI=0.024793;REFB=-0.021315;REVB=0.0224761;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.32181e-06;OID=.;OPOS=26198591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:97:96:0:0:96:96:1:50:46:0:0:50:46:0:0 chr5 26988328 . G A 510.69 PASS AF=0.390411;AO=57;DP=146;FAO=57;FDP=146;FR=.;FRO=89;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.0403399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0203;QD=13.9916;RBI=0.0403401;REFB=-0.00713576;REVB=-0.000129347;RO=89;SAF=22;SAR=35;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201698;STB=0.613995;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00941936;OID=.;OPOS=26988328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:89:89:57:57:0.390411:35:22:51:38:35:22:51:38 chr5 26988424 . T C 412.0 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0155578;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0404;QD=15.8463;RBI=0.0322296;REFB=-0.0188006;REVB=0.0282259;RO=58;SAF=23;SAR=23;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068699;STB=0.538445;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0447849;OID=.;OPOS=26988424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:58:58:46:46:0.442308:23:23:33:25:23:23:33:25 chr5 31401447 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.568;QD=64.415;RBI=0.0217132;REFB=0;REVB=-0.0213948;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20128e-05;OID=.;OPOS=31401447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:25:24:0:0:26:24:0:0 chr5 31423007 . T C 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00467351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.819;QD=17.7162;RBI=0.00552533;REFB=-0.00257962;REVB=0.00294747;RO=40;SAF=19;SAR=18;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128723;STB=0.570222;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00359307;OID=.;OPOS=31423007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:42:37:37:0.468354:18:19:15:25:18:19:16:26 chr5 32058115 . A G 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00765934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.537;QD=16.1155;RBI=0.0434267;REFB=-0.0252861;REVB=-0.0427459;RO=29;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290538;STB=0.66348;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0300435;OID=.;OPOS=32058115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:10:14:8:21:10:14:8:21 chr5 32087253 . A G 774.43 PASS AF=0.47093;AO=80;DP=170;FAO=81;FDP=172;FR=.;FRO=91;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.00319735;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.004;QD=18.0101;RBI=0.00464716;REFB=-0.0284599;REVB=0.0033724;RO=90;SAF=43;SAR=37;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359644;STB=0.52584;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0320953;OID=.;OPOS=32087253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:90:91:80:81:0.47093:37:43:45:45:37:44:45:46 chr5 32087374 . A G 503.28 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0255804;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8153;QD=18.6399;RBI=0.0258279;REFB=-0.0336297;REVB=-0.00356682;RO=52;SAF=28;SAR=25;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00913864;STB=0.508769;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0290647;OID=.;OPOS=32087374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:52:55:53:53:0.490741:25:28:28:24:25:28:30:25 chr5 32087802 . A G 83.9 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00834151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.119;QD=10.1701;RBI=0.048199;REFB=-0.0252622;REVB=-0.0474717;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207796;STB=0.633889;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0196434;OID=.;OPOS=32087802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:21:22:10:11:0.333333:3:7:11:10:3:8:12:10 chr5 32088213 . C T 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0158271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.355;QD=22.7197;RBI=0.0287067;REFB=-0.0218954;REVB=-0.0239494;RO=9;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283077;STB=0.6614;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0236937;OID=.;OPOS=32088213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:11:3:5:4:11:3:5:4 chr5 32088795 . C T 178.69 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.017392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7954;QD=22.3367;RBI=0.0550615;REFB=-0.017838;REVB=-0.0522426;RO=13;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650504;STB=0.548455;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.014958;OID=.;OPOS=32088795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:11:7:4:9:11:7:4:10 chr5 32227585 . GA G 83.56 PASS AF=0.619048;AO=10;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.253972;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.4948;QD=15.9157;RBI=0.271726;REFB=-0.0860611;REVB=0.0966083;RO=10;SAF=0;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.82191;STB=0.671982;STBP=0.067;TYPE=del;VARB=0.111983;OID=.;OPOS=32227586;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.619048:10:21:13:21:8:3:10:5:3:32:10:0:10:7:3 chr5 32229677 . G A 278.78 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00697352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.098;QD=21.8654;RBI=0.0210709;REFB=-0.00640959;REVB=-0.0198835;RO=22;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506133;STB=0.539654;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00847754;OID=.;OPOS=32229677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:22:23:28:28:0.54902:11:17:12:10:11:17:12:11 chr5 32400266 . A G 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00013542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.707;QD=22.9823;RBI=0.00434473;REFB=0.00582623;REVB=-0.00434262;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163482;STB=0.591144;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00492534;OID=.;OPOS=32400266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:14:11:14:8:14:11:14:8 chr5 32403346 . C T 1540.33 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7995;QD=59.8188;RBI=0.0442559;REFB=0;REVB=-0.0367306;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275251;OID=.;OPOS=32403346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:54:49:0:0:54:49:0:0 chr5 33278049 . T C 219.82 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00378057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.205;QD=17.5854;RBI=0.00592219;REFB=-0.0109528;REVB=-0.00455847;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125275;STB=0.571363;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0275263;OID=.;OPOS=33278049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:13:15:9:13:13:15 chr5 33535060 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2799;QD=57.2008;RBI=0.0298094;REFB=0;REVB=-0.0200745;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000440476;OID=.;OPOS=33535060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:25:5:0:0:25:5:0:0 chr5 33751454 . A T 632.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.955;QD=61.6844;RBI=0.16405;REFB=0;REVB=0.163519;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290407;OID=.;OPOS=33751454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:11:29:0:0:12:29:0:0 chr5 33936843 . C T 97.66 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.0545254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4181;QD=13.4698;RBI=0.0796755;REFB=-0.0505867;REVB=0.0580962;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336532;STB=0.691567;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.056065;OID=.;OPOS=33936843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:15:2:5:7:15:2 chr5 33938447 . G A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.00794167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.91;QD=10.7538;RBI=0.00911468;REFB=-0.0111953;REVB=-0.00447296;RO=25;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151147;STB=0.596881;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.022674;OID=.;OPOS=33938447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:4:9:20:5:4:9:21:5 chr5 33938975 . C A 217.56 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0312522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5684;QD=16.7351;RBI=0.0504555;REFB=-0.00657539;REVB=-0.0396114;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802602;STB=0.545416;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00717606;OID=.;OPOS=33938975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:14:10:14:14:14:10:14:14 chr5 33954511 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.741;QD=58.2394;RBI=0.0469878;REFB=0;REVB=0.0437057;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29726e-05;OID=.;OPOS=33954511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:36:25:0:0:36:26:0:0 chr5 33963870 . C T 495.52 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0317021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.951;QD=23.3184;RBI=0.0340615;REFB=-0.0101116;REVB=-0.0124564;RO=38;SAF=27;SAR=20;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397713;STB=0.521862;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00855281;OID=.;OPOS=33963870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:20:27:20:18:20:27:20:18 chr5 33989518 . C T 349.17 PASS AF=0.468354;AO=34;DP=76;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0252046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.241;QD=17.6793;RBI=0.0262368;REFB=-0.0269946;REVB=0.007287;RO=42;SAF=22;SAR=12;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23964;STB=0.647225;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0327309;OID=.;OPOS=33989518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:42:42:34:37:0.468354:12:22:17:25:12:25:17:25 chr5 33994116 . A T 225.98 PASS AF=0.363636;AO=23;DP=72;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00479435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.318;QD=11.739;RBI=0.00494313;REFB=-0.012344;REVB=-0.00120365;RO=42;SAF=13;SAR=10;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341315;STB=0.513198;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0187804;OID=.;OPOS=33994116;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:77:42:49:23:28:0.363636:10:13:25:17:12:16:27:22 chr5 33994182 . T C 491.54 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00373089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.324;QD=25.2069;RBI=0.0184952;REFB=-0.0208762;REVB=0.018115;RO=31;SAF=23;SAR=23;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356298;STB=0.512815;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0127954;OID=.;OPOS=33994182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:32:46:46:0.589744:23:23:14:17:23:23:15:17 chr5 33998883 . A G 388.84 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0526784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1717;QD=16.2015;RBI=0.0527876;REFB=0.00670082;REVB=0.00339453;RO=55;SAF=25;SAR=16;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486553;STB=0.527413;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00984954;OID=.;OPOS=33998883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:16:25:31:24:16:25:31:24 chr5 34004707 . C T 234.13 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0521737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1844;QD=20.359;RBI=0.053206;REFB=-0.0125311;REVB=0.0104298;RO=23;SAF=17;SAR=5;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128477;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0178725;OID=.;OPOS=34004707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:23:22:23:0.5:5:17:18:5:5:18:18:5 chr5 34008100 . C T 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0909546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2151;QD=18.9662;RBI=0.0973404;REFB=-0.00387253;REVB=0.034676;RO=25;SAF=6;SAR=16;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090619;STB=0.550977;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0105895;OID=.;OPOS=34008100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:16:6:5:20:16:6:5:20 chr5 34020277 . C T 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0118967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.473;QD=15.1009;RBI=0.0272056;REFB=-0.016899;REVB=-0.0244666;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159846;STB=0.509083;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0188939;OID=.;OPOS=34020277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:12:12:15:16:12:12:15:16 chr5 34038537 . A G 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00499695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.578;QD=15.7817;RBI=0.00863483;REFB=0.00340614;REVB=-0.00704207;RO=29;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635979;STB=0.536103;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00406551;OID=.;OPOS=34038537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:11:12:17:12:11:12:17:12 chr5 34802384 . A G 805.05 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.321;QD=64.4041;RBI=0.0384448;REFB=0;REVB=-0.0138577;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39756e-05;OID=.;OPOS=34802384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr5 34807928 . C T 1604.01 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.006045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.731;QD=59.963;RBI=0.00675804;REFB=0;REVB=-0.00302143;RO=0;SAF=35;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81952e-06;OID=.;OPOS=34807928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:71:35:0:0:72:35:0:0 chr5 34811137 . T G 670.27 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.065;QD=62.3508;RBI=0.0279333;REFB=0;REVB=0.0120634;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06347e-05;OID=.;OPOS=34811137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chr5 34824555 . G T 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.159;QD=42.1777;RBI=0.0609078;REFB=0;REVB=-0.0600488;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104748;OID=.;OPOS=34824555;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr5 34862125 . C T 606.58 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=125;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0337837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.267;QD=19.2566;RBI=0.0349217;REFB=-0.00893649;REVB=0.00884254;RO=63;SAF=40;SAR=22;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11616;STB=0.560929;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0114312;OID=.;OPOS=34862125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:63:64:62:62:0.492063:22:40:33:30:22:40:34:30 chr5 34925328 . T A 176.61 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00654604;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=35.8105;QD=15.6983;RBI=0.0756253;REFB=-0.012629;REVB=-0.0753415;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108183;STB=0.544455;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0234391;OID=.;OPOS=34925328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:26:19:19:0.422222:6:13:14:10:6:13:16:10 chr5 34998877 . C A 362.45 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0146836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.064;QD=20.7114;RBI=0.032935;REFB=-0.0114555;REVB=-0.0294806;RO=32;SAF=20;SAR=17;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986919;STB=0.560408;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0134135;OID=.;OPOS=34998877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:17:20:21:11:17:20:22:11 chr5 35010138 . A G 2174.01 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0916404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.845;QD=63.0148;RBI=0.0916622;REFB=0;REVB=-0.00199783;RO=0;SAF=45;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02919e-05;OID=.;OPOS=35010138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:124:138:0:0:123:138:1:78:45:0:0:78:60:0:0 chr5 35033605 . G A 601.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.665;QD=58.648;RBI=0.0559608;REFB=0.0270549;REVB=0.0502856;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022873;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00159795;OID=.;OPOS=35033605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:20:20:1:0:20:20:1:0 chr5 35037115 . C T 343.19 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.000103368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.303;QD=18.8052;RBI=0.0161365;REFB=-0.0229182;REVB=0.0161362;RO=35;SAF=14;SAR=22;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211908;STB=0.617537;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0197968;OID=.;OPOS=35037115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:37:36:36:0.493151:22:14:22:13:22:14:23:14 chr5 35039486 . C T 426.89 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.00214178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.527;QD=21.892;RBI=0.0154349;REFB=-0.00991349;REVB=0.0152856;RO=35;SAF=26;SAR=16;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853474;STB=0.537532;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00865308;OID=.;OPOS=35039486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:36:42:42:0.538462:16:26:25:10:16:26:25:11 chr5 35641582 . A C 1506.78 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=99;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0336626;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.37;QD=61.5011;RBI=0.0437643;REFB=-0.0167111;REVB=0.0279669;RO=2;SAF=37;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00453727;STB=0.502465;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.000624765;OID=.;OPOS=35641582;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:98:2:2:95:96:0.979592:58:37:1:1:59:37:1:1 chr5 35643615 . G A 420.7 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0214588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.502;QD=49.4941;RBI=0.0229026;REFB=-0.114528;REVB=-0.008003;RO=2;SAF=19;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133849;STB=0.525675;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00271749;OID=.;OPOS=35643615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:2:3:31:31:0.911765:12:19:1:1:12:19:1:2 chr5 35644621 . T C 689.22 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00717148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4475;QD=62.656;RBI=0.0186122;REFB=0;REVB=0.0171751;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107161;OID=.;OPOS=35644621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr5 35654711 . C T 2495.55 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933222;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.136;QD=61.6185;RBI=0.0101691;REFB=0;REVB=-0.00403996;RO=0;SAF=79;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21923e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50232e-05;OID=.;OPOS=35654711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:162:162:1:83:79:0:0:83:79:0:0 chr5 35670303 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00657289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.873;QD=15.7844;RBI=0.00756998;REFB=-0.00976382;REVB=0.00375523;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837908;STB=0.548319;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0110748;OID=.;OPOS=35670303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:7:10:7:7:7:10 chr5 35692775 . T A 371.68 PASS AF=0.444444;AO=37;DP=87;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0235378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.023;QD=16.5191;RBI=0.0256167;REFB=-0.0101464;REVB=0.0101089;RO=48;SAF=17;SAR=20;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061597;STB=0.549975;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00824421;OID=.;OPOS=35692775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:48:50:37:40:0.444444:20:17:25:23:22:18:27:23 chr5 35695915 . A C 246.34 PASS AF=0.39726;AO=28;DP=72;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00449484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.284;QD=13.4982;RBI=0.00811486;REFB=-0.0170494;REVB=0.00675628;RO=43;SAF=13;SAR=15;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147885;STB=0.564927;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0249567;OID=.;OPOS=35695915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:44:28:29:0.39726:15:13:26:17:15:14:26:18 chr5 35709095 . C T 265.63 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0206081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.446;QD=13.2815;RBI=0.0229931;REFB=-0.0109724;REVB=-0.0101974;RO=47;SAF=13;SAR=18;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185115;STB=0.604733;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0123669;OID=.;OPOS=35709095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:49:31:31:0.3875:18:13:28:19:18:13:29:20 chr5 35709184 . G C 152.68 PASS AF=0.3;AO=20;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0168913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3785;QD=8.7245;RBI=0.0272688;REFB=-0.00716841;REVB=0.0214073;RO=49;SAF=9;SAR=11;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11946;STB=0.585285;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0114674;OID=.;OPOS=35709184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:20:21:0.3:11:9:27:22:12:9:27:22 chr5 35764696 . C T 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.561;QD=59.4301;RBI=0.087273;REFB=0;REVB=0.0261308;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558888;OID=.;OPOS=35764696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr5 35871190 . G A 313.84 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.00556607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.739;QD=14.5972;RBI=0.0158238;REFB=-0.0135339;REVB=-0.0148125;RO=51;SAF=17;SAR=18;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139999;STB=0.579114;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0194619;OID=.;OPOS=35871190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:18:17:18:33:18:17:18:33 chr5 35910040 . C T 495.52 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00975127;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.698;QD=23.3187;RBI=0.0152224;REFB=-0.00779293;REVB=-0.011689;RO=38;SAF=26;SAR=21;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648892;STB=0.535663;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00598469;OID=.;OPOS=35910040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:21:26:18:20:21:26:18:20 chr5 35910529 . C T 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.954;QD=63.5806;RBI=0.0324727;REFB=0;REVB=0.0271409;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39956e-05;OID=.;OPOS=35910529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr5 35962984 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.368;QD=39.2045;RBI=0.0156968;REFB=0;REVB=0.0156968;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138676;OID=.;OPOS=35962984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr5 35965970 . A C 197.32 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00961551;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.263;QD=21.332;RBI=0.00964682;REFB=-0.0182955;REVB=-0.000776514;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144674;STB=0.567501;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0217378;OID=.;OPOS=35965970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:17:19:20:0.540541:9:10:6:11:10:10:6:11 chr5 35991562 . T C 648.4 PASS AF=0.41954;AO=71;DP=172;FAO=73;FDP=174;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=68;FWDB=0.00498558;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.39;QD=14.9057;RBI=0.00563844;REFB=-0.00871601;REVB=-0.00263363;RO=101;SAF=27;SAR=44;SRF=33;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605792;STB=0.543496;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0125224;OID=.;OPOS=35991562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:174:101:101:71:73:0.41954:44:27:33:68:44:29:33:68 chr5 36155318 . C CTT,CTTT 359.28 PASS AF=1,0;AO=14,14;DP=40;FAO=32,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551865,-0.038689;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,3;MLLD=25.3855,18.7384;QD=44.9094;RBI=0.256922,0.175618;REFB=0,0;REVB=-0.250925,-0.171303;RO=10;SAF=6,1;SAR=8,13;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.268469,-0.667031;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00554709,0.0501937;OID=.,.;OPOS=36155319,36155319;OREF=-,-;OALT=TT,TTT;OMAPALT=CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:14,14:40:32,0:32:0:9,0:23,0:0:0:7:10:6,1:8,13:8:2 chr5 36171780 . A G 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.322;QD=64.2851;RBI=0.0363;REFB=0;REVB=0.0353788;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66662e-05;OID=.;OPOS=36171780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:50:50:0:0:50:50:0:0 chr5 36193223 . CAG C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305062;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.754;QD=45.8068;RBI=0.0523622;REFB=0;REVB=0.0425578;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000833811;OID=.;OPOS=36193224;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:14:14:14:0:4:10:0:0:4:0:4:10:0:0 chr5 36193232 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00608225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.816;QD=45.8068;RBI=0.0061002;REFB=0;REVB=0.000467724;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.28485e-05;OID=.;OPOS=36193232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr5 36257018 . A G 664.6 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0254891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6458;QD=52.1251;RBI=0.0256956;REFB=-0.121872;REVB=0.00325099;RO=2;SAF=21;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427126;STB=0.52173;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0050589;OID=.;OPOS=36257018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:50:51:2:2:48:49:0.960784:27:21:2:0:27:22:2:0 chr5 36269551 . G C,T 582.47 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=37,2;DP=39;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461305,0.00380038;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.224,115.847;QD=59.7408;RBI=0.0118028,0.00769796;REFB=0,0;REVB=-0.010864,-0.00669445;RO=0;SAF=24,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000103489,0.013505;OID=.,.;OPOS=36269551,36269551;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:39:0:0:37,2:37,2:0.948718,0.0512821:13,2:24,0:0:0:13,2:24,0:0:0 chr5 36985303 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0849998;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.105;QD=14.0436;RBI=0.0852812;REFB=0.0114388;REVB=0.00692307;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268008;STB=0.665923;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.0057398;OID=.;OPOS=36985303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:2:2:4:1:2:2 chr5 37244479 . CATTTTTTA CATTTTTA,CATTTTTAG,CTATTTTTA,TCATTTTTA 79.62 PASS AF=0.4375,0.09375,0,0;AO=7,2,2,4;DP=39;FAO=14,3,0,0;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4,3,0,0;FSAR=10,0,0,0;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0944909,-0.0276893,0.0142369,-0.0237687;FXX=0.179441;HRUN=6,6,1,1;LEN=1,2,2,3;MLLD=11.2955,100.278,54.0471,32.805;QD=9.95228;RBI=0.0956601,0.0321896,0.0751853,0.0487673;REFB=-0.0362958,-0.00242593,0.00144999,-0.0259285;REVB=0.0149105,-0.0164155,-0.073825,-0.0425828;RO=12;SAF=5,2,0,0;SAR=2,0,2,4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0.33042,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0577328,0.505787,-0.630414,-0.731329;STB=0.69971,0.995209,0.5,0.5;STBP=0.053,0.172,1,1;TYPE=del,mnp,mnp,mnp;VARB=0.0444656,-0.248524,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=37244481,37244486,37244480,37244479;OREF=T,TA,AT,CAT;OALT=-,AG,TA,TCA;OMAPALT=CATTTTTA,CATTTTTAG,CTATTTTTA,TCATTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:39:32:12:15:7,2,2,4:14,3,0,0:0.4375,0.09375,0,0:2,0,2,4:5,2,0,0:8:4:10,0,0,0:4,3,0,0:10:5 chr5 37244488 . TAAAAAC TAAAAC,TAAAACG 64.01 PASS AF=0.307692,0.0576923;AO=16,2;DP=51;FAO=16,3;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=3,3;FSAR=13,0;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.113714,-0.03203;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.27155,68.5299;QD=4.92374;RBI=0.133963,0.0330861;REFB=-0.133915,-0.0246275;REVB=-0.0708188,-0.00829272;RO=25;SAF=2,2;SAR=14,0;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.560734,0.44242;STB=0.792724,0.995768;STBP=0.01,0.135;TYPE=del,mnp;VARB=0.154256,0.159946;OID=.,.;OPOS=37244489,37244493;OREF=A,AC;OALT=-,CG;OMAPALT=TAAAAC,TAAAACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692,0.0576923:16,2:51:16,3:52:33:3,3:13,0:20:13:52:25:2,2:14,0:15:10 chr5 37294473 . T C 590.77 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00708876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.096;QD=20.1972;RBI=0.00908791;REFB=-0.00873163;REVB=0.00568679;RO=55;SAF=27;SAR=33;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11429;STB=0.554209;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00937291;OID=.;OPOS=37294473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:55:57:60:60:0.512821:33:27:32:23:33:27:32:25 chr5 37309371 . TAGA T 114.08 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0122717;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.471;QD=19.0135;RBI=0.0130022;REFB=-0.0031222;REVB=-0.00429672;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321591;STB=0.503221;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00265212;OID=.;OPOS=37309372;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667:12:24:13:24:11:6:7:5:6:88:11:5:7:5:6 chr5 37364443 . C T 402.16 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00258306;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.745;QD=57.4507;RBI=0.0171609;REFB=0;REVB=-0.0169654;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243019;OID=.;OPOS=37364443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr5 37688010 . A G 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00212213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.756;QD=13.314;RBI=0.020853;REFB=-0.0131207;REVB=-0.0207448;RO=33;SAF=16;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241712;STB=0.639866;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0197913;OID=.;OPOS=37688010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:6:16:17:16:6:16:17:16 chr5 37688094 . C T 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0101047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.424;QD=13.7841;RBI=0.0299306;REFB=-0.0197823;REVB=-0.0281733;RO=33;SAF=13;SAR=10;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430735;STB=0.524621;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0291396;OID=.;OPOS=37688094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:10:13:20:13:10:13:20:13 chr5 37700516 . C T 1695.13 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.4;QD=60.5404;RBI=0.0389129;REFB=0;REVB=-0.0274757;RO=0;SAF=45;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97629e-07;OID=.;OPOS=37700516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:67:45:0:0:67:45:0:0 chr5 38407191 . TGGGGG TGGGGA,TGGGG 41.72 PASS AF=0.0454545,0.272727;AO=2,15;DP=40;FAO=2,12;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=0,3;FSAR=2,9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.029068,0.13699;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=205.865,7.66334;QD=3.79233;RBI=0.0437782,0.24546;REFB=-0.0206195,-0.181311;REVB=-0.032735,-0.203677;RO=19;SAF=0,4;SAR=2,11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.576337,-0.361773;STB=0.994427,0.670749;STBP=0.179,0.195;TYPE=snp,del;VARB=0.0136538,0.103336;OID=.,.;OPOS=38407196,38407192;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=TGGGGA,TGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0454545,0.272727:2,15:40:2,12:44:30:0,3:2,9:14:16:32:19:0,4:2,11:12:7 chr5 38412674 . C T 166.42 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=0.0086556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.707;QD=14.7931;RBI=0.0193942;REFB=-0.010793;REVB=-0.0173556;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287339;STB=0.663056;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00917059;OID=.;OPOS=38412674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:22:5:8:10:22:5 chr5 38475507 . G A 958.65 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00191055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9263;QD=57.2327;RBI=0.073763;REFB=0.0357392;REVB=-0.0737382;RO=1;SAF=29;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160134;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00111823;OID=.;OPOS=38475507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:37:29:1:0:37:29:1:0 chr5 38822040 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0836333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7745;QD=35.5758;RBI=0.113396;REFB=0;REVB=-0.0765769;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0122161;OID=.;OPOS=38822040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr5 38823254 . C T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2649;QD=64.4142;RBI=0.0380367;REFB=0;REVB=0.0053933;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387656;OID=.;OPOS=38823254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr5 38823306 . A G 217.17 PASS AF=0.470588;AO=22;DP=49;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0234649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3235;QD=17.0333;RBI=0.0565818;REFB=-0.0316137;REVB=-0.0514869;RO=27;SAF=16;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223682;STB=0.640324;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0879034;OID=.;OPOS=38823306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:27:27:22:24:0.470588:6:16:14:13:6:18:14:13 chr5 38921788 . G A 840.44 PASS AF=0.455497;AO=87;DP=191;FAO=87;FDP=191;FR=.;FRO=104;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=41;FSRR=63;FWDB=0.0177256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.416;QD=17.6009;RBI=0.0197762;REFB=-0.00940598;REVB=0.0087693;RO=104;SAF=33;SAR=54;SRF=41;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154847;STB=0.508589;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0115496;OID=.;OPOS=38921788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:104:104:87:87:0.455497:54:33:41:63:54:33:41:63 chr5 38925457 . G A 172.43 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0151453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.615;QD=18.1504;RBI=0.0267554;REFB=-0.00817342;REVB=0.0220561;RO=20;SAF=2;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442827;STB=0.697423;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00603225;OID=.;OPOS=38925457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:20:17:18:0.473684:15:2:9:11:15:3:9:11 chr5 38938664 . A G 251.67 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.00608359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4403;QD=12.4282;RBI=0.0178851;REFB=0.00155751;REVB=0.0168187;RO=51;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126837;STB=0.572574;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00222396;OID=.;OPOS=38938664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:51:30:30:0.37037:16:14:18:33:16:14:18:33 chr5 38941154 . ATTTTTA ATTTATA,ATTTTA,ATTTTAT 984.45 PASS AF=0.135593,0.855932,0.00847458;AO=16,39,5;DP=118;FAO=16,101,1;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=16,35,0;FSAR=0,66,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0725867,-0.0524901,-0.123825;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=160.983,10.8149,9.68539;QD=33.3713;RBI=0.139462,0.816316,0.434609;REFB=0,0,0;REVB=0.119083,0.814627,0.416596;RO=52;SAF=16,28,4;SAR=0,11,1;SRF=0;SRR=52;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.897195,0.643173,0.862243;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.15355,-0.0301166,-0.194835;OID=.,.,.;OPOS=38941158,38941155,38941159;OREF=T,T,TA;OALT=A,-,AT;OMAPALT=ATTTATA,ATTTTA,ATTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.135593,0.855932,0.00847458:16,39,5:118:16,101,1:118:0:16,35,0:0,66,1:0:0:69:52:16,28,4:0,11,1:0:52 chr5 38941425 . ATG A,AAT,AT,ATT 725.35 PASS AF=0,0,0.978723,0.0212766;AO=6,2,25,16;DP=50;FAO=0,0,46,1;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,27,0;FSAR=0,0,19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507626,-0.00466372,-0.00511582,-0.00517361;FXX=0.020829;HRUN=1,1,1,1;LEN=2,2,1,1;MLLD=207.55,192.086,213.992,209.429;QD=61.7322;RBI=0.0387857,0.00952648,0.0185322,0.0114065;REFB=0,0,0,0;REVB=0.038452,0.00830683,0.0178121,-0.0101658;RO=0;SAF=3,1,15,8;SAR=3,1,10,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,del,snp;VARB=-0.020631,0,-0.00149597,0.0246979;OID=.,.,.,.;OPOS=38941426,38941426,38941427,38941427;OREF=TG,TG,G,G;OALT=-,AT,-,T;OMAPALT=A,AAT,AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.978723,0.0212766:6,2,25,16:50:0,0,46,1:47:0:0,0,27,0:0,0,19,1:0:0:10:0:3,1,15,8:3,1,10,8:0:0 chr5 38942090 . T C 888.01 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0131828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.988;QD=56.3817;RBI=0.0725604;REFB=-0.127588;REVB=0.0713528;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000245673;OID=.;OPOS=38942090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:0:1:61:62:0.984127:28:33:0:0:28:34:0:1 chr5 38950776 . G A 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00657461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.891;QD=56.9539;RBI=0.0151739;REFB=0;REVB=0.0136756;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01536e-05;OID=.;OPOS=38950776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr5 38955796 . G A 1281.99 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00038408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1525;QD=61.7829;RBI=0.00254011;REFB=0;REVB=-0.0025109;RO=1;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11263e-05;OID=.;OPOS=38955796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:1:0:82:83:1:47:35:0:1:48:35:0:0 chr5 39107100 . A G 195.96 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0574338;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5532;QD=14.2514;RBI=0.0672431;REFB=-0.0103255;REVB=0.0349715;RO=32;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174825;STB=0.599913;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0167057;OID=.;OPOS=39107100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:32:32:23:23:0.418182:9:14:14:18:9:14:14:18 chr5 39108309 . A G 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.000958163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.98;QD=16.48;RBI=0.0311985;REFB=-0.028631;REVB=-0.0311838;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170466;STB=0.571354;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0318027;OID=.;OPOS=39108309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:25:19:19:0.431818:9:10:8:15:9:10:10:15 chr5 39108322 . A G 686.3 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.55;QD=62.391;RBI=0.0105046;REFB=0;REVB=-0.000938505;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53713e-05;OID=.;OPOS=39108322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:24:20:0:0 chr5 39119723 . C A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00607641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.381;QD=17.1565;RBI=0.00983116;REFB=-0.0063606;REVB=0.00772845;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234864;STB=0.634456;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00533598;OID=.;OPOS=39119723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:11:6:12:8:11:6:12:8 chr5 40692940 . G A 438.67 PASS AF=0.420168;AO=49;DP=118;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0333854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8016;QD=14.7453;RBI=0.040269;REFB=0.00431133;REVB=-0.0225167;RO=69;SAF=18;SAR=31;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073553;STB=0.533156;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00559422;OID=.;OPOS=40692940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:69:69:49:50:0.420168:31:18:30:39:31:19:30:39 chr5 40852451 . C G 1189.34 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1818;QD=60.9916;RBI=0.0802181;REFB=0;REVB=-0.0767958;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000801651;OID=.;OPOS=40852451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr5 40853048 . C T 913.21 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4008;QD=57.9813;RBI=0.01171;REFB=0;REVB=0.00179516;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1907e-05;OID=.;OPOS=40853048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:33:28:0:0:34:29:0:0 chr5 40955561 . G C 440.82 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.026531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2477;QD=16.03;RBI=0.0361708;REFB=-0.00739996;REVB=0.0245852;RO=58;SAF=24;SAR=25;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158802;STB=0.571825;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00894643;OID=.;OPOS=40955561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:61:49:49:0.445455:25:24:19:39:25:24:22:39 chr5 40972111 . C T 3327.6 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.369;QD=62.1981;RBI=0.0195273;REFB=0;REVB=-0.0193109;RO=0;SAF=115;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04774e-05;OID=.;OPOS=40972111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:214:0:0:214:214:1:99:115:0:0:99:115:0:0 chr5 40998196 . T C 402.78 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.034953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.728;QD=51.971;RBI=0.0643183;REFB=-0.0161322;REVB=0.0539919;RO=2;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547301;STB=0.514276;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000544566;OID=.;OPOS=40998196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:31:31:2:1:29:30:0.967742:16:13:0:2:17:13:0:1 chr5 40998235 . C T 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0505076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.948;QD=11.6671;RBI=0.0505495;REFB=-0.0107555;REVB=0.00205715;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604466;STB=0.535665;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0269736;OID=.;OPOS=40998235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:9:5:8:18:9:5:8:18 chr5 41000343 . G A 1476.55 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.004369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.297;QD=62.1704;RBI=0.0167175;REFB=-0.0605468;REVB=0.0161365;RO=1;SAF=31;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150477;STB=0.507935;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00020259;OID=.;OPOS=41000343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:63:31:1:0:63:31:1:0 chr5 41008780 . A G 370.79 PASS AF=0.513514;AO=35;DP=72;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.001548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.803;QD=20.0425;RBI=0.00506323;REFB=-0.025353;REVB=0.00482079;RO=36;SAF=20;SAR=15;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189629;STB=0.579874;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0216104;OID=.;OPOS=41008780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:36:36:35:38:0.513514:15:20:13:23:18:20:13:23 chr5 41033931 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0585987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.373;QD=11.0924;RBI=0.061165;REFB=-0.033036;REVB=-0.0175312;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533759;STB=0.826352;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0265985;OID=.;OPOS=41033931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:1:5:1:4:1:5 chr5 41042284 . G T 854.04 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0751135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.081;QD=56.0028;RBI=0.105134;REFB=0.00105734;REVB=0.0735597;RO=1;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145176;STB=0.50746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.000221806;OID=.;OPOS=41042284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:1:1:59:60:0.983607:32:27:0:1:33:27:0:1 chr5 41048533 . C T 232.06 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00486656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.73;QD=14.7342;RBI=0.0107331;REFB=-0.00906715;REVB=-0.00956643;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146103;STB=0.573717;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0136705;OID=.;OPOS=41048533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:13:14:13:22:13:14:14:22 chr5 41049389 . T C 771.37 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100192;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.908;QD=57.1382;RBI=0.0195679;REFB=0;REVB=-0.0168083;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41329e-05;OID=.;OPOS=41049389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:1:0:54:54:1:26:28:1:0:26:28:0:0 chr5 41049397 . C T 730.09 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.046211;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.966;QD=54.081;RBI=0.0486798;REFB=-0.112204;REVB=0.015306;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192209;STB=0.5098;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000573804;OID=.;OPOS=41049397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:24:28:0:1:25:28:0:1 chr5 41061715 . CA CG,TG 1192.72 PASS AF=0.481481,0.518519;AO=37,42;DP=81;FAO=39,42;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=24,21;FSAR=15,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00611345,0.0121491;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=82.3056,191.67;QD=58.8995;RBI=0.0168096,0.0124624;REFB=0,0;REVB=-0.0156585,-0.00277665;RO=0;SAF=24,21;SAR=13,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00393729,0.00350292;OID=.,.;OPOS=41061716,41061715;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:81:81:0:0:37,42:39,42:0.481481,0.518519:13,21:24,21:0:0:15,21:24,21:0:0 chr5 41069852 . T C 198.22 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00994909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.21;QD=13.2147;RBI=0.0101638;REFB=-0.0182656;REVB=0.00207828;RO=36;SAF=17;SAR=7;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260204;STB=0.64987;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0275159;OID=.;OPOS=41069852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:7:17:17:19:7:17:17:19 chr5 41158863 . G A 1139.07 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00790973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.29;QD=59.1725;RBI=0.0229643;REFB=-0.100114;REVB=0.0215591;RO=1;SAF=41;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114027;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=3.59839e-05;OID=.;OPOS=41158863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:35:41:1:0:35:41:1:0 chr5 41199959 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.026;QD=56.1914;RBI=0.0302314;REFB=0;REVB=0.022281;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274594;OID=.;OPOS=41199959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr5 41310957 . C G 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.049294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.51;QD=9.18853;RBI=0.0495122;REFB=-0.00143847;REVB=-0.00464287;RO=25;SAF=1;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459625;STB=0.792977;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0151065;OID=.;OPOS=41310957;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:10:1:9:16:10:1:9:16 chr5 41312164 . A C 379.88 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0353329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.414;QD=13.2131;RBI=0.0359085;REFB=-0.0157667;REVB=0.00640336;RO=67;SAF=34;SAR=11;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231304;STB=0.640005;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0348975;OID=.;OPOS=41312164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:70:45:45:0.391304:11:34:38:29:11:34:39:31 chr5 41312206 . TA AT,TT 140.74 PASS AF=0.189873,0.177215;AO=11,8;DP=70;FAO=15,14;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=1,6;FSAR=14,8;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=0.0495192,-0.0344407;FXX=0;HRUN=12,1;LEN=2,1;MLLD=29.285,151.424;QD=7.1258;RBI=0.0501447,0.0349641;REFB=-0.0613338,0.0109451;REVB=0.00789574,0.00602736;RO=42;SAF=0,3;SAR=11,5;SRF=29;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.791054,-0.372272;STB=0.948194,0.71768;STBP=0,0.105;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0118253,0.0487291;OID=.,.;OPOS=41312206,41312207;OREF=TA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:79:42:50:11,8:15,14:0.189873,0.177215:11,5:0,3:29:13:14,8:1,6:36:14 chr5 41843682 . T C 352.57 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0064757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.754;QD=21.049;RBI=0.00863073;REFB=0.00402527;REVB=0.00570568;RO=31;SAF=15;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571398;STB=0.531628;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00344454;OID=.;OPOS=41843682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:21:15:15:16:21:15:15:16 chr5 41925435 . C G 143.55 PASS AF=0.34;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00334209;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.338;QD=11.4836;RBI=0.0262983;REFB=-0.0142033;REVB=0.0260851;RO=34;SAF=15;SAR=2;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499279;STB=0.793981;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0206416;OID=.;OPOS=41925435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:34:33:17:17:0.34:2:15:18:16:2:15:18:15 chr5 42700044 . A G 189.8 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0201363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7657;QD=15.8164;RBI=0.0354704;REFB=-0.0200847;REVB=0.0292006;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468637;STB=0.512646;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0230189;OID=.;OPOS=42700044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:28:19:20:0.416667:10:9:12:16:11:9:12:16 chr5 42718928 . G T 156.07 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0111408;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.75;QD=14.8637;RBI=0.0565772;REFB=-0.0131763;REVB=0.0554695;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209208;STB=0.505611;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0200695;OID=.;OPOS=42718928;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:16:17:0.404762:8:8:12:13:9:8:12:13 chr5 42719239 . A C 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00219703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.785;QD=11.8816;RBI=0.031073;REFB=-0.00164839;REVB=-0.0309953;RO=28;SAF=12;SAR=3;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179238;STB=0.607438;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00160746;OID=.;OPOS=42719239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:3:12:19:9:3:12:19:9 chr5 42719344 . C A 237.16 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00113522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.686;QD=19.7634;RBI=0.00465384;REFB=-0.0149144;REVB=-0.00451326;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135128;STB=0.583735;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0147256;OID=.;OPOS=42719344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:25:23:23:0.479167:13:10:7:17:13:10:7:18 chr5 42720068 . T TA 322.66 PASS AF=0.909091;AO=29;DP=35;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00802851;FXX=0.0571265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.057;QD=39.1101;RBI=0.018948;REFB=-0.0491109;REVB=0.017163;RO=6;SAF=18;SAR=11;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401586;STB=0.506325;STBP=0.919;TYPE=ins;VARB=0.00331126;OID=.;OPOS=42720069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:29:35:30:33:3:18:12:2:1:8:6:18:11:3:3 chr5 42720218 . C A 162.34 PASS AF=0.258427;AO=23;DP=89;FAO=23;FDP=89;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.00607125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.932;QD=7.29627;RBI=0.00609472;REFB=-0.00747468;REVB=0.000534254;RO=66;SAF=12;SAR=11;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174869;STB=0.605149;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.012762;OID=.;OPOS=42720218;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:66:66:23:23:0.258427:11:12:25:41:11:12:25:41 chr5 43120098 . A G 50.66 PASS AF=0.583333;AO=6;DP=11;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.014125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.6671;QD=16.8871;RBI=0.0580135;REFB=-0.012468;REVB=0.0562677;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207272;STB=0.640603;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0133654;OID=.;OPOS=43120098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:12:5:5:6:7:0.583333:4:2:3:2:5:2:3:2 chr5 43245922 . C T 249.92 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0165441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.423;QD=16.9439;RBI=0.0166629;REFB=-0.000548643;REVB=0.00198677;RO=28;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343208;STB=0.552391;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-8.38913e-06;OID=.;OPOS=43245922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:31:28:28:0.474576:10:18:17:11:10:18:17:14 chr5 43492978 . G A 234.27 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277636;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.085;QD=49.3209;RBI=0.0356973;REFB=0;REVB=0.0224384;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000824597;OID=.;OPOS=43492978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:11:8:0:0 chr5 43509348 . T A 1160.59 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0320022;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3987;QD=59.5174;RBI=0.0493145;REFB=-0.109088;REVB=0.0375204;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00161713;OID=.;OPOS=43509348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:0:1:77:77:0.987179:32:45:0:0:32:45:0:1 chr5 43527135 . A C 1194.33 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.349;QD=59.7163;RBI=0.0298195;REFB=-0.117461;REVB=0.0279255;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000119391;OID=.;OPOS=43527135;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:31:48:0:0:31:48:0:1 chr5 44066732 . A G 937.42 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3042;QD=58.5886;RBI=0.0207026;REFB=0;REVB=0.014369;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110093;OID=.;OPOS=44066732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:33:30:0:0:34:30:0:0 chr5 49698180 . G A 454.52 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00201539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.265;QD=19.9791;RBI=0.00320182;REFB=-0.00671073;REVB=0.00248794;RO=46;SAF=17;SAR=28;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797486;STB=0.504423;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00824276;OID=.;OPOS=49698180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:28:17:17:29:28:17:17:29 chr5 50045967 . G T 285.64 PASS AF=0.417722;AO=24;DP=69;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.00953614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.722;QD=14.4627;RBI=0.0182073;REFB=-0.0157997;REVB=0.0155102;RO=44;SAF=11;SAR=13;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246644;STB=0.630391;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0201402;OID=.;OPOS=50045967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:79:44:46:24:33:0.417722:13:11:30:14:19:14:30:16 chr5 50053015 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.089;QD=61.6835;RBI=0.0169722;REFB=0;REVB=-0.0018991;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42914e-05;OID=.;OPOS=50053015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr5 50057729 . G A 104.57 PASS AF=0.378378;AO=11;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0138314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.159;QD=11.305;RBI=0.0196989;REFB=-0.0243967;REVB=-0.0140264;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235598;STB=0.610532;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0307572;OID=.;OPOS=50057729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:23:11:14:0.378378:5:6:13:4:8:6:14:9 chr5 50463442 . T G 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.00327714;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.29;QD=19.8666;RBI=0.0157482;REFB=-0.00331675;REVB=0.0154035;RO=34;SAF=17;SAR=19;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254213;STB=0.640209;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00399224;OID=.;OPOS=50463442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:19:17:26:8:19:17:26:8 chr5 50689807 . AATTTT AATTTA,AATTT,ATTT 255.68 PASS AF=0,0.346154,0.346154;AO=3,14,17;DP=58;FAO=0,18,18;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=0,15,3;FSAR=0,3,15;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.139373,-0.0839419,-0.0613425;FXX=0.0545355;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=27.4189,12.0227,18.5947;QD=19.6673;RBI=0.139384,0.139166,0.0705089;REFB=-0.0316099,-0.173408,-0.0857828;REVB=0.00178718,0.110999,0.034765;RO=16;SAF=3,11,2;SAR=0,3,15;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.594791,0.251797,-0.498991;STB=0.5,0.642677,0.755495;STBP=1,0.14,0.009;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.141424,0.112739;OID=.,.,.;OPOS=50689812,50689809,50689808;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,-;OMAPALT=AATTTA,AATTT,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.346154,0.346154:3,14,17:58:0,18,18:52:16:0,15,3:0,3,15:10:6:68:16:3,11,2:0,3,15:9:7 chr5 52087584 . T TCA 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0335573;FXX=0;HRUN=0;LEN=2;MLLD=329.949;QD=11.1041;RBI=0.0335649;REFB=-0.00230153;REVB=0.000712492;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092698;STB=0.555409;STBP=0.808;TYPE=ins;VARB=0.00260896;OID=.;OPOS=52087585;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:7:17:7:17:10:1:6:1:9:47:10:1:6:1:9 chr5 52096889 . C A 468.54 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.012961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.323;QD=18.0206;RBI=0.0162109;REFB=-0.00141143;REVB=0.00973685;RO=54;SAF=26;SAR=24;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333524;STB=0.518511;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00195486;OID=.;OPOS=52096889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:54:50:50:0.480769:24:26:30:24:24:26:30:24 chr5 52157374 . T C 478.36 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00336793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7448;QD=16.9333;RBI=0.0264141;REFB=0.00281555;REVB=0.0261985;RO=60;SAF=22;SAR=30;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153821;STB=0.581206;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00204438;OID=.;OPOS=52157374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:61:52:52:0.460177:30:22:35:25:30:22:35:26 chr5 52193287 . C T 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4363;QD=55.0938;RBI=0.0246658;REFB=0;REVB=-0.0076983;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000548875;OID=.;OPOS=52193287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr5 52248291 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.454;QD=62.6696;RBI=0.0447468;REFB=0;REVB=0.0288027;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57037e-05;OID=.;OPOS=52248291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr5 52778870 . CG C,GC 55.24 PASS AF=0.333333,0.0277778;AO=17,2;DP=38;FAO=12,1;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=2,1;FSAR=10,0;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.0787495,-0.0395485;FXX=0.0526177;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=10.6812,95.353;QD=6.13764;RBI=0.147137,0.0665495;REFB=-0.103103,-0.0414059;REVB=-0.124289,-0.0535234;RO=17;SAF=3,1;SAR=14,1;SRF=2;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0961136,0.478372;STB=0.545383,0.99667;STBP=0.799,0.067;TYPE=del,mnp;VARB=0.0691763,0.04642;OID=.,.;OPOS=52778871,52778870;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:36:17:23:17,2:12,1:0.333333,0.0277778:14,1:3,1:2:15:10,0:2,1:3:20 chr5 52942083 . A C 109.83 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0132149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.172;QD=14.6437;RBI=0.0141344;REFB=-0.00459434;REVB=-0.00501469;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048982;STB=0.528454;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00636781;OID=.;OPOS=52942083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:10:7:6:7:10:7 chr5 52942197 . A G 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00915066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.378;QD=17.167;RBI=0.0131131;REFB=-0.0281429;REVB=-0.0093925;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106531;STB=0.559778;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0288925;OID=.;OPOS=52942197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:13:16:14:18:13:16:14:18 chr5 52979097 . G A 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0241965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9369;QD=22.9239;RBI=0.0292471;REFB=0.0196683;REVB=-0.0164293;RO=25;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725624;STB=0.503998;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.0143926;OID=.;OPOS=52979097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:16:18:13:12:16:18:13:12 chr5 53344135 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.644;QD=59.4356;RBI=0.0352581;REFB=0;REVB=0.0291314;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193046;OID=.;OPOS=53344135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr5 53606295 . T C 1507.12 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0642688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8067;QD=58.5288;RBI=0.0704286;REFB=-0.137016;REVB=-0.0288045;RO=1;SAF=43;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109059;STB=0.505746;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00119708;OID=.;OPOS=53606295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:59:43:1:0:59:43:1:0 chr5 53751901 . G A 197.96 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0420869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8197;QD=14.664;RBI=0.0457521;REFB=-0.013885;REVB=0.0179429;RO=30;SAF=15;SAR=7;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404653;STB=0.700768;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0193709;OID=.;OPOS=53751901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:31:22:23:0.425926:7:15:8:22:8:15:9:22 chr5 53751988 . T C 299.23 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=8.99342e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.412;QD=13.7578;RBI=0.00907219;REFB=-0.00473874;REVB=-0.00907174;RO=52;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112581;STB=0.569273;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00748741;OID=.;OPOS=53751988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:53:34:34:0.390805:16:18:22:30:16:18:22:31 chr5 53815066 . C A 373.05 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0138823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.623;QD=20.4412;RBI=0.0185373;REFB=-0.0234762;REVB=0.0122847;RO=34;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175438;STB=0.517638;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.016251;OID=.;OPOS=53815066;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:35:38:38:0.520548:22:16:15:19:22:16:16:19 chr5 53815495 . A C 433.64 PASS AF=0.56;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00906201;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2457;QD=23.1273;RBI=0.0354063;REFB=-0.0213006;REVB=-0.0342269;RO=31;SAF=13;SAR=29;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121603;STB=0.556475;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0121998;OID=.;OPOS=53815495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:31:33:42:42:0.56:29:13:14:17:29:13:14:19 chr5 53815722 . G A 310.57 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00143929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.936;QD=23.4395;RBI=0.0358625;REFB=-0.0297397;REVB=-0.0358336;RO=22;SAF=22;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209297;STB=0.615921;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0233603;OID=.;OPOS=53815722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:9:22:10:12:9:22:10:12 chr5 53815918 . A C 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0166077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.194;QD=20.7546;RBI=0.0166414;REFB=-0.00713844;REVB=-0.00105895;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420945;STB=0.545393;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00394241;OID=.;OPOS=53815918;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:12:15:15:0.555556:9:6:5:6:9:6:6:6 chr5 53816341 . G A 53.24 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0113358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.002;QD=3.80252;RBI=0.0229687;REFB=-0.00829905;REVB=-0.0199764;RO=41;SAF=2;SAR=7;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546842;STB=0.853012;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0366725;OID=.;OPOS=53816341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:41:47:9:9:0.160714:7:2:29:12:7:2:33:14 chr5 53816782 . T C 257.55 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00934829;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=166.677;QD=19.8117;RBI=0.0146205;REFB=-0.0132008;REVB=-0.0112414;RO=24;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338701;STB=0.526297;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0164767;OID=.;OPOS=53816782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:25:27:27:0.519231:17:10:8:16:17:10:8:17 chr5 54252345 . T C 120.69 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00387746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.782;QD=14.6293;RBI=0.00580868;REFB=-0.028692;REVB=-0.00432505;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067199;STB=0.539114;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0435157;OID=.;OPOS=54252345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:8:11:9:5:8:11 chr5 54253555 . A G 376.6 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00623264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9021;QD=32.7476;RBI=0.0213125;REFB=0.0126184;REVB=0.0203808;RO=15;SAF=22;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162156;STB=0.588916;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00580594;OID=.;OPOS=54253555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:9:22:7:8:9:22:7:8 chr5 54253581 . A G 431.81 PASS AF=0.723404;AO=34;DP=47;FAO=34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0187876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.445;QD=36.7501;RBI=0.0574971;REFB=-0.00502817;REVB=0.0543409;RO=13;SAF=21;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823021;STB=0.54472;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00188638;OID=.;OPOS=54253581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:13:13:34:34:0.723404:13:21:6:7:13:21:6:7 chr5 54253615 . C T 90.3 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00882462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.807;QD=8.40045;RBI=0.0213887;REFB=-0.0110501;REVB=0.0194834;RO=30;SAF=4;SAR=8;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341542;STB=0.638559;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0251242;OID=.;OPOS=54253615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:42:43:30:31:12:12:0.27907:8:4:19:11:7:5:19:12 chr5 54403957 . T C 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.458;QD=58.5823;RBI=0.076455;REFB=0;REVB=0.0764272;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222842;OID=.;OPOS=54403957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:8:25:0:0:8:25:0:0 chr5 54404015 . C T 805.1 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.512;QD=64.4081;RBI=0.0347285;REFB=0;REVB=0.017681;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101432;OID=.;OPOS=54404015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:15:34:0:0:15:35:0:0 chr5 54404057 . C G 203.76 PASS AF=0.418182;AO=18;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0161913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.418;QD=14.8188;RBI=0.0163448;REFB=-0.0155517;REVB=-0.00223462;RO=30;SAF=15;SAR=3;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421538;STB=0.61101;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0498332;OID=.;OPOS=54404057;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:18:23:0.418182:3:15:15:15:7:16:16:15 chr5 54410120 . A C 765.82 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7607;QD=63.8182;RBI=0.0395289;REFB=0;REVB=0.01002;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437116;OID=.;OPOS=54410120;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:33:15:0:0:33:15:0:0 chr5 54433393 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0251691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.597;QD=10.5421;RBI=0.0351944;REFB=-0.0198867;REVB=-0.0246001;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126689;STB=0.576329;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0396443;OID=.;OPOS=54433393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:10:11:7:4:10:11 chr5 54439466 . G A 177.5 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0249856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.082;QD=12.2411;RBI=0.0285308;REFB=-0.0184387;REVB=-0.0137741;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153852;STB=0.576856;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0245354;OID=.;OPOS=54439466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:36:22:22:0.37931:12:10:11:24:12:10:12:24 chr5 54459961 . A G 770.57 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0341352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6715;QD=55.0405;RBI=0.0475156;REFB=0.00300465;REVB=0.0330533;RO=1;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154549;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000161997;OID=.;OPOS=54459961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:30:25:0:1:30:25:0:1 chr5 54466544 . A G 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0102227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.997;QD=20.7374;RBI=0.0572526;REFB=-0.0641485;REVB=0.0563326;RO=16;SAF=12;SAR=6;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386488;STB=0.716752;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0469542;OID=.;OPOS=54466544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:6:12:3:13:6:12:3:13 chr5 54572163 . T C 146.77 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0264759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.922;QD=11.2902;RBI=0.0272443;REFB=-0.0195519;REVB=-0.00642475;RO=33;SAF=5;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246006;STB=0.637689;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0341537;OID=.;OPOS=54572163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:18:18:0.346154:13:5:16:17:13:5:16:18 chr5 54645411 . G A 99.41 PASS AF=0.611111;AO=9;DP=19;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0120636;FXX=0.142789;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.983;QD=22.0912;RBI=0.0137435;REFB=-0.0139729;REVB=0.00658434;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033981;STB=0.526832;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00818923;OID=.;OPOS=54645411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:19:18:10:7:9:11:0.611111:6:3:3:7:7:4:3:4 chr5 54674296 . A G 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0180321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.054;QD=16.0921;RBI=0.0186859;REFB=0.00437548;REVB=0.00489948;RO=38;SAF=8;SAR=23;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100798;STB=0.557055;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00541932;OID=.;OPOS=54674296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:23:8:13:25:23:8:13:25 chr5 54830380 . A G 171.45 PASS AF=0.38;AO=16;DP=47;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0715272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.5339;QD=13.716;RBI=0.0781003;REFB=-0.0465828;REVB=-0.031361;RO=30;SAF=12;SAR=4;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154548;STB=0.568452;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0799251;OID=.;OPOS=54830380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:30:31:16:19:0.38:4:12:19:11:5:14:20:11 chr5 54960609 . A G 406.15 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.00659338;FXX=0.00854628;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.69;QD=14.005;RBI=0.00667657;REFB=-0.0183767;REVB=-0.00105067;RO=69;SAF=24;SAR=23;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576287;STB=0.532511;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0265183;OID=.;OPOS=54960609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:69:69:47:47:0.405172:23:24:39:30:23:24:39:30 chr5 54960673 . C G 257.14 PASS AF=0.382716;AO=30;DP=80;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.019387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.546;QD=12.6981;RBI=0.0198789;REFB=0.0102039;REVB=-0.00439516;RO=50;SAF=12;SAR=18;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669144;STB=0.525531;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.0155361;OID=.;OPOS=54960673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:50:50:30:31:0.382716:18:12:23:27:18:13:23:27 chr5 54960687 . C T 184.22 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00052552;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.616;QD=11.8851;RBI=0.010373;REFB=0.00252477;REVB=-0.0103597;RO=39;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101406;STB=0.558815;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00674366;OID=.;OPOS=54960687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:39:39:23:23:0.370968:15:8:17:22:15:8:17:22 chr5 54990005 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00557955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.161;QD=14.9786;RBI=0.00869204;REFB=-0.0187314;REVB=-0.00666485;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443089;STB=0.75628;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0248542;OID=.;OPOS=54990005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:2:9:3:7:2:9 chr5 55058992 . C A 330.26 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0667961;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1992;QD=22.0176;RBI=0.0877584;REFB=-0.0311503;REVB=-0.0569195;RO=26;SAF=20;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556422;STB=0.535693;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0230803;OID=.;OPOS=55058992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:33:34:0.566667:13:20:14:12:13:21:14:12 chr5 55062764 . T C 258.35 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0308274;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.995;QD=16.1468;RBI=0.0312182;REFB=-0.00766286;REVB=0.00492408;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226057;STB=0.514029;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00974017;OID=.;OPOS=55062764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:34:35:28:29:0.453125:13:15:19:15:14:15:19:16 chr5 55081694 . A G 287.65 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.03113;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.136;QD=20.5465;RBI=0.0318901;REFB=-0.0233408;REVB=-0.00692128;RO=26;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837786;STB=0.553536;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0215829;OID=.;OPOS=55081694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:26:26:29:30:0.535714:15:14:10:16:15:15:10:16 chr5 55082474 . C T 407.87 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.0462133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.053;QD=17.7333;RBI=0.0470043;REFB=-0.0377531;REVB=0.00858726;RO=50;SAF=17;SAR=25;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281085;STB=0.656494;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0272693;OID=.;OPOS=55082474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:25:17:35:15:25:17:35:15 chr5 55149407 . T C 429.83 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0215081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.009;QD=17.3669;RBI=0.0216757;REFB=-0.00465539;REVB=-0.0026909;RO=55;SAF=24;SAR=20;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548882;STB=0.530712;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00539283;OID=.;OPOS=55149407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:20:24:33:22:20:24:33:22 chr5 55155402 . C T 424.73 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0700866;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4665;QD=24.2702;RBI=0.097837;REFB=-0.0174648;REVB=0.0682638;RO=29;SAF=22;SAR=19;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378027;STB=0.520721;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0147816;OID=.;OPOS=55155402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:19:22:17:12:19:22:17:12 chr5 55246001 . A G 238.97 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455014;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.1202;QD=47.7948;RBI=0.0246866;REFB=0;REVB=0.0242637;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00720742;OID=.;OPOS=55246001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:20:0:0:19:20:1:4:15:0:0:4:16:0:0 chr5 56161787 . G A 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.334;QD=57.103;RBI=0.0434937;REFB=0;REVB=0.00640287;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160597;OID=.;OPOS=56161787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr5 56177743 . G A 248.23 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00527866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9214;QD=16.2774;RBI=0.0228485;REFB=-0.0159892;REVB=-0.0222304;RO=33;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20393;STB=0.614854;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0255629;OID=.;OPOS=56177743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:11:17:13:20:11:17:13:20 chr5 56177848 . TCAA T 37.52 PASS AF=0.625;AO=4;DP=10;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.038035;FXX=0.1998;HRUN=1;LEN=3;MLLD=199.115;QD=18.7577;RBI=0.0451893;REFB=-0.08196;REVB=0.0244011;RO=3;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357477;STB=0.713517;STBP=0.175;TYPE=del;VARB=0.0475199;OID=.;OPOS=56177849;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:4:10:5:8:3:3:2:0:3:18:3:2:2:0:3 chr5 56178217 . A C 291.68 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0110254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.873;QD=33.3353;RBI=0.0166017;REFB=-0.0777802;REVB=-0.012412;RO=10;SAF=13;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625578;STB=0.534219;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0107201;OID=.;OPOS=56178217;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:35:35:10:10:25:25:0.714286:12:13:4:6:12:13:4:6 chr5 56207123 . T A 319.83 PASS AF=0.492754;AO=33;DP=68;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0232004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2988;QD=18.5411;RBI=0.0243294;REFB=-0.00464294;REVB=0.00732536;RO=35;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778709;STB=0.551152;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00410242;OID=.;OPOS=56207123;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:35:33:34:0.492754:19:14:12:23:19:15:12:23 chr5 56242774 . T C 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00470726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.153;QD=12.1431;RBI=0.0100149;REFB=-0.00310686;REVB=0.00883971;RO=33;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242282;STB=0.639862;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00800238;OID=.;OPOS=56242774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:9:10:10:23:9:10:10:23 chr5 56526565 . G T 950.97 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.573;QD=58.5212;RBI=0.0526676;REFB=0;REVB=0.0350102;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260016;OID=.;OPOS=56526565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:65:0:0:60:65:1:30:30:0:0:31:34:0:0 chr5 56526783 . G A 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00827583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.827;QD=59.4994;RBI=0.00836559;REFB=0;REVB=0.00122223;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32641e-05;OID=.;OPOS=56526783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr5 57750267 . A C 1139.05 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.032243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9286;QD=59.1713;RBI=0.0354712;REFB=-0.000793539;REVB=-0.0147848;RO=1;SAF=45;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103994;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000181371;OID=.;OPOS=57750267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:1:1:75:76:0.987013:30:45:1:0:31:45:1:0 chr5 57750350 . C G 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.000871303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.711;QD=17.2246;RBI=0.0106591;REFB=-0.00343504;REVB=0.0106234;RO=39;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579602;STB=0.532449;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00378968;OID=.;OPOS=57750350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:16:18:23:16:16:18:23:16 chr5 57754004 . C T 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0166012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.919;QD=11.7419;RBI=0.0218941;REFB=-0.00800342;REVB=0.0142742;RO=36;SAF=11;SAR=10;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189435;STB=0.609039;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00792791;OID=.;OPOS=57754004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:10:11:25:11:10:11:25:11 chr5 57754132 . G C 676.63 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0269184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5257;QD=60.1453;RBI=0.0289021;REFB=-0.0254348;REVB=-0.010523;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000144135;OID=.;OPOS=57754132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:43:44:0.977778:25:18:0:0:26:18:1:0 chr5 57754808 . G A 766.36 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4387;QD=63.8636;RBI=0.0317711;REFB=0;REVB=0.0202348;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03756e-05;OID=.;OPOS=57754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr5 57754851 . A G 351.23 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0266247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7424;QD=23.4153;RBI=0.0909355;REFB=-0.0140458;REVB=-0.0869505;RO=25;SAF=22;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116279;STB=0.564065;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0089741;OID=.;OPOS=57754851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:13:22:12:13:13:22:12:13 chr5 58267557 . C T 1277.91 PASS AF=0.976744;AO=81;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00681315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3751;QD=59.4376;RBI=0.0617625;REFB=-0.0831659;REVB=0.0613856;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.511108;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00124526;OID=.;OPOS=58267557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:0:2:81:84:0.976744:41:40:0:0:44:40:0:2 chr5 58267723 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.909;QD=50.4133;RBI=0.025661;REFB=0;REVB=-0.0234753;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.9537e-05;OID=.;OPOS=58267723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr5 58489384 . G A 1264.67 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7532;QD=61.6911;RBI=0.0474697;REFB=0;REVB=0.00542209;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312892;OID=.;OPOS=58489384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:51:31:0:0:51:31:0:0 chr5 59984897 . A T 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0177626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.995;QD=19.7633;RBI=0.0180701;REFB=-0.00903909;REVB=-0.00331968;RO=33;SAF=13;SAR=22;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231387;STB=0.628498;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00878172;OID=.;OPOS=59984897;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:22:13:21:12:22:13:21:12 chr5 60241142 . G A 743.76 PASS AF=0.981481;AO=44;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320497;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8602;QD=55.0932;RBI=0.1862;REFB=-0.0411159;REVB=0.183421;RO=1;SAF=25;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184224;STB=0.5098;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00388128;OID=.;OPOS=60241142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:1:1:44:53:0.981481:19:25:1:0:28:25:1:0 chr5 60960063 . G A 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.000917307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.258;QD=19.9051;RBI=0.00711192;REFB=8.829e-05;REVB=-0.00705252;RO=27;SAF=8;SAR=22;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20715;STB=0.615918;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-7.32063e-05;OID=.;OPOS=60960063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:22:8:13:14:22:8:13:14 chr5 60982841 . G A 424.04 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0341853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8653;QD=18.6391;RBI=0.0703677;REFB=-0.0164547;REVB=-0.0615059;RO=48;SAF=21;SAR=22;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879057;STB=0.548927;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0233588;OID=.;OPOS=60982841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:22:21:19:29:22:21:19:29 chr5 61694379 . T C 728.94 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00344771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.383;QD=57.1714;RBI=0.0133221;REFB=0;REVB=0.0128682;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26318e-05;OID=.;OPOS=61694379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr5 61697859 . C T 371.08 PASS AF=1;AO=21;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.961;QD=54.9741;RBI=0.0363463;REFB=0;REVB=0.0338243;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020727;OID=.;OPOS=61697859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:21:27:1:6:15:0:0:7:20:0:0 chr5 63905068 . A G 424.98 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.00635119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7008;QD=15.3146;RBI=0.0207059;REFB=-0.0145292;REVB=-0.0197077;RO=63;SAF=19;SAR=29;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507504;STB=0.528487;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0174143;OID=.;OPOS=63905068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:29:19:28:35:29:19:28:35 chr5 63907999 . TC T 81.83 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.142479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.3207;QD=10.9108;RBI=0.176116;REFB=0.00792125;REVB=0.103522;RO=16;SAF=10;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488622;STB=0.807397;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=-0.0127014;OID=.;OPOS=63908000;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:12:29:13:30:17:11:2:6:11:81:16:10:2:6:10 chr5 63991473 . G C 631.96 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0406525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3166;QD=48.6119;RBI=0.0408023;REFB=-0.0242575;REVB=0.00349343;RO=4;SAF=13;SAR=35;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837845;STB=0.544728;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0136532;OID=.;OPOS=63991473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:52:52:4:4:48:48:0.923077:35:13:3:1:35:13:3:1 chr5 64015361 . G C 1453.42 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3956;QD=63.1923;RBI=0.0745067;REFB=0;REVB=0.0405362;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720166;OID=.;OPOS=64015361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr5 64019718 . T C 180.85 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00626964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.826;QD=13.9118;RBI=0.0130688;REFB=-0.00639351;REVB=-0.0114666;RO=30;SAF=6;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253784;STB=0.664577;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00624255;OID=.;OPOS=64019718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:31:20:21:0.403846:14:6:16:14:15:6:17:14 chr5 64023923 . TC T,TA,TT 1203.0 PASS AF=0,0.962963,0.037037;AO=9,59,7;DP=83;FAO=0,78,3;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=0,48,1;FSAR=0,30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00835073,-0.00819024,-0.0108504;FXX=0.0240935;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=114.487,123.537,101.297;QD=59.4076;RBI=0.00860166,0.00884189,0.0116025;REFB=0,0,0;REVB=0.00206246,0.00333153,-0.0041093;RO=0;SAF=6,33,5;SAR=3,26,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.00382e-08,3.27427e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00218682,0.00221277,0.0176685;OID=.,.,.;OPOS=64023924,64023924,64023924;OREF=C,C,C;OALT=-,A,T;OMAPALT=T,TA,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.962963,0.037037:9,59,7:83:0,78,3:81:0:0,48,1:0,30,2:0:0:5:0:6,33,5:3,26,2:0:0 chr5 64023981 . C T 2079.4 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.498;QD=62.0716;RBI=0.0293453;REFB=0;REVB=0.00249932;RO=0;SAF=53;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81252e-06;OID=.;OPOS=64023981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:134:0:0:124:134:1:71:53:0:0:73:61:0:0 chr5 64070617 . A AAATTATGAC 50.0 PASS AO=77;DP=134;LEN=9;RO=57;SAF=41;SAR=56;SRF=27;SRR=10;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=64070618;OREF=-;OALT=AATTATGAC;OMAPALT=AAATTATGAC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:134:57:77:56:41:27:10 chr5 64097145 . C G 206.52 PASS AF=0.396825;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0453765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2279;QD=13.1126;RBI=0.0457261;REFB=-0.0105453;REVB=-0.00564389;RO=37;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122624;STB=0.511619;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0260321;OID=.;OPOS=64097145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:37:38:24:25:0.396825:14:10:15:22:14:11:16:22 chr5 64267595 . T C 160.74 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0132361;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.542;QD=16.4865;RBI=0.0140524;REFB=-0.0433521;REVB=-0.00471968;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39676;STB=0.613372;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0361676;OID=.;OPOS=64267595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:14:22:16:17:0.435897:7:9:14:0:8:9:16:6 chr5 64273018 . G A 74.64 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00263184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.852;QD=10.6633;RBI=0.00774192;REFB=-0.00455331;REVB=0.00728085;RO=18;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409998;STB=0.749464;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0164418;OID=.;OPOS=64273018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:8:2:10:8:8:2:10:8 chr5 65108215 . A G 401.39 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.000126476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.005;QD=16.3831;RBI=0.00127774;REFB=-0.0138676;REVB=-0.00127146;RO=56;SAF=30;SAR=12;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318421;STB=0.67967;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0200856;OID=.;OPOS=65108215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:12:30:23:33:12:30:23:33 chr5 65167288 . G T 659.6 PASS AF=0.475177;AO=63;DP=138;FAO=67;FDP=141;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.00647501;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.3;QD=18.7119;RBI=0.0182007;REFB=-0.00905243;REVB=0.01701;RO=74;SAF=30;SAR=33;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00313402;STB=0.513336;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00987567;OID=.;OPOS=65167288;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:141:74:74:63:67:0.475177:33:30:35:39:37:30:35:39 chr5 65350374 . A G 1377.32 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.153;QD=62.6054;RBI=0.017282;REFB=0;REVB=-0.0142194;RO=0;SAF=32;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.92683e-06;OID=.;OPOS=65350374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:56:32:0:0:56:32:0:0 chr5 65350480 . TC CT,TT 212.67 PASS AF=0,0.466667;AO=2,21;DP=47;FAO=0,21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=0,8;FSAR=0,13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.013659,-0.0155104;FXX=0.0425441;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=142.805,163.868;QD=18.9038;RBI=0.0173193,0.0245331;REFB=0.00820284,0.0107544;REVB=0.0106484,0.0190079;RO=24;SAF=0,8;SAR=2,13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.439015,0.00593965;STB=0.5,0.503368;STBP=1,0.969;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.0181563;OID=.,.;OPOS=65350480,65350481;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:47:45:24:24:2,21:0,21:0,0.466667:2,13:0,8:9:15:0,13:0,8:9:15 chr5 66283374 . C T 717.71 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.965;QD=56.2909;RBI=0.0332073;REFB=0;REVB=0.0255307;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102317;OID=.;OPOS=66283374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:34:16:0:0:34:17:0:0 chr5 66459878 . G C 65.73 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0372913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6719;QD=11.4306;RBI=0.0572783;REFB=-0.037593;REVB=-0.043476;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304808;STB=0.689142;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0523344;OID=.;OPOS=66459878;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:1:8:10:4:1:8:10:4 chr5 66480004 . T C 784.26 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1703;QD=57.0367;RBI=0.0283702;REFB=0;REVB=0.0267602;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219407;OID=.;OPOS=66480004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr5 67589188 . C T 302.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00536463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.688;QD=19.4997;RBI=0.0111292;REFB=-0.0166598;REVB=0.00975094;RO=30;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836259;STB=0.54653;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0114819;OID=.;OPOS=67589188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:18:14:16:14:18:14:16:14 chr5 67596933 . C T 168.71 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0153318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.021;QD=16.0674;RBI=0.0253421;REFB=-0.0343386;REVB=0.0201782;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387792;STB=0.508371;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0203299;OID=.;OPOS=67596933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:24:17:18:0.428571:7:10:15:9:7:11:15:9 chr5 68266553 . A T 763.35 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0386189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.396;QD=54.5246;RBI=0.0386394;REFB=-0.00126659;REVB=-0.00125572;RO=1;SAF=25;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184728;STB=0.50943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.000792551;OID=.;OPOS=68266553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:53:54:0.964286:28:25:1:0:28:26:1:0 chr5 68524133 . A G 205.15 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.01377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.481;QD=15.781;RBI=0.0138236;REFB=-0.00890496;REVB=0.00121649;RO=29;SAF=7;SAR=16;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314411;STB=0.678959;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00645204;OID=.;OPOS=68524133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:16:7:18:11:16:7:18:11 chr5 68525027 . C T 294.73 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0144086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5225;QD=19.6489;RBI=0.035057;REFB=-0.0145567;REVB=-0.0319591;RO=26;SAF=22;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312556;STB=0.504828;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0210225;OID=.;OPOS=68525027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:28:32:32:0.533333:10:22:17:9:10:22:19:9 chr5 68531253 . C T 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0022741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.05;QD=17.5012;RBI=0.0219945;REFB=0.00103353;REVB=-0.0218767;RO=28;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232275;STB=0.630155;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0010459;OID=.;OPOS=68531253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:15:11:19:9:15:11:19:9 chr5 68546706 . A G 303.41 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00209144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.909;QD=22.0659;RBI=0.00570094;REFB=-0.0112789;REVB=-0.00530345;RO=24;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313758;STB=0.517354;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0120838;OID=.;OPOS=68546706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:18:13:11:13:18:13:11:13 chr5 68551507 . T G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0291647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3953;QD=14.9787;RBI=0.0427016;REFB=-0.00707914;REVB=0.0311905;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131181;STB=0.576768;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00449779;OID=.;OPOS=68551507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:5:6:4:6:5:6 chr5 68609885 . G T 200.85 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.00147443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.799;QD=20.5999;RBI=0.0124418;REFB=-0.00137158;REVB=-0.0123542;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21687;STB=0.629099;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00120516;OID=.;OPOS=68609885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:19:20:20:0.512821:12:8:3:15:12:8:3:16 chr5 68688608 . T C 508.23 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6409;QD=56.4699;RBI=0.0549094;REFB=-0.085494;REVB=-0.0504289;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346204;STB=0.518508;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00298063;OID=.;OPOS=68688608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:22:13:1:0:22:13:1:0 chr5 68695940 . T G 381.35 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0512425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4021;QD=22.4323;RBI=0.0578086;REFB=-0.0278938;REVB=0.0267588;RO=30;SAF=18;SAR=20;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127324;STB=0.570071;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0192704;OID=.;OPOS=68695940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:20:18:19:11:20:18:19:11 chr5 68715310 . C T 340.79 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.598;QD=54.5269;RBI=0.0140766;REFB=0;REVB=0.0140766;RO=0;SAF=0;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116191;OID=.;OPOS=68715310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:23:0:0:0:25:0:0:0 chr5 68774966 . A G 171.26 PASS AF=0.381818;AO=19;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0114966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.163;QD=12.4553;RBI=0.0176768;REFB=-0.00371321;REVB=0.0134274;RO=34;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551477;STB=0.557088;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00553124;OID=.;OPOS=68774966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:34:34:19:21:0.381818:11:8:16:18:13:8:16:18 chr5 68775065 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0206206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.165;QD=10.0339;RBI=0.0598647;REFB=0.0198156;REVB=0.0562012;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463402;STB=0.768534;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00417568;OID=.;OPOS=68775065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:0:7:3:2:0:7 chr5 70308251 . C T 837.06 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278268;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.847;QD=57.7286;RBI=0.0344141;REFB=0;REVB=-0.0202485;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78143e-05;OID=.;OPOS=70308251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr5 70751781 . A G 371.49 PASS AF=0.42;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00326779;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.106;QD=14.8594;RBI=0.0750047;REFB=-0.0070428;REVB=-0.0749335;RO=57;SAF=19;SAR=23;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398927;STB=0.517712;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00668428;OID=.;OPOS=70751781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:57:58:42:42:0.42:23:19:28:29:23:19:28:30 chr5 70751818 . T G 479.67 PASS AF=0.402985;AO=54;DP=134;FAO=54;FDP=134;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.00675453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.476;QD=14.3184;RBI=0.00710388;REFB=-0.0227338;REVB=0.00220032;RO=76;SAF=24;SAR=30;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527329;STB=0.51178;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0175476;OID=.;OPOS=70751818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:76:80:54:54:0.402985:30:24:30:46:30:24:34:46 chr5 70800475 . C T 273.89 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00132241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.186;QD=17.6705;RBI=0.0183166;REFB=-0.0265278;REVB=-0.0182688;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255069;STB=0.514276;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0249922;OID=.;OPOS=70800475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:13:17:19:13:13:17:19:13 chr5 70806958 . G A 108.62 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0353643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.125;QD=13.5769;RBI=0.0392893;REFB=-0.0179144;REVB=-0.0171177;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375174;STB=0.721289;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0169965;OID=.;OPOS=70806958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:10:3:11:8:10:3:11:8 chr5 70807016 . CT C 60.96 PASS AF=0.619048;AO=10;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0566733;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.0535;QD=11.6107;RBI=0.176371;REFB=-0.101696;REVB=-0.167017;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0.471698;SSEP=0;SSSB=-0.283851;STB=0.529366;STBP=0.767;TYPE=del;VARB=0.0837225;OID=.;OPOS=70807017;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.619048:10:21:13:21:8:4:9:3:5:33:8:2:8:4:4 chr5 70834926 . T C 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00747651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.484;QD=12.4024;RBI=0.0168212;REFB=-0.0128991;REVB=0.0150683;RO=29;SAF=13;SAR=3;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269879;STB=0.661591;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0214478;OID=.;OPOS=70834926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:3:13:18:11:3:13:18:11 chr5 70837295 . A C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0242935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8661;QD=14.7987;RBI=0.055146;REFB=-0.0128988;REVB=0.0495067;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148238;STB=0.586311;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0184818;OID=.;OPOS=70837295;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:8:5:6:5:8:5 chr5 70858194 . C T 276.35 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0606463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1475;QD=15.7914;RBI=0.0745051;REFB=-0.0073691;REVB=-0.0432785;RO=39;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00260719;STB=0.508848;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0142403;OID=.;OPOS=70858194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:39:30:31:0.442857:17:13:17:22:17:14:17:22 chr5 70932002 . G A 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0234572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.8;QD=21.545;RBI=0.0308022;REFB=-0.0428582;REVB=-0.0199633;RO=10;SAF=10;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314951;STB=0.678749;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0236891;OID=.;OPOS=70932002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:4:10:3:7:4:10:3:7 chr5 70945075 . A G 337.5 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.633;QD=54.0002;RBI=0.0252593;REFB=0;REVB=0.0122517;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226797;OID=.;OPOS=70945075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr5 71146741 . T G 169.59 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0107265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.004;QD=33.918;RBI=0.0107265;REFB=0.0344148;REVB=0;RO=4;SAF=16;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00269463;OID=.;OPOS=71146741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:0:16:4:0:0:16:4:0 chr5 71146757 . T C 713.87 PASS AF=0.962963;AO=53;DP=55;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0346784;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.451;QD=52.8792;RBI=0.114707;REFB=-0.0826468;REVB=-0.109339;RO=2;SAF=37;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247893;STB=0.513508;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00200029;OID=.;OPOS=71146757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:54:2:2:53:52:0.962963:16:37:2:0:16:36:2:0 chr5 71146882 . T C 3122.74 PASS AF=0.971963;AO=206;DP=213;FAO=208;FDP=214;FR=.;FRO=6;FSAF=117;FSAR=91;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00213238;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.225;QD=58.369;RBI=0.0226027;REFB=0.0222275;REVB=0.0225019;RO=6;SAF=117;SAR=89;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00542172;STB=0.502969;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00027002;OID=.;OPOS=71146882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:213:214:6:6:206:208:0.971963:89:117:4:2:91:117:4:2 chr5 71146889 . A G 2982.25 PASS AF=0.966184;AO=199;DP=207;FAO=200;FDP=207;FR=.;FRO=7;FSAF=111;FSAR=89;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0143501;FXX=0.00956892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.189;QD=57.628;RBI=0.023353;REFB=-0.0485164;REVB=0.0184238;RO=7;SAF=110;SAR=89;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00122049;STB=0.500562;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.000684421;OID=.;OPOS=71146889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:207:207:7:7:199:200:0.966184:89:110:4:3:89:111:4:3 chr5 71490962 . A G 77.91 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00289365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8222;QD=14.1657;RBI=0.0299251;REFB=-0.0124838;REVB=0.0297849;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684722;STB=0.540456;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0417829;OID=.;OPOS=71490962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:3:9:8:2:3:9 chr5 71495041 . T C 355.33 PASS AF=0.561404;AO=25;DP=58;FAO=32;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00907344;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5427;QD=24.9356;RBI=0.00942456;REFB=0.0107799;REVB=-0.00254852;RO=16;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186362;STB=0.557657;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.011056;OID=.;OPOS=71495041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:16:20:25:32:0.561404:11:14:13:3:16:16:13:7 chr5 71756102 . G A 753.79 PASS AF=0.475904;AO=79;DP=165;FAO=79;FDP=166;FR=.;FRO=87;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.00962339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1507;QD=18.1636;RBI=0.0550949;REFB=0.00162441;REVB=0.054248;RO=86;SAF=40;SAR=39;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498199;STB=0.524384;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00119597;OID=.;OPOS=71756102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:86:87:79:79:0.475904:39:40:39:47:39:40:40:47 chr5 72144209 . C T 317.71 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0326965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.766;QD=20.4977;RBI=0.0349667;REFB=-0.0167991;REVB=-0.0123939;RO=29;SAF=15;SAR=18;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644391;STB=0.535693;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0137593;OID=.;OPOS=72144209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:18:15:11:18:18:15:11:18 chr5 72173169 . C T 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0316331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3186;QD=17.7525;RBI=0.0318718;REFB=-0.00394894;REVB=0.00389373;RO=27;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00136784;STB=0.50077;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00337852;OID=.;OPOS=72173169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:12:13:14:13:12:13:14:13 chr5 72174432 . C G 289.42 PASS AF=0.322034;AO=38;DP=117;FAO=38;FDP=118;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.0363429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4383;QD=9.81088;RBI=0.0415822;REFB=-0.000877079;REVB=-0.0202057;RO=78;SAF=12;SAR=26;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208342;STB=0.630526;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00128003;OID=.;OPOS=72174432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:78:80:38:38:0.322034:26:12:38:40:26:12:40:40 chr5 72184098 . C T 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0240179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1572;QD=14.261;RBI=0.0437221;REFB=-0.0247808;REVB=0.0365345;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465822;STB=0.526994;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0323587;OID=.;OPOS=72184098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:6:10:16:8:6:10:16:8 chr5 72347223 . A G 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0138598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.75;QD=24.2033;RBI=0.018596;REFB=0.00278833;REVB=0.0123982;RO=12;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817516;STB=0.54575;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.000831826;OID=.;OPOS=72347223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:7:11:6:6:7:11:6:6 chr5 72348272 . A G 421.34 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0443505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.823;QD=23.4076;RBI=0.0448984;REFB=-0.00582044;REVB=-0.00699286;RO=31;SAF=16;SAR=25;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238051;STB=0.513086;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00480815;OID=.;OPOS=72348272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:25:16:13:18:25:16:13:18 chr5 72351905 . A G 91.77 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00233183;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.181;QD=30.589;RBI=0.0240769;REFB=-0.0247399;REVB=0.0239637;RO=2;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292303;STB=0.666295;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000856651;OID=.;OPOS=72351905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:2:8:0:2:2:8:0:2 chr5 72385914 . A G 177.43 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00627885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.7734;QD=14.484;RBI=0.0250943;REFB=-0.0181503;REVB=0.0242961;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24752;STB=0.616903;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0361597;OID=.;OPOS=72385914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:30:19:19:0.387755:10:9:20:8:10:9:20:10 chr5 72395915 . G A 205.79 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0163858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.809;QD=10.8309;RBI=0.0167352;REFB=-0.0129912;REVB=0.00340179;RO=50;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885545;STB=0.551476;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0161099;OID=.;OPOS=72395915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:12:14:23:27:12:14:23:27 chr5 72419410 . A G 1042.89 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.477;QD=59.5939;RBI=0.0182488;REFB=0;REVB=0.00843973;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85593e-05;OID=.;OPOS=72419410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:33:37:0:0 chr5 72419456 . C G 786.89 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00541227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2703;QD=55.2203;RBI=0.047856;REFB=0.0518772;REVB=-0.0475489;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015982;STB=0.508472;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00149212;OID=.;OPOS=72419456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:29:27:0:1:29:27:0:1 chr5 72419617 . C A 1381.37 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657976;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.705;QD=62.7894;RBI=0.0218798;REFB=0;REVB=0.020867;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2751e-06;OID=.;OPOS=72419617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:85:88:1:47:38:0:0:49:39:0:0 chr5 72742882 . T C 194.9 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0289481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.335;QD=17.3244;RBI=0.0317671;REFB=-0.0288133;REVB=-0.0130825;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165484;STB=0.5;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0307985;OID=.;OPOS=72742882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:12:8:10:14:12:8:10:15 chr5 72795160 . AATCTC A 146.41 PASS AF=0.382353;AO=24;DP=67;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0121481;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=299.954;QD=8.61207;RBI=0.0162294;REFB=-0.00624618;REVB=-0.0107618;RO=42;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240409;STB=0.629115;STBP=0.13;TYPE=del;VARB=0.0120899;OID=.;OPOS=72795161;OREF=ATCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:24:67:26:68:42:16:10:17:25:99:42:15:9:17:25 chr5 72795176 . G A 213.29 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0204317;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.003;QD=12.5463;RBI=0.022807;REFB=-0.0159788;REVB=-0.0101343;RO=41;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197174;STB=0.605301;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.016848;OID=.;OPOS=72795176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:42:26:26:0.382353:11:15:16:25:11:15:17:25 chr5 72798845 . A G 104.37 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00219094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.4525;QD=16.0572;RBI=0.0355293;REFB=-0.0523776;REVB=-0.0354617;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146341;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.080669;OID=.;OPOS=72798845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:26:8:13:12:13:0.5:5:7:3:5:5:8:8:5 chr5 72874907 . A C 542.32 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0132969;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7331;QD=22.1355;RBI=0.0133835;REFB=-0.0208563;REVB=0.00151975;RO=46;SAF=24;SAR=27;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688216;STB=0.542356;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0185526;OID=.;OPOS=72874907;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:46:47:51:51:0.520408:27:24:18:28:27:24:18:29 chr5 73076511 . C A 352.43 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0048716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9836;QD=18.3081;RBI=0.0351757;REFB=0.0311475;REVB=0.0348367;RO=40;SAF=24;SAR=13;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487892;STB=0.527258;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0334346;OID=.;OPOS=73076511;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:13:24:24:16:13:24:24:16 chr5 73090261 . T C 267.97 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0240664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.17;QD=17.2885;RBI=0.0256831;REFB=-0.0236222;REVB=-0.00896825;RO=31;SAF=12;SAR=17;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153153;STB=0.583281;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0211792;OID=.;OPOS=73090261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:31:32:29:30:0.483871:17:12:8:23:18:12:8:24 chr5 73091149 . C T 379.65 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0081842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.539;QD=22.0085;RBI=0.0213664;REFB=-0.00617129;REVB=0.0197368;RO=31;SAF=24;SAR=14;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406201;STB=0.522376;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00528127;OID=.;OPOS=73091149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:14:24:21:10:14:24:21:10 chr5 73144845 . A G 311.83 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00179482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.306;QD=16.6311;RBI=0.0333775;REFB=0.00173699;REVB=0.0333292;RO=41;SAF=11;SAR=23;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282009;STB=0.658617;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00191423;OID=.;OPOS=73144845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:23:11:25:16:23:11:25:16 chr5 73207372 . T A 319.83 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0104062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.095;QD=18.5411;RBI=0.0108659;REFB=0.00462142;REVB=0.00312718;RO=35;SAF=14;SAR=20;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120025;STB=0.566971;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00641609;OID=.;OPOS=73207372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:20:14:19:16:20:14:19:16 chr5 73471334 . G C 353.94 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00720185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7302;QD=16.0881;RBI=0.0172835;REFB=-0.00409692;REVB=-0.0157116;RO=50;SAF=19;SAR=19;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121296;STB=0.568147;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00420172;OID=.;OPOS=73471334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:19:19:19:31:19:19:19:31 chr5 73613858 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.801;QD=57.2025;RBI=0.0209174;REFB=0;REVB=0.0155141;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4301e-06;OID=.;OPOS=73613858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr5 73613972 . G C 941.08 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01735;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.035;QD=58.8172;RBI=0.0256505;REFB=0;REVB=-0.0188925;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.49638e-05;OID=.;OPOS=73613972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr5 73930751 . C T 1025.96 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4333;QD=59.4757;RBI=0.0558859;REFB=0;REVB=-0.0125708;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281389;OID=.;OPOS=73930751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:43:25:0:0:44:25:0:0 chr5 73931246 . T C 501.41 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.115;QD=58.9894;RBI=0.0313821;REFB=0;REVB=-0.0291705;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.14614e-05;OID=.;OPOS=73931246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr5 73931280 . A C 55.24 PASS AF=0.209302;AO=10;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.126297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.4943;QD=5.13824;RBI=0.126718;REFB=-0.0198666;REVB=0.0103262;RO=29;SAF=2;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401491;STB=0.838645;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0744957;OID=.;OPOS=73931280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:43:43:29:34:10:9:0.209302:8:2:15:14:8:1:16:18 chr5 73932315 . T C 672.77 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00300794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.96;QD=51.7513;RBI=0.00437995;REFB=0.0533536;REVB=0.00318375;RO=2;SAF=17;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124008;STB=0.506823;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.000892498;OID=.;OPOS=73932315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:2:2:49:50:0.961538:32:17:1:1:33:17:1:1 chr5 73981270 . T C 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0624;QD=44.6872;RBI=0.0352209;REFB=0;REVB=0.0111956;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000476017;OID=.;OPOS=73981270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr5 73992881 . A G 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0337756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.042;QD=20.2744;RBI=0.0351187;REFB=-0.0151278;REVB=0.00961929;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094985;STB=0.553459;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0156479;OID=.;OPOS=73992881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:12:11:14:10:12:11:14:10 chr5 74323529 . G C 94.19 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.00358197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7581;QD=5.62334;RBI=0.0229056;REFB=0.0154944;REVB=0.0226238;RO=51;SAF=7;SAR=8;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169378;STB=0.610409;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.0146453;OID=.;OPOS=74323529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:51:52:15:15:0.223881:8:7:17:34:8:7:17:35 chr5 74324548 . G A 269.42 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0035625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.465;QD=18.9068;RBI=0.0175877;REFB=-0.01396;REVB=-0.0172231;RO=28;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020834;STB=0.51162;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0138136;OID=.;OPOS=74324548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:11:18:18:10:11:18:18:10 chr5 74324902 . C T 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0380479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1429;QD=13.9117;RBI=0.0406999;REFB=-0.0224486;REVB=-0.0144511;RO=31;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130469;STB=0.575269;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0113817;OID=.;OPOS=74324902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:14:7:14:17:14:7:14:17 chr5 74400516 . G C 287.83 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0161283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.656;QD=15.9908;RBI=0.0161367;REFB=-0.00956672;REVB=0.000521767;RO=39;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271189;STB=0.507063;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.014188;OID=.;OPOS=74400516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:32:32:0.444444:18:14:16:23:18:14:17:23 chr5 74442410 . G A 290.73 PASS AF=0.407407;AO=34;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0322136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6396;QD=14.3571;RBI=0.033134;REFB=0.00690782;REVB=0.00775519;RO=46;SAF=13;SAR=21;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165644;STB=0.576147;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00888123;OID=.;OPOS=74442410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:48:34:33:0.407407:21:13:25:21:20:13:25:23 chr5 74442920 . A G 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.00701236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.55;QD=17.791;RBI=0.0121537;REFB=-0.00580488;REVB=0.0099267;RO=33;SAF=19;SAR=12;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835596;STB=0.546609;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0060456;OID=.;OPOS=74442920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:12:19:23:10:12:19:23:10 chr5 74442964 . T C 420.37 PASS AF=0.512195;AO=41;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00590963;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.434;QD=20.5056;RBI=0.0398391;REFB=-0.00716365;REVB=0.0393983;RO=41;SAF=23;SAR=18;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904574;STB=0.550864;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00700935;OID=.;OPOS=74442964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:40:41:42:0.512195:18:23:27:14:19:23:26:14 chr5 74443132 . C T 370.26 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=15;FWDB=-0.0410116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.377;QD=14.8103;RBI=0.0413862;REFB=-0.0111702;REVB=-0.00555633;RO=59;SAF=23;SAR=17;SRF=45;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211436;STB=0.610943;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0165867;OID=.;OPOS=74443132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:60:40:40:0.4:17:23:45:14:17:23:45:15 chr5 74491715 . TTCA T 165.28 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0084453;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=290.187;QD=10.8378;RBI=0.00935616;REFB=-0.0214775;REVB=-0.00402673;RO=35;SAF=15;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306704;STB=0.508015;STBP=0.93;TYPE=del;VARB=0.0306433;OID=.;OPOS=74491716;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42623:25:62:26:61:35:16:10:22:13:99:35:15:10:22:13 chr5 74681773 . T C 727.53 PASS AF=0.518248;AO=70;DP=136;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.024196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8947;QD=21.2417;RBI=0.050447;REFB=-0.0356508;REVB=0.0442657;RO=66;SAF=39;SAR=31;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715622;STB=0.542702;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0422689;OID=.;OPOS=74681773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:66:66:70:71:0.518248:31:39:42:24:32:39:42:24 chr5 74877266 . C T 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.026218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.677;QD=21.5459;RBI=0.0270593;REFB=0.0148342;REVB=-0.00669506;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314951;STB=0.678749;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0106299;OID=.;OPOS=74877266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:7:3:10:4:7:3 chr5 74921686 . G A 332.78 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0308071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.131;QD=19.0157;RBI=0.0653742;REFB=-0.0254895;REVB=-0.0576604;RO=33;SAF=20;SAR=15;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086266;STB=0.559289;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0319889;OID=.;OPOS=74921686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:35:35:35:0.5:15:20:22:11:15:20:24:11 chr5 75003678 . T C 783.58 PASS AF=0.503145;AO=78;DP=160;FAO=80;FDP=159;FR=.;FRO=79;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.00622695;FXX=0.0185174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.475;QD=19.7128;RBI=0.0137321;REFB=-0.00207219;REVB=0.0122391;RO=79;SAF=42;SAR=36;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064054;STB=0.534363;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0016273;OID=.;OPOS=75003678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:79:79:78:80:0.503145:36:42:37:42:37:43:37:42 chr5 75008193 . T C 106.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0103145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5858;QD=11.8136;RBI=0.0199164;REFB=-0.0251569;REVB=0.0170375;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103291;STB=0.561308;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0418452;OID=.;OPOS=75008193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:5:8:12:11:5:8:12:11 chr5 75427935 . G A 387.36 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.014381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2436;QD=23.8372;RBI=0.0455853;REFB=0.0149866;REVB=0.0432574;RO=27;SAF=16;SAR=22;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106008;STB=0.505821;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0105149;OID=.;OPOS=75427935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:22:16:11:16:22:16:11:16 chr5 75490820 . GTC G 1171.61 PASS AF=0.565445;AO=106;DP=194;FAO=108;FDP=191;FR=.;FRO=83;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.00140552;FXX=0.0154631;HRUN=1;LEN=2;MLLD=228.432;QD=24.5363;RBI=0.00536765;REFB=-0.0207659;REVB=-0.00518037;RO=83;SAF=54;SAR=52;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264337;STB=0.513087;STBP=0.671;TYPE=del;VARB=0.0144533;OID=.;OPOS=75490821;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565445:106:194:108:191:83:54:54:44:39:99:83:54:52:45:38 chr5 75884734 . G A 177.62 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0665385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1092;QD=14.4994;RBI=0.0695858;REFB=-0.0280475;REVB=-0.020367;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229186;STB=0.51326;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0389272;OID=.;OPOS=75884734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:11:8:12:18:11:8:12:18 chr5 75906851 . T C 462.56 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.000251275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.458;QD=19.0746;RBI=0.0483296;REFB=-0.0292508;REVB=0.0483289;RO=50;SAF=24;SAR=22;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203726;STB=0.516585;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0265352;OID=.;OPOS=75906851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:51:46:46:0.474227:22:24:25:25:22:24:25:26 chr5 75906923 . C G 428.7 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0212541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.655;QD=17.1481;RBI=0.0213561;REFB=-0.0248937;REVB=0.00208429;RO=56;SAF=20;SAR=24;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276997;STB=0.515532;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0316264;OID=.;OPOS=75906923;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:56:44:44:0.44:24:20:27:29:24:20:27:29 chr5 75912401 . A G 187.27 PASS AF=0.369231;AO=23;DP=67;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0148725;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2353;QD=11.5241;RBI=0.028034;REFB=-0.0215032;REVB=-0.0237637;RO=42;SAF=14;SAR=9;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121117;STB=0.501318;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0389546;OID=.;OPOS=75912401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:42:41:23:24:0.369231:9:14:26:16:10:14:24:17 chr5 75923294 . T G 277.93 PASS AF=0.462687;AO=27;DP=64;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=5;FWDB=0.0048482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.693;QD=16.5928;RBI=0.00493394;REFB=-0.0228084;REVB=-0.000915813;RO=35;SAF=19;SAR=8;SRF=31;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246388;STB=0.590919;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0386484;OID=.;OPOS=75923294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:35:36:27:31:0.462687:8:19:31:4:8:23:31:5 chr5 75923307 . A G 885.85 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0171572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.252;QD=53.688;RBI=0.0224592;REFB=-0.172297;REVB=0.0144929;RO=1;SAF=50;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009353;STB=0.514559;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.000836323;OID=.;OPOS=75923307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:66:66:1:3:63:63:0.954545:13:50:1:0:13:50:3:0 chr5 75960865 . T C 57.9 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.000315639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3537;QD=13.6235;RBI=0.0427091;REFB=-0.0122358;REVB=0.0427079;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47841;STB=0.791595;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0351775;OID=.;OPOS=75960865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:7:1:5:4:7:1:5:4 chr5 76003254 . AAAAC TAAAT 237.56 PASS AF=0.5;AO=19;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0190092;FXX=0;HRUN=4;LEN=5;MLLD=283.619;QD=18.274;RBI=0.0211625;REFB=0.000890678;REVB=0.00930074;RO=22;SAF=4;SAR=15;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428277;STB=0.709506;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=-0.000668669;OID=.;OPOS=76003254;OREF=AAAAC;OALT=TAAAT;OMAPALT=TAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:22:26:19:26:0.5:15:4:14:8:20:6:16:10 chr5 76128521 . G A 226.95 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0183259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.251;QD=15.6517;RBI=0.0544235;REFB=-0.0264454;REVB=-0.0512453;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211437;STB=0.626537;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0252354;OID=.;OPOS=76128521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:25:26:0.448276:11:14:11:21:11:15:11:21 chr5 76129053 . T C 193.09 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0236757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9499;QD=14.0429;RBI=0.052105;REFB=-0.0473295;REVB=-0.0464155;RO=30;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14591;STB=0.578881;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0670322;OID=.;OPOS=76129053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:32:23:23:0.418182:11:12:20:10:11:12:21:11 chr5 76343999 . T C 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00621202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.049;QD=12.5693;RBI=0.00957202;REFB=0.00157646;REVB=0.00728247;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359716;STB=0.521144;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00279311;OID=.;OPOS=76343999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:8:7:13:13:8:7:13:13 chr5 76359024 . C A 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0529802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.924;QD=16.4163;RBI=0.0553605;REFB=-0.000902224;REVB=0.0160587;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298506;STB=0.517216;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00155853;OID=.;OPOS=76359024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:4:10:11:5:4:10:11:5 chr5 76704849 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.73;QD=61.3364;RBI=0.0105725;REFB=0;REVB=-0.00237483;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27656e-05;OID=.;OPOS=76704849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr5 76708987 . A G 1716.48 PASS AF=0.936;AO=116;DP=131;FAO=117;FDP=125;FR=.;FRO=8;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0111365;FXX=0.045798;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.628;QD=54.9275;RBI=0.014135;REFB=9.1544e-05;REVB=0.00870505;RO=8;SAF=59;SAR=57;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448413;STB=0.523734;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00179578;OID=.;OPOS=76708987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:131:125:8:8:116:117:0.936:57:59:7:1:58:59:7:1 chr5 76722443 . G A 183.51 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00418512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.87;QD=11.8393;RBI=0.0169312;REFB=0.00758565;REVB=-0.0164058;RO=39;SAF=10;SAR=13;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19443;STB=0.612093;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0207179;OID=.;OPOS=76722443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:13:10:24:15:13:10:24:15 chr5 76722891 . T C 155.72 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0200321;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1193;QD=22.2462;RBI=0.0201686;REFB=-0.0144224;REVB=0.0023423;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334215;STB=0.518844;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0170501;OID=.;OPOS=76722891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:12:16:16:0.571429:10:6:5:7:10:6:5:7 chr5 76787984 . C T 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00378231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.776;QD=18.1944;RBI=0.0274439;REFB=-0.0107157;REVB=0.027182;RO=35;SAF=12;SAR=22;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275504;STB=0.646972;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0116022;OID=.;OPOS=76787984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:22:12:23:12:22:12:23:13 chr5 76916335 . G GC 556.35 PASS AF=1;AO=46;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.5211;QD=43.6354;RBI=0.107258;REFB=0;REVB=0.095526;RO=5;SAF=25;SAR=21;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631782;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00690551;OID=.;OPOS=76916336;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:52:51:51:0:26:25:0:0:10:5:25:21:1:4 chr5 76926578 . T C 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127932;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=297.955;QD=47.8146;RBI=0.0149178;REFB=0.0311334;REVB=-0.00767313;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614156;STB=0.533301;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=1.5326e-05;OID=.;OPOS=76926578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:7:14:0:1:7:14:0:1 chr5 77425028 . A T 2111.59 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.173;QD=62.1056;RBI=0.00319116;REFB=0;REVB=0.000812634;RO=0;SAF=71;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84468e-05;OID=.;OPOS=77425028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:136:0:0:131:136:1:60:71:0:0:63:73:0:0 chr5 77745853 . C CA 258.91 PASS AF=1;AO=25;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124882;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.4702;QD=31.3832;RBI=0.182512;REFB=0;REVB=0.182084;RO=9;SAF=18;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939859;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00864509;OID=.;OPOS=77745854;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:35:33:33:0:22:11:0:0:6:9:18:7:5:4 chr5 77781785 . C CT,T 1066.89 PASS AF=0.986486,0.0135135;AO=66,4;DP=75;FAO=73,1;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=40,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234306,-0.0178882;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.0364,5.17866;QD=57.6699;RBI=0.116946,0.0699624;REFB=0,0;REVB=0.114575,0.0676369;RO=5;SAF=32,0;SAR=34,4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0112771,-0.700982;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00335154,0.000873895;OID=.,.;OPOS=77781786,77781785;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:75:74:5:0:66,4:73,1:0.986486,0.0135135:34,4:32,0:2:3:40,1:33,0:0:0 chr5 77782447 . C G 2055.38 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135406;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.678;QD=61.8159;RBI=0.0349536;REFB=0.0690043;REVB=-0.0322243;RO=1;SAF=67;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725639;STB=0.503816;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00064808;OID=.;OPOS=77782447;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:132:132:0.992481:65:67:0:1:65:67:0:1 chr5 77784738 . A G 930.26 PASS AF=1;AO=56;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198444;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.436;QD=58.141;RBI=0.0449787;REFB=0;REVB=0.0403644;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190085;OID=.;OPOS=77784738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:56:64:1:27:29:0:0:33:31:0:0 chr5 78320085 . T C 401.51 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0105861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.573;QD=18.8947;RBI=0.0161729;REFB=-0.00564896;REVB=-0.012227;RO=43;SAF=20;SAR=21;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208998;STB=0.517233;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00619094;OID=.;OPOS=78320085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:44:41:41:0.482353:21:20:20:23:21:20:20:24 chr5 78324352 . A G 785.29 PASS AF=0.482353;AO=73;DP=163;FAO=82;FDP=170;FR=.;FRO=88;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=0.0124986;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.012;QD=18.4774;RBI=0.0169964;REFB=-0.0245329;REVB=0.0115179;RO=90;SAF=35;SAR=38;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127188;STB=0.517643;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0256393;OID=.;OPOS=78324352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:170:90:88:73:82:0.482353:38:35:42:48:41:41:41:47 chr5 78326750 . G C 428.03 PASS AF=0.436364;AO=46;DP=108;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0121476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.163;QD=15.5646;RBI=0.0197764;REFB=-0.0120977;REVB=0.0156058;RO=62;SAF=23;SAR=23;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824275;STB=0.545436;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0153226;OID=.;OPOS=78326750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:62:62:46:48:0.436364:23:23:26:36:24:24:26:36 chr5 78328560 . G A 1261.22 PASS AF=0.56872;AO=119;DP=211;FAO=120;FDP=211;FR=.;FRO=91;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.00661715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8602;QD=23.9093;RBI=0.0155797;REFB=-0.0120278;REVB=0.0141046;RO=90;SAF=58;SAR=61;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00762842;STB=0.504666;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00895033;OID=.;OPOS=78328560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:90:91:119:120:0.56872:61:58:43:47:62:58:43:48 chr5 78340257 . C G 554.43 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00698647;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.862;QD=19.6258;RBI=0.00711314;REFB=-0.0135902;REVB=0.0013364;RO=56;SAF=35;SAR=22;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563725;STB=0.531148;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0143928;OID=.;OPOS=78340257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:56:56:57:57:0.504425:22:35:31:25:22:35:31:25 chr5 78340286 . A G 657.16 PASS AF=0.561404;AO=64;DP=115;FAO=64;FDP=114;FR=.;FRO=50;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.010612;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.982;QD=23.0584;RBI=0.0106324;REFB=-0.0207468;REVB=-0.000657737;RO=48;SAF=40;SAR=24;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502336;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0176671;OID=.;OPOS=78340286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:48:50:64:64:0.561404:24:40:30:18:24:40:31:19 chr5 78351636 . A C 234.21 PASS AF=0.287671;AO=15;DP=74;FAO=21;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0262984;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7745;QD=12.8335;RBI=0.0379869;REFB=-0.0258813;REVB=-0.0274116;RO=44;SAF=10;SAR=5;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232558;STB=0.707532;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0406563;OID=.;OPOS=78351636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:44:44:15:21:0.287671:5:10:21:23:5:16:21:23 chr5 78421959 . G A 340.48 PASS AF=0.48;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.028562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.753;QD=18.1589;RBI=0.0327632;REFB=-0.0121375;REVB=-0.0160512;RO=38;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146064;STB=0.57402;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0152885;OID=.;OPOS=78421959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:38:39:36:36:0.48:17:19:14:24:17:19:15:24 chr5 78573790 . A T 400.16 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0198139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6588;QD=18.6121;RBI=0.0204081;REFB=-0.00464519;REVB=-0.00488885;RO=44;SAF=17;SAR=24;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059244;STB=0.539462;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0066904;OID=.;OPOS=78573790;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:45:41:41:0.476744:24:17:21:23:24:17:22:23 chr5 78596044 . T C 550.69 PASS AF=0.437037;AO=59;DP=135;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.00583177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.527;QD=16.3167;RBI=0.018944;REFB=-0.0137141;REVB=0.018024;RO=76;SAF=29;SAR=30;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711568;STB=0.539725;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0166238;OID=.;OPOS=78596044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:76:76:59:59:0.437037:30:29:32:44:30:29:32:44 chr5 78617534 . T G 429.2 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00619375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=340.902;QD=25.2472;RBI=0.0144947;REFB=-0.0224016;REVB=-0.0131047;RO=27;SAF=22;SAR=19;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146634;STB=0.580147;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0153215;OID=.;OPOS=78617534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:41:41:0.602941:19:22:9:18:19:22:9:18 chr5 78981550 . G T 259.4 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0126522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.092;QD=14.2134;RBI=0.012875;REFB=-0.00953618;REVB=-0.00238457;RO=42;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932343;STB=0.546342;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0150971;OID=.;OPOS=78981550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:43:30:30:0.410959:17:13:22:20:17:13:22:21 chr5 79024779 . A G 427.22 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.00906619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.874;QD=16.9197;RBI=0.0132272;REFB=-0.00729669;REVB=0.00963141;RO=55;SAF=22;SAR=24;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171221;STB=0.59534;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00749957;OID=.;OPOS=79024779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:24:22:36:19:24:22:36:19 chr5 79025317 . A G 96.21 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0261848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.37;QD=12.0259;RBI=0.03087;REFB=-0.000945767;REVB=-0.0163498;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328087;STB=0.693562;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00199819;OID=.;OPOS=79025317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:4:8:7:13:4:8:7:13 chr5 79026360 . G A 131.44 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00139269;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.242;QD=13.4814;RBI=0.00339222;REFB=-0.00389634;REVB=-0.00309315;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23825;STB=0.612096;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00401008;OID=.;OPOS=79026360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:24:15:15:0.384615:9:6:14:8:9:6:14:10 chr5 79026539 . A C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0614328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5347;QD=19.3686;RBI=0.069622;REFB=-0.0406677;REVB=-0.0327603;RO=7;SAF=9;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394541;STB=0.734106;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0275827;OID=.;OPOS=79026539;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:1:9:4:3:1:9:4:3 chr5 79027700 . T C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0513528;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.1787;QD=13.6294;RBI=0.114987;REFB=0.00982531;REVB=-0.102883;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250633;STB=0.646722;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0146319;OID=.;OPOS=79027700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:2:7:4:4:2:7 chr5 79028472 . C T 244.85 PASS AF=0.529412;AO=23;DP=48;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00814727;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.601;QD=19.204;RBI=0.025541;REFB=-0.00875904;REVB=0.0242067;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401138;STB=0.550328;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00946473;OID=.;OPOS=79028472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:23:24:23:27:0.529412:9:14:13:10:13:14:15:9 chr5 79028513 . A G 271.71 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00287566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.294;QD=20.9009;RBI=0.0188762;REFB=-0.0123975;REVB=0.0186559;RO=22;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100176;STB=0.554756;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00733356;OID=.;OPOS=79028513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:24:28:28:0.538462:15:13:13:9:15:13:14:10 chr5 79028586 . C T 196.5 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00618812;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.211;QD=24.5623;RBI=0.0128982;REFB=-0.00281137;REVB=-0.0113168;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861439;STB=0.548122;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00169713;OID=.;OPOS=79028586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:13:13:19:19:0.59375:11:8:7:6:11:8:7:6 chr5 79029288 . C A 293.24 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00156802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.618;QD=22.999;RBI=0.0153719;REFB=-0.00122454;REVB=-0.0152917;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758472;STB=0.541976;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000976506;OID=.;OPOS=79029288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:13:16:10:12:13:16:10:12 chr5 79029383 . T G 229.57 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00498072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.374;QD=22.3967;RBI=0.0119558;REFB=-0.00438795;REVB=-0.0108689;RO=19;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433881;STB=0.52425;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00505415;OID=.;OPOS=79029383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:8:14:13:6:8:14:13:6 chr5 79030045 . A G 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00407511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.528;QD=15.1969;RBI=0.00733813;REFB=0.00548483;REVB=-0.00610259;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162458;STB=0.593621;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00478921;OID=.;OPOS=79030045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:6:12:7:7:6:12 chr5 79030338 . A G 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0154739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.417;QD=19.1085;RBI=0.0220717;REFB=-0.0292835;REVB=0.015739;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235001;STB=0.636055;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0130632;OID=.;OPOS=79030338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:3:6:2:4:3:6:2:4 chr5 79030346 . A G 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0329548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.423;QD=19.1085;RBI=0.0414583;REFB=-0.0331289;REVB=0.025155;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17296;STB=0.636055;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.023593;OID=.;OPOS=79030346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:5:6:9:9:0.6:3:6:2:3:3:6:2:4 chr5 79031372 . G C 137.76 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00703644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.982;QD=21.1942;RBI=0.0107132;REFB=-0.00841248;REVB=-0.00807842;RO=11;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284972;STB=0.668272;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00424795;OID=.;OPOS=79031372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:14:15:0.576923:4:10:4:7:4:11:4:7 chr5 79033306 . A C 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.000443873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.726;QD=14.0443;RBI=0.00595653;REFB=-0.00222883;REVB=-0.00593997;RO=40;SAF=14;SAR=14;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103452;STB=0.558782;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00442832;OID=.;OPOS=79033306;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:14:14:24:16:14:14:24:16 chr5 79034662 . C G 153.57 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00219536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.941;QD=21.9383;RBI=0.0222323;REFB=-0.00628842;REVB=0.0221236;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160942;STB=0.590794;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00691509;OID=.;OPOS=79034662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:10:6:7:5:10:6:7:5 chr5 79048562 . C T 315.46 PASS AF=0.540984;AO=30;DP=58;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.000340384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.069;QD=20.6857;RBI=0.00221644;REFB=-0.0334515;REVB=-0.00219015;RO=28;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572157;STB=0.504502;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0190614;OID=.;OPOS=79048562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:28:28:30:33:0.540984:18:12:13:15:18:15:13:15 chr5 79277817 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.227;QD=49.599;RBI=0.050043;REFB=0;REVB=0.0457637;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766634;OID=.;OPOS=79277817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr5 79286831 . C G 711.63 PASS AF=0.566667;AO=64;DP=116;FAO=68;FDP=120;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0408321;FXX=0.0322555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.415;QD=23.7209;RBI=0.0408365;REFB=-0.0283332;REVB=0.000598434;RO=49;SAF=21;SAR=43;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699971;STB=0.539988;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0214517;OID=.;OPOS=79286831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:120:49:52:64:68:0.566667:43:21:20:29:45:23:22:30 chr5 79351735 . C T 541.61 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0305661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.831;QD=24.9016;RBI=0.032818;REFB=-0.0306316;REVB=-0.0119473;RO=37;SAF=31;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168825;STB=0.592503;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0268259;OID=.;OPOS=79351735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:37:50:50:0.574713:19:31:15:22:19:31:15:22 chr5 79351852 . A T 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0382806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.743;QD=17.3994;RBI=0.0411377;REFB=0.00254706;REVB=0.0150634;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00190657;OID=.;OPOS=79351852;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:5:8:8:5:5:8 chr5 79616083 . G C 451.26 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332643;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.048;QD=58.2273;RBI=0.0430847;REFB=0;REVB=-0.027382;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62328e-05;OID=.;OPOS=79616083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr5 79617357 . T C 651.55 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.598;QD=62.0527;RBI=0.0359925;REFB=0;REVB=0.0339029;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4021e-05;OID=.;OPOS=79617357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:26:15:0:0:27:15:0:0 chr5 79733079 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.145762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.44;QD=43.486;RBI=0.14678;REFB=0;REVB=0.0172548;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00173919;OID=.;OPOS=79733079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr5 79734297 . T C 143.2 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1574;QD=44.0627;RBI=0.138934;REFB=0;REVB=0.136199;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00524457;OID=.;OPOS=79734297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:1:11:0:0:2:11:0:0 chr5 79734409 . G A 397.5 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00780531;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.243;QD=56.7862;RBI=0.0239591;REFB=0;REVB=0.0226521;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501144;OID=.;OPOS=79734409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr5 79735858 . A G 1302.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.56;QD=62.0063;RBI=0.0369978;REFB=0;REVB=0.0109529;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40361e-05;OID=.;OPOS=79735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr5 79745469 . A G 675.68 PASS AF=0.927273;AO=50;DP=55;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0199123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.655;QD=49.1401;RBI=0.0215989;REFB=0.0702988;REVB=0.00836739;RO=1;SAF=22;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209158;STB=0.505078;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00834337;OID=.;OPOS=79745469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:55:55:1:4:50:51:0.927273:28:22:1:0:29:22:2:2 chr5 79815658 . T C 1157.9 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0031917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.236;QD=59.3793;RBI=0.0334953;REFB=-0.14549;REVB=0.0333429;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00171062;OID=.;OPOS=79815658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:40:37:0:0:40:37:0:1 chr5 79855372 . A G 410.08 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0119872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.725;QD=51.2597;RBI=0.0241729;REFB=-0.0853921;REVB=-0.0209914;RO=2;SAF=22;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405228;STB=0.521725;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000526328;OID=.;OPOS=79855372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:8:22:2:0:8:22:2:0 chr5 79950708 . T C 45.93 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0626724;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.233;QD=7.65467;RBI=0.0685624;REFB=-0.0183079;REVB=-0.0278024;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204458;STB=0.611451;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0643471;OID=.;OPOS=79950708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:24:18:17:7:7:0.291667:4:3:11:7:4:3:10:7 chr5 80149981 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.069;QD=57.6803;RBI=0.0225583;REFB=0;REVB=0.000112888;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85834e-05;OID=.;OPOS=80149981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr5 80168937 . G A 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3703;QD=63.2842;RBI=0.0149567;REFB=0;REVB=0.00394021;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154321;OID=.;OPOS=80168937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr5 80409729 . T C 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.682;QD=47.8129;RBI=0.0421621;REFB=0;REVB=-0.00459138;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289575;OID=.;OPOS=80409729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr5 80502736 . C G 195.37 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015198;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.552;QD=48.8431;RBI=0.0366037;REFB=0;REVB=0.0332995;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136783;OID=.;OPOS=80502736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr5 80553662 . G A 171.23 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00608023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1948;QD=18.0246;RBI=0.0331872;REFB=0.00290226;REVB=-0.0326254;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371009;STB=0.721975;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00454519;OID=.;OPOS=80553662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:5:13:6:13:5:13:6:14 chr5 80756848 . TAAAAAAA TAAAAAA,TAAAAAAT 1519.71 PASS AF=0.87538,0.12462;AO=100,18;DP=342;FAO=288,41;FDP=329;FR=.;FRO=0;FSAF=139,40;FSAR=149,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353462,-0.0665397;FXX=0.0380106;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.29253,142.044;QD=18.4767;RBI=0.610837,0.077498;REFB=0.200618,0.0214141;REVB=0.609814,0.0397292;RO=109;SAF=51,18;SAR=49,0;SRF=23;SRR=86;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.283453,0.808867;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00984478,0.12848;OID=.,.;OPOS=80756849,80756855;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.87538,0.12462:100,18:342:288,41:329:0:139,40:149,1:0:0:99:109:51,18:49,0:23:86 chr5 81549216 . C T 595.2 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.168;QD=61.046;RBI=0.0218193;REFB=0;REVB=-0.00408658;RO=0;SAF=7;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27162e-05;OID=.;OPOS=81549216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:31:7:0:0:32:7:0:0 chr5 81549240 . C A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.821;QD=57.2025;RBI=0.0193374;REFB=0;REVB=0.0015409;RO=0;SAF=2;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56306e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.81956e-05;OID=.;OPOS=81549240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:28:2:0:0:28:2:0:0 chr5 81572184 . G C 1053.39 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247589;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9707;QD=58.5217;RBI=0.0315298;REFB=-0.0806505;REVB=-0.0195224;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.507244;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00104885;OID=.;OPOS=81572184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:37:34:0:0:37:34:1:0 chr5 82500734 . G T 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0159861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.571;QD=22.5342;RBI=0.0159862;REFB=-0.00292936;REVB=6.94633e-05;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151073;STB=0.584528;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00292096;OID=.;OPOS=82500734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:9:10:5:10:9:10:5:10 chr5 82648943 . G A 770.61 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191688;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6672;QD=64.2174;RBI=0.0197796;REFB=0;REVB=-0.00487725;RO=0;SAF=39;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137405;OID=.;OPOS=82648943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:9:39:0:0:9:39:0:0 chr5 82648977 . T A,G 719.03 PASS AF=0.0784314,0.921569;AO=4,47;DP=51;FAO=4,47;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=1,36;FSAR=3,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228762,0.00427617;FXX=0.0727141;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.571,219.546;QD=56.3941;RBI=0.0420431,0.123072;REFB=0,0;REVB=0.0419808,0.122998;RO=0;SAF=1,36;SAR=3,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.033853,-0.000262718;OID=.,.;OPOS=82648977,82648977;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:51:51:0:0:4,47:4,47:0.0784314,0.921569:3,11:1,36:0:0:3,11:1,36:0:0 chr5 82808072 . C T 491.82 PASS AF=0.453782;AO=53;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0270645;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6785;QD=16.5316;RBI=0.0711463;REFB=-0.00348932;REVB=0.0657975;RO=65;SAF=25;SAR=28;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00517016;STB=0.502493;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00487434;OID=.;OPOS=82808072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:65:53:54:0.453782:28:25:31:34:28:26:31:34 chr5 82833145 . G A 103.39 PASS AF=0.48;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0582298;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.968;QD=16.5423;RBI=0.0593115;REFB=-0.0302572;REVB=-0.0112759;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134192;STB=0.559901;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0314593;OID=.;OPOS=82833145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:14:13:11:12:0.48:7:4:7:7:6:6:5:8 chr5 82835880 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00668456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6366;QD=15.3792;RBI=0.0148852;REFB=-0.0274958;REVB=-0.0132998;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259174;STB=0.651902;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0133449;OID=.;OPOS=82835880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:7:7:9:3:7:7 chr5 82875800 . C T 1676.97 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0639114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.015;QD=60.4312;RBI=0.064339;REFB=0;REVB=-0.00740585;RO=0;SAF=47;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112207;OID=.;OPOS=82875800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:64:47:0:0:64:47:0:0 chr5 82940273 . C G 966.55 PASS AF=0.54491;AO=81;DP=173;FAO=91;FDP=167;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0491895;FXX=0.0346801;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.6668;QD=23.1508;RBI=0.074635;REFB=-0.0398576;REVB=-0.0561317;RO=56;SAF=50;SAR=31;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638058;STB=0.503267;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0016151;OID=.;OPOS=82940273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:167:56:67:81:91:0.54491:31:50:30:26:36:55:40:27 chr5 82948416 . C T 202.79 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0276819;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.723;QD=20.7987;RBI=0.029965;REFB=-0.0200291;REVB=0.0114722;RO=15;SAF=16;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311059;STB=0.639845;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0201343;OID=.;OPOS=82948416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:15:19:20:20:0.512821:4:16:7:8:4:16:11:8 chr5 82999358 . T G 82.28 PASS AF=0.44;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-5.87016e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=117.064;QD=13.1649;RBI=0.0232179;REFB=-0.0286999;REVB=-0.0232179;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215705;STB=0.529356;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0346557;OID=.;OPOS=82999358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:24:25:14:14:10:11:0.44:8:2:3:11:9:2:3:11 chr5 83360520 . C T 257.77 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0160411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.801;QD=19.8282;RBI=0.0316108;REFB=-0.012796;REVB=0.0272383;RO=25;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232079;STB=0.629534;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00635422;OID=.;OPOS=83360520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:10:17:9:16:10:17:9:16 chr5 85582712 . T C 306.01 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6523;QD=53.2196;RBI=0.119767;REFB=0;REVB=0.116889;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024026;OID=.;OPOS=85582712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr5 85583507 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.616;QD=47.8214;RBI=0.0890091;REFB=0;REVB=-0.0629638;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51889e-07;OID=.;OPOS=85583507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr5 85586831 . C T 626.64 PASS AF=0.512195;AO=62;DP=119;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.047129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.055;QD=20.3784;RBI=0.0504166;REFB=-0.0370323;REVB=-0.0179078;RO=56;SAF=36;SAR=26;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238835;STB=0.52689;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0220467;OID=.;OPOS=85586831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:123:56:60:62:63:0.512195:26:36:31:25:26:37:32:28 chr5 86513974 . A G 1332.64 PASS AF=0.936842;AO=88;DP=95;FAO=89;FDP=95;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=72;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.033453;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.981;QD=56.1114;RBI=0.0598258;REFB=0.0839762;REVB=-0.0495986;RO=6;SAF=16;SAR=72;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120879;STB=0.560693;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00337054;OID=.;OPOS=86513974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:95:95:6:6:88:89:0.936842:72:16:5:1:72:17:5:1 chr5 86513975 . A C 30.71 PASS AF=0.0927835;AO=6;DP=96;FAO=9;FDP=97;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=72;FWDB=0.000585795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5727;QD=1.26646;RBI=0.0563905;REFB=-0.0145199;REVB=-0.0563874;RO=89;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.624549;STB=0.871602;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.209775;OID=.;OPOS=86513975;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:96:97:89:88:6:9:0.0927835:1:5:16:73:3:6:16:72 chr5 86627174 . C T 414.69 PASS AF=0.446602;AO=45;DP=102;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.022814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8306;QD=16.1043;RBI=0.030776;REFB=-0.00519084;REVB=-0.0206564;RO=56;SAF=24;SAR=21;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683207;STB=0.526571;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00520713;OID=.;OPOS=86627174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:56:57:45:46:0.446602:21:24:26:30:22:24:27:30 chr5 87497977 . C T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.747;QD=61.3342;RBI=0.0477851;REFB=0;REVB=-0.0453865;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019187;OID=.;OPOS=87497977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr5 87498849 . G A 1551.72 PASS AF=0.990566;AO=102;DP=103;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00477849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.513;QD=58.5555;RBI=0.0295875;REFB=-0.0260074;REVB=0.0291991;RO=1;SAF=38;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735649;STB=0.503759;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000234278;OID=.;OPOS=87498849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:106:1:1:102:105:0.990566:64:38:0:1:66:39:0:1 chr5 87502324 . GGA G,GAA 231.48 PASS AF=1,0;AO=11,23;DP=54;FAO=23,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0797709,0.0191944;FXX=0.079968;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=16.3581,10.6479;QD=40.2569;RBI=0.159481,0.358984;REFB=-0.0803664,0.000416082;REVB=0.138097,-0.35847;RO=17;SAF=9,16;SAR=2,7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0852384,-0.0641925;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0081334,0.0315081;OID=.,.;OPOS=87502325,87502325;OREF=GA,G;OALT=-,A;OMAPALT=G,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:11,23:54:23,0:23:0:14,0:9,0:0:0:3:17:9,16:2,7:13:4 chr5 87968864 . A G 1138.71 PASS AF=0.472222;AO=118;DP=254;FAO=119;FDP=252;FR=.;FRO=133;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=65;FSRR=68;FWDB=-0.00968327;FXX=0.00787371;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.934;QD=18.0747;RBI=0.0124466;REFB=-0.0150501;REVB=0.00782004;RO=133;SAF=65;SAR=53;SRF=65;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598606;STB=0.534926;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0167499;OID=.;OPOS=87968864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:252:133:133:118:119:0.472222:53:65:65:68:53:66:65:68 chr5 88016477 . C A 822.79 PASS AF=0.52;AO=77;DP=149;FAO=78;FDP=150;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.00327017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.556;QD=21.941;RBI=0.0193442;REFB=-0.0140006;REVB=-0.0190658;RO=72;SAF=32;SAR=45;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630781;STB=0.537111;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0149714;OID=.;OPOS=88016477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:72:72:77:78:0.52:45:32:35:37:46:32:35:37 chr5 89769728 . T C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0775886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1602;QD=14.3342;RBI=0.0802997;REFB=-0.00211747;REVB=0.0206893;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293173;STB=0.517204;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.000558384;OID=.;OPOS=89769728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:7:2:2:8:7:2:2:8 chr5 89810077 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0464513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0012;QD=16.8837;RBI=0.0575432;REFB=0.00755352;REVB=-0.0339632;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219798;STB=0.625355;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00724884;OID=.;OPOS=89810077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:5:12:7:8:5:12 chr5 89812725 . CACTG C 75.56 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00321739;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=4;MLLD=291.459;QD=10.4227;RBI=0.0032441;REFB=-0.00919772;REVB=-0.00041546;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030867;STB=0.551622;STBP=0.667;TYPE=del;VARB=0.0137823;OID=.;OPOS=89812726;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:10:29:10:29:19:5:5:8:11:75:17:5:5:8:9 chr5 89816299 . C A 708.44 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.853;QD=62.9727;RBI=0.0353554;REFB=0;REVB=0.0018959;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4545e-05;OID=.;OPOS=89816299;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr5 89816309 . A AT 116.41 PASS AF=0.5;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0071266;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.0774;QD=11.0864;RBI=0.11425;REFB=0.0969757;REVB=0.114028;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918802;STB=0.572016;STBP=0.401;TYPE=ins;VARB=-0.0736835;OID=.;OPOS=89816310;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:21:44:21:42:21:10:11:7:14:99:19:10:11:7:12 chr5 89820984 . T C 1090.77 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0134405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.154;QD=57.4089;RBI=0.0213349;REFB=-0.0405606;REVB=0.0165689;RO=1;SAF=30;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155053;STB=0.515621;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-5.93946e-05;OID=.;OPOS=89820984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:76:1:2:73:74:0.973684:43:30:1:0:43:31:2:0 chr5 89943433 . A G 354.95 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.0849917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9771;QD=18.9304;RBI=0.0893407;REFB=-0.00689845;REVB=-0.0275349;RO=38;SAF=13;SAR=24;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910117;STB=0.550462;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0077457;OID=.;OPOS=89943433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:24:13:10:28:24:13:10:28 chr5 89943571 . G T 170.37 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00888233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2735;QD=25.2397;RBI=0.026291;REFB=-0.0204908;REVB=-0.0247451;RO=8;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897335;STB=0.594481;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0108329;OID=.;OPOS=89943571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:27:8:10:17:17:0.62963:11:6:4:4:11:6:6:4 chr5 89979589 . G A 392.18 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.0142202;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.724;QD=16.6885;RBI=0.0146251;REFB=0.00241799;REVB=-0.00341759;RO=53;SAF=19;SAR=22;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875877;STB=0.559971;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00411204;OID=.;OPOS=89979589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:53:53:41:41:0.43617:22:19:20:33:22:19:19:34 chr5 89979691 . A G 176.16 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0116865;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.436;QD=10.2124;RBI=0.0151434;REFB=-0.00707997;REVB=-0.00963055;RO=46;SAF=18;SAR=5;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509102;STB=0.796796;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0227183;OID=.;OPOS=89979691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:5:18:15:31:5:18:15:31 chr5 89979750 . G T 243.61 PASS AF=0.414286;AO=28;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00850728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.261;QD=13.9207;RBI=0.00907869;REFB=-0.000747561;REVB=-0.00316998;RO=41;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226094;STB=0.634955;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00116212;OID=.;OPOS=89979750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:28:29:0.414286:13:15:13:28:13:16:13:28 chr5 89990324 . A G 159.75 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0385548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.566;QD=11.6179;RBI=0.0386759;REFB=-0.0085142;REVB=0.00305886;RO=34;SAF=6;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287874;STB=0.6764;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0156589;OID=.;OPOS=89990324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:35:20:20:0.363636:14:6:19:15:14:6:20:15 chr5 90001368 . T G 127.34 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0118158;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.183;QD=11.0728;RBI=0.0174092;REFB=-0.00354339;REVB=0.0127854;RO=31;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505293;STB=0.795892;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00758833;OID=.;OPOS=90001368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:31:31:15:15:0.326087:4:11:8:23:4:11:8:23 chr5 90016871 . G A 275.11 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00362855;FXX=0.0444346;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9137;QD=25.5916;RBI=0.0355507;REFB=-0.0413789;REVB=0.035365;RO=18;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136708;STB=0.561353;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0277793;OID=.;OPOS=90016871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:18:18:24:25:0.581395:16:8:9:9:16:9:9:9 chr5 90024735 . G A 284.64 PASS AF=0.375;AO=32;DP=87;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00457251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.321;QD=12.9382;RBI=0.00610664;REFB=-0.014676;REVB=-0.0040476;RO=54;SAF=17;SAR=15;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267663;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0204783;OID=.;OPOS=90024735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:54:55:32:33:0.375:15:17:30:24:15:18:30:25 chr5 90052289 . G A 377.81 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0494278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2842;QD=18.8907;RBI=0.0510984;REFB=0.0110518;REVB=0.0129593;RO=41;SAF=26;SAR=13;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216152;STB=0.620626;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.012866;OID=.;OPOS=90052289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:13:26:18:23:13:26:18:23 chr5 90052372 . C T 511.88 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0136587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.179;QD=24.0885;RBI=0.014505;REFB=-0.0137393;REVB=-0.004882;RO=37;SAF=24;SAR=24;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750923;STB=0.541159;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0114038;OID=.;OPOS=90052372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:24:24:15:22:24:24:15:22 chr5 90079820 . A G 263.56 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.017228;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.63;QD=19.5227;RBI=0.0179962;REFB=-0.0164125;REVB=-0.0052018;RO=26;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103509;STB=0.5576;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0144291;OID=.;OPOS=90079820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:26:26:28:28:0.518519:13:15:17:9:13:15:17:9 chr5 90106190 . T C 343.26 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00239793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.528;QD=16.3456;RBI=0.0531587;REFB=-0.00420909;REVB=0.0531046;RO=47;SAF=22;SAR=14;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00625719;STB=0.502731;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00556045;OID=.;OPOS=90106190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:47:47:36:37:0.440476:14:22:29:18:14:23:29:18 chr5 90107107 . GA G,GG 1185.24 PASS AF=0.0506329,0.949367;AO=9,70;DP=79;FAO=4,75;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=3,38;FSAR=1,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563892,0.0529408;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=234.382,253.105;QD=60.0123;RBI=0.0768642,0.0676638;REFB=0,0;REVB=0.0522337,0.0421386;RO=0;SAF=6,35;SAR=3,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0474315,-0.00134179;OID=.,.;OPOS=90107108,90107108;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0506329,0.949367:9,70:79:4,75:79:0:3,38:1,37:0:0:9:0:6,35:3,35:0:0 chr5 90119293 . C T 381.13 PASS AF=0.550725;AO=37;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0321265;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1226;QD=22.0945;RBI=0.127311;REFB=0.0310439;REVB=0.123191;RO=32;SAF=27;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266737;STB=0.640152;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0191473;OID=.;OPOS=90119293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:31:37:38:0.550725:10:27:14:18:11:27:13:18 chr5 90119324 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.438;QD=58.5999;RBI=0.0227722;REFB=0;REVB=0.0194386;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10396e-05;OID=.;OPOS=90119324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr5 90151589 . G A 477.15 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0328537;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.4;QD=16.5964;RBI=0.0350092;REFB=-0.00636993;REVB=-0.0120944;RO=60;SAF=32;SAR=20;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14532;STB=0.569057;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00580901;OID=.;OPOS=90151589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:60:63:52:52:0.452174:20:32:28:32:20:32:31:32 chr5 93722036 . G A 405.68 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0235265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.607;QD=17.2631;RBI=0.0295166;REFB=-0.00927919;REVB=-0.0178251;RO=52;SAF=25;SAR=17;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114262;STB=0.564072;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0200861;OID=.;OPOS=93722036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:17:25:25:27:17:25:25:27 chr5 93731985 . A G 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.663;QD=63.8874;RBI=0.0277896;REFB=0;REVB=0.00418783;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94395e-05;OID=.;OPOS=93731985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:51:46:0:0:51:46:0:0 chr5 93752765 . T C 47.83 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0181744;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7463;QD=10.0696;RBI=0.0462465;REFB=-0.00906833;REVB=0.0425256;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182856;STB=0.61501;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0214311;OID=.;OPOS=93752765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:20:19:12:12:7:7:0.368421:6:1:3:9:6:1:3:9 chr5 93753017 . C T 65.45 PASS AF=0.36;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0162692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.51;QD=10.4719;RBI=0.0179695;REFB=-0.0194499;REVB=-0.0076299;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202856;STB=0.648314;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0285564;OID=.;OPOS=93753017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:25:16:16:8:9:0.36:5:3:9:7:6:3:9:7 chr5 94030846 . T C 284.89 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0167749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6883;QD=12.9494;RBI=0.0295843;REFB=-0.00568653;REVB=-0.0243688;RO=55;SAF=17;SAR=16;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462596;STB=0.526481;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00846401;OID=.;OPOS=94030846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:16:17:26:29:16:17:26:29 chr5 94050487 . T A 902.06 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.238;QD=58.1976;RBI=0.0454698;REFB=0;REVB=-0.0244043;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000643627;OID=.;OPOS=94050487;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr5 94224591 . G A 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0237895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.472;QD=11.734;RBI=0.0289457;REFB=-0.00519746;REVB=0.0164898;RO=50;SAF=12;SAR=16;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274079;STB=0.657037;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0128166;OID=.;OPOS=94224591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:16:12:34:16:16:12:34:16 chr5 94230358 . C T 351.41 PASS AF=0.474359;AO=36;DP=77;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00651094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.133;QD=18.0211;RBI=0.0195748;REFB=-0.00186143;REVB=-0.0184603;RO=41;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765403;STB=0.535975;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00183878;OID=.;OPOS=94230358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:41:36:37:0.474359:20:16:15:26:21:16:15:26 chr5 94259653 . G C 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0340346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.994;QD=5.95778;RBI=0.0346084;REFB=-0.0129945;REVB=0.00627593;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954119;STB=0.5453;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0278799;OID=.;OPOS=94259653;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:6:6:0.25:4:2:7:10:4:2:7:11 chr5 94772540 . C T 601.63 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.116203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1132;QD=57.2976;RBI=0.129378;REFB=-0.0816548;REVB=-0.0568813;RO=1;SAF=14;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323034;STB=0.515144;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00466394;OID=.;OPOS=94772540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:42:1:1:39:41:0.97619:25:14:1:0:25:16:1:0 chr5 95084131 . G A 436.1 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=86;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0185158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.149;QD=20.0504;RBI=0.0206626;REFB=-0.0266007;REVB=-0.0091711;RO=43;SAF=12;SAR=31;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209085;STB=0.604655;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0416781;OID=.;OPOS=95084131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:43:43:43:44:0.505747:31:12:21:22:31:13:21:22 chr5 95091194 . C T 486.0 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00451565;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.784;QD=21.1303;RBI=0.0193807;REFB=0.007866;REVB=0.0188472;RO=44;SAF=20;SAR=27;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352754;STB=0.524049;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00983574;OID=.;OPOS=95091194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:44:45:47:47:0.51087:27:20:17:27:27:20:17:28 chr5 95091201 . A G 452.25 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.010531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.882;QD=19.4516;RBI=0.0232596;REFB=-0.00896162;REVB=-0.0207391;RO=47;SAF=21;SAR=24;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778595;STB=0.536887;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00700162;OID=.;OPOS=95091201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:48:45:45:0.483871:24:21:18:29:24:21:19:29 chr5 95194571 . T C 396.54 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0528574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0021;QD=17.822;RBI=0.0832139;REFB=0.0170748;REVB=-0.0642702;RO=48;SAF=21;SAR=20;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284679;STB=0.515909;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.0232418;OID=.;OPOS=95194571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:20:21:26:22:20:21:26:22 chr5 95222277 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.385;QD=57.6804;RBI=0.0496685;REFB=0;REVB=-0.0490952;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175995;OID=.;OPOS=95222277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr5 95234350 . A G 190.27 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.208;QD=47.5665;RBI=0.089232;REFB=0;REVB=0.0845604;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549521;OID=.;OPOS=95234350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:1:14:0:0:2:14:0:0 chr5 95234377 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6364;QD=51.1844;RBI=0.0912829;REFB=0;REVB=0.0809375;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0038955;OID=.;OPOS=95234377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr5 95234392 . A C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.527;QD=59.8388;RBI=0.0254377;REFB=0;REVB=0.00760916;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.4008e-05;OID=.;OPOS=95234392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr5 95236415 . G A 177.42 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0271141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8515;QD=39.4256;RBI=0.0271801;REFB=-0.0297193;REVB=-0.00189289;RO=1;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101073;STB=0.599866;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00826394;OID=.;OPOS=95236415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:1:2:16:16:0.888889:4:12:0:1:4:12:0:2 chr5 95236459 . C T 253.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.113;QD=50.7757;RBI=0.027367;REFB=0;REVB=-0.0254342;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142444;OID=.;OPOS=95236459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr5 95728898 . C G 1118.96 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00982555;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6247;QD=60.4841;RBI=0.0205304;REFB=0;REVB=0.0180265;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257331;OID=.;OPOS=95728898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:72:74:1:44:28:0:0:45:29:0:0 chr5 95728974 . G C 392.83 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.017677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.102;QD=50.6879;RBI=0.0318403;REFB=-0.0827214;REVB=0.0264825;RO=2;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204508;STB=0.510995;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00440498;OID=.;OPOS=95728974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:31:31:2:2:29:29:0.935484:19:10:1:1:19:10:1:1 chr5 95865599 . C A 379.44 PASS AF=0.487805;AO=37;DP=79;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0507765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3231;QD=18.5095;RBI=0.0507925;REFB=-0.0142249;REVB=0.00127134;RO=42;SAF=8;SAR=29;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174026;STB=0.568146;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0277069;OID=.;OPOS=95865599;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:42:42:37:40:0.487805:29:8:15:27:30:10:15:27 chr5 96031569 . A G 166.06 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00559801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.889;QD=22.1407;RBI=0.0389037;REFB=-0.0258189;REVB=0.0384988;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216718;STB=0.512181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0221395;OID=.;OPOS=96031569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:8:5:7:10:8:5 chr5 96079387 . C T 259.9 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0326232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9497;QD=21.6583;RBI=0.0336047;REFB=-0.0486044;REVB=-0.00806235;RO=23;SAF=5;SAR=19;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118718;STB=0.51281;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0394754;OID=.;OPOS=96079387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:24:25:0.520833:19:5:5:18:20:5:5:18 chr5 96079402 . C T 282.97 PASS AF=0.52;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0218018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.789;QD=22.6378;RBI=0.0219031;REFB=0.00088178;REVB=0.00210379;RO=22;SAF=4;SAR=22;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425862;STB=0.511619;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00138103;OID=.;OPOS=96079402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:22:24:26:26:0.52:22:4:4:18:22:4:4:20 chr5 96093222 . G A 569.73 PASS AF=0.458015;AO=59;DP=131;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=-0.0130557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7748;QD=17.3964;RBI=0.0362675;REFB=0.0017878;REVB=0.0338361;RO=72;SAF=32;SAR=27;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111096;STB=0.554152;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00191291;OID=.;OPOS=96093222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:72:71:59:60:0.458015:27:32:47:25:27:33:46:25 chr5 96118852 . G C 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.0226098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5816;QD=12.8687;RBI=0.0376031;REFB=-0.00726893;REVB=-0.0300464;RO=32;SAF=17;SAR=4;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00507538;STB=0.520871;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0152712;OID=.;OPOS=96118852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:4:17:26:6:4:17:26:7 chr5 96121524 . C T 280.87 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0653809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.315;QD=14.4033;RBI=0.0713888;REFB=-0.0141235;REVB=-0.0286654;RO=46;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999068;STB=0.556674;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0233134;OID=.;OPOS=96121524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:15:17:20:26:15:17:20:26 chr5 96122260 . T G 152.15 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0133316;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3667;QD=11.2701;RBI=0.018935;REFB=-0.0227181;REVB=-0.0134463;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156636;STB=0.54094;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0390419;OID=.;OPOS=96122260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:54:31:35:19:19:0.351852:12:7:11:20:12:7:15:20 chr5 96124330 . T C 513.45 PASS AF=0.412587;AO=55;DP=138;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.000857138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7343;QD=14.3621;RBI=0.0464757;REFB=-0.0163443;REVB=0.0464678;RO=83;SAF=33;SAR=22;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177167;STB=0.586455;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0348905;OID=.;OPOS=96124330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:143:83:84:55:59:0.412587:22:33:36:47:25:34:36:48 chr5 96126308 . A G 194.79 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0209786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6985;QD=15.2776;RBI=0.0382643;REFB=-0.0624479;REVB=-0.0320008;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105865;STB=0.570305;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0630416;OID=.;OPOS=96126308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:29:21:22:0.431373:13:8:14:15:14:8:14:15 chr5 96129512 . A G 421.48 PASS AF=0.44;AO=43;DP=99;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00730573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.423;QD=16.859;RBI=0.00780193;REFB=-0.0138694;REVB=-0.00273796;RO=56;SAF=24;SAR=19;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319436;STB=0.512076;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0195646;OID=.;OPOS=96129512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:56:56:43:44:0.44:19:24:33:23:19:25:33:23 chr5 96130836 . T C 238.06 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0396426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.793;QD=16.1395;RBI=0.0397584;REFB=-0.00551753;REVB=0.0030327;RO=32;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164456;STB=0.592339;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0117578;OID=.;OPOS=96130836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:14:13:10:22:14:13:10:22 chr5 96139250 . C G 223.79 PASS AF=0.306931;AO=27;DP=98;FAO=31;FDP=101;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.00315536;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.052;QD=8.86298;RBI=0.0209584;REFB=-0.00683748;REVB=-0.0207195;RO=67;SAF=16;SAR=11;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120869;STB=0.59865;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.016858;OID=.;OPOS=96139250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:67:70:27:31:0.306931:11:16:33:34:12:19:33:37 chr5 96498783 . G A 235.42 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0069383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.111;QD=13.2631;RBI=0.0143685;REFB=-0.00977128;REVB=0.0125822;RO=43;SAF=15;SAR=13;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991625;STB=0.556535;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0241525;OID=.;OPOS=96498783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:13:15:27:16:13:15:27:16 chr5 96503523 . C T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00190265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.133;QD=20.1602;RBI=0.00746557;REFB=-0.00526861;REVB=0.00721905;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140495;STB=0.594924;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00261138;OID=.;OPOS=96503523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:9:7:8:5:9:7:9:5 chr5 96512865 . T A 178.5 PASS AF=0.359375;AO=21;DP=62;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00677093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.043;QD=11.1563;RBI=0.0157465;REFB=-0.0156979;REVB=0.0142164;RO=41;SAF=9;SAR=12;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398299;STB=0.547444;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0253948;OID=.;OPOS=96512865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:41:41:21:23:0.359375:12:9:19:22:14:9:19:22 chr5 96512871 . T A 211.39 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.012827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.707;QD=12.0792;RBI=0.0598819;REFB=0.00422537;REVB=0.058492;RO=44;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348927;STB=0.520119;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00839885;OID=.;OPOS=96512871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:15:11:20:24:15:11:20:24 chr5 96513471 . G C 237.67 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0431492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9336;QD=18.6411;RBI=0.0669952;REFB=-0.0377403;REVB=-0.0512495;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167788;STB=0.509426;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0362417;OID=.;OPOS=96513471;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:13:12:12:14:13:12:12:14 chr5 96518792 . T G 219.01 PASS AF=0.677419;AO=18;DP=27;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0216471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.2378;QD=28.2599;RBI=0.0584786;REFB=-0.10128;REVB=0.0543245;RO=9;SAF=6;SAR=12;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077407;STB=0.505613;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.06847;OID=.;OPOS=96518792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:31:9:10:18:21:0.677419:12:6:2:7:15:6:3:7 chr5 98131505 . A G 106.82 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0315773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.591;QD=12.2084;RBI=0.0507371;REFB=-0.0145883;REVB=0.0397131;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131227;STB=0.576811;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0254159;OID=.;OPOS=98131505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:5:8:16:6:5:8:16:6 chr5 100068875 . C T 1568.39 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6602;QD=64.0161;RBI=0.0264872;REFB=0;REVB=0.0126082;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018343;OID=.;OPOS=100068875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:51:47:0:0:51:47:0:0 chr5 100145388 . A C 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2723;QD=62.6684;RBI=0.0357094;REFB=0;REVB=0.0355718;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420741;OID=.;OPOS=100145388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr5 100145662 . A AACAC 96.1 PASS AF=0.478261;AO=9;DP=29;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0664655;FXX=0.079968;HRUN=2;LEN=4;MLLD=204.253;QD=16.7139;RBI=0.112815;REFB=-0.0186539;REVB=0.0911573;RO=16;SAF=1;SAR=8;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.689456;STB=0.915301;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0153966;OID=.;OPOS=100145663;OREF=-;OALT=ACAC;OMAPALT=AACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:9:29:11:23:12:1:10:11:1:94:16:1:8:13:3 chr5 100146447 . G C,T 1836.98 PASS AF=0.0555556,0.928571;AO=5,113;DP=123;FAO=7,117;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=7,47;FSAR=0,70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00305719,0.0136181;FXX=0.0156238;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=10.2923,107.976;QD=58.3167;RBI=0.0793329,0.0346173;REFB=-0.0138318,-0.129082;REVB=-0.079274,-0.0318261;RO=2;SAF=5,43;SAR=0,70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0215686;STB=0.5,0.510415;STBP=1,0.132;TYPE=snp,snp;VARB=0.0294049,0.0014453;OID=.,.;OPOS=100146447,100146447;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:123:126:2:2:5,113:7,117:0.0555556,0.928571:0,70:5,43:2:0:0,70:7,47:2:0 chr5 102345546 . A C 560.13 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00578192;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.211;QD=20.3685;RBI=0.012177;REFB=-0.00611868;REVB=-0.0107168;RO=52;SAF=28;SAR=29;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257486;STB=0.509413;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00658674;OID=.;OPOS=102345546;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:52:53:57:57:0.518182:29:28:24:28:29:28:25:28 chr5 102365186 . G A 202.41 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0384132;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8961;QD=14.9935;RBI=0.0433847;REFB=-0.0216391;REVB=-0.0201659;RO=31;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00565179;STB=0.504655;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0257055;OID=.;OPOS=102365186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:30:23:24:0.444444:12:11:15:16:13:11:14:16 chr5 102365426 . C CAG 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.015752;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.995;QD=11.8157;RBI=0.0162375;REFB=-0.00835419;REVB=0.00394094;RO=41;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106787;STB=0.506168;STBP=0.945;TYPE=ins;VARB=0.0125015;OID=.;OPOS=102365427;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369231:24:65:24:65:41:9:15:15:26:99:41:9:15:15:26 chr5 102433409 . G A 698.09 PASS AF=0.492857;AO=69;DP=141;FAO=69;FDP=140;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00147102;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.514;QD=19.9454;RBI=0.0014715;REFB=-0.0188448;REVB=3.73088e-05;RO=71;SAF=39;SAR=30;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925829;STB=0.551107;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0186652;OID=.;OPOS=102433409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:71:71:69:69:0.492857:30:39:33:38:30:39:33:38 chr5 102512570 . C CA 695.44 PASS AF=1;AO=59;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.0141;QD=44.8674;RBI=0.0935284;REFB=0;REVB=-0.0722097;RO=1;SAF=22;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00253725;OID=.;OPOS=102512571;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:62:62:62:0:23:39:0:0:13:1:22:37:1:0 chr5 102520400 . A C 165.07 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00969995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3879;QD=12.4579;RBI=0.0163458;REFB=-0.00743948;REVB=0.0131566;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813988;STB=0.547123;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00717017;OID=.;OPOS=102520400;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:10:10:14:19:10:10:14:19 chr5 102538752 . T C 400.8 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0173812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2247;QD=15.8732;RBI=0.0421392;REFB=-0.00459527;REVB=0.0383876;RO=56;SAF=25;SAR=19;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191154;STB=0.601827;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0050533;OID=.;OPOS=102538752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:56:57:44:44:0.435644:19:25:21:35:19:25:22:35 chr5 102891695 . A G 444.07 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0206404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.628;QD=15.1817;RBI=0.0232981;REFB=-0.0133537;REVB=0.0108062;RO=65;SAF=25;SAR=25;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543299;STB=0.529903;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0166099;OID=.;OPOS=102891695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:67:50:50:0.42735:25:25:36:29:25:25:37:30 chr5 105889178 . T C 576.72 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00109049;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.637;QD=21.36;RBI=0.0118584;REFB=-0.00508507;REVB=-0.0118082;RO=50;SAF=25;SAR=33;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247849;STB=0.513614;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00386229;OID=.;OPOS=105889178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:50:58:58:0.537037:33:25:23:27:33:25:23:27 chr5 107197420 . G A 446.22 PASS AF=0.458716;AO=48;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0176243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0683;QD=16.3749;RBI=0.0403555;REFB=-0.0257009;REVB=0.0363035;RO=58;SAF=24;SAR=24;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033779;STB=0.50294;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0400624;OID=.;OPOS=107197420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:59:48:50:0.458716:24:24:27:31:26:24:28:31 chr5 107197502 . G A 572.49 PASS AF=0.522523;AO=55;DP=109;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00614991;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.456;QD=20.6302;RBI=0.0108172;REFB=-0.030608;REVB=0.00889886;RO=53;SAF=27;SAR=28;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033233;STB=0.529987;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0387749;OID=.;OPOS=107197502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:53:53:55:58:0.522523:28:27:28:25:31:27:28:25 chr5 108672755 . T A 2167.54 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158923;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.892;QD=62.3753;RBI=0.0165483;REFB=0.0216467;REVB=-0.00461319;RO=1;SAF=65;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725827;STB=0.503816;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=4.35284e-05;OID=.;OPOS=108672755;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:73:65:1:0:73:65:1:0 chr5 108672946 . C T 149.33 PASS AF=0.352941;AO=19;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.00621963;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.859;QD=11.712;RBI=0.0921317;REFB=-0.00769551;REVB=-0.0919215;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198309;STB=0.581862;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0121027;OID=.;OPOS=108672946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:19:18:0.352941:8:11:24:8:7:11:24:9 chr5 108713970 . C T 358.91 PASS AF=0.402062;AO=38;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0238545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7478;QD=14.8005;RBI=0.0542038;REFB=-0.0191053;REVB=-0.0486725;RO=58;SAF=22;SAR=16;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108636;STB=0.502957;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.018392;OID=.;OPOS=108713970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:38:39:0.402062:16:22:33:25:17:22:33:25 chr5 109035302 . T TAAAG 603.01 PASS AF=0.931818;AO=39;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0118682;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=4;MLLD=240.945;QD=54.8188;RBI=0.0352496;REFB=-0.0559898;REVB=0.0331915;RO=3;SAF=26;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502391;STBP=0.965;TYPE=ins;VARB=0.00424835;OID=.;OPOS=109035303;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.931818:39:44:41:44:3:26:15:2:1:13:3:26:13:2:1 chr5 109035496 . A G 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00641894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6441;QD=50.4078;RBI=0.0105965;REFB=0;REVB=0.00843106;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72299e-05;OID=.;OPOS=109035496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr5 109117171 . A G 2323.47 PASS AF=0.981013;AO=154;DP=162;FAO=155;FDP=158;FR=.;FRO=3;FSAF=112;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0153748;FXX=0.0246898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2663;QD=58.822;RBI=0.0409105;REFB=-0.109322;REVB=0.0379115;RO=3;SAF=112;SAR=42;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327657;STB=0.516852;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00674488;OID=.;OPOS=109117171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:162:158:3:3:154:155:0.981013:42:112:0:3:43:112:0:3 chr5 109181682 . A T 1488.4 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.531;QD=63.336;RBI=0.0375922;REFB=0;REVB=0.0329411;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08382e-05;OID=.;OPOS=109181682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:91:94:1:49:42:0:0:51:43:0:0 chr5 109190935 . TCTC T 2047.57 PASS AF=1;AO=127;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013251;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=3;MLLD=150.355;QD=62.5212;RBI=0.0171758;REFB=0;REVB=-0.0109278;RO=0;SAF=62;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.44338e-05;OID=.;OPOS=109190936;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:127:132:131:131:0:62:69:0:0:11:0:62:65:0:0 chr5 110096939 . G A 604.95 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00875715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.688;QD=24.4425;RBI=0.0102723;REFB=-0.00837646;REVB=-0.00536961;RO=44;SAF=31;SAR=24;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149473;STB=0.508194;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00722511;OID=.;OPOS=110096939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:44:55:55:0.555556:24:31:24:20:24:31:24:20 chr5 110784822 . A G 626.86 PASS AF=0.442308;AO=69;DP=156;FAO=69;FDP=156;FR=.;FRO=87;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.0166956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7948;QD=16.0733;RBI=0.0284462;REFB=-0.0032207;REVB=0.0230314;RO=86;SAF=39;SAR=30;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654349;STB=0.533436;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00354894;OID=.;OPOS=110784822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:86:87:69:69:0.442308:30:39:43:43:30:39:44:43 chr5 110819753 . G C 452.38 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00747717;FXX=0.0444395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.88;QD=21.0407;RBI=0.0126053;REFB=-0.0116061;REVB=0.0101482;RO=46;SAF=19;SAR=25;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200648;STB=0.59082;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0104187;OID=.;OPOS=110819753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:86:46:42:44:44:0.511628:25:19:30:16:25:19:26:16 chr5 111065694 . CCC AAG,CCCAAAG 327.81 PASS AF=0.0540541,0.702703;AO=2,21;DP=37;FAO=2,26;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=2,15;FSAR=0,11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0462188,-0.0346768;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=3,4;MLLD=145.81,171.101;QD=35.4388;RBI=0.0463405,0.035262;REFB=-0.0245301,-0.0360053;REVB=-0.00335667,-0.00639713;RO=9;SAF=2,11;SAR=0,10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.602534,0.0432098;STB=0.994575,0.534494;STBP=0.185,0.497;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0628579,0.00849909;OID=.,.;OPOS=111065694,111065697;OREF=CCC,-;OALT=AAG,AAAG;OMAPALT=AAG,CCCAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:62:37:37:9:9:2,21:2,26:0.0540541,0.702703:0,10:2,11:4:5:0,11:2,15:4:5 chr5 111065764 . C A,T 504.02 PASS AF=0.0857143,0.914286;AO=3,32;DP=35;FAO=3,32;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=3,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191401,0.00215435;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.983,106.296;QD=57.6022;RBI=0.055772,0.0116885;REFB=0,0;REVB=-0.0523848,0.0114882;RO=0;SAF=0,16;SAR=3,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.102317,-0.00072262;OID=.,.;OPOS=111065764,111065764;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:35:35:0:0:3,32:3,32:0.0857143,0.914286:3,16:0,16:0:0:3,16:0,16:0:0 chr5 111066462 . C T 451.17 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00724555;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.059;QD=18.9964;RBI=0.0175782;REFB=-0.00774608;REVB=-0.0160154;RO=50;SAF=18;SAR=27;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773074;STB=0.543084;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0108404;OID=.;OPOS=111066462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:50:50:45:45:0.473684:27:18:24:26:27:18:24:26 chr5 111066697 . T C 460.88 PASS AF=0.571429;AO=43;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00362832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.932;QD=23.9417;RBI=0.00529132;REFB=-0.0248427;REVB=-0.00385141;RO=33;SAF=23;SAR=20;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156469;STB=0.513058;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0206238;OID=.;OPOS=111066697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:43:44:0.571429:20:23:17:16:20:24:17:16 chr5 111500816 . C CTAAAA 610.77 PASS AF=0.504065;AO=59;DP=126;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=18;FWDB=-0.00578082;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=5;MLLD=254.2;QD=19.8625;RBI=0.00989844;REFB=-0.0144865;REVB=0.008035;RO=63;SAF=26;SAR=33;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22273;STB=0.623734;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.0120222;OID=.;OPOS=111500817;OREF=-;OALT=TAAAA;OMAPALT=CTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.504065:59:126:62:123:61:28:34:43:18:99:63:26:33:43:20 chr5 111504479 . C T 1728.15 PASS AF=1;AO=111;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381608;FXX=0.0583285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.732;QD=61.1734;RBI=0.038162;REFB=0;REVB=0.000304668;RO=0;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110195;OID=.;OPOS=111504479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:111:113:1:49:62:0:0:51:62:0:0 chr5 111506069 . G A 937.43 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.060962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.049;QD=58.5892;RBI=0.0615301;REFB=0;REVB=0.00834137;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106354;OID=.;OPOS=111506069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:27:36:0:0:28:36:0:0 chr5 111519740 . T C 2025.59 PASS AF=0.957143;AO=132;DP=139;FAO=134;FDP=140;FR=.;FRO=6;FSAF=84;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0152944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.269;QD=57.8741;RBI=0.0509777;REFB=-0.0159298;REVB=0.0486293;RO=5;SAF=83;SAR=49;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00213538;STB=0.505793;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00150822;OID=.;OPOS=111519740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:139:140:5:6:132:134:0.957143:49:83:3:2:50:84:3:3 chr5 111530284 . A G 414.74 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00888571;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.717;QD=57.2056;RBI=0.00932123;REFB=0;REVB=-0.00281593;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231106;OID=.;OPOS=111530284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr5 111545670 . C G 1208.72 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000742655;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.84;QD=61.2011;RBI=0.00290302;REFB=0;REVB=-0.00280642;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76729e-05;OID=.;OPOS=111545670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:45:33:0:0:45:34:0:0 chr5 112164561 . G A 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4291;QD=60.3734;RBI=0.0624194;REFB=0;REVB=0.0585243;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74628e-05;OID=.;OPOS=112164561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr5 112175770 . G A 670.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.843;QD=62.341;RBI=0.0329609;REFB=0;REVB=0.00200967;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108611;OID=.;OPOS=112175770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr5 112176325 . G A 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247096;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.338;QD=57.8241;RBI=0.0319591;REFB=0.00492214;REVB=0.0202687;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253186;STB=0.513506;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=2.81977e-05;OID=.;OPOS=112176325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:18:20:0:1:18:20:0:1 chr5 112176559 . T G 728.34 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8702;QD=63.3339;RBI=0.080983;REFB=0;REVB=0.00243554;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663987;OID=.;OPOS=112176559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:19:26:0:0:19:27:0:0 chr5 112176756 . T A 786.81 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0246048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9455;QD=55.2149;RBI=0.066726;REFB=-0.101229;REVB=0.0620239;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171432;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00225035;OID=.;OPOS=112176756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:29:27:1:0:29:27:1:0 chr5 112177171 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.38;QD=45.8062;RBI=0.0311948;REFB=0;REVB=-0.0296298;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.85299e-05;OID=.;OPOS=112177171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr5 112179909 . C A 490.08 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0742795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6447;QD=57.6561;RBI=0.074599;REFB=0;REVB=-0.00689624;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477371;OID=.;OPOS=112179909;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:18:16:0:0 chr5 112180257 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1158;QD=48.7354;RBI=0.0452964;REFB=0;REVB=-0.036577;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000353981;OID=.;OPOS=112180257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr5 112197082 . C T 144.2 PASS AF=0.4;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0569022;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.66;QD=14.4198;RBI=0.0625567;REFB=-0.0164358;REVB=-0.0259899;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342528;STB=0.687266;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0410944;OID=.;OPOS=112197082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:24:16:16:0.4:5:11:8:15:5:11:9:15 chr5 112200098 . A G 327.89 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0285187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1146;QD=20.4931;RBI=0.0581718;REFB=-0.0272278;REVB=0.0507015;RO=30;SAF=22;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10152;STB=0.556386;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0194658;OID=.;OPOS=112200098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:12:22:16:14:12:22:16:14 chr5 112203564 . T A 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00518359;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.076;QD=15.6194;RBI=0.0124778;REFB=-0.00969509;REVB=0.0113501;RO=25;SAF=13;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976554;STB=0.55651;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.016188;OID=.;OPOS=112203564;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:5:13:16:9:5:13:16:9 chr5 112228670 . G A 366.22 PASS AF=0.493506;AO=17;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00828968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8372;QD=19.0244;RBI=0.0574608;REFB=-0.0732891;REVB=0.0568596;RO=26;SAF=0;SAR=17;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.77329;STB=0.545679;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0792295;OID=.;OPOS=112228670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:26:39:17:38:0.493506:17:0:4:22:18:20:17:22 chr5 112228765 . C A 263.24 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0116156;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.3925;QD=19.4989;RBI=0.0286865;REFB=-0.0290696;REVB=-0.0262296;RO=25;SAF=14;SAR=14;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18704;STB=0.592529;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0278022;OID=.;OPOS=112228765;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:26:28:28:0.518519:14:14:7:18:14:14:8:18 chr5 112257908 . T C 645.76 PASS AF=0.515873;AO=64;DP=126;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00359609;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.854;QD=20.5004;RBI=0.0036575;REFB=-0.0142083;REVB=0.000667382;RO=60;SAF=24;SAR=40;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227109;STB=0.630729;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0160533;OID=.;OPOS=112257908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:60:61:64:65:0.515873:40:24:38:22:41:24:39:22 chr5 112312580 . T C 300.75 PASS AF=0.384615;AO=32;DP=88;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.000758579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.453;QD=13.2196;RBI=0.0382652;REFB=-0.0174415;REVB=-0.0382577;RO=53;SAF=18;SAR=14;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887023;STB=0.533961;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0312748;OID=.;OPOS=112312580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:53:56:32:35:0.384615:14:18:34:19:15:20:35:21 chr5 112312676 . T C 1343.71 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.053;QD=61.0777;RBI=0.0344924;REFB=0.0472426;REVB=0.022348;RO=1;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123057;STB=0.506492;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000277429;OID=.;OPOS=112312676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:38:49:0:1:38:49:0:1 chr5 112328377 . A G 765.57 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000987416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0264;QD=63.7976;RBI=0.056779;REFB=0;REVB=0.0567705;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400026;OID=.;OPOS=112328377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:24:24:0:0 chr5 112346429 . TG T,TT 91.62 PASS AF=0.538462,0.230769;AO=3,3;DP=22;FAO=7,3;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=5,3;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0015747,-0.000812263;FXX=0.315623;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.748,186.483;QD=28.1906;RBI=0.00986693,0.0591942;REFB=-0.222394,-0.204101;REVB=0.00974047,0.0591886;RO=15;SAF=3,3;SAR=0,0;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.632481,0.632481;STB=0.713672,0.996656;STBP=0.097,0.041;TYPE=del,snp;VARB=-0.00884498,0.0171722;OID=.,.;OPOS=112346430,112346430;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.538462,0.230769:3,3:22:7,3:13:3:5,3:2,0:0:3:22:15:3,3:0,0:7:8 chr5 112349070 . T C 227.26 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652503;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.873;QD=50.5015;RBI=0.0111213;REFB=0;REVB=-0.00900592;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.81042e-06;OID=.;OPOS=112349070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr5 112349379 . T C 194.31 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0271804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.022;QD=12.3371;RBI=0.0304546;REFB=-0.0175342;REVB=0.0137372;RO=39;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306369;STB=0.675535;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0145807;OID=.;OPOS=112349379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:9:15:13:26:9:15:13:26 chr5 112350707 . G A 203.45 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0695837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.826;QD=10.3014;RBI=0.0764953;REFB=-0.00799145;REVB=-0.0317748;RO=51;SAF=14;SAR=12;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103347;STB=0.506844;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0134071;OID=.;OPOS=112350707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:53:26:26:0.329114:12:14:27:24:12:14:28:25 chr5 112358131 . T C 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.00830841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.01;QD=12.5695;RBI=0.0126334;REFB=0.00152665;REVB=-0.00951697;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243648;STB=0.639842;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00444643;OID=.;OPOS=112358131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:10:5:4:22:10:5:4:22 chr5 112379289 . G A 216.65 PASS AF=0.4;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0164279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.857;QD=13.3324;RBI=0.0172175;REFB=-0.0131;REVB=0.00515445;RO=38;SAF=7;SAR=19;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381382;STB=0.712046;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0299208;OID=.;OPOS=112379289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:39:26:26:0.4:19:7:24:14:19:7:24:15 chr5 112384725 . GGTCACTGGGCA G 228.72 PASS AF=0.465753;AO=32;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.000828897;FXX=0.0394685;HRUN=2;LEN=11;MLLD=314.648;QD=12.5328;RBI=0.0276202;REFB=-0.0253252;REVB=-0.0276078;RO=26;SAF=21;SAR=11;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327569;STB=0.513237;STBP=0.843;TYPE=del;VARB=0.0301491;OID=.;OPOS=112384726;OREF=GTCACTGGGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465753:32:72:34:73:39:20:14:22:17:99:26:21:11:18:8 chr5 112384802 . G A 338.76 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0195598;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3148;QD=15.225;RBI=0.0500636;REFB=-0.0302659;REVB=0.0460845;RO=52;SAF=20;SAR=17;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160098;STB=0.590313;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0451449;OID=.;OPOS=112384802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:52:52:37:37:0.41573:17:20:20:32:17:20:20:32 chr5 112406862 . G A 836.93 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0452814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.194;QD=55.7953;RBI=0.0569827;REFB=-0.0695874;REVB=0.0345922;RO=1;SAF=17;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269414;STB=0.514281;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00115462;OID=.;OPOS=112406862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:42:17:1:0:42:17:1:0 chr5 112437438 . T G 299.61 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0495733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.305;QD=21.4006;RBI=0.0517464;REFB=-0.033182;REVB=0.0148386;RO=25;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145578;STB=0.580593;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0244037;OID=.;OPOS=112437438;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:18:13:15:10:18:13:15:10 chr5 112439941 . T C 1324.58 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0248619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8607;QD=60.9002;RBI=0.0844767;REFB=0.00371065;REVB=0.0807353;RO=1;SAF=49;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957058;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=3.2631e-05;OID=.;OPOS=112439941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:1:1:85:86:0.988506:36:49:1:0:37:49:1:0 chr5 112479004 . T C 1085.7 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209045;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.568;QD=60.3167;RBI=0.031634;REFB=0;REVB=0.0237426;RO=0;SAF=49;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240421;OID=.;OPOS=112479004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:23:49:0:0:23:49:0:0 chr5 112769541 . T C 375.25 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=32;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0695268;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.317;QD=48.4198;RBI=0.0849872;REFB=-0.0937465;REVB=0.0488758;RO=2;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443037;STB=0.517796;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00232168;OID=.;OPOS=112769541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:32:31:2:2:28:29:0.935484:20:8:0:2:21:8:1:1 chr5 112769997 . C T 358.65 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.314;QD=55.1762;RBI=0.0554653;REFB=0;REVB=0.0295325;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485469;OID=.;OPOS=112769997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:12:14:0:0 chr5 112770015 . G T 300.54 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212121;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.582;QD=50.0906;RBI=0.0276902;REFB=-0.179811;REVB=0.0177987;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00233389;OID=.;OPOS=112770015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:24:0:1:23:23:0.958333:11:12:0:0:11:12:0:1 chr5 112823998 . C T 2210.91 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349548;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.433;QD=63.1689;RBI=0.0373999;REFB=0;REVB=0.013301;RO=0;SAF=53;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62778e-05;OID=.;OPOS=112823998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:140:0:0:137:140:1:84:53:0:0:84:56:0:0 chr5 112824039 . T C 526.76 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0628269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.619;QD=56.9472;RBI=0.0664185;REFB=-0.0330027;REVB=0.0215454;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00401648;OID=.;OPOS=112824039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:18:18:0:0:18:18:0:1 chr5 112868693 . C A 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0855542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.634;QD=61.0482;RBI=0.0917484;REFB=0;REVB=0.0331398;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181346;OID=.;OPOS=112868693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr5 112884728 . G A 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0751957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.462;QD=57.7092;RBI=0.0751983;REFB=0;REVB=-0.000615198;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205338;OID=.;OPOS=112884728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr5 112888875 . C T 182.41 PASS AF=0.941176;AO=13;DP=15;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0721995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.041;QD=42.9198;RBI=0.0900624;REFB=-0.0539875;REVB=0.0538375;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.529375;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0113204;OID=.;OPOS=112888875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:17:1:1:13:16:0.941176:6:7:0:1:8:8:0:1 chr5 112888882 . A T 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0275415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.034;QD=48.6258;RBI=0.0456333;REFB=-0.0046037;REVB=0.036385;RO=1;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342405;STB=0.518502;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000462134;OID=.;OPOS=112888882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:13:9:0:1:13:9:0:1 chr5 112889374 . G A 1749.39 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.95;QD=60.8483;RBI=0.0151962;REFB=0;REVB=-0.00411797;RO=0;SAF=51;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69175e-05;OID=.;OPOS=112889374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:64:51:0:0:64:51:0:0 chr5 112899702 . A G 1472.56 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00044738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.131;QD=63.3361;RBI=0.0379612;REFB=0;REVB=0.0379586;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113491;OID=.;OPOS=112899702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:42:51:0:0:42:51:0:0 chr5 112926755 . G A 885.35 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6215;QD=58.0558;RBI=0.00980875;REFB=0;REVB=-0.00958285;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.87001e-05;OID=.;OPOS=112926755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr5 112929013 . T A 717.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4304;QD=62.3932;RBI=0.0206082;REFB=0;REVB=0.00921085;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33717e-05;OID=.;OPOS=112929013;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:26:20:0:0 chr5 112930952 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.413;QD=57.1063;RBI=0.0199558;REFB=0;REVB=0.00791813;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49131e-05;OID=.;OPOS=112930952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr5 113589389 . T A 1018.12 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0128394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.014;QD=56.5623;RBI=0.0312948;REFB=0.0417902;REVB=0.0285398;RO=2;SAF=44;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00721253;STB=0.503816;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-9.49375e-05;OID=.;OPOS=113589389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:26:44:1:1:26:44:1:1 chr5 113698544 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.292;QD=55.6561;RBI=0.0498722;REFB=0;REVB=0.0446217;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157015;OID=.;OPOS=113698544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr5 113698631 . T TGCC 276.46 PASS AF=0.956522;AO=19;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0165264;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=170.019;QD=48.0793;RBI=0.0352029;REFB=-0.0181971;REVB=0.0310825;RO=5;SAF=7;SAR=12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917848;STB=0.529385;STBP=0.28;TYPE=ins;VARB=0.00161533;OID=.;OPOS=113698632;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=TGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:19:24:22:23:1:8:14:1:0:6:5:7:12:3:2 chr5 113829121 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.823;QD=57.5451;RBI=0.0340986;REFB=0;REVB=0.0289538;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121576;OID=.;OPOS=113829121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr5 114460539 . T C 560.44 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00529209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.501;QD=23.5973;RBI=0.00850574;REFB=-0.0205336;REVB=0.00665894;RO=42;SAF=29;SAR=23;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0083012;STB=0.500205;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0153072;OID=.;OPOS=114460539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:43:52:52:0.547368:23:29:23:19:23:29:24:19 chr5 114460580 . C G 352.98 PASS AF=0.37069;AO=43;DP=116;FAO=43;FDP=116;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.0270599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3647;QD=12.1718;RBI=0.027867;REFB=-0.00822486;REVB=-0.00665813;RO=73;SAF=23;SAR=20;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144908;STB=0.508266;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.014724;OID=.;OPOS=114460580;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:73:73:43:43:0.37069:20:23:40:33:20:23:40:33 chr5 114462355 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.45;QD=63.583;RBI=0.0130342;REFB=0;REVB=0.0070792;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28538e-05;OID=.;OPOS=114462355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr5 114469724 . T C 442.34 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0265117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5897;QD=22.6841;RBI=0.0327212;REFB=-0.0267813;REVB=0.0191783;RO=35;SAF=24;SAR=19;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360505;STB=0.519846;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.020295;OID=.;OPOS=114469724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:19:24:18:17:19:24:18:17 chr5 114469744 . A C 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00432367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.301;QD=14.7347;RBI=0.0234163;REFB=-0.0126248;REVB=0.0230136;RO=36;SAF=13;SAR=14;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130154;STB=0.573717;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0158829;OID=.;OPOS=114469744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:14:13:22:14:14:13:22:14 chr5 114480364 . C T 799.4 PASS AF=0.520548;AO=76;DP=147;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.00360226;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.672;QD=21.9013;RBI=0.00369842;REFB=0.00359686;REVB=0.000837869;RO=69;SAF=41;SAR=35;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060776;STB=0.529329;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00340911;OID=.;OPOS=114480364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:69:70:76:76:0.520548:35:41:42:27:35:41:42:28 chr5 114858437 . G T 339.57 PASS AF=0.625;AO=28;DP=46;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00853765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.939;QD=28.2977;RBI=0.015603;REFB=-0.0107061;REVB=0.0130599;RO=12;SAF=18;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351547;STB=0.573226;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00616705;OID=.;OPOS=114858437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:12:18:28:30:0.625:10:18:7:5:11:19:8:10 chr5 114950913 . CA AA,C 32.63 PASS AF=0,0.361111;AO=3,12;DP=37;FAO=0,13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=0,8;FSAR=0,5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0180456,0.283248;FXX=0.0270197;HRUN=1,8;LEN=1,1;MLLD=207.168,8.56658;QD=3.62517;RBI=0.0188275,0.283248;REFB=0.0049121,-0.00882431;REVB=-0.00536968,4.41123e-05;RO=14;SAF=3,8;SAR=0,4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.650928,0.225663;STB=0.5,0.504498;STBP=1,0.987;TYPE=snp,del;VARB=0,-0.0212503;OID=.,.;OPOS=114950913,114950914;OREF=C,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:37:36:14:23:3,12:0,13:0,0.361111:0,4:3,8:6:8:0,5:0,8:14:9 chr5 115110090 . A C 408.67 PASS AF=0.571429;AO=39;DP=69;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0722752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9288;QD=23.3527;RBI=0.0723484;REFB=0.00232937;REVB=-0.00325537;RO=30;SAF=14;SAR=25;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194045;STB=0.597777;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00148655;OID=.;OPOS=115110090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:30:30:39:40:0.571429:25:14:18:12:25:15:18:12 chr5 115176292 . G A 195.04 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00513952;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.862;QD=12.3833;RBI=0.0351927;REFB=-0.0105906;REVB=0.0348154;RO=38;SAF=14;SAR=10;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00479998;STB=0.504084;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0134205;OID=.;OPOS=115176292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:39:24:24:0.380952:10:14:22:16:10:14:23:16 chr5 115249078 . C T 52.23 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.00795674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.28;QD=3.07254;RBI=0.0322657;REFB=-0.00499069;REVB=-0.0312692;RO=57;SAF=2;SAR=8;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534005;STB=0.858028;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.017599;OID=.;OPOS=115249078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:57:58:10:10:0.147059:8:2:38:19:8:2:39:19 chr5 115249271 . G A 592.34 PASS AF=0.397661;AO=67;DP=172;FAO=68;FDP=171;FR=.;FRO=103;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.0107671;FXX=0.01156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2238;QD=13.8558;RBI=0.0107753;REFB=0.00398948;REVB=0.000420191;RO=105;SAF=33;SAR=34;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00292146;STB=0.502923;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00618903;OID=.;OPOS=115249271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:105:103:67:68:0.397661:34:33:52:53:34:34:52:51 chr5 115298232 . G C 1241.71 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.245;QD=61.3188;RBI=0.0691558;REFB=0;REVB=-0.00343861;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63674e-05;OID=.;OPOS=115298232;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:42:36:0:0:42:39:0:0 chr5 115298378 . C T 596.37 PASS AF=1;AO=19;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.143;QD=59.6374;RBI=0.0664585;REFB=0;REVB=0.00921592;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890437;OID=.;OPOS=115298378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:19:40:1:8:11:0:0:29:11:0:0 chr5 115298475 . T C 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.657;QD=54.5138;RBI=0.0164384;REFB=0;REVB=0.00797912;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.57048e-05;OID=.;OPOS=115298475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr5 115298503 . G C 144.07 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0495776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8588;QD=24.0115;RBI=0.0815153;REFB=-0.0174594;REVB=-0.0647055;RO=8;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574481;STB=0.550495;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00575076;OID=.;OPOS=115298503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:8:9:15:15:0.625:8:7:3:5:8:7:3:6 chr5 115298518 . A G 246.5 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00326027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0628;QD=46.9517;RBI=0.0589686;REFB=-0.0827782;REVB=0.0588784;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.526289;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.017107;OID=.;OPOS=115298518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:11:9:0:0:11:9:1:0 chr5 115298977 . C T 3826.18 PASS AF=0.988;AO=236;DP=240;FAO=247;FDP=250;FR=.;FRO=3;FSAF=120;FSAR=127;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.097384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6727;QD=61.2188;RBI=0.101412;REFB=-0.163594;REVB=0.0282963;RO=4;SAF=111;SAR=125;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168605;STB=0.506172;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00802541;OID=.;OPOS=115298977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:240:250:4:3:236:247:0.988:125:111:4:0:127:120:3:0 chr5 115341611 . G T 2120.66 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.084;QD=62.8344;RBI=0.0206521;REFB=0;REVB=0.0203174;RO=0;SAF=64;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.26516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91405e-05;OID=.;OPOS=115341611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:71:64:0:0:71:64:0:0 chr5 115341638 . G C 2015.29 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148209;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3605;QD=62.4897;RBI=0.0148211;REFB=0;REVB=7.46913e-05;RO=0;SAF=56;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70884e-05;OID=.;OPOS=115341638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:129:0:0:129:129:1:73:56:0:0:73:56:0:0 chr5 115362148 . A G 365.01 PASS AF=0.40367;AO=43;DP=110;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.0302003;FXX=0.00909008;HRUN=5;LEN=1;MLLD=86.3827;QD=13.3948;RBI=0.0306814;REFB=-0.00979415;REVB=0.00541215;RO=60;SAF=20;SAR=23;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104621;STB=0.57708;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0145975;OID=.;OPOS=115362148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:60:65:43:44:0.40367:23:20:34:26:24:20:38:27 chr5 115394551 . C T 553.67 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0013383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.675;QD=18.3032;RBI=0.0127621;REFB=-0.0170315;REVB=0.0126917;RO=62;SAF=29;SAR=29;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752561;STB=0.537177;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0166109;OID=.;OPOS=115394551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:62:63:58:58:0.479339:29:29:36:26:29:29:36:27 chr5 115394626 . G T 472.39 PASS AF=0.505376;AO=44;DP=90;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0143608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.495;QD=20.3176;RBI=0.0240866;REFB=-0.0256246;REVB=0.0193373;RO=45;SAF=17;SAR=27;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075554;STB=0.515597;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.026115;OID=.;OPOS=115394626;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:45:46:44:47:0.505376:27:17:21:24:27:20:21:25 chr5 115428381 . T G 472.01 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00586986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.327;QD=18.3306;RBI=0.015827;REFB=-0.0183606;REVB=0.0146983;RO=53;SAF=21;SAR=29;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837861;STB=0.546507;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0233421;OID=.;OPOS=115428381;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:29:21:27:26:29:21:27:26 chr5 115628120 . CTTTTTTTTTTTTTG CTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTTG 38.31 PASS AF=0.461538,0.307692,0;AO=2,2,2;DP=15;FAO=6,4,0;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=4,3,0;FSAR=2,1,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.374796,0.0131985,0.374796;FXX=0.133244;HRUN=13,1,13;LEN=1,1,1;MLLD=3.37628,190.153,3.08718;QD=11.7872;RBI=0.665274,0.0262023,0.665274;REFB=0.17502,-0.0278676,-0.17502;REVB=-0.549653,-0.0226354,0.549653;RO=2;SAF=2,1,2;SAR=0,1,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.390188,0;STB=0.635975,0.666019,0.5;STBP=0.333,0.715,1;TYPE=del,del,ins;VARB=0.316226,0.0621405,0.0619895;OID=.,.,.;OPOS=115628121,115628134,115628121;OREF=T,G,-;OALT=-,-,T;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.461538,0.307692,0:2,2,2:15:6,4,0:13:3:4,3,0:2,1,0:3:0:25:2:2,1,2:0,1,0:2:0 chr5 115808571 . G A 157.38 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0248039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.195;QD=14.64;RBI=0.0259849;REFB=0.00626237;REVB=-0.00774466;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836578;STB=0.54289;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00859518;OID=.;OPOS=115808571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:25:17:18:0.418605:7:10:16:8:7:11:17:8 chr5 115811220 . T C 242.4 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0131241;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.074;QD=20.2001;RBI=0.0164976;REFB=-0.0147587;REVB=0.00999638;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489109;STB=0.50276;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0202893;OID=.;OPOS=115811220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:13:10:11:14:13:10:11:14 chr5 115811248 . G T 272.42 PASS AF=0.526316;AO=27;DP=53;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.01027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.01;QD=19.1175;RBI=0.0223706;REFB=-0.00101237;REVB=0.0198739;RO=25;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030859;STB=0.507038;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00104239;OID=.;OPOS=115811248;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:25:27:27:30:0.526316:12:15:13:12:14:16:14:13 chr5 115813726 . A G 1393.59 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752306;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3923;QD=61.9375;RBI=0.0871016;REFB=0;REVB=0.0438982;RO=1;SAF=54;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010843;OID=.;OPOS=115813726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:1:0:89:90:1:35:54:1:0:35:55:0:0 chr5 115822585 . C T 370.03 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.01552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.742;QD=19.7351;RBI=0.0191364;REFB=-0.0014887;REVB=-0.0111952;RO=37;SAF=21;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108438;STB=0.506021;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00199838;OID=.;OPOS=115822585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:17:21:20:17:17:21:20:17 chr5 115824639 . A G 333.92 PASS AF=0.493151;AO=35;DP=72;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00862936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.612;QD=18.2972;RBI=0.0330496;REFB=-0.00103463;REVB=0.0319031;RO=36;SAF=20;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115678;STB=0.562275;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00152002;OID=.;OPOS=115824639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:36:37:35:36:0.493151:15:20:16:20:16:20:16:21 chr5 118484804 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.91;QD=60.9772;RBI=0.0788887;REFB=0;REVB=-0.00796181;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270042;OID=.;OPOS=118484804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr5 118503399 . TAAAAAAG TAAAAA,TAAAAAG 212.98 PASS AF=0,0.948276;AO=15,16;DP=58;FAO=0,55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=0,14;FSAR=0,41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0294214,0.1721;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=85.1685,7.33667;QD=14.6882;RBI=0.0337521,0.298817;REFB=-0.00563817,-0.0410706;REVB=0.0165404,0.244281;RO=20;SAF=3,5;SAR=12,11;SRF=4;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0.302326,0.302326;SSSB=0,0.134977;STB=0.5,0.505339;STBP=1,0.866;TYPE=del,del;VARB=0,0.0600011;OID=.,.;OPOS=118503405,118503400;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=TAAAAA,TAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.948276:15,16:58:0,55:58:3:0,14:0,41:1:2:6:20:3,5:12,11:4:16 chr5 118811533 . G A 194.42 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0241652;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.137;QD=12.1513;RBI=0.0328551;REFB=-0.0123957;REVB=-0.0222599;RO=40;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00926027;STB=0.505343;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0174511;OID=.;OPOS=118811533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:14:10:17:23:14:10:17:23 chr5 118827842 . T C 326.64 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00304463;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.137;QD=17.1914;RBI=0.00662169;REFB=-0.0120925;REVB=0.00588022;RO=40;SAF=10;SAR=25;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165141;STB=0.52035;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00787068;OID=.;OPOS=118827842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:41:35:35:0.460526:25:10:12:28:25:10:13:28 chr5 118845139 . G A 239.71 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.15;QD=50.4661;RBI=0.0784021;REFB=0;REVB=0.0506765;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00366563;OID=.;OPOS=118845139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:9:10:0:0 chr5 118861713 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0144057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.43;QD=15.2624;RBI=0.0175869;REFB=0.002068;REVB=-0.0100883;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783935;STB=0.530339;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00230552;OID=.;OPOS=118861713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:5:8:8:7:5:8:9:7 chr5 118945923 . A G 168.65 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.000444833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4771;QD=16.0618;RBI=0.0610874;REFB=-0.0243464;REVB=-0.0610858;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287999;STB=0.516556;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.034974;OID=.;OPOS=118945923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:10:14:11:7:10:14 chr5 118969960 . C T 651.07 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0277634;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=188.161;QD=54.2554;RBI=0.0293133;REFB=-0.0784484;REVB=0.00940568;RO=3;SAF=29;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00100924;STB=0.508471;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.000957147;OID=.;OPOS=118969960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:3:4:44:44:0.916667:15:29:2:1:15:29:3:1 chr5 118970342 . AGG AGA,AG 933.29 PASS AF=0.0932203,0.90678;AO=13,45;DP=119;FAO=11,107;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=0,53;FSAR=11,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688675,0.710685;FXX=0.0247913;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=199.329,10.0515;QD=31.6368;RBI=0.0713472,0.73526;REFB=0,0;REVB=-0.0186465,0.188501;RO=55;SAF=0,12;SAR=13,33;SRF=40;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0.358629;SSSB=-0.802055,-0.445412;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.121216,0.0101181;OID=.,.;OPOS=118970344,118970343;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0932203,0.90678:13,45:119:11,107:118:0:0,53:11,54:0:0:28:55:0,12:13,33:40:15 chr5 118970770 . C T 221.66 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.00298529;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.094;QD=18.0951;RBI=0.0345272;REFB=-0.0316116;REVB=0.0343979;RO=28;SAF=16;SAR=5;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335252;STB=0.5362;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0370585;OID=.;OPOS=118970770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:27:21:22:0.44898:5:16:22:6:6:16:21:6 chr5 120021819 . G A 663.24 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.033646;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.931;QD=58.9547;RBI=0.0433984;REFB=-0.0420794;REVB=0.0274111;RO=1;SAF=34;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136105;STB=0.506846;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00157929;OID=.;OPOS=120021819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:42:44:0.977778:8:34:1:0:8:36:1:0 chr5 121488203 . G A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00395548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4417;QD=19.3692;RBI=0.0175911;REFB=0.00236434;REVB=0.0171406;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302492;STB=0.674342;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00442444;OID=.;OPOS=121488203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:7:3:5:2:7:3:5:2 chr5 121488635 . AT AA,A 125.68 PASS AF=0.0416667,0.583333;AO=2,13;DP=24;FAO=1,14;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=1,6;FSAR=0,8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0403759,-0.00278248;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=20.9037,21.8484;QD=20.9468;RBI=0.0538769,0.0111846;REFB=0.0438398,0.0123713;REVB=-0.0356722,0.0108329;RO=8;SAF=2,5;SAR=0,8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.590874,-0.0801912;STB=0.990139,0.50632;STBP=0.495,0.959;TYPE=snp,del;VARB=0.116992,-0.0281619;OID=.,.;OPOS=121488636,121488636;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0416667,0.583333:2,13:24:1,14:24:9:1,6:0,8:4:5:64:8:2,5:0,8:4:4 chr5 121518309 . G A 970.54 PASS AF=0.510753;AO=95;DP=186;FAO=95;FDP=186;FR=.;FRO=91;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.00607467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.192;QD=20.8717;RBI=0.0594738;REFB=-0.0193404;REVB=-0.0591628;RO=89;SAF=45;SAR=50;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578749;STB=0.531668;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0203368;OID=.;OPOS=121518309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:89:91:95:95:0.510753:50:45:48:41:50:45:49:42 chr5 122406684 . A G 126.7 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00190744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.843;QD=11.2626;RBI=0.0270962;REFB=-0.00199792;REVB=0.0270289;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945386;STB=0.58812;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00211454;OID=.;OPOS=122406684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:16:15:0.333333:8:8:12:17:7:8:12:18 chr5 122435627 . G A 461.18 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0282942;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8322;QD=18.6334;RBI=0.0288136;REFB=-0.0208484;REVB=0.00544645;RO=53;SAF=12;SAR=34;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280885;STB=0.657568;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0456393;OID=.;OPOS=122435627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:53:53:46:46:0.464646:34:12:28:25:34:12:28:25 chr5 122681834 . C T 406.33 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0356734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5964;QD=14.1333;RBI=0.041911;REFB=0.00269569;REVB=-0.0219986;RO=68;SAF=27;SAR=20;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633242;STB=0.535739;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.00697721;OID=.;OPOS=122681834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:68:68:47:47:0.408696:20:27:35:33:20:27:35:33 chr5 122682348 . A G 206.64 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0277215;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.498;QD=23.6164;RBI=0.027912;REFB=-0.00406432;REVB=-0.00325527;RO=15;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914013;STB=0.55097;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00206745;OID=.;OPOS=122682348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:15:15:20:20:0.571429:11:9:5:10:11:9:5:10 chr5 122718736 . G C 822.91 PASS AF=0.472222;AO=85;DP=180;FAO=85;FDP=180;FR=.;FRO=95;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.00356186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6936;QD=18.2869;RBI=0.0331416;REFB=-0.0214773;REVB=0.0329497;RO=94;SAF=39;SAR=46;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885253;STB=0.507885;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0251768;OID=.;OPOS=122718736;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:94:95:85:85:0.472222:46:39:44:50:46:39:45:50 chr5 122727026 . G A 373.61 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=0.0360227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.494;QD=23.3508;RBI=0.0362624;REFB=-0.0174061;REVB=0.00416291;RO=27;SAF=17;SAR=20;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278378;STB=0.651495;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0119682;OID=.;OPOS=122727026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:20:17:3:24:20:17:3:24 chr5 122739421 . G C 223.57 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00566624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2391;QD=14.9045;RBI=0.0322059;REFB=0.00409914;REVB=-0.0317035;RO=33;SAF=19;SAR=7;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344446;STB=0.703543;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00601279;OID=.;OPOS=122739421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:7:19:13:20:7:19:13:21 chr5 122758167 . A T 291.42 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0238839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.927;QD=16.894;RBI=0.0247747;REFB=-0.00289556;REVB=0.00658384;RO=37;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123998;STB=0.569577;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00387782;OID=.;OPOS=122758167;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:14:18:16:21:14:18:16:21 chr5 122758268 . G C 921.22 PASS AF=1;AO=56;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.959;QD=58.4903;RBI=0.0671389;REFB=0;REVB=0.0163374;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236754;OID=.;OPOS=122758268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:56:63:1:37:19:0:0:38:25:0:0 chr5 122950330 . G C 597.98 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269331;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6203;QD=61.3313;RBI=0.0538874;REFB=0;REVB=0.046674;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336364;OID=.;OPOS=122950330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr5 122950911 . G A 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.419;QD=64.1499;RBI=0.0721836;REFB=0;REVB=0.0155494;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135116;OID=.;OPOS=122950911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr5 122990902 . A T 717.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115785;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.566;QD=57.37;RBI=0.0273409;REFB=0;REVB=-0.0247682;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211437;OID=.;OPOS=122990902;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr5 123984763 . C T 473.77 PASS AF=0.971429;AO=32;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.185875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.122;QD=54.1453;RBI=0.186254;REFB=0.0369307;REVB=0.0118784;RO=2;SAF=9;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029234;STB=0.510632;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00077771;OID=.;OPOS=123984763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:2:1:32:34:0.971429:23:9:1:1:23:11:0:1 chr5 124045960 . G A 305.44 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0282265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.966;QD=17.7064;RBI=0.0399701;REFB=-0.0140986;REVB=-0.0282998;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00846987;STB=0.519988;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0131021;OID=.;OPOS=124045960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:36:32:33:0.478261:18:14:15:20:18:15:15:21 chr5 124686757 . G A 334.38 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0306645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.097;QD=27.2962;RBI=0.0308557;REFB=0.013156;REVB=-0.00343005;RO=20;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00128814;STB=0.500711;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.011293;OID=.;OPOS=124686757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:16:13:9:11:16:13:9:11 chr5 125696140 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.152;QD=63.2866;RBI=0.0185813;REFB=0;REVB=0.0129627;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66644e-05;OID=.;OPOS=125696140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr5 125828803 . A G 920.35 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.05;QD=58.4349;RBI=0.00516398;REFB=0;REVB=0.00294475;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05902e-06;OID=.;OPOS=125828803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:32:31:0:0 chr5 126171999 . T C 317.81 PASS AF=0.485714;AO=35;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0373731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0212;QD=18.1607;RBI=0.0374428;REFB=0.00821616;REVB=0.00228316;RO=35;SAF=11;SAR=24;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113055;STB=0.586413;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00788609;OID=.;OPOS=126171999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:35:34:0.485714:24:11:15:20:24:10:16:20 chr5 126205688 . T A,TGGA 66.73 PASS AF=0.0243902,0.219512;AO=2,9;DP=41;FAO=1,9;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=1,4;FSAR=0,5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0173441,0.00633628;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=60.3387,220.11;QD=6.51046;RBI=0.0295808,0.00779496;REFB=0.015158,0.00726542;REVB=-0.0239626,0.00454015;RO=30;SAF=1,4;SAR=1,5;SRF=18;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0901879,-0.184903;STB=0.988378,0.604169;STBP=0.469,0.521;TYPE=snp,ins;VARB=0.0674081,-0.0109644;OID=.,.;OPOS=126205688,126205689;OREF=T,-;OALT=A,GGA;OMAPALT=A,TGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:60:41:41:30:31:2,9:1,9:0.0243902,0.219512:1,5:1,4:18:12:0,5:1,4:18:13 chr5 126205692 . C T 70.16 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.000817466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.089;QD=6.84467;RBI=0.0115098;REFB=-0.00396632;REVB=-0.0114808;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966674;STB=0.560856;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.046867;OID=.;OPOS=126205692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:5:5:18:13:5:5:18:13 chr5 126205693 . T TGC 70.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0156116;FXX=0;HRUN=0;LEN=2;MLLD=313.692;QD=7.04964;RBI=0.0156257;REFB=1.12727e-05;REVB=-0.000664643;RO=30;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119522;STB=0.574853;STBP=0.629;TYPE=ins;VARB=3.40269e-05;OID=.;OPOS=126205694;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:10:40:10:40:30:5:5:18:12:70:30:5:5:18:12 chr5 126206298 . TCAAA T,TCAAC 241.98 PASS AF=0.423729,0.0508475;AO=25,3;DP=59;FAO=25,3;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=9,3;FSAR=16,0;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0246471,0.0435789;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=170.314,38.6889;QD=16.4055;RBI=0.0247696,0.0435789;REFB=-0.0199355,-0.0242202;REVB=-0.00246093,-4.12162e-05;RO=30;SAF=9,3;SAR=16,0;SRF=14;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.107481,0.560482;STB=0.55334,0.996683;STBP=0.492,0.072;TYPE=del,snp;VARB=0.0234771,-0.0119109;OID=.,.;OPOS=126206299,126206302;OREF=CAAA,A;OALT=-,C;OMAPALT=T,TCAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423729,0.0508475:25,3:59:25,3:59:31:9,3:16,0:14:17:99:30:9,3:16,0:14:16 chr5 126746277 . C T 772.49 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00425767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.199;QD=61.7989;RBI=0.00465294;REFB=0.00628731;REVB=0.00187672;RO=1;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132589;STB=0.507039;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-3.2472e-05;OID=.;OPOS=126746277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:35:14:0:1:35:14:0:1 chr5 126887569 . G A 598.4 PASS AF=0.933333;AO=41;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0223355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.455;QD=53.191;RBI=0.0261088;REFB=-0.0831162;REVB=0.0135201;RO=4;SAF=20;SAR=21;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00202863;STB=0.511106;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00345631;OID=.;OPOS=126887569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:45:45:4:3:41:42:0.933333:21:20:2:2:21:21:1:2 chr5 126890472 . C T 415.62 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201083;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8685;QD=57.3264;RBI=0.0677886;REFB=0;REVB=-0.0647376;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000811047;OID=.;OPOS=126890472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr5 126890541 . T C 340.93 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.218;QD=54.5481;RBI=0.073177;REFB=0;REVB=0.0364113;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499935;OID=.;OPOS=126890541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:15:10:0:0 chr5 126993249 . G C 728.78 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00833555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.924;QD=57.1594;RBI=0.00869852;REFB=0;REVB=-0.00248655;RO=0;SAF=12;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89521e-05;OID=.;OPOS=126993249;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:39:12:0:0:39:12:0:0 chr5 126993263 . A T 808.73 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00288739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.127;QD=53.9152;RBI=0.00328837;REFB=-0.106226;REVB=-0.00157364;RO=2;SAF=13;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671936;STB=0.535702;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000968736;OID=.;OPOS=126993263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:60:2:2:58:58:0.966667:45:13:2:0:45:13:2:0 chr5 126993282 . G A,T 1096.59 PASS AF=0.959459,0.0405405;AO=71,3;DP=74;FAO=71,3;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=18,3;FSAR=53,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0045291,0.00589436;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.2059,125.994;QD=59.2749;RBI=0.00740964,0.032914;REFB=0,0;REVB=-0.0058643,-0.0323819;RO=0;SAF=18,3;SAR=53,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00882543,0.0204218;OID=.,.;OPOS=126993282,126993282;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:74:74:0:0:71,3:71,3:0.959459,0.0405405:53,0:18,3:0:0:53,0:18,3:0:0 chr5 126993958 . C T 724.28 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0171674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.394;QD=54.6626;RBI=0.0171975;REFB=-0.137712;REVB=0.00101653;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000392893;OID=.;OPOS=126993958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:26:26:0:0:26:26:1:0 chr5 127614472 . A G 454.37 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0290354;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7717;QD=19.755;RBI=0.0467533;REFB=-0.0187778;REVB=-0.0366444;RO=46;SAF=21;SAR=24;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105989;STB=0.511623;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.019692;OID=.;OPOS=127614472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:47:45:45:0.48913:24:21:22:24:24:21:23:24 chr5 127622491 . T C 384.95 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00390696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.477;QD=23.3305;RBI=0.00392439;REFB=0.0210869;REVB=-0.000369489;RO=28;SAF=21;SAR=17;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203774;STB=0.611754;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00757402;OID=.;OPOS=127622491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:17:21:8:20:17:21:8:20 chr5 127685135 . C T 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00500594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.695;QD=57.1758;RBI=0.00525705;REFB=0;REVB=-0.00160533;RO=0;SAF=37;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23502e-05;OID=.;OPOS=127685135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:14:37:0:0:14:37:0:0 chr5 128430757 . T C 964.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236443;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.058;QD=59.3598;RBI=0.0282677;REFB=0;REVB=0.0154924;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00094015;OID=.;OPOS=128430757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:36:28:0:0:37:28:0:0 chr5 128863471 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.883;QD=60.9786;RBI=0.0132455;REFB=0;REVB=0.00324521;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08857e-05;OID=.;OPOS=128863471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr5 129040056 . A T 375.32 PASS AF=0.414141;AO=38;DP=96;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0246188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.973;QD=15.1646;RBI=0.0246367;REFB=-0.0104783;REVB=0.000938933;RO=58;SAF=11;SAR=27;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148416;STB=0.545722;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.016477;OID=.;OPOS=129040056;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:58:58:38:41:0.414141:27:11:24:34:27:14:24:34 chr5 129072943 . G T 658.75 PASS AF=0.895833;AO=42;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0493476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8091;QD=54.8959;RBI=0.0502126;REFB=0.0351192;REVB=-0.00928017;RO=3;SAF=17;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336959;STB=0.516521;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0155625;OID=.;OPOS=129072943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:42:43:0.895833:25:17:2:1:25:18:2:1 chr5 129310670 . C CA 200.47 PASS AF=1;AO=4;DP=38;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316229;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.87932;QD=24.2995;RBI=0.106613;REFB=-0.0664186;REVB=-0.106566;RO=34;SAF=2;SAR=2;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165983;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0140589;OID=.;OPOS=129310671;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:38:33:33:0:20:13:0:0:3:34:2:2:22:12 chr5 129521126 . A G 771.52 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894008;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.128;QD=64.2935;RBI=0.0106281;REFB=0;REVB=-0.00574722;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323815;OID=.;OPOS=129521126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:26:22:0:0 chr5 130535216 . TC CT 40.25 PASS AF=0.259259;AO=2;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0665781;FXX=0;HRUN=12;LEN=2;MLLD=41.1143;QD=5.96249;RBI=0.0699711;REFB=-0.0735383;REVB=0.0215248;RO=19;SAF=0;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550427;STB=0.728523;STBP=0.219;TYPE=mnp;VARB=0.00868927;OID=.;OPOS=130535216;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:27:27:19:20:2:7:0.259259:2:0:11:8:5:2:12:8 chr5 130766662 . T C 621.04 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.425;QD=60.5897;RBI=0.0163537;REFB=0;REVB=0.00359482;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603743;OID=.;OPOS=130766662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:23:18:0:0 chr5 130805475 . C T 556.85 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.354;QD=60.2;RBI=0.0567209;REFB=0;REVB=0.0276503;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592078;OID=.;OPOS=130805475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr5 131066725 . C A 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00521417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.132;QD=57.1042;RBI=0.00634012;REFB=0;REVB=-0.00360688;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65405e-06;OID=.;OPOS=131066725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr5 131283376 . C T 265.05 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0119444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2487;QD=15.5913;RBI=0.0162004;REFB=-0.00901167;REVB=0.0109446;RO=38;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126316;STB=0.571381;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0111664;OID=.;OPOS=131283376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:12:18:18:20:12:18:18:20 chr5 131324289 . G A 217.89 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0252079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9011;QD=17.7871;RBI=0.0944547;REFB=-0.00405822;REVB=0.0910288;RO=27;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231419;STB=0.639221;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0101907;OID=.;OPOS=131324289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:27:21:22:0.44898:12:9:18:9:13:9:18:9 chr5 131396478 . C T 1191.09 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=83;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0271165;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.256;QD=58.1021;RBI=0.0288471;REFB=-0.0125208;REVB=-0.0098413;RO=2;SAF=53;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901008;STB=0.504846;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.000281947;OID=.;OPOS=131396478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:83:82:2:2:79:80:0.97561:26:53:1:1:26:54:1:1 chr5 131411460 . T C 1742.95 PASS AF=0.959677;AO=116;DP=122;FAO=119;FDP=124;FR=.;FRO=5;FSAF=75;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0169841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.061;QD=56.2242;RBI=0.0357193;REFB=-0.0130652;REVB=0.0314231;RO=4;SAF=73;SAR=43;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042145;STB=0.526877;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000195294;OID=.;OPOS=131411460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:122:124:4:5:116:119:0.959677:43:73:0:4:44:75:0:5 chr5 131553428 . T TA 1481.27 PASS AF=1;AO=90;DP=97;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353432;FXX=0.0208312;HRUN=0;LEN=1;MLLD=266.103;QD=63.0326;RBI=0.0139851;REFB=0;REVB=0.0135311;RO=6;SAF=43;SAR=47;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00263161;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.51457e-06;OID=.;OPOS=131553429;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:90:97:94:94:0:47:47:0:0:8:6:43:47:3:3 chr5 131602166 . T C 78.47 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0244681;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3739;QD=11.2098;RBI=0.0315558;REFB=0.00996944;REVB=-0.019927;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638208;STB=0.524949;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0312398;OID=.;OPOS=131602166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:29:28:17:18:10:10:0.357143:3:7:11:6:3:7:12:6 chr5 131607080 . A G 158.67 PASS AF=0.362069;AO=19;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.0452895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4965;QD=10.9426;RBI=0.0555526;REFB=-0.0188684;REVB=0.0321708;RO=37;SAF=11;SAR=8;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216178;STB=0.650956;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0341647;OID=.;OPOS=131607080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:19:21:0.362069:8:11:28:9:10:11:28:9 chr5 131607297 . A G 109.27 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0461026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0072;QD=14.0994;RBI=0.0597671;REFB=0.00619981;REVB=-0.038035;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960357;STB=0.555476;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.0178145;OID=.;OPOS=131607297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:10:3:3:15:10:3:3:15 chr5 131607588 . G T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0494648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.646;QD=10.0339;RBI=0.0503048;REFB=-0.0086947;REVB=-0.00915479;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286688;STB=0.676751;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0170551;OID=.;OPOS=131607588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:5:2:3:2:5:2 chr5 131663062 . T C 414.46 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00889373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1979;QD=21.8135;RBI=0.0236824;REFB=-0.0138191;REVB=-0.021949;RO=35;SAF=21;SAR=20;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220937;STB=0.512189;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0116165;OID=.;OPOS=131663062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:20:21:17:18:20:21:17:18 chr5 131701269 . A G 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0138073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.725;QD=13.9117;RBI=0.0290597;REFB=-0.00913072;REVB=0.02557;RO=31;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142457;STB=0.58201;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0174489;OID=.;OPOS=131701269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:13:8:16:15:13:8:16:15 chr5 131701279 . T C 785.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.926;QD=64.1165;RBI=0.0282769;REFB=0;REVB=0.0124507;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217055;OID=.;OPOS=131701279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:27:22:0:0 chr5 131705949 . T C 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000997297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.204;QD=56.4861;RBI=0.0409336;REFB=-0.0255651;REVB=-0.0409215;RO=1;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444824;STB=0.523796;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000536551;OID=.;OPOS=131705949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:10:25:0:1:10:25:0:1 chr5 131721174 . A G 1399.66 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00908811;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.251;QD=62.9062;RBI=0.0146826;REFB=0;REVB=-0.0115319;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98098e-05;OID=.;OPOS=131721174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:43:45:0:0:43:46:0:0 chr5 131731304 . A T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.341;QD=55.098;RBI=0.0786382;REFB=0;REVB=0.0180878;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126993;OID=.;OPOS=131731304;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr5 131796498 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.262;QD=58.1421;RBI=0.0311609;REFB=0;REVB=-0.00823266;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77504e-05;OID=.;OPOS=131796498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr5 131805735 . C T 438.43 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=8;FWDB=-0.0064146;FXX=0.0106372;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.741;QD=18.857;RBI=0.00736296;REFB=-0.0192374;REVB=-0.00361471;RO=48;SAF=26;SAR=18;SRF=40;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249728;STB=0.640752;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00943103;OID=.;OPOS=131805735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:48:49:44:44:0.473118:18:26:40:8:18:26:41:8 chr5 131818828 . CTTA CCTA,CTA,CTAT 325.43 PASS AF=0.015873,0.571429,0;AO=4,29,3;DP=63;FAO=1,36,0;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=1,18,0;FSAR=0,18,0;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0521016,-0.0621186,0.0112547;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=23.3217,24.0645,21.7759;QD=20.6623;RBI=0.0684419,0.0837629,0.054661;REFB=0.00853651,-0.0127591,-0.00783046;REVB=0.0443815,0.0561917,-0.0534898;RO=26;SAF=3,16,0;SAR=1,13,3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.361699,0.109023,-0.535537;STB=0.991247,0.53224,0.5;STBP=0.231,0.562,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0394977,0.0168589,0.0329486;OID=.,.,.;OPOS=131818829,131818829,131818830;OREF=T,T,TA;OALT=C,-,AT;OMAPALT=CCTA,CTA,CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.015873,0.571429,0:4,29,3:63:1,36,0:63:26:1,18,0:0,18,0:11:15:99:26:3,16,0:1,13,3:11:15 chr5 131892357 . C T 223.38 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1089;QD=44.6765;RBI=0.0250747;REFB=-0.0791182;REVB=0.0181395;RO=1;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101506;STB=0.545405;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0138001;OID=.;OPOS=131892357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:18:19:0.95:4:14:0:1:5:14:0:1 chr5 131945087 . A G 329.49 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0868172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.3564;QD=25.345;RBI=0.094788;REFB=-0.0359966;REVB=0.0380464;RO=17;SAF=15;SAR=3;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540964;STB=0.816942;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0468224;OID=.;OPOS=131945087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:18:18:18:0.346154:3:15:4:13:3:15:4:14 chr5 131995964 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00583953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.598;QD=13.4554;RBI=0.0137585;REFB=-0.00327453;REVB=0.0124578;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542807;STB=0.531857;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00279057;OID=.;OPOS=131995964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:6:9:6:5:6:9 chr5 131996500 . A C 276.07 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00261265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.869;QD=23.4951;RBI=0.0186662;REFB=-0.0096546;REVB=0.0184824;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737293;STB=0.558096;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00905633;OID=.;OPOS=131996500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:20:21:25:26:0.553191:11:14:13:7:12:14:14:7 chr5 132098242 . A G 1573.0 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8548;QD=59.9238;RBI=0.013761;REFB=0;REVB=0.00477155;RO=0;SAF=60;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45805e-05;OID=.;OPOS=132098242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:44:60:0:0:44:61:0:0 chr5 132150948 . T G 1406.17 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0350482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.303;QD=60.4806;RBI=0.0362924;REFB=-0.00856849;REVB=0.00942126;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509089;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=7.84265e-05;OID=.;OPOS=132150948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:0:2:91:91:0.978495:54:37:0:0:54:37:0:2 chr5 132151071 . A G 1208.84 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00657061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.837;QD=61.2072;RBI=0.00825857;REFB=0;REVB=-0.0050031;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44852e-05;OID=.;OPOS=132151071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:31:48:0:0:31:48:0:0 chr5 132151751 . C T 289.28 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5898;QD=52.5959;RBI=0.0794889;REFB=0;REVB=-0.077725;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000721552;OID=.;OPOS=132151751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr5 132159134 . C T 521.92 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0324293;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.053;QD=54.9392;RBI=0.0355658;REFB=-0.143552;REVB=0.0146035;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509798;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00669952;OID=.;OPOS=132159134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:38:38:0:2:36:36:0.947368:12:24:0:0:12:24:1:1 chr5 132232315 . G A 1314.61 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0150046;FXX=0.0434735;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.577;QD=59.7552;RBI=0.0172974;REFB=-0.127839;REVB=0.0086059;RO=1;SAF=31;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853734;STB=0.508927;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000242933;OID=.;OPOS=132232315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:88:88:1:2:86:86:0.977273:55:31:0:1:55:31:0:2 chr5 132267859 . A T 69.72 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0907235;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=52.6408;QD=25.3541;RBI=0.11402;REFB=-0.0191729;REVB=0.069064;RO=2;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175673;STB=0.583156;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00201345;OID=.;OPOS=132267859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:10:11:2:2:8:9:0.818182:4:4:0:2:5:4:0:2 chr5 132437531 . C T 314.32 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0299067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5828;QD=17.223;RBI=0.0509059;REFB=-0.0073368;REVB=-0.0411946;RO=38;SAF=20;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13336;STB=0.568141;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00932208;OID=.;OPOS=132437531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:38:39:34:34:0.465753:14:20:17:21:14:20:18:21 chr5 132918994 . G A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0425348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.635;QD=24.4133;RBI=0.0426448;REFB=-0.0400795;REVB=0.00306095;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304345;STB=0.51721;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0117452;OID=.;OPOS=132918994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:6:5:2:3:6:5:2:3 chr5 133186592 . G A 50.21 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0510952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8618;QD=16.737;RBI=0.056744;REFB=-0.0404132;REVB=-0.0246814;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394184;STB=0.72672;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0243726;OID=.;OPOS=133186592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:5:0:4:3:5:0 chr5 133186603 . A C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.39;QD=43.4861;RBI=0.0529359;REFB=0;REVB=-0.0508321;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281093;OID=.;OPOS=133186603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr5 133477802 . C T 429.06 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=18;FWDB=0.00239938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.79;QD=15.7453;RBI=0.0592723;REFB=-0.0143973;REVB=-0.0592237;RO=61;SAF=25;SAR=23;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186891;STB=0.604053;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0258642;OID=.;OPOS=133477802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:61:48:48:0.440367:23:25:43:18:23:25:43:18 chr5 133481467 . G A 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0190201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.342;QD=11.6211;RBI=0.0190422;REFB=-0.00977418;REVB=0.000916724;RO=35;SAF=14;SAR=6;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187659;STB=0.510906;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0169127;OID=.;OPOS=133481467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:6:14:25:10:6:14:25:10 chr5 133909475 . G A 1024.38 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382921;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8858;QD=59.3842;RBI=0.118546;REFB=0;REVB=0.112191;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025943;OID=.;OPOS=133909475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:36:33:0:0 chr5 133915477 . A G 353.77 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.03434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0388;QD=18.6194;RBI=0.0347657;REFB=-0.0137191;REVB=0.00542347;RO=39;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698619;STB=0.538884;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0145411;OID=.;OPOS=133915477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:17:20:24:15:17:20:24:15 chr5 133915761 . G A 176.75 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00689114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.747;QD=13.3393;RBI=0.0602749;REFB=-0.025729;REVB=0.0598796;RO=32;SAF=16;SAR=5;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389721;STB=0.725674;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0396045;OID=.;OPOS=133915761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:5:16:13:19:5:16:13:19 chr5 134076812 . G A 210.73 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00743623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.175;QD=19.1576;RBI=0.00925066;REFB=-0.0122094;REVB=-0.00550247;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202773;STB=0.613933;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.013554;OID=.;OPOS=134076812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:6:17:11:10:6:17 chr5 134086782 . T G 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0107206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.869;QD=12.7371;RBI=0.0107951;REFB=-0.00708414;REVB=0.00126566;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138564;OID=.;OPOS=134086782;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:8:8:14:14:8:8:14:14 chr5 134262271 . C A 1014.53 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628164;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8051;QD=59.678;RBI=0.0662773;REFB=0;REVB=0.0211372;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511702;OID=.;OPOS=134262271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr5 134263809 . T C 397.35 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0100902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0034;QD=20.6418;RBI=0.0305954;REFB=0.00777344;REVB=0.0288836;RO=37;SAF=26;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518417;STB=0.528737;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00724841;OID=.;OPOS=134263809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:14:26:22:15:14:26:22:15 chr5 134343799 . A G 1171.6 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00958097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.262;QD=60.8622;RBI=0.00980139;REFB=0;REVB=0.00206696;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51993e-05;OID=.;OPOS=134343799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:30:46:0:0:31:46:0:0 chr5 134670741 . C T 467.51 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0148088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.073;QD=20.1081;RBI=0.066806;REFB=0.00356319;REVB=-0.065144;RO=46;SAF=25;SAR=21;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197199;STB=0.516667;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00406567;OID=.;OPOS=134670741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:46:47:46:46:0.494624:21:25:24:22:21:25:24:23 chr5 134670765 . A G 438.14 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0223114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.3;QD=19.0494;RBI=0.0225145;REFB=-0.00840593;REVB=0.00301721;RO=47;SAF=23;SAR=21;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112419;STB=0.511864;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00548547;OID=.;OPOS=134670765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:48:44:44:0.478261:21:23:24:23:21:23:24:24 chr5 134782414 . G T 258.16 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0137199;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.226;QD=23.4693;RBI=0.0139713;REFB=-0.00958235;REVB=-0.00263873;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651923;STB=0.538429;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.009928;OID=.;OPOS=134782414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:18:20:24:24:0.545455:14:10:9:9:14:10:10:10 chr5 134782450 . T A 270.76 PASS AF=0.46875;AO=28;DP=62;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00239162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9773;QD=16.9224;RBI=0.040724;REFB=-0.0321116;REVB=0.0406537;RO=34;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143705;STB=0.554104;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0321103;OID=.;OPOS=134782450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:34:34:28:30:0.46875:10:18:17:17:12:18:17:17 chr5 134782510 . T C 357.16 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0266892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.672;QD=16.8074;RBI=0.0348995;REFB=-0.0101233;REVB=-0.0224869;RO=47;SAF=27;SAR=11;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172026;STB=0.597044;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0105454;OID=.;OPOS=134782510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:11:27:26:21:11:27:26:21 chr5 134782576 . T G 415.57 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0752669;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.119;QD=18.0683;RBI=0.0790984;REFB=-0.00647262;REVB=0.0243196;RO=49;SAF=29;SAR=14;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127028;STB=0.571082;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00816255;OID=.;OPOS=134782576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:14:29:27:22:14:29:27:22 chr5 134870913 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0313181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.203;QD=14.6525;RBI=0.0523586;REFB=0.00785607;REVB=0.0419595;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229845;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00352347;OID=.;OPOS=134870913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:4:1:3:3:4:1 chr5 134871440 . A C 205.04 PASS AF=0.4375;AO=17;DP=45;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0394999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8513;QD=17.0866;RBI=0.040515;REFB=-0.0452293;REVB=-0.00901247;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189353;STB=0.647745;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0431406;OID=.;OPOS=134871440;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:27:27:17:21:0.4375:10:7:16:11:14:7:16:11 chr5 134986196 . C T 129.26 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0419569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.717;QD=21.5436;RBI=0.0419673;REFB=-0.00149353;REVB=0.000931629;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127847;STB=0.507236;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00217087;OID=.;OPOS=134986196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:3:7:10:4:3:7 chr5 135178124 . T C 850.78 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6196;QD=57.6798;RBI=0.0180811;REFB=0;REVB=0.00479468;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.59344e-05;OID=.;OPOS=135178124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr5 135207382 . C T 769.3 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.363;QD=56.9852;RBI=0.0159673;REFB=0;REVB=0.0158899;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01777e-05;OID=.;OPOS=135207382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:26:28:0:0 chr5 135207573 . C T 497.51 PASS AF=0.419847;AO=54;DP=131;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.069668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9463;QD=15.1912;RBI=0.100856;REFB=0.00420106;REVB=0.0729264;RO=73;SAF=22;SAR=32;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376491;STB=0.50476;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00287893;OID=.;OPOS=135207573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:73:76:54:55:0.419847:32:22:30:43:33:22:31:45 chr5 135210367 . C T 178.1 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.026455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.583;QD=9.25184;RBI=0.0401818;REFB=-0.0130971;REVB=0.0302442;RO=53;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771729;STB=0.545417;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0218894;OID=.;OPOS=135210367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:12:12:23:30:12:12:23:30 chr5 135258105 . G A 714.97 PASS AF=0.981132;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00888694;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.53;QD=53.96;RBI=0.0124393;REFB=-0.106014;REVB=0.00870392;RO=1;SAF=22;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209158;STB=0.510634;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000853671;OID=.;OPOS=135258105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:53:1:1:50:52:0.981132:28:22:1:0:29:23:1:0 chr5 135276201 . AGTTGT AG,AGT 661.24 PASS AF=0,1;AO=9,42;DP=54;FAO=0,54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304954,0.0315288;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=227.192,241.189;QD=48.9808;RBI=0.0306652,0.0334353;REFB=0,0;REVB=-0.00322305,0.011129;RO=0;SAF=6,23;SAR=3,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0436091,0.000438055;OID=.,.;OPOS=135276203,135276202;OREF=TTGT,GTT;OALT=-,-;OMAPALT=AG,AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:9,42:54:0,54:54:0:0,30:0,24:0:0:12:0:6,23:3,19:0:0 chr5 135276314 . C T 856.91 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.017978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.703;QD=55.2847;RBI=0.0234372;REFB=-0.0751426;REVB=0.0150364;RO=1;SAF=32;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145205;STB=0.50746;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00057852;OID=.;OPOS=135276314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:60:61:0.983871:28:32:1:0:28:33:1:0 chr5 135276847 . T C 1853.32 PASS AF=0.984127;AO=122;DP=125;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00457834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.919;QD=58.8356;RBI=0.00974774;REFB=-0.104113;REVB=0.00860565;RO=2;SAF=53;SAR=69;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175867;STB=0.509089;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000803296;OID=.;OPOS=135276847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:125:126:2:2:122:124:0.984127:69:53:2:0:70:54:2:0 chr5 135282630 . C T 1357.37 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3448;QD=61.6987;RBI=0.0271055;REFB=0;REVB=0.0270527;RO=0;SAF=54;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133591;OID=.;OPOS=135282630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:84:88:1:30:54:0:0:33:55:0:0 chr5 135287029 . T C 792.08 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170004;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.765;QD=64.6595;RBI=0.0170488;REFB=0;REVB=0.00128389;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274957;OID=.;OPOS=135287029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr5 135388663 . A G 455.94 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00986022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.018;QD=19.1975;RBI=0.0104899;REFB=-0.00299381;REVB=-0.00357977;RO=48;SAF=25;SAR=21;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959186;STB=0.546703;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00440374;OID=.;OPOS=135388663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:49:46:46:0.484211:21:25:31:17:21:25:31:18 chr5 135391366 . C T 255.5 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0700074;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.501;QD=13.4475;RBI=0.0904032;REFB=-0.0303196;REVB=-0.0571988;RO=46;SAF=13;SAR=17;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273321;STB=0.654868;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0557345;OID=.;OPOS=135391366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:17:13:32:14:17:13:32:14 chr5 135392426 . T C 351.82 PASS AF=0.436782;AO=27;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.000580035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.952;QD=16.1757;RBI=0.00357618;REFB=-0.0111376;REVB=0.00352883;RO=47;SAF=8;SAR=19;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291257;STB=0.528721;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0122681;OID=.;OPOS=135392426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:49:27:38:0.436782:19:8:26:21:19:19:27:22 chr5 135394903 . G A 704.49 PASS AF=0.582609;AO=67;DP=115;FAO=67;FDP=115;FR=.;FRO=48;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0293204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.399;QD=24.504;RBI=0.0293277;REFB=-0.00171623;REVB=-0.000654611;RO=48;SAF=38;SAR=29;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02899;STB=0.51579;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00148125;OID=.;OPOS=135394903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:48:48:67:67:0.582609:29:38:29:19:29:38:29:19 chr5 135399373 . G A 539.86 PASS AF=0.504505;AO=55;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.013048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.459;QD=19.4543;RBI=0.0232862;REFB=0.00592687;REVB=0.0192873;RO=54;SAF=21;SAR=34;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206033;STB=0.611392;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00592486;OID=.;OPOS=135399373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:55:55:56:0.504505:34:21:33:21:34:22:34:21 chr5 135399452 . T G 445.98 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.00307112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.235;QD=15.3787;RBI=0.0216769;REFB=-0.0113597;REVB=-0.0214582;RO=66;SAF=30;SAR=20;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148488;STB=0.5833;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.014397;OID=.;OPOS=135399452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:66:66:50:50:0.431034:20:30:30:36:20:30:30:36 chr5 135508381 . A G 545.61 PASS AF=0.533981;AO=54;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.000491245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.009;QD=21.1886;RBI=0.0185097;REFB=-0.0128429;REVB=0.0185031;RO=47;SAF=26;SAR=28;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294164;STB=0.50673;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0116175;OID=.;OPOS=135508381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:48:54:55:0.533981:28:26:21:26:29:26:22:26 chr5 135513085 . T C,TC 1394.26 PASS AF=0,1;AO=4,83;DP=94;FAO=0,92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=0,57;FSAR=0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982757,0.0254055;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=46.4826,71.6217;QD=60.6199;RBI=0.0525552,0.0663198;REFB=0,0;REVB=-0.0516282,-0.0612607;RO=4;SAF=2,54;SAR=2,29;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0143343;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00508982,0.000116582;OID=.,.;OPOS=135513085,135513086;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:8:94:92:4:0:4,83:0,92:0,1:2,29:2,54:2:2:0,35:0,57:0:0 chr5 135514055 . A G 304.15 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0128028;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.812;QD=17.3799;RBI=0.013639;REFB=-0.00121373;REVB=-0.00470214;RO=36;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165841;STB=0.502616;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0012151;OID=.;OPOS=135514055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:36:37:33:33:0.471429:15:18:19:17:15:18:20:17 chr5 135517740 . T G 180.08 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0142421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.95;QD=11.0819;RBI=0.0166111;REFB=0.000354317;REVB=-0.00854933;RO=41;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379696;STB=0.527712;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.000649304;OID=.;OPOS=135517740;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:42:23:23:0.353846:15:8:13:28:15:8:13:29 chr5 135522878 . GT TA 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.037829;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.919;QD=18.175;RBI=0.0385643;REFB=0.00191491;REVB=0.00749438;RO=32;SAF=18;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102375;STB=0.557238;STBP=0.39;TYPE=mnp;VARB=-0.00288699;OID=.;OPOS=135522878;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:13:18:15:17:13:18:15:17 chr5 136304985 . T C 331.27 PASS AF=0.386139;AO=38;DP=100;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.00418748;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.575;QD=13.1197;RBI=0.0510158;REFB=-0.0310914;REVB=0.0508437;RO=61;SAF=19;SAR=19;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620739;STB=0.547366;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0478768;OID=.;OPOS=136304985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:61:62:38:39:0.386139:19:19:27:34:19:20:27:35 chr5 136312039 . A G 347.49 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0116077;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.805;QD=19.577;RBI=0.0350715;REFB=-0.00606188;REVB=0.0330949;RO=34;SAF=21;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12487;STB=0.576428;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00566354;OID=.;OPOS=136312039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:34:35:36:36:0.507042:15:21:15:19:15:21:15:20 chr5 136313330 . A AG 155.94 PASS AF=0.455696;AO=27;DP=80;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.118843;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.6244;QD=7.89574;RBI=0.138172;REFB=-0.0174556;REVB=0.0704825;RO=51;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123936;STB=0.554974;STBP=0.416;TYPE=ins;VARB=0.0289341;OID=.;OPOS=136313331;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455696:27:80:36:79:43:17:19:16:27:99:51:13:14:19:32 chr5 136953577 . T C,G 531.81 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=34,2;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000991258,-0.00397818;FXX=0.0270197;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.641,112.792;QD=59.0902;RBI=0.0148664,0.00526805;REFB=0,0;REVB=0.0148333,-0.00345347;RO=0;SAF=17,2;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00373492,0.0388049;OID=.,.;OPOS=136953577,136953577;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:34,2:34,2:0.944444,0.0555556:17,0:17,2:0:0:17,0:17,2:0:0 chr5 136954719 . T C 769.02 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.713;QD=56.9641;RBI=0.0401873;REFB=0;REVB=0.0329947;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155501;OID=.;OPOS=136954719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:24:29:0:0:24:30:0:0 chr5 136955029 . T C 37.42 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.140871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3672;QD=8.80562;RBI=0.16154;REFB=-0.0123652;REVB=0.07906;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22268;STB=0.639526;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0407448;OID=.;OPOS=136955029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:6:5:4:2:6:5 chr5 136955383 . G T 371.95 PASS AF=0.481481;AO=34;DP=82;FAO=39;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0312964;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.531;QD=18.3678;RBI=0.031533;REFB=-0.0151908;REVB=0.00385504;RO=33;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402297;STB=0.503864;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0145747;OID=.;OPOS=136955383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:33:42:34:39:0.481481:17:17:15:18:22:17:18:24 chr5 136969793 . C T 154.8 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0116711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.947;QD=14.7431;RBI=0.0237249;REFB=-0.00163233;REVB=-0.0206556;RO=24;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222905;STB=0.642682;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00213299;OID=.;OPOS=136969793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:5:12:12:12:5:12:12:13 chr5 137028029 . T C 758.64 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00739917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5344;QD=53.238;RBI=0.0438416;REFB=-0.167891;REVB=0.0432127;RO=2;SAF=43;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026838;STB=0.514254;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00621023;OID=.;OPOS=137028029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:57:57:2:2:55:55:0.964912:12:43:1:1:12:43:1:1 chr5 137089765 . CCG C 99.09 PASS AF=0.625;AO=7;DP=22;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0720394;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=19.2973;QD=16.5145;RBI=0.109499;REFB=-0.103793;REVB=-0.0824645;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.418741;SSSB=-0.0769493;STB=0.578836;STBP=0.381;TYPE=del;VARB=0.0919579;OID=.;OPOS=137089766;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:7:22:15:24:9:11:4:5:4:44:14:3:4:7:7 chr5 137206560 . A C 525.45 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00043193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0682;QD=56.8049;RBI=0.0184965;REFB=-0.00596055;REVB=0.0184915;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267214;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00119561;OID=.;OPOS=137206560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:35:36:0.972973:18:17:1:0:18:18:1:0 chr5 137244517 . G A 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0316109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.654;QD=15.0642;RBI=0.032478;REFB=0.003403;REVB=-0.00745468;RO=35;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899779;STB=0.551084;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00394917;OID=.;OPOS=137244517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:17:10:16:19:17:10:16:19 chr5 137259179 . T C 2582.45 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3614;QD=61.855;RBI=0.0129609;REFB=0;REVB=0.0125794;RO=0;SAF=74;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26906e-05;OID=.;OPOS=137259179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:93:74:0:0:93:74:0:0 chr5 137347498 . G A 916.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.543;QD=58.2026;RBI=0.0422213;REFB=0;REVB=0.0179913;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91043e-05;OID=.;OPOS=137347498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:27:35:0:0:27:36:0:0 chr5 137372207 . A T 650.9 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.331;QD=61.9901;RBI=0.0306931;REFB=0;REVB=0.0297298;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200769;OID=.;OPOS=137372207;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr5 137475787 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000245499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.516;QD=57.2371;RBI=0.00574162;REFB=0;REVB=0.00573637;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95334e-06;OID=.;OPOS=137475787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr5 137476416 . T C 837.11 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0558137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5994;QD=55.807;RBI=0.0559467;REFB=0.00994299;REVB=-0.00385639;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.509801;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0006006;OID=.;OPOS=137476416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:25:34:0:0:25:34:0:1 chr5 137517132 . G A 137.61 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0125735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5613;QD=18.98;RBI=0.049506;REFB=0.00560631;REVB=0.0478826;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131368;STB=0.514267;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00826392;OID=.;OPOS=137517132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:6:9:8:5:6:9:8:6 chr5 137708434 . C T 1368.6 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0361671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.608;QD=60.1582;RBI=0.0369023;REFB=-0.14898;REVB=0.00732935;RO=2;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215303;STB=0.511361;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00243495;OID=.;OPOS=137708434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:89:89:0.978022:43:46:0:2:43:46:0:2 chr5 137717213 . G A 268.46 PASS AF=0.520833;AO=23;DP=46;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00347382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.966;QD=22.3713;RBI=0.0112287;REFB=-0.0279056;REVB=0.0106778;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117974;STB=0.539332;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0239221;OID=.;OPOS=137717213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:23:23:23:25:0.520833:9:14:11:12:11:14:11:12 chr5 137717265 . G A 606.77 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.464;QD=60.6774;RBI=0.0564444;REFB=0;REVB=-0.0056632;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292104;OID=.;OPOS=137717265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:19:21:0:0 chr5 137733891 . A G 200.89 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0288375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4228;QD=15.1617;RBI=0.0295842;REFB=0.00227573;REVB=-0.00660485;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853845;STB=0.534935;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00196287;OID=.;OPOS=137733891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:9:14:20:9:9:14:20:10 chr5 137754695 . T C 1634.12 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4053;QD=59.9678;RBI=0.0377108;REFB=0;REVB=-0.00380955;RO=0;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265012;OID=.;OPOS=137754695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:62:46:0:0:63:46:0:0 chr5 137754808 . G A 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00324119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.567;QD=8.81177;RBI=0.0181933;REFB=-0.00664746;REVB=-0.0179022;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106085;STB=0.52495;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0191741;OID=.;OPOS=137754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:22:23:10:10:0.30303:6:4:9:13:6:4:10:13 chr5 137766066 . G A 297.43 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0193692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.586;QD=13.3675;RBI=0.021245;REFB=-0.0112222;REVB=-0.00872827;RO=54;SAF=13;SAR=21;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488808;STB=0.52317;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0197794;OID=.;OPOS=137766066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:55:34:34:0.382022:21:13:23:31:21:13:23:32 chr5 137781792 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8382;QD=42.1816;RBI=0.0809298;REFB=0;REVB=0.0493903;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00601742;OID=.;OPOS=137781792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr5 137782335 . G A 612.86 PASS AF=0.566038;AO=60;DP=106;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00481418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.157;QD=23.1269;RBI=0.0257742;REFB=-0.0118894;REVB=0.0253206;RO=46;SAF=28;SAR=32;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095238;STB=0.552053;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00867805;OID=.;OPOS=137782335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:46:46:60:60:0.566038:32:28:27:19:32:28:27:19 chr5 137892170 . G A 905.87 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111557;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.52;QD=58.4435;RBI=0.0225571;REFB=0;REVB=0.0196055;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54054e-06;OID=.;OPOS=137892170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr5 137902339 . T C 257.94 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0138999;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.755;QD=16.1211;RBI=0.0148681;REFB=-0.0109439;REVB=-0.00527759;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108768;STB=0.561172;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0147513;OID=.;OPOS=137902339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:35:35:29:29:0.453125:14:15:22:13:14:15:22:13 chr5 138260245 . A G 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0096523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7792;QD=21.2641;RBI=0.0226615;REFB=0.00124147;REVB=0.020503;RO=17;SAF=16;SAR=4;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114365;STB=0.525399;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.000252381;OID=.;OPOS=138260245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:4:16:15:2:4:16:15:3 chr5 138456815 . T C 583.2 PASS AF=0.641975;AO=51;DP=80;FAO=52;FDP=81;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00248013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.79;QD=28.7999;RBI=0.0175163;REFB=-0.0500001;REVB=-0.0173399;RO=29;SAF=20;SAR=31;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388698;STB=0.516407;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.038558;OID=.;OPOS=138456815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:29:29:51:52:0.641975:31:20:13:16:31:21:13:16 chr5 138632030 . G T 126.86 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.00986821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.828;QD=19.5172;RBI=0.0186669;REFB=-0.0117765;REVB=-0.0158452;RO=11;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206533;STB=0.626712;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0138397;OID=.;OPOS=138632030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:10:4:1:10:10:4:1:11 chr5 138665756 . G A 245.99 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0113301;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.44;QD=15.1378;RBI=0.0121954;REFB=0.00626728;REVB=0.00451166;RO=34;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571552;STB=0.538434;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00393295;OID=.;OPOS=138665756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:34:37:28:28:0.430769:14:14:15:19:14:14:16:21 chr5 138705188 . C CATT,CATTT,T 941.66 PASS AF=0.868421,0,0.0526316;AO=54,10,3;DP=75;FAO=66,0,4;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=32,0,2;FSAR=34,0,2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00169716,-0.00554668,0.00175376;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,4,1;MLLD=248.68,236.828,97.4394;QD=49.5608;RBI=0.00295128,0.00952107,0.0143994;REFB=-0.00502223,0.00166978,0.000129374;REVB=-0.00241448,-0.00773855,-0.0142922;RO=6;SAF=29,3,1;SAR=25,7,2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0695296,0.109864,0.208152;STB=0.526574,0.5,0.699157;STBP=0.133,1,0.397;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.00456235,0.0137612,0.0830937;OID=.,.,.;OPOS=138705189,138705189,138705188;OREF=-,-,C;OALT=ATT,ATTT,T;OMAPALT=CATT,CATTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:75:76:6:6:54,10,3:66,0,4:0.868421,0,0.0526316:25,7,2:29,3,1:1:5:34,0,2:32,0,2:1:5 chr5 138713959 . A C 638.74 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00242369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.701;QD=60.8326;RBI=0.0154523;REFB=0;REVB=0.015261;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85839e-06;OID=.;OPOS=138713959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:26:15:0:0:26:16:0:0 chr5 138720108 . C T 281.57 PASS AF=0.565217;AO=25;DP=45;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.057717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5634;QD=24.4847;RBI=0.145833;REFB=0.0368979;REVB=0.133925;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227804;STB=0.630341;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0244697;OID=.;OPOS=138720108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:20:25:26:0.565217:12:13:16:4:13:13:16:4 chr5 138720156 . C T 272.75 PASS AF=0.424658;AO=29;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0104788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.451;QD=14.945;RBI=0.0174632;REFB=-0.0117891;REVB=0.0139699;RO=41;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090944;STB=0.560459;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.016216;OID=.;OPOS=138720156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:42:29:31:0.424658:13:16:19:22:13:18:20:22 chr5 138728483 . A G 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7184;QD=57.1954;RBI=0.0395668;REFB=0;REVB=0.0065387;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428276;OID=.;OPOS=138728483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr5 138728533 . C T 142.15 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0799061;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8626;QD=21.0588;RBI=0.0986886;REFB=-0.0487856;REVB=0.0579177;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156055;STB=0.58812;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0314772;OID=.;OPOS=138728533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:8:4:8:7:8:4 chr5 138732579 . C T 557.56 PASS AF=0.593023;AO=49;DP=84;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0098563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.444;QD=25.9328;RBI=0.0397521;REFB=-0.0443783;REVB=0.0385108;RO=35;SAF=14;SAR=35;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170816;STB=0.59829;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0283199;OID=.;OPOS=138732579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:35:35:49:51:0.593023:35:14:17:18:37:14:17:18 chr5 138773090 . A G 121.29 PASS AF=0.4;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0155705;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6256;QD=13.8616;RBI=0.0155711;REFB=-0.0101569;REVB=-0.000143646;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263316;STB=0.515396;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0168559;OID=.;OPOS=138773090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:21:21:14:14:0.4:9:5:8:13:9:5:8:13 chr5 138856982 . C T 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0344664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.114;QD=14.3992;RBI=0.0345701;REFB=-0.0132338;REVB=0.00267639;RO=34;SAF=18;SAR=7;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193959;STB=0.511027;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0219658;OID=.;OPOS=138856982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:7:18:25:9:7:18:25:9 chr5 138857919 . T C 1592.27 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165637;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.086;QD=60.0856;RBI=0.0305997;REFB=0;REVB=0.0305549;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24816e-05;OID=.;OPOS=138857919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:52:54:0:0:52:54:0:0 chr5 138857925 . C G 537.15 PASS AF=0.495575;AO=55;DP=112;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0307452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.778;QD=19.0142;RBI=0.0309754;REFB=-0.0106147;REVB=-0.00376926;RO=57;SAF=32;SAR=23;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116148;STB=0.567672;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0218716;OID=.;OPOS=138857925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:57:57:55:56:0.495575:23:32:26:31:23:33:26:31 chr5 138861078 . C T 147.01 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00822627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.192;QD=17.295;RBI=0.0227529;REFB=-0.0183825;REVB=0.0212137;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00651334;STB=0.503727;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.023021;OID=.;OPOS=138861078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:10:8:7:9:10:8 chr5 138861146 . C G 192.85 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00844795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.029;QD=14.8348;RBI=0.0151151;REFB=0.00148508;REVB=0.0125339;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114534;STB=0.583259;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00272816;OID=.;OPOS=138861146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:30:22:22:0.423077:10:12:12:16:10:12:12:18 chr5 139060485 . C CA 78.84 PASS AF=0.631579;AO=2;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0595557;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=46.0767;QD=16.5976;RBI=0.060932;REFB=-0.0324861;REVB=-0.012877;RO=17;SAF=0;SAR=2;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408528;STB=0.563984;STBP=0.777;TYPE=ins;VARB=0.0538633;OID=.;OPOS=139060486;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631579:2:19:12:19:7:1:11:1:6:43:17:0:2:2:15 chr5 139060486 . G A 107.22 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0454558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7395;QD=22.5717;RBI=0.0593048;REFB=-0.0271571;REVB=0.0380898;RO=7;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111629;STB=0.563984;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0345604;OID=.;OPOS=139060486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:11:1:1:6:11:1:1:6 chr5 139217320 . G C 439.38 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00484207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.764;QD=19.3136;RBI=0.0176437;REFB=-0.00935009;REVB=-0.0169663;RO=47;SAF=18;SAR=26;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758382;STB=0.542198;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00931588;OID=.;OPOS=139217320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:26:18:23:24:26:18:23:24 chr5 139745154 . T C 759.93 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.169;QD=62.0355;RBI=0.028394;REFB=-0.0404739;REVB=0.019548;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297101;OID=.;OPOS=139745154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:49:0:0:48:49:1:24:24:0:0:25:24:0:0 chr5 139936760 . G T 667.5 PASS AF=1;AO=42;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176044;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.739;QD=59.3333;RBI=0.169682;REFB=0;REVB=0.168767;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00087391;OID=.;OPOS=139936760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:42:45:1:18:24:0:0:21:24:0:0 chr5 139936980 . A G 724.52 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.152;QD=61.6609;RBI=0.0157675;REFB=0;REVB=0.00901088;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454762;OID=.;OPOS=139936980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:28:16:0:0:28:19:0:0 chr5 139940233 . G A 1062.24 PASS AF=0.960526;AO=72;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00537745;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.992;QD=55.9074;RBI=0.0236205;REFB=-0.14115;REVB=-0.0230003;RO=1;SAF=39;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119732;STB=0.504733;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00252676;OID=.;OPOS=139940233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:76:76:1:3:72:73:0.960526:33:39:1:0:33:40:2:1 chr5 139941228 . A G 255.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.6559;QD=51.1718;RBI=0.0666418;REFB=0;REVB=-0.0340915;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314865;OID=.;OPOS=139941228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr5 140048209 . T C 269.91 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0143322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7357;QD=22.9712;RBI=0.0229382;REFB=-0.0100364;REVB=0.0179095;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927583;STB=0.551741;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0232092;OID=.;OPOS=140048209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:13:12:13:9:13:12:13:9 chr5 140048267 . T C 731.56 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155022;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.196;QD=63.6136;RBI=0.0197788;REFB=0;REVB=0.0122834;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.43495e-06;OID=.;OPOS=140048267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr5 140048707 . A G 407.79 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00645012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.886;QD=20.1377;RBI=0.035712;REFB=-0.0149639;REVB=-0.0351247;RO=39;SAF=28;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138011;STB=0.584432;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0107481;OID=.;OPOS=140048707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:39:40:41:41:0.506173:13:28:21:18:13:28:21:19 chr5 140075474 . C T 275.38 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0776006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6764;QD=25.6171;RBI=0.0776252;REFB=-0.039355;REVB=-0.00195193;RO=18;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986979;STB=0.554688;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0268317;OID=.;OPOS=140075474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:13:12:11:7:13:12:11:7 chr5 140167463 . C T 123.75 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0764019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3872;QD=17.0684;RBI=0.0789835;REFB=-0.0155944;REVB=0.0200284;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294556;STB=0.669851;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0223823;OID=.;OPOS=140167463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:10:4:9:6:10:4:9:6 chr5 140168070 . A G 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0294043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4261;QD=15.6247;RBI=0.0936296;REFB=-0.0118352;REVB=-0.0888926;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420839;STB=0.524246;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0244354;OID=.;OPOS=140168070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:7:12:16:11:7:12:16:11 chr5 140168151 . G T 168.33 PASS AF=0.375;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0163827;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.39;QD=12.0233;RBI=0.0165106;REFB=-0.0123789;REVB=0.00205114;RO=35;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156563;STB=0.60196;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0240704;OID=.;OPOS=140168151;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:35:20:21:0.375:8:12:16:19:8:13:16:19 chr5 140174622 . G A 264.59 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.14415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7809;QD=20.7524;RBI=0.168915;REFB=-0.00727952;REVB=0.0880517;RO=24;SAF=8;SAR=19;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114944;STB=0.564307;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0121178;OID=.;OPOS=140174622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:19:8:10:14:19:8:10:14 chr5 140174865 . G C 213.78 PASS AF=0.3375;AO=26;DP=79;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00281839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2088;QD=10.6891;RBI=0.0476162;REFB=-0.0195596;REVB=0.0475327;RO=53;SAF=18;SAR=8;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220591;STB=0.636975;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0294236;OID=.;OPOS=140174865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:53:53:26:27:0.3375:8:18:27:26:8:19:27:26 chr5 140181734 . A G 242.69 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00584618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.8555;QD=22.5754;RBI=0.0142895;REFB=-0.0181602;REVB=-0.0130389;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02356;STB=0.513173;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0186069;OID=.;OPOS=140181734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:11:12:11:9:11:12:11:9 chr5 140181892 . T C 173.48 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00888183;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.066;QD=13.6063;RBI=0.0210467;REFB=-0.0106231;REVB=-0.0190807;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17012;STB=0.597962;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0166392;OID=.;OPOS=140181892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:31:31:20:20:0.392157:11:9:19:12:11:9:19:12 chr5 140182101 . G T 254.42 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.0287021;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.212;QD=15.189;RBI=0.0298495;REFB=0.000492333;REVB=0.00819647;RO=38;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161513;STB=0.590751;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00066722;OID=.;OPOS=140182101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:38:38:29:29:0.432836:17:12:10:28:17:12:10:28 chr5 140183058 . G A 135.08 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0525368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8159;QD=16.8846;RBI=0.055101;REFB=0.0075249;REVB=0.0166131;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00364105;STB=0.502089;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.0121376;OID=.;OPOS=140183058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:9:8:7:8:9:8 chr5 140186937 . G T 154.7 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0101441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.149;QD=14.7332;RBI=0.0178955;REFB=-0.0192846;REVB=0.0147426;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33349;STB=0.677312;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0253086;OID=.;OPOS=140186937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:10:7:18:6:10:7:18:7 chr5 140186979 . GG AA 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00331375;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=97.8691;QD=3.64933;RBI=0.00592426;REFB=0.000920092;REVB=0.00491079;RO=31;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459088;STB=0.824585;STBP=0.12;TYPE=mnp;VARB=-0.00576808;OID=.;OPOS=140186979;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:5:1:17:14:5:1:17:14 chr5 140186982 . C A 33.96 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0765515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.752;QD=3.99581;RBI=0.0773726;REFB=-0.00210107;REVB=-0.0112421;RO=27;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.49769;STB=0.832224;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00159163;OID=.;OPOS=140186982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:33:34:27:28:6:6:0.176471:5:1:16:11:5:1:16:12 chr5 140186984 . G A 34.25 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0316436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.912;QD=4.1519;RBI=0.0317538;REFB=-0.00149565;REVB=0.00264269;RO=27;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.49769;STB=0.840471;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00328004;OID=.;OPOS=140186984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:5:1:16:11:5:1:16:11 chr5 140186990 . G A 33.86 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00377944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3726;QD=3.76233;RBI=0.00605547;REFB=-0.00379608;REVB=-0.00473123;RO=28;SAF=1;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.53669;STB=0.860961;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0410357;OID=.;OPOS=140186990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:28:30:6:6:0.166667:5:1:18:10:5:1:19:11 chr5 140187048 . G C 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0199507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.673;QD=7.66792;RBI=0.0209335;REFB=-0.00413824;REVB=0.00633902;RO=35;SAF=8;SAR=4;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861195;STB=0.553754;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0125069;OID=.;OPOS=140187048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:4:8:21:14:4:8:21:14 chr5 140187102 . A G 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0133224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.062;QD=14.7346;RBI=0.0379863;REFB=-0.0248214;REVB=-0.0355734;RO=36;SAF=17;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106206;STB=0.560394;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0267437;OID=.;OPOS=140187102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:10:17:19:17:10:17:19:17 chr5 140187322 . C T 341.97 PASS AF=0.365217;AO=41;DP=114;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.017925;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.051;QD=11.8948;RBI=0.0186614;REFB=-0.00380033;REVB=-0.00519085;RO=73;SAF=18;SAR=23;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136517;STB=0.584118;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00428718;OID=.;OPOS=140187322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:73:73:41:42:0.365217:23:18:41:32:24:18:41:32 chr5 140188383 . T G 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.100938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.201;QD=22.3981;RBI=0.101001;REFB=-0.00104438;REVB=0.0035715;RO=19;SAF=6;SAR=16;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945307;STB=0.553141;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=7.29047e-06;OID=.;OPOS=140188383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:16:6:7:12:16:6:7:12 chr5 140188401 . A G 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00532878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.467;QD=14.7014;RBI=0.0226346;REFB=-0.019874;REVB=-0.0219984;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111711;STB=0.565108;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0250063;OID=.;OPOS=140188401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:7:8:5:7:7:8 chr5 140188575 . G C 199.73 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0520551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8541;QD=19.9728;RBI=0.0527826;REFB=0.0207523;REVB=-0.00873309;RO=20;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250681;STB=0.642704;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0182064;OID=.;OPOS=140188575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:15:5:10:10:15:5:10:10 chr5 140201420 . T C 430.56 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0704254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.028;QD=20.0261;RBI=0.0708197;REFB=-0.0307846;REVB=0.00746291;RO=43;SAF=25;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637939;STB=0.535403;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0391231;OID=.;OPOS=140201420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:18:25:22:21:18:25:22:21 chr5 140203432 . C T 55.75 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00397788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.361;QD=10.1355;RBI=0.0270735;REFB=-0.0456852;REVB=-0.0267797;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150213;STB=0.581189;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0260292;OID=.;OPOS=140203432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:9:14:7:8:0.363636:3:4:5:4:3:5:7:7 chr5 140209467 . T G 123.97 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0582157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3265;QD=17.0995;RBI=0.0593833;REFB=0.00526782;REVB=-0.0117179;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185962;STB=0.58751;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.0101889;OID=.;OPOS=140209467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:13:14:0.482759:6:7:11:4:6:8:11:4 chr5 140214381 . G A 154.71 PASS AF=0.26506;AO=22;DP=83;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.028239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5063;QD=7.4559;RBI=0.0293302;REFB=0.0113161;REVB=-0.00792572;RO=61;SAF=6;SAR=16;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334125;STB=0.702514;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0623887;OID=.;OPOS=140214381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:61:61:22:22:0.26506:16:6:33:28:16:6:33:28 chr5 140221139 . G A 199.25 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0109512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.746;QD=19.4387;RBI=0.0923118;REFB=0.00196804;REVB=0.0916599;RO=21;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176717;STB=0.573694;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00184637;OID=.;OPOS=140221139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:21:19:20:0.487805:5:14:12:9:6:14:12:9 chr5 140222157 . A C 176.14 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0558183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1464;QD=10.2112;RBI=0.0594648;REFB=-0.0331034;REVB=0.0205032;RO=43;SAF=11;SAR=12;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245152;STB=0.614904;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0448051;OID=.;OPOS=140222157;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:46:23:23:0.333333:12:11:30:13:12:11:30:16 chr5 140222641 . A G 60.33 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0132982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.537;QD=17.2381;RBI=0.0332029;REFB=-0.0300157;REVB=-0.0304235;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935942;STB=0.624664;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0215311;OID=.;OPOS=140222641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:5:6:7:8:0.571429:2:5:3:2:2:6:3:3 chr5 140228164 . C A 160.08 PASS AF=0.45;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.014916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.574;QD=16.0075;RBI=0.0167425;REFB=-0.00700727;REVB=-0.00760417;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786889;STB=0.518498;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0116263;OID=.;OPOS=140228164;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:22:17:18:0.45:5:12:14:8:6:12:14:8 chr5 140229086 . C G 541.78 PASS AF=0.528846;AO=54;DP=103;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00514973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9476;QD=20.8378;RBI=0.0453016;REFB=-0.018817;REVB=-0.0450079;RO=48;SAF=21;SAR=33;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614538;STB=0.532981;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0175509;OID=.;OPOS=140229086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:48:49:54:55:0.528846:33:21:22:26:34:21:22:27 chr5 140229368 . G C 326.75 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0256715;FXX=0.0133316;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.5131;QD=17.6621;RBI=0.0338551;REFB=-0.00811566;REVB=-0.0220712;RO=40;SAF=23;SAR=12;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291314;STB=0.669123;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0100211;OID=.;OPOS=140229368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:39:35:35:0.472973:12:23:14:26:12:23:13:26 chr5 140229526 . T G 358.02 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0322204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.158;QD=19.6174;RBI=0.0428237;REFB=-0.0209169;REVB=-0.0282084;RO=36;SAF=27;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202355;STB=0.613055;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0260354;OID=.;OPOS=140229526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:10:27:19:17:10:27:19:17 chr5 140230370 . AA CC 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0154206;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=124.388;QD=15.1036;RBI=0.028081;REFB=-0.0129006;REVB=-0.023468;RO=45;SAF=15;SAR=18;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236365;STB=0.632951;STBP=0.059;TYPE=mnp;VARB=0.0194119;OID=.;OPOS=140230370;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:18:15:31:14:18:15:31:14 chr5 140231237 . T C 727.96 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0095795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3715;QD=59.4254;RBI=0.0486408;REFB=-0.0885706;REVB=0.0476882;RO=2;SAF=24;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000816314;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00341221;OID=.;OPOS=140231237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:49:49:2:1:47:48:0.979592:23:24:1:1:24:24:1:0 chr5 140231252 . T C 187.37 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0577396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7738;QD=14.6953;RBI=0.0666015;REFB=-0.000817687;REVB=0.0331949;RO=29;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19322;STB=0.602639;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00494947;OID=.;OPOS=140231252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:7:14:14:15:7:14:15:15 chr5 140232950 . G C 214.65 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0372585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.626;QD=21.4646;RBI=0.0535538;REFB=-0.00550351;REVB=0.0384683;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918802;STB=0.55151;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00634029;OID=.;OPOS=140232950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:11:10:7:12:11:10:7:12 chr5 140236950 . C G 337.15 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0117265;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.344;QD=22.4768;RBI=0.0120016;REFB=-0.0106166;REVB=-0.00255501;RO=27;SAF=19;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917819;STB=0.542298;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00787226;OID=.;OPOS=140236950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:27:26:34:34:0.566667:15:19:12:15:15:19:12:14 chr5 140237109 . T G 460.91 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0550117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1882;QD=17.2304;RBI=0.0614321;REFB=-0.00978027;REVB=-0.0273425;RO=56;SAF=30;SAR=20;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228382;STB=0.630945;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0097692;OID=.;OPOS=140237109;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:57:50:50:0.46729:20:30:20:36:20:30:20:37 chr5 140237387 . T G 74.21 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0113151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6601;QD=12.3692;RBI=0.0243054;REFB=-0.0328994;REVB=0.021511;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19924;STB=0.639072;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0483231;OID=.;OPOS=140237387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:23:24:14:14:9:10:0.416667:5:4:9:5:6:4:9:5 chr5 140237548 . A G 116.68 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0226672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.071;QD=11.6681;RBI=0.0276597;REFB=-0.0135524;REVB=-0.015851;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355684;STB=0.708624;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0191496;OID=.;OPOS=140237548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:9:5:18:8:9:5:18:8 chr5 140242451 . GC G 178.63 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0249953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.2922;QD=19.3116;RBI=0.0320959;REFB=0.0368212;REVB=-0.0201341;RO=15;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784222;STB=0.54344;STBP=0.577;TYPE=del;VARB=-0.0257392;OID=.;OPOS=140242452;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.594595:22:37:22:37:15:14:8:11:4:91:15:14:8:11:4 chr5 140242479 . T A 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00241505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.485;QD=26.514;RBI=0.022931;REFB=-0.0021292;REVB=0.0228034;RO=19;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00156042;STB=0.500863;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161585;OID=.;OPOS=140242479;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:10:17:12:7:10:17:12:7 chr5 140250252 . T C 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.013836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.302;QD=6.39526;RBI=0.0373431;REFB=-0.00921168;REVB=0.0346853;RO=29;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459407;STB=0.529346;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0395077;OID=.;OPOS=140250252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:5:4:14:15:5:4:14:15 chr5 140255792 . C A 105.55 PASS AF=0.6;AO=10;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0708298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9174;QD=21.1107;RBI=0.121202;REFB=-0.0750239;REVB=-0.0983518;RO=4;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125976;STB=0.517213;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0377223;OID=.;OPOS=140255792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:20:20:4:8:10:12:0.6:5:5:3:1:7:5:3:5 chr5 140263290 . T G 151.89 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0157598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.413;QD=8.55718;RBI=0.0419483;REFB=-0.0348208;REVB=-0.0388753;RO=50;SAF=16;SAR=5;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43028;STB=0.75651;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0447338;OID=.;OPOS=140263290;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:5:16:20:30:5:16:20:30 chr5 140263317 . G T 719.37 PASS AF=0.689655;AO=60;DP=87;FAO=60;FDP=87;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00218276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.229;QD=33.0744;RBI=0.03075;REFB=-0.0190745;REVB=0.0306725;RO=27;SAF=28;SAR=32;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935178;STB=0.550442;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.015439;OID=.;OPOS=140263317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:27:27:60:60:0.689655:32:28:17:10:32:28:17:10 chr5 140307284 . G A 575.5 PASS AF=0.597701;AO=52;DP=87;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00628489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.633;QD=26.4595;RBI=0.0220618;REFB=-0.0192441;REVB=-0.0211476;RO=35;SAF=24;SAR=28;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458279;STB=0.52499;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00782351;OID=.;OPOS=140307284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:35:35:52:52:0.597701:28:24:14:21:28:24:14:21 chr5 140307332 . C T 672.39 PASS AF=0.592593;AO=63;DP=107;FAO=64;FDP=108;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00718116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.41;QD=24.9034;RBI=0.00795971;REFB=-0.0317288;REVB=-0.00343334;RO=41;SAF=29;SAR=34;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200107;STB=0.528446;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0181185;OID=.;OPOS=140307332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:41:44:63:64:0.592593:34:29:20:21:35:29:23:21 chr5 140307746 . C G 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.000715776;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.745;QD=19.9056;RBI=0.00223412;REFB=-0.0106348;REVB=-0.00211636;RO=27;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169242;STB=0.593906;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0103155;OID=.;OPOS=140307746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:16:14:18:9:16:14:18:9 chr5 140307969 . C G 184.36 PASS AF=0.328767;AO=25;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0133769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0288;QD=10.1017;RBI=0.0377251;REFB=-0.00785286;REVB=-0.0352738;RO=48;SAF=12;SAR=13;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116414;STB=0.588829;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.01254;OID=.;OPOS=140307969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:49:25:24:0.328767:13:12:28:20:13:11:29:20 chr5 140309016 . C T 330.03 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0184356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.156;QD=18.335;RBI=0.0279703;REFB=2.47e-05;REVB=-0.0210349;RO=36;SAF=14;SAR=21;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263348;STB=0.639266;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.000398187;OID=.;OPOS=140309016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:35:35:0.486111:21:14:25:11:21:14:25:12 chr5 140346468 . T A 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00532029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.823;QD=12.8973;RBI=0.0124421;REFB=-0.00937757;REVB=0.0112473;RO=30;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970616;STB=0.556894;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0204854;OID=.;OPOS=140346468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:7:10:15:15:7:10:15:15 chr5 140346712 . T C 576.41 PASS AF=0.442029;AO=61;DP=137;FAO=61;FDP=138;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=-0.00366456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.921;QD=16.7077;RBI=0.0341656;REFB=-0.00945289;REVB=-0.0339685;RO=76;SAF=28;SAR=33;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183347;STB=0.597992;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0132871;OID=.;OPOS=140346712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:76:77:61:61:0.442029:33:28:49:27:33:28:49:28 chr5 140347053 . C T 285.96 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0637624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2492;QD=21.9969;RBI=0.086568;REFB=0.009541;REVB=0.0585523;RO=23;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657034;STB=0.536399;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00485499;OID=.;OPOS=140347053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:14:15:10:13:14:15:10:13 chr5 140475980 . G A 91.95 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0510266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.838;QD=16.7179;RBI=0.0552886;REFB=-0.0569902;REVB=-0.0212865;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325354;STB=0.624787;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.051018;OID=.;OPOS=140475980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:22:22:11:10:11:12:0.545455:8:3:7:4:8:4:6:4 chr5 140482483 . G A 286.47 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0102422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.443;QD=24.3807;RBI=0.0394401;REFB=-0.0164612;REVB=0.038087;RO=21;SAF=17;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110699;STB=0.561691;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00808096;OID=.;OPOS=140482483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:9:17:11:10:9:17:11:10 chr5 140502177 . G A 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00317563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.099;QD=19.9758;RBI=0.00545883;REFB=-0.00480189;REVB=0.00444007;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261958;STB=0.64692;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00765194;OID=.;OPOS=140502177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:5:15:9:11:5:15 chr5 140517174 . T C 160.05 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.416;QD=45.7278;RBI=0.0207674;REFB=0;REVB=0.0170774;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136131;OID=.;OPOS=140517174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:6:8:0:0 chr5 140530529 . G A,T 785.11 PASS AF=0.94,0.06;AO=47,3;DP=50;FAO=47,3;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=19,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00866986,0.0063215;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=118.99,10.4151;QD=62.8089;RBI=0.00942717,0.0114194;REFB=0,0;REVB=0.00370203,-0.00951006;RO=0;SAF=28,0;SAR=19,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00154013,0.182731;OID=.,.;OPOS=140530529,140530529;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:50:50:0:0:47,3:47,3:0.94,0.06:19,3:28,0:0:0:19,3:28,0:0:0 chr5 140531174 . GT G,GC 668.95 PASS AF=0.0232558,0.976744;AO=16,30;DP=46;FAO=1,42;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119327,0.113226;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.6886,93.8505;QD=62.2274;RBI=0.119691,0.115749;REFB=0,0;REVB=0.00932594,-0.0240374;RO=0;SAF=15,10;SAR=1,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0162012,0.00116121;OID=.,.;OPOS=140531175,140531175;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0232558,0.976744:16,30:46:1,42:43:0:0,25:1,17:0:0:4:0:15,10:1,20:0:0 chr5 140531746 . C G 393.17 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.183;QD=54.231;RBI=0.0815128;REFB=0;REVB=0.0585823;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254235;OID=.;OPOS=140531746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:15:14:0:0 chr5 140532420 . C G 115.65 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0433255;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.699;QD=17.133;RBI=0.0433959;REFB=-0.00915979;REVB=0.0024703;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519969;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0102713;OID=.;OPOS=140532420;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:13:14:13:13:0.481481:7:6:6:7:7:6:7:7 chr5 140532871 . T A 639.94 PASS AF=1;AO=37;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.191168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0557;QD=58.1762;RBI=0.193507;REFB=-0.114167;REVB=-0.0299959;RO=2;SAF=22;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406887;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00551779;OID=.;OPOS=140532871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:44:2:0:37:44:1:15:22:2:0:15:29:0:0 chr5 140553581 . G C 1381.76 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.342;QD=62.1018;RBI=0.0193064;REFB=0;REVB=0.0144657;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757873;OID=.;OPOS=140553581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:37:51:0:0:37:52:0:0 chr5 140553856 . G A 289.44 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0151236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.8173;QD=46.3098;RBI=0.0296798;REFB=-0.0011913;REVB=-0.0255376;RO=2;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578146;STB=0.531223;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-5.77985e-05;OID=.;OPOS=140553856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:15:8:0:2:15:8:0:2 chr5 140554006 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.066;QD=47.8223;RBI=0.0560442;REFB=0;REVB=0.0139216;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368479;OID=.;OPOS=140554006;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr5 140554481 . G T 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0148;QD=46.8425;RBI=0.123307;REFB=0;REVB=-0.0151806;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0041777;OID=.;OPOS=140554481;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr5 140554606 . T C 753.67 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0637445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7519;QD=56.8808;RBI=0.100586;REFB=0;REVB=-0.0778081;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00172273;OID=.;OPOS=140554606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:16:37:0:0:16:37:0:0 chr5 140554808 . T A 1789.94 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6435;QD=60.6761;RBI=0.0340744;REFB=0;REVB=0.0273337;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238466;OID=.;OPOS=140554808;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:109:118:0:0:109:118:1:59:50:0:0:64:54:0:0 chr5 140558308 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8541;QD=37.4879;RBI=0.0575188;REFB=0;REVB=0.0471818;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112765;OID=.;OPOS=140558308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr5 140558314 . TG CC 102.03 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355065;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=212.787;QD=40.8118;RBI=0.0369554;REFB=0;REVB=-0.0102465;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000586016;OID=.;OPOS=140558314;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:3:6:0:0:4:6:0:0 chr5 140558317 . C G 78.5 PASS AF=0.9;AO=10;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.143903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.925;QD=31.4005;RBI=0.183846;REFB=-0.0104819;REVB=0.114418;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571265;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00666881;OID=.;OPOS=140558317;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:10:9:0.9:4:6:0:0:3:6:0:1 chr5 140558326 . T C 161.11 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000192489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.266;QD=42.9627;RBI=0.055433;REFB=0;REVB=0.0554327;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231669;OID=.;OPOS=140558326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:7:8:0:0 chr5 140559320 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0773046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.883;QD=33.4284;RBI=0.0787212;REFB=0;REVB=0.0148671;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265771;OID=.;OPOS=140559320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr5 140559532 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6197;QD=35.5759;RBI=0.0427294;REFB=0;REVB=-0.0334316;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00050432;OID=.;OPOS=140559532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr5 140559596 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.054;QD=52.6131;RBI=0.0425651;REFB=0;REVB=0.0167392;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241664;OID=.;OPOS=140559596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr5 140563579 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0963793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.084;QD=47.8205;RBI=0.100368;REFB=0;REVB=0.0280135;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107131;OID=.;OPOS=140563579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr5 140564263 . C T 192.8 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.028754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.384;QD=40.5898;RBI=0.0354973;REFB=-0.0820926;REVB=0.0208151;RO=2;SAF=9;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091435;STB=0.549942;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00348046;OID=.;OPOS=140564263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:8:9:2:0:8:9:2:0 chr5 140567264 . G T 711.48 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00394362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.398;QD=52.702;RBI=0.0374121;REFB=-0.00867867;REVB=0.0372036;RO=1;SAF=32;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144938;STB=0.504503;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.000135909;OID=.;OPOS=140567264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:1:2:52:52:0.962963:20:32:1:0:20:32:1:1 chr5 140567445 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.126;QD=57.6806;RBI=0.023527;REFB=0;REVB=0.0226854;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126329;OID=.;OPOS=140567445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr5 140568026 . T C 968.38 PASS AF=1;AO=63;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322229;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.831;QD=57.8134;RBI=0.0492193;REFB=0;REVB=0.0372051;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114283;OID=.;OPOS=140568026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:63:67:1:23:40:0:0:24:43:0:0 chr5 140568034 . C CA 797.65 PASS AF=1;AO=67;DP=72;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268736;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.958;QD=46.9204;RBI=0.110881;REFB=0;REVB=-0.107575;RO=2;SAF=41;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00644175;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0014839;OID=.;OPOS=140568035;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:72:68:68:0:41:27:0:0:14:2:41:26:1:1 chr5 140568998 . C T 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00686466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5602;QD=23.6741;RBI=0.04013;REFB=-0.00358769;REVB=0.0395385;RO=16;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133981;STB=0.575146;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00318959;OID=.;OPOS=140568998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:15:6:7:9:15:6:7:9 chr5 140572668 . C T 599.04 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164469;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4218;QD=61.4395;RBI=0.0463108;REFB=0;REVB=0.0432919;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000975701;OID=.;OPOS=140572668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr5 140573439 . G C 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.116671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8536;QD=62.9802;RBI=0.122349;REFB=0;REVB=-0.0368389;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00213618;OID=.;OPOS=140573439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr5 140573442 . C A,G 659.64 PASS AF=0.0444444,0.955556;AO=2,42;DP=45;FAO=2,43;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517416,0.0477732;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=51.2098,228.087;QD=58.6345;RBI=0.0521056,0.0495054;REFB=-0.00179424,-0.0465021;REVB=-0.00614814,0.012981;RO=1;SAF=2,17;SAR=0,25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697199,0.0184086;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.18405,0.000747398;OID=.,.;OPOS=140573442,140573442;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:45:45:1:0:2,42:2,43:0.0444444,0.955556:0,25:2,17:0:1:0,26:2,17:0:0 chr5 140573754 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5807;QD=44.6897;RBI=0.0654346;REFB=0;REVB=-0.0427903;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254293;OID=.;OPOS=140573754;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr5 140575211 . G T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.052;QD=62.022;RBI=0.0145485;REFB=0;REVB=0.0115561;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42664e-05;OID=.;OPOS=140575211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr5 140580493 . T A 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0137285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.697;QD=8.402;RBI=0.0183683;REFB=-0.00200651;REVB=-0.0122033;RO=21;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31818;STB=0.69952;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00424547;OID=.;OPOS=140580493;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:2:7:11:10:2:7:11:10 chr5 140580931 . C G 550.42 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.482;QD=57.9385;RBI=0.00836033;REFB=-0.0623491;REVB=-0.00814777;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444045;OID=.;OPOS=140580931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:22:16:0:0 chr5 140581510 . G T 692.83 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206807;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.695;QD=62.9848;RBI=0.054244;REFB=0;REVB=0.050147;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021781;OID=.;OPOS=140581510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr5 140594442 . A G 192.71 PASS AF=0.238095;AO=28;DP=124;FAO=30;FDP=126;FR=.;FRO=96;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=61;FWDB=0.0235034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.224;QD=6.11772;RBI=0.0264674;REFB=-0.00814254;REVB=-0.0121701;RO=94;SAF=16;SAR=12;SRF=33;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272437;STB=0.673737;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0280277;OID=.;OPOS=140594442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:94:96:28:30:0.238095:12:16:33:61:12:18:35:61 chr5 140605471 . A G 278.89 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00445313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.207;QD=16.4055;RBI=0.00595167;REFB=-0.0123529;REVB=0.00394867;RO=35;SAF=20;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129013;STB=0.574777;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.018386;OID=.;OPOS=140605471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:37:31:31:0.455882:11:20:18:17:11:20:19:18 chr5 140626566 . A C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.28;QD=49.598;RBI=0.0144305;REFB=0;REVB=0.0117336;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002763;OID=.;OPOS=140626566;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr5 140626571 . C A 255.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2949;QD=51.1722;RBI=0.0459718;REFB=0;REVB=0.0122712;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114858;OID=.;OPOS=140626571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:18:2:0:0:18:2:0:0 chr5 140626626 . C CA 340.66 PASS AF=1;AO=6;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153863;FXX=0.0357015;HRUN=0;LEN=1;MLLD=115.052;QD=50.4688;RBI=0.166665;REFB=0;REVB=0.0640578;RO=21;SAF=0;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.716647;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000596577;OID=.;OPOS=140626627;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:28:27:27:0:11:16:0:0:4:21:0:6:11:10 chr5 140626627 . G A,C 362.64 PASS AF=0.785714,0.214286;AO=20,6;DP=28;FAO=22,6;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=11,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275991,0.0158205;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=106.549,18.1236;QD=51.8058;RBI=0.0454352,0.034428;REFB=0,0;REVB=0.0360922,-0.0305778;RO=1;SAF=11,0;SAR=9,6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0484648,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00372029,0.135818;OID=.,.;OPOS=140626627,140626627;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:28:28:1:0:20,6:22,6:0.785714,0.214286:9,6:11,0:0:1:11,6:11,0:0:0 chr5 140683265 . G A 368.14 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00446927;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.924;QD=19.1242;RBI=0.00893555;REFB=-0.00692968;REVB=-0.00773755;RO=39;SAF=23;SAR=15;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132451;STB=0.573765;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00745619;OID=.;OPOS=140683265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:39:39:38:38:0.493506:15:23:18:21:15:23:18:21 chr5 140699057 . G C 358.09 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0253677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5023;QD=22.3806;RBI=0.0834299;REFB=0.020163;REVB=-0.0794798;RO=28;SAF=22;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328238;STB=0.518106;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0183813;OID=.;OPOS=140699057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:14:22:16:12:14:22:16:12 chr5 140699840 . T G 144.57 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0313315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.52;QD=15.6296;RBI=0.0345826;REFB=-0.0144764;REVB=0.0146389;RO=21;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294822;STB=0.671413;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0302755;OID=.;OPOS=140699840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:12:4:11:10:12:4:11:10 chr5 140710705 . G A 327.4 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332222;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.954;QD=54.5671;RBI=0.0350148;REFB=0;REVB=0.0110598;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123524;OID=.;OPOS=140710705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr5 140712210 . G T 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.471;QD=35.5691;RBI=0.0519075;REFB=0;REVB=0.0158182;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178298;OID=.;OPOS=140712210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr5 140724060 . A C 170.57 PASS AF=0.308824;AO=18;DP=67;FAO=21;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0228194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.941;QD=10.0332;RBI=0.0228258;REFB=-0.00418361;REVB=-0.000542753;RO=36;SAF=3;SAR=15;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503003;STB=0.777996;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0241524;OID=.;OPOS=140724060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:44:18:21:0.308824:15:3:21:15:16:5:29:15 chr5 140724591 . G T 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00218097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.63;QD=5.78796;RBI=0.0551792;REFB=0.00577426;REVB=-0.0551361;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210547;STB=0.6561;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.0241228;OID=.;OPOS=140724591;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:22:23:7:7:0.233333:2:5:12:10:2:5:12:11 chr5 140725828 . C T 497.38 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0617859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9562;QD=26.5267;RBI=0.0874965;REFB=-0.0102674;REVB=0.0619527;RO=27;SAF=29;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130269;STB=0.572679;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00504462;OID=.;OPOS=140725828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:27:29:46:46:0.613333:17:29:12:15:17:29:13:16 chr5 140731408 . A G 111.06 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00458409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.936;QD=16.4531;RBI=0.0379803;REFB=-0.0272509;REVB=-0.0377027;RO=14;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396177;STB=0.732918;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0426807;OID=.;OPOS=140731408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:11:2:7:7:11:2:7:7 chr5 140736474 . T G 289.79 PASS AF=0.541667;AO=27;DP=49;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00473526;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.332;QD=24.1491;RBI=0.0152233;REFB=-0.0213254;REVB=0.0144681;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516261;STB=0.520817;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0171697;OID=.;OPOS=140736474;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:22:22:27:26:0.541667:14:13:12:10:13:13:12:10 chr5 140739737 . G C 376.11 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0113877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5698;QD=16.0047;RBI=0.0401916;REFB=-0.00121795;REVB=0.0385446;RO=54;SAF=19;SAR=21;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127141;STB=0.571394;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00259564;OID=.;OPOS=140739737;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:21:19:19:35:21:19:19:35 chr5 140741673 . G C 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00688572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.305;QD=9.56958;RBI=0.0404733;REFB=0.0240341;REVB=-0.0398833;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303091;STB=0.683772;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.043622;OID=.;OPOS=140741673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:5:10:3:5:5:10 chr5 140741738 . G C 180.05 PASS AF=0.44186;AO=20;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0589993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.4406;QD=16.7489;RBI=0.169765;REFB=-0.0511057;REVB=-0.159183;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803399;STB=0.575759;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0473575;OID=.;OPOS=140741738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:24:20:19:0.44186:12:8:7:15:11:8:7:17 chr5 140741761 . A G 234.19 PASS AF=0.46;AO=14;DP=53;FAO=23;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.00208368;FXX=0.0565931;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.729;QD=18.7352;RBI=0.009416;REFB=-0.0294872;REVB=0.00918255;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393323;STB=0.638605;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0311184;OID=.;OPOS=140741761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:17:22:14:23:0.46:8:6:1:16:14:9:3:19 chr5 140744395 . T C 859.46 PASS AF=0.52439;AO=84;DP=164;FAO=86;FDP=164;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.0186197;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.535;QD=20.9623;RBI=0.0214341;REFB=-0.0318358;REVB=0.0106173;RO=80;SAF=36;SAR=48;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529599;STB=0.539249;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0288855;OID=.;OPOS=140744395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:80:78:84:86:0.52439:48:36:39:41:50:36:39:39 chr5 140745224 . G A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0451187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.389;QD=8.69138;RBI=0.0469167;REFB=-0.00183227;REVB=-0.0128639;RO=17;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293402;STB=0.68796;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00102077;OID=.;OPOS=140745224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:7:1:5:12:7:1:5:12 chr5 140750044 . T C 3056.8 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.438;QD=63.6833;RBI=0.054809;REFB=0;REVB=0.022876;RO=0;SAF=131;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1619e-05;OID=.;OPOS=140750044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:192:0:0:192:192:1:61:131:0:0:61:131:0:0 chr5 140751128 . C G 132.75 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00844507;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.214;QD=14.3514;RBI=0.0167552;REFB=-0.0305068;REVB=-0.0144713;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175409;STB=0.510191;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0618686;OID=.;OPOS=140751128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:22:22:15:15:0.405405:10:5:7:15:10:5:7:15 chr5 140751389 . C T 447.02 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.041635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7864;QD=18.4336;RBI=0.0420667;REFB=-0.0162292;REVB=0.00601118;RO=51;SAF=29;SAR=16;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441829;STB=0.528443;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0199256;OID=.;OPOS=140751389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:52:45:45:0.463918:16:29:35:16:16:29:36:16 chr5 140753842 . C A 708.92 PASS AF=0.561983;AO=68;DP=121;FAO=68;FDP=121;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00980985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5687;QD=23.4352;RBI=0.00993753;REFB=0.00522102;REVB=0.00158789;RO=53;SAF=36;SAR=32;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142988;STB=0.50781;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00436612;OID=.;OPOS=140753842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:53:53:68:68:0.561983:32:36:29:24:32:36:29:24 chr5 140755387 . C T 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00534974;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.362;QD=26.3416;RBI=0.0151453;REFB=-0.00580337;REVB=0.014169;RO=11;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166367;STB=0.59224;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00413151;OID=.;OPOS=140755387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:10:9:8:3:10:9:8:3 chr5 140755495 . A G 74.45 PASS AF=0.692308;AO=8;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0416208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.698;QD=22.9091;RBI=0.0582435;REFB=-0.0421736;REVB=-0.0407433;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141787;STB=0.592358;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0275869;OID=.;OPOS=140755495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:8:9:0.692308:7:1:1:3:8:1:1:3 chr5 140762763 . T C 335.94 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.000396187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.028;QD=19.761;RBI=0.0216318;REFB=-0.0148146;REVB=0.0216282;RO=33;SAF=12;SAR=23;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391837;STB=0.521727;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0174534;OID=.;OPOS=140762763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:23:12:10:23:23:12:10:23 chr5 140762993 . G A 377.87 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00221206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1624;QD=26.9903;RBI=0.00939687;REFB=-0.0277995;REVB=-0.00913279;RO=20;SAF=16;SAR=20;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365895;STB=0.519989;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0155457;OID=.;OPOS=140762993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:20:16:10:10:20:16:10:10 chr5 140763029 . A G 315.11 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0372896;FXX=0.0434688;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1802;QD=28.646;RBI=0.0409616;REFB=-0.00410806;REVB=0.0169512;RO=17;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167821;STB=0.592524;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0128778;OID=.;OPOS=140763029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:16:11:11:6:16:11:11:6 chr5 140763888 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0094452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.672;QD=9.7602;RBI=0.00973854;REFB=0.00945184;REVB=-0.00237222;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125019;STB=0.50767;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.0100653;OID=.;OPOS=140763888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:5:7:4:3:5:7 chr5 140767902 . C A 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00923366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0074;QD=13.2044;RBI=0.0153158;REFB=-0.0274279;REVB=-0.0122193;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275357;STB=0.66611;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0304463;OID=.;OPOS=140767902;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:4:2:4:2:4:2 chr5 140767989 . C T 235.21 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0188144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.617;QD=25.4278;RBI=0.019903;REFB=-0.0354658;REVB=-0.00649228;RO=15;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402817;STB=0.522368;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0209993;OID=.;OPOS=140767989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:10:12:9:6:10:12:9:6 chr5 140768709 . G A 258.57 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0104262;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.39;QD=16.1603;RBI=0.0301656;REFB=-0.00255114;REVB=-0.0283066;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148507;STB=0.597586;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00351839;OID=.;OPOS=140768709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:35:29:29:0.453125:16:13:20:13:16:13:22:13 chr5 140772941 . T G 303.32 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0322786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8441;QD=22.0592;RBI=0.0330668;REFB=0.0150444;REVB=-0.00717676;RO=24;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201809;STB=0.511156;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.0223134;OID=.;OPOS=140772941;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:16:15:11:13:16:15:11:13 chr5 140774270 . A C 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00458207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.498;QD=15.7005;RBI=0.0073973;REFB=-0.0163099;REVB=-0.0058073;RO=19;SAF=12;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213434;STB=0.624816;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0159728;OID=.;OPOS=140774270;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:3:12:12:7:3:12:12:7 chr5 140774288 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00593424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.614;QD=60.6095;RBI=0.0112318;REFB=0;REVB=0.0095362;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93845e-05;OID=.;OPOS=140774288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr5 140783596 . C T 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0152791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.614;QD=20.9021;RBI=0.0161421;REFB=-0.0240778;REVB=0.00520745;RO=28;SAF=20;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321831;STB=0.517809;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0192751;OID=.;OPOS=140783596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:13:20:18:10:13:20:18:10 chr5 140784055 . T C 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0248365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.902;QD=21.7452;RBI=0.0384512;REFB=-0.0138834;REVB=-0.0293538;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809189;STB=0.545407;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0122209;OID=.;OPOS=140784055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:6:10:10:9:6:10 chr5 140787850 . C G 247.09 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.000823453;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.066;QD=13.7272;RBI=0.00825192;REFB=-0.0103878;REVB=-0.00821073;RO=42;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658703;STB=0.545158;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0220903;OID=.;OPOS=140787850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:43:29:29:0.402778:17:12:20:22:17:12:21:22 chr5 140789158 . G A 86.7 PASS AF=0.44;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.029726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.749;QD=13.8716;RBI=0.0313623;REFB=-0.0100007;REVB=0.00999794;RO=14;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233934;STB=0.655393;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.01053;OID=.;OPOS=140789158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:24:25:14:14:10:11:0.44:9:1:3:11:10:1:3:11 chr5 140789933 . G A 553.13 PASS AF=0.617284;AO=50;DP=81;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.000544885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.152;QD=27.3148;RBI=0.018606;REFB=-0.0119019;REVB=0.0185981;RO=31;SAF=16;SAR=34;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775745;STB=0.542337;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00517814;OID=.;OPOS=140789933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:31:31:50:50:0.617284:34:16:13:18:34:16:13:18 chr5 140793007 . A G 551.52 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0071205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.785;QD=22.2837;RBI=0.00911464;REFB=-0.0126306;REVB=0.00568991;RO=47;SAF=29;SAR=23;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224379;STB=0.512363;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00955273;OID=.;OPOS=140793007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:23:29:25:22:23:29:25:22 chr5 140794814 . C T 247.07 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0062524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.853;QD=24.7073;RBI=0.023287;REFB=-0.00904545;REVB=-0.022432;RO=17;SAF=19;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765814;STB=0.542818;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00709556;OID=.;OPOS=140794814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:4:19:13:4:4:19:13:4 chr5 140797630 . G T 537.56 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0376421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.473;QD=17.6249;RBI=0.0381897;REFB=-0.018927;REVB=0.0064435;RO=65;SAF=28;SAR=29;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580711;STB=0.532247;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0206975;OID=.;OPOS=140797630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:65:57:57:0.467213:29:28:28:37:29:28:28:37 chr5 140799812 . G A 323.55 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0718267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2965;QD=16.8077;RBI=0.0729033;REFB=0.00279642;REVB=-0.0124828;RO=40;SAF=14;SAR=21;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12049;STB=0.568382;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00652178;OID=.;OPOS=140799812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:42:35:35:0.454545:21:14:21:19:21:14:22:20 chr5 140857798 . T C 286.23 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0657227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.594;QD=18.1733;RBI=0.0688033;REFB=-0.0124645;REVB=0.020357;RO=31;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508191;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0130188;OID=.;OPOS=140857798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:31:31:0.492063:15:16:16:15:15:16:16:16 chr5 140871249 . G T 67.89 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0949269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0186;QD=14.2917;RBI=0.0949409;REFB=0.00218072;REVB=-0.00163036;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133598;STB=0.578146;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00229575;OID=.;OPOS=140871249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:3:7:5:4:3:7 chr5 140903792 . G A 288.02 PASS AF=0.54;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0405982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2302;QD=23.0414;RBI=0.0408978;REFB=0.00200248;REVB=0.00494138;RO=22;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13312;STB=0.571374;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00211779;OID=.;OPOS=140903792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:23:26:27:0.54:18:8:10:12:18:9:11:12 chr5 141014494 . T C 465.81 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=0.00997382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.572;QD=16.6362;RBI=0.0119257;REFB=-0.00992958;REVB=0.00653807;RO=60;SAF=29;SAR=22;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256272;STB=0.645715;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00793767;OID=.;OPOS=141014494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:60:61:51:51:0.455357:22:29:18:42:22:29:18:43 chr5 141016288 . T G 336.86 PASS AF=0.39;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00144651;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.34;QD=13.4743;RBI=0.00981433;REFB=-0.0245474;REVB=0.00970714;RO=60;SAF=17;SAR=22;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12159;STB=0.573875;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0378565;OID=.;OPOS=141016288;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:60:61:39:39:0.39:22:17:33:27:22:17:34:27 chr5 141021093 . T G 183.04 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0087649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.155;QD=13.312;RBI=0.0244469;REFB=-0.00981364;REVB=-0.0228216;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337589;STB=0.519417;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0176889;OID=.;OPOS=141021093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:8:14:20:13:8:14:20:13 chr5 141022081 . TAATAA T 238.11 PASS AF=0.353846;AO=30;DP=129;FAO=46;FDP=130;FR=.;FRO=84;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=0.0118942;FXX=0.115638;HRUN=2;LEN=5;MLLD=221.553;QD=7.32652;RBI=0.0125499;REFB=-0.0161985;REVB=-0.00400338;RO=53;SAF=11;SAR=19;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120335;STB=0.505526;STBP=0.939;TYPE=del;VARB=0.029032;OID=.;OPOS=141022082;OREF=AATAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.353846:30:129:46:130:84:19:27:34:50:99:53:11:19:25:28 chr5 141025730 . T G 389.52 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0187906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4846;QD=16.401;RBI=0.0213165;REFB=-0.0114711;REVB=-0.0100653;RO=53;SAF=20;SAR=21;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216997;STB=0.50693;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0134979;OID=.;OPOS=141025730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:53:54:41:41:0.431579:21:20:27:26:21:20:27:27 chr5 141059649 . A G 36.32 PASS AF=0.545455;AO=4;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0234425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.562;QD=13.2088;RBI=0.0336929;REFB=-0.0454696;REVB=-0.0242004;RO=5;SAF=2;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874326;STB=0.53322;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0485366;OID=.;OPOS=141059649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:4:6:0.545455:2:2:3:2:2:4:3:2 chr5 141243646 . A G 2406.51 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.171;QD=64.1736;RBI=0.0147019;REFB=0;REVB=0.00405822;RO=0;SAF=66;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47119e-05;OID=.;OPOS=141243646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:150:0:0:149:150:1:83:66:0:0:84:66:0:0 chr5 141248963 . T G 83.48 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0013618;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.239;QD=18.5511;RBI=0.00154287;REFB=0.00201996;REVB=-0.000725217;RO=9;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34303;STB=0.719451;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00149811;OID=.;OPOS=141248963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:19:18:9:8:10:10:0.555556:1:9:6:3:1:9:5:3 chr5 141324954 . AC ACCTGCTGCTG,TG 353.39 PASS AF=0.890909,0.0636364;AO=29,7;DP=110;FAO=98,7;FDP=110;FR=.;FRO=5;FSAF=89,7;FSAR=9,0;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0201455,-0.0152145;FXX=0.0090082;HRUN=2,1;LEN=9,2;MLLD=77.0017,175.527;QD=12.8505;RBI=0.0203944,0.0476542;REFB=-0.068532,-0.00701839;REVB=0.00317599,-0.0451602;RO=62;SAF=21,7;SAR=8,0;SRF=62;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.548558,0;STB=0.565963,0.99785;STBP=0.009,0.016;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0110697,0.0686557;OID=.,.;OPOS=141324956,141324954;OREF=-,AC;OALT=CTGCTGCTG,TG;OMAPALT=ACCTGCTGCTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:110:110:62:5:29,7:98,7:0.890909,0.0636364:8,0:21,7:62:0:9,0:89,7:2:3 chr5 141325249 . T C 1398.36 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0190713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.266;QD=61.4663;RBI=0.0265033;REFB=-0.0158661;REVB=0.0184041;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=2.41125e-05;OID=.;OPOS=141325249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:0:1:89:90:0.989011:57:32:0:0:57:33:1:0 chr5 141335241 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.034;QD=60.2306;RBI=0.0211047;REFB=0;REVB=0.00756625;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49449e-05;OID=.;OPOS=141335241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr5 141335284 . G A 940.34 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205477;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3606;QD=58.7712;RBI=0.146774;REFB=0;REVB=0.145328;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126253;OID=.;OPOS=141335284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr5 141336264 . G T 782.02 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.835;QD=56.8739;RBI=0.043939;REFB=0;REVB=0.00742843;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72479e-05;OID=.;OPOS=141336264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:32:20:0:0:35:20:0:0 chr5 141337126 . C T 756.22 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.713;QD=54.998;RBI=0.103722;REFB=-0.0779874;REVB=0.0224817;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209328;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00523613;OID=.;OPOS=141337126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:1:0:53:55:1:31:22:1:0:31:24:0:0 chr5 141337225 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.157;QD=50.4134;RBI=0.0340936;REFB=0;REVB=0.0123006;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402686;OID=.;OPOS=141337225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr5 141391532 . G A 1491.62 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8734;QD=63.4731;RBI=0.0515114;REFB=0;REVB=0.0320389;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.64266e-05;OID=.;OPOS=141391532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:54:40:0:0:54:40:0:0 chr5 141531735 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.917;QD=59.6795;RBI=0.0398084;REFB=0;REVB=0.015862;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34868e-05;OID=.;OPOS=141531735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:37:31:0:0:37:33:0:0 chr5 141774020 . G A 1039.4 PASS AF=0.507246;AO=105;DP=207;FAO=105;FDP=207;FR=.;FRO=102;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=36;FSRR=66;FWDB=0.00892871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9158;QD=20.085;RBI=0.060564;REFB=-0.0235906;REVB=0.0599022;RO=100;SAF=52;SAR=53;SRF=36;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120684;STB=0.570204;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0163798;OID=.;OPOS=141774020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:100:102:105:105:0.507246:53:52:36:64:53:52:36:66 chr5 141973349 . C G 237.38 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00416046;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4537;QD=11.304;RBI=0.00482564;REFB=-0.0104857;REVB=0.00244486;RO=52;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106128;STB=0.502957;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0268229;OID=.;OPOS=141973349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:52:55:29:29:0.345238:17:12:22:30:17:12:23:32 chr5 141973501 . T C 226.58 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00648822;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.552;QD=13.3284;RBI=0.018574;REFB=-0.00342788;REVB=0.0174039;RO=40;SAF=9;SAR=18;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206882;STB=0.626167;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00616142;OID=.;OPOS=141973501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:27:27:0.397059:18:9:21:19:18:9:22:19 chr5 142254679 . A G 134.07 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0431976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.108;QD=9.40849;RBI=0.0528318;REFB=-0.0167842;REVB=-0.0304167;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153025;STB=0.581306;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0229694;OID=.;OPOS=142254679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:38:39:18:18:0.315789:8:10:16:22:8:10:17:22 chr5 142421415 . T G 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00359426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.625;QD=10.4742;RBI=0.00682012;REFB=-0.000584205;REVB=-0.00579615;RO=37;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280697;STB=0.663458;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00145816;OID=.;OPOS=142421415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:8:11:12:25:8:11:12:25 chr5 142593652 . C T 940.33 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147787;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.547;QD=58.7704;RBI=0.0184401;REFB=0;REVB=-0.0110285;RO=0;SAF=54;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65954e-06;OID=.;OPOS=142593652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:10:54:0:0:10:54:0:0 chr5 143059433 . T C 160.27 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00171934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.711;QD=18.8557;RBI=0.017673;REFB=-0.0267434;REVB=0.0175892;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221949;STB=0.62671;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.063057;OID=.;OPOS=143059433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:12:5:9:8:12:5:9:8 chr5 143200053 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0034119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.327;QD=59.4356;RBI=0.018814;REFB=0;REVB=-0.018502;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.93491e-05;OID=.;OPOS=143200053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr5 145246085 . T G 811.86 PASS AF=0.464865;AO=82;DP=184;FAO=86;FDP=185;FR=.;FRO=99;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=60;FSRR=39;FWDB=-0.019708;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.903;QD=17.5537;RBI=0.0197229;REFB=-0.0039863;REVB=-0.000767034;RO=99;SAF=47;SAR=35;SRF=61;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436304;STB=0.519913;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00331256;OID=.;OPOS=145246085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:99:99:82:86:0.464865:35:47:61:38:37:49:60:39 chr5 145393364 . C T 545.13 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000251039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.149;QD=57.3816;RBI=0.0398147;REFB=0.0236029;REVB=0.0398139;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228411;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-1.93959e-05;OID=.;OPOS=145393364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:17:20:1:0:17:20:1:0 chr5 145439647 . T C,G 1028.75 PASS AF=0.929577,0.0704225;AO=65,5;DP=70;FAO=66,5;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=15,5;FSAR=51,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302507,0.00716207;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.438,125.696;QD=57.9578;RBI=0.0302554,0.00751762;REFB=0,0;REVB=0.000534125,0.0022846;RO=0;SAF=15,5;SAR=50,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00132893,0.0357832;OID=.,.;OPOS=145439647,145439647;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:70:71:0:0:65,5:66,5:0.929577,0.0704225:50,0:15,5:0:0:51,0:15,5:0:0 chr5 145442133 . G A 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00832283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.441;QD=16.4248;RBI=0.01325;REFB=-0.00853378;REVB=0.0103099;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33488;STB=0.689369;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0103876;OID=.;OPOS=145442133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:1:10:6:5:1:10 chr5 145442203 . G C 300.05 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.028668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0015;QD=44.4524;RBI=0.030772;REFB=-0.05233;REVB=0.011183;RO=3;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084107;STB=0.545418;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0279928;OID=.;OPOS=145442203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:15:9:0:3:15:9:0:3 chr5 145872579 . G A,GA 36.69 PASS AF=0,0.155556;AO=3,5;DP=48;FAO=0,7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=0,5;FSAR=0,2;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00273121,-0.038573;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=41.6328,22.406;QD=3.26166;RBI=0.0183603,0.0599834;REFB=-0.00496221,-0.0131137;REVB=-0.0181561,0.0459361;RO=39;SAF=2,4;SAR=1,1;SRF=13;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.322058,0.49649;STB=0.5,0.756883;STBP=1,0.201;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0561967;OID=.,.;OPOS=145872579,145872580;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:48:45:39:38:3,5:0,7:0,0.155556:1,1:2,4:13:26:0,2:0,5:15:23 chr5 145890028 . A G 855.1 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217641;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.887;QD=57.973;RBI=0.0383521;REFB=0;REVB=0.0315786;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104957;OID=.;OPOS=145890028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr5 145894896 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.928;QD=62.0218;RBI=0.0482718;REFB=0;REVB=0.0411278;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293673;OID=.;OPOS=145894896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr5 145935658 . G A 618.14 PASS AF=0.444444;AO=65;DP=150;FAO=68;FDP=153;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.00998213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.528;QD=16.1606;RBI=0.0253413;REFB=-0.0100416;REVB=-0.0232924;RO=85;SAF=28;SAR=37;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528763;STB=0.531429;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0203518;OID=.;OPOS=145935658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:153:85:85:65:68:0.444444:37:28:41:44:39:29:41:44 chr5 146971253 . C T 190.65 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.934;QD=47.6632;RBI=0.0603947;REFB=0;REVB=-0.042011;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00549338;OID=.;OPOS=146971253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:13:16:1:9:4:0:0:10:6:0:0 chr5 147012291 . G A 433.3 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00663652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9523;QD=18.0541;RBI=0.0165856;REFB=-0.016326;REVB=0.0152;RO=51;SAF=23;SAR=21;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876833;STB=0.5538;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0195927;OID=.;OPOS=147012291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:51:52:44:44:0.458333:21:23:22:29:21:23:22:30 chr5 147024476 . C A 333.96 PASS AF=0.393617;AO=36;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0155172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.668;QD=14.2112;RBI=0.0170294;REFB=0.00282406;REVB=-0.00701546;RO=57;SAF=19;SAR=17;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769223;STB=0.534731;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00469099;OID=.;OPOS=147024476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:36:37:0.393617:17:19:26:31:18:19:26:31 chr5 147024509 . C T 216.93 PASS AF=0.346154;AO=26;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00459527;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4134;QD=11.1244;RBI=0.0242259;REFB=0.000606661;REVB=-0.0237861;RO=52;SAF=13;SAR=13;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505699;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00383178;OID=.;OPOS=147024509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:51:26:27:0.346154:13:13:26:26:14:13:25:26 chr5 147207678 . T C 660.28 PASS AF=0.468531;AO=67;DP=143;FAO=67;FDP=143;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.0387279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.15;QD=18.4692;RBI=0.0388909;REFB=0.00784537;REVB=0.00355755;RO=76;SAF=31;SAR=36;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147818;STB=0.508194;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00618046;OID=.;OPOS=147207678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:76:76:67:67:0.468531:36:31:34:42:36:31:34:42 chr5 147468614 . A G 1335.63 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0133135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.6221;QD=58.0708;RBI=0.0469083;REFB=-0.0921337;REVB=0.0449794;RO=3;SAF=40;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724992;STB=0.501222;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0242528;OID=.;OPOS=147468614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:3:2:89:90:0.978261:49:40:1:2:50:40:1:1 chr5 147475386 . A G 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=0.000100488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.028;QD=16.8944;RBI=0.0294457;REFB=0.000300923;REVB=0.0294455;RO=37;SAF=22;SAR=10;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146734;STB=0.581609;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000172276;OID=.;OPOS=147475386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:10:22:30:7:10:22:30:7 chr5 147477551 . C T 446.76 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00274678;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.237;QD=23.2083;RBI=0.00803027;REFB=-0.0163836;REVB=-0.00754589;RO=32;SAF=14;SAR=29;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693445;STB=0.555823;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0134468;OID=.;OPOS=147477551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:34:43:43:0.558442:29:14:13:19:29:14:15:19 chr5 147480027 . G A 670.06 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.886;QD=62.331;RBI=0.0629401;REFB=0;REVB=0.059501;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125186;OID=.;OPOS=147480027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr5 147480112 . T C 888.82 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000909918;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.901;QD=58.2832;RBI=0.0233717;REFB=0;REVB=0.0233539;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58665e-05;OID=.;OPOS=147480112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr5 147480955 . A G 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.1109;QD=60.224;RBI=0.0574854;REFB=0;REVB=0.0497738;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529284;OID=.;OPOS=147480955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr5 147481430 . A G 1057.75 PASS AF=1;AO=64;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341414;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.6025;QD=55.671;RBI=0.0692538;REFB=-0.107207;REVB=0.0602532;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00728381;OID=.;OPOS=147481430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:76:0:0:64:76:1:25:39:0:0:29:47:0:0 chr5 147486677 . C A 967.89 PASS AF=0.971831;AO=65;DP=67;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0554594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4648;QD=54.5293;RBI=0.0669127;REFB=-0.193495;REVB=-0.0374375;RO=2;SAF=31;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295018;STB=0.51562;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00500301;OID=.;OPOS=147486677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:71:2:2:65:69:0.971831:34:31:2:0:38:31:2:0 chr5 147488367 . C T 483.17 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.409;QD=58.5658;RBI=0.033836;REFB=0;REVB=0.031926;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135511;OID=.;OPOS=147488367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr5 147498019 . G A 483.99 PASS AF=0.409091;AO=54;DP=133;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.00981755;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.321;QD=14.6663;RBI=0.0137477;REFB=-0.00724911;REVB=-0.00962373;RO=77;SAF=29;SAR=25;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860472;STB=0.544546;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0104618;OID=.;OPOS=147498019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:77:78:54:54:0.409091:25:29:35:42:25:29:36:42 chr5 147499616 . C T 215.15 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0358019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2015;QD=12.8447;RBI=0.0443211;REFB=-0.0386406;REVB=-0.0261263;RO=38;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039533;STB=0.503629;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0227375;OID=.;OPOS=147499616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:38:41:26:26:0.38806:16:10:16:22:16:10:16:25 chr5 147499670 . C T 219.84 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.00113459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.809;QD=11.8835;RBI=0.0076284;REFB=0.00263579;REVB=-0.00754355;RO=47;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103258;STB=0.55928;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00442374;OID=.;OPOS=147499670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:16:11:15:32:16:11:15:32 chr5 147505116 . G A 381.6 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.048511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.362;QD=22.4468;RBI=0.0533125;REFB=-0.0273307;REVB=-0.0221112;RO=29;SAF=19;SAR=19;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149446;STB=0.58819;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0240141;OID=.;OPOS=147505116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:29:30:38:38:0.558824:19:19:9:20:19:19:9:21 chr5 147510866 . T C 561.36 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00155571;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.538;QD=23.3898;RBI=0.0535956;REFB=-0.00413462;REVB=0.053573;RO=44;SAF=36;SAR=16;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534048;STB=0.5294;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00357805;OID=.;OPOS=147510866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:44:52:52:0.541667:16:36:28:16:16:36:28:16 chr5 147516598 . T C 348.56 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0237718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.362;QD=19.9178;RBI=0.0335901;REFB=-0.011256;REVB=-0.0237317;RO=30;SAF=22;SAR=14;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486932;STB=0.511621;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0180508;OID=.;OPOS=147516598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:30:34:36:36:0.514286:14:22:20:10:14:22:20:14 chr5 147554889 . A C 2638.27 PASS AF=0.988439;AO=171;DP=175;FAO=171;FDP=173;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0160318;FXX=0.0170445;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.156;QD=61.0004;RBI=0.035097;REFB=-0.0709824;REVB=0.0312214;RO=2;SAF=78;SAR=93;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000972515;STB=0.500511;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=8.48379e-05;OID=.;OPOS=147554889;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:175:173:2:2:171:171:0.988439:93:78:1:1:93:78:1:1 chr5 147593497 . C A 586.11 PASS AF=0.469231;AO=61;DP=130;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.00046222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.013;QD=18.0342;RBI=0.0119114;REFB=-0.00320515;REVB=-0.0119025;RO=69;SAF=28;SAR=33;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142389;STB=0.578922;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00381824;OID=.;OPOS=147593497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:69:69:61:61:0.469231:33:28:42:27:33:28:42:27 chr5 147856333 . G A 182.13 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0121238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.158;QD=16.9425;RBI=0.0122421;REFB=0.00133773;REVB=0.00169831;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256938;STB=0.51469;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00186663;OID=.;OPOS=147856333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:10:9:12:12:10:9:12:12 chr5 148042247 . G A 238.01 PASS AF=0.628571;AO=21;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0516669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0351;QD=27.2012;RBI=0.0521504;REFB=-0.0183639;REVB=-0.00708476;RO=13;SAF=4;SAR=17;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186726;STB=0.608913;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00953435;OID=.;OPOS=148042247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:21:22:0.628571:17:4:5:8:18:4:5:8 chr5 148206440 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0200508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.366;QD=19.1804;RBI=0.0274791;REFB=-0.0074536;REVB=0.0187901;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00564475;STB=0.503221;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00456371;OID=.;OPOS=148206440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:5:6:7:6:5:6 chr5 148206473 . G C 382.66 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.15;QD=52.7802;RBI=0.0758172;REFB=-0.090634;REVB=0.0747484;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000983577;OID=.;OPOS=148206473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:15:13:0:0:15:13:1:0 chr5 148206646 . G A 433.27 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0254959;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.608;QD=17.5058;RBI=0.0284401;REFB=-0.0156219;REVB=0.0126016;RO=53;SAF=23;SAR=21;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498292;STB=0.517677;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0178988;OID=.;OPOS=148206646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:53:55:44:44:0.444444:21:23:25:28:21:23:27:28 chr5 148206917 . C A 217.9 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00445373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.536;QD=13.6184;RBI=0.00491825;REFB=-0.00565217;REVB=0.00208649;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109435;STB=0.522874;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00796718;OID=.;OPOS=148206917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:38:26:26:0.40625:12:14:19:17:12:14:19:19 chr5 148207447 . G C 650.01 PASS AF=0.47482;AO=66;DP=139;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0110668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.994;QD=18.7053;RBI=0.0114467;REFB=-0.00878381;REVB=-0.00292425;RO=70;SAF=30;SAR=36;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244437;STB=0.508584;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0120582;OID=.;OPOS=148207447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:70:73:66:66:0.47482:36:30:30:40:36:30:32:41 chr5 148207633 . G A 256.28 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00461678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.862;QD=22.7802;RBI=0.0130248;REFB=-0.0336389;REVB=-0.0121791;RO=21;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439107;STB=0.524569;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0224151;OID=.;OPOS=148207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:16:8:8:13:16:8:8:13 chr5 148207667 . C CCG,CG 162.98 PASS AF=0.241379,0.344828;AO=8,8;DP=29;FAO=7,10;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=0,0;FSAR=7,10;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=11,0;LEN=2,1;MLLD=345.099,344.308;QD=22.4798;RBI=0.00195332,0.00287671;REFB=0.0087794,0.00970988;REVB=0.00195332,0.00287671;RO=12;SAF=0,0;SAR=8,8;SRF=0;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0115338,-0.0125255;OID=.,.;OPOS=148207668,148207668;OREF=-,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CCG,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.241379,0.344828:8,8:29:7,10:29:12:0,0:7,10:0:12:49:12:0,0:8,8:0:12 chr5 148386525 . T G 134.47 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0308224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1949;QD=12.2245;RBI=0.0532252;REFB=-0.00445777;REVB=-0.0433924;RO=28;SAF=11;SAR=4;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118055;STB=0.583223;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00826886;OID=.;OPOS=148386525;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:28:28:15:16:0.363636:4:11:18:10:4:12:18:10 chr5 148407708 . A C 460.67 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0601758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1916;QD=57.5836;RBI=0.0648146;REFB=0;REVB=0.0240792;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180825;OID=.;OPOS=148407708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:30:32:1:19:11:0:0:21:11:0:0 chr5 148407893 . C A 198.27 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00899016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.774;QD=13.2181;RBI=0.00900952;REFB=-0.0106736;REVB=0.000590394;RO=36;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045822;STB=0.526294;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0146145;OID=.;OPOS=148407893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:9:15:21:15:9:15:21:15 chr5 148408101 . A G 245.03 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00651949;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.874;QD=17.502;RBI=0.00922197;REFB=-0.0141272;REVB=-0.00652234;RO=29;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240726;STB=0.513504;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0148626;OID=.;OPOS=148408101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:18:9:9:20:18:9:9:20 chr5 148578636 . T C 310.61 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0102556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.17;QD=16.3481;RBI=0.0119234;REFB=-0.00111979;REVB=0.00608198;RO=42;SAF=19;SAR=15;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125774;STB=0.507071;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00142124;OID=.;OPOS=148578636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:15:19:24:18:15:19:24:18 chr5 148610276 . C A 800.38 PASS AF=0.471591;AO=81;DP=174;FAO=83;FDP=176;FR=.;FRO=93;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.00168091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.915;QD=18.1905;RBI=0.00605047;REFB=-0.0231534;REVB=-0.0058123;RO=92;SAF=34;SAR=47;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147771;STB=0.504554;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0258591;OID=.;OPOS=148610276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:92:93:81:83:0.471591:47:34:40:52:48:35:40:53 chr5 148618813 . G A 400.47 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0293914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2528;QD=21.3582;RBI=0.0348383;REFB=0.00968769;REVB=0.0187045;RO=32;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51999;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0116612;OID=.;OPOS=148618813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:35:40:40:0.533333:20:20:16:16:20:20:19:16 chr5 148627252 . G A 380.44 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0239384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.03;QD=22.0547;RBI=0.0241713;REFB=-0.0182896;REVB=-0.00334758;RO=30;SAF=8;SAR=30;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134212;STB=0.569581;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0176618;OID=.;OPOS=148627252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:31:38:38:0.550725:30:8:10:20:30:8:10:21 chr5 148720087 . T G 1008.97 PASS AF=1;AO=66;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0955134;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2248;QD=57.6554;RBI=0.102402;REFB=0;REVB=0.036924;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141136;OID=.;OPOS=148720087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:66:70:1:38:28:0:0:38:32:0:0 chr5 148747902 . G C 36.4 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0232678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1524;QD=6.93389;RBI=0.0355641;REFB=-0.0296675;REVB=-0.0268963;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442109;STB=0.78843;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0392514;OID=.;OPOS=148747902;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:5:1:8:7:5:1:8:7 chr5 148986244 . G C 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.75;QD=62.9816;RBI=0.0340473;REFB=0;REVB=-0.0291167;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13321e-05;OID=.;OPOS=148986244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr5 149001551 . A C 773.83 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.195;QD=56.2785;RBI=0.0154507;REFB=0;REVB=0.00933218;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289886;OID=.;OPOS=149001551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:25:28:0:0:25:30:0:0 chr5 149151707 . G A 227.95 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0190057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.543;QD=13.8151;RBI=0.0334694;REFB=-0.0206761;REVB=0.0275496;RO=39;SAF=15;SAR=12;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909189;STB=0.551687;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.033128;OID=.;OPOS=149151707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:12:15:25:14:12:15:25:14 chr5 149200043 . T C 961.69 PASS AF=0.560976;AO=91;DP=164;FAO=92;FDP=164;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0857459;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.608;QD=23.4558;RBI=0.093829;REFB=-0.0198088;REVB=0.038099;RO=72;SAF=34;SAR=57;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161726;STB=0.584439;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0173823;OID=.;OPOS=149200043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:72:72:91:92:0.560976:57:34:41:31:57:35:41:31 chr5 149212800 . G A 395.59 PASS AF=0.692308;AO=36;DP=52;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0272223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.182;QD=30.4298;RBI=0.0311838;REFB=0.00311895;REVB=-0.0152109;RO=16;SAF=10;SAR=26;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658509;STB=0.535695;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00163673;OID=.;OPOS=149212800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:16:16:36:36:0.692308:26:10:3:13:26:10:3:13 chr5 149357444 . A C 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0038505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.204;QD=19.4668;RBI=0.00463362;REFB=-0.00903698;REVB=-0.00257761;RO=24;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100027;STB=0.556715;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0109406;OID=.;OPOS=149357444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:7:15:14:10:7:15:14:10 chr5 149360566 . A G 283.39 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00702831;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.002;QD=16.9189;RBI=0.00725193;REFB=-0.00624148;REVB=-0.001787;RO=36;SAF=18;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130478;STB=0.573312;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00652808;OID=.;OPOS=149360566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:13:18:16:20:13:18:16:20 chr5 149360877 . T C 921.2 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5716;QD=58.4887;RBI=0.0107048;REFB=0;REVB=0.00946144;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68676e-05;OID=.;OPOS=149360877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:60:63:1:36:24:0:0:38:25:0:0 chr5 149374932 . T C 318.37 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.044197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.311;QD=18.1923;RBI=0.0488373;REFB=0.00708781;REVB=-0.0207775;RO=34;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264315;STB=0.500843;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.00936423;OID=.;OPOS=149374932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:36:34:34:0.485714:18:16:17:17:18:16:17:19 chr5 149406271 . C T 180.09 PASS AF=0.353846;AO=24;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0291649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.628;QD=11.0822;RBI=0.034579;REFB=-0.0244822;REVB=-0.0185774;RO=41;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104923;STB=0.586411;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0555933;OID=.;OPOS=149406271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:42:24:23:0.353846:10:14:20:21:9:14:20:22 chr5 149416450 . G A 122.31 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00101781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.373;QD=15.7824;RBI=0.00866891;REFB=-0.0155893;REVB=0.00860896;RO=17;SAF=1;SAR=12;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411762;STB=0.636139;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0429651;OID=.;OPOS=149416450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:13:14:0.451613:12:1:5:12:12:2:5:12 chr5 149428203 . A G 484.02 PASS AF=0.489796;AO=47;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0199637;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.856;QD=19.7558;RBI=0.0199877;REFB=-0.000717896;REVB=0.000979385;RO=49;SAF=19;SAR=28;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158095;STB=0.508768;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000696463;OID=.;OPOS=149428203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:50:47:48:0.489796:28:19:19:30:28:20:20:30 chr5 149431476 . C T 336.22 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00271303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.763;QD=28.0185;RBI=0.0272715;REFB=-0.00245256;REVB=-0.0271362;RO=19;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205066;STB=0.61269;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0018034;OID=.;OPOS=149431476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:16:13:14:5:16:13:14:5 chr5 149431516 . G A 160.49 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0106253;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.512;QD=14.5898;RBI=0.0174082;REFB=-0.0015016;REVB=0.0137894;RO=26;SAF=13;SAR=3;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478221;STB=0.781275;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-9.96895e-05;OID=.;OPOS=149431516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:16:16:0.363636:3:13:10:16:3:13:10:16 chr5 149441305 . G A 677.91 PASS AF=0.470588;AO=72;DP=154;FAO=72;FDP=153;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=0.0264647;FXX=0.00649309;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.549;QD=17.723;RBI=0.0270998;REFB=-0.0211926;REVB=0.0058325;RO=81;SAF=40;SAR=32;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360176;STB=0.519935;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0227873;OID=.;OPOS=149441305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:81:81:72:72:0.470588:32:40:48:33:32:40:48:33 chr5 149456771 . CT AA 192.22 PASS AF=0.27957;AO=25;DP=93;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0104946;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=295.112;QD=8.26765;RBI=0.0111311;REFB=-0.00545555;REVB=0.00371018;RO=66;SAF=14;SAR=11;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911065;STB=0.533087;STBP=0.713;TYPE=mnp;VARB=0.014725;OID=.;OPOS=149456771;OREF=CT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:66:67:25:26:0.27957:11:14:32:34:12:14:33:34 chr5 149456811 . G A 919.97 PASS AF=0.642857;AO=81;DP=126;FAO=81;FDP=126;FR=.;FRO=45;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00234613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.848;QD=29.2055;RBI=0.036329;REFB=-0.0300739;REVB=-0.0362531;RO=45;SAF=39;SAR=42;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489304;STB=0.526433;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0197134;OID=.;OPOS=149456811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:45:45:81:81:0.642857:42:39:25:20:42:39:25:20 chr5 149457678 . G A 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=0.018428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.495;QD=16.029;RBI=0.0495492;REFB=-0.0120599;REVB=0.0459949;RO=30;SAF=18;SAR=7;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146825;STB=0.582145;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0138816;OID=.;OPOS=149457678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:7:18:25:5:7:18:25:5 chr5 149493472 . C T 553.05 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.646;QD=59.789;RBI=0.00467453;REFB=0;REVB=3.52007e-05;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122924;OID=.;OPOS=149493472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:14:22:0:0:14:23:0:0 chr5 149495050 . T C 3249.56 PASS AF=0.986047;AO=212;DP=217;FAO=212;FDP=215;FR=.;FRO=3;FSAF=122;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00851379;FXX=0.00921617;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.75;QD=60.457;RBI=0.0165176;REFB=-0.0576397;REVB=0.0141544;RO=3;SAF=122;SAR=90;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00657862;STB=0.503454;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.000358497;OID=.;OPOS=149495050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:217:215:3:3:212:212:0.986047:90:122:1:2:90:122:1:2 chr5 149495395 . T C 1138.59 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-4.41551e-05;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.986;QD=60.725;RBI=0.0204595;REFB=0;REVB=-0.0204594;RO=0;SAF=51;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9463e-05;OID=.;OPOS=149495395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:24:51:0:0:24:51:0:0 chr5 149497228 . G A 166.09 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0172856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.888;QD=22.1449;RBI=0.0224332;REFB=-0.0173013;REVB=0.0142988;RO=12;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228251;STB=0.615242;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.018472;OID=.;OPOS=149497228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:17:17:0.566667:12:5:7:5:12:5:7:6 chr5 149499672 . T C 109.24 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0195664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.507;QD=8.56752;RBI=0.0196067;REFB=0.00685548;REVB=0.0012577;RO=37;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160392;STB=0.50979;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0158421;OID=.;OPOS=149499672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:7:7:18:19:7:7:18:19 chr5 149563715 . T C 946.88 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0938547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3783;QD=55.6989;RBI=0.0959153;REFB=0.010221;REVB=-0.0197751;RO=2;SAF=38;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024218;STB=0.512817;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00347177;OID=.;OPOS=149563715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:28:38:2:0:28:38:2:0 chr5 149583300 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00225496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6808;QD=14.096;RBI=0.00534842;REFB=0.0227456;REVB=-0.00484981;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208455;STB=0.50393;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0288258;OID=.;OPOS=149583300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:4:7:8:5:4:7:9:5 chr5 149583336 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00984574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5816;QD=48.7367;RBI=0.0113352;REFB=0;REVB=0.0056167;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308418;OID=.;OPOS=149583336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:5:11:0:0:6:11:0:0 chr5 149585025 . A C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.343;QD=58.4196;RBI=0.0214278;REFB=0;REVB=-0.000103764;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61588e-05;OID=.;OPOS=149585025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr5 149597160 . A G 269.85 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0109754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9405;QD=22.9658;RBI=0.040524;REFB=-0.0129488;REVB=-0.0390094;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655864;STB=0.536557;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0107756;OID=.;OPOS=149597160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:11:14:14:8:11:14:14:8 chr5 149602608 . A G 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.94;QD=55.6538;RBI=0.0305004;REFB=0;REVB=0.0162579;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88123e-05;OID=.;OPOS=149602608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr5 149618187 . C T 320.81 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.028308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.824;QD=21.3874;RBI=0.0290647;REFB=-0.0370777;REVB=0.00658886;RO=27;SAF=22;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128699;STB=0.571384;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0174727;OID=.;OPOS=149618187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:11:22:14:13:11:22:14:13 chr5 149644597 . T G 2008.44 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.174;QD=62.2771;RBI=0.0271002;REFB=0;REVB=0.00915622;RO=0;SAF=57;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80129e-05;OID=.;OPOS=149644597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:71:57:0:0:72:57:0:0 chr5 149677851 . A G 1176.78 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122549;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.232;QD=61.1312;RBI=0.0384371;REFB=0;REVB=0.0364312;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45351e-05;OID=.;OPOS=149677851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr5 149824223 . T C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0100243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=351.805;QD=16.884;RBI=0.0104212;REFB=0.00694897;REVB=-0.00284873;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205028;STB=0.62946;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00570114;OID=.;OPOS=149824223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:17:14:15:0.46875:8:6:11:6:9:6:11:6 chr5 149826526 . C T 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00439777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.876;QD=25.7315;RBI=0.0167458;REFB=-0.0198679;REVB=-0.016158;RO=19;SAF=9;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185948;STB=0.510311;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0144574;OID=.;OPOS=149826526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:17:9:7:12:17:9:7:12 chr5 149907533 . T G 291.42 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00062457;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.359;QD=14.3909;RBI=0.0167483;REFB=0.00116066;REVB=-0.0167366;RO=48;SAF=20;SAR=13;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176258;STB=0.600089;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00166316;OID=.;OPOS=149907533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:13:20:21:27:13:20:21:27 chr5 149907602 . A G 105.42 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.122342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.618;QD=11.7138;RBI=0.125241;REFB=-0.00155153;REVB=-0.0267933;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04243;STB=0.525076;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.000752637;OID=.;OPOS=149907602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:8:5:8:15:8:5:8:15 chr5 150051958 . T C 1821.64 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.492;QD=61.2317;RBI=0.0347633;REFB=0;REVB=0.0281996;RO=0;SAF=56;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19653e-05;OID=.;OPOS=150051958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:62:56:0:0:63:56:0:0 chr5 150227998 . C T 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0431844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5043;QD=13.3416;RBI=0.0529224;REFB=0.00413265;REVB=0.0305923;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139972;STB=0.580569;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00361404;OID=.;OPOS=150227998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:9:12:14:18:9:12:14:18 chr5 150257616 . A G 128.97 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0152921;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.571;QD=12.8968;RBI=0.0219227;REFB=0.00499537;REVB=0.0157085;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628468;STB=0.550952;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.0104373;OID=.;OPOS=150257616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:9:6:11:13:9:6:12:13 chr5 150311773 . T C 949.74 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9431;QD=56.7011;RBI=0.0235612;REFB=-0.138;REVB=0.00440432;RO=1;SAF=24;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192711;STB=0.509801;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00495449;OID=.;OPOS=150311773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:67:1:1:64:66:0.985075:40:24:1:0:41:25:1:0 chr5 150323428 . A G 398.96 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0162783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.234;QD=20.9981;RBI=0.0229837;REFB=-0.0134562;REVB=0.0162255;RO=36;SAF=21;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688905;STB=0.538089;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.011642;OID=.;OPOS=150323428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:19:21:16:20:19:21:16:20 chr5 150407456 . T C 3180.48 PASS AF=1;AO=204;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163687;FXX=0.00480746;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.638;QD=61.4585;RBI=0.0621909;REFB=-0.127727;REVB=0.0599981;RO=0;SAF=101;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388734;OID=.;OPOS=150407456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:207:207:0:0:204:207:1:103:101:0:0:103:104:0:0 chr5 150489390 . A G 296.78 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0144348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.782;QD=16.7201;RBI=0.0156636;REFB=-0.0292089;REVB=0.0060816;RO=37;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168399;STB=0.591012;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0321547;OID=.;OPOS=150489390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:37:38:32:33:0.464789:16:16:25:12:16:17:26:12 chr5 150518988 . G A 331.94 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.0254805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.612;QD=16.192;RBI=0.0256575;REFB=-0.011645;REVB=0.00300862;RO=46;SAF=9;SAR=27;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421865;STB=0.523796;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0122347;OID=.;OPOS=150518988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:27:9:13:33:27:9:13:33 chr5 150562692 . GCCCCTG GCCCC,GCCCCG,GCCCTG 219.71 PASS AF=0,0.564103,0;AO=5,12,4;DP=40;FAO=0,22,0;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=0,13,0;FSAR=0,9,0;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.000847109,0.000354278,-0.0266536;FXX=0.0249938;HRUN=1,1,4;LEN=2,1,1;MLLD=124.496,131.65,12.9378;QD=22.5344;RBI=0.00215402,0.00351595,0.244961;REFB=-0.0236935,-0.0221176,-0.112188;REVB=-0.00198045,0.00349806,-0.243507;RO=13;SAF=3,8,1;SAR=2,4,3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0,0.3;SSEP=0,0,0;SSSB=0.06903,0.122788,-0.327008;STB=0.5,0.553143,0.5;STBP=1,0.491,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.0179475,0;OID=.,.,.;OPOS=150562697,150562697,150562693;OREF=TG,T,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG,GCCCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.564103,0:5,12,4:40:0,22,0:39:17:0,13,0:0,9,0:8:9:99:13:3,8,1:2,4,3:7:6 chr5 150565008 . C T 158.61 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.031305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1538;QD=17.1473;RBI=0.0477646;REFB=0.00700131;REVB=0.0360757;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477634;STB=0.527365;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00575929;OID=.;OPOS=150565008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:11:6:8:12:11:6:8:12 chr5 150632832 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0146384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2225;QD=6.57316;RBI=0.0236165;REFB=-0.00442976;REVB=0.0185325;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927251;STB=0.558643;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0226447;OID=.;OPOS=150632832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:5:1:2:14:5:1:2:14 chr5 150639409 . A G 674.67 PASS AF=0.644444;AO=56;DP=88;FAO=58;FDP=90;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00936736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.176;QD=29.9851;RBI=0.0101755;REFB=-0.00626655;REVB=-0.00397401;RO=32;SAF=27;SAR=29;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898473;STB=0.511107;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00484361;OID=.;OPOS=150639409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:32:32:56:58:0.644444:29:27:15:17:29:29:15:17 chr5 150639439 . A G 1227.32 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3626;QD=61.366;RBI=0.0461083;REFB=0;REVB=-0.0256017;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393345;OID=.;OPOS=150639439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr5 150647156 . T C 224.9 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0141243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.311;QD=19.5566;RBI=0.0151403;REFB=-0.00578807;REVB=0.0054529;RO=17;SAF=13;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300258;STB=0.643438;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00786049;OID=.;OPOS=150647156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:23:21:22:0.478261:8:13:4:13:9:13:7:16 chr5 150666843 . A C 269.97 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00533695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0879;QD=22.9764;RBI=0.0524298;REFB=0.00521472;REVB=0.0521575;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167942;STB=0.611677;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00291969;OID=.;OPOS=150666843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:22:24:25:0.531915:11:13:8:15:11:14:7:15 chr5 150666933 . C A 440.25 PASS AF=0.461538;AO=47;DP=103;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0127347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7376;QD=16.9327;RBI=0.0311026;REFB=0.00250637;REVB=0.0283761;RO=56;SAF=18;SAR=29;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268192;STB=0.510305;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00223328;OID=.;OPOS=150666933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:56:56:47:48:0.461538:29:18:20:36:30:18:20:36 chr5 150666962 . G A 694.6 PASS AF=0.558333;AO=67;DP=120;FAO=67;FDP=120;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.0175583;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.781;QD=23.1532;RBI=0.0283073;REFB=-0.00603049;REVB=0.0222038;RO=53;SAF=24;SAR=43;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164168;STB=0.50897;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00514612;OID=.;OPOS=150666962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:53:53:67:67:0.558333:43:24:18:35:43:24:18:35 chr5 150667016 . T C 546.29 PASS AF=0.518519;AO=53;DP=107;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.00328837;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.265;QD=20.2328;RBI=0.0137138;REFB=-0.00854658;REVB=-0.0133137;RO=39;SAF=13;SAR=40;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111087;STB=0.556688;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0070543;OID=.;OPOS=150667016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:39:52:53:56:0.518519:40:13:14:25:41:15:19:33 chr5 150696447 . C T 1483.88 PASS AF=0.97;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0840607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8584;QD=59.3552;RBI=0.0925267;REFB=-0.0390164;REVB=-0.038665;RO=1;SAF=40;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117088;STB=0.518069;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00231823;OID=.;OPOS=150696447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:100:100:1:3:97:97:0.97:57:40:1:0:57:40:3:0 chr5 150696498 . G A 1517.52 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00509443;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.596;QD=62.5783;RBI=0.027575;REFB=-0.045325;REVB=0.0271003;RO=1;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886281;STB=0.504504;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000133066;OID=.;OPOS=150696498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:94:96:0.989691:53:41:0:1:55:41:0:1 chr5 150696540 . C T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.251;QD=60.0309;RBI=0.0301441;REFB=0;REVB=-0.0218708;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08649e-06;OID=.;OPOS=150696540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr5 150704994 . T G 418.93 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0137134;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.544;QD=17.4554;RBI=0.0155338;REFB=-0.00308015;REVB=0.00729661;RO=53;SAF=10;SAR=33;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374166;STB=0.710878;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00680069;OID=.;OPOS=150704994;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:53:53:43:43:0.447917:33:10:31:22:33:10:31:22 chr5 150723806 . G A 1343.6 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00338776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.679;QD=61.0729;RBI=0.0130481;REFB=-0.0813775;REVB=-0.0126006;RO=1;SAF=16;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00672152;STB=0.503545;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.000249748;OID=.;OPOS=150723806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:88:1:1:86:87:0.988636:70:16:0:1:70:17:0:1 chr5 150886725 . G A 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00517381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3991;QD=56.9531;RBI=0.0915123;REFB=0;REVB=-0.091366;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000838678;OID=.;OPOS=150886725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr5 150886882 . G A 1931.53 PASS AF=0.984615;AO=127;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0185775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.758;QD=59.4317;RBI=0.0274721;REFB=-0.0320149;REVB=0.0202384;RO=3;SAF=61;SAR=66;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0081782;STB=0.500241;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.000438366;OID=.;OPOS=150886882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:130:130:3:2:127:128:0.984615:66:61:2:1:66:62:1:1 chr5 150891733 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.397;QD=57.8841;RBI=0.0482986;REFB=0;REVB=0.00716273;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78185e-05;OID=.;OPOS=150891733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr5 150901111 . A G 989.74 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.993;QD=59.089;RBI=0.0200838;REFB=0;REVB=0.00823761;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157862;OID=.;OPOS=150901111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:35:31:0:0:35:32:0:0 chr5 150901261 . C T 613.14 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2915;QD=61.3144;RBI=0.0237598;REFB=0;REVB=-0.00334547;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150097;OID=.;OPOS=150901261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr5 150901300 . G A 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00763698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.901;QD=60.6088;RBI=0.0266706;REFB=0;REVB=0.0255538;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85088e-05;OID=.;OPOS=150901300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:10:28:0:0:10:28:0:0 chr5 150901613 . A G 299.05 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0302106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.079;QD=47.8479;RBI=0.0537322;REFB=0.0633865;REVB=0.044435;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342828;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000457656;OID=.;OPOS=150901613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:25:1:1:23:24:0.96:10:13:1:0:11:13:1:0 chr5 150905485 . C T 597.38 PASS AF=0.627907;AO=52;DP=84;FAO=54;FDP=86;FR=.;FRO=32;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00283067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.973;QD=27.7849;RBI=0.0165604;REFB=-0.00383234;REVB=0.0163167;RO=32;SAF=35;SAR=17;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849096;STB=0.534215;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00384508;OID=.;OPOS=150905485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:32:32:52:54:0.627907:17:35:18:14:19:35:18:14 chr5 150914184 . A G,T 789.29 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,54;DP=56;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=2,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04023,-0.0148836;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=46.9925,107.154;QD=56.3777;RBI=0.0432834,0.0214624;REFB=0,0;REVB=-0.0159686,-0.0154633;RO=0;SAF=0,20;SAR=2,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.77753e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0793065,-0.00214827;OID=.,.;OPOS=150914184,150914184;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:0:0:2,54:2,54:0.0357143,0.964286:2,34:0,20:0:0:2,34:0,20:0:0 chr5 150922572 . C G 132.07 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0468024;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3821;QD=13.902;RBI=0.0513697;REFB=-0.0144269;REVB=0.0211748;RO=23;SAF=3;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29558;STB=0.675065;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0225552;OID=.;OPOS=150922572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:12:3:10:13:12:3:10:13 chr5 150923405 . A G 1077.93 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.881;QD=59.8852;RBI=0.0293215;REFB=0;REVB=-0.0153471;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361246;OID=.;OPOS=150923405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr5 150925144 . A G 75.6 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00314817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.098;QD=11.6315;RBI=0.00412179;REFB=-0.00586677;REVB=0.00266049;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228926;STB=0.636097;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0222398;OID=.;OPOS=150925144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:10:6:6:4:10:6 chr5 150930186 . C T 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0220175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6591;QD=17.5646;RBI=0.0236359;REFB=-0.00710719;REVB=0.00859566;RO=35;SAF=21;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112278;STB=0.563018;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00860919;OID=.;OPOS=150930186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:11:21:19:16:11:21:19:16 chr5 150930345 . C T 533.63 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0200999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.523;QD=19.9487;RBI=0.0404049;REFB=-0.0113191;REVB=-0.0350507;RO=48;SAF=28;SAR=27;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782646;STB=0.560358;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00914415;OID=.;OPOS=150930345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:48:52:55:55:0.514019:27:28:20:28:27:28:20:32 chr5 150942919 . A G 817.66 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.247;QD=57.38;RBI=0.0117085;REFB=0;REVB=0.00439332;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77535e-05;OID=.;OPOS=150942919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:17:40:0:0:17:40:0:0 chr5 150942969 . G A 281.65 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0084406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.148;QD=17.0694;RBI=0.00999028;REFB=-0.00402601;REVB=0.00534433;RO=34;SAF=17;SAR=14;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21006;STB=0.60618;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0039655;OID=.;OPOS=150942969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:35:31:31:0.469697:14:17:26:8:14:17:26:9 chr5 150943085 . G A 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00921942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9046;QD=17.7373;RBI=0.0401053;REFB=0.0166538;REVB=-0.0390312;RO=50;SAF=20;SAR=22;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353175;STB=0.519741;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0195271;OID=.;OPOS=150943085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:22:20:22:28:22:20:22:28 chr5 150945483 . C T 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.07638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.633;QD=10.4289;RBI=0.0777119;REFB=-0.000997272;REVB=0.0143265;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302961;STB=0.67901;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00398899;OID=.;OPOS=150945483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:6:8:9:21:6:8:9:21 chr5 150945518 . C T 319.54 PASS AF=0.692308;AO=25;DP=37;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0480644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7817;QD=32.7734;RBI=0.0517788;REFB=-0.0475487;REVB=0.0192578;RO=12;SAF=6;SAR=19;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186582;STB=0.608608;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0475477;OID=.;OPOS=150945518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:37:39:12:12:25:27:0.692308:19:6:6:6:21:6:6:6 chr5 150945699 . G A 160.63 PASS AF=0.30137;AO=21;DP=72;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00780141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.368;QD=8.80153;RBI=0.0163366;REFB=-0.0164737;REVB=0.0143535;RO=50;SAF=11;SAR=10;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191989;STB=0.534216;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.038993;OID=.;OPOS=150945699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:50:51:21:22:0.30137:10:11:27:23:11:11:28:23 chr5 150945862 . A G 105.11 PASS AF=0.277778;AO=14;DP=53;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0240482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.469;QD=7.78602;RBI=0.0307347;REFB=-0.000203628;REVB=-0.019139;RO=39;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201818;STB=0.642158;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00486845;OID=.;OPOS=150945862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:39:39:14:15:0.277778:7:7:13:26:7:8:13:26 chr5 150945931 . C T 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0265995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.849;QD=13.774;RBI=0.0277027;REFB=-0.0128371;REVB=-0.0077397;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898566;STB=0.551947;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0214124;OID=.;OPOS=150945931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:12:8:15:16:12:8:15:16 chr5 150946132 . G A 317.23 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00354395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3049;QD=25.8961;RBI=0.00400034;REFB=0.0161684;REVB=-0.00185557;RO=21;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182812;STB=0.601085;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0114111;OID=.;OPOS=150946132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:16:12:14:7:16:12:14:7 chr5 150946436 . A G 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00873581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.02;QD=14.4201;RBI=0.0147953;REFB=-0.00459738;REVB=-0.011941;RO=37;SAF=17;SAR=10;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377106;STB=0.521456;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00557037;OID=.;OPOS=150946436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:10:17:22:15:10:17:22:15 chr5 150946773 . G A 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0216952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.995;QD=22.1881;RBI=0.0221072;REFB=-0.00661762;REVB=-0.00424848;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276356;STB=0.655023;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00974256;OID=.;OPOS=150946773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:7:14:6:12:7:14:6:12 chr5 150946966 . G A 2011.67 PASS AF=0.978417;AO=118;DP=139;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00340859;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.8912;QD=57.8898;RBI=0.0477232;REFB=0.0627294;REVB=0.0476013;RO=1;SAF=71;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664312;STB=0.510203;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00150165;OID=.;OPOS=150946966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:139:139:1:3:118:136:0.978417:47:71:1:0:64:72:3:0 chr5 150947719 . C T 200.16 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0106506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.115;QD=15.6988;RBI=0.0152689;REFB=-0.0243188;REVB=-0.0109409;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00672291;STB=0.523445;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0298778;OID=.;OPOS=150947719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:26:29:22:22:0.431373:10:12:14:12:10:12:17:12 chr5 151083909 . T C 249.83 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.489;QD=49.9659;RBI=0.0558305;REFB=0;REVB=0.0538128;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424749;OID=.;OPOS=151083909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:11:9:0:0 chr5 151084036 . T C 568.12 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178664;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.317;QD=59.8016;RBI=0.0432928;REFB=0;REVB=0.0394342;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169391;OID=.;OPOS=151084036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:20:18:0:0 chr5 151167380 . A T 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.00466474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.653;QD=22.3981;RBI=0.00502915;REFB=-0.0209339;REVB=0.00187952;RO=19;SAF=18;SAR=4;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553777;STB=0.810524;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.009559;OID=.;OPOS=151167380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:4:18:3:16:4:18:3:16 chr5 151170536 . T C 647.16 PASS AF=0.5;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.00140914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.62;QD=19.9125;RBI=0.00533492;REFB=-0.0051951;REVB=0.00514545;RO=64;SAF=37;SAR=28;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104783;STB=0.561651;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00529502;OID=.;OPOS=151170536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:64:65:65:65:0.5:28:37:29:35:28:37:29:36 chr5 151175139 . A T 306.01 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0701133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5192;QD=20.4007;RBI=0.0933152;REFB=-0.0045257;REVB=0.061578;RO=28;SAF=27;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407616;STB=0.729564;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0036594;OID=.;OPOS=151175139;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:5:27:13:15:5:27:13:15 chr5 151255217 . C T 192.83 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00727139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.594;QD=14.8332;RBI=0.0117955;REFB=-0.000842573;REVB=-0.00928766;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145956;STB=0.583259;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00116978;OID=.;OPOS=151255217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:18:12:12:10:18:12 chr5 151771356 . C T 268.79 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=94;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00604237;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8708;QD=11.5607;RBI=0.0101163;REFB=0.000863783;REVB=-0.00811354;RO=61;SAF=18;SAR=14;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804187;STB=0.546529;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00217145;OID=.;OPOS=151771356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:61:61:32:32:0.344086:14:18:30:31:14:18:30:31 chr5 151771817 . C T 1562.37 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.374;QD=59.5189;RBI=0.0262295;REFB=0;REVB=0.0203274;RO=0;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68161e-05;OID=.;OPOS=151771817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:53:51:0:0:54:51:0:0 chr5 151771838 . T C 503.91 PASS AF=0.473684;AO=53;DP=112;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00617573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.351;QD=17.681;RBI=0.0177256;REFB=-0.0335036;REVB=0.016615;RO=58;SAF=20;SAR=33;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166467;STB=0.596258;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0366231;OID=.;OPOS=151771838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:58:60:53:54:0.473684:33:20:32:26:34:20:33:27 chr5 151771852 . G A 399.91 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.0144344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.576;QD=13.91;RBI=0.0145784;REFB=0.00356232;REVB=0.00204395;RO=62;SAF=13;SAR=34;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30678;STB=0.698278;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00843363;OID=.;OPOS=151771852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:68:47:47:0.408696:34:13:35:27:34:13:41:27 chr5 151772055 . G T 164.01 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0437461;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8364;QD=19.8803;RBI=0.109405;REFB=-0.0279852;REVB=0.100279;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894416;STB=0.550504;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0335505;OID=.;OPOS=151772055;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:7:10:11:5:7:10:11:5 chr5 151775064 . C G 230.09 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0102124;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0695;QD=16.1467;RBI=0.0273404;REFB=-0.00777708;REVB=-0.0253615;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592558;STB=0.53349;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00902619;OID=.;OPOS=151775064;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:15:11:15:16:15:11:15:16 chr5 153029960 . T C 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00464104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.405;QD=11.2962;RBI=0.0136059;REFB=-0.00276894;REVB=-0.0127899;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131322;STB=0.57684;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00517576;OID=.;OPOS=153029960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:9:9:21:13:9:9:21:13 chr5 153413390 . C T 315.56 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00449241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.77;QD=24.2739;RBI=0.0256442;REFB=-0.00377872;REVB=-0.0252477;RO=21;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641101;STB=0.535293;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00305346;OID=.;OPOS=153413390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:16:15:12:9:16:15:12:9 chr5 153429459 . T C 373.38 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.045631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8327;QD=15.397;RBI=0.0473531;REFB=-0.0235103;REVB=0.0126541;RO=56;SAF=16;SAR=24;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664657;STB=0.53042;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0296647;OID=.;OPOS=153429459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:57:40:40:0.412371:24:16:19:37:24:16:20:37 chr5 153432733 . T C 145.28 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00844367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.853;QD=15.7057;RBI=0.0218484;REFB=-0.00792789;REVB=0.0201509;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16468;STB=0.594481;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0107882;OID=.;OPOS=153432733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:7:14:8:8:7:14 chr5 153432970 . C T 194.32 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-9.92745e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6432;QD=12.3376;RBI=0.0246131;REFB=-0.0140421;REVB=-0.0246129;RO=39;SAF=14;SAR=10;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211478;STB=0.512185;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0300434;OID=.;OPOS=153432970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:10:14:22:17:10:14:22:17 chr5 153729217 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.246;QD=64.4154;RBI=0.0158789;REFB=0;REVB=-0.00092872;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.77277e-05;OID=.;OPOS=153729217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr5 153796484 . G A 299.32 PASS AF=0.52459;AO=28;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.111532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8271;QD=19.6272;RBI=0.116132;REFB=-0.0253027;REVB=0.0323589;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049778;STB=0.553158;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0353252;OID=.;OPOS=153796484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:28:32:0.52459:16:12:14:15:20:12:14:15 chr5 154065382 . TA T,TT 358.15 PASS AF=0.39604,0.148515;AO=11,25;DP=87;FAO=40,15;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=27,8;FSAR=13,7;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00331318,0.106877;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=13.9082,14.7055;QD=14.184;RBI=0.0749718,0.117959;REFB=-0.0198791,-0.0832298;REVB=0.0748986,0.0499164;RO=40;SAF=9,9;SAR=2,16;SRF=25;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.291461,-0.280455;STB=0.551698,0.540785;STBP=0.398,0.717;TYPE=del,snp;VARB=0.0245644,0.0906646;OID=.,.;OPOS=154065383,154065383;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.39604,0.148515:11,25:87:40,15:101:46:27,8:13,7:27:19:99:40:9,9:2,16:25:15 chr5 154193919 . AT AG,A 80.66 PASS AF=0.125,0.375;AO=4,14;DP=33;FAO=4,12;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=3,5;FSAR=1,7;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0283647,0.114901;FXX=0.0302939;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=91.5288,10.6321;QD=10.083;RBI=0.0478101,0.155987;REFB=-0.00505597,-0.129916;REVB=-0.038487,-0.105497;RO=12;SAF=2,5;SAR=2,9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.285016,0.0980136;STB=0.846451,0.601109;STBP=0.247,0.433;TYPE=snp,del;VARB=0.0496734,0.142126;OID=.,.;OPOS=154193920,154193920;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=AG,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.125,0.375:4,14:33:4,12:32:16:3,5:1,7:4:12:57:12:2,5:2,9:3:9 chr5 154268902 . C T 1181.34 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7594;QD=60.5816;RBI=0.0464708;REFB=0;REVB=0.0453602;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437079;OID=.;OPOS=154268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:42:33:0:0:44:34:0:0 chr5 154271948 . G A 833.14 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00607605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6592;QD=52.8976;RBI=0.0245261;REFB=-0.191798;REVB=-0.0237616;RO=2;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314361;STB=0.524582;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00640232;OID=.;OPOS=154271948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:63:63:2:3:60:60:0.952381:29:31:0:2:29:31:0:3 chr5 154291409 . C T 1017.01 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.438;QD=58.1148;RBI=0.0964591;REFB=-0.0582447;REVB=0.0900783;RO=1;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126038;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108147;OID=.;OPOS=154291409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:70:1:0:68:70:1:37:31:0:1:38:32:0:0 chr5 154300940 . A C 868.14 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2996;QD=57.8763;RBI=0.0360795;REFB=0;REVB=0.0359167;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338437;OID=.;OPOS=154300940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr5 154306972 . T C 1465.24 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0836233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0118;QD=61.0518;RBI=0.0923332;REFB=-0.131808;REVB=0.0391478;RO=1;SAF=42;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111554;STB=0.50112;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00214229;OID=.;OPOS=154306972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:96:96:1:2:94:94:0.979167:52:42:1:0:52:42:1:1 chr5 154346325 . G A 591.99 PASS AF=0.5625;AO=51;DP=93;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0277622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5162;QD=24.6664;RBI=0.0499346;REFB=-0.0197543;REVB=0.0415057;RO=42;SAF=26;SAR=25;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00806069;STB=0.508105;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0232476;OID=.;OPOS=154346325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:42:42:51:54:0.5625:25:26:21:21:28:26:21:21 chr5 154394300 . C T 654.76 PASS AF=0.436364;AO=71;DP=166;FAO=72;FDP=165;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.00883425;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7552;QD=15.8729;RBI=0.0489592;REFB=-0.0156146;REVB=-0.0481556;RO=94;SAF=34;SAR=37;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324052;STB=0.524749;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0147068;OID=.;OPOS=154394300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:94:93:71:72:0.436364:37:34:48:46:38:34:48:45 chr5 154394713 . G A 414.45 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00521919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.234;QD=21.8132;RBI=0.0122655;REFB=-0.0113519;REVB=0.0110997;RO=35;SAF=15;SAR=26;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553925;STB=0.530597;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0152008;OID=.;OPOS=154394713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:26:15:15:20:26:15:15:20 chr5 154395158 . G T 252.73 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.056949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.202;QD=21.0607;RBI=0.0594394;REFB=-0.0199196;REVB=0.0170251;RO=24;SAF=17;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126007;STB=0.571084;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0127781;OID=.;OPOS=154395158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:7:17:14:10:7:17:14:10 chr5 154395276 . G A 249.25 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0747462;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4506;QD=11.7292;RBI=0.0796779;REFB=-0.00488617;REVB=-0.0275967;RO=56;SAF=15;SAR=15;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804755;STB=0.541149;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0119021;OID=.;OPOS=154395276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:56:55:30:30:0.352941:15:15:32:24:15:15:31:24 chr5 154395458 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0203528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.846;QD=14.6498;RBI=0.0209961;REFB=-0.0184245;REVB=-0.00515753;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357417;STB=0.520803;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0203314;OID=.;OPOS=154395458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:10:4:6:13:10:4:6:13 chr5 154395682 . G A 474.75 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.016739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.793;QD=19.1817;RBI=0.0278812;REFB=-0.0237963;REVB=-0.0222973;RO=52;SAF=26;SAR=21;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246554;STB=0.6365;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0352262;OID=.;OPOS=154395682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:52:47:47:0.474747:21:26:15:37:21:26:15:37 chr5 154396505 . G A 249.5 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00369771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6583;QD=14.2572;RBI=0.0359729;REFB=-0.000803573;REVB=-0.0357824;RO=40;SAF=7;SAR=22;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193914;STB=0.621086;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0010335;OID=.;OPOS=154396505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:41:29:29:0.414286:22:7:16:24:22:7:17:24 chr5 155771579 . T C 1694.41 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.307;QD=60.5145;RBI=0.0187008;REFB=0;REVB=0.0100982;RO=0;SAF=61;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1689e-05;OID=.;OPOS=155771579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:51:61:0:0:51:61:0:0 chr5 156187774 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.011436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.917;QD=15.7001;RBI=0.0152209;REFB=-0.00201933;REVB=0.0100446;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317787;STB=0.68439;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00174674;OID=.;OPOS=156187774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:11:4:11:8:11:4:11:8 chr5 156191515 . C T 173.71 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0991099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5151;QD=12.8674;RBI=0.108038;REFB=-0.0136702;REVB=-0.0430048;RO=33;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805773;STB=0.546573;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0174115;OID=.;OPOS=156191515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:8:13:18:15:8:13:18:15 chr5 156376703 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0861244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.914;QD=48.7373;RBI=0.0877002;REFB=0;REVB=0.0165502;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010834;OID=.;OPOS=156376703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr5 156479424 . A C 2143.32 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000711108;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.035;QD=63.0388;RBI=0.0217124;REFB=0;REVB=0.0217008;RO=0;SAF=87;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04859e-05;OID=.;OPOS=156479424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:135:136:1:48:87:0:0:48:88:0:0 chr5 156479509 . A G 2132.3 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.376;QD=62.7146;RBI=0.0247467;REFB=0;REVB=0.00785121;RO=0;SAF=75;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225173;OID=.;OPOS=156479509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:60:75:0:0:60:76:0:0 chr5 156479556 . C T 62.82 PASS AF=0.132653;AO=13;DP=100;FAO=13;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.02913;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.698;QD=2.56409;RBI=0.0291327;REFB=-0.0129885;REVB=-0.000399049;RO=87;SAF=0;SAR=13;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.704061;STB=0.919471;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0604062;OID=.;OPOS=156479556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:100:98:87:85:13:13:0.132653:13:0:49:38:12:1:47:38 chr5 156479557 . GTTGGAACAGTCGTCA G,GTTGGAACAGTCGTTG,GTTGGAACAGTTGTCG 867.69 PASS AF=0.677419,0.0483871,0.274194;AO=39,3,11;DP=77;FAO=42,3,17;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0,0;FSAR=21,3,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563284,0.0209573,0.00360654;FXX=0.205102;HRUN=2,1,1;LEN=15,2,5;MLLD=192.232,228.928,103.331;QD=55.9801;RBI=0.0572044,0.029961,0.00537395;REFB=0,0,0;REVB=-0.00997259,-0.0214115,-0.003984;RO=0;SAF=19,0,0;SAR=20,3,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.3303e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=-0.00453286,0.0577319,-0.00367242;OID=.,.,.;OPOS=156479558,156479571,156479568;OREF=TTGGAACAGTCGTCA,CA,CGTCA;OALT=-,TG,TGTCG;OMAPALT=G,GTTGGAACAGTCGTTG,GTTGGAACAGTTGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.677419,0.0483871,0.274194:39,3,11:77:42,3,17:62:0:21,0,0:21,3,17:0:0:99:0:19,0,0:20,3,11:0:0 chr5 156479596 . A ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA 50.0 PASS AO=40;DP=129;LEN=51;RO=89;SAF=20;SAR=27;SRF=42;SRR=40;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=156479596;OREF=-;OALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGA;OMAPALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:129:89:40:27:20:42:40 chr5 156482459 . G T 971.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8282;QD=58.8548;RBI=0.0398236;REFB=0;REVB=0.000998292;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299316;OID=.;OPOS=156482459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:36:29:0:0:37:29:0:0 chr5 156531736 . C A 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0494629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.616;QD=59.8355;RBI=0.0529899;REFB=0;REVB=0.0190091;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166803;OID=.;OPOS=156531736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr5 156644939 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0354389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.536;QD=16.9316;RBI=0.049958;REFB=-0.00954787;REVB=-0.0352121;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731013;STB=0.542183;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00968501;OID=.;OPOS=156644939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:6:6:5:7:6:6 chr5 156715652 . G C 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00382266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.19;QD=18.6732;RBI=0.00382284;REFB=-0.0177931;REVB=3.67731e-05;RO=36;SAF=14;SAR=21;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641749;STB=0.535694;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0203002;OID=.;OPOS=156715652;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:21:14:12:24:21:14:12:24 chr5 156721863 . T TC 888.58 PASS AF=1;AO=75;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0820502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.8597;QD=43.3455;RBI=0.0861366;REFB=0;REVB=0.0262158;RO=8;SAF=49;SAR=26;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195154;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000665352;OID=.;OPOS=156721864;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:75:84:82:82:0:53:29:0:0:16:8:49:26:6:2 chr5 156747669 . A G 358.33 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=-0.00973846;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.625;QD=14.4779;RBI=0.0202237;REFB=-0.0112624;REVB=0.0177246;RO=58;SAF=23;SAR=16;SRF=41;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131819;STB=0.559839;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0174713;OID=.;OPOS=156747669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:58:60:39:39:0.393939:16:23:41:17:16:23:41:19 chr5 156747714 . GC CG 52.64 PASS AF=0.153061;AO=18;DP=98;FAO=15;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=-0.0433691;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=80.3084;QD=2.14859;RBI=0.0763228;REFB=-0.0213172;REVB=-0.0628036;RO=50;SAF=17;SAR=1;SRF=42;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344518;STB=0.874375;STBP=0.015;TYPE=mnp;VARB=0.149903;OID=.;OPOS=156747714;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:98:98:50:81:18:15:0.153061:1:17:42:8:1:14:50:31 chr5 156770209 . G A 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0108303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.128;QD=18.6207;RBI=0.0229568;REFB=-0.00922788;REVB=-0.0202415;RO=39;SAF=23;SAR=14;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553537;STB=0.530884;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0100158;OID=.;OPOS=156770209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:14:23:22:17:14:23:22:17 chr5 156788522 . C T 285.41 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00248054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.453;QD=24.8179;RBI=0.0124724;REFB=-0.00946869;REVB=-0.0122233;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146734;STB=0.581334;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00865675;OID=.;OPOS=156788522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:14:12:13:7:14:12:13:7 chr5 156898690 . A G 1371.23 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.634;QD=62.3285;RBI=0.029279;REFB=0;REVB=0.0285599;RO=0;SAF=55;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50471e-05;OID=.;OPOS=156898690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:88:0:0:81:88:1:26:55:0:0:32:56:0:0 chr5 156904633 . C T 993.62 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503572;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.566;QD=59.3206;RBI=0.0507629;REFB=0;REVB=-0.00640475;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.44523e-05;OID=.;OPOS=156904633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr5 157006568 . C T 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0332512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.939;QD=10.2403;RBI=0.0465994;REFB=-0.00726703;REVB=-0.0326476;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165991;STB=0.616207;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0135913;OID=.;OPOS=157006568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:18:19:10:10:0.344828:4:6:8:10:4:6:8:11 chr5 157065306 . G A 39.39 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0411877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.406;QD=13.1313;RBI=0.0469299;REFB=-0.034029;REVB=-0.0224942;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158244;STB=0.624529;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0204584;OID=.;OPOS=157065306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:11:12:6:6:5:6:0.5:1:4:4:2:1:5:4:2 chr5 157073747 . G T 564.54 PASS AF=0.508772;AO=56;DP=112;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0170188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.681;QD=19.8083;RBI=0.017748;REFB=-0.0187677;REVB=0.00503523;RO=56;SAF=25;SAR=31;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328264;STB=0.527141;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.017653;OID=.;OPOS=157073747;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:56:56:56:58:0.508772:31:25:23:33:31:27:23:33 chr5 157102185 . A G 116.85 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0162243;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.055;QD=11.1286;RBI=0.0315231;REFB=-0.00664272;REVB=0.0270274;RO=28;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201963;STB=0.620515;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0162171;OID=.;OPOS=157102185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:28:28:14:14:0.333333:9:5:15:13:9:5:15:13 chr5 157158553 . C T 298.25 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0408383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5952;QD=14.5489;RBI=0.0461607;REFB=-0.000805304;REVB=0.0215185;RO=47;SAF=24;SAR=10;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304133;STB=0.527011;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00354827;OID=.;OPOS=157158553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:48:34:34:0.414634:10:24:32:15:10:24:32:16 chr5 157164962 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2382;QD=59.4338;RBI=0.101133;REFB=0;REVB=0.0925769;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215494;OID=.;OPOS=157164962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr5 157183739 . G A 710.17 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00243485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.6173;QD=54.6286;RBI=0.02025;REFB=-0.164871;REVB=0.0201031;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000611783;OID=.;OPOS=157183739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:26:25:0:1:26:25:0:1 chr5 157183770 . C T 632.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0026554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1305;QD=61.6747;RBI=0.0160858;REFB=0;REVB=-0.0158651;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106268;OID=.;OPOS=157183770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr5 157213497 . A G 1788.18 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.107796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.472;QD=60.107;RBI=0.111002;REFB=-0.0537936;REVB=0.0264838;RO=1;SAF=64;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736387;STB=0.503875;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000363867;OID=.;OPOS=157213497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:54:64:1:0:54:64:1:0 chr5 158122989 . ATTTTTG AATTTTT,ATTTTG 71.04 PASS AF=0,0.355556;AO=2,13;DP=57;FAO=0,16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=0,15;FSAR=0,1;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0158234,-0.0955015;FXX=0.196394;HRUN=5,5;LEN=6,1;MLLD=158.748,12.8718;QD=6.31423;RBI=0.0201263,0.166459;REFB=-0.00465323,0.0528193;REVB=0.0124374,0.136338;RO=28;SAF=0,12;SAR=2,1;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.538454,0.498193;STB=0.5,0.810288;STBP=1,0.028;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.12761;OID=.,.;OPOS=158122990,158122990;OREF=TTTTTG,T;OALT=ATTTTT,-;OMAPALT=AATTTTT,ATTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.355556:2,13:57:0,16:45:29:0,15:0,1:20:9:72:28:0,12:2,1:18:10 chr5 158204425 . A G 347.2 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0158595;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.852;QD=22.0446;RBI=0.0282638;REFB=-0.0351321;REVB=-0.0233948;RO=27;SAF=18;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550855;STB=0.522199;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0189233;OID=.;OPOS=158204425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:27:28:35:35:0.555556:17:18:12:15:17:18:13:15 chr5 159344461 . G A 528.52 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.00794891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.116;QD=22.2537;RBI=0.0130019;REFB=-0.0201954;REVB=0.010289;RO=45;SAF=22;SAR=28;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744547;STB=0.540967;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0247323;OID=.;OPOS=159344461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:45:50:50:0.526316:28:22:16:29:28:22:16:29 chr5 159505208 . C A 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0104255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.06;QD=20.7545;RBI=0.0105819;REFB=0.00269761;REVB=0.00181253;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26959;STB=0.651978;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0031325;OID=.;OPOS=159505208;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:9:3:9:6:9:3 chr5 159659273 . C T 367.8 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00302624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8949;QD=21.9581;RBI=0.00949285;REFB=0.00358049;REVB=0.00899756;RO=30;SAF=16;SAR=21;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823094;STB=0.54543;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0015438;OID=.;OPOS=159659273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:21:16:16:14:21:16:16:14 chr5 159665599 . G A 845.51 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0422141;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.032;QD=54.549;RBI=0.0515725;REFB=-0.0813308;REVB=0.0296258;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014981;STB=0.51562;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00137384;OID=.;OPOS=159665599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:62:1:2:60:60:0.967742:31:29:0:1:31:29:0:2 chr5 159775741 . G A 1193.55 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234395;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3623;QD=61.2078;RBI=0.0270996;REFB=0;REVB=0.0136008;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88618e-05;OID=.;OPOS=159775741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr5 159776047 . A G 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.815;QD=49.5958;RBI=0.00680701;REFB=0;REVB=-0.00276972;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77371e-06;OID=.;OPOS=159776047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr5 159831803 . A G 300.11 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0252924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.306;QD=16.4443;RBI=0.0283663;REFB=-0.0277025;REVB=0.012843;RO=40;SAF=15;SAR=18;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164936;STB=0.592537;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0246789;OID=.;OPOS=159831803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:18:15:25:15:18:15:25:15 chr5 159835658 . A G 565.56 PASS AF=0.479675;AO=58;DP=122;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-2.31959e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.818;QD=18.392;RBI=0.0109877;REFB=-0.0341996;REVB=-0.0109877;RO=64;SAF=32;SAR=26;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253147;STB=0.509943;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0392525;OID=.;OPOS=159835658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:64:64:58:59:0.479675:26:32:37:27:26:33:37:27 chr5 159839530 . TAAAAAAAAAAAAAAG TAAAAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAG 178.86 PASS AF=0.27027,0.72973;AO=4,11;DP=45;FAO=10,27;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=10,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233645,-0.164426;FXX=0.159055;HRUN=1,14;LEN=1,2;MLLD=151.137,4.7574;QD=19.3367;RBI=0.0239218,0.311636;REFB=0.00377286,-0.0775653;REVB=0.0051337,0.264728;RO=6;SAF=0,8;SAR=4,3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.65814,0.356213;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0158255,0.121723;OID=.,.;OPOS=159839545,159839531;OREF=G,AA;OALT=A,-;OMAPALT=TAAAAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.27027,0.72973:4,11:45:10,27:37:0:0,15:10,12:0:0:73:6:0,8:4,3:1:5 chr5 159901408 . C A 484.36 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.0147547;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.96;QD=18.1068;RBI=0.0212048;REFB=-0.0396544;REVB=-0.0152296;RO=53;SAF=29;SAR=23;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114272;STB=0.570503;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0414318;OID=.;OPOS=159901408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:55:52:52:0.485981:23:29:36:17:23:29:38:17 chr5 159912418 . C G 146.75 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0477261;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4664;QD=10.4819;RBI=0.0484467;REFB=0.0054771;REVB=0.00832494;RO=37;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497195;STB=0.529153;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.0114938;OID=.;OPOS=159912418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:37:37:19:19:0.339286:11:8:14:23:11:8:14:23 chr5 159990279 . G A 774.46 PASS AF=0.493827;AO=80;DP=162;FAO=80;FDP=162;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0111319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7063;QD=19.1224;RBI=0.0731351;REFB=0.000753245;REVB=-0.0722829;RO=82;SAF=29;SAR=51;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153104;STB=0.584506;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00190506;OID=.;OPOS=159990279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:82:82:80:80:0.493827:51:29:43:39:51:29:43:39 chr5 159992655 . T C 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0141739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5448;QD=19.9408;RBI=0.026495;REFB=-0.00810821;REVB=0.022385;RO=29;SAF=12;SAR=20;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00392757;STB=0.502182;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00866132;OID=.;OPOS=159992655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:20:12:11:18:20:12:11:18 chr5 159992754 . T G 448.34 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0373395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.954;QD=21.3497;RBI=0.0563438;REFB=-0.00985345;REVB=0.0421946;RO=39;SAF=24;SAR=20;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114745;STB=0.557209;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00974807;OID=.;OPOS=159992754;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:40:44:44:0.52381:20:24:16:23:20:24:17:23 chr5 160034042 . G A 803.11 PASS AF=0.590551;AO=74;DP=126;FAO=75;FDP=127;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.011712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.903;QD=25.2947;RBI=0.0134318;REFB=0.000708898;REVB=-0.00657582;RO=50;SAF=37;SAR=37;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029674;STB=0.5106;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.000406307;OID=.;OPOS=160034042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:50:52:74:75:0.590551:37:37:23:27:37:38:25:27 chr5 160097496 . A G 784.45 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0604;QD=56.0319;RBI=0.0462497;REFB=0;REVB=0.0178284;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95966e-05;OID=.;OPOS=160097496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:20:34:0:0:21:35:0:0 chr5 160097632 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.121;QD=64.4153;RBI=0.0370251;REFB=0;REVB=-0.00186909;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152883;OID=.;OPOS=160097632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr5 161119071 . G T 1007.75 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.262;QD=59.2795;RBI=0.038071;REFB=0;REVB=-0.0220521;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043725;OID=.;OPOS=161119071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:26:42:0:0:26:42:0:0 chr5 161128761 . C G 817.69 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9455;QD=57.3816;RBI=0.0641365;REFB=0;REVB=-0.0543846;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000865169;OID=.;OPOS=161128761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:35:21:0:0:36:21:0:0 chr5 161281245 . T C 201.19 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.0160387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.032;QD=9.81413;RBI=0.0161722;REFB=-0.00363159;REVB=0.00207411;RO=54;SAF=15;SAR=11;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255296;STB=0.65802;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00808494;OID=.;OPOS=161281245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:54:56:26:26:0.317073:11:15:19:35:11:15:19:37 chr5 161325934 . A C 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00557627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.896;QD=15.8126;RBI=0.0355415;REFB=-0.0265641;REVB=0.0351014;RO=43;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0054454;STB=0.509086;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0318274;OID=.;OPOS=161325934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:44:34:34:0.435897:16:18:23:20:16:18:24:20 chr5 161528280 . C T 734.02 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00684966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.89;QD=56.4633;RBI=0.026864;REFB=0;REVB=0.0259761;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57924e-05;OID=.;OPOS=161528280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:23:26:0:0:25:27:0:0 chr5 161582493 . CAT C 267.17 PASS AF=0.390244;AO=27;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=39;FWDB=0.0102548;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.347;QD=13.0329;RBI=0.0146098;REFB=-0.00319313;REVB=0.010406;RO=48;SAF=7;SAR=20;SRF=10;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770261;STB=0.588185;STBP=0.294;TYPE=del;VARB=0.00413107;OID=.;OPOS=161582494;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390244:27:82:32:82:50:11:21:11:39:99:48:7:20:10:38 chr5 161904930 . A G 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.031752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.188;QD=22.6785;RBI=0.0318122;REFB=0.00604201;REVB=0.00195715;RO=5;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721239;STB=0.540904;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00205036;OID=.;OPOS=161904930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:3:7:4:1:3:7:4:1 chr5 162210532 . A G 433.33 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.037;QD=55.9132;RBI=0.0372241;REFB=0;REVB=0.0109261;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674761;OID=.;OPOS=162210532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:20:9:0:0:21:10:0:0 chr5 162884088 . TAAAAAAAAAAC TAAAAAAAAACA 89.45 PASS AF=1;AO=3;DP=28;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.094435;FXX=0.181653;HRUN=10;LEN=2;MLLD=24.726;QD=39.7572;RBI=0.0957667;REFB=0;REVB=0.0159152;RO=5;SAF=0;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.743083;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0169875;OID=.;OPOS=162884098;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=TAAAAAAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:28:9:9:0:2:7:0:0:3:5:0:3:4:1 chr5 162890953 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.956;QD=57.1057;RBI=0.0284199;REFB=0;REVB=-0.0110124;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111189;OID=.;OPOS=162890953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr5 167645888 . T C 837.64 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00231091;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.596;QD=57.7682;RBI=0.0115389;REFB=0;REVB=-0.0113051;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.39734e-05;OID=.;OPOS=167645888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr5 167850748 . A G 2993.87 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.533;QD=63.3624;RBI=0.0520221;REFB=0;REVB=0.0136207;RO=0;SAF=78;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20745e-05;OID=.;OPOS=167850748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:189:0:0:185:189:1:107:78:0:0:108:81:0:0 chr5 167868779 . A G 556.43 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0583164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.485;QD=18.7037;RBI=0.0583344;REFB=-0.0108594;REVB=-0.00144899;RO=58;SAF=27;SAR=31;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513509;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0116215;OID=.;OPOS=167868779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:58:61:58:58:0.487395:31:27:27:31:31:27:30:31 chr5 167868809 . C T 435.49 PASS AF=0.468085;AO=43;DP=93;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.120182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.103;QD=18.5313;RBI=0.120184;REFB=0.0084916;REVB=0.000678322;RO=49;SAF=20;SAR=23;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043093;STB=0.534868;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00546819;OID=.;OPOS=167868809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:49:50:43:44:0.468085:23:20:25:24:24:20:26:24 chr5 167913510 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.727;QD=51.1846;RBI=0.0300916;REFB=0;REVB=0.0299958;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138937;OID=.;OPOS=167913510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr5 167937607 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0115579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.264;QD=12.3288;RBI=0.0132516;REFB=-0.00367566;REVB=0.0064822;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136659;STB=0.60246;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00515361;OID=.;OPOS=167937607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:17:17:10:11:0.392857:6:4:9:8:7:4:9:8 chr5 167943827 . G A 1253.19 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395003;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.376;QD=61.8857;RBI=0.0469129;REFB=0;REVB=0.025309;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37674e-05;OID=.;OPOS=167943827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr5 167957055 . G A 556.52 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=88;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0251711;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.78;QD=24.7341;RBI=0.0292102;REFB=-0.029683;REVB=-0.0148207;RO=37;SAF=22;SAR=29;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204059;STB=0.52076;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0237125;OID=.;OPOS=167957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:37:39:51:51:0.566667:29:22:15:22:29:22:15:24 chr5 168098463 . A G 710.64 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00614979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.051;QD=54.6649;RBI=0.0145219;REFB=-0.149053;REVB=0.0131554;RO=1;SAF=16;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285164;STB=0.515146;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.000653136;OID=.;OPOS=168098463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:35:16:1:0:35:16:1:0 chr5 168176517 . A G 292.29 PASS AF=0.525424;AO=32;DP=57;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0636377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5343;QD=19.816;RBI=0.0849328;REFB=-0.0100961;REVB=-0.0562479;RO=25;SAF=12;SAR=20;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211021;STB=0.637274;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0131089;OID=.;OPOS=168176517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:25:28:32:31:0.525424:20:12:16:9:20:11:18:10 chr5 168212951 . A G 72.93 PASS AF=0.434783;AO=8;DP=21;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0863468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5017;QD=12.6841;RBI=0.0869309;REFB=-0.0174963;REVB=-0.0100606;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912387;STB=0.599791;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0539743;OID=.;OPOS=168212951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:21:23:13:13:8:10:0.434783:3:5:7:6:3:7:7:6 chr5 168244447 . C G 225.17 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0271395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.534;QD=15.2657;RBI=0.0632168;REFB=-0.0239496;REVB=-0.0570947;RO=32;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143575;STB=0.500667;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0349608;OID=.;OPOS=168244447;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:15:11:14:18:15:11:14:19 chr5 168690612 . A G 3876.88 PASS AF=1;AO=241;DP=242;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.174;QD=63.817;RBI=0.0144331;REFB=0;REVB=-0.000739887;RO=0;SAF=120;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67975e-06;OID=.;OPOS=168690612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:243:0:0:241:243:1:121:120:0:0:123:120:0:0 chr5 168690635 . C T 1060.73 PASS AF=0.507109;AO=106;DP=209;FAO=107;FDP=211;FR=.;FRO=104;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=0.0260345;FXX=0.00471676;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5976;QD=20.1087;RBI=0.026688;REFB=-0.0136695;REVB=0.00586994;RO=102;SAF=41;SAR=65;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138555;STB=0.577685;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0120286;OID=.;OPOS=168690635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:211:102:104:106:107:0.507109:65:41:55:47:65:42:57:47 chr5 169021610 . C T 766.2 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.198;QD=63.8496;RBI=0.105366;REFB=0;REVB=0.101415;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641034;OID=.;OPOS=169021610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:19:26:0:0:22:26:0:0 chr5 169028481 . T C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.916;QD=62.6692;RBI=0.0655818;REFB=0;REVB=0.0571268;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298778;OID=.;OPOS=169028481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chr5 169031150 . T C 1499.06 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997609;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.402;QD=59.9625;RBI=0.0505974;REFB=0;REVB=0.0496042;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184332;OID=.;OPOS=169031150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:50:50:0:0:50:50:0:0 chr5 169129422 . A G 868.0 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181462;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.972;QD=57.8668;RBI=0.0283061;REFB=0;REVB=0.0217244;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10718e-06;OID=.;OPOS=169129422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr5 169361660 . C G 779.41 PASS AF=0.552239;AO=71;DP=131;FAO=74;FDP=134;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.035137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.718;QD=23.266;RBI=0.039381;REFB=-0.0303989;REVB=-0.0177836;RO=60;SAF=31;SAR=40;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950753;STB=0.54053;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0229209;OID=.;OPOS=169361660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:134:60:60:71:74:0.552239:40:31:33:27:40:34:33:27 chr5 169361685 . T G 777.21 PASS AF=0.536232;AO=74;DP=138;FAO=74;FDP=138;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0247863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1449;QD=22.5279;RBI=0.0425216;REFB=-0.000216522;REVB=0.0345503;RO=62;SAF=31;SAR=43;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108575;STB=0.559747;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000453284;OID=.;OPOS=169361685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:62:64:74:74:0.536232:43:31:34:28:43:31:35:29 chr5 169435713 . A C 741.45 PASS AF=0.514286;AO=72;DP=140;FAO=72;FDP=140;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.00934215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.885;QD=21.1844;RBI=0.0195508;REFB=-0.0260011;REVB=-0.0171743;RO=68;SAF=27;SAR=45;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478136;STB=0.526308;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.024314;OID=.;OPOS=169435713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:68:68:72:72:0.514286:45:27:29:39:45:27:29:39 chr5 169454941 . C G 995.88 PASS AF=1;AO=52;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.32;QD=56.1057;RBI=0.0786431;REFB=0;REVB=0.0777179;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118882;OID=.;OPOS=169454941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:52:71:1:22:30:0:0:41:30:0:0 chr5 169461547 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00132445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3972;QD=57.1769;RBI=0.00286673;REFB=0;REVB=-0.00254244;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10282e-05;OID=.;OPOS=169461547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr5 169510392 . G A 205.78 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00910681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4312;QD=10.8306;RBI=0.0175727;REFB=0.000341896;REVB=0.0150288;RO=48;SAF=12;SAR=14;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662903;STB=0.538432;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.000517866;OID=.;OPOS=169510392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:50:26:26:0.342105:14:12:25:23:14:12:26:24 chr5 169533240 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0229834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.025;QD=13.2052;RBI=0.0505116;REFB=-0.0457414;REVB=-0.0449798;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275357;STB=0.66611;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0218325;OID=.;OPOS=169533240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:2:4:2:4:2:4 chr5 169535522 . T C 1437.36 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359309;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.904;QD=63.1806;RBI=0.0381521;REFB=0;REVB=0.0128278;RO=0;SAF=31;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145122;OID=.;OPOS=169535522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:60:31:0:0:60:31:0:0 chr5 169661994 . G C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00432174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.917;QD=16.417;RBI=0.013896;REFB=-0.0151787;REVB=-0.0132069;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193277;STB=0.611489;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0119435;OID=.;OPOS=169661994;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:9:7:9:5:9:7 chr5 169685163 . C T 274.96 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00676349;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.517;QD=19.997;RBI=0.0131073;REFB=-0.00559861;REVB=0.0112274;RO=27;SAF=21;SAR=8;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018144;STB=0.503934;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00278621;OID=.;OPOS=169685163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:27:26:29:29:0.527273:8:21:20:7:8:21:19:7 chr5 169715038 . A G 279.28 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.018798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.865;QD=18.934;RBI=0.0226004;REFB=0.00415986;REVB=0.0125464;RO=29;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336776;STB=0.506662;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.00299793;OID=.;OPOS=169715038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:29:29:30:0.508475:19:10:11:18:19:11:11:18 chr5 169910062 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.615;QD=64.4149;RBI=0.0194503;REFB=0;REVB=0.0189961;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87479e-05;OID=.;OPOS=169910062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:25:24:0:0:25:25:0:0 chr5 169910084 . G T 768.93 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155051;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.413;QD=56.9579;RBI=0.0395632;REFB=0;REVB=-0.0363984;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000618176;OID=.;OPOS=169910084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr5 170215638 . T C 206.52 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0104402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9759;QD=13.1121;RBI=0.0199715;REFB=0.0075722;REVB=0.0170253;RO=38;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22644;STB=0.629114;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0137337;OID=.;OPOS=170215638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:11:14:13:25:11:14:13:25 chr5 170215670 . G A 180.14 PASS AF=0.377049;AO=22;DP=60;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0101968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.755;QD=11.8124;RBI=0.014513;REFB=-0.0207646;REVB=-0.0103273;RO=38;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266666;STB=0.661895;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0325614;OID=.;OPOS=170215670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:38:38:22:23:0.377049:9:13:13:25:9:14:13:25 chr5 170235673 . A G 931.24 PASS AF=0.480198;AO=97;DP=202;FAO=97;FDP=202;FR=.;FRO=105;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=62;FSRR=43;FWDB=-0.000636452;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0923;QD=18.4404;RBI=0.00108908;REFB=-0.00486267;REVB=0.000883755;RO=103;SAF=48;SAR=49;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910029;STB=0.549653;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00584865;OID=.;OPOS=170235673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:103:105:97:97:0.480198:49:48:61:42:49:48:62:43 chr5 170294132 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.941;QD=57.2377;RBI=0.0130722;REFB=0;REVB=0.0112895;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26348e-05;OID=.;OPOS=170294132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr5 170395512 . A T 1134.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.422;QD=60.5319;RBI=0.0352918;REFB=0;REVB=0.0335714;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151394;OID=.;OPOS=170395512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:49:25:0:0:50:25:0:0 chr5 170883734 . G A 622.21 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=137;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=-0.0210627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.086;QD=18.1667;RBI=0.0233337;REFB=0.00499001;REVB=0.010041;RO=73;SAF=35;SAR=29;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194501;STB=0.607634;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00629312;OID=.;OPOS=170883734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:73:73:64:64:0.467153:29:35:25:48:29:35:25:48 chr5 171472417 . A G 167.58 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.000248315;FXX=0.0588062;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.3531;QD=20.9477;RBI=0.0229095;REFB=-0.00425507;REVB=-0.0229082;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420242;STB=0.523781;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00389554;OID=.;OPOS=171472417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:32:15:15:17:17:0.53125:11:6:6:9:11:6:6:9 chr5 171533629 . A G 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.159;QD=56.9361;RBI=0.030088;REFB=0;REVB=0.0234476;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10472e-05;OID=.;OPOS=171533629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr5 171533656 . C T 1456.75 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112321;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.332;QD=63.337;RBI=0.0346062;REFB=0;REVB=0.0327327;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81126e-05;OID=.;OPOS=171533656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:45:47:0:0:45:47:0:0 chr5 171636926 . C T 55.19 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0160309;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.919;QD=8.49127;RBI=0.0180785;REFB=-0.000729983;REVB=-0.00835714;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273982;STB=0.687004;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00166274;OID=.;OPOS=171636926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:27:26:19:18:8:8:0.307692:2:6:10:9:2:6:9:9 chr5 171760569 . A G 544.68 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307492;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.489;QD=60.5205;RBI=0.0308266;REFB=0;REVB=0.0021832;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281089;OID=.;OPOS=171760569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:20:16:0:0 chr5 171763623 . A G 191.53 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00978505;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=248.938;QD=12.9852;RBI=0.00984405;REFB=-0.000248793;REVB=-0.00107617;RO=36;SAF=16;SAR=7;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190883;STB=0.6247;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000309115;OID=.;OPOS=171763623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:35:23:24:0.40678:7:16:19:17:7:17:18:17 chr5 171849471 . G A 270.08 PASS AF=0.520833;AO=20;DP=49;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0016497;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.228;QD=22.5065;RBI=0.0208716;REFB=-0.0341568;REVB=-0.0208063;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228511;STB=0.566958;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0352988;OID=.;OPOS=171849471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:23:23:20:25:0.520833:11:9:16:7:11:14:16:7 chr5 172113235 . C T 2048.51 PASS AF=0.985294;AO=132;DP=134;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00862259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.024;QD=60.2502;RBI=0.00905023;REFB=-0.000245506;REVB=0.00274912;RO=2;SAF=64;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146195;STB=0.507462;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=2.91885e-05;OID=.;OPOS=172113235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:136:2:2:132:134:0.985294:68:64:2:0:68:66:2:0 chr5 172196711 . G T 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.294;QD=57.6751;RBI=0.0870214;REFB=0;REVB=0.0671917;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413784;OID=.;OPOS=172196711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr5 172294194 . G T 771.07 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00281493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.351;QD=55.0761;RBI=0.00406653;REFB=-0.134989;REVB=0.00293476;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000907487;OID=.;OPOS=172294194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:0:1:55:55:0.982143:22:33:0:0:22:33:0:1 chr5 172341917 . T C 298.71 PASS AF=0.5;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00141339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.799;QD=18.6691;RBI=0.0259673;REFB=-0.0278714;REVB=-0.0259288;RO=31;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209318;STB=0.623476;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0207299;OID=.;OPOS=172341917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:32:32:32:0.5:13:19:11:20:13:19:11:21 chr5 172342029 . G GT 154.88 PASS AF=0.590164;AO=29;DP=63;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.11722;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.9731;QD=10.1562;RBI=0.117759;REFB=0.104584;REVB=0.0112495;RO=30;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201103;STB=0.555109;STBP=0.341;TYPE=ins;VARB=-0.025555;OID=.;OPOS=172342030;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.590164:29:63:36:61:25:14:22:13:12:88:30:11:18:18:12 chr5 172342668 . C T 148.44 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0162899;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1238;QD=11.6421;RBI=0.0174428;REFB=-0.0079311;REVB=-0.00623625;RO=33;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299206;STB=0.675131;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0201442;OID=.;OPOS=172342668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:6:12:13:20:6:12:13:20 chr5 172381973 . A AGGT 982.14 PASS AF=0.898734;AO=69;DP=81;FAO=71;FDP=79;FR=.;FRO=8;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0187946;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=3;MLLD=235.931;QD=49.7286;RBI=0.0210031;REFB=-0.0585707;REVB=0.00937508;RO=8;SAF=35;SAR=34;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720506;STB=0.538643;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=0.00222717;OID=.;OPOS=172381974;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.898734:69:81:71:79:8:35:36:7:1:34:8:35:34:7:1 chr5 172447762 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.867;QD=59.4349;RBI=0.0151942;REFB=0;REVB=-0.0113015;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.0279e-06;OID=.;OPOS=172447762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr5 172631051 . T G 239.25 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5784;QD=50.3685;RBI=0.106965;REFB=0;REVB=0.0161966;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00383212;OID=.;OPOS=172631051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:9:10:0:0 chr5 172660527 . T A 54.55 PASS AF=0.777778;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.136083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.326;QD=24.2423;RBI=0.136396;REFB=-0.00142953;REVB=0.00923927;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583115;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00110988;OID=.;OPOS=172660527;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:9:2:2:5:7:0.777778:5:0:0:2:5:2:0:2 chr5 172662024 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.622;QD=48.7363;RBI=0.101969;REFB=0;REVB=0.1014;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631454;OID=.;OPOS=172662024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr5 172750436 . G A 766.31 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.989;QD=63.8591;RBI=0.0194838;REFB=0;REVB=0.014382;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47952e-06;OID=.;OPOS=172750436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr5 173034989 . T C 563.82 PASS AF=0.40625;AO=65;DP=161;FAO=65;FDP=160;FR=.;FRO=95;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=0.0215215;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.532;QD=14.0955;RBI=0.023449;REFB=-0.00120359;REVB=0.00931027;RO=94;SAF=33;SAR=32;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192854;STB=0.50769;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00138577;OID=.;OPOS=173034989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:94:95:65:65:0.40625:32:33:46:48:32:33:47:48 chr5 173376506 . A G 243.69 PASS AF=0.5;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0173028;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0661;QD=18.0511;RBI=0.0202638;REFB=-9.26707e-05;REVB=0.0105468;RO=25;SAF=7;SAR=19;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207796;STB=0.601731;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0022569;OID=.;OPOS=173376506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:27:26:27:0.5:19:7:12:13:19:8:13:14 chr5 174156168 . T C 674.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.809;QD=61.2925;RBI=0.0336666;REFB=0;REVB=0.0317296;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592635;OID=.;OPOS=174156168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:16:27:0:0:17:27:0:0 chr5 174422374 . C T 262.77 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00744377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.424;QD=15.0156;RBI=0.0139275;REFB=-0.0104314;REVB=-0.0117713;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423824;STB=0.523976;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00904686;OID=.;OPOS=174422374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:16:14:17:23:16:14:17:23 chr5 174868840 . T C 1048.11 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213845;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.966;QD=59.8921;RBI=0.0254822;REFB=0;REVB=0.0138581;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106633;OID=.;OPOS=174868840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr5 174870150 . C T 202.0 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.012755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.475;QD=21.2627;RBI=0.0132587;REFB=0.00745237;REVB=0.00362007;RO=18;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228507;STB=0.629079;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00284138;OID=.;OPOS=174870150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:6:14:8:10:6:14:8:10 chr5 174937193 . C T 225.89 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0118511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.444;QD=20.5356;RBI=0.0252051;REFB=-0.00441107;REVB=-0.0222452;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121921;STB=0.568687;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00473201;OID=.;OPOS=174937193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:9:13:10:12:9:13:10:12 chr5 175307373 . G A 1308.87 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0119927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0956;QD=57.5327;RBI=0.0425231;REFB=-0.0205636;REVB=0.0407969;RO=3;SAF=36;SAR=51;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163967;STB=0.515148;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00505794;OID=.;OPOS=175307373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:3:4:87:87:0.956044:51:36:2:1:51:36:3:1 chr5 175307770 . A AC,C 78.12 PASS AF=0.466667,0;AO=9,3;DP=32;FAO=14,0;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4,0;FSAR=10,0;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0323133,0.00647222;FXX=0.0322477;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=16.2292,94.7821;QD=10.4157;RBI=0.0324493,0.0440806;REFB=-0.143592,-0.0292211;REVB=-0.00296841,-0.0436028;RO=20;SAF=1,0;SAR=8,3;SRF=6;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.339117,-0.528374;STB=0.615242,0.5;STBP=0.387,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.149499,0;OID=.,.;OPOS=175307771,175307770;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:32:30:20:16:9,3:14,0:0.466667,0:8,3:1,0:6:14:10,0:4,0:2:14 chr5 175511992 . C T 157.84 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0215205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7571;QD=12.1416;RBI=0.0390447;REFB=-0.0127446;REVB=-0.0325785;RO=32;SAF=2;SAR=17;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371471;STB=0.718026;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0528674;OID=.;OPOS=175511992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:32:33:19:19:0.365385:17:2:10:22:17:2:10:23 chr5 175723300 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0100075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.976;QD=15.1664;RBI=0.0103931;REFB=-0.00547685;REVB=-0.00280471;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288517;STB=0.653639;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00957084;OID=.;OPOS=175723300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:10:5:12:7:10:5:12:8 chr5 175811094 . C CGT 651.05 PASS AF=0.894737;AO=47;DP=60;FAO=51;FDP=57;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0522675;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=185.569;QD=45.6876;RBI=0.0633973;REFB=-0.0419561;REVB=0.0358794;RO=11;SAF=27;SAR=20;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224604;STB=0.50955;STBP=0.718;TYPE=ins;VARB=0.00264279;OID=.;OPOS=175811095;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737:47:60:51:57:6:30:21:3:3:29:11:27:20:7:4 chr5 175955814 . A G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0197589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.844;QD=34.6655;RBI=0.0347699;REFB=0.0118127;REVB=0.02861;RO=1;SAF=9;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471711;STB=0.526264;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00187043;OID=.;OPOS=175955814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:1:9:1:0:1:9:1:0 chr5 175956177 . G A 231.22 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.000383971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.288;QD=17.7862;RBI=0.0381614;REFB=-0.0188344;REVB=0.0381595;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204813;STB=0.59992;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0123306;OID=.;OPOS=175956177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:27:24:25:0.480769:9:15:11:16:10:15:11:16 chr5 175956271 . A C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00838244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.717;QD=63.2868;RBI=0.0108711;REFB=0;REVB=-0.00692207;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74957e-05;OID=.;OPOS=175956271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr5 175998246 . T C 281.64 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00210169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.787;QD=17.0688;RBI=0.00904083;REFB=-0.0118005;REVB=-0.00879315;RO=34;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150559;STB=0.516119;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00995495;OID=.;OPOS=175998246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:15:16:17:17:15:16:17:18 chr5 176002144 . A C 224.63 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=3;FWDB=0.0119163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.817;QD=17.6182;RBI=0.0227771;REFB=-0.0348272;REVB=-0.0194113;RO=27;SAF=23;SAR=1;SRF=24;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27782;STB=0.661698;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0187149;OID=.;OPOS=176002144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:1:23:24:3:1:23:24:3 chr5 176002542 . C T 161.49 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0299507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5411;QD=18.9992;RBI=0.031184;REFB=-0.0120794;REVB=-0.00868309;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155199;STB=0.588131;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00979283;OID=.;OPOS=176002542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:10:7:10:7:10:7 chr5 176004476 . T C,G 128.24 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=10,2;DP=12;FAO=10,2;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8,2;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201207,0.0308136;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.3821,171.925;QD=42.7471;RBI=0.0359107,0.0420271;REFB=0,0;REVB=0.0297444,0.0285797;RO=0;SAF=8,2;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0492243,0.0228536;OID=.,.;OPOS=176004476,176004476;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:12:12:0:0:10,2:10,2:0.833333,0.166667:2,0:8,2:0:0:2,0:8,2:0:0 chr5 176005477 . C T 209.71 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0127982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.082;QD=18.6412;RBI=0.0475838;REFB=-0.0159524;REVB=0.0458304;RO=24;SAF=18;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320564;STB=0.685507;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0212195;OID=.;OPOS=176005477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:3:18:15:9:3:18:15:9 chr5 176017639 . C A 778.07 PASS AF=0.532374;AO=74;DP=141;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0200058;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.267;QD=22.3905;RBI=0.0201417;REFB=-0.0226378;REVB=0.00233607;RO=65;SAF=37;SAR=37;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985259;STB=0.553942;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0296752;OID=.;OPOS=176017639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:65:65:74:74:0.532374:37:37:25:40:37:37:25:40 chr5 176024880 . C T 150.96 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.00885965;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.64;QD=12.5798;RBI=0.0122798;REFB=-0.00367874;REVB=0.00850289;RO=30;SAF=3;SAR=14;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424521;STB=0.518496;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00603239;OID=.;OPOS=176024880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:17:17:0.354167:14:3:6:24:14:3:6:25 chr5 176025938 . T C 283.18 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4957;QD=49.2481;RBI=0.0410793;REFB=-0.0536453;REVB=0.0228778;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142003;OID=.;OPOS=176025938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:23:0:0:20:23:1:11:9:0:0:13:10:0:0 chr5 176047761 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235375;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.926;QD=42.1826;RBI=0.0331324;REFB=0;REVB=0.0233183;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117812;OID=.;OPOS=176047761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr5 176053622 . G A 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.917;QD=49.5943;RBI=0.0710004;REFB=0;REVB=0.0682473;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000865362;OID=.;OPOS=176053622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr5 176069831 . G A 1529.78 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462276;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4672;QD=63.7406;RBI=0.047176;REFB=0;REVB=-0.0094116;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135477;OID=.;OPOS=176069831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:58:37:0:0:58:38:0:0 chr5 176314459 . G A 246.82 PASS AF=0.709677;AO=21;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0155786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.605;QD=31.8482;RBI=0.0195057;REFB=-0.0334726;REVB=-0.0117378;RO=9;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699998;STB=0.545415;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.021703;OID=.;OPOS=176314459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:21:22:0.709677:7:14:7:2:8:14:7:2 chr5 176314639 . G A 230.02 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0240338;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.07;QD=21.9069;RBI=0.036933;REFB=-0.0180113;REVB=0.0280432;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164684;STB=0.592192;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0194312;OID=.;OPOS=176314639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:20:22:22:0.52381:12:10:13:7:12:10:13:7 chr5 176334195 . C T 769.47 PASS AF=1;AO=41;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2787;QD=56.9978;RBI=0.01217;REFB=0;REVB=-0.00946513;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.67574e-06;OID=.;OPOS=176334195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:41:54:1:16:25:0:0:26:28:0:0 chr5 176378574 . G T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000958823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.54;QD=57.6807;RBI=0.00267133;REFB=0;REVB=-0.00249333;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.864e-06;OID=.;OPOS=176378574;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr5 176382995 . G A 109.73 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0400315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.635;QD=14.6302;RBI=0.0400315;REFB=-0.0085091;REVB=1.77432e-05;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112273;STB=0.56561;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0116309;OID=.;OPOS=176382995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:4:9:10:7:4:9:10:7 chr5 176402401 . G A 928.92 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.592;QD=57.1642;RBI=0.0797275;REFB=0;REVB=-0.0767894;RO=0;SAF=46;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7396e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195414;OID=.;OPOS=176402401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:65:0:0:61:65:1:15:46:0:0:15:50:0:0 chr5 176492557 . G A 391.65 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0652036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.692;QD=52.2204;RBI=0.0691856;REFB=-0.14625;REVB=0.0231331;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0019225;OID=.;OPOS=176492557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:15:13:0:1:15:14:0:1 chr5 176516631 . G A 147.68 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.014169;FXX=0.017854;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.939;QD=10.7403;RBI=0.020805;REFB=-0.0191014;REVB=0.0152344;RO=34;SAF=14;SAR=5;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309612;STB=0.667863;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.027286;OID=.;OPOS=176516631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:34:36:19:19:0.345455:5:14:16:18:5:14:18:18 chr5 176517170 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.843;QD=49.599;RBI=0.0547887;REFB=0;REVB=0.0220229;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070358;OID=.;OPOS=176517170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr5 176517292 . A G 626.39 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222954;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.4749;QD=61.1116;RBI=0.0462297;REFB=0;REVB=-0.0404981;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159204;OID=.;OPOS=176517292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:29:11:0:0:30:11:0:0 chr5 176517326 . T C 650.99 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.801;QD=61.9992;RBI=0.0408328;REFB=0;REVB=0.0362709;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126235;OID=.;OPOS=176517326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr5 176517797 . C T 685.55 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0161123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.263;QD=50.7812;RBI=0.0170059;REFB=0.0517729;REVB=0.00544007;RO=3;SAF=26;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512863;STB=0.527262;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.000261077;OID=.;OPOS=176517797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:51:51:0.944444:25:26:3:0:25:26:3:0 chr5 176518784 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.499;QD=57.7124;RBI=0.0174274;REFB=0;REVB=-0.00664348;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80701e-05;OID=.;OPOS=176518784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr5 176520243 . G A 151.47 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.002029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.614;QD=20.1956;RBI=0.00826132;REFB=-0.0371796;REVB=0.00800829;RO=12;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154264;STB=0.560107;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0346836;OID=.;OPOS=176520243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:12:14:16:16:0.533333:11:5:6:6:11:5:6:8 chr5 176636882 . C T 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0150511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.436;QD=11.8156;RBI=0.0171383;REFB=-0.012951;REVB=-0.00819666;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164145;STB=0.594586;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0150564;OID=.;OPOS=176636882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:13:11:25:16:13:11:25:16 chr5 176639105 . T C 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00328787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.433;QD=25.4983;RBI=0.00329001;REFB=0.00266724;REVB=0.000118839;RO=16;SAF=17;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292348;STB=0.663264;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00170759;OID=.;OPOS=176639105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:6:17:6:10:6:17:6:10 chr5 176721119 . G A 193.84 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.115227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.608;QD=16.856;RBI=0.115794;REFB=0.00598042;REVB=0.0114446;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760636;STB=0.543435;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.0130243;OID=.;OPOS=176721119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:10:10:11:15:10:10:11:15 chr5 176721151 . T C 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00642992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.881;QD=19.0004;RBI=0.0424938;REFB=-0.00849587;REVB=-0.0420045;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108843;STB=0.561969;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00653747;OID=.;OPOS=176721151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:6:11:9:8:6:11:9:8 chr5 176721198 . T C 740.79 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.059;QD=56.9841;RBI=0.029074;REFB=0;REVB=0.0264548;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143107;OID=.;OPOS=176721198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:27:24:0:0:28:24:0:0 chr5 176722005 . G A 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.000367717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.67;QD=20.7544;RBI=0.0494214;REFB=0.00185052;REVB=-0.0494201;RO=11;SAF=12;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43111;STB=0.761535;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.000477801;OID=.;OPOS=176722005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:12:15:15:0.555556:3:12:3:8:3:12:3:9 chr5 176728400 . G A 722.32 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2931;QD=54.5149;RBI=0.0231124;REFB=-0.00326945;REVB=0.00708272;RO=2;SAF=25;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000696368;STB=0.50943;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00101684;OID=.;OPOS=176728400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:2:1:51:52:0.981132:26:25:1:1:26:26:0:1 chr5 176728458 . G T 949.34 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.444;QD=58.4212;RBI=0.03008;REFB=0;REVB=0.0246905;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.4546e-05;OID=.;OPOS=176728458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:33:31:0:0:34:31:0:0 chr5 176728817 . A G 176.12 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00463555;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.645;QD=20.7201;RBI=0.00557514;REFB=-0.0116164;REVB=-0.0030974;RO=16;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353489;STB=0.519977;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00970713;OID=.;OPOS=176728817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:5:13:11:5:5:13:11:5 chr5 176733116 . A G 790.14 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.181;QD=56.4383;RBI=0.0363992;REFB=0;REVB=0.0326697;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201739;OID=.;OPOS=176733116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:27:28:0:0:27:29:0:0 chr5 176733616 . T C 634.18 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.091;QD=61.8708;RBI=0.070962;REFB=0;REVB=0.0498765;RO=0;SAF=6;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232783;OID=.;OPOS=176733616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:31:6:0:0:34:7:0:0 chr5 176737720 . A G 306.47 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.746;QD=53.2997;RBI=0.0558347;REFB=0;REVB=0.0543637;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264923;OID=.;OPOS=176737720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:10:13:0:0 chr5 176795796 . G A 314.78 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.013089;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.314;QD=24.2139;RBI=0.0226681;REFB=-0.0172198;REVB=0.0185073;RO=21;SAF=15;SAR=16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111077;STB=0.561059;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0111874;OID=.;OPOS=176795796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:21:21:31:31:0.596154:16:15:7:14:16:15:7:14 chr5 176831826 . C G 1624.41 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00392462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.471;QD=60.1633;RBI=0.0196134;REFB=0;REVB=0.0192167;RO=0;SAF=64;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04073e-05;OID=.;OPOS=176831826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:43:64:0:0:44:64:0:0 chr5 176885178 . A G 272.53 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8846;QD=51.9102;RBI=0.0313567;REFB=0;REVB=-0.0140878;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55111e-05;OID=.;OPOS=176885178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:13:8:0:0 chr5 176916516 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0988312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3281;QD=55.6545;RBI=0.100553;REFB=0;REVB=0.0185297;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128135;OID=.;OPOS=176916516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr5 176917078 . T C 695.85 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.436;QD=60.509;RBI=0.0234686;REFB=0.037913;REVB=0.0140535;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00231745;OID=.;OPOS=176917078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:22:23:0:1:22:23:0:1 chr5 176930135 . G A 785.13 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.588;QD=57.1005;RBI=0.0674965;REFB=0;REVB=0.0648804;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168838;OID=.;OPOS=176930135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr5 176930171 . AGAG A 822.38 PASS AF=1;AO=54;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540106;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=3;MLLD=261.893;QD=57.7108;RBI=0.0829111;REFB=0;REVB=0.0629056;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000215315;OID=.;OPOS=176930172;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:57:57:57:0:29:28:0:0:5:0:28:26:0:0 chr5 176936650 . T C 594.33 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0676853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0639;QD=60.9572;RBI=0.0709797;REFB=0;REVB=0.0213732;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000711083;OID=.;OPOS=176936650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr5 176940384 . G A 1312.4 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151553;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2496;QD=61.7598;RBI=0.0465267;REFB=0;REVB=0.0439892;RO=0;SAF=58;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980427;OID=.;OPOS=176940384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:84:85:1:26:58:0:0:26:59:0:0 chr5 176951276 . A G 956.94 PASS AF=1;AO=53;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.169;QD=58.8887;RBI=0.0668282;REFB=0;REVB=0.057106;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548443;OID=.;OPOS=176951276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:53:65:1:21:32:0:0:26:39:0:0 chr5 176951760 . AGGGGGC AGGGC,AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC 185.93 PASS AF=0,0.863636,0.0454545,0;AO=3,7,6,3;DP=23;FAO=0,19,1,0;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=0,11,1,0;FSAR=0,8,0,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0128475,-0.131632,0.0236205,0.164197;FXX=0;HRUN=5,5,5,5;LEN=2,2,1,1;MLLD=8.8667,20.1256,11.1938,7.21575;QD=33.8061;RBI=0.0375564,0.258778,0.0724407,0.338458;REFB=0.0273944,0.0309959,0.0342628,0.015121;REVB=-0.0352906,0.222799,-0.0684816,-0.295961;RO=2;SAF=0,6,3,3;SAR=3,1,3,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0.422723,0.215133,0.74993;STB=0.5,0.555497,0.993266,0.5;STBP=1,0.144,0.226,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.00965115,0.00730478,0.0197814,0;OID=.,.,.,.;OPOS=176951761,176951765,176951761,176951765;OREF=GG,GC,G,G;OALT=-,-,-,C;OMAPALT=AGGGC,AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.863636,0.0454545,0:3,7,6,3:23:0,19,1,0:22:2:0,11,1,0:0,8,0,0:0:2:7:2:0,6,3,3:3,1,3,0:0:2 chr5 177022652 . A G 202.9 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0046035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1298;QD=38.647;RBI=0.0260144;REFB=-0.0114691;REVB=0.0256038;RO=1;SAF=14;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316909;STB=0.548336;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0203696;OID=.;OPOS=177022652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:1:3:18:18:0.857143:4:14:1:0:4:14:3:0 chr5 177023096 . A AT 337.0 PASS AF=1;AO=9;DP=51;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802467;FXX=0.431288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.4719;QD=46.4821;RBI=0.0902537;REFB=0;REVB=-0.0413061;RO=40;SAF=0;SAR=9;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.708489;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0017459;OID=.;OPOS=177023097;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:51:29:29:0:5:24:0:0:6:40:0:9:19:21 chr5 177023098 . A T 391.31 PASS AF=0.730769;AO=12;DP=48;FAO=38;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.0169944;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=112.565;QD=30.1011;RBI=0.053709;REFB=-0.14637;REVB=0.0509495;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338898;STB=0.63455;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00466131;OID=.;OPOS=177023098;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:48:52:12:14:12:38:0.730769:10:2:0:12:19:19:0:14 chr5 177180236 . G A 712.3 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975347;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.703;QD=63.3156;RBI=0.0516308;REFB=0;REVB=-0.0507012;RO=0;SAF=42;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29226e-05;OID=.;OPOS=177180236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:3:42:0:0:3:42:0:0 chr5 177422876 . T C 1523.08 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0406209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.534;QD=58.5799;RBI=0.0416302;REFB=0.0156863;REVB=0.00911152;RO=1;SAF=49;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958531;STB=0.50505;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=3.94034e-05;OID=.;OPOS=177422876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:54:49:1:0:54:49:1:0 chr5 177422908 . A G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.542;QD=63.1954;RBI=0.0298154;REFB=0;REVB=0.0162955;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34887e-05;OID=.;OPOS=177422908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr5 177547247 . T C 1063.41 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412406;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.127;QD=59.9106;RBI=0.00447512;REFB=0;REVB=-0.00173748;RO=0;SAF=9;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258209;OID=.;OPOS=177547247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:69:71:1:60:9:0:0:61:10:0:0 chr5 177550723 . T C,G 934.59 PASS AF=0.938462,0.0615385;AO=59,5;DP=65;FAO=61,4;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=58,4;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00609668,-0.0190993;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.325,115.54;QD=57.5133;RBI=0.0207952,0.060176;REFB=0,0;REVB=0.0198814,0.0570646;RO=0;SAF=56,5;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0011162,0.0945993;OID=.,.;OPOS=177550723,177550723;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:65:65:0:0:59,5:61,4:0.938462,0.0615385:3,0:56,5:0:0:3,0:58,4:0:0 chr5 177612734 . T C 1689.77 PASS AF=0.974359;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00719281;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.33;QD=57.7698;RBI=0.0077901;REFB=-0.106856;REVB=0.00299151;RO=3;SAF=47;SAR=67;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207846;STB=0.510947;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00029589;OID=.;OPOS=177612734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:117:3:3:114:114:0.974359:67:47:0:3:67:47:0:3 chr5 177612744 . A G 1766.41 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.008;QD=60.9107;RBI=0.00598426;REFB=0;REVB=-0.00472285;RO=0;SAF=49;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46157e-06;OID=.;OPOS=177612744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:67:49:0:0:67:49:0:0 chr5 177612983 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00135961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.144;QD=59.8392;RBI=0.0146435;REFB=0;REVB=0.0145802;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7863e-05;OID=.;OPOS=177612983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr5 177613123 . T C 804.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.6894;QD=64.3333;RBI=0.0530204;REFB=0;REVB=0.0455477;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175467;OID=.;OPOS=177613123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr5 177613168 . C T 923.7 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0304703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.822;QD=56.8427;RBI=0.0639179;REFB=-0.120499;REVB=0.0561877;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00177592;OID=.;OPOS=177613168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:0:1:63:64:0.984615:33:30:0:0:34:30:0:1 chr5 177613296 . C T 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00920251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.797;QD=58.419;RBI=0.00925234;REFB=0;REVB=0.000958928;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49888e-05;OID=.;OPOS=177613296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr5 177614001 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.616;QD=60.228;RBI=0.030657;REFB=0;REVB=0.017128;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84856e-05;OID=.;OPOS=177614001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr5 177614090 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.296;QD=55.6561;RBI=0.0038856;REFB=0;REVB=0.00349515;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52497e-05;OID=.;OPOS=177614090;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr5 177614094 . C G 263.31 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0513549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4687;QD=40.5087;RBI=0.0544759;REFB=-0.167841;REVB=0.0181739;RO=2;SAF=14;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615783;STB=0.519067;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0110787;OID=.;OPOS=177614094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:26:26:2:4:22:22:0.846154:8:14:2:0:8:14:3:1 chr5 177614137 . C T 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00101779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.316;QD=41.8678;RBI=0.0202866;REFB=-0.0869861;REVB=-0.020261;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699995;STB=0.53841;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00581202;OID=.;OPOS=177614137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:6:9:0:1:6:9:0:1 chr5 177614147 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0196299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.502;QD=9.44486;RBI=0.0231707;REFB=-0.0190785;REVB=-0.0123105;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391993;STB=0.749062;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0159161;OID=.;OPOS=177614147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:1:5:5:5:1:5:5:5 chr5 177614183 . T C 102.07 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.754;QD=40.8261;RBI=0.0662079;REFB=0;REVB=0.0245988;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103943;OID=.;OPOS=177614183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:3:6:0:0:3:7:0:0 chr5 177669413 . T G 1208.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.631;QD=61.2111;RBI=0.0250503;REFB=0;REVB=-0.0246219;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20222e-05;OID=.;OPOS=177669413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr5 177682816 . AT A 90.51 PASS AF=0.866667;AO=18;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.146783;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.73135;QD=12.0675;RBI=0.173167;REFB=-0.120334;REVB=0.0918769;RO=8;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531802;STB=0.529389;STBP=0.472;TYPE=del;VARB=0.105577;OID=.;OPOS=177682817;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667:18:30:26:30:4:18:8:2:2:11:8:12:6:6:2 chr5 177715291 . G A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00507051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.252;QD=24.293;RBI=0.0217378;REFB=-0.00919381;REVB=-0.0211381;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235442;STB=0.63144;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00496002;OID=.;OPOS=177715291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:12:7:9:4:12:7:9:4 chr5 177715302 . CAA CA,C 150.67 PASS AF=1,0;AO=17,6;DP=33;FAO=31,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109175,-0.0582014;FXX=0.0605877;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.93596,9.43854;QD=19.441;RBI=0.110859,0.0593724;REFB=-0.0362673,-0.036155;REVB=-0.0192471,-0.011734;RO=5;SAF=10,3;SAR=7,3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0787256,0.0757641;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00844138,0.0601521;OID=.,.;OPOS=177715303,177715303;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:17,6:33:31,0:31:0:16,0:15,0:0:0:3:5:10,3:7,3:2:3 chr5 177715580 . CT C,CC 757.91 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=14,30;DP=44;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535016,0.0569255;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.124,167.273;QD=61.8705;RBI=0.0612845,0.077975;REFB=0,0;REVB=0.0298893,0.0532878;RO=0;SAF=7,16;SAR=7,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.56309e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0363022,0.00460436;OID=.,.;OPOS=177715581,177715581;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0408163,0.959184:14,30:44:2,47:49:0:1,23:1,24:0:0:6:0:7,16:7,14:0:0 chr5 178049444 . C G 465.08 PASS AF=0.523256;AO=44;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0223795;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.9;QD=21.6318;RBI=0.0224822;REFB=-0.00616904;REVB=0.00214687;RO=40;SAF=21;SAR=23;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13272;STB=0.582217;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00568638;OID=.;OPOS=178049444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:41:44:45:0.523256:23:21:13:27:23:22:13:28 chr5 178138657 . A ATTCATTTGTAT 59.87 PASS AF=0.2;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0156074;FXX=0.0217344;HRUN=0;LEN=11;MLLD=262.259;QD=5.32213;RBI=0.0221045;REFB=-0.0020057;REVB=-0.015653;RO=40;SAF=2;SAR=7;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540271;STB=0.82662;STBP=0.039;TYPE=ins;VARB=0.0111458;OID=.;OPOS=178138658;OREF=-;OALT=TTCATTTGTAT;OMAPALT=ATTCATTTGTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:9:50:9:45:36:2:7:24:12:59:40:2:7:28:12 chr5 178139442 . T G 450.69 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0228516;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.053;QD=21.2089;RBI=0.0246685;REFB=-0.00731303;REVB=0.00929196;RO=41;SAF=14;SAR=30;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137412;STB=0.576216;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00796912;OID=.;OPOS=178139442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:30:14:19:22:30:14:19:22 chr5 178140090 . C T 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0194052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0546;QD=27.3088;RBI=0.0476864;REFB=-0.0330093;REVB=-0.0435595;RO=20;SAF=21;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108242;STB=0.559957;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0202323;OID=.;OPOS=178140090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:8:21:12:8:8:21:12:8 chr5 178359136 . A G 152.41 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.219;QD=43.5445;RBI=0.0562558;REFB=0;REVB=0.0407741;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344047;OID=.;OPOS=178359136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:6:8:0:0 chr5 178391860 . G A 1061.54 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5011;QD=59.8053;RBI=0.0411351;REFB=0;REVB=0.0134971;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198366;OID=.;OPOS=178391860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr5 178395850 . G C 2216.58 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.211;QD=63.3308;RBI=0.0437254;REFB=0;REVB=0.0024368;RO=0;SAF=74;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27099e-05;OID=.;OPOS=178395850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:66:74:0:0:66:74:0:0 chr5 178410151 . C T 281.61 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0929074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.722;QD=17.0671;RBI=0.0930471;REFB=-0.0116385;REVB=0.0050962;RO=35;SAF=24;SAR=7;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335972;STB=0.690133;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0268081;OID=.;OPOS=178410151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:7:24:16:19:7:24:16:19 chr5 178413816 . T C 215.33 PASS AF=0.341772;AO=26;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=9;FWDB=-0.00377445;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.399;QD=10.9025;RBI=0.0317945;REFB=-0.0083841;REVB=-0.0315696;RO=48;SAF=23;SAR=3;SRF=40;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123051;STB=0.588883;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0209056;OID=.;OPOS=178413816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:52:26:27:0.341772:3:23:40:8:3:24:43:9 chr5 178413947 . T C 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=0.00174376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.421;QD=15.2557;RBI=0.0105212;REFB=-0.0020463;REVB=-0.0103757;RO=29;SAF=18;SAR=2;SRF=25;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097411;STB=0.594232;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00287586;OID=.;OPOS=178413947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:2:18:25:4:2:18:25:5 chr5 178415937 . A G 120.15 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0150953;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.453;QD=12.9889;RBI=0.0184562;REFB=-0.00911736;REVB=-0.010619;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530878;STB=0.531205;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00899432;OID=.;OPOS=178415937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:23:23:14:14:0.378378:6:8:12:11:6:8:12:11 chr5 178415982 . A G 817.11 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.019;QD=57.3411;RBI=0.0253559;REFB=0;REVB=-0.0183285;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.19113e-07;OID=.;OPOS=178415982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr5 178416063 . G A 209.32 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0471578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.604;QD=13.7256;RBI=0.0479385;REFB=-0.00770633;REVB=0.00861612;RO=36;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00465323;STB=0.502657;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00892657;OID=.;OPOS=178416063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:14:11:16:20:14:11:16:20 chr5 178416288 . G A 453.69 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0134994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.774;QD=25.2051;RBI=0.0226969;REFB=-0.0327398;REVB=0.018246;RO=28;SAF=20;SAR=23;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105143;STB=0.563167;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.020512;OID=.;OPOS=178416288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:29:43:43:0.597222:23:20:9:19:23:20:9:20 chr5 178459283 . A G 578.75 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.0230076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5773;QD=18.6695;RBI=0.0236204;REFB=-0.0218507;REVB=0.00534539;RO=62;SAF=21;SAR=39;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257578;STB=0.635134;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0231546;OID=.;OPOS=178459283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:64:60:60:0.483871:39:21:39:23:39:21:39:25 chr5 178459426 . A C 258.75 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00368771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.696;QD=11.7612;RBI=0.00395212;REFB=-0.00849284;REVB=-0.0014213;RO=57;SAF=9;SAR=22;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182617;STB=0.606087;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0166221;OID=.;OPOS=178459426;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:57:31:31:0.352273:22:9:25:32:22:9:25:32 chr5 178507069 . T C 602.32 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0122909;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=192.7;QD=54.7561;RBI=0.0142081;REFB=-0.0159131;REVB=0.00712774;RO=3;SAF=18;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293823;STB=0.515687;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00832079;OID=.;OPOS=178507069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:23:18:2:1:23:18:2:1 chr5 178507090 . G A 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000895644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.353;QD=61.327;RBI=0.00108814;REFB=0;REVB=0.000617957;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.95271e-07;OID=.;OPOS=178507090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr5 178540975 . G A 694.29 PASS AF=0.468354;AO=73;DP=157;FAO=74;FDP=158;FR=.;FRO=84;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=55;FSRR=29;FWDB=0.00708871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.248;QD=17.577;RBI=0.00893793;REFB=-0.0164819;REVB=0.00544396;RO=83;SAF=46;SAR=27;SRF=54;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212193;STB=0.511323;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0195298;OID=.;OPOS=178540975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:83:84:73:74:0.468354:27:46:54:29:27:47:55:29 chr5 178581859 . G A 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0156716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.448;QD=16.7313;RBI=0.0242605;REFB=-0.00494223;REVB=0.0185196;RO=36;SAF=22;SAR=9;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427764;STB=0.739347;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0114767;OID=.;OPOS=178581859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:9:22:9:27:9:22:9:27 chr5 178634619 . C T 625.23 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274268;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.519;QD=59.5455;RBI=0.084304;REFB=-0.178121;REVB=0.0797179;RO=1;SAF=30;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153876;STB=0.508193;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0015624;OID=.;OPOS=178634619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:42:1:1:41:41:0.97619:11:30:1:0:11:30:1:0 chr5 178634672 . C T 234.63 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00434942;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.601;QD=23.4632;RBI=0.0242774;REFB=-0.0264834;REVB=-0.0238846;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146164;STB=0.581324;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0198654;OID=.;OPOS=178634672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:18:22:22:0.55:10:12:13:5:10:12:13:5 chr5 178634683 . C T 187.12 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0523902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6693;QD=20.2294;RBI=0.0711293;REFB=-0.0284664;REVB=0.0481107;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163049;STB=0.591972;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0290382;OID=.;OPOS=178634683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:11:8:11:7:11:8:11:7 chr5 178770981 . A G 581.15 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.00881606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.975;QD=17.3476;RBI=0.0151172;REFB=-0.00661705;REVB=-0.0122804;RO=73;SAF=32;SAR=29;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770871;STB=0.542843;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00725362;OID=.;OPOS=178770981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:73:73:61:61:0.455224:29:32:44:29:29:32:44:29 chr5 178949560 . AG GT 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033254;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=203.069;QD=57.6807;RBI=0.013943;REFB=0;REVB=-0.0135407;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-6.16772e-05;OID=.;OPOS=178949560;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr5 178949781 . A G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0245361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.828;QD=30.7903;RBI=0.0270643;REFB=-0.00990129;REVB=0.0114217;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174483;STB=0.599732;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00177957;OID=.;OPOS=178949781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:6:2:1:0:6:2:1:0 chr5 178951598 . G A 484.22 PASS AF=0.971429;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0294469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9289;QD=55.3397;RBI=0.0314455;REFB=-0.0978298;REVB=-0.0110317;RO=1;SAF=13;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345573;STB=0.518508;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00381965;OID=.;OPOS=178951598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:35:1:1:32:34:0.971429:19:13:1:0:21:13:1:0 chr5 179036433 . G A 893.15 PASS AF=0.550633;AO=87;DP=158;FAO=87;FDP=158;FR=.;FRO=71;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.00759409;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.28;QD=22.6114;RBI=0.020275;REFB=-0.00410094;REVB=0.0187991;RO=71;SAF=47;SAR=40;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192142;STB=0.510486;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00297562;OID=.;OPOS=179036433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:71:71:87:87:0.550633:40:47:40:31:40:47:40:31 chr5 179043161 . G A 393.91 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00150545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7394;QD=25.4133;RBI=0.0269525;REFB=-0.0280242;REVB=-0.0269104;RO=24;SAF=20;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480526;STB=0.526302;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0164545;OID=.;OPOS=179043161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:18:20:11:13:18:20:11:13 chr5 179069468 . A G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0604455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.207;QD=17.5419;RBI=0.112728;REFB=0.00324962;REVB=-0.0951521;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316095;STB=0.680613;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.010831;OID=.;OPOS=179069468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:10:5:11:5:10:5:11:5 chr5 179071866 . A G 431.99 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00700109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0562;QD=20.3291;RBI=0.0470396;REFB=-0.0104888;REVB=-0.0465157;RO=42;SAF=22;SAR=21;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961697;STB=0.553214;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0158364;OID=.;OPOS=179071866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:21:22:26:16:21:22:26:16 chr5 179071958 . C G 68.21 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00310344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.695;QD=5.56795;RBI=0.00741233;REFB=-0.00642403;REVB=-0.00673136;RO=39;SAF=1;SAR=9;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.555977;STB=0.870148;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0202973;OID=.;OPOS=179071958;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:9:1:20:19:9:1:20:19 chr5 179078940 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.037;QD=60.2046;RBI=0.00970982;REFB=0;REVB=0.00687801;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24519e-05;OID=.;OPOS=179078940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:47:26:0:0:47:26:0:0 chr5 179079104 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00281216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4486;QD=22.1437;RBI=0.0179625;REFB=0.00698797;REVB=0.017741;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127109;STB=0.55549;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00463553;OID=.;OPOS=179079104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:17:17:0.566667:7:10:5:7:7:10:6:7 chr5 179126090 . C T 81.21 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00471232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.469;QD=18.0468;RBI=0.00563753;REFB=-0.0078519;REVB=0.00309448;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172877;STB=0.5998;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0101054;OID=.;OPOS=179126090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:3:5:4:6:3:5 chr5 179192432 . C T 490.62 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00321949;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9276;QD=18.5138;RBI=0.00530767;REFB=-0.0210957;REVB=-0.00421974;RO=56;SAF=30;SAR=22;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892618;STB=0.548345;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0298943;OID=.;OPOS=179192432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:56:54:52:52:0.490566:22:30:27:29:23:29:25:29 chr5 179203933 . A G 260.51 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0202365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.817;QD=14.4725;RBI=0.0226997;REFB=-0.0247535;REVB=-0.010284;RO=42;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117375;STB=0.566622;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0229333;OID=.;OPOS=179203933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:13:17:19:23:13:17:19:23 chr5 179260153 . C T 964.6 PASS AF=0.932432;AO=66;DP=71;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0519417;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.7099;QD=52.1406;RBI=0.0683109;REFB=-0.0678915;REVB=-0.044367;RO=4;SAF=22;SAR=44;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495906;STB=0.531436;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00228658;OID=.;OPOS=179260153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:71:74:4:5:66:69:0.932432:44:22:3:1:44:25:4:1 chr5 179260213 . G A 146.54 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0383758;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7164;QD=10.4671;RBI=0.0611232;REFB=-0.00160256;REVB=0.0475746;RO=37;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102356;STB=0.528271;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00645934;OID=.;OPOS=179260213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:37:37:19:19:0.339286:14:5:10:27:14:5:11:26 chr5 179264731 . T C 433.1 PASS AF=0.386364;AO=50;DP=132;FAO=51;FDP=132;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.00405053;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.492;QD=13.1242;RBI=0.00576004;REFB=-0.00844361;REVB=0.00409528;RO=79;SAF=15;SAR=35;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222749;STB=0.638727;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0147854;OID=.;OPOS=179264731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:79:81:50:51:0.386364:35:15:39:40:36:15:41:40 chr5 179267949 . T C 328.89 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00993242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.956;QD=12.8976;RBI=0.0102678;REFB=-0.0225701;REVB=0.00260264;RO=61;SAF=23;SAR=16;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710951;STB=0.531571;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0417203;OID=.;OPOS=179267949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:61:63:39:39:0.382353:16:23:32:29:16:23:34:29 chr5 179280379 . T C 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00721795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.241;QD=17.0946;RBI=0.0146375;REFB=-0.00362631;REVB=0.0127341;RO=41;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764103;STB=0.542833;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00380107;OID=.;OPOS=179280379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:16:19:19:22:16:19:19:22 chr5 179285752 . G A 264.75 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0187362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.909;QD=17.0806;RBI=0.124598;REFB=-0.0333814;REVB=0.123181;RO=33;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148507;STB=0.565267;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0384529;OID=.;OPOS=179285752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:32:29:30:0.483871:13:16:13:20:14:16:13:19 chr5 179529124 . G A 169.87 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0567467;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.904;QD=15.0991;RBI=0.0570029;REFB=-0.0152503;REVB=-0.00539819;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152329;STB=0.524562;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0117007;OID=.;OPOS=179529124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:27:18:18:0.4:12:6:8:17:12:6:10:17 chr5 179555407 . T C 351.88 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.00943948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.232;QD=15.639;RBI=0.017544;REFB=-0.0154722;REVB=-0.0147881;RO=52;SAF=23;SAR=15;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957045;STB=0.55379;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.019137;OID=.;OPOS=179555407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:15:23:36:16:15:23:36:16 chr5 179727681 . A G 275.6 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00525233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.988;QD=18.0721;RBI=0.0105451;REFB=-0.0156787;REVB=0.00914399;RO=28;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121247;STB=0.541457;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0124684;OID=.;OPOS=179727681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:31:30:30:0.491803:14:16:11:17:14:16:14:17 chr5 179729519 . A G 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0184051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.917;QD=55.0441;RBI=0.0460845;REFB=0.169209;REVB=0.0422496;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159783;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00829824;OID=.;OPOS=179729519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:29:26:0:1:29:26:0:1 chr5 179734200 . A G 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0138175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.253;QD=10.8237;RBI=0.0196327;REFB=0.0116998;REVB=-0.0139471;RO=23;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318145;STB=0.69197;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.0142764;OID=.;OPOS=179734200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:3:9:11:12:3:9:11:12 chr5 179996111 . C T 837.39 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0025443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.032;QD=55.8262;RBI=0.00626293;REFB=-0.194705;REVB=-0.00572283;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165531;STB=0.508769;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00100098;OID=.;OPOS=179996111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:31:28:1:0:31:28:1:0 chr5 180017689 . CG C 202.82 PASS AF=0.586207;AO=30;DP=59;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.138312;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.8734;QD=13.9878;RBI=0.200505;REFB=0.113283;REVB=0.145161;RO=20;SAF=14;SAR=16;SRF=7;SRR=13;SSEN=0.454545;SSEP=0;SSSB=0.0857013;STB=0.527934;STBP=0.638;TYPE=del;VARB=-0.0566231;OID=.;OPOS=180017690;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586207:30:59:34:58:24:15:19:9:15:99:20:14:16:7:13 chr5 180046344 . G C 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.699;QD=62.6138;RBI=0.0400578;REFB=0;REVB=0.0355764;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192647;OID=.;OPOS=180046344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:46:42:0:0:46:42:0:0 chr5 180046426 . C CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG,G 128.11 PASS AF=0.6,0.4;AO=4,4;DP=36;FAO=6,4;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017323,0.0139076;FXX=0.49975;HRUN=0,3;LEN=22,1;MLLD=557.508,327.356;QD=51.2439;RBI=0.0194984,0.0192367;REFB=0,0;REVB=0.0194213,0.0132901;RO=26;SAF=1,4;SAR=3,0;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.212119,0.651157;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000484064,0.00023681;OID=.,.;OPOS=180046427,180046426;OREF=-,C;OALT=TGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG,G;OMAPALT=CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:36:10:26:0:4,4:6,4:0.6,0.4:3,0:1,4:11:15:5,0:1,4:0:0 chr5 180046492 . CAGAG CA,CAG 739.3 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=5,40;DP=49;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234865,0.0197643;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=263.062,280.331;QD=61.6086;RBI=0.0321499,0.0260373;REFB=0,0;REVB=0.0219544,0.0169504;RO=0;SAF=4,23;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.4817e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0350947,0.00020086;OID=.,.;OPOS=180046494,180046493;OREF=GAG,AG;OALT=-,-;OMAPALT=CA,CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0416667,0.958333:5,40:49:2,46:48:0:1,26:1,20:0:0:7:0:4,23:1,17:0:0 chr5 180052946 . G A 228.61 PASS AF=0.55;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00446128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.292;QD=22.861;RBI=0.00766029;REFB=-0.0100012;REVB=0.00622712;RO=17;SAF=19;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377387;STB=0.71404;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.019525;OID=.;OPOS=180052946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:18:21:22:0.55:2:19:11:6:2:20:12:6 chr5 180120149 . T C 701.29 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119785;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.125;QD=62.3373;RBI=0.0132008;REFB=0;REVB=-0.00554772;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000947476;OID=.;OPOS=180120149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:21:24:0:0 chr5 180166461 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.398;QD=50.413;RBI=0.0576054;REFB=0;REVB=0.0486711;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729421;OID=.;OPOS=180166461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr5 180218668 . A G 1268.99 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097404;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.141;QD=61.9019;RBI=0.0327754;REFB=0;REVB=0.0312946;RO=0;SAF=53;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90531e-05;OID=.;OPOS=180218668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:29:53:0:0:29:53:0:0 chr5 180219984 . C T 331.96 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0331173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.711;QD=16.1932;RBI=0.0336547;REFB=0.00146466;REVB=-0.00599013;RO=44;SAF=17;SAR=19;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153384;STB=0.595416;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00236055;OID=.;OPOS=180219984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:46:36:36:0.439024:19:17:14:30:19:17:14:32 chr5 180276402 . C T 1044.26 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.873;QD=59.6717;RBI=0.0440504;REFB=0;REVB=0.0383917;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403181;OID=.;OPOS=180276402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:27:43:0:0:27:43:0:0 chr5 180277343 . T C 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0109431;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.132;QD=23.5982;RBI=0.0121877;REFB=-0.0130491;REVB=0.00536563;RO=21;SAF=18;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526104;STB=0.529388;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0110533;OID=.;OPOS=180277343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:7:18:14:7:7:18:14:7 chr5 180278393 . C G 322.96 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3482;QD=53.8267;RBI=0.057691;REFB=0;REVB=0.00673975;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542581;OID=.;OPOS=180278393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:13:11:0:0 chr5 180329359 . T C 272.63 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0368315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8549;QD=24.2333;RBI=0.0894153;REFB=-0.0193994;REVB=0.0814772;RO=20;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269338;STB=0.650151;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0167999;OID=.;OPOS=180329359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:17:8:13:7:17:8:13:7 chr5 180335743 . C T 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=0.00998921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.679;QD=18.0811;RBI=0.00998921;REFB=-0.00325841;REVB=1.2963e-05;RO=46;SAF=23;SAR=18;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154359;STB=0.589953;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00302106;OID=.;OPOS=180335743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:47:41:41:0.465909:18:23:33:13:18:23:34:13 chr5 180338368 . A G 391.04 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.104894;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.4;QD=19.3106;RBI=0.105029;REFB=-0.0159125;REVB=0.00531316;RO=41;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100022;STB=0.555528;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0183535;OID=.;OPOS=180338368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:41:41:40:40:0.493827:20:20:16:25:20:20:16:25 chr5 180374523 . G A 338.88 PASS AF=0.352941;AO=42;DP=121;FAO=42;FDP=119;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.00963775;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.487;QD=11.3909;RBI=0.0136558;REFB=-0.0165261;REVB=0.00967446;RO=78;SAF=24;SAR=18;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023166;STB=0.508553;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0221535;OID=.;OPOS=180374523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:78:77:42:42:0.352941:18:24:43:35:18:24:43:34 chr5 180374534 . G A 403.76 PASS AF=0.335616;AO=49;DP=146;FAO=49;FDP=146;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=58;FSRR=39;FWDB=-0.011949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5968;QD=11.062;RBI=0.0119498;REFB=-0.000870168;REVB=-0.00013724;RO=97;SAF=25;SAR=24;SRF=58;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101687;STB=0.558429;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00177875;OID=.;OPOS=180374534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:97:97:49:49:0.335616:24:25:58:39:24:25:58:39 chr5 180376208 . T G 167.59 PASS AF=0.298701;AO=22;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0122471;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.889;QD=8.70571;RBI=0.0247625;REFB=-0.0178858;REVB=-0.0215218;RO=55;SAF=9;SAR=13;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204474;STB=0.639079;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0334183;OID=.;OPOS=180376208;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:54:22:23:0.298701:13:9:32:23:14:9:32:22 chr5 180376223 . G C 180.52 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0234682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.865;QD=9.25747;RBI=0.0410096;REFB=-0.00528044;REVB=-0.0336308;RO=52;SAF=10;SAR=14;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163291;STB=0.607962;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0109203;OID=.;OPOS=180376223;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:54:24:24:0.307692:14:10:29:23:14:10:31:23 chr5 180376972 . C G 36.96 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0332559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.466;QD=5.47514;RBI=0.0398664;REFB=-0.00348251;REVB=0.0219858;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28283;STB=0.635978;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0122883;OID=.;OPOS=180376972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:27:27:20:21:6:6:0.222222:4:2:3:17:4:2:4:17 chr5 180376974 . T G 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.00805658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6353;QD=5.21545;RBI=0.0283621;REFB=-0.0283991;REVB=0.0271938;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212559;STB=0.635978;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0334371;OID=.;OPOS=180376974;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:4:2:4:17:4:2:4:17 chr5 180377331 . T C 466.46 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00700737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.534;QD=22.48;RBI=0.0574664;REFB=-0.0138838;REVB=0.0570375;RO=38;SAF=21;SAR=24;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114801;STB=0.563172;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0148723;OID=.;OPOS=180377331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:24:21:23:15:24:21:23:15 chr5 180377470 . G A 168.32 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.000692953;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.239;QD=22.4431;RBI=0.00585343;REFB=-0.0255486;REVB=0.00581227;RO=13;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124999;STB=0.507034;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0173083;OID=.;OPOS=180377470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:13:13:17:17:0.566667:12:5:4:9:12:5:4:9 chr5 180430895 . G A 529.46 PASS AF=0.631579;AO=48;DP=76;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0123028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7848;QD=27.8664;RBI=0.0137323;REFB=-0.00552754;REVB=-0.00610061;RO=28;SAF=22;SAR=26;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219352;STB=0.619;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00194225;OID=.;OPOS=180430895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:28:28:48:48:0.631579:26:22:22:6:26:22:22:6 chr5 180432416 . C T 169.69 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00946001;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.199;QD=23.4054;RBI=0.0179939;REFB=-0.0138495;REVB=0.0153065;RO=12;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504619;STB=0.52835;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00990347;OID=.;OPOS=180432416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:12:17:17:0.586207:6:11:7:5:6:11:7:5 chr5 180472498 . C T 100.79 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0320763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.501;QD=8.22797;RBI=0.0408533;REFB=-0.0025111;REVB=0.0253002;RO=36;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177404;STB=0.608534;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0151935;OID=.;OPOS=180472498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:6:7:14:22:6:7:14:22 chr5 180472513 . A G 115.37 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00176572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.941;QD=8.24046;RBI=0.00768906;REFB=-0.00199737;REVB=-0.00748358;RO=40;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190263;STB=0.614398;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00629284;OID=.;OPOS=180472513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:7:9:16:24:7:9:16:24 chr5 180486247 . G T 362.03 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347563;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.81;QD=55.6969;RBI=0.0372783;REFB=0;REVB=0.0134784;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174202;OID=.;OPOS=180486247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr5 180486306 . C T 71.58 PASS AF=0.6;AO=6;DP=14;FAO=9;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.036158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.788;QD=19.0878;RBI=0.0871543;REFB=-0.02927;REVB=0.0792998;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757641;STB=0.588041;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0322243;OID=.;OPOS=180486306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:14:15:5:6:6:9:0.6:3:3:3:2:5:4:4:2 chr5 180486785 . G C 575.33 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.718;QD=60.5608;RBI=0.0274283;REFB=0;REVB=0.00744012;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68334e-05;OID=.;OPOS=180486785;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr5 180582604 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0322065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8806;QD=12.9747;RBI=0.0382962;REFB=-0.0279649;REVB=-0.0207205;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201953;STB=0.636132;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0189537;OID=.;OPOS=180582604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:8:4:9:8:8:4:10:8 chr5 180596597 . A G 855.65 PASS AF=0.508772;AO=84;DP=168;FAO=87;FDP=171;FR=.;FRO=84;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.0312125;FXX=0.00581362;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.2172;QD=20.0153;RBI=0.0679036;REFB=0.0118414;REVB=0.0603049;RO=84;SAF=48;SAR=36;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140395;STB=0.577551;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00934029;OID=.;OPOS=180596597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:171:84:84:84:87:0.508772:36:48:35:49:37:50:35:49 chr5 180600638 . T C 1143.45 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0101424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.332;QD=55.778;RBI=0.0724238;REFB=-0.0599564;REVB=0.0717101;RO=1;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126212;STB=0.525634;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.000531855;OID=.;OPOS=180600638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:82:82:1:4:78:78:0.95122:37:41:0:1:37:41:0:4 chr5 180600702 . G C 204.19 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=-0.000547279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.316;QD=12.5655;RBI=0.00475956;REFB=-0.00529573;REVB=0.00472799;RO=38;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182746;STB=0.594867;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00852473;OID=.;OPOS=180600702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:40:25:25:0.384615:16:9:8:30:16:9:9:31 chr5 180615933 . T C 186.79 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0295239;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.277;QD=12.4527;RBI=0.0302223;REFB=-0.0124196;REVB=-0.00645974;RO=38;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00494573;STB=0.511618;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0174461;OID=.;OPOS=180615933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:38:37:23:23:0.383333:12:11:18:20:12:11:17:20 chr5 180618713 . A AC 863.03 PASS AF=1;AO=75;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.3777;QD=39.6793;RBI=0.147454;REFB=-0.0478009;REVB=-0.0770229;RO=9;SAF=40;SAR=35;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00450678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0047948;OID=.;OPOS=180618714;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:75:86:87:87:0:45:42:0:0:12:9:40:35:5:4 chr5 180626927 . A G 680.49 PASS AF=0.503759;AO=67;DP=136;FAO=67;FDP=133;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0120685;FXX=0.0220572;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.481;QD=20.4659;RBI=0.0137851;REFB=-0.012494;REVB=-0.00666181;RO=63;SAF=32;SAR=35;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110314;STB=0.556036;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0150129;OID=.;OPOS=180626927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:133:63:66:67:67:0.503759:35:32:38:25:35:32:39:27 chr6 335175 . A T 237.89 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.932;QD=50.083;RBI=0.0324664;REFB=0;REVB=0.0162359;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176826;OID=.;OPOS=335175;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:8:11:0:0 chr6 350829 . G A 123.29 PASS AF=0.228916;AO=19;DP=83;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.00452542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.578;QD=5.94166;RBI=0.00485712;REFB=-0.00370719;REVB=0.00176414;RO=64;SAF=5;SAR=14;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160211;STB=0.600479;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0131745;OID=.;OPOS=350829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:64:64:19:19:0.228916:14:5:24:40:14:5:24:40 chr6 350940 . T TA 104.62 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0459498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.8392;QD=5.97815;RBI=0.0643122;REFB=-0.00172695;REVB=0.0449963;RO=49;SAF=9;SAR=13;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475729;STB=0.519982;STBP=0.822;TYPE=ins;VARB=0.00252589;OID=.;OPOS=350941;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:22:71:22:70:48:9:13:21:27:99:49:9:13:22:27 chr6 408012 . G A 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0321361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.369;QD=12.4554;RBI=0.034055;REFB=0.000374092;REVB=-0.0112703;RO=34;SAF=6;SAR=15;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839277;STB=0.548732;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00053268;OID=.;OPOS=408012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:15:6:12:22:15:6:12:22 chr6 408079 . C T 420.55 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.00943069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.213;QD=17.8959;RBI=0.0114846;REFB=-0.0171233;REVB=-0.00655422;RO=50;SAF=21;SAR=22;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124315;STB=0.573737;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0252539;OID=.;OPOS=408079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:51:43:43:0.457447:22:21:18:32:22:21:18:33 chr6 564145 . A G 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0939104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2905;QD=15.5706;RBI=0.0963211;REFB=-0.00386302;REVB=0.0214147;RO=12;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168205;STB=0.59979;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0104371;OID=.;OPOS=564145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:10:1:2:10:10:1:2:10 chr6 656143 . C A 972.82 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1386;QD=58.9587;RBI=0.0195413;REFB=0;REVB=-0.00922592;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127495;OID=.;OPOS=656143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr6 1313470 . C T 143.16 PASS AF=0.327586;AO=17;DP=56;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0278809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.666;QD=9.87301;RBI=0.0305764;REFB=-0.00689046;REVB=-0.0125527;RO=39;SAF=9;SAR=8;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105782;STB=0.527646;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0148743;OID=.;OPOS=1313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:39:39:17:19:0.327586:8:9:21:18:8:11:21:18 chr6 1395805 . ATTTTTTTTC AATTTTTTTC,ATTTTTTTC,ATTTTTTTCA 278.39 PASS AF=0,1,0;AO=2,26,2;DP=39;FAO=0,41,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21,0;FSAR=0,20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327542,0.0611001,0.0581544;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=6.53667,9.61818,9.79173;QD=27.1597;RBI=0.0397464,0.0625459,0.122691;REFB=0.0256274,-0.0540587,-0.0450901;REVB=-0.0225153,0.0133702,-0.108033;RO=6;SAF=1,15,0;SAR=1,11,2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.168213,-0.031925,-0.658493;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.030096,0.0267156,0;OID=.,.,.;OPOS=1395806,1395806,1395813;OREF=T,T,TC;OALT=A,-,CA;OMAPALT=AATTTTTTTC,ATTTTTTTC,ATTTTTTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1,0:2,26,2:39:0,41,0:41:0:0,21,0:0,20,0:0:0:5:6:1,15,0:1,11,2:4:2 chr6 1507626 . G A 249.61 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0174714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.469;QD=17.2143;RBI=0.0276196;REFB=-0.0133669;REVB=-0.0213914;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854773;STB=0.586147;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0201656;OID=.;OPOS=1507626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:30:27:28:0.482759:13:14:16:10:14:14:20:10 chr6 1507808 . G T 618.64 PASS AF=0.457143;AO=64;DP=140;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.0136131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.165;QD=17.6755;RBI=0.015682;REFB=-0.0153664;REVB=-0.0077852;RO=72;SAF=26;SAR=38;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00343755;STB=0.5083;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0162748;OID=.;OPOS=1507808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:72:76:64:64:0.457143:38:26:29:43:38:26:32:44 chr6 1523145 . C CG,G 878.43 PASS AF=0.169231,0.815385;AO=8,52;DP=65;FAO=11,53;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=0,33;FSAR=11,20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0974043,-0.0325228;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=26.3083,58.0385;QD=54.0569;RBI=0.101447,0.0342446;REFB=-0.0294084,-0.0122621;REVB=0.0283532,-0.0107219;RO=4;SAF=0,32;SAR=8,20;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0853462;STB=0.5,0.51219;STBP=1,0.286;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0461031,0.00207563;OID=.,.;OPOS=1523146,1523145;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:65:65:4:1:8,52:11,53:0.169231,0.815385:8,20:0,32:0:4:11,20:0,33:0:1 chr6 1742794 . A G 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0360825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8259;QD=14.7661;RBI=0.046371;REFB=0.00832255;REVB=0.029126;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00250873;STB=0.509109;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00579079;OID=.;OPOS=1742794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:14:11:14:18:14:11:14:19 chr6 2623820 . G A 175.08 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0265186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8886;QD=20.0087;RBI=0.0356023;REFB=-0.0219839;REVB=0.0237548;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168581;STB=0.575083;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00893821;OID=.;OPOS=2623820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:8:10:12:4:8:10:12:5 chr6 2624262 . T G 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00481758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.423;QD=22.9154;RBI=0.0184835;REFB=-0.0223709;REVB=-0.0178446;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350345;STB=0.699568;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0113173;OID=.;OPOS=2624262;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:0:4:3:6:0:4 chr6 2664375 . C A 123.99 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0167909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.384;QD=17.1016;RBI=0.0518815;REFB=0.00607565;REVB=-0.0490893;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180419;STB=0.604239;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00778065;OID=.;OPOS=2664375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:10:4:7:8:10:4:7:8 chr6 2667031 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.136;QD=60.2296;RBI=0.033396;REFB=0;REVB=0.0321572;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106288;OID=.;OPOS=2667031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr6 2668071 . G C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0133333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.951;QD=16.9316;RBI=0.0159075;REFB=-0.00519688;REVB=-0.00867587;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842475;STB=0.54831;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00638143;OID=.;OPOS=2668071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:4:8:9:3:4:8:9:3 chr6 2679676 . G A 382.38 PASS AF=0.513158;AO=38;DP=75;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00616032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.797;QD=20.125;RBI=0.0133671;REFB=-0.0249996;REVB=0.011863;RO=37;SAF=15;SAR=23;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592564;STB=0.537795;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0309135;OID=.;OPOS=2679676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:37:37:38:39:0.513158:23:15:17:20:24:15:17:20 chr6 2749381 . C T 597.21 PASS AF=0.5;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0152195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.627;QD=19.5806;RBI=0.0231721;REFB=-0.00138106;REVB=-0.0174732;RO=61;SAF=29;SAR=32;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148688;STB=0.508207;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00137517;OID=.;OPOS=2749381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:61:61:61:61:0.5:32:29:30:31:32:29:30:31 chr6 2889071 . A C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00613532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.63;QD=12.8688;RBI=0.0141934;REFB=-0.000514418;REVB=-0.0127989;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201167;STB=0.618829;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00074445;OID=.;OPOS=2889071;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:9:7:7:4:9:7 chr6 2955802 . T C 1712.54 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.455;QD=60.621;RBI=0.0145226;REFB=0;REVB=-0.00563408;RO=0;SAF=48;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90688e-06;OID=.;OPOS=2955802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:64:48:0:0:65:48:0:0 chr6 3010390 . C T 849.79 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1103;QD=57.6129;RBI=0.0426386;REFB=0;REVB=0.00522965;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000390741;OID=.;OPOS=3010390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr6 3015790 . A G 1491.7 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.527;QD=63.4764;RBI=0.00965916;REFB=0;REVB=0.0023737;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73502e-05;OID=.;OPOS=3015790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:55:38:0:0:55:39:0:0 chr6 3077141 . T C 603.03 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=131;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.0126156;FXX=0.015266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.479;QD=18.6985;RBI=0.0761015;REFB=-0.00361776;REVB=-0.0750486;RO=65;SAF=30;SAR=32;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12145;STB=0.56628;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00570929;OID=.;OPOS=3077141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:65:67:62:62:0.48062:32:30:40:25:32:30:41:26 chr6 3154871 . A C 241.81 PASS AF=0.875;AO=18;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.070198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8137;QD=40.301;RBI=0.0702015;REFB=0.00878341;REVB=-0.000698262;RO=3;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182147;STB=0.5999;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00172863;OID=.;OPOS=3154871;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:3:3:18:21:0.875:6:12:0:3:6:15:0:3 chr6 3255327 . G A 473.27 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.012778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3019;QD=21.2706;RBI=0.0290654;REFB=0.0192416;REVB=-0.026106;RO=43;SAF=20;SAR=26;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167736;STB=0.592589;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0240768;OID=.;OPOS=3255327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:26:20:27:16:26:20:27:16 chr6 3255340 . A C 528.68 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0189389;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.368;QD=22.0285;RBI=0.0238201;REFB=-0.00317108;REVB=-0.014447;RO=47;SAF=23;SAR=27;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15553;STB=0.591286;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00279026;OID=.;OPOS=3255340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:47:46:50:50:0.520833:27:23:30:17:27:23:30:16 chr6 3264487 . T C 396.89 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0464217;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.668;QD=16.537;RBI=0.046428;REFB=-0.0293129;REVB=-0.000759721;RO=55;SAF=15;SAR=26;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131376;STB=0.574096;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0196589;OID=.;OPOS=3264487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:26:15:27:28:26:15:27:28 chr6 3264502 . G C 399.11 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0157992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.648;QD=16.1258;RBI=0.0184529;REFB=-0.00912409;REVB=0.00953379;RO=57;SAF=16;SAR=26;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115603;STB=0.565186;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.010039;OID=.;OPOS=3264502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:57:42:42:0.424242:26:16:28:29:26:16:28:29 chr6 3264526 . CT TC 117.38 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=80;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0353414;FXX=0.121936;HRUN=1;LEN=2;MLLD=107.625;QD=6.52082;RBI=0.0871636;REFB=-0.0710191;REVB=0.0796774;RO=46;SAF=10;SAR=23;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298465;STB=0.70816;STBP=0.021;TYPE=mnp;VARB=0.0395664;OID=.;OPOS=3264526;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:72:46:48:33:24:0.333333:23:10:27:19:17:7:29:19 chr6 3285286 . A G 471.24 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0354112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3948;QD=18.3005;RBI=0.0527966;REFB=-0.0450013;REVB=-0.0391603;RO=52;SAF=21;SAR=29;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209641;STB=0.507353;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0469556;OID=.;OPOS=3285286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:53:50:50:0.485437:29:21:23:29:29:21:23:30 chr6 3287118 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0149275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9975;QD=14.096;RBI=0.0314196;REFB=-0.0473917;REVB=-0.0276471;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134192;STB=0.578801;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0483619;OID=.;OPOS=3287118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:7:7:4:7:7:7 chr6 3438738 . G A 255.16 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0127072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.343;QD=22.1881;RBI=0.0632992;REFB=-0.00903617;REVB=0.0620107;RO=22;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112857;STB=0.563125;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00645249;OID=.;OPOS=3438738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:11:13:9:13:11:13:9:13 chr6 3439595 . G GA 86.28 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0989475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.1112;QD=9.58655;RBI=0.114494;REFB=0.0284056;REVB=-0.0576048;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371963;STB=0.52125;STBP=0.826;TYPE=ins;VARB=-0.0628152;OID=.;OPOS=3439596;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:15:39:16:36:20:9:7:12:8:86:23:9:6:13:10 chr6 3727811 . C G 423.98 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.00578065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.914;QD=13.7879;RBI=0.0190277;REFB=-0.0109255;REVB=-0.0181284;RO=74;SAF=28;SAR=21;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765898;STB=0.543308;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0175353;OID=.;OPOS=3727811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:74:74:49:49:0.398374:21:28:37:37:21:28:37:37 chr6 3851193 . C G 120.99 PASS AF=0.288136;AO=16;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.00967515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.265;QD=8.20262;RBI=0.039214;REFB=-0.00709232;REVB=-0.0380017;RO=40;SAF=9;SAR=7;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237517;STB=0.614438;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0149566;OID=.;OPOS=3851193;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:42:16:17:0.288136:7:9:30:10:7:10:31:11 chr6 3851545 . G C 67.66 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0604726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.402;QD=14.2445;RBI=0.0606116;REFB=-0.0379171;REVB=0.00410316;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934302;STB=0.555425;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0333709;OID=.;OPOS=3851545;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:7:2:3:7:7:2:3:7 chr6 4069166 . C T 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6936;QD=63.8662;RBI=0.00898501;REFB=0;REVB=0.0059326;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106002;OID=.;OPOS=4069166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr6 4074612 . A C 1942.3 PASS AF=0.903226;AO=140;DP=155;FAO=140;FDP=155;FR=.;FRO=15;FSAF=53;FSAR=87;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=0.0304947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.102;QD=50.1238;RBI=0.0304952;REFB=-0.0651874;REVB=-0.000180883;RO=6;SAF=53;SAR=87;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508374;STB=0.561974;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00082453;OID=.;OPOS=4074612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:155:155:6:15:140:140:0.903226:87:53:6:0:87:53:15:0 chr6 4428223 . C G 153.62 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00826573;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.08;QD=21.9452;RBI=0.0186346;REFB=-0.00694759;REVB=0.016701;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160942;STB=0.590794;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00598327;OID=.;OPOS=4428223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:6:10:5:7:6:10:5:7 chr6 4996571 . T C 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0049902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.145;QD=6.80721;RBI=0.0489449;REFB=-0.00676231;REVB=-0.0486899;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136882;STB=0.585805;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0217176;OID=.;OPOS=4996571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:4:5:18:9:4:5:18:9 chr6 5086558 . C A 994.3 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0181976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.241;QD=57.6404;RBI=0.0509917;REFB=-0.109472;REVB=0.047634;RO=1;SAF=38;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122746;STB=0.506492;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000481427;OID=.;OPOS=5086558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:29:38:1:0:30:38:1:0 chr6 5139012 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0950126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7295;QD=50.4132;RBI=0.103385;REFB=0;REVB=-0.0407567;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00440685;OID=.;OPOS=5139012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr6 5260936 . A C 424.3 PASS AF=0.367647;AO=50;DP=136;FAO=50;FDP=136;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.0316686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.418;QD=12.4794;RBI=0.0320373;REFB=-0.0127442;REVB=-0.00484636;RO=85;SAF=25;SAR=25;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715934;STB=0.53675;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0431974;OID=.;OPOS=5260936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:85:86:50:50:0.367647:25:25:37:48:25:25:38:48 chr6 5431340 . A G 347.45 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0102496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.655;QD=17.1581;RBI=0.0112684;REFB=-0.0070326;REVB=-0.00468221;RO=44;SAF=18;SAR=19;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101041;STB=0.556561;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00861325;OID=.;OPOS=5431340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:19:18:26:18:19:18:26:18 chr6 6145726 . A G 513.05 PASS AF=0.455285;AO=51;DP=118;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.00887941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.405;QD=16.6846;RBI=0.0218718;REFB=-0.0118948;REVB=0.0199883;RO=67;SAF=26;SAR=25;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734309;STB=0.554281;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0146006;OID=.;OPOS=6145726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:123:67:67:51:56:0.455285:25:26:39:28:29:27:39:28 chr6 6320808 . T G 1589.52 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0531;QD=59.9819;RBI=0.0739875;REFB=0;REVB=-0.0688632;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000435288;OID=.;OPOS=6320808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:56:49:0:0:57:49:0:0 chr6 6321128 . T C 272.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.965;QD=51.9089;RBI=0.00152489;REFB=0;REVB=0.00152489;RO=0;SAF=0;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15833e-06;OID=.;OPOS=6321128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:21:0:0:0:21:0:0:0 chr6 6938928 . C T 315.65 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0120263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.0223;QD=24.2808;RBI=0.0450025;REFB=-0.0193139;REVB=0.0433658;RO=18;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159171;STB=0.611522;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0225569;OID=.;OPOS=6938928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:21:31:31:0.596154:16:15:13:5:16:15:16:5 chr6 7211818 . G A 315.98 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0027336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.75;QD=12.7669;RBI=0.0237903;REFB=-0.0127272;REVB=-0.0236327;RO=62;SAF=18;SAR=18;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505048;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0220711;OID=.;OPOS=7211818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:62:63:36:36:0.363636:18:18:31:31:18:18:31:32 chr6 7230680 . G T 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00514169;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=110.717;QD=27.3838;RBI=0.0101951;REFB=0.0356185;REVB=0.00880362;RO=3;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178335;STB=0.599815;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.0148391;OID=.;OPOS=7230680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:6:4:0:3:6:4:0:3 chr6 7247248 . T C 244.04 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035156;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.531;QD=51.376;RBI=0.0566226;REFB=0;REVB=0.0443866;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378241;OID=.;OPOS=7247248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:12:7:0:0 chr6 7288544 . A C 91.37 PASS AF=0.315789;AO=10;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0138288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2138;QD=9.6177;RBI=0.105124;REFB=-0.0199948;REVB=0.10421;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109862;STB=0.538396;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0559497;OID=.;OPOS=7288544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:38:38:26:26:10:12:0.315789:7:3:10:16:8:4:10:16 chr6 7289957 . CCA C 225.47 PASS AF=0.545455;AO=28;DP=54;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00441757;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=223.388;QD=16.3974;RBI=0.0278621;REFB=-0.0235487;REVB=-0.0275096;RO=24;SAF=9;SAR=19;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871629;STB=0.571379;STBP=0.285;TYPE=del;VARB=0.0218008;OID=.;OPOS=7289958;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:28:54:30:55:25:9:21:11:14:99:24:9:19:10:14 chr6 7295283 . T A 178.59 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0631711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9325;QD=22.3234;RBI=0.0671265;REFB=-0.0372782;REVB=-0.0227019;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00941065;OID=.;OPOS=7295283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:9:9:7:7:9:9:7:7 chr6 7373684 . T C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0293601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.277;QD=12.8602;RBI=0.029632;REFB=0.00935934;REVB=-0.00400535;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296554;STB=0.673053;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00450554;OID=.;OPOS=7373684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:7:1:3:4:7:1 chr6 7387236 . G A 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0122301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.603;QD=12.737;RBI=0.0124601;REFB=-0.00651272;REVB=0.00238295;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774906;STB=0.545398;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0129467;OID=.;OPOS=7387236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:8:8:16:12:8:8:16:12 chr6 7393452 . C T 137.76 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0147394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.431;QD=14.8929;RBI=0.0250112;REFB=-0.0353996;REVB=-0.0202067;RO=21;SAF=2;SAR=13;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604995;STB=0.803737;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0527091;OID=.;OPOS=7393452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:21:15:16:0.432432:13:2:15:6:13:3:15:6 chr6 7563983 . T G 1525.52 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9012;QD=59.8244;RBI=0.0145418;REFB=0;REVB=0.00898702;RO=0;SAF=62;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108079;OID=.;OPOS=7563983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:40:62:0:0:40:62:0:0 chr6 7572262 . A G 165.7 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00458968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.669;QD=14.4089;RBI=0.00563673;REFB=-0.00835375;REVB=-0.00327225;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188584;STB=0.608581;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.014318;OID=.;OPOS=7572262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:9:9:9:19:9:9:9:19 chr6 7576527 . G A 304.19 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00965383;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3416;QD=22.1225;RBI=0.0231339;REFB=-0.00393766;REVB=-0.0210234;RO=24;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455643;STB=0.525189;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00157902;OID=.;OPOS=7576527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:24:24:31:31:0.563636:16:15:13:11:16:15:13:11 chr6 7577260 . C T 170.34 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0119087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9975;QD=17.0335;RBI=0.0307359;REFB=-0.00668621;REVB=-0.0283351;RO=22;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124324;STB=0.571347;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0045361;OID=.;OPOS=7577260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:12:6:10:12:12:6:10:12 chr6 7581636 . G A 249.38 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0130011;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0411;QD=23.7504;RBI=0.0135082;REFB=-0.0184713;REVB=0.00366633;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2083;STB=0.57405;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0160099;OID=.;OPOS=7581636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:42:21:19:23:23:0.547619:12:11:5:16:12:11:6:13 chr6 7585967 . G C 50.02 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.0087329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.32;QD=9.52759;RBI=0.015485;REFB=-0.0629427;REVB=0.0127875;RO=11;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403186;STB=0.760687;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0633643;OID=.;OPOS=7585967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:21:21:11:14:5:7:0.333333:3:2:1:10:4:3:1:13 chr6 7601720 . C T 243.26 PASS AF=0.381579;AO=28;DP=75;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0340922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6999;QD=12.803;RBI=0.0471337;REFB=-0.0138697;REVB=-0.032547;RO=46;SAF=9;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179357;STB=0.580096;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0157731;OID=.;OPOS=7601720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:46:47:28:29:0.381579:19:9:22:24:19:10:22:25 chr6 7862631 . G C 1365.32 PASS AF=1;AO=75;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601971;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.848;QD=62.0598;RBI=0.0616185;REFB=0;REVB=0.0131585;RO=0;SAF=22;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00441187;OID=.;OPOS=7862631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:75:88:1:53:22:0:0:53:35:0:0 chr6 7881907 . A T 31.63 PASS AF=0.0930233;AO=7;DP=78;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=60;FWDB=-0.0653603;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=37.7348;QD=1.47116;RBI=0.0672567;REFB=-0.00173077;REVB=-0.0158584;RO=71;SAF=0;SAR=7;SRF=16;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502862;STB=0.664512;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00932209;OID=.;OPOS=7881907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:78:86:71:78:7:8:0.0930233:7:0:16:55:7:1:18:60 chr6 7884652 . C T 412.66 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0211059;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.79;QD=18.7574;RBI=0.0211539;REFB=-0.0218651;REVB=-0.0014242;RO=42;SAF=23;SAR=19;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509295;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0162711;OID=.;OPOS=7884652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:46:42:42:0.477273:19:23:23:19:19:23:26:20 chr6 7986847 . G A 1232.71 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0481613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8546;QD=59.4076;RBI=0.0540593;REFB=-0.0977145;REVB=0.024554;RO=2;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201412;STB=0.505262;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00144262;OID=.;OPOS=7986847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:2:1:81:82:0.987952:46:35:0:2:47:35:0:1 chr6 7988185 . GCCA GCAC 611.09 PASS AF=1;AO=4;DP=87;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570439;FXX=0.425238;HRUN=2;LEN=2;MLLD=50.2831;QD=48.8872;RBI=0.0832357;REFB=0;REVB=-0.060615;RO=37;SAF=4;SAR=0;SRF=4;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.794262;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00561583;OID=.;OPOS=7988187;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=GCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:87:50:50:0:48:2:0:0:4:37:4:0:4:33 chr6 7988189 . T C 1343.17 PASS AF=0.956989;AO=89;DP=93;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.034086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.718;QD=57.7708;RBI=0.040677;REFB=0.0112815;REVB=-0.0221983;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518864;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00103552;OID=.;OPOS=7988189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:93:93:0:4:89:89:0.956989:38:51:0:0:38:51:4:0 chr6 8015129 . T A,C 731.65 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=2,45;DP=47;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=2,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00826252,0.0223629;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.181,167.312;QD=62.268;RBI=0.00843615,0.0246717;REFB=0,0;REVB=0.00170275,0.0104207;RO=0;SAF=0,17;SAR=2,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0727794,-0.000234233;OID=.,.;OPOS=8015129,8015129;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:47:47:0:0:2,45:2,45:0.0425532,0.957447:2,28:0,17:0:0:2,28:0,17:0:0 chr6 8421002 . A G 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0385648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.953;QD=7.03219;RBI=0.0387198;REFB=-0.00848367;REVB=0.00346074;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157281;STB=0.599772;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.021345;OID=.;OPOS=8421002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:14:12:3:6:14:12 chr6 8428137 . A AAGT 67.79 PASS AF=0.45;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00560027;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=230.381;QD=13.5582;RBI=0.0262763;REFB=-0.0195518;REVB=-0.0256725;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043798;STB=0.505605;STBP=0.959;TYPE=ins;VARB=0.0079409;OID=.;OPOS=8428138;OREF=-;OALT=AGT;OMAPALT=AAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:8:20:9:20:11:5:4:6:5:67:11:4:4:6:5 chr6 8430049 . G A 386.37 PASS AF=0.348148;AO=47;DP=135;FAO=47;FDP=135;FR=.;FRO=88;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.0735409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3423;QD=11.4479;RBI=0.0737797;REFB=-0.0190808;REVB=-0.00593013;RO=87;SAF=25;SAR=22;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944805;STB=0.557626;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0300135;OID=.;OPOS=8430049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:87:88:47:47:0.348148:22:25:39:48:22:25:39:49 chr6 8435454 . T C 515.66 PASS AF=0.495146;AO=29;DP=90;FAO=51;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=0.154604;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.457;QD=20.0258;RBI=0.155607;REFB=-0.0949594;REVB=-0.0176383;RO=34;SAF=0;SAR=29;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.813795;STB=0.614709;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0981464;OID=.;OPOS=8435454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:103:34:39:29:51:0.495146:29:0:6:28:29:22:7:32 chr6 10401034 . CAAG C 195.08 PASS AF=0.46875;AO=27;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00559314;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=3;MLLD=288.643;QD=12.1925;RBI=0.0164458;REFB=-0.0192137;REVB=0.0154655;RO=30;SAF=9;SAR=18;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22422;STB=0.569573;STBP=0.317;TYPE=del;VARB=0.0199285;OID=.;OPOS=10401035;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:27:63:30:64:34:12:18:18:16:99:30:9:18:17:13 chr6 10587038 . C G 963.11 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5708;QD=58.3703;RBI=0.0201671;REFB=0;REVB=0.00419797;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168439;OID=.;OPOS=10587038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:29:36:0:0:29:37:0:0 chr6 10729020 . C T 556.25 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0606571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6704;QD=22.7039;RBI=0.0611092;REFB=0.0308692;REVB=0.00741972;RO=45;SAF=32;SAR=20;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218614;STB=0.624952;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0317569;OID=.;OPOS=10729020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:45:46:52:52:0.530612:20:32:16:29:20:32:16:30 chr6 10753107 . T A 726.27 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126256;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.42;QD=56.9622;RBI=0.0415101;REFB=0;REVB=0.0395434;RO=0;SAF=38;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.95117e-06;OID=.;OPOS=10753107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:13:38:0:0:13:38:0:0 chr6 10763312 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.546;QD=63.872;RBI=0.0246463;REFB=0;REVB=0.0236574;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3966e-05;OID=.;OPOS=10763312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr6 10764727 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.721;QD=60.8834;RBI=0.0103394;REFB=0;REVB=-0.00783478;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77839e-06;OID=.;OPOS=10764727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr6 10891781 . C T 580.87 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100775;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.574;QD=61.1446;RBI=0.0269332;REFB=0;REVB=-0.0249768;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30023e-08;OID=.;OPOS=10891781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr6 10942964 . A G 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0115316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.487;QD=13.7478;RBI=0.0127634;REFB=-0.0227918;REVB=0.00547057;RO=32;SAF=17;SAR=5;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287184;STB=0.666502;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.027691;OID=.;OPOS=10942964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:5:17:17:15:5:17:17:15 chr6 10955408 . C T 275.11 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0283411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9896;QD=18.3409;RBI=0.042016;REFB=-0.0109475;REVB=0.0310182;RO=30;SAF=19;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086055;STB=0.55418;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0134337;OID=.;OPOS=10955408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:29:30:0.5:10:19:17:13:10:20:17:13 chr6 10981053 . G A 471.92 PASS AF=0.970588;AO=34;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00309337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.961;QD=55.5196;RBI=0.0292033;REFB=-0.00863136;REVB=-0.029039;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516119;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0003222;OID=.;OPOS=10981053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:34:33:0.970588:16:18:0:0:15:18:0:1 chr6 11005686 . G A 287.45 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0074843;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.651;QD=18.2506;RBI=0.0728897;REFB=-0.0352005;REVB=-0.0725044;RO=32;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168673;STB=0.509428;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0315164;OID=.;OPOS=11005686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:32:32:31:31:0.492063:13:18:18:14:13:18:18:14 chr6 11079286 . G A 329.95 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0301444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9692;QD=18.3306;RBI=0.0327224;REFB=-0.00686021;REVB=-0.0127305;RO=37;SAF=22;SAR=12;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251274;STB=0.644432;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.010574;OID=.;OPOS=11079286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:34:35:0.486111:12:22:14:23:12:23:14:23 chr6 11185257 . A T 591.92 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0074351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1516;QD=56.3733;RBI=0.0561781;REFB=-0.0100155;REVB=-0.0556839;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538442;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.000703186;OID=.;OPOS=11185257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:42:0:2:39:40:0.952381:28:11:0:0:28:12:2:0 chr6 11185533 . G A 305.76 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0307388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.898;QD=12.8741;RBI=0.0347158;REFB=-0.00752876;REVB=0.0161342;RO=60;SAF=18;SAR=17;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707562;STB=0.540517;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.016307;OID=.;OPOS=11185533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:60:35:35:0.368421:17:18:27:33:17:18:27:33 chr6 11190626 . A G 1526.32 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.27;QD=59.8558;RBI=0.0180733;REFB=0;REVB=-0.0105545;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11839e-06;OID=.;OPOS=11190626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:53:48:0:0:53:49:0:0 chr6 11192575 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5645;QD=59.4355;RBI=0.02424;REFB=0;REVB=0.0191595;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60715e-05;OID=.;OPOS=11192575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:8:27:0:0:8:27:0:0 chr6 11193860 . G A 408.52 PASS AF=0.35;AO=49;DP=140;FAO=49;FDP=140;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=0.000928625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.848;QD=11.672;RBI=0.00230372;REFB=0.00333166;REVB=-0.00210827;RO=88;SAF=26;SAR=23;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167569;STB=0.519499;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00647906;OID=.;OPOS=11193860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:88:91:49:49:0.35:23:26:48:40:23:26:51:40 chr6 11213832 . T C 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.137;QD=56.9337;RBI=0.0250584;REFB=0;REVB=0.0228234;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121122;OID=.;OPOS=11213832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr6 11538534 . C T 342.79 PASS AF=0.521739;AO=34;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00636809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.899;QD=19.8719;RBI=0.0256972;REFB=-0.00223676;REVB=0.0248957;RO=30;SAF=25;SAR=9;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347409;STB=0.501424;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162925;OID=.;OPOS=11538534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:30:33:34:36:0.521739:9:25:23:7:11:25:23:10 chr6 11576130 . T C 998.07 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0489459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.0257;QD=53.9498;RBI=0.0527668;REFB=-0.174617;REVB=0.0197138;RO=1;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103923;STB=0.521271;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00829835;OID=.;OPOS=11576130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:74:74:1:4:70:70:0.945946:45:25:0:1:45:25:0:4 chr6 11644518 . C T 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.876;QD=60.9758;RBI=0.059246;REFB=0;REVB=-0.0225371;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353004;OID=.;OPOS=11644518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr6 12120445 . A G 156.24 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0198163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.941;QD=15.6238;RBI=0.0222961;REFB=-0.000242013;REVB=-0.0102191;RO=23;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276232;STB=0.660812;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000372352;OID=.;OPOS=12120445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:13:4:11:12:13:4:11:12 chr6 12120588 . C T 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00969973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.648;QD=7.95467;RBI=0.0457352;REFB=0.00107481;REVB=-0.0446948;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921344;STB=0.557987;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00275277;OID=.;OPOS=12120588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:2:6:13:6:2:6:13:6 chr6 12122174 . A G 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0267333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.475;QD=13.5806;RBI=0.0333454;REFB=-0.0080499;REVB=0.0199311;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209137;STB=0.512181;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0179503;OID=.;OPOS=12122174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:10:7:11:17:10:7:11:17 chr6 12122645 . A G 958.67 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00890353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.461;QD=57.2342;RBI=0.0159817;REFB=-0.0566757;REVB=-0.0132719;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000224399;OID=.;OPOS=12122645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:28:38:0:0:28:38:1:0 chr6 12122773 . T C 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00618118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.123;QD=10.4387;RBI=0.00618737;REFB=-0.000690103;REVB=0.000276742;RO=27;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320333;STB=0.692012;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00131999;OID=.;OPOS=12122773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:4:9:11:16:4:9:11:16 chr6 12124855 . G A 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00199905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.56;QD=15.6259;RBI=0.0402526;REFB=-0.00240824;REVB=-0.0402029;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0021328;STB=0.501227;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00376218;OID=.;OPOS=12124855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:7:12:17:10:7:12:17:10 chr6 12294258 . A G 976.56 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0113971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.755;QD=57.4445;RBI=0.0143428;REFB=-0.12415;REVB=-0.00870763;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141052;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000280494;OID=.;OPOS=12294258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:34:33:1:0:34:33:1:0 chr6 13288648 . A G 197.73 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00980714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.602;QD=18.8312;RBI=0.0103511;REFB=-0.0114569;REVB=-0.00331136;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215333;STB=0.523786;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0149035;OID=.;OPOS=13288648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:22:20:20:0.47619:10:10:11:10:10:10:12:10 chr6 13288679 . GCT G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0294862;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.64;QD=10.2404;RBI=0.0404976;REFB=-0.0407285;REVB=-0.0277601;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13765;STB=0.583166;STBP=0.523;TYPE=del;VARB=0.0698252;OID=.;OPOS=13288680;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:10:29:10:29:19:4:6:10:9:74:19:4:6:10:9 chr6 13295062 . G A 263.51 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0114266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0434;QD=17.5674;RBI=0.027961;REFB=-0.0258181;REVB=-0.0255196;RO=31;SAF=20;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111319;STB=0.562615;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0323554;OID=.;OPOS=13295062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:9:20:18:13:9:20:18:13 chr6 13295502 . T C 376.87 PASS AF=0.425532;AO=39;DP=93;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0143246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.882;QD=16.0369;RBI=0.0146814;REFB=-0.0232208;REVB=0.00321679;RO=54;SAF=22;SAR=17;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00892418;STB=0.511383;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.01683;OID=.;OPOS=13295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:54:54:39:40:0.425532:17:22:30:24:17:23:30:24 chr6 13295515 . A C 375.34 PASS AF=0.430108;AO=39;DP=92;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0684156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.685;QD=16.1436;RBI=0.0691788;REFB=0.000435254;REVB=0.010247;RO=53;SAF=22;SAR=17;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562842;STB=0.537773;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.000385278;OID=.;OPOS=13295515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:53:53:39:40:0.430108:17:22:27:26:17:23:27:26 chr6 13295536 . C T 327.31 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0824168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.286;QD=15.2239;RBI=0.0829564;REFB=-0.00224293;REVB=-0.00944671;RO=49;SAF=23;SAR=13;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196722;STB=0.617081;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00402676;OID=.;OPOS=13295536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:50:36:36:0.418605:13:23:22:27:13:23:22:28 chr6 13321097 . G A 459.92 PASS AF=0.754717;AO=40;DP=53;FAO=40;FDP=53;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00804496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.853;QD=34.711;RBI=0.0239422;REFB=-0.0319813;REVB=0.0225501;RO=13;SAF=18;SAR=22;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00528976;STB=0.502856;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00899087;OID=.;OPOS=13321097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:13:13:40:40:0.754717:22:18:6:7:22:18:6:7 chr6 13361088 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.891;QD=58.4197;RBI=0.0278297;REFB=0;REVB=0.00354078;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98793e-05;OID=.;OPOS=13361088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr6 13470113 . A T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6738;QD=57.2023;RBI=0.0244537;REFB=0;REVB=-0.00199658;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000511027;OID=.;OPOS=13470113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr6 13547958 . C T 201.99 PASS AF=0.42;AO=22;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00114315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1902;QD=16.1593;RBI=0.0980188;REFB=-0.062851;REVB=-0.0980122;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554061;STB=0.560726;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0653098;OID=.;OPOS=13547958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:22:21:0.42:9:13:15:13:8:13:15:14 chr6 13548165 . A G 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00370291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.216;QD=42.7089;RBI=0.0123551;REFB=-0.0577447;REVB=-0.0117872;RO=2;SAF=9;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917561;STB=0.549948;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00123152;OID=.;OPOS=13548165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:10:9:2:0:10:9:2:0 chr6 13794110 . C A 471.92 PASS AF=0.970588;AO=34;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00128067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.983;QD=55.5196;RBI=0.0209699;REFB=0.0309856;REVB=0.0209308;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.513505;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00318509;OID=.;OPOS=13794110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:34:33:0.970588:15:19:0:0:15:18:1:0 chr6 13801615 . T C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0404367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7542;QD=13.6304;RBI=0.127205;REFB=0.00537991;REVB=0.120606;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291009;STB=0.517199;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00626835;OID=.;OPOS=13801615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:1:7:8:1:1:7:8:1 chr6 13978275 . A C 648.67 PASS AF=0.471429;AO=65;DP=139;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=-0.00935026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8749;QD=18.5335;RBI=0.0236182;REFB=-0.00549017;REVB=0.0216885;RO=74;SAF=44;SAR=21;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591286;STB=0.526308;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.011896;OID=.;OPOS=13978275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:74:74:65:66:0.471429:21:44:46:28:22:44:46:28 chr6 13978618 . C G 246.61 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00542027;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.982;QD=19.3423;RBI=0.00952616;REFB=-0.019191;REVB=0.00783379;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525473;STB=0.529389;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0206529;OID=.;OPOS=13978618;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:25:25:26:26:0.509804:13:13:14:11:13:13:14:11 chr6 13978802 . TCTCCT TCT,TCTCCA 334.49 PASS AF=0.557692,0.0769231;AO=28,4;DP=53;FAO=29,4;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=17,4;FSAR=12,0;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00399721,0.0478674;FXX=0.0188644;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=215.282,54.3486;QD=25.7301;RBI=0.0107785,0.0601431;REFB=-0.0591139,-0.0511773;REVB=0.0100099,0.036413;RO=18;SAF=17,4;SAR=11,0;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0447855,0.609289;STB=0.540513,0.996317;STBP=0.519,0.119;TYPE=del,snp;VARB=0.0358664,-0.0206976;OID=.,.;OPOS=13978803,13978807;OREF=CTC,T;OALT=-,A;OMAPALT=TCT,TCTCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.557692,0.0769231:28,4:53:29,4:52:19:17,4:12,0:13:6:99:18:17,4:11,0:12:6 chr6 13978837 . G T 317.44 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0288127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.937;QD=25.9131;RBI=0.0301988;REFB=-0.0304881;REVB=-0.00904419;RO=20;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176386;STB=0.605987;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0411825;OID=.;OPOS=13978837;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:20:21:28:28:0.571429:15:13:14:6:15:13:15:6 chr6 13978854 . G T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0249601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.569;QD=17.6896;RBI=0.0271215;REFB=-0.0194956;REVB=-0.0106098;RO=26;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205836;STB=0.617532;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0163195;OID=.;OPOS=13978854;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:7:14:12:14:7:14:12:14 chr6 13979526 . A G 232.89 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00229553;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=303.828;QD=24.5144;RBI=0.0149402;REFB=-0.00229479;REVB=-0.0147628;RO=16;SAF=16;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193942;STB=0.608591;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00165697;OID=.;OPOS=13979526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:6:16:8:8:6:16:8:8 chr6 13980527 . G A 262.76 PASS AF=0.266187;AO=37;DP=138;FAO=37;FDP=139;FR=.;FRO=102;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=61;FSRR=41;FWDB=0.00618664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.934;QD=7.56149;RBI=0.00850134;REFB=-0.012005;REVB=0.00583081;RO=99;SAF=15;SAR=22;SRF=59;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230354;STB=0.638826;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.030736;OID=.;OPOS=13980527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:99:102:37:37:0.266187:22:15:59:40:22:15:61:41 chr6 14646772 . A G 225.84 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00897383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4646;QD=20.5312;RBI=0.0142344;REFB=-0.00255155;REVB=-0.0110493;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403423;STB=0.522707;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00246986;OID=.;OPOS=14646772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:12:10:11:11:12:10 chr6 15496662 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0113662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.42;QD=11.9533;RBI=0.0327323;REFB=-0.0183699;REVB=0.0306955;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043798;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0209408;OID=.;OPOS=15496662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:5:6:4:4:5:6 chr6 15586009 . G T 923.54 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0455709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.532;QD=56.8335;RBI=0.0468386;REFB=-0.126178;REVB=0.0108237;RO=1;SAF=22;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020982;STB=0.511108;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000110931;OID=.;OPOS=15586009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:42:22:1:0:42:22:1:0 chr6 16145325 . A G 1135.2 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00544213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.9;QD=60.5437;RBI=0.0156617;REFB=0;REVB=0.0146857;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56514e-06;OID=.;OPOS=16145325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr6 16148176 . G A 393.41 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0018141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.454;QD=22.4803;RBI=0.00197054;REFB=0.0065297;REVB=-0.000769461;RO=31;SAF=19;SAR=20;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491549;STB=0.527072;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00542483;OID=.;OPOS=16148176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:20:19:17:14:20:19:17:14 chr6 16290761 . T A 958.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282375;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.872;QD=58.9645;RBI=0.0356028;REFB=0;REVB=0.0216841;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79044e-05;OID=.;OPOS=16290761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr6 16300444 . G GTCCTT 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00231445;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=312.725;QD=8.37078;RBI=0.00895702;REFB=-0.0100256;REVB=-0.00865284;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201571;STB=0.624186;STBP=0.346;TYPE=ins;VARB=0.027225;OID=.;OPOS=16300445;OREF=-;OALT=TCCTT;OMAPALT=GTCCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282051:11:39:11:39:28:7:4:13:15:81:28:7:4:13:15 chr6 16306866 . G A 355.76 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.000491311;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.178;QD=18.4808;RBI=0.0099264;REFB=-0.0203636;REVB=-0.00991424;RO=39;SAF=14;SAR=23;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030898;STB=0.52541;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0211736;OID=.;OPOS=16306866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:40:37:37:0.480519:23:14:16:23:23:14:17:23 chr6 16327330 . T C 171.73 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.00667174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.4047;QD=19.6258;RBI=0.014279;REFB=-0.0478446;REVB=0.0126245;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229475;STB=0.670902;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.037334;OID=.;OPOS=16327330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:15:11:12:0.342857:7:4:2:11:7:5:2:13 chr6 16327615 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0020217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.461;QD=53.911;RBI=0.0464155;REFB=0;REVB=0.0463714;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203059;OID=.;OPOS=16327615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr6 16328068 . T C 196.37 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00714087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.548;QD=34.152;RBI=0.00714087;REFB=-0.0334062;REVB=0;RO=5;SAF=18;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119326;OID=.;OPOS=16328068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:5:5:18:18:0.782609:0:18:5:0:0:18:5:0 chr6 17541305 . C A 212.1 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0205929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.774;QD=14.3796;RBI=0.0260109;REFB=-0.0164808;REVB=0.0158903;RO=33;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224011;STB=0.637993;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0265763;OID=.;OPOS=17541305;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:34:25:25:0.423729:18:7:16:17:18:7:17:17 chr6 17543302 . A G 875.12 PASS AF=0.940299;AO=63;DP=67;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00859081;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=290.813;QD=52.2461;RBI=0.0154792;REFB=-0.059073;REVB=-0.0128765;RO=3;SAF=37;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702772;STB=0.510051;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000266948;OID=.;OPOS=17543302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:67:67:3:4:63:63:0.940299:26:37:2:1:26:37:3:1 chr6 17551781 . C T 517.53 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0226639;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.67;QD=22.2595;RBI=0.0361889;REFB=-0.0164478;REVB=-0.0282131;RO=44;SAF=32;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118195;STB=0.565291;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0170247;OID=.;OPOS=17551781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:44:44:49:49:0.526882:17:32:23:21:17:32:23:21 chr6 17629616 . G A 215.85 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.003597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.291;QD=16.2909;RBI=0.00383568;REFB=-0.00828346;REVB=-0.00133191;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868684;STB=0.547131;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00988774;OID=.;OPOS=17629616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:29:24:24:0.45283:12:12:11:16:12:12:12:17 chr6 17633061 . C T 300.27 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0830654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.084;QD=30.7973;RBI=0.0833062;REFB=-0.00483107;REVB=-0.0063299;RO=13;SAF=9;SAR=17;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796609;STB=0.543592;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00139978;OID=.;OPOS=17633061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:17:9:3:10:17:9:3:10 chr6 17665479 . G C 230.4 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0160276;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.945;QD=14.1786;RBI=0.0184696;REFB=-0.0118598;REVB=-0.00917831;RO=38;SAF=21;SAR=6;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126676;STB=0.57267;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0230847;OID=.;OPOS=17665479;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:38:38:27:27:0.415385:6:21:26:12:6:21:26:12 chr6 17688693 . C T 339.21 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00194521;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.25;QD=17.6214;RBI=0.00830823;REFB=-0.00267573;REVB=-0.0080773;RO=41;SAF=15;SAR=21;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00198924;STB=0.514533;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00363358;OID=.;OPOS=17688693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:21:15:17:24:21:15:16:25 chr6 17731166 . T C 374.21 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0133501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9318;QD=18.0343;RBI=0.0308384;REFB=0.0232932;REVB=-0.027799;RO=44;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149963;STB=0.508376;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0307381;OID=.;OPOS=17731166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:21:18:21:23:21:18:21:23 chr6 17764530 . C T 226.43 PASS AF=0.35;AO=30;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0208724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7486;QD=11.3217;RBI=0.063572;REFB=-0.0188465;REVB=-0.0600478;RO=50;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153098;STB=0.595084;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0348909;OID=.;OPOS=17764530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:52:30:28:0.35:12:18:23:27:11:17:24:28 chr6 17794494 . G A 326.88 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=-0.0216626;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.152;QD=12.8189;RBI=0.0217447;REFB=-0.0120066;REVB=-0.00188736;RO=61;SAF=10;SAR=29;SRF=18;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526316;STB=0.547145;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0206582;OID=.;OPOS=17794494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:61:63:39:39:0.382353:29:10:18:43:29:10:20:43 chr6 17799575 . A G 345.49 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0089228;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.663;QD=16.2583;RBI=0.0121949;REFB=-0.00596412;REVB=-0.00831256;RO=49;SAF=15;SAR=22;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018583;STB=0.505615;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0079456;OID=.;OPOS=17799575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:49:48:37:37:0.435294:22:15:19:30:22:15:19:29 chr6 17831419 . G A 331.92 PASS AF=0.564516;AO=33;DP=61;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0238991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4492;QD=21.4141;RBI=0.0264184;REFB=0.00111529;REVB=0.011259;RO=27;SAF=18;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111944;STB=0.55879;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.000481467;OID=.;OPOS=17831419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:27:27:33:35:0.564516:15:18:11:16:16:19:11:16 chr6 17834198 . T G 134.16 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0239724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.743;QD=9.41466;RBI=0.0427266;REFB=-0.0129218;REVB=0.0353679;RO=39;SAF=5;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200854;STB=0.620249;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0365578;OID=.;OPOS=17834198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:13:5:17:22:13:5:17:22 chr6 17834213 . T C 135.82 PASS AF=0.321429;AO=15;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.03909;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.3619;QD=9.70141;RBI=0.039121;REFB=0.0062543;REVB=0.00155775;RO=32;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897138;STB=0.609247;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.0143;OID=.;OPOS=17834213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:38:15:18:0.321429:10:5:13:19:13:5:16:22 chr6 18121024 . G A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0277938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4939;QD=15.1964;RBI=0.0315843;REFB=0.00880015;REVB=-0.0150024;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156724;STB=0.509078;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0109097;OID=.;OPOS=18121024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:10:8:6:8:10:8 chr6 18121029 . A T 133.43 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00712371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.31;QD=15.6971;RBI=0.0128053;REFB=-0.00759372;REVB=0.0106409;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210988;STB=0.512179;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0152925;OID=.;OPOS=18121029;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:11:8:6:9:11:8 chr6 18130918 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0219567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4643;QD=16.6264;RBI=0.0706958;REFB=-0.000466494;REVB=0.0671997;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185092;STB=0.60719;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00534069;OID=.;OPOS=18130918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:7:7:9:4:7:7 chr6 18139214 . G A 803.7 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000525648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0846;QD=64.2962;RBI=0.0637404;REFB=0;REVB=-0.0637382;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000353893;OID=.;OPOS=18139214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:24:26:0:0 chr6 18161563 . G A 695.17 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0373975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.265;QD=59.1632;RBI=0.0442716;REFB=0.00962731;REVB=0.0236939;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199954;STB=0.510634;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000596131;OID=.;OPOS=18161563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:45:46:0.978723:22:23:1:0:23:23:1:0 chr6 18215303 . T C 2295.55 PASS AF=1;AO=151;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.612;QD=59.24;RBI=0.0598374;REFB=0;REVB=0.0543619;RO=1;SAF=71;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590892;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226428;OID=.;OPOS=18215303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:155:155:1:0:151:155:1:80:71:0:1:83:72:0:0 chr6 18273431 . G A 256.3 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0790153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2755;QD=22.7824;RBI=0.0794803;REFB=0.0129808;REVB=0.00858552;RO=21;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308568;STB=0.517227;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.0132931;OID=.;OPOS=18273431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:14:10:8:13:14:10:8:13 chr6 18466677 . A T 253.17 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0253921;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2562;QD=12.8186;RBI=0.0292083;REFB=-0.00500066;REVB=0.0144347;RO=44;SAF=15;SAR=15;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712427;STB=0.518975;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0087549;OID=.;OPOS=18466677;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:44:49:30:30:0.379747:15:15:25:19:15:15:26:23 chr6 18836419 . G C 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0115204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.88;QD=19.4077;RBI=0.0171753;REFB=-0.00295317;REVB=-0.0127385;RO=28;SAF=12;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149443;STB=0.583277;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00236365;OID=.;OPOS=18836419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:18:12:16:12:18:12:16:12 chr6 19839779 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00875241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1899;QD=17.0326;RBI=0.0543685;REFB=0.00260975;REVB=-0.0536594;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175572;STB=0.599893;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00376655;OID=.;OPOS=19839779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:15:7:9:9:15:7 chr6 20282269 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.016;QD=53.2772;RBI=0.0675236;REFB=0;REVB=0.0665251;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015867;OID=.;OPOS=20282269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:4:19:0:0:4:19:0:0 chr6 20492995 . T C 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.27;QD=58.0578;RBI=0.00774062;REFB=0;REVB=-0.00532456;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31431e-07;OID=.;OPOS=20492995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr6 20500458 . G A 243.56 PASS AF=0.605263;AO=22;DP=37;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0183775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.929;QD=25.6376;RBI=0.0185369;REFB=-0.00569668;REVB=0.00242551;RO=15;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139797;STB=0.58326;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0049878;OID=.;OPOS=20500458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:15:15:22:23:0.605263:13:9:9:6:14:9:9:6 chr6 20599628 . C T 1694.6 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.706;QD=60.5213;RBI=0.0266678;REFB=0;REVB=0.0186299;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1958e-07;OID=.;OPOS=20599628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:56:56:0:0:56:56:0:0 chr6 21065449 . CA TG 207.44 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00658637;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=2;MLLD=288.975;QD=16.934;RBI=0.0168741;REFB=-0.00352208;REVB=0.0155356;RO=27;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117237;STB=0.579632;STBP=0.375;TYPE=mnp;VARB=0.00484098;OID=.;OPOS=21065449;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:28:21:21:0.428571:7:14:15:12:7:14:15:13 chr6 21201493 . G A 292.84 PASS AF=0.4;AO=33;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0144081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.561;QD=13.7808;RBI=0.0161753;REFB=-0.00668203;REVB=0.00735164;RO=51;SAF=15;SAR=18;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100428;STB=0.546934;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0103578;OID=.;OPOS=21201493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:33:34:0.4:18:15:28:23:18:16:28:23 chr6 21598292 . C CT 32.74 PASS AF=0.45;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.167504;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.31405;QD=6.54827;RBI=0.220672;REFB=-0.0592657;REVB=-0.143661;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272725;STB=0.571265;STBP=0.587;TYPE=ins;VARB=0.0880966;OID=.;OPOS=21598293;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:8:21:9:20:11:6:3:6:5:30:12:6:2:6:6 chr6 22136879 . G T 896.57 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.917;QD=56.9248;RBI=0.0449803;REFB=0;REVB=0.0253216;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205642;OID=.;OPOS=22136879;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:59:63:1:26:33:0:0:26:37:0:0 chr6 24147409 . C A 397.24 PASS AF=0.533333;AO=38;DP=71;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0928374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.8864;QD=21.1864;RBI=0.105111;REFB=-0.011029;REVB=0.04929;RO=33;SAF=25;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745315;STB=0.539322;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0137547;OID=.;OPOS=24147409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:33:35:38:40:0.533333:13:25:19:14:14:26:20:15 chr6 24174955 . G C 1462.51 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00962618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1926;QD=62.9038;RBI=0.0252126;REFB=0;REVB=0.0233027;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169092;OID=.;OPOS=24174955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:44:48:0:0:44:49:0:0 chr6 24291203 . T C 276.25 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0276005;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0396;QD=15.5635;RBI=0.0276266;REFB=0.00705565;REVB=0.00119896;RO=40;SAF=21;SAR=10;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058262;STB=0.532973;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00937407;OID=.;OPOS=24291203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:40:40:31:31:0.43662:10:21:25:15:10:21:25:15 chr6 24358202 . G A 159.15 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00218924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.084;QD=17.6835;RBI=0.00935723;REFB=-0.00902746;REVB=-0.00909753;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935847;STB=0.553204;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0134477;OID=.;OPOS=24358202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:6:13:10:7:6:13 chr6 24403455 . C T 382.75 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0293412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.889;QD=25.5167;RBI=0.0293939;REFB=-0.0246147;REVB=0.0017599;RO=23;SAF=13;SAR=24;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062659;STB=0.534347;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0143993;OID=.;OPOS=24403455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:23:37:37:0.616667:24:13:10:13:24:13:10:13 chr6 24411018 . A G 676.23 PASS AF=0.614583;AO=58;DP=95;FAO=59;FDP=96;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.0342519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.369;QD=28.1764;RBI=0.0343108;REFB=-0.0191082;REVB=0.0020104;RO=33;SAF=24;SAR=34;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991887;STB=0.572778;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0124774;OID=.;OPOS=24411018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:33:37:58:59:0.614583:34:24:9:24:34:25:9:28 chr6 24418786 . T C 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0102784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.906;QD=18.9419;RBI=0.0105361;REFB=-0.00788651;REVB=-0.00231563;RO=38;SAF=18;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116592;STB=0.50649;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0071515;OID=.;OPOS=24418786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:19:18:18:20:19:18:18:20 chr6 24424231 . G T 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0154561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.83;QD=6.81327;RBI=0.0170164;REFB=0.00260939;REVB=0.00711804;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227677;STB=0.64662;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.0083886;OID=.;OPOS=24424231;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:10:9:2:5:10:9 chr6 24425609 . T A 121.83 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=45;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00784826;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=50.6244;QD=10.1528;RBI=0.0490382;REFB=-0.0571219;REVB=0.0484061;RO=32;SAF=10;SAR=3;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12208;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0298565;OID=.;OPOS=24425609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:32:32:13:16:0.333333:3:10:22:10:5:11:22:10 chr6 24425671 . A G 131.01 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0316428;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3131;QD=10.2754;RBI=0.0676378;REFB=0.0179051;REVB=-0.0597796;RO=35;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821862;STB=0.548959;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0437166;OID=.;OPOS=24425671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:8:8:20:15:8:8:20:15 chr6 24425690 . A G 125.21 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0391874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.37;QD=10.4339;RBI=0.0391935;REFB=-0.00990742;REVB=0.000687611;RO=33;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902044;STB=0.553945;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0157851;OID=.;OPOS=24425690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:8:7:18:15:8:7:18:15 chr6 24433483 . T C 349.44 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0119606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.883;QD=15.193;RBI=0.0332269;REFB=0.00234225;REVB=0.0309996;RO=52;SAF=15;SAR=23;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20532;STB=0.615543;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00255148;OID=.;OPOS=24433483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:54:38:38:0.413043:23:15:31:21:23:15:32:22 chr6 24437445 . G A 923.56 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0141349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.973;QD=56.8344;RBI=0.0388378;REFB=-0.0762591;REVB=0.0361743;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000612424;OID=.;OPOS=24437445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:29:35:0:0:29:35:1:0 chr6 24445829 . G A 250.84 PASS AF=0.453125;AO=27;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0188272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.443;QD=15.6774;RBI=0.0218243;REFB=-0.0173325;REVB=-0.011038;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374231;STB=0.52406;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0179372;OID=.;OPOS=24445829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:35:27:29:0.453125:11:16:22:13:12:17:22:13 chr6 24463020 . G C 305.13 PASS AF=0.358491;AO=37;DP=105;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0339806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5078;QD=11.5145;RBI=0.0340323;REFB=-0.00930979;REVB=-0.00187547;RO=68;SAF=20;SAR=17;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375272;STB=0.530454;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0143115;OID=.;OPOS=24463020;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:68:68:37:38:0.358491:17:20:39:29:18:20:39:29 chr6 24596478 . T G 1077.43 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6005;QD=59.8574;RBI=0.0752571;REFB=0;REVB=0.0234347;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263227;OID=.;OPOS=24596478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:35:34:0:0:35:37:0:0 chr6 24653273 . G C 353.97 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0158203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.776;QD=16.0895;RBI=0.0158307;REFB=-0.0109012;REVB=-0.000574692;RO=48;SAF=19;SAR=19;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206883;STB=0.511358;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0109977;OID=.;OPOS=24653273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:50:38:38:0.431818:19:19:23:25:19:19:24:26 chr6 24653376 . G A 946.34 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367574;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.909;QD=58.2363;RBI=0.036781;REFB=0;REVB=0.00131983;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.45245e-05;OID=.;OPOS=24653376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:32:32:0:0:32:33:0:0 chr6 24698215 . G A 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0304962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.884;QD=14.7422;RBI=0.0383537;REFB=-0.00542459;REVB=-0.0232591;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244741;STB=0.639851;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00665772;OID=.;OPOS=24698215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:9:8:6:19:9:8:6:19 chr6 24780892 . A C 362.16 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279828;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.506;QD=55.7168;RBI=0.062069;REFB=0;REVB=0.0554033;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268235;OID=.;OPOS=24780892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr6 24804808 . G C 1083.53 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311705;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0087;QD=60.1963;RBI=0.0634304;REFB=0;REVB=0.0552433;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506389;OID=.;OPOS=24804808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:70:72:1:34:36:0:0:35:37:0:0 chr6 24804860 . G T 1476.04 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201322;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.231;QD=63.4856;RBI=0.024568;REFB=0;REVB=0.0244854;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88488e-05;OID=.;OPOS=24804860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:42:51:0:0:42:51:0:0 chr6 24818785 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.889;QD=63.583;RBI=0.0160155;REFB=0;REVB=-0.00883429;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8011e-06;OID=.;OPOS=24818785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr6 24825511 . A C,G 747.21 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=3,45;DP=48;FAO=3,45;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=3,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346435,-0.027535;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.032,52.6159;QD=62.2677;RBI=0.0265,0.0275371;REFB=0,0;REVB=-0.0262725,-0.000340588;RO=0;SAF=0,16;SAR=3,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.49331e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0504952,0.00613488;OID=.,.;OPOS=24825511,24825511;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:48:48:0:0:3,45:3,45:0.0625,0.9375:3,29:0,16:0:0:3,29:0,16:0:0 chr6 25084718 . A G 1251.3 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753042;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9484;QD=61.7924;RBI=0.103225;REFB=0;REVB=0.0706024;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157109;OID=.;OPOS=25084718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr6 25106745 . A G 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.624;QD=58.0597;RBI=0.0410758;REFB=0;REVB=0.0276936;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58792e-05;OID=.;OPOS=25106745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr6 25106783 . G A 579.42 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0984559;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0102;QD=60.9919;RBI=0.098831;REFB=0;REVB=-0.0086022;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011419;OID=.;OPOS=25106783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr6 25420344 . C G 1419.39 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.289;QD=61.7128;RBI=0.0320989;REFB=-0.00608572;REVB=-0.028935;RO=0;SAF=55;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504503;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=4.54478e-05;OID=.;OPOS=25420344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:36:55:0:0:36:55:1:0 chr6 25540303 . A G 283.83 PASS AF=0.35;AO=34;DP=100;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.000263948;FXX=0.0196059;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.358;QD=11.3532;RBI=0.00826188;REFB=-0.00820959;REVB=-0.00825767;RO=63;SAF=16;SAR=18;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420796;STB=0.504286;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0192322;OID=.;OPOS=25540303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:65:34:35:0.35:18:16:32:31:18:17:32:33 chr6 25600968 . G A 93.34 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00455321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3022;QD=19.65;RBI=0.0233453;REFB=-0.103717;REVB=0.022897;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221094;STB=0.64333;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0693305;OID=.;OPOS=25600968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:7:8:11:11:0.578947:6:5:1:6:6:5:1:7 chr6 25605091 . G A 348.81 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0118922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6127;QD=22.8726;RBI=0.0185951;REFB=-0.00736299;REVB=0.0142952;RO=26;SAF=12;SAR=23;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981735;STB=0.554185;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00614235;OID=.;OPOS=25605091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:23:12:12:14:23:12:12:14 chr6 25726621 . C T 484.43 PASS AF=0.449153;AO=52;DP=119;FAO=53;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0434287;FXX=0.00840265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.225;QD=16.4214;RBI=0.0481251;REFB=-0.0367985;REVB=-0.0207357;RO=48;SAF=23;SAR=29;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505459;STB=0.563891;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0424675;OID=.;OPOS=25726621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:48:65:52:53:0.449153:29:23:24:24:29:24:37:28 chr6 25726675 . G A 318.43 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00119133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.741;QD=23.1582;RBI=0.00408518;REFB=-0.0188694;REVB=-0.00390761;RO=22;SAF=20;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129481;STB=0.581344;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0143075;OID=.;OPOS=25726675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:22:23:32:32:0.581818:12:20:10:12:12:20:10:13 chr6 25727265 . C T 487.81 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.000733015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.318;QD=24.3904;RBI=0.0110422;REFB=-0.0274742;REVB=-0.0110178;RO=34;SAF=21;SAR=25;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816395;STB=0.544683;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0189954;OID=.;OPOS=25727265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:25:21:12:22:25:21:12:22 chr6 25727334 . C T 432.77 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00686254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3774;QD=17.8461;RBI=0.0338585;REFB=0.0184381;REVB=-0.0331558;RO=51;SAF=23;SAR=21;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124443;STB=0.50727;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.0240459;OID=.;OPOS=25727334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:53:44:44:0.453608:21:23:26:25:21:23:27:26 chr6 25727517 . G A 164.82 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0536088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.012;QD=23.5454;RBI=0.0538908;REFB=-0.0337812;REVB=0.00550543;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11081;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0156223;OID=.;OPOS=25727517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:12:11:16:17:0.607143:9:7:7:5:9:8:6:5 chr6 25769349 . T C 820.71 PASS AF=0.938462;AO=58;DP=64;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0222253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3236;QD=50.505;RBI=0.0287414;REFB=-0.000860157;REVB=0.0182237;RO=4;SAF=21;SAR=37;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817657;STB=0.538449;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0027384;OID=.;OPOS=25769349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:65:4:4:58:61:0.938462:37:21:4:0:37:24:4:0 chr6 25773744 . T G 583.59 PASS AF=0.462121;AO=61;DP=132;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.00581422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.126;QD=17.6844;RBI=0.0440759;REFB=-0.00871478;REVB=0.0436907;RO=71;SAF=30;SAR=31;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125185;STB=0.506956;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0100621;OID=.;OPOS=25773744;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:71:71:61:61:0.462121:31:30:34:37:31:30:34:37 chr6 25779392 . A G 2387.82 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4732;QD=64.1025;RBI=0.0436564;REFB=0;REVB=-0.0141489;RO=0;SAF=79;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118926;OID=.;OPOS=25779392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:70:79:0:0:70:79:0:0 chr6 25799097 . A T 193.06 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00557017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.68;QD=14.851;RBI=0.0316017;REFB=0.00245179;REVB=0.0311069;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219784;STB=0.611416;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0028066;OID=.;OPOS=25799097;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:30:21:22:0.423077:11:10:8:22:12:10:8:22 chr6 25813150 . G A 801.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.404;QD=57.2311;RBI=0.0207529;REFB=0;REVB=0.015359;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68542e-06;OID=.;OPOS=25813150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr6 25849620 . A G 669.75 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0126543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9903;QD=54.6736;RBI=0.0259486;REFB=-0.187323;REVB=0.0226538;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.543459;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0156741;OID=.;OPOS=25849620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:49:49:0:4:45:45:0.918367:21:24:0:0:21:24:0:4 chr6 25862466 . C T 239.95 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00194404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.215;QD=14.3251;RBI=0.0114316;REFB=-0.00894176;REVB=-0.011265;RO=39;SAF=14;SAR=14;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656501;STB=0.537287;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0105624;OID=.;OPOS=25862466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:14:14:22:17:14:14:22:17 chr6 25914801 . G A 632.95 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0045467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4582;QD=48.6881;RBI=0.0620971;REFB=0.0453145;REVB=-0.0619304;RO=4;SAF=17;SAR=31;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016523;STB=0.508799;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0112413;OID=.;OPOS=25914801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:52:52:4:4:48:48:0.923077:31:17:1:3:31:17:1:3 chr6 25914901 . G A 724.55 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125965;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.217;QD=56.8272;RBI=0.0130355;REFB=0;REVB=-0.00335439;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54264e-05;OID=.;OPOS=25914901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr6 25916979 . C A,T 842.2 PASS AF=0.047619,0.920635;AO=4,58;DP=62;FAO=3,58;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=2,33;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00560735,-0.0252528;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.112,118.785;QD=53.4727;RBI=0.018269,0.0256724;REFB=-0.0315373,-0.0400467;REVB=-0.0173871,0.00462296;RO=0;SAF=2,33;SAR=2,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.74849,0.519224;STBP=0.313,0.14;TYPE=snp,snp;VARB=0.0416703,-0.00817562;OID=.,.;OPOS=25916979,25916979;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:62:63:0:2:4,58:3,58:0.047619,0.920635:2,25:2,33:0:0:1,25:2,33:0:2 chr6 25967068 . C T 473.11 PASS AF=0.417323;AO=52;DP=126;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.00272476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.717;QD=14.901;RBI=0.0255259;REFB=-0.0167101;REVB=-0.0253801;RO=74;SAF=26;SAR=26;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140997;STB=0.513364;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0272422;OID=.;OPOS=25967068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:74:74:52:53:0.417323:26:26:38:36:27:26:38:36 chr6 26017715 . G A 224.78 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00148283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.475;QD=13.0309;RBI=0.00287726;REFB=-0.00544761;REVB=0.00246574;RO=41;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00667081;STB=0.51127;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00779016;OID=.;OPOS=26017715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:42:27:27:0.391304:14:13:20:21:14:13:21:21 chr6 26027433 . G A,C 709.36 PASS AF=0.943396,0.0377358;AO=50,2;DP=53;FAO=50,2;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=16,2;FSAR=34,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0305806,0.0135721;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=158.011,121.201;QD=53.5365;RBI=0.0321613,0.0189011;REFB=-0.14132,-0.114593;REVB=-0.00995888,-0.0131549;RO=1;SAF=16,2;SAR=34,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0285083,0;STB=0.515145,0.5;STBP=0.282,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00506618,0.0903312;OID=.,.;OPOS=26027433,26027433;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:53:53:1:1:50,2:50,2:0.943396,0.0377358:34,0:16,2:1:0:34,0:16,2:1:0 chr6 26033506 . G A 726.23 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00208622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.388;QD=56.9591;RBI=0.0260519;REFB=0;REVB=-0.0259682;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0933e-05;OID=.;OPOS=26033506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:31:18:0:0:32:19:0:0 chr6 26044369 . A G 1320.86 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.901;QD=62.158;RBI=0.0154208;REFB=0;REVB=0.0148235;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29892e-05;OID=.;OPOS=26044369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:37:48:0:0:37:48:0:0 chr6 26045737 . C G 230.58 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0588949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1486;QD=23.0576;RBI=0.0594612;REFB=0.0189365;REVB=-0.00818682;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162544;STB=0.590826;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0179529;OID=.;OPOS=26045737;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:13:9:11:7:13:9:11:7 chr6 26045929 . T C 1098.69 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4754;QD=60.202;RBI=0.120376;REFB=0;REVB=-0.0478047;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131448;OID=.;OPOS=26045929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:41:32:0:0:41:32:0:0 chr6 26056072 . G C 304.14 PASS AF=0.471429;AO=10;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0041222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.942;QD=17.3796;RBI=0.020566;REFB=-0.0191135;REVB=-0.0201486;RO=33;SAF=0;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.757876;STB=0.57606;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0163484;OID=.;OPOS=26056072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:37:10:33:0.471429:10:0:18:15:10:23:21:16 chr6 26056549 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00777202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.299;QD=62.671;RBI=0.00808689;REFB=0;REVB=-0.00223461;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39736e-05;OID=.;OPOS=26056549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr6 26056604 . G A 267.39 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.017256;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.923;QD=18.4409;RBI=0.032432;REFB=-0.0217494;REVB=0.0274602;RO=27;SAF=20;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127608;STB=0.575862;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0207991;OID=.;OPOS=26056604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:27:29:29:29:0.5:9:20:15:12:9:20:16:13 chr6 26104280 . T C 250.66 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0272099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6357;QD=14.5309;RBI=0.0364705;REFB=0.010372;REVB=-0.0242842;RO=40;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114288;STB=0.56491;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0158527;OID=.;OPOS=26104280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:17:12:21:19:17:12:21:19 chr6 26108168 . G A 195.05 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.039041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8527;QD=15.6038;RBI=0.0476509;REFB=0.0016798;REVB=0.0273205;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101077;STB=0.558437;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.0139707;OID=.;OPOS=26108168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:19:19:0.38:11:8:15:14:11:8:15:14 chr6 26108282 . C G 142.97 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0106526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3397;QD=10.79;RBI=0.0301818;REFB=-0.0093812;REVB=0.0282393;RO=35;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325891;STB=0.69115;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0135196;OID=.;OPOS=26108282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:6:12:13:22:6:12:13:22 chr6 26157119 . CA C,CG 38.89 PASS AF=0.25,0.0555556;AO=13,2;DP=35;FAO=9,2;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=2,2;FSAR=7,0;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.18531,0.0114507;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.66326,143.616;QD=4.32156;RBI=0.247074,0.132406;REFB=-0.171733,-0.00690452;REVB=-0.163419,-0.13191;RO=17;SAF=2,2;SAR=11,0;SRF=10;SRR=7;SSEN=0.322581,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.482756,0.494586;STB=0.709644,0.994857;STBP=0.184,0.175;TYPE=del,snp;VARB=0.171592,0.00235885;OID=.,.;OPOS=26157120,26157120;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.0555556:13,2:35:9,2:36:25:2,2:7,0:12:13:29:17:2,2:11,0:10:7 chr6 26157206 . C T 155.3 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0156769;FXX=0.0624805;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.098;QD=20.7068;RBI=0.0156769;REFB=-0.00412019;REVB=-2.61518e-05;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275361;STB=0.655547;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00643824;OID=.;OPOS=26157206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:30:14:14:16:16:0.533333:6:10:4:10:6:10:4:10 chr6 26184102 . G A 447.28 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00377864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.051;QD=18.4445;RBI=0.0357556;REFB=-0.0404308;REVB=0.0355553;RO=52;SAF=23;SAR=22;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660509;STB=0.536826;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0378222;OID=.;OPOS=26184102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:22:23:23:29:22:23:23:29 chr6 26200083 . A G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0104162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.182;QD=18.6448;RBI=0.0321841;REFB=0.0136953;REVB=-0.0304519;RO=13;SAF=2;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428521;STB=0.749583;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0113389;OID=.;OPOS=26200083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:12:2:7:6:12:2:7:6 chr6 26200677 . A G 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0579327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.484;QD=14.0971;RBI=0.0579372;REFB=-0.0143411;REVB=0.000723453;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547742;STB=0.531867;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0212064;OID=.;OPOS=26200677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:6:12:8:5:6:12 chr6 26205293 . G A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.000647582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.342;QD=21.5459;RBI=0.00396971;REFB=0.00935206;REVB=-0.00391654;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177944;STB=0.599866;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00746138;OID=.;OPOS=26205293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:8:6:2:8:8:6:2:8 chr6 26205595 . G A 207.79 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=3;FWDB=-0.0220077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8734;QD=17.6843;RBI=0.0454649;REFB=0.0315202;REVB=0.0397834;RO=26;SAF=14;SAR=7;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267317;STB=0.649005;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0399429;OID=.;OPOS=26205595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:7:14:23:3:7:14:23:3 chr6 26234874 . C T 364.68 PASS AF=0.475;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0149211;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.713;QD=18.2339;RBI=0.0203305;REFB=-0.0133387;REVB=-0.0138091;RO=43;SAF=24;SAR=14;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24568;STB=0.643062;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0202829;OID=.;OPOS=26234874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:43:42:38:38:0.475:14:24:16:27:14:24:15:27 chr6 26285560 . A G 319.64 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00112859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.677;QD=15.2211;RBI=0.00608684;REFB=-0.0102029;REVB=0.0059813;RO=47;SAF=18;SAR=18;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963199;STB=0.547593;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0154253;OID=.;OPOS=26285560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:48:36:36:0.428571:18:18:28:19:18:18:28:20 chr6 26285677 . C T 380.2 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0140357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.021;QD=17.282;RBI=0.0369429;REFB=-0.00986479;REVB=0.0341727;RO=47;SAF=22;SAR=17;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175299;STB=0.594548;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0134691;OID=.;OPOS=26285677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:47:48:39:40:0.454545:17:22:18:29:18:22:18:30 chr6 26285683 . T C 319.21 PASS AF=0.472973;AO=31;DP=71;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0141511;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.098;QD=17.2547;RBI=0.0187903;REFB=-0.0224566;REVB=0.0123621;RO=40;SAF=2;SAR=29;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.655666;STB=0.764531;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0438606;OID=.;OPOS=26285683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:40:39:31:35:0.472973:29:2:22:18:30:5:21:18 chr6 26286744 . C T 321.83 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0406968;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6742;QD=13.842;RBI=0.0528448;REFB=-0.00408143;REVB=-0.0337097;RO=58;SAF=19;SAR=17;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448332;STB=0.531552;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00774894;OID=.;OPOS=26286744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:58:57:36:36:0.387097:17:19:33:25:17:19:33:24 chr6 26299900 . C T 841.51 PASS AF=0.396078;AO=95;DP=249;FAO=101;FDP=255;FR=.;FRO=154;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=105;FSRR=49;FWDB=0.00216265;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1184;QD=13.2002;RBI=0.0967928;REFB=-0.013617;REVB=-0.0967687;RO=143;SAF=61;SAR=34;SRF=100;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068257;STB=0.544147;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0219234;OID=.;OPOS=26299900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:255:143:154:95:101:0.396078:34:61:100:43:39:62:105:49 chr6 26305787 . C CGGCCACCTCGTCACAT 123.12 PASS AF=0.268657;AO=17;DP=68;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.010884;FXX=0;HRUN=2;LEN=16;MLLD=391.245;QD=7.3503;RBI=0.0110425;REFB=-0.00491741;REVB=-0.00186378;RO=50;SAF=10;SAR=7;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351571;STB=0.530087;STBP=0.796;TYPE=ins;VARB=0.0145311;OID=.;OPOS=26305788;OREF=-;OALT=GGCCACCTCGTCACAT;OMAPALT=CGGCCACCTCGTCACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268657:17:68:18:67:49:11:7:28:21:99:50:10:7:28:22 chr6 26305796 . C T 191.58 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00712321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4669;QD=11.7895;RBI=0.0645169;REFB=-0.0172455;REVB=-0.0641225;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322619;STB=0.518646;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0344003;OID=.;OPOS=26305796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:13:11:20:21:13:11:20:21 chr6 26305801 . C G 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0101927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.561;QD=11.8154;RBI=0.010193;REFB=-0.0170237;REVB=8.41273e-05;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322619;STB=0.518646;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0324469;OID=.;OPOS=26305801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:13:11:20:21:13:11:20:21 chr6 26327814 . T C 311.95 PASS AF=0.357798;AO=38;DP=108;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=19;FWDB=0.00629348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.474;QD=11.4478;RBI=0.00994619;REFB=-0.00215323;REVB=-0.00770187;RO=70;SAF=27;SAR=11;SRF=51;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250529;STB=0.50848;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00343917;OID=.;OPOS=26327814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:70:70:38:39:0.357798:11:27:51:19:11:28:51:19 chr6 26328365 . A G 535.24 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=136;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.00330124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.793;QD=15.7424;RBI=0.0437951;REFB=-0.015324;REVB=-0.0436705;RO=78;SAF=28;SAR=30;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481368;STB=0.526949;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0182709;OID=.;OPOS=26328365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:78:78:58:58:0.426471:30:28:34:44:30:28:34:44 chr6 26392515 . G C 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=3;FWDB=-0.00459718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.147;QD=18.0872;RBI=0.0196;REFB=-0.0277543;REVB=-0.0190532;RO=26;SAF=25;SAR=1;SRF=24;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183254;STB=0.67097;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0263728;OID=.;OPOS=26392515;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:1:25:24:2:1:25:24:3 chr6 26393021 . G A 531.58 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0248711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.804;QD=18.3302;RBI=0.0257521;REFB=-0.0153044;REVB=0.0066783;RO=58;SAF=31;SAR=25;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177087;STB=0.519224;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0123552;OID=.;OPOS=26393021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:60:56:56:0.482759:25:31:31:27:25:31:31:29 chr6 26466225 . A C 503.87 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0035129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8087;QD=18.8363;RBI=0.0378727;REFB=0.00296471;REVB=-0.0377095;RO=54;SAF=22;SAR=31;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784749;STB=0.543454;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00469186;OID=.;OPOS=26466225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:54:53:53:0.495327:31:22:27:27:31:22:27:27 chr6 26468660 . G A 248.43 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00228845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.482;QD=13.9959;RBI=0.00950988;REFB=-0.011373;REVB=0.00923043;RO=40;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501554;STB=0.540566;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0114226;OID=.;OPOS=26468660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:42:29:29:0.408451:16:13:16:24:16:13:16:26 chr6 26501897 . T C 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0254212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.634;QD=19.2741;RBI=0.0256022;REFB=-0.0176571;REVB=-0.00303894;RO=37;SAF=13;SAR=24;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127301;STB=0.570951;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0172865;OID=.;OPOS=26501897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:24:13:18:19:24:13:18:19 chr6 26505362 . G A 62.38 PASS AF=0.28125;AO=8;DP=31;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0864949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5052;QD=7.79781;RBI=0.0877077;REFB=0.01996;REVB=-0.0145352;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761304;STB=0.586017;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.0562634;OID=.;OPOS=26505362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:32:23:23:8:9:0.28125:4:4:10:13:4:5:10:13 chr6 26505403 . C A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0744432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.486;QD=7.32298;RBI=0.0745211;REFB=-0.00234739;REVB=-0.00340719;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260867;STB=0.666111;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0112154;OID=.;OPOS=26505403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:6:8:2:4:6:8 chr6 26509330 . C G 192.75 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0479013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6211;QD=14.8265;RBI=0.0530058;REFB=-0.0201296;REVB=-0.0226953;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147839;STB=0.571366;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0216767;OID=.;OPOS=26509330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:12:10:9:20:12:10:10:20 chr6 26521435 . C G 1574.48 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00422744;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.395;QD=64.2646;RBI=0.0351751;REFB=0;REVB=0.0349202;RO=0;SAF=59;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245574;OID=.;OPOS=26521435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:38:59:0:0:39:59:0:0 chr6 26521520 . T C 1591.48 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0133869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.675;QD=58.9437;RBI=0.0198614;REFB=-0.0326258;REVB=0.0146719;RO=0;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000189428;OID=.;OPOS=26521520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:107:107:0.990741:52:55:0:0:52:55:0:1 chr6 26537801 . G A 184.82 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0360352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.906;QD=18.4824;RBI=0.0405566;REFB=0.00808471;REVB=-0.0186092;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058524;STB=0.533298;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00796124;OID=.;OPOS=26537801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:12:7:9:12:12:7:9:12 chr6 26538268 . T C 225.48 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0065524;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.541;QD=15.032;RBI=0.0414912;REFB=-0.0148238;REVB=0.0409706;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384718;STB=0.521834;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0178541;OID=.;OPOS=26538268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:34:26:26:0.433333:14:12:17:17:14:12:17:17 chr6 26545632 . G A 210.14 PASS AF=0.477273;AO=22;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0398986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5651;QD=19.104;RBI=0.0442703;REFB=-0.0245763;REVB=-0.0191824;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161935;STB=0.61363;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0243088;OID=.;OPOS=26545632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:22:21:0.477273:11:11:7:15:10:11:7:16 chr6 26546048 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00154467;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=327.248;QD=62.022;RBI=0.0143277;REFB=0;REVB=-0.0142442;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40716e-05;OID=.;OPOS=26546048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr6 26546808 . T C 201.63 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00236155;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.822;QD=16.1305;RBI=0.00607308;REFB=-0.0122618;REVB=-0.00559512;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125903;STB=0.559946;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0160564;OID=.;OPOS=26546808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:11:11:10:17:11:11:11:17 chr6 26553815 . C G 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0474651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5543;QD=17.7532;RBI=0.0474726;REFB=-0.0388111;REVB=0.000845185;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092369;STB=0.543272;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0279219;OID=.;OPOS=26553815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:15:10:13:13:15:10:13:14 chr6 26554337 . C T 400.88 PASS AF=0.539474;AO=36;DP=71;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.015317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.99;QD=21.0988;RBI=0.0217711;REFB=-0.0213886;REVB=0.0154717;RO=35;SAF=17;SAR=19;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138073;STB=0.598035;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0167646;OID=.;OPOS=26554337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:76:35:35:36:41:0.539474:19:17:22:13:24:17:22:13 chr6 26555484 . A G 519.92 PASS AF=0.486726;AO=54;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=16;FWDB=-0.00394045;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.175;QD=18.4042;RBI=0.0237636;REFB=-0.0063306;REVB=0.0234346;RO=58;SAF=40;SAR=14;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199436;STB=0.514209;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0102095;OID=.;OPOS=26555484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:58:54:55:0.486726:14:40:42:16:14:41:42:16 chr6 26556769 . G T 519.89 PASS AF=0.416058;AO=57;DP=137;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.00742595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.177;QD=15.1791;RBI=0.00933787;REFB=-0.0257563;REVB=-0.00566136;RO=80;SAF=31;SAR=26;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592167;STB=0.533218;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0327436;OID=.;OPOS=26556769;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:80:80:57:57:0.416058:26:31:48:32:26:31:48:32 chr6 26572125 . G A 249.81 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0355567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7428;QD=12.0391;RBI=0.0356236;REFB=-0.000491915;REVB=-0.00218265;RO=53;SAF=13;SAR=17;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219097;STB=0.512624;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000116526;OID=.;OPOS=26572125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:17:13:24:29:17:13:24:29 chr6 26572165 . G T 482.68 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0197185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.295;QD=26.0909;RBI=0.0198635;REFB=-0.00406906;REVB=0.00239535;RO=27;SAF=19;SAR=26;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156159;STB=0.524119;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00244158;OID=.;OPOS=26572165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:27:29:45:45:0.608108:26:19:12:15:26:19:14:15 chr6 26575798 . CT C 566.94 PASS AF=0.535294;AO=84;DP=169;FAO=91;FDP=170;FR=.;FRO=79;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.0153489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.5626;QD=13.3397;RBI=0.026896;REFB=0.0693085;REVB=-0.0220863;RO=73;SAF=48;SAR=36;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043804;STB=0.529993;STBP=0.424;TYPE=del;VARB=-0.0561215;OID=.;OPOS=26575799;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535294:84:169:91:170:79:53:38:41:38:99:73:48:36:38:35 chr6 26577326 . C A 893.68 PASS AF=0.533333;AO=88;DP=165;FAO=88;FDP=165;FR=.;FRO=77;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.0212082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.62;QD=21.6649;RBI=0.0391804;REFB=-0.0222975;REVB=0.0329441;RO=77;SAF=49;SAR=39;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126436;STB=0.506917;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0187017;OID=.;OPOS=26577326;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:77:77:88:88:0.533333:39:49:44:33:39:49:44:33 chr6 26577370 . C T 1097.51 PASS AF=0.53202;AO=107;DP=201;FAO=108;FDP=203;FR=.;FRO=95;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=0.0113563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.974;QD=21.6259;RBI=0.0123546;REFB=-0.0201757;REVB=0.00486521;RO=93;SAF=54;SAR=53;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372319;STB=0.522163;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0150909;OID=.;OPOS=26577370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:93:95:107:108:0.53202:53:54:51:42:54:54:52:43 chr6 26595168 . T C 621.89 PASS AF=0.415205;AO=66;DP=167;FAO=71;FDP=171;FR=.;FRO=100;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=0.0384434;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9085;QD=14.5471;RBI=0.0425098;REFB=-0.0215241;REVB=-0.0181437;RO=97;SAF=29;SAR=37;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291556;STB=0.534582;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0422824;OID=.;OPOS=26595168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:171:97:100:66:71:0.415205:37:29:40:57:37:34:42:58 chr6 26597333 . A G 1145.35 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0084277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.446;QD=57.9923;RBI=0.0170686;REFB=-0.109939;REVB=0.0148429;RO=1;SAF=39;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119811;STB=0.512497;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.000127299;OID=.;OPOS=26597333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:77:77:0.974684:38:39:1:0:38:39:2:0 chr6 26598188 . A G 481.74 PASS AF=0.490909;AO=50;DP=107;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0171213;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.0976;QD=17.5179;RBI=0.0236863;REFB=-0.0949477;REVB=-0.0163676;RO=41;SAF=23;SAR=27;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173396;STB=0.53635;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0392459;OID=.;OPOS=26598188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:41:56:50:54:0.490909:27:23:18:23:27:27:24:32 chr6 26638503 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00570112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.129;QD=16.4544;RBI=0.019101;REFB=-0.00365207;REVB=-0.0182303;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168827;STB=0.599679;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0044646;OID=.;OPOS=26638503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:3:1:3:3:3:1 chr6 26745248 . T C 94.77 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0405279;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.312;QD=8.42358;RBI=0.0439748;REFB=-0.0405219;REVB=0.0170667;RO=30;SAF=5;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251259;STB=0.657918;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0214959;OID=.;OPOS=26745248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:46:45:30:29:16:16:0.355556:11:5:16:14:11:5:16:13 chr6 26745250 . A G 138.87 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0209085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0351;QD=12.076;RBI=0.0351367;REFB=-0.00785585;REVB=-0.0282387;RO=30;SAF=5;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251259;STB=0.648686;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00726355;OID=.;OPOS=26745250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:11:5:16:14:11:5:16:14 chr6 26745254 . C G 358.08 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0300818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.053;QD=31.1372;RBI=0.034246;REFB=-0.00180806;REVB=-0.0163668;RO=16;SAF=16;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139497;STB=0.576319;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00078075;OID=.;OPOS=26745254;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:14:16:5:11:14:16:5:11 chr6 26745257 . G A 137.08 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0177203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.771;QD=11.4229;RBI=0.0177372;REFB=-0.0245267;REVB=0.000775226;RO=32;SAF=5;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284855;STB=0.669098;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00977217;OID=.;OPOS=26745257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:11:5:18:14:11:5:18:14 chr6 26745260 . A G 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.020678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.922;QD=7.27354;RBI=0.0221383;REFB=0.000355761;REVB=-0.00790729;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108433;STB=0.567779;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00157269;OID=.;OPOS=26745260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:6:5:18:15:6:5:18:15 chr6 26745262 . T C 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0050086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.305;QD=7.27345;RBI=0.0355937;REFB=0.0119032;REVB=0.0352396;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912041;STB=0.567779;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.046956;OID=.;OPOS=26745262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:44:32:33:11:11:0.25:6:5:17:15:6:5:18:15 chr6 26745286 . A G 89.46 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0528198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.965;QD=7.30295;RBI=0.052824;REFB=0.00786677;REVB=0.00066387;RO=37;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524397;STB=0.532817;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.0232202;OID=.;OPOS=26745286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:5:7:20:17:5:7:20:17 chr6 26745312 . A G 89.38 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00762908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.059;QD=7.29637;RBI=0.0110004;REFB=-0.00973479;REVB=0.00792501;RO=36;SAF=8;SAR=4;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173231;STB=0.619514;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0251735;OID=.;OPOS=26745312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:49:36:37:12:12:0.244898:4:8:19:17:4:8:19:18 chr6 26758631 . AT GC 63.39 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0271835;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=2;MLLD=149.931;QD=4.69533;RBI=0.0357875;REFB=-0.0178897;REVB=-0.0232766;RO=44;SAF=2;SAR=8;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296817;STB=0.701309;STBP=0.198;TYPE=mnp;VARB=0.0484752;OID=.;OPOS=26758631;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:55:54:44:44:10:10:0.185185:8:2:18:26:8:2:18:26 chr6 26758634 . ATGC TCAA 69.03 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.003999;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=4;MLLD=257.864;QD=5.63505;RBI=0.00441839;REFB=-0.00138821;REVB=-0.00187887;RO=39;SAF=2;SAR=8;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269512;STB=0.679601;STBP=0.268;TYPE=mnp;VARB=0.00534014;OID=.;OPOS=26758634;OREF=ATGC;OALT=TCAA;OMAPALT=TCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:51:49:39:39:10:10:0.204082:8:2:15:24:8:2:15:24 chr6 27107865 . G A 133.15 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=16;FAO=12;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00677717;FXX=0.0526039;HRUN=7;LEN=1;MLLD=165.865;QD=29.5883;RBI=0.019921;REFB=-0.0214954;REVB=0.0187328;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583194;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00154994;OID=.;OPOS=27107865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:16:18:0:4:10:12:0.666667:3:7:0:0:5:7:1:3 chr6 27181609 . AG A,AA 405.07 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=4,25;DP=29;FAO=1,28;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911088,0.00649189;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.166,226.664;QD=55.8717;RBI=0.050848,0.0486534;REFB=0,0;REVB=0.0500251,0.0482183;RO=0;SAF=3,13;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,3.94263e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0462648,0.00151463;OID=.,.;OPOS=27181610,27181610;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0344828,0.965517:4,25:29:1,28:29:0:1,15:0,13:0:0:5:0:3,13:1,12:0:0 chr6 27181619 . C T 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0121765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5292;QD=13.5746;RBI=0.0360362;REFB=-0.0153366;REVB=-0.0339167;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118539;STB=0.569272;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0120165;OID=.;OPOS=27181619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:11:8:7:6:11:8 chr6 27181701 . T C 416.79 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017217;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9862;QD=57.4881;RBI=0.0201641;REFB=0;REVB=0.010496;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168404;OID=.;OPOS=27181701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr6 27203308 . A G 240.13 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.065045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.372;QD=16.5608;RBI=0.0663512;REFB=-0.0123597;REVB=-0.0131011;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104332;STB=0.558818;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.016171;OID=.;OPOS=27203308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:11:16:15:16:11:16:15:16 chr6 27203319 . C G 283.64 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0488389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.404;QD=19.9047;RBI=0.050072;REFB=-0.0017423;REVB=0.0110439;RO=27;SAF=14;SAR=16;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106873;STB=0.559401;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.000749136;OID=.;OPOS=27203319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:16:14:16:11:16:14:16:11 chr6 27205435 . A G 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00247905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.837;QD=17.9407;RBI=0.0031123;REFB=-0.00848956;REVB=0.00188167;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115783;STB=0.506589;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00846715;OID=.;OPOS=27205435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:11:8:9:13:11:8:9:13 chr6 27251856 . C G 169.41 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0106732;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3021;QD=15.7589;RBI=0.0135017;REFB=0.00207173;REVB=-0.00826923;RO=25;SAF=13;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261701;STB=0.651634;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00507791;OID=.;OPOS=27251856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:5:13:12:13:5:13:12:13 chr6 27261700 . C G 838.63 PASS AF=0.612903;AO=76;DP=125;FAO=76;FDP=124;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00669558;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.489;QD=27.0527;RBI=0.00984479;REFB=-0.0177997;REVB=-0.00721728;RO=46;SAF=35;SAR=41;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878755;STB=0.547465;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0109984;OID=.;OPOS=27261700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:46:48:76:76:0.612903:41:35:27:19:41:35:28:20 chr6 27263252 . C T 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=7;FWDB=-0.0103538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.386;QD=16.5778;RBI=0.0158536;REFB=-0.0075719;REVB=0.0120057;RO=37;SAF=22;SAR=10;SRF=31;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18184;STB=0.586234;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0104922;OID=.;OPOS=27263252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:32:32:0.457143:10:22:31:6:10:22:31:7 chr6 27277402 . C T 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0247711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.575;QD=50.8372;RBI=0.0294092;REFB=-0.0446846;REVB=-0.0158522;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00038421;OID=.;OPOS=27277402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:12:13:0:0:12:13:0:1 chr6 27277665 . G A 333.11 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0197352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.253;QD=16.4498;RBI=0.0207142;REFB=-0.0161156;REVB=0.0062929;RO=45;SAF=23;SAR=13;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130889;STB=0.573729;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0335235;OID=.;OPOS=27277665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:13:23:23:22:13:23:23:22 chr6 27279852 . T C 303.41 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0237799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.85;QD=25.8222;RBI=0.0239043;REFB=-0.0337159;REVB=-0.0024358;RO=20;SAF=19;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210324;STB=0.617003;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0297491;OID=.;OPOS=27279852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:8:19:9:11:8:19:9:11 chr6 27300755 . T TA 117.66 PASS AF=0.392405;AO=27;DP=81;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0665125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.2218;QD=5.95768;RBI=0.164761;REFB=0.0178514;REVB=0.150739;RO=49;SAF=18;SAR=9;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11364;STB=0.544659;STBP=0.561;TYPE=ins;VARB=-0.0312231;OID=.;OPOS=27300756;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392405:27:81:31:79:48:19:12:26:22:99:49:18:9:28:21 chr6 27302765 . T C 430.22 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00879996;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.043;QD=22.6431;RBI=0.0101282;REFB=-7.21755e-05;REVB=0.00501416;RO=34;SAF=32;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248939;STB=0.638038;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=6.56589e-05;OID=.;OPOS=27302765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:10:32:17:17:10:32:17:17 chr6 27327349 . C G 1101.76 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233976;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9993;QD=60.3702;RBI=0.0332419;REFB=0;REVB=0.023613;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306885;OID=.;OPOS=27327349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:41:31:0:0:41:32:0:0 chr6 27356867 . A G 1048.07 PASS AF=0.986111;AO=72;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.010929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.013;QD=58.2259;RBI=0.014568;REFB=0.014761;REVB=0.00963244;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=3.4711e-05;OID=.;OPOS=27356867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:72:71:0.986111:36:36:0:0:35:36:0:1 chr6 27470810 . G C 277.76 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.000585768;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2995;QD=13.3858;RBI=0.00813517;REFB=-0.00560502;REVB=0.00811406;RO=50;SAF=18;SAR=14;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853402;STB=0.540933;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00868875;OID=.;OPOS=27470810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:51:32:32:0.385542:14:18:32:18:14:18:32:19 chr6 27473602 . C G 233.46 PASS AF=0.5;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0193755;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.473;QD=18.6768;RBI=0.0198552;REFB=-0.0208513;REVB=0.0043381;RO=22;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425359;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0300264;OID=.;OPOS=27473602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:22:25:24:25:0.5:11:13:13:9:11:14:14:11 chr6 27515585 . C T 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00538183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.86;QD=17.4275;RBI=0.00559104;REFB=-0.00541584;REVB=0.00151513;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03751;STB=0.521388;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00677317;OID=.;OPOS=27515585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:13:10:9:10:13:10 chr6 27586122 . T C 211.82 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0158373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0529;QD=16.6129;RBI=0.0159469;REFB=-0.00556619;REVB=-0.00186609;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153784;STB=0.586846;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00716138;OID=.;OPOS=27586122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:11:12:19:9:11:12:19:9 chr6 27586181 . G A 164.15 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00986267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.769;QD=12.8747;RBI=0.0187247;REFB=-0.0036109;REVB=0.0159167;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934425;STB=0.542575;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00491476;OID=.;OPOS=27586181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:32:19:19:0.372549:9:10:19:12:9:10:19:13 chr6 27618731 . G T 347.46 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0174069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.667;QD=17.1584;RBI=0.019052;REFB=-0.00739295;REVB=0.00774446;RO=44;SAF=16;SAR=21;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878871;STB=0.549269;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00912738;OID=.;OPOS=27618731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:21:16:23:21:21:16:23:21 chr6 27636354 . A G 283.62 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0230597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0842;QD=19.9034;RBI=0.0303169;REFB=0.00839888;REVB=-0.0196817;RO=26;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108909;STB=0.567229;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0111197;OID=.;OPOS=27636354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:30:30:0.526316:13:17:18:8:13:17:19:8 chr6 27636378 . C T 249.6 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.023097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.865;QD=15.6003;RBI=0.023097;REFB=0.00126192;REVB=-6.89753e-06;RO=29;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137259;STB=0.52406;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00444164;OID=.;OPOS=27636378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:29:35:28:29:0.453125:12:16:17:12:12:17:22:13 chr6 27648894 . C T 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0125164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.311;QD=15.782;RBI=0.0140751;REFB=-0.0158105;REVB=0.00643801;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124307;STB=0.559948;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0218269;OID=.;OPOS=27648894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:11:12:11:17:11:12:12:17 chr6 27648908 . C G 218.17 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00495893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.976;QD=16.7822;RBI=0.028868;REFB=-0.00334538;REVB=0.0284389;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165625;STB=0.579552;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0036405;OID=.;OPOS=27648908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:28:23:24:0.461538:10:13:11:17:11:13:11:17 chr6 27650521 . C T 409.34 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00511654;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1004;QD=25.9899;RBI=0.0279402;REFB=0.000826822;REVB=-0.0274677;RO=24;SAF=25;SAR=14;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019528;STB=0.510671;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00101265;OID=.;OPOS=27650521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:24:24:39:39:0.619048:14:25:16:8:14:25:16:8 chr6 27655994 . T G 535.3 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00612819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.27;QD=20.992;RBI=0.0138611;REFB=-0.0104353;REVB=-0.0124329;RO=48;SAF=26;SAR=28;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00198188;STB=0.501091;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.008923;OID=.;OPOS=27655994;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:48:54:54:0.529412:28:26:23:25:28:26:23:25 chr6 27688927 . G A 303.7 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0657706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8347;QD=22.087;RBI=0.0684526;REFB=-0.041969;REVB=-0.0189733;RO=24;SAF=24;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18895;STB=0.605268;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0435936;OID=.;OPOS=27688927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:7:24:14:10:7:24:14:10 chr6 27688930 . C T 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.000143696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.972;QD=19.967;RBI=0.0161451;REFB=-0.0146787;REVB=-0.0161444;RO=26;SAF=23;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197967;STB=0.611212;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0143465;OID=.;OPOS=27688930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:6:23:16:10:6:23:16:10 chr6 27694460 . A G 290.23 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00815805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.009;QD=16.5847;RBI=0.00979856;REFB=-0.0150396;REVB=0.00542752;RO=37;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257576;STB=0.522921;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0208902;OID=.;OPOS=27694460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:32:32:0.457143:13:19:21:16:13:19:21:17 chr6 27792221 . C T 574.7 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0164577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.3651;QD=54.7333;RBI=0.0200454;REFB=-0.122203;REVB=0.0114439;RO=3;SAF=17;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312062;STB=0.502403;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0140181;OID=.;OPOS=27792221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:3:2:39:40:0.952381:22:17:2:1:22:18:1:1 chr6 27792228 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.229;QD=62.0218;RBI=0.00354129;REFB=0;REVB=-0.000215092;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55255e-06;OID=.;OPOS=27792228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:23:19:0:0 chr6 28180818 . G C 649.1 PASS AF=0.458065;AO=70;DP=154;FAO=71;FDP=155;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.0293772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7313;QD=16.751;RBI=0.0821045;REFB=-0.0014477;REVB=0.0766689;RO=83;SAF=31;SAR=39;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737072;STB=0.533263;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00351008;OID=.;OPOS=28180818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:83:84:70:71:0.458065:39:31:43:40:39:32:43:41 chr6 28180870 . A C 458.06 PASS AF=0.40625;AO=51;DP=127;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.046988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.179;QD=14.3144;RBI=0.0590227;REFB=-0.0262454;REVB=-0.0357184;RO=76;SAF=20;SAR=31;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102487;STB=0.550164;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0299476;OID=.;OPOS=28180870;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:76:76:51:52:0.40625:31:20:37:39:31:21:37:39 chr6 28180904 . A G 314.52 PASS AF=0.34188;AO=40;DP=117;FAO=40;FDP=117;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.00855722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.122;QD=10.7528;RBI=0.0160293;REFB=-0.00696052;REVB=-0.013554;RO=77;SAF=19;SAR=21;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085488;STB=0.504927;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0137164;OID=.;OPOS=28180904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:77:77:40:40:0.34188:21:19:36:41:21:19:36:41 chr6 28213239 . T C 195.77 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0240059;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.279;QD=17.0236;RBI=0.0523525;REFB=0.00288094;REVB=0.0465241;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114232;STB=0.565153;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00273486;OID=.;OPOS=28213239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:10:10:10:16:10:10:10:16 chr6 28219270 . G A 512.3 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0302801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0647;QD=20.2889;RBI=0.0316375;REFB=-0.0230441;REVB=-0.00916788;RO=49;SAF=34;SAR=18;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963574;STB=0.553274;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0294373;OID=.;OPOS=28219270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:18:34:27:22:18:34:27:22 chr6 28227436 . A G 623.46 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0106326;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.641;QD=18.2031;RBI=0.0244348;REFB=-0.02442;REVB=-0.0220002;RO=70;SAF=25;SAR=39;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145321;STB=0.591831;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.020832;OID=.;OPOS=28227436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:70:73:64:64:0.467153:39:25:38:32:39:25:41:32 chr6 28227604 . C A 134.19 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0256875;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.341;QD=16.266;RBI=0.0552873;REFB=-0.0235234;REVB=-0.0489575;RO=16;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233128;STB=0.669327;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0295487;OID=.;OPOS=28227604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:16:18:15:15:0.454545:4:11:8:8:4:11:8:10 chr6 28228342 . A G 983.57 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0338113;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.118;QD=57.8571;RBI=0.0360954;REFB=-0.0435257;REVB=0.0126363;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.50769;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000127083;OID=.;OPOS=28228342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:35:32:0:0:35:32:1:0 chr6 28239873 . A G 191.02 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0100754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.739;QD=13.4049;RBI=0.0150553;REFB=-0.00962289;REVB=-0.011187;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670602;STB=0.530779;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0203282;OID=.;OPOS=28239873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:14:9:15:18:14:9:15:19 chr6 28239932 . T TG 480.52 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.5929;QD=48.0517;RBI=0.0716183;REFB=0;REVB=0.0697344;RO=1;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191259;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00280643;OID=.;OPOS=28239933;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:40:40:40:0:15:25:0:0:8:1:14:24:0:1 chr6 28264681 . G A 193.56 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00239041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.176;QD=10.1874;RBI=0.0131449;REFB=-0.0132438;REVB=-0.0129257;RO=50;SAF=14;SAR=11;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459813;STB=0.520706;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.03172;OID=.;OPOS=28264681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:51:25:25:0.328947:11:14:26:24:11:14:27:24 chr6 28269407 . G A 288.52 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00440202;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.106;QD=18.3187;RBI=0.0168428;REFB=-0.0306218;REVB=-0.0162574;RO=32;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501002;STB=0.528034;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.028354;OID=.;OPOS=28269407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:32:32:31:31:0.492063:20:11:13:19:20:11:13:19 chr6 28269663 . A G 336.72 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00496251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.141;QD=14.9652;RBI=0.00714279;REFB=-0.0330918;REVB=0.00513741;RO=51;SAF=15;SAR=22;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128206;STB=0.572946;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0248113;OID=.;OPOS=28269663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:53:37:37:0.411111:22:15:27:24:22:15:28:25 chr6 28294550 . T C 601.98 PASS AF=0.512605;AO=59;DP=117;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00966955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.718;QD=20.2345;RBI=0.00977642;REFB=-0.0216387;REVB=0.00144164;RO=56;SAF=34;SAR=25;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364436;STB=0.519727;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0204249;OID=.;OPOS=28294550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:56:58:59:61:0.512605:25:34:30:26:27:34:30:28 chr6 28327371 . G C 198.03 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00779544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.193;QD=18.8603;RBI=0.0198072;REFB=-0.0280935;REVB=0.0182087;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14424;STB=0.582006;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0257494;OID=.;OPOS=28327371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:13:7:11:11:13:7:11:11 chr6 28359170 . A G 385.24 PASS AF=0.575758;AO=37;DP=65;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0316265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.215;QD=23.3479;RBI=0.0322478;REFB=-0.0132691;REVB=0.00629986;RO=28;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149984;STB=0.575719;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00776882;OID=.;OPOS=28359170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:28:28:37:38:0.575758:19:18:19:9:19:19:19:9 chr6 28359186 . C T 424.8 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00453681;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8517;QD=23.9325;RBI=0.0593584;REFB=0.00366476;REVB=-0.0591847;RO=30;SAF=20;SAR=21;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188706;STB=0.603235;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00348403;OID=.;OPOS=28359186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:30:30:41:41:0.577465:21:20:22:8:21:20:22:8 chr6 28483482 . A C 371.82 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0103333;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.714;QD=17.4974;RBI=0.0165828;REFB=-0.0095907;REVB=-0.0129696;RO=45;SAF=19;SAR=20;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00163824;STB=0.506937;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0110073;OID=.;OPOS=28483482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:46:39:39:0.458824:20:19:22:23:20:19:23:23 chr6 28542424 . G A 202.69 PASS AF=0.446809;AO=19;DP=45;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0340335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1007;QD=17.25;RBI=0.0347042;REFB=-0.0378321;REVB=-0.0067899;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238075;STB=0.615913;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0409167;OID=.;OPOS=28542424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:25:26:19:21:0.446809:9:10:19:6:10:11:19:7 chr6 28542520 . C T 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.0171056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.478;QD=20.892;RBI=0.017339;REFB=-0.0171959;REVB=0.00283544;RO=27;SAF=20;SAR=12;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176664;STB=0.597101;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00994598;OID=.;OPOS=28542520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:12:20:22:5:12:20:22:5 chr6 28601934 . A T 724.24 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0451688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.035;QD=54.66;RBI=0.0452307;REFB=-0.111772;REVB=0.00236526;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.510634;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00142145;OID=.;OPOS=28601934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:29:23:0:0:29:23:1:0 chr6 28616066 . T A 711.42 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553467;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.339;QD=56.9137;RBI=0.0466564;REFB=0;REVB=0.0463269;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489578;OID=.;OPOS=28616066;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:29:21:0:0 chr6 28626098 . G A 476.73 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180777;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.405;QD=57.786;RBI=0.0219003;REFB=0;REVB=-0.012362;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2732e-05;OID=.;OPOS=28626098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:18:15:0:0 chr6 28641689 . A G 98.93 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0365009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8919;QD=14.656;RBI=0.037052;REFB=-0.00949189;REVB=-0.00636681;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295191;STB=0.670392;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.01139;OID=.;OPOS=28641689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:4:11:5:7:4:11 chr6 28663716 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.794;QD=56.9557;RBI=0.0249316;REFB=0;REVB=-0.0203632;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170156;OID=.;OPOS=28663716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr6 28663754 . T C 937.08 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.175;QD=58.5676;RBI=0.0700416;REFB=0;REVB=0.0435962;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461661;OID=.;OPOS=28663754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr6 28678357 . T C 436.32 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0289701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.182;QD=54.5397;RBI=0.0293419;REFB=-0.0677306;REVB=0.00465626;RO=1;SAF=22;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207404;STB=0.511104;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00035227;OID=.;OPOS=28678357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:9:22:1:0:9:22:1:0 chr6 28687469 . G A 138.51 PASS AF=0.472222;AO=13;DP=32;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0850842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.4601;QD=15.3904;RBI=0.0877239;REFB=-0.0227778;REVB=0.0213577;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180198;STB=0.604188;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0361918;OID=.;OPOS=28687469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:36:19:19:13:17:0.472222:4:9:10:9:5:12:10:9 chr6 28687542 . T C 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.107;QD=63.868;RBI=0.0310481;REFB=0;REVB=-0.0141548;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101979;OID=.;OPOS=28687542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr6 28697086 . C T 342.67 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.0075294;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8371;QD=18.5228;RBI=0.0629317;REFB=-0.0236791;REVB=-0.0624797;RO=38;SAF=19;SAR=17;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221967;STB=0.622837;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0239551;OID=.;OPOS=28697086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:17:19:29:9:17:19:29:9 chr6 28703244 . T C 360.54 PASS AF=0.402062;AO=38;DP=95;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=0.00674715;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.1;QD=14.8675;RBI=0.0180204;REFB=-0.0107478;REVB=0.0167096;RO=56;SAF=21;SAR=17;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24;STB=0.63431;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0179993;OID=.;OPOS=28703244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:56:58:38:39:0.402062:17:21:18:38:18:21:18:40 chr6 28703281 . T C 285.09 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.00673255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.955;QD=13.1076;RBI=0.0235127;REFB=-0.00379358;REVB=0.0225282;RO=53;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158354;STB=0.582993;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00419205;OID=.;OPOS=28703281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:54:33:33:0.37931:17:16:18:35:17:16:19:35 chr6 28715604 . G C 545.62 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=-0.052729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8634;QD=17.185;RBI=0.0532484;REFB=0.0135855;REVB=0.00741913;RO=68;SAF=29;SAR=29;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1143;STB=0.566906;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0236804;OID=.;OPOS=28715604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:68:69:58:58:0.456693:29:29:42:26:29:29:43:26 chr6 28758580 . TTTG T 100.71 PASS AF=0.327586;AO=17;DP=59;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0162187;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=3;MLLD=234.679;QD=6.94581;RBI=0.0170397;REFB=-0.005276;REVB=0.00522547;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326489;STB=0.509081;STBP=0.957;TYPE=del;VARB=0.00956653;OID=.;OPOS=28758581;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327586:17:59:19:58:39:10:9:20:19:99:32:9:8:16:16 chr6 28770596 . A AC,C 215.64 PASS AF=0.366197,0.028169;AO=25,3;DP=77;FAO=26,2;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=10,2;FSAR=16,0;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.132127,0.0404843;FXX=0.013887;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.6643,39.938;QD=12.1487;RBI=0.138662,0.0445528;REFB=-0.015715,-0.00334658;REVB=0.0420675,0.0186005;RO=49;SAF=10,2;SAR=15,1;SRF=21;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.033485,0.215886;STB=0.566158,0.994934;STBP=0.447,0.185;TYPE=ins,snp;VARB=0.043694,-0.0181954;OID=.,.;OPOS=28770597,28770596;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:71:49:43:25,3:26,2:0.366197,0.028169:15,1:10,2:21:28:16,0:10,2:21:22 chr6 28775664 . C T 705.67 PASS AF=0.631068;AO=65;DP=103;FAO=65;FDP=103;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00776155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.527;QD=27.4048;RBI=0.0248291;REFB=-0.012373;REVB=0.0235848;RO=36;SAF=27;SAR=38;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567075;STB=0.521971;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00610824;OID=.;OPOS=28775664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:36:38:65:65:0.631068:38:27:18:18:38:27:18:20 chr6 28779933 . G A 232.85 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=-0.00649621;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.794;QD=12.4185;RBI=0.0133016;REFB=-0.000588882;REVB=-0.0116075;RO=42;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335174;STB=0.697552;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00204099;OID=.;OPOS=28779933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:47:28:28:0.373333:13:15:9:33:13:15:10:37 chr6 28785085 . C T 432.77 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0969104;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8537;QD=57.7031;RBI=0.105478;REFB=0;REVB=0.0416402;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273976;OID=.;OPOS=28785085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:31:30:1:14:17:0:0:13:17:0:0 chr6 28791134 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.007593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.611;QD=63.2868;RBI=0.0263012;REFB=0;REVB=0.0251814;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121478;OID=.;OPOS=28791134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr6 28791150 . A C 592.63 PASS AF=0.886792;AO=47;DP=52;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0186892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.045;QD=44.7266;RBI=0.0206895;REFB=-0.00551124;REVB=0.00887518;RO=5;SAF=28;SAR=19;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363271;STB=0.53343;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0112404;OID=.;OPOS=28791150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:53:5:6:47:47:0.886792:19:28:2:3:18:29:2:4 chr6 28791151 . A C 30.35 PASS AF=0.111111;AO=5;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0110554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.741;QD=2.24792;RBI=0.0209353;REFB=-0.00165217;REVB=-0.0177783;RO=49;SAF=2;SAR=3;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208952;STB=0.7287;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.150871;OID=.;OPOS=28791151;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:49:48:5:6:0.111111:3:2:29:20:4:2:29:19 chr6 28806218 . G A 313.44 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0303595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2141;QD=44.7778;RBI=0.0309132;REFB=-0.0153021;REVB=-0.00582467;RO=2;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712357;STB=0.519984;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0406761;OID=.;OPOS=28806218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:2:3:25:25:0.892857:12:13:0:2:12:13:1:2 chr6 28849157 . T C 2262.55 PASS AF=1;AO=149;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8543;QD=59.935;RBI=0.0339475;REFB=-0.104643;REVB=-0.0306199;RO=0;SAF=95;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123989;OID=.;OPOS=28849157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:151:151:0:0:149:151:1:54:95:0:0:56:95:0:0 chr6 28887837 . G A 193.73 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=73;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.038422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.288;QD=10.3323;RBI=0.116718;REFB=-0.01405;REVB=0.110212;RO=50;SAF=12;SAR=11;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917312;STB=0.553606;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0340997;OID=.;OPOS=28887837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:50:50:23:25:0.333333:11:12:30:20:12:13:30:20 chr6 28911802 . G A 872.71 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0764575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.875;QD=56.3036;RBI=0.115426;REFB=-0.17464;REVB=0.086472;RO=1;SAF=46;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101533;STB=0.505375;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00619052;OID=.;OPOS=28911802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:15:46:1:0:15:46:1:0 chr6 28912076 . C T 1358.16 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00676787;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.529;QD=61.0409;RBI=0.0282164;REFB=-0.038604;REVB=0.0273927;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=3.00135e-05;OID=.;OPOS=28912076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:0:1:87:88:0.988764:50:37:0:0:50:38:1:0 chr6 28945522 . C T 1664.1 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0272395;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.487;QD=58.3895;RBI=0.0272542;REFB=-0.00163993;REVB=0.000892334;RO=2;SAF=51;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00149855;STB=0.500789;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=3.41918e-05;OID=.;OPOS=28945522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:114:2:2:112:112:0.982456:61:51:1:1:61:51:1:1 chr6 28963248 . T G 2438.59 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5533;QD=61.3483;RBI=0.0112814;REFB=0;REVB=0.0102417;RO=0;SAF=85;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85087e-05;OID=.;OPOS=28963248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:159:0:0:157:159:1:72:85:0:0:74:85:0:0 chr6 29012067 . C T 1759.41 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7834;QD=60.6691;RBI=0.0538439;REFB=0;REVB=-0.0408514;RO=2;SAF=70;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210909;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000420188;OID=.;OPOS=29012067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:2:0:114:116:1:44:70:0:2:46:70:0:0 chr6 29012116 . G A 2333.65 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.038;QD=60.2231;RBI=0.0244049;REFB=-0.0890214;REVB=0.0215292;RO=1;SAF=77;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613824;STB=0.503225;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00146495;OID=.;OPOS=29012116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:154:154:0.993548:77:77:1:0:77:77:1:0 chr6 29141743 . A G 3707.47 PASS AF=1;AO=234;DP=236;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533554;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7493;QD=62.8385;RBI=0.0561982;REFB=-0.0526224;REVB=0.0176474;RO=2;SAF=117;SAR=117;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00807605;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466345;OID=.;OPOS=29141743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:236:236:2:0:234:236:1:117:117:2:0:117:119:0:0 chr6 29323259 . G A 801.97 PASS AF=1;AO=46;DP=52;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.832;QD=64.1577;RBI=0.0874684;REFB=0;REVB=0.0873509;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69462e-05;OID=.;OPOS=29323259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:50:0:0:46:50:1:16:30:0:0:22:28:0:0 chr6 29323905 . A C 723.8 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0988321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.442;QD=54.6261;RBI=0.142364;REFB=-0.110025;REVB=0.102468;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.515146;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00573372;OID=.;OPOS=29323905;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:0:1:52:52:0.981132:17:35:0:0:16:36:0:1 chr6 29364787 . C T 2007.94 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2161;QD=62.2616;RBI=0.0693937;REFB=0;REVB=0.0439205;RO=0;SAF=72;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440072;OID=.;OPOS=29364787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:57:72:0:0:57:72:0:0 chr6 29385237 . T C 529.44 PASS AF=0.408451;AO=58;DP=141;FAO=58;FDP=142;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.0313357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2139;QD=14.9139;RBI=0.0333104;REFB=-0.0020373;REVB=0.0112987;RO=83;SAF=26;SAR=32;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227957;STB=0.509551;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00213584;OID=.;OPOS=29385237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:83:84:58:58:0.408451:32:26:39:44:32:26:39:45 chr6 29407970 . T C 545.18 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0156252;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.398;QD=17.1711;RBI=0.0179003;REFB=-0.0279763;REVB=0.00873341;RO=70;SAF=28;SAR=30;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868965;STB=0.5447;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0597074;OID=.;OPOS=29407970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:70:69:58:58:0.456693:30:28:40:30:30:28:39:30 chr6 29408313 . C A 411.74 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=-0.0226771;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.31;QD=18.2996;RBI=0.0238255;REFB=-0.0244539;REVB=0.0073077;RO=48;SAF=30;SAR=12;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427422;STB=0.523798;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0273381;OID=.;OPOS=29408313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:48:48:42:42:0.466667:12:30:36:12:12:30:36:12 chr6 29408528 . A G 2031.35 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254258;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.841;QD=62.503;RBI=0.0278344;REFB=0;REVB=-0.0113263;RO=0;SAF=61;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1908e-05;OID=.;OPOS=29408528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:129:130:1:68:61:0:0:68:62:0:0 chr6 29430170 . T C 687.24 PASS AF=0.511278;AO=60;DP=126;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0451068;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.607;QD=20.6688;RBI=0.0468285;REFB=-0.0372049;REVB=0.012581;RO=66;SAF=42;SAR=18;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131056;STB=0.557423;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0362816;OID=.;OPOS=29430170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:133:66:65:60:68:0.511278:18:42:38:28:22:46:37:28 chr6 29431698 . A G 922.15 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0736304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9923;QD=56.7475;RBI=0.0737399;REFB=0.0477442;REVB=-0.00401795;RO=1;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154778;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000339701;OID=.;OPOS=29431698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:65:1:1:62:64:0.984615:30:32:0:1:30:34:0:1 chr6 29455465 . G A 342.51 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.000809207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.616;QD=13.7005;RBI=0.00365931;REFB=-0.0125035;REVB=0.00356871;RO=62;SAF=22;SAR=16;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338346;STB=0.519303;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0227516;OID=.;OPOS=29455465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:62:38:38:0.38:16:22:34:28:16:22:34:28 chr6 29455599 . A G 396.49 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.0125986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.371;QD=15.1045;RBI=0.0377626;REFB=-0.00605467;REVB=-0.035599;RO=60;SAF=28;SAR=17;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415267;STB=0.523354;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0114351;OID=.;OPOS=29455599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:60:45:45:0.428571:17:28:35:25:17:28:35:25 chr6 29523670 . C A 373.44 PASS AF=0.631579;AO=35;DP=56;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0108514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.465;QD=26.2064;RBI=0.0136143;REFB=-0.0131682;REVB=0.00822173;RO=18;SAF=12;SAR=23;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683833;STB=0.55693;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00871997;OID=.;OPOS=29523670;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:18:21:35:36:0.631579:23:12:8:10:24:12:10:11 chr6 29523676 . C G 727.63 PASS AF=0.947368;AO=51;DP=58;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0567273;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1954;QD=51.0619;RBI=0.0992373;REFB=-0.113479;REVB=-0.0814252;RO=1;SAF=18;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254383;STB=0.536572;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0050426;OID=.;OPOS=29523676;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:58:57:1:3:51:54:0.947368:33:18:1:0:35:19:3:0 chr6 29523859 . G C 419.44 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0150827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.627;QD=17.6605;RBI=0.0151139;REFB=-0.0219867;REVB=0.000970253;RO=52;SAF=24;SAR=19;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759308;STB=0.542486;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0238503;OID=.;OPOS=29523859;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:52:43:43:0.452632:19:24:25:27:19:24:25:27 chr6 29523872 . A G 418.27 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0402146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.176;QD=17.4277;RBI=0.0414855;REFB=-0.0106337;REVB=-0.0101899;RO=53;SAF=25;SAR=18;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718459;STB=0.540256;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00947086;OID=.;OPOS=29523872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:18:25:27:26:18:25:27:26 chr6 29524003 . A G 727.26 PASS AF=0.484076;AO=76;DP=157;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.00370989;FXX=0.00632871;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.444;QD=18.5288;RBI=0.0100292;REFB=-0.014507;REVB=-0.00931781;RO=80;SAF=43;SAR=33;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096254;STB=0.556362;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0118723;OID=.;OPOS=29524003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:80:81:76:76:0.484076:33:43:37:43:33:43:37:44 chr6 29555809 . C T 2506.39 PASS AF=0.976471;AO=166;DP=170;FAO=166;FDP=170;FR=.;FRO=4;FSAF=90;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0590872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9791;QD=58.9739;RBI=0.0828601;REFB=-0.111477;REVB=0.0580904;RO=4;SAF=90;SAR=76;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131537;STB=0.506915;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0101416;OID=.;OPOS=29555809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:170:170:4:4:166:166:0.976471:76:90:1:3:76:90:1:3 chr6 29555864 . C T 775.72 PASS AF=0.476471;AO=81;DP=170;FAO=81;FDP=170;FR=.;FRO=89;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.00379854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.504;QD=18.2523;RBI=0.00923791;REFB=-0.0240864;REVB=-0.00842082;RO=89;SAF=40;SAR=41;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000525636;STB=0.50029;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0258705;OID=.;OPOS=29555864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:89:89:81:81:0.476471:41:40:44:45:41:40:44:45 chr6 29625001 . A G 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.94266e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3251;QD=62.9793;RBI=0.00358006;REFB=0;REVB=-0.00357957;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84264e-05;OID=.;OPOS=29625001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr6 29634003 . G C 559.7 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0236521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.478;QD=23.3207;RBI=0.04309;REFB=-0.0171793;REVB=-0.0360184;RO=42;SAF=26;SAR=26;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193826;STB=0.510413;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0131634;OID=.;OPOS=29634003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:44:52:52:0.541667:26:26:20:22:26:26:21:23 chr6 29634012 . A G 1513.79 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00973115;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.079;QD=63.7387;RBI=0.0173085;REFB=0;REVB=0.014314;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171311;OID=.;OPOS=29634012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:49:45:0:0:49:46:0:0 chr6 29691303 . G A 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0171764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.211;QD=19.6676;RBI=0.028896;REFB=0.00787774;REVB=0.0232368;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117976;STB=0.552431;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00888242;OID=.;OPOS=29691303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:19:19:19:0.5:9:10:7:11:9:10:8:11 chr6 29693011 . C T 538.42 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7943;QD=59.8246;RBI=0.0440216;REFB=0;REVB=-0.0433834;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000650649;OID=.;OPOS=29693011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr6 29694680 . AA CT 347.53 PASS AF=0.5;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0294597;FXX=0.0270234;HRUN=3;LEN=2;MLLD=183.567;QD=19.307;RBI=0.0294712;REFB=-0.0205796;REVB=-0.000820312;RO=36;SAF=15;SAR=21;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125285;STB=0.569728;STBP=0.259;TYPE=mnp;VARB=0.0241148;OID=.;OPOS=29694680;OREF=AA;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:36:36:36:36:0.5:21:15:20:16:21:15:20:16 chr6 29695854 . G A 278.89 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0203748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6183;QD=16.4051;RBI=0.0408232;REFB=0.0260499;REVB=0.0353752;RO=37;SAF=11;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106351;STB=0.55996;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0254845;OID=.;OPOS=29695854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:20:11:17:20:20:11:17:20 chr6 29704237 . G A 296.36 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0124823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.572;QD=28.9134;RBI=0.0138681;REFB=-0.00851078;REVB=0.00604289;RO=15;SAF=8;SAR=18;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696384;STB=0.538431;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0043353;OID=.;OPOS=29704237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:18:8:6:9:18:8:6:9 chr6 29718220 . G A 240.46 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00337077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0559;QD=21.3742;RBI=0.0374916;REFB=-0.00642373;REVB=-0.0373398;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572308;STB=0.532136;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00607402;OID=.;OPOS=29718220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:13:10:11:11:13:10:11:11 chr6 29759517 . G A 67.99 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00347222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.308;QD=9.37857;RBI=0.0185656;REFB=-0.0113381;REVB=-0.018238;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241665;STB=0.693228;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0207827;OID=.;OPOS=29759517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:29:17:19:9:9:0.310345:2:7:10:7:2:7:10:9 chr6 29759811 . C G 107.56 PASS AF=0.325581;AO=11;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0210464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.839;QD=10.006;RBI=0.0211446;REFB=-0.0250063;REVB=0.00203514;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28183;STB=0.604508;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0421559;OID=.;OPOS=29759811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:29:11:14:0.325581:5:6:18:5:7:7:19:10 chr6 29759823 . TT CC 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0253586;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=244.815;QD=8.86109;RBI=0.0258332;REFB=-0.00621481;REVB=-0.00492888;RO=32;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153585;STB=0.581272;STBP=0.504;TYPE=mnp;VARB=0.0244131;OID=.;OPOS=29759823;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:33:13:13:0.282609:7:6:19:13:7:6:19:14 chr6 29759876 . G A 102.68 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0203177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.18;QD=9.33494;RBI=0.0208475;REFB=-0.0108055;REVB=0.00467003;RO=31;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495167;STB=0.52999;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.023052;OID=.;OPOS=29759876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:6:7:18:13:6:7:18:13 chr6 29759996 . T C 203.32 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.011464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7216;QD=30.1208;RBI=0.0452812;REFB=-0.0573668;REVB=-0.043806;RO=8;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141464;STB=0.578229;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0182262;OID=.;OPOS=29759996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:12:7:5:3:12:7:5:3 chr6 29760352 . CGCGGGCGCCGTGGATGGAGCA C 119.95 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.000655594;FXX=0.151469;HRUN=1;LEN=21;MLLD=451.398;QD=17.1359;RBI=0.0278897;REFB=-0.0226509;REVB=-0.027882;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191108;STB=0.649101;STBP=0.161;TYPE=del;VARB=0.0255433;OID=.;OPOS=29760353;OREF=GCGGGCGCCGTGGATGGAGCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:13:33:13:28:15:10:3:8:7:99:12:10:3:7:5 chr6 29764938 . TT CA 43.6 PASS AF=0.111111;AO=10;DP=90;FAO=10;FDP=90;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.000367911;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=251.145;QD=1.93789;RBI=0.021059;REFB=-0.000674767;REVB=0.0210558;RO=80;SAF=8;SAR=2;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296187;STB=0.726778;STBP=0.175;TYPE=mnp;VARB=0.00412387;OID=.;OPOS=29764938;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:90:90:80:80:10:10:0.111111:2:8:46:34:2:8:46:34 chr6 29764955 . A T 48.56 PASS AF=0.113402;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=97;FR=.;FRO=86;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.0101637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.077;QD=2.00264;RBI=0.0139074;REFB=-0.00520389;REVB=-0.00949292;RO=85;SAF=8;SAR=3;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221436;STB=0.670334;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0235594;OID=.;OPOS=29764955;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:96:97:85:86:11:11:0.113402:3:8:47:38:3:8:47:39 chr6 29764971 . A G 61.44 PASS AF=0.126214;AO=13;DP=103;FAO=13;FDP=103;FR=.;FRO=90;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=0.0457633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8063;QD=2.38612;RBI=0.0505709;REFB=-0.00236765;REVB=0.0215205;RO=90;SAF=9;SAR=4;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162929;STB=0.617038;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0199686;OID=.;OPOS=29764971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:103:103:90:90:13:13:0.126214:4:9:51:39:4:9:51:39 chr6 29764995 . TC GA 67.3 PASS AF=0.132075;AO=14;DP=106;FAO=14;FDP=106;FR=.;FRO=92;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=-0.00844412;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=196.869;QD=2.53955;RBI=0.0521514;REFB=-0.00548764;REVB=0.0514632;RO=92;SAF=9;SAR=5;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863608;STB=0.560818;STBP=0.645;TYPE=mnp;VARB=0.0280507;OID=.;OPOS=29764995;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:106:106:92:92:14:14:0.132075:5:9:53:39:5:9:53:39 chr6 29764998 . T C 380.97 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.0100246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.517;QD=14.3764;RBI=0.0506996;REFB=-0.00950761;REVB=0.0496987;RO=62;SAF=22;SAR=22;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15104;STB=0.584868;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0145283;OID=.;OPOS=29764998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:62:44:44:0.415094:22:22:40:22:22:22:40:22 chr6 29794860 . C T 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.474;QD=60.2015;RBI=0.0433813;REFB=0;REVB=0.0101494;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124812;OID=.;OPOS=29794860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:44:29:0:0:44:29:0:0 chr6 29795636 . G A,C 770.44 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=47,2;DP=49;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=33,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115265,-0.013236;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.735,204.014;QD=62.8932;RBI=0.0298487,0.0193333;REFB=0,0;REVB=0.0275333,-0.014092;RO=0;SAF=14,0;SAR=33,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000971064,0.126476;OID=.,.;OPOS=29795636,29795636;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:49:0:0:47,2:47,2:0.959184,0.0408163:33,2:14,0:0:0:33,2:14,0:0:0 chr6 29795657 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4552;QD=60.9779;RBI=0.0239426;REFB=0;REVB=0.0230961;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032194;OID=.;OPOS=29795657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr6 29795993 . G A 702.35 PASS AF=1;AO=37;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013653;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.03;QD=55.0863;RBI=0.0736386;REFB=-0.111751;REVB=0.0723619;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191166;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651214;OID=.;OPOS=29795993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:51:1:0:37:51:1:13:24:1:0:25:26:0:0 chr6 29796376 . C A 1265.41 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149724;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.629;QD=59.5487;RBI=0.0441956;REFB=-0.130786;REVB=0.0415822;RO=1;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129742;STB=0.506665;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000487576;OID=.;OPOS=29796376;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:85:1:1:83:84:0.988235:36:47:0:1:37:47:0:1 chr6 29797696 . A G 1749.24 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8161;QD=60.8432;RBI=0.106376;REFB=0;REVB=-0.097829;RO=0;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000795158;OID=.;OPOS=29797696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:57:58:0:0:57:58:0:0 chr6 29798140 . A G 977.97 PASS AF=0.985075;AO=63;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00996227;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.608;QD=58.3861;RBI=0.0154261;REFB=0;REVB=-0.0117778;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130313;OID=.;OPOS=29798140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:67:0:0:63:66:0.985075:28:35:0:0:28:38:0:0 chr6 29855586 . A G 260.41 PASS AF=0.821429;AO=21;DP=27;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0296766;FXX=0.096743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.262;QD=37.2015;RBI=0.0299625;REFB=-0.0883145;REVB=-0.00412863;RO=6;SAF=6;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233885;STB=0.519838;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00468001;OID=.;OPOS=29855586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:28:6:5:21:23:0.821429:15:6:2:4:16:7:2:3 chr6 29856347 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.878;QD=58.5878;RBI=0.0363521;REFB=0;REVB=0.0328832;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119417;OID=.;OPOS=29856347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr6 29856402 . A C 288.83 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0675361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.095;QD=46.2121;RBI=0.0698399;REFB=-0.139357;REVB=0.0177903;RO=2;SAF=11;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076973;STB=0.541631;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.010726;OID=.;OPOS=29856402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:12:11:2:0:12:11:2:0 chr6 29856655 . G C 696.79 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00995469;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.885;QD=54.6505;RBI=0.0158559;REFB=0.0186964;REVB=-0.0123416;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184579;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-2.98852e-06;OID=.;OPOS=29856655;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:50:50:0.980392:25:25:1:0:25:25:1:0 chr6 29910336 . C G 31.01 PASS AF=0.1;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0724132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2542;QD=1.77198;RBI=0.0811819;REFB=0.00539651;REVB=0.0366992;RO=62;SAF=4;SAR=3;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268394;STB=0.514481;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0362073;OID=.;OPOS=29910336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:62:63:7:7:0.1:3:4:34:28:3:4:35:28 chr6 29910340 . A G 31.42 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0517192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.962;QD=1.82116;RBI=0.0518702;REFB=0.000717302;REVB=-0.00395511;RO=62;SAF=4;SAR=3;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268394;STB=0.520948;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.0110185;OID=.;OPOS=29910340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:62:62:7:7:0.101449:3:4:34:28:3:4:34:28 chr6 29910358 . C G 136.17 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0273183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2075;QD=8.5103;RBI=0.0449405;REFB=-0.0133348;REVB=0.0356842;RO=45;SAF=9;SAR=10;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700847;STB=0.541828;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.031953;OID=.;OPOS=29910358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:10:9:24:21:10:9:24:21 chr6 29910371 . C T 271.72 PASS AF=0.56;AO=26;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.129412;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3504;QD=21.7372;RBI=0.12957;REFB=-0.00770407;REVB=0.00639508;RO=23;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226847;STB=0.539972;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00372014;OID=.;OPOS=29910371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:22:26:28:0.56:14:12:10:13:14:14:9:13 chr6 29910402 . G A 93.41 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00106935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.295;QD=9.83274;RBI=0.0174055;REFB=-0.0107943;REVB=0.0173726;RO=25;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975932;STB=0.580503;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0256746;OID=.;OPOS=29910402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:38:25:26:12:12:0.315789:9:3:8:17:9:3:9:17 chr6 29910717 . A G 50.55 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0605416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.464;QD=15.5551;RBI=0.0908889;REFB=-0.0265448;REVB=0.0677902;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376043;STB=0.71943;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0264999;OID=.;OPOS=29910717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:4:1:6:2:4:1 chr6 29910721 . G C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0118678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.275;QD=15.2594;RBI=0.0202091;REFB=-0.00893137;REVB=0.0163574;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304739;STB=0.681283;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00462149;OID=.;OPOS=29910721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:4:2:5:2:4:2 chr6 29910742 . G C 130.36 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0526086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2342;QD=43.4544;RBI=0.0638716;REFB=0;REVB=0.0362203;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000821941;OID=.;OPOS=29910742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr6 29910750 . C T 76.12 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00528188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3905;QD=25.374;RBI=0.119396;REFB=-0.0578591;REVB=0.119279;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292304;STB=0.666295;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0507829;OID=.;OPOS=29910750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:3:0:6:3:3:0 chr6 29911056 . A C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0166653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.742;QD=14.139;RBI=0.0167574;REFB=-0.00990001;REVB=-0.00175411;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760533;STB=0.544489;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0156088;OID=.;OPOS=29911056;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:4:10:13:7:4:10:13:7 chr6 29911064 . A G 471.82 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.361;QD=55.5078;RBI=0.0695734;REFB=-0.0341964;REVB=-0.0680481;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217319;STB=0.511621;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00215997;OID=.;OPOS=29911064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:12:21:1:0:12:21:1:0 chr6 29911069 . A T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00759589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.22;QD=15.7005;RBI=0.0154648;REFB=-0.00627773;REVB=-0.0134708;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577205;STB=0.52171;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00728372;OID=.;OPOS=29911069;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:5:10:11:7:5:10:12:7 chr6 29911114 . GG AC,AG 442.08 PASS AF=0.454545,0.515152;AO=16,17;DP=35;FAO=15,17;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=10,10;FSAR=5,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0731543,0.0799558;FXX=0.0571265;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=68.4491,45.8551;QD=53.5858;RBI=0.0736016,0.0901008;REFB=-0.0669595,-0.109353;REVB=-0.0081019,0.0415359;RO=1;SAF=11,10;SAR=5,7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0828326,0.0609958;STB=0.545392,0.533294;STBP=0.287,0.314;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0181166,0.0310756;OID=.,.;OPOS=29911114,29911114;OREF=GG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:35:33:1:1:16,17:15,17:0.454545,0.515152:5,7:11,10:0:1:5,7:10,10:0:1 chr6 29911119 . G T 160.48 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.083633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4862;QD=18.3407;RBI=0.085137;REFB=-0.01487;REVB=-0.0159322;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08752;STB=0.54994;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0242341;OID=.;OPOS=29911119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:6:11:10:8:6:11:10:8 chr6 29911149 . C T 213.81 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0820772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5562;QD=20.8596;RBI=0.085188;REFB=-0.035297;REVB=-0.0228109;RO=20;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190715;STB=0.607374;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0410221;OID=.;OPOS=29911149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:13:8:12:8:13:8:12:8 chr6 29911154 . C A 198.66 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0838242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9592;QD=19.381;RBI=0.136213;REFB=-0.000675965;REVB=0.107367;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197257;STB=0.611539;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0061413;OID=.;OPOS=29911154;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:8:12:8:13:8:12:8:13 chr6 29911203 . A C 143.75 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0607006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0995;QD=17.4239;RBI=0.0607023;REFB=-0.0555843;REVB=-0.000453119;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226093;STB=0.638925;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0458024;OID=.;OPOS=29911203;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:9:6:11:6:10:6:11:6 chr6 29911225 . A G 150.13 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0220366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.044;QD=19.3712;RBI=0.0266347;REFB=-0.00727158;REVB=-0.0149598;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101694;STB=0.557453;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00576252;OID=.;OPOS=29911225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:10:6:4:11:10:6:4:11 chr6 29911228 . A T 416.31 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.056603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2651;QD=53.7177;RBI=0.0699879;REFB=0.0115462;REVB=0.0411631;RO=1;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227444;STB=0.512187;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000550221;OID=.;OPOS=29911228;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:20:10:0:1:20:10:0:1 chr6 29911239 . TT CA 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0058165;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=120.178;QD=12.3289;RBI=0.0060377;REFB=-0.00825175;REVB=-0.00161929;RO=17;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486163;STB=0.799314;STBP=0.052;TYPE=mnp;VARB=0.0123456;OID=.;OPOS=29911239;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:10:1:7:10:10:1:7:10 chr6 29911256 . T G 358.16 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.072;QD=55.1007;RBI=0.0713267;REFB=0;REVB=0.0571183;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327021;OID=.;OPOS=29911256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:23:26:1:15:8:0:0:18:8:0:0 chr6 29911271 . GT CG 88.65 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00483601;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=2;MLLD=187.254;QD=13.6381;RBI=0.00503059;REFB=-0.0150723;REVB=0.00138558;RO=15;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586477;STB=0.8613;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.0300806;OID=.;OPOS=29911271;OREF=GT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:26:26:15:15:10:11:0.423077:9:1:9:6:10:1:9:6 chr6 29911319 . G T 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0156362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.502;QD=4.41855;RBI=0.0201942;REFB=-0.00353271;REVB=0.0127795;RO=31;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255839;STB=0.68121;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0362691;OID=.;OPOS=29911319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:6:1:9:22:6:1:9:22 chr6 29911951 . C T 62.71 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0290397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.079;QD=20.9025;RBI=0.0336073;REFB=-0.0655873;REVB=0.0169159;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144485;STB=0.58313;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0259698;OID=.;OPOS=29911951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:3:1:4:4:3:1 chr6 29911957 . G A 52.91 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0601261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3604;QD=21.1649;RBI=0.0694612;REFB=0.00823844;REVB=0.0347809;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278747;STB=0.529328;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.017081;OID=.;OPOS=29911957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:2:3:7:7:0.7:3:4:1:1:3:4:2:1 chr6 29912087 . G T 96.64 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0101807;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.327;QD=21.4763;RBI=0.0431863;REFB=-0.0125009;REVB=0.0419692;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175522;STB=0.599822;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00756014;OID=.;OPOS=29912087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:19:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:5:2:6:5:5:2 chr6 29912098 . G A 99.92 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0101822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.893;QD=15.3724;RBI=0.0729657;REFB=-0.00353395;REVB=0.0722517;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264456;STB=0.631355;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0040277;OID=.;OPOS=29912098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:14:11:12:0.461538:3:8:6:7:4:8:6:8 chr6 29912108 . G C 134.43 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0224858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5568;QD=17.3463;RBI=0.0572881;REFB=0.00930312;REVB=0.0526908;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917347;STB=0.552561;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00557446;OID=.;OPOS=29912108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:8:8:6:9:8:8 chr6 29912149 . G C 122.81 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00211703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.77;QD=10.9164;RBI=0.0171988;REFB=-0.00762221;REVB=-0.017068;RO=29;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307882;STB=0.636178;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0150397;OID=.;OPOS=29912149;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:30:14:15:0.333333:4:10:13:16:5:10:14:16 chr6 29912280 . TG CA,CG 565.33 PASS AF=0.717949,0.282051;AO=26,11;DP=39;FAO=28,11;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17,4;FSAR=11,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276321,0.0031864;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=141.504,111.037;QD=57.9824;RBI=0.0146065,0.00743565;REFB=0,0;REVB=0.0143427,0.00671831;RO=0;SAF=17,4;SAR=9,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00529625,0.00674851;OID=.,.;OPOS=29912280,29912280;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:81:39:39:0:0:26,11:28,11:0.717949,0.282051:9,7:17,4:0:0:11,7:17,4:0:0 chr6 29912297 . A G 406.81 PASS AF=0.761905;AO=31;DP=41;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00523477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.016;QD=38.744;RBI=0.00523916;REFB=-0.0161895;REVB=-0.000214312;RO=10;SAF=21;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180044;STB=0.599294;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0126503;OID=.;OPOS=29912297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:41:42:10:10:31:32:0.761905:10:21:3:7:10:22:3:7 chr6 29912315 . A C 32.92 PASS AF=0.136364;AO=5;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.010095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.089;QD=2.99312;RBI=0.0218205;REFB=0.000585591;REVB=-0.0193448;RO=32;SAF=2;SAR=3;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29289;STB=0.658615;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00247416;OID=.;OPOS=29912315;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:32:38:5:6:0.136364:3:2:21:11:3:3:26:12 chr6 29912333 . C T 49.73 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.0171725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2542;QD=4.42032;RBI=0.0639475;REFB=-0.0126247;REVB=-0.0615986;RO=36;SAF=4;SAR=4;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355931;STB=0.732877;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0314618;OID=.;OPOS=29912333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:36:37:8:8:0.177778:4:4:28:8:4:4:29:8 chr6 29912348 . A G 68.07 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=-0.0562739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4056;QD=5.67248;RBI=0.0854918;REFB=-0.0091233;REVB=-0.0643592;RO=38;SAF=6;SAR=4;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267056;STB=0.666389;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0319673;OID=.;OPOS=29912348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:4:6:30:8:4:6:30:8 chr6 29912368 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.893;QD=63.5828;RBI=0.0524581;REFB=0;REVB=-0.00167064;RO=0;SAF=36;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155267;OID=.;OPOS=29912368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:11:36:0:0:11:36:0:0 chr6 29912386 . G C 475.6 PASS AF=0.782609;AO=36;DP=46;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0853153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8477;QD=41.3568;RBI=0.0987748;REFB=-0.014104;REVB=0.0497771;RO=10;SAF=28;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440038;STB=0.523796;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00637494;OID=.;OPOS=29912386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:10:10:36:36:0.782609:8:28:7:3:8:28:7:3 chr6 29912830 . T C 780.65 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.477;QD=56.7747;RBI=0.029952;REFB=0;REVB=0.00464346;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262982;OID=.;OPOS=29912830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:30:25:0:0 chr6 29912852 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.366;QD=63.2868;RBI=0.0342462;REFB=0;REVB=0.0327825;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148577;OID=.;OPOS=29912852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr6 29912856 . A T 692.85 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393763;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8079;QD=62.9867;RBI=0.0654034;REFB=0;REVB=-0.0522218;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157486;OID=.;OPOS=29912856;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr6 29913001 . T C 54.65 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0550584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4047;QD=3.41551;RBI=0.0974221;REFB=0.0123019;REVB=0.0803719;RO=54;SAF=4;SAR=6;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14585;STB=0.5998;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0568404;OID=.;OPOS=29913001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:64:64:54:54:10:10:0.15625:6:4:28:26:6:4:28:26 chr6 29913037 . G A 54.65 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0374269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.774;QD=3.41568;RBI=0.0433958;REFB=0.00334035;REVB=0.021964;RO=54;SAF=4;SAR=6;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167918;STB=0.614679;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.0110522;OID=.;OPOS=29913037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:64:64:54:54:10:10:0.15625:6:4:29:25:6:4:29:25 chr6 29913042 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.587;QD=58.2396;RBI=0.0321374;REFB=0;REVB=0.0104383;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96377e-05;OID=.;OPOS=29913042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr6 29913067 . T C 234.74 PASS AF=0.45;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0352707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3694;QD=15.6494;RBI=0.0419782;REFB=-0.0152975;REVB=0.0227629;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592558;STB=0.539004;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0248011;OID=.;OPOS=29913067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:31:33:26:27:0.45:15:11:15:16:15:12:17:16 chr6 29913070 . G C 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.014499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.65;QD=9.88533;RBI=0.0171961;REFB=-0.0122772;REVB=-0.00924575;RO=38;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119377;STB=0.578864;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0287638;OID=.;OPOS=29913070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:39:19:19:0.327586:8:11:18:20:8:11:18:21 chr6 29913074 . A G 810.75 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.472;QD=55.9138;RBI=0.075395;REFB=0;REVB=0.0696316;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080642;OID=.;OPOS=29913074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:52:58:0:0:52:58:1:23:29:0:0:27:31:0:0 chr6 29913078 . A G 779.94 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00435811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.972;QD=54.7323;RBI=0.00669393;REFB=0.00582144;REVB=0.00508091;RO=1;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192354;STB=0.5098;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=4.20122e-05;OID=.;OPOS=29913078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:24:31:0:1:25:31:0:1 chr6 29913211 . AATAT AATA,AAT,AATT,AATTT 339.23 PASS AF=0,0,0.394366,0.0985915;AO=16,10,15,10;DP=72;FAO=0,0,28,7;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=0,0,11,5;FSAR=0,0,17,2;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.155424,-0.0189334,-0.0170118,-0.0152714;FXX=0.013887;HRUN=7,1,1,1;LEN=1,2,1,1;MLLD=6.94265,222.881,229.684,232.084;QD=19.1116;RBI=0.517413,0.0280323,0.0688049,0.0910399;REFB=-0.0704658,-0.00594877,-0.00433963,-0.00278847;REVB=-0.493518,0.0206721,0.0666687,0.0897499;RO=11;SAF=6,0,8,8;SAR=10,10,7,2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.00880256,-0.78265,0.12655,0.422378;STB=0.5,0.5,0.530001,0.723053;STBP=1,1,0.709,0.251;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0621406,0.027768,-0.010072,0.0159227;OID=.,.,.,.;OPOS=29913215,29913212,29913214,29913214;OREF=T,AT,A,A;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=AATA,AAT,AATT,AATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.394366,0.0985915:16,10,15,10:72:0,0,28,7:71:36:0,0,11,5:0,0,17,2:16:20:99:11:6,0,8,8:10,10,7,2:4:7 chr6 29913266 . G T 229.38 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0248444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.844;QD=9.86583;RBI=0.0262659;REFB=-0.00198188;REVB=0.00852365;RO=62;SAF=12;SAR=17;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025871;STB=0.516706;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0065121;OID=.;OPOS=29913266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:62:64:29:29:0.311828:17:12:27:35:17:12:28:36 chr6 29913298 . A T 313.49 PASS AF=0.361111;AO=39;DP=108;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0090358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.751;QD=11.6106;RBI=0.0254688;REFB=-0.00448792;REVB=-0.0238121;RO=68;SAF=15;SAR=24;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145204;STB=0.514193;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00806183;OID=.;OPOS=29913298;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:68:69:39:39:0.361111:24:15:27:41:24:15:28:41 chr6 29976838 . A G 1501.41 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00379796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4082;QD=61.282;RBI=0.0181787;REFB=0.0203093;REVB=-0.0177776;RO=2;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193473;STB=0.510202;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.000656391;OID=.;OPOS=29976838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:48:48:0:2:48:48:0:2 chr6 29976842 . T G 594.87 PASS AF=0.568627;AO=57;DP=100;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.033698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8877;QD=23.3283;RBI=0.0355803;REFB=-0.0338737;REVB=-0.0114192;RO=43;SAF=29;SAR=28;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160367;STB=0.517235;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0268322;OID=.;OPOS=29976842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:43:44:57:58:0.568627:28:29:21:22:28:30:21:23 chr6 29977145 . G C 850.38 PASS AF=0.45098;AO=91;DP=204;FAO=92;FDP=204;FR=.;FRO=112;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=0.00540298;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.981;QD=16.6741;RBI=0.0163513;REFB=-0.00858405;REVB=0.0154328;RO=111;SAF=54;SAR=37;SRF=63;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263537;STB=0.513777;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0128745;OID=.;OPOS=29977145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:111:112:91:92:0.45098:37:54:63:48:38:54:63:49 chr6 29977350 . T G 513.66 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00597155;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.8544;QD=19.756;RBI=0.0456483;REFB=-0.0191502;REVB=-0.045256;RO=48;SAF=19;SAR=34;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162732;STB=0.586613;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0354577;OID=.;OPOS=29977350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:48:51:53:53:0.509615:34:19:26:22:34:19:27:24 chr6 29977357 . A C 545.61 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00640654;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.271;QD=21.1888;RBI=0.0114217;REFB=-0.027402;REVB=0.00945573;RO=47;SAF=20;SAR=35;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127833;STB=0.57584;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0174175;OID=.;OPOS=29977357;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:47:48:55:55:0.533981:35:20:24:23:35:20:25:23 chr6 29977359 . G GC 347.33 PASS AF=0.568627;AO=50;DP=103;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0977574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.1537;QD=13.6207;RBI=0.16737;REFB=-0.063946;REVB=0.135853;RO=50;SAF=17;SAR=33;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169772;STB=0.565269;STBP=0.131;TYPE=ins;VARB=0.0614472;OID=.;OPOS=29977360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.568627:50:103:58:102:44:23:35:24:20:99:50:17:33:26:24 chr6 30003797 . A G 510.58 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0128602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.874;QD=18.3991;RBI=0.0229242;REFB=-0.0110932;REVB=-0.0189772;RO=56;SAF=33;SAR=21;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153101;STB=0.58068;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00852895;OID=.;OPOS=30003797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:57:54:54:0.486486:21:33:25:31:21:33:26:31 chr6 30025179 . G A 257.94 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00173917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.59;QD=11.5928;RBI=0.0054166;REFB=-0.00470658;REVB=0.0051298;RO=58;SAF=14;SAR=17;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169897;STB=0.597928;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00672755;OID=.;OPOS=30025179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:58:31:31:0.348315:17:14:35:23:17:14:35:23 chr6 30025285 . C T 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00486728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.204;QD=14.132;RBI=0.00585693;REFB=-0.00111309;REVB=-0.00325779;RO=30;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212236;STB=0.527417;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00157633;OID=.;OPOS=30025285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:13:6:10:20:13:6:11:20 chr6 30032495 . A G 379.41 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0141665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5594;QD=19.2106;RBI=0.0305591;REFB=0.00830066;REVB=0.0270771;RO=39;SAF=25;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165959;STB=0.599149;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00821794;OID=.;OPOS=30032495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:40:39:39:0.493671:14:25:18:21:14:25:18:22 chr6 30036471 . C A 460.92 PASS AF=0.471698;AO=51;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00608328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1791;QD=17.3933;RBI=0.0518449;REFB=0.013826;REVB=-0.0514867;RO=55;SAF=22;SAR=29;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00475022;STB=0.514258;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.0133675;OID=.;OPOS=30036471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:56:51:50:0.471698:29:22:24:31:29:21:25:31 chr6 30038712 . C T 433.42 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=0.00849655;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.964;QD=16.9969;RBI=0.0124801;REFB=-0.0149032;REVB=0.00914121;RO=55;SAF=34;SAR=13;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171205;STB=0.509557;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0137093;OID=.;OPOS=30038712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:55:55:47:47:0.460784:13:34:39:16:13:34:39:16 chr6 30038823 . A G 591.11 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00137285;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.918;QD=20.0376;RBI=0.0185065;REFB=-0.00838285;REVB=-0.0184555;RO=56;SAF=27;SAR=33;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440475;STB=0.524694;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00980322;OID=.;OPOS=30038823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:56:58:60:60:0.508475:33:27:28:28:33:27:29:29 chr6 30038830 . C G 588.03 PASS AF=0.504202;AO=61;DP=120;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00738695;FXX=0.00833264;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.143;QD=19.7657;RBI=0.0373689;REFB=0.000840512;REVB=-0.0366316;RO=59;SAF=25;SAR=36;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892294;STB=0.554776;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00101696;OID=.;OPOS=30038830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:59:59:61:60:0.504202:36:25:30:29:36:24:30:29 chr6 30039240 . G T 351.13 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0398296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8467;QD=23.4085;RBI=0.069893;REFB=-0.0179193;REVB=0.0574338;RO=25;SAF=21;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313076;STB=0.517231;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.012595;OID=.;OPOS=30039240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:14:21:14:11:14:21:14:11 chr6 30039364 . C A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0243256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.135;QD=15.5715;RBI=0.0243337;REFB=-0.00955163;REVB=-0.000629571;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510055;STB=0.743751;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00570088;OID=.;OPOS=30039364;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:12:12:10:11:0.478261:8:2:9:3:8:3:9:3 chr6 30041009 . A G 354.89 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0200283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.968;QD=21.8393;RBI=0.0202747;REFB=-0.0231964;REVB=-0.00315136;RO=29;SAF=18;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139306;STB=0.507688;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0161401;OID=.;OPOS=30041009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:18:18:15:14:18:18:15:14 chr6 30043486 . T C 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0044835;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.881;QD=13.3368;RBI=0.0347154;REFB=-0.000262786;REVB=-0.0344246;RO=24;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139165;STB=0.581706;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0138823;OID=.;OPOS=30043486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:10:5:11:13:10:5:11:13 chr6 30075843 . T C 861.66 PASS AF=1;AO=53;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785813;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=197.386;QD=57.4439;RBI=0.078595;REFB=0;REVB=0.00146491;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.04152e-05;OID=.;OPOS=30075843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:53:60:1:31:22:0:0:33:27:0:0 chr6 30075864 . A G 840.23 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740699;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6078;QD=57.9467;RBI=0.0274994;REFB=0;REVB=0.0264831;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291996;OID=.;OPOS=30075864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr6 30122154 . T C 1194.6 PASS AF=0.921348;AO=81;DP=89;FAO=82;FDP=89;FR=.;FRO=7;FSAF=53;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.00645287;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.355;QD=53.6898;RBI=0.00845914;REFB=-0.0281967;REVB=-0.00546969;RO=7;SAF=53;SAR=28;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585486;STB=0.530966;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00416839;OID=.;OPOS=30122154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:89:89:7:7:81:82:0.921348:28:53:7:0:29:53:7:0 chr6 30122433 . G A 249.6 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00889129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4107;QD=18.4889;RBI=0.0492356;REFB=-0.018246;REVB=-0.0484261;RO=27;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0203839;OID=.;OPOS=30122433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:16:11:11:16:16:11:11:16 chr6 30131546 . A G 364.07 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00196161;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.279;QD=18.2036;RBI=0.00361567;REFB=-0.0172074;REVB=-0.00303729;RO=39;SAF=20;SAR=18;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110896;STB=0.513827;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0166152;OID=.;OPOS=30131546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:42:38:38:0.475:18:20:21:18:18:20:21:21 chr6 30140342 . T C 1208.66 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.146;QD=61.1981;RBI=0.0281416;REFB=0;REVB=0.0117785;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125736;OID=.;OPOS=30140342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr6 30164497 . G A 240.8 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0766775;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9714;QD=16.3253;RBI=0.0806812;REFB=-0.0211719;REVB=0.0251001;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373568;STB=0.521057;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.026487;OID=.;OPOS=30164497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:32:32:27:27:0.457627:15:12:13:19:15:12:13:19 chr6 30227583 . C G 66.78 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0170741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3554;QD=12.7203;RBI=0.0703855;REFB=-0.0319188;REVB=0.0682832;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206895;STB=0.578773;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0501386;OID=.;OPOS=30227583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:8:9:0.428571:3:5:5:7:4:5:5:7 chr6 30228230 . A C 303.21 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00521303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.617;QD=18.1021;RBI=0.0349774;REFB=-0.0339936;REVB=0.0345868;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00343732;STB=0.506845;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0312441;OID=.;OPOS=30228230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:34:32:33:0.492537:18:14:15:19:18:15:15:19 chr6 30228379 . A G 44.7 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00840388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.9;QD=7.45039;RBI=0.0172389;REFB=-0.00382837;REVB=-0.0150517;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236049;STB=0.645204;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00902418;OID=.;OPOS=30228379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:13:4:3:4:13:4 chr6 30229013 . A G 338.32 PASS AF=0.617021;AO=28;DP=46;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0398054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.441;QD=28.7929;RBI=0.0399432;REFB=-0.018682;REVB=-0.00331412;RO=18;SAF=18;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222143;STB=0.62566;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0131787;OID=.;OPOS=30229013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:18:18:28:29:0.617021:10:18:6:12:10:19:6:12 chr6 30229034 . C CCT,CT 305.41 PASS AF=0,0.6;AO=5,22;DP=47;FAO=0,27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=0,18;FSAR=0,9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.148116,-0.0354989;FXX=0.0217344;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=26.906,28.8529;QD=27.1474;RBI=0.152564,0.0955758;REFB=0.0512547,0.0396991;REVB=0.0365675,0.0887387;RO=19;SAF=4,14;SAR=1,8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.437367,0.181402;STB=0.5,0.593678;STBP=1,0.156;TYPE=ins,ins;VARB=0,-0.0248491;OID=.,.;OPOS=30229035,30229035;OREF=-,-;OALT=CT,T;OMAPALT=CCT,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.6:5,22:47:0,27:45:18:0,18:0,9:8:10:99:19:4,14:1,8:8:11 chr6 30229457 . C T 147.12 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0290507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5434;QD=10.6998;RBI=0.0824657;REFB=-0.0238596;REVB=-0.0771793;RO=36;SAF=13;SAR=6;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184699;STB=0.608842;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0805775;OID=.;OPOS=30229457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:6:13:19:17:6:13:19:17 chr6 30229463 . G A 127.26 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00308657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.389;QD=9.2551;RBI=0.0585127;REFB=-0.00799844;REVB=-0.0584313;RO=38;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174312;STB=0.60427;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0164355;OID=.;OPOS=30229463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:6:11:19:19:6:11:19:19 chr6 30230085 . T C 88.46 PASS AF=0.245283;AO=8;DP=49;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0371655;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.067;QD=6.67656;RBI=0.0373966;REFB=-0.0278241;REVB=-0.00415122;RO=41;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119105;STB=0.639797;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0709396;OID=.;OPOS=30230085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:49:53:41:40:8:13:0.245283:5:3:15:26:6:7:14:26 chr6 30231071 . G A 308.32 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0347242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6451;QD=15.8111;RBI=0.0373739;REFB=-0.00604672;REVB=0.0138216;RO=44;SAF=17;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227324;STB=0.512813;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00618976;OID=.;OPOS=30231071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:17:17:23:21:17:17:23:21 chr6 30231108 . G T 428.48 PASS AF=0.440367;AO=47;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0558093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.319;QD=15.7242;RBI=0.0635913;REFB=-0.0177086;REVB=-0.0304823;RO=62;SAF=23;SAR=24;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383138;STB=0.511302;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0210489;OID=.;OPOS=30231108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:61:47:48:0.440367:24:23:28:34:25:23:28:33 chr6 30297529 . T C 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0205354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.401;QD=16.5646;RBI=0.0221873;REFB=-0.024248;REVB=-0.00840078;RO=48;SAF=18;SAR=20;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153014;STB=0.508595;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0331439;OID=.;OPOS=30297529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:20:18:22:26:20:18:22:26 chr6 30309508 . T C 271.45 PASS AF=0.402597;AO=32;DP=78;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0149982;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.083;QD=14.1013;RBI=0.0263521;REFB=-0.00199744;REVB=0.0216676;RO=45;SAF=16;SAR=16;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103184;STB=0.561364;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00285025;OID=.;OPOS=30309508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:45:46:32:31:0.402597:16:16:27:18:16:15:27:19 chr6 30313340 . G C 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.012285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.089;QD=22.6322;RBI=0.0144509;REFB=-0.0334059;REVB=0.00760962;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801912;STB=0.545384;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0197229;OID=.;OPOS=30313340;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:8:5:4:4:8:5:4:4 chr6 30314566 . TC GA 275.75 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00409078;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.594;QD=14.9052;RBI=0.0186566;REFB=-0.0281565;REVB=-0.0182026;RO=40;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160191;STB=0.565252;STBP=0.341;TYPE=mnp;VARB=0.032354;OID=.;OPOS=30314566;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:43:31:31:0.418919:16:15:13:27:16:15:16:27 chr6 30457732 . T C 785.15 PASS AF=1;AO=42;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.318;QD=57.1015;RBI=0.0360115;REFB=0;REVB=0.0350945;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11817e-05;OID=.;OPOS=30457732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:42:55:1:24:18:0:0:37:18:0:0 chr6 30458064 . G A 1080.56 PASS AF=0.962025;AO=73;DP=76;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0312252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.5633;QD=54.7121;RBI=0.0523916;REFB=-0.086262;REVB=0.0420698;RO=3;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035886;STB=0.518514;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0121488;OID=.;OPOS=30458064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:79:3:3:73:76:0.962025:38:35:0:3:39:37:0:3 chr6 30460232 . C T 497.37 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0131254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7225;QD=19.1295;RBI=0.0156487;REFB=-0.0240134;REVB=-0.0085209;RO=52;SAF=32;SAR=20;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363458;STB=0.520116;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0258461;OID=.;OPOS=30460232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:52:52:52:0.5:20:32:30:22:20:32:30:22 chr6 30521137 . G A 819.97 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.411;QD=55.591;RBI=0.0351503;REFB=0.0194901;REVB=0.0216351;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=4.72365e-06;OID=.;OPOS=30521137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:28:30:1:0:28:30:1:0 chr6 30529816 . G A 417.18 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0163539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7857;QD=17.2033;RBI=0.0377996;REFB=0.0019797;REVB=-0.0340787;RO=54;SAF=21;SAR=22;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140133;STB=0.578358;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00438204;OID=.;OPOS=30529816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:22:21:34:20:22:21:34:20 chr6 30530203 . A G 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00329185;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.298;QD=19.7636;RBI=0.00940364;REFB=-0.00217773;REVB=0.00880864;RO=33;SAF=27;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314669;STB=0.676191;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00195701;OID=.;OPOS=30530203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:8:27:15:18:8:27:15:18 chr6 30530245 . T C 1098.96 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.732;QD=60.2169;RBI=0.0350047;REFB=0;REVB=0.0235866;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36279e-05;OID=.;OPOS=30530245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:29:41:0:0:30:43:0:0 chr6 30558477 . G GA 1334.86 PASS AF=1;AO=104;DP=126;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.185459;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.4081;QD=43.7659;RBI=0.225274;REFB=0;REVB=0.127879;RO=22;SAF=45;SAR=59;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539728;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00219677;OID=.;OPOS=30558478;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:104:126:122:122:0:48:74:0:0:26:22:45:59:6:16 chr6 30575603 . A G 178.93 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.000850885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.888;QD=15.2282;RBI=0.0183272;REFB=0.00575342;REVB=0.0183074;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210678;STB=0.620721;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00749847;OID=.;OPOS=30575603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:9:19:9:10:9:19 chr6 30673228 . G C 33.06 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0306004;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.448;QD=3.1489;RBI=0.0608068;REFB=-0.0154404;REVB=-0.0525459;RO=32;SAF=5;SAR=2;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158538;STB=0.629241;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.170523;OID=.;OPOS=30673228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:32:35:7:7:0.166667:2:5:19:13:2:5:20:15 chr6 30679510 . G A 291.28 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0165931;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.237;QD=16.8859;RBI=0.0202756;REFB=-0.000647542;REVB=-0.0116521;RO=37;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610415;STB=0.534225;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000967554;OID=.;OPOS=30679510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:15:17:22:15:15:17:22:15 chr6 30692754 . C CTT 108.14 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.118998;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=35.9582;QD=7.20905;RBI=0.120215;REFB=-0.00359147;REVB=-0.017063;RO=41;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380185;STB=0.566601;STBP=0.504;TYPE=ins;VARB=0.00799522;OID=.;OPOS=30692755;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:13:60:20:60:40:10:10:16:24:99:41:5:8:17:24 chr6 30693121 . A G 384.9 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0174051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.141;QD=17.6965;RBI=0.0240088;REFB=-0.015282;REVB=-0.0165373;RO=46;SAF=24;SAR=16;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097399;STB=0.549271;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0135916;OID=.;OPOS=30693121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:47:40:40:0.45977:16:24:23:23:16:24:24:23 chr6 30695920 . C T 117.18 PASS AF=0.35;AO=13;DP=39;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0241133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1697;QD=11.7176;RBI=0.0487262;REFB=-0.0144791;REVB=0.0423414;RO=25;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200996;STB=0.595449;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0123218;OID=.;OPOS=30695920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:26:13:14:0.35:9:4:12:13:9:5:13:13 chr6 30704090 . A G 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0407889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7139;QD=21.168;RBI=0.0458784;REFB=0.0535582;REVB=0.0210022;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122639;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0200717;OID=.;OPOS=30704090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:2:1:4:3:2:1 chr6 30711805 . C G 784.76 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.653;QD=64.0621;RBI=0.0505771;REFB=0;REVB=0.0499317;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81196e-05;OID=.;OPOS=30711805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:45:49:1:25:20:0:0:28:21:0:0 chr6 30782105 . T C 510.94 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0470533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.382;QD=21.2891;RBI=0.0581171;REFB=0.0109431;REVB=-0.0341114;RO=47;SAF=28;SAR=21;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166032;STB=0.591679;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0107981;OID=.;OPOS=30782105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:21:28:18:29:21:28:18:29 chr6 30782205 . G C 394.29 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0200067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.152;QD=17.3314;RBI=0.0215472;REFB=0.00104644;REVB=-0.00800083;RO=49;SAF=16;SAR=25;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118848;STB=0.572483;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00133129;OID=.;OPOS=30782205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:50:41:41:0.450549:25:16:25:24:25:16:26:24 chr6 30782218 . C CTGTT 311.98 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0250923;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=271.322;QD=14.1807;RBI=0.0309889;REFB=-0.0100788;REVB=-0.0181848;RO=53;SAF=14;SAR=21;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117365;STB=0.566782;STBP=0.334;TYPE=ins;VARB=0.0165109;OID=.;OPOS=30782219;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.397727:35:88:35:88:53:14:21:27:26:99:53:14:21:27:26 chr6 30782235 . G A 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00942926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.896;QD=15.4997;RBI=0.00948534;REFB=-0.00140951;REVB=0.00102996;RO=39;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500654;STB=0.536699;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.001466;OID=.;OPOS=30782235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:40:31:31:0.43662:19:12:17:22:19:12:18:22 chr6 30782303 . C T 51.35 PASS AF=0.285714;AO=7;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.011089;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.934;QD=7.33538;RBI=0.0124382;REFB=-0.0067182;REVB=0.00563403;RO=21;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402521;STB=0.794592;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.019031;OID=.;OPOS=30782303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:28:28:21:20:7:8:0.285714:6:1:9:12:7:1:9:11 chr6 30782323 . T C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0181067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.223;QD=9.09952;RBI=0.0181492;REFB=-0.0054701;REVB=-0.00124147;RO=19;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456797;STB=0.790427;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0293714;OID=.;OPOS=30782323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:8:1:8:11:8:1:8:11 chr6 30782407 . A G 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00998597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.36;QD=15.1662;RBI=0.0167391;REFB=-0.0133176;REVB=-0.0134343;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115483;STB=0.506573;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0183424;OID=.;OPOS=30782407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:14:16:12:11:14:16 chr6 30832063 . C T 387.82 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0191769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.414;QD=18.4675;RBI=0.0218211;REFB=0.00512899;REVB=-0.0104119;RO=44;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192787;STB=0.510747;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00550035;OID=.;OPOS=30832063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:21:19:20:24:21:19:20:24 chr6 30832119 . T C 329.88 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0516353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4221;QD=18.3268;RBI=0.0609534;REFB=-0.0156333;REVB=-0.0323899;RO=37;SAF=20;SAR=15;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127946;STB=0.571388;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0140495;OID=.;OPOS=30832119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:15:20:16:21:15:20:16:21 chr6 30857072 . G C 261.78 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0145329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.456;QD=17.1657;RBI=0.0317674;REFB=-0.00334745;REVB=-0.0282482;RO=31;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387243;STB=0.531893;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0035103;OID=.;OPOS=30857072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:32:29:29:0.47541:11:18:18:13:11:18:18:14 chr6 30858857 . C T 541.39 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0187464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.266;QD=19.6868;RBI=0.0194764;REFB=-0.0213922;REVB=-0.00528219;RO=54;SAF=36;SAR=20;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228076;STB=0.625939;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0211867;OID=.;OPOS=30858857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:54:54:56:56:0.509091:20:36:21:33:20:36:21:33 chr6 30864829 . T C 546.16 PASS AF=0.464;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0318838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.506;QD=17.477;RBI=0.0397344;REFB=-0.0161295;REVB=0.0237118;RO=67;SAF=30;SAR=28;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381944;STB=0.521228;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0132529;OID=.;OPOS=30864829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:67:67:58:58:0.464:28:30:32:35:28:30:32:35 chr6 30865204 . A C 130.65 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0361313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3343;QD=10.247;RBI=0.0400335;REFB=0.020705;REVB=-0.0172397;RO=35;SAF=11;SAR=5;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364972;STB=0.521712;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.0420013;OID=.;OPOS=30865204;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:5:11:25:10:5:11:25:10 chr6 30876238 . G A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00580236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.337;QD=18.6419;RBI=0.0106192;REFB=-0.0418742;REVB=-0.00889387;RO=25;SAF=7;SAR=18;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431425;STB=0.517227;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0429438;OID=.;OPOS=30876238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:18:7:8:17:18:7:8:18 chr6 30877760 . A C 402.75 PASS AF=0.5;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.0123336;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.123;QD=19.6464;RBI=0.0124473;REFB=-0.0199568;REVB=-0.00167914;RO=42;SAF=20;SAR=20;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220397;STB=0.622698;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0169342;OID=.;OPOS=30877760;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:42:41:40:41:0.5:20:20:31:11:20:21:31:10 chr6 30882203 . T C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8256;QD=43.4823;RBI=0.126563;REFB=0;REVB=-0.126031;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00547441;OID=.;OPOS=30882203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr6 30882634 . C T 381.54 PASS AF=0.506494;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=33;FWDB=0.142688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2229;QD=19.8205;RBI=0.142803;REFB=-0.0510962;REVB=0.0057394;RO=39;SAF=16;SAR=22;SRF=6;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26411;STB=0.658844;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0494303;OID=.;OPOS=30882634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:38:38:39:0.506494:22:16:6:33:22:17:5:33 chr6 30882781 . G T 206.49 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.00660086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.995;QD=13.1103;RBI=0.0414039;REFB=-0.000407797;REVB=-0.0408743;RO=37;SAF=23;SAR=2;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35907;STB=0.729922;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.000414043;OID=.;OPOS=30882781;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:2:23:28:9:2:23:28:10 chr6 30887972 . C T 789.18 PASS AF=0.564885;AO=74;DP=131;FAO=74;FDP=131;FR=.;FRO=57;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0254374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.582;QD=24.0971;RBI=0.0256679;REFB=-0.0374248;REVB=0.00343191;RO=56;SAF=47;SAR=27;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825292;STB=0.541864;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0216472;OID=.;OPOS=30887972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:56:57:74:74:0.564885:27:47:30:26:27:47:31:26 chr6 30887988 . C T 468.99 PASS AF=0.401515;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=52;FSRR=27;FWDB=0.0133281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.573;QD=14.2117;RBI=0.0133575;REFB=-0.0063152;REVB=-0.000885858;RO=79;SAF=27;SAR=26;SRF=52;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159036;STB=0.589351;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0139613;OID=.;OPOS=30887988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:79:79:53:53:0.401515:26:27:52:27:26:27:52:27 chr6 30888161 . T C 879.03 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012149;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.668;QD=57.6414;RBI=0.0128254;REFB=0;REVB=-0.00411034;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.05623e-05;OID=.;OPOS=30888161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:30:29:0:0:32:29:0:0 chr6 30888169 . G A 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0158627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.083;QD=17.9915;RBI=0.0162024;REFB=0.00355791;REVB=-0.00330016;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471945;STB=0.526421;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00321831;OID=.;OPOS=30888169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:16:13:15:15:16:13:15:15 chr6 30889389 . T C 318.73 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0108173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9474;QD=20.9002;RBI=0.0201429;REFB=-0.0122385;REVB=-0.0169919;RO=27;SAF=18;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521612;STB=0.520945;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00869919;OID=.;OPOS=30889389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:28:33:33:0.540984:15:18:13:14:15:18:14:14 chr6 30890206 . T C 236.14 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00859576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.375;QD=13.4938;RBI=0.0305549;REFB=-0.0199534;REVB=-0.0293209;RO=42;SAF=20;SAR=8;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395954;STB=0.725647;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0199628;OID=.;OPOS=30890206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:8:20:14:28:8:20:14:28 chr6 30890483 . G T 159.57 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00970122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6423;QD=26.595;RBI=0.0422083;REFB=-0.0409139;REVB=0.0410783;RO=8;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817028;STB=0.545399;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0243682;OID=.;OPOS=30890483;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:10:6:2:6:10:6:2:6 chr6 30892322 . C T 148.64 PASS AF=0.533333;AO=12;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00396087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.1453;QD=19.8179;RBI=0.021265;REFB=-0.0352691;REVB=-0.0208928;RO=8;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869549;STB=0.522699;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.026286;OID=.;OPOS=30892322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:8:14:12:16:0.533333:11:1:1:7:12:4:3:11 chr6 30893127 . G A 302.23 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0462548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5771;QD=25.1861;RBI=0.046363;REFB=-0.0333872;REVB=0.00316551;RO=21;SAF=9;SAR=17;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186611;STB=0.608613;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0269986;OID=.;OPOS=30893127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:21:26:27:0.5625:17:9:12:9:18:9:12:9 chr6 30893160 . G A 133.47 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00755652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.231;QD=15.702;RBI=0.00757039;REFB=-0.0119932;REVB=0.000458091;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173577;STB=0.582175;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0194183;OID=.;OPOS=30893160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:14:15:0.441176:8:6:5:14:9:6:5:14 chr6 30893728 . C T 881.57 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9286;QD=57.8075;RBI=0.147705;REFB=0;REVB=0.10398;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179274;OID=.;OPOS=30893728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:1:0:60:61:1:31:29:1:0:31:30:0:0 chr6 30899571 . C T 225.92 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0216301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.1061;QD=20.5384;RBI=0.0216325;REFB=-0.0274117;REVB=0.000323158;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040868;STB=0.522992;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0281183;OID=.;OPOS=30899571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:10:12:13:9:10:12:13:9 chr6 30900399 . C G 137.57 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0521296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4448;QD=11.4638;RBI=0.0526167;REFB=-0.0023794;REVB=-0.00714308;RO=31;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363738;STB=0.721955;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0180902;OID=.;OPOS=30900399;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:32:16:16:0.333333:5:11:11:20:5:11:11:21 chr6 30900427 . T G 754.92 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.678;QD=56.9748;RBI=0.046149;REFB=0;REVB=0.041746;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288652;OID=.;OPOS=30900427;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:30:23:0:0 chr6 30916705 . A G 103.93 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00214913;FXX=0.136302;HRUN=7;LEN=1;MLLD=246.72;QD=21.8806;RBI=0.0193277;REFB=-0.0309811;REVB=-0.0192079;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.566892;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0139966;OID=.;OPOS=30916705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:19:5:7:10:11:0.578947:6:4:2:3:6:5:2:5 chr6 30916718 . G A 63.76 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0210284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0301;QD=9.4461;RBI=0.0582231;REFB=-0.0083358;REVB=-0.0542931;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.52951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0107052;OID=.;OPOS=30916718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:8:10:5:4:8:10 chr6 30954245 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00494194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.577;QD=43.4861;RBI=0.00756028;REFB=0;REVB=0.00572145;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39145e-05;OID=.;OPOS=30954245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr6 30993377 . T A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6062;QD=52.6119;RBI=0.0696167;REFB=0;REVB=-0.0627797;RO=0;SAF=20;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00250294;OID=.;OPOS=30993377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:2:20:0:0:2:20:0:0 chr6 30993440 . G A 165.68 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.051132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5903;QD=22.0912;RBI=0.0623924;REFB=-0.0407828;REVB=-0.0357538;RO=13;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107142;STB=0.559933;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.037399;OID=.;OPOS=30993440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:6:11:10:3:6:11:10:3 chr6 30993533 . A G 161.95 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=38;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.016497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.513;QD=15.424;RBI=0.0589378;REFB=-0.039643;REVB=0.056582;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221956;STB=0.586615;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0403632;OID=.;OPOS=30993533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:21:24:14:18:0.428571:7:7:15:6:7:11:18:6 chr6 30993719 . A G 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0010824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.073;QD=21.5457;RBI=0.00897859;REFB=0.00121229;REVB=-0.00891311;RO=9;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018083;STB=0.526279;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.000863133;OID=.;OPOS=30993719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:9:10:14:14:0.583333:5:9:6:3:5:9:7:3 chr6 30993958 . A G 711.99 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164748;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3846;QD=63.2883;RBI=0.0164939;REFB=0;REVB=-0.000795169;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133981;OID=.;OPOS=30993958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr6 30994283 . G A 167.22 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00274386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7847;QD=23.0652;RBI=0.013897;REFB=-0.0310097;REVB=-0.0136234;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165672;STB=0.592488;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.030266;OID=.;OPOS=30994283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:9:3:8:9:9:3 chr6 30994327 . C T 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00841822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.105;QD=21.5459;RBI=0.0287182;REFB=-0.0302499;REVB=-0.0274566;RO=10;SAF=13;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258022;STB=0.649736;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0189729;OID=.;OPOS=30994327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:1:13:8:2:1:13:8:2 chr6 30994412 . G A 70.81 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0390213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.693;QD=7.26281;RBI=0.0424306;REFB=-0.0133518;REVB=0.016664;RO=28;SAF=2;SAR=8;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565565;STB=0.851237;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0456668;OID=.;OPOS=30994412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:38:39:28:29:10:10:0.25641:8:2:20:8:8:2:21:8 chr6 30995786 . A G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0401956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0594;QD=8.81081;RBI=0.0428891;REFB=0.0236336;REVB=0.0149594;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340216;STB=0.705311;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0250924;OID=.;OPOS=30995786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:9:2:3:3:9:2 chr6 30995894 . A T 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0481407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.408;QD=14.3316;RBI=0.0488341;REFB=-0.0404415;REVB=-0.00820037;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033981;STB=0.519956;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0336747;OID=.;OPOS=30995894;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:7:3:3:6:7:3 chr6 30996354 . C T 75.6 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0325673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.757;QD=11.6309;RBI=0.0570919;REFB=-0.0143104;REVB=-0.0468919;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277675;STB=0.666325;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.025499;OID=.;OPOS=30996354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:3:7:7:9:3:7:7:9 chr6 30997517 . A T 49.49 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.105622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9193;QD=15.2279;RBI=0.115826;REFB=-0.0618353;REVB=0.0475348;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237226;STB=0.609426;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0306643;OID=.;OPOS=30997517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:6:7:7:0.538462:2:5:2:3:2:5:3:3 chr6 30997692 . G C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.539;QD=57.2023;RBI=0.0523371;REFB=0;REVB=-0.00168991;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177278;OID=.;OPOS=30997692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr6 30997816 . G T 250.68 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00780018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.054;QD=20.8899;RBI=0.0537096;REFB=-0.0168217;REVB=-0.0531402;RO=24;SAF=17;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810302;STB=0.552586;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0133367;OID=.;OPOS=30997816;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:24:23:24:0.5:6:17:16:8:6:18:16:8 chr6 30999997 . T C 534.35 PASS AF=0.574713;AO=49;DP=86;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0238795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.711;QD=24.5679;RBI=0.0311017;REFB=-0.0183117;REVB=-0.019927;RO=37;SAF=20;SAR=29;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466291;STB=0.530241;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0139749;OID=.;OPOS=30999997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:37:37:49:50:0.574713:29:20:13:24:29:21:13:24 chr6 31000005 . T A 524.82 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.000379738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.946;QD=24.1299;RBI=0.021525;REFB=-0.0292018;REVB=-0.0215217;RO=38;SAF=20;SAR=29;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329863;STB=0.518077;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0107621;OID=.;OPOS=31000005;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:38:49:49:0.563218:29:20:14:24:29:20:14:24 chr6 31002452 . A G 349.23 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.006222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.332;QD=20.2452;RBI=0.00684789;REFB=-0.00671251;REVB=-0.00286014;RO=33;SAF=24;SAR=12;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00569485;OID=.;OPOS=31002452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:12:24:22:11:12:24:22:11 chr6 31079889 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.325;QD=51.9167;RBI=0.0232698;REFB=0;REVB=0.00714046;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241953;OID=.;OPOS=31079889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:3:18:0:0:3:18:0:0 chr6 31079894 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.153;QD=51.9156;RBI=0.0241575;REFB=0;REVB=0.0240256;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284884;OID=.;OPOS=31079894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:3:18:0:0:3:18:0:0 chr6 31084166 . C A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0424115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1011;QD=14.6522;RBI=0.0751697;REFB=0.003956;REVB=-0.0620625;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553146;STB=0.53322;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.00510169;OID=.;OPOS=31084166;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:3:2:2:4:3:2 chr6 31088145 . T A 281.89 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0032383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.352;QD=14.6435;RBI=0.00568983;REFB=-0.0302578;REVB=-0.00467842;RO=45;SAF=19;SAR=13;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263608;STB=0.648838;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0317681;OID=.;OPOS=31088145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:13:19:15:30:13:19:15:30 chr6 31097453 . T G 1348.97 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0356232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.088;QD=59.9544;RBI=0.036684;REFB=-0.0332273;REVB=0.00875826;RO=2;SAF=54;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503822;STB=0.502659;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.000404951;OID=.;OPOS=31097453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:88:88:0.977778:34:54:1:1:34:54:1:1 chr6 31105889 . G A 57.94 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00340113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.666;QD=13.6325;RBI=0.0294164;REFB=-0.0264637;REVB=0.0292191;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398438;STB=0.743945;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0211744;OID=.;OPOS=31105889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:1:7:5:4:1:7:5:4 chr6 31105891 . A G 196.83 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0884806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.408;QD=46.3123;RBI=0.0915298;REFB=0;REVB=0.0234284;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133777;OID=.;OPOS=31105891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr6 31105988 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0128117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.051;QD=14.0438;RBI=0.0409396;REFB=0.00388214;REVB=-0.0388833;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118169;STB=0.571155;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.00551597;OID=.;OPOS=31105988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:3:1:2:3:3:1 chr6 31106177 . T C 237.81 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0399411;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.098;QD=25.7088;RBI=0.0442689;REFB=-0.00471761;REVB=-0.0190905;RO=14;SAF=7;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310262;STB=0.507036;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0019751;OID=.;OPOS=31106177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:15:22:22:0.594595:15:7:5:9:15:7:5:10 chr6 31106268 . A G 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0145385;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.474;QD=14.119;RBI=0.0230412;REFB=-0.00862616;REVB=0.0178753;RO=38;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520592;STB=0.529595;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0138335;OID=.;OPOS=31106268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:15:12:15:23:15:12:15:23 chr6 31106499 . G A 358.5 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0257371;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.988;QD=14.3398;RBI=0.025768;REFB=-0.0117985;REVB=-0.00126198;RO=57;SAF=20;SAR=21;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00353057;STB=0.512189;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0299658;OID=.;OPOS=31106499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:59:41:41:0.41:21:20:28:29:21:20:30:29 chr6 31107648 . C T 471.22 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=-0.0257178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.017;QD=23.5612;RBI=0.0258147;REFB=-0.0182974;REVB=-0.00223519;RO=33;SAF=8;SAR=37;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356061;STB=0.516272;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0181518;OID=.;OPOS=31107648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:33:35:45:45:0.5625:37:8:5:28:37:8:7:28 chr6 31107723 . AC A 231.68 PASS AF=0.463158;AO=41;DP=96;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=-0.0062993;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.1605;QD=9.75484;RBI=0.117621;REFB=0.0438478;REVB=0.117453;RO=50;SAF=8;SAR=33;SRF=11;SRR=39;SSEN=0.366197;SSEP=0;SSSB=-0.0377296;STB=0.509087;STBP=0.914;TYPE=del;VARB=-0.034041;OID=.;OPOS=31107724;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463158:41:96:44:95:51:9:35:11:40:99:50:8:33:11:39 chr6 31110786 . T A 865.97 PASS AF=0.527607;AO=84;DP=161;FAO=86;FDP=163;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=0.018615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.563;QD=21.2507;RBI=0.01945;REFB=-0.0260732;REVB=0.00563801;RO=77;SAF=39;SAR=45;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104482;STB=0.550721;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.020144;OID=.;OPOS=31110786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:77:77:84:86:0.527607:45:39:45:32:45:41:45:32 chr6 31111125 . G A 392.21 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.00994064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1052;QD=18.4567;RBI=0.0403658;REFB=-0.0303622;REVB=0.0391226;RO=44;SAF=28;SAR=13;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00118888;STB=0.500662;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0289313;OID=.;OPOS=31111125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:13:28:30:14:13:28:30:14 chr6 31111148 . T A 333.99 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.00959839;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.06;QD=17.1275;RBI=0.00970531;REFB=-0.00749047;REVB=-0.00143662;RO=38;SAF=25;SAR=10;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260919;STB=0.502511;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0136131;OID=.;OPOS=31111148;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:78:38:42:35:36:0.461538:10:25:28:10:11:25:29:13 chr6 31111180 . T C 335.77 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0111389;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2497;QD=19.4649;RBI=0.0278912;REFB=-0.0076523;REVB=-0.0255704;RO=33;SAF=25;SAR=10;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799318;STB=0.555523;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00784653;OID=.;OPOS=31111180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:33:34:35:35:0.507246:10:25:21:12:10:25:21:13 chr6 31113030 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.038;QD=58.7817;RBI=0.0397668;REFB=0;REVB=0.0212901;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26979e-05;OID=.;OPOS=31113030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr6 31113052 . G A 243.77 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0327527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.614;QD=15.2353;RBI=0.0333369;REFB=-0.0221897;REVB=0.00621355;RO=32;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385924;STB=0.540511;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0243361;OID=.;OPOS=31113052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:36:28:28:0.4375:16:12:15:17:16:12:18:18 chr6 31113275 . AG GA 60.9 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0294268;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=64.8148;QD=8.69948;RBI=0.0904277;REFB=-0.0585482;REVB=0.0855058;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134484;STB=0.571311;STBP=0.708;TYPE=mnp;VARB=0.0146354;OID=.;OPOS=31113275;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:27:28:16:17:10:11:0.392857:8:2:2:14:9:2:2:15 chr6 31116220 . G A 364.48 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.000854834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.789;QD=18.4549;RBI=0.00964854;REFB=-0.0126504;REVB=-0.0096106;RO=41;SAF=16;SAR=22;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029566;STB=0.516475;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0136333;OID=.;OPOS=31116220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:22:16:16:25:22:16:16:25 chr6 31118565 . C G 198.3 PASS AF=0.436364;AO=22;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0205195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.141;QD=14.4221;RBI=0.0206695;REFB=-0.0131117;REVB=0.00248592;RO=32;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151068;STB=0.555511;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0235334;OID=.;OPOS=31118565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:31:22:24:0.436364:10:12:22:10:10:14:21:10 chr6 31122330 . G A 273.83 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=-0.0126625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.237;QD=17.6667;RBI=0.0138535;REFB=-0.023693;REVB=-0.00561977;RO=32;SAF=4;SAR=26;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438493;STB=0.524647;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0176934;OID=.;OPOS=31122330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:26:4:5:27:26:4:5:27 chr6 31129616 . A G 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0644745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.243;QD=14.0541;RBI=0.0656282;REFB=0.00041676;REVB=-0.0122514;RO=35;SAF=7;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108974;STB=0.562448;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00181942;OID=.;OPOS=31129616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:18:7:13:22:18:7:13:22 chr6 31129642 . A C 233.93 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00417402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.234;QD=15.0922;RBI=0.0153367;REFB=-0.0230742;REVB=0.0147578;RO=35;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103886;STB=0.566345;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.028783;OID=.;OPOS=31129642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:35:35:26:27:0.435484:18:8:14:21:19:8:14:21 chr6 31132414 . G A 164.18 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0424045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7647;QD=29.8499;RBI=0.0469968;REFB=-0.037761;REVB=-0.0202621;RO=6;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192661;STB=0.606611;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0191642;OID=.;OPOS=31132414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:22:6:6:16:16:0.727273:9:7:5:1:9:7:5:1 chr6 31133943 . C A 261.66 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0338197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9194;QD=14.7413;RBI=0.0371644;REFB=-0.00338598;REVB=-0.0154085;RO=41;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111952;STB=0.563339;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00527266;OID=.;OPOS=31133943;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:15:15:16:25:15:15:16:25 chr6 31134118 . C CGAG 558.35 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=45;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00661645;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=242.22;QD=51.9391;RBI=0.0317284;REFB=-0.0527409;REVB=0.0310308;RO=6;SAF=8;SAR=31;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473055;STB=0.540048;STBP=0.174;TYPE=ins;VARB=0.00683589;OID=.;OPOS=31134119;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=CGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.906977:39:45:39:43:4:8:31:2:2:19:6:8:31:2:4 chr6 31138335 . C T 379.66 PASS AF=0.470588;AO=39;DP=83;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=0.031859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.75;QD=17.8664;RBI=0.0333036;REFB=-0.0238784;REVB=0.00970243;RO=44;SAF=18;SAR=21;SRF=34;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292129;STB=0.646649;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0191639;OID=.;OPOS=31138335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:44:45:39:40:0.470588:21:18:34:10:21:19:34:11 chr6 31165566 . T C 1415.32 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2629;QD=62.9032;RBI=0.0145305;REFB=0;REVB=-0.00841349;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.19665e-05;OID=.;OPOS=31165566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:39:51:0:0:39:51:0:0 chr6 31165597 . AT A 559.85 PASS AF=0.582418;AO=51;DP=92;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00789373;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.843;QD=24.609;RBI=0.00807497;REFB=0.0024013;REVB=-0.00170122;RO=38;SAF=29;SAR=22;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126854;STB=0.505687;STBP=0.912;TYPE=del;VARB=-0.0013214;OID=.;OPOS=31165598;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.582418:51:92:53:91:38:30:23:21:17:99:38:29:22:21:17 chr6 31165962 . G A 1066.25 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0260317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.527;QD=58.4245;RBI=0.0324829;REFB=-0.0934054;REVB=0.0194291;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000292172;OID=.;OPOS=31165962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:35:37:0:0:35:37:1:0 chr6 31170228 . G C 371.76 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00874598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2956;QD=17.4945;RBI=0.0125108;REFB=-0.0124484;REVB=0.0089459;RO=46;SAF=24;SAR=15;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216063;STB=0.620877;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0159708;OID=.;OPOS=31170228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:15:24:18:28:15:24:18:28 chr6 31236853 . G A 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9232;QD=55.6522;RBI=0.0459603;REFB=0;REVB=-0.0410004;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00097511;OID=.;OPOS=31236853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr6 31236900 . G A 132.96 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.0132478;FXX=0.103413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.893;QD=20.4556;RBI=0.0257213;REFB=-0.0198061;REVB=0.0220473;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305188;STB=0.749711;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0104737;OID=.;OPOS=31236900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:26:14:12:14:14:0.538462:8:6:11:3:8:6:12:0 chr6 31237124 . T C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0076;QD=57.2004;RBI=0.0380655;REFB=0;REVB=0.0379509;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000841045;OID=.;OPOS=31237124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr6 31237162 . C G 313.39 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7761;QD=52.2317;RBI=0.0549532;REFB=0;REVB=-0.0267924;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00609812;OID=.;OPOS=31237162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:10:14:0:0 chr6 31237255 . G A 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7081;QD=53.9087;RBI=0.0502804;REFB=0;REVB=0.0498765;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101603;OID=.;OPOS=31237255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr6 31237323 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.309;QD=49.5978;RBI=0.0398822;REFB=0;REVB=-0.0318304;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214687;OID=.;OPOS=31237323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr6 31237333 . T A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.84;QD=50.4126;RBI=0.0237618;REFB=0;REVB=0.023688;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130596;OID=.;OPOS=31237333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr6 31237342 . G T 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0321668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9326;QD=25.7105;RBI=0.0645641;REFB=-0.0745805;REVB=0.0559806;RO=6;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671703;STB=0.537756;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0379707;OID=.;OPOS=31237342;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:8:5:3:3:8:5:3:3 chr6 31237723 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.481;QD=40.7629;RBI=0.0193242;REFB=0;REVB=0.00198522;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103472;OID=.;OPOS=31237723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr6 31237727 . T C 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.187459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9815;QD=32.8208;RBI=0.188787;REFB=0.000606046;REVB=-0.0223606;RO=1;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524171;STB=0.529348;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0158357;OID=.;OPOS=31237727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:8:1:0:1:8:1:0:1 chr6 31237767 . T C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.857;QD=43.4826;RBI=0.0366061;REFB=0;REVB=-0.00811213;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00225025;OID=.;OPOS=31237767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr6 31237769 . G A 109.05 PASS AF=0.916667;AO=12;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00495271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.14;QD=36.3497;RBI=0.00622592;REFB=-0.114883;REVB=0.00377262;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.523767;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00505963;OID=.;OPOS=31237769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:12:11:0.916667:11:1:0:0:10:1:0:1 chr6 31237771 . G A 130.65 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0679736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.465;QD=43.5506;RBI=0.0748629;REFB=0;REVB=0.0313694;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000668674;OID=.;OPOS=31237771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:10:1:0:0:11:1:0:0 chr6 31237773 . TG CC 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137442;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.646;QD=43.4862;RBI=0.0317327;REFB=0;REVB=-0.0286018;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00061636;OID=.;OPOS=31237773;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr6 31237786 . A T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.062;QD=43.4862;RBI=0.0454702;REFB=0;REVB=0.0368361;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447562;OID=.;OPOS=31237786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr6 31237802 . A G 107.1 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459509;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.47;QD=42.838;RBI=0.0490127;REFB=0;REVB=-0.0170516;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617539;OID=.;OPOS=31237802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr6 31237833 . T C 55.15 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.275;QD=36.7651;RBI=0.0359354;REFB=0;REVB=0.0359354;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196597;OID=.;OPOS=31237833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr6 31238135 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00695985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.117;QD=23.2183;RBI=0.007266;REFB=-0.0220454;REVB=-0.00208692;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00371753;OID=.;OPOS=31238135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:0:1:2:3:0:1 chr6 31238138 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.358;QD=33.4285;RBI=0.0183279;REFB=0;REVB=0.0182466;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023863;OID=.;OPOS=31238138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 31238230 . GGGGG CGGGA 139.18 PASS AF=0.928571;AO=8;DP=15;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0032807;FXX=0.0666222;HRUN=5;LEN=5;MLLD=146.208;QD=39.7652;RBI=0.0234834;REFB=-0.117693;REVB=-0.0232531;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978599;STB=0.555467;STBP=0.287;TYPE=mnp;VARB=0.00463809;OID=.;OPOS=31238230;OREF=GGGGG;OALT=CGGGA;OMAPALT=CGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:14:1:1:8:13:0.928571:4:4:1:0:9:4:1:0 chr6 31238259 . G T 195.37 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311044;FXX=0.0587889;HRUN=5;LEN=1;MLLD=300.695;QD=48.8434;RBI=0.0312554;REFB=0;REVB=-0.00306804;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14216e-05;OID=.;OPOS=31238259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr6 31238490 . T C 445.84 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.709;QD=57.5272;RBI=0.0524684;REFB=0;REVB=0.0155284;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238322;OID=.;OPOS=31238490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:10:20:0:0:11:20:0:0 chr6 31238492 . C A 400.22 PASS AF=0.966667;AO=30;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000527512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.467;QD=53.3624;RBI=0.0147251;REFB=-0.0938585;REVB=0.0147157;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512812;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00135054;OID=.;OPOS=31238492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:30:29:0.966667:10:20:0:0:10:19:1:0 chr6 31238851 . T C 357.93 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.815;QD=55.0663;RBI=0.0579104;REFB=0;REVB=0.00819519;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403935;OID=.;OPOS=31238851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr6 31238868 . C T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0712419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1069;QD=7.62891;RBI=0.0717;REFB=0.00931635;REVB=0.00809222;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569244;STB=0.535625;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.0168791;OID=.;OPOS=31238868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:4:4:11:9:4:4:11:9 chr6 31238875 . G A 35.86 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0196117;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.47;QD=5.12354;RBI=0.0239209;REFB=-0.00222726;REVB=0.0136964;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148013;STB=0.599658;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00797334;OID=.;OPOS=31238875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:29:28:22:22:6:6:0.214286:2:4:12:10:2:4:12:10 chr6 31238880 . C T 43.5 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0802122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.238;QD=5.80053;RBI=0.102268;REFB=-0.00328488;REVB=0.0634408;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189188;STB=0.624625;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0206563;OID=.;OPOS=31238880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:2:5:13:10:2:5:13:10 chr6 31238909 . GT AG 163.01 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0175775;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.179;QD=18.1118;RBI=0.0198927;REFB=-0.0226483;REVB=-0.00931404;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165154;STB=0.594481;STBP=0.29;TYPE=mnp;VARB=0.0263267;OID=.;OPOS=31238909;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:19:19:17:17:0.472222:6:11:9:10:6:11:9:10 chr6 31238942 . G A 256.07 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0129386;FXX=0.117624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.518;QD=22.7613;RBI=0.034202;REFB=-0.0175352;REVB=0.0316603;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808921;STB=0.504501;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0159088;OID=.;OPOS=31238942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:45:20:20:25:25:0.555556:11:14:11:9:11:14:11:9 chr6 31238943 . C T 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0184399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.819;QD=13.7738;RBI=0.018625;REFB=-0.0040823;REVB=0.00261922;RO=31;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674753;STB=0.538884;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00306133;OID=.;OPOS=31238943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:9:11:19:12:9:11:19:12 chr6 31238957 . A C 728.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4475;QD=57.1126;RBI=0.0635981;REFB=0;REVB=-0.0605932;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000525954;OID=.;OPOS=31238957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:24:26:0:0:24:27:0:0 chr6 31238983 . G C 288.68 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0210189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7724;QD=20.9949;RBI=0.0775946;REFB=0.00721924;REVB=-0.0746936;RO=25;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109591;STB=0.506079;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.00674566;OID=.;OPOS=31238983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:14:16:13:12:14:16:13:12 chr6 31238992 . G C 194.82 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0501961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2933;QD=14.1683;RBI=0.058301;REFB=0.0120517;REVB=-0.0296541;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098376;STB=0.556211;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.020357;OID=.;OPOS=31238992;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:10:13:15:17:10:13:15:17 chr6 31239006 . G T 182.21 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0280071;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.518;QD=13.7517;RBI=0.0281116;REFB=-0.0197698;REVB=0.00242204;RO=31;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164674;STB=0.509425;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0363025;OID=.;OPOS=31239006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:31:22:22:0.415094:11:11:15:16:11:11:15:16 chr6 31239010 . G A 47.21 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0202457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.541;QD=3.56267;RBI=0.0231686;REFB=-0.00151976;REVB=0.0112648;RO=45;SAF=3;SAR=5;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191284;STB=0.63347;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00743563;OID=.;OPOS=31239010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:45:45:8:8:0.150943:5:3:24:21:5:3:24:21 chr6 31239016 . G A 156.53 PASS AF=0.36;AO=17;DP=48;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00692024;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.844;QD=12.5226;RBI=0.0210203;REFB=-0.00346023;REVB=0.0198485;RO=30;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970616;STB=0.555494;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00393862;OID=.;OPOS=31239016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:30:32:17:18:0.36:10:7:15:15:10:8:17:15 chr6 31239050 . G A 235.05 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0367679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2126;QD=22.3861;RBI=0.0368879;REFB=0.00681243;REVB=0.00297299;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918802;STB=0.55151;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.0068572;OID=.;OPOS=31239050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:21:21:0.5:11:10:7:12:11:10:7:12 chr6 31239057 . C T 229.6 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0370894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.72;QD=22.4;RBI=0.0379008;REFB=-0.00422117;REVB=-0.00780023;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724577;STB=0.540504;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00492438;OID=.;OPOS=31239057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:7:12:12:10:7:12 chr6 31239060 . A G 92.76 PASS AF=0.292683;AO=11;DP=40;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0401739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.091;QD=9.04954;RBI=0.0413296;REFB=0.00284571;REVB=-0.00970567;RO=29;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223921;STB=0.586059;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.0057551;OID=.;OPOS=31239060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:41:29:29:11:12:0.292683:8:3:13:16:8:4:13:16 chr6 31239090 . G C 42.11 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.041277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.666;QD=4.55238;RBI=0.0415281;REFB=-0.012605;REVB=-0.00455975;RO=30;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150958;STB=0.603138;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0377354;OID=.;OPOS=31239090;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:5:2:12:18:5:2:12:18 chr6 31239101 . G T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.779;QD=59.4349;RBI=0.0215355;REFB=0;REVB=0.0085734;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159853;OID=.;OPOS=31239101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr6 31239114 . G T 75.56 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0237953;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.16;QD=10.4214;RBI=0.0244893;REFB=-0.0144597;REVB=-0.00578851;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106424;STB=0.587603;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0385016;OID=.;OPOS=31239114;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:28:29:18:19:10:10:0.344828:7:3:7:11:7:3:8:11 chr6 31239116 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00142892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.173;QD=19.0174;RBI=0.00958119;REFB=-0.0194727;REVB=0.00947404;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874813;STB=0.549932;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.010534;OID=.;OPOS=31239116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:10:5:6:8:10:5:6:8 chr6 31239378 . T G 489.76 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033859;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6094;QD=59.3653;RBI=0.042016;REFB=0;REVB=0.024878;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000329359;OID=.;OPOS=31239378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr6 31239430 . C T 791.45 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1116;QD=63.3157;RBI=0.0572444;REFB=0;REVB=0.00859856;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209097;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048339;OID=.;OPOS=31239430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:27:22:1:0:27:23:0:0 chr6 31239518 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.103801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.42;QD=16.9311;RBI=0.105073;REFB=-0.00870791;REVB=0.0162977;RO=12;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405775;STB=0.742721;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00242636;OID=.;OPOS=31239518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:11:1:4:8:11:1:4:8 chr6 31239543 . C T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0274501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.79;QD=17.3781;RBI=0.0282621;REFB=0.00323769;REVB=0.00672598;RO=10;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430006;STB=0.75698;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00410241;OID=.;OPOS=31239543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:10:1:4:6:10:1:4:6 chr6 31239577 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.538;QD=40.7627;RBI=0.0703214;REFB=0;REVB=0.0558339;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236089;OID=.;OPOS=31239577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr6 31239614 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0457655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.898;QD=16.199;RBI=0.0464524;REFB=-0.0341425;REVB=0.00795861;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0207741;OID=.;OPOS=31239614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:1:2:4:1:1:2 chr6 31239622 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.422;QD=39.2067;RBI=0.0288515;REFB=0;REVB=0.0258564;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000996286;OID=.;OPOS=31239622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 31239681 . A T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.031;QD=39.2068;RBI=0.0471748;REFB=0;REVB=0.0021257;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633406;OID=.;OPOS=31239681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr6 31239722 . A C 269.9 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.567;QD=51.4104;RBI=0.0468289;REFB=0;REVB=0.0296251;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396084;OID=.;OPOS=31239722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:8:11:0:0:8:13:0:0 chr6 31239752 . C A,T 478.18 PASS AF=0.848485,0.151515;AO=15,17;DP=32;FAO=28,5;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9,5;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115886,0.0278019;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.952,180.981;QD=57.961;RBI=0.145958,0.0308121;REFB=0,0;REVB=0.145497,-0.0132831;RO=0;SAF=9,5;SAR=6,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00174453,0.0317142;OID=.,.;OPOS=31239752,31239752;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:32:33:0:0:15,17:28,5:0.848485,0.151515:6,12:9,5:0:0:19,0:9,5:0:0 chr6 31239766 . C T 203.25 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00402613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.834;QD=21.9727;RBI=0.0120415;REFB=-0.0412973;REVB=0.0113485;RO=16;SAF=4;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340925;STB=0.684006;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0221531;OID=.;OPOS=31239766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:16:4:9:7:16:4:9:8 chr6 31239776 . A C 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0155552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.193;QD=15.6261;RBI=0.0231126;REFB=-0.0256058;REVB=-0.0170946;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318338;STB=0.68162;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0260854;OID=.;OPOS=31239776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:7:10:6:17:7:10:6:17 chr6 31239802 . C G 762.65 PASS AF=1;AO=44;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7695;QD=56.4927;RBI=0.175141;REFB=0;REVB=0.174527;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254843;OID=.;OPOS=31239802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:44:54:1:18:26:0:0:27:27:0:0 chr6 31239821 . G T 738.15 PASS AF=0.964912;AO=53;DP=56;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0346416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.494;QD=51.7999;RBI=0.0630769;REFB=-0.151072;REVB=0.0527129;RO=2;SAF=26;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000646073;STB=0.500319;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00141474;OID=.;OPOS=31239821;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:57:2:2:53:55:0.964912:27:26:1:1:28:27:1:1 chr6 31239827 . C T 805.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235982;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.337;QD=57.5324;RBI=0.0712271;REFB=0;REVB=0.0672043;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026075;OID=.;OPOS=31239827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:28:26:0:0:30:26:0:0 chr6 31322303 . C G 94.05 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.11402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4544;QD=34.1982;RBI=0.115708;REFB=0.0562421;REVB=0.019688;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080744;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0030876;OID=.;OPOS=31322303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:11:1:1:9:10:0.909091:5:4:0:1:5:5:0:1 chr6 31322470 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.54;QD=60.9786;RBI=0.0482982;REFB=0;REVB=0.0113816;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.36857e-05;OID=.;OPOS=31322470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr6 31322888 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1058;QD=58.1416;RBI=0.0369003;REFB=0;REVB=0.0333302;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175789;OID=.;OPOS=31322888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr6 31322911 . C T 638.66 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0523675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.226;QD=59.4104;RBI=0.0557247;REFB=0.117498;REVB=0.0190496;RO=1;SAF=14;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323448;STB=0.517233;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00169159;OID=.;OPOS=31322911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:28:14:1:0:28:14:1:0 chr6 31322980 . C T 772.65 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.135;QD=61.8122;RBI=0.0369953;REFB=-0.0681779;REVB=0.0234955;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017757;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00282728;OID=.;OPOS=31322980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:26:23:0:1:26:23:0:1 chr6 31322996 . C T 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.597;QD=63.2827;RBI=0.026986;REFB=0;REVB=0.00677751;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136575;OID=.;OPOS=31322996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr6 31323296 . A G 582.45 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0260743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.853;QD=58.2449;RBI=0.0262019;REFB=-0.10181;REVB=-0.00258316;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028395;STB=0.515144;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000351996;OID=.;OPOS=31323296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:23:16:1:0:23:16:1:0 chr6 31323337 . T C 272.48 PASS AF=0.705882;AO=23;DP=35;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0149617;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.034;QD=32.0563;RBI=0.0448609;REFB=-0.0349255;REVB=0.0422924;RO=9;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039625;STB=0.512305;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0106062;OID=.;OPOS=31323337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:35:34:9:10:23:24:0.705882:12:11:5:4:13:11:5:5 chr6 31323945 . A C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.401;QD=42.1826;RBI=0.0245182;REFB=0;REVB=0.00828077;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162047;OID=.;OPOS=31323945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr6 31323953 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.746;QD=40.7629;RBI=0.079173;REFB=0;REVB=0.0351713;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175776;OID=.;OPOS=31323953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr6 31323958 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8984;QD=40.7627;RBI=0.0644852;REFB=0;REVB=0.0514471;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257704;OID=.;OPOS=31323958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr6 31323960 . G C 101.81 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.2;QD=40.7246;RBI=0.0184555;REFB=0;REVB=-0.0126786;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49971e-05;OID=.;OPOS=31323960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr6 31324003 . TC AG 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330823;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.941;QD=36.2816;RBI=0.0349092;REFB=0;REVB=0.0111451;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00160178;OID=.;OPOS=31324003;OREF=TC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 31324024 . C A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.718;QD=39.2066;RBI=0.0467009;REFB=0;REVB=0.046639;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122298;OID=.;OPOS=31324024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 31324643 . G C 66.47 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0162424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.681;QD=26.587;RBI=0.0162928;REFB=-0.00372264;REVB=0.0012803;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459355;STB=0.526249;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00153478;OID=.;OPOS=31324643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:5:3:1:1:5:3:1:1 chr6 31324666 . A C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6569;QD=39.2063;RBI=0.0879597;REFB=0;REVB=-0.0780292;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00186063;OID=.;OPOS=31324666;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr6 31324829 . GG CA 88.78 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054995;FXX=0.0999001;HRUN=2;LEN=2;MLLD=177.331;QD=39.4573;RBI=0.0951153;REFB=0;REVB=0.0776045;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00304279;OID=.;OPOS=31324829;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:8:9:1:2:6:0:0:3:6:0:0 chr6 31324892 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.612;QD=40.7629;RBI=0.0677426;REFB=0;REVB=0.0405258;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508933;OID=.;OPOS=31324892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr6 31324895 . G C 101.86 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2471;QD=40.7436;RBI=0.166865;REFB=0;REVB=0.121963;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00965956;OID=.;OPOS=31324895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr6 31324911 . C G 30.49 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0114309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.406;QD=11.0875;RBI=0.0260255;REFB=-0.00120667;REVB=0.0233808;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533759;STB=0.826352;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0133346;OID=.;OPOS=31324911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:5:1:4:1:5:1 chr6 31324925 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.21;QD=33.4285;RBI=0.0663981;REFB=0;REVB=-0.0549153;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136316;OID=.;OPOS=31324925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr6 31324931 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0756136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.093;QD=33.4285;RBI=0.075626;REFB=0;REVB=-0.00137247;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124474;OID=.;OPOS=31324931;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr6 31324941 . C T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.754;QD=26.0259;RBI=0.059903;REFB=0.0440492;REVB=0.059903;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00194069;OID=.;OPOS=31324941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:6:0:0:1:6:0:0:1 chr6 31371430 . T C 279.59 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0412903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.0577;QD=48.6238;RBI=0.041494;REFB=0.0759902;REVB=0.00410707;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.028798;OID=.;OPOS=31371430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:1:0:12:10:1:0 chr6 31378358 . T G 419.34 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0146309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.618;QD=25.8054;RBI=0.0358918;REFB=0.0196216;REVB=0.0327744;RO=24;SAF=22;SAR=18;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171419;STB=0.599002;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0170015;OID=.;OPOS=31378358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:25:40:40:0.615385:18:22:19:5:18:22:20:5 chr6 31378387 . TG CA,CG 787.8 PASS AF=0.350877,0.649123;AO=20,35;DP=60;FAO=20,37;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=14,17;FSAR=6,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123272,-0.0430636;FXX=0.0499917;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=42.5974,50.7562;QD=55.2841;RBI=0.0549542,0.0886313;REFB=0,0;REVB=0.0549404,0.0774664;RO=0;SAF=14,15;SAR=6,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.5931e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00255473,-0.00615076;OID=.,.;OPOS=31378387,31378387;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:60:57:0:0:20,35:20,37:0.350877,0.649123:6,20:14,15:0:0:6,20:14,17:0:0 chr6 31378425 . A G 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.915;QD=56.9994;RBI=0.0160245;REFB=0;REVB=0.0158409;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36741e-05;OID=.;OPOS=31378425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr6 31378510 . G A 117.76 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00962201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.248;QD=12.3956;RBI=0.0108448;REFB=-0.00836091;REVB=0.0050026;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603055;STB=0.535662;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0143442;OID=.;OPOS=31378510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:4:10:16:8:4:10:16:8 chr6 31378977 . G A 954.36 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.986;QD=58.7299;RBI=0.0225796;REFB=0;REVB=-0.0223877;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46688e-05;OID=.;OPOS=31378977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr6 31379059 . A T 358.87 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0141492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.438;QD=25.1836;RBI=0.0224743;REFB=0.0114457;REVB=0.0174612;RO=22;SAF=17;SAR=18;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042023;STB=0.523033;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00736836;OID=.;OPOS=31379059;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:18:17:12:10:18:17:12:10 chr6 31379109 . G A 556.28 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00705789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.887;QD=60.1384;RBI=0.00738691;REFB=0;REVB=-0.00218006;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87155e-05;OID=.;OPOS=31379109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:16:21:0:0 chr6 31379773 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.32;QD=62.9825;RBI=0.0552295;REFB=0;REVB=0.0309734;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187743;OID=.;OPOS=31379773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr6 31379794 . CA TG 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118782;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=161.337;QD=60.9786;RBI=0.0175865;REFB=0;REVB=0.012969;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.0217e-06;OID=.;OPOS=31379794;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr6 31379807 . C T 594.43 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244064;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.23;QD=60.9672;RBI=0.0244078;REFB=0;REVB=0.00026228;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6578e-05;OID=.;OPOS=31379807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr6 31379817 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.803;QD=61.3349;RBI=0.0739669;REFB=0;REVB=0.0607815;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368314;OID=.;OPOS=31379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr6 31379823 . C G 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0851;QD=62.3468;RBI=0.071759;REFB=0;REVB=0.0124233;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000802252;OID=.;OPOS=31379823;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr6 31379931 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.839;QD=57.3856;RBI=0.0328602;REFB=0;REVB=0.0325478;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27823e-05;OID=.;OPOS=31379931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr6 31380157 . TGCTG T,TGCT,TGCTGCTGCTGCTGCT 413.83 PASS AF=0.548387,0.225806,0.225806;AO=16,9,5;DP=35;FAO=17,7,7;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10,5,1;FSAR=7,2,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110658,0.0572784,0.0155659;FXX=0.114253;HRUN=1,2,1;LEN=4,1,11;MLLD=273.561,25.8985,171.393;QD=53.3978;RBI=0.0129403,0.0947069,0.0174939;REFB=0,0,0;REVB=0.00670816,-0.0754227,-0.00798352;RO=0;SAF=9,6,0;SAR=7,3,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,ins;VARB=0.00292237,-0.00351171,-0.00239599;OID=.,.,.;OPOS=31380158,31380161,31380162;OREF=GCTG,G,-;OALT=-,-,CTGCTGCTGCT;OMAPALT=T,TGCT,TGCTGCTGCTGCTGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.548387,0.225806,0.225806:16,9,5:35:17,7,7:31:0:10,5,1:7,2,6:0:0:55:0:9,6,0:7,3,5:0:0 chr6 31380194 . T C 54.34 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00368639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.664;QD=8.69452;RBI=0.0189081;REFB=-0.00521944;REVB=-0.0185453;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377676;STB=0.734096;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00728164;OID=.;OPOS=31380194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:6:2:10:7:6:2:10:7 chr6 31380198 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0411813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.713;QD=11.6342;RBI=0.0430085;REFB=-0.021696;REVB=-0.0124029;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167304;STB=0.5998;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0335923;OID=.;OPOS=31380198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:9:7:6:4:9:7 chr6 31382882 . C A 1256.84 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.393;QD=61.3092;RBI=0.0540165;REFB=0;REVB=0.0516754;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135217;OID=.;OPOS=31382882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:41:40:0:0:42:40:0:0 chr6 31382911 . A G 891.19 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.999;QD=57.496;RBI=0.0483637;REFB=0;REVB=-0.0311003;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149544;OID=.;OPOS=31382911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:31:30:0:0:32:30:0:0 chr6 31466051 . T A 214.24 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0278042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.364;QD=28.565;RBI=0.0287918;REFB=-0.0471388;REVB=0.00747624;RO=8;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026098;STB=0.516762;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0207273;OID=.;OPOS=31466051;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:28:30:8:10:20:20:0.666667:9:11:4:4:9:11:5:5 chr6 31473546 . A G 890.05 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.029912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.636;QD=56.5111;RBI=0.0379663;REFB=-0.117468;REVB=0.023382;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.506022;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000295141;OID=.;OPOS=31473546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:21:41:0:0:21:41:1:0 chr6 31473561 . A G 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00761803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.762;QD=19.4011;RBI=0.00777686;REFB=-0.00996161;REVB=0.00156372;RO=38;SAF=27;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183087;STB=0.602251;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00818884;OID=.;OPOS=31473561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:11:27:20:18:11:27:20:18 chr6 31473957 . C G 320.34 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00759546;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.747;QD=18.305;RBI=0.0344041;REFB=-0.0124757;REVB=-0.0335552;RO=36;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511624;STB=0.528555;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0163082;OID=.;OPOS=31473957;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:17:17:16:20:17:17:16:20 chr6 31474000 . G A 467.06 PASS AF=0.5;AO=45;DP=91;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00397747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9479;QD=20.3069;RBI=0.0330477;REFB=-0.0117093;REVB=0.0328075;RO=45;SAF=18;SAR=27;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413373;STB=0.51116;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0151875;OID=.;OPOS=31474000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:45:46:45:46:0.5:27:18:20:25:27:19:20:26 chr6 31477681 . A G 1135.15 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8611;QD=60.5416;RBI=0.142516;REFB=0;REVB=-0.0702973;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429564;OID=.;OPOS=31477681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr6 31496925 . G A 582.42 PASS AF=0.975;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0385829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.945;QD=58.2422;RBI=0.0489519;REFB=-0.057453;REVB=0.0301272;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.508193;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00234546;OID=.;OPOS=31496925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:0:1:39:39:0.975:30:9:0:0:30:9:0:1 chr6 31497706 . C T 2318.38 PASS AF=1;AO=152;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.168698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.705;QD=59.067;RBI=0.168704;REFB=-0.0457016;REVB=0.00149358;RO=5;SAF=50;SAR=102;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452192;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038215;OID=.;OPOS=31497706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:157:157:5:0:152:157:1:102:50:5:0:102:55:0:0 chr6 31498244 . G GC 173.75 PASS AF=0.631579;AO=21;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0326275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.2186;QD=18.2893;RBI=0.077699;REFB=-0.0582555;REVB=0.0705166;RO=16;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457773;STB=0.537747;STBP=0.56;TYPE=ins;VARB=0.0575409;OID=.;OPOS=31498245;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631579:21:38:24:38:14:13:11:9:5:73:16:13:8:9:7 chr6 31506624 . T C 937.54 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.593;QD=58.596;RBI=0.024047;REFB=0;REVB=0.0239775;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75504e-05;OID=.;OPOS=31506624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr6 31506648 . G T 1027.73 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0929414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8512;QD=57.9005;RBI=0.093486;REFB=-0.0552531;REVB=-0.0100759;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00172614;OID=.;OPOS=31506648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:39:31:0:0:39:31:0:1 chr6 31509432 . G A 726.55 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129305;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.64;QD=56.9844;RBI=0.0538134;REFB=0;REVB=0.0522368;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180734;OID=.;OPOS=31509432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr6 31510105 . A G 1083.8 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00214988;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.25;QD=60.2112;RBI=0.0381781;REFB=0;REVB=0.0381175;RO=0;SAF=53;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149226;OID=.;OPOS=31510105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:19:53:0:0:19:53:0:0 chr6 31514247 . A G 148.81 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0156318;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.124;QD=16.5347;RBI=0.0233817;REFB=-0.0108968;REVB=-0.0173883;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136903;STB=0.555487;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0157048;OID=.;OPOS=31514247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:22:20:16:16:0.444444:8:8:8:14:8:8:8:12 chr6 31525912 . C T 708.42 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.774;QD=62.971;RBI=0.0328115;REFB=0;REVB=0.0311575;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103634;OID=.;OPOS=31525912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr6 31528326 . G C 348.38 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0493663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.164;QD=19.9073;RBI=0.0515431;REFB=-0.0161447;REVB=0.0148209;RO=33;SAF=15;SAR=20;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00386223;STB=0.512188;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0128025;OID=.;OPOS=31528326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:33:34:35:36:0.514286:20:15:14:19:21:15:15:19 chr6 31540784 . C A 52.66 PASS AF=0.266667;AO=9;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=21;FWDB=0.0481843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6243;QD=7.02188;RBI=0.116504;REFB=-0.0175305;REVB=0.106073;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.604934;STB=0.795498;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0560776;OID=.;OPOS=31540784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:21:22:9:8:0.266667:5:4:0:21:5:3:1:21 chr6 31555130 . A G 533.72 PASS AF=0.595238;AO=48;DP=82;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0136332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.733;QD=25.4153;RBI=0.0235892;REFB=-0.0227715;REVB=0.0192507;RO=33;SAF=23;SAR=25;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184147;STB=0.602609;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0167896;OID=.;OPOS=31555130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:33:34:48:50:0.595238:25:23:24:9:26:24:25:9 chr6 31555657 . A G 126.14 PASS AF=0.441176;AO=10;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=0.0070132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.162;QD=14.8405;RBI=0.0311409;REFB=-0.021486;REVB=0.0303409;RO=13;SAF=10;SAR=0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.575229;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.039154;OID=.;OPOS=31555657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:19:10:15:0.441176:0:10:13:0:1:14:17:2 chr6 31556709 . A G 230.22 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0430209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.836;QD=16.4445;RBI=0.0434735;REFB=-0.00497044;REVB=0.00625684;RO=30;SAF=5;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311487;STB=0.649226;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00414893;OID=.;OPOS=31556709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:25:26:0.464286:20:5:14:16:20:6:14:16 chr6 31583931 . C T 289.77 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00548832;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.559;QD=16.0982;RBI=0.0188461;REFB=-0.0116854;REVB=-0.0180292;RO=38;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886395;STB=0.539191;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0161737;OID=.;OPOS=31583931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:40:32:32:0.444444:22:10:15:23:22:10:15:25 chr6 31594628 . T A 1016.3 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00648907;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8033;QD=58.0745;RBI=0.0202875;REFB=-0.0707849;REVB=0.0192217;RO=1;SAF=43;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108681;STB=0.505745;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000716486;OID=.;OPOS=31594628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:26:43:1:0:26:43:1:0 chr6 31595772 . GCCTGCTGCCCCA G 190.21 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00550351;FXX=0.149975;HRUN=2;LEN=12;MLLD=338.28;QD=14.9186;RBI=0.0225795;REFB=-0.00748593;REVB=0.0218985;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163482;STB=0.56727;STBP=0.32;TYPE=del;VARB=0.00737973;OID=.;OPOS=31595773;OREF=CCTGCTGCCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509804:25:60:26:51:25:15:11:11:14:99:22:14:11:8:14 chr6 31595882 . C A 1099.43 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.164;QD=59.4284;RBI=0.0624916;REFB=0;REVB=0.0204533;RO=0;SAF=21;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241395;OID=.;OPOS=31595882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:71:74:1:50:21:0:0:51:23:0:0 chr6 31598489 . A G 546.63 PASS AF=0.460938;AO=57;DP=126;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0121471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.695;QD=17.0822;RBI=0.0334654;REFB=0.00393883;REVB=-0.031183;RO=67;SAF=35;SAR=22;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047375;STB=0.543048;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0052966;OID=.;OPOS=31598489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:67:69:57:59:0.460938:22:35:38:29:22:37:38:31 chr6 31601344 . T C 808.09 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0289805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6709;QD=53.8725;RBI=0.0332174;REFB=0.00809455;REVB=-0.0162335;RO=2;SAF=19;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470914;STB=0.524991;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0138545;OID=.;OPOS=31601344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:39:19:2:0:39:19:2:0 chr6 31602967 . G A 1451.89 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00368341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.834;QD=59.8718;RBI=0.0392849;REFB=-0.099708;REVB=0.0391119;RO=3;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242998;STB=0.512818;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00198837;OID=.;OPOS=31602967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:97:3:3:94:94:0.969072:57:37:0:3:57:37:0:3 chr6 31603770 . A G 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00355785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8749;QD=11.4258;RBI=0.0179987;REFB=-0.00409156;REVB=-0.0176436;RO=36;SAF=11;SAR=10;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189435;STB=0.597918;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00589894;OID=.;OPOS=31603770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:37:21:21:0.362069:10:11:25:11:10:11:25:12 chr6 31604044 . T G 714.26 PASS AF=0.979167;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1246;QD=59.5214;RBI=0.0429925;REFB=-0.0158597;REVB=0.034595;RO=1;SAF=9;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493531;STB=0.52173;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0021255;OID=.;OPOS=31604044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:48:1:1:44:47:0.979167:35:9:1:0:36:11:1:0 chr6 31604591 . C T 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.00647976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.4106;QD=5.78753;RBI=0.0341693;REFB=0.0018251;REVB=0.0335493;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182607;STB=0.6151;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00230461;OID=.;OPOS=31604591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:5:2:4:19:5:2:4:19 chr6 31617054 . AGG ACG,A,AG 219.83 PASS AF=0,0,1;AO=6,5,13;DP=38;FAO=0,0,37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,15;FSAR=0,0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286399,-0.0667426,-0.132539;FXX=0.0263089;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=86.0265,8.65411,8.18115;QD=23.7658;RBI=0.140691,0.0917968,0.17736;REFB=0.0348676,0.0844124,0.0789725;REVB=-0.137745,0.0630244,0.117856;RO=6;SAF=0,5,4;SAR=6,0,9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.759974,0.739739,-0.119706;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.00898168,0.00290694;OID=.,.,.;OPOS=31617055,31617055,31617055;OREF=G,GG,G;OALT=C,-,-;OMAPALT=ACG,A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,1:6,5,13:38:0,0,37:37:0:0,0,15:0,0,22:0:0:5:6:0,5,4:6,0,9:3:3 chr6 31627449 . C G 952.63 PASS AF=0.492147;AO=93;DP=191;FAO=94;FDP=191;FR=.;FRO=97;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=-0.00533153;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.324;QD=19.9503;RBI=0.00555535;REFB=-0.0130546;REVB=-0.001561;RO=96;SAF=38;SAR=55;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133202;STB=0.572324;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0116096;OID=.;OPOS=31627449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:96:97:93:94:0.492147:55:38:53:43:55:39:54:43 chr6 31627523 . C T 2829.06 PASS AF=0.994505;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00860899;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.2706;QD=62.177;RBI=0.0120456;REFB=-0.0340384;REVB=-0.00842508;RO=0;SAF=100;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503067;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=8.06763e-05;OID=.;OPOS=31627523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:182:0:1:181:181:0.994505:81:100:0:0:81:100:0:1 chr6 31630241 . C T 1139.05 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.505;QD=59.1713;RBI=0.0355656;REFB=-0.0913614;REVB=0.0227679;RO=1;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101772;STB=0.505375;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000980574;OID=.;OPOS=31630241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:46:30:0:1:46:30:0:1 chr6 31632134 . C A 241.18 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0641543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3059;QD=14.6167;RBI=0.0641781;REFB=-0.0254578;REVB=0.00174922;RO=35;SAF=24;SAR=4;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327949;STB=0.692146;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0411977;OID=.;OPOS=31632134;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:38:28:28:0.424242:4:24:22:13:4:24:24:14 chr6 31634758 . G A 1713.19 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00955043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.662;QD=60.6437;RBI=0.0179654;REFB=0;REVB=0.0152166;RO=0;SAF=49;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16783e-06;OID=.;OPOS=31634758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:64:49:0:0:64:49:0:0 chr6 31635710 . T C 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0438449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.293;QD=14.6971;RBI=0.0451341;REFB=0.00295222;REVB=0.0107105;RO=23;SAF=1;SAR=15;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312168;STB=0.687772;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00562056;OID=.;OPOS=31635710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:15:1:4:19:15:1:4:19 chr6 31639979 . C T 575.88 PASS AF=0.445255;AO=60;DP=137;FAO=61;FDP=137;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.00530067;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4602;QD=16.8139;RBI=0.0542939;REFB=-0.025345;REVB=-0.0540346;RO=76;SAF=22;SAR=38;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188857;STB=0.59861;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0307825;OID=.;OPOS=31639979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:76:76:60:61:0.445255:38:22:42:34:38:23:42:34 chr6 31655438 . G A 92.17 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0163276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.403;QD=6.24863;RBI=0.0181113;REFB=-0.00862132;REVB=0.00783768;RO=45;SAF=5;SAR=9;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164347;STB=0.602828;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0268555;OID=.;OPOS=31655438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:9:5:22:23:9:5:22:23 chr6 31657413 . T C 1256.42 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.691;QD=61.2888;RBI=0.0642971;REFB=0;REVB=0.0603158;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145351;OID=.;OPOS=31657413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:42:38:0:0:44:38:0:0 chr6 31675501 . G A 779.06 PASS AF=0.516556;AO=77;DP=150;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.00019259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.977;QD=20.6374;RBI=0.0140685;REFB=-0.0198669;REVB=-0.0140671;RO=73;SAF=35;SAR=42;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827084;STB=0.541741;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0155399;OID=.;OPOS=31675501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:73:73:77:78:0.516556:42:35:40:33:42:36:40:33 chr6 31675765 . G A 354.11 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0358481;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.4651;QD=21.4611;RBI=0.03884;REFB=-0.0173874;REVB=0.0149487;RO=29;SAF=19;SAR=17;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147179;STB=0.572824;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0356551;OID=.;OPOS=31675765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:30:36:36:0.545455:17:19:10:19:17:19:11:19 chr6 31687008 . G A 859.6 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236286;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.475;QD=58.2779;RBI=0.0346586;REFB=0;REVB=0.0253556;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276179;OID=.;OPOS=31687008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:29:28:0:0:31:28:0:0 chr6 31708328 . C T 364.98 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=90;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00767951;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.759;QD=16.043;RBI=0.0107886;REFB=-0.0128245;REVB=0.00757756;RO=51;SAF=14;SAR=24;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147323;STB=0.594154;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.012767;OID=.;OPOS=31708328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:51:52:38:39:0.428571:24:14:26:25:25:14:27:25 chr6 31729359 . A G 458.87 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0080788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.066;QD=23.5319;RBI=0.0636495;REFB=0.0041046;REVB=-0.0631347;RO=34;SAF=26;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119829;STB=0.565852;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00413573;OID=.;OPOS=31729359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:18:26:15:19:18:26:15:19 chr6 31731881 . C T 331.11 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.000226302;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=156.762;QD=21.3622;RBI=0.00902597;REFB=-0.00773955;REVB=0.00902313;RO=28;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00651969;OID=.;OPOS=31731881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:17:17:14:14:17:17:14:14 chr6 31733650 . G A 340.48 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=34;FWDB=-0.0261276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.589;QD=18.1589;RBI=0.0264139;REFB=-0.0232911;REVB=0.00387848;RO=39;SAF=14;SAR=22;SRF=5;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276932;STB=0.652174;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0311885;OID=.;OPOS=31733650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:22:14:5:34:22:14:5:34 chr6 31745284 . C T 1152.37 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5878;QD=60.6513;RBI=0.0461784;REFB=0;REVB=0.0215595;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215585;OID=.;OPOS=31745284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr6 31748820 . G A 1040.07 PASS AF=0.986486;AO=71;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=2.49958e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.485;QD=56.2198;RBI=0.00599349;REFB=-0.0245853;REVB=0.00599343;RO=2;SAF=43;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0057182;STB=0.508472;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00037473;OID=.;OPOS=31748820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:74:2:1:71:73:0.986486:28:43:1:1:29:44:0:1 chr6 31759455 . G T 40.31 PASS AF=0.0989011;AO=9;DP=92;FAO=9;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.00940029;FXX=0.0215031;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.2993;QD=1.77166;RBI=0.0450824;REFB=-0.0343299;REVB=0.0440915;RO=59;SAF=1;SAR=8;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468988;STB=0.876412;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.112479;OID=.;OPOS=31759455;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:92:91:59:80:9:9:0.0989011:8:1:27:32:8:1:41:39 chr6 31778272 . G A 663.83 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.026;QD=61.7512;RBI=0.110584;REFB=0;REVB=0.0224481;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633635;OID=.;OPOS=31778272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:22:20:0:0:22:21:0:0 chr6 31797587 . C G 690.97 PASS AF=1;AO=39;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.38;QD=62.8155;RBI=0.050852;REFB=0;REVB=0.0391944;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129958;OID=.;OPOS=31797587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:39:44:1:16:23:0:0:20:24:0:0 chr6 31797769 . A AAAGTT,T 929.32 PASS AF=0.666667,0.00813008;AO=66,10;DP=126;FAO=82,1;FDP=123;FR=.;FRO=40;FSAF=31,1;FSAR=51,0;FSRF=40;FSRR=0;FWDB=-0.00271397,-0.077381;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=5,1;MLLD=227.569,40.3427;QD=30.2219;RBI=0.0257712,0.08955;REFB=-0.0270482,-0.0112178;REVB=0.0256279,-0.0450707;RO=43;SAF=21,6;SAR=45,4;SRF=41;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.44133,-0.588827;STB=0.696034,0.5;STBP=0,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00736243,0.0358716;OID=.,.;OPOS=31797770,31797769;OREF=-,A;OALT=AAGTT,T;OMAPALT=AAAGTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:123:43:40:66,10:82,1:0.666667,0.00813008:45,4:21,6:41:2:51,0:31,1:40:0 chr6 31797923 . G T 167.49 PASS AF=0.888889;AO=11;DP=13;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00713859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.556;QD=37.2191;RBI=0.0385088;REFB=-0.0189857;REVB=0.0378414;RO=1;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599362;STB=0.523779;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.005147;OID=.;OPOS=31797923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:18:1:2:11:16:0.888889:4:7:1:0:5:11:1:1 chr6 31860337 . T C 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.178;QD=60.3765;RBI=0.026405;REFB=0;REVB=0.0223355;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2712e-05;OID=.;OPOS=31860337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr6 31868075 . G C 176.69 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0080521;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.822;QD=20.1936;RBI=0.00878031;REFB=-0.00319058;REVB=0.00350106;RO=17;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734303;STB=0.541619;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00259747;OID=.;OPOS=31868075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:17:17:18:18:0.514286:6:12:10:7:6:12:10:7 chr6 31903804 . G C 328.68 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00846627;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.514;QD=17.7663;RBI=0.0115236;REFB=-0.0085729;REVB=-0.00781758;RO=39;SAF=22;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884101;STB=0.549528;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00863509;OID=.;OPOS=31903804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:39:39:35:35:0.472973:13:22:21:18:13:22:21:18 chr6 31912773 . A G 188.44 PASS AF=0.4;AO=22;DP=58;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00802452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5623;QD=12.5628;RBI=0.00823841;REFB=-0.0113902;REVB=-0.00186505;RO=36;SAF=7;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232941;STB=0.64987;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.021429;OID=.;OPOS=31912773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:36:36:22:24:0.4:15:7:19:17:17:7:19:17 chr6 31914024 . T A 443.34 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0140062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9101;QD=20.1518;RBI=0.0146648;REFB=-0.00157481;REVB=0.00434541;RO=43;SAF=20;SAR=24;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139321;STB=0.56959;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00211146;OID=.;OPOS=31914024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:44:44:44:0.5:24:20:13:30:24:20:14:30 chr6 31914935 . A G 1434.27 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.587;QD=63.0447;RBI=0.0369566;REFB=0;REVB=-0.0298403;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.35914e-06;OID=.;OPOS=31914935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:48:43:0:0:48:43:0:0 chr6 31915144 . G A 383.15 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0099376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.008;QD=22.8748;RBI=0.010821;REFB=-0.00467709;REVB=-0.00428224;RO=29;SAF=24;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147924;STB=0.58154;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00390636;OID=.;OPOS=31915144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:14:24:13:16:14:24:13:16 chr6 31928799 . T C 1230.54 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0209151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9742;QD=60.0265;RBI=0.053759;REFB=-0.0683029;REVB=-0.0495236;RO=1;SAF=45;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010407;STB=0.505493;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000244233;OID=.;OPOS=31928799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:36:45:1:0:36:45:1:0 chr6 31929014 . A C 1529.73 PASS AF=1;AO=99;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219268;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.405;QD=59.407;RBI=0.0471873;REFB=0;REVB=0.0417834;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715833;OID=.;OPOS=31929014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:99:103:1:47:52:0:0:47:56:0:0 chr6 31936668 . T C 694.36 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.411;QD=61.7207;RBI=0.0501464;REFB=0;REVB=0.024948;RO=0;SAF=35;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338171;OID=.;OPOS=31936668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:9:35:0:0:9:36:0:0 chr6 31948448 . A G 61.08 PASS AF=0.164179;AO=11;DP=67;FAO=11;FDP=67;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.024565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.094;QD=3.64649;RBI=0.0289681;REFB=-0.00499835;REVB=-0.0153529;RO=54;SAF=3;SAR=8;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424161;STB=0.777027;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0157954;OID=.;OPOS=31948448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:67:67:54:56:11:11:0.164179:8:3:34:20:8:3:35:21 chr6 31973653 . A T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9104;QD=37.4885;RBI=0.0650322;REFB=0;REVB=-0.00476563;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00419842;OID=.;OPOS=31973653;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr6 31976139 . G C 429.46 PASS AF=1;AO=24;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469917;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=25.1104;QD=49.0813;RBI=0.250548;REFB=0;REVB=0.246102;RO=2;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153229;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00857073;OID=.;OPOS=31976139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:2:0:24:35:1:5:19:0:2:15:20:0:0 chr6 31977391 . C T 465.81 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.551;QD=58.2263;RBI=0.107396;REFB=0;REVB=0.0868311;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000814172;OID=.;OPOS=31977391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:30:32:1:13:17:0:0:15:17:0:0 chr6 31978746 . G A 128.61 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.541;QD=42.8694;RBI=0.0270226;REFB=0;REVB=-0.0105791;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783154;OID=.;OPOS=31978746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:5:7:0:0 chr6 32006317 . C T 296.06 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.070119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.439;QD=49.3433;RBI=0.0923804;REFB=-0.0144043;REVB=-0.0601453;RO=1;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264628;STB=0.514273;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00398134;OID=.;OPOS=32006317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:17:6:0:1:17:6:0:1 chr6 32006337 . C A 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.7398;QD=49.5941;RBI=0.0670158;REFB=0;REVB=0.0235621;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287483;OID=.;OPOS=32006337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr6 32013037 . C T 54.25 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0331594;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.965;QD=7.00027;RBI=0.0437116;REFB=-0.00791641;REVB=-0.0284809;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329763;STB=0.711313;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0141493;OID=.;OPOS=32013037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:32:31:23:23:8:8:0.258065:6:2:12:11:6:2:12:11 chr6 32017163 . C A 310.66 PASS AF=0.581818;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00660538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.2937;QD=22.5938;RBI=0.034942;REFB=-0.0284027;REVB=0.0343119;RO=22;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270412;STB=0.512302;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0219409;OID=.;OPOS=32017163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:22:23:31:32:0.581818:13:18:12:10:13:19:13:10 chr6 32025863 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0480826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.33;QD=10.1734;RBI=0.0480843;REFB=-0.0105745;REVB=-0.000396641;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247224;STB=0.66622;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0051137;OID=.;OPOS=32025863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:8:9:6:6:0.4:4:2:1:7:4:2:1:8 chr6 32026107 . C T 136.21 PASS AF=0.714286;AO=13;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0112813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.736;QD=25.944;RBI=0.0113178;REFB=-0.00600024;REVB=0.000909311;RO=6;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187025;STB=0.578836;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00213108;OID=.;OPOS=32026107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:21:21:6:6:13:15:0.714286:10:3:3:3:11:4:3:3 chr6 32029226 . A G 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.014754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.458;QD=16.4802;RBI=0.0271473;REFB=-0.027172;REVB=-0.022788;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191767;STB=0.510991;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0381422;OID=.;OPOS=32029226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:11:14:11:8:11:14 chr6 32046944 . C T 279.12 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0130549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.4391;QD=18.9233;RBI=0.0178476;REFB=0.0104639;REVB=-0.0121699;RO=26;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751062;STB=0.562533;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.0156792;OID=.;OPOS=32046944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:26:29:30:30:0.508475:13:17:17:9:13:17:20:9 chr6 32063944 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG 40.51 PASS AF=0.25,0;AO=8,8;DP=44;FAO=10,0;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4,0;FSAR=6,0;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.140634,-0.240574;FXX=0.0243843;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=26.2317,14.0287;QD=4.05074;RBI=0.152792,0.252946;REFB=-0.0478591,-0.038136;REVB=-0.059729,-0.0781389;RO=25;SAF=2,5;SAR=6,3;SRF=13;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.330551,0.126229;STB=0.5998,0.5;STBP=0.526,1;TYPE=del,del;VARB=0.166768,0.0371659;OID=.,.;OPOS=32063949,32063945;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0:8,8:44:10,0:40:30:4,0:6,0:16:14:33:25:2,5:6,3:13:12 chr6 32119898 . T C 3720.0 PASS AF=0.96875;AO=248;DP=256;FAO=248;FDP=256;FR=.;FRO=8;FSAF=118;FSAR=130;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.012431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.148;QD=58.1249;RBI=0.0274698;REFB=-0.0054946;REVB=0.0244961;RO=8;SAF=118;SAR=130;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237826;STB=0.512488;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000380131;OID=.;OPOS=32119898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:256:256:8:8:248:248:0.96875:130:118:7:1:130:118:7:1 chr6 32122386 . C G 729.14 PASS AF=1;AO=39;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.013;QD=57.1871;RBI=0.0602207;REFB=0;REVB=0.0517097;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777535;OID=.;OPOS=32122386;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:39:51:1:12:27:0:0:23:28:0:0 chr6 32148079 . CT C 45.87 PASS AF=0.403846;AO=22;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00405923;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.83628;QD=3.52863;RBI=0.108533;REFB=-0.110165;REVB=-0.108457;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449535;STB=0.565654;STBP=0.485;TYPE=del;VARB=0.086698;OID=.;OPOS=32148080;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403846:22:52:21:52:31:9:12:10:21:45:25:8:14:8:17 chr6 32151694 . GGCC GC,G,GGC 438.09 PASS AF=0.916667,0,0;AO=9,8,10;DP=59;FAO=55,0,0;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=45,0,0;FSAR=10,0,0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0383394,-0.080018,-0.322745;FXX=0.0163908;HRUN=5,5,5;LEN=2,3,1;MLLD=18.4872,16.4342,9.39482;QD=29.2059;RBI=0.253573,0.0982969,0.804987;REFB=-0.0588703,-0.0171946,0.0329083;REVB=-0.250658,0.0570911,0.737455;RO=3;SAF=9,8,10;SAR=0,0,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0.305263,0.305263,0;SSEP=0,0,0.354167;SSSB=0,0,0;STB=0.526307,0.5,0.5;STBP=0.34,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.00467697,0,0;OID=.,.,.;OPOS=32151695,32151695,32151696;OREF=GC,GCC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=GC,G,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916667,0,0:9,8,10:59:55,0,0:60:5:45,0,0:10,0,0:5:0:11:3:9,8,10:0,0,0:3:0 chr6 32151994 . A T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.718;QD=59.5017;RBI=0.0313287;REFB=0;REVB=-0.0243886;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4795e-05;OID=.;OPOS=32151994;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr6 32172065 . T G 1537.17 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.227;QD=59.6961;RBI=0.0182963;REFB=0;REVB=-0.0125384;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1346e-05;OID=.;OPOS=32172065;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:49:53:0:0:49:54:0:0 chr6 32184705 . G A 717.94 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0615112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.065;QD=62.4291;RBI=0.0702547;REFB=0;REVB=0.0339426;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000873785;OID=.;OPOS=32184705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:23:21:0:0:24:22:0:0 chr6 32188823 . G A 343.1 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00685406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.888;QD=24.0775;RBI=0.0154613;REFB=-0.0373285;REVB=0.0138591;RO=23;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819107;STB=0.545047;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0213259;OID=.;OPOS=32188823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:20:14:12:11:20:14:12:11 chr6 32190484 . G A 1143.11 PASS AF=0.931034;AO=79;DP=87;FAO=81;FDP=87;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00493561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.339;QD=52.5566;RBI=0.0280747;REFB=-0.196907;REVB=0.0276374;RO=6;SAF=29;SAR=50;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424302;STB=0.522846;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0015408;OID=.;OPOS=32190484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:87:87:6:6:79:81:0.931034:50:29:4:2:52:29:4:2 chr6 32190871 . T A 161.02 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0183978;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.091;QD=17.4072;RBI=0.0222809;REFB=-0.00952403;REVB=-0.0125682;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190132;STB=0.60899;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0148322;OID=.;OPOS=32190871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:20:17:17:0.459459:6:11:9:11:6:11:9:11 chr6 32223632 . G A 288.74 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0222115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.117;QD=16.267;RBI=0.0633476;REFB=-0.0192003;REVB=0.0593259;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10177;STB=0.549265;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.015799;OID=.;OPOS=32223632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:38:39:32:32:0.450704:16:16:15:23:16:16:16:23 chr6 32230608 . T C 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0743579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6296;QD=28.5373;RBI=0.0902514;REFB=0.0660265;REVB=-0.0511491;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0117776;OID=.;OPOS=32230608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:1:0:3:4:1:0 chr6 32256418 . T C 259.42 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0270871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7877;QD=14.215;RBI=0.0471865;REFB=0.0144999;REVB=0.0386375;RO=42;SAF=8;SAR=22;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111145;STB=0.558458;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.0172873;OID=.;OPOS=32256418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:43:30:30:0.410959:22:8:15:27:22:8:15:28 chr6 32261507 . T C 547.73 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0223432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.35;QD=19.0513;RBI=0.0268855;REFB=-0.0269086;REVB=0.0149538;RO=58;SAF=26;SAR=31;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558456;STB=0.530876;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0169802;OID=.;OPOS=32261507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:31:26:30:28:31:26:30:28 chr6 32261952 . G A 200.27 PASS AF=0.678571;AO=18;DP=27;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00423133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9456;QD=28.6093;RBI=0.00430269;REFB=-0.0463019;REVB=0.000780353;RO=9;SAF=7;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354044;STB=0.512182;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0242339;OID=.;OPOS=32261952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:28:9:9:18:19:0.678571:11:7:3:6:12:7:3:6 chr6 32270363 . A T 265.24 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00893953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2247;QD=17.9822;RBI=0.0431557;REFB=-0.0213867;REVB=-0.0422197;RO=30;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182135;STB=0.510197;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.063836;OID=.;OPOS=32270363;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:17:12:13:17:17:12:13:17 chr6 32290927 . G T 470.07 PASS AF=0.40458;AO=53;DP=131;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.00520048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2626;QD=14.3534;RBI=0.0205153;REFB=0.00684916;REVB=-0.0198452;RO=76;SAF=23;SAR=30;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000264442;STB=0.506605;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0146363;OID=.;OPOS=32290927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:76:78:53:53:0.40458:30:23:33:43:30:23:33:45 chr6 32291359 . T G 278.81 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0132502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3025;QD=21.8677;RBI=0.0289015;REFB=0.00416462;REVB=0.0256852;RO=23;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176448;STB=0.509797;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00300376;OID=.;OPOS=32291359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:14:14:11:12:14:14:11:12 chr6 32303247 . G A 30.4 PASS AF=0.0555556;AO=5;DP=92;FAO=5;FDP=90;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=84;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=59;FWDB=-0.0449866;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.386;QD=1.35118;RBI=0.0450047;REFB=0.000485112;REVB=0.00127548;RO=33;SAF=2;SAR=3;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123728;STB=0.604494;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00785824;OID=.;OPOS=32303247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:92:90:33:84:5:5:0.0555556:3:2:10:23:3:2:25:59 chr6 32317859 . T C 201.09 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00534266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5058;QD=12.0052;RBI=0.034107;REFB=-0.0363984;REVB=0.033686;RO=42;SAF=17;SAR=8;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179529;STB=0.603975;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0594002;OID=.;OPOS=32317859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:8:17:22:20:8:17:22:20 chr6 32337686 . A G 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.016816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.178;QD=11.617;RBI=0.0179222;REFB=-0.00267071;REVB=0.00619919;RO=34;SAF=4;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383924;STB=0.726615;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00874662;OID=.;OPOS=32337686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:15:4:18:16:15:4:18:16 chr6 32363816 . T C 164.24 PASS AF=0.375;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00903575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.366;QD=13.6862;RBI=0.0176656;REFB=-0.00407647;REVB=-0.0151798;RO=29;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101845;STB=0.570675;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0106209;OID=.;OPOS=32363816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:29:30:18:18:0.375:7:11:15:14:7:11:15:15 chr6 32363844 . C T 183.04 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00733804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4357;QD=13.3121;RBI=0.0217115;REFB=-0.000327141;REVB=-0.0204338;RO=33;SAF=16;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21097;STB=0.622105;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000229347;OID=.;OPOS=32363844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:6:16:18:15:6:16:18:15 chr6 32363955 . T C 346.16 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0062875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.226;QD=16.8857;RBI=0.0158377;REFB=-0.0280474;REVB=0.0145362;RO=45;SAF=19;SAR=18;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110838;STB=0.562097;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0401346;OID=.;OPOS=32363955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:18:19:18:27:18:19:18:27 chr6 32364190 . A G 520.0 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00989093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.287;QD=23.1112;RBI=0.0323764;REFB=-0.0171128;REVB=0.0308286;RO=41;SAF=21;SAR=28;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118083;STB=0.506491;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0150122;OID=.;OPOS=32364190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:41:49:49:0.544444:28:21:17:24:28:21:17:24 chr6 32370835 . T C 279.9 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0380071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.117;QD=14.1722;RBI=0.0409072;REFB=-0.00642336;REVB=-0.0151282;RO=47;SAF=20;SAR=12;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782016;STB=0.544526;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0119569;OID=.;OPOS=32370835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:12:20:26:21:12:20:26:21 chr6 32410987 . A G 977.58 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456926;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.7076;QD=59.2474;RBI=0.00693306;REFB=0;REVB=-0.00521433;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184985;OID=.;OPOS=32410987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr6 32411035 . A C 1434.41 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000159253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.464;QD=63.051;RBI=0.00610388;REFB=0;REVB=0.0061018;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31613e-05;OID=.;OPOS=32411035;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:44:47:0:0:44:47:0:0 chr6 32411646 . T G 1840.14 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8584;QD=61.3382;RBI=0.0172695;REFB=0;REVB=-0.00861954;RO=0;SAF=57;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.36829e-05;OID=.;OPOS=32411646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:62:57:0:0:62:58:0:0 chr6 32412480 . G A 1212.43 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.663;QD=59.8732;RBI=0.0370794;REFB=0.0762425;REVB=-0.0345464;RO=1;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010884;STB=0.505746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000260045;OID=.;OPOS=32412480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:43:37:0:1:43:37:0:1 chr6 32487268 . A G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0268001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6205;QD=26.0264;RBI=0.0813656;REFB=-0.011495;REVB=-0.0768253;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0071003;OID=.;OPOS=32487268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:0:1:4:2:0:1 chr6 32489853 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.158;QD=37.4885;RBI=0.0153967;REFB=0;REVB=-0.00954703;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72388e-05;OID=.;OPOS=32489853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr6 32489856 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2275;QD=40.7627;RBI=0.0359712;REFB=0;REVB=0.0354404;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250303;OID=.;OPOS=32489856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr6 32489876 . T C 144.93 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5451;QD=44.5947;RBI=0.058692;REFB=0;REVB=0.0544315;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158469;OID=.;OPOS=32489876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr6 32489887 . GA AT 168.61 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414202;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=231.003;QD=44.9635;RBI=0.0637978;REFB=0;REVB=0.0485235;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00103297;OID=.;OPOS=32489887;OREF=GA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:6:9:0:0 chr6 32489927 . T A 207.41 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.377;QD=48.8032;RBI=0.0441697;REFB=0;REVB=-0.0282683;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0324e-05;OID=.;OPOS=32489927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:6:11:0:0 chr6 32489940 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.458;QD=46.848;RBI=0.0259275;REFB=0;REVB=0.024623;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017349;OID=.;OPOS=32489940;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr6 32497943 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.429;QD=33.4285;RBI=0.0268833;REFB=0;REVB=-0.0148221;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000780913;OID=.;OPOS=32497943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 32517807 . T C 203.56 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0561401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7668;QD=38.7731;RBI=0.0626875;REFB=-0.123621;REVB=-0.0278929;RO=3;SAF=13;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178888;STB=0.509793;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0231279;OID=.;OPOS=32517807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:5:13:2:1:5:13:2:1 chr6 32546743 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.493;QD=23.2183;RBI=0.0556485;REFB=-0.0897845;REVB=0.0524801;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0292491;OID=.;OPOS=32546743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr6 32546795 . T A 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.663;QD=35.5742;RBI=0.0447867;REFB=0;REVB=-0.00825327;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00153053;OID=.;OPOS=32546795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr6 32546802 . CA AG 51.42 PASS AF=1;AO=4;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128033;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=2;MLLD=136.165;QD=34.2804;RBI=0.039907;REFB=0;REVB=0.0377974;RO=0;SAF=3;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00235114;OID=.;OPOS=32546802;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:4:6:1:1:3:0:0:1:5:0:0 chr6 32547988 . T C 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0252552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.069;QD=28.6827;RBI=0.0260817;REFB=-0.0203629;REVB=-0.00651357;RO=2;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118266;STB=0.567407;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00204447;OID=.;OPOS=32547988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:7:2:1:1:7:2:1:1 chr6 32547990 . TG AA,TA 114.11 PASS AF=0.181818,0.818182;AO=2,9;DP=11;FAO=2,9;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100918,-0.0107113;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=179.586,73.2494;QD=41.4944;RBI=0.0192828,0.0330501;REFB=0,0;REVB=0.0164311,0.0312663;RO=0;SAF=1,2;SAR=1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0119698,-0.00383743;OID=.,.;OPOS=32547990,32547991;OREF=TG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:11:11:0:0:2,9:2,9:0.181818,0.818182:1,7:1,2:0:0:1,7:1,2:0:0 chr6 32548026 . G C 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0641883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4327;QD=23.3984;RBI=0.0760245;REFB=0.0153795;REVB=0.0407381;RO=3;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509198;STB=0.529336;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00782038;OID=.;OPOS=32548026;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:6:2:1:2:6:2:1:2 chr6 32548066 . G T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00922396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.967;QD=14.0437;RBI=0.0127705;REFB=0.00196356;REVB=-0.00883196;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118169;STB=0.571155;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.000464827;OID=.;OPOS=32548066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:1:3:3:2:1:3 chr6 32548520 . C T 112.33 PASS AF=0.211765;AO=18;DP=85;FAO=18;FDP=85;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.00487048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.031;QD=5.28608;RBI=0.0141604;REFB=-0.00405144;REVB=-0.0132964;RO=67;SAF=14;SAR=4;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243482;STB=0.65606;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0342024;OID=.;OPOS=32548520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:67:67:18:18:0.211765:4:14:41:26:4:14:41:26 chr6 32548534 . C T 30.3 PASS AF=0.0869565;AO=8;DP=92;FAO=8;FDP=92;FR=.;FRO=84;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=30;FWDB=-0.00207596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0242;QD=1.31745;RBI=0.0519353;REFB=-0.00291874;REVB=0.0518938;RO=83;SAF=5;SAR=3;SRF=53;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164509;STB=0.517501;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0392845;OID=.;OPOS=32548534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:92:92:83:84:8:8:0.0869565:3:5:53:30:3:5:54:30 chr6 32548544 . TG GA 30.31 PASS AF=0.0869565;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=92;FR=.;FRO=84;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=53;FSRR=31;FWDB=-0.0081766;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=137.867;QD=1.31761;RBI=0.0222836;REFB=-0.00100379;REVB=-0.0207293;RO=81;SAF=5;SAR=3;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00927586;STB=0.505799;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0172773;OID=.;OPOS=32548544;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:92:81:84:8:8:0.0869565:3:5:50:31:3:5:53:31 chr6 32548556 . C T 42.46 PASS AF=0.106383;AO=10;DP=90;FAO=10;FDP=94;FR=.;FRO=84;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=55;FSRR=29;FWDB=-0.0215917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.73;QD=1.80679;RBI=0.022259;REFB=-0.00292638;REVB=-0.00540929;RO=79;SAF=4;SAR=6;SRF=51;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289537;STB=0.716214;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0638502;OID=.;OPOS=32548556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:90:94:79:84:10:10:0.106383:6:4:51:28:6:4:55:29 chr6 32548632 . T A 125.81 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0133167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.245;QD=7.86294;RBI=0.0147187;REFB=-0.00481127;REVB=0.00626938;RO=45;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529999;STB=0.540025;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.010438;OID=.;OPOS=32548632;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:46:18:18:0.28125:10:8:22:23:10:8:23:23 chr6 32549401 . T C 211.72 PASS AF=0.9;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0153498;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9796;QD=42.3442;RBI=0.0579467;REFB=0.0528567;REVB=-0.0558766;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545405;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00895968;OID=.;OPOS=32549401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:21:20:0:2:18:18:0.9:10:8:0:0:10:8:0:2 chr6 32549424 . C T 51.64 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0134794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.798;QD=4.13088;RBI=0.0504183;REFB=7.28522e-05;REVB=-0.048583;RO=41;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371885;STB=0.524832;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00305323;OID=.;OPOS=32549424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:50:50:41:41:9:9:0.18:5:4:17:24:5:4:17:24 chr6 32549428 . G T 55.95 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00519704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.97;QD=4.22246;RBI=0.0123882;REFB=-0.00453715;REVB=-0.0112454;RO=44;SAF=4;SAR=5;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124898;STB=0.508456;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0304116;OID=.;OPOS=32549428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:44:44:9:9:0.169811:5:4:20:24:5:4:20:24 chr6 32549452 . C G 72.38 PASS AF=0.148936;AO=14;DP=94;FAO=14;FDP=94;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.00317574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.361;QD=3.07991;RBI=0.0169392;REFB=-0.0073294;REVB=-0.0166388;RO=79;SAF=9;SAR=5;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232319;STB=0.661934;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0303948;OID=.;OPOS=32549452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:94:94:79:80:14:14:0.148936:5:9:36:43:5:9:36:44 chr6 32549464 . T C 102.59 PASS AF=0.171171;AO=19;DP=111;FAO=19;FDP=111;FR=.;FRO=92;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.00599665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.954;QD=3.69702;RBI=0.0287976;REFB=-0.00296304;REVB=-0.0281663;RO=92;SAF=9;SAR=10;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470972;STB=0.530773;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0165732;OID=.;OPOS=32549464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:92:92:19:19:0.171171:10:9:47:45:10:9:47:45 chr6 32549475 . T C 1867.08 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.012;QD=60.7181;RBI=0.0250382;REFB=0;REVB=0.0217893;RO=0;SAF=63;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74676e-05;OID=.;OPOS=32549475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:123:123:0:0:122:123:1:59:63:0:0:60:63:0:0 chr6 32549481 . C T 75.19 PASS AF=0.125926;AO=17;DP=129;FAO=17;FDP=135;FR=.;FRO=118;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=62;FWDB=-0.00998436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5147;QD=2.22796;RBI=0.020908;REFB=-0.00394374;REVB=-0.01837;RO=112;SAF=11;SAR=6;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247489;STB=0.650258;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0330502;OID=.;OPOS=32549481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:129:135:112:118:17:17:0.125926:6:11:50:62:6:11:56:62 chr6 32549497 . G A 243.81 PASS AF=0.24183;AO=37;DP=154;FAO=37;FDP=153;FR=.;FRO=116;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=58;FWDB=0.00113035;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.232;QD=6.37401;RBI=0.0187147;REFB=-0.0103594;REVB=-0.0186805;RO=114;SAF=20;SAR=17;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507625;STB=0.530769;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0304207;OID=.;OPOS=32549497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:114:116:37:37:0.24183:17:20:57:57:17:20:58:58 chr6 32549501 . A C,T 2297.1 PASS AF=0.865385,0.134615;AO=134,21;DP=155;FAO=135,21;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=70,8;FSAR=65,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889318,-0.0297076;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.44,117.501;QD=58.9001;RBI=0.0237672,0.0386622;REFB=0,0;REVB=0.0220407,0.0247432;RO=0;SAF=70,8;SAR=64,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0040727,-0.0149309;OID=.,.;OPOS=32549501,32549501;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:96:155:156:0:0:134,21:135,21:0.865385,0.134615:64,13:70,8:0:0:65,13:70,8:0:0 chr6 32549520 . T C 92.41 PASS AF=0.115578;AO=23;DP=199;FAO=23;FDP=199;FR=.;FRO=176;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=80;FSRR=96;FWDB=-0.0132791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6766;QD=1.85744;RBI=0.0315302;REFB=-0.0020813;REVB=-0.0285975;RO=175;SAF=9;SAR=14;SRF=80;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830941;STB=0.557195;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0193603;OID=.;OPOS=32549520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:199:199:175:176:23:23:0.115578:14:9:80:95:14:9:80:96 chr6 32549525 . C G 124.36 PASS AF=0.136585;AO=28;DP=201;FAO=28;FDP=205;FR=.;FRO=177;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=81;FSRR=96;FWDB=-0.0149652;FXX=0.00485413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1172;QD=2.42644;RBI=0.0522185;REFB=-0.00822564;REVB=-0.0500282;RO=172;SAF=10;SAR=18;SRF=80;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140499;STB=0.589568;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0519931;OID=.;OPOS=32549525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:205:172:177:28:28:0.136585:18:10:80:92:18:10:81:96 chr6 32549531 . T C 121.29 PASS AF=0.131455;AO=28;DP=213;FAO=28;FDP=213;FR=.;FRO=185;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=82;FSRR=103;FWDB=-0.0380701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.959;QD=2.27783;RBI=0.0390201;REFB=-0.00330373;REVB=-0.00855763;RO=182;SAF=11;SAR=17;SRF=82;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745797;STB=0.544952;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0133605;OID=.;OPOS=32549531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:182:185:28:28:0.131455:17:11:82:100:17:11:82:103 chr6 32549540 . C T 299.38 PASS AF=0.21875;AO=48;DP=222;FAO=49;FDP=224;FR=.;FRO=175;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=76;FSRR=99;FWDB=-0.00988241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.737;QD=5.34598;RBI=0.0116284;REFB=-0.0048626;REVB=0.00612847;RO=173;SAF=20;SAR=28;SRF=76;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029523;STB=0.520949;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0121351;OID=.;OPOS=32549540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:224:173:175:48:49:0.21875:28:20:76:97:29:20:76:99 chr6 32549548 . G A 129.52 PASS AF=0.132743;AO=30;DP=226;FAO=30;FDP=226;FR=.;FRO=196;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=78;FSRR=118;FWDB=-0.0470201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.535;QD=2.29234;RBI=0.0562966;REFB=-0.00281748;REVB=-0.0309584;RO=194;SAF=17;SAR=13;SRF=78;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206831;STB=0.643179;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0221449;OID=.;OPOS=32549548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:194:196:30:30:0.132743:13:17:78:116:13:17:78:118 chr6 32549563 . G A 127.1 PASS AF=0.12931;AO=30;DP=232;FAO=30;FDP=232;FR=.;FRO=202;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=81;FSRR=121;FWDB=0.0462018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0423;QD=2.19141;RBI=0.0858345;REFB=-0.00208793;REVB=0.0723392;RO=202;SAF=17;SAR=13;SRF=81;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207496;STB=0.641239;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0171699;OID=.;OPOS=32549563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:202:202:30:30:0.12931:13:17:81:121:13:17:81:121 chr6 32549581 . G A 113.54 PASS AF=0.122271;AO=28;DP=229;FAO=28;FDP=229;FR=.;FRO=201;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=82;FSRR=119;FWDB=0.00204653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.782;QD=1.98327;RBI=0.0263048;REFB=-0.00360669;REVB=-0.0262251;RO=201;SAF=13;SAR=15;SRF=82;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717936;STB=0.550012;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0296931;OID=.;OPOS=32549581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:201:201:28:28:0.122271:15:13:82:119:15:13:82:119 chr6 32549582 . GTC TCT 98.95 PASS AF=0.113537;AO=26;DP=229;FAO=26;FDP=229;FR=.;FRO=203;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=84;FSRR=119;FWDB=-0.0117425;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=56.1373;QD=1.7284;RBI=0.0295345;REFB=-0.00176049;REVB=-0.0270998;RO=191;SAF=10;SAR=16;SRF=79;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376403;STB=0.526959;STBP=0.754;TYPE=mnp;VARB=0.0226253;OID=.;OPOS=32549582;OREF=GTC;OALT=TCT;OMAPALT=TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:229:229:191:203:26:26:0.113537:16:10:79:112:16:10:84:119 chr6 32549587 . T G 100.68 PASS AF=0.116071;AO=27;DP=225;FAO=26;FDP=224;FR=.;FRO=198;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=78;FSRR=120;FWDB=-0.03089;FXX=0.00444425;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9777;QD=1.79778;RBI=0.034363;REFB=-0.00188113;REVB=-0.0150539;RO=196;SAF=13;SAR=14;SRF=75;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125892;STB=0.560624;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0243797;OID=.;OPOS=32549587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:196:198:27:26:0.116071:14:13:75:121:14:12:78:120 chr6 32549588 . G A 108.72 PASS AF=0.121076;AO=27;DP=223;FAO=27;FDP=223;FR=.;FRO=196;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=81;FSRR=115;FWDB=-0.00478765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.652;QD=1.95009;RBI=0.00484876;REFB=-0.00197167;REVB=-0.000767362;RO=191;SAF=8;SAR=19;SRF=81;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171033;STB=0.611929;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0148906;OID=.;OPOS=32549588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:191:196:27:27:0.121076:19:8:81:110:19:8:81:115 chr6 32549589 . A C 591.05 PASS AF=0.341014;AO=74;DP=215;FAO=74;FDP=217;FR=.;FRO=143;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=62;FSRR=81;FWDB=-0.0173911;FXX=0.009132;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.13;QD=10.895;RBI=0.020527;REFB=-0.0127344;REVB=-0.0109043;RO=139;SAF=26;SAR=48;SRF=62;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113803;STB=0.557387;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0330099;OID=.;OPOS=32549589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:217:139:143:74:74:0.341014:48:26:62:77:48:26:62:81 chr6 32549596 . T C 3219.88 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000765692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6602;QD=61.9208;RBI=0.011614;REFB=0;REVB=0.0115887;RO=0;SAF=82;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88851e-05;OID=.;OPOS=32549596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:208:0:0:208:208:1:126:82:0:0:126:82:0:0 chr6 32549607 . T G 335.04 PASS AF=0.264045;AO=47;DP=201;FAO=47;FDP=178;FR=.;FRO=131;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=56;FSRR=75;FWDB=0.00252722;FXX=0.114422;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.025;QD=7.52892;RBI=0.00350195;REFB=-0.00189019;REVB=0.00242421;RO=131;SAF=13;SAR=34;SRF=56;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205719;STB=0.623383;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0064639;OID=.;OPOS=32549607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:178:131:131:47:47:0.264045:34:13:56:75:34:13:56:75 chr6 32549611 . T A 1231.73 PASS AF=0.580311;AO=111;DP=192;FAO=112;FDP=193;FR=.;FRO=81;FSAF=42;FSAR=70;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.00989749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.402;QD=25.528;RBI=0.0111042;REFB=-0.0099461;REVB=0.00503417;RO=81;SAF=41;SAR=70;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514944;STB=0.525234;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00714742;OID=.;OPOS=32549611;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:81:81:111:112:0.580311:70:41:35:46:70:42:35:46 chr6 32551939 . G T 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0196829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6206;QD=30.8213;RBI=0.026112;REFB=-0.0189664;REVB=0.0171586;RO=2;SAF=9;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812822;STB=0.521702;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00926256;OID=.;OPOS=32551939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:2:3:12:12:0.8:3:9:1:1:3:9:2:1 chr6 32551947 . CGC CCC,CCG,TTC 145.97 PASS AF=0.769231,0,0.230769;AO=4,5,3;DP=14;FAO=10,0,3;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0,1;FSAR=2,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330064,0.0122884,-0.0227995;FXX=0.0713776;HRUN=1,1,2;LEN=1,2,2;MLLD=178.849,162.513,93.2802;QD=44.9139;RBI=0.0975926,0.0851728,0.0552784;REFB=0,0,0;REVB=0.0918417,0.0842817,0.0503576;RO=0;SAF=4,4,1;SAR=0,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.0153886,0,-0.00039267;OID=.,.,.;OPOS=32551948,32551948,32551947;OREF=G,GC,CG;OALT=C,CG,TT;OMAPALT=CCC,CCG,TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:16:14:13:0:0:4,5,3:10,0,3:0.769231,0,0.230769:0,1,2:4,4,1:0:0:2,0,2:8,0,1:0:0 chr6 32551957 . GC TT 108.69 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0338082;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.884;QD=33.4444;RBI=0.043692;REFB=-0.0368101;REVB=-0.0276766;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052924;STB=0.542293;STBP=0.57;TYPE=mnp;VARB=0.0110941;OID=.;OPOS=32551957;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:13:1:2:11:11:0.846154:3:8:1:0:3:8:1:1 chr6 32551970 . T G 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0343238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.99;QD=28.2255;RBI=0.0392049;REFB=-0.00305756;REVB=0.0189447;RO=4;SAF=9;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136204;STB=0.576787;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00226185;OID=.;OPOS=32551970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:3:9:2:2:3:9:2:2 chr6 32551995 . A G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0360721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.287;QD=18.8865;RBI=0.0373934;REFB=-0.00732965;REVB=0.00985207;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175135;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00926754;OID=.;OPOS=32551995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:3:2:3:5:3:2 chr6 32551998 . G A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00753662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.816;QD=18.8866;RBI=0.00820525;REFB=-0.0307422;REVB=-0.00324429;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175135;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00732592;OID=.;OPOS=32551998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:3:2:3:5:3:2 chr6 32557483 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0816183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3854;QD=35.5749;RBI=0.121247;REFB=0;REVB=-0.0896621;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000664164;OID=.;OPOS=32557483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr6 32605257 . C A 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00347026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.979;QD=61.6766;RBI=0.00843315;REFB=0;REVB=0.00768605;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07906e-05;OID=.;OPOS=32605257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr6 32605271 . C T 207.82 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.011661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.952;QD=17.6865;RBI=0.0176427;REFB=-0.00752911;REVB=-0.0132395;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127841;STB=0.57253;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0110593;OID=.;OPOS=32605271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:9:17:11:10:9:17 chr6 32605274 . T C 747.6 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.177;QD=63.6256;RBI=0.0264556;REFB=0;REVB=0.0149364;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1597e-05;OID=.;OPOS=32605274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:28:16:0:0:28:19:0:0 chr6 32605288 . T C 332.55 PASS AF=0.58;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00803639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.641;QD=26.6043;RBI=0.0128658;REFB=-0.00427758;REVB=-0.0100472;RO=21;SAF=9;SAR=19;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166996;STB=0.596945;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00430502;OID=.;OPOS=32605288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:21:21:28:29:0.58:19:9:11:10:20:9:11:10 chr6 32605295 . C T 318.47 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0543337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.4545;QD=26.5394;RBI=0.0554238;REFB=0.00144674;REVB=-0.0109384;RO=19;SAF=8;SAR=20;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155368;STB=0.599925;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-6.61442e-05;OID=.;OPOS=32605295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:20:28:28:0.583333:20:8:9:10:20:8:10:10 chr6 32605325 . C T 138.84 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0224912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.144;QD=12.0733;RBI=0.0986931;REFB=-0.0405028;REVB=-0.0960962;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165552;STB=0.578221;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0549996;OID=.;OPOS=32605325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:10:6:7:22:10:6:8:22 chr6 32606732 . G A 999.64 PASS AF=0.922078;AO=71;DP=77;FAO=71;FDP=77;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.014382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.072;QD=51.9293;RBI=0.0217156;REFB=-0.0430575;REVB=-0.0162705;RO=6;SAF=39;SAR=32;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00730821;STB=0.503875;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00190084;OID=.;OPOS=32606732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:77:77:6:6:71:71:0.922078:32:39:3:3:32:39:3:3 chr6 32609097 . T C 140.58 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00848757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.15;QD=31.2405;RBI=0.0233609;REFB=-0.0343313;REVB=0.0217645;RO=4;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738428;STB=0.540926;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00327585;OID=.;OPOS=32609097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:6:8:3:1:6:8:3:1 chr6 32609105 . GT AC,AT 202.63 PASS AF=0.176471,0.823529;AO=3,14;DP=17;FAO=3,14;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3,8;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00457358,-0.0114135;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=60.5428,46.3154;QD=47.6769;RBI=0.064972,0.051841;REFB=0,0;REVB=-0.0648108,-0.050569;RO=0;SAF=3,8;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0198155,-0.00729392;OID=.,.;OPOS=32609105,32609105;OREF=GT,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:17:17:0:0:3,14:3,14:0.176471,0.823529:0,6:3,8:0:0:0,6:3,8:0:0 chr6 32609126 . T C 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000390983;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.187;QD=43.016;RBI=0.00912675;REFB=0.019366;REVB=0.00911837;RO=1;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043542;STB=0.52378;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000880574;OID=.;OPOS=32609126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:6:10:1:0:6:10:1:0 chr6 32609192 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.329;QD=33.4285;RBI=0.0750595;REFB=0;REVB=0.0731135;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000752912;OID=.;OPOS=32609192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 32609746 . C T 115.69 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000502714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.774;QD=33.0553;RBI=0.0946695;REFB=-0.0123143;REVB=0.0946682;RO=2;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471732;STB=0.526271;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00589254;OID=.;OPOS=32609746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:4:8:1:1:4:8:1:1 chr6 32609813 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00244091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.255;QD=44.6898;RBI=0.00645111;REFB=0;REVB=-0.0059715;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24966e-05;OID=.;OPOS=32609813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr6 32609952 . T C 203.31 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0125156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9414;QD=16.9423;RBI=0.0593519;REFB=-0.0287142;REVB=-0.0580173;RO=27;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793939;STB=0.54541;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0371356;OID=.;OPOS=32609952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:7:14:16:11:7:14:16:11 chr6 32609965 . C A 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00978966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.342;QD=18.4984;RBI=0.0114335;REFB=-0.00369953;REVB=-0.00590655;RO=27;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102931;STB=0.557731;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00317864;OID=.;OPOS=32609965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:10:17:14:13:10:17:14:13 chr6 32609969 . T G 257.9 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00178979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.184;QD=18.4215;RBI=0.0403641;REFB=-0.00592245;REVB=0.0403244;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811688;STB=0.554226;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0109296;OID=.;OPOS=32609969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:28:27:28:0.5:12:15:18:10:13:15:18:10 chr6 32609974 . T G 255.65 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0493814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.2075;QD=17.9406;RBI=0.0785472;REFB=-0.0281435;REVB=-0.061083;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110219;STB=0.561583;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0107454;OID=.;OPOS=32609974;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:13:15:19:10:13:15:19:10 chr6 32610008 . CC CA,TG 861.27 PASS AF=0.483871,0.516129;AO=29,32;DP=63;FAO=30,32;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=14,22;FSAR=16,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413592,0.0110085;FXX=0.0158705;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=27.9432,205.278;QD=55.5658;RBI=0.0470999,0.0359025;REFB=0,0;REVB=0.0225347,-0.0341731;RO=0;SAF=14,22;SAR=15,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.92057e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0234382,0.00792502;OID=.,.;OPOS=32610009,32610008;OREF=C,CC;OALT=A,TG;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:63:62:0:0:29,32:30,32:0.483871,0.516129:15,10:14,22:0:0:16,10:14,22:0:0 chr6 32610044 . T C 257.01 PASS AF=0.453125;AO=30;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0319208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1867;QD=16.0631;RBI=0.0505135;REFB=0.00837305;REVB=-0.0391494;RO=34;SAF=14;SAR=16;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19707;STB=0.627699;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0167388;OID=.;OPOS=32610044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:30:29:0.453125:16:14:23:11:16:13:24:11 chr6 32610047 . T C 902.4 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.229;QD=56.4002;RBI=0.00411551;REFB=0.00956026;REVB=0.00153703;RO=1;SAF=35;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132996;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163194;OID=.;OPOS=32610047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:64:1:0:62:64:1:27:35:1:0:27:37:0:0 chr6 32610050 . T C 194.15 PASS AF=0.375;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0127184;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=182.183;QD=12.1344;RBI=0.0129024;REFB=-0.00191135;REVB=-0.00217135;RO=37;SAF=8;SAR=16;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402437;STB=0.732493;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00348814;OID=.;OPOS=32610050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:37:40:24:24:0.375:16:8:27:10:16:8:29:11 chr6 32610059 . T G 892.92 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.428;QD=56.6932;RBI=0.0454981;REFB=-0.0929799;REVB=0.000984669;RO=1;SAF=36;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129354;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346653;OID=.;OPOS=32610059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:63:1:0:62:63:1:26:36:1:0:26:37:0:0 chr6 32610099 . TCCTA TCTA,TCTAT 171.91 PASS AF=0.527778,0;AO=16,2;DP=39;FAO=19,0;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=13,0;FSAR=6,0;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0530206,-0.0628244;FXX=0.0270197;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=21.4447,22.2899;QD=19.1016;RBI=0.0672652,0.0657143;REFB=0.0118527,0.0107096;REVB=0.0413935,0.0192734;RO=18;SAF=10,2;SAR=6,0;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.218222,0.571416;STB=0.634001,0.5;STBP=0.112,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0105351,0;OID=.,.;OPOS=32610100,32610101;OREF=C,CTA;OALT=-,TAT;OMAPALT=TCTA,TCTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527778,0:16,2:39:19,0:36:17:13,0:6,0:7:10:99:18:10,2:6,0:7:11 chr6 32610109 . A C 412.93 PASS AF=0.939394;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0339545;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.3511;QD=50.0519;RBI=0.0494226;REFB=0.0435392;REVB=-0.0359122;RO=2;SAF=16;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547301;STB=0.526299;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.000538258;OID=.;OPOS=32610109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:31:33:2:2:29:31:0.939394:13:16:2:0:13:18:2:0 chr6 32610134 . G A 55.94 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0328937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.782;QD=13.1616;RBI=0.0353728;REFB=-0.0100233;REVB=-0.0130092;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503774;STB=0.812863;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0118245;OID=.;OPOS=32610134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:17:17:9:9:6:6:0.352941:1:5:3:6:1:5:3:6 chr6 32610158 . T C 33.02 PASS AF=0.625;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.024081;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=267.263;QD=16.5093;RBI=0.0241177;REFB=-0.028934;REVB=0.0013286;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413629;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0138874;OID=.;OPOS=32610158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:7:8:2:3:5:5:0.625:4:1:2:0:4:1:2:1 chr6 32610401 . G A 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.000585468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.896;QD=20.1561;RBI=0.00142185;REFB=-0.00330592;REVB=-0.00129572;RO=25;SAF=19;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21125;STB=0.618018;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00684622;OID=.;OPOS=32610401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:9:19:11:14:9:19:11:14 chr6 32610403 . C A 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00286286;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.25;QD=18.4985;RBI=0.00651097;REFB=0.0107323;REVB=-0.0058478;RO=27;SAF=18;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173314;STB=0.597328;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00600674;OID=.;OPOS=32610403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:9:18:13:14:9:18:13:14 chr6 32610436 . T C 739.37 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.073122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.674;QD=54.7679;RBI=0.0854301;REFB=-0.168157;REVB=0.0441755;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.51219;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00202591;OID=.;OPOS=32610436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:20:33:0:0:20:33:0:1 chr6 32610445 . G A 249.55 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00640102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.8703;QD=18.4853;RBI=0.0126901;REFB=0.0219964;REVB=0.0109574;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167385;STB=0.593295;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0144147;OID=.;OPOS=32610445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:13:14:19:8:13:14:19:8 chr6 32610461 . A G 743.24 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.595;QD=63.2542;RBI=0.0398827;REFB=0;REVB=0.0383223;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78337e-05;OID=.;OPOS=32610461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:15:32:0:0:15:32:0:0 chr6 32610478 . C G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0213991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.854;QD=18.8287;RBI=0.0231152;REFB=-0.0208269;REVB=-0.00874004;RO=22;SAF=15;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174815;STB=0.599893;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0207211;OID=.;OPOS=32610478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:5:15:13:9:5:15:13:9 chr6 32610481 . T C 201.59 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0366366;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.366;QD=20.159;RBI=0.0401691;REFB=0.0284045;REVB=0.0164715;RO=20;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206463;STB=0.617521;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00694193;OID=.;OPOS=32610481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:20:20:20:20:0.5:5:15:11:9:5:15:11:9 chr6 32610487 . C G 182.76 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0423812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8911;QD=19.2378;RBI=0.0618153;REFB=0.0160602;REVB=0.0449996;RO=19;SAF=14;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210822;STB=0.620118;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.015083;OID=.;OPOS=32610487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:5:14:10:9:5:14:10:9 chr6 32610495 . A G 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.154801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4735;QD=60.6077;RBI=0.159187;REFB=0;REVB=-0.0371075;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00257272;OID=.;OPOS=32610495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr6 32610535 . A C 271.82 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.084241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.303;QD=51.7745;RBI=0.084411;REFB=0;REVB=0.00535354;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414604;OID=.;OPOS=32610535;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:9:12:0:0 chr6 32610695 . C A,T 157.67 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=2,11;DP=13;FAO=2,12;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00560734,0.0115462;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.1642,209.315;QD=45.0498;RBI=0.0589967,0.0134006;REFB=0,0;REVB=-0.0587297,-0.00680154;RO=0;SAF=2,2;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00181328,0.00172396;OID=.,.;OPOS=32610695,32610695;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:13:14:0:0:2,11:2,12:0.142857,0.857143:0,9:2,2:0:0:0,9:2,3:0:0 chr6 32610704 . TG CC,CG 157.43 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=2,12;DP=14;FAO=2,12;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129471,-0.000415876;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=45.4157,100.442;QD=44.9807;RBI=0.0368234,0.0261028;REFB=0,0;REVB=0.0344722,0.0260995;RO=0;SAF=2,3;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.022804,-0.000673606;OID=.,.;OPOS=32610704,32610704;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:14:14:0:0:2,12:2,12:0.142857,0.857143:0,9:2,3:0:0:0,9:2,3:0:0 chr6 32610718 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.792;QD=45.8064;RBI=0.0425769;REFB=0;REVB=0.0357858;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730985;OID=.;OPOS=32610718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr6 32610736 . G A 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000961223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6254;QD=28.6823;RBI=0.0144684;REFB=0.0186673;REVB=-0.0144364;RO=2;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219794;STB=0.624715;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00568626;OID=.;OPOS=32610736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:6:3:2:0:6:3:2:0 chr6 32610747 . G C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5063;QD=37.487;RBI=0.0562945;REFB=0;REVB=0.0293302;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315011;OID=.;OPOS=32610747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 32610751 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.090895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9345;QD=35.5756;RBI=0.0985707;REFB=0;REVB=0.0381349;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00728823;OID=.;OPOS=32610751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr6 32610757 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.549;QD=33.4285;RBI=0.0634206;REFB=0;REVB=-0.0632255;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00191422;OID=.;OPOS=32610757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr6 32628621 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000346835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.552;QD=45.8068;RBI=0.0525915;REFB=0;REVB=0.0525903;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883271;OID=.;OPOS=32628621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr6 32629137 . T G 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.569;QD=47.8176;RBI=0.0366772;REFB=0;REVB=0.00611655;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021136;OID=.;OPOS=32629137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr6 32629141 . C T 191.6 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.87;QD=47.8995;RBI=0.0232018;REFB=0;REVB=-0.0028798;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179219;OID=.;OPOS=32629141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:4:10:0:0:6:10:0:0 chr6 32629146 . G A 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0274135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0785;QD=9.44194;RBI=0.0274212;REFB=-0.0159434;REVB=0.000647483;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162993;STB=0.624609;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0354206;OID=.;OPOS=32629146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:9:10:6:6:0.375:3:3:6:3:3:3:7:3 chr6 32629161 . A G 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0147117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.097;QD=41.8666;RBI=0.0173686;REFB=-0.0202499;REVB=-0.00923209;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479918;STB=0.526281;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00482048;OID=.;OPOS=32629161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:6:9:1:0:6:9:1:0 chr6 32629193 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0794719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.216;QD=45.8066;RBI=0.083829;REFB=0;REVB=0.0266742;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278383;OID=.;OPOS=32629193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr6 32629227 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.01147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.466;QD=18.7442;RBI=0.0138488;REFB=-0.00664754;REVB=0.00776075;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275654;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00329756;OID=.;OPOS=32629227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:3:1:2:5:3:1 chr6 32629764 . C T 142.63 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0294738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.128;QD=14.6282;RBI=0.0410876;REFB=-0.008505;REVB=-0.0286267;RO=23;SAF=14;SAR=1;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42476;STB=0.643468;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00905321;OID=.;OPOS=32629764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:23:15:16:0.410256:1:14:17:6:2:14:17:6 chr6 32629802 . A G 759.4 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00125848;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.104;QD=55.2289;RBI=0.0338149;REFB=-0.141063;REVB=-0.0337915;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.506664;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00106801;OID=.;OPOS=32629802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:0:1:54:54:0.981818:17:37:0:0:17:37:1:0 chr6 32629847 . A G 1090.6 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1092;QD=59.7588;RBI=0.0349281;REFB=0;REVB=-0.016245;RO=0;SAF=49;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000388907;OID=.;OPOS=32629847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:24:49:0:0:24:49:0:0 chr6 32629859 . A G 224.56 PASS AF=0.391304;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00136322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.854;QD=13.0181;RBI=0.00666447;REFB=-0.0062189;REVB=-0.00652355;RO=39;SAF=18;SAR=8;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0150002;OID=.;OPOS=32629859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:42:26:27:0.391304:8:18:25:14:9:18:28:14 chr6 32629889 . G A 877.02 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0102419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.241;QD=54.8136;RBI=0.0660152;REFB=-0.178285;REVB=0.0652158;RO=1;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230178;STB=0.506313;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00151171;OID=.;OPOS=32629889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:1:2:62:62:0.96875:20:42:0:1:20:42:1:1 chr6 32629891 . C T 230.7 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0103683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.416;QD=14.4188;RBI=0.0108601;REFB=0.0052044;REVB=-0.0032311;RO=37;SAF=16;SAR=11;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149928;STB=0.584613;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.026079;OID=.;OPOS=32629891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:11:16:27:10:11:16:27:10 chr6 32629904 . A G 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.011;QD=58.2352;RBI=0.0379839;REFB=0;REVB=0.00720237;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9829e-05;OID=.;OPOS=32629904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:22:40:0:0:22:40:0:0 chr6 32629935 . C G 765.23 PASS AF=0.966102;AO=53;DP=55;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0698393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.4943;QD=51.8797;RBI=0.0700945;REFB=-0.0687817;REVB=-0.00597525;RO=2;SAF=31;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597873;STB=0.504069;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00784501;OID=.;OPOS=32629935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:55:59:2:2:53:57:0.966102:22:31:1:1:22:35:1:1 chr6 32629955 . C T 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=-0.0443738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6889;QD=21.227;RBI=0.0519005;REFB=-0.00905239;REVB=0.0269189;RO=24;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3644;STB=0.70025;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00387234;OID=.;OPOS=32629955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:17:12:21:3:17:12:21:3 chr6 32632650 . C T 118.95 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0500315;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.621;QD=33.9857;RBI=0.0549089;REFB=-0.0741137;REVB=0.0226236;RO=2;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902947;STB=0.549921;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00800023;OID=.;OPOS=32632650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:9:3:0:2:9:3:0:2 chr6 32632687 . A G 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00550459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.898;QD=48.731;RBI=0.0275246;REFB=0;REVB=0.0269686;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115646;OID=.;OPOS=32632687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr6 32632694 . C G 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.034833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6037;QD=44.0918;RBI=0.0361753;REFB=-0.097802;REVB=-0.00976295;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519977;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.037699;OID=.;OPOS=32632694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:12:5:0:0:12:5:0:1 chr6 32632700 . T A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.076;QD=49.5992;RBI=0.041094;REFB=0;REVB=0.0070614;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102447;OID=.;OPOS=32632700;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr6 32632714 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.17;QD=49.5992;RBI=0.0287427;REFB=0;REVB=-0.0277147;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.76532e-05;OID=.;OPOS=32632714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr6 32632717 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.875;QD=50.4134;RBI=0.0248221;REFB=0;REVB=0.00850204;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.16646e-05;OID=.;OPOS=32632717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr6 32632744 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.224;QD=51.1846;RBI=0.0446311;REFB=0;REVB=0.0160339;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456154;OID=.;OPOS=32632744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr6 32632832 . A T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.207;QD=45.8068;RBI=0.0258759;REFB=0;REVB=-0.0063052;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335114;OID=.;OPOS=32632832;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr6 32634300 . GTA CCG,CTG 113.25 PASS AF=0.363636,0.636364;AO=3,7;DP=11;FAO=4,7;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1;FSAR=2,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126589,0.122016;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,3;MLLD=139.333,126.934;QD=41.1812;RBI=0.0507281,0.133542;REFB=0,0;REVB=-0.0491232,-0.0542715;RO=0;SAF=1,1;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0508219,-0.00424058;OID=.,.;OPOS=32634300,32634300;OREF=GTA,GTA;OALT=CCG,CTG;OMAPALT=CCG,CTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:11:11:0:0:3,7:4,7:0.363636,0.636364:2,6:1,1:0:0:2,6:2,1:0:0 chr6 32634306 . A T 100.14 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7343;QD=40.0578;RBI=0.165716;REFB=0;REVB=0.0499602;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01158;OID=.;OPOS=32634306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:7:2:0:0:7:3:0:0 chr6 32634318 . C A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0383711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6776;QD=14.0436;RBI=0.0383755;REFB=0.00261995;REVB=-0.000580268;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268008;STB=0.665923;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.0093783;OID=.;OPOS=32634318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:2:2:4:1:2:2 chr6 32634331 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.934;QD=37.4885;RBI=0.0370543;REFB=0;REVB=0.0273636;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51903e-05;OID=.;OPOS=32634331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr6 32634341 . A G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0818685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.942;QD=19.1341;RBI=0.0931981;REFB=-0.034225;REVB=0.0445356;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171367;STB=0.59965;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00712832;OID=.;OPOS=32634341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:0:2:4:1:0:2 chr6 32634350 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.189234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3819;QD=33.4264;RBI=0.196892;REFB=0;REVB=0.0543758;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00429609;OID=.;OPOS=32634350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr6 32634373 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=380.36;QD=23.2183;RBI=0.0139693;REFB=0.0421314;REVB=0.0052367;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00953143;OID=.;OPOS=32634373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr6 32634387 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.494;QD=33.4285;RBI=0.0907666;REFB=0;REVB=-0.017232;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00310454;OID=.;OPOS=32634387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr6 32709309 . A G 962.6 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.704;QD=58.3396;RBI=0.0345881;REFB=0;REVB=0.0273207;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342647;OID=.;OPOS=32709309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:36:29:0:0:37:29:0:0 chr6 32713018 . C T 876.22 PASS AF=0.473404;AO=89;DP=189;FAO=89;FDP=188;FR=.;FRO=99;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=62;FSRR=37;FWDB=0.0115279;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.891;QD=18.6429;RBI=0.0302264;REFB=-0.0128556;REVB=-0.0279418;RO=97;SAF=52;SAR=37;SRF=61;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437525;STB=0.522931;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0129362;OID=.;OPOS=32713018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:97:99:89:89:0.473404:37:52:61:36:37:52:62:37 chr6 32713030 . T C 2864.4 PASS AF=1;AO=183;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00269175;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.545;QD=62.6099;RBI=0.0121619;REFB=-0.0165368;REVB=-0.0118603;RO=1;SAF=111;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0065666;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36435e-05;OID=.;OPOS=32713030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:184:183:1:0:183:183:1:72:111:0:1:72:111:0:0 chr6 32713784 . C A 111.67 PASS AF=0.146497;AO=23;DP=157;FAO=23;FDP=157;FR=.;FRO=134;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=75;FSRR=59;FWDB=-0.011534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.332;QD=2.84507;RBI=0.0207718;REFB=-0.00897855;REVB=-0.0172753;RO=133;SAF=14;SAR=9;SRF=74;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680657;STB=0.543031;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0543111;OID=.;OPOS=32713784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:133:134:23:23:0.146497:9:14:74:59:9:14:75:59 chr6 32713827 . C T 42.7 PASS AF=0.0855263;AO=13;DP=152;FAO=13;FDP=152;FR=.;FRO=139;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=78;FSRR=61;FWDB=-0.0122201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.591;QD=1.12372;RBI=0.0160605;REFB=0.00131046;REVB=-0.0104215;RO=138;SAF=8;SAR=5;SRF=78;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592634;STB=0.551069;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0227329;OID=.;OPOS=32713827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:152:152:138:139:13:13:0.0855263:5:8:78:60:5:8:78:61 chr6 32724258 . C T 771.89 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656632;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.636;QD=57.177;RBI=0.0661414;REFB=0;REVB=0.00793968;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145544;OID=.;OPOS=32724258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:28:26:0:0 chr6 32725062 . T A 782.02 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349425;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.345;QD=55.8589;RBI=0.0787709;REFB=0;REVB=0.0705965;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145012;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81089e-05;OID=.;OPOS=32725062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:1:0:54:56:1:22:32:1:0:23:33:0:0 chr6 32725619 . TG CA 896.05 PASS AF=0.88;AO=66;DP=77;FAO=66;FDP=75;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0246888;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=2;MLLD=122.972;QD=47.7891;RBI=0.0413992;REFB=-0.0199397;REVB=-0.0332318;RO=9;SAF=19;SAR=47;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422063;STB=0.522468;STBP=0.318;TYPE=mnp;VARB=0.00479126;OID=.;OPOS=32725619;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:77:75:9:9:66:66:0.88:47:19:4:5:47:19:4:5 chr6 32725625 . T C 926.33 PASS AF=0.883117;AO=68;DP=77;FAO=68;FDP=77;FR=.;FRO=9;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00415879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.367;QD=48.1208;RBI=0.00634258;REFB=0.00313588;REVB=0.00478881;RO=9;SAF=22;SAR=46;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300038;STB=0.515957;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000379623;OID=.;OPOS=32725625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:77:77:9:9:68:68:0.883117:46:22:4:5:46:22:4:5 chr6 32726769 . A G 46.14 PASS AF=0.0928571;AO=13;DP=140;FAO=13;FDP=140;FR=.;FRO=127;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=60;FWDB=0.00638486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.581;QD=1.31826;RBI=0.0256126;REFB=0.000111067;REVB=-0.024804;RO=123;SAF=5;SAR=8;SRF=64;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15924;STB=0.628625;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00211182;OID=.;OPOS=32726769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:140:140:123:127:13:13:0.0928571:8:5:64:59:8:5:67:60 chr6 32726772 . G A 45.75 PASS AF=0.0921986;AO=13;DP=141;FAO=13;FDP=141;FR=.;FRO=128;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=60;FWDB=0.00227272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.657;QD=1.29796;RBI=0.0340401;REFB=0.00203085;REVB=0.0339641;RO=128;SAF=5;SAR=8;SRF=68;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170305;STB=0.631834;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.027566;OID=.;OPOS=32726772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:141:141:128:128:13:13:0.0921986:8:5:68:60:8:5:68:60 chr6 32726803 . C T 1387.14 PASS AF=0.755245;AO=108;DP=143;FAO=108;FDP=143;FR=.;FRO=35;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00653539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.239;QD=38.8012;RBI=0.0261039;REFB=-0.00343739;REVB=0.0252726;RO=34;SAF=53;SAR=55;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415539;STB=0.50123;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.000993327;OID=.;OPOS=32726803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:34:35:108:108:0.755245:55:53:17:17:55:53:17:18 chr6 32726838 . C T 1120.88 PASS AF=0.69403;AO=93;DP=134;FAO=93;FDP=134;FR=.;FRO=41;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0116666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.538;QD=33.459;RBI=0.0365617;REFB=0.0134641;REVB=0.0346504;RO=41;SAF=50;SAR=43;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976546;STB=0.552431;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00669397;OID=.;OPOS=32726838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:41:41:93:93:0.69403:43:50:15:26:43:50:15:26 chr6 32729459 . C T 1305.47 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018733;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.293;QD=62.1651;RBI=0.0392653;REFB=0;REVB=-0.0345085;RO=0;SAF=63;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98113e-05;OID=.;OPOS=32729459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:21:63:0:0:21:63:0:0 chr6 32729642 . G C 1747.55 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00852467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.623;QD=60.7844;RBI=0.0322351;REFB=0;REVB=0.0310875;RO=0;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01665e-05;OID=.;OPOS=32729642;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:113:115:1:51:62:0:0:53:62:0:0 chr6 32796653 . C A 358.71 PASS AF=0.357724;AO=44;DP=123;FAO=44;FDP=123;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=-0.0036789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.496;QD=11.6652;RBI=0.0176509;REFB=-0.0137425;REVB=-0.0172632;RO=78;SAF=37;SAR=7;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308805;STB=0.686146;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0165665;OID=.;OPOS=32796653;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:78:79:44:44:0.357724:7:37:50:28:7:37:50:29 chr6 32796685 . A G 395.13 PASS AF=0.358209;AO=47;DP=133;FAO=48;FDP=134;FR=.;FRO=86;FSAF=41;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.0206724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.763;QD=11.795;RBI=0.0412566;REFB=-0.00879969;REVB=-0.0357038;RO=85;SAF=40;SAR=7;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423351;STB=0.747449;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0153788;OID=.;OPOS=32796685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:85:86:47:48:0.358209:7:40:47:38:7:41:48:38 chr6 32796751 . T C 1067.65 PASS AF=0.523077;AO=102;DP=194;FAO=102;FDP=195;FR=.;FRO=93;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.0561592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8672;QD=21.9005;RBI=0.0561895;REFB=-0.0229733;REVB=0.00184388;RO=92;SAF=50;SAR=52;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386564;STB=0.518418;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0197805;OID=.;OPOS=32796751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:92:93:102:102:0.523077:52:50:41:51:52:50:42:51 chr6 32797297 . T C 390.62 PASS AF=0.493827;AO=39;DP=79;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0142563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8732;QD=19.29;RBI=0.0720159;REFB=-0.00104547;REVB=-0.0705907;RO=40;SAF=8;SAR=31;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2284;STB=0.627381;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.000764687;OID=.;OPOS=32797297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:40:41:39:40:0.493827:31:8:16:24:32:8:16:25 chr6 32800224 . C A 185.07 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00594528;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.499;QD=18.5066;RBI=0.038126;REFB=-0.00282016;REVB=0.0376596;RO=21;SAF=14;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264232;STB=0.515034;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00250548;OID=.;OPOS=32800224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:5:14:15:6:5:14:15:6 chr6 32814975 . T C 234.06 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0578783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.61;QD=13.0034;RBI=0.0578805;REFB=-0.0106739;REVB=-0.000498057;RO=44;SAF=16;SAR=12;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100806;STB=0.557728;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0186298;OID=.;OPOS=32814975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:12:16:21:23:12:16:21:23 chr6 32818774 . T C 550.11 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00513535;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5591;QD=19.1342;RBI=0.0314925;REFB=-0.0460682;REVB=-0.031071;RO=58;SAF=28;SAR=29;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394362;STB=0.521798;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0453323;OID=.;OPOS=32818774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:58:58:57:57:0.495652:29:28:31:27:29:28:31:27 chr6 32826233 . A G 388.14 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00593166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.659;QD=21.2681;RBI=0.0110966;REFB=-0.0144385;REVB=0.00937815;RO=34;SAF=16;SAR=23;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00131254;STB=0.500725;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00865851;OID=.;OPOS=32826233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:23:16:14:20:23:16:14:20 chr6 32904981 . G A 621.27 PASS AF=0.484848;AO=63;DP=131;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.00263003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.937;QD=18.8262;RBI=0.00322102;REFB=-0.0083703;REVB=-0.00185954;RO=67;SAF=33;SAR=30;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430267;STB=0.51562;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00988856;OID=.;OPOS=32904981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:67:68:63:64:0.484848:30:33:32:35:31:33:33:35 chr6 32917544 . C T 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0126112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.077;QD=18.4899;RBI=0.0194353;REFB=-0.00754155;REVB=0.0147881;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00626911;OID=.;OPOS=32917544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:13:13:11:11:13:13 chr6 32939894 . G T 191.29 PASS AF=1;AO=12;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.552;QD=47.8223;RBI=0.0771471;REFB=0;REVB=-0.00840345;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028227;OID=.;OPOS=32939894;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:12:16:1:11:1:0:0:14:2:0:0 chr6 32942302 . G A 398.89 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00848419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.41;QD=19.2236;RBI=0.0125929;REFB=-0.010279;REVB=-0.00930592;RO=42;SAF=20;SAR=21;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323018;STB=0.517943;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00998619;OID=.;OPOS=32942302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:21:20:19:23:21:20:19:23 chr6 32943229 . T C 512.27 PASS AF=0.5;AO=46;DP=96;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0155704;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4253;QD=20.9089;RBI=0.0597588;REFB=-0.0196966;REVB=0.0576947;RO=49;SAF=29;SAR=17;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434601;STB=0.54289;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0168502;OID=.;OPOS=32943229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:49:49:46:49:0.5:17:29:33:16:20:29:33:16 chr6 32948462 . G A 281.2 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0101633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2804;QD=21.2229;RBI=0.0194633;REFB=-0.0332612;REVB=0.0165991;RO=24;SAF=8;SAR=21;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568449;STB=0.531623;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0282433;OID=.;OPOS=32948462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:21:8:8:16:21:8:8:16 chr6 32948804 . C T 1437.39 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264004;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.405;QD=63.1821;RBI=0.0410256;REFB=0;REVB=-0.0314025;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409394;OID=.;OPOS=32948804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:37:54:0:0:37:54:0:0 chr6 32974934 . G A 181.13 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0117088;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.712;QD=11.1466;RBI=0.0131195;REFB=-0.000967572;REVB=0.00591823;RO=41;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706754;STB=0.53223;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00292657;OID=.;OPOS=32974934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:41:42:23:23:0.353846:12:11:17:24:12:11:18:24 chr6 32975014 . T C 250.68 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0216313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.183;QD=14.5322;RBI=0.0283989;REFB=-0.00722398;REVB=0.0184006;RO=39;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126645;STB=0.56491;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.01519;OID=.;OPOS=32975014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:17:12:21:18:17:12:21:19 chr6 32975257 . C T 482.57 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=0.0172021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5569;QD=16.0855;RBI=0.0291796;REFB=-0.012744;REVB=-0.0235698;RO=66;SAF=23;SAR=30;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876778;STB=0.543525;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.014398;OID=.;OPOS=32975257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:67:53:53:0.441667:30:23:23:43:30:23:24:43 chr6 32975869 . G A 398.67 PASS AF=0.483516;AO=39;DP=85;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0373687;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2159;QD=17.5241;RBI=0.0925106;REFB=-0.0498402;REVB=0.0846273;RO=43;SAF=21;SAR=18;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176942;STB=0.606705;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0329253;OID=.;OPOS=32975869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:91:43:47:39:44:0.483516:18:21:15:28:18:26:18:29 chr6 33036505 . G C 183.33 PASS AF=0.4;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0207862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.295;QD=13.3329;RBI=0.057108;REFB=-0.000230173;REVB=0.0531908;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248145;STB=0.625298;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0012239;OID=.;OPOS=33036505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:21:22:0.4:12:9:22:11:12:10:22:11 chr6 33036853 . A C 454.3 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00878243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3371;QD=20.1913;RBI=0.018051;REFB=-0.00577111;REVB=-0.0157705;RO=45;SAF=29;SAR=16;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184779;STB=0.602589;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00841303;OID=.;OPOS=33036853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:16:29:20:25:16:29:20:25 chr6 33036951 . A G 376.44 PASS AF=0.371901;AO=45;DP=121;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.00997952;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.814;QD=12.4442;RBI=0.0223581;REFB=-0.0121651;REVB=-0.0200074;RO=75;SAF=33;SAR=12;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283646;STB=0.666985;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0388998;OID=.;OPOS=33036951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:75:76:45:45:0.371901:12:33:37:38:12:33:37:39 chr6 33036959 . G A 356.89 PASS AF=0.366667;AO=42;DP=117;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00632157;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.531;QD=11.8962;RBI=0.00880564;REFB=-0.00269897;REVB=0.00613002;RO=74;SAF=30;SAR=12;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268355;STB=0.637949;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00551091;OID=.;OPOS=33036959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:74:76:42:44:0.366667:12:30:36:38:13:31:38:38 chr6 33036971 . C T 459.3 PASS AF=0.40625;AO=52;DP=128;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0130826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.218;QD=14.3533;RBI=0.0342832;REFB=-0.015508;REVB=-0.0316888;RO=75;SAF=34;SAR=18;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174156;STB=0.602572;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0336059;OID=.;OPOS=33036971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:75:76:52:52:0.40625:18:34:37:38:18:34:37:39 chr6 33036977 . G A 448.97 PASS AF=0.408;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.00104362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.02;QD=14.3671;RBI=0.00700226;REFB=-0.0144721;REVB=0.00692406;RO=73;SAF=33;SAR=18;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17992;STB=0.605755;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0214215;OID=.;OPOS=33036977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:73:74:51:51:0.408:18:33:35:38:18:33:35:39 chr6 33036999 . T C 303.16 PASS AF=0.33913;AO=38;DP=113;FAO=39;FDP=115;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0284419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1639;QD=10.5447;RBI=0.0285354;REFB=-0.00518262;REVB=-0.00230757;RO=75;SAF=19;SAR=19;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229568;STB=0.525833;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0120609;OID=.;OPOS=33036999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:75:76:38:39:0.33913:19:19:36:39:19:20:36:40 chr6 33037061 . G C 275.26 PASS AF=0.351064;AO=32;DP=93;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0667759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.984;QD=11.713;RBI=0.0761129;REFB=0.00119219;REVB=-0.0365262;RO=61;SAF=14;SAR=18;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988237;STB=0.545427;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00146086;OID=.;OPOS=33037061;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:61:61:32:33:0.351064:18:14:32:29:18:15:32:29 chr6 33037080 . G A 121.0 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0298114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.173;QD=6.91437;RBI=0.0345967;REFB=0.00184781;REVB=0.0175559;RO=50;SAF=12;SAR=6;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229508;STB=0.653674;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00429347;OID=.;OPOS=33037080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:52:18:18:0.257143:6:12:24:26:6:12:24:28 chr6 33037419 . G A 444.91 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00780278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.397;QD=17.9763;RBI=0.0249977;REFB=-0.00931952;REVB=-0.0237487;RO=54;SAF=29;SAR=16;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1282;STB=0.571798;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0247274;OID=.;OPOS=33037419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:16:29:28:26:16:29:28:26 chr6 33037424 . T C 414.74 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0175583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6174;QD=16.2644;RBI=0.0240573;REFB=-0.020119;REVB=0.0164457;RO=56;SAF=29;SAR=17;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114415;STB=0.564074;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0164518;OID=.;OPOS=33037424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:17:29:29:27:17:29:29:27 chr6 33037522 . T C 312.55 PASS AF=0.336134;AO=40;DP=118;FAO=40;FDP=119;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0245941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.998;QD=10.5057;RBI=0.0265014;REFB=0.000914379;REVB=0.00987198;RO=77;SAF=30;SAR=10;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329215;STB=0.692206;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0042714;OID=.;OPOS=33037522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:77:79:40:40:0.336134:10:30:37:40:10:30:38:41 chr6 33037579 . AT TG 293.79 PASS AF=0.336283;AO=36;DP=112;FAO=38;FDP=113;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.00560144;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.789;QD=10.3996;RBI=0.0183839;REFB=-0.0158868;REVB=0.0175098;RO=72;SAF=21;SAR=15;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808159;STB=0.539447;STBP=0.574;TYPE=mnp;VARB=0.0387176;OID=.;OPOS=33037579;OREF=AT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:72:75:36:38:0.336283:15:21:37:35:17:21:37:38 chr6 33037611 . C T 245.23 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0250034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.861;QD=11.0213;RBI=0.0275432;REFB=-0.010726;REVB=0.0115524;RO=59;SAF=15;SAR=15;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967093;STB=0.505614;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0201803;OID=.;OPOS=33037611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:59:59:30:30:0.337079:15:15:29:30:15:15:29:30 chr6 33037626 . C G 168.4 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0270624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.305;QD=8.52685;RBI=0.0271139;REFB=0.00285445;REVB=-0.00167077;RO=56;SAF=12;SAR=11;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471034;STB=0.528028;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00688525;OID=.;OPOS=33037626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:56:23:23:0.291139:11:12:27:29:11:12:27:29 chr6 33037639 . GC AT 165.57 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00757757;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.911;QD=9.73958;RBI=0.048697;REFB=-0.0116986;REVB=-0.0481038;RO=44;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154115;STB=0.58878;STBP=0.333;TYPE=mnp;VARB=0.0200097;OID=.;OPOS=33037639;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:46:22:22:0.323529:10:12:18:26:10:12:19:27 chr6 33048538 . T C 466.41 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00455512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.658;QD=19.8472;RBI=0.00629711;REFB=-0.0233327;REVB=0.00434793;RO=48;SAF=27;SAR=19;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163781;STB=0.509087;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.019371;OID=.;OPOS=33048538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:19:27:29:19:19:27:29:19 chr6 33048542 . C T 537.2 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0237824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.452;QD=21.4878;RBI=0.0314717;REFB=-0.0106153;REVB=0.0206123;RO=49;SAF=31;SAR=20;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00409849;STB=0.502263;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0177504;OID=.;OPOS=33048542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:20:31:30:19:20:31:30:19 chr6 33048599 . CT AG 455.38 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.000540805;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.846;QD=22.7688;RBI=0.0421574;REFB=-0.0194878;REVB=-0.042154;RO=36;SAF=26;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120749;STB=0.566483;STBP=0.201;TYPE=mnp;VARB=0.0146226;OID=.;OPOS=33048599;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:18:26:16:20:18:26:16:20 chr6 33048686 . G A 236.83 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0187989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.629;QD=26.3139;RBI=0.0195675;REFB=-0.00251454;REVB=0.00543025;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278362;STB=0.653335;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0159027;OID=.;OPOS=33048686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:10:12:2:12:10:12:2:12 chr6 33048689 . G A 238.57 PASS AF=0.628571;AO=21;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0139972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.598;QD=27.2646;RBI=0.0157497;REFB=-0.000709095;REVB=0.00722038;RO=13;SAF=12;SAR=9;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332171;STB=0.66991;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000713833;OID=.;OPOS=33048689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:21:22:0.628571:9:12:1:12:10:12:1:12 chr6 33048694 . A G 225.35 PASS AF=0.636364;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0210576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.982;QD=27.3146;RBI=0.0213861;REFB=-0.00271328;REVB=-0.00373407;RO=12;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309778;STB=0.672117;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00363451;OID=.;OPOS=33048694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:20:21:0.636364:9:11:1:11:9:12:1:11 chr6 33052736 . G A 66.27 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00501993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4893;QD=5.09787;RBI=0.019289;REFB=-0.00607047;REVB=-0.0186243;RO=42;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207365;STB=0.63969;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0213193;OID=.;OPOS=33052736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:42:42:10:10:0.192308:8:2:14:28:8:2:14:28 chr6 33052743 . T C 92.86 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00488177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.403;QD=7.00812;RBI=0.013368;REFB=2.82192e-05;REVB=0.0124447;RO=40;SAF=3;SAR=10;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176091;STB=0.611326;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=1.86149e-05;OID=.;OPOS=33052743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:10:3:14:26:10:3:14:26 chr6 33052768 . T C 162.52 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00492472;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2134;QD=10.6568;RBI=0.030497;REFB=-0.0263499;REVB=-0.0300967;RO=40;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513515;STB=0.530091;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0498031;OID=.;OPOS=33052768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:14:7:15:25:14:7:15:25 chr6 33052803 . G A 292.43 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0154073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.482;QD=14.6213;RBI=0.0244576;REFB=-0.00240491;REVB=0.0189945;RO=47;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528535;STB=0.529936;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00415401;OID=.;OPOS=33052803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:18:15:19:28:18:15:19:28 chr6 33052950 . T C 215.77 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.0450799;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.353;QD=10.7887;RBI=0.0548856;REFB=-0.00894332;REVB=-0.0313087;RO=53;SAF=9;SAR=18;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380769;STB=0.719846;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.014281;OID=.;OPOS=33052950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:53:53:27:27:0.3375:18:9:36:17:18:9:36:17 chr6 33052958 . C T 238.04 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.0280495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.049;QD=11.6116;RBI=0.0352604;REFB=0.0041266;REVB=0.0213663;RO=53;SAF=10;SAR=19;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362686;STB=0.708129;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0110118;OID=.;OPOS=33052958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:19:10:36:17:19:10:36:17 chr6 33052986 . T C 207.49 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.00768411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.343;QD=11.2159;RBI=0.0226183;REFB=0.0033855;REVB=0.021273;RO=48;SAF=9;SAR=17;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348889;STB=0.701059;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0148404;OID=.;OPOS=33052986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:17:9:32:16:17:9:32:16 chr6 33053609 . G A 373.64 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0304067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.304;QD=14.7976;RBI=0.0325475;REFB=-0.0321588;REVB=-0.0116093;RO=58;SAF=22;SAR=20;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826022;STB=0.550783;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0356804;OID=.;OPOS=33053609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:59:42:42:0.415842:20:22:35:23:20:22:36:23 chr6 33053682 . G A 299.22 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0571989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1887;QD=13.7572;RBI=0.0880324;REFB=-0.0151092;REVB=0.0669178;RO=52;SAF=14;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135039;STB=0.582607;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0203853;OID=.;OPOS=33053682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:52:53:34:34:0.390805:20:14:28:24:20:14:29:24 chr6 33053968 . T A 69.58 PASS AF=0.196429;AO=12;DP=57;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=9;FWDB=0.0493181;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2762;QD=4.96975;RBI=0.0928216;REFB=0.00204282;REVB=0.0786358;RO=45;SAF=10;SAR=2;SRF=36;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686446;STB=0.523765;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.00463292;OID=.;OPOS=33053968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:57:56:45:45:12:11:0.196429:2:10:36:9:2:9:36:9 chr6 33053971 . T C 70.75 PASS AF=0.2;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=9;FWDB=-0.00491925;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.69;QD=5.14572;RBI=0.107919;REFB=-0.000350949;REVB=0.107807;RO=44;SAF=9;SAR=2;SRF=35;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448831;STB=0.529356;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00708587;OID=.;OPOS=33053971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:56:55:44:44:11:11:0.2:2:9:35:9:2:9:35:9 chr6 33053982 . G C 95.75 PASS AF=0.25;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=-0.0234047;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6572;QD=6.83936;RBI=0.0289328;REFB=-0.0140784;REVB=-0.0170095;RO=37;SAF=12;SAR=2;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150731;STB=0.620493;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0345432;OID=.;OPOS=33053982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:55:56:37:42:14:14:0.25:2:12:29:8:2:12:32:10 chr6 33080359 . CT TG 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00677635;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=229.676;QD=19.1729;RBI=0.0137743;REFB=-0.00438368;REVB=0.0119922;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122613;STB=0.568204;STBP=0.286;TYPE=mnp;VARB=0.00499309;OID=.;OPOS=33080359;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:18:15:19:13:18:15:19:13 chr6 33086249 . C T 541.47 PASS AF=0.419118;AO=44;DP=131;FAO=57;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.0172438;FXX=0.0489476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.777;QD=15.9256;RBI=0.0218836;REFB=-0.00418936;REVB=-0.0134738;RO=47;SAF=28;SAR=16;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900237;STB=0.513409;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00529304;OID=.;OPOS=33086249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:136:47:78:44:57:0.419118:16:28:34:13:25:32:42:36 chr6 33138677 . G A 101.66 PASS AF=0.5;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0095083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.897;QD=16.9439;RBI=0.0139129;REFB=-0.00195828;REVB=-0.0101568;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.541598;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00167441;OID=.;OPOS=33138677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:22:24:10:12:12:12:0.5:6:6:5:5:6:6:5:7 chr6 33138955 . G A 815.39 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.459;QD=57.2202;RBI=0.0871119;REFB=0;REVB=0.0870863;RO=0;SAF=52;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127558;OID=.;OPOS=33138955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:2:52:0:0:5:52:0:0 chr6 33139328 . C T 434.3 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0331085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2278;QD=18.2863;RBI=0.0414673;REFB=-0.0225699;REVB=-0.0249672;RO=51;SAF=20;SAR=24;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155285;STB=0.508667;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0307155;OID=.;OPOS=33139328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:24:20:24:27:24:20:24:27 chr6 33141161 . A C,G 509.25 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=2,33;DP=35;FAO=2,33;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=2,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196223,0.0304642;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=26.8657,178.948;QD=58.2001;RBI=0.0496197,0.0305474;REFB=0,0;REVB=0.045575,-0.00225208;RO=0;SAF=0,22;SAR=2,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0767415,0.0002161;OID=.,.;OPOS=33141161,33141161;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:0:0:2,33:2,33:0.0571429,0.942857:2,11:0,22:0:0:2,11:0,22:0:0 chr6 33141475 . C T 276.15 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00103094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.517;QD=50.2088;RBI=0.233151;REFB=0;REVB=0.233148;RO=2;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18245;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154835;OID=.;OPOS=33141475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:2:0:20:22:1:4:16:0:2:6:16:0:0 chr6 33141920 . G C 207.8 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.413;QD=48.8941;RBI=0.0620416;REFB=0;REVB=0.0386463;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534493;OID=.;OPOS=33141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:12:2:0:0:14:3:0:0 chr6 33144243 . T A 209.26 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0363359;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3314;QD=11.4665;RBI=0.0479064;REFB=-0.0149391;REVB=-0.0312207;RO=47;SAF=18;SAR=8;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418021;STB=0.524253;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0331219;OID=.;OPOS=33144243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:47:47:26:26:0.356164:8:18:31:16:8:18:31:16 chr6 33152835 . A T 54.29 PASS AF=0.388889;AO=5;DP=19;FAO=7;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0193803;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7507;QD=12.0647;RBI=0.0469073;REFB=-0.0479879;REVB=0.0427165;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274957;STB=0.517192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.033095;OID=.;OPOS=33152835;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:19:18:7:10:5:7:0.388889:2:3:4:3:3:4:6:4 chr6 33153528 . C T 96.66 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0193127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6728;QD=12.472;RBI=0.0773226;REFB=-0.0338147;REVB=0.0748719;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227615;STB=0.631391;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0623277;OID=.;OPOS=33153528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:16:3:4:8:16:3 chr6 33163450 . AG A,AA 724.65 PASS AF=0.0196078,0.980392;AO=7,44;DP=51;FAO=1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191133,0.0193922;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.71,216.1;QD=56.835;RBI=0.0789719,0.0807191;REFB=0,0;REVB=0.076624,0.078355;RO=0;SAF=1,19;SAR=6,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0201697,0.00106503;OID=.,.;OPOS=33163451,33163451;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0196078,0.980392:7,44:51:1,50:51:0:1,19:0,31:0:0:3:0:1,19:6,25:0:0 chr6 33169895 . C G 382.59 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=23;FWDB=-0.00881734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.562;QD=13.543;RBI=0.0115092;REFB=-0.00503656;REVB=0.00739697;RO=68;SAF=18;SAR=27;SRF=45;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273126;STB=0.653913;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00767254;OID=.;OPOS=33169895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:68:45:45:0.39823:27:18:45:23:27:18:45:23 chr6 33176958 . C T 370.61 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00323397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2008;QD=17.2379;RBI=0.019659;REFB=0.000719489;REVB=-0.0193912;RO=47;SAF=12;SAR=27;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126938;STB=0.571391;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.000993023;OID=.;OPOS=33176958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:27:12:20:27:27:12:20:27 chr6 33179689 . C T 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00223038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.941;QD=32.3675;RBI=0.0336129;REFB=0.00696402;REVB=0.0335389;RO=3;SAF=12;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10082;STB=0.555477;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00181881;OID=.;OPOS=33179689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:1:12:3:0:1:12:3:0 chr6 33235755 . G A 1958.4 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00458851;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.723;QD=61.2;RBI=0.0172173;REFB=0.0198042;REVB=0.0165946;RO=0;SAF=54;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33451e-08;STB=0.503401;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-5.53275e-05;OID=.;OPOS=33235755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:0:1:127:127:0.992188:73:54:0:0:73:54:0:1 chr6 33239869 . C T 240.46 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0221523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3734;QD=21.3743;RBI=0.0249137;REFB=-0.0240596;REVB=-0.0114005;RO=22;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177586;STB=0.599911;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0221331;OID=.;OPOS=33239869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:15:8:12:10:15:8:12:10 chr6 33256471 . T C 518.11 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.006761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.235;QD=59.2124;RBI=0.0200991;REFB=0;REVB=0.0189279;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70187e-05;OID=.;OPOS=33256471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:18:17:0:0 chr6 33333446 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.665;QD=47.822;RBI=0.0525601;REFB=0;REVB=-0.0113653;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329653;OID=.;OPOS=33333446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr6 33333916 . G T 358.56 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.40718e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.536;QD=55.1639;RBI=0.0412055;REFB=0;REVB=0.0412054;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105554;OID=.;OPOS=33333916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:6:19:0:0:7:19:0:0 chr6 33382241 . T C 313.21 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0847322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0808;QD=19.5757;RBI=0.104582;REFB=0.0237758;REVB=-0.0613013;RO=31;SAF=15;SAR=18;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884932;STB=0.549104;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.0292206;OID=.;OPOS=33382241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:18:15:11:20:18:15:11:20 chr6 33382288 . G A,T 790.03 PASS AF=0.982456,0.0175439;AO=51,2;DP=53;FAO=56,1;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=41,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0919922,-0.0438673;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=42.3655,74.8587;QD=55.4405;RBI=0.101417,0.0583996;REFB=0,0;REVB=0.0426952,-0.038551;RO=0;SAF=12,0;SAR=39,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000271026,0.158996;OID=.,.;OPOS=33382288,33382288;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:53:57:0:0:51,2:56,1:0.982456,0.0175439:39,2:12,0:0:0:41,1:15,0:0:0 chr6 33399778 . C T 240.53 PASS AF=0.424242;AO=26;DP=64;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.0788141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.799;QD=14.5773;RBI=0.0788817;REFB=-0.0111188;REVB=-0.00326476;RO=38;SAF=5;SAR=21;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108481;STB=0.539848;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0197603;OID=.;OPOS=33399778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:38:38:26:28:0.424242:21:5:10:28:22:6:10:28 chr6 33408542 . G A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0155579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.242;QD=17.2467;RBI=0.0330132;REFB=-0.00163367;REVB=0.0291175;RO=27;SAF=6;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210477;STB=0.620794;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00250034;OID=.;OPOS=33408542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:15:6:13:14:15:6:13:14 chr6 33408632 . G A 285.9 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00359814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3071;QD=21.9926;RBI=0.0560915;REFB=-0.0146204;REVB=0.055976;RO=23;SAF=6;SAR=23;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152919;STB=0.585391;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0179915;OID=.;OPOS=33408632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:23:6:8:15:23:6:8:15 chr6 33422976 . T G 651.12 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6225;QD=62.0116;RBI=0.074278;REFB=0;REVB=0.0689141;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144648;OID=.;OPOS=33422976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr6 33541507 . A G 526.76 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0363334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.067;QD=56.9469;RBI=0.0363358;REFB=0.122663;REVB=0.000420544;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000645459;OID=.;OPOS=33541507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:0:1:18:18:0:1 chr6 33560896 . A G 200.83 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00626053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.365;QD=20.5983;RBI=0.0100648;REFB=-0.00334999;REVB=-0.00788072;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385902;STB=0.536805;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00619084;OID=.;OPOS=33560896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:8:12:10:8:8:12:10:9 chr6 33636907 . C T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0338989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.777;QD=7.32291;RBI=0.0363099;REFB=-0.00716979;REVB=-0.0130104;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.53658;STB=0.822729;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0116697;OID=.;OPOS=33636907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:2:12:2:4:2:12 chr6 33638180 . C T 323.53 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.108536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.743;QD=16.8065;RBI=0.112281;REFB=-0.0201984;REVB=-0.028757;RO=42;SAF=22;SAR=13;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820629;STB=0.546133;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0353275;OID=.;OPOS=33638180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:13:22:23:19:13:22:23:19 chr6 33641379 . T C 304.11 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0187891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.284;QD=17.3777;RBI=0.0239153;REFB=-0.00677099;REVB=-0.0147957;RO=37;SAF=18;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557516;STB=0.531231;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00683103;OID=.;OPOS=33641379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:15:18:18:19:15:18:18:19 chr6 33648228 . C T 1250.52 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.725;QD=60.2659;RBI=0.0395227;REFB=-0.0851989;REVB=0.0367756;RO=1;SAF=44;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106419;STB=0.505617;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=6.48404e-05;OID=.;OPOS=33648228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:38:44:1:0:38:44:1:0 chr6 33651129 . C T 367.02 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0140916;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=101.518;QD=16.4955;RBI=0.0148137;REFB=-0.00539326;REVB=0.00456849;RO=46;SAF=26;SAR=13;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189752;STB=0.609317;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0106725;OID=.;OPOS=33651129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:50:39:39:0.438202:13:26:22:24:13:26:24:26 chr6 33653447 . GC AT,GT 895.93 PASS AF=0.0952381,0.904762;AO=6,56;DP=63;FAO=6,57;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=6,39;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299566,0.00945828;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=127.732,215.398;QD=56.8844;RBI=0.0623153,0.0553316;REFB=0,0;REVB=0.0546424,0.0545172;RO=0;SAF=6,39;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.87981e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0769562,0.00142055;OID=.,.;OPOS=33653447,33653448;OREF=GC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:63:63:0:0:6,56:6,57:0.0952381,0.904762:0,17:6,39:0:0:0,18:6,39:0:0 chr6 33659472 . C G 899.69 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3188;QD=58.0447;RBI=0.068523;REFB=0;REVB=0.0350768;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582941;OID=.;OPOS=33659472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:35:25:0:0:35:27:0:0 chr6 33689629 . G A 396.69 PASS AF=0.565217;AO=38;DP=68;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0266193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.495;QD=22.9966;RBI=0.0273013;REFB=-0.0294426;REVB=-0.00606414;RO=30;SAF=17;SAR=21;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658868;STB=0.54174;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0301745;OID=.;OPOS=33689629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:30:30:38:39:0.565217:21:17:11:19:21:18:11:19 chr6 33690796 . CA TG 837.55 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.11489e-05;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.796;QD=57.7618;RBI=0.0161884;REFB=0;REVB=0.0161883;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00023329;OID=.;OPOS=33690796;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:30:27:0:0:30:28:0:0 chr6 33739960 . A G 986.08 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0564652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0995;QD=54.782;RBI=0.0576963;REFB=-0.120935;REVB=0.0118555;RO=2;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248661;STB=0.505466;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0355134;OID=.;OPOS=33739960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:2:3:69:69:0.958333:37:32:0:2:37:32:1:2 chr6 33740025 . C T 185.79 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=20;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2079;QD=19.0555;RBI=0.0571124;REFB=-0.0418784;REVB=0.0571124;RO=20;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0467493;OID=.;OPOS=33740025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:19:0:0:20:19:0:0:20 chr6 33762625 . A G 244.52 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0147036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.32;QD=30.5652;RBI=0.0171595;REFB=-0.00154071;REVB=-0.00884614;RO=10;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313131;STB=0.517226;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.000912624;OID=.;OPOS=33762625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:12:10:4:6:12:10:4:6 chr6 33768897 . A G 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00863994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.682;QD=29.965;RBI=0.00873515;REFB=-0.0231711;REVB=-0.00128617;RO=13;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595839;STB=0.532744;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0122989;OID=.;OPOS=33768897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:12:13:8:5:12:13:8:5 chr6 33990447 . T C 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00352111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.773;QD=15.7004;RBI=0.00802683;REFB=-0.0193631;REVB=0.0072133;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681493;STB=0.503932;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0358452;OID=.;OPOS=33990447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:9:10:8:7:9:10 chr6 34003685 . T C 201.91 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0281726;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.222;QD=13.9245;RBI=0.0295988;REFB=-0.0104275;REVB=-0.00907716;RO=34;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116224;STB=0.566418;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0145463;OID=.;OPOS=34003685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:34:34:24:24:0.413793:14:10:18:16:14:10:18:16 chr6 34008006 . A G 228.31 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00576572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.093;QD=21.744;RBI=0.0255663;REFB=0.000151809;REVB=-0.0249077;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809674;STB=0.545413;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00038327;OID=.;OPOS=34008006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:12:10:11:9:12:10:11:9 chr6 34212743 . A G 306.33 PASS AF=1;AO=17;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7272;QD=53.2744;RBI=0.0114284;REFB=0;REVB=-0.0114284;RO=0;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159597;OID=.;OPOS=34212743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:17:23:1:17:0:0:0:23:0:0:0 chr6 34213296 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00682948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.891;QD=57.6804;RBI=0.0165099;REFB=0;REVB=0.0150311;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51293e-05;OID=.;OPOS=34213296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr6 34213868 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.062;QD=49.5985;RBI=0.0265206;REFB=0;REVB=-0.0227278;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48075e-05;OID=.;OPOS=34213868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr6 34214322 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099304;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.184;QD=55.0984;RBI=0.0152381;REFB=0;REVB=0.011558;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.485e-05;OID=.;OPOS=34214322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr6 34502687 . T C 1518.38 PASS AF=0.990385;AO=98;DP=99;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.194;QD=58.3992;RBI=0.0409184;REFB=0.0348803;REVB=0.0388441;RO=1;SAF=53;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886572;STB=0.504504;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-2.69702e-05;OID=.;OPOS=34502687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:104:1:1:98:103:0.990385:45:53:1:0:48:55:1:0 chr6 34557374 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.984;QD=55.0953;RBI=0.0245698;REFB=0;REVB=-0.00472018;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52328e-05;OID=.;OPOS=34557374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr6 34843215 . TCC TC,TCT 30.38 PASS AF=0.108696,0.0434783;AO=6,2;DP=45;FAO=5,2;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=3,2;FSAR=2,0;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00907159,-0.0321936;FXX=0.0212721;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=18.0584,218.002;QD=2.64159;RBI=0.124127,0.0621273;REFB=-0.0164676,-0.00492326;REVB=-0.123795,-0.0531354;RO=34;SAF=3,2;SAR=3,0;SRF=10;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.253343,0.553186;STB=0.723353,0.996362;STBP=0.376,0.058;TYPE=del,snp;VARB=-0.0187159,0.110777;OID=.,.;OPOS=34843216,34843217;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.108696,0.0434783:6,2:45:5,2:46:39:3,2:2,0:13:26:22:34:3,2:3,0:10:24 chr6 34949607 . C T 1102.79 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246703;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.134;QD=60.4271;RBI=0.0301644;REFB=0;REVB=0.017357;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73871e-05;OID=.;OPOS=34949607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr6 34957037 . G A 346.11 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0275966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7873;QD=16.8835;RBI=0.0285494;REFB=0.00335214;REVB=-0.00731416;RO=45;SAF=26;SAR=11;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202426;STB=0.614109;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00491508;OID=.;OPOS=34957037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:11:26:23:22:11:26:23:22 chr6 35027927 . T C 1989.1 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00879835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.23;QD=62.1593;RBI=0.0358023;REFB=0;REVB=-0.0347043;RO=0;SAF=78;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.39756e-05;OID=.;OPOS=35027927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:50:78:0:0:50:78:0:0 chr6 35050506 . G A 766.47 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0040295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7803;QD=55.7429;RBI=0.00841284;REFB=0;REVB=-0.00738505;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000902205;OID=.;OPOS=35050506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:33:20:0:0:33:22:0:0 chr6 35203203 . T G 542.48 PASS AF=0.95122;AO=36;DP=38;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.010009;FXX=0.0238039;HRUN=6;LEN=1;MLLD=177.49;QD=52.9248;RBI=0.0216568;REFB=-0.138132;REVB=0.0192051;RO=2;SAF=19;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467499;STB=0.523797;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.000998849;OID=.;OPOS=35203203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:41:2:2:36:39:0.95122:17:19:2:0:19:20:2:0 chr6 35260503 . C T 525.33 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.37;QD=58.3699;RBI=0.0338472;REFB=0;REVB=0.00376296;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105085;OID=.;OPOS=35260503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:19:15:0:0:20:16:0:0 chr6 35260530 . C T 436.25 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0378698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7647;QD=54.5306;RBI=0.0410486;REFB=-0.18112;REVB=0.0158388;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00835009;OID=.;OPOS=35260530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:14:17:0:0:14:17:1:0 chr6 35263555 . A G 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6596;QD=62.6678;RBI=0.0668779;REFB=0;REVB=-0.0287676;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012166;OID=.;OPOS=35263555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr6 35285720 . A C 385.71 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0311305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0822;QD=49.7693;RBI=0.110734;REFB=0.000568662;REVB=-0.106268;RO=2;SAF=17;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106369;STB=0.505717;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00316536;OID=.;OPOS=35285720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:12:17:1:1:12:17:1:1 chr6 35391787 . C T 576.44 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.783;QD=60.6774;RBI=0.0338976;REFB=0;REVB=0.0125821;RO=0;SAF=4;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7801e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.47506e-05;OID=.;OPOS=35391787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:33:4:0:0:34:4:0:0 chr6 35395010 . C T 820.2 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253877;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.268;QD=55.6067;RBI=0.0316392;REFB=-0.0513604;REVB=0.0188814;RO=1;SAF=34;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136737;STB=0.507244;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000145755;OID=.;OPOS=35395010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:24:34:1:0:24:34:1:0 chr6 35395795 . G C 795.55 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.479;QD=63.644;RBI=0.0968257;REFB=0;REVB=0.096812;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331905;OID=.;OPOS=35395795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:46:50:1:27:19:0:0:29:21:0:0 chr6 35423662 . A C 94.44 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00438725;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.91;QD=10.4934;RBI=0.00710214;REFB=-0.00422221;REVB=0.00558503;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430506;STB=0.528254;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00831639;OID=.;OPOS=35423662;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:11:12:0.333333:6:5:11:13:7:5:11:13 chr6 35465786 . A C 1102.91 PASS AF=0.939024;AO=76;DP=81;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0721298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8923;QD=53.8003;RBI=0.0814322;REFB=-0.12835;REVB=-0.0377954;RO=1;SAF=43;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108787;STB=0.514282;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0100962;OID=.;OPOS=35465786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:81:82:1:5:76:77:0.939024:33:43:1:0:33:44:4:1 chr6 35474073 . C G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0961091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.451;QD=18.251;RBI=0.0965025;REFB=-0.0183373;REVB=-0.0087053;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598629;STB=0.5342;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0222749;OID=.;OPOS=35474073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:8:7:6:9:8:7 chr6 35477025 . C G 551.67 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962821;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3556;QD=59.6402;RBI=0.106372;REFB=0;REVB=0.105935;RO=1;SAF=15;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301788;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171081;OID=.;OPOS=35477025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:1:0:36:37:1:21:15:1:0:21:16:0:0 chr6 35477032 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.206;QD=61.3363;RBI=0.0265069;REFB=0;REVB=0.00465458;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111052;OID=.;OPOS=35477032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr6 35479573 . CG C,CC 129.11 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,10;DP=12;FAO=1,11;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241419,-0.027379;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=248.375,263.835;QD=43.0369;RBI=0.0482961,0.0461215;REFB=0,0;REVB=0.0418293,0.0371158;RO=0;SAF=0,2;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0279182,0.000352748;OID=.,.;OPOS=35479574,35479574;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:2,10:12:1,11:12:0:0,2:1,9:0:0:4:0:0,2:2,8:0:0 chr6 35542526 . T A 119.42 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00513056;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=265.285;QD=8.84628;RBI=0.00796253;REFB=0.00174351;REVB=0.00608927;RO=38;SAF=10;SAR=6;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876612;STB=0.552817;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0038782;OID=.;OPOS=35542526;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:6:10:21:17:6:10:21:17 chr6 35705892 . T C 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0419544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.914;QD=10.3781;RBI=0.0430595;REFB=-0.00195009;REVB=-0.00969273;RO=16;SAF=1;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551398;STB=0.841241;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00432454;OID=.;OPOS=35705892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:8:1:9:7:8:1:9:7 chr6 35745655 . C T 561.74 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8594;QD=57.6147;RBI=0.0261344;REFB=-0.0915903;REVB=9.39341e-05;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511105;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00320012;OID=.;OPOS=35745655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:0:1:38:38:0.974359:23:15:0:0:22:16:0:1 chr6 35748931 . T C 323.49 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0265509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3829;QD=16.8047;RBI=0.0296101;REFB=-0.0111447;REVB=-0.0131075;RO=42;SAF=14;SAR=21;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121728;STB=0.568382;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0150008;OID=.;OPOS=35748931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:21:14:22:20:21:14:22:20 chr6 35755658 . A G 428.13 PASS AF=0.677966;AO=39;DP=60;FAO=40;FDP=59;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.012504;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.811;QD=29.0259;RBI=0.0168442;REFB=-0.00586881;REVB=-0.0112862;RO=19;SAF=21;SAR=18;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133471;STB=0.567055;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00389249;OID=.;OPOS=35755658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:19:19:39:40:0.677966:18:21:6:13:19:21:6:13 chr6 35923246 . T C 237.69 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.00706525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.977;QD=18.6421;RBI=0.0437591;REFB=0.0296336;REVB=0.043185;RO=25;SAF=21;SAR=4;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529387;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0107145;OID=.;OPOS=35923246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:4:21:21:4:4:21:21:5 chr6 36098410 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00505743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.667;QD=45.8068;RBI=0.0540354;REFB=0;REVB=0.0537982;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308702;OID=.;OPOS=36098410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr6 36198577 . G C 1058.65 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999106;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.993;QD=59.6424;RBI=0.0211113;REFB=0;REVB=-0.0185975;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18066e-05;OID=.;OPOS=36198577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:26:44:0:0:27:44:0:0 chr6 36260858 . C T 741.17 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1039;QD=63.078;RBI=0.08853;REFB=0;REVB=0.0849811;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700725;OID=.;OPOS=36260858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:17:29:0:0:18:29:0:0 chr6 36275458 . T C 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0486;QD=55.0907;RBI=0.106048;REFB=0;REVB=0.0244823;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00158079;OID=.;OPOS=36275458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr6 36287312 . G C 955.63 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.493;QD=57.0525;RBI=0.0592772;REFB=0;REVB=0.0466291;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070397;OID=.;OPOS=36287312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:35:28:0:0:35:32:0:0 chr6 36341294 . C T 395.74 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0116144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.197;QD=20.2942;RBI=0.0116182;REFB=0.000618143;REVB=0.000296922;RO=38;SAF=12;SAR=28;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163861;STB=0.509086;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.000771323;OID=.;OPOS=36341294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:28:12:12:26:28:12:12:26 chr6 36393816 . A G 455.03 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0160891;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.29;QD=20.0014;RBI=0.0161042;REFB=-0.0198965;REVB=0.000696378;RO=46;SAF=16;SAR=29;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156521;STB=0.587005;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0152448;OID=.;OPOS=36393816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:46:46:45:45:0.494505:29:16:24:22:29:16:24:22 chr6 36455838 . C T 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00287335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.077;QD=12.6375;RBI=0.0462529;REFB=0.00488492;REVB=-0.0461636;RO=21;SAF=10;SAR=3;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107234;STB=0.506319;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.00954198;OID=.;OPOS=36455838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:3:10:16:5:3:10:16:5 chr6 36456897 . C T 470.49 PASS AF=0.560976;AO=39;DP=75;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0174916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.278;QD=22.9508;RBI=0.0175571;REFB=-0.0292124;REVB=-0.00151623;RO=36;SAF=16;SAR=23;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957839;STB=0.549478;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0295677;OID=.;OPOS=36456897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:82:36:36:39:46:0.560976:23:16:11:25:27:19:11:25 chr6 36463627 . C T 212.27 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0265549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.472;QD=27.3899;RBI=0.0304325;REFB=-0.022233;REVB=-0.0148653;RO=11;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293581;STB=0.501627;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119575;OID=.;OPOS=36463627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:11:9:5:6:11:9:5:6 chr6 36569848 . A G 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0232031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.344;QD=16.7551;RBI=0.0237907;REFB=0.00138851;REVB=-0.00525477;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980991;STB=0.555329;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00175727;OID=.;OPOS=36569848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:13:11:10:18:13:11:10:18 chr6 36645696 . A G 935.12 PASS AF=0.579618;AO=87;DP=153;FAO=91;FDP=157;FR=.;FRO=66;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0106061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.097;QD=23.8248;RBI=0.0106434;REFB=-0.0150944;REVB=0.000890674;RO=65;SAF=40;SAR=47;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377582;STB=0.513299;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0090948;OID=.;OPOS=36645696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:157:65:66:87:91:0.579618:47:40:33:32:47:44:34:32 chr6 36651971 . C A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0235712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.874;QD=13.6602;RBI=0.0382285;REFB=-0.0272698;REVB=0.0300968;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263316;STB=0.515396;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0425925;OID=.;OPOS=36651971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:5:9:13:8:5:9:13:8 chr6 36653597 . C T 269.37 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.012379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.694;QD=18.9031;RBI=0.0170216;REFB=0.00884186;REVB=0.0116831;RO=27;SAF=7;SAR=22;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622745;STB=0.528826;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.0102744;OID=.;OPOS=36653597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:29:29:0.508772:22:7:8:19:22:7:8:20 chr6 36766292 . C G,T 682.85 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=2,47;DP=50;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=2,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363103,0.0552087;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=12.9912,100.992;QD=53.557;RBI=0.052555,0.0622839;REFB=0,0;REVB=-0.0379946,0.028832;RO=0;SAF=0,28;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.175773,-9.34045e-05;OID=.,.;OPOS=36766292,36766292;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:50:51:0:0:2,47:2,49:0.0392157,0.960784:2,19:0,28:0:0:2,19:0,30:0:0 chr6 36824399 . C T 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.000246202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.988;QD=14.4115;RBI=0.00395291;REFB=-0.0147728;REVB=0.00394523;RO=28;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371161;STB=0.521449;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0252457;OID=.;OPOS=36824399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:13:5:7:21:13:5:7:21 chr6 36882353 . A G 471.56 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0158956;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0274;QD=26.1979;RBI=0.0858479;REFB=-0.0175917;REVB=-0.0843635;RO=29;SAF=23;SAR=21;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103928;STB=0.550355;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00929243;OID=.;OPOS=36882353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:29:28:44:44:0.611111:21:23:11:18:21:23:11:17 chr6 36895835 . C T 404.87 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0119364;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.385;QD=15.8771;RBI=0.0131041;REFB=-0.00120583;REVB=-0.00540749;RO=54;SAF=19;SAR=26;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058614;STB=0.539021;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00147112;OID=.;OPOS=36895835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:54:57:45:45:0.441176:26:19:26:28:26:19:28:29 chr6 36922684 . A C 1824.83 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250603;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1879;QD=61.3387;RBI=0.0391206;REFB=0;REVB=-0.03004;RO=0;SAF=53;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127639;OID=.;OPOS=36922684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:65:53:0:0:66:53:0:0 chr6 36931162 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.049;QD=52.6131;RBI=0.0325065;REFB=0;REVB=0.0314667;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250004;OID=.;OPOS=36931162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr6 36976637 . G C 321.29 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0169998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.025;QD=13.9693;RBI=0.024574;REFB=-0.0206358;REVB=0.0177451;RO=54;SAF=11;SAR=25;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236217;STB=0.646196;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0255958;OID=.;OPOS=36976637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:56:36:36:0.391304:25:11:28:26:25:11:30:26 chr6 36995222 . G A 220.89 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0138937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.78;QD=18.032;RBI=0.0270568;REFB=-0.009576;REVB=-0.0232172;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203914;STB=0.616329;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0148722;OID=.;OPOS=36995222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:15:7:14:13:15:7:14:13 chr6 37180237 . G A 942.41 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9872;QD=57.9947;RBI=0.0294865;REFB=0;REVB=0.0168289;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375473;OID=.;OPOS=37180237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:27:36:0:0:28:37:0:0 chr6 37180355 . G A 765.62 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331384;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.831;QD=56.7127;RBI=0.0362035;REFB=0;REVB=0.0145788;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162383;OID=.;OPOS=37180355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:52:54:1:19:33:0:0:20:34:0:0 chr6 37180523 . A G 1437.72 PASS AF=0.959184;AO=92;DP=97;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0498744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0355;QD=58.6823;RBI=0.0500952;REFB=-0.107481;REVB=0.00469785;RO=2;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225604;STB=0.508137;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0040159;OID=.;OPOS=37180523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:97:98:2:4:92:94:0.959184:41:51:0:2:42:52:3:1 chr6 37250112 . A G 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.214;QD=50.8365;RBI=0.0259446;REFB=-0.210974;REVB=0.0173942;RO=1;SAF=2;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197596;STB=0.51063;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00235016;OID=.;OPOS=37250112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:23:2:0:1:23:2:0:1 chr6 37252210 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.153;QD=57.3855;RBI=0.0458157;REFB=0;REVB=0.0367502;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107871;OID=.;OPOS=37252210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chr6 37288036 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.528;QD=63.5827;RBI=0.0421355;REFB=0;REVB=0.0183893;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.86917e-05;OID=.;OPOS=37288036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr6 37443950 . G A 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0360679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.56;QD=14.6579;RBI=0.0383066;REFB=-0.0252984;REVB=-0.0129036;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604238;STB=0.545388;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0250727;OID=.;OPOS=37443950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:10:3:3:13:10:3:3:14 chr6 37450914 . T C 937.56 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.486;QD=58.5975;RBI=0.0153719;REFB=0;REVB=0.0152196;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08844e-05;OID=.;OPOS=37450914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:25:38:0:0:25:39:0:0 chr6 37603102 . TG CA 176.3 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0595733;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.709;QD=20.7412;RBI=0.0665783;REFB=-0.00807707;REVB=0.0297269;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435261;STB=0.526286;STBP=0.806;TYPE=mnp;VARB=0.00745304;OID=.;OPOS=37603102;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:16:18:18:0.529412:10:8:7:7:10:8:8:8 chr6 37623566 . C T 503.26 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.595;QD=57.5159;RBI=0.116787;REFB=0;REVB=0.0106572;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145933;OID=.;OPOS=37623566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:14:19:0:0:15:20:0:0 chr6 37631768 . A G 181.27 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0886822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2992;QD=16.4787;RBI=0.0889116;REFB=-0.034071;REVB=0.00638242;RO=24;SAF=17;SAR=2;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272973;STB=0.685859;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0212196;OID=.;OPOS=37631768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:2:17:18:6:2:17:18:7 chr6 37800789 . A C 210.12 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0176687;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.923;QD=13.7784;RBI=0.032562;REFB=-0.0106462;REVB=-0.0273514;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540223;STB=0.530807;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0229649;OID=.;OPOS=37800789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:36:25:25:0.409836:11:14:22:14:11:14:22:14 chr6 38110010 . G A 416.82 PASS AF=0.342466;AO=50;DP=146;FAO=50;FDP=146;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=0.00225956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.965;QD=11.4196;RBI=0.00996995;REFB=-0.0128738;REVB=-0.00971052;RO=96;SAF=31;SAR=19;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151519;STB=0.587151;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0248807;OID=.;OPOS=38110010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:96:96:50:50:0.342466:19:31:47:49:19:31:47:49 chr6 38120660 . C T 47.9 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0173527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.795;QD=12.7741;RBI=0.0229192;REFB=-0.0190728;REVB=0.0149725;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119504;STB=0.538351;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.020219;OID=.;OPOS=38120660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:15:15:7:8:7:7:0.466667:4:3:4:3:4:3:4:4 chr6 38121211 . A G 127.33 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00670528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.021;QD=9.26018;RBI=0.00719979;REFB=-0.00902328;REVB=-0.00262226;RO=37;SAF=5;SAR=12;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318672;STB=0.682494;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0173523;OID=.;OPOS=38121211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:38:17:17:0.309091:12:5:21:16:12:5:21:17 chr6 38142004 . G T 276.72 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0263518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.513;QD=13.4984;RBI=0.0280976;REFB=-0.00566275;REVB=0.00974988;RO=49;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210957;STB=0.517627;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0095078;OID=.;OPOS=38142004;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:50:32:32:0.390244:17:15:22:27:17:15:22:28 chr6 38147355 . A G 130.79 PASS AF=0.375;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0194279;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.836;QD=13.079;RBI=0.0230308;REFB=-0.0209923;REVB=-0.0123682;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204886;STB=0.620525;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0232483;OID=.;OPOS=38147355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:25:25:15:15:0.375:10:5:13:12:10:5:13:12 chr6 38650588 . T A 126.33 PASS AF=0.357143;AO=12;DP=39;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00865901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.596;QD=12.0314;RBI=0.00968374;REFB=-0.0132295;REVB=0.00433548;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323571;STB=0.576167;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0308431;OID=.;OPOS=38650588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:27:27:12:15:0.357143:5:7:15:12:5:10:15:12 chr6 38670837 . G A 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.107826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.866;QD=19.1726;RBI=0.112223;REFB=0.00867313;REVB=0.0311061;RO=31;SAF=11;SAR=22;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428808;STB=0.529394;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00579479;OID=.;OPOS=38670837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:32:33:33:0.507692:22:11:9:22:22:11:9:23 chr6 38712040 . A G 230.77 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00777352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.698;QD=16.7835;RBI=0.00896059;REFB=-0.0186063;REVB=-0.00445697;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00262555;STB=0.509084;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0183998;OID=.;OPOS=38712040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:29:25:26:0.472727:13:12:14:15:13:13:14:15 chr6 38712147 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0682799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5981;QD=15.3778;RBI=0.0803036;REFB=0.00356283;REVB=-0.0422672;RO=14;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169434;STB=0.599815;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00477606;OID=.;OPOS=38712147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:10:2:4:10:10:2:4:10 chr6 38757615 . G A 266.61 PASS AF=0.397436;AO=29;DP=76;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.00649435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.706;QD=13.6724;RBI=0.0162839;REFB=-0.0280526;REVB=0.0149329;RO=47;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292544;STB=0.677236;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0199706;OID=.;OPOS=38757615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:47:47:29:31:0.397436:13:16:13:34:13:18:13:34 chr6 38980081 . A G 386.56 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0200984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.985;QD=18.1911;RBI=0.0224276;REFB=-0.01303;REVB=-0.00995251;RO=43;SAF=21;SAR=19;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124534;STB=0.507362;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.010639;OID=.;OPOS=38980081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:45:40:40:0.470588:19:21:22:21:19:21:23:22 chr6 39033602 . A G 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0371128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.212;QD=54.8231;RBI=0.0382513;REFB=-0.0365856;REVB=0.00926294;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017117;STB=0.509087;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000995818;OID=.;OPOS=39033602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:27:23:0:1:27:23:0:1 chr6 39271758 . G A 105.91 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00713652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.916;QD=6.61967;RBI=0.0285629;REFB=-0.00429094;REVB=-0.027657;RO=48;SAF=8;SAR=8;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050766;STB=0.531211;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0113885;OID=.;OPOS=39271758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:48:48:16:16:0.25:8:8:26:22:8:8:26:22 chr6 39282036 . T C 32.99 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0057853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.35;QD=18.8537;RBI=0.206579;REFB=0.00943386;REVB=0.206498;RO=2;SAF=3;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210252;STB=0.62455;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.021748;OID=.;OPOS=39282036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:7:2:2:4:5:0.714286:1:3:2:0:2:3:2:0 chr6 39283083 . G A 377.75 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0150845;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5455;QD=21.2816;RBI=0.0159634;REFB=0.0114259;REVB=0.00522359;RO=32;SAF=19;SAR=19;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517323;STB=0.521116;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00842494;OID=.;OPOS=39283083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:33:38:38:0.535211:19:19:14:18:19:19:15:18 chr6 39284050 . G T 413.79 PASS AF=0.68;AO=33;DP=49;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00458333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.216;QD=33.1029;RBI=0.0357966;REFB=-0.0294575;REVB=0.0355019;RO=16;SAF=14;SAR=19;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460129;STB=0.528829;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00999073;OID=.;OPOS=39284050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:16:16:33:34:0.68:19:14:8:8:20:14:8:8 chr6 39284184 . A G 627.32 PASS AF=0.481203;AO=63;DP=133;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=50;FSRR=19;FWDB=-0.00214703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.393;QD=18.8667;RBI=0.0143022;REFB=-0.0254185;REVB=-0.0141401;RO=68;SAF=42;SAR=21;SRF=50;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746035;STB=0.540297;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0273469;OID=.;OPOS=39284184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:68:69:63:64:0.481203:21:42:50:18:22:42:50:19 chr6 39325078 . A G 659.34 PASS AF=0.492537;AO=66;DP=135;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.00363933;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.927;QD=19.6817;RBI=0.0184225;REFB=-0.0123343;REVB=-0.0180595;RO=68;SAF=37;SAR=29;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00166179;STB=0.500918;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0183488;OID=.;OPOS=39325078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:68:68:66:66:0.492537:29:37:38:30:29:37:38:30 chr6 39828862 . A C 332.38 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.00491516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.584;QD=32.4275;RBI=0.0082479;REFB=-0.00352596;REVB=-0.00662337;RO=13;SAF=9;SAR=19;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174801;STB=0.594821;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00192378;OID=.;OPOS=39828862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:19:9:1:12:19:9:1:12 chr6 39847279 . G A 543.25 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00117021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.42;QD=22.6354;RBI=0.0232862;REFB=-0.030707;REVB=0.0232568;RO=44;SAF=25;SAR=26;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464874;STB=0.5306;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0170311;OID=.;OPOS=39847279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:45:51:51:0.53125:26:25:24:20:26:25:25:20 chr6 39851818 . G A 739.22 PASS AF=1;AO=39;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.446;QD=56.8631;RBI=0.0434629;REFB=0;REVB=0.00340624;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126616;OID=.;OPOS=39851818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:39:52:1:24:15:0:0:24:28:0:0 chr6 39864730 . C T 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0112762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.596;QD=8.89949;RBI=0.0121433;REFB=-0.00963667;REVB=-0.00450647;RO=26;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183374;STB=0.611454;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0271264;OID=.;OPOS=39864730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:5:6:10:16:5:6:10:16 chr6 39865047 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.562;QD=48.7373;RBI=0.0254386;REFB=0;REVB=-0.00893973;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118101;OID=.;OPOS=39865047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr6 39869952 . T A 182.94 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.000537855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.818;QD=17.423;RBI=0.00170493;REFB=-0.0236475;REVB=-0.00161786;RO=23;SAF=15;SAR=4;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123173;STB=0.570854;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.062584;OID=.;OPOS=39869952;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:4:15:16:7:4:15:16:7 chr6 40360465 . A G 710.29 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0375735;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2042;QD=54.638;RBI=0.0389268;REFB=0.00426871;REVB=-0.0101747;RO=2;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494652;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00132551;OID=.;OPOS=40360465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:2:1:50:51:0.980769:18:32:0:2:19:32:0:1 chr6 41196156 . C T 773.45 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.101;QD=63.139;RBI=0.0362698;REFB=0;REVB=0.026744;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49549e-05;OID=.;OPOS=41196156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:20:27:0:0:20:29:0:0 chr6 41196492 . C A 210.7 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0181239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6869;QD=19.1547;RBI=0.0293906;REFB=-0.00808151;REVB=-0.0231373;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119787;STB=0.567506;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00816608;OID=.;OPOS=41196492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:12:9:7:16:12:9:7:16 chr6 41196605 . T C 800.68 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.833;QD=64.0541;RBI=0.00298269;REFB=0;REVB=-0.00248446;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.68765e-06;OID=.;OPOS=41196605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:27:23:0:0 chr6 41196727 . C T 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.081;QD=58.1367;RBI=0.0226004;REFB=0;REVB=-0.0106855;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278874;OID=.;OPOS=41196727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr6 41197785 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.306;QD=60.6092;RBI=0.0709628;REFB=0;REVB=0.067259;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248604;OID=.;OPOS=41197785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr6 41197857 . C T 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.194;QD=60.2279;RBI=0.0345922;REFB=0;REVB=0.0340615;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105438;OID=.;OPOS=41197857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr6 41270223 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1698;QD=57.6805;RBI=0.144429;REFB=0;REVB=-0.142294;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00326979;OID=.;OPOS=41270223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr6 41303592 . T C 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0770082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.344;QD=53.905;RBI=0.0772728;REFB=0;REVB=-0.00638921;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000672917;OID=.;OPOS=41303592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr6 41303995 . A G 894.16 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00498016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.561;QD=55.025;RBI=0.0111923;REFB=-0.0349942;REVB=-0.0100233;RO=1;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165659;STB=0.50173;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00141764;OID=.;OPOS=41303995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:65:1:2:63:63:0.969231:28:35:0:1:28:35:1:1 chr6 41318424 . T A 804.12 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.563;QD=64.3297;RBI=0.0136726;REFB=0;REVB=0.0115858;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68091e-06;OID=.;OPOS=41318424;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:27:23:0:0 chr6 41318438 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.064;QD=57.5452;RBI=0.037773;REFB=0;REVB=0.00914692;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77687e-05;OID=.;OPOS=41318438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr6 41533579 . C A 349.24 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.036482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.805;QD=20.2456;RBI=0.0388624;REFB=-0.0328119;REVB=0.0133921;RO=32;SAF=11;SAR=25;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12447;STB=0.578761;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0260533;OID=.;OPOS=41533579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:33:36:36:0.521739:25:11:14:18:25:11:15:18 chr6 41568064 . G A 205.06 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00968468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.994;QD=16.4052;RBI=0.0219507;REFB=-0.00377794;REVB=0.0196988;RO=29;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174312;STB=0.599904;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00590852;OID=.;OPOS=41568064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:8:13:13:16:8:13:13:16 chr6 41621618 . A G 388.67 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00921708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4568;QD=55.5241;RBI=0.00921708;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=26;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25666e-05;OID=.;OPOS=41621618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:0:26:0:0:0:28:0:0 chr6 41621625 . G A 376.77 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0211789;FXX=0.0322477;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.859;QD=50.2358;RBI=0.0211789;REFB=0.0179885;REVB=0;RO=2;SAF=28;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303096;OID=.;OPOS=41621625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:31:30:2:2:28:28:0.933333:0:28:2:0:0:28:2:0 chr6 41652514 . C T 93.56 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00704144;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.99;QD=17.8218;RBI=0.00715314;REFB=-0.0172824;REVB=-0.00125922;RO=9;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171427;STB=0.584248;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.014247;OID=.;OPOS=41652514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:22:21:9:10:11:11:0.52381:9:2:3:6:9:2:3:7 chr6 41652604 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.608;QD=39.2063;RBI=0.0522073;REFB=0;REVB=0.0476655;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118796;OID=.;OPOS=41652604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr6 41658889 . C T 74.23 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00795619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.547;QD=10.2388;RBI=0.0120253;REFB=-0.016818;REVB=0.00901699;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179247;STB=0.58604;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0373779;OID=.;OPOS=41658889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:18:19:10:10:0.344828:5:5:12:6:5:5:12:7 chr6 41738031 . CA C,CC 44.85 PASS AF=0.461538,0.0769231;AO=11,2;DP=30;FAO=12,2;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10,2;FSAR=2,0;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0851279,0.0199359;FXX=0.133289;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.98274,19.6434;QD=6.90004;RBI=0.0866098,0.037685;REFB=-0.0692811,-0.0602549;REVB=0.0159529,0.0319799;RO=8;SAF=10,2;SAR=1,0;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.383323,0.55315;STB=0.624765,0.992917;STBP=0.337,0.299;TYPE=del,snp;VARB=0.12197,-0.0860265;OID=.,.;OPOS=41738032,41738032;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538,0.0769231:11,2:30:12,2:26:12:10,2:2,0:8:4:32:8:10,2:1,0:5:3 chr6 41753084 . C T 482.62 PASS AF=0.490385;AO=50;DP=103;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0261537;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.226;QD=18.5623;RBI=0.0263312;REFB=-0.0134582;REVB=-0.00305252;RO=52;SAF=28;SAR=22;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158237;STB=0.508768;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0111155;OID=.;OPOS=41753084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:52:53:50:51:0.490385:22:28:30:22:23:28:30:23 chr6 41754576 . C T 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0309692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.45;QD=19.7024;RBI=0.0418827;REFB=0.0100197;REVB=0.0281969;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184484;STB=0.604121;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00542809;OID=.;OPOS=41754576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:11:5:9:8:11:5 chr6 41773735 . G A 103.92 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0057457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.799;QD=14.3332;RBI=0.012792;REFB=-0.0229039;REVB=0.011429;RO=15;SAF=10;SAR=2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543922;STB=0.589134;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0321467;OID=.;OPOS=41773735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:16:12:13:0.448276:2:10:12:3:2:11:12:4 chr6 41800629 . T C 292.18 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.000993799;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.543;QD=21.6432;RBI=0.0144157;REFB=-0.0247898;REVB=0.0143814;RO=25;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763591;STB=0.533311;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0199806;OID=.;OPOS=41800629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:24:30:30:0.555556:16:14:14:11:16:14:13:11 chr6 41895150 . G A 207.8 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00338503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1843;QD=13.4064;RBI=0.063051;REFB=-0.00784765;REVB=0.06296;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622994;STB=0.527936;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0355604;OID=.;OPOS=41895150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:37:25:25:0.403226:11:14:18:18:11:14:19:18 chr6 41900406 . C T 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00884391;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.87;QD=20.9185;RBI=0.0330645;REFB=-0.00873549;REVB=0.0318597;RO=26;SAF=12;SAR=19;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309146;STB=0.517149;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00715187;OID=.;OPOS=41900406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:19:12:11:15:19:12:11:15 chr6 41903782 . A C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.593;QD=57.202;RBI=0.0585414;REFB=0;REVB=0.0332652;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152046;OID=.;OPOS=41903782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr6 41986208 . T C 120.38 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.012883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.137;QD=24.0755;RBI=0.015614;REFB=-0.000599416;REVB=-0.0088218;RO=7;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351849;STB=0.701766;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=4.10269e-05;OID=.;OPOS=41986208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:11:2:4:3:11:2:4:3 chr6 42044945 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000350401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.466;QD=64.4147;RBI=0.0443179;REFB=0;REVB=-0.0443165;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207771;OID=.;OPOS=42044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr6 42123317 . A C 1804.07 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00719431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.528;QD=61.1548;RBI=0.0244096;REFB=0;REVB=0.0233254;RO=0;SAF=59;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30427e-05;OID=.;OPOS=42123317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:59:59:0:0:59:59:0:0 chr6 42162388 . A G 1792.59 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.677;QD=60.7656;RBI=0.0544393;REFB=0;REVB=0.0304483;RO=0;SAF=65;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46295e-05;OID=.;OPOS=42162388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:52:65:0:0:52:66:0:0 chr6 42532102 . C T 212.05 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.00851479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.232;QD=22.3212;RBI=0.0320751;REFB=-0.0122104;REVB=0.0309243;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416042;STB=0.713419;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0249884;OID=.;OPOS=42532102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:17:20:21:0.552632:13:7:15:2:13:8:15:2 chr6 42571346 . A T 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.000310723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.175;QD=19.0781;RBI=0.0824902;REFB=-0.0202292;REVB=0.0824896;RO=31;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126543;STB=0.570526;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0225488;OID=.;OPOS=42571346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:19:13:17:14:19:13:17:14 chr6 42600319 . A G 1463.41 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298779;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.402;QD=62.2727;RBI=0.0300039;REFB=0.0650828;REVB=-0.00274615;RO=1;SAF=41;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011423;STB=0.506023;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000195589;OID=.;OPOS=42600319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:1:1:93:93:0.989362:52:41:1:0:52:41:1:0 chr6 42627430 . C T 235.32 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00706567;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.946;QD=15.4311;RBI=0.0110242;REFB=0.00439218;REVB=-0.00846219;RO=33;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1055;STB=0.56523;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00844186;OID=.;OPOS=42627430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:34:27:27:0.442623:17:10:9:24:17:10:9:25 chr6 42627434 . G A 271.75 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0757426;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2782;QD=17.5325;RBI=0.0894895;REFB=-0.010072;REVB=0.0476595;RO=31;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228802;STB=0.512187;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0119282;OID=.;OPOS=42627434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:29:30:0.483871:19:10:10:21:20:10:10:22 chr6 42666061 . T C 686.32 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8386;QD=62.3925;RBI=0.0373849;REFB=0;REVB=0.026247;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000864326;OID=.;OPOS=42666061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:24:20:0:0 chr6 42666145 . C T 808.51 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0910283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2721;QD=53.901;RBI=0.130675;REFB=-0.124554;REVB=0.0937534;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177973;STB=0.501742;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0149151;OID=.;OPOS=42666145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:1:2:58:58:0.966667:32:26:1:0:32:26:1:1 chr6 42666164 . G C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.406;QD=57.8847;RBI=0.0625557;REFB=0;REVB=0.0546752;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45742e-05;OID=.;OPOS=42666164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr6 42689755 . A G 270.89 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0168074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3075;QD=24.0792;RBI=0.0191118;REFB=0.0042857;REVB=-0.009098;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217835;STB=0.611029;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00382765;OID=.;OPOS=42689755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:20:24:25:0.555556:13:11:4:16:14:11:4:16 chr6 42713500 . GA G 36.48 PASS AF=0.566667;AO=15;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0378248;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.37573;QD=4.86428;RBI=0.0429505;REFB=-0.1501;REVB=0.0203476;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202987;STB=0.615242;STBP=0.184;TYPE=del;VARB=0.132325;OID=.;OPOS=42713501;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.566667:15:30:17:30:13:12:5:6:7:36:12:10:5:5:7 chr6 42713618 . A G 787.46 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00687106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.879;QD=55.2606;RBI=0.0247847;REFB=-0.221744;REVB=0.0238132;RO=1;SAF=35;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132829;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000668645;OID=.;OPOS=42713618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:1:1:56:56:0.982456:21:35:1:0:21:35:1:0 chr6 42854044 . C T 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0143068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.377;QD=18.4388;RBI=0.0148423;REFB=-0.01324;REVB=-0.00395106;RO=29;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308283;STB=0.517229;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0123558;OID=.;OPOS=42854044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:14:15:14:15:14:15:14:15 chr6 42932200 . G T 576.19 PASS AF=0.47619;AO=60;DP=126;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0477832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0946;QD=18.2916;RBI=0.0498869;REFB=-0.0205374;REVB=-0.0143342;RO=66;SAF=26;SAR=34;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491619;STB=0.527264;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0224773;OID=.;OPOS=42932200;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:66:66:60:60:0.47619:34:26:32:34:34:26:32:34 chr6 42932202 . C T 564.23 PASS AF=0.472;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00126332;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.478;QD=18.0553;RBI=0.00333795;REFB=-0.0213331;REVB=0.00308965;RO=66;SAF=26;SAR=33;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423653;STB=0.523515;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0256462;OID=.;OPOS=42932202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:66:66:59:59:0.472:33:26:32:34:33:26:32:34 chr6 42942779 . A G 238.55 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0131805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0527;QD=27.2632;RBI=0.0263013;REFB=-0.0225589;REVB=0.0227603;RO=13;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360801;STB=0.519982;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0131476;OID=.;OPOS=42942779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:13:9:6:7:13:9:6:7 chr6 42989057 . T C 728.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.527;QD=57.1712;RBI=0.0377465;REFB=0;REVB=0.0341613;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126185;OID=.;OPOS=42989057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr6 43014298 . TT CC 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172058;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=120.489;QD=44.6898;RBI=0.0448318;REFB=0;REVB=0.0413987;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000235808;OID=.;OPOS=43014298;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr6 43154091 . C G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.964;QD=62.022;RBI=0.0441207;REFB=0;REVB=0.0439273;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106738;OID=.;OPOS=43154091;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr6 43270097 . T C 916.21 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8213;QD=58.1717;RBI=0.0222973;REFB=0;REVB=0.0126441;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20957e-05;OID=.;OPOS=43270097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:36:25:0:0:37:26:0:0 chr6 43273604 . A G 853.96 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302522;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.011;QD=57.8958;RBI=0.0348849;REFB=0;REVB=0.0173712;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032674;OID=.;OPOS=43273604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr6 43306346 . A G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.629;QD=60.3764;RBI=0.0305024;REFB=0;REVB=0.0160439;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7667e-05;OID=.;OPOS=43306346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:28:46:0:0:28:46:0:0 chr6 43471637 . A T 323.0 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00646021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.322;QD=21.8983;RBI=0.0348292;REFB=-0.00299725;REVB=0.0342249;RO=25;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205287;STB=0.603597;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00320983;OID=.;OPOS=43471637;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:26:33:33:0.559322:18:15:18:7:18:15:18:8 chr6 43496662 . A C 339.66 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.000688685;FXX=0.0605969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.928;QD=21.9134;RBI=0.00975664;REFB=0.00275463;REVB=0.0097323;RO=28;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104495;STB=0.51055;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00193914;OID=.;OPOS=43496662;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:28:28:34:34:0.548387:15:19:16:12:15:19:15:13 chr6 43588290 . GTA G 198.5 PASS AF=0.692308;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0275956;FXX=0.133289;HRUN=1;LEN=2;MLLD=128.164;QD=30.5388;RBI=0.0836721;REFB=-0.129216;REVB=0.0789905;RO=7;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428742;STB=0.504499;STBP=0.955;TYPE=del;VARB=0.0406885;OID=.;OPOS=43588291;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.692308:17:30:18:26:8:11:7:5:3:56:7:11:6:4:3 chr6 43640099 . A G 194.8 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00172738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.389;QD=17.3156;RBI=0.0214317;REFB=0.0133079;REVB=-0.021362;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613768;STB=0.5111;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.0162178;OID=.;OPOS=43640099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:25:20:20:0.444444:10:10:10:13:10:10:12:13 chr6 43752712 . TAA TA,TAT 30.51 PASS AF=0.210526,0.105263;AO=4,2;DP=19;FAO=4,2;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2,0;FSAR=2,2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0732964,-0.00844239;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=18.0719,217.79;QD=6.42257;RBI=0.082411,0.0161515;REFB=-0.0366639,-0.00159772;REVB=-0.0376723,-0.0137694;RO=12;SAF=2,0;SAR=2,2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.185955,-0.630414;STB=0.646387,0.996015;STBP=0.555,0.093;TYPE=del,snp;VARB=0.057055,0.0782848;OID=.,.;OPOS=43752713,43752714;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210526,0.105263:4,2:19:4,2:19:13:2,0:2,2:9:4:19:12:2,0:2,2:8:4 chr6 43968814 . A G 244.24 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00515529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.514;QD=23.2607;RBI=0.011566;REFB=-0.0110834;REVB=-0.0103535;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607908;STB=0.52172;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00781839;OID=.;OPOS=43968814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:23:23:0.547619:11:12:8:10:11:12:9:10 chr6 43970827 . G A 423.95 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0165911;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.826;QD=20.936;RBI=0.0201559;REFB=-0.00950116;REVB=0.0114453;RO=39;SAF=19;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052755;STB=0.52919;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0109593;OID=.;OPOS=43970827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:23:19:20:19:23:19:20:19 chr6 44081718 . G A 363.01 PASS AF=0.4;AO=41;DP=108;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.00544004;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9536;QD=13.2004;RBI=0.148698;REFB=-0.00879174;REVB=0.148599;RO=66;SAF=28;SAR=13;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159795;STB=0.557067;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0128868;OID=.;OPOS=44081718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:66:66:41:44:0.4:13:28:36:30:16:28:36:30 chr6 44108848 . C T 240.89 PASS AF=0.5;AO=24;DP=47;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0475751;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3615;QD=20.9467;RBI=0.0475753;REFB=-0.000133874;REVB=0.000119336;RO=23;SAF=7;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998393;STB=0.549312;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000733454;OID=.;OPOS=44108848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:23:23:24:23:0.5:17:7:9:14:16:7:9:14 chr6 44141088 . G A 137.86 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0274242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.683;QD=19.0146;RBI=0.0275552;REFB=-0.00211946;REVB=-0.00268327;RO=14;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180048;STB=0.603622;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00258935;OID=.;OPOS=44141088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:12:3:5:9:12:3:5:9 chr6 44147821 . A G 442.59 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.000226305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.009;QD=22.6969;RBI=0.0122873;REFB=0.00926476;REVB=-0.0122852;RO=34;SAF=17;SAR=26;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359266;STB=0.511273;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00616032;OID=.;OPOS=44147821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:35:43:43:0.551282:26:17:12:22:26:17:13:22 chr6 44151490 . G A 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00830167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1736;QD=16.5273;RBI=0.0191037;REFB=-0.0189024;REVB=0.0172057;RO=29;SAF=8;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979891;STB=0.55551;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0247967;OID=.;OPOS=44151490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:17:8:12:17:17:8:12:17 chr6 44222999 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00671904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.266;QD=13.4559;RBI=0.0167789;REFB=-0.00309036;REVB=0.0153748;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324673;STB=0.51905;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00368194;OID=.;OPOS=44222999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:5:10:7:4:5:10 chr6 44247951 . T G 1008.36 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.435;QD=59.3155;RBI=0.0531209;REFB=0;REVB=-0.0305468;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03212e-05;OID=.;OPOS=44247951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr6 44250165 . A G 776.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.924;QD=63.3793;RBI=0.0327507;REFB=0;REVB=-0.00572807;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150717;OID=.;OPOS=44250165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:29:19:0:0:30:19:0:0 chr6 44253749 . A G 330.47 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00761034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6836;QD=50.841;RBI=0.030008;REFB=-0.168225;REVB=0.029027;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299354;STB=0.516116;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.010295;OID=.;OPOS=44253749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:10:15:1:0:10:15:1:0 chr6 44255459 . G A 1952.38 PASS AF=0.970149;AO=129;DP=134;FAO=130;FDP=134;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0232071;FXX=0.00740686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.795;QD=58.2801;RBI=0.0483752;REFB=-0.0454994;REVB=0.0424452;RO=4;SAF=59;SAR=70;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00245229;STB=0.501389;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.000920594;OID=.;OPOS=44255459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:134:134:4:4:129:130:0.970149:70:59:2:2:71:59:2:2 chr6 44268135 . C T 1089.36 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.263;QD=59.6911;RBI=0.0537618;REFB=0;REVB=0.0205708;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248849;OID=.;OPOS=44268135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:44:28:0:0:44:29:0:0 chr6 44268371 . T C 1191.18 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.297;QD=60.3131;RBI=0.0621549;REFB=0;REVB=0.0413745;RO=0;SAF=26;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228914;OID=.;OPOS=44268371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:52:26:0:0:52:27:0:0 chr6 44269192 . TC T,TT 317.31 PASS AF=0.125,0.875;AO=8,15;DP=23;FAO=3,21;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=2,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257609,0.02279;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=248.018,252.028;QD=52.8854;RBI=0.0440302,0.0428485;REFB=0,0;REVB=0.0357077,0.0362851;RO=0;SAF=1,9;SAR=7,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00867883,0.00191252;OID=.,.;OPOS=44269193,44269193;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:8,15:23:3,21:24:0:1,9:2,12:0:0:11:0:1,9:7,6:0:0 chr6 44275011 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000860127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.996;QD=57.7124;RBI=0.0202724;REFB=0;REVB=0.0202542;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73547e-05;OID=.;OPOS=44275011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:28:30:0:0:28:31:0:0 chr6 44310854 . G A 923.3 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239752;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.692;QD=58.6219;RBI=0.0232356;REFB=0;REVB=0.0231116;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02238e-05;OID=.;OPOS=44310854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:23:40:0:0:23:40:0:0 chr6 44320548 . T A 341.81 PASS AF=0.48;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0298281;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3667;QD=18.2301;RBI=0.0392531;REFB=-0.00964209;REVB=-0.0255165;RO=38;SAF=16;SAR=20;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051426;STB=0.535694;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0111116;OID=.;OPOS=44320548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:38:39:36:36:0.48:20:16:19:19:20:16:20:19 chr6 44360533 . G A 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0461414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.496;QD=12.2163;RBI=0.0463123;REFB=-0.00644067;REVB=-0.00397431;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130223;STB=0.57682;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0117492;OID=.;OPOS=44360533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:6:9:13:14:6:9:13:14 chr6 44371714 . C T 214.05 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0130739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.814;QD=14.7621;RBI=0.0180807;REFB=-0.00927259;REVB=-0.0124894;RO=33;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160336;STB=0.509109;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.012007;OID=.;OPOS=44371714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:14:11:14:19:14:11:14:19 chr6 44403438 . A G 340.91 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.363;QD=54.5462;RBI=0.0198097;REFB=0;REVB=0.012606;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128341;OID=.;OPOS=44403438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:12:13:0:0 chr6 44413463 . T A 437.89 PASS AF=0.47;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0114731;FXX=0.0291234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.835;QD=17.5156;RBI=0.0141224;REFB=-0.00724922;REVB=-0.00823483;RO=48;SAF=23;SAR=24;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283062;STB=0.519378;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00750717;OID=.;OPOS=44413463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:100:48:53:47:47:0.47:24:23:22:26:24:23:24:29 chr6 44982593 . G A 287.93 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0454939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3626;QD=18.5764;RBI=0.0456256;REFB=0.0189675;REVB=-0.00346367;RO=31;SAF=19;SAR=12;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25672;STB=0.642986;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0197522;OID=.;OPOS=44982593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:12:19:10:21:12:19:10:21 chr6 45866361 . A T 231.01 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00285086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.885;QD=16.5009;RBI=0.00777775;REFB=-0.0080473;REVB=-0.00723644;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737818;STB=0.541634;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00721368;OID=.;OPOS=45866361;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:11:15:15:15:11:15:15:15 chr6 46107752 . C G 728.13 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0085;QD=57.1082;RBI=0.053883;REFB=0;REVB=0.0319458;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058277;OID=.;OPOS=46107752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr6 46128688 . G C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.275;QD=63.8716;RBI=0.0125005;REFB=0;REVB=0.00842947;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45689e-05;OID=.;OPOS=46128688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr6 46128745 . C T 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7021;QD=60.2276;RBI=0.0901066;REFB=0;REVB=-0.0839251;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000752334;OID=.;OPOS=46128745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr6 46129345 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.909;QD=58.6005;RBI=0.044493;REFB=0;REVB=0.0298396;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013907;OID=.;OPOS=46129345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr6 46135489 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8041;QD=40.7623;RBI=0.0684006;REFB=0;REVB=0.0667041;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152649;OID=.;OPOS=46135489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr6 46135984 . G T 657.75 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5304;QD=59.7953;RBI=0.0458367;REFB=0.0289829;REVB=-0.0389125;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218371;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00117251;OID=.;OPOS=46135984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:21:22:0:1:21:22:0:1 chr6 46190377 . A C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00524602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0032;QD=16.2713;RBI=0.0403468;REFB=0.0153378;REVB=0.0400043;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963035;STB=0.555481;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00963433;OID=.;OPOS=46190377;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:9:9:6:9:9:9 chr6 46517742 . C T 763.97 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.114;QD=62.3651;RBI=0.0161257;REFB=0;REVB=0.0144417;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41991e-05;OID=.;OPOS=46517742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:21:27:0:0:22:27:0:0 chr6 46623698 . T C,G 1238.39 PASS AF=0.939024,0.0609756;AO=70,7;DP=77;FAO=77,5;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29,5;FSAR=48,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885851,-0.0201791;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=254.426,91.3971;QD=60.4093;RBI=0.073897,0.0539722;REFB=0,0;REVB=0.0733641,0.0500579;RO=0;SAF=26,7;SAR=44,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00647547,-0.0119299;OID=.,.;OPOS=46623698,46623698;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:77:82:0:0:70,7:77,5:0.939024,0.0609756:44,0:26,7:0:0:48,0:29,5:0:0 chr6 46657057 . A G 756.46 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0160614;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.219;QD=53.0852;RBI=0.0285843;REFB=-0.00251763;REVB=0.0236452;RO=2;SAF=41;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224423;STB=0.5119;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000266316;OID=.;OPOS=46657057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:14:41:2:0:14:41:2:0 chr6 46658905 . C G 138.97 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00642521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.359;QD=12.084;RBI=0.0482507;REFB=-0.00153096;REVB=-0.047821;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524969;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00234681;OID=.;OPOS=46658905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:30:15:16:0.347826:6:9:18:12:7:9:18:12 chr6 46672943 . A G 1611.59 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01183;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.271;QD=59.1408;RBI=0.0481148;REFB=-0.0659395;REVB=0.0466378;RO=1;SAF=62;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102068;STB=0.505375;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000108;OID=.;OPOS=46672943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:109:1:1:108:108:0.990826:46:62:0:1:46:62:0:1 chr6 46679303 . A G 475.11 PASS AF=0.494624;AO=45;DP=95;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.014743;FXX=0.0605999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9817;QD=20.4347;RBI=0.0329256;REFB=-0.00490122;REVB=-0.0294405;RO=43;SAF=21;SAR=24;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397529;STB=0.505616;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00967182;OID=.;OPOS=46679303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:43:47:45:46:0.494624:24:21:22:21:24:22:23:24 chr6 46766315 . CTTTTTTTA CTTTTTT,CTTTTTTA,CTTTTTTAA 161.99 PASS AF=0.5,0.0967742,0;AO=16,13,7;DP=72;FAO=31,6,0;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=27,6,0;FSAR=4,0,0;FSRF=23;FSRR=2;FWDB=-0.0834472,0.0230599,0.118433;FXX=0.101435;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=11.5523,6.59623,5.45685;QD=10.451;RBI=0.265594,0.511849,0.297742;REFB=0.0412319,-0.0900337,-0.143727;REVB=0.252144,0.511329,0.273173;RO=12;SAF=16,13,7;SAR=0,0,0;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.801921,0.780224,0.695386;STB=0.552455,0.996864,0.5;STBP=0.596,0.333,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0681027,0.089889,0;OID=.,.,.;OPOS=46766322,46766316,46766322;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTA,CTTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.0967742,0:16,13,7:72:31,6,0:62:25:27,6,0:4,0,0:23:2:87:12:16,13,7:0,0,0:11:1 chr6 46802370 . G A 502.69 PASS AF=0.4;AO=56;DP=140;FAO=56;FDP=140;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.0140062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.461;QD=14.3627;RBI=0.0216973;REFB=0.00333831;REVB=0.016571;RO=84;SAF=35;SAR=21;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072645;STB=0.54103;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00475931;OID=.;OPOS=46802370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:84:84:56:56:0.4:21:35:47:37:21:35:47:37 chr6 46803018 . A T 236.58 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00526307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.625;QD=19.7147;RBI=0.00640826;REFB=-0.00548955;REVB=0.00365594;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703989;STB=0.539618;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00324118;OID=.;OPOS=46803018;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:14:9:8:17:14:9:8:17 chr6 46803102 . A G 211.72 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0262362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0421;QD=16.6051;RBI=0.0414842;REFB=-0.0109276;REVB=0.032134;RO=28;SAF=4;SAR=19;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163194;STB=0.59366;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0123449;OID=.;OPOS=46803102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:19:4:8:20:19:4:8:20 chr6 46824448 . A G 456.38 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0511099;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.8567;QD=50.7089;RBI=0.0525376;REFB=0.097695;REVB=0.0121647;RO=3;SAF=25;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851925;STB=0.545823;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00774042;OID=.;OPOS=46824448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:3:3:33:33:0.916667:8:25:1:2:8:25:1:2 chr6 46826508 . G A 418.03 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0142513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.145;QD=53.9387;RBI=0.0433824;REFB=-0.130507;REVB=-0.0409748;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404935;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00112459;OID=.;OPOS=46826508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:11:19:0:1:11:19:0:1 chr6 46826715 . T A 1548.63 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000447471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.781;QD=63.861;RBI=0.00609648;REFB=0;REVB=0.00608004;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3711e-06;OID=.;OPOS=46826715;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:47:49:0:0:48:49:0:0 chr6 46826844 . T C 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.55;QD=64.0213;RBI=0.0306241;REFB=0;REVB=0.0221408;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61624e-05;OID=.;OPOS=46826844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:53:45:0:0:53:45:0:0 chr6 46826910 . G A 1553.31 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00636691;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.633;QD=58.6156;RBI=0.00639976;REFB=0.0236532;REVB=0.000647614;RO=1;SAF=63;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747338;STB=0.503936;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000117707;OID=.;OPOS=46826910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:1:1:104:105:0.990566:41:63:1:0:42:63:1:0 chr6 46826979 . A G 769.0 PASS AF=0.496894;AO=79;DP=161;FAO=80;FDP=161;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=0.00216916;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.861;QD=19.1057;RBI=0.00340566;REFB=-0.0204434;REVB=0.00262551;RO=81;SAF=37;SAR=42;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124972;STB=0.571279;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0174907;OID=.;OPOS=46826979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:81:81:79:80:0.496894:42:37:49:32:43:37:49:32 chr6 46827073 . A G 690.02 PASS AF=0.476821;AO=72;DP=151;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.00415216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.01;QD=18.2787;RBI=0.00814838;REFB=-0.00847318;REVB=-0.00701111;RO=79;SAF=41;SAR=31;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107822;STB=0.559659;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0120109;OID=.;OPOS=46827073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:79:79:72:72:0.476821:31:41:36:43:31:41:36:43 chr6 46827126 . C T 1661.51 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0274314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.199;QD=59.3398;RBI=0.027592;REFB=-0.115383;REVB=0.00297258;RO=0;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46761e-08;STB=0.504424;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000327953;OID=.;OPOS=46827126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:0:1:110:111:0.991071:56:54:0:0:56:55:0:1 chr6 46832813 . G A 295.94 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.00522038;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.442;QD=12.8668;RBI=0.0131296;REFB=-0.0119518;REVB=-0.0120472;RO=59;SAF=23;SAR=11;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31572;STB=0.676367;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0193134;OID=.;OPOS=46832813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:59:58:34:34:0.369565:11:23:23:36:11:23:23:35 chr6 46834685 . G A 1234.7 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00177053;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.858;QD=61.7349;RBI=0.00693713;REFB=0;REVB=0.00670738;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172388;OID=.;OPOS=46834685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr6 46856100 . G A 165.39 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=10;FWDB=-0.0222503;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.446;QD=9.58785;RBI=0.023328;REFB=-0.00795078;REVB=-0.00700849;RO=47;SAF=14;SAR=8;SRF=37;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203953;STB=0.618086;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0234039;OID=.;OPOS=46856100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:47:47:22:22:0.318841:8:14:37:10:8:14:37:10 chr6 47563692 . C T 1364.05 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0194;QD=61.3054;RBI=0.0860027;REFB=0;REVB=0.0353902;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120765;OID=.;OPOS=47563692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:89:0:0:84:89:1:52:32:0:0:52:37:0:0 chr6 47594302 . T C 1306.23 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160585;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.067;QD=62.2015;RBI=0.0176882;REFB=0;REVB=0.00741599;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100541;OID=.;OPOS=47594302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:85:84:1:40:45:0:0:40:44:0:0 chr6 47624239 . A G 148.83 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0156475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.45;QD=18.6032;RBI=0.0638078;REFB=-0.00395861;REVB=-0.0618595;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264526;STB=0.531211;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00331169;OID=.;OPOS=47624239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:16:15:16:0.5:7:8:9:7:8:8:9:7 chr6 47624299 . A G 279.01 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0118895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4994;QD=27.2209;RBI=0.0121688;REFB=0.0176793;REVB=-0.00259204;RO=16;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581605;STB=0.532138;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0120203;OID=.;OPOS=47624299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:13:12:9:7:13:12:9:7 chr6 47646842 . A G 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0189304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.668;QD=12.8732;RBI=0.0199383;REFB=-0.0136279;REVB=-0.00625917;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955434;STB=0.555497;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0202633;OID=.;OPOS=47646842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:10:9:18:14:10:9:18:14 chr6 47649222 . T G 360.78 PASS AF=0.631579;AO=34;DP=56;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0209617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.836;QD=25.3178;RBI=0.0218961;REFB=-0.0198459;REVB=-0.00632841;RO=21;SAF=19;SAR=15;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427724;STB=0.523796;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0131234;OID=.;OPOS=47649222;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:21:21:34:36:0.631579:15:19:13:8:16:20:13:8 chr6 47649265 . T A 130.03 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0337612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.383;QD=8.66843;RBI=0.0396546;REFB=-0.00737584;REVB=-0.0208006;RO=42;SAF=10;SAR=8;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473977;STB=0.528271;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0255934;OID=.;OPOS=47649265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:8:10:25:17:8:10:25:17 chr6 47649573 . CA TG 99.29 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0139652;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=2;MLLD=229.332;QD=12.8112;RBI=0.0214935;REFB=-0.000955344;REVB=0.0163384;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329969;STB=0.709389;STBP=0.116;TYPE=mnp;VARB=0.0048386;OID=.;OPOS=47649573;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:19:12:12:0.387097:6:6:14:3:6:6:16:3 chr6 47649694 . A G 437.73 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.00574694;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3486;QD=16.6755;RBI=0.0095284;REFB=-0.00268721;REVB=-0.0076002;RO=56;SAF=27;SAR=21;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798472;STB=0.538446;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00379444;OID=.;OPOS=47649694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:56:57:48:48:0.457143:21:27:36:20:21:27:36:21 chr6 47650286 . G A 93.44 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0151417;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.8959;QD=10.1016;RBI=0.108715;REFB=0.00893291;REVB=-0.107655;RO=25;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14795;STB=0.590004;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.0243373;OID=.;OPOS=47650286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:3:9:16:9:3:9:16:9 chr6 47653629 . C T 521.74 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00980991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.253;QD=18.4687;RBI=0.0101266;REFB=-0.0194906;REVB=-0.00251285;RO=58;SAF=26;SAR=29;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120694;STB=0.566781;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0296464;OID=.;OPOS=47653629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:58:55:55:0.486726:29:26:35:23:29:26:35:23 chr6 47654742 . A T 393.61 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.00565061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.703;QD=17.3015;RBI=0.0204373;REFB=-0.0156916;REVB=-0.0196406;RO=49;SAF=26;SAR=15;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199565;STB=0.515426;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0245297;OID=.;OPOS=47654742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:49:50:41:41:0.450549:15:26:32:17:15:26:33:17 chr6 47682604 . A C 502.36 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=80;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0986976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.071;QD=24.8077;RBI=0.100136;REFB=-0.0259305;REVB=-0.0169143;RO=33;SAF=24;SAR=23;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491776;STB=0.520244;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.016963;OID=.;OPOS=47682604;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:33:34:47:47:0.580247:23:24:19:14:23:24:19:15 chr6 47684591 . G A 553.32 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0140504;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.378;QD=20.8802;RBI=0.0158541;REFB=-0.0165698;REVB=-0.00734431;RO=50;SAF=23;SAR=33;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257892;STB=0.514192;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00799894;OID=.;OPOS=47684591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:50:50:56:56:0.528302:33:23:22:28:33:23:22:28 chr6 47791205 . G A 402.79 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0722262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.992;QD=19.8909;RBI=0.0723189;REFB=0.0053646;REVB=0.0036622;RO=40;SAF=21;SAR=19;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20153;STB=0.604268;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00756661;OID=.;OPOS=47791205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:40:41:0.506173:19:21:12:28:20:21:12:28 chr6 47847179 . A G 1006.92 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0940489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5673;QD=59.2304;RBI=0.0954149;REFB=0;REVB=0.0160876;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000607481;OID=.;OPOS=47847179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr6 47847401 . A G 324.07 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0169812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.446;QD=28.8058;RBI=0.0170538;REFB=-0.0202239;REVB=-0.00157158;RO=17;SAF=10;SAR=18;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00314189;STB=0.501729;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0133052;OID=.;OPOS=47847401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:18:10:6:11:18:10:6:11 chr6 49403282 . T C 436.29 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.081166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1249;QD=21.2825;RBI=0.0819966;REFB=-0.0282301;REVB=0.0116417;RO=38;SAF=24;SAR=19;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225418;STB=0.617397;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0261242;OID=.;OPOS=49403282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:38:39:43:43:0.52439:19:24:11:27:19:24:12:27 chr6 49411477 . G C 338.68 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0136608;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7729;QD=12.5437;RBI=0.0500919;REFB=-0.0285279;REVB=-0.0481931;RO=66;SAF=26;SAR=15;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258609;STB=0.642627;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0453537;OID=.;OPOS=49411477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:66:67:41:41:0.37963:15:26:26:40:15:26:27:40 chr6 49412433 . C T 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.000240946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.98;QD=10.8834;RBI=0.00393339;REFB=-0.00395766;REVB=-0.00392601;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232278;STB=0.513987;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00324575;OID=.;OPOS=49412433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:7:8:5:4:7:8 chr6 49425521 . C T 300.25 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0121926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.965;QD=16.4521;RBI=0.0208725;REFB=-0.016078;REVB=0.0169411;RO=36;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683448;STB=0.565717;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0183229;OID=.;OPOS=49425521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:40:33:33:0.452055:18:15:19:17:18:15:23:17 chr6 49439805 . G A 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0058836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.432;QD=21.1301;RBI=0.0220155;REFB=-0.0217548;REVB=-0.0212148;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594698;STB=0.533447;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0204127;OID=.;OPOS=49439805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:9:13:11:10:9:13:11:10 chr6 49459978 . A G 205.46 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0127241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1222;QD=16.7723;RBI=0.0129461;REFB=0.000571009;REVB=0.00238724;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891061;STB=0.561345;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.000912452;OID=.;OPOS=49459978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:9:12:13:14:9:12:13:15 chr6 49460152 . A G 227.09 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0177785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2513;QD=21.1242;RBI=0.0277539;REFB=-0.0295122;REVB=0.021312;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602592;STB=0.533867;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0296867;OID=.;OPOS=49460152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:11:10:12:10:11:10 chr6 49479775 . A T 971.92 PASS AF=0.516304;AO=95;DP=184;FAO=95;FDP=184;FR=.;FRO=89;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.0386039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3424;QD=21.1286;RBI=0.0460594;REFB=-0.0262134;REVB=0.0251238;RO=89;SAF=58;SAR=37;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04467;STB=0.524507;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0231052;OID=.;OPOS=49479775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:89:89:95:95:0.516304:37:58:50:39:37:58:50:39 chr6 49485266 . C A 587.3 PASS AF=0.561905;AO=56;DP=102;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0062732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.106;QD=22.3732;RBI=0.00725016;REFB=-0.00672256;REVB=-0.0036348;RO=45;SAF=18;SAR=38;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740067;STB=0.523248;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00584931;OID=.;OPOS=49485266;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:45:46:56:59:0.561905:38:18:11:34:41:18:12:34 chr6 49494241 . A G 267.52 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0141487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.439;QD=21.8382;RBI=0.0753523;REFB=-0.0132653;REVB=0.074012;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890431;STB=0.549878;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0141505;OID=.;OPOS=49494241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:14:11:13:11:14:11:13:11 chr6 49518914 . C G 1582.44 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512208;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4851;QD=59.1567;RBI=0.0527765;REFB=0;REVB=-0.0127195;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130071;OID=.;OPOS=49518914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:107:0:0:101:107:1:50:51:0:0:52:55:0:0 chr6 49663582 . C T 659.43 PASS AF=0.462069;AO=67;DP=146;FAO=67;FDP=145;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0155396;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.996;QD=18.1911;RBI=0.018078;REFB=0.00769996;REVB=-0.00923761;RO=77;SAF=24;SAR=43;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160139;STB=0.586004;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00799729;OID=.;OPOS=49663582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:77:78:67:67:0.462069:43:24:40:37:43:24:40:38 chr6 49701439 . C A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00639999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.95;QD=15.7005;RBI=0.0125307;REFB=-0.000571253;REVB=0.010773;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964265;STB=0.555483;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000744146;OID=.;OPOS=49701439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:12:7:7:8:12:7 chr6 49701523 . A G 216.64 PASS AF=0.525;AO=18;DP=37;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0123123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.509;QD=21.6642;RBI=0.0550724;REFB=-0.0235877;REVB=0.0536784;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523787;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0198051;OID=.;OPOS=49701523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:18:19:18:21:0.525:8:10:10:8:11:10:10:9 chr6 49755030 . G C 270.03 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.088342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5308;QD=22.9815;RBI=0.0944277;REFB=-0.0411093;REVB=-0.0333507;RO=21;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422618;STB=0.533307;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0391442;OID=.;OPOS=49755030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:12:13:12:9:12:13:13:9 chr6 50815229 . T C 829.44 PASS AF=0.482955;AO=84;DP=176;FAO=85;FDP=176;FR=.;FRO=91;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.0153683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.268;QD=18.851;RBI=0.0164925;REFB=-0.00848095;REVB=0.00598482;RO=91;SAF=41;SAR=43;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267289;STB=0.517643;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00910946;OID=.;OPOS=50815229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:91:91:84:85:0.482955:43:41:47:44:44:41:47:44 chr6 51480486 . G T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00835815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.231;QD=14.7419;RBI=0.0716212;REFB=-0.0193314;REVB=-0.0711318;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00969463;STB=0.505611;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0279171;OID=.;OPOS=51480486;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:9:8:12:13:9:8:12:13 chr6 51483961 . T C 197.7 PASS AF=0.393443;AO=22;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00248323;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.222;QD=12.9637;RBI=0.0114806;REFB=-0.0114264;REVB=-0.0112088;RO=37;SAF=13;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556824;STB=0.553146;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0165742;OID=.;OPOS=51483961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:22:24:0.393443:9:13:20:17:9:15:20:17 chr6 51491884 . T C 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00804836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.193;QD=12.8368;RBI=0.019273;REFB=-0.00888716;REVB=0.0175121;RO=39;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197691;STB=0.612817;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0110235;OID=.;OPOS=51491884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:12:13:13:26:12:13:13:26 chr6 51586771 . GC AC,AT 350.75 PASS AF=0.538462,0.461538;AO=14,12;DP=27;FAO=14,12;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=4,5;FSAR=10,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116939,-0.0213239;FXX=0.0370233;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=165.227,161.074;QD=53.9609;RBI=0.0194862,0.0230565;REFB=0,0;REVB=0.0155873,0.00876899;RO=0;SAF=4,5;SAR=10,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.63386e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00870057,-0.00132363;OID=.,.;OPOS=51586771,51586771;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:27:26:0:0:14,12:14,12:0.538462,0.461538:10,7:4,5:0:0:10,7:4,5:0:0 chr6 51613177 . C T 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00895854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.182;QD=8.30583;RBI=0.0186525;REFB=0.0169264;REVB=0.0163603;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316254;STB=0.693987;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0194593;OID=.;OPOS=51613177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:12:6:5:3:12:6 chr6 51720838 . T C 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00226483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.943;QD=13.9182;RBI=0.0167034;REFB=-0.00469427;REVB=0.0165492;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151646;STB=0.577611;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00654879;OID=.;OPOS=51720838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:37:26:26:0.412698:12:14:14:22:12:14:15:22 chr6 51732807 . C T 245.24 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0215926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.762;QD=15.571;RBI=0.0507291;REFB=-0.0184276;REVB=0.0459042;RO=34;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285674;STB=0.523793;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0143036;OID=.;OPOS=51732807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:14:14:18:16:14:14:19:16 chr6 51875250 . A C,T 717.4 PASS AF=0.978261,0.0217391;AO=44,2;DP=47;FAO=45,1;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385886,0.071811;FXX=0.0212721;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=102.123,15.3927;QD=62.3826;RBI=0.0387913,0.08976;REFB=0,0;REVB=-0.00396019,-0.053852;RO=0;SAF=13,0;SAR=31,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00191019,0.085412;OID=.,.;OPOS=51875250,51875250;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:47:46:0:0:44,2:45,1:0.978261,0.0217391:31,2:13,0:0:0:32,1:13,0:0:0 chr6 51890823 . G A 955.27 PASS AF=0.51087;AO=92;DP=183;FAO=94;FDP=184;FR=.;FRO=90;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=56;FSRR=34;FWDB=0.0130611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.058;QD=20.7667;RBI=0.0209027;REFB=-0.014746;REVB=0.0163196;RO=89;SAF=46;SAR=46;SRF=55;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105763;STB=0.564823;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0133387;OID=.;OPOS=51890823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:89:90:92:94:0.51087:46:46:55:34:48:46:56:34 chr6 51914956 . G A 117.73 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0357326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.457;QD=12.3925;RBI=0.0357629;REFB=0.00168982;REVB=-0.00147153;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436554;STB=0.75505;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00365617;OID=.;OPOS=51914956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:10:4:17:7:10:4:17:7 chr6 51915056 . GC CG 42.78 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0458939;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=80.5151;QD=5.18575;RBI=0.0529628;REFB=-0.00760871;REVB=-0.0264348;RO=24;SAF=1;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55898;STB=0.86339;STBP=0.045;TYPE=mnp;VARB=0.0771442;OID=.;OPOS=51915056;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:24:26:7:7:0.212121:6:1:15:9:6:1:16:10 chr6 51924774 . A G 749.46 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00555229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4574;QD=62.4549;RBI=0.00631891;REFB=0;REVB=-0.00301675;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200087;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1638e-05;OID=.;OPOS=51924774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:1:0:47:48:1:24:23:1:0:24:24:0:0 chr6 51947237 . G A 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00360333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.73;QD=19.9669;RBI=0.0147551;REFB=-0.0187927;REVB=0.0143083;RO=24;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480101;STB=0.50815;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0164389;OID=.;OPOS=51947237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:26:29:29:0.527273:14:15:11:13:14:15:13:13 chr6 52051274 . G A 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.566;QD=60.0309;RBI=0.0186591;REFB=0;REVB=0.0132248;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83441e-07;OID=.;OPOS=52051274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:47:25:0:0:47:25:0:0 chr6 52269151 . T C 241.7 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0063424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.676;QD=21.9726;RBI=0.00965859;REFB=-0.00930932;REVB=0.00728438;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132137;STB=0.573709;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00732874;OID=.;OPOS=52269151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:13:10:6:15:13:10:6:15 chr6 52270992 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0139369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.804;QD=16.9415;RBI=0.0165979;REFB=-0.0117616;REVB=-0.00901399;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178806;STB=0.612474;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.012418;OID=.;OPOS=52270992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:11:8:14:9:11:8:15:9 chr6 52272033 . C T 236.52 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0187946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8356;QD=15.7677;RBI=0.0489569;REFB=-0.0214738;REVB=-0.0452055;RO=33;SAF=7;SAR=20;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088836;STB=0.55042;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0212081;OID=.;OPOS=52272033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:20:7:11:22:20:7:11:22 chr6 52272467 . C CTTGA 78.77 PASS AF=0.392857;AO=8;DP=34;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.014052;FXX=0.096743;HRUN=2;LEN=4;MLLD=205.373;QD=11.2527;RBI=0.0204615;REFB=-0.00575613;REVB=-0.0148733;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414198;STB=0.60246;STBP=0.413;TYPE=ins;VARB=0.00623119;OID=.;OPOS=52272468;OREF=-;OALT=TTGA;OMAPALT=CTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:8:34:11:28:17:7:4:8:9:78:22:5:3:13:9 chr6 52360283 . T A 856.18 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.981;QD=56.1432;RBI=0.0462953;REFB=-0.128646;REVB=0.0401449;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560224;OID=.;OPOS=52360283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:61:0:0:57:61:1:18:39:0:0:20:41:0:0 chr6 52362405 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0135726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.936;QD=12.8686;RBI=0.0362407;REFB=-0.0147083;REVB=-0.0336032;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212575;STB=0.622452;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0212597;OID=.;OPOS=52362405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:2:14:8:3:2:14 chr6 52362844 . T A 174.0 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0205091;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.1687;QD=19.3332;RBI=0.0612322;REFB=-0.0428164;REVB=0.0576954;RO=14;SAF=14;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312556;STB=0.640366;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0101257;OID=.;OPOS=52362844;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:17:18:19:0.527778:4:14:6:8:5:14:8:9 chr6 52362865 . A T 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00704318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.988;QD=22.7947;RBI=0.024285;REFB=-0.00318263;REVB=-0.0232412;RO=21;SAF=18;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387947;STB=0.521721;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00162063;OID=.;OPOS=52362865;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:6:18:15:6:6:18:15:6 chr6 52374319 . T TAC 411.75 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00376986;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.604;QD=18.3;RBI=0.0114665;REFB=-0.00386787;REVB=0.0108291;RO=48;SAF=26;SAR=16;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056336;STB=0.531477;STBP=0.589;TYPE=ins;VARB=0.00650526;OID=.;OPOS=52374320;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:42:91:42:90:48:26:16:27:21:99:48:26:16:27:21 chr6 52617731 . C G 1592.24 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699985;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.308;QD=60.0844;RBI=0.0200024;REFB=0;REVB=0.0187376;RO=0;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29647e-05;OID=.;OPOS=52617731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:61:44:0:0:61:45:0:0 chr6 52701143 . C T 758.24 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.686;QD=63.1867;RBI=0.0418312;REFB=0;REVB=-0.0137811;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107963;OID=.;OPOS=52701143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:31:16:0:0:31:17:0:0 chr6 52843131 . G T 1365.65 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.451;QD=61.3775;RBI=0.127911;REFB=0;REVB=0.118779;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147294;OID=.;OPOS=52843131;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:89:0:0:86:89:1:45:41:0:0:47:42:0:0 chr6 52844045 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.294;QD=59.1432;RBI=0.0554172;REFB=0;REVB=0.0546112;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124385;OID=.;OPOS=52844045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:35:31:0:0:35:32:0:0 chr6 52963071 . A G 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0330231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.001;QD=45.1048;RBI=0.0438224;REFB=-0.0626924;REVB=0.0288076;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521715;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000984037;OID=.;OPOS=52963071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:7:11:0:0:7:11:1:0 chr6 53363487 . GGGCT G 124.83 PASS AF=0.370968;AO=19;DP=56;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0158144;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=214.508;QD=8.05326;RBI=0.0183033;REFB=-0.0188773;REVB=0.00921489;RO=33;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0.38835;SSEP=0;SSSB=0.0702086;STB=0.52172;STBP=0.808;TYPE=del;VARB=0.0372174;OID=.;OPOS=53363488;OREF=GGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.370968:19:56:23:62:39:12:11:19:20:99:33:11:8:17:16 chr6 53370107 . T C 145.82 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0192375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.993;QD=25.3602;RBI=0.0218478;REFB=-0.0249459;REVB=0.010356;RO=8;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167763;STB=0.594461;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0192867;OID=.;OPOS=53370107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:4:11:4:4:4:11:4:4 chr6 53514946 . A G 167.76 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00268776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.625;QD=11.7725;RBI=0.0387862;REFB=-0.0149556;REVB=0.038693;RO=36;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811725;STB=0.527892;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0310122;OID=.;OPOS=53514946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:36:36:20:21:0.368421:12:8:17:19:12:9:17:19 chr6 53516876 . T G 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.782;QD=57.835;RBI=0.0303498;REFB=-0.0813596;REVB=-0.0263122;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000337092;OID=.;OPOS=53516876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:26:43:0:0:26:43:1:0 chr6 53517035 . G A 1073.5 PASS AF=0.493274;AO=108;DP=222;FAO=110;FDP=223;FR=.;FRO=113;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=0.0381991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.849;QD=19.2556;RBI=0.0426401;REFB=-0.0370441;REVB=0.0189473;RO=110;SAF=59;SAR=49;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593314;STB=0.529839;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0386753;OID=.;OPOS=53517035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:110:113:108:110:0.493274:49:59:53:57:50:60:55:58 chr6 53519062 . A G 591.42 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00679252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1873;QD=24.3883;RBI=0.0290576;REFB=-0.00810187;REVB=0.0282526;RO=42;SAF=32;SAR=22;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219812;STB=0.505545;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0051201;OID=.;OPOS=53519062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:43:54:54:0.556701:22:32:26:16:22:32:26:17 chr6 53519605 . C T 1813.52 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153863;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.143;QD=61.4753;RBI=0.0185349;REFB=0;REVB=-0.0103346;RO=0;SAF=62;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204192;OID=.;OPOS=53519605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:118:0:0:118:118:1:56:62:0:0:56:62:0:0 chr6 53519857 . G A 320.17 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0062992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4404;QD=16.0084;RBI=0.0279022;REFB=0.0129264;REVB=-0.0271818;RO=44;SAF=12;SAR=23;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205752;STB=0.62246;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0169902;OID=.;OPOS=53519857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:44:45:35:35:0.4375:23:12:24:20:23:12:25:20 chr6 54002231 . A C 202.19 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00462448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.511;QD=21.2826;RBI=0.00483711;REFB=0.00477568;REVB=0.00141839;RO=18;SAF=18;SAR=2;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.592173;STB=0.839599;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00883951;OID=.;OPOS=54002231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:2:18:6:12:2:18:6:12 chr6 54025155 . T C 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.00395934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.835;QD=21.613;RBI=0.00439295;REFB=-0.0197297;REVB=-0.00190307;RO=23;SAF=16;SAR=8;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21815;STB=0.620602;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.017381;OID=.;OPOS=54025155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:8:16:20:3:8:16:20:3 chr6 54054686 . T A 310.59 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00208976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.083;QD=23.4409;RBI=0.00500634;REFB=-0.0224894;REVB=0.00454932;RO=22;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707193;STB=0.538999;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0149341;OID=.;OPOS=54054686;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:17:14:12:10:17:14:12:10 chr6 54079968 . G A 526.91 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0302852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.497;QD=20.2658;RBI=0.031347;REFB=0.00853121;REVB=0.00808952;RO=50;SAF=26;SAR=28;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890525;STB=0.549016;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00846972;OID=.;OPOS=54079968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:50:54:54:0.519231:28:26:19:31:28:26:19:31 chr6 54095524 . C T 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00241854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.697;QD=13.3417;RBI=0.0193418;REFB=-0.020275;REVB=-0.01919;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203622;STB=0.616912;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0255607;OID=.;OPOS=54095524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:9:12:12:20:9:12:12:20 chr6 54186147 . T C 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9059;QD=59.8541;RBI=0.0273312;REFB=0;REVB=0.0116854;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346366;OID=.;OPOS=54186147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr6 54191686 . C T 1055.54 PASS AF=0.5;AO=107;DP=214;FAO=107;FDP=214;FR=.;FRO=107;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=-0.00219039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.172;QD=19.7297;RBI=0.00286792;REFB=-0.00125883;REVB=-0.00185126;RO=107;SAF=51;SAR=56;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114109;OID=.;OPOS=54191686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:107:107:107:107:0.5:56:51:51:56:56:51:51:56 chr6 54191970 . T A 763.07 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0940953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3288;QD=63.5893;RBI=0.0963384;REFB=0;REVB=-0.020668;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011458;OID=.;OPOS=54191970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr6 54219326 . G A 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0353755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.121;QD=14.0469;RBI=0.0386519;REFB=-0.00442291;REVB=-0.0155738;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409314;STB=0.523783;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00779287;OID=.;OPOS=54219326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:10:8:14:15:10:8:14:15 chr6 54735122 . A G 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00565959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.797;QD=9.25767;RBI=0.00678109;REFB=-0.00402238;REVB=0.00373527;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155169;STB=0.509418;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00879557;OID=.;OPOS=54735122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:4:8:19:9:4:8:19:9 chr6 54735344 . A G 775.64 PASS AF=0.509677;AO=79;DP=155;FAO=79;FDP=155;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.00996833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8606;QD=20.0165;RBI=0.0240278;REFB=-0.0112399;REVB=-0.0218625;RO=76;SAF=33;SAR=46;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508013;STB=0.527937;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0165727;OID=.;OPOS=54735344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:76:76:79:79:0.509677:46:33:36:40:46:33:36:40 chr6 54805688 . A C 339.32 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00708122;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.744;QD=20.5645;RBI=0.00712437;REFB=-0.0407622;REVB=-0.000782873;RO=30;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00799084;STB=0.512612;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0278879;OID=.;OPOS=54805688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:31:35:35:0.530303:19:16:14:16:19:16:15:16 chr6 54806489 . C A 159.44 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0131666;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9818;QD=17.7157;RBI=0.0150959;REFB=0.0095316;REVB=-0.0073842;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237188;STB=0.526285;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0108194;OID=.;OPOS=54806489;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:19:17:17:0.472222:8:9:10:8:8:9:11:8 chr6 55142337 . A G 1234.82 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.083;QD=60.9788;RBI=0.0321907;REFB=0;REVB=-0.00308458;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45077e-05;OID=.;OPOS=55142337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:33:46:0:0:35:46:0:0 chr6 55196587 . C T 157.84 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0123817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3363;QD=12.1416;RBI=0.0546204;REFB=-0.0178484;REVB=-0.0531985;RO=33;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295291;STB=0.517223;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0264817;OID=.;OPOS=55196587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:7:12:20:13:7:12:20:13 chr6 55266625 . T C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0175786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.514;QD=12.9747;RBI=0.0178314;REFB=-0.00466069;REVB=0.00299197;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196261;STB=0.615195;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00644971;OID=.;OPOS=55266625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:11:7:7:5:11:7 chr6 55428658 . A C 125.97 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00508113;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.984;QD=19.3799;RBI=0.0161274;REFB=-0.004156;REVB=0.0153061;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191108;STB=0.569516;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0068667;OID=.;OPOS=55428658;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:12:13:14:0.538462:3:10:7:5:4:10:7:5 chr6 55739553 . A G 442.67 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0161233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.6368;QD=16.245;RBI=0.0164713;REFB=-0.00429809;REVB=0.00336808;RO=59;SAF=25;SAR=24;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814894;STB=0.54953;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00382541;OID=.;OPOS=55739553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:60:49:49:0.449541:24:25:35:24:24:25:36:24 chr6 56044578 . T C 1249.63 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262257;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.335;QD=61.7103;RBI=0.0276117;REFB=0;REVB=0.00863809;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.06471e-05;OID=.;OPOS=56044578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr6 56327849 . C T 432.89 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0115088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.905;QD=16.1829;RBI=0.0210421;REFB=-0.0120625;REVB=-0.0176159;RO=58;SAF=24;SAR=24;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050678;STB=0.523355;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0160322;OID=.;OPOS=56327849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:59:48:48:0.448598:24:24:32:26:24:24:32:27 chr6 56417282 . C T 347.0 PASS AF=0.4;AO=37;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.012373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.598;QD=14.6106;RBI=0.0318239;REFB=-0.0308479;REVB=-0.0293201;RO=57;SAF=15;SAR=22;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929065;STB=0.559042;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0318929;OID=.;OPOS=56417282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:37:38:0.4:22:15:28:29:23:15:28:29 chr6 56417545 . T C 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00295716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.467;QD=17.2469;RBI=0.00640723;REFB=-0.0204244;REVB=-0.005684;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159191;STB=0.509082;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0151338;OID=.;OPOS=56417545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:15:12:9:12:15:12 chr6 56420538 . C T 374.61 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0339826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.76;QD=20.8115;RBI=0.0425412;REFB=0.00597304;REVB=-0.0255917;RO=33;SAF=14;SAR=24;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759293;STB=0.550432;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00493214;OID=.;OPOS=56420538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:34:38:38:0.527778:24:14:15:18:24:14:16:18 chr6 56426931 . C T 124.7 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0313649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1712;QD=10.1795;RBI=0.0366256;REFB=-0.0326546;REVB=-0.0189124;RO=34;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385434;STB=0.52313;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0703008;OID=.;OPOS=56426931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:7:8:17:17:7:8:17:17 chr6 56470690 . G A 396.82 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0169222;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.268;QD=17.6363;RBI=0.0227591;REFB=-0.0115805;REVB=-0.0152188;RO=47;SAF=15;SAR=26;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602797;STB=0.536065;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0133565;OID=.;OPOS=56470690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:47:49:41:41:0.455556:26:15:20:27:26:15:21:28 chr6 56471402 . G A 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0108569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.579;QD=17.0637;RBI=0.0109142;REFB=0.000258301;REVB=-0.00111634;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112222;STB=0.563062;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.000429232;OID=.;OPOS=56471402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:12:16:14:17:12:16:14:17 chr6 56471615 . G A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00804512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.143;QD=22.9568;RBI=0.0212536;REFB=-0.046586;REVB=0.0196721;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880256;STB=0.504944;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0241208;OID=.;OPOS=56471615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:10:6:4:7:10:6:4:7 chr6 56473252 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0299939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3094;QD=10.8848;RBI=0.0331442;REFB=0.0211546;REVB=0.0141033;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440722;STB=0.752078;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0311242;OID=.;OPOS=56473252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:1:14:5:4:1:14 chr6 56480500 . T C 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0784904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8702;QD=17.2228;RBI=0.0795598;REFB=0.00347132;REVB=0.013001;RO=36;SAF=12;SAR=20;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139236;STB=0.507808;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00172062;OID=.;OPOS=56480500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:20:12:14:22:20:12:14:22 chr6 56481632 . T C 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0304789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.883;QD=20.4559;RBI=0.0305665;REFB=-0.0177951;REVB=-0.00231217;RO=13;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392056;STB=0.526285;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0115294;OID=.;OPOS=56481632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:15:17:17:0.53125:10:7:6:7:10:7:7:8 chr6 56482801 . C G 483.84 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0109311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.401;QD=20.8101;RBI=0.011868;REFB=-0.000755147;REVB=0.00462182;RO=45;SAF=19;SAR=28;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365854;STB=0.526552;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.000499449;OID=.;OPOS=56482801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:45:46:47:47:0.505376:28:19:20:25:28:19:21:25 chr6 56483737 . C T 483.35 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0503978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3188;QD=21.0153;RBI=0.079712;REFB=-0.0466424;REVB=0.0617581;RO=44;SAF=22;SAR=25;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478399;STB=0.531901;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0464137;OID=.;OPOS=56483737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:44:45:47:47:0.51087:25:22:23:21:25:22:24:21 chr6 56484758 . C T 345.27 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00957627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.687;QD=14.6924;RBI=0.0514763;REFB=-0.0121888;REVB=0.0505777;RO=54;SAF=10;SAR=28;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268976;STB=0.676445;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0297892;OID=.;OPOS=56484758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:54:56:38:38:0.404255:28:10:27:27:29:9:28:28 chr6 56485023 . T C 217.2 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0052397;FXX=0.0212721;HRUN=7;LEN=1;MLLD=259.58;QD=18.8868;RBI=0.042997;REFB=-0.0067697;REVB=-0.0426766;RO=16;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176086;STB=0.633998;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00268143;OID=.;OPOS=56485023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:16:23:19:20:0.434783:4:15:10:6:4:16:14:9 chr6 56810539 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000701194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.15;QD=45.8068;RBI=0.012789;REFB=0;REVB=0.0127697;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111318;OID=.;OPOS=56810539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr6 56911574 . A G 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0102045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5936;QD=5.68916;RBI=0.0851241;REFB=-0.00599852;REVB=-0.0845102;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42212;STB=0.759367;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0124996;OID=.;OPOS=56911574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:3:16:3:3:3:16 chr6 56918647 . T C 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.016106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.006;QD=8.08967;RBI=0.0177804;REFB=-0.00936655;REVB=0.00753269;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115004;STB=0.571271;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0278552;OID=.;OPOS=56918647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:4:5:10:12:4:5:10:12 chr6 56919443 . A G 434.46 PASS AF=0.463158;AO=43;DP=94;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0332531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.41;QD=18.2931;RBI=0.0368848;REFB=0.00256244;REVB=-0.0159598;RO=51;SAF=25;SAR=18;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703975;STB=0.544284;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00278484;OID=.;OPOS=56919443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:51:51:43:44:0.463158:18:25:26:25:18:26:26:25 chr6 57012930 . C T 321.1 PASS AF=0.448718;AO=32;DP=75;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0061377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.977;QD=16.4665;RBI=0.0103995;REFB=-0.00650574;REVB=0.00839509;RO=43;SAF=14;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754523;STB=0.546099;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00673722;OID=.;OPOS=57012930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:43:43:32:35:0.448718:18:14:22:21:20:15:22:21 chr6 57055354 . C T 505.31 PASS AF=0.49;AO=48;DP=99;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0449857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8494;QD=20.2124;RBI=0.04501;REFB=-0.0230419;REVB=0.00147994;RO=51;SAF=12;SAR=36;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198113;STB=0.598532;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0194248;OID=.;OPOS=57055354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:51:51:48:49:0.49:36:12:22:29:36:13:22:29 chr6 57244780 . G A 284.28 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0490462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.007;QD=15.3665;RBI=0.0491476;REFB=-0.00748743;REVB=0.00315542;RO=42;SAF=22;SAR=10;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127746;STB=0.572444;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0133904;OID=.;OPOS=57244780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:10:22:24:18:10:22:24:18 chr6 57246884 . A G 1010.89 PASS AF=0.451064;AO=106;DP=235;FAO=106;FDP=235;FR=.;FRO=129;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=75;FSRR=54;FWDB=-0.00993901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.498;QD=17.2067;RBI=0.0282204;REFB=-0.00936311;REVB=-0.0264122;RO=127;SAF=62;SAR=44;SRF=75;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00572799;STB=0.501982;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00900362;OID=.;OPOS=57246884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:127:129:106:106:0.451064:44:62:75:52:44:62:75:54 chr6 57246969 . G A 608.54 PASS AF=0.388889;AO=70;DP=180;FAO=70;FDP=180;FR=.;FRO=110;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=64;FSRR=46;FWDB=-0.0249959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.132;QD=13.5231;RBI=0.0250131;REFB=-0.0179163;REVB=0.000928002;RO=109;SAF=40;SAR=30;SRF=64;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173903;STB=0.506492;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0273742;OID=.;OPOS=57246969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:109:110:70:70:0.388889:30:40:64:45:30:40:64:46 chr6 57246982 . G T 514.42 PASS AF=0.364706;AO=61;DP=168;FAO=62;FDP=170;FR=.;FRO=108;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=65;FSRR=43;FWDB=-0.0446503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.506;QD=12.104;RBI=0.0446526;REFB=-0.00691656;REVB=-0.000453054;RO=106;SAF=32;SAR=29;SRF=63;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078465;STB=0.554691;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0119717;OID=.;OPOS=57246982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:106:108:61:62:0.364706:29:32:63:43:30:32:65:43 chr6 57254927 . A G 127.75 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0105241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.817;QD=6.81332;RBI=0.0473201;REFB=-0.00105634;REVB=0.0461349;RO=56;SAF=12;SAR=7;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098845;STB=0.560519;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0020591;OID=.;OPOS=57254927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:56:19:19:0.253333:7:12:31:25:7:12:31:25 chr6 57254950 . A AT 58.93 PASS AF=0.230769;AO=17;DP=72;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0952251;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.6581;QD=3.62677;RBI=0.0995348;REFB=-0.0182633;REVB=-0.0289716;RO=54;SAF=9;SAR=8;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554148;STB=0.520634;STBP=0.856;TYPE=ins;VARB=0.0406806;OID=.;OPOS=57254951;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:17:72:15:65:50:8:7:28:22:58:54:9:8:31:23 chr6 57254955 . G A 63.64 PASS AF=0.185185;AO=9;DP=60;FAO=10;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0191937;FXX=0.0999833;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.667;QD=4.71389;RBI=0.0374304;REFB=-0.00411956;REVB=-0.0321347;RO=29;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598522;STB=0.615758;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0761973;OID=.;OPOS=57254955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:60:54:29:44:9:10:0.185185:3:6:18:11:3:7:25:19 chr6 57254986 . G A 32.6 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0430208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.687;QD=2.77405;RBI=0.0569231;REFB=-0.00437154;REVB=-0.0372753;RO=41;SAF=4;SAR=2;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100818;STB=0.575498;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0390398;OID=.;OPOS=57254986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:2:4:24:17:2:4:24:17 chr6 57255001 . C A 32.92 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00393817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4662;QD=2.99315;RBI=0.103378;REFB=0.00221412;REVB=-0.103303;RO=38;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139546;STB=0.602822;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0519413;OID=.;OPOS=57255001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:2:4:21:17:2:4:21:17 chr6 57372361 . C A 966.43 PASS AF=0.578616;AO=91;DP=160;FAO=92;FDP=159;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=0.0263142;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3449;QD=24.3126;RBI=0.026486;REFB=-0.00590918;REVB=-0.00301227;RO=67;SAF=31;SAR=60;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228306;STB=0.625481;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00460369;OID=.;OPOS=57372361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:67:67:91:92:0.578616:60:31:42:25:61:31:42:25 chr6 57372365 . A G 302.8 PASS AF=0.279221;AO=43;DP=155;FAO=43;FDP=154;FR=.;FRO=111;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=0.0657048;FXX=0.0064512;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.5834;QD=7.86488;RBI=0.0674967;REFB=-0.0216506;REVB=0.0154497;RO=111;SAF=12;SAR=31;SRF=58;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307821;STB=0.682732;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0521114;OID=.;OPOS=57372365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:111:111:43:43:0.279221:31:12:58:53:31:12:58:53 chr6 57393125 . A G 445.05 PASS AF=0.453704;AO=48;DP=107;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.00722632;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.379;QD=16.4835;RBI=0.00951784;REFB=-0.00639594;REVB=0.00619432;RO=59;SAF=31;SAR=17;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555949;STB=0.522882;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00894888;OID=.;OPOS=57393125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:59:59:48:49:0.453704:17:31:35:24:18:31:35:24 chr6 57393160 . G A 95.65 PASS AF=0.155738;AO=19;DP=124;FAO=19;FDP=122;FR=.;FRO=103;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=0.0339512;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.754;QD=3.13598;RBI=0.0383079;REFB=-0.00323506;REVB=-0.0177431;RO=104;SAF=11;SAR=8;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518545;STB=0.530205;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0172713;OID=.;OPOS=57393160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:124:122:104:103:19:19:0.155738:8:11:56:48:8:11:56:47 chr6 57398154 . T C 707.41 PASS AF=0.48366;AO=74;DP=153;FAO=74;FDP=153;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.0146792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.56;QD=18.4944;RBI=0.0247389;REFB=-0.00800577;REVB=-0.0199132;RO=79;SAF=31;SAR=43;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025577;STB=0.51412;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0103323;OID=.;OPOS=57398154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:79:79:74:74:0.48366:43:31:31:48:43:31:31:48 chr6 57398157 . A G 717.61 PASS AF=0.487013;AO=75;DP=154;FAO=75;FDP=154;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=-0.00437848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.846;QD=18.6391;RBI=0.0051021;REFB=-0.0302109;REVB=-0.00261922;RO=79;SAF=32;SAR=43;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327261;STB=0.518053;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0327973;OID=.;OPOS=57398157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:79:79:75:75:0.487013:43:32:31:48:43:32:31:48 chr6 57398163 . A G 807.78 PASS AF=0.509317;AO=82;DP=161;FAO=82;FDP=161;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=-0.00924435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.677;QD=20.0691;RBI=0.0208671;REFB=-0.01349;REVB=-0.0187077;RO=79;SAF=35;SAR=47;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315835;STB=0.517344;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0207462;OID=.;OPOS=57398163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:79:79:82:82:0.509317:47:35:31:48:47:35:31:48 chr6 57398186 . G GA 81.44 PASS AF=0.22043;AO=38;DP=187;FAO=41;FDP=186;FR=.;FRO=145;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=57;FSRR=88;FWDB=0.228833;FXX=0.0106377;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.7174;QD=1.7513;RBI=0.234978;REFB=-0.00902849;REVB=0.0533854;RO=135;SAF=17;SAR=21;SRF=55;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517827;STB=0.574102;STBP=0.282;TYPE=ins;VARB=-0.0299124;OID=.;OPOS=57398187;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22043:38:187:41:186:145:20:21:57:88:81:135:17:21:55:80 chr6 57398201 . T C 1085.18 PASS AF=0.522843;AO=103;DP=198;FAO=103;FDP=197;FR=.;FRO=94;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.0385023;FXX=0.00505025;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.2034;QD=22.0341;RBI=0.0386763;REFB=0.00264664;REVB=-0.00366494;RO=94;SAF=45;SAR=58;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290365;STB=0.515886;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00705067;OID=.;OPOS=57398201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:94:94:103:103:0.522843:58:45:38:56:58:45:38:56 chr6 57398207 . G T 63.9 PASS AF=0.0931373;AO=20;DP=204;FAO=19;FDP=204;FR=.;FRO=185;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=75;FSRR=110;FWDB=0.00481652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9134;QD=1.25295;RBI=0.0186477;REFB=-0.00174847;REVB=-0.018015;RO=184;SAF=10;SAR=10;SRF=74;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118526;STB=0.562436;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.016926;OID=.;OPOS=57398207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:204:204:184:185:20:19:0.0931373:10:10:74:110:10:9:75:110 chr6 57398226 . T G 543.36 PASS AF=0.394904;AO=62;DP=203;FAO=62;FDP=157;FR=.;FRO=95;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=-0.0629705;FXX=0.230381;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9691;QD=13.8436;RBI=0.0655726;REFB=-0.0175613;REVB=0.0182888;RO=93;SAF=23;SAR=39;SRF=35;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00612196;STB=0.511919;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0297265;OID=.;OPOS=57398226;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:157:93:95:62:62:0.394904:39:23:35:58:39:23:37:58 chr6 57398264 . A G 1122.35 PASS AF=0.568306;AO=104;DP=183;FAO=104;FDP=183;FR=.;FRO=79;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=-0.00818655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.262;QD=24.5322;RBI=0.0088197;REFB=-0.0139055;REVB=0.00328139;RO=78;SAF=43;SAR=61;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235533;STB=0.509399;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00751369;OID=.;OPOS=57398264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:78:79:104:104:0.568306:61:43:30:48:61:43:31:48 chr6 57398270 . C T 258.74 PASS AF=0.226519;AO=41;DP=181;FAO=41;FDP=181;FR=.;FRO=140;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=88;FWDB=-0.00416386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.089;QD=5.71809;RBI=0.0158132;REFB=-0.0142472;REVB=-0.0152552;RO=140;SAF=20;SAR=21;SRF=52;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149227;STB=0.590423;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0384849;OID=.;OPOS=57398270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:140:140:41:41:0.226519:21:20:52:88:21:20:52:88 chr6 57467084 . A G 292.56 PASS AF=0.247191;AO=43;DP=179;FAO=44;FDP=178;FR=.;FRO=134;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=67;FSRR=67;FWDB=-0.00319419;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.501;QD=6.5744;RBI=0.0039105;REFB=-0.00745529;REVB=-0.00225591;RO=134;SAF=24;SAR=19;SRF=68;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638783;STB=0.534273;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0246557;OID=.;OPOS=57467084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:134:134:43:44:0.247191:19:24:68:66:20:24:67:67 chr6 57467093 . A G 285.46 PASS AF=0.237838;AO=44;DP=185;FAO=44;FDP=185;FR=.;FRO=141;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=71;FSRR=70;FWDB=0.00961213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.722;QD=6.1722;RBI=0.0134455;REFB=-0.00775517;REVB=0.00940151;RO=140;SAF=23;SAR=21;SRF=71;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196386;STB=0.514623;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0209375;OID=.;OPOS=57467093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:140:141:44:44:0.237838:21:23:71:69:21:23:71:70 chr6 57467100 . G C 1364.28 PASS AF=0.637838;AO=118;DP=186;FAO=118;FDP=185;FR=.;FRO=67;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.00478266;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.615;QD=29.4979;RBI=0.00850766;REFB=-0.017098;REVB=0.00703608;RO=66;SAF=55;SAR=63;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829611;STB=0.547317;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0069674;OID=.;OPOS=57467100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:66:67:118:118:0.637838:63:55:39:27:63:55:40:27 chr6 57467107 . C T 309.55 PASS AF=0.248649;AO=46;DP=185;FAO=46;FDP=185;FR=.;FRO=139;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=74;FSRR=65;FWDB=0.000259558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.107;QD=6.69306;RBI=0.0385297;REFB=-0.00941683;REVB=-0.0385288;RO=139;SAF=22;SAR=24;SRF=74;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676531;STB=0.540574;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.047288;OID=.;OPOS=57467107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:139:139:46:46:0.248649:24:22:74:65:24:22:74:65 chr6 57467175 . A G 506.66 PASS AF=0.402878;AO=55;DP=138;FAO=56;FDP=139;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.00965959;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.834;QD=14.58;RBI=0.0175083;REFB=-0.0163996;REVB=-0.0146025;RO=83;SAF=29;SAR=26;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226758;STB=0.517768;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0209057;OID=.;OPOS=57467175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:83:83:55:56:0.402878:26:29:42:41:26:30:42:41 chr6 57512476 . G A 1212.07 PASS AF=0.490119;AO=124;DP=253;FAO=124;FDP=253;FR=.;FRO=129;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=68;FSRR=61;FWDB=-0.0152738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.892;QD=19.1632;RBI=0.0153306;REFB=-0.00460776;REVB=0.00131906;RO=129;SAF=54;SAR=70;SRF=68;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853786;STB=0.546937;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00374373;OID=.;OPOS=57512476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:129:129:124:124:0.490119:70:54:68:61:70:54:68:61 chr6 57512510 . T G 4265.89 PASS AF=0.992727;AO=273;DP=275;FAO=273;FDP=275;FR=.;FRO=2;FSAF=132;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0226361;FXX=0.00362306;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.922;QD=62.0492;RBI=0.0406366;REFB=-0.00220241;REVB=0.0337482;RO=1;SAF=132;SAR=141;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00336973;STB=0.503521;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=1.0011e-05;OID=.;OPOS=57512510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:275:275:1:2:273:273:0.992727:141:132:0:1:141:132:0:2 chr6 57512529 . C A 421.27 PASS AF=0.23741;AO=65;DP=278;FAO=66;FDP=278;FR=.;FRO=212;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=100;FSRR=112;FWDB=-0.00634783;FXX=0.0035841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.44;QD=6.06138;RBI=0.0177366;REFB=-0.0035593;REVB=-0.0165618;RO=211;SAF=29;SAR=36;SRF=99;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294367;STB=0.513154;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0100764;OID=.;OPOS=57512529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:211:212:65:66:0.23741:36:29:99:112:36:30:100:112 chr6 57512565 . T C 1124.4 PASS AF=0.545024;AO=102;DP=201;FAO=115;FDP=211;FR=.;FRO=96;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=0.0408794;FXX=0.014018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.606;QD=21.3157;RBI=0.0419372;REFB=-0.009666;REVB=-0.00935983;RO=95;SAF=36;SAR=66;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149056;STB=0.543496;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00681189;OID=.;OPOS=57512565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:211:95:96:102:115:0.545024:66:36:49:46:66:49:50:46 chr6 57512678 . G A 431.11 PASS AF=0.655738;AO=40;DP=61;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0210368;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0229;QD=28.2696;RBI=0.0239771;REFB=-0.0413746;REVB=0.0115045;RO=21;SAF=12;SAR=28;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925873;STB=0.550536;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0215748;OID=.;OPOS=57512678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:21:40:40:0.655738:28:12:9:12:28:12:9:12 chr6 58141869 . C T 87.09 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00259052;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.679;QD=5.27822;RBI=0.00261285;REFB=-0.00489096;REVB=-0.00034085;RO=52;SAF=8;SAR=6;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651711;STB=0.541425;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0176846;OID=.;OPOS=58141869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:68:66:52:52:14:14:0.212121:6:8:27:25:6:8:27:25 chr6 58141876 . C T 625.55 PASS AF=0.764706;AO=52;DP=68;FAO=52;FDP=68;FR=.;FRO=16;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.000988811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.374;QD=36.7971;RBI=0.0102687;REFB=0.0038463;REVB=-0.010221;RO=16;SAF=27;SAR=25;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464765;STB=0.524962;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.0024143;OID=.;OPOS=58141876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:16:16:52:52:0.764706:25:27:10:6:25:27:10:6 chr6 58141878 . A G 103.14 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0108345;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.652;QD=6.06724;RBI=0.0278123;REFB=-0.00467065;REVB=-0.0256152;RO=53;SAF=10;SAR=6;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144698;STB=0.582602;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0255574;OID=.;OPOS=58141878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:53:52:16:16:0.235294:6:10:27:26:6:10:27:25 chr6 58141886 . G C 928.13 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00783757;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.142;QD=53.0357;RBI=0.0103332;REFB=-0.0665083;REVB=0.00673405;RO=3;SAF=36;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175199;STB=0.516966;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000549306;OID=.;OPOS=58141886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:70:70:3:4:66:66:0.942857:30:36:1:2:30:36:1:3 chr6 58141920 . G C 79.91 PASS AF=0.184211;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=76;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0123671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.766;QD=4.20599;RBI=0.013577;REFB=-0.00265915;REVB=-0.00560274;RO=62;SAF=8;SAR=6;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109519;STB=0.571327;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0116241;OID=.;OPOS=58141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:76:76:62:62:14:14:0.184211:6:8:30:32:6:8:30:32 chr6 58141935 . T C 39.25 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00925615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1639;QD=2.37886;RBI=0.0895169;REFB=-0.00424835;REVB=-0.0890371;RO=58;SAF=6;SAR=2;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269036;STB=0.701085;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0213576;OID=.;OPOS=58141935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:58:58:8:8:0.121212:2:6:31:27:2:6:31:27 chr6 58141946 . C T 145.95 PASS AF=0.35;AO=18;DP=56;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00611787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.6552;QD=9.73007;RBI=0.113252;REFB=-0.0648524;REVB=0.113086;RO=38;SAF=11;SAR=7;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382809;STB=0.521718;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.107932;OID=.;OPOS=58141946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:38:39:18:21:0.35:7:11:22:16:9:12:21:18 chr6 58164635 . T C 401.61 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0122358;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8029;QD=18.6794;RBI=0.0362439;REFB=0.0142062;REVB=0.034116;RO=45;SAF=15;SAR=26;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564124;STB=0.531371;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0189651;OID=.;OPOS=58164635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:45:45:41:41:0.476744:26:15:14:31:26:15:14:31 chr6 58182701 . C T 610.58 PASS AF=0.535088;AO=61;DP=114;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0232373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.191;QD=21.424;RBI=0.0265659;REFB=-0.0162682;REVB=-0.0128754;RO=52;SAF=24;SAR=37;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752873;STB=0.537491;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0129139;OID=.;OPOS=58182701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:52:53:61:61:0.535088:37:24:25:27:37:24:25:28 chr6 58196684 . G A 1011.71 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401852;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.611;QD=59.5121;RBI=0.0425366;REFB=0;REVB=0.0139467;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123129;OID=.;OPOS=58196684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:29:39:0:0:29:39:0:0 chr6 62283016 . T G 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0168622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.204;QD=18.7768;RBI=0.0168812;REFB=-0.0235388;REVB=-0.000801139;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137517;STB=0.576865;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0201028;OID=.;OPOS=62283016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:13:13:9:17:13:13:9:17 chr6 62284247 . T G 471.17 PASS AF=0.45614;AO=51;DP=114;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.018846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4189;QD=16.5324;RBI=0.0188519;REFB=-0.0265698;REVB=-0.000472829;RO=61;SAF=25;SAR=26;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129529;STB=0.580225;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0284725;OID=.;OPOS=62284247;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:62:51:52:0.45614:26:25:38:23:27:25:39:23 chr6 62284487 . C T 278.56 PASS AF=0.316239;AO=37;DP=116;FAO=37;FDP=117;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.0285484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.768;QD=9.52338;RBI=0.037294;REFB=-0.0109126;REVB=-0.0239965;RO=75;SAF=21;SAR=16;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067915;STB=0.513927;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0370967;OID=.;OPOS=62284487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:75:80:37:37:0.316239:16:21:43:32:16:21:47:33 chr6 62284512 . T C 272.11 PASS AF=0.321429;AO=36;DP=112;FAO=36;FDP=112;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.0176389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.796;QD=9.71827;RBI=0.0225527;REFB=-0.00944181;REVB=-0.0140533;RO=76;SAF=22;SAR=14;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390055;STB=0.522714;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0218393;OID=.;OPOS=62284512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:76:76:36:36:0.321429:14:22:44:32:14:22:44:32 chr6 62390916 . T C 453.38 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00133544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.652;QD=16.3379;RBI=0.0117151;REFB=-0.0133205;REVB=-0.0116387;RO=61;SAF=21;SAR=29;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553561;STB=0.530929;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0166447;OID=.;OPOS=62390916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:61:50:50:0.45045:29:21:29:32:29:21:29:32 chr6 62442604 . A G 220.13 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0142852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2139;QD=16.0091;RBI=0.0144304;REFB=-0.0202666;REVB=-0.00204229;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681198;STB=0.538431;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0302295;OID=.;OPOS=62442604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:10:15:20:10:10:15:20:10 chr6 62442676 . CA C,CC 84.08 PASS AF=0.543478,0.0434783;AO=20,2;DP=47;FAO=25,2;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=15,0;FSAR=10,2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0629247,0.0444971;FXX=0.0212721;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.13512,16.5888;QD=7.31093;RBI=0.0921673,0.0761194;REFB=-0.135084,-0.0605168;REVB=-0.0673446,0.0617589;RO=19;SAF=11,0;SAR=9,2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0253371,-0.550427;STB=0.509426,0.99527;STBP=0.902,0.097;TYPE=del,snp;VARB=0.0969133,0.0374963;OID=.,.;OPOS=62442677,62442677;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.543478,0.0434783:20,2:47:25,2:46:19:15,0:10,2:11:8:55:19:11,0:9,2:11:8 chr6 62604735 . G A 178.17 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.020534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0655;QD=14.8473;RBI=0.0215906;REFB=-0.0186096;REVB=-0.00667131;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126815;STB=0.565147;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0322934;OID=.;OPOS=62604735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:13:6:12:16:13:6:12:17 chr6 62887099 . C T 397.12 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.0205863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4204;QD=18.2585;RBI=0.052899;REFB=-0.0238112;REVB=-0.0487289;RO=46;SAF=17;SAR=24;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281058;STB=0.656024;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0232828;OID=.;OPOS=62887099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:24:17:33:13:24:17:33:13 chr6 63921853 . A G 374.23 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00321984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.771;QD=18.0352;RBI=0.0347852;REFB=-0.0163871;REVB=-0.0346359;RO=43;SAF=24;SAR=15;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781709;STB=0.538442;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.015642;OID=.;OPOS=63921853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:15:24:23:20:15:24:24:20 chr6 63921873 . A T 351.15 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0185574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.125;QD=18.0079;RBI=0.0292998;REFB=-0.013514;REVB=-0.0226737;RO=39;SAF=19;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000638249;STB=0.500693;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.012492;OID=.;OPOS=63921873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:41:37:37:0.474359:18:19:20:19:18:19:21:20 chr6 63921924 . A G 818.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0833209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.853;QD=57.4235;RBI=0.0834007;REFB=0;REVB=0.00364852;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002094;OID=.;OPOS=63921924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:32:24:0:0:32:25:0:0 chr6 63922023 . C T 314.38 PASS AF=0.459459;AO=31;DP=72;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0085097;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.212;QD=16.9933;RBI=0.0120753;REFB=-0.00530522;REVB=0.0085673;RO=40;SAF=9;SAR=22;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248986;STB=0.614288;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00602075;OID=.;OPOS=63922023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:40:40:31:34:0.459459:22:9:21:19:23:11:21:19 chr6 63922282 . G T 444.7 PASS AF=0.650794;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0259389;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.175;QD=28.2347;RBI=0.0266157;REFB=-0.000519954;REVB=-0.00596383;RO=19;SAF=16;SAR=25;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504681;STB=0.523338;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.000292991;OID=.;OPOS=63922282;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:19:22:41:41:0.650794:25:16:9:10:25:16:10:12 chr6 63922820 . G A 247.32 PASS AF=0.39726;AO=28;DP=72;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=41;FWDB=-0.00411227;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2943;QD=13.5518;RBI=0.0234833;REFB=-0.0246766;REVB=0.0231204;RO=44;SAF=6;SAR=22;SRF=3;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281144;STB=0.667084;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0377897;OID=.;OPOS=63922820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:44:44:28:29:0.39726:22:6:3:41:22:7:3:41 chr6 63922916 . T C 273.46 PASS AF=0.774194;AO=22;DP=30;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0891541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.728;QD=35.2847;RBI=0.091832;REFB=-0.0256785;REVB=0.0220154;RO=7;SAF=0;SAR=22;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.844592;STB=0.613219;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0100773;OID=.;OPOS=63922916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:31:7:7:22:24:0.774194:22:0:1:6:23:1:1:6 chr6 64498055 . T A 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.010714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3994;QD=13.314;RBI=0.012119;REFB=0.0232163;REVB=-0.005664;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126192;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.024028;OID=.;OPOS=64498055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:8:14:20:12:8:14:21:12 chr6 65016977 . TGA T 383.61 PASS AF=1;AO=22;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159163;FXX=0.17138;HRUN=1;LEN=2;MLLD=94.9426;QD=52.9119;RBI=0.2293;REFB=-0.0353191;REVB=0.165062;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0070135;OID=.;OPOS=65016978;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:22:30:29:29:0:16:13:0:0:3:0:10:12:0:0 chr6 65300516 . T G 270.32 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00954226;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.062;QD=18.9696;RBI=0.0212577;REFB=0.00962482;REVB=0.0189956;RO=28;SAF=18;SAR=11;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549663;STB=0.530618;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00892764;OID=.;OPOS=65300516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:28:29:29:0.508772:11:18:19:9:11:18:19:9 chr6 65301504 . A G 1249.25 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169211;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.215;QD=61.6913;RBI=0.0302056;REFB=0;REVB=0.0250211;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60423e-05;OID=.;OPOS=65301504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr6 65622463 . A G 188.22 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.0587199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5632;QD=15.0575;RBI=0.0658724;REFB=-0.0275846;REVB=0.029852;RO=30;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132743;STB=0.575688;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.044676;OID=.;OPOS=65622463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:14:6:6:24:14:6:6:24 chr6 66005888 . C T 1790.59 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.269;QD=60.1881;RBI=0.0226117;REFB=-0.028959;REVB=-0.0139505;RO=1;SAF=55;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.008557;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297629;OID=.;OPOS=66005888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:118:119:1:0:117:119:1:62:55:1:0:63:56:0:0 chr6 66005970 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.006;QD=58.5999;RBI=0.0027142;REFB=0;REVB=-0.00209212;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.00383e-07;OID=.;OPOS=66005970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr6 66063513 . G A 264.4 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.595;QD=50.3613;RBI=0.00745039;REFB=0;REVB=0.00625791;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284753;OID=.;OPOS=66063513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:8:13:0:0 chr6 66112409 . A G 340.68 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0789426;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.625;QD=17.9304;RBI=0.0921754;REFB=0.00116531;REVB=0.0475855;RO=40;SAF=15;SAR=21;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406844;STB=0.522715;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.000704774;OID=.;OPOS=66112409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:40:36:36:0.473684:21:15:15:25:21:15:15:25 chr6 69666684 . A G 1119.72 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00200678;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6829;QD=60.5253;RBI=0.00823345;REFB=0;REVB=-0.00798515;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09462e-05;OID=.;OPOS=69666684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr6 70071173 . G A 719.72 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.52;QD=61.2531;RBI=0.0485107;REFB=-0.125606;REVB=0.0409588;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268486;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330208;OID=.;OPOS=70071173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:47:1:0:46:47:1:17:29:0:1:18:29:0:0 chr6 70423559 . CAAAAT CAAA,CAAAT 34.95 PASS AF=0.23913,0;AO=10,6;DP=47;FAO=11,0;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6,0;FSAR=5,0;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.134169,-0.202444;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=23.2043,11.6013;QD=3.03898;RBI=0.151556,0.250264;REFB=-0.0693945,-0.0796783;REVB=0.0704838,0.147135;RO=26;SAF=7,6;SAR=3,0;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.109862,0.661131;STB=0.632434,0.5;STBP=0.373,1;TYPE=del,del;VARB=0.164852,0;OID=.,.;OPOS=70423563,70423560;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=CAAA,CAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23913,0:10,6:47:11,0:46:35:6,0:5,0:25:10:33:26:7,6:3,0:16:10 chr6 70778297 . G A 112.0 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.050005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.384;QD=8.96016;RBI=0.0512455;REFB=0.00286142;REVB=-0.0112074;RO=36;SAF=12;SAR=2;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458141;STB=0.785742;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0192526;OID=.;OPOS=70778297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:2:12:19:17:2:12:19:17 chr6 70778378 . GC CT 42.57 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00203727;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=114.8;QD=5.00803;RBI=0.0137328;REFB=-0.00199283;REVB=0.0135808;RO=27;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589069;STB=0.882724;STBP=0.044;TYPE=mnp;VARB=0.00672238;OID=.;OPOS=70778378;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:1:6:9:18:1:6:9:18 chr6 70812123 . A G 151.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0164234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.415;QD=12.8976;RBI=0.0216661;REFB=-0.00796803;REVB=0.0141312;RO=30;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166616;STB=0.598217;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0113274;OID=.;OPOS=70812123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:12:5:13:17:12:5:13:17 chr6 70856536 . C T 288.12 PASS AF=0.435897;AO=19;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0107584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.429;QD=14.7755;RBI=0.01076;REFB=-0.010471;REVB=-0.000187916;RO=36;SAF=15;SAR=4;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360576;STB=0.598697;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00847962;OID=.;OPOS=70856536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:44:19:34:0.435897:4:15:18:18:12:22:21:23 chr6 70866609 . C T 389.79 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0302822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4949;QD=16.4122;RBI=0.0402054;REFB=-0.0231547;REVB=-0.0264473;RO=54;SAF=20;SAR=21;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310274;STB=0.517445;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.029542;OID=.;OPOS=70866609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:21:20:28:26:21:20:28:26 chr6 70877980 . G A 289.48 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0316985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.455;QD=13.9509;RBI=0.0320816;REFB=-0.00170071;REVB=0.00494373;RO=50;SAF=25;SAR=8;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241565;STB=0.638751;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00341102;OID=.;OPOS=70877980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:8:25:28:22:8:25:28:22 chr6 70916888 . A C 901.06 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.417;QD=58.1328;RBI=0.021872;REFB=0;REVB=0.00118481;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97341e-06;OID=.;OPOS=70916888;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:62:0:0:56:62:1:34:22:0:0:35:27:0:0 chr6 70917559 . A AT,T 494.91 PASS AF=0.971429,0;AO=30,2;DP=42;FAO=34,0;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18,0;FSAR=16,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0350992,0.00750897;FXX=0.146306;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=81.6664,174.972;QD=56.5615;RBI=0.044395,0.0082747;REFB=-0.0856547,-0.00334109;REVB=-0.027184,0.00347648;RO=7;SAF=16,0;SAR=14,2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0638812,-0.67228;STB=0.513506,0.5;STBP=0.526,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000406521,0;OID=.,.;OPOS=70917560,70917559;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:42:35:7:1:30,2:34,0:0.971429,0:14,2:16,0:5:2:16,0:18,0:1:0 chr6 70961833 . T C 246.36 PASS AF=0.490909;AO=25;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-1.48192e-05;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.494;QD=17.9173;RBI=0.0162406;REFB=0.00341254;REVB=-0.0162406;RO=27;SAF=20;SAR=5;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791732;STB=0.53331;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00334753;OID=.;OPOS=70961833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:27:28:25:27:0.490909:5:20:23:4:6:21:23:5 chr6 70962039 . C T 490.4 PASS AF=0.48;AO=47;DP=99;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0565902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2471;QD=19.6159;RBI=0.0684992;REFB=0.00269711;REVB=0.0385965;RO=52;SAF=19;SAR=28;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018362;STB=0.503423;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00176447;OID=.;OPOS=70962039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:52:52:47:48:0.48:28:19:22:30:28:20:22:30 chr6 70963124 . A C 266.24 PASS AF=0.356436;AO=28;DP=93;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=19;FWDB=0.0236624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.867;QD=10.5441;RBI=0.0240747;REFB=-0.0150894;REVB=0.00443649;RO=63;SAF=15;SAR=13;SRF=45;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21766;STB=0.567306;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0262773;OID=.;OPOS=70963124;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:101:63:65:28:36:0.356436:13:15:45:18:14:22:46:19 chr6 70963156 . T G 572.24 PASS AF=0.6375;AO=50;DP=80;FAO=51;FDP=80;FR=.;FRO=29;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0349934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3066;QD=28.6119;RBI=0.098427;REFB=0.00787833;REVB=0.0919964;RO=29;SAF=39;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169641;STB=0.582055;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00407057;OID=.;OPOS=70963156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:29:29:50:51:0.6375:11:39:17:12:12:39:17:12 chr6 70984436 . A G 532.24 PASS AF=0.446154;AO=56;DP=128;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0473229;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.69;QD=16.3767;RBI=0.0473825;REFB=-0.001175;REVB=-0.00237623;RO=71;SAF=29;SAR=27;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173977;STB=0.503999;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00227647;OID=.;OPOS=70984436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:71:72:56:58:0.446154:27:29:38:33:27:31:39:33 chr6 70989703 . A G 556.6 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.0286909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.2054;QD=22.7183;RBI=0.0296158;REFB=-0.0208596;REVB=0.00734374;RO=43;SAF=26;SAR=26;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163351;STB=0.581602;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.019178;OID=.;OPOS=70989703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:43:46:52:52:0.530612:26:26:30:13:26:26:31:15 chr6 71238105 . A G 813.85 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.977;QD=57.112;RBI=0.0501491;REFB=0;REVB=0.0274421;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257835;OID=.;OPOS=71238105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:36:20:0:0:37:20:0:0 chr6 71546702 . C T 341.84 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.019232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9921;QD=15.8995;RBI=0.0224744;REFB=0.0101726;REVB=-0.0116287;RO=49;SAF=18;SAR=19;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163288;STB=0.591608;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0135312;OID=.;OPOS=71546702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:19:18:16:33:19:18:16:33 chr6 71547572 . A T 292.49 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0392867;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.355;QD=14.4437;RBI=0.0407492;REFB=-0.0143417;REVB=-0.010819;RO=48;SAF=13;SAR=20;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133986;STB=0.576147;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0182862;OID=.;OPOS=71547572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:48:48:33:33:0.407407:20:13:25:23:20:13:25:23 chr6 71569090 . T C 242.16 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0120934;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.22;QD=14.6766;RBI=0.0217541;REFB=-0.0141393;REVB=0.0180829;RO=38;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290545;STB=0.665089;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.030277;OID=.;OPOS=71569090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:9:19:15:23:9:19:15:23 chr6 72889472 . A G 282.77 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.133559;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.321;QD=12.4296;RBI=0.134226;REFB=-0.00796313;REVB=0.0133654;RO=51;SAF=10;SAR=23;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626175;STB=0.53075;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0126298;OID=.;OPOS=72889472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:51:58:33:33:0.362637:23:10:13:38:23:10:20:38 chr6 72892257 . A G 223.05 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.727;QD=49.5676;RBI=0.128769;REFB=0;REVB=-0.00110186;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107304;OID=.;OPOS=72892257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr6 73102442 . C T 705.97 PASS AF=0.522727;AO=69;DP=131;FAO=69;FDP=132;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0223503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8836;QD=21.3931;RBI=0.0540306;REFB=0.018284;REVB=-0.0491911;RO=61;SAF=32;SAR=37;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520646;STB=0.521121;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.0199395;OID=.;OPOS=73102442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:61:63:69:69:0.522727:37:32:32:29:37:32:32:31 chr6 74073531 . C G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.646;QD=57.884;RBI=0.0505994;REFB=0;REVB=0.0206019;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06911e-05;OID=.;OPOS=74073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr6 74079024 . A G 1120.64 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0201905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.929;QD=58.981;RBI=0.0252198;REFB=-0.0572166;REVB=0.0151123;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.50704;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-8.68407e-06;OID=.;OPOS=74079024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:0:1:75:75:0.986842:40:35:0:0:40:35:1:0 chr6 74079041 . A C 1265.35 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1902;QD=61.7244;RBI=0.0483073;REFB=0;REVB=0.0454086;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459215;OID=.;OPOS=74079041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:45:36:0:0:45:37:0:0 chr6 74125875 . A G 768.8 PASS AF=1;AO=45;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072526;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.936;QD=64.0663;RBI=0.0783673;REFB=0;REVB=0.0296887;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161789;OID=.;OPOS=74125875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:45:48:1:28:17:0:0:29:19:0:0 chr6 74125888 . A G 609.38 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0424538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.238;QD=56.6869;RBI=0.042462;REFB=-0.150935;REVB=0.00083401;RO=2;SAF=11;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779384;STB=0.541646;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00166513;OID=.;OPOS=74125888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:43:43:2:2:41:41:0.953488:30:11:2:0:30:11:2:0 chr6 74135016 . C T 134.23 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0345767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8244;QD=16.2699;RBI=0.0356511;REFB=-0.0027574;REVB=0.00868614;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607709;STB=0.534838;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.000886888;OID=.;OPOS=74135016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:5:10:13:5:5:10:13:5 chr6 74155291 . C T 296.51 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=82;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0105827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.148;QD=14.2894;RBI=0.0135354;REFB=-0.00508799;REVB=-0.00843876;RO=49;SAF=16;SAR=17;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520203;STB=0.511357;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00843727;OID=.;OPOS=74155291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:49:49:33:34:0.409639:17:16:24:25:18:16:24:25 chr6 74161503 . A G 40.56 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0135386;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.561;QD=11.5884;RBI=0.0163543;REFB=-0.000665405;REVB=0.0091744;RO=9;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177426;STB=0.576643;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00091123;OID=.;OPOS=74161503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:14:9:8:5:6:0.428571:4:1:3:6:5:1:2:6 chr6 74161801 . G T 310.15 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0104946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.216;QD=28.8511;RBI=0.0358151;REFB=0.0336557;REVB=0.0342431;RO=16;SAF=15;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121677;STB=0.566961;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00782696;OID=.;OPOS=74161801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:12:15:6:10:12:15:6:10 chr6 74354175 . C T 208.84 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0265769;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.303;QD=17.4033;RBI=0.0517756;REFB=-0.00540353;REVB=-0.044434;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00522327;STB=0.502979;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00395439;OID=.;OPOS=74354175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:11:10:13:14:11:10:13:14 chr6 74521947 . C T 288.81 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0275016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.893;QD=16.2711;RBI=0.0379519;REFB=-0.00638672;REVB=-0.0261536;RO=39;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00326945;STB=0.507038;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00893188;OID=.;OPOS=74521947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:39:31:32:0.450704:15:16:20:19:16:16:20:19 chr6 74533192 . T G 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00447086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.893;QD=21.0648;RBI=0.0205516;REFB=-0.0196093;REVB=-0.0200595;RO=24;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192815;STB=0.608603;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0198941;OID=.;OPOS=74533192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:8:16:11:13:8:16:11:13 chr6 75797302 . C T 409.52 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00193724;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7684;QD=15.6006;RBI=0.0261408;REFB=-0.016976;REVB=0.0260689;RO=60;SAF=21;SAR=25;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439882;STB=0.529253;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0304244;OID=.;OPOS=75797302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:60:59:46:46:0.438095:25:21:30:30:25:21:30:29 chr6 75841722 . A T 358.34 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.00243086;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.925;QD=12.6846;RBI=0.00936653;REFB=-0.00527855;REVB=-0.0090456;RO=69;SAF=23;SAR=20;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810183;STB=0.540747;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00785994;OID=.;OPOS=75841722;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:69:70:43:43:0.380531:20:23:42:27:20:23:42:28 chr6 76138146 . C CAG 575.13 PASS AF=0.867925;AO=44;DP=53;FAO=46;FDP=53;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0219422;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=258.433;QD=43.4062;RBI=0.0373296;REFB=-0.0859294;REVB=0.0302;RO=7;SAF=30;SAR=14;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529416;STB=0.530374;STBP=0.302;TYPE=ins;VARB=0.00996649;OID=.;OPOS=76138147;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.867925:44:53:46:53:7:30:16:6:1:38:7:30:14:6:1 chr6 76369054 . A G 1572.72 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.156;QD=62.9089;RBI=0.05786;REFB=-0.108547;REVB=0.0542919;RO=1;SAF=55;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854702;STB=0.504504;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000484725;OID=.;OPOS=76369054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:44:55:1:0:44:55:1:0 chr6 76640781 . C T 634.46 PASS AF=0.533898;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0167184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3992;QD=21.5072;RBI=0.0292673;REFB=-0.0139395;REVB=0.0240223;RO=53;SAF=28;SAR=35;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229255;STB=0.50476;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0132659;OID=.;OPOS=76640781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:53:55:63:63:0.533898:35:28:25:28:35:28:25:30 chr6 76660551 . G C 972.82 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5525;QD=58.9589;RBI=0.0619468;REFB=0;REVB=0.0473751;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067244;OID=.;OPOS=76660551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr6 78172260 . C G 232.7 PASS AF=0.325843;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=15;FWDB=-0.0217972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.273;QD=10.4583;RBI=0.0300715;REFB=-0.00288753;REVB=-0.0207166;RO=60;SAF=13;SAR=16;SRF=45;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343771;STB=0.6971;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00506342;OID=.;OPOS=78172260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:60:60:29:29:0.325843:16:13:45:15:16:13:45:15 chr6 78172992 . G A 521.98 PASS AF=0.397351;AO=60;DP=151;FAO=60;FDP=151;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=0.0135557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.022;QD=13.8272;RBI=0.0189807;REFB=-0.0151921;REVB=0.0132857;RO=91;SAF=33;SAR=27;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242423;STB=0.513671;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0244473;OID=.;OPOS=78172992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:91:91:60:60:0.397351:27:33:48:43:27:33:48:43 chr6 79595097 . A G 347.97 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.353;QD=53.5334;RBI=0.0590647;REFB=0;REVB=0.00739732;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120406;OID=.;OPOS=79595097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:6:19:0:0:6:20:0:0 chr6 79595167 . A ACTTAT 193.5 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0219458;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=274.011;QD=32.2493;RBI=0.0410089;REFB=-0.0371282;REVB=-0.0346426;RO=6;SAF=15;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122683;STB=0.5681;STBP=0.376;TYPE=ins;VARB=0.00957805;OID=.;OPOS=79595168;OREF=-;OALT=CTTAT;OMAPALT=ACTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:18:24:18:24:6:15:3:4:2:35:6:15:3:4:2 chr6 79612744 . CA C 193.02 PASS AF=0.454545;AO=33;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0184145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.7128;QD=10.0272;RBI=0.133747;REFB=-0.0396491;REVB=0.132474;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157323;STB=0.583536;STBP=0.218;TYPE=del;VARB=0.0577037;OID=.;OPOS=79612745;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:33:77:35:77:42:18:17:28:14:99:40:17:16:27:13 chr6 79656562 . A T 400.34 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00233537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.412;QD=16.1753;RBI=0.00322545;REFB=0.0015893;REVB=0.00222476;RO=57;SAF=25;SAR=17;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355905;STB=0.52005;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00200817;OID=.;OPOS=79656562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:57:42:42:0.424242:17:25:32:25:17:25:32:25 chr6 79656570 . G A 1512.74 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8875;QD=63.031;RBI=0.00967215;REFB=0;REVB=0.00400938;RO=1;SAF=53;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886354;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100266;OID=.;OPOS=79656570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:1:0:95:96:1:42:53:1:0:42:54:0:0 chr6 79675701 . A G 321.78 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.016838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4233;QD=23.8356;RBI=0.0703733;REFB=0.0374855;REVB=0.0683292;RO=22;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113462;STB=0.562461;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.0239846;OID=.;OPOS=79675701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:18:14:13:9:18:14:13:9 chr6 79708000 . A C 1118.3 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05408;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3134;QD=60.4486;RBI=0.0553177;REFB=0;REVB=0.0116363;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577384;OID=.;OPOS=79708000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr6 79918309 . G A 744.47 PASS AF=1;AO=39;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.185963;FXX=0.0535619;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.802;QD=56.1864;RBI=0.197639;REFB=0;REVB=-0.0669241;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00395605;OID=.;OPOS=79918309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:53:0:0:39:53:1:21:18:0:0:24:29:0:0 chr6 80196498 . T C 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7845;QD=63.87;RBI=0.0478136;REFB=0;REVB=0.0441845;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000768462;OID=.;OPOS=80196498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr6 80196848 . C T 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00792135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.979;QD=19.3857;RBI=0.0115846;REFB=-0.00786394;REVB=-0.00845313;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15199;STB=0.585871;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00444094;OID=.;OPOS=80196848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:9:11:8:13:9:11:8:13 chr6 80228535 . T G 578.66 PASS AF=0.415094;AO=66;DP=159;FAO=66;FDP=159;FR=.;FRO=93;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.0322195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.62;QD=14.5575;RBI=0.0322402;REFB=-0.0102215;REVB=-0.00115581;RO=93;SAF=32;SAR=34;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214085;STB=0.512006;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0123499;OID=.;OPOS=80228535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:93:93:66:66:0.415094:34:32:47:46:34:32:47:46 chr6 80228541 . A G 2200.49 PASS AF=0.980519;AO=147;DP=152;FAO=151;FDP=154;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0202979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.836;QD=57.1557;RBI=0.0298177;REFB=-0.138034;REVB=0.0218424;RO=3;SAF=73;SAR=74;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646685;STB=0.503054;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00187003;OID=.;OPOS=80228541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:152:154:3:3:147:151:0.980519:74:73:2:1:74:77:2:1 chr6 80513565 . G GCTCTCTGATATGCCATC 59.68 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00252363;FXX=0.065563;HRUN=1;LEN=17;MLLD=509.937;QD=4.1882;RBI=0.00794055;REFB=-0.00821687;REVB=-0.00752885;RO=47;SAF=8;SAR=2;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457573;STB=0.815715;STBP=0.041;TYPE=ins;VARB=0.0383487;OID=.;OPOS=80513566;OREF=-;OALT=CTCTCTGATATGCCATC;OMAPALT=GCTCTCTGATATGCCATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175439:10:61:10:57:47:8:2:19:28:59:47:8:2:20:27 chr6 80513614 . G A 120.28 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0292625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6178;QD=6.77642;RBI=0.035285;REFB=0.00400003;REVB=0.0197165;RO=53;SAF=12;SAR=6;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28275;STB=0.672706;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00997161;OID=.;OPOS=80513614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:53:18:18:0.253521:6:12:23:30:6:12:23:30 chr6 80516933 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.040317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9576;QD=14.6524;RBI=0.119885;REFB=0.0363755;REVB=-0.112903;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553146;STB=0.53322;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0220785;OID=.;OPOS=80516933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:2:3:4:2:2:3 chr6 80580038 . T G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.636;QD=60.547;RBI=0.0564829;REFB=0;REVB=0.0375055;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223131;OID=.;OPOS=80580038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr6 80626375 . T C 280.08 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00812329;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2568;QD=21.1382;RBI=0.0240207;REFB=-0.00344563;REVB=0.0226055;RO=24;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714065;STB=0.539655;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00230222;OID=.;OPOS=80626375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:17:12:12:12:17:12:12:12 chr6 80837253 . G T 240.09 PASS AF=0.676471;AO=13;DP=26;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00202091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4205;QD=28.2459;RBI=0.0533396;REFB=-0.0375203;REVB=0.0533013;RO=11;SAF=12;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505934;STB=0.506488;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0262372;OID=.;OPOS=80837253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:26:34:11:11:13:23:0.676471:1:12:6:5:10:13:6:5 chr6 82457147 . C G 178.47 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00183446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.276;QD=15.1891;RBI=0.0189504;REFB=-0.00348972;REVB=-0.0188614;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169465;STB=0.578983;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00368881;OID=.;OPOS=82457147;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:28:18:19:0.404255:8:10:11:17:9:10:11:17 chr6 82458639 . G T 446.09 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=-0.0204601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.72;QD=18.2076;RBI=0.0520766;REFB=-0.0232262;REVB=-0.0478889;RO=53;SAF=28;SAR=17;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801055;STB=0.544584;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0252851;OID=.;OPOS=82458639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:17:28:37:16:17:28:37:16 chr6 82461520 . A G 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0118025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.625;QD=10.1696;RBI=0.0508697;REFB=-0.00366322;REVB=-0.0494816;RO=22;SAF=8;SAR=3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608311;STB=0.536844;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00588402;OID=.;OPOS=82461520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:3:8:15:7:3:8:15:7 chr6 82900811 . G A 335.37 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.000208653;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.699;QD=16.9807;RBI=0.0282543;REFB=-0.00397145;REVB=-0.0282536;RO=42;SAF=30;SAR=6;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310025;STB=0.685596;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00512881;OID=.;OPOS=82900811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:43:36:36:0.455696:6:30:25:17:6:30:25:18 chr6 82933309 . C T 358.15 PASS AF=0.544118;AO=35;DP=66;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0247851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.683;QD=21.0678;RBI=0.0250282;REFB=-0.0236929;REVB=0.0034799;RO=30;SAF=12;SAR=23;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518226;STB=0.547739;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0105586;OID=.;OPOS=82933309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:30:31:35:37:0.544118:23:12:12:18:25:12:13:18 chr6 83075914 . G A 687.24 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.858;QD=62.4767;RBI=0.0359949;REFB=0;REVB=0.0249082;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429316;OID=.;OPOS=83075914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr6 83076791 . T C 549.9 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0301729;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.2131;QD=23.9086;RBI=0.0310666;REFB=-0.00546429;REVB=0.00739808;RO=41;SAF=29;SAR=22;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263995;STB=0.51449;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00399155;OID=.;OPOS=83076791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:41:51:51:0.554348:22:29:22:19:22:29:22:19 chr6 83080385 . AC ACTTTG,TG 702.52 PASS AF=0.615385,0.0576923;AO=51,6;DP=108;FAO=64,6;FDP=104;FR=.;FRO=34;FSAF=34,5;FSAR=30,1;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0145322,-0.0176274;FXX=0.0188661;HRUN=3,1;LEN=4,2;MLLD=151.621,151.861;QD=27.0199;RBI=0.0146066,0.0195082;REFB=-0.0101433,0.013907;REVB=-0.00147283,-0.00835721;RO=38;SAF=29,5;SAR=22,1;SRF=16;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.115228,0.476349;STB=0.541388,0.84566;STBP=0.257,0.099;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00416163,-0.00454287;OID=.,.;OPOS=83080387,83080385;OREF=-,AC;OALT=TTTG,TG;OMAPALT=ACTTTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:104:38:34:51,6:64,6:0.615385,0.0576923:22,1:29,5:16:22:30,1:34,5:14:20 chr6 83080386 . C CTTTG 50.0 PASS AO=50;DP=124;LEN=4;RO=74;SAF=32;SAR=30;SRF=27;SRR=35;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=83080387;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:124:74:50:30:32:27:35 chr6 84233831 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.75;QD=42.1826;RBI=0.124347;REFB=0;REVB=0.123164;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183926;OID=.;OPOS=84233831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr6 84303342 . T C,G 810.83 PASS AF=0.862069,0.137931;AO=50,8;DP=58;FAO=50,8;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=15,6;FSAR=35,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408504,-0.0134731;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.229,86.227;QD=55.9191;RBI=0.0299904,0.0161048;REFB=0,0;REVB=0.0297109,0.00882271;RO=0;SAF=15,6;SAR=35,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.87758e-08,5.58669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00530095,0.0739629;OID=.,.;OPOS=84303342,84303342;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:58:58:0:0:50,8:50,8:0.862069,0.137931:35,2:15,6:0:0:35,2:15,6:0:0 chr6 86199233 . A G 922.61 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00418111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.881;QD=56.7759;RBI=0.0243452;REFB=0.0413935;REVB=0.0239835;RO=1;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165689;STB=0.508769;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000181272;OID=.;OPOS=86199233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:28:36:0:1:28:36:0:1 chr6 86205323 . T G 661.97 PASS AF=0.9;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00297853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.256;QD=52.9577;RBI=0.0478819;REFB=-0.101441;REVB=0.0477891;RO=4;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069469;STB=0.545435;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00102217;OID=.;OPOS=86205323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:49:50:4:5:45:45:0.9:25:20:0:4:25:20:0:5 chr6 87796233 . G A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0156791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.95;QD=20.8978;RBI=0.0171211;REFB=-0.0144426;REVB=0.00687739;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749496;STB=0.543368;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00920054;OID=.;OPOS=87796233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:5:3:2:2:5:3:2:2 chr6 87965528 . T C 480.96 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00524247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.618;QD=22.9026;RBI=0.0140298;REFB=-0.0223724;REVB=-0.0130135;RO=38;SAF=24;SAR=22;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0037702;STB=0.502074;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0142526;OID=.;OPOS=87965528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:22:24:20:18:22:24:20:18 chr6 87968565 . A G 98.23 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0827339;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.104;QD=21.8295;RBI=0.0827641;REFB=0.00429815;REVB=-0.00223609;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585073;STB=0.533274;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00306326;OID=.;OPOS=87968565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:19:18:7:7:11:11:0.611111:7:4:2:5:7:4:2:5 chr6 87969737 . C T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0185518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.2;QD=20.4858;RBI=0.0244743;REFB=0.0210699;REVB=-0.0159632;RO=11;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284972;STB=0.662409;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.014607;OID=.;OPOS=87969737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:10:4:7:4:10:4:7:4 chr6 87970301 . C G 110.09 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0375552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.189;QD=16.9364;RBI=0.0390575;REFB=-0.0140427;REVB=0.0107281;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297828;STB=0.538863;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0226901;OID=.;OPOS=87970301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:13:12:13:0.5:7:5:5:8:7:6:5:8 chr6 87994015 . A G 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0309008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7349;QD=27.5917;RBI=0.164163;REFB=0.0218259;REVB=0.161229;RO=5;SAF=10;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221094;STB=0.624791;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0003404;OID=.;OPOS=87994015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:3:10:2:3:3:10:2:3 chr6 87994572 . G A 107.25 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.067046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6412;QD=22.5789;RBI=0.0672407;REFB=-0.042928;REVB=-0.00511331;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793731;STB=0.504497;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0497395;OID=.;OPOS=87994572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:3:4:7:5:3:4 chr6 88108048 . AGAT A,AGAA 96.72 PASS AF=0.4,0.08;AO=10,2;DP=25;FAO=10,2;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3,1;FSAR=7,1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.012031,-0.0312693;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=172.682,121.185;QD=15.4753;RBI=0.0224234,0.0319759;REFB=-0.00475868,-0.0196952;REVB=0.0189225,0.00668496;RO=13;SAF=3,1;SAR=7,1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0917417,0.118967;STB=0.554343,0.599045;STBP=0.721,0.786;TYPE=del,snp;VARB=0.00330499,0.0941778;OID=.,.;OPOS=88108049,88108051;OREF=GAT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0.08:10,2:25:10,2:25:13:3,1:7,1:5:8:80:13:3,1:7,1:5:8 chr6 88125542 . G A 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0182644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.243;QD=24.3901;RBI=0.02278;REFB=-0.045249;REVB=0.013614;RO=14;SAF=5;SAR=15;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343833;STB=0.519211;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0117176;OID=.;OPOS=88125542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:15:5:4:10:15:5:4:10 chr6 88182704 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192262;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=199.362;QD=39.2068;RBI=0.0232077;REFB=0;REVB=-0.0129981;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07429e-05;OID=.;OPOS=88182704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr6 88221892 . T G 743.11 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0352083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.364;QD=59.4487;RBI=0.0430685;REFB=-0.176721;REVB=0.0248046;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143765;OID=.;OPOS=88221892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:50:50:1:2:48:48:0.96:24:24:1:0:24:24:1:1 chr6 88224164 . T C 130.23 PASS AF=0.56;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00181003;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.3877;QD=20.8369;RBI=0.011385;REFB=-0.00827319;REVB=0.0112402;RO=11;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21872;STB=0.624812;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.011207;OID=.;OPOS=88224164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:11:11:14:14:0.56:10:4:6:5:10:4:6:5 chr6 88315741 . TA T 1137.98 PASS AF=1;AO=100;DP=117;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143865;FXX=0.0341851;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.9787;QD=40.2823;RBI=0.144261;REFB=-0.0433285;REVB=0.010674;RO=7;SAF=47;SAR=53;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479591;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00635456;OID=.;OPOS=88315742;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:100:117:113:113:0:57:56:0:0:16:7:47:53:6:1 chr6 89388023 . T C 332.81 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00281191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.7;QD=16.4351;RBI=0.0396411;REFB=-0.0281184;REVB=0.0395412;RO=45;SAF=19;SAR=17;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550742;STB=0.503095;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0390134;OID=.;OPOS=89388023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:17:19:24:21:17:19:24:21 chr6 89676206 . T G 179.13 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.015137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5109;QD=12.5708;RBI=0.0272432;REFB=0.00193832;REVB=0.0226509;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062041;STB=0.526292;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00343045;OID=.;OPOS=89676206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:34:35:22:22:0.385965:11:11:15:19:11:11:16:19 chr6 89676500 . G C 51.82 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0193047;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.722;QD=15.9461;RBI=0.0255657;REFB=-0.0106451;REVB=-0.0167612;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252798;STB=0.681283;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00857073;OID=.;OPOS=89676500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:13:7:6:7:7:0.538462:2:5:3:4:2:5:2:4 chr6 89793894 . G C 818.0 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000156118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.979;QD=57.4037;RBI=0.0129943;REFB=0;REVB=0.0129934;RO=0;SAF=13;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38976e-06;OID=.;OPOS=89793894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:44:13:0:0:44:13:0:0 chr6 89806689 . T C 868.11 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6396;QD=57.8737;RBI=0.0690602;REFB=0;REVB=0.0399855;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449962;OID=.;OPOS=89806689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:32:27:0:0:32:28:0:0 chr6 89806992 . A C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.865;QD=59.0181;RBI=0.0053646;REFB=0;REVB=-0.00201706;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36841e-05;OID=.;OPOS=89806992;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr6 89888744 . C T 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6991;QD=58.5987;RBI=0.0339645;REFB=0;REVB=0.0223767;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332134;OID=.;OPOS=89888744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr6 89907873 . G A 1540.48 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.92;QD=59.8244;RBI=0.0364224;REFB=0;REVB=0.00825318;RO=0;SAF=61;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13471e-05;OID=.;OPOS=89907873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:41:61:0:0:41:62:0:0 chr6 89913209 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.933;QD=57.8848;RBI=0.0215242;REFB=0;REVB=0.015944;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87827e-06;OID=.;OPOS=89913209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr6 89913218 . T A 867.6 PASS AF=1;AO=45;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0968482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.6471;QD=56.8919;RBI=0.118219;REFB=0;REVB=0.0677942;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00553949;OID=.;OPOS=89913218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:45:61:1:28:17:0:0:34:27:0:0 chr6 89926966 . T C 125.67 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0150347;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.991;QD=10.2585;RBI=0.0208177;REFB=-0.00975634;REVB=0.0143992;RO=34;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230513;STB=0.638701;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0269204;OID=.;OPOS=89926966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:34:34:15:15:0.306122:5:10:16:18:5:10:16:18 chr6 89981413 . T C 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.538;QD=63.5757;RBI=0.0155717;REFB=0;REVB=-0.00928012;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38176e-05;OID=.;OPOS=89981413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr6 90039670 . G C 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.733;QD=64.4104;RBI=0.016126;REFB=0;REVB=0.00847217;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39633e-05;OID=.;OPOS=90039670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr6 90315789 . A G 688.14 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.179;QD=62.558;RBI=0.0508026;REFB=0;REVB=-0.00243823;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291102;OID=.;OPOS=90315789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr6 90326360 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.448;QD=57.0006;RBI=0.0567974;REFB=0;REVB=-0.0501894;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.9051e-05;OID=.;OPOS=90326360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:31:22:0:0:32:22:0:0 chr6 90327873 . G A 1338.82 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3426;QD=62.2706;RBI=0.0690842;REFB=0;REVB=0.0679354;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322956;OID=.;OPOS=90327873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:34:52:0:0:34:52:0:0 chr6 90333599 . A G,T 791.34 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=52,4;DP=58;FAO=52,4;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=35,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169296,-0.002586;FXX=0.0508388;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.7773,87.9349;QD=56.5245;RBI=0.0441104,0.0401126;REFB=0,0;REVB=0.0440779,0.0400292;RO=0;SAF=17,2;SAR=35,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.31071e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00543384,0.0554123;OID=.,.;OPOS=90333599,90333599;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:58:56:0:0:52,4:52,4:0.928571,0.0714286:35,2:17,2:0:0:35,2:17,2:0:0 chr6 90334263 . A G 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00805678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.233;QD=25.2552;RBI=0.0217249;REFB=-0.0090198;REVB=-0.0201757;RO=10;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085608;STB=0.54777;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00485591;OID=.;OPOS=90334263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:9:8:6:4:9:8:6:4 chr6 90340276 . G A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.087;QD=61.3339;RBI=0.019196;REFB=0;REVB=0.0153916;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55311e-05;OID=.;OPOS=90340276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr6 90340637 . C A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0860306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.735;QD=11.1976;RBI=0.0861403;REFB=0.000133938;REVB=-0.00434658;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186327;STB=0.511093;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.000226342;OID=.;OPOS=90340637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:8:4:7:15:8:4:7:15 chr6 90362783 . A C 328.92 PASS AF=0.353448;AO=40;DP=117;FAO=41;FDP=116;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.00438328;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.877;QD=11.3421;RBI=0.00438431;REFB=-0.0107509;REVB=9.5043e-05;RO=73;SAF=23;SAR=17;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000394095;STB=0.508123;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0196844;OID=.;OPOS=90362783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:73:75:40:41:0.353448:17:23:42:31:18:23:43:32 chr6 90371202 . G A 2377.12 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2339;QD=63.8154;RBI=0.0275224;REFB=0;REVB=-0.0258167;RO=0;SAF=78;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.00361e-05;OID=.;OPOS=90371202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:148:149:1:70:78:0:0:71:78:0:0 chr6 90383870 . G A 89.65 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0050247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.817;QD=15.591;RBI=0.0551282;REFB=0.00335582;REVB=-0.0548987;RO=11;SAF=10;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316352;STB=0.677566;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00408478;OID=.;OPOS=90383870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:12:11:11:0.478261:1:10:8:3:1:10:9:3 chr6 90384231 . T G,TG 36.51 PASS AF=0,0.153846;AO=3,8;DP=55;FAO=0,8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=0,2;FSAR=0,6;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.0242711,-0.163404;FXX=0.0545355;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.934,18.3877;QD=2.80866;RBI=0.0404388,0.244005;REFB=0.000957918,0.00819432;REVB=-0.0323452,-0.181211;RO=41;SAF=2,4;SAR=1,4;SRF=27;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00875358,-0.196317;STB=0.5,0.849314;STBP=1,0.052;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.0851001;OID=.,.;OPOS=90384231,90384232;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:55:52:41:44:3,8:0,8:0,0.153846:1,4:2,4:27:14:0,6:0,2:32:12 chr6 90388368 . A AT,ATT 136.81 PASS AF=0.166667,0.133333;AO=21,18;DP=122;FAO=20,16;FDP=120;FR=.;FRO=84;FSAF=15,16;FSAR=5,0;FSRF=14;FSRR=70;FWDB=0.0374397,0.0191111;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=17.4988,25.9486;QD=4.56033;RBI=0.0812065,0.0412322;REFB=-0.036401,-0.0184392;REVB=-0.0720608,-0.0365357;RO=83;SAF=13,18;SAR=8,0;SRF=15;SRR=68;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.531037,0.836023;STB=0.885573,0.999625;STBP=0.003,0;TYPE=ins,ins;VARB=-0.109908,0.118011;OID=.,.;OPOS=90388369,90388369;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0.133333:21,18:122:20,16:120:84:15,16:5,0:14:70:51:83:13,18:8,0:15:68 chr6 90390443 . C A 289.02 PASS AF=0.92;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0129737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.113;QD=46.2436;RBI=0.0322492;REFB=-0.060753;REVB=0.0295245;RO=2;SAF=13;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659543;STB=0.533305;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00283432;OID=.;OPOS=90390443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:22:23:0.92:9:13:2:0:9:14:2:0 chr6 90402482 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.616;QD=58.0609;RBI=0.0346427;REFB=0;REVB=0.0271479;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105123;OID=.;OPOS=90402482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:23:38:0:0:23:38:0:0 chr6 90402840 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.18;QD=47.8223;RBI=0.025455;REFB=0;REVB=-0.00197636;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211809;OID=.;OPOS=90402840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr6 90408742 . C T 188.77 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0109988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.53;QD=15.7309;RBI=0.0119679;REFB=0.00114086;REVB=0.00471781;RO=28;SAF=5;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231537;STB=0.642704;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00171403;OID=.;OPOS=90408742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:28:19:20:0.416667:14:5:13:15:15:5:13:15 chr6 90418262 . C T 1959.36 PASS AF=0.984615;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0100371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.942;QD=60.2881;RBI=0.0244159;REFB=-0.0600532;REVB=0.0222574;RO=1;SAF=63;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736724;STB=0.507575;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000774256;OID=.;OPOS=90418262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:130:1:2:127:128:0.984615:64:63:0:1:65:63:0:2 chr6 90448092 . C T 878.34 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318557;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.403;QD=58.5563;RBI=0.0326275;REFB=0;REVB=0.00705498;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102334;OID=.;OPOS=90448092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:24:35:0:0:24:36:0:0 chr6 90455084 . A G 740.48 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.938;QD=61.7064;RBI=0.0471022;REFB=-0.061732;REVB=0.00104531;RO=1;SAF=14;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032403;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511731;OID=.;OPOS=90455084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:48:1:0:47:48:1:33:14:1:0:33:15:0:0 chr6 90459454 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.668;QD=58.1406;RBI=0.040883;REFB=0;REVB=-0.0164645;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4427e-05;OID=.;OPOS=90459454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr6 90638390 . G A 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.334;QD=61.6767;RBI=0.0145226;REFB=0;REVB=-0.0141355;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.60072e-05;OID=.;OPOS=90638390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr6 90638553 . T G 715.08 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775037;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8489;QD=63.5624;RBI=0.00826047;REFB=0;REVB=-0.00285783;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363151;OID=.;OPOS=90638553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:43:45:1:20:23:0:0:20:25:0:0 chr6 90641522 . T C 2188.95 PASS AF=0.972603;AO=141;DP=146;FAO=142;FDP=146;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=71;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.000890312;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.389;QD=59.9712;RBI=0.00833544;REFB=-0.0620766;REVB=0.00828775;RO=3;SAF=71;SAR=70;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646009;STB=0.506848;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-6.26223e-05;OID=.;OPOS=90641522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:146:146:3:4:141:142:0.972603:70:71:2:1:71:71:3:1 chr6 90660319 . T C 65.25 PASS AF=0.36;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0064576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.912;QD=10.4398;RBI=0.0219442;REFB=-0.00266654;REVB=-0.0209726;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252475;STB=0.651856;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0126056;OID=.;OPOS=90660319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:25:15:16:8:9:0.36:4:4:11:4:5:4:11:5 chr6 93967851 . C T 531.88 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0158088;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1629;QD=16.6213;RBI=0.0169903;REFB=0.00728868;REVB=-0.00622519;RO=68;SAF=32;SAR=25;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746764;STB=0.545939;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00599717;OID=.;OPOS=93967851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:68:71:57:57:0.445312:25:32:33:35:25:32:34:37 chr6 93982124 . A G 295.67 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0362089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.77;QD=17.9196;RBI=0.0425331;REFB=-0.0111476;REVB=0.0223153;RO=34;SAF=11;SAR=21;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17724;STB=0.599346;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00958972;OID=.;OPOS=93982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:21:11:18:16:21:11:18:16 chr6 94067981 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00711043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.953;QD=58.6006;RBI=0.0264973;REFB=0;REVB=0.0255254;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51592e-05;OID=.;OPOS=94067981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr6 94120219 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.778;QD=62.3508;RBI=0.0053373;REFB=0;REVB=0.000964158;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43061e-05;OID=.;OPOS=94120219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:11:32:0:0:11:32:0:0 chr6 94120639 . T C 800.66 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6375;QD=57.1901;RBI=0.10962;REFB=0;REVB=0.0979282;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174422;OID=.;OPOS=94120639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr6 95156918 . G A 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0200238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.775;QD=17.5683;RBI=0.0227348;REFB=-0.0167216;REVB=0.0107665;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880828;STB=0.549262;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0182531;OID=.;OPOS=95156918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:16:13:11:20:16:13:11:20 chr6 96034869 . G A 66.24 PASS AF=0.103448;AO=18;DP=174;FAO=18;FDP=174;FR=.;FRO=156;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=114;FSRR=42;FWDB=-0.0984898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3811;QD=1.52265;RBI=0.176953;REFB=-0.0244141;REVB=-0.14701;RO=154;SAF=17;SAR=1;SRF=114;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41394;STB=0.847506;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.117604;OID=.;OPOS=96034869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:174:174:154:156:18:18:0.103448:1:17:114:40:1:17:114:42 chr6 96034881 . A ATATG,G 3231.07 PASS AF=0.526786,0.464286;AO=101,109;DP=261;FAO=118,104;FDP=224;FR=.;FRO=2;FSAF=83,60;FSAR=35,44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0256363,0.0289097;FXX=0.124995;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=139.467,77.9093;QD=57.6977;RBI=0.0258192,0.0341259;REFB=-0.102808,-0.142653;REVB=-0.00306818,0.0181331;RO=41;SAF=72,62;SAR=29,47;SRF=32;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.045479,-0.112273;STB=0.504048,0.501486;STBP=0.555,0.849;TYPE=ins,snp;VARB=0.0438052,0.00654645;OID=.,.;OPOS=96034882,96034881;OREF=-,A;OALT=TATG,G;OMAPALT=ATATG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:261:224:41:2:101,109:118,104:0.526786,0.464286:29,47:72,62:32:9:35,44:83,60:1:1 chr6 96034883 . G A 120.38 PASS AF=0.117424;AO=31;DP=266;FAO=31;FDP=264;FR=.;FRO=233;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=143;FSRR=90;FWDB=-0.0170381;FXX=0.00751851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0659;QD=1.82386;RBI=0.0374256;REFB=-0.00327624;REVB=-0.0333224;RO=232;SAF=25;SAR=6;SRF=142;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281882;STB=0.704079;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0378261;OID=.;OPOS=96034883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:264:232:233:31:31:0.117424:6:25:142:90:6:25:143:90 chr6 96035175 . T C 1749.05 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.317;QD=60.8364;RBI=0.0260467;REFB=0;REVB=0.0254789;RO=0;SAF=69;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23616e-05;OID=.;OPOS=96035175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:46:69:0:0:46:69:0:0 chr6 96055915 . G C 3494.65 PASS AF=1;AO=223;DP=224;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300026;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.231;QD=62.4045;RBI=0.0861124;REFB=-0.0248035;REVB=0.0807167;RO=1;SAF=78;SAR=145;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.003275;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457481;OID=.;OPOS=96055915;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:224:224:1:0:223:224:1:145:78:0:1:146:78:0:0 chr6 96386151 . G A 1565.77 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141157;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.288;QD=58.5336;RBI=0.0227172;REFB=-0.150857;REVB=0.0177994;RO=1;SAF=37;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692859;STB=0.503649;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000943836;OID=.;OPOS=96386151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:1:1:105:106:0.990654:68:37:0:1:68:38:0:1 chr6 96651372 . G A 380.59 PASS AF=0.527027;AO=37;DP=73;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00445734;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.948;QD=20.5726;RBI=0.0229327;REFB=-0.0267671;REVB=-0.0224954;RO=35;SAF=27;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105757;STB=0.566659;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0169937;OID=.;OPOS=96651372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:35:35:37:39:0.527027:10:27:22:13:10:29:22:13 chr6 96651740 . A G 678.65 PASS AF=0.927273;AO=51;DP=56;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00582281;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4786;QD=49.356;RBI=0.00889656;REFB=-0.0832587;REVB=-0.00672635;RO=3;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552954;STB=0.538446;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00390997;OID=.;OPOS=96651740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:56:55:3:4:51:51:0.927273:24:27:0:3:24:27:0:4 chr6 96652371 . T C 317.68 PASS AF=0.892857;AO=23;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0053706;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=176.318;QD=45.3825;RBI=0.00571672;REFB=-0.0884716;REVB=0.00195896;RO=2;SAF=18;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487199;STB=0.507037;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.000874637;OID=.;OPOS=96652371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:2:3:23:25:0.892857:5:18:2:0:7:18:2:1 chr6 96652555 . C T 141.93 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0276971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4328;QD=13.8472;RBI=0.111887;REFB=-0.0535131;REVB=-0.108405;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865243;STB=0.550395;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0511277;OID=.;OPOS=96652555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:9:7:13:12:9:7:13:12 chr6 96652582 . G T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.561;QD=59.4355;RBI=0.0224247;REFB=0;REVB=0.0102596;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63283e-05;OID=.;OPOS=96652582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr6 96652706 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.288;QD=61.3362;RBI=0.041055;REFB=0;REVB=0.0365371;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129281;OID=.;OPOS=96652706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr6 96653037 . GT G,GC 3563.37 PASS AF=1,0;AO=39,193;DP=239;FAO=240,0;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=115,0;FSAR=125,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0683976,-0.453088;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=41.3268,32.0097;QD=59.3895;RBI=0.0686022,0.457602;REFB=0,0;REVB=0.00529483,-0.0641177;RO=0;SAF=1,108;SAR=38,85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00208897,0.0597301;OID=.,.;OPOS=96653038,96653038;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:39,193:239:240,0:240:0:115,0:125,0:0:0:20:0:1,108:38,85:0:0 chr6 96653208 . C G 1227.42 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5622;QD=61.371;RBI=0.0291731;REFB=0;REVB=0.00574702;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130741;OID=.;OPOS=96653208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:48:32:0:0:48:32:0:0 chr6 96661315 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.596;QD=35.5758;RBI=0.017659;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316608;OID=.;OPOS=96661315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr6 96661410 . A G 386.72 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00209827;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.196;QD=53.3409;RBI=0.0632753;REFB=0.143963;REVB=0.0632405;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251595;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000790621;OID=.;OPOS=96661410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:29:1:1:28:28:0.965517:10:18:1:0:10:18:1:0 chr6 96662803 . C T 136.83 PASS AF=0.5;AO=16;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0389314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8725;QD=18.2435;RBI=0.0392861;REFB=-0.0165651;REVB=0.00526704;RO=14;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174999;STB=0.66642;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0184305;OID=.;OPOS=96662803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:16:15:0.5:4:12:8:6:3:12:8:7 chr6 96730731 . G C 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0056423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.5;QD=20.8933;RBI=0.021406;REFB=0.00689146;REVB=0.020649;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251221;STB=0.644436;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00394791;OID=.;OPOS=96730731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:3:7:2:4:3:7:2:4 chr6 96999725 . C T 2250.34 PASS AF=0.993056;AO=139;DP=142;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00178986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9354;QD=62.5095;RBI=0.0394894;REFB=0.00211567;REVB=-0.0394488;RO=1;SAF=87;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.009055;STB=0.504672;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-8.73357e-05;OID=.;OPOS=96999725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:144:1:1:139:143:0.993056:52:87:0:1:53:90:0:1 chr6 97052754 . C T 460.41 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00904947;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.167;QD=15.7406;RBI=0.00927898;REFB=-0.00853123;REVB=0.00205099;RO=65;SAF=17;SAR=34;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152051;STB=0.590325;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00958428;OID=.;OPOS=97052754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:65:66:51:51:0.435897:34:17:31:34:34:17:32:34 chr6 97058553 . A G 1209.31 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.76;QD=61.231;RBI=0.0091484;REFB=0;REVB=0.00634713;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13124e-05;OID=.;OPOS=97058553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:37:39:0:0:39:40:0:0 chr6 97058567 . A G 319.73 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0098459;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.206;QD=18.2705;RBI=0.0181425;REFB=-0.000220055;REVB=-0.0152384;RO=33;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012651;STB=0.515143;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.000187364;OID=.;OPOS=97058567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:33:36:34:34:0.485714:18:16:16:17:18:16:18:18 chr6 97063522 . C G 1492.31 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2236;QD=58.5219;RBI=0.0191375;REFB=0.111776;REVB=-0.0115485;RO=1;SAF=54;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870439;STB=0.504504;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=1.55514e-05;OID=.;OPOS=97063522;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:100:101:0.990196:46:54:1:0:46:55:1:0 chr6 97063555 . A G 1712.86 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.8928;QD=60.6322;RBI=0.0494544;REFB=0;REVB=-0.0493135;RO=0;SAF=63;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147756;OID=.;OPOS=97063555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:50:63:0:0:50:63:0:0 chr6 97339078 . A G 1238.0 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0504518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.697;QD=58.9525;RBI=0.0574461;REFB=-0.139783;REVB=0.0274713;RO=1;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116923;STB=0.50029;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00169776;OID=.;OPOS=97339078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:1:2:82:82:0.97619:40:42:0:1:40:42:1:1 chr6 97339088 . C T 1398.06 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0663869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1231;QD=61.4533;RBI=0.0664588;REFB=0.17718;REVB=-0.00308918;RO=1;SAF=46;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101926;STB=0.505375;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00457801;OID=.;OPOS=97339088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:44:46:1:0:44:46:1:0 chr6 99284244 . G A 505.13 PASS AF=0.401408;AO=55;DP=140;FAO=57;FDP=142;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.000199023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.507;QD=14.2289;RBI=0.00155422;REFB=-0.00810002;REVB=0.00154143;RO=84;SAF=25;SAR=30;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232898;STB=0.501858;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0112547;OID=.;OPOS=99284244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:84:85:55:57:0.401408:30:25:40:44:30:27:40:45 chr6 99728442 . A G 494.32 PASS AF=0.40146;AO=55;DP=137;FAO=55;FDP=137;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.00183802;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.961;QD=14.4327;RBI=0.00873906;REFB=-0.00867093;REVB=-0.00854359;RO=81;SAF=28;SAR=27;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552408;STB=0.527311;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0126266;OID=.;OPOS=99728442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:81:82:55:55:0.40146:27:28:37:44:27:28:38:44 chr6 99771540 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.472;QD=60.2281;RBI=0.025826;REFB=0;REVB=-0.0190159;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138155;OID=.;OPOS=99771540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr6 99817601 . A G 767.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.445;QD=63.9219;RBI=0.0186864;REFB=0;REVB=-0.00119006;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106754;OID=.;OPOS=99817601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:19:28:0:0:19:29:0:0 chr6 99842056 . C A 284.11 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0192613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.165;QD=15.1527;RBI=0.0194747;REFB=-0.0242597;REVB=-0.00287509;RO=43;SAF=21;SAR=11;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105735;STB=0.559962;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0298627;OID=.;OPOS=99842056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:11:21:24:19:11:21:24:19 chr6 99883694 . T C 225.93 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0148204;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.665;QD=15.317;RBI=0.0212257;REFB=-0.00328969;REVB=0.0151949;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502282;STB=0.538229;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00497392;OID=.;OPOS=99883694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:34:33:26:26:0.440678:14:12:14:20:14:12:13:20 chr6 99883704 . T C 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00908874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.797;QD=63.8657;RBI=0.0275542;REFB=0;REVB=0.0260121;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01319e-05;OID=.;OPOS=99883704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr6 100868721 . G A 454.63 PASS AF=0.374101;AO=52;DP=144;FAO=52;FDP=139;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.00384247;FXX=0.0347198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3992;QD=13.0828;RBI=0.0139796;REFB=0.000192401;REVB=0.0134411;RO=73;SAF=34;SAR=18;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116243;STB=0.58922;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.000921906;OID=.;OPOS=100868721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:139:73:87:52:52:0.374101:18:34:40:33:18:34:45:42 chr6 100868779 . G T 432.33 PASS AF=0.393701;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.000562098;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5308;QD=13.6167;RBI=0.0508125;REFB=-0.0094861;REVB=0.0508094;RO=74;SAF=26;SAR=24;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035429;STB=0.52392;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0231646;OID=.;OPOS=100868779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:74:77:50:50:0.393701:24:26:36:38:24:26:37:40 chr6 100964147 . G C 1834.72 PASS AF=0.99187;AO=120;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0160241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.207;QD=59.6656;RBI=0.0476624;REFB=-0.103717;REVB=0.044888;RO=2;SAF=82;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243397;STB=0.506172;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00045071;OID=.;OPOS=100964147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:123:123:2:1:120:122:0.99187:38:82:0:2:40:82:0:1 chr6 101094554 . A G 474.16 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00387319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.621;QD=18.9666;RBI=0.00853978;REFB=-0.0175729;REVB=0.00761093;RO=49;SAF=24;SAR=23;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379199;STB=0.530599;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0219145;OID=.;OPOS=101094554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:53:47:47:0.47:23:24:23:26:23:24:24:29 chr6 101166095 . G A 489.57 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-8.68303e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.004;QD=17.0287;RBI=0.0103392;REFB=-0.00297174;REVB=-0.0103388;RO=61;SAF=28;SAR=25;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759304;STB=0.537176;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00339691;OID=.;OPOS=101166095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:62:53:53:0.46087:25:28:37:24:25:28:37:25 chr6 105300250 . A G 430.03 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.264;QD=57.3373;RBI=0.0478096;REFB=0;REVB=0.0475454;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00291e-05;OID=.;OPOS=105300250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:16:12:0:0:18:12:0:0 chr6 105526774 . G T 103.1 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.000261357;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232;QD=9.5907;RBI=0.0104248;REFB=-0.00837469;REVB=0.0104215;RO=29;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243458;STB=0.52684;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0253774;OID=.;OPOS=105526774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:7:6:14:15:7:6:15:15 chr6 105530994 . GTA G,GTG 292.46 PASS AF=0.307692,0.0769231;AO=23,7;DP=94;FAO=28,7;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=19,4;FSAR=9,3;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.00451218,0.0449081;FXX=0.0319115;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=259.984,53.2804;QD=12.8552;RBI=0.00611142,0.0449226;REFB=-0.00199383,-0.000567225;REVB=-0.00412185,-0.00114045;RO=54;SAF=16,4;SAR=7,3;SRF=34;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0878849,-0.0713239;STB=0.526749,0.565856;STBP=0.758,0.775;TYPE=del,snp;VARB=0.00661353,-0.0227197;OID=.,.;OPOS=105530995,105530996;OREF=TA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692,0.0769231:23,7:94:28,7:91:56:19,4:9,3:36:20:99:54:16,4:7,3:34:20 chr6 106352349 . T C 1157.09 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0171019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.361;QD=59.3377;RBI=0.0845666;REFB=-0.216383;REVB=0.0828193;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.506023;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00289062;OID=.;OPOS=106352349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:0:1:77:77:0.987179:36:41:0:0:36:41:1:0 chr6 106536253 . G A 367.28 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00528868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.236;QD=16.5069;RBI=0.0204856;REFB=-0.0112263;REVB=0.0197911;RO=50;SAF=19;SAR=20;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327862;STB=0.518424;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0150182;OID=.;OPOS=106536253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:20:19:26:24:20:19:26:24 chr6 106555710 . A G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0374556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.126;QD=10.0752;RBI=0.0421959;REFB=-0.00217173;REVB=0.0194312;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0353501;OID=.;OPOS=106555710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:7:7:4:4:7:7 chr6 106555991 . C T 345.69 PASS AF=0.45122;AO=35;DP=79;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0064692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.442;QD=16.8627;RBI=0.00670924;REFB=-0.0139644;REVB=0.00177858;RO=44;SAF=21;SAR=14;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210022;STB=0.603078;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0184586;OID=.;OPOS=106555991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:44:45:35:37:0.45122:14:21:17:27:16:21:17:28 chr6 106959424 . A G 346.56 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.9193;QD=53.3171;RBI=0.0562888;REFB=0;REVB=0.0213439;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269689;OID=.;OPOS=106959424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:19:6:0:0:20:6:0:0 chr6 106959961 . A G 116.64 PASS AF=1;AO=6;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.254716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8169;QD=42.4161;RBI=0.256726;REFB=0;REVB=0.0320627;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160769;OID=.;OPOS=106959961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:6:11:1:5:1:0:0:6:5:0:0 chr6 106959999 . C G 123.16 PASS AF=0.923077;AO=10;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00901536;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.909;QD=37.8952;RBI=0.022842;REFB=-0.0612166;REVB=0.0209876;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538398;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000604338;OID=.;OPOS=106959999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:10:12:0.923077:5:5:0:0:6:6:0:1 chr6 106960039 . G A 272.52 PASS AF=1;AO=16;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1696;QD=51.9083;RBI=0.161526;REFB=0;REVB=0.160931;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00473294;OID=.;OPOS=106960039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:16:21:1:4:12:0:0:9:12:0:0 chr6 106960447 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.283;QD=40.7627;RBI=0.0458074;REFB=0;REVB=0.00271259;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383354;OID=.;OPOS=106960447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr6 106987370 . A C 1915.83 PASS AF=0.976744;AO=126;DP=129;FAO=126;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00870631;FXX=0.015266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.776;QD=59.4055;RBI=0.015896;REFB=-0.0865056;REVB=0.0132997;RO=2;SAF=79;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00402521;STB=0.507272;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00209022;OID=.;OPOS=106987370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:129:129:2:3:126:126:0.976744:47:79:1:1:47:79:1:2 chr6 106992464 . A G 1048.16 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00960089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.257;QD=58.2309;RBI=0.0174088;REFB=-0.112747;REVB=0.014522;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.507244;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-1.16675e-05;OID=.;OPOS=106992464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:34:37:0:0:34:37:0:1 chr6 107016731 . T C 433.46 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00909176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.235;QD=20.6411;RBI=0.0113633;REFB=-0.0091501;REVB=-0.0068165;RO=41;SAF=25;SAR=18;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040253;STB=0.522293;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00715213;OID=.;OPOS=107016731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:18:25:22:19:18:25:22:19 chr6 107019880 . A G 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0197712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.756;QD=16.0649;RBI=0.0201128;REFB=0.00922975;REVB=0.00369118;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124548;STB=0.571351;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00567925;OID=.;OPOS=107019880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:15:9:9:9:15:9 chr6 107076783 . A T 709.98 PASS AF=0.980769;AO=52;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0124562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7132;QD=54.6139;RBI=0.0435361;REFB=-0.164031;REVB=-0.0417161;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00267324;OID=.;OPOS=107076783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:52:51:0.980769:24:28:0:0:23:28:0:1 chr6 107088231 . C T 47.64 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00303682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.7107;QD=11.9097;RBI=0.0346203;REFB=-0.0668923;REVB=0.0344868;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922775;STB=0.555401;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0831104;OID=.;OPOS=107088231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:6:3:3:4:6:3 chr6 107100483 . C T 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0051707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.425;QD=26.3151;RBI=0.00597265;REFB=-0.0200502;REVB=-0.00298939;RO=14;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649535;STB=0.536049;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00298672;OID=.;OPOS=107100483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:13:9:7:7:13:9:7:7 chr6 107113715 . G A 583.76 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0559389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.619;QD=20.8487;RBI=0.0565891;REFB=-0.0136393;REVB=0.00855378;RO=53;SAF=34;SAR=25;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00761617;STB=0.504187;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0140327;OID=.;OPOS=107113715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:25:34:31:22:25:34:31:22 chr6 107388504 . C T 501.32 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.0265757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.275;QD=15.6663;RBI=0.0266257;REFB=-0.0106022;REVB=-0.00163182;RO=73;SAF=21;SAR=34;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00187861;STB=0.501052;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0144487;OID=.;OPOS=107388504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:73:73:55:55:0.429688:34:21:28:45:34:21:28:45 chr6 107420516 . A C 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.000780163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.603;QD=14.6975;RBI=0.00232735;REFB=0.00141775;REVB=0.00219269;RO=30;SAF=5;SAR=16;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123459;STB=0.571356;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00179491;OID=.;OPOS=107420516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:16:5:10:20:16:5:10:20 chr6 107454303 . A C 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00657499;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.537;QD=52.1523;RBI=0.0108434;REFB=0.0602649;REVB=0.00862257;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.51514;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00145476;OID=.;OPOS=107454303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:11:16:0:0:11:16:1:0 chr6 107565060 . T C 808.01 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.718;QD=56.7027;RBI=0.0357429;REFB=0;REVB=0.0115713;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974492;OID=.;OPOS=107565060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:37:19:0:0:38:19:0:0 chr6 108026146 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.632;QD=58.1421;RBI=0.0187628;REFB=0;REVB=-0.00864503;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75271e-05;OID=.;OPOS=108026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr6 108026317 . G T 1939.95 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.597;QD=61.5856;RBI=0.0367591;REFB=0;REVB=0.0327758;RO=0;SAF=59;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09055e-05;OID=.;OPOS=108026317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:126:0:0:122:126:1:63:59:0:0:65:61:0:0 chr6 108026402 . A C 1575.65 PASS AF=0.95614;AO=109;DP=114;FAO=109;FDP=114;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0204775;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.991;QD=55.286;RBI=0.0211161;REFB=-0.0403367;REVB=0.00515366;RO=1;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724762;STB=0.500167;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.000905597;OID=.;OPOS=108026402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:114:114:1:5:109:109:0.95614:65:44:0:1:65:44:2:3 chr6 108026455 . A G 1148.53 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.489;QD=60.4488;RBI=0.0315583;REFB=0;REVB=0.0295466;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45712e-05;OID=.;OPOS=108026455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:73:76:1:38:35:0:0:41:35:0:0 chr6 108233929 . G A 420.33 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00286301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.111;QD=56.044;RBI=0.0519924;REFB=0;REVB=0.0519135;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215659;OID=.;OPOS=108233929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:12:16:0:0:14:16:0:0 chr6 108277287 . C A 2773.69 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142971;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.584;QD=62.6822;RBI=0.018163;REFB=0;REVB=-0.011202;RO=0;SAF=86;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.52359e-06;OID=.;OPOS=108277287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:176:177:1:90:86:0:0:91:86:0:0 chr6 109197379 . T C 300.65 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.000523587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.354;QD=21.4751;RBI=0.00290663;REFB=-0.0292953;REVB=0.00285909;RO=24;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129688;STB=0.580593;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0236451;OID=.;OPOS=109197379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:25:31:31:0.553571:18:13:14:10:18:13:15:10 chr6 109233725 . T C 460.51 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00845294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.344;QD=23.9226;RBI=0.017607;REFB=-0.0132169;REVB=0.0154452;RO=33;SAF=16;SAR=28;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122874;STB=0.567536;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00489227;OID=.;OPOS=109233725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:28:16:17:16:28:16:17:16 chr6 109477028 . T G 295.61 PASS AF=0.428571;AO=32;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0109629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.167;QD=15.3562;RBI=0.0412973;REFB=0.000219146;REVB=0.0398156;RO=44;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126627;STB=0.579664;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=1.9208e-05;OID=.;OPOS=109477028;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:32:33:0.428571:18:14:14:30:18:15:14:30 chr6 109583186 . A G 373.78 PASS AF=0.4;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.0110646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.769;QD=13.5921;RBI=0.0112835;REFB=-0.00389308;REVB=0.00221191;RO=65;SAF=20;SAR=24;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584121;STB=0.536896;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00414615;OID=.;OPOS=109583186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:65:66:44:44:0.4:24:20:26:39:24:20:26:40 chr6 109752451 . T C 493.83 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00242311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.722;QD=22.9687;RBI=0.0175943;REFB=-0.00297407;REVB=-0.0174266;RO=36;SAF=14;SAR=33;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152932;STB=0.606439;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00285596;OID=.;OPOS=109752451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:39:47:47:0.546512:33:14:17:19:33:14:20:19 chr6 109764222 . G A 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0113534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.627;QD=25.4293;RBI=0.0364833;REFB=0.00349178;REVB=0.0346718;RO=14;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050059;STB=0.540504;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00211211;OID=.;OPOS=109764222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:15:22:22:0.594595:11:11:8:6:11:11:9:6 chr6 109886005 . T C 712.37 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152945;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.8098;QD=63.3218;RBI=0.0219551;REFB=0;REVB=-0.0157513;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000676639;OID=.;OPOS=109886005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr6 109894773 . T A 593.24 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.027;QD=60.8451;RBI=0.0569086;REFB=0;REVB=0.0173307;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212903;OID=.;OPOS=109894773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chr6 109954252 . C A,T 1109.12 PASS AF=0.08,0.92;AO=6,69;DP=75;FAO=6,69;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=5,34;FSAR=1,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108855,-0.00327158;FXX=0.0131562;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=227.887,102.741;QD=59.1533;RBI=0.0229586,0.0595775;REFB=0,0;REVB=-0.0229328,-0.0594876;RO=0;SAF=5,34;SAR=1,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00825289,-0.00440733;OID=.,.;OPOS=109954252,109954252;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:75:75:0:0:6,69:6,69:0.08,0.92:1,35:5,34:0:0:1,35:5,34:0:0 chr6 109954518 . T C 482.48 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5362;QD=58.4828;RBI=0.0996137;REFB=0;REVB=0.0738063;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020526;OID=.;OPOS=109954518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr6 110106234 . A G 455.43 PASS AF=0.471698;AO=48;DP=105;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0188678;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.693;QD=17.1859;RBI=0.0204152;REFB=-0.0134088;REVB=0.00779656;RO=56;SAF=28;SAR=20;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098583;STB=0.542764;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0137503;OID=.;OPOS=110106234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:56:56:48:50:0.471698:20:28:27:29:21:29:28:28 chr6 110146303 . G A 154.18 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0839413;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.595;QD=13.7045;RBI=0.0839421;REFB=-0.0333894;REVB=0.000368146;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331853;STB=0.599893;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0466317;OID=.;OPOS=110146303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:23:28:17:17:0.377778:11:6:2:21:11:6:6:22 chr6 110301661 . A G 726.82 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.457;QD=63.202;RBI=0.0401194;REFB=0;REVB=0.032749;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263923;OID=.;OPOS=110301661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr6 110746526 . T C 488.16 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0465152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2252;QD=24.4082;RBI=0.0466128;REFB=-0.0120061;REVB=0.00301476;RO=34;SAF=18;SAR=28;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086514;STB=0.547465;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0076787;OID=.;OPOS=110746526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:28:18:17:17:28:18:17:17 chr6 110746545 . T G 509.92 PASS AF=0.585366;AO=47;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00526469;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2577;QD=24.874;RBI=0.0203041;REFB=-0.0268335;REVB=0.0196096;RO=34;SAF=17;SAR=30;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878072;STB=0.541384;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0217508;OID=.;OPOS=110746545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:34:47:48:0.585366:30:17:16:18:30:18:16:18 chr6 110777818 . C G 201.98 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.024675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8693;QD=12.0584;RBI=0.0261592;REFB=0.00207246;REVB=0.00868621;RO=42;SAF=13;SAR=12;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188486;STB=0.60788;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00393669;OID=.;OPOS=110777818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:12:13:29:13:12:13:29:13 chr6 110797702 . GCCG GCG,GCGC 518.83 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=7,5;DP=42;FAO=2,39;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584784,-0.0727025;FXX=0.0238039;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=15.3145,23.7144;QD=50.6171;RBI=0.274549,0.266581;REFB=-0.0470744,0.0273733;REVB=0.268248,-0.256475;RO=2;SAF=6,5;SAR=1,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.223089,0.749526;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.046549,-0.00503905;OID=.,.;OPOS=110797703,110797704;OREF=C,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=GCG,GCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0487805,0.95122:7,5:42:2,39:41:0:0,21:2,18:0:0:7:2:6,5:1,0:1:1 chr6 110797707 . GGGG CACC,CCAC 571.71 PASS AF=0.775,0.15;AO=26,5;DP=37;FAO=31,6;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14,4;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470658,0.0453048;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=4,4;MLLD=176.947,157.834;QD=57.1711;RBI=0.0506305,0.0508475;REFB=0,0;REVB=0.0186618,0.0230855;RO=0;SAF=9,3;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00682193,-0.027828;OID=.,.;OPOS=110797707,110797707;OREF=GGGG,GGGG;OALT=CACC,CCAC;OMAPALT=CACC,CCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:37:40:0:0:26,5:31,6:0.775,0.15:17,2:9,3:0:0:17,2:14,4:0:0 chr6 110797713 . C T 384.16 PASS AF=0.72093;AO=31;DP=43;FAO=31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00611496;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.178;QD=35.7358;RBI=0.0213819;REFB=-0.0271305;REVB=0.0204888;RO=7;SAF=13;SAR=18;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196362;STB=0.614171;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00548602;OID=.;OPOS=110797713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:7:12:31:31:0.72093:18:13:7:0:18:13:10:2 chr6 110964409 . G A 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0165859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6358;QD=12.7899;RBI=0.0604369;REFB=-0.00793978;REVB=-0.0581164;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229769;STB=0.513494;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0163993;OID=.;OPOS=110964409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:12:11:7:7:12:11 chr6 111280038 . C T 54.38 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.104317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.349;QD=8.36651;RBI=0.106511;REFB=-0.00850059;REVB=0.021509;RO=19;SAF=0;SAR=7;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.679123;STB=0.559837;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0191412;OID=.;OPOS=111280038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:19:18:7:8:0.307692:7:0:4:15:7:1:3:15 chr6 111587266 . T C 1527.79 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00171479;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.797;QD=59.9135;RBI=0.0435361;REFB=0;REVB=0.0435024;RO=0;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32433e-05;OID=.;OPOS=111587266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:102:102:1:44:58:0:0:44:58:0:0 chr6 111589293 . A C 482.35 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0964803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.669;QD=58.4661;RBI=0.101741;REFB=0;REVB=0.0322914;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028812;OID=.;OPOS=111589293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:22:9:0:0:23:10:0:0 chr6 111620758 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.897;QD=59.8379;RBI=0.0264474;REFB=0;REVB=0.0106067;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16678e-05;OID=.;OPOS=111620758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr6 111695073 . C T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.377;QD=50.4105;RBI=0.0294663;REFB=0;REVB=-0.028879;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240113;OID=.;OPOS=111695073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr6 111695268 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.426;QD=59.8556;RBI=0.0359325;REFB=0;REVB=0.0021204;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95069e-05;OID=.;OPOS=111695268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:25:46:0:0:25:46:0:0 chr6 111695887 . G A 272.53 PASS AF=1;AO=15;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5293;QD=51.911;RBI=0.054762;REFB=0;REVB=0.0405318;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16164e-05;OID=.;OPOS=111695887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:15:21:1:2:13:0:0:8:13:0:0 chr6 111696257 . G A 1747.77 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00140336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3803;QD=59.7527;RBI=0.018955;REFB=0.0878584;REVB=-0.0189029;RO=1;SAF=67;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00979034;STB=0.505154;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000110114;OID=.;OPOS=111696257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:115:116:0.991453:48:67:0:1:48:68:0:1 chr6 111696852 . T C 836.48 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0521602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.297;QD=55.7655;RBI=0.0522504;REFB=-0.128681;REVB=0.00306855;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.509801;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00373833;OID=.;OPOS=111696852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:34:25:0:0:34:25:1:0 chr6 111901453 . G T 1264.67 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.62;QD=61.691;RBI=0.0134126;REFB=0;REVB=-0.000977427;RO=0;SAF=29;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22664e-06;OID=.;OPOS=111901453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:53:29:0:0:53:29:0:0 chr6 112382313 . G T 258.59 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00380999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.781;QD=16.4187;RBI=0.0136661;REFB=-0.0205447;REVB=0.0131243;RO=33;SAF=14;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267648;STB=0.522487;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0254983;OID=.;OPOS=112382313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:15:14:15:18:15:14:15:19 chr6 112408610 . T C 291.81 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0287122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.352;QD=12.1586;RBI=0.0296806;REFB=-0.0227408;REVB=-0.00751995;RO=61;SAF=14;SAR=20;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108521;STB=0.567861;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0261431;OID=.;OPOS=112408610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:61:62:34:34:0.354167:20:14:31:30:20:14:32:30 chr6 112435912 . A T 427.7 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0282023;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7106;QD=21.6556;RBI=0.0692172;REFB=-0.0083668;REVB=0.0632112;RO=37;SAF=16;SAR=26;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268147;STB=0.514794;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0083955;OID=.;OPOS=112435912;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:26:16:13:24:26:16:13:24 chr6 112457383 . G C 382.18 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0435885;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.778;QD=16.9858;RBI=0.057771;REFB=-0.0349237;REVB=-0.0379148;RO=48;SAF=14;SAR=26;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28636;STB=0.669872;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0387091;OID=.;OPOS=112457383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:48:50:40:40:0.444444:26:14:31:17:26:14:33:17 chr6 112457390 . C T 1400.76 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00429155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.194;QD=61.5718;RBI=0.00735333;REFB=-0.0790399;REVB=-0.0059711;RO=1;SAF=46;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101926;STB=0.505375;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.000103884;OID=.;OPOS=112457390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:44:46:1:0:44:46:1:0 chr6 112471688 . G C 570.0 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=-0.0157242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8631;QD=22.8001;RBI=0.0414928;REFB=-0.00638459;REVB=-0.038398;RO=47;SAF=39;SAR=14;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135597;STB=0.507467;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0051619;OID=.;OPOS=112471688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:14:39:34:13:14:39:34:13 chr6 112493872 . A G 1840.77 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.748;QD=61.3591;RBI=0.0172499;REFB=0;REVB=-0.00809658;RO=0;SAF=76;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51797e-05;OID=.;OPOS=112493872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:44:76:0:0:44:76:0:0 chr6 112508769 . TG GT 340.66 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105586;FXX=0.257106;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.045;QD=26.2046;RBI=0.138639;REFB=0;REVB=0.0898466;RO=0;SAF=22;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00534594;OID=.;OPOS=112508769;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:52:0:0:69:52:1:47:22:0:0:31:21:0:0 chr6 112671191 . G A 267.21 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00303942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.262;QD=28.127;RBI=0.00525045;REFB=-0.0170784;REVB=0.00428125;RO=14;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953753;STB=0.552588;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00658645;OID=.;OPOS=112671191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:12:12:5:9:12:12:5:9 chr6 112671958 . C T 219.85 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0364144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6915;QD=11.8838;RBI=0.0664387;REFB=-0.010438;REVB=-0.0555707;RO=47;SAF=11;SAR=16;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00359458;STB=0.502073;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0188341;OID=.;OPOS=112671958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:16:11:19:28:16:11:19:28 chr6 114183141 . C T 336.02 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0101582;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.488;QD=14.4525;RBI=0.0408252;REFB=-0.024375;REVB=-0.0395412;RO=55;SAF=30;SAR=7;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200602;STB=0.611679;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0329828;OID=.;OPOS=114183141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:56:37:37:0.397849:7:30:37:18:7:30:38:18 chr6 114265577 . A G 206.91 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=0.0403135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.855;QD=17.2427;RBI=0.0406155;REFB=-0.00337872;REVB=-0.00494424;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430134;STB=0.745572;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.007935;OID=.;OPOS=114265577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:9:12:3:23:9:12:3:24 chr6 114378970 . C T 349.08 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0143179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2162;QD=25.3874;RBI=0.0502764;REFB=-0.0215364;REVB=-0.0481945;RO=20;SAF=21;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233062;STB=0.500566;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123377;OID=.;OPOS=114378970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:21:34:34:0.618182:13:21:13:7:13:21:13:8 chr6 116262976 . G A 649.51 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00479151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4501;QD=59.0463;RBI=0.0195485;REFB=0;REVB=0.0189522;RO=0;SAF=5;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500394;OID=.;OPOS=116262976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:44:0:0:39:44:1:34:5:0:0:37:7:0:0 chr6 116263181 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.184;QD=52.6132;RBI=0.0401971;REFB=0;REVB=0.0354878;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34575e-05;OID=.;OPOS=116263181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr6 116325142 . C T 383.68 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0432608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.02;QD=20.1937;RBI=0.0435976;REFB=-0.0180997;REVB=-0.00540845;RO=37;SAF=16;SAR=23;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918655;STB=0.550966;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0162194;OID=.;OPOS=116325142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:23:16:19:18:23:16:19:18 chr6 116441646 . C G 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.000423167;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.736;QD=16.1649;RBI=0.00325665;REFB=0.000235421;REVB=0.00322904;RO=41;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00381071;STB=0.502145;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.000292375;OID=.;OPOS=116441646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:20:13:16:25:20:13:16:25 chr6 116446576 . A G 780.69 PASS AF=0.512987;AO=78;DP=155;FAO=79;FDP=154;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.00931176;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.185;QD=20.2778;RBI=0.0214896;REFB=-0.0189267;REVB=-0.0193673;RO=74;SAF=26;SAR=52;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044113;STB=0.523978;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0197078;OID=.;OPOS=116446576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:74:75:78:79:0.512987:52:26:28:46:53:26:28:47 chr6 116571255 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0570691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7013;QD=16.6264;RBI=0.0580533;REFB=0.0122739;REVB=-0.0106442;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985294;STB=0.556731;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0255303;OID=.;OPOS=116571255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:6:8:6:7:6:8 chr6 116574455 . G A 118.59 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00793545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6089;QD=13.5534;RBI=0.0140084;REFB=-0.00737459;REVB=0.011544;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146058;STB=0.585244;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0222009;OID=.;OPOS=116574455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:6:8:9:12:6:8:9:12 chr6 116575083 . C A 1068.66 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717393;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.671;QD=60.2061;RBI=0.0754845;REFB=0;REVB=0.0234815;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317105;OID=.;OPOS=116575083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr6 116600453 . C T 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.031981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.139;QD=17.8258;RBI=0.0378287;REFB=-0.0479613;REVB=-0.0202046;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795217;STB=0.545382;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0409379;OID=.;OPOS=116600453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:3:9:9:2:3:9:9:2 chr6 116600465 . T TCAC 197.91 PASS AF=0.857143;AO=17;DP=22;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0291943;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=210.158;QD=37.698;RBI=0.0400884;REFB=-0.150159;REVB=0.0274732;RO=5;SAF=13;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204601;STB=0.548336;STBP=0.424;TYPE=ins;VARB=0.0160863;OID=.;OPOS=116600466;OREF=-;OALT=CAC;OMAPALT=TCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:17:22:18:21:3:14:4:3:0:14:5:13:4:4:1 chr6 116600810 . G A 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0966616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4073;QD=8.2531;RBI=0.12988;REFB=-0.00345441;REVB=0.0867485;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264239;STB=0.666111;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0228886;OID=.;OPOS=116600810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:5:7:2:4:5:7 chr6 116757023 . T C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0189543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.106;QD=19.0582;RBI=0.0213021;REFB=-0.0111192;REVB=-0.00972184;RO=20;SAF=15;SAR=4;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876407;STB=0.549307;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00989479;OID=.;OPOS=116757023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:4:15:17:3:4:15:17:3 chr6 116757557 . T C 109.3 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.7064;QD=39.7454;RBI=0.0493943;REFB=0;REVB=0.0233951;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00498503;OID=.;OPOS=116757557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:8:2:0:0:9:2:0:0 chr6 116783330 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00433929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.94;QD=12.7389;RBI=0.0212509;REFB=-0.023214;REVB=0.0208032;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0269156;OID=.;OPOS=116783330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:5:5:4:4:5:5 chr6 116875427 . G A 1680.25 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433642;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.855;QD=60.5494;RBI=0.0459833;REFB=0;REVB=0.0152974;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42564e-05;OID=.;OPOS=116875427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:54:57:0:0:54:57:0:0 chr6 116875493 . T C 272.76 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0104159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4263;QD=24.2453;RBI=0.0335502;REFB=0.00983314;REVB=0.0318924;RO=20;SAF=17;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269338;STB=0.650151;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00755402;OID=.;OPOS=116875493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:8:17:7:13:8:17:7:13 chr6 116949358 . C T 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.000571829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.835;QD=17.8004;RBI=0.0108733;REFB=-0.000134014;REVB=-0.0108582;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136729;STB=0.577903;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00012768;OID=.;OPOS=116949358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:12:8:13:11:12:8:13:11 chr6 116950734 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0277608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1047;QD=18.2488;RBI=0.0286394;REFB=0.0348501;REVB=-0.0070395;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123714;STB=0.570367;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.0315377;OID=.;OPOS=116950734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:3:9:8:5:3:9 chr6 116950833 . T C 205.39 PASS AF=0.428571;AO=22;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00167315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.638;QD=16.7666;RBI=0.0211838;REFB=-0.0181082;REVB=-0.0211176;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511632;STB=0.549248;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0236093;OID=.;OPOS=116950833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:28:22:21:0.428571:13:9:12:14:13:8:13:15 chr6 116973182 . T C 364.22 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00196541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.367;QD=18.4416;RBI=0.0130936;REFB=0.0113153;REVB=0.0129452;RO=41;SAF=24;SAR=14;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203676;STB=0.613668;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0121636;OID=.;OPOS=116973182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:14:24:17:24:14:24:17:24 chr6 117086378 . C A 390.36 PASS AF=0.416667;AO=44;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0107882;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.842;QD=14.4578;RBI=0.0110705;REFB=-0.0108804;REVB=0.00248399;RO=63;SAF=24;SAR=20;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558187;STB=0.524093;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0143526;OID=.;OPOS=117086378;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:63:44:45:0.416667:20:24:31:32:21:24:31:32 chr6 117113653 . T C 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0120533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.431;QD=21.0075;RBI=0.0146225;REFB=-0.00383473;REVB=0.00827856;RO=17;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385184;STB=0.521716;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00453747;OID=.;OPOS=117113653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:12:7:7:10:12:7:7:10 chr6 117114025 . G A 162.25 PASS AF=0.62963;AO=15;DP=25;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0751422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3373;QD=24.0365;RBI=0.104816;REFB=-0.0489884;REVB=-0.073076;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196568;STB=0.570092;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0345417;OID=.;OPOS=117114025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:25:27:10:10:15:17:0.62963:10:5:6:4:10:7:6:4 chr6 117114223 . T A 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0124975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3414;QD=13.367;RBI=0.0182773;REFB=0.00421398;REVB=-0.0133369;RO=31;SAF=2;SAR=16;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.621713;STB=0.866557;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0108345;OID=.;OPOS=117114223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:16:2:20:11:16:2:20:11 chr6 117114403 . G A 316.69 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00600309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9339;QD=20.4319;RBI=0.00603837;REFB=-0.0270568;REVB=-0.000651783;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390536;STB=0.521639;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0141368;OID=.;OPOS=117114403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:19:14:11:18:19:14:11:18 chr6 117121894 . G A 726.19 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248085;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.074;QD=56.9561;RBI=0.00576031;REFB=0;REVB=0.00519871;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.8318e-05;OID=.;OPOS=117121894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr6 117130704 . G A 256.97 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.107092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5713;QD=16.0607;RBI=0.107125;REFB=-0.0152787;REVB=-0.00266967;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104889;STB=0.558946;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.020206;OID=.;OPOS=117130704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:16:13:12:23:16:13:12:23 chr6 117710661 . T C 1421.05 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240957;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.416;QD=63.1579;RBI=0.0241093;REFB=0;REVB=0.00081196;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467233;OID=.;OPOS=117710661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:89:90:1:40:49:0:0:40:50:0:0 chr6 117725448 . T G 1471.76 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000692264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.6;QD=63.3016;RBI=0.0106318;REFB=0;REVB=0.0106092;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89491e-05;OID=.;OPOS=117725448;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:91:93:1:46:45:0:0:46:47:0:0 chr6 117725578 . T A 1395.91 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.479;QD=62.7374;RBI=0.0182125;REFB=0;REVB=-0.00834727;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10538e-05;OID=.;OPOS=117725578;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr6 117842698 . A G 364.31 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0112264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.162;QD=21.1193;RBI=0.0116621;REFB=-0.00230012;REVB=0.00315791;RO=32;SAF=16;SAR=21;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134986;STB=0.574627;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00190671;OID=.;OPOS=117842698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:21:16:19:13:21:16:19:13 chr6 117858328 . G A 309.58 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0175696;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6898;QD=15.876;RBI=0.0181439;REFB=-0.00162789;REVB=-0.00452865;RO=44;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327031;STB=0.518422;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00264044;OID=.;OPOS=117858328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:44:44:34:34:0.435897:19:15:18:26:19:15:18:26 chr6 117861923 . A G 508.16 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00875588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.605;QD=20.7412;RBI=0.021813;REFB=-0.00399832;REVB=0.0199785;RO=48;SAF=31;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852111;STB=0.553308;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00360371;OID=.;OPOS=117861923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:49:49:49:0.5:18:31:26:22:18:31:26:23 chr6 117869491 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.821;QD=56.1915;RBI=0.0270397;REFB=0;REVB=-0.00193201;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123149;OID=.;OPOS=117869491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr6 117869530 . G A 103.32 PASS AF=0.317073;AO=12;DP=40;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0338756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0725;QD=10.0796;RBI=0.0355564;REFB=-0.0127232;REVB=-0.0108029;RO=28;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161894;STB=0.573663;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0188436;OID=.;OPOS=117869530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:28:28:12:13:0.317073:7:5:8:20:8:5:8:20 chr6 117896728 . A C 259.02 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00439735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.104;QD=17.2682;RBI=0.00920574;REFB=-0.022523;REVB=0.00808758;RO=31;SAF=9;SAR=20;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201538;STB=0.613416;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0151484;OID=.;OPOS=117896728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:20:9:16:15:20:9:16:15 chr6 118786486 . T C 216.07 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0059356;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.752;QD=16.9467;RBI=0.00612236;REFB=-0.00251898;REVB=-0.00150065;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978278;STB=0.551344;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00427411;OID=.;OPOS=118786486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:27:23:24:0.470588:13:10:15:13:13:11:15:12 chr6 118880640 . T G 275.56 PASS AF=0.452055;AO=28;DP=68;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=35;FWDB=0.0235436;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.737;QD=15.0989;RBI=0.0398267;REFB=-0.0186656;REVB=0.0321227;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=5;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381714;STB=0.711132;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.014542;OID=.;OPOS=118880640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:73:38:40:28:33:0.452055:14:14:5:33:16:17:5:35 chr6 118881822 . C T 392.48 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0212864;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.122;QD=14.6723;RBI=0.0222545;REFB=-0.026281;REVB=-0.00649237;RO=62;SAF=19;SAR=26;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808079;STB=0.545511;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0387959;OID=.;OPOS=118881822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:62:62:45:45:0.420561:26:19:31:31:26:19:31:31 chr6 118886961 . G T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00781083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.066;QD=14.6974;RBI=0.0184188;REFB=-0.0147617;REVB=-0.0166807;RO=30;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268057;STB=0.654608;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0174997;OID=.;OPOS=118886961;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:15:6:16:14:15:6:16:14 chr6 118887303 . T C 481.66 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00481741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.496;QD=17.3573;RBI=0.00603237;REFB=-0.0124099;REVB=-0.0036307;RO=58;SAF=24;SAR=28;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365781;STB=0.52499;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0144624;OID=.;OPOS=118887303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:59:52:52:0.468468:28:24:29:29:28:24:30:29 chr6 119149149 . C G 1135.25 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.99;QD=60.5469;RBI=0.0244508;REFB=0;REVB=0.0115725;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93472e-05;OID=.;OPOS=119149149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:73:75:1:37:36:0:0:37:38:0:0 chr6 119245202 . C T 259.39 PASS AF=0.428571;AO=29;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00077576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6185;QD=14.8223;RBI=0.0307558;REFB=-0.0199391;REVB=-0.030746;RO=40;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074918;STB=0.529392;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0215586;OID=.;OPOS=119245202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:40:40:29:30:0.428571:18:11:18:22:18:12:18:22 chr6 119510941 . C A 401.86 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.037115;FXX=0.0347796;HRUN=6;LEN=1;MLLD=105.086;QD=14.4813;RBI=0.0372057;REFB=-0.00324801;REVB=-0.00259577;RO=59;SAF=25;SAR=21;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136351;STB=0.565715;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00580343;OID=.;OPOS=119510941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:111:59:65:46:46:0.414414:21:25:24:35:21:25:28:37 chr6 120583498 . G A 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00821162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.936;QD=6.54487;RBI=0.0129438;REFB=0.00177403;REVB=0.0100056;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048886;STB=0.531172;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00146251;OID=.;OPOS=120583498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:4:4:11:13:4:4:11:13 chr6 120583501 . T G 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0178288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.318;QD=6.78771;RBI=0.0269947;REFB=0.00157306;REVB=0.0202693;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253314;STB=0.516089;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00542952;OID=.;OPOS=120583501;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:11:12:4:4:11:12 chr6 120583509 . A G 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0260695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.455;QD=6.78772;RBI=0.0277612;REFB=-0.0108872;REVB=0.00954309;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253314;STB=0.516089;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0427681;OID=.;OPOS=120583509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:11:12:4:4:11:12 chr6 120583521 . A T 52.84 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0158255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.327;QD=7.04592;RBI=0.0553571;REFB=-0.00266425;REVB=-0.0530467;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526313;STB=0.53325;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0408171;OID=.;OPOS=120583521;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:10:12:4:4:10:12 chr6 120583526 . C G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0148118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.781;QD=6.52647;RBI=0.0235314;REFB=-0.0072886;REVB=-0.0182848;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826548;STB=0.553039;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00575877;OID=.;OPOS=120583526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:3:4:10:10:3:4:10:10 chr6 120583533 . A G 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0333416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.326;QD=5.68926;RBI=0.036064;REFB=-0.00468259;REVB=0.0137459;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637242;STB=0.519934;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00918771;OID=.;OPOS=120583533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:18:19:6:6:0.24:3:3:8:10:3:3:9:10 chr6 121451095 . C T 255.67 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0559194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.4;QD=29.2194;RBI=0.0674679;REFB=-0.00970018;REVB=-0.0377482;RO=12;SAF=5;SAR=18;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323895;STB=0.680061;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0037571;OID=.;OPOS=121451095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:18:5:8:4:18:5:8:4 chr6 121602785 . T A 251.86 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0443653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.181;QD=14.8154;RBI=0.0444785;REFB=-0.00897077;REVB=-0.00317107;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030399;STB=0.517229;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0219599;OID=.;OPOS=121602785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:14:15:19:20:14:15:19:20 chr6 121602795 . C T 258.61 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00848539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.097;QD=16.4198;RBI=0.0424853;REFB=-0.00669296;REVB=-0.0416293;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100894;STB=0.55673;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0057142;OID=.;OPOS=121602795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:14:15:14:20:14:15:14:20 chr6 121620608 . G T 538.9 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045347;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.133;QD=59.8773;RBI=0.0454147;REFB=0;REVB=-0.00247947;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148761;OID=.;OPOS=121620608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:33:36:1:18:15:0:0:21:15:0:0 chr6 121625945 . A G 166.0 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00712827;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=135.575;QD=22.1334;RBI=0.0812861;REFB=0.00493034;REVB=0.080973;RO=13;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392056;STB=0.522062;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00340468;OID=.;OPOS=121625945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:10:7:6:7:10:7:6:7 chr6 121629167 . G A 543.04 PASS AF=0.475;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0413272;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4183;QD=18.1014;RBI=0.0466656;REFB=-0.00855012;REVB=-0.0216735;RO=62;SAF=27;SAR=30;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130327;STB=0.57589;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00882115;OID=.;OPOS=121629167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:62:63:57:57:0.475:30:27:38:24:30:27:39:24 chr6 121632008 . T A 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0332;QD=60.8818;RBI=0.0235246;REFB=0;REVB=0.0232981;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126047;OID=.;OPOS=121632008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr6 121638666 . G A 179.04 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.028311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.132;QD=15.2375;RBI=0.0331778;REFB=-0.0284019;REVB=-0.017299;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152668;STB=0.589192;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0444159;OID=.;OPOS=121638666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:28:18:19:0.404255:8:10:11:16:8:11:12:16 chr6 121638682 . G A 205.34 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00917315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.95;QD=14.6674;RBI=0.0101123;REFB=-0.00922483;REVB=-0.00425587;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313493;STB=0.517842;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0186654;OID=.;OPOS=121638682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:12:12:15:17:12:12:15:17 chr6 121642790 . T C 427.23 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0640608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.521;QD=15.5355;RBI=0.0676633;REFB=0.00367676;REVB=-0.021784;RO=62;SAF=26;SAR=22;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00680948;STB=0.503815;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00457943;OID=.;OPOS=121642790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:62:48:48:0.436364:22:26:34:28:22:26:34:28 chr6 121642916 . C T 483.48 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0382676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.66;QD=20.7947;RBI=0.0383674;REFB=-0.0268943;REVB=-0.00276675;RO=46;SAF=18;SAR=29;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682062;STB=0.537787;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0245365;OID=.;OPOS=121642916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:29:18:21:25:29:18:21:25 chr6 121675600 . T C 109.51 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0151787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.6666;QD=8.11204;RBI=0.0408128;REFB=-0.00424741;REVB=0.0378852;RO=39;SAF=7;SAR=8;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244031;STB=0.514832;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0257725;OID=.;OPOS=121675600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:8:7:19:20:8:7:19:20 chr6 121901599 . A G 429.24 PASS AF=0.567568;AO=36;DP=67;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.128818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.5765;QD=23.202;RBI=0.140097;REFB=-0.0635557;REVB=0.0550736;RO=31;SAF=11;SAR=25;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474637;STB=0.502731;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0543378;OID=.;OPOS=121901599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:74:31:32:36:42:0.567568:25:11:11:20:26:16:12:20 chr6 123066514 . T C 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.526;QD=57.0313;RBI=0.0216742;REFB=-0.00681763;REVB=0.0149796;RO=1;SAF=30;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154862;STB=0.508194;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000124129;OID=.;OPOS=123066514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:35:30:1:0:35:30:1:0 chr6 123066585 . G A 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000619065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0072;QD=58.1368;RBI=0.000849756;REFB=0;REVB=0.000582103;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.42048e-07;OID=.;OPOS=123066585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr6 123101646 . GAG GA,GG 63.13 PASS AF=0,0.225;AO=7,9;DP=42;FAO=0,9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=0,2;FSAR=0,7;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.279131,-0.0337157;FXX=0.0476077;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=13.6308,245.99;QD=6.3131;RBI=0.303413,0.0339677;REFB=-0.0849147,-0.00474425;REVB=-0.118935,0.00412933;RO=25;SAF=2,2;SAR=5,7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.149757,-0.24363;STB=0.5,0.652961;STBP=1,0.297;TYPE=del,del;VARB=0,0.0186032;OID=.,.;OPOS=123101648,123101647;OREF=G,A;OALT=-,-;OMAPALT=GA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.225:7,9:42:0,9:40:31:0,2:0,7:12:19:62:25:2,2:5,7:10:15 chr6 123122552 . G A 119.78 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0523776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.433;QD=7.985;RBI=0.0525552;REFB=-0.0127664;REVB=-0.00431602;RO=42;SAF=10;SAR=7;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105088;STB=0.571907;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0300034;OID=.;OPOS=123122552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:43:17:17:0.283333:7:10:21:21:7:10:21:22 chr6 123594510 . T TA 504.45 PASS AF=0.442379;AO=107;DP=292;FAO=119;FDP=269;FR=.;FRO=150;FSAF=49;FSAR=70;FSRF=55;FSRR=95;FWDB=0.0262035;FXX=0.0182475;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.3482;QD=7.50118;RBI=0.0264576;REFB=-0.0510655;REVB=0.00365858;RO=176;SAF=43;SAR=64;SRF=73;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147465;STB=0.526192;STBP=0.449;TYPE=ins;VARB=0.0421438;OID=.;OPOS=123594511;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442379:107:292:119:269:150:49:70:55:95:99:176:43:64:73:103 chr6 123658825 . G T 1250.11 PASS AF=0.442623;AO=135;DP=305;FAO=135;FDP=305;FR=.;FRO=170;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=107;FSRR=63;FWDB=-0.025757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6766;QD=16.3949;RBI=0.03865;REFB=-0.0360059;REVB=-0.0288167;RO=169;SAF=67;SAR=68;SRF=107;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137408;STB=0.574107;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0398879;OID=.;OPOS=123658825;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:169:170:135:135:0.442623:68:67:107:62:68:67:107:63 chr6 123687288 . A C,T 1727.97 PASS AF=0.918699,0.0487805;AO=111,6;DP=121;FAO=113,6;FDP=123;FR=.;FRO=4;FSAF=62,0;FSAR=51,6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0482984,0.0620464;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=131.397,14.7519;QD=56.1942;RBI=0.0484433,0.0703363;REFB=-0.00159793,0.0234167;REVB=-0.00374397,-0.0331277;RO=1;SAF=61,0;SAR=50,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00771984,-0.782178;STB=0.510286,0.996948;STBP=0.261,0.189;TYPE=snp,snp;VARB=0.000747417,0.13079;OID=.,.;OPOS=123687288,123687288;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:121:123:1:4:111,6:113,6:0.918699,0.0487805:50,6:61,0:1:0:51,6:62,0:1:3 chr6 123696766 . G T 533.21 PASS AF=0.590361;AO=48;DP=83;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00361779;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.984;QD=25.6969;RBI=0.00558139;REFB=-0.0183082;REVB=0.00425012;RO=35;SAF=22;SAR=26;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651345;STB=0.533057;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0117532;OID=.;OPOS=123696766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:34:48:49:0.590361:26:22:19:16:27:22:18:16 chr6 123702499 . G A 479.6 PASS AF=0.477064;AO=50;DP=107;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0095677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.319;QD=17.5999;RBI=0.00999009;REFB=-0.0250073;REVB=0.00287421;RO=57;SAF=18;SAR=32;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267115;STB=0.511527;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.022659;OID=.;OPOS=123702499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:57:57:50:52:0.477064:32:18:22:35:33:19:22:35 chr6 123758492 . C T 508.37 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.714;QD=56.486;RBI=0.0419387;REFB=-0.0310731;REVB=0.0385342;RO=1;SAF=25;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183486;STB=0.509798;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0003614;OID=.;OPOS=123758492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:10:25:1:0:10:25:1:0 chr6 123833457 . G C 1971.94 PASS AF=1;AO=126;DP=130;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873181;FXX=0.038165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.792;QD=62.6012;RBI=0.00971539;REFB=0;REVB=0.00425961;RO=0;SAF=82;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119225;OID=.;OPOS=123833457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:126:0:0:126:126:1:44:82:0:0:44:82:0:0 chr6 125144352 . T G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.839;QD=64.1539;RBI=0.0477648;REFB=0;REVB=0.032732;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104104;OID=.;OPOS=125144352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr6 125284457 . T C 1290.47 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161339;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.761;QD=62.1914;RBI=0.0402217;REFB=0;REVB=0.0368441;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0662e-06;OID=.;OPOS=125284457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:83:0:0:83:83:1:37:46:0:0:37:46:0:0 chr6 125573194 . A G 738.34 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.861;QD=54.6921;RBI=0.0285136;REFB=0.0320861;REVB=0.0245326;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.511624;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-6.42091e-05;OID=.;OPOS=125573194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:0:1:52:53:0.981481:21:31:0:0:21:32:0:1 chr6 126080273 . C T 338.55 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0326492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5647;QD=18.0561;RBI=0.0326742;REFB=-0.0379222;REVB=-0.00127926;RO=37;SAF=16;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138011;STB=0.522376;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0395582;OID=.;OPOS=126080273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:39:36:36:0.48:20:16:17:20:20:16:19:20 chr6 126080840 . CA AC,CAC 103.54 PASS AF=0.0416667,0.541667;AO=2,11;DP=25;FAO=1,13;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=0,1;FSAR=1,12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0319133,-0.0368635;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=2,1;MLLD=19.3111,16.7424;QD=17.2559;RBI=0.0419847,0.058799;REFB=-0.0200361,-0.0976381;REVB=-0.027281,0.0458083;RO=9;SAF=0,0;SAR=2,11;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.476258,-0.776424;STB=0.985759,0.715989;STBP=0.542,0.123;TYPE=mnp,ins;VARB=0.131998,0.0663239;OID=.,.;OPOS=126080840,126080842;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:60:25:24:9:10:2,11:1,13:0.0416667,0.541667:2,11:0,0:1:8:1,12:0,1:3:7 chr6 126278230 . G C 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5698;QD=60.0299;RBI=0.04188;REFB=0;REVB=0.00439868;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030205;OID=.;OPOS=126278230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr6 126334241 . C T 567.93 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00210775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.121;QD=20.2834;RBI=0.00958086;REFB=-0.0249843;REVB=-0.00934613;RO=54;SAF=24;SAR=34;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274923;STB=0.515146;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0203703;OID=.;OPOS=126334241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:54:58:58:0.517857:34:24:24:30:34:24:24:30 chr6 127476516 . G A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0293532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4203;QD=13.0911;RBI=0.0461811;REFB=-0.0168959;REVB=-0.0356523;RO=20;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154361;STB=0.591565;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0226704;OID=.;OPOS=127476516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:10:3:7:13:10:3:7:13 chr6 127768472 . G A 236.19 PASS AF=0.45;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0153291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7391;QD=15.7463;RBI=0.0285999;REFB=-0.00259592;REVB=-0.0241448;RO=33;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826887;STB=0.555514;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00421371;OID=.;OPOS=127768472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:33:26:27:0.45:14:12:18:15:15:12:18:15 chr6 127797179 . G A 318.87 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00499405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.236;QD=26.5728;RBI=0.00637599;REFB=-0.0117063;REVB=0.00396392;RO=19;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192606;STB=0.520818;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00805246;OID=.;OPOS=127797179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:19:20:28:28:0.583333:14:14:10:9:14:14:11:9 chr6 127797374 . G A 362.12 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00920705;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.315;QD=14.9329;RBI=0.00920706;REFB=-0.00431075;REVB=-1.78085e-05;RO=57;SAF=19;SAR=20;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051072;STB=0.533634;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00595838;OID=.;OPOS=127797374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:57:58:39:39:0.402062:20:19:25:32:20:19:25:33 chr6 128312033 . A G 304.95 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0181309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.165;QD=12.706;RBI=0.0184871;REFB=-0.000111242;REVB=0.00361135;RO=61;SAF=19;SAR=16;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162244;STB=0.509304;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.000827418;OID=.;OPOS=128312033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:61:61:35:35:0.364583:16:19:34:27:16:19:34:27 chr6 128505806 . T C 530.27 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00445157;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.853;QD=22.0946;RBI=0.0144611;REFB=-0.0186946;REVB=0.0137589;RO=46;SAF=27;SAR=23;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109942;STB=0.560607;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0145448;OID=.;OPOS=128505806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:46:50:50:0.520833:23:27:19:27:23:27:19:27 chr6 129381026 . C A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.437;QD=57.5453;RBI=0.00960761;REFB=0;REVB=0.00236874;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36005e-05;OID=.;OPOS=129381026;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr6 129511373 . T C 809.53 PASS AF=0.61157;AO=73;DP=119;FAO=74;FDP=121;FR=.;FRO=47;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00587336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.764;QD=26.7615;RBI=0.0147052;REFB=-0.0176505;REVB=-0.0134813;RO=46;SAF=41;SAR=32;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443145;STB=0.52528;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0109381;OID=.;OPOS=129511373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:46:47:73:74:0.61157:32:41:23:23:33:41:23:24 chr6 129571330 . G A 261.8 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=60;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00934403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.027;QD=17.1669;RBI=0.031828;REFB=-0.00367572;REVB=0.0304255;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052286;STB=0.527254;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00514163;OID=.;OPOS=129571330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:32:28:29:0.47541:16:12:15:16:16:13:16:16 chr6 129612808 . A G 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00509867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.501;QD=12.8368;RBI=0.0054782;REFB=-0.0077108;REVB=-0.00200356;RO=39;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166153;STB=0.595558;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0119049;OID=.;OPOS=129612808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:16:9:20:19:16:9:20:19 chr6 129691132 . C G 210.28 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0396466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.594;QD=15.5759;RBI=0.0413525;REFB=-0.00297225;REVB=-0.0117547;RO=29;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200799;STB=0.625309;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00412927;OID=.;OPOS=129691132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:30:24:24:0.444444:17:7:14:15:17:7:15:15 chr6 129722389 . A G 137.9 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=0.0244024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.514;QD=11.4912;RBI=0.0259324;REFB=-0.00885317;REVB=0.00877547;RO=32;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44918;STB=0.757173;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0134477;OID=.;OPOS=129722389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:7:9:5:27:7:9:5:27 chr6 129722425 . G A 113.75 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=-0.0893757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1552;QD=9.89089;RBI=0.0921299;REFB=-0.0052008;REVB=-0.0223581;RO=32;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526298;STB=0.804138;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0221965;OID=.;OPOS=129722425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:5:9:5:27:5:9:5:27 chr6 129807629 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.312;QD=57.106;RBI=0.0256607;REFB=0;REVB=0.00980482;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93532e-05;OID=.;OPOS=129807629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr6 129807699 . G C 905.56 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110741;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.37;QD=58.4233;RBI=0.0113355;REFB=0;REVB=-0.00242036;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23325e-05;OID=.;OPOS=129807699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr6 129927014 . A G 461.23 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0247291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.137;QD=18.8256;RBI=0.033984;REFB=0.00123747;REVB=0.0233105;RO=52;SAF=27;SAR=19;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083928;STB=0.546784;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00101093;OID=.;OPOS=129927014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:19:27:26:26:19:27:26:26 chr6 130031215 . T C 1730.29 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1637;QD=60.7121;RBI=0.0547371;REFB=0;REVB=0.0517607;RO=0;SAF=64;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144218;OID=.;OPOS=130031215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:49:64:0:0:50:64:0:0 chr6 130152452 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.051;QD=53.9111;RBI=0.049395;REFB=0;REVB=0.0454164;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389464;OID=.;OPOS=130152452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr6 130154667 . T C 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.436;QD=54.5137;RBI=0.111188;REFB=0;REVB=-0.0333176;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00350208;OID=.;OPOS=130154667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr6 130154686 . A G 291.99 PASS AF=0.92;AO=20;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.1227;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=230.14;QD=46.7181;RBI=0.123267;REFB=-0.169851;REVB=0.0118079;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562444;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00109398;OID=.;OPOS=130154686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:25:25:0:2:20:23:0.92:13:7:0:0:16:7:2:0 chr6 130166908 . T G 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0266334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.207;QD=20.8715;RBI=0.0353947;REFB=-0.0123667;REVB=0.023312;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148028;STB=0.583254;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0129528;OID=.;OPOS=130166908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:9:12:8:12:9:12:8:12 chr6 130381246 . T C 408.7 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0194454;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.289;QD=17.0291;RBI=0.0196156;REFB=-0.0121592;REVB=-0.00257811;RO=51;SAF=23;SAR=19;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599674;STB=0.546948;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0159025;OID=.;OPOS=130381246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:54:42:42:0.4375:19:23:31:20:19:23:34:20 chr6 130537005 . G A 297.7 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0121781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.127;QD=21.2642;RBI=0.0124132;REFB=-0.0271995;REVB=0.00240451;RO=25;SAF=9;SAR=21;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128205;STB=0.575865;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0148;OID=.;OPOS=130537005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:30:31:0.553571:21:9:11:14:22:9:11:14 chr6 131148737 . G A 1829.17 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169567;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.09;QD=61.4848;RBI=0.019885;REFB=0;REVB=0.0103866;RO=0;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53172e-05;OID=.;OPOS=131148737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:119:0:0:115:119:1:53:62:0:0:56:63:0:0 chr6 131156102 . G T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=358.168;QD=58.7817;RBI=0.00333831;REFB=0;REVB=-0.00101217;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61387e-06;OID=.;OPOS=131156102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr6 131160876 . G T 1224.46 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.336;QD=61.2229;RBI=0.0651642;REFB=0;REVB=0.0636637;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17516e-05;OID=.;OPOS=131160876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:80:0:0:75:80:1:27:48:0:0:32:48:0:0 chr6 131161504 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0133618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.622;QD=16.4266;RBI=0.0139821;REFB=-0.0199917;REVB=-0.00411842;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155766;STB=0.590003;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0203305;OID=.;OPOS=131161504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:4:7:5:6:4:7 chr6 131184770 . T G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0368695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.91;QD=13.5767;RBI=0.0597591;REFB=-0.0183235;REVB=0.0470296;RO=19;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32953;STB=0.694865;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0172845;OID=.;OPOS=131184770;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:3:10:9:10:3:10:9:10 chr6 131190838 . G A 552.46 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=105;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.000319576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.431;QD=20.8475;RBI=0.00819001;REFB=-0.0130716;REVB=-0.00818378;RO=49;SAF=29;SAR=27;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980626;STB=0.557907;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0110707;OID=.;OPOS=131190838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:49:50:56:56:0.528302:27:29:31:18:27:29:32:18 chr6 131908942 . A AT 30.79 PASS AF=0.111111;AO=16;DP=110;FAO=12;FDP=108;FR=.;FRO=96;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=36;FWDB=-0.0190856;FXX=0.00917347;HRUN=0;LEN=1;MLLD=128.313;QD=1.14036;RBI=0.040511;REFB=-0.00195832;REVB=-0.0357335;RO=91;SAF=5;SAR=11;SRF=57;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379879;STB=0.933898;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.156232;OID=.;OPOS=131908943;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.111111:16:110:12:108:96:1:11:60:36:30:91:5:11:57:34 chr6 132212742 . A C 187.91 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00380649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.565;QD=10.8933;RBI=0.00411809;REFB=-0.00556231;REVB=0.00157139;RO=44;SAF=11;SAR=13;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171795;STB=0.591542;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0109789;OID=.;OPOS=132212742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:45:24:24:0.347826:13:11:27:17:13:11:27:18 chr6 132212808 . C T 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00112209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6342;QD=7.52751;RBI=0.00356676;REFB=-0.00354683;REVB=-0.00338566;RO=43;SAF=4;SAR=12;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421608;STB=0.755985;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00573521;OID=.;OPOS=132212808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:12:4:26:17:12:4:26:17 chr6 132271952 . G C 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.764;QD=56.1824;RBI=0.0836223;REFB=0;REVB=0.0778032;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000779622;OID=.;OPOS=132271952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr6 132271959 . T G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1954;QD=55.6548;RBI=0.0452767;REFB=0;REVB=-0.0156925;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118841;OID=.;OPOS=132271959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr6 132271979 . AT A,AG 403.24 PASS AF=0.344828,0.655172;AO=7,22;DP=29;FAO=10,19;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=4,12;FSAR=6,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405765,-0.0391057;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.5716,101.038;QD=55.6195;RBI=0.0591274,0.0396863;REFB=0,0;REVB=0.0430069,0.00676334;RO=0;SAF=3,13;SAR=4,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.2029e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00838128,0.0618713;OID=.,.;OPOS=132271980,132271980;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.344828,0.655172:7,22:29:10,19:29:0:4,12:6,7:0:0:35:0:3,13:4,9:0:0 chr6 132859609 . T A 705.94 PASS AF=0.503597;AO=68;DP=136;FAO=70;FDP=139;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.0132284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.87;QD=20.3149;RBI=0.01454;REFB=-0.0216035;REVB=0.00603497;RO=67;SAF=29;SAR=39;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140002;STB=0.567748;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0217312;OID=.;OPOS=132859609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:67:69:68:70:0.503597:39:29:39:28:39:31:40:29 chr6 132891622 . G A 634.86 PASS AF=0.45098;AO=69;DP=153;FAO=69;FDP=153;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=0.0133696;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8067;QD=16.5977;RBI=0.0600001;REFB=-0.0167522;REVB=0.0584916;RO=83;SAF=33;SAR=36;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917755;STB=0.55376;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0120678;OID=.;OPOS=132891622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:83:84:69:69:0.45098:36:33:32:51:36:33:32:52 chr6 132910338 . G GC 35.24 PASS AF=0.342105;AO=8;DP=39;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00577314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.5403;QD=3.70931;RBI=0.055488;REFB=-0.0491509;REVB=-0.0551869;RO=31;SAF=1;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485391;STB=0.886008;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0177943;OID=.;OPOS=132910339;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105:8:39:13:38:25:1:12:14:11:35:31:1:7:15:16 chr6 132910612 . G A 885.28 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.842;QD=58.0508;RBI=0.0752634;REFB=0;REVB=0.0751888;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000780474;OID=.;OPOS=132910612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr6 132910634 . C T 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.9;QD=56.9963;RBI=0.031487;REFB=0;REVB=0.0133013;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188361;OID=.;OPOS=132910634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr6 132966279 . T C 976.1 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00589746;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.376;QD=59.1575;RBI=0.0210266;REFB=0;REVB=0.0201826;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86572e-05;OID=.;OPOS=132966279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr6 133015271 . T C 1507.42 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00383547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.289;QD=58.5405;RBI=0.0139907;REFB=0.061652;REVB=0.0134547;RO=1;SAF=53;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886831;STB=0.504672;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000162123;OID=.;OPOS=133015271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:49:53:1:0:49:53:1:0 chr6 133045812 . G A 532.72 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=140;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.0273882;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.462;QD=15.2204;RBI=0.0288018;REFB=-0.0128606;REVB=-0.00891246;RO=82;SAF=27;SAR=31;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992645;STB=0.555727;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0199295;OID=.;OPOS=133045812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:82:82:58:58:0.414286:31:27:46:36:31:27:46:36 chr6 133045902 . A G 350.16 PASS AF=0.405941;AO=38;DP=96;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0382511;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7685;QD=13.8675;RBI=0.0383144;REFB=-0.0118671;REVB=0.00220272;RO=58;SAF=16;SAR=22;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102915;STB=0.551294;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0165547;OID=.;OPOS=133045902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:101:58:60:38:41:0.405941:22:16:30:28:24:17:30:30 chr6 133052616 . C T 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0149841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.799;QD=19.9752;RBI=0.0197919;REFB=-0.0159881;REVB=-0.0129304;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133915;STB=0.575681;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0123302;OID=.;OPOS=133052616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:8:12:9:11:8:12:9:11 chr6 133070995 . G T 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.636;QD=61.535;RBI=0.0413664;REFB=0;REVB=0.0195685;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51581e-05;OID=.;OPOS=133070995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr6 133072650 . A G 311.57 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0036908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.311;QD=19.1733;RBI=0.00661667;REFB=-0.00203712;REVB=-0.00549166;RO=32;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122471;STB=0.568183;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00144577;OID=.;OPOS=133072650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:19:14:18:14:19:14:18:14 chr6 133074645 . A G 183.85 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=0.0591183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.88;QD=11.8613;RBI=0.0597657;REFB=-0.000252433;REVB=0.00877294;RO=39;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203471;STB=0.62976;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000739926;OID=.;OPOS=133074645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:39:22:23:0.370968:14:8:8:31:14:9:8:31 chr6 133074663 . T C 134.04 PASS AF=0.315789;AO=16;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.0422456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7934;QD=9.406;RBI=0.0688607;REFB=-0.00673577;REVB=-0.0543792;RO=39;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308071;STB=0.583248;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0151957;OID=.;OPOS=133074663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:16:18:0.315789:12:4:9:30:12:6:9:30 chr6 133077063 . T C 524.22 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.0322787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.451;QD=17.3297;RBI=0.0330492;REFB=-0.0024197;REVB=-0.0070949;RO=64;SAF=32;SAR=24;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186913;STB=0.607439;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00479526;OID=.;OPOS=133077063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:64:65:56:56:0.46281:24:32:24:40:24:32:24:41 chr6 133849966 . C T 962.26 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00509245;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.61;QD=57.4486;RBI=0.00509282;REFB=0.0521633;REVB=-6.20488e-05;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.50769;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-4.58069e-05;OID=.;OPOS=133849966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:0:1:66:66:0.985075:34:32:0:0:34:32:1:0 chr6 133850246 . AC A 787.18 PASS AF=1;AO=63;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111567;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.4631;QD=47.7081;RBI=0.0462661;REFB=0;REVB=-0.0449008;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.414462;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00104177;OID=.;OPOS=133850247;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:66:66:66:0:37:29:0:0:14:0:37:26:0:0 chr6 135523774 . A G 218.22 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00984118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.979;QD=22.9701;RBI=0.0102206;REFB=-0.00391551;REVB=-0.0027591;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240585;STB=0.523787;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0032903;OID=.;OPOS=135523774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:20:21:0.552632:10:10:9:8:11:10:9:8 chr6 136359280 . C CG 132.55 PASS AF=0.478723;AO=35;DP=96;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.14393;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.16126;QD=5.64035;RBI=0.165479;REFB=-0.0139263;REVB=-0.0816555;RO=52;SAF=15;SAR=20;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958193;STB=0.534426;STBP=0.502;TYPE=ins;VARB=-0.0343408;OID=.;OPOS=136359281;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478723:35:96:45:94:49:20:25:25:24:99:52:15:20:27:25 chr6 136359446 . A C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.0189062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.975;QD=11.8306;RBI=0.0216005;REFB=-0.0141367;REVB=0.010447;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324785;STB=0.686301;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0281836;OID=.;OPOS=136359446;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:16:2:4:7:16:2 chr6 136582194 . TA T 31.67 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0966965;FXX=0.136302;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.31274;QD=6.6671;RBI=0.204011;REFB=-0.0576842;REVB=0.179639;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450094;STB=0.526263;STBP=0.854;TYPE=del;VARB=0.124746;OID=.;OPOS=136582195;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:9:22:10:19:9:5:5:4:5:28:8:5:4:4:4 chr6 136582417 . G A 41.33 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.038522;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.848;QD=2.66635;RBI=0.0474841;REFB=-0.0103469;REVB=-0.0277633;RO=52;SAF=3;SAR=5;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173469;STB=0.60948;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0556472;OID=.;OPOS=136582417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:52:54:8:8:0.129032:5:3:27:25:5:3:27:27 chr6 136582497 . G T 235.84 PASS AF=0.241379;AO=33;DP=142;FAO=35;FDP=145;FR=.;FRO=110;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=0.00360002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.718;QD=6.50596;RBI=0.0161014;REFB=-0.00870248;REVB=-0.0156937;RO=107;SAF=19;SAR=14;SRF=47;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170262;STB=0.609828;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0392502;OID=.;OPOS=136582497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:107:110:33:35:0.241379:14:19:47:60:14:21:50:60 chr6 136597004 . A G 52.47 PASS AF=0.122642;AO=10;DP=102;FAO=13;FDP=106;FR=.;FRO=93;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.00142087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.818;QD=1.98012;RBI=0.0289649;REFB=-0.00129739;REVB=0.02893;RO=90;SAF=4;SAR=6;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10479;STB=0.658942;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00882188;OID=.;OPOS=136597004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:102:106:90:93:10:13:0.122642:6:4:44:46:9:4:45:48 chr6 136597262 . T C 103.52 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0187143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.961;QD=6.18003;RBI=0.0190791;REFB=-0.00411808;REVB=-0.00371309;RO=51;SAF=5;SAR=11;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156169;STB=0.597459;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00985219;OID=.;OPOS=136597262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:51:51:16:16:0.238806:11:5:22:29:11:5:22:29 chr6 136597281 . A T 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0056941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.987;QD=6.22509;RBI=0.0381498;REFB=-0.00314082;REVB=-0.0377225;RO=42;SAF=4;SAR=9;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129054;STB=0.592666;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0113092;OID=.;OPOS=136597281;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:42:43:13:13:0.232143:9:4:17:25:9:4:18:25 chr6 136597288 . A C 91.66 PASS AF=0.25;AO=11;DP=49;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00892816;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.801;QD=7.63811;RBI=0.0121842;REFB=-0.00292789;REVB=-0.00829118;RO=36;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158822;STB=0.621734;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0290156;OID=.;OPOS=136597288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:49:48:36:36:11:12:0.25:8:3:14:22:9:3:14:22 chr6 136599393 . G C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0230882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.825;QD=17.8004;RBI=0.0290641;REFB=-0.0196449;REVB=0.0176539;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243016;STB=0.636669;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0161101;OID=.;OPOS=136599393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:19:5:9:11:19:5 chr6 136599404 . T C 191.41 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00548739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.842;QD=15.6255;RBI=0.00838444;REFB=-0.0215575;REVB=0.00633935;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322884;STB=0.52617;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0290798;OID=.;OPOS=136599404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:7:13:19:9:7:13:20:9 chr6 136599822 . C G 106.23 PASS AF=0.217949;AO=17;DP=78;FAO=17;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00197431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.387;QD=5.44748;RBI=0.00336535;REFB=-0.00840404;REVB=-0.00272537;RO=61;SAF=10;SAR=7;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598301;STB=0.53759;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0378627;OID=.;OPOS=136599822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:61:61:17:17:0.217949:7:10:33:28:7:10:33:28 chr6 136599836 . G A 106.75 PASS AF=0.220779;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0955908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5748;QD=5.54526;RBI=0.0977141;REFB=0.000471987;REVB=-0.0202594;RO=60;SAF=10;SAR=7;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898864;STB=0.556347;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00620705;OID=.;OPOS=136599836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:60:60:17:17:0.220779:7:10:31:29:7:10:31:29 chr6 136599842 . G A 89.18 PASS AF=0.2;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.033726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4374;QD=4.7564;RBI=0.0425224;REFB=-0.00539052;REVB=-0.0258981;RO=60;SAF=9;SAR=6;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146022;STB=0.593458;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0268885;OID=.;OPOS=136599842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:75:75:60:60:15:15:0.2:6:9:29:31:6:9:29:31 chr6 136664997 . T A 81.68 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0229151;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=220.612;QD=8.37756;RBI=0.0232297;REFB=-0.00823114;REVB=-0.00380996;RO=28;SAF=3;SAR=8;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485095;STB=0.792627;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0124076;OID=.;OPOS=136664997;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:8:3:20:8:8:3:20:8 chr6 136682172 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.369;QD=47.8222;RBI=0.0480362;REFB=0;REVB=-0.00509822;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691796;OID=.;OPOS=136682172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr6 137026266 . T G 2841.94 PASS AF=0.969543;AO=191;DP=204;FAO=191;FDP=197;FR=.;FRO=6;FSAF=96;FSAR=95;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0404559;FXX=0.034312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.041;QD=57.7043;RBI=0.0404696;REFB=-0.0576087;REVB=0.0010549;RO=2;SAF=96;SAR=95;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981645;STB=0.504996;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00514106;OID=.;OPOS=137026266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:204:197:2:6:191:191:0.969543:95:96:2:0:95:96:4:2 chr6 137113137 . G A 41.06 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0198469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.761;QD=16.4257;RBI=0.0218865;REFB=-0.00888263;REVB=0.00922602;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921951;STB=0.555356;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0102699;OID=.;OPOS=137113137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:1:3:5:1:1:3 chr6 137151179 . G T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.000984236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.364;QD=17.3212;RBI=0.00154137;REFB=-0.00963061;REVB=0.00118622;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790844;STB=0.545396;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0115049;OID=.;OPOS=137151179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:11:5:7:11:11:5:7:11 chr6 137176884 . C T 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00506799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.683;QD=13.5517;RBI=0.00529919;REFB=-0.0109739;REVB=-0.00154818;RO=35;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204275;STB=0.616923;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0206592;OID=.;OPOS=137176884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:9:15:15:20:9:15:15:20 chr6 137325847 . C T 441.16 PASS AF=1;AO=27;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9413;QD=56.9238;RBI=0.0776131;REFB=0;REVB=0.018127;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021724;OID=.;OPOS=137325847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:27:31:1:14:13:0:0:14:17:0:0 chr6 137519238 . A G 514.73 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00339037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2009;QD=22.1388;RBI=0.0325304;REFB=-0.0207614;REVB=0.0323532;RO=44;SAF=33;SAR=16;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177793;STB=0.598285;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.024769;OID=.;OPOS=137519238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:44:49:49:0.526882:16:33:21:23:16:33:21:23 chr6 138413269 . A G 378.91 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00380673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3026;QD=33.6805;RBI=0.0161085;REFB=0.00535148;REVB=-0.0156523;RO=14;SAF=14;SAR=17;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277553;STB=0.515142;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00260466;OID=.;OPOS=138413269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:17:14:7:7:17:14:7:7 chr6 138413333 . G C 319.1 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00963559;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.318;QD=26.0486;RBI=0.0144624;REFB=-0.000650746;REVB=0.010785;RO=21;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742888;STB=0.541147;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000502233;OID=.;OPOS=138413333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:12:16:10:11:12:16:10:11 chr6 138539183 . A AG 366.28 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.4789;QD=40.6982;RBI=0.0677014;REFB=0;REVB=0.0121437;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301077;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00423608;OID=.;OPOS=138539184;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:35:36:36:0:18:18:0:0:7:1:15:17:1:0 chr6 138539315 . A G 1472.41 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.849;QD=63.3295;RBI=0.0485378;REFB=0;REVB=0.0453785;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144798;OID=.;OPOS=138539315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chr6 138539556 . T C 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.172;QD=56.9983;RBI=0.0526115;REFB=0;REVB=0.0346243;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017256;OID=.;OPOS=138539556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:37:17:0:0:37:17:0:0 chr6 138584685 . T G 1528.15 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.394;QD=63.6729;RBI=0.0373668;REFB=0;REVB=0.0181274;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63314e-05;OID=.;OPOS=138584685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:45:51:0:0:45:51:0:0 chr6 138655767 . GC G 37.39 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0693112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.1882;QD=9.34802;RBI=0.101571;REFB=-0.0683158;REVB=-0.0742465;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=1;SSEN=0.368336;SSEP=0;SSSB=-0.64763;STB=0.88425;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=0.0952526;OID=.;OPOS=138655768;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:7:16:7:16:9:1:6:8:1:37:9:1:6:8:1 chr6 138753337 . C T 721.92 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.89;QD=62.7757;RBI=0.0477489;REFB=0;REVB=0.039955;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77052e-05;OID=.;OPOS=138753337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:17:26:0:0:20:26:0:0 chr6 138754323 . A G 1084.3 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00989473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.015;QD=58.6107;RBI=0.00996556;REFB=0.0134281;REVB=0.00118605;RO=1;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145499;STB=0.507461;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=1.97158e-05;OID=.;OPOS=138754323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:1:1:72:73:0.986486:32:40:0:1:33:40:0:1 chr6 139017815 . A G 1788.31 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0373254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.638;QD=60.1112;RBI=0.0731294;REFB=-0.116111;REVB=-0.0628866;RO=1;SAF=60;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785058;STB=0.504132;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000235007;OID=.;OPOS=139017815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:58:60:1:0:58:60:1:0 chr6 139197609 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0448729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7631;QD=10.0752;RBI=0.0450693;REFB=0.00992459;REVB=0.00420247;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34871;STB=0.713729;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.009809;OID=.;OPOS=139197609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:6:2:8:6:6:2:8:6 chr6 139562864 . T C 291.5 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00712904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.696;QD=33.3148;RBI=0.0296422;REFB=0.00289106;REVB=0.0287722;RO=10;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749582;STB=0.540951;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00136768;OID=.;OPOS=139562864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:11:14:7:3:11:14:7:3 chr6 139563914 . C G 380.02 PASS AF=0.346154;AO=47;DP=144;FAO=54;FDP=156;FR=.;FRO=102;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=-0.0363453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7511;QD=9.74418;RBI=0.0546185;REFB=-0.0363411;REVB=0.0407701;RO=97;SAF=9;SAR=38;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447727;STB=0.681794;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0664513;OID=.;OPOS=139563914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:156:97:102:47:54:0.346154:38:9:53:44:38:16:58:44 chr6 139563968 . A G 363.09 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00684581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.362;QD=15.6167;RBI=0.00763579;REFB=-0.00638822;REVB=-0.00338233;RO=53;SAF=10;SAR=29;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283645;STB=0.656987;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00778917;OID=.;OPOS=139563968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:54:39:39:0.419355:29:10:27:26:29:10:27:27 chr6 139563972 . G C 325.96 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0389691;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6369;QD=14.6498;RBI=0.0400044;REFB=0.0143735;REVB=0.00904247;RO=54;SAF=11;SAR=25;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21759;STB=0.617834;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0199724;OID=.;OPOS=139563972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:54:53:36:36:0.404494:25:11:27:27:25:11:26:27 chr6 139564117 . G C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=0;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=-0.00790308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8393;QD=21.2676;RBI=0.00790308;REFB=0.00786148;REVB=0;RO=14;SAF=17;SAR=0;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00664048;OID=.;OPOS=139564117;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:0:17:14:0:0:17:14:0 chr6 139576544 . G A 204.99 PASS AF=0.38806;AO=23;DP=64;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00721994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.233;QD=12.2379;RBI=0.0202094;REFB=0.000860664;REVB=0.0188758;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988855;STB=0.540039;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00126861;OID=.;OPOS=139576544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:38:41:23:26:0.38806:10:13:18:20:11:15:21:20 chr6 139576736 . C T 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0327151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7658;QD=6.92879;RBI=0.057177;REFB=0.00155949;REVB=-0.0468927;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292794;STB=0.686886;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00814791;OID=.;OPOS=139576736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:9:6:4:2:9:6 chr6 141004964 . G GT,GTC,T 1726.39 PASS AF=0.825397,0.0555556,0.119048;AO=87,14,22;DP=140;FAO=104,7,15;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=32,5,13;FSAR=72,2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108423,0.0403857,-0.0885915;FXX=0.0307669;HRUN=0,0,2;LEN=1,2,1;MLLD=25.1393,14.6909,15.9038;QD=54.806;RBI=0.108453,0.0541689,0.0897428;REFB=0,0,0;REVB=-0.00256225,0.0361008,0.014329;RO=13;SAF=16,13,20;SAR=71,1,2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0774017,0.622564,0.528259;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.00788041,0.0142902,0.0364248;OID=.,.,.;OPOS=141004965,141004965,141004964;OREF=-,-,G;OALT=T,TC,T;OMAPALT=GT,GTC,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:32:140:126:13:0:87,14,22:104,7,15:0.825397,0.0555556,0.119048:71,1,2:16,13,20:5:8:72,2,2:32,5,13:0:0 chr6 141807392 . G A 1124.23 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414821;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.733;QD=59.959;RBI=0.0113934;REFB=0;REVB=0.0106115;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449714;OID=.;OPOS=141807392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:74:75:1:28:46:0:0:29:46:0:0 chr6 142691549 . A C 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00546405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.881;QD=24.1271;RBI=0.0287795;REFB=-0.0159735;REVB=0.028256;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524966;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00833209;OID=.;OPOS=142691549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:9:8:6:5:9:8:6:5 chr6 142718801 . G A 710.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.029656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.199;QD=54.636;RBI=0.0296742;REFB=0.059765;REVB=0.0010373;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.0034512;OID=.;OPOS=142718801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:26:25:0:1:26:25:0:1 chr6 142738314 . CTTCTT C,CTTCAT 324.49 PASS AF=0.407895,0.0657895;AO=31,6;DP=80;FAO=31,5;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=17,1;FSAR=14,4;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.000381617,-0.00399235;FXX=0.0379699;HRUN=2,4;LEN=5,1;MLLD=258.676,102.244;QD=17.0786;RBI=0.000699348,0.00434994;REFB=-0.00280998,0.00507091;REVB=0.000586051,-0.00172717;RO=39;SAF=17,2;SAR=14,4;SRF=18;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0857452,-0.155354;STB=0.555318,0.744046;STBP=0.423,0.303;TYPE=del,snp;VARB=-0.000214921,0.0665971;OID=.,.;OPOS=142738315,142738318;OREF=TTCTT,T;OALT=-,A;OMAPALT=C,CTTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407895,0.0657895:31,6:80:31,5:76:40:17,1:14,4:18:22:99:39:17,2:14,4:18:21 chr6 142758631 . A G 1011.95 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0126743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6777;QD=57.826;RBI=0.0240635;REFB=-0.109087;REVB=-0.0204552;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000345028;OID=.;OPOS=142758631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:41:28:0:0:41:28:0:1 chr6 143074700 . T C 264.65 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0199113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.659;QD=13.0691;RBI=0.0201949;REFB=-0.00307875;REVB=0.00337277;RO=50;SAF=17;SAR=14;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00911966;STB=0.505217;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00664401;OID=.;OPOS=143074700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:14:17:27:23:14:17:27:23 chr6 143090734 . T C 300.53 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0626745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9617;QD=21.4666;RBI=0.0632351;REFB=-0.0174368;REVB=0.00840145;RO=23;SAF=11;SAR=20;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10036;STB=0.558892;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0127631;OID=.;OPOS=143090734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:25:31:31:0.553571:20:11:11:12:20:11:12:13 chr6 143091263 . A G 809.36 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.726;QD=56.797;RBI=0.010027;REFB=0;REVB=0.00867176;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04589e-06;OID=.;OPOS=143091263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:28:28:0:0:29:28:0:0 chr6 143091769 . G A 287.61 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0700414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.024;QD=18.5555;RBI=0.0718287;REFB=-0.026108;REVB=-0.0159239;RO=31;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439546;STB=0.532204;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0245038;OID=.;OPOS=143091769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:31:30:31:0.5:15:15:14:17:15:16:14:17 chr6 143382110 . T C 801.43 PASS AF=0.431472;AO=85;DP=190;FAO=85;FDP=197;FR=.;FRO=112;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=-0.0381886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8384;QD=16.2726;RBI=0.0879046;REFB=-0.0135999;REVB=-0.0791761;RO=105;SAF=51;SAR=34;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775001;STB=0.562872;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0226559;OID=.;OPOS=143382110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:197:105:112:85:85:0.431472:34:51:55:50:34:51:55:57 chr6 143745915 . A G 1065.82 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0443989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8893;QD=58.4013;RBI=0.0687859;REFB=-0.022797;REVB=0.052538;RO=1;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995774;STB=0.505262;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00283355;OID=.;OPOS=143745915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:47:25:0:1:47:25:0:1 chr6 143792675 . T C 147.21 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00412399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.875;QD=17.3191;RBI=0.00422499;REFB=0.00645067;REVB=0.000918293;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259537;STB=0.649799;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0155278;OID=.;OPOS=143792675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:12:4:9:9:12:4:9:9 chr6 143816859 . C T 453.59 PASS AF=0.556962;AO=43;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00850227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.731;QD=22.9666;RBI=0.0118129;REFB=0.0171823;REVB=0.008201;RO=35;SAF=22;SAR=21;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00216728;STB=0.506326;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.011985;OID=.;OPOS=143816859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:43:44:0.556962:21:22:18:17:22:22:18:17 chr6 144081609 . C T 265.95 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0126847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.029;QD=16.1184;RBI=0.012685;REFB=-0.0165986;REVB=9.14244e-05;RO=34;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494941;STB=0.524828;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0234792;OID=.;OPOS=144081609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:36:30:30:0.454545:17:13:13:21:17:13:14:22 chr6 144508698 . G A 101.46 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00429893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.482;QD=16.9103;RBI=0.00499685;REFB=-0.0370071;REVB=-0.0025471;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144308;STB=0.583194;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0285525;OID=.;OPOS=144508698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:7:5:7:5:7:5 chr6 144509510 . T C 195.58 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0297035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.6586;QD=12.6177;RBI=0.029704;REFB=0.018898;REVB=0.000166643;RO=38;SAF=16;SAR=8;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873704;STB=0.54996;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0334173;OID=.;OPOS=144509510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:8:16:28:10:8:16:28:10 chr6 144537771 . T C 1317.26 PASS AF=0.977528;AO=86;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0138482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.231;QD=59.2028;RBI=0.0147596;REFB=-0.0343378;REVB=0.00510604;RO=0;SAF=24;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50399e-08;STB=0.507935;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.000813661;OID=.;OPOS=144537771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:0:2:86:87:0.977528:62:24:0:0:62:25:0:2 chr6 144758799 . A G 310.02 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0296866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7678;QD=28.8387;RBI=0.0377232;REFB=-0.0343134;REVB=-0.0232755;RO=15;SAF=19;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777167;STB=0.534111;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0221427;OID=.;OPOS=144758799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:16:27:27:0.627907:8:19:9:6:8:19:10:6 chr6 144904655 . G A 478.43 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0104548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.292;QD=16.9357;RBI=0.0209246;REFB=-0.00649319;REVB=0.0181255;RO=60;SAF=16;SAR=36;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166028;STB=0.598188;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.01279;OID=.;OPOS=144904655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:60:61:52:52:0.460177:36:16:28:32:36:16:29:32 chr6 145051593 . AGC AAC,CAA 660.92 PASS AF=0.976744,0.0232558;AO=41,2;DP=43;FAO=42,1;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241607,-0.0226725;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=191.833,92.5284;QD=61.4808;RBI=0.0277618,0.0231708;REFB=0,0;REVB=-0.0136739,-0.0047795;RO=0;SAF=10,2;SAR=31,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.09277e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000265245,0.093362;OID=.,.;OPOS=145051594,145051593;OREF=G,AGC;OALT=A,CAA;OMAPALT=AAC,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:43:43:0:0:41,2:42,1:0.976744,0.0232558:31,0:10,2:0:0:31,0:11,1:0:0 chr6 145115037 . T C 247.91 PASS AF=0.314286;AO=33;DP=106;FAO=33;FDP=105;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.015346;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.276;QD=9.44403;RBI=0.0156643;REFB=0.00834099;REVB=-0.00314168;RO=72;SAF=21;SAR=12;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13145;STB=0.577013;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.0174508;OID=.;OPOS=145115037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:72:72:33:33:0.314286:12:21:38:34:12:21:38:34 chr6 145167978 . C G 635.09 PASS AF=0.477941;AO=62;DP=134;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.00266376;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.602;QD=18.6792;RBI=0.0171361;REFB=-0.0108224;REVB=0.0169278;RO=70;SAF=37;SAR=25;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134521;STB=0.561985;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0129347;OID=.;OPOS=145167978;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:70:71:62:65:0.477941:25:37:32:38:28:37:32:39 chr6 145503907 . C T 544.1 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0114897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.915;QD=19.9669;RBI=0.0154289;REFB=0.0109446;REVB=-0.0102974;RO=53;SAF=25;SAR=31;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391743;STB=0.521602;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.0106984;OID=.;OPOS=145503907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:53:56:56:0.513761:31:25:26:27:31:25:26:27 chr6 146112348 . T C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0966602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.535;QD=35.5695;RBI=0.0966833;REFB=0;REVB=-0.00211596;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00237117;OID=.;OPOS=146112348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr6 146234644 . G A 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00924325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.803;QD=62.3446;RBI=0.00950421;REFB=0;REVB=0.00221186;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.87124e-05;OID=.;OPOS=146234644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr6 147049868 . G A 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.00786432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.235;QD=13.774;RBI=0.0184314;REFB=-0.00586531;REVB=-0.0166695;RO=30;SAF=5;SAR=15;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066387;STB=0.531613;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00989461;OID=.;OPOS=147049868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:15:5:9:21:15:5:9:22 chr6 147067093 . C T 508.59 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0328115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8237;QD=21.6419;RBI=0.0333292;REFB=-0.00849061;REVB=-0.00585204;RO=45;SAF=23;SAR=26;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746616;STB=0.54118;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00685962;OID=.;OPOS=147067093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:26:23:25:20:26:23:25:20 chr6 147136212 . A T 398.63 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0029853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.162;QD=15.3321;RBI=0.0047097;REFB=-0.0113876;REVB=-0.0036427;RO=59;SAF=20;SAR=25;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563232;STB=0.531577;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0172254;OID=.;OPOS=147136212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:25:20:23:36:25:20:23:36 chr6 147136244 . A G 1172.15 PASS AF=0.97561;AO=78;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0286459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7422;QD=57.178;RBI=0.0319039;REFB=-0.183514;REVB=0.0140452;RO=4;SAF=25;SAR=53;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06992;STB=0.517853;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0043454;OID=.;OPOS=147136244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:4:2:78:80:0.97561:53:25:4:0:53:27:2:0 chr6 147635385 . C G 267.78 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.00365139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.316;QD=11.5172;RBI=0.0156307;REFB=-0.00291434;REVB=0.0151982;RO=61;SAF=14;SAR=18;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171764;STB=0.59914;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0142329;OID=.;OPOS=147635385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:61:61:32:32:0.344086:18:14:36:25:18:14:36:25 chr6 147635413 . A G 257.08 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0276768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.703;QD=11.4257;RBI=0.0276839;REFB=-0.000117225;REVB=0.00062801;RO=59;SAF=14;SAR=17;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121522;STB=0.570262;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.000325135;OID=.;OPOS=147635413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:59:59:31:31:0.344444:17:14:33:26:17:14:33:26 chr6 147680359 . A G 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0402723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2039;QD=16.4527;RBI=0.063169;REFB=0.00375714;REVB=-0.0486668;RO=40;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255589;STB=0.514374;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00514772;OID=.;OPOS=147680359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:19:14:18:22:19:14:18:22 chr6 147886107 . C G 581.86 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.00162082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8052;QD=19.0775;RBI=0.019299;REFB=-0.04348;REVB=-0.0192309;RO=62;SAF=33;SAR=27;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740679;STB=0.540888;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0447083;OID=.;OPOS=147886107;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:62:60:60:0.491803:27:33:39:23:27:33:39:23 chr6 148865257 . A G 129.24 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00327439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.167;QD=21.5405;RBI=0.00712394;REFB=-0.00330315;REVB=0.00632684;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465572;STB=0.526279;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00254476;OID=.;OPOS=148865257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:5:9:7:3:5:9:7:3 chr6 149721690 . G A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0145776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.466;QD=17.5601;RBI=0.0231784;REFB=-0.0256052;REVB=0.0180203;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207333;STB=0.61785;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0162238;OID=.;OPOS=149721690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:10:8:14:7:10:8:14:7 chr6 149721965 . T C 164.0 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0230338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.176;QD=20.4996;RBI=0.0255101;REFB=0.0391282;REVB=-0.010964;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209241;STB=0.618045;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0303772;OID=.;OPOS=149721965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:7:10:5:10:7:10:5:10 chr6 149722040 . A G 255.83 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.782;QD=51.1661;RBI=0.0234682;REFB=0;REVB=-0.021718;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101048;OID=.;OPOS=149722040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr6 149953981 . C T 865.52 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.729;QD=56.7556;RBI=0.0184861;REFB=0;REVB=0.018411;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7708e-05;OID=.;OPOS=149953981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:31:29:0:0:31:30:0:0 chr6 149983216 . G A 411.4 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5957;QD=56.7445;RBI=0.0321386;REFB=0;REVB=0.0127316;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176031;OID=.;OPOS=149983216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:10:18:0:0:10:19:0:0 chr6 150004779 . A G 735.56 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.543;QD=55.5136;RBI=0.0194036;REFB=0;REVB=-0.00790781;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246449;OID=.;OPOS=150004779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:30:20:0:0:30:23:0:0 chr6 150067675 . A G 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.033;QD=59.5005;RBI=0.0392771;REFB=0;REVB=0.0174867;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167003;OID=.;OPOS=150067675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr6 150093678 . C T 538.59 PASS AF=0.926829;AO=39;DP=39;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0183858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.912;QD=52.5456;RBI=0.0199442;REFB=-0.0339384;REVB=0.00772865;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.526302;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00591084;OID=.;OPOS=150093678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:41:0:3:39:38:0.926829:10:29:0:0:11:27:3:0 chr6 150093682 . C T 612.36 PASS AF=0.933333;AO=41;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.107564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2432;QD=54.4316;RBI=0.107583;REFB=-0.0501745;REVB=-0.00199442;RO=3;SAF=27;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493343;STB=0.525412;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0168268;OID=.;OPOS=150093682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:41:42:0.933333:14:27:3:0:14:28:3:0 chr6 150114745 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5959;QD=58.1415;RBI=0.0261776;REFB=0;REVB=0.0259311;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344562;OID=.;OPOS=150114745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr6 150209717 . C G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00365923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7056;QD=58.0602;RBI=0.0111247;REFB=0;REVB=-0.0105057;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.54706e-05;OID=.;OPOS=150209717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr6 150210681 . G A 781.55 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0349911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.593;QD=52.1036;RBI=0.0390187;REFB=-0.00888796;REVB=0.0172651;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145113;STB=0.52238;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000253231;OID=.;OPOS=150210681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:1:3:57:57:0.95:25:32:1:0:25:32:3:0 chr6 150210685 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.179;QD=58.2395;RBI=0.0256113;REFB=0;REVB=0.0135628;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87485e-05;OID=.;OPOS=150210685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr6 150210723 . C T 740.97 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631806;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.279;QD=56.9975;RBI=0.016236;REFB=0;REVB=0.0149563;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104511;OID=.;OPOS=150210723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr6 150211100 . T C 1255.1 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.020344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.345;QD=59.0635;RBI=0.039442;REFB=-0.0619914;REVB=0.0337904;RO=2;SAF=43;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000806099;STB=0.500426;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0024372;OID=.;OPOS=150211100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:40:43:1:1:40:43:1:1 chr6 150211123 . A T 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.042;QD=62.6146;RBI=0.018405;REFB=0;REVB=0.0175735;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49353e-05;OID=.;OPOS=150211123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:43:45:0:0:43:45:0:0 chr6 150239481 . GCCC GCCG,GCC,GGCC 152.89 PASS AF=0,0.705882,0;AO=2,12,2;DP=33;FAO=0,24,0;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=0,5,0;FSAR=0,19,0;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00390199,0.16499,0.0566436;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=62.2735,13.4601,15.9321;QD=17.9865;RBI=0.00683482,0.299851,0.165082;REFB=-0.0101383,-0.168039,-0.101456;REVB=-0.00561153,0.250378,0.15506;RO=16;SAF=1,1,0;SAR=1,11,2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.127296,-0.628905,-0.589174;STB=0.5,0.70152,0.5;STBP=1,0.002,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.094911,0.143924,0;OID=.,.,.;OPOS=150239484,150239482,150239482;OREF=C,C,C;OALT=G,-,G;OMAPALT=GCCG,GCC,GGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.705882,0:2,12,2:33:0,24,0:34:10:0,5,0:0,19,0:8:2:55:16:1,1,0:1,11,2:10:6 chr6 150267527 . A C 530.49 PASS AF=0.972973;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000192498;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9461;QD=57.3507;RBI=0.0413689;REFB=-0.0791283;REVB=0.0413685;RO=1;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373615;STB=0.517232;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0270722;OID=.;OPOS=150267527;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:34:36:0.972973:12:22:0:1:14:22:0:1 chr6 150716696 . TG CA,CG 509.84 PASS AF=0.5,0.5;AO=17,18;DP=36;FAO=18,18;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10,6;FSAR=8,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000974855,-0.00600811;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=165.056,147.665;QD=56.6486;RBI=0.0306439,0.0251727;REFB=0,0;REVB=0.0306284,0.0244452;RO=0;SAF=9,6;SAR=8,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.126e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000153328,-0.00213763;OID=.,.;OPOS=150716696,150716696;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:36:36:0:0:17,18:18,18:0.5,0.5:8,12:9,6:0:0:8,12:10,6:0:0 chr6 150717640 . T C 513.2 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=0.0145286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.009;QD=17.3965;RBI=0.0152481;REFB=0.00321561;REVB=-0.00462887;RO=62;SAF=38;SAR=17;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336821;STB=0.69084;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00726026;OID=.;OPOS=150717640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:63:55:55:0.466102:17:38:21:41:17:38:21:42 chr6 150722187 . TG CA,CG 1334.55 PASS AF=0.516484,0.472527;AO=46,42;DP=91;FAO=47,43;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=26,24;FSAR=21,19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0330956,0.0249472;FXX=0.0108684;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=179.486,142.294;QD=58.6615;RBI=0.0338919,0.02822;REFB=-0.0457815,-0.127732;REVB=0.0073035,0.013191;RO=1;SAF=26,24;SAR=20,18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0229252,0.0253627;STB=0.511623,0.512815;STBP=0.31,0.315;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0202326,-0.0033913;OID=.,.;OPOS=150722187,150722187;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:91:91:1:1:46,42:47,43:0.516484,0.472527:20,18:26,24:0:1:21,19:26,24:0:1 chr6 151055189 . C G 259.13 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00831324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4354;QD=24.1051;RBI=0.0648365;REFB=0.0248106;REVB=-0.0643013;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954796;STB=0.553147;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0212663;OID=.;OPOS=151055189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:13:11:11:8:13:11:11:8 chr6 151121915 . G A 503.94 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0125605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.866;QD=17.5285;RBI=0.0128187;REFB=-0.0276088;REVB=0.00255997;RO=61;SAF=23;SAR=31;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186544;STB=0.603537;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0223942;OID=.;OPOS=151121915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:54:54:0.469565:31:23:38:23:31:23:38:23 chr6 151152257 . A G 393.29 PASS AF=0.612903;AO=37;DP=64;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0146887;FXX=0.0312451;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.321;QD=25.3733;RBI=0.0147011;REFB=-0.0188746;REVB=-0.000604267;RO=24;SAF=26;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129814;STB=0.574427;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0118713;OID=.;OPOS=151152257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:24:24:37:38:0.612903:11:26:13:11:11:27:13:11 chr6 151152656 . T C 504.56 PASS AF=0.559524;AO=45;DP=87;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.017315;FXX=0.0561735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.215;QD=24.0267;RBI=0.0188722;REFB=-0.00270279;REVB=-0.00750676;RO=41;SAF=24;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393483;STB=0.553169;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00203371;OID=.;OPOS=151152656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:84:41:37:45:47:0.559524:21:24:20:21:21:26:16:21 chr6 151164764 . C T 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0129258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.816;QD=17.2391;RBI=0.0175136;REFB=-0.0125349;REVB=-0.0118174;RO=47;SAF=17;SAR=22;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134763;STB=0.575467;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0199683;OID=.;OPOS=151164764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:22:17:27:20:22:17:27:20 chr6 151336739 . C G 554.62 PASS AF=0.483333;AO=56;DP=119;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0133126;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4954;QD=18.4875;RBI=0.0168312;REFB=0.00246533;REVB=-0.0102988;RO=60;SAF=25;SAR=31;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346821;STB=0.544255;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00436525;OID=.;OPOS=151336739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:60:62:56:58:0.483333:31:25:29:31:33:25:32:30 chr6 151362895 . CTTG C 434.62 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327504;FXX=0.0540395;HRUN=2;LEN=3;MLLD=304.587;QD=49.6713;RBI=0.0340076;REFB=0;REVB=0.00916123;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.12347e-05;OID=.;OPOS=151362896;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:36:35:35:0:19:16:0:0:7:0:19:16:0:0 chr6 151362942 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00212791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.578;QD=63.2866;RBI=0.0473287;REFB=0;REVB=-0.0472808;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189514;OID=.;OPOS=151362942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr6 151669875 . A G 120.05 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00631648;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.307;QD=14.1239;RBI=0.0310014;REFB=-0.0102956;REVB=-0.0303511;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116789;STB=0.547759;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00949574;OID=.;OPOS=151669875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:20:14:14:0.411765:8:6:6:13:8:6:7:13 chr6 151670057 . G A 119.22 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0413495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8306;QD=10.8386;RBI=0.0437778;REFB=-0.0126812;REVB=0.0143776;RO=27;SAF=10;SAR=4;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622529;STB=0.533288;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0256424;OID=.;OPOS=151670057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:27:29:14:15:0.340909:4:10:18:9:5:10:18:11 chr6 151670172 . A C 44.02 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0525418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2354;QD=6.52167;RBI=0.070134;REFB=0.000615993;REVB=0.0464558;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146512;STB=0.594953;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00208347;OID=.;OPOS=151670172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:5:2:8:12:5:2:8:12 chr6 151670897 . T C 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0168667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.017;QD=17.2649;RBI=0.0171684;REFB=-0.0128821;REVB=-0.00320419;RO=42;SAF=20;SAR=16;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166586;STB=0.593169;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0227703;OID=.;OPOS=151670897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:16:20:16:26:16:20:16:26 chr6 151674116 . T TGAG 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00137556;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=286.831;QD=24.0668;RBI=0.00200575;REFB=-0.0175682;REVB=-0.00145974;RO=11;SAF=12;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306175;STB=0.65197;STBP=0.064;TYPE=ins;VARB=0.0122901;OID=.;OPOS=151674117;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:16:27:16:26:10:12:4:4:6:75:11:12:4:4:7 chr6 151674326 . A C 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0450579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8022;QD=24.0296;RBI=0.0616356;REFB=-0.00599092;REVB=0.0420562;RO=9;SAF=1;SAR=14;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288614;STB=0.666387;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00344811;OID=.;OPOS=151674326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:14:1:2:7:14:1:2:7 chr6 151766552 . G A 1017.08 PASS AF=0.548023;AO=97;DP=176;FAO=97;FDP=177;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.00463667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.202;QD=22.9849;RBI=0.00826023;REFB=-0.00579261;REVB=0.00683612;RO=78;SAF=37;SAR=60;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357066;STB=0.520651;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00428239;OID=.;OPOS=151766552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:78:80:97:97:0.548023:60:37:33:45:60:37:34:46 chr6 151785598 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0141006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.741;QD=16.7274;RBI=0.0302083;REFB=-0.00518856;REVB=-0.0267154;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17504;STB=0.59988;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0203312;OID=.;OPOS=151785598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:13:6:8:8:13:6 chr6 151859314 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.478;QD=57.1758;RBI=0.0175528;REFB=0;REVB=0.0126777;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62898e-06;OID=.;OPOS=151859314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr6 151894505 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5264;QD=61.3353;RBI=0.0679934;REFB=0;REVB=-0.0444954;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112367;OID=.;OPOS=151894505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr6 151914265 . T C 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00933959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.868;QD=18.0082;RBI=0.0100302;REFB=-0.0173932;REVB=-0.00365758;RO=41;SAF=26;SAR=11;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302534;STB=0.669434;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0227306;OID=.;OPOS=151914265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:11:26:16:25:11:26:16:25 chr6 151914329 . G A 271.67 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00268031;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.129;QD=14.489;RBI=0.00268986;REFB=-0.00610164;REVB=0.000226464;RO=40;SAF=24;SAR=7;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438164;STB=0.749833;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.017004;OID=.;OPOS=151914329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:40:44:31:31:0.413333:7:24:14:26:7:24:16:28 chr6 151939181 . G A 180.54 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00940969;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.627;QD=21.2405;RBI=0.00960468;REFB=-0.0113383;REVB=-0.00192551;RO=15;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04779;STB=0.53842;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.01152;OID=.;OPOS=151939181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:15:16:18:18:0.529412:11:7:5:10:11:7:5:11 chr6 152129077 . T C 784.7 PASS AF=0.519737;AO=78;DP=155;FAO=79;FDP=152;FR=.;FRO=73;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.00633009;FXX=0.0256394;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.523;QD=20.65;RBI=0.0171725;REFB=-0.0126918;REVB=-0.0159632;RO=69;SAF=46;SAR=32;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594374;STB=0.52352;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0103355;OID=.;OPOS=152129077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:152:69:73:78:79:0.519737:32:46:36:33:33:46:39:34 chr6 152201875 . T C 1141.39 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000945077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.653;QD=60.0729;RBI=0.0091523;REFB=0;REVB=0.00910337;RO=0;SAF=22;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73713e-05;OID=.;OPOS=152201875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:52:22:0:0:52:24:0:0 chr6 152265522 . G C 427.53 PASS AF=0.420168;AO=41;DP=110;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=21;FWDB=0.00196304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.308;QD=14.3707;RBI=0.0223432;REFB=-0.0243254;REVB=0.0222568;RO=69;SAF=19;SAR=22;SRF=48;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253131;STB=0.645106;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0243026;OID=.;OPOS=152265522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:119:69:69:41:50:0.420168:22:19:48:21:28:22:48:21 chr6 152420095 . G A 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.0151478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.847;QD=24.5166;RBI=0.0290394;REFB=-0.0204462;REVB=0.0247757;RO=22;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262949;STB=0.644455;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0151047;OID=.;OPOS=152420095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:12:15:19:3:12:15:19:3 chr6 152422335 . C T 1536.67 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.294;QD=63.3679;RBI=0.0126902;REFB=0;REVB=-0.006335;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46336e-06;OID=.;OPOS=152422335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:43:53:0:0:43:54:0:0 chr6 152446420 . A G 263.88 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0130625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.149;QD=15.2971;RBI=0.0507744;REFB=-0.0295689;REVB=-0.0490654;RO=39;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384376;STB=0.521725;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0402877;OID=.;OPOS=152446420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:15:15:18:21:15:15:18:21 chr6 152464839 . A G 986.31 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178354;FXX=0.0289813;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.772;QD=58.8844;RBI=0.0224727;REFB=0;REVB=0.0136718;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102212;OID=.;OPOS=152464839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:30:36:0:0:31:36:0:0 chr6 152466674 . T C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0395932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.264;QD=14.1956;RBI=0.0401495;REFB=-0.0103715;REVB=-0.00666036;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25398;STB=0.645582;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0196038;OID=.;OPOS=152466674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:7:8:17:5:7:8:17:5 chr6 152469188 . C G 237.05 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0197639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7275;QD=19.754;RBI=0.019764;REFB=0.0014548;REVB=-5.41407e-05;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151672;STB=0.585512;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.000993183;OID=.;OPOS=152469188;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:10:13:10:15:10:13:10:15 chr6 152469197 . C T 226.24 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0308136;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.4889;QD=17.0744;RBI=0.139366;REFB=-0.00224577;REVB=0.135917;RO=28;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161077;STB=0.590836;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00671163;OID=.;OPOS=152469197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:10:15:12:16:10:15:12:16 chr6 152469331 . C T 292.71 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0120896;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.809;QD=14.455;RBI=0.0297221;REFB=-0.00832856;REVB=0.0271523;RO=47;SAF=21;SAR=12;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156164;STB=0.583282;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00855801;OID=.;OPOS=152469331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:47:48:33:33:0.407407:12:21:23:24:12:21:24:24 chr6 152485429 . C T 226.86 PASS AF=0.421875;AO=26;DP=63;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0039391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.623;QD=14.1786;RBI=0.0100384;REFB=0.00264881;REVB=-0.00923325;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918886;STB=0.569326;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00278226;OID=.;OPOS=152485429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:37:26:27:0.421875:10:16:19:17:10:17:19:18 chr6 152489294 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3745;QD=60.2294;RBI=0.0334942;REFB=0;REVB=0.0185349;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298999;OID=.;OPOS=152489294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr6 152534768 . C T 247.73 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0173975;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.99;QD=13.3909;RBI=0.0571933;REFB=-0.00930506;REVB=-0.054483;RO=40;SAF=19;SAR=10;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033632;STB=0.507182;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0146002;OID=.;OPOS=152534768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:40:45:29:29:0.391892:10:19:25:15:10:19:29:16 chr6 152540278 . A C 1264.43 PASS AF=0.902913;AO=95;DP=105;FAO=93;FDP=103;FR=.;FRO=10;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.000176611;FXX=0.0190458;HRUN=6;LEN=1;MLLD=222.503;QD=49.1043;RBI=0.00207661;REFB=-0.0887675;REVB=0.00206908;RO=9;SAF=42;SAR=53;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733821;STB=0.545922;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000833281;OID=.;OPOS=152540278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:105:103:9:10:95:93:0.902913:53:42:8:1:53:40:9:1 chr6 152647681 . A T 1390.38 PASS AF=0.960396;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0102726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6661;QD=55.0647;RBI=0.0235231;REFB=-0.027478;REVB=-0.0211615;RO=3;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270793;STB=0.518864;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00202979;OID=.;OPOS=152647681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:101:101:3:4:97:97:0.960396:51:46:0:3:51:46:0:4 chr6 152652034 . A T 978.14 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0250598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.227;QD=57.5378;RBI=0.0250601;REFB=-0.141085;REVB=0.000121007;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126017;STB=0.506665;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00137099;OID=.;OPOS=152652034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:37:30:0:1:37:30:0:1 chr6 152658142 . T C 400.45 PASS AF=0.967742;AO=28;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197268;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5069;QD=51.6705;RBI=0.0339994;REFB=-0.154565;REVB=0.0276914;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372036;STB=0.519987;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00953312;OID=.;OPOS=152658142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:28:30:0.967742:12:16:0:1:12:18:0:1 chr6 152665261 . C A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.389;QD=61.3753;RBI=0.0214788;REFB=0;REVB=-0.00782718;RO=0;SAF=59;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88275e-05;OID=.;OPOS=152665261;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:21:59:0:0:21:59:0:0 chr6 152675854 . A G 1967.6 PASS AF=0.992248;AO=125;DP=126;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.329;QD=61.0108;RBI=0.0249289;REFB=-0.131067;REVB=0.0181751;RO=1;SAF=56;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840909;STB=0.504347;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000121606;OID=.;OPOS=152675854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:129:1:1:125:128:0.992248:69:56:1:0:71:57:1:0 chr6 152683413 . G T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.886;QD=62.022;RBI=0.0466617;REFB=0;REVB=0.0462737;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122067;OID=.;OPOS=152683413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr6 152694184 . T C 1558.75 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119331;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.005;QD=58.8207;RBI=0.0720262;REFB=-0.0748267;REVB=0.0710308;RO=1;SAF=62;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109082;STB=0.505746;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000133167;OID=.;OPOS=152694184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:1:1:105:105:0.990566:43:62:0:1:43:62:0:1 chr6 152772264 . A G 1302.12 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2874;QD=62.0058;RBI=0.0467725;REFB=0;REVB=0.0215445;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.70086e-05;OID=.;OPOS=152772264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr6 152777819 . G A 409.82 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00179387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.835;QD=20.7504;RBI=0.0100166;REFB=-0.00972921;REVB=-0.00985463;RO=38;SAF=24;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752523;STB=0.541672;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0086922;OID=.;OPOS=152777819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:17:24:19:19:17:24:19:19 chr6 153296541 . G C 708.11 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3531;QD=62.9432;RBI=0.0276141;REFB=0;REVB=-0.0245637;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000392837;OID=.;OPOS=153296541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr6 153315744 . T A 666.64 PASS AF=0.581818;AO=64;DP=110;FAO=64;FDP=110;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0102653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.179;QD=24.2414;RBI=0.0222642;REFB=-0.000473048;REVB=0.0197565;RO=45;SAF=32;SAR=32;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092653;STB=0.554529;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.000688056;OID=.;OPOS=153315744;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:45:46:64:64:0.581818:32:32:17:28:32:32:17:29 chr6 153315921 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.41;QD=58.5872;RBI=0.0287046;REFB=0;REVB=0.0112211;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293322;OID=.;OPOS=153315921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr6 153323594 . C T 530.08 PASS AF=0.402597;AO=60;DP=154;FAO=62;FDP=154;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=59;FWDB=0.0217541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.379;QD=13.7682;RBI=0.0217604;REFB=-0.0121415;REVB=0.000523276;RO=92;SAF=26;SAR=34;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827013;STB=0.55663;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.010042;OID=.;OPOS=153323594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:92:92:60:62:0.402597:34:26:33:59:34:28:33:59 chr6 153365100 . A C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.438;QD=57.3847;RBI=0.0443281;REFB=0;REVB=0.0147217;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117492;OID=.;OPOS=153365100;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr6 153741613 . G C 501.56 PASS AF=0.504854;AO=51;DP=102;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0307024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0283;QD=19.478;RBI=0.0450691;REFB=-0.0120151;REVB=0.0329938;RO=51;SAF=34;SAR=17;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268946;STB=0.640488;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.012856;OID=.;OPOS=153741613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:51:51:51:52:0.504854:17:34:19:32:18:34:19:32 chr6 153987576 . G A 677.96 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0376437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6238;QD=58.9526;RBI=0.0402937;REFB=-0.0722374;REVB=0.014371;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229092;STB=0.511623;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00477899;OID=.;OPOS=153987576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:20:24:0:1:21:24:0:1 chr6 154002660 . T C 74.74 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0111227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.009;QD=10.6777;RBI=0.0334995;REFB=-0.00602014;REVB=0.0315991;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129954;STB=0.60135;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0092668;OID=.;OPOS=154002660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:7:3:7:10:7:3:8:10 chr6 154360797 . A G 568.17 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00437685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.212;QD=20.2917;RBI=0.0325597;REFB=-0.0101445;REVB=-0.0322642;RO=54;SAF=30;SAR=28;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499159;STB=0.527477;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0110895;OID=.;OPOS=154360797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:54:58:58:0.517857:28:30:31:23:28:30:31:23 chr6 154414446 . A T 619.0 PASS AF=0.43125;AO=68;DP=159;FAO=69;FDP=160;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=55;FSRR=36;FWDB=-0.00528499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.338;QD=15.4751;RBI=0.0453024;REFB=-0.0151232;REVB=-0.0449931;RO=91;SAF=28;SAR=40;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19585;STB=0.603852;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0230964;OID=.;OPOS=154414446;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:91:91:68:69:0.43125:40:28:55:36:40:29:55:36 chr6 154414563 . A G 251.26 PASS AF=0.357143;AO=28;DP=83;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.00968079;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.998;QD=11.9648;RBI=0.0106525;REFB=-0.0177082;REVB=0.00444505;RO=55;SAF=10;SAR=18;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330472;STB=0.676357;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0286217;OID=.;OPOS=154414563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:55:54:28:30:0.357143:18:10:36:19:19:11:35:19 chr6 154414573 . C T 229.81 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0382184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3447;QD=12.0951;RBI=0.0417263;REFB=-0.00631726;REVB=0.0167463;RO=46;SAF=10;SAR=18;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313199;STB=0.689651;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.012129;OID=.;OPOS=154414573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:48:28:28:0.368421:18:10:30:16:18:10:32:16 chr6 154428666 . C T 187.52 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0257367;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6442;QD=19.2331;RBI=0.0398517;REFB=-0.0111911;REVB=-0.0304266;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093917;STB=0.538004;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00965552;OID=.;OPOS=154428666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:19:20:19:19:0.487179:9:10:12:7:9:10:12:8 chr6 154431565 . G A 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00367306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.445;QD=19.9928;RBI=0.0152513;REFB=-0.0164383;REVB=0.0148024;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141866;STB=0.580049;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0116267;OID=.;OPOS=154431565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:10:13:9:13:10:13 chr6 154727408 . T C 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=4;FWDB=-0.00624056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6898;QD=16.279;RBI=0.0185987;REFB=-0.00889116;REVB=0.0175204;RO=32;SAF=17;SAR=11;SRF=28;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289361;STB=0.664816;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00740455;OID=.;OPOS=154727408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:11:17:28:4:11:17:29:4 chr6 154732091 . ATTTT ATT,ATTTG,ATTT 889.53 PASS AF=0.00775194,0.116279,0.875969;AO=25,7,31;DP=131;FAO=1,15,113;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15,45;FSAR=0,0,68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.208177,-0.106279,-0.396514;FXX=0.0300729;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=11.0623,153.774,8.42396;QD=27.5822;RBI=0.424254,0.137428,0.838819;REFB=0.0944446,0.0538957,0.0832936;REVB=0.369668,0.0871271,0.739184;RO=51;SAF=25,7,15;SAR=0,0,16;SRF=3;SRR=48;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.888409,0.855178,0.488569;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.014742,0.135369,-0.00993153;OID=.,.,.;OPOS=154732092,154732095,154732092;OREF=TT,T,T;OALT=-,G,-;OMAPALT=ATT,ATTTG,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.00775194,0.116279,0.875969:25,7,31:131:1,15,113:129:0:1,15,45:0,0,68:0:0:61:51:25,7,15:0,0,16:3:48 chr6 154771277 . A G 374.25 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00492314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1723;QD=18.036;RBI=0.00946319;REFB=0.0134904;REVB=0.00808174;RO=44;SAF=15;SAR=24;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112124;STB=0.562705;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.0161538;OID=.;OPOS=154771277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:24:15:22:22:24:15:22:22 chr6 155451352 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.318;QD=42.1825;RBI=0.0373194;REFB=0;REVB=0.0372205;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270099;OID=.;OPOS=155451352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr6 155485554 . G A 1026.46 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1325;QD=59.5051;RBI=0.0406247;REFB=0;REVB=-0.00147274;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134053;OID=.;OPOS=155485554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:29:39:0:0:30:39:0:0 chr6 155561760 . T C 1283.06 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00216378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.693;QD=61.8344;RBI=0.130633;REFB=0;REVB=0.130615;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285479;OID=.;OPOS=155561760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:44:38:0:0:45:38:0:0 chr6 155577823 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.447;QD=56.1907;RBI=0.0311576;REFB=0;REVB=0.0297525;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385931;OID=.;OPOS=155577823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr6 155578592 . A AT 415.19 PASS AF=1;AO=10;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.119827;FXX=0.0161264;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.96868;QD=27.2258;RBI=0.183339;REFB=-0.000768186;REVB=-0.138761;RO=51;SAF=6;SAR=4;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884342;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00219322;OID=.;OPOS=155578593;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:62:61:61:0:40:21:0:0:7:51:6:4:34:17 chr6 155578599 . A T 825.73 PASS AF=0.968254;AO=58;DP=60;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0301901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.4896;QD=52.4271;RBI=0.038716;REFB=-0.0585037;REVB=0.024238;RO=2;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470914;STB=0.523802;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00670205;OID=.;OPOS=155578599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:60:63:2:2:58:61:0.968254:19:39:0:2:20:41:0:2 chr6 155578756 . A T 867.41 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0285623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.434;QD=53.3791;RBI=0.0285684;REFB=-0.0404159;REVB=0.000587859;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145261;STB=0.522381;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00154603;OID=.;OPOS=155578756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:65:65:1:3:62:62:0.953846:32:30:0:1:32:30:0:3 chr6 155596901 . T C 1262.0 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183066;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.341;QD=61.5609;RBI=0.0251565;REFB=0;REVB=0.0172545;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06094e-06;OID=.;OPOS=155596901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:38:43:0:0:39:43:0:0 chr6 155597147 . C T 1899.05 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0120738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.246;QD=60.7695;RBI=0.0121153;REFB=-0.0270042;REVB=-0.0010011;RO=0;SAF=44;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-3.52948e-05;OID=.;OPOS=155597147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:0:1:124:124:0.992:80:44:0:0:80:44:1:0 chr6 155606325 . C T 767.65 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00892246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.904;QD=56.8626;RBI=0.0170172;REFB=0;REVB=0.0144905;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12568e-05;OID=.;OPOS=155606325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr6 155750035 . C T 670.27 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00740174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4099;QD=50.5863;RBI=0.0101629;REFB=-0.00669006;REVB=-0.00696417;RO=3;SAF=39;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112381;STB=0.559975;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00209585;OID=.;OPOS=155750035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:3:3:50:50:0.943396:11:39:0:3:11:39:0:3 chr6 155761246 . G T 95.67 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0141498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.953;QD=11.9592;RBI=0.0211332;REFB=-0.0152427;REVB=0.015697;RO=20;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180561;STB=0.624765;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0270524;OID=.;OPOS=155761246;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:31:32:20:20:11:12:0.375:9:2:6:14:10:2:6:14 chr6 155775980 . G T 222.84 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0442261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.227;QD=18.9653;RBI=0.044227;REFB=-0.0169784;REVB=-0.00028121;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00352189;STB=0.507805;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0166124;OID=.;OPOS=155775980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:12:10:11:13:12:10:11:14 chr6 157405930 . G A 2293.7 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124062;FXX=0.0194793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.433;QD=60.7602;RBI=0.0196114;REFB=0;REVB=0.0151887;RO=0;SAF=91;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000935188;OID=.;OPOS=157405930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:151:0:0:149:151:1:58:91:0:0:58:93:0:0 chr6 157801040 . T A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.263;QD=56.9569;RBI=0.0117676;REFB=0;REVB=-0.000683444;RO=0;SAF=2;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05974e-05;OID=.;OPOS=157801040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:50:2:0:0:50:2:0:0 chr6 157801186 . G A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0212538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.061;QD=47.8146;RBI=0.0241064;REFB=-0.052068;REVB=0.0113751;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485363;STB=0.526291;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00173996;OID=.;OPOS=157801186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:1:0:12:9:1:0 chr6 157801516 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00561516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.986;QD=56.9569;RBI=0.0077041;REFB=0;REVB=0.00527476;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.68163e-07;OID=.;OPOS=157801516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr6 157963743 . G A 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.524;QD=58.5988;RBI=0.0228785;REFB=0;REVB=0.0224617;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106151;OID=.;OPOS=157963743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr6 158132992 . G A 575.41 PASS AF=0.597701;AO=52;DP=87;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0348771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0846;QD=26.4558;RBI=0.0776349;REFB=-0.000928687;REVB=0.0693596;RO=35;SAF=30;SAR=22;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255995;STB=0.513971;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00102236;OID=.;OPOS=158132992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:35:35:52:52:0.597701:22:30:19:16:22:30:19:16 chr6 158133074 . A AT 228.16 PASS AF=0.481013;AO=33;DP=81;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00267074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.9344;QD=11.5523;RBI=0.0464177;REFB=-0.0274349;REVB=0.0463408;RO=47;SAF=18;SAR=15;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754417;STB=0.510751;STBP=0.877;TYPE=ins;VARB=0.0366612;OID=.;OPOS=158133075;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481013:33:81:38:79:41:23:15:24:17:99:47:18:15:29:18 chr6 158497717 . T C,G 713.07 PASS AF=0.943396,0.0377358;AO=50,2;DP=53;FAO=50,2;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28,1;FSAR=22,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00423391,0.0466682;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=72.749,10.3573;QD=53.8162;RBI=0.00434822,0.0555233;REFB=0.0116164,-0.0762214;REVB=-0.0009905,-0.0300819;RO=1;SAF=28,1;SAR=22,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0165169,-0.25849;STB=0.508768,0.665164;STBP=0.513,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00175704,0.0534258;OID=.,.;OPOS=158497717,158497717;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:53:53:1:1:50,2:50,2:0.943396,0.0377358:22,1:28,1:1:0:22,1:28,1:1:0 chr6 158499302 . G T 1588.03 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.214;QD=64.1629;RBI=0.0480369;REFB=0;REVB=0.0414446;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122843;OID=.;OPOS=158499302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:97:99:1:42:55:0:0:42:57:0:0 chr6 158505088 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.347;QD=58.7818;RBI=0.0206351;REFB=0;REVB=0.0039779;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81612e-05;OID=.;OPOS=158505088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:62:65:1:26:36:0:0:28:37:0:0 chr6 158507981 . G A 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9349;QD=57.1767;RBI=0.0749764;REFB=0;REVB=0.0691143;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654761;OID=.;OPOS=158507981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr6 158509750 . A G 825.67 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.197201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.4183;QD=55.9773;RBI=0.19866;REFB=0;REVB=0.0240265;RO=1;SAF=18;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254582;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297857;OID=.;OPOS=158509750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:59:1:0:54:59:1:36:18:1:0:36:23:0:0 chr6 158517308 . A G 330.41 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.072503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4429;QD=50.8325;RBI=0.0751128;REFB=-0.0288131;REVB=0.0196279;RO=1;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238057;STB=0.51281;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0109081;OID=.;OPOS=158517308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:19:6:0:1:19:6:0:1 chr6 158571501 . G A 755.99 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00716788;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5479;QD=57.0557;RBI=0.0284946;REFB=0;REVB=-0.0275783;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283261;OID=.;OPOS=158571501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr6 158735087 . C T 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4408;QD=63.8694;RBI=0.0847714;REFB=0;REVB=-0.0832496;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129381;OID=.;OPOS=158735087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr6 158735090 . T C 754.34 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00855515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.027;QD=61.5789;RBI=0.00869864;REFB=-0.051532;REVB=0.00157349;RO=1;SAF=24;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019193;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-1.77058e-06;OID=.;OPOS=158735090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:23:24:1:0:24:24:1:0 chr6 158923434 . G C 1164.26 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.599;QD=60.4808;RBI=0.0300044;REFB=0;REVB=-0.00244144;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.88625e-05;OID=.;OPOS=158923434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:39:37:0:0:39:38:0:0 chr6 158924088 . T C 756.53 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110392;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.227;QD=57.0963;RBI=0.0180429;REFB=0;REVB=0.0142717;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21436e-05;OID=.;OPOS=158924088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:18:34:0:0:19:34:0:0 chr6 158924346 . GTTT GTTC,GTT 66.23 PASS AF=0,0.333333;AO=2,19;DP=39;FAO=0,13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=0,1;FSAR=0,12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0677948,0.0446302;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=54.841,9.46151;QD=6.79292;RBI=0.0914404,0.14624;REFB=-0.0854072,-0.197593;REVB=-0.0613613,-0.139263;RO=15;SAF=2,0;SAR=0,19;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.482498,-0.852422;STB=0.5,0.869777;STBP=1,0.004;TYPE=snp,del;VARB=0.119731,0.163191;OID=.,.;OPOS=158924349,158924347;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=GTTC,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.333333:2,19:39:0,13:39:26:0,1:0,12:13:13:65:15:2,0:0,19:10:5 chr6 158924595 . A G 293.7 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013598;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.352;QD=53.4003;RBI=0.023887;REFB=0;REVB=0.0196388;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029651;OID=.;OPOS=158924595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr6 159065758 . C G 746.82 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377423;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.989;QD=63.5593;RBI=0.0392886;REFB=0;REVB=0.0109141;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22799e-05;OID=.;OPOS=159065758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr6 159178345 . C T 965.15 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0620206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4852;QD=56.7736;RBI=0.0625181;REFB=0.00382015;REVB=0.00787076;RO=1;SAF=33;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141005;STB=0.507244;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00267347;OID=.;OPOS=159178345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:68:1:1:65:67:0.985294:32:33:1:0:33:34:1:0 chr6 159398633 . T C 1343.7 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.935;QD=61.0774;RBI=0.0627184;REFB=-0.0504135;REVB=0.0558991;RO=1;SAF=48;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976975;STB=0.505153;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000676527;OID=.;OPOS=159398633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:39:48:1:0:39:48:1:0 chr6 159398700 . C T 976.28 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00422198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.754;QD=57.4284;RBI=0.0237509;REFB=0.0243791;REVB=0.0233726;RO=1;SAF=39;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119641;STB=0.506327;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000262697;OID=.;OPOS=159398700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:28:39:1:0:28:39:1:0 chr6 159398764 . G A 940.74 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0206555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2202;QD=57.0146;RBI=0.022342;REFB=-0.132939;REVB=0.00851561;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00214802;OID=.;OPOS=159398764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:30:35:0:0:30:35:1:0 chr6 159399348 . A G 397.18 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392724;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.946;QD=56.7405;RBI=0.0401172;REFB=0;REVB=-0.00818911;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156656;OID=.;OPOS=159399348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr6 159407446 . C T 1289.46 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118727;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.587;QD=60.6803;RBI=0.0130088;REFB=-0.043195;REVB=-0.00531697;RO=1;SAF=33;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141366;STB=0.507461;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=2.25551e-06;OID=.;OPOS=159407446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:85:1:1:84:84:0.988235:51:33:1:0:51:33:1:0 chr6 159414899 . T C 710.37 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00979291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.144;QD=54.6434;RBI=0.0446652;REFB=-0.0983493;REVB=0.0435784;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.50943;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000701654;OID=.;OPOS=159414899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:25:26:0:0:25:26:1:0 chr6 159420574 . T C 806.0 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.523;QD=64.4796;RBI=0.0203485;REFB=0;REVB=0.0200311;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113207;OID=.;OPOS=159420574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:19:30:0:0:19:31:0:0 chr6 159650978 . A G 1493.2 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0257618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.868;QD=58.557;RBI=0.0505735;REFB=-0.0927382;REVB=-0.0435203;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.504853;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000386216;OID=.;OPOS=159650978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:0:1:101:101:0.990196:50:51:0:0:50:51:1:0 chr6 159670100 . A G 560.41 PASS AF=0.851064;AO=38;DP=47;FAO=40;FDP=47;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0185493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.109;QD=47.6948;RBI=0.0462449;REFB=-0.013842;REVB=0.0423617;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.534589;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0011508;OID=.;OPOS=159670100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:47:47:0:7:38:40:0.851064:14:24:0:0:14:26:6:1 chr6 159692405 . C T 2146.08 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046245;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.88;QD=63.1199;RBI=0.0508876;REFB=0;REVB=0.0212353;RO=0;SAF=80;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78419e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142193;OID=.;OPOS=159692405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:136:0:0:135:136:1:55:80:0:0:56:80:0:0 chr6 160234625 . G C 386.81 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0250509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1064;QD=15.788;RBI=0.05542;REFB=-0.00124243;REVB=0.049435;RO=57;SAF=14;SAR=27;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143311;STB=0.581062;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0021296;OID=.;OPOS=160234625;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:27:14:27:30:27:14:27:30 chr6 160328620 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.048;QD=64.1535;RBI=0.0251767;REFB=0;REVB=0.0172464;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94922e-05;OID=.;OPOS=160328620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr6 160453978 . A G 230.75 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00858464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.553;QD=17.7499;RBI=0.00862884;REFB=-0.0077698;REVB=-0.000872214;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167788;STB=0.518504;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00674689;OID=.;OPOS=160453978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:12:13:14:12:12:13:15:12 chr6 160464289 . G A 856.34 PASS AF=0.626016;AO=77;DP=123;FAO=77;FDP=123;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0134425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.787;QD=27.8485;RBI=0.0220709;REFB=-0.0413788;REVB=0.017505;RO=45;SAF=24;SAR=53;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116885;STB=0.56881;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0209381;OID=.;OPOS=160464289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:45:46:77:77:0.626016:53:24:21:24:53:24:22:24 chr6 160494409 . A G 1476.39 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00424295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.393;QD=62.1638;RBI=0.0174383;REFB=0.0345267;REVB=0.0169143;RO=1;SAF=36;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824585;STB=0.504273;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000754667;OID=.;OPOS=160494409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:57:36:0:1:58:36:0:1 chr6 160505199 . C G 1098.56 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.857;QD=60.1952;RBI=0.0693499;REFB=0;REVB=0.00442454;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138463;OID=.;OPOS=160505199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr6 160551204 . G C 1497.16 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697014;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.787;QD=63.709;RBI=0.0698174;REFB=0;REVB=-0.00402448;RO=0;SAF=30;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261898;OID=.;OPOS=160551204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:64:30:0:0:64:30:0:0 chr6 160645832 . C T 194.85 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0248187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.968;QD=17.3196;RBI=0.0310897;REFB=0.00562796;REVB=-0.0187244;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682441;STB=0.538936;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00862022;OID=.;OPOS=160645832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:12:13:9:11:12:13 chr6 160670282 . A C 829.74 PASS AF=0.406114;AO=93;DP=226;FAO=93;FDP=229;FR=.;FRO=136;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=61;FSRR=75;FWDB=0.00379205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.021;QD=14.4932;RBI=0.0210347;REFB=-0.0258533;REVB=-0.0206901;RO=133;SAF=39;SAR=54;SRF=59;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260521;STB=0.517684;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.043453;OID=.;OPOS=160670282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:229:133:136:93:93:0.406114:54:39:59:74:54:39:61:75 chr6 161007496 . G C 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0143858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.777;QD=15.8611;RBI=0.0155212;REFB=-0.0168711;REVB=0.00582722;RO=49;SAF=9;SAR=29;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287517;STB=0.676116;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0245574;OID=.;OPOS=161007496;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:51:38:38:0.426966:29:9:24:25:29:9:26:25 chr6 161007538 . G C 479.75 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.0423076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.996;QD=17.1338;RBI=0.0424067;REFB=-0.0134021;REVB=-0.00289807;RO=59;SAF=10;SAR=42;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212371;STB=0.626812;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0259891;OID=.;OPOS=161007538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:60:52:52:0.464286:42:10:21:38:42:10:22:38 chr6 161032668 . A G 151.89 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0238417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.618;QD=8.55739;RBI=0.0260399;REFB=-0.0064065;REVB=0.0104714;RO=49;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111804;STB=0.558768;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0153273;OID=.;OPOS=161032668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:49:50:21:21:0.295775:10:11:21:28:10:11:22:28 chr6 161085267 . C T 304.43 PASS AF=0.33913;AO=39;DP=115;FAO=39;FDP=115;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.000916075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.19;QD=10.5888;RBI=0.000917605;REFB=-0.010042;REVB=-5.29586e-05;RO=76;SAF=16;SAR=23;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103742;STB=0.559933;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0161498;OID=.;OPOS=161085267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:76:76:39:39:0.33913:23:16:38:38:23:16:38:38 chr6 161137779 . T C 221.17 PASS AF=0.44;AO=23;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0498069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9595;QD=17.6934;RBI=0.0541639;REFB=0.0111478;REVB=-0.0212838;RO=27;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168347;STB=0.578874;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0106355;OID=.;OPOS=161137779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:23:22:0.44:8:15:13:14:8:14:14:14 chr6 161139480 . C T 372.93 PASS AF=0.464286;AO=37;DP=81;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.01205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2618;QD=17.7585;RBI=0.0176393;REFB=-0.0222189;REVB=0.0128819;RO=44;SAF=15;SAR=22;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658461;STB=0.544234;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0320128;OID=.;OPOS=161139480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:44:45:37:39:0.464286:22:15:15:29:22:17:16:29 chr6 161173946 . T G 2929.12 PASS AF=0.989474;AO=183;DP=185;FAO=188;FDP=190;FR=.;FRO=2;FSAF=115;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00619119;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.437;QD=61.6657;RBI=0.0339204;REFB=-0.0081376;REVB=0.0333506;RO=2;SAF=113;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00835175;STB=0.50431;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000899464;OID=.;OPOS=161173946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:185:190:2:2:183:188:0.989474:70:113:2:0:73:115:2:0 chr6 161469774 . G A 854.26 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00294009;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5443;QD=57.916;RBI=0.00538828;REFB=0;REVB=-0.00451547;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117594;OID=.;OPOS=161469774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr6 161519331 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0342504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.922;QD=13.661;RBI=0.0342542;REFB=-0.0194099;REVB=-0.000512888;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171974;STB=0.599863;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.027447;OID=.;OPOS=161519331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:14:7:7:7:14:7 chr6 161538250 . G A 2291.01 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.519;QD=60.2898;RBI=0.070372;REFB=-0.0454671;REVB=0.0622513;RO=0;SAF=81;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224954;OID=.;OPOS=161538250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:152:152:0:0:151:152:1:70:81:0:0:71:81:0:0 chr6 161582348 . C T 312.95 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.045754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.067;QD=16.9159;RBI=0.0468262;REFB=-0.00521161;REVB=0.0099633;RO=39;SAF=25;SAR=9;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429433;STB=0.74554;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0117833;OID=.;OPOS=161582348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:40:34:34:0.459459:9:25:11:28:9:25:11:29 chr6 161790964 . C T 371.83 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00958613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.302;QD=17.7064;RBI=0.0257603;REFB=-0.0136155;REVB=-0.0239102;RO=45;SAF=22;SAR=17;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114608;STB=0.56407;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0143873;OID=.;OPOS=161790964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:17:22:20:25:17:22:20:25 chr6 161807855 . C G 779.48 PASS AF=0.574803;AO=69;DP=124;FAO=73;FDP=127;FR=.;FRO=54;FSAF=60;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.0007627;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.137;QD=24.5504;RBI=0.00076709;REFB=-0.0161021;REVB=-8.19514e-05;RO=54;SAF=59;SAR=10;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262699;STB=0.608525;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.011543;OID=.;OPOS=161807855;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:54:54:69:73:0.574803:10:59:35:19:13:60:35:19 chr6 163587146 . C G 1686.98 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.537;QD=60.2494;RBI=0.0508598;REFB=0;REVB=0.043439;RO=0;SAF=62;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68213e-05;OID=.;OPOS=163587146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:112:0:0:105:112:1:43:62:0:0:45:67:0:0 chr6 163600225 . C A 80.45 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00121331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.702;QD=16.9367;RBI=0.117412;REFB=0.00894946;REVB=0.117406;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650008;STB=0.533268;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00544647;OID=.;OPOS=163600225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:9:9:10:0.526316:3:6:6:4:4:6:6:3 chr6 163612783 . C A 493.12 PASS AF=0.9;AO=35;DP=39;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.095279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7517;QD=49.3117;RBI=0.0967901;REFB=-0.037198;REVB=0.0170363;RO=3;SAF=7;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030057;STB=0.545998;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0273342;OID=.;OPOS=163612783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:39:40:3:4:35:36:0.9:28:7:1:2:29:7:2:2 chr6 163736204 . T C 598.24 PASS AF=0.97561;AO=41;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.099;QD=58.3651;RBI=0.0267176;REFB=-0.132652;REVB=-0.00541496;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00140394;OID=.;OPOS=163736204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:41:40:0.97561:18:23:0:0:18:22:1:0 chr6 164261860 . G C 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0490553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.229;QD=17.1565;RBI=0.0620925;REFB=-0.0184288;REVB=-0.0380666;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610493;STB=0.534843;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0188376;OID=.;OPOS=164261860;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:7:13:10:7:7:13 chr6 165712927 . G A 443.18 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0583084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3042;QD=20.3759;RBI=0.0629974;REFB=-0.045704;REVB=-0.0238495;RO=43;SAF=25;SAR=19;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509792;STB=0.528249;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0369904;OID=.;OPOS=165712927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:19:25:22:21:19:25:22:21 chr6 165713961 . A C 758.87 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0172678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.275;QD=53.2543;RBI=0.0229053;REFB=-0.0971562;REVB=0.0150491;RO=2;SAF=31;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427299;STB=0.502267;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00140076;OID=.;OPOS=165713961;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:24:31:1:1:24:31:1:1 chr6 165715460 . G C 257.43 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0216742;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.301;QD=13.549;RBI=0.0224581;REFB=-0.00645555;REVB=0.0058818;RO=46;SAF=12;SAR=18;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175123;STB=0.599933;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00843788;OID=.;OPOS=165715460;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:46:46:30:30:0.394737:18:12:26:20:18:12:26:20 chr6 165715673 . A G 402.41 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0212078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.969;QD=16.5941;RBI=0.0212327;REFB=-0.0170763;REVB=-0.00102724;RO=55;SAF=13;SAR=29;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177122;STB=0.59995;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0170544;OID=.;OPOS=165715673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:55:42:42:0.43299:29:13:26:29:29:13:26:29 chr6 166307718 . T C 531.36 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0100309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.667;QD=22.8541;RBI=0.0660582;REFB=-0.0019979;REVB=0.0652922;RO=43;SAF=31;SAR=19;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171242;STB=0.594297;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00151551;OID=.;OPOS=166307718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:19:31:18:25:19:31:18:25 chr6 166308090 . AT TC 1163.83 PASS AF=0.592179;AO=99;DP=173;FAO=106;FDP=179;FR=.;FRO=73;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00223748;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.225;QD=26.0075;RBI=0.0437326;REFB=-0.00389524;REVB=0.0436753;RO=72;SAF=46;SAR=53;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166931;STB=0.524404;STBP=0.448;TYPE=mnp;VARB=0.00291258;OID=.;OPOS=166308090;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:179:72:73:99:106:0.592179:53:46:35:37:60:46:36:37 chr6 166308198 . A G 1227.93 PASS AF=0.449477;AO=126;DP=285;FAO=129;FDP=287;FR=.;FRO=158;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=71;FSRR=87;FWDB=-0.00604403;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.765;QD=17.1141;RBI=0.00817075;REFB=-0.00392113;REVB=0.00549826;RO=157;SAF=66;SAR=60;SRF=71;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715497;STB=0.534235;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00511544;OID=.;OPOS=166308198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:287:157:158:126:129:0.449477:60:66:71:86:63:66:71:87 chr6 166308584 . C A 533.35 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0102298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7259;QD=19.9384;RBI=0.0197879;REFB=-0.007687;REVB=0.0169385;RO=52;SAF=30;SAR=25;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452741;STB=0.524948;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00748186;OID=.;OPOS=166308584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:52:55:55:0.514019:25:30:31:21:25:30:31:21 chr6 166308611 . G C 489.85 PASS AF=0.48;AO=47;DP=99;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0175015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.298;QD=19.594;RBI=0.0229147;REFB=-0.0196738;REVB=0.0147913;RO=52;SAF=26;SAR=21;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598621;STB=0.528121;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0206927;OID=.;OPOS=166308611;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:52:52:47:48:0.48:21:26:32:20:21:27:32:20 chr6 166308682 . G GAAAT 426.89 PASS AF=0.44898;AO=40;DP=99;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0150463;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=4;MLLD=311.058;QD=17.4241;RBI=0.021057;REFB=-0.0107238;REVB=-0.0147311;RO=53;SAF=27;SAR=13;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379988;STB=0.503998;STBP=0.959;TYPE=ins;VARB=0.0120956;OID=.;OPOS=166308683;OREF=-;OALT=AAAT;OMAPALT=GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44898:40:99:44:98:54:28:16:34:20:99:53:27:13:34:19 chr6 166308924 . G A 253.53 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0240984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.421;QD=17.7918;RBI=0.0244389;REFB=-0.0182882;REVB=0.004065;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101948;STB=0.562457;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.015046;OID=.;OPOS=166308924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:27:29:27:28:0.491228:15:12:9:18:16:12:9:20 chr6 166309167 . G A 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0190807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.183;QD=19.4667;RBI=0.0455108;REFB=-0.052015;REVB=-0.0413178;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00352189;STB=0.50199;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0534031;OID=.;OPOS=166309167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:12:10:11:13:12:10:11:13 chr6 166309245 . A T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.715;QD=49.5991;RBI=0.0394778;REFB=0;REVB=0.0394489;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178669;OID=.;OPOS=166309245;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr6 166309249 . G T 239.32 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.5279;QD=50.3841;RBI=0.118967;REFB=0;REVB=-0.118961;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00367969;OID=.;OPOS=166309249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr6 166309288 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3006;QD=62.0219;RBI=0.0260333;REFB=0;REVB=-0.00136553;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244601;OID=.;OPOS=166309288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:32:10:0:0:32:10:0:0 chr6 166571157 . G A 629.29 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878754;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.431;QD=61.3941;RBI=0.0277435;REFB=0;REVB=0.0263151;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016447;OID=.;OPOS=166571157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:22:19:0:0 chr6 166571164 . T G 638.83 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0288605;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.545;QD=59.4265;RBI=0.0315349;REFB=-0.10842;REVB=0.0127091;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000536872;OID=.;OPOS=166571164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:24:18:0:0:24:18:0:1 chr6 166571935 . C T 854.29 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271452;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.579;QD=57.918;RBI=0.0446152;REFB=0;REVB=0.035407;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431739;OID=.;OPOS=166571935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:21:38:0:0:21:38:0:0 chr6 166579270 . C T 495.64 PASS AF=0.923077;AO=34;DP=37;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00692641;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=110.88;QD=50.8351;RBI=0.00888167;REFB=-0.0486408;REVB=-0.00555958;RO=3;SAF=2;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041857;STB=0.521115;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0031965;OID=.;OPOS=166579270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:37:39:3:3:34:36:0.923077:32:2:0:3:34:2:0:3 chr6 166721667 . A G 40.89 PASS AF=0.6;AO=4;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.050267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9108;QD=16.3554;RBI=0.161508;REFB=-0.049373;REVB=0.153486;RO=3;SAF=3;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281139;STB=0.599679;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0435459;OID=.;OPOS=166721667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:3:4:4:6:0.6:1:3:3:0:3:3:3:1 chr6 166736362 . C T 223.37 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00480219;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.042;QD=16.5461;RBI=0.00606374;REFB=0.0008215;REVB=0.00370242;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177543;STB=0.617554;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00116411;OID=.;OPOS=166736362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:27:29:25:25:0.462963:15:10:16:11:15:10:18:11 chr6 166739646 . T C 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00443427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.929;QD=32.3517;RBI=0.0434427;REFB=-0.0151612;REVB=0.0432158;RO=2;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128043;STB=0.571303;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00555924;OID=.;OPOS=166739646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:5:6:2:0:5:6:2:0 chr6 166739684 . G A 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.038221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.241;QD=36.3483;RBI=0.0384619;REFB=-0.0148832;REVB=0.00429797;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052924;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00266156;OID=.;OPOS=166739684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:1:0:3:8:1:0 chr6 166755975 . T C 594.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.593;QD=60.9928;RBI=0.0183939;REFB=0;REVB=-0.00348598;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71821e-05;OID=.;OPOS=166755975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:23:16:0:0 chr6 166755979 . A C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.139;QD=60.9779;RBI=0.0184609;REFB=0;REVB=-0.00663049;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25237e-05;OID=.;OPOS=166755979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr6 166778679 . T G 348.97 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00291587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.079;QD=22.8829;RBI=0.063824;REFB=-0.0192429;REVB=0.0637574;RO=26;SAF=11;SAR=24;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936102;STB=0.551694;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0201472;OID=.;OPOS=166778679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:24:11:11:15:24:11:11:15 chr6 166826304 . T C 181.52 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.036952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.51;QD=24.2024;RBI=0.0374444;REFB=0.00190914;REVB=-0.00605278;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201631;STB=0.511266;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00521825;OID=.;OPOS=166826304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:8:10:7:5:8:10:7:5 chr6 166862233 . T C 510.19 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00527638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.406;QD=23.7297;RBI=0.00902583;REFB=-0.00947266;REVB=0.00732293;RO=37;SAF=24;SAR=24;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321666;STB=0.511623;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00789359;OID=.;OPOS=166862233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:38:48:48:0.55814:24:24:17:20:24:24:18:20 chr6 166889281 . T A 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00359905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.711;QD=16.7315;RBI=0.0152388;REFB=-0.0234956;REVB=-0.0148077;RO=36;SAF=20;SAR=11;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27049;STB=0.651868;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0232561;OID=.;OPOS=166889281;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:11:20:13:23:11:20:13:23 chr6 166889331 . CAG C 356.7 PASS AF=0.493333;AO=35;DP=74;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.00929035;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=2;MLLD=108.372;QD=19.024;RBI=0.0279516;REFB=-0.0500897;REVB=-0.0263625;RO=34;SAF=19;SAR=16;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192666;STB=0.625379;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=0.0322379;OID=.;OPOS=166889332;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493333:35:74:37:75:38:20:17:11:27:99:34:19:16:11:23 chr6 166912062 . C T 485.61 PASS AF=0.5;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00498998;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.001;QD=20.664;RBI=0.00718891;REFB=-0.019625;REVB=-0.005175;RO=45;SAF=31;SAR=16;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781563;STB=0.557042;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0171623;OID=.;OPOS=166912062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:45:47:47:47:0.5:16:31:26:19:16:31:26:21 chr6 166952264 . G A 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00662214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6979;QD=54.8829;RBI=0.00972605;REFB=-0.0940682;REVB=0.00712343;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159744;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=7.64531e-05;OID=.;OPOS=166952264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:25:29:1:0:25:29:1:0 chr6 167040463 . A G 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0607022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.679;QD=19.5231;RBI=0.0621489;REFB=-0.0257217;REVB=-0.0133313;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12655;STB=0.571334;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0259502;OID=.;OPOS=167040463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:2:10:10:4:2:10 chr6 167271711 . T C 1138.32 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.003709;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.297;QD=60.7102;RBI=0.0413046;REFB=0;REVB=0.0411377;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028176;OID=.;OPOS=167271711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr6 167271716 . T C 1115.7 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.492;QD=60.308;RBI=0.0343141;REFB=0;REVB=0.0202249;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49999e-05;OID=.;OPOS=167271716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:74:0:0:69:74:1:39:30:0:0:42:32:0:0 chr6 167352074 . GG AC,GC 127.69 PASS AF=0,0.473684;AO=2,10;DP=38;FAO=0,18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=0,13;FSAR=0,5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.133926,-0.117652;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=135.705,36.0387;QD=13.4413;RBI=0.134302,0.134541;REFB=0.0397088,0.0199322;REVB=0.0100358,0.0652628;RO=20;SAF=2,5;SAR=0,5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.509716,0;STB=0.5,0.628881;STBP=1,0.153;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.0154155;OID=.,.;OPOS=167352074,167352075;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:38:38:20:20:2,10:0,18:0,0.473684:0,5:2,5:10:10:0,5:0,13:10:10 chr6 167435928 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.458;QD=56.9381;RBI=0.0173557;REFB=0;REVB=0.00753975;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68681e-05;OID=.;OPOS=167435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr6 167438276 . G T 851.1 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.814;QD=57.7018;RBI=0.0338332;REFB=0;REVB=0.0319739;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9285e-05;OID=.;OPOS=167438276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr6 167438364 . T C 785.41 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4527;QD=64.1152;RBI=0.0503187;REFB=0;REVB=-0.00545602;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00044615;OID=.;OPOS=167438364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:34:15:0:0:34:15:0:0 chr6 167453718 . C T 651.7 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5313;QD=62.0663;RBI=0.0713922;REFB=0;REVB=0.0461749;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000865257;OID=.;OPOS=167453718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:19:22:0:0:19:23:0:0 chr6 167453800 . G A 580.59 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687081;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9093;QD=61.1149;RBI=0.00796425;REFB=0;REVB=-0.00402755;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186071;OID=.;OPOS=167453800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr6 167550042 . C T 438.79 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00181437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.938;QD=19.2876;RBI=0.0316591;REFB=-0.0178397;REVB=0.0316071;RO=45;SAF=28;SAR=16;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118578;STB=0.567536;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0169665;OID=.;OPOS=167550042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:47:44:44:0.483516:16:28:23:22:16:28:24:23 chr6 167571048 . T C 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0749;QD=59.6767;RBI=0.0106359;REFB=0;REVB=0.00543551;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88702e-05;OID=.;OPOS=167571048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr6 167571206 . G A 569.43 PASS AF=0.557895;AO=51;DP=94;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0505589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8016;QD=23.976;RBI=0.0652442;REFB=-0.0278848;REVB=0.0412385;RO=41;SAF=26;SAR=25;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176194;STB=0.598539;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0339339;OID=.;OPOS=167571206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:41:42:51:53:0.557895:25:26:12:29:26:27:12:30 chr6 167590541 . G A 213.86 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00177004;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0358;QD=12.5797;RBI=0.0258363;REFB=0.0107853;REVB=-0.0257756;RO=40;SAF=7;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239402;STB=0.641135;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00902516;OID=.;OPOS=167590541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:40:42:26:26:0.382353:19:7:19:21:19:7:20:22 chr6 167590574 . G C 803.11 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.926;QD=55.3865;RBI=0.0384458;REFB=-0.0895169;REVB=0.0209562;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192443;STB=0.510201;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00115332;OID=.;OPOS=167590574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:33:24:1:0:33:24:1:0 chr6 167592524 . T C 727.69 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.602;QD=63.2771;RBI=0.0366064;REFB=0;REVB=0.0354809;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07462e-05;OID=.;OPOS=167592524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr6 167592576 . G A 694.72 PASS AF=0.873016;AO=54;DP=63;FAO=55;FDP=63;FR=.;FRO=8;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0284107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1572;QD=44.1094;RBI=0.0314374;REFB=-0.0627206;REVB=0.0134588;RO=7;SAF=32;SAR=22;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674572;STB=0.542674;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0165471;OID=.;OPOS=167592576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:63:63:7:8:54:55:0.873016:22:32:2:5:23:32:2:6 chr6 167592601 . G A 32.21 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0212881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.013;QD=1.9229;RBI=0.0234513;REFB=-0.00642273;REVB=0.00983771;RO=59;SAF=2;SAR=5;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294914;STB=0.731569;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0427931;OID=.;OPOS=167592601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:67:59:60:7:7:0.104478:5:2:32:27:5:2:33:27 chr6 167592605 . TT GA 32.22 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0631248;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=2;MLLD=171.225;QD=1.92335;RBI=0.0633986;REFB=-0.00511317;REVB=0.00588501;RO=59;SAF=2;SAR=5;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294914;STB=0.731569;STBP=0.275;TYPE=mnp;VARB=0.0332688;OID=.;OPOS=167592605;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:68:67:59:60:7:7:0.104478:5:2:32:27:5:2:33:27 chr6 167709523 . C T 422.66 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0213535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3659;QD=20.1265;RBI=0.0539545;REFB=-0.0428175;REVB=0.0495491;RO=41;SAF=22;SAR=19;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891039;STB=0.547923;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0400641;OID=.;OPOS=167709523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:41:42:41:42:0.5:19:22:26:15:20:22:26:16 chr6 167711559 . G C 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00532665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.823;QD=61.5112;RBI=0.0269808;REFB=-0.038099;REVB=0.0264498;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229399;STB=0.51219;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00123356;OID=.;OPOS=167711559;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:28:20:1:0:28:20:1:0 chr6 167717458 . G A 516.59 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.000704841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1951;QD=22.4603;RBI=0.0142357;REFB=-0.00437898;REVB=0.0142182;RO=42;SAF=28;SAR=21;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203085;STB=0.506327;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00584926;OID=.;OPOS=167717458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:43:49:49:0.532609:21:28:23:19:21:28:24:19 chr6 167728774 . T C 598.12 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490355;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.169;QD=61.3459;RBI=0.010247;REFB=0;REVB=0.00899761;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14866e-05;OID=.;OPOS=167728774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr6 167753691 . C T 2704.97 PASS AF=1;AO=174;DP=176;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328777;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0975;QD=61.8279;RBI=0.0332781;REFB=-0.0815999;REVB=0.00514684;RO=1;SAF=67;SAR=107;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00705138;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26855e-05;OID=.;OPOS=167753691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:175:1:0:174:175:1:107:67:1:0:108:67:0:0 chr6 167754661 . A G 847.56 PASS AF=1;AO=53;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.6;QD=57.4618;RBI=0.0195142;REFB=0;REVB=0.0194871;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482484;OID=.;OPOS=167754661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:53:59:1:24:29:0:0:29:30:0:0 chr6 167754702 . C T 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4292;QD=58.7806;RBI=0.0167191;REFB=0;REVB=-0.0138733;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157236;OID=.;OPOS=167754702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr6 167797844 . C T 2494.38 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000696983;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.554;QD=60.8384;RBI=0.00215077;REFB=0.0588543;REVB=0.00203471;RO=1;SAF=77;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055013;STB=0.50289;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-5.31612e-05;OID=.;OPOS=167797844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:1:1:163:163:0.993902:86:77:0:1:86:77:0:1 chr6 168069834 . A G 338.85 PASS AF=0.546875;AO=34;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00998688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.791;QD=21.178;RBI=0.0181496;REFB=-0.00639611;REVB=-0.0151549;RO=28;SAF=21;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156551;STB=0.584857;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00324779;OID=.;OPOS=168069834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:29:34:35:0.546875:13:21:12:16:14:21:12:17 chr6 168070084 . G A 43.24 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0111734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.575;QD=5.7647;RBI=0.011193;REFB=-1.64982e-05;REVB=0.00066235;RO=22;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837426;STB=0.538351;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.000403944;OID=.;OPOS=168070084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:22:23:7:7:0.233333:3:4:11:11:3:4:12:11 chr6 168070293 . G A 308.16 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0275286;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.958;QD=33.3148;RBI=0.0281764;REFB=-0.018902;REVB=0.00600722;RO=11;SAF=11;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174469;STB=0.509547;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00631039;OID=.;OPOS=168070293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:37:11:11:26:26:0.702703:15:11:5:6:15:11:5:6 chr6 168315978 . G C 389.58 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.00355786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.789;QD=13.2062;RBI=0.0180436;REFB=-0.00666782;REVB=0.0176893;RO=72;SAF=20;SAR=26;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070599;STB=0.540042;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0140893;OID=.;OPOS=168315978;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:72:72:46:46:0.389831:26:20:36:36:26:20:36:36 chr6 168317816 . A C 425.14 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0309886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0311;QD=18.895;RBI=0.0504159;REFB=-0.00429752;REVB=-0.0397677;RO=47;SAF=25;SAR=18;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087178;STB=0.548567;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00465748;OID=.;OPOS=168317816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:18:25:23:24:18:25:23:24 chr6 168343838 . T C 465.3 PASS AF=0.474747;AO=46;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0168646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0456;QD=18.8002;RBI=0.0236174;REFB=-0.0085051;REVB=0.0165338;RO=52;SAF=23;SAR=23;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03663;STB=0.514624;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0182823;OID=.;OPOS=168343838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:52:46:47:0.474747:23:23:24:28:24:23:24:28 chr6 168352105 . G A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0104282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.862;QD=15.1968;RBI=0.0265364;REFB=4.91228e-06;REVB=0.0244015;RO=18;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212814;STB=0.624804;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=7.1579e-05;OID=.;OPOS=168352105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:11:3:7:11:11:3:7:11 chr6 168442765 . G A 284.88 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00535739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.239;QD=15.3987;RBI=0.0470157;REFB=-0.0321696;REVB=0.0467094;RO=41;SAF=15;SAR=17;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103784;STB=0.564063;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0417566;OID=.;OPOS=168442765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:17:15:15:26:17:15:15:27 chr6 168457801 . A G 776.71 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.342;QD=56.4881;RBI=0.0408604;REFB=0;REVB=0.0405156;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214707;OID=.;OPOS=168457801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:21:32:0:0:23:32:0:0 chr6 168457966 . G A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0432014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.794;QD=9.49165;RBI=0.044327;REFB=-0.0150788;REVB=-0.00992551;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359952;STB=0.713877;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0179117;OID=.;OPOS=168457966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:14:4:5:4:14:4 chr6 168459790 . GGG TGA 533.23 PASS AF=0.671429;AO=45;DP=71;FAO=47;FDP=70;FR=.;FRO=23;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.000100311;FXX=0.0277739;HRUN=7;LEN=3;MLLD=255.941;QD=30.4702;RBI=0.0289162;REFB=-0.0279328;REVB=-0.028916;RO=12;SAF=30;SAR=15;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115083;STB=0.52063;STBP=0.629;TYPE=mnp;VARB=0.015038;OID=.;OPOS=168459790;OREF=GGG;OALT=TGA;OMAPALT=TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:12:23:45:47:0.671429:15:30:11:1:17:30:16:7 chr6 168459845 . G C 1556.03 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0170705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.218;QD=58.7182;RBI=0.0695205;REFB=-0.0854988;REVB=0.0673921;RO=1;SAF=54;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870753;STB=0.504586;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000360022;OID=.;OPOS=168459845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:51:54:1:0:51:54:1:0 chr6 168462626 . G A 883.77 PASS AF=0.462687;AO=91;DP=192;FAO=93;FDP=201;FR=.;FRO=108;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=66;FWDB=0.00202553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.575;QD=17.5874;RBI=0.0263171;REFB=-0.027163;REVB=-0.0262391;RO=99;SAF=49;SAR=42;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126388;STB=0.573755;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.024927;OID=.;OPOS=168462626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:201:99:108:91:93:0.462687:42:49:40:59:44:49:42:66 chr6 168479604 . G A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.399;QD=60.5473;RBI=0.054469;REFB=0;REVB=0.0540137;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50117e-05;OID=.;OPOS=168479604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr6 168482110 . C T 1398.63 PASS AF=1;AO=70;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.558;QD=62.1613;RBI=0.0972007;REFB=0;REVB=0.0708436;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177749;OID=.;OPOS=168482110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:70:90:1:32:38:0:0:46:44:0:0 chr6 168694594 . C T 1822.91 PASS AF=0.975806;AO=120;DP=125;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0415009;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3965;QD=58.8036;RBI=0.0450298;REFB=0.0434831;REVB=-0.0174746;RO=3;SAF=62;SAR=58;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00695581;STB=0.503539;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.00987606;OID=.;OPOS=168694594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:124:3:3:120:121:0.975806:58:62:2:1:58:63:2:1 chr6 168695309 . C T 614.48 PASS AF=0.447552;AO=62;DP=144;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=-0.0059371;FXX=0.00694396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2604;QD=17.1881;RBI=0.042689;REFB=0.00359434;REVB=-0.0422741;RO=81;SAF=46;SAR=16;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177334;STB=0.571188;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00473611;OID=.;OPOS=168695309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:81:79:62:64:0.447552:16:46:48:33:18:46:48:31 chr6 168695345 . G A 869.21 PASS AF=0.463542;AO=87;DP=190;FAO=89;FDP=192;FR=.;FRO=103;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=-0.0149888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3387;QD=18.1086;RBI=0.0405735;REFB=-0.0277694;REVB=0.0377034;RO=103;SAF=52;SAR=35;SRF=58;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034887;STB=0.511636;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0290171;OID=.;OPOS=168695345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:192:103:103:87:89:0.463542:35:52:58:45:37:52:58:45 chr6 168708751 . A G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00679636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.545;QD=8.81111;RBI=0.0296103;REFB=-0.0147507;REVB=-0.0288197;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359862;STB=0.730829;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0294398;OID=.;OPOS=168708751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:1:5:6:5:1:5:6:5 chr6 168709385 . T C 446.95 PASS AF=0.48913;AO=43;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0147442;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.022;QD=19.4327;RBI=0.0201241;REFB=-0.0159215;REVB=-0.0136963;RO=47;SAF=21;SAR=22;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590752;STB=0.532416;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0182314;OID=.;OPOS=168709385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:43:45:0.48913:22:21:20:27:23:22:20:27 chr6 169064933 . T C 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00830349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.855;QD=13.336;RBI=0.00966192;REFB=-0.00372619;REVB=-0.00494011;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350945;STB=0.520521;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00617609;OID=.;OPOS=169064933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:12:12:7:8:12:12 chr6 169617726 . A C 295.65 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00681598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3867;QD=17.9184;RBI=0.0408129;REFB=-0.00914998;REVB=0.0402398;RO=34;SAF=21;SAR=11;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00934569;STB=0.505227;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0182814;OID=.;OPOS=169617726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:11:21:22:12:11:21:22:12 chr6 169619933 . T C,TTTCCTTCC 233.76 PASS AF=0.0689655,0.655172;AO=3,18;DP=38;FAO=2,19;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=0,3;FSAR=2,16;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0535943,0.00140058;FXX=0.0644953;HRUN=3,3;LEN=1,8;MLLD=42.1566,248.412;QD=32.2431;RBI=0.0546565,0.0157731;REFB=-0.0549721,-0.0318441;REVB=-0.0107233,-0.0157108;RO=16;SAF=0,2;SAR=3,16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.63787,-0.506475;STB=0.993043,0.603651;STBP=0.317,0.182;TYPE=snp,ins;VARB=-0.137441,0.0145837;OID=.,.;OPOS=169619933,169619934;OREF=T,-;OALT=C,TTCCTTCC;OMAPALT=C,TTTCCTTCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:38:29:16:8:3,18:2,19:0.0689655,0.655172:3,16:0,2:9:7:2,16:0,3:3:5 chr6 169621536 . A G 355.18 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00557176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.831;QD=19.1988;RBI=0.00611554;REFB=-0.00740671;REVB=0.00252097;RO=37;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368779;STB=0.513526;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00749701;OID=.;OPOS=169621536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:37:36:37:0.5:18:18:17:20:19:18:17:20 chr6 169622490 . G A 377.89 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0333791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.627;QD=24.3799;RBI=0.0345052;REFB=0.00426052;REVB=-0.00874329;RO=25;SAF=21;SAR=16;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208922;STB=0.614397;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00415211;OID=.;OPOS=169622490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:16:21:7:18:16:21:7:18 chr6 169641971 . C T 434.94 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0309781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.642;QD=15.2611;RBI=0.0311096;REFB=-0.0108446;REVB=0.00285699;RO=63;SAF=18;SAR=31;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145013;STB=0.582286;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0112192;OID=.;OPOS=169641971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:65:49:49:0.429825:31:18:32:31:31:18:33:32 chr6 169648767 . G A 350.29 PASS AF=0.422222;AO=37;DP=89;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0110496;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.65;QD=15.5682;RBI=0.0111557;REFB=-0.00596779;REVB=-0.00153455;RO=51;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396066;STB=0.519424;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0099428;OID=.;OPOS=169648767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:51:52:37:38:0.422222:21:16:24:27:21:17:25:27 chr6 170033086 . G A 654.53 PASS AF=0.58;AO=58;DP=100;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.024503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.997;QD=26.1813;RBI=0.0315645;REFB=-0.00398279;REVB=-0.0198977;RO=42;SAF=39;SAR=19;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00500555;STB=0.502733;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00283506;OID=.;OPOS=170033086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:42:42:58:58:0.58:19:39:28:14:19:39:28:14 chr6 170059627 . G A 84.43 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00451529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.459;QD=11.6459;RBI=0.00986711;REFB=-0.00497513;REVB=-0.00877337;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255529;STB=0.64911;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0339711;OID=.;OPOS=170059627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:4:14:6:5:4:14 chr6 170062481 . C T 283.12 PASS AF=0.421053;AO=33;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0168322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2463;QD=14.9012;RBI=0.0182938;REFB=0.0174893;REVB=-0.00716513;RO=43;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084206;STB=0.561526;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0258955;OID=.;OPOS=170062481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:33:32:0.421053:18:15:16:27:17:15:16:28 chr6 170068086 . C T 359.95 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0282293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.947;QD=20.2787;RBI=0.028489;REFB=-0.0214299;REVB=0.00383811;RO=34;SAF=22;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133479;STB=0.57402;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0409695;OID=.;OPOS=170068086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:15:22:15:19:15:22:15:19 chr6 170068180 . A G 557.21 PASS AF=0.457364;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0552785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5006;QD=17.2777;RBI=0.106693;REFB=0.00935732;REVB=-0.0912558;RO=69;SAF=34;SAR=25;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676631;STB=0.541818;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0124179;OID=.;OPOS=170068180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:69:70:59:59:0.457364:25:34:35:34:25:34:35:35 chr6 170070723 . A G 672.29 PASS AF=1;AO=38;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.755;QD=62.5387;RBI=0.0557826;REFB=0;REVB=0.0343346;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519819;OID=.;OPOS=170070723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:38:43:1:15:23:0:0:15:28:0:0 chr6 170102267 . A G 339.49 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1825;QD=54.3183;RBI=0.0340758;REFB=0;REVB=-0.0238436;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27141e-05;OID=.;OPOS=170102267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr6 170103508 . G GT 147.0 PASS AF=0.555556;AO=18;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0385234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.9315;QD=16.3337;RBI=0.0447416;REFB=0.0260434;REVB=-0.0227543;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242273;STB=0.674692;STBP=0.031;TYPE=ins;VARB=-0.0285352;OID=.;OPOS=170103509;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:18:36:20:36:16:7:13:12:4:99:18:7:11:12:6 chr6 170162537 . C T 526.95 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0420977;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7516;QD=20.2672;RBI=0.0424313;REFB=-0.0180748;REVB=-0.00531062;RO=49;SAF=27;SAR=27;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00881228;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0135068;OID=.;OPOS=170162537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:50:54:54:0.519231:27:27:24:25:27:27:25:25 chr6 170176146 . G A 275.11 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0418641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.423;QD=15.4992;RBI=0.0454306;REFB=-0.0295473;REVB=-0.0176449;RO=40;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122604;STB=0.569186;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0368223;OID=.;OPOS=170176146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:14:17:17:23:14:17:17:23 chr6 170176467 . A G 284.25 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00571309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.162;QD=14.9606;RBI=0.00900473;REFB=-0.0183871;REVB=0.0069603;RO=43;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284331;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0262073;OID=.;OPOS=170176467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:31:32:0.421053:16:15:22:21:16:16:22:22 chr6 170176647 . CA TG 429.92 PASS AF=0.463158;AO=43;DP=96;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0110724;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=2;MLLD=290.092;QD=18.1018;RBI=0.0116035;REFB=-0.00838316;REVB=0.00347027;RO=51;SAF=22;SAR=21;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172758;STB=0.515782;STBP=0.781;TYPE=mnp;VARB=0.00951289;OID=.;OPOS=170176647;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:51:51:43:44:0.463158:21:22:27:24:22:22:27:24 chr6 170190200 . G A 1788.54 PASS AF=0.99187;AO=115;DP=121;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0468819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3128;QD=58.1638;RBI=0.0781977;REFB=-0.0996093;REVB=0.0625856;RO=5;SAF=60;SAR=55;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254435;STB=0.504064;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00204658;OID=.;OPOS=170190200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:121:123:5:1:115:122:0.99187:55:60:1:4:61:61:1:0 chr6 170190418 . T G 272.82 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00728906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.457;QD=24.2507;RBI=0.0163711;REFB=-0.0214395;REVB=-0.0146588;RO=20;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159779;STB=0.50889;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0120194;OID=.;OPOS=170190418;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:13:12:10:10:13:12:10:10 chr6 170190659 . G T 168.19 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0345232;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.775;QD=23.199;RBI=0.0377939;REFB=-0.0191169;REVB=-0.0153794;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399905;STB=0.522423;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0133466;OID=.;OPOS=170190659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:7:5:8:9:7:5 chr6 170591923 . T G 527.78 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0148858;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.263;QD=22.2223;RBI=0.0149006;REFB=-0.0138542;REVB=-0.000664736;RO=45;SAF=12;SAR=38;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210075;STB=0.616583;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0203074;OID=.;OPOS=170591923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:45:50:50:0.526316:38:12:20:25:38:12:20:25 chr6 170597276 . C T 191.7 PASS AF=0.44;AO=15;DP=54;FAO=22;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0256699;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.065;QD=15.3362;RBI=0.0394741;REFB=-0.0372612;REVB=-0.0299877;RO=31;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361161;STB=0.514693;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0616663;OID=.;OPOS=170597276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:50:31:28:15:22:0.44:4:11:13:18:12:10:12:16 chr6 170598352 . C T 443.8 PASS AF=0.45;AO=44;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.00790747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.824;QD=17.7521;RBI=0.00796415;REFB=-0.0150381;REVB=0.000948497;RO=55;SAF=15;SAR=29;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00500426;STB=0.507459;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0189408;OID=.;OPOS=170598352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:44:45:0.45:29:15:19:36:30:15:19:36 chr6 170598368 . TCTC T 88.07 PASS AF=0.225806;AO=13;DP=48;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.020551;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=3;MLLD=203.694;QD=5.68181;RBI=0.0211881;REFB=-0.0233241;REVB=-0.0051569;RO=30;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104589;STB=0.531973;STBP=0.79;TYPE=del;VARB=0.0725991;OID=.;OPOS=170598369;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225806:13:48:14:62:48:5:9:19:29:88:30:4:9:9:21 chr6 170626943 . T C 120.42 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0256411;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6162;QD=12.351;RBI=0.0685813;REFB=0.0202698;REVB=-0.0636076;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208022;STB=0.608543;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0161141;OID=.;OPOS=170626943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:25:14:14:0.358974:8:6:15:9:8:6:15:10 chr6 170628009 . T G 220.92 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00874009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.336;QD=18.0343;RBI=0.0128082;REFB=-0.0153885;REVB=0.00936278;RO=27;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032077;STB=0.518202;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0334621;OID=.;OPOS=170628009;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:14:8:9:18:14:8:9:18 chr6 170845354 . A G 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7118;QD=60.2242;RBI=0.0799517;REFB=0;REVB=0.0727884;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127027;OID=.;OPOS=170845354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr6 170862300 . G C 1591.05 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050958;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.169;QD=64.2847;RBI=0.0510402;REFB=0;REVB=0.00289546;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37211e-05;OID=.;OPOS=170862300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:51:48:0:0:51:48:0:0 chr6 170878793 . T C 1933.55 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.43;QD=61.8736;RBI=0.0436692;REFB=0;REVB=0.043654;RO=0;SAF=70;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105657;OID=.;OPOS=170878793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:55:70:0:0:55:70:0:0 chr6 170887690 . G A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.013461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.492;QD=19.3688;RBI=0.0178946;REFB=-0.0190372;REVB=-0.0117905;RO=7;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089159;STB=0.551615;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.013249;OID=.;OPOS=170887690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:2:8:5:2:2:8:5:2 chr6 170887693 . G C 223.12 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2141;QD=49.582;RBI=0.0792865;REFB=0;REVB=-0.0407356;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595818;OID=.;OPOS=170887693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr7 299850 . G T 398.61 PASS AF=0.414414;AO=45;DP=110;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.00201409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.565;QD=14.3645;RBI=0.0200475;REFB=-0.0109736;REVB=0.019946;RO=65;SAF=8;SAR=37;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471258;STB=0.75107;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0272385;OID=.;OPOS=299850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:65:65:45:46:0.414414:37:8:38:27:37:9:38:27 chr7 299881 . A G 308.02 PASS AF=0.391304;AO=32;DP=90;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.109744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4333;QD=13.3923;RBI=0.109746;REFB=-0.0218582;REVB=0.000750229;RO=56;SAF=11;SAR=21;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197734;STB=0.636054;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.026676;OID=.;OPOS=299881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:56:56:32:36:0.391304:21:11:29:27:25:11:29:27 chr7 470239 . A G 333.71 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.00584192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.11;QD=21.8823;RBI=0.0230805;REFB=0.00646211;REVB=-0.0223289;RO=27;SAF=8;SAR=26;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057851;STB=0.531838;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00704965;OID=.;OPOS=470239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:26:8:5:22:26:8:5:22 chr7 470281 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.239;QD=61.684;RBI=0.0235754;REFB=0;REVB=0.0222106;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33276e-05;OID=.;OPOS=470281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr7 470316 . A G 161.77 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0226353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2592;QD=28.1344;RBI=0.0778797;REFB=0.00845926;REVB=-0.0745177;RO=7;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017178;STB=0.509542;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00771876;OID=.;OPOS=470316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:11:5:2:5:11:5:2:5 chr7 540741 . G A 1843.31 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0206241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.738;QD=60.4362;RBI=0.0450708;REFB=-0.0177461;REVB=0.0400752;RO=1;SAF=50;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664428;STB=0.503496;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000215303;OID=.;OPOS=540741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:71:50:0:1:71:50:0:1 chr7 624220 . GT G,GG 2781.74 PASS AF=0.0546448,0.945355;AO=37,140;DP=184;FAO=10,173;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=2,75;FSAR=8,98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218396,0.0279721;FXX=0.00543449;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.361,175.09;QD=60.8031;RBI=0.030875,0.0341918;REFB=0,0;REVB=0.0218243,0.0196633;RO=0;SAF=9,63;SAR=28,77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0345272,0.000430988;OID=.,.;OPOS=624221,624221;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0546448,0.945355:37,140:184:10,173:183:0:2,75:8,98:0:0:13:0:9,63:28,77:0:0 chr7 624222 . A G 132.07 PASS AF=0.167568;AO=28;DP=172;FAO=31;FDP=185;FR=.;FRO=154;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=65;FSRR=89;FWDB=-0.000240455;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.3229;QD=2.85557;RBI=0.0553554;REFB=-0.0309471;REVB=-0.0553549;RO=144;SAF=9;SAR=19;SRF=65;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173727;STB=0.530245;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.211032;OID=.;OPOS=624222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:185:144:154:28:31:0.167568:19:9:65:79:19:12:65:89 chr7 772174 . G A 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0357989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.883;QD=17.0333;RBI=0.0386559;REFB=-0.0286476;REVB=-0.0145848;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970462;STB=0.555494;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0380522;OID=.;OPOS=772174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:10:12:8:10:10:12 chr7 878471 . G A 271.74 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.0275637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.928;QD=12.3516;RBI=0.0279907;REFB=-0.00505169;REVB=0.0048706;RO=56;SAF=16;SAR=16;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178796;STB=0.602211;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0107641;OID=.;OPOS=878471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:16:16:37:19:16:16:37:19 chr7 881668 . C T 203.18 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.000184817;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.397;QD=20.8393;RBI=0.0396812;REFB=-0.0296074;REVB=-0.0396808;RO=19;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679889;STB=0.538422;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0354694;OID=.;OPOS=881668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:19:19:20:20:0.512821:14:6:7:12:14:6:7:12 chr7 882895 . C G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0302044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3442;QD=12.782;RBI=0.0314991;REFB=-0.0098184;REVB=-0.00893805;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119127;STB=0.571275;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0124952;OID=.;OPOS=882895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:2:8:10:4:2:8:10:4 chr7 897492 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000472767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.257;QD=59.5012;RBI=0.0211428;REFB=0;REVB=0.0211375;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31325e-05;OID=.;OPOS=897492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr7 909048 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0116521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.227;QD=15.172;RBI=0.0276465;REFB=-0.0197792;REVB=-0.025071;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110527;STB=0.576279;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0308624;OID=.;OPOS=909048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:7:10:11:12:7:10:11:13 chr7 923855 . G A 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0165668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.78;QD=16.9403;RBI=0.0676543;REFB=-0.00488431;REVB=0.0655946;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294338;STB=0.50251;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00550272;OID=.;OPOS=923855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:11:8:9:14:11:8:10:14 chr7 923935 . G A 296.39 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00963702;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1919;QD=13.1729;RBI=0.0198592;REFB=0.00530897;REVB=0.0173642;RO=56;SAF=13;SAR=21;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130475;STB=0.574722;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00425558;OID=.;OPOS=923935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:56:34:34:0.377778:21:13:28:28:21:13:28:28 chr7 926791 . G GCGTC 239.12 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=75;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0442938;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=4;MLLD=236.531;QD=14.0657;RBI=0.044469;REFB=-0.0176021;REVB=0.00394305;RO=45;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556339;STB=0.514588;STBP=0.898;TYPE=ins;VARB=0.0319951;OID=.;OPOS=926792;OREF=-;OALT=CGTC;OMAPALT=GCGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:27:75:28:68:40:9:19:12:28:99:45:9:18:13:32 chr7 926801 . T G 32.83 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0666579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.886;QD=1.98995;RBI=0.0671204;REFB=-0.010024;REVB=-0.00786572;RO=58;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103119;STB=0.567382;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0340191;OID=.;OPOS=926801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:58:59:7:7:0.106061:4:3:20:38:4:3:21:38 chr7 926826 . AT AC,GC 676.27 PASS AF=0.96,0.02;AO=49,3;DP=52;FAO=48,1;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26,1;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013193,-0.0048854;FXX=0.0384541;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=149.613,104.304;QD=54.1017;RBI=0.0176002,0.0188648;REFB=-0.0837312,-0.0788121;REVB=0.0116496,-0.0182212;RO=0;SAF=26,1;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.511106,0.989913;STBP=0.289,0.496;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000995243,-0.0165403;OID=.,.;OPOS=926827,926826;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:52:50:0:1:49,3:48,1:0.96,0.02:23,2:26,1:0:0:22,0:26,1:0:1 chr7 930689 . C T 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0208225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.064;QD=8.99486;RBI=0.0235899;REFB=-0.008186;REVB=-0.0110865;RO=29;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00342653;STB=0.502089;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0187892;OID=.;OPOS=930689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:7:5:12:17:7:5:12:17 chr7 935289 . C T 181.39 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0358339;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=162.94;QD=16.4904;RBI=0.03585;REFB=-0.00879729;REVB=-0.0010749;RO=24;SAF=16;SAR=3;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506533;STB=0.786552;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0145053;OID=.;OPOS=935289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:3:16:9:15:3:16:10:15 chr7 940181 . C G,T 717.76 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=2,49;DP=51;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=2,24;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856598,0.00708063;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=9.09039,159.188;QD=56.2946;RBI=0.0570048,0.0263091;REFB=0,0;REVB=0.0563575,0.0253384;RO=0;SAF=2,24;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.15639,7.47468e-06;OID=.,.;OPOS=940181,940181;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:2,49:2,49:0.0392157,0.960784:0,25:2,24:0:0:0,25:2,24:0:0 chr7 940258 . G GGGCAAAGGCA 48.98 PASS AF=0.190476;AO=6;DP=45;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0380757;FXX=0.0454442;HRUN=4;LEN=10;MLLD=290.117;QD=4.66462;RBI=0.0457718;REFB=-0.0119155;REVB=-0.0254026;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508082;STB=0.579067;STBP=0.653;TYPE=ins;VARB=0.0630218;OID=.;OPOS=940259;OREF=-;OALT=GGCAAAGGCA;OMAPALT=GGGCAAAGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.190476:6:45:8:42:34:3:5:16:18:48:35:3:3:16:19 chr7 959692 . G A 899.69 PASS AF=0.457143;AO=95;DP=203;FAO=96;FDP=210;FR=.;FRO=114;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=64;FSRR=50;FWDB=0.0154877;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.2893;QD=17.1369;RBI=0.023999;REFB=-0.0158868;REVB=0.0183326;RO=108;SAF=41;SAR=54;SRF=63;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145594;STB=0.572901;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0138367;OID=.;OPOS=959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:210:108:114:95:96:0.457143:54:41:63:45:55:41:64:50 chr7 960450 . C T 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=-0.00536457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.302;QD=11.3363;RBI=0.00917066;REFB=-0.0138671;REVB=0.00743791;RO=43;SAF=4;SAR=20;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117794;STB=0.569043;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0160158;OID=.;OPOS=960450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:20:4:10:33:20:4:10:33 chr7 1028448 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0235195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.905;QD=13.2052;RBI=0.0241514;REFB=-0.0518263;REVB=0.00548861;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0388686;OID=.;OPOS=1028448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:2:4:4:2:2:4 chr7 1481919 . C A 794.69 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330234;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.963;QD=56.7633;RBI=0.0462751;REFB=-0.0304813;REVB=0.0324168;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59939e-05;OID=.;OPOS=1481919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr7 1482009 . G C 241.18 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.0350147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.658;QD=14.6171;RBI=0.0351591;REFB=-0.00434283;REVB=-0.00318285;RO=36;SAF=18;SAR=10;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886819;STB=0.560934;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00479552;OID=.;OPOS=1482009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:38:28:28:0.424242:10:18:26:10:10:18:28:10 chr7 1484572 . A G 139.24 PASS AF=1;AO=8;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6238;QD=42.8444;RBI=0.112098;REFB=0;REVB=0.0116088;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127766;OID=.;OPOS=1484572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:8:13:1:2:6:0:0:5:8:0:0 chr7 1533513 . A G 1189.44 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00233699;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.638;QD=57.3225;RBI=0.0102605;REFB=-0.00584232;REVB=-0.00999084;RO=3;SAF=22;SAR=58;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033025;STB=0.517468;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=6.15935e-05;OID=.;OPOS=1533513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:83:83:3:3:80:80:0.963855:58:22:2:1:58:22:2:1 chr7 1538614 . G A 634.43 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135238;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.478;QD=59.0171;RBI=0.0342224;REFB=-0.123979;REVB=0.0314369;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.511106;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00111193;OID=.;OPOS=1538614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:20:21:1:0:20:22:1:0 chr7 1542697 . G A 696.34 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0189707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.464;QD=56.8444;RBI=0.0391135;REFB=-0.0839186;REVB=0.034205;RO=3;SAF=21;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242715;STB=0.512929;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00920586;OID=.;OPOS=1542697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:25:21:2:1:25:21:2:1 chr7 1542814 . T C,G 442.05 PASS AF=0.90625,0.09375;AO=24,5;DP=29;FAO=29,3;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15,3;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300127,-0.0348697;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.219,83.0325;QD=55.2567;RBI=0.0480044,0.0369831;REFB=0,0;REVB=0.0479104,0.0123228;RO=0;SAF=15,3;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0296081,0.162904;OID=.,.;OPOS=1542814,1542814;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:29:32:0:0:24,5:29,3:0.90625,0.09375:9,2:15,3:0:0:14,0:15,3:0:0 chr7 1543981 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.923;QD=43.4861;RBI=0.0394061;REFB=0;REVB=0.03477;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546505;OID=.;OPOS=1543981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr7 1588391 . A G 300.75 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6824;QD=52.3043;RBI=0.0671529;REFB=0;REVB=0.0649842;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226281;OID=.;OPOS=1588391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr7 1588549 . G A 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.038;QD=49.588;RBI=0.0280543;REFB=0;REVB=0.000515639;RO=0;SAF=17;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016772;OID=.;OPOS=1588549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:1:17:0:0:1:17:0:0 chr7 1588768 . G A 271.83 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.454;QD=51.7765;RBI=0.0444519;REFB=0;REVB=0.0253239;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615519;OID=.;OPOS=1588768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:1:0:20:21:1:11:9:0:1:12:9:0:0 chr7 1594986 . GGC G,GG 272.35 PASS AF=0.794872,0;AO=20,7;DP=39;FAO=31,0;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=12,0;FSAR=19,0;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.184529,0.032067;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=23.6914,13.6047;QD=27.9334;RBI=0.273393,0.230026;REFB=-0.0844738,0.0337214;REVB=0.201724,0.22778;RO=9;SAF=6,4;SAR=14,3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0.30137,0;SSEP=0,0.30137;SSSB=-0.279161,-0.206013;STB=0.575708,0.5;STBP=0.082,1;TYPE=del,del;VARB=0.033457,-0.0156277;OID=.,.;OPOS=1594987,1594988;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.794872,0:20,7:39:31,0:39:8:12,0:19,0:6:2:30:9:6,4:14,3:7:2 chr7 1784828 . TG T 53.54 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.169685;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.2197;QD=7.64821;RBI=0.206411;REFB=-0.0689268;REVB=-0.117527;RO=15;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0.390244;SSEP=0;SSSB=0.397116;STB=0.713848;STBP=0.106;TYPE=del;VARB=0.031628;OID=.;OPOS=1784829;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:11:29:11:28:17:9:2:9:8:53:15:9:2:7:8 chr7 1878377 . A G 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.712;QD=56.9504;RBI=0.0104115;REFB=0;REVB=0.00966203;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71146e-05;OID=.;OPOS=1878377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr7 1878453 . T A 193.04 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.041413;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8903;QD=11.6991;RBI=0.0415897;REFB=-0.00717373;REVB=-0.003829;RO=42;SAF=16;SAR=8;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215125;STB=0.624893;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00980322;OID=.;OPOS=1878453;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:42:42:24:24:0.363636:8:16:20:22:8:16:20:22 chr7 1886937 . C T 588.13 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00414145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.268;QD=23.7628;RBI=0.0158766;REFB=-0.00715364;REVB=-0.0153269;RO=45;SAF=22;SAR=32;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087235;STB=0.547927;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00818425;OID=.;OPOS=1886937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:45:54:54:0.545455:32:22:23:22:32:22:23:22 chr7 1887362 . G A 231.37 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00394442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.64;QD=14.6901;RBI=0.0170608;REFB=-0.0316338;REVB=0.0165986;RO=36;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16143;STB=0.591768;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0398747;OID=.;OPOS=1887362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:17:10:19:17:17:10:19:17 chr7 1937784 . A G 191.38 PASS AF=0.363636;AO=23;DP=65;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.00616553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.204;QD=11.5986;RBI=0.0109176;REFB=-0.0126464;REVB=0.00901001;RO=41;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338394;STB=0.682786;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.030622;OID=.;OPOS=1937784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:41:42:23:24:0.363636:9:14:12:29:10:14:12:30 chr7 1976457 . C T 420.46 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.00410196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.514;QD=16.4884;RBI=0.00855725;REFB=-0.027246;REVB=-0.00751002;RO=56;SAF=28;SAR=18;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168778;STB=0.50943;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0350934;OID=.;OPOS=1976457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:18:28:35:21:18:28:35:21 chr7 2257612 . G A 468.53 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0139082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2905;QD=18.0206;RBI=0.0202983;REFB=-0.00138913;REVB=0.0147846;RO=52;SAF=36;SAR=14;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222314;STB=0.616389;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00155194;OID=.;OPOS=2257612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:54:50:50:0.480769:14:36:26:26:14:36:28:26 chr7 2297006 . A G 879.36 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012634;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.306;QD=56.7328;RBI=0.0257305;REFB=-0.177931;REVB=0.0224152;RO=1;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132969;STB=0.50704;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000687237;OID=.;OPOS=2297006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:35:26:0:1:35:26:0:1 chr7 2303986 . T C 734.08 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00676059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7167;QD=61.1733;RBI=0.0215703;REFB=-0.11352;REVB=0.0204835;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00257789;OID=.;OPOS=2303986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:19:28:0:0:19:28:0:1 chr7 2349470 . T C 75.34 PASS AF=0.5;AO=6;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.015463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0283;QD=16.7426;RBI=0.0611739;REFB=-0.043004;REVB=0.0591873;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360263;STB=0.657229;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00848544;OID=.;OPOS=2349470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:18:18:7:8:6:9:0.5:1:5:7:0:4:5:7:1 chr7 2405984 . C T 199.08 PASS AF=0.655172;AO=18;DP=28;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0182332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.391;QD=27.4589;RBI=0.0199767;REFB=-0.00972291;REVB=-0.00816202;RO=10;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509081;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00541189;OID=.;OPOS=2405984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:10:10:18:19:0.655172:9:9:5:5:9:10:5:5 chr7 2472707 . G C 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0172508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.137;QD=24.5996;RBI=0.0201829;REFB=-0.0499689;REVB=0.0104765;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159118;STB=0.588159;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0490758;OID=.;OPOS=2472707;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:10:12:12:4:10:12:12:4 chr7 2473804 . G T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00691674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.362;QD=11.0923;RBI=0.0526802;REFB=0.0396289;REVB=0.0522242;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370384;STB=0.713717;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.04734;OID=.;OPOS=2473804;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:6:0:1:4:6:0 chr7 2552880 . CA CAGATG,TG 547.54 PASS AF=0.925,0.025;AO=33,2;DP=41;FAO=37,1;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=16,0;FSAR=21,1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0284974,-0.0211186;FXX=0.0243843;HRUN=1,1;LEN=4,2;MLLD=162.769,174.958;QD=54.7541;RBI=0.0710012,0.0288995;REFB=-0.101847,-0.0221114;REVB=0.0650313,-0.0197278;RO=0;SAF=13,1;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.82173e-08,0;STB=0.503524,0.986712;STBP=0.868,0.516;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0098016,0.0839206;OID=.,.;OPOS=2552882,2552880;OREF=-,CA;OALT=GATG,TG;OMAPALT=CAGATG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:40:0:2:33,2:37,1:0.925,0.025:20,1:13,1:0:0:21,1:16,0:1:1 chr7 2577781 . T C 302.26 PASS AF=0.592593;AO=29;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00507063;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.718;QD=22.3894;RBI=0.00853566;REFB=-0.0230074;REVB=0.0068663;RO=21;SAF=12;SAR=17;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258503;STB=0.504947;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0161868;OID=.;OPOS=2577781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:22:29:32:0.592593:17:12:8:13:20:12:8:14 chr7 2578371 . G A 351.7 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0174231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9165;QD=20.9969;RBI=0.024429;REFB=-0.0379453;REVB=0.0171234;RO=30;SAF=21;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968425;STB=0.546573;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0328804;OID=.;OPOS=2578371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:30:31:36:36:0.537313:15:21:14:16:15:21:15:16 chr7 2582907 . C T 271.73 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0212738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.307;QD=12.3511;RBI=0.0234946;REFB=-0.00332315;REVB=0.00997104;RO=54;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161299;STB=0.512041;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00487413;OID=.;OPOS=2582907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:56:32:32:0.363636:20:12:21:33:20:12:22:34 chr7 2611878 . T C 355.2 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0358266;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7258;QD=18.6947;RBI=0.0376849;REFB=-0.00463683;REVB=0.011688;RO=40;SAF=10;SAR=27;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190068;STB=0.597975;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00451492;OID=.;OPOS=2611878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:39:37:37:0.486842:27:10:18:22:27:10:17:22 chr7 2613042 . G C 230.43 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0221119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.771;QD=12.4556;RBI=0.042178;REFB=-0.0204253;REVB=-0.0359172;RO=44;SAF=14;SAR=14;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728018;STB=0.540512;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0343092;OID=.;OPOS=2613042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:46:28:28:0.378378:14:14:25:19:14:14:26:20 chr7 2623351 . G A 332.43 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0161731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8084;QD=26.5947;RBI=0.0201112;REFB=-0.0067334;REVB=0.0119537;RO=20;SAF=8;SAR=21;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220652;STB=0.529391;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00658496;OID=.;OPOS=2623351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:21:29:29:0.58:21:8:6:14:21:8:7:14 chr7 2644519 . C T 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.231;QD=40.6388;RBI=0.0188546;REFB=-0.0353409;REVB=0.0106104;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521709;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.000999842;OID=.;OPOS=2644519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:11:3:0:0:11:3:0:1 chr7 2645526 . G A,C 1436.71 PASS AF=0.92,0.08;AO=89,11;DP=100;FAO=92,8;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=40,6;FSAR=52,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511943,-0.000316942;FXX=0.0196059;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.1671,187.044;QD=57.4685;RBI=0.106946,0.00753259;REFB=0,0;REVB=0.0938962,-0.00752592;RO=0;SAF=40,6;SAR=49,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00666175,0.17712;OID=.,.;OPOS=2645526,2645526;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:100:100:0:0:89,11:92,8:0.92,0.08:49,5:40,6:0:0:52,2:40,6:0:0 chr7 2645552 . A G 1340.27 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565476;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3087;QD=62.3381;RBI=0.0628569;REFB=0;REVB=-0.0274473;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021096;OID=.;OPOS=2645552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr7 2646950 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.695;QD=50.4126;RBI=0.0375063;REFB=0;REVB=0.037476;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209181;OID=.;OPOS=2646950;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr7 2649704 . T G 1061.02 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0179005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.108;QD=55.8434;RBI=0.0183034;REFB=0.00194604;REVB=0.00381923;RO=3;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422981;STB=0.522382;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00017458;OID=.;OPOS=2649704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:3:3:73:73:0.960526:32:41:0:3:32:41:0:3 chr7 2653792 . C A 340.73 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00033386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.413;QD=54.516;RBI=0.00296899;REFB=0;REVB=-0.00295016;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10049e-05;OID=.;OPOS=2653792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:14:11:0:0 chr7 2702316 . C T 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.716;QD=53.9074;RBI=0.0452334;REFB=0;REVB=0.0371136;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404265;OID=.;OPOS=2702316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr7 2748758 . G C 471.48 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00443993;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.9769;QD=55.4682;RBI=0.0377338;REFB=-0.102278;REVB=-0.0374717;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00199146;OID=.;OPOS=2748758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:0:1:19:14:0:1 chr7 2748803 . C T 251.61 PASS AF=0.875;AO=20;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0445189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.688;QD=41.9356;RBI=0.0607112;REFB=-0.140425;REVB=0.0412786;RO=3;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144699;STB=0.57136;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00234137;OID=.;OPOS=2748803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:24:24:3:3:20:21:0.875:12:8:3:0:12:9:3:0 chr7 2946461 . T C 282.65 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0974012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.722;QD=51.391;RBI=0.10275;REFB=0;REVB=-0.0327205;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052428;OID=.;OPOS=2946461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:14:7:0:0:15:7:0:0 chr7 2957005 . T C 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00982914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.54;QD=26.4133;RBI=0.0216066;REFB=0.00145208;REVB=-0.0192415;RO=17;SAF=7;SAR=18;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244554;STB=0.63606;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00229904;OID=.;OPOS=2957005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:18:7:10:7:18:7:10:7 chr7 2966445 . T G 52.22 PASS AF=0.32;AO=5;DP=23;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0112753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.783;QD=8.355;RBI=0.0238371;REFB=-0.0247985;REVB=0.0210017;RO=15;SAF=1;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393696;STB=0.666222;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0703016;OID=.;OPOS=2966445;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:23:25:15:17:5:8:0.32:4:1:8:7:6:2:8:9 chr7 3197788 . G C 112.92 PASS AF=0.25;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00527238;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.489;QD=6.64261;RBI=0.0307755;REFB=-0.00793213;REVB=-0.0303206;RO=51;SAF=14;SAR=3;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386913;STB=0.742539;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.018999;OID=.;OPOS=3197788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:51:51:17:17:0.25:3:14:28:23:3:14:28:23 chr7 4189075 . G C 670.06 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.38;QD=62.3314;RBI=0.0700519;REFB=0;REVB=0.0700074;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000712886;OID=.;OPOS=4189075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr7 4213877 . T C 1402.82 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00420747;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.876;QD=61.6622;RBI=0.00878651;REFB=0.032034;REVB=0.00771362;RO=1;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129808;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=9.70663e-05;OID=.;OPOS=4213877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:88:90:0.989011:36:52:0:1:38:52:0:1 chr7 4213940 . T C 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00424784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.365;QD=62.4652;RBI=0.00651285;REFB=0;REVB=-0.00493691;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41176e-06;OID=.;OPOS=4213940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr7 4213975 . A G 975.83 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546805;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.961;QD=59.1413;RBI=0.00838268;REFB=0;REVB=0.00635372;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48438e-06;OID=.;OPOS=4213975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr7 4260911 . C T 898.36 PASS AF=0.424242;AO=98;DP=231;FAO=98;FDP=231;FR=.;FRO=133;FSAF=67;FSAR=31;FSRF=77;FSRR=56;FWDB=0.00885936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.605;QD=15.556;RBI=0.0172679;REFB=-0.0113104;REVB=0.014822;RO=133;SAF=67;SAR=31;SRF=77;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118481;STB=0.566293;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0145684;OID=.;OPOS=4260911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:133:133:98:98:0.424242:31:67:77:56:31:67:77:56 chr7 4267072 . T A 372.12 PASS AF=0.555556;AO=21;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0277574;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=27.301;QD=23.6263;RBI=0.101564;REFB=-0.0369874;REVB=0.0976978;RO=16;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357462;STB=0.53711;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0729401;OID=.;OPOS=4267072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:16:24:21:35:0.555556:7:14:10:6:13:22:13:11 chr7 4308362 . C T 342.91 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=10;FWDB=0.0241001;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.794;QD=16.1371;RBI=0.0278602;REFB=-0.011991;REVB=0.0139777;RO=47;SAF=23;SAR=14;SRF=37;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185729;STB=0.607344;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0164722;OID=.;OPOS=4308362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:48:37:37:0.435294:14:23:37:10:14:23:38:10 chr7 4780514 . G T 794.69 PASS AF=0.488095;AO=81;DP=167;FAO=82;FDP=168;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=0.0160479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.309;QD=18.9213;RBI=0.0195791;REFB=-0.0312961;REVB=-0.0112162;RO=85;SAF=38;SAR=43;SRF=52;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131862;STB=0.571659;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0338748;OID=.;OPOS=4780514;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:85:86:81:82:0.488095:43:38:52:33:43:39:53:33 chr7 4802029 . T G 255.37 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.14;QD=51.0733;RBI=0.0531942;REFB=0;REVB=0.01623;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145069;OID=.;OPOS=4802029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:10:8:0:0:11:9:0:0 chr7 4841470 . T C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00955753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.174;QD=58.5853;RBI=0.00955768;REFB=0;REVB=-5.45369e-05;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00155e-05;OID=.;OPOS=4841470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr7 4874250 . G A 429.06 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.00509329;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.874;QD=19.5025;RBI=0.0226566;REFB=-0.0151584;REVB=0.0220767;RO=45;SAF=32;SAR=11;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887463;STB=0.549514;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0107407;OID=.;OPOS=4874250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:45:45:43:43:0.488636:11:32:30:15:11:32:30:15 chr7 4874334 . C G 1176.67 PASS AF=0.59116;AO=107;DP=181;FAO=107;FDP=181;FR=.;FRO=74;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=49;FSRR=25;FWDB=-0.0227918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.682;QD=26.0037;RBI=0.023579;REFB=-0.0391726;REVB=-0.00604172;RO=69;SAF=58;SAR=49;SRF=49;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124289;STB=0.54986;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0164683;OID=.;OPOS=4874334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:69:74:107:107:0.59116:49:58:49:20:49:58:49:25 chr7 4874420 . G C 469.46 PASS AF=0.382979;AO=53;DP=136;FAO=54;FDP=141;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.0562397;FXX=0.00704176;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.773;QD=13.3179;RBI=0.0562754;REFB=-0.0111588;REVB=-0.00200678;RO=83;SAF=27;SAR=26;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815728;STB=0.557339;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0187806;OID=.;OPOS=4874420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:141:83:87:53:54:0.382979:26:27:36:47:26:28:37:50 chr7 4876057 . C T 104.74 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0195652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.968;QD=19.9513;RBI=0.0249704;REFB=-0.0337773;REVB=0.0155153;RO=9;SAF=10;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522722;STB=0.713877;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0356033;OID=.;OPOS=4876057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:9:9:11:12:0.571429:1:10:4:5:2:10:4:5 chr7 4898894 . A C 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00920042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.434;QD=24.1068;RBI=0.0143393;REFB=-0.00967268;REVB=0.0109985;RO=19;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046077;STB=0.52567;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.010776;OID=.;OPOS=4898894;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:14:10:9:10:14:10:9:10 chr7 4900095 . A G 582.42 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0467626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.087;QD=58.2423;RBI=0.0490653;REFB=-0.104758;REVB=0.0148546;RO=1;SAF=29;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158949;STB=0.50847;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00840182;OID=.;OPOS=4900095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:10:29:1:0:10:29:1:0 chr7 4900341 . G A 237.6 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0219883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.542;QD=14.6218;RBI=0.0219891;REFB=0.000943314;REVB=0.000187961;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133658;STB=0.584557;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00116744;OID=.;OPOS=4900341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:37:27:28:0.430769:14:13:13:24:14:14:13:24 chr7 4901191 . T C 202.77 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0368704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0149;QD=12.2894;RBI=0.0443743;REFB=-0.00180073;REVB=-0.0246912;RO=39;SAF=5;SAR=20;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443432;STB=0.769005;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0012544;OID=.;OPOS=4901191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:39:41:25:25:0.378788:20:5:23:16:20:5:25:16 chr7 4901385 . A C 701.71 PASS AF=1;AO=44;DP=47;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603716;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7855;QD=55.0357;RBI=0.0604332;REFB=0;REVB=-0.00272893;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243651;OID=.;OPOS=4901385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:51:0:0:44:51:1:30:14:0:0:30:21:0:0 chr7 5096958 . T C 754.83 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.516;QD=56.9683;RBI=0.0226826;REFB=0;REVB=0.0172735;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43056e-05;OID=.;OPOS=5096958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:21:31:0:0:22:31:0:0 chr7 5104275 . G A 454.47 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.368;QD=56.8082;RBI=0.0508091;REFB=0;REVB=0.034232;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627686;OID=.;OPOS=5104275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:20:12:0:0 chr7 5104359 . G A 415.62 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156954;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.692;QD=57.3275;RBI=0.0255543;REFB=0;REVB=0.0201662;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328806;OID=.;OPOS=5104359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr7 5104473 . TG T 48.84 PASS AF=0.363636;AO=10;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.174782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.5388;QD=5.91943;RBI=0.179585;REFB=-0.0674716;REVB=-0.0412568;RO=22;SAF=0;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.79014;STB=0.785998;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=0.132227;OID=.;OPOS=5104474;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:10:33:12:33:21:2:10:12:9:48:22:0:10:13:9 chr7 5105133 . C T 101.89 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.828;QD=40.7568;RBI=0.0352632;REFB=0;REVB=0.0277978;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4432e-05;OID=.;OPOS=5105133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:7:2:0:0:7:3:0:0 chr7 5112035 . C T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00746926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.915;QD=22.5803;RBI=0.0151718;REFB=-0.0459475;REVB=0.0132059;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793731;STB=0.504497;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0241984;OID=.;OPOS=5112035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:3:4:7:5:3:4 chr7 5112554 . A C 87.4 PASS AF=0.240741;AO=12;DP=59;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0544601;FXX=0.0847314;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.906;QD=6.47381;RBI=0.0603664;REFB=-0.00479104;REVB=-0.0260422;RO=32;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251321;STB=0.519969;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.095365;OID=.;OPOS=5112554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:59:54:32:41:12:13:0.240741:5:7:18:14:6:7:21:20 chr7 5161512 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.434;QD=50.4135;RBI=0.0808073;REFB=0;REVB=0.0807073;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051766;OID=.;OPOS=5161512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr7 5161552 . G A 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0129927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.23;QD=20.3971;RBI=0.0351697;REFB=-0.0204995;REVB=0.0326818;RO=27;SAF=22;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781943;STB=0.543534;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.016174;OID=.;OPOS=5161552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:9:22:17:10:9:22:17:10 chr7 5161640 . G C 280.95 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00756003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.344;QD=14.4076;RBI=0.0151485;REFB=-0.00232393;REVB=0.0131272;RO=45;SAF=20;SAR=12;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00304938;STB=0.510198;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00334785;OID=.;OPOS=5161640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:46:32:32:0.410256:12:20:28:17:12:20:28:18 chr7 5166500 . A G 244.85 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0137008;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1932;QD=22.7768;RBI=0.0162974;REFB=0.0216838;REVB=-0.0088257;RO=20;SAF=18;SAR=5;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215573;STB=0.512038;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.0141011;OID=.;OPOS=5166500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:20:23:23:0.534884:5:18:16:4:5:18:16:4 chr7 5254227 . C G 1591.77 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0627502;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6269;QD=64.314;RBI=0.074048;REFB=0;REVB=0.0393132;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.62407e-05;OID=.;OPOS=5254227;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:54:45:0:0:54:45:0:0 chr7 5271656 . GCTTCCCT GC,GCT 338.82 PASS AF=0,1;AO=4,24;DP=31;FAO=0,28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691764,0.00925343;FXX=0.151469;HRUN=2,2;LEN=6,5;MLLD=150.905,174.038;QD=48.4021;RBI=0.0446746,0.0132772;REFB=0,0;REVB=-0.0441357,-0.0095215;RO=0;SAF=0,19;SAR=4,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-3.04289e-05;OID=.,.;OPOS=5271658,5271657;OREF=TTCCCT,CTTCC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,24:31:0,28:28:0:0,19:0,9:0:0:6:0:0,19:4,5:0:0 chr7 5346735 . T C,G 183.0 PASS AF=0.8125,0.1875;AO=13,2;DP=15;FAO=13,3;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10,3;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181963,0.0084281;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.622,140.241;QD=45.7502;RBI=0.0418226,0.0186717;REFB=0,0;REVB=-0.0376567,-0.0166613;RO=0;SAF=10,2;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00443963,0.0425086;OID=.,.;OPOS=5346735,5346735;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:15:16:0:0:13,2:13,3:0.8125,0.1875:3,0:10,2:0:0:3,0:10,3:0:0 chr7 5391702 . C G 276.69 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0167739;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4339;QD=18.1437;RBI=0.0172739;REFB=-0.0215284;REVB=-0.00412598;RO=30;SAF=19;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181926;STB=0.59435;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0281821;OID=.;OPOS=5391702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:30:31:30:30:0.491803:11:19:13:17:11:19:14:17 chr7 5399044 . C G 186.11 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0419267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3312;QD=12.4072;RBI=0.0419677;REFB=0.0077062;REVB=-0.00185526;RO=37;SAF=17;SAR=6;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178947;STB=0.603965;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00805645;OID=.;OPOS=5399044;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:6:17:22:15:6:17:22:15 chr7 5410425 . G C 37.55 PASS AF=0.375;AO=4;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0319002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.113;QD=9.38703;RBI=0.0332596;REFB=-0.017849;REVB=-0.00941166;RO=10;SAF=1;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067076;STB=0.624609;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0378435;OID=.;OPOS=5410425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:16:16:10:10:4:6:0.375:3:1:3:7:3:3:3:7 chr7 5410901 . G A 140.08 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.00628745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.489;QD=20.7529;RBI=0.075861;REFB=-0.0314907;REVB=0.0756;RO=12;SAF=13;SAR=2;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921414;STB=0.55166;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0168736;OID=.;OPOS=5410901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:2:13:11:1:2:13:11:1 chr7 5427652 . G A 112.24 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0616689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.153;QD=16.6278;RBI=0.0639935;REFB=-0.0308632;REVB=0.0170915;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508418;STB=0.529366;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0281437;OID=.;OPOS=5427652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:5:9:9:4:5:9 chr7 5427720 . A G 249.41 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.791;QD=49.8818;RBI=0.00978088;REFB=0;REVB=0.00878147;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039978;OID=.;OPOS=5427720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:11:8:0:0:12:8:0:0 chr7 5434135 . A G 289.03 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.135577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8446;QD=52.55;RBI=0.148322;REFB=0;REVB=-0.0601532;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00474196;OID=.;OPOS=5434135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr7 5460550 . C T 608.12 PASS AF=0.613636;AO=54;DP=88;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00162457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.918;QD=27.6417;RBI=0.00549561;REFB=-0.0188162;REVB=-0.00525;RO=34;SAF=28;SAR=26;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917683;STB=0.549897;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0141428;OID=.;OPOS=5460550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:34:34:54:54:0.613636:26:28:22:12:26:28:22:12 chr7 5487422 . TC GG,T,TG 685.32 PASS AF=0.0416667,0.0208333,0.9375;AO=3,10,34;DP=48;FAO=2,1,45;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,33;FSAR=0,1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183454,-0.0393205,-0.0105813;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=174.978,34.0904,40.7893;QD=57.1096;RBI=0.0188298,0.0399789,0.0215801;REFB=0,0,0;REVB=-0.00424358,-0.00722544,-0.0188079;RO=0;SAF=2,8,25;SAR=1,2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0343189,0.0358025,0.0819082;OID=.,.,.;OPOS=5487422,5487423,5487423;OREF=TC,C,C;OALT=GG,-,G;OMAPALT=GG,T,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:9:48:48:0:0:3,10,34:2,1,45:0.0416667,0.0208333,0.9375:1,2,9:2,8,25:0:0:0,1,12:2,0,33:0:0 chr7 5487457 . CT AC 606.29 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010875;FXX=0.0930016;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.915;QD=62.1834;RBI=0.0600718;REFB=0;REVB=0.0590792;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.93952e-05;OID=.;OPOS=5487457;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:37:39:1:14:23:0:0:16:23:0:0 chr7 5515624 . T G 882.08 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100752;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.982;QD=57.8411;RBI=0.0100765;REFB=0;REVB=0.000160246;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599355;OID=.;OPOS=5515624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:26:34:0:0:26:35:0:0 chr7 5518331 . A G 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0793151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5781;QD=46.959;RBI=0.0804343;REFB=0.131618;REVB=0.0133712;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341449;STB=0.5185;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00728199;OID=.;OPOS=5518331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:13:7:0:1:13:7:0:1 chr7 5518333 . A T 257.87 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0760113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.706;QD=49.1175;RBI=0.0868906;REFB=0;REVB=0.0420981;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00282944;OID=.;OPOS=5518333;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:18:21:1:12:6:0:0:14:7:0:0 chr7 5528883 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.78;QD=56.1916;RBI=0.0171874;REFB=0;REVB=0.0168137;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27631e-05;OID=.;OPOS=5528883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr7 5529758 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.968;QD=49.5984;RBI=0.0476864;REFB=0;REVB=0.0234246;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237019;OID=.;OPOS=5529758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:3:15:0:0:3:15:0:0 chr7 5540769 . A C 785.4 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2096;QD=57.1199;RBI=0.0495581;REFB=0;REVB=-0.0479524;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350786;OID=.;OPOS=5540769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:25:30:0:0 chr7 5541657 . G A 594.47 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8946;QD=60.9713;RBI=0.0790903;REFB=0;REVB=0.0571487;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140525;OID=.;OPOS=5541657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr7 5659852 . T A 112.9 PASS AF=0.5;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0643403;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=35.9158;QD=17.3693;RBI=0.0673226;REFB=-0.0413635;REVB=-0.0198155;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248839;STB=0.543555;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0384757;OID=.;OPOS=5659852;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:13:13:13:0.5:9:4:4:8:9:4:5:8 chr7 5949726 . T C 30.77 PASS AF=0.101695;AO=3;DP=60;FAO=6;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0226538;FXX=0.0166639;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.7142;QD=2.08587;RBI=0.163329;REFB=-0.00288731;REVB=-0.16175;RO=41;SAF=1;SAR=2;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172602;STB=0.594912;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0141001;OID=.;OPOS=5949726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:60:59:41:53:3:6:0.101695:2:1:21:20:4:2:23:30 chr7 5959485 . G A 125.02 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0115145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1907;QD=7.69344;RBI=0.0519254;REFB=-0.0126276;REVB=-0.0506327;RO=47;SAF=16;SAR=2;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467168;STB=0.792061;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0334331;OID=.;OPOS=5959485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:47:18:18:0.276923:2:16:28:19:2:16:28:19 chr7 5965334 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00920326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.556;QD=16.8229;RBI=0.0125491;REFB=-0.0598896;REVB=-0.00853105;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363051;STB=0.713672;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0291104;OID=.;OPOS=5965334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:4:1:5:2:4:1 chr7 5983012 . A G 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.000539113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.394;QD=23.3816;RBI=0.00725928;REFB=0.0199862;REVB=0.00723923;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481957;STB=0.526998;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.0141212;OID=.;OPOS=5983012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:12:7:6:8:12:7:6:8 chr7 5983070 . T C 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0319494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9727;QD=6.54482;RBI=0.0408151;REFB=0.00136001;REVB=0.0253991;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249546;STB=0.655897;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.00155208;OID=.;OPOS=5983070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:4:4:7:17:4:4:7:17 chr7 6026775 . T C 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045688;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.324;QD=55.0939;RBI=0.046151;REFB=0;REVB=0.00652136;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173827;OID=.;OPOS=6026775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr7 6026942 . G T 210.12 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00661104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.614;QD=12.5442;RBI=0.00890422;REFB=-0.0246625;REVB=-0.00596483;RO=41;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0036322;STB=0.519882;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0244585;OID=.;OPOS=6026942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:41:25:26:0.38806:17:8:13:28:17:9:13:28 chr7 6026988 . G A 275.63 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.045014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.416;QD=18.0739;RBI=0.0453656;REFB=-0.0108294;REVB=0.00563713;RO=31;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122438;STB=0.506845;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0125389;OID=.;OPOS=6026988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:18:12:12:19:18:12:12:19 chr7 6036980 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5772;QD=35.5755;RBI=0.0877284;REFB=0;REVB=-0.0877068;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00687054;OID=.;OPOS=6036980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr7 6043386 . G A 168.71 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0156888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.541;QD=16.0674;RBI=0.025222;REFB=-0.00879563;REVB=-0.0197487;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212567;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0180737;OID=.;OPOS=6043386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:24:18:18:0.428571:9:9:11:12:9:9:12:12 chr7 6056530 . G A 287.93 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.000929365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.769;QD=18.5761;RBI=0.0439205;REFB=-0.00345485;REVB=-0.0439107;RO=31;SAF=21;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265515;STB=0.648465;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00362197;OID=.;OPOS=6056530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:10:21:12:19:10:21:12:19 chr7 6063283 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0114943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.415;QD=12.3289;RBI=0.0119586;REFB=0.00259799;REVB=0.00329995;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383176;STB=0.726859;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00388459;OID=.;OPOS=6063283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:8:3:11:6:8:3:11:6 chr7 6066450 . T C 188.41 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0116334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6075;QD=12.5605;RBI=0.0323527;REFB=0.027413;REVB=0.0301888;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783727;STB=0.505075;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0429505;OID=.;OPOS=6066450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:37:23:23:0.383333:11:12:18:17:11:12:19:18 chr7 6066461 . T C 219.0 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00111322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.943;QD=14.5997;RBI=0.0012293;REFB=-0.000584975;REVB=-0.00052145;RO=35;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584961;STB=0.521834;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.000312854;OID=.;OPOS=6066461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:34:25:26:0.433333:13:12:17:18:14:12:17:17 chr7 6071060 . G A 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00450513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.49;QD=14.4117;RBI=0.0287384;REFB=-0.0145921;REVB=-0.028383;RO=26;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139073;STB=0.584519;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0293662;OID=.;OPOS=6071060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:28:18:18:0.391304:6:12:14:12:6:12:15:13 chr7 6075823 . A T 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0146685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.583;QD=14.8515;RBI=0.0214122;REFB=-0.026316;REVB=-0.0155986;RO=29;SAF=14;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143006;STB=0.583241;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0345417;OID=.;OPOS=6075823;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:5:14:18:11:5:14:18:11 chr7 6087389 . C A 63.24 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0103063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.847;QD=22.9965;RBI=0.055035;REFB=0.00780463;REVB=0.0540614;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194334;STB=0.614989;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00965148;OID=.;OPOS=6087389;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:11:11:3:3:6:6:0.545455:4:2:2:1:4:2:2:1 chr7 6087400 . C A 63.64 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00940602;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.386;QD=16.9714;RBI=0.0223305;REFB=-0.0173164;REVB=-0.0202528;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337293;STB=0.521684;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0131141;OID=.;OPOS=6087400;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:17:15:9:7:8:8:0.533333:6:2:2:7:6:2:2:5 chr7 6088420 . A G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00873717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4119;QD=8.69676;RBI=0.0496545;REFB=0.0115873;REVB=0.0488798;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226678;STB=0.639616;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.0168946;OID=.;OPOS=6088420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:5:9:3:4:5:9 chr7 6189780 . T C 323.75 PASS AF=0.559322;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0732916;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9927;QD=21.9494;RBI=0.0958576;REFB=-0.0193825;REVB=-0.0617821;RO=23;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105806;STB=0.574163;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0192635;OID=.;OPOS=6189780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:26:32:33:0.559322:17:15:14:9:17:16:17:9 chr7 6193521 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.913;QD=37.4885;RBI=0.0105654;REFB=0;REVB=-0.000581739;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52789e-05;OID=.;OPOS=6193521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr7 6194274 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.335;QD=61.3364;RBI=0.00759837;REFB=0;REVB=0.000409789;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33562e-05;OID=.;OPOS=6194274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr7 6199072 . G C 222.49 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.00555511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.486;QD=13.6917;RBI=0.00907644;REFB=-0.0308848;REVB=0.00717792;RO=37;SAF=11;SAR=15;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28227;STB=0.652068;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0440315;OID=.;OPOS=6199072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:38:26:27:0.415385:15:11:26:11:15:12:27:11 chr7 6202413 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0705767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7141;QD=16.4265;RBI=0.0735233;REFB=0.00251494;REVB=-0.020606;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155766;STB=0.590003;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00728031;OID=.;OPOS=6202413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:4:7:5:6:4:7 chr7 6204999 . A C 306.26 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0928882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.651;QD=53.2626;RBI=0.0934415;REFB=0;REVB=0.0101541;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000684112;OID=.;OPOS=6204999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr7 6252291 . G A 84.49 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0426261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.506;QD=10.5608;RBI=0.0573394;REFB=-0.0150516;REVB=-0.0383514;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953624;STB=0.556863;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0667303;OID=.;OPOS=6252291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:4:7:15:6:4:7:15:6 chr7 6370077 . C T 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0157817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.665;QD=21.43;RBI=0.0187766;REFB=-0.0292861;REVB=-0.0101734;RO=29;SAF=23;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177711;STB=0.598455;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0248292;OID=.;OPOS=6370077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:12:23:13:16:12:23:13:16 chr7 6370144 . G A 172.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00269394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.887;QD=18.1172;RBI=0.0182229;REFB=-0.0150083;REVB=0.0180226;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218046;STB=0.635689;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0152307;OID=.;OPOS=6370144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:7:11:7:12:7:11:7:13 chr7 6370194 . C T 674.25 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304717;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6403;QD=62.7207;RBI=0.0305495;REFB=0;REVB=-0.00217886;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344019;OID=.;OPOS=6370194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:20:23:0:0 chr7 6370305 . C G 455.96 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1515;QD=55.2679;RBI=0.0345048;REFB=0;REVB=0.0286228;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00490426;OID=.;OPOS=6370305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:29:33:1:15:14:0:0:17:16:0:0 chr7 6370406 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.051;QD=43.4858;RBI=0.0735633;REFB=0;REVB=0.0577129;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010794;OID=.;OPOS=6370406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr7 6370575 . C T 95.04 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0153082;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3263;QD=10.8615;RBI=0.0157875;REFB=-0.0275291;REVB=0.0038608;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148529;STB=0.571312;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0492464;OID=.;OPOS=6370575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:35:35:22:23:12:12:0.342857:6:6:8:14:6:6:9:14 chr7 6456302 . C T 1457.76 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455923;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2155;QD=63.3807;RBI=0.0959288;REFB=0;REVB=0.0844019;RO=0;SAF=60;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000843365;OID=.;OPOS=6456302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:32:60:0:0:32:60:0:0 chr7 6461534 . C T 243.18 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0122858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7607;QD=14.9651;RBI=0.0212728;REFB=-0.00220422;REVB=-0.0173664;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126498;STB=0.59382;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.000203178;OID=.;OPOS=6461534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:37:28:28:0.430769:16:12:19:15:16:12:22:15 chr7 6502367 . T C 50.45 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0280926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5256;QD=16.8164;RBI=0.0954194;REFB=-0.0273714;REVB=0.0911903;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.666109;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0214247;OID=.;OPOS=6502367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:6:1:2:3:6:1:2:3 chr7 6505901 . T C 287.6 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0345819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.525;QD=15.978;RBI=0.0374085;REFB=-0.00294957;REVB=0.014265;RO=40;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847245;STB=0.54759;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00327961;OID=.;OPOS=6505901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:19:13:13:27:19:13:13:27 chr7 6537821 . G C 353.68 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=36;FWDB=0.0827803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.536;QD=18.6149;RBI=0.0827984;REFB=-0.0220023;REVB=0.00173068;RO=39;SAF=2;SAR=35;SRF=3;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924852;STB=0.55202;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0166414;OID=.;OPOS=6537821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:35:2:3:36:35:2:3:36 chr7 6621277 . G A 657.41 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0253769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2597;QD=50.5698;RBI=0.0413408;REFB=-0.108214;REVB=-0.0326354;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017757;STB=0.527262;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00585249;OID=.;OPOS=6621277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:1:3:49:49:0.942308:26:23:0:1:26:23:0:3 chr7 6647738 . T C 248.0 PASS AF=0.533333;AO=22;DP=43;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0137317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.122;QD=22.0442;RBI=0.0439189;REFB=-0.0218475;REVB=-0.041717;RO=21;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155955;STB=0.548346;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0190592;OID=.;OPOS=6647738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:21:21:22:24:0.533333:16:6:9:12:16:8:9:12 chr7 6656830 . G A 803.4 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210595;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.364;QD=57.3858;RBI=0.0291764;REFB=0;REVB=0.020193;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97063e-05;OID=.;OPOS=6656830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr7 6656897 . A G 785.06 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00251885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5762;QD=57.095;RBI=0.0610806;REFB=0;REVB=-0.0610286;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000709232;OID=.;OPOS=6656897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr7 6660790 . G A 226.97 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00234652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.526;QD=13.5507;RBI=0.00662096;REFB=-0.0193889;REVB=0.0061912;RO=38;SAF=10;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189101;STB=0.594067;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0270086;OID=.;OPOS=6660790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:40:27:27:0.402985:17:10:21:17:17:10:21:19 chr7 6713936 . C T 728.46 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584884;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.223;QD=63.3445;RBI=0.0158433;REFB=0;REVB=-0.0147242;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240991;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1594e-05;OID=.;OPOS=6713936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:1:0:46:46:1:27:19:1:0:27:19:0:0 chr7 6713940 . CAG C 629.84 PASS AF=1;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162077;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.049;QD=61.4478;RBI=0.0118549;REFB=0;REVB=0.0117436;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000217986;OID=.;OPOS=6713941;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:44:41:41:0:17:24:0:0:4:0:17:23:0:0 chr7 6713985 . A G 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0501446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.275;QD=50.1331;RBI=0.0526737;REFB=-0.110063;REVB=0.0161255;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00185647;OID=.;OPOS=6713985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:13:11:0:1:13:11:0:1 chr7 6714028 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000846899;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.38;QD=43.4862;RBI=0.0119677;REFB=0;REVB=0.0119377;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44195e-05;OID=.;OPOS=6714028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr7 6776956 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00318426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.828;QD=18.8287;RBI=0.035493;REFB=-0.0116875;REVB=-0.0353499;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170758;STB=0.596603;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0150871;OID=.;OPOS=6776956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:11:9:14:8:11:9:14:8 chr7 7283569 . G A 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0275791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0397;QD=10.1407;RBI=0.0391069;REFB=0.00328426;REVB=-0.0277262;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132854;STB=0.580028;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00771611;OID=.;OPOS=7283569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:8:5:14:14:8:5:14:14 chr7 7495735 . T C 276.31 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00798385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.349;QD=15.7892;RBI=0.00800406;REFB=-0.00946438;REVB=-0.000568325;RO=39;SAF=20;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209767;STB=0.618479;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0123725;OID=.;OPOS=7495735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:11:20:17:22:11:20:17:22 chr7 7514235 . C G 274.43 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0325051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5911;QD=19.9587;RBI=0.0326598;REFB=-0.0134122;REVB=-0.00317527;RO=26;SAF=13;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12273;STB=0.568078;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0189787;OID=.;OPOS=7514235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:16:13:8:18:16:13:8:18 chr7 7545691 . G C 371.35 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00455148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.18;QD=17.4754;RBI=0.0056857;REFB=-0.00697986;REVB=-0.00340752;RO=44;SAF=19;SAR=20;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743661;STB=0.552032;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00695901;OID=.;OPOS=7545691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:46:39:39:0.458824:20:19:18:26:20:19:18:28 chr7 7571094 . G C 1153.96 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.787;QD=60.7349;RBI=0.0467681;REFB=0;REVB=0.044351;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59747e-05;OID=.;OPOS=7571094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:44:31:0:0:44:32:0:0 chr7 7613039 . C T 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0032319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.774;QD=20.892;RBI=0.00696961;REFB=-0.00316755;REVB=0.00617497;RO=27;SAF=20;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152043;STB=0.584362;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00295859;OID=.;OPOS=7613039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:12:20:12:15:12:20:12:15 chr7 7646651 . G T 1072.22 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00519487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.127;QD=57.1853;RBI=0.00793146;REFB=0.0458595;REVB=-0.00599344;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012613;STB=0.513154;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.000717629;OID=.;OPOS=7646651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:1:2:73:73:0.973333:36:37:1:0:36:37:2:0 chr7 8125964 . C T 476.81 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00330122;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.947;QD=19.4617;RBI=0.00770007;REFB=-0.00498228;REVB=0.00695651;RO=51;SAF=27;SAR=20;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151874;STB=0.58438;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00492778;OID=.;OPOS=8125964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:20:27:21:30:20:27:21:30 chr7 8132252 . T C 364.45 PASS AF=0.590164;AO=37;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00114083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.542;QD=23.8984;RBI=0.00257906;REFB=-0.00267257;REVB=-0.00231301;RO=24;SAF=27;SAR=10;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556256;STB=0.521146;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00194232;OID=.;OPOS=8132252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:25:37:36:0.590164:10:27:16:8:10:26:17:8 chr7 8153053 . T C 240.43 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0305431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3721;QD=21.3718;RBI=0.0318122;REFB=0.00273398;REVB=0.0088956;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288685;STB=0.660886;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00263748;OID=.;OPOS=8153053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:13:10:17:5:13:10:17:5 chr7 8196529 . A T 226.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.000337063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.167;QD=17.0884;RBI=0.0149991;REFB=0.00194916;REVB=-0.0149953;RO=28;SAF=19;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337914;STB=0.691889;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00391178;OID=.;OPOS=8196529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:6:19:12:16:6:19:12:16 chr7 8792148 . T C 1208.77 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7451;QD=61.2037;RBI=0.0666627;REFB=0;REVB=0.0244097;RO=0;SAF=21;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315875;OID=.;OPOS=8792148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:58:21:0:0:58:21:0:0 chr7 11022564 . G A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.00719057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4094;QD=20.1593;RBI=0.0412657;REFB=-0.0425897;REVB=-0.0406344;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326506;STB=0.681227;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.036363;OID=.;OPOS=11022564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:1:13:9:7:1:13 chr7 11581121 . T C 388.88 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.00943701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.067;QD=16.2032;RBI=0.0186011;REFB=-0.0225484;REVB=-0.0160295;RO=55;SAF=13;SAR=28;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933521;STB=0.552709;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0285993;OID=.;OPOS=11581121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:28:13:22:33:28:13:22:33 chr7 11676377 . G A 566.34 PASS AF=0.472;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00886997;FXX=0.0157468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.08;QD=18.1229;RBI=0.0115587;REFB=-0.0244802;REVB=-0.00741121;RO=65;SAF=25;SAR=34;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137508;STB=0.580146;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0270846;OID=.;OPOS=11676377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:66:59:59:0.472:34:25:37:28:34:25:38:28 chr7 12269417 . C G 742.47 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0106107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.757;QD=53.9976;RBI=0.0179561;REFB=-0.104681;REVB=0.0144857;RO=1;SAF=21;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219051;STB=0.511624;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00144348;OID=.;OPOS=12269417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:53:54:0.981818:32:21:1:0:33:21:1:0 chr7 12271997 . G A 689.22 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3852;QD=62.6567;RBI=0.0503187;REFB=0;REVB=0.0226346;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516581;OID=.;OPOS=12271997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr7 12272026 . A G 113.39 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0140226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4178;QD=9.65019;RBI=0.0169578;REFB=-0.0092142;REVB=-0.00953594;RO=33;SAF=6;SAR=8;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272023;STB=0.662504;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0106215;OID=.;OPOS=12272026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:8:6:22:11:8:6:22:11 chr7 12370794 . T C 426.36 PASS AF=0.483146;AO=42;DP=88;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0203862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2441;QD=19.1624;RBI=0.081232;REFB=-0.0284426;REVB=0.0786323;RO=44;SAF=19;SAR=23;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126956;STB=0.563645;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0397311;OID=.;OPOS=12370794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:44:46:42:43:0.483146:23:19:26:18:24:19:26:20 chr7 12376811 . A C 368.35 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0150262;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.272;QD=19.3866;RBI=0.0156219;REFB=-0.00735803;REVB=0.00427269;RO=37;SAF=19;SAR=19;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156493;STB=0.592058;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00549216;OID=.;OPOS=12376811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:37:38:38:38:0.5:19:19:25:12:19:19:26:12 chr7 12391268 . T TA 190.64 PASS AF=0.382022;AO=29;DP=90;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0350718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.8807;QD=8.5681;RBI=0.0404965;REFB=-0.0229161;REVB=0.0202469;RO=57;SAF=22;SAR=7;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3122;STB=0.641264;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=0.0321066;OID=.;OPOS=12391269;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382022:29:90:34:89:55:24:10:27:28:99:57:22:7:29:28 chr7 12391319 . G T 222.71 PASS AF=0.380282;AO=26;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0036494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.202;QD=12.5471;RBI=0.00386241;REFB=-0.0126994;REVB=-0.00126495;RO=40;SAF=19;SAR=7;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402626;STB=0.735119;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0167022;OID=.;OPOS=12391319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:44:26:27:0.380282:7:19:14:26:7:20:16:28 chr7 12393966 . A G 301.94 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0295291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3665;QD=14.378;RBI=0.0947242;REFB=0.00123994;REVB=0.0900039;RO=50;SAF=18;SAR=16;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308598;STB=0.517521;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000429968;OID=.;OPOS=12393966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:16:18:25:25:16:18:25:25 chr7 12393974 . A C 324.76 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00676437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.395;QD=14.596;RBI=0.00958736;REFB=-0.0152089;REVB=-0.00679417;RO=51;SAF=21;SAR=15;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771034;STB=0.555734;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.020123;OID=.;OPOS=12393974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:53:36:36:0.404494:15:21:26:25:15:21:26:27 chr7 12394053 . G T 339.75 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00915367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.759;QD=15.4434;RBI=0.0302277;REFB=-0.00179555;REVB=-0.0288084;RO=51;SAF=24;SAR=13;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663293;STB=0.537529;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00187845;OID=.;OPOS=12394053;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:13:24:30:21:13:24:30:21 chr7 12395813 . T C 233.48 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0268729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2661;QD=15.0634;RBI=0.0269166;REFB=-0.00515629;REVB=-0.00153357;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18178;STB=0.602762;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0117998;OID=.;OPOS=12395813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:15:12:22:13:15:12:22:13 chr7 12400783 . C T 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0196412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.418;QD=23.4327;RBI=0.0350267;REFB=-0.00825654;REVB=-0.0290017;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204678;STB=0.613546;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0105807;OID=.;OPOS=12400783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:12:12:15:5:12:12:15:5 chr7 12400837 . G A,T 718.12 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=49,2;DP=51;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30,1;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138777,0.00692779;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=215.12,136.654;QD=56.3231;RBI=0.0176697,0.0158487;REFB=0,0;REVB=0.0109375,0.0142543;RO=0;SAF=30,1;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.48867e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00350051,0.0440223;OID=.,.;OPOS=12400837,12400837;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:49,2:49,2:0.960784,0.0392157:19,1:30,1:0:0:19,1:30,1:0:0 chr7 12401021 . C T 249.97 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0268722;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.867;QD=11.7633;RBI=0.0268986;REFB=-0.0200345;REVB=0.00119301;RO=54;SAF=18;SAR=12;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112865;STB=0.571381;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0388972;OID=.;OPOS=12401021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:54:55:30:30:0.352941:12:18:27:27:12:18:27:28 chr7 12406989 . C G 328.4 PASS AF=0.493151;AO=21;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0142645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.715;QD=17.9947;RBI=0.0452834;REFB=-0.032813;REVB=0.042978;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260594;STB=0.61964;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0415186;OID=.;OPOS=12406989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:21:36:0.493151:9:12:22:15:23:13:22:15 chr7 12409263 . C A 270.75 PASS AF=0.46875;AO=25;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00488421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.941;QD=16.9217;RBI=0.0171358;REFB=-0.0190494;REVB=-0.016425;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278056;STB=0.533311;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.027303;OID=.;OPOS=12409263;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:34:25:30:0.46875:12:13:17:14:16:14:18:16 chr7 12409327 . C T 344.64 PASS AF=0.5;AO=34;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0507678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8475;QD=19.1468;RBI=0.0513849;REFB=-0.0187471;REVB=-0.00793916;RO=37;SAF=11;SAR=23;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210994;STB=0.585939;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0198877;OID=.;OPOS=12409327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:36:34:36:0.5:23:11:20:17:23:13:19:17 chr7 12409522 . A G 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0300965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.511;QD=10.0236;RBI=0.0455905;REFB=-0.00598354;REVB=-0.0342445;RO=37;SAF=4;SAR=14;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216702;STB=0.629843;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00948626;OID=.;OPOS=12409522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:14:4:14:23:14:4:14:23 chr7 12409535 . A G 151.95 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0274171;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.475;QD=9.80331;RBI=0.027762;REFB=-0.00698639;REVB=-0.00436254;RO=43;SAF=5;SAR=15;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222359;STB=0.63874;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.013817;OID=.;OPOS=12409535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:43:42:20:20:0.322581:15:5:18:25:15:5:18:24 chr7 12410112 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.985;QD=57.6807;RBI=0.0117647;REFB=0;REVB=-0.00266457;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94879e-05;OID=.;OPOS=12410112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr7 12410362 . C T 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00552967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=320.138;QD=15.1036;RBI=0.00831698;REFB=-0.00981036;REVB=-0.00621248;RO=44;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635034;STB=0.52765;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0123528;OID=.;OPOS=12410362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:45:33:33:0.423077:19:14:16:28:19:14:17:28 chr7 12414725 . G A 618.62 PASS AF=0.525424;AO=61;DP=114;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0456756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7805;QD=20.9701;RBI=0.0493527;REFB=-0.0177021;REVB=-0.0186928;RO=51;SAF=39;SAR=22;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959033;STB=0.546297;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0172984;OID=.;OPOS=12414725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:118:51:56:61:62:0.525424:22:39:27:24:23:39:30:26 chr7 12417407 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000863906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.698;QD=57.6805;RBI=0.0140949;REFB=0;REVB=-0.0140684;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106116;OID=.;OPOS=12417407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr7 12419108 . AG TC,TG 726.3 PASS AF=0.0576923,0.942308;AO=3,48;DP=52;FAO=3,49;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=3,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.001991,0.0135382;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=55.8033,91.6033;QD=55.8695;RBI=0.00255328,0.0160562;REFB=0,0;REVB=-0.00159848,0.0086325;RO=0;SAF=0,20;SAR=3,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.56477e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0218006,-0.000661264;OID=.,.;OPOS=12419108,12419108;OREF=AG,A;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:52:52:0:0:3,48:3,49:0.0576923,0.942308:3,28:0,20:0:0:3,29:0,20:0:0 chr7 12428550 . G A 167.65 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0187915;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.263;QD=21.6321;RBI=0.0236375;REFB=0.0174357;REVB=0.0143391;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127426;STB=0.571349;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.0114048;OID=.;OPOS=12428550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:14:14:17:17:0.548387:6:11:11:3:6:11:11:3 chr7 12428582 . C T 221.87 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0464879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.929;QD=25.357;RBI=0.0483755;REFB=-0.00857313;REVB=-0.0133815;RO=14;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00695836;OID=.;OPOS=12428582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:6:15:10:4:6:15:10:4 chr7 12428803 . G A 562.09 PASS AF=0.56383;AO=44;DP=85;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0117446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.918;QD=23.9188;RBI=0.0118183;REFB=-0.0171392;REVB=-0.00131753;RO=37;SAF=21;SAR=23;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097045;STB=0.538541;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0138173;OID=.;OPOS=12428803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:94:37:41:44:53:0.56383:23:21:22:15:24:29:26:15 chr7 12611252 . T C 800.53 PASS AF=0.559701;AO=73;DP=134;FAO=75;FDP=134;FR=.;FRO=59;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0183948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.79;QD=23.8964;RBI=0.0225799;REFB=-0.0145201;REVB=0.0130952;RO=59;SAF=39;SAR=34;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901961;STB=0.542301;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00830517;OID=.;OPOS=12611252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:59:59:73:75:0.559701:34:39:25:34:36:39:25:34 chr7 12636026 . T C 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.281;QD=51.1771;RBI=0.0823976;REFB=0;REVB=0.0658311;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202221;OID=.;OPOS=12636026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr7 12666356 . A G 520.79 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0050386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.064;QD=16.7996;RBI=0.00744711;REFB=-0.0118404;REVB=0.00548379;RO=67;SAF=24;SAR=32;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190877;STB=0.50704;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0145699;OID=.;OPOS=12666356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:67:68:56:56:0.451613:32:24:30:37:32:24:30:38 chr7 12728862 . C G 871.21 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000314906;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.342;QD=58.0805;RBI=0.0261535;REFB=0;REVB=-0.0261516;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.73884e-05;OID=.;OPOS=12728862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr7 12729604 . T G 445.47 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0143335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.506;QD=52.4081;RBI=0.0176125;REFB=-0.0864168;REVB=0.0102348;RO=2;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054844;STB=0.529393;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0119479;OID=.;OPOS=12729604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:16:16:0:2:16:16:0:2 chr7 12730362 . A G 1418.44 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246876;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.804;QD=63.0416;RBI=0.00289209;REFB=0;REVB=0.00150646;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33669e-06;OID=.;OPOS=12730362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr7 13934358 . A T 854.13 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.069213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.98;QD=56.0085;RBI=0.072488;REFB=-0.147544;REVB=0.0215421;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014981;STB=0.507934;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00122253;OID=.;OPOS=13934358;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:31:29:0:1:31:29:0:1 chr7 13978809 . T C 488.85 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0036082;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.179;QD=21.7268;RBI=0.00393731;REFB=-0.0182079;REVB=-0.00157585;RO=44;SAF=23;SAR=24;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305034;STB=0.522718;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0171888;OID=.;OPOS=13978809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:44:43:47:47:0.522222:24:23:20:24:24:23:19:24 chr7 14025727 . C T 186.11 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00986218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.206;QD=12.4076;RBI=0.0217293;REFB=-0.00132818;REVB=-0.0193623;RO=37;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149907;STB=0.586843;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00293832;OID=.;OPOS=14025727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:16:7:16:21:16:7:16:21 chr7 14025766 . T A 248.17 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0212526;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0368;QD=13.5985;RBI=0.0249975;REFB=0.0055719;REVB=-0.0131607;RO=44;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476042;STB=0.527216;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.003759;OID=.;OPOS=14025766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:44:44:29:29:0.39726:19:10:17:27:19:10:17:27 chr7 14758273 . C T 1097.73 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0304934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.113;QD=56.294;RBI=0.0359981;REFB=-0.0390497;REVB=-0.0191316;RO=3;SAF=31;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189196;STB=0.510008;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00136041;OID=.;OPOS=14758273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:3:3:75:75:0.961538:44:31:2:1:44:31:2:1 chr7 15651770 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0397098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0513;QD=12.8688;RBI=0.0425665;REFB=-0.00502231;REVB=0.0153312;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813502;STB=0.54786;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00725786;OID=.;OPOS=15651770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:6:10:6:5:6:10 chr7 16128987 . A G 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.079;QD=39.2004;RBI=0.0236716;REFB=0;REVB=0.00510233;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000801102;OID=.;OPOS=16128987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr7 16128992 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.615;QD=39.2056;RBI=0.0750617;REFB=0;REVB=0.070038;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00363648;OID=.;OPOS=16128992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr7 16128994 . TG CA 85.96 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471428;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.959;QD=38.2033;RBI=0.0925185;REFB=0;REVB=0.0796067;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00545079;OID=.;OPOS=16128994;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:0:8:0:0:1:8:0:0 chr7 16129153 . C T 35.73 PASS AF=0.25;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0409723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.764;QD=5.95538;RBI=0.0416461;REFB=-0.00282611;REVB=-0.00746077;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112482;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00833202;OID=.;OPOS=16129153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:24:17:18:6:6:0.25:5:1:2:15:5:1:3:15 chr7 16129172 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.383;QD=47.8219;RBI=0.0682561;REFB=0;REVB=0.0330866;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000957581;OID=.;OPOS=16129172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr7 16503932 . C G 303.6 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00816725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.255;QD=19.9081;RBI=0.018125;REFB=-0.0143987;REVB=-0.0161806;RO=29;SAF=14;SAR=18;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815867;STB=0.545235;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0143649;OID=.;OPOS=16503932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:18:14:10:19:18:14:10:19 chr7 16566645 . C G 1414.05 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6358;QD=62.8467;RBI=0.0768037;REFB=0;REVB=0.0179313;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608937;OID=.;OPOS=16566645;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr7 16598535 . T C 433.41 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00843681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.672;QD=20.6385;RBI=0.0336721;REFB=-0.0112022;REVB=-0.032598;RO=40;SAF=25;SAR=18;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167022;STB=0.501991;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00833512;OID=.;OPOS=16598535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:41:43:43:0.511905:18:25:24:16:18:25:24:17 chr7 16639615 . A C 1358.39 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8263;QD=62.4547;RBI=0.0400204;REFB=0;REVB=0.0351775;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202081;OID=.;OPOS=16639615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr7 16666741 . T G 373.11 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.000313044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.792;QD=15.3859;RBI=0.0115138;REFB=0.00627432;REVB=0.0115096;RO=56;SAF=25;SAR=15;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186224;STB=0.600471;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00964552;OID=.;OPOS=16666741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:56:57:40:40:0.412371:15:25:25:31:15:25:26:31 chr7 16666759 . G C 336.65 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0144746;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6272;QD=14.6371;RBI=0.0185347;REFB=0.00775767;REVB=0.0115768;RO=56;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193891;STB=0.615323;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0147465;OID=.;OPOS=16666759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:56:55:37:37:0.402174:15:22:23:33:15:22:22:33 chr7 16823095 . G A 233.68 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00591698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.225;QD=24.5981;RBI=0.0139645;REFB=-0.00359473;REVB=-0.012649;RO=16;SAF=6;SAR=16;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193942;STB=0.608591;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00180865;OID=.;OPOS=16823095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:16:6:8:8:16:6:8:8 chr7 16823117 . T G 144.78 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.000706778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.182;QD=15.6515;RBI=0.0231362;REFB=0.00308242;REVB=-0.0231254;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194256;STB=0.621478;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00254403;OID=.;OPOS=16823117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:8:8:6:14:8:8:6:15 chr7 16834551 . C A 1573.01 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.01255e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.89;QD=59.9242;RBI=0.00678914;REFB=0;REVB=-0.00678866;RO=0;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.80298e-06;OID=.;OPOS=16834551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:60:45:0:0:60:45:0:0 chr7 16834597 . A G 482.12 PASS AF=0.5;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0364561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.995;QD=20.5156;RBI=0.0368259;REFB=-0.0070039;REVB=0.00520571;RO=44;SAF=16;SAR=31;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440001;STB=0.534731;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00728031;OID=.;OPOS=16834597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:44:47:47:47:0.5:31:16:17:27:31:16:19:28 chr7 16872913 . G A 223.61 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.017264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9905;QD=12.7779;RBI=0.0422607;REFB=0.00250106;REVB=-0.0385735;RO=43;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105091;STB=0.560394;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00667502;OID=.;OPOS=16872913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:17:10:20:23:17:10:20:23 chr7 16899197 . C T 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0332108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.034;QD=15.166;RBI=0.0332723;REFB=-0.0112081;REVB=-0.00202161;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131025;STB=0.575658;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.010538;OID=.;OPOS=16899197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:12:8:8:7:12:8 chr7 16913394 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0941662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1041;QD=59.0182;RBI=0.10919;REFB=0;REVB=0.0552746;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278894;OID=.;OPOS=16913394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr7 17831806 . C T 283.11 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00340172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.416;QD=17.4221;RBI=0.0355829;REFB=-0.0253172;REVB=-0.0354199;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377084;STB=0.521113;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0251171;OID=.;OPOS=17831806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:17:14:14:20:17:14:14:20 chr7 17854532 . G T 984.26 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00948798;FXX=0.0140825;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.159;QD=56.2434;RBI=0.0152801;REFB=0.0359911;REVB=0.0119774;RO=2;SAF=26;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00671065;STB=0.503551;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.000108945;OID=.;OPOS=17854532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:42:26:1:1:42:26:1:1 chr7 18067479 . ACT A 722.96 PASS AF=1;AO=47;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281912;FXX=0.120669;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.592;QD=56.7031;RBI=0.00768563;REFB=0;REVB=-0.00714993;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.4207e-06;OID=.;OPOS=18067480;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:51:51:51:0:25:26:0:0:4:0:21:26:0:0 chr7 18767343 . A G 527.05 PASS AF=0.526316;AO=48;DP=93;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0156036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.122;QD=22.1916;RBI=0.0156045;REFB=-0.0101243;REVB=-0.00016124;RO=45;SAF=21;SAR=27;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136212;STB=0.518055;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0091223;OID=.;OPOS=18767343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:45:45:48:50:0.526316:27:21:19:26:27:23:19:26 chr7 18977653 . G A 1062.31 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000309956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6546;QD=59.8485;RBI=0.0541107;REFB=0;REVB=0.0541098;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026826;OID=.;OPOS=18977653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:31:39:0:0:31:40:0:0 chr7 18993870 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.036;QD=57.6807;RBI=0.0115523;REFB=0;REVB=-0.000130526;RO=1;SAF=9;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489889;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47934e-05;OID=.;OPOS=18993870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:1:0:30:31:1:21:9:1:0:21:10:0:0 chr7 19760985 . A G 157.71 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0546871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.668;QD=11.2652;RBI=0.055525;REFB=-0.00314881;REVB=0.0096101;RO=36;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811725;STB=0.547397;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00701654;OID=.;OPOS=19760985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:12:8:17:19:12:8:17:19 chr7 20178175 . C T 184.28 PASS AF=0.354839;AO=18;DP=63;FAO=22;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00822506;FXX=0.0746157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.628;QD=11.889;RBI=0.0162133;REFB=-0.017224;REVB=0.0139721;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0024826;STB=0.651515;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0170689;OID=.;OPOS=20178175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:23:38:18:22:0.354839:7:11:14:9:8:14:15:23 chr7 20180717 . C G 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0166915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.53;QD=17.5686;RBI=0.0203911;REFB=-0.00885275;REVB=-0.0117128;RO=31;SAF=11;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993657;STB=0.55578;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0127159;OID=.;OPOS=20180717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:18:11:15:16:18:11:15:16 chr7 20198440 . G A 447.58 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0223772;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8206;QD=18.457;RBI=0.0223831;REFB=-0.0208119;REVB=-0.000516385;RO=52;SAF=19;SAR=26;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130337;STB=0.572707;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0175238;OID=.;OPOS=20198440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:52:52:45:45:0.463918:26:19:29:23:26:19:29:23 chr7 20685397 . A C 403.63 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0467406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.311;QD=22.1166;RBI=0.046741;REFB=-0.0100999;REVB=0.000205235;RO=33;SAF=22;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536062;STB=0.529559;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00930432;OID=.;OPOS=20685397;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:18:22:16:17:18:22:16:17 chr7 20698270 . A G 634.5 PASS AF=0.533898;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00603977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.665;QD=21.5085;RBI=0.0199519;REFB=-0.0326017;REVB=0.0190157;RO=55;SAF=25;SAR=38;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143015;STB=0.57855;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0345561;OID=.;OPOS=20698270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:55:55:63:63:0.533898:38:25:31:24:38:25:31:24 chr7 20768013 . G A 1315.41 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00169072;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.729;QD=59.7915;RBI=0.0126262;REFB=-0.00352513;REVB=0.0125125;RO=2;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242799;STB=0.512818;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000147118;OID=.;OPOS=20768013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:38:48:0:2:38:48:0:2 chr7 20778646 . G A 1135.92 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.124;QD=60.5824;RBI=0.0274208;REFB=0;REVB=-0.00439012;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42666e-05;OID=.;OPOS=20778646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:75:0:0:71:75:1:41:30:0:0:41:34:0:0 chr7 20822196 . A AC 483.62 PASS AF=1;AO=43;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.5226;QD=40.3019;RBI=0.263603;REFB=0;REVB=0.223774;RO=5;SAF=19;SAR=24;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00827692;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0103614;OID=.;OPOS=20822197;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:48:48:48:0:21:27:0:0:10:5:19:24:2:3 chr7 20822304 . C CA 170.36 PASS AF=1;AO=13;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00185747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.4666;QD=40.0843;RBI=0.0144147;REFB=0;REVB=0.0142945;RO=4;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121094;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00205474;OID=.;OPOS=20822305;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:18:17:17:0:7:10:0:0:4:4:7:6:1:3 chr7 20824614 . C T 213.31 PASS AF=0.45283;AO=19;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00256531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.897;QD=16.0987;RBI=0.00913478;REFB=-0.0211826;REVB=0.00876717;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120822;STB=0.501617;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0211628;OID=.;OPOS=20824614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:29:19:24:0.45283:9:10:11:16:14:10:12:17 chr7 20826452 . T G 151.88 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0127334;FXX=0.115362;HRUN=6;LEN=1;MLLD=160.877;QD=13.2073;RBI=0.0200421;REFB=-0.0415533;REVB=-0.0154772;RO=12;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883617;STB=0.580641;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0418818;OID=.;OPOS=20826452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:46:12:28:16:16:0.347826:5:11:7:5:5:11:16:12 chr7 20858986 . A G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0108167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8397;QD=13.2053;RBI=0.0752963;REFB=0.00263218;REVB=0.0745154;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345446;STB=0.713468;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00371257;OID=.;OPOS=20858986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:3:3:1:5:3:3 chr7 21553621 . T G 348.51 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0522633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.6;QD=14.9898;RBI=0.0593244;REFB=0.00430773;REVB=0.0280702;RO=53;SAF=20;SAR=18;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00205301;STB=0.511358;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00558834;OID=.;OPOS=21553621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:55:38:38:0.408602:18:20:28:25:18:20:30:25 chr7 21599233 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.6;QD=57.7117;RBI=0.0147858;REFB=0;REVB=0.0123366;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13162e-06;OID=.;OPOS=21599233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr7 21603886 . A G 156.39 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.120197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.79;QD=24.0605;RBI=0.123202;REFB=-0.00923376;REVB=-0.0270464;RO=10;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558137;STB=0.531212;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0124516;OID=.;OPOS=21603886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:10:6:3:7:10:6:3:7 chr7 21628197 . A G 474.25 PASS AF=0.47;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00645531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.895;QD=18.9699;RBI=0.0119141;REFB=-0.0113935;REVB=-0.0100138;RO=52;SAF=24;SAR=23;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811539;STB=0.500638;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0121108;OID=.;OPOS=21628197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:52:53:47:47:0.47:23:24:27:25:23:24:27:26 chr7 21628237 . C T 1384.7 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.504;QD=62.2336;RBI=0.00687123;REFB=0;REVB=0.00193607;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96795e-05;OID=.;OPOS=21628237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:87:89:1:43:44:0:0:44:45:0:0 chr7 21630982 . A G 1023.39 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1364;QD=59.3271;RBI=0.0310299;REFB=0;REVB=-0.00506897;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37495e-05;OID=.;OPOS=21630982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:66:69:1:33:33:0:0:35:34:0:0 chr7 21640405 . A G 1350.72 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00897114;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8042;QD=61.3964;RBI=0.0721769;REFB=0.154853;REVB=0.0716172;RO=1;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010891;STB=0.505746;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00102473;OID=.;OPOS=21640405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:88:1:1:86:87:0.988636:43:43:0:1:43:44:0:1 chr7 21641218 . G A 713.32 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6622;QD=60.7076;RBI=0.0421016;REFB=-0.0915382;REVB=-0.0327142;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177343;STB=0.509087;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00261194;OID=.;OPOS=21641218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:45:46:0.978723:19:26:1:0:19:27:1:0 chr7 21659645 . T C 1509.56 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5412;QD=63.5602;RBI=0.0498562;REFB=0;REVB=-0.0121135;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402693;OID=.;OPOS=21659645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:49:46:0:0:49:46:0:0 chr7 21723431 . G A 484.86 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.037572;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6117;QD=18.8296;RBI=0.0532688;REFB=-0.0100522;REVB=-0.0377612;RO=52;SAF=24;SAR=27;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613427;STB=0.533934;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00989874;OID=.;OPOS=21723431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:27:24:21:31:27:24:21:31 chr7 21737718 . A G 727.66 PASS AF=0.570248;AO=69;DP=122;FAO=69;FDP=121;FR=.;FRO=52;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0163061;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.639;QD=24.0548;RBI=0.0272667;REFB=0.0133798;REVB=-0.0218537;RO=48;SAF=42;SAR=27;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115557;STB=0.547992;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00857083;OID=.;OPOS=21737718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:48:52:69:69:0.570248:27:42:22:26:27:42:26:26 chr7 21775443 . G A 168.7 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0213009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.499;QD=16.0662;RBI=0.0320144;REFB=-0.0443404;REVB=0.0238996;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131851;STB=0.564792;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0436109;OID=.;OPOS=21775443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:7:11:11:12:7:11:12:12 chr7 21778449 . C T 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.063717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8185;QD=14.7934;RBI=0.067096;REFB=-0.00153569;REVB=-0.021024;RO=27;SAF=4;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270973;STB=0.658631;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00366643;OID=.;OPOS=21778449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:14:4:12:15:14:4:12:15 chr7 21779278 . A G 438.14 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0116876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.455;QD=19.0495;RBI=0.0258309;REFB=-0.00730216;REVB=-0.0230355;RO=48;SAF=19;SAR=25;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838833;STB=0.546698;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00837323;OID=.;OPOS=21779278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:25:19:25:23:25:19:25:23 chr7 21856151 . G A 502.62 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00180944;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.356;QD=21.618;RBI=0.0487986;REFB=0.00515271;REVB=-0.0487651;RO=45;SAF=21;SAR=27;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842485;STB=0.546539;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00561877;OID=.;OPOS=21856151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:45:45:48:48:0.516129:27:21:24:21:27:21:24:21 chr7 21893993 . G T 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0137045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.005;QD=15.219;RBI=0.0275;REFB=0.0070044;REVB=-0.0238419;RO=41;SAF=20;SAR=11;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256565;STB=0.645068;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0224702;OID=.;OPOS=21893993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:11:20:16:25:11:20:16:25 chr7 21901566 . T C 600.16 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0265531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.889;QD=26.0941;RBI=0.0268432;REFB=-0.0269718;REVB=0.00393547;RO=38;SAF=29;SAR=25;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875794;STB=0.547812;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0169658;OID=.;OPOS=21901566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:38:38:54:54:0.586957:25:29:16:22:25:29:16:22 chr7 21901593 . G A 187.33 PASS AF=0.294118;AO=25;DP=85;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00701322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.644;QD=8.81554;RBI=0.0125002;REFB=0.000506096;REVB=-0.0103475;RO=59;SAF=9;SAR=16;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217421;STB=0.634453;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00180498;OID=.;OPOS=21901593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:59:60:25:25:0.294118:16:9:32:27:16:9:33:27 chr7 21940977 . C G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0132281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7691;QD=6.81341;RBI=0.041725;REFB=0.00236983;REVB=0.0395726;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463469;STB=0.505602;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00161181;OID=.;OPOS=21940977;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:18:19:7:7:0.269231:3:4:11:7:3:4:11:8 chr7 21941375 . CTCCAGTG C 111.66 PASS AF=0.285714;AO=15;DP=51;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00649476;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=7;MLLD=290.626;QD=7.97535;RBI=0.00719239;REFB=-0.00794306;REVB=0.00309006;RO=34;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619;STB=0.622483;STBP=0.256;TYPE=del;VARB=0.019889;OID=.;OPOS=21941376;OREF=TCCAGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:15:51:16:56:40:5:11:19:21:99:34:5:10:13:21 chr7 21956405 . G A 740.33 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4179;QD=56.9488;RBI=0.0348312;REFB=0;REVB=0.0316109;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161033;OID=.;OPOS=21956405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr7 22158386 . G A 165.98 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0399417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.908;QD=22.1305;RBI=0.040103;REFB=-0.0266724;REVB=-0.00359257;RO=13;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205673;STB=0.615861;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0201732;OID=.;OPOS=22158386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:6:11:5:8:6:11:5:8 chr7 22197507 . A G 861.0 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00382625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7659;QD=54.6665;RBI=0.00475438;REFB=-0.156665;REVB=0.00282205;RO=2;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294805;STB=0.51562;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00542863;OID=.;OPOS=22197507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:63:63:2:2:61:61:0.968254:31:30:0:2:31:30:0:2 chr7 22202117 . G A 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00773345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.787;QD=10.3664;RBI=0.0220661;REFB=-0.00217544;REVB=-0.0206665;RO=43;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680723;STB=0.539737;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00355429;OID=.;OPOS=22202117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:12:10:17:26:12:10:17:26 chr7 22330783 . C T 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.044519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5286;QD=11.2145;RBI=0.0456781;REFB=0.00108171;REVB=-0.0102251;RO=32;SAF=12;SAR=4;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166869;STB=0.614305;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00713415;OID=.;OPOS=22330783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:33:16:16:0.326531:4:12:20:12:4:12:20:13 chr7 22478207 . G T 554.96 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0732878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9372;QD=18.4986;RBI=0.0739809;REFB=1.80492e-05;REVB=-0.0101029;RO=62;SAF=30;SAR=28;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611446;STB=0.533857;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.000965197;OID=.;OPOS=22478207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:62:58:58:0.483333:28:30:28:34:28:30:28:34 chr7 22532260 . A G 256.75 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0317995;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.895;QD=22.3257;RBI=0.0321062;REFB=-0.0126677;REVB=0.00442678;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325798;STB=0.501823;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0127684;OID=.;OPOS=22532260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:22:24:24:0.521739:13:11:10:12:13:11:10:12 chr7 22533452 . C T 411.53 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.534;QD=56.7629;RBI=0.171354;REFB=0;REVB=0.000533353;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000838989;OID=.;OPOS=22533452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:19:9:0:0:19:10:0:0 chr7 22787205 . G T 1749.2 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7635;QD=60.8417;RBI=0.0549205;REFB=0;REVB=-0.0519357;RO=0;SAF=55;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.56847e-05;OID=.;OPOS=22787205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:60:55:0:0:60:55:0:0 chr7 22857682 . A G 746.85 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.462;QD=63.5618;RBI=0.0479972;REFB=0;REVB=0.0125097;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324826;OID=.;OPOS=22857682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr7 23164526 . C G 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0058;QD=57.2348;RBI=0.043749;REFB=0;REVB=0.0126753;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059245;OID=.;OPOS=23164526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr7 23164701 . C T 172.72 PASS AF=0.45;AO=19;DP=41;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00193444;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.266;QD=17.2718;RBI=0.00664777;REFB=-0.00215159;REVB=-0.00636009;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221153;STB=0.62487;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0043313;OID=.;OPOS=23164701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:22:19:18:0.45:9:10:6:15:9:9:6:16 chr7 23296533 . G A 246.65 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0150715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8547;QD=15.9131;RBI=0.042931;REFB=-0.0146118;REVB=0.0401985;RO=33;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135427;STB=0.567613;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0140214;OID=.;OPOS=23296533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:33:34:28:28:0.451613:13:15:13:20:13:15:14:20 chr7 23351346 . CATT C 84.79 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00445088;FXX=0.0731529;HRUN=1;LEN=3;MLLD=294.789;QD=8.92479;RBI=0.035295;REFB=0.00745684;REVB=0.0350132;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838598;STB=0.505145;STBP=0.997;TYPE=del;VARB=-0.0151747;OID=.;OPOS=23351347;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289474:11:40:11:38:27:7:4:17:10:84:27:7:4:17:10 chr7 23357321 . C T 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0295991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.778;QD=13.7741;RBI=0.0297268;REFB=-0.00742023;REVB=0.0027525;RO=30;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737004;STB=0.549951;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0108974;OID=.;OPOS=23357321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:12:8:10:20:12:8:10:21 chr7 23728916 . G A 467.83 PASS AF=0.463636;AO=50;DP=109;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00833713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.338;QD=17.0119;RBI=0.015864;REFB=0.0116833;REVB=-0.0134966;RO=58;SAF=22;SAR=28;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248628;STB=0.503596;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0134216;OID=.;OPOS=23728916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:58:59:50:51:0.463636:28:22:27:31:28:23:27:32 chr7 23728931 . T C 544.49 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.00163266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3414;QD=17.2854;RBI=0.0102225;REFB=-0.0213948;REVB=-0.0100913;RO=67;SAF=27;SAR=31;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172247;STB=0.505227;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0318083;OID=.;OPOS=23728931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:67:68:58:58:0.460317:31:27:30:37:31:27:31:37 chr7 23737891 . A G 608.45 PASS AF=0.463235;AO=63;DP=136;FAO=63;FDP=136;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.0172674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.057;QD=17.8956;RBI=0.0186769;REFB=-0.00610042;REVB=0.00711789;RO=73;SAF=27;SAR=36;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102501;STB=0.556944;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00838576;OID=.;OPOS=23737891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:73:73:63:63:0.463235:36:27:39:34:36:27:39:34 chr7 23751736 . A G 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0159557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.359;QD=11.2835;RBI=0.0217021;REFB=-0.014412;REVB=-0.0147104;RO=50;SAF=16;SAR=11;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825983;STB=0.547909;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0269003;OID=.;OPOS=23751736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:11:16:26:24:11:16:26:24 chr7 23757162 . G C 194.13 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0510193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4099;QD=12.3257;RBI=0.0655311;REFB=-0.0429963;REVB=0.0411261;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176729;STB=0.586971;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0239344;OID=.;OPOS=23757162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:37:39:24:24:0.380952:9:15:17:20:9:15:19:20 chr7 23854838 . G GA 120.25 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0682782;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.9318;QD=8.74574;RBI=0.0893708;REFB=-0.0260524;REVB=-0.0576647;RO=37;SAF=7;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252154;STB=0.529047;STBP=0.728;TYPE=ins;VARB=0.0372579;OID=.;OPOS=23854839;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:19:56:25:55:30:12:13:16:14:99:37:7:12:22:15 chr7 23934657 . A C 391.86 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.002;QD=55.9802;RBI=0.0096897;REFB=0;REVB=-0.00238646;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82058e-05;OID=.;OPOS=23934657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr7 24325009 . G A 159.5 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0237488;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.692;QD=16.7894;RBI=0.0250084;REFB=0.00886036;REVB=0.00783665;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414022;STB=0.732904;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00528427;OID=.;OPOS=24325009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:17:17:0.447368:7:10:3:18:7:10:3:18 chr7 24703298 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.527;QD=60.2046;RBI=0.0450827;REFB=0;REVB=0.0382308;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48892e-05;OID=.;OPOS=24703298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:45:28:0:0:45:28:0:0 chr7 24758753 . C T 197.33 PASS AF=0.352113;AO=24;DP=70;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0350239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.092;QD=11.1171;RBI=0.0393189;REFB=-0.00669896;REVB=-0.017869;RO=45;SAF=13;SAR=11;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663486;STB=0.543567;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0108784;OID=.;OPOS=24758753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:45:46:24:25:0.352113:11:13:27:18:12:13:27:19 chr7 24758795 . T C 811.54 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.842;QD=56.95;RBI=0.110418;REFB=0;REVB=-0.0334724;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00166769;OID=.;OPOS=24758795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:29:28:0:0 chr7 24758818 . G T 136.71 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0102232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.889;QD=10.9364;RBI=0.0324446;REFB=-0.0115493;REVB=-0.0307919;RO=34;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381143;STB=0.522699;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0279636;OID=.;OPOS=24758818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:9:7:16:18:9:7:16:18 chr7 24854765 . G A 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0338464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7841;QD=16.1648;RBI=0.0377838;REFB=-0.014767;REVB=0.016794;RO=41;SAF=18;SAR=15;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397795;STB=0.522375;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0135713;OID=.;OPOS=24854765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:15:18:24:17:15:18:24:17 chr7 24911357 . T G 581.2 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=136;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.052988;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.991;QD=17.2206;RBI=0.0549021;REFB=-0.00250738;REVB=-0.0143706;RO=74;SAF=36;SAR=25;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155417;STB=0.586547;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00354606;OID=.;OPOS=24911357;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:74:74:61:61:0.451852:25:36:32:42:25:36:32:42 chr7 25182405 . G T 403.09 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0015151;FXX=0.0180164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8119;QD=14.7922;RBI=0.0569811;REFB=0.0142534;REVB=-0.0569609;RO=64;SAF=23;SAR=23;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807847;STB=0.550437;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0202284;OID=.;OPOS=25182405;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:64:63:46:46:0.422018:23:23:27:37:23:23:26:37 chr7 25194665 . G C 719.33 PASS AF=0.522388;AO=70;DP=134;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=48;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=0.00211313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.628;QD=21.4724;RBI=0.0555081;REFB=-0.0022789;REVB=0.0554678;RO=63;SAF=48;SAR=22;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00317293;STB=0.507622;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00232297;OID=.;OPOS=25194665;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:63:64:70:70:0.522388:22:48:43:20:22:48:43:21 chr7 25198089 . C G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.032391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.716;QD=11.1042;RBI=0.0755684;REFB=-0.003178;REVB=-0.0682745;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167433;STB=0.510175;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00189913;OID=.;OPOS=25198089;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:7:3:2:5:7:3 chr7 25207963 . G A 372.12 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=42;FWDB=-0.0186259;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5592;QD=17.109;RBI=0.0187333;REFB=0.00482292;REVB=-0.00200298;RO=49;SAF=6;SAR=33;SRF=6;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630455;STB=0.531899;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.0050922;OID=.;OPOS=25207963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:49:48:39:39:0.448276:33:6:6:43:33:6:6:42 chr7 25207974 . T C 375.66 PASS AF=0.449438;AO=37;DP=88;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=43;FWDB=-0.0110306;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7069;QD=16.8835;RBI=0.0143107;REFB=0.0117605;REVB=0.00911708;RO=49;SAF=5;SAR=32;SRF=6;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281336;STB=0.53102;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.0126965;OID=.;OPOS=25207974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:49:49:37:40:0.449438:32:5:6:43:34:6:6:43 chr7 25207994 . G A 343.32 PASS AF=0.413043;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=47;FWDB=-0.00106359;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.1;QD=14.9269;RBI=0.00854585;REFB=-0.0270233;REVB=0.0084794;RO=53;SAF=4;SAR=33;SRF=7;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607514;STB=0.535797;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0451316;OID=.;OPOS=25207994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:53:54:37:38:0.413043:33:4:7:46:34:4:7:47 chr7 25267963 . G C,T 789.58 PASS AF=0.96,0.04;AO=48,2;DP=50;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191027,0.000844416;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.3635,21.5377;QD=63.1667;RBI=0.05395,0.011372;REFB=0,0;REVB=0.0539162,-0.0113406;RO=0;SAF=23,0;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000835086,-0.0212318;OID=.,.;OPOS=25267963,25267963;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:48,2:48,2:0.96,0.04:25,2:23,0:0:0:25,2:23,0:0:0 chr7 25304395 . A G 728.98 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.504;QD=57.1749;RBI=0.0499878;REFB=0;REVB=0.0241162;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.67149e-05;OID=.;OPOS=25304395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:26:24:0:0:27:24:0:0 chr7 26224668 . C T 859.45 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.428;QD=57.2967;RBI=0.0395489;REFB=0;REVB=-0.0107112;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05991e-05;OID=.;OPOS=26224668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:30:29:0:0:30:30:0:0 chr7 26224767 . T A 306.05 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0130258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1841;QD=20.4031;RBI=0.0143903;REFB=-0.00706866;REVB=-0.00611619;RO=28;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168874;STB=0.593691;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00535501;OID=.;OPOS=26224767;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:13:19:11:17:13:19:11:17 chr7 26251843 . C T 48.84 PASS AF=0.15873;AO=7;DP=60;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.00281591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.438;QD=3.10095;RBI=0.00422876;REFB=-0.00838227;REVB=-0.00315485;RO=48;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662542;STB=0.618823;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.048485;OID=.;OPOS=26251843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:60:63:48:53:7:10:0.15873:4:3:18:30:5:5:19:34 chr7 26252932 . CTGG C 117.07 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0469381;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=3;MLLD=301.431;QD=7.43316;RBI=0.0470457;REFB=-0.0081689;REVB=-0.00317985;RO=45;SAF=4;SAR=13;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373035;STB=0.721948;STBP=0.036;TYPE=del;VARB=0.0186953;OID=.;OPOS=26252933;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269841:17:65:17:63:46:4:13:24:22:99:45:4:13:24:21 chr7 26386122 . T A 339.91 PASS AF=0.630435;AO=28;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0152693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.598;QD=29.557;RBI=0.0169325;REFB=-0.00708853;REVB=0.00731841;RO=17;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135472;STB=0.500772;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00436318;OID=.;OPOS=26386122;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:28:29:0.630435:11:17:10:7:12:17:10:7 chr7 26778406 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.238;QD=53.2761;RBI=0.0350605;REFB=0;REVB=0.0229207;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206631;OID=.;OPOS=26778406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr7 27135314 . C T 294.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0038208;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4732;QD=53.5222;RBI=0.0991535;REFB=0;REVB=0.0990798;RO=0;SAF=19;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0044703;OID=.;OPOS=27135314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:3:19:0:0:3:19:0:0 chr7 27169093 . T G 1558.38 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115128;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.997;QD=59.9379;RBI=0.0125936;REFB=0;REVB=0.0051043;RO=0;SAF=58;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136532;OID=.;OPOS=27169093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:46:58:0:0:46:58:0:0 chr7 27196069 . A C 2680.72 PASS AF=0.983051;AO=174;DP=181;FAO=174;FDP=177;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0874171;FXX=0.0220982;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4455;QD=60.5812;RBI=0.0886062;REFB=-0.171982;REVB=0.0144679;RO=2;SAF=73;SAR=101;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093318;STB=0.507316;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000811984;OID=.;OPOS=27196069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:181:177:2:3:174:174:0.983051:101:73:0:2:101:73:0:3 chr7 27196113 . C T 2955.21 PASS AF=0.964824;AO=190;DP=197;FAO=192;FDP=199;FR=.;FRO=7;FSAF=82;FSAR=110;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.046937;FXX=0.00499975;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.96;QD=59.4011;RBI=0.0611284;REFB=-0.0907554;REVB=0.0391612;RO=7;SAF=80;SAR=110;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202549;STB=0.51029;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00315551;OID=.;OPOS=27196113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:197:199:7:7:190:192:0.964824:110:80:5:2:110:82:5:2 chr7 27202289 . A G 217.94 PASS AF=0.567568;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00817984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.792;QD=23.5612;RBI=0.0122118;REFB=-0.00352049;REVB=0.00906748;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149104;STB=0.571362;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00337095;OID=.;OPOS=27202289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:16:20:21:0.567568:10:10:5:11:11:10:5:11 chr7 27204732 . C A 342.9 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.027872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2249;QD=21.4311;RBI=0.0296555;REFB=-0.00833685;REVB=0.0101293;RO=29;SAF=17;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591206;STB=0.532658;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0236161;OID=.;OPOS=27204732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:18:17:12:17:18:17:12:17 chr7 27279191 . T G 217.84 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00550686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.854;QD=16.7566;RBI=0.0166302;REFB=-0.0135025;REVB=0.015692;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119687;STB=0.555329;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0128295;OID=.;OPOS=27279191;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:13:11:9:18:13:11:10:18 chr7 27702390 . C A 604.91 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.014529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.82;QD=24.4408;RBI=0.0230145;REFB=-0.0166924;REVB=0.0178486;RO=44;SAF=17;SAR=38;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110723;STB=0.560863;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.010414;OID=.;OPOS=27702390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:44:55:55:0.555556:38:17:19:25:38:17:19:25 chr7 27842733 . A G 493.36 PASS AF=0.50495;AO=50;DP=102;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0202942;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.267;QD=19.5389;RBI=0.0318883;REFB=-0.0334683;REVB=0.024597;RO=49;SAF=22;SAR=28;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047776;STB=0.535715;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0285294;OID=.;OPOS=27842733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:49:50:50:51:0.50495:28:22:19:30:28:23:19:31 chr7 27886171 . A G 310.51 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0395169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.908;QD=16.5607;RBI=0.0437331;REFB=-0.0252556;REVB=0.018735;RO=39;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269695;STB=0.506663;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0256499;OID=.;OPOS=27886171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:41:33:34:0.453333:16:17:19:20:17:17:21:20 chr7 27953035 . A G 552.04 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0332887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8537;QD=18.0996;RBI=0.0812375;REFB=0.00165924;REVB=-0.0741039;RO=63;SAF=42;SAR=16;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209618;STB=0.621884;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00396819;OID=.;OPOS=27953035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:63:64:58:58:0.47541:16:42:33:30:16:42:33:31 chr7 28319007 . T A 736.85 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00134587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.174;QD=53.5894;RBI=0.0431862;REFB=-0.0951022;REVB=0.0431652;RO=2;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029429;STB=0.507689;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0018905;OID=.;OPOS=28319007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:55:2:1:53:54:0.981818:31:22:0:2:32:22:0:1 chr7 28319234 . A C 525.84 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0485737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.8682;QD=55.3514;RBI=0.0620157;REFB=-0.151066;REVB=0.0385557;RO=1;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445069;STB=0.523796;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00744784;OID=.;OPOS=28319234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:36:37:0.973684:10:26:0:1:10:27:0:1 chr7 28843898 . TG T 259.29 PASS AF=0.947368;AO=20;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0756053;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.6027;QD=27.2934;RBI=0.296585;REFB=0.0152717;REVB=0.286787;RO=11;SAF=6;SAR=14;SRF=3;SRR=8;SSEN=0.27422;SSEP=0;SSSB=0.020981;STB=0.535694;STBP=0.094;TYPE=del;VARB=0.0255725;OID=.;OPOS=28843899;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368:20:38:36:38:2:13:23:2:0:4:11:6:14:3:8 chr7 28995800 . G A 154.93 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0239101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.145;QD=32.6172;RBI=0.0288683;REFB=-0.0937748;REVB=0.0161767;RO=4;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165193;STB=0.590796;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00619505;OID=.;OPOS=28995800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:6:9:4:0:6:9:4:0 chr7 28996557 . C T 170.13 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0152287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.075;QD=16.5979;RBI=0.0260304;REFB=-0.0509273;REVB=0.0211109;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140082;STB=0.591298;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0654009;OID=.;OPOS=28996557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:23:18:18:0.439024:8:10:9:13:8:10:9:14 chr7 28996944 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.214;QD=47.8222;RBI=0.0851919;REFB=0;REVB=0.0789195;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556685;OID=.;OPOS=28996944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr7 28997141 . G C 241.63 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00679613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9425;QD=21.966;RBI=0.00935024;REFB=-0.0210151;REVB=-0.0064218;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00176574;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0392067;OID=.;OPOS=28997141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:11:12:11:10:11:12:11:10 chr7 28997497 . GCCA GCA,GCAG,GGCA 470.95 PASS AF=1,0,0;AO=26,3,4;DP=33;FAO=33,0,0;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0,0;FSAR=15,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396859,-0.14848,-0.0665748;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,2,1;MLLD=26.1995,5.03381,5.02124;QD=57.0849;RBI=0.0951938,0.184193,0.201223;REFB=0,0,0;REVB=-0.0865268,-0.108998,-0.189891;RO=0;SAF=15,3,0;SAR=11,0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.00504543,0,0;OID=.,.,.;OPOS=28997498,28997499,28997498;OREF=C,CA,C;OALT=-,AG,G;OMAPALT=GCA,GCAG,GGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:26,3,4:33:33,0,0:33:0:18,0,0:15,0,0:0:0:4:0:15,3,0:11,0,4:0:0 chr7 29070320 . C T 163.68 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00483651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7351;QD=13.3614;RBI=0.0332638;REFB=-0.0204918;REVB=-0.0329103;RO=31;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276363;STB=0.516111;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0363663;OID=.;OPOS=29070320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:10:8:13:18:10:8:13:18 chr7 29152371 . G A 354.19 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0146702;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.797;QD=15.9185;RBI=0.016766;REFB=-0.0019441;REVB=-0.00811684;RO=51;SAF=11;SAR=27;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140235;STB=0.579433;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00280592;OID=.;OPOS=29152371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:51:51:38:38:0.426966:27:11:21:30:27:11:21:30 chr7 29152416 . G A 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00430378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.87;QD=14.1874;RBI=0.00431111;REFB=0.00103745;REVB=0.000251288;RO=45;SAF=9;SAR=22;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200201;STB=0.614448;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00112747;OID=.;OPOS=29152416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:22:9:21:24:22:9:21:24 chr7 29160604 . C T 432.38 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=0.0426081;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.193;QD=17.6481;RBI=0.0426406;REFB=-0.00394826;REVB=-0.00166506;RO=54;SAF=21;SAR=23;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162251;STB=0.590401;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00675837;OID=.;OPOS=29160604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:54:54:44:44:0.44898:23:21:17:37:23:21:17:37 chr7 29186256 . A G 1037.59 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770246;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.97;QD=58.4555;RBI=0.0110871;REFB=0;REVB=-0.00797465;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0009816;OID=.;OPOS=29186256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:67:71:1:39:28:0:0:39:32:0:0 chr7 29186576 . A G 346.11 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00128806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.048;QD=19.4992;RBI=0.0203673;REFB=-0.0146417;REVB=-0.0203265;RO=34;SAF=21;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175034;STB=0.603672;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0112802;OID=.;OPOS=29186576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:15:21:13:21:15:21:13:22 chr7 29523563 . G A 344.35 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00222752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.267;QD=19.1303;RBI=0.00886418;REFB=-0.0126677;REVB=-0.00857974;RO=36;SAF=15;SAR=21;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173946;STB=0.596721;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0146512;OID=.;OPOS=29523563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:21:15:22:14:21:15:22:14 chr7 29552213 . T C 1230.83 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645908;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.235;QD=61.5414;RBI=0.0486662;REFB=0;REVB=0.0482357;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93915e-05;OID=.;OPOS=29552213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr7 29605975 . C G 355.29 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000602383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.6076;QD=52.6357;RBI=0.0583789;REFB=0;REVB=0.0583758;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00310896;OID=.;OPOS=29605975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:27:0:0:26:27:1:20:6:0:0:21:6:0:0 chr7 29606288 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.68;QD=55.6561;RBI=0.0345835;REFB=0;REVB=0.0203146;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116636;OID=.;OPOS=29606288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr7 29771597 . A C 378.1 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.036746;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4472;QD=18.4438;RBI=0.0585944;REFB=-0.0145326;REVB=0.0456403;RO=43;SAF=19;SAR=20;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110228;STB=0.561416;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0174338;OID=.;OPOS=29771597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:20:19:26:17:20:19:26:17 chr7 29771601 . G A 448.5 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0130317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.081;QD=18.6876;RBI=0.014652;REFB=-0.00597779;REVB=-0.00669728;RO=51;SAF=28;SAR=17;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915694;STB=0.551105;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00540724;OID=.;OPOS=29771601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:17:28:27:24:17:28:27:24 chr7 29952207 . C G 1156.85 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600052;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.866;QD=60.8868;RBI=0.0667887;REFB=0;REVB=0.0293277;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253169;OID=.;OPOS=29952207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr7 30177278 . C T 759.73 PASS AF=0.55814;AO=72;DP=129;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0210294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5315;QD=23.5575;RBI=0.0213765;REFB=0.0128735;REVB=-0.00383624;RO=57;SAF=32;SAR=40;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381204;STB=0.520828;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00823608;OID=.;OPOS=30177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:57:57:72:72:0.55814:40:32:28:29:40:32:28:29 chr7 30491084 . G A 275.06 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0213081;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.178;QD=15.2811;RBI=0.0238544;REFB=-0.0181224;REVB=-0.0107238;RO=41;SAF=20;SAR=11;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139094;STB=0.578846;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0227099;OID=.;OPOS=30491084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:41:41:31:31:0.430556:11:20:21:20:11:20:21:20 chr7 30491311 . C T 257.93 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00500059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.984;QD=23.4483;RBI=0.00684986;REFB=-0.0144854;REVB=-0.00468131;RO=20;SAF=17;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265082;STB=0.648465;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0110311;OID=.;OPOS=30491311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:7:17:8:12:7:17:8:12 chr7 30492237 . C T 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0102834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.082;QD=26.047;RBI=0.095116;REFB=0.000149634;REVB=0.0945585;RO=5;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248072;STB=0.639762;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000658195;OID=.;OPOS=30492237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:8:4:4:1:8:4:4:1 chr7 30492550 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00668184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.272;QD=18.2488;RBI=0.0666075;REFB=0.00514389;REVB=0.0662715;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101714;STB=0.558193;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.00656791;OID=.;OPOS=30492550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:7:5:7:6:7:5 chr7 30496382 . G C 324.48 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00207409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6599;QD=19.6654;RBI=0.0738705;REFB=-0.0363523;REVB=-0.0738414;RO=31;SAF=11;SAR=23;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330056;STB=0.676367;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0262717;OID=.;OPOS=30496382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:32:34:34:0.515152:23:11:22:9:23:11:22:10 chr7 30538651 . T C 691.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0491283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.703;QD=60.1629;RBI=0.0659075;REFB=0.0422961;REVB=0.0439342;RO=1;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144632;STB=0.507689;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-9.30533e-07;OID=.;OPOS=30538651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:32:13:0:1:32:13:0:1 chr7 30655603 . T C 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00411651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.778;QD=16.6319;RBI=0.00508657;REFB=-0.00541242;REVB=0.00298789;RO=41;SAF=14;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512885;STB=0.528829;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00535791;OID=.;OPOS=30655603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:20:14:19:22:20:14:19:22 chr7 30791847 . C T 946.79 PASS AF=0.574324;AO=80;DP=145;FAO=85;FDP=148;FR=.;FRO=63;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0303291;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.932;QD=25.5889;RBI=0.0303355;REFB=-0.0330751;REVB=0.000623869;RO=63;SAF=38;SAR=42;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000963426;STB=0.504388;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0194741;OID=.;OPOS=30791847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:63:63:80:85:0.574324:42:38:30:33:45:40:29:34 chr7 30795436 . T G 253.59 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0421844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.379;QD=17.4891;RBI=0.042579;REFB=-0.00950422;REVB=-0.00578309;RO=29;SAF=6;SAR=22;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227035;STB=0.640994;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0113264;OID=.;OPOS=30795436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:22:6:12:17:22:6:13:17 chr7 30825575 . C A 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00518161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.752;QD=22.3219;RBI=0.0147235;REFB=-0.0347309;REVB=-0.0137815;RO=22;SAF=13;SAR=17;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164876;STB=0.50064;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0259978;OID=.;OPOS=30825575;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:23:30:30:0.566038:17:13:10:12:17:13:10:13 chr7 30831144 . C T 257.31 PASS AF=0.4;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0182154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.6;QD=13.7229;RBI=0.018563;REFB=-0.0227312;REVB=-0.00357514;RO=41;SAF=11;SAR=19;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151851;STB=0.588819;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0162148;OID=.;OPOS=30831144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:41:45:30:30:0.4:19:11:21:20:19:11:23:22 chr7 30831181 . C T 373.34 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0926504;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.53;QD=28.1766;RBI=0.0976003;REFB=-0.0262083;REVB=-0.0306876;RO=18;SAF=16;SAR=19;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149813;STB=0.581453;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0169703;OID=.;OPOS=30831181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:18:18:35:35:0.660377:19:16:4:14:19:16:4:14 chr7 30915262 . CA TG 418.14 PASS AF=0.5;AO=41;DP=83;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00481815;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.162;QD=19.9115;RBI=0.019489;REFB=-0.00766543;REVB=-0.0188841;RO=42;SAF=11;SAR=30;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191133;STB=0.593823;STBP=0.102;TYPE=mnp;VARB=0.0107652;OID=.;OPOS=30915262;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:42:42:41:42:0.5:30:11:19:23:30:12:19:23 chr7 31011677 . C T 361.75 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0568516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3846;QD=23.3385;RBI=0.0576165;REFB=-0.0184143;REVB=-0.00935715;RO=25;SAF=18;SAR=18;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746075;STB=0.53224;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.026784;OID=.;OPOS=31011677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:26:36:36:0.580645:18:18:15:10:18:18:15:11 chr7 31377369 . T G 289.36 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0341622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6748;QD=16.0756;RBI=0.0379453;REFB=-0.000777212;REVB=0.0165163;RO=39;SAF=10;SAR=19;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150384;STB=0.570523;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00244751;OID=.;OPOS=31377369;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:29:30:0.416667:19:10:19:20:19:11:19:20 chr7 31592733 . C A 280.5 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0175946;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.864;QD=26.0933;RBI=0.0280077;REFB=-0.0449753;REVB=0.0217914;RO=18;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984477;STB=0.554413;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0288341;OID=.;OPOS=31592733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:18:18:25:25:0.581395:10:15:13:5:10:15:13:5 chr7 31611758 . G T 366.63 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.023935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.384;QD=16.2945;RBI=0.0239735;REFB=-0.00751775;REVB=-0.0013593;RO=50;SAF=16;SAR=23;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130357;STB=0.578907;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0106711;OID=.;OPOS=31611758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:50:51:39:39:0.433333:23:16:27:23:23:16:28:23 chr7 31617733 . T C 544.0 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0582155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8569;QD=57.263;RBI=0.0884471;REFB=-0.0127485;REVB=-0.0665871;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228411;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00166859;OID=.;OPOS=31617733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:0:1:20:17:0:1 chr7 31618008 . A G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.266595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.598;QD=43.4843;RBI=0.26831;REFB=0;REVB=0.0302902;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0033352;OID=.;OPOS=31618008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr7 31682453 . C T 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0161329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4594;QD=19.3868;RBI=0.0208038;REFB=0.0133722;REVB=0.013135;RO=34;SAF=16;SAR=19;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148122;STB=0.582019;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.012469;OID=.;OPOS=31682453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:19:16:10:24:19:16:10:24 chr7 31682601 . T C 407.33 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0194154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.638;QD=22.9483;RBI=0.023294;REFB=-0.00101044;REVB=0.0128706;RO=31;SAF=17;SAR=23;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215142;STB=0.511839;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.000484623;OID=.;OPOS=31682601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:23:17:14:17:23:17:14:17 chr7 31682853 . T C 426.75 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0416679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.251;QD=27.5321;RBI=0.0436001;REFB=0.0120919;REVB=-0.0128356;RO=21;SAF=8;SAR=32;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229537;STB=0.620623;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00683949;OID=.;OPOS=31682853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:21:22:40:40:0.645161:32:8:10:11:32:8:10:12 chr7 31683410 . G A 429.99 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00251174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.472;QD=22.6312;RBI=0.0173762;REFB=-0.0254568;REVB=0.0171937;RO=33;SAF=24;SAR=18;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188852;STB=0.609614;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0296766;OID=.;OPOS=31683410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:34:42:42:0.552632:18:24:11:22:18:24:11:23 chr7 31732089 . C G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0187949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2409;QD=13.6607;RBI=0.0756271;REFB=-0.0247712;REVB=-0.0732545;RO=20;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24928;STB=0.639769;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0256566;OID=.;OPOS=31732089;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:12:2:6:14:12:2:6:15 chr7 31746837 . C T 235.43 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=9;FWDB=-0.00141785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.301;QD=13.2638;RBI=0.0222423;REFB=-0.0204608;REVB=-0.0221971;RO=42;SAF=20;SAR=8;SRF=34;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131698;STB=0.559546;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.027023;OID=.;OPOS=31746837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:28:28:0.394366:8:20:34:8:8:20:34:9 chr7 31855578 . G A 841.84 PASS AF=0.983607;AO=57;DP=59;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0654019;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.723;QD=55.2027;RBI=0.0672182;REFB=-0.0951064;REVB=0.0155204;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00409475;OID=.;OPOS=31855578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:61:0:1:57:60:0.983607:30:27:0:0:31:29:0:1 chr7 32209425 . A G 1089.01 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000422603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.956;QD=59.672;RBI=0.030799;REFB=0;REVB=0.0307961;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66231e-05;OID=.;OPOS=32209425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:30:42:0:0:31:42:0:0 chr7 32209459 . C T 520.11 PASS AF=0.526316;AO=48;DP=93;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00489299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.949;QD=21.8993;RBI=0.0104158;REFB=-0.0122489;REVB=-0.00919492;RO=45;SAF=33;SAR=15;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646053;STB=0.530735;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0101572;OID=.;OPOS=32209459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:45:45:48:50:0.526316:15:33:28:17:16:34:28:17 chr7 32338337 . G A 1285.05 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774411;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9149;QD=61.9303;RBI=0.0897012;REFB=0;REVB=0.045268;RO=0;SAF=22;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94507e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533656;OID=.;OPOS=32338337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:60:22:0:0:61:22:0:0 chr7 32529936 . G C 375.27 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.5671;QD=55.5959;RBI=0.0321105;REFB=0;REVB=0.0131254;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177998;OID=.;OPOS=32529936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr7 32530105 . G C 1200.32 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0422684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.692;QD=58.5521;RBI=0.0424628;REFB=-0.00963371;REVB=0.00405883;RO=2;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278272;STB=0.514702;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-2.8886e-05;OID=.;OPOS=32530105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:33:47:0:2:33:47:0:2 chr7 32530198 . AA TC 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00359169;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=114.963;QD=59.5018;RBI=0.0259147;REFB=0;REVB=-0.0256646;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-7.58171e-05;OID=.;OPOS=32530198;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr7 32535357 . CCGGGGG CCGGGG,CCGGGGC,CGGG,CGGGG 85.32 PASS AF=0,0,0,0.5;AO=9,3,3,4;DP=27;FAO=0,0,0,14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=0,0,0,6;FSAR=0,0,0,8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0603744,-0.0562665,-0.0363569,-0.0574533;FXX=0;HRUN=5,5,5,5;LEN=1,1,3,2;MLLD=11.0007,15.6589,27.3749,19.9956;QD=12.1891;RBI=0.553522,0.311108,0.197581,0.198926;REFB=-0.0555443,-0.00278693,-0.0289624,-0.0441795;REVB=-0.55022,-0.305977,-0.194208,-0.190448;RO=6;SAF=1,2,1,2;SAR=8,1,2,2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.504538,0,-0.317885,-0.156622;STB=0.5,0.5,0.5,0.53679;STBP=1,1,1,0.752;TYPE=del,snp,del,del;VARB=-0.000978756,0,0.0423138,0.119168;OID=.,.,.,.;OPOS=32535359,32535363,32535358,32535358;OREF=G,G,CGG,CG;OALT=-,C,-,-;OMAPALT=CCGGGG,CCGGGGC,CGGG,CGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0,0,0,0.5:9,3,3,4:27:0,0,0,14:28:14:0,0,0,6:0,0,0,8:5:9:68:6:1,2,1,2:8,1,2,2:4:2 chr7 32613020 . A G 788.35 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241909;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.321;QD=55.3231;RBI=0.0242135;REFB=-0.0622831;REVB=-0.00104532;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000889122;OID=.;OPOS=32613020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:0:1:56:56:0.982456:31:25:0:0:31:25:1:0 chr7 32623796 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.952;QD=63.872;RBI=0.0309095;REFB=0;REVB=0.0192998;RO=0;SAF=36;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73746e-05;OID=.;OPOS=32623796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:12:36:0:0:12:36:0:0 chr7 32908287 . TA CA,CG 723.56 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=46,2;DP=50;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26,2;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151022,0.0119194;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=197.239,168.709;QD=55.6585;RBI=0.0213212,0.0144597;REFB=0,0;REVB=0.0150505,-0.00818608;RO=0;SAF=23,2;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00110971,-0.0318906;OID=.,.;OPOS=32908287,32908287;OREF=T,TA;OALT=C,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:52:0:0:46,2:50,2:0.961538,0.0384615:23,0:23,2:0:0:24,0:26,2:0:0 chr7 32909182 . G A 276.08 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0054915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.993;QD=13.305;RBI=0.00746604;REFB=0.00607275;REVB=0.00505818;RO=50;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370374;STB=0.515894;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00898173;OID=.;OPOS=32909182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:51:32:32:0.385542:19:13:22:28:19:13:22:29 chr7 33054112 . A G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0322684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.16;QD=14.3355;RBI=0.0328227;REFB=-0.0206582;REVB=0.0060066;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033981;STB=0.519956;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00642544;OID=.;OPOS=33054112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:7:3:3:6:7:3 chr7 33054114 . CTTT C,CT,CTTTAAG,CTTTAAGA 94.23 PASS AF=0,0.294118,0,0.529412;AO=2,2,4,2;DP=19;FAO=0,5,0,9;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=0,4,0,6;FSAR=0,1,0,3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0920528,-0.132262,-0.00995803,-0.00738984;FXX=0.0555247;HRUN=14,14,3,3;LEN=3,2,3,4;MLLD=9.51328,6.59575,198.707,237.403;QD=22.171;RBI=0.382613,0.551713,0.120685,0.139633;REFB=-0.0969041,-0.137344,-0.0272243,-0.0275371;REVB=-0.371375,-0.535625,-0.120274,-0.139437;RO=4;SAF=2,2,2,2;SAR=0,0,2,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.569412,0.569412,-0.201109,0.569412;STB=0.5,0.57112,0.5,0.5;STBP=1,0.776,1,1;TYPE=del,del,ins,ins;VARB=0.158224,0.0358697,0,0.0175129;OID=.,.,.,.;OPOS=33054115,33054115,33054118,33054118;OREF=TTT,TT,-,-;OALT=-,-,AAG,AAGA;OMAPALT=C,CT,CTTTAAG,CTTTAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.294118,0,0.529412:2,2,4,2:19:0,5,0,9:17:3:0,4,0,6:0,1,0,3:2:1:14:4:2,2,2,2:0,0,2,0:3:1 chr7 33385852 . C T 189.9 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00761464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.165;QD=21.703;RBI=0.0823991;REFB=-0.0267843;REVB=-0.0820465;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720853;STB=0.540498;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0220422;OID=.;OPOS=33385852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:9:7:10:9:9:7 chr7 33391094 . A T 98.85 PASS AF=0.461538;AO=10;DP=24;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00566847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.312;QD=15.2077;RBI=0.00650796;REFB=-0.0128742;REVB=-0.00319719;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400953;STB=0.687169;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0102517;OID=.;OPOS=33391094;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:26:14:14:10:12:0.461538:8:2:8:6:9:3:8:6 chr7 33645209 . G A 190.11 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0666325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.7063;QD=15.8426;RBI=0.0757102;REFB=-0.0473476;REVB=-0.0359465;RO=23;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181521;STB=0.583937;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0553432;OID=.;OPOS=33645209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:26:21:22:0.458333:7:14:11:12:7:15:14:12 chr7 34009946 . C T 524.19 PASS AF=0.428571;AO=57;DP=133;FAO=57;FDP=133;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.0428389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.803;QD=15.7651;RBI=0.0532695;REFB=-0.00830965;REVB=-0.0316618;RO=76;SAF=22;SAR=35;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00941397;STB=0.505273;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0092508;OID=.;OPOS=34009946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:76:76:57:57:0.428571:35:22:30:46:35:22:30:46 chr7 34192762 . G C 1081.5 PASS AF=0.986486;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.81;QD=58.4597;RBI=0.045236;REFB=-0.0811516;REVB=0.0433595;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126095;STB=0.506665;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00054613;OID=.;OPOS=34192762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:74:1:1:71:73:0.986486:34:37:1:0:36:37:1:0 chr7 34793057 . C T 196.69 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0154435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0158;QD=18.2963;RBI=0.0175872;REFB=-0.00633426;REVB=0.00841475;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972961;STB=0.555498;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00691972;OID=.;OPOS=34793057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:14:6:9:14:14:6:9:14 chr7 34818113 . A T 251.67 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0126114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1566;QD=17.0624;RBI=0.0206084;REFB=0.00936603;REVB=-0.0162991;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922441;STB=0.55928;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0197588;OID=.;OPOS=34818113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:14:14:18:12:14:14:19:12 chr7 34851393 . C G 222.01 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.000281682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.845;QD=14.5583;RBI=0.0467679;REFB=-0.0123197;REVB=0.046767;RO=35;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144122;STB=0.50819;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0167952;OID=.;OPOS=34851393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:13:13:17:18:13:13:17:18 chr7 34889182 . A G 271.64 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0166967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.1763;QD=20.8957;RBI=0.0194283;REFB=-0.00985781;REVB=0.00993369;RO=24;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749746;STB=0.541637;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0133682;OID=.;OPOS=34889182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:13:15:15:9:13:15:15:9 chr7 34889222 . T C 294.23 PASS AF=0.534483;AO=27;DP=54;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0264047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.657;QD=20.2914;RBI=0.0321026;REFB=-0.0292984;REVB=0.0182584;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099885;STB=0.582268;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0236581;OID=.;OPOS=34889222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:27:27:27:31:0.534483:13:14:17:10:17:14:17:10 chr7 34917740 . C T 276.67 PASS AF=0.375;AO=32;DP=87;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00209544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5224;QD=12.5759;RBI=0.0192517;REFB=-0.0429698;REVB=-0.0191373;RO=55;SAF=22;SAR=10;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263514;STB=0.657045;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0467372;OID=.;OPOS=34917740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:55:55:32:33:0.375:10:22:25:30:10:23:25:30 chr7 34932074 . G C 180.62 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00115015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.24;QD=9.26267;RBI=0.00216696;REFB=-0.000667659;REVB=0.00183654;RO=52;SAF=8;SAR=16;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15657;STB=0.607051;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00111382;OID=.;OPOS=34932074;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:52:54:24:24:0.307692:16:8:24:28:16:8:26:28 chr7 34932102 . G A 193.72 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00780516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.136;QD=10.1959;RBI=0.00944851;REFB=-0.00741911;REVB=-0.00532482;RO=51;SAF=9;SAR=16;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062931;STB=0.536883;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00278864;OID=.;OPOS=34932102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:16:9:21:30:16:9:21:30 chr7 34932113 . T A 207.5 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00408072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.083;QD=11.2162;RBI=0.00494992;REFB=-0.0128699;REVB=0.00280168;RO=48;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598935;STB=0.534804;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0243674;OID=.;OPOS=34932113;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:17:9:19:29:17:9:19:29 chr7 34968498 . A T 834.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00596378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.864;QD=57.5667;RBI=0.0249482;REFB=0;REVB=0.0242249;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40526e-05;OID=.;OPOS=34968498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:33:24:0:0:34:24:0:0 chr7 34979905 . C A 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0453011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5377;QD=11.5963;RBI=0.0662138;REFB=-0.00454045;REVB=-0.0482915;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109101;STB=0.565106;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00307551;OID=.;OPOS=34979905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:4:8:12:9:4:8:12:9 chr7 35058177 . A G 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0142371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.908;QD=19.5232;RBI=0.033203;REFB=-0.045533;REVB=0.0299957;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0231139;OID=.;OPOS=35058177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:6:6:7:7:6:6 chr7 35293193 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.896;QD=59.0187;RBI=0.0386075;REFB=0;REVB=0.0383043;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22908e-05;OID=.;OPOS=35293193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr7 35840898 . G GC 886.46 PASS AF=0.984127;AO=60;DP=70;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0324672;FXX=0.0156226;HRUN=0;LEN=1;MLLD=98.1736;QD=56.283;RBI=0.0333307;REFB=-0.209772;REVB=-0.00753784;RO=8;SAF=19;SAR=41;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134733;STB=0.512816;STBP=0.18;TYPE=ins;VARB=0.00285638;OID=.;OPOS=35840899;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.984127:60:70:62:63:1:19:43:1:0:3:8:19:41:7:1 chr7 36124292 . G A 630.92 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0267612;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7761;QD=57.3562;RBI=0.0273417;REFB=0.0260019;REVB=-0.00560444;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184086;STB=0.519222;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00110753;OID=.;OPOS=36124292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:42:42:0.954545:17:25:1:0:17:25:2:0 chr7 36320821 . G A 1517.11 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124744;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.126;QD=62.5613;RBI=0.0167103;REFB=-0.136641;REVB=0.0111186;RO=1;SAF=38;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123156;STB=0.506492;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000184948;OID=.;OPOS=36320821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:97:1:1:96:96:0.989691:58:38:1:0:58:38:1:0 chr7 36327317 . C T 162.95 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0451757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0863;QD=13.0359;RBI=0.0494619;REFB=-0.000462266;REVB=-0.0201402;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189841;STB=0.610988;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00154379;OID=.;OPOS=36327317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:11:7:18:14:11:7:18:14 chr7 36338749 . T C 1515.38 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229099;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.49;QD=63.8054;RBI=0.0111049;REFB=0;REVB=0.010866;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290631;OID=.;OPOS=36338749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:53:41:0:0:54:41:0:0 chr7 36339269 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8669;QD=56.7055;RBI=0.0510356;REFB=0;REVB=0.0269993;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015455;OID=.;OPOS=36339269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr7 36396480 . A G 324.18 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0393182;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.3806;QD=17.0621;RBI=0.0842251;REFB=-0.0127153;REVB=0.0744845;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.551669;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0111594;OID=.;OPOS=36396480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:41:35:35:0.460526:17:18:25:14:17:18:25:16 chr7 36445856 . G A 316.76 PASS AF=0.432099;AO=33;DP=80;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.000950224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.465;QD=15.6423;RBI=0.0103482;REFB=-0.0095232;REVB=-0.0103045;RO=44;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157243;STB=0.50902;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0135304;OID=.;OPOS=36445856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:44:46:33:35:0.432099:14:19:26:18:15:20:27:19 chr7 36447349 . A ACTT 255.99 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0101277;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=3;MLLD=245.361;QD=17.9642;RBI=0.0271976;REFB=-0.0334044;REVB=0.0252416;RO=28;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180682;STB=0.615399;STBP=0.109;TYPE=ins;VARB=0.0329597;OID=.;OPOS=36447350;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491228:27:58:28:57:29:11:17:18:11:99:28:11:16:17:11 chr7 36552729 . A AT 611.12 PASS AF=1;AO=49;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.274861;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.7881;QD=43.6515;RBI=0.299645;REFB=0;REVB=0.119327;RO=3;SAF=35;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493803;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00338192;OID=.;OPOS=36552730;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:58:56:56:0:40:16:0:0:12:3:35:14:1:2 chr7 36552790 . G GT 608.14 PASS AF=1;AO=51;DP=63;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028219;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.4524;QD=41.23;RBI=0.112138;REFB=0;REVB=-0.108529;RO=5;SAF=29;SAR=22;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397655;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00253551;OID=.;OPOS=36552791;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:63:59:59:0:33:26:0:0:12:5:29:22:4:1 chr7 36729757 . T C 1062.69 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.013;QD=59.8699;RBI=0.0435652;REFB=0;REVB=-0.0184873;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27712e-05;OID=.;OPOS=36729757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:36:34:0:0:36:35:0:0 chr7 36763688 . C T 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.429;QD=56.9366;RBI=0.0338677;REFB=0;REVB=0.0140401;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127357;OID=.;OPOS=36763688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr7 37209284 . G A 157.02 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0176548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.632;QD=16.1049;RBI=0.0188336;REFB=-0.00233403;REVB=-0.00655849;RO=20;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113332;STB=0.573289;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00459011;OID=.;OPOS=37209284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:22:17:17:0.435897:5:12:12:8:5:12:13:9 chr7 37355590 . C CT,T 689.3 PASS AF=1,0;AO=43,2;DP=50;FAO=46,0;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247859,-0.0521361;FXX=0.041658;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=23.8043,10.2984;QD=59.9392;RBI=0.10194,0.0696998;REFB=0,0;REVB=-0.0988806,-0.0462589;RO=4;SAF=27,1;SAR=16,1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0216722,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00301577,0;OID=.,.;OPOS=37355591,37355590;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:46:4:0:43,2:46,0:1,0:16,1:27,1:2:2:18,0:28,0:0:0 chr7 37780799 . C A 540.34 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0138026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.332;QD=18.0112;RBI=0.0143031;REFB=-0.00120421;REVB=0.00375065;RO=63;SAF=26;SAR=31;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064099;STB=0.535566;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00138018;OID=.;OPOS=37780799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:63:57:57:0.475:31:26:33:30:31:26:33:30 chr7 37907304 . T C 246.32 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0445116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.508;QD=13.497;RBI=0.0517456;REFB=-0.00434186;REVB=0.0263879;RO=43;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176062;STB=0.605564;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00975833;OID=.;OPOS=37907304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:14:15:15:28:14:15:15:29 chr7 37936530 . T C 417.48 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.00506853;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.963;QD=22.2657;RBI=0.0083881;REFB=-0.00475242;REVB=0.00668358;RO=34;SAF=20;SAR=21;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179103;STB=0.598399;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00457098;OID=.;OPOS=37936530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:21:20:24:10:21:20:24:10 chr7 37947164 . G T 677.1 PASS AF=0.5;AO=68;DP=136;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=-0.0504168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5658;QD=19.9147;RBI=0.0651878;REFB=-0.0269724;REVB=-0.0413229;RO=64;SAF=33;SAR=35;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150381;STB=0.595109;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0162567;OID=.;OPOS=37947164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:64:68:68:68:0.5:35:33:42:22:35:33:46:22 chr7 37951726 . G A 483.41 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=0.00163608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.501;QD=17.5787;RBI=0.0173925;REFB=-0.0296807;REVB=-0.0173153;RO=57;SAF=27;SAR=25;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157167;STB=0.590587;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0324564;OID=.;OPOS=37951726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:58:52:52:0.472727:25:27:39:18:25:27:40:18 chr7 37953840 . C T 421.46 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00582228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6836;QD=15.7557;RBI=0.0309638;REFB=-0.010877;REVB=-0.0304115;RO=59;SAF=18;SAR=29;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160408;STB=0.594652;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0173236;OID=.;OPOS=37953840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:59:60:47:47:0.439252:29:18:32:27:29:18:33:27 chr7 37961001 . C A 440.69 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0042118;FXX=0.0408122;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.43;QD=18.7529;RBI=0.018018;REFB=-0.0434107;REVB=-0.0175188;RO=49;SAF=25;SAR=19;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164885;STB=0.515204;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0468926;OID=.;OPOS=37961001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:94:49:50:44:44:0.468085:19:25:27:22:19:25:27:23 chr7 37988589 . C T 405.9 PASS AF=0.523256;AO=35;DP=81;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00542674;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.106;QD=18.8791;RBI=0.00880608;REFB=-0.00334826;REVB=0.00693524;RO=33;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257097;STB=0.50371;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.000447166;OID=.;OPOS=37988589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:86:33:41:35:45:0.523256:18:17:17:16:19:26:24:17 chr7 37991129 . C A,T 1296.12 PASS AF=0.94186,0.0581395;AO=80,5;DP=85;FAO=81,5;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=55,3;FSAR=26,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978512,0.00983617;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=213.561,173.121;QD=60.2846;RBI=0.0109648,0.0126081;REFB=0,0;REVB=0.00494757,-0.00788766;RO=0;SAF=54,3;SAR=26,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000275252,0.0298824;OID=.,.;OPOS=37991129,37991129;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:85:86:0:0:80,5:81,5:0.94186,0.0581395:26,2:54,3:0:0:26,2:55,3:0:0 chr7 37991186 . C T 403.2 PASS AF=0.441176;AO=44;DP=103;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0197796;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.052;QD=15.8116;RBI=0.0257066;REFB=-0.0200441;REVB=0.0164193;RO=58;SAF=34;SAR=10;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345194;STB=0.683821;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0335968;OID=.;OPOS=37991186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:58:57:44:45:0.441176:10:34:27:31:11:34:26:31 chr7 38268395 . C G,T 635.54 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=2,39;DP=41;FAO=2,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018758,0.00843274;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.3649,206.282;QD=60.528;RBI=0.0568261,0.0355718;REFB=0,0;REVB=0.0536409,0.0345578;RO=0;SAF=2,19;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.3303e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0124303,0.000943792;OID=.,.;OPOS=38268395,38268395;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:42:0:0:2,39:2,40:0.047619,0.952381:0,20:2,19:0:0:0,20:2,20:0:0 chr7 38269668 . G A 296.58 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=74;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0198958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.769;QD=15.4067;RBI=0.0204828;REFB=-0.00964386;REVB=-0.00486844;RO=44;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849193;STB=0.57329;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0168468;OID=.;OPOS=38269668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:44:44:30:33:0.428571:16:14:17:27:16:17:17:27 chr7 38269675 . T C 465.88 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00146488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.764;QD=25.1825;RBI=0.024205;REFB=-0.00926959;REVB=0.0241607;RO=30;SAF=17;SAR=27;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867311;STB=0.547507;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00690874;OID=.;OPOS=38269675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:30:44:44:0.594595:27:17:15:15:27:17:15:15 chr7 38284794 . C T 130.93 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00354438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0621;QD=10.2693;RBI=0.00813193;REFB=0.0146253;REVB=-0.00731886;RO=35;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441186;STB=0.526283;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0400729;OID=.;OPOS=38284794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:7:9:21:14:7:9:21:14 chr7 38284804 . T C 149.63 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0569138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6062;QD=11.9707;RBI=0.0572387;REFB=-0.00480553;REVB=0.0060898;RO=33;SAF=10;SAR=7;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206746;STB=0.512181;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0082259;OID=.;OPOS=38284804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:7:10:20:13:7:10:20:13 chr7 38284808 . A C 143.92 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0476967;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8435;QD=11.5136;RBI=0.0629175;REFB=0.00132787;REVB=-0.0410321;RO=33;SAF=10;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143504;STB=0.508465;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00270261;OID=.;OPOS=38284808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:7:10:19:14:7:10:19:14 chr7 38284834 . A G 119.41 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0104088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.981;QD=8.84549;RBI=0.0106827;REFB=-0.00797435;REVB=0.00240328;RO=36;SAF=10;SAR=6;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832863;STB=0.571338;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0219338;OID=.;OPOS=38284834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:38:16:16:0.296296:6:10:20:16:6:10:20:18 chr7 38284854 . C T 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00253871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.688;QD=8.88637;RBI=0.0446244;REFB=-0.00329881;REVB=-0.0445521;RO=37;SAF=10;SAR=5;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216577;STB=0.6314;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0103295;OID=.;OPOS=38284854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:5:10:18:19:5:10:18:19 chr7 38288879 . A G 571.25 PASS AF=0.408805;AO=65;DP=166;FAO=65;FDP=159;FR=.;FRO=94;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.0122483;FXX=0.0421661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.372;QD=14.3711;RBI=0.0233947;REFB=-0.00813505;REVB=0.0199322;RO=92;SAF=37;SAR=28;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00426958;STB=0.503251;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00843623;OID=.;OPOS=38288879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:159:92:94:65:65:0.408805:28:37:52:40:28:37:53:41 chr7 38289121 . C T 384.14 PASS AF=0.363636;AO=43;DP=128;FAO=48;FDP=132;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=-0.0383921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0912;QD=11.6407;RBI=0.0463925;REFB=-0.0230607;REVB=-0.0260443;RO=81;SAF=26;SAR=17;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000341124;STB=0.529058;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0303879;OID=.;OPOS=38289121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:132:81:84:43:48:0.363636:17:26:49:32:21:27:51:33 chr7 38309102 . A C 442.19 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00491079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5182;QD=22.6766;RBI=0.0467891;REFB=-0.0102408;REVB=0.0465307;RO=35;SAF=31;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140388;STB=0.577602;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00940597;OID=.;OPOS=38309102;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:12:31:20:15:12:31:20:15 chr7 38356849 . C T 394.51 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.000968049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.574;QD=19.9754;RBI=0.0121017;REFB=-0.0154531;REVB=0.012063;RO=39;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336619;STB=0.518673;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0158841;OID=.;OPOS=38356849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:21:19:20:19:21:19:20:19 chr7 38389410 . G C 194.86 PASS AF=0.258929;AO=29;DP=112;FAO=29;FDP=112;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.00168467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7193;QD=6.95945;RBI=0.00262607;REFB=-0.013364;REVB=0.00201448;RO=83;SAF=18;SAR=11;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994492;STB=0.559958;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0309066;OID=.;OPOS=38389410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:83:83:29:29:0.258929:11:18:45:38:11:18:45:38 chr7 38402496 . A G 232.24 PASS AF=0.428571;AO=25;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0310048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.517;QD=14.7451;RBI=0.0313477;REFB=-0.00350611;REVB=0.00462398;RO=36;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513007;STB=0.512811;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00698458;OID=.;OPOS=38402496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:25:27:0.428571:17:8:10:26:19:8:10:26 chr7 38402517 . C T 262.42 PASS AF=0.430556;AO=29;DP=69;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0126616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1565;QD=14.5789;RBI=0.0210026;REFB=-0.0111421;REVB=-0.016757;RO=40;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129678;STB=0.595609;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0230768;OID=.;OPOS=38402517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:40:41:29:31:0.430556:16:13:13:27:16:15:13:28 chr7 38431436 . C T 315.99 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0437691;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.096;QD=17.0806;RBI=0.0437742;REFB=-0.023588;REVB=0.000671391;RO=40;SAF=12;SAR=22;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987449;STB=0.555522;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0236186;OID=.;OPOS=38431436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:40:34:34:0.459459:22:12:18:22:22:12:18:22 chr7 38431481 . C A 390.27 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0250701;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.868;QD=18.8083;RBI=0.0533981;REFB=-0.0169877;REVB=0.047147;RO=43;SAF=16;SAR=24;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401457;STB=0.522377;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0204915;OID=.;OPOS=38431481;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:43:43:40:40:0.481928:24:16:19:24:24:16:19:24 chr7 38467510 . A G 423.48 PASS AF=0.5;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00124967;FXX=0.0344788;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.032;QD=20.1655;RBI=0.0162034;REFB=-0.0147887;REVB=0.0161552;RO=42;SAF=16;SAR=26;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194022;STB=0.607702;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00893583;OID=.;OPOS=38467510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:42:42:42:42:0.5:26:16:25:17:26:16:25:17 chr7 38467842 . A G 212.78 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0342871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5502;QD=20.2651;RBI=0.0428382;REFB=-0.00418481;REVB=-0.0256809;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421918;STB=0.523787;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0046297;OID=.;OPOS=38467842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:10:11:10:11:10:11:10:11 chr7 38467923 . A G 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.138;QD=57.1971;RBI=0.0650473;REFB=0;REVB=0.026497;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000971229;OID=.;OPOS=38467923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr7 38468463 . C T 275.64 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.018096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.784;QD=18.0745;RBI=0.020342;REFB=0.0159106;REVB=0.00929148;RO=29;SAF=19;SAR=11;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543775;STB=0.542692;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.01284;OID=.;OPOS=38468463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:31:30:30:0.491803:11:19:20:9:11:19:22:9 chr7 38468488 . T C 306.49 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0204922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.515;QD=20.4328;RBI=0.0217772;REFB=-0.0356749;REVB=0.00736996;RO=28;SAF=20;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00214536;STB=0.506892;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0316961;OID=.;OPOS=38468488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:28:31:32:0.533333:11:20:18:10:11:21:18:10 chr7 38468822 . C T 274.06 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0508495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8164;QD=24.9143;RBI=0.0596652;REFB=-0.0424842;REVB=0.0312132;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954796;STB=0.542616;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0291117;OID=.;OPOS=38468822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:19:24:25:0.568182:13:11:11:8:13:12:11:8 chr7 38725804 . C T 1026.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.423;QD=59.4983;RBI=0.0499591;REFB=0;REVB=-0.00551081;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85752e-05;OID=.;OPOS=38725804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:26:43:0:0:26:43:0:0 chr7 38780883 . C T 1463.45 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00208306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.678;QD=60.9769;RBI=0.0172243;REFB=-0.026478;REVB=-0.0170979;RO=1;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957862;STB=0.509998;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000172327;OID=.;OPOS=38780883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:1:2:94:94:0.979167:49:45:0:1:49:45:0:2 chr7 38780924 . T C 1864.42 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240191;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.54;QD=60.6316;RBI=0.0304816;REFB=-0.0669972;REVB=0.0187672;RO=1;SAF=52;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904818;STB=0.504761;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000161013;OID=.;OPOS=38780924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:123:1:1:122:122:0.99187:70:52:1:0:70:52:1:0 chr7 38796570 . G A 340.49 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0637438;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.367;QD=17.9205;RBI=0.0641376;REFB=-0.0148317;REVB=-0.00709617;RO=40;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320611;STB=0.517927;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0141719;OID=.;OPOS=38796570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:40:36:36:0.473684:15:21:22:18:15:21:22:18 chr7 39472708 . A G 396.57 PASS AF=0.471264;AO=39;DP=85;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00569894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.348;QD=18.233;RBI=0.0121599;REFB=-0.0190663;REVB=0.0107418;RO=42;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175319;STB=0.53423;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0157639;OID=.;OPOS=39472708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:42:46:39:41:0.471264:23:16:18:24:24:17:22:24 chr7 39472846 . G A 268.91 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.113903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6711;QD=18.8709;RBI=0.134125;REFB=-0.029534;REVB=-0.0708214;RO=26;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15015;STB=0.597497;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0243302;OID=.;OPOS=39472846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:26:28:29:29:0.508772:15:14:8:18:15:14:8:20 chr7 39606107 . G A 293.56 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00771949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5614;QD=19.9024;RBI=0.0859756;REFB=-0.0356768;REVB=0.0856283;RO=28;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137695;STB=0.507654;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0452663;OID=.;OPOS=39606107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:15:16:14:14:15:16:14:14 chr7 39610177 . A G 265.33 PASS AF=0.413333;AO=30;DP=74;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0148967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8471;QD=14.151;RBI=0.0276335;REFB=-0.0177274;REVB=0.0232744;RO=44;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211752;STB=0.626549;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0217008;OID=.;OPOS=39610177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:44:44:30:31:0.413333:11:19:19:25:11:20:19:25 chr7 40027484 . A G 46.89 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.01073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4255;QD=10.4211;RBI=0.0462074;REFB=0.00348301;REVB=0.0449443;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119123;STB=0.571245;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00946892;OID=.;OPOS=40027484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:1:10:6:1:1:10 chr7 40127767 . G A 271.09 PASS AF=0.43662;AO=28;DP=68;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0135184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.822;QD=15.2724;RBI=0.0152552;REFB=-0.0123028;REVB=0.00706911;RO=40;SAF=16;SAR=12;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111627;STB=0.590063;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0110178;OID=.;OPOS=40127767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:40:40:28:31:0.43662:12:16:27:13:15:16:27:13 chr7 40314243 . A G 785.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.058;QD=64.1489;RBI=0.0351489;REFB=0;REVB=0.00497274;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021343;OID=.;OPOS=40314243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:15:34:0:0:15:34:0:0 chr7 40899967 . G C 591.08 PASS AF=1;AO=31;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.381;QD=60.624;RBI=0.0612427;REFB=0;REVB=-0.00186204;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002679;OID=.;OPOS=40899967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:31:39:1:11:20:0:0:12:27:0:0 chr7 42088222 . T C,G 1089.22 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=67,7;DP=74;FAO=70,4;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41,4;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207441,0.00725221;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.4822,180.788;QD=58.8768;RBI=0.0308199,0.00949307;REFB=0,0;REVB=0.0227936,0.00612566;RO=0;SAF=38,7;SAR=29,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0357787,0.0223677;OID=.,.;OPOS=42088222,42088222;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:74:74:0:0:67,7:70,4:0.945946,0.0540541:29,0:38,7:0:0:29,0:41,4:0:0 chr7 42950640 . C T 1082.89 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=78;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0387492;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.5237;QD=56.254;RBI=0.0834204;REFB=-0.118598;REVB=-0.0738747;RO=3;SAF=35;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103191;STB=0.505458;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0025901;OID=.;OPOS=42950640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:77:3:3:74:74:0.961039:39:35:1:2:39:35:1:2 chr7 42970733 . C T 805.0 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8857;QD=64.3999;RBI=0.0256495;REFB=0;REVB=0.00947908;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187375;OID=.;OPOS=42970733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:20:29:0:0:21:29:0:0 chr7 42976789 . A G 1860.79 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183143;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.434;QD=61.5137;RBI=0.0320175;REFB=0;REVB=0.0262623;RO=0;SAF=57;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87204e-05;OID=.;OPOS=42976789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:63:57:0:0:63:58:0:0 chr7 42977091 . G A 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.03824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.8753;QD=59.0432;RBI=0.0440636;REFB=-0.146613;REVB=0.0218929;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208513;STB=0.511106;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00287243;OID=.;OPOS=42977091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:22:19:0:1:22:19:0:1 chr7 43484310 . T C 250.66 PASS AF=0.384615;AO=29;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0151589;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.759;QD=12.8542;RBI=0.0179823;REFB=-0.026551;REVB=-0.00967316;RO=45;SAF=13;SAR=16;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113804;STB=0.533311;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0330252;OID=.;OPOS=43484310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:48:29:30:0.384615:16:13:25:20:16:14:25:23 chr7 43506059 . A G 147.81 PASS AF=0.3;AO=20;DP=71;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.0265744;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4904;QD=8.44642;RBI=0.0424064;REFB=-0.0214509;REVB=0.033047;RO=45;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224839;STB=0.635241;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0620466;OID=.;OPOS=43506059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:45:49:20:21:0.3:11:9:12:33:11:10:14:35 chr7 43506158 . T C 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0397526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.458;QD=19.4668;RBI=0.0417839;REFB=-0.00263536;REVB=0.0128693;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157792;STB=0.588532;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0015434;OID=.;OPOS=43506158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:6:18:13:9:6:18 chr7 43635671 . A C 685.09 PASS AF=0.615385;AO=63;DP=103;FAO=64;FDP=104;FR=.;FRO=40;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=0.000332132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.758;QD=26.3495;RBI=0.0127604;REFB=-0.02082;REVB=0.0127561;RO=40;SAF=32;SAR=31;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220152;STB=0.620561;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0145103;OID=.;OPOS=43635671;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:40:40:63:64:0.615385:31:32:8:32:31:33:8:32 chr7 43664280 . A G 1502.87 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.301;QD=59.5196;RBI=0.0323675;REFB=0;REVB=0.0239022;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9654e-05;OID=.;OPOS=43664280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:53:47:0:0:53:48:0:0 chr7 43664625 . G T 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.743;QD=55.0914;RBI=0.0647834;REFB=0;REVB=0.0239789;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431518;OID=.;OPOS=43664625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr7 43664785 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.666;QD=56.7062;RBI=0.0623833;REFB=0;REVB=-0.0555799;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.90216e-05;OID=.;OPOS=43664785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr7 43810764 . G A 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000458924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.262;QD=62.0079;RBI=0.0278587;REFB=0;REVB=0.0278549;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54029e-05;OID=.;OPOS=43810764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:39:45:0:0:39:45:0:0 chr7 43846603 . A G 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00140831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.064;QD=63.3363;RBI=0.00351595;REFB=0;REVB=0.00322158;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08388e-06;OID=.;OPOS=43846603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:54:39:0:0:54:39:0:0 chr7 43916128 . C CCT 1038.62 PASS AF=1;AO=62;DP=81;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310541;FXX=0.0666578;HRUN=3;LEN=2;MLLD=283.344;QD=59.35;RBI=0.0317822;REFB=0;REVB=-0.0067638;RO=12;SAF=29;SAR=33;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135812;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.89599e-05;OID=.;OPOS=43916129;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:81:70:70:0:34:36:0:0:6:12:29:33:11:1 chr7 43916138 . C G 1245.97 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.99;QD=61.5291;RBI=0.0583662;REFB=0;REVB=0.0115903;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68118e-05;OID=.;OPOS=43916138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr7 43916631 . GC CG 147.38 PASS AF=0.277108;AO=21;DP=81;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0306862;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=2;MLLD=40.5771;QD=7.1025;RBI=0.055557;REFB=-0.0337009;REVB=-0.0463135;RO=53;SAF=0;SAR=21;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.816046;STB=0.938078;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0567634;OID=.;OPOS=43916631;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:53:60:21:23:0.277108:21:0:32:21:22:1:33:27 chr7 43916727 . T G 259.93 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371687;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.528;QD=51.9852;RBI=0.0386989;REFB=0;REVB=0.0107744;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223687;OID=.;OPOS=43916727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr7 43917013 . G A 1937.07 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053186;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.654;QD=61.9862;RBI=0.0575774;REFB=0;REVB=0.0220546;RO=0;SAF=69;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119828;OID=.;OPOS=43917013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:124:125:1:55:69:0:0:56:69:0:0 chr7 43917274 . A G 462.35 PASS AF=1;AO=25;DP=34;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118062;FXX=0.0882094;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4561;QD=59.658;RBI=0.122145;REFB=0;REVB=-0.0313189;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00762671;OID=.;OPOS=43917274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:31:0:0:25:31:1:13:12:0:0:18:13:0:0 chr7 43982482 . A C 1763.71 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.749;QD=60.8176;RBI=0.0235842;REFB=0;REVB=0.0223894;RO=0;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26351e-05;OID=.;OPOS=43982482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:59:56:0:0:60:56:0:0 chr7 44027348 . A G 1586.56 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9613;QD=64.1035;RBI=0.0392697;REFB=0;REVB=-0.0367155;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285619;OID=.;OPOS=44027348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:54:45:0:0:54:45:0:0 chr7 44047177 . T G 48.7 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.14439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5301;QD=13.9132;RBI=0.144949;REFB=-0.0609408;REVB=0.0127195;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40817;STB=0.732842;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0534591;OID=.;OPOS=44047177;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:0:7:4:3:0:7 chr7 44099664 . T C 957.89 PASS AF=0.445415;AO=102;DP=229;FAO=102;FDP=229;FR=.;FRO=127;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=66;FWDB=-0.0327165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7542;QD=16.7317;RBI=0.0800807;REFB=-0.0241673;REVB=0.0730927;RO=126;SAF=59;SAR=43;SRF=60;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102492;STB=0.554816;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0212667;OID=.;OPOS=44099664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:126:127:102:102:0.445415:43:59:60:66:43:59:61:66 chr7 44104788 . A C 400.46 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0260178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.751;QD=21.3581;RBI=0.0455589;REFB=-0.0268989;REVB=-0.0373991;RO=34;SAF=19;SAR=21;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203365;STB=0.602922;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0239019;OID=.;OPOS=44104788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:35:40:40:0.533333:21:19:8:26:21:19:9:26 chr7 44112694 . C T 533.71 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0620201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.9415;QD=23.4597;RBI=0.0642348;REFB=-0.0147974;REVB=0.0167215;RO=41;SAF=26;SAR=24;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740209;STB=0.54062;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0136084;OID=.;OPOS=44112694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:24:26:25:16:24:26:25:16 chr7 44112873 . G T 210.43 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0405422;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.8124;QD=19.1297;RBI=0.0532429;REFB=-0.00520806;REVB=-0.0345129;RO=21;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228425;STB=0.655018;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00506622;OID=.;OPOS=44112873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:21:23:21:21:0.477273:6:15:10:11:6:15:10:13 chr7 44121936 . C A 196.02 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0818457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2117;QD=18.2344;RBI=0.147161;REFB=-0.0163043;REVB=-0.122302;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204483;STB=0.511616;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0255817;OID=.;OPOS=44121936;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:12:11:10:10:12:11 chr7 44180079 . A AG 452.46 PASS AF=1;AO=38;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0831938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.5646;QD=43.091;RBI=0.104396;REFB=0;REVB=-0.0630667;RO=3;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055049;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000704539;OID=.;OPOS=44180080;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:43:42:42:0:14:28:0:0:9:3:14:24:0:3 chr7 44258963 . TG GT,TT 244.44 PASS AF=0.217391,0.478261;AO=8,11;DP=37;FAO=10,22;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=6,20;FSAR=4,2;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=-0.0073508,0.0195754;FXX=0;HRUN=20,1;LEN=2,1;MLLD=31.4105,126.806;QD=21.2559;RBI=0.0489784,0.023646;REFB=-0.0753999,0.00234927;REVB=0.0484236,0.0132641;RO=16;SAF=6,9;SAR=2,2;SRF=14;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.209437,-0.104557;STB=0.768884,0.629538;STBP=0.128,0.302;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0104085,0.0398133;OID=.,.;OPOS=44258963,44258964;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:79:37:46:16:14:8,11:10,22:0.217391,0.478261:2,2:6,9:14:2:4,2:6,20:14:0 chr7 44259706 . G A 186.31 PASS AF=0.475;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0234195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.52;QD=18.6309;RBI=0.0234266;REFB=-0.0158538;REVB=0.000574111;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494516;STB=0.507035;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0224246;OID=.;OPOS=44259706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:18:19:0.475:12:6:8:13:12:7:8:13 chr7 44259871 . C T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0203341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.165;QD=12.7914;RBI=0.0206523;REFB=-0.00293003;REVB=0.00361126;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168078;STB=0.584495;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00354376;OID=.;OPOS=44259871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:8:6:13:9:8:6:13:10 chr7 44282868 . A G 957.21 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0530044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8409;QD=57.1471;RBI=0.0571134;REFB=-0.000223656;REVB=0.0212716;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000405435;OID=.;OPOS=44282868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:0:1:66:66:0.985075:33:33:0:0:32:34:0:1 chr7 44284564 . A G 2437.07 PASS AF=1;AO=159;DP=161;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159448;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.206;QD=60.9267;RBI=0.0168849;REFB=0;REVB=0.00555569;RO=0;SAF=71;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37756e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01024e-06;OID=.;OPOS=44284564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:160:0:0:159:160:1:88:71:0:0:89:71:0:0 chr7 44442296 . A C 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0206772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.911;QD=21.0075;RBI=0.022174;REFB=-0.0219232;REVB=0.00800861;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422077;STB=0.523784;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0201395;OID=.;OPOS=44442296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:8:11:9:8:8:11:9:8 chr7 44579180 . G C 266.72 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00732174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9136;QD=15.9238;RBI=0.0799449;REFB=-0.0125624;REVB=0.0796089;RO=37;SAF=18;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597474;STB=0.53372;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0213006;OID=.;OPOS=44579180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:12:18:20:17:12:18:20:17 chr7 44606098 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.769;QD=43.4862;RBI=0.0253118;REFB=0;REVB=0.0189968;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283889;OID=.;OPOS=44606098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr7 44608718 . C T 67.42 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0243273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4208;QD=13.4834;RBI=0.0306443;REFB=-0.00404843;REVB=0.0186347;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230887;STB=0.597497;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00141957;OID=.;OPOS=44608718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:9:9:0.45:5:4:2:8:5:4:3:8 chr7 44612229 . G A 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00625206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.746;QD=18.1631;RBI=0.0151283;REFB=-0.0212226;REVB=0.013776;RO=42;SAF=21;SAR=17;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497237;STB=0.527763;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0259839;OID=.;OPOS=44612229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:17:21:21:21:17:21:21:21 chr7 44620836 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.392;QD=50.4135;RBI=0.0165451;REFB=0;REVB=0.0165066;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94931e-05;OID=.;OPOS=44620836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:17:2:0:0:17:2:0:0 chr7 44747499 . G A 527.55 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00660199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0343;QD=55.5315;RBI=0.0776608;REFB=-0.102105;REVB=0.0773797;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228293;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00432945;OID=.;OPOS=44747499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:36:37:0.973684:16:20:1:0:17:20:1:0 chr7 44748451 . G A 243.21 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391185;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.487;QD=51.2012;RBI=0.0575149;REFB=0;REVB=0.0421629;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270094;OID=.;OPOS=44748451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr7 44836314 . A G 1120.31 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00576001;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5938;QD=60.5573;RBI=0.00578854;REFB=0;REVB=-0.00057398;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.60438e-05;OID=.;OPOS=44836314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:44:30:0:0:44:30:0:0 chr7 44924316 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0287387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.88;QD=9.44486;RBI=0.0379762;REFB=0.000264333;REVB=0.0248251;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568762;STB=0.535589;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.000842086;OID=.;OPOS=44924316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:2:8:5:1:2:8 chr7 45004063 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.762;QD=59.6792;RBI=0.0183495;REFB=0;REVB=0.0149385;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02026e-06;OID=.;OPOS=45004063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:38:30:0:0:40:30:0:0 chr7 45009325 . G A 95.34 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00667489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.828;QD=6.05305;RBI=0.0269248;REFB=-0.0087275;REVB=0.0260843;RO=47;SAF=7;SAR=8;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507538;STB=0.538411;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0345812;OID=.;OPOS=45009325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:63:63:47:48:15:15:0.238095:8:7:20:27:8:7:20:28 chr7 45009341 . A G 902.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8734;QD=58.2364;RBI=0.0544423;REFB=0;REVB=-0.040427;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00067943;OID=.;OPOS=45009341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr7 45009723 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0129296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.979;QD=18.4438;RBI=0.0310772;REFB=-0.0169373;REVB=0.0282598;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124999;STB=0.571306;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.011654;OID=.;OPOS=45009723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:7:2:4:7:7:2 chr7 45122464 . A C 64.51 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0342086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.39;QD=9.92384;RBI=0.0348075;REFB=-0.00233629;REVB=-0.00642898;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354635;STB=0.555432;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00675948;OID=.;OPOS=45122464;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:15:17:8:9:0.346154:4:4:7:8:5:4:9:8 chr7 45124008 . T C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0241365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.8217;QD=19.0175;RBI=0.0510584;REFB=-0.0103799;REVB=-0.0449932;RO=14;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203786;STB=0.511612;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00587482;OID=.;OPOS=45124008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:4:11:10:4:4:11:10:4 chr7 45225763 . G A 117.65 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0166106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9693;QD=12.3838;RBI=0.0721412;REFB=-0.0111314;REVB=-0.0702028;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887419;STB=0.562414;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.033905;OID=.;OPOS=45225763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:6:8:15:8:6:8:16:8 chr7 45753324 . G A 2272.03 PASS AF=0.986301;AO=141;DP=150;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0101695;FXX=0.0266649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.944;QD=62.2475;RBI=0.0209465;REFB=-0.0873265;REVB=0.0183122;RO=2;SAF=74;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139801;STB=0.507041;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00343515;OID=.;OPOS=45753324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:150:146:2:2:141:144:0.986301:67:74:0:2:70:74:0:2 chr7 45762696 . G A 216.06 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00392706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.4683;QD=22.1594;RBI=0.00966261;REFB=0.0387819;REVB=0.0088286;RO=15;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253328;STB=0.631451;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00764912;OID=.;OPOS=45762696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:15:18:21:21:0.538462:14:7:10:5:14:7:11:7 chr7 45765234 . G T 170.23 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0179895;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3905;QD=16.2124;RBI=0.0591252;REFB=0.00166427;REVB=0.0563219;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11262;STB=0.564792;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00482938;OID=.;OPOS=45765234;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:12:12:11:7:12:12 chr7 45776474 . C T 174.98 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0340932;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.02;QD=18.4194;RBI=0.0345386;REFB=0.00459287;REVB=-0.00552874;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33361;STB=0.689449;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00363815;OID=.;OPOS=45776474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:20:18:18:0.473684:12:6:14:6:12:6:14:6 chr7 45932669 . A G 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0433631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7489;QD=20.03;RBI=0.0446983;REFB=-0.0114325;REVB=-0.0108433;RO=25;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306026;STB=0.677391;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0190255;OID=.;OPOS=45932669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:11:13:5:20:11:13:5:21 chr7 45956969 . T G 259.06 PASS AF=0.382716;AO=25;DP=76;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00225446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.203;QD=12.7932;RBI=0.0096728;REFB=-0.0287086;REVB=-0.0094064;RO=50;SAF=18;SAR=7;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130995;STB=0.525922;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0541628;OID=.;OPOS=45956969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:81:50:50:25:31:0.382716:7:18:31:19:10:21:32:18 chr7 46732428 . A G 1249.9 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00121157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.934;QD=60.2359;RBI=0.00599117;REFB=-0.152759;REVB=0.00586738;RO=0;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000601862;OID=.;OPOS=46732428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:34:48:0:0:34:48:1:0 chr7 47323456 . A G 182.7 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0139383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.839;QD=17.4;RBI=0.0148461;REFB=0.00111346;REVB=-0.00511187;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110079;STB=0.57349;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00142848;OID=.;OPOS=47323456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:9:10:9:13:9:10:9:14 chr7 47342645 . G A 432.67 PASS AF=0.556962;AO=40;DP=76;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0333751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.86;QD=21.9071;RBI=0.0412691;REFB=-0.0519272;REVB=0.0242744;RO=35;SAF=22;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428738;STB=0.534397;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0299503;OID=.;OPOS=47342645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:35:35:40:44:0.556962:18:22:21:14:21:23:21:14 chr7 47408029 . A G 1065.73 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017081;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.269;QD=60.041;RBI=0.0229751;REFB=0;REVB=-0.0229115;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.83706e-05;OID=.;OPOS=47408029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr7 47408974 . T A 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.764;QD=64.4106;RBI=0.0497128;REFB=0;REVB=-0.00133496;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112791;OID=.;OPOS=47408974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr7 47481602 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.000536876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.078;QD=9.19907;RBI=0.0573068;REFB=-0.00488604;REVB=-0.0573043;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133873;STB=0.581866;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00371629;OID=.;OPOS=47481602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:9:4:3:4:9:4 chr7 47546544 . TGGGA TGG,TGGA,TGGAA 144.16 PASS AF=0.153846,0.153846,0.692308;AO=3,4,6;DP=16;FAO=2,2,9;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1,5;FSAR=0,1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.26402,0.00889803,0.18144;FXX=0.0713776;HRUN=3,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=26.7911,29.7414,30.0728;QD=44.3559;RBI=0.273156,0.096474,0.244502;REFB=0,0,0;REVB=0.070054,-0.0960627,-0.163892;RO=0;SAF=3,4,3;SAR=0,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0355146,0.00496682,0.00235533;OID=.,.,.;OPOS=47546547,47546545,47546547;OREF=GA,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=TGG,TGGA,TGGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.153846,0.153846,0.692308:3,4,6:16:2,2,9:13:0:2,1,5:0,1,4:0:0:10:0:3,4,3:0,0,3:0:0 chr7 47698685 . A G 175.62 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0253959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.641;QD=21.2877;RBI=0.0254285;REFB=-0.0155224;REVB=-0.00128734;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106919;STB=0.545404;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0140144;OID=.;OPOS=47698685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:8:9:6:9:9:9:6:9 chr7 47872845 . A G 785.53 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3074;QD=62.8422;RBI=0.0404355;REFB=0;REVB=0.0399105;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030919;OID=.;OPOS=47872845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:47:50:1:34:13:0:0:35:15:0:0 chr7 47913579 . T C 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.00862487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.524;QD=15.0176;RBI=0.00921117;REFB=-0.0136472;REVB=-0.00323375;RO=40;SAF=9;SAR=21;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295769;STB=0.516767;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0168897;OID=.;OPOS=47913579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:21:9:13:27:21:9:13:27 chr7 47921682 . A T 290.23 PASS AF=0.447761;AO=22;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00143499;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.539;QD=17.3271;RBI=0.0469689;REFB=-0.0248449;REVB=0.046947;RO=34;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048052;STB=0.60208;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0422485;OID=.;OPOS=47921682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:34:35:22:30:0.447761:12:10:17:17:20:10:18:17 chr7 47925331 . C G 231.52 PASS AF=0.465517;AO=23;DP=56;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0100262;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.126;QD=15.9665;RBI=0.011313;REFB=-0.0190494;REVB=-0.00524033;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874586;STB=0.550669;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0224636;OID=.;OPOS=47925331;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:33:31:23:27:0.465517:12:11:13:20:14:13:12:19 chr7 47968927 . C A 288.33 PASS AF=0.5;AO=29;DP=60;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.000738676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.173;QD=18.6018;RBI=0.00765139;REFB=-0.0164574;REVB=0.00761565;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18204;STB=0.585019;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0160751;OID=.;OPOS=47968927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:31:31:29:31:0.5:16:13:8:23:18:13:8:23 chr7 47971575 . A G 525.76 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0155241;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.988;QD=21.4594;RBI=0.0328318;REFB=-0.0193865;REVB=-0.0289297;RO=48;SAF=30;SAR=20;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108764;STB=0.560142;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0162762;OID=.;OPOS=47971575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:48:48:50:50:0.510204:20:30:23:25:20:30:23:25 chr7 47983031 . A T 472.59 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0312405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4293;QD=19.8986;RBI=0.0333821;REFB=-0.00701666;REVB=0.011764;RO=48;SAF=18;SAR=29;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109436;STB=0.560747;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00838143;OID=.;OPOS=47983031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:29:18:24:24:29:18:24:24 chr7 48004962 . C T 415.74 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336543;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.629;QD=57.3429;RBI=0.0360827;REFB=0;REVB=0.0130135;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604022;OID=.;OPOS=48004962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr7 48086077 . C T 271.9 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00783618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.752;QD=19.4212;RBI=0.008506;REFB=0.0111143;REVB=0.00330852;RO=27;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068717;STB=0.538242;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00890522;OID=.;OPOS=48086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:16:13:10:17:16:13:10:17 chr7 48086161 . T C 121.55 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0146205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.333;QD=15.1932;RBI=0.0147752;REFB=0.000941304;REVB=0.00213269;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219339;STB=0.624843;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.000847951;OID=.;OPOS=48086161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:3:15:9:5:3:15 chr7 48089542 . T C 231.31 PASS AF=0.383562;AO=23;DP=67;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.00818207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.484;QD=12.6747;RBI=0.0123106;REFB=-0.0180976;REVB=0.00919804;RO=44;SAF=12;SAR=11;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156971;STB=0.524335;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0380428;OID=.;OPOS=48089542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:73:44:45:23:28:0.383562:11:12:29:15:11:17:29:16 chr7 48089571 . C A 116.69 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0138175;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=160.852;QD=7.40891;RBI=0.0149948;REFB=-0.00152398;REVB=0.00582426;RO=42;SAF=9;SAR=8;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00663901;STB=0.510307;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00323014;OID=.;OPOS=48089571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:46:17:17:0.269841:8:9:22:20:8:9:25:21 chr7 48092486 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0112378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.095;QD=14.0791;RBI=0.0115137;REFB=-0.0156346;REVB=-0.00250507;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565967;STB=0.513491;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0249249;OID=.;OPOS=48092486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:16:16:11:12:0.428571:7:4:5:11:8:4:5:11 chr7 48287840 . G A 224.52 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00476538;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.14;QD=19.1079;RBI=0.0259161;REFB=-0.00427245;REVB=-0.0254742;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519593;STB=0.529385;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00618751;OID=.;OPOS=48287840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:15:10:10:12:15:10 chr7 48311485 . A C 1414.69 PASS AF=0.478689;AO=146;DP=305;FAO=146;FDP=305;FR=.;FRO=159;FSAF=64;FSAR=82;FSRF=88;FSRR=71;FWDB=0.0200271;FXX=0.0161285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7539;QD=18.5534;RBI=0.0211669;REFB=-0.00600456;REVB=-0.00685241;RO=155;SAF=64;SAR=82;SRF=87;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115126;STB=0.560021;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00959546;OID=.;OPOS=48311485;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:155:159:146:146:0.478689:82:64:87:68:82:64:88:71 chr7 48311563 . T G 918.92 PASS AF=0.438053;AO=99;DP=225;FAO=99;FDP=226;FR=.;FRO=127;FSAF=34;FSAR=65;FSRF=51;FSRR=76;FWDB=-0.00266978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.041;QD=16.2641;RBI=0.0400486;REFB=-0.031207;REVB=0.0399596;RO=126;SAF=34;SAR=65;SRF=50;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583339;STB=0.535413;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0337546;OID=.;OPOS=48311563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:126:127:99:99:0.438053:65:34:50:76:65:34:51:76 chr7 48312674 . G A 426.84 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0140987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.872;QD=21.8891;RBI=0.0145669;REFB=0.0132089;REVB=-0.00366381;RO=36;SAF=21;SAR=21;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232345;STB=0.512814;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.015947;OID=.;OPOS=48312674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:21:21:19:17:21:21:19:17 chr7 48313757 . G A 248.63 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00749629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.671;QD=25.5001;RBI=0.0081123;REFB=-0.00913855;REVB=0.00310082;RO=15;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103316;STB=0.545831;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00490237;OID=.;OPOS=48313757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:16:23:23:0.589744:14:9:8:7:14:9:8:8 chr7 48313881 . T C 173.1 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0171592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.4573;QD=18.713;RBI=0.0491917;REFB=-0.0238442;REVB=-0.0461019;RO=18;SAF=4;SAR=14;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745873;STB=0.508762;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0338214;OID=.;OPOS=48313881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:14:4:3:15:14:4:4:15 chr7 48313949 . C T 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0246685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.536;QD=20.4552;RBI=0.0388979;REFB=-0.00637533;REVB=-0.0300751;RO=15;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352672;STB=0.519976;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00310426;OID=.;OPOS=48313949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:13:4:4:11:13:4:4:11 chr7 48314279 . G A 239.51 PASS AF=0.482143;AO=24;DP=53;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0183912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0211;QD=17.1076;RBI=0.0878546;REFB=-0.0321345;REVB=0.085908;RO=29;SAF=17;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264414;STB=0.617195;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.029832;OID=.;OPOS=48314279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:29:29:24:27:0.482143:7:17:13:16:9:18:13:16 chr7 48315796 . C A 707.62 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1294;QD=61.5322;RBI=0.0465581;REFB=0;REVB=0.0179229;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111252;OID=.;OPOS=48315796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:20:24:0:0:21:25:0:0 chr7 48317708 . A C 435.0 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.00371017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.654;QD=20.9637;RBI=0.00880136;REFB=-0.0123435;REVB=0.00798113;RO=39;SAF=26;SAR=17;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129352;STB=0.562209;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00854849;OID=.;OPOS=48317708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:40:43:43:0.518072:17:26:29:10:17:26:29:11 chr7 48318811 . C T 330.25 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.558;QD=52.8398;RBI=0.018429;REFB=0;REVB=0.00344845;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191809;OID=.;OPOS=48318811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:11:14:0:0 chr7 48336844 . C T 897.04 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6938;QD=57.8737;RBI=0.0479535;REFB=0;REVB=0.0190588;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154051;OID=.;OPOS=48336844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:60:62:1:30:30:0:0:31:31:0:0 chr7 48443570 . G A 274.96 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0223928;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.101;QD=17.7394;RBI=0.0254321;REFB=0.0049691;REVB=-0.0120563;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561805;STB=0.531433;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00751321;OID=.;OPOS=48443570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:32:32:30:30:0.483871:16:14:13:19:16:14:13:19 chr7 48450157 . T C 1767.62 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.674;QD=60.9523;RBI=0.0287967;REFB=0;REVB=0.0101011;RO=0;SAF=50;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50564e-05;OID=.;OPOS=48450157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:66:50:0:0:66:50:0:0 chr7 48545976 . A G 1036.14 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00529551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.773;QD=56.7746;RBI=0.00569766;REFB=-0.124138;REVB=0.00210261;RO=2;SAF=41;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225076;STB=0.511901;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-6.39188e-05;OID=.;OPOS=48545976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:30:41:2:0:30:41:2:0 chr7 48964322 . G T 438.17 PASS AF=0.478261;AO=40;DP=90;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0129818;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.429;QD=19.0509;RBI=0.0178184;REFB=-0.0122514;REVB=-0.0122053;RO=49;SAF=18;SAR=22;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828992;STB=0.565188;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0143029;OID=.;OPOS=48964322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:49:48:40:44:0.478261:22:18:18:31:22:22:18:30 chr7 48964751 . G A 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.017699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.446;QD=23.6751;RBI=0.0178599;REFB=0.00997137;REVB=-0.00239185;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104009;STB=0.558084;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00686818;OID=.;OPOS=48964751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:12:9:9:7:12:9:9:7 chr7 48965000 . G A 164.18 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.018804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.066;QD=11.1305;RBI=0.0192428;REFB=-0.00764079;REVB=-0.0040856;RO=38;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794425;STB=0.546297;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0132977;OID=.;OPOS=48965000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:9:12:19:19:9:12:19:19 chr7 50143938 . C T 660.67 PASS AF=0.463576;AO=70;DP=151;FAO=70;FDP=151;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.00745742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1394;QD=17.5013;RBI=0.0367267;REFB=-0.00397285;REVB=0.0359616;RO=79;SAF=28;SAR=42;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115432;STB=0.564498;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00546081;OID=.;OPOS=50143938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:79:81:70:70:0.463576:42:28:41:38:42:28:42:39 chr7 50180972 . C T 1022.59 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254113;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.883;QD=59.2808;RBI=0.026928;REFB=0;REVB=0.00890997;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633517;OID=.;OPOS=50180972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:41:27:0:0:41:28:0:0 chr7 50435777 . T G 904.41 PASS AF=0.609023;AO=81;DP=133;FAO=81;FDP=133;FR=.;FRO=52;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0103096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.551;QD=27.2004;RBI=0.015978;REFB=-0.0186913;REVB=0.0122069;RO=52;SAF=48;SAR=33;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820431;STB=0.544515;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0145178;OID=.;OPOS=50435777;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:52:52:81:81:0.609023:33:48:25:27:33:48:25:27 chr7 50436033 . A G 267.82 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00840214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.197;QD=21.8628;RBI=0.0338837;REFB=-0.016577;REVB=-0.0328254;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981691;STB=0.553649;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0157815;OID=.;OPOS=50436033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:24:24:25:0.510204:13:11:8:15:14:11:8:16 chr7 50611735 . T C 1568.17 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00400682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5421;QD=64.0068;RBI=0.0277575;REFB=0;REVB=-0.0274668;RO=0;SAF=27;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.53332e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117392;OID=.;OPOS=50611735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:70:27:0:0:70:28:0:0 chr7 50660438 . T C 1433.78 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.721;QD=63.0234;RBI=0.0365649;REFB=0;REVB=0.0155525;RO=0;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41318e-05;OID=.;OPOS=50660438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:35:54:0:0:35:56:0:0 chr7 50673029 . T C,G 742.0 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=51,2;DP=53;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00896284,0.0121741;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.868,142.68;QD=56.0001;RBI=0.0151001,0.0168518;REFB=0,0;REVB=0.0121524,0.0116523;RO=0;SAF=23,1;SAR=28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.97956e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000259578,0.0537581;OID=.,.;OPOS=50673029,50673029;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:53:53:0:0:51,2:51,2:0.962264,0.0377358:28,1:23,1:0:0:28,1:23,1:0:0 chr7 50742180 . C G,T 1456.3 PASS AF=0.0412371,0.948454;AO=4,85;DP=90;FAO=4,92;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=4,57;FSAR=0,35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0033479,0.00162322;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=179.103,213.943;QD=60.0536;RBI=0.00792097,0.0358381;REFB=0.0143879,-0.0103496;REVB=0.00717867,0.0358014;RO=1;SAF=4,56;SAR=0,29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.749895,0.0160535;STB=0.995941,0.507041;STBP=0.099,0.259;TYPE=snp,snp;VARB=0.0149024,-0.000612571;OID=.,.;OPOS=50742180,50742180;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:90:97:1:1:4,85:4,92:0.0412371,0.948454:0,29:4,56:0:1:0,35:4,57:0:1 chr7 51097063 . T G 1457.45 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0257083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.775;QD=62.0192;RBI=0.0289176;REFB=-0.0323283;REVB=0.0132404;RO=1;SAF=42;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111544;STB=0.505881;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0002287;OID=.;OPOS=51097063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:51:42:1:0:51:42:1:0 chr7 51098567 . GTCTTCT GTCT,GTCTTCA 1551.82 PASS AF=0.943396,0.0566038;AO=96,6;DP=109;FAO=100,6;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=50,2;FSAR=50,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161908,0.0225028;FXX=0.0275204;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=216.764,112.94;QD=58.5594;RBI=0.0244485,0.0380802;REFB=0,0;REVB=0.0183191,-0.03072;RO=0;SAF=47,2;SAR=49,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.53995e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=6.96717e-05,0.0208502;OID=.,.;OPOS=51098568,51098573;OREF=TCT,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTCT,GTCTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.943396,0.0566038:96,6:109:100,6:106:0:50,2:50,4:0:0:16:0:47,2:49,4:0:0 chr7 51287470 . A G 250.37 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0150306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5317;QD=20.0297;RBI=0.0256318;REFB=0.0177131;REVB=0.0207623;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0119578;OID=.;OPOS=51287470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:12:12:13:13:12:12:13:13 chr7 53103371 . G T 440.63 PASS AF=0.573333;AO=42;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.071837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6131;QD=23.5005;RBI=0.102723;REFB=-0.0315159;REVB=0.073426;RO=32;SAF=29;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162737;STB=0.566298;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0256489;OID=.;OPOS=53103371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:32:42:43:0.573333:13:29:16:16:14:29:17:15 chr7 53103382 . G T 464.91 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0216303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.415;QD=22.1385;RBI=0.0278167;REFB=-0.0258611;REVB=0.0174899;RO=39;SAF=31;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138705;STB=0.576709;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0192731;OID=.;OPOS=53103382;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:14:31:21:18:14:31:21:18 chr7 53103425 . C A 510.41 PASS AF=0.41791;AO=55;DP=134;FAO=56;FDP=134;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=-0.0101252;FXX=0.0147048;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2338;QD=15.2362;RBI=0.0497082;REFB=-0.000749389;REVB=0.0486661;RO=79;SAF=31;SAR=24;SRF=51;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885676;STB=0.552054;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0016881;OID=.;OPOS=53103425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:79:78:55:56:0.41791:24:31:51:28:25:31:50:28 chr7 53103673 . C A 304.57 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0032061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.695;QD=17.404;RBI=0.00398624;REFB=-0.0180705;REVB=-0.00236875;RO=33;SAF=15;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516961;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0162278;OID=.;OPOS=53103673;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:37:33:33:0.471429:18:15:15:18:18:15:18:19 chr7 53103794 . C T 328.78 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00791151;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.245;QD=15.4719;RBI=0.00975606;REFB=-0.0184609;REVB=-0.00570865;RO=48;SAF=17;SAR=19;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281652;STB=0.521898;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0223723;OID=.;OPOS=53103794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:49:36:36:0.423529:19:17:24:24:19:17:25:24 chr7 53104078 . G A 237.41 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=37;FWDB=-0.0147067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4378;QD=13.7629;RBI=0.0166847;REFB=-0.0184522;REVB=-0.00787986;RO=39;SAF=7;SAR=21;SRF=4;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232057;STB=0.637283;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0140218;OID=.;OPOS=53104078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:39:41:28:28:0.405797:21:7:4:35:21:7:4:37 chr7 53433863 . G A 222.94 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0149252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.884;QD=16.5139;RBI=0.0149714;REFB=-0.0184525;REVB=0.00117575;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775123;STB=0.533307;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0201303;OID=.;OPOS=53433863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:29:24:25:0.462963:11:13:18:11:11:14:18:11 chr7 54614698 . C CG 127.31 PASS AF=0.6;AO=20;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.19149;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.8795;QD=12.7312;RBI=0.218521;REFB=-0.0491688;REVB=0.105276;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936166;STB=0.607349;STBP=0.122;TYPE=ins;VARB=0.0722143;OID=.;OPOS=54614699;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:20:40:24:40:16:14:10:5:11:80:18:10:10:7:11 chr7 55229255 . G A 1491.24 PASS AF=0.981651;AO=102;DP=106;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0235931;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2442;QD=54.7245;RBI=0.0478213;REFB=0.0053156;REVB=0.0415961;RO=2;SAF=39;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237057;STB=0.511361;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00286776;OID=.;OPOS=55229255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:109:2:2:102:107:0.981651:63:39:2:0:64:43:2:0 chr7 55238874 . T A 240.13 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0179759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.229;QD=16.561;RBI=0.0264043;REFB=0.0101497;REVB=0.0193404;RO=29;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255902;STB=0.641502;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0141856;OID=.;OPOS=55238874;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:31:27:27:0.465517:16:11:20:9:16:11:21:10 chr7 55266417 . T C 888.73 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106743;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.102;QD=58.2772;RBI=0.0123522;REFB=0;REVB=0.00621576;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6199e-05;OID=.;OPOS=55266417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:23:38:0:0:23:38:0:0 chr7 55459563 . A G 198.38 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0362158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.053;QD=19.3541;RBI=0.0409672;REFB=-0.00810063;REVB=0.0191502;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15124;STB=0.585283;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0194107;OID=.;OPOS=55459563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:7:14:10:10:7:14 chr7 55499058 . A G 753.69 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00349569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.401;QD=61.5259;RBI=0.00366357;REFB=-0.116766;REVB=0.0010963;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171068;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00099618;OID=.;OPOS=55499058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:27:21:0:1:27:21:0:1 chr7 55540707 . G A 168.02 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0254802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.274;QD=23.175;RBI=0.030678;REFB=-0.00240837;REVB=0.017085;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757294;STB=0.557311;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=9.76492e-05;OID=.;OPOS=55540707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:28:29:11:12:17:17:0.586207:8:9:7:4:8:9:8:4 chr7 55750390 . A G 120.28 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00627984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.753;QD=6.77657;RBI=0.0131245;REFB=0.00393845;REVB=-0.0115246;RO=53;SAF=8;SAR=10;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102152;STB=0.562431;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.0110098;OID=.;OPOS=55750390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:53:18:18:0.253521:10:8:28:25:10:8:28:25 chr7 56007576 . C T 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00158887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4934;QD=6.81321;RBI=0.054824;REFB=0.00216652;REVB=-0.054801;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227677;STB=0.64662;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00443876;OID=.;OPOS=56007576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:10:9:2:5:10:9 chr7 56047572 . C T 190.77 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0247066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8443;QD=15.5732;RBI=0.0331573;REFB=0.00752358;REVB=-0.0221132;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324366;STB=0.684867;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0107991;OID=.;OPOS=56047572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:12:8:21:8:12:8:21:8 chr7 56087399 . G A 30.3 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0215776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.252;QD=1.68348;RBI=0.0474454;REFB=-0.00113457;REVB=0.0422548;RO=65;SAF=2;SAR=5;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223755;STB=0.678487;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0115224;OID=.;OPOS=56087399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:65:65:7:7:0.0972222:5:2:31:34:5:2:31:34 chr7 56087409 . G A 30.85 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0216515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7275;QD=1.84173;RBI=0.0433346;REFB=-0.0138857;REVB=0.0375379;RO=60;SAF=2;SAR=5;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198475;STB=0.655645;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0522073;OID=.;OPOS=56087409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:67:67:60:60:7:7:0.104478:5:2:27:33:5:2:27:33 chr7 56087423 . G A 33.59 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00287662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.329;QD=2.09922;RBI=0.010122;REFB=-0.00223611;REVB=-0.00970463;RO=55;SAF=2;SAR=5;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244743;STB=0.673905;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00982542;OID=.;OPOS=56087423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:64:55:57:7:7:0.109375:5:2:27:28:5:2:27:30 chr7 56088780 . G A 71.48 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=76;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.00929383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.985;QD=3.76193;RBI=0.0284185;REFB=0.000484704;REVB=-0.0268558;RO=61;SAF=10;SAR=3;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270938;STB=0.684625;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00173241;OID=.;OPOS=56088780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:76:76:61:63:13:13:0.171053:3:10:35:26:3:10:36:27 chr7 56088786 . A T 78.95 PASS AF=0.179487;AO=14;DP=78;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0118371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.407;QD=4.04883;RBI=0.0351502;REFB=0.00303728;REVB=-0.0330971;RO=64;SAF=10;SAR=4;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184673;STB=0.622306;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0181033;OID=.;OPOS=56088786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:78:78:64:64:14:14:0.179487:4:10:37:27:4:10:37:27 chr7 56088789 . G A 78.03 PASS AF=0.175;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0093478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.622;QD=3.9017;RBI=0.0100421;REFB=-0.00189495;REVB=-0.003669;RO=64;SAF=10;SAR=4;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184673;STB=0.612479;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0162222;OID=.;OPOS=56088789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:80:80:64:66:14:14:0.175:4:10:37:27:4:10:39:27 chr7 56088811 . T C 83.12 PASS AF=0.194805;AO=15;DP=77;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.011699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.509;QD=4.31768;RBI=0.0130201;REFB=-0.000270398;REVB=0.00571452;RO=59;SAF=10;SAR=5;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763159;STB=0.573973;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000232616;OID=.;OPOS=56088811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:77:77:59:62:15:15:0.194805:5:10:36:23:5:10:36:26 chr7 56088825 . T A 79.91 PASS AF=0.184211;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=76;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.0109531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.09;QD=4.20592;RBI=0.0259171;REFB=-0.00649403;REVB=0.0234888;RO=62;SAF=10;SAR=4;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1816;STB=0.619655;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0183522;OID=.;OPOS=56088825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:76:76:62:62:14:14:0.184211:4:10:36:26:4:10:36:26 chr7 56088902 . C T 36.9 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0250634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.548;QD=2.58947;RBI=0.0309984;REFB=-0.0120044;REVB=0.0182408;RO=50;SAF=4;SAR=3;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111084;STB=0.580931;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0430046;OID=.;OPOS=56088902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:3:4:33:17:3:4:33:17 chr7 56088907 . GC CT 33.94 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0194198;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.34;QD=3.31085;RBI=0.0194204;REFB=-0.00519372;REVB=-0.000153683;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200694;STB=0.585912;STBP=0.634;TYPE=mnp;VARB=0.0240817;OID=.;OPOS=56088907;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:30:35:6:6:0.146341:2:4:15:15:2:4:20:15 chr7 56122076 . A T 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00585634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.721;QD=9.2582;RBI=0.00607964;REFB=-0.0105356;REVB=-0.00163259;RO=28;SAF=10;SAR=2;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464418;STB=0.786518;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0224722;OID=.;OPOS=56122076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:2:10:13:15:2:10:13:15 chr7 56126360 . T C 252.05 PASS AF=0.615385;AO=23;DP=38;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0986587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4515;QD=25.851;RBI=0.0990826;REFB=-0.0629713;REVB=0.00915591;RO=15;SAF=15;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230284;STB=0.631467;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0592906;OID=.;OPOS=56126360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:15:15:23:24:0.615385:8:15:5:10:8:16:5:10 chr7 56136260 . C A 2097.84 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00559616;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.331;QD=62.6222;RBI=0.0409085;REFB=0;REVB=0.0405239;RO=0;SAF=82;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06939e-05;OID=.;OPOS=56136260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:134:0:0:129:134:1:47:82:0:0:49:85:0:0 chr7 56174115 . A C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.845;QD=60.61;RBI=0.040387;REFB=0;REVB=-0.00896632;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135549;OID=.;OPOS=56174115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr7 56872154 . A T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.089;QD=40.7629;RBI=0.0426638;REFB=0;REVB=-0.000295251;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000838487;OID=.;OPOS=56872154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr7 56879527 . A G 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00342497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.457;QD=16.1155;RBI=0.0107556;REFB=-0.0137297;REVB=0.0101957;RO=29;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00285481;STB=0.501617;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0168757;OID=.;OPOS=56879527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:10:14:17:12:10:14:17:12 chr7 56879552 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.009;QD=56.9375;RBI=0.0201364;REFB=0;REVB=0.0135305;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.8394e-06;OID=.;OPOS=56879552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr7 56879668 . C T 77.88 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0546649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.343;QD=14.1605;RBI=0.0738441;REFB=-0.00539789;REVB=-0.0496458;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502873;STB=0.529355;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0513373;OID=.;OPOS=56879668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:2:10:8:2:2:10 chr7 57187595 . A C 99.54 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0108925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.666;QD=26.5427;RBI=0.0230787;REFB=-0.0508828;REVB=0.0203465;RO=4;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986657;STB=0.555457;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0144771;OID=.;OPOS=57187595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:6:5:1:3:6:5:1:3 chr7 57238635 . G A 1064.61 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256751;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7934;QD=59.9779;RBI=0.0305146;REFB=0;REVB=0.0164903;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264733;OID=.;OPOS=57238635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:33:36:0:0:33:38:0:0 chr7 57242225 . T C 690.51 PASS AF=0.820896;AO=53;DP=65;FAO=55;FDP=67;FR=.;FRO=12;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00209699;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=185.117;QD=41.2247;RBI=0.0108823;REFB=-0.0271467;REVB=0.0106783;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501628;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.000697488;OID=.;OPOS=57242225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:65:67:0:12:53:55:0.820896:27:26:0:0:27:28:6:6 chr7 57257162 . A C 1420.7 PASS AF=0.989362;AO=90;DP=92;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0385331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.157;QD=60.4551;RBI=0.0389605;REFB=-0.0782051;REVB=-0.00575525;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.506172;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00027315;OID=.;OPOS=57257162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:94:0:1:90:93:0.989362:38:52:0:0:40:53:0:1 chr7 57260032 . GA G 292.13 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0137602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.115;QD=17.184;RBI=0.0210351;REFB=-0.0212599;REVB=0.0159101;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032895;STB=0.501844;STBP=0.981;TYPE=del;VARB=0.0202507;OID=.;OPOS=57260033;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:32:68:32:68:36:17:15:19:17:99:36:17:15:19:17 chr7 57529392 . A C 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.102127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.6299;QD=32.8216;RBI=0.102402;REFB=-0.00854634;REVB=0.00750657;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00868199;OID=.;OPOS=57529392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:1:0:5:4:1:0 chr7 63529956 . G A 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0442552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.693;QD=13.2305;RBI=0.0507941;REFB=-0.00694316;REVB=-0.0249303;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107236;STB=0.550961;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0140635;OID=.;OPOS=63529956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:17:17:0.369565:8:9:12:16:8:9:13:16 chr7 63537849 . G A 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00605556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.652;QD=15.7907;RBI=0.0095403;REFB=0.00140119;REVB=0.00737208;RO=39;SAF=11;SAR=20;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209767;STB=0.618479;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00172395;OID=.;OPOS=63537849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:20:11:22:17:20:11:22:17 chr7 63565953 . A C 153.89 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00588176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.969;QD=11.6144;RBI=0.017472;REFB=-0.016062;REVB=0.0164522;RO=34;SAF=10;SAR=9;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16814;STB=0.597488;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0341703;OID=.;OPOS=63565953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:9:10:23:11:9:10:23:11 chr7 63566387 . A ATGT 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0103404;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=168.398;QD=13.336;RBI=0.0165903;REFB=-0.0101752;REVB=-0.0129736;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117931;STB=0.549931;STBP=0.7;TYPE=ins;VARB=0.0201091;OID=.;OPOS=63566388;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:15:40:15:39:24:4:11:8:16:99:25:4:11:9:16 chr7 63568887 . A ATAACT 134.4 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0194204;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=5;MLLD=283.813;QD=7.90583;RBI=0.0353896;REFB=-0.0226815;REVB=-0.0295849;RO=50;SAF=12;SAR=7;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229231;STB=0.64501;STBP=0.15;TYPE=ins;VARB=0.0474496;OID=.;OPOS=63568888;OREF=-;OALT=TAACT;OMAPALT=ATAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.279412:19:72:19:68:49:12:7:21:28:99:50:12:7:22:28 chr7 63570733 . T C 281.65 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.00116086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.126;QD=17.0698;RBI=0.0226353;REFB=-0.00632848;REVB=-0.0226055;RO=35;SAF=13;SAR=18;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27335;STB=0.652578;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00641654;OID=.;OPOS=63570733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:18:13:25:10:18:13:25:10 chr7 63679733 . A G 496.06 PASS AF=0.552941;AO=46;DP=84;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.000760244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.9;QD=23.3441;RBI=0.0336462;REFB=-0.0122123;REVB=0.0336377;RO=38;SAF=24;SAR=22;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610836;STB=0.528252;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0101144;OID=.;OPOS=63679733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:38:38:46:47:0.552941:22:24:17:21:23:24:17:21 chr7 63680133 . T A 110.08 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0254123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.151;QD=14.6767;RBI=0.0256282;REFB=-0.00615317;REVB=-0.00331958;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14236;STB=0.538402;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0214132;OID=.;OPOS=63680133;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:16:17:12:13:0.433333:5:7:7:9:6:7:8:9 chr7 63796744 . T C 311.97 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0441849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0431;QD=14.1804;RBI=0.0496653;REFB=0.0165025;REVB=0.0226791;RO=53;SAF=19;SAR=16;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155026;STB=0.508813;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.0157198;OID=.;OPOS=63796744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:16:19:28:25:16:19:28:25 chr7 63808867 . C A 92.26 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0308319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.935;QD=18.4515;RBI=0.0309383;REFB=-0.00131342;REVB=-0.00256398;RO=9;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270831;STB=0.658211;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-1.19809e-05;OID=.;OPOS=63808867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:20:9:9:11:11:0.55:9:2:4:5:9:2:4:5 chr7 63981563 . A G 135.94 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.024185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.708;QD=17.541;RBI=0.0245974;REFB=0.00789822;REVB=-0.00448545;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146539;STB=0.583229;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.00710456;OID=.;OPOS=63981563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:12:4:6:9:12:4 chr7 63986829 . G C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0103781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.437;QD=8.24621;RBI=0.0110388;REFB=0.00235554;REVB=0.00376171;RO=15;SAF=6;SAR=0;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.769537;STB=0.856123;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0130231;OID=.;OPOS=63986829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:6:7:0.318182:0:6:5:10:1:6:5:10 chr7 64168807 . A G 105.71 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0430754;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.037;QD=28.1892;RBI=0.0474618;REFB=-0.0585023;REVB=0.0199282;RO=4;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125849;STB=0.571292;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0282559;OID=.;OPOS=64168807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:17:15:4:4:11:11:0.733333:8:3:2:2:8:3:2:2 chr7 64169019 . G A 272.18 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1033;QD=51.8443;RBI=0.0410122;REFB=0;REVB=0.0287472;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563718;OID=.;OPOS=64169019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr7 64254901 . T C 229.04 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0447271;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6664;QD=27.7621;RBI=0.0530846;REFB=-0.00397009;REVB=0.0285912;RO=12;SAF=19;SAR=2;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231741;STB=0.512809;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00309826;OID=.;OPOS=64254901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:34:33:12:12:21:21:0.636364:2:19:11:1:2:19:11:1 chr7 64291333 . T A 754.64 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.021;QD=54.883;RBI=0.0147456;REFB=0.0771997;REVB=-0.0024985;RO=1;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140652;STB=0.507244;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000171971;OID=.;OPOS=64291333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:33:20:0:1:34:20:0:1 chr7 64291976 . G A 151.42 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0129725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1284;QD=20.8861;RBI=0.018268;REFB=-0.0413802;REVB=-0.0128622;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152971;STB=0.586102;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.034404;OID=.;OPOS=64291976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:4:9:8:8:4:9 chr7 64291987 . G A 108.59 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00153755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9607;QD=13.5732;RBI=0.0295455;REFB=-0.00884053;REVB=-0.0295054;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231534;STB=0.636147;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0112641;OID=.;OPOS=64291987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:9:4:10:9:9:4:10:9 chr7 64291991 . T A 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00810573;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.486;QD=54.481;RBI=0.00849281;REFB=0.0286324;REVB=-0.00253474;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-1.92427e-05;OID=.;OPOS=64291991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:17:14:0:1:17:14:0:1 chr7 64388472 . C A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0149527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.659;QD=15.2617;RBI=0.0192715;REFB=-0.0138822;REVB=0.0121576;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230345;STB=0.513348;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0188716;OID=.;OPOS=64388472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:7:9:7:6:7:9 chr7 64389089 . A C 57.92 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0142981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1439;QD=13.6291;RBI=0.0548658;REFB=-0.0336791;REVB=0.05297;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926992;STB=0.55541;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0437575;OID=.;OPOS=64389089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:3:6:6:2:3:6 chr7 64438667 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.00431555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.199;QD=16.9316;RBI=0.0534168;REFB=-0.00238541;REVB=-0.0532422;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221412;STB=0.624826;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00223346;OID=.;OPOS=64438667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:3:9:11:1:3:9:11:1 chr7 64451699 . T C 512.53 PASS AF=0.462185;AO=54;DP=118;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.000793791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.177;QD=17.228;RBI=0.00700288;REFB=0.00475034;REVB=0.00695774;RO=64;SAF=35;SAR=19;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104111;STB=0.550543;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00636079;OID=.;OPOS=64451699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:64:64:54:55:0.462185:19:35:35:29:20:35:35:29 chr7 64451963 . T C 297.86 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0153872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.979;QD=15.8858;RBI=0.0276573;REFB=-0.0262121;REVB=0.0229817;RO=42;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153808;STB=0.586744;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0292944;OID=.;OPOS=64451963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:13:20:19:23:13:20:19:23 chr7 64452738 . G A 204.09 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0049113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.447;QD=14.322;RBI=0.00501655;REFB=-0.00221402;REVB=0.00102225;RO=30;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597569;STB=0.529929;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00394971;OID=.;OPOS=64452738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:33:24:24:0.421053:9:15:17:13:9:15:19:14 chr7 64452830 . C T 463.79 PASS AF=0.42623;AO=52;DP=122;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0021708;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.371;QD=15.2064;RBI=0.0977727;REFB=-0.0177126;REVB=-0.0977486;RO=70;SAF=38;SAR=14;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200682;STB=0.613297;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0167873;OID=.;OPOS=64452830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:70:70:52:52:0.42623:14:38:39:31:14:38:39:31 chr7 64453136 . G A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00873609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.947;QD=20.3167;RBI=0.0151977;REFB=-0.00933463;REVB=0.0124358;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255221;STB=0.643917;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00899283;OID=.;OPOS=64453136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:12:6:12:7:12:6 chr7 64453615 . T C 322.19 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0451682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.515;QD=28.0163;RBI=0.0451757;REFB=-0.000234073;REVB=0.000827064;RO=16;SAF=16;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891088;STB=0.528282;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000694532;OID=.;OPOS=64453615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:18:28:28:0.608696:12:16:7:9:12:16:9:9 chr7 64453634 . G A 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0244797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.751;QD=23.8371;RBI=0.0478843;REFB=0.0219166;REVB=0.0411539;RO=22;SAF=19;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00217662;STB=0.501198;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.00172354;OID=.;OPOS=64453634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:13:19:13:9:13:19:13:9 chr7 64453635 . G C 171.3 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0169214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.708;QD=12.4582;RBI=0.0170039;REFB=-0.0226469;REVB=-0.00167361;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137136;STB=0.507929;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0182785;OID=.;OPOS=64453635;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:9:12:19:15:9:12:19:15 chr7 64483631 . T C 157.12 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00829544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.619;QD=9.66866;RBI=0.00881143;REFB=-0.00887309;REVB=-0.00297104;RO=44;SAF=10;SAR=11;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053408;STB=0.531449;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.011605;OID=.;OPOS=64483631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:11:10:23:21:11:10:23:21 chr7 64483656 . C T 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00473005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.35;QD=10.1486;RBI=0.0182583;REFB=-0.00289241;REVB=-0.017635;RO=42;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267415;STB=0.515138;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00550302;OID=.;OPOS=64483656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:44:22:22:0.333333:11:11:22:20:11:11:23:21 chr7 64864894 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0271749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.426;QD=20.017;RBI=0.028398;REFB=-0.00169619;REVB=-0.00824439;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028511;STB=0.516111;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000801664;OID=.;OPOS=64864894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:8:10:10:7:8:10:10:7 chr7 64865254 . A G 515.32 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00782003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9054;QD=22.1641;RBI=0.0331992;REFB=-0.0318316;REVB=0.032265;RO=43;SAF=18;SAR=31;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066586;STB=0.532237;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0279235;OID=.;OPOS=64865254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:43:44:49:49:0.526882:31:18:19:24:31:18:19:25 chr7 65157747 . C A 367.08 PASS AF=0.319444;AO=46;DP=144;FAO=46;FDP=144;FR=.;FRO=98;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=0.0214288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.154;QD=10.1966;RBI=0.0532154;REFB=-0.0053228;REVB=-0.0487102;RO=98;SAF=30;SAR=16;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148437;STB=0.586342;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0117476;OID=.;OPOS=65157747;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:98:98:46:46:0.319444:16:30:52:46:16:30:52:46 chr7 65279676 . A T 234.86 PASS AF=0.233333;AO=35;DP=150;FAO=35;FDP=150;FR=.;FRO=115;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=72;FSRR=43;FWDB=0.00124133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.472;QD=6.26285;RBI=0.070154;REFB=-0.00874356;REVB=-0.070143;RO=115;SAF=19;SAR=16;SRF=72;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10725;STB=0.564962;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0361947;OID=.;OPOS=65279676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:115:115:35:35:0.233333:16:19:72:43:16:19:72:43 chr7 65279757 . A T 161.36 PASS AF=0.236364;AO=22;DP=112;FAO=26;FDP=110;FR=.;FRO=84;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=0.00138406;FXX=0.0517197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.384;QD=5.86777;RBI=0.00234292;REFB=-0.00629562;REVB=0.00189041;RO=83;SAF=8;SAR=14;SRF=55;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364124;STB=0.618697;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0292898;OID=.;OPOS=65279757;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:83:84:22:26:0.236364:14:8:55:28:14:12:52:32 chr7 65425894 . A G 890.34 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176723;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1492;QD=58.3826;RBI=0.0211002;REFB=0;REVB=-0.0115286;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103997;OID=.;OPOS=65425894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chr7 65429359 . G A 309.67 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0502301;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.085;QD=20.9944;RBI=0.0503311;REFB=0.00824506;REVB=-0.00318683;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12971;STB=0.571547;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00800122;OID=.;OPOS=65429359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:27:27:32:32:0.542373:19:13:7:20:19:13:7:20 chr7 65551821 . C T 84.95 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00182675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0128;QD=22.653;RBI=0.142956;REFB=-0.0663881;REVB=0.142944;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11821;STB=0.567431;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0436158;OID=.;OPOS=65551821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:15:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:3:2:6:4:3:2 chr7 65579956 . G A 106.05 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0356621;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.179;QD=10.8772;RBI=0.0399625;REFB=0.00846741;REVB=0.0180338;RO=27;SAF=8;SAR=5;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108855;STB=0.555473;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.0298548;OID=.;OPOS=65579956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:27:26:13:13:0.333333:5:8:19:8:5:8:18:8 chr7 65579987 . C G 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0364846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5136;QD=8.73763;RBI=0.122604;REFB=-0.00224813;REVB=-0.11705;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172769;STB=0.60583;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00652499;OID=.;OPOS=65579987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:12:8:5:4:12:8 chr7 65817473 . G A 391.65 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00588509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.921;QD=22.0648;RBI=0.0122005;REFB=-0.00582216;REVB=0.0106873;RO=32;SAF=19;SAR=20;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04067;STB=0.52242;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00508071;OID=.;OPOS=65817473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:20:19:14:18:20:19:14:18 chr7 65842534 . T C 159.21 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0501764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.892;QD=17.2114;RBI=0.0760677;REFB=-0.0430798;REVB=-0.0571718;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00651334;STB=0.54833;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0198658;OID=.;OPOS=65842534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:18:20:16:17:0.459459:7:9:10:8:7:10:10:10 chr7 65842543 . C CAT 479.71 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=38;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00417324;FXX=0.0810592;HRUN=0;LEN=2;MLLD=241.226;QD=56.4367;RBI=0.0440915;REFB=-0.139154;REVB=0.0438936;RO=5;SAF=17;SAR=15;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680537;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=ins;VARB=0.000260976;OID=.;OPOS=65842544;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.970588:32:38:33:34:1:17:16:0:1:6:5:17:15:4:1 chr7 65842545 . T C 459.66 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0337056;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7924;QD=51.0727;RBI=0.0457927;REFB=-0.0812371;REVB=0.0309984;RO=3;SAF=17;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755813;STB=0.540516;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0201707;OID=.;OPOS=65842545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:37:36:3:3:33:33:0.916667:16:17:3:0:16:17:3:0 chr7 65860213 . T TAGAG 509.04 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482881;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=4;MLLD=319.625;QD=59.8865;RBI=0.00598307;REFB=0;REVB=-0.00353267;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.96655e-06;OID=.;OPOS=65860214;OREF=-;OALT=AGAG;OMAPALT=TAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:36:34:34:0:16:18:0:0:4:0:16:18:0:0 chr7 65860264 . CCATAT C 78.09 PASS AF=0.4;AO=13;DP=32;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.013744;FXX=0.117612;HRUN=2;LEN=5;MLLD=278.25;QD=10.4117;RBI=0.0138187;REFB=-0.0100338;REVB=0.0014345;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517017;STBP=0.916;TYPE=del;VARB=0.0108293;OID=.;OPOS=65860265;OREF=CATAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:13:32:12:30:18:5:7:8:10:78:13:5:8:5:8 chr7 66015630 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.633;QD=47.8224;RBI=0.0666544;REFB=0;REVB=0.0458548;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613297;OID=.;OPOS=66015630;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr7 66104909 . G C 192.23 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=43;FWDB=-0.00256756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.211;QD=9.85784;RBI=0.0193909;REFB=-0.00449502;REVB=-0.0192201;RO=51;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320551;STB=0.658983;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00862275;OID=.;OPOS=66104909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:53:25:25:0.320513:15:10:8:43:15:10:10:43 chr7 66105163 . C G 261.04 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=-0.00990832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.036;QD=12.2842;RBI=0.0116288;REFB=-0.000840277;REVB=0.00608731;RO=54;SAF=10;SAR=21;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058143;STB=0.533312;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00141826;OID=.;OPOS=66105163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:21:10:15:39:21:10:15:39 chr7 66147057 . T C 249.68 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0586724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.969;QD=12.0326;RBI=0.0587244;REFB=-0.0134006;REVB=-0.00247043;RO=53;SAF=12;SAR=18;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388079;STB=0.522373;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.016005;OID=.;OPOS=66147057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:18:12:23:30:18:12:23:30 chr7 66147149 . A G 55.05 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0383651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.584;QD=9.5734;RBI=0.0383912;REFB=-0.0169571;REVB=0.00141507;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467468;STB=0.795235;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0315032;OID=.;OPOS=66147149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:23:14:15:8:8:0.347826:6:2:10:4:6:2:11:4 chr7 66147589 . T C 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00968186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.109;QD=16.0718;RBI=0.0162066;REFB=-0.0165283;REVB=0.0129967;RO=35;SAF=9;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126132;STB=0.571378;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0153352;OID=.;OPOS=66147589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:20:9:15:20:20:9:15:20 chr7 66463938 . G A 96.24 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0162817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0481;QD=14.8057;RBI=0.0164513;REFB=-0.0290692;REVB=0.00235608;RO=14;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485423;STB=0.785196;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0443738;OID=.;OPOS=66463938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:26:26:14:14:12:12:0.461538:10:2:9:5:10:2:9:5 chr7 66648157 . C T 451.47 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.017606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9414;QD=17.1987;RBI=0.0192303;REFB=0.00718526;REVB=-0.00773503;RO=55;SAF=30;SAR=19;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151672;STB=0.589354;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00621888;OID=.;OPOS=66648157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:56:49:49:0.466667:19:30:25:30:19:30:25:31 chr7 66648199 . G A 357.8 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0761835;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4303;QD=16.6417;RBI=0.127724;REFB=0.00450504;REVB=0.102516;RO=47;SAF=23;SAR=15;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197517;STB=0.616261;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00228915;OID=.;OPOS=66648199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:48:38:38:0.44186:15:23:19:28:15:23:19:29 chr7 66660242 . A G 54.37 PASS AF=0.117647;AO=12;DP=102;FAO=12;FDP=102;FR=.;FRO=90;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.00675388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1336;QD=2.13226;RBI=0.00687572;REFB=-0.00122109;REVB=0.00128863;RO=88;SAF=9;SAR=3;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322645;STB=0.726884;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0123889;OID=.;OPOS=66660242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:102:102:88:90:12:12:0.117647:3:9:43:45:3:9:45:45 chr7 66660247 . T C 53.06 PASS AF=0.114286;AO=12;DP=105;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.00722122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.427;QD=2.02121;RBI=0.0207571;REFB=-0.00225546;REVB=0.0194604;RO=93;SAF=8;SAR=4;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197249;STB=0.644916;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0171743;OID=.;OPOS=66660247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:105:105:93:93:12:12:0.114286:4:8:47:46:4:8:47:46 chr7 66703328 . G A 525.58 PASS AF=0.515464;AO=49;DP=96;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0264702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3516;QD=21.6733;RBI=0.0265554;REFB=0.00886999;REVB=0.00212525;RO=47;SAF=34;SAR=15;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117765;STB=0.55634;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00653319;OID=.;OPOS=66703328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:47:47:49:50:0.515464:15:34:27:20:16:34:27:20 chr7 66774561 . G A 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0360827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.822;QD=19.4668;RBI=0.0536743;REFB=0.00646796;REVB=0.0397362;RO=24;SAF=16;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677659;STB=0.538426;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00720739;OID=.;OPOS=66774561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:6:16:16:8:6:16:16:8 chr7 66774604 . G C 240.53 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.00506248;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.734;QD=18.1529;RBI=0.024147;REFB=-0.00559924;REVB=0.0236104;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260721;STB=0.644676;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00479674;OID=.;OPOS=66774604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:22:5:12:14:22:5 chr7 66785634 . T A 101.46 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0555624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4579;QD=8.63479;RBI=0.0611136;REFB=-0.00686791;REVB=-0.0254497;RO=34;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107347;STB=0.506569;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0135818;OID=.;OPOS=66785634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:7:6:16:18:7:6:16:18 chr7 68527448 . C G 175.75 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0110169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.765;QD=11.9155;RBI=0.0200428;REFB=0.00189556;REVB=-0.0167434;RO=36;SAF=6;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234621;STB=0.646324;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00335423;OID=.;OPOS=68527448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:16:6:17:19:16:6:18:19 chr7 68527587 . A G 76.61 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0118402;FXX=0.0605877;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.115;QD=9.88499;RBI=0.0539665;REFB=-0.0188853;REVB=-0.0526516;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81779e-08;STB=0.51996;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0367236;OID=.;OPOS=68527587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:30:31:20:21:10:10:0.322581:6:4:8:12:6:4:9:12 chr7 68796377 . G A 501.85 PASS AF=0.387755;AO=56;DP=147;FAO=57;FDP=147;FR=.;FRO=90;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=-0.00360118;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.493;QD=13.6559;RBI=0.0200263;REFB=-0.0163138;REVB=-0.0196999;RO=90;SAF=27;SAR=29;SRF=54;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127976;STB=0.576897;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.027731;OID=.;OPOS=68796377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:90:90:56:57:0.387755:29:27:54:36:30:27:54:36 chr7 70257628 . TA T 269.65 PASS AF=0.982456;AO=37;DP=61;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186505;FXX=0.0806322;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.88113;QD=18.9226;RBI=0.229456;REFB=0.0615898;REVB=0.228696;RO=14;SAF=18;SAR=19;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684646;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=del;VARB=0.0358368;OID=.;OPOS=70257629;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.982456:37:61:56:57:1:28:28:0:1:4:14:18:19:7:7 chr7 70597522 . C A 2162.17 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575142;FXX=0.028167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6508;QD=62.6717;RBI=0.0900966;REFB=0;REVB=0.0693506;RO=1;SAF=84;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562624;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205186;OID=.;OPOS=70597522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:138:138:1:0:136:138:1:52:84:1:0:53:85:0:0 chr7 71150706 . A T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.17;QD=59.4355;RBI=0.0618269;REFB=0;REVB=-0.0172616;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266552;OID=.;OPOS=71150706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr7 71252189 . A AG 384.28 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.158163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.1343;QD=40.4503;RBI=0.23964;REFB=-0.00166212;REVB=-0.180032;RO=2;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144371;STB=0.512814;STBP=0.5;TYPE=ins;VARB=0.00236815;OID=.;OPOS=71252190;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.973684:35:38:37:38:1:18:19:0:1:4:2:17:18:1:1 chr7 72093957 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4992;QD=53.2768;RBI=0.0337202;REFB=0;REVB=0.00278748;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000943243;OID=.;OPOS=72093957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr7 72193864 . T C 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.526;QD=57.7113;RBI=0.0461349;REFB=0;REVB=0.0392375;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28356e-05;OID=.;OPOS=72193864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr7 72193867 . CG AA 824.53 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642103;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=2;MLLD=170.213;QD=57.8617;RBI=0.00646753;REFB=0;REVB=0.000774135;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000117665;OID=.;OPOS=72193867;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr7 72209527 . CA C 1064.83 PASS AF=1;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222534;FXX=0.0329634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.4084;QD=48.4012;RBI=0.0482914;REFB=0;REVB=-0.0428585;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00110691;OID=.;OPOS=72209528;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:88:91:88:88:0:42:46:0:0:19:0:42:46:0:0 chr7 72413443 . G A 43.02 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00685839;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8895;QD=14.3386;RBI=0.0684834;REFB=-0.0231195;REVB=-0.0681391;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275357;STB=0.66611;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0192551;OID=.;OPOS=72413443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:12:6:6:6:6:0.5:2:4:2:4:2:4:2:4 chr7 72413494 . G A 93.8 PASS AF=0.254902;AO=12;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00986838;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.288;QD=7.35667;RBI=0.00998831;REFB=-0.00490732;REVB=0.00154317;RO=34;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105495;STB=0.586695;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0064829;OID=.;OPOS=72413494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:51:51:34:38:12:13:0.254902:6:6:14:20:6:7:16:22 chr7 72413581 . G A 156.15 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00366671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.811;QD=9.46377;RBI=0.00568934;REFB=-0.00751111;REVB=0.00435015;RO=45;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127102;STB=0.575149;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0128609;OID=.;OPOS=72413581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:13:8:22:23:13:8:22:23 chr7 72413593 . T C 145.27 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0170753;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.147;QD=8.54538;RBI=0.0220675;REFB=0.000102727;REVB=-0.0139788;RO=46;SAF=7;SAR=13;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104643;STB=0.579918;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.000934629;OID=.;OPOS=72413593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:46:48:20:20:0.294118:13:7:20:26:13:7:22:26 chr7 72657899 . C T 205.32 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8106;QD=48.3112;RBI=0.0714614;REFB=0;REVB=0.0706964;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220986;OID=.;OPOS=72657899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:10:7:0:0 chr7 72738749 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.056;QD=55.656;RBI=0.0436762;REFB=0;REVB=-0.00728664;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241136;OID=.;OPOS=72738749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr7 72738762 . CA TG 381.13 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0938731;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=2;MLLD=130.247;QD=56.4638;RBI=0.0939419;REFB=0;REVB=0.00359641;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000555113;OID=.;OPOS=72738762;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:24:27:1:11:13:0:0:11:16:0:0 chr7 72891754 . C T 453.97 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.658;QD=55.0266;RBI=0.018315;REFB=-0.0988237;REVB=0.00732128;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345573;STB=0.518507;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000454224;OID=.;OPOS=72891754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:13:19:0:1:13:19:0:1 chr7 73020301 . T C 1135.19 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0085121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.903;QD=60.5435;RBI=0.00932233;REFB=0;REVB=0.0038013;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.45804e-06;OID=.;OPOS=73020301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr7 73097238 . G A 131.98 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.088171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.96;QD=14.6648;RBI=0.0882014;REFB=0.00290211;REVB=0.00231586;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296633;STB=0.517218;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00444628;OID=.;OPOS=73097238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:9:12:9:6:9:12 chr7 73097948 . G C 48.15 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00845679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5666;QD=12.8392;RBI=0.031315;REFB=-0.0161655;REVB=-0.0301515;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196457;STB=0.615099;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0159043;OID=.;OPOS=73097948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:7:1:2:5:7:1 chr7 73108310 . T C 121.08 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0485793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7828;QD=15.1344;RBI=0.0486804;REFB=-0.0025158;REVB=-0.00313548;RO=16;SAF=12;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470334;STB=0.782148;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.001305;OID=.;OPOS=73108310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:18:14:14:0.4375:2:12:7:9:2:12:8:10 chr7 73147068 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0241104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.217;QD=15.1717;RBI=0.028097;REFB=-0.00169719;REVB=-0.0144268;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298214;STB=0.517221;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00167221;OID=.;OPOS=73147068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:12:12:9:8:12:12 chr7 73151644 . A G 190.24 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0289635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.553;QD=21.7414;RBI=0.0476468;REFB=0.00721538;REVB=-0.0378329;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809189;STB=0.545407;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00635842;OID=.;OPOS=73151644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:9:10:10:6:9:10:10:6 chr7 73246460 . TA CG,TG 801.69 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=3,52;DP=57;FAO=3,54;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=3,28;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254544,0.0351624;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=83.7975,110.076;QD=56.2592;RBI=0.0448453,0.0590339;REFB=0,0;REVB=0.0369212,0.0474195;RO=0;SAF=3,26;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0582251,-0.00125624;OID=.,.;OPOS=73246460,73246461;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:57:57:0:0:3,52:3,54:0.0526316,0.947368:0,26:3,26:0:0:0,26:3,28:0:0 chr7 73246496 . C T 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.499;QD=62.3137;RBI=0.0350895;REFB=0;REVB=0.0134367;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120748;OID=.;OPOS=73246496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:35:51:0:0:35:51:0:0 chr7 73246555 . C G 1368.34 PASS AF=0.938144;AO=91;DP=97;FAO=91;FDP=97;FR=.;FRO=6;FSAF=61;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0170058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.777;QD=56.4266;RBI=0.0354455;REFB=-0.0102918;REVB=0.0310996;RO=4;SAF=61;SAR=30;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373725;STB=0.523204;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000509154;OID=.;OPOS=73246555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:97:97:4:6:91:91:0.938144:30:61:1:3:30:61:2:4 chr7 73249165 . T A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3361;QD=59.8383;RBI=0.0236641;REFB=0;REVB=0.0149013;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342695;OID=.;OPOS=73249165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr7 73249299 . G C 428.79 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.408;QD=57.1725;RBI=0.0414575;REFB=0;REVB=0.019949;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340297;OID=.;OPOS=73249299;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:17:12:0:0:17:13:0:0 chr7 73254812 . T C 533.24 PASS AF=1;AO=28;DP=39;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936181;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.137;QD=59.2492;RBI=0.0156244;REFB=0;REVB=-0.0125092;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00342535;OID=.;OPOS=73254812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:36:0:0:28:36:1:22:6:0:0:27:9:0:0 chr7 73275565 . T A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.322;QD=47.8223;RBI=0.0449734;REFB=0;REVB=0.0332871;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432569;OID=.;OPOS=73275565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr7 73279482 . T C 244.22 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114734;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.158;QD=51.4146;RBI=0.0328943;REFB=0;REVB=-0.0308285;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96039e-05;OID=.;OPOS=73279482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr7 73280020 . C T 183.63 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0212175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.114;QD=17.9148;RBI=0.0722594;REFB=-0.0263225;REVB=0.0690741;RO=21;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086445;STB=0.557218;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0319919;OID=.;OPOS=73280020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:6:13:16:5:6:13:17:5 chr7 73753250 . T C 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0136284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5011;QD=24.0268;RBI=0.0141961;REFB=-0.0359994;REVB=-0.00397459;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126876;STB=0.571326;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0117058;OID=.;OPOS=73753250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:6:8:3:5:6:8:3:5 chr7 73814702 . C A 355.9 PASS AF=0.536232;AO=34;DP=67;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00609421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.856;QD=20.632;RBI=0.00614174;REFB=-0.0181118;REVB=0.000762599;RO=29;SAF=21;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267868;STB=0.502391;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0165387;OID=.;OPOS=73814702;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:29:32:34:37:0.536232:13:21:18:11:16:21:18:14 chr7 73814749 . G C 1324.34 PASS AF=0.988764;AO=84;DP=86;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.103271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4724;QD=59.5209;RBI=0.104286;REFB=-0.191091;REVB=-0.0145119;RO=2;SAF=59;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157861;STB=0.503936;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00825089;OID=.;OPOS=73814749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:89:2:1:84:88:0.988764:25:59:2:0:25:63:1:0 chr7 74193668 . G A 34.34 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0385762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.972;QD=4.16266;RBI=0.0431551;REFB=-0.00331603;REVB=-0.0193452;RO=27;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437238;STB=0.805375;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0214164;OID=.;OPOS=74193668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:1:5:13:14:1:5:13:14 chr7 75051290 . C G 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0315172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.598;QD=7.03221;RBI=0.0321883;REFB=-0.00651184;REVB=-0.00653884;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255439;STB=0.516093;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0145468;OID=.;OPOS=75051290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:5:4:11:15:5:4:11:15 chr7 75051311 . T C 61.75 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.107224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.21;QD=7.26464;RBI=0.109281;REFB=-0.0166292;REVB=-0.0211043;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828821;STB=0.53326;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0433491;OID=.;OPOS=75051311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:34:24:25:9:9:0.264706:5:4:9:15:5:4:10:15 chr7 75051368 . T C 58.47 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0093641;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.128;QD=12.3096;RBI=0.0190759;REFB=-0.00766187;REVB=0.0166194;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795566;STB=0.547823;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0162903;OID=.;OPOS=75051368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:5:6:5:3:5:6 chr7 75051375 . T C 69.62 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0206191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4388;QD=16.3821;RBI=0.0208999;REFB=-0.0046308;REVB=0.00341452;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571344;STB=0.53326;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0130231;OID=.;OPOS=75051375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:3:5:5:4:3:5 chr7 75142406 . G A 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0179011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.812;QD=16.6158;RBI=0.0179012;REFB=0.00342852;REVB=3.74286e-05;RO=21;SAF=14;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469382;STB=0.772066;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00242882;OID=.;OPOS=75142406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:3:14:8:13:3:14:8:13 chr7 75442730 . T G 161.49 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0507514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6597;QD=10.5897;RBI=0.0727965;REFB=-0.028917;REVB=-0.0521884;RO=40;SAF=6;SAR=15;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201139;STB=0.618438;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0447749;OID=.;OPOS=75442730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:15:6:18:22:15:6:18:22 chr7 75513062 . A C,G 644.23 PASS AF=0.0454545,0.931818;AO=2,41;DP=44;FAO=2,41;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=0,20;FSAR=2,21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.042439,-0.0179265;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.486,82.2334;QD=58.5661;RBI=0.0587198,0.0213511;REFB=-0.0944694,-0.12308;REVB=-0.0405825,-0.0115978;RO=1;SAF=0,20;SAR=2,21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0228826;STB=0.993266,0.512189;STBP=0.232,0.542;TYPE=snp,snp;VARB=0.0844521,0.000805776;OID=.,.;OPOS=75513062,75513062;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:1:1:2,41:2,41:0.0454545,0.931818:2,21:0,20:1:0:2,21:0,20:1:0 chr7 75614953 . T C 306.33 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0391794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0165;QD=17.7582;RBI=0.0561933;REFB=-0.0258226;REVB=0.0402822;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00343732;STB=0.510746;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0314641;OID=.;OPOS=75614953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:34:36:32:33:0.478261:18:14:15:19:19:14:16:20 chr7 75615006 . C T 226.52 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0149093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.807;QD=13.7282;RBI=0.027131;REFB=-0.0178511;REVB=-0.0226672;RO=39;SAF=7;SAR=19;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16969;STB=0.575699;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0194479;OID=.;OPOS=75615006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:39:26:27:0.409091:19:7:16:23:19:8:16:23 chr7 75621827 . A G 601.8 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000265833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.398;QD=58.7123;RBI=0.0131;REFB=-0.166438;REVB=0.0130973;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00125579;OID=.;OPOS=75621827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:1:1:40:40:0.97561:19:21:0:1:19:21:0:1 chr7 75629778 . T C 883.31 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.894;QD=57.9217;RBI=0.0457262;REFB=0;REVB=0.0375008;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93118e-05;OID=.;OPOS=75629778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:24:34:0:0:24:37:0:0 chr7 75630274 . T C 161.99 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0286906;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5038;QD=17.9985;RBI=0.0550475;REFB=-0.000330879;REVB=0.0469796;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582958;STB=0.533294;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00828863;OID=.;OPOS=75630274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:10:9:7:10:10:9 chr7 75677504 . C T 373.3 PASS AF=1;AO=21;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.187479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9569;QD=55.3042;RBI=0.189768;REFB=0;REVB=-0.0293799;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00405454;OID=.;OPOS=75677504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:21:27:1:16:5:0:0:17:10:0:0 chr7 75716765 . C T 103.69 PASS AF=0.202381;AO=17;DP=85;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0116553;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.742;QD=4.93767;RBI=0.0270196;REFB=-0.0140941;REVB=-0.0243765;RO=68;SAF=13;SAR=4;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332847;STB=0.70883;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.039283;OID=.;OPOS=75716765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:68:67:17:17:0.202381:4:13:35:33:4:13:35:32 chr7 75716781 . G A 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.467;QD=62.4646;RBI=0.0587905;REFB=0;REVB=0.0496511;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141208;OID=.;OPOS=75716781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr7 75716789 . C A 92.66 PASS AF=0.183908;AO=16;DP=87;FAO=16;FDP=87;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.000334533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.125;QD=4.26046;RBI=0.0318499;REFB=-0.00841744;REVB=-0.0318481;RO=71;SAF=12;SAR=4;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348987;STB=0.727519;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0243104;OID=.;OPOS=75716789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:87:87:71:71:16:16:0.183908:4:12:34:37:4:12:34:37 chr7 75716799 . A G 83.74 PASS AF=0.172414;AO=15;DP=87;FAO=15;FDP=87;FR=.;FRO=72;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.00454991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.748;QD=3.85032;RBI=0.0256563;REFB=-8.81857e-05;REVB=-0.0252497;RO=72;SAF=11;SAR=4;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332159;STB=0.719329;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=7.68838e-05;OID=.;OPOS=75716799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:87:87:72:72:15:15:0.172414:4:11:34:38:4:11:34:38 chr7 75716804 . G A 66.57 PASS AF=0.147727;AO=13;DP=88;FAO=13;FDP=88;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0186211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.939;QD=3.02588;RBI=0.0275469;REFB=-0.000220031;REVB=-0.0202999;RO=74;SAF=10;SAR=3;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38741;STB=0.768817;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00155748;OID=.;OPOS=75716804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:88:88:74:75:13:13:0.147727:3:10:34:40:3:10:34:41 chr7 75716832 . C T 38.78 PASS AF=0.107143;AO=9;DP=84;FAO=9;FDP=84;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.021657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3564;QD=1.84645;RBI=0.0366999;REFB=0.00553301;REVB=-0.0296286;RO=75;SAF=7;SAR=2;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441196;STB=0.822878;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0214025;OID=.;OPOS=75716832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:84:84:75:75:9:9:0.107143:2:7:29:46:2:7:29:46 chr7 75716842 . G A 41.18 PASS AF=0.116883;AO=9;DP=77;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=-0.0126199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9279;QD=2.13941;RBI=0.0154777;REFB=-0.017265;REVB=-0.00896091;RO=64;SAF=7;SAR=2;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504497;STB=0.845108;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0210785;OID=.;OPOS=75716842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:77:77:64:68:9:9:0.116883:2:7:21:43:2:7:23:45 chr7 75716846 . C G 41.19 PASS AF=0.116883;AO=9;DP=77;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=0.0504381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7233;QD=2.13968;RBI=0.0507531;REFB=-0.00311754;REVB=-0.00564556;RO=68;SAF=7;SAR=2;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491997;STB=0.845108;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0118359;OID=.;OPOS=75716846;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:77:77:68:68:9:9:0.116883:2:7:23:45:2:7:23:45 chr7 75914934 . G GC 1067.89 PASS AF=1;AO=95;DP=115;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0526295;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.2846;QD=38.139;RBI=0.191812;REFB=0;REVB=0.18445;RO=13;SAF=44;SAR=51;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520999;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00220026;OID=.;OPOS=75914935;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:95:115:112:112:0:56:56:0:0:20:13:44:51:9:4 chr7 75932766 . CAG C 60.83 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=2;MLLD=141.925;QD=16.2201;RBI=0.010567;REFB=-0.00302496;REVB=-0.010567;RO=6;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00505191;OID=.;OPOS=75932767;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:8:16:8:15:7:0:8:0:7:49:6:0:8:0:6 chr7 75959188 . G A 78.71 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.013547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.787;QD=14.9933;RBI=0.0144115;REFB=-0.0237889;REVB=-0.00491616;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294979;STB=0.517207;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0343474;OID=.;OPOS=75959188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:3:8:7:3:3:8 chr7 76019590 . C T 351.09 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0119943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.043;QD=34.2526;RBI=0.0353779;REFB=-0.0250902;REVB=-0.0332826;RO=12;SAF=6;SAR=23;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03438;STB=0.518784;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0133397;OID=.;OPOS=76019590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:12:12:29:29:0.707317:23:6:3:9:23:6:3:9 chr7 76029760 . G A 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00794004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.03;QD=12.3948;RBI=0.0151923;REFB=-0.0178613;REVB=-0.0129523;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157235;STB=0.592888;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0302148;OID=.;OPOS=76029760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:5:9:12:12:5:9:12:12 chr7 76069811 . T C 310.55 PASS AF=0.406977;AO=33;DP=85;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=0.00950286;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.798;QD=14.444;RBI=0.0209974;REFB=-0.0234039;REVB=-0.018724;RO=52;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800045;STB=0.576882;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0361536;OID=.;OPOS=76069811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:52:51:33:35:0.406977:22:11:14:38:22:13:13:38 chr7 76112060 . C T 160.3 PASS AF=0.5;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.010166;FXX=0.157853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.181;QD=20.0376;RBI=0.0151895;REFB=-0.0129654;REVB=-0.011286;RO=22;SAF=12;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217585;STB=0.693902;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0160537;OID=.;OPOS=76112060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:32:22:16:15:16:0.5:3:12:14:8:3:13:8:8 chr7 76131645 . A G 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.732;QD=64.152;RBI=0.0140223;REFB=0;REVB=-0.0127383;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0068e-05;OID=.;OPOS=76131645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr7 76131650 . G A 116.96 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00965427;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.162;QD=9.1735;RBI=0.0103508;REFB=-0.000885033;REVB=-0.00373298;RO=36;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118113;STB=0.571333;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00308802;OID=.;OPOS=76131650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:36:36:15:15:0.294118:6:9:18:18:6:9:18:18 chr7 76131695 . A G 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00939339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.503;QD=8.46416;RBI=0.0125037;REFB=-0.0162263;REVB=-0.0082526;RO=36;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390089;STB=0.523898;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0204431;OID=.;OPOS=76131695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:36:38:15:15:0.283019:8:7:18:18:8:7:19:19 chr7 76132898 . T C 88.18 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0245617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.983;QD=14.1082;RBI=0.02687;REFB=-0.00811447;REVB=-0.0108958;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233296;STB=0.654398;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0378959;OID=.;OPOS=76132898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:4:7:5:8:4:7:5:9 chr7 76135132 . T TA 65.24 PASS AF=0.464286;AO=4;DP=29;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.164597;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.7199;QD=9.32009;RBI=0.190822;REFB=0.0173589;REVB=0.0965453;RO=24;SAF=0;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.602933;STB=0.555467;STBP=0.646;TYPE=ins;VARB=0.0025584;OID=.;OPOS=76135133;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:4:29:13:28:15:4:9:6:9:65:24:0:4:10:14 chr7 76135134 . G A 72.8 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0743736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1578;QD=9.70655;RBI=0.0744638;REFB=-0.0276219;REVB=0.00366277;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222398;STB=0.633085;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0696163;OID=.;OPOS=76135134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:30:30:20:20:10:10:0.333333:5:5:6:14:5:5:6:14 chr7 76140186 . T C 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0183288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.015;QD=8.88632;RBI=0.0187874;REFB=-0.00809285;REVB=-0.00412572;RO=35;SAF=3;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424879;STB=0.759963;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0146661;OID=.;OPOS=76140186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:37:15:15:0.288462:12:3:19:16:12:3:20:17 chr7 76144455 . A C 323.51 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120356;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.335;QD=53.9189;RBI=0.0148958;REFB=0;REVB=0.00877665;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260393;OID=.;OPOS=76144455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr7 76144483 . A G 47.89 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0608248;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9601;QD=10.0817;RBI=0.0664348;REFB=-0.00288007;REVB=-0.0267194;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350103;STB=0.734638;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0118028;OID=.;OPOS=76144483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:18:19:11:12:7:7:0.368421:2:5:4:7:2:5:4:8 chr7 76144560 . T C 158.67 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7092;QD=45.3343;RBI=0.0574323;REFB=0;REVB=0.0175513;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757415;OID=.;OPOS=76144560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:11:2:0:0:11:3:0:0 chr7 76239503 . G GC 61.66 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00772771;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.0165;QD=9.13537;RBI=0.0645409;REFB=0.0440068;REVB=0.0640766;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206119;STB=0.601059;STBP=0.358;TYPE=ins;VARB=-0.0538743;OID=.;OPOS=76239504;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:11:28:12:27:15:5:7:9:6:61:15:5:6:10:5 chr7 76240785 . CA C 212.03 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0232952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3743;QD=13.9035;RBI=0.0330087;REFB=-0.0383496;REVB=-0.0233861;RO=33;SAF=17;SAR=8;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152177;STB=0.51585;STBP=0.845;TYPE=del;VARB=0.0571673;OID=.;OPOS=76240786;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42623:25:61:26:61:35:17:9:22:13:99:33:17:8:22:11 chr7 76240888 . A G 236.34 PASS AF=0.371795;AO=28;DP=76;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0470602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.247;QD=12.12;RBI=0.0481508;REFB=-0.012868;REVB=0.0101904;RO=48;SAF=23;SAR=5;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306735;STB=0.643787;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0388326;OID=.;OPOS=76240888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:48:49:28:29:0.371795:5:23:29:19:6:23:30:19 chr7 76241068 . C T 563.71 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0257332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9776;QD=21.0731;RBI=0.0282019;REFB=0.00346151;REVB=-0.0115391;RO=50;SAF=28;SAR=29;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00954812;STB=0.505247;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.00325136;OID=.;OPOS=76241068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:50:57:57:0.53271:29:28:24:26:29:28:24:26 chr7 76871113 . A G 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0380445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.178;QD=18.6414;RBI=0.0381764;REFB=-0.000469308;REVB=-0.00317085;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297034;STB=0.666536;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00133851;OID=.;OPOS=76871113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:9:16:8:18:9:16:8:18 chr7 76885769 . A G 117.72 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0958347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0489;QD=12.3919;RBI=0.0966817;REFB=-0.0124365;REVB=0.0127694;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00734615;STB=0.516506;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.027577;OID=.;OPOS=76885769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:24:14:14:0.368421:9:5:8:14:9:5:8:16 chr7 77035392 . T C 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.191;QD=58.578;RBI=0.0617488;REFB=0;REVB=0.0153821;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268297;OID=.;OPOS=77035392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr7 77053084 . T C 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0507824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5749;QD=22.5806;RBI=0.0756807;REFB=-0.0234738;REVB=0.0561135;RO=7;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162618;STB=0.592433;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0286636;OID=.;OPOS=77053084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:4:8:3:4:4:8:3:4 chr7 77247821 . G A 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0379898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2066;QD=20.9022;RBI=0.0472021;REFB=-0.012223;REVB=-0.0280145;RO=28;SAF=16;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017059;STB=0.509447;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00828686;OID=.;OPOS=77247821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:17:16:13:15:17:16:13:15 chr7 77539673 . C T 237.55 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00268077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4393;QD=13.771;RBI=0.0283173;REFB=-0.00599465;REVB=-0.0281901;RO=41;SAF=8;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202872;STB=0.616351;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00802368;OID=.;OPOS=77539673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:20:8:19:22:20:8:19:22 chr7 77552127 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.187;QD=63.5829;RBI=0.0263099;REFB=0;REVB=0.0253936;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20124e-05;OID=.;OPOS=77552127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:27:20:0:0 chr7 77649235 . G A 331.85 PASS AF=0.589286;AO=32;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0157613;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.648;QD=23.7037;RBI=0.018638;REFB=-0.00470096;REVB=0.00994771;RO=23;SAF=9;SAR=23;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134032;STB=0.577897;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00303381;OID=.;OPOS=77649235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:32:33:0.589286:23:9:10:13:24:9:10:13 chr7 77756580 . T C,G 1038.8 PASS AF=0.945946,0.0405405;AO=66,4;DP=72;FAO=70,3;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=31,0;FSAR=39,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100186,0.00616328;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.86,60.3454;QD=56.1515;RBI=0.0226934,0.0191303;REFB=0.00348573,-0.152224;REVB=0.0203622,-0.0181103;RO=1;SAF=27,1;SAR=39,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0119621,0.119989;STB=0.506327,0.5;STBP=0.54,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000966186,0.211361;OID=.,.;OPOS=77756580,77756580;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:72:74:1:1:66,4:70,3:0.945946,0.0405405:39,3:27,1:0:1:39,3:31,0:0:1 chr7 77756724 . C T 1210.15 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322684;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.561;QD=61.2734;RBI=0.0331273;REFB=0;REVB=0.00749453;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56148e-05;OID=.;OPOS=77756724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr7 78119109 . C T 248.96 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00696468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3971;QD=11.8551;RBI=0.0158485;REFB=-0.0163031;REVB=-0.0142361;RO=49;SAF=8;SAR=22;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19842;STB=0.640113;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0192612;OID=.;OPOS=78119109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:54:30:30:0.357143:22:8:21:28:22:8:25:29 chr7 80088041 . G A 419.64 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00231009;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.186;QD=19.9828;RBI=0.0143761;REFB=-0.022526;REVB=-0.0141893;RO=42;SAF=25;SAR=17;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221409;STB=0.512289;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0227693;OID=.;OPOS=80088041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:42:42:42:42:0.5:17:25:24:18:17:25:24:18 chr7 80374342 . A G 2090.53 PASS AF=0.985401;AO=134;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0221895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6448;QD=61.0372;RBI=0.0256856;REFB=-0.066147;REVB=0.0129374;RO=1;SAF=63;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748544;STB=0.507811;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00243758;OID=.;OPOS=80374342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:137:1:2:134:135:0.985401:71:63:1:0:72:63:2:0 chr7 80374438 . T C,G 1945.22 PASS AF=0.960938,0.0390625;AO=119,8;DP=127;FAO=123,5;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=47,3;FSAR=76,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212818,-0.0178978;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.299,54.4394;QD=60.7881;RBI=0.0217049,0.0515951;REFB=0,0;REVB=0.0042646,-0.0483913;RO=0;SAF=46,4;SAR=73,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00190473,0.0376999;OID=.,.;OPOS=80374438,80374438;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:127:128:0:0:119,8:123,5:0.960938,0.0390625:73,4:46,4:0:0:76,2:47,3:0:0 chr7 80378319 . G C 1704.24 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105572;FXX=0.0260847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.973;QD=60.8655;RBI=0.0127923;REFB=0;REVB=0.0072243;RO=0;SAF=57;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2816e-05;OID=.;OPOS=80378319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:112:0:0:112:112:1:55:57:0:0:55:57:0:0 chr7 80387766 . C T 603.56 PASS AF=0.567308;AO=59;DP=104;FAO=59;FDP=104;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00705703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3396;QD=23.2136;RBI=0.0444452;REFB=0.0256536;REVB=-0.0438814;RO=45;SAF=35;SAR=24;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118901;STB=0.565052;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0203814;OID=.;OPOS=80387766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:45:45:59:59:0.567308:24:35:20:25:24:35:20:25 chr7 80427495 . C A 780.41 PASS AF=0.466292;AO=80;DP=174;FAO=83;FDP=178;FR=.;FRO=95;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=0.00488622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.579;QD=17.5373;RBI=0.0072653;REFB=-0.0159563;REVB=-0.00537675;RO=93;SAF=29;SAR=51;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101353;STB=0.564175;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0144706;OID=.;OPOS=80427495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:178:93:95:80:83:0.466292:51:29:43:50:54:29:44:51 chr7 80427530 . C T 734.66 PASS AF=0.5;AO=39;DP=141;FAO=70;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.0289907;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.765;QD=20.9903;RBI=0.0292327;REFB=-0.0405664;REVB=0.00375403;RO=41;SAF=34;SAR=5;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388208;STB=0.564558;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0174158;OID=.;OPOS=80427530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:41:70:39:70:0.5:5:34:24:17:36:34:25:45 chr7 80805263 . C T 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0113219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.125;QD=18.4388;RBI=0.0114347;REFB=-0.0176909;REVB=0.0016019;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319937;STB=0.517867;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0165233;OID=.;OPOS=80805263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:17:12:11:18:17:12:11:18 chr7 80962963 . A T 3058.13 PASS AF=0.984772;AO=194;DP=200;FAO=194;FDP=197;FR=.;FRO=3;FSAF=92;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00744281;FXX=0.0149993;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.043;QD=62.094;RBI=0.00915607;REFB=-0.0563235;REVB=0.00533274;RO=1;SAF=92;SAR=102;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464624;STB=0.502152;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=7.29373e-05;OID=.;OPOS=80962963;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:200:197:1:3:194:194:0.984772:102:92:0:1:102:92:1:2 chr7 82435033 . C T 284.13 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.012561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.357;QD=15.1538;RBI=0.0143306;REFB=-0.0127911;REVB=0.00689847;RO=43;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361823;STB=0.52044;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0178721;OID=.;OPOS=82435033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:19:13:16:27:19:13:16:27 chr7 82453708 . A C 762.42 PASS AF=0.591667;AO=70;DP=120;FAO=71;FDP=120;FR=.;FRO=49;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0230334;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.159;QD=25.4141;RBI=0.0247712;REFB=-0.0172416;REVB=0.00911454;RO=49;SAF=35;SAR=35;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540363;STB=0.532011;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0148403;OID=.;OPOS=82453708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:49:49:70:71:0.591667:35:35:21:28:35:36:21:28 chr7 82455895 . A G 397.71 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00226056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.804;QD=20.9321;RBI=0.00228757;REFB=0.00551969;REVB=0.000350529;RO=35;SAF=19;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151295;STB=0.526303;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00524023;OID=.;OPOS=82455895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:35:36:40:40:0.526316:21:19:16:19:20:20:16:20 chr7 82544987 . A G 317.77 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00782548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.484;QD=18.1581;RBI=0.0133157;REFB=-0.00188135;REVB=-0.0107736;RO=36;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331237;STB=0.518508;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00187709;OID=.;OPOS=82544987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:21:13:15:21:21:13:15:21 chr7 82581488 . T TTCA 594.52 PASS AF=0.911111;AO=37;DP=46;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00597925;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=3;MLLD=293.138;QD=52.846;RBI=0.00601935;REFB=-0.0170503;REVB=0.000693604;RO=5;SAF=22;SAR=15;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443585;STB=0.536065;STBP=0.156;TYPE=ins;VARB=0.0024827;OID=.;OPOS=82581489;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=TTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.911111:37:46:41:45:4:26:15:1:3:19:5:22:15:2:3 chr7 82764425 . C G 740.42 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.612;QD=55.8806;RBI=0.0208582;REFB=0;REVB=0.0143182;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28632e-06;OID=.;OPOS=82764425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:20:30:0:0:23:30:0:0 chr7 82784832 . C G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00151018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9296;QD=11.9195;RBI=0.05374;REFB=-0.0204525;REVB=-0.0537187;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150213;STB=0.509065;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0179259;OID=.;OPOS=82784832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:4:5:4:3:4:5 chr7 83023587 . TACACACACACACACAC TACACACACACACAC,TACACACACACACACAG 778.3 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=50,2;DP=57;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367371,0.0780288;FXX=0.0344768;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=197.329,65.4989;QD=55.5929;RBI=0.103843,0.105449;REFB=0,0;REVB=0.0971276,0.07093;RO=0;SAF=22,2;SAR=28,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.15703e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00325048,-0.0201003;OID=.,.;OPOS=83023588,83023603;OREF=AC,C;OALT=-,G;OMAPALT=TACACACACACACAC,TACACACACACACACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.964286,0.0357143:50,2:57:54,2:56:0:23,2:31,0:0:0:7:0:22,2:28,0:0:0 chr7 83029438 . C T 579.18 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0187486;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.271;QD=24.6458;RBI=0.056223;REFB=-0.0343534;REVB=-0.0530048;RO=41;SAF=24;SAR=29;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505647;STB=0.527677;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0323152;OID=.;OPOS=83029438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:41:41:53:53:0.56383:29:24:16:25:29:24:16:25 chr7 83034754 . T A 1693.43 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0052147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.107;QD=59.9443;RBI=0.006427;REFB=0;REVB=0.00375676;RO=0;SAF=41;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114208;OID=.;OPOS=83034754;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:113:0:0:109:113:1:68:41:0:0:71:42:0:0 chr7 83037751 . C A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9054;QD=62.6708;RBI=0.066202;REFB=0;REVB=0.0628708;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384723;OID=.;OPOS=83037751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr7 83587885 . G A 229.39 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0163894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.517;QD=9.97329;RBI=0.0629357;REFB=-0.0181418;REVB=-0.0607642;RO=53;SAF=14;SAR=15;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012386;STB=0.506372;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0330482;OID=.;OPOS=83587885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:92:53:63:29:29:0.315217:15:14:25:28:15:14:31:32 chr7 83587915 . C T 382.5 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.000878642;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.408;QD=15.1484;RBI=0.0125083;REFB=-0.0101748;REVB=-0.0124774;RO=58;SAF=21;SAR=22;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00573161;STB=0.503224;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.012017;OID=.;OPOS=83587915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:58:58:43:43:0.425743:22:21:28:30:22:21:28:30 chr7 83590226 . G A 216.25 PASS AF=0.5;AO=19;DP=40;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.110301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.0011;QD=19.6595;RBI=0.114625;REFB=-0.0215831;REVB=0.0311871;RO=21;SAF=14;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416498;STB=0.677263;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0197336;OID=.;OPOS=83590226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:44:21:22:19:22:0.5:5:14:6:15:8:14:6:16 chr7 83590387 . TTCTC T,TTATT 190.48 PASS AF=0.375,0;AO=22,3;DP=67;FAO=24,0;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=7,0;FSAR=17,0;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0229547,-0.000197295;FXX=0.0588149;HRUN=3,1;LEN=4,3;MLLD=223.534,122.631;QD=11.9047;RBI=0.0236162,0.0293355;REFB=0.00632045,-0.00750325;REVB=-0.00555024,-0.0293348;RO=37;SAF=7,1;SAR=15,2;SRF=17;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.163307,-0.127675;STB=0.608787,0.5;STBP=0.228,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00929886,0;OID=.,.;OPOS=83590388,83590389;OREF=TCTC,CTC;OALT=-,ATT;OMAPALT=T,TTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375,0:22,3:67:24,0:64:40:7,0:17,0:18:22:99:37:7,1:15,2:17:20 chr7 83590852 . T C 589.2 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3259;QD=57.4826;RBI=0.0243525;REFB=-0.0274088;REVB=0.0193546;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240334;STB=0.512189;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0038696;OID=.;OPOS=83590852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:39:40:0.97561:19:20:0:1:20:20:0:1 chr7 83606518 . G A 1058.67 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.193;QD=59.6434;RBI=0.0338105;REFB=0;REVB=0.0105291;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70398e-05;OID=.;OPOS=83606518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:43:26:0:0:43:28:0:0 chr7 86468516 . C T 391.33 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.00594255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.983;QD=22.0465;RBI=0.0298122;REFB=-0.0166986;REVB=-0.0292139;RO=32;SAF=18;SAR=21;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23137;STB=0.626607;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0146161;OID=.;OPOS=86468516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:21:18:6:26:21:18:6:26 chr7 86817543 . G A 356.53 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0042195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.736;QD=19.2721;RBI=0.0280478;REFB=-0.022907;REVB=-0.0277286;RO=37;SAF=21;SAR=16;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168966;STB=0.593858;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0199597;OID=.;OPOS=86817543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:16:21:14:23:16:21:14:23 chr7 87079406 . T A 430.21 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.000456965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.263;QD=22.6427;RBI=0.00210846;REFB=-0.0268145;REVB=0.00205835;RO=34;SAF=22;SAR=20;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00456233;STB=0.502511;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0194184;OID=.;OPOS=87079406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:20:22:18:16:20:22:18:16 chr7 87092185 . G A 719.94 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2628;QD=56.466;RBI=0.065281;REFB=0;REVB=-0.0281747;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153427;OID=.;OPOS=87092185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:30:21:0:0 chr7 87138645 . A G 1358.22 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00195265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9995;QD=62.447;RBI=0.0231907;REFB=0;REVB=-0.0231083;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156776;OID=.;OPOS=87138645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr7 87160618 . A T 1002.37 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.355;QD=58.9627;RBI=0.0425591;REFB=0;REVB=-0.0368509;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70293e-05;OID=.;OPOS=87160618;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:32:34:0:0:34:34:0:0 chr7 87179601 . A G 1011.4 PASS AF=1;AO=61;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.111;QD=59.4941;RBI=0.0323955;REFB=0;REVB=0.0215646;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190696;OID=.;OPOS=87179601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:61:68:1:40:21:0:0:40:28:0:0 chr7 87229501 . T C 831.14 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5293;QD=57.3199;RBI=0.0295219;REFB=0;REVB=-0.0205768;RO=0;SAF=11;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00046226;OID=.;OPOS=87229501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:47:11:0:0:47:11:0:0 chr7 87525776 . TA T,TG 669.27 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=11,29;DP=47;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00506043,0.0101184;FXX=0.0434688;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=231.559,81.2915;QD=60.8431;RBI=0.0050951,0.0112526;REFB=0,0;REVB=-0.00059336,0.00492346;RO=3;SAF=6,14;SAR=5,15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0808542,0.0260706;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.129241,0.000391986;OID=.,.;OPOS=87525777,87525777;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0227273,0.977273:11,29:47:1,43:44:0:0,22:1,21:0:0:4:3:6,14:5,15:1:2 chr7 87525778 . T G 78.54 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00452889;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=134.052;QD=6.28346;RBI=0.0197234;REFB=0.0055671;REVB=0.0191964;RO=37;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715403;STB=0.545372;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00459944;OID=.;OPOS=87525778;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:37:39:11:11:0.22:5:6:18:19:5:6:19:20 chr7 87537177 . A G,T 789.83 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=53,2;DP=55;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1;FSAR=33,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383186,-0.0376746;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=177.99,122.189;QD=56.4164;RBI=0.0384265,0.0378509;REFB=0,0;REVB=0.00287857,-0.0036487;RO=0;SAF=21,1;SAR=32,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.81969e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000708402,0.024952;OID=.,.;OPOS=87537177,87537177;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:55:56:0:0:53,2:54,2:0.964286,0.0357143:32,1:21,1:0:0:33,1:21,1:0:0 chr7 87846511 . T C 82.27 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.05825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.411;QD=8.89436;RBI=0.060915;REFB=0.0117586;REVB=-0.0178207;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324404;STB=0.696344;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0290331;OID=.;OPOS=87846511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:7:4:17:9:7:4:17:9 chr7 87910278 . CAAAGA CAAGA,CAAGAG 481.72 PASS AF=0.789474,0.157895;AO=11,6;DP=57;FAO=45,9;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=14,9;FSAR=31,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0272754,-0.00125719;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,3;MLLD=13.325,177.782;QD=33.8047;RBI=0.912878,0.0704365;REFB=-0.0801714,-0.0252161;REVB=0.91247,0.0704252;RO=35;SAF=11,6;SAR=0,0;SRF=4;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.853894,0.822465;STB=0.548365,0.5;STBP=0.031,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0532227,0.0930413;OID=.,.;OPOS=87910279,87910281;OREF=A,AGA;OALT=-,GAG;OMAPALT=CAAGA,CAAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.789474,0.157895:11,6:57:45,9:57:3:14,9:31,0:3:0:53:35:11,6:0,0:4:31 chr7 87913361 . C T 769.23 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1934;QD=56.9801;RBI=0.049645;REFB=0;REVB=-0.017911;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324451;OID=.;OPOS=87913361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:27:27:0:0 chr7 88424115 . C G 373.1 PASS AF=0.417476;AO=42;DP=102;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0243334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9188;QD=14.4892;RBI=0.0684123;REFB=-0.0169292;REVB=-0.0639385;RO=59;SAF=21;SAR=21;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00877263;STB=0.502936;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0261388;OID=.;OPOS=88424115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:59:60:42:43:0.417476:21:21:30:29:21:22:31:29 chr7 88424291 . C T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0101973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.434;QD=19.9762;RBI=0.0111206;REFB=-0.00231954;REVB=0.00443647;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253371;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182906;OID=.;OPOS=88424291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:9:11:11:8:9:11:11:9 chr7 88956699 . A G 1236.92 PASS AF=0.488;AO=121;DP=250;FAO=122;FDP=250;FR=.;FRO=128;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=63;FSRR=65;FWDB=0.0031398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.302;QD=19.7907;RBI=0.0319362;REFB=-0.0168331;REVB=0.0317815;RO=128;SAF=59;SAR=62;SRF=63;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00428543;STB=0.504396;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.018515;OID=.;OPOS=88956699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:128:128:121:122:0.488:62:59:63:65:63:59:63:65 chr7 88963039 . G A 75.61 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.136258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9486;QD=11.6316;RBI=0.136536;REFB=-0.0056918;REVB=0.00871012;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289664;STB=0.671317;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00367346;OID=.;OPOS=88963039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:11:5:6:4:11:5 chr7 88964000 . C T 483.08 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00693086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.529;QD=58.5549;RBI=0.00775472;REFB=0;REVB=-0.00347834;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2399e-06;OID=.;OPOS=88964000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr7 88964196 . T A 1069.81 PASS AF=0.949367;AO=73;DP=79;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00447842;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.448;QD=54.1677;RBI=0.022675;REFB=-0.0694819;REVB=0.0222284;RO=5;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542685;STB=0.522216;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000344268;OID=.;OPOS=88964196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:79:79:5:4:73:75:0.949367:41:32:0:5:43:32:0:4 chr7 88964226 . CC AG 329.5 PASS AF=0.455696;AO=34;DP=80;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00786472;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=2;MLLD=168.55;QD=16.6836;RBI=0.0101823;REFB=-0.0178552;REVB=-0.00646727;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314563;STB=0.527206;STBP=0.674;TYPE=mnp;VARB=0.0264487;OID=.;OPOS=88964226;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:42:43:34:36:0.455696:20:14:16:26:20:16:17:26 chr7 88965141 . A G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0125114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.369;QD=21.1726;RBI=0.0151851;REFB=-0.0086299;REVB=0.00860522;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677961;STB=0.538399;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00637643;OID=.;OPOS=88965141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:4:8:6:2:4:8:6:2 chr7 88965609 . A G 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0641013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3778;QD=13.9581;RBI=0.137457;REFB=0.000919965;REVB=0.121595;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125462;STB=0.574264;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0146181;OID=.;OPOS=88965609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:2:5:4:3:2:5 chr7 89797144 . G T 1377.46 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.258;QD=62.6117;RBI=0.0353146;REFB=0;REVB=0.030577;RO=0;SAF=75;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16703e-05;OID=.;OPOS=89797144;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:13:75:0:0:13:75:0:0 chr7 89856608 . C T 764.74 PASS AF=0.506849;AO=74;DP=146;FAO=74;FDP=146;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.0319442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.677;QD=20.9517;RBI=0.0375432;REFB=-0.00207109;REVB=-0.0197246;RO=72;SAF=39;SAR=35;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507828;STB=0.527925;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00191587;OID=.;OPOS=89856608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:72:72:74:74:0.506849:35:39:42:30:35:39:42:30 chr7 89861890 . G T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.5055;QD=55.0982;RBI=0.0355417;REFB=0;REVB=-0.0297698;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249228;OID=.;OPOS=89861890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr7 89866845 . G T 304.42 PASS AF=0.33913;AO=39;DP=115;FAO=39;FDP=115;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=-0.0172533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.151;QD=10.5884;RBI=0.0209895;REFB=-0.0254891;REVB=-0.0119535;RO=76;SAF=24;SAR=15;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00367468;STB=0.502121;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0458483;OID=.;OPOS=89866845;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:76:76:39:39:0.33913:15:24:47:29:15:24:47:29 chr7 89881239 . G C 670.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00138984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.554;QD=62.3447;RBI=0.0203298;REFB=0;REVB=-0.0202822;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35543e-05;OID=.;OPOS=89881239;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr7 89906609 . C T 428.99 PASS AF=0.440367;AO=47;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00640162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.22;QD=15.7427;RBI=0.00641184;REFB=-0.0048432;REVB=0.000361929;RO=58;SAF=18;SAR=29;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11828;STB=0.573003;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00480644;OID=.;OPOS=89906609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:61:47:48:0.440367:29:18:29:29:29:19:32:29 chr7 89912301 . G A 655.21 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00454988;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6177;QD=59.5643;RBI=0.0182878;REFB=-0.131076;REVB=-0.0177127;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321799;OID=.;OPOS=89912301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:45:44:0:0:43:44:1:17:26:0:0:18:26:0:0 chr7 89933362 . G A 248.12 PASS AF=0.344828;AO=29;DP=85;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.05501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.298;QD=11.4078;RBI=0.062996;REFB=-0.0157949;REVB=-0.0306983;RO=55;SAF=17;SAR=12;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469454;STB=0.515141;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0273526;OID=.;OPOS=89933362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:55:57:29:30:0.344828:12:17:30:25:13:17:31:26 chr7 89937168 . G A 202.76 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0534184;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5502;QD=12.1049;RBI=0.0771016;REFB=-0.0146401;REVB=-0.0555979;RO=42;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320684;STB=0.503103;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0208423;OID=.;OPOS=89937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:15:10:18:24:15:10:17:25 chr7 89938588 . C G 938.2 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0431307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.782;QD=56.8605;RBI=0.0558138;REFB=-0.0243602;REVB=0.0354249;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00132139;OID=.;OPOS=89938588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:0:1:65:65:0.984848:37:28:0:0:38:27:1:0 chr7 89939427 . T C 471.15 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0244107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.657;QD=15.9713;RBI=0.0244431;REFB=-0.00627257;REVB=-0.00125783;RO=65;SAF=25;SAR=27;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382909;STB=0.506203;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00903776;OID=.;OPOS=89939427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:65:66:52:52:0.440678:27:25:31:34:27:25:31:35 chr7 89982132 . T C 141.5 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.00472687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.678;QD=15.297;RBI=0.0180459;REFB=-0.0020198;REVB=-0.0174158;RO=20;SAF=12;SAR=4;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671832;STB=0.547114;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00426946;OID=.;OPOS=89982132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:4:12:16:4:4:12:17:4 chr7 89983808 . T G 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00379879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.643;QD=18.7119;RBI=0.00533261;REFB=-0.0158863;REVB=0.00374245;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119896;STB=0.567828;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0193778;OID=.;OPOS=89983808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:10:8:6:13:10:8:6:13 chr7 90014408 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0193402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6245;QD=19.0175;RBI=0.0204091;REFB=-0.0130032;REVB=0.00651815;RO=14;SAF=2;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298867;STB=0.6738;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00835451;OID=.;OPOS=90014408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:13:2:5:9:13:2:5:9 chr7 90043304 . C T 263.97 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0151031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.984;QD=14.8718;RBI=0.0188899;REFB=-0.00763252;REVB=-0.0113457;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119661;STB=0.573286;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0156528;OID=.;OPOS=90043304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:41:30:30:0.422535:16:14:14:26:16:14:14:27 chr7 90043314 . C T 1018.52 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.047;QD=58.2013;RBI=0.0198291;REFB=0;REVB=-0.00348917;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229575;OID=.;OPOS=90043314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:70:0:0:68:70:1:44:24:0:0:44:26:0:0 chr7 90044945 . G A 532.91 PASS AF=0.456;AO=57;DP=124;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0624956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5212;QD=17.0529;RBI=0.0625647;REFB=-0.00799204;REVB=-0.00294083;RO=67;SAF=34;SAR=23;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879869;STB=0.545386;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0164283;OID=.;OPOS=90044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:67:68:57:57:0.456:23:34:34:33:23:34:35:33 chr7 90236415 . A G 619.89 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162085;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.653;QD=59.0373;RBI=0.0273858;REFB=-0.0683605;REVB=0.022074;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191513;STB=0.510199;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000961829;OID=.;OPOS=90236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:24:17:0:1:24:17:0:1 chr7 90837216 . G A 342.55 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0036438;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.706;QD=15.5703;RBI=0.00677745;REFB=-0.0108984;REVB=-0.00571459;RO=51;SAF=22;SAR=15;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206131;STB=0.616259;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0201538;OID=.;OPOS=90837216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:51:51:37:37:0.420455:15:22:20:31:15:22:20:31 chr7 90838866 . G A 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0535268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.348;QD=22.5343;RBI=0.0540765;REFB=-0.0139439;REVB=0.00769136;RO=15;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717531;STB=0.540151;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.014307;OID=.;OPOS=90838866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:11:8:5:10:11:8:5:10 chr7 90838869 . G C 494.02 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9397;QD=58.1199;RBI=0.0281917;REFB=0;REVB=-0.00105112;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353786;OID=.;OPOS=90838869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:19:13:0:0:21:13:0:0 chr7 90896831 . T C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.018455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.007;QD=9.91645;RBI=0.0273435;REFB=-0.00231312;REVB=-0.0201762;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241665;STB=0.649122;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00196632;OID=.;OPOS=90896831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:7:2:7:10:7:2:7:10 chr7 90897731 . A C 196.75 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0140631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.222;QD=18.3018;RBI=0.0156525;REFB=-0.000863949;REVB=0.00687228;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182027;STB=0.603952;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000953282;OID=.;OPOS=90897731;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:14:6:11:12:14:6:11:12 chr7 91503228 . C T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.172;QD=46.846;RBI=0.0454096;REFB=0;REVB=-0.0088655;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279281;OID=.;OPOS=91503228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr7 91632306 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.892;QD=61.3363;RBI=0.0415389;REFB=0;REVB=0.0232602;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219189;OID=.;OPOS=91632306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr7 91641854 . T C 391.58 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0596452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.799;QD=22.0609;RBI=0.0617776;REFB=-0.0108916;REVB=0.016091;RO=32;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125254;STB=0.569106;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00855806;OID=.;OPOS=91641854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:23:16:18:14:23:16:18:14 chr7 91714911 . C T 1491.86 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010571;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.6;QD=58.5041;RBI=0.0258237;REFB=0.0464144;REVB=-0.023561;RO=1;SAF=67;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702913;STB=0.503703;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=2.00238e-05;OID=.;OPOS=91714911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:104:102:1:1:101:101:0.990196:34:67:1:0:34:67:1:0 chr7 91774220 . C T 310.64 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0101667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7453;QD=16.3496;RBI=0.0489615;REFB=0.00692086;REVB=-0.0478943;RO=42;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00551917;STB=0.503104;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0109807;OID=.;OPOS=91774220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:16:18:22:20:16:18:22:20 chr7 92028039 . C A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.536;QD=37.4855;RBI=0.00088472;REFB=0;REVB=0.00088472;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40481e-05;OID=.;OPOS=92028039;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr7 92029302 . G A 1171.36 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9366;QD=60.8498;RBI=0.0328782;REFB=0;REVB=-0.0323449;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171183;OID=.;OPOS=92029302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:42:34:0:0:43:34:0:0 chr7 92098776 . C T 167.31 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00923049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.12;QD=11.7412;RBI=0.0281063;REFB=0.000120708;REVB=-0.0265474;RO=36;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190576;STB=0.610632;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.000582927;OID=.;OPOS=92098776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:8:13:16:20:8:13:16:20 chr7 92131289 . G T 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.996;QD=62.0194;RBI=0.0410812;REFB=0;REVB=-0.00516209;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.47509e-05;OID=.;OPOS=92131289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr7 92164318 . C T 389.55 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0427418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8384;QD=13.205;RBI=0.107509;REFB=-0.0246723;REVB=-0.0986471;RO=71;SAF=18;SAR=28;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184583;STB=0.600548;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0387917;OID=.;OPOS=92164318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:71:72:46:46:0.389831:28:18:40:31:28:18:40:32 chr7 92241633 . G C 74.66 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0300834;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.973;QD=9.63293;RBI=0.0310057;REFB=-0.00896431;REVB=-0.00750585;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240053;STB=0.645287;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0220863;OID=.;OPOS=92241633;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:31:21:21:10:10:0.322581:4:6:8:13:4:6:8:13 chr7 92600509 . T C 613.75 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.489;QD=61.3747;RBI=0.0174178;REFB=0;REVB=0.00988273;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40959e-05;OID=.;OPOS=92600509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:26:13:0:0:27:13:0:0 chr7 92731586 . A G 136.44 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0200151;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9267;QD=15.5927;RBI=0.0541664;REFB=-0.0184432;REVB=0.0503329;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165407;STB=0.509566;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0304761;OID=.;OPOS=92731586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:9:11:8:7:9:11 chr7 92764419 . A G 320.19 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00818627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.483;QD=13.625;RBI=0.0119488;REFB=-0.0134133;REVB=-0.0087039;RO=58;SAF=16;SAR=20;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788866;STB=0.544999;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0220609;OID=.;OPOS=92764419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:20:16:30:28:20:16:30:28 chr7 92764982 . C T 401.79 PASS AF=0.518519;AO=35;DP=76;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00375033;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.106;QD=19.8417;RBI=0.00937977;REFB=-0.0257942;REVB=0.00859739;RO=38;SAF=24;SAR=11;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836534;STB=0.527259;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0258242;OID=.;OPOS=92764982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:81:38:39:35:42:0.518519:11:24:23:15:13:29:25:14 chr7 92875431 . A G 273.66 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00274655;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.571;QD=30.4067;RBI=0.00744859;REFB=-0.0183053;REVB=0.00692373;RO=12;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114893;OID=.;OPOS=92875431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:37:36:12:12:24:24:0.666667:12:12:6:6:12:12:6:6 chr7 92970847 . C T 454.36 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0207006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.391;QD=17.4752;RBI=0.020929;REFB=-0.00291423;REVB=-0.00308315;RO=55;SAF=22;SAR=27;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473248;STB=0.526305;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00376442;OID=.;OPOS=92970847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:49:49:0.471154:27:22:22:33:27:22:22:33 chr7 93054827 . C CTCTT,T 699.24 PASS AF=0.887097,0;AO=46,4;DP=65;FAO=55,0;FDP=62;FR=.;FRO=7;FSAF=40,0;FSAR=15,0;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0174204,0.00756156;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=182.593,156.697;QD=45.1125;RBI=0.0418032,0.0272062;REFB=0.0281222,-0.00373433;REVB=-0.0380004,-0.0261343;RO=8;SAF=37,4;SAR=9,0;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0747669,0.67854;STB=0.521731,0.5;STBP=0.414,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00201986,0;OID=.,.;OPOS=93054828,93054827;OREF=-,C;OALT=TCTT,T;OMAPALT=CTCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:65:62:8:7:46,4:55,0:0.887097,0:9,0:37,4:5:3:15,0:40,0:4:3 chr7 93055650 . G A 1008.37 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8024;QD=59.3161;RBI=0.0139909;REFB=0;REVB=-0.0101637;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45533e-06;OID=.;OPOS=93055650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr7 93055753 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.116;QD=62.022;RBI=0.0223596;REFB=0;REVB=0.0161631;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104827;OID=.;OPOS=93055753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr7 93116298 . GA G,GG,GT 371.34 PASS AF=0.037037,0.888889,0.0740741;AO=6,20,2;DP=28;FAO=1,24,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15,1;FSAR=0,9,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121694,0.118799,0.118864;FXX=0.0357015;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=97.258,113.822,85.7984;QD=55.0125;RBI=0.121694,0.118803,0.118867;REFB=0,0,0;REVB=-0.000258795,0.000961719,0.00081967;RO=0;SAF=4,12,1;SAR=2,8,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00612698,0.00191678,-0.0158477;OID=.,.,.;OPOS=93116299,93116299,93116299;OREF=A,A,A;OALT=-,G,T;OMAPALT=G,GG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.037037,0.888889,0.0740741:6,20,2:28:1,24,2:27:0:1,15,1:0,9,1:0:0:9:0:4,12,1:2,8,1:0:0 chr7 93515993 . T G 331.1 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=31;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00114997;FXX=0.0322477;HRUN=6;LEN=1;MLLD=124.836;QD=44.147;RBI=0.00665689;REFB=-0.0117071;REVB=-0.00655681;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403563;STB=0.510463;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00218702;OID=.;OPOS=93515993;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:31:30:1:4:26:26:0.866667:15:11:1:0:15:11:2:2 chr7 93623458 . A G 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00481172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.628;QD=15.9138;RBI=0.0189311;REFB=-0.0110405;REVB=0.0183094;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194566;STB=0.510971;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0144879;OID=.;OPOS=93623458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:16:14:18:19:16:14:18:19 chr7 94038934 . C T 2494.49 PASS AF=1;AO=161;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2444;QD=61.2145;RBI=0.0322418;REFB=0;REVB=0.00153968;RO=0;SAF=89;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346913;OID=.;OPOS=94038934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:161:163:1:72:89:0:0:72:91:0:0 chr7 94039032 . C T 1969.58 PASS AF=0.992366;AO=126;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181626;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.049;QD=60.14;RBI=0.0191479;REFB=0.0701302;REVB=0.00606345;RO=3;SAF=60;SAR=66;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231619;STB=0.503875;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-4.08231e-05;OID=.;OPOS=94039032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:131:131:3:1:126:130:0.992366:66:60:3:0:66:64:1:0 chr7 94043239 . C G 1166.61 PASS AF=0.9875;AO=77;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022207;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=305.723;QD=58.3306;RBI=0.0241926;REFB=-0.0367719;REVB=0.00959853;RO=2;SAF=36;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255651;STB=0.506492;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=3.95094e-05;OID=.;OPOS=94043239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:2:1:77:79:0.9875:41:36:2:0:41:38:1:0 chr7 94059899 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349553;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=320.391;QD=56.1916;RBI=0.0118632;REFB=0;REVB=0.0113365;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71149e-05;OID=.;OPOS=94059899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr7 94174854 . T C 2253.99 PASS AF=0.986395;AO=144;DP=147;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0242623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6233;QD=61.333;RBI=0.063205;REFB=-0.175982;REVB=0.0583628;RO=3;SAF=82;SAR=62;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224499;STB=0.507811;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00127241;OID=.;OPOS=94174854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:147:147:3:2:144:145:0.986395:62:82:0:3:63:82:0:2 chr7 94186068 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.737;QD=61.3364;RBI=0.0251847;REFB=0;REVB=0.0141436;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91323e-05;OID=.;OPOS=94186068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr7 94294982 . C T 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00374249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.717;QD=43.016;RBI=0.0366299;REFB=0.0034023;REVB=0.0364382;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52378;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000466343;OID=.;OPOS=94294982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:6:10:0:0:6:10:1:0 chr7 94898811 . G A 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.86944e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.96;QD=58.5855;RBI=0.000821222;REFB=0;REVB=-0.00082031;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62446e-06;OID=.;OPOS=94898811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr7 94903420 . G A 278.97 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.00273364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.556;QD=27.2167;RBI=0.00426853;REFB=-0.00906147;REVB=0.00327834;RO=16;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192331;STB=0.605305;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00532791;OID=.;OPOS=94903420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:9:16:14:2:9:16:14:2 chr7 94924538 . G T 337.91 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00535715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.823;QD=17.5537;RBI=0.00665099;REFB=-0.0034845;REVB=-0.00394166;RO=41;SAF=20;SAR=16;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13354;STB=0.574671;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00437605;OID=.;OPOS=94924538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:16:20:17:24:16:20:17:24 chr7 94937446 . T C 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0317687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.064;QD=15.4181;RBI=0.0319576;REFB=-0.00107665;REVB=0.00346917;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169154;STB=0.517229;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00129788;OID=.;OPOS=94937446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:14:15:18:18:14:15:18:19 chr7 95001555 . C T 1494.66 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462452;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.357;QD=63.6026;RBI=0.0495207;REFB=0;REVB=0.0177111;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215314;OID=.;OPOS=95001555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:94:94:1:39:55:0:0:39:55:0:0 chr7 95024046 . A G 962.73 PASS AF=0.909091;AO=69;DP=78;FAO=70;FDP=77;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0495868;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.311;QD=50.0119;RBI=0.0507018;REFB=-0.0982515;REVB=-0.0105746;RO=6;SAF=35;SAR=34;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513316;STB=0.520766;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00224608;OID=.;OPOS=95024046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:78:77:6:7:69:70:0.909091:34:35:1:5:34:36:2:5 chr7 95025600 . G A 694.23 PASS AF=0.468354;AO=74;DP=158;FAO=74;FDP=158;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=60;FSRF=31;FSRR=53;FWDB=0.0150558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.517;QD=17.5756;RBI=0.0305517;REFB=0.0122511;REVB=0.0265844;RO=84;SAF=14;SAR=60;SRF=31;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233069;STB=0.630507;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0142097;OID=.;OPOS=95025600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:84:84:74:74:0.468354:60:14:31:53:60:14:31:53 chr7 95034252 . G GTTA 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00772888;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=261.052;QD=19.9928;RBI=0.0296953;REFB=-0.0159241;REVB=0.0286719;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304579;STB=0.67194;STBP=0.031;TYPE=ins;VARB=0.016136;OID=.;OPOS=95034253;OREF=-;OALT=TTA;OMAPALT=GTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488889:22:45:22:45:23:7:15:15:8:99:23:7:15:15:8 chr7 95034775 . G C 244.38 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0149219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.97;QD=17.4559;RBI=0.0152169;REFB=-0.0218124;REVB=-0.00298144;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613203;STB=0.534388;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0267759;OID=.;OPOS=95034775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:15:12:11:18:15:12:11:18 chr7 95041016 . G C 202.53 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00744806;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.208;QD=9.87943;RBI=0.00804663;REFB=-0.00163313;REVB=-0.00304545;RO=56;SAF=18;SAR=8;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363343;STB=0.712547;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00424937;OID=.;OPOS=95041016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:56:26:26:0.317073:8:18:21:35:8:18:21:35 chr7 95213059 . G A 760.33 PASS AF=1;AO=31;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944001;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.929;QD=57.3836;RBI=0.0585712;REFB=0;REVB=0.0578055;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193072;OID=.;OPOS=95213059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:31:53:1:9:22:0:0:31:22:0:0 chr7 95213953 . A C 854.1 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00220352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.33;QD=56.0064;RBI=0.0332528;REFB=0.0201203;REVB=0.0331797;RO=1;SAF=37;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125858;STB=0.506664;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-2.20056e-05;OID=.;OPOS=95213953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:23:37:1:0:23:37:1:0 chr7 95216394 . T G 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0716656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1654;QD=61.6807;RBI=0.076713;REFB=0;REVB=0.0273665;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000692175;OID=.;OPOS=95216394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr7 95668664 . C A 347.83 PASS AF=0.413043;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00532247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.601;QD=15.1232;RBI=0.0239523;REFB=-0.00918399;REVB=-0.0233535;RO=54;SAF=19;SAR=18;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528844;STB=0.521728;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0137505;OID=.;OPOS=95668664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:54:54:37:38:0.413043:18:19:25:29:19:19:25:29 chr7 95800820 . T C 186.01 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00100433;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.948;QD=16.9098;RBI=0.00220608;REFB=-0.0011478;REVB=-0.00196421;RO=24;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14358;STB=0.566401;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00116416;OID=.;OPOS=95800820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:25:18:19:0.431818:14:4:8:16:14:5:9:16 chr7 96569597 . A G 190.27 PASS AF=0.542857;AO=17;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0232507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.769;QD=21.7452;RBI=0.0243635;REFB=-0.000420453;REVB=0.00727904;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354143;STB=0.608921;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000515394;OID=.;OPOS=96569597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:16:17:19:0.542857:6:11:14:0:6:13:14:2 chr7 97488569 . A T 1329.51 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.798;QD=61.8379;RBI=0.0461026;REFB=0;REVB=0.0445066;RO=1;SAF=57;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00823966;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242218;OID=.;OPOS=97488569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:1:0:85:86:1:28:57:1:0:28:58:0:0 chr7 97821855 . T C 393.42 PASS AF=0.5;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0361734;FXX=0.0123442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.2054;QD=19.671;RBI=0.0377021;REFB=-0.0156674;REVB=0.0106269;RO=37;SAF=18;SAR=22;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786474;STB=0.537575;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00711038;OID=.;OPOS=97821855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:37:40:40:40:0.5:22:18:20:17:22:18:21:19 chr7 97823125 . G A 245.16 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00231919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.821;QD=15.5657;RBI=0.0131597;REFB=-0.01045;REVB=-0.0129537;RO=35;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126614;STB=0.571379;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0109683;OID=.;OPOS=97823125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:14:14:13:22:14:14:13:22 chr7 97823629 . A G 220.09 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0267885;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.956;QD=13.974;RBI=0.0745753;REFB=-0.0174933;REVB=-0.0695977;RO=38;SAF=17;SAR=9;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342999;STB=0.688774;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0238677;OID=.;OPOS=97823629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:37:26:26:0.412698:9:17:12:26:9:17:12:25 chr7 97847040 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.781;QD=57.1998;RBI=0.115582;REFB=0;REVB=0.0534262;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198147;OID=.;OPOS=97847040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr7 97852399 . G A 3422.47 PASS AF=0.991071;AO=219;DP=227;FAO=222;FDP=224;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0362776;FXX=0.0260858;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.614;QD=61.1155;RBI=0.0495086;REFB=-0.045176;REVB=0.0336902;RO=2;SAF=100;SAR=119;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00793975;STB=0.504166;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000250728;OID=.;OPOS=97852399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:227:224:2:2:219:222:0.991071:119:100:0:2:119:103:0:2 chr7 97873994 . G A 564.09 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00117893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.855;QD=57.8556;RBI=0.0415069;REFB=-0.122128;REVB=0.0414901;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00169722;OID=.;OPOS=97873994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:15:23:0:0:15:23:0:1 chr7 97933601 . C T 706.17 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0899391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.522;QD=54.3207;RBI=0.0913612;REFB=-0.169815;REVB=0.016057;RO=1;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132627;STB=0.50704;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00123575;OID=.;OPOS=97933601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:50:51:0.980769:35:15:0:1:35:16:0:1 chr7 98258748 . A T 370.45 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=66;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0078002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.543;QD=21.1687;RBI=0.0772986;REFB=-0.00202907;REVB=0.076904;RO=29;SAF=19;SAR=17;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161335;STB=0.595698;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00229164;OID=.;OPOS=98258748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:29:30:36:40:0.571429:17:19:21:8:21:19:21:9 chr7 98452857 . A G 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0135373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7171;QD=10.8096;RBI=0.0319348;REFB=-0.0112688;REVB=-0.0289235;RO=35;SAF=8;SAR=11;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287184;STB=0.673299;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0226709;OID=.;OPOS=98452857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:36:19:19:0.345455:11:8:24:11:11:8:25:11 chr7 98452860 . T C 153.92 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.027552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5204;QD=11.6163;RBI=0.0434755;REFB=-0.0283467;REVB=-0.0336303;RO=34;SAF=8;SAR=11;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2752;STB=0.659416;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0316583;OID=.;OPOS=98452860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:11:8:23:11:11:8:23:11 chr7 98460824 . C A 932.24 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0792606;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4804;QD=55.6564;RBI=0.119298;REFB=-0.067958;REVB=0.0891613;RO=2;SAF=31;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295018;STB=0.51562;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0117803;OID=.;OPOS=98460824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:67:2:2:65:65:0.970149:34:31:2:0:34:31:2:0 chr7 98650051 . G C 236.31 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0275651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.179;QD=18.5337;RBI=0.0303228;REFB=0.0114293;REVB=0.0126348;RO=26;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123881;STB=0.569584;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0103885;OID=.;OPOS=98650051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:11:14:11:15:11:14:11:15 chr7 98782750 . C T 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00703446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.79;QD=19.1478;RBI=0.014643;REFB=-0.00721786;REVB=-0.0128427;RO=36;SAF=15;SAR=21;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255318;STB=0.51421;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00794615;OID=.;OPOS=98782750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:21:15:16:20:21:15:16:20 chr7 98790669 . G C 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00994605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.387;QD=13.5055;RBI=0.0380124;REFB=-0.0120719;REVB=-0.0366881;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144712;STB=0.585219;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.019704;OID=.;OPOS=98790669;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:4:8:9:8:4:8:9:8 chr7 98790699 . G A 173.94 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0172586;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1532;QD=18.8041;RBI=0.0254834;REFB=-0.0116844;REVB=0.0187495;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237188;STB=0.540496;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0208322;OID=.;OPOS=98790699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:17:18:0.486486:8:9:10:8:9:9:11:8 chr7 98800834 . A G 195.15 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0324317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2886;QD=14.1928;RBI=0.0683036;REFB=-0.0194861;REVB=0.0601129;RO=32;SAF=8;SAR=15;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280713;STB=0.660239;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0236418;OID=.;OPOS=98800834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:15:8:20:12:15:8:20:12 chr7 98870997 . A G 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00994213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.926;QD=22.8307;RBI=0.0166361;REFB=0.00471671;REVB=-0.0133385;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944299;STB=0.553121;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00206116;OID=.;OPOS=98870997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:6:4:8:7:6:4 chr7 98889954 . T A 251.66 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00872223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.597;QD=20.5434;RBI=0.0121283;REFB=-0.0245247;REVB=0.00842727;RO=25;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167601;STB=0.509426;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0205055;OID=.;OPOS=98889954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:11:13:14:11:11:13:14:11 chr7 99173625 . A G 322.97 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.032427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.608;QD=21.8964;RBI=0.0328534;REFB=0.00291515;REVB=-0.0052761;RO=23;SAF=13;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363512;STB=0.522245;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00309015;OID=.;OPOS=99173625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:26:33:33:0.559322:20:13:8:15:20:13:9:17 chr7 99306685 . C G 1452.08 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7634;QD=63.134;RBI=0.0196634;REFB=0;REVB=0.00800936;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120756;OID=.;OPOS=99306685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:52:40:0:0:52:40:0:0 chr7 99474427 . A G 131.58 PASS AF=0.375;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00318969;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.876;QD=13.1577;RBI=0.0107468;REFB=-0.0221485;REVB=0.0102625;RO=22;SAF=4;SAR=11;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491388;STB=0.752115;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0279465;OID=.;OPOS=99474427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:25:15:15:0.375:11:4:17:5:11:4:17:8 chr7 99500899 . T C 92.84 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0299066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.9505;QD=7.00703;RBI=0.0348441;REFB=-0.00115843;REVB=-0.0178802;RO=38;SAF=9;SAR=4;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652234;STB=0.529572;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00247262;OID=.;OPOS=99500899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:38:40:13:13:0.245283:4:9:28:10:4:9:29:11 chr7 99500911 . A G 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.00912625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.15;QD=7.71926;RBI=0.0109384;REFB=-0.0135725;REVB=0.00602997;RO=38;SAF=10;SAR=3;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922679;STB=0.557675;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.037525;OID=.;OPOS=99500911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:3:10:27:11:3:10:27:11 chr7 99569394 . G A 1505.22 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.367;QD=59.6125;RBI=0.0571396;REFB=0;REVB=-0.0428268;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05347e-06;OID=.;OPOS=99569394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:101:0:0:98:101:1:44:54:0:0:44:57:0:0 chr7 99578411 . T C 294.88 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00263406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.689;QD=12.8207;RBI=0.0245608;REFB=-0.00907655;REVB=0.0244192;RO=58;SAF=22;SAR=12;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129195;STB=0.574252;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0122941;OID=.;OPOS=99578411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:12:22:31:27:12:22:31:27 chr7 99580907 . C G 584.26 PASS AF=0.930233;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0342681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0015;QD=54.35;RBI=0.0368614;REFB=0.0463997;REVB=-0.0135817;RO=3;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719403;STB=0.538442;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0107729;OID=.;OPOS=99580907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:43:3:3:39:40:0.930233:18:21:0:3:18:22:0:3 chr7 99584267 . G A 49.12 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=12;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0146264;FXX=0.249792;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.495;QD=21.8315;RBI=0.0176199;REFB=-0.00821216;REVB=0.00982486;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775494;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00999357;OID=.;OPOS=99584267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:12:9:5:3:7:6:0.666667:5:2:1:4:4:2:1:2 chr7 99654689 . G A 393.26 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0853;QD=56.1797;RBI=0.102755;REFB=0;REVB=0.0900715;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00326476;OID=.;OPOS=99654689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:7:20:0:0:8:20:0:0 chr7 99688220 . T C 300.6 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0271195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.758;QD=21.4715;RBI=0.0275811;REFB=-0.0288896;REVB=-0.00502489;RO=23;SAF=11;SAR=20;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657802;STB=0.521725;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0226242;OID=.;OPOS=99688220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:25:31:31:0.553571:20:11:10:13:20:11:10:15 chr7 99693078 . G A 1365.49 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.146;QD=62.0677;RBI=0.0523742;REFB=0;REVB=0.0458228;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255715;OID=.;OPOS=99693078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:44:43:0:0:45:43:0:0 chr7 99701265 . GCCCCC GCCCC,GCCCCG,GGCCCC 36.65 PASS AF=0.117647,0.0588235,0.0882353;AO=7,2,2;DP=33;FAO=4,2,3;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=2,2,2;FSAR=2,0,1;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.022209,-0.00704008,0.0706357;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=11.9177,36.9978,23.5379;QD=4.31169;RBI=0.100537,0.0418774,0.0727559;REFB=-0.0865197,-0.00733307,-0.0660748;REVB=-0.0980532,-0.0412814,0.0174361;RO=19;SAF=1,2,2;SAR=6,0,0;SRF=5;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.216099,0.636236,0.636236;STB=0.757674,0.997412,0.855614;STBP=0.488,0.02,0.526;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0157251,0.0198685,0.16815;OID=.,.,.;OPOS=99701266,99701270,99701266;OREF=C,C,C;OALT=-,G,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG,GGCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.117647,0.0588235,0.0882353:7,2,2:33:4,2,3:34:25:2,2,2:2,0,1:5:20:16:19:1,2,2:6,0,0:5:14 chr7 99747130 . G A 1214.3 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0328272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.855;QD=59.9655;RBI=0.0354679;REFB=-0.0827683;REVB=0.0134293;RO=1;SAF=48;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976249;STB=0.505153;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00024852;OID=.;OPOS=99747130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:81:1:1:80:80:0.987654:32:48:1:0:32:48:1:0 chr7 99751281 . G T 306.71 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0991;QD=53.3405;RBI=0.0967429;REFB=0;REVB=-0.0723261;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219634;OID=.;OPOS=99751281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:13:10:0:0 chr7 99757612 . G A 669.41 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.757;QD=62.2706;RBI=0.0680409;REFB=0;REVB=0.0671157;RO=0;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015834;OID=.;OPOS=99757612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:32:11:0:0:32:11:0:0 chr7 99758136 . T G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.74;QD=54.5174;RBI=0.0170746;REFB=0;REVB=-0.013452;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43518e-05;OID=.;OPOS=99758136;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr7 99768957 . C T 415.16 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0769377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1567;QD=19.31;RBI=0.0769378;REFB=-0.0272882;REVB=0.000126633;RO=43;SAF=24;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762231;STB=0.548472;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0333526;OID=.;OPOS=99768957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:44:42:42:0.488372:18:24:21:22:18:24:21:23 chr7 99772298 . A C 1179.27 PASS AF=1;AO=66;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.284;QD=60.4752;RBI=0.049577;REFB=0;REVB=0.0324956;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766285;OID=.;OPOS=99772298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:66:78:1:39:27:0:0:46:32:0:0 chr7 99778227 . G T 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0140333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.017;QD=16.2726;RBI=0.0156129;REFB=-0.0130349;REVB=-0.00684314;RO=38;SAF=10;SAR=22;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355501;STB=0.6934;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0128315;OID=.;OPOS=99778227;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:32:32:0.450704:22:10:26:12:22:10:26:13 chr7 99778285 . A C 324.47 PASS AF=0.479452;AO=33;DP=69;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0184753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.959;QD=17.779;RBI=0.0189284;REFB=-0.013282;REVB=0.00411669;RO=35;SAF=9;SAR=24;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316948;STB=0.655331;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0126791;OID=.;OPOS=99778285;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:35:38:33:35:0.479452:24:9:21:14:24:11:23:15 chr7 99796146 . A C 520.81 PASS AF=0.524272;AO=52;DP=100;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0074959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9183;QD=20.2257;RBI=0.0303309;REFB=0.000865212;REVB=-0.0293901;RO=48;SAF=32;SAR=20;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209215;STB=0.615899;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00123194;OID=.;OPOS=99796146;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:48:49:52:54:0.524272:20:32:18:30:20:34:19:30 chr7 99816256 . C A 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0156522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.84;QD=7.52648;RBI=0.0214941;REFB=-0.0110491;REVB=-0.0147311;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303397;STB=0.685903;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0225933;OID=.;OPOS=99816256;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:17:7:5:4:17:7 chr7 99816272 . A G 411.08 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.702;QD=56.7012;RBI=0.0825365;REFB=0;REVB=0.0603834;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018737;OID=.;OPOS=99816272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:10:18:0:0:11:18:0:0 chr7 99816275 . G C 412.72 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.247;QD=56.9272;RBI=0.0525604;REFB=0;REVB=0.0492434;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310628;OID=.;OPOS=99816275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:23:29:1:9:14:0:0:11:18:0:0 chr7 99817585 . G T 800.67 PASS AF=0.527778;AO=76;DP=144;FAO=76;FDP=144;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.0184421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.694;QD=22.2407;RBI=0.0184935;REFB=-0.00172969;REVB=0.00137814;RO=66;SAF=37;SAR=39;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496974;STB=0.52702;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00166307;OID=.;OPOS=99817585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:66:68:76:76:0.527778:39:37:36:30:39:37:37:31 chr7 99817859 . A G 263.69 PASS AF=0.956522;AO=8;DP=19;FAO=22;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0181163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9868;QD=45.8587;RBI=0.0481134;REFB=-0.0806003;REVB=-0.0445724;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.526292;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0179114;OID=.;OPOS=99817859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:19:23:0:1:8:22:0.956522:2:6:0:0:13:9:1:0 chr7 99821685 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.515;QD=57.6807;RBI=0.0352496;REFB=0;REVB=0.0171103;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184398;OID=.;OPOS=99821685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr7 99954466 . G A 314.92 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00818308;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9387;QD=17.0227;RBI=0.0103181;REFB=0.00275125;REVB=-0.00628493;RO=39;SAF=10;SAR=24;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247115;STB=0.633649;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00296337;OID=.;OPOS=99954466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:39:40:34:34:0.459459:24:10:21:18:24:10:21:19 chr7 99971313 . T C 1776.27 PASS AF=1;AO=98;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1635;QD=60.2125;RBI=0.0799776;REFB=0;REVB=0.079744;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104802;OID=.;OPOS=99971313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:98:118:1:45:53:0:0:50:68:0:0 chr7 99971834 . A G 2439.88 PASS AF=0.993789;AO=159;DP=159;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00547314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.349;QD=60.6182;RBI=0.0223321;REFB=-0.0448072;REVB=0.021651;RO=0;SAF=72;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503448;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=3.84278e-05;OID=.;OPOS=99971834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:161:0:1:159:160:0.993789:87:72:0:0:88:72:1:0 chr7 100064719 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0514948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.351;QD=12.3961;RBI=0.0565217;REFB=-0.0391794;REVB=0.0233021;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179553;STB=0.608297;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0440926;OID=.;OPOS=100064719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:1:4:3:2:1:4 chr7 100065639 . A AC,C 104.89 PASS AF=0.262136,0;AO=26,5;DP=104;FAO=27,0;FDP=103;FR=.;FRO=76;FSAF=11,0;FSAR=16,0;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00305663,-0.0127624;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=65.0005,156.57;QD=4.07319;RBI=0.134191,0.0429007;REFB=-0.0037989,-0.000662231;REVB=-0.134156,-0.0409584;RO=67;SAF=10,0;SAR=16,5;SRF=35;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.167362,-0.543943;STB=0.568889,0.5;STBP=0.415,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.06149,0;OID=.,.;OPOS=100065640,100065639;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:67:76:26,5:27,0:0.262136,0:16,5:10,0:35:32:16,0:11,0:38:38 chr7 100160264 . T C 149.97 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0781927;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.674;QD=18.1787;RBI=0.0781927;REFB=-0.0135673;REVB=7.23854e-05;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114835;STB=0.565951;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0156057;OID=.;OPOS=100160264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:17:16:16:0.484848:12:4:6:11:12:4:6:11 chr7 100175472 . GTC G,GC,GCC 212.32 PASS AF=0,0.166667,0.833333;AO=2,3,13;DP=18;FAO=0,3,15;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,12;FSAR=0,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160258,0.0189151,0.0190578;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=58.9137,75.3734,84.8358;QD=47.1832;RBI=0.0182672,0.0291746,0.0378666;REFB=0,0,0;REVB=-0.00876723,-0.0222121,-0.0327213;RO=0;SAF=2,2,11;SAR=0,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.00494574,0.00266958;OID=.,.,.;OPOS=100175473,100175473,100175473;OREF=TC,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=G,GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.166667,0.833333:2,3,13:18:0,3,15:18:0:0,3,12:0,0,3:0:0:7:0:2,2,11:0,1,2:0:0 chr7 100175877 . C G 242.94 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00513131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.362;QD=22.5995;RBI=0.00699189;REFB=-0.0191729;REVB=0.00474934;RO=20;SAF=5;SAR=18;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357372;STB=0.701644;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00973999;OID=.;OPOS=100175877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:18:5:12:8:18:5:12:8 chr7 100198386 . C T 222.16 PASS AF=0.45614;AO=24;DP=55;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0130982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.097;QD=15.5903;RBI=0.0441322;REFB=0.0125244;REVB=-0.0421437;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353606;STB=0.515806;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.017154;OID=.;OPOS=100198386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:31:31:24:26:0.45614:10:14:17:14:11:15:17:14 chr7 100210597 . A C 408.78 PASS AF=0.431193;AO=46;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0275719;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.785;QD=15.0009;RBI=0.0280327;REFB=-0.00387916;REVB=-0.0050621;RO=60;SAF=21;SAR=25;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406922;STB=0.525198;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00530345;OID=.;OPOS=100210597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:62:46:47:0.431193:25:21:25:35:26:21:25:37 chr7 100277728 . GGGCC G,GG,GGC 158.08 PASS AF=0,1,0;AO=2,5,6;DP=16;FAO=0,15,0;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,0;FSAR=0,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0771108,-0.0610588,-0.148873;FXX=0.062461;HRUN=5,5,5;LEN=4,3,2;MLLD=18.5571,27.0951,20.2984;QD=42.1551;RBI=0.144418,0.285561,0.262019;REFB=0,0,0;REVB=0.122109,0.278957,0.215617;RO=0;SAF=2,5,3;SAR=0,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.326531,0.326531,0.326531;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.00677755,0.00114855,0.0284726;OID=.,.,.;OPOS=100277729,100277730,100277730;OREF=GGCC,GCC,GC;OALT=-,-,-;OMAPALT=G,GG,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:2,5,6:16:0,15,0:15:0:0,10,0:0,5,0:0:0:3:0:2,5,3:0,0,3:0:0 chr7 100278657 . A G 206.9 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0166908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.293;QD=24.341;RBI=0.0175375;REFB=-0.0369135;REVB=0.00538356;RO=14;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698218;STB=0.538884;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0194334;OID=.;OPOS=100278657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:9:11:9:5:9:11:9:5 chr7 100278679 . T C 86.15 PASS AF=0.34375;AO=7;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0651639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.0093;QD=10.7685;RBI=0.0960412;REFB=-0.0125448;REVB=-0.0705519;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170567;STB=0.576329;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0346324;OID=.;OPOS=100278679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:32:32:19:21:7:11:0.34375:4:3:11:8:4:7:11:10 chr7 100279325 . CTG CT,GCT 32.23 PASS AF=0.211538,0;AO=10,2;DP=51;FAO=11,0;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=1,0;FSAR=10,0;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.176938,0.117738;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,3;MLLD=15.8446,23.6304;QD=2.47927;RBI=0.177652,0.11985;REFB=-0.0153043,-0.0179471;REVB=0.0159071,-0.0224014;RO=33;SAF=1,0;SAR=9,2;SRF=15;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.517228,-0.424078;STB=0.870598,0.5;STBP=0.011,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0370058,0;OID=.,.;OPOS=100279327,100279325;OREF=G,CTG;OALT=-,GCT;OMAPALT=CT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:51:52:33:41:10,2:11,0:0.211538,0:9,2:1,0:15:18:10,0:1,0:20:21 chr7 100285169 . AGGGGGGGG AGGGGGGG,AGGGGGGGC,CAGGGGGGG 53.95 PASS AF=0.297872,0.0638298,0;AO=12,3,2;DP=48;FAO=14,3,0;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=6,2,0;FSAR=8,1,0;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0510484,0.0658552,0.0523596;FXX=0.040808;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,2;MLLD=6.82076,20.2152,19.7077;QD=4.59155;RBI=0.0684191,0.0689018,0.0537019;REFB=-0.134729,-0.0800719,-0.0855992;REVB=0.0455547,0.0202621,-0.0119317;RO=24;SAF=6,2,0;SAR=6,1,2;SRF=9;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.139316,0.303927,-0.439015;STB=0.543563,0.753208,0.5;STBP=0.7,0.47,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.131806,0.0987278,0;OID=.,.,.;OPOS=100285170,100285177,100285169;OREF=G,G,AG;OALT=-,C,CA;OMAPALT=AGGGGGGG,AGGGGGGGC,CAGGGGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:48:47:24:30:12,3,2:14,3,0:0.297872,0.0638298,0:6,1,2:6,2,0:9:15:8,1,0:6,2,0:11:19 chr7 100285476 . C T 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0238383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.782;QD=13.8495;RBI=0.0253203;REFB=0.00419013;REVB=0.00853533;RO=25;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403637;STB=0.523437;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00896958;OID=.;OPOS=100285476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:11:5:7:18:11:5:7:18 chr7 100304864 . C A 306.76 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00605996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0604;QD=18.0448;RBI=0.0170592;REFB=-0.00270929;REVB=-0.0159466;RO=35;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00241075;STB=0.501347;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00189914;OID=.;OPOS=100304864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:18:15:16:19:18:15:16:19 chr7 100346053 . C T 208.95 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0250218;FXX=0.0350816;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.633;QD=15.1965;RBI=0.0253095;REFB=-0.00428055;REVB=-0.00380547;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872152;STB=0.50724;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0078679;OID=.;OPOS=100346053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:30:31:24:24:0.436364:15:9:11:19:15:9:12:19 chr7 100348384 . T C 287.6 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00246637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0637;QD=15.9778;RBI=0.0199111;REFB=0.0011251;REVB=-0.0197578;RO=40;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246396;STB=0.51388;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00137469;OID=.;OPOS=100348384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:16:16:19:21:16:16:19:21 chr7 100361675 . G A 151.53 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0126136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9827;QD=12.8961;RBI=0.0395114;REFB=-0.00546522;REVB=0.0374439;RO=30;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168131;STB=0.598388;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0148427;OID=.;OPOS=100361675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:10:7:17:13:10:7:17:13 chr7 100364679 . C T 286.03 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00889097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1977;QD=20.4308;RBI=0.0263398;REFB=-0.0337816;REVB=0.0247939;RO=26;SAF=11;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830809;STB=0.546219;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0243876;OID=.;OPOS=100364679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:19:11:12:14:19:11:12:14 chr7 100371100 . C A 135.59 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0653414;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.174;QD=15.9516;RBI=0.0653514;REFB=0.00182781;REVB=0.0011464;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184737;STB=0.615245;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00239589;OID=.;OPOS=100371100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:9:6:4:14:9:6:4:15 chr7 100371114 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0482619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.796;QD=12.9745;RBI=0.0492498;REFB=0.00215375;REVB=-0.00981499;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215384;STB=0.624812;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00341725;OID=.;OPOS=100371114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:4:14:7:5:4:14 chr7 100371358 . G A 285.09 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0142056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.073;QD=23.7577;RBI=0.0256442;REFB=-0.0229548;REVB=0.02135;RO=20;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131927;STB=0.575105;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.017965;OID=.;OPOS=100371358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:22:26:26:0.541667:10:16:9:11:10:16:10:12 chr7 100371473 . C T 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0209398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.258;QD=26.3058;RBI=0.0237758;REFB=-0.020336;REVB=0.0112613;RO=13;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095604;STB=0.553022;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00674114;OID=.;OPOS=100371473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:11:10:8:5:11:10:8:5 chr7 100371474 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.061869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.64;QD=11.1977;RBI=0.0619786;REFB=0.0239481;REVB=0.00368348;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139567;STB=0.583194;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.0113334;OID=.;OPOS=100371474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:10:12:5:7:10:12 chr7 100371476 . T TG 52.52 PASS AF=0.3125;AO=9;DP=34;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00601342;FXX=0.0302939;HRUN=0;LEN=1;MLLD=247.271;QD=6.56481;RBI=0.0248419;REFB=-0.0199364;REVB=-0.0241031;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112516;STB=0.5998;STBP=0.468;TYPE=ins;VARB=0.0437225;OID=.;OPOS=100371477;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:9:34:10:32:22:6:4:10:12:52:24:5:4:11:13 chr7 100373077 . C G 130.31 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0061074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.552;QD=16.8143;RBI=0.0156818;REFB=-0.00207786;REVB=-0.0144436;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186103;STB=0.589634;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0054866;OID=.;OPOS=100373077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:16:14:15:0.483871:10:4:2:13:10:5:3:13 chr7 100373317 . C T 227.21 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0160265;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.376;QD=21.136;RBI=0.0180108;REFB=-0.0201195;REVB=0.00821833;RO=19;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138884;STB=0.580711;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0174611;OID=.;OPOS=100373317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:21:22:22:0.511628:8:14:9:10:8:14:10:11 chr7 100373367 . G C 234.93 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0255437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.324;QD=18.7941;RBI=0.027721;REFB=-0.0133749;REVB=-0.0107689;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143808;STB=0.581246;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0140381;OID=.;OPOS=100373367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:12:11:17:10:12:11:17:10 chr7 100374087 . A G 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0166054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.308;QD=28.0163;RBI=0.0180937;REFB=-0.00574318;REVB=0.00718631;RO=20;SAF=8;SAR=22;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331781;STB=0.683488;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00180632;OID=.;OPOS=100374087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:22:8:14:6:22:8:14:6 chr7 100385561 . GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT G 35.79 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00459901;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=35;MLLD=1073.33;QD=2.7015;RBI=0.00787559;REFB=-0.000732734;REVB=0.00639328;RO=36;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0.229904;SSSB=0;STB=0.528246;STBP=0.85;TYPE=del;VARB=0.00263874;OID=.;OPOS=100385562;OREF=GCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.188679:10:54:10:53:43:5:5:23:20:35:36:5:5:18:18 chr7 100386900 . T C 915.61 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.846;QD=57.2256;RBI=0.0860948;REFB=0;REVB=0.00760635;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664391;OID=.;OPOS=100386900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:64:0:0:59:64:1:34:25:0:0:35:29:0:0 chr7 100389590 . C T 479.42 PASS AF=0.440476;AO=30;DP=85;FAO=37;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0108951;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.35;QD=22.8294;RBI=0.014348;REFB=-0.0238689;REVB=0.00933611;RO=30;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235294;STB=0.634897;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0437664;OID=.;OPOS=100389590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:30:33:30:37:0.440476:17:13:21:9:23:14:22:11 chr7 100391581 . T C 1502.09 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.879;QD=59.4887;RBI=0.0502641;REFB=0;REVB=-0.0102385;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230124;OID=.;OPOS=100391581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:99:101:1:54:45:0:0:55:46:0:0 chr7 100391644 . T C 1628.06 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282827;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.112;QD=60.2984;RBI=0.0284323;REFB=0;REVB=0.00291226;RO=0;SAF=43;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02331e-05;OID=.;OPOS=100391644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:65:43:0:0:65:43:0:0 chr7 100395003 . G C 746.36 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6383;QD=60.9276;RBI=0.0238003;REFB=-0.0682058;REVB=-0.00212859;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165072;STB=0.508768;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00246223;OID=.;OPOS=100395003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:20:28:1:0:20:28:1:0 chr7 100400715 . GCC G,GC 86.41 PASS AF=0,0.941176;AO=2,11;DP=16;FAO=0,16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=0,11;FSAR=0,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.100188,0.178117;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=10.7381,9.0746;QD=20.3315;RBI=0.116461,0.207256;REFB=0.0115241,0.0176502;REVB=0.0593752,0.105968;RO=3;SAF=1,8;SAR=1,3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.142842,0.0286464;STB=0.5,0.521712;STBP=1,0.607;TYPE=del,del;VARB=0.0311386,0.0304183;OID=.,.;OPOS=100400716,100400716;OREF=CC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.941176:2,11:16:0,16:17:1:0,11:0,5:1:0:7:3:1,8:1,3:2:1 chr7 100411278 . T C 668.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0951;QD=62.1615;RBI=0.0276295;REFB=0;REVB=0.0142052;RO=0;SAF=7;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035026;OID=.;OPOS=100411278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:36:7:0:0:36:7:0:0 chr7 100416250 . A G 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00512228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.354;QD=63.0521;RBI=0.00844939;REFB=0;REVB=0.00671971;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15019e-06;OID=.;OPOS=100416250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:40:51:0:0:40:51:0:0 chr7 100420155 . A G 251.95 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0242928;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.357;QD=19.3809;RBI=0.0246308;REFB=-0.00849597;REVB=0.00406624;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104305;STB=0.537668;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0114683;OID=.;OPOS=100420155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:25:26:27:0.519231:12:14:10:14:13:14:11:14 chr7 100424585 . CCG C,CC,CCC 1204.48 PASS AF=0,1,0;AO=18,29,39;DP=87;FAO=0,80,0;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30,0;FSAR=0,50,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635621,0.0785618,0.0865394;FXX=0.0123442;HRUN=9,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=227.762,230.501,228.024;QD=60.2239;RBI=0.0711253,0.0848486,0.0922633;REFB=0,0,0;REVB=-0.0319166,-0.0320518,-0.0319914;RO=0;SAF=15,12,4;SAR=3,17,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.32e-08,-6.0947e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.00014205,0;OID=.,.,.;OPOS=100424586,100424587,100424587;OREF=CG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:18,29,39:87:0,80,0:80:0:0,30,0:0,50,0:0:0:6:0:15,12,4:3,17,35:0:0 chr7 100458795 . T C 644.09 PASS AF=0.557522;AO=63;DP=112;FAO=63;FDP=113;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00535957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.805;QD=22.7995;RBI=0.00562104;REFB=-0.0194216;REVB=0.00169442;RO=49;SAF=35;SAR=28;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854206;STB=0.551165;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0151758;OID=.;OPOS=100458795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:49:50:63:63:0.557522:28:35:22:27:28:35:22:28 chr7 100465761 . C CG 115.86 PASS AF=0.238532;AO=29;DP=117;FAO=26;FDP=109;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=-0.0178402;FXX=0.0267833;HRUN=0;LEN=1;MLLD=30.0249;QD=4.25167;RBI=0.0196322;REFB=-0.00923922;REVB=-0.00819454;RO=84;SAF=24;SAR=5;SRF=31;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557685;STB=0.802994;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0943594;OID=.;OPOS=100465762;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238532:29:117:26:109:83:20:6:29:54:99:84:24:5:31:53 chr7 100466441 . G A 682.23 PASS AF=0.4625;AO=72;DP=160;FAO=74;FDP=160;FR=.;FRO=86;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-8.64717e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.186;QD=17.0556;RBI=0.0033111;REFB=-0.0201491;REVB=0.00330998;RO=84;SAF=38;SAR=34;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500577;STB=0.52809;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0223123;OID=.;OPOS=100466441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:84:86:72:74:0.4625:34:38:40:44:34:40:42:44 chr7 100468284 . A G 731.58 PASS AF=0.632653;AO=62;DP=99;FAO=62;FDP=98;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0465988;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1292;QD=29.8602;RBI=0.073737;REFB=-0.0154644;REVB=-0.0571462;RO=34;SAF=19;SAR=43;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119551;STB=0.567842;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00790668;OID=.;OPOS=100468284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:34:36:62:62:0.632653:43:19:16:18:43:19:17:19 chr7 100482026 . T C 196.69 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0626798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8115;QD=18.2965;RBI=0.0629881;REFB=0.018612;REVB=0.00622464;RO=23;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297829;STB=0.669683;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0314751;OID=.;OPOS=100482026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:6:14:9:14:6:14:9:14 chr7 100486656 . T G 177.27 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0630286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1701;QD=12.2256;RBI=0.0640152;REFB=-0.0190597;REVB=-0.0111956;RO=35;SAF=5;SAR=17;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189891;STB=0.62343;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0369659;OID=.;OPOS=100486656;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:36:22:22:0.37931:17:5:13:22:17:5:14:22 chr7 100494222 . G GC 1712.6 PASS AF=1;AO=140;DP=149;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421833;FXX=0.0340113;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.7135;QD=48.2424;RBI=0.0426685;REFB=0;REVB=0.0424595;RO=4;SAF=89;SAR=51;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00652451;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00014236;OID=.;OPOS=100494223;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:140:149:142:142:0:90:52:0:0:31:4:89:51:3:1 chr7 100549573 . G T 78.15 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00235838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0346;QD=6.25185;RBI=0.00246242;REFB=-0.00215903;REVB=0.000708202;RO=39;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153506;STB=0.598331;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00388515;OID=.;OPOS=100549573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:7:4:19:20:7:4:19:20 chr7 100549583 . G A 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00701456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.868;QD=7.71926;RBI=0.0154941;REFB=-0.00384942;REVB=0.0138153;RO=37;SAF=3;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330832;STB=0.716259;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0100136;OID=.;OPOS=100549583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:37:38:13:13:0.254902:10:3:18:19:10:3:19:19 chr7 100549592 . TT AA 94.19 PASS AF=0.25;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0086583;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=2;MLLD=204.077;QD=7.24528;RBI=0.00884642;REFB=-0.00286818;REVB=0.00181468;RO=39;SAF=3;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359186;STB=0.725187;STBP=0.075;TYPE=mnp;VARB=0.01138;OID=.;OPOS=100549592;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:53:52:39:39:13:13:0.25:10:3:20:19:10:3:20:19 chr7 100549650 . A G 185.25 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0133431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.724;QD=10.2917;RBI=0.0389401;REFB=-0.0173542;REVB=0.0365827;RO=48;SAF=11;SAR=13;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165188;STB=0.596252;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0184759;OID=.;OPOS=100549650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:13:11:29:19:13:11:29:19 chr7 100549697 . A G 207.89 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00576676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.612;QD=13.4124;RBI=0.00746729;REFB=-0.0270765;REVB=-0.00474393;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145219;STB=0.593678;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0643082;OID=.;OPOS=100549697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:37:24:25:0.403226:11:13:25:12:12:13:25:12 chr7 100549703 . C T 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0115502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.301;QD=14.4;RBI=0.0168359;REFB=-0.0272884;REVB=-0.0122492;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110292;STB=0.551492;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0551314;OID=.;OPOS=100549703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:11:14:22:11:11:14:22:12 chr7 100549787 . CA TG 137.9 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.000107793;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=282.472;QD=11.4912;RBI=0.00738156;REFB=0.00201113;REVB=0.00738077;RO=32;SAF=6;SAR=10;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340795;STB=0.699767;STBP=0.069;TYPE=mnp;VARB=-0.00378232;OID=.;OPOS=100549787;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:10:6:22:10:10:6:22:10 chr7 100549840 . C T 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00668785;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.413;QD=7.67886;RBI=0.0113759;REFB=0.000123717;REVB=0.00920239;RO=30;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238099;STB=0.636116;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000301248;OID=.;OPOS=100549840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:30:31:11:11:0.261905:7:4:17:13:7:4:17:14 chr7 100549873 . G A 60.18 PASS AF=0.225;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0709997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.384;QD=6.01831;RBI=0.0710366;REFB=-0.0177653;REVB=0.00228797;RO=27;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302185;STB=0.729683;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0345326;OID=.;OPOS=100549873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:40:27:31:9:9:0.225:6:3:16:11:6:3:20:11 chr7 100549884 . C T 51.16 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.000595026;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.739;QD=4.99122;RBI=0.0187189;REFB=-0.00556097;REVB=-0.0187095;RO=33;SAF=2;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390207;STB=0.775808;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0340071;OID=.;OPOS=100549884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:42:41:33:33:8:8:0.195122:6:2:19:14:6:2:20:13 chr7 100549894 . T C 79.67 PASS AF=0.234043;AO=10;DP=46;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00955822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.841;QD=6.78032;RBI=0.0113813;REFB=-0.0130675;REVB=-0.00617848;RO=34;SAF=3;SAR=7;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343457;STB=0.64589;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0268956;OID=.;OPOS=100549894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:47:34:36:10:11:0.234043:7:3:20:14:7:4:20:16 chr7 100549896 . G C 78.59 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0591794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2643;QD=6.54891;RBI=0.0726624;REFB=-0.0272206;REVB=-0.0421618;RO=33;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251359;STB=0.655152;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0579222;OID=.;OPOS=100549896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:45:48:33:37:11:11:0.229167:7:4:19:14:7:4:21:16 chr7 100549902 . C T 78.59 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0136905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.976;QD=6.41538;RBI=0.0269061;REFB=-0.00812387;REVB=0.0231626;RO=37;SAF=4;SAR=7;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245307;STB=0.645493;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0102844;OID=.;OPOS=100549902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:37:38:11:11:0.22449:7:4:21:16:7:4:21:17 chr7 100549914 . G A 68.65 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0391489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.865;QD=5.84261;RBI=0.0431774;REFB=-0.0038886;REVB=-0.0182113;RO=35;SAF=4;SAR=6;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205752;STB=0.60995;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0194782;OID=.;OPOS=100549914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:35:37:10:10:0.212766:6:4:20:15:6:4:20:17 chr7 100549935 . T G 49.86 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.000407103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.801;QD=4.53243;RBI=0.0115084;REFB=-0.00949078;REVB=-0.0115012;RO=36;SAF=5;SAR=3;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120196;STB=0.581189;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0803758;OID=.;OPOS=100549935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:36:36:8:8:0.181818:3:5:19:17:3:5:19:17 chr7 100549942 . T C 50.96 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0254653;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.941;QD=4.85316;RBI=0.0270308;REFB=-0.0116019;REVB=-0.00906556;RO=35;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136094;STB=0.602151;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0485147;OID=.;OPOS=100549942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:42:35:34:8:8:0.190476:3:5:18:17:3:5:17:17 chr7 100549979 . C T 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0598511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.839;QD=5.21422;RBI=0.114301;REFB=-0.0284626;REVB=0.0973789;RO=30;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380372;STB=0.739652;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0468409;OID=.;OPOS=100549979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:30:31:8:8:0.205128:2:6:13:17:2:6:14:17 chr7 100550032 . C CCCT 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0185903;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=204.818;QD=8.3708;RBI=0.0270338;REFB=-0.0209385;REVB=-0.0196272;RO=30;SAF=9;SAR=2;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382416;STB=0.737225;STBP=0.087;TYPE=ins;VARB=0.0572958;OID=.;OPOS=100550033;OREF=-;OALT=CCT;OMAPALT=CCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282051:11:41:11:39:28:9:2:15:13:81:30:9:2:16:14 chr7 100550079 . A C 118.85 PASS AF=0.388889;AO=15;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0357754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.885;QD=13.2058;RBI=0.0373799;REFB=-0.0154113;REVB=-0.0108342;RO=21;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409944;STB=0.723341;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0255766;OID=.;OPOS=100550079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:15:14:0.388889:3:12:9:12:3:11:10:12 chr7 100550133 . A G 43.55 PASS AF=0.225806;AO=6;DP=30;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0250564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.411;QD=5.61948;RBI=0.0346007;REFB=-0.0100655;REVB=0.0238618;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148935;STB=0.542737;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0584369;OID=.;OPOS=100550133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:31:24:24:6:7:0.225806:3:3:9:15:4:3:9:15 chr7 100550138 . C T 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0354761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.089;QD=4.15601;RBI=0.0367616;REFB=-0.0122469;REVB=-0.00963619;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1572;STB=0.595417;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0254584;OID=.;OPOS=100550138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:26:27:6:6:0.181818:4:2:12:14:4:2:12:15 chr7 100550184 . C A 51.55 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0947618;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5832;QD=5.15547;RBI=0.0998719;REFB=0.00772247;REVB=-0.0315373;RO=31;SAF=1;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459428;STB=0.822617;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0485366;OID=.;OPOS=100550184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:40:40:31:32:8:8:0.2:7:1:14:17:7:1:15:17 chr7 100550191 . C T 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.010239;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.197;QD=7.6788;RBI=0.011316;REFB=-0.0153387;REVB=-0.00481809;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423177;STB=0.526268;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0468991;OID=.;OPOS=100550191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:6:5:13:18:6:5:13:18 chr7 100550203 . T A 49.13 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0360031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.84;QD=4.91263;RBI=0.0431421;REFB=-0.00270011;REVB=-0.02377;RO=28;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275222;STB=0.666223;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0154483;OID=.;OPOS=100550203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:40:40:28:32:8:8:0.2:6:2:13:15:6:2:14:18 chr7 100550205 . A C 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0407095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2603;QD=4.28956;RBI=0.0408797;REFB=-0.0121799;REVB=-0.00372648;RO=31;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422218;STB=0.788538;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0553015;OID=.;OPOS=100550205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:31:32:7:7:0.179487:6:1:14:17:6:1:14:18 chr7 100551445 . C G 115.0 PASS AF=0.325581;AO=13;DP=42;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.042183;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.941;QD=10.6979;RBI=0.0428502;REFB=-0.0190945;REVB=-0.00753226;RO=29;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204064;STB=0.572411;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0295425;OID=.;OPOS=100551445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:29:29:13:14:0.325581:10:3:11:18:10:4:11:18 chr7 100551502 . A C 64.17 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0113922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.593;QD=9.50625;RBI=0.0114997;REFB=-0.0166122;REVB=0.00156868;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154457;STB=0.595515;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.017312;OID=.;OPOS=100551502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:7:2:6:12:7:2:6:12 chr7 100551533 . G T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0631659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.762;QD=12.3943;RBI=0.0721144;REFB=-0.00756779;REVB=0.0347932;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446326;STB=0.526278;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00841783;OID=.;OPOS=100551533;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:11:13:7:7:11:13 chr7 100551565 . AT GC 69.17 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00179207;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=185.125;QD=6.14842;RBI=0.0229502;REFB=-0.00650542;REVB=0.0228801;RO=34;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258454;STB=0.672088;STBP=0.243;TYPE=mnp;VARB=0.0160923;OID=.;OPOS=100551565;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:34:35:10:10:0.222222:4:6:13:21:4:6:13:22 chr7 100551578 . T G 87.78 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00825366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3591;QD=6.88435;RBI=0.00841325;REFB=-0.00735994;REVB=0.00163091;RO=38;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160563;STB=0.607672;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0146791;OID=.;OPOS=100551578;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:50:51:38:39:12:12:0.235294:6:6:14:24:6:6:14:25 chr7 100551626 . T C 339.27 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0157176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5023;QD=20.5621;RBI=0.0158087;REFB=-0.0168039;REVB=0.0016945;RO=31;SAF=14;SAR=21;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992482;STB=0.554808;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0105627;OID=.;OPOS=100551626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:21:14:9:22:21:14:9:22 chr7 100551637 . C CCAA 47.32 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.00374604;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=227.378;QD=2.95736;RBI=0.00920782;REFB=-0.00298669;REVB=-0.00841138;RO=59;SAF=3;SAR=6;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522157;STB=0.511602;STBP=0.968;TYPE=ins;VARB=0.0159871;OID=.;OPOS=100551638;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.140625:9:68:9:64:55:3:6:19:36:47:59:3:6:22:37 chr7 100551646 . A G 66.93 PASS AF=0.173913;AO=11;DP=69;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0152409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.189;QD=3.87971;RBI=0.0170947;REFB=0.00131962;REVB=0.00774235;RO=58;SAF=4;SAR=7;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254566;STB=0.572404;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00377718;OID=.;OPOS=100551646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:69:69:58:57:11:12:0.173913:7:4:20:38:7:5:19:38 chr7 100551662 . C T 62.28 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=0.0273314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.085;QD=3.89222;RBI=0.0360693;REFB=-0.00254026;REVB=-0.023537;RO=53;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114022;STB=0.574952;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0290918;OID=.;OPOS=100551662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:53:53:11:11:0.171875:7:4:15:38:7:4:15:38 chr7 100551666 . A T 63.77 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=-0.0152399;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.661;QD=4.11432;RBI=0.0153393;REFB=-0.0121822;REVB=-0.00174383;RO=51;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157071;STB=0.601838;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0329435;OID=.;OPOS=100551666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:63:62:51:51:11:11:0.177419:7:4:13:38:7:4:13:38 chr7 100551687 . T C 67.13 PASS AF=0.189655;AO=10;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.00493016;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.733;QD=4.63;RBI=0.00555683;REFB=-0.00112539;REVB=-0.00256357;RO=47;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351357;STB=0.599835;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0118852;OID=.;OPOS=100551687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:47:47:10:11:0.189655:7:3:13:34:7:4:12:35 chr7 100551692 . C T 75.68 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.00490882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.607;QD=5.21926;RBI=0.0267348;REFB=-0.00544709;REVB=-0.0262803;RO=46;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211498;STB=0.632519;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00958116;OID=.;OPOS=100551692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:46:46:12:12:0.206897:7:5:12:34:7:5:12:34 chr7 100551719 . C T 79.89 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.0124177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.471;QD=5.81008;RBI=0.0138382;REFB=-0.00532461;REVB=0.00610707;RO=42;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103894;STB=0.571317;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0214659;OID=.;OPOS=100551719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:42:43:12:12:0.218182:8:4:11:31:8:4:11:32 chr7 100551729 . C T 74.2 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.00403085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.088;QD=5.60017;RBI=0.00687002;REFB=0.00703492;REVB=-0.00556322;RO=42;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169434;STB=0.510897;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.0287277;OID=.;OPOS=100551729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:42:42:11:11:0.207547:8:3:11:31:8:3:11:31 chr7 100551773 . C A 129.24 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0020915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.045;QD=10.3389;RBI=0.0180669;REFB=-0.0134043;REVB=-0.0179454;RO=33;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013797;STB=0.505312;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0593681;OID=.;OPOS=100551773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:34:16:16:0.32:10:6:12:21:10:6:13:21 chr7 100551778 . G A 136.71 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0439385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2428;QD=10.9367;RBI=0.0535775;REFB=-0.0012395;REVB=-0.0306588;RO=34;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00892191;STB=0.505312;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.000125663;OID=.;OPOS=100551778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:10:6:13:21:10:6:13:21 chr7 100551793 . G T 69.44 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0480236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9195;QD=6.31295;RBI=0.0581078;REFB=-0.00615404;REVB=-0.0327147;RO=33;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128438;STB=0.590733;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0241824;OID=.;OPOS=100551793;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:33:34:10:10:0.227273:5:5:13:20:5:5:13:21 chr7 100551842 . CT TC 190.32 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0361507;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=75.3829;QD=15.5364;RBI=0.0376003;REFB=0.000904627;REVB=-0.0103395;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377983;STB=0.521718;STBP=0.799;TYPE=mnp;VARB=-0.000144999;OID=.;OPOS=100551842;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:9:11:17:12:9:11:17:12 chr7 100551849 . A T 218.0 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00309532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.627;QD=15.5711;RBI=0.0088401;REFB=-0.0165395;REVB=-0.00828049;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303397;STB=0.507457;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0218108;OID=.;OPOS=100551849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:31:24:25:0.446429:10:14:19:12:10:15:19:12 chr7 100551912 . G A 169.09 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.0336307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.723;QD=8.67103;RBI=0.0388558;REFB=0.00112154;REVB=0.0194614;RO=55;SAF=13;SAR=10;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133299;STB=0.578638;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00232547;OID=.;OPOS=100551912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:55:23:23:0.294872:10:13:37:18:10:13:37:18 chr7 100551997 . G T 92.92 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0252994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.792;QD=7.01252;RBI=0.0392447;REFB=-0.00175328;REVB=-0.0300014;RO=37;SAF=9;SAR=4;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230675;STB=0.515128;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00459458;OID=.;OPOS=100551997;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:37:40:13:13:0.245283:4:9:25:12:4:9:27:13 chr7 100552018 . T G 304.59 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0293412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.175;QD=26.4856;RBI=0.03538;REFB=-0.0504367;REVB=0.0197698;RO=19;SAF=21;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946382;STB=0.552591;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0321041;OID=.;OPOS=100552018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:6:21:13:6:6:21:13:6 chr7 100552020 . C T 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0242436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.261;QD=25.7315;RBI=0.0688848;REFB=-0.0297961;REVB=-0.0644777;RO=18;SAF=21;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149289;STB=0.604228;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0175525;OID=.;OPOS=100552020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:19:26:26:0.577778:5:21:12:6:5:21:12:7 chr7 100552044 . T G 194.26 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0877003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8792;QD=24.2825;RBI=0.0878622;REFB=-0.0539816;REVB=0.00533147;RO=13;SAF=15;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988307;STB=0.555494;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0392554;OID=.;OPOS=100552044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:4:15:9:4:4:15:9:4 chr7 100552094 . G C 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.153739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0984;QD=25.2549;RBI=0.161711;REFB=-0.000802696;REVB=-0.050148;RO=10;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189933;STB=0.605937;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00692803;OID=.;OPOS=100552094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:27:10:10:17:17:0.62963:7:10:3:7:7:10:3:7 chr7 100552117 . G T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.000366489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.126;QD=10.9407;RBI=0.033392;REFB=-0.0392827;REVB=-0.03339;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359763;STB=0.502953;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0706779;OID=.;OPOS=100552117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:19:20:11:11:0.354839:6:5:8:11:6:5:9:11 chr7 100552135 . T C 141.27 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.023542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6126;QD=13.4543;RBI=0.0718367;REFB=-0.0115707;REVB=-0.0678697;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24723;STB=0.644875;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0199551;OID=.;OPOS=100552135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:11:5:14:12:11:5:14:12 chr7 100552149 . T C 59.59 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00933491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.786;QD=5.54337;RBI=0.0203299;REFB=-0.0166928;REVB=-0.01806;RO=34;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137913;STB=0.589547;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0683368;OID=.;OPOS=100552149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:4:5:15:19:4:5:15:19 chr7 100552160 . C G 59.62 PASS AF=0.219512;AO=8;DP=40;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0113687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.912;QD=5.81667;RBI=0.0366825;REFB=-0.0189874;REVB=0.0348763;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755954;STB=0.591198;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0948575;OID=.;OPOS=100552160;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:40:41:32:32:8:9:0.219512:4:4:14:18:4:5:14:18 chr7 100552251 . T C 247.02 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00213966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.222;QD=16.4679;RBI=0.0117401;REFB=-0.0224855;REVB=-0.0115435;RO=31;SAF=6;SAR=21;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125812;STB=0.591701;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0314339;OID=.;OPOS=100552251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:31:32:27:28:0.466667:21:6:10:21:22:6:11:21 chr7 100552311 . C T 318.85 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=0.0291619;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.112;QD=26.5706;RBI=0.0362313;REFB=-0.0117501;REVB=0.0215009;RO=20;SAF=6;SAR=22;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211196;STB=0.614931;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00929394;OID=.;OPOS=100552311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:22:6:1:19:22:6:1:19 chr7 100552338 . C T 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=0.00249727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.941;QD=21.0081;RBI=0.00360488;REFB=-0.00240404;REVB=0.00259977;RO=25;SAF=11;SAR=19;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235405;STB=0.628935;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00258604;OID=.;OPOS=100552338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:19:11:3:22:19:11:3:22 chr7 100552358 . C G 246.14 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=0.0396263;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.543;QD=17.9012;RBI=0.0405679;REFB=-0.0139327;REVB=-0.00868982;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226217;STB=0.63263;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0217649;OID=.;OPOS=100552358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:28:26:27:0.490909:17:9:4:24:17:10:4:24 chr7 100552371 . C G 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.0103026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.2;QD=17.9428;RBI=0.0134222;REFB=-0.0173895;REVB=-0.008603;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214401;STB=0.61897;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0136908;OID=.;OPOS=100552371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:16:12:6:23:16:12:6:23 chr7 100552384 . A G 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0515583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.277;QD=19.5186;RBI=0.0517078;REFB=-0.0174898;REVB=-0.00392887;RO=26;SAF=12;SAR=16;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180429;STB=0.599933;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0158725;OID=.;OPOS=100552384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:16:12:6:20:16:12:6:20 chr7 100552390 . T C 233.42 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00917599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7267;QD=16.9761;RBI=0.0094492;REFB=-4.59677e-05;REVB=0.00225579;RO=29;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397878;STB=0.522371;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000304315;OID=.;OPOS=100552390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:16:10:10:19:16:10:10:19 chr7 100552412 . T C 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.003297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.265;QD=27.3081;RBI=0.00856321;REFB=-0.0041497;REVB=-0.00790306;RO=20;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753453;STB=0.541579;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00561364;OID=.;OPOS=100552412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:16:13:11:9:16:13:11:9 chr7 100552435 . TC AT 337.15 PASS AF=0.607143;AO=33;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00128153;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=144.132;QD=24.0819;RBI=0.0122769;REFB=-0.00262834;REVB=-0.0122098;RO=21;SAF=20;SAR=13;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119192;STB=0.546564;STBP=0.413;TYPE=mnp;VARB=0.00131619;OID=.;OPOS=100552435;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:22:33:34:0.607143:13:20:16:5:13:21:16:6 chr7 100552440 . C T 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00365626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.818;QD=23.1236;RBI=0.0196754;REFB=-0.00564991;REVB=0.0193327;RO=21;SAF=22;SAR=8;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276766;STB=0.503266;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00432519;OID=.;OPOS=100552440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:22:30:30:0.576923:8:22:16:5:8:22:16:6 chr7 100552535 . GT AC,GC 430.41 PASS AF=0.534884,0.209302;AO=22,9;DP=42;FAO=23,9;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=13,5;FSAR=10,4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0390871,-0.0148409;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=87.8569,95.928;QD=40.0379;RBI=0.0814902,0.0287767;REFB=-0.0738937,-0.00175157;REVB=0.0715042,0.0246545;RO=8;SAF=13,5;SAR=9,4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.081429,-0.163174;STB=0.549091,0.594396;STBP=0.4,0.468;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00134735,0.0362019;OID=.,.;OPOS=100552535,100552536;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:70:42:43:8:8:22,9:23,9:0.534884,0.209302:9,4:13,5:6:2:10,4:13,5:6:2 chr7 100552549 . CT AC,CC 378.04 PASS AF=0.575,0.15;AO=21,5;DP=40;FAO=23,6;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=15,2;FSAR=8,4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0387545,-0.0575106;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=115.226,117.905;QD=37.8044;RBI=0.0390563,0.0575604;REFB=-0.0173374,-0.0306404;REVB=0.00484577,0.0023936;RO=8;SAF=13,2;SAR=8,3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0710907,-0.33255;STB=0.528278,0.726563;STBP=0.651,0.207;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0113276,0.0431572;OID=.,.;OPOS=100552549,100552550;OREF=CT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:8:8:21,5:23,6:0.575,0.15:8,3:13,2:6:2:8,4:15,2:6:2 chr7 100552644 . C A 193.29 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.787;QD=32.215;RBI=0.00507064;REFB=-0.0267751;REVB=0.00507064;RO=5;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0204513;OID=.;OPOS=100552644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:5:6:18:18:0.75:18:0:0:5:18:0:0:6 chr7 100552657 . A G 90.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=-0.0241207;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.21;QD=14.4154;RBI=0.0282818;REFB=-0.0454131;REVB=0.0147666;RO=14;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371729;STB=0.705644;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00731595;OID=.;OPOS=100552657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:26:25:14:14:11:11:0.44:10:1:0:14:10:1:0:14 chr7 100552659 . T C 99.29 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=-0.0771862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.536;QD=15.2751;RBI=0.0775774;REFB=-0.00259349;REVB=-0.00778091;RO=12;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319453;STB=0.694232;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00813796;OID=.;OPOS=100552659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:14:12:12:0.461538:11:1:0:12:11:1:0:14 chr7 100552675 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0264848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.053;QD=15.3786;RBI=0.0265461;REFB=0.00216416;REVB=-0.00180213;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145413;STB=0.583208;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00265315;OID=.;OPOS=100552675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:2:12:9:3:2:12 chr7 100552711 . T A 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0244526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.477;QD=11.5968;RBI=0.0401589;REFB=-0.00519794;REVB=-0.0318561;RO=21;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902602;STB=0.553108;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00384771;OID=.;OPOS=100552711;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:9:3:4:17:9:3:4:17 chr7 100552713 . A G 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00957928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0283;QD=13.5754;RBI=0.013156;REFB=0.00770381;REVB=-0.00901769;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447328;STB=0.526274;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00548726;OID=.;OPOS=100552713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:10:3:5:14:10:3:5:14 chr7 100552727 . G C 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0112055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.413;QD=8.508;RBI=0.0196546;REFB=-0.0111094;REVB=-0.0161474;RO=31;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145934;STB=0.590009;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0222477;OID=.;OPOS=100552727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:8:4:14:17:8:4:14:17 chr7 100552738 . CA TG 100.8 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0126821;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=308.504;QD=8.22841;RBI=0.0199762;REFB=-0.0105091;REVB=-0.0154342;RO=36;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127938;STB=0.507874;STBP=0.957;TYPE=mnp;VARB=0.0265129;OID=.;OPOS=100552738;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:7:6:17:19:7:6:17:19 chr7 100552915 . A C 1415.38 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.212;QD=62.9058;RBI=0.0175297;REFB=0;REVB=-0.00472777;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43437e-05;OID=.;OPOS=100552915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:51:39:0:0:51:39:0:0 chr7 100552978 . T C 386.4 PASS AF=0.450549;AO=40;DP=90;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00435906;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.179;QD=16.9846;RBI=0.00962618;REFB=-0.0021356;REVB=0.00858265;RO=45;SAF=18;SAR=22;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159299;STB=0.51166;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00322185;OID=.;OPOS=100552978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:45:50:40:41:0.450549:22:18:21:24:23:18:23:27 chr7 100552984 . T C 324.59 PASS AF=0.423529;AO=35;DP=87;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.013265;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6355;QD=15.2747;RBI=0.043562;REFB=-0.0121142;REVB=0.0414932;RO=48;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280583;STB=0.513453;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0257719;OID=.;OPOS=100552984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:48:49:35:36:0.423529:18:17:22:26:19:17:22:27 chr7 100553002 . A G 245.38 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0148766;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.231;QD=13.0871;RBI=0.0315879;REFB=-0.00876306;REVB=-0.0278654;RO=45;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885621;STB=0.542907;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0145336;OID=.;OPOS=100553002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:45:46:29:29:0.386667:15:14:18:27:15:14:19:27 chr7 100607851 . C G 494.8 PASS AF=0.803922;AO=41;DP=51;FAO=41;FDP=51;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0128861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.436;QD=38.808;RBI=0.0239897;REFB=-0.0375398;REVB=0.020235;RO=10;SAF=18;SAR=23;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953287;STB=0.551269;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00605875;OID=.;OPOS=100607851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:51:51:10:10:41:41:0.803922:23:18:7:3:23:18:7:3 chr7 100607871 . C T 462.09 PASS AF=0.795455;AO=35;DP=44;FAO=35;FDP=44;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0234392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.491;QD=42.0084;RBI=0.0234479;REFB=-0.027671;REVB=0.000639413;RO=9;SAF=17;SAR=18;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11045;STB=0.559552;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0117984;OID=.;OPOS=100607871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:9:9:35:35:0.795455:18:17:7:2:18:17:7:2 chr7 100608370 . A C 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0269886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.578;QD=10.4728;RBI=0.0278354;REFB=-0.0119882;REVB=-0.00681342;RO=35;SAF=5;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230643;STB=0.637512;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0196128;OID=.;OPOS=100608370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:12:5:17:18:12:5:17:18 chr7 100608375 . G A 126.47 PASS AF=0.307692;AO=17;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00148453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.681;QD=9.72811;RBI=0.0103098;REFB=-0.000887446;REVB=0.0102023;RO=34;SAF=5;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24437;STB=0.617195;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00671423;OID=.;OPOS=100608375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:36:17:16:0.307692:12:5:17:17:11:5:17:19 chr7 100608778 . TC CT 178.82 PASS AF=0.492958;AO=30;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0401206;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.699;QD=10.0746;RBI=0.0418611;REFB=-0.0230693;REVB=-0.0119452;RO=35;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127108;STB=0.593167;STBP=0.125;TYPE=mnp;VARB=0.06242;OID=.;OPOS=100608778;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:36:30:35:0.492958:14:16:14:21:14:21:15:21 chr7 100608823 . G T 105.92 PASS AF=0.25;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00489717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.635;QD=6.62;RBI=0.0273818;REFB=-0.00719501;REVB=0.0269403;RO=46;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253334;STB=0.639362;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0114766;OID=.;OPOS=100608823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:46:48:16:16:0.25:6:10:19:27:6:10:21:27 chr7 100608826 . C G 267.29 PASS AF=0.5;AO=31;DP=63;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0368914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.565;QD=16.7053;RBI=0.0378668;REFB=-0.0333969;REVB=0.00853929;RO=32;SAF=19;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215431;STB=0.60867;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0557528;OID=.;OPOS=100608826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:32:32:31:32:0.5:12:19:12:20:13:19:12:20 chr7 100608868 . A G 219.84 PASS AF=0.44;AO=23;DP=48;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0123229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.168;QD=17.5874;RBI=0.0220347;REFB=-0.0397112;REVB=-0.0182667;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112004;STB=0.604224;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0350848;OID=.;OPOS=100608868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:25:28:23:22:0.44:11:12:10:15:10:12:10:18 chr7 100608884 . G A 191.82 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00713134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6281;QD=15.9851;RBI=0.0384035;REFB=-0.025915;REVB=0.0377356;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178596;STB=0.59082;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0364752;OID=.;OPOS=100608884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:9:11:10:17:9:11:11:17 chr7 100610069 . C T 385.27 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.00987723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.79;QD=26.1199;RBI=0.0168788;REFB=-0.0153902;REVB=-0.013687;RO=21;SAF=14;SAR=23;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13782;STB=0.580931;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00921869;OID=.;OPOS=100610069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:22:37:37:0.627119:23:14:4:17:23:14:4:18 chr7 100612898 . T C 49.39 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00971893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.52;QD=4.20317;RBI=0.0101203;REFB=-0.000725863;REVB=-0.0028217;RO=35;SAF=4;SAR=4;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157561;STB=0.55306;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00469181;OID=.;OPOS=100612898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:47:35:39:8:8:0.170213:4:4:22:13:4:4:22:17 chr7 100612945 . C T 49.9 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00847159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.059;QD=4.53675;RBI=0.00890354;REFB=-0.00954301;REVB=-0.00273956;RO=36;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185293;STB=0.624688;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0345628;OID=.;OPOS=100612945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:36:36:8:8:0.181818:5:3:19:17:5:3:19:17 chr7 100612952 . G A 50.16 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00529283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.671;QD=4.77669;RBI=0.00565829;REFB=-0.00603896;REVB=-0.00200055;RO=33;SAF=3;SAR=5;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170197;STB=0.602151;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0180171;OID=.;OPOS=100612952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:33:34:8:8:0.190476:5:3:17:16:5:3:17:17 chr7 100612955 . A ACTG 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00072235;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=280.197;QD=3.24567;RBI=0.00411876;REFB=-0.00821095;REVB=-0.00405492;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508082;STB=0.536464;STBP=0.843;TYPE=ins;VARB=0.0364445;OID=.;OPOS=100612956;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.146341:6:41:6:41:35:3:3:16:19:33:35:3:3:16:19 chr7 100612961 . G C 41.81 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00328532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.166;QD=4.28786;RBI=0.00805987;REFB=-0.0036245;REVB=-0.00735991;RO=32;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487352;STB=0.533238;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0306081;OID=.;OPOS=100612961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:4:3:15:17:4:3:15:17 chr7 100612969 . A G 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0286532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.154;QD=4.2888;RBI=0.0335309;REFB=-0.00301104;REVB=0.017416;RO=31;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667883;STB=0.533238;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0299902;OID=.;OPOS=100612969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:31:32:7:7:0.179487:4:3:15:16:4:3:15:17 chr7 100615387 . C T 32.68 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0236091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4852;QD=2.84176;RBI=0.0634971;REFB=-0.00196287;REVB=0.0589448;RO=39;SAF=5;SAR=1;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220727;STB=0.685565;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0163966;OID=.;OPOS=100615387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:39:40:6:6:0.130435:1:5:27:12:1:5:27:13 chr7 100624718 . G C 223.78 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0141606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1251;QD=12.7875;RBI=0.0197718;REFB=-0.0233444;REVB=0.0137986;RO=43;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154348;STB=0.588678;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0361538;OID=.;OPOS=100624718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:17:10:22:21:17:10:22:21 chr7 100634476 . C G 151.57 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0492194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7528;QD=20.2087;RBI=0.0665748;REFB=-0.00985595;REVB=0.0448292;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863963;STB=0.560268;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.01159;OID=.;OPOS=100634476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:14:15:16:0.533333:9:6:7:7:10:6:7:7 chr7 100634640 . T G 227.08 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0123419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.874;QD=21.1235;RBI=0.0195558;REFB=-0.0155501;REVB=0.0151693;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649467;STB=0.536448;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.012869;OID=.;OPOS=100634640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:10:12:13:8:10:12:13:8 chr7 100634964 . C A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00648216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.797;QD=20.1601;RBI=0.0115137;REFB=-0.00383586;REVB=0.00951562;RO=14;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32026;STB=0.683952;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00538562;OID=.;OPOS=100634964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:13:3:7:7:13:3:7:7 chr7 100635375 . A C 137.43 PASS AF=0.535714;AO=12;DP=26;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.123815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.021;QD=19.6323;RBI=0.125907;REFB=-0.00554771;REVB=-0.0228552;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233662;STB=0.584509;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00730236;OID=.;OPOS=100635375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:28:13:13:12:15:0.535714:9:3:3:10:9:6:3:10 chr7 100635591 . C A 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0327616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.6;QD=25.4289;RBI=0.0386409;REFB=-0.0280573;REVB=-0.0204888;RO=15;SAF=3;SAR=19;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171292;STB=0.596314;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0237175;OID=.;OPOS=100635591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:19:3:4:11:19:3:4:11 chr7 100635661 . T C 208.8 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0196658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.628;QD=25.3094;RBI=0.0354994;REFB=-0.0440443;REVB=0.0295544;RO=13;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128847;STB=0.57136;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0198199;OID=.;OPOS=100635661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:12:8:3:10:12:8:3:10 chr7 100635679 . C G 236.54 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0318316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.783;QD=26.2825;RBI=0.0368489;REFB=-0.0283659;REVB=0.0185633;RO=14;SAF=8;SAR=14;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601851;STB=0.533304;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0199131;OID=.;OPOS=100635679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:14:8:4:10:14:8:4:10 chr7 100638856 . A G 351.66 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.013248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8933;QD=28.7067;RBI=0.015246;REFB=-0.0324599;REVB=-0.00754524;RO=19;SAF=17;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139324;STB=0.576611;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0176528;OID=.;OPOS=100638856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:13:17:7:12:13:17:7:12 chr7 100638899 . A G 346.43 PASS AF=0.634615;AO=32;DP=51;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0194155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8386;QD=26.6485;RBI=0.0194156;REFB=-0.0448452;REVB=-3.94585e-05;RO=19;SAF=20;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176633;STB=0.587491;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0284521;OID=.;OPOS=100638899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:19:19:32:33:0.634615:12:20:7:12:13:20:7:12 chr7 100639012 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.135826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3916;QD=16.9315;RBI=0.137246;REFB=0.028646;REVB=0.0196905;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2754;STB=0.65496;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00873126;OID=.;OPOS=100639012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:8:4:1:11:8:4:1:11 chr7 100639049 . G C 31.11 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0855466;FXX=0.076864;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.356;QD=10.3698;RBI=0.0857633;REFB=-0.000893328;REVB=0.00609302;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542846;STB=0.81731;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00736391;OID=.;OPOS=100639049;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:0:7:2:3:0:7 chr7 100639054 . G A 30.13 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.00511944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.507;QD=10.0426;RBI=0.00852066;REFB=0.00773588;REVB=0.00681123;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510241;STB=0.81731;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0138372;OID=.;OPOS=100639054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:2:3:0:6:2:3:0:7 chr7 100643832 . C G 30.61 PASS AF=0.0879121;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=91;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=61;FWDB=-0.0887602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.4995;QD=1.34549;RBI=0.0897793;REFB=-0.00316231;REVB=0.013489;RO=81;SAF=2;SAR=6;SRF=21;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137732;STB=0.51794;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0246058;OID=.;OPOS=100643832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:91:81:83:8:8:0.0879121:6:2:21:60:6:2:22:61 chr7 100647819 . C T 110.99 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0466301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.437;QD=15.309;RBI=0.0490727;REFB=-0.0724865;REVB=-0.0152894;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213164;STB=0.622855;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0799537;OID=.;OPOS=100647819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:5:11:6:7:5:11 chr7 100647875 . C A 106.88 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.000166387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.944;QD=12.2145;RBI=0.0271177;REFB=-0.0134142;REVB=0.0271172;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363044;STB=0.690728;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.011788;OID=.;OPOS=100647875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:6:7:4:17:6:7:5:17 chr7 100647920 . A C 142.78 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=-0.0435519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.528;QD=15.8642;RBI=0.0658806;REFB=-0.00680016;REVB=0.0494317;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415891;STB=0.731128;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00963422;OID=.;OPOS=100647920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:9:7:1:19:9:7:1:19 chr7 100648029 . G A 40.42 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.155023;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2281;QD=8.50895;RBI=0.156131;REFB=0.00131269;REVB=0.0185623;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216016;STB=0.640492;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.00546315;OID=.;OPOS=100648029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:21:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:4:9:5:1:4:9 chr7 100648117 . C G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0540974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0716;QD=12.8607;RBI=0.0549793;REFB=-0.0196595;REVB=0.00980788;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260141;STB=0.599733;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0260655;OID=.;OPOS=100648117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:3:4:6:1:3:4:6:2 chr7 100678086 . T C 363.49 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00472282;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6423;QD=55.9212;RBI=0.0570306;REFB=0;REVB=-0.0568347;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025161;OID=.;OPOS=100678086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr7 100680521 . G A 110.13 PASS AF=0.8;AO=11;DP=14;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0101312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.573;QD=29.369;RBI=0.0138262;REFB=-0.0349117;REVB=0.00940865;RO=3;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468493;STB=0.517213;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.044112;OID=.;OPOS=100680521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:15:3:3:11:12:0.8:5:6:2:1:5:7:2:1 chr7 100681453 . C T 46.84 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0031794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.788;QD=10.4093;RBI=0.0513097;REFB=-0.00450299;REVB=-0.0512111;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381916;STB=0.726721;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.003881;OID=.;OPOS=100681453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:2:9:3:4:2:9 chr7 100681751 . A G 274.12 PASS AF=0.557692;AO=27;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0157684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.301;QD=21.0864;RBI=0.0160675;REFB=-0.00992996;REVB=-0.00308581;RO=23;SAF=16;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20089;STB=0.604671;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00971899;OID=.;OPOS=100681751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:23:27:29:0.557692:11:16:8:15:12:17:8:15 chr7 100681762 . A G 278.9 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0278161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.319;QD=21.8741;RBI=0.0301521;REFB=0.00567774;REVB=-0.0116369;RO=23;SAF=18;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240679;STB=0.633707;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00274244;OID=.;OPOS=100681762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:10:18:8:15:10:18:8:15 chr7 100684650 . C G 99.0 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0367505;FXX=0.0810592;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9611;QD=11.6474;RBI=0.0544337;REFB=-0.0023563;REVB=-0.0401551;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765938;STB=0.545382;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00408768;OID=.;OPOS=100684650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:34:22:22:12:12:0.352941:4:8:16:6:4:8:16:6 chr7 100692680 . T G 489.82 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0104543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.199;QD=19.5929;RBI=0.0139738;REFB=-0.0154667;REVB=0.00927225;RO=52;SAF=29;SAR=19;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152601;STB=0.584838;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0170174;OID=.;OPOS=100692680;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:19:29:23:29:19:29:23:29 chr7 100693849 . C T 103.49 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0207938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.619;QD=18.8165;RBI=0.0834295;REFB=-0.0063056;REVB=-0.0807966;RO=10;SAF=10;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412846;STB=0.740286;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00955801;OID=.;OPOS=100693849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:2:10:4:6:2:10:4:6 chr7 100701333 . A G 242.91 PASS AF=0.5;AO=22;DP=48;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00305297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.077;QD=18.6857;RBI=0.0309399;REFB=-0.0157783;REVB=0.0307889;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170364;STB=0.622544;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0125795;OID=.;OPOS=100701333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:26:26:22:26:0.5:14:8:14:12:18:8:14:12 chr7 100701610 . T A 139.26 PASS AF=0.714286;AO=14;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00208533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.911;QD=26.5259;RBI=0.00256071;REFB=-0.0205371;REVB=0.00148614;RO=6;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526313;STB=0.519974;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0118945;OID=.;OPOS=100701610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:21:6:6:14:15:0.714286:6:8:4:2:6:9:4:2 chr7 100731829 . T C 626.33 PASS AF=0.5;AO=62;DP=127;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.015779;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.188;QD=19.8836;RBI=0.0206513;REFB=-0.0155944;REVB=0.013323;RO=61;SAF=30;SAR=32;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110089;STB=0.571084;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0165392;OID=.;OPOS=100731829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:61:63:62:63:0.5:32:30:37:24:33:30:39:24 chr7 100732376 . G A 343.97 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0112654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9085;QD=31.2699;RBI=0.0404503;REFB=-0.0036928;REVB=0.0388499;RO=14;SAF=14;SAR=15;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323157;STB=0.505491;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00353537;OID=.;OPOS=100732376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:15:29:29:0.659091:15:14:6:8:15:14:7:8 chr7 100775205 . G C 551.19 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0305545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1257;QD=19.5111;RBI=0.0325303;REFB=-0.0254033;REVB=-0.0111645;RO=55;SAF=31;SAR=26;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017771;STB=0.504853;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0240095;OID=.;OPOS=100775205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:55:56:57:57:0.504425:26:31:31:24:26:31:31:25 chr7 100799970 . C T 378.08 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00145755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.447;QD=18.9037;RBI=0.00413921;REFB=-0.0105362;REVB=-0.00387409;RO=41;SAF=22;SAR=17;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1591;STB=0.58849;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0130477;OID=.;OPOS=100799970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:17:22:16:25:17:22:16:25 chr7 100804240 . T TACCTCC 382.77 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00823363;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=333.947;QD=52.7962;RBI=0.00846753;REFB=-0.0349871;REVB=-0.00197648;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344248;STB=0.517229;STBP=0.505;TYPE=ins;VARB=7.79087e-06;OID=.;OPOS=100804241;OREF=-;OALT=ACCTCC;OMAPALT=TACCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.965517:27:29:28:29:1:14:14:1:0:5:1:13:14:1:0 chr7 100953944 . CAT C 168.79 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=68;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00746943;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.22;QD=10.2294;RBI=0.0086343;REFB=-0.0129376;REVB=0.00433114;RO=39;SAF=8;SAR=13;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230842;STB=0.648118;STBP=0.089;TYPE=del;VARB=0.0264061;OID=.;OPOS=100953945;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:21:68:22:66:44:9:13:28:16:99:39:8:13:23:16 chr7 101006376 . C T 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0426916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.068;QD=14.0969;RBI=0.0436259;REFB=-0.0261279;REVB=0.00898012;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252173;STB=0.659955;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0194986;OID=.;OPOS=101006376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:8:5:11:6:8:5:12:6 chr7 101006382 . C T 108.91 PASS AF=0.419355;AO=11;DP=29;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.194207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.9894;QD=14.0529;RBI=0.213629;REFB=-0.0462134;REVB=0.0889998;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405501;STB=0.659955;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0820508;OID=.;OPOS=101006382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:18:18:11:13:0.419355:8:3:12:6:8:5:12:6 chr7 101200669 . A AG,G 1125.9 PASS AF=0.987952,0;AO=71,4;DP=88;FAO=82,0;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=43,0;FSAR=39,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0337602,-0.0206502;FXX=0.0568117;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=21.7105,222.617;QD=54.26;RBI=0.068146,0.0240979;REFB=-0.00585658,-0.0612776;REVB=-0.0591957,-0.0124209;RO=12;SAF=38,4;SAR=33,0;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0548801,0.731329;STB=0.505746,0.5;STBP=0.507,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0010564,0;OID=.,.;OPOS=101200670,101200669;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:83:12:1:71,4:82,0:0.987952,0:33,0:38,4:4:8:39,0:43,0:1:0 chr7 101837149 . G A 293.25 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0125463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3348;QD=23.0001;RBI=0.0141338;REFB=-0.00672773;REVB=-0.00650811;RO=22;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225399;STB=0.62408;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00480293;OID=.;OPOS=101837149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:15:14:17:5:15:14:17:5 chr7 101844851 . A G 1488.79 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2254;QD=62.686;RBI=0.0467555;REFB=0;REVB=-0.00281953;RO=0;SAF=29;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136947;OID=.;OPOS=101844851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:92:95:1:63:29:0:0:64:31:0:0 chr7 101892833 . C T 329.26 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.041965;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9347;QD=20.5787;RBI=0.0425347;REFB=-0.0423878;REVB=0.00693802;RO=30;SAF=12;SAR=22;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129993;STB=0.572211;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0351286;OID=.;OPOS=101892833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:30:30:34:34:0.53125:22:12:15:15:22:12:15:15 chr7 101916647 . A G 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00235037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.097;QD=21.0082;RBI=0.0286815;REFB=0.00386381;REVB=-0.028585;RO=25;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147812;STB=0.581765;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00311225;OID=.;OPOS=101916647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:15:15:17:8:15:15:17:8 chr7 101917521 . G A 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00100616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.891;QD=15.6191;RBI=0.0549708;REFB=-0.00552467;REVB=0.0549616;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733128;STB=0.542325;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00937175;OID=.;OPOS=101917521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:12:6:10:15:12:6:10:15 chr7 101928495 . G C 182.72 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0366958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.09;QD=16.9976;RBI=0.0373817;REFB=-0.0331447;REVB=0.00712773;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113876;STB=0.579127;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0380611;OID=.;OPOS=101928495;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:24:18:19:0.44186:10:8:8:16:10:9:8:16 chr7 102038153 . CTGTG CG,C 81.36 PASS AF=0,1;AO=4,2;DP=10;FAO=0,8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192412,-0.0216891;FXX=0.27248;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=133.417,149.419;QD=40.6781;RBI=0.11002,0.128105;REFB=0,0;REVB=0.108324,0.126256;RO=0;SAF=0,2;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.000673041;OID=.,.;OPOS=102038154,102038154;OREF=TGT,TGTG;OALT=-,-;OMAPALT=CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,2:10:0,8:8:0:0,4:0,4:0:0:3:0:0,2:4,0:0:0 chr7 102063527 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.489;QD=55.0984;RBI=0.00891053;REFB=0;REVB=0.00767123;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49624e-05;OID=.;OPOS=102063527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr7 102066539 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.861;QD=42.1825;RBI=0.0447063;REFB=0;REVB=0.0313238;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672001;OID=.;OPOS=102066539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr7 102087202 . T C 351.13 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0278604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4275;QD=18.0068;RBI=0.0290218;REFB=0.00779712;REVB=0.00812779;RO=40;SAF=22;SAR=15;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112586;STB=0.569591;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00900305;OID=.;OPOS=102087202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:41:37:37:0.474359:15:22:19:21:15:22:19:22 chr7 102108152 . C T 377.83 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.125084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7622;QD=21.5901;RBI=0.127127;REFB=-0.0307862;REVB=0.0226973;RO=31;SAF=24;SAR=14;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162514;STB=0.503224;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0280743;OID=.;OPOS=102108152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:32:38:38:0.542857:14:24:19:12:14:24:20:12 chr7 102111936 . G A 421.77 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.0159346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.379;QD=18.1407;RBI=0.0165213;REFB=-0.0274977;REVB=-0.00436362;RO=49;SAF=27;SAR=16;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301346;STB=0.66234;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0259761;OID=.;OPOS=102111936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:50:43:43:0.462366:16:27:15:34:16:27:16:34 chr7 102111980 . C T 259.24 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00920471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.406;QD=24.1154;RBI=0.0117478;REFB=-0.03816;REVB=0.00729956;RO=18;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133039;STB=0.589943;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0275467;OID=.;OPOS=102111980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:17:7:8:10:17:7:9:10 chr7 102114087 . C T 145.33 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0052073;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.8095;QD=16.1481;RBI=0.0754326;REFB=0.0364469;REVB=-0.0752526;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259529;STB=0.514907;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0480257;OID=.;OPOS=102114087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:13:7:6:10:13:7 chr7 102119322 . T C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0990513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.663;QD=20.1599;RBI=0.0999742;REFB=-0.0243517;REVB=0.0135525;RO=11;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176453;STB=0.666444;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0149105;OID=.;OPOS=102119322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:11:14:16:16:0.533333:12:4:5:6:12:4:8:6 chr7 102279621 . C T 58.96 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00228111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.38;QD=11.2295;RBI=0.0207388;REFB=-0.00112481;REVB=-0.020613;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561709;STB=0.860959;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00330396;OID=.;OPOS=102279621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:21:21:11:12:6:6:0.285714:1:5:3:8:1:5:3:9 chr7 102389833 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855806;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.343;QD=43.4862;RBI=0.0435243;REFB=0;REVB=0.0426746;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408876;OID=.;OPOS=102389833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:3:7:0:0:3:9:0:0 chr7 102462636 . T C 292.37 PASS AF=0.4125;AO=32;DP=79;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0497006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.124;QD=14.6184;RBI=0.0519717;REFB=-0.00674156;REVB=-0.0151958;RO=46;SAF=13;SAR=19;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143094;STB=0.575712;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00624475;OID=.;OPOS=102462636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:46:47:32:33:0.4125:19:13:25:21:19:14:26:21 chr7 102574999 . TGAA T 778.97 PASS AF=1;AO=44;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109869;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=304.941;QD=63.5891;RBI=0.0409851;REFB=0;REVB=0.039485;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.61361e-05;OID=.;OPOS=102575000;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:49:49:49:0:25:24:0:0:4:0:23:21:0:0 chr7 102668001 . A C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.102;QD=57.7124;RBI=0.0221802;REFB=0;REVB=0.00853631;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76877e-05;OID=.;OPOS=102668001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr7 102716255 . G A 305.49 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00114549;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.619;QD=20.3662;RBI=0.00212738;REFB=-0.0190521;REVB=-0.00179265;RO=30;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10404;STB=0.569578;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0306563;OID=.;OPOS=102716255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:30:28:31:32:0.533333:16:15:11:19:17:15:9:19 chr7 102740683 . G A 689.33 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.564;QD=62.666;RBI=0.0182853;REFB=0;REVB=-0.0146352;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.73036e-06;OID=.;OPOS=102740683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:19:24:0:0:20:24:0:0 chr7 102742144 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00465992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.69;QD=59.0185;RBI=0.00466144;REFB=0;REVB=-0.000118777;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16477e-05;OID=.;OPOS=102742144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr7 102743893 . C T 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3579;QD=59.4283;RBI=0.0457057;REFB=0;REVB=0.00920524;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640237;OID=.;OPOS=102743893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr7 102948040 . T C 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00572676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.018;QD=13.4592;RBI=0.0205594;REFB=-0.0100799;REVB=-0.0197457;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451865;STB=0.53121;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0194453;OID=.;OPOS=102948040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:26:16:16:0.380952:6:10:14:10:6:10:15:11 chr7 103007949 . A C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.58;QD=59.6793;RBI=0.0242395;REFB=0;REVB=0.0185773;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60241e-05;OID=.;OPOS=103007949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr7 103014897 . A C 401.71 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.00272416;FXX=0.0319115;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.861;QD=17.6576;RBI=0.00893354;REFB=0.000317173;REVB=-0.00850806;RO=40;SAF=19;SAR=22;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797507;STB=0.56883;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.000541017;OID=.;OPOS=103014897;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:91:40:50:41:41:0.450549:22:19:15:25:22:19:17:33 chr7 103019705 . A G 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0250788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1227;QD=15.643;RBI=0.0284572;REFB=-0.0262831;REVB=0.0134486;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887593;STB=0.55097;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0171844;OID=.;OPOS=103019705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:10:10:17:12:10:10:17:12 chr7 103124207 . T C 626.23 PASS AF=0.54386;AO=62;DP=114;FAO=62;FDP=114;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0146907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.513;QD=21.9728;RBI=0.0233993;REFB=-0.0160089;REVB=0.0182128;RO=51;SAF=31;SAR=31;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00807473;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0124857;OID=.;OPOS=103124207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:51:52:62:62:0.54386:31:31:25:26:31:31:26:26 chr7 103124785 . T C 195.66 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00773423;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.809;QD=17.0141;RBI=0.0128105;REFB=-0.00385018;REVB=0.0102123;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770416;STB=0.544141;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00346315;OID=.;OPOS=103124785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:13:7:11:15:13:7:11:15 chr7 103151436 . T C 162.53 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0158125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0322;QD=19.7002;RBI=0.0247551;REFB=-0.0291965;REVB=0.0190469;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183655;STB=0.60427;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0197535;OID=.;OPOS=103151436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:6:11:7:9:6:11:7:9 chr7 103155705 . A G 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0154783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.921;QD=17.3254;RBI=0.0154819;REFB=-0.00577482;REVB=-0.000333175;RO=25;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324818;STB=0.5185;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00538333;OID=.;OPOS=103155705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:7:13:17:8:7:13:17:8 chr7 103179595 . A G 478.02 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00549405;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7102;QD=19.5111;RBI=0.0227256;REFB=0.00973458;REVB=-0.0220515;RO=50;SAF=27;SAR=20;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124943;STB=0.564432;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.0112234;OID=.;OPOS=103179595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:51:47:47:0.479592:20:27:22:28:20:27:23:28 chr7 103251161 . G C 402.26 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00403674;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.65;QD=14.7617;RBI=0.0114395;REFB=-0.00909911;REVB=-0.0107036;RO=63;SAF=23;SAR=23;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00815227;STB=0.504585;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0115546;OID=.;OPOS=103251161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:23:23:32:31:23:23:32:31 chr7 103270614 . G A 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0148252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.319;QD=16.8738;RBI=0.0307374;REFB=-0.0132246;REVB=0.0269259;RO=26;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153771;STB=0.588145;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0170635;OID=.;OPOS=103270614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:7:13:13:13:7:13:13:13 chr7 103389954 . A G 127.37 PASS AF=0.295082;AO=17;DP=60;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.109147;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.9022;QD=8.35207;RBI=0.109246;REFB=-0.00265628;REVB=0.00465232;RO=42;SAF=3;SAR=14;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427624;STB=0.708253;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00617284;OID=.;OPOS=103389954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:42:43:17:18:0.295082:14:3:21:21:14:4:21:22 chr7 104263425 . T C 217.47 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.704;QD=48.3276;RBI=0.0453465;REFB=0;REVB=0.0123627;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380138;OID=.;OPOS=104263425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:8:10:0:0 chr7 104536783 . C T 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0107954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.128;QD=24.3901;RBI=0.0293091;REFB=-0.0158253;REVB=0.0272485;RO=14;SAF=3;SAR=17;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126112;STB=0.569558;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0124114;OID=.;OPOS=104536783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:17:3:1:13:17:3:1:13 chr7 104547080 . AG AA,A 246.76 PASS AF=0.175,0.5;AO=7,15;DP=36;FAO=7,20;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=0,2;FSAR=7,18;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0628839,0.0792205;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=15.6417,15.7559;QD=24.6763;RBI=0.0741448,0.16089;REFB=-0.109068,-0.112193;REVB=0.039282,-0.140034;RO=13;SAF=0,0;SAR=7,15;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.792444,-0.843617;STB=0.998286,0.796094;STBP=0.001,0.004;TYPE=snp,del;VARB=-0.0318324,0.134149;OID=.,.;OPOS=104547081,104547081;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.175,0.5:7,15:36:7,20:40:13:0,2:7,18:8:5:50:13:0,0:7,15:9:4 chr7 104785779 . T G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0172515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.999;QD=13.9591;RBI=0.0365697;REFB=-0.0174938;REVB=0.0322449;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252798;STB=0.65172;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00783539;OID=.;OPOS=104785779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:3:4:2:5:3:4 chr7 105258382 . G A 228.24 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0120394;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.724;QD=11.5562;RBI=0.0220745;REFB=-0.00967196;REVB=-0.0185024;RO=50;SAF=11;SAR=17;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185454;STB=0.613084;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0195447;OID=.;OPOS=105258382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:51:28:28:0.35443:17:11:28:22:17:11:29:22 chr7 105621512 . G T 1192.95 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154054;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.009;QD=61.177;RBI=0.044324;REFB=0;REVB=0.0415608;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119858;OID=.;OPOS=105621512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:78:0:0:72:78:1:41:31:0:0:42:36:0:0 chr7 105848638 . T C 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.231;QD=61.3305;RBI=0.0250806;REFB=0;REVB=0.0203596;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104545;OID=.;OPOS=105848638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr7 105903904 . T C 1311.75 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00355504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0726;QD=59.6248;RBI=0.0512937;REFB=-0.137229;REVB=0.0511704;RO=2;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024918;STB=0.513155;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0123052;OID=.;OPOS=105903904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:37:49:0:2:37:49:0:2 chr7 106508978 . A G 2300.61 PASS AF=1;AO=150;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6794;QD=60.1466;RBI=0.0111787;REFB=0;REVB=0.00850237;RO=0;SAF=65;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373145;OID=.;OPOS=106508978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:150:153:1:85:65:0:0:86:67:0:0 chr7 106508987 . T C 2279.28 PASS AF=1;AO=148;DP=152;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229968;FXX=0.0324654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3219;QD=61.1889;RBI=0.00719008;REFB=0;REVB=-0.00681239;RO=0;SAF=63;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000933593;OID=.;OPOS=106508987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:149:0:0:148:149:1:85:63:0:0:85:64:0:0 chr7 106513011 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.156;QD=62.9829;RBI=0.0275156;REFB=0;REVB=-0.0255705;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9441e-05;OID=.;OPOS=106513011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr7 106799997 . G A 164.06 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00339125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.478;QD=29.8285;RBI=0.0108377;REFB=-0.06724;REVB=0.0102934;RO=6;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219834;STB=0.51218;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00784265;OID=.;OPOS=106799997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:6:10:4:2:6:10:4:2 chr7 107002806 . A G 1048.07 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0359544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7771;QD=58.2259;RBI=0.0360587;REFB=-0.0247569;REVB=-0.00274144;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.506847;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000501297;OID=.;OPOS=107002806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:36:35:0:0:36:35:0:1 chr7 107188719 . G T 297.08 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0308149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.519;QD=18.2815;RBI=0.0678859;REFB=-0.0132654;REVB=-0.0604892;RO=33;SAF=12;SAR=20;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102383;STB=0.556928;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0197339;OID=.;OPOS=107188719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:20:12:9:24:20:12:9:24 chr7 107208250 . T C 210.05 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00713036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.15;QD=18.671;RBI=0.00993626;REFB=-0.017297;REVB=-0.00692006;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267609;STB=0.516114;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0211361;OID=.;OPOS=107208250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:24:20:21:0.466667:11:9:11:12:12:9:11:13 chr7 107414419 . A G 1265.03 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.81;QD=60.9655;RBI=0.0193509;REFB=0;REVB=0.0184848;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8157e-05;OID=.;OPOS=107414419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:80:83:1:34:46:0:0:37:46:0:0 chr7 107423254 . C T 158.63 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0296964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.697;QD=17.1497;RBI=0.0366937;REFB=-0.0408849;REVB=-0.0215534;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369472;STB=0.521148;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.02743;OID=.;OPOS=107423254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:11:9:7:10:11:9 chr7 107559911 . G A 180.11 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0725121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7405;QD=10.9157;RBI=0.0735052;REFB=-0.00384921;REVB=-0.0120416;RO=41;SAF=14;SAR=9;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297257;STB=0.513201;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0043384;OID=.;OPOS=107559911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:43:23:23:0.348485:9:14:26:15:9:14:27:16 chr7 107569517 . A G 330.1 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.010475;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.984;QD=15.5339;RBI=0.0184274;REFB=-0.011378;REVB=-0.0151606;RO=49;SAF=24;SAR=12;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147022;STB=0.583286;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0147208;OID=.;OPOS=107569517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:49:49:36:36:0.423529:12:24:26:23:12:24:26:23 chr7 107593989 . T C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0214078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.405;QD=9.09999;RBI=0.0355526;REFB=0.00487768;REVB=0.0283847;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407925;STB=0.751486;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0116372;OID=.;OPOS=107593989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:7:2:11:8:7:2:11:8 chr7 107603431 . A C 415.39 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0255771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.764;QD=15.2437;RBI=0.0261954;REFB=-0.0158073;REVB=0.00565799;RO=61;SAF=25;SAR=22;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10975;STB=0.555839;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0238508;OID=.;OPOS=107603431;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:62:47:47:0.431193:22:25:39:22:22:25:39:23 chr7 107738882 . G A 696.03 PASS AF=0.403141;AO=77;DP=191;FAO=77;FDP=191;FR=.;FRO=114;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=68;FSRR=46;FWDB=-0.00324605;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.457;QD=14.5766;RBI=0.00553138;REFB=-0.0228933;REVB=0.00447876;RO=114;SAF=37;SAR=40;SRF=68;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122942;STB=0.568934;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0235461;OID=.;OPOS=107738882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:114:114:77:77:0.403141:40:37:68:46:40:37:68:46 chr7 107738948 . G A 742.62 PASS AF=0.454023;AO=79;DP=173;FAO=79;FDP=174;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=59;FSRR=36;FWDB=-0.0157249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.702;QD=17.0716;RBI=0.0169864;REFB=-0.0137996;REVB=0.00642383;RO=94;SAF=36;SAR=43;SRF=59;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167219;STB=0.589529;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0189766;OID=.;OPOS=107738948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:94:95:79:79:0.454023:43:36:59:35:43:36:59:36 chr7 107743664 . A G 119.3 PASS AF=0.35;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00722354;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0455;QD=11.9295;RBI=0.0140081;REFB=-0.00529125;REVB=-0.012002;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993992;STB=0.546695;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00754685;OID=.;OPOS=107743664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:25:26:14:14:0.35:6:8:12:13:6:8:13:13 chr7 107745029 . A G 535.28 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0327315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.553;QD=20.9914;RBI=0.0327368;REFB=0.0022767;REVB=-0.000589209;RO=47;SAF=30;SAR=24;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180515;STB=0.603411;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00161815;OID=.;OPOS=107745029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:48:54:54:0.529412:24:30:16:31:24:30:16:32 chr7 107818851 . T C 629.26 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00908804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.04;QD=57.2051;RBI=0.0318847;REFB=-0.0211737;REVB=0.0305621;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.501084;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00031505;OID=.;OPOS=107818851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:44:1:2:41:42:0.954545:20:21:1:0:20:22:1:1 chr7 107824678 . A G 1500.72 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614996;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.076;QD=60.0287;RBI=0.0740889;REFB=0;REVB=0.0413154;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534818;OID=.;OPOS=107824678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:100:0:0:94:100:1:44:50:0:0:50:50:0:0 chr7 107824889 . C G 302.97 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.227;QD=52.6912;RBI=0.0504014;REFB=0;REVB=0.020775;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497464;OID=.;OPOS=107824889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:9:12:0:0:11:12:0:0 chr7 107834613 . G C 234.65 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0999378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.223;QD=18.772;RBI=0.099965;REFB=-0.00249766;REVB=0.00232909;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209355;STB=0.627476;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000242919;OID=.;OPOS=107834613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:14:9:16:10:14:9:17:10 chr7 107834734 . C T 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00157849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.927;QD=15.9138;RBI=0.0454834;REFB=-0.0265519;REVB=-0.045456;RO=37;SAF=19;SAR=11;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453096;STB=0.525499;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0337799;OID=.;OPOS=107834734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:11:19:25:12:11:19:25:12 chr7 107838464 . G T 395.94 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0264095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.131;QD=20.3046;RBI=0.0512092;REFB=-0.0182346;REVB=-0.0438739;RO=38;SAF=22;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044152;STB=0.524472;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0178357;OID=.;OPOS=107838464;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:18:22:19:19:18:22:19:19 chr7 107849908 . G A 347.82 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0163127;FXX=0.117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1395;QD=18.5501;RBI=0.0495723;REFB=-0.0117587;REVB=-0.0468114;RO=32;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168278;STB=0.558107;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0181439;OID=.;OPOS=107849908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:32:40:34:35:0.466667:16:18:23:9:16:19:26:14 chr7 107875170 . T C 911.76 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00332295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.967;QD=55.2582;RBI=0.00402982;REFB=0.0450387;REVB=-0.0022798;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.517852;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00477705;OID=.;OPOS=107875170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:0:2:64:64:0.969697:27:37:0:0:27:37:0:2 chr7 108212353 . G A 710.19 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0681941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.778;QD=54.6299;RBI=0.0739437;REFB=-0.00987538;REVB=0.0285873;RO=1;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144898;STB=0.507689;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000380006;OID=.;OPOS=108212353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:32:19:0:1:32:19:0:1 chr7 111367623 . T C 237.69 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00384032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.393;QD=18.642;RBI=0.00764894;REFB=-0.00434636;REVB=0.006615;RO=26;SAF=9;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966341;STB=0.554411;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00565863;OID=.;OPOS=111367623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:16:9:12:14:16:9:12:14 chr7 111503402 . A G 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=0.0105421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.048;QD=9.99292;RBI=0.0566218;REFB=0.000889686;REVB=0.0556318;RO=36;SAF=10;SAR=7;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239172;STB=0.639279;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00215302;OID=.;OPOS=111503402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:7:10:28:8:7:10:28:8 chr7 111555873 . T A 620.13 PASS AF=0.584158;AO=59;DP=101;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00604644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.159;QD=24.5595;RBI=0.0184602;REFB=-0.0190833;REVB=0.0174419;RO=42;SAF=32;SAR=27;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866409;STB=0.547268;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0131325;OID=.;OPOS=111555873;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:42:42:59:59:0.584158:27:32:18:24:27:32:18:24 chr7 112101909 . T A 301.47 PASS AF=0.4;AO=7;DP=60;FAO=22;FDP=55;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=11;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.00217305;FXX=0.112885;HRUN=11;LEN=1;MLLD=106.787;QD=21.9252;RBI=0.188979;REFB=-0.0361803;REVB=-0.188967;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378852;STB=0.657017;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0277959;OID=.;OPOS=112101909;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:60:55:9:11:7:22:0.4:1:6:9:0:10:12:11:0 chr7 112112892 . G A 168.12 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00432537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.348;QD=10.189;RBI=0.017448;REFB=-0.00157839;REVB=0.0169034;RO=43;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645838;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00358882;OID=.;OPOS=112112892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:43:44:22:22:0.333333:12:10:22:21:11:11:22:22 chr7 112405982 . TA TAA,T 37.63 PASS AF=0,0.256098;AO=9,29;DP=82;FAO=0,21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=0,11;FSAR=0,10;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.11977,-0.122302;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.40321,8.41804;QD=1.83539;RBI=0.147874,0.150357;REFB=0.0177013,-0.0227514;REVB=-0.0867293,0.0874622;RO=40;SAF=2,20;SAR=7,9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.380036,0.180162;STB=0.5,0.512808;STBP=1,0.916;TYPE=ins,del;VARB=0,-0.0215222;OID=.,.;OPOS=112405983,112405983;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=TAA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.256098:9,29:82:0,21:82:61:0,11:0,10:33:28:38:40:2,20:7,9:21:19 chr7 112406507 . C T 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00101184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.096;QD=10.0236;RBI=0.00228815;REFB=-0.0153549;REVB=-0.00205227;RO=37;SAF=15;SAR=3;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398772;STB=0.740438;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0184369;OID=.;OPOS=112406507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:3:15:20:17:3:15:20:17 chr7 112459652 . T A 109.24 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0164469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.103;QD=8.5678;RBI=0.0174352;REFB=-0.00677373;REVB=-0.00578669;RO=37;SAF=6;SAR=8;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319604;STB=0.691645;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0193649;OID=.;OPOS=112459652;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:8:6:26:11:8:6:26:11 chr7 112722278 . A C 387.89 PASS AF=1;AO=19;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751845;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=62.6671;QD=55.4132;RBI=0.2499;REFB=0;REVB=0.238321;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0065808;OID=.;OPOS=112722278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:19:28:1:8:11:0:0:15:13:0:0 chr7 112724417 . A G 400.26 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0514523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.835;QD=53.3673;RBI=0.0514804;REFB=-0.156559;REVB=0.00170204;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538434;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00433437;OID=.;OPOS=112724417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:23:6:0:0:23:6:1:0 chr7 112724525 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.516;QD=57.2026;RBI=0.0398699;REFB=0;REVB=0.0313119;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198513;OID=.;OPOS=112724525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr7 113518434 . C A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0399689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2211;QD=12.1823;RBI=0.0750372;REFB=0.0125698;REVB=-0.0635064;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0273264;OID=.;OPOS=113518434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:6:9:6:4:6:9 chr7 113518502 . A T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.466;QD=57.2376;RBI=0.0206473;REFB=0;REVB=0.0184726;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93983e-05;OID=.;OPOS=113518502;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr7 113519719 . A T 1479.34 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.271;QD=62.9508;RBI=0.0160789;REFB=0;REVB=0.0152517;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35664e-06;OID=.;OPOS=113519719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:94:0:0:91:94:1:46:45:0:0:49:45:0:0 chr7 113519796 . C T 1116.92 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9476;QD=60.374;RBI=0.0384763;REFB=0;REVB=-0.0298403;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259426;OID=.;OPOS=113519796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr7 114296590 . A C 136.54 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0104272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.185;QD=10.9235;RBI=0.0107571;REFB=-0.00206145;REVB=-0.00264375;RO=34;SAF=4;SAR=12;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141841;STB=0.585253;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00329878;OID=.;OPOS=114296590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:12:4:12:22:12:4:12:22 chr7 114619598 . C A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.761;QD=52.6132;RBI=0.0100142;REFB=0;REVB=-0.000578134;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08738e-05;OID=.;OPOS=114619598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr7 115578124 . G T 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0179238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6334;QD=14.834;RBI=0.0271582;REFB=-0.00321587;REVB=-0.0204036;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191462;STB=0.609276;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00688191;OID=.;OPOS=115578124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:9:13:12:18:9:13:12:18 chr7 115892650 . T G 1400.4 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.984;QD=61.5562;RBI=0.0158018;REFB=-0.0365838;REVB=0.000689093;RO=1;SAF=30;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783503;STB=0.504131;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=9.16484e-05;OID=.;OPOS=115892650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:60:30:0:1:60:30:0:1 chr7 115897392 . G C 1171.95 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.183;QD=60.8804;RBI=0.0467835;REFB=0;REVB=0.0150886;RO=0;SAF=49;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91886e-05;OID=.;OPOS=115897392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:28:49:0:0:28:49:0:0 chr7 116165360 . A C,G 718.2 PASS AF=0.807692,0.192308;AO=42,10;DP=52;FAO=42,10;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31,9;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844212,0.00500983;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.452,171.466;QD=55.246;RBI=0.0106832,0.0103845;REFB=0,0;REVB=-0.00654691,-0.00909616;RO=0;SAF=31,9;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.72514e-08,3.8593e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0222501,0.055457;OID=.,.;OPOS=116165360,116165360;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:62:52:52:0:0:42,10:42,10:0.807692,0.192308:11,1:31,9:0:0:11,1:31,9:0:0 chr7 116364823 . CA C 336.29 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00111407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.995;QD=20.3814;RBI=0.024393;REFB=-0.00357442;REVB=-0.0243675;RO=30;SAF=21;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571051;STB=0.523183;STBP=0.711;TYPE=del;VARB=0.00367009;OID=.;OPOS=116364824;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:35:66:36:66:30:21:15:16:14:99:30:21:14:16:14 chr7 116397572 . A G 331.98 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.011068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.883;QD=16.1942;RBI=0.0151098;REFB=-0.0131068;REVB=-0.0102862;RO=46;SAF=19;SAR=17;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493391;STB=0.527762;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0178767;OID=.;OPOS=116397572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:17:19:22:24:17:19:22:24 chr7 116435768 . C T 321.24 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00143755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.099;QD=16.2652;RBI=0.0152259;REFB=-0.00248931;REVB=0.0151579;RO=42;SAF=14;SAR=21;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988259;STB=0.569191;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00594042;OID=.;OPOS=116435768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:44:35:35:0.443038:21:14:21:21:21:14:23:21 chr7 116436022 . G A 616.39 PASS AF=0.447552;AO=63;DP=143;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.00738678;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.527;QD=17.2418;RBI=0.0355932;REFB=-0.0153981;REVB=0.0348182;RO=80;SAF=24;SAR=39;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461879;STB=0.522829;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0203715;OID=.;OPOS=116436022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:80:79:63:64:0.447552:39:24:34:46:39:25:34:45 chr7 116436097 . G A 786.92 PASS AF=0.471264;AO=82;DP=174;FAO=82;FDP=174;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=0.00111632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1914;QD=18.0901;RBI=0.0221881;REFB=-0.0147768;REVB=0.02216;RO=92;SAF=28;SAR=54;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848206;STB=0.54701;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0215727;OID=.;OPOS=116436097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:92:92:82:82:0.471264:54:28:39:53:54:28:39:53 chr7 116437606 . G A 1933.19 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.654;QD=61.8619;RBI=0.0117771;REFB=0;REVB=0.0070108;RO=0;SAF=56;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32592e-05;OID=.;OPOS=116437606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:69:56:0:0:69:56:0:0 chr7 116546325 . CA C 81.33 PASS AF=0.642857;AO=15;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.123631;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.35045;QD=11.6189;RBI=0.214602;REFB=-0.129748;REVB=0.175412;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114631;STB=0.519978;STBP=0.81;TYPE=del;VARB=0.111951;OID=.;OPOS=116546326;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.642857:15:28:18:28:10:10:8:5:5:29:13:9:6:6:7 chr7 116558716 . G A 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0371157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.086;QD=15.3565;RBI=0.0371973;REFB=-0.0113901;REVB=-0.0024619;RO=44;SAF=9;SAR=24;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354043;STB=0.700605;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00874342;OID=.;OPOS=116558716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:24:9:27:17:24:9:27:17 chr7 116596697 . A G 1606.87 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00125784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.268;QD=64.2748;RBI=0.016367;REFB=0;REVB=0.0163186;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08006e-05;OID=.;OPOS=116596697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:46:54:0:0:46:54:0:0 chr7 116598724 . C T 479.33 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0286481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.178;QD=22.5569;RBI=0.0293291;REFB=0.0006184;REVB=-0.00628335;RO=39;SAF=21;SAR=25;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194727;STB=0.606935;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00048292;OID=.;OPOS=116598724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:25:21:27:12:25:21:27:12 chr7 116598735 . A G 349.8 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00293781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5672;QD=17.7113;RBI=0.00599981;REFB=-0.014463;REVB=-0.00523135;RO=41;SAF=25;SAR=12;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230278;STB=0.635518;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0130293;OID=.;OPOS=116598735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:37:37:0.468354:12:25:18:23:12:25:18:24 chr7 117024820 . T G 332.87 PASS AF=0.58;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0547459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3289;QD=26.6299;RBI=0.0547662;REFB=-0.041469;REVB=-0.00149204;RO=21;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461096;STB=0.517229;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0337447;OID=.;OPOS=117024820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:21:21:28:29:0.58:15:13:11:10:15:14:11:10 chr7 117160988 . A G 219.7 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00574764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.135;QD=17.5763;RBI=0.00756385;REFB=-0.00633456;REVB=-0.00491695;RO=27;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451108;STB=0.538426;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00685917;OID=.;OPOS=117160988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:14:8:11:16:14:8:12:16 chr7 117170774 . G A 86.82 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0346498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.681;QD=12.8626;RBI=0.0354588;REFB=-0.017644;REVB=0.00753089;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107964;STB=0.563643;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0488972;OID=.;OPOS=117170774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:9:7:6:5:9:7 chr7 117199533 . G A 351.17 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.003012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.186;QD=13.0064;RBI=0.0164985;REFB=-0.00797815;REVB=-0.0162212;RO=64;SAF=26;SAR=16;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256905;STB=0.636299;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0094534;OID=.;OPOS=117199533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:66:42:42:0.388889:16:26:24:40:16:26:26:40 chr7 117235055 . T G 671.86 PASS AF=0.465753;AO=68;DP=146;FAO=68;FDP=146;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.000376152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.137;QD=18.4072;RBI=0.0164108;REFB=0.00920378;REVB=0.0164064;RO=77;SAF=40;SAR=28;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128762;STB=0.568162;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00848664;OID=.;OPOS=117235055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:77:78:68:68:0.465753:28:40:35:42:28:40:36:42 chr7 117825681 . A G 1079.79 PASS AF=0.961039;AO=75;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00843482;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1144;QD=56.0928;RBI=0.0431126;REFB=-0.00545365;REVB=-0.0422794;RO=2;SAF=42;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00298944;STB=0.504442;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.000632413;OID=.;OPOS=117825681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:2:3:75:74:0.961039:33:42:1:1:33:41:2:1 chr7 120428799 . C A 1368.35 PASS AF=0.978022;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0238675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.817;QD=60.1473;RBI=0.0275267;REFB=-0.0251816;REVB=0.0137135;RO=2;SAF=43;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000478637;STB=0.500371;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=8.03776e-05;OID=.;OPOS=120428799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:91:2:2:88:89:0.978022:45:43:1:1:46:43:1:1 chr7 120704289 . C T 1025.7 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.649;QD=59.4606;RBI=0.0307429;REFB=0;REVB=-0.0240325;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.16894e-06;OID=.;OPOS=120704289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:29:39:0:0:29:40:0:0 chr7 120740103 . G A,T 1463.64 PASS AF=0.0384615,0.942308;AO=4,98;DP=104;FAO=4,98;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=0,60;FSAR=4,38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00824836,0.0121206;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=58.318,110.082;QD=56.294;RBI=0.0372233,0.0121931;REFB=-0.0833965,-0.102977;REVB=-0.0362979,0.00132823;RO=2;SAF=0,60;SAR=4,38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.725637,0.00447806;STB=0.995773,0.502361;STBP=0.167,0.769;TYPE=snp,snp;VARB=0.123643,0.000177755;OID=.,.;OPOS=120740103,120740103;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:104:104:2:2:4,98:4,98:0.0384615,0.942308:4,38:0,60:1:1:4,38:0,60:1:1 chr7 120764477 . G C 392.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.085463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6402;QD=56.0919;RBI=0.134078;REFB=0;REVB=0.10331;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00432597;OID=.;OPOS=120764477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:8:19:0:0:9:19:0:0 chr7 120765954 . T C 806.03 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.898;QD=64.4821;RBI=0.0118524;REFB=0;REVB=0.00635285;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66976e-05;OID=.;OPOS=120765954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:23:27:0:0 chr7 120773954 . A G 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00476879;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=94.4479;QD=12.9735;RBI=0.00590927;REFB=-0.0318709;REVB=0.00348972;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250496;STB=0.646504;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0101577;OID=.;OPOS=120773954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:12:6:7:5:12:6 chr7 120776097 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00902875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=384.032;QD=49.5992;RBI=0.0204119;REFB=0;REVB=0.0183064;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08954e-05;OID=.;OPOS=120776097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr7 120835015 . G C 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00937604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.178;QD=10.8848;RBI=0.0123602;REFB=-0.00852278;REVB=-0.0080539;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175766;STB=0.588033;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0123296;OID=.;OPOS=120835015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:3:6:7:7:3:6:8:7 chr7 120936006 . G A 197.77 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.029569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.241;QD=14.6496;RBI=0.0328756;REFB=-0.00470398;REVB=-0.0143694;RO=31;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625972;STB=0.535742;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00841522;OID=.;OPOS=120936006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:9:14:17:14:9:14:17:14 chr7 120965464 . G GCACC 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0013626;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=157.164;QD=13.5766;RBI=0.0103853;REFB=-0.020424;REVB=-0.0102956;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11174;STB=0.56593;STBP=0.588;TYPE=ins;VARB=0.0363472;OID=.;OPOS=120965465;OREF=-;OALT=CACC;OMAPALT=GCACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:13:32:13:32:19:3:10:6:13:99:19:3:10:6:13 chr7 120969769 . G A 407.75 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00519584;FXX=0.0266631;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.494;QD=22.3423;RBI=0.0227033;REFB=-0.00335734;REVB=0.0221007;RO=31;SAF=23;SAR=17;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309337;STB=0.50035;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00407985;OID=.;OPOS=120969769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:31:33:40:40:0.547945:17:23:19:12:17:23:19:14 chr7 120971946 . C T 259.41 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.041938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.547;QD=14.2145;RBI=0.0419436;REFB=-0.000150599;REVB=-0.00068144;RO=42;SAF=10;SAR=20;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130289;STB=0.56858;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.000295349;OID=.;OPOS=120971946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:43:30:30:0.410959:20:10:19:23:20:10:19:24 chr7 120979089 . C T 260.91 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0237451;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.585;QD=16.5657;RBI=0.024406;REFB=0.0044428;REVB=0.00564151;RO=33;SAF=22;SAR=7;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342857;STB=0.688189;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0107873;OID=.;OPOS=120979089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:33:34:29:29:0.460317:7:22:14:19:7:22:15:19 chr7 121653374 . GTGA G 152.13 PASS AF=0.625;AO=13;DP=29;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0145391;FXX=0.172354;HRUN=1;LEN=3;MLLD=239.755;QD=25.3542;RBI=0.0163618;REFB=-0.019623;REVB=-0.00750498;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125599;STB=0.559242;STBP=0.468;TYPE=del;VARB=0.0124536;OID=.;OPOS=121653375;OREF=TGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:13:29:15:24:9:6:9:5:4:72:9:5:8:5:4 chr7 121653398 . G A 242.33 PASS AF=0.666667;AO=21;DP=32;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0449141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.614;QD=29.3738;RBI=0.0451377;REFB=-0.0248355;REVB=-0.00448655;RO=11;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120634;STB=0.550412;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00851529;OID=.;OPOS=121653398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:11:11:21:22:0.666667:15:6:5:6:15:7:5:6 chr7 121726132 . C T 157.83 PASS AF=0.377358;AO=17;DP=49;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0198192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5061;QD=11.912;RBI=0.0216748;REFB=-0.0209246;REVB=0.00877479;RO=32;SAF=2;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411179;STB=0.709938;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.03358;OID=.;OPOS=121726132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:32:33:17:20:0.377358:15:2:12:20:17:3:13:20 chr7 122303321 . C T 958.44 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000568898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.767;QD=57.2202;RBI=0.050026;REFB=-0.0159601;REVB=-0.0500227;RO=1;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185226;STB=0.509801;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=7.65701e-05;OID=.;OPOS=122303321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:25:41:0:1:25:41:0:1 chr7 122342885 . T C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00868998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.636;QD=9.91656;RBI=0.0161758;REFB=-0.0206185;REVB=0.0136434;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239435;STB=0.642574;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0220814;OID=.;OPOS=122342885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:4:13:5:4:4:13 chr7 122635024 . C T 302.81 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0188854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.39;QD=17.0596;RBI=0.0332867;REFB=-0.0087382;REVB=-0.0274107;RO=38;SAF=19;SAR=14;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220171;STB=0.62314;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00753838;OID=.;OPOS=122635024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:14:19:13:25:14:19:13:25 chr7 122774490 . C T 357.89 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00628154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4964;QD=19.6106;RBI=0.0571894;REFB=-0.0109429;REVB=-0.0568434;RO=36;SAF=16;SAR=21;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085047;STB=0.547257;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0123733;OID=.;OPOS=122774490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:21:16:19:17:21:16:19:17 chr7 122809234 . T C 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0210481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.221;QD=19.577;RBI=0.0351594;REFB=-0.0233045;REVB=0.0281631;RO=31;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435953;STB=0.502423;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0201335;OID=.;OPOS=122809234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:19:14:13:18:19:14:13:18 chr7 123097468 . T C 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0424847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3846;QD=17.7907;RBI=0.0433631;REFB=0.000142943;REVB=-0.00868386;RO=33;SAF=22;SAR=9;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786354;STB=0.54414;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000238088;OID=.;OPOS=123097468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:9:22:21:12:9:22:21:12 chr7 123119990 . T C 215.6 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0281895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.565;QD=15.1297;RBI=0.0526376;REFB=-0.0172015;REVB=0.044453;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112218;STB=0.563586;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0349925;OID=.;OPOS=123119990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:13:12:19:13:13:12:19:13 chr7 123152019 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0151475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.031;QD=18.4438;RBI=0.0251862;REFB=-0.0197539;REVB=0.020122;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335209;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00891632;OID=.;OPOS=123152019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:8:9:11:11:0.55:6:5:4:4:6:5:4:5 chr7 123152035 . T C 137.72 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00599357;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.204;QD=17.7707;RBI=0.0188752;REFB=-0.0125739;REVB=-0.0178983;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14199;STB=0.58109;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0125946;OID=.;OPOS=123152035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:16:15:15:0.483871:8:7:10:6:8:7:10:6 chr7 123256427 . C T 766.37 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0583483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6169;QD=63.8645;RBI=0.0689753;REFB=0;REVB=-0.0367841;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123509;OID=.;OPOS=123256427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr7 123269118 . G C 920.04 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7372;QD=58.4151;RBI=0.0374851;REFB=0;REVB=-0.00523064;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016002;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350675;OID=.;OPOS=123269118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:1:0:62:63:1:33:29:1:0:33:30:0:0 chr7 123321978 . C A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.104;QD=59.8394;RBI=0.0187391;REFB=0;REVB=0.0174855;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20832e-05;OID=.;OPOS=123321978;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr7 123336804 . G A 1268.09 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202629;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.27;QD=61.8581;RBI=0.0204525;REFB=0;REVB=-0.00277856;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48448e-05;OID=.;OPOS=123336804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:50:32:0:0:50:32:0:0 chr7 123508328 . A G 995.06 PASS AF=0.52459;AO=96;DP=184;FAO=96;FDP=183;FR=.;FRO=87;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-1.56239e-05;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.862;QD=21.7499;RBI=0.0016227;REFB=-0.00168311;REVB=-0.00162263;RO=83;SAF=41;SAR=55;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368593;STB=0.526826;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00198171;OID=.;OPOS=123508328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:83:87:96:96:0.52459:55:41:39:44:55:41:42:45 chr7 124116470 . A G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0435088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1058;QD=7.62817;RBI=0.0479177;REFB=-0.00142237;REVB=0.0200772;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.557043;STB=0.843059;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00478411;OID=.;OPOS=124116470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:19:20:8:8:0.285714:6:2:15:4:6:2:16:4 chr7 124386340 . C T 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00571013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.805;QD=17.5011;RBI=0.0252834;REFB=-0.0250065;REVB=-0.0246302;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168821;STB=0.594828;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0240124;OID=.;OPOS=124386340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:11:15:11:17:11:15:11:17 chr7 124387374 . A G 95.31 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0607917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.6642;QD=34.659;RBI=0.086687;REFB=0.03143;REVB=-0.0617981;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.526264;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0287687;OID=.;OPOS=124387374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:11:0:1:10:10:0.909091:9:1:0:0:9:1:0:1 chr7 124486980 . T C 1538.51 PASS AF=1;AO=76;DP=98;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254282;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.352;QD=64.1047;RBI=0.0851403;REFB=0;REVB=0.0812544;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289634;OID=.;OPOS=124486980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:96:0:0:76:96:1:33:43:0:0:39:57:0:0 chr7 126078883 . AT A 243.06 PASS AF=1;AO=37;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564422;FXX=0.019604;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.61719;QD=19.4447;RBI=0.0592602;REFB=0.0290599;REVB=0.0180567;RO=8;SAF=15;SAR=22;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538592;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000137808;OID=.;OPOS=126078884;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:51:50:50:0:18:32:0:0:3:8:15:22:2:6 chr7 127222157 . G A 247.98 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00297086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3212;QD=16.2607;RBI=0.0116254;REFB=-0.0077702;REVB=0.0112394;RO=33;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546039;STB=0.530784;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0100801;OID=.;OPOS=127222157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:12:16:17:16:12:16:17:16 chr7 127224286 . A G 591.16 PASS AF=0.735294;AO=50;DP=68;FAO=50;FDP=68;FR=.;FRO=18;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0186035;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.304;QD=34.774;RBI=0.0218657;REFB=-0.0107627;REVB=-0.01149;RO=17;SAF=25;SAR=25;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138585;STB=0.50943;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00453798;OID=.;OPOS=127224286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:17:18:50:50:0.735294:25:25:9:8:24:26:10:8 chr7 127236002 . C T 32.23 PASS AF=0.416667;AO=4;DP=13;FAO=5;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0120427;FXX=0.076864;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7753;QD=10.7421;RBI=0.136358;REFB=-0.0739468;REVB=-0.135825;RO=4;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418587;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0416615;OID=.;OPOS=127236002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:13:12:4:7:4:5:0.416667:2:2:4:0:3:2:4:3 chr7 127250907 . T C 192.38 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0227061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6694;QD=16.0314;RBI=0.0616116;REFB=-0.0246487;REVB=0.057275;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686689;STB=0.555265;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0401354;OID=.;OPOS=127250907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:28:19:20:0.416667:8:11:18:10:9:11:18:10 chr7 127251188 . T G 246.1 PASS AF=0.5;AO=24;DP=51;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.000308509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.068;QD=18.2294;RBI=0.0004012;REFB=-0.0178834;REVB=-0.000256483;RO=26;SAF=20;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196428;STB=0.582418;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0191365;OID=.;OPOS=127251188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:26:27:24:27:0.5:4:20:18:8:5:22:19:8 chr7 128038555 . C G 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0493756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.807;QD=14.132;RBI=0.0544522;REFB=-0.0186898;REVB=0.0229584;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629558;STB=0.54617;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0287717;OID=.;OPOS=128038555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:10:9:16:14:10:9:17:14 chr7 128098071 . G A 329.81 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0073587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.823;QD=15.7055;RBI=0.0207006;REFB=-0.00701495;REVB=0.0193485;RO=48;SAF=19;SAR=17;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780892;STB=0.543976;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0125292;OID=.;OPOS=128098071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:17:19:29:19:17:19:29:19 chr7 128098198 . AT A 171.16 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00259912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.962;QD=9.37883;RBI=0.0489196;REFB=-0.0203393;REVB=0.0488505;RO=49;SAF=17;SAR=7;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1243;STB=0.573218;STBP=0.431;TYPE=del;VARB=0.0313875;OID=.;OPOS=128098199;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328767:24:73:24:73:49:17:7:30:19:99:49:17:7:30:19 chr7 128098268 . GTTGT GTGT,GTGTG 685.26 PASS AF=1,0;AO=43,2;DP=48;FAO=45,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=42,0;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513198,-0.0636969;FXX=0.0425441;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=26.4639,7.24792;QD=60.9123;RBI=0.0525494,0.0747363;REFB=0,0;REVB=0.011301,0.0390925;RO=0;SAF=39,2;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-8.15207e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00170372,0;OID=.,.;OPOS=128098269,128098270;OREF=T,TGT;OALT=-,GTG;OMAPALT=GTGT,GTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:43,2:48:45,0:45:0:42,0:3,0:0:0:4:0:39,2:4,0:0:0 chr7 128133984 . G A 790.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.002;QD=63.2652;RBI=0.0265966;REFB=0;REVB=-0.00834613;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381531;OID=.;OPOS=128133984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:25:25:0:0 chr7 128140982 . T C 473.25 PASS AF=0.555556;AO=44;DP=80;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0292749;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.939;QD=23.3705;RBI=0.0296077;REFB=-0.00808043;REVB=0.00442712;RO=36;SAF=13;SAR=31;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228086;STB=0.628512;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00558954;OID=.;OPOS=128140982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:36:36:44:45:0.555556:31:13:20:16:32:13:20:16 chr7 128141865 . T C 1135.21 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.315;QD=60.5443;RBI=0.0108008;REFB=0;REVB=0.00304617;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83218e-05;OID=.;OPOS=128141865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr7 128312450 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00936207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.49;QD=54.5177;RBI=0.012483;REFB=0;REVB=0.008257;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04747e-06;OID=.;OPOS=128312450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr7 128317721 . GA CG,G 40.2 PASS AF=0,0.178571;AO=3,16;DP=85;FAO=0,15;FDP=84;FR=.;FRO=69;FSAF=0,2;FSAR=0,13;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.0133629,0.0399148;FXX=0.0117633;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=37.9117,12.1667;QD=1.91443;RBI=0.0138153,0.102552;REFB=-0.0200516,-0.0505121;REVB=-0.00350641,-0.0944651;RO=62;SAF=0,4;SAR=3,12;SRF=36;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.472161,-0.409151;STB=0.5,0.866178;STBP=1,0.003;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0220137;OID=.,.;OPOS=128317721,128317722;OREF=GA,A;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:85:84:62:69:3,16:0,15:0,0.178571:3,12:0,4:36:26:0,13:0,2:40:29 chr7 128358891 . C A 431.45 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.00709745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.897;QD=22.7077;RBI=0.00989761;REFB=-0.00452785;REVB=-0.00689847;RO=32;SAF=27;SAR=15;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948486;STB=0.546197;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0042599;OID=.;OPOS=128358891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:32:34:42:42:0.552632:15:27:24:8:15:27:25:9 chr7 128363287 . G A 304.09 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0224428;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.719;QD=17.1318;RBI=0.0229232;REFB=-0.00937781;REVB=-0.0046685;RO=39;SAF=6;SAR=27;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144144;STB=0.58615;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0110037;OID=.;OPOS=128363287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:39:38:33:33:0.464789:27:6:11:28:27:6:11:27 chr7 128371206 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.132;QD=58.2395;RBI=0.0259478;REFB=0;REVB=0.0236512;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87177e-05;OID=.;OPOS=128371206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr7 128388648 . G A 298.97 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00207643;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.766;QD=20.98;RBI=0.00236654;REFB=-0.035518;REVB=-0.00113532;RO=27;SAF=19;SAR=12;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261801;STB=0.637496;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0175422;OID=.;OPOS=128388648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:27:26:31:31:0.54386:12:19:8:19:12:19:8:18 chr7 128451353 . C CAGAGAGCCTGGGA 320.6 PASS AF=1;AO=21;DP=27;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309844;FXX=0.148093;HRUN=2;LEN=13;MLLD=434.825;QD=55.7562;RBI=0.0317034;REFB=0;REVB=0.00671378;RO=1;SAF=15;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.6558e-05;OID=.;OPOS=128451354;OREF=-;OALT=AGAGAGCCTGGGA;OMAPALT=CAGAGAGCCTGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:27:23:23:0:16:7:0:0:3:1:15:6:1:0 chr7 128455767 . C G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.686;QD=54.5176;RBI=0.00611383;REFB=0;REVB=-0.00096775;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9474e-06;OID=.;OPOS=128455767;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr7 128455916 . G A 116.6 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0237354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6981;QD=15.5462;RBI=0.0509792;REFB=-0.0431064;REVB=0.0451166;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167528;STB=0.564268;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0503324;OID=.;OPOS=128455916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:16:13:14:0.466667:6:7:12:5:6:8:11:5 chr7 128470838 . C T 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00643645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.758;QD=13.4908;RBI=0.0392327;REFB=-0.0170891;REVB=-0.0387012;RO=45;SAF=19;SAR=11;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856199;STB=0.556738;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.029093;OID=.;OPOS=128470838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:45:46:30:30:0.394737:11:19:25:20:11:19:25:21 chr7 128477472 . T C 189.08 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0640258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7727;QD=13.0401;RBI=0.0740361;REFB=-0.0312778;REVB=-0.0371758;RO=34;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140211;STB=0.573072;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0423327;OID=.;OPOS=128477472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:34:35:22:23:0.396552:10:12:14:20:11:12:14:21 chr7 128477547 . T C 297.2 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0402265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.88;QD=18.289;RBI=0.0402511;REFB=-0.0148911;REVB=-0.00140716;RO=33;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116252;STB=0.506489;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0172421;OID=.;OPOS=128477547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:19:13:13:20:19:13:13:20 chr7 128484816 . A G 505.23 PASS AF=0.477876;AO=53;DP=112;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0102876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.778;QD=17.8842;RBI=0.0135215;REFB=-0.0103645;REVB=-0.00877471;RO=58;SAF=18;SAR=35;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25159;STB=0.638502;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.01678;OID=.;OPOS=128484816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:58:59:53:54:0.477876:35:18:35:23:36:18:35:24 chr7 128486363 . C T 273.42 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0145621;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.789;QD=17.3602;RBI=0.0229011;REFB=-0.0215977;REVB=-0.0176751;RO=34;SAF=21;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230336;STB=0.621076;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0199666;OID=.;OPOS=128486363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:33:30:30:0.47619:9:21:16:18:9:21:16:17 chr7 128487866 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.913;QD=51.9163;RBI=0.0309489;REFB=0;REVB=-0.0280073;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000530331;OID=.;OPOS=128487866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:4:17:0:0:4:17:0:0 chr7 128488734 . G A 648.38 PASS AF=0.503876;AO=65;DP=128;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.0204431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.438;QD=20.1049;RBI=0.0206926;REFB=-0.0214146;REVB=-0.00320393;RO=62;SAF=32;SAR=33;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107952;STB=0.566081;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0224066;OID=.;OPOS=128488734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:62:64:65:65:0.503876:33:32:23:39:33:32:23:41 chr7 128499079 . G A 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0208231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.033;QD=18.8276;RBI=0.0223322;REFB=-0.0296472;REVB=0.00807021;RO=22;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156859;STB=0.58938;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0404502;OID=.;OPOS=128499079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:14:6:10:12:14:6:10:12 chr7 128544133 . G T 576.4 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0654439;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9339;QD=56.2345;RBI=0.0836596;REFB=-0.152536;REVB=0.0521154;RO=2;SAF=21;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425724;STB=0.522716;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00647731;OID=.;OPOS=128544133;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:41:2:2:39:39:0.95122:18:21:2:0:18:21:2:0 chr7 128550680 . GCC GC,G 163.6 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=13,2;DP=18;FAO=18,1;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=5,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051881,-0.0286165;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=13.6635,7.88231;QD=34.4411;RBI=0.0598101,0.0332529;REFB=-0.0335469,-0.0374366;REVB=0.0297592,0.0169367;RO=1;SAF=9,2;SAR=4,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.323529,0.323529;SSEP=0,0;SSSB=-0.047723,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0114708,0.0884712;OID=.,.;OPOS=128550681,128550681;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.947368,0.0526316:13,2:18:18,1:19:0:13,0:5,1:0:0:4:1:9,2:4,0:1:0 chr7 128607384 . G A 694.24 PASS AF=0.422222;AO=76;DP=181;FAO=76;FDP=180;FR=.;FRO=104;FSAF=53;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=-0.0240913;FXX=0.0109884;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7962;QD=15.4275;RBI=0.0347112;REFB=-0.000964031;REVB=-0.0249895;RO=104;SAF=53;SAR=23;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188199;STB=0.605685;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00123911;OID=.;OPOS=128607384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:104:104:76:76:0.422222:23:53:55:49:23:53:55:49 chr7 128612552 . C T 386.82 PASS AF=0.418367;AO=40;DP=97;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0192454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.061;QD=15.7884;RBI=0.0208213;REFB=-0.00478122;REVB=0.00794605;RO=57;SAF=23;SAR=17;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877147;STB=0.54075;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00668411;OID=.;OPOS=128612552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:57:57:40:41:0.418367:17:23:28:29:18:23:28:29 chr7 128614990 . G A 471.77 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00850021;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8342;QD=20.7372;RBI=0.0864724;REFB=0.0170915;REVB=0.0860536;RO=46;SAF=23;SAR=23;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196117;STB=0.505492;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0149329;OID=.;OPOS=128614990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:46:45:46:46:0.505495:23:23:22:24:23:23:22:23 chr7 128630227 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.097;QD=60.2045;RBI=0.0203858;REFB=0;REVB=0.0137482;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03225e-06;OID=.;OPOS=128630227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr7 128641226 . G C 152.75 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0117846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0668;QD=13.5782;RBI=0.0170314;REFB=-0.0193165;REVB=-0.0122961;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462341;STB=0.766297;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0197682;OID=.;OPOS=128641226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:5:12:7:21:5:12:7:21 chr7 128767410 . A G 909.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.623;QD=57.7578;RBI=0.0424884;REFB=0;REVB=0.0368253;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346999;OID=.;OPOS=128767410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:27:35:0:0:28:35:0:0 chr7 128767490 . T C 538.46 PASS AF=0.948718;AO=35;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0539145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.602;QD=55.2266;RBI=0.0539148;REFB=0.0244447;REVB=0.000178755;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518509;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.0039604;OID=.;OPOS=128767490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:39:39:0:2:35:37:0.948718:26:9:0:0:26:11:0:2 chr7 128767506 . T G 570.77 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7935;QD=60.0807;RBI=0.0283081;REFB=0;REVB=-0.00397903;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00744597;OID=.;OPOS=128767506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:26:11:0:0:26:12:0:0 chr7 128804780 . C G 868.22 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0172;QD=57.8812;RBI=0.153623;REFB=0;REVB=0.0243301;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134551;OID=.;OPOS=128804780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:34:25:0:0:35:25:0:0 chr7 128846328 . G C 369.2 PASS AF=0.326241;AO=46;DP=141;FAO=46;FDP=141;FR=.;FRO=95;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=0.00326616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.521;QD=10.4737;RBI=0.0153566;REFB=-0.00787732;REVB=0.0150052;RO=94;SAF=27;SAR=19;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773658;STB=0.541505;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0173778;OID=.;OPOS=128846328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:94:95:46:46:0.326241:19:27:49:45:19:27:50:45 chr7 128853308 . C A 228.27 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0154212;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.239;QD=20.291;RBI=0.0241733;REFB=-0.0282396;REVB=0.0186155;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155471;STB=0.508764;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0300613;OID=.;OPOS=128853308;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:23:22:22:0.488889:14:8:8:15:14:8:8:15 chr7 129067053 . T C 136.56 PASS AF=0.326923;AO=15;DP=49;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0146345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.522;QD=10.5049;RBI=0.0227904;REFB=-0.0154185;REVB=0.0174709;RO=34;SAF=8;SAR=7;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242825;STB=0.661296;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0340031;OID=.;OPOS=129067053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:34:35:15:17:0.326923:7:8:25:9:9:8:25:10 chr7 129142694 . C G 639.64 PASS AF=1;AO=31;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.9959;QD=60.9183;RBI=0.0413895;REFB=0;REVB=0.0271661;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165981;OID=.;OPOS=129142694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:31:42:1:21:10:0:0:30:12:0:0 chr7 129474470 . G A 1744.35 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.24;QD=60.6731;RBI=0.0227047;REFB=0;REVB=-0.000119871;RO=0;SAF=47;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74819e-05;OID=.;OPOS=129474470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:67:47:0:0:68:47:0:0 chr7 129504866 . C G 801.2 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2839;QD=57.2287;RBI=0.020976;REFB=0;REVB=0.0148678;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168742;OID=.;OPOS=129504866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr7 129663496 . C T 300.91 PASS AF=0.351852;AO=37;DP=107;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0543768;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.473;QD=11.1447;RBI=0.0582173;REFB=-0.00854447;REVB=-0.0207946;RO=69;SAF=17;SAR=20;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703718;STB=0.543434;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0135969;OID=.;OPOS=129663496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:69:70:37:38:0.351852:20:17:36:33:21:17:36:34 chr7 129664312 . T C 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.382;QD=63.5807;RBI=0.0134122;REFB=0;REVB=0.00367606;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96125e-05;OID=.;OPOS=129664312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr7 129806363 . A T 116.96 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.121432;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=26.2543;QD=18.7138;RBI=0.12217;REFB=-0.0157379;REVB=0.0134078;RO=11;SAF=1;SAR=13;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361245;STB=0.711936;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0190792;OID=.;OPOS=129806363;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:25:25:11:11:14:14:0.56:13:1:3:8:13:1:3:8 chr7 129813738 . T C 188.2 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0197814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9532;QD=14.2041;RBI=0.0694288;REFB=-0.0224394;REVB=0.0665512;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300867;STB=0.517226;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0306027;OID=.;OPOS=129813738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:10:12:16:15:10:12:16:15 chr7 129913534 . TG GT,T 36.38 PASS AF=0.136364,0.181818;AO=3,2;DP=19;FAO=3,4;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=0,1;FSAR=3,3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00408029,0.00437717;FXX=0;HRUN=18,1;LEN=2,1;MLLD=20.6314,150.353;QD=6.61482;RBI=0.0759433,0.0175511;REFB=-0.152728,-0.00440785;REVB=0.0758336,0.0169965;RO=13;SAF=0,1;SAR=3,1;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.76561,-0.412624;STB=0.997411,0.835823;STBP=0.013,0.26;TYPE=mnp,del;VARB=0.118983,0.0369815;OID=.,.;OPOS=129913534,129913535;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:19:22:13:15:3,2:3,4:0.136364,0.181818:3,1:0,1:11:2:3,3:0,1:11:4 chr7 129916515 . T C 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0291531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.607;QD=9.41563;RBI=0.0535271;REFB=-0.00438185;REVB=0.0448914;RO=39;SAF=4;SAR=14;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195302;STB=0.617505;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00716607;OID=.;OPOS=129916515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:14:4:14:25:14:4:14:25 chr7 129938598 . G T 465.31 PASS AF=0.941176;AO=30;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00459009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.97;QD=54.7427;RBI=0.0361924;REFB=-0.00839601;REVB=-0.0359001;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529393;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.000244581;OID=.;OPOS=129938598;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:0:1:30:32:0.941176:7:23:0:0:8:24:0:1 chr7 129950740 . G T 849.78 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000665245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.166;QD=53.1115;RBI=0.00859817;REFB=-0.149278;REVB=0.0085724;RO=2;SAF=32;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285886;STB=0.522381;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00114572;OID=.;OPOS=129950740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:2:3:61:61:0.953125:29:32:2:0:29:32:3:0 chr7 129962360 . A G 783.83 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.149;QD=57.006;RBI=0.0578465;REFB=0;REVB=0.0189901;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206781;OID=.;OPOS=129962360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr7 129962682 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.185;QD=59.6794;RBI=0.0320248;REFB=0;REVB=0.0311224;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04089e-05;OID=.;OPOS=129962682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr7 130002317 . T C 132.96 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0580787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.856;QD=35.4552;RBI=0.07518;REFB=-0.014076;REVB=0.0477379;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.541606;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00697872;OID=.;OPOS=130002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:0:2:13:13:0.866667:2:11:0:0:2:11:2:0 chr7 130080812 . T G 1305.5 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065559;FXX=0.0117633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.983;QD=62.1668;RBI=0.00798846;REFB=0;REVB=-0.0045646;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67437e-05;OID=.;OPOS=130080812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:51:33:0:0:51:33:0:0 chr7 130368464 . G A 447.32 PASS AF=0.453704;AO=48;DP=111;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0074923;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.969;QD=16.5673;RBI=0.0379565;REFB=-0.00782623;REVB=-0.0372097;RO=57;SAF=24;SAR=24;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853124;STB=0.500945;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0109948;OID=.;OPOS=130368464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:108:57:59:48:49:0.453704:24:24:29:28:25:24:29:30 chr7 131172437 . G C 40.73 PASS AF=0.126984;AO=7;DP=61;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0715637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0046;QD=2.58587;RBI=0.0717712;REFB=-0.000200577;REVB=-0.00545382;RO=53;SAF=7;SAR=0;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.636362;STB=0.839069;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00316091;OID=.;OPOS=131172437;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:61:63:53:55:7:8:0.126984:0:7:27:26:1:7:29:26 chr7 131185995 . C A 256.79 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0137105;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.176;QD=15.8024;RBI=0.0137105;REFB=-0.0253807;REVB=-3.92796e-05;RO=36;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174591;STB=0.598644;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0293055;OID=.;OPOS=131185995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:36:36:29:29:0.446154:18:11:20:16:18:11:20:16 chr7 131190696 . T C 315.92 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0307377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.19;QD=12.7644;RBI=0.03533;REFB=-0.00228665;REVB=-0.0174185;RO=63;SAF=20;SAR=16;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122886;STB=0.570431;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00576851;OID=.;OPOS=131190696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:63:63:36:36:0.363636:16:20:28:35:16:20:28:35 chr7 131195712 . G A 1441.19 PASS AF=0.980198;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00869653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0547;QD=57.0767;RBI=0.0525063;REFB=-0.13192;REVB=0.0517811;RO=2;SAF=82;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556659;STB=0.529406;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00634411;OID=.;OPOS=131195712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:101:2:2:98:99:0.980198:16:82:0:2:16:83:0:2 chr7 131195959 . C T 905.54 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871531;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4597;QD=58.4219;RBI=0.0339138;REFB=0;REVB=-0.0327748;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.52515e-05;OID=.;OPOS=131195959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr7 131812922 . T C 673.62 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256481;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3462;QD=62.662;RBI=0.02565;REFB=0;REVB=-0.000313702;RO=0;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022231;OID=.;OPOS=131812922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:44:43:1:12:32:0:0:11:32:0:0 chr7 131814185 . A G 1321.52 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.666;QD=62.1891;RBI=0.0733048;REFB=0;REVB=0.0722271;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51036e-05;OID=.;OPOS=131814185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:83:85:1:33:50:0:0:35:50:0:0 chr7 131814529 . G A 508.1 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0127757;FXX=0.0256345;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.325;QD=53.4844;RBI=0.0529848;REFB=-0.137676;REVB=0.0514215;RO=2;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00144371;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137705;OID=.;OPOS=131814529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:38:2:2:35:36:0.947368:17:18:1:1:18:18:1:1 chr7 131815310 . A G 839.14 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299464;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.886;QD=57.8716;RBI=0.0302589;REFB=0;REVB=-0.0043372;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000860548;OID=.;OPOS=131815310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr7 131859678 . G T 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00095203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3139;QD=23.0936;RBI=0.00906985;REFB=-0.0104545;REVB=-0.00901974;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102381;STB=0.557311;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0340489;OID=.;OPOS=131859678;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:4:8:9:8:4:8 chr7 131864591 . T C 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0313066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.159;QD=16.9796;RBI=0.0345651;REFB=-0.0253455;REVB=-0.0146506;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451535;STB=0.525404;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0192635;OID=.;OPOS=131864591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:12:14:17:12:12:14:17:12 chr7 131870108 . A G 473.86 PASS AF=0.481132;AO=49;DP=105;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.034025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.809;QD=17.8816;RBI=0.0341903;REFB=-0.00487962;REVB=0.00335721;RO=55;SAF=36;SAR=13;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272019;STB=0.643289;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00982835;OID=.;OPOS=131870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:55:55:49:51:0.481132:13:36:26:29:14:37:26:29 chr7 132193244 . C T 442.16 PASS AF=0.416667;AO=48;DP=119;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0096111;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.866;QD=14.7387;RBI=0.0100773;REFB=-0.00257448;REVB=0.00302948;RO=70;SAF=19;SAR=29;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140893;STB=0.563647;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00438507;OID=.;OPOS=132193244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:70:70:48:50:0.416667:29:19:37:33:29:21:37:33 chr7 132719575 . C T 521.28 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00539187;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.026;QD=22.9134;RBI=0.0270423;REFB=-0.024374;REVB=-0.0264994;RO=42;SAF=27;SAR=22;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09928;STB=0.554515;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0248471;OID=.;OPOS=132719575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:22:27:28:14:22:27:28:14 chr7 132767617 . C A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2052;QD=35.5759;RBI=0.0421986;REFB=0;REVB=-0.0407208;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0024473;OID=.;OPOS=132767617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr7 133261358 . G T 367.95 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0112597;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.809;QD=13.885;RBI=0.0124683;REFB=-0.00183245;REVB=-0.00535503;RO=60;SAF=12;SAR=31;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295008;STB=0.664412;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00250319;OID=.;OPOS=133261358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:63:43:43:0.40566:31:12:33:27:31:12:34:29 chr7 133580447 . G A 217.78 PASS AF=0.4;AO=25;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0261061;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.416;QD=13.4017;RBI=0.0261763;REFB=-0.0131854;REVB=0.00191675;RO=38;SAF=11;SAR=14;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199543;STB=0.628542;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0312219;OID=.;OPOS=133580447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:39:25:26:0.4:14:11:24:14:15:11:25:14 chr7 133749164 . G A 1151.89 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.626;QD=60.626;RBI=0.01029;REFB=0;REVB=-0.0052387;RO=0;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52272e-06;OID=.;OPOS=133749164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:29:46:0:0:30:46:0:0 chr7 133848257 . G T 747.46 PASS AF=0.5;AO=76;DP=153;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.0280143;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4532;QD=19.4146;RBI=0.0377198;REFB=0.0100886;REVB=0.0252584;RO=76;SAF=31;SAR=45;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248645;STB=0.513425;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0088017;OID=.;OPOS=133848257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:76:77:76:77:0.5:45:31:29:47:45:32:30:47 chr7 133868507 . C T 1683.5 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00641215;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.89;QD=58.5564;RBI=0.0147194;REFB=0.00646426;REVB=0.0132493;RO=2;SAF=71;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00452964;STB=0.502386;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-4.60333e-05;OID=.;OPOS=133868507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:2:2:113:113:0.982609:42:71:1:1:42:71:1:1 chr7 133906669 . C T 160.4 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0273607;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6132;QD=16.8841;RBI=0.0273616;REFB=-0.016673;REVB=-0.000212688;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176965;STB=0.588131;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.040236;OID=.;OPOS=133906669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:7:10:8:12:7:10:9:12 chr7 134215403 . T C 439.38 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.000289237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9886;QD=21.9692;RBI=0.00583455;REFB=-0.0130697;REVB=-0.00582738;RO=35;SAF=20;SAR=23;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00653323;STB=0.509914;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.012455;OID=.;OPOS=134215403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:37:43:43:0.5375:23:20:16:19:23:20:18:19 chr7 134221826 . A G 195.09 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00843814;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.944;QD=12.3866;RBI=0.0678853;REFB=-0.00320656;REVB=-0.0673589;RO=39;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413201;STB=0.52379;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00574058;OID=.;OPOS=134221826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:39:39:24:24:0.380952:12:12:18:21:12:12:18:21 chr7 134225788 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.97;QD=53.2772;RBI=0.0406386;REFB=0;REVB=-0.000976853;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83197e-05;OID=.;OPOS=134225788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr7 134225827 . A G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.212;QD=56.7027;RBI=0.0347003;REFB=0;REVB=-0.014562;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174983;OID=.;OPOS=134225827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr7 134250256 . T G 241.18 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=-0.0299976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6824;QD=14.6168;RBI=0.0345899;REFB=0.00667369;REVB=0.0172223;RO=38;SAF=23;SAR=5;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528418;STB=0.530119;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00583256;OID=.;OPOS=134250256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:5:23:30:8:5:23:30:8 chr7 134261097 . C G 417.44 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00319245;FXX=0.0192289;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.687;QD=16.3703;RBI=0.00820549;REFB=-0.0242389;REVB=-0.00755899;RO=55;SAF=23;SAR=23;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265835;STB=0.5098;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0296806;OID=.;OPOS=134261097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:55:56:46:46:0.45098:23:23:29:26:23:23:29:27 chr7 134576441 . T C 569.46 PASS AF=0.909091;AO=41;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.000971802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6696;QD=51.7689;RBI=0.00758782;REFB=-0.111347;REVB=0.00752534;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218198;STB=0.545432;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00202629;OID=.;OPOS=134576441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:44:44:1:4:41:40:0.909091:21:20:0:1:20:20:0:4 chr7 134653930 . T C 230.8 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00759173;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.174;QD=23.0798;RBI=0.0214638;REFB=-0.00962038;REVB=-0.0200764;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161648;STB=0.589729;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0181204;OID=.;OPOS=134653930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:13:9:4:14:13:9:4:14 chr7 134701856 . G C 1650.65 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.922;QD=60.0237;RBI=0.0199204;REFB=0;REVB=-0.018596;RO=0;SAF=65;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.38052e-06;OID=.;OPOS=134701856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:44:65:0:0:45:65:0:0 chr7 134719551 . C G 2179.98 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5337;QD=62.7332;RBI=0.0352995;REFB=0;REVB=-0.0158057;RO=0;SAF=83;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61292e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45135e-05;OID=.;OPOS=134719551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:138:139:1:55:83:0:0:55:84:0:0 chr7 134743907 . ATTT ATTA,ATT,ATTTT 32.65 PASS AF=0.0365854,0.207317,0;AO=3,27,13;DP=82;FAO=3,17,0;FDP=82;FR=.;FRO=62;FSAF=0,6,0;FSAR=3,11,0;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0123029,0.17085,-0.193516;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,1;MLLD=247.165,6.80449,6.30321;QD=1.59282;RBI=0.0267139,0.193014,0.244261;REFB=-0.00141082,-0.0723496,0.0557228;REVB=-0.0237123,-0.0898024,0.149047;RO=31;SAF=0,6,11;SAR=3,21,2;SRF=18;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.577707,-0.372796,0.384562;STB=0.996939,0.664021,0.5;STBP=0.053,0.134,1;TYPE=snp,del,ins;VARB=0.0510704,0.0908617,-0.015857;OID=.,.,.;OPOS=134743910,134743908,134743908;OREF=T,T,-;OALT=A,-,T;OMAPALT=ATTA,ATT,ATTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0365854,0.207317,0:3,27,13:82:3,17,0:82:62:0,6,0:3,11,0:35:27:25:31:0,6,11:3,21,2:18:13 chr7 134849280 . T A 1219.44 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=83;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00185203;FXX=0.0240935;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.507;QD=60.2191;RBI=0.031653;REFB=-0.0288112;REVB=0.0315987;RO=1;SAF=40;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116883;STB=0.506171;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000344293;OID=.;OPOS=134849280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:81:1:1:79:80:0.987654:39:40:1:0:40:40:1:0 chr7 134850465 . C T 972.77 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.869;QD=58.956;RBI=0.0815763;REFB=0;REVB=0.0806562;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274236;OID=.;OPOS=134850465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr7 134850469 . A G 937.5 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6055;QD=58.5936;RBI=0.0189572;REFB=0;REVB=-0.0171684;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26505e-05;OID=.;OPOS=134850469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr7 134871775 . C T 715.36 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00553085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.242;QD=60.8813;RBI=0.0267399;REFB=-0.163422;REVB=0.0261617;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000375038;OID=.;OPOS=134871775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:0:1:46:46:0.978723:32:14:0:0:32:14:0:1 chr7 134879830 . G A 1084.48 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507089;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3812;QD=59.4234;RBI=0.0181568;REFB=0;REVB=0.0174343;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000780507;OID=.;OPOS=134879830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:30:41:0:0:31:42:0:0 chr7 134889141 . G A 784.79 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0796;QD=57.0759;RBI=0.0718143;REFB=0;REVB=0.0110554;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904282;OID=.;OPOS=134889141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr7 135047703 . T C 101.88 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0963728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.72;QD=40.7529;RBI=0.0963803;REFB=0;REVB=0.00119977;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0060709;OID=.;OPOS=135047703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr7 135048804 . C T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.248;QD=64.4144;RBI=0.0122567;REFB=0;REVB=-0.00324026;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95697e-05;OID=.;OPOS=135048804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr7 135095270 . A G 1377.18 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.576;QD=62.5993;RBI=0.0621356;REFB=0;REVB=0.0253986;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190754;OID=.;OPOS=135095270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:36:52:0:0:36:52:0:0 chr7 135304273 . G C 1771.28 PASS AF=0.96748;AO=119;DP=124;FAO=119;FDP=123;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0155648;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.12;QD=57.6026;RBI=0.0157312;REFB=-0.0799003;REVB=0.00228229;RO=2;SAF=57;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150739;STB=0.507463;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00207459;OID=.;OPOS=135304273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:124:123:2:4:119:119:0.96748:62:57:0:2:62:57:1:3 chr7 135329690 . T C 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.00333663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.154;QD=18.1915;RBI=0.00589211;REFB=-0.00129745;REVB=-0.00485631;RO=44;SAF=17;SAR=23;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217233;STB=0.62588;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00141528;OID=.;OPOS=135329690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:23:17:29:15:23:17:30:15 chr7 135387656 . G A 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0334085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9642;QD=7.52614;RBI=0.0624275;REFB=-0.00782203;REVB=-0.0527358;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646411;STB=0.54045;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0141538;OID=.;OPOS=135387656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:12:12:5:4:12:12 chr7 135392876 . T C 481.29 PASS AF=0.369128;AO=53;DP=147;FAO=55;FDP=149;FR=.;FRO=94;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=56;FSRR=38;FWDB=0.0017398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.985;QD=12.9205;RBI=0.00484017;REFB=-0.0150453;REVB=-0.00451667;RO=92;SAF=34;SAR=19;SRF=56;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391607;STB=0.527263;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0220832;OID=.;OPOS=135392876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:92:94:53:55:0.369128:19:34:56:36:20:35:56:38 chr7 135406176 . A G 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0240318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.14;QD=18.1942;RBI=0.0338609;REFB=0.00515591;REVB=-0.0238545;RO=36;SAF=22;SAR=12;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190985;STB=0.606833;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00430716;OID=.;OPOS=135406176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:12:22:16:20:12:22:16:20 chr7 135413626 . C T 412.8 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00429251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.353;QD=18.7634;RBI=0.00486579;REFB=-0.0148673;REVB=-0.00229135;RO=46;SAF=32;SAR=10;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260691;STB=0.646389;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.01041;OID=.;OPOS=135413626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:10:32:24:22:10:32:24:22 chr7 136701563 . G C 236.7 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00363964;FXX=0.0882094;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.75;QD=30.5416;RBI=0.00973437;REFB=-0.0146383;REVB=0.00902834;RO=10;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105038;STB=0.558083;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00799277;OID=.;OPOS=136701563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:34:31:10:10:21:21:0.677419:14:7:5:5:14:7:5:5 chr7 136703707 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00323559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.287;QD=59.6794;RBI=0.0315286;REFB=0;REVB=-0.0313622;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124213;OID=.;OPOS=136703707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:31:38:0:0:31:39:0:0 chr7 137564501 . C G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1711;QD=56.9558;RBI=0.0288988;REFB=0;REVB=0.0237375;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191071;OID=.;OPOS=137564501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr7 137600690 . C T 2458.6 PASS AF=0.993827;AO=162;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3938;QD=60.7061;RBI=0.0112017;REFB=-0.169029;REVB=-0.0028491;RO=0;SAF=71;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502762;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00153635;OID=.;OPOS=137600690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:162:162:0:1:162:161:0.993827:91:71:0:0:90:71:0:1 chr7 137612913 . CTGG C 842.35 PASS AF=0.911765;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0013627;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=296.01;QD=49.5502;RBI=0.0146053;REFB=-0.0242124;REVB=0.0145415;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506421;STBP=0.778;TYPE=del;VARB=0.00112094;OID=.;OPOS=137612914;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.911765:62:64:62:68:6:37:25:4:2:25:0:37:25:0:0 chr7 137801413 . A C 1241.2 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.284;QD=60.5462;RBI=0.0728552;REFB=0;REVB=0.0722364;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138807;OID=.;OPOS=137801413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:82:0:0:73:82:1:39:34:0:0:48:34:0:0 chr7 138265310 . A G 312.06 PASS AF=0.5;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0108225;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.594;QD=18.9124;RBI=0.014599;REFB=-0.0127624;REVB=0.0097982;RO=33;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686473;STB=0.545595;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0135354;OID=.;OPOS=138265310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:32:33:0.5:15:17:20:13:16:17:20:13 chr7 138281906 . T C 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.333;QD=60.607;RBI=0.0322201;REFB=0;REVB=0.0312712;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191736;OID=.;OPOS=138281906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr7 138305806 . T C 104.61 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0196803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.792;QD=19.9249;RBI=0.0209499;REFB=-0.00505189;REVB=-0.00718215;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295756;STB=0.666419;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0119594;OID=.;OPOS=138305806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:1:8:6:6:1:8 chr7 138309842 . C A 285.69 PASS AF=0.565217;AO=21;DP=47;FAO=26;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0312895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.941;QD=24.8427;RBI=0.0317467;REFB=-0.024112;REVB=0.00536811;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914015;STB=0.529594;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0205163;OID=.;OPOS=138309842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:21:20:21:26:0.565217:14:7:9:12:16:10:9:11 chr7 138312122 . A C 403.09 PASS AF=0.44;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0209566;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.429;QD=16.1236;RBI=0.0215229;REFB=-0.010064;REVB=0.00490486;RO=56;SAF=20;SAR=24;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443603;STB=0.524851;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0133651;OID=.;OPOS=138312122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:56:56:44:44:0.44:24:20:23:33:24:20:23:33 chr7 138347869 . C T 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0065405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.618;QD=5.00556;RBI=0.0178376;REFB=0.00158809;REVB=-0.0165952;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439403;STB=0.781819;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00602145;OID=.;OPOS=138347869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:4:2:16:6:4:2:16:6 chr7 138363767 . A G 526.19 PASS AF=0.520408;AO=48;DP=95;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0159454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.594;QD=21.477;RBI=0.0172801;REFB=-0.026499;REVB=-0.00665927;RO=47;SAF=32;SAR=16;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128711;STB=0.547789;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0251691;OID=.;OPOS=138363767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:47:47:48:51:0.520408:16:32:25:22:19:32:25:22 chr7 138417718 . A G 724.29 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0412278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.38;QD=59.1259;RBI=0.0440128;REFB=-0.185161;REVB=0.0154078;RO=2;SAF=18;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494209;STB=0.526304;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0047713;OID=.;OPOS=138417718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:2:2:47:47:0.959184:29:18:2:0:29:18:2:0 chr7 138418910 . G A 203.08 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.428;QD=47.7834;RBI=0.197978;REFB=0;REVB=0.197569;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165414;OID=.;OPOS=138418910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:1:0:13:17:1:8:5:0:1:12:5:0:0 chr7 138455988 . A G 144.75 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0536747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.034;QD=15.6489;RBI=0.0537503;REFB=-0.0310027;REVB=-0.00285034;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967593;STB=0.555489;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0390013;OID=.;OPOS=138455988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:6:15:10:6:6:15 chr7 138522418 . CA C,CC 129.87 PASS AF=0.242991,0.0841121;AO=27,9;DP=101;FAO=26,9;FDP=107;FR=.;FRO=72;FSAF=14,1;FSAR=12,8;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0156197,0.0910223;FXX=0.0092584;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.7862,23.1483;QD=4.85488;RBI=0.128484,0.107111;REFB=-0.132741,-0.0869749;REVB=-0.127531,0.0564591;RO=57;SAF=7,1;SAR=20,8;SRF=25;SRR=32;SSEN=0.46748,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.232456,-0.456654;STB=0.588718,0.831363;STBP=0.313,0.053;TYPE=del,snp;VARB=0.133029,0.14329;OID=.,.;OPOS=138522419,138522419;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242991,0.0841121:27,9:101:26,9:107:72:14,1:12,8:30:42:77:57:7,1:20,8:25:32 chr7 138561175 . C G 185.96 PASS AF=0.408163;AO=18;DP=50;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0172151;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8951;QD=15.1806;RBI=0.0275153;REFB=-0.021519;REVB=0.0214646;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210251;STB=0.640516;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0118902;OID=.;OPOS=138561175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:29:18:20:0.408163:7:11:11:16:7:13:12:17 chr7 138583840 . C A 1230.86 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216366;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.068;QD=61.5431;RBI=0.0110009;REFB=0;REVB=0.010786;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0066e-05;OID=.;OPOS=138583840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:44:36:0:0:44:36:0:0 chr7 138710937 . T C 80.94 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0096153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.753;QD=7.89671;RBI=0.0379779;REFB=-0.00886535;REVB=0.0367405;RO=30;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106303;STB=0.565495;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0287567;OID=.;OPOS=138710937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:6:5:11:19:6:5:11:19 chr7 138831707 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00320203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.86;QD=59.4356;RBI=0.0315542;REFB=0;REVB=0.0313913;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79833e-05;OID=.;OPOS=138831707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr7 138967814 . G A 612.76 PASS AF=0.611111;AO=55;DP=90;FAO=55;FDP=90;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00108023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6537;QD=27.234;RBI=0.0112869;REFB=-0.00283168;REVB=0.0112351;RO=35;SAF=20;SAR=35;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493164;STB=0.526872;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00202635;OID=.;OPOS=138967814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:35:35:55:55:0.611111:35:20:15:20:35:20:15:20 chr7 139000085 . T C 92.21 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0255903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.278;QD=18.4429;RBI=0.0280521;REFB=0.00604674;REVB=0.0114915;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249998;STB=0.642612;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00833771;OID=.;OPOS=139000085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:2:7:5:6:2:7 chr7 139026152 . T G 287.54 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0456843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5083;QD=15.9744;RBI=0.0486237;REFB=0.00405358;REVB=-0.0166497;RO=40;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799554;STB=0.545033;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00644891;OID=.;OPOS=139026152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:17:15:22:18:17:15:22:18 chr7 139077240 . C A 334.77 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0184804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4469;QD=33.4773;RBI=0.0443021;REFB=0.0131239;REVB=-0.0402635;RO=12;SAF=17;SAR=11;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839926;STB=0.54577;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00677786;OID=.;OPOS=139077240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:11:17:9:3:11:17:9:3 chr7 139077317 . T A 178.03 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00783107;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=57.9691;QD=22.9711;RBI=0.0459051;REFB=0.0146402;REVB=-0.0452322;RO=13;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804595;STB=0.523783;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00233653;OID=.;OPOS=139077317;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:13:17:18:0.580645:5:12:8:5:6:12:8:5 chr7 139107660 . A G 394.29 PASS AF=0.526316;AO=39;DP=78;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0191606;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.788;QD=20.7519;RBI=0.0261992;REFB=0.00112754;REVB=0.0178681;RO=33;SAF=24;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111036;STB=0.547921;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00595288;OID=.;OPOS=139107660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:33:36:39:40:0.526316:15:24:16:17:15:25:19:17 chr7 139246743 . T C 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0190491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.24;QD=20.737;RBI=0.020232;REFB=0.000724408;REVB=-0.00681656;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00586403;STB=0.503308;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.000591964;OID=.;OPOS=139246743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:10:8:7:9:10:8:7:9 chr7 139252780 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.393;QD=63.2866;RBI=0.0247696;REFB=0;REVB=0.0141484;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196236;OID=.;OPOS=139252780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr7 139653196 . A C 786.7 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0239736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.875;QD=55.2068;RBI=0.0242463;REFB=0.0532798;REVB=0.00362575;RO=1;SAF=28;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165422;STB=0.508769;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00105414;OID=.;OPOS=139653196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:28:28:1:0:28:28:1:0 chr7 139724358 . G A 1414.7 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6946;QD=62.8756;RBI=0.0427746;REFB=0;REVB=0.0361824;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311578;OID=.;OPOS=139724358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:51:39:0:0:51:39:0:0 chr7 139724555 . C T 1540.21 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8674;QD=59.8142;RBI=0.0229842;REFB=0;REVB=0.00584592;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97585e-05;OID=.;OPOS=139724555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:56:47:0:0:56:47:0:0 chr7 139727135 . G A 1134.84 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.624;QD=60.5251;RBI=0.0389478;REFB=0;REVB=0.0301422;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15277e-06;OID=.;OPOS=139727135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:36:38:0:0:36:39:0:0 chr7 139784641 . A G 1480.15 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.045;QD=58.6197;RBI=0.0460347;REFB=-0.0076933;REVB=0.0401483;RO=1;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977988;STB=0.505154;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=5.32218e-05;OID=.;OPOS=139784641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:1:1:99:100:0.990099:48:51:0:1:48:52:0:1 chr7 139797431 . G T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=14;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0713854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.041;QD=20.1596;RBI=0.0717929;REFB=-0.0152838;REVB=-0.00763837;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224043;STB=0.521711;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0135061;OID=.;OPOS=139797431;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:14:16:0.533333:10:4:4:9:12:4:4:10 chr7 139801777 . T G 533.66 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.049534;FXX=0.0092584;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.702;QD=19.9497;RBI=0.0503294;REFB=-0.000998273;REVB=0.00891236;RO=51;SAF=29;SAR=26;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036298;STB=0.514846;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00125308;OID=.;OPOS=139801777;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:52:55:55:0.514019:26:29:29:22:26:29:29:23 chr7 140258000 . T C 771.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000342993;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.239;QD=57.1381;RBI=0.0329255;REFB=0;REVB=0.0329237;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19777e-05;OID=.;OPOS=140258000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr7 140301731 . G T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.883;QD=55.6561;RBI=0.0065602;REFB=0;REVB=0.00639299;RO=0;SAF=24;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35546e-05;OID=.;OPOS=140301731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:3:24:0:0:3:24:0:0 chr7 140404746 . C T 308.3 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.016012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.769;QD=28.0273;RBI=0.0215103;REFB=-0.0132942;REVB=-0.0143634;RO=17;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156018;STB=0.586142;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00873836;OID=.;OPOS=140404746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:17:10:10:7:17:10:10:7 chr7 140449150 . T C 436.41 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00349534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3344;QD=21.2881;RBI=0.0620902;REFB=0.00159647;REVB=-0.0619918;RO=39;SAF=23;SAR=20;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150572;STB=0.583061;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00320801;OID=.;OPOS=140449150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:20:23:14:25:20:23:14:25 chr7 140774467 . C G 69.63 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00431599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.966;QD=16.3828;RBI=0.0332919;REFB=-0.01581;REVB=-0.0330109;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243059;STB=0.640727;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.013862;OID=.;OPOS=140774467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:2:6:4:5:2:6 chr7 141364712 . G A 571.33 PASS AF=0.495798;AO=59;DP=119;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00682385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9594;QD=19.2043;RBI=0.0470199;REFB=-0.000505256;REVB=0.0465221;RO=59;SAF=32;SAR=27;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919392;STB=0.546526;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000806816;OID=.;OPOS=141364712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:60:59:59:0.495798:27:32:26:33:27:32:27:33 chr7 141439003 . C T 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00772483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.087;QD=10.4387;RBI=0.0504082;REFB=-0.0168547;REVB=-0.0498127;RO=27;SAF=10;SAR=3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273809;STB=0.666389;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0352969;OID=.;OPOS=141439003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:3:10:15:12:3:10:15:12 chr7 141464592 . CG CA,C 38.95 PASS AF=0.037037,0.259259;AO=2,7;DP=27;FAO=1,7;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=0,1;FSAR=1,6;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.000983504,0.0438787;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=106.746,19.6102;QD=5.7697;RBI=0.0483187,0.148922;REFB=-0.00874331,-0.0792287;REVB=-0.0483087,-0.142311;RO=17;SAF=1,0;SAR=1,7;SRF=14;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.376465,-0.818775;STB=0.994048,0.890106;STBP=0.154,0.044;TYPE=snp,del;VARB=0.117873,0.05393;OID=.,.;OPOS=141464593,141464593;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.037037,0.259259:2,7:27:1,7:27:19:0,1:1,6:14:5:27:17:1,0:1,7:14:3 chr7 141464765 . C T 731.1 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00610371;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.249;QD=63.5735;RBI=0.0073167;REFB=0;REVB=-0.0040347;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49113e-05;OID=.;OPOS=141464765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr7 141478308 . T C 722.56 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0994919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5557;QD=55.5812;RBI=0.099845;REFB=0;REVB=0.00839028;RO=1;SAF=34;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136506;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169747;OID=.;OPOS=141478308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:17:34:1:0:17:35:0:0 chr7 141478574 . G C 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2988;QD=64.4115;RBI=0.0374846;REFB=0;REVB=0.0209573;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012977;OID=.;OPOS=141478574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr7 141478800 . G A 1140.4 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119643;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.831;QD=60.8211;RBI=0.0355746;REFB=0;REVB=-0.0335023;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916374;OID=.;OPOS=141478800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr7 141490238 . G T 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.094;QD=58.2354;RBI=0.097388;REFB=0;REVB=0.0968919;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171222;OID=.;OPOS=141490238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr7 141501943 . G C 585.23 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.366;QD=60.0234;RBI=0.0618225;REFB=0;REVB=0.0144296;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218227;OID=.;OPOS=141501943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:34:39:1:17:17:0:0:18:21:0:0 chr7 141537735 . T G 1373.19 PASS AF=0.989011;AO=81;DP=86;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2608;QD=60.3598;RBI=0.0264877;REFB=-0.0611739;REVB=0.0188865;RO=1;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106407;STB=0.505153;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000268179;OID=.;OPOS=141537735;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:91:1:1:81:90:0.989011:44:37:0:1:48:42:0:1 chr7 141537942 . T TCAA 90.75 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=56;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00640288;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=3;MLLD=341.152;QD=8.64247;RBI=0.00698258;REFB=-0.0128353;REVB=-0.00278561;RO=47;SAF=6;SAR=3;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242995;STB=0.712132;STBP=0.089;TYPE=ins;VARB=0.0338955;OID=.;OPOS=141537943;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=TCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:9:56:12:42:30:9:3:14:16:90:47:6:3:22:25 chr7 141537945 . T A 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00130219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.039;QD=6.30288;RBI=0.0147656;REFB=-0.00232315;REVB=0.0147081;RO=40;SAF=6;SAR=6;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509418;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0089522;OID=.;OPOS=141537945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:40:41:12:12:0.226415:6:6:20:20:6:6:20:21 chr7 141538741 . T C 105.22 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0016578;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.397;QD=10.7914;RBI=0.00645859;REFB=-0.00212511;REVB=0.0062422;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012364;OID=.;OPOS=141538741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:6:7:14:12:6:7:14:12 chr7 141672604 . T C 88.95 PASS AF=0.3;AO=8;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=-0.0340154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5365;QD=11.8606;RBI=0.0370834;REFB=0.00525365;REVB=0.0147691;RO=17;SAF=0;SAR=8;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.685995;STB=0.749693;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0330334;OID=.;OPOS=141672604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:30:30:17:16:8:9:0.3:8:0:1:16:8:1:0:16 chr7 141672705 . G A 186.61 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0160208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.016;QD=27.6457;RBI=0.0167023;REFB=-0.0350167;REVB=0.00472225;RO=9;SAF=6;SAR=12;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077407;STB=0.542811;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0185276;OID=.;OPOS=141672705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:12:6:2:7:12:6:2:7 chr7 141673345 . C G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0361431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4667;QD=15.7004;RBI=0.0652612;REFB=-0.00296202;REVB=0.0543387;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320951;STB=0.518494;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00746158;OID=.;OPOS=141673345;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:12:7:6:9:12:7 chr7 141747618 . A G 156.48 PASS AF=0.37037;AO=19;DP=53;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0180877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.332;QD=11.5914;RBI=0.0191247;REFB=-0.00239016;REVB=-0.00621195;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196117;STB=0.574002;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00197961;OID=.;OPOS=141747618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:32:34:19:20:0.37037:9:10:11:21:10:10:13:21 chr7 141747658 . A G 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2133;QD=62.6651;RBI=0.0157309;REFB=0;REVB=0.0150841;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14524e-05;OID=.;OPOS=141747658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr7 141776575 . T A 443.17 PASS AF=0.466667;AO=48;DP=103;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.017142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9462;QD=16.8827;RBI=0.0175815;REFB=-0.000580493;REVB=0.0039068;RO=53;SAF=26;SAR=22;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00523038;STB=0.512304;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0012658;OID=.;OPOS=141776575;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:53:56:48:49:0.466667:22:26:29:24:23:26:31:25 chr7 141778230 . A C 384.92 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0127633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.263;QD=17.6974;RBI=0.016109;REFB=-0.0142606;REVB=0.00982849;RO=47;SAF=20;SAR=19;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00212906;STB=0.507768;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.017398;OID=.;OPOS=141778230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:47:47:39:40:0.45977:19:20:24:23:19:21:24:23 chr7 141780627 . G A 579.13 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.00519791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.31;QD=18.6815;RBI=0.0119986;REFB=-0.0239998;REVB=-0.0108142;RO=64;SAF=34;SAR=26;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106035;STB=0.558709;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.025732;OID=.;OPOS=141780627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:64:64:60:60:0.483871:26:34:29:35:26:34:29:35 chr7 141781935 . G A 228.86 PASS AF=0.371795;AO=24;DP=73;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0144325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.599;QD=11.7364;RBI=0.0148085;REFB=-0.0215077;REVB=-0.00331579;RO=47;SAF=7;SAR=17;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28265;STB=0.686023;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0273917;OID=.;OPOS=141781935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:78:47:49:24:29:0.371795:17:7:25:22:22:7:25:24 chr7 141781946 . C T 253.47 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0137123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.632;QD=12.834;RBI=0.0170247;REFB=-0.00976898;REVB=0.0100902;RO=48;SAF=9;SAR=21;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227893;STB=0.637974;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0222303;OID=.;OPOS=141781946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:49:30:30:0.379747:21:9:24:24:21:9:25:24 chr7 141782370 . G A 357.3 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00155778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.894;QD=16.814;RBI=0.0197907;REFB=0.00266383;REVB=0.0197293;RO=46;SAF=23;SAR=15;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404872;STB=0.529735;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00337995;OID=.;OPOS=141782370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:46:47:38:38:0.447059:15:23:26:20:15:23:26:21 chr7 141783180 . A G 691.52 PASS AF=0.459627;AO=74;DP=163;FAO=74;FDP=161;FR=.;FRO=87;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=-0.0164152;FXX=0.0182916;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.339;QD=17.1807;RBI=0.0199251;REFB=-0.00840431;REVB=-0.0112939;RO=87;SAF=36;SAR=38;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108137;STB=0.55993;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0129595;OID=.;OPOS=141783180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:161:87:87:74:74:0.459627:38:36:52:35:38:36:52:35 chr7 141786096 . T C 440.7 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00573199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.588;QD=19.5869;RBI=0.0328341;REFB=-0.00809816;REVB=0.03233;RO=46;SAF=25;SAR=19;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632574;STB=0.535152;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00783547;OID=.;OPOS=141786096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:19:25:23:23:19:25:23:23 chr7 141796131 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00314705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.08;QD=56.9383;RBI=0.00917827;REFB=0;REVB=-0.00862188;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.17416e-06;OID=.;OPOS=141796131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:18:35:0:0:18:35:0:0 chr7 141857846 . A G 2102.74 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.861;QD=62.7682;RBI=0.0395565;REFB=0;REVB=0.0259194;RO=0;SAF=56;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100856;OID=.;OPOS=141857846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:78:56:0:0:78:56:0:0 chr7 141896059 . A G 485.69 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0221912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.082;QD=16.7479;RBI=0.0225406;REFB=-0.0118151;REVB=0.00395364;RO=63;SAF=27;SAR=26;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169244;STB=0.50943;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.013731;OID=.;OPOS=141896059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:63:53:53:0.456897:26:27:31:32:26:27:31:32 chr7 141898522 . T A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00389166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.28;QD=53.2765;RBI=0.0480132;REFB=0;REVB=0.0478552;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025864;OID=.;OPOS=141898522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr7 141920414 . G A 37.1 PASS AF=0.09375;AO=14;DP=94;FAO=9;FDP=96;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=59;FWDB=-0.0327676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3372;QD=1.54584;RBI=0.131227;REFB=-0.0122847;REVB=-0.12707;RO=80;SAF=6;SAR=8;SRF=28;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103208;STB=0.784283;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.103742;OID=.;OPOS=141920414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:94:96:80:87:14:9:0.09375:8:6:28:52:3:6:28:59 chr7 141952110 . G A 287.57 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00369062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.437;QD=15.9763;RBI=0.0558968;REFB=-0.0225948;REVB=-0.0557749;RO=40;SAF=18;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865049;STB=0.54875;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0220507;OID=.;OPOS=141952110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:14:18:19:21:14:18:19:21 chr7 141957504 . A G 138.8 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00233543;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.723;QD=18.5063;RBI=0.00287174;REFB=-0.024612;REVB=0.00167113;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300857;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0234378;OID=.;OPOS=141957504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:16:15:15:15:0.5:8:7:8:8:8:7:8:7 chr7 142001030 . A G 1396.36 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.153;QD=62.7578;RBI=0.0478692;REFB=0;REVB=0.0301861;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132563;OID=.;OPOS=142001030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:51:38:0:0:51:38:0:0 chr7 142013384 . G C 1557.66 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347604;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.051;QD=64.2335;RBI=0.0418578;REFB=0;REVB=0.0233192;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.87687e-06;OID=.;OPOS=142013384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:96:97:1:45:51:0:0:46:51:0:0 chr7 142045613 . G T 79.85 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0128318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.103;QD=5.80732;RBI=0.0470204;REFB=-0.000502731;REVB=-0.0452356;RO=43;SAF=6;SAR=6;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142612;STB=0.509076;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.000536993;OID=.;OPOS=142045613;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:43:43:12:12:0.218182:6:6:22:21:6:6:22:21 chr7 142045678 . ACT GTC 99.44 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0191822;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=3;MLLD=239.323;QD=6.52034;RBI=0.026621;REFB=-0.00737634;REVB=-0.0184586;RO=45;SAF=7;SAR=8;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808239;STB=0.54143;STBP=0.726;TYPE=mnp;VARB=0.0236871;OID=.;OPOS=142045678;OREF=ACT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:45:46:15:15:0.245902:8:7:24:21:8:7:24:22 chr7 142045683 . A G 101.42 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.000169026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.828;QD=6.87615;RBI=0.00217749;REFB=0.0125367;REVB=0.00217092;RO=44;SAF=8;SAR=7;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128795;STB=0.507926;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.0367642;OID=.;OPOS=142045683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:44:44:15:15:0.254237:7:8:23:21:7:8:23:21 chr7 142045690 . A G 101.74 PASS AF=0.254237;AO=14;DP=58;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00548243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.691;QD=6.89747;RBI=0.0155361;REFB=0.0027166;REVB=-0.0145366;RO=44;SAF=8;SAR=6;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059854;STB=0.507926;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00611708;OID=.;OPOS=142045690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:44:44:14:15:0.254237:6:8:23:21:7:8:23:21 chr7 142045692 . AC GT 104.07 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00647057;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=298.174;QD=7.30286;RBI=0.0275774;REFB=-0.00107126;REVB=-0.0268076;RO=42;SAF=8;SAR=7;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017277;STB=0.510574;STBP=0.934;TYPE=mnp;VARB=0.00246723;OID=.;OPOS=142045692;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:7:8:23:19:7:8:23:19 chr7 142045802 . T C 107.29 PASS AF=0.223684;AO=17;DP=76;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=-0.111851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9297;QD=5.64664;RBI=0.112522;REFB=-0.0115939;REVB=-0.0122737;RO=59;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142668;STB=0.588041;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.029006;OID=.;OPOS=142045802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:59:59:17:17:0.223684:10:7:18:41:10:7:18:41 chr7 142045848 . T C 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.322;QD=57.2367;RBI=0.0403712;REFB=0;REVB=0.0208834;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75566e-05;OID=.;OPOS=142045848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:41:15:0:0:41:15:0:0 chr7 142045897 . C T 128.09 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.00329416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=363.523;QD=12.1991;RBI=0.00586854;REFB=0.00390501;REVB=-0.00485678;RO=27;SAF=2;SAR=13;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337486;STB=0.519973;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00805792;OID=.;OPOS=142045897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:13:2:4:23:13:2:4:23 chr7 142045924 . A G 414.75 PASS AF=0.885714;AO=31;DP=35;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00108193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3154;QD=47.4001;RBI=0.0136667;REFB=-0.0393297;REVB=0.0136238;RO=4;SAF=4;SAR=27;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152504;STB=0.582674;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0102975;OID=.;OPOS=142045924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:35:35:4:4:31:31:0.885714:27:4:2:2:27:4:2:2 chr7 142099484 . G C 37.78 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.163803;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.7949;QD=3.2851;RBI=0.164282;REFB=-0.00770674;REVB=0.0125444;RO=29;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245282;STB=0.571216;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.012858;OID=.;OPOS=142099484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:47:46:29:39:7:7:0.152174:2:5:15:14:2:5:25:14 chr7 142099512 . T G 41.29 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0265473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.348;QD=2.62183;RBI=0.0317052;REFB=-0.00587069;REVB=-0.0173339;RO=53;SAF=7;SAR=1;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42382;STB=0.810701;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0238274;OID=.;OPOS=142099512;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:63:53:55:8:8:0.126984:1:7:30:23:1:7:32:23 chr7 142099533 . T C 31.82 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0241161;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.379;QD=2.0532;RBI=0.0262885;REFB=-0.000969541;REVB=-0.0104642;RO=55;SAF=6;SAR=1;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382987;STB=0.790269;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0203682;OID=.;OPOS=142099533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:63:62:55:55:7:7:0.112903:1:6:31:24:1:6:32:23 chr7 142099537 . G T 30.24 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0316255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.174;QD=1.88977;RBI=0.0317749;REFB=-0.00485792;REVB=-0.00307802;RO=57;SAF=6;SAR=1;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382334;STB=0.803158;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0297172;OID=.;OPOS=142099537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:64:64:57:57:7:7:0.109375:1:6:32:25:1:6:32:25 chr7 142099541 . T C 32.63 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0187475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.567;QD=1.97741;RBI=0.030263;REFB=-0.00571261;REVB=-0.0237568;RO=59;SAF=6;SAR=1;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352563;STB=0.784414;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0416545;OID=.;OPOS=142099541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:59:59:7:7:0.106061:1:6:35:24:1:6:35:24 chr7 142104144 . T C 302.07 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00995887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.42;QD=14.3841;RBI=0.0151706;REFB=-0.0165685;REVB=-0.0114442;RO=50;SAF=12;SAR=22;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00807274;STB=0.504584;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.017638;OID=.;OPOS=142104144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:22:12:18:32:22:12:18:32 chr7 142119831 . G A 268.53 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00487048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.522;QD=13.9496;RBI=0.0049547;REFB=-0.000939546;REVB=0.000909637;RO=46;SAF=18;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854297;STB=0.548656;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0013008;OID=.;OPOS=142119831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:13:18:23:23:13:18:23:23 chr7 142124170 . C T 1030.06 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00745402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.39;QD=58.0318;RBI=0.00761331;REFB=-0.0781432;REVB=-0.00154922;RO=1;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171877;STB=0.509088;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000901201;OID=.;OPOS=142124170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:27:43:0:1:27:43:0:1 chr7 142124424 . T G 1465.06 PASS AF=0.969388;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00227604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7042;QD=59.7982;RBI=0.0104446;REFB=0.00837323;REVB=0.0101936;RO=2;SAF=58;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488306;STB=0.509312;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=1.7633e-06;OID=.;OPOS=142124424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:98:2:3:94:95:0.969388:36:58:1:1:36:59:1:2 chr7 142131832 . C T 124.14 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.00503912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.149;QD=9.93137;RBI=0.0245702;REFB=-0.00601554;REVB=0.0240479;RO=35;SAF=2;SAR=13;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.678426;STB=0.899296;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0202476;OID=.;OPOS=142131832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:13:2:27:8:13:2:27:8 chr7 142131836 . C G 112.99 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=-0.0423196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.951;QD=9.41589;RBI=0.0437599;REFB=-0.0109515;REVB=0.0111346;RO=34;SAF=1;SAR=13;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.758562;STB=0.947372;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00898318;OID=.;OPOS=142131836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:13:1:27:7:13:1:27:7 chr7 142131858 . C A 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.0198248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.252;QD=7.67887;RBI=0.0212972;REFB=-0.0272982;REVB=0.00778128;RO=30;SAF=1;SAR=10;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.736299;STB=0.941394;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0323351;OID=.;OPOS=142131858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:30:31:11:11:0.261905:10:1:24:6:10:1:25:6 chr7 142131868 . C T 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0119306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.797;QD=7.67879;RBI=0.013488;REFB=-0.00367482;REVB=0.0062919;RO=29;SAF=1;SAR=10;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.731816;STB=0.935668;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0160857;OID=.;OPOS=142131868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:29:31:11:11:0.261905:10:1:23:6:10:1:24:7 chr7 142131872 . G T 80.62 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.00199694;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.829;QD=7.67844;RBI=0.0118528;REFB=0.000923748;REVB=0.0116834;RO=31;SAF=1;SAR=10;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.724347;STB=0.935668;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0172929;OID=.;OPOS=142131872;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:10:1:24:7:10:1:24:7 chr7 142139348 . C T 1273.33 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.031219;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.55;QD=60.6346;RBI=0.0313529;REFB=-0.0220125;REVB=0.00289524;RO=1;SAF=40;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011691;STB=0.506171;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00167695;OID=.;OPOS=142139348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:84:1:1:81:83:0.988095:41:40:1:0:43:40:1:0 chr7 142139783 . C A,G 675.7 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=42,2;DP=44;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=11,2;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211239,0.0388341;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=255.37,13.3058;QD=61.4272;RBI=0.0284167,0.0398848;REFB=0,0;REVB=0.0190076,0.00909429;RO=0;SAF=11,2;SAR=31,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.72514e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000189409,-0.000367302;OID=.,.;OPOS=142139783,142139783;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:42,2:42,2:0.954545,0.0454545:31,0:11,2:0:0:31,0:11,2:0:0 chr7 142143804 . A C 1901.03 PASS AF=0.954887;AO=126;DP=133;FAO=127;FDP=133;FR=.;FRO=6;FSAF=71;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0171568;FXX=0.0148137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.796;QD=57.1739;RBI=0.0179505;REFB=0.00116089;REVB=0.00527861;RO=5;SAF=71;SAR=55;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120178;STB=0.5103;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.000168168;OID=.;OPOS=142143804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:133:133:5:6:126:127:0.954887:55:71:2:3:56:71:2:4 chr7 142143879 . A T 57.47 PASS AF=0.0934066;AO=17;DP=183;FAO=17;FDP=182;FR=.;FRO=165;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=79;FSRR=86;FWDB=-0.00741461;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0604;QD=1.263;RBI=0.0120744;REFB=-0.00873447;REVB=-0.00952969;RO=165;SAF=6;SAR=11;SRF=79;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150811;STB=0.616209;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0311518;OID=.;OPOS=142143879;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:183:182:165:165:17:17:0.0934066:11:6:79:86:11:6:79:86 chr7 142143906 . GT CC 62.47 PASS AF=0.10119;AO=17;DP=168;FAO=17;FDP=168;FR=.;FRO=151;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=67;FSRR=84;FWDB=0.00903767;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=2;MLLD=286.406;QD=1.48734;RBI=0.00910174;REFB=-0.00177903;REVB=-0.00107808;RO=143;SAF=8;SAR=9;SRF=61;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539327;STB=0.524284;STBP=0.842;TYPE=mnp;VARB=0.0121796;OID=.;OPOS=142143906;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:168:168:143:151:17:17:0.10119:9:8:61:82:9:8:67:84 chr7 142143941 . T C 154.44 PASS AF=0.179487;AO=28;DP=155;FAO=28;FDP=156;FR=.;FRO=128;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=58;FSRR=70;FWDB=0.00204892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.221;QD=3.96004;RBI=0.0208587;REFB=-0.00255622;REVB=0.0207578;RO=127;SAF=13;SAR=15;SRF=57;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199375;STB=0.50921;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0135892;OID=.;OPOS=142143941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:127:128:28:28:0.179487:15:13:57:70:15:13:58:70 chr7 142144022 . T C 182.55 PASS AF=0.262136;AO=25;DP=102;FAO=27;FDP=103;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=-0.0228724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.554;QD=7.08921;RBI=0.0228881;REFB=-0.00293714;REVB=0.000848484;RO=75;SAF=10;SAR=15;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259067;STB=0.626237;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0157225;OID=.;OPOS=142144022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:75:76:25:27:0.262136:15:10:46:29:15:12:47:29 chr7 142144059 . A C 80.04 PASS AF=0.202899;AO=12;DP=71;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.007456;FXX=0.054787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.909;QD=4.63984;RBI=0.0185997;REFB=-0.00425076;REVB=-0.0170398;RO=58;SAF=3;SAR=9;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443501;STB=0.68787;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0139622;OID=.;OPOS=142144059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:71:69:58:55:12:14:0.202899:9:3:36:22:9:5:33:22 chr7 142144091 . GG AA 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0256336;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=210.543;QD=3.37604;RBI=0.0265659;REFB=-0.00142157;REVB=-0.0069763;RO=41;SAF=3;SAR=4;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244435;STB=0.670068;STBP=0.36;TYPE=mnp;VARB=0.00581594;OID=.;OPOS=142144091;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:4:3:26:15:4:3:26:15 chr7 142144101 . C T 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00939574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.032;QD=3.0734;RBI=0.015933;REFB=0.000728269;REVB=0.0128678;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264483;STB=0.673909;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00322413;OID=.;OPOS=142144101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:35:37:6:6:0.139535:3:3:25:10:3:3:26:11 chr7 142149160 . T G 649.07 PASS AF=0.481752;AO=65;DP=137;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.00609421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.933;QD=18.951;RBI=0.00964508;REFB=-0.00279792;REVB=-0.00747584;RO=71;SAF=45;SAR=20;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226511;STB=0.62802;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00497745;OID=.;OPOS=142149160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:71:65:66:0.481752:20:45:33:38:20:46:33:38 chr7 142149349 . A C 835.18 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.992;QD=57.5983;RBI=0.0444118;REFB=0;REVB=0.026301;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04295e-05;OID=.;OPOS=142149349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:23:33:0:0:23:35:0:0 chr7 142162001 . A C 2189.4 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.234;QD=63.0042;RBI=0.00940907;REFB=0;REVB=0.00845073;RO=0;SAF=69;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40889e-06;OID=.;OPOS=142162001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:138:139:1:69:69:0:0:69:70:0:0 chr7 142162050 . A G 762.35 PASS AF=0.490683;AO=79;DP=161;FAO=79;FDP=161;FR=.;FRO=82;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.0137279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.929;QD=18.9403;RBI=0.0145633;REFB=-0.0100646;REVB=-0.00486136;RO=82;SAF=45;SAR=34;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109608;STB=0.560445;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0101794;OID=.;OPOS=142162050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:82:82:79:79:0.490683:34:45:37:45:34:45:37:45 chr7 142162148 . C T 671.84 PASS AF=0.465753;AO=68;DP=146;FAO=68;FDP=146;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.00484534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.116;QD=18.4065;RBI=0.0152045;REFB=-0.0128577;REVB=-0.0144118;RO=78;SAF=33;SAR=35;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100428;STB=0.555651;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00986744;OID=.;OPOS=142162148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:78:78:68:68:0.465753:35:33:46:32:35:33:46:32 chr7 142162306 . A G 241.63 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00667919;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.275;QD=12.2346;RBI=0.00993364;REFB=-0.00140907;REVB=-0.00735293;RO=51;SAF=12;SAR=17;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419847;STB=0.52981;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00276861;OID=.;OPOS=142162306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:51:50:29:29:0.367089:17:12:23:28:17:12:23:27 chr7 142168414 . G C 42.56 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00159244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.31;QD=2.83736;RBI=0.0104645;REFB=0.000847757;REVB=-0.0103426;RO=52;SAF=3;SAR=5;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261363;STB=0.685044;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0113819;OID=.;OPOS=142168414;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:52:52:8:8:0.133333:5:3:31:21:5:3:31:21 chr7 142168429 . A G 792.04 PASS AF=0.907692;AO=58;DP=64;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0604397;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.025;QD=48.7408;RBI=0.0604525;REFB=-0.0132808;REVB=-0.00124331;RO=6;SAF=37;SAR=21;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874839;STB=0.546746;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00301452;OID=.;OPOS=142168429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:64:65:6:6:58:59:0.907692:21:37:1:5:21:38:1:5 chr7 142168452 . C A 1053.42 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.525;QD=59.3476;RBI=0.0201007;REFB=0;REVB=0.0167852;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5474e-05;OID=.;OPOS=142168452;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:28:41:0:0:29:42:0:0 chr7 142168466 . A C 36.58 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=72;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.00747342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.05;QD=2.03239;RBI=0.00790492;REFB=0.000474091;REVB=-0.00257597;RO=64;SAF=3;SAR=5;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271028;STB=0.699534;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00433516;OID=.;OPOS=142168466;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:72:64:64:8:8:0.111111:5:3:39:25:5:3:39:25 chr7 142168474 . G A 35.43 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0209214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.02;QD=1.88959;RBI=0.0404067;REFB=-0.00132416;REVB=-0.0345688;RO=67;SAF=3;SAR=5;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25553;STB=0.690868;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00968259;OID=.;OPOS=142168474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:67:67:8:8:0.106667:5:3:40:27:5:3:40:27 chr7 142168662 . CG TC 886.82 PASS AF=1;AO=61;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342343;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=2;MLLD=169.24;QD=56.3061;RBI=0.061402;REFB=-0.0252353;REVB=0.0509728;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145233;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000668263;OID=.;OPOS=142168662;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:63:1:0:61:63:1:32:29:0:1:33:30:0:0 chr7 142168819 . G A 241.8 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0195998;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.371;QD=20.5789;RBI=0.0410251;REFB=-0.0252677;REVB=0.0360403;RO=22;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575055;STB=0.559868;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0316625;OID=.;OPOS=142168819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:24:23:23:0.489362:8:15:13:9:8:15:13:11 chr7 142168856 . C G 543.88 PASS AF=0.95;AO=35;DP=37;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.07584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3479;QD=54.3876;RBI=0.0778572;REFB=0.110977;REVB=0.0176081;RO=2;SAF=21;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104939;STB=0.507039;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00598543;OID=.;OPOS=142168856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:40:2:2:35:38:0.95:14:21:1:1:14:24:1:1 chr7 142176378 . A G 761.84 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00728568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.99;QD=55.4062;RBI=0.0455681;REFB=-0.0631799;REVB=0.0449819;RO=1;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229779;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410947;OID=.;OPOS=142176378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:20:34:0:1:21:34:0:0 chr7 142180704 . G T 366.34 PASS AF=0.218978;AO=60;DP=275;FAO=60;FDP=274;FR=.;FRO=214;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=117;FSRR=97;FWDB=0.00437278;FXX=0.00363623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.371;QD=5.34802;RBI=0.00997447;REFB=-0.00620749;REVB=-0.00896487;RO=211;SAF=25;SAR=35;SRF=117;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175003;STB=0.600934;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.014487;OID=.;OPOS=142180704;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:274:211:214:60:60:0.218978:35:25:117:94:35:25:117:97 chr7 142180737 . T A 430.35 PASS AF=0.252;AO=63;DP=251;FAO=63;FDP=250;FR=.;FRO=187;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=103;FSRR=84;FWDB=-0.00151005;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.759;QD=6.88563;RBI=0.0160338;REFB=-0.005528;REVB=-0.0159625;RO=186;SAF=26;SAR=37;SRF=103;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175808;STB=0.602695;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0556989;OID=.;OPOS=142180737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:250:186:187:63:63:0.252:37:26:103:83:37:26:103:84 chr7 142180770 . T C 427.58 PASS AF=0.286432;AO=57;DP=199;FAO=57;FDP=199;FR=.;FRO=142;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=83;FSRR=59;FWDB=0.003857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.27;QD=8.5946;RBI=0.00441997;REFB=-0.0046848;REVB=0.00215863;RO=141;SAF=26;SAR=31;SRF=83;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160026;STB=0.590806;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.011826;OID=.;OPOS=142180770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:141:142:57:57:0.286432:31:26:83:58:31:26:83:59 chr7 142231625 . C A 172.76 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0141859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.316;QD=18.185;RBI=0.0188854;REFB=-0.0351083;REVB=0.0124667;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924797;STB=0.552574;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0223537;OID=.;OPOS=142231625;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:12:8:9:9:12:8 chr7 142231701 . G T 290.66 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.049694;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2605;QD=19.0596;RBI=0.0503893;REFB=-0.0283503;REVB=-0.00834194;RO=29;SAF=23;SAR=8;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191226;STB=0.538658;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0310253;OID=.;OPOS=142231701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:30:31:31:0.508197:8:23:22:7:8:23:24:6 chr7 142242478 . C G 39.19 PASS AF=0.0894309;AO=11;DP=125;FAO=11;FDP=123;FR=.;FRO=112;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=-0.0450416;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.364;QD=1.27447;RBI=0.0486528;REFB=6.16426e-05;REVB=-0.0183941;RO=114;SAF=2;SAR=9;SRF=52;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335114;STB=0.766688;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00615651;OID=.;OPOS=142242478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:125:123:114:112:11:11:0.0894309:9:2:52:62:9:2:50:62 chr7 142242552 . G T 46.17 PASS AF=0.121951;AO=10;DP=82;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0100751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.085;QD=2.2524;RBI=0.0137237;REFB=-0.00323446;REVB=-0.00931847;RO=71;SAF=1;SAR=9;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488526;STB=0.869346;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0155089;OID=.;OPOS=142242552;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:82:82:71:72:10:10:0.121951:9:1:33:38:9:1:34:38 chr7 142247134 . T C 889.1 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589285;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.539;QD=57.361;RBI=0.0837862;REFB=0;REVB=0.0835788;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208469;OID=.;OPOS=142247134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:60:62:1:29:31:0:0:30:32:0:0 chr7 142247347 . AT CC 33.54 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0712182;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=84.3178;QD=3.44032;RBI=0.0815554;REFB=-0.00658011;REVB=-0.0397398;RO=29;SAF=1;SAR=5;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.599356;STB=0.876775;STBP=0.096;TYPE=mnp;VARB=0.031205;OID=.;OPOS=142247347;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:29:33:6:6:0.153846:5:1:21:8:5:1:22:11 chr7 142250938 . T G 926.53 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.718;QD=57.9079;RBI=0.0716162;REFB=0;REVB=0.0330723;RO=0;SAF=19;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686416;OID=.;OPOS=142250938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:44:19:0:0:44:20:0:0 chr7 142250988 . G A 800.63 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7375;QD=57.1878;RBI=0.0340452;REFB=0;REVB=-0.0220164;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67026e-05;OID=.;OPOS=142250988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr7 142251132 . G T 507.54 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487876;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.103;QD=59.71;RBI=0.0567146;REFB=0;REVB=0.0289192;RO=0;SAF=26;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270052;OID=.;OPOS=142251132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:7:26:0:0:7:27:0:0 chr7 142326607 . C T 1518.0 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00537371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.101;QD=59.5295;RBI=0.0199845;REFB=0;REVB=0.0192484;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01793e-05;OID=.;OPOS=142326607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:102:0:0:97:102:1:50:47:0:0:53:49:0:0 chr7 142326909 . C G 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6843;QD=62.0218;RBI=0.0736554;REFB=0;REVB=0.0721873;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670361;OID=.;OPOS=142326909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:24:18:0:0 chr7 142334648 . A G,T 1154.18 PASS AF=0.0379747,0.949367;AO=3,75;DP=79;FAO=3,75;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=0,39;FSAR=3,36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0104038,0.000705676;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.3293,159.091;QD=58.4396;RBI=0.0121873,0.0307175;REFB=-0.00340464,-0.00220755;REVB=-0.00634744,-0.0307093;RO=1;SAF=0,39;SAR=3,36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727144,-0.0119781;STB=0.994936,0.506327;STBP=0.121,0.525;TYPE=snp,snp;VARB=0.0828045,-0.00158127;OID=.,.;OPOS=142334648,142334648;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:79:79:1:1:3,75:3,75:0.0379747,0.949367:3,36:0,39:1:0:3,36:0,39:1:0 chr7 142378633 . G A 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0898;QD=64.1508;RBI=0.0605951;REFB=0;REVB=0.0575667;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683137;OID=.;OPOS=142378633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:34:15:0:0:34:15:0:0 chr7 142378831 . CAC ACG,GAC,TAC 797.33 PASS AF=0.0175439,0.947368,0.0350877;AO=2,50,2;DP=57;FAO=1,54,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21,2;FSAR=1,33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205752,-0.0205806,-0.013604;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=51.261,110.574,84.6588;QD=55.9532;RBI=0.0284872,0.0438298,0.0154458;REFB=0,0,0;REVB=-0.0197024,0.0386974,-0.00731468;RO=0;SAF=0,21,2;SAR=2,29,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.20481e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=0.0799248,-0.000961409,0.0356568;OID=.,.,.;OPOS=142378831,142378831,142378831;OREF=CAC,C,C;OALT=ACG,G,T;OMAPALT=ACG,GAC,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:8:57:57:0:0:2,50,2:1,54,2:0.0175439,0.947368,0.0350877:2,29,0:0,21,2:0:0:1,33,0:0,21,2:0:0 chr7 142423562 . C T 1361.86 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799173;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4011;QD=62.6141;RBI=0.0103558;REFB=0;REVB=0.00658589;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18959e-05;OID=.;OPOS=142423562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr7 142458451 . A T 144.81 PASS AF=0.15847;AO=29;DP=183;FAO=29;FDP=183;FR=.;FRO=154;FSAF=27;FSAR=2;FSRF=92;FSRR=62;FWDB=-0.00560862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.661;QD=3.16532;RBI=0.00612745;REFB=0.000655916;REVB=-0.00246759;RO=154;SAF=27;SAR=2;SRF=92;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.546493;STB=0.878622;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.014066;OID=.;OPOS=142458451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:154:154:29:29:0.15847:2:27:92:62:2:27:92:62 chr7 142458697 . T A 58.82 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0136881;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.231;QD=4.80179;RBI=0.0247939;REFB=-0.00342285;REVB=-0.020673;RO=40;SAF=6;SAR=3;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874767;STB=0.558689;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0145714;OID=.;OPOS=142458697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:50:49:40:40:9:9:0.183673:3:6:24:16:3:6:24:16 chr7 142458700 . G T 57.49 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0303798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.145;QD=4.50896;RBI=0.0387495;REFB=-0.00253523;REVB=-0.0240539;RO=42;SAF=6;SAR=3;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633133;STB=0.54276;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0114159;OID=.;OPOS=142458700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:42:42:9:9:0.176471:3:6:26:16:3:6:26:16 chr7 142458737 . C G 56.73 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00596598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.714;QD=4.36349;RBI=0.0349769;REFB=-0.0046593;REVB=-0.0344643;RO=43;SAF=5;SAR=4;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061653;STB=0.541394;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0201892;OID=.;OPOS=142458737;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:43:43:9:9:0.173077:4:5:26:17:4:5:26:17 chr7 142458829 . A G 70.11 PASS AF=0.164557;AO=13;DP=79;FAO=13;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.00445152;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.365;QD=3.54981;RBI=0.0230736;REFB=-0.00559723;REVB=-0.0226401;RO=66;SAF=8;SAR=5;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893526;STB=0.559906;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0303723;OID=.;OPOS=142458829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:79:79:66:66:13:13:0.164557:5:8:36:30:5:8:36:30 chr7 142458837 . A T 60.14 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.00569684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.831;QD=2.86366;RBI=0.0106989;REFB=-0.00380426;REVB=-0.00905612;RO=72;SAF=7;SAR=5;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350065;STB=0.524251;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.032018;OID=.;OPOS=142458837;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:84:84:72:72:12:12:0.142857:5:7:40:32:5:7:40:32 chr7 142458841 . ATC AC,ACA 90.87 PASS AF=0.156627,0.0481928;AO=12,4;DP=84;FAO=13,4;FDP=83;FR=.;FRO=66;FSAF=8,2;FSAR=5,2;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.00407169,-0.0153186;FXX=0.0119033;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=105.66,225.478;QD=4.37937;RBI=0.0202212,0.0156205;REFB=-0.00102834,0.000804813;REVB=-0.019807,-0.00305632;RO=64;SAF=7,2;SAR=5,2;SRF=37;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00664556,-0.0753027;STB=0.54721,0.556862;STBP=0.728,0.839;TYPE=del,mnp;VARB=0.018283,0.00263441;OID=.,.;OPOS=142458842,142458842;OREF=T,TC;OALT=-,CA;OMAPALT=AC,ACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.156627,0.0481928:12,4:84:13,4:83:66:8,2:5,2:37:29:67:64:7,2:5,2:37:27 chr7 142459784 . C T 402.15 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00957063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.254;QD=21.738;RBI=0.0132246;REFB=-0.0082082;REVB=-0.00912646;RO=34;SAF=15;SAR=25;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131868;STB=0.57288;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00886866;OID=.;OPOS=142459784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:25:15:18:16:25:15:18:16 chr7 142460313 . T C 297.19 PASS AF=0.27044;AO=43;DP=159;FAO=43;FDP=159;FR=.;FRO=116;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=64;FWDB=-0.0158811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.809;QD=7.47639;RBI=0.0232032;REFB=-0.00472037;REVB=0.0169168;RO=115;SAF=31;SAR=12;SRF=51;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345505;STB=0.702768;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00865804;OID=.;OPOS=142460313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:115:116:43:43:0.27044:12:31:51:64:12:31:52:64 chr7 142460335 . A G 344.29 PASS AF=0.287425;AO=48;DP=166;FAO=48;FDP=167;FR=.;FRO=119;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=72;FSRR=47;FWDB=0.00119188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.024;QD=8.24652;RBI=0.0108593;REFB=0.00129759;REVB=-0.0107937;RO=118;SAF=16;SAR=32;SRF=71;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32064;STB=0.690118;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0104491;OID=.;OPOS=142460335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:118:119:48:48:0.287425:32:16:71:47:32:16:72:47 chr7 142460369 . G A 218.28 PASS AF=0.235714;AO=32;DP=140;FAO=33;FDP=140;FR=.;FRO=107;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=61;FSRR=46;FWDB=0.00361917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.863;QD=6.23655;RBI=0.00584124;REFB=-0.00401926;REVB=0.00458494;RO=106;SAF=10;SAR=22;SRF=60;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31746;STB=0.702848;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00756849;OID=.;OPOS=142460369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:106:107:32:33:0.235714:22:10:60:46:23:10:61:46 chr7 142460394 . T C 79.33 PASS AF=0.138211;AO=17;DP=123;FAO=17;FDP=123;FR=.;FRO=106;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=0.0201158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4568;QD=2.57969;RBI=0.0209303;REFB=-0.00354742;REVB=-0.00578196;RO=104;SAF=6;SAR=11;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253727;STB=0.665215;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0244915;OID=.;OPOS=142460394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:123:123:104:106:17:17:0.138211:11:6:58:46:11:6:58:48 chr7 142460412 . A C 53.97 PASS AF=0.116505;AO=12;DP=103;FAO=12;FDP=103;FR=.;FRO=91;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=-0.0197731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.73;QD=2.09589;RBI=0.0202389;REFB=-0.00492089;REVB=-0.0043169;RO=90;SAF=5;SAR=7;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180563;STB=0.634123;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0217451;OID=.;OPOS=142460412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:103:103:90:91:12:12:0.116505:7:5:51:39:7:5:52:39 chr7 142460415 . T C 41.16 PASS AF=0.10101;AO=10;DP=99;FAO=10;FDP=99;FR=.;FRO=89;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.025171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.306;QD=1.6631;RBI=0.0258213;REFB=0.000292614;REVB=0.00575862;RO=87;SAF=5;SAR=5;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885994;STB=0.555446;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0140807;OID=.;OPOS=142460415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:99:99:87:89:10:10:0.10101:5:5:50:37:5:5:50:39 chr7 142460865 . T C 356.23 PASS AF=0.641509;AO=33;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0217358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6853;QD=26.8849;RBI=0.0352891;REFB=0.0112069;REVB=0.0278006;RO=19;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152263;STB=0.586499;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00302786;OID=.;OPOS=142460865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:33:34:0.641509:18:15:13:6:19:15:13:6 chr7 142470290 . T C 284.92 PASS AF=0.375;AO=32;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0262435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.057;QD=12.9511;RBI=0.0262602;REFB=-0.0188666;REVB=-0.000938061;RO=55;SAF=12;SAR=20;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282921;STB=0.648561;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0350382;OID=.;OPOS=142470290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:32:33:0.375:20:12:35:20:20:13:35:20 chr7 142478897 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.419;QD=59.8374;RBI=0.025083;REFB=0;REVB=0.022734;RO=0;SAF=5;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32757e-05;OID=.;OPOS=142478897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:31:5:0:0:31:5:0:0 chr7 142479912 . C G 38.7 PASS AF=0.0934579;AO=10;DP=107;FAO=10;FDP=107;FR=.;FRO=97;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=-0.0019139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.212;QD=1.44689;RBI=0.0326473;REFB=-0.00212417;REVB=-0.0325912;RO=97;SAF=6;SAR=4;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179768;STB=0.639433;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0415261;OID=.;OPOS=142479912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:107:107:97:97:10:10:0.0934579:4:6:43:54:4:6:43:54 chr7 142479915 . T C 524.73 PASS AF=0.504587;AO=52;DP=106;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00136927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.629;QD=19.256;RBI=0.0281472;REFB=-0.018001;REVB=-0.0281139;RO=51;SAF=23;SAR=29;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432174;STB=0.513418;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0129883;OID=.;OPOS=142479915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:51:54:52:55:0.504587:29:23:25:26:30:25:26:28 chr7 142479917 . C T 35.94 PASS AF=0.0869565;AO=10;DP=115;FAO=10;FDP=115;FR=.;FRO=105;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=-0.0116104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.317;QD=1.2502;RBI=0.0118531;REFB=-0.00145215;REVB=0.00238653;RO=105;SAF=6;SAR=4;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161627;STB=0.628613;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0140638;OID=.;OPOS=142479917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:115:115:105:105:10:10:0.0869565:4:6:48:57:4:6:48:57 chr7 142479940 . C T 550.59 PASS AF=0.437037;AO=59;DP=135;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.0205575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.415;QD=16.3138;RBI=0.0270666;REFB=-0.00957141;REVB=-0.0176066;RO=76;SAF=29;SAR=30;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217869;STB=0.512173;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0265663;OID=.;OPOS=142479940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:76:76:59:59:0.437037:30:29:39:37:30:29:39:37 chr7 142479954 . C T 930.0 PASS AF=0.59854;AO=82;DP=146;FAO=82;FDP=137;FR=.;FRO=55;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00781757;FXX=0.0616396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.596;QD=27.1532;RBI=0.0132554;REFB=0.019628;REVB=0.0107048;RO=55;SAF=43;SAR=39;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382129;STB=0.520743;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00930737;OID=.;OPOS=142479954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:137:55:55:82:82:0.59854:39:43:26:29:39:43:26:29 chr7 142480002 . C A 1075.01 PASS AF=0.620253;AO=96;DP=155;FAO=98;FDP=158;FR=.;FRO=60;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00951509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.083;QD=27.2155;RBI=0.0137057;REFB=-0.0276916;REVB=0.00986451;RO=59;SAF=48;SAR=48;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298185;STB=0.508788;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0161651;OID=.;OPOS=142480002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:158:59:60:96:98:0.620253:48:48:27:32:50:48:28:32 chr7 142480012 . C T 483.94 PASS AF=0.36646;AO=59;DP=161;FAO=59;FDP=161;FR=.;FRO=102;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.0209066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.677;QD=12.0234;RBI=0.0210484;REFB=-0.0204453;REVB=0.00243974;RO=102;SAF=27;SAR=32;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145148;STB=0.508256;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0123061;OID=.;OPOS=142480012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:102:102:59:59:0.36646:32:27:48:54:32:27:48:54 chr7 142480034 . C A 456.58 PASS AF=0.358491;AO=54;DP=156;FAO=57;FDP=159;FR=.;FRO=102;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.0185353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.223;QD=11.4863;RBI=0.0186487;REFB=-0.00700774;REVB=-0.00205323;RO=101;SAF=27;SAR=27;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394318;STB=0.524473;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0127713;OID=.;OPOS=142480034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:159:101:102:54:57:0.358491:27:27:47:54:28:29:48:54 chr7 142480067 . C T 766.12 PASS AF=0.576;AO=71;DP=123;FAO=72;FDP=125;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0185607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.992;QD=24.5158;RBI=0.0236644;REFB=0.00965874;REVB=0.0146801;RO=52;SAF=34;SAR=37;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164014;STB=0.509888;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00361259;OID=.;OPOS=142480067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:52:53:71:72:0.576:37:34:26:26:37:35:27:26 chr7 142481234 . T C 403.57 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00837532;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.98;QD=53.8098;RBI=0.0323641;REFB=0.00598018;REVB=0.0312616;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032084;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-3.78121e-05;OID=.;OPOS=142481234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:1:1:28:29:0.966667:14:14:0:1:15:14:0:1 chr7 142481376 . T A 54.16 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.015;QD=36.1069;RBI=0.0310013;REFB=0;REVB=0.0310013;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000803787;OID=.;OPOS=142481376;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr7 142481807 . C T 708.47 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.041;QD=62.9754;RBI=0.0284436;REFB=0;REVB=-0.0146111;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78654e-05;OID=.;OPOS=142481807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr7 142481867 . C G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7251;QD=64.414;RBI=0.0190735;REFB=0;REVB=-0.00264423;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016193;OID=.;OPOS=142481867;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr7 142495126 . GG AT 90.59 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.000107049;FXX=0.039984;HRUN=5;LEN=2;MLLD=163.424;QD=15.0983;RBI=0.00333448;REFB=-0.00957723;REVB=-0.00333277;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0065293;STB=0.50381;STBP=0.955;TYPE=mnp;VARB=0.00915496;OID=.;OPOS=142495126;OREF=GG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:25:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:7:6:5:6:7:6 chr7 142498732 . GAAAAAC GAACAAG 91.99 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0398385;FXX=0;HRUN=5;LEN=4;MLLD=215.586;QD=8.55681;RBI=0.0482812;REFB=-0.00396417;REVB=0.0272758;RO=24;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212154;STB=0.591387;STBP=0.496;TYPE=mnp;VARB=0.00803332;OID=.;OPOS=142498735;OREF=AAAC;OALT=CAAG;OMAPALT=GAACAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27907:12:43:12:43:31:9:3:20:11:91:24:9:3:14:10 chr7 142498813 . G A 151.15 PASS AF=0.241758;AO=22;DP=92;FAO=22;FDP=91;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0230004;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8997;QD=6.64388;RBI=0.0264057;REFB=0.00526373;REVB=-0.0129709;RO=68;SAF=13;SAR=9;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148693;STB=0.585508;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0158949;OID=.;OPOS=142498813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:68:69:22:22:0.241758:9:13:32:36:9:13:33:36 chr7 142498833 . A T 206.44 PASS AF=0.293478;AO=27;DP=92;FAO=27;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0711824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1436;QD=8.97543;RBI=0.0752463;REFB=-0.00629314;REVB=0.024394;RO=64;SAF=12;SAR=15;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847081;STB=0.544761;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0194742;OID=.;OPOS=142498833;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:64:65:27:27:0.293478:15:12:33:31:15:12:33:32 chr7 142498837 . C T 217.12 PASS AF=0.297872;AO=28;DP=94;FAO=28;FDP=94;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0448157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.4293;QD=9.23897;RBI=0.0456105;REFB=-0.000157008;REVB=0.00847734;RO=66;SAF=12;SAR=16;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103171;STB=0.560932;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.000908693;OID=.;OPOS=142498837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:66:66:28:28:0.297872:16:12:34:32:16:12:34:32 chr7 142498897 . A G 345.07 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00312287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.461;QD=14.2297;RBI=0.00776018;REFB=-0.0134634;REVB=-0.00710409;RO=59;SAF=14;SAR=24;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153245;STB=0.587273;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0269973;OID=.;OPOS=142498897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:59:38:38:0.391753:24:14:30:29:24:14:30:29 chr7 142499071 . T C 513.59 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0873994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.36;QD=24.4564;RBI=0.0875873;REFB=-0.00720882;REVB=-0.00573459;RO=35;SAF=29;SAR=19;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11511;STB=0.557668;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00706073;OID=.;OPOS=142499071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:35:36:48:48:0.571429:19:29:16:19:19:29:17:19 chr7 142561447 . AGGGGGGGT AGGGGGGT,AGGGGGGTG 112.68 PASS AF=0.625,0.025;AO=15,4;DP=39;FAO=25,1;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=21,1;FSAR=4,0;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0803019,-0.220574;FXX=0.0243843;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.87093,15.0424;QD=11.2684;RBI=0.184168,0.281066;REFB=0.0274914,0.0102666;REVB=0.165739,0.174198;RO=12;SAF=12,4;SAR=3,0;SRF=10;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0421615,0.608656;STB=0.534517,0.98438;STBP=0.662,0.563;TYPE=del,mnp;VARB=0.0308766,-0.0255825;OID=.,.;OPOS=142561448,142561454;OREF=G,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=AGGGGGGT,AGGGGGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625,0.025:15,4:39:25,1:40:14:21,1:4,0:11:3:54:12:12,4:3,0:10:2 chr7 143017807 . G T 1466.41 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.275;QD=62.4003;RBI=0.0276044;REFB=0;REVB=0.0274509;RO=1;SAF=82;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00574791;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62829e-05;OID=.;OPOS=143017807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:94:94:1:0:93:94:1:11:82:1:0:11:83:0:0 chr7 143042837 . C T 483.76 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=68;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0170457;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.196;QD=28.8811;RBI=0.0202851;REFB=-0.0295357;REVB=-0.0109968;RO=23;SAF=23;SAR=21;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13816;STB=0.574916;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0153228;OID=.;OPOS=143042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:23:23:44:44:0.656716:21:23:17:6:21:23:17:6 chr7 143053260 . A G 410.23 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.647;QD=56.583;RBI=0.039663;REFB=0;REVB=0.0251495;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270369;OID=.;OPOS=143053260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:17:11:0:0:18:11:0:0 chr7 143053723 . C T 129.29 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00280563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.085;QD=21.5475;RBI=0.0403828;REFB=-0.0485786;REVB=0.0402852;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531474;STB=0.530077;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0329777;OID=.;OPOS=143053723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:5:5:6:8:5:5 chr7 143088823 . T C 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00599578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.186;QD=51.9126;RBI=0.0220953;REFB=0;REVB=0.0212663;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108155;OID=.;OPOS=143088823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr7 143088867 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.936;QD=51.1826;RBI=0.036068;REFB=0;REVB=0.0357861;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247756;OID=.;OPOS=143088867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr7 143093538 . G A 1576.28 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0154435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5989;QD=57.845;RBI=0.0348987;REFB=-0.184384;REVB=-0.0312956;RO=2;SAF=56;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166475;STB=0.50877;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00279178;OID=.;OPOS=143093538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:109:2:2:107:107:0.981651:51:56:2:0:51:56:2:0 chr7 143097100 . A G 176.26 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0406721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5476;QD=20.7366;RBI=0.0434823;REFB=-0.0399216;REVB=-0.0153781;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808369;STB=0.545406;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0269787;OID=.;OPOS=143097100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:12:6:4:12:12:6:4:12 chr7 143141475 . T C 498.94 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0246728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0776;QD=53.9398;RBI=0.034208;REFB=-0.218576;REVB=0.0236947;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523796;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0134251;OID=.;OPOS=143141475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:37:0:2:35:35:0.945946:20:15:0:0:20:15:0:2 chr7 143175154 . G A 432.13 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.00559405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.889;QD=17.8196;RBI=0.00882365;REFB=-0.00698126;REVB=-0.00682374;RO=52;SAF=23;SAR=21;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147664;STB=0.586332;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00695417;OID=.;OPOS=143175154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:52:53:44:44:0.453608:21:23:35:17:21:23:36:17 chr7 143175345 . C T 638.85 PASS AF=0.42515;AO=71;DP=169;FAO=71;FDP=167;FR=.;FRO=96;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.0125841;FXX=0.0118336;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.702;QD=15.3017;RBI=0.0128185;REFB=-0.0235565;REVB=0.00244016;RO=95;SAF=41;SAR=30;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961551;STB=0.55093;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0340544;OID=.;OPOS=143175345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:167:95:96:71:71:0.42515:30:41:46:49:30:41:47:49 chr7 143208968 . A G 326.47 PASS AF=0.548387;AO=31;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00192433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3898;QD=21.0625;RBI=0.0203266;REFB=-0.0402202;REVB=0.0202354;RO=20;SAF=23;SAR=8;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00753729;STB=0.585934;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.041436;OID=.;OPOS=143208968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:20:28:31:34:0.548387:8:23:15:5:10:24:15:13 chr7 143270172 . A G 689.73 PASS AF=0.962963;AO=48;DP=50;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0292438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.1113;QD=51.0914;RBI=0.0397116;REFB=-0.206083;REVB=0.0268666;RO=2;SAF=17;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521739;STB=0.527767;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00912748;OID=.;OPOS=143270172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:50:54:2:2:48:52:0.962963:31:17:2:0:35:17:2:0 chr7 143701884 . C T 147.78 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00806517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6107;QD=17.9124;RBI=0.0157479;REFB=-0.00584851;REVB=0.0135258;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279432;STB=0.660802;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0133186;OID=.;OPOS=143701884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:12:4:9:8:12:4:9:8 chr7 143748364 . T C 1008.37 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.556;QD=59.3158;RBI=0.0239194;REFB=0;REVB=0.021512;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72182e-05;OID=.;OPOS=143748364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chr7 143771408 . G C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0070551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.266;QD=56.938;RBI=0.0392636;REFB=0;REVB=0.0386246;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37149e-05;OID=.;OPOS=143771408;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr7 143771536 . G A 976.31 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181501;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.403;QD=59.1705;RBI=0.0384444;REFB=0;REVB=0.0338902;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355608;OID=.;OPOS=143771536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr7 143771557 . T C 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00484436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.798;QD=17.8517;RBI=0.0102235;REFB=0.000219334;REVB=0.00900285;RO=39;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119357;STB=0.513151;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.000117645;OID=.;OPOS=143771557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:40:36:36:0.473684:18:18:20:19:18:18:21:19 chr7 143771937 . G C 970.0 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.961;QD=58.7877;RBI=0.0226868;REFB=0;REVB=0.0199649;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00796e-05;OID=.;OPOS=143771937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:63:66:1:33:30:0:0:35:31:0:0 chr7 143807515 . T G 394.18 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00365984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.102;QD=46.3744;RBI=0.0780528;REFB=-0.178004;REVB=0.0779669;RO=3;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536801;STB=0.516725;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00462022;OID=.;OPOS=143807515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:34:3:4:30:30:0.882353:11:19:1:2:11:19:2:2 chr7 143807518 . T C 521.31 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.438;QD=59.5777;RBI=0.0170313;REFB=0;REVB=0.000907866;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89922e-05;OID=.;OPOS=143807518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:30:35:1:12:18:0:0:13:22:0:0 chr7 143826603 . G T 804.77 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00398809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.066;QD=64.3818;RBI=0.0179668;REFB=0;REVB=0.0175186;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9092e-05;OID=.;OPOS=143826603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr7 143826697 . C A,G 374.48 PASS AF=0.428571,0.333333;AO=17,15;DP=42;FAO=18,14;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=18,2;FSAR=0,12;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.11698,-0.00518927;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=79.2416,48.6311;QD=35.6648;RBI=0.117213,0.0351229;REFB=-0.181077,-3.45693e-05;REVB=0.00739259,0.0347375;RO=10;SAF=17,2;SAR=0,13;SRF=10;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.631689;STB=0.998905,0.834936;STBP=0.177,0.001;TYPE=snp,snp;VARB=0.0644478,0.045142;OID=.,.;OPOS=143826697,143826697;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:42:42:10:10:17,15:18,14:0.428571,0.333333:0,13:17,2:10:0:0,12:18,2:9:1 chr7 143826729 . ACTT A 191.55 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173609;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.95;QD=47.8883;RBI=0.0187012;REFB=0;REVB=0.00695231;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.15103e-05;OID=.;OPOS=143826730;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:17:16:16:0:2:14:0:0:4:0:1:14:0:0 chr7 143882673 . C T 115.94 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00881156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7684;QD=42.1607;RBI=0.00881156;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000430773;OID=.;OPOS=143882673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr7 143884103 . G A 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.01035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.595;QD=16.8123;RBI=0.0104379;REFB=-0.0251078;REVB=0.00135171;RO=47;SAF=15;SAR=23;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177391;STB=0.599575;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0216878;OID=.;OPOS=143884103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:23:15:27:20:23:15:27:20 chr7 144015437 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.708;QD=33.4285;RBI=0.0506437;REFB=0;REVB=-0.0483003;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000879561;OID=.;OPOS=144015437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr7 144095600 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2501;QD=40.7612;RBI=0.0663773;REFB=0;REVB=0.0252909;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204849;OID=.;OPOS=144095600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr7 144098992 . G A 709.33 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0402589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.5556;QD=51.5875;RBI=0.0415564;REFB=-0.0131215;REVB=0.010303;RO=2;SAF=46;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133652;STB=0.571399;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000725293;OID=.;OPOS=144098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:55:2:2:52:53:0.963636:6:46:0:2:6:47:0:2 chr7 144547012 . T C 326.24 PASS AF=0.460526;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0161028;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.25;QD=17.1705;RBI=0.0221678;REFB=-0.00215233;REVB=-0.0152352;RO=42;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111409;STB=0.507688;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00207418;OID=.;OPOS=144547012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:42:41:34:35:0.460526:19:15:19:23:20:15:17:24 chr7 147674978 . A G 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00346278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.181;QD=21.745;RBI=0.0258278;REFB=-0.0280772;REVB=0.0255946;RO=16;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00309739;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0176109;OID=.;OPOS=147674978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:6:13:11:5:6:13:11:5 chr7 148106477 . C G 218.39 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0129165;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.156;QD=15.599;RBI=0.0253691;REFB=-0.00394076;REVB=0.0218348;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00378517;STB=0.502144;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00158957;OID=.;OPOS=148106477;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:31:31:25:25:0.446429:13:12:15:16:13:12:15:16 chr7 148106490 . G A 233.07 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0273637;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.348;QD=14.7982;RBI=0.0290805;REFB=-0.0151901;REVB=-0.00984408;RO=35;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144122;STB=0.52642;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0181975;OID=.;OPOS=148106490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:26:27:0.428571:13:13:18:17:14:13:19:17 chr7 148113623 . ATAGTT A 383.09 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167183;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=5;MLLD=284.345;QD=56.7544;RBI=0.0181867;REFB=0;REVB=0.0071594;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.92728e-05;OID=.;OPOS=148113624;OREF=TAGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:29:27:27:0:14:13:0:0:4:0:13:13:0:0 chr7 148131742 . G A 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00785748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.278;QD=50.4087;RBI=0.0445603;REFB=0;REVB=0.043862;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269624;OID=.;OPOS=148131742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr7 148143136 . A G 2292.51 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232003;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7459;QD=61.1335;RBI=0.00659251;REFB=0;REVB=-0.00617078;RO=0;SAF=77;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.5366e-05;OID=.;OPOS=148143136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:150:150:1:73:77:0:0:73:77:0:0 chr7 148481488 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.683;QD=57.6803;RBI=0.0326292;REFB=0;REVB=0.0325738;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65592e-05;OID=.;OPOS=148481488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr7 148489820 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0138011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.738;QD=16.9413;RBI=0.0171002;REFB=-0.00878877;REVB=-0.0100969;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777901;STB=0.544507;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0118285;OID=.;OPOS=148489820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:8:11:12:12:8:11:12:12 chr7 148525904 . C G 100.85 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.0126931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2412;QD=9.16813;RBI=0.051429;REFB=-0.00481367;REVB=0.049838;RO=31;SAF=4;SAR=9;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534235;STB=0.812698;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0189266;OID=.;OPOS=148525904;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:9:4:25:6:9:4:25:6 chr7 148700542 . A C 108.23 PASS AF=0.6;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00813847;FXX=0.0475964;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.33;QD=21.6462;RBI=0.0177246;REFB=-0.0121156;REVB=0.0157457;RO=6;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683665;STB=0.5;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00601547;OID=.;OPOS=148700542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:6:8:12:12:0.6:9:3:1:5:9:3:2:6 chr7 148712092 . G A 183.41 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00927192;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.435;QD=17.0612;RBI=0.0326441;REFB=-0.000872536;REVB=0.0312997;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275801;STB=0.515743;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.000142354;OID=.;OPOS=148712092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:24:19:19:0.44186:6:13:17:7:6:13:17:7 chr7 148730171 . G A 321.67 PASS AF=0.492754;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.000403884;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.414;QD=18.6474;RBI=0.0101373;REFB=-0.0165259;REVB=0.0101292;RO=37;SAF=20;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636583;STB=0.524517;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0188179;OID=.;OPOS=148730171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:37:35:33:34:0.492754:13:20:20:17:13:21:20:15 chr7 148730181 . A G 339.1 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0313073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.958;QD=17.8473;RBI=0.037284;REFB=-0.0182416;REVB=0.0202471;RO=40;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320611;STB=0.517927;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.018872;OID=.;OPOS=148730181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:15:21:22:18:15:21:22:18 chr7 148730191 . C T 367.21 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0239354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.759;QD=19.0757;RBI=0.0529147;REFB=-0.0231734;REVB=-0.0471917;RO=39;SAF=23;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626007;STB=0.534865;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0252397;OID=.;OPOS=148730191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:15:23:21:18:15:23:21:18 chr7 148801091 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=354.875;QD=46.848;RBI=0.0443082;REFB=0;REVB=-0.0431287;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.67042e-05;OID=.;OPOS=148801091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:2:13:0:0:2:13:0:0 chr7 148801658 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.556;QD=46.848;RBI=0.031313;REFB=0;REVB=-0.0279649;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.06748e-05;OID=.;OPOS=148801658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr7 148822810 . C T 1709.71 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.705;QD=60.5206;RBI=0.0768866;REFB=0;REVB=0.0232747;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014105;OID=.;OPOS=148822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:110:113:1:54:56:0:0:55:58:0:0 chr7 148822867 . TG T 492.3 PASS AF=0.424242;AO=52;DP=130;FAO=56;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.00355436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.518;QD=14.9182;RBI=0.00548257;REFB=-0.0099465;REVB=0.00417434;RO=75;SAF=28;SAR=24;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369117;STB=0.5251;STBP=0.627;TYPE=del;VARB=0.0149745;OID=.;OPOS=148822868;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:52:130:56:132:76:30:26:44:32:99:75:28:24:43:32 chr7 148848358 . G A 361.98 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138268;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.833;QD=55.6898;RBI=0.0350391;REFB=0;REVB=0.0321956;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173034;OID=.;OPOS=148848358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr7 148851213 . G A 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.081;QD=60.6081;RBI=0.0262395;REFB=0;REVB=0.00725831;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90697e-05;OID=.;OPOS=148851213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr7 148937136 . C A 162.21 PASS AF=0.362069;AO=19;DP=56;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0233302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.842;QD=11.187;RBI=0.0233688;REFB=-0.0175692;REVB=-0.00134231;RO=37;SAF=4;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424265;STB=0.685098;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0274521;OID=.;OPOS=148937136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:37:37:19:21:0.362069:15:4:21:16:15:6:21:16 chr7 148947279 . A G 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0048835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.164;QD=8.24617;RBI=0.0441466;REFB=-0.000939186;REVB=0.0438757;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526099;STB=0.832323;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00454008;OID=.;OPOS=148947279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:1:6:6:9:1:6:6:9 chr7 148979649 . G T 456.13 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00511876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.007;QD=20.2724;RBI=0.00514042;REFB=-0.0106339;REVB=0.000471468;RO=43;SAF=14;SAR=31;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148207;STB=0.596109;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0133768;OID=.;OPOS=148979649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:45:45:45:0.5:31:14:20:23:31:14:22:23 chr7 148991712 . A G 236.44 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.3;QD=49.7761;RBI=0.0408014;REFB=0;REVB=0.0324085;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140419;OID=.;OPOS=148991712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:10:9:0:0 chr7 148991853 . G A 200.6 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00778038;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.448;QD=19.5711;RBI=0.0145387;REFB=-0.000203685;REVB=-0.0122816;RO=21;SAF=5;SAR=15;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353382;STB=0.701087;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000283041;OID=.;OPOS=148991853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:21:21:20:20:0.487805:15:5:13:8:15:5:13:8 chr7 149112306 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000965219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.33;QD=57.2015;RBI=0.0106658;REFB=0;REVB=0.010622;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77426e-05;OID=.;OPOS=149112306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr7 149152770 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.206;QD=45.8068;RBI=0.0114464;REFB=0;REVB=0.00722982;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173637;OID=.;OPOS=149152770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:6:8:0:0 chr7 149152906 . G A 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0181605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.383;QD=61.8142;RBI=0.020069;REFB=-0.0482227;REVB=0.00854171;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165122;STB=0.508768;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00185095;OID=.;OPOS=149152906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:21:28:1:0:21:28:1:0 chr7 149191460 . G A 344.01 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0135596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.422;QD=16.3813;RBI=0.0177118;REFB=-0.00637559;REVB=-0.011395;RO=47;SAF=21;SAR=16;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243466;STB=0.636293;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00936248;OID=.;OPOS=149191460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:16:21:15:32:16:21:15:32 chr7 149317053 . T C 678.33 PASS AF=0.459119;AO=73;DP=160;FAO=73;FDP=159;FR=.;FRO=86;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.0105286;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0284;QD=17.0648;RBI=0.0285736;REFB=-0.00871233;REVB=0.0265631;RO=86;SAF=40;SAR=33;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355723;STB=0.519745;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0141394;OID=.;OPOS=149317053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:86:86:73:73:0.459119:33:40:44:42:33:40:44:42 chr7 149318375 . C T 307.63 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0155182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.348;QD=41.0174;RBI=0.016008;REFB=0.0356823;REVB=0.0039296;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.534219;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.000415165;OID=.;OPOS=149318375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:0:5:25:25:0.833333:15:10:0:0:15:10:3:2 chr7 149318471 . C T 184.06 PASS AF=0.463415;AO=17;DP=39;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0583663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.818;QD=17.9572;RBI=0.10242;REFB=-0.00993512;REVB=0.0841617;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198929;STB=0.5837;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0127782;OID=.;OPOS=149318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:22:22:17:19:0.463415:9:8:6:16:11:8:6:16 chr7 149344105 . A G 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0968023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.198;QD=50.1342;RBI=0.0976401;REFB=0.0184087;REVB=0.0127627;RO=1;SAF=3;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131402;STB=0.571363;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000106177;OID=.;OPOS=149344105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:21:3:1:0:21:3:1:0 chr7 149388270 . CGGGGGGGCAC CGGGGGGGCA,CGGGGGGGGCA,GCGGGGGGCAC 322.41 PASS AF=0.675,0,0.325;AO=12,4,2;DP=42;FAO=27,0,13;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0,0;FSAR=0,0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.162387,-0.165823,0.0335897;FXX=0.0476077;HRUN=3,1,1;LEN=1,3,2;MLLD=11.6643,11.4522,20.2628;QD=32.2412;RBI=0.192538,0.309613,0.0958079;REFB=-0.0312072,-0.0605952,0.0502708;REVB=-0.103447,0.261463,-0.0897267;RO=1;SAF=12,4,0;SAR=0,0,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-0.697199;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.00107893,0,-0.0017234;OID=.,.,.;OPOS=149388280,149388278,149388270;OREF=C,CAC,CG;OALT=-,GCA,GC;OMAPALT=CGGGGGGGCA,CGGGGGGGGCA,GCGGGGGGCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:99:42:40:1:0:12,4,2:27,0,13:0.675,0,0.325:0,0,2:12,4,0:1:0:0,0,13:27,0,0:0:0 chr7 149404826 . C CT 260.18 PASS AF=0.586207;AO=11;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0303442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.669;QD=17.9436;RBI=0.0481239;REFB=-0.0431428;REVB=-0.0373516;RO=47;SAF=1;SAR=10;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583677;STB=0.629395;STBP=0.027;TYPE=ins;VARB=0.0320637;OID=.;OPOS=149404827;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586207:11:58:34:58:24:11:23:15:9:99:47:1:10:25:22 chr7 149404827 . C T 186.6 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0118404;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.89;QD=12.44;RBI=0.0171826;REFB=-0.0191951;REVB=-0.0124517;RO=37;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00255754;STB=0.501474;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0183445;OID=.;OPOS=149404827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:13:10:16:21:13:10:16:21 chr7 149416771 . C T 418.19 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.000168424;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.613;QD=22.3032;RBI=0.00162239;REFB=-0.0259081;REVB=-0.00161362;RO=33;SAF=21;SAR=20;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466455;STB=0.532148;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0204652;OID=.;OPOS=149416771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:33:34:41:41:0.546667:20:21:15:18:20:21:15:19 chr7 149418680 . G A 389.95 PASS AF=0.487805;AO=39;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0103134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.201;QD=19.0222;RBI=0.0120014;REFB=-0.00372768;REVB=-0.00613749;RO=42;SAF=12;SAR=27;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526438;STB=0.533881;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00181219;OID=.;OPOS=149418680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:39:40:0.487805:27:12:15:27:28:12:15:27 chr7 149418856 . C T 435.67 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0225946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.861;QD=18.5393;RBI=0.0302852;REFB=-0.018091;REVB=0.0201662;RO=49;SAF=15;SAR=29;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109007;STB=0.567425;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0249974;OID=.;OPOS=149418856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:50:44:44:0.468085:29:15:22:27:29:15:23:27 chr7 149421773 . A G 687.47 PASS AF=0.453988;AO=74;DP=163;FAO=74;FDP=163;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=0.00191987;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.161;QD=16.8703;RBI=0.0199445;REFB=-0.00764986;REVB=-0.0198519;RO=84;SAF=36;SAR=38;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557366;STB=0.526414;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.010021;OID=.;OPOS=149421773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:84:89:74:74:0.453988:38:36:36:48:38:36:39:50 chr7 149426305 . G GC 793.08 PASS AF=1;AO=69;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.8278;QD=43.4562;RBI=0.10743;REFB=0;REVB=0.0864285;RO=4;SAF=38;SAR=31;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208708;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00355253;OID=.;OPOS=149426306;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:73:73:73:0:41:32:0:0:13:4:38:31:3:1 chr7 149427409 . T G 1365.81 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.199;QD=62.0823;RBI=0.0564522;REFB=0;REVB=-0.0497848;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.11558e-05;OID=.;OPOS=149427409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:41:46:0:0:42:46:0:0 chr7 149430367 . C T 566.39 PASS AF=0.593023;AO=47;DP=87;FAO=51;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.00244823;FXX=0.0114929;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.624;QD=26.3437;RBI=0.0109418;REFB=-0.0326453;REVB=-0.0106644;RO=25;SAF=20;SAR=27;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207672;STB=0.565843;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0138481;OID=.;OPOS=149430367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:25:32:47:51:0.593023:27:20:3:22:30:21:8:24 chr7 149500817 . GCCCCC GCCCCG,GCCCC 131.73 PASS AF=0.0454545,0.454545;AO=3,25;DP=68;FAO=3,30;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=3,20;FSAR=0,10;FSRF=28;FSRR=5;FWDB=-0.0228291,0.0460218;FXX=0.0294074;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=107.221,10.9668;QD=7.98361;RBI=0.023061,0.046027;REFB=-0.00245232,-0.100185;REVB=0.00326232,0.000696168;RO=26;SAF=3,17;SAR=0,8;SRF=23;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.443892,-0.237174;STB=0.994298,0.615317;STBP=0.342,0.149;TYPE=snp,del;VARB=0.124055,0.147704;OID=.,.;OPOS=149500822,149500818;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=GCCCCG,GCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0454545,0.454545:3,25:68:3,30:66:33:3,20:0,10:28:5:99:26:3,17:0,8:23:3 chr7 149502637 . C T 632.68 PASS AF=0.450331;AO=68;DP=151;FAO=68;FDP=151;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=0.0198382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.085;QD=16.7597;RBI=0.0198457;REFB=-0.00178351;REVB=0.000546007;RO=83;SAF=30;SAR=38;SRF=52;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181548;STB=0.600819;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0030729;OID=.;OPOS=149502637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:83:83:68:68:0.450331:38:30:52:31:38:30:52:31 chr7 149506211 . G GC 2404.28 PASS AF=1;AO=205;DP=222;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124171;FXX=0.00947822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.1329;QD=46.0149;RBI=0.124501;REFB=0;REVB=-0.00905882;RO=15;SAF=107;SAR=98;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535353;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0013272;OID=.;OPOS=149506212;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:205:222:209:209:0:110:99:0:0:42:15:107:98:14:1 chr7 149509419 . C T 221.95 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0349015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5128;QD=25.3654;RBI=0.0396519;REFB=-0.00893804;REVB=0.0188191;RO=14;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746985;STB=0.541626;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00775336;OID=.;OPOS=149509419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:14:7:6:8:14:7:6:8 chr7 149511902 . C T 168.18 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0195965;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3055;QD=19.2205;RBI=0.0297215;REFB=-0.0858532;REVB=-0.022346;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284482;STB=0.54281;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0430278;OID=.;OPOS=149511902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:17:17:18:0.514286:9:8:7:9:9:9:7:10 chr7 149511985 . A G 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0110246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.765;QD=18.087;RBI=0.0163525;REFB=-0.0224811;REVB=-0.0120774;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118443;STB=0.566423;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.029221;OID=.;OPOS=149511985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:11:16:12:14:11:16 chr7 149513077 . G C 30.25 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.146727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0424;QD=10.0846;RBI=0.215206;REFB=0.0276855;REVB=0.157432;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286688;STB=0.676751;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.000401609;OID=.;OPOS=149513077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:5:2:3:2:5:2 chr7 149513560 . T C 276.6 PASS AF=0.395062;AO=31;DP=82;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0494433;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.644;QD=13.6592;RBI=0.0554139;REFB=-0.0281315;REVB=-0.0250212;RO=50;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034568;STB=0.536942;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0434989;OID=.;OPOS=149513560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:50:49:31:32:0.395062:17:14:21:29:17:15:20:29 chr7 149515188 . TA T 43.98 PASS AF=0.4375;AO=5;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0511794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.8951;QD=10.9958;RBI=0.0983156;REFB=-0.0728518;REVB=-0.0839441;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47111;STB=0.713673;STBP=0.206;TYPE=del;VARB=0.0918128;OID=.;OPOS=149515189;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:5:16:7:16:9:5:2:3:6:43:9:4:1:3:6 chr7 149516486 . A G 200.79 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0146382;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.045;QD=11.6402;RBI=0.0147541;REFB=-0.0237642;REVB=-0.00184511;RO=45;SAF=4;SAR=21;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273342;STB=0.649348;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0402753;OID=.;OPOS=149516486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:45:44:25:25:0.362319:21:4:15:30:21:4:14:30 chr7 149517978 . G T 379.43 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.000925114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.057;QD=19.2115;RBI=0.0245499;REFB=-0.0219998;REVB=0.0245325;RO=39;SAF=28;SAR=11;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180842;STB=0.609078;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0217228;OID=.;OPOS=149517978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:39:40:39:39:0.493671:11:28:21:18:11:28:21:19 chr7 149518148 . A G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.0309036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4818;QD=17.4008;RBI=0.0472422;REFB=0.0147998;REVB=-0.0357322;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228413;STB=0.650973;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0175075;OID=.;OPOS=149518148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:13:13:13:0.5:9:4:1:10:9:4:1:12 chr7 149518961 . T C 1418.58 PASS AF=0.520446;AO=139;DP=264;FAO=140;FDP=269;FR=.;FRO=129;FSAF=59;FSAR=81;FSRF=54;FSRR=75;FWDB=-0.0170296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7225;QD=21.0942;RBI=0.0228747;REFB=-0.0229398;REVB=0.0152724;RO=125;SAF=60;SAR=79;SRF=53;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00677042;STB=0.501389;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0213165;OID=.;OPOS=149518961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:269:125:129:139:140:0.520446:79:60:53:72:81:59:54:75 chr7 149522366 . T G 159.61 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00410954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.545;QD=17.7341;RBI=0.00830775;REFB=-0.012914;REVB=-0.00722013;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145576;STB=0.582688;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0111518;OID=.;OPOS=149522366;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:8:9:13:6:8:9:13:6 chr7 149523277 . A G 555.1 PASS AF=0.415584;AO=60;DP=152;FAO=64;FDP=154;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.00489798;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.419;QD=14.4181;RBI=0.0330192;REFB=-0.0238448;REVB=-0.0326539;RO=89;SAF=27;SAR=33;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234032;STB=0.503859;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0295868;OID=.;OPOS=149523277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:89:90:60:64:0.415584:33:27:42:47:33:31:43:47 chr7 149523584 . C T 190.08 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0109422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.2156;QD=21.7233;RBI=0.0295444;REFB=-0.00356285;REVB=-0.0274434;RO=16;SAF=2;SAR=17;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472531;STB=0.772373;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00727784;OID=.;OPOS=149523584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:17:2:8:8:17:2:8:8 chr7 149543269 . C T 359.61 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.013608;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.512;QD=19.7045;RBI=0.0166211;REFB=-0.016116;REVB=0.00954373;RO=36;SAF=14;SAR=23;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612058;STB=0.534037;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.020029;OID=.;OPOS=149543269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:36:36:37:37:0.506849:23:14:16:20:23:14:16:20 chr7 149556518 . C T 184.26 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0133641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.908;QD=11.8875;RBI=0.0139872;REFB=-0.00496545;REVB=-0.00412824;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442758;STB=0.515746;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00638604;OID=.;OPOS=149556518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:39:23:23:0.370968:10:13:23:15:10:13:23:16 chr7 149558409 . G C 202.0 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00414867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.514;QD=21.2634;RBI=0.0282192;REFB=-0.0324679;REVB=0.0279126;RO=18;SAF=16;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42282;STB=0.699779;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0159302;OID=.;OPOS=149558409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:18:19:20:0.526316:3:16:8:10:4:16:8:10 chr7 149559273 . C T 340.57 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.000474246;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.189;QD=17.9245;RBI=0.0133506;REFB=-0.00427105;REVB=0.0133421;RO=41;SAF=14;SAR=22;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255799;STB=0.519806;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00568031;OID=.;OPOS=149559273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:41:40:36:36:0.473684:22:14:17:24:22:14:17:23 chr7 149559465 . C T 277.32 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0451083;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2508;QD=15.8469;RBI=0.0566235;REFB=0.000619803;REVB=0.0342267;RO=39;SAF=19;SAR=12;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224127;STB=0.626293;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00130563;OID=.;OPOS=149559465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:39:31:31:0.442857:12:19:15:24:12:19:15:24 chr7 149562627 . CCG C 95.39 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0207477;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=151.951;QD=10.3127;RBI=0.0222537;REFB=-0.0269915;REVB=-0.00804712;RO=22;SAF=12;SAR=2;SRF=17;SRR=5;SSEN=0.402516;SSEP=0;SSSB=0.153548;STB=0.524556;STBP=0.847;TYPE=del;VARB=0.0443185;OID=.;OPOS=149562628;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405405:14:36:15:37:22:12:3:17:5:95:22:12:2:17:5 chr7 149576818 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.100688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.445;QD=15.3778;RBI=0.100714;REFB=0.00396389;REVB=-0.00226655;RO=14;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485423;STB=0.785196;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0112027;OID=.;OPOS=149576818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:2:10:5:9:2:10:5:9 chr7 150028958 . A G 213.22 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.000779424;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.305;QD=16.7229;RBI=0.0189568;REFB=-0.010662;REVB=0.0189408;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329686;STB=0.684401;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0176087;OID=.;OPOS=150028958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:27:27:24:24:0.470588:14:10:21:6:14:10:21:6 chr7 150034184 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0140205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.624;QD=8.81105;RBI=0.0145922;REFB=-0.00389054;REVB=-0.00404453;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100718;STB=0.58795;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0124101;OID=.;OPOS=150034184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:3:3:6:4:3:3:7:4 chr7 150034378 . A G 178.7 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0353756;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9834;QD=21.0233;RBI=0.0358484;REFB=-0.0157555;REVB=-0.00580311;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153541;STB=0.612781;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0191899;OID=.;OPOS=150034378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:16:18:18:0.529412:10:8:9:5:10:8:11:5 chr7 150035183 . C T 136.01 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0349826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.301;QD=9.71491;RBI=0.0354813;REFB=-0.0199598;REVB=0.00592816;RO=35;SAF=5;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188156;STB=0.609247;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0387432;OID=.;OPOS=150035183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:38:18:18:0.321429:13:5:15:20:13:5:16:22 chr7 150037660 . A G 164.91 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00143722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.894;QD=14.0352;RBI=0.0257241;REFB=-0.0366582;REVB=-0.0256839;RO=28;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214985;STB=0.617277;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0611971;OID=.;OPOS=150037660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:13:5:13:15:13:5:13:16 chr7 150068371 . T C 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.011791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.008;QD=17.3788;RBI=0.0119506;REFB=-0.0140243;REVB=0.0019468;RO=37;SAF=11;SAR=22;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127065;STB=0.571384;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0132045;OID=.;OPOS=150068371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:22:11:17:20:22:11:17:20 chr7 150068605 . G A 649.86 PASS AF=0.596154;AO=60;DP=103;FAO=62;FDP=104;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0909148;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.553;QD=24.9945;RBI=0.0941054;REFB=-0.0287684;REVB=0.0242966;RO=42;SAF=24;SAR=36;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531005;STB=0.536071;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0181584;OID=.;OPOS=150068605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:42:42:60:62:0.596154:36:24:14:28:36:26:14:28 chr7 150068620 . C T 521.57 PASS AF=0.495575;AO=55;DP=108;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0956504;FXX=0.0173898;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.4263;QD=18.4625;RBI=0.104637;REFB=-0.0208127;REVB=-0.042425;RO=53;SAF=22;SAR=33;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139312;STB=0.51295;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0308613;OID=.;OPOS=150068620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:113:53:57:55:56:0.495575:33:22:22:31:33:23:22:35 chr7 150069778 . G GC 33.24 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00247952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.7216;QD=7.38647;RBI=0.0216976;REFB=-0.0527045;REVB=-0.0215555;RO=14;SAF=0;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.785852;STB=0.860959;STBP=0.055;TYPE=ins;VARB=0.0867499;OID=.;OPOS=150069779;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:5:19:6:18:12:1:5:9:3:33:14:0:5:11:3 chr7 150070630 . A G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0319454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0825;QD=7.62913;RBI=0.0363192;REFB=-0.0178485;REVB=0.0172794;RO=20;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160363;STB=0.603155;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0448856;OID=.;OPOS=150070630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:7:1:4:16:7:1:4:16 chr7 150070663 . T C 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0404321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.221;QD=9.49156;RBI=0.050871;REFB=-0.0236733;REVB=-0.0308723;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154457;STB=0.595515;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.040623;OID=.;OPOS=150070663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:7:2:6:12:7:2:6:12 chr7 150070814 . G A 405.64 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00383587;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2395;QD=19.5489;RBI=0.0391791;REFB=-0.00630298;REVB=-0.0389909;RO=41;SAF=24;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669497;STB=0.531721;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00470299;OID=.;OPOS=150070814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:41:42:41:41:0.493976:17:24:21:20:17:24:22:20 chr7 150093701 . A C 837.38 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165289;FXX=0.0645057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.863;QD=57.7506;RBI=0.0167999;REFB=0;REVB=0.00300511;RO=0;SAF=43;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337302;OID=.;OPOS=150093701;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:14:43:0:0:15:43:0:0 chr7 150217248 . A G 493.88 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0183081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.914;QD=22.9714;RBI=0.0212819;REFB=-0.0103196;REVB=0.0108504;RO=38;SAF=21;SAR=26;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000460555;STB=0.506744;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00956487;OID=.;OPOS=150217248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:38:39:47:47:0.546512:26:21:17:21:26:21:18:21 chr7 150217309 . C T 480.86 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0344583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.879;QD=22.8982;RBI=0.0407682;REFB=-0.0542117;REVB=0.021787;RO=36;SAF=21;SAR=25;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547949;STB=0.516206;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0339823;OID=.;OPOS=150217309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:38:46:46:0.547619:25:21:14:22:25:21:16:22 chr7 150218007 . ATAGT A 159.23 PASS AF=0.344262;AO=20;DP=65;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00274279;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=4;MLLD=287.344;QD=10.4414;RBI=0.0111521;REFB=-0.00470002;REVB=0.0108096;RO=42;SAF=8;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116056;STB=0.514272;STBP=0.888;TYPE=del;VARB=0.0083891;OID=.;OPOS=150218008;OREF=TAGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344262:20:65:21:61:40:9:12:18:22:99:42:8:12:21:21 chr7 150325175 . C T 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0154848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.534;QD=16.8835;RBI=0.0485823;REFB=-0.0137584;REVB=0.0460484;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176336;STB=0.59988;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00784692;OID=.;OPOS=150325175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:5:10:14:3:5:10:14:3 chr7 150326562 . T G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0188892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.062;QD=15.8821;RBI=0.0192592;REFB=-0.00377353;REVB=0.00375704;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483868;STB=0.777283;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00155104;OID=.;OPOS=150326562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:1:9:3:7:1:9 chr7 150326819 . C T 243.11 PASS AF=0.385714;AO=21;DP=69;FAO=27;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.015758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.858;QD=13.8921;RBI=0.0206685;REFB=-0.0185923;REVB=0.0133743;RO=40;SAF=15;SAR=6;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201139;STB=0.503353;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0445105;OID=.;OPOS=150326819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:40:40:21:27:0.385714:6:15:22:18:12:15:22:18 chr7 150488616 . A G 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.262;QD=63.8667;RBI=0.00858815;REFB=0;REVB=-0.00173554;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05596e-05;OID=.;OPOS=150488616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr7 150490376 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0501935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3638;QD=11.1044;RBI=0.0535267;REFB=0.000428546;REVB=-0.0185937;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695696;STB=0.542251;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00201574;OID=.;OPOS=150490376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:5:5:3:4:5:5 chr7 150491084 . T G 137.31 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.573;QD=42.25;RBI=0.161133;REFB=0;REVB=0.161114;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0117785;OID=.;OPOS=150491084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:2:10:0:0:3:10:0:0 chr7 150500729 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00866114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.371;QD=11.9536;RBI=0.0507784;REFB=0.00256699;REVB=0.0500343;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332362;STB=0.691933;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.001516;OID=.;OPOS=150500729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:10:1:3:5:10:1 chr7 150501516 . A G 289.7 PASS AF=0.418605;AO=29;DP=78;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.03149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6121;QD=13.4744;RBI=0.0314961;REFB=-0.0761494;REVB=0.000616604;RO=47;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987412;STB=0.534864;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.107927;OID=.;OPOS=150501516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:86:47:50:29:36:0.418605:14:15:20:27:18:18:22:28 chr7 150555915 . A G 675.13 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=-0.0267565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.979;QD=18.8849;RBI=0.0363567;REFB=-0.0313873;REVB=-0.0246149;RO=75;SAF=38;SAR=30;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788934;STB=0.543603;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0393877;OID=.;OPOS=150555915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:75:68:68:0.475524:30:38:48:27:30:38:48:27 chr7 150556002 . T C 465.64 PASS AF=0.440678;AO=51;DP=119;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00379371;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.224;QD=15.7843;RBI=0.00504876;REFB=0.00248638;REVB=0.00333133;RO=66;SAF=26;SAR=25;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00987524;STB=0.510759;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00228493;OID=.;OPOS=150556002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:66:66:51:52:0.440678:25:26:33:33:25:27:33:33 chr7 150556055 . CG GC 950.07 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269673;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.799;QD=57.5799;RBI=0.028403;REFB=-0.0826792;REVB=0.00891613;RO=1;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113841;STB=0.506022;STBP=0.538;TYPE=mnp;VARB=0.000277406;OID=.;OPOS=150556055;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:66:1:1:65:65:0.984848:41:24:0:1:41:24:0:1 chr7 150557622 . G A 573.44 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00264725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.215;QD=26.0656;RBI=0.00845513;REFB=-0.0206127;REVB=0.00803003;RO=36;SAF=24;SAR=28;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910718;STB=0.549719;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0147546;OID=.;OPOS=150557622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:36:52:52:0.590909:28:24:21:15:28:24:21:15 chr7 150557665 . C G 275.7 PASS AF=0.476923;AO=29;DP=63;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0177994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.555;QD=16.966;RBI=0.0184015;REFB=-0.0200269;REVB=-0.00466881;RO=33;SAF=11;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131419;STB=0.560489;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0218283;OID=.;OPOS=150557665;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:33:34:29:31:0.476923:18:11:17:16:19:12:17:17 chr7 150648198 . A G 164.75 PASS AF=0.4;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00393805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9471;QD=14.6445;RBI=0.0645703;REFB=-0.0383014;REVB=-0.0644501;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280656;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0667525;OID=.;OPOS=150648198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:27:18:18:0.4:10:8:10:14:10:8:12:15 chr7 150648789 . T C 157.82 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0451572;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.688;QD=14.3476;RBI=0.0479441;REFB=-0.0274118;REVB=0.0161078;RO=28;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233139;STB=0.624125;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0533009;OID=.;OPOS=150648789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:28:27:17:17:0.386364:12:5:14:14:12:5:13:14 chr7 150649531 . G A 354.64 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0263293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.156;QD=16.3052;RBI=0.0959673;REFB=-0.023874;REVB=0.0922849;RO=49;SAF=19;SAR=19;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715478;STB=0.540209;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.030283;OID=.;OPOS=150649531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:19:19:21:28:19:19:21:28 chr7 150649603 . G A 617.42 PASS AF=0.453901;AO=64;DP=141;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.00445658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.776;QD=17.5154;RBI=0.0201229;REFB=-0.00822431;REVB=0.0196232;RO=77;SAF=38;SAR=26;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162302;STB=0.590296;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00942261;OID=.;OPOS=150649603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:77:77:64:64:0.453901:26:38:33:44:26:38:33:44 chr7 150695726 . T C 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0307572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7652;QD=60.8519;RBI=0.031166;REFB=-0.097201;REVB=-0.0050313;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00127047;OID=.;OPOS=150695726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:31:15:0:0:31:15:0:1 chr7 150696110 . A AG 1033.56 PASS AF=1;AO=22;DP=202;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.191948;FXX=0.459573;HRUN=0;LEN=1;MLLD=21.5373;QD=38.6377;RBI=0.193266;REFB=0;REVB=0.0225361;RO=172;SAF=1;SAR=21;SRF=82;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589316;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00221491;OID=.;OPOS=150696111;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:202:107:107:0:4:103:0:0:8:172:1:21:82:90 chr7 150696111 . T C,G 2974.43 PASS AF=0.112245,0.887755;AO=22,168;DP=191;FAO=22,174;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=1,87;FSAR=21,87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233255,0.0162673;FXX=0.0150746;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.9719,105.889;QD=60.7027;RBI=0.0175103,0.0397825;REFB=0,0;REVB=-0.0173542,0.0363046;RO=0;SAF=1,81;SAR=21,87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.62339e-08,-2.99687e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.044876,0.00195793;OID=.,.;OPOS=150696111,150696111;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:79:191:196:0:0:22,168:22,174:0.112245,0.887755:21,87:1,81:0:0:21,87:1,87:0:0 chr7 150700729 . G A 325.04 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.027073;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.155;QD=19.6994;RBI=0.042454;REFB=-0.000785727;REVB=-0.0327017;RO=32;SAF=23;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217083;STB=0.62097;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000810192;OID=.;OPOS=150700729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:11:23:14:18:11:23:14:18 chr7 150704250 . C G 358.26 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0144726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3081;QD=31.1526;RBI=0.0611353;REFB=-0.0259429;REVB=-0.0593975;RO=16;SAF=23;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162733;STB=0.589679;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0162811;OID=.;OPOS=150704250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:7:23:9:7:7:23:9:7 chr7 150752608 . T G 961.42 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3989;QD=57.3984;RBI=0.166918;REFB=0;REVB=0.0854967;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246106;OID=.;OPOS=150752608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:63:67:1:40:23:0:0:40:27:0:0 chr7 150761314 . G A 214.79 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0549789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.7;QD=45.2191;RBI=0.0878915;REFB=-0.143996;REVB=0.0685728;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55549;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.001795;OID=.;OPOS=150761314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:0:1:18:18:0.947368:4:14:0:0:4:14:0:1 chr7 150763655 . T A 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3935;QD=37.4823;RBI=0.0517283;REFB=0;REVB=0.046107;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00302001;OID=.;OPOS=150763655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr7 150765065 . T C 2965.01 PASS AF=1;AO=185;DP=186;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277459;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.075;QD=63.4227;RBI=0.0357841;REFB=0;REVB=0.0225978;RO=0;SAF=90;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25981e-05;OID=.;OPOS=150765065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:187:0:0:185:187:1:95:90:0:0:97:90:0:0 chr7 150767654 . T C 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-8.13816e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.828;QD=9.49169;RBI=0.00694017;REFB=-0.00656834;REVB=-0.00693969;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019992;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0117568;OID=.;OPOS=150767654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:17:18:9:9:0.333333:7:2:4:13:7:2:4:14 chr7 150768786 . G A 1069.12 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00957628;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.725;QD=60.2323;RBI=0.0289266;REFB=0;REVB=0.0272954;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.32381e-05;OID=.;OPOS=150768786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr7 150773807 . A T 1115.96 PASS AF=0.939024;AO=76;DP=82;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0194265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.868;QD=54.4369;RBI=0.0242809;REFB=-0.00726788;REVB=0.0145661;RO=4;SAF=33;SAR=43;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00631906;STB=0.510635;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.000389159;OID=.;OPOS=150773807;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:82:82:4:5:76:77:0.939024:43:33:2:2:44:33:3:2 chr7 150972189 . G A 1987.4 PASS AF=0.934641;AO=143;DP=153;FAO=143;FDP=153;FR=.;FRO=10;FSAF=62;FSAR=81;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.1301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0029;QD=51.9582;RBI=0.134891;REFB=-0.0517087;REVB=0.0356314;RO=5;SAF=62;SAR=81;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368107;STB=0.537308;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0148416;OID=.;OPOS=150972189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:153:153:5:10:143:143:0.934641:81:62:5:0:81:62:10:0 chr7 151049231 . C T 1072.23 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0125094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.641;QD=57.1855;RBI=0.0206534;REFB=-0.149168;REVB=0.0164341;RO=1;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013709;STB=0.514282;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=1.74545e-05;OID=.;OPOS=151049231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:1:2:73:73:0.973333:34:39:0:1:34:39:0:2 chr7 151093171 . G A 981.02 PASS AF=0.490291;AO=101;DP=206;FAO=101;FDP=206;FR=.;FRO=105;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=60;FSRR=45;FWDB=0.0285398;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.992;QD=19.0489;RBI=0.0946232;REFB=-0.0123727;REVB=0.0902166;RO=103;SAF=50;SAR=51;SRF=60;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802962;STB=0.538897;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0137603;OID=.;OPOS=151093171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:103:105:101:101:0.490291:51:50:60:43:51:50:60:45 chr7 151097323 . A G 1266.37 PASS AF=0.528139;AO=122;DP=228;FAO=122;FDP=231;FR=.;FRO=109;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=-0.0201601;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.425;QD=21.9285;RBI=0.0356675;REFB=-0.0160772;REVB=-0.0294234;RO=103;SAF=54;SAR=68;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931317;STB=0.555231;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0125067;OID=.;OPOS=151097323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:231:103:109:122:122:0.528139:68:54:57:46:68:54:61:48 chr7 151106066 . C T 296.64 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00281843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.625;QD=15.6126;RBI=0.00765888;REFB=-0.0112672;REVB=0.00712144;RO=43;SAF=14;SAR=19;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882251;STB=0.549809;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0143607;OID=.;OPOS=151106066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:19:14:22:21:19:14:22:21 chr7 151133271 . G A 181.17 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0283158;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.184;QD=15.7541;RBI=0.0323991;REFB=-0.00870529;REVB=0.0157453;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973853;STB=0.568647;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0138876;OID=.;OPOS=151133271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:27:19:19:0.413043:12:7:12:14:12:7:13:14 chr7 151168534 . G A 407.32 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0119659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.005;QD=33.2503;RBI=0.013256;REFB=-0.00599345;REVB=0.00570435;RO=15;SAF=16;SAR=17;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487817;STB=0.535958;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00189487;OID=.;OPOS=151168534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:16:33:33:0.673469:17:16:6:9:17:16:6:10 chr7 151504498 . C T 270.65 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0111363;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.57;QD=16.6551;RBI=0.0383383;REFB=-0.0149905;REVB=-0.0366852;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684038;STB=0.538436;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0110746;OID=.;OPOS=151504498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:35:35:30:30:0.461538:15:15:20:15:15:15:20:15 chr7 151597368 . G A 113.05 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.000556109;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0821;QD=16.1499;RBI=0.000578929;REFB=-0.0666076;REVB=0.00016094;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249568;STB=0.643036;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0717376;OID=.;OPOS=151597368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:4:11:6:7:4:11 chr7 151668063 . A G 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00152638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.921;QD=13.0911;RBI=0.00298875;REFB=-0.0182354;REVB=-0.00256958;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142088;STB=0.583207;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0270355;OID=.;OPOS=151668063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:8:12:6:7:8:12 chr7 151680072 . T C 2429.0 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.026028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2502;QD=60.3479;RBI=0.0982621;REFB=-0.0268934;REVB=0.0947522;RO=1;SAF=72;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656263;STB=0.503448;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000322983;OID=.;OPOS=151680072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:1:1:160:160:0.993789:88:72:1:0:88:72:1:0 chr7 151684256 . A G 253.55 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0268408;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.8489;QD=17.4859;RBI=0.0406451;REFB=0.0369906;REVB=-0.0305221;RO=30;SAF=17;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386922;STB=0.521723;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.0385635;OID=.;OPOS=151684256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:11:17:17:13:11:17:17:13 chr7 151722338 . G A 3008.87 PASS AF=0.994764;AO=190;DP=193;FAO=190;FDP=191;FR=.;FRO=1;FSAF=116;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185215;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.023;QD=63.0129;RBI=0.0321986;REFB=-0.085593;REVB=0.0263382;RO=1;SAF=116;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00639133;STB=0.503355;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000636339;OID=.;OPOS=151722338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:193:191:1:1:190:190:0.994764:74:116:0:1:74:116:0:1 chr7 151722388 . A G 1012.28 PASS AF=0.51269;AO=96;DP=192;FAO=101;FDP=197;FR=.;FRO=96;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=60;FSRR=36;FWDB=-0.0122649;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.42;QD=20.5539;RBI=0.0131972;REFB=-0.0189416;REVB=0.00487206;RO=93;SAF=51;SAR=45;SRF=57;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739197;STB=0.558563;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0153145;OID=.;OPOS=151722388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:197:93:96:96:101:0.51269:45:51:57:36:50:51:60:36 chr7 151818708 . C T 331.27 PASS AF=0.622642;AO=31;DP=52;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.169314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.78;QD=25.0013;RBI=0.170717;REFB=-0.0379769;REVB=0.0218447;RO=20;SAF=9;SAR=22;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905901;STB=0.507038;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0210353;OID=.;OPOS=151818708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:20:20:31:33:0.622642:22:9:8:12:22:11:7:13 chr7 151832234 . A G 189.38 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0627208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.018;QD=21.0418;RBI=0.0639086;REFB=0.000681659;REVB=-0.012264;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028511;STB=0.5045;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=2.11043e-06;OID=.;OPOS=151832234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:17:18:19:0.527778:8:10:10:7:8:11:10:7 chr7 151873853 . C T 199.26 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0582368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7587;QD=15.6282;RBI=0.0619077;REFB=-0.00146358;REVB=-0.0210009;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165649;STB=0.517609;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=7.48337e-05;OID=.;OPOS=151873853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:13:9:11:17:13:9:11:18 chr7 151874498 . C T 213.5 PASS AF=0.538462;AO=19;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0161819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.365;QD=21.8974;RBI=0.0161904;REFB=-0.024171;REVB=0.000523765;RO=18;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249963;STB=0.58325;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0184183;OID=.;OPOS=151874498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:18:19:21:0.538462:4:15:10:8:6:15:10:8 chr7 151878637 . G C 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00644899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.633;QD=17.325;RBI=0.0612073;REFB=-0.0120203;REVB=0.0608666;RO=25;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524023;STB=0.529946;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0179979;OID=.;OPOS=151878637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:7:13:15:10:7:13:15:10 chr7 151932908 . T C 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0257148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.177;QD=3.83357;RBI=0.0362947;REFB=-0.00904844;REVB=-0.0256136;RO=36;SAF=6;SAR=1;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361153;STB=0.761844;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.04319;OID=.;OPOS=151932908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:1:6:22:14:1:6:22:14 chr7 151945007 . C T 568.23 PASS AF=0.345178;AO=68;DP=197;FAO=68;FDP=197;FR=.;FRO=129;FSAF=64;FSAR=4;FSRF=127;FSRR=2;FWDB=-0.010235;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.126;QD=11.5376;RBI=0.0732073;REFB=-0.00799112;REVB=-0.0724882;RO=129;SAF=64;SAR=4;SRF=127;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301179;STB=0.665472;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0138453;OID=.;OPOS=151945007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:129:129:68:68:0.345178:4:64:127:2:4:64:127:2 chr7 151945071 . G GT 378.01 PASS AF=0.257653;AO=97;DP=405;FAO=101;FDP=392;FR=.;FRO=291;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=150;FSRR=141;FWDB=0.0704181;FXX=0.00507601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.0364;QD=3.8572;RBI=0.103902;REFB=0.0107112;REVB=-0.0764;RO=303;SAF=55;SAR=42;SRF=154;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074839;STB=0.536552;STBP=0.359;TYPE=ins;VARB=-0.0333143;OID=.;OPOS=151945072;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257653:97:405:101:392:291:57:44:150:141:99:303:55:42:154:149 chr7 151945101 . G C 41.84 PASS AF=0.0642202;AO=20;DP=325;FAO=21;FDP=327;FR=.;FRO=306;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=169;FSRR=137;FWDB=-0.0410039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4045;QD=0.511802;RBI=0.0566555;REFB=-0.00255373;REVB=0.0390963;RO=305;SAF=2;SAR=18;SRF=168;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466203;STB=0.86908;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0337113;OID=.;OPOS=151945101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:325:327:305:306:20:21:0.0642202:18:2:168:137:18:3:169:137 chr7 151945140 . C T 106.62 PASS AF=0.124378;AO=25;DP=201;FAO=25;FDP=201;FR=.;FRO=176;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=93;FSRR=83;FWDB=-0.051784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2847;QD=2.12171;RBI=0.0578914;REFB=-0.0037327;REVB=-0.0258811;RO=176;SAF=12;SAR=13;SRF=93;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605886;STB=0.542279;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0230717;OID=.;OPOS=151945140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:176:176:25:25:0.124378:13:12:93:83:13:12:93:83 chr7 151945167 . G T 240.88 PASS AF=0.280992;AO=34;DP=121;FAO=34;FDP=121;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=0.00244848;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.467;QD=7.9631;RBI=0.00270904;REFB=-0.0103808;REVB=0.00115925;RO=87;SAF=23;SAR=11;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146467;STB=0.587232;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0301858;OID=.;OPOS=151945167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:87:87:34:34:0.280992:11:23:49:38:11:23:49:38 chr7 151945204 . G A 166.92 PASS AF=0.4;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0185734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4024;QD=14.8371;RBI=0.0749956;REFB=-0.0152702;REVB=0.0726593;RO=28;SAF=17;SAR=0;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.81784;STB=0.894183;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0321508;OID=.;OPOS=151945204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:27:17:18:0.4:0:17:13:15:1:17:13:14 chr7 151949068 . C G 217.7 PASS AF=0.350649;AO=26;DP=76;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0771086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8675;QD=11.3092;RBI=0.0772171;REFB=0.00499505;REVB=-0.00409332;RO=49;SAF=11;SAR=15;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143603;STB=0.598775;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00769359;OID=.;OPOS=151949068;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:49:50:26:27:0.350649:15:11:27:22:16:11:28:22 chr7 151962176 . T A 49.2 PASS AF=0.0984848;AO=13;DP=134;FAO=13;FDP=132;FR=.;FRO=119;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=71;FWDB=-0.0137756;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.546;QD=1.49094;RBI=0.0262962;REFB=-0.00541059;REVB=-0.0223991;RO=116;SAF=3;SAR=10;SRF=49;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247943;STB=0.676997;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0376842;OID=.;OPOS=151962176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:134:132:116:119:13:13:0.0984848:10:3:49:67:10:3:48:71 chr7 151970797 . A T 96.42 PASS AF=0.0936556;AO=31;DP=331;FAO=31;FDP=331;FR=.;FRO=300;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=159;FSRR=141;FWDB=0.005425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.52;QD=1.16525;RBI=0.0110675;REFB=-0.00292975;REVB=-0.00964672;RO=300;SAF=9;SAR=22;SRF=159;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286193;STB=0.715724;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0335762;OID=.;OPOS=151970797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:331:331:300:300:31:31:0.0936556:22:9:159:141:22:9:159:141 chr7 151970856 . T A 2527.62 PASS AF=0.661538;AO=215;DP=325;FAO=215;FDP=325;FR=.;FRO=110;FSAF=98;FSAR=117;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=-0.0403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.362;QD=31.1091;RBI=0.0430863;REFB=-0.00797276;REVB=0.0152427;RO=108;SAF=98;SAR=117;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219093;STB=0.511945;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00221743;OID=.;OPOS=151970856;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:325:108:110:215:215:0.661538:117:98:53:55:117:98:54:56 chr7 151970877 . G A 95.23 PASS AF=0.101083;AO=28;DP=277;FAO=28;FDP=277;FR=.;FRO=249;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=117;FSRR=132;FWDB=-0.022713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1339;QD=1.37515;RBI=0.0233375;REFB=0.00532516;REVB=0.00536287;RO=246;SAF=11;SAR=17;SRF=115;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921638;STB=0.570329;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0475943;OID=.;OPOS=151970877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:277:277:246:249:28:28:0.101083:17:11:115:131:17:11:117:132 chr7 151970931 . G A 242.96 PASS AF=0.263158;AO=34;DP=134;FAO=35;FDP=133;FR=.;FRO=98;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=-0.0769718;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.825;QD=7.30695;RBI=0.0887165;REFB=-0.00584403;REVB=-0.0441132;RO=100;SAF=15;SAR=19;SRF=39;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651368;STB=0.523166;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00950794;OID=.;OPOS=151970931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:100:98:34:35:0.263158:19:15:39:61:20:15:39:59 chr7 152099906 . T A 813.43 PASS AF=0.621849;AO=74;DP=119;FAO=74;FDP=119;FR=.;FRO=45;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.020078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.74;QD=27.3421;RBI=0.0297539;REFB=-0.0133527;REVB=0.0219583;RO=44;SAF=49;SAR=25;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135165;STB=0.569886;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00576561;OID=.;OPOS=152099906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:44:45:74:74:0.621849:25:49:21:23:25:49:22:23 chr7 152099917 . G A 858.27 PASS AF=0.631148;AO=77;DP=122;FAO=77;FDP=122;FR=.;FRO=45;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00134821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.955;QD=28.1398;RBI=0.0020566;REFB=-0.0158687;REVB=-0.00155304;RO=45;SAF=47;SAR=30;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851835;STB=0.54614;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00720901;OID=.;OPOS=152099917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:45:45:77:77:0.631148:30:47:22:23:30:47:22:23 chr7 152099924 . T C 836.98 PASS AF=0.612903;AO=76;DP=124;FAO=76;FDP=124;FR=.;FRO=48;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00619311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.858;QD=26.9993;RBI=0.0152722;REFB=-0.0154161;REVB=0.0139601;RO=47;SAF=47;SAR=29;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939397;STB=0.555589;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.010342;OID=.;OPOS=152099924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:47:48:76:76:0.612903:29:47:23:24:29:47:23:25 chr7 154172154 . G A 738.54 PASS AF=0.537879;AO=71;DP=132;FAO=71;FDP=132;FR=.;FRO=61;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.040909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.141;QD=22.3801;RBI=0.0434101;REFB=-0.00493622;REVB=-0.0145219;RO=61;SAF=42;SAR=29;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577092;STB=0.531637;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00427683;OID=.;OPOS=154172154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:61:61:71:71:0.537879:29:42:32:29:29:42:32:29 chr7 154429560 . C T 349.63 PASS AF=0.537313;AO=35;DP=66;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0032375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.007;QD=20.8733;RBI=0.0248907;REFB=-0.0123647;REVB=-0.0246793;RO=31;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323676;STB=0.52459;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0100432;OID=.;OPOS=154429560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:31:31:35:36:0.537313:16:19:18:13:17:19:18:13 chr7 154461112 . A G 1420.02 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0293347;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.951;QD=56.2386;RBI=0.0375765;REFB=-0.142559;REVB=0.0234834;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.506524;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00341028;OID=.;OPOS=154461112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:101:101:0:3:98:98:0.970297:44:54:0:0:44:54:1:2 chr7 154672601 . G A 310.57 PASS AF=0.406977;AO=32;DP=83;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00549816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.799;QD=14.445;RBI=0.0105802;REFB=-0.0126166;REVB=-0.0090394;RO=49;SAF=14;SAR=18;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774667;STB=0.525882;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0170047;OID=.;OPOS=154672601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:49:51:32:35:0.406977:18:14:25:24:18:17:27:24 chr7 154679447 . G A 1084.3 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0439678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.19;QD=58.6106;RBI=0.0441298;REFB=-0.0171741;REVB=0.003778;RO=1;SAF=38;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122856;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=1.97366e-06;OID=.;OPOS=154679447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:35:38:1:0:35:38:1:0 chr7 154685612 . G T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5664;QD=56.7063;RBI=0.0654181;REFB=0;REVB=0.0141911;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161905;OID=.;OPOS=154685612;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr7 154738409 . T C 446.32 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00977759;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.234;QD=18.033;RBI=0.013454;REFB=-0.00334923;REVB=0.00924175;RO=54;SAF=24;SAR=21;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686225;STB=0.538341;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00367436;OID=.;OPOS=154738409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:54:54:45:45:0.454545:21:24:25:29:21:24:25:29 chr7 154760369 . A G 38.44 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0919686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9894;QD=10.2497;RBI=0.159786;REFB=-0.0677931;REVB=-0.130665;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553146;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0550438;OID=.;OPOS=154760369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:5:9:6:6:0.4:2:4:3:2:2:4:6:3 chr7 154862621 . T A 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00214979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8913;QD=58.5976;RBI=0.0238292;REFB=0;REVB=-0.023732;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115285;OID=.;OPOS=154862621;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:40:24:0:0:40:24:0:0 chr7 155150472 . G A 141.91 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00598507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.792;QD=9.62114;RBI=0.0435988;REFB=-0.00878738;REVB=0.0431861;RO=39;SAF=14;SAR=5;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248132;STB=0.657359;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.011446;OID=.;OPOS=155150472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:40:19:19:0.322034:5:14:21:18:5:14:21:19 chr7 155150560 . A G 185.1 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0302559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5753;QD=10.2832;RBI=0.0514062;REFB=0.000142135;REVB=-0.0415593;RO=45;SAF=17;SAR=7;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161933;STB=0.607049;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.000630759;OID=.;OPOS=155150560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:48:24:24:0.333333:7:17:26:19:7:17:27:21 chr7 155150602 . T C 159.76 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00120063;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.202;QD=10.1437;RBI=0.0121334;REFB=0.000346451;REVB=-0.0120738;RO=42;SAF=15;SAR=6;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151713;STB=0.605954;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.000657207;OID=.;OPOS=155150602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:42:42:21:21:0.333333:6:15:25:17:6:15:24:18 chr7 155150765 . C T 255.76 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00477089;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.733;QD=21.767;RBI=0.00518329;REFB=-0.0122125;REVB=0.0020261;RO=22;SAF=17;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194607;STB=0.622244;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0121949;OID=.;OPOS=155150765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:23:24:24:0.510638:7:17:11:11:7:17:11:12 chr7 155151018 . G A 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0738048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1585;QD=25.3152;RBI=0.123094;REFB=0.00554667;REVB=0.098514;RO=13;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033284;STB=0.5185;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00175065;OID=.;OPOS=155151018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:7:13:9:4:7:13:9:4 chr7 155151095 . T C 176.59 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0198104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.281;QD=20.7749;RBI=0.057474;REFB=-0.0205272;REVB=-0.0539519;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129189;STB=0.503308;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0184363;OID=.;OPOS=155151095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:16:18:18:0.529412:8:10:7:6:8:10:9:7 chr7 155151194 . G A 356.58 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0228579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7697;QD=25.0234;RBI=0.0280006;REFB=-0.0507223;REVB=0.0161726;RO=22;SAF=12;SAR=23;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934944;STB=0.551063;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0260613;OID=.;OPOS=155151194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:23:12:5:17:23:12:5:17 chr7 155151307 . A G 376.62 PASS AF=0.558824;AO=37;DP=70;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00856289;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.194;QD=22.154;RBI=0.00862952;REFB=-0.0296019;REVB=-0.00107028;RO=30;SAF=19;SAR=18;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016097;STB=0.514698;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0217286;OID=.;OPOS=155151307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:30:30:37:38:0.558824:18:19:16:14:19:19:16:14 chr7 155151367 . G T 301.0 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0514899;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.095;QD=20.0665;RBI=0.05649;REFB=-0.00711313;REVB=-0.0232359;RO=28;SAF=22;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108068;STB=0.560146;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0162084;OID=.;OPOS=155151367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:10:22:16:12:10:22:16:12 chr7 155151369 . C T 304.11 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00653663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.937;QD=19.9414;RBI=0.0116421;REFB=-0.02002;REVB=0.00963385;RO=29;SAF=23;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161867;STB=0.590372;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0141056;OID=.;OPOS=155151369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:9:23:16:13:9:23:16:13 chr7 155151433 . T C 208.18 PASS AF=0.552632;AO=18;DP=35;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00733909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.512;QD=21.9134;RBI=0.00737615;REFB=-0.0172467;REVB=-0.000738451;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122757;STB=0.523787;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0147083;OID=.;OPOS=155151433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:17:17:18:21:0.552632:11:7:9:8:11:10:9:8 chr7 155151437 . G A 135.44 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0749967;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6852;QD=16.4164;RBI=0.0827171;REFB=-0.0156352;REVB=-0.0348944;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917347;STB=0.585251;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.022455;OID=.;OPOS=155151437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:18:15:15:0.454545:6:9:8:8:6:9:8:10 chr7 155255332 . T C 105.85 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0222529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2938;QD=21.1697;RBI=0.0305937;REFB=-0.0944295;REVB=-0.0209949;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677961;STB=0.538399;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0589088;OID=.;OPOS=155255332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:20:8:8:12:12:0.6:8:4:2:6:8:4:2:6 chr7 155503920 . A T 218.01 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=41;FWDB=0.0347464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0993;QD=11.474;RBI=0.0467792;REFB=-0.0111555;REVB=-0.0313206;RO=45;SAF=5;SAR=22;SRF=8;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013475;STB=0.524109;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0151129;OID=.;OPOS=155503920;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:49:27:27:0.355263:22:5:8:37:22:5:8:41 chr7 155530954 . T C 217.71 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0279832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3511;QD=16.7472;RBI=0.0331036;REFB=-0.0593253;REVB=-0.0176859;RO=28;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118673;STB=0.549958;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.065841;OID=.;OPOS=155530954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:28:23:24:0.461538:15:8:13:15:15:9:13:15 chr7 155531080 . A G 49.4 PASS AF=0.538462;AO=3;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.140257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0867;QD=15.2002;RBI=0.140429;REFB=-0.0151302;REVB=0.00695798;RO=6;SAF=1;SAR=2;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502076;STB=0.79926;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00797395;OID=.;OPOS=155531080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:3:7:0.538462:2:1:0:6:2:5:0:6 chr7 155755826 . A G 218.1 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0122346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.885;QD=15.579;RBI=0.0313316;REFB=-0.0133167;REVB=-0.0288441;RO=30;SAF=8;SAR=17;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245033;STB=0.631393;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0147237;OID=.;OPOS=155755826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:31:25:25:0.446429:17:8:17:13:17:8:17:14 chr7 155757502 . T C 800.78 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.039;QD=57.1987;RBI=0.0366576;REFB=0;REVB=-0.0114712;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117573;OID=.;OPOS=155757502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr7 156664783 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00795832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.448;QD=16.2716;RBI=0.0228719;REFB=-0.00306179;REVB=-0.0214427;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963035;STB=0.555481;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00424136;OID=.;OPOS=156664783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:9:9:6:9:9:9 chr7 156664907 . T A 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0138633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.784;QD=17.0998;RBI=0.0292184;REFB=0.0127858;REVB=-0.0257201;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188032;STB=0.586087;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.0154091;OID=.;OPOS=156664907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:7:7:4:10:7:7:5:10 chr7 156761818 . G A 789.14 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2973;QD=54.4234;RBI=0.0170498;REFB=0;REVB=0.00981654;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195728;OID=.;OPOS=156761818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:58:0:0:51:58:1:20:31:0:0:26:32:0:0 chr7 156761819 . T A 38.28 PASS AF=0.135593;AO=7;DP=58;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0172789;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=59.153;QD=2.59497;RBI=0.0177516;REFB=-0.0217888;REVB=-0.00406937;RO=51;SAF=1;SAR=6;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524276;STB=0.791322;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0112964;OID=.;OPOS=156761819;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:58:59:51:51:7:8:0.135593:6:1:31:20:6:2:31:20 chr7 156762224 . G C 862.39 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4894;QD=56.5501;RBI=0.0409514;REFB=0;REVB=0.0406725;RO=1;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00307441;OID=.;OPOS=156762224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:61:1:0:60:61:1:25:35:0:1:26:35:0:0 chr7 156762248 . G A 999.64 PASS AF=0.935065;AO=70;DP=78;FAO=72;FDP=77;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0216743;FXX=0.0128189;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.166;QD=51.9292;RBI=0.0248627;REFB=-0.0363028;REVB=-0.012181;RO=3;SAF=38;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035871;STB=0.503816;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000651196;OID=.;OPOS=156762248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:78:77:3:5:70:72:0.935065:32:38:3:0:33:39:3:2 chr7 157061474 . T C 1088.35 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028432;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.113;QD=60.464;RBI=0.029704;REFB=0;REVB=-0.00859947;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146832;OID=.;OPOS=157061474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr7 157162068 . T C 382.57 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0382126;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.597;QD=14.5741;RBI=0.0384608;REFB=-0.00162221;REVB=-0.00436195;RO=58;SAF=29;SAR=15;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13321;STB=0.572773;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00318273;OID=.;OPOS=157162068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:58:61:44:44:0.419048:15:29:31:27:15:29:33:28 chr7 157162103 . A G 403.56 PASS AF=0.4375;AO=41;DP=94;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00315917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6919;QD=16.8152;RBI=0.0117203;REFB=-0.00761368;REVB=0.0112865;RO=52;SAF=26;SAR=15;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118662;STB=0.572946;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0101835;OID=.;OPOS=157162103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:52:54:41:42:0.4375:15:26:27:25:15:27:28:26 chr7 157319256 . TAAA T 241.82 PASS AF=0.467532;AO=33;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0177647;FXX=0.0253133;HRUN=7;LEN=3;MLLD=39.6573;QD=12.5622;RBI=0.060066;REFB=-0.0163818;REVB=-0.057379;RO=33;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545227;STB=0.530847;STBP=0.618;TYPE=del;VARB=0.0195743;OID=.;OPOS=157319257;OREF=AAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.467532:33:77:36:77:41:19:17:24:17:99:33:17:16:19:14 chr7 157319423 . G C 251.32 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0548374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.255;QD=12.4109;RBI=0.0585201;REFB=-0.0105355;REVB=-0.0204316;RO=51;SAF=20;SAR=10;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158232;STB=0.591242;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0241203;OID=.;OPOS=157319423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:51:30:30:0.37037:10:20:27:24:10:20:27:24 chr7 157341700 . A G 283.66 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00694584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0602;QD=23.1558;RBI=0.0188723;REFB=-0.0207127;REVB=-0.0175476;RO=23;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182825;STB=0.510196;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0181575;OID=.;OPOS=157341700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:13:13:11:12:13:13:11:12 chr7 157414064 . G A 656.37 PASS AF=0.585859;AO=58;DP=99;FAO=58;FDP=99;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00338251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.782;QD=26.5198;RBI=0.00546334;REFB=-0.00407082;REVB=0.0042903;RO=41;SAF=35;SAR=23;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711152;STB=0.538834;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00254977;OID=.;OPOS=157414064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:41:41:58:58:0.585859:23:35:21:20:23:35:21:20 chr7 157931119 . A G 1644.1 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300472;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.075;QD=60.3339;RBI=0.0309047;REFB=0;REVB=0.00722937;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04984e-05;OID=.;OPOS=157931119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:0:0:106:109:1:57:49:0:0:57:52:0:0 chr7 157931144 . C T 1397.08 PASS AF=0.949495;AO=89;DP=95;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.04105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.019;QD=56.4476;RBI=0.0738696;REFB=-0.186805;REVB=0.0614135;RO=1;SAF=37;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126361;STB=0.51216;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00170604;OID=.;OPOS=157931144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:95:99:1:5:89:94:0.949495:52:37:1:0:53:41:1:4 chr7 157959636 . G A 300.24 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00203639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.334;QD=24.5096;RBI=0.0248781;REFB=-0.00576922;REVB=0.0247946;RO=21;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00417622;STB=0.512112;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.012547;OID=.;OPOS=157959636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:21:22:27:27:0.55102:14:13:10:11:14:13:10:12 chr7 157959911 . A G 169.55 PASS AF=0.403846;AO=15;DP=45;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0119302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4827;QD=13.0422;RBI=0.0515309;REFB=-0.0147014;REVB=0.0501308;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106654;STB=0.575269;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0191651;OID=.;OPOS=157959911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:52:27:31:15:21:0.403846:8:7:10:17:14:7:14:17 chr7 157985149 . C G 238.27 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0221918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3233;QD=14.0159;RBI=0.0607749;REFB=-0.0347486;REVB=0.0565783;RO=40;SAF=13;SAR=14;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17576;STB=0.588174;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0507686;OID=.;OPOS=157985149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:40:40:27:28:0.411765:14:13:26:14:14:14:26:14 chr7 158263331 . T C 185.55 PASS AF=1;AO=12;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.6125;QD=46.3883;RBI=0.106929;REFB=0;REVB=0.0126887;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00941997;OID=.;OPOS=158263331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:12:16:1:8:4:0:0:10:6:0:0 chr7 158263336 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.97;QD=47.8224;RBI=0.0373559;REFB=0;REVB=0.0182449;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137091;OID=.;OPOS=158263336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr7 158263344 . T A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.173;QD=47.8223;RBI=0.0261124;REFB=0;REVB=0.00332453;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.25711e-05;OID=.;OPOS=158263344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr7 158384305 . CTGTG C 269.25 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00776357;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=4;MLLD=288.653;QD=18.8948;RBI=0.0418951;REFB=-0.0119826;REVB=0.0411695;RO=28;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220569;STB=0.628042;STBP=0.058;TYPE=del;VARB=0.0129595;OID=.;OPOS=158384306;OREF=TGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.508772:28:57:29:57:28:12:17:19:9:99:28:12:16:19:9 chr7 158524504 . G A 971.98 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233802;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.16;QD=58.9079;RBI=0.0238876;REFB=0;REVB=-0.00489705;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.40576e-05;OID=.;OPOS=158524504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:36:29:0:0:37:29:0:0 chr7 158526494 . TG CA,TA 742.11 PASS AF=0.0185185,0.981481;AO=2,47;DP=54;FAO=1,53;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142308,0.0372817;FXX=0.0181785;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=14.131,60.7518;QD=54.9712;RBI=0.0253051,0.0661014;REFB=0,0;REVB=-0.0209245,-0.0545845;RO=0;SAF=2,15;SAR=0,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0394164,0.00166463;OID=.,.;OPOS=158526494,158526495;OREF=TG,G;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:54:54:0:0:2,47:1,53:0.0185185,0.981481:0,32:2,15:0:0:0,36:1,17:0:0 chr7 158526880 . G A 807.89 PASS AF=0.909091;AO=60;DP=66;FAO=60;FDP=66;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0308642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9561;QD=48.9627;RBI=0.0436043;REFB=-0.148136;REVB=0.0308015;RO=1;SAF=20;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230088;STB=0.565195;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0087194;OID=.;OPOS=158526880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:66:66:1:6:60:60:0.909091:40:20:1:0:40:20:6:0 chr7 158528233 . A G 257.62 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0483377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3252;QD=13.7399;RBI=0.049889;REFB=-0.00280292;REVB=0.012344;RO=44;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463523;STB=0.53361;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00578134;OID=.;OPOS=158528233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:17:13:21:23:17:13:22:23 chr7 158534372 . G A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00102652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1832;QD=47.814;RBI=0.0584395;REFB=0.0186088;REVB=0.0584305;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401224;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000297358;OID=.;OPOS=158534372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:10:11:1:0:10:11:1:0 chr7 158534381 . G C 235.28 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0138749;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.94;QD=40.9176;RBI=0.0217313;REFB=-0.143925;REVB=-0.0167253;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368683;STB=0.535678;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00281566;OID=.;OPOS=158534381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:1:3:20:20:0.869565:8:12:1:0:8:12:1:2 chr7 158536267 . T C 234.72 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00909845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.295;QD=24.7072;RBI=0.0101361;REFB=-0.0218494;REVB=-0.00446752;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472435;STB=0.526292;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0129154;OID=.;OPOS=158536267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:11:11:7:9:11:11:7:9 chr7 158536334 . G A 136.89 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00271905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.413;QD=18.2518;RBI=0.00653665;REFB=-0.0158224;REVB=0.00594429;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589223;STB=0.533588;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0148912;OID=.;OPOS=158536334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:6:9:8:7:6:9 chr7 158536345 . A G 134.08 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0483925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8028;QD=20.6273;RBI=0.122097;REFB=0.0096168;REVB=-0.112097;RO=11;SAF=8;SAR=0;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.78323;STB=0.810772;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0229427;OID=.;OPOS=158536345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:26:26:11:11:8:9:0.346154:0:8:5:6:1:8:5:6 chr7 158536376 . A C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.016377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.366;QD=14.9787;RBI=0.0193901;REFB=-0.0148883;REVB=0.0103812;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20973;STB=0.622399;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0143125;OID=.;OPOS=158536376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:4:7:4:6:4:7 chr7 158536388 . A C 94.57 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.033531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.873;QD=21.0152;RBI=0.0466444;REFB=-0.0208601;REVB=-0.0324249;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131;STB=0.545372;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0278998;OID=.;OPOS=158536388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:18:6:7:11:11:0.611111:5:6:2:4:5:6:3:4 chr7 158536408 . T C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00676246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.808;QD=12.3959;RBI=0.0256642;REFB=-0.0214021;REVB=-0.0247572;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0271675;OID=.;OPOS=158536408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:3:2:2:3:3:2 chr7 158536411 . T C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0307049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.875;QD=12.3955;RBI=0.0715875;REFB=-0.0402784;REVB=0.0646682;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.028467;OID=.;OPOS=158536411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:3:2:2:3:3:2 chr7 158672476 . C G 466.21 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.706;QD=56.5108;RBI=0.0392534;REFB=0;REVB=0.0257162;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118637;OID=.;OPOS=158672476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:25:6:0:0:27:6:0:0 chr7 158672619 . A G 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0108697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.678;QD=24.2042;RBI=0.0959339;REFB=-0.0240519;REVB=-0.0953161;RO=12;SAF=13;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179199;STB=0.600722;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0106577;OID=.;OPOS=158672619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:5:13:6:6:5:13:6:6 chr7 158715219 . A G 893.43 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5189;QD=56.726;RBI=0.0553838;REFB=-0.0760391;REVB=0.0396215;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149869;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000976444;OID=.;OPOS=158715219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:63:1:0:62:63:1:31:31:0:1:32:31:0:0 chr7 158719084 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.689;QD=59.4356;RBI=0.0189764;REFB=0;REVB=0.0119283;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50904e-05;OID=.;OPOS=158719084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr7 158827326 . G A 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.000536294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5607;QD=23.8207;RBI=0.036702;REFB=-0.00117771;REVB=-0.0366981;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338162;STB=0.518851;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.000192895;OID=.;OPOS=158827326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:10:12:10:7:10:12:10:7 chr7 158851234 . T G 425.66 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.398;QD=56.7541;RBI=0.0591972;REFB=0;REVB=0.0589193;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110204;OID=.;OPOS=158851234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:9:20:0:0:9:21:0:0 chr8 381344 . C G 307.36 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0299335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.583;QD=17.8177;RBI=0.044155;REFB=-0.0556437;REVB=-0.03246;RO=35;SAF=20;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112786;STB=0.570875;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0609644;OID=.;OPOS=381344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:36:33:33:0.478261:13:20:17:18:13:20:17:19 chr8 382957 . T C 254.36 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0114577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.994;QD=15.4157;RBI=0.0212268;REFB=-0.00985573;REVB=0.0178689;RO=36;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11587;STB=0.555518;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0128765;OID=.;OPOS=382957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:16:13:12:24:16:13:13:24 chr8 424771 . T C 407.26 PASS AF=0.446602;AO=45;DP=104;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0479692;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6979;QD=15.816;RBI=0.0490359;REFB=-0.0213723;REVB=0.0101723;RO=57;SAF=31;SAR=14;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138943;STB=0.582052;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0519964;OID=.;OPOS=424771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:57:57:45:46:0.446602:14:31:32:25:14:32:32:25 chr8 577101 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9981;QD=57.7118;RBI=0.0613426;REFB=0;REVB=-0.0527374;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120783;OID=.;OPOS=577101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr8 607766 . C G 621.75 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0726078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7811;QD=57.8374;RBI=0.076272;REFB=0.00346781;REVB=-0.0233565;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00182945;OID=.;OPOS=607766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:0:1:41:42:0.976744:28:13:0:0:28:14:0:1 chr8 608018 . C T 397.66 PASS AF=0.794872;AO=31;DP=39;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0278342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.5352;QD=40.786;RBI=0.0284917;REFB=-0.0921654;REVB=-0.00608538;RO=8;SAF=7;SAR=24;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289053;STB=0.657423;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00369946;OID=.;OPOS=608018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:39:39:8:8:31:31:0.794872:24:7:7:1:24:7:7:1 chr8 608034 . T C 621.65 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.538;QD=60.6488;RBI=0.015928;REFB=0;REVB=0.00698118;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30455e-05;OID=.;OPOS=608034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:28:12:0:0:28:13:0:0 chr8 609879 . AT AC,CC 1205.53 PASS AF=0.0375,0.9625;AO=3,77;DP=80;FAO=3,77;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=3,31;FSAR=0,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339034,-1.0628e-05;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=83.7568,140.942;QD=60.2767;RBI=0.0368524,0.00762992;REFB=0,0;REVB=0.0366962,0.00762991;RO=0;SAF=3,31;SAR=0,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.64555e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0152425,-0.000851723;OID=.,.;OPOS=609880,609879;OREF=T,AT;OALT=C,CC;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:80:80:0:0:3,77:3,77:0.0375,0.9625:0,46:3,31:0:0:0,46:3,31:0:0 chr8 618728 . A G 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9459;QD=58.4175;RBI=0.031958;REFB=0;REVB=0.0319091;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223177;OID=.;OPOS=618728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr8 939076 . G C 126.47 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0643666;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.7907;QD=16.8632;RBI=0.0647238;REFB=-0.0537775;REVB=-0.00679037;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124619;STB=0.567811;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0460767;OID=.;OPOS=939076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:13:14:0.466667:4:9:12:3:4:10:13:3 chr8 943504 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.65;QD=49.5992;RBI=0.0397894;REFB=0;REVB=0.00931613;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166399;OID=.;OPOS=943504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr8 943508 . C T 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.029326;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.773;QD=11.2589;RBI=0.0294937;REFB=-0.0180069;REVB=-0.00314152;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139534;STB=0.583139;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0195105;OID=.;OPOS=943508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:3:9:5:3:3:9 chr8 977316 . A G 109.91 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.00449562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.931;QD=14.6543;RBI=0.0177234;REFB=-0.0257767;REVB=0.0171437;RO=17;SAF=10;SAR=3;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786512;STB=0.545388;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0302073;OID=.;OPOS=977316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:3:10:14:3:3:10:14:3 chr8 1616718 . A G 187.38 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.000202993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.696;QD=14.6968;RBI=0.00431471;REFB=-0.0190848;REVB=0.00430993;RO=30;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300506;STB=0.517225;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0267974;OID=.;OPOS=1616718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:12:9:12:18:12:9:12:18 chr8 1649960 . G A 228.27 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.000979165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7337;QD=21.7397;RBI=0.00739309;REFB=-0.0169827;REVB=0.00732797;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771309;STB=0.543339;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0232994;OID=.;OPOS=1649960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:14:8:9:11:14:8:9:11 chr8 1651129 . G A 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0135873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.72;QD=14.6977;RBI=0.0137519;REFB=-0.00884957;REVB=-0.00212183;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938807;STB=0.551904;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0151736;OID=.;OPOS=1651129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:23:16:16:0.410256:5:11:12:8:5:11:14:9 chr8 1651759 . C G 150.36 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0156884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4701;QD=12.2744;RBI=0.0447655;REFB=0.0212827;REVB=0.0419265;RO=32;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987987;STB=0.558305;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0368698;OID=.;OPOS=1651759;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:11:6:14:18:11:6:14:18 chr8 1749333 . C T 146.35 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.012731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4815;QD=16.7258;RBI=0.0505592;REFB=0.00905373;REVB=0.0489301;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842285;STB=0.548326;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.00358183;OID=.;OPOS=1749333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:9:10:7:9:9:10 chr8 1806229 . A C 232.85 PASS AF=0.444444;AO=25;DP=60;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00261022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.052;QD=14.7844;RBI=0.00798926;REFB=-0.0236255;REVB=0.00755083;RO=35;SAF=18;SAR=7;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108974;STB=0.531108;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0226365;OID=.;OPOS=1806229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:35:35:25:28:0.444444:7:18:22:13:9:19:22:13 chr8 1814737 . C T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00285656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.309;QD=21.7443;RBI=0.0326937;REFB=-0.0338992;REVB=0.0325687;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305574;STB=0.671425;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0216846;OID=.;OPOS=1814737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:6:9:2:9:6:9:2:9 chr8 1817367 . G A 581.77 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0649611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0497;QD=19.5552;RBI=0.0649618;REFB=-0.00536986;REVB=-0.000306784;RO=59;SAF=37;SAR=23;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160154;STB=0.588439;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00624476;OID=.;OPOS=1817367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:59:60:60:0.504202:23:37:26:33:23:37:26:33 chr8 1833801 . G C 553.37 PASS AF=0.430657;AO=59;DP=139;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0344018;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7046;QD=16.1569;RBI=0.0423145;REFB=-0.0094201;REVB=0.024638;RO=77;SAF=26;SAR=33;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669519;STB=0.541238;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00961706;OID=.;OPOS=1833801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:77:78:59:59:0.430657:33:26:39:38:33:26:40:38 chr8 1846688 . C T 270.76 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0754993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4733;QD=16.9222;RBI=0.0985369;REFB=0.00206421;REVB=0.0633197;RO=34;SAF=6;SAR=24;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126132;STB=0.571378;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.000710373;OID=.;OPOS=1846688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:24:6:10:24:24:6:10:24 chr8 1857548 . T C 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0496304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.48;QD=13.3138;RBI=0.0511811;REFB=-0.0294699;REVB=0.0125031;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633348;STB=0.536391;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0390783;OID=.;OPOS=1857548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:12:10:17:16:12:10:17:16 chr8 1873540 . C T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0344614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.825;QD=7.62897;RBI=0.0383721;REFB=-0.00729194;REVB=0.0168771;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375982;STB=0.749375;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0287966;OID=.;OPOS=1873540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:19:20:8:8:0.285714:2:6:8:11:2:6:8:12 chr8 1876631 . C T 450.94 PASS AF=0.52381;AO=43;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0340156;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.163;QD=21.4734;RBI=0.0340335;REFB=-0.00470139;REVB=0.00110408;RO=40;SAF=25;SAR=18;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167022;STB=0.515497;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0040744;OID=.;OPOS=1876631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:43:44:0.52381:18:25:24:16:19:25:24:16 chr8 1900911 . C T 433.76 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00857479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8501;QD=20.655;RBI=0.0085754;REFB=-0.0312994;REVB=-0.000102078;RO=38;SAF=29;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650851;STB=0.547814;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0402728;OID=.;OPOS=1900911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:41:43:43:0.511905:14:29:23:15:14:29:24:17 chr8 1905042 . C T 410.22 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0206449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2203;QD=18.2322;RBI=0.0206768;REFB=-0.0106482;REVB=-0.00114897;RO=48;SAF=26;SAR=16;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150025;STB=0.508376;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0113586;OID=.;OPOS=1905042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:16:26:29:19:16:26:29:19 chr8 1905132 . G A 463.76 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00285582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.573;QD=19.7343;RBI=0.0427412;REFB=-0.0171496;REVB=0.0426457;RO=47;SAF=29;SAR=17;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537901;STB=0.536498;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.016175;OID=.;OPOS=1905132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:48:46:46:0.489362:17:29:27:20:17:29:27:21 chr8 1906630 . G T 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.483;QD=56.2115;RBI=0.0174214;REFB=-0.00855588;REVB=0.0133441;RO=1;SAF=36;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129329;STB=0.506847;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=7.72619e-05;OID=.;OPOS=1906630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:25:36:1:0:25:36:1:0 chr8 1952587 . G A 87.11 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0151578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.878;QD=12.9049;RBI=0.0239202;REFB=-0.0222113;REVB=-0.0185045;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141797;STB=0.563643;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0145165;OID=.;OPOS=1952587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:27:27:15:16:11:11:0.407407:5:6:6:9:5:6:7:9 chr8 1952789 . A G 545.75 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0197031;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1888;QD=22.9788;RBI=0.0271266;REFB=-0.0187472;REVB=0.0186452;RO=44;SAF=12;SAR=39;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180508;STB=0.599958;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0226605;OID=.;OPOS=1952789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:44:44:51:51:0.536842:39:12:18:26:39:12:18:26 chr8 1953194 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4111;QD=55.0982;RBI=0.0277594;REFB=0;REVB=-0.0211739;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25296e-05;OID=.;OPOS=1953194;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:10:16:0:0 chr8 1953223 . C T 783.66 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.448;QD=63.9721;RBI=0.0408252;REFB=0;REVB=0.0184215;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130016;OID=.;OPOS=1953223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:14:32:0:0:15:34:0:0 chr8 1953567 . C A 1412.81 PASS AF=0.989247;AO=81;DP=84;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0478243;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.081;QD=60.7659;RBI=0.0481721;REFB=-0.0678902;REVB=0.00577885;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.504201;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00163405;OID=.;OPOS=1953567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:93:0:1:81:92:0.989247:32:49:0:0:33:59:1:0 chr8 1953642 . CAGAG CAG,CAGA,CAGAA 1069.66 PASS AF=0.878378,0.0675676,0.0540541;AO=56,7,4;DP=69;FAO=65,5,4;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43,5,0;FSAR=22,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208069,0.0189052,0.0167928;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=277.368,267.296,263.241;QD=57.8193;RBI=0.0369648,0.0365825,0.0334077;REFB=0,0,0;REVB=0.0305527,0.0313188,0.0288803;RO=0;SAF=38,7,0;SAR=18,0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.76069e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00163975,0.00470833,-0.00976487;OID=.,.,.;OPOS=1953643,1953646,1953646;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=CAG,CAGA,CAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.878378,0.0675676,0.0540541:56,7,4:69:65,5,4:74:0:43,5,0:22,0,4:0:0:15:0:38,7,0:18,0,4:0:0 chr8 1953759 . A T 722.35 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4965;QD=54.5168;RBI=0.0195061;REFB=-0.142229;REVB=0.0100482;RO=1;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129067;STB=0.506847;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00859984;OID=.;OPOS=1953759;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:36:16:0:1:36:16:0:1 chr8 1954237 . G C 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.854;QD=62.0076;RBI=0.0258026;REFB=0;REVB=0.0239468;RO=0;SAF=54;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2307e-05;OID=.;OPOS=1954237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:30:54:0:0:30:54:0:0 chr8 1954587 . G A 556.49 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.445;QD=60.1615;RBI=0.0348917;REFB=0;REVB=0.0344368;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87137e-05;OID=.;OPOS=1954587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:33:37:1:11:22:0:0:12:25:0:0 chr8 2021547 . G A 541.63 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0370923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6199;QD=18.0543;RBI=0.0410917;REFB=-0.0101379;REVB=0.017683;RO=62;SAF=19;SAR=38;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103551;STB=0.562852;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0111989;OID=.;OPOS=2021547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:63:57:57:0.475:38:19:27:35:38:19:28:35 chr8 2027633 . C G 330.03 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0380575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4888;QD=18.3352;RBI=0.0392832;REFB=-0.010142;REVB=0.00973603;RO=36;SAF=17;SAR=18;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886509;STB=0.555788;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0107544;OID=.;OPOS=2027633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:35:35:0.486111:18:17:21:15:18:17:22:15 chr8 2040337 . T C 1936.09 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0455182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9458;QD=60.9792;RBI=0.0578438;REFB=0.0461455;REVB=-0.035693;RO=1;SAF=60;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078537;STB=0.504132;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.000942071;OID=.;OPOS=2040337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:1:1:126:126:0.992126:66:60:1:0:66:60:1:0 chr8 2048811 . A C 1539.14 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.366;QD=58.6338;RBI=0.0642676;REFB=-0.0149935;REVB=0.0614975;RO=1;SAF=47;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998939;STB=0.505262;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000150885;OID=.;OPOS=2048811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:57:47:1:0:57:47:1:0 chr8 2054171 . C T 333.87 PASS AF=0.455696;AO=34;DP=81;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.018753;FXX=0.048187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1971;QD=16.9048;RBI=0.0193285;REFB=-0.0153959;REVB=0.0046814;RO=43;SAF=11;SAR=23;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239615;STB=0.609101;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0136555;OID=.;OPOS=2054171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:43:43:34:36:0.455696:23:11:24:19:23:13:24:19 chr8 2056569 . C T 185.58 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0246167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.264;QD=13.7464;RBI=0.0269813;REFB=-0.0129756;REVB=0.0110457;RO=32;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079195;STB=0.545413;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0229669;OID=.;OPOS=2056569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:10:12:15:17:10:12:15:17 chr8 2148550 . G A 383.36 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196813;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.189;QD=56.7942;RBI=0.0211817;REFB=0;REVB=0.0078301;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293206;OID=.;OPOS=2148550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr8 2148587 . TATGTGTGTACATATGTAC T 60.18 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0070071;FXX=0.124948;HRUN=1;LEN=18;MLLD=319.743;QD=11.4633;RBI=0.0112459;REFB=-0.0189715;REVB=-0.00879612;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272725;STB=0.6918;STBP=0.201;TYPE=del;VARB=0.0361945;OID=.;OPOS=2148588;OREF=ATGTGTGTACATATGTAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:8:24:8:21:13:6:2:6:7:60:12:6:2:6:6 chr8 2148771 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.46;QD=53.2745;RBI=0.0431798;REFB=0;REVB=0.00735464;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419286;OID=.;OPOS=2148771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr8 2792964 . ATTTTTTTG ATTTTTTG,ATTTTTTGT 73.65 PASS AF=0.402778,0;AO=30,3;DP=75;FAO=29,0;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=14,0;FSAR=15,0;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0562923,-0.0215781;FXX=0.0399947;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.94347,115.406;QD=4.09163;RBI=0.132327,0.0271932;REFB=-0.13437,-0.013449;REVB=-0.119757,-0.0165485;RO=32;SAF=11,3;SAR=19,0;SRF=20;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.237946,0.489913;STB=0.531079,0.5;STBP=0.697,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.121161,0;OID=.,.;OPOS=2792965,2792971;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTTTG,ATTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402778,0:30,3:75:29,0:72:43:14,0:15,0:23:20:75:32:11,3:19,0:20:12 chr8 2793302 . T C 974.93 PASS AF=0.789474;AO=67;DP=93;FAO=75;FDP=95;FR=.;FRO=20;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00152413;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=185.765;QD=41.0497;RBI=0.00294114;REFB=-0.0305976;REVB=-0.00251541;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136967;STB=0.511348;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00323988;OID=.;OPOS=2793302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:1:20:67:75:0.789474:34:33:0:1:41:34:8:12 chr8 2793745 . T TTGTA 149.3 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0353428;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=4;MLLD=256.386;QD=17.5648;RBI=0.04506;REFB=-0.0412674;REVB=0.0279515;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342877;STB=0.545396;STBP=0.661;TYPE=ins;VARB=0.0455342;OID=.;OPOS=2793746;OREF=-;OALT=TGTA;OMAPALT=TTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:15:38:16:34:18:5:11:7:11:99:22:5:10:8:14 chr8 2795835 . T C 283.02 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0185304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.526;QD=14.8956;RBI=0.0312645;REFB=-0.00556602;REVB=0.0251811;RO=42;SAF=11;SAR=21;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945877;STB=0.531579;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0115394;OID=.;OPOS=2795835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:44:32:32:0.421053:21:11:11:31:21:11:13:31 chr8 2832139 . C G 303.47 PASS AF=0.336207;AO=38;DP=115;FAO=39;FDP=116;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.0305826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.199;QD=10.4645;RBI=0.0314524;REFB=-0.0165285;REVB=0.00734581;RO=77;SAF=13;SAR=25;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435137;STB=0.531629;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0277591;OID=.;OPOS=2832139;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:77:77:38:39:0.336207:25:13:29:48:26:13:29:48 chr8 2909992 . G A 1324.32 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00464658;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.262;QD=62.3209;RBI=0.00549036;REFB=0;REVB=-0.0029246;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.2972e-06;OID=.;OPOS=2909992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:32:53:0:0:32:53:0:0 chr8 2910020 . A G 1358.55 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.715;QD=62.462;RBI=0.0359383;REFB=0;REVB=0.0163892;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122622;OID=.;OPOS=2910020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:35:52:0:0:35:52:0:0 chr8 2965244 . T C 772.65 PASS AF=0.98;AO=47;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.592;QD=61.8123;RBI=0.0322547;REFB=-0.0098683;REVB=0.0300419;RO=1;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149319;STB=0.507689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000173337;OID=.;OPOS=2965244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:47:49:0.98:31:16:0:1:32:17:0:1 chr8 3265590 . C T 106.05 PASS AF=0.371429;AO=11;DP=33;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00380127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.468;QD=12.1194;RBI=0.0192739;REFB=-0.0266727;REVB=0.0188954;RO=22;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397039;STB=0.704037;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.048679;OID=.;OPOS=3265590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:22:22:11:13:0.371429:3:8:8:14:4:9:8:14 chr8 3558050 . G A 825.52 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0290396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.494;QD=54.1327;RBI=0.030367;REFB=0.00845112;REVB=0.00888;RO=2;SAF=23;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714644;STB=0.503789;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-9.47311e-05;OID=.;OPOS=3558050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:36:23:1:1:36:23:1:1 chr8 3807528 . C T 212.39 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00486878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.84;QD=16.6579;RBI=0.0124219;REFB=-0.0252586;REVB=-0.011428;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123194;STB=0.58024;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0174111;OID=.;OPOS=3807528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:9:14:13:14:9:14:13:15 chr8 4985852 . T C 1083.52 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057712;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2002;QD=60.1957;RBI=0.0226296;REFB=0;REVB=0.0218813;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64005e-05;OID=.;OPOS=4985852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr8 5768667 . A T 874.76 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0364393;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.573;QD=56.4364;RBI=0.0368803;REFB=-0.0175853;REVB=0.00568637;RO=1;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129329;STB=0.506847;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000150089;OID=.;OPOS=5768667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:36:25:0:1:36:25:0:1 chr8 6272399 . G T 1411.87 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00463859;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6223;QD=62.7498;RBI=0.0478161;REFB=0;REVB=-0.0475905;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.56563e-05;OID=.;OPOS=6272399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:35:53:0:0:35:55:0:0 chr8 6296550 . G T 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9012;QD=57.1033;RBI=0.10739;REFB=0;REVB=-0.00368972;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108256;OID=.;OPOS=6296550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr8 6302183 . G C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0550135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.821;QD=59.0178;RBI=0.0555426;REFB=0;REVB=0.00764849;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254164;OID=.;OPOS=6302183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr8 6302418 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.111;QD=57.2015;RBI=0.0645241;REFB=0;REVB=-0.062725;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000379672;OID=.;OPOS=6302418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:16:14:0:0 chr8 6377433 . C T 713.54 PASS AF=0.603604;AO=65;DP=109;FAO=67;FDP=111;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00281075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.164;QD=25.713;RBI=0.0245674;REFB=-0.0179055;REVB=0.0244061;RO=44;SAF=22;SAR=43;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110237;STB=0.556784;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0111147;OID=.;OPOS=6377433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:44:44:65:67:0.603604:43:22:21:23:44:23:21:23 chr8 6378763 . C T 437.13 PASS AF=0.530864;AO=42;DP=80;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00937165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.921;QD=21.5865;RBI=0.00939935;REFB=-0.0139971;REVB=-0.000721133;RO=38;SAF=22;SAR=20;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430622;STB=0.517787;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0134124;OID=.;OPOS=6378763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:38:38:42:43:0.530864:20:22:18:20:21:22:18:20 chr8 6389889 . C A,G 1334.07 PASS AF=0.475728,0.475728;AO=50,49;DP=103;FAO=49,49;FDP=103;FR=.;FRO=5;FSAF=28,28;FSAR=21,21;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00688756,0.0193697;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=85.441,33.0905;QD=51.8087;RBI=0.0435153,0.0415019;REFB=-0.112408,-0.0730785;REVB=0.0429668,0.0367046;RO=2;SAF=28,28;SAR=22,21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0044017,0.00537235;STB=0.534745,0.534745;STBP=0.12,0.12;TYPE=snp,snp;VARB=0.0211433,0.0034365;OID=.,.;OPOS=6389889,6389889;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:103:103:2:5:50,49:49,49:0.475728,0.475728:22,21:28,28:1:1:21,21:28,28:1:4 chr8 6474473 . C G 591.44 PASS AF=0.484127;AO=61;DP=126;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.00269902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.348;QD=18.776;RBI=0.0207062;REFB=-0.0127863;REVB=0.0205296;RO=65;SAF=31;SAR=30;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425934;STB=0.523566;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0104997;OID=.;OPOS=6474473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:65:65:61:61:0.484127:30:31:36:29:30:31:36:29 chr8 6478986 . C T 358.11 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0568749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0238;QD=20.4633;RBI=0.0609498;REFB=-0.0254909;REVB=0.0219115;RO=32;SAF=24;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215771;STB=0.506326;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0165683;OID=.;OPOS=6478986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:13:24:20:12:13:24:21:12 chr8 6479042 . C T 506.93 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0834175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.14;QD=23.0421;RBI=0.0839396;REFB=-0.00499846;REVB=0.00934773;RO=39;SAF=28;SAR=20;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488831;STB=0.531483;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00447938;OID=.;OPOS=6479042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:40:48:48:0.545455:20:28:25:14:20:28:26:14 chr8 6500544 . C T 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0196124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.837;QD=17.4234;RBI=0.0197884;REFB=-0.0167412;REVB=-0.0026331;RO=34;SAF=20;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113314;STB=0.563632;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0137947;OID=.;OPOS=6500544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:11:20:18:16:11:20:18:16 chr8 6566351 . C G 3512.54 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.274;QD=62.1689;RBI=0.0246531;REFB=0;REVB=0.00833647;RO=0;SAF=118;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70078e-05;OID=.;OPOS=6566351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:226:0:0:222:226:1:104:118:0:0:104:122:0:0 chr8 6615663 . A G 651.12 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.448;QD=62.0118;RBI=0.0603093;REFB=0;REVB=0.0161307;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056721;OID=.;OPOS=6615663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr8 6669254 . TC T 42.12 PASS AF=0.37931;AO=9;DP=27;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0518486;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.2701;QD=5.80974;RBI=0.110735;REFB=-0.0840247;REVB=-0.0978461;RO=16;SAF=1;SAR=8;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.689456;STB=0.790222;STBP=0.026;TYPE=del;VARB=0.146956;OID=.;OPOS=6669255;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:9:27:11:29:18:3:8:14:4:42:16:1:8:13:3 chr8 6673377 . CA C 508.1 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170274;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.341;QD=56.4553;RBI=0.0174162;REFB=-0.0424992;REVB=-0.00365903;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239852;STB=0.512813;STBP=0.517;TYPE=del;VARB=7.06684e-05;OID=.;OPOS=6673378;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.972222:35:38:35:36:1:16:19:0:1:5:1:16:19:0:1 chr8 6690276 . T C 352.62 PASS AF=0.537313;AO=35;DP=66;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0536447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0714;QD=21.0519;RBI=0.0580429;REFB=0.0315434;REVB=0.0221635;RO=31;SAF=19;SAR=16;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116437;STB=0.569954;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0252553;OID=.;OPOS=6690276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:31:31:35:36:0.537313:16:19:21:10:17:19:21:10 chr8 6735300 . T A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0714405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.937;QD=58.5878;RBI=0.0717093;REFB=0;REVB=0.00620313;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101278;OID=.;OPOS=6735300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr8 6735313 . G A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00904356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.856;QD=10.7536;RBI=0.00987294;REFB=-0.0047478;REVB=-0.00396092;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880921;STB=0.552763;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.012778;OID=.;OPOS=6735313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:8:5:12:14:8:5:12:14 chr8 6793540 . C T 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00846781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.685;QD=24.5997;RBI=0.0167208;REFB=0.0106925;REVB=-0.0144181;RO=16;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128135;STB=0.571004;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00786066;OID=.;OPOS=6793540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:9:13:12:4:9:13:12:4 chr8 6793581 . A G 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00393338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2918;QD=19.3692;RBI=0.0198294;REFB=0.00942709;REVB=-0.0194354;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304761;STB=0.67325;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0121907;OID=.;OPOS=6793581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:11:5:10:5:11:5:10:5 chr8 7154917 . A C 527.55 PASS AF=0.392405;AO=62;DP=158;FAO=62;FDP=158;FR=.;FRO=96;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.0575288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8485;QD=13.3556;RBI=0.0598246;REFB=0.000607308;REVB=-0.0164139;RO=94;SAF=20;SAR=42;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131102;STB=0.575572;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00123444;OID=.;OPOS=7154917;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:94:96:62:62:0.392405:42:20:41:53:42:20:42:54 chr8 7215694 . A G 313.96 PASS AF=0.310606;AO=41;DP=132;FAO=41;FDP=132;FR=.;FRO=91;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=0.0483371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2454;QD=9.51396;RBI=0.0504191;REFB=0.0179324;REVB=-0.0143391;RO=91;SAF=17;SAR=24;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171642;STB=0.599952;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.019582;OID=.;OPOS=7215694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:91:91:41:41:0.310606:24:17:51:40:24:17:51:40 chr8 7217172 . G A 53.92 PASS AF=0.0805085;AO=19;DP=236;FAO=19;FDP=236;FR=.;FRO=217;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=117;FSRR=100;FWDB=-0.0278164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.181;QD=0.913897;RBI=0.0279737;REFB=-0.00151096;REVB=-0.00296278;RO=216;SAF=12;SAR=7;SRF=117;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105023;STB=0.587013;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0216645;OID=.;OPOS=7217172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:236:236:216:217:19:19:0.0805085:7:12:117:99:7:12:117:100 chr8 7218632 . C T 84.9 PASS AF=0.117978;AO=21;DP=178;FAO=21;FDP=178;FR=.;FRO=157;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=89;FSRR=68;FWDB=0.0117494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.084;QD=1.90776;RBI=0.0221303;REFB=-0.00561725;REVB=-0.0187538;RO=157;SAF=11;SAR=10;SRF=89;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538125;STB=0.538177;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0305119;OID=.;OPOS=7218632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:178:178:157:157:21:21:0.117978:10:11:89:68:10:11:89:68 chr8 7308386 . T C 213.28 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000686486;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0144;QD=50.1839;RBI=0.0527175;REFB=0;REVB=0.052713;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020232;OID=.;OPOS=7308386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr8 7717884 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.389;QD=63.583;RBI=0.0067792;REFB=0;REVB=0.00627031;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82973e-05;OID=.;OPOS=7717884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr8 7718187 . T G 239.27 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.708;QD=50.3725;RBI=0.06189;REFB=0;REVB=0.00352736;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707463;OID=.;OPOS=7718187;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr8 7718266 . A T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.141;QD=37.4883;RBI=0.027079;REFB=0;REVB=0.027079;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273827;OID=.;OPOS=7718266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr8 8098577 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000216744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.469;QD=57.1057;RBI=0.00657872;REFB=0;REVB=-0.00657515;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.47741e-05;OID=.;OPOS=8098577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr8 8176221 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00182851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.746;QD=13.5764;RBI=0.0110561;REFB=-0.0122879;REVB=-0.0109039;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754579;STB=0.543976;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0096384;OID=.;OPOS=8176221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:8:5:6:13:8:5:6:13 chr8 8176554 . C T 482.03 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.025283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.823;QD=20.5119;RBI=0.0253373;REFB=-0.0209082;REVB=-0.00165803;RO=46;SAF=22;SAR=25;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14897;STB=0.586362;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0192876;OID=.;OPOS=8176554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:47:47:47:0.5:25:22:14:32:25:22:14:33 chr8 8560602 . C T 269.01 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3076;QD=51.2397;RBI=0.2048;REFB=0;REVB=0.203606;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438656;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00498757;OID=.;OPOS=8560602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:1:0:20:21:1:10:10:0:1:11:10:0:0 chr8 8560909 . G C 1116.83 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.887;QD=60.3694;RBI=0.0351684;REFB=0;REVB=0.0280402;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123153;OID=.;OPOS=8560909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr8 8561391 . A AT 234.77 PASS AF=0.96875;AO=23;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.065062;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.8436;QD=29.3462;RBI=0.117344;REFB=0.0652108;REVB=0.0976556;RO=9;SAF=12;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017385;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=ins;VARB=-0.00271869;OID=.;OPOS=8561392;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96875:23:33:31:32:1:15:16:1:0:4:9:12:11:5:4 chr8 8561399 . G T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.136;QD=59.0187;RBI=0.0227921;REFB=0;REVB=-0.00596398;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08309e-05;OID=.;OPOS=8561399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr8 8561442 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0883939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6526;QD=57.2005;RBI=0.0888265;REFB=0;REVB=0.00875685;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000941326;OID=.;OPOS=8561442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:16:14:0:0 chr8 8561452 . A G 380.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.433;QD=54.3809;RBI=0.0622167;REFB=0;REVB=-0.0590019;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162665;OID=.;OPOS=8561452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:14:14:0:0 chr8 8561536 . TG CA 145.24 PASS AF=1;AO=9;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473742;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.674;QD=44.6898;RBI=0.049662;REFB=0;REVB=-0.0148997;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000238656;OID=.;OPOS=8561536;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:9:13:1:5:4:0:0:7:6:0:0 chr8 8561552 . T C 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0596604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5876;QD=36.3472;RBI=0.0924278;REFB=-0.0885064;REVB=0.0705942;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0142021;OID=.;OPOS=8561552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:6:5:0:0:6:5:1:0 chr8 8643582 . C G 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8384;QD=57.1047;RBI=0.0502735;REFB=0;REVB=-0.00632942;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000685389;OID=.;OPOS=8643582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr8 8747894 . A G 929.24 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0381524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0373;QD=55.4773;RBI=0.0409471;REFB=-0.0428007;REVB=-0.0148682;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125975;STB=0.513154;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0112499;OID=.;OPOS=8747894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:1:2:65:65:0.970149:37:28:0:1:37:28:0:2 chr8 8750104 . GCC G,GC 103.49 PASS AF=0,0.842105;AO=2,14;DP=19;FAO=0,16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=0,15;FSAR=0,1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.108092,-0.204793;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=13.5371,13.7956;QD=21.7873;RBI=0.108822,0.205743;REFB=-0.0517615,-0.0830964;REVB=0.012577,0.0197566;RO=3;SAF=2,13;SAR=0,1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.666583,0.413168;STB=0.5,0.737309;STBP=1,0.019;TYPE=del,del;VARB=0.0421155,0.02254;OID=.,.;OPOS=8750105,8750105;OREF=CC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.842105:2,14:19:0,16:19:3:0,15:0,1:1:2:15:3:2,13:0,1:1:2 chr8 8887542 . TAAC T 261.94 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=51;FWDB=0.00584845;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=3;MLLD=273.865;QD=9.79209;RBI=0.0059404;REFB=-0.00261066;REVB=0.00104117;RO=53;SAF=16;SAR=28;SRF=9;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220946;STB=0.61714;STBP=0.071;TYPE=del;VARB=0.00352462;OID=.;OPOS=8887543;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411215:44:104:44:107:63:16:28:12:51:99:53:16:28:9:44 chr8 9145082 . T C 207.84 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0251525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.745;QD=17.6888;RBI=0.0291454;REFB=-0.0185967;REVB=0.0147244;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021365;STB=0.502144;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.021209;OID=.;OPOS=9145082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:13:8:9:16:13:8:10:16 chr8 9414049 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.626;QD=57.5445;RBI=0.034617;REFB=0;REVB=0.0315316;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23073e-05;OID=.;OPOS=9414049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr8 9414159 . G C 169.33 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=1;FWDB=0.014116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.533;QD=16.5195;RBI=0.0733621;REFB=-0.0181953;REVB=0.0719913;RO=21;SAF=13;SAR=5;SRF=21;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408021;STB=0.691544;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.023079;OID=.;OPOS=9414159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:23:18:18:0.439024:5:13:21:0:5:13:22:1 chr8 9414237 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.13;QD=56.7064;RBI=0.0283747;REFB=0;REVB=-0.020196;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.91569e-06;OID=.;OPOS=9414237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr8 9414503 . T C 612.82 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.938;QD=61.2815;RBI=0.0760883;REFB=0;REVB=0.0742063;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608271;OID=.;OPOS=9414503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:20:20:0:0 chr8 9414924 . G C,T 504.77 PASS AF=0.971429,0.0285714;AO=33,2;DP=35;FAO=34,1;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119904,0.0130397;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.188,92.1103;QD=57.6879;RBI=0.0073692,0.0145407;REFB=0,0;REVB=0.007271,0.00643397;RO=0;SAF=16,1;SAR=17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.60901e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000692816,0.075971;OID=.,.;OPOS=9414924,9414924;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:35:35:0:0:33,2:34,1:0.971429,0.0285714:17,1:16,1:0:0:18,0:16,1:0:0 chr8 9415168 . G A 1492.61 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.339;QD=63.5154;RBI=0.0189718;REFB=0;REVB=0.0111527;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17447e-05;OID=.;OPOS=9415168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:38:54:0:0:40:54:0:0 chr8 9415390 . G A 1112.28 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00574355;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.489;QD=57.7808;RBI=0.0388833;REFB=-0.0517491;REVB=0.0384567;RO=1;SAF=41;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114011;STB=0.511902;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00153332;OID=.;OPOS=9415390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:1:2:75:75:0.974026:34:41:1:0:34:41:2:0 chr8 9416258 . G C 371.46 PASS AF=0.513514;AO=37;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0138055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.619;QD=20.0791;RBI=0.0250027;REFB=-0.0110301;REVB=0.0208457;RO=36;SAF=18;SAR=19;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00959837;OID=.;OPOS=9416258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:36:36:37:38:0.513514:19:18:18:18:19:19:18:18 chr8 9577940 . T C 1025.18 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.31;QD=59.4308;RBI=0.00550543;REFB=0;REVB=0.000396436;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20143e-05;OID=.;OPOS=9577940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:34:35:0:0 chr8 9609331 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0136105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.244;QD=15.8821;RBI=0.0137762;REFB=-0.018911;REVB=-0.00213072;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873356;STB=0.550917;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0203786;OID=.;OPOS=9609331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:5:5:6:4:5:5 chr8 9734267 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.385;QD=50.4135;RBI=0.0209736;REFB=0;REVB=0.0183018;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80795e-05;OID=.;OPOS=9734267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:11:8:0:0 chr8 9734284 . G A 153.33 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.781;QD=40.8886;RBI=0.0346003;REFB=-0.185959;REVB=0.0266278;RO=1;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047723;STB=0.526279;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0023453;OID=.;OPOS=9734284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:15:1:1:13:14:0.933333:9:4:0:1:9:5:0:1 chr8 10211175 . C T 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0348;QD=59.5008;RBI=0.0156319;REFB=0;REVB=-0.0100231;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185996;OID=.;OPOS=10211175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr8 10285810 . T C 289.31 PASS AF=1;AO=17;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4811;QD=52.6023;RBI=0.0690491;REFB=0;REVB=0.0674167;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100644;OID=.;OPOS=10285810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:17:22:1:5:12:0:0:9:13:0:0 chr8 10285825 . T G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.325;QD=51.9167;RBI=0.0458522;REFB=0;REVB=-0.0267913;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15802e-05;OID=.;OPOS=10285825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr8 10333811 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00163423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.86;QD=51.1842;RBI=0.068022;REFB=0;REVB=0.0680023;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000964079;OID=.;OPOS=10333811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr8 10383226 . C G 251.05 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0526284;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.0398;QD=41.8423;RBI=0.0527986;REFB=-0.132299;REVB=-0.00423617;RO=0;SAF=1;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78928e-08;STB=0.644988;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00387477;OID=.;OPOS=10383226;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:0:3:21:21:0.875:20:1:0:0:20:1:1:2 chr8 10390452 . C T 280.31 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0136793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.522;QD=16.7348;RBI=0.0332502;REFB=-0.0106452;REVB=-0.030306;RO=36;SAF=21;SAR=10;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985292;STB=0.555519;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.011572;OID=.;OPOS=10390452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:10:21:21:15:10:21:21:15 chr8 10396054 . A C 1134.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.03;QD=60.4938;RBI=0.0536019;REFB=0;REVB=-0.0387964;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13076e-05;OID=.;OPOS=10396054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr8 10464755 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.000340115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.46;QD=12.8679;RBI=0.0265154;REFB=0.00869149;REVB=-0.0265132;RO=16;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00949575;STB=0.505608;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.0106433;OID=.;OPOS=10464755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:2:9:13:3:2:9:13:3 chr8 10464885 . T C 613.8 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.589;QD=61.3797;RBI=0.0504935;REFB=0;REVB=0.0341606;RO=0;SAF=29;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239426;OID=.;OPOS=10464885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:37:40:1:8:29:0:0:9:31:0:0 chr8 10465748 . T C 95.76 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.545;QD=38.3038;RBI=0.0218616;REFB=0;REVB=0.0160404;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638023;OID=.;OPOS=10465748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:3:6:0:0:4:6:0:0 chr8 10465771 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.34;QD=44.6896;RBI=0.0883721;REFB=0;REVB=0.0239267;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112992;OID=.;OPOS=10465771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr8 10466839 . G T 557.36 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0227745;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.412;QD=23.4679;RBI=0.0227755;REFB=-0.020041;REVB=0.000209351;RO=42;SAF=29;SAR=23;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0083012;STB=0.500205;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0180257;OID=.;OPOS=10466839;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:43:52:52:0.547368:23:29:23:19:23:29:24:19 chr8 10466864 . G C 396.2 PASS AF=0.473118;AO=31;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0837134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.5906;QD=17.0409;RBI=0.0885721;REFB=-0.0199139;REVB=0.0289322;RO=48;SAF=14;SAR=17;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294952;STB=0.566686;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0330147;OID=.;OPOS=10466864;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:49:31:44:0.473118:17:14:23:25:17:27:24:25 chr8 10467160 . G A 462.79 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.062575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6029;QD=16.2384;RBI=0.0627775;REFB=-0.00796285;REVB=-0.00503878;RO=63;SAF=36;SAR=15;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18053;STB=0.601325;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0133001;OID=.;OPOS=10467160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:15:36:34:29:15:36:34:29 chr8 10467207 . C A 1696.95 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1444;QD=60.6052;RBI=0.102557;REFB=0;REVB=0.0925784;RO=0;SAF=68;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410516;OID=.;OPOS=10467207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:112:0:0:108:112:1:40:68:0:0:43:69:0:0 chr8 10468172 . G A 143.02 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00873659;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.94;QD=13.0016;RBI=0.0111806;REFB=-0.00250421;REVB=0.00697703;RO=29;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30176;STB=0.667417;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00314579;OID=.;OPOS=10468172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:29:28:16:16:0.363636:5:11:12:17:5:11:12:16 chr8 10469030 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00266249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.389;QD=11.919;RBI=0.00762563;REFB=-0.00251822;REVB=0.00714572;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172968;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00611752;OID=.;OPOS=10469030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:4:3:5:3:4:3:5:4 chr8 10469340 . G A 382.91 PASS AF=0.368;AO=46;DP=125;FAO=46;FDP=125;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.00227693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.516;QD=12.253;RBI=0.0195429;REFB=-0.0205273;REVB=0.0194098;RO=76;SAF=28;SAR=18;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13514;STB=0.589435;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0244439;OID=.;OPOS=10469340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:76:79:46:46:0.368:18:28:37:39:18:28:37:42 chr8 10469817 . G A 827.79 PASS AF=0.497041;AO=84;DP=170;FAO=84;FDP=169;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.0352569;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.1;QD=19.5926;RBI=0.0434604;REFB=-0.0276239;REVB=0.0254118;RO=83;SAF=34;SAR=50;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136051;STB=0.575103;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0251007;OID=.;OPOS=10469817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:83:85:84:84:0.497041:50:34:46:37:50:34:47:38 chr8 10470815 . G C 261.86 PASS AF=0.369048;AO=28;DP=81;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0119542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.948;QD=12.4694;RBI=0.013514;REFB=-0.0152893;REVB=-0.00630296;RO=53;SAF=11;SAR=17;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23531;STB=0.635172;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0274319;OID=.;OPOS=10470815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:53:53:28:31:0.369048:17:11:32:21:19:12:32:21 chr8 10530218 . C T 708.8 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0836424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3354;QD=63.0045;RBI=0.0846317;REFB=0;REVB=0.0129028;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616358;OID=.;OPOS=10530218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:22:23:0:0 chr8 10754511 . C T 2043.77 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0088;QD=62.4051;RBI=0.0163439;REFB=0;REVB=0.00341216;RO=0;SAF=65;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15655e-05;OID=.;OPOS=10754511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:129:131:1:64:65:0:0:66:65:0:0 chr8 10755218 . T C 211.91 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00853741;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.64;QD=16.6205;RBI=0.00975932;REFB=-0.0031599;REVB=-0.00472831;RO=26;SAF=19;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448727;STB=0.784025;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00734655;OID=.;OPOS=10755218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:28:22:23:0.45098:3:19:13:13:3:20:13:15 chr8 10920326 . C T 680.62 PASS AF=0.554622;AO=65;DP=118;FAO=66;FDP=119;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0846049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9255;QD=22.8779;RBI=0.0858938;REFB=-0.0140373;REVB=-0.0148243;RO=51;SAF=27;SAR=38;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927076;STB=0.538371;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0112212;OID=.;OPOS=10920326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:51:53:65:66:0.554622:38:27:27:24:38:28:27:26 chr8 11162496 . A C 405.58 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.014787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.532;QD=20.799;RBI=0.0223433;REFB=0.00553888;REVB=0.0167501;RO=37;SAF=19;SAR=22;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198601;STB=0.51098;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00714664;OID=.;OPOS=11162496;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:22:19:18:19:22:19:18:19 chr8 11184862 . G A 543.15 PASS AF=0.449612;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.030332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.151;QD=16.8418;RBI=0.0306646;REFB=0.00925908;REVB=0.00450412;RO=70;SAF=33;SAR=25;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151249;STB=0.587846;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00983176;OID=.;OPOS=11184862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:71:58:58:0.449612:25:33:29:41:25:33:29:42 chr8 11184937 . G A 539.34 PASS AF=0.471074;AO=55;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00425064;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4168;QD=17.8295;RBI=0.0058501;REFB=-0.0127805;REVB=0.00401942;RO=63;SAF=22;SAR=33;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105297;STB=0.570008;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00855636;OID=.;OPOS=11184937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:64:55:57:0.471074:33:22:32:31:35:22:33:31 chr8 11188703 . C T 186.24 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0301704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.151;QD=12.8439;RBI=0.0434389;REFB=-0.0294364;REVB=-0.0312519;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00955729;STB=0.50549;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0396332;OID=.;OPOS=11188703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:9:14:21:14:9:14:21:14 chr8 11188752 . G A 348.89 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00862959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.839;QD=22.878;RBI=0.028276;REFB=-0.00636315;REVB=0.026927;RO=26;SAF=24;SAR=11;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00593151;STB=0.503266;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00637475;OID=.;OPOS=11188752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:11:24:18:8:11:24:18:8 chr8 11189316 . G C 536.03 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6435;QD=57.9491;RBI=0.0839907;REFB=0;REVB=0.0464083;RO=1;SAF=22;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102972;OID=.;OPOS=11189316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:37:1:0:36:37:1:14:22:1:0:14:23:0:0 chr8 11189344 . C G 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00793892;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.058;QD=14.4732;RBI=0.0143598;REFB=-0.00181539;REVB=0.0119657;RO=42;SAF=18;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10432;STB=0.559282;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00212872;OID=.;OPOS=11189344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:12:18:21:21:12:18:21:21 chr8 11189488 . T C 1694.97 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.068;QD=60.5345;RBI=0.0655498;REFB=0;REVB=0.00529065;RO=0;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.35136e-05;OID=.;OPOS=11189488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:49:62:0:0:50:62:0:0 chr8 11189533 . A C 460.55 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.01479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.916;QD=23.9245;RBI=0.016819;REFB=-0.019612;REVB=0.00800838;RO=33;SAF=26;SAR=18;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620159;STB=0.533977;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0129422;OID=.;OPOS=11189533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:18:26:22:11:18:26:22:11 chr8 11189535 . T C 279.5 PASS AF=0.415584;AO=31;DP=76;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.000676687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1266;QD=14.5194;RBI=0.0643032;REFB=-0.0177285;REVB=0.0642996;RO=45;SAF=20;SAR=11;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504056;STB=0.535597;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.027244;OID=.;OPOS=11189535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:45:45:31:32:0.415584:11:20:27:18:11:21:27:18 chr8 11204165 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6055;QD=56.9566;RBI=0.0098021;REFB=0;REVB=-0.00194008;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64578e-05;OID=.;OPOS=11204165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr8 11204184 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00230544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.962;QD=62.9829;RBI=0.00238776;REFB=0;REVB=0.000621541;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42357e-06;OID=.;OPOS=11204184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr8 11301753 . A C 3481.22 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242318;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4891;QD=62.7247;RBI=0.0291022;REFB=0;REVB=0.0161169;RO=0;SAF=114;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98863e-05;OID=.;OPOS=11301753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:222:0:0:222:222:1:108:114:0:0:108:114:0:0 chr8 11414237 . T C 868.19 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0677953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7667;QD=57.879;RBI=0.0678387;REFB=0;REVB=0.00242568;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000581058;OID=.;OPOS=11414237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr8 11418385 . G A 1261.5 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.685;QD=59.3648;RBI=0.0382918;REFB=0.0134564;REVB=0.0368437;RO=1;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011412;STB=0.505881;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=6.59452e-05;OID=.;OPOS=11418385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:83:84:0.988235:41:42:0:1:42:42:0:1 chr8 11418773 . C T 1081.39 PASS AF=0.974026;AO=71;DP=74;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.127131;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.8101;QD=56.1759;RBI=0.127772;REFB=-0.188708;REVB=0.0127836;RO=3;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292296;STB=0.510201;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00785263;OID=.;OPOS=11418773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:77:3:2:71:75:0.974026:47:24:0:3:48:27:0:2 chr8 11421793 . C T 1368.46 PASS AF=0.978022;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00858808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.429;QD=60.1523;RBI=0.0659093;REFB=-0.0409949;REVB=0.0653474;RO=2;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225522;STB=0.511902;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=8.874e-05;OID=.;OPOS=11421793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:91:2:2:88:89:0.978022:41:47:0:2:41:48:0:2 chr8 11614584 . G A 157.29 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00673884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.874;QD=9.67955;RBI=0.0418923;REFB=-0.0234524;REVB=-0.0413467;RO=44;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105403;STB=0.561985;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0265621;OID=.;OPOS=11614584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:10:11:19:25:10:11:19:25 chr8 11619163 . A G 262.81 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.000311777;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.197;QD=17.2332;RBI=0.00265943;REFB=-0.00423392;REVB=-0.0026411;RO=31;SAF=19;SAR=10;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568019;STB=0.518974;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00534393;OID=.;OPOS=11619163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:31:32:29:29:0.47541:10:19:22:9:10:19:22:10 chr8 11619261 . T A 1265.57 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2676;QD=61.7351;RBI=0.142947;REFB=0;REVB=0.128388;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155678;OID=.;OPOS=11619261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:31:49:0:0:32:50:0:0 chr8 11619334 . C T 348.4 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0295008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3106;QD=14.8256;RBI=0.0303559;REFB=-0.0112046;REVB=-0.0071542;RO=56;SAF=16;SAR=22;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157572;STB=0.589239;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0164815;OID=.;OPOS=11619334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:22:16:32:24:22:16:32:24 chr8 11619504 . T A 229.48 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0156624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.109;QD=19.5302;RBI=0.0184895;REFB=0.00593499;REVB=0.00982603;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145295;STB=0.50819;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00316178;OID=.;OPOS=11619504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:24:22:23:0.489362:15:7:7:16:15:8:8:16 chr8 11620115 . C G 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0110092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.653;QD=21.5458;RBI=0.0300819;REFB=0.0127105;REVB=-0.0279949;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252219;STB=0.642653;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00911393;OID=.;OPOS=11620115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:9:5:7:3:9:5:7:3 chr8 11620781 . T C 928.78 PASS AF=0.54878;AO=90;DP=165;FAO=90;FDP=164;FR=.;FRO=74;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=0.0155303;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3289;QD=22.6532;RBI=0.0362495;REFB=-0.00873938;REVB=0.0327541;RO=74;SAF=55;SAR=35;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604016;STB=0.532998;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00936548;OID=.;OPOS=11620781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:74:74:90:90:0.54878:35:55:40:34:35:55:40:34 chr8 11621351 . C G 748.43 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5405;QD=56.4856;RBI=0.0278208;REFB=0;REVB=-0.0188252;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37029e-05;OID=.;OPOS=11621351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:24:26:0:0:24:29:0:0 chr8 11640784 . A G 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0121832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.454;QD=13.5518;RBI=0.0122978;REFB=-0.0158685;REVB=0.00167486;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916862;STB=0.552324;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.020314;OID=.;OPOS=11640784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:11:13:22:13:11:13:22:13 chr8 11660362 . T C 401.76 PASS AF=0.410714;AO=45;DP=114;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0547114;FXX=0.0175423;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.243;QD=14.3485;RBI=0.0563724;REFB=-0.00732646;REVB=-0.0135835;RO=66;SAF=25;SAR=20;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538465;STB=0.510184;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0120881;OID=.;OPOS=11660362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:66:66:45:46:0.410714:20:25:37:29:21:25:37:29 chr8 11667179 . C T 390.37 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.0113335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.737;QD=13.3459;RBI=0.0114772;REFB=0.00385437;REVB=-0.00181054;RO=70;SAF=25;SAR=21;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767542;STB=0.546979;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00671998;OID=.;OPOS=11667179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:70:71:46:46:0.393162:21:25:43:27:21:25:44:27 chr8 11683653 . T C 964.65 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00725422;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=340.877;QD=55.9214;RBI=0.00747714;REFB=-0.026445;REVB=-0.00181219;RO=1;SAF=16;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286092;STB=0.510297;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.000120705;OID=.;OPOS=11683653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:69:1:2:66:67:0.971014:50:16:1:0:51:16:1:1 chr8 11689119 . G C 456.01 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.032108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3202;QD=20.2669;RBI=0.0321262;REFB=-0.0181862;REVB=-0.00108157;RO=45;SAF=23;SAR=22;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0233887;OID=.;OPOS=11689119;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:22:23:23:22:22:23:23:22 chr8 11701842 . A C 961.95 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0342847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3661;QD=55.7651;RBI=0.045025;REFB=0.0764898;REVB=-0.0291857;RO=2;SAF=33;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000408629;STB=0.500216;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00299191;OID=.;OPOS=11701842;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:34:33:1:1:34:33:1:1 chr8 11701887 . CTG C,CT 233.38 PASS AF=0.325843,0;AO=23,10;DP=96;FAO=29,0;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=13,0;FSAR=16,0;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.00587019,-0.00620765;FXX=0.0631512;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=205.305,210.677;QD=10.4888;RBI=0.0110237,0.0114521;REFB=-0.00547779,-0.00576435;REVB=0.00933072,0.00962367;RO=60;SAF=12,4;SAR=11,6;SRF=24;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.146496,0;STB=0.5331,0.5;STBP=0.683,1;TYPE=del,del;VARB=0.0108174,0;OID=.,.;OPOS=11701888,11701889;OREF=TG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325843,0:23,10:96:29,0:89:60:13,0:16,0:24:36:99:60:12,4:11,6:24:36 chr8 11702277 . C G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0265852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.597;QD=13.5049;RBI=0.029192;REFB=-0.00635642;REVB=-0.0120581;RO=17;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320475;STB=0.69194;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0231907;OID=.;OPOS=11702277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:2:10:10:7:2:10:10:7 chr8 11705677 . C G 756.2 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394968;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.135;QD=64.3576;RBI=0.0413841;REFB=0;REVB=0.012355;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225238;OID=.;OPOS=11705677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:19:27:0:0:19:28:0:0 chr8 11706581 . T G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00777331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.605;QD=63.5817;RBI=0.0436213;REFB=0;REVB=0.0429231;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126003;OID=.;OPOS=11706581;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr8 11710888 . G C 958.75 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.8;QD=57.2387;RBI=0.0610168;REFB=-0.075287;REVB=0.0581261;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133089;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000366408;OID=.;OPOS=11710888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:35:31:0:1:35:31:0:1 chr8 11793447 . T C 1540.29 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7732;QD=59.8172;RBI=0.157259;REFB=0;REVB=0.0182093;RO=1;SAF=25;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185964;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650184;OID=.;OPOS=11793447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:1:0:102:103:1:77:25:1:0:77:26:0:0 chr8 11832079 . A G 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.000800115;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=307.664;QD=16.1724;RBI=0.00320645;REFB=0.00745819;REVB=0.00310502;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145276;STB=0.583232;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00853692;OID=.;OPOS=11832079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:13:7:8:8:13:7 chr8 11872239 . C A 237.12 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0638904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2463;QD=26.3466;RBI=0.0672612;REFB=-0.0186463;REVB=0.0210258;RO=13;SAF=3;SAR=19;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120197;STB=0.604438;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00728683;OID=.;OPOS=11872239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:14:22:22:0.611111:19:3:3:10:19:3:4:10 chr8 11994957 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0330121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=366.966;QD=10.0339;RBI=0.038287;REFB=0.00769767;REVB=-0.0193931;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.010027;OID=.;OPOS=11994957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:3:4:3:2:3:4 chr8 11995274 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.089286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5629;QD=21.8421;RBI=0.0924675;REFB=-0.0689925;REVB=0.0240471;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284202;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0125468;OID=.;OPOS=11995274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:4:2:2:0:4:2:2:0 chr8 12516729 . T C,G 479.11 PASS AF=0.0571429,0.914286;AO=2,32;DP=35;FAO=2,32;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=1,17;FSAR=1,15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00981131,0.00158918;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.258,81.4156;QD=54.7553;RBI=0.0450715,0.0362085;REFB=-0.019437,-0.0774078;REVB=0.0439906,0.0361736;RO=1;SAF=1,17;SAR=1,15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25849,-0.0266731;STB=0.665164,0.514277;STBP=0.662,0.521;TYPE=snp,snp;VARB=0.000311871,0.00498205;OID=.,.;OPOS=12516729,12516729;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:1:1:2,32:2,32:0.0571429,0.914286:1,15:1,17:1:0:1,15:1,17:1:0 chr8 12516857 . T C 670.09 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0700488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0595;QD=62.334;RBI=0.0700846;REFB=0;REVB=0.00224145;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000554071;OID=.;OPOS=12516857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr8 12580049 . G A 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8007;QD=55.6499;RBI=0.0240508;REFB=0;REVB=-0.0153484;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000476753;OID=.;OPOS=12580049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr8 12809667 . A T 1105.6 PASS AF=0.4;AO=125;DP=314;FAO=126;FDP=315;FR=.;FRO=189;FSAF=70;FSAR=56;FSRF=96;FSRR=93;FWDB=0.010907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169;QD=14.0393;RBI=0.012464;REFB=-0.0226333;REVB=0.00603228;RO=189;SAF=70;SAR=55;SRF=96;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562877;STB=0.528739;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0278197;OID=.;OPOS=12809667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:315:189:189:125:126:0.4:55:70:96:93:56:70:96:93 chr8 12809691 . A G 1145.19 PASS AF=0.418301;AO=129;DP=309;FAO=128;FDP=306;FR=.;FRO=178;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=92;FSRR=86;FWDB=0.00371434;FXX=0.00970842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.317;QD=14.9698;RBI=0.0111026;REFB=-0.0265119;REVB=-0.0104628;RO=176;SAF=67;SAR=62;SRF=90;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00831521;STB=0.500715;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.025387;OID=.;OPOS=12809691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:306:176:178:129:128:0.418301:62:67:90:86:62:66:92:86 chr8 12809700 . G A 1067.43 PASS AF=0.4;AO=122;DP=305;FAO=122;FDP=305;FR=.;FRO=183;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=93;FSRR=90;FWDB=-0.00951245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.977;QD=13.9991;RBI=0.018048;REFB=-0.0145976;REVB=0.0153377;RO=182;SAF=65;SAR=57;SRF=93;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233616;STB=0.514787;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0164622;OID=.;OPOS=12809700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:182:183:122:122:0.4:57:65:93:89:57:65:93:90 chr8 12848420 . G C 126.92 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00120851;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7784;QD=9.23023;RBI=0.0209167;REFB=0.00773301;REVB=-0.0208818;RO=34;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511614;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.0173294;OID=.;OPOS=12848420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:34:38:17:17:0.309091:11:6:12:22:11:6:14:24 chr8 12878637 . A G 872.44 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0024;QD=57.209;RBI=0.0283806;REFB=0;REVB=-0.0263669;RO=0;SAF=14;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131849;OID=.;OPOS=12878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:46:14:0:0:47:14:0:0 chr8 12878677 . T C 508.87 PASS AF=0.5;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=44;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.00620552;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.641;QD=19.2025;RBI=0.0246127;REFB=-0.0159356;REVB=0.0238176;RO=54;SAF=9;SAR=44;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197954;STB=0.613686;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.025491;OID=.;OPOS=12878677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:54:53:53:53:0.5:44:9:17:37:44:9:17:36 chr8 12878807 . T G 405.6 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=45;FWDB=-0.00227565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.992;QD=15.1627;RBI=0.00352786;REFB=-0.00214598;REVB=0.00269578;RO=60;SAF=12;SAR=34;SRF=15;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143362;STB=0.501052;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00197464;OID=.;OPOS=12878807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:61:46:46:0.429907:34:12:15:45:34:12:16:45 chr8 12879062 . T C 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0191472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.857;QD=17.1002;RBI=0.020613;REFB=-0.0194542;REVB=0.0076343;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162948;STB=0.593772;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0265307;OID=.;OPOS=12879062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:9:5:8:7:9:5:8:7 chr8 12879099 . G A 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00235202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.426;QD=19.976;RBI=0.0153918;REFB=-0.00758055;REVB=-0.015211;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175572;STB=0.598913;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00654681;OID=.;OPOS=12879099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:13:7:11:9:13:7 chr8 12879198 . A T 147.23 PASS AF=0.425;AO=15;DP=38;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0162283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.746;QD=14.7229;RBI=0.019518;REFB=-0.0232635;REVB=-0.0108442;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221949;STB=0.639327;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0437043;OID=.;OPOS=12879198;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:22:23:15:17:0.425:5:10:10:12:5:12:11:12 chr8 12879334 . T C 191.4 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00777998;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.139;QD=13.4312;RBI=0.063149;REFB=-0.021834;REVB=0.0626679;RO=33;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178031;STB=0.522368;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0305729;OID=.;OPOS=12879334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:34:23:23:0.403509:15:8:12:21:15:8:13:21 chr8 12887172 . A G 201.86 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0111578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1922;QD=9.96854;RBI=0.0209375;REFB=0.00763259;REVB=-0.0177167;RO=55;SAF=12;SAR=14;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00815327;STB=0.504776;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.023598;OID=.;OPOS=12887172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:55:55:26:26:0.320988:14:12:25:30:14:12:25:30 chr8 12888908 . T G 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0385694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.225;QD=25.2442;RBI=0.0397571;REFB=-0.0177084;REVB=-0.00964494;RO=22;SAF=9;SAR=19;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187809;STB=0.604468;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0111798;OID=.;OPOS=12888908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:19:9:12:10:19:9:12:10 chr8 12941463 . T C 344.38 PASS AF=0.529412;AO=35;DP=67;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0124299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.713;QD=20.2577;RBI=0.0410921;REFB=-0.0500192;REVB=0.0391671;RO=32;SAF=25;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175864;STB=0.584484;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0386606;OID=.;OPOS=12941463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:32:32:35:36:0.529412:10:25:17:15:11:25:17:15 chr8 12943065 . T C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0333447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.251;QD=36.3484;RBI=0.0336864;REFB=-0.122094;REVB=0.00478536;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0026986;OID=.;OPOS=12943065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:0:1:6:5:0:1 chr8 12957475 . C T 994.26 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.642;QD=57.638;RBI=0.0150268;REFB=-0.0952661;REVB=0.00395445;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000324172;OID=.;OPOS=12957475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:31:37:0:0:31:37:1:0 chr8 12960281 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.263;QD=61.5363;RBI=0.0318787;REFB=0;REVB=0.0116636;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70286e-05;OID=.;OPOS=12960281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr8 13072177 . C T 819.86 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.07;QD=55.5835;RBI=0.0152606;REFB=-0.0232621;REVB=0.0113271;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159856;STB=0.508194;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000227431;OID=.;OPOS=13072177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:29:28:0:1:30:28:0:1 chr8 13133881 . G T 299.97 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0457219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7104;QD=24.487;RBI=0.0471217;REFB=-0.0187171;REVB=-0.0114002;RO=22;SAF=8;SAR=19;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631737;STB=0.535185;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00864281;OID=.;OPOS=13133881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:19:8:8:14:19:8:8:14 chr8 13356802 . G A 130.72 PASS AF=0.375;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00494658;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2961;QD=13.072;RBI=0.0187653;REFB=-0.0183484;REVB=0.0181016;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128923;STB=0.575656;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0279928;OID=.;OPOS=13356802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:25:25:15:15:0.375:6:9:12:13:6:9:12:13 chr8 13356818 . TT CG,CT 571.17 PASS AF=0.35,0.65;AO=14,25;DP=41;FAO=14,26;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=8,12;FSAR=6,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120026,0.00806851;FXX=0.0243843;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=162.076,199.406;QD=57.1166;RBI=0.0278684,0.0205688;REFB=0,0;REVB=0.0251512,0.0189203;RO=1;SAF=8,11;SAR=6,14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0534678,-0.0403161;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00941713,0.00540231;OID=.,.;OPOS=13356818,13356818;OREF=TT,T;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:41:40:1:0:14,25:14,26:0.35,0.65:6,14:8,11:1:0:6,14:8,12:0:0 chr8 13424583 . C T 1112.74 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141745;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.338;QD=60.1482;RBI=0.028876;REFB=0;REVB=0.0251577;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310147;OID=.;OPOS=13424583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:41:32:0:0:41:33:0:0 chr8 13425353 . T A 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.911;QD=57.8834;RBI=0.031774;REFB=0;REVB=0.0259154;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141394;OID=.;OPOS=13425353;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr8 13948110 . G A 247.1 PASS AF=0.638889;AO=21;DP=34;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0109582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.206;QD=27.4551;RBI=0.0208513;REFB=-0.0241846;REVB=-0.0177396;RO=12;SAF=0;SAR=21;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.844226;STB=0.749722;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0183227;OID=.;OPOS=13948110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:12:13:21:23:0.638889:21:0:5:7:21:2:6:7 chr8 15967464 . T C 189.3 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00264755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.38;QD=13.055;RBI=0.0026554;REFB=-0.00833183;REVB=-0.000203983;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189124;STB=0.608601;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0198912;OID=.;OPOS=15967464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:9:14:15:20:9:14:15:20 chr8 15978063 . C T 1026.25 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.949;QD=59.4926;RBI=0.0311587;REFB=0;REVB=0.0276324;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78525e-05;OID=.;OPOS=15978063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr8 15978111 . T C 309.66 PASS AF=0.6;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0387538;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.566;QD=27.5252;RBI=0.0397514;REFB=-0.0082443;REVB=0.00884953;RO=18;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137803;STB=0.576214;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00422241;OID=.;OPOS=15978111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:18:18:27:27:0.6:17:10:10:8:17:10:10:8 chr8 15978623 . G A 98.47 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0420376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8718;QD=14.0664;RBI=0.0613226;REFB=-0.0529062;REVB=0.0446464;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174839;STB=0.601109;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0705692;OID=.;OPOS=15978623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:12:4:5:7:12:4 chr8 15978641 . CT AT,C 224.88 PASS AF=0.4375,0.3125;AO=13,10;DP=34;FAO=14,10;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=7,10;FSAR=7,0;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00773516,-0.0854694;FXX=0.0588062;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=114.687,18.596;QD=28.1097;RBI=0.0147886,0.140878;REFB=-0.0213185,0.00856196;REVB=0.0126044,-0.111989;RO=7;SAF=7,10;SAR=6,0;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0681814,0.811433;STB=0.54539,0.998553;STBP=0.574,0.002;TYPE=snp,del;VARB=0.0142257,0.0680919;OID=.,.;OPOS=15978641,15978642;OREF=C,T;OALT=A,-;OMAPALT=AT,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:69:34:32:7:8:13,10:14,10:0.4375,0.3125:6,0:7,10:3:4:7,0:7,10:3:5 chr8 16043667 . C T 218.18 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0203534;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.498;QD=22.3776;RBI=0.0358807;REFB=-0.00743724;REVB=-0.0295494;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110708;STB=0.561985;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0102982;OID=.;OPOS=16043667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:18:18:21:21:0.538462:11:10:11:7:11:10:11:7 chr8 16927250 . A C 1536.87 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0939866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.4;QD=63.3761;RBI=0.0959861;REFB=0;REVB=0.0194898;RO=1;SAF=40;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117078;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251611;OID=.;OPOS=16927250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:1:0:96:97:1:56:40:1:0:56:41:0:0 chr8 17079358 . A G 439.2 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186076;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.274;QD=56.6713;RBI=0.0216939;REFB=0;REVB=0.0111526;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678837;OID=.;OPOS=17079358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:12:19:0:0 chr8 17092164 . G T 854.27 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295295;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9217;QD=57.9167;RBI=0.0319544;REFB=0;REVB=0.0122105;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0146e-05;OID=.;OPOS=17092164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:24:34:0:0:24:35:0:0 chr8 17125768 . T C 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.741;QD=60.974;RBI=0.0165228;REFB=0;REVB=-0.0154723;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.98327e-05;OID=.;OPOS=17125768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr8 17142065 . C T 557.41 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.417;QD=60.2604;RBI=0.0458551;REFB=0;REVB=-0.00121375;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100087;OID=.;OPOS=17142065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:24:12:0:0:25:12:0:0 chr8 17157259 . G A 1318.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.157;QD=62.0474;RBI=0.0174847;REFB=0;REVB=0.00340097;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60588e-05;OID=.;OPOS=17157259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:85:0:0:80:85:1:35:45:0:0:39:46:0:0 chr8 17230644 . G C 1582.17 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=111;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00501183;FXX=0.0360328;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.191;QD=59.1465;RBI=0.00553915;REFB=0.0520644;REVB=0.00235877;RO=1;SAF=50;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939754;STB=0.50495;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-1.37468e-06;OID=.;OPOS=17230644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:107:1:1:106:106:0.990654:56:50:1:0:56:50:1:0 chr8 17270759 . C T 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0334063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.125;QD=13.0539;RBI=0.0356216;REFB=-0.034948;REVB=-0.0123659;RO=35;SAF=3;SAR=20;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473438;STB=0.777926;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0520868;OID=.;OPOS=17270759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:20:3:17:18:20:3:17:18 chr8 17270770 . T C 195.17 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0851243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2276;QD=14.1939;RBI=0.0908401;REFB=-0.0342092;REVB=-0.0317141;RO=31;SAF=3;SAR=20;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406089;STB=0.748641;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0452825;OID=.;OPOS=17270770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:31:32:23:23:0.418182:20:3:13:18:20:3:14:18 chr8 17270787 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.189;QD=57.1055;RBI=0.0316199;REFB=0;REVB=-0.00651219;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1902e-05;OID=.;OPOS=17270787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:38:17:0:0:38:17:0:0 chr8 17396415 . G C 318.74 PASS AF=0.540984;AO=34;DP=60;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00920196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2457;QD=20.901;RBI=0.0101789;REFB=-0.0174476;REVB=0.00435142;RO=26;SAF=22;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269658;STB=0.503224;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0229839;OID=.;OPOS=17396415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:28:34:33:0.540984:12:22:16:10:12:21:18:10 chr8 17424920 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.977;QD=54.5175;RBI=0.0244939;REFB=0;REVB=0.0218642;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51485e-05;OID=.;OPOS=17424920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr8 17486282 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.805;QD=62.0218;RBI=0.0563012;REFB=0;REVB=0.0235975;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317798;OID=.;OPOS=17486282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:32:10:0:0:32:10:0:0 chr8 17500223 . T C 1457.25 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.035582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.1001;QD=62.0108;RBI=0.0385187;REFB=-0.0602375;REVB=0.0147516;RO=1;SAF=38;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123114;STB=0.506328;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000384614;OID=.;OPOS=17500223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:92:93:0.989362:54:38:1:0:54:39:1:0 chr8 17503125 . C T 1727.91 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167246;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.4168;QD=59.5831;RBI=0.0198438;REFB=-0.0730595;REVB=0.0106801;RO=0;SAF=65;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22929e-08;STB=0.503816;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000503768;OID=.;OPOS=17503125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:116:0:1:115:115:0.991379:50:65:0:0:50:65:1:0 chr8 17503270 . G C 676.26 PASS AF=0.978261;AO=42;DP=44;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00416777;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.145;QD=58.805;RBI=0.0799603;REFB=-0.0931858;REVB=0.0798516;RO=1;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149055;STB=0.507243;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00195889;OID=.;OPOS=17503270;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:46:1:1:42:45:0.978261:31:11:0:1:34:11:0:1 chr8 17503316 . T G 1357.39 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.18;QD=62.4086;RBI=0.0242836;REFB=0;REVB=0.00479616;RO=0;SAF=24;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61866e-05;OID=.;OPOS=17503316;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:63:24:0:0:63:24:0:0 chr8 17581700 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00701469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.373;QD=33.4285;RBI=0.0146013;REFB=0;REVB=-0.012806;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.63615e-05;OID=.;OPOS=17581700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr8 17611886 . G A 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0050172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.54;QD=17.4899;RBI=0.00809692;REFB=-0.0049911;REVB=0.00635513;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287411;STB=0.516118;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00746636;OID=.;OPOS=17611886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:15:13:13:17:15:13:13:17 chr8 17612456 . C T 571.33 PASS AF=0.87234;AO=42;DP=47;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00574162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2675;QD=48.6237;RBI=0.00610588;REFB=-0.0157837;REVB=-0.00207739;RO=5;SAF=22;SAR=20;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246475;STB=0.525975;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0132504;OID=.;OPOS=17612456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:5:6:42:41:0.87234:20:22:2:3:19:22:2:4 chr8 17612518 . A G 362.06 PASS AF=0.653846;AO=33;DP=51;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0576774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3554;QD=27.851;RBI=0.101766;REFB=0.0217684;REVB=-0.0838431;RO=18;SAF=21;SAR=12;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232423;STB=0.629214;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0114845;OID=.;OPOS=17612518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:18:18:33:34:0.653846:12:21:5:13:12:22:5:13 chr8 17612846 . T C 188.66 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0384792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.5;QD=29.0248;RBI=0.0384821;REFB=0.0100111;REVB=0.000472833;RO=8;SAF=13;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142222;STB=0.579116;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.0121496;OID=.;OPOS=17612846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:5:13:4:4:5:13:4:4 chr8 17612875 . A G 81.27 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.061178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.057;QD=8.12712;RBI=0.0613022;REFB=-0.0114908;REVB=0.00390089;RO=29;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19343;STB=0.618626;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0272765;OID=.;OPOS=17612875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:6:5:18:11:6:5:18:11 chr8 17739538 . T C 753.23 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00231154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.019;QD=56.8478;RBI=0.0575903;REFB=0;REVB=0.0575439;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392078;OID=.;OPOS=17739538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr8 17743020 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.507;QD=57.1052;RBI=0.0391109;REFB=0;REVB=-0.00192026;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21578e-05;OID=.;OPOS=17743020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr8 17796381 . AAC AGT,GGT,GTC 611.0 PASS AF=0.926829,0.0487805,0.0243902;AO=28,2,3;DP=43;FAO=38,2,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19,2,0;FSAR=19,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320846,0.00387926,0.00265088;FXX=0.0681663;HRUN=3,3,3;LEN=2,3,2;MLLD=207.765,174.739,184.725;QD=59.6098;RBI=0.0282668,0.020387,0.00968064;REFB=0,0,0;REVB=0.0280842,0.0200145,0.00931062;RO=0;SAF=18,2,0;SAR=10,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,mnp;VARB=0.00056725,-0.00766452,0.0264208;OID=.,.,.;OPOS=17796382,17796381,17796381;OREF=AC,AAC,AA;OALT=GT,GGT,GT;OMAPALT=AGT,GGT,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:43:41:0:0:28,2,3:38,2,1:0.926829,0.0487805,0.0243902:10,0,3:18,2,0:0:0:19,0,1:19,2,0:0:0 chr8 17814915 . A G 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.996;QD=63.5802;RBI=0.03146;REFB=0;REVB=0.0113363;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45237e-05;OID=.;OPOS=17814915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr8 17817553 . G T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0143587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.799;QD=14.6657;RBI=0.0225169;REFB=-0.0121154;REVB=-0.0173447;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171974;STB=0.615227;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0167845;OID=.;OPOS=17817553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:10:5:10:10:10:5:11:10 chr8 17819572 . C T 312.43 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0187001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.005;QD=14.5316;RBI=0.0228472;REFB=-0.00524264;REVB=-0.0131262;RO=49;SAF=19;SAR=16;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726522;STB=0.55095;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00975927;OID=.;OPOS=17819572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:51:35:35:0.406977:16:19:30:19:16:19:32:19 chr8 17820714 . A T 93.68 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0453576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3518;QD=9.86143;RBI=0.0466502;REFB=0.00471001;REVB=0.0109055;RO=26;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235578;STB=0.642615;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0120185;OID=.;OPOS=17820714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:4:8:12:14:4:8:12:14 chr8 17885406 . C G 152.59 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1745;QD=43.5981;RBI=0.0647307;REFB=0;REVB=0.0541105;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00729755;OID=.;OPOS=17885406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:6:8:0:0 chr8 17918934 . A G 1970.02 PASS AF=0.469907;AO=201;DP=430;FAO=203;FDP=432;FR=.;FRO=229;FSAF=94;FSAR=109;FSRF=123;FSRR=106;FWDB=0.0129249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8952;QD=18.2409;RBI=0.0147181;REFB=-0.022198;REVB=-0.00704062;RO=228;SAF=93;SAR=108;SRF=122;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698802;STB=0.539243;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0240794;OID=.;OPOS=17918934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:430:432:228:229:201:203:0.469907:108:93:122:106:109:94:123:106 chr8 18077007 . G C 1053.93 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0320074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.899;QD=56.9694;RBI=0.0333457;REFB=-0.0592336;REVB=0.00935208;RO=1;SAF=21;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219848;STB=0.506773;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00247847;OID=.;OPOS=18077007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:1:2:72:72:0.972973:51:21:1:0:51:21:1:1 chr8 18080644 . A T 201.56 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.016647;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=184.606;QD=13.9007;RBI=0.0167259;REFB=-0.0147883;REVB=0.00162296;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573698;STB=0.532684;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0171827;OID=.;OPOS=18080644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:15:9:11:23:15:9:11:23 chr8 18080651 . A C 206.68 PASS AF=0.396825;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0286341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.657;QD=13.1224;RBI=0.0286432;REFB=-0.00338796;REVB=0.000725255;RO=37;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122624;STB=0.503309;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0142586;OID=.;OPOS=18080651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:37:38:24:25:0.396825:14:10:15:22:15:10:15:23 chr8 18080747 . T G 339.43 PASS AF=0.425287;AO=36;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0341054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8522;QD=15.6059;RBI=0.134462;REFB=-0.00290303;REVB=0.130065;RO=50;SAF=31;SAR=5;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54041;STB=0.811405;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00484883;OID=.;OPOS=18080747;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:36:37:0.425287:5:31:20:30:5:32:20:30 chr8 18080923 . G A 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0718;QD=60.8817;RBI=0.0238434;REFB=0;REVB=0.00169382;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125265;OID=.;OPOS=18080923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr8 18257795 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.406;QD=58.587;RBI=0.0464651;REFB=0;REVB=-0.0383316;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27373e-05;OID=.;OPOS=18257795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr8 18258103 . G A 121.37 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0523492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0546;QD=15.1716;RBI=0.0537155;REFB=-0.0503989;REVB=-0.012038;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698633;STB=0.540482;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0601306;OID=.;OPOS=18258103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:9:9:8:6:9:9 chr8 18258316 . G A 524.5 PASS AF=1;AO=30;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324235;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.959;QD=59.9423;RBI=0.0361823;REFB=0;REVB=0.0160585;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322481;OID=.;OPOS=18258316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:30:35:1:15:15:0:0:15:20:0:0 chr8 18258370 . G A 198.52 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0265335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2842;QD=18.9068;RBI=0.048359;REFB=-0.0302993;REVB=-0.0404298;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352803;STB=0.51998;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0301948;OID=.;OPOS=18258370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:14:8:8:12:14:8 chr8 18388177 . T G 857.92 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110439;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8162;QD=58.1639;RBI=0.0229001;REFB=0;REVB=0.0200611;RO=0;SAF=41;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677619;OID=.;OPOS=18388177;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:18:41:0:0:18:41:0:0 chr8 18457957 . A G 1063.91 PASS AF=0.988235;AO=68;DP=73;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207154;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.9075;QD=50.0665;RBI=0.0815822;REFB=-0.188906;REVB=0.0789084;RO=5;SAF=32;SAR=36;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351526;STB=0.506023;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00986631;OID=.;OPOS=18457957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:85:5:1:68:84:0.988235:36:32:1:4:41:43:0:1 chr8 18662284 . T G 490.86 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00819749;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.432;QD=19.2493;RBI=0.0113421;REFB=0.0111382;REVB=0.0078386;RO=51;SAF=26;SAR=25;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708111;STB=0.539155;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00959218;OID=.;OPOS=18662284;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:51:51:0.5:25:26:22:29:25:26:22:29 chr8 18729817 . GT AG 779.06 PASS AF=0.920635;AO=57;DP=63;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0285017;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.836;QD=49.464;RBI=0.0386641;REFB=-0.0616845;REVB=0.0261258;RO=5;SAF=27;SAR=30;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494877;STB=0.525155;STBP=0.22;TYPE=mnp;VARB=0.00112612;OID=.;OPOS=18729817;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:63:63:5:5:57:58:0.920635:30:27:4:1:30:28:4:1 chr8 19171316 . C T 62.1 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=-0.00389929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.503;QD=7.52686;RBI=0.0224662;REFB=-0.037772;REVB=-0.0221252;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407617;STB=0.747807;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0419677;OID=.;OPOS=19171316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:23:24:9:9:0.272727:5:4:3:20:5:4:3:21 chr8 19177103 . A G 134.26 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0683701;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3852;QD=15.3435;RBI=0.0788711;REFB=-0.0349249;REVB=-0.0393214;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329428;STB=0.519058;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0436147;OID=.;OPOS=19177103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:10:10:8:7:10:10 chr8 19252189 . G A 387.34 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0273666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.357;QD=23.8363;RBI=0.0280332;REFB=-0.000935077;REVB=0.00607695;RO=27;SAF=10;SAR=28;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658692;STB=0.536271;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.000481632;OID=.;OPOS=19252189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:28:10:9:18:28:10:9:18 chr8 19316086 . G A 2426.25 PASS AF=0.993789;AO=157;DP=160;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0078832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8728;QD=60.2794;RBI=0.0358565;REFB=0.0494319;REVB=0.0349791;RO=1;SAF=87;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674819;STB=0.503496;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00024786;OID=.;OPOS=19316086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:161:1:1:157:160:0.993789:70:87:0:1:71:89:0:1 chr8 19362768 . C T 1336.26 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.518;QD=62.1517;RBI=0.0328398;REFB=0;REVB=0.0290677;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64214e-05;OID=.;OPOS=19362768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:38:46:0:0:40:46:0:0 chr8 19363298 . C T 211.38 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.018924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.085;QD=12.0788;RBI=0.0225539;REFB=-0.018689;REVB=0.0122704;RO=44;SAF=18;SAR=8;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691314;STB=0.539968;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0314365;OID=.;OPOS=19363298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:8:18:28:16:8:18:28:16 chr8 19677915 . G A 505.51 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00434332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.406;QD=17.7372;RBI=0.006788;REFB=-0.000784287;REVB=-0.00521656;RO=60;SAF=30;SAR=24;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686758;STB=0.538146;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.000855268;OID=.;OPOS=19677915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:24:30:29:31:24:30:29:31 chr8 19682395 . TA T 43.92 PASS AF=0.411765;AO=10;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.245957;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.5118;QD=5.16693;RBI=0.274777;REFB=-0.049692;REVB=-0.122506;RO=21;SAF=1;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0.342857;SSEP=0;SSSB=-0.61713;STB=0.807205;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.0766932;OID=.;OPOS=19682396;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:10:34:14:34:20:2:12:12:8:43:21:1:9:13:8 chr8 20008206 . G A 142.99 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0557496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.083;QD=16.8222;RBI=0.0670391;REFB=-0.0262514;REVB=0.037232;RO=18;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513058;STB=0.518496;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0290803;OID=.;OPOS=20008206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:12:3:3:15:13:3:3:15 chr8 20036713 . A G 1310.73 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.031836;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.377;QD=60.9642;RBI=0.032192;REFB=-0.150122;REVB=0.00477446;RO=1;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101877;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000293994;OID=.;OPOS=20036713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:86:1:1:85:85:0.988372:46:39:0:1:46:39:0:1 chr8 20038466 . T G 262.03 PASS AF=0.585366;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0628706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6208;QD=25.5642;RBI=0.0628773;REFB=-0.0108831;REVB=0.000917821;RO=17;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926173;STB=0.557327;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00484489;OID=.;OPOS=20038466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:23:24:0.585366:16:7:7:10:17:7:7:10 chr8 20068163 . T G 1822.1 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.261;QD=61.2471;RBI=0.0428529;REFB=0;REVB=0.0367887;RO=0;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75836e-05;OID=.;OPOS=20068163;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:119:0:0:116:119:1:64:52:0:0:67:52:0:0 chr8 20107525 . A G 31.59 PASS AF=0.285714;AO=4;DP=14;FAO=4;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0310552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.673;QD=9.02698;RBI=0.0332691;REFB=0.013012;REVB=-0.0119336;RO=8;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32623e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.106457;OID=.;OPOS=20107525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:14:14:8:8:4:4:0.285714:3:1:2:6:3:1:2:6 chr8 20110641 . C T 300.48 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0576904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.156;QD=22.2578;RBI=0.0577075;REFB=-0.0370822;REVB=-0.00140209;RO=23;SAF=9;SAR=21;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118743;STB=0.552597;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0247091;OID=.;OPOS=20110641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:23:23:30:31:0.574074:21:9:10:13:21:10:10:13 chr8 20111004 . G A 43.31 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0554442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6709;QD=21.6573;RBI=0.0652404;REFB=-0.0508866;REVB=0.034384;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772509;STB=0.545299;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0369504;OID=.;OPOS=20111004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:4:2:1:1:4:2:1:1 chr8 21455978 . GT G 54.74 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00558724;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.8599;QD=7.06294;RBI=0.0644205;REFB=-0.00077496;REVB=-0.0641778;RO=18;SAF=12;SAR=0;SRF=15;SRR=3;SSEN=0.375;SSEP=0;SSSB=0.756743;STB=0.639739;STBP=0.432;TYPE=del;VARB=0.00656096;OID=.;OPOS=21455979;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:12:31:13:31:18:12:1:15:3:54:18:12:0:15:3 chr8 21455993 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=9;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0191241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.265;QD=13.4559;RBI=0.112605;REFB=-0.0214748;REVB=0.110969;RO=14;SAF=9;SAR=0;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.731224;STB=0.565905;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0285045;OID=.;OPOS=21455993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:9:11:0.423077:0:9:12:2:1:10:13:2 chr8 21456116 . G A 142.0 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0347613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.088;QD=13.8534;RBI=0.0347674;REFB=-0.00363646;REVB=-0.000652055;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628047;STB=0.53654;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00990249;OID=.;OPOS=21456116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:8:8:11:14:8:8:11:14 chr8 21456275 . C T 110.4 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0045095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.38;QD=16.9843;RBI=0.007482;REFB=-0.00723224;REVB=-0.00597032;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285023;STB=0.622446;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00846689;OID=.;OPOS=21456275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:13:12:13:0.5:3:9:6:7:4:9:6:7 chr8 21550800 . A T 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0128857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.72;QD=10.5409;RBI=0.0204992;REFB=-0.0173753;REVB=0.015943;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249062;STB=0.646821;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0235281;OID=.;OPOS=21550800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:6:5:5:16:6:5:5:16 chr8 21827704 . C T 83.04 PASS AF=0.3;AO=10;DP=38;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0323601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.857;QD=8.30401;RBI=0.0381417;REFB=-0.0116374;REVB=0.0201894;RO=28;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121216;STB=0.545377;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0376758;OID=.;OPOS=21827704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:38:40:28:28:10:12:0.3:7:3:11:17:8:4:11:17 chr8 21833965 . C T 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.355;QD=14.698;RBI=0.0192876;REFB=-0.000501583;REVB=-0.00692914;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263702;STB=0.653269;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000589093;OID=.;OPOS=21833965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:11:5:13:10:11:5:13:10 chr8 21846586 . G C 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0342698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.492;QD=6.31774;RBI=0.0350684;REFB=-0.00220033;REVB=-0.00744107;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761304;STB=0.515114;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00588722;OID=.;OPOS=21846586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:23:25:8:8:0.242424:4:4:10:13:4:4:12:13 chr8 21862551 . A G 78.65 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0161934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.181;QD=14.9803;RBI=0.0405373;REFB=0.000945885;REVB=-0.0371625;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19417;STB=0.615131;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00241688;OID=.;OPOS=21862551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:8:2:4:7:8:2:4:7 chr8 21926975 . GC G 42.33 PASS AF=0.309091;AO=16;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.149679;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.4169;QD=3.07876;RBI=0.149798;REFB=-0.0622859;REVB=-0.00598103;RO=35;SAF=0;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.779667;STB=0.867231;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.108189;OID=.;OPOS=21926976;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309091:16:55:17:55:38:1:16:15:23:42:35:0:16:14:21 chr8 21927460 . C G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.421;QD=60.6103;RBI=0.0230397;REFB=0;REVB=-0.0125805;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29355e-05;OID=.;OPOS=21927460;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr8 21939435 . C T 1389.02 PASS AF=0.960396;AO=97;DP=102;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0659434;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2582;QD=55.0106;RBI=0.0928278;REFB=-0.089334;REVB=0.0653335;RO=3;SAF=28;SAR=69;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201729;STB=0.501867;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0123369;OID=.;OPOS=21939435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:102:101:3:4:97:97:0.960396:69:28:0:3:69:28:1:3 chr8 21955116 . C T 193.38 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.026771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7212;QD=24.952;RBI=0.0815919;REFB=-0.0177242;REVB=0.0770749;RO=12;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198581;STB=0.594496;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0154469;OID=.;OPOS=21955116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:30:31:12:12:18:19:0.612903:11:7:8:4:11:8:8:4 chr8 21956108 . A G 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00744897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.041;QD=15.4092;RBI=0.068005;REFB=-0.0230624;REVB=-0.0675958;RO=34;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242517;STB=0.637142;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0138153;OID=.;OPOS=21956108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:10:17:13:21:10:17:13:21 chr8 21961834 . G A 569.98 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0221473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3392;QD=22.799;RBI=0.0287914;REFB=-0.0197123;REVB=0.0183968;RO=47;SAF=30;SAR=23;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259194;STB=0.514258;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0101358;OID=.;OPOS=21961834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:23:30:28:19:23:30:28:19 chr8 21965113 . T C 136.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0585122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8659;QD=18.2509;RBI=0.0657688;REFB=-0.0119254;REVB=0.030031;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946828;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00758964;OID=.;OPOS=21965113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:14:15:0.5:6:8:7:8:7:8:7:8 chr8 21967304 . C T 284.78 PASS AF=0.330189;AO=33;DP=108;FAO=35;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0933552;FXX=0.0185168;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.6622;QD=10.7464;RBI=0.11203;REFB=-0.0254541;REVB=-0.0619321;RO=48;SAF=10;SAR=23;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279308;STB=0.606265;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0220474;OID=.;OPOS=21967304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:48:66:33:35:0.330189:23:10:27:21:23:12:33:33 chr8 21967309 . A C 267.24 PASS AF=0.330189;AO=38;DP=106;FAO=35;FDP=106;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0887156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0493;QD=10.0846;RBI=0.0892904;REFB=-0.0273908;REVB=0.0101147;RO=65;SAF=15;SAR=23;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755691;STB=0.613267;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0516235;OID=.;OPOS=21967309;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:65:71:38:35:0.330189:23:15:30:35:23:12:36:35 chr8 21984650 . A G 388.54 PASS AF=0.634921;AO=36;DP=59;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0313596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.0048;QD=24.6689;RBI=0.136542;REFB=-0.0825635;REVB=-0.132892;RO=23;SAF=21;SAR=15;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226458;STB=0.632345;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0244231;OID=.;OPOS=21984650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:23:23:36:40:0.634921:15:21:6:17:15:25:6:17 chr8 21984945 . C T 214.66 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00960237;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.7;QD=20.4439;RBI=0.0257773;REFB=-0.00578675;REVB=0.023922;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421918;STB=0.523787;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00388811;OID=.;OPOS=21984945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:10:11:10:11:10:11:10:11 chr8 22020619 . G C 331.38 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0803838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.305;QD=21.3795;RBI=0.116209;REFB=0.0347833;REVB=0.0839227;RO=28;SAF=12;SAR=22;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125748;STB=0.569679;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.0282908;OID=.;OPOS=22020619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:22:12:14:14:22:12:14:14 chr8 22021037 . C A 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0226551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.811;QD=15.9161;RBI=0.0396195;REFB=-0.0126859;REVB=0.0325032;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249568;STB=0.643036;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0169322;OID=.;OPOS=22021037;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:11:4:7:6:11:4 chr8 22021517 . G A 259.99 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.013635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.212;QD=31.514;RBI=0.0167714;REFB=-0.00627393;REVB=0.00976561;RO=10;SAF=3;SAR=20;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254949;STB=0.642058;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00339459;OID=.;OPOS=22021517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:20:3:4:6:20:3:4:6 chr8 22021883 . G A 192.16 PASS AF=0.393443;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.00625905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.464;QD=12.6007;RBI=0.0162666;REFB=-0.0114349;REVB=0.0150142;RO=34;SAF=16;SAR=7;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129055;STB=0.544268;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0197028;OID=.;OPOS=22021883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:37:23:24:0.393443:7:16:27:7:8:16:27:10 chr8 22021934 . G A 186.08 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0487572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8884;QD=10.4834;RBI=0.0800843;REFB=-0.0168717;REVB=0.0635313;RO=42;SAF=12;SAR=12;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785593;STB=0.549255;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0326548;OID=.;OPOS=22021934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:47:24:24:0.338028:12:12:24:18:12:12:27:20 chr8 22054197 . T C 132.81 PASS AF=0.321429;AO=17;DP=53;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.021782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.5434;QD=9.48631;RBI=0.037446;REFB=-0.0125198;REVB=-0.0304589;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271658;STB=0.51469;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.021342;OID=.;OPOS=22054197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:36:38:17:18:0.321429:10:7:14:22:11:7:14:24 chr8 22079355 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.965;QD=51.1846;RBI=0.00756715;REFB=0;REVB=-0.00713455;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17255e-05;OID=.;OPOS=22079355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:16:3:0:0:16:4:0:0 chr8 22084503 . C T 227.72 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0198636;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0236;QD=15.7047;RBI=0.0207507;REFB=-0.0181721;REVB=-0.00600246;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15281;STB=0.586143;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0120816;OID=.;OPOS=22084503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:13:13:21:11:13:13:21:11 chr8 22105502 . T C 690.13 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.657;QD=62.7393;RBI=0.0516369;REFB=0;REVB=0.0505881;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12949e-05;OID=.;OPOS=22105502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:29:14:0:0:30:14:0:0 chr8 22262228 . AGCTGCT A 167.67 PASS AF=0.388889;AO=18;DP=51;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.010033;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=285.759;QD=12.42;RBI=0.0331533;REFB=-0.00410033;REVB=0.0315988;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278416;STB=0.651435;STBP=0.108;TYPE=del;VARB=0.00699062;OID=.;OPOS=22262229;OREF=GCTGCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:18:51:21:54:33:10:11:24:9:99:29:9:9:22:7 chr8 22262321 . T C 1410.58 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1553;QD=61.3297;RBI=0.0805973;REFB=-0.02851;REVB=-0.0753085;RO=1;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957612;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34396e-05;OID=.;OPOS=22262321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:92:92:1:0:91:92:1:49:42:0:1:50:42:0:0 chr8 22262379 . C T 525.29 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0278936;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7009;QD=18.9292;RBI=0.0292088;REFB=-0.0266319;REVB=0.00866623;RO=56;SAF=27;SAR=28;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799783;STB=0.504423;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0233032;OID=.;OPOS=22262379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:56:56:55:55:0.495495:28:27:27:29:28:27:27:29 chr8 22262418 . A G 1227.08 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00702493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.356;QD=61.3539;RBI=0.00774853;REFB=0;REVB=0.00326957;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49557e-06;OID=.;OPOS=22262418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr8 22279010 . G GGGA 310.75 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00226028;FXX=0.0285673;HRUN=3;LEN=3;MLLD=159.007;QD=18.2795;RBI=0.0141879;REFB=-0.00770654;REVB=0.0140067;RO=37;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270362;STB=0.500446;STBP=0.988;TYPE=ins;VARB=0.00557499;OID=.;OPOS=22279011;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485294:33:71:33:68:35:16:17:17:18:99:37:16:17:19:18 chr8 22388857 . G A 236.1 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0652871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.452;QD=19.2733;RBI=0.0652872;REFB=-0.00336494;REVB=-0.000142327;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00659676;STB=0.503728;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00272346;OID=.;OPOS=22388857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:14:9:10:16:14:9:10:16 chr8 22428658 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.302;QD=51.1833;RBI=0.0268707;REFB=0;REVB=0.00373;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175057;OID=.;OPOS=22428658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr8 22442661 . A G 66.34 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0568706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2783;QD=12.0614;RBI=0.0589491;REFB=-0.0151316;REVB=-0.0155155;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406226;STB=0.744113;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0161805;OID=.;OPOS=22442661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:8:5:7:2:8:5 chr8 22463623 . C T 481.21 PASS AF=0.361963;AO=59;DP=161;FAO=59;FDP=163;FR=.;FRO=104;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=-0.0245285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.3275;QD=11.8088;RBI=0.0295063;REFB=-0.0100422;REVB=-0.0164004;RO=102;SAF=32;SAR=27;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690501;STB=0.545401;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0266165;OID=.;OPOS=22463623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:102:104:59:59:0.361963:27:32:49:53:27:32:49:55 chr8 22471740 . G A 190.89 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0119712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4565;QD=11.5689;RBI=0.0139212;REFB=0.0202509;REVB=-0.00710562;RO=42;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719313;STB=0.541632;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0349822;OID=.;OPOS=22471740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:11:13:20:22:11:13:20:22 chr8 22471824 . G A 459.45 PASS AF=0.571429;AO=43;DP=76;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00140145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.578;QD=23.8675;RBI=0.00265504;REFB=-0.0309886;REVB=0.00225504;RO=31;SAF=25;SAR=18;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507141;STB=0.536017;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0106472;OID=.;OPOS=22471824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:31:33:43:44:0.571429:18:25:16:15:19:25:16:17 chr8 22473158 . C T 187.16 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00370864;FXX=0.0454442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.618;QD=17.8246;RBI=0.00393482;REFB=3.71817e-05;REVB=-0.00131483;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266896;STB=0.555497;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0004072;OID=.;OPOS=22473158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:20:23:19:19:0.452381:11:8:9:11:11:8:12:11 chr8 22473465 . T C 346.81 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0123986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.319;QD=22.3751;RBI=0.0354019;REFB=-0.0400007;REVB=0.0331597;RO=27;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995703;STB=0.554796;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0213223;OID=.;OPOS=22473465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:16:19:18:9:16:19:18:9 chr8 22473850 . T C 226.68 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.031893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8723;QD=15.6328;RBI=0.0640824;REFB=0.012374;REVB=0.0555823;RO=32;SAF=17;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00259037;STB=0.501465;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.0148823;OID=.;OPOS=22473850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:9:17:21:11:9:17:21:11 chr8 22477131 . ACAT A 219.87 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0107942;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=198.661;QD=17.5896;RBI=0.0180668;REFB=-0.022142;REVB=0.0144877;RO=24;SAF=13;SAR=9;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246234;STB=0.61755;STBP=0.197;TYPE=del;VARB=0.0328329;OID=.;OPOS=22477132;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:22:50:22:50:28:13:9:22:6:99:24:13:9:20:4 chr8 22481449 . A G 1016.96 PASS AF=0.430147;AO=78;DP=252;FAO=117;FDP=272;FR=.;FRO=155;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=58;FSRR=97;FWDB=0.107317;FXX=0.00366287;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.351;QD=14.9553;RBI=0.111807;REFB=-0.0351821;REVB=-0.0313645;RO=111;SAF=15;SAR=63;SRF=19;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366606;STB=0.536074;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0309949;OID=.;OPOS=22481449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:272:111:155:78:117:0.430147:63:15:19:92:66:51:58:97 chr8 22482851 . A C 601.32 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.603;QD=60.132;RBI=0.0269847;REFB=0;REVB=-0.00659803;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100462;OID=.;OPOS=22482851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:24:16:0:0 chr8 22491980 . G T 516.69 PASS AF=0.4375;AO=56;DP=129;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0121991;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.867;QD=16.1467;RBI=0.0290748;REFB=-0.00630846;REVB=0.0263918;RO=72;SAF=31;SAR=25;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304096;STB=0.509047;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00798795;OID=.;OPOS=22491980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:72:72:56:56:0.4375:25:31:42:30:25:31:41:31 chr8 22492052 . G A 285.37 PASS AF=0.346154;AO=36;DP=104;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.000874905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.337;QD=10.9756;RBI=0.00148543;REFB=0.000954321;REVB=0.00120044;RO=67;SAF=18;SAR=18;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758861;STB=0.54805;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00176887;OID=.;OPOS=22492052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:67:68:36:36:0.346154:18:18:38:29:18:18:39:29 chr8 22584718 . T C 570.99 PASS AF=0.461538;AO=59;DP=130;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.0961285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3018;QD=17.569;RBI=0.114148;REFB=0.00342251;REVB=-0.0615551;RO=70;SAF=26;SAR=33;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119925;STB=0.511678;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.00568228;OID=.;OPOS=22584718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:70:70:59:60:0.461538:33:26:30:40:33:27:30:40 chr8 22785159 . G A 146.62 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0474455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.157;QD=10.4726;RBI=0.050593;REFB=-0.0130049;REVB=0.0175663;RO=36;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15;STB=0.597597;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0270118;OID=.;OPOS=22785159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:37:19:19:0.339286:12:7:18:18:12:7:19:18 chr8 22864622 . T C 1025.29 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0363241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4325;QD=57.7626;RBI=0.0365631;REFB=-0.069897;REVB=-0.00417378;RO=1;SAF=32;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145434;STB=0.507461;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00683785;OID=.;OPOS=22864622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:37:32:1:0:37:33:1:0 chr8 22886020 . A G 1024.25 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.034;QD=58.5283;RBI=0.0497057;REFB=0;REVB=0.0233336;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012267;OID=.;OPOS=22886020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:70:0:0:64:70:1:34:30:0:0:35:35:0:0 chr8 22900701 . G A 207.16 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.011684;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.269;QD=11.1979;RBI=0.0119696;REFB=-0.0159807;REVB=-0.00259935;RO=46;SAF=14;SAR=12;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128352;STB=0.556919;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0426344;OID=.;OPOS=22900701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:46:48:26:26:0.351351:12:14:30:16:12:14:30:18 chr8 22926313 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.121;QD=60.2306;RBI=0.0478445;REFB=0;REVB=0.0283007;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51122e-05;OID=.;OPOS=22926313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:15:21:0:0:16:21:0:0 chr8 22960704 . G C 1602.53 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1736;QD=59.3528;RBI=0.075642;REFB=0;REVB=0.00177158;RO=1;SAF=39;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120112;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295587;OID=.;OPOS=22960704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:1:0:104:108:1:65:39:1:0:67:41:0:0 chr8 22960873 . G C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00548069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.637;QD=7.96581;RBI=0.0164831;REFB=-0.0148265;REVB=-0.0155452;RO=26;SAF=9;SAR=1;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491889;STB=0.817411;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0331329;OID=.;OPOS=22960873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:1:9:15:11:1:9:15:11 chr8 22974325 . G A 32.8 PASS AF=0.5;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0285789;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.89;QD=13.1204;RBI=0.0286807;REFB=-0.149707;REVB=-0.00241459;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190062;STB=0.630995;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0440421;OID=.;OPOS=22974325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:8:10:2:5:5:5:0.5:4:1:1:1:4:1:2:3 chr8 22974450 . T C 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2255;QD=44.6845;RBI=0.0732308;REFB=0;REVB=-0.0718324;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00155529;OID=.;OPOS=22974450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr8 22993108 . T C 219.31 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00185086;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.454;QD=13.707;RBI=0.027844;REFB=0.000179339;REVB=0.0277824;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673112;STB=0.538432;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00135088;OID=.;OPOS=22993108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:38:38:26:26:0.40625:12:14:18:20:12:14:18:20 chr8 23001988 . A G 877.02 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.263;QD=57.5093;RBI=0.0485952;REFB=0;REVB=-0.0445416;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000968383;OID=.;OPOS=23001988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:32:27:0:0:34:27:0:0 chr8 23021346 . G A 685.94 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00434855;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.343;QD=58.3779;RBI=0.0104247;REFB=-0.101388;REVB=-0.00947446;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208829;STB=0.521729;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000584646;OID=.;OPOS=23021346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:1:2:45:45:0.957447:22:23:0:1:22:23:0:2 chr8 23049292 . C T 1008.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.758;QD=59.3315;RBI=0.0392857;REFB=0;REVB=0.0330395;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36098e-05;OID=.;OPOS=23049292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:32:35:0:0:33:35:0:0 chr8 23059324 . C G 750.52 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460047;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1125;QD=63.8742;RBI=0.0730192;REFB=0;REVB=0.0567042;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00094541;OID=.;OPOS=23059324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr8 23060256 . T C 1231.3 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00101651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.098;QD=60.0633;RBI=0.0160795;REFB=0.0342319;REVB=0.0160473;RO=1;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114095;STB=0.506023;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=6.85405e-05;OID=.;OPOS=23060256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:41:40:0:1:41:40:0:1 chr8 23147564 . G A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0969224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1506;QD=56.9554;RBI=0.144752;REFB=0;REVB=0.107514;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024347;OID=.;OPOS=23147564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:19:33:0:0:19:33:0:0 chr8 23148930 . A G 1515.79 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.959;QD=62.5068;RBI=0.0293957;REFB=0;REVB=0.00652529;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299154;OID=.;OPOS=23148930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:97:0:0:92:97:1:47:45:0:0:49:48:0:0 chr8 23148940 . G A 1534.0 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00684931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.283;QD=62.6121;RBI=0.0290677;REFB=-0.0325693;REVB=0.0282492;RO=1;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939136;STB=0.504949;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000164148;OID=.;OPOS=23148940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:50:47:0:1:50:47:0:1 chr8 23150878 . T G 1521.6 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.345;QD=59.6706;RBI=0.01802;REFB=0;REVB=0.00565684;RO=0;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56143e-05;OID=.;OPOS=23150878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:45:56:0:0:45:57:0:0 chr8 23152334 . A G 1256.98 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.417;QD=61.3162;RBI=0.0316318;REFB=0;REVB=0.0152993;RO=0;SAF=28;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91908e-05;OID=.;OPOS=23152334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:53:28:0:0:53:29:0:0 chr8 23153022 . T C 1394.62 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204351;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.745;QD=61.302;RBI=0.0236517;REFB=-0.0637813;REVB=0.0119083;RO=1;SAF=36;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012982;STB=0.506665;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=2.77615e-05;OID=.;OPOS=23153022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:89:90:0.989011:53:36:1:0:53:37:1:0 chr8 23154982 . C T 160.22 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00324152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.555;QD=45.7782;RBI=0.0316185;REFB=0;REVB=0.0314519;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111508;OID=.;OPOS=23154982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:3:10:0:0:4:10:0:0 chr8 23154989 . T G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.479;QD=47.8206;RBI=0.0365232;REFB=0;REVB=0.0332777;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666627;OID=.;OPOS=23154989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr8 23155130 . A C 255.79 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.2856;QD=51.1573;RBI=0.0444759;REFB=0;REVB=0.0397567;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000827567;OID=.;OPOS=23155130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr8 23167353 . T G 1048.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518148;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.631;QD=59.9067;RBI=0.0184337;REFB=0;REVB=-0.0176905;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.76504e-07;OID=.;OPOS=23167353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr8 23186007 . T C 200.24 PASS AF=0.4;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0967026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.997;QD=13.3491;RBI=0.0967059;REFB=-0.0224173;REVB=0.000801255;RO=34;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562209;STB=0.53387;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0260655;OID=.;OPOS=23186007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:34:36:24:24:0.4:14:10:16:18:14:10:17:19 chr8 23225745 . C T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00238961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.608;QD=18.249;RBI=0.0274037;REFB=-0.00416499;REVB=0.0272994;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327611;STB=0.689341;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00215102;OID=.;OPOS=23225745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:5:7:3:10:5:7 chr8 23290451 . C T 381.44 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0116616;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.962;QD=22.4379;RBI=0.0116623;REFB=-0.0220161;REVB=0.000131514;RO=26;SAF=26;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883768;STB=0.587892;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0152015;OID=.;OPOS=23290451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:30:38:38:0.558824:12:26:15:11:12:26:15:15 chr8 23292985 . A G 240.56 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0230429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.426;QD=28.3008;RBI=0.0270887;REFB=-0.0136237;REVB=0.0142416;RO=12;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291635;STB=0.516114;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0069123;OID=.;OPOS=23292985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:34:34:12:12:22:22:0.647059:12:10:6:6:12:10:6:6 chr8 23423669 . A G 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.072;QD=60.7154;RBI=0.0417433;REFB=0;REVB=-0.00587546;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104218;OID=.;OPOS=23423669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr8 23423758 . G A 1212.84 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00574906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.729;QD=59.8935;RBI=0.0169687;REFB=-0.0094332;REVB=0.0159652;RO=1;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111399;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000165585;OID=.;OPOS=23423758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:42:38:0:1:42:38:0:1 chr8 23432326 . T A 772.72 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0108431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.904;QD=61.8172;RBI=0.0150441;REFB=-0.0874411;REVB=0.0104284;RO=1;SAF=8;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116196;STB=0.50617;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000312229;OID=.;OPOS=23432326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:48:49:0.98:40:8:0:1:40:9:0:1 chr8 23432776 . A C 1491.68 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00676014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.835;QD=63.4757;RBI=0.0361289;REFB=0;REVB=0.0354908;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62058e-05;OID=.;OPOS=23432776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:42:51:0:0:42:52:0:0 chr8 23432907 . G T 226.02 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00877334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.128;QD=20.5474;RBI=0.0104245;REFB=-0.0116715;REVB=-0.00563014;RO=19;SAF=5;SAR=17;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19846;STB=0.637364;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0080774;OID=.;OPOS=23432907;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:22:22:22:0.5:17:5:8:11:17:5:10:12 chr8 24207399 . G C 702.92 PASS AF=0.557377;AO=68;DP=123;FAO=68;FDP=122;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00598176;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.976;QD=23.0467;RBI=0.0195927;REFB=-0.0291124;REVB=0.0186573;RO=52;SAF=33;SAR=35;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421712;STB=0.53106;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0237945;OID=.;OPOS=24207399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:52:54:68:68:0.557377:35:33:28:24:35:33:30:24 chr8 24207438 . G A 636.32 PASS AF=0.538462;AO=63;DP=117;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0560192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.704;QD=21.7546;RBI=0.0562377;REFB=0.0167811;REVB=0.00495325;RO=54;SAF=35;SAR=28;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470332;STB=0.525804;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.0160156;OID=.;OPOS=24207438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:54:54:63:63:0.538462:28:35:27:27:28:35:27:27 chr8 24211278 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.324;QD=61.684;RBI=0.0250357;REFB=0;REVB=-0.0177001;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44502e-07;OID=.;OPOS=24211278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr8 24211331 . G A 727.7 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00951374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.077;QD=63.2784;RBI=0.0140565;REFB=0;REVB=0.0103477;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22567e-06;OID=.;OPOS=24211331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr8 24211884 . A ATGTC,C 505.27 PASS AF=0.584416,0.038961;AO=42,3;DP=77;FAO=45,3;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=20,1;FSAR=25,2;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0202189,-0.0309648;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=203.968,51.8462;QD=26.248;RBI=0.0289943,0.0335026;REFB=-0.0161382,-0.00713468;REVB=0.0207814,0.0127907;RO=31;SAF=17,1;SAR=25,2;SRF=23;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.256701,-0.418068;STB=0.608262,0.813216;STBP=0.021,0.456;TYPE=ins,snp;VARB=0.00777162,0.0272464;OID=.,.;OPOS=24211885,24211884;OREF=-,A;OALT=TGTC,C;OMAPALT=ATGTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:31:29:42,3:45,3:0.584416,0.038961:25,2:17,1:23:8:25,2:20,1:21:8 chr8 24211889 . T TGTC 67.91 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=76;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00410367;FXX=0.0285673;HRUN=0;LEN=3;MLLD=272.472;QD=3.99483;RBI=0.00495019;REFB=-0.00468489;REVB=-0.00276844;RO=63;SAF=7;SAR=2;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382297;STB=0.915973;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.0152228;OID=.;OPOS=24211890;OREF=-;OALT=GTC;OMAPALT=TGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176471:9:76:12:68:56:11:1:23:33:67:63:7:2:29:34 chr8 24256470 . C T 919.87 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.245;QD=58.4047;RBI=0.0492817;REFB=0;REVB=0.0012949;RO=0;SAF=45;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015882;OID=.;OPOS=24256470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:18:45:0:0:18:45:0:0 chr8 24261526 . A G 1590.78 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00190897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.949;QD=58.9177;RBI=0.0149193;REFB=-0.108879;REVB=0.0147966;RO=0;SAF=52;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000298989;OID=.;OPOS=24261526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:107:107:0.990741:55:52:0:0:55:52:1:0 chr8 24339679 . G A 285.98 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0134013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.595;QD=21.9987;RBI=0.0154324;REFB=0.00350904;REVB=-0.00765275;RO=23;SAF=22;SAR=7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209453;STB=0.51162;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.00340482;OID=.;OPOS=24339679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:7:22:17:6:7:22:17:6 chr8 24356818 . A C 215.38 PASS AF=0.380282;AO=26;DP=69;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0208289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6738;QD=12.1341;RBI=0.0958214;REFB=-0.00963378;REVB=0.0935302;RO=43;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283112;STB=0.661768;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0146981;OID=.;OPOS=24356818;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:43:44:26:27:0.380282:10:16:15:28:10:17:16:28 chr8 24359068 . G A 330.84 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0351413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.63;QD=25.4493;RBI=0.0563421;REFB=0.0184954;REVB=-0.04404;RO=20;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791126;STB=0.543451;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0118117;OID=.;OPOS=24359068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:18:14:11:9:18:14:11:9 chr8 24366020 . T C 373.01 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00533382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.994;QD=20.4389;RBI=0.0187337;REFB=-0.0125854;REVB=0.0179584;RO=35;SAF=19;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123576;STB=0.506846;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.013153;OID=.;OPOS=24366020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:19:19:17:18:19:19:17:18 chr8 24774683 . C A 834.7 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00286165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0272;QD=55.6469;RBI=0.0124267;REFB=0.0751609;REVB=0.0120928;RO=1;SAF=29;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159925;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000133881;OID=.;OPOS=24774683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:30:29:1:0:30:29:1:0 chr8 24776423 . C T 181.52 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0266991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1202;QD=24.2027;RBI=0.0599029;REFB=0.0296604;REVB=-0.0536238;RO=12;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481926;STB=0.526996;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0150956;OID=.;OPOS=24776423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:5:13:8:4:5:13:8:4 chr8 24811064 . AGG A,AG 458.61 PASS AF=0,0.983333;AO=15,37;DP=61;FAO=0,59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=0,51;FSAR=0,8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.103139,-0.198609;FXX=0.0322529;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=8.89634,11.1425;QD=30.5738;RBI=0.120445,0.232361;REFB=0.15241,0.140584;REVB=-0.0622042,-0.120607;RO=2;SAF=13,34;SAR=2,3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.147635,0.119508;STB=0.5,0.504853;STBP=1,0.653;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00857844;OID=.,.;OPOS=24811065,24811065;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.983333:15,37:61:0,59:60:1:0,51:0,8:1:0:6:2:13,34:2,3:1:1 chr8 25182969 . C A,T 882.04 PASS AF=0.101449,0.84058;AO=7,58;DP=69;FAO=7,58;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=6,26;FSAR=1,32;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.000882151,0.00430253;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.7921,181.495;QD=51.1328;RBI=0.00532989,0.00538072;REFB=0.0394198,0.0197714;REVB=0.00525638,-0.00323116;RO=4;SAF=6,26;SAR=1,32;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.31972,-0.00634518;STB=0.691659,0.50337;STBP=0.193,0.887;TYPE=snp,snp;VARB=0.0900414,-0.00176383;OID=.,.;OPOS=25182969,25182969;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:69:69:4:4:7,58:7,58:0.101449,0.84058:1,32:6,26:2:2:1,32:6,26:2:2 chr8 25203022 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.509;QD=59.4351;RBI=0.0203417;REFB=0;REVB=-0.0189203;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03231e-05;OID=.;OPOS=25203022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr8 25222165 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00447271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.537;QD=63.5829;RBI=0.00715236;REFB=0;REVB=0.00558132;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88995e-05;OID=.;OPOS=25222165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr8 25230168 . C T 769.59 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4776;QD=57.0066;RBI=0.0703978;REFB=0;REVB=0.0584448;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011404;OID=.;OPOS=25230168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:30:23:0:0:31:23:0:0 chr8 25234858 . A G 1307.83 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.100092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.562;QD=57.487;RBI=0.100408;REFB=-0.0699223;REVB=0.00795539;RO=4;SAF=39;SAR=48;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434689;STB=0.502297;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0174136;OID=.;OPOS=25234858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:4:4:87:87:0.956044:48:39:2:2:48:39:2:2 chr8 25267622 . A G 789.82 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584814;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.644;QD=64.4751;RBI=0.0585316;REFB=0;REVB=-0.00242546;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170666;OID=.;OPOS=25267622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:47:49:1:24:23:0:0:24:25:0:0 chr8 25280800 . C G 820.13 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00620811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.941;QD=55.6019;RBI=0.00747878;REFB=-0.0453405;REVB=-0.00417031;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177973;STB=0.509431;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00107554;OID=.;OPOS=25280800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:26:32:0:1:26:32:0:1 chr8 25323777 . T A,C 824.69 PASS AF=0.0172414,0.982759;AO=2,55;DP=57;FAO=1,57;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=1,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347814,0.046512;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.07,191.228;QD=56.8751;RBI=0.0419628,0.0534881;REFB=0,0;REVB=0.0234762,0.0264123;RO=0;SAF=1,24;SAR=1,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0659217,7.07388e-05;OID=.,.;OPOS=25323777,25323777;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:57:58:0:0:2,55:1,57:0.0172414,0.982759:1,31:1,24:0:0:1,31:0,26:0:0 chr8 25701661 . G A 238.78 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0249308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.651;QD=14.0456;RBI=0.0353983;REFB=-0.00560099;REVB=-0.0251296;RO=39;SAF=13;SAR=15;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153836;STB=0.579276;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00916405;OID=.;OPOS=25701661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:15:13:24:15:15:13:24:16 chr8 25708267 . T C 302.28 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0216633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8597;QD=19.502;RBI=0.025818;REFB=-0.00330626;REVB=-0.0140453;RO=30;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042866;STB=0.530469;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00234046;OID=.;OPOS=25708267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:30:31:32:0.516129:14:17:15:15:14:18:15:15 chr8 26240646 . A G 2350.58 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186785;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.078;QD=63.9614;RBI=0.0282554;REFB=0;REVB=-0.0212009;RO=0;SAF=68;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.00387e-05;OID=.;OPOS=26240646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:146:147:1:78:68:0:0:79:68:0:0 chr8 26269191 . C T 687.97 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.199;QD=62.5426;RBI=0.0185738;REFB=0;REVB=0.00237879;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73215e-05;OID=.;OPOS=26269191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:27:16:0:0:27:17:0:0 chr8 26362201 . A T 1025.54 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00198778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.826;QD=55.4348;RBI=0.0306276;REFB=-0.0125031;REVB=0.030563;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.525417;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000179942;OID=.;OPOS=26362201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:0:3:71:71:0.959459:28:43:0:0:28:43:0:3 chr8 26365716 . C T 199.63 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0965891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1397;QD=15.0664;RBI=0.10448;REFB=-0.0322374;REVB=0.0398326;RO=30;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223656;STB=0.610927;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0668777;OID=.;OPOS=26365716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:30:22:23:0.433962:13:9:19:11:13:10:19:11 chr8 26481771 . T C 1396.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3765;QD=62.7595;RBI=0.0478243;REFB=0;REVB=0.0410265;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011055;OID=.;OPOS=26481771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:42:47:0:0:42:47:0:0 chr8 26510792 . T C 2007.6 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.777;QD=61.7723;RBI=0.048192;REFB=0;REVB=0.0411136;RO=0;SAF=69;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52666e-05;OID=.;OPOS=26510792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:130:0:0:124:130:1:55:69:0:0:55:75:0:0 chr8 26628028 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.416;QD=62.3503;RBI=0.0515551;REFB=0;REVB=0.0238659;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254839;OID=.;OPOS=26628028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr8 26636925 . T C,G 949.71 PASS AF=0.941176,0.0441176;AO=64,3;DP=68;FAO=64,3;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=27,3;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0172484,-0.0286398;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=48.6854,7.91936;QD=55.8655;RBI=0.0268023,0.0329992;REFB=-0.0940866,-0.0838226;REVB=0.0205148,0.0163924;RO=1;SAF=27,3;SAR=37,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0125954,0.727144;STB=0.506665,0.994936;STBP=0.54,0.122;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000204282,0.197708;OID=.,.;OPOS=26636925,26636925;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:68:68:1:1:64,3:64,3:0.941176,0.0441176:37,0:27,3:0:1:37,0:27,3:0:1 chr8 26944733 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.664;QD=57.1061;RBI=0.00759162;REFB=0;REVB=-0.00713783;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.99906e-06;OID=.;OPOS=26944733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr8 27101204 . T A 1652.18 PASS AF=0.965812;AO=111;DP=117;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0021317;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.87;QD=56.4849;RBI=0.00921754;REFB=0.0119096;REVB=0.00896765;RO=3;SAF=59;SAR=52;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00992957;STB=0.509312;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.000227776;OID=.;OPOS=27101204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:117:117:3:4:111:113:0.965812:52:59:1:2:54:59:1:3 chr8 27101206 . A C 1785.85 PASS AF=0.991597;AO=115;DP=116;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00437303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0403;QD=60.0286;RBI=0.0451025;REFB=0.12753;REVB=-0.04489;RO=1;SAF=60;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855602;STB=0.504347;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000912182;OID=.;OPOS=27101206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:119:1:1:115:118:0.991597:55:60:0:1:57:61:0:1 chr8 27147716 . A C 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00705985;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=189.745;QD=24.2746;RBI=0.00781341;REFB=-0.030091;REVB=-0.0033478;RO=19;SAF=14;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584872;STB=0.509404;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0226714;OID=.;OPOS=27147716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:21:31:31:0.596154:17:14:7:12:17:14:9:12 chr8 27277537 . G A 281.28 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0756536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.462;QD=21.2288;RBI=0.0775137;REFB=-0.00332514;REVB=-0.0168793;RO=22;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758472;STB=0.560997;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00573798;OID=.;OPOS=27277537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:22:24:29:29:0.54717:16:13:12:10:16:13:14:10 chr8 27293865 . C T 439.54 PASS AF=0.350318;AO=55;DP=158;FAO=55;FDP=157;FR=.;FRO=102;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=-0.010965;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.836;QD=11.1985;RBI=0.0164506;REFB=-0.00108861;REVB=-0.0122635;RO=101;SAF=25;SAR=30;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034799;STB=0.523247;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00214891;OID=.;OPOS=27293865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:101:102:55:55:0.350318:30:25:49:52:30:25:50:52 chr8 27308538 . G A 238.28 PASS AF=0.4;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0103599;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.108;QD=13.6161;RBI=0.0103871;REFB=-0.0203014;REVB=-0.000750771;RO=39;SAF=15;SAR=13;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826602;STB=0.52159;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0325789;OID=.;OPOS=27308538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:42:28:28:0.4:13:15:24:15:13:15:24:18 chr8 27311703 . T C 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00299232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.054;QD=14.8962;RBI=0.00786195;REFB=-0.0090694;REVB=-0.00727023;RO=44;SAF=16;SAR=16;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232249;STB=0.51315;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.01176;OID=.;OPOS=27311703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:16:16:23:21:16:16:23:21 chr8 27312040 . C T 262.95 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0789929;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=48.0281;QD=23.3735;RBI=0.131561;REFB=-0.0300563;REVB=0.105207;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123375;STB=0.567513;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0231649;OID=.;OPOS=27312040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:19:20:24:25:0.555556:15:9:10:9:15:10:11:9 chr8 27312135 . G A 325.17 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0199631;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.894;QD=28.2758;RBI=0.0350675;REFB=-0.0412312;REVB=0.0288305;RO=18;SAF=14;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394226;STB=0.521724;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0281005;OID=.;OPOS=27312135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:18:18:28:28:0.608696:14:14:8:10:14:14:8:10 chr8 27315876 . A G 303.82 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0170267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.847;QD=19.9228;RBI=0.0304998;REFB=-0.0204083;REVB=-0.0253048;RO=29;SAF=17;SAR=15;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129439;STB=0.571821;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0164516;OID=.;OPOS=27315876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:15:17:11:18:15:17:11:18 chr8 27315900 . A G 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00603833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.538;QD=17.7107;RBI=0.00603997;REFB=-0.0089368;REVB=-0.000140697;RO=36;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377575;STB=0.521114;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0102594;OID=.;OPOS=27315900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:17:16:16:20:17:16:16:20 chr8 27316117 . G A 282.19 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00433858;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.799;QD=17.1023;RBI=0.00783616;REFB=-0.00866805;REVB=0.00652549;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144039;STB=0.565773;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.010094;OID=.;OPOS=27316117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:35:31:31:0.469697:13:18:14:19:13:18:16:19 chr8 27324822 . T C 394.53 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0107708;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.374;QD=22.2271;RBI=0.0107871;REFB=-0.0057602;REVB=-0.000592807;RO=30;SAF=10;SAR=29;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165882;STB=0.581473;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0062567;OID=.;OPOS=27324822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:30:32:39:39:0.549296:29:10:13:17:29:10:13:19 chr8 27324844 . G A 342.49 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0093074;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4366;QD=21.0761;RBI=0.0617527;REFB=-0.0127085;REVB=0.0610472;RO=30;SAF=11;SAR=24;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138451;STB=0.576878;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0149718;OID=.;OPOS=27324844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:30:30:35:35:0.538462:24:11:14:16:24:11:14:16 chr8 27328511 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0312006;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.865;QD=12.7303;RBI=0.0314974;REFB=-0.0127939;REVB=0.00431347;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652168;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0166282;OID=.;OPOS=27328511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:6:3:3:8:6:3:4:8 chr8 27362587 . G A 331.75 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0155287;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.767;QD=15.9878;RBI=0.0156327;REFB=-0.0209745;REVB=-0.00180053;RO=47;SAF=22;SAR=14;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124488;STB=0.57022;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0267456;OID=.;OPOS=27362587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:14:22:23:24:14:22:23:24 chr8 27373923 . T C 176.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0987139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.983;QD=13.3411;RBI=0.0998792;REFB=-0.0129395;REVB=0.0152124;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122812;STB=0.570596;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0208756;OID=.;OPOS=27373923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:11:10:19:13:11:10:19:13 chr8 27396208 . G A 65.33 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0195906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.58;QD=10.8889;RBI=0.0271591;REFB=-0.0258828;REVB=0.0188103;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920876;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0323911;OID=.;OPOS=27396208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:8:7:5:4:8:7 chr8 27401964 . A C 105.78 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0475438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5418;QD=12.089;RBI=0.082506;REFB=-0.0287694;REVB=0.0674301;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524192;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0562789;OID=.;OPOS=27401964;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:22:22:12:13:0.371429:6:6:11:11:7:6:11:11 chr8 27462481 . A G 1215.75 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9965;QD=60.7875;RBI=0.0124427;REFB=0;REVB=0.00212846;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17937e-05;OID=.;OPOS=27462481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr8 27528446 . T C 94.46 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0113204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.784;QD=20.9902;RBI=0.0412457;REFB=-0.0536012;REVB=-0.0396618;RO=4;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215993;STB=0.510186;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.027962;OID=.;OPOS=27528446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:4:7:11:11:0.611111:5:6:2:2:5:6:4:3 chr8 27591164 . C T 749.88 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103696;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.187;QD=63.8196;RBI=0.103863;REFB=0;REVB=-0.00589256;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584108;OID=.;OPOS=27591164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:43:47:1:30:13:0:0:31:16:0:0 chr8 27592828 . G A 1719.62 PASS AF=0.991379;AO=111;DP=114;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.031415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9768;QD=59.2972;RBI=0.0622596;REFB=-0.0967121;REVB=0.0537528;RO=2;SAF=52;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00106355;STB=0.504672;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00189527;OID=.;OPOS=27592828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:116:2:1:111:115:0.991379:59:52:1:1:62:53:1:0 chr8 27631179 . A C 447.54 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.278;QD=57.7474;RBI=0.115167;REFB=0;REVB=0.0384833;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111025;OID=.;OPOS=27631179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:13:17:0:0:13:18:0:0 chr8 27737198 . A G 727.22 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.048;QD=63.2363;RBI=0.0277525;REFB=0;REVB=-0.0153956;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91759e-05;OID=.;OPOS=27737198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr8 27767171 . G A 253.16 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00289829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4067;QD=19.1068;RBI=0.027163;REFB=-0.0159781;REVB=0.0270079;RO=25;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288611;STB=0.507931;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0170145;OID=.;OPOS=27767171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:11:16:14:11:11:16:15:11 chr8 27767231 . C G 279.77 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00581173;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.698;QD=18.9673;RBI=0.00582695;REFB=-0.0105915;REVB=0.000420892;RO=28;SAF=18;SAR=12;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722016;STB=0.528553;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0113711;OID=.;OPOS=27767231;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:29:30:30:0.508475:12:18:19:9:12:18:19:10 chr8 27779093 . G A 145.53 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0143583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4977;QD=16.1694;RBI=0.0660525;REFB=-0.00362329;REVB=0.064473;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192059;STB=0.610967;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0055798;OID=.;OPOS=27779093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:11:5:10:10:11:5:10:10 chr8 27915830 . T C 2695.71 PASS AF=0.952381;AO=179;DP=189;FAO=180;FDP=189;FR=.;FRO=9;FSAF=88;FSAR=92;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0198496;FXX=0.0104707;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.2453;QD=57.052;RBI=0.0310541;REFB=-0.0840383;REVB=0.023882;RO=10;SAF=88;SAR=91;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921523;STB=0.502117;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00299613;OID=.;OPOS=27915830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:189:189:10:9:179:180:0.952381:91:88:4:6:92:88:4:5 chr8 27918057 . TG CG,GC 728.97 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=33,3;DP=51;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=39,2;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060303,-0.0586557;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=274.293,19.8657;QD=56.0748;RBI=0.0363115,0.0590831;REFB=0,0;REVB=0.0358073,0.00709409;RO=0;SAF=26,3;SAR=7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.44409e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000273619,0.148034;OID=.,.;OPOS=27918057,27918057;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:51:52:0:0:33,3:50,2:0.961538,0.0384615:7,0:26,3:0:0:11,0:39,2:0:0 chr8 27927849 . C G 743.54 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.671;QD=56.1165;RBI=0.0679481;REFB=0;REVB=0.0469188;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455036;OID=.;OPOS=27927849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:53:0:0:48:53:1:32:16:0:0:34:19:0:0 chr8 28040712 . G A 268.43 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00615142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.746;QD=22.3695;RBI=0.00840549;REFB=0.00580022;REVB=-0.0057282;RO=23;SAF=17;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216954;STB=0.602752;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00590434;OID=.;OPOS=28040712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:23:24:25:0.520833:7:17:11:12:8:17:11:12 chr8 28286174 . T G 294.43 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.05992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.496;QD=28.041;RBI=0.0600215;REFB=-0.0476671;REVB=-0.00348989;RO=16;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129661;STB=0.571375;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0194437;OID=.;OPOS=28286174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:13:13:11:5:13:13:11:5 chr8 28304769 . CA AT,TA 735.52 PASS AF=0.0212766,0.978723;AO=2,41;DP=47;FAO=1,46;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299577,0.0201341;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=68.3698,109.992;QD=62.597;RBI=0.0313671,0.0227684;REFB=0,0;REVB=-0.00929674,-0.010631;RO=0;SAF=2,14;SAR=0,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.122743,-0.00110791;OID=.,.;OPOS=28304769,28304769;OREF=CA,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:47:47:0:0:2,41:1,46:0.0212766,0.978723:0,27:2,14:0:0:0,30:1,16:0:0 chr8 28574803 . G A 785.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.045;QD=62.8052;RBI=0.0269747;REFB=0;REVB=0.0260527;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56095e-05;OID=.;OPOS=28574803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:26:21:0:0:29:21:0:0 chr8 28908874 . T TAACC 137.43 PASS AF=0.484848;AO=13;DP=51;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.00908199;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=247.522;QD=16.6583;RBI=0.0112025;REFB=-0.0158977;REVB=0.00655851;RO=36;SAF=0;SAR=13;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.734853;STB=0.673881;STBP=0.267;TYPE=ins;VARB=0.0188067;OID=.;OPOS=28908875;OREF=-;OALT=AACC;OMAPALT=TAACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:13:51:16:33:17:1:15:3:14:99:36:0:13:11:25 chr8 29005093 . A G 636.19 PASS AF=0.586538;AO=61;DP=104;FAO=61;FDP=104;FR=.;FRO=43;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00858003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6301;QD=24.4689;RBI=0.00880239;REFB=-0.0131352;REVB=0.001966;RO=41;SAF=36;SAR=25;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165542;STB=0.590134;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0157869;OID=.;OPOS=29005093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:41:43:61:61:0.586538:25:36:15:26:25:36:16:27 chr8 29197672 . A G 115.65 PASS AF=0.311111;AO=15;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0111693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.644;QD=10.28;RBI=0.11131;REFB=-0.00136263;REVB=-0.110748;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223136;STB=0.666444;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00290569;OID=.;OPOS=29197672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:15:14:0.311111:7:8:10:20:6:8:10:21 chr8 29927300 . C G 974.6 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.125;QD=59.0668;RBI=0.0545734;REFB=0;REVB=-0.0121212;RO=0;SAF=17;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101813;OID=.;OPOS=29927300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:66:0:0:60:66:1:43:17:0:0:43:23:0:0 chr8 29927321 . A G 837.86 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.349;QD=56.8037;RBI=0.0612413;REFB=0;REVB=0.0110503;RO=1;SAF=15;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108465;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183706;OID=.;OPOS=29927321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:1:0:58:59:1:43:15:0:1:44:15:0:0 chr8 29961951 . C T 510.45 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0273073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8516;QD=18.3946;RBI=0.044045;REFB=0.0189636;REVB=-0.0345583;RO=55;SAF=31;SAR=23;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092997;STB=0.551879;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.0210074;OID=.;OPOS=29961951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:57:54:54:0.486486:23:31:26:29:23:31:27:30 chr8 29965519 . T C 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8177;QD=59.8347;RBI=0.0382257;REFB=0;REVB=0.0168074;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000772306;OID=.;OPOS=29965519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr8 29989564 . A G 254.37 PASS AF=0.439394;AO=27;DP=64;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0179702;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9858;QD=15.4163;RBI=0.018748;REFB=-0.0233733;REVB=-0.0053442;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161835;STB=0.589414;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0406682;OID=.;OPOS=29989564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:37:37:27:29:0.439394:14:13:12:25:15:14:12:25 chr8 29996158 . A G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00136734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.028;QD=18.1541;RBI=0.00156106;REFB=-0.0180664;REVB=-0.000753192;RO=25;SAF=17;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260531;STB=0.650113;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0194614;OID=.;OPOS=29996158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:4:17:15:10:4:17:15:10 chr8 29996256 . T C 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00261493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.46;QD=8.89952;RBI=0.00386101;REFB=-0.011448;REVB=0.00284069;RO=25;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372491;STB=0.737437;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0230206;OID=.;OPOS=29996256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:3:8:10:15:3:8:10:16 chr8 30423886 . C CAG 507.53 PASS AF=0.45082;AO=54;DP=125;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0151666;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.906;QD=16.6402;RBI=0.0154218;REFB=-0.00323745;REVB=0.00279353;RO=70;SAF=18;SAR=36;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10358;STB=0.542814;STBP=0.423;TYPE=ins;VARB=0.00335835;OID=.;OPOS=30423887;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45082:54:125:55:122:67:19:36:28:39:99:70:18:36:30:40 chr8 30503255 . G A 47.45 PASS AF=0.6;AO=4;DP=12;FAO=6;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0224727;FXX=0.166528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6704;QD=18.9787;RBI=0.0822089;REFB=-0.0288713;REVB=0.0790777;RO=4;SAF=4;SAR=0;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.755207;STB=0.768234;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0173198;OID=.;OPOS=30503255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:12:10:4:4:4:6:0.6:0:4:1:3:1:5:1:3 chr8 30503371 . C T 153.1 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0267606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1815;QD=17.0108;RBI=0.0267843;REFB=-0.00642889;REVB=-0.00112832;RO=19;SAF=2;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352753;STB=0.642013;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.011688;OID=.;OPOS=30503371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:19:16:17:0.472222:14:2:7:12:14:3:7:12 chr8 30608976 . C T 847.41 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.039;QD=57.4514;RBI=0.0678574;REFB=0;REVB=0.067536;RO=0;SAF=49;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84053e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002801;OID=.;OPOS=30608976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:9:49:0:0:10:49:0:0 chr8 30620840 . G GT,T 816.97 PASS AF=1,0;AO=66,4;DP=81;FAO=79,0;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103201,-0.0906505;FXX=0.0124984;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=13.8328,12.5155;QD=41.3658;RBI=0.104391,0.0977325;REFB=-0.0154616,-0.0222251;REVB=0.015722,-0.0365259;RO=7;SAF=35,1;SAR=31,3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0184076,-0.198753;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000600415,0;OID=.,.;OPOS=30620841,30620840;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:79:7:0:66,4:79,0:1,0:31,3:35,1:3:4:38,0:41,0:0:0 chr8 30695226 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6038;QD=45.8066;RBI=0.00887718;REFB=0;REVB=0.00545692;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03096e-05;OID=.;OPOS=30695226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr8 30701641 . C G 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00843599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.229;QD=18.0734;RBI=0.0128119;REFB=-0.0289931;REVB=0.00964256;RO=31;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463825;STB=0.525949;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0241678;OID=.;OPOS=30701641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:13:17:16:15:13:17:16:15 chr8 30924557 . C T 799.11 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.985;QD=57.0791;RBI=0.071091;REFB=0;REVB=0.0657791;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283324;OID=.;OPOS=30924557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:27:29:0:0 chr8 30973957 . G T 990.52 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00433907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.916;QD=59.1356;RBI=0.00826325;REFB=0;REVB=0.00703234;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13646e-06;OID=.;OPOS=30973957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr8 30999280 . G T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00839434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.791;QD=57.2377;RBI=0.00862462;REFB=0;REVB=-0.00197969;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70138e-06;OID=.;OPOS=30999280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr8 32453358 . G A 804.79 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5211;QD=64.3833;RBI=0.0212124;REFB=0;REVB=0.00287177;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100103;OID=.;OPOS=32453358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr8 32663420 . A G 1498.73 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.451;QD=63.1043;RBI=0.0253315;REFB=0;REVB=0.000803417;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96235e-05;OID=.;OPOS=32663420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:50:43:0:0:50:45:0:0 chr8 33246538 . A G 335.45 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0413845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.133;QD=16.985;RBI=0.0446277;REFB=-0.0149631;REVB=-0.016702;RO=43;SAF=26;SAR=10;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132042;STB=0.574425;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0163845;OID=.;OPOS=33246538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:10:26:26:17:10:26:26:17 chr8 33246591 . G C 214.06 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0500014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.604;QD=14.7626;RBI=0.0515377;REFB=-0.0103406;REVB=-0.01249;RO=32;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00642615;STB=0.503594;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0133672;OID=.;OPOS=33246591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:10:15:19:13:10:15:20:13 chr8 33246685 . G A 229.47 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0171974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4064;QD=22.3872;RBI=0.0416765;REFB=-0.0052665;REVB=0.0379629;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102686;STB=0.55747;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00388847;OID=.;OPOS=33246685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:11:8:12:10:11:8 chr8 33313329 . G A 167.27 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0193235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.259;QD=11.7386;RBI=0.0197834;REFB=-0.0163146;REVB=-0.00424085;RO=36;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346859;STB=0.520115;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0267025;OID=.;OPOS=33313329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:10:11:20:16:10:11:20:16 chr8 33356074 . A G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0152751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.285;QD=11.6671;RBI=0.0178179;REFB=0.00268203;REVB=0.00917334;RO=26;SAF=2;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466094;STB=0.782148;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00997121;OID=.;OPOS=33356074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:12:2:13:13:12:2:13:13 chr8 33369944 . T C 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0128829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0582;QD=15.6995;RBI=0.0216133;REFB=0.0224708;REVB=0.0173542;RO=19;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888851;STB=0.551651;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.026646;OID=.;OPOS=33369944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:12:3:5:14:12:3:5:14 chr8 33369994 . A G 111.59 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0113811;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7294;QD=14.8789;RBI=0.0116154;REFB=0.0418747;REVB=-0.00232126;RO=17;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279998;STB=0.66637;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.044754;OID=.;OPOS=33369994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:11:2:6:11:11:2:6:11 chr8 33416189 . G A 276.03 PASS AF=0.5;AO=28;DP=58;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0134438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1638;QD=18.4019;RBI=0.0410111;REFB=-0.0269142;REVB=0.038745;RO=30;SAF=9;SAR=19;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345061;STB=0.699867;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0266842;OID=.;OPOS=33416189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:30:30:28:30:0.5:19:9:21:9:21:9:21:9 chr8 33416222 . C T 226.42 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0108028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5062;QD=15.6154;RBI=0.0112138;REFB=-0.0150922;REVB=0.00300812;RO=32;SAF=6;SAR=20;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45261;STB=0.756556;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0311378;OID=.;OPOS=33416222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:20:6:22:10:20:6:22:10 chr8 33437926 . C T 169.19 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00363571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.793;QD=13.0148;RBI=0.0135486;REFB=-0.00469759;REVB=0.0130517;RO=32;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431709;STB=0.537152;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00726691;OID=.;OPOS=33437926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:19:20:0.384615:7:12:19:13:7:13:19:13 chr8 36694394 . C T 282.93 PASS AF=0.342857;AO=36;DP=105;FAO=36;FDP=105;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.00174992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0185;QD=10.7783;RBI=0.0127508;REFB=0.00477779;REVB=0.0126301;RO=69;SAF=24;SAR=12;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123198;STB=0.571388;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.0142855;OID=.;OPOS=36694394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:69:69:36:36:0.342857:12:24:39:30:12:24:39:30 chr8 36767024 . T C 399.28 PASS AF=0.379032;AO=47;DP=127;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=-0.0103436;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.925;QD=12.8799;RBI=0.0162518;REFB=-0.00120426;REVB=-0.0125352;RO=79;SAF=18;SAR=29;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255245;STB=0.504182;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00179545;OID=.;OPOS=36767024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:124:79:77:47:47:0.379032:29:18:32:47:29:18:29:48 chr8 37456438 . A G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0053333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.689;QD=16.1192;RBI=0.00820182;REFB=-0.0105524;REVB=-0.00623103;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297828;STB=0.517213;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0107908;OID=.;OPOS=37456438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:8:5:5:7:8:5 chr8 37672471 . A G 227.65 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0457964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5337;QD=29.3743;RBI=0.070015;REFB=-0.0226575;REVB=0.0529602;RO=10;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139312;STB=0.507685;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0137489;OID=.;OPOS=37672471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:11:10:5:5:11:10:5:5 chr8 37702472 . G A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0616267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6953;QD=18.8868;RBI=0.112456;REFB=-0.0323417;REVB=0.0940665;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175135;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0315857;OID=.;OPOS=37702472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:5:3:2:3:5:3:2:3 chr8 37728017 . A G 125.69 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00230567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.399;QD=10.6966;RBI=0.0225375;REFB=-0.00956349;REVB=0.0224193;RO=31;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152578;STB=0.504419;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0302276;OID=.;OPOS=37728017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:32:15:15:0.319149:6:9:19:12:6:9:19:13 chr8 37728019 . T G 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00582515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9438;QD=10.6991;RBI=0.0368593;REFB=0.00454166;REVB=-0.0363961;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00740054;STB=0.504419;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.0127839;OID=.;OPOS=37728019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:6:9:19:13:6:9:19:13 chr8 37730368 . G A 1016.05 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3976;QD=58.06;RBI=0.0390492;REFB=-0.0667547;REVB=0.0381339;RO=1;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116725;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013159;OID=.;OPOS=37730368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:70:1:0:69:70:1:40:29:0:1:41:29:0:0 chr8 37823043 . G A 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0120045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3467;QD=25.65;RBI=0.0563225;REFB=-0.0438691;REVB=0.0550283;RO=17;SAF=7;SAR=18;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638524;STB=0.553801;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0252241;OID=.;OPOS=37823043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:25:25:0.581395:18:7:6:11:18:7:7:11 chr8 37963239 . C T 200.34 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0346028;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.996;QD=15.1201;RBI=0.0389608;REFB=0.00194657;REVB=-0.017905;RO=29;SAF=3;SAR=20;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394984;STB=0.724404;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00401334;OID=.;OPOS=37963239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:29:30:23:23:0.433962:20:3:12:17:20:3:12:18 chr8 37979919 . G C 482.21 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134292;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.226;QD=58.449;RBI=0.0577418;REFB=0;REVB=0.0561584;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.87864e-05;OID=.;OPOS=37979919;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:12:19:0:0:13:20:0:0 chr8 37985897 . A G 222.42 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0947371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5467;QD=12.7095;RBI=0.131048;REFB=-0.00781406;REVB=-0.0905448;RO=42;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831951;STB=0.553034;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00826187;OID=.;OPOS=37985897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:43:27:27:0.385714:16:11:14:28:16:11:14:29 chr8 37996327 . G A 400.21 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0428505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4734;QD=16.17;RBI=0.044319;REFB=-0.0171872;REVB=-0.0113138;RO=57;SAF=25;SAR=17;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579734;STB=0.532577;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0227683;OID=.;OPOS=37996327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:57:42:42:0.424242:17:25:37:20:17:25:37:20 chr8 38005835 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.961;QD=58.2396;RBI=0.0450966;REFB=0;REVB=0.0271629;RO=0;SAF=43;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012178;OID=.;OPOS=38005835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:19:43:0:0:19:43:0:0 chr8 38095662 . C T 367.58 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00272572;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.79;QD=19.0952;RBI=0.0120958;REFB=-0.0193077;REVB=-0.0117847;RO=38;SAF=26;SAR=12;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0192767;OID=.;OPOS=38095662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:39:38:38:0.493506:12:26:26:12:12:26:26:13 chr8 38287238 . G A 384.42 PASS AF=0.493827;AO=37;DP=79;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=-0.016953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.077;QD=18.9837;RBI=0.135802;REFB=-0.0192735;REVB=0.13474;RO=41;SAF=30;SAR=7;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448901;STB=0.520998;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0189658;OID=.;OPOS=38287238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:41:41:37:40:0.493827:7:30:32:9:10:30:32:9 chr8 38369493 . A G 249.38 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00104188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.386;QD=18.4724;RBI=0.00448732;REFB=-0.0141764;REVB=-0.00436469;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22386;STB=0.61211;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0188241;OID=.;OPOS=38369493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:13:14:20:6:13:14:20:7 chr8 38369926 . A C 143.16 PASS AF=0.4;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00914593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.363;QD=14.3155;RBI=0.0207542;REFB=-0.0127009;REVB=-0.0186303;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858883;STB=0.537688;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0187265;OID=.;OPOS=38369926;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:24:16:16:0.4:7:9:11:12:7:9:12:12 chr8 38373924 . T G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0166964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.366;QD=19.0175;RBI=0.0583781;REFB=-0.0376273;REVB=-0.0559396;RO=14;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203786;STB=0.511612;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0151587;OID=.;OPOS=38373924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:4:11:10:4:4:11:10:4 chr8 38385942 . G C 413.05 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0593594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1885;QD=21.7396;RBI=0.0690093;REFB=0.0137287;REVB=-0.0351958;RO=34;SAF=25;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164105;STB=0.597112;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0129806;OID=.;OPOS=38385942;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:35:41:41:0.539474:16:25:14:20:16:25:14:21 chr8 38458371 . G T 561.83 PASS AF=0.434783;AO=60;DP=138;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=52;FWDB=0.0117591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.551;QD=16.2848;RBI=0.0157675;REFB=-0.00466924;REVB=0.0105043;RO=78;SAF=27;SAR=33;SRF=26;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12115;STB=0.567486;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00471043;OID=.;OPOS=38458371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:78:78:60:60:0.434783:33:27:26:52:33:27:26:52 chr8 38458552 . G GTCT 1393.34 PASS AF=1;AO=82;DP=97;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121715;FXX=0.0531858;HRUN=0;LEN=3;MLLD=193.117;QD=62.6222;RBI=0.0705089;REFB=0;REVB=0.0694504;RO=4;SAF=46;SAR=36;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169171;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000117375;OID=.;OPOS=38458553;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:97:89:89:0:52:37:0:0:7:4:46:36:3:1 chr8 38458659 . C T 937.39 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.251;QD=58.5866;RBI=0.0488655;REFB=0;REVB=0.000317108;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33715e-05;OID=.;OPOS=38458659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:35:28:0:0:35:29:0:0 chr8 38677931 . A AG 411.19 PASS AF=1;AO=4;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730642;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.311;QD=42.1734;RBI=0.100304;REFB=0;REVB=-0.0687212;RO=35;SAF=3;SAR=1;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370803;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.27498e-05;OID=.;OPOS=38677932;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:40:39:39:0:17:22:0:0:8:35:3:1:14:21 chr8 38677932 . A G 544.33 PASS AF=0.975;AO=36;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0417488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.937;QD=54.4333;RBI=0.0430223;REFB=0.082254;REVB=0.0103903;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208029;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0010754;OID=.;OPOS=38677932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:36:39:0.975:22:14:0:1:22:17:0:1 chr8 38684853 . T C 1628.09 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239358;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.754;QD=60.2996;RBI=0.0248806;REFB=0;REVB=-0.00679121;RO=0;SAF=41;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65434e-05;OID=.;OPOS=38684853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:66:41:0:0:66:42:0:0 chr8 38695996 . T C 206.92 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.13;QD=48.6865;RBI=0.0289067;REFB=0;REVB=0.0279836;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203216;OID=.;OPOS=38695996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:8:9:0:0 chr8 38707452 . A T 814.23 PASS AF=1;AO=46;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.1878;QD=55.2017;RBI=0.106613;REFB=0;REVB=0.0963095;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102496;OID=.;OPOS=38707452;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:46:59:1:21:25:0:0:28:31:0:0 chr8 38827185 . GC G 779.04 PASS AF=1;AO=65;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06099;FXX=0.0416609;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.675;QD=45.1615;RBI=0.110297;REFB=0;REVB=0.0919008;RO=1;SAF=36;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.319864;SSEP=0;SSSB=-0.0129424;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00288911;OID=.;OPOS=38827186;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:71:69:69:0:38:31:0:0:15:1:36:29:1:0 chr8 38835666 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.215;QD=55.6553;RBI=0.0168931;REFB=0;REVB=-0.016259;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.17843e-05;OID=.;OPOS=38835666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr8 38848850 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.125;QD=60.2307;RBI=0.0232059;REFB=0;REVB=0.0209723;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63119e-05;OID=.;OPOS=38848850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr8 38964647 . G A 856.01 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207821;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.373;QD=58.0342;RBI=0.0224156;REFB=0;REVB=0.00840012;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534507;OID=.;OPOS=38964647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr8 38965271 . C T 2118.41 PASS AF=0.967105;AO=145;DP=152;FAO=147;FDP=152;FR=.;FRO=5;FSAF=78;FSAR=69;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0389626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.214;QD=55.7477;RBI=0.0560292;REFB=-0.178339;REVB=0.0402639;RO=3;SAF=77;SAR=68;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007644;STB=0.508903;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000631105;OID=.;OPOS=38965271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:152:152:3:5:145:147:0.967105:68:77:1:2:69:78:4:1 chr8 39080632 . C G 1785.75 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.455;QD=61.0513;RBI=0.0408625;REFB=0;REVB=-0.039199;RO=0;SAF=51;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85278e-05;OID=.;OPOS=39080632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:66:51:0:0:66:51:0:0 chr8 39091526 . T C 737.62 PASS AF=0.493671;AO=74;DP=154;FAO=78;FDP=158;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=64;FSRF=18;FSRR=62;FWDB=0.0268607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.058;QD=18.6738;RBI=0.05377;REFB=-0.0161942;REVB=0.0465802;RO=80;SAF=11;SAR=63;SRF=18;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126611;STB=0.537241;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.016814;OID=.;OPOS=39091526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:158:80:80:74:78:0.493671:63:11:18:62:64:14:18:62 chr8 39128387 . C T 210.46 PASS AF=0.265306;AO=12;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0452113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.075;QD=17.1805;RBI=0.0481147;REFB=-0.0196333;REVB=-0.0164609;RO=24;SAF=2;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388438;STB=0.766975;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0569312;OID=.;OPOS=39128387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:49:49:24:27:12:13:0.265306:10:2:11:13:11:2:13:14 chr8 39311600 . C T 1978.97 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00130678;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.826;QD=61.3635;RBI=0.0543245;REFB=0.0247802;REVB=-0.0543088;RO=1;SAF=83;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104425;STB=0.505494;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.000189975;OID=.;OPOS=39311600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:129:1:1:128:128:0.992248:45:83:0:1:45:83:0:1 chr8 39312886 . G A 334.5 PASS AF=0.34127;AO=38;DP=121;FAO=43;FDP=126;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.00138216;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.972;QD=10.6192;RBI=0.00811284;REFB=-0.021225;REVB=0.00799424;RO=76;SAF=26;SAR=12;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235542;STB=0.621696;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0164939;OID=.;OPOS=39312886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:126:76:83:38:43:0.34127:12:26:37:39:15:28:39:44 chr8 39312965 . CA C 597.39 PASS AF=0.653226;AO=77;DP=127;FAO=81;FDP=124;FR=.;FRO=43;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00808785;FXX=0.0236202;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.6299;QD=19.2707;RBI=0.0377337;REFB=0.0654074;REVB=0.0368568;RO=42;SAF=38;SAR=39;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0.320755;SSSB=-0.0664111;STB=0.546888;STBP=0.176;TYPE=del;VARB=-0.0319784;OID=.;OPOS=39312966;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653226:77:127:81:124:43:38:43:26:17:99:42:38:39:25:17 chr8 39331031 . T C 216.45 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00700749;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.09;QD=15.4604;RBI=0.00718302;REFB=-0.0117869;REVB=0.00157824;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855604;STB=0.548349;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0122205;OID=.;OPOS=39331031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:31:31:25:25:0.446429:14:11:11:20:14:11:11:20 chr8 39331093 . T C 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0159963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.314;QD=17.7905;RBI=0.0167544;REFB=-0.022105;REVB=0.00498282;RO=33;SAF=16;SAR=15;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195932;STB=0.609151;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0268766;OID=.;OPOS=39331093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:15:16:10:23:15:16:10:23 chr8 39862881 . C T 358.02 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0103939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.604;QD=19.6178;RBI=0.0188248;REFB=-0.0131167;REVB=-0.0156953;RO=36;SAF=13;SAR=24;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878069;STB=0.548869;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0101736;OID=.;OPOS=39862881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:24:13:16:20:24:13:16:20 chr8 39872866 . A C 740.34 PASS AF=1;AO=50;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7359;QD=55.8749;RBI=0.0282487;REFB=0;REVB=0.0278295;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210115;OID=.;OPOS=39872866;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:50:53:1:28:22:0:0:31:22:0:0 chr8 39872935 . T A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.976;QD=56.9998;RBI=0.0485329;REFB=0;REVB=-0.00110034;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010575;OID=.;OPOS=39872935;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr8 39873478 . T C 95.34 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0511313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.0359;QD=34.6689;RBI=0.0644874;REFB=-0.134242;REVB=0.0392965;RO=1;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526894;STB=0.529355;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0144625;OID=.;OPOS=39873478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:2:8:1:0:2:8:1:0 chr8 40011079 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.15;QD=57.6799;RBI=0.0176172;REFB=0;REVB=0.00562443;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027993;OID=.;OPOS=40011079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr8 40012684 . C G 1092.92 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100061;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.946;QD=59.077;RBI=0.016334;REFB=0;REVB=0.0129103;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6279e-05;OID=.;OPOS=40012684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:71:74:1:33:38:0:0:36:38:0:0 chr8 41391704 . A G 577.6 PASS AF=0.423841;AO=64;DP=151;FAO=64;FDP=151;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=55;FSRR=32;FWDB=0.00919626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7394;QD=15.3005;RBI=0.0162897;REFB=0.00640024;REVB=0.0134456;RO=87;SAF=28;SAR=36;SRF=55;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198312;STB=0.610759;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0085313;OID=.;OPOS=41391704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:87:87:64:64:0.423841:36:28:55:32:36:28:55:32 chr8 41391761 . A T 226.94 PASS AF=0.3125;AO=33;DP=103;FAO=35;FDP=112;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.00501854;FXX=0.00884877;HRUN=8;LEN=1;MLLD=33.4416;QD=8.10514;RBI=0.0484217;REFB=-0.0408329;REVB=0.0481609;RO=70;SAF=19;SAR=14;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389402;STB=0.519844;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0569998;OID=.;OPOS=41391761;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:112:70:77:33:35:0.3125:14:19:38:32:16:19:44:33 chr8 41399354 . G A 141.29 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0233784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.603;QD=13.4566;RBI=0.0251377;REFB=0.00318313;REVB=-0.00923889;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948443;STB=0.555485;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00898671;OID=.;OPOS=41399354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:10:6:12:14:10:6:12:14 chr8 41517958 . A AG 1643.36 PASS AF=1;AO=133;DP=160;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.189407;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.5816;QD=43.8228;RBI=0.18986;REFB=0;REVB=0.0131081;RO=22;SAF=63;SAR=70;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104236;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00151949;OID=.;OPOS=41517959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:133:160:150:150:0:75:75:0:0:32:22:63:70:19:3 chr8 41519462 . A G 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.000573887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.179;QD=19.3693;RBI=0.0160416;REFB=-0.0193549;REVB=0.0160313;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316925;STB=0.677225;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00947608;OID=.;OPOS=41519462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:2:13:8:8:2:13 chr8 41521663 . T C 407.74 PASS AF=0.56338;AO=38;DP=69;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00719204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5943;QD=22.9715;RBI=0.00782701;REFB=-0.0297925;REVB=0.00308816;RO=31;SAF=11;SAR=27;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148676;STB=0.588905;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0214056;OID=.;OPOS=41521663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:31:31:38:40:0.56338:27:11:14:17:29:11:14:17 chr8 41525914 . C T 575.04 PASS AF=0.54;AO=53;DP=98;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.058583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8041;QD=23.0017;RBI=0.0641321;REFB=-0.0185899;REVB=0.0260951;RO=45;SAF=27;SAR=26;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072802;STB=0.538447;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0234441;OID=.;OPOS=41525914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:45:46:53:54:0.54:26:27:19:26:26:28:20:26 chr8 41583294 . C T 674.13 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202474;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.795;QD=62.7099;RBI=0.0365621;REFB=0;REVB=0.0304439;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16634e-05;OID=.;OPOS=41583294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr8 41787705 . CTCATTT CT,CTCAACA 386.28 PASS AF=1,0;AO=25,2;DP=28;FAO=28,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261051,0.00295952;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=5,3;MLLD=297.583,80.4729;QD=55.1823;RBI=0.0268293,0.0139838;REFB=0,0;REVB=0.00619148,-0.0136671;RO=0;SAF=8,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=6.49986e-05,0;OID=.,.;OPOS=41787706,41787709;OREF=TCATT,TTT;OALT=-,ACA;OMAPALT=CT,CTCAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:25,2:28:28,0:28:0:11,0:17,0:0:0:4:0:8,0:17,2:0:0 chr8 41791283 . G A 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0228403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8245;QD=18.9481;RBI=0.0494692;REFB=-0.0152671;REVB=0.0438808;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800724;STB=0.544715;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0133544;OID=.;OPOS=41791283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:13:15:12:15:13:15:12:15 chr8 41798417 . C T 324.64 PASS AF=0.4;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0144696;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.842;QD=14.4284;RBI=0.028271;REFB=-0.0108534;REVB=-0.0242874;RO=53;SAF=24;SAR=12;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172865;STB=0.604591;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.014738;OID=.;OPOS=41798417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:53:54:36:36:0.4:12:24:27:26:12:24:27:27 chr8 41906095 . A G 245.38 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.00166111;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4309;QD=13.087;RBI=0.0163496;REFB=-0.0116731;REVB=-0.016265;RO=46;SAF=14;SAR=15;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227934;STB=0.629478;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0117774;OID=.;OPOS=41906095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:46:46:29:29:0.386667:15:14:32:14:15:14:32:14 chr8 42013563 . T TATG 730.65 PASS AF=0.875;AO=56;DP=65;FAO=56;FDP=64;FR=.;FRO=8;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00504978;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=3;MLLD=294.007;QD=45.6656;RBI=0.00505408;REFB=-0.0277628;REVB=-0.000208415;RO=8;SAF=34;SAR=22;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354103;STB=0.518861;STBP=0.473;TYPE=ins;VARB=0.0021253;OID=.;OPOS=42013564;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:56:65:56:64:8:34:22:6:2:40:8:34:22:6:2 chr8 42587464 . C T 278.86 PASS AF=0.462687;AO=28;DP=64;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0191564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.467;QD=16.6482;RBI=0.0193046;REFB=-0.0239926;REVB=0.0023877;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240669;STB=0.627074;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0201192;OID=.;OPOS=42587464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:32:36:28:31:0.462687:15:13:7:25:15:16:10:26 chr8 42882555 . A ATTTGT 1262.63 PASS AF=0.934783;AO=74;DP=95;FAO=86;FDP=92;FR=.;FRO=6;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.011052;FXX=0.0212743;HRUN=3;LEN=5;MLLD=283.293;QD=54.8967;RBI=0.0170108;REFB=0.0018038;REVB=-0.0129313;RO=10;SAF=39;SAR=35;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164167;STB=0.510867;STBP=0.487;TYPE=ins;VARB=-0.000404358;OID=.;OPOS=42882556;OREF=-;OALT=TTTGT;OMAPALT=ATTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.934783:74:95:86:92:6:43:43:4:2:19:10:39:35:6:4 chr8 43054553 . T C 754.56 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00226369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.141;QD=54.877;RBI=0.00226662;REFB=-0.048238;REVB=-0.000115309;RO=1;SAF=31;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149611;STB=0.507934;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000286578;OID=.;OPOS=43054553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:23:31:1:0:23:31:1:0 chr8 46951721 . C G 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0521722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5975;QD=16.2787;RBI=0.0542708;REFB=-0.0291171;REVB=0.0149458;RO=33;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212457;STB=0.619866;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0261806;OID=.;OPOS=46951721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:10:18:14:19:10:18:14:19 chr8 46951809 . G A 208.15 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0124529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.536;QD=25.2307;RBI=0.0208929;REFB=-0.0192993;REVB=0.0167762;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16017;STB=0.5887;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00282022;OID=.;OPOS=46951809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:11:9:3:10:11:9:3:10 chr8 46951813 . G T 150.54 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0352387;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.3516;QD=20.0721;RBI=0.0633824;REFB=-0.0357369;REVB=0.0526836;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815107;STB=0.538414;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0308683;OID=.;OPOS=46951813;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:12:14:16:16:0.533333:9:7:4:8:9:7:5:9 chr8 47979781 . G C 833.87 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9786;QD=57.5085;RBI=0.0277739;REFB=0;REVB=0.0146731;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.48349e-05;OID=.;OPOS=47979781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr8 48102786 . C T 1171.34 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.724;QD=60.849;RBI=0.0321818;REFB=0;REVB=-0.0246872;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177424;OID=.;OPOS=48102786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:44:32:0:0:45:32:0:0 chr8 48102987 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.745;QD=55.0947;RBI=0.0393178;REFB=0;REVB=0.0348409;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387034;OID=.;OPOS=48102987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr8 48104722 . G T 779.82 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6789;QD=56.7139;RBI=0.0237707;REFB=0;REVB=-0.0231867;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25881e-05;OID=.;OPOS=48104722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:26:29:0:0 chr8 48685773 . AG AA,AGA,GA 66.76 PASS AF=0.1,0.175,0.05;AO=4,6,3;DP=40;FAO=4,7,2;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4,6,2;FSAR=0,1,0;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0034035,-0.0137593,-0.0114633;FXX=0;HRUN=1,0,5;LEN=1,1,2;MLLD=222.719,38.6011,47.2339;QD=6.67564;RBI=0.00887776,0.0168998,0.0194301;REFB=0.000510623,-0.00677719,-0.0058943;REVB=-0.00819945,0.00981258,0.0156883;RO=25;SAF=4,5,3;SAR=0,1,0;SRF=9;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.680375,0.535347,0.630762;STB=0.997908,0.882724,0.996227;STBP=0.012,0.044,0.059;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0.224573,0.107044,0.120219;OID=.,.,.;OPOS=48685774,48685775,48685773;OREF=G,-,AG;OALT=A,A,GA;OMAPALT=AA,AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:40:40:25:27:4,6,3:4,7,2:0.1,0.175,0.05:0,1,0:4,5,3:9:16:0,1,0:4,6,2:9:18 chr8 48792052 . CTTTTTCA CTTTTCA,CTTTTCAC,CTTTTCTA 207.66 PASS AF=0.738095,0,0;AO=20,2,3;DP=43;FAO=31,0,0;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=28,0,0;FSAR=3,0,0;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.127402,-0.13212,-0.136058;FXX=0.0454442;HRUN=5,5,5;LEN=1,3,2;MLLD=10.5749,34.7703,106.116;QD=19.7767;RBI=0.141877,0.139687,0.136098;REFB=-0.12048,-0.0245401,-0.00590693;REVB=0.0624336,0.045353,-0.0032677;RO=12;SAF=20,2,3;SAR=0,0,0;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.861506,0.671794,0.725474;STB=0.744482,0.5,0.5;STBP=0.002,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.150434,0,-0.00741952;OID=.,.,.;OPOS=48792053,48792057,48792057;OREF=T,TCA,TC;OALT=-,CAC,CT;OMAPALT=CTTTTCA,CTTTTCAC,CTTTTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.738095,0,0:20,2,3:43:31,0,0:42:11:28,0,0:3,0,0:4:7:25:12:20,2,3:0,0,0:3:9 chr8 48805816 . A AG,G 578.05 PASS AF=0.886364,0.113636;AO=25,17;DP=45;FAO=39,5;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=25,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253274,-0.0102203;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=21.522,11.0344;QD=52.5499;RBI=0.126364,0.232628;REFB=0,0;REVB=-0.1238,-0.232403;RO=3;SAF=14,0;SAR=11,17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0214997,-0.849982;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0080495,0.167623;OID=.,.;OPOS=48805817,48805816;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:45:44:3:0:25,17:39,5:0.886364,0.113636:11,17:14,0:2:1:25,5:14,0:0:0 chr8 48885436 . T A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.673;QD=60.8834;RBI=0.030046;REFB=0;REVB=0.0226683;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4136e-05;OID=.;OPOS=48885436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:46:31:0:0:46:31:0:0 chr8 49375958 . T C 536.5 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00586845;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.638;QD=23.3263;RBI=0.00827045;REFB=-0.0113911;REVB=0.00582765;RO=40;SAF=28;SAR=22;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489483;STB=0.527596;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00511346;OID=.;OPOS=49375958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:40:42:50:50:0.543478:22:28:20:20:22:28:21:21 chr8 50242815 . C T 207.84 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.000106387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.926;QD=17.6883;RBI=0.121606;REFB=0.00387012;REVB=-0.121606;RO=26;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260685;STB=0.649202;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00313675;OID=.;OPOS=50242815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:6:15:12:14:6:15:12:14 chr8 50242991 . G C,T 726.99 PASS AF=0.0576923,0.942308;AO=3,49;DP=52;FAO=3,49;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=3,22;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00360288,-0.00155121;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.077,183.216;QD=55.9221;RBI=0.0108728,0.0355234;REFB=0,0;REVB=0.0102585,0.0354895;RO=0;SAF=3,22;SAR=0,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.30731e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0229481,-0.000882904;OID=.,.;OPOS=50242991,50242991;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:52:52:0:0:3,49:3,49:0.0576923,0.942308:0,27:3,22:0:0:0,27:3,22:0:0 chr8 51571172 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1841;QD=47.8211;RBI=0.0279489;REFB=0;REVB=0.0267602;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762603;OID=.;OPOS=51571172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr8 52232487 . G T 188.84 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0462478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4215;QD=20.9826;RBI=0.0524586;REFB=0.00627231;REVB=-0.0247598;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915077;STB=0.551568;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00768443;OID=.;OPOS=52232487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:9:8:11:8:9:8 chr8 52233408 . C T 469.25 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.000637722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.533;QD=18.5842;RBI=0.0119453;REFB=-0.014305;REVB=-0.0119282;RO=52;SAF=15;SAR=34;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627934;STB=0.534923;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0135708;OID=.;OPOS=52233408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:34:15:19:33:34:15:19:33 chr8 52321243 . T C 650.73 PASS AF=0.542373;AO=59;DP=113;FAO=64;FDP=118;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.0131035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.82;QD=22.0587;RBI=0.0141812;REFB=-0.0298535;REVB=-0.00542272;RO=54;SAF=30;SAR=29;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138057;STB=0.562682;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0227304;OID=.;OPOS=52321243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:118:54:54:59:64:0.542373:29:30:36:18:30:34:36:18 chr8 52321686 . C T 129.14 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00561987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.837;QD=21.5237;RBI=0.0658182;REFB=-0.0123277;REVB=-0.0655778;RO=9;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164121;STB=0.571326;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00537309;OID=.;OPOS=52321686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:24:9:10:14:14:0.583333:8:6:6:3:8:6:6:4 chr8 52325767 . T G 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0294863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.292;QD=16.2784;RBI=0.0298431;REFB=-0.0103196;REVB=-0.00460075;RO=33;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684256;STB=0.538625;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0114804;OID=.;OPOS=52325767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:18:10:14:19:18:10:14:19 chr8 52325796 . G A 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.104619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.45;QD=14.3992;RBI=0.106664;REFB=-0.00286196;REVB=-0.0207855;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00642615;STB=0.524456;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.000851666;OID=.;OPOS=52325796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:34:25:25:0.423729:15:10:13:19:15:10:15:19 chr8 52366200 . G A 601.47 PASS AF=0.473282;AO=62;DP=131;FAO=62;FDP=131;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-2.40801e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.234;QD=18.3654;RBI=0.0117396;REFB=0.00319342;REVB=0.0117396;RO=69;SAF=27;SAR=35;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068601;STB=0.538049;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00249968;OID=.;OPOS=52366200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:69:69:62:62:0.473282:35:27:35:34:35:27:35:34 chr8 52366217 . G A 603.34 PASS AF=0.492063;AO=61;DP=126;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0137349;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.484;QD=19.1536;RBI=0.0137377;REFB=-0.0180117;REVB=-0.000277547;RO=64;SAF=28;SAR=33;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956034;STB=0.548371;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0239773;OID=.;OPOS=52366217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:64:61:62:0.492063:33:28:36:28:34:28:35:29 chr8 52366300 . A G 315.23 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.028264;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4968;QD=16.8121;RBI=0.0520023;REFB=-0.00429648;REVB=-0.0436507;RO=41;SAF=16;SAR=17;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146644;STB=0.573291;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00539646;OID=.;OPOS=52366300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:41:33:34:0.453333:17:16:26:15:17:17:26:15 chr8 52396241 . T C 302.09 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0017015;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.006;QD=24.6607;RBI=0.00977346;REFB=-0.00937261;REVB=0.00962421;RO=23;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163914;STB=0.579649;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00783832;OID=.;OPOS=52396241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:22:27:27:0.55102:18:9:12:11:18:9:11:11 chr8 52730521 . C T 1699.54 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7949;QD=60.1606;RBI=0.0146769;REFB=0;REVB=0.0132736;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05191e-05;OID=.;OPOS=52730521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:113:0:0:107:113:1:59:48:0:0:65:48:0:0 chr8 52730864 . T C 361.2 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0136677;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.85;QD=31.4085;RBI=0.0155445;REFB=-0.0162839;REVB=0.00740444;RO=16;SAF=19;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476698;STB=0.526136;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00768606;OID=.;OPOS=52730864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:11:19:9:7:11:19:9:7 chr8 52731975 . C A 48.33 PASS AF=0.156863;AO=7;DP=50;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00754734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.758;QD=3.79034;RBI=0.0288727;REFB=0.000279271;REVB=-0.0278688;RO=42;SAF=5;SAR=2;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662959;STB=0.523751;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00312381;OID=.;OPOS=52731975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:51:42:43:7:8:0.156863:2:5:28:14:3:5:28:15 chr8 52731980 . C G 40.08 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0225583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.016;QD=3.20605;RBI=0.0282374;REFB=-0.000830953;REVB=-0.0169846;RO=43;SAF=3;SAR=4;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264473;STB=0.684602;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00565931;OID=.;OPOS=52731980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:4:3:28:15:4:3:28:15 chr8 52731999 . C T 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0107456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.82;QD=4.99961;RBI=0.0120676;REFB=-0.00146766;REVB=0.0054918;RO=37;SAF=5;SAR=4;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117933;STB=0.562971;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00623786;OID=.;OPOS=52731999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:37:38:9:9:0.191489:4:5:24:13:4:5:24:14 chr8 52733050 . T A 176.1 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0231733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.058;QD=20.7181;RBI=0.0255663;REFB=-0.0121357;REVB=0.0107995;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384389;STB=0.521715;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0099872;OID=.;OPOS=52733050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:12:6:6:10:12:6:6:10 chr8 52746153 . C T 393.27 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.014976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.479;QD=22.4723;RBI=0.0472341;REFB=-0.0135582;REVB=-0.0447971;RO=31;SAF=24;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559989;STB=0.530876;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0100845;OID=.;OPOS=52746153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:15:24:17:14:15:24:17:14 chr8 53025606 . TA T,TT 192.39 PASS AF=0.33871,0.0645161;AO=13,4;DP=57;FAO=21,4;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=11,2;FSAR=10,2;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00928587,0.00941952;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=257.762,258.219;QD=12.4125;RBI=0.0171221,0.0168584;REFB=-0.0180221,-0.0169477;REVB=0.0143854,0.0139814;RO=40;SAF=9,2;SAR=4,2;SRF=19;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.267935,0.0267856;STB=0.506573,0.512134;STBP=0.951,0.894;TYPE=del,snp;VARB=0.0298678,0.0152699;OID=.,.;OPOS=53025607,53025607;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.33871,0.0645161:13,4:57:21,4:62:37:11,2:10,2:19:18:99:40:9,2:4,2:19:21 chr8 53586706 . A G 638.52 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0565575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.231;QD=59.3972;RBI=0.057853;REFB=-0.0260915;REVB=0.0121746;RO=1;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323448;STB=0.517233;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00183786;OID=.;OPOS=53586706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:14:28:0:1:14:28:0:1 chr8 53852871 . A T 90.08 PASS AF=0.478261;AO=9;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.061251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5359;QD=15.6664;RBI=0.0653924;REFB=-0.0655557;REVB=-0.0229016;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534587;STB=0.671941;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0337974;OID=.;OPOS=53852871;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:10:12:9:11:0.478261:8:1:6:4:8:3:7:5 chr8 54745538 . C G 1339.71 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9497;QD=62.312;RBI=0.0170343;REFB=0;REVB=0.0110571;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014654;OID=.;OPOS=54745538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:40:45:0:0:41:45:0:0 chr8 55539057 . G A 196.71 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0154229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.758;QD=18.2983;RBI=0.0155011;REFB=0.0175965;REVB=-0.00155478;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204483;STB=0.511616;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.0157037;OID=.;OPOS=55539057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:12:11:10:10:12:11 chr8 55541450 . G A 222.42 PASS AF=0.433333;AO=24;DP=58;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0283597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.234;QD=14.8277;RBI=0.0324004;REFB=-0.00583198;REVB=0.015669;RO=34;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175093;STB=0.593041;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00822123;OID=.;OPOS=55541450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:34:34:24:26:0.433333:10:14:14:20:11:15:14:20 chr8 55541513 . T C 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00476133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.761;QD=14.8515;RBI=0.00639975;REFB=-0.00455632;REVB=0.00427628;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136703;STB=0.578634;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00597552;OID=.;OPOS=55541513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:10:9:10:19:10:9:10:19 chr8 55541617 . A G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00368817;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.726;QD=9.13238;RBI=0.00789145;REFB=-0.00937937;REVB=0.00697656;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372818;STB=0.522683;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0138657;OID=.;OPOS=55541617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:7:3:6:16:7:3:6:16 chr8 55586495 . C T 440.8 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0213461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0935;QD=17.2862;RBI=0.0348782;REFB=-0.00926614;REVB=-0.0275832;RO=53;SAF=25;SAR=23;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134955;STB=0.56954;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0108054;OID=.;OPOS=55586495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:53:54:48:48:0.470588:23:25:20:33:23:25:21:33 chr8 55632762 . C T 458.62 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.00327375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.83;QD=15.6792;RBI=0.00327516;REFB=-0.0159095;REVB=9.58838e-05;RO=66;SAF=24;SAR=27;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090473;STB=0.550632;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0160668;OID=.;OPOS=55632762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:66:51:51:0.435897:27:24:37:29:27:24:37:29 chr8 56076708 . TTGC T 122.45 PASS AF=0.53125;AO=13;DP=30;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00134206;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=252.089;QD=15.3062;RBI=0.0436641;REFB=-0.0153853;REVB=0.0436435;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133159;STB=0.618045;STBP=0.167;TYPE=del;VARB=0.0136302;OID=.;OPOS=56076709;OREF=TGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:13:30:17:32:15:7:10:10:5:99:13:6:7:8:5 chr8 56076791 . G A 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0387983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.491;QD=14.6975;RBI=0.0414781;REFB=-0.00783289;REVB=-0.0146672;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207496;STB=0.618674;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0101386;OID=.;OPOS=56076791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:9:12:11:19:9:12:11:19 chr8 56652048 . CAT C 1004.03 PASS AF=0.452586;AO=104;DP=235;FAO=105;FDP=232;FR=.;FRO=127;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=64;FSRR=63;FWDB=-0.00625277;FXX=0.0127654;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.939;QD=17.3109;RBI=0.0218626;REFB=-0.0152728;REVB=0.0209493;RO=127;SAF=51;SAR=53;SRF=64;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01344;STB=0.509976;STBP=0.781;TYPE=del;VARB=0.0187217;OID=.;OPOS=56652049;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452586:104:235:105:232:127:51:54:64:63:99:127:51:53:64:63 chr8 56657801 . C T 236.01 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00384728;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4913;QD=15.4763;RBI=0.0330256;REFB=-0.00102811;REVB=0.0328007;RO=34;SAF=18;SAR=9;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227644;STB=0.629116;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00207385;OID=.;OPOS=56657801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:34:34:27:27:0.442623:9:18:15:19:9:18:15:19 chr8 56686224 . T C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2529;QD=59.6786;RBI=0.00927444;REFB=0;REVB=-0.00657143;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.96986e-05;OID=.;OPOS=56686224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr8 56821700 . T G 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00964928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.432;QD=13.3342;RBI=0.0148543;REFB=-0.0167331;REVB=-0.0112934;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173709;STB=0.599219;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.022645;OID=.;OPOS=56821700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:15:11:23:16:15:11:23:16 chr8 56821795 . T G 308.65 PASS AF=0.380435;AO=34;DP=91;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0111249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.338;QD=13.4197;RBI=0.0126657;REFB=-0.012853;REVB=-0.00605442;RO=56;SAF=16;SAR=18;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320286;STB=0.514278;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0213339;OID=.;OPOS=56821795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:56:57:34:35:0.380435:18:16:28:28:18:17:29:28 chr8 56821809 . C T 261.2 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0163885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.574;QD=12.2916;RBI=0.0207712;REFB=0.00120836;REVB=-0.0127617;RO=53;SAF=18;SAR=13;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790355;STB=0.539974;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00226891;OID=.;OPOS=56821809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:54:31:31:0.364706:13:18:27:26:13:18:28:26 chr8 56821945 . G A 263.47 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00611735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0301;QD=15.4983;RBI=0.0650215;REFB=-0.0130935;REVB=0.0647331;RO=38;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143556;STB=0.581001;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0173163;OID=.;OPOS=56821945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:17:13:22:16:17:13:22:16 chr8 56821963 . T C 176.25 PASS AF=0.369231;AO=18;DP=70;FAO=24;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0838316;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6954;QD=10.8459;RBI=0.0860245;REFB=-0.019259;REVB=-0.0192996;RO=42;SAF=2;SAR=16;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.575975;STB=0.69372;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0252792;OID=.;OPOS=56821963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:65:42:40:18:24:0.369231:16:2:23:19:16:8:26:14 chr8 57285647 . T G 162.59 PASS AF=0.34375;AO=20;DP=62;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0129376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8365;QD=10.1618;RBI=0.0416485;REFB=-0.0114404;REVB=0.039588;RO=42;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111696;STB=0.560851;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0179657;OID=.;OPOS=57285647;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:42:42:20:22:0.34375:9:11:19:23:10:12:19:23 chr8 57294571 . C G 84.7 PASS AF=0.342857;AO=9;DP=33;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00149666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.887;QD=9.68016;RBI=0.0176287;REFB=-0.0107366;REVB=0.017565;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291584;STB=0.716044;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0397761;OID=.;OPOS=57294571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:33:35:22:23:9:12:0.342857:6:3:13:9:9:3:13:10 chr8 57358251 . C T 244.23 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0449673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.554;QD=23.2603;RBI=0.0692977;REFB=-0.0303473;REVB=-0.0527268;RO=18;SAF=18;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174846;STB=0.590079;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0411945;OID=.;OPOS=57358251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:23:23:0.547619:5:18:11:7:5:18:12:7 chr8 57872679 . T C 108.53 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0177667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7233;QD=13.1553;RBI=0.0378168;REFB=-0.00424273;REVB=-0.0333835;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17127;STB=0.612735;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00915744;OID=.;OPOS=57872679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:20:13:13:0.393939:7:6:12:7:7:6:13:7 chr8 57876282 . C A 442.03 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00900195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2698;QD=19.8664;RBI=0.022057;REFB=-0.00278602;REVB=0.0201365;RO=45;SAF=21;SAR=23;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105951;STB=0.50588;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00257224;OID=.;OPOS=57876282;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:23:21:22:23:23:21:22:23 chr8 58039269 . A G 556.47 PASS AF=0.451128;AO=57;DP=130;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.0192611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.295;QD=16.7359;RBI=0.0383298;REFB=-0.0098001;REVB=-0.0331389;RO=72;SAF=29;SAR=28;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329068;STB=0.518791;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0142347;OID=.;OPOS=58039269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:72:73:57:60:0.451128:28:29:39:33:30:30:39:34 chr8 59329438 . A G 440.75 PASS AF=0.544304;AO=42;DP=78;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0471607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2609;QD=22.3163;RBI=0.047899;REFB=-0.0143231;REVB=-0.00837786;RO=36;SAF=21;SAR=21;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505298;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0105277;OID=.;OPOS=59329438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:36:36:42:43:0.544304:21:21:18:18:22:21:18:18 chr8 59361146 . C T 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0212366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.925;QD=18.3012;RBI=0.0522458;REFB=-0.000594163;REVB=-0.047735;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518129;STB=0.529383;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-8.42581e-05;OID=.;OPOS=59361146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:15:8:8:12:15:8 chr8 59512334 . G A 1233.41 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237219;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.505;QD=61.6704;RBI=0.0417413;REFB=0;REVB=0.0343455;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58224e-05;OID=.;OPOS=59512334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr8 61488824 . T C 236.23 PASS AF=0.371795;AO=26;DP=76;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00982437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.028;QD=12.1141;RBI=0.0175147;REFB=0.000419211;REVB=0.0144999;RO=49;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145777;STB=0.568235;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.000524436;OID=.;OPOS=61488824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:49:49:26:29:0.371795:12:14:20:29:14:15:20:29 chr8 61488859 . A G 229.65 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00246741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3162;QD=11.9301;RBI=0.00760018;REFB=-0.0160012;REVB=-0.00718851;RO=49;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101484;STB=0.5584;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0328801;OID=.;OPOS=61488859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:14:14:20:29:14:14:20:29 chr8 62544419 . G A 234.16 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00563831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.877;QD=11.2848;RBI=0.017938;REFB=-0.0110119;REVB=0.0170288;RO=50;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789239;STB=0.521724;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0280505;OID=.;OPOS=62544419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:54:29:29:0.349398:13:16:24:26:13:16:28:26 chr8 62544428 . G T 257.79 PASS AF=0.4;AO=28;DP=73;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0210709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.831;QD=13.7487;RBI=0.0307092;REFB=-0.00145335;REVB=-0.02234;RO=45;SAF=17;SAR=11;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128799;STB=0.588819;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00249997;OID=.;OPOS=62544428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:45:45:28:30:0.4:11:17:22:23:11:19:22:23 chr8 62595068 . C T 264.79 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0114734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.575;QD=20.7677;RBI=0.0156934;REFB=-0.000346488;REVB=-0.0107072;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238106;STB=0.513265;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000345666;OID=.;OPOS=62595068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:15:12:10:14:15:12:10:14 chr8 63659610 . G A 1525.85 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151641;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.308;QD=59.8374;RBI=0.0476442;REFB=0;REVB=0.0451666;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22091e-05;OID=.;OPOS=63659610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:53:48:0:0:54:48:0:0 chr8 63775855 . CT C 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0395631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.371;QD=21.7444;RBI=0.0432934;REFB=-0.0167988;REVB=0.0175806;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202987;STB=0.594465;STBP=0.272;TYPE=del;VARB=0.0115196;OID=.;OPOS=63775856;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576923:15:27:15:26:11:10:5:5:6:87:12:10:5:5:7 chr8 63942717 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0596785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.525;QD=18.4437;RBI=0.0639056;REFB=-0.0196906;REVB=-0.0228562;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249998;STB=0.642612;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0200744;OID=.;OPOS=63942717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:2:7:5:6:2:7 chr8 63951237 . C T 220.18 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0272201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9091;QD=17.974;RBI=0.0286604;REFB=-0.0114071;REVB=0.00897131;RO=28;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025414;STB=0.543821;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00695902;OID=.;OPOS=63951237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:27:21:22:0.44898:13:8:10:18:13:9:9:18 chr8 63951312 . A G 124.12 PASS AF=0.483871;AO=12;DP=28;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0392426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0313;QD=16.015;RBI=0.0399246;REFB=-0.0139918;REVB=-0.00734788;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107329;STB=0.612621;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0375827;OID=.;OPOS=63951312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:31:16:16:12:15:0.483871:7:5:5:11:7:8:5:11 chr8 64098729 . A AG 1220.29 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102082;FXX=0.0240935;HRUN=0;LEN=1;MLLD=248.988;QD=60.261;RBI=0.02856;REFB=-0.0114022;REVB=0.0266733;RO=2;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189296;STB=0.504949;STBP=0.529;TYPE=ins;VARB=0.000263521;OID=.;OPOS=64098730;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987654:79:82:80:81:1:30:50:0:1:3:2:30:49:0:2 chr8 65290650 . C T 237.09 PASS AF=0.560976;AO=21;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0133499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.07;QD=23.1304;RBI=0.0446868;REFB=-0.0320037;REVB=0.0426461;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196107;STB=0.528883;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0236169;OID=.;OPOS=65290650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:18:21:23:0.560976:11:10:9:9:13:10:9:9 chr8 67380528 . T C 330.24 PASS AF=0.514286;AO=32;DP=67;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0139362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3164;QD=18.8709;RBI=0.0490174;REFB=0.00417066;REVB=0.0469945;RO=34;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141225;STB=0.598318;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00347705;OID=.;OPOS=67380528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:34:34:32:36:0.514286:19:13:19:15:23:13:19:15 chr8 67590460 . C T 272.75 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0129771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.997;QD=24.2446;RBI=0.0252277;REFB=0.000372494;REVB=-0.021634;RO=19;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170731;STB=0.603153;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.000372544;OID=.;OPOS=67590460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:13:12:5:14:13:12:5:15 chr8 67592152 . T C 444.47 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00292266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8055;QD=20.4356;RBI=0.0363076;REFB=-0.0138047;REVB=0.0361898;RO=42;SAF=20;SAR=24;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821044;STB=0.539731;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0142833;OID=.;OPOS=67592152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:42:43:44:44:0.505747:24:20:23:19:24:20:23:20 chr8 67772011 . T A 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00726155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.837;QD=24.1271;RBI=0.0117931;REFB=-0.0109779;REVB=-0.00929226;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00818522;STB=0.504582;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00753963;OID=.;OPOS=67772011;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:11:6:4:7:11:6:4:7 chr8 67803141 . G T 497.02 PASS AF=0.559524;AO=46;DP=83;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0164689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.368;QD=23.6675;RBI=0.0270693;REFB=-0.0187648;REVB=-0.021483;RO=37;SAF=22;SAR=24;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504737;STB=0.531901;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.01259;OID=.;OPOS=67803141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:37:37:46:47:0.559524:24:22:20:17:25:22:20:17 chr8 68110139 . T C 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0100155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.624;QD=14.834;RBI=0.0323513;REFB=-0.019625;REVB=0.030762;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286512;STB=0.653841;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0213659;OID=.;OPOS=68110139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:8:14:10:19:8:14:11:19 chr8 68494981 . C CATT 399.11 PASS AF=0.38843;AO=45;DP=122;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0111575;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=3;MLLD=277.06;QD=13.1938;RBI=0.0148427;REFB=-0.00587681;REVB=-0.0097885;RO=74;SAF=24;SAR=21;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512105;STB=0.514762;STBP=0.8;TYPE=ins;VARB=0.00814875;OID=.;OPOS=68494982;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38843:45:122:47:121:74:24:23:36:38:99:74:24:21:36:38 chr8 68536470 . A G 337.36 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0143433;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.682;QD=27.5397;RBI=0.0148224;REFB=-0.0127781;REVB=-0.00373824;RO=18;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00269498;STB=0.521232;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0103416;OID=.;OPOS=68536470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:18:20:29:29:0.591837:13:16:10:8:13:16:10:10 chr8 68864728 . G A 300.45 PASS AF=0.5;AO=31;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0344149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.357;QD=18.2089;RBI=0.0448865;REFB=-0.025468;REVB=0.0288168;RO=33;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112333;STB=0.560403;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0273565;OID=.;OPOS=68864728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:33:31:33:0.5:15:16:13:20:16:17:13:20 chr8 68968166 . C A 477.38 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0143816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.862;QD=18.0143;RBI=0.0189849;REFB=-0.0156453;REVB=-0.0123933;RO=54;SAF=22;SAR=29;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165687;STB=0.596145;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0214354;OID=.;OPOS=68968166;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:55:51:51:0.481132:29:22:33:21:29:22:34:21 chr8 68968171 . G A 461.54 PASS AF=0.471698;AO=49;DP=104;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.00550568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.844;QD=17.4165;RBI=0.0102569;REFB=-0.00816521;REVB=-0.00865395;RO=53;SAF=21;SAR=28;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180199;STB=0.587671;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0101412;OID=.;OPOS=68968171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:53:56:49:50:0.471698:28:21:33:20:28:22:34:22 chr8 69012364 . G A 1589.81 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.029;QD=59.9927;RBI=0.0290339;REFB=0;REVB=-0.0191879;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2803e-06;OID=.;OPOS=69012364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:55:51:0:0:55:51:0:0 chr8 69020496 . T C 631.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.066105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.961;QD=61.5837;RBI=0.0662043;REFB=0;REVB=-0.00362404;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00042166;OID=.;OPOS=69020496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr8 69136871 . T A 265.33 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00848728;FXX=0.0714184;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.338;QD=16.3278;RBI=0.0108404;REFB=-0.00528804;REVB=-0.00674395;RO=32;SAF=8;SAR=21;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311638;STB=0.705164;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00752619;OID=.;OPOS=69136871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:65:32:36:29:29:0.446154:21:8:19:13:21:8:23:13 chr8 69143589 . A G 198.78 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00220881;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.858;QD=13.0347;RBI=0.0150568;REFB=-0.00121675;REVB=0.014894;RO=37;SAF=9;SAR=15;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310245;STB=0.677149;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00307251;OID=.;OPOS=69143589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:37:37:24:24:0.393443:15:9:25:12:15:9:25:12 chr8 69218620 . C T 266.94 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00492376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.791;QD=20.1462;RBI=0.0153176;REFB=-0.0335192;REVB=-0.0145047;RO=24;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128361;STB=0.580588;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.030966;OID=.;OPOS=69218620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:25:28:28:0.528302:12:16:10:14:12:16:10:15 chr8 69699756 . G A 150.99 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.110477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4759;QD=11.1844;RBI=0.11076;REFB=-0.00525501;REVB=0.0079031;RO=34;SAF=14;SAR=5;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337898;STB=0.706846;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0285932;OID=.;OPOS=69699756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:35:19:19:0.351852:5:14:15:19:5:14:15:20 chr8 69730432 . G A,T 300.05 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=21,2;DP=23;FAO=21,2;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439442,0.00732418;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.5323,163.846;QD=52.1826;RBI=0.0439603,0.0239424;REFB=0,0;REVB=-0.00119055,-0.0227946;RO=0;SAF=9,1;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00152504,0.0378073;OID=.,.;OPOS=69730432,69730432;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:23:23:0:0:21,2:21,2:0.913043,0.0869565:12,1:9,1:0:0:12,1:9,1:0:0 chr8 69730488 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.355;QD=59.4354;RBI=0.0459305;REFB=0;REVB=0.0220133;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273288;OID=.;OPOS=69730488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr8 70072423 . G A 359.93 PASS AF=0.414894;AO=38;DP=93;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0112414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.563;QD=15.316;RBI=0.0235363;REFB=-0.0223822;REVB=-0.0206782;RO=52;SAF=19;SAR=19;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039376;STB=0.519116;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0203618;OID=.;OPOS=70072423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:52:55:38:39:0.414894:19:19:28:24:19:20:30:25 chr8 70571313 . G A 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00297647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4062;QD=21.5095;RBI=0.00381267;REFB=-0.0170742;REVB=-0.00238267;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386554;STB=0.521718;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0267947;OID=.;OPOS=70571313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:12:9:9:10:12:9:9:10 chr8 70571531 . G A 337.17 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00545287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.276;QD=24.9754;RBI=0.0173129;REFB=-0.0406935;REVB=0.0164317;RO=20;SAF=20;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143347;STB=0.588181;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0211871;OID=.;OPOS=70571531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:21:33:33:0.611111:13:20:8:12:13:20:8:13 chr8 70573004 . G A 268.53 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0286069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.131;QD=13.9496;RBI=0.0371785;REFB=-0.0169268;REVB=0.0237463;RO=46;SAF=15;SAR=16;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397115;STB=0.522599;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0281383;OID=.;OPOS=70573004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:16:15:24:22:16:15:24:22 chr8 70584628 . T C 519.81 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7784;QD=59.4073;RBI=0.0384279;REFB=0;REVB=0.0332607;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000961667;OID=.;OPOS=70584628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr8 70602259 . T C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.805;QD=34.6653;RBI=0.020889;REFB=0.0318727;REVB=0.0141124;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000683944;OID=.;OPOS=70602259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:0:1:5:5:0:1 chr8 70602299 . A G 922.33 PASS AF=0.851852;AO=57;DP=82;FAO=69;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.025049;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0843;QD=45.5471;RBI=0.0269674;REFB=0.00342563;REVB=0.00998945;RO=10;SAF=21;SAR=36;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681775;STB=0.529403;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00211684;OID=.;OPOS=70602299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:82:81:10:11:57:69:0.851852:36:21:6:4:45:24:6:5 chr8 70602341 . A G 3709.27 PASS AF=0.957692;AO=246;DP=260;FAO=249;FDP=260;FR=.;FRO=11;FSAF=123;FSAR=126;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00363929;FXX=0.0076333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.529;QD=57.0656;RBI=0.0412971;REFB=-0.0328547;REVB=0.0411364;RO=11;SAF=120;SAR=126;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195096;STB=0.509869;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00165343;OID=.;OPOS=70602341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:260:260:11:11:246:249:0.957692:126:120:8:3:126:123:8:3 chr8 70602526 . A G 95.99 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0222961;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3945;QD=10.9699;RBI=0.0496583;REFB=-0.00518132;REVB=-0.0443715;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342033;STB=0.703376;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00772228;OID=.;OPOS=70602526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:35:23:23:12:12:0.342857:8:4:15:8:8:4:15:8 chr8 70602529 . A G 52.23 PASS AF=0.25;AO=7;DP=31;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0152867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.357;QD=6.52933;RBI=0.019097;REFB=-0.0193798;REVB=-0.0114462;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259258;STB=0.624707;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0329048;OID=.;OPOS=70602529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:32:23:24:7:8:0.25:4:3:15:8:4:4:16:8 chr8 70602538 . T A 350.31 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0869852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.215;QD=51.8979;RBI=0.0874028;REFB=-0.137439;REVB=0.00853346;RO=1;SAF=16;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280951;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215716;OID=.;OPOS=70602538;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:27:27:1:0:24:27:1:8:16:1:0:8:19:0:0 chr8 70612637 . C A 712.84 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173877;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.665;QD=63.3637;RBI=0.0174375;REFB=0;REVB=-0.00131748;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331394;OID=.;OPOS=70612637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:21:24:0:0 chr8 70612692 . G A 229.5 PASS AF=0.909091;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000187178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.444;QD=41.7275;RBI=0.0885081;REFB=-0.0267128;REVB=0.0885079;RO=2;SAF=13;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656807;STB=0.535679;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0077344;OID=.;OPOS=70612692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:21:22:2:2:19:20:0.909091:6:13:2:0:7:13:2:0 chr8 70744812 . G A 184.41 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0252902;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.886;QD=8.99545;RBI=0.0793794;REFB=-0.0214651;REVB=-0.0752429;RO=46;SAF=22;SAR=3;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272989;STB=0.782339;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0339166;OID=.;OPOS=70744812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:82:46:57:25:25:0.304878:3:22:34:12:3:22:33:24 chr8 70835081 . C T 365.21 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8415;QD=52.1724;RBI=0.0953506;REFB=-0.135922;REVB=-0.0939286;RO=1;SAF=10;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442286;STB=0.523792;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00211592;OID=.;OPOS=70835081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:17:10:1:0:17:10:1:0 chr8 70964399 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0288733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.021;QD=16.7275;RBI=0.0437868;REFB=-0.0170666;REVB=-0.0329183;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158357;STB=0.50908;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0226769;OID=.;OPOS=70964399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:11:8:7:9:11:8 chr8 70967607 . T C 47.21 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00113016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0286;QD=11.1088;RBI=0.00259275;REFB=-0.00688231;REVB=0.00233348;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558176;STB=0.841088;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0105213;OID=.;OPOS=70967607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:7:3:6:1:7:3 chr8 71039118 . C G 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00708914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.702;QD=13.7531;RBI=0.00734334;REFB=-0.00188973;REVB=-0.00191538;RO=23;SAF=14;SAR=1;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.603444;STB=0.86536;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00263979;OID=.;OPOS=71039118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:1:14:12:11:1:14:12:11 chr8 71486568 . G C 145.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.271;QD=44.7515;RBI=0.0700188;REFB=0;REVB=0.0658968;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783239;OID=.;OPOS=71486568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:7:6:0:0 chr8 71575184 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.6651;QD=46.8471;RBI=0.0671327;REFB=0;REVB=0.0652383;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130395;OID=.;OPOS=71575184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr8 71646084 . C T 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00285793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.462;QD=19.0005;RBI=0.00826345;REFB=-0.00325525;REVB=-0.00775351;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060353;STB=0.534371;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00218755;OID=.;OPOS=71646084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:5:12:11:6:5:12:11:6 chr8 72111599 . A G 753.86 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000156643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.954;QD=56.895;RBI=0.0264609;REFB=0;REVB=0.0264605;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33382e-05;OID=.;OPOS=72111599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:31:22:0:0 chr8 72129009 . G A,C 1203.53 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=75,5;DP=81;FAO=75,5;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37,4;FSAR=38,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164164,0.0112426;FXX=0.0123442;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.8695,154.437;QD=60.1764;RBI=0.0180334,0.040413;REFB=0,0;REVB=0.00746366,-0.0388177;RO=0;SAF=37,4;SAR=38,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00396288,0.021658;OID=.,.;OPOS=72129009,72129009;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:81:80:0:0:75,5:75,5:0.9375,0.0625:38,1:37,4:0:0:38,1:37,4:0:0 chr8 72383124 . T C 95.66 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00614456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.426;QD=11.5956;RBI=0.0214257;REFB=-0.0190483;REVB=0.0205257;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11507;STB=0.568413;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0410045;OID=.;OPOS=72383124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:11:10:7:5:11:10 chr8 72754502 . G A 789.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293632;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.699;QD=64.418;RBI=0.036874;REFB=0;REVB=0.0223045;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57084e-05;OID=.;OPOS=72754502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:50:49:1:25:25:0:0:24:25:0:0 chr8 72755647 . C CT 468.34 PASS AF=1;AO=34;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.1879;QD=46.8336;RBI=0.0661935;REFB=0;REVB=-0.0625492;RO=4;SAF=10;SAR=24;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104651;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00113144;OID=.;OPOS=72755648;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:39:40:40:0:12:28:0:0:8:4:10:24:1:3 chr8 72935000 . C CTAA 181.47 PASS AF=0.365079;AO=22;DP=66;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0105812;FXX=0.0454477;HRUN=4;LEN=3;MLLD=269.525;QD=11.5221;RBI=0.0138367;REFB=-0.00767426;REVB=-0.00891578;RO=38;SAF=14;SAR=8;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124087;STB=0.534133;STBP=0.723;TYPE=ins;VARB=0.0181324;OID=.;OPOS=72935001;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=CTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365079:22:66:23:63:40:15:8:28:12:99:38:14:8:28:10 chr8 72935008 . C T 344.65 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00121646;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.137;QD=16.412;RBI=0.00687693;REFB=-0.0177289;REVB=0.00676848;RO=47;SAF=26;SAR=11;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206009;STB=0.616392;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0293637;OID=.;OPOS=72935008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:47:47:37:37:0.440476:11:26:24:23:11:26:24:23 chr8 72935039 . C T 372.08 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.00419202;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.332;QD=14.1746;RBI=0.00873433;REFB=0.00138005;REVB=0.0076626;RO=58;SAF=30;SAR=13;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126632;STB=0.586755;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00123662;OID=.;OPOS=72935039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:58:62:43:43:0.409524:13:30:34:24:13:30:35:27 chr8 72935045 . G C 1677.34 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0997;QD=60.4447;RBI=0.0456837;REFB=0;REVB=0.0456715;RO=0;SAF=70;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65433e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248781;OID=.;OPOS=72935045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:41:70:0:0:41:70:0:0 chr8 72942210 . G T 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5185;QD=61.6797;RBI=0.0618138;REFB=0;REVB=-0.0615514;RO=0;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000541653;OID=.;OPOS=72942210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:10:31:0:0:10:31:0:0 chr8 72966002 . G A 949.82 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4815;QD=58.4502;RBI=0.0639914;REFB=0;REVB=-0.0579389;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000757115;OID=.;OPOS=72966002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:31:33:0:0:31:34:0:0 chr8 72975801 . T G 1395.28 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0163982;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=301.147;QD=59.3734;RBI=0.0168296;REFB=-0.178547;REVB=0.00378608;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507738;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.000400444;OID=.;OPOS=72975801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:0:3:91:91:0.968085:52:39:0:0:52:39:2:1 chr8 72981327 . A G 1970.83 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0077842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.83;QD=62.0733;RBI=0.0140501;REFB=0;REVB=-0.0116966;RO=0;SAF=70;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99943e-06;OID=.;OPOS=72981327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:57:70:0:0:57:70:0:0 chr8 74005131 . A G 724.61 PASS AF=0.461078;AO=77;DP=168;FAO=77;FDP=167;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=-0.0280296;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1322;QD=17.3558;RBI=0.0345336;REFB=-0.00809439;REVB=-0.020172;RO=90;SAF=29;SAR=48;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240155;STB=0.513323;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00801727;OID=.;OPOS=74005131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:90:90:77:77:0.461078:48:29:36:54:48:29:36:54 chr8 74005179 . T G 380.8 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00589547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.328;QD=19.5283;RBI=0.00800919;REFB=-0.0477103;REVB=-0.00542131;RO=39;SAF=20;SAR=19;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921568;STB=0.551155;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0394073;OID=.;OPOS=74005179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:19:20:16:23:19:20:16:23 chr8 74153697 . G A 157.66 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0115665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0047;QD=8.08524;RBI=0.0116427;REFB=0.00663237;REVB=-0.00132954;RO=56;SAF=8;SAR=14;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207506;STB=0.624299;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0318003;OID=.;OPOS=74153697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:56:22:22:0.282051:14:8:30:26:14:8:30:26 chr8 74169337 . T C 264.69 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.014509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6602;QD=13.0709;RBI=0.0701077;REFB=0.0316896;REVB=0.0685899;RO=50;SAF=13;SAR=18;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445984;STB=0.525531;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.0530894;OID=.;OPOS=74169337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:18:13:23:27:18:13:23:27 chr8 74527996 . C T 708.26 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.023;QD=62.9567;RBI=0.0253129;REFB=0;REVB=0.000897203;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28434e-05;OID=.;OPOS=74527996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr8 74581290 . A AG,G 1217.26 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=74,3;DP=80;FAO=78,3;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36,3;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384121,0.0505269;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=194.234,28.7722;QD=60.1114;RBI=0.0429369,0.055775;REFB=0,0;REVB=0.0191855,0.0236195;RO=1;SAF=34,3;SAR=40,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0137108,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000121146,-0.0232587;OID=.,.;OPOS=74581291,74581290;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:80:81:1:0:74,3:78,3:0.962963,0.037037:40,0:34,3:1:0:42,0:36,3:0:0 chr8 74888616 . G C 211.74 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00022865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.3486;QD=12.4553;RBI=0.00182373;REFB=-0.0363126;REVB=-0.00180934;RO=41;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234099;STB=0.639097;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0592882;OID=.;OPOS=74888616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:42:26:26:0.382353:12:14:13:28:12:14:13:29 chr8 74893821 . A G 270.56 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0093684;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.08;QD=22.5466;RBI=0.0139319;REFB=-0.0151728;REVB=-0.0103117;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113563;STB=0.506347;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0117643;OID=.;OPOS=74893821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:23:23:25:25:0.520833:9:16:15:8:9:16:15:8 chr8 74893850 . C G 217.32 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.023676;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.183;QD=20.6968;RBI=0.0264688;REFB=-0.00624522;REVB=-0.0118341;RO=21;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989847;STB=0.555505;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00815805;OID=.;OPOS=74893850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:7:14:16:5:7:14:16:5 chr8 74893880 . C T 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.00232079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.178;QD=14.6988;RBI=0.011886;REFB=-0.00681443;REVB=0.0116573;RO=23;SAF=13;SAR=3;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103439;STB=0.559254;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0119133;OID=.;OPOS=74893880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:3:13:20:3:3:13:20:3 chr8 74917084 . A G 1656.65 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458383;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5582;QD=60.2419;RBI=0.05512;REFB=0;REVB=-0.0306116;RO=0;SAF=51;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427752;OID=.;OPOS=74917084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:59:51:0:0:59:51:0:0 chr8 74960935 . G A 283.64 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00591354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.283;QD=19.9042;RBI=0.0221447;REFB=-0.0119924;REVB=-0.0213405;RO=23;SAF=14;SAR=16;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200418;STB=0.563939;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0108371;OID=.;OPOS=74960935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:27:30:30:0.526316:16:14:5:18:16:14:9:18 chr8 75262798 . G C 1162.75 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403662;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8925;QD=61.1976;RBI=0.0563189;REFB=0;REVB=0.0392732;RO=0;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019803;OID=.;OPOS=75262798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:28:48:0:0:28:48:0:0 chr8 75274141 . T G 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0101028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.95;QD=19.5232;RBI=0.031915;REFB=-0.0173437;REVB=0.0302737;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460702;STB=0.526277;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0174507;OID=.;OPOS=75274141;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:4:8:10:4:4:8 chr8 75460784 . T G,TG 1688.16 PASS AF=0,1;AO=7,98;DP=190;FAO=0,121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=0,65;FSAR=0,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0893874,-0.0686429;FXX=0.0319974;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=9.40825,22.267;QD=55.807;RBI=0.0902459,0.0777771;REFB=0,0;REVB=0.0124186,0.036571;RO=74;SAF=1,54;SAR=6,44;SRF=69;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.79207,-0.319281;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.000477976;OID=.,.;OPOS=75460784,75460785;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:10:190:121:74:0:7,98:0,121:0,1:6,44:1,54:69:5:0,56:0,65:0:0 chr8 75460789 . A AG 1167.21 PASS AF=1;AO=106;DP=120;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.0447;QD=39.9046;RBI=0.116033;REFB=0;REVB=-0.0261846;RO=12;SAF=61;SAR=45;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472487;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00400091;OID=.;OPOS=75460790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:106:120:117:117:0:62:55:0:0:24:12:61:45:4:8 chr8 75614617 . A G 208.69 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.050742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3591;QD=18.1467;RBI=0.0836907;REFB=0.00442729;REVB=0.0665536;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00364795;STB=0.502073;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00486278;OID=.;OPOS=75614617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:13:12:10:11:13:12 chr8 75664694 . CA C 249.46 PASS AF=0.474576;AO=26;DP=62;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00609028;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.605;QD=16.9127;RBI=0.012337;REFB=-0.0147895;REVB=0.0107289;RO=33;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101497;STB=0.512306;STBP=0.855;TYPE=del;VARB=0.0166838;OID=.;OPOS=75664695;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.474576:26:62:28:59:31:16:12:17:14:99:33:16:10:17:16 chr8 76452313 . G A 800.22 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00231346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.307;QD=57.1585;RBI=0.0810279;REFB=0;REVB=0.0809948;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604916;OID=.;OPOS=76452313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:33:20:0:0:36:20:0:0 chr8 76468282 . G A 2909.84 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.116179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9457;QD=62.9155;RBI=0.120521;REFB=0;REVB=0.0320584;RO=0;SAF=109;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014464;OID=.;OPOS=76468282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:185:0:0:184:185:1:75:109:0:0:76:109:0:0 chr8 76476396 . G A 1008.16 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6086;QD=59.3035;RBI=0.0481297;REFB=0;REVB=-0.0456513;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287636;OID=.;OPOS=76476396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr8 76476457 . G A 705.15 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299642;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.131;QD=56.4119;RBI=0.0370443;REFB=0;REVB=0.0217813;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613976;OID=.;OPOS=76476457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:32:17:0:0:32:18:0:0 chr8 76478768 . C T 7194.2 PASS AF=1;AO=455;DP=455;FAO=456;FDP=456;FR=.;FRO=0;FSAF=233;FSAR=223;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305745;FXX=0.00869546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.997;QD=63.107;RBI=0.0124227;REFB=0;REVB=0.0120405;RO=0;SAF=232;SAR=223;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29348e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05599e-05;OID=.;OPOS=76478768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:455:456:0:0:455:456:1:223:232:0:0:223:233:0:0 chr8 77048621 . C A 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0206662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.21;QD=17.2246;RBI=0.040129;REFB=-0.010028;REVB=-0.0343983;RO=38;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702916;STB=0.530846;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0125898;OID=.;OPOS=77048621;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:19:15:14:24:19:15:15:24 chr8 77745635 . G A 1080.22 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.191;QD=60.0124;RBI=0.0180009;REFB=0;REVB=0.00263682;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.51844e-05;OID=.;OPOS=77745635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr8 77765865 . C T 380.8 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00521888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.033;QD=19.5284;RBI=0.00597794;REFB=-0.0126517;REVB=0.00291532;RO=39;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462178;STB=0.525679;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0132406;OID=.;OPOS=77765865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:18:21:19:20:18:21:19:20 chr8 77768204 . A T 226.98 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0219409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6706;QD=13.5511;RBI=0.0263426;REFB=0.0115462;REVB=-0.0145783;RO=40;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206357;STB=0.511776;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.0197035;OID=.;OPOS=77768204;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:15:12:17:23:15:12:17:23 chr8 77777735 . C G 200.2 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0145859;FXX=0.183303;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.311;QD=16.3426;RBI=0.0403335;REFB=0.000318329;REVB=-0.0376038;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206751;STB=0.510195;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.000646561;OID=.;OPOS=77777735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:49:21:27:22:22:0.44898:11:11:11:10:11:11:14:13 chr8 77895865 . A G 410.67 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000553176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.181;QD=56.6445;RBI=0.0193257;REFB=0;REVB=0.0193178;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13608e-05;OID=.;OPOS=77895865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr8 77912148 . G A 1364.84 PASS AF=0.978022;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0429714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5254;QD=59.9932;RBI=0.0444732;REFB=0.0764043;REVB=-0.0114599;RO=2;SAF=29;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157924;STB=0.508195;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.0151329;OID=.;OPOS=77912148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:91:2:2:88:89:0.978022:59:29:0:2:60:29:0:2 chr8 77912230 . G T 486.95 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611936;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.945;QD=59.0238;RBI=0.0613938;REFB=0;REVB=-0.00495334;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43225e-05;OID=.;OPOS=77912230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr8 79610710 . A G 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.838;QD=56.999;RBI=0.0370764;REFB=0;REVB=0.0245802;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.34483e-06;OID=.;OPOS=79610710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr8 80678427 . T C 216.66 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.026367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3101;QD=13.3331;RBI=0.0308935;REFB=-0.0320006;REVB=-0.0160995;RO=39;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199707;STB=0.613949;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0281815;OID=.;OPOS=80678427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:11:15:15:24:11:15:15:24 chr8 81116920 . G C 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0592161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1839;QD=13.2306;RBI=0.0607465;REFB=0.0150512;REVB=0.0135498;RO=29;SAF=5;SAR=12;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383413;STB=0.72336;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.023059;OID=.;OPOS=81116920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:12:5:19:10:12:5:19:10 chr8 81905397 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00138178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.467;QD=58.1402;RBI=0.0153882;REFB=0;REVB=0.0153261;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78349e-05;OID=.;OPOS=81905397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr8 82355621 . A G 146.34 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0363051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1869;QD=16.725;RBI=0.0594396;REFB=-0.00825831;REVB=-0.0470638;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1459;STB=0.583835;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00990019;OID=.;OPOS=82355621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:10:6:10:9:10:6:10:9 chr8 82357112 . T C 506.06 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0103195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.14;QD=16.3246;RBI=0.0130135;REFB=-0.00205957;REVB=-0.00792845;RO=69;SAF=36;SAR=19;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236561;STB=0.632282;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00279096;OID=.;OPOS=82357112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:69:55:55:0.443548:19:36:29:40:19:36:29:40 chr8 82633452 . C G 137.75 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0494672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.009;QD=11.4795;RBI=0.0523345;REFB=-0.0241425;REVB=-0.0170851;RO=29;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654798;STB=0.52125;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0464805;OID=.;OPOS=82633452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:29:32:16:16:0.333333:9:7:11:18:9:7:13:19 chr8 86057894 . GTATT G 837.22 PASS AF=1;AO=55;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366533;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=4;MLLD=277.284;QD=57.739;RBI=0.0476633;REFB=0;REVB=0.0304686;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.75285e-05;OID=.;OPOS=86057895;OREF=TATT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:58:58:58:0:35:23:0:0:5:0:35:20:0:0 chr8 86089787 . C G 86.02 PASS AF=1;AO=4;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0725213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.1872;QD=38.2307;RBI=0.206293;REFB=0;REVB=0.193125;RO=0;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00993057;OID=.;OPOS=86089787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:4:9:1:3:1:0:0:5:4:0:0 chr8 86126827 . C CAACATT,T 983.97 PASS AF=0.873418,0.0379747;AO=68,3;DP=80;FAO=69,3;FDP=79;FR=.;FRO=7;FSAF=40,1;FSAR=29,2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0201345,-0.0392278;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=257.359,66.4228;QD=49.8215;RBI=0.0238951,0.0415753;REFB=0.00066457,-0.0288586;REVB=0.0128676,0.0137726;RO=8;SAF=39,1;SAR=29,2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0104403,-0.296653;STB=0.512766,0.7485;STBP=0.515,0.402;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000343975,0.033916;OID=.,.;OPOS=86126828,86126827;OREF=-,C;OALT=AACATT,T;OMAPALT=CAACATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:80:79:8:7:68,3:69,3:0.873418,0.0379747:29,2:39,1:5:3:29,2:40,1:5:2 chr8 86245799 . A G 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0556018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6828;QD=14.6981;RBI=0.0557167;REFB=0.00960135;REVB=-0.0035756;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303677;STB=0.676153;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00488714;OID=.;OPOS=86245799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:5:11:9:14:5:11:9:14 chr8 86351997 . G A 254.41 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00417314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.758;QD=15.4185;RBI=0.0105808;REFB=-0.00058799;REVB=0.00972304;RO=37;SAF=18;SAR=11;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029697;STB=0.516767;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.000758532;OID=.;OPOS=86351997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:11:18:24:13:11:18:24:13 chr8 86389403 . T C 446.82 PASS AF=0.434783;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.00560479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8322;QD=15.5415;RBI=0.0346454;REFB=-0.00381899;REVB=-0.0341891;RO=65;SAF=28;SAR=22;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129986;STB=0.572787;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00682618;OID=.;OPOS=86389403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:65:50:50:0.434783:22:28:28:37:22:28:28:37 chr8 87226700 . A G 137.37 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=5;FWDB=-0.00711709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.555;QD=11.2137;RBI=0.0147617;REFB=-0.0226853;REVB=0.0129327;RO=33;SAF=11;SAR=5;SRF=28;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240697;STB=0.639199;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.029398;OID=.;OPOS=87226700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:5:11:28:5:5:11:28:5 chr8 87229702 . A G 155.98 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00102468;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.048;QD=14.5099;RBI=0.00705272;REFB=-0.0206679;REVB=-0.00697788;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157825;STB=0.599888;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0228579;OID=.;OPOS=87229702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:25:26:17:17:0.395349:8:9:17:8:8:9:18:8 chr8 87229739 . C T 199.92 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0194463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.523;QD=11.5895;RBI=0.0381676;REFB=0.00132584;REVB=-0.0328422;RO=44;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104041;STB=0.506019;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00314835;OID=.;OPOS=87229739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:15:10:18:26:15:10:18:26 chr8 87229948 . T A 300.28 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0152626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.154;QD=24.5129;RBI=0.0225399;REFB=-0.0268269;REVB=0.0165862;RO=22;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667044;STB=0.53701;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0225274;OID=.;OPOS=87229948;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:15:12:8:14:15:12:8:14 chr8 87241847 . G A 1338.57 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9839;QD=62.2593;RBI=0.0329415;REFB=0;REVB=-0.0299181;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247434;OID=.;OPOS=87241847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:47:39:0:0:47:39:0:0 chr8 87474085 . A G 198.67 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0218308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1877;QD=19.3827;RBI=0.0467806;REFB=0.00798016;REVB=0.0413744;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15199;STB=0.585871;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00766308;OID=.;OPOS=87474085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:9:11:8:13:9:11:8:13 chr8 87479810 . C T 364.49 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0140431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2727;QD=18.4551;RBI=0.0405089;REFB=-0.00901422;REVB=-0.0379969;RO=39;SAF=19;SAR=19;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583489;STB=0.544281;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00906938;OID=.;OPOS=87479810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:41:38:38:0.481013:19:19:22:17:19:19:24:17 chr8 87480890 . C T 427.61 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00038041;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2272;QD=19.2185;RBI=0.0450002;REFB=-0.0339852;REVB=-0.0449986;RO=43;SAF=19;SAR=24;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104781;STB=0.541429;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.034347;OID=.;OPOS=87480890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:43:46:43:43:0.483146:24:19:24:19:24:19:24:22 chr8 87484669 . C T 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.027969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.292;QD=20.4846;RBI=0.0302736;REFB=-0.00975635;REVB=0.0115855;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203484;STB=0.614308;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0190799;OID=.;OPOS=87484669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:8:6:2:9:8:6:2:9 chr8 87489562 . AACAC AAC,AACAA 392.94 PASS AF=0.413043,0.0543478;AO=31,4;DP=94;FAO=38,5;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=16,0;FSAR=22,5;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.01148,-0.0158939;FXX=0.0107515;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=283.328,285.242;QD=17.0844;RBI=0.0115827,0.0162262;REFB=-0.00513159,-0.00447138;REVB=-0.00153935,-0.00326688;RO=49;SAF=13,0;SAR=18,4;SRF=19;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0350195,-0.492846;STB=0.507459,0.997491;STBP=0.928,0.038;TYPE=del,snp;VARB=0.00533987,0.0103224;OID=.,.;OPOS=87489563,87489566;OREF=AC,C;OALT=-,A;OMAPALT=AAC,AACAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413043,0.0543478:31,4:94:38,5:92:49:16,0:22,5:20:29:99:49:13,0:18,4:19:30 chr8 87497176 . G A 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0269952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.174;QD=15.1657;RBI=0.0466688;REFB=-0.0329398;REVB=-0.0380689;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228813;STB=0.631413;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0302768;OID=.;OPOS=87497176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:6:14:7:8:6:14 chr8 87666251 . T G 743.41 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0121339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.107;QD=53.1008;RBI=0.0267149;REFB=0.00958958;REVB=0.0238003;RO=2;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033633;STB=0.517851;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00017679;OID=.;OPOS=87666251;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:56:56:2:2:54:54:0.964286:27:27:0:2:27:27:0:2 chr8 87679303 . A C 2147.48 PASS AF=0.978873;AO=139;DP=142;FAO=139;FDP=142;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0240147;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7762;QD=60.4923;RBI=0.0255417;REFB=0.0136151;REVB=-0.00869909;RO=1;SAF=50;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0053126;STB=0.500605;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00133528;OID=.;OPOS=87679303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:142:142:1:3:139:139:0.978873:89:50:0:1:89:50:1:2 chr8 88622043 . T G 786.66 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.269;QD=64.2174;RBI=0.0453848;REFB=0;REVB=0.0443807;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212124;OID=.;OPOS=88622043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:32:16:0:0:32:17:0:0 chr8 89081730 . T C 266.0 PASS AF=0.327103;AO=35;DP=107;FAO=35;FDP=107;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=56;FWDB=0.0483946;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8921;QD=9.94377;RBI=0.063043;REFB=0.0203436;REVB=0.0404027;RO=72;SAF=12;SAR=23;SRF=16;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166421;STB=0.595428;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0269324;OID=.;OPOS=89081730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:72:72:35:35:0.327103:23:12:16:56:23:12:16:56 chr8 89340162 . G C 341.94 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0349555;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.822;QD=20.7237;RBI=0.0357897;REFB=-0.0214441;REVB=0.00768201;RO=29;SAF=9;SAR=26;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369914;STB=0.718872;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0304298;OID=.;OPOS=89340162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:29:31:35:35:0.530303:26:9:20:9:26:9:22:9 chr8 90770315 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.655;QD=58.5878;RBI=0.0635153;REFB=0;REVB=0.0339918;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293344;OID=.;OPOS=90770315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr8 90958422 . T C 412.79 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0209692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.955;QD=18.7632;RBI=0.0236667;REFB=-0.0071375;REVB=0.010973;RO=46;SAF=19;SAR=23;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125775;STB=0.57001;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00890349;OID=.;OPOS=90958422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:23:19:27:19:23:19:27:19 chr8 90967711 . A G 388.06 PASS AF=0.4375;AO=40;DP=98;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=0.0685544;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.127;QD=16.1691;RBI=0.0687547;REFB=-0.0152075;REVB=-0.00524378;RO=52;SAF=18;SAR=22;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240607;STB=0.626662;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0197417;OID=.;OPOS=90967711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:52:54:40:42:0.4375:22:18:36:16:22:20:38:16 chr8 90990479 . C G 517.47 PASS AF=0.394737;AO=60;DP=152;FAO=60;FDP=152;FR=.;FRO=92;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=64;FSRR=28;FWDB=-0.00406608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1528;QD=13.6177;RBI=0.00452512;REFB=-0.00190314;REVB=0.00198588;RO=92;SAF=38;SAR=22;SRF=64;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737811;STB=0.541492;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00299402;OID=.;OPOS=90990479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:92:92:60:60:0.394737:22:38:64:28:22:38:64:28 chr8 90995019 . C T 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.000325208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.269;QD=27.3089;RBI=0.0061359;REFB=-0.0150613;REVB=-0.00612727;RO=20;SAF=20;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748041;STB=0.541372;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0132195;OID=.;OPOS=90995019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:9:20:12:8:9:20:12:8 chr8 91971072 . A ATTCT 112.52 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00883244;FXX=0.0491723;HRUN=2;LEN=4;MLLD=290.324;QD=7.76025;RBI=0.01733;REFB=-0.00322889;REVB=0.0149103;RO=44;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2306;STB=0.640851;STBP=0.179;TYPE=ins;VARB=0.00858555;OID=.;OPOS=91971073;OREF=-;OALT=TTCT;OMAPALT=ATTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862:16:60:16:58:42:10:6:18:24:99:44:10:6:19:25 chr8 91990893 . G A 255.61 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00414882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.382;QD=17.9374;RBI=0.0589992;REFB=-0.00243972;REVB=-0.0588532;RO=29;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172826;STB=0.596425;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00119535;OID=.;OPOS=91990893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:14:14:9:20:14:14:9:20 chr8 92021036 . C T 252.84 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0158826;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0498;QD=25.9321;RBI=0.0320265;REFB=0.0213435;REVB=-0.0278108;RO=14;SAF=17;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238672;STB=0.638969;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00594905;OID=.;OPOS=92021036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:14:16:23:23:0.589744:6:17:6:8:6:17:7:9 chr8 92083424 . A G 711.71 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0408169;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4829;QD=54.7472;RBI=0.0446153;REFB=-0.166891;REVB=0.0180139;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0033163;OID=.;OPOS=92083424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:21:30:0:0:21:30:1:0 chr8 92136728 . C T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.876;QD=59.5016;RBI=0.0120744;REFB=0;REVB=-0.00495717;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28718e-05;OID=.;OPOS=92136728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr8 92364100 . T C 336.67 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.00184052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.488;QD=17.265;RBI=0.00914208;REFB=-0.0191987;REVB=-0.0089549;RO=42;SAF=16;SAR=20;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211191;STB=0.617914;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0225589;OID=.;OPOS=92364100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:20:16:28:14:20:16:28:14 chr8 92406021 . C T 440.63 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0337261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4673;QD=19.5833;RBI=0.0469008;REFB=-0.0109895;REVB=0.032592;RO=46;SAF=22;SAR=22;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800436;STB=0.544424;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0111744;OID=.;OPOS=92406021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:22:22:27:19:22:22:27:19 chr8 92406436 . CTTTTTTTA CTTTTTTA,CTTTTTTAG 113.26 PASS AF=0.393443,0.0983607;AO=19,5;DP=61;FAO=24,6;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=11,0;FSAR=13,6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0177457,0.075464;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.30733,25.1926;QD=7.42679;RBI=0.07716,0.116456;REFB=-0.00589562,-0.00604247;REVB=0.0750917,0.0886969;RO=26;SAF=10,0;SAR=9,5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.141957,-0.627601;STB=0.522187,0.997843;STBP=0.787,0.017;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00232779,0.0565782;OID=.,.;OPOS=92406437,92406443;OREF=T,TA;OALT=-,AG;OMAPALT=CTTTTTTA,CTTTTTTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393443,0.0983607:19,5:61:24,6:61:31:11,0:13,6:13:18:78:26:10,0:9,5:10:16 chr8 92407524 . G A 456.03 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0488653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2378;QD=20.268;RBI=0.0608077;REFB=-0.010961;REVB=-0.0361907;RO=45;SAF=21;SAR=24;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800556;STB=0.544359;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0102611;OID=.;OPOS=92407524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:24:21:25:20:24:21:25:20 chr8 92409697 . G A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0303216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.53;QD=15.1601;RBI=0.0419269;REFB=0.0117485;REVB=-0.0289563;RO=22;SAF=13;SAR=3;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476945;STB=0.777801;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0422333;OID=.;OPOS=92409697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:3:13:8:14:3:13:8:14 chr8 92971404 . GTT G,GT 156.81 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=3,15;DP=29;FAO=1,26;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746125,0.132281;FXX=0.0689417;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=11.3788,10.2653;QD=23.2314;RBI=0.0800759,0.142427;REFB=-0.0698915,-0.0954526;REVB=0.0290711,0.0527954;RO=6;SAF=1,10;SAR=2,5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.178952;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0375904,0.0123271;OID=.,.;OPOS=92971405,92971405;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.037037,0.962963:3,15:29:1,26:27:0:1,14:0,12:0:0:4:6:1,10:2,5:2:4 chr8 94746698 . G T 290.26 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.945;QD=48.3765;RBI=0.0702467;REFB=0;REVB=0.056471;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323795;OID=.;OPOS=94746698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:24:1:0:21:24:1:7:14:0:1:8:16:0:0 chr8 94794620 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.211;QD=62.3504;RBI=0.0229761;REFB=0;REVB=-0.0173701;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.8885e-06;OID=.;OPOS=94794620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr8 94808165 . A G 772.43 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0304714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5029;QD=61.7946;RBI=0.0433536;REFB=0.013746;REVB=-0.0308387;RO=1;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192048;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000998398;OID=.;OPOS=94808165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:24:25:0:1:24:25:0:1 chr8 94827660 . A C 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0367005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.466;QD=19.1095;RBI=0.0367049;REFB=-0.0138303;REVB=-0.000570964;RO=26;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149116;STB=0.583272;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.016643;OID=.;OPOS=94827660;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:12:15:10:16:12:15:10:16 chr8 94935937 . T C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.487;QD=58.5858;RBI=0.0165742;REFB=0;REVB=0.0130981;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31621e-06;OID=.;OPOS=94935937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr8 94936532 . G C 1305.52 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142433;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.456;QD=62.1677;RBI=0.0214494;REFB=0;REVB=0.0160376;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47035e-06;OID=.;OPOS=94936532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:40:43:0:0:40:44:0:0 chr8 95143186 . C G 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.398;QD=47.8161;RBI=0.0623139;REFB=0;REVB=0.0184857;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548597;OID=.;OPOS=95143186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr8 95158259 . G A 1893.18 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305008;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1775;QD=61.0703;RBI=0.0483653;REFB=0;REVB=0.0375354;RO=0;SAF=56;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012797;OID=.;OPOS=95158259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:124:0:0:118:124:1:62:56:0:0:66:58:0:0 chr8 95161102 . G A 953.09 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.787;QD=58.6515;RBI=0.0153742;REFB=0;REVB=0.00897185;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.15354e-06;OID=.;OPOS=95161102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:39:25:0:0:40:25:0:0 chr8 95188850 . T C 2470.84 PASS AF=0.97619;AO=163;DP=168;FAO=164;FDP=168;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0137611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.096;QD=58.8295;RBI=0.0145448;REFB=-0.0662966;REVB=0.00470997;RO=3;SAF=73;SAR=90;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759907;STB=0.501172;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000565968;OID=.;OPOS=95188850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:168:168:3:4:163:164:0.97619:90:73:2:1:90:74:2:2 chr8 95272605 . G C 259.08 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.091206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8404;QD=24.1007;RBI=0.0955858;REFB=0.0159026;REVB=0.0286026;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954796;STB=0.553147;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0209857;OID=.;OPOS=95272605;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:13:11:11:8:13:11:11:8 chr8 95531419 . T C 455.05 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=0.000870852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.738;QD=16.5473;RBI=0.030932;REFB=-0.00807605;REVB=0.0309198;RO=60;SAF=18;SAR=32;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325144;STB=0.680781;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0132219;OID=.;OPOS=95531419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:60:60:50:50:0.454545:32:18:42:18:32:18:42:18 chr8 95538468 . T C 199.36 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00649756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.246;QD=27.4974;RBI=0.0283773;REFB=-0.0302683;REVB=0.0276234;RO=10;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783405;STB=0.543433;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.010659;OID=.;OPOS=95538468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:9:10:4:6:9:10:4:6 chr8 95541371 . T A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.000907693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.477;QD=18.6373;RBI=0.0229173;REFB=-0.0203002;REVB=0.0228993;RO=16;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698884;STB=0.539948;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0167965;OID=.;OPOS=95541371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:4:12:11:5:4:12:11:5 chr8 95559092 . T C 249.72 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00440871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.164;QD=17.5241;RBI=0.0270927;REFB=-0.0156111;REVB=-0.0267316;RO=29;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164767;STB=0.598671;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0115708;OID=.;OPOS=95559092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:27:28:0.491228:11:16:12:17:11:17:12:17 chr8 95560485 . T C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0280738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.05;QD=12.782;RBI=0.0352268;REFB=-0.0156687;REVB=0.0212789;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235856;STB=0.639072;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0161674;OID=.;OPOS=95560485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:5:9:4:6:5:9 chr8 95680229 . C T 428.52 PASS AF=0.44;AO=42;DP=98;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0358741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2636;QD=17.1407;RBI=0.0523921;REFB=0.00922581;REVB=-0.0381835;RO=54;SAF=13;SAR=29;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108921;STB=0.567697;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.0146366;OID=.;OPOS=95680229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:54:56:42:44:0.44:29:13:22:32:30:14:24:32 chr8 95690579 . T C 225.23 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00455773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.782;QD=15.27;RBI=0.0157708;REFB=-0.0252409;REVB=-0.0150979;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116676;STB=0.551865;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0368222;OID=.;OPOS=95690579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:33:25:26:0.440678:15:10:17:16:15:11:17:16 chr8 95719387 . A T 190.31 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00722206;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.86;QD=13.1249;RBI=0.00779494;REFB=-0.0049671;REVB=-0.00293309;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677458;STB=0.538888;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0173191;OID=.;OPOS=95719387;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:35:35:23:23:0.396552:11:12:16:19:11:12:16:19 chr8 95877787 . T C 616.75 PASS AF=0.539823;AO=61;DP=115;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00755985;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.195;QD=21.8317;RBI=0.0158917;REFB=-0.0125444;REVB=0.0139784;RO=52;SAF=26;SAR=35;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110642;STB=0.560714;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0100466;OID=.;OPOS=95877787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:52:52:61:61:0.539823:35:26:29:23:35:26:29:23 chr8 95888307 . C T 126.75 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0028847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7666;QD=11.7903;RBI=0.0730644;REFB=0.0143648;REVB=-0.0730074;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474041;STB=0.501556;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0171468;OID=.;OPOS=95888307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:28:15:15:0.348837:7:8:15:11:7:8:15:13 chr8 95918288 . C T 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.761;QD=56.9989;RBI=0.0370123;REFB=0;REVB=0.0286185;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30047e-05;OID=.;OPOS=95918288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr8 95938422 . C A 638.64 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.355;QD=59.4087;RBI=0.0209626;REFB=-0.047383;REVB=0.00123809;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000177534;OID=.;OPOS=95938422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:22:20:0:0:22:20:1:0 chr8 95942244 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.386;QD=61.6837;RBI=0.0331152;REFB=0;REVB=0.00891173;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184576;OID=.;OPOS=95942244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr8 95951916 . GTGAC G 727.8 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215335;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=284.012;QD=63.2868;RBI=0.0319159;REFB=0;REVB=-0.023557;RO=0;SAF=34;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.36964e-06;OID=.;OPOS=95951917;OREF=TGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:46:46:46:0:34:12:0:0:4:0:34:11:0:0 chr8 96053782 . GCT G 402.79 PASS AF=0.567568;AO=36;DP=73;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00716547;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.635;QD=21.7727;RBI=0.0227641;REFB=-0.00815794;REVB=-0.021607;RO=29;SAF=18;SAR=18;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181781;STB=0.575723;STBP=0.163;TYPE=del;VARB=0.00479556;OID=.;OPOS=96053783;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567568:36:73:42:74:32:19:23:9:23:99:29:18:18:8:21 chr8 96085190 . C T 544.85 PASS AF=0.42236;AO=59;DP=147;FAO=68;FDP=161;FR=.;FRO=93;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=58;FSRR=35;FWDB=0.00097309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.07;QD=13.5366;RBI=0.0158289;REFB=-0.0151786;REVB=-0.0157989;RO=88;SAF=32;SAR=27;SRF=58;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126849;STB=0.587783;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0193555;OID=.;OPOS=96085190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:161:88:93:59:68:0.42236:27:32:58:30:36:32:58:35 chr8 97847358 . G T 1545.0 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121138;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.0003;QD=58.8571;RBI=0.0149475;REFB=0;REVB=-0.00875696;RO=0;SAF=43;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11863e-05;OID=.;OPOS=97847358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:105:0:0:104:105:1:61:43:0:0:62:43:0:0 chr8 98289986 . C T 1478.8 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.039454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.832;QD=57.9922;RBI=0.0468766;REFB=0.0715751;REVB=0.0253139;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-8.40827e-05;OID=.;OPOS=98289986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:0:1:100:101:0.990196:43:57:0:0:43:58:0:1 chr8 98943446 . T C 656.44 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721419;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.194;QD=62.5176;RBI=0.027033;REFB=0;REVB=-0.0260527;RO=0;SAF=6;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103116;OID=.;OPOS=98943446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:36:6:0:0:36:6:0:0 chr8 98954012 . T C 747.05 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1737;QD=63.5787;RBI=0.0362799;REFB=0;REVB=-0.0353227;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312358;OID=.;OPOS=98954012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:24:23:0:0 chr8 99030280 . T C 446.13 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=-0.0222176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5802;QD=23.4806;RBI=0.0757087;REFB=0.0225377;REVB=0.0723753;RO=32;SAF=24;SAR=19;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259682;STB=0.647029;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0112039;OID=.;OPOS=99030280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:33:43:43:0.565789:19:24:7:25:19:24:7:26 chr8 99039774 . C T 635.29 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0106132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.399;QD=20.0092;RBI=0.014759;REFB=-0.0106917;REVB=-0.0102561;RO=61;SAF=33;SAR=31;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00795385;STB=0.503816;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0108605;OID=.;OPOS=99039774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:63:64:64:0.503937:31:33:32:29:31:33:32:31 chr8 99044528 . C T 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0350686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.854;QD=15.1719;RBI=0.0352996;REFB=-0.00208127;REVB=0.00403121;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113823;STB=0.565638;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00285569;OID=.;OPOS=99044528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:8:9:10:14:8:9:10:14 chr8 99045792 . G A 253.67 PASS AF=0.615385;AO=22;DP=38;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0116159;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.616;QD=26.0172;RBI=0.0176754;REFB=-0.0123539;REVB=0.0133226;RO=14;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649535;STB=0.536882;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0070258;OID=.;OPOS=99045792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:14:15:22:24:0.615385:9:13:7:7:9:15:8:7 chr8 99045978 . A C 141.41 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0406337;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.6039;QD=12.8557;RBI=0.0464087;REFB=0.00164107;REVB=0.0224203;RO=28;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343667;STB=0.520109;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00172498;OID=.;OPOS=99045978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:28:28:16:16:0.363636:11:5:8:20:11:5:8:20 chr8 99205612 . C T 1449.1 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0270097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.142;QD=57.3903;RBI=0.0320331;REFB=-0.00275285;REVB=0.0172218;RO=2;SAF=57;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163516;STB=0.508619;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=1.97309e-08;OID=.;OPOS=99205612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:42:57:2:0:42:57:2:0 chr8 99208190 . A C,T 741.2 PASS AF=0.945455,0.0363636;AO=50,2;DP=53;FAO=52,2;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=41,0;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028723,0.0565147;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.988,28.584;QD=53.9052;RBI=0.0681573,0.0853829;REFB=-0.0605197,-0.154894;REVB=0.0618095,0.0640025;RO=1;SAF=39,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0408723,0;STB=0.521731,0.5;STBP=0.133,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000573604,0.191201;OID=.,.;OPOS=99208190,99208190;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:53:55:1:1:50,2:52,2:0.945455,0.0363636:11,2:39,0:0:1:11,2:41,0:0:1 chr8 99234772 . T G 244.66 PASS AF=0.5;AO=23;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.101177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7031;QD=19.5725;RBI=0.101257;REFB=-0.0617117;REVB=0.0040318;RO=25;SAF=5;SAR=18;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08007;STB=0.526631;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0779497;OID=.;OPOS=99234772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:25:23:25:0.5:18:5:7:18:19:6:7:18 chr8 99441904 . G T 1396.05 PASS AF=1;AO=81;DP=84;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.757;QD=62.0469;RBI=0.0114432;REFB=0;REVB=0.00012495;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162114;OID=.;OPOS=99441904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:90:0:0:81:90:1:31:50:0:0:35:55:0:0 chr8 100133706 . T G 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00801626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.671;QD=17.7524;RBI=0.00803566;REFB=-0.0133745;REVB=-0.000558008;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177543;STB=0.59992;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0135522;OID=.;OPOS=100133706;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:15:10:16:11:15:10:16:11 chr8 100844758 . T C 409.77 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00674882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.531;QD=21.5669;RBI=0.00785447;REFB=-0.0303376;REVB=0.00401821;RO=34;SAF=17;SAR=24;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166562;STB=0.585324;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0247897;OID=.;OPOS=100844758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:35:41:41:0.539474:24:17:21:13:24:17:21:14 chr8 100975001 . C CG 208.12 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249593;FXX=0.105208;HRUN=0;LEN=1;MLLD=136.79;QD=48.9699;RBI=0.0278773;REFB=0;REVB=0.012417;RO=17;SAF=2;SAR=0;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.626525;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00108476;OID=.;OPOS=100975002;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:17:17:0:6:11:0:0:4:17:2:0:5:12 chr8 100975002 . A G 192.88 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0128127;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.527;QD=40.6062;RBI=0.0128147;REFB=-0.060238;REVB=-0.000223016;RO=2;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151605;STB=0.583231;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00108964;OID=.;OPOS=100975002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:2:2:17:17:0.894737:12:5:2:0:12:5:2:0 chr8 101153024 . G A 1383.53 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00197321;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.047;QD=62.8876;RBI=0.0216889;REFB=0;REVB=-0.021599;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19089e-05;OID=.;OPOS=101153024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:38:50:0:0:38:50:0:0 chr8 101252680 . T C 229.06 PASS AF=0.48;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00965663;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.714;QD=18.3246;RBI=0.0108496;REFB=0.00160021;REVB=-0.00494602;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110123;STB=0.559951;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.000465211;OID=.;OPOS=101252680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:23:24:0.48:11:12:16:9:12:12:16:10 chr8 101253184 . G A 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0135706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.22;QD=11.7419;RBI=0.0136227;REFB=-0.0091106;REVB=-0.00119068;RO=36;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219312;STB=0.627167;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0106333;OID=.;OPOS=101253184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:13:8:21:15:13:8:21:15 chr8 101721839 . C A 37.58 PASS AF=0.0802469;AO=12;DP=162;FAO=13;FDP=162;FR=.;FRO=149;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=93;FWDB=-0.0154704;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.768;QD=0.927972;RBI=0.0178396;REFB=-0.00108735;REVB=-0.00888341;RO=148;SAF=8;SAR=4;SRF=55;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318354;STB=0.709851;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00939511;OID=.;OPOS=101721839;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:162:162:148:149:12:13:0.0802469:4:8:55:93:5:8:56:93 chr8 101721899 . C A 31.06 PASS AF=0.0757576;AO=10;DP=132;FAO=10;FDP=132;FR=.;FRO=122;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=77;FWDB=0.000209377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8671;QD=0.941252;RBI=0.0203766;REFB=-0.000787437;REVB=-0.0203755;RO=121;SAF=6;SAR=4;SRF=45;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249619;STB=0.703978;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0126383;OID=.;OPOS=101721899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:132:132:121:122:10:10:0.0757576:4:6:45:76:4:6:45:77 chr8 101752155 . C T 182.1 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0160435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.084;QD=16.9392;RBI=0.0686328;REFB=-0.0150508;REVB=-0.0667313;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127723;STB=0.552373;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0158346;OID=.;OPOS=101752155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:22:24:19:19:0.44186:12:7:11:11:12:7:11:13 chr8 101970394 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.323;QD=59.8389;RBI=0.00755552;REFB=0;REVB=-0.00195768;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88834e-05;OID=.;OPOS=101970394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr8 102209357 . A T 713.97 PASS AF=0.962963;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0141246;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.881;QD=52.8865;RBI=0.0262959;REFB=-0.0574326;REVB=-0.0221804;RO=2;SAF=26;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000696368;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220006;OID=.;OPOS=102209357;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:54:2:2:51:52:0.962963:25:26:1:1:26:26:1:1 chr8 102504974 . C G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00389799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.465;QD=16.9316;RBI=0.00433489;REFB=-0.0226242;REVB=-0.00189656;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116823;STB=0.568059;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0279916;OID=.;OPOS=102504974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:10:2:3:9:10:2:3:9 chr8 102678859 . G C 576.92 PASS AF=0.557895;AO=52;DP=94;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00659651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.595;QD=24.2916;RBI=0.0113084;REFB=-0.0144944;REVB=-0.00918513;RO=42;SAF=36;SAR=16;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130183;STB=0.57425;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0159533;OID=.;OPOS=102678859;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:42:42:52:53:0.557895:16:36:23:19:16:37:23:19 chr8 103137693 . T C 1334.41 PASS AF=0.479021;AO=132;DP=283;FAO=137;FDP=286;FR=.;FRO=149;FSAF=65;FSAR=72;FSRF=81;FSRR=68;FWDB=0.000318858;FXX=0.0034842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.585;QD=18.6631;RBI=0.00254711;REFB=-0.0233386;REVB=-0.00252707;RO=150;SAF=60;SAR=72;SRF=82;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887719;STB=0.535993;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0227133;OID=.;OPOS=103137693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:286:150:149:132:137:0.479021:72:60:82:68:72:65:81:68 chr8 103572992 . C G 571.16 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.5151;QD=58.5804;RBI=0.0332176;REFB=0;REVB=0.0331779;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452757;OID=.;OPOS=103572992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:39:1:0:38:39:1:25:13:0:1:26:13:0:0 chr8 103573001 . C G 490.06 PASS AF=0.972973;AO=34;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0252024;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.93;QD=52.9791;RBI=0.0578804;REFB=-0.15292;REVB=0.0521055;RO=2;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444824;STB=0.511105;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00391667;OID=.;OPOS=103573001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:2:1:34:36:0.972973:20:14:0:2:22:14:0:1 chr8 103573006 . G A,C 599.48 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=36,2;DP=38;FAO=39,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327284,-0.0114795;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.308,109.902;QD=58.4861;RBI=0.046254,0.0355588;REFB=0,0;REVB=0.0326846,0.0336548;RO=0;SAF=13,2;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.21415e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000908798,0.125569;OID=.,.;OPOS=103573006,103573006;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:38:41:0:0:36,2:39,2:0.95122,0.0487805:23,0:13,2:0:0:24,0:15,2:0:0 chr8 103663912 . T G 161.46 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0470197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2301;QD=18.9951;RBI=0.0687909;REFB=0.046375;REVB=0.050213;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137389;STB=0.589373;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0289225;OID=.;OPOS=103663912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:9:8:5:11:9:8:5:12 chr8 103845372 . G A 444.43 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00863004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.344;QD=23.0875;RBI=0.011224;REFB=-0.00240847;REVB=-0.00717638;RO=34;SAF=32;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22474;STB=0.624328;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00174548;OID=.;OPOS=103845372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:11:32:17:17:11:32:17:17 chr8 104081226 . A G 339.51 PASS AF=0.467532;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00275646;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.978;QD=17.6367;RBI=0.0121001;REFB=-0.0194794;REVB=-0.0117819;RO=40;SAF=22;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781611;STB=0.543835;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0193983;OID=.;OPOS=104081226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:41:35:36:0.467532:13:22:22:18:13:23:23:18 chr8 104145561 . C T 215.41 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0252022;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.621;QD=31.9122;RBI=0.0544185;REFB=-0.0429121;REVB=-0.0482309;RO=7;SAF=12;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528435;STB=0.546157;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0152372;OID=.;OPOS=104145561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:28:27:7:7:15:16:0.592593:3:12:6:1:3:13:5:2 chr8 104312341 . A G 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00540709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.007;QD=17.0704;RBI=0.00800375;REFB=-0.00905285;REVB=-0.00590113;RO=35;SAF=25;SAR=6;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282098;STB=0.660262;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0133588;OID=.;OPOS=104312341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:6:25:20:15:6:25:20:15 chr8 104337096 . A G 555.27 PASS AF=0.625;AO=50;DP=80;FAO=50;FDP=80;FR=.;FRO=30;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0135484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.795;QD=27.7635;RBI=0.025643;REFB=-0.0216757;REVB=-0.0217716;RO=30;SAF=37;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16784;STB=0.591786;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0098483;OID=.;OPOS=104337096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:30:30:50:50:0.625:13:37:16:14:13:37:16:14 chr8 104337367 . A C 244.23 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00456705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0715;QD=23.2604;RBI=0.0440586;REFB=-0.01832;REVB=0.0438212;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371334;STB=0.502073;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0110574;OID=.;OPOS=104337367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:12:11:9:10:12:11:9:10 chr8 104343686 . G A 365.59 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0501856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.55;QD=18.5107;RBI=0.0504325;REFB=-0.00752069;REVB=-0.00498452;RO=39;SAF=18;SAR=20;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581119;STB=0.530815;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00661423;OID=.;OPOS=104343686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:39:41:38:38:0.481013:20:18:16:23:20:18:17:24 chr8 104343822 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.395;QD=59.838;RBI=0.0190792;REFB=0;REVB=-0.0115879;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53687e-05;OID=.;OPOS=104343822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr8 104384780 . A G 258.59 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.030799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.973;QD=16.4184;RBI=0.0348475;REFB=0.0146532;REVB=0.0163024;RO=34;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312629;STB=0.517582;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.0181284;OID=.;OPOS=104384780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:12:17:21:13:12:17:21:13 chr8 104394744 . T C 889.74 PASS AF=0.47619;AO=90;DP=190;FAO=90;FDP=189;FR=.;FRO=99;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=0.00318896;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4485;QD=18.8304;RBI=0.038376;REFB=-0.00377586;REVB=0.0382433;RO=98;SAF=45;SAR=45;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674855;STB=0.539674;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00316646;OID=.;OPOS=104394744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:98:99:90:90:0.47619:45:45:42:56:45:45:42:57 chr8 104411282 . T C 251.93 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=7.04655e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.633;QD=27.2351;RBI=0.00198832;REFB=-0.000862186;REVB=0.00198707;RO=14;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764437;STB=0.542336;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000532454;OID=.;OPOS=104411282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:9:14:7:7:9:14:7:7 chr8 104412388 . C A 271.99 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0329645;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.652;QD=23.1484;RBI=0.0330325;REFB=-0.0141992;REVB=-0.00211843;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137054;STB=0.57627;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0145698;OID=.;OPOS=104412388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:15:7:12:13:15:7 chr8 104427359 . A C 228.24 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.018223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8849;QD=21.7372;RBI=0.0183968;REFB=-0.0310297;REVB=-0.00252222;RO=20;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179173;STB=0.510041;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0271388;OID=.;OPOS=104427359;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:7:15:14:6:7:15:14:6 chr8 104427541 . C T 140.11 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.00909579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.793;QD=12.737;RBI=0.0101638;REFB=-0.0107393;REVB=0.00453524;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445975;STB=0.762884;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0145398;OID=.;OPOS=104427541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:15:16:0.363636:6:9:5:23:6:10:5:23 chr8 104427578 . T C 203.42 PASS AF=0.378788;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00181803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4035;QD=12.3282;RBI=0.0595645;REFB=-0.00983059;REVB=-0.0595367;RO=39;SAF=17;SAR=7;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349691;STB=0.719824;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0295668;OID=.;OPOS=104427578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:39:41:24:25:0.378788:7:17:15:24:7:18:15:26 chr8 104432545 . A G 643.96 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=0.0394271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.088;QD=19.5139;RBI=0.0454298;REFB=-0.0053748;REVB=0.0225693;RO=66;SAF=37;SAR=28;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199482;STB=0.613226;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0049642;OID=.;OPOS=104432545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:66:67:65:65:0.492424:28:37:23:43:28:37:23:44 chr8 104677531 . A G 370.05 PASS AF=0.481481;AO=38;DP=80;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00742001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.8;QD=18.2742;RBI=0.0140766;REFB=-0.0222915;REVB=-0.0119621;RO=42;SAF=21;SAR=17;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942408;STB=0.544569;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.030329;OID=.;OPOS=104677531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:42:42:38:39:0.481481:17:21:19:23:18:21:19:23 chr8 104934028 . G A 515.52 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0106408;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.715;QD=18.5774;RBI=0.0193959;REFB=-0.0080247;REVB=0.0162165;RO=52;SAF=25;SAR=29;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123084;STB=0.558354;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00794988;OID=.;OPOS=104934028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:52:57:54:54:0.486486:29:25:17:35:29:25:20:37 chr8 105263979 . C T 325.98 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0236115;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.649;QD=29.6346;RBI=0.0239349;REFB=-0.0327758;REVB=0.00392182;RO=16;SAF=8;SAR=20;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214602;STB=0.511802;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0179512;OID=.;OPOS=105263979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:20:8:5:11:20:8:5:11 chr8 105361095 . C T 306.58 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0173491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.538;QD=27.2511;RBI=0.0250308;REFB=0.00570898;REVB=-0.0180429;RO=18;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148012;STB=0.581757;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00162515;OID=.;OPOS=105361095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:16:11:11:7:16:11:11:7 chr8 105361354 . G C 281.97 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0212722;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.072;QD=14.6478;RBI=0.0214082;REFB=-0.0046683;REVB=-0.00240918;RO=43;SAF=12;SAR=20;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231999;STB=0.642998;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00427938;OID=.;OPOS=105361354;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:45:32:32:0.415584:20:12:26:17:20:12:28:17 chr8 105367121 . A G 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.00225945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.562;QD=20.7381;RBI=0.0408091;REFB=-0.030346;REVB=0.0407465;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342852;STB=0.689482;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0239888;OID=.;OPOS=105367121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:8:10:15:1:8:10:15:1 chr8 107710044 . T A 1258.44 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.018299;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7896;QD=59.2208;RBI=0.024717;REFB=-0.0865715;REVB=0.0166155;RO=2;SAF=44;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210376;STB=0.510867;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00893006;OID=.;OPOS=107710044;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:82:83:0.976471:38:44:2:0:38:45:2:0 chr8 107764454 . GT G 852.87 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.618;QD=50.9177;RBI=0.0992252;REFB=0;REVB=0.0906008;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000831628;OID=.;OPOS=107764455;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:10:67:67:0:38:29:0:0:5:1:5:3:1:0 chr8 107782065 . A G 133.27 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0100739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.182;QD=15.6786;RBI=0.0301609;REFB=-0.0146442;REVB=-0.0284288;RO=19;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483669;STB=0.776606;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0357508;OID=.;OPOS=107782065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:4:11:4:15:4:11:4:15 chr8 107782395 . G A 173.39 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0933623;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1985;QD=18.7451;RBI=0.119963;REFB=-0.0143115;REVB=0.0753298;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713554;STB=0.540496;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0214629;OID=.;OPOS=107782395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:8:11:9:9:8:11 chr8 108970367 . A G 1568.64 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.656;QD=64.0263;RBI=0.0103254;REFB=0;REVB=0.00542992;RO=0;SAF=58;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34006e-05;OID=.;OPOS=108970367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:39:58:0:0:39:59:0:0 chr8 110255492 . CAAAAAA CAAAAA,CAAAAAT 116.06 PASS AF=0.740741,0.111111;AO=7,4;DP=31;FAO=20,3;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=10,3;FSAR=10,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.113613,-0.0999544;FXX=0.156201;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.52334,7.44363;QD=17.1943;RBI=0.128024,0.304341;REFB=0.0447442,-0.0610853;REVB=-0.0590102,0.287459;RO=3;SAF=7,4;SAR=0,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.771117,0.705357;STB=0.5,0.995228;STBP=1,0.13;TYPE=del,snp;VARB=-0.0172294,0.0287195;OID=.,.;OPOS=110255493,110255498;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAAA,CAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.740741,0.111111:7,4:31:20,3:27:4:10,3:10,0:2:2:14:3:7,4:0,0:2:1 chr8 110346652 . C A 250.49 PASS AF=0.384615;AO=29;DP=77;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00700943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.52;QD=12.8454;RBI=0.0479107;REFB=-0.0192497;REVB=0.0473952;RO=47;SAF=16;SAR=13;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215322;STB=0.507714;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0311506;OID=.;OPOS=110346652;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:47:48:29:30:0.384615:13:16:25:22:14:16:25:23 chr8 110439252 . C A 170.29 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0160851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.794;QD=16.6134;RBI=0.0184755;REFB=-0.0144159;REVB=-0.00908926;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140082;STB=0.591298;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.017967;OID=.;OPOS=110439252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:23:18:18:0.439024:10:8:13:9:10:8:14:9 chr8 110656396 . G T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00689792;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.063;QD=20.1601;RBI=0.00704047;REFB=-0.0292292;REVB=0.00140957;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157568;STB=0.508917;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0194973;OID=.;OPOS=110656396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:6:10:9:5:6:10:9:5 chr8 110657355 . T G 195.44 PASS AF=0.425926;AO=21;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00130102;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.1;QD=14.4772;RBI=0.00167395;REFB=-0.0258721;REVB=-0.0010533;RO=32;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149778;STB=0.535742;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0335125;OID=.;OPOS=110657355;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:32:31:21:23:0.425926:14:7:15:17:14:9:14:17 chr8 110657391 . G C 213.51 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0197116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7958;QD=12.9401;RBI=0.0257692;REFB=-0.00800623;REVB=0.0165983;RO=40;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804945;STB=0.54597;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00491632;OID=.;OPOS=110657391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:15:11:14:26:15:11:14:26 chr8 110657514 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.634;QD=58.4194;RBI=0.0374032;REFB=0;REVB=0.0260561;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95146e-05;OID=.;OPOS=110657514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr8 111946844 . G C 550.34 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4785;QD=59.4963;RBI=0.0637717;REFB=0;REVB=0.0636092;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106016;OID=.;OPOS=111946844;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:1:0:36:37:1:19:17:0:1:20:17:0:0 chr8 113241088 . T G 677.26 PASS AF=0.938776;AO=45;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0255994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.442;QD=55.2866;RBI=0.0383307;REFB=-0.190067;REVB=0.0285291;RO=2;SAF=20;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00449187;STB=0.514382;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0016017;OID=.;OPOS=113241088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:2:3:45:46:0.938776:25:20:1:1:26:20:2:1 chr8 113364696 . A G 382.48 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.130274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2599;QD=52.7557;RBI=0.156591;REFB=-0.0738508;REVB=0.0868877;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00869111;OID=.;OPOS=113364696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:0:1:15:13:0:1 chr8 113516207 . CTGA ACTA,CTAA,CTA,CTG 301.28 PASS AF=0,0,0.520833,0.291667;AO=3,8,10,11;DP=52;FAO=0,0,25,14;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=0,0,9,5;FSAR=0,0,16,9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0112189,0.0105808,0.0119711,0.0228219;FXX=0.0769083;HRUN=1,1,1,10;LEN=3,1,1,1;MLLD=209.956,215.054,214.004,4.7504;QD=25.1065;RBI=0.0122095,0.012414,0.0139368,0.387765;REFB=-0.007143,-0.0105772,-0.0111596,-0.0468576;REVB=0.00481732,-0.00649272,0.00713641,0.387093;RO=7;SAF=2,2,3,5;SAR=1,6,7,6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.240731,-0.168179,-0.103689,0.0178658;STB=0.5,0.5,0.52391,0.536371;STBP=1,1,0.675,0.709;TYPE=mnp,snp,del,del;VARB=0,0.00159353,0.00317018,0.108516;OID=.,.,.,.;OPOS=113516207,113516209,113516209,113516210;OREF=CTG,G,G,A;OALT=ACT,A,-,-;OMAPALT=ACTA,CTAA,CTA,CTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:65:52:48:7:9:3,8,10,11:0,0,25,14:0,0,0.520833,0.291667:1,6,7,6:2,2,3,5:3:4:0,0,16,9:0,0,9,5:4:5 chr8 114186003 . T C 1450.88 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.027;QD=63.0816;RBI=0.0298884;REFB=0;REVB=0.0252979;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76653e-05;OID=.;OPOS=114186003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:88:92:1:46:42:0:0:48:44:0:0 chr8 116422149 . T C 55.68 PASS AF=0.0958904;AO=14;DP=124;FAO=14;FDP=146;FR=.;FRO=132;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=84;FSRR=48;FWDB=-0.0024321;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=129.069;QD=1.52555;RBI=0.00719735;REFB=-0.00104983;REVB=-0.00677397;RO=110;SAF=2;SAR=12;SRF=81;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.638237;STB=0.895348;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0129457;OID=.;OPOS=116422149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:124:146:110:132:14:14:0.0958904:12:2:81:29:12:2:84:48 chr8 116423424 . T C 445.47 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0279208;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.25;QD=52.4084;RBI=0.0279267;REFB=-0.0119241;REVB=-0.000576281;RO=2;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621254;STB=0.533312;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000312455;OID=.;OPOS=116423424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:14:18:0:2:14:18:0:2 chr8 116423490 . A T 526.79 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00471459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.516;QD=56.95;RBI=0.048557;REFB=-0.11771;REVB=0.0483275;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.512188;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0011473;OID=.;OPOS=116423490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:0:1:36:36:0.972973:20:16:0:0:20:16:0:1 chr8 116424270 . A AAC,AC,C 396.75 PASS AF=0,0.551724,0.448276;AO=3,10,10;DP=29;FAO=0,16,13;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,7;FSAR=0,6,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457899,-0.0245137,-0.0449018;FXX=0;HRUN=9,0,9;LEN=2,1,1;MLLD=228.842,232.557,231.961;QD=54.7245;RBI=0.00457928,0.0245216,0.0449268;REFB=0,0,0;REVB=5.10739e-05,0.000625048,0.00149698;RO=0;SAF=1,7,4;SAR=2,3,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.00160501,-0.00159683,0.0008433;OID=.,.,.;OPOS=116424271,116424271,116424270;OREF=-,-,A;OALT=AC,C,C;OMAPALT=AAC,AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:29:29:29:0:0:3,10,10:0,16,13:0,0.551724,0.448276:2,3,6:1,7,4:0:0:0,6,6:0,10,7:0:0 chr8 116635872 . T TA 299.31 PASS AF=0.52439;AO=40;DP=84;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0322169;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.9842;QD=14.6006;RBI=0.0384188;REFB=0.0241197;REVB=0.0209302;RO=42;SAF=16;SAR=24;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272024;STB=0.507389;STBP=0.908;TYPE=ins;VARB=-0.0202004;OID=.;OPOS=116635873;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52439:40:84:43:82:39:17:26:16:23:99:42:16:24:18:24 chr8 117035009 . C T 362.0 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00265298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.702;QD=17.8766;RBI=0.00694618;REFB=-0.0165566;REVB=-0.00641959;RO=42;SAF=19;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896226;STB=0.543187;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0173102;OID=.;OPOS=117035009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:43:38:38:0.469136:19:19:17:25:19:19:18:25 chr8 117791733 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.016;QD=60.9785;RBI=0.0270182;REFB=0;REVB=0.0198543;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171238;OID=.;OPOS=117791733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr8 117858389 . G A 490.7 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0217294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.799;QD=22.3046;RBI=0.0301174;REFB=-0.0160241;REVB=-0.020854;RO=41;SAF=27;SAR=20;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116399;STB=0.506414;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0106034;OID=.;OPOS=117858389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:20:27:23:18:20:27:23:18 chr8 118819578 . C T 270.36 PASS AF=0.543478;AO=23;DP=44;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0163033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.88;QD=23.5097;RBI=0.0190778;REFB=-0.00476893;REVB=0.00990773;RO=20;SAF=6;SAR=17;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682641;STB=0.571375;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00475716;OID=.;OPOS=118819578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:20:21:23:25:0.543478:17:6:4:16:17:8:4:17 chr8 118832020 . G A 206.64 PASS AF=0.678571;AO=16;DP=29;FAO=19;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0524153;FXX=0.0344709;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.9452;QD=29.5197;RBI=0.105088;REFB=-0.055259;REVB=-0.0910829;RO=5;SAF=11;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220785;STB=0.578229;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00655133;OID=.;OPOS=118832020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:28:5:8:16:19:0.678571:5:11:1:4:7:12:3:5 chr8 119391791 . T C 1283.16 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9979;QD=61.839;RBI=0.0213278;REFB=0;REVB=0.0148897;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013795;OID=.;OPOS=119391791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr8 119964052 . G C 3130.13 PASS AF=1;AO=201;DP=203;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00324986;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.972;QD=61.375;RBI=0.0171213;REFB=0;REVB=0.0168101;RO=0;SAF=118;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363329;OID=.;OPOS=119964052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:204:0:0:201:204:1:83:118:0:0:84:120:0:0 chr8 120429024 . G A 158.76 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0432331;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.11;QD=24.425;RBI=0.0447219;REFB=-0.00791952;REVB=0.0114431;RO=10;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228524;STB=0.624877;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00626126;OID=.;OPOS=120429024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:26:10:10:16:16:0.615385:15:1:0:10:15:1:0:10 chr8 120435908 . A G 373.56 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.000183954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.57;QD=23.3475;RBI=0.0137061;REFB=-0.0143067;REVB=0.0137049;RO=26;SAF=18;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018761;STB=0.517757;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0103143;OID=.;OPOS=120435908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:27:37:37:0.578125:19:18:12:14:19:18:12:15 chr8 120575184 . G A 405.15 PASS AF=0.270588;AO=22;DP=85;FAO=23;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0270412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.67;QD=19.0657;RBI=0.0648573;REFB=-0.0142043;REVB=0.0589512;RO=38;SAF=16;SAR=6;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391705;STB=0.702157;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0160419;OID=.;OPOS=120575184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:40:22:23:0.270588:6:16:14:24:7:16:15:25 chr8 120596023 . A G 627.51 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.449;QD=61.2209;RBI=0.0211598;REFB=0;REVB=0.0132726;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178315;OID=.;OPOS=120596023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:13:24:0:0:15:26:0:0 chr8 120724209 . T C 1380.9 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321596;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.541;QD=62.7683;RBI=0.042537;REFB=0;REVB=0.0278417;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84642e-05;OID=.;OPOS=120724209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:36:52:0:0:36:52:0:0 chr8 120790304 . T C 786.12 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.017;QD=64.1729;RBI=0.0373514;REFB=0;REVB=0.0327168;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119018;OID=.;OPOS=120790304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:26:23:0:0 chr8 120803637 . C G,T 775.04 PASS AF=0.947368,0.0350877;AO=54,2;DP=57;FAO=54,2;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30,1;FSAR=24,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0700345,0.0246656;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.1419,36.7696;QD=54.389;RBI=0.0731952,0.0384677;REFB=-0.096257,-0.0266257;REVB=-0.021277,-0.0295191;RO=0;SAF=30,1;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.508194,0.665164;STBP=0.516,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=0.000718209,0.058494;OID=.,.;OPOS=120803637,120803637;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:1:54,2:54,2:0.947368,0.0350877:24,1:30,1:0:0:24,1:30,1:1:0 chr8 120847078 . C G 619.9 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.768;QD=59.0383;RBI=0.0321517;REFB=0.0512552;REVB=0.0263993;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240543;STB=0.512814;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000278654;OID=.;OPOS=120847078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:22:19:1:0:22:19:1:0 chr8 120847123 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.982;QD=56.9565;RBI=0.0261612;REFB=0;REVB=0.00522589;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83547e-05;OID=.;OPOS=120847123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr8 120847188 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.701;QD=63.2867;RBI=0.018295;REFB=0;REVB=0.0134243;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88235e-05;OID=.;OPOS=120847188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr8 120903471 . C CA 1256.69 PASS AF=1;AO=77;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367147;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=210.141;QD=60.5632;RBI=0.0590338;REFB=0;REVB=0.0462279;RO=5;SAF=43;SAR=34;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283106;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000331636;OID=.;OPOS=120903472;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:84:83:83:0:47:36:0:0:7:5:43:34:4:1 chr8 121013770 . A G 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00663429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.162;QD=15.7736;RBI=0.00852386;REFB=-0.0110843;REVB=-0.00535187;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559319;STB=0.531575;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0167374;OID=.;OPOS=121013770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:14:13:14:19:14:13:14:19 chr8 121061879 . G A 324.09 PASS AF=0.589286;AO=32;DP=55;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=29;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=1;FWDB=0.0312664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.64;QD=23.1492;RBI=0.0506987;REFB=-0.0450099;REVB=0.0399095;RO=23;SAF=28;SAR=4;SRF=22;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162162;STB=0.584483;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0243741;OID=.;OPOS=121061879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:23:23:32:33:0.589286:4:28:22:1:4:29:22:1 chr8 121210069 . T C 249.82 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0380328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3413;QD=19.9856;RBI=0.047315;REFB=-0.0200624;REVB=0.0281462;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181252;STB=0.519983;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.019804;OID=.;OPOS=121210069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:12:12:13:12:12:12:14:12 chr8 121215991 . T C 556.5 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0203041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.567;QD=22.7141;RBI=0.0210638;REFB=-0.0179436;REVB=-0.00560612;RO=44;SAF=32;SAR=20;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136566;STB=0.565891;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0124074;OID=.;OPOS=121215991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:44:46:52:52:0.530612:20:32:20:24:20:32:22:24 chr8 121228679 . A C 429.3 PASS AF=0.381679;AO=51;DP=131;FAO=50;FDP=131;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.0425183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5849;QD=13.1083;RBI=0.0947698;REFB=0.00365295;REVB=0.0846966;RO=80;SAF=28;SAR=23;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125223;STB=0.518191;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0043334;OID=.;OPOS=121228679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:80:81:51:50:0.381679:23:28:43:37:22:28:43:38 chr8 121256150 . T C 232.05 PASS AF=0.428571;AO=28;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=4;FWDB=-0.0592306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0876;QD=14.7335;RBI=0.0595375;REFB=0.0118104;REVB=0.00603811;RO=34;SAF=17;SAR=11;SRF=30;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306665;STB=0.687388;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0162516;OID=.;OPOS=121256150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:36:28:27:0.428571:11:17:30:4:11:16:32:4 chr8 121259861 . CG CA,C 1187.51 PASS AF=0.544,0.416;AO=57,26;DP=127;FAO=68,52;FDP=125;FR=.;FRO=5;FSAF=42,32;FSAR=26,20;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0102716,-0.0966423;FXX=0.0157468;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=196.209,10.4933;QD=38.0003;RBI=0.0109435,0.0976553;REFB=-0.0419316,-0.136206;REVB=0.00377562,-0.0140296;RO=11;SAF=35,12;SAR=22,14;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0.450091;SSEP=0,0;SSSB=0.0783983,0.0537579;STB=0.501278,0.501424;STBP=0.981,0.998;TYPE=snp,del;VARB=0.0272842,-0.00901724;OID=.,.;OPOS=121259862,121259862;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.544,0.416:57,26:127:68,52:125:5:42,32:26,20:3:2:99:11:35,12:22,14:4:7 chr8 121383048 . T C 453.67 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0747744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5347;QD=54.9905;RBI=0.0750408;REFB=-0.0957158;REVB=0.00631749;RO=1;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190495;STB=0.509798;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00940083;OID=.;OPOS=121383048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:24:7:0:1:25:7:0:1 chr8 121528385 . T C 291.74 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=50;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0141039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0019;QD=22.8819;RBI=0.0247903;REFB=-0.0123215;REVB=-0.0203872;RO=22;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871115;STB=0.553808;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0157992;OID=.;OPOS=121528385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:22:22:28:29:0.568627:17:11:11:11:18:11:11:11 chr8 121530190 . A G 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0199254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.298;QD=17.0887;RBI=0.0241937;REFB=-0.00520576;REVB=0.0137228;RO=27;SAF=6;SAR=19;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37999;STB=0.723623;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0054788;OID=.;OPOS=121530190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:19:6:17:10:19:6:18:10 chr8 123966159 . G C 832.26 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2622;QD=57.3972;RBI=0.0937562;REFB=0;REVB=0.0809711;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086486;OID=.;OPOS=123966159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:31:25:0:0:32:26:0:0 chr8 123985708 . A G 596.0 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.000359256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.345;QD=19.3821;RBI=0.00196108;REFB=-0.0156195;REVB=0.00192789;RO=62;SAF=27;SAR=34;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18322;STB=0.601023;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0165188;OID=.;OPOS=123985708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:62:62:61:61:0.495935:34:27:40:22:34:27:40:22 chr8 124027562 . C T 353.96 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0115162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.119;QD=16.0893;RBI=0.0225185;REFB=-0.014358;REVB=-0.019351;RO=50;SAF=23;SAR=15;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108115;STB=0.560943;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.014719;OID=.;OPOS=124027562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:15:23:25:25:15:23:25:25 chr8 124027628 . T C 885.09 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1388;QD=58.0386;RBI=0.03277;REFB=0;REVB=0.0168148;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237418;OID=.;OPOS=124027628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:21:40:0:0:21:40:0:0 chr8 124169554 . G A 1551.86 PASS AF=0.909836;AO=110;DP=122;FAO=111;FDP=122;FR=.;FRO=11;FSAF=69;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00643089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.333;QD=50.8808;RBI=0.014536;REFB=-0.0421044;REVB=0.0130361;RO=9;SAF=68;SAR=42;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753886;STB=0.541294;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000278312;OID=.;OPOS=124169554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:122:122:9:11:110:111:0.909836:42:68:1:8:42:69:2:9 chr8 124206324 . G A 217.9 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0121025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.243;QD=13.6188;RBI=0.0333425;REFB=0.00177323;REVB=0.0310685;RO=38;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533183;STB=0.530464;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.00226883;OID=.;OPOS=124206324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:15:11:18:20:15:11:18:20 chr8 124440174 . A G 125.41 PASS AF=0.636364;AO=13;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00272463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.964;QD=22.801;RBI=0.0238092;REFB=0.0157476;REVB=0.0236528;RO=8;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473322;STB=0.773743;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0393595;OID=.;OPOS=124440174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:13:14:0.636364:11:2:6:2:12:2:6:2 chr8 124448736 . A G 354.57 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0270365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.63;QD=30.1758;RBI=0.0399962;REFB=0.0302827;REVB=0.0294741;RO=17;SAF=15;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193831;STB=0.510631;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0125815;OID=.;OPOS=124448736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:15:15:9:8:15:15:9:8 chr8 124448804 . T A 278.08 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0339432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.8592;QD=20.5988;RBI=0.035137;REFB=-0.00993024;REVB=0.00908131;RO=25;SAF=11;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171578;STB=0.50953;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0133397;OID=.;OPOS=124448804;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:18:11:9:16:18:11:9:16 chr8 124453543 . T A 129.36 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00488524;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=43.5796;QD=10.1457;RBI=0.0199469;REFB=-0.00784735;REVB=-0.0193395;RO=29;SAF=12;SAR=4;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368119;STB=0.57821;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0494714;OID=.;OPOS=124453543;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:35:16:16:0.313725:4:12:21:8:4:12:23:12 chr8 124525483 . C T 614.59 PASS AF=0.554545;AO=59;DP=108;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00505458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5077;QD=22.3486;RBI=0.0196905;REFB=0.00222158;REVB=0.0190306;RO=49;SAF=22;SAR=37;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832488;STB=0.551003;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00103646;OID=.;OPOS=124525483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:49:49:59:61:0.554545:37:22:23:26:39:22:23:26 chr8 124594546 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0105943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.994;QD=11.9191;RBI=0.0339105;REFB=0.00397839;REVB=-0.0322131;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150213;STB=0.509065;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00874917;OID=.;OPOS=124594546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:5:4:3:4:5:4 chr8 124664113 . T A 976.54 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0720484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6997;QD=57.4433;RBI=0.131077;REFB=-0.120687;REVB=0.1095;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.509801;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00186572;OID=.;OPOS=124664113;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:25:42:0:0:25:42:0:1 chr8 124664130 . C T 1189.52 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1089;QD=61.0012;RBI=0.0817175;REFB=0;REVB=-0.0211428;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474217;OID=.;OPOS=124664130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr8 124664167 . T C 1556.45 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000837325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.23;QD=59.8635;RBI=0.0298773;REFB=0;REVB=0.0298656;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31091e-05;OID=.;OPOS=124664167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:48:56:0:0:48:56:0:0 chr8 124664792 . C T 837.75 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396235;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.175;QD=57.7756;RBI=0.0399938;REFB=0;REVB=0.00542976;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010014;OID=.;OPOS=124664792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:56:58:1:30:26:0:0:31:27:0:0 chr8 124664873 . AT GC 1004.5 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112478;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=2;MLLD=268.809;QD=59.0883;RBI=0.0182523;REFB=0;REVB=0.0143748;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00185267;OID=.;OPOS=124664873;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:67:68:1:33:34:0:0:34:34:0:0 chr8 124710729 . C T 273.69 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0141277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.355;QD=17.6572;RBI=0.0143786;REFB=-0.00408082;REVB=0.00267438;RO=31;SAF=9;SAR=20;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468319;STB=0.544414;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00818851;OID=.;OPOS=124710729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:29:30:0.483871:20:9:11:20:21:9:12:20 chr8 124749610 . C A,T 770.32 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=2,47;DP=49;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=1,35;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278802,-0.0560636;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=29.8532,67.3411;QD=62.883;RBI=0.0356901,0.0623649;REFB=0,0;REVB=-0.0222818,-0.0273175;RO=0;SAF=1,35;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.04037e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.113446,-0.00152231;OID=.,.;OPOS=124749610,124749610;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:49:49:0:0:2,47:2,47:0.0408163,0.959184:1,12:1,35:0:0:1,12:1,35:0:0 chr8 124824826 . G A 1415.11 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00119687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.098;QD=62.8938;RBI=0.0543017;REFB=0;REVB=0.0542885;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183152;OID=.;OPOS=124824826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:43:47:0:0:43:47:0:0 chr8 124987478 . T C 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.937;QD=59.1414;RBI=0.0285867;REFB=0;REVB=0.0218858;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187278;OID=.;OPOS=124987478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr8 125035788 . G C 101.0 PASS AF=0.394737;AO=4;DP=35;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.102693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.3603;QD=10.6318;RBI=0.108332;REFB=-0.0615007;REVB=0.0344942;RO=17;SAF=3;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377241;STB=0.588108;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0429897;OID=.;OPOS=125035788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:17:23:4:15:0.394737:1:3:7:10:12:3:7:16 chr8 125072426 . T C 804.92 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.784;QD=64.3937;RBI=0.0678712;REFB=0;REVB=0.0673691;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9429e-05;OID=.;OPOS=125072426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:23:27:0:0 chr8 125076589 . T G 1064.49 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.083773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8731;QD=58.3281;RBI=0.0838015;REFB=-0.0582058;REVB=-0.00218668;RO=1;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171927;STB=0.509088;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000834868;OID=.;OPOS=125076589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:27:45:0:1:27:45:0:1 chr8 125107201 . G A 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00558468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.774;QD=63.3368;RBI=0.00640102;REFB=0;REVB=-0.003128;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.84005e-06;OID=.;OPOS=125107201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr8 125107207 . C T 1447.13 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3963;QD=62.9189;RBI=0.00704965;REFB=0;REVB=-0.00611371;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50133e-05;OID=.;OPOS=125107207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:47:44:0:0:48:44:0:0 chr8 125463250 . T C 1029.97 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.297;QD=58.0265;RBI=0.0147784;REFB=-0.0838385;REVB=0.00279482;RO=1;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116744;STB=0.506171;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00399745;OID=.;OPOS=125463250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:40:30:0:1:40:30:0:1 chr8 125463544 . T C 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00100798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.643;QD=16.5725;RBI=0.00423981;REFB=-0.0183198;REVB=0.00411825;RO=35;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198176;STB=0.611555;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0148072;OID=.;OPOS=125463544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:11:19:15:20:11:19:15:20 chr8 125498547 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.56;QD=63.286;RBI=0.0261877;REFB=0;REVB=0.0157578;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90752e-05;OID=.;OPOS=125498547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr8 125562029 . C T 281.96 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0165965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.359;QD=14.6473;RBI=0.0212994;REFB=-0.00590834;REVB=-0.01335;RO=45;SAF=18;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725914;STB=0.504116;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0095334;OID=.;OPOS=125562029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:14:18:25:20:14:18:25:20 chr8 125565328 . T C 993.86 PASS AF=0.530387;AO=96;DP=181;FAO=96;FDP=181;FR=.;FRO=85;FSAF=65;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.0179456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.822;QD=21.9637;RBI=0.0353876;REFB=-0.0149081;REVB=0.0304998;RO=84;SAF=65;SAR=31;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181665;STB=0.602785;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00928773;OID=.;OPOS=125565328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:84:85:96:96:0.530387:31:65:40:44:31:65:40:45 chr8 125568162 . A G 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0241518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.441;QD=14.3349;RBI=0.0242284;REFB=-0.0166902;REVB=-0.00192546;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498489;STB=0.528892;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0235499;OID=.;OPOS=125568162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:9:8:11:15:9:8:11:15 chr8 125568623 . A G 611.04 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.319;QD=61.1041;RBI=0.0147649;REFB=0;REVB=0.0146713;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32132e-05;OID=.;OPOS=125568623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:26:13:0:0:26:14:0:0 chr8 126283111 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.064;QD=44.6898;RBI=0.0158114;REFB=0;REVB=0.0101083;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19296e-05;OID=.;OPOS=126283111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr8 126449406 . C T 1056.05 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00895908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.404;QD=57.0837;RBI=0.0248289;REFB=-0.0926067;REVB=0.0231562;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141159;STB=0.501133;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000436583;OID=.;OPOS=126449406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:74:1:2:72:72:0.972973:39:33:1:0:39:33:1:1 chr8 126450286 . ATTTTG A 440.05 PASS AF=0.803571;AO=41;DP=52;FAO=45;FDP=56;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00568396;FXX=0.0819538;HRUN=4;LEN=5;MLLD=226.742;QD=31.4325;RBI=0.00637177;REFB=0.0141344;REVB=-0.00287959;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.520375;STBP=0.567;TYPE=del;VARB=-0.00446567;OID=.;OPOS=126450287;OREF=TTTTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.803571:41:52:45:56:11:21:24:4:7:40:0:20:21:0:0 chr8 127683774 . G T 705.52 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00385547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.191;QD=62.7129;RBI=0.0130192;REFB=0;REVB=0.0124353;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41188e-05;OID=.;OPOS=127683774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:23:22:0:0 chr8 127683850 . T C 719.47 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218969;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.482;QD=54.2995;RBI=0.0299795;REFB=-0.1477;REVB=0.0204767;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171263;STB=0.509087;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00133188;OID=.;OPOS=127683850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:27:25:0:1:27:25:0:1 chr8 128428638 . G A 966.31 PASS AF=0.438298;AO=103;DP=235;FAO=103;FDP=235;FR=.;FRO=132;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=85;FWDB=0.0056449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.309;QD=16.4479;RBI=0.00580537;REFB=-0.00594216;REVB=0.00135552;RO=132;SAF=53;SAR=50;SRF=47;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159908;STB=0.58863;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00908287;OID=.;OPOS=128428638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:132:132:103:103:0.438298:50:53:47:85:50:53:47:85 chr8 128428795 . G A 528.76 PASS AF=0.448819;AO=56;DP=126;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0220932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2312;QD=16.654;RBI=0.022099;REFB=-0.0116199;REVB=-0.000506067;RO=70;SAF=32;SAR=24;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127914;STB=0.565255;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0215942;OID=.;OPOS=128428795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:70:70:56:57:0.448819:24:32:31:39:25:32:31:39 chr8 128428823 . G C 502.38 PASS AF=0.465517;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.000547777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.487;QD=17.3235;RBI=0.0254138;REFB=-0.00139742;REVB=0.0254079;RO=62;SAF=28;SAR=26;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332854;STB=0.518512;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00154767;OID=.;OPOS=128428823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:62:54:54:0.465517:26:28:30:32:26:28:30:32 chr8 128429262 . G C 311.25 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0251437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0677;QD=38.9058;RBI=0.0452251;REFB=-0.0843626;REVB=0.0375913;RO=4;SAF=9;SAR=17;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167664;STB=0.624902;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0494944;OID=.;OPOS=128429262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:32:32:4:6:26:26:0.8125:17:9:4:0:17:9:6:0 chr8 128429315 . T A 88.33 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.26;QD=39.2574;RBI=0.0561825;REFB=0;REVB=-0.0159053;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301711;OID=.;OPOS=128429315;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:6:2:0:0:6:3:0:0 chr8 128429455 . AG GA 42.27 PASS AF=0.625;AO=2;DP=9;FAO=5;FDP=8;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0446255;FXX=0.110988;HRUN=16;LEN=2;MLLD=67.0605;QD=21.1345;RBI=0.182066;REFB=0.0151978;REVB=0.176513;RO=1;SAF=2;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=mnp;VARB=0.00100083;OID=.;OPOS=128429455;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:9:8:1:2:2:5:0.625:0:2:1:0:2:3:1:1 chr8 128429510 . G A 410.91 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9793;QD=56.6773;RBI=0.127989;REFB=0;REVB=0.12584;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195652;OID=.;OPOS=128429510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr8 128429519 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.698;QD=57.202;RBI=0.0276831;REFB=0;REVB=0.0276403;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217812;OID=.;OPOS=128429519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr8 128429660 . T C 754.57 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00176609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6522;QD=54.8777;RBI=0.0111275;REFB=-0.0224562;REVB=-0.0109865;RO=1;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192307;STB=0.5102;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00322509;OID=.;OPOS=128429660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:24:30:0:1:24:30:0:1 chr8 128429721 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0834659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8419;QD=58.5878;RBI=0.0864498;REFB=0;REVB=0.0225168;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144293;OID=.;OPOS=128429721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr8 128429732 . C T 356.98 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.426;QD=54.9201;RBI=0.0764072;REFB=0;REVB=0.0202803;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685251;OID=.;OPOS=128429732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:24:26:1:10:14:0:0:12:14:0:0 chr8 128430225 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.488;QD=33.4285;RBI=0.0247975;REFB=0;REVB=-0.00400582;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124741;OID=.;OPOS=128430225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr8 128430478 . G T 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.93;QD=43.4846;RBI=0.0860005;REFB=0;REVB=-0.0858783;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000462348;OID=.;OPOS=128430478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr8 128430807 . C A 130.68 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.03393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.356;QD=13.7555;RBI=0.0415712;REFB=-0.01919;REVB=-0.0240192;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15033;STB=0.588353;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0247581;OID=.;OPOS=128430807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:11:4:9:14:11:4:9:14 chr8 128430872 . A AATG,ATG 211.78 PASS AF=0.947368,0;AO=16,2;DP=20;FAO=18,0;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12,0;FSAR=6,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.021657,0.0132274;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=3,2;MLLD=303.176,285.76;QD=44.5854;RBI=0.0236045,0.0152688;REFB=-0.0318708,0.0566412;REVB=-0.00938866,-0.00762715;RO=1;SAF=10,2;SAR=6,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.043542,0;STB=0.519978,0.5;STBP=0.612,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.000197455,0;OID=.,.;OPOS=128430873,128430873;OREF=-,-;OALT=ATG,TG;OMAPALT=AATG,ATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368,0:16,2:20:18,0:19:1:12,0:6,0:1:0:6:1:10,2:6,0:1:0 chr8 128431694 . A G 356.08 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0385107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.822;QD=21.9123;RBI=0.0385517;REFB=-0.0460291;REVB=0.00177734;RO=29;SAF=21;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312433;STB=0.517232;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0278174;OID=.;OPOS=128431694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:15:21:18:11:15:21:18:11 chr8 128747953 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.721;QD=50.4134;RBI=0.0811177;REFB=0;REVB=0.0266414;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815984;OID=.;OPOS=128747953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr8 129011513 . T C 430.75 PASS AF=0.395349;AO=47;DP=128;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.016781;FXX=0.0444412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6588;QD=13.3564;RBI=0.0259106;REFB=-0.0059073;REVB=0.0197423;RO=70;SAF=16;SAR=31;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261547;STB=0.618828;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0208882;OID=.;OPOS=129011513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:70:78:47:51:0.395349:31:16:41:29:31:20:46:32 chr8 129021179 . G A 767.95 PASS AF=0.904762;AO=57;DP=66;FAO=57;FDP=63;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0271047;FXX=0.0454477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.415;QD=48.7588;RBI=0.0298875;REFB=4.49914e-05;REVB=0.0125936;RO=5;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041729;STB=0.513418;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=9.38982e-05;OID=.;OPOS=129021179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:66:63:5:6:57:57:0.904762:30:27:1:4:30:27:2:4 chr8 129022785 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00034747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.357;QD=62.9821;RBI=0.029364;REFB=0;REVB=-0.0293619;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115867;OID=.;OPOS=129022785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr8 129022816 . G A 586.09 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174017;FXX=0.0499875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.403;QD=61.6939;RBI=0.0244721;REFB=0;REVB=0.0172065;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466808;OID=.;OPOS=129022816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr8 129022818 . T A 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.413;QD=61.3324;RBI=0.0356252;REFB=0;REVB=0.0285119;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129164;OID=.;OPOS=129022818;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr8 129162433 . G A 129.64 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00487623;FXX=0.0312402;HRUN=7;LEN=1;MLLD=217.573;QD=16.7281;RBI=0.00874553;REFB=-0.0105144;REVB=-0.00725994;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239094;STB=0.622055;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00796046;OID=.;OPOS=129162433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:16:14:15:0.483871:4:10:7:8:5:10:7:9 chr8 129232773 . G A 130.63 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0445445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7128;QD=22.7189;RBI=0.0557586;REFB=-0.00056578;REVB=0.0335382;RO=9;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811842;STB=0.504581;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107835;OID=.;OPOS=129232773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:11:3:2:7:11:3:2:7 chr8 130760850 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.278;QD=57.0007;RBI=0.0239869;REFB=0;REVB=0.0177752;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58316e-05;OID=.;OPOS=130760850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr8 130762291 . G A 1561.57 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01257;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.643;QD=58.9273;RBI=0.0129091;REFB=-0.0965226;REVB=0.0029397;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000314972;OID=.;OPOS=130762291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:107:106:0:1:105:105:0.990566:48:57:0:0:48:57:1:0 chr8 131124559 . T C 742.77 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.204;QD=60.6346;RBI=0.0257625;REFB=0.0109528;REVB=0.0214127;RO=0;SAF=7;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50617;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-7.68062e-05;OID=.;OPOS=131124559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:0:1:47:48:0.979592:40:7:0:0:40:8:0:1 chr8 131140180 . G A 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0161249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.564;QD=17.6896;RBI=0.0174643;REFB=-0.00955424;REVB=-0.00670737;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142698;STB=0.508122;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0141125;OID=.;OPOS=131140180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:12:14:11:10:12:14 chr8 131921956 . A G 543.24 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.000662135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.067;QD=18.415;RBI=0.00631065;REFB=0.00223357;REVB=-0.00627582;RO=61;SAF=26;SAR=31;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109444;STB=0.560607;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0017333;OID=.;OPOS=131921956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:61:57:57:0.483051:31:26:35:26:31:26:35:26 chr8 132936405 . C T 322.89 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=5;FWDB=-0.0182994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.105;QD=19.2768;RBI=0.0282547;REFB=-0.0158939;REVB=-0.0215281;RO=33;SAF=23;SAR=11;SRF=28;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188701;STB=0.603821;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00964873;OID=.;OPOS=132936405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:11:23:28:5:11:23:28:5 chr8 132982824 . A G 326.34 PASS AF=0.433735;AO=35;DP=82;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0122835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5209;QD=15.7273;RBI=0.0325113;REFB=-0.00736815;REVB=0.0301015;RO=47;SAF=9;SAR=26;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128255;STB=0.577732;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0108691;OID=.;OPOS=132982824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:47:47:35:36:0.433735:26:9:17:30:27:9:17:30 chr8 133013981 . G A 204.42 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.035533;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5541;QD=10.4831;RBI=0.0359765;REFB=-0.0127903;REVB=-0.00563167;RO=52;SAF=12;SAR=14;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10949;STB=0.563802;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0224677;OID=.;OPOS=133013981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:14:12:29:23:14:12:29:23 chr8 133062064 . GC G,TG 1609.67 PASS AF=0.945312,0.046875;AO=43,6;DP=116;FAO=121,6;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=54,0;FSAR=67,6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.968335,0.20648;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=18.1085,130.183;QD=50.3022;RBI=1.00728,0.209584;REFB=0.00136546,0.046801;REVB=0.277376,-0.0359352;RO=60;SAF=1,0;SAR=42,6;SRF=52;SRR=8;SSEN=0.255411,0;SSEP=0.200581,0;SSSB=-0.850432,-0.788027;STB=0.503703,0.5;STBP=0.519,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0181196,0.0699571;OID=.,.;OPOS=133062065,133062064;OREF=C,GC;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:116:128:60:1:43,6:121,6:0.945312,0.046875:42,6:1,0:52:8:67,6:54,0:0:1 chr8 133089975 . A G 1015.94 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9718;QD=58.895;RBI=0.101856;REFB=0;REVB=-0.0969638;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202795;OID=.;OPOS=133089975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:67:69:1:41:26:0:0:42:27:0:0 chr8 133092138 . G A 482.6 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00396477;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.237;QD=23.258;RBI=0.0110072;REFB=-0.0121132;REVB=-0.0102683;RO=37;SAF=18;SAR=28;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123135;STB=0.56774;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0110135;OID=.;OPOS=133092138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:28:18:20:17:28:18:20:17 chr8 133101818 . G A 1026.2 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.477;QD=59.4901;RBI=0.0357281;REFB=0;REVB=-0.0100641;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114118;OID=.;OPOS=133101818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr8 133107830 . T C 1514.89 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259738;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.152;QD=63.785;RBI=0.0432234;REFB=0;REVB=0.0345489;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39445e-05;OID=.;OPOS=133107830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:93:95:1:51:42:0:0:53:42:0:0 chr8 133112392 . G A 898.27 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.702;QD=57.9526;RBI=0.0308354;REFB=0;REVB=0.0224526;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88951e-05;OID=.;OPOS=133112392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:58:62:1:34:24:0:0:36:26:0:0 chr8 133113531 . A T 409.98 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.052339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.114;QD=51.247;RBI=0.0552851;REFB=0.0160111;REVB=0.0178066;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372625;STB=0.538436;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.000704136;OID=.;OPOS=133113531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:30:30:0.9375:12:18:0:1:12:18:0:2 chr8 133175766 . A T 46.31 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0135866;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.1734;QD=9.74987;RBI=0.0751624;REFB=0.00983118;REVB=0.0739242;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160434;STB=0.535609;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00951597;OID=.;OPOS=133175766;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:5:2:3:8:5:2:4:8 chr8 133584558 . A G 276.52 PASS AF=0.333333;AO=36;DP=109;FAO=36;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0213727;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.4436;QD=10.2415;RBI=0.0457221;REFB=-0.013578;REVB=-0.0404193;RO=70;SAF=23;SAR=13;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178313;STB=0.594983;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0302648;OID=.;OPOS=133584558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:70:72:36:36:0.333333:13:23:34:36:13:23:36:36 chr8 133590719 . C T 515.75 PASS AF=0.482456;AO=54;DP=113;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0131317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.06;QD=18.0965;RBI=0.0504861;REFB=-0.025677;REVB=-0.0487484;RO=59;SAF=34;SAR=20;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133669;STB=0.577529;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0283242;OID=.;OPOS=133590719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:59:59:54:55:0.482456:20:34:29:30:20:35:29:30 chr8 133637659 . G A 431.12 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0241603;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2231;QD=17.4191;RBI=0.0249059;REFB=-0.00705366;REVB=0.00604861;RO=55;SAF=16;SAR=28;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193479;STB=0.510843;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00770749;OID=.;OPOS=133637659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:55:55:44:44:0.444444:28:16:21:34:28:16:21:34 chr8 133673952 . GT G 43.15 PASS AF=0.6;AO=12;DP=26;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.275421;FXX=0.0384468;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.67654;QD=6.90408;RBI=0.280779;REFB=-0.0961684;REVB=-0.054591;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266336;STB=0.608559;STBP=0.207;TYPE=del;VARB=0.130051;OID=.;OPOS=133673953;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:12:26:15:25:10:8:7:8:2:29:8:6:6:7:1 chr8 133859871 . T A 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.032;QD=61.3334;RBI=0.0188872;REFB=0;REVB=-0.0187367;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.32678e-05;OID=.;OPOS=133859871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr8 133984058 . C T 539.47 PASS AF=0.504505;AO=55;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00198502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.994;QD=19.4403;RBI=0.0195311;REFB=-0.0325593;REVB=-0.0194299;RO=55;SAF=38;SAR=17;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127063;STB=0.562345;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.036927;OID=.;OPOS=133984058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:55:56:0.504505:17:38:31:24:18:38:31:24 chr8 134108453 . C T 456.97 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00657189;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0552;QD=17.7463;RBI=0.0219958;REFB=0.00571198;REVB=-0.0209911;RO=55;SAF=20;SAR=29;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114312;STB=0.568145;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00702065;OID=.;OPOS=134108453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:55:54:49:49:0.475728:29:20:29:26:29:20:29:25 chr8 134108546 . T C 544.13 PASS AF=0.439394;AO=57;DP=133;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0109117;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.692;QD=16.4889;RBI=0.0180932;REFB=-0.000939147;REVB=0.0144325;RO=68;SAF=29;SAR=28;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229277;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131522;OID=.;OPOS=134108546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:68:74:57:58:0.439394:28:29:33:35:29:29:37:37 chr8 134114771 . C T 214.2 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0377054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.769;QD=28.5595;RBI=0.0397426;REFB=-0.0162264;REVB=0.0125609;RO=10;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958901;STB=0.553137;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00545524;OID=.;OPOS=134114771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:13:7:5:5:13:7:5:5 chr8 134125682 . G A 251.64 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00206476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.902;QD=20.5422;RBI=0.0374035;REFB=-0.000261472;REVB=-0.0373465;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163737;STB=0.591763;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=1.47007e-05;OID=.;OPOS=134125682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:12:12:17:8:12:12:17:8 chr8 134292516 . A G 115.95 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0909071;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2049;QD=11.312;RBI=0.0921623;REFB=-0.0135545;REVB=0.0151589;RO=26;SAF=10;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775238;STB=0.537135;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0256394;OID=.;OPOS=134292516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:26:27:14:14:0.341463:4:10:17:9:4:10:18:9 chr8 134488007 . G A 251.62 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0208602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.147;QD=20.5408;RBI=0.0418734;REFB=-0.000688411;REVB=0.0363075;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163585;STB=0.59183;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00222713;OID=.;OPOS=134488007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:13:11:16:9:13:11:16:9 chr8 135602581 . A G 819.99 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0950292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8348;QD=55.5922;RBI=0.0974504;REFB=-0.0871312;REVB=0.0215875;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140815;STB=0.50746;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0041586;OID=.;OPOS=135602581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:33:25:0:1:33:25:0:1 chr8 135612595 . A G 283.93 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.384;QD=51.6236;RBI=0.0665179;REFB=0;REVB=0.0662224;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000887456;OID=.;OPOS=135612595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:19:22:1:9:10:0:0:12:10:0:0 chr8 135612745 . A G 1275.7 PASS AF=0.976744;AO=81;DP=83;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0575567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.493;QD=59.3348;RBI=0.0737939;REFB=-0.169221;REVB=0.0461818;RO=1;SAF=47;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996906;STB=0.502296;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00125684;OID=.;OPOS=135612745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:86:1:2:81:84:0.976744:34:47:1:0:34:50:1:1 chr8 135614705 . A G 932.69 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.071996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.745;QD=58.2933;RBI=0.0798564;REFB=0;REVB=-0.0345488;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109909;OID=.;OPOS=135614705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr8 135614972 . A G 1171.46 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3847;QD=60.855;RBI=0.030101;REFB=0;REVB=0.0139055;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.58628e-05;OID=.;OPOS=135614972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr8 135649848 . G A 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0052916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.086;QD=14.3999;RBI=0.0130214;REFB=-0.0219214;REVB=0.0118978;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012358;STB=0.507037;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0248706;OID=.;OPOS=135649848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:15:10:14:20:15:10:14:20 chr8 136659426 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00854005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.03;QD=55.0987;RBI=0.0128331;REFB=0;REVB=0.00957898;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45235e-06;OID=.;OPOS=136659426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr8 139143942 . A G 833.16 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=63;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0270738;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3016;QD=53.7524;RBI=0.04075;REFB=0.15346;REVB=0.0304561;RO=2;SAF=14;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205109;STB=0.510866;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00434935;OID=.;OPOS=139143942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:63:62:2:2:59:60:0.967742:45:14:0:2:45:15:0:2 chr8 139164192 . G A 322.24 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00405884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.914;QD=28.0206;RBI=0.0112589;REFB=0.0189673;REVB=-0.0105019;RO=18;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103896;STB=0.557235;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0172504;OID=.;OPOS=139164192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:15:13:11:7:15:13:11:7 chr8 139165068 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0161765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.776;QD=10.1733;RBI=0.0188669;REFB=0.00972695;REVB=-0.00970972;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00563762;OID=.;OPOS=139165068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:6:3:2:4:6:3 chr8 139165272 . TG CA 373.16 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=0.00110354;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.12;QD=19.9018;RBI=0.0250894;REFB=-0.0169811;REVB=0.0250651;RO=36;SAF=28;SAR=9;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810171;STB=0.504346;STBP=0.969;TYPE=mnp;VARB=0.0155808;OID=.;OPOS=139165272;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:36:37:37:38:0.506667:9:28:27:9:9:29:28:9 chr8 139165289 . T C 344.45 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=6;FWDB=-0.000185907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.145;QD=19.1359;RBI=0.0515306;REFB=-0.014617;REVB=0.0515303;RO=36;SAF=27;SAR=9;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106417;STB=0.558793;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0164244;OID=.;OPOS=139165289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:9:27:30:6:9:27:30:6 chr8 139626176 . C G 1403.3 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9267;QD=62.3687;RBI=0.0609034;REFB=0;REVB=-0.0243789;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253885;OID=.;OPOS=139626176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:44:45:0:0:44:46:0:0 chr8 139647262 . A G 603.66 PASS AF=1;AO=36;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.586;QD=60.3658;RBI=0.0320093;REFB=0;REVB=0.0319562;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000556828;OID=.;OPOS=139647262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:36:40:1:16:20:0:0:20:20:0:0 chr8 139672671 . T C 571.62 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.862;QD=60.1708;RBI=0.0362992;REFB=0;REVB=-0.00478381;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217119;OID=.;OPOS=139672671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr8 139697478 . T C 5789.46 PASS AF=1;AO=365;DP=373;FAO=374;FDP=374;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=209;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521315;FXX=0.00795735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5248;QD=61.9193;RBI=0.0539408;REFB=-0.113115;REVB=0.0138535;RO=0;SAF=161;SAR=204;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1815e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602603;OID=.;OPOS=139697478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:373:374:0:0:365:374:1:204:161:0:0:209:165:0:0 chr8 139712323 . A G 750.64 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023246;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.356;QD=63.8846;RBI=0.0240619;REFB=0;REVB=0.00621294;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19107e-05;OID=.;OPOS=139712323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr8 139749758 . G T 311.99 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.00894279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.111;QD=19.1992;RBI=0.00931633;REFB=0.00200451;REVB=-0.00261159;RO=30;SAF=19;SAR=14;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142206;STB=0.573616;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00198852;OID=.;OPOS=139749758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:30:32:33:33:0.507692:14:19:22:8:14:19:23:9 chr8 139767379 . C T 473.03 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.002193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.505;QD=23.9507;RBI=0.00329355;REFB=-0.0319482;REVB=0.00245727;RO=34;SAF=16;SAR=29;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071479;STB=0.539274;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0236993;OID=.;OPOS=139767379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:29:16:15:19:29:16:15:19 chr8 139768085 . G A 282.96 PASS AF=0.956522;AO=23;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0289069;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.811;QD=49.2104;RBI=0.0311917;REFB=-0.0830225;REVB=0.0117183;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526292;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00826051;OID=.;OPOS=139768085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:23:0:1:23:22:0.956522:13:10:0:0:13:9:1:0 chr8 139824057 . G A 66.27 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0613165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.769;QD=12.049;RBI=0.0618809;REFB=-0.00966998;REVB=0.00833822;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346427;STB=0.705442;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.028491;OID=.;OPOS=139824057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:4:9:3:6:4:9 chr8 139838912 . T C 238.4 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00678064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.218;QD=14.0235;RBI=0.0373822;REFB=-0.00548822;REVB=0.0367621;RO=40;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627041;STB=0.535689;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00978294;OID=.;OPOS=139838912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:15:13:21:19:15:13:21:19 chr8 140120719 . C T 398.68 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0247454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.97;QD=14.3668;RBI=0.0268519;REFB=-0.00545162;REVB=-0.0104256;RO=65;SAF=22;SAR=24;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465419;STB=0.526222;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00663259;OID=.;OPOS=140120719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:65:46:46:0.414414:24:22:34:31:24:22:34:31 chr8 140630990 . A G 186.85 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00235709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.485;QD=15.9017;RBI=0.0250243;REFB=-0.0238859;REVB=-0.024913;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203561;STB=0.595652;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0367454;OID=.;OPOS=140630990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:27:19:20:0.425532:10:9:17:8:10:10:18:9 chr8 140945896 . G A 182.78 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0378057;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.034;QD=16.2471;RBI=0.0488043;REFB=-0.00661421;REVB=-0.030864;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135953;STB=0.578229;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0141169;OID=.;OPOS=140945896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:13:13:12:7:13:13 chr8 141310644 . G A 1584.96 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251828;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.673;QD=59.8098;RBI=0.0254543;REFB=0;REVB=0.00370805;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.53166e-05;OID=.;OPOS=141310644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:105:106:1:44:61:0:0:44:62:0:0 chr8 141461062 . G A 1116.36 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.09;QD=60.3439;RBI=0.0612628;REFB=0;REVB=0.0493149;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489529;OID=.;OPOS=141461062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:38:35:0:0:39:35:0:0 chr8 141461185 . A G 578.87 PASS AF=0.956522;AO=30;DP=42;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0198817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.882;QD=50.3367;RBI=0.0238182;REFB=-0.0252731;REVB=0.0131158;RO=0;SAF=27;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84607e-08;STB=0.529398;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0182034;OID=.;OPOS=141461185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:46:0:2:30:44:0.956522:3:27:0:0:16:28:0:2 chr8 141461266 . A G 1126.75 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148014;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9202;QD=59.3026;RBI=0.015404;REFB=0;REVB=-0.00426652;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0168652;OID=.;OPOS=141461266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:72:76:1:24:48:0:0:27:49:0:0 chr8 141559358 . G A 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0107683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.679;QD=60.8525;RBI=0.0426838;REFB=-0.0573771;REVB=0.0413032;RO=1;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240991;STB=0.512815;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00243805;OID=.;OPOS=141559358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:19:27:0:1:19:27:0:1 chr8 141566311 . C T 1116.83 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.463;QD=60.3693;RBI=0.0584649;REFB=0;REVB=0.0222529;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017579;OID=.;OPOS=141566311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr8 141568622 . G A 1884.78 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00480634;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3291;QD=61.796;RBI=0.00582858;REFB=0;REVB=0.00329718;RO=0;SAF=54;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.52387e-05;OID=.;OPOS=141568622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:122:0:0:122:122:1:68:54:0:0:68:54:0:0 chr8 141774282 . A C 544.57 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0461248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5285;QD=57.3232;RBI=0.068757;REFB=0.0187636;REVB=0.0509905;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208029;STB=0.510633;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000808299;OID=.;OPOS=141774282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:36:37:0.973684:22:14:0:1:23:14:0:1 chr8 141780818 . T C 480.43 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161234;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.481;QD=58.2343;RBI=0.0360633;REFB=0;REVB=0.0360272;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281945;OID=.;OPOS=141780818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:31:33:1:8:23:0:0:9:24:0:0 chr8 141840645 . G A 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.329;QD=60.6033;RBI=0.0481895;REFB=0;REVB=0.00302788;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143105;OID=.;OPOS=141840645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr8 142146708 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.894;QD=59.8384;RBI=0.0173821;REFB=0;REVB=-0.00124189;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.39819e-05;OID=.;OPOS=142146708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:19:17:0:0 chr8 142148144 . C T 778.77 PASS AF=0.506757;AO=75;DP=148;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=0.0265004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.928;QD=21.0478;RBI=0.0319659;REFB=0.00314953;REVB=-0.0178759;RO=73;SAF=36;SAR=39;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975381;STB=0.553625;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00242771;OID=.;OPOS=142148144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:73:73:75:75:0.506757:39:36:43:30:39:36:43:30 chr8 142152442 . A G 1174.12 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157946;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.876;QD=60.9932;RBI=0.0504875;REFB=0;REVB=0.0479532;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207842;OID=.;OPOS=142152442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr8 142154291 . G A 358.85 PASS AF=0.457831;AO=36;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0097267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1621;QD=17.294;RBI=0.0229946;REFB=-0.00430977;REVB=-0.0208361;RO=45;SAF=22;SAR=14;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187062;STB=0.614536;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00200428;OID=.;OPOS=142154291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:45:45:36:38:0.457831:14:22:19:26:14:24:19:26 chr8 142161032 . A C 313.14 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0117031;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.856;QD=16.7007;RBI=0.0193663;REFB=-0.00590718;REVB=-0.0154301;RO=42;SAF=15;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813887;STB=0.538984;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00968203;OID=.;OPOS=142161032;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:41:34:34:0.453333:19:15:22:20:19:15:21:20 chr8 142161873 . C T 163.19 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.000653602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7277;QD=15.9209;RBI=0.00073477;REFB=-0.0097488;REVB=-0.000335695;RO=23;SAF=2;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510535;STB=0.74227;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00707274;OID=.;OPOS=142161873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:23:17:18:0.439024:15:2:12:11:15:3:12:11 chr8 142161888 . G A 132.17 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0150304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.466;QD=14.685;RBI=0.0161063;REFB=-0.0163494;REVB=0.00578789;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433856;STB=0.761535;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0320287;OID=.;OPOS=142161888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:21:14:15:0.416667:11:3:13:8:12:3:13:8 chr8 142168337 . C T 228.15 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00479356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.653;QD=13.8272;RBI=0.0081812;REFB=-0.0186872;REVB=-0.00662977;RO=39;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136441;STB=0.57782;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0299033;OID=.;OPOS=142168337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:16:11:21:18:16:11:21:18 chr8 142185580 . G A 152.76 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00503629;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.872;QD=13.0011;RBI=0.00507114;REFB=0.00242673;REVB=0.000593476;RO=30;SAF=3;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437104;STB=0.759664;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00912178;OID=.;OPOS=142185580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:30:30:17:17:0.361702:14:3:16:14:14:3:16:14 chr8 142185718 . T C 103.85 PASS AF=0.302326;AO=12;DP=42;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0532337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8544;QD=9.66014;RBI=0.0642354;REFB=0.00961398;REVB=0.0359495;RO=30;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254384;STB=0.533927;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0280487;OID=.;OPOS=142185718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:30:30:12:13:0.302326:9:3:8:22:10:3:8:22 chr8 142200467 . G A 242.87 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00569952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.122;QD=17.3477;RBI=0.0166799;REFB=-0.0153305;REVB=0.0156759;RO=29;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386579;STB=0.521723;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0207482;OID=.;OPOS=142200467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:16:11:13:16:16:11:13:16 chr8 142202847 . G A 236.62 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0254499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9742;QD=26.291;RBI=0.0318977;REFB=-0.0432434;REVB=0.0192292;RO=13;SAF=14;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22193;STB=0.63624;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0304301;OID=.;OPOS=142202847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:14:22:22:0.611111:8:14:4:9:8:14:4:10 chr8 142202856 . C T 228.64 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0703015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.857;QD=23.4503;RBI=0.0703972;REFB=-0.0491054;REVB=-0.00366881;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130074;STB=0.507036;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0394501;OID=.;OPOS=142202856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:16:17:22:22:0.564103:12:10:7:9:12:10:8:9 chr8 142202884 . T C 545.2 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.671;QD=57.389;RBI=0.0162006;REFB=-0.0502764;REVB=0.00288264;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.517232;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00193023;OID=.;OPOS=142202884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:23:14:0:0:23:14:1:0 chr8 142204326 . C G 83.83 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00213234;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.311;QD=9.31474;RBI=0.002604;REFB=-0.00399413;REVB=-0.00149463;RO=26;SAF=9;SAR=2;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37212;STB=0.717348;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0092896;OID=.;OPOS=142204326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:36:26:25:11:11:0.305556:2:9:14:12:2:9:14:11 chr8 142218119 . G A 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0136461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0328;QD=15.9152;RBI=0.0880114;REFB=-0.00466414;REVB=0.0869471;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391831;STB=0.719735;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00501915;OID=.;OPOS=142218119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:1:14:7:6:1:14 chr8 142221361 . C G 272.79 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.983;QD=51.9601;RBI=0.0302867;REFB=0;REVB=0.00643869;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21289e-05;OID=.;OPOS=142221361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:10:11:0:0 chr8 142222374 . A G 1713.24 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.70645e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8619;QD=60.1137;RBI=0.03965;REFB=0;REVB=-0.0396499;RO=0;SAF=58;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016819;OID=.;OPOS=142222374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:56:58:0:0:56:58:0:0 chr8 142222445 . T C 2173.32 PASS AF=0.98;AO=143;DP=150;FAO=147;FDP=150;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0442947;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1062;QD=57.9552;RBI=0.0465658;REFB=-0.0734953;REVB=0.014365;RO=3;SAF=60;SAR=83;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168748;STB=0.508771;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000429055;OID=.;OPOS=142222445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:150:150:3:3:143:147:0.98:83:60:0:3:84:63:0:3 chr8 142225990 . G A 654.3 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0218893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6436;QD=50.3307;RBI=0.0964529;REFB=-0.207751;REVB=0.0939363;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.527262;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0112207;OID=.;OPOS=142225990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:52:52:0:3:49:49:0.942308:26:23:0:0:26:23:0:3 chr8 142228149 . G A 396.85 PASS AF=0.450549;AO=40;DP=90;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.023316;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.152;QD=17.4439;RBI=0.0250035;REFB=-0.0148207;REVB=0.00902971;RO=49;SAF=21;SAR=19;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545808;STB=0.517676;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0173539;OID=.;OPOS=142228149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:49:50:40:41:0.450549:19:21:23:26:20:21:24:26 chr8 142228686 . G A 108.41 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00254149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.389;QD=13.5519;RBI=0.0521806;REFB=-0.0229097;REVB=0.0521186;RO=19;SAF=10;SAR=2;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155219;STB=0.526274;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0284914;OID=.;OPOS=142228686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:19:19:12:13:0.40625:2:10:14:5:3:10:14:5 chr8 142228809 . T C 418.02 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9375;QD=53.9382;RBI=0.0283204;REFB=-0.115418;REVB=-0.0261845;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372625;STB=0.519987;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00255155;OID=.;OPOS=142228809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:12:18:0:1:12:18:0:1 chr8 142229834 . G A 846.41 PASS AF=0.512048;AO=85;DP=166;FAO=85;FDP=166;FR=.;FRO=81;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.0254959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.918;QD=20.3954;RBI=0.0318913;REFB=-0.0156558;REVB=0.0191576;RO=81;SAF=43;SAR=42;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655348;STB=0.535969;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.012461;OID=.;OPOS=142229834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:81:81:85:85:0.512048:42:43:35:46:42:43:35:46 chr8 142229891 . A G 2230.08 PASS AF=0.979452;AO=143;DP=146;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0409193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.522;QD=61.0981;RBI=0.0426364;REFB=-0.0569419;REVB=0.0119779;RO=3;SAF=77;SAR=66;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503967;STB=0.502651;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00108607;OID=.;OPOS=142229891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:146:146:3:3:143:143:0.979452:66:77:2:1:66:77:2:1 chr8 142238339 . C A 286.27 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0261128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.367;QD=22.0209;RBI=0.0303933;REFB=-0.0180141;REVB=0.0155524;RO=21;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213765;STB=0.51336;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0158136;OID=.;OPOS=142238339;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:21:23:29:29:0.557692:13:16:11:10:13:16:12:11 chr8 142266691 . A C 1564.59 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00705401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.994;QD=63.8609;RBI=0.0198988;REFB=0;REVB=0.0186065;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03373e-05;OID=.;OPOS=142266691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:55:42:0:0:56:42:0:0 chr8 142367335 . T C 329.84 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0740918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1491;QD=50.7443;RBI=0.0896298;REFB=-0.085955;REVB=-0.0504371;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319949;STB=0.517228;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00210241;OID=.;OPOS=142367335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:0:1:14:11:0:1 chr8 142367400 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332037;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.86;QD=56.1916;RBI=0.049779;REFB=0;REVB=0.0370872;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207223;OID=.;OPOS=142367400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr8 142367559 . G A 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.939;QD=53.9042;RBI=0.0424639;REFB=0;REVB=0.0293597;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259318;OID=.;OPOS=142367559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr8 142441642 . A G 450.82 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157019;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.269;QD=58.1709;RBI=0.0186888;REFB=0;REVB=0.010135;RO=0;SAF=5;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114354;OID=.;OPOS=142441642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:26:5:0:0:26:5:0:0 chr8 142446819 . G A 644.1 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=47;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00848562;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.738;QD=22.6;RBI=0.0438639;REFB=-0.0222197;REVB=0.0430353;RO=48;SAF=47;SAR=16;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172788;STB=0.604317;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0143489;OID=.;OPOS=142446819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:48:51:63:63:0.552632:16:47:27:21:16:47:28:23 chr8 142446923 . C T 753.02 PASS AF=0.541353;AO=72;DP=132;FAO=72;FDP=133;FR=.;FRO=61;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.038824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.754;QD=22.6473;RBI=0.0404544;REFB=-0.0148225;REVB=-0.011369;RO=60;SAF=50;SAR=22;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13288;STB=0.570012;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0269326;OID=.;OPOS=142446923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:60:61:72:72:0.541353:22:50:33:27:22:50:34:27 chr8 142446937 . C T 592.97 PASS AF=0.442623;AO=52;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.00934311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.039;QD=19.4416;RBI=0.0122029;REFB=-0.0340233;REVB=0.00784963;RO=40;SAF=27;SAR=25;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152699;STB=0.546858;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0195642;OID=.;OPOS=142446937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:40:54:52:54:0.442623:25:27:20:20:25:29:34:20 chr8 142459814 . C T 1598.14 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.299;QD=63.9258;RBI=0.0208967;REFB=0;REVB=0.00698114;RO=0;SAF=35;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68632e-05;OID=.;OPOS=142459814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:64:35:0:0:64:36:0:0 chr8 142476529 . G A 639.41 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.647;QD=59.4799;RBI=0.0407149;REFB=-0.152598;REVB=0.0356986;RO=1;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024064;STB=0.512814;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000515806;OID=.;OPOS=142476529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:1:42:42:0.976744:19:23:0:1:19:23:0:1 chr8 142488837 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00848089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.417;QD=57.7122;RBI=0.0378587;REFB=0;REVB=0.0368965;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47506e-05;OID=.;OPOS=142488837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr8 142490078 . CG C,CA 1602.91 PASS AF=0.0183486,0.981651;AO=19,74;DP=109;FAO=2,107;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=2,64;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782416,0.034497;FXX=0.00909008;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.0005,103.601;QD=58.8225;RBI=0.0288193,0.0354199;REFB=0,0;REVB=0.0277369,0.00803301;RO=0;SAF=6,52;SAR=13,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.851e-08,-4.53902e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0202236,0.00128054;OID=.,.;OPOS=142490079,142490079;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0183486,0.981651:19,74:109:2,107:109:0:2,64:0,43:0:0:3:0:6,52:13,22:0:0 chr8 142490080 . T A 111.66 PASS AF=0.181818;AO=19;DP=108;FAO=20;FDP=110;FR=.;FRO=90;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=29;FWDB=0.00134163;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=70.5224;QD=4.06048;RBI=0.0239621;REFB=-0.00343428;REVB=0.0239245;RO=89;SAF=5;SAR=14;SRF=60;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489037;STB=0.784032;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0139252;OID=.;OPOS=142490080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:89:90:19:20:0.181818:14:5:60:29:14:6:61:29 chr8 142490120 . G T 1122.08 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00240606;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5419;QD=59.0567;RBI=0.0123639;REFB=-0.0590288;REVB=0.0121275;RO=1;SAF=52;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201241;STB=0.510635;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000289188;OID=.;OPOS=142490120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:23:52:0:1:23:52:0:1 chr8 143425553 . C T 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0950124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3605;QD=22.3221;RBI=0.0959048;REFB=0.037916;REVB=-0.013053;RO=23;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00711446;STB=0.503934;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0186529;OID=.;OPOS=143425553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:12:18:14:9:12:18:14:9 chr8 143425720 . T C 263.16 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0540393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.026;QD=17.544;RBI=0.0540407;REFB=-0.0255589;REVB=0.000390253;RO=29;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642495;STB=0.538895;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0313759;OID=.;OPOS=143425720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:31:29:29:0.483333:18:11:13:16:18:11:14:17 chr8 143603418 . G C 498.55 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0255998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.511;QD=21.4431;RBI=0.0271106;REFB=0.000875741;REVB=0.00892398;RO=45;SAF=25;SAR=23;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474215;STB=0.526187;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00205755;OID=.;OPOS=143603418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:23:25:21:24:23:25:21:24 chr8 143623459 . G T 554.8 PASS AF=0.479675;AO=56;DP=120;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0199231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.111;QD=18.0423;RBI=0.0228732;REFB=-0.0278322;REVB=0.0112363;RO=64;SAF=27;SAR=29;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919184;STB=0.536284;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0293038;OID=.;OPOS=143623459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:64:64:56:59:0.479675:29:27:37:27:29:30:37:27 chr8 143694775 . G C 689.7 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.672;QD=62.7003;RBI=0.0586471;REFB=0;REVB=0.0268045;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207234;OID=.;OPOS=143694775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:26:18:0:0 chr8 143746087 . CCA C 626.52 PASS AF=0.920635;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00726367;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=2;MLLD=281.281;QD=39.7789;RBI=0.00874152;REFB=0.0123412;REVB=-0.00486347;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526566;STBP=0.145;TYPE=del;VARB=3.91163e-05;OID=.;OPOS=143746088;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.920635:56:59:58:63:5:31:27:1:4:8:0:29:27:0:0 chr8 143761931 . C T 289.83 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.013184;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2456;QD=25.2023;RBI=0.0199575;REFB=-0.00824094;REVB=-0.0149828;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692378;STB=0.538432;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00283498;OID=.;OPOS=143761931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:14:12:11:9:14:12:11:9 chr8 143763490 . T C 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=4.15674e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.151;QD=10.6682;RBI=0.00916883;REFB=-0.0409541;REVB=-0.00916874;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179247;STB=0.606938;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0505323;OID=.;OPOS=143763490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:6:12:5:5:6:12 chr8 143808951 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.293;QD=43.486;RBI=0.0832968;REFB=0;REVB=0.0264671;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177338;OID=.;OPOS=143808951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr8 143867905 . C T 60.08 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0282878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.608;QD=8.58349;RBI=0.0282884;REFB=-0.0139028;REVB=-0.00018469;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195026;STB=0.666172;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0229426;OID=.;OPOS=143867905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:28:18:19:8:8:0.285714:7:1:4:14:7:1:5:14 chr8 143957151 . A C 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0160591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.156;QD=18.8207;RBI=0.0206743;REFB=-0.0173866;REVB=0.0130204;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125598;STB=0.571317;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0185434;OID=.;OPOS=143957151;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:2:8:8:4:2:8 chr8 143959250 . T C 803.43 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0038869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4608;QD=55.4091;RBI=0.032338;REFB=0.0236663;REVB=-0.0321035;RO=1;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119415;STB=0.506327;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00098361;OID=.;OPOS=143959250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:39:18:0:1:39:18:0:1 chr8 143960597 . G A 247.04 PASS AF=0.575;AO=21;DP=38;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0686026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8766;QD=24.7044;RBI=0.0979684;REFB=-0.0455764;REVB=0.0699391;RO=17;SAF=4;SAR=17;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41509;STB=0.705688;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0321014;OID=.;OPOS=143960597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:17:17:21:23:0.575:17:4:11:6:18:5:11:6 chr8 143961005 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00706389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.133;QD=59.8393;RBI=0.0222609;REFB=0;REVB=0.0211104;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86884e-05;OID=.;OPOS=143961005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:10:26:0:0:10:26:0:0 chr8 143994266 . A G 50.74 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.016019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8164;QD=3.43978;RBI=0.0346141;REFB=-0.0147348;REVB=-0.0306843;RO=49;SAF=8;SAR=1;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.645037;STB=0.925277;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.04158;OID=.;OPOS=143994266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:49:50:9:9:0.152542:1:8:15:34:1:8:15:35 chr8 143994702 . G T 97.87 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0332872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.643;QD=13.4992;RBI=0.0372697;REFB=-0.0268927;REVB=0.0167628;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208227;STB=0.53211;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0430652;OID=.;OPOS=143994702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:5:7:9:7:5:7:9:8 chr8 143994806 . A T 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00895629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.825;QD=14.119;RBI=0.0221064;REFB=-0.0177743;REVB=-0.0202108;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122098;STB=0.570063;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0209592;OID=.;OPOS=143994806;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:38:27:27:0.415385:16:11:19:17:16:11:20:18 chr8 143995743 . C T 416.1 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00268282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9205;QD=16.9836;RBI=0.00373727;REFB=0.0095525;REVB=-0.00260186;RO=55;SAF=25;SAR=18;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732236;STB=0.541106;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0158951;OID=.;OPOS=143995743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:18:25:28:27:18:25:28:27 chr8 143995761 . C T 1533.65 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383556;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.804;QD=63.902;RBI=0.038369;REFB=0;REVB=0.00101548;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28227e-05;OID=.;OPOS=143995761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:46:50:0:0:46:50:0:0 chr8 143996539 . T C 444.22 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0293448;FXX=0.0180164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3207;QD=16.3017;RBI=0.043071;REFB=-0.0240831;REVB=-0.0315277;RO=60;SAF=16;SAR=33;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227483;STB=0.62742;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0188703;OID=.;OPOS=143996539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:60:60:49:49:0.449541:33:16:33:27:33:16:33:27 chr8 143996553 . G A 485.8 PASS AF=0.473214;AO=50;DP=110;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0069552;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.21;QD=17.3498;RBI=0.00874372;REFB=-0.00630271;REVB=0.00529885;RO=59;SAF=15;SAR=35;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232381;STB=0.613592;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0073281;OID=.;OPOS=143996553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:59:59:50:53:0.473214:35:15:31:28:36:17:31:28 chr8 144063784 . G A 63.71 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00490939;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.35;QD=9.10083;RBI=0.0576749;REFB=-0.00346605;REVB=-0.0574655;RO=19;SAF=8;SAR=1;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212952;STB=0.634568;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00613308;OID=.;OPOS=144063784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:1:8:15:4:1:8:15:4 chr8 144102747 . C T 305.43 PASS AF=0.507692;AO=31;DP=63;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0162172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.284;QD=18.796;RBI=0.0815215;REFB=-0.0255831;REVB=0.0798922;RO=32;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995253;STB=0.554275;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0186219;OID=.;OPOS=144102747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:32:32:31:33:0.507692:16:15:12:20:17:16:12:20 chr8 144239859 . A G 394.46 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0113913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0729;QD=19.9727;RBI=0.0653142;REFB=0.00284646;REVB=0.0643132;RO=39;SAF=26;SAR=14;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00874441;STB=0.504852;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00140701;OID=.;OPOS=144239859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:14:26:25:14:14:26:25:14 chr8 144240257 . C G 436.08 PASS AF=0.403226;AO=50;DP=124;FAO=50;FDP=124;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=25;FWDB=0.0161309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4919;QD=14.0669;RBI=0.0274874;REFB=0.0188736;REVB=0.0222565;RO=74;SAF=32;SAR=18;SRF=49;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256539;STB=0.514461;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.027699;OID=.;OPOS=144240257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:74:74:50:50:0.403226:18:32:49:25:18:32:49:25 chr8 144295782 . G T 442.63 PASS AF=0.423729;AO=49;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0685151;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7195;QD=15.0043;RBI=0.119713;REFB=-0.0115963;REVB=0.0981675;RO=69;SAF=23;SAR=26;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00586094;STB=0.502388;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.016847;OID=.;OPOS=144295782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:69:68:49:50:0.423729:26:23:32:37:27:23:31:37 chr8 144332012 . T C 1062.27 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8892;QD=59.846;RBI=0.0450355;REFB=0;REVB=-8.26599e-05;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286598;OID=.;OPOS=144332012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:48:23:0:0:48:23:0:0 chr8 144332082 . T C 306.04 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0238447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.874;QD=20.4027;RBI=0.0285272;REFB=-0.0112345;REVB=-0.0156599;RO=27;SAF=14;SAR=18;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153351;STB=0.573232;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0196965;OID=.;OPOS=144332082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:28:32:32:0.533333:18:14:7:20:18:14:8:20 chr8 144333315 . G A 377.32 PASS AF=0.381356;AO=45;DP=118;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=-0.00972187;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.799;QD=12.7904;RBI=0.0155234;REFB=-0.0261722;REVB=0.0121021;RO=69;SAF=23;SAR=22;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190017;STB=0.595456;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0342584;OID=.;OPOS=144333315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:69:73:45:45:0.381356:22:23:23:46:22:23:26:47 chr8 144333434 . G A 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0287943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.513;QD=16.077;RBI=0.0354709;REFB=-0.0331968;REVB=0.020714;RO=43;SAF=10;SAR=24;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00974854;STB=0.505491;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0374958;OID=.;OPOS=144333434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:24:10:13:30:24:10:13:30 chr8 144351632 . A G 1149.72 PASS AF=0.987179;AO=61;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=15;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00736345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.584;QD=58.96;RBI=0.0389758;REFB=-0.0613775;REVB=0.0382739;RO=1;SAF=15;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101533;STB=0.503999;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.000697823;OID=.;OPOS=144351632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:1:1:61:77:0.987179:46:15:0:1:62:15:0:1 chr8 144357213 . G C 89.24 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0219839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.397;QD=14.8741;RBI=0.0236249;REFB=-0.0197433;REVB=-0.00865116;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947925;STB=0.555453;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0316356;OID=.;OPOS=144357213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:6:7:7:4:6:7 chr8 144378184 . C G 55.41 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0021661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.585;QD=11.6661;RBI=0.0407616;REFB=-0.0248957;REVB=0.040704;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671836;STB=0.578755;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0380433;OID=.;OPOS=144378184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:18:19:11:11:7:8:0.421053:3:4:7:4:4:4:7:4 chr8 144391924 . CT TC 177.76 PASS AF=0.5;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.022984;FXX=0.0526177;HRUN=2;LEN=2;MLLD=142.873;QD=19.7514;RBI=0.032118;REFB=-0.016735;REVB=-0.0224344;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259351;STB=0.645018;STBP=0.126;TYPE=mnp;VARB=0.0126554;OID=.;OPOS=144391924;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:18:18:18:18:0.5:10:8:3:15:10:8:3:15 chr8 144391930 . G A 189.82 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.00749209;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.699;QD=20.5213;RBI=0.00749249;REFB=-0.0085718;REVB=-7.73835e-05;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220658;STB=0.632094;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0103059;OID=.;OPOS=144391930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:18:19:19:0.513514:11:8:3:14:11:8:3:15 chr8 144400036 . C T 335.62 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=-0.00440758;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9462;QD=19.4563;RBI=0.0613428;REFB=-0.0373721;REVB=-0.0611842;RO=31;SAF=29;SAR=6;SRF=27;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666128;STB=0.504345;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0157718;OID=.;OPOS=144400036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:31:34:35:35:0.507246:6:29:27:4:6:29:28:6 chr8 144403485 . G C 787.1 PASS AF=0.487952;AO=81;DP=166;FAO=81;FDP=166;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0100585;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.589;QD=18.9663;RBI=0.0119065;REFB=-0.0151843;REVB=-0.00637107;RO=85;SAF=35;SAR=46;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058115;STB=0.532064;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0155164;OID=.;OPOS=144403485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:85:85:81:81:0.487952:46:35:42:43:46:35:42:43 chr8 144406705 . C T 308.32 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0123739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.738;QD=15.8112;RBI=0.0317082;REFB=-0.00894589;REVB=-0.0291941;RO=43;SAF=19;SAR=15;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463954;STB=0.518422;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0121095;OID=.;OPOS=144406705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:44:34:34:0.435897:15:19:26:17:15:19:26:18 chr8 144409934 . C A 3072.88 PASS AF=0.98;AO=196;DP=200;FAO=196;FDP=200;FR=.;FRO=4;FSAF=123;FSAR=73;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0277444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.915;QD=61.4577;RBI=0.0280452;REFB=-0.0159243;REVB=0.00409648;RO=4;SAF=123;SAR=73;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152331;STB=0.507999;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000598222;OID=.;OPOS=144409934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:200:200:4:4:196:196:0.98:73:123:4:0:73:123:4:0 chr8 144409938 . A AG 2170.43 PASS AF=1;AO=167;DP=195;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304398;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.9897;QD=47.1832;RBI=0.0486733;REFB=0;REVB=-0.0379803;RO=16;SAF=101;SAR=66;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000554532;OID=.;OPOS=144409939;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:167:195:184:184:0:117:67:0:0:40:16:101:66:13:3 chr8 144461522 . G A 186.78 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0300915;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9953;QD=12.4522;RBI=0.0958977;REFB=-0.0258492;REVB=0.0910542;RO=36;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103988;STB=0.515405;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0425181;OID=.;OPOS=144461522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:36:37:23:23:0.383333:13:10:16:20:13:10:17:20 chr8 144567079 . T C 428.55 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.000360431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.044;QD=22.2621;RBI=0.00863381;REFB=-0.0102027;REVB=-0.00862628;RO=34;SAF=9;SAR=33;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178408;STB=0.609582;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00955724;OID=.;OPOS=144567079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:35:42:42:0.545455:33:9:13:21:33:9:14:21 chr8 144620183 . T C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0457532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.966;QD=11.1976;RBI=0.0620924;REFB=-0.0131441;REVB=0.0419775;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112953;STB=0.566903;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0264868;OID=.;OPOS=144620183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:15:7:5:7:15:7 chr8 144620342 . T C 739.42 PASS AF=0.569106;AO=69;DP=123;FAO=70;FDP=123;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0121555;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.459;QD=24.046;RBI=0.0251391;REFB=-0.0154541;REVB=0.022005;RO=52;SAF=29;SAR=40;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048431;STB=0.533466;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0119865;OID=.;OPOS=144620342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:52:53:69:70:0.569106:40:29:25:27:41:29:26:27 chr8 144620871 . A G 458.18 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00306394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.6;QD=15.6643;RBI=0.0367697;REFB=-0.0268223;REVB=-0.0366418;RO=65;SAF=30;SAR=21;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00373772;STB=0.507244;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0316601;OID=.;OPOS=144620871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:66:51:51:0.435897:21:30:38:27:21:30:38:28 chr8 144621035 . G A 516.19 PASS AF=0.452381;AO=54;DP=124;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0110516;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.741;QD=16.387;RBI=0.0160745;REFB=-0.000438278;REVB=-0.0116727;RO=69;SAF=22;SAR=32;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101423;STB=0.547662;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00149839;OID=.;OPOS=144621035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:69:69:54:57:0.452381:32:22:35:34:33:24:35:34 chr8 144621084 . T G 426.87 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0107118;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.428;QD=21.6139;RBI=0.0110158;REFB=-0.00959186;REVB=-0.00257016;RO=37;SAF=20;SAR=22;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372728;STB=0.520571;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00781299;OID=.;OPOS=144621084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:37:37:42:42:0.531646:22:20:16:21:22:20:16:21 chr8 144621091 . A T 469.8 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00678442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.072;QD=23.1998;RBI=0.0203038;REFB=-0.00346126;REVB=-0.0191367;RO=36;SAF=22;SAR=23;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134825;STB=0.50741;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0028998;OID=.;OPOS=144621091;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:36:45:45:0.555556:23:22:17:19:23:22:17:19 chr8 144624492 . A G 252.67 PASS AF=0.575;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0206761;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1029;QD=25.267;RBI=0.0207196;REFB=-0.0216541;REVB=-0.00134135;RO=17;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163236;STB=0.509083;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0216955;OID=.;OPOS=144624492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:17:17:23:23:0.575:14:9:7:10:14:9:7:10 chr8 144642151 . G GAGGGC 66.96 PASS AF=0.139785;AO=13;DP=99;FAO=13;FDP=93;FR=.;FRO=80;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.054327;FXX=0.0605999;HRUN=1;LEN=5;MLLD=209.519;QD=2.88021;RBI=0.0549836;REFB=-0.0149853;REVB=-0.0084715;RO=81;SAF=3;SAR=10;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4466;STB=0.80145;STBP=0.032;TYPE=ins;VARB=0.0635744;OID=.;OPOS=144642152;OREF=-;OALT=AGGGC;OMAPALT=GAGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.139785:13:99:13:93:80:3:10:48:32:66:81:3:10:49:32 chr8 144642178 . T C 727.69 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.415;QD=61.9307;RBI=0.0368462;REFB=0;REVB=0.0273412;RO=0;SAF=8;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040194;OID=.;OPOS=144642178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:37:8:0:0:39:8:0:0 chr8 144642596 . T C 206.36 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2204;QD=48.5553;RBI=0.0547821;REFB=0;REVB=0.0354483;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272768;OID=.;OPOS=144642596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr8 144642626 . A G 298.92 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.986;QD=51.9868;RBI=0.00904629;REFB=0;REVB=0.00760197;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459654;OID=.;OPOS=144642626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr8 144643603 . G A 1155.26 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00407789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.017;QD=59.2441;RBI=0.00822548;REFB=-0.0263038;REVB=0.00714349;RO=1;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01088;STB=0.507461;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=7.56778e-05;OID=.;OPOS=144643603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:43:34:0:1:44:33:1:0 chr8 144649968 . C T 1143.26 PASS AF=0.97619;AO=77;DP=83;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0252821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3121;QD=54.4409;RBI=0.0768749;REFB=-0.164355;REVB=0.0725987;RO=4;SAF=44;SAR=33;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304746;STB=0.500875;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00904852;OID=.;OPOS=144649968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:83:84:4:2:77:82:0.97619:33:44:1:3:38:44:1:1 chr8 144654249 . G A 309.78 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0110777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.304;QD=16.0923;RBI=0.0112848;REFB=-0.0215726;REVB=-0.0021522;RO=41;SAF=13;SAR=21;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242932;STB=0.64777;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.020712;OID=.;OPOS=144654249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:43:34:34:0.441558:21:13:26:15:21:13:28:15 chr8 144654255 . A G 1227.17 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00559092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.372;QD=61.3585;RBI=0.0427162;REFB=0;REVB=-0.0423487;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110899;OID=.;OPOS=144654255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr8 144654594 . G T 165.48 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0164024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2127;QD=22.0635;RBI=0.0360709;REFB=0.00975383;REVB=0.0321258;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111111;STB=0.562427;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00715736;OID=.;OPOS=144654594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:5:8:8:9:5:8 chr8 144654693 . G C 165.49 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0472192;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=123.471;QD=14.0842;RBI=0.0480024;REFB=-0.0238818;REVB=-0.00863605;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195225;STB=0.617513;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.042949;OID=.;OPOS=144654693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:47:25:29:18:18:0.382979:6:12:12:13:6:12:14:15 chr8 144657152 . C G 109.23 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.00115749;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=92.1387;QD=8.73802;RBI=0.0442525;REFB=-0.00938709;REVB=-0.0442374;RO=30;SAF=10;SAR=4;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196609;STB=0.517216;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0296179;OID=.;OPOS=144657152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:36:14:14:0.28:4:10:21:9:4:10:25:11 chr8 144657600 . G A 276.64 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0105643;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.954;QD=19.4136;RBI=0.0182479;REFB=-0.038771;REVB=0.0148789;RO=21;SAF=11;SAR=18;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118001;STB=0.504584;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0258806;OID=.;OPOS=144657600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:21:27:29:29:0.508772:18:11:5:16:18:11:10:17 chr8 144658711 . G A 223.87 PASS AF=0.391304;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0372132;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0786;QD=12.9778;RBI=0.0639695;REFB=0.0186015;REVB=0.0520315;RO=42;SAF=7;SAR=19;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112155;STB=0.542824;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0220357;OID=.;OPOS=144658711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:42:42:26:27:0.391304:19:7:15:27:19:8:15:27 chr8 144662306 . CAG ACC,CAC 118.76 PASS AF=0,0.4;AO=2,8;DP=34;FAO=0,14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=0,8;FSAR=0,6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.114682,-0.13065;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=3,1;MLLD=44.4258,37.2909;QD=13.5728;RBI=0.122049,0.158921;REFB=-0.0154674,-0.032932;REVB=-0.041763,-0.0904794;RO=13;SAF=2,3;SAR=0,5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.601607,-0.0104179;STB=0.5,0.585244;STBP=1,0.452;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0361316;OID=.,.;OPOS=144662306,144662308;OREF=CAG,G;OALT=ACC,C;OMAPALT=ACC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:34:35:13:21:2,8:0,14:0,0.4:0,5:2,3:5:8:0,6:0,8:9:12 chr8 144662353 . G A 216.16 PASS AF=0.65625;AO=20;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00385424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.654;QD=27.0203;RBI=0.0340416;REFB=-0.0326354;REVB=0.0338227;RO=11;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283453;STB=0.638164;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0161785;OID=.;OPOS=144662353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:32:32:11:11:20:21:0.65625:14:6:8:3:14:7:8:3 chr8 144671244 . C A,G 670.47 PASS AF=0.5,0.458333;AO=24,22;DP=48;FAO=24,22;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=7,6;FSAR=17,16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0219159,0.0266394;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=203.916,213.026;QD=55.8722;RBI=0.0459864,0.0403436;REFB=0.0782031,0.0116324;REVB=0.0404283,0.0302977;RO=2;SAF=7,6;SAR=17,16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.115254,-0.131238;STB=0.562446,0.57136;STBP=0.072,0.078;TYPE=snp,snp;VARB=0.00441433,-0.00334405;OID=.,.;OPOS=144671244,144671244;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:48:48:2:2:24,22:24,22:0.5,0.458333:17,16:7,6:2:0:17,16:7,6:2:0 chr8 144671685 . G C 484.98 PASS AF=0.925;AO=35;DP=38;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0228476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.97;QD=48.4975;RBI=0.0637192;REFB=-0.145801;REVB=0.0594822;RO=3;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132808;STB=0.559966;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0068522;OID=.;OPOS=144671685;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:38:40:3:3:35:37:0.925:9:26:0:3:11:26:0:3 chr8 144671922 . G A 94.61 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0241437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8537;QD=21.0234;RBI=0.0645809;REFB=-0.0504243;REVB=0.059898;RO=7;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331304;STB=0.691912;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0298081;OID=.;OPOS=144671922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:9:2:4:3:9:2:4:3 chr8 144681714 . G A 543.67 PASS AF=0.53125;AO=50;DP=95;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0782934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0575;QD=22.6527;RBI=0.13932;REFB=-0.0315906;REVB=0.115239;RO=45;SAF=24;SAR=26;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838748;STB=0.550103;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0363332;OID=.;OPOS=144681714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:45:45:50:51:0.53125:26:24:26:19:27:24:26:19 chr8 144681777 . G T 393.7 PASS AF=0.494118;AO=39;DP=79;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0637536;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.0942;QD=18.5269;RBI=0.0683573;REFB=0.0177076;REVB=0.0246618;RO=40;SAF=23;SAR=16;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172321;STB=0.599953;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0147305;OID=.;OPOS=144681777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:85:40:43:39:42:0.494118:16:23:16:24:18:24:16:27 chr8 144682311 . G C 850.39 PASS AF=0.47541;AO=87;DP=183;FAO=87;FDP=183;FR=.;FRO=96;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=-0.00490279;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.71;QD=18.5877;RBI=0.00493135;REFB=-0.0165242;REVB=-0.000530042;RO=96;SAF=48;SAR=39;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304555;STB=0.516816;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0155559;OID=.;OPOS=144682311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:96:96:87:87:0.47541:39:48:56:40:39:48:56:40 chr8 144688736 . C G 276.68 PASS AF=0.543478;AO=26;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00377142;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.558;QD=24.0595;RBI=0.0497543;REFB=-0.0182333;REVB=-0.0496111;RO=20;SAF=19;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121353;STB=0.605005;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0128405;OID=.;OPOS=144688736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:20:21:26:25:0.543478:7:19:12:8:6:19:12:9 chr8 144694890 . G C 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0615103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3793;QD=8.69076;RBI=0.0744558;REFB=0.0352941;REVB=-0.0419542;RO=17;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203766;STB=0.627564;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0704781;OID=.;OPOS=144694890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:2:6:10:7:2:6:10:7 chr8 144697041 . A G 52.6 PASS AF=0.727273;AO=3;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0327372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.642;QD=19.129;RBI=0.0804132;REFB=-0.106307;REVB=0.0734476;RO=3;SAF=3;SAR=0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.712642;STB=0.512165;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0260144;OID=.;OPOS=144697041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:11:11:3:3:3:8:0.727273:0:3:1:2:5:3:1:2 chr8 144732363 . T C 824.22 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0731;QD=54.9479;RBI=0.0516904;REFB=-0.0447688;REVB=0.0456679;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140815;STB=0.507244;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000853011;OID=.;OPOS=144732363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:58:59:0.983333:33:25:0:1:34:25:0:1 chr8 144732418 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.298;QD=56.9564;RBI=0.0125132;REFB=0;REVB=-0.00821886;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92684e-06;OID=.;OPOS=144732418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr8 144732450 . G A 242.94 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00553304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.116;QD=22.5991;RBI=0.0127067;REFB=-0.0109907;REVB=-0.0114388;RO=20;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363841;STB=0.520325;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00763374;OID=.;OPOS=144732450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:14:9:7:13:14:9:7:13 chr8 144735977 . T C 868.03 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.345;QD=57.8686;RBI=0.0245297;REFB=0;REVB=0.00309463;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32221e-05;OID=.;OPOS=144735977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr8 144774233 . T C 363.67 PASS AF=0.580645;AO=35;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0191237;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.112;QD=23.4625;RBI=0.0290607;REFB=-0.0173642;REVB=0.0218817;RO=24;SAF=18;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721513;STB=0.53224;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.01351;OID=.;OPOS=144774233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:26:35:36:0.580645:17:18:10:14:18:18:11:15 chr8 144775871 . C A 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=-0.00742818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3031;QD=11.992;RBI=0.0163014;REFB=0.0184456;REVB=-0.0145106;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295154;STB=0.673916;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0183656;OID=.;OPOS=144775871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:18:18:0.352941:11:7:5:27:11:7:5:28 chr8 144776109 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.092;QD=51.1845;RBI=0.00852127;REFB=0;REVB=-0.00731364;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139633;OID=.;OPOS=144776109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr8 144801243 . C T 647.88 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0357654;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.06;QD=48.8964;RBI=0.0396514;REFB=-0.0861457;REVB=0.0171194;RO=2;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335887;STB=0.515216;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.000609094;OID=.;OPOS=144801243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:53:2:4:49:49:0.924528:27:22:0:2:27:22:1:3 chr8 144808747 . G A 50.46 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.148869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5697;QD=16.8184;RBI=0.150717;REFB=-0.0017052;REVB=0.0235317;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413035;STB=0.749164;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00866754;OID=.;OPOS=144808747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:12:12:5:5:7:7:0.583333:1:6:2:3:1:6:2:3 chr8 144811338 . C G 1171.37 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.772;QD=60.8504;RBI=0.0476949;REFB=0;REVB=0.00466193;RO=0;SAF=53;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010087;OID=.;OPOS=144811338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:23:53:0:0:23:54:0:0 chr8 144818020 . G C 63.67 PASS AF=0.157895;AO=5;DP=37;FAO=6;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0057636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6721;QD=6.70247;RBI=0.017466;REFB=-0.0132716;REVB=0.0164877;RO=24;SAF=0;SAR=5;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.611242;STB=0.634413;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.225375;OID=.;OPOS=144818020;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:37:38:24:25:5:6:0.157895:5:0:7:17:5:1:7:18 chr8 144822037 . G T 791.64 PASS AF=0.564885;AO=73;DP=129;FAO=74;FDP=131;FR=.;FRO=57;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0136137;FXX=0.0223864;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.59;QD=24.1721;RBI=0.0255038;REFB=-0.0233944;REVB=0.0215664;RO=55;SAF=44;SAR=29;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319172;STB=0.513231;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0179299;OID=.;OPOS=144822037;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:55:57:73:74:0.564885:29:44:31:24:29:45:33:24 chr8 144885580 . A G 2179.83 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.122175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.872;QD=61.4036;RBI=0.123603;REFB=0;REVB=-0.0187287;RO=0;SAF=66;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00425188;OID=.;OPOS=144885580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:142:0:0:133:142:1:67:66:0:0:76:66:0:0 chr8 144889172 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.139;QD=57.1061;RBI=0.0478708;REFB=0;REVB=0.014157;RO=0;SAF=13;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104864;OID=.;OPOS=144889172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:42:13:0:0:42:13:0:0 chr8 144890873 . A T 636.03 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.559;QD=62.052;RBI=0.0217084;REFB=0;REVB=0.0217084;RO=0;SAF=0;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115524;OID=.;OPOS=144890873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:41:0:0:0:41:0:0:0 chr8 144893084 . G A 255.31 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0159055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.882;QD=36.4726;RBI=0.0630878;REFB=-0.0489642;REVB=0.0610499;RO=6;SAF=13;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166328;STB=0.590826;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00503468;OID=.;OPOS=144893084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:28:6:6:22:22:0.785714:9:13:1:5:9:13:1:5 chr8 144894496 . G A 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.758;QD=62.9806;RBI=0.0279103;REFB=0;REVB=-7.76495e-05;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24069e-05;OID=.;OPOS=144894496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr8 144895553 . G A 265.08 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0933795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8139;QD=27.9033;RBI=0.0937587;REFB=-0.0562544;REVB=-0.00842484;RO=12;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175337;STB=0.56763;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0549511;OID=.;OPOS=144895553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:12:14:24:24:0.631579:13:11:9:3:13:11:9:5 chr8 144904690 . A G 293.32 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326235;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0452;QD=53.3309;RBI=0.0376993;REFB=0;REVB=0.0188929;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124668;OID=.;OPOS=144904690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr8 144917790 . A G 178.96 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0469398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.149;QD=15.2303;RBI=0.050416;REFB=-0.00810011;REVB=-0.0183965;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121957;STB=0.570064;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0144871;OID=.;OPOS=144917790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:10:9:10:18:10:9:10:18 chr8 144940222 . A C 714.93 PASS AF=0.510949;AO=70;DP=136;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=52;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0158342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.924;QD=20.8738;RBI=0.0275283;REFB=-0.022213;REVB=-0.0225186;RO=66;SAF=18;SAR=52;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130047;STB=0.569226;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0166422;OID=.;OPOS=144940222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:66:67:70:70:0.510949:52:18:25:41:52:18:25:42 chr8 144940230 . G C 866.09 PASS AF=0.544872;AO=83;DP=154;FAO=85;FDP=156;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=61;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0096923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.728;QD=22.2073;RBI=0.0549727;REFB=-0.0384132;REVB=0.0541115;RO=71;SAF=24;SAR=59;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759974;STB=0.545216;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0257974;OID=.;OPOS=144940230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:71:71:83:85:0.544872:59:24:26:45:61:24:26:45 chr8 144940267 . G A 30.16 PASS AF=0.0656566;AO=12;DP=191;FAO=13;FDP=198;FR=.;FRO=185;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=64;FSRR=121;FWDB=-0.01776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.803;QD=0.609388;RBI=0.0307607;REFB=-0.00322314;REVB=0.0251158;RO=164;SAF=8;SAR=4;SRF=63;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297163;STB=0.736525;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0343874;OID=.;OPOS=144940267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:191:198:164:185:12:13:0.0656566:4:8:63:101:5:8:64:121 chr8 144940290 . C G 34.73 PASS AF=0.0669643;AO=14;DP=223;FAO=15;FDP=224;FR=.;FRO=209;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=137;FWDB=-0.0104185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.837;QD=0.620113;RBI=0.0178832;REFB=-0.00251171;REVB=-0.0145349;RO=206;SAF=4;SAR=10;SRF=72;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762707;STB=0.585314;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0513886;OID=.;OPOS=144940290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:223:224:206:209:14:15:0.0669643:10:4:72:134:11:4:72:137 chr8 144940300 . G A 1802.63 PASS AF=0.681614;AO=151;DP=223;FAO=152;FDP=223;FR=.;FRO=71;FSAF=58;FSAR=94;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=0.0118332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.759;QD=32.3343;RBI=0.01256;REFB=-0.0289773;REVB=0.00421049;RO=70;SAF=58;SAR=93;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350071;STB=0.519619;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0150422;OID=.;OPOS=144940300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:70:71:151:152:0.681614:93:58:23:47:94:58:23:48 chr8 144940331 . C T 76.48 PASS AF=0.102439;AO=21;DP=205;FAO=21;FDP=205;FR=.;FRO=184;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=70;FSRR=114;FWDB=-0.00569387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.204;QD=1.49234;RBI=0.00757567;REFB=-0.00136306;REVB=0.00499706;RO=184;SAF=5;SAR=16;SRF=70;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195431;STB=0.648496;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0203233;OID=.;OPOS=144940331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:205:205:184:184:21:21:0.102439:16:5:70:114:16:5:70:114 chr8 144941419 . C T 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0437069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.584;QD=17.9549;RBI=0.0437605;REFB=-0.0180484;REVB=-0.00216464;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236638;STB=0.513497;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0242661;OID=.;OPOS=144941419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:9:7:7:10:9:7:7:10 chr8 144942903 . T C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0512575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.391;QD=12.1823;RBI=0.0549967;REFB=-0.0121326;REVB=-0.0199325;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141152;STB=0.599808;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0277501;OID=.;OPOS=144942903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:5:5:5:9:5:5:5:10 chr8 144944161 . C T 387.02 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0172179;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.764;QD=17.7942;RBI=0.0228238;REFB=-0.00488158;REVB=0.0149823;RO=46;SAF=24;SAR=16;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00868621;STB=0.509611;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0063019;OID=.;OPOS=144944161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:46:47:40:40:0.45977:16:24:28:18:16:24:29:18 chr8 144944176 . T C 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00560946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.797;QD=19.4776;RBI=0.00927953;REFB=-0.0342046;REVB=-0.00739213;RO=42;SAF=24;SAR=17;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317955;STB=0.517653;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.036878;OID=.;OPOS=144944176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:17:24:26:16:17:24:26:16 chr8 144945792 . T C 483.56 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0131792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.111;QD=19.151;RBI=0.0134781;REFB=-0.0319673;REVB=-0.00282267;RO=50;SAF=28;SAR=22;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183783;STB=0.51451;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0335371;OID=.;OPOS=144945792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:51:50:50:0.49505:22:28:29:21:22:28:30:21 chr8 144946252 . C T 124.93 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00118411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.156;QD=17.8467;RBI=0.0495143;REFB=-0.02164;REVB=-0.0495002;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124945;STB=0.571329;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0228108;OID=.;OPOS=144946252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:9:5:7:7:9:5 chr8 144946345 . G A 248.21 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.00483834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.229;QD=16.2761;RBI=0.0219734;REFB=-0.0152139;REVB=0.0214342;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146609;STB=0.570683;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0261168;OID=.;OPOS=144946345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:33:28:28:0.459016:12:16:23:9:12:16:23:10 chr8 144946818 . C T 470.57 PASS AF=0.430894;AO=50;DP=120;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.00470022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1894;QD=15.3031;RBI=0.0662639;REFB=-0.0271995;REVB=0.066097;RO=70;SAF=18;SAR=32;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178598;STB=0.611262;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0465736;OID=.;OPOS=144946818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:70:70:50:53:0.430894:32:18:37:33:35:18:37:33 chr8 144990528 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0481576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.881;QD=14.9786;RBI=0.0488448;REFB=-0.0152975;REVB=-0.00816472;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341912;STB=0.51996;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0308651;OID=.;OPOS=144990528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:7:4:4:6:7:4 chr8 144991176 . T C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00813217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.004;QD=16.8229;RBI=0.038255;REFB=-0.0149476;REVB=0.0373806;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292301;STB=0.666293;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0108706;OID=.;OPOS=144991176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:5:0:2:5:5:0 chr8 144991788 . G A 415.53 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.000780666;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8313;QD=27.2481;RBI=0.0345141;REFB=-0.00118773;REVB=0.0345053;RO=22;SAF=14;SAR=25;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355533;STB=0.519412;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00238297;OID=.;OPOS=144991788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:22:22:39:39:0.639344:25:14:9:13:25:14:9:13 chr8 144992103 . T C 855.25 PASS AF=0.590909;AO=78;DP=133;FAO=78;FDP=132;FR=.;FRO=54;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0263715;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.677;QD=25.9166;RBI=0.0283749;REFB=-0.012846;REVB=-0.0104728;RO=53;SAF=41;SAR=37;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160873;STB=0.512282;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00818348;OID=.;OPOS=144992103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:53:54:78:78:0.590909:37:41:29:24:37:41:30:24 chr8 144992361 . T C 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0254791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.766;QD=10.7151;RBI=0.0255005;REFB=-0.0108557;REVB=0.00104375;RO=27;SAF=3;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402347;STB=0.743404;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0133061;OID=.;OPOS=144992361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:29:14:14:0.325581:11:3:15:12:11:3:16:13 chr8 144992862 . A G 179.72 PASS AF=0.447368;AO=15;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00600585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.756;QD=18.9179;RBI=0.0121969;REFB=-0.0152703;REVB=0.0106157;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192548;STB=0.513602;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0162985;OID=.;OPOS=144992862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:15:17:0.447368:5:10:13:6:5:12:13:6 chr8 144993069 . G A 499.52 PASS AF=0.457627;AO=53;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.00112098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.133;QD=16.9329;RBI=0.00112734;REFB=-0.0104793;REVB=0.000119549;RO=64;SAF=32;SAR=21;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574722;STB=0.525425;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0113964;OID=.;OPOS=144993069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:64:64:53:54:0.457627:21:32:35:29:22:32:35:29 chr8 144995964 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0169919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1105;QD=13.205;RBI=0.0528737;REFB=0.00148445;REVB=-0.050069;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275357;STB=0.66611;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0113824;OID=.;OPOS=144995964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:4:2:4:2:4:2 chr8 145066886 . A G 824.96 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00874265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.276;QD=55.9294;RBI=0.0199985;REFB=-0.0699937;REVB=-0.0179863;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159891;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419143;OID=.;OPOS=145066886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:1:0:58:59:1:29:29:1:0:29:30:0:0 chr8 145107795 . G A 803.42 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00759453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.382;QD=55.4084;RBI=0.019449;REFB=-0.0623155;REVB=0.0179049;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154619;STB=0.508194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000772563;OID=.;OPOS=145107795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:30:27:0:1:30:27:0:1 chr8 145150832 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.74;QD=50.4124;RBI=0.0469514;REFB=0;REVB=0.0101529;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000346391;OID=.;OPOS=145150832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr8 145160646 . T C 665.24 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.48;QD=61.8828;RBI=0.0192159;REFB=0;REVB=0.00343266;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06129e-05;OID=.;OPOS=145160646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:26:16:0:0:27:16:0:0 chr8 145161823 . G A 50.72 PASS AF=0.777778;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00244263;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=111.736;QD=22.5441;RBI=0.0688954;REFB=-0.156447;REVB=0.0688521;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171372;STB=0.55539;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0040755;OID=.;OPOS=145161823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:9:1:2:6:7:0.777778:2:4:0:1:2:5:1:1 chr8 145161896 . T C 325.14 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237496;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4329;QD=54.1906;RBI=0.025115;REFB=0;REVB=0.00816824;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072078;OID=.;OPOS=145161896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:6:17:0:0:6:18:0:0 chr8 145163414 . C G 651.01 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0357;QD=62.0013;RBI=0.0500331;REFB=0;REVB=0.0485178;RO=0;SAF=35;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000937811;OID=.;OPOS=145163414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:7:35:0:0:7:35:0:0 chr8 145163476 . GGGC G,GG,GGG 253.62 PASS AF=0,0.108108,0.891892;AO=5,4,17;DP=40;FAO=0,4,33;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,20;FSAR=0,3,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010949,-0.0110139,0.0115484;FXX=0.0512689;HRUN=4,4,4;LEN=3,2,1;MLLD=18.8567,10.6103,10.424;QD=27.418;RBI=0.295535,0.289102,0.240188;REFB=0.0298921,-0.000675354,-0.0730124;REVB=-0.295332,-0.288892,0.23991;RO=8;SAF=0,2,16;SAR=5,2,1;SRF=2;SRR=6;SSEN=0.418605,0.418605,0;SSEP=0,0,0.533333;SSSB=-0.691811,0.260267,0.629937;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,-0.0914785,0.0714609;OID=.,.,.;OPOS=145163477,145163478,145163479;OREF=GGC,GC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.108108,0.891892:5,4,17:40:0,4,33:37:0:0,1,20:0,3,13:0:0:8:8:0,2,16:5,2,1:2:6 chr8 145163647 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.897;QD=40.7627;RBI=0.0539872;REFB=0;REVB=-0.0158245;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013989;OID=.;OPOS=145163647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr8 145164847 . A G 227.29 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211882;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8038;QD=50.5083;RBI=0.139401;REFB=0;REVB=-0.137781;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0065393;OID=.;OPOS=145164847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr8 145168611 . A G 514.9 PASS AF=0.808511;AO=38;DP=47;FAO=38;FDP=47;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.011557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.623;QD=43.8215;RBI=0.0204802;REFB=-0.103291;REVB=0.0169078;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.579024;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00212131;OID=.;OPOS=145168611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:0:9:38:38:0.808511:18:20:0:0:18:20:1:8 chr8 145170440 . A C 1055.84 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0483727;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.241;QD=58.6575;RBI=0.0488595;REFB=-0.0333824;REVB=0.00687983;RO=0;SAF=15;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08705e-08;STB=0.504424;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000155861;OID=.;OPOS=145170440;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:72:0:1:71:71:0.986111:56:15:0:0:56:15:0:1 chr8 145170704 . A T 356.95 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5281;QD=54.9156;RBI=0.129715;REFB=0;REVB=0.000523612;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00328446;OID=.;OPOS=145170704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr8 145223288 . C T 450.75 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129595;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.656;QD=58.161;RBI=0.130156;REFB=0;REVB=0.0120681;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502886;OID=.;OPOS=145223288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:25:6:0:0:25:6:0:0 chr8 145578296 . A G 1116.45 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.552;QD=60.3484;RBI=0.0289157;REFB=0;REVB=-0.0286663;RO=0;SAF=48;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45553e-05;OID=.;OPOS=145578296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:26:48:0:0:26:48:0:0 chr8 145580535 . C G 148.12 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0102351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.369;QD=17.9535;RBI=0.0103919;REFB=-0.0238274;REVB=-0.00179809;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513059;STB=0.529374;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0268823;OID=.;OPOS=145580535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:4:12:12:5:4:12:12:5 chr8 145603114 . A C 787.26 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.779;QD=62.9811;RBI=0.0195054;REFB=0;REVB=0.0121644;RO=1;SAF=26;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017757;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272732;OID=.;OPOS=145603114;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:23:26:1:0:23:27:0:0 chr8 145617910 . A G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0091759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.235;QD=12.7389;RBI=0.0220773;REFB=-0.00479043;REVB=-0.0200801;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1654;STB=0.599733;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00774271;OID=.;OPOS=145617910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:6:4:2:6:6:4 chr8 145618597 . G A 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0514968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.444;QD=26.5702;RBI=0.0515789;REFB=-0.0100894;REVB=0.00290933;RO=4;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986657;STB=0.555457;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00452908;OID=.;OPOS=145618597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:6:5:1:3:6:5:1:3 chr8 145620232 . C T 206.25 PASS AF=0.730769;AO=18;DP=25;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0371862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9617;QD=31.7305;RBI=0.0375732;REFB=-0.0164251;REVB=0.0053783;RO=7;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531051;STB=0.53421;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00372671;OID=.;OPOS=145620232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:26:7:7:18:19:0.730769:12:6:3:4:13:6:3:4 chr8 145623963 . G A 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0985972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.382;QD=17.4895;RBI=0.106933;REFB=-0.0513869;REVB=0.0413911;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614561;STB=0.534458;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0445309;OID=.;OPOS=145623963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:14:14:17:13:14:14:17:13 chr8 145639726 . T C 308.22 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0132443;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2628;QD=16.4384;RBI=0.0141164;REFB=-0.00968294;REVB=0.00488472;RO=41;SAF=13;SAR=20;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211997;STB=0.518508;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0105408;OID=.;OPOS=145639726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:41:41:33:34:0.453333:20:13:17:24:21:13:17:24 chr8 145640411 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.589;QD=56.1916;RBI=0.0170634;REFB=0;REVB=0.00377625;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2084e-05;OID=.;OPOS=145640411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:21:6:0:0:21:7:0:0 chr8 145641328 . C T 421.37 PASS AF=0.672414;AO=39;DP=58;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00261646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6231;QD=29.06;RBI=0.0197919;REFB=-0.0349954;REVB=0.0196182;RO=19;SAF=19;SAR=20;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868352;STB=0.547196;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0237688;OID=.;OPOS=145641328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:19:39:39:0.672414:20:19:12:7:20:19:12:7 chr8 145641564 . T G 218.04 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00252568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.585;QD=15.5743;RBI=0.00379731;REFB=-0.0189815;REVB=-0.00283557;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223791;STB=0.625967;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0275091;OID=.;OPOS=145641564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:12:13:9:22:12:13:9:22 chr8 145642002 . C T 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0756404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0568;QD=17.7999;RBI=0.0758132;REFB=-0.0198015;REVB=0.00511534;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00804904;STB=0.504583;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0250633;OID=.;OPOS=145642002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:13:11:9:11:13:11 chr8 145661320 . G A 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0201474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.98;QD=17.6437;RBI=0.0233647;REFB=-0.0106087;REVB=0.0118318;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779006;STB=0.545351;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0111285;OID=.;OPOS=145661320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:4:3:3:6:4:3 chr8 145661675 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0878913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1958;QD=12.0515;RBI=0.12512;REFB=0.0265365;REVB=0.0890513;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110103;STB=0.583156;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.0281343;OID=.;OPOS=145661675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:4:5:8:4:4:5:9:4 chr8 145665407 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0337575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.123;QD=13.9591;RBI=0.0359263;REFB=-0.0318322;REVB=-0.0122933;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197466;STB=0.620296;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.039085;OID=.;OPOS=145665407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:1:6:5:2:1:6:5:2 chr8 145665516 . T C 263.34 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0345574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.264;QD=47.8796;RBI=0.0364179;REFB=-0.184826;REVB=0.0114914;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529383;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00225902;OID=.;OPOS=145665516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:0:1:21:21:0.954545:8:13:0:0:8:13:0:1 chr8 145665761 . G A 532.02 PASS AF=0.529412;AO=53;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0204313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.433;QD=20.8636;RBI=0.0252768;REFB=-0.0486896;REVB=0.0148821;RO=47;SAF=30;SAR=23;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634441;STB=0.533321;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0456138;OID=.;OPOS=145665761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:48:53:54:0.529412:23:30:30:17:24:30:30:18 chr8 145689915 . G A 1157.91 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0287219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.502;QD=59.3801;RBI=0.072621;REFB=-0.124919;REVB=0.0666998;RO=1;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956196;STB=0.505049;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000793861;OID=.;OPOS=145689915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:49:28:0:1:49:28:0:1 chr8 145690308 . C T 1540.68 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462666;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.528;QD=64.1951;RBI=0.0562628;REFB=0;REVB=0.0320142;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336932;OID=.;OPOS=145690308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:93:96:1:50:43:0:0:50:46:0:0 chr8 145690348 . G A 1020.95 PASS AF=0.935065;AO=71;DP=77;FAO=72;FDP=77;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0229196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5056;QD=53.0366;RBI=0.0308073;REFB=-0.0959185;REVB=0.020586;RO=5;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664348;STB=0.534237;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0384088;OID=.;OPOS=145690348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:77:77:5:5:71:72:0.935065:33:38:0:5:34:38:0:5 chr8 145690396 . A C 786.59 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0983985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3195;QD=55.1995;RBI=0.101011;REFB=-0.0819576;REVB=-0.0228237;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.509431;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00261391;OID=.;OPOS=145690396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:57:0:1:56:56:0.982456:26:30:0:0:26:30:0:1 chr8 145692385 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8351;QD=50.4133;RBI=0.0429758;REFB=0;REVB=-0.0208057;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345821;OID=.;OPOS=145692385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr8 145693720 . A G 2439.76 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00653927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.528;QD=60.6152;RBI=0.00810811;REFB=0.00552663;REVB=-0.00479369;RO=0;SAF=82;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2997e-08;STB=0.503184;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-5.65849e-05;OID=.;OPOS=145693720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:0:1:160:160:0.993789:78:82:0:0:78:82:0:1 chr8 145723419 . T G 323.71 PASS AF=0.460526;AO=33;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0103705;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5644;QD=17.0374;RBI=0.0106205;REFB=-0.023283;REVB=0.00229092;RO=37;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685169;STB=0.538257;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0453197;OID=.;OPOS=145723419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:41:33:35:0.460526:21:12:16:21:22:13:18:23 chr8 145737636 . A G 772.41 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0239294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9638;QD=61.793;RBI=0.0241317;REFB=-0.09549;REVB=-0.00311809;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192048;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00764324;OID=.;OPOS=145737636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:25:24:1:0:25:24:1:0 chr8 145738767 . CG C 362.96 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.548;QD=45.37;RBI=0.0777565;REFB=0;REVB=-0.0510123;RO=1;SAF=8;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00116142;OID=.;OPOS=145738768;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:31:32:32:0:10:22:0:0:6:1:8:22:1:0 chr8 145741899 . GAAAA GAAAC,GAAA 57.25 PASS AF=0.0384615,0.269231;AO=4,14;DP=53;FAO=2,14;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=2,3;FSAR=0,11;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0208891,0.00168335;FXX=0.0188644;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=151.427,15.2939;QD=4.40411;RBI=0.0654664,0.249654;REFB=-0.00636855,-0.094478;REVB=-0.0620443,-0.249648;RO=33;SAF=4,1;SAR=0,13;SRF=25;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.508175,-0.742174;STB=0.992979,0.823103;STBP=0.339,0.012;TYPE=snp,del;VARB=0.140743,0.0828818;OID=.,.;OPOS=145741903,145741900;OREF=A,A;OALT=C,-;OMAPALT=GAAAC,GAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0384615,0.269231:4,14:53:2,14:52:36:2,3:0,11:25:11:40:33:4,1:0,13:25:8 chr8 145742514 . A G 2812.31 PASS AF=1;AO=180;DP=181;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.755;QD=62.1506;RBI=0.0167848;REFB=-0.071317;REVB=0.00408771;RO=1;SAF=104;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622296;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201057;OID=.;OPOS=145742514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:181:181:1:0:180:181:1:76:104:0:1:77:104:0:0 chr8 145745182 . T C 1455.58 PASS AF=0.979167;AO=91;DP=92;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0362082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4845;QD=60.649;RBI=0.0391103;REFB=0.00185158;REVB=-0.0147846;RO=1;SAF=55;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854135;STB=0.502576;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.000685034;OID=.;OPOS=145745182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:96:1:2:91:94:0.979167:36:55:1:0:36:58:1:1 chr8 145756170 . G A 2140.33 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.123;QD=62.9509;RBI=0.0659417;REFB=0;REVB=0.049335;RO=0;SAF=62;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141658;OID=.;OPOS=145756170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:74:62:0:0:74:62:0:0 chr8 145773341 . TCTG T 79.66 PASS AF=0.75;AO=7;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0196228;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=3;MLLD=266.876;QD=26.554;RBI=0.0221603;REFB=-0.0146329;REVB=-0.0102967;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278747;STB=0.588033;STBP=0.288;TYPE=del;VARB=0.0073694;OID=.;OPOS=145773342;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:7:12:9:12:3:6:3:1:2:15:2:4:3:1:1 chr8 146010817 . C A 233.19 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=-0.00587347;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.86;QD=14.8054;RBI=0.0190529;REFB=-0.00920165;REVB=-0.018125;RO=35;SAF=10;SAR=17;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229837;STB=0.614076;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00780173;OID=.;OPOS=146010817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:35:36:27:27:0.428571:17:10:6:29:17:10:7:29 chr8 146032842 . G A 357.73 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.01327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.588;QD=22.3581;RBI=0.0132792;REFB=-0.00874846;REVB=0.000493978;RO=28;SAF=20;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128659;STB=0.570895;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00903902;OID=.;OPOS=146032842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:16:20:11:17:16:20:11:17 chr8 146068594 . T C 137.85 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0219394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5804;QD=19.0131;RBI=0.0424372;REFB=-0.0144026;REVB=0.0363261;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940743;STB=0.553418;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0210651;OID=.;OPOS=146068594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:5:9:8:7:5:9 chr8 146115367 . A G 307.52 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0451507;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3972;QD=25.6269;RBI=0.0479695;REFB=-0.0229125;REVB=0.0162017;RO=19;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391783;STB=0.514008;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.022866;OID=.;OPOS=146115367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:19:21:26:27:0.5625:15:11:9:10:15:12:10:11 chr8 146203412 . A G 196.9 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00622368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.247;QD=12.9114;RBI=0.00628723;REFB=-0.00207853;REVB=-0.000891643;RO=37;SAF=7;SAR=17;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398466;STB=0.72806;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00564284;OID=.;OPOS=146203412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:17:7:25:12:17:7:25:12 chr8 146229161 . T A,G 525.74 PASS AF=0.945946,0.027027;AO=35,2;DP=38;FAO=35,1;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=24,0;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024774,0.00227668;FXX=0.0263089;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.225,168.238;QD=56.8372;RBI=0.0256899,0.00346663;REFB=0.010786,-0.0493493;REVB=-0.00679858,0.00261424;RO=0;SAF=24,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.521726,0.5;STBP=0.257,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000696471,0.153442;OID=.,.;OPOS=146229161,146229161;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:38:37:0:1:35,2:35,1:0.945946,0.027027:11,2:24,0:0:0:11,1:24,0:0:1 chr9 14889 . A G 74.2 PASS AF=0.10582;AO=20;DP=190;FAO=20;FDP=189;FR=.;FRO=169;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=95;FSRR=74;FWDB=-0.0138317;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1873;QD=1.57043;RBI=0.0315371;REFB=-0.00474355;REVB=-0.0283421;RO=169;SAF=10;SAR=10;SRF=95;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758611;STB=0.555501;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0702415;OID=.;OPOS=14889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:190:189:169:169:20:20:0.10582:10:10:95:74:10:10:95:74 chr9 116800 . C G 30.08 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.000811985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.901;QD=9.25686;RBI=0.00705415;REFB=-0.0399163;REVB=-0.00700726;RO=8;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430337;STB=0.77305;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0219178;OID=.;OPOS=116800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:13:13:8:8:5:5:0.384615:1:4:3:5:1:4:3:5 chr9 118173 . C G 695.36 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0292166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.75;QD=59.1791;RBI=0.0609464;REFB=-0.074707;REVB=0.0534869;RO=0;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51851;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.000342676;OID=.;OPOS=118173;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:0:1:44:46:0.978723:12:32:0:0:13:33:0:1 chr9 118250 . C G 43.61 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0216851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8128;QD=6.01566;RBI=0.0327419;REFB=0.0109291;REVB=-0.0245314;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239723;STB=0.65343;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.03347;OID=.;OPOS=118250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:4:3:14:8:4:3:14:8 chr9 154795 . T C 1358.36 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00947338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.625;QD=62.4531;RBI=0.0236207;REFB=0;REVB=0.0216378;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5369e-05;OID=.;OPOS=154795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:84:87:1:47:37:0:0:49:38:0:0 chr9 161674 . C T 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00288412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.568;QD=19.2765;RBI=0.00298644;REFB=0.00502448;REVB=-0.000775016;RO=33;SAF=15;SAR=19;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249514;STB=0.638165;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00237099;OID=.;OPOS=161674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:19:15:24:9:19:15:24:9 chr9 162405 . C G 132.95 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3842;QD=40.9082;RBI=0.0203284;REFB=0;REVB=-0.0202081;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231542;OID=.;OPOS=162405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:7:6:0:0 chr9 163985 . A G 37.13 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0710439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.042;QD=8.25178;RBI=0.0720654;REFB=-0.0147483;REVB=-0.0120909;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190001;STB=0.615066;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.040699;OID=.;OPOS=163985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:5:1:1:11:5:1:1:11 chr9 215534 . C T 506.77 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00126304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.755;QD=19.1234;RBI=0.00310235;REFB=0.00429748;REVB=0.0028336;RO=52;SAF=28;SAR=25;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612768;STB=0.528474;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.0045956;OID=.;OPOS=215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:53:53:53:0.5:25:28:31:21:25:28:31:22 chr9 271638 . C T 250.52 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0164177;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.206;QD=16.7014;RBI=0.033892;REFB=0.00738197;REVB=0.02965;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592334;STB=0.53331;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00855557;OID=.;OPOS=271638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:32:32:28:28:0.466667:14:14:14:18:14:14:14:18 chr9 286476 . C A 396.6 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0332433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.265;QD=17.8246;RBI=0.0349159;REFB=-0.00724269;REVB=0.0106773;RO=48;SAF=20;SAR=21;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519145;STB=0.529011;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00882261;OID=.;OPOS=286476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:21:20:26:22:21:20:26:22 chr9 286593 . C A 480.45 PASS AF=0.484536;AO=46;DP=98;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.056961;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3227;QD=19.8123;RBI=0.0572156;REFB=-0.00899831;REVB=0.00539157;RO=50;SAF=20;SAR=26;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496581;STB=0.507606;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0102384;OID=.;OPOS=286593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:50:50:46:47:0.484536:26:20:22:28:27:20:22:28 chr9 312124 . T C 374.84 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0115197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2478;QD=26.3043;RBI=0.0524178;REFB=-0.0125229;REVB=-0.0511363;RO=21;SAF=27;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215385;STB=0.618486;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00343703;OID=.;OPOS=312124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:9:27:10:11:9:27:10:11 chr9 312194 . A T 380.84 PASS AF=0.5;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0255794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.705;QD=19.53;RBI=0.0476878;REFB=0.00135914;REVB=-0.040247;RO=38;SAF=16;SAR=23;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00989422;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00192574;OID=.;OPOS=312194;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:38:39:39:39:0.5:23:16:16:22:23:16:16:23 chr9 312264 . G A 398.95 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00790852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.636;QD=18.3425;RBI=0.0139652;REFB=-0.0143225;REVB=0.01151;RO=46;SAF=15;SAR=26;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899017;STB=0.55024;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0148118;OID=.;OPOS=312264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:26:15:21:25:26:15:21:25 chr9 334337 . A G 512.49 PASS AF=0.427481;AO=56;DP=132;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.00580488;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.233;QD=15.6484;RBI=0.0668231;REFB=-0.0107499;REVB=0.0665705;RO=74;SAF=36;SAR=20;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109038;STB=0.557958;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0135965;OID=.;OPOS=334337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:74:75:56:56:0.427481:20:36:40:34:20:36:41:34 chr9 336687 . C A 343.26 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0232756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.496;QD=16.5425;RBI=0.0303443;REFB=-0.0155447;REVB=-0.0194684;RO=46;SAF=24;SAR=13;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234656;STB=0.631923;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0220175;OID=.;OPOS=336687;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:13:24:19:27:13:24:19:27 chr9 370244 . A G 268.71 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0165531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.6347;QD=22.3927;RBI=0.0198215;REFB=0.0144185;REVB=-0.0109034;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655864;STB=0.523791;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.0173329;OID=.;OPOS=370244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:14:11:8:14:14:11:9:14 chr9 377111 . G C 694.22 PASS AF=0.519084;AO=66;DP=129;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00693959;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.946;QD=21.1976;RBI=0.0144783;REFB=-0.0272925;REVB=-0.0127068;RO=62;SAF=19;SAR=47;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232688;STB=0.610797;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0330698;OID=.;OPOS=377111;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:62:63:66:68:0.519084:47:19:33:29:47:21:33:30 chr9 429719 . T C 874.08 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00134438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.013;QD=54.6298;RBI=0.0142394;REFB=-0.132286;REVB=0.0141758;RO=2;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037724;STB=0.519993;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00208975;OID=.;OPOS=429719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:64:64:2:2:62:62:0.96875:24:38:0:2:24:38:0:2 chr9 433978 . A G 1212.66 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00582047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.853;QD=59.8846;RBI=0.00723649;REFB=0.141773;REVB=-0.00429987;RO=1;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010884;STB=0.505746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=2.72262e-06;OID=.;OPOS=433978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:43:37:0:1:43:37:0:1 chr9 441952 . G A 978.29 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637639;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.77;QD=59.2904;RBI=0.00638928;REFB=0;REVB=0.00040576;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229213;OID=.;OPOS=441952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr9 676954 . T C 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00421202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.776;QD=23.8368;RBI=0.0357456;REFB=-0.0267782;REVB=0.0354965;RO=22;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231642;STB=0.512753;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.01645;OID=.;OPOS=676954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:17:15:11:11:17:15:11:11 chr9 712137 . G C 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0101666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.301;QD=25.0404;RBI=0.0283694;REFB=-0.0265634;REVB=0.0264852;RO=20;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592601;STB=0.532847;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0203452;OID=.;OPOS=712137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:15:11:7:13:15:11:7:13 chr9 712156 . T G 304.68 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0534287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3296;QD=26.4938;RBI=0.0550465;REFB=-0.0263027;REVB=0.0132477;RO=19;SAF=11;SAR=16;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114511;STB=0.563095;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00670709;OID=.;OPOS=712156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:16:11:5:14:16:11:5:14 chr9 712674 . C T 253.11 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.0300536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.313;QD=15.1112;RBI=0.0310946;REFB=-0.00632253;REVB=-0.0079786;RO=37;SAF=18;SAR=11;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150197;STB=0.589452;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00679592;OID=.;OPOS=712674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:11:18:28:9:11:18:29:9 chr9 712766 . G A 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=-0.0172625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.906;QD=13.9117;RBI=0.0220589;REFB=-0.00735944;REVB=0.0137333;RO=31;SAF=15;SAR=6;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125423;STB=0.571366;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00678545;OID=.;OPOS=712766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:6:15:25:6:6:15:25:6 chr9 713307 . A G 82.45 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00731009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.659;QD=8.67917;RBI=0.0532391;REFB=-0.00899861;REVB=-0.0527348;RO=27;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506033;STB=0.803012;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.013437;OID=.;OPOS=713307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:38:38:27:27:11:11:0.289474:3:8:7:20:3:8:7:20 chr9 730054 . A G 298.2 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0124808;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.995;QD=15.4911;RBI=0.0173744;REFB=-0.0024751;REVB=0.0120871;RO=43;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103342;STB=0.549439;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00579927;OID=.;OPOS=730054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:43:44:33:33:0.428571:19:14:14:29:19:14:15:29 chr9 738434 . C T 486.25 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0159031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.101;QD=21.3734;RBI=0.0177905;REFB=-0.00546866;REVB=-0.00797469;RO=44;SAF=23;SAR=24;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010585;STB=0.505847;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00685593;OID=.;OPOS=738434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:24:23:21:23:24:23:21:23 chr9 740901 . C T 395.21 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00996336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.367;QD=22.9106;RBI=0.0190215;REFB=-0.00869402;REVB=0.0162033;RO=28;SAF=18;SAR=21;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528299;STB=0.527013;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00607485;OID=.;OPOS=740901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:30:39:39:0.565217:21:18:11:17:21:18:12:18 chr9 742240 . C T 182.97 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0190895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.714;QD=17.4254;RBI=0.0191249;REFB=-0.034198;REVB=0.00116303;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307386;STB=0.674639;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0288873;OID=.;OPOS=742240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:12:7:16:7:12:7:16:7 chr9 742342 . A G 447.33 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1305;QD=57.7193;RBI=0.0773522;REFB=0;REVB=0.072917;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615016;OID=.;OPOS=742342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:13:18:0:0 chr9 969044 . A G 432.13 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0119282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.978;QD=17.8197;RBI=0.0132302;REFB=-0.0113038;REVB=-0.00572348;RO=53;SAF=21;SAR=23;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611058;STB=0.534134;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.011749;OID=.;OPOS=969044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:23:21:22:31:23:21:22:31 chr9 991114 . A G 382.2 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0198036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1041;QD=19.8543;RBI=0.0436619;REFB=0.0395607;REVB=0.0389124;RO=38;SAF=29;SAR=10;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289093;STB=0.661428;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0372997;OID=.;OPOS=991114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:10:29:17:21:10:29:17:21 chr9 1001922 . C G 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0127032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4488;QD=14.1955;RBI=0.0284747;REFB=-0.0267821;REVB=-0.0254841;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244245;STB=0.638385;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0360895;OID=.;OPOS=1001922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:11:12:9:23:11:12:9:23 chr9 1056728 . G C 315.39 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0224289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.704;QD=25.2309;RBI=0.0225462;REFB=-0.0148182;REVB=-0.00229673;RO=22;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154327;STB=0.585736;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00872851;OID=.;OPOS=1056728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:18:10:12:10:18:10:12:10 chr9 2039793 . A C 58.53 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00837237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5063;QD=14.6333;RBI=0.0447548;REFB=-0.0707602;REVB=0.0439647;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.110229;OID=.;OPOS=2039793;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:3:5:5:3:3:5 chr9 2101545 . T A 752.1 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9361;QD=60.1682;RBI=0.0728083;REFB=-0.148483;REVB=0.0692557;RO=2;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00156907;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00469789;OID=.;OPOS=2101545;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:50:2:0:48:50:1:25:23:1:1:26:24:0:0 chr9 2116037 . G A 584.98 PASS AF=0.5;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=0.0378759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2439;QD=19.4993;RBI=0.0422711;REFB=0.00163507;REVB=-0.0187686;RO=60;SAF=23;SAR=37;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650359;STB=0.535831;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00342653;OID=.;OPOS=2116037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:60:60:60:0.5:37:23:19:41:37:23:19:41 chr9 2717922 . C G 481.39 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.629;QD=58.3502;RBI=0.0231508;REFB=0;REVB=0.00914652;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3231e-05;OID=.;OPOS=2717922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:16:15:0:0:18:15:0:0 chr9 2718534 . C G 268.74 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0307948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5817;QD=22.3949;RBI=0.0312789;REFB=0.000843409;REVB=0.0054816;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107227;STB=0.559952;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0019301;OID=.;OPOS=2718534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:11:14:10:13:11:14:10:13 chr9 2811505 . G A 609.73 PASS AF=0.572917;AO=53;DP=95;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.0167756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.75;QD=25.4054;RBI=0.0328464;REFB=-0.0282628;REVB=-0.0282394;RO=41;SAF=27;SAR=26;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19193;STB=0.602456;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0159726;OID=.;OPOS=2811505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:41:41:53:55:0.572917:26:27:11:30:27:28:11:30 chr9 4118668 . T C 269.15 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00156747;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.35;QD=16.3119;RBI=0.00911873;REFB=-0.0170129;REVB=-0.008983;RO=36;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917739;STB=0.55169;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0198477;OID=.;OPOS=4118668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:36:36:30:30:0.454545:13:17:17:19:13:17:17:19 chr9 4386423 . A G 1084.3 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00110557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.199;QD=58.6111;RBI=0.0307351;REFB=0.00593744;REVB=0.0307152;RO=1;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122856;STB=0.506492;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=4.53998e-05;OID=.;OPOS=4386423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:38:35:0:1:38:35:0:1 chr9 4564432 . G A 182.35 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0222963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.092;QD=11.5779;RBI=0.0242238;REFB=0.00394984;REVB=-0.00946928;RO=40;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200598;STB=0.61613;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00560959;OID=.;OPOS=4564432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:9:14:17:23:9:14:17:23 chr9 4576680 . T C 226.28 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.000984238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.651;QD=13.714;RBI=0.0564996;REFB=-0.00256118;REVB=0.056491;RO=39;SAF=18;SAR=8;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.534859;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00475802;OID=.;OPOS=4576680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:26:27:0.409091:8:18:28:11:9:18:28:11 chr9 4622453 . T C 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.017059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.771;QD=19.9288;RBI=0.0210971;REFB=-0.0230047;REVB=0.0124129;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209806;STB=0.61886;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0125809;OID=.;OPOS=4622453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:7:2:6:6:7:2 chr9 4625429 . T C 484.04 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0456335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4873;QD=23.6117;RBI=0.0553542;REFB=-0.00662607;REVB=0.0313316;RO=36;SAF=22;SAR=24;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173925;STB=0.50955;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00512321;OID=.;OPOS=4625429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:24:22:18:18:24:22:18:18 chr9 4711440 . T A 309.92 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0187934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.017;QD=21.7489;RBI=0.020645;REFB=-0.010067;REVB=-0.00854534;RO=25;SAF=20;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211021;STB=0.616667;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0277236;OID=.;OPOS=4711440;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:12:20:9:16:12:20:9:16 chr9 4860300 . A G 542.75 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0507857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0548;QD=22.8525;RBI=0.127303;REFB=-0.0268526;REVB=0.116734;RO=43;SAF=32;SAR=19;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637262;STB=0.538932;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0251115;OID=.;OPOS=4860300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:44:51:51:0.536842:19:32:30:13:19:32:31:13 chr9 5050706 . C T 209.65 PASS AF=0.350649;AO=26;DP=75;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0118298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2345;QD=10.8907;RBI=0.160089;REFB=-0.00251688;REVB=-0.159652;RO=49;SAF=17;SAR=9;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260441;STB=0.506675;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00288992;OID=.;OPOS=5050706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:49:50:26:27:0.350649:9:17:31:18:10:17:31:19 chr9 5081780 . G A 880.81 PASS AF=0.901408;AO=64;DP=71;FAO=64;FDP=71;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0126483;FXX=0.0405351;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.0452;QD=49.623;RBI=0.0141905;REFB=-0.0382943;REVB=0.00643357;RO=7;SAF=31;SAR=33;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690676;STB=0.536692;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00131344;OID=.;OPOS=5081780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:7:7:64:64:0.901408:33:31:6:1:33:31:6:1 chr9 5092466 . G A 471.91 PASS AF=0.516854;AO=45;DP=88;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0242992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.896;QD=21.2093;RBI=0.0355783;REFB=-0.0164338;REVB=-0.0259878;RO=43;SAF=19;SAR=26;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177099;STB=0.503474;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0118791;OID=.;OPOS=5092466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:43:43:45:46:0.516854:26:19:19:24:26:20:19:24 chr9 5094034 . G A 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00624111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.965;QD=24.5996;RBI=0.0113498;REFB=-0.0043459;REVB=0.00947978;RO=16;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994097;STB=0.555503;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00321736;OID=.;OPOS=5094034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:15:7:7:9:15:7:7:9 chr9 5095049 . ATAGAG A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.00593783;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=329.815;QD=13.4559;RBI=0.0131134;REFB=0.000616659;REVB=0.0116921;RO=15;SAF=9;SAR=1;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104128;STB=0.629946;STBP=0.404;TYPE=del;VARB=-0.000814871;OID=.;OPOS=5095050;OREF=TAGAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:10:26:11:26:15:9:2:14:1:87:15:9:1:14:1 chr9 5095095 . A C 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0189551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.626;QD=18.7119;RBI=0.019051;REFB=-0.0212279;REVB=0.00190995;RO=19;SAF=17;SAR=1;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295056;STB=0.673021;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00849255;OID=.;OPOS=5095095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:1:17:16:3:1:17:16:3 chr9 5095167 . A C 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0387251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.365;QD=24.0303;RBI=0.0433074;REFB=-0.0293187;REVB=-0.0193881;RO=9;SAF=12;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362243;STB=0.705579;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0221441;OID=.;OPOS=5095167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:3:12:3:6:3:12:3:6 chr9 5095191 . T A 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00166206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.987;QD=24.0272;RBI=0.0025858;REFB=-0.0150704;REVB=0.00198089;RO=8;SAF=11;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310905;STB=0.676646;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0102015;OID=.;OPOS=5095191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:3:11:3:5:3:11:3:5 chr9 5096433 . A G 464.9 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00162026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.671;QD=22.138;RBI=0.0420974;REFB=-0.00651065;REVB=0.0420663;RO=39;SAF=23;SAR=22;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881254;STB=0.54852;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00442195;OID=.;OPOS=5096433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:22:23:24:15:22:23:24:15 chr9 5098223 . T C 185.77 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0119451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3018;QD=19.0533;RBI=0.0454635;REFB=0.00603323;REVB=-0.0438662;RO=20;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177504;STB=0.601046;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0084942;OID=.;OPOS=5098223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:13:6:10:10:13:6:10:10 chr9 5109431 . G A 224.19 PASS AF=0.421875;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0433777;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9076;QD=14.0117;RBI=0.0500521;REFB=-0.010544;REVB=-0.0249717;RO=38;SAF=9;SAR=17;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318727;STB=0.68028;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0135969;OID=.;OPOS=5109431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:37:26:27:0.421875:17:9:25:13:18:9:24:13 chr9 5109485 . G T 125.83 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0260903;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.469;QD=17.3563;RBI=0.0261103;REFB=0.00503343;REVB=0.00102154;RO=14;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204512;STB=0.604239;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00340113;OID=.;OPOS=5109485;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:15:14:14:0.482759:10:4:7:7:10:4:7:8 chr9 5164260 . T G 71.8 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00365278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.014;QD=7.97762;RBI=0.00957082;REFB=-0.00379401;REVB=0.00884635;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398134;STB=0.744218;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00914982;OID=.;OPOS=5164260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:7:3:17:9:7:3:17:9 chr9 5231712 . T A 116.19 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0158117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0643;QD=20.2069;RBI=0.0158411;REFB=-0.0355088;REVB=0.000963816;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124041;STB=0.526986;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.031065;OID=.;OPOS=5231712;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:9:10:13:13:0.565217:6:7:5:4:6:7:6:4 chr9 5335470 . C T 297.32 PASS AF=0.355769;AO=37;DP=104;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0352418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.987;QD=11.4353;RBI=0.0438959;REFB=-0.00398993;REVB=-0.0261699;RO=67;SAF=18;SAR=19;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736192;STB=0.542271;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00623068;OID=.;OPOS=5335470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:67:67:37:37:0.355769:19:18:37:30:19:18:37:30 chr9 5431913 . A G 372.93 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.011861;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.576;QD=17.7587;RBI=0.0225623;REFB=-0.0189639;REVB=-0.0191931;RO=44;SAF=20;SAR=19;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162941;STB=0.595697;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0399084;OID=.;OPOS=5431913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:44:45:39:39:0.464286:19:20:15:29:19:20:15:30 chr9 5557672 . T C 1641.77 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00991767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3215;QD=60.2485;RBI=0.0529979;REFB=0;REVB=-0.0520617;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350763;OID=.;OPOS=5557672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:52:57:0:0:52:57:0:0 chr9 5732483 . T C 1509.91 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00692237;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.164;QD=57.5202;RBI=0.142151;REFB=0.00668515;REVB=0.141983;RO=2;SAF=41;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225799;STB=0.511902;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000257472;OID=.;OPOS=5732483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:105:2:2:103:103:0.980952:62:41:2:0:62:41:2:0 chr9 5774225 . T G 1871.07 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.394;QD=61.3465;RBI=0.0373256;REFB=0;REVB=0.0314846;RO=0;SAF=56;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53564e-05;OID=.;OPOS=5774225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:66:56:0:0:66:56:0:0 chr9 5909152 . T G 801.18 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2584;QD=57.2272;RBI=0.0289221;REFB=0;REVB=0.027966;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403954;OID=.;OPOS=5909152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr9 5968416 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.382;QD=46.848;RBI=0.0444434;REFB=0;REVB=0.0431233;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478765;OID=.;OPOS=5968416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr9 5969249 . A G 746.91 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.095;QD=63.5666;RBI=0.0330288;REFB=0;REVB=0.0249087;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122541;OID=.;OPOS=5969249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:21:26:0:0 chr9 6007500 . G A 397.14 PASS AF=0.410714;AO=45;DP=113;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=0.00223016;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.554;QD=14.1837;RBI=0.0279704;REFB=-0.0121157;REVB=0.0278813;RO=61;SAF=20;SAR=25;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230065;STB=0.63409;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.022277;OID=.;OPOS=6007500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:61:66:45:46:0.410714:25:20:41:20:26:20:44:22 chr9 6253571 . C T 251.7 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0160565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9521;QD=17.064;RBI=0.0218506;REFB=-0.0575188;REVB=-0.0148202;RO=31;SAF=8;SAR=19;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294373;STB=0.523239;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0404999;OID=.;OPOS=6253571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:31:27:28:0.474576:19:8:10:21:20:8:10:21 chr9 6328947 . T C 264.56 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0165679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.19;QD=48.1017;RBI=0.0166156;REFB=-0.150909;REVB=0.00125834;RO=1;SAF=3;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130868;STB=0.571354;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00142244;OID=.;OPOS=6328947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:22:22:1:1:21:21:0.954545:18:3:1:0:18:3:1:0 chr9 6329888 . A G 741.97 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3732;QD=61.8311;RBI=0.117611;REFB=0;REVB=0.016345;RO=1;SAF=24;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019193;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475633;OID=.;OPOS=6329888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:1:0:47:48:1:23:24:1:0:23:25:0:0 chr9 6330380 . A C 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=0.0018248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.385;QD=17.5593;RBI=0.0142109;REFB=0.00224103;REVB=-0.0140932;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390832;STB=0.717752;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00158706;OID=.;OPOS=6330380;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:2:19:9:9:2:19 chr9 6330915 . G A 597.87 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107928;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.208;QD=61.3199;RBI=0.0108241;REFB=0;REVB=-0.000822493;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38617e-05;OID=.;OPOS=6330915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr9 6592868 . G C 295.72 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0215717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5758;QD=20.3947;RBI=0.0249083;REFB=-0.0119327;REVB=0.0124534;RO=25;SAF=20;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123469;STB=0.530265;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0167498;OID=.;OPOS=6592868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:25:27:30:31:0.534483:10:20:17:8:11:20:19:8 chr9 6606634 . C T 45.9 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.082295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6214;QD=6.5575;RBI=0.096514;REFB=-0.00771848;REVB=-0.050423;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36153;STB=0.794232;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0555786;OID=.;OPOS=6606634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:28:18:21:7:7:0.25:6:1:7:11:6:1:10:11 chr9 6606639 . A G 63.56 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0542059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.618;QD=9.0801;RBI=0.0548856;REFB=-0.00775315;REVB=-0.00861131;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103902;STB=0.563956;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0135476;OID=.;OPOS=6606639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:8:11:6:3:8:11 chr9 6606645 . G A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0136799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.205;QD=9.91631;RBI=0.0143402;REFB=-0.0044151;REVB=0.00430151;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424152;STB=0.555429;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00851475;OID=.;OPOS=6606645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:17:17:8:9:0.346154:5:3:7:10:6:3:7:10 chr9 6610326 . C T 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.072245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4774;QD=12.4819;RBI=0.0758627;REFB=-0.00505904;REVB=-0.0231477;RO=19;SAF=10;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283998;STB=0.671314;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0107749;OID=.;OPOS=6610326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:2:10:12:7:2:10:12:7 chr9 6645251 . C T 53.48 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00229781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.803;QD=7.63996;RBI=0.0136236;REFB=-0.013177;REVB=-0.0134285;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227966;STB=0.657509;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0195754;OID=.;OPOS=6645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:28:19:20:8:8:0.285714:3:5:8:11:3:5:8:12 chr9 6984172 . G A 129.41 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00893774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.229;QD=12.9413;RBI=0.0137938;REFB=-0.0121448;REVB=-0.0105064;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0247416;OID=.;OPOS=6984172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:6:9:15:10:6:9:15:10 chr9 7103816 . C T 528.31 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0128203;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.814;QD=17.7583;RBI=0.01761;REFB=-0.00985138;REVB=-0.0120727;RO=64;SAF=25;SAR=31;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516521;STB=0.532699;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.01329;OID=.;OPOS=7103816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:64:63:56:56:0.470588:31:25:32:32:31:25:32:31 chr9 7798435 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.989;QD=62.9829;RBI=0.0141742;REFB=0;REVB=-0.0128176;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18993e-05;OID=.;OPOS=7798435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr9 7798518 . G C 1358.22 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9101;QD=62.4467;RBI=0.0755784;REFB=0;REVB=0.0636694;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540303;OID=.;OPOS=7798518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:85:87:1:36:49:0:0:36:51:0:0 chr9 8389364 . C G 702.83 PASS AF=0.535433;AO=68;DP=119;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0135522;FXX=0.0155027;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.101;QD=22.1362;RBI=0.0166466;REFB=-0.0415494;REVB=0.00966675;RO=50;SAF=42;SAR=26;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785986;STB=0.511942;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0330189;OID=.;OPOS=8389364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:127:50:59:68:68:0.535433:26:42:26:24:26:42:35:24 chr9 8465598 . A G 735.31 PASS AF=0.529851;AO=71;DP=134;FAO=71;FDP=134;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0283978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.768;QD=21.9495;RBI=0.0296173;REFB=-0.000390797;REVB=0.00841102;RO=63;SAF=32;SAR=39;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747919;STB=0.540969;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000413623;OID=.;OPOS=8465598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:63:63:71:71:0.529851:39:32:23:40:39:32:23:40 chr9 8485834 . G A 308.31 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=-0.00262163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.485;QD=13.4047;RBI=0.00901813;REFB=-0.0261712;REVB=-0.00862866;RO=55;SAF=17;SAR=18;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259507;STB=0.632871;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.036977;OID=.;OPOS=8485834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:57:35:35:0.380435:18:17:40:15:18:17:40:17 chr9 8486482 . T C 492.7 PASS AF=0.484848;AO=47;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0239026;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.571;QD=19.9069;RBI=0.024163;REFB=0.00559883;REVB=0.00353817;RO=51;SAF=28;SAR=19;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117873;STB=0.501981;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.00555094;OID=.;OPOS=8486482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:47:48:0.484848:19:28:31:20:19:29:31:20 chr9 8518143 . T C 549.4 PASS AF=0.464;AO=59;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0326863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.614;QD=17.5806;RBI=0.0343553;REFB=-0.0240086;REVB=-0.0105778;RO=65;SAF=34;SAR=25;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945405;STB=0.54922;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0223619;OID=.;OPOS=8518143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:67:59:58:0.464:25:34:31:34:25:33:32:35 chr9 8518395 . G A 498.13 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=131;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.014743;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.302;QD=15.0949;RBI=0.016345;REFB=-0.0206893;REVB=0.00705714;RO=76;SAF=25;SAR=30;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047114;STB=0.522813;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0368763;OID=.;OPOS=8518395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:76:77:55:55:0.416667:30:25:38:38:30:25:38:39 chr9 8528506 . A G 87.43 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0903047;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.2067;QD=13.4515;RBI=0.0903536;REFB=-0.0131866;REVB=-0.00297375;RO=13;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44335;STB=0.815611;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0120808;OID=.;OPOS=8528506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:13:15:11:11:0.423077:10:1:5:8:10:1:7:8 chr9 12775889 . A G 62.1 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0136985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.376;QD=7.52688;RBI=0.0424617;REFB=-0.00962208;REVB=-0.0401913;RO=23;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406536;STB=0.76652;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0143338;OID=.;OPOS=12775889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:33:23:24:9:9:0.272727:2:7:10:13:2:7:10:14 chr9 12821447 . C A 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00891909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.392;QD=19.7015;RBI=0.0383448;REFB=0.0190556;REVB=0.0372931;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164901;STB=0.592493;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0163661;OID=.;OPOS=12821447;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:6:11:13:3:6:11:13:3 chr9 13105959 . T G 990.79 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1997;QD=59.1517;RBI=0.0886488;REFB=0;REVB=0.0853821;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109535;OID=.;OPOS=13105959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:32:34:0:0:33:34:0:0 chr9 13112116 . A G 1571.86 PASS AF=0.956522;AO=108;DP=115;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=43;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0204016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.061;QD=54.6733;RBI=0.0215697;REFB=-0.0618711;REVB=-0.00700218;RO=5;SAF=41;SAR=67;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195187;STB=0.509504;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00449363;OID=.;OPOS=13112116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:115:115:5:5:108:110:0.956522:67:41:3:2:67:43:3:2 chr9 13150531 . T C 1578.82 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260651;FXX=0.0186898;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.784;QD=60.1457;RBI=0.0325748;REFB=0;REVB=0.0195377;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46415e-05;OID=.;OPOS=13150531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:52:53:0:0:52:53:0:0 chr9 13176312 . C T 1525.71 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.442;QD=59.8318;RBI=0.0133997;REFB=0;REVB=0.0100403;RO=0;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14668e-06;OID=.;OPOS=13176312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:44:58:0:0:44:58:0:0 chr9 14086120 . G C 289.11 PASS AF=0.5;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00894396;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.594;QD=18.6521;RBI=0.0103669;REFB=-0.0164224;REVB=-0.00524197;RO=31;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228501;STB=0.626971;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.014848;OID=.;OPOS=14086120;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:31:31:31:31:0.5:17:14:22:9:17:14:22:9 chr9 14618856 . C T 249.66 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.0150205;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.465;QD=18.4935;RBI=0.0515758;REFB=-0.0122472;REVB=-0.0493401;RO=28;SAF=12;SAR=15;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30436;STB=0.679879;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0109253;OID=.;OPOS=14618856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:28:27:27:27:0.5:15:12:22:6:15:12:22:5 chr9 14737506 . T G 230.98 PASS AF=0.464286;AO=27;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0488377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2195;QD=16.4982;RBI=0.0496053;REFB=-0.0273222;REVB=-0.00869292;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192392;STB=0.58817;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0290665;OID=.;OPOS=14737506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:27:26:0.464286:14:13:8:21:14:12:9:21 chr9 14747412 . A G 348.94 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00212827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.918;QD=22.8811;RBI=0.00631022;REFB=-0.025452;REVB=-0.00594048;RO=26;SAF=20;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144188;STB=0.579394;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0131126;OID=.;OPOS=14747412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:15:20:10:16:15:20:10:16 chr9 14775853 . A G 308.25 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00018031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.714;QD=13.402;RBI=0.00407046;REFB=-0.00558011;REVB=-0.00406646;RO=56;SAF=16;SAR=19;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103742;STB=0.56432;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00747484;OID=.;OPOS=14775853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:57:35:35:0.380435:19:16:31:25:19:16:32:25 chr9 14801710 . C A 1587.75 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.59;QD=64.1515;RBI=0.0536674;REFB=0;REVB=0.0309818;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106137;OID=.;OPOS=14801710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:43:56:0:0:43:56:0:0 chr9 14846036 . C G 335.82 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.017269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.904;QD=14.6008;RBI=0.0283079;REFB=-0.0164016;REVB=0.0224302;RO=55;SAF=16;SAR=21;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137875;STB=0.578165;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0208493;OID=.;OPOS=14846036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:21:16:31:24:21:16:31:24 chr9 14859356 . T C 314.29 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0514876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8919;QD=17.2211;RBI=0.0535351;REFB=-0.0314127;REVB=-0.014664;RO=39;SAF=14;SAR=20;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048449;STB=0.527167;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.032487;OID=.;OPOS=14859356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:20:14:18:21:20:14:18:21 chr9 15188106 . T C 1376.75 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.11;QD=62.5797;RBI=0.0154925;REFB=0;REVB=0.0113459;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83196e-06;OID=.;OPOS=15188106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chr9 15464898 . C A 692.24 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644632;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3994;QD=62.9311;RBI=0.0712269;REFB=0;REVB=-0.0709346;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000887024;OID=.;OPOS=15464898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr9 15486870 . A G 455.65 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.000151215;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.513;QD=16.4198;RBI=0.0107541;REFB=-0.00891934;REVB=0.010753;RO=59;SAF=26;SAR=24;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604848;STB=0.542429;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0138104;OID=.;OPOS=15486870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:59:61:50:50:0.45045:24:26:27:32:24:26:27:34 chr9 15544214 . G A 277.8 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0225578;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.39;QD=18.2163;RBI=0.0266456;REFB=-0.0127977;REVB=0.0141822;RO=33;SAF=16;SAR=14;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975156;STB=0.574231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0128797;OID=.;OPOS=15544214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:33:31:30:30:0.491803:14:16:21:12:14:16:21:10 chr9 15571630 . T A 139.62 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0285293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8795;QD=12.6927;RBI=0.0636409;REFB=-0.0253357;REVB=-0.056888;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144462;STB=0.584641;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0439391;OID=.;OPOS=15571630;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:7:9:12:16:7:9:12:16 chr9 15784631 . A G 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00118382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.39;QD=12.4555;RBI=0.0178033;REFB=-0.00861837;REVB=0.0177639;RO=34;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151515;STB=0.588147;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0120284;OID=.;OPOS=15784631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:15:6:14:20:15:6:14:20 chr9 15922137 . A G 311.48 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.00261841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.078;QD=19.1681;RBI=0.0045083;REFB=-0.0172448;REVB=-0.00366997;RO=32;SAF=21;SAR=12;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145427;STB=0.580396;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0179898;OID=.;OPOS=15922137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:12:21:25:7:12:21:25:7 chr9 16417431 . G A 1559.73 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1917;QD=58.8576;RBI=0.0076157;REFB=-0.0876693;REVB=-0.00745788;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000898997;OID=.;OPOS=16417431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:106:106:0:0:105:106:1:59:46:0:0:59:47:0:0 chr9 16685539 . T C 375.23 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0854;QD=55.5898;RBI=0.021133;REFB=0;REVB=-0.0151657;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000968709;OID=.;OPOS=16685539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:23:27:1:11:12:0:0:11:16:0:0 chr9 17001122 . C A 313.07 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=0.00568304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.659;QD=16.9226;RBI=0.0444005;REFB=-0.0120793;REVB=0.0440353;RO=39;SAF=28;SAR=6;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118693;STB=0.562774;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0129927;OID=.;OPOS=17001122;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:40:34:34:0.459459:6:28:29:10:6:28:30:10 chr9 17001200 . C A 1594.05 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0179201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.462;QD=57.9653;RBI=0.0233429;REFB=0.0162408;REVB=0.0149586;RO=2;SAF=82;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121505;STB=0.506403;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.000423022;OID=.;OPOS=17001200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:110:2:2:108:108:0.981818:26:82:1:1:26:82:1:1 chr9 17001216 . A C 430.86 PASS AF=0.444444;AO=47;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=15;FWDB=0.0117288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.805;QD=15.9577;RBI=0.0236738;REFB=-0.0133708;REVB=0.0205642;RO=59;SAF=37;SAR=10;SRF=44;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589703;STB=0.533693;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0152437;OID=.;OPOS=17001216;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:60:47:48:0.444444:10:37:44:15:10:38:45:15 chr9 17309145 . A G 463.84 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0462414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.931;QD=19.3265;RBI=0.0618639;REFB=-0.0128909;REVB=0.041096;RO=50;SAF=21;SAR=25;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221002;STB=0.51229;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0110235;OID=.;OPOS=17309145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:46:46:0.479167:25:21:24:26:25:21:24:26 chr9 17342383 . C T 699.0 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.151;QD=54.8232;RBI=0.0320355;REFB=-0.0462282;REVB=0.018618;RO=0;SAF=37;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.32377e-08;STB=0.506664;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000412534;OID=.;OPOS=17342383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:13:37:0:0:13:37:1:0 chr9 17394536 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.329;QD=52.6132;RBI=0.0619114;REFB=0;REVB=-0.0518654;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.84037e-05;OID=.;OPOS=17394536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr9 17394996 . T C 973.12 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.422;QD=58.9768;RBI=0.0594812;REFB=0;REVB=0.0591844;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84472e-05;OID=.;OPOS=17394996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:29:36:0:0:30:36:0:0 chr9 17409366 . G A 958.57 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0193485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.301;QD=57.2279;RBI=0.0194416;REFB=0.0978877;REVB=0.00190023;RO=1;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106171;STB=0.505493;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.000493947;OID=.;OPOS=17409366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:44:21:0:1:45:21:0:1 chr9 18504916 . T A 155.51 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0143521;FXX=0.0689536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.867;QD=11.519;RBI=0.0183964;REFB=-0.0153172;REVB=0.0115086;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210176;STB=0.614052;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0226285;OID=.;OPOS=18504916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:32:35:19:19:0.351852:12:7:18:14:12:7:19:16 chr9 18651156 . C T 675.62 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171131;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.127;QD=62.8483;RBI=0.0210257;REFB=0;REVB=0.0122156;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241909;OID=.;OPOS=18651156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:16:26:0:0:17:26:0:0 chr9 18651282 . A G 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.695;QD=61.5358;RBI=0.0276131;REFB=0;REVB=0.014606;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3289e-05;OID=.;OPOS=18651282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:30:51:0:0:30:51:0:0 chr9 18776840 . A C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.466;QD=60.9782;RBI=0.00961032;REFB=0;REVB=0.00686635;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93824e-07;OID=.;OPOS=18776840;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr9 18777368 . T C 735.95 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.917;QD=62.634;RBI=0.0353517;REFB=0;REVB=0.0332491;RO=0;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175584;OID=.;OPOS=18777368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:12:33:0:0:13:34:0:0 chr9 18887908 . G C 520.06 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0161083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3993;QD=18.2477;RBI=0.0161486;REFB=-0.00116361;REVB=-0.00114103;RO=59;SAF=24;SAR=31;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677321;STB=0.537558;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0014389;OID=.;OPOS=18887908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:59:55:55:0.482456:31:24:30:29:31:24:30:29 chr9 18950787 . G A 510.11 PASS AF=0.38961;AO=60;DP=154;FAO=60;FDP=154;FR=.;FRO=94;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=59;FSRR=35;FWDB=-0.00204629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9865;QD=13.2497;RBI=0.00515514;REFB=0.00304791;REVB=0.00473161;RO=92;SAF=28;SAR=32;SRF=57;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163094;STB=0.597393;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00495792;OID=.;OPOS=18950787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:92:94:60:60:0.38961:32:28:57:35:32:28:59:35 chr9 18950895 . T C 746.95 PASS AF=0.525547;AO=72;DP=137;FAO=72;FDP=137;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0145411;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.869;QD=21.8087;RBI=0.0204141;REFB=-0.0130394;REVB=0.014328;RO=62;SAF=32;SAR=40;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879018;STB=0.551934;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00910095;OID=.;OPOS=18950895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:62:65:72:72:0.525547:40:32:34:28:40:32:36:29 chr9 19032907 . A G 779.92 PASS AF=0.506667;AO=71;DP=145;FAO=76;FDP=150;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.00839563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.082;QD=20.7979;RBI=0.0100173;REFB=-0.0200084;REVB=-0.00546449;RO=65;SAF=28;SAR=43;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372578;STB=0.521733;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0158097;OID=.;OPOS=19032907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:150:65:74:71:76:0.506667:43:28:23:42:44:32:28:46 chr9 19058425 . G A 63.02 PASS AF=0.3;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.034929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.2316;QD=8.40201;RBI=0.0472053;REFB=-0.00194033;REVB=0.0317538;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223949;STB=0.588042;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00361872;OID=.;OPOS=19058425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:30:21:21:8:9:0.3:5:3:12:9:5:4:12:9 chr9 19060197 . A T 239.3 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0305419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.955;QD=20.8086;RBI=0.0330277;REFB=-0.00584609;REVB=-0.0125707;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115893;STB=0.565161;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00729878;OID=.;OPOS=19060197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:13:10:13:10:13:10:13:10 chr9 19087154 . T C 242.07 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0298091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.09;QD=16.9874;RBI=0.0305032;REFB=-0.000888945;REVB=-0.00647008;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20679;STB=0.615306;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00172821;OID=.;OPOS=19087154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:15:12:7:23:15:12:7:23 chr9 19116543 . G A 571.4 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0484476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3519;QD=23.087;RBI=0.0726605;REFB=0.023146;REVB=0.0541515;RO=46;SAF=22;SAR=31;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109316;STB=0.560146;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0187844;OID=.;OPOS=19116543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:46:53:53:0.535354:31:22:25:21:31:22:25:21 chr9 19119674 . A G 407.85 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0138184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.477;QD=17.7324;RBI=0.0204248;REFB=0.00476399;REVB=0.0150408;RO=48;SAF=27;SAR=15;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00309894;STB=0.513416;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00571877;OID=.;OPOS=19119674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:48:50:42:42:0.456522:15:27:31:17:15:27:31:19 chr9 19461193 . G T 600.29 PASS AF=0.432432;AO=62;DP=147;FAO=64;FDP=148;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0108123;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6991;QD=16.2242;RBI=0.0540865;REFB=-0.0247197;REVB=-0.0529948;RO=85;SAF=35;SAR=27;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851109;STB=0.533436;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0324532;OID=.;OPOS=19461193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:85:84:62:64:0.432432:27:35:41:44:29:35:41:43 chr9 19492973 . A G 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00477563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.26;QD=11.3361;RBI=0.018307;REFB=-0.0139507;REVB=-0.0176732;RO=43;SAF=8;SAR=16;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321789;STB=0.686122;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0230007;OID=.;OPOS=19492973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:16:8:27:16:16:8:27:16 chr9 19576949 . T G 1514.45 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0239623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.706;QD=62.4514;RBI=0.0399812;REFB=-0.12524;REVB=0.0320048;RO=1;SAF=49;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958021;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000425603;OID=.;OPOS=19576949;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:47:49:1:0:47:49:1:0 chr9 19622268 . T C 305.56 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.411;QD=53.1412;RBI=0.0389453;REFB=0;REVB=0.0279221;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000996722;OID=.;OPOS=19622268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr9 19786217 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0282119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2757;QD=14.6493;RBI=0.0797929;REFB=0.01733;REVB=-0.0746391;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13069;STB=0.575652;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.0261048;OID=.;OPOS=19786217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:7:12:7:7:7:12 chr9 20418323 . T C 212.48 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00328558;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.947;QD=19.3162;RBI=0.0252846;REFB=-0.0197859;REVB=-0.0250702;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00191448;STB=0.501084;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0214983;OID=.;OPOS=20418323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:23:21:21:0.477273:10:11:12:11:10:11:12:11 chr9 20789610 . A G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0144525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.257;QD=6.52637;RBI=0.0247864;REFB=-0.0159431;REVB=0.0201368;RO=20;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323888;STB=0.715691;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0288005;OID=.;OPOS=20789610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:1:6:13:7:1:6:13:7 chr9 20866974 . C G 800.81 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4066;QD=57.201;RBI=0.0478101;REFB=0;REVB=0.0342651;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552077;OID=.;OPOS=20866974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr9 20988426 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.399;QD=58.6005;RBI=0.0102386;REFB=0;REVB=-0.00952516;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88909e-06;OID=.;OPOS=20988426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:32:32:0:0 chr9 21029330 . T C 491.13 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=38;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0175537;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.569;QD=53.0955;RBI=0.0621415;REFB=-0.0690211;REVB=0.0596106;RO=2;SAF=17;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518702;STB=0.526301;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000933738;OID=.;OPOS=21029330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:37:2:2:34:35:0.945946:17:17:2:0:17:18:2:0 chr9 21077716 . G A 194.76 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0151939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.568;QD=17.3117;RBI=0.0252941;REFB=-0.00891391;REVB=0.0202221;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00871978;OID=.;OPOS=21077716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:8:12:15:10:8:12:15:10 chr9 21187121 . T A 235.21 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0370112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0131;QD=25.4283;RBI=0.0756579;REFB=-0.000738138;REVB=0.0659871;RO=14;SAF=5;SAR=17;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372759;STB=0.721272;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00116397;OID=.;OPOS=21187121;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:15:22:22:0.594595:17:5:10:4:17:5:11:4 chr9 21187311 . C T 460.15 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0123455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.242;QD=18.5918;RBI=0.0324057;REFB=-0.0172991;REVB=-0.0299619;RO=52;SAF=25;SAR=21;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415401;STB=0.528389;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0186211;OID=.;OPOS=21187311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:52:53:46:46:0.464646:21:25:26:26:21:25:26:27 chr9 21206763 . G T 371.05 PASS AF=0.558824;AO=35;DP=65;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0115246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0222;QD=21.8265;RBI=0.0892556;REFB=-0.0260067;REVB=0.0885084;RO=29;SAF=12;SAR=23;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258208;STB=0.63151;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0225646;OID=.;OPOS=21206763;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:29:30:35:38:0.558824:23:12:19:10:24:14:20:10 chr9 21207000 . C G 122.46 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.012361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.437;QD=7.20346;RBI=0.041434;REFB=-0.00742916;REVB=-0.0395472;RO=50;SAF=15;SAR=3;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32879;STB=0.704867;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0240156;OID=.;OPOS=21207000;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:50:18:18:0.264706:3:15:31:19:3:15:31:19 chr9 21207005 . C G 120.43 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0118601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.511;QD=6.78491;RBI=0.0341739;REFB=-0.00743803;REVB=-0.0320499;RO=53;SAF=15;SAR=3;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368213;STB=0.730703;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0219098;OID=.;OPOS=21207005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:53:18:18:0.253521:3:15:31:22:3:15:31:22 chr9 21207031 . T C 106.24 PASS AF=0.217949;AO=17;DP=78;FAO=17;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.000367677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.025;QD=5.4481;RBI=0.0454746;REFB=-0.0148557;REVB=-0.0454731;RO=61;SAF=14;SAR=3;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363964;STB=0.733869;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0442824;OID=.;OPOS=21207031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:61:61:17:17:0.217949:3:14:35:26:3:14:35:26 chr9 21207037 . A T 89.24 PASS AF=0.2;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00797216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.43;QD=4.75938;RBI=0.0846745;REFB=-0.0136212;REVB=-0.0842984;RO=60;SAF=12;SAR=3;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330201;STB=0.715733;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0558803;OID=.;OPOS=21207037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:75:75:60:60:15:15:0.2:3:12:34:26:3:12:34:26 chr9 21207129 . G A 704.74 PASS AF=0.666667;AO=58;DP=88;FAO=60;FDP=90;FR=.;FRO=30;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.000604033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.811;QD=31.3217;RBI=0.00469321;REFB=-0.0250294;REVB=-0.00465418;RO=30;SAF=31;SAR=27;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203942;STB=0.516698;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0119314;OID=.;OPOS=21207129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:30:30:58:60:0.666667:27:31:17:13:29:31:17:13 chr9 21227622 . A C 80.92 PASS AF=0.22449;AO=14;DP=55;FAO=11;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.000190472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3822;QD=6.60537;RBI=0.0648736;REFB=-0.00657422;REVB=0.0648733;RO=30;SAF=10;SAR=4;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638296;STB=0.586042;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0125267;OID=.;OPOS=21227622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:49:30:38:14:11:0.22449:4:10:20:10:3:8:24:14 chr9 21227651 . A G 40.94 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00280886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.742;QD=3.63917;RBI=0.0155917;REFB=-0.00578629;REVB=-0.0153366;RO=37;SAF=6;SAR=1;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446522;STB=0.826584;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0450832;OID=.;OPOS=21227651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:37:38:7:7:0.155556:1:6:19:18:1:6:19:19 chr9 21228040 . C G 237.16 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0111276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.147;QD=19.7632;RBI=0.0126472;REFB=-0.00705942;REVB=0.00601067;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710306;STB=0.540003;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00920368;OID=.;OPOS=21228040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:13:10:9:16:13:10:9:16 chr9 21304803 . G A 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0335969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.759;QD=14.119;RBI=0.0354143;REFB=-0.00664544;REVB=0.0111991;RO=38;SAF=7;SAR=20;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367332;STB=0.709898;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00908347;OID=.;OPOS=21304803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:20:7:23:15:20:7:23:15 chr9 21350620 . G A 130.64 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00847025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.755;QD=13.7513;RBI=0.0126589;REFB=0.0039038;REVB=-0.0094076;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146586;STB=0.585254;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00527808;OID=.;OPOS=21350620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:14:9:8:7:14:9 chr9 21482089 . G A 795.05 PASS AF=1;AO=38;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.041;QD=63.6037;RBI=0.0440645;REFB=0;REVB=0.00819101;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.8891e-05;OID=.;OPOS=21482089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:38:50:1:21:17:0:0:28:22:0:0 chr9 21482090 . T A 57.47 PASS AF=0.176471;AO=8;DP=50;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0165624;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=83.321;QD=4.50707;RBI=0.0169841;REFB=-0.0187094;REVB=0.00376124;RO=42;SAF=2;SAR=6;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288261;STB=0.621345;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0323215;OID=.;OPOS=21482090;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:51:42:42:8:9:0.176471:6:2:20:22:6:3:20:22 chr9 21482125 . T TA 203.78 PASS AF=0.426829;AO=34;DP=84;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.101714;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.5038;QD=9.94028;RBI=0.101726;REFB=0.00400834;REVB=0.00156643;RO=49;SAF=23;SAR=11;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20303;STB=0.63058;STBP=0.046;TYPE=ins;VARB=-0.00735296;OID=.;OPOS=21482126;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.426829:34:84:35:82:47:24:11:22:25:99:49:23:11:24:25 chr9 21699392 . C T 207.31 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00738976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6659;QD=24.3898;RBI=0.0660702;REFB=-0.00679552;REVB=-0.0656556;RO=14;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990445;STB=0.555497;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00263773;OID=.;OPOS=21699392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:15:5:5:9:15:5:5:9 chr9 21699406 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1373;QD=61.3359;RBI=0.0114663;REFB=0;REVB=0.000897411;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197615;OID=.;OPOS=21699406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:30:10:0:0:30:10:0:0 chr9 21699444 . C T 776.25 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5985;QD=56.4547;RBI=0.0257826;REFB=0;REVB=-0.00576419;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000753735;OID=.;OPOS=21699444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:33:21:0:0:34:21:0:0 chr9 21816758 . G A 264.85 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00813141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.197;QD=21.1883;RBI=0.0294338;REFB=-0.00034187;REVB=0.0282883;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037189;STB=0.540161;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000554276;OID=.;OPOS=21816758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:25:24:25:0.5:13:11:12:12:14:11:13:12 chr9 21968199 . C G 1030.07 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0738235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6489;QD=58.0322;RBI=0.0746374;REFB=0.0958174;REVB=0.0109921;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00222252;OID=.;OPOS=21968199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:30:40:0:0:30:40:1:0 chr9 22029445 . G A 185.99 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0130575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.714;QD=12.3996;RBI=0.0236542;REFB=0.00884037;REVB=0.0197237;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172231;STB=0.597617;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.025026;OID=.;OPOS=22029445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:37:23:23:0.383333:13:10:21:14:13:10:22:15 chr9 24545513 . G A 871.33 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00237024;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.485;QD=56.2146;RBI=0.0276962;REFB=-0.0811332;REVB=0.0275946;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00035327;OID=.;OPOS=24545513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:26:35:0:0:26:35:0:1 chr9 24905556 . A G 321.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0065374;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.248;QD=16.0553;RBI=0.00772132;REFB=-0.00757955;REVB=-0.00410867;RO=45;SAF=15;SAR=20;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12676;STB=0.571388;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0105287;OID=.;OPOS=24905556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:45:45:35:35:0.4375:20:15:25:20:20:15:25:20 chr9 25677698 . A C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0278997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.596;QD=12.7299;RBI=0.0579315;REFB=-0.031944;REVB=-0.0507707;RO=9;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192123;STB=0.652655;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0601302;OID=.;OPOS=25677698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:12:9:9:0.428571:1:8:7:2:1:8:9:3 chr9 25677933 . T C 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0290799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.982;QD=27.3831;RBI=0.0301453;REFB=-0.0501747;REVB=0.00794353;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157689;STB=0.588075;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00872074;OID=.;OPOS=25677933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:7:3:0:3:7:3:0:3 chr9 25677953 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.019;QD=35.5758;RBI=0.0491165;REFB=0;REVB=-0.0274038;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258372;OID=.;OPOS=25677953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr9 25678640 . T A 400.1 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0238551;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.754;QD=21.058;RBI=0.0245617;REFB=-0.0287911;REVB=0.00584918;RO=34;SAF=16;SAR=24;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153542;STB=0.508193;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0233993;OID=.;OPOS=25678640;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:34:36:40:40:0.526316:24:16:13:21:24:16:15:21 chr9 26116150 . G T 289.29 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.153;QD=52.5987;RBI=0.0344007;REFB=0;REVB=0.0121761;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142114;OID=.;OPOS=26116150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:15:6:0:0:16:6:0:0 chr9 26116157 . G A 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3511;QD=51.1784;RBI=0.0440746;REFB=0;REVB=-0.0399389;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000646802;OID=.;OPOS=26116157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr9 27183463 . A C 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.661;QD=56.9478;RBI=0.0115992;REFB=-0.0229466;REVB=0.00358778;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514278;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000202753;OID=.;OPOS=27183463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:17:19:0:0:17:19:0:1 chr9 27202870 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.172;QD=53.9112;RBI=0.0258904;REFB=0;REVB=0.0197408;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189207;OID=.;OPOS=27202870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr9 27284785 . G T 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.896;QD=57.5426;RBI=0.0449299;REFB=0;REVB=0.0165096;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120531;OID=.;OPOS=27284785;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr9 27292474 . T C 446.86 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.528;QD=57.6593;RBI=0.0325997;REFB=0;REVB=0.0186014;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226646;OID=.;OPOS=27292474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr9 27328886 . C A 315.21 PASS AF=0.387097;AO=30;DP=89;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0185209;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.159;QD=13.5575;RBI=0.0185476;REFB=-0.0102651;REVB=-0.000994392;RO=56;SAF=13;SAR=17;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134956;STB=0.51612;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0173066;OID=.;OPOS=27328886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:93:56:57:30:36:0.387097:17:13:31:25:18:18:30:27 chr9 27328964 . C T 2045.98 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.004;QD=62.4728;RBI=0.0325245;REFB=0;REVB=-0.00689919;RO=0;SAF=70;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90459e-05;OID=.;OPOS=27328964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:61:70:0:0:61:70:0:0 chr9 27378301 . A G 36.38 PASS AF=0.285714;AO=5;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0242652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.151;QD=6.92895;RBI=0.0243644;REFB=-0.0153514;REVB=-0.00219568;RO=15;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149998;STB=0.644671;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0393959;OID=.;OPOS=27378301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:5:6:0.285714:2:3:7:8:2:4:7:8 chr9 27524731 . A G 827.62 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00967044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7685;QD=54.2702;RBI=0.0532594;REFB=-0.168517;REVB=0.0523741;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513509;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00285274;OID=.;OPOS=27524731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:61:61:0:2:59:59:0.967213:36:23:0:0:36:23:0:2 chr9 27949327 . C T 200.68 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00449158;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.029;QD=18.2437;RBI=0.00942187;REFB=-0.00188999;REVB=-0.00828235;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184842;STB=0.612571;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00212263;OID=.;OPOS=27949327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:11:9:6:17:11:9:6:18 chr9 32069857 . T G 505.36 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477757;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.591;QD=59.4546;RBI=0.0679828;REFB=0;REVB=-0.0483647;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89745e-05;OID=.;OPOS=32069857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr9 32425910 . A G 707.98 PASS AF=0.452381;AO=76;DP=169;FAO=76;FDP=168;FR=.;FRO=92;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.0261689;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1809;QD=16.8566;RBI=0.0271788;REFB=-0.0128924;REVB=-0.00734009;RO=91;SAF=35;SAR=41;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226526;STB=0.509755;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0160474;OID=.;OPOS=32425910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:91:92:76:76:0.452381:41:35:44:47:41:35:44:48 chr9 32436014 . A G 206.25 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=0.0185682;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133;QD=12.8907;RBI=0.0191404;REFB=-0.00809573;REVB=-0.00464511;RO=37;SAF=14;SAR=11;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216636;STB=0.633412;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.020502;OID=.;OPOS=32436014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:37:39:25:25:0.390625:11:14:28:9:11:14:30:9 chr9 32450187 . T C 206.07 PASS AF=0.436364;AO=21;DP=52;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.015004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.281;QD=14.9869;RBI=0.0199284;REFB=-0.0217907;REVB=0.0131156;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289481;STB=0.559274;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0252094;OID=.;OPOS=32450187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:31:31:21:24:0.436364:8:13:20:11:11:13:20:11 chr9 32459450 . T G 390.46 PASS AF=0.5;AO=38;DP=79;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00302685;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.918;QD=19.5229;RBI=0.0304683;REFB=-0.0107807;REVB=0.0303176;RO=40;SAF=17;SAR=21;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716168;STB=0.525113;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0121747;OID=.;OPOS=32459450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:40:40:38:40:0.5:21:17:21:19:22:18:20:20 chr9 32498291 . A G 784.6 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.786;QD=62.768;RBI=0.0394669;REFB=0;REVB=0.0326629;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015926;OID=.;OPOS=32498291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:19:28:0:0:21:29:0:0 chr9 32784838 . T C 346.5 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0341126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.37;QD=26.6539;RBI=0.0399238;REFB=-0.0312255;REVB=-0.0207422;RO=19;SAF=16;SAR=17;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149113;STB=0.581429;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0104532;OID=.;OPOS=32784838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:17:16:5:14:17:16:5:14 chr9 32785399 . C T 1904.82 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153694;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.056;QD=61.9452;RBI=0.0837741;REFB=0;REVB=-0.0823522;RO=0;SAF=62;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00098e-05;OID=.;OPOS=32785399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:61:62:0:0:61:62:0:0 chr9 32785888 . G C 279.78 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0304471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=330.259;QD=48.6573;RBI=0.0345146;REFB=-0.0437414;REVB=0.0162552;RO=1;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486023;STB=0.526292;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0002926;OID=.;OPOS=32785888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:9:13:0:1:9:13:0:1 chr9 32786553 . T C 445.47 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0247545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.096;QD=52.4078;RBI=0.0434223;REFB=0.00050068;REVB=-0.0356751;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266731;STB=0.527761;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-9.29978e-05;OID=.;OPOS=32786553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:1:2:32:32:0.941176:15:17:1:0:15:17:2:0 chr9 32786586 . G T 429.48 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.743;QD=57.2637;RBI=0.0145636;REFB=0;REVB=-0.00115846;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52713e-05;OID=.;OPOS=32786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:14:16:0:0 chr9 32786653 . G T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.036;QD=52.6132;RBI=0.0260845;REFB=0;REVB=0.0255696;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82896e-05;OID=.;OPOS=32786653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr9 32820257 . C T 1076.0 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00271609;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.893;QD=57.3869;RBI=0.00648858;REFB=-0.0395215;REVB=-0.00589275;RO=2;SAF=39;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00173467;STB=0.500917;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.000107214;OID=.;OPOS=32820257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:75:2:2:73:73:0.973333:34:39:1:1:34:39:1:1 chr9 33026572 . T C 1098.28 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8553;QD=60.1799;RBI=0.0470002;REFB=0;REVB=-0.010072;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290604;OID=.;OPOS=33026572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr9 33352826 . C A,CAAA 699.5 PASS AF=0,1;AO=2,47;DP=54;FAO=0,49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.054306,-0.0275893;FXX=0.0576812;HRUN=1,0;LEN=1,3;MLLD=24.2515,175.234;QD=57.1022;RBI=0.0582032,0.02787;REFB=0,0;REVB=-0.0209395,0.00394565;RO=4;SAF=2,19;SAR=0,28;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.623114,-0.014575;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-5.82837e-05;OID=.,.;OPOS=33352826,33352827;OREF=C,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:54:49:4:0:2,47:0,49:0,1:0,28:2,19:2:2:0,28:0,21:0:0 chr9 33395196 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.703;QD=49.5992;RBI=0.0155661;REFB=0;REVB=0.01485;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103276;OID=.;OPOS=33395196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr9 33442952 . G A 283.16 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00661479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4839;QD=21.7812;RBI=0.0143406;REFB=0.0129367;REVB=0.0127239;RO=22;SAF=13;SAR=16;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141005;STB=0.58521;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00895657;OID=.;OPOS=33442952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:23:29:29:0.557692:16:13:6:16:16:13:6:17 chr9 33447424 . C G 1345.81 PASS AF=0.469178;AO=137;DP=292;FAO=137;FDP=292;FR=.;FRO=155;FSAF=76;FSAR=61;FSRF=72;FSRR=83;FWDB=0.00988799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.579;QD=18.4358;RBI=0.0101087;REFB=-0.0149565;REVB=0.00210101;RO=155;SAF=76;SAR=61;SRF=72;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869749;STB=0.54796;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0157568;OID=.;OPOS=33447424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:155:155:137:137:0.469178:61:76:72:83:61:76:72:83 chr9 33461574 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0124926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.248;QD=10.1734;RBI=0.0412003;REFB=0.00935553;REVB=-0.0392606;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0163868;OID=.;OPOS=33461574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:4:5:3:3:4:5 chr9 33466219 . A C 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0241711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.503;QD=12.4026;RBI=0.0270237;REFB=-0.0135067;REVB=0.0120847;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945386;STB=0.555487;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0190874;OID=.;OPOS=33466219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:8:8:12:17:8:8:12:17 chr9 33524684 . G A 630.44 PASS AF=1;AO=35;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.325;QD=61.506;RBI=0.0392968;REFB=0;REVB=0.023631;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720832;OID=.;OPOS=33524684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:35:41:1:20:15:0:0:21:20:0:0 chr9 33618358 . A G 505.51 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=0.00953203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.752;QD=17.7371;RBI=0.0165181;REFB=-0.0137327;REVB=-0.0134903;RO=60;SAF=17;SAR=37;SRF=17;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351228;STB=0.519473;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0178135;OID=.;OPOS=33618358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:37:17:17:43:37:17:17:43 chr9 33618460 . A T 294.98 PASS AF=0.577778;AO=25;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0516905;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.382;QD=26.2201;RBI=0.0547144;REFB=-0.0138031;REVB=0.0179374;RO=19;SAF=4;SAR=21;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688523;STB=0.543175;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0109497;OID=.;OPOS=33618460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:25:26:0.577778:21:4:4:15:22:4:4:15 chr9 33618497 . G A 161.8 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0103184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7845;QD=28.1386;RBI=0.0575796;REFB=0.0109559;REVB=-0.0566476;RO=7;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120742;STB=0.567478;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00577561;OID=.;OPOS=33618497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:12:4:3:4:12:4:3:4 chr9 33625082 . G C 688.8 PASS AF=0.479167;AO=69;DP=144;FAO=69;FDP=144;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=-0.0316952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.658;QD=19.1332;RBI=0.0318745;REFB=-0.00872028;REVB=-0.00337619;RO=70;SAF=28;SAR=41;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189621;STB=0.620683;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0127217;OID=.;OPOS=33625082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:70:75:69:69:0.479167:41:28:43:27:41:28:48:27 chr9 33625185 . C T 514.54 PASS AF=0.458333;AO=50;DP=115;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0275696;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.035;QD=17.1514;RBI=0.0287193;REFB=-0.0145523;REVB=0.00804466;RO=65;SAF=28;SAR=22;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114717;STB=0.563613;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.018038;OID=.;OPOS=33625185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:120:65:65:50:55:0.458333:22:28:29:36:24:31:29:36 chr9 33638046 . G C 322.24 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.029225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2685;QD=16.525;RBI=0.0776271;REFB=-0.0243244;REVB=0.0719157;RO=43;SAF=20;SAR=15;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129581;STB=0.572479;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0309761;OID=.;OPOS=33638046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:15:20:30:13:15:20:30:13 chr9 33796690 . TGAG T 299.76 PASS AF=0.345455;AO=38;DP=110;FAO=38;FDP=110;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.0221617;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=3;MLLD=276.417;QD=10.9004;RBI=0.0255131;REFB=-0.00548661;REVB=-0.0126404;RO=66;SAF=23;SAR=15;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338916;STB=0.514917;STBP=0.83;TYPE=del;VARB=0.0117441;OID=.;OPOS=33796691;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345455:38:110:38:110:72:23:15:42:30:99:66:23:15:38:28 chr9 33796785 . C G 39.06 PASS AF=0.0943396;AO=10;DP=107;FAO=10;FDP=106;FR=.;FRO=96;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=55;FSRR=41;FWDB=0.0280953;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3247;QD=1.47413;RBI=0.0323012;REFB=-0.00495629;REVB=-0.0159379;RO=97;SAF=3;SAR=7;SRF=56;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313713;STB=0.737727;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0302283;OID=.;OPOS=33796785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:107:106:97:96:10:10:0.0943396:7:3:56:41:7:3:55:41 chr9 33796799 . A T 57.31 PASS AF=0.129032;AO=12;DP=92;FAO=12;FDP=93;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0100611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.54;QD=2.46486;RBI=0.0192881;REFB=-0.00231457;REVB=-0.0164561;RO=80;SAF=4;SAR=8;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221212;STB=0.651918;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.01016;OID=.;OPOS=33796799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:92:93:80:81:12:12:0.129032:8:4:41:39:8:4:41:40 chr9 33797987 . G T 52.25 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0324655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.389;QD=3.07333;RBI=0.0371935;REFB=-0.00431636;REVB=-0.018148;RO=58;SAF=4;SAR=6;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164437;STB=0.613809;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0365559;OID=.;OPOS=33797987;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:58:58:10:10:0.147059:6:4:31:27:6:4:31:27 chr9 33797999 . A G 53.39 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0200315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9346;QD=3.23546;RBI=0.0214537;REFB=-0.00568424;REVB=-0.00768109;RO=54;SAF=4;SAR=6;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189898;STB=0.628489;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0199941;OID=.;OPOS=33797999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:54:56:10:10:0.151515:6:4:30:24:6:4:31:25 chr9 33798016 . CA CG,TG 802.25 PASS AF=0.864407,0.135593;AO=47,8;DP=59;FAO=51,8;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=24,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276622,-0.0130687;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=65.3783,106.729;QD=54.3898;RBI=0.0287252,0.0143812;REFB=0,0;REVB=0.00774211,0.00600226;RO=0;SAF=24,4;SAR=23,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00105506,0.0503275;OID=.,.;OPOS=33798017,33798016;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:59:59:0:0:47,8:51,8:0.864407,0.135593:23,4:24,4:0:0:24,6:27,2:0:0 chr9 33798037 . T C 57.64 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0125302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.896;QD=3.84266;RBI=0.0287534;REFB=-0.00645175;REVB=-0.0258795;RO=49;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111534;STB=0.583724;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0543942;OID=.;OPOS=33798037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:49:50:10:10:0.166667:6:4:24:25:6:4:25:25 chr9 33798042 . G C 57.52 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0394389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.462;QD=3.83461;RBI=0.0404975;REFB=-0.0014388;REVB=0.00919911;RO=49;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111534;STB=0.583724;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0143636;OID=.;OPOS=33798042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:49:50:10:10:0.166667:6:4:24:25:6:4:25:25 chr9 33798075 . T C 45.88 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0105629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.313;QD=3.33647;RBI=0.0105638;REFB=-0.00543933;REVB=-0.000136928;RO=47;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01025;STB=0.507228;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0175121;OID=.;OPOS=33798075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:47:47:8:8:0.145455:5:3:18:29:5:3:18:29 chr9 33917497 . AT AC,TA 262.13 PASS AF=0.488889,0.0888889;AO=13,3;DP=46;FAO=22,4;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=13,3;FSAR=9,1;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0353206,0.00994811;FXX=0.0217344;HRUN=1,6;LEN=1,2;MLLD=96.3711,34.3524;QD=23.3006;RBI=0.0394851,0.0270875;REFB=-0.00395802,0.00779105;REVB=-0.0176502,-0.0251946;RO=11;SAF=8,2;SAR=5,1;SRF=2;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.337523,0.502877;STB=0.670821,0.871407;STBP=0.029,0.282;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00266689,0.106664;OID=.,.;OPOS=33917498,33917497;OREF=T,AT;OALT=C,TA;OMAPALT=AC,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:11:19:13,3:22,4:0.488889,0.0888889:5,1:8,2:2:9:9,1:13,3:4:15 chr9 33927899 . G A 1244.78 PASS AF=0.965116;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0368796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.913;QD=57.8969;RBI=0.0467539;REFB=-0.21829;REVB=0.0287372;RO=3;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036856;STB=0.519476;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00330646;OID=.;OPOS=33927899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:85:86:3:3:82:83:0.965116:37:45:0:3:37:46:0:3 chr9 33935736 . A G 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.192;QD=59.1421;RBI=0.0529593;REFB=0;REVB=0.0528867;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165108;OID=.;OPOS=33935736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr9 33941759 . T C 335.84 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0213905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.744;QD=14.6019;RBI=0.0237996;REFB=-0.020567;REVB=0.0104341;RO=55;SAF=21;SAR=16;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11907;STB=0.567531;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0310399;OID=.;OPOS=33941759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:16:21:25:30:16:21:25:30 chr9 33971740 . A G 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00665922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.911;QD=22.1885;RBI=0.008079;REFB=-0.0185464;REVB=0.00457439;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194103;STB=0.608594;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0147159;OID=.;OPOS=33971740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:9:12:6:12:9:12:6:12 chr9 34017106 . C T 191.53 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0116194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.713;QD=22.5324;RBI=0.0196454;REFB=-0.000517367;REVB=-0.0158408;RO=15;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068284;STB=0.53842;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00138784;OID=.;OPOS=34017106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:14:5:5:10:14:5:5:10 chr9 34088022 . G GAAAGA 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458045;FXX=0;HRUN=0;LEN=5;MLLD=356.259;QD=35.5759;RBI=0.011082;REFB=0;REVB=0.0100911;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000127097;OID=.;OPOS=34088023;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=GAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:8:7:7:0:3:4:0:0:4:1:3:4:1:0 chr9 34107505 . C T 557.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.485;QD=60.2192;RBI=0.0362849;REFB=0;REVB=0.0344468;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127735;OID=.;OPOS=34107505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr9 34251943 . G C 649.9 PASS AF=0.977273;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0571265;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2054;QD=59.0814;RBI=0.0578393;REFB=0.100515;REVB=0.0090525;RO=1;SAF=24;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191513;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00403541;OID=.;OPOS=34251943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:41:43:0.977273:17:24:1:0:18:25:1:0 chr9 34252466 . GCTAACTAAC GCTAAC,GCTAACTATT 704.33 PASS AF=1,0;AO=41,2;DP=48;FAO=45,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000938705,-0.0219941;FXX=0.062487;HRUN=1,2;LEN=4,2;MLLD=278.568,115.678;QD=62.6073;RBI=0.00725414,0.0244368;REFB=0,0;REVB=0.00719314,-0.0106496;RO=0;SAF=12,0;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000190397,0;OID=.,.;OPOS=34252467,34252474;OREF=CTAA,AC;OALT=-,TT;OMAPALT=GCTAAC,GCTAACTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:41,2:48:45,0:45:0:16,0:29,0:0:0:4:0:12,0:29,2:0:0 chr9 34256347 . C T 463.6 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00651383;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.285;QD=52.983;RBI=0.0296765;REFB=-0.169421;REVB=0.0289528;RO=2;SAF=23;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245816;STB=0.513177;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00105041;OID=.;OPOS=34256347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:10:23:1:1:10:23:1:1 chr9 34310927 . T C 294.2 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.000134035;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.684;QD=17.3057;RBI=0.000161484;REFB=-0.0100319;REVB=-9.00652e-05;RO=36;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741462;STB=0.541484;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0124392;OID=.;OPOS=34310927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:36:32:32:0.470588:14:18:23:13:14:18:23:13 chr9 34370020 . T A 293.6 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0669132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.7536;QD=41.9427;RBI=0.0932023;REFB=-0.153827;REVB=0.064879;RO=4;SAF=11;SAR=13;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767789;STB=0.541632;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0736649;OID=.;OPOS=34370020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:28:28:4:4:24:24:0.857143:13:11:3:1:13:11:3:1 chr9 34371788 . A T 555.9 PASS AF=0.414474;AO=63;DP=151;FAO=63;FDP=152;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=-0.00384968;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.396;QD=14.629;RBI=0.0137291;REFB=-0.0288054;REVB=-0.0131784;RO=88;SAF=34;SAR=29;SRF=57;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114435;STB=0.559922;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0356709;OID=.;OPOS=34371788;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:88:89:63:63:0.414474:29:34:57:31:29:34:57:32 chr9 34372783 . G C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.326;QD=62.6708;RBI=0.0448786;REFB=0;REVB=0.0390915;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012159;OID=.;OPOS=34372783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr9 34372873 . C G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.051;QD=57.3857;RBI=0.00733194;REFB=0;REVB=0.000805458;RO=0;SAF=46;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40463e-05;OID=.;OPOS=34372873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:11:46:0:0:11:46:0:0 chr9 34382726 . A G 2187.36 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263754;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4789;QD=62.9457;RBI=0.0265534;REFB=0;REVB=0.00306881;RO=0;SAF=66;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113672;OID=.;OPOS=34382726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:136:139:1:70:66:0:0:72:67:0:0 chr9 34397545 . A G 321.73 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=16;FWDB=-0.0723384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4678;QD=12.3741;RBI=0.0746725;REFB=0.00432661;REVB=-0.0185243;RO=64;SAF=33;SAR=6;SRF=48;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171172;STB=0.596004;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00794499;OID=.;OPOS=34397545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:65:39:39:0.375:6:33:48:16:6:33:49:16 chr9 34521148 . G A 1012.07 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221807;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.659;QD=59.5338;RBI=0.0239988;REFB=0;REVB=0.00916278;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.93043e-05;OID=.;OPOS=34521148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr9 34521544 . G A 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0294148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1482;QD=16.4258;RBI=0.0311565;REFB=0.0324263;REVB=0.0102713;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160306;STB=0.593048;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.0293399;OID=.;OPOS=34521544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:7:4:6:5:7:4:6:5 chr9 34622389 . A C 512.87 PASS AF=0.902439;AO=36;DP=40;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0209509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4804;QD=50.0362;RBI=0.0252437;REFB=0.0250092;REVB=-0.014082;RO=4;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888889;STB=0.54543;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0207869;OID=.;OPOS=34622389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:40:41:4:4:36:37:0.902439:19:17:0:4:20:17:0:4 chr9 34723744 . C A 426.12 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0207158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4351;QD=34.7853;RBI=0.0603806;REFB=-0.00297903;REVB=0.0567157;RO=15;SAF=14;SAR=20;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106926;STB=0.558218;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00264104;OID=.;OPOS=34723744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:15:34:34:0.693878:20:14:9:6:20:14:9:6 chr9 34723935 . C T 97.49 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.026313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.378;QD=13.4464;RBI=0.0405845;REFB=-0.0253768;REVB=-0.0308986;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433444;STB=0.756412;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0674972;OID=.;OPOS=34723935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:7:5:14:2:7:5:15:2 chr9 34724241 . C A 281.6 PASS AF=0.373626;AO=29;DP=88;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00836108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.641;QD=12.3781;RBI=0.0184974;REFB=-0.02196;REVB=0.0164999;RO=59;SAF=14;SAR=15;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00942638;STB=0.550429;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0376198;OID=.;OPOS=34724241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:59:57:29:34:0.373626:15:14:28:31:20:14:28:29 chr9 34725047 . C T 147.04 PASS AF=0.265823;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00157116;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.229;QD=7.44507;RBI=0.0087347;REFB=0.000365368;REVB=0.00859223;RO=56;SAF=8;SAR=13;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18728;STB=0.600876;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00153143;OID=.;OPOS=34725047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:56:58:21:21:0.265823:13:8:30:26:13:8:30:28 chr9 34725069 . T A 31.8 PASS AF=0.102941;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00510568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8201;QD=1.87072;RBI=0.0308443;REFB=-0.00384726;REVB=-0.0304188;RO=60;SAF=4;SAR=3;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826562;STB=0.556799;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0430252;OID=.;OPOS=34725069;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:68:68:60:61:7:7:0.102941:3:4:30:30:3:4:31:30 chr9 34725742 . T C 123.36 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0179097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.511;QD=37.9573;RBI=0.0242816;REFB=-0.0618895;REVB=0.0163963;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526273;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00187902;OID=.;OPOS=34725742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:12:12:0.923077:3:9:0:0:3:9:1:0 chr9 34726418 . T C 85.64 PASS AF=0.178571;AO=15;DP=85;FAO=15;FDP=84;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=22;FWDB=-0.0130643;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1567;QD=4.07808;RBI=0.0176356;REFB=-0.0115736;REVB=-0.0118466;RO=68;SAF=11;SAR=4;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855951;STB=0.552051;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0487145;OID=.;OPOS=34726418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:85:84:68:69:15:15:0.178571:4:11:46:22:4:11:47:22 chr9 34726524 . G A 775.25 PASS AF=0.448087;AO=81;DP=182;FAO=82;FDP=183;FR=.;FRO=101;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=0.0241573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.125;QD=16.9453;RBI=0.0352965;REFB=-0.0185595;REVB=0.0257345;RO=101;SAF=43;SAR=38;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259093;STB=0.510741;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0292909;OID=.;OPOS=34726524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:101:101:81:82:0.448087:38:43:51:50:39:43:51:50 chr9 34728065 . G A 188.07 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0022142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.524;QD=20.332;RBI=0.015495;REFB=-0.0162443;REVB=-0.015336;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110883;STB=0.592924;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0146822;OID=.;OPOS=34728065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:16:18:19:19:0.513514:7:12:8:8:7:12:8:10 chr9 34729392 . A G 455.08 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0849681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.131;QD=18.023;RBI=0.0850334;REFB=-0.00467725;REVB=0.00333151;RO=53;SAF=32;SAR=16;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208781;STB=0.616389;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0079228;OID=.;OPOS=34729392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:16:32:24:29:16:32:24:29 chr9 34834494 . C T 350.64 PASS AF=0.305195;AO=47;DP=154;FAO=47;FDP=154;FR=.;FRO=107;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=64;FSRR=43;FWDB=0.0056001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.908;QD=9.10755;RBI=0.0316717;REFB=-0.0137794;REVB=-0.0311727;RO=105;SAF=24;SAR=23;SRF=63;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106628;STB=0.56095;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0361265;OID=.;OPOS=34834494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:105:107:47:47:0.305195:23:24:63:42:23:24:64:43 chr9 34835217 . C T 338.43 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0212057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.096;QD=12.5345;RBI=0.0240699;REFB=-0.0198739;REVB=-0.0113876;RO=67;SAF=18;SAR=23;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909497;STB=0.551808;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0339218;OID=.;OPOS=34835217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:67:67:41:41:0.37963:23:18:35:32:23:18:35:32 chr9 34835273 . A C 288.52 PASS AF=0.319328;AO=38;DP=119;FAO=38;FDP=119;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0219292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.405;QD=9.69829;RBI=0.0231272;REFB=-0.000873193;REVB=0.00734699;RO=76;SAF=18;SAR=20;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151799;STB=0.530488;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0015047;OID=.;OPOS=34835273;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:76:81:38:38:0.319328:20:18:37:39:20:18:42:39 chr9 34835573 . G A 900.22 PASS AF=0.502793;AO=90;DP=179;FAO=90;FDP=179;FR=.;FRO=89;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=0.0191059;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.255;QD=20.1166;RBI=0.0203248;REFB=-0.0127282;REVB=0.00693266;RO=89;SAF=49;SAR=41;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00466397;STB=0.502564;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0120522;OID=.;OPOS=34835573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:89:89:90:90:0.502793:41:49:48:41:41:49:48:41 chr9 34835861 . C G 654.85 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011299;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.675;QD=62.3665;RBI=0.0159696;REFB=0;REVB=0.0112854;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222057;OID=.;OPOS=34835861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr9 34978431 . G A 277.93 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0175147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.296;QD=13.725;RBI=0.0179907;REFB=-0.00358049;REVB=0.00411134;RO=47;SAF=13;SAR=19;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218311;STB=0.623113;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00830299;OID=.;OPOS=34978431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:49:32:32:0.395062:19:13:29:18:19:13:30:19 chr9 35043291 . G T 204.38 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0879415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9454;QD=15.1394;RBI=0.0879441;REFB=-0.0115867;REVB=0.000670287;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118363;STB=0.55551;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0121984;OID=.;OPOS=35043291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:28:30:23:24:0.444444:12:11:10:18:12:12:12:18 chr9 35044493 . T A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0159418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5346;QD=12.0157;RBI=0.0217848;REFB=0.0206856;REVB=0.0148472;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406329;STB=0.732802;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0132872;OID=.;OPOS=35044493;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:0:7:4:2:0:7 chr9 35062972 . C T 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0260395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.357;QD=24.9287;RBI=0.0262022;REFB=-0.00429524;REVB=0.00291509;RO=19;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872689;STB=0.548408;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00320528;OID=.;OPOS=35062972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:13:12:7:12:13:12:7:12 chr9 35089403 . G A 187.23 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0205563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0684;QD=20.2406;RBI=0.0627611;REFB=-0.0102913;REVB=0.0592992;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863395;STB=0.54854;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0177511;OID=.;OPOS=35089403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:7:12:13:5:7:12:13:5 chr9 35089432 . AG A 194.18 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.44302e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.7604;QD=32.3629;RBI=0.24726;REFB=-0.0246598;REVB=-0.24726;RO=1;SAF=11;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.285418;SSSB=-0.0397692;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00701146;OID=.;OPOS=35089433;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:20:24:24:0:14:10:0:0:3:1:11:5:1:0 chr9 35105257 . G A 463.31 PASS AF=0.384058;AO=53;DP=138;FAO=53;FDP=138;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=0.0026918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1741;QD=13.4292;RBI=0.00697909;REFB=-0.00543619;REVB=0.0064391;RO=84;SAF=31;SAR=22;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671588;STB=0.542032;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00723418;OID=.;OPOS=35105257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:84:85:53:53:0.384058:22:31:44:40:22:31:44:41 chr9 35107858 . C T 417.51 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210503;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.097;QD=53.8721;RBI=0.0226284;REFB=-0.0306511;REVB=0.00830245;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510197;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.000197356;OID=.;OPOS=35107858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:0:1:29:30:0.967742:6:23:0:0:6:24:1:0 chr9 35401993 . G A 402.78 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0135894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.68;QD=19.18;RBI=0.0176473;REFB=-0.00855327;REVB=-0.0112585;RO=43;SAF=24;SAR=17;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132514;STB=0.573725;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00684392;OID=.;OPOS=35401993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:17:24:19:24:17:24:19:24 chr9 35546735 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7712;QD=57.202;RBI=0.020184;REFB=0;REVB=-0.020154;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281205;OID=.;OPOS=35546735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr9 35559213 . C T 307.0 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0204111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.509;QD=24.0781;RBI=0.0216839;REFB=-0.0220703;REVB=-0.00731984;RO=21;SAF=19;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247277;STB=0.639905;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0130486;OID=.;OPOS=35559213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:21:21:29:30:0.588235:10:19:7:14:10:20:7:14 chr9 35606884 . G A 413.01 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00350476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.309;QD=24.2946;RBI=0.00738652;REFB=0.011441;REVB=0.0065021;RO=27;SAF=27;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374243;STB=0.514918;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00370338;OID=.;OPOS=35606884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:28:40:40:0.588235:13:27:17:10:13:27:18:10 chr9 35618523 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00647129;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.389;QD=16.8229;RBI=0.0248454;REFB=-0.0189418;REVB=-0.0239879;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275355;STB=0.666109;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0149044;OID=.;OPOS=35618523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:1:6:3:2:1:6:3:2 chr9 35660990 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.101;QD=62.3493;RBI=0.0131149;REFB=0;REVB=0.00672984;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15836e-05;OID=.;OPOS=35660990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr9 35662251 . T C,G 896.04 PASS AF=0.983871,0.016129;AO=58,4;DP=62;FAO=61,1;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=40,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025698,-0.0944243;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.0795,48.8574;QD=57.809;RBI=0.0306751,0.100989;REFB=0,0;REVB=0.0167503,-0.0358162;RO=0;SAF=18,3;SAR=40,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00027319,0.10749;OID=.,.;OPOS=35662251,35662251;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:62:62:0:0:58,4:61,1:0.983871,0.016129:40,1:18,3:0:0:40,1:21,0:0:0 chr9 35705759 . G A 697.34 PASS AF=0.522727;AO=68;DP=131;FAO=69;FDP=132;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0337553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.417;QD=21.1314;RBI=0.0338457;REFB=-0.00746737;REVB=0.00247214;RO=63;SAF=29;SAR=39;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154107;STB=0.580029;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00485953;OID=.;OPOS=35705759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:63:63:68:69:0.522727:39:29:38:25:39:30:38:25 chr9 35712003 . G A 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0356072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.623;QD=23.3998;RBI=0.0365921;REFB=-0.0209843;REVB=0.00843278;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141139;STB=0.581188;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00701059;OID=.;OPOS=35712003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:2:1:5:3:2:1 chr9 35732997 . C T 638.21 PASS AF=0.442953;AO=66;DP=149;FAO=66;FDP=149;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.00198649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.74;QD=17.1331;RBI=0.00450332;REFB=-0.00992065;REVB=-0.0040415;RO=83;SAF=34;SAR=32;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452128;STB=0.525196;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0130453;OID=.;OPOS=35732997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:83:83:66:66:0.442953:32:34:39:44:32:34:39:44 chr9 35753170 . C A 438.37 PASS AF=0.640625;AO=41;DP=64;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0218858;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.792;QD=27.3983;RBI=0.0222523;REFB=-0.0157692;REVB=0.00402223;RO=23;SAF=27;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154816;STB=0.584561;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00915477;OID=.;OPOS=35753170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:23:23:41:41:0.640625:14:27:10:13:14:27:10:13 chr9 35841783 . G A 471.9 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0763443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.46;QD=55.5175;RBI=0.0845208;REFB=-0.179834;REVB=0.0362672;RO=1;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207543;STB=0.510632;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0103545;OID=.;OPOS=35841783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:22:10:0:1:23:10:0:1 chr9 35870001 . T C 176.78 PASS AF=0.68;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0482974;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3099;QD=28.2841;RBI=0.0498842;REFB=-0.00742801;REVB=-0.012482;RO=8;SAF=4;SAR=13;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104269;STB=0.55821;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00142654;OID=.;OPOS=35870001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:26:25:8:8:17:17:0.68:13:4:3:5:13:4:3:5 chr9 35906519 . G A 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0230693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.4;QD=22.5341;RBI=0.0258068;REFB=-0.0115457;REVB=0.0115672;RO=24;SAF=11;SAR=21;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266064;STB=0.514697;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0123432;OID=.;OPOS=35906519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:21:11:9:15:21:11:9:15 chr9 36066899 . T C 698.83 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000880191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.451;QD=54.8104;RBI=0.0612501;REFB=-0.0385002;REVB=0.0612438;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000626938;OID=.;OPOS=36066899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:23:27:0:0:23:27:0:1 chr9 36085307 . C T 545.13 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0781525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.745;QD=57.3822;RBI=0.0800319;REFB=-0.106583;REVB=0.0172425;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021769;STB=0.511105;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00475868;OID=.;OPOS=36085307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:36:37:0.973684:15:21:1:0:15:22:1:0 chr9 36087876 . G A 1533.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.807;QD=63.2364;RBI=0.102328;REFB=0;REVB=0.00939046;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403522;OID=.;OPOS=36087876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:97:0:0:92:97:1:50:42:0:0:50:47:0:0 chr9 36087944 . C T 317.56 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00223183;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.233;QD=20.1628;RBI=0.0180958;REFB=-0.00120377;REVB=-0.0179576;RO=30;SAF=16;SAR=17;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101903;STB=0.556488;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.000931223;OID=.;OPOS=36087944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:30:30:33:33:0.52381:17:16:11:19:17:16:11:19 chr9 36169598 . T C 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.383;QD=58.6485;RBI=0.0497491;REFB=-0.00192126;REVB=0.0368808;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022873;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000432492;OID=.;OPOS=36169598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:20:20:1:0:20:20:1:0 chr9 36674842 . C T 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0106775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.202;QD=24.493;RBI=0.0490987;REFB=-0.007305;REVB=-0.0479237;RO=15;SAF=17;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3188;STB=0.679808;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00396313;OID=.;OPOS=36674842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:4:17:7:8:4:17:7:8 chr9 36840623 . G A 552.78 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0535538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.323;QD=53.9299;RBI=0.0901679;REFB=-0.197362;REVB=0.0725413;RO=3;SAF=13;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484604;STB=0.507439;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00687471;OID=.;OPOS=36840623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:41:3:2:38:39:0.95122:25:13:2:1:25:14:1:1 chr9 37357056 . AG AC,A 63.49 PASS AF=0.0769231,0.211538;AO=3,16;DP=52;FAO=4,11;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=0,2;FSAR=4,9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0419656,-0.0865467;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=125.38,12.3362;QD=4.88386;RBI=0.0662445,0.216969;REFB=-0.00272162,-0.12031;REVB=-0.0512565,-0.198961;RO=22;SAF=0,2;SAR=3,14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0.475325;SSEP=0,0;SSSB=-0.602032,-0.513009;STB=0.997569,0.804878;STBP=0.02,0.043;TYPE=snp,del;VARB=0.195733,0.082188;OID=.,.;OPOS=37357057,37357057;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0769231,0.211538:3,16:52:4,11:52:37:0,2:4,9:21:16:40:22:0,2:3,14:12:10 chr9 37429814 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0520867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.833;QD=52.6131;RBI=0.0521138;REFB=0;REVB=0.00167825;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000335852;OID=.;OPOS=37429814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:20:2:0:0:20:2:0:0 chr9 37439785 . G GAAAC 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.000913314;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=314.362;QD=14.3343;RBI=0.0109858;REFB=-0.0221208;REVB=0.0109478;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498364;STB=0.529346;STBP=0.781;TYPE=ins;VARB=0.0195971;OID=.;OPOS=37439786;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=GAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:9:19:9:19:10:4:5:5:5:67:10:4:5:5:5 chr9 37441808 . A G 619.67 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216868;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.353;QD=61.9665;RBI=0.0217228;REFB=0;REVB=-0.00124927;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165665;OID=.;OPOS=37441808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr9 37492367 . C T 1525.73 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00952897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.86;QD=59.8325;RBI=0.0253577;REFB=0;REVB=-0.0234991;RO=0;SAF=57;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70799e-05;OID=.;OPOS=37492367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:44:57:0:0:45:57:0:0 chr9 37492679 . G T 1572.92 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.061;QD=59.9209;RBI=0.0281293;REFB=0;REVB=0.00297316;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26099e-05;OID=.;OPOS=37492679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:44:61:0:0:44:61:0:0 chr9 37493588 . C T 792.27 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0130712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.199;QD=53.7132;RBI=0.0404284;REFB=-0.0245682;REVB=0.038257;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184904;STB=0.519224;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=6.24243e-05;OID=.;OPOS=37493588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:57:57:0.966102:25:32:0:1:25:32:0:2 chr9 37500895 . T C 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.168;QD=60.6018;RBI=0.0113217;REFB=0;REVB=-0.00236538;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142991;OID=.;OPOS=37500895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr9 37501844 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.083;QD=52.6131;RBI=0.045924;REFB=0;REVB=-0.017276;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74094e-05;OID=.;OPOS=37501844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr9 37503087 . G A 1137.89 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00139167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8439;QD=59.1112;RBI=0.0894248;REFB=-0.129215;REVB=0.0894139;RO=1;SAF=42;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111346;STB=0.505881;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00240317;OID=.;OPOS=37503087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:34:42:1:0:34:42:1:0 chr9 37503124 . G A 851.04 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7864;QD=57.6974;RBI=0.0772594;REFB=0;REVB=0.0205094;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811616;OID=.;OPOS=37503124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:23:35:0:0:23:36:0:0 chr9 37707441 . G A 148.64 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0273678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.091;QD=10.8099;RBI=0.0317829;REFB=-0.0138535;REVB=-0.0161604;RO=36;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188199;STB=0.587694;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0177099;OID=.;OPOS=37707441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:36:36:18:19:0.345455:7:11:16:20:8:11:16:20 chr9 37740439 . C T 385.18 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0135906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.463;QD=20.5428;RBI=0.0168178;REFB=-0.00460159;REVB=-0.00990619;RO=36;SAF=21;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574403;STB=0.531811;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00513012;OID=.;OPOS=37740439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:18:21:17:19:18:21:17:19 chr9 37740637 . T C 200.95 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0290058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.455;QD=11.8203;RBI=0.0291186;REFB=-0.0064377;REVB=-0.0025607;RO=43;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532787;STB=0.530781;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0108452;OID=.;OPOS=37740637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:11:14:22:21:11:14:22:21 chr9 37782111 . C T 152.07 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00656916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1142;QD=13.2233;RBI=0.0270436;REFB=0.00508322;REVB=-0.0262337;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107954;STB=0.563266;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0117523;OID=.;OPOS=37782111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:11:6:13:16:11:6:13:16 chr9 37888101 . C T 528.37 PASS AF=0.526316;AO=49;DP=93;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0107283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.051;QD=22.2471;RBI=0.0164278;REFB=0.000873618;REVB=0.0124409;RO=42;SAF=23;SAR=26;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854066;STB=0.545207;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00113445;OID=.;OPOS=37888101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:42:45:49:50:0.526316:26:23:24:18:27:23:25:20 chr9 37974743 . T C 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.424;QD=62.7617;RBI=0.0189585;REFB=0;REVB=0.0155135;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38339e-05;OID=.;OPOS=37974743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:47:42:0:0:47:42:0:0 chr9 38395928 . C T 391.66 PASS AF=0.534247;AO=38;DP=74;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.000326811;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.938;QD=21.4607;RBI=0.0269075;REFB=0.0122263;REVB=0.0269055;RO=33;SAF=22;SAR=16;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130276;STB=0.583056;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00916215;OID=.;OPOS=38395928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:33:34:38:39:0.534247:16:22:14:19:16:23:14:20 chr9 38395940 . TG CG,TC 1076.07 PASS AF=0.878378,0.108108;AO=58,8;DP=72;FAO=65,8;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37,1;FSAR=28,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482487,-0.0316387;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=68.551,44.8312;QD=58.1657;RBI=0.10711,0.0598708;REFB=0,0;REVB=0.0956277,0.0508282;RO=0;SAF=37,1;SAR=21,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.3149e-08,-4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000698561,0.075612;OID=.,.;OPOS=38395940,38395941;OREF=T,G;OALT=C,C;OMAPALT=CG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:72:74:0:0:58,8:65,8:0.878378,0.108108:21,7:37,1:0:0:28,7:37,1:0:0 chr9 38396002 . C T 276.71 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0333709;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.164;QD=18.1451;RBI=0.0349187;REFB=-0.00721172;REVB=-0.010281;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156619;STB=0.525147;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0148407;OID=.;OPOS=38396002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:29:30:0.491803:14:15:15:15:14:16:15:16 chr9 38396502 . G A 771.85 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0300642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.215;QD=55.1322;RBI=0.0327051;REFB=-0.149381;REVB=0.012875;RO=1;SAF=25;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184819;STB=0.5098;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00241308;OID=.;OPOS=38396502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:1:1:55:55:0.982143:30:25:1:0:30:25:1:0 chr9 38398150 . G C 427.15 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0024535;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.109;QD=24.7624;RBI=0.00497381;REFB=-0.0129867;REVB=0.00432656;RO=28;SAF=22;SAR=19;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161532;STB=0.588152;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00792209;OID=.;OPOS=38398150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:19:22:21:7:19:22:21:7 chr9 38528531 . T C 380.61 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00322131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.15;QD=16.9161;RBI=0.0039861;REFB=-0.0104018;REVB=0.0023478;RO=50;SAF=23;SAR=17;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946164;STB=0.553105;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0137331;OID=.;OPOS=38528531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:17:23:24:26:17:23:24:26 chr9 38572051 . C A 490.65 PASS AF=0.432;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.00827067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.989;QD=15.7008;RBI=0.00908197;REFB=0.00174961;REVB=-0.00375209;RO=68;SAF=25;SAR=29;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138944;STB=0.564745;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.002736;OID=.;OPOS=38572051;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:71:54:54:0.432:29:25:41:27:29:25:41:30 chr9 38593864 . TAA TA,TAT,TTA 601.67 PASS AF=0.843373,0,0;AO=44,4,4;DP=79;FAO=70,0,0;FDP=83;FR=.;FRO=13;FSAF=14,0,0;FSAR=56,0,0;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.16799,-0.119582,0.0697585;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=13.6586,27.7956,9.05598;QD=28.996;RBI=0.292501,0.152246,0.132617;REFB=-0.1941,0.0154289,-0.146179;REVB=0.23945,0.094228,0.112788;RO=21;SAF=0,3,0;SAR=44,1,4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.875709,0.269533,-0.651925;STB=0.60523,0.5,0.5;STBP=0,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0896427,0,0;OID=.,.,.;OPOS=38593865,38593866,38593865;OREF=A,A,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=TA,TAT,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.843373,0,0:44,4,4:79:70,0,0:83:13:14,0,0:56,0,0:9:4:32:21:0,3,0:44,1,4:11:10 chr9 39103743 . C T 263.87 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.012982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.852;QD=15.2966;RBI=0.0181976;REFB=0.00450722;REVB=0.0127523;RO=39;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766818;STB=0.543255;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00521337;OID=.;OPOS=39103743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:17:13:14:25:17:13:14:25 chr9 39118108 . C T 71.64 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0212594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9818;QD=19.1045;RBI=0.0320823;REFB=0.00915883;REVB=-0.0240274;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102872;STB=0.559859;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00927756;OID=.;OPOS=39118108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:2:7:4:2:2:7:4:2 chr9 39118196 . C A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.033611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9438;QD=13.5052;RBI=0.0430145;REFB=0.00222048;REVB=0.0268431;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201953;STB=0.618844;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-7.6409e-05;OID=.;OPOS=39118196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:9:8:8:4:9:8 chr9 39118205 . G T 97.9 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0295649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.042;QD=13.5031;RBI=0.0535914;REFB=0.00832616;REVB=0.0446986;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201953;STB=0.618844;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0174233;OID=.;OPOS=39118205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:9:8:8:4:9:8 chr9 39118207 . A G 97.15 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0278532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0641;QD=13.3994;RBI=0.0314171;REFB=0.0125622;REVB=-0.0145339;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201953;STB=0.618844;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0168719;OID=.;OPOS=39118207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:9:8:8:4:9:8 chr9 39287976 . C T 223.49 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00840909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.204;QD=34.3828;RBI=0.015374;REFB=-0.0253181;REVB=-0.0128704;RO=6;SAF=4;SAR=16;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824572;STB=0.545407;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00608104;OID=.;OPOS=39287976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:16:4:2:4:16:4:2:4 chr9 40774051 . T A 195.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00215077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.44;QD=12.6186;RBI=0.0195201;REFB=-0.016806;REVB=-0.0194012;RO=38;SAF=11;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100217;STB=0.557593;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0227458;OID=.;OPOS=40774051;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:13:11:21:17:13:11:21:17 chr9 40784183 . A G 857.75 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.716;QD=57.1836;RBI=0.0497847;REFB=0;REVB=0.0078745;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82835e-05;OID=.;OPOS=40784183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:37:19:0:0:39:21:0:0 chr9 43822686 . C A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0174624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.232;QD=12.8606;RBI=0.0442559;REFB=-0.0273496;REVB=0.0406651;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162992;STB=0.599679;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0395479;OID=.;OPOS=43822686;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:6:2:1:6:6:2 chr9 43822704 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0280552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.243;QD=12.8606;RBI=0.0582119;REFB=0.00606295;REVB=0.0510052;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197466;STB=0.599679;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00068565;OID=.;OPOS=43822704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:1:6:5:2:1:6:6:2 chr9 43822762 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0242697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.557;QD=10.0339;RBI=0.0401349;REFB=-6.07795e-05;REVB=-0.0319655;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158244;STB=0.571121;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00149806;OID=.;OPOS=43822762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:1:4:4:2:1:4:5:2 chr9 43849812 . T G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0235058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.584;QD=11.1041;RBI=0.031733;REFB=-0.00332534;REVB=-0.0213181;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.666558;STB=0.894549;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00676907;OID=.;OPOS=43849812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:1:6:1:9:1:6:1:9 chr9 43849817 . A G 47.2 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0951215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0561;QD=11.1052;RBI=0.117164;REFB=0.0395303;REVB=0.068405;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.597519;STB=0.894549;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0311185;OID=.;OPOS=43849817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:10:7:7:0.411765:1:6:1:6:1:6:1:9 chr9 66457018 . C T 50.67 PASS AF=0.5;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0203735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5929;QD=12.6663;RBI=0.037417;REFB=-0.0093127;REVB=0.031384;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387836;STB=0.734774;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0135649;OID=.;OPOS=66457018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:16:16:8:8:7:8:0.5:4:3:7:1:5:3:7:1 chr9 66457027 . T A 34.21 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=16;FAO=5;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00916154;FXX=0.187383;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.901;QD=10.5255;RBI=0.0257555;REFB=-0.00303468;REVB=-0.024071;RO=8;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430337;STB=0.77305;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0166615;OID=.;OPOS=66457027;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:16:13:8:8:5:5:0.384615:1:4:3:5:1:4:3:5 chr9 66457051 . G C 34.82 PASS AF=0.357143;AO=4;DP=17;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0765874;FXX=0.222099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9392;QD=9.94807;RBI=0.085668;REFB=-0.0144109;REVB=0.0383846;RO=9;SAF=4;SAR=0;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.738373;STB=0.7988;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.037311;OID=.;OPOS=66457051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:17:14:9:9:4:5:0.357143:0:4:3:6:1:4:3:6 chr9 66457076 . T C 66.69 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0214277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1258;QD=12.7027;RBI=0.0234185;REFB=0.00104194;REVB=0.0094488;RO=12;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.633208;STB=0.878247;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00690113;OID=.;OPOS=66457076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:1:8:3:9:1:8:3:9 chr9 66457127 . G A 33.43 PASS AF=0.148148;AO=4;DP=28;FAO=4;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0255115;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.905;QD=4.95272;RBI=0.0371123;REFB=-0.0141666;REVB=-0.0269534;RO=20;SAF=2;SAR=2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057016;STB=0.5199;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0681614;OID=.;OPOS=66457127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:28:27:20:21:4:4:0.148148:2:2:11:9:2:2:11:10 chr9 66457161 . A G 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0317542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.6486;QD=7.32296;RBI=0.0407862;REFB=-0.00888289;REVB=0.0255966;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30002;STB=0.666111;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0395268;OID=.;OPOS=66457161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:13:14:6:6:0.3:2:4:5:8:2:4:6:8 chr9 66457451 . T C 75.83 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0224308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.803;QD=5.8328;RBI=0.0302904;REFB=-0.002098;REVB=-0.020356;RO=41;SAF=2;SAR=9;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553949;STB=0.849578;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00404397;OID=.;OPOS=66457451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:9:2:27:14:9:2:27:14 chr9 66457465 . T G 59.38 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00464549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.689;QD=5.39801;RBI=0.019008;REFB=-0.00195331;REVB=-0.0184316;RO=35;SAF=4;SAR=5;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291311;STB=0.685903;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0173431;OID=.;OPOS=66457465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:5:4:24:11:5:4:24:11 chr9 66457467 . GTTTTTTTC GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT 252.24 PASS AF=0.567568,0.243243,0.189189;AO=10,5,8;DP=41;FAO=21,9,7;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14,5,4;FSAR=7,4,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.287067,-0.0180826,-0.164204;FXX=0.0975372;HRUN=7,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=8.58327,21.7965,25.8792;QD=27.2696;RBI=0.287237,0.101636,0.182076;REFB=-0.0603332,0.0107104,0.054539;REVB=0.00989096,-0.100014,-0.0786689;RO=7;SAF=9,2,6;SAR=1,3,2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.394541,-0.15966,0.168179;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00925063,0.0628492,0.0942264;OID=.,.,.;OPOS=66457468,66457475,66457475;OREF=T,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.567568,0.243243,0.189189:10,5,8:41:21,9,7:37:0:14,5,4:7,4,3:0:0:42:7:9,2,6:1,3,2:4:3 chr9 66457480 . G A 39.94 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0396622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6406;QD=3.19516;RBI=0.0968211;REFB=0.00433791;REVB=0.0883246;RO=43;SAF=2;SAR=5;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345948;STB=0.745183;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.018573;OID=.;OPOS=66457480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:50:50:43:43:7:7:0.14:5:2:25:18:5:2:25:18 chr9 66457498 . G T 33.0 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0115744;FXX=0.0746157;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.528;QD=2.12899;RBI=0.0369453;REFB=-0.00294041;REVB=-0.0350854;RO=55;SAF=3;SAR=4;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199195;STB=0.648245;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0286899;OID=.;OPOS=66457498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:62:55:55:7:7:0.112903:4:3:33:22:4:3:33:22 chr9 66457549 . A T 55.88 PASS AF=0.121212;AO=11;DP=107;FAO=12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=30;FWDB=-0.00756916;FXX=0.0833256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.775;QD=2.25764;RBI=0.0430391;REFB=-0.00823373;REVB=-0.0423683;RO=86;SAF=5;SAR=6;SRF=56;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23774;STB=0.636153;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0422139;OID=.;OPOS=66457549;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:107:99:86:87:11:12:0.121212:6:5:56:30:6:6:57:30 chr9 66457585 . G T 99.47 PASS AF=0.178947;AO=17;DP=97;FAO=17;FDP=95;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=26;FWDB=-0.0378406;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.217;QD=4.18801;RBI=0.0465217;REFB=-0.0106997;REVB=0.0270621;RO=80;SAF=8;SAR=9;SRF=54;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259432;STB=0.658366;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.033495;OID=.;OPOS=66457585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:80:78:17:17:0.178947:9:8:54:26:9:8:52:26 chr9 66457588 . T C 195.72 PASS AF=0.288889;AO=27;DP=91;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.0142064;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3017;QD=8.6987;RBI=0.0181887;REFB=-0.00728708;REVB=0.0113582;RO=62;SAF=20;SAR=7;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134471;STB=0.624896;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.036126;OID=.;OPOS=66457588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:62:64:27:26:0.288889:7:20:40:22:6:20:40:24 chr9 66457593 . CA AG,CG 853.83 PASS AF=0,0.885714;AO=4,60;DP=76;FAO=0,62;FDP=70;FR=.;FRO=8;FSAF=0,44;FSAR=0,18;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0108142,-0.0128675;FXX=0.11391;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=171.973,218.873;QD=48.7905;RBI=0.0135736,0.0218153;REFB=-0.0438854,-0.048052;REVB=-0.00820341,0.0176163;RO=8;SAF=4,43;SAR=0,17;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.67854,0.0246361;STB=0.5,0.511624;STBP=1,0.663;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00547462;OID=.,.;OPOS=66457593,66457594;OREF=CA,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:76:70:8:8:4,60:0,62:0,0.885714:0,17:4,43:5:3:0,18:0,44:5:3 chr9 66457652 . C T 124.11 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.135407;FXX=0.065563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.166;QD=8.70974;RBI=0.136499;REFB=-0.0151196;REVB=-0.0172282;RO=37;SAF=9;SAR=8;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205216;STB=0.603658;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0263235;OID=.;OPOS=66457652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:57:37:40:17:17:0.298246:8:9:26:11:8:9:27:13 chr9 66458150 . C T 48.35 PASS AF=0.0984848;AO=13;DP=131;FAO=13;FDP=132;FR=.;FRO=119;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=69;FSRR=50;FWDB=-0.0294427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.751;QD=1.46516;RBI=0.0301526;REFB=-0.00407661;REVB=-0.00650417;RO=117;SAF=10;SAR=3;SRF=68;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243697;STB=0.690688;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0291438;OID=.;OPOS=66458150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:131:132:117:119:13:13:0.0984848:3:10:68:49:3:10:69:50 chr9 66458195 . TC GA,GC 89.62 PASS AF=0.0387597,0.116279;AO=5,15;DP=127;FAO=5,15;FDP=129;FR=.;FRO=109;FSAF=2,6;FSAR=3,9;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=-0.0352624,-0.0479409;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=176.056,58.3982;QD=2.7789;RBI=0.0450392,0.0479448;REFB=-0.00120099,0.00217842;REVB=0.0280196,-0.00061332;RO=105;SAF=2,6;SAR=3,9;SRF=57;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.125623,-0.175209;STB=0.632697,0.622841;STBP=0.65,0.337;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0116788,-0.0232382;OID=.,.;OPOS=66458195,66458195;OREF=TC,T;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:64:127:129:105:109:5,15:5,15:0.0387597,0.116279:3,9:2,6:57:48:3,9:2,6:59:50 chr9 66458231 . GCC GC,GCG 885.29 PASS AF=0.839506,0.0493827;AO=64,5;DP=81;FAO=68,4;FDP=81;FR=.;FRO=9;FSAF=37,0;FSAR=31,4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0376957,-0.00392293;FXX=0.0581328;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.1763,12.2227;QD=43.7181;RBI=0.0427589,0.0113746;REFB=-0.0998195,-0.0894278;REVB=0.020183,0.0106767;RO=10;SAF=36,0;SAR=28,5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00967945,-0.745952;STB=0.514469,0.99731;STBP=0.521,0.018;TYPE=del,snp;VARB=0.0136553,-0.0088983;OID=.,.;OPOS=66458232,66458233;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.839506,0.0493827:64,5:81:68,4:81:9:37,0:31,4:6:3:36:10:36,0:28,5:6:4 chr9 66458238 . G A 55.34 PASS AF=0.139241;AO=11;DP=84;FAO=11;FDP=79;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0147583;FXX=0.0595167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3177;QD=2.80183;RBI=0.0170462;REFB=-0.00486492;REVB=-0.00853036;RO=66;SAF=6;SAR=5;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188819;STB=0.501158;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0629915;OID=.;OPOS=66458238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:84:79:66:68:11:11:0.139241:5:6:37:29:5:6:37:31 chr9 66499336 . A C 31.53 PASS AF=0.102941;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0400274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.76;QD=1.85457;RBI=0.0401213;REFB=-0.000343712;REVB=-0.00274406;RO=61;SAF=3;SAR=4;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11041;STB=0.585531;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00247939;OID=.;OPOS=66499336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:68:68:61:61:7:7:0.102941:4:3:32:29:4:3:32:29 chr9 66499356 . G A 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0267546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.631;QD=2.84351;RBI=0.0422729;REFB=0.00133462;REVB=-0.032729;RO=40;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588595;STB=0.543335;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00830902;OID=.;OPOS=66499356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:3:3:22:18:3:3:22:18 chr9 68415322 . A G 76.41 PASS AF=0.130769;AO=17;DP=130;FAO=17;FDP=130;FR=.;FRO=113;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=62;FSRR=51;FWDB=-0.0421848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.732;QD=2.35096;RBI=0.042663;REFB=-0.00410198;REVB=0.00636985;RO=113;SAF=6;SAR=11;SRF=62;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241624;STB=0.667663;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0262033;OID=.;OPOS=68415322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:130:130:113:113:17:17:0.130769:11:6:62:51:11:6:62:51 chr9 68415338 . A C 180.27 PASS AF=0.239316;AO=28;DP=117;FAO=28;FDP=117;FR=.;FRO=89;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.0333288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0312;QD=6.163;RBI=0.0344805;REFB=0.00370292;REVB=-0.00883739;RO=89;SAF=13;SAR=15;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795205;STB=0.548412;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.01386;OID=.;OPOS=68415338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:89:89:28:28:0.239316:15:13:47:42:15:13:47:42 chr9 68415353 . T G 68.29 PASS AF=0.12931;AO=15;DP=116;FAO=15;FDP=116;FR=.;FRO=101;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=60;FSRR=41;FWDB=-0.0231691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.254;QD=2.35477;RBI=0.0231693;REFB=-8.70482e-05;REVB=9.03018e-05;RO=101;SAF=1;SAR=14;SRF=60;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.63359;STB=0.938935;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000339495;OID=.;OPOS=68415353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:116:116:101:101:15:15:0.12931:14:1:60:41:14:1:60:41 chr9 68415366 . A T 78.81 PASS AF=0.144144;AO=16;DP=110;FAO=16;FDP=111;FR=.;FRO=95;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=0.0101079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.599;QD=2.84003;RBI=0.0130484;REFB=-0.00240651;REVB=-0.00825173;RO=93;SAF=12;SAR=4;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350911;STB=0.746297;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0148168;OID=.;OPOS=68415366;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:110:111:93:95:16:16:0.144144:4:12:44:49:4:12:44:51 chr9 68415386 . G A 104.74 PASS AF=0.202381;AO=17;DP=84;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0516133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8386;QD=4.98741;RBI=0.054317;REFB=-0.0122836;REVB=-0.0169234;RO=67;SAF=11;SAR=6;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231191;STB=0.646886;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0293694;OID=.;OPOS=68415386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:67:67:17:17:0.202381:6:11:31:36:6:11:31:36 chr9 68415388 . A T 703.9 PASS AF=0.725;AO=58;DP=79;FAO=58;FDP=80;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00981422;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.249;QD=35.1951;RBI=0.0142496;REFB=-0.0415234;REVB=0.0103312;RO=20;SAF=27;SAR=31;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878612;STB=0.546886;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0102307;OID=.;OPOS=68415388;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:20:22:58:58:0.725:31:27:13:7:31:27:14:8 chr9 69002294 . C T 96.17 PASS AF=0.375;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0072312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.668;QD=12.0216;RBI=0.0161755;REFB=-0.00965189;REVB=-0.0144692;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206902;STB=0.59985;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0117501;OID=.;OPOS=69002294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:11:12:0.375:4:7:16:4:4:8:16:4 chr9 69002304 . C G 84.31 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.00334913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0234;QD=10.5382;RBI=0.0306404;REFB=0.00341196;REVB=0.0304568;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30818;STB=0.680197;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00119347;OID=.;OPOS=69002304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:17:4:5:6:17:4 chr9 69002317 . T C 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00399656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.009;QD=13.2118;RBI=0.00818567;REFB=-0.0164291;REVB=-0.00714372;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225438;STB=0.630085;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0114212;OID=.;OPOS=69002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:17:5:6:8:17:5 chr9 70999315 . T C 291.79 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0204486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.64;QD=17.1639;RBI=0.0212261;REFB=-0.00531801;REVB=-0.00569229;RO=36;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171894;STB=0.602743;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00746418;OID=.;OPOS=70999315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:36:31:32:0.470588:17:14:10:26:17:15:10:26 chr9 71396239 . C T 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0132267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.768;QD=18.4981;RBI=0.0240088;REFB=-0.0101794;REVB=-0.0200369;RO=27;SAF=8;SAR=19;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305899;STB=0.671722;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00774167;OID=.;OPOS=71396239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:19:8:17:10:19:8:17:10 chr9 71396746 . A G,T 527.28 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=34,2;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647195,-0.0327173;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.393,192.518;QD=58.5869;RBI=0.0650569,0.0375447;REFB=0,0;REVB=0.006617,-0.018417;RO=0;SAF=18,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00124078,0.028767;OID=.,.;OPOS=71396746,71396746;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:34,2:34,2:0.944444,0.0555556:16,2:18,0:0:0:16,2:18,0:0:0 chr9 71397734 . A G 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5081;QD=60.2265;RBI=0.024326;REFB=0;REVB=0.0242715;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172366;OID=.;OPOS=71397734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr9 71397747 . T C 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0173932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0337;QD=8.69137;RBI=0.0210841;REFB=-0.00430255;REVB=0.0119171;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097172;STB=0.559852;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0192308;OID=.;OPOS=71397747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:4:4:7:10:4:4:7:10 chr9 71628207 . G C 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0169862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.245;QD=15.7844;RBI=0.0235482;REFB=-0.0120703;REVB=0.016309;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253949;STB=0.644971;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00743414;OID=.;OPOS=71628207;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:4:13:7:7:4:13 chr9 71843023 . C A 823.62 PASS AF=0.96875;AO=56;DP=61;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0218784;FXX=0.0153822;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.5835;QD=51.4763;RBI=0.0826859;REFB=-0.132263;REVB=0.0797389;RO=4;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553746;STB=0.512816;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0121804;OID=.;OPOS=71843023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:64:4:2:56:62:0.96875:32:24:0:4:38:24:0:2 chr9 71986315 . T C 239.55 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00548858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.941;QD=11.9775;RBI=0.00616929;REFB=-0.0104118;REVB=0.00281702;RO=51;SAF=17;SAR=12;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854909;STB=0.549311;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0255311;OID=.;OPOS=71986315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:12:17:26:25:12:17:26:25 chr9 72002911 . T TGTTATA 446.03 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.00607958;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=6;MLLD=340.958;QD=15.1196;RBI=0.00671883;REFB=0.0008891;REVB=0.00286031;RO=67;SAF=21;SAR=29;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105116;STB=0.563369;STBP=0.246;TYPE=ins;VARB=-0.0011377;OID=.;OPOS=72002912;OREF=-;OALT=GTTATA;OMAPALT=TGTTATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423729:50:118:50:118:68:21:29:36:32:99:67:21:29:35:32 chr9 72131577 . A C 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.271;QD=55.092;RBI=0.0484208;REFB=0;REVB=-0.0305017;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000476575;OID=.;OPOS=72131577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr9 72373624 . A G 2216.69 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.06;QD=63.334;RBI=0.0118383;REFB=0;REVB=0.00100342;RO=0;SAF=64;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38164e-05;OID=.;OPOS=72373624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:138:140:1:74:64:0:0:74:66:0:0 chr9 72472831 . C T 1860.98 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468975;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.309;QD=61.52;RBI=0.0124396;REFB=0;REVB=-0.0115217;RO=0;SAF=77;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44325e-05;OID=.;OPOS=72472831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:44:77:0:0:44:77:0:0 chr9 72741247 . C T 157.06 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00868535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2524;QD=9.66545;RBI=0.0234442;REFB=-0.01761;REVB=-0.0217761;RO=44;SAF=11;SAR=10;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249554;STB=0.514692;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0303309;OID=.;OPOS=72741247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:10:11:24:20:10:11:24:20 chr9 72741298 . G A 170.6 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0257244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.424;QD=10.832;RBI=0.0273923;REFB=-0.011142;REVB=0.00941245;RO=41;SAF=11;SAR=11;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122806;STB=0.571365;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0194984;OID=.;OPOS=72741298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:11:11:25:16:11:11:25:16 chr9 72741312 . G A 871.25 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.006717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7346;QD=56.2099;RBI=0.0268023;REFB=0.066614;REVB=0.025947;RO=1;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185059;STB=0.509801;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000817639;OID=.;OPOS=72741312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:25:36:0:1:25:36:0:1 chr9 72755128 . TAAA T 128.9 PASS AF=0.415094;AO=20;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0280099;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=3;MLLD=174.832;QD=9.72796;RBI=0.0280147;REFB=-0.00710557;REVB=-0.000519945;RO=30;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194944;STB=0.5632;STBP=0.482;TYPE=del;VARB=0.00931442;OID=.;OPOS=72755129;OREF=AAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415094:20:54:22:53:31:13:9:15:16:99:30:13:7:14:16 chr9 72841360 . A T 381.03 PASS AF=0.573529;AO=35;DP=64;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0248282;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.0078;QD=22.4138;RBI=0.0367228;REFB=-0.0125876;REVB=-0.0270578;RO=29;SAF=13;SAR=22;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232482;STB=0.603848;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00989026;OID=.;OPOS=72841360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:29:29:35:39:0.573529:22:13:19:10:23:16:19:10 chr9 72897434 . G A 1345.67 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0222741;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.241;QD=61.1667;RBI=0.0317032;REFB=-0.143337;REVB=0.0225601;RO=1;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869391;STB=0.504586;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00039842;OID=.;OPOS=72897434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:86:87:0.988636:54:32:0:1:54:33:0:1 chr9 72897440 . T C 510.25 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00591068;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.915;QD=23.4599;RBI=0.0167875;REFB=0.00358388;REVB=0.0157125;RO=39;SAF=16;SAR=32;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461955;STB=0.525413;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.00293824;OID=.;OPOS=72897440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:39:39:48:48:0.551724:32:16:15:24:32:16:15:24 chr9 73150984 . C T 1198.13 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5167;QD=59.9066;RBI=0.0108742;REFB=0;REVB=0.0108062;RO=0;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641359;OID=.;OPOS=73150984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:80:0:0:74:80:1:48:26:0:0:51:29:0:0 chr9 73151715 . C T 1264.71 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.433;QD=61.6934;RBI=0.0201586;REFB=0;REVB=0.00452524;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08994e-05;OID=.;OPOS=73151715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr9 73151970 . C T 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.57;QD=63.3368;RBI=0.0282175;REFB=0;REVB=0.0246714;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23208e-05;OID=.;OPOS=73151970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:54:39:0:0:54:39:0:0 chr9 73213414 . A G 638.52 PASS AF=0.477941;AO=65;DP=136;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.00859219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2365;QD=18.7799;RBI=0.00910446;REFB=-0.0101052;REVB=-0.00301087;RO=71;SAF=38;SAR=27;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608669;STB=0.533722;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00911444;OID=.;OPOS=73213414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:71:71:65:65:0.477941:27:38:37:34:27:38:37:34 chr9 73240431 . T G 237.82 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0367702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4225;QD=20.2404;RBI=0.0539017;REFB=-0.0279857;REVB=0.0394125;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970598;STB=0.554683;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.032595;OID=.;OPOS=73240431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:10:13:11:13:10:13:11:13 chr9 73391409 . C CA,CAA 71.39 PASS AF=0.677419,0;AO=12,4;DP=33;FAO=21,0;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=11,0;FSAR=10,0;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.170033,0.0937878;FXX=0.0312402;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=7.06305,10.5133;QD=9.21168;RBI=0.187399,0.104764;REFB=-0.107008,-0.0632818;REVB=-0.0787855,-0.0466842;RO=16;SAF=6,1;SAR=6,3;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.246987,-0.523153;STB=0.507685,0.5;STBP=0.943,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0730312,0.0434923;OID=.,.;OPOS=73391410,73391410;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=CA,CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.677419,0:12,4:33:21,0:31:10:11,0:10,0:5:5:19:16:6,1:6,3:12:4 chr9 73408518 . T G 3703.86 PASS AF=0.991597;AO=233;DP=237;FAO=236;FDP=238;FR=.;FRO=2;FSAF=128;FSAR=108;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0475445;FXX=0.00418393;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.502;QD=62.2497;RBI=0.054292;REFB=-0.0418194;REVB=0.0262135;RO=1;SAF=126;SAR=107;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0037674;STB=0.503876;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000412304;OID=.;OPOS=73408518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:237:238:1:2:233:236:0.991597:107:126:1:0:108:128:2:0 chr9 73461337 . T A 457.58 PASS AF=0.396947;AO=52;DP=132;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.00455332;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.582;QD=13.9719;RBI=0.0220821;REFB=-0.0163257;REVB=0.0216075;RO=79;SAF=26;SAR=26;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00675439;STB=0.503815;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0206077;OID=.;OPOS=73461337;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:79:79:52:52:0.396947:26:26:40:39:26:26:40:39 chr9 74332970 . G A 602.41 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0042762;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.401;QD=18.6795;RBI=0.00550002;REFB=0.000344815;REVB=-0.00345895;RO=67;SAF=29;SAR=33;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898008;STB=0.549643;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000393196;OID=.;OPOS=74332970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:67:67:62:62:0.48062:33:29:25:42:33:29:25:42 chr9 74834384 . C T 767.64 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.849;QD=63.9697;RBI=0.00915912;REFB=0;REVB=0.0078159;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12647e-05;OID=.;OPOS=74834384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:18:28:0:0:18:30:0:0 chr9 74846104 . A G 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.621;QD=63.0522;RBI=0.0108456;REFB=0;REVB=0.00812486;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25157e-05;OID=.;OPOS=74846104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:45:46:0:0:45:46:0:0 chr9 74969669 . CAA CAC,C 188.18 PASS AF=0.0952381,0.380952;AO=4,16;DP=43;FAO=4,16;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=2,12;FSAR=2,4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0114329,0.00246776;FXX=0.0232504;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=84.207,236.159;QD=17.9217;RBI=0.0417826,0.00758781;REFB=-0.0180603,-0.00928313;REVB=0.040188,0.00717531;RO=22;SAF=2,12;SAR=2,4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.051776,0.31842;STB=0.538271,0.685468;STBP=0.895,0.063;TYPE=snp,del;VARB=0.0260848,0.0203968;OID=.,.;OPOS=74969671,74969670;OREF=A,AA;OALT=C,-;OMAPALT=CAC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0952381,0.380952:4,16:43:4,16:42:22:2,12:2,4:10:12:99:22:2,12:2,4:10:12 chr9 74969864 . T C 135.91 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.018914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.171;QD=17.5371;RBI=0.0274671;REFB=-0.0235681;REVB=0.0199175;RO=15;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342688;STB=0.687223;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0277155;OID=.;OPOS=74969864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:3:12:7:8:3:12:8:8 chr9 74975136 . T C 1133.09 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00842247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5724;QD=56.6546;RBI=0.0235868;REFB=-0.03657;REVB=0.0220317;RO=3;SAF=44;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311779;STB=0.516479;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0115484;OID=.;OPOS=74975136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:3:3:77:77:0.9625:33:44:3:0:33:44:3:0 chr9 75303653 . C T 251.91 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00566838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.871;QD=27.2338;RBI=0.0056684;REFB=-0.0245866;REVB=1.34068e-05;RO=14;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050059;STB=0.535181;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0131331;OID=.;OPOS=75303653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:14:22:23:0.621622:11:11:6:8:11:12:6:8 chr9 75315438 . G A 163.59 PASS AF=0.435897;AO=13;DP=45;FAO=17;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0247491;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.57;QD=16.7785;RBI=0.0337719;REFB=-0.0374274;REVB=0.0229787;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621806;STB=0.545402;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.054501;OID=.;OPOS=75315438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:39:27:21:13:17:0.435897:8:5:9:18:10:7:7:14 chr9 75545882 . G A 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00582446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=333.543;QD=16.9851;RBI=0.0121705;REFB=-0.0114722;REVB=0.0106863;RO=43;SAF=16;SAR=20;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878446;STB=0.549268;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0135487;OID=.;OPOS=75545882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:20:16:23:20:20:16:23:20 chr9 75775235 . A G 364.66 PASS AF=0.528571;AO=35;DP=68;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0167968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.416;QD=20.8375;RBI=0.0194388;REFB=-0.0101931;REVB=0.00978457;RO=33;SAF=26;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226689;STB=0.597392;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0122953;OID=.;OPOS=75775235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:33:33:35:37:0.528571:9:26:17:16:11:26:17:16 chr9 77407636 . C T 415.03 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00769153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.988;QD=16.7689;RBI=0.0101286;REFB=-0.00161964;REVB=-0.00659008;RO=56;SAF=24;SAR=19;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076772;STB=0.54312;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00244046;OID=.;OPOS=77407636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:19:24:27:29:19:24:27:29 chr9 77415000 . T C 46.9 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.023309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7198;QD=11.0355;RBI=0.0438137;REFB=-0.052651;REVB=0.037099;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237604;STB=0.648156;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0783121;OID=.;OPOS=77415000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:3:7:6:1:3:7 chr9 77415284 . A C 411.33 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0132175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.39;QD=21.0939;RBI=0.0182059;REFB=-0.0120895;REVB=-0.0125201;RO=37;SAF=26;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153803;STB=0.585167;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00917235;OID=.;OPOS=77415284;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:15:26:17:20:15:26:17:20 chr9 77416972 . C T 543.53 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.040329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3338;QD=15.9862;RBI=0.0429171;REFB=-0.00375298;REVB=-0.014678;RO=77;SAF=23;SAR=36;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222005;STB=0.62403;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00474211;OID=.;OPOS=77416972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:77:77:59:59:0.433824:36:23:47:30:36:23:47:30 chr9 77436641 . G A 1557.08 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000354742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.431;QD=58.7578;RBI=0.0295879;REFB=-0.143945;REVB=0.0295858;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000129172;OID=.;OPOS=77436641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:105:105:0.990566:44:61:0:0:44:61:0:1 chr9 77472604 . T C 291.5 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322407;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.827;QD=52.9998;RBI=0.0382078;REFB=-0.0472373;REVB=0.020503;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159827;OID=.;OPOS=77472604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr9 77502160 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.846;QD=59.8389;RBI=0.039478;REFB=0;REVB=0.0328428;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354966;OID=.;OPOS=77502160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr9 77518062 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0939576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.062;QD=49.599;RBI=0.0939737;REFB=0;REVB=0.00174126;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151077;OID=.;OPOS=77518062;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr9 77563087 . C T 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0164283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.41;QD=11.3328;RBI=0.019329;REFB=-0.0382517;REVB=-0.0101843;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220981;STB=0.63139;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0453427;OID=.;OPOS=77563087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:5:9:12:15:5:9:12:15 chr9 77684690 . A C 282.07 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.000289413;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2319;QD=19.4529;RBI=0.0419772;REFB=-0.0329858;REVB=0.0419762;RO=28;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121247;STB=0.567461;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0342985;OID=.;OPOS=77684690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:16:14:17:11:16:14:17:11 chr9 78773953 . G A 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00748112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.284;QD=15.2296;RBI=0.00840993;REFB=-0.00842866;REVB=0.00384186;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175327;STB=0.601259;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0101609;OID=.;OPOS=78773953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:7:12:13:15:7:12:13:15 chr9 78790153 . A G 481.33 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0444411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.739;QD=53.4809;RBI=0.0798763;REFB=-0.0441041;REVB=0.0663718;RO=2;SAF=9;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308285;STB=0.516519;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00373799;OID=.;OPOS=78790153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:25:9:1:1:25:9:1:1 chr9 78790157 . G C 160.53 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.12343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.802;QD=18.3458;RBI=0.123569;REFB=-0.0194605;REVB=-0.00586447;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242757;STB=0.636222;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0216582;OID=.;OPOS=78790157;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:3:15:10:7:3:15 chr9 78790162 . G C 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0634588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.007;QD=19.7015;RBI=0.0679749;REFB=-0.00590928;REVB=-0.0243632;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270936;STB=0.651009;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0087161;OID=.;OPOS=78790162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:2:14:10:7:2:14 chr9 78790167 . G C 135.92 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0114674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.244;QD=17.5383;RBI=0.0158808;REFB=-0.0279952;REVB=-0.0109863;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279667;STB=0.656965;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0393676;OID=.;OPOS=78790167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:2:14:9:6:2:14 chr9 78790172 . G C 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0203228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.146;QD=15.7843;RBI=0.0313092;REFB=-0.0161696;REVB=-0.0238169;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275715;STB=0.655553;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0218957;OID=.;OPOS=78790172;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:9:5:2:15:9:5:2:15 chr9 78790177 . G C 262.74 PASS AF=0.846154;AO=21;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0110185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.21;QD=40.4216;RBI=0.0139583;REFB=-0.0386054;REVB=0.00856894;RO=4;SAF=6;SAR=15;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129187;STB=0.504421;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00771143;OID=.;OPOS=78790177;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:4:4:21:22:0.846154:15:6:1:3:16:6:1:3 chr9 78790182 . G C 184.52 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00419918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.083;QD=35.1468;RBI=0.00435178;REFB=-0.0112689;REVB=-0.00114229;RO=4;SAF=4;SAR=13;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703885;STB=0.503871;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00911458;OID=.;OPOS=78790182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:13:4:1:3:13:4:1:3 chr9 78790187 . G C 143.7 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0730453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.766;QD=33.8111;RBI=0.0730467;REFB=0.050706;REVB=-0.000460955;RO=3;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118465;STB=0.56513;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0186066;OID=.;OPOS=78790187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:10:4:0:3:10:4:0:3 chr9 78790192 . C A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0348208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.889;QD=9.44485;RBI=0.0349414;REFB=-0.0275714;REVB=-0.00290113;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422407;STB=0.749373;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0752227;OID=.;OPOS=78790192;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:1:9:3:3:1:9 chr9 78910241 . A C 638.19 PASS AF=0.442953;AO=66;DP=149;FAO=66;FDP=149;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.00803437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.927;QD=17.1325;RBI=0.0146398;REFB=-0.0138083;REVB=-0.0122381;RO=83;SAF=30;SAR=36;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154233;STB=0.508597;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0157507;OID=.;OPOS=78910241;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:83:83:66:66:0.442953:36:30:39:44:36:30:39:44 chr9 78910273 . G A 722.05 PASS AF=0.458333;AO=76;DP=167;FAO=77;FDP=168;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=0.00294264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.804;QD=17.1916;RBI=0.00751913;REFB=-0.010351;REVB=0.00691941;RO=91;SAF=36;SAR=40;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119606;STB=0.503261;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0165039;OID=.;OPOS=78910273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:91:91:76:77:0.458333:40:36:42:49:41:36:42:49 chr9 78937974 . C T 316.76 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.019336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9494;QD=12.9289;RBI=0.0211918;REFB=-0.00572276;REVB=-0.00867236;RO=60;SAF=21;SAR=15;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555644;STB=0.543079;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0127131;OID=.;OPOS=78937974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:62:36:36:0.367347:15:21:32:28:15:21:32:30 chr9 78942956 . A G 293.28 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.012573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3267;QD=19.8835;RBI=0.0414989;REFB=-0.0380356;REVB=0.0395484;RO=26;SAF=21;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181949;STB=0.592349;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0320514;OID=.;OPOS=78942956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:28:30:31:0.525424:9:21:13:13:9:22:15:13 chr9 79009106 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.146;QD=47.8223;RBI=0.0419537;REFB=0;REVB=0.00831981;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165905;OID=.;OPOS=79009106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr9 79118329 . G A 556.48 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0358956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.066;QD=22.7134;RBI=0.0359663;REFB=-0.0116752;REVB=-0.00225377;RO=46;SAF=33;SAR=19;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816074;STB=0.544987;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00956071;OID=.;OPOS=79118329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:19:33:25:21:19:33:25:21 chr9 79118631 . AC A 131.21 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00975069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.5389;QD=8.46544;RBI=0.0304377;REFB=-0.0223428;REVB=0.0288336;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229439;STB=0.622523;STBP=0.129;TYPE=del;VARB=0.04309;OID=.;OPOS=79118632;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403226:24:62:25:62:37:14:11:13:24:99:36:14:10:13:23 chr9 79118661 . A G 236.35 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.00106445;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.075;QD=13.1305;RBI=0.0246156;REFB=-0.0101188;REVB=-0.0245926;RO=44;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195571;STB=0.611686;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0114178;OID=.;OPOS=79118661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:12:16:17:27:12:16:17:27 chr9 79118903 . A C 97.77 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0221487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5647;QD=13.4855;RBI=0.0574132;REFB=-0.00615576;REVB=0.0529689;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377878;STB=0.736441;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0094892;OID=.;OPOS=79118903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:9:3:10:6:9:3:11:6 chr9 79120475 . A T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0156437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.009;QD=16.4169;RBI=0.0202546;REFB=-0.0156592;REVB=-0.0128657;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115907;STB=0.566573;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0181058;OID=.;OPOS=79120475;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:6:10:7:7:6:10 chr9 79121085 . G T 635.35 PASS AF=0.422619;AO=71;DP=167;FAO=71;FDP=168;FR=.;FRO=97;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=60;FWDB=0.0155959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6259;QD=15.1275;RBI=0.0245712;REFB=-0.0123456;REVB=-0.0189871;RO=96;SAF=29;SAR=42;SRF=37;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024638;STB=0.516226;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0134505;OID=.;OPOS=79121085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:96:97:71:71:0.422619:42:29:37:59:42:29:37:60 chr9 79121380 . A G 32.48 PASS AF=0.625;AO=4;DP=7;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0751072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.741;QD=16.2415;RBI=0.0829851;REFB=-0.00320709;REVB=0.0352908;RO=3;SAF=1;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725463;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.000555314;OID=.;OPOS=79121380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:7:8:3:3:4:5:0.625:3:1:1:2:4:1:1:2 chr9 79121384 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0152122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.28;QD=16.199;RBI=0.0232563;REFB=-0.0316181;REVB=0.017591;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00913227;OID=.;OPOS=79121384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:1:2:4:1:1:2 chr9 79186765 . C G 110.69 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0203856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.718;QD=26.045;RBI=0.0289413;REFB=-0.0669474;REVB=-0.0205433;RO=5;SAF=10;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305306;STB=0.517212;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0437073;OID=.;OPOS=79186765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:2:10:4:1:2:10:4:1 chr9 79186781 . T C 211.53 PASS AF=0.689655;AO=19;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00330235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5606;QD=29.1768;RBI=0.0321002;REFB=-0.0298113;REVB=0.0319299;RO=9;SAF=17;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350839;STB=0.701049;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0144086;OID=.;OPOS=79186781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:19:20:0.689655:2:17:5:4:2:18:5:4 chr9 79186820 . A C 403.19 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0336941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6096;QD=32.2555;RBI=0.0683447;REFB=-0.0175314;REVB=-0.0594619;RO=17;SAF=25;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21243;STB=0.61676;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0177227;OID=.;OPOS=79186820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:8:25:8:9:8:25:8:9 chr9 79318375 . GGTGACAGCCTGCAAC G 50.0 PASS AO=44;DP=141;LEN=15;RO=97;SAF=34;SAR=20;SRF=52;SRR=35;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=79318376;OREF=GTGACAGCCTGCAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:141:97:44:20:34:52:35 chr9 79318471 . C T 376.75 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00967188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.785;QD=18.6049;RBI=0.0101912;REFB=-0.0146686;REVB=0.00321176;RO=37;SAF=25;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116906;STB=0.575997;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0123004;OID=.;OPOS=79318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:42:39:39:0.481481:14:25:19:18:14:25:21:21 chr9 79318677 . T C 304.89 PASS AF=0.358491;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0496606;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.666;QD=11.5053;RBI=0.0503314;REFB=-0.00245346;REVB=0.00819;RO=66;SAF=24;SAR=14;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229676;STB=0.640243;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00363168;OID=.;OPOS=79318677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:66:68:38:38:0.358491:14:24:28:38:14:24:28:40 chr9 79318921 . A G 199.49 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00837935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.456;QD=15.646;RBI=0.0138091;REFB=-0.0265572;REVB=-0.0109762;RO=26;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15506;STB=0.600264;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0402714;OID=.;OPOS=79318921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:29:21:22:0.431373:8:13:12:14:9:13:12:17 chr9 79318998 . A G 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0299932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0115;QD=17.1554;RBI=0.0432355;REFB=-0.026862;REVB=0.0311402;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748639;STB=0.542807;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0207789;OID=.;OPOS=79318998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:11:9:9:8:11:9 chr9 79320640 . C T 350.13 PASS AF=0.474359;AO=36;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0129083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.577;QD=17.9555;RBI=0.0158447;REFB=-0.0314002;REVB=0.00918857;RO=36;SAF=23;SAR=13;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272908;STB=0.520047;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0399436;OID=.;OPOS=79320640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:41:36:37:0.474359:13:23:24:12:14:23:24:17 chr9 79321276 . T C 275.65 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.015749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7788;QD=25.6417;RBI=0.0215851;REFB=-0.0437504;REVB=0.014761;RO=18;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346317;STB=0.519215;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0364383;OID=.;OPOS=79321276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:15:10:8:10:15:10:8:10 chr9 79321871 . C T 221.38 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00743951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.118;QD=12.2987;RBI=0.0106316;REFB=-0.020135;REVB=-0.0075951;RO=45;SAF=20;SAR=7;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152136;STB=0.588166;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0330438;OID=.;OPOS=79321871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:7:20:28:17:7:20:28:17 chr9 79322068 . G T 72.69 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0184631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1299;QD=8.8105;RBI=0.0340163;REFB=0.0074925;REVB=0.0285697;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233732;STB=0.642579;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.0107738;OID=.;OPOS=79322068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:4:6:9:14:4:6:9:14 chr9 79322674 . A G 495.04 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0341681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0046;QD=20.6265;RBI=0.0353275;REFB=-0.0350187;REVB=-0.00897628;RO=45;SAF=24;SAR=24;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00973144;STB=0.520825;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0423108;OID=.;OPOS=79322674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:48:48:48:0.5:24:24:23:22:24:24:26:22 chr9 79322720 . A G 440.91 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0100393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.956;QD=22.3244;RBI=0.010702;REFB=-0.00644353;REVB=-0.00370734;RO=36;SAF=19;SAR=24;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00216509;STB=0.501193;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00453375;OID=.;OPOS=79322720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:24:19:16:20:24:19:16:20 chr9 79324179 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=5;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0408548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.507;QD=6.57358;RBI=0.0420545;REFB=0.00325362;REVB=0.00997308;RO=16;SAF=3;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437048;STB=0.545304;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00700968;OID=.;OPOS=79324179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:22:16:16:5:6:0.272727:2:3:9:7:3:3:9:7 chr9 79324741 . T C 268.91 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8685;QD=19.2082;RBI=0.0820263;REFB=0.00908228;REVB=0.0772435;RO=27;SAF=8;SAR=21;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26143;STB=0.64648;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00661667;OID=.;OPOS=79324741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:21:8:15:12:21:8:15:12 chr9 79324818 . G T 147.15 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.043976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6566;QD=17.3114;RBI=0.0638905;REFB=-0.01274;REVB=0.0463476;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24692;STB=0.643363;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0142459;OID=.;OPOS=79324818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:13:3:7:11:13:3:7:11 chr9 79325558 . G C 204.1 PASS AF=0.384615;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=8;FWDB=-0.0348948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4004;QD=12.5602;RBI=0.0521325;REFB=-0.0139203;REVB=-0.0387318;RO=39;SAF=13;SAR=11;SRF=31;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286122;STB=0.655332;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0152174;OID=.;OPOS=79325558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:24:25:0.384615:11:13:31:8:11:14:32:8 chr9 79325615 . A G 167.84 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0869691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9806;QD=15.6133;RBI=0.0875125;REFB=0.0071909;REVB=0.00973678;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162609;STB=0.592499;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.0119782;OID=.;OPOS=79325615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:6:12:20:5:6:12:20:5 chr9 79471995 . T C 121.49 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0100859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.618;QD=16.7577;RBI=0.0144973;REFB=-0.0250807;REVB=-0.0104138;RO=15;SAF=11;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249087;STB=0.582654;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0255912;OID=.;OPOS=79471995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:13:14:0.482759:2:11:10:5:3:11:10:5 chr9 79986057 . A G 195.0 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0201933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3206;QD=17.7272;RBI=0.0274435;REFB=-0.00656014;REVB=-0.0185843;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22611;STB=0.628902;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0127721;OID=.;OPOS=79986057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:7:13:10:14:7:13:10:14 chr9 80049298 . C T 519.84 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.01318;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.216;QD=18.0814;RBI=0.0192569;REFB=-0.0117702;REVB=0.0140398;RO=58;SAF=28;SAR=27;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403492;STB=0.522116;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0127852;OID=.;OPOS=80049298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:58:60:55:55:0.478261:27:28:27:31:27:28:28:32 chr9 80250143 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.364;QD=54.5177;RBI=0.0633781;REFB=0;REVB=0.0318836;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271114;OID=.;OPOS=80250143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr9 80335288 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0146964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.109;QD=15.2621;RBI=0.0648709;REFB=-0.00137419;REVB=-0.0631843;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199351;STB=0.631378;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00134716;OID=.;OPOS=80335288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:5:8:6:9:5:8:6:10 chr9 80780518 . G C 1320.75 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3804;QD=62.153;RBI=0.0383601;REFB=0;REVB=0.0158013;RO=0;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130438;OID=.;OPOS=80780518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:31:54:0:0:31:54:0:0 chr9 80851350 . G C 322.86 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0272609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0872;QD=19.2751;RBI=0.0465411;REFB=-0.0410959;REVB=-0.0377216;RO=33;SAF=22;SAR=12;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325012;STB=0.680309;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0288011;OID=.;OPOS=80851350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:12:22:9:24:12:22:9:24 chr9 80912115 . G C 150.03 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0308331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2862;QD=19.3584;RBI=0.140205;REFB=-0.00525317;REVB=-0.136773;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08522;STB=0.548327;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0024644;OID=.;OPOS=80912115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:9:6:8:8:9:6 chr9 80919756 . T G 203.34 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0157123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.324;QD=14.2693;RBI=0.0192502;REFB=-0.0046135;REVB=0.0111218;RO=33;SAF=7;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270085;STB=0.65472;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00469265;OID=.;OPOS=80919756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:17:7:18:15:17:7:18:15 chr9 82187750 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00366517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.573;QD=59.6795;RBI=0.00367719;REFB=0;REVB=0.000297004;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24933e-06;OID=.;OPOS=82187750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr9 82341457 . GAAAA G 50.0 PASS AO=46;DP=80;LEN=4;RO=34;SAF=34;SAR=32;SRF=6;SRR=8;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=82341458;OREF=AAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:80:34:46:32:34:6:8 chr9 84214974 . T G 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00499823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.532;QD=15.773;RBI=0.0144205;REFB=-0.0216477;REVB=-0.0135266;RO=33;SAF=20;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273497;STB=0.655615;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0286275;OID=.;OPOS=84214974;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:7:20:16:17:7:20:16:17 chr9 84226744 . C T 245.63 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.040038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5388;QD=23.9638;RBI=0.0436631;REFB=0.00709347;REVB=-0.0174191;RO=18;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953478;STB=0.553145;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00454929;OID=.;OPOS=84226744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:10:13:8:10:10:13:8:10 chr9 84267147 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00171651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6049;QD=59.3227;RBI=0.0227495;REFB=0;REVB=0.0226847;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014187;OID=.;OPOS=84267147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:26:42:0:0:26:42:0:0 chr9 84268878 . A G 133.96 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00347058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.584;QD=15.7594;RBI=0.0361233;REFB=0.0128288;REVB=0.0359562;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861396;STB=0.551811;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0115522;OID=.;OPOS=84268878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:13:14:0.411765:5:8:9:8:5:9:10:8 chr9 84340199 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00720582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.148;QD=16.8837;RBI=0.0368171;REFB=0.00271735;REVB=0.036105;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917347;STB=0.53841;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00347694;OID=.;OPOS=84340199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:9:6:8:8:9:6:8:9 chr9 84607758 . T A 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0344455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.58;QD=22.7228;RBI=0.0348413;REFB=-0.025919;REVB=0.005237;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891936;STB=0.54995;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0258956;OID=.;OPOS=84607758;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:11:9:9:7:11:9:9:7 chr9 85627408 . G A 466.78 PASS AF=0.490196;AO=49;DP=104;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0158788;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.041;QD=18.3049;RBI=0.021057;REFB=0.00899485;REVB=0.0138297;RO=49;SAF=26;SAR=23;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184724;STB=0.510634;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.00663707;OID=.;OPOS=85627408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:49:52:49:50:0.490196:23:26:25:24:23:27:27:25 chr9 85863174 . C A 313.04 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0150915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.533;QD=16.9211;RBI=0.0150918;REFB=-0.0207165;REVB=8.66398e-05;RO=40;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328739;STB=0.518448;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0291676;OID=.;OPOS=85863174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:19:15:19:21:19:15:19:21 chr9 86258685 . A C 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0271616;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.819;QD=23.6751;RBI=0.0281909;REFB=-0.0197301;REVB=0.00754825;RO=16;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182745;STB=0.510194;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0149177;OID=.;OPOS=86258685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:14:7:5:11:14:7:5:11 chr9 86278817 . C A 457.24 PASS AF=0.464646;AO=45;DP=98;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0109728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.01;QD=18.4743;RBI=0.0110141;REFB=-0.0165057;REVB=-0.000952063;RO=53;SAF=26;SAR=19;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15709;STB=0.591806;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0199402;OID=.;OPOS=86278817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:53:53:45:46:0.464646:19:26:22:31:19:27:22:31 chr9 86278913 . C T 624.85 PASS AF=0.508065;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.000475981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.124;QD=20.1564;RBI=0.00485083;REFB=-0.00871692;REVB=-0.00482742;RO=61;SAF=26;SAR=37;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100932;STB=0.555653;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00791059;OID=.;OPOS=86278913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:61:61:63:63:0.508065:37:26:32:29:37:26:32:29 chr9 86284178 . C A 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.747;QD=59.3217;RBI=0.00686945;REFB=0;REVB=0.00244906;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36619e-06;OID=.;OPOS=86284178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr9 86327898 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.005;QD=57.1773;RBI=0.0199021;REFB=0;REVB=0.0187001;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65345e-05;OID=.;OPOS=86327898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr9 86607917 . C G,T 932.63 PASS AF=0.941176,0.0294118;AO=64,3;DP=68;FAO=64,2;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=31,0;FSAR=33,2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0219638,-0.00314799;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=230.909,14.3699;QD=54.8605;RBI=0.0265378,0.0834911;REFB=-0.104773,0.0225279;REVB=0.0148945,-0.0834318;RO=0;SAF=31,0;SAR=33,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.500474,0.992443;STBP=0.879,0.326;TYPE=snp,snp;VARB=0.00175751,0.118972;OID=.,.;OPOS=86607917,86607917;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:68:68:0:2:64,3:64,2:0.941176,0.0294118:33,3:31,0:0:0:33,2:31,0:1:1 chr9 86617265 . A G 1102.28 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143323;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.516;QD=60.399;RBI=0.0232025;REFB=0;REVB=0.0182467;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7365e-05;OID=.;OPOS=86617265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr9 86618233 . C A 770.36 PASS AF=1;AO=40;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9739;QD=62.8868;RBI=0.0408932;REFB=0;REVB=-0.0172388;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.12113e-05;OID=.;OPOS=86618233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:40:49:1:18:22:0:0:22:27:0:0 chr9 86895771 . G A 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0354862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.881;QD=19.0769;RBI=0.0356366;REFB=-0.00599333;REVB=0.003271;RO=38;SAF=13;SAR=25;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217982;STB=0.627984;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00655393;OID=.;OPOS=86895771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:39:38:38:0.493506:25:13:22:16:25:13:23:16 chr9 86907537 . C A 249.11 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0232005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5337;QD=19.5381;RBI=0.031165;REFB=-0.00512451;REVB=0.0208085;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106646;STB=0.567516;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00689541;OID=.;OPOS=86907537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:25:26:0.509804:13:12:15:10:14:12:15:10 chr9 86920236 . T C 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.011485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.255;QD=13.3343;RBI=0.0117845;REFB=-0.00906455;REVB=-0.00263991;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984;STB=0.556062;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0184054;OID=.;OPOS=86920236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:15:11:13:26:15:11:13:26 chr9 88692336 . C T 414.43 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=-0.00404843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0685;QD=21.812;RBI=0.00977112;REFB=0.0332108;REVB=0.00889298;RO=35;SAF=26;SAR=15;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128782;STB=0.570678;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0295571;OID=.;OPOS=88692336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:15:26:27:8:15:26:27:8 chr9 88694179 . G T 177.18 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0126215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.37;QD=21.4761;RBI=0.0296259;REFB=-0.0362969;REVB=0.0268028;RO=15;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459055;STB=0.757009;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0696088;OID=.;OPOS=88694179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:13:5:13:2:13:5:13:2 chr9 89772284 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.888;QD=46.8478;RBI=0.0598026;REFB=0;REVB=0.0554077;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591371;OID=.;OPOS=89772284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr9 90265015 . C T 239.4 PASS AF=0.5;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.00479861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.987;QD=20.8173;RBI=0.00484034;REFB=-0.0139663;REVB=0.000634213;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323093;STB=0.688371;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00873959;OID=.;OPOS=90265015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:23:23:23:0.5:9:14:5:17:9:14:5:18 chr9 90321583 . C T 95.47 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0930834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.95;QD=11.5726;RBI=0.0932425;REFB=-0.00863863;REVB=-0.00544581;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293607;STB=0.575634;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0267733;OID=.;OPOS=90321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:17:21:12:12:0.363636:6:6:8:9:6:6:8:13 chr9 90322023 . G A 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00500935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.988;QD=20.892;RBI=0.00538675;REFB=-0.0061094;REVB=-0.0019808;RO=27;SAF=22;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119984;STB=0.566702;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00316471;OID=.;OPOS=90322023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:10:22:15:12:10:22:15:12 chr9 90343780 . A C 557.02 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7177;QD=60.2182;RBI=0.00725456;REFB=0;REVB=-0.00691866;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.6175e-05;OID=.;OPOS=90343780;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr9 90388370 . G A 180.15 PASS AF=0.404255;AO=20;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00215566;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9709;QD=15.3321;RBI=0.0597702;REFB=-0.0178576;REVB=0.0597313;RO=28;SAF=15;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280914;STB=0.654999;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.034591;OID=.;OPOS=90388370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:28:20:19:0.404255:5:15:14:14:5:14:14:14 chr9 90388539 . T A 323.01 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0183969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.408;QD=17.945;RBI=0.0222862;REFB=-0.0202475;REVB=0.0125789;RO=36;SAF=11;SAR=23;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221921;STB=0.618513;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0192483;OID=.;OPOS=90388539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:36:37:34:35:0.486111:23:11:20:16:23:12:21:16 chr9 90500405 . A C 1043.32 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00370404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.117;QD=59.6182;RBI=0.011207;REFB=0;REVB=0.0105772;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27614e-06;OID=.;OPOS=90500405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:41:26:0:0:43:27:0:0 chr9 90501448 . C A 2413.1 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325218;FXX=0.0185174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.494;QD=60.7068;RBI=0.0392112;REFB=0;REVB=0.0219055;RO=0;SAF=71;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668833;OID=.;OPOS=90501448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:159:0:0:152:159:1:81:71:0:0:83:76:0:0 chr9 90502458 . T A 519.86 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2118;QD=59.4126;RBI=0.0358722;REFB=0;REVB=-0.00703238;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000751286;OID=.;OPOS=90502458;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr9 90502819 . T C 1767.6 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.61;QD=60.9518;RBI=0.00892676;REFB=0;REVB=0.00873101;RO=0;SAF=49;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14255e-05;OID=.;OPOS=90502819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:67:49:0:0:67:49:0:0 chr9 90503007 . A G 804.77 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7986;QD=56.4748;RBI=0.0407326;REFB=0;REVB=0.0226367;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278484;OID=.;OPOS=90503007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:55:57:1:28:27:0:0:28:29:0:0 chr9 90503451 . G A 1403.1 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148952;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3933;QD=63.0607;RBI=0.0362688;REFB=0;REVB=0.033069;RO=0;SAF=57;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.90485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7349e-05;OID=.;OPOS=90503451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:88:89:1:31:57:0:0:31:58:0:0 chr9 90537314 . G A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0184375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.123;QD=19.3688;RBI=0.0352746;REFB=-0.0187872;REVB=0.0300726;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153826;STB=0.588064;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.011465;OID=.;OPOS=90537314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:2:5:5:5:2:5 chr9 90538288 . C T 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0576105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.132;QD=40.6387;RBI=0.0605635;REFB=-0.07861;REVB=0.0186805;RO=1;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100543;STB=0.555473;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0014982;OID=.;OPOS=90538288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:10:4:1:0:10:4:1:0 chr9 90588903 . C T 283.61 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.107538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8063;QD=23.1514;RBI=0.110641;REFB=0.00235027;REVB=0.0260177;RO=23;SAF=8;SAR=18;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388869;STB=0.521722;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00115284;OID=.;OPOS=90588903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:18:8:8:15:18:8:8:15 chr9 91262343 . A ATGG 189.82 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0157489;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=202.25;QD=13.8051;RBI=0.0357012;REFB=0.00418429;REVB=0.0320398;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20718;STB=0.599913;STBP=0.223;TYPE=ins;VARB=-0.00510902;OID=.;OPOS=91262344;OREF=-;OALT=TGG;OMAPALT=ATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418182:22:55:23:55:32:14:9:14:18:99:32:14:8:14:18 chr9 91262387 . G A 217.23 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00754302;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0871;QD=12.9686;RBI=0.0123166;REFB=-0.00392171;REVB=-0.00973659;RO=40;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079389;STB=0.552199;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00847165;OID=.;OPOS=91262387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:40:41:26:26:0.38806:13:13:17:23:13:13:17:24 chr9 91262522 . T A 134.42 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00717501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2653;QD=8.14635;RBI=0.0599394;REFB=-0.00668481;REVB=-0.0595084;RO=46;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203685;STB=0.503996;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0202689;OID=.;OPOS=91262522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:47:19:19:0.287879:10:9:21:25:10:9:22:25 chr9 91360755 . CT C 200.68 PASS AF=0.436364;AO=21;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0131751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.97;QD=14.5951;RBI=0.0277541;REFB=-0.0112033;REVB=0.0244275;RO=31;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25412;STB=0.607503;STBP=0.156;TYPE=del;VARB=0.0214497;OID=.;OPOS=91360756;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.436364:21:54:24:55:31:8:16:16:15:99:31:6:15:16:15 chr9 91618102 . A G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.00974174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.862;QD=12.2123;RBI=0.0415962;REFB=-0.000154173;REVB=-0.0404394;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440525;STB=0.75377;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.000222182;OID=.;OPOS=91618102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:8:5:18:4:8:5:18:4 chr9 91619274 . G A 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0122427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8434;QD=16.4801;RBI=0.0236476;REFB=-0.0063291;REVB=0.0202318;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267085;STB=0.643409;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0103843;OID=.;OPOS=91619274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:13:6:14:10:13:6:14:11 chr9 91652414 . A T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00111715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.91;QD=57.6797;RBI=0.00985434;REFB=0;REVB=0.00979081;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16438e-05;OID=.;OPOS=91652414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr9 91656963 . T C 1302.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000356198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.95;QD=62.006;RBI=0.0081915;REFB=0;REVB=0.00818375;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34305e-06;OID=.;OPOS=91656963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr9 91974047 . AG AA,A 187.18 PASS AF=0.0285714,0.542857;AO=2,18;DP=35;FAO=1,19;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=1,6;FSAR=0,13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0108712,-0.10116;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.7617,25.5174;QD=21.3917;RBI=0.0161436,0.104035;REFB=-0.0161536,0.00666484;REVB=-0.0119344,-0.0242897;RO=14;SAF=2,5;SAR=0,13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.547468,-0.193404;STB=0.99016,0.572802;STBP=0.477,0.356;TYPE=snp,del;VARB=0.0308836,-0.00744109;OID=.,.;OPOS=91974048,91974048;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0285714,0.542857:2,18:35:1,19:35:15:1,6:0,13:7:8:99:14:2,5:0,13:7:7 chr9 92003679 . C T 361.94 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0253067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5708;QD=15.2394;RBI=0.0319051;REFB=-0.000459352;REVB=-0.0194296;RO=55;SAF=19;SAR=20;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978693;STB=0.560013;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.000241631;OID=.;OPOS=92003679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:56:39:39:0.410526:20:19:32:23:20:19:33:23 chr9 92006275 . G A 241.15 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0086059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5681;QD=14.6154;RBI=0.0168912;REFB=0.0120368;REVB=-0.0145345;RO=36;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00791808;STB=0.520593;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00478585;OID=.;OPOS=92006275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:38:28:28:0.424242:15:13:17:19:15:13:19:19 chr9 92221010 . C T 272.94 PASS AF=0.916667;AO=21;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0270282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8036;QD=45.4892;RBI=0.0503244;REFB=-0.147988;REVB=0.0424503;RO=2;SAF=6;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13106;STB=0.57136;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00591757;OID=.;OPOS=92221010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:21:22:0.916667:15:6:2:0:16:6:2:0 chr9 93372692 . A G 552.97 PASS AF=0.443609;AO=59;DP=133;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=0.00250637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.449;QD=16.6308;RBI=0.022128;REFB=-0.0195835;REVB=0.0219856;RO=73;SAF=29;SAR=30;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148717;STB=0.578195;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0320598;OID=.;OPOS=93372692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:73:74:59:59:0.443609:30:29:25:48:30:29:26:48 chr9 94456643 . G C 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00658489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1506;QD=59.3219;RBI=0.0147013;REFB=0;REVB=0.0131441;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15359e-05;OID=.;OPOS=94456643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr9 94456705 . T A 169.34 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.101642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9232;QD=12.5435;RBI=0.101644;REFB=-0.0477551;REVB=-0.000654842;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403423;STB=0.599911;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0358491;OID=.;OPOS=94456705;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:22:32:22:22:0.407407:11:11:12:10:12:10:20:12 chr9 94456714 . C T 750.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.75;QD=56.6785;RBI=0.00571401;REFB=0;REVB=0.00523919;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40172e-06;OID=.;OPOS=94456714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:22:29:0:0:24:29:0:0 chr9 94485232 . G A 367.81 PASS AF=0.408163;AO=37;DP=95;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00828432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.782;QD=15.0128;RBI=0.00849354;REFB=-0.0118773;REVB=0.00187357;RO=57;SAF=20;SAR=17;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898619;STB=0.520398;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0178641;OID=.;OPOS=94485232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:57:58:37:40:0.408163:17:20:26:31:20:20:27:31 chr9 94486321 . C T 448.51 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376161;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.3;QD=57.8721;RBI=0.0377055;REFB=0;REVB=-0.00259494;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501195;OID=.;OPOS=94486321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr9 94486688 . G A 129.46 PASS AF=0.583333;AO=13;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00410959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.459;QD=21.5761;RBI=0.0235134;REFB=-0.00659981;REVB=0.0231515;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238661;STB=0.611608;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00409959;OID=.;OPOS=94486688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:13:14:0.583333:8:5:7:3:8:6:7:3 chr9 94495607 . GT G,GC 368.6 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=4,23;DP=28;FAO=1,26;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0932117,0.0248705;FXX=0.0357015;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=23.4592,39.7951;QD=54.6078;RBI=0.100022,0.108045;REFB=0,0;REVB=0.0362758,0.105144;RO=1;SAF=1,10;SAR=3,13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.119989,0.0342828;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0278387,0.0121743;OID=.,.;OPOS=94495608,94495608;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.037037,0.962963:4,23:28:1,26:27:0:0,11:1,15:0:0:4:1:1,10:3,13:0:1 chr9 94518328 . C T 817.68 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.779;QD=57.3807;RBI=0.0133672;REFB=0;REVB=-0.00740132;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.85016e-05;OID=.;OPOS=94518328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr9 94794455 . A G 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0272079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.753;QD=17.1001;RBI=0.0279524;REFB=-0.0120131;REVB=0.00640848;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326879;STB=0.685472;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.008809;OID=.;OPOS=94794455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:12:3:8:6:12:3 chr9 94972916 . T A 182.79 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0191162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.579;QD=17.4082;RBI=0.01913;REFB=-0.0115665;REVB=0.000726865;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460803;STB=0.526288;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0162771;OID=.;OPOS=94972916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:12:11:10:9:12:11 chr9 94985637 . T C 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0142857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.363;QD=23.8208;RBI=0.0217916;REFB=-0.01224;REVB=-0.0164558;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229677;STB=0.512809;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0107802;OID=.;OPOS=94985637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:11:11:9:8:11:11:9:8 chr9 95009708 . C G 327.95 PASS AF=0.557377;AO=33;DP=60;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.045901;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1476;QD=21.5048;RBI=0.0462769;REFB=-0.0444694;REVB=-0.00588627;RO=27;SAF=13;SAR=20;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201706;STB=0.519027;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0428657;OID=.;OPOS=95009708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:27:33:34:0.557377:20:13:10:17:20:14:10:17 chr9 95219248 . A G 322.83 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0515746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0045;QD=14.1901;RBI=0.0520444;REFB=-0.00730077;REVB=0.00697781;RO=54;SAF=12;SAR=24;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432137;STB=0.53224;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0151197;OID=.;OPOS=95219248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:55:36:36:0.395604:24:12:20:34:24:12:21:34 chr9 95219597 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.302;QD=59.8389;RBI=0.0238982;REFB=0;REVB=-0.000262025;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016971;OID=.;OPOS=95219597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr9 95237024 . CTCA C 104.95 PASS AF=0.5;AO=10;DP=28;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0318452;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=3;MLLD=171.013;QD=17.4919;RBI=0.0934183;REFB=-0.0726346;REVB=-0.087823;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243833;STB=0.541598;STBP=0.735;TYPE=del;VARB=0.0728478;OID=.;OPOS=95237025;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:10:28:12:24:12:6:6:5:7:99:12:6:4:4:8 chr9 95284982 . T G 294.76 PASS AF=0.352381;AO=37;DP=105;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=0.0138385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.473;QD=11.2289;RBI=0.0417119;REFB=-0.00388835;REVB=0.0393494;RO=68;SAF=18;SAR=19;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180711;STB=0.60343;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00929768;OID=.;OPOS=95284982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:68:68:37:37:0.352381:19:18:44:24:19:18:44:24 chr9 95380726 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0207603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9473;QD=15.3787;RBI=0.044633;REFB=0.0128427;REVB=-0.0395109;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28665;STB=0.666389;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.013065;OID=.;OPOS=95380726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:4:8:5:9:4:8:5:9 chr9 95475352 . G A 75.44 PASS AF=0.4;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00778793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.174;QD=12.0696;RBI=0.0307937;REFB=0.0100696;REVB=-0.0297926;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270169;STB=0.655949;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.0269865;OID=.;OPOS=95475352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:25:14:15:9:10:0.4:4:5:4:10:4:6:5:10 chr9 95609564 . C T 238.24 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00954793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.307;QD=20.2755;RBI=0.011463;REFB=-0.0238077;REVB=0.00634328;RO=22;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137196;STB=0.574522;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0216415;OID=.;OPOS=95609564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:22:24:23:23:0.489362:12:11:14:8:12:11:15:9 chr9 95738781 . C A 416.09 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0167901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.011;QD=16.9834;RBI=0.0168905;REFB=-0.0328362;REVB=-0.00183933;RO=55;SAF=20;SAR=23;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116305;STB=0.565187;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0366392;OID=.;OPOS=95738781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:23:20:32:23:23:20:32:23 chr9 95780465 . A G 1629.67 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00780184;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.411;QD=59.2606;RBI=0.0256246;REFB=-0.138088;REVB=0.0244081;RO=1;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724762;STB=0.503816;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00198232;OID=.;OPOS=95780465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:110:1:1:109:109:0.990909:65:44:0:1:65:44:0:1 chr9 95887320 . G T 241.65 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0243008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1744;QD=21.9682;RBI=0.0243465;REFB=-0.0147485;REVB=0.00149104;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136927;STB=0.565161;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.020274;OID=.;OPOS=95887320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:13:10:12:8:13:10:12:9 chr9 95993326 . T C 553.48 PASS AF=0.413333;AO=62;DP=150;FAO=62;FDP=150;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.006292;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.232;QD=14.7594;RBI=0.00800475;REFB=-0.00848188;REVB=-0.00494841;RO=88;SAF=32;SAR=30;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426354;STB=0.523925;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0170472;OID=.;OPOS=95993326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:88:88:62:62:0.413333:30:32:49:39:30:32:49:39 chr9 96051521 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.217;QD=51.9136;RBI=0.0190377;REFB=0;REVB=0.00109652;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75151e-05;OID=.;OPOS=96051521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:15:5:0:0:16:5:0:0 chr9 96052295 . C G 152.57 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.052311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0486;QD=19.0706;RBI=0.0830451;REFB=-0.0128127;REVB=-0.0644984;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133159;STB=0.59308;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.036656;OID=.;OPOS=96052295;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:13:13:0.40625:6:7:5:8:6:7:5:9 chr9 96054873 . GC CG,GCG 30.18 PASS AF=0.025,0.2;AO=5,6;DP=42;FAO=1,8;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=0,4;FSAR=1,4;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00526886,0.00320964;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=2,1;MLLD=57.0573,47.6283;QD=3.01817;RBI=0.115799,0.0735249;REFB=-0.012752,-0.0129732;REVB=-0.115679,-0.0734548;RO=28;SAF=0,4;SAR=5,2;SRF=17;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.693082,0.0760936;STB=0.991384,0.563945;STBP=0.272,0.688;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0677884,0.177482;OID=.,.;OPOS=96054873,96054875;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:42:40:28:31:5,6:1,8:0.025,0.2:5,2:0,4:17:11:1,4:0,4:18:13 chr9 96055063 . C T 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.100465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.362;QD=56.4873;RBI=0.105971;REFB=-0.031953;REVB=0.033716;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.511105;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000674353;OID=.;OPOS=96055063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:22:13:0:0:22:13:0:1 chr9 96097662 . G A 315.54 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0080613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.02;QD=24.2723;RBI=0.0350246;REFB=-0.0193812;REVB=0.0340842;RO=17;SAF=16;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673729;STB=0.554421;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00590099;OID=.;OPOS=96097662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:21:31:31:0.596154:15:16:7:10:15:16:8:13 chr9 96097673 . G A 179.28 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0142475;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.389;QD=12.5813;RBI=0.0142517;REFB=-0.0225571;REVB=-0.000348204;RO=34;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170162;STB=0.519213;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0470096;OID=.;OPOS=96097673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:12:10:16:18:12:10:17:18 chr9 96097747 . C T 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=0.0299388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.108;QD=14.8163;RBI=0.0337049;REFB=-0.0325463;REVB=-0.0154819;RO=38;SAF=12;SAR=17;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221337;STB=0.628742;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0406134;OID=.;OPOS=96097747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:17:12:8:30:17:12:8:31 chr9 96209943 . T C 188.88 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00911307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.328;QD=11.1105;RBI=0.010748;REFB=-0.0117861;REVB=-0.00569838;RO=44;SAF=18;SAR=6;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38961;STB=0.727078;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0316908;OID=.;OPOS=96209943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:6:18:18:26:6:18:18:26 chr9 96238578 . C T 300.24 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0252103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.287;QD=30.7938;RBI=0.0338298;REFB=-0.0194893;REVB=-0.0225587;RO=12;SAF=10;SAR=16;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688847;STB=0.526728;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00914213;OID=.;OPOS=96238578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:12:13:26:26:0.666667:16:10:6:6:16:10:6:7 chr9 96320951 . C T 637.04 PASS AF=0.615385;AO=56;DP=91;FAO=56;FDP=91;FR=.;FRO=35;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0520717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.214;QD=28.0016;RBI=0.0520742;REFB=0.00646743;REVB=-0.000507561;RO=35;SAF=36;SAR=20;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539897;STB=0.529401;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00292054;OID=.;OPOS=96320951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:35:35:56:56:0.615385:20:36:20:15:20:36:20:15 chr9 96328303 . T C 691.83 PASS AF=0.54918;AO=65;DP=121;FAO=67;FDP=122;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00065286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4942;QD=22.6829;RBI=0.00256201;REFB=-0.0200322;REVB=-0.00247743;RO=55;SAF=35;SAR=30;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212146;STB=0.518658;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0163064;OID=.;OPOS=96328303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:55:55:65:67:0.54918:30:35:31:24:32:35:31:24 chr9 96860722 . T A 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.069806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.575;QD=25.2764;RBI=0.0766486;REFB=-0.0159213;REVB=-0.0316564;RO=12;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984436;STB=0.554738;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0077683;OID=.;OPOS=96860722;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:9:10:8:4:9:10:8:4 chr9 97055376 . G A 129.76 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0124953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.057;QD=7.20909;RBI=0.0337485;REFB=-0.0121389;REVB=0.0313501;RO=53;SAF=7;SAR=12;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238117;STB=0.644261;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0511935;OID=.;OPOS=97055376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:53:19:19:0.263889:12:7:30:23:12:7:30:23 chr9 97062852 . A T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0462381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.538;QD=10.9404;RBI=0.0465059;REFB=-0.00579651;REVB=0.00498352;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156354;STB=0.594413;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0176195;OID=.;OPOS=97062852;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:3:8:12:8:3:8:12:8 chr9 97062981 . C T 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0161784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6409;QD=25.3168;RBI=0.0182704;REFB=0.012007;REVB=0.00848919;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469859;STB=0.526128;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.0087832;OID=.;OPOS=97062981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:11:9:5:8:11:9:5:8 chr9 97080944 . GAGAA GA,GAG 283.56 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=16,3;DP=22;FAO=21,1;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5,1;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218195,-0.0113921;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,2;MLLD=239.275,216.379;QD=51.5555;RBI=0.0319783,0.0397268;REFB=0,0;REVB=-0.0233777,-0.0380584;RO=0;SAF=5,1;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.36667e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00131806,-0.0466657;OID=.,.;OPOS=97080945,97080947;OREF=AGA,AA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.954545,0.0454545:16,3:22:21,1:22:0:5,1:16,0:0:0:6:0:5,1:11,2:0:0 chr9 97082699 . G A 270.84 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.00554081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.644;QD=20.834;RBI=0.0214792;REFB=-0.0033811;REVB=0.0207522;RO=24;SAF=6;SAR=21;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711316;STB=0.554018;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00251052;OID=.;OPOS=97082699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:27:28:0.538462:21:6:4:20:21:7:4:20 chr9 97087857 . G A 30.06 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00146308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.363;QD=10.0195;RBI=0.0273167;REFB=-0.0064076;REVB=0.0272775;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115149;STB=0.571156;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0177443;OID=.;OPOS=97087857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:5:2:2:3:5:2 chr9 97321251 . G A 375.46 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00640349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.32;QD=18.3151;RBI=0.0313625;REFB=0.00662753;REVB=-0.0307018;RO=43;SAF=18;SAR=21;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186315;STB=0.510392;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00910373;OID=.;OPOS=97321251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:21:18:19:24:21:18:19:24 chr9 97325726 . A G 242.3 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0108659;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.926;QD=18.6385;RBI=0.0131517;REFB=0.00361609;REVB=-0.00740936;RO=26;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137164;STB=0.576864;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00351044;OID=.;OPOS=97325726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:15:11:15:11:15:11:15:11 chr9 97349591 . G T 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.000878257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.471;QD=18.6422;RBI=0.0416478;REFB=-0.0168429;REVB=0.0416385;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122019;STB=0.576675;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0184095;OID=.;OPOS=97349591;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:8:13:17:6:8:13:18:6 chr9 97349666 . C G 201.07 PASS AF=0.431818;AO=17;DP=46;FAO=19;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.0445868;FXX=0.0434688;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.573;QD=18.2789;RBI=0.0468588;REFB=-0.0486677;REVB=0.014414;RO=14;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801704;STB=0.643788;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0272229;OID=.;OPOS=97349666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:14:22:17:19:0.431818:5:12:11:3:7:12:19:3 chr9 97365720 . T C 834.09 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.511;QD=57.5234;RBI=0.0107583;REFB=0;REVB=-0.000639862;RO=0;SAF=39;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78188e-06;OID=.;OPOS=97365720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:15:39:0:0:16:42:0:0 chr9 97369149 . C T 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.075152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7827;QD=58.961;RBI=0.0752205;REFB=0;REVB=0.00321092;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000679507;OID=.;OPOS=97369149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr9 97572244 . G A 407.29 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.0710218;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3475;QD=15.3696;RBI=0.0741706;REFB=-0.0189111;REVB=0.021382;RO=60;SAF=27;SAR=19;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23578;STB=0.631905;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.023552;OID=.;OPOS=97572244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:19:27:21:39:19:27:21:39 chr9 98209594 . G A 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0183378;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=289.855;QD=51.5087;RBI=0.0246339;REFB=0.0135124;REVB=0.0164485;RO=1;SAF=22;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102655;STB=0.55551;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.000150656;OID=.;OPOS=98209594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:4:22:0:1:4:22:0:1 chr9 98215822 . G A 375.07 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0103402;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5369;QD=15.4669;RBI=0.0328077;REFB=-0.0287166;REVB=0.0311356;RO=52;SAF=14;SAR=26;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175392;STB=0.626114;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0458084;OID=.;OPOS=98215822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:57:40:40:0.412371:26:14:27:25:26:14:32:25 chr9 99060704 . C T 139.56 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00501075;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.467;QD=10.3376;RBI=0.0157771;REFB=-0.00285841;REVB=-0.0149602;RO=34;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945082;STB=0.573689;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00383321;OID=.;OPOS=99060704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:34:36:18:18:0.333333:10:8:18:16:10:8:20:16 chr9 99064296 . C T 212.23 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00560055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.962;QD=12.3033;RBI=0.00664233;REFB=-0.014063;REVB=-0.00357132;RO=43;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121246;STB=0.569779;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0288421;OID=.;OPOS=99064296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:11:15:20:23:11:15:20:23 chr9 99150582 . G T 254.89 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00440967;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.509;QD=21.2411;RBI=0.0255928;REFB=-0.0405477;REVB=-0.02521;RO=24;SAF=17;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237824;STB=0.634211;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0559231;OID=.;OPOS=99150582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:24:24:24:0.5:7:17:11:13:7:17:11:13 chr9 99525909 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0135943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.297;QD=12.73;RBI=0.0158495;REFB=-0.00762928;REVB=0.00814869;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211189;STB=0.624732;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0106379;OID=.;OPOS=99525909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:8:4:5:4:8:4 chr9 99694495 . G A 214.7 PASS AF=0.25;AO=32;DP=129;FAO=32;FDP=128;FR=.;FRO=96;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=58;FWDB=-0.0161781;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8811;QD=6.70951;RBI=0.0401568;REFB=-0.00420768;REVB=0.0367537;RO=96;SAF=13;SAR=19;SRF=38;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134624;STB=0.508117;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0238024;OID=.;OPOS=99694495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:96:96:32:32:0.25:19:13:38:58:19:13:38:58 chr9 99735205 . A T 172.01 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0189632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.127;QD=9.29755;RBI=0.0295798;REFB=-0.00196457;REVB=0.0227016;RO=51;SAF=7;SAR=16;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22768;STB=0.635114;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00499635;OID=.;OPOS=99735205;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:23:23:0.310811:16:7:25:26:16:7:25:26 chr9 100053194 . G A 212.41 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0367631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.164;QD=14.4005;RBI=0.0446271;REFB=-0.00305193;REVB=0.0252991;RO=34;SAF=19;SAR=5;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287839;STB=0.636246;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00625564;OID=.;OPOS=100053194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:24:25:0.423729:5:19:19:15:6:19:19:15 chr9 100087345 . A G 211.64 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0303422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9538;QD=19.687;RBI=0.0426823;REFB=-0.0259041;REVB=-0.0300189;RO=22;SAF=15;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289366;STB=0.664173;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0168939;OID=.;OPOS=100087345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:6:15:9:13:6:15:9:13 chr9 100105735 . T C 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00853775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.018;QD=17.5645;RBI=0.00854499;REFB=-0.00386432;REVB=0.000351731;RO=35;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453682;STB=0.525408;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00297147;OID=.;OPOS=100105735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:14:18:18:17:14:18:18:17 chr9 100105782 . C G 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0126654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.511;QD=16.2726;RBI=0.0235653;REFB=-0.016125;REVB=-0.0198724;RO=39;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575766;STB=0.532367;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0207341;OID=.;OPOS=100105782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:17:15:16:23:17:15:16:23 chr9 100139161 . A G 105.54 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0351134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6762;QD=11.4099;RBI=0.0355296;REFB=-0.00813663;REVB=-0.00542225;RO=24;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227947;STB=0.638466;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0172135;OID=.;OPOS=100139161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:11:2:7:17:11:2:7:17 chr9 100365086 . A G 291.99 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00900706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.715;QD=21.6286;RBI=0.012378;REFB=-0.0305306;REVB=0.00849047;RO=24;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0301385;OID=.;OPOS=100365086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:15:15:12:12:15:15:12:12 chr9 100365431 . G T 38.34 PASS AF=0.4;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0323294;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.879;QD=10.2229;RBI=0.0323699;REFB=-0.0196604;REVB=0.00161881;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308675;STB=0.695017;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0270268;OID=.;OPOS=100365431;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:6:9:5:6:0.4:4:1:3:3:4:2:6:3 chr9 100367044 . C T 183.56 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00548442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.459;QD=11.8425;RBI=0.00630158;REFB=-0.0100141;REVB=-0.00310339;RO=39;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19443;STB=0.612093;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0103801;OID=.;OPOS=100367044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:10:13:15:24:10:13:15:24 chr9 100367810 . G A 577.54 PASS AF=0.537037;AO=56;DP=117;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0201891;FXX=0.0924292;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.238;QD=21.3904;RBI=0.0220918;REFB=-0.0111;REVB=0.00896944;RO=50;SAF=40;SAR=16;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23609;STB=0.613456;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.01734;OID=.;OPOS=100367810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:108:50:50:56:58:0.537037:16:40:23:27:18:40:23:27 chr9 100367813 . A G 727.05 PASS AF=0.575;AO=69;DP=120;FAO=69;FDP=120;FR=.;FRO=51;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0171615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.201;QD=24.2349;RBI=0.0171683;REFB=-0.00676129;REVB=0.000482165;RO=51;SAF=40;SAR=29;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101067;STB=0.555134;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00913544;OID=.;OPOS=100367813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:51:51:69:69:0.575:29:40:23:28:29:40:23:28 chr9 100380093 . T C 270.02 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0103351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.046;QD=22.9804;RBI=0.0138784;REFB=0.00264946;REVB=0.00926259;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122149;STB=0.568328;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00320813;OID=.;OPOS=100380093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:16:9:11:11:16:9:11:11 chr9 100388197 . C T 511.9 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00594873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.002;QD=24.0892;RBI=0.00861682;REFB=0.010487;REVB=0.00623395;RO=37;SAF=22;SAR=26;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652786;STB=0.535804;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.0102106;OID=.;OPOS=100388197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:26:22:20:17:26:22:20:17 chr9 100420976 . G A 185.71 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0397882;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4348;QD=13.7561;RBI=0.0583049;REFB=-0.0133212;REVB=0.0426187;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00303562;STB=0.501741;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0188954;OID=.;OPOS=100420976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:32:32:22:22:0.407407:9:13:19:13:9:13:19:13 chr9 100616583 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.41;QD=53.2722;RBI=0.043536;REFB=0;REVB=0.000585923;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294987;OID=.;OPOS=100616583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr9 100617375 . T C 1775.53 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00144153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.931;QD=60.702;RBI=0.00825657;REFB=0;REVB=-0.00812976;RO=0;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9893e-05;OID=.;OPOS=100617375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:117:0:0:113:117:1:60:53:0:0:64:53:0:0 chr9 100617433 . A C 457.02 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0180591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7102;QD=23.1401;RBI=0.0302694;REFB=-0.0032311;REVB=0.024292;RO=35;SAF=25;SAR=19;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135268;STB=0.574349;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00196283;OID=.;OPOS=100617433;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:19:25:14:21:19:25:14:21 chr9 100617479 . G T 219.68 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0104493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.427;QD=17.5741;RBI=0.0159864;REFB=-0.0107437;REVB=0.0120987;RO=28;SAF=6;SAR=16;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308906;STB=0.676755;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0138218;OID=.;OPOS=100617479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:16:6:16:12:16:6:16:12 chr9 100617583 . T C 318.16 PASS AF=0.592593;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.015052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.035;QD=23.5672;RBI=0.0168633;REFB=-0.0157136;REVB=-0.00760319;RO=22;SAF=12;SAR=19;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017354;STB=0.514697;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0191992;OID=.;OPOS=100617583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:22:31:32:0.592593:19:12:9:13:20:12:9:13 chr9 100617949 . T C 333.29 PASS AF=0.557377;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00324231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0505;QD=21.8554;RBI=0.0295283;REFB=-0.0355936;REVB=0.0293497;RO=28;SAF=25;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247253;STB=0.646965;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.004538;OID=.;OPOS=100617949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:27:33:34:0.557377:8:25:14:14:8:26:13:14 chr9 100618578 . C T 30.34 PASS AF=0.277778;AO=5;DP=18;FAO=5;FDP=18;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0109694;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0951;QD=6.74113;RBI=0.0270413;REFB=0.0047774;REVB=-0.0247165;RO=13;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324286;STB=0.716993;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0107292;OID=.;OPOS=100618578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:18:18:13:13:5:5:0.277778:1:4:7:6:1:4:7:6 chr9 100672338 . C T 316.83 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.00412852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.415;QD=20.4406;RBI=0.0202065;REFB=-0.02432;REVB=-0.0197803;RO=27;SAF=16;SAR=17;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247829;STB=0.63109;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0237003;OID=.;OPOS=100672338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:29:33:33:0.532258:17:16:5:22:17:16:6:23 chr9 100675816 . A G 163.11 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0159016;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.629;QD=19.7711;RBI=0.0215218;REFB=0.00648381;REVB=0.0145027;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463574;STB=0.518497;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00291258;OID=.;OPOS=100675816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:16:16:17:0.515152:10:6:6:8:10:7:6:10 chr9 100684719 . A C 205.4 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.00132365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.605;QD=12.8377;RBI=0.0254957;REFB=-0.00409823;REVB=0.0254613;RO=38;SAF=11;SAR=14;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33366;STB=0.679481;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00839134;OID=.;OPOS=100684719;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:39:25:25:0.390625:14:11:29:9:14:11:29:10 chr9 100684757 . A G 277.35 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00974923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.885;QD=18.4898;RBI=0.0277081;REFB=-0.0239315;REVB=-0.0259363;RO=30;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207317;STB=0.615311;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0303836;OID=.;OPOS=100684757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:16:14:21:9:16:14:21:9 chr9 101533220 . C T 701.65 PASS AF=1;AO=44;DP=54;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360251;FXX=0.0740604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.771;QD=56.1316;RBI=0.0379492;REFB=0;REVB=0.0119306;RO=0;SAF=6;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43516e-05;OID=.;OPOS=101533220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:50:0:0:44:50:1:38:6:0:0:42:8:0:0 chr9 101611795 . G A 361.83 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0266832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.842;QD=25.8447;RBI=0.0300137;REFB=-0.0237471;REVB=-0.0137415;RO=21;SAF=16;SAR=19;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131184;STB=0.507183;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0178784;OID=.;OPOS=101611795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:19:16:10:11:19:16:10:11 chr9 101767245 . G A 196.74 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00411165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.599;QD=18.301;RBI=0.0122061;REFB=-0.0102198;REVB=0.0114927;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230401;STB=0.639204;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00824072;OID=.;OPOS=101767245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:23:19:20:0.465116:7:12:9:14:7:13:9:14 chr9 101767303 . G A 75.82 PASS AF=0.366667;AO=9;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0223475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.802;QD=10.1094;RBI=0.0223507;REFB=-0.0125619;REVB=-0.000375778;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133986;STB=0.533274;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0227176;OID=.;OPOS=101767303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:30:19:19:9:11:0.366667:7:2:6:13:7:4:6:13 chr9 101767315 . G A 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00595885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.605;QD=26.6376;RBI=0.0487245;REFB=0.00549219;REVB=0.0483587;RO=8;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443367;STB=0.524661;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00163688;OID=.;OPOS=101767315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:11:5:2:6:11:5:2:6 chr9 101784438 . A G 677.83 PASS AF=0.496403;AO=67;DP=137;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.00377201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.93;QD=19.506;RBI=0.00432108;REFB=-0.0260581;REVB=-0.00210801;RO=69;SAF=35;SAR=32;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936104;STB=0.553946;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0193608;OID=.;OPOS=101784438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:69:70:67:69:0.496403:32:35:29:40:33:36:29:41 chr9 101796880 . A C,T 31.57 PASS AF=0.0491803,0.0819672;AO=3,3;DP=59;FAO=3,5;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=2,2;FSAR=1,3;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=-0.0230364,-0.0225156;FXX=0.0161264;HRUN=28,28;LEN=1,1;MLLD=99.7945,116.424;QD=2.07022;RBI=0.0240992,0.0227923;REFB=-0.00162811,-0.000278182;REVB=-0.00707797,0.0035402;RO=51;SAF=2,2;SAR=1,1;SRF=14;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.363025,0.363025;STB=0.831751,0.635886;STBP=0.512,0.617;TYPE=snp,snp;VARB=0.0184376,0.0177813;OID=.,.;OPOS=101796880,101796880;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:14:59:61:51:53:3,3:3,5:0.0491803,0.0819672:1,1:2,2:14:37:1,3:2,2:14:39 chr9 101814730 . CT C 118.76 PASS AF=0.384615;AO=22;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0034867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.3275;QD=7.30844;RBI=0.0705556;REFB=0.00978983;REVB=0.0704694;RO=35;SAF=13;SAR=9;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140756;STB=0.548981;STBP=0.573;TYPE=del;VARB=-0.00222954;OID=.;OPOS=101814731;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:22:65:25:65:40:15:10:27:13:99:35:13:9:25:10 chr9 101822220 . C T 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=8.81606e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.046;QD=25.5724;RBI=0.00897626;REFB=-0.00667211;REVB=-0.00897583;RO=17;SAF=16;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333929;STB=0.518503;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00561763;OID=.;OPOS=101822220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:8:16:12:5:8:16:12:5 chr9 101831995 . G A 514.79 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00476792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9566;QD=55.6532;RBI=0.061552;REFB=-0.107488;REVB=0.0613671;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.518508;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00394338;OID=.;OPOS=101831995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:0:1:35:36:0.972973:13:22:0:0:13:23:0:1 chr9 101832262 . A AG 163.74 PASS AF=0.851852;AO=6;DP=32;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00546397;FXX=0.0999667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.3641;QD=24.2572;RBI=0.100445;REFB=-0.0993075;REVB=0.100296;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.566611;STBP=0.135;TYPE=ins;VARB=0.0802532;OID=.;OPOS=101832263;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.851852:6:32:23:27:4:10:13:0:4:9:24:2:4:8:16 chr9 101832264 . T G 75.7 PASS AF=0.387097;AO=9;DP=27;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0576763;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=25.9135;QD=9.76802;RBI=0.0839096;REFB=-0.104204;REVB=0.0609448;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30146;STB=0.703835;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.10681;OID=.;OPOS=101832264;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:31:17:19:9:12:0.387097:7:2:8:9:10:2:8:11 chr9 101890227 . C T 275.02 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00210687;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.397;QD=17.7431;RBI=0.00864886;REFB=-0.00286362;REVB=-0.00838832;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234378;STB=0.519987;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00310627;OID=.;OPOS=101890227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:33:32:30:30:0.483871:18:12:14:19:18:12:14:18 chr9 101890980 . A G 427.32 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.00514039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.41;QD=15.539;RBI=0.0266893;REFB=-0.0154914;REVB=0.0261896;RO=62;SAF=25;SAR=23;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126317;STB=0.570582;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0176615;OID=.;OPOS=101890980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:62:48:48:0.436364:23:25:40:22:23:25:40:22 chr9 101913699 . G T 544.94 PASS AF=0.35468;AO=59;DP=193;FAO=72;FDP=203;FR=.;FRO=131;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=62;FSRR=69;FWDB=0.0088184;FXX=0.0240373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.631;QD=10.7378;RBI=0.00882611;REFB=-0.00481335;REVB=0.000368765;RO=97;SAF=28;SAR=31;SRF=55;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101123;STB=0.517237;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0133696;OID=.;OPOS=101913699;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:203:97:131:59:72:0.35468:31:28:55:42:36:36:62:69 chr9 101947879 . ATGT A 970.71 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222823;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=3;MLLD=309.608;QD=59.736;RBI=0.0175643;REFB=0;REVB=0.0174224;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.37276e-05;OID=.;OPOS=101947880;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:67:65:65:0:38:27:0:0:5:0:39:25:0:0 chr9 102067887 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.397;QD=39.2068;RBI=0.0175927;REFB=0;REVB=-0.00981061;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000380522;OID=.;OPOS=102067887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr9 102068344 . C G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2767;QD=39.206;RBI=0.0470047;REFB=0;REVB=-0.0231661;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00391887;OID=.;OPOS=102068344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr9 102068770 . T C 1132.59 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.948;QD=60.4045;RBI=0.0483155;REFB=0;REVB=0.0429803;RO=0;SAF=53;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26905e-05;OID=.;OPOS=102068770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:22:53:0:0:22:53:0:0 chr9 102068832 . G A 2007.99 PASS AF=0.970588;AO=129;DP=133;FAO=132;FDP=136;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.080291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0037;QD=59.0584;RBI=0.103868;REFB=-0.0722821;REVB=0.065893;RO=3;SAF=70;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00539685;STB=0.500894;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0119042;OID=.;OPOS=102068832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:133:136:3:4:129:132:0.970588:59:70:2:1:62:70:2:2 chr9 102713580 . G A 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.559;QD=58.5979;RBI=0.0447607;REFB=0;REVB=-0.00341419;RO=0;SAF=18;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175799;OID=.;OPOS=102713580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:46:18:0:0:46:18:0:0 chr9 102731149 . G A 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00563295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.189;QD=16.8123;RBI=0.00563645;REFB=-0.0114441;REVB=-0.000198496;RO=41;SAF=25;SAR=13;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119735;STB=0.608526;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0116031;OID=.;OPOS=102731149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:47:38:38:0.447059:13:25:22:19:13:25:22:25 chr9 102732237 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0833025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.308;QD=49.598;RBI=0.0842383;REFB=0;REVB=0.0125214;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589795;OID=.;OPOS=102732237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr9 103060386 . T G 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6417;QD=62.3122;RBI=0.0237109;REFB=0;REVB=0.0210149;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227945;OID=.;OPOS=103060386;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:49:37:0:0:49:37:0:0 chr9 103064530 . G A 513.83 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.58;QD=58.7236;RBI=0.03655;REFB=0;REVB=-0.0231487;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41048e-05;OID=.;OPOS=103064530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:12:22:0:0:13:22:0:0 chr9 104133628 . C T 323.81 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.565;QD=53.9682;RBI=0.094783;REFB=0;REVB=0.0943227;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000790301;OID=.;OPOS=104133628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:17:5:0:0:19:5:0:0 chr9 104152790 . G C 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0170559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.633;QD=22.7217;RBI=0.0198381;REFB=-0.0297509;REVB=0.0101315;RO=23;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145968;STB=0.580593;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0143397;OID=.;OPOS=104152790;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:18:13:14:9:18:13:14:9 chr9 104152846 . G A 314.36 PASS AF=0.472973;AO=30;DP=70;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00736357;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.173;QD=16.9923;RBI=0.0100453;REFB=-0.0264056;REVB=-0.00683275;RO=40;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927923;STB=0.529395;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0242068;OID=.;OPOS=104152846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:40:39:30:35:0.472973:13:17:19:21:16:19:19:20 chr9 104170422 . C T 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-8.80514e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.767;QD=16.5274;RBI=0.00238198;REFB=-0.00713145;REVB=0.00238035;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217006;STB=0.622655;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00685578;OID=.;OPOS=104170422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:9:16:12:17:9:16:12:17 chr9 104324545 . G A 1098.88 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.429;QD=60.2125;RBI=0.0190125;REFB=0;REVB=0.018414;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52516e-05;OID=.;OPOS=104324545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:35:37:0:0:36:37:0:0 chr9 104449063 . C T 1428.53 PASS AF=0.96;AO=89;DP=93;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0170158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.15;QD=57.1412;RBI=0.020145;REFB=-0.0906326;REVB=0.0107836;RO=3;SAF=52;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015902;STB=0.512182;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0037342;OID=.;OPOS=104449063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:93:100:3:4:89:96:0.96:37:52:1:2:43:53:1:3 chr9 104499575 . T C 1766.79 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2204;QD=60.9237;RBI=0.0346682;REFB=0;REVB=0.00182618;RO=0;SAF=63;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152064;OID=.;OPOS=104499575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:53:63:0:0:53:63:0:0 chr9 105018910 . A C 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0300147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.787;QD=21.7451;RBI=0.031753;REFB=-0.00864675;REVB=0.0103619;RO=16;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160953;STB=0.59081;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00625716;OID=.;OPOS=105018910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:6:13:8:8:6:13:8:8 chr9 105780618 . G A 2228.2 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0949645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2217;QD=63.2113;RBI=0.107982;REFB=0;REVB=0.0513999;RO=0;SAF=65;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062042;OID=.;OPOS=105780618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:141:0:0:137:141:1:72:65:0:0:74:67:0:0 chr9 106875752 . T C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0168188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.227;QD=12.4824;RBI=0.017019;REFB=-0.00814553;REVB=-0.00260224;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206538;STB=0.512175;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0107697;OID=.;OPOS=106875752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:6:13:8:4:6:13 chr9 107266596 . T C 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0124698;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=250.479;QD=16.8946;RBI=0.0214499;REFB=-0.00783144;REVB=-0.0174529;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295483;STB=0.52401;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00934994;OID=.;OPOS=107266596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:32:32:0.463768:17:15:18:18:17:15:19:18 chr9 107266774 . C G 396.6 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0282645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.64;QD=17.8246;RBI=0.0295573;REFB=-0.0344198;REVB=-0.00864589;RO=48;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554183;STB=0.530978;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.041691;OID=.;OPOS=107266774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:22:19:25:23:22:19:25:23 chr9 107266844 . A G 301.54 PASS AF=0.402299;AO=33;DP=85;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00829483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.325;QD=13.8638;RBI=0.0145426;REFB=-0.0127294;REVB=-0.011945;RO=52;SAF=17;SAR=16;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574158;STB=0.548529;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.025429;OID=.;OPOS=107266844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:52:52:33:35:0.402299:16:17:24:28:16:19:24:28 chr9 107266943 . G A 253.54 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00571632;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.259;QD=21.1279;RBI=0.0110192;REFB=0.00415068;REVB=0.00942059;RO=24;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772338;STB=0.543441;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.0098029;OID=.;OPOS=107266943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:9:15:13:11:9:15:13:11 chr9 107267352 . T C 848.27 PASS AF=0.541096;AO=79;DP=147;FAO=79;FDP=146;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00994454;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5796;QD=23.2402;RBI=0.0297709;REFB=-0.0078917;REVB=0.0280609;RO=67;SAF=37;SAR=42;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045354;STB=0.524812;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00863622;OID=.;OPOS=107267352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:67:67:79:79:0.541096:42:37:35:32:42:37:35:32 chr9 107298444 . C T 218.02 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0131478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.149;QD=15.5732;RBI=0.0226969;REFB=-0.00870184;REVB=-0.018501;RO=31;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167666;STB=0.594826;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0139462;OID=.;OPOS=107298444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:11:14:12:19:11:14:12:19 chr9 107299001 . C A 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00731999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.722;QD=23.5284;RBI=0.00970209;REFB=-0.00544127;REVB=0.00636776;RO=15;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29002;STB=0.662555;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00267877;OID=.;OPOS=107299001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:14:6:10:5:14:6:10:5 chr9 107331504 . C A 308.28 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0307543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.803;QD=18.405;RBI=0.0313092;REFB=-0.0300382;REVB=0.00586839;RO=33;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562232;STB=0.537431;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0322634;OID=.;OPOS=107331504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:34:33:33:0.492537:14:19:21:12:14:19:22:12 chr9 107360922 . A G 367.17 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0323974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3043;QD=16.502;RBI=0.0349379;REFB=-0.0136219;REVB=-0.013079;RO=50;SAF=22;SAR=17;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444967;STB=0.525016;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0115334;OID=.;OPOS=107360922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:17:22:26:24:17:22:26:24 chr9 107361312 . T C 292.73 PASS AF=0.457143;AO=20;DP=72;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00453026;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.859;QD=16.7273;RBI=0.007702;REFB=-0.0392584;REVB=0.00622877;RO=33;SAF=4;SAR=16;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293494;STB=0.528554;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0317647;OID=.;OPOS=107361312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:33:38:20:32:0.457143:16:4:14:19:16:16:17:21 chr9 107361439 . G C 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.000938872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.077;QD=9.85826;RBI=0.0211375;REFB=-0.00393793;REVB=-0.0211166;RO=29;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152806;STB=0.509211;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0151275;OID=.;OPOS=107361439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:7:6:13:16:7:6:13:16 chr9 107361460 . G A 61.34 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0273802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7182;QD=7.01062;RBI=0.0367058;REFB=-0.0084235;REVB=0.0244468;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417813;STB=0.541309;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0317377;OID=.;OPOS=107361460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:25:26:9:9:0.257143:4:5:13:12:4:5:13:13 chr9 107361642 . G A 390.79 PASS AF=0.445652;AO=38;DP=89;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00155642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.699;QD=16.9909;RBI=0.0115137;REFB=-0.00506084;REVB=0.011408;RO=48;SAF=11;SAR=27;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120471;STB=0.580845;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00695497;OID=.;OPOS=107361642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:48:51:38:41:0.445652:27:11:19:29:30:11:20:31 chr9 107367132 . G A 249.49 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0181559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6653;QD=11.8806;RBI=0.0266053;REFB=-0.0183818;REVB=-0.0194475;RO=53;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192592;STB=0.603706;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0265976;OID=.;OPOS=107367132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:54:30:30:0.357143:14:16:19:34:14:16:20:34 chr9 107379895 . G T 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.030208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1759;QD=24.5155;RBI=0.0319921;REFB=-0.0106781;REVB=0.0105343;RO=22;SAF=19;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180232;STB=0.600588;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00724916;OID=.;OPOS=107379895;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:8:19:11:11:8:19:11:11 chr9 107380396 . T G 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0105805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.085;QD=15.6453;RBI=0.0112969;REFB=-0.0037287;REVB=-0.00395889;RO=29;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030906;STB=0.517609;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00603287;OID=.;OPOS=107380396;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:13:9:11:18:13:9:11:18 chr9 107456763 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.797;QD=56.1916;RBI=0.0232242;REFB=0;REVB=0.00994349;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87927e-05;OID=.;OPOS=107456763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr9 107457275 . A C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.184;QD=58.9627;RBI=0.0176329;REFB=0;REVB=0.00624971;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6014e-05;OID=.;OPOS=107457275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr9 107457532 . C T 428.94 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00716972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6666;QD=57.1918;RBI=0.0386308;REFB=0;REVB=-0.0379596;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000988352;OID=.;OPOS=107457532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr9 107457759 . C T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2401;QD=62.0196;RBI=0.0425675;REFB=0;REVB=-0.0178708;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000777629;OID=.;OPOS=107457759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr9 107562804 . T C 709.76 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00652916;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=300.005;QD=59.1467;RBI=0.00776424;REFB=-0.0610096;REVB=0.00420161;RO=2;SAF=26;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00518874;STB=0.50943;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-6.67317e-05;OID=.;OPOS=107562804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:48:48:2:1:46:47:0.979167:20:26:1:1:21:26:1:0 chr9 107586753 . T C 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.512;QD=57.7096;RBI=0.0315881;REFB=0;REVB=0.030026;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100146;OID=.;OPOS=107586753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr9 107588033 . C T 131.22 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00617706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.361;QD=14.1854;RBI=0.00911421;REFB=-0.00621267;REVB=-0.0067017;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103647;STB=0.560358;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0103625;OID=.;OPOS=107588033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:6:9:11:11:6:9:11:11 chr9 107591272 . G T 1476.36 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0476863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.653;QD=62.1624;RBI=0.050709;REFB=-0.101972;REVB=-0.0172461;RO=1;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869954;STB=0.504586;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000211686;OID=.;OPOS=107591272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:54:39:0:1:54:40:0:1 chr9 107620867 . C T 465.42 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0745754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8978;QD=25.158;RBI=0.0758024;REFB=0.0175585;REVB=-0.0135837;RO=29;SAF=24;SAR=20;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299495;STB=0.508681;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0112962;OID=.;OPOS=107620867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:30:44:44:0.594595:20:24:17:12:20:24:17:13 chr9 107624029 . C T 569.79 PASS AF=0.491667;AO=59;DP=120;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0241397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9938;QD=18.9931;RBI=0.0313682;REFB=-0.0129659;REVB=0.020031;RO=60;SAF=38;SAR=21;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750288;STB=0.546746;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0157829;OID=.;OPOS=107624029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:61:59:59:0.491667:21:38:34:26:21:38:34:27 chr9 108152199 . G A 734.18 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.741;QD=61.1816;RBI=0.0131726;REFB=0.00496921;REVB=-0.000213545;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=2.20733e-05;OID=.;OPOS=108152199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:25:22:1:0:25:22:1:0 chr9 108398331 . T G 344.79 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0175705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2635;QD=21.8913;RBI=0.0262896;REFB=0.00436955;REVB=0.0195555;RO=28;SAF=29;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28433;STB=0.658988;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0029203;OID=.;OPOS=108398331;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:6:29:16:12:6:29:16:12 chr9 108425267 . C T 545.22 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00997589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.333;QD=57.392;RBI=0.0591582;REFB=0.064765;REVB=0.058311;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208135;STB=0.511105;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00278414;OID=.;OPOS=108425267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:15:22:1:0:15:22:1:0 chr9 108536426 . AT A 344.19 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.202157;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.2059;QD=36.231;RBI=0.215598;REFB=0;REVB=-0.0749345;RO=3;SAF=12;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510379;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00563848;OID=.;OPOS=108536427;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:38:38:38:0:15:23:0:0:7:3:12:22:2:1 chr9 109689859 . T C 1108.58 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00869081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.156;QD=57.5887;RBI=0.0578642;REFB=-0.0627023;REVB=0.0572078;RO=1;SAF=51;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918851;STB=0.505349;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.000680874;OID=.;OPOS=109689859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:1:2:75:75:0.974026:24:51:1:0:24:51:1:1 chr9 109691676 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.332;QD=60.2307;RBI=0.0333127;REFB=0;REVB=0.0295362;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114105;OID=.;OPOS=109691676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:14:22:0:0:15:22:0:0 chr9 110084328 . C T 454.03 PASS AF=0.694915;AO=40;DP=58;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0303813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.312;QD=30.7816;RBI=0.0306608;REFB=-0.00930697;REVB=0.00413064;RO=18;SAF=14;SAR=26;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242192;STB=0.507538;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00196577;OID=.;OPOS=110084328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:18:18:40:41:0.694915:26:14:7:11:26:15:7:11 chr9 110249505 . C T 765.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1653;QD=63.7852;RBI=0.091919;REFB=0;REVB=0.0825682;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155645;OID=.;OPOS=110249505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr9 110425506 . A T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.647;QD=42.1826;RBI=0.00450243;REFB=0;REVB=-0.00206936;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28115e-05;OID=.;OPOS=110425506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr9 111617650 . G A 313.43 PASS AF=0.416667;AO=32;DP=81;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0367354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3609;QD=14.9251;RBI=0.119136;REFB=-0.0184237;REVB=0.113331;RO=48;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219529;STB=0.542833;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.03011;OID=.;OPOS=111617650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:48:49:32:35:0.416667:16:16:25:23:19:16:26:23 chr9 111618163 . G A 179.64 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0237349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.4523;QD=15.6206;RBI=0.0237353;REFB=-0.00731255;REVB=0.000140183;RO=27;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179564;STB=0.603799;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0165092;OID=.;OPOS=111618163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:6:13:14:13:6:13:14:13 chr9 111618309 . T C 266.23 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0738552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2323;QD=21.2985;RBI=0.0743325;REFB=-0.0226187;REVB=-0.00841008;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245859;STB=0.637258;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0253068;OID=.;OPOS=111618309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:14:11:18:7:14:11:18:7 chr9 111618602 . A G 726.97 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447877;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2431;QD=57.0169;RBI=0.0483133;REFB=0;REVB=-0.0181173;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000572953;OID=.;OPOS=111618602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:50:51:1:28:22:0:0:28:23:0:0 chr9 111618796 . C T 349.99 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00804719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.09;QD=17.7211;RBI=0.00834016;REFB=-0.0160194;REVB=-0.00219114;RO=42;SAF=15;SAR=22;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136042;STB=0.576113;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0152842;OID=.;OPOS=111618796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:22:15:23:19:22:15:23:19 chr9 111618926 . A G 515.41 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.000849442;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.894;QD=24.5434;RBI=0.0357295;REFB=-0.0194307;REVB=-0.0357194;RO=37;SAF=19;SAR=29;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179534;STB=0.592683;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0224845;OID=.;OPOS=111618926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:37:36:48:48:0.571429:29:19:23:14:29:19:22:14 chr9 111625913 . A G 787.71 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00518866;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.678;QD=57.2878;RBI=0.0172174;REFB=0;REVB=-0.016417;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41057e-05;OID=.;OPOS=111625913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr9 111653574 . C G 749.46 PASS AF=0.5;AO=72;DP=146;FAO=73;FDP=146;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.0156933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0191;QD=20.5331;RBI=0.0169774;REFB=-0.00322411;REVB=0.00647707;RO=72;SAF=36;SAR=36;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075652;STB=0.541046;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00440281;OID=.;OPOS=111653574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:72:73:72:73:0.5:36:36:42:30:37:36:42:31 chr9 111727670 . C G 180.37 PASS AF=0.428571;AO=19;DP=47;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0130575;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.188;QD=14.7241;RBI=0.027172;REFB=-0.0168977;REVB=0.023829;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686689;STB=0.568564;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0283957;OID=.;OPOS=111727670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:28:28:19:21:0.428571:8:11:18:10:10:11:18:10 chr9 111754288 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.426;QD=60.5471;RBI=0.0376241;REFB=0;REVB=0.0292893;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05008e-05;OID=.;OPOS=111754288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr9 111755008 . C T 195.16 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.021365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.123;QD=14.1934;RBI=0.0251705;REFB=-0.0223464;REVB=-0.0133077;RO=30;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204658;STB=0.517226;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0245187;OID=.;OPOS=111755008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:32:23:23:0.418182:15:8:11:19:15:8:12:20 chr9 111781779 . T C 299.32 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00846613;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.476;QD=15.7536;RBI=0.0397061;REFB=-0.0163262;REVB=0.038793;RO=43;SAF=21;SAR=12;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823779;STB=0.546571;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0177135;OID=.;OPOS=111781779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:43:43:33:33:0.434211:12:21:24:19:12:21:24:19 chr9 111868885 . G A 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0120055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.327;QD=12.4027;RBI=0.0246811;REFB=-0.0114402;REVB=-0.0215645;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264837;STB=0.515561;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0216694;OID=.;OPOS=111868885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:7:9:17:12:7:9:17:12 chr9 111881927 . T C 137.85 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00565681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.207;QD=19.0138;RBI=0.0311254;REFB=-0.0302197;REVB=-0.0306071;RO=14;SAF=13;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.6086;STB=0.773382;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0214382;OID=.;OPOS=111881927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:14:14:15:0.517241:1:13:6:8:2:13:6:8 chr9 111945049 . T G 487.86 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00371401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6166;QD=18.2377;RBI=0.0118643;REFB=-0.0087134;REVB=0.011268;RO=55;SAF=29;SAR=23;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112347;STB=0.562274;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00943708;OID=.;OPOS=111945049;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:23:29:24:31:23:29:24:31 chr9 112069477 . T A 357.68 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.257;QD=55.0278;RBI=0.0378589;REFB=0;REVB=0.00128824;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197733;OID=.;OPOS=112069477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr9 112087048 . G T 191.2 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.92;QD=47.7992;RBI=0.0489128;REFB=0;REVB=-0.0104326;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00040342;OID=.;OPOS=112087048;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr9 112219474 . C G 190.21 PASS AF=0.4;AO=18;DP=48;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00647286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.59;QD=15.2168;RBI=0.00953751;REFB=-0.0171219;REVB=-0.00700472;RO=30;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156203;STB=0.54995;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0234881;OID=.;OPOS=112219474;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:30:30:18:20:0.4:11:7:16:14:11:9:16:14 chr9 112225600 . C T 322.92 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00234819;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.731;QD=16.3503;RBI=0.00568881;REFB=0.00559024;REVB=-0.00518155;RO=43;SAF=22;SAR=12;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292699;STB=0.657563;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00429763;OID=.;OPOS=112225600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:43:44:34:35:0.443038:12:22:15:28:13:22:15:29 chr9 112629397 . G A 92.51 PASS AF=0.322581;AO=11;DP=36;FAO=10;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0528672;FXX=0.114253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8632;QD=11.9367;RBI=0.0528748;REFB=-0.0172822;REVB=-0.000896638;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947925;STB=0.534177;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0478028;OID=.;OPOS=112629397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:36:31:13:20:11:10:0.322581:7:4:6:7:6:4:9:11 chr9 112629858 . A G 885.35 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00862556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.401;QD=58.0555;RBI=0.0698;REFB=0;REVB=0.069265;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117416;OID=.;OPOS=112629858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr9 112899361 . A C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00795369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.629;QD=62.3509;RBI=0.0462775;REFB=0;REVB=0.0455889;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158162;OID=.;OPOS=112899361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr9 112900199 . T C 255.67 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00791368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0555;QD=17.9417;RBI=0.0214375;REFB=-0.00975479;REVB=0.0199233;RO=27;SAF=18;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811688;STB=0.56688;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0118068;OID=.;OPOS=112900199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:29:28:28:0.491228:10:18:15:12:10:18:15:14 chr9 112900341 . G GGAAGCT 65.74 PASS AF=0.375;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.008261;FXX=0;HRUN=2;LEN=6;MLLD=311.381;QD=10.9565;RBI=0.0393726;REFB=-0.025761;REVB=0.0384962;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280775;STB=0.545351;STBP=0.759;TYPE=ins;VARB=0.0345355;OID=.;OPOS=112900342;OREF=-;OALT=GAAGCT;OMAPALT=GGAAGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:8:24:9:24:15:6:3:9:6:65:15:5:3:9:6 chr9 112900785 . A G 52.8 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.015067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2651;QD=7.28234;RBI=0.0160216;REFB=-0.00266964;REVB=-0.00544766;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184739;STB=0.511599;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00770309;OID=.;OPOS=112900785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:29:29:21:21:8:8:0.275862:6:2:5:16:6:2:5:16 chr9 112931646 . G A 509.03 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0602023;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2385;QD=59.886;RBI=0.0622562;REFB=0;REVB=0.0158592;RO=0;SAF=28;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000819612;OID=.;OPOS=112931646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:6:28:0:0:6:28:0:0 chr9 112932329 . G A 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.876;QD=60.031;RBI=0.0294781;REFB=0;REVB=0.00816521;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71403e-05;OID=.;OPOS=112932329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr9 112960852 . C T 147.0 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0104968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.622;QD=7.53845;RBI=0.0105348;REFB=-0.00507619;REVB=-0.000894096;RO=56;SAF=7;SAR=14;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226955;STB=0.64334;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00967813;OID=.;OPOS=112960852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:57:21:21:0.269231:14:7:29:27:14:7:30:27 chr9 112960858 . T C 1171.6 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9168;QD=60.8623;RBI=0.040119;REFB=0;REVB=0.0200441;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346815;OID=.;OPOS=112960858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr9 112960869 . A G 1116.85 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.873;QD=60.3703;RBI=0.0346408;REFB=0;REVB=-0.0343728;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.213e-05;OID=.;OPOS=112960869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr9 112963504 . A G 1550.16 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00400626;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.411;QD=59.6215;RBI=0.00422354;REFB=0;REVB=-0.00133721;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87643e-05;OID=.;OPOS=112963504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:46:57:0:0:46:58:0:0 chr9 112963699 . C T 147.19 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00556698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2526;QD=17.3165;RBI=0.0214017;REFB=0.0171633;REVB=0.020665;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459956;STB=0.526283;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00666402;OID=.;OPOS=112963699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:9:7:7:11:9:7:7:11 chr9 112963702 . G A 166.07 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0172258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.512;QD=22.1429;RBI=0.0176602;REFB=-0.0152026;REVB=-0.00389304;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148243;STB=0.583573;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0104574;OID=.;OPOS=112963702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:11:6:7:6:11:6:7:6 chr9 113006420 . A G 1290.54 PASS AF=1;AO=54;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=68;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212902;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6814;QD=60.7312;RBI=0.104106;REFB=0;REVB=0.101905;RO=0;SAF=41;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462249;OID=.;OPOS=113006420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:54:85:1:13:41:0:0:17:68:0:0 chr9 113006421 . T G 273.08 PASS AF=0.367816;AO=31;DP=86;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=14;FWDB=-0.0302968;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.003;QD=12.5555;RBI=0.058826;REFB=-0.0875015;REVB=0.0504242;RO=55;SAF=27;SAR=4;SRF=41;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239827;STB=0.601336;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00733735;OID=.;OPOS=113006421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:55:55:31:32:0.367816:4:27:41:14:5:27:41:14 chr9 113128561 . TGAGGGTAG T 75.43 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00365109;FXX=0;HRUN=1;LEN=8;MLLD=389.5;QD=4.37266;RBI=0.0235217;REFB=-0.00280338;REVB=-0.0232366;RO=49;SAF=9;SAR=4;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255553;STB=0.698144;STBP=0.129;TYPE=del;VARB=0.0146402;OID=.;OPOS=113128562;OREF=GAGGGTAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.188406:13:69:13:69:56:9:4:25:31:75:49:9:4:24:25 chr9 113166697 . T A 1528.71 PASS AF=0.981132;AO=103;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.014743;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.733;QD=57.6871;RBI=0.0159019;REFB=-0.0895111;REVB=0.00595955;RO=1;SAF=44;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106617;STB=0.501486;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.000829057;OID=.;OPOS=113166697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:1:2:103:104:0.981132:59:44:1:0:60:44:1:1 chr9 113169630 . TG CA 556.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270593;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.477;QD=60.1708;RBI=0.0322431;REFB=0;REVB=0.0175331;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000343709;OID=.;OPOS=113169630;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:21:13:0:0:23:14:0:0 chr9 113192220 . A C 211.92 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0262021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.391;QD=20.1832;RBI=0.0375009;REFB=0.0101527;REVB=-0.0268285;RO=21;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216171;STB=0.6295;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00911393;OID=.;OPOS=113192220;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:21:20:21:0.5:6:14:10:11:6:15:10:11 chr9 113208250 . T G 805.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.551;QD=64.4702;RBI=0.0557174;REFB=0;REVB=0.00431961;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95221e-05;OID=.;OPOS=113208250;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:33:16:0:0:33:17:0:0 chr9 113261483 . C T 562.95 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0171164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.888;QD=23.9555;RBI=0.0509703;REFB=-0.014627;REVB=-0.0480105;RO=42;SAF=21;SAR=31;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04065;STB=0.522317;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0115188;OID=.;OPOS=113261483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:42:42:52:52:0.553191:31:21:19:23:31:21:19:23 chr9 113457799 . A G 424.05 PASS AF=0.494382;AO=41;DP=86;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0184942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.841;QD=19.0583;RBI=0.0185462;REFB=-0.0140866;REVB=-0.00138791;RO=45;SAF=18;SAR=23;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08874;STB=0.551541;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0187912;OID=.;OPOS=113457799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:45:45:41:44:0.494382:23:18:24:21:25:19:24:21 chr9 113459655 . C T 421.96 PASS AF=0.518519;AO=41;DP=80;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00841738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.864;QD=20.8374;RBI=0.00940874;REFB=-0.00794891;REVB=-0.00420381;RO=39;SAF=24;SAR=17;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19767;STB=0.601351;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00605531;OID=.;OPOS=113459655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:39:39:41:42:0.518519:17:24:14:25:18:24:14:25 chr9 113538122 . G A 346.75 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00351206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.665;QD=22.3711;RBI=0.0223443;REFB=-0.0301491;REVB=0.0220666;RO=27;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121076;STB=0.566629;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0258483;OID=.;OPOS=113538122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:17:18:18:9:17:18:18:9 chr9 113636353 . T A,G 316.51 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,22;DP=24;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706254,0.0275751;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=82.4864,159.755;QD=52.7523;RBI=0.0122841,0.0286153;REFB=0,0;REVB=-0.0100509,-0.00764502;RO=0;SAF=0,14;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0554137,0.00144405;OID=.,.;OPOS=113636353,113636353;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:24:0:0:2,22:2,22:0.0833333,0.916667:2,8:0,14:0:0:2,8:0,14:0:0 chr9 113636379 . C T 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0158475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7674;QD=14.0965;RBI=0.0208685;REFB=0.00229442;REVB=0.0135777;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396217;STB=0.73261;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0176914;OID=.;OPOS=113636379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:3:10:7:11:3:10:7:11 chr9 113636486 . G C 204.46 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0267235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5721;QD=22.7176;RBI=0.0367641;REFB=-0.0267203;REVB=-0.0252479;RO=15;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809188;STB=0.535677;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0190829;OID=.;OPOS=113636486;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:15:5:5:10:15:5:5:11 chr9 113637854 . G A 149.02 PASS AF=0.5;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0498037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.468;QD=18.6269;RBI=0.0498214;REFB=-0.0171493;REVB=-0.00132808;RO=16;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268023;STB=0.610962;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0164884;OID=.;OPOS=113637854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:15:16:0.5:12:3:7:9:12:4:7:9 chr9 114089882 . C T 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00323507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.093;QD=18.4387;RBI=0.00368192;REFB=-0.00627441;REVB=-0.00175809;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031563;STB=0.517649;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00756742;OID=.;OPOS=114089882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:12:17:16:13:12:17:16:13 chr9 114090279 . A G 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0460371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8866;QD=17.7996;RBI=0.0472635;REFB=-0.00405186;REVB=-0.0106972;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250896;STB=0.514272;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0051496;OID=.;OPOS=114090279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:12:8:9:15:12:8:9:15 chr9 114125854 . T A 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0101553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.047;QD=14.797;RBI=0.0248537;REFB=-0.00638854;REVB=-0.0226843;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126336;STB=0.555453;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00691741;OID=.;OPOS=114125854;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:11:11:0.458333:4:7:6:6:4:7:7:6 chr9 114174415 . T C 346.13 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0114024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.885;QD=19.5005;RBI=0.0164958;REFB=-0.0086634;REVB=0.0119204;RO=35;SAF=13;SAR=23;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165369;STB=0.592064;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00954343;OID=.;OPOS=114174415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:23:13:19:16:23:13:19:16 chr9 114184259 . G C 403.57 PASS AF=0.518987;AO=40;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0271158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9794;QD=20.4338;RBI=0.0271391;REFB=-0.0417065;REVB=-0.00112388;RO=38;SAF=14;SAR=26;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227523;STB=0.629425;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0199452;OID=.;OPOS=114184259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:40:41:0.518987:26:14:23:15:27:14:23:15 chr9 114190337 . G A 491.9 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0122646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5956;QD=17.8874;RBI=0.0337377;REFB=0.0110758;REVB=-0.0314294;RO=55;SAF=25;SAR=28;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117563;STB=0.555383;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.0113793;OID=.;OPOS=114190337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:57:53:53:0.481818:28:25:33:22:28:25:33:24 chr9 114195587 . G A 263.59 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0420141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0047;QD=20.6738;RBI=0.0427958;REFB=-0.0255381;REVB=0.0081426;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0027691;STB=0.506603;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0284046;OID=.;OPOS=114195587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:24:26:27:0.529412:14:12:11:13:15:12:11:13 chr9 114326505 . T G 450.89 PASS AF=0.414634;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0354351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6406;QD=14.6631;RBI=0.0380753;REFB=-0.0219965;REVB=0.0139314;RO=70;SAF=19;SAR=32;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134671;STB=0.57664;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.02035;OID=.;OPOS=114326505;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:70:72:51:51:0.414634:32:19:35:35:32:19:36:36 chr9 114338660 . TA AA,T 38.08 PASS AF=0,0.366667;AO=2,11;DP=30;FAO=0,11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=0,3;FSAR=0,8;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0243178,0.22764;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=211.56,9.88517;QD=5.07711;RBI=0.0527738,0.230226;REFB=-0.000673126,-0.0701042;REVB=-0.0468371,0.034408;RO=17;SAF=2,3;SAR=0,8;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0.3;SSSB=0.439097,-0.478921;STB=0.5,0.79952;STBP=1,0.027;TYPE=snp,del;VARB=0,0.156398;OID=.,.;OPOS=114338660,114338661;OREF=T,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:30:30:17:19:2,11:0,11:0,0.366667:0,8:2,3:13:4:0,8:0,3:15:4 chr9 114359624 . C A 449.91 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00282649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.508;QD=21.6824;RBI=0.0104964;REFB=-0.0114082;REVB=-0.0101087;RO=38;SAF=27;SAR=17;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00740341;STB=0.511769;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00977687;OID=.;OPOS=114359624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:38:39:44:44:0.53012:17:27:23:15:17:27:23:16 chr9 114366094 . G C 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00572791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.264;QD=16.5273;RBI=0.0476063;REFB=-0.0289515;REVB=-0.0472605;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136082;STB=0.507686;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.042299;OID=.;OPOS=114366094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:15:10:12:17:15:10:12:17 chr9 114371322 . T A 220.37 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0313163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6022;QD=16.0271;RBI=0.0518804;REFB=-0.0236584;REVB=0.0413627;RO=30;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451612;STB=0.525527;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0411211;OID=.;OPOS=114371322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:13:12:13:17:13:12:13:17 chr9 114371493 . C T 161.35 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.004953;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.986;QD=16.9837;RBI=0.00825299;REFB=-0.00274422;REVB=-0.00660148;RO=22;SAF=4;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407973;STB=0.724313;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00493909;OID=.;OPOS=114371493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:22:21:17:17:0.447368:13:4:14:8:13:4:13:8 chr9 114411945 . G T 313.45 PASS AF=0.492537;AO=31;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0287903;FXX=0.0147037;HRUN=6;LEN=1;MLLD=219.951;QD=18.7137;RBI=0.0321319;REFB=-0.0264323;REVB=-0.0142681;RO=26;SAF=20;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187058;STB=0.598851;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0198526;OID=.;OPOS=114411945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:26:34:31:33:0.492537:11:20:11:15:13:20:14:20 chr9 114454544 . T C 860.27 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.046902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3229;QD=54.6202;RBI=0.0472079;REFB=-0.165416;REVB=-0.00536541;RO=2;SAF=41;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224705;STB=0.511901;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00506174;OID=.;OPOS=114454544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:20:41:2:0:20:41:2:0 chr9 114454580 . A G 902.55 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00786923;FXX=0.0307645;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.278;QD=57.3046;RBI=0.0087747;REFB=-0.0443589;REVB=0.0038821;RO=1;SAF=45;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269575;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80171e-05;OID=.;OPOS=114454580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:63:1:0:62:63:1:17:45:0:1:18:45:0:0 chr9 114462322 . A G 1164.31 PASS AF=0.987342;AO=74;DP=75;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0718167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.86;QD=58.9524;RBI=0.0797576;REFB=-0.0933826;REVB=0.0346935;RO=1;SAF=28;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165947;STB=0.507934;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000540533;OID=.;OPOS=114462322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:79:1:1:74:78:0.987342:46:28:1:0:47:31:1:0 chr9 114464487 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.056;QD=57.7117;RBI=0.0706893;REFB=0;REVB=0.0698258;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354692;OID=.;OPOS=114464487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr9 114470127 . A G 196.35 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0018772;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9427;QD=11.5497;RBI=0.0263762;REFB=-0.00988956;REVB=0.0263093;RO=42;SAF=5;SAR=20;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393463;STB=0.724636;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0515457;OID=.;OPOS=114470127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:42:43:25:25:0.367647:20:5:22:20:20:5:22:21 chr9 114490308 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.448;QD=61.3357;RBI=0.0343741;REFB=0;REVB=0.0322133;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12938e-05;OID=.;OPOS=114490308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:17:22:0:0:17:23:0:0 chr9 114980967 . T C 146.19 PASS AF=0.432432;AO=13;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00816396;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=32.7585;QD=15.8047;RBI=0.175917;REFB=-0.00876211;REVB=-0.175728;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170764;STB=0.594481;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00540565;OID=.;OPOS=114980967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:21:13:16:0.432432:5:8:11:3:8:8:14:7 chr9 114982463 . T C 101.51 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00267684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.564;QD=18.4559;RBI=0.010551;REFB=-0.00291857;REVB=-0.0102058;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789468;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00537144;OID=.;OPOS=114982463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:22:9:10:11:12:0.545455:5:6:4:5:6:6:5:5 chr9 114982549 . C T 211.35 PASS AF=0.625;AO=19;DP=31;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.00809792;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.157;QD=26.4188;RBI=0.0123022;REFB=-0.0178552;REVB=-0.00926104;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234693;STB=0.630021;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00665691;OID=.;OPOS=114982549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:31:32:11:12:19:20:0.625:11:8:1:10:12:8:1:11 chr9 115034899 . A T 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0528138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.178;QD=7.04803;RBI=0.0529169;REFB=-0.0138575;REVB=-0.00330269;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414198;STB=0.526249;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0353773;OID=.;OPOS=115034899;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:5:3:9:13:5:3:9:13 chr9 115095743 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00829614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.665;QD=57.2026;RBI=0.0321003;REFB=0;REVB=0.0310097;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91705e-05;OID=.;OPOS=115095743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr9 115567184 . T C 847.69 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0592307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.539;QD=52.9809;RBI=0.0660168;REFB=-0.0478375;REVB=0.0291538;RO=3;SAF=33;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111936;STB=0.505935;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00390701;OID=.;OPOS=115567184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:61:61:0.953125:28:33:2:1:28:33:2:1 chr9 115580008 . G C 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0124656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.077;QD=16.8729;RBI=0.0138076;REFB=-0.0143098;REVB=-0.00593789;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011497;STB=0.506572;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0198661;OID=.;OPOS=115580008;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:11:9:12:14:11:9:12:14 chr9 115600848 . T C 1494.1 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00238532;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.066;QD=63.5788;RBI=0.00429147;REFB=0;REVB=-0.00356748;RO=0;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2664e-05;OID=.;OPOS=115600848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:40:53:0:0:40:54:0:0 chr9 115617061 . T C 379.97 PASS AF=0.449438;AO=38;DP=86;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0300021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.084;QD=17.0771;RBI=0.0314701;REFB=-0.0131692;REVB=-0.00949946;RO=48;SAF=21;SAR=17;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109942;STB=0.500567;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00965596;OID=.;OPOS=115617061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:48:49:38:40:0.449438:17:21:26:22:18:22:27:22 chr9 115632969 . A G 1515.79 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0252361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.244;QD=62.507;RBI=0.0404932;REFB=-0.122002;REVB=0.0316676;RO=1;SAF=40;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117078;STB=0.506172;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000658257;OID=.;OPOS=115632969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:97:1:1:96:96:0.989691:56:40:1:0:56:40:1:0 chr9 115635641 . C G 503.89 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.011013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.06;QD=17.5266;RBI=0.0113171;REFB=-0.0068984;REVB=-0.00260592;RO=61;SAF=23;SAR=31;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635576;STB=0.53534;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00694272;OID=.;OPOS=115635641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:54:54:0.469565:31:23:30:31:31:23:30:31 chr9 115637018 . G A 211.68 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0768294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.509;QD=19.6914;RBI=0.0852918;REFB=-0.00579174;REVB=0.0370395;RO=21;SAF=15;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503;STB=0.519981;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00916524;OID=.;OPOS=115637018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:6:15:14:7:6:15:15:7 chr9 115637050 . G GT 72.33 PASS AF=0.541667;AO=23;DP=49;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.10782;FXX=0.020404;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.07762;QD=6.02777;RBI=0.249561;REFB=-0.12402;REVB=0.225068;RO=24;SAF=18;SAR=5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924666;STB=0.544714;STBP=0.539;TYPE=ins;VARB=0.120926;OID=.;OPOS=115637051;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667:23:49:26:48:22:18:8:17:5:55:24:18:5:17:7 chr9 115637215 . T C 235.7 PASS AF=0.469388;AO=24;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00489534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.6013;QD=19.2409;RBI=0.00536968;REFB=-0.00780827;REVB=-0.0022066;RO=24;SAF=18;SAR=6;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415518;STB=0.714616;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00361611;OID=.;OPOS=115637215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:26:24:23:0.469388:6:18:7:17:6:17:9:17 chr9 115652836 . G A 255.15 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00864624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.856;QD=22.1867;RBI=0.0397283;REFB=-0.00521818;REVB=0.038776;RO=22;SAF=5;SAR=19;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434595;STB=0.744881;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0100857;OID=.;OPOS=115652836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:19:5:15:7:19:5:15:7 chr9 115652881 . G T 144.26 PASS AF=0.608696;AO=11;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0915169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.639;QD=25.088;RBI=0.0927034;REFB=-0.0171366;REVB=0.0147844;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305012;STB=0.68329;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00879404;OID=.;OPOS=115652881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:11:14:0.608696:5:6:1:7:5:9:1:7 chr9 115759519 . G A 180.63 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.038532;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5842;QD=12.9024;RBI=0.038842;REFB=-0.0086311;REVB=0.00489736;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174825;STB=0.589207;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00999072;OID=.;OPOS=115759519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:33:34:22:22:0.392857:11:11:22:11:11:11:22:12 chr9 115818949 . A T 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0405047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8275;QD=9.09823;RBI=0.0446246;REFB=-0.00674976;REVB=0.0187274;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217768;STB=0.633843;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0117582;OID=.;OPOS=115818949;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:9:10:3:6:9:10 chr9 115925104 . C T 472.26 PASS AF=0.410853;AO=53;DP=129;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.00900891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.901;QD=14.6436;RBI=0.0106673;REFB=-0.00982495;REVB=-0.00571237;RO=75;SAF=35;SAR=18;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153459;STB=0.583301;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0095405;OID=.;OPOS=115925104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:75:76:53:53:0.410853:18:35:39:36:18:35:40:36 chr9 115925807 . AAT A,ATT 120.17 PASS AF=0.62963,0;AO=11,6;DP=39;FAO=17,0;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=13,0;FSAR=4,0;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.179541,0.0114183;FXX=0.0689417;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=17.2141,10.771;QD=17.8035;RBI=0.28511,0.0125801;REFB=-0.13145,-0.0220404;REVB=0.221478,0.00528018;RO=17;SAF=8,6;SAR=3,0;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.2224,0.717468;STB=0.690581,0.5;STBP=0.015,1;TYPE=del,snp;VARB=0.105269,0;OID=.,.;OPOS=115925808,115925808;OREF=AT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.62963,0:11,6:39:17,0:27:10:13,0:4,0:3:7:64:17:8,6:3,0:9:8 chr9 115926197 . TG T 946.96 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00363316;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.4897;QD=47.3478;RBI=0.100431;REFB=0;REVB=-0.100365;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.677419;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00153415;OID=.;OPOS=115926198;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:79:80:80:0:41:39:0:0:17:0:40:37:0:0 chr9 115926263 . C G 388.67 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0196167;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.08;QD=18.0778;RBI=0.0336963;REFB=-0.0233543;REVB=-0.0273976;RO=43;SAF=18;SAR=22;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141706;STB=0.503519;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0408934;OID=.;OPOS=115926263;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:46:40:40:0.465116:22:18:20:23:22:18:21:25 chr9 115928275 . T C 1090.43 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00756733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.325;QD=58.1562;RBI=0.0269198;REFB=-0.0172915;REVB=0.0258343;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012613;STB=0.506492;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00028988;OID=.;OPOS=115928275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:36:37:1:0:36:38:1:0 chr9 115931692 . A G 461.19 PASS AF=0.469388;AO=45;DP=97;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.00598921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3533;QD=18.8239;RBI=0.0490318;REFB=-0.0104826;REVB=-0.0486647;RO=51;SAF=19;SAR=26;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883552;STB=0.547887;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00737278;OID=.;OPOS=115931692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:51:52:45:46:0.469388:26:19:17:34:27:19:17:35 chr9 115931703 . G A 489.35 PASS AF=0.5;AO=50;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0167364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7765;QD=19.1903;RBI=0.027097;REFB=-0.0257457;REVB=0.0213106;RO=51;SAF=16;SAR=34;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731801;STB=0.532361;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0203676;OID=.;OPOS=115931703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:50:51:0.5:34:16:20:31:34:17:20:31 chr9 115948550 . A G 83.36 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00945119;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.244;QD=9.52724;RBI=0.0117316;REFB=-0.0252875;REVB=-0.0069502;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109862;STB=0.61155;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0639678;OID=.;OPOS=115948550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:36:35:26:24:10:11:0.314286:3:7:16:10:3:8:14:10 chr9 115950706 . A C 144.08 PASS AF=0.4;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0122021;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.72;QD=14.4083;RBI=0.0178529;REFB=-0.0110434;REVB=-0.013032;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217597;STB=0.512642;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0182026;OID=.;OPOS=115950706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:24:24:16:16:0.4:7:9:13:11:7:9:13:11 chr9 115968797 . C T 273.42 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.000800301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.131;QD=12.717;RBI=0.00695633;REFB=0.000730625;REVB=-0.00691014;RO=54;SAF=18;SAR=14;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05455;STB=0.531231;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00132489;OID=.;OPOS=115968797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:14:18:33:21:14:18:33:21 chr9 115985499 . G C 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00348272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.47;QD=18.3009;RBI=0.00803268;REFB=0.00478157;REVB=-0.00723841;RO=23;SAF=5;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356162;STB=0.70349;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00642997;OID=.;OPOS=115985499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:15:5:14:9:15:5:14:9 chr9 116028559 . C A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0149657;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.139;QD=14.6579;RBI=0.0161515;REFB=-0.0102908;REVB=0.00607454;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503595;STB=0.529366;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0136232;OID=.;OPOS=116028559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:4:9:11:6:4:9:11:6 chr9 116059567 . G C 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.109156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.299;QD=13.7525;RBI=0.110662;REFB=-0.019134;REVB=-0.0181933;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146586;STB=0.585254;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0410938;OID=.;OPOS=116059567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:7:8:9:14:7:8:9:14 chr9 116060124 . T C 228.48 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0348652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7001;QD=23.4334;RBI=0.0440976;REFB=-0.000797752;REVB=-0.0270003;RO=17;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218672;STB=0.512184;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00080456;OID=.;OPOS=116060124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:7:15:12:5:7:15:12:5 chr9 116060221 . C T 251.02 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0108438;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1617;QD=25.7452;RBI=0.0226849;REFB=-0.0322165;REVB=0.0199253;RO=16;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123643;STB=0.568481;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0213837;OID=.;OPOS=116060221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:16:16:23:23:0.589744:11:12:11:5:11:12:11:5 chr9 116060487 . T C 84.85 PASS AF=0.292683;AO=11;DP=38;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.105697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0368;QD=8.27841;RBI=0.105786;REFB=-0.0142753;REVB=-0.0043415;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282607;STB=0.547094;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0147671;OID=.;OPOS=116060487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:38:41:25:29:11:12:0.292683:7:4:4:21:8:4:8:21 chr9 116061628 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.023332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4654;QD=12.2163;RBI=0.0236144;REFB=-0.0120262;REVB=-0.00364139;RO=27;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427894;STB=0.751225;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0220171;OID=.;OPOS=116061628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:4:11:9:18:4:11:9:18 chr9 116078520 . T C 269.25 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00795978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6551;QD=14.3601;RBI=0.0375486;REFB=-0.0192702;REVB=-0.0366952;RO=44;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077636;STB=0.544013;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0343893;OID=.;OPOS=116078520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:16:15:18:26:16:15:18:26 chr9 116082647 . C G 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0190811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.405;QD=16.8733;RBI=0.0245833;REFB=-0.0145268;REVB=-0.0154999;RO=25;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771303;STB=0.551674;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0167263;OID=.;OPOS=116082647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:7:13:18:7:7:13:19:7 chr9 116122954 . A G 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0107838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.945;QD=19.0781;RBI=0.0405588;REFB=-0.0242987;REVB=-0.0390989;RO=31;SAF=12;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706329;STB=0.539394;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0263851;OID=.;OPOS=116122954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:20:12:14:17:20:12:14:17 chr9 116132334 . C T 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0211735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.51;QD=21.7452;RBI=0.0686014;REFB=0.00124596;REVB=0.0652521;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132818;STB=0.574392;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.000380309;OID=.;OPOS=116132334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:9:10:11:5:9:10:11:5 chr9 116136198 . C T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00465376;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=252.037;QD=19.9279;RBI=0.00614305;REFB=-0.011992;REVB=0.00400994;RO=9;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801908;STB=0.545383;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00969168;OID=.;OPOS=116136198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:2:10:8:1:2:10:8:1 chr9 116153900 . A G 753.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00268146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.483;QD=56.8573;RBI=0.0133776;REFB=0;REVB=0.0131061;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61824e-05;OID=.;OPOS=116153900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:28:24:0:0:28:25:0:0 chr9 116356373 . G C 1201.69 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.17;QD=60.8449;RBI=0.0700333;REFB=0;REVB=0.0165411;RO=0;SAF=21;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296321;OID=.;OPOS=116356373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:58:21:0:0:58:21:0:0 chr9 116356516 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.715;QD=40.7629;RBI=0.0117184;REFB=0;REVB=0.00592499;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.97592e-05;OID=.;OPOS=116356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr9 116356529 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.143;QD=37.4885;RBI=0.0209006;REFB=0;REVB=0.0168901;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99905e-05;OID=.;OPOS=116356529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr9 116764283 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.416;QD=63.8714;RBI=0.0226058;REFB=0;REVB=0.021181;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41948e-05;OID=.;OPOS=116764283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr9 116764883 . C CCT 50.21 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=17;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00984601;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=2;MLLD=125.063;QD=13.3885;RBI=0.0467556;REFB=-0.108324;REVB=0.0457071;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486101;STB=0.749497;STBP=0.2;TYPE=ins;VARB=0.0493116;OID=.;OPOS=116764884;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:6:17:7:15:8:4:3:8:0:49:10:4:2:10:0 chr9 116770776 . C T 866.51 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.817;QD=57.7673;RBI=0.063048;REFB=0;REVB=0.0379166;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233478;OID=.;OPOS=116770776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:22:36:0:0:22:38:0:0 chr9 116770785 . G A 784.51 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.944;QD=57.0552;RBI=0.0524641;REFB=0;REVB=0.0160292;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118687;OID=.;OPOS=116770785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:19:36:0:0:19:36:0:0 chr9 116813001 . T C 715.66 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.07086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7662;QD=51.1187;RBI=0.0729857;REFB=-0.0887082;REVB=-0.0174862;RO=3;SAF=18;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362612;STB=0.526306;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00438226;OID=.;OPOS=116813001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:56:56:3:2:53:54:0.964286:35:18:2:1:36:18:2:0 chr9 116958216 . C T 1624.33 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.611;QD=60.1605;RBI=0.0194185;REFB=0;REVB=0.0134257;RO=0;SAF=72;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0083e-05;OID=.;OPOS=116958216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:36:72:0:0:36:72:0:0 chr9 116967438 . A G 499.12 PASS AF=0.5;AO=52;DP=105;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0102071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.082;QD=18.8347;RBI=0.0184839;REFB=-0.0553163;REVB=-0.01541;RO=51;SAF=27;SAR=25;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267558;STB=0.528332;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0482467;OID=.;OPOS=116967438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:51:53:52:53:0.5:25:27:28:23:26:27:30:23 chr9 116968512 . C T 458.43 PASS AF=0.471698;AO=48;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.0244504;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.5821;QD=17.2992;RBI=0.115015;REFB=-0.0189783;REVB=-0.112386;RO=43;SAF=32;SAR=16;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368111;STB=0.520324;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0201776;OID=.;OPOS=116968512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:43:56:48:50:0.471698:16:32:27:16:17:33:35:21 chr9 116980052 . C T 102.26 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0521808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2148;QD=9.08947;RBI=0.0793086;REFB=-0.0137081;REVB=0.0597246;RO=32;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233163;STB=0.64263;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0383172;OID=.;OPOS=116980052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:4:9:16:16:4:9:16:16 chr9 117033022 . T C 287.59 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00456682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9316;QD=13.5334;RBI=0.0626471;REFB=0.0264805;REVB=-0.0624804;RO=51;SAF=13;SAR=20;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625663;STB=0.530563;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.0435873;OID=.;OPOS=117033022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:52:33:33:0.388235:20:13:23:28:20:13:23:29 chr9 117044751 . T C 589.94 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00740615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.25;QD=60.507;RBI=0.00740738;REFB=0;REVB=-0.000134941;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80541e-05;OID=.;OPOS=117044751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:23:16:0:0 chr9 117050998 . G A 1078.57 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5001;QD=59.9207;RBI=0.130774;REFB=0;REVB=0.121815;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640952;OID=.;OPOS=117050998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:44:27:0:0:45:27:0:0 chr9 117071744 . A G 172.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0416562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.886;QD=18.1172;RBI=0.0522399;REFB=-0.00630464;REVB=-0.0315241;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104911;STB=0.559813;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00859702;OID=.;OPOS=117071744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:7:11:10:10:7:11:10:10 chr9 117085526 . G A 426.13 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020581;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.192;QD=54.9841;RBI=0.0210895;REFB=-0.0952409;REVB=0.00460324;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000954386;OID=.;OPOS=117085526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:31:0:0:30:31:1:21:9:0:0:22:9:0:0 chr9 117085635 . T C 471.92 PASS AF=0.95122;AO=31;DP=37;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.148391;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.56;QD=46.0406;RBI=0.157076;REFB=-0.142709;REVB=0.0515083;RO=6;SAF=4;SAR=27;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275504;STB=0.517233;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0462751;OID=.;OPOS=117085635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:41:6:2:31:39:0.95122:27:4:4:2:28:11:0:2 chr9 117103973 . A G 81.15 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0136999;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.853;QD=5.23529;RBI=0.0252408;REFB=-0.00741205;REVB=-0.0211993;RO=46;SAF=7;SAR=6;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0062108;STB=0.506225;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0210313;OID=.;OPOS=117103973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:63:62:46:49:13:13:0.209677:6:7:25:21:6:7:26:23 chr9 117122202 . C T 376.22 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00355955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.067;QD=19.2931;RBI=0.00991654;REFB=-0.00198028;REVB=0.00925566;RO=39;SAF=14;SAR=24;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268925;STB=0.652664;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0030841;OID=.;OPOS=117122202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:39:38:39:0.5:24:14:26:13:25:14:26:13 chr9 117124731 . G A 217.43 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0790741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9018;QD=22.8871;RBI=0.116045;REFB=-0.0251202;REVB=0.0849336;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238952;STB=0.513356;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0252585;OID=.;OPOS=117124731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:13:8:6:11:13:8:6:11 chr9 117166246 . A G 259.69 PASS AF=0.460317;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00131616;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.714;QD=16.4879;RBI=0.00357455;REFB=-0.0183588;REVB=-0.00332342;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101912;STB=0.554418;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.020152;OID=.;OPOS=117166246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:33:34:28:29:0.460317:14:14:13:20:15:14:13:21 chr9 117166338 . G C 474.32 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0257233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.049;QD=51.2776;RBI=0.0531181;REFB=-0.0290438;REVB=0.0464742;RO=3;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847389;STB=0.545428;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000390124;OID=.;OPOS=117166338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:3:3:34:34:0.918919:15:19:0:3:15:19:0:3 chr9 117169033 . A G 370.24 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.05691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3684;QD=19.7463;RBI=0.0631581;REFB=-0.0426778;REVB=-0.0273897;RO=36;SAF=16;SAR=22;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700713;STB=0.532746;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0256061;OID=.;OPOS=117169033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:37:38:38:0.506667:22:16:18:18:22:16:18:19 chr9 117170310 . C T 67.8 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0351046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1285;QD=6.61419;RBI=0.0357674;REFB=0.00184833;REVB=-0.0068537;RO=30;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483426;STB=0.801256;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0117071;OID=.;OPOS=117170310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:40:41:30:31:10:10:0.243902:3:7:8:22:3:7:8:23 chr9 117186677 . A G 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0093325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.504;QD=15.7907;RBI=0.0162486;REFB=-0.0206377;REVB=-0.0133012;RO=38;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829694;STB=0.537933;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0253131;OID=.;OPOS=117186677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:39:31:31:0.442857:17:14:14:24:17:14:15:24 chr9 117188566 . C T 1871.96 PASS AF=0.94964;AO=121;DP=133;FAO=132;FDP=139;FR=.;FRO=7;FSAF=59;FSAR=73;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00855674;FXX=0.0347198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.609;QD=53.8692;RBI=0.0438098;REFB=-0.136353;REVB=0.0429661;RO=3;SAF=58;SAR=63;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00861689;STB=0.520796;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00141719;OID=.;OPOS=117188566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:133:139:3:7:121:132:0.94964:63:58:2:1:73:59:6:1 chr9 117188567 . G T 45.09 PASS AF=0.0902778;AO=12;DP=143;FAO=13;FDP=144;FR=.;FRO=131;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=64;FSRR=67;FWDB=0.0413888;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.9589;QD=1.25254;RBI=0.0510868;REFB=-0.0311913;REVB=0.0299472;RO=131;SAF=1;SAR=11;SRF=64;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485601;STB=0.907356;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0491036;OID=.;OPOS=117188567;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:143:144:131:131:12:13:0.0902778:11:1:64:67:12:1:64:67 chr9 117266853 . T A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.000936667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6722;QD=12.3957;RBI=0.0511059;REFB=-0.0257843;REVB=0.0510973;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0363157;OID=.;OPOS=117266853;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:2:3:3:2:2:3 chr9 117377843 . G C 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00276827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.017;QD=17.56;RBI=0.00963648;REFB=-0.017627;REVB=0.0092303;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157753;STB=0.589647;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0178342;OID=.;OPOS=117377843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:14:7:9:9:14:7 chr9 117428960 . T C 179.62 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0158359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.928;QD=15.6189;RBI=0.0168716;REFB=-0.0272174;REVB=0.00582023;RO=27;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623899;STB=0.535925;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0391595;OID=.;OPOS=117428960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:8:11:14:13:8:11:14:13 chr9 117430524 . G A 434.7 PASS AF=0.323529;AO=55;DP=173;FAO=55;FDP=170;FR=.;FRO=115;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=0.0417661;FXX=0.0607701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.699;QD=10.2282;RBI=0.0426001;REFB=-0.00369065;REVB=0.00838813;RO=109;SAF=29;SAR=26;SRF=49;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896381;STB=0.533122;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.011844;OID=.;OPOS=117430524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:170:109:115:55:55:0.323529:26:29:49:60:26:29:55:60 chr9 117430611 . A T 184.42 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0268997;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.271;QD=8.1063;RBI=0.0558291;REFB=-0.0135759;REVB=-0.0489213;RO=66;SAF=16;SAR=9;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207867;STB=0.624567;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0295487;OID=.;OPOS=117430611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:66:66:25:25:0.274725:9:16:31:35:9:16:31:35 chr9 117433685 . C T 358.75 PASS AF=0.326087;AO=45;DP=138;FAO=45;FDP=138;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=-0.0154049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.61;QD=10.3985;RBI=0.0565629;REFB=0.00466008;REVB=-0.0544247;RO=93;SAF=27;SAR=18;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233341;STB=0.513507;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.0117304;OID=.;OPOS=117433685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:93:93:45:45:0.326087:18:27:54:39:18:27:54:39 chr9 117552885 . T C 609.55 PASS AF=0.432432;AO=64;DP=148;FAO=64;FDP=148;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.0065943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7181;QD=16.4742;RBI=0.011021;REFB=-0.00304267;REVB=-0.00883052;RO=84;SAF=25;SAR=39;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400392;STB=0.522391;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00418623;OID=.;OPOS=117552885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:84:84:64:64:0.432432:39:25:36:48:39:25:36:48 chr9 117553249 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.081846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3234;QD=54.5173;RBI=0.0853596;REFB=0;REVB=0.0242382;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736862;OID=.;OPOS=117553249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr9 117792583 . C G 320.79 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00211117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8593;QD=21.3863;RBI=0.0445887;REFB=0.00822069;REVB=0.0445387;RO=27;SAF=15;SAR=18;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100592;STB=0.555523;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00451763;OID=.;OPOS=117792583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:18:15:9:18:18:15:9:18 chr9 117797597 . T C 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00221396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.55;QD=13.0315;RBI=0.00753339;REFB=-0.00300978;REVB=0.00720072;RO=42;SAF=7;SAR=20;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279096;STB=0.66103;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00469845;OID=.;OPOS=117797597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:20:7:21:21:20:7:21:21 chr9 117808785 . T A 586.68 PASS AF=0.504202;AO=61;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=48;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=17;FWDB=-0.00102838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.258;QD=19.7203;RBI=0.00808655;REFB=-0.0110674;REVB=0.00802089;RO=58;SAF=49;SAR=12;SRF=41;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122928;STB=0.563084;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0103457;OID=.;OPOS=117808785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:58:59:61:60:0.504202:12:49:41:17:12:48:42:17 chr9 117846580 . T C 1564.23 PASS AF=0.990566;AO=106;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00636558;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.659;QD=59.0275;RBI=0.0175445;REFB=0.0676105;REVB=-0.016349;RO=1;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825396;STB=0.504424;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00039628;OID=.;OPOS=117846580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:1:1:106:105:0.990566:57:49:0:1:56:49:0:1 chr9 117848394 . T C 771.19 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.135;QD=56.0861;RBI=0.0693285;REFB=0;REVB=0.021266;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159975;OID=.;OPOS=117848394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:55:0:0:46:55:1:31:15:0:0:31:24:0:0 chr9 117849314 . T C 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.557;QD=59.8365;RBI=0.0445209;REFB=0;REVB=0.00845773;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135174;OID=.;OPOS=117849314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr9 117853022 . C T 1791.71 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0191621;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3663;QD=60.2255;RBI=0.0451006;REFB=-0.0249184;REVB=0.0408274;RO=1;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736346;STB=0.503875;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00143613;OID=.;OPOS=117853022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:117:118:0.991597:64:53:0:1:64:54:0:1 chr9 118163563 . C T 571.52 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0282362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2767;QD=23.0916;RBI=0.0322123;REFB=-0.0105636;REVB=0.0155033;RO=46;SAF=23;SAR=30;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000705158;STB=0.500388;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00881489;OID=.;OPOS=118163563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:46:53:53:0.535354:30:23:20:26:30:23:20:26 chr9 119106881 . C A 1548.65 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871223;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.946;QD=59.5636;RBI=0.0927476;REFB=0;REVB=0.031809;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010817;OID=.;OPOS=119106881;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:51:52:0:0:52:52:0:0 chr9 119158814 . T C 834.41 PASS AF=0.983333;AO=46;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0179841;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.115;QD=55.6275;RBI=0.0560941;REFB=-0.0199379;REVB=0.053133;RO=1;SAF=27;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170959;STB=0.508194;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00391276;OID=.;OPOS=119158814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:60:1:1:46:59:0.983333:19:27:1:0:29:30:1:0 chr9 119160791 . T C 175.56 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9878;QD=46.8172;RBI=0.0431455;REFB=0;REVB=0.0177859;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100958;OID=.;OPOS=119160791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr9 119161253 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.167;QD=52.6124;RBI=0.0636941;REFB=0;REVB=0.0625554;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327712;OID=.;OPOS=119161253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr9 119162545 . C A 459.71 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.456;QD=57.4643;RBI=0.0185236;REFB=0;REVB=0.00981156;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112066;OID=.;OPOS=119162545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:30:32:1:15:15:0:0:17:15:0:0 chr9 119163989 . A G 3700.47 PASS AF=1;AO=231;DP=234;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.084452;FXX=0.00847422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2981;QD=63.2558;RBI=0.0965774;REFB=0;REVB=0.0468514;RO=0;SAF=127;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729357;OID=.;OPOS=119163989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:234:234:0:0:231:234:1:104:127:0:0:107:127:0:0 chr9 119199820 . C G 769.35 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.098;QD=56.989;RBI=0.0742677;REFB=0;REVB=0.0176596;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111415;OID=.;OPOS=119199820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr9 119462112 . C T 765.48 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4772;QD=63.7901;RBI=0.026236;REFB=0;REVB=-0.02613;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102879;OID=.;OPOS=119462112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr9 119463189 . T C 785.74 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.473;QD=64.1421;RBI=0.0508853;REFB=0;REVB=0.0459897;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368674;OID=.;OPOS=119463189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr9 119495697 . T C 1541.95 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00282392;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.623;QD=58.7408;RBI=0.0248468;REFB=-0.0863943;REVB=0.0246858;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-2.75382e-05;OID=.;OPOS=119495697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:0:1:104:104:0.990476:49:55:0:0:49:55:1:0 chr9 119770480 . C T 1724.89 PASS AF=0.936508;AO=118;DP=128;FAO=118;FDP=126;FR=.;FRO=8;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0200827;FXX=0.023254;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.014;QD=54.7585;RBI=0.0200898;REFB=-0.0970878;REVB=0.00053555;RO=7;SAF=63;SAR=55;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567057;STB=0.533893;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000893425;OID=.;OPOS=119770480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:128:126:7:8:118:118:0.936508:55:63:0:7:55:63:0:8 chr9 120039299 . T C 1488.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000509212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.069;QD=63.3399;RBI=0.0089952;REFB=0;REVB=0.00898077;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05795e-06;OID=.;OPOS=120039299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:50:42:0:0:51:43:0:0 chr9 120039324 . GCTGAT G 410.92 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.003205;FXX=0.0660315;HRUN=1;LEN=5;MLLD=249.855;QD=16.6027;RBI=0.00320979;REFB=-0.00777627;REVB=-0.00017532;RO=52;SAF=17;SAR=28;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138842;STB=0.578477;STBP=0.173;TYPE=del;VARB=0.009754;OID=.;OPOS=120039325;OREF=CTGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:45:105:45:99:54:17:28:28:26:99:52:17:28:27:25 chr9 120053776 . T C 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00949257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.801;QD=63.3367;RBI=0.0120484;REFB=0;REVB=0.00741987;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33474e-06;OID=.;OPOS=120053776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:50:43:0:0:50:43:0:0 chr9 120470358 . G A 669.59 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.081;QD=62.2872;RBI=0.0397464;REFB=0;REVB=0.00986052;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291039;OID=.;OPOS=120470358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr9 121928928 . T G 109.24 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00354185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.531;QD=14.0958;RBI=0.0242814;REFB=-0.00857129;REVB=0.0240217;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521121;STB=0.801449;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0054886;OID=.;OPOS=121928928;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:3:10:4:14:3:10:4:14 chr9 122001000 . G A 361.97 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0105739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.015;QD=17.8751;RBI=0.0120708;REFB=-0.00508577;REVB=0.00582195;RO=43;SAF=16;SAR=22;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867955;STB=0.548531;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00549505;OID=.;OPOS=122001000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:22:16:22:21:22:16:22:21 chr9 123117363 . G A 130.23 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0150348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.818;QD=13.3565;RBI=0.026047;REFB=-0.0164118;REVB=0.0212697;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296519;STB=0.670935;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0177936;OID=.;OPOS=123117363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:8:7:18:6:8:7:18:6 chr9 123117437 . A C 115.35 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00920469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7823;QD=8.23899;RBI=0.0138826;REFB=-0.00213097;REVB=-0.0103923;RO=40;SAF=7;SAR=9;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276673;STB=0.665025;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0106549;OID=.;OPOS=123117437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:9:7:27:13:9:7:27:13 chr9 123170733 . C G 346.19 PASS AF=0.928571;AO=25;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0521535;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.23;QD=49.456;RBI=0.0700623;REFB=-0.206886;REVB=0.0467839;RO=1;SAF=8;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054487;STB=0.512039;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00754652;OID=.;OPOS=123170733;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:28:28:1:2:25:26:0.928571:17:8:1:0:17:9:1:1 chr9 123220829 . A G 623.46 PASS AF=0.564815;AO=61;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00248092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.147;QD=23.0912;RBI=0.016582;REFB=-0.0298635;REVB=0.0163953;RO=47;SAF=25;SAR=36;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181246;STB=0.59906;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0143168;OID=.;OPOS=123220829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:47:61:61:0.564815:36:25:30:17:36:25:30:17 chr9 123291036 . C G 169.25 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0116061;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.948;QD=8.35798;RBI=0.0201744;REFB=-0.0170806;REVB=-0.0165017;RO=49;SAF=15;SAR=8;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14621;STB=0.599911;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0267447;OID=.;OPOS=123291036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:49:58:23:23:0.283951:8:15:26:23:8:15:30:28 chr9 123301346 . T G 238.21 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00940976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.252;QD=16.1497;RBI=0.0199755;REFB=-0.0166133;REVB=0.0176204;RO=31;SAF=20;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208791;STB=0.612156;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.020931;OID=.;OPOS=123301346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:7:20:17:14:7:20:18:14 chr9 123342259 . C A 708.51 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.979;QD=62.979;RBI=0.050081;REFB=0;REVB=0.0309397;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018907;OID=.;OPOS=123342259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:26:19:0:0 chr9 123342275 . A G 723.99 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.019;QD=62.9555;RBI=0.020748;REFB=0;REVB=-0.0201582;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124789;OID=.;OPOS=123342275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:28:17:0:0:28:18:0:0 chr9 123618971 . A G 196.17 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00133182;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.7937;QD=12.6561;RBI=0.00156831;REFB=0.00196055;REVB=0.000828156;RO=38;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108383;STB=0.562447;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.0028053;OID=.;OPOS=123618971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:38:24:24:0.387097:15:9:18:20:15:9:18:20 chr9 123671520 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0320995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.0141;QD=10.2401;RBI=0.0329025;REFB=0.0123582;REVB=0.00722508;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143277;STB=0.58604;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.0467824;OID=.;OPOS=123671520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:7:12:5:5:7:12 chr9 123769200 . C T 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00183344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.106;QD=12.5663;RBI=0.0106549;REFB=-0.00507835;REVB=-0.010496;RO=40;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108527;STB=0.56245;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00746265;OID=.;OPOS=123769200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:10:15:20:20:10:15:20:20 chr9 123780005 . G A 427.28 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.0410969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7671;QD=15.5375;RBI=0.0413742;REFB=-0.0210468;REVB=0.00478285;RO=62;SAF=20;SAR=28;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226888;STB=0.626814;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0177162;OID=.;OPOS=123780005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:62:48:48:0.436364:28:20:40:22:28:20:40:22 chr9 123850770 . G A 1149.31 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0084157;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.738;QD=60.4902;RBI=0.0117625;REFB=0;REVB=-0.00821776;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70723e-05;OID=.;OPOS=123850770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:75:76:1:36:39:0:0:36:40:0:0 chr9 123860689 . C T 193.83 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0208308;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.093;QD=10.0689;RBI=0.0460163;REFB=-0.00254866;REVB=-0.0410314;RO=52;SAF=15;SAR=10;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946403;STB=0.555511;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00702563;OID=.;OPOS=123860689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:10:15:27:25:10:15:27:25 chr9 123917020 . T A 576.71 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00367725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.87;QD=21.3595;RBI=0.00678557;REFB=-0.0291697;REVB=0.00570278;RO=50;SAF=27;SAR=31;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045972;STB=0.525247;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0205173;OID=.;OPOS=123917020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:50:58:58:0.537037:31:27:26:24:31:27:26:24 chr9 123929770 . C T 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00323471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3794;QD=9.93194;RBI=0.0256366;REFB=0.00679012;REVB=-0.0254317;RO=35;SAF=10;SAR=5;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838656;STB=0.550655;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0164783;OID=.;OPOS=123929770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:5:10:21:14:5:10:21:14 chr9 124043860 . CA C 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.010095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.583;QD=18.4899;RBI=0.0116008;REFB=0.00623912;REVB=-0.00571562;RO=26;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214666;STB=0.512184;STBP=0.89;TYPE=del;VARB=-0.0072314;OID=.;OPOS=124043861;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:22:48:22:48:26:14:8:16:10:99:26:14:8:16:10 chr9 124045947 . AGGTTCA AGG,AGGTTCATTCATTCA,TCATTCA 248.19 PASS AF=0.118644,0.237288,0.101695;AO=11,12,5;DP=48;FAO=7,14,6;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=3,3,6;FSAR=4,11,0;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0718103,-0.0849437,-0.0850958;FXX=0.0327815;HRUN=2,2,1;LEN=4,8,3;MLLD=77.4649,123.376,173.962;QD=16.8264;RBI=0.0727475,0.0850584,0.103444;REFB=-0.0333199,-0.0250508,-0.0250676;REVB=-0.0116395,-0.00441606,-0.0588172;RO=2;SAF=7,5,5;SAR=4,7,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.178335,0.11262,0.78221;STB=0.583703,0.737894,0.997987;STBP=0.686,0.04,0.013;TYPE=del,ins,mnp;VARB=0.0750917,0.0515663,0.0662963;OID=.,.,.;OPOS=124045950,124045950,124045947;OREF=TTCA,-,AGG;OALT=-,TTCATTCA,TCA;OMAPALT=AGG,AGGTTCATTCATTCA,TCATTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:48:59:2:32:11,12,5:7,14,6:0.118644,0.237288,0.101695:4,7,0:7,5,5:0:2:4,11,0:3,3,6:17:15 chr9 124046830 . CT CC,C 402.08 PASS AF=0.0909091,0.878788;AO=4,26;DP=33;FAO=3,29;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=0,12;FSAR=3,17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111897,0.0139823;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=9.09792,23.1177;QD=48.7365;RBI=0.0161876,0.126161;REFB=-0.0334266,-0.0445725;REVB=-0.0116974,-0.125384;RO=1;SAF=0,12;SAR=4,14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.749895,-0.0371368;STB=0.994936,0.519986;STBP=0.121,0.289;TYPE=snp,del;VARB=0.0569324,0.00695999;OID=.,.;OPOS=124046831,124046831;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0909091,0.878788:4,26:33:3,29:33:1:0,12:3,17:1:0:12:1:0,12:4,14:1:0 chr9 124047774 . A G 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.055475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0503;QD=22.144;RBI=0.0559429;REFB=-0.0285391;REVB=0.00722021;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667668;STB=0.537506;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0258083;OID=.;OPOS=124047774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:9:8:5:8:9:8:5:8 chr9 124048461 . T C 495.52 PASS AF=0.533333;AO=46;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0430451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.512;QD=22.0232;RBI=0.0431596;REFB=-0.0163291;REVB=-0.00314228;RO=41;SAF=22;SAR=24;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117966;STB=0.566639;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0204209;OID=.;OPOS=124048461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:42:46:48:0.533333:24:22:14:27:24:24:15:27 chr9 124065224 . G A 177.83 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.011915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.368;QD=13.4207;RBI=0.0570046;REFB=-0.0295054;REVB=0.0557455;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763318;STB=0.533182;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.036959;OID=.;OPOS=124065224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:32:21:21:0.396226:10:11:13:16:10:11:15:17 chr9 124083614 . C T 261.43 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0135513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.384;QD=20.11;RBI=0.0207643;REFB=0.00455377;REVB=0.0157328;RO=18;SAF=14;SAR=13;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294396;STB=0.556776;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00495693;OID=.;OPOS=124083614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:18:25:27:27:0.519231:13:14:2:16:13:14:10:15 chr9 124093762 . T C 94.24 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=1;FWDB=-0.00227368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1757;QD=10.4714;RBI=0.0108667;REFB=0.00965077;REVB=0.0106262;RO=23;SAF=11;SAR=1;SRF=22;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171972;STB=0.606997;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00777739;OID=.;OPOS=124093762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:36:23:24:12:12:0.333333:1:11:22:1:1:11:23:1 chr9 124094800 . T C 533.53 PASS AF=0.453125;AO=43;DP=126;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0295051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.599;QD=16.6728;RBI=0.0295143;REFB=-0.0343389;REVB=-0.000739857;RO=62;SAF=16;SAR=27;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170057;STB=0.506204;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0374761;OID=.;OPOS=124094800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:62:70:43:58:0.453125:27:16:33:29:28:30:37:33 chr9 124218133 . C T 280.07 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=31;FWDB=0.00743179;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.008;QD=16.4745;RBI=0.0122726;REFB=-0.00116012;REVB=0.00976649;RO=37;SAF=19;SAR=12;SRF=6;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416876;STB=0.731292;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00182823;OID=.;OPOS=124218133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:37:31:31:0.455882:12:19:6:31:12:19:6:31 chr9 124241369 . T G 228.0 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.000221836;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.479;QD=13.6119;RBI=0.0108867;REFB=-0.00551937;REVB=0.0108844;RO=40;SAF=16;SAR=11;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148838;STB=0.584357;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00888874;OID=.;OPOS=124241369;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:40:27:27:0.402985:11:16:29:11:11:16:29:11 chr9 124256975 . G T 425.35 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.000733956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.499;QD=21.5368;RBI=0.0164342;REFB=-0.00915014;REVB=-0.0164178;RO=37;SAF=27;SAR=15;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247985;STB=0.636958;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00529397;OID=.;OPOS=124256975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:15:27:13:24:15:27:13:24 chr9 124521260 . G A 205.87 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00930775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.513;QD=31.6724;RBI=0.03186;REFB=-0.0247481;REVB=-0.03047;RO=7;SAF=13;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171198;STB=0.509424;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00589206;OID=.;OPOS=124521260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:6:13:5:2:6:13:5:2 chr9 124794020 . G T 299.02 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00688526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0885;QD=16.1635;RBI=0.0361202;REFB=-0.0122607;REVB=0.0354579;RO=41;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344626;STB=0.519381;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0250131;OID=.;OPOS=124794020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:19:14:16:25:19:14:16:25 chr9 124914613 . C T 223.82 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0110703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.427;QD=19.463;RBI=0.0149539;REFB=0.00211403;REVB=-0.0100533;RO=24;SAF=15;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139664;STB=0.587072;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00303038;OID=.;OPOS=124914613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:6:15:14:10:6:16:14:10 chr9 124966449 . C T 183.79 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0353102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9781;QD=17.9303;RBI=0.065357;REFB=0.00800635;REVB=-0.0549975;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127723;STB=0.572866;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0136046;OID=.;OPOS=124966449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:12:7:11:11:12:7:11:11 chr9 125133479 . T C 1074.62 PASS AF=0.973684;AO=72;DP=75;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0202911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.652;QD=56.5588;RBI=0.020325;REFB=-0.0299382;REVB=-0.00117434;RO=2;SAF=21;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429255;STB=0.520828;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00139848;OID=.;OPOS=125133479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:75:76:2:2:72:74:0.973684:51:21:2:0:51:23:2:0 chr9 125239253 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.645;QD=47.8206;RBI=0.0434266;REFB=0;REVB=0.0170604;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729452;OID=.;OPOS=125239253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr9 125273574 . G A 1644.63 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128095;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7278;QD=60.3535;RBI=0.035641;REFB=0;REVB=0.0332595;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24517e-05;OID=.;OPOS=125273574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:57:52:0:0:57:52:0:0 chr9 125289083 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.684;QD=45.8061;RBI=0.0626685;REFB=0;REVB=-0.0276741;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461291;OID=.;OPOS=125289083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr9 125289521 . G A 211.22 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379045;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.762;QD=49.6989;RBI=0.0380849;REFB=0;REVB=-0.00370323;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404003;OID=.;OPOS=125289521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr9 125315542 . C T 766.38 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.088;QD=63.8647;RBI=0.0135481;REFB=0;REVB=0.00304866;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6057e-05;OID=.;OPOS=125315542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:14:33:0:0:14:34:0:0 chr9 125315557 . T C 687.54 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231091;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.457;QD=52.8875;RBI=0.102688;REFB=-0.11008;REVB=0.100054;RO=1;SAF=34;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136468;STB=0.515146;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00386381;OID=.;OPOS=125315557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:52:1:1:50:51:0.980769:16:34:1:0:16:35:0:1 chr9 125315778 . G C 1112.92 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4335;QD=60.1576;RBI=0.0367284;REFB=0;REVB=0.0365027;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281174;OID=.;OPOS=125315778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr9 125316033 . T C 417.9 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.354;QD=53.9231;RBI=0.0424719;REFB=-0.0699845;REVB=0.0348781;RO=1;SAF=10;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443379;STB=0.523793;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00165382;OID=.;OPOS=125316033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:20:10:1:0:20:10:1:0 chr9 125316042 . T C 446.66 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.78;QD=57.6341;RBI=0.0113196;REFB=0;REVB=-0.00230619;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37999e-05;OID=.;OPOS=125316042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr9 125316179 . T G 751.47 PASS AF=0.981818;AO=51;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0446831;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5683;QD=54.6523;RBI=0.0454031;REFB=0.0800608;REVB=0.00805349;RO=1;SAF=21;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218935;STB=0.511107;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00170882;OID=.;OPOS=125316179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:51:54:0.981818:30:21:1:0:32:22:1:0 chr9 125316350 . C T 2027.12 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7244;QD=62.3728;RBI=0.0640581;REFB=0;REVB=-0.0640128;RO=0;SAF=62;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166535;OID=.;OPOS=125316350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:68:62:0:0:68:62:0:0 chr9 125316455 . C T 1026.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0794637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.664;QD=59.4984;RBI=0.0795596;REFB=0;REVB=0.00390625;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336054;OID=.;OPOS=125316455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr9 125330125 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1999;QD=43.486;RBI=0.0217099;REFB=0;REVB=-0.0201682;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000624817;OID=.;OPOS=125330125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr9 125330184 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.16;QD=37.4885;RBI=0.054779;REFB=0;REVB=0.0547665;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222974;OID=.;OPOS=125330184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr9 125330325 . C G 399.53 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116299;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.58;QD=57.0757;RBI=0.107707;REFB=0;REVB=-0.1077;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000811589;OID=.;OPOS=125330325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr9 125330678 . T G 1746.89 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00250447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.189;QD=59.7226;RBI=0.0288932;REFB=-0.0252143;REVB=0.0287845;RO=0;SAF=67;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50505;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000115874;OID=.;OPOS=125330678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:117:0:1:115:116:0.991453:48:67:0:0:49:67:0:1 chr9 125330739 . G A 1628.42 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113866;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4151;QD=60.3118;RBI=0.0190937;REFB=0;REVB=-0.0153269;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603602;OID=.;OPOS=125330739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:54:53:0:0:55:53:0:0 chr9 125377087 . A G 728.88 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.959;QD=57.1667;RBI=0.0598731;REFB=0;REVB=-0.00497681;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398964;OID=.;OPOS=125377087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr9 125377223 . A C 111.03 PASS AF=0.28;AO=12;DP=48;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.033191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.716;QD=8.88218;RBI=0.0337961;REFB=-0.0275234;REVB=0.00636698;RO=35;SAF=4;SAR=8;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374269;STB=0.695866;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0700422;OID=.;OPOS=125377223;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:35:36:12:14:0.28:8:4:23:12:9:5:23:13 chr9 125377505 . A G 256.3 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.605;QD=51.2601;RBI=0.0304874;REFB=0;REVB=0.0262496;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654764;OID=.;OPOS=125377505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:10:7:0:0:12:8:0:0 chr9 125377734 . A G 245.58 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0427891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.939;QD=23.959;RBI=0.0432827;REFB=-0.0113087;REVB=-0.00651756;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147834;STB=0.582208;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0097906;OID=.;OPOS=125377734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:11:12:6:12:11:12:6:12 chr9 125378014 . T G 114.21 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00888267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.695;QD=18.2737;RBI=0.0147779;REFB=-0.00571034;REVB=-0.0118104;RO=11;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317615;STB=0.65192;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00420803;OID=.;OPOS=125378014;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:11:12:12:13:0.52:10:2:5:6:10:3:6:6 chr9 125390874 . A C 763.46 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.376;QD=63.6219;RBI=0.0414892;REFB=0;REVB=-0.00467119;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32038e-05;OID=.;OPOS=125390874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:44:48:1:21:23:0:0:21:27:0:0 chr9 125391026 . A C 726.13 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.835;QD=63.1414;RBI=0.0723257;REFB=0;REVB=0.0654352;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194248;OID=.;OPOS=125391026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:17:26:0:0:17:29:0:0 chr9 125391127 . C T 178.09 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00442636;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6278;QD=20.9519;RBI=0.0417934;REFB=-0.000627454;REVB=0.0415583;RO=16;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956689;STB=0.554201;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00376819;OID=.;OPOS=125391127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:13:5:6:10:13:5:6:10 chr9 125391241 . G A 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0721147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.904;QD=19.0002;RBI=0.0722849;REFB=-0.0292662;REVB=-0.00495747;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104816;STB=0.559372;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0229425;OID=.;OPOS=125391241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:9:8:6:11:9:8:6:11 chr9 125391369 . A G 98.56 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00231022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5897;QD=14.0795;RBI=0.044746;REFB=-0.0141837;REVB=-0.0446863;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107329;STB=0.562399;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.01174;OID=.;OPOS=125391369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:5:11:7:5:5:11 chr9 125391409 . A G 118.89 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0117375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.077;QD=16.3982;RBI=0.0198198;REFB=-0.0151112;REVB=-0.0159705;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153102;STB=0.5881;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0305785;OID=.;OPOS=125391409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:12:12:0.413793:8:4:3:12:8:4:3:12 chr9 125424507 . A C 166.29 PASS AF=0.392157;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0119918;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5217;QD=13.0419;RBI=0.0151666;REFB=-0.00696854;REVB=-0.00928565;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164237;STB=0.512183;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0127566;OID=.;OPOS=125424507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:31:19:20:0.392157:8:11:19:13:8:12:18:13 chr9 125486968 . G A 1630.8 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.119;QD=59.3018;RBI=0.0450106;REFB=-0.0390519;REVB=0.0167928;RO=0;SAF=20;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171622;OID=.;OPOS=125486968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:110:110:0:0:109:110:1:89:20:0:0:90:20:0:0 chr9 125512193 . C A 874.72 PASS AF=0.955224;AO=56;DP=62;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.168588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8391;QD=52.2223;RBI=0.169599;REFB=-0.181831;REVB=0.0184822;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.519475;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00983476;OID=.;OPOS=125512193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:62:67:0:3:56:64:0.955224:36:20:0:0:37:27:0:3 chr9 125512575 . G A 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.442;QD=55.6535;RBI=0.0570745;REFB=0;REVB=0.00692488;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244418;OID=.;OPOS=125512575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr9 125512770 . T C 483.47 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.793;QD=58.6023;RBI=0.0630533;REFB=0;REVB=0.0552059;RO=0;SAF=2;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337705;OID=.;OPOS=125512770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:30:2:0:0:31:2:0:0 chr9 125512788 . G A 698.96 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5002;QD=54.8205;RBI=0.0450705;REFB=-0.100267;REVB=0.0366045;RO=0;SAF=7;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2537e-08;STB=0.533319;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00268531;OID=.;OPOS=125512788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:43:7:0:0:43:7:1:0 chr9 125512795 . G C 753.39 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.126962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.539;QD=54.7921;RBI=0.128934;REFB=-0.0930699;REVB=-0.0224632;RO=1;SAF=8;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103579;STB=0.505374;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=9.00787e-05;OID=.;OPOS=125512795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:45:8:0:1:46:8:0:1 chr9 125512826 . G A 1200.08 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0285549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.3123;QD=58.5406;RBI=0.0465748;REFB=0.0429585;REVB=0.0367944;RO=2;SAF=17;SAR=63;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147939;STB=0.507811;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000513517;OID=.;OPOS=125512826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:63:17:0:2:63:17:0:2 chr9 125524836 . A G 623.51 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00767189;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.0989;QD=59.3821;RBI=0.0266179;REFB=-0.123685;REVB=0.0254883;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00013111;OID=.;OPOS=125524836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:40:41:0.97619:20:20:0:0:21:20:1:0 chr9 125582173 . C T 281.19 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=48;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0330748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9246;QD=22.0539;RBI=0.0427512;REFB=-0.0218109;REVB=-0.0270874;RO=21;SAF=8;SAR=19;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157163;STB=0.576866;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0241637;OID=.;OPOS=125582173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:21:23:27:28:0.54902:19:8:10:11:20:8:10:13 chr9 125611809 . AA TA,TT 30.21 PASS AF=0.489796,0;AO=13,9;DP=52;FAO=48,0;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=21,0;FSAR=27,0;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0302728,-0.0292954;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.98586,14.1961;QD=1.23304;RBI=0.0724452,0.0642496;REFB=-0.100462,-0.127144;REVB=-0.0658169,-0.0571821;RO=30;SAF=1,0;SAR=12,9;SRF=11;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.507778,-0.709815;STB=0.53212,0.5;STBP=0.514,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.150304,0;OID=.,.;OPOS=125611809,125611809;OREF=A,AA;OALT=T,TT;OMAPALT=TA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:52:98:30:50:13,9:48,0:0.489796,0:12,9:1,0:11:19:27,0:21,0:25:25 chr9 125637471 . A T 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.09;QD=56.9373;RBI=0.0196922;REFB=0;REVB=-0.0136942;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37197e-06;OID=.;OPOS=125637471;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr9 125637648 . T C 442.96 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.99102e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1854;QD=57.156;RBI=0.0255105;REFB=0;REVB=-0.0255104;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000487091;OID=.;OPOS=125637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:19:11:0:0:19:12:0:0 chr9 125652757 . G A 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000238004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.146;QD=59.3208;RBI=0.0232138;REFB=0;REVB=-0.0232126;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61702e-05;OID=.;OPOS=125652757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr9 125659716 . C T 244.4 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.037874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5153;QD=18.7996;RBI=0.0493466;REFB=-0.00391172;REVB=-0.0316329;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876366;STB=0.538432;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00108894;OID=.;OPOS=125659716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:13:13:15:10:13:13:15:11 chr9 126028395 . C G 712.97 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00663068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.922;QD=54.8441;RBI=0.017141;REFB=-0.143841;REVB=0.0158065;RO=1;SAF=37;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125559;STB=0.506491;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00162044;OID=.;OPOS=126028395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:52:1:1:50:51:0.980769:13:37:1:0:13:38:1:0 chr9 126118600 . C T 610.83 PASS AF=0.504065;AO=62;DP=123;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=16;FWDB=0.0129592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.221;QD=19.8644;RBI=0.0639556;REFB=-0.0176369;REVB=0.0626289;RO=60;SAF=43;SAR=19;SRF=44;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425842;STB=0.526274;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0214023;OID=.;OPOS=126118600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:60:61:62:62:0.504065:19:43:44:16:19:43:45:16 chr9 126125318 . C A 1368.72 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000307068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7153;QD=60.1633;RBI=0.0642103;REFB=-0.0553937;REVB=0.0642096;RO=2;SAF=47;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019738;STB=0.510414;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00150321;OID=.;OPOS=126125318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:89:89:0.978022:42:47:2:0:42:47:2:0 chr9 126128211 . T C 403.33 PASS AF=0.5;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00843086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.729;QD=19.6748;RBI=0.0115627;REFB=-0.0269263;REVB=0.00791309;RO=40;SAF=17;SAR=23;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229226;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0218071;OID=.;OPOS=126128211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:40:41:40:41:0.5:23:17:18:22:23:18:18:23 chr9 126128253 . G C 204.63 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0231085;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.719;QD=15.7405;RBI=0.0728056;REFB=-0.0103902;REVB=0.069041;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127055;STB=0.571864;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0141481;OID=.;OPOS=126128253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:9:20:13:10:9:20 chr9 126129904 . C T 1441.91 PASS AF=0.462963;AO=150;DP=325;FAO=150;FDP=324;FR=.;FRO=174;FSAF=79;FSAR=71;FSRF=103;FSRR=71;FWDB=0.0289351;FXX=0.00307683;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4475;QD=17.8013;RBI=0.0414127;REFB=0.00620805;REVB=-0.0296272;RO=171;SAF=79;SAR=71;SRF=101;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622623;STB=0.535289;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00801532;OID=.;OPOS=126129904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:324:171:174:150:150:0.462963:71:79:101:70:71:79:103:71 chr9 126131161 . G A 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0123665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.584;QD=13.3357;RBI=0.0246479;REFB=-0.015709;REVB=-0.0213211;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264757;STB=0.654964;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0258338;OID=.;OPOS=126131161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:5:10:10:14:5:10:10:14 chr9 126133547 . T C 258.92 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.258;QD=49.3178;RBI=0.0331428;REFB=0;REVB=0.0224747;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665944;OID=.;OPOS=126133547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:19:21:1:11:8:0:0:13:8:0:0 chr9 126134542 . G A 415.45 PASS AF=0.467391;AO=42;DP=91;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.027126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.282;QD=18.0631;RBI=0.0339736;REFB=-0.0196964;REVB=0.0204546;RO=49;SAF=15;SAR=27;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317589;STB=0.522492;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0219042;OID=.;OPOS=126134542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:49:49:42:43:0.467391:27:15:19:30:28:15:19:30 chr9 126136247 . A G 219.83 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0393832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5888;QD=17.5861;RBI=0.0979801;REFB=0.016562;REVB=-0.0897166;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165649;STB=0.509425;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0164904;OID=.;OPOS=126136247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:17:11:9:13:17:11 chr9 126140055 . C T 608.35 PASS AF=0.504425;AO=53;DP=112;FAO=57;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00677066;FXX=0.0173898;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.407;QD=21.5343;RBI=0.0125995;REFB=-0.0392193;REVB=-0.0106257;RO=35;SAF=32;SAR=21;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190279;STB=0.623067;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0161682;OID=.;OPOS=126140055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:35:47:53:57:0.504425:21:32:12:23:22:35:16:31 chr9 126142990 . AT A 103.43 PASS AF=0.461538;AO=14;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0837266;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.2107;QD=10.608;RBI=0.257884;REFB=0.020008;REVB=-0.243914;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0.449456;SSEP=0;SSSB=-0.135697;STB=0.536041;STBP=0.72;TYPE=del;VARB=-0.04158;OID=.;OPOS=126142991;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:14:38:18:39:21:5:13:7:14:99:17:4:10:7:10 chr9 126143429 . C CTCTT 181.17 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0136632;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=327.358;QD=13.9361;RBI=0.0151072;REFB=-0.00214963;REVB=0.00644552;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737004;STB=0.545412;STBP=0.599;TYPE=ins;VARB=0.00273689;OID=.;OPOS=126143430;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=CTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403846:20:52:21:52:31:12:9:20:11:99:30:12:8:20:10 chr9 126144746 . T C 101.58 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.139;QD=40.6317;RBI=0.133392;REFB=0;REVB=-0.0757794;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199031;OID=.;OPOS=126144746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr9 126144758 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.382;QD=35.5758;RBI=0.0256709;REFB=0;REVB=0.0198734;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396531;OID=.;OPOS=126144758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr9 126770249 . GC G,GG 2664.34 PASS AF=0.125,0.875;AO=25,148;DP=173;FAO=22,154;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=15,66;FSAR=7,88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767238,0.00671008;FXX=0.0056494;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=265.127,280.513;QD=60.5532;RBI=0.0330447,0.030309;REFB=0,0;REVB=0.0321417,0.0295569;RO=0;SAF=15,65;SAR=10,83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00284244,-0.000254038;OID=.,.;OPOS=126770250,126770250;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:25,148:173:22,154:176:0:15,66:7,88:0:0:65:0:15,65:10,83:0:0 chr9 126783433 . G C 859.86 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.454;QD=57.3241;RBI=0.022919;REFB=0;REVB=-0.00841646;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4251e-05;OID=.;OPOS=126783433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:27:31:0:0:28:32:0:0 chr9 127101921 . TCCC TCC,TCCT,TTCT 1386.9 PASS AF=0.265306,0.693878,0.0408163;AO=15,63,4;DP=95;FAO=26,68,4;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=1,41,4;FSAR=25,27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022415,-0.00314129,0.00661706;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,3;MLLD=25.5671,43.1238,20.9711;QD=56.6082;RBI=0.311872,0.0557921,0.0763966;REFB=0,0,0;REVB=-0.311066,-0.0557036,-0.0761095;RO=0;SAF=1,40,4;SAR=14,23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.0733978,-0.00723093,0.014462;OID=.,.,.;OPOS=127101922,127101924,127101922;OREF=C,C,CCC;OALT=-,T,TCT;OMAPALT=TCC,TCCT,TTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.265306,0.693878,0.0408163:15,63,4:95:26,68,4:98:0:1,41,4:25,27,0:0:0:99:0:1,40,4:14,23,0:0:0 chr9 127113660 . A G 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00562889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.229;QD=16.3499;RBI=0.00837045;REFB=0.00640139;REVB=0.00619516;RO=42;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111409;STB=0.506266;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0086103;OID=.;OPOS=127113660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:19:15:19:23:19:15:19:23 chr9 127113732 . C T 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00433108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.798;QD=16.9231;RBI=0.00821841;REFB=-0.0190997;REVB=-0.00698455;RO=40;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569861;STB=0.531981;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0116149;OID=.;OPOS=127113732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:19:15:20:20:19:15:20:20 chr9 127220392 . G C 195.12 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0105865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1768;QD=14.1902;RBI=0.0229314;REFB=-0.0276394;REVB=0.0203415;RO=32;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271428;STB=0.655598;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0355822;OID=.;OPOS=127220392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:7:16:14:18:7:16:14:18 chr9 127220938 . G C 324.83 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.01544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4131;QD=22.4022;RBI=0.0265721;REFB=-0.0223038;REVB=0.021626;RO=25;SAF=10;SAR=23;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183698;STB=0.601756;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0213939;OID=.;OPOS=127220938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:23:10:13:12:23:10:13:12 chr9 127228596 . A G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00743918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.665;QD=18.6446;RBI=0.0630731;REFB=-0.00716678;REVB=-0.0626329;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249743;STB=0.514265;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00615901;OID=.;OPOS=127228596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:5:8:9:5:5:8 chr9 127230891 . G A 433.3 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.000178878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.757;QD=18.0541;RBI=0.000638606;REFB=-0.00920874;REVB=0.000613042;RO=52;SAF=14;SAR=30;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111479;STB=0.562471;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0118366;OID=.;OPOS=127230891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:30:14:22:30:30:14:22:30 chr9 127262802 . C G 38.35 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0109062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.735;QD=9.58872;RBI=0.0109601;REFB=0.0184053;REVB=0.00108586;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415714;STB=0.749521;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0230835;OID=.;OPOS=127262802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:16:16:9:10:6:6:0.375:1:5:9:0:1:5:10:0 chr9 127563364 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.741;QD=54.5173;RBI=0.0562344;REFB=0;REVB=0.0459887;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454894;OID=.;OPOS=127563364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr9 127566378 . A C,G 614.21 PASS AF=0.097561,0.902439;AO=3,38;DP=41;FAO=4,37;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=4,31;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00711848,-0.0120167;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.961,173.801;QD=59.9232;RBI=0.0163299,0.0187361;REFB=0,0;REVB=-0.0146967,-0.014375;RO=0;SAF=3,32;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.29107e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0446856,-0.0124128;OID=.,.;OPOS=127566378,127566378;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:41:41:0:0:3,38:4,37:0.097561,0.902439:0,6:3,32:0:0:0,6:4,31:0:0 chr9 127617963 . G A 356.66 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00817529;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.564;QD=29.722;RBI=0.0835597;REFB=-0.0231266;REVB=0.0831588;RO=18;SAF=24;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782845;STB=0.54318;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0131464;OID=.;OPOS=127617963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:6:24:13:5:6:24:13:5 chr9 127618162 . G A 338.45 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=0.0248471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.231;QD=26.545;RBI=0.0273221;REFB=0.000139948;REVB=-0.011363;RO=19;SAF=23;SAR=9;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214141;STB=0.615964;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=2.62868e-05;OID=.;OPOS=127618162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:9:23:18:1:9:23:18:1 chr9 127618776 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0694;QD=46.845;RBI=0.0361926;REFB=0;REVB=-0.0330901;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00186967;OID=.;OPOS=127618776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr9 127618839 . C G 417.78 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00298503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2419;QD=53.9067;RBI=0.00460922;REFB=-0.0383448;REVB=0.00351205;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00956439;OID=.;OPOS=127618839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:1:0:15:15:1:0 chr9 127618856 . T G 52.27 PASS AF=0.258065;AO=7;DP=30;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0245557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.161;QD=6.74404;RBI=0.0255933;REFB=-0.018478;REVB=-0.00721348;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28358;STB=0.60948;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0568331;OID=.;OPOS=127618856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:31:23:23:7:8:0.258065:5:2:12:11:5:3:12:11 chr9 127619088 . T C 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0132789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.78;QD=15.7818;RBI=0.0156164;REFB=-0.00550243;REVB=-0.00821854;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191115;STB=0.608601;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00670978;OID=.;OPOS=127619088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:9:14:12:17:9:14:12:17 chr9 127639695 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0502917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9176;QD=15.6257;RBI=0.0507507;REFB=-0.0228426;REVB=-0.0068105;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172932;STB=0.59988;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0224642;OID=.;OPOS=127639695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:11:6:12:11:11:6:12:11 chr9 127674200 . A C 727.73 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238109;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.863;QD=57.077;RBI=0.0380031;REFB=0;REVB=0.0296188;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025682;OID=.;OPOS=127674200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr9 127915947 . G A 253.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00631485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.358;QD=15.1115;RBI=0.0178253;REFB=-0.018917;REVB=-0.0166693;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698908;STB=0.539541;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0160016;OID=.;OPOS=127915947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:14:15:17:21:14:15:17:21 chr9 127951863 . G A 205.86 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0100286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3614;QD=23.5269;RBI=0.0122752;REFB=0.00587844;REVB=0.00707859;RO=15;SAF=17;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285411;STB=0.662149;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.010388;OID=.;OPOS=127951863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:3:17:9:6:3:17:9:6 chr9 127962916 . G A 454.15 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0559992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.222;QD=55.0481;RBI=0.0709453;REFB=-0.106689;REVB=0.0435583;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00132358;OID=.;OPOS=127962916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:18:14:0:0:18:14:0:1 chr9 127962972 . G A 236.34 PASS AF=0.490909;AO=24;DP=52;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0486776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.917;QD=17.1885;RBI=0.0544781;REFB=-0.0328974;REVB=0.0244613;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631938;STB=0.563712;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.03114;OID=.;OPOS=127962972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:28:28:24:27:0.490909:13:11:11:17:13:14:11:17 chr9 127975654 . C T 181.98 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00996389;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.47;QD=16.176;RBI=0.05508;REFB=-0.0112629;REVB=-0.0541712;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124752;STB=0.581311;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0113775;OID=.;OPOS=127975654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:9:10:10:15:9:10:10:16 chr9 128064673 . T G 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.429;QD=51.1809;RBI=0.0114744;REFB=0;REVB=0.000732089;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116707;OID=.;OPOS=128064673;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr9 128072273 . G C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8985;QD=57.3855;RBI=0.032643;REFB=0;REVB=0.0249263;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462258;OID=.;OPOS=128072273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr9 128074807 . T C 727.65 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5949;QD=63.2742;RBI=0.0442027;REFB=0;REVB=-0.0424929;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000715587;OID=.;OPOS=128074807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr9 128199873 . C T 452.29 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00232442;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7413;QD=21.7973;RBI=0.00923613;REFB=0.013387;REVB=-0.00893886;RO=38;SAF=20;SAR=24;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00608462;STB=0.508846;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.0117987;OID=.;OPOS=128199873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:39:44:44:0.53012:24:20:17:21:24:20:17:22 chr9 128692068 . C T 340.41 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00878235;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.838;QD=20.3228;RBI=0.0111174;REFB=-0.000588623;REVB=-0.00681664;RO=31;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126338;STB=0.563567;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000572013;OID=.;OPOS=128692068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:32:35:35:0.522388:22:13:16:15:22:13:16:16 chr9 128728459 . A G 56.85 PASS AF=0.3;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0172033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8836;QD=7.57934;RBI=0.0181877;REFB=-0.00404167;REVB=-0.00590238;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569244;STB=0.588042;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0276033;OID=.;OPOS=128728459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:29:30:20:21:8:9:0.3:4:4:11:9:5:4:12:9 chr9 129102840 . G A 143.66 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0247074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.096;QD=14.7345;RBI=0.0272718;REFB=0.00762431;REVB=0.0115453;RO=19;SAF=2;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521069;STB=0.787503;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00671457;OID=.;OPOS=129102840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:23:16:16:0.410256:14:2:11:8:13:3:15:8 chr9 129265715 . C G 1542.77 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1067;QD=63.6195;RBI=0.0660025;REFB=0;REVB=0.0578353;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154637;OID=.;OPOS=129265715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:47:50:0:0:47:50:0:0 chr9 129453229 . A G 293.21 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00684659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.38;QD=16.9976;RBI=0.0153616;REFB=-0.0447555;REVB=-0.0137515;RO=36;SAF=12;SAR=20;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121352;STB=0.57616;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0487561;OID=.;OPOS=129453229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:32:32:0.463768:20:12:18:18:20:12:19:18 chr9 129595895 . T C 345.02 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150333;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.23;QD=55.2031;RBI=0.0233649;REFB=0;REVB=0.0178863;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217609;OID=.;OPOS=129595895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr9 129643296 . G T 313.31 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6598;QD=50.1291;RBI=0.0583705;REFB=0.0101964;REVB=-0.0549409;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517227;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00535957;OID=.;OPOS=129643296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:10:14:0:0:10:14:1:0 chr9 129645251 . C T 1046.42 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.95;QD=57.3382;RBI=0.0231324;REFB=-0.0860315;REVB=0.0216899;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137051;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520839;OID=.;OPOS=129645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:0:71:73:1:34:37:0:1:35:38:0:0 chr9 129646715 . TGCC TC,TGC,TGCT 1186.19 PASS AF=0,0.946154,0.0230769;AO=15,64,5;DP=133;FAO=0,123,3;FDP=130;FR=.;FRO=4;FSAF=0,56,0;FSAR=0,67,3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.148914,-0.0921545,0.15814;FXX=0.0298485;HRUN=1,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=43.7688,14.4046,8.45404;QD=36.4982;RBI=0.149541,0.166156,0.161576;REFB=0.0471334,-0.0820781,-0.138111;REVB=-0.0136812,0.138258,0.0331433;RO=21;SAF=15,15,0;SAR=0,49,5;SRF=4;SRR=17;SSEN=0,0.310377,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.854324,0.0286564,-0.601873;STB=0.5,0.501419,0.995228;STBP=1,0.916,0.114;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0736306,0.0848925;OID=.,.,.;OPOS=129646716,129646717,129646718;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=TC,TGC,TGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.946154,0.0230769:15,64,5:133:0,123,3:130:4:0,56,0:0,67,3:2:2:3:21:15,15,0:0,49,5:4:17 chr9 129646734 . TTTG T 256.12 PASS AF=0.407767;AO=31;DP=100;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0137091;FXX=0.148748;HRUN=6;LEN=3;MLLD=209.142;QD=9.94635;RBI=0.0167255;REFB=-0.0203745;REVB=0.00958146;RO=1;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.566667;SSSB=0.0207404;STB=0.633737;STBP=0.027;TYPE=del;VARB=0.0222433;OID=.;OPOS=129646735;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407767:31:100:42:103:61:13:29:32:29:99:1:9:22:0:1 chr9 129646775 . A G 1397.12 PASS AF=1;AO=23;DP=99;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296646;FXX=0.049995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.154;QD=58.8262;RBI=0.0591992;REFB=0;REVB=0.0512305;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204252;OID=.;OPOS=129646775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:95:0:0:23:95:1:11:12:0:0:58:37:0:0 chr9 129647227 . G C 230.7 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0220734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1392;QD=14.4189;RBI=0.0558896;REFB=-0.0095088;REVB=0.051346;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325598;STB=0.518505;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0138458;OID=.;OPOS=129647227;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:14:13:19:18:14:13:19:18 chr9 129752239 . C T 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.344;QD=57.2345;RBI=0.0422566;REFB=0;REVB=0.0374275;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168135;OID=.;OPOS=129752239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr9 129831658 . T TA 850.61 PASS AF=1;AO=11;DP=77;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572192;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.344;QD=47.2559;RBI=0.0863293;REFB=0;REVB=-0.0646429;RO=64;SAF=1;SAR=10;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00558414;OID=.;OPOS=129831659;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:77:72:72:0:33:39:0:0:15:64:1:10:32:32 chr9 129831659 . T A 751.7 PASS AF=0.779221;AO=60;DP=77;FAO=60;FDP=77;FR=.;FRO=17;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.00364347;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=220.239;QD=39.0494;RBI=0.00472776;REFB=-0.0359374;REVB=0.00301278;RO=17;SAF=30;SAR=30;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133471;STB=0.571405;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000367222;OID=.;OPOS=129831659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:17:17:60:60:0.779221:30:30:3:14:30:30:3:14 chr9 130169874 . A G 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0131253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.676;QD=19.9989;RBI=0.0147794;REFB=-0.0327398;REVB=0.0067939;RO=30;SAF=19;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656869;STB=0.536492;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0299745;OID=.;OPOS=130169874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:14:19:15:15:14:19:15:15 chr9 130191186 . C T 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.055323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9505;QD=17.5366;RBI=0.0553497;REFB=-0.0075649;REVB=-0.00171873;RO=37;SAF=12;SAR=22;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525073;STB=0.538438;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00670143;OID=.;OPOS=130191186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:22:12:15:22:22:12:16:22 chr9 130197414 . A G 538.92 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0356373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4777;QD=21.9965;RBI=0.0825191;REFB=-0.017188;REVB=-0.074427;RO=45;SAF=20;SAR=31;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266548;STB=0.51666;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0153281;OID=.;OPOS=130197414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:45:47:51:51:0.520408:31:20:19:26:31:20:20:27 chr9 130206762 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0346341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.436;QD=15.2625;RBI=0.0401975;REFB=0.00818861;REVB=0.020404;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233108;STB=0.636714;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00611346;OID=.;OPOS=130206762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:10:3:7:9:10:3:7:9 chr9 130219669 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0105448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.854;QD=11.9536;RBI=0.0275027;REFB=-0.0110841;REVB=0.0254009;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244273;STB=0.650717;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0182527;OID=.;OPOS=130219669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:1:7:8:3:1:7:8:3 chr9 130242166 . A G 775.25 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0273564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2286;QD=53.4654;RBI=0.0273568;REFB=-0.073217;REVB=0.000160985;RO=2;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00116172;STB=0.500616;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00361657;OID=.;OPOS=130242166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:27:29:1:1:27:29:1:1 chr9 130259618 . A C 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0638135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4249;QD=60.9734;RBI=0.0746686;REFB=0;REVB=-0.0387715;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164171;OID=.;OPOS=130259618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:30:9:0:0:30:9:0:0 chr9 130267777 . C G 67.47 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00370262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.991;QD=15.8743;RBI=0.0473362;REFB=-0.0164858;REVB=0.0471911;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162008;STB=0.599657;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0245484;OID=.;OPOS=130267777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:17:17:8:8:6:6:0.352941:2:4:4:4:2:4:4:4 chr9 130341253 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5759;QD=11.9533;RBI=0.0264593;REFB=0.0250267;REVB=-0.0264593;RO=11;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0368539;OID=.;OPOS=130341253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:8:0:0:11:8:0:0:11 chr9 130457374 . G A 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.124892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1581;QD=4.16575;RBI=0.131412;REFB=-0.0140492;REVB=-0.0408799;RO=33;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496401;STB=0.822042;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0828102;OID=.;OPOS=130457374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:2:5:9:24:2:5:9:24 chr9 130457380 . A G 33.75 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0209292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.822;QD=3.64832;RBI=0.025813;REFB=-0.0306578;REVB=-0.015109;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392675;STB=0.765894;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.145791;OID=.;OPOS=130457380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:2:4:10:21:2:4:10:21 chr9 130475011 . T C 269.47 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0671766;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5901;QD=13.9985;RBI=0.0836117;REFB=-0.00674998;REVB=0.0497817;RO=44;SAF=15;SAR=16;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204271;STB=0.599938;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00731306;OID=.;OPOS=130475011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:44:46:31:31:0.402597:16:15:30:14:16:15:30:16 chr9 130475442 . A C 520.13 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0161376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2258;QD=20.3974;RBI=0.0350261;REFB=-0.00924565;REVB=-0.0310871;RO=48;SAF=25;SAR=28;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782097;STB=0.538049;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00870265;OID=.;OPOS=130475442;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:49:53:53:0.519608:28:25:27:21:28:25:27:22 chr9 130477768 . G A 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0296147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.739;QD=14.3993;RBI=0.0305815;REFB=0.0015103;REVB=0.00762884;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132132;STB=0.575282;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00206074;OID=.;OPOS=130477768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:15:10:18:16:15:10:18:16 chr9 130489558 . A G 383.36 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0184508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.32;QD=18.0404;RBI=0.0520598;REFB=-0.0100783;REVB=-0.0486804;RO=42;SAF=22;SAR=18;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00221214;STB=0.508892;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00888248;OID=.;OPOS=130489558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:45:40:40:0.470588:18:22:23:19:18:22:24:21 chr9 130493513 . A G 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00654226;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.545;QD=25.7317;RBI=0.0149474;REFB=-0.0333783;REVB=-0.0134396;RO=17;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240878;STB=0.531112;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0203404;OID=.;OPOS=130493513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:19:26:26:0.577778:10:16:11:6:10:16:13:6 chr9 130494791 . C T 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00923386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.855;QD=18.4268;RBI=0.00923868;REFB=-0.0252202;REVB=-0.000298427;RO=28;SAF=18;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100635;STB=0.55641;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0227863;OID=.;OPOS=130494791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:10:18:15:13:10:18:15:13 chr9 130494811 . T C 344.83 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0145673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.165;QD=21.8936;RBI=0.0165087;REFB=-0.0204126;REVB=-0.0077673;RO=27;SAF=27;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240063;STB=0.644162;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0202626;OID=.;OPOS=130494811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:28:35:35:0.555556:8:27:14:13:8:27:14:14 chr9 130494957 . T C 1823.31 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0574085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.136;QD=60.2748;RBI=0.0648059;REFB=-0.0535613;REVB=0.0300676;RO=1;SAF=71;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959528;STB=0.50505;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000230593;OID=.;OPOS=130494957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:49:71:0:1:49:71:0:1 chr9 130495633 . C G 376.26 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0112257;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=239.824;QD=21.1975;RBI=0.0232605;REFB=-0.0246109;REVB=0.0203724;RO=32;SAF=28;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221823;STB=0.617931;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0210108;OID=.;OPOS=130495633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:33:38:38:0.535211:10:28:16:16:10:28:17:16 chr9 130504070 . G A 404.58 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.00850365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.873;QD=17.0349;RBI=0.00853669;REFB=-0.0177429;REVB=-0.000750361;RO=53;SAF=30;SAR=12;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374057;STB=0.709869;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0239385;OID=.;OPOS=130504070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:12:30:18:35:12:30:18:35 chr9 130536717 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00374997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.277;QD=60.6103;RBI=0.0392975;REFB=0;REVB=0.0391181;RO=0;SAF=4;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10553e-05;OID=.;OPOS=130536717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:34:4:0:0:34:4:0:0 chr9 130586621 . C G 369.48 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0101018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1189;QD=17.3871;RBI=0.0273746;REFB=-0.00673113;REVB=0.0254425;RO=45;SAF=25;SAR=14;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643696;STB=0.531214;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00960837;OID=.;OPOS=130586621;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:46:39:39:0.458824:14:25:26:19:14:25:27:19 chr9 130630639 . A G 1227.57 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00870155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.81;QD=61.3787;RBI=0.0699184;REFB=0;REVB=0.0693748;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123111;OID=.;OPOS=130630639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:44:34:0:0:46:34:0:0 chr9 130631702 . C T 91.77 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0378647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.47;QD=12.2361;RBI=0.038403;REFB=-0.0217693;REVB=0.0064073;RO=16;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312772;STB=0.755988;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0386078;OID=.;OPOS=130631702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:30:30:16:18:8:8:0.266667:7:1:5:11:7:1:7:11 chr9 130647583 . T C 1415.29 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1954;QD=62.9016;RBI=0.094563;REFB=0;REVB=-0.0930452;RO=0;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000503795;OID=.;OPOS=130647583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:58:32:0:0:58:32:0:0 chr9 130648680 . G A 518.8 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.916;QD=59.291;RBI=0.0683682;REFB=0;REVB=0.0683216;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474723;OID=.;OPOS=130648680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr9 130653131 . G A 538.0 PASS AF=0.6125;AO=49;DP=80;FAO=49;FDP=80;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.029595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.996;QD=26.9;RBI=0.0425812;REFB=-0.0306691;REVB=0.0306153;RO=31;SAF=21;SAR=28;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166667;STB=0.509087;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.021191;OID=.;OPOS=130653131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:31:31:49:49:0.6125:28:21:14:17:28:21:14:17 chr9 130670310 . A G 160.54 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00636588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.907;QD=45.8692;RBI=0.0998275;REFB=0;REVB=0.0996243;RO=0;SAF=13;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280579;OID=.;OPOS=130670310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:0:13:0:0:1:13:0:0 chr9 130677112 . G A 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.141;QD=53.9075;RBI=0.0403944;REFB=0;REVB=0.0278814;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385144;OID=.;OPOS=130677112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr9 130690412 . G C 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0110914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.075;QD=59.7971;RBI=0.0394989;REFB=-0.050713;REVB=0.0379096;RO=0;SAF=5;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50649;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.000147624;OID=.;OPOS=130690412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:38:5:0:0:38:5:0:1 chr9 130698043 . A G 1084.07 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522126;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.714;QD=60.226;RBI=0.0693645;REFB=0;REVB=0.0456647;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272929;OID=.;OPOS=130698043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:28:43:0:0:29:43:0:0 chr9 130698845 . C T 747.08 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.864;QD=63.5816;RBI=0.0589954;REFB=0;REVB=-0.00165312;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173482;OID=.;OPOS=130698845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:21:26:0:0 chr9 130703852 . A AAAC 144.39 PASS AF=0.823529;AO=11;DP=23;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.030865;FXX=0.0555247;HRUN=4;LEN=3;MLLD=262.975;QD=33.9729;RBI=0.0331548;REFB=0.00184711;REVB=0.0121076;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148551;STB=0.557438;STBP=0.321;TYPE=ins;VARB=-0.000398348;OID=.;OPOS=130703853;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.823529:11:23:14:17:3:5:9:2:1:15:12:3:8:5:7 chr9 130829039 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.714;QD=57.2026;RBI=0.0340048;REFB=0;REVB=-0.0337666;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196787;OID=.;OPOS=130829039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr9 130860866 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.669;QD=57.0007;RBI=0.0133926;REFB=0;REVB=0.0109834;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88071e-05;OID=.;OPOS=130860866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr9 130864676 . T C 755.4 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0383593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.059;QD=54.9383;RBI=0.0437632;REFB=-0.0645346;REVB=0.021066;RO=1;SAF=39;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303766;STB=0.516123;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00123519;OID=.;OPOS=130864676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:55:1:1:54:54:0.981818:15:39:0:1:15:39:0:1 chr9 130869499 . A T 1015.31 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252716;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.641;QD=59.7242;RBI=0.026224;REFB=0;REVB=0.0070033;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.52381e-05;OID=.;OPOS=130869499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr9 130883511 . C T 1970.91 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.919;QD=62.0761;RBI=0.0360361;REFB=0;REVB=0.00294532;RO=0;SAF=51;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.42534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16261e-05;OID=.;OPOS=130883511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:76:51:0:0:76:51:0:0 chr9 130965795 . C A 203.83 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.0233869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.458;QD=12.1691;RBI=0.0385576;REFB=-0.0065062;REVB=0.0306552;RO=41;SAF=16;SAR=9;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111897;STB=0.55196;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0100802;OID=.;OPOS=130965795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:42:25:25:0.373134:9:16:30:11:9:16:30:12 chr9 130984755 . C T 385.21 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00963206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.409;QD=23.346;RBI=0.0196431;REFB=-0.0132808;REVB=0.0171194;RO=28;SAF=19;SAR=19;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551092;STB=0.530287;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00613602;OID=.;OPOS=130984755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:19:19:16:12:19:19:16:12 chr9 130984809 . C T 315.6 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00311928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0864;QD=15.0283;RBI=0.0294695;REFB=-0.020587;REVB=-0.0293039;RO=48;SAF=21;SAR=14;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395612;STB=0.517231;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0243412;OID=.;OPOS=130984809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:49:35:35:0.416667:14:21:27:21:14:21:28:21 chr9 131019698 . G A 136.91 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.035445;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1899;QD=17.1135;RBI=0.0403435;REFB=-0.0411232;REVB=-0.0192679;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291666;STB=0.666444;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0296931;OID=.;OPOS=131019698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:17:15:15:0.46875:5:10:5:10:5:10:6:11 chr9 131021486 . G A 169.48 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0241221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.063;QD=16.5347;RBI=0.0297625;REFB=-0.0115838;REVB=0.0174336;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015833;STB=0.509081;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0434133;OID=.;OPOS=131021486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:12:6:8:15:12:6:8:15 chr9 131085373 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.385;QD=59.0187;RBI=0.0156184;REFB=0;REVB=-0.00477434;RO=0;SAF=5;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.25351e-05;OID=.;OPOS=131085373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:29:5:0:0:29:5:0:0 chr9 131088076 . G A 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.056047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4383;QD=20.1589;RBI=0.0809183;REFB=-0.0342052;REVB=0.0583652;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588234;STB=0.533292;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0606664;OID=.;OPOS=131088076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:8:6:8:8:8:6 chr9 131110892 . G A 981.36 PASS AF=0.591837;AO=86;DP=146;FAO=87;FDP=147;FR=.;FRO=60;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0454317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.69;QD=26.7036;RBI=0.0456288;REFB=-0.00487162;REVB=-0.00423727;RO=60;SAF=53;SAR=33;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651709;STB=0.537173;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00757352;OID=.;OPOS=131110892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:60:60:86:87:0.591837:33:53:32:28:33:54:32:28 chr9 131196695 . C T 591.94 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00793906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5258;QD=60.7116;RBI=0.0450038;REFB=0;REVB=0.044298;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589948;OID=.;OPOS=131196695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:13:25:0:0:13:26:0:0 chr9 131196704 . G A 683.33 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.773;QD=62.1205;RBI=0.0572882;REFB=0;REVB=0.0213229;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022115;OID=.;OPOS=131196704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:15:27:0:0:16:28:0:0 chr9 131199576 . A C 803.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.807;QD=64.2397;RBI=0.0238133;REFB=0;REVB=-0.0190976;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13921e-05;OID=.;OPOS=131199576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr9 131235321 . A G 440.7 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00630846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.077;QD=56.8648;RBI=0.0168582;REFB=0;REVB=0.0156333;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54462e-05;OID=.;OPOS=131235321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:21:7:0:0:24:7:0:0 chr9 131246310 . A G 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0426637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.943;QD=15.784;RBI=0.0426725;REFB=-0.0225019;REVB=0.00086843;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270067;STB=0.672821;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0280733;OID=.;OPOS=131246310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:10:4:9:7:10:4:10:7 chr9 131247176 . C T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.859;QD=37.4873;RBI=0.0589845;REFB=0;REVB=0.0110666;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138468;OID=.;OPOS=131247176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr9 131285955 . A G 1050.01 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118658;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.339;QD=60.0007;RBI=0.0119441;REFB=0;REVB=0.00136529;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466457;OID=.;OPOS=131285955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr9 131303522 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.133;QD=57.2368;RBI=0.0181329;REFB=0;REVB=0.01416;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54323e-06;OID=.;OPOS=131303522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr9 131346218 . A C 1117.37 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.797;QD=60.3984;RBI=0.0380854;REFB=0;REVB=0.0107777;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63844e-05;OID=.;OPOS=131346218;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:37:35:0:0:38:36:0:0 chr9 131360750 . C T 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0521883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.022;QD=18.9416;RBI=0.0575761;REFB=-0.0324658;REVB=0.0243184;RO=38;SAF=16;SAR=21;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619944;STB=0.534527;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0302107;OID=.;OPOS=131360750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:21:16:19:19:21:16:19:19 chr9 131375701 . A G 972.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.369;QD=58.9597;RBI=0.0299362;REFB=0;REVB=0.0195262;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114749;OID=.;OPOS=131375701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr9 131379967 . C T 439.49 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0067089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.19;QD=21.9744;RBI=0.0151999;REFB=-0.00410238;REVB=0.0136392;RO=37;SAF=18;SAR=25;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118805;STB=0.506552;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00469797;OID=.;OPOS=131379967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:25:18:16:21:25:18:16:21 chr9 131390472 . C A 65.84 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00340231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.979;QD=11.9718;RBI=0.00650175;REFB=-0.00622578;REVB=-0.00554049;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104179;STB=0.536003;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00925807;OID=.;OPOS=131390472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:21:22:13:13:8:9:0.409091:5:3:5:8:5:4:5:8 chr9 131397066 . C T 136.83 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00480959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1272;QD=18.2441;RBI=0.0235345;REFB=-0.0492449;REVB=0.0230378;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114631;STB=0.5342;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0177142;OID=.;OPOS=131397066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:15:15:15:0.5:9:6:7:6:9:6:7:8 chr9 131397479 . G A 489.45 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0118058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.27;QD=18.2971;RBI=0.0201327;REFB=-0.0204076;REVB=-0.0163079;RO=55;SAF=25;SAR=27;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752885;STB=0.541696;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0225471;OID=.;OPOS=131397479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:27:25:22:33:27:25:22:33 chr9 131398636 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0443606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.21;QD=21.2672;RBI=0.0514457;REFB=-0.00617395;REVB=-0.0260537;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338267;STB=0.519062;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00541033;OID=.;OPOS=131398636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:8:9:8:6:8:9:8:6 chr9 131403096 . A G 250.21 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0048575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.168;QD=26.3374;RBI=0.0049113;REFB=-0.03316;REVB=0.000724999;RO=14;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034087;STB=0.504583;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0160896;OID=.;OPOS=131403096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:23:23:0.605263:12:11:6:8:12:11:7:8 chr9 131465167 . A G 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9248;QD=51.9114;RBI=0.0765712;REFB=0;REVB=-0.0616611;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00320975;OID=.;OPOS=131465167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr9 131479023 . T C 1153.6 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.297;QD=60.716;RBI=0.0121684;REFB=0;REVB=0.00884014;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62329e-05;OID=.;OPOS=131479023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:27:48:0:0:27:49:0:0 chr9 131483749 . T A 613.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.231;QD=61.3302;RBI=0.0311605;REFB=0;REVB=0.0170174;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025966;OID=.;OPOS=131483749;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr9 131492850 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.13;QD=49.5992;RBI=0.0213995;REFB=0;REVB=0.00444238;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91219e-05;OID=.;OPOS=131492850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr9 131585069 . A G 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.464;QD=49.5887;RBI=0.0211267;REFB=0;REVB=-0.00758813;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38171e-05;OID=.;OPOS=131585069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr9 131588652 . T C 410.77 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2079;QD=56.6583;RBI=0.0807847;REFB=0;REVB=-0.0787565;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000954486;OID=.;OPOS=131588652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr9 131670919 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5587;QD=46.8478;RBI=0.0279422;REFB=0;REVB=0.0233514;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312066;OID=.;OPOS=131670919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr9 131680187 . C T 467.35 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0201066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1732;QD=16.8415;RBI=0.0201611;REFB=-0.0118532;REVB=-0.00148069;RO=60;SAF=27;SAR=24;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285631;STB=0.515917;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0174674;OID=.;OPOS=131680187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:24:27:30:30:24:27:30:30 chr9 131767668 . A C 182.44 PASS AF=0.383333;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.104208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6855;QD=12.1628;RBI=0.128434;REFB=-0.035528;REVB=-0.0750735;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717508;STB=0.545151;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0477094;OID=.;OPOS=131767668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:36:37:22:23:0.383333:12:10:14:22:12:11:15:22 chr9 131804785 . T C 497.13 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0416122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.378;QD=23.673;RBI=0.0473913;REFB=-0.0284204;REVB=0.0226795;RO=37;SAF=14;SAR=33;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250526;STB=0.513767;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.012067;OID=.;OPOS=131804785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:47:47:0.559524:33:14:12:25:33:14:12:25 chr9 131823611 . T C 108.81 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0535545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8321;QD=24.1809;RBI=0.0699351;REFB=0.0148274;REVB=0.0449759;RO=6;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190712;STB=0.583194;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00546009;OID=.;OPOS=131823611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:11:12:0.666667:4:7:2:4:5:7:2:4 chr9 131846957 . T C 271.33 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.016689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.52;QD=23.5937;RBI=0.0292501;REFB=-0.0347261;REVB=0.0240217;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254745;STB=0.648771;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0215477;OID=.;OPOS=131846957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:12:13:4:16:12:13:4:17 chr9 131860901 . G T 949.95 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0143142;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.89;QD=55.8795;RBI=0.0198806;REFB=-0.0418076;REVB=0.0137964;RO=2;SAF=31;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00130335;STB=0.500446;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000172437;OID=.;OPOS=131860901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:65:66:0.970588:34:31:1:1:34:32:1:1 chr9 131909736 . C T 434.83 PASS AF=0.591549;AO=41;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0786813;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.434;QD=24.4973;RBI=0.0789996;REFB=-0.0226056;REVB=-0.00708386;RO=29;SAF=13;SAR=28;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813776;STB=0.536065;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0145766;OID=.;OPOS=131909736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:41:42:0.591549:28:13:12:17:28:14:12:17 chr9 132400480 . G A 405.26 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.021204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.202;QD=49.1228;RBI=0.0340096;REFB=-0.232443;REVB=0.0265903;RO=3;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961103;STB=0.55169;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00574548;OID=.;OPOS=132400480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:33:33:3:3:30:30:0.909091:13:17:0:3:13:17:0:3 chr9 132402908 . C G 1127.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.868;QD=60.1349;RBI=0.0313489;REFB=0;REVB=0.0090834;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18419e-05;OID=.;OPOS=132402908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:75:0:0:72:75:1:24:48:0:0:27:48:0:0 chr9 132404183 . C A 716.76 PASS AF=0.489796;AO=71;DP=147;FAO=72;FDP=147;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0194569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.641;QD=19.5036;RBI=0.0263168;REFB=-0.0141074;REVB=0.0177202;RO=75;SAF=38;SAR=33;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266147;STB=0.510788;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0163451;OID=.;OPOS=132404183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:75:75:71:72:0.489796:33:38:38:37:34:38:38:37 chr9 132573536 . G T 359.44 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0225901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.903;QD=19.9689;RBI=0.0390062;REFB=-0.0436561;REVB=-0.0317989;RO=34;SAF=21;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109342;STB=0.553852;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0303187;OID=.;OPOS=132573536;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:35:37:37:0.513889:16:21:15:19:16:21:16:19 chr9 132585058 . G A 416.99 PASS AF=0.376923;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.00931901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.345;QD=12.8305;RBI=0.00997245;REFB=-0.0202718;REVB=-0.00355046;RO=80;SAF=24;SAR=25;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435187;STB=0.520583;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0323578;OID=.;OPOS=132585058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:80:81:49:49:0.376923:25:24:36:44:25:24:37:44 chr9 132591372 . T G 164.04 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00964539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3616;QD=29.8252;RBI=0.0418892;REFB=-0.0371184;REVB=0.0407636;RO=6;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011846;STB=0.506571;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0230309;OID=.;OPOS=132591372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:5:11:4:2:5:11:4:2 chr9 132591425 . C T 180.69 PASS AF=0.6;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0104913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4446;QD=24.0916;RBI=0.107117;REFB=0.0146497;REVB=0.106602;RO=12;SAF=13;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231299;STB=0.600722;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00616476;OID=.;OPOS=132591425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:12:12:17:18:0.6:4:13:6:6:5:13:6:6 chr9 132591509 . A G 113.07 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00210428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.739;QD=17.3949;RBI=0.00870085;REFB=-0.0682199;REVB=-0.00844256;RO=13;SAF=11;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416664;STB=0.743928;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0293256;OID=.;OPOS=132591509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:2:11:6:7:2:11:6:7 chr9 132597021 . C T 2016.32 PASS AF=0.463736;AO=211;DP=455;FAO=211;FDP=455;FR=.;FRO=244;FSAF=107;FSAR=104;FSRF=76;FSRR=168;FWDB=-0.0542302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9617;QD=17.7259;RBI=0.0623636;REFB=-0.038584;REVB=-0.0307946;RO=238;SAF=107;SAR=104;SRF=74;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189143;STB=0.604611;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0439098;OID=.;OPOS=132597021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:455:455:238:244:211:211:0.463736:104:107:74:164:104:107:76:168 chr9 132618578 . T C 500.13 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.945;QD=58.8384;RBI=0.0397128;REFB=0;REVB=0.0086058;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105661;OID=.;OPOS=132618578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:31:34:1:18:13:0:0:18:16:0:0 chr9 132620364 . T C 593.32 PASS AF=1;AO=33;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.994;QD=60.8535;RBI=0.034901;REFB=0;REVB=0.00519825;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124213;OID=.;OPOS=132620364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:33:39:1:23:10:0:0:23:16:0:0 chr9 132623293 . C T 175.59 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.756;QD=46.8237;RBI=0.0585689;REFB=0;REVB=0.0230862;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126324;OID=.;OPOS=132623293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr9 132623868 . T C 1433.9 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00751498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1407;QD=63.0284;RBI=0.0489795;REFB=0;REVB=0.0483996;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119909;OID=.;OPOS=132623868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:40:51:0:0:40:51:0:0 chr9 132630664 . TGAC T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064278;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=254.855;QD=37.4885;RBI=0.0803437;REFB=0;REVB=-0.0482021;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000178951;OID=.;OPOS=132630665;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:8:8:8:0:6:2:0:0:4:0:6:2:0:0 chr9 132631680 . T C 486.64 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276009;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.739;QD=58.9862;RBI=0.0281972;REFB=0;REVB=0.00576831;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219766;OID=.;OPOS=132631680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:12:21:0:0 chr9 132636030 . CA C,CG 282.07 PASS AF=0.136364,0.863636;AO=3,19;DP=22;FAO=3,19;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3,11;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.080877,0.0571931;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.681,118.431;QD=51.2853;RBI=0.0845652,0.0736365;REFB=0,0;REVB=-0.0247022,-0.046382;RO=0;SAF=3,11;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.41338e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.133226,0.0128301;OID=.,.;OPOS=132636031,132636031;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.136364,0.863636:3,19:22:3,19:22:0:3,11:0,8:0:0:13:0:3,11:0,8:0:0 chr9 132636033 . TG CG,GC 283.19 PASS AF=0.863636,0.136364;AO=19,3;DP=22;FAO=19,3;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11,3;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132701,-0.0619327;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=118.043,85.7319;QD=51.4897;RBI=0.0247147,0.063084;REFB=0,0;REVB=0.02085,0.0119972;RO=0;SAF=11,3;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.41338e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000185321,0.129531;OID=.,.;OPOS=132636033,132636033;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:22:22:0:0:19,3:19,3:0.863636,0.136364:8,0:11,3:0:0:8,0:11,3:0:0 chr9 132649662 . A G,T 711.81 PASS AF=0.916667,0.0625;AO=44,3;DP=48;FAO=44,3;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20,3;FSAR=24,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000233239,-0.00583655;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=241.872,156.729;QD=59.3176;RBI=0.0313973,0.0314599;REFB=-0.0674773,0.0967616;REVB=0.0313964,0.0309137;RO=0;SAF=20,3;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.30465e-08,0;STB=0.51219,0.5;STBP=0.326,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00141628,0.0255257;OID=.,.;OPOS=132649662,132649662;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:48:48:0:1:44,3:44,3:0.916667,0.0625:24,0:20,3:0:0:24,0:20,3:1:0 chr9 132662786 . C T 134.83 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0845322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4229;QD=15.409;RBI=0.0882733;REFB=-0.0280081;REVB=0.0254258;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292343;STB=0.673227;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.038038;OID=.;OPOS=132662786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:20:15:15:0.428571:11:4:10:8:11:4:11:9 chr9 132686186 . A G 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.547;QD=59.6774;RBI=0.0153412;REFB=0;REVB=-0.00200933;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53645e-05;OID=.;OPOS=132686186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr9 132720770 . A G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0111299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.668;QD=13.661;RBI=0.0132047;REFB=-0.0130528;REVB=0.00710555;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182963;STB=0.596186;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0179515;OID=.;OPOS=132720770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:4:10:11:9:4:10:12:9 chr9 132848699 . G C 298.28 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0275286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3133;QD=18.6426;RBI=0.0283049;REFB=0.0110198;REVB=-0.0065835;RO=32;SAF=22;SAR=10;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0144335;OID=.;OPOS=132848699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:10:22:22:10:10:22:22:10 chr9 132871115 . C T 33.28 PASS AF=0.137255;AO=2;DP=46;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0194899;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.119;QD=2.61006;RBI=0.0338121;REFB=-0.0200352;REVB=0.0276298;RO=42;SAF=2;SAR=0;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323073;STB=0.620987;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0970988;OID=.;OPOS=132871115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:46:51:42:44:2:7:0.137255:0:2:31:11:3:4:31:13 chr9 132872686 . A G 327.81 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0481773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.886;QD=23.0045;RBI=0.0491129;REFB=0.0172608;REVB=0.00954069;RO=24;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522282;STB=0.528767;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.0116125;OID=.;OPOS=132872686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:16:17:14:10:16:17:14:10 chr9 132883161 . C CCTT 474.82 PASS AF=0.5;AO=44;DP=96;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0423507;FXX=0.0208312;HRUN=3;LEN=3;MLLD=204.027;QD=20.205;RBI=0.0471261;REFB=-0.0393787;REVB=0.0206708;RO=48;SAF=19;SAR=25;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838833;STB=0.532046;STBP=0.537;TYPE=ins;VARB=0.0371435;OID=.;OPOS=132883162;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:44:96:47:94:47:21:26:24:23:99:48:19:25:25:23 chr9 132988725 . T C 43.29 PASS AF=0.10989;AO=10;DP=91;FAO=10;FDP=91;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=60;FSRR=21;FWDB=-0.0114773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2575;QD=1.90297;RBI=0.0115028;REFB=-0.00640505;REVB=0.000766093;RO=80;SAF=9;SAR=1;SRF=59;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303079;STB=0.74097;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0538267;OID=.;OPOS=132988725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:91:91:80:81:10:10:0.10989:1:9:59:21:1:9:60:21 chr9 133048501 . G A 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.314;QD=62.9782;RBI=0.037011;REFB=0;REVB=-0.00161919;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164614;OID=.;OPOS=133048501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr9 133284310 . G A,C 789.76 PASS AF=0.96,0.04;AO=48,2;DP=50;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832026,0.0195118;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.2768,153.733;QD=63.181;RBI=0.0861176,0.0199646;REFB=0,0;REVB=0.0222163,-0.00422808;RO=0;SAF=21,2;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00254534,0.0400859;OID=.,.;OPOS=133284310,133284310;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:50:50:0:0:48,2:48,2:0.96,0.04:27,0:21,2:0:0:27,0:21,2:0:0 chr9 133294244 . G A 819.44 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.006;QD=56.513;RBI=0.0913338;REFB=0;REVB=0.0555742;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464134;OID=.;OPOS=133294244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:21:35:0:0:21:37:0:0 chr9 133301215 . CAG AGC,CAGC,CCA 1322.9 PASS AF=0,0.930233,0.0697674;AO=14,15,8;DP=128;FAO=0,120,9;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=0,47,9;FSAR=0,73,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458412,0.36544,0.101116;FXX=0.015266;HRUN=4,1,1;LEN=3,1,2;MLLD=10.1282,16.774,117.191;QD=41.02;RBI=0.344226,0.801889,0.104324;REFB=-0.0879312,-0.0296016,-0.0480929;REVB=0.34116,0.713779,-0.0256718;RO=79;SAF=14,3,8;SAR=0,12,0;SRF=21;SRR=58;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.786872,-0.114755,0.715816;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,ins,mnp;VARB=0,0.0330758,0.145253;OID=.,.,.;OPOS=133301215,133301218,133301216;OREF=CAG,-,AG;OALT=AGC,C,CA;OMAPALT=AGC,CAGC,CCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:25:128:129:79:0:14,15,8:0,120,9:0,0.930233,0.0697674:0,12,0:14,3,8:21:58:0,73,0:0,47,9:0:0 chr9 133346920 . A G 1467.86 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0381836;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.754;QD=58.7144;RBI=0.0381846;REFB=-0.0943053;REVB=-0.00027607;RO=0;SAF=28;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26295e-08;STB=0.50877;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000602262;OID=.;OPOS=133346920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:99:99:0.99:71:28:0:0:71:28:1:0 chr9 133553993 . C T 253.0 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0248711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.041;QD=15.1043;RBI=0.0383253;REFB=-0.020688;REVB=-0.0291592;RO=37;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00858458;STB=0.504234;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0251143;OID=.;OPOS=133553993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:12:17:22:15:12:17:22:16 chr9 133558282 . A G 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0317614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.711;QD=54.7461;RBI=0.0334856;REFB=0.0363964;REVB=0.0106067;RO=1;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154473;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000149292;OID=.;OPOS=133558282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:30:23:0:1:30:23:0:1 chr9 133576256 . T C 231.71 PASS AF=0.7;AO=20;DP=29;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0103271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.557;QD=30.8946;RBI=0.0364119;REFB=-0.0161287;REVB=0.0349168;RO=9;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891533;STB=0.538425;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00450115;OID=.;OPOS=133576256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:30:9:9:20:21:0.7:12:8:5:4:12:9:5:4 chr9 133710246 . A T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00138612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.994;QD=12.0517;RBI=0.0206242;REFB=-0.016089;REVB=0.0205776;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140406;STB=0.583156;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0174511;OID=.;OPOS=133710246;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:9:4:4:5:9:4 chr9 133710804 . T C 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.101;QD=59.8357;RBI=0.0180143;REFB=0;REVB=0.0146895;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59995e-06;OID=.;OPOS=133710804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr9 133710819 . T TC 659.85 PASS AF=1;AO=48;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122254;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.908;QD=49.8;RBI=0.122704;REFB=-0.0368731;REVB=-0.0104989;RO=4;SAF=27;SAR=21;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276016;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0048581;OID=.;OPOS=133710820;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:53:53:53:0:31:22:0:0:3:4:27:21:3:1 chr9 133787225 . A G 418.85 PASS AF=0.440367;AO=47;DP=108;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.0115747;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.568;QD=15.3708;RBI=0.0121081;REFB=-0.0280056;REVB=-0.0035543;RO=56;SAF=21;SAR=26;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894218;STB=0.555533;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0298812;OID=.;OPOS=133787225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:56:61:47:48:0.440367:26:21:20:36:26:22:22:39 chr9 133884820 . T G 175.95 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3416;QD=46.9192;RBI=0.0357817;REFB=0;REVB=0.0320029;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680102;OID=.;OPOS=133884820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:8:7:0:0 chr9 133936571 . C G 918.17 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00818015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.533;QD=54.0099;RBI=0.0105816;REFB=0.0112085;REVB=-0.0067123;RO=3;SAF=26;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578844;STB=0.503067;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.00481879;OID=.;OPOS=133936571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:3:3:65:65:0.955882:39:26:1:2:39:26:1:2 chr9 133946909 . G A 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380332;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.508;QD=60.7139;RBI=0.0380398;REFB=0;REVB=0.000710134;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46952e-05;OID=.;OPOS=133946909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr9 133946915 . C G 1140.67 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.429;QD=59.2555;RBI=0.0478249;REFB=0;REVB=0.0409618;RO=1;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116825;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13105e-05;OID=.;OPOS=133946915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:1:0:75:77:1:40:35:0:1:41:36:0:0 chr9 133948049 . A G 1501.28 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.46;QD=63.2119;RBI=0.0618694;REFB=0;REVB=0.0450051;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16134e-05;OID=.;OPOS=133948049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:95:0:0:88:95:1:41:47:0:0:47:48:0:0 chr9 133981629 . T C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0112627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.401;QD=22.7193;RBI=0.0221221;REFB=-0.0150713;REVB=0.0190404;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238512;STB=0.633961;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.012135;OID=.;OPOS=133981629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:6:8:2:7:6:8:2:7 chr9 133986980 . T G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000529378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.03;QD=56.1916;RBI=0.00298849;REFB=0;REVB=0.00294123;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2461e-06;OID=.;OPOS=133986980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr9 133987060 . G A 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.259;QD=49.3981;RBI=0.0282892;REFB=0.0972919;REVB=0.0226306;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529386;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.000552136;OID=.;OPOS=133987060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:15:8:0:0:15:8:1:0 chr9 133996459 . TT GG,TG 476.74 PASS AF=0,0.821429;AO=2,35;DP=56;FAO=0,46;FDP=56;FR=.;FRO=10;FSAF=0,25;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.124066,-0.246107;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=30.6906,25.141;QD=34.0525;RBI=0.126852,0.25574;REFB=0.00860363,0.0270904;REVB=-0.0264394,-0.0695307;RO=9;SAF=2,15;SAR=0,20;SRF=0;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.819737,0.170834;STB=0.5,0.596113;STBP=1,0.006;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0995532,-0.0255061;OID=.,.;OPOS=133996459,133996460;OREF=TT,T;OALT=GG,G;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:57:56:56:9:10:2,35:0,46:0,0.821429:0,20:2,15:0:9:0,21:0,25:0:10 chr9 133996503 . T A 723.39 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.74;QD=62.9033;RBI=0.0426971;REFB=0;REVB=0.013309;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63554e-05;OID=.;OPOS=133996503;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:21:25:0:0 chr9 134001158 . C G 429.4 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0183203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.784;QD=25.2591;RBI=0.0229517;REFB=-0.0201279;REVB=-0.0138256;RO=25;SAF=13;SAR=28;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00234019;STB=0.50741;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0114473;OID=.;OPOS=134001158;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:25:27:41:41:0.602941:28:13:8:17:28:13:9:18 chr9 134020092 . C T 136.65 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0183076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.0447;QD=18.2197;RBI=0.0227272;REFB=-0.0151059;REVB=0.0134669;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299972;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0225007;OID=.;OPOS=134020092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:15:14:15:0.5:7:7:8:7:8:7:8:7 chr9 134133539 . G T 812.82 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.983;QD=57.0403;RBI=0.033449;REFB=0;REVB=0.00579196;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72618e-05;OID=.;OPOS=134133539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:30:25:0:0:30:27:0:0 chr9 134136515 . A G 1175.4 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027404;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.795;QD=61.0599;RBI=0.0619338;REFB=0;REVB=-0.0555411;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97035e-05;OID=.;OPOS=134136515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr9 134136677 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.942;QD=59.4333;RBI=0.0378533;REFB=0;REVB=0.036152;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228918;OID=.;OPOS=134136677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr9 134183379 . C T 1364.77 PASS AF=0.917431;AO=99;DP=109;FAO=100;FDP=109;FR=.;FRO=9;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0192327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.282;QD=50.0834;RBI=0.050832;REFB=-0.127423;REVB=0.0470532;RO=8;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822158;STB=0.529046;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00517297;OID=.;OPOS=134183379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:109:109:8:9:99:100:0.917431:42:57:0:8:43:57:2:7 chr9 134183503 . T C 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.545;QD=58.5989;RBI=0.0595089;REFB=0;REVB=0.0406471;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014051;OID=.;OPOS=134183503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr9 134334588 . A G 285.2 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0599136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.313;QD=15.4161;RBI=0.0602625;REFB=-0.00740514;REVB=-0.00647538;RO=42;SAF=19;SAR=13;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231081;STB=0.513058;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00978687;OID=.;OPOS=134334588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:13:19:24:18:13:19:24:18 chr9 134346315 . T C 347.59 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00448043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2108;QD=51.4942;RBI=0.0220724;REFB=-0.159678;REVB=-0.0216129;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519985;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00585743;OID=.;OPOS=134346315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:12:14:0:0:12:14:0:1 chr9 134350323 . C G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.754;QD=53.9099;RBI=0.0452097;REFB=0;REVB=0.0252682;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277707;OID=.;OPOS=134350323;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr9 134350458 . C T 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.005438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.575;QD=58.2429;RBI=0.0437896;REFB=-0.00947316;REVB=0.0434506;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267753;STB=0.514278;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000417877;OID=.;OPOS=134350458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:17:22:0:1:17:22:0:1 chr9 134350647 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.244;QD=62.0211;RBI=0.0246355;REFB=0;REVB=0.0192455;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04514e-05;OID=.;OPOS=134350647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr9 134351065 . G T 389.91 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156835;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2099;QD=53.7804;RBI=0.162196;REFB=-0.0445693;REVB=0.0413579;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00828011;OID=.;OPOS=134351065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:29:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:12:17:0:0 chr9 134351343 . C T 207.21 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0364417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0323;QD=24.3783;RBI=0.0385871;REFB=-0.0183366;REVB=-0.0126874;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105524;STB=0.558765;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0132969;OID=.;OPOS=134351343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:10:10:5:9:10:10:5:9 chr9 134373770 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4032;QD=53.276;RBI=0.0712031;REFB=0;REVB=-0.065044;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0025158;OID=.;OPOS=134373770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr9 134385436 . A G 905.76 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191338;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.486;QD=58.4359;RBI=0.0191368;REFB=0;REVB=0.000338076;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100005;OID=.;OPOS=134385436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr9 134386744 . T C 868.6 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.842;QD=57.9067;RBI=0.0387396;REFB=0;REVB=0.0386857;RO=0;SAF=15;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52011e-05;OID=.;OPOS=134386744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:44:15:0:0:45:15:0:0 chr9 134387488 . T C 631.98 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00962627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.584;QD=61.6564;RBI=0.0270041;REFB=0;REVB=0.0252301;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40872e-05;OID=.;OPOS=134387488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:17:23:0:0:18:23:0:0 chr9 134401335 . C T 520.87 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358025;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6031;QD=59.528;RBI=0.0406268;REFB=0;REVB=0.0192019;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166487;OID=.;OPOS=134401335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:20:15:0:0 chr9 134406071 . C G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.047;QD=53.2741;RBI=0.112007;REFB=0;REVB=-0.0126958;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00145493;OID=.;OPOS=134406071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr9 135102254 . C T 1058.18 PASS AF=0.627451;AO=95;DP=153;FAO=96;FDP=153;FR=.;FRO=57;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0103109;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.988;QD=27.6647;RBI=0.0104737;REFB=-0.0183963;REVB=0.00183922;RO=57;SAF=55;SAR=40;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248464;STB=0.515047;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0100493;OID=.;OPOS=135102254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:57:57:95:96:0.627451:40:55:31:26:40:56:31:26 chr9 135105964 . A G 657.31 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9342;QD=61.1447;RBI=0.0443383;REFB=0;REVB=0.0023288;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146103;OID=.;OPOS=135105964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:27:16:0:0 chr9 135139901 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9214;QD=46.848;RBI=0.0374638;REFB=0;REVB=0.0364998;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172443;OID=.;OPOS=135139901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr9 135172412 . A G 1320.94 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.477;QD=62.1621;RBI=0.0176918;REFB=0;REVB=-0.00203974;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10696e-06;OID=.;OPOS=135172412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:48:36:0:0:49:36:0:0 chr9 135173685 . T C 710.23 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.5736;QD=54.6333;RBI=0.034717;REFB=-0.0846092;REVB=-0.0307237;RO=1;SAF=31;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149495;STB=0.507933;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000570968;OID=.;OPOS=135173685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:20:31:1:0:20:31:1:0 chr9 135203838 . G A 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00582947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.838;QD=63.87;RBI=0.0225635;REFB=0;REVB=0.0217974;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85323e-05;OID=.;OPOS=135203838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr9 135263573 . G T 670.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00048313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.483;QD=62.3437;RBI=0.0147622;REFB=0;REVB=0.0147543;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126658;OID=.;OPOS=135263573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr9 135277341 . C A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.413;QD=45.8067;RBI=0.112583;REFB=0;REVB=0.0514472;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167921;OID=.;OPOS=135277341;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr9 135296997 . TGAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG T 50.0 PASS AO=60;DP=53;LEN=76;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=7;SRR=0;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=135296998;OREF=GAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:53:0:60:27:23:7:0 chr9 135297013 . T TTCTC 109.95 PASS AF=1;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.166528;HRUN=1;LEN=4;MLLD=359.044;QD=43.9803;RBI=0.0014702;REFB=0;REVB=-0.0014702;RO=33;SAF=0;SAR=10;SRF=30;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.857538;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.13905e-06;OID=.;OPOS=135297014;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=TTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:43:10:10:0:0:10:0:0:3:33:0:10:30:3 chr9 135297016 . T G 100.88 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.484;QD=36.682;RBI=0.0115204;REFB=-0.0271536;REVB=-0.0115204;RO=1;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000885081;OID=.;OPOS=135297016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:10:0:0:1:10:0:0:1 chr9 135297019 . TC T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.332;QD=39.2068;RBI=0.0231872;REFB=0;REVB=-0.0231872;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000154977;OID=.;OPOS=135297020;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:10:9:9:0:0:9:0:0:4:0:0:9:0:0 chr9 135297022 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=344.187;QD=39.2068;RBI=0.0047324;REFB=0;REVB=0.0047324;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90989e-05;OID=.;OPOS=135297022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr9 135374764 . G A 624.88 PASS AF=0.604396;AO=55;DP=92;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0131419;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.141;QD=27.4671;RBI=0.016715;REFB=-0.0370985;REVB=0.0103286;RO=35;SAF=31;SAR=24;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561049;STB=0.536405;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0251277;OID=.;OPOS=135374764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:35:36:55:55:0.604396:24:31:17:18:24:31:17:19 chr9 135374898 . T C 2100.01 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330974;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1877;QD=62.2225;RBI=0.0426892;REFB=0;REVB=-0.0269617;RO=0;SAF=72;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275619;OID=.;OPOS=135374898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:134:135:1:62:72:0:0:63:72:0:0 chr9 135448320 . C A,G 707.56 PASS AF=0.886792,0.0943396;AO=48,5;DP=54;FAO=47,5;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25,4;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017164,0.0513372;FXX=0.0185151;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=188.229,16.1741;QD=53.4008;RBI=0.0180624,0.0519713;REFB=0.0781662,-0.0145396;REVB=-0.00562552,-0.00809367;RO=0;SAF=25,4;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.511106,0.66592;STBP=0.318,0.23;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00323395,0.074362;OID=.,.;OPOS=135448320,135448320;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:54:53:0:1:48,5:47,5:0.886792,0.0943396:23,1:25,4:0:0:22,1:25,4:0:1 chr9 135470414 . T C 755.45 PASS AF=0.51049;AO=73;DP=143;FAO=73;FDP=143;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.0149404;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.391;QD=21.1314;RBI=0.0180122;REFB=-0.0160175;REVB=-0.010061;RO=70;SAF=35;SAR=38;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968452;STB=0.553185;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0135116;OID=.;OPOS=135470414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:70:70:73:73:0.51049:38:35:26:44:38:35:26:44 chr9 135767185 . C T 320.82 PASS AF=0.479452;AO=32;DP=70;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.017152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.533;QD=17.5789;RBI=0.0283514;REFB=-0.00192032;REVB=0.0225746;RO=35;SAF=19;SAR=13;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621894;STB=0.546533;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00268559;OID=.;OPOS=135767185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:35:38:32:35:0.479452:13:19:23:12:15:20:25:13 chr9 135771332 . GA G 38.77 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=25;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0858824;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.6726;QD=6.46218;RBI=0.110918;REFB=0.00373158;REVB=0.0701928;RO=17;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206131;STB=0.666111;STBP=0.445;TYPE=del;VARB=-0.00798968;OID=.;OPOS=135771333;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:6:25:7:24:17:6:1:12:5:38:17:5:1:12:5 chr9 135771979 . AGA AG,GAG 254.8 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=15,3;DP=25;FAO=23,1;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=5,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.268999,-0.0244497;FXX=0.0768935;HRUN=3,1;LEN=1,3;MLLD=16.4522,122.831;QD=42.466;RBI=0.280881,0.03037;REFB=0,0;REVB=0.0808307,-0.0180153;RO=4;SAF=12,2;SAR=3,1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.158002,0.149914;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0405619,0.0480581;OID=.,.;OPOS=135771981,135771979;OREF=A,AGA;OALT=-,GAG;OMAPALT=AG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:25:24:4:0:15,3:23,1:0.958333,0.0416667:3,1:12,2:2:2:5,1:18,0:0:0 chr9 135772717 . G A 310.73 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0311906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.845;QD=16.354;RBI=0.0325639;REFB=-0.0364766;REVB=-0.00935721;RO=41;SAF=19;SAR=15;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751731;STB=0.547592;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.038821;OID=.;OPOS=135772717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:41:42:34:34:0.447368:15:19:26:15:15:19:27:15 chr9 135821099 . C T 238.06 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0243273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.177;QD=11.6125;RBI=0.0243984;REFB=-0.0223698;REVB=0.00186158;RO=53;SAF=5;SAR=24;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3624;STB=0.713209;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0231214;OID=.;OPOS=135821099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:24:5:23:30:24:5:23:30 chr9 135864529 . G A 694.12 PASS AF=0.54918;AO=67;DP=122;FAO=67;FDP=122;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00335462;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.229;QD=22.7581;RBI=0.0176756;REFB=0.000341044;REVB=0.0173544;RO=54;SAF=28;SAR=39;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00881974;STB=0.500126;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000318386;OID=.;OPOS=135864529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:54:55:67:67:0.54918:39:28:22:32:39:28:23:32 chr9 135961809 . T C 679.45 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.868;QD=61.7678;RBI=0.0181774;REFB=0;REVB=-0.000951577;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78217e-05;OID=.;OPOS=135961809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:27:15:0:0:27:17:0:0 chr9 135968511 . C CTG 926.39 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=70;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0288166;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=2;MLLD=257.971;QD=54.4933;RBI=0.0297781;REFB=-0.0298893;REVB=0.0075061;RO=3;SAF=21;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628272;STB=0.533323;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.000781266;OID=.;OPOS=135968512;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.955882:65:70:65:68:3:21:44:3:0:10:3:21:44:3:0 chr9 135974079 . G C 651.19 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5602;QD=62.0181;RBI=0.040038;REFB=0;REVB=0.0363823;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344863;OID=.;OPOS=135974079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:26:15:0:0:26:16:0:0 chr9 135974100 . G A 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.013748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.19;QD=60.1584;RBI=0.0251225;REFB=0.0814105;REVB=0.0210269;RO=1;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164853;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000371125;OID=.;OPOS=135974100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:28:16:0:1:28:16:0:1 chr9 135976698 . G A 106.33 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0589112;FXX=0.0454339;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.067;QD=20.2538;RBI=0.0596723;REFB=-0.0172119;REVB=0.00949999;RO=6;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190712;STB=0.650921;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0134813;OID=.;OPOS=135976698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:21:6:9:11:12:0.571429:7:4:4:2:7:5:7:2 chr9 135985796 . C T 304.09 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0560085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1758;QD=19.9401;RBI=0.0587792;REFB=-0.0272404;REVB=0.0178339;RO=29;SAF=8;SAR=24;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199465;STB=0.611576;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0211392;OID=.;OPOS=135985796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:24:8:13:16:24:8:13:16 chr9 136031346 . A G 256.61 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0178341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.519;QD=22.8093;RBI=0.032754;REFB=-0.0179031;REVB=0.0274731;RO=20;SAF=7;SAR=16;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547599;STB=0.531009;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0162064;OID=.;OPOS=136031346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:21:23:24:0.533333:16:7:5:15:17:7:5:16 chr9 136037742 . G A 369.24 PASS AF=0.567164;AO=34;DP=64;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00407272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.719;QD=22.0442;RBI=0.00941763;REFB=-0.0716279;REVB=0.00849144;RO=29;SAF=10;SAR=24;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229659;STB=0.639641;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0608813;OID=.;OPOS=136037742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:29:29:34:38:0.567164:24:10:16:13:28:10:16:13 chr9 136081283 . C T 96.79 PASS AF=0.144928;AO=20;DP=130;FAO=20;FDP=138;FR=.;FRO=118;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=70;FSRR=48;FWDB=0.0103287;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.0664;QD=2.80543;RBI=0.0623505;REFB=-0.0136291;REVB=-0.061489;RO=110;SAF=11;SAR=9;SRF=68;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888208;STB=0.537574;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0348208;OID=.;OPOS=136081283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:130:138:110:118:20:20:0.144928:9:11:68:42:9:11:70:48 chr9 136081289 . T C 114.64 PASS AF=0.156028;AO=21;DP=141;FAO=22;FDP=141;FR=.;FRO=119;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=68;FSRR=51;FWDB=-0.0269818;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.349;QD=3.25212;RBI=0.0358159;REFB=-0.00756741;REVB=-0.0235533;RO=115;SAF=12;SAR=9;SRF=66;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00321964;STB=0.516883;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0523177;OID=.;OPOS=136081289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:115:119:21:22:0.156028:9:12:66:49:9:13:68:51 chr9 136081356 . T G 90.85 PASS AF=0.155172;AO=18;DP=116;FAO=18;FDP=116;FR=.;FRO=98;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.038827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.3;QD=3.13271;RBI=0.0402192;REFB=-0.00493558;REVB=-0.0104907;RO=97;SAF=11;SAR=7;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12216;STB=0.586144;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0365775;OID=.;OPOS=136081356;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:116:116:97:98:18:18:0.155172:7:11:50:47:7:11:50:48 chr9 136081362 . G A 104.33 PASS AF=0.176471;AO=18;DP=102;FAO=18;FDP=102;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.0640783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.221;QD=4.09158;RBI=0.064743;REFB=-0.000494354;REVB=-0.00925315;RO=84;SAF=11;SAR=7;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141481;STB=0.592204;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00699781;OID=.;OPOS=136081362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:84:84:18:18:0.176471:7:11:42:42:7:11:42:42 chr9 136083580 . T G 81.22 PASS AF=0.131387;AO=18;DP=137;FAO=18;FDP=137;FR=.;FRO=119;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=69;FWDB=-0.0095163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.286;QD=2.37152;RBI=0.0134413;REFB=-0.00120523;REVB=0.00949253;RO=119;SAF=3;SAR=15;SRF=50;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36086;STB=0.758991;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00686194;OID=.;OPOS=136083580;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:137:137:119:119:18:18:0.131387:15:3:50:69:15:3:50:69 chr9 136083638 . C G 106.19 PASS AF=0.162791;AO=21;DP=129;FAO=21;FDP=129;FR=.;FRO=108;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=79;FWDB=0.0483027;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4511;QD=3.29259;RBI=0.0507122;REFB=0.00468798;REVB=0.0154459;RO=108;SAF=2;SAR=19;SRF=29;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357413;STB=0.750018;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0231701;OID=.;OPOS=136083638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:108:108:21:21:0.162791:19:2:29:79:19:2:29:79 chr9 136131289 . C T 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00107713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.333;QD=10.9727;RBI=0.0239856;REFB=-0.00557379;REVB=-0.0239614;RO=31;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195002;STB=0.511612;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0112924;OID=.;OPOS=136131289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:8:7:15:16:8:7:15:16 chr9 136131347 . G A 215.97 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0122483;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.703;QD=15.1557;RBI=0.0833914;REFB=0.0100095;REVB=0.082487;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100512;STB=0.557097;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0112232;OID=.;OPOS=136131347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:15:10:16:16:15:10:16:16 chr9 136131437 . C T 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0216376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5377;QD=13.3677;RBI=0.0235517;REFB=0.00611015;REVB=-0.00930035;RO=31;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11239;STB=0.565538;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0102141;OID=.;OPOS=136131437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:10:8:17:14:10:8:17:14 chr9 136131472 . A T 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0243139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.579;QD=14.047;RBI=0.0314956;REFB=-0.00416957;REVB=-0.0200202;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112677;STB=0.574387;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0086302;OID=.;OPOS=136131472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:9:9:17:11:9:9:18:11 chr9 136131651 . G A 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.024489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.193;QD=17.2246;RBI=0.0245829;REFB=-0.00634015;REVB=0.00214704;RO=39;SAF=14;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121537;STB=0.568141;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0068119;OID=.;OPOS=136131651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:20:14:21:18:20:14:21:18 chr9 136132873 . T C 566.21 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00440372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.199;QD=24.6177;RBI=0.00556459;REFB=-0.0369596;REVB=0.00340176;RO=40;SAF=26;SAR=26;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198357;STB=0.510865;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0214338;OID=.;OPOS=136132873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:40:40:52:52:0.565217:26:26:19:21:26:26:19:21 chr9 136132907 . GT GTC,TC 206.3 PASS AF=0.356164,0.0136986;AO=23,3;DP=79;FAO=26,1;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=10,1;FSAR=16,0;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0336347,-0.0286886;FXX=0.0394685;HRUN=0,4;LEN=1,2;MLLD=219.879,220.375;QD=11.3042;RBI=0.0343124,0.029575;REFB=-0.00467057,-0.00424826;REVB=0.00678562,0.00718621;RO=48;SAF=10,1;SAR=13,2;SRF=24;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.075399,-0.154408;STB=0.561356,0.990389;STBP=0.409,0.268;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00552227,0.0600969;OID=.,.;OPOS=136132909,136132907;OREF=-,GT;OALT=C,TC;OMAPALT=GTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:73:48:46:23,3:26,1:0.356164,0.0136986:13,2:10,1:24:24:16,0:10,1:22:24 chr9 136133506 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00748923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.633;QD=13.4559;RBI=0.00762171;REFB=0.000714811;REVB=-0.00141487;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272488;STB=0.661345;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.000770752;OID=.;OPOS=136133506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:3:8:7:8:3:8:7:8 chr9 136135237 . AT GC 302.1 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0116068;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=133.374;QD=24.6611;RBI=0.0121949;REFB=-0.020672;REVB=0.00374128;RO=22;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115749;STB=0.564057;STBP=0.367;TYPE=mnp;VARB=0.0133271;OID=.;OPOS=136135237;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:22:22:27:27:0.55102:11:16:16:6:11:16:16:6 chr9 136136770 . A C 106.09 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0704036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5374;QD=11.7873;RBI=0.0774625;REFB=-0.0131608;REVB=-0.0323073;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984012;STB=0.561308;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0232959;OID=.;OPOS=136136770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:23:13:13:0.361111:8:5:10:11:8:5:11:12 chr9 136177993 . G A 592.74 PASS AF=0.609195;AO=53;DP=87;FAO=53;FDP=87;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.000599074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.815;QD=27.2524;RBI=0.019425;REFB=0.000176532;REVB=0.0194158;RO=34;SAF=28;SAR=25;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219921;STB=0.511978;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-7.88992e-05;OID=.;OPOS=136177993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:34:34:53:53:0.609195:25:28:19:15:25:28:19:15 chr9 136199466 . G A 599.85 PASS AF=0.469697;AO=62;DP=133;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.00732486;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.903;QD=18.1772;RBI=0.0095798;REFB=-0.0242819;REVB=-0.00617405;RO=69;SAF=36;SAR=26;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843556;STB=0.543281;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0240008;OID=.;OPOS=136199466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:69:70:62:62:0.469697:26:36:34:35:26:36:35:35 chr9 136199503 . G A 2240.75 PASS AF=1;AO=146;DP=151;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798929;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.702;QD=60.1545;RBI=0.100266;REFB=0;REVB=0.0605843;RO=0;SAF=70;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96177e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153298;OID=.;OPOS=136199503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:151:149:0:0:146:149:1:76:70:0:0:79:70:0:0 chr9 136219594 . G A 203.13 PASS AF=0.342105;AO=25;DP=75;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00575345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.021;QD=10.6912;RBI=0.00662506;REFB=-0.0101516;REVB=0.0032847;RO=49;SAF=12;SAR=13;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126676;STB=0.552592;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0221562;OID=.;OPOS=136219594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:49:50:25:26:0.342105:13:12:29:20:13:13:29:21 chr9 136227260 . A G 287.15 PASS AF=0.463768;AO=28;DP=65;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0215945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.455;QD=16.6466;RBI=0.0336965;REFB=-0.0350329;REVB=0.0258675;RO=37;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087456;STB=0.565177;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0428676;OID=.;OPOS=136227260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:37:37:28:32:0.463768:15:13:14:23:16:16:14:23 chr9 136229833 . C G 215.17 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0296812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3417;QD=10.6258;RBI=0.04625;REFB=-0.00802317;REVB=0.0354695;RO=54;SAF=15;SAR=12;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869677;STB=0.550525;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0190699;OID=.;OPOS=136229833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:54:27:27:0.333333:12:15:34:20:12:15:34:20 chr9 136268038 . C T 574.23 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00351257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.715;QD=21.0726;RBI=0.0199651;REFB=-0.0223301;REVB=-0.0196537;RO=51;SAF=23;SAR=35;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00391174;STB=0.502149;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0358439;OID=.;OPOS=136268038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:51:58:58:0.53211:35:23:20:31:35:23:20:31 chr9 136268084 . A G 348.19 PASS AF=0.41;AO=39;DP=97;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0558195;FXX=0.00990001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.4629;QD=13.9276;RBI=0.0566761;REFB=-0.0277159;REVB=0.00981649;RO=58;SAF=15;SAR=24;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647735;STB=0.506326;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0263443;OID=.;OPOS=136268084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:58:59:39:41:0.41:24:15:19:39:26:15:21:38 chr9 136277480 . A G 187.67 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00993806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.636;QD=12.7234;RBI=0.0117132;REFB=-0.0175982;REVB=0.00619962;RO=36;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987513;STB=0.556819;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0190617;OID=.;OPOS=136277480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:10:13:17:19:10:13:17:19 chr9 136291063 . C T 287.61 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0187891;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.666;QD=15.9781;RBI=0.04336;REFB=-0.0152392;REVB=0.0390777;RO=40;SAF=22;SAR=10;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439019;STB=0.524676;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0196257;OID=.;OPOS=136291063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:10:22:29:11:10:22:29:11 chr9 136295284 . T TC 368.11 PASS AF=1;AO=11;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.287177;FXX=0.013887;HRUN=5;LEN=1;MLLD=7.151;QD=20.7387;RBI=0.287367;REFB=0.094436;REVB=0.0104443;RO=62;SAF=10;SAR=1;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.60016;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000177669;OID=.;OPOS=136295285;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:73:71:71:0:34:37:0:0:7:62:10:1:26:36 chr9 136295290 . A C 1024.82 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296986;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.851;QD=56.9342;RBI=0.0376271;REFB=-0.0728619;REVB=0.023104;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145389;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00456339;OID=.;OPOS=136295290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:72:1:0:67:72:1:35:32:1:0:37:35:0:0 chr9 136301982 . C G 338.14 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0114045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.464;QD=22.9244;RBI=0.0153671;REFB=-0.0170131;REVB=0.0102998;RO=24;SAF=12;SAR=22;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051491;STB=0.521539;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0109641;OID=.;OPOS=136301982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:25:34:34:0.576271:22:12:10:14:22:12:10:15 chr9 136304497 . A G 300.57 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0533741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6904;QD=21.4691;RBI=0.0679074;REFB=-0.018903;REVB=-0.0419836;RO=24;SAF=24;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151664;STB=0.59905;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0106114;OID=.;OPOS=136304497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:25:31:31:0.553571:7:24:15:9:7:24:15:10 chr9 136308542 . C T 361.89 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00106566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.716;QD=20.388;RBI=0.00894434;REFB=-0.00444451;REVB=-0.00888063;RO=33;SAF=17;SAR=20;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0042119;STB=0.505357;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00176834;OID=.;OPOS=136308542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:34:37:37:0.521127:20:17:15:18:20:17:16:18 chr9 136324239 . C A 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=0.000666947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.96;QD=17.379;RBI=0.0256863;REFB=-0.0326364;REVB=-0.0256776;RO=36;SAF=8;SAR=25;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633655;STB=0.539854;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0330589;OID=.;OPOS=136324239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:25:8:7:29:25:8:7:30 chr9 136328657 . T C 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.557;QD=60.221;RBI=0.10184;REFB=0;REVB=0.000400376;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000705513;OID=.;OPOS=136328657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:9:28:0:0:9:28:0:0 chr9 136340200 . T G 698.3 PASS AF=1;AO=43;DP=52;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209505;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.526;QD=55.864;RBI=0.103377;REFB=0;REVB=0.101232;RO=0;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129772;OID=.;OPOS=136340200;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:50:0:0:43:50:1:12:31:0:0:19:31:0:0 chr9 136379890 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.933;QD=57.0005;RBI=0.0146203;REFB=0;REVB=-0.00267245;RO=0;SAF=13;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57013e-05;OID=.;OPOS=136379890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:41:13:0:0:41:13:0:0 chr9 136412170 . C T 189.27 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00152834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.08;QD=13.053;RBI=0.00249274;REFB=-0.00856192;REVB=-0.00196925;RO=35;SAF=8;SAR=15;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208716;STB=0.620108;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0192113;OID=.;OPOS=136412170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:15:8:19:16:15:8:19:16 chr9 136412236 . A T 253.58 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0496846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.615;QD=17.4881;RBI=0.0497659;REFB=-0.00449351;REVB=0.00284349;RO=29;SAF=9;SAR=19;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304618;STB=0.678444;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00321685;OID=.;OPOS=136412236;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:19:9:19:10:19:9:20:10 chr9 136412255 . A C 306.07 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0244888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.194;QD=20.4046;RBI=0.0294483;REFB=0.00212265;REVB=-0.0163556;RO=28;SAF=12;SAR=20;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281114;STB=0.655642;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00226219;OID=.;OPOS=136412255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:20:12:20:8:20:12:20:8 chr9 136518097 . A G 1322.24 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.169;QD=60.7926;RBI=0.0186536;REFB=0.0102428;REVB=-0.0123999;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.506171;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-8.17649e-05;OID=.;OPOS=136518097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:87:0:1:85:86:0.988506:45:40:0:0:46:40:1:0 chr9 136532016 . TGGGGC TGGG,TGGGC,TGGGCC 203.8 PASS AF=0,0.896552,0;AO=4,11,2;DP=33;FAO=0,26,0;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=0,10,0;FSAR=0,16,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.225487,0.13558,0.373372;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=9.35834,13.0889,8.64861;QD=28.1105;RBI=0.236033,0.280779,0.411527;REFB=0.0112977,-0.0155455,-0.0369903;REVB=0.0697676,0.245875,0.173054;RO=10;SAF=4,2,1;SAR=0,9,1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0.527273,0.527273,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.694591,-0.327076,0;STB=0.5,0.530363,0.5;STBP=1,0.396,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0346821,0.0741249;OID=.,.,.;OPOS=136532020,136532017,136532020;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=TGGG,TGGGC,TGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.896552,0:4,11,2:33:0,26,0:29:3:0,10,0:0,16,0:2:1:10:10:4,2,1:0,9,1:5:5 chr9 136536679 . G A 785.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.936;QD=64.1178;RBI=0.0425293;REFB=0;REVB=0.0398649;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219974;OID=.;OPOS=136536679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:24:24:0:0:25:24:0:0 chr9 136536793 . C G 1198.7 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00684217;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.37;QD=58.4731;RBI=0.00818307;REFB=-0.180814;REVB=0.00448857;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.501231;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00373291;OID=.;OPOS=136536793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:0:2:80:80:0.97561:36:44:0:0:36:44:1:1 chr9 136555629 . T C 449.35 PASS AF=0.683333;AO=41;DP=60;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0379035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.134;QD=29.9563;RBI=0.0395634;REFB=-0.0283482;REVB=0.0113397;RO=19;SAF=23;SAR=18;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204572;STB=0.511106;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0141669;OID=.;OPOS=136555629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:19:19:41:41:0.683333:18:23:10:9:18:23:10:9 chr9 136559460 . C T 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0628707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.923;QD=17.9559;RBI=0.0628724;REFB=-0.00398648;REVB=0.000464322;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513059;STB=0.529374;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00576594;OID=.;OPOS=136559460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:12:4:5:12:12:4:5:12 chr9 136573412 . G A 536.18 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.00194702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.228;QD=17.4368;RBI=0.013501;REFB=-0.0241036;REVB=-0.0133599;RO=66;SAF=31;SAR=26;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758712;STB=0.542123;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0274856;OID=.;OPOS=136573412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:66:66:57:57:0.463415:26:31:41:25:26:31:41:25 chr9 136599146 . C T 1451.97 PASS AF=0.534091;AO=141;DP=265;FAO=141;FDP=264;FR=.;FRO=123;FSAF=83;FSAR=58;FSRF=66;FSRR=57;FWDB=0.0198013;FXX=0.00377344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8269;QD=21.9996;RBI=0.0488166;REFB=-0.0151549;REVB=0.0446202;RO=123;SAF=83;SAR=58;SRF=65;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525165;STB=0.524822;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0133291;OID=.;OPOS=136599146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:264:123:123:141:141:0.534091:58:83:65:58:58:83:66:57 chr9 136628770 . T C 539.89 PASS AF=0.53125;AO=42;DP=90;FAO=51;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00635015;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.837;QD=22.4953;RBI=0.00658842;REFB=-0.0204214;REVB=-0.00175581;RO=36;SAF=23;SAR=19;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109292;STB=0.57975;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.024399;OID=.;OPOS=136628770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:96:36:45:42:51:0.53125:19:23:15:21:23:28:17:28 chr9 136913355 . T C 287.43 PASS AF=0.457143;AO=30;DP=69;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00261495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.361;QD=16.4244;RBI=0.00556517;REFB=-0.0170139;REVB=0.00491255;RO=38;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118009;STB=0.579842;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0221498;OID=.;OPOS=136913355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:38:30:32:0.457143:17:13:21:17:19:13:21:17 chr9 137005023 . C T 346.06 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.030473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.008;QD=14.419;RBI=0.0306699;REFB=-0.0214599;REVB=0.00346998;RO=57;SAF=20;SAR=18;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371165;STB=0.526302;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0365436;OID=.;OPOS=137005023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:58:38:38:0.395833:18:20:28:29:18:20:28:30 chr9 137271318 . C A 1634.69 PASS AF=0.957627;AO=111;DP=116;FAO=113;FDP=118;FR=.;FRO=5;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0187782;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=108.441;QD=55.4134;RBI=0.0332952;REFB=-0.122383;REVB=0.0274946;RO=5;SAF=66;SAR=45;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000458221;STB=0.500695;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.000834895;OID=.;OPOS=137271318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:116:118:5:5:111:113:0.957627:45:66:3:2:47:66:3:2 chr9 137332311 . T G 612.84 PASS AF=0.418182;AO=69;DP=166;FAO=69;FDP=165;FR=.;FRO=96;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=-0.0138764;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.387;QD=14.8566;RBI=0.0229263;REFB=-0.0207257;REVB=0.0182499;RO=96;SAF=36;SAR=33;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425162;STB=0.523803;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.029008;OID=.;OPOS=137332311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:96:96:69:69:0.418182:33:36:54:42:33:36:54:42 chr9 137544513 . C T 212.01 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0272825;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.214;QD=16.0006;RBI=0.0359545;REFB=-0.0317597;REVB=0.0234178;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484937;STB=0.54095;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0199868;OID=.;OPOS=137544513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:23:24:0.45283:9:14:19:10:10:14:19:10 chr9 137619195 . C T 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00125784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.037;QD=22.5828;RBI=0.0252367;REFB=-0.00855058;REVB=0.0252054;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14349;STB=0.57994;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00834679;OID=.;OPOS=137619195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:13:13:16:8:13:13:16:8 chr9 137630587 . T C 90.93 PASS AF=0.208333;AO=15;DP=72;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0498951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0094;QD=5.05141;RBI=0.0527204;REFB=-0.0111786;REVB=0.017027;RO=56;SAF=11;SAR=4;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199024;STB=0.622468;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0441129;OID=.;OPOS=137630587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:72:72:56:57:15:15:0.208333:4:11:33:23:4:11:34:23 chr9 137672012 . C T 528.54 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.00770061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.877;QD=22.2542;RBI=0.04094;REFB=-0.0160758;REVB=-0.0402092;RO=43;SAF=16;SAR=34;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401977;STB=0.529633;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0160678;OID=.;OPOS=137672012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:45:50:50:0.526316:34:16:12:31:34:16:12:33 chr9 137686906 . C T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.517;QD=59.1429;RBI=0.0194394;REFB=0;REVB=-0.00847804;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10634e-05;OID=.;OPOS=137686906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr9 137690318 . AG GG,GT,TG 985.1 PASS AF=0.0434783,0,0.942029;AO=3,4,60;DP=68;FAO=3,0,65;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=2,0,10;FSAR=1,0,55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00391764,0.0496455,0.0612644;FXX=0.0416609;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=52.2452,29.7311,52.1065;QD=57.107;RBI=0.0622674,0.0636539,0.0800452;REFB=-0.0648845,0.0690745,0.00947704;REVB=0.0621441,-0.039839,0.0515162;RO=1;SAF=2,0,9;SAR=1,4,51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.266641,0,0.00916627;STB=0.665547,0.5,0.504503;STBP=0.558,1,0.652;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=0.14436,0,0.00106671;OID=.,.,.;OPOS=137690318,137690318,137690318;OREF=A,AG,A;OALT=G,GT,T;OMAPALT=GG,GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:10:68:69:1:1:3,4,60:3,0,65:0.0434783,0,0.942029:1,4,51:2,0,9:0:1:1,0,55:2,0,10:0:1 chr9 137735592 . G A 455.72 PASS AF=0.425;AO=50;DP=119;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0484847;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.01;QD=15.1905;RBI=0.0484848;REFB=-0.0102496;REVB=-9.37916e-05;RO=69;SAF=30;SAR=20;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199402;STB=0.615715;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0212151;OID=.;OPOS=137735592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:69:69:50:51:0.425:20:30:28:41:20:31:28:41 chr9 137775139 . A G 332.09 PASS AF=0.38;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0334598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5077;QD=13.2834;RBI=0.0680503;REFB=-0.00744303;REVB=-0.059256;RO=61;SAF=21;SAR=17;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835708;STB=0.569129;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0113467;OID=.;OPOS=137775139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:61:62:38:38:0.38:17:21:29:32:16:22:29:33 chr9 137775155 . T C 310.08 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00600669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.212;QD=13.7815;RBI=0.0117935;REFB=0.00421644;REVB=-0.0101492;RO=53;SAF=19;SAR=16;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753584;STB=0.553835;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.00796677;OID=.;OPOS=137775155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:55:35:35:0.388889:16:19:25:28:16:19:25:30 chr9 137775212 . G A 297.28 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0410056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.9487;QD=23.782;RBI=0.0870983;REFB=-0.0580233;REVB=0.0768418;RO=22;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669765;STB=0.52939;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0495471;OID=.;OPOS=137775212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:23:27:27:0.54:18:9:9:13:18:9:9:14 chr9 137801314 . A G 383.01 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.028164;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.945;QD=19.3929;RBI=0.0293027;REFB=-0.0010935;REVB=-0.00808923;RO=40;SAF=31;SAR=8;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506103;STB=0.782057;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00104351;OID=.;OPOS=137801314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:40:40:39:39:0.493671:8:31:10:30:8:31:10:30 chr9 137801416 . T C 208.75 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0402358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.082;QD=21.9736;RBI=0.0448764;REFB=-0.00612776;REVB=-0.0198739;RO=17;SAF=15;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303388;STB=0.675876;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00344045;OID=.;OPOS=137801416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:20:21:0.552632:5:15:7:10:5:16:7:10 chr9 137801800 . T C 486.14 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0240915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7856;QD=21.3689;RBI=0.0254943;REFB=0.0139721;REVB=0.00834044;RO=44;SAF=25;SAR=22;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319439;STB=0.51764;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.0158084;OID=.;OPOS=137801800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:22:25:25:19:22:25:25:19 chr9 137804360 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0140576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4964;QD=12.1822;RBI=0.0672782;REFB=0.00876112;REVB=-0.0657931;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121367;STB=0.54229;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0159957;OID=.;OPOS=137804360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:4:6:10:4:4:6:10:5 chr9 137968919 . G GAA 1477.61 PASS AF=1;AO=93;DP=106;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205082;FXX=0.0660315;HRUN=0;LEN=2;MLLD=251.476;QD=59.7013;RBI=0.030704;REFB=0;REVB=0.0228506;RO=4;SAF=42;SAR=51;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00381271;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.48578e-05;OID=.;OPOS=137968920;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:106:99:99:0:45:54:0:0:8:4:42:51:2:2 chr9 137978552 . A G 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.04384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8583;QD=15.0638;RBI=0.0462624;REFB=-0.038972;REVB=-0.0147737;RO=35;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413667;STB=0.523448;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0304505;OID=.;OPOS=137978552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:12:15:18:17:12:15:18:17 chr9 137982127 . T C 470.45 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00183476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.739;QD=20.679;RBI=0.00257434;REFB=-0.00908299;REVB=0.00180579;RO=44;SAF=27;SAR=19;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170464;STB=0.515917;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00915363;OID=.;OPOS=137982127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:45:46:46:0.505495:19:27:25:19:19:27:25:20 chr9 138236212 . T G 361.13 PASS AF=0.413462;AO=40;DP=101;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0117799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.495;QD=13.8894;RBI=0.016079;REFB=-0.000116664;REVB=0.0109438;RO=60;SAF=19;SAR=21;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166915;STB=0.588195;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000239309;OID=.;OPOS=138236212;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:60:61:40:43:0.413462:21:19:38:22:22:21:39:22 chr9 138378856 . A G 288.59 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=47;FWDB=-0.00948261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2499;QD=11.5436;RBI=0.028561;REFB=-0.0107844;REVB=-0.0269409;RO=66;SAF=19;SAR=15;SRF=19;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303935;STB=0.673819;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0195608;OID=.;OPOS=138378856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:66:34:34:0.34:15:19:19:47:15:19:19:47 chr9 138379002 . T G 447.78 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352103;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.097;QD=57.7774;RBI=0.014873;REFB=0;REVB=-0.0144502;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241087;OID=.;OPOS=138379002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr9 138391299 . T A 192.87 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0164841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7499;QD=13.7761;RBI=0.0355766;REFB=-0.00547959;REVB=0.0315273;RO=33;SAF=16;SAR=7;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00160199;STB=0.500917;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00501571;OID=.;OPOS=138391299;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:7:16:23:10:7:16:23:10 chr9 138394124 . C T 78.65 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0535761;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=194.596;QD=10.4867;RBI=0.0543107;REFB=-0.00542435;REVB=-0.00890217;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276263;STB=0.654357;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0134245;OID=.;OPOS=138394124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:15:19:9:10:0.333333:3:6:6:9:3:7:9:10 chr9 138395122 . G A 360.8 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00878899;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.815;QD=17.5998;RBI=0.0135292;REFB=-0.00511446;REVB=-0.0102856;RO=43;SAF=16;SAR=22;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10867;STB=0.566975;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00698029;OID=.;OPOS=138395122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:43:44:38:38:0.463415:22:16:23:20:22:16:24:20 chr9 138439806 . C T 68.19 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.06615;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.715;QD=12.3984;RBI=0.0705707;REFB=-0.0163622;REVB=0.0245845;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13422;STB=0.580461;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0164972;OID=.;OPOS=138439806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:23:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:7:6:3:6:7:6 chr9 138439809 . T C 78.27 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00726922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.745;QD=14.2318;RBI=0.0132877;REFB=-0.0288118;REVB=0.011123;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16722;STB=0.617401;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0160048;OID=.;OPOS=138439809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:22:12:12:9:10:0.454545:3:6:6:6:3:7:6:6 chr9 138440525 . C G 300.97 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0132643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.495;QD=16.0519;RBI=0.0139435;REFB=-0.011784;REVB=0.00429871;RO=42;SAF=18;SAR=15;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16231;STB=0.575619;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0274272;OID=.;OPOS=138440525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:41:33:34:0.453333:15:18:16:26:16:18:16:25 chr9 138440527 . T C 310.63 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0397263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.01;QD=16.3489;RBI=0.0409939;REFB=-0.00250028;REVB=-0.0101153;RO=42;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122007;STB=0.568527;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0085787;OID=.;OPOS=138440527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:16:18:17:25:16:18:17:25 chr9 138440554 . G C 432.17 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0299075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4011;QD=17.8214;RBI=0.0304453;REFB=-0.00335847;REVB=-0.00569685;RO=51;SAF=17;SAR=27;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834779;STB=0.537622;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00265205;OID=.;OPOS=138440554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:53:44:44:0.453608:27:17:24:27:27:17:24:29 chr9 138440562 . C T 492.35 PASS AF=0.484848;AO=47;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0549483;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0071;QD=19.8929;RBI=0.0556687;REFB=0.0282926;REVB=0.00892719;RO=51;SAF=21;SAR=26;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146409;STB=0.514013;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.0285437;OID=.;OPOS=138440562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:47:48:0.484848:26:21:22:29:26:22:22:29 chr9 138440624 . G C 321.23 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0427609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3882;QD=16.2646;RBI=0.0441218;REFB=-0.00451661;REVB=0.0108736;RO=44;SAF=14;SAR=21;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554681;STB=0.531232;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00644921;OID=.;OPOS=138440624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:21:14:20:24:21:14:20:24 chr9 138440641 . T C 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.629;QD=59.6789;RBI=0.0416189;REFB=0;REVB=-0.0138821;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93183e-05;OID=.;OPOS=138440641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr9 138441760 . C A 98.57 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=-0.155799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.871;QD=14.0816;RBI=0.17467;REFB=-0.0432516;REVB=0.0789694;RO=16;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719287;STB=0.541602;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0469822;OID=.;OPOS=138441760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:11:1:1:15:11:1:1:15 chr9 138456155 . C A 233.6 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0116258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.624;QD=16.9894;RBI=0.0119691;REFB=-0.0213876;REVB=-0.00284622;RO=29;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106179;STB=0.54745;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0234695;OID=.;OPOS=138456155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:29:25:26:0.472727:14:11:16:13:14:12:16:13 chr9 138457209 . C G 250.08 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00137607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.823;QD=22.2289;RBI=0.0346087;REFB=-0.0063241;REVB=0.0345813;RO=21;SAF=15;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233789;STB=0.636248;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00390376;OID=.;OPOS=138457209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:21:23:24:0.533333:8:15:8:13:8:16:8:13 chr9 138457475 . CT C 179.32 PASS AF=0.413043;AO=20;DP=49;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0358368;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.254;QD=15.5934;RBI=0.0360822;REFB=-0.00496171;REVB=-0.00420071;RO=28;SAF=1;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.64612;STB=0.875878;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.00365639;OID=.;OPOS=138457476;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413043:20:49:19:46:27:1:18:12:15:99:28:1:19:13:15 chr9 138458462 . C T 733.69 PASS AF=0.413265;AO=78;DP=193;FAO=81;FDP=196;FR=.;FRO=115;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=33;FSRR=82;FWDB=0.0625496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4148;QD=14.9733;RBI=0.0625747;REFB=0.00792172;REVB=0.00177305;RO=115;SAF=29;SAR=49;SRF=33;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995516;STB=0.568237;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0105964;OID=.;OPOS=138458462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:196:115:115:78:81:0.413265:49:29:33:82:49:32:33:82 chr9 138458570 . C T 888.37 PASS AF=0.483871;AO=92;DP=188;FAO=90;FDP=186;FR=.;FRO=96;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=0.00231593;FXX=0.0210515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.728;QD=19.1047;RBI=0.00328566;REFB=-0.0128559;REVB=-0.00233067;RO=95;SAF=48;SAR=44;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00423133;STB=0.50108;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0146398;OID=.;OPOS=138458570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:186:95:96:92:90:0.483871:44:48:50:45:42:48:51:45 chr9 138515991 . A G 282.26 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0330624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5878;QD=22.5806;RBI=0.0338625;REFB=0.0337089;REVB=0.00731762;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139675;STB=0.577922;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0291491;OID=.;OPOS=138515991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:14:12:15:9:14:12:15:9 chr9 138516190 . T C 477.3 PASS AF=0.5;AO=46;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0410756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0894;QD=20.3106;RBI=0.041163;REFB=-0.0230908;REVB=0.00268093;RO=46;SAF=24;SAR=22;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058785;STB=0.521258;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0207879;OID=.;OPOS=138516190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:47:46:47:0.5:22:24:21:25:23:24:22:25 chr9 138518010 . A G 1764.77 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.512;QD=60.8541;RBI=0.0191012;REFB=0;REVB=-0.00552975;RO=0;SAF=73;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23066e-05;OID=.;OPOS=138518010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:42:73:0:0:42:74:0:0 chr9 138523332 . C A 814.92 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.812;QD=57.1874;RBI=0.0197806;REFB=0;REVB=0.0110556;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14748e-06;OID=.;OPOS=138523332;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:30:27:0:0 chr9 138586198 . G A 422.46 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00579404;FXX=0.0312402;HRUN=6;LEN=1;MLLD=243.753;QD=54.5104;RBI=0.0609918;REFB=0.0533439;REVB=0.0607159;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345091;STB=0.518506;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-3.6214e-06;OID=.;OPOS=138586198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:13:17:0:1:13:17:0:1 chr9 138586966 . GC AA 1620.39 PASS AF=1;AO=106;DP=111;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038475;FXX=0.0270246;HRUN=4;LEN=2;MLLD=142.185;QD=60.0144;RBI=0.0542414;REFB=0;REVB=0.0382335;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000113923;OID=.;OPOS=138586966;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:108:0:0:106:108:1:49:57:0:0:49:59:0:0 chr9 138590928 . C T 83.37 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=2;FWDB=-0.0111787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.841;QD=9.8081;RBI=0.0298916;REFB=-0.017733;REVB=0.0277226;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395422;STB=0.72698;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0210395;OID=.;OPOS=138590928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:4:7:21:2:4:7:21:2 chr9 138591266 . A G 338.51 PASS AF=0.4;AO=33;DP=90;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.00503212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.831;QD=14.2529;RBI=0.0116164;REFB=-0.0100309;REVB=-0.0104699;RO=54;SAF=8;SAR=25;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307986;STB=0.603739;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.014718;OID=.;OPOS=138591266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:95:54:57:33:38:0.4:25:8:27:27:25:13:29:28 chr9 138644203 . T C 219.81 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00135107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.047;QD=17.5846;RBI=0.03837;REFB=-0.0103048;REVB=0.0383462;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159552;STB=0.590826;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0069208;OID=.;OPOS=138644203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:12:16:9:13:12:16 chr9 138836941 . GCCT G 271.7 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00830595;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=3;MLLD=263.132;QD=13.7569;RBI=0.00967768;REFB=-0.0232673;REVB=0.00496675;RO=38;SAF=16;SAR=23;SRF=23;SRR=15;SSEN=0.4;SSEP=0;SSSB=-0.17297;STB=0.595806;STBP=0.092;TYPE=del;VARB=0.0254711;OID=.;OPOS=138836942;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493671:39:80:39:79:40:16:23:24:16:99:38:16:23:23:15 chr9 138838140 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.395;QD=57.3855;RBI=0.0188598;REFB=0;REVB=-0.0156573;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42615e-05;OID=.;OPOS=138838140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr9 138898893 . C G 1533.42 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103355;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.358;QD=63.8923;RBI=0.0422169;REFB=0;REVB=0.0409322;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209705;OID=.;OPOS=138898893;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:48:47:0:0:48:48:0:0 chr9 138899253 . G GCA 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244719;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.645;QD=33.4285;RBI=0.0662006;REFB=0;REVB=0.0615114;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772509;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00221641;OID=.;OPOS=138899254;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:8:6:6:0:2:4:0:0:4:2:2:4:1:1 chr9 138903671 . A G 323.69 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00721693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.514;QD=53.9478;RBI=0.0141659;REFB=0;REVB=0.0121897;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32148e-05;OID=.;OPOS=138903671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr9 138905136 . C T 586.44 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0101319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.488;QD=23.4575;RBI=0.0159611;REFB=-0.0409516;REVB=0.012333;RO=46;SAF=16;SAR=38;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110952;STB=0.561158;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.028247;OID=.;OPOS=138905136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:46:54:54:0.54:38:16:19:27:38:16:19:27 chr9 139100805 . T C 425.81 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=13;FWDB=-0.0293113;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.273;QD=17.742;RBI=0.0530647;REFB=0.000174321;REVB=0.0442347;RO=52;SAF=27;SAR=17;SRF=39;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145424;STB=0.568972;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00014301;OID=.;OPOS=139100805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:52:52:44:44:0.458333:17:27:39:13:16:28:39:13 chr9 139110654 . C T 180.7 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0103504;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.115;QD=22.5872;RBI=0.0175189;REFB=-0.0418167;REVB=-0.0141343;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125302;STB=0.507034;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0317395;OID=.;OPOS=139110654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:6:8:10:8:6:8 chr9 139142710 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.758;QD=49.5971;RBI=0.0357986;REFB=0;REVB=0.03561;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173009;OID=.;OPOS=139142710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr9 139142808 . T C 765.7 PASS AF=0.98;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00659797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6413;QD=61.2559;RBI=0.0834091;REFB=0.0104446;REVB=0.0831477;RO=1;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015421;STB=0.507689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000954776;OID=.;OPOS=139142808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:50:1:1:47:49:0.98:30:17:0:1:32:17:0:1 chr9 139252495 . G A 3229.5 PASS AF=1;AO=208;DP=214;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055706;FXX=0.0279057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.144;QD=61.8086;RBI=0.0907505;REFB=-0.0844846;REVB=0.0716415;RO=0;SAF=108;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357676;OID=.;OPOS=139252495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:214:209:0:0:208:209:1:100:108:0:0:100:109:0:0 chr9 139273402 . C T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00814819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.66;QD=15.7004;RBI=0.0262096;REFB=0.0055745;REVB=-0.0249108;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183537;STB=0.585548;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00848756;OID=.;OPOS=139273402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:7:8:13:5:7:8:13:6 chr9 139343719 . C T 748.13 PASS AF=1;AO=38;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.193512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.541;QD=56.4629;RBI=0.193797;REFB=0;REVB=-0.0104925;RO=0;SAF=5;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499254;OID=.;OPOS=139343719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:38:53:1:33:5:0:0:32:21:0:0 chr9 139389432 . C T 356.21 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00812382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.687;QD=21.5885;RBI=0.01661;REFB=-0.0326116;REVB=0.0144877;RO=30;SAF=15;SAR=21;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419353;STB=0.523183;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0228311;OID=.;OPOS=139389432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:21:15:14:16:21:15:14:16 chr9 139391636 . G A 3001.67 PASS AF=0.994764;AO=190;DP=191;FAO=190;FDP=191;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00846408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.75;QD=62.8622;RBI=0.0271562;REFB=-0.0356619;REVB=0.0258034;RO=1;SAF=73;SAR=117;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0040529;STB=0.502127;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=2.84322e-05;OID=.;OPOS=139391636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:191:191:1:1:190:190:0.994764:117:73:0:1:117:73:0:1 chr9 139397707 . G A 795.94 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.374;QD=56.8529;RBI=0.0880718;REFB=0;REVB=0.0801681;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346843;OID=.;OPOS=139397707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr9 139407932 . A G 760.34 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00573932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.624;QD=56.3216;RBI=0.0237365;REFB=0;REVB=0.0230322;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101516;OID=.;OPOS=139407932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:29:25:0:0 chr9 139418260 . A G 250.02 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.824;QD=50.0046;RBI=0.0730048;REFB=0;REVB=0.0683934;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0037624;OID=.;OPOS=139418260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:6:13:0:0:7:13:0:0 chr9 139510820 . G A 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0205448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.343;QD=21.0068;RBI=0.0292344;REFB=-0.0129775;REVB=0.0207982;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468823;STB=0.553879;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0132605;OID=.;OPOS=139510820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:17:19:19:0.527778:9:10:7:8:9:10:7:10 chr9 139510938 . T C 157.9 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00858471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.858;QD=25.2645;RBI=0.0129523;REFB=0.0209226;REVB=0.00969864;RO=9;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151559;STB=0.585252;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.0124734;OID=.;OPOS=139510938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:12:4:4:5:12:4:4:5 chr9 139616742 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.675;QD=60.6099;RBI=0.0416961;REFB=0;REVB=0.0039069;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105152;OID=.;OPOS=139616742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr9 139621326 . G A 169.75 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00263075;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.85;QD=23.4137;RBI=0.00320897;REFB=0.0011666;REVB=-0.00183756;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857078;STB=0.547891;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.000916903;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:12:17:17:0.586207:11:6:3:9:11:6:3:9 chr9 139649580 . G A 543.43 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0850581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1887;QD=57.2031;RBI=0.145849;REFB=-0.0921302;REVB=0.118478;RO=1;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374036;STB=0.519989;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00452803;OID=.;OPOS=139649580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:38:1:1:36:37:0.973684:12:24:0:1:12:25:0:1 chr9 139650060 . C A 979.77 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0167076;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.412;QD=55.987;RBI=0.079544;REFB=0.210105;REVB=0.0777696;RO=2;SAF=29;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004054;STB=0.502145;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00711294;OID=.;OPOS=139650060;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:39:29:1:1:39:29:1:1 chr9 139652338 . C G 1406.09 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00075169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3617;QD=60.477;RBI=0.0147055;REFB=-0.0550716;REVB=0.0146863;RO=2;SAF=36;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00444396;STB=0.502345;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0009795;OID=.;OPOS=139652338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:2:2:91:91:0.978495:55:36:1:1:55:36:1:1 chr9 139656670 . T C,G 1440.75 PASS AF=0.968085,0.0212766;AO=87,5;DP=93;FAO=91,2;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=68,0;FSAR=23,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0261431,-0.0653205;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=106.466,24.8017;QD=61.3085;RBI=0.0322995,0.0658519;REFB=0.0315077,0.0564538;REVB=0.0189683,-0.00834894;RO=0;SAF=65,3;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.503649,0.993266;STBP=0.62,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00138038,-0.0115792;OID=.,.;OPOS=139656670,139656670;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:93:94:0:1:87,5:91,2:0.968085,0.0212766:22,2:65,3:0:0:23,2:68,0:1:0 chr9 139656706 . A C 1879.05 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472797;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.173;QD=61.6081;RBI=0.0082914;REFB=0;REVB=-0.00681128;RO=0;SAF=80;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51365e-05;OID=.;OPOS=139656706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:120:122:1:40:80:0:0:40:82:0:0 chr9 139657834 . G C 823.49 PASS AF=0.9375;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00198381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.635;QD=51.468;RBI=0.0430034;REFB=-0.0219328;REVB=0.0429576;RO=4;SAF=38;SAR=22;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168122;STB=0.508926;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00232702;OID=.;OPOS=139657834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:64:4:4:60:60:0.9375:22:38:2:2:22:38:2:2 chr9 139690840 . G A 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.77;QD=58.2386;RBI=0.0369863;REFB=0;REVB=0.0369565;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29395e-05;OID=.;OPOS=139690840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr9 139700605 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00204923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5109;QD=63.2858;RBI=0.00278848;REFB=0;REVB=0.00189111;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67285e-06;OID=.;OPOS=139700605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr9 139701108 . A C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4142;QD=59.8376;RBI=0.114594;REFB=0;REVB=0.00155156;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126377;OID=.;OPOS=139701108;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr9 139726239 . A G 465.62 PASS AF=0.535714;AO=44;DP=80;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0544535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6471;QD=22.1722;RBI=0.0550343;REFB=0.0160854;REVB=-0.00797399;RO=36;SAF=21;SAR=23;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185982;STB=0.533319;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0145902;OID=.;OPOS=139726239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:36:39:44:45:0.535714:23:21:18:18:24:21:21:18 chr9 139732331 . G C 1677.11 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320915;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6766;QD=59.8969;RBI=0.0325033;REFB=0;REVB=-0.00515739;RO=1;SAF=50;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094005;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101966;OID=.;OPOS=139732331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:1:0:111:112:1:61:50:1:0:61:51:0:0 chr9 139739643 . T C 358.26 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.282;QD=55.1166;RBI=0.0432609;REFB=0;REVB=0.00383516;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95115e-05;OID=.;OPOS=139739643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:9:17:0:0 chr9 139749067 . C T 1030.12 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0771142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.444;QD=58.0347;RBI=0.0779103;REFB=-0.141187;REVB=0.0111094;RO=1;SAF=27;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171877;STB=0.509088;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000971967;OID=.;OPOS=139749067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:43:27:1:0:43:27:1:0 chr9 139752895 . GGCCT G,GGC,GGCCG 537.43 PASS AF=0,0.421053,0.578947;AO=5,9,14;DP=38;FAO=0,16,22;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15,13;FSAR=0,1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0923864,0.0820886,0.091722;FXX=0;HRUN=2,2,1;LEN=4,2,1;MLLD=58.5987,82.5507,93.0617;QD=56.5716;RBI=0.0988201,0.0827483,0.0919899;REFB=0,0,0;REVB=0.0350738,0.0104275,0.00701568;RO=0;SAF=5,9,5;SAR=0,0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.23208,0;SSEP=0.460587,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0446339,-0.0108789;OID=.,.,.;OPOS=139752896,139752898,139752899;OREF=GCCT,CT,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GGC,GGCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.421053,0.578947:5,9,14:38:0,16,22:38:0:0,15,13:0,1,9:0:0:83:0:5,9,5:0,0,9:0:0 chr9 139839904 . T G 117.73 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0789468;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.731;QD=19.6224;RBI=0.0793711;REFB=-0.00660864;REVB=-0.00819574;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201895;STB=0.615207;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00540589;OID=.;OPOS=139839904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:25:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:4:7:5:8:4:7 chr9 139840543 . A G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0024;QD=48.7332;RBI=0.0380354;REFB=0;REVB=-0.0281376;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00197055;OID=.;OPOS=139840543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr9 139848688 . C T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00997934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.737;QD=62.4652;RBI=0.0102309;REFB=0;REVB=0.0022546;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76531e-05;OID=.;OPOS=139848688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:40:47:0:0:40:47:0:0 chr9 139849214 . GC G 78.68 PASS AF=0.684211;AO=9;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0892665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.958;QD=16.5633;RBI=0.140379;REFB=-0.12502;REVB=0.108341;RO=8;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349937;STB=0.761378;STBP=0.034;TYPE=del;VARB=0.0856853;OID=.;OPOS=139849215;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684211:9:19:13:19:6:1:12:3:3:28:8:1:8:3:5 chr9 139872048 . A G 2162.92 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167953;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.784;QD=63.1511;RBI=0.040525;REFB=0;REVB=-0.0368809;RO=0;SAF=81;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.98134e-05;OID=.;OPOS=139872048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:137:0:0:137:137:1:56:81:0:0:56:81:0:0 chr9 139878317 . C T 520.45 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3451;QD=59.4805;RBI=0.129542;REFB=0;REVB=0.0390777;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177301;OID=.;OPOS=139878317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr9 139878828 . T C 582.04 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177847;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.429;QD=61.2669;RBI=0.00622315;REFB=0;REVB=0.00596361;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065634;OID=.;OPOS=139878828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr9 139902214 . A G 1682.39 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151088;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4649;QD=60.6267;RBI=0.0831157;REFB=0;REVB=-0.0817309;RO=0;SAF=56;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106478;OID=.;OPOS=139902214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:55:56:0:0:55:56:0:0 chr9 139904037 . A G 313.31 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0300734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.605;QD=50.1289;RBI=0.0580988;REFB=-0.0529359;REVB=0.0497098;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370602;STB=0.519983;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0074479;OID=.;OPOS=139904037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:12:12:1:0:12:12:1:0 chr9 139906359 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.846;QD=63.2867;RBI=0.0623756;REFB=0;REVB=0.0615806;RO=0;SAF=36;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228128;OID=.;OPOS=139906359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:10:36:0:0:10:36:0:0 chr9 139907297 . A G 33.99 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0110084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7272;QD=4.68823;RBI=0.0759527;REFB=-0.015734;REVB=-0.0751507;RO=21;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585385;STB=0.864368;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0436561;OID=.;OPOS=139907297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:29:29:21:22:7:7:0.241379:1:6:7:14:1:6:8:14 chr9 139912484 . A G 393.75 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.988;QD=56.2493;RBI=0.0348894;REFB=0;REVB=0.0312509;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234754;OID=.;OPOS=139912484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:16:11:0:0:16:12:0:0 chr9 139913239 . T G 1547.62 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.858;QD=63.1684;RBI=0.0421787;REFB=0;REVB=0.0401274;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10993e-05;OID=.;OPOS=139913239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:98:0:0:91:98:1:40:51:0:0:45:53:0:0 chr9 139923265 . A G 785.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.322;QD=57.1196;RBI=0.0614045;REFB=0;REVB=0.0499065;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168978;OID=.;OPOS=139923265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:20:33:0:0:21:34:0:0 chr9 139926402 . T C 382.59 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0254205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5903;QD=52.7706;RBI=0.0351599;REFB=-0.147818;REVB=0.0242903;RO=1;SAF=6;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713682;STB=0.538433;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00943758;OID=.;OPOS=139926402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:22:6:1:0:22:6:1:0 chr9 139935632 . GCCCCCG GCCCCG,GCCCCGC 195.47 PASS AF=0.825,0.025;AO=14,2;DP=36;FAO=33,1;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=17,1;FSAR=16,0;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.240162,0.0192357;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.51458,10.7687;QD=19.5468;RBI=0.246565,0.186015;REFB=-0.0852065,-0.11007;REVB=0.055825,0.185018;RO=14;SAF=9,2;SAR=5,0;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.129571,0.547468;STB=0.527933,0.9915;STBP=0.42,0.254;TYPE=del,mnp;VARB=0.094064,-0.0294652;OID=.,.;OPOS=139935633,139935637;OREF=C,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=GCCCCG,GCCCCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.825,0.025:14,2:36:33,1:40:6:17,1:16,0:2:4:18:14:9,2:5,0:7:7 chr9 139937795 . T C 1227.5 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.09;QD=61.3748;RBI=0.0371904;REFB=0;REVB=0.037157;RO=0;SAF=7;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15452e-05;OID=.;OPOS=139937795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:72:7:0:0:73:7:0:0 chr9 139937799 . G A 1150.78 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6027;QD=60.5675;RBI=0.0228404;REFB=0;REVB=-0.00621769;RO=0;SAF=7;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30782e-05;OID=.;OPOS=139937799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:68:7:0:0:69:7:0:0 chr9 139943429 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.011;QD=37.4877;RBI=0.158424;REFB=0;REVB=0.149561;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169031;OID=.;OPOS=139943429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr9 139943549 . G A 363.56 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.02;QD=51.9366;RBI=0.0276237;REFB=-0.0837582;REVB=0.0241728;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029965;STB=0.51514;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000943404;OID=.;OPOS=139943549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:26:27:0.964286:11:15:1:0:11:16:1:0 chr9 139973820 . C T 2105.18 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0781118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0536;QD=61.917;RBI=0.0849219;REFB=-0.0640062;REVB=-0.0333208;RO=1;SAF=8;SAR=127;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00372897;STB=0.50196;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000690449;OID=.;OPOS=139973820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:135:135:0.992647:127:8:0:1:127:8:0:1 chr9 139981627 . A G 344.9 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00528047;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7681;QD=55.1843;RBI=0.0108369;REFB=0;REVB=0.00946331;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00094503;OID=.;OPOS=139981627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr9 140002963 . G A 479.37 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00274374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.457;QD=19.9736;RBI=0.0114531;REFB=-0.0134989;REVB=-0.0111196;RO=48;SAF=20;SAR=27;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143571;STB=0.574436;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0102556;OID=.;OPOS=140002963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:49:47:47:0.489583:27:20:28:20:27:20:28:21 chr9 140002989 . T C 1515.05 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0290639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6238;QD=62.4761;RBI=0.0342133;REFB=-0.0427714;REVB=0.018051;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000354646;OID=.;OPOS=140002989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:48:48:0:0:48:48:0:1 chr9 140003427 . A G 785.09 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.91;QD=64.0893;RBI=0.0246703;REFB=0;REVB=0.00756738;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79513e-05;OID=.;OPOS=140003427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr9 140006202 . G A 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.698;QD=48.7315;RBI=0.0469023;REFB=0;REVB=0.0377688;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739853;OID=.;OPOS=140006202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr9 140006425 . C G 519.96 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0605563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6344;QD=59.4234;RBI=0.0612548;REFB=0;REVB=0.00922397;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000449383;OID=.;OPOS=140006425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr9 140115554 . G A 80.02 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0108284;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.38;QD=14.5498;RBI=0.0180667;REFB=-0.0156832;REVB=0.0144621;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155332;STB=0.590733;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00953467;OID=.;OPOS=140115554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:23:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:8:4:5:5:8:4 chr9 140123132 . C G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00491657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6928;QD=11.4395;RBI=0.0155521;REFB=-0.000489087;REVB=-0.0147545;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268092;STB=0.516093;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.000566715;OID=.;OPOS=140123132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:9:5:3:6:9:5 chr9 140128085 . T C 334.01 PASS AF=0.607143;AO=32;DP=54;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0428895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8404;QD=23.8577;RBI=0.0665457;REFB=-0.00893984;REVB=0.0508804;RO=22;SAF=17;SAR=15;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223185;STB=0.617397;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00339555;OID=.;OPOS=140128085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:22:22:32:34:0.607143:15:17:5:17:16:18:5:17 chr9 140130606 . A T 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.589;QD=58.7806;RBI=0.00854219;REFB=0;REVB=0.00750259;RO=0;SAF=20;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75379e-06;OID=.;OPOS=140130606;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:45:20:0:0:45:20:0:0 chr9 140139184 . A G 164.07 PASS AF=0.377358;AO=21;DP=54;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0118626;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.66;QD=12.3828;RBI=0.0227365;REFB=-0.00185732;REVB=-0.0193966;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105865;STB=0.553792;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00386068;OID=.;OPOS=140139184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:33:21:20:0.377358:13:8:14:15:12:8:16:17 chr9 140139757 . G A 375.54 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000213115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.405;QD=55.6356;RBI=0.140811;REFB=0;REVB=0.140811;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797377;OID=.;OPOS=140139757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:10:16:0:0:11:16:0:0 chr9 140146956 . T C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0435771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.479;QD=13.5806;RBI=0.0435821;REFB=-0.0117793;REVB=-0.000664067;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313996;STB=0.518303;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0251356;OID=.;OPOS=140146956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:8:9:14:14:8:9:14:14 chr9 140147273 . C T 467.83 PASS AF=0.511111;AO=45;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00418154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.402;QD=20.7923;RBI=0.0103599;REFB=-0.0218807;REVB=0.0094785;RO=43;SAF=18;SAR=27;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00428213;STB=0.513508;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0220865;OID=.;OPOS=140147273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:44:45:46:0.511111:27:18:17:26:27:19:17:27 chr9 140147561 . C T 99.93 PASS AF=0.48;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.103903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1839;QD=15.9882;RBI=0.104674;REFB=-0.00757569;REVB=-0.0126829;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0065293;STB=0.52377;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0130583;OID=.;OPOS=140147561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:11:12:0.48:5:6:7:6:5:7:7:6 chr9 140150476 . C T 187.76 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-7.12902e-05;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.367;QD=16.3271;RBI=0.00485954;REFB=-0.00335287;REVB=0.00485902;RO=26;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221206;STB=0.636213;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00783441;OID=.;OPOS=140150476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:19:20:0.434783:15:4:10:16:16:4:10:16 chr9 140177040 . A T 859.05 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0598629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2862;QD=54.5431;RBI=0.0759956;REFB=0.0325436;REVB=-0.0468164;RO=3;SAF=25;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229809;STB=0.519224;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00239195;OID=.;OPOS=140177040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:3:2:60:61:0.968254:35:25:2:1:36:25:2:0 chr9 140242634 . G C 712.82 PASS AF=0.47651;AO=68;DP=148;FAO=71;FDP=149;FR=.;FRO=78;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=-0.0427601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6008;QD=19.136;RBI=0.0441429;REFB=-0.0119009;REVB=-0.0109623;RO=77;SAF=38;SAR=30;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891233;STB=0.541484;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0114301;OID=.;OPOS=140242634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:77:78:68:71:0.47651:30:38:50:27:30:41:51:27 chr9 140243844 . C T 317.06 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0183997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.224;QD=25.8825;RBI=0.040792;REFB=-0.0213943;REVB=-0.0364066;RO=21;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110809;STB=0.56136;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0185924;OID=.;OPOS=140243844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:16:12:12:9:16:12:12:9 chr9 140245792 . C T 356.71 PASS AF=0.443182;AO=38;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0260502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.253;QD=16.2143;RBI=0.0267029;REFB=-0.0203015;REVB=-0.00586773;RO=50;SAF=22;SAR=16;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00108917;STB=0.515756;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0252464;OID=.;OPOS=140245792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:49:38:39:0.443182:16:22:29:21:17:22:29:20 chr9 140247143 . T G 1153.1 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00860295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2702;QD=60.6896;RBI=0.00975763;REFB=0;REVB=0.00460441;RO=0;SAF=51;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16548e-05;OID=.;OPOS=140247143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:25:51:0:0:25:51:0:0 chr9 140250818 . C G,T 1402.86 PASS AF=0.130435,0.869565;AO=12,80;DP=92;FAO=12,80;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=7,44;FSAR=5,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569812,-0.0188118;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.6319,155.969;QD=60.9941;RBI=0.0615584,0.0317976;REFB=0,0;REVB=0.0232934,0.025636;RO=0;SAF=7,44;SAR=5,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.28538e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0312268,-0.00109837;OID=.,.;OPOS=140250818,140250818;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:56:92:92:0:0:12,80:12,80:0.130435,0.869565:5,36:7,44:0:0:5,36:7,44:0:0 chr9 140262426 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0236203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.259;QD=11.6331;RBI=0.0249675;REFB=-0.00620212;REVB=-0.00809036;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289664;STB=0.671317;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0234089;OID=.;OPOS=140262426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:5:11:4:6:5:11 chr9 140330976 . T C 817.52 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.426;QD=57.3698;RBI=0.0906346;REFB=0;REVB=-0.0906079;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014968;OID=.;OPOS=140330976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr9 140332478 . A G 658.46 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.305;QD=61.2525;RBI=0.00911353;REFB=0;REVB=-0.00620299;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109782;OID=.;OPOS=140332478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:30:11:0:0:31:12:0:0 chr9 140356422 . G C 336.67 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0142764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.697;QD=17.265;RBI=0.0151225;REFB=-0.0348189;REVB=-0.00498739;RO=42;SAF=21;SAR=15;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19302;STB=0.607991;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.045323;OID=.;OPOS=140356422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:15:21:16:26:15:21:16:26 chr9 140357972 . A G 755.72 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.57774e-05;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4212;QD=57.0353;RBI=0.0396999;REFB=0;REVB=-0.0396998;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350774;OID=.;OPOS=140357972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr9 140374861 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.385;QD=58.0605;RBI=0.0110436;REFB=0;REVB=-0.00115324;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50619e-05;OID=.;OPOS=140374861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr9 140392616 . G A 180.44 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0124731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6033;QD=16.0394;RBI=0.0132086;REFB=-0.00358069;REVB=0.00434611;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242524;STB=0.51391;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00608192;OID=.;OPOS=140392616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:9:17:12:7:9:17 chr9 140414410 . C T 521.39 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00657388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.809;QD=20.8557;RBI=0.0149775;REFB=-0.0214364;REVB=0.0134577;RO=50;SAF=20;SAR=30;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0184229;OID=.;OPOS=140414410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:50:50:50:0.5:30:20:20:30:30:20:20:30 chr9 140611436 . T C 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.000145784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.896;QD=16.728;RBI=0.0150689;REFB=-0.0156272;REVB=0.0150682;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124711;STB=0.571341;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0238058;OID=.;OPOS=140611436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:12:7:8:8:12:7 chr9 140638416 . G A 354.34 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0275076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.854;QD=21.475;RBI=0.0361816;REFB=-0.0130207;REVB=0.023504;RO=30;SAF=23;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199523;STB=0.610383;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00859316;OID=.;OPOS=140638416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:13:23:12:18:13:23:12:18 chr9 140638461 . T C 325.29 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0112708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4367;QD=22.4338;RBI=0.0254883;REFB=-0.0349515;REVB=-0.022861;RO=25;SAF=21;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12662;STB=0.569989;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0201119;OID=.;OPOS=140638461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:12:21:12:13:12:21:12:13 chr9 140679695 . G C 410.88 PASS AF=0.525641;AO=40;DP=77;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0101018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0683;QD=21.0709;RBI=0.0515302;REFB=-0.00438326;REVB=0.0505304;RO=37;SAF=24;SAR=16;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0048794;STB=0.507527;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0060369;OID=.;OPOS=140679695;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:37:37:40:41:0.525641:16:24:22:15:16:25:22:15 chr9 140687468 . A G 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00658749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.545;QD=14.6506;RBI=0.00795653;REFB=-0.0162965;REVB=-0.00446221;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146121;STB=0.583261;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0217972;OID=.;OPOS=140687468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:10:13:13:18:10:13:13:18 chr9 140707560 . G T 315.01 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0182446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5462;QD=25.7148;RBI=0.0315107;REFB=-0.0275557;REVB=-0.0256917;RO=20;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269778;STB=0.525529;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.027012;OID=.;OPOS=140707560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:28:28:0.571429:15:13:10:10:15:13:11:10 chr9 140777306 . C G 226.72 PASS AF=0.295918;AO=28;DP=97;FAO=29;FDP=98;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.0541262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0952;QD=9.25372;RBI=0.0545742;REFB=-0.00723546;REVB=-0.0069787;RO=65;SAF=16;SAR=12;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159982;STB=0.509616;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0166464;OID=.;OPOS=140777306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:65:69:28:29:0.295918:12:16:38:27:13:16:39:30 chr9 140786918 . T C 1116.55 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.6954;QD=60.3543;RBI=0.0414008;REFB=0;REVB=0.0291589;RO=0;SAF=48;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67344e-07;OID=.;OPOS=140786918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:26:48:0:0:26:48:0:0 chr9 140878616 . G A 1821.3 PASS AF=0.953488;AO=123;DP=129;FAO=123;FDP=129;FR=.;FRO=6;FSAF=79;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0257162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.481;QD=56.4745;RBI=0.0472097;REFB=-0.095601;REVB=0.0395908;RO=5;SAF=79;SAR=44;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509795;STB=0.523741;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000941279;OID=.;OPOS=140878616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:129:129:5:6:123:123:0.953488:44:79:0:5:44:79:1:5 chr9 140881314 . A C 741.71 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.123;QD=57.0546;RBI=0.108747;REFB=0;REVB=0.108307;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177344;OID=.;OPOS=140881314;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:52:0:0:47:52:1:23:24:0:0:28:24:0:0 chr9 140911670 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.13;QD=62.0213;RBI=0.019203;REFB=0;REVB=-0.00356977;RO=0;SAF=8;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72171e-05;OID=.;OPOS=140911670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:34:8:0:0:34:8:0:0 chr9 140952690 . G A 1664.51 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0384501;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7479;QD=59.4468;RBI=0.0391453;REFB=-0.119635;REVB=0.00734497;RO=0;SAF=38;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7808e-08;STB=0.503401;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000578159;OID=.;OPOS=140952690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:112:0:1:111:111:0.991071:73:38:0:0:73:38:0:1 chr9 141016262 . T G 579.21 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=8;FWDB=-0.0118072;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.988;QD=21.4523;RBI=0.0260269;REFB=-0.00848951;REVB=0.0231946;RO=50;SAF=40;SAR=18;SRF=42;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159013;STB=0.586618;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.006302;OID=.;OPOS=141016262;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:50:50:58:58:0.537037:18:40:42:8:18:40:42:8 chr9 141069563 . A G 230.31 PASS AF=0.589744;AO=20;DP=37;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0141661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.74;QD=23.6212;RBI=0.0220225;REFB=-0.0248024;REVB=0.0168615;RO=16;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901357;STB=0.526859;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.013574;OID=.;OPOS=141069563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:16:16:20:23:0.589744:13:7:4:12:16:7:4:12 chr10 294953 . A G 473.54 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0701496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4922;QD=55.7111;RBI=0.0712674;REFB=-0.130966;REVB=0.0125724;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.516119;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00499688;OID=.;OPOS=294953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:34:0:1:33:33:0.970588:15:18:0:0:15:18:0:1 chr10 299342 . C T 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00635331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.267;QD=13.2874;RBI=0.00655043;REFB=-0.00150224;REVB=0.00159484;RO=41;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045977;STB=0.526296;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00179557;OID=.;OPOS=299342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:15:12:20:21:15:12:20:21 chr10 323283 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00102543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.021;QD=18.3452;RBI=0.0175619;REFB=-0.0359342;REVB=-0.017532;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128736;STB=0.572872;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0344437;OID=.;OPOS=323283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:5:13:10:7:5:13 chr10 373048 . T C 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.636;QD=59.8553;RBI=0.0354787;REFB=0;REVB=0.00420313;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130146;OID=.;OPOS=373048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr10 429977 . G A 54.01 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0168523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.896;QD=8.30877;RBI=0.0371501;REFB=-0.0327605;REVB=-0.0331078;RO=15;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.63044;STB=0.889991;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0309258;OID=.;OPOS=429977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:15:18:8:8:0.307692:1:7:4:11:1:7:5:13 chr10 445061 . C T 708.09 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.293;QD=62.9413;RBI=0.0303182;REFB=0;REVB=0.0240076;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194077;OID=.;OPOS=445061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:18:27:0:0 chr10 459940 . G A 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00735224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.662;QD=56.4876;RBI=0.021627;REFB=-0.0481414;REVB=0.0203389;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032238;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00174412;OID=.;OPOS=459940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:14:21:0:1:14:21:0:1 chr10 696237 . G A 1466.82 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0265611;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.191;QD=61.1173;RBI=0.0406579;REFB=-0.0576809;REVB=0.0307827;RO=0;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95516e-08;STB=0.502319;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.000121276;OID=.;OPOS=696237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:96:0:2:94:94:0.979167:57:37:0:0:57:37:1:1 chr10 1018585 . T G 113.38 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00967226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.507;QD=9.6493;RBI=0.0100326;REFB=-0.013799;REVB=-0.00266458;RO=33;SAF=5;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284919;STB=0.671402;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0330381;OID=.;OPOS=1018585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:9:5:20:13:9:5:20:13 chr10 1046712 . G A 535.28 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00612719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.361;QD=20.9914;RBI=0.022404;REFB=-0.0243215;REVB=0.0215498;RO=45;SAF=30;SAR=24;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185775;STB=0.526306;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0307454;OID=.;OPOS=1046712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:45:48:54:54:0.529412:24:30:24:21:24:30:24:24 chr10 1068639 . C T 481.12 PASS AF=0.516484;AO=46;DP=90;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0478489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.292;QD=21.148;RBI=0.0493667;REFB=0.0045973;REVB=-0.0121471;RO=44;SAF=25;SAR=21;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424286;STB=0.518511;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00456725;OID=.;OPOS=1068639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:44:44:46:47:0.516484:21:25:26:18:21:26:26:18 chr10 1081791 . G GCCTGGCCCA 266.81 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0251285;FXX=0.0645092;HRUN=2;LEN=9;MLLD=249.632;QD=12.2673;RBI=0.0254923;REFB=-0.0145728;REVB=-0.00429186;RO=61;SAF=17;SAR=14;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064749;STB=0.53123;STBP=0.72;TYPE=ins;VARB=0.0279591;OID=.;OPOS=1081792;OREF=-;OALT=CCTGGCCCA;OMAPALT=GCCTGGCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.356322:31:95:31:87:56:17:14:28:28:99:61:17:14:30:31 chr10 1089616 . T C 351.83 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0120629;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.885;QD=17.8142;RBI=0.0152821;REFB=0.00775476;REVB=-0.00938235;RO=42;SAF=21;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420691;STB=0.523533;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00936863;OID=.;OPOS=1089616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:42:42:37:37:0.468354:16:21:22:20:16:21:22:20 chr10 1142208 . T C 1065.16 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358154;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.506;QD=60.0088;RBI=0.0406516;REFB=0;REVB=0.0192304;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89425e-05;OID=.;OPOS=1142208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr10 1175894 . A G 754.59 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0284998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4064;QD=51.1583;RBI=0.0806921;REFB=-0.111739;REVB=0.0754916;RO=2;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303982;STB=0.524581;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00841967;OID=.;OPOS=1175894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:59:59:2:3:56:56:0.949153:30:26:0:2:29:27:0:3 chr10 1230968 . C T 816.7 PASS AF=0.482759;AO=84;DP=174;FAO=84;FDP=174;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=0.0865094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.524;QD=18.7748;RBI=0.0876255;REFB=-0.0242571;REVB=0.0139405;RO=89;SAF=30;SAR=54;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112188;STB=0.565389;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0233209;OID=.;OPOS=1230968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:89:90:84:84:0.482759:54:30:42:47:54:30:43:47 chr10 3143643 . A C 544.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.534;QD=58.8117;RBI=0.0428636;REFB=0;REVB=0.0361733;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243012;OID=.;OPOS=3143643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:19:16:0:0:21:16:0:0 chr10 3155620 . A G 1641.2 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4049;QD=60.2276;RBI=0.0432232;REFB=0;REVB=-0.0354414;RO=0;SAF=57;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3295e-05;OID=.;OPOS=3155620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:51:57:0:0:51:58:0:0 chr10 3172121 . C T 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0039181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.306;QD=21.4068;RBI=0.00514507;REFB=-0.0217072;REVB=0.0033347;RO=26;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437929;STB=0.524214;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0211939;OID=.;OPOS=3172121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:14:18:16:10:14:18:16:10 chr10 3178815 . G C 387.42 PASS AF=0.450549;AO=31;DP=94;FAO=41;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00393455;FXX=0.107833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.953;QD=17.0294;RBI=0.00825773;REFB=-0.0309972;REVB=0.00726012;RO=41;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12648;STB=0.609703;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0302232;OID=.;OPOS=3178815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:91:41:49:31:41:0.450549:15:16:16:25:16:25:20:29 chr10 3178881 . C T 286.38 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00569278;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.665;QD=15.4801;RBI=0.00605492;REFB=-0.0104999;REVB=-0.00206259;RO=42;SAF=14;SAR=18;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110588;STB=0.562461;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0233514;OID=.;OPOS=3178881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:42:42:32:32:0.432432:18:14:23:19:18:14:23:19 chr10 3179703 . C T 587.82 PASS AF=0.536364;AO=59;DP=110;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0114999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8574;QD=21.3754;RBI=0.0419389;REFB=-0.0292889;REVB=0.0403314;RO=51;SAF=31;SAR=28;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132086;STB=0.507253;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0069223;OID=.;OPOS=3179703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:51:51:59:59:0.536364:28:31:26:25:28:31:26:25 chr10 3179708 . A G 585.5 PASS AF=0.531532;AO=58;DP=112;FAO=59;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0203955;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.741;QD=21.0992;RBI=0.0461727;REFB=-0.0497812;REVB=-0.0414239;RO=36;SAF=29;SAR=29;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156863;STB=0.50504;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0492424;OID=.;OPOS=3179708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:36:52:58:59:0.531532:29:29:26:10:29:30:27:25 chr10 3180227 . T C 1287.26 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0194286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8528;QD=60.5771;RBI=0.029528;REFB=0.0391856;REVB=-0.0222358;RO=1;SAF=44;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106442;STB=0.505617;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00194831;OID=.;OPOS=3180227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:40:44:1:0:40:44:1:0 chr10 3180316 . T C 213.34 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0139541;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.907;QD=14.4636;RBI=0.0211601;REFB=-0.0312178;REVB=-0.015907;RO=34;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138397;STB=0.586883;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0628505;OID=.;OPOS=3180316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:34:24:25:0.423729:17:7:14:20:18:7:14:20 chr10 3181003 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.351;QD=62.9801;RBI=0.0225844;REFB=0;REVB=0.0184234;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216383;OID=.;OPOS=3181003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr10 3189380 . C G,T 1007.44 PASS AF=0.0289855,0.971014;AO=3,66;DP=69;FAO=2,67;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=2,40;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364725,0.00591825;FXX=0.0142837;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.86,103.44;QD=58.4021;RBI=0.00558675,0.0110959;REFB=0,0;REVB=-0.00423194,-0.00938586;RO=0;SAF=2,40;SAR=1,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.184916,-0.000211699;OID=.,.;OPOS=3189380,3189380;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:69:69:0:0:3,66:2,67:0.0289855,0.971014:1,26:2,40:0:0:0,27:2,40:0:0 chr10 3190265 . A G 684.57 PASS AF=0.883333;AO=53;DP=60;FAO=53;FDP=60;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0543023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0087;QD=45.6377;RBI=0.126662;REFB=-0.129643;REVB=0.114431;RO=3;SAF=23;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575739;STB=0.566013;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0201824;OID=.;OPOS=3190265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:3:7:53:53:0.883333:30:23:3:0:30:23:7:0 chr10 3193557 . TAAAAAAGAAACAA T,TAAAAAAAGAAACAA 94.61 PASS AF=0.451613,0;AO=12,4;DP=30;FAO=14,0;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8,0;FSAR=6,0;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0174157,-0.170582;FXX=0.0312402;HRUN=6,6;LEN=13,1;MLLD=300.05,7.10841;QD=12.2072;RBI=0.0240204,0.212172;REFB=-0.00887692,0.00618539;REVB=-0.0165431,0.126169;RO=10;SAF=7,4;SAR=5,0;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0.304348,0;SSSB=0.297241,0.773318;STB=0.587032,0.5;STBP=0.399,1;TYPE=del,ins;VARB=0.00848012,0.0233551;OID=.,.;OPOS=3193558,3193558;OREF=AAAAAAGAAACAA,-;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAAAAAAAGAAACAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613,0:12,4:30:14,0:31:17:8,0:6,0:7:10:93:10:7,4:5,0:2:8 chr10 3197856 . C G 306.88 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0130984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.989;QD=18.0518;RBI=0.0135065;REFB=-0.0124797;REVB=0.00329479;RO=34;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057967;STB=0.532049;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0154403;OID=.;OPOS=3197856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:35:32:33:0.485294:14:18:17:17:14:19:18:17 chr10 3200292 . G A 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.381;QD=60.9729;RBI=0.00414833;REFB=0;REVB=0.00271638;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05843e-06;OID=.;OPOS=3200292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr10 3202065 . T C 1525.16 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.268;QD=59.8103;RBI=0.0970742;REFB=0;REVB=0.094279;RO=0;SAF=61;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156089;OID=.;OPOS=3202065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:39:61:0:0:41:61:0:0 chr10 3206027 . A G 991.2 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0051987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.253;QD=59.1763;RBI=0.053842;REFB=0;REVB=0.0535904;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114292;OID=.;OPOS=3206027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:33:33:0:0:34:33:0:0 chr10 3208557 . A G 564.94 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.124;QD=59.4671;RBI=0.0295307;REFB=0;REVB=0.0274262;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000930131;OID=.;OPOS=3208557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:15:23:0:0 chr10 3214369 . A G 871.55 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355512;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.829;QD=58.1031;RBI=0.0378708;REFB=0;REVB=0.0130501;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263619;OID=.;OPOS=3214369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr10 5019959 . G A 673.86 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278893;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.564;QD=62.6847;RBI=0.0280841;REFB=0;REVB=0.00330225;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109049;OID=.;OPOS=5019959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr10 5046907 . A G 165.72 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0337267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.471;QD=14.4109;RBI=0.0346104;REFB=-0.017654;REVB=0.00777096;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585465;STB=0.533943;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0367491;OID=.;OPOS=5046907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:8:10:14:14:8:10:14:14 chr10 5046957 . A T 284.21 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00727677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.74;QD=43.7249;RBI=0.009902;REFB=-0.0485458;REVB=0.00671552;RO=3;SAF=9;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131556;STB=0.571366;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.000808706;OID=.;OPOS=5046957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:26:26:3:3:23:23:0.884615:14:9:3:0:14:9:3:0 chr10 5120157 . G T 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0156171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.355;QD=19.0006;RBI=0.0219294;REFB=-0.0223846;REVB=0.015395;RO=16;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207948;STB=0.639167;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0202098;OID=.;OPOS=5120157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:13:4:7:9:13:4:8:9 chr10 5136651 . C G 581.21 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=46;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=0.00591243;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.846;QD=17.2209;RBI=0.00652674;REFB=-0.00972465;REVB=-0.00276434;RO=73;SAF=46;SAR=15;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13364;STB=0.580675;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0180483;OID=.;OPOS=5136651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:73:74:61:61:0.451852:15:46:47:26:15:46:47:27 chr10 5139685 . G A 360.29 PASS AF=0.528571;AO=32;DP=65;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00906352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.933;QD=20.5879;RBI=0.00911391;REFB=-0.0195488;REVB=-0.000957104;RO=32;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564203;STB=0.512018;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0155752;OID=.;OPOS=5139685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:70:32:33:32:37:0.528571:14:18:16:16:17:20:17:16 chr10 5149703 . G A 243.35 PASS AF=0.34;AO=16;DP=51;FAO=17;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0203376;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.714;QD=19.468;RBI=0.0217616;REFB=-0.0147441;REVB=0.00774291;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418918;STB=0.691617;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0236092;OID=.;OPOS=5149703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:16:19:16:17:0.34:6:10:2:14:7:10:4:15 chr10 5197881 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0505247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3684;QD=12.0515;RBI=0.0570841;REFB=-0.00255833;REVB=0.0265678;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392213;STB=0.727732;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0025476;OID=.;OPOS=5197881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:11:2:5:4:11:2 chr10 5199934 . G C 613.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.627;QD=61.3254;RBI=0.0879992;REFB=0;REVB=0.0804006;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150164;OID=.;OPOS=5199934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:11:29:0:0:11:29:0:0 chr10 5202060 . C T 182.49 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.3348;QD=45.6216;RBI=0.078352;REFB=0;REVB=0.0622594;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00701016;OID=.;OPOS=5202060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:7:8:0:0:7:9:0:0 chr10 5202104 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0536663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2883;QD=44.6892;RBI=0.0550764;REFB=0;REVB=-0.0123827;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00308622;OID=.;OPOS=5202104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr10 5202145 . T A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.022444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.71;QD=21.169;RBI=0.0339275;REFB=-0.00165198;REVB=-0.0254429;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21311;STB=0.624624;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-3.96168e-05;OID=.;OPOS=5202145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:1:2:2:5:1:2 chr10 5244441 . A G 285.64 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00999437;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.475;QD=24.3099;RBI=0.0106532;REFB=-0.0178441;REVB=0.00368827;RO=18;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152177;STB=0.563709;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0140478;OID=.;OPOS=5244441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:18:21:25:26:0.553191:16:9:10:8:16:10:11:10 chr10 5246584 . C A 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0424674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.729;QD=18.0094;RBI=0.0428158;REFB=0.000711518;REVB=0.00545129;RO=38;SAF=12;SAR=23;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336119;STB=0.687252;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000560215;OID=.;OPOS=5246584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:23:12:27:11:23:12:27:11 chr10 5255025 . A G 967.43 PASS AF=0.784946;AO=73;DP=94;FAO=73;FDP=93;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0370179;FXX=0.0210504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.7987;QD=41.6097;RBI=0.05785;REFB=-0.131175;REVB=-0.0444556;RO=8;SAF=25;SAR=48;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032177;STB=0.602175;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0116837;OID=.;OPOS=5255025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:8:20:73:73:0.784946:48:25:4:4:48:25:16:4 chr10 5415798 . G A 236.44 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.000507342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6363;QD=11.2592;RBI=0.0278337;REFB=-0.00450193;REVB=0.0278291;RO=54;SAF=21;SAR=8;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269075;STB=0.652064;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0106447;OID=.;OPOS=5415798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:55:29:29:0.345238:8:21:27:27:8:21:28:27 chr10 5415954 . A G 833.8 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.543;QD=57.5032;RBI=0.0186354;REFB=0;REVB=-0.00925981;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03383e-05;OID=.;OPOS=5415954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:27:31:0:0 chr10 5435918 . G A 273.31 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0010469;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9114;QD=23.7663;RBI=0.036908;REFB=-0.00975326;REVB=0.0368932;RO=22;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079192;STB=0.513503;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0085949;OID=.;OPOS=5435918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:21:25:25:0.543478:10:15:13:9:10:15:12:9 chr10 5436260 . A G 245.3 PASS AF=0.466667;AO=26;DP=58;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.015254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.466;QD=16.3531;RBI=0.0163088;REFB=-0.0398064;REVB=-0.00577006;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120866;STB=0.552219;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0453271;OID=.;OPOS=5436260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:31:32:26:28:0.466667:15:11:17:14:15:13:18:14 chr10 5437365 . A G 412.79 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.00553886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.365;QD=18.7632;RBI=0.00860267;REFB=-0.00433717;REVB=-0.00658232;RO=46;SAF=33;SAR=9;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115429;STB=0.564699;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0046621;OID=.;OPOS=5437365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:9:33:32:14:9:33:32:14 chr10 5446794 . C T 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0150824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8096;QD=16.9406;RBI=0.0217367;REFB=0.00567832;REVB=-0.0156526;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132079;STB=0.575676;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00515086;OID=.;OPOS=5446794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:12:7:12:12:12:7:12:12 chr10 5471200 . C T 1576.1 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0184951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6994;QD=57.8384;RBI=0.02103;REFB=-0.198019;REVB=0.0100097;RO=1;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090403;STB=0.509432;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00356283;OID=.;OPOS=5471200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:109:1:2:107:107:0.981651:52:55:0:1:52:55:0:2 chr10 5495218 . T C 582.4 PASS AF=0.975;AO=40;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000899143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.677;QD=58.2397;RBI=0.032558;REFB=-0.0203281;REVB=0.0325456;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000425363;OID=.;OPOS=5495218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:40:39:0.975:15:25:0:0:15:24:1:0 chr10 5499703 . ATA AT,ATT,TAT 1684.13 PASS AF=0.965517,0,0.0344828;AO=57,49,15;DP=141;FAO=112,0,4;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=54,0,4;FSAR=58,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221135,-0.0246053,-0.0280252;FXX=0.0645109;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=162.49,157.774,146.199;QD=58.0735;RBI=0.134211,0.0652227,0.0840536;REFB=0,0,0;REVB=0.132377,0.0604035,0.0792439;RO=13;SAF=21,27,14;SAR=36,22,1;SRF=2;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0820369,0.154194,0.716648;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.000297853,-0.0284029,0.0425169;OID=.,.,.;OPOS=5499705,5499705,5499703;OREF=A,A,ATA;OALT=-,T,TAT;OMAPALT=AT,ATT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:9:141:116:13:0:57,49,15:112,0,4:0.965517,0,0.0344828:36,22,1:21,27,14:2:11:58,0,0:54,0,4:0:0 chr10 5541183 . C T 36.97 PASS AF=0.0961538;AO=38;DP=77;FAO=5;FDP=52;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.00955813;FXX=0.341729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7586;QD=2.84376;RBI=0.0626813;REFB=-0.0249204;REVB=0.0619483;RO=38;SAF=14;SAR=24;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236621;STB=0.881948;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.106263;OID=.;OPOS=5541183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:77:52:38:47:38:5:0.0961538:24:14:24:14:4:1:33:14 chr10 5541230 . T C 471.18 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0261152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.04;QD=15.9721;RBI=0.0398328;REFB=-0.00355816;REVB=-0.0300773;RO=66;SAF=24;SAR=28;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113837;STB=0.563612;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00518677;OID=.;OPOS=5541230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:66:52:52:0.440678:28:24:38:28:28:24:38:28 chr10 5567366 . G A 705.85 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=134;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00968992;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3848;QD=21.2285;RBI=0.0171233;REFB=-0.0242221;REVB=0.0141179;RO=64;SAF=35;SAR=34;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484305;STB=0.526607;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0203153;OID=.;OPOS=5567366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:64:64:69:69:0.518797:34:35:36:28:34:35:36:28 chr10 5567695 . G A 1529.11 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508237;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.058;QD=59.9652;RBI=0.0631087;REFB=0;REVB=0.0374121;RO=0;SAF=79;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175817;OID=.;OPOS=5567695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:105:102:0:0:102:102:1:23:79:0:0:23:79:0:0 chr10 5567967 . G T 476.82 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0063765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.251;QD=19.4619;RBI=0.0109539;REFB=-0.0225758;REVB=0.00890663;RO=51;SAF=28;SAR=19;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100265;STB=0.555777;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0250823;OID=.;OPOS=5567967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:19:28:25:26:19:28:25:26 chr10 5673528 . G A 220.42 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.049876;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.274;QD=24.4906;RBI=0.0516126;REFB=-0.0026949;REVB=0.0132759;RO=15;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218763;STB=0.512184;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00187672;OID=.;OPOS=5673528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:12:9:6:9:12:9:6:9 chr10 5682070 . C T 576.27 PASS AF=0.653846;AO=51;DP=79;FAO=51;FDP=78;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00567014;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.507;QD=29.5525;RBI=0.00890402;REFB=-0.0279289;REVB=-0.00686521;RO=27;SAF=28;SAR=23;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432895;STB=0.523487;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0217979;OID=.;OPOS=5682070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:27:27:51:51:0.653846:23:28:13:14:23:28:13:14 chr10 5684553 . A T 33.73 PASS AF=0.636364;AO=4;DP=8;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.216506;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=12.067;QD=12.264;RBI=0.235635;REFB=-0.165166;REVB=0.0929985;RO=4;SAF=0;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.719948;STB=0.52624;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.151604;OID=.;OPOS=5684553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:8:11:4:4:4:7:0.636364:4:0:2:2:4:3:2:2 chr10 5765637 . C T 197.0 PASS AF=0.433962;AO=20;DP=49;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00421855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4928;QD=14.8677;RBI=0.00424073;REFB=-0.0240076;REVB=0.000433152;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190792;STB=0.574404;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0167052;OID=.;OPOS=5765637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:29:30:20:23:0.433962:12:8:17:12:13:10:17:13 chr10 5781628 . T G 360.86 PASS AF=0.552239;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0339279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.158;QD=21.5438;RBI=0.0383388;REFB=0.0105191;REVB=-0.017854;RO=29;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111496;STB=0.572682;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0130027;OID=.;OPOS=5781628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:29:30:36:37:0.552239:16:20:20:9:17:20:21:9 chr10 5781969 . A T 56.77 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0469752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3172;QD=11.9524;RBI=0.0655858;REFB=-0.00426342;REVB=0.0457692;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20901;STB=0.599747;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00607255;OID=.;OPOS=5781969;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:3:5:4:6:3:5:5:6 chr10 5788608 . G C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0037828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.477;QD=14.0974;RBI=0.0393425;REFB=-0.0167516;REVB=-0.0391603;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399795;STB=0.731716;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0123908;OID=.;OPOS=5788608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:4:9:5:13:4:9:5:13 chr10 5789966 . CCTGCCTCAG C 109.51 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.00768536;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=9;MLLD=319.129;QD=12.5157;RBI=0.00768536;REFB=-0.01572;REVB=4.23024e-06;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313034;STB=0.656966;STBP=0.14;TYPE=del;VARB=0.0168531;OID=.;OPOS=5789967;OREF=CTGCCTCAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457143:16:36:16:35:19:8:8:4:15:99:18:8:8:3:15 chr10 5790616 . A G 405.39 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0650268;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.346;QD=22.2131;RBI=0.0686468;REFB=-0.0151377;REVB=0.0219977;RO=33;SAF=22;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287528;STB=0.515854;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0102982;OID=.;OPOS=5790616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:33:33:40:40:0.547945:18:22:17:16:18:22:17:16 chr10 5804531 . G A 221.87 PASS AF=0.321839;AO=30;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.00878489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.685;QD=10.2007;RBI=0.0100788;REFB=-0.00392787;REVB=-0.00494051;RO=57;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550899;STB=0.56282;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00856517;OID=.;OPOS=5804531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:59:30:28:0.321839:17:13:22:35:15:13:22:37 chr10 5855225 . G A 156.46 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0081046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.4536;QD=10.9795;RBI=0.0201031;REFB=-0.0368456;REVB=-0.0183971;RO=30;SAF=9;SAR=11;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223065;STB=0.575841;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0582396;OID=.;OPOS=5855225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:37:20:20:0.350877:11:9:20:10:11:9:21:16 chr10 5920121 . T C 405.69 PASS AF=1;AO=19;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000921215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.486;QD=55.9573;RBI=0.0465489;REFB=0;REVB=0.0465398;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00755472;OID=.;OPOS=5920121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:19:29:1:4:15:0:0:13:16:0:0 chr10 5925971 . C A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.588;QD=53.9101;RBI=0.0653227;REFB=0;REVB=-0.0558916;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151147;OID=.;OPOS=5925971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr10 5979119 . C T 391.44 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0177027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.585;QD=19.3304;RBI=0.0236313;REFB=-0.0345161;REVB=-0.0156542;RO=41;SAF=27;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157931;STB=0.588073;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.036334;OID=.;OPOS=5979119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:13:27:21:20:13:27:21:20 chr10 6150677 . C A 782.94 PASS AF=0.524476;AO=75;DP=143;FAO=75;FDP=143;FR=.;FRO=68;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00163452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7481;QD=21.9004;RBI=0.0463288;REFB=0.00600124;REVB=-0.0463;RO=66;SAF=46;SAR=29;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15057;STB=0.583027;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00463656;OID=.;OPOS=6150677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:66:68:75:75:0.524476:29:46:29:37:29:46:30:38 chr10 6191735 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.319;QD=60.6089;RBI=0.0244423;REFB=0;REVB=0.0145069;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304486;OID=.;OPOS=6191735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:29:9:0:0:29:9:0:0 chr10 6287695 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.03517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.145;QD=11.0199;RBI=0.0548542;REFB=-0.0248606;REVB=0.0420957;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631528;STB=0.571195;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0273757;OID=.;OPOS=6287695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:7:8:6:6:0.428571:3:3:4:3:3:3:5:3 chr10 6392848 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.364;QD=60.2307;RBI=0.00615854;REFB=0;REVB=0.00402299;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62511e-06;OID=.;OPOS=6392848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr10 6393009 . A G 593.96 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2573;QD=60.9186;RBI=0.028633;REFB=0;REVB=-0.0190848;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000631469;OID=.;OPOS=6393009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr10 6393260 . C G 523.78 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000541028;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.409;QD=59.8608;RBI=0.00170938;REFB=0;REVB=-0.0016215;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39929e-05;OID=.;OPOS=6393260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr10 6393706 . ACAGG A 302.97 PASS AF=1;AO=16;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00925162;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=190.277;QD=52.6899;RBI=0.0714808;REFB=0;REVB=0.0708795;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000278779;OID=.;OPOS=6393707;OREF=CAGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:23:23:23:0:14:9:0:0:4:0:11:5:0:0 chr10 6472891 . G T 399.04 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0422032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.71;QD=23.8233;RBI=0.0521404;REFB=-0.0412577;REVB=0.0306187;RO=28;SAF=22;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218838;STB=0.512019;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0334602;OID=.;OPOS=6472891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:17:22:15:13:17:22:15:13 chr10 6498723 . G A 285.14 PASS AF=0.432432;AO=30;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00432287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.703;QD=15.4127;RBI=0.0134345;REFB=-0.0347221;REVB=-0.01272;RO=42;SAF=19;SAR=11;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23475;STB=0.643862;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0260523;OID=.;OPOS=6498723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:42:42:30:32:0.432432:11:19:17:25:11:21:17:25 chr10 6527143 . G A 255.74 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0267063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.766;QD=15.738;RBI=0.0301485;REFB=-0.00376016;REVB=0.0139895;RO=36;SAF=12;SAR=17;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218314;STB=0.622953;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00764851;OID=.;OPOS=6527143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:17:12:23:13:17:12:23:13 chr10 7285632 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.154;QD=60.977;RBI=0.0431058;REFB=0;REVB=0.00704454;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315615;OID=.;OPOS=7285632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr10 7605067 . C T 1050.45 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.353;QD=57.5589;RBI=0.0247204;REFB=-0.0353307;REVB=0.018878;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000297213;OID=.;OPOS=7605067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:70:72:0.986301:34:36:0:0:36:36:1:0 chr10 7605077 . TC T 960.43 PASS AF=1;AO=78;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435842;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.842;QD=48.0217;RBI=0.10278;REFB=0;REVB=-0.093081;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.213368;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0021672;OID=.;OPOS=7605078;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:81:80:80:0:39:41:0:0:17:0:38:40:0:0 chr10 7605101 . A G 1576.12 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3609;QD=59.4763;RBI=0.0729868;REFB=0;REVB=-0.0521281;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08838e-06;OID=.;OPOS=7605101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:106:0:0:103:106:1:50:53:0:0:51:55:0:0 chr10 7618501 . A G 1396.43 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.323;QD=62.7607;RBI=0.0172581;REFB=0;REVB=0.0168424;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51527e-05;OID=.;OPOS=7618501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:38:50:0:0:38:51:0:0 chr10 7618686 . T G 723.01 PASS AF=1;AO=39;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.189;QD=62.8708;RBI=0.0676767;REFB=0;REVB=0.0299425;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00460657;OID=.;OPOS=7618686;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:39:46:1:17:22:0:0:20:26:0:0 chr10 7749183 . C T 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0113762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.212;QD=16.8247;RBI=0.0172891;REFB=0.0106957;REVB=-0.013019;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025414;STB=0.514509;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.00858917;OID=.;OPOS=7749183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:8:13:18:10:8:13:18:10 chr10 7763661 . A G 1457.15 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0264293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.92;QD=62.0065;RBI=0.0385314;REFB=-0.0561388;REVB=0.0280385;RO=0;SAF=57;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09153e-08;STB=0.506848;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000169505;OID=.;OPOS=7763661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:93:93:0.989362:36:57:0:0:36:57:0:1 chr10 7797903 . C CAACT,T 385.89 PASS AF=1,0;AO=26,2;DP=30;FAO=28,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191805,-0.0241738;FXX=0.0666445;HRUN=2,1;LEN=4,1;MLLD=215.407,82.3037;QD=55.1272;RBI=0.0191987,0.0650593;REFB=0,0;REVB=0.000835421,-0.0604015;RO=1;SAF=13,0;SAR=13,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0343929,-0.697199;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000102548,0;OID=.,.;OPOS=7797904,7797903;OREF=-,C;OALT=AACT,T;OMAPALT=CAACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:28:1:0:26,2:28,0:1,0:13,2:13,0:1:0:14,0:14,0:0:0 chr10 8006798 . A G 327.86 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0223379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.292;QD=23.0077;RBI=0.0225802;REFB=-0.00998987;REVB=0.00329886;RO=24;SAF=12;SAR=21;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262087;STB=0.644357;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00885784;OID=.;OPOS=8006798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:21:12:17:7:21:12:17:7 chr10 8007559 . GT CC 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0760983;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=134.87;QD=10.3903;RBI=0.076234;REFB=0.004985;REVB=-0.00454596;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472354;STB=0.775523;STBP=0.118;TYPE=mnp;VARB=-0.00945682;OID=.;OPOS=8007559;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:1:10:3:4:1:10 chr10 8116079 . C T 319.84 PASS AF=0.492754;AO=33;DP=68;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00525271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.633;QD=18.5414;RBI=0.00532809;REFB=-0.0187714;REVB=-0.000893076;RO=35;SAF=18;SAR=15;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105062;STB=0.551152;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0159061;OID=.;OPOS=8116079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:35:33:34:0.492754:15:18:23:12:15:19:23:12 chr10 11299735 . A T 984.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.165;QD=58.7483;RBI=0.0425403;REFB=0;REVB=0.0425242;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766502;OID=.;OPOS=11299735;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:24:39:0:0:27:40:0:0 chr10 11373418 . A ATC 852.51 PASS AF=0.755556;AO=63;DP=91;FAO=68;FDP=90;FR=.;FRO=22;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00811339;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.899;QD=37.8894;RBI=0.0224238;REFB=-0.00405434;REVB=-0.0209046;RO=22;SAF=32;SAR=31;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476133;STB=0.515107;STBP=0.636;TYPE=ins;VARB=0.000597639;OID=.;OPOS=11373419;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.755556:63:91:68:90:22:32:36:9:13:99:22:32:31:9:13 chr10 11373420 . G C 75.99 PASS AF=0.16092;AO=14;DP=93;FAO=14;FDP=87;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.025671;FXX=0.0645092;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3315;QD=3.4938;RBI=0.0536036;REFB=-0.00315582;REVB=-0.0470568;RO=71;SAF=7;SAR=7;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618494;STB=0.528695;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00609638;OID=.;OPOS=11373420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:93:87:71:73:14:14:0.16092:7:7:32:39:7:7:34:39 chr10 11375816 . C T 276.33 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0476954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.021;QD=15.7905;RBI=0.0483313;REFB=-0.00433957;REVB=-0.00781391;RO=38;SAF=18;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796798;STB=0.552524;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00434005;OID=.;OPOS=11375816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:39:31:31:0.442857:13:18:19:19:13:18:19:20 chr10 11502653 . TAA TA,TAT 134.54 PASS AF=0.583333,0;AO=21,4;DP=45;FAO=28,0;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=9,0;FSAR=19,0;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0246473,-0.0315257;FXX=0.020404;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.0887,117.318;QD=11.2113;RBI=0.11578,0.0960027;REFB=0.0108119,0.0103283;REVB=-0.113126,-0.0906788;RO=18;SAF=8,0;SAR=13,4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.2338,-0.713887;STB=0.621406,0.5;STBP=0.06,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0324657,0;OID=.,.;OPOS=11502654,11502655;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333,0:21,4:45:28,0:48:20:9,0:19,0:12:8:99:18:8,0:13,4:12:6 chr10 11504313 . C T 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8125;QD=57.5442;RBI=0.0328709;REFB=0;REVB=-0.0285562;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000392015;OID=.;OPOS=11504313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr10 11505175 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=403.972;QD=39.2068;RBI=0.0230671;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98983e-05;OID=.;OPOS=11505175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr10 11789382 . G A 572.22 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00902651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0338;QD=60.2339;RBI=0.0129562;REFB=0;REVB=-0.0092943;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17698e-06;OID=.;OPOS=11789382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:9:28:0:0:10:28:0:0 chr10 11789405 . G A 666.13 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6182;QD=61.9653;RBI=0.0185786;REFB=0;REVB=0.00717243;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228974;OID=.;OPOS=11789405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:12:30:0:0:12:31:0:0 chr10 11797436 . T C 671.83 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00353235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4108;QD=52.6929;RBI=0.0440706;REFB=0.0598179;REVB=-0.0439288;RO=2;SAF=21;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427252;STB=0.522718;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0165858;OID=.;OPOS=11797436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:28:21:2:0:28:21:2:0 chr10 11797467 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.715;QD=57.237;RBI=0.0898846;REFB=0;REVB=0.0881446;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256495;OID=.;OPOS=11797467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr10 11805354 . A G 1160.73 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.362;QD=60.2978;RBI=0.0395725;REFB=0;REVB=0.00504984;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638185;OID=.;OPOS=11805354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:49:26:0:0:50:27:0:0 chr10 11805357 . G A 1108.75 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.103618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9938;QD=57.5977;RBI=0.138345;REFB=-0.119937;REVB=0.0916662;RO=1;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996047;STB=0.510201;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00461804;OID=.;OPOS=11805357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:77:1:2:74:75:0.974026:47:27:0:1:48:27:0:2 chr10 11912431 . C T 1739.67 PASS AF=0.983607;AO=117;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0166098;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.049;QD=57.0383;RBI=0.0352692;REFB=-0.166323;REVB=0.0311132;RO=2;SAF=74;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215735;STB=0.502183;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00110585;OID=.;OPOS=11912431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:122:122:2:2:117:120:0.983607:43:74:0:2:45:75:1:1 chr10 11913907 . A T 249.71 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00275246;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2301;QD=14.2692;RBI=0.048902;REFB=-0.0248556;REVB=-0.0488245;RO=41;SAF=17;SAR=12;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266262;STB=0.500507;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0331649;OID=.;OPOS=11913907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:41:29:29:0.414286:12:17:23:18:12:17:24:17 chr10 12071397 . G A 1529.39 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0022481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.034;QD=63.7246;RBI=0.0121135;REFB=0;REVB=0.0119031;RO=0;SAF=63;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.18502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3306e-05;OID=.;OPOS=12071397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:32:63:0:0:32:64:0:0 chr10 12111090 . T C 1116.85 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0736981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3448;QD=60.3703;RBI=0.089473;REFB=0;REVB=0.0507348;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190961;OID=.;OPOS=12111090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr10 12131081 . T G 990.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2413;QD=59.1388;RBI=0.0317532;REFB=0;REVB=0.0250692;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8062e-05;OID=.;OPOS=12131081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr10 12143105 . C G 1146.86 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00549179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5334;QD=58.8133;RBI=0.0501147;REFB=-0.0645634;REVB=-0.0498129;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.505153;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000298238;OID=.;OPOS=12143105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:0:1:76:77:0.987179:48:28:0:0:48:29:0:1 chr10 12148259 . A C 687.35 PASS AF=1;AO=38;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.389;QD=62.4861;RBI=0.0452813;REFB=0;REVB=-0.00891935;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178862;OID=.;OPOS=12148259;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:38:44:1:20:18:0:0:21:23:0:0 chr10 12148286 . T C 770.53 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.5933;QD=55.0378;RBI=0.0761126;REFB=-0.0620478;REVB=0.0753506;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.508471;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00106011;OID=.;OPOS=12148286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:26:29:0:0:26:29:1:0 chr10 12149939 . C T 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.825;QD=59.4316;RBI=0.0129448;REFB=0;REVB=0.0104111;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91897e-05;OID=.;OPOS=12149939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr10 12154923 . GTGGA GTGGAG,GTGGGA,TGGGA 34.67 PASS AF=0,0.152542,0;AO=6,7,3;DP=59;FAO=0,9,0;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=0,8,0;FSAR=0,1,0;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0397647,0.0160529,-0.00478485;FXX=0;HRUN=0,2,5;LEN=1,1,2;MLLD=87.7211,18.8192,30.1462;QD=2.3503;RBI=0.0513862,0.0339608,0.0360565;REFB=0.000947074,-0.0258624,-0.0141458;REVB=-0.0325471,0.0299273,0.0357376;RO=40;SAF=0,6,3;SAR=6,1,0;SRF=20;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.64778,0.45429,0.505119;STB=0.5,0.884629,0.5;STBP=1,0.022,1;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0,0.0973061,0;OID=.,.,.;OPOS=12154928,12154925,12154923;OREF=-,-,GT;OALT=G,G,TG;OMAPALT=GTGGAG,GTGGGA,TGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:59:59:40:50:6,7,3:0,9,0:0,0.152542,0:6,1,0:0,6,3:20:20:0,1,0:0,8,0:22:28 chr10 12191933 . C T 398.75 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0156397;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.535;QD=23.4561;RBI=0.0193574;REFB=-0.0129796;REVB=-0.0114065;RO=29;SAF=16;SAR=23;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530418;STB=0.529119;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00784992;OID=.;OPOS=12191933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:29:29:39:39:0.573529:23:16:10:19:23:16:10:19 chr10 12209752 . T C 246.84 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0813218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.481;QD=13.3428;RBI=0.0822769;REFB=-0.0210906;REVB=0.0125003;RO=44;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118908;STB=0.567523;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0385481;OID=.;OPOS=12209752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:15:15:17:27:15:15:17:27 chr10 12212186 . T A 338.41 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0440817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.867;QD=26.5419;RBI=0.0441677;REFB=-0.0233112;REVB=0.00275548;RO=18;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149892;STB=0.572082;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00969392;OID=.;OPOS=12212186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:19:32:32:0.627451:18:14:12:6:18:14:12:7 chr10 12292348 . G T 180.44 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0532601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.597;QD=16.0394;RBI=0.0539468;REFB=-0.00694928;REVB=0.00858045;RO=26;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232505;STB=0.634001;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0154007;OID=.;OPOS=12292348;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:6:13:12:14:6:13:12:14 chr10 12867598 . C G 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.107403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7831;QD=7.32781;RBI=0.109487;REFB=-0.00360576;REVB=0.0212607;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114488;STB=0.57126;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00289611;OID=.;OPOS=12867598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:5:3:6:15:5:3:6:15 chr10 12940455 . A G 697.62 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2182;QD=62.0111;RBI=0.0214614;REFB=0;REVB=-0.00487671;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.52187e-05;OID=.;OPOS=12940455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:42:45:1:22:20:0:0:22:23:0:0 chr10 13152400 . T A 298.31 PASS AF=0.65;AO=25;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0128171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.765;QD=29.8309;RBI=0.0132185;REFB=-0.00104861;REVB=0.00323273;RO=14;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00755934;STB=0.501967;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.000534202;OID=.;OPOS=13152400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:25:26:0.65:11:14:8:6:11:15:8:6 chr10 13158262 . C T 271.47 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.123;QD=51.7089;RBI=0.055589;REFB=0;REVB=0.0518557;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000910724;OID=.;OPOS=13158262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:18:21:1:8:10:0:0:10:11:0:0 chr10 13166076 . A G 677.88 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.803;QD=58.9458;RBI=0.0381292;REFB=0;REVB=0.00759063;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00359046;OID=.;OPOS=13166076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:46:0:0:42:46:1:27:15:0:0:31:15:0:0 chr10 13206233 . A T 1141.35 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.518;QD=60.0711;RBI=0.0378562;REFB=0;REVB=0.0315679;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16017e-05;OID=.;OPOS=13206233;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:32:43:0:0:32:44:0:0 chr10 13239651 . A G 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00564824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.897;QD=10.5421;RBI=0.0112014;REFB=-0.0071702;REVB=-0.00967306;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155624;STB=0.606553;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0123437;OID=.;OPOS=13239651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:6:5:12:8:6:5:13:8 chr10 13275553 . T G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.459;QD=59.4356;RBI=0.0506549;REFB=0;REVB=0.048619;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164883;OID=.;OPOS=13275553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr10 13337588 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.577;QD=61.3364;RBI=0.0248603;REFB=0;REVB=-0.00774787;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26272e-05;OID=.;OPOS=13337588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr10 13375906 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.62;QD=58.7817;RBI=0.0189714;REFB=0;REVB=-0.0176078;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.19492e-05;OID=.;OPOS=13375906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr10 13481427 . T A 345.78 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00228724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0825;QD=16.8671;RBI=0.0169054;REFB=-0.016231;REVB=0.0167499;RO=45;SAF=21;SAR=16;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120378;STB=0.567531;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0237016;OID=.;OPOS=13481427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:16:21:20:25:16:21:20:25 chr10 13494594 . T C 766.14 PASS AF=0.509934;AO=76;DP=150;FAO=77;FDP=151;FR=.;FRO=74;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.00184145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.619;QD=20.2952;RBI=0.0290129;REFB=-0.00186952;REVB=0.0289544;RO=74;SAF=43;SAR=33;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836312;STB=0.542037;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00158;OID=.;OPOS=13494594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:74:74:76:77:0.509934:33:43:35:39:34:43:35:39 chr10 13534851 . A G 116.2 PASS AF=0.378378;AO=11;DP=34;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0120498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.779;QD=12.5616;RBI=0.0150919;REFB=-0.00235075;REVB=0.00908662;RO=23;SAF=9;SAR=2;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525131;STB=0.724873;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00512543;OID=.;OPOS=13534851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:23:23:11:14:0.378378:2:9:8:15:4:10:8:15 chr10 13633835 . A G 1098.37 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7339;QD=60.1848;RBI=0.0908855;REFB=0;REVB=-0.0426089;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030304;OID=.;OPOS=13633835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:28:45:0:0:28:45:0:0 chr10 13685766 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.317;QD=51.9166;RBI=0.0734936;REFB=0;REVB=-0.0717889;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000320984;OID=.;OPOS=13685766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr10 13687890 . G A 483.28 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0575306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.023;QD=58.5792;RBI=0.0575674;REFB=0;REVB=0.00205934;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207431;OID=.;OPOS=13687890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr10 13769842 . A G 923.47 PASS AF=0.984848;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0416174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.456;QD=55.9678;RBI=0.0503565;REFB=-0.0866476;REVB=0.0283508;RO=1;SAF=32;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145261;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00070462;OID=.;OPOS=13769842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:66:1:1:62:65:0.984848:30:32:1:0:31:34:1:0 chr10 14425204 . T A 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00833103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6935;QD=19.3855;RBI=0.0186519;REFB=0.00178253;REVB=0.0166879;RO=21;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296371;STB=0.668169;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00179628;OID=.;OPOS=14425204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:6:14:8:13:6:14:8:13 chr10 14705494 . G C 148.05 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0483505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9385;QD=17.945;RBI=0.0799399;REFB=0.00974909;REVB=0.0636601;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301645;STB=0.51722;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00979237;OID=.;OPOS=14705494;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:9:7:8:9:9:7:8:9 chr10 14816448 . G A 254.58 PASS AF=0.483333;AO=26;DP=57;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0319413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.563;QD=16.9717;RBI=0.0319429;REFB=-0.0328533;REVB=-0.000323001;RO=31;SAF=19;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133254;STB=0.544715;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0415759;OID=.;OPOS=14816448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:31:31:26:29:0.483333:7:19:19:12:9:20:19:12 chr10 14885878 . G A 407.47 PASS AF=0.368421;AO=49;DP=132;FAO=49;FDP=133;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.011383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.771;QD=12.2546;RBI=0.0182412;REFB=-0.0177345;REVB=0.0142537;RO=79;SAF=15;SAR=34;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133747;STB=0.569692;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0237948;OID=.;OPOS=14885878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:79:84:49:49:0.368421:34:15:33:46:33:16:36:48 chr10 14945080 . A G 318.47 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00662762;FXX=0.0298463;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.184;QD=19.5979;RBI=0.0379647;REFB=-0.017823;REVB=0.0373817;RO=28;SAF=20;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298091;STB=0.506325;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0186625;OID=.;OPOS=14945080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:28:32:33:33:0.507692:13:20:16:12:13:20:19:13 chr10 14951152 . C T 238.72 PASS AF=0.457627;AO=28;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.011759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.093;QD=16.1844;RBI=0.0118388;REFB=-0.0146408;REVB=0.00137238;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137259;STB=0.503814;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0154178;OID=.;OPOS=14951152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:32:28:27:0.457627:16:12:12:17:15:12:14:18 chr10 15008493 . A C 141.93 PASS AF=0.322034;AO=17;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0062825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.206;QD=9.62223;RBI=0.00933043;REFB=-0.0148532;REVB=-0.00689835;RO=39;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14745;STB=0.60748;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0355971;OID=.;OPOS=15008493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:40:17:19:0.322034:7:10:18:21:7:12:19:21 chr10 15057374 . G A 255.78 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.000132361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.064;QD=15.7401;RBI=0.0114179;REFB=0.00723032;REVB=-0.0114171;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917074;STB=0.559281;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00936895;OID=.;OPOS=15057374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:13:16:16:19:13:16:16:20 chr10 15180451 . G A 238.37 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0372461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.697;QD=16.1604;RBI=0.0373422;REFB=-0.00549308;REVB=-0.00267681;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297355;STB=0.516783;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00406854;OID=.;OPOS=15180451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:16:11:14:18:16:11:14:18 chr10 15256194 . G A 120.1 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00657692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8939;QD=14.1293;RBI=0.0503039;REFB=0.00310445;REVB=0.0498721;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698633;STB=0.542312;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00266328;OID=.;OPOS=15256194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:20:14:14:0.411765:6:8:9:9:6:8:10:10 chr10 15573050 . A G 1625.77 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0435401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.199;QD=59.1189;RBI=0.0704925;REFB=-0.0916069;REVB=0.0554387;RO=1;SAF=60;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078464;STB=0.504131;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000609567;OID=.;OPOS=15573050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:49:60:1:0:49:60:1:0 chr10 15713667 . C G 134.62 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587294;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.066;QD=44.8715;RBI=0.0615309;REFB=0;REVB=0.0183551;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039497;OID=.;OPOS=15713667;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr10 16547058 . A G 1468.4 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.825;QD=62.4851;RBI=0.0361089;REFB=0;REVB=-0.00414875;RO=1;SAF=44;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106533;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324575;OID=.;OPOS=16547058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:94:94:1:0:93:94:1:49:44:1:0:49:45:0:0 chr10 16556204 . C CAT 116.93 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00305599;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.789;QD=13.7569;RBI=0.0112173;REFB=-0.0161358;REVB=0.010793;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147588;STB=0.542312;STBP=0.672;TYPE=ins;VARB=0.0223783;OID=.;OPOS=16556205;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:13:35:14:34:20:6:8:10:10:99:21:5:8:11:10 chr10 16943371 . G C 879.15 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021124;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.677;QD=58.6097;RBI=0.0259587;REFB=0;REVB=0.0150875;RO=0;SAF=8;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42713e-05;OID=.;OPOS=16943371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:52:8:0:0:52:8:0:0 chr10 16967401 . C T 796.08 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.604;QD=63.6861;RBI=0.0153587;REFB=0;REVB=-0.0145216;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26769e-05;OID=.;OPOS=16967401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:33:16:0:0:33:17:0:0 chr10 16979661 . T C 362.2 PASS AF=0.560606;AO=35;DP=64;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0106707;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.505;QD=21.9516;RBI=0.0107383;REFB=-0.0090641;REVB=0.00120337;RO=29;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151144;STB=0.591283;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0125994;OID=.;OPOS=16979661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:29:29:35:37:0.560606:22:13:16:13:24:13:16:13 chr10 16979714 . T C 433.29 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0309876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5503;QD=23.4208;RBI=0.0436526;REFB=-0.0181303;REVB=-0.030746;RO=32;SAF=16;SAR=26;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966485;STB=0.553166;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0118244;OID=.;OPOS=16979714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:26:16:16:16:26:16:16:16 chr10 17024503 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.283;QD=58.2395;RBI=0.0255662;REFB=0;REVB=-0.0242333;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37836e-05;OID=.;OPOS=17024503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr10 17024615 . A T 658.58 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.04623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.046;QD=59.8707;RBI=0.0485081;REFB=0.00099899;REVB=0.0146909;RO=1;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024064;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000122742;OID=.;OPOS=17024615;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:19:23:0:1:19:24:0:1 chr10 17113563 . C T 587.37 PASS AF=0.469231;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0166984;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6199;QD=18.0728;RBI=0.0242925;REFB=-0.0207731;REVB=-0.0176434;RO=69;SAF=27;SAR=34;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02043;STB=0.51134;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0229134;OID=.;OPOS=17113563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:69:69:61:61:0.469231:34:27:32:37:34:27:32:37 chr10 17147521 . G T 187.29 PASS AF=0.294118;AO=25;DP=85;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00187236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4158;QD=8.81371;RBI=0.0737784;REFB=-0.0113541;REVB=-0.0737546;RO=53;SAF=11;SAR=14;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12373;STB=0.588715;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0277485;OID=.;OPOS=17147521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:60:25:25:0.294118:14:11:29:24:14:11:34:26 chr10 17152994 . G A 300.58 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00493862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.702;QD=23.1216;RBI=0.012711;REFB=0.00150145;REVB=-0.0117124;RO=22;SAF=20;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204543;STB=0.613256;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00158158;OID=.;OPOS=17152994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:10:20:9:13:10:20:9:13 chr10 17156151 . A G 970.04 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.718;QD=58.7904;RBI=0.036289;REFB=0;REVB=0.0123123;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5671e-05;OID=.;OPOS=17156151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr10 17187634 . G C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.039;QD=58.6006;RBI=0.0163066;REFB=0;REVB=0.0116669;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08793e-05;OID=.;OPOS=17187634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr10 17204187 . G A 758.2 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.099115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8173;QD=63.1829;RBI=0.101387;REFB=0;REVB=0.0213428;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043432;OID=.;OPOS=17204187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:23:25:0:0 chr10 17216556 . C T 676.9 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0740092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9055;QD=52.0695;RBI=0.0791395;REFB=-0.00784538;REVB=0.0280304;RO=2;SAF=27;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335887;STB=0.51785;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.000186223;OID=.;OPOS=17216556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:2:2:49:50:0.961538:22:27:2:0:23:27:2:0 chr10 17256265 . ATTTTTTA ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA 213.86 PASS AF=0.336066,0,0;AO=15,20,17;DP=141;FAO=41,0,0;FDP=122;FR=.;FRO=81;FSAF=37,0,0;FSAR=4,0,0;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.160836,-0.256248,-0.1082;FXX=0.0686971;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=22.0546,11.7282,16.4149;QD=7.01189;RBI=0.160977,0.256379,0.108204;REFB=-0.0131872,0.0110337,0.0237552;REVB=0.00673558,0.0081946,0.000946839;RO=63;SAF=14,16,17;SAR=1,4,0;SRF=25;SRR=38;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.671727,0.495077,0.784615;STB=0.865093,0.5,0.5;STBP=0,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00233,-0.0513013,0;OID=.,.,.;OPOS=17256271,17256266,17256271;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.336066,0,0:15,20,17:141:41,0,0:122:81:37,0,0:4,0,0:35:46:99:63:14,16,17:1,4,0:25:38 chr10 17256344 . TAAAAAAT TAAAAAT,TAAAATTA,TTAAAAAT 576.14 PASS AF=0.601626,0.0569106,0.195122;AO=29,11,20;DP=124;FAO=74,7,24;FDP=123;FR=.;FRO=18;FSAF=57,0,6;FSAR=17,7,18;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.252805,0.0639875,0.325789;FXX=0.13985;HRUN=6,6,6;LEN=1,3,1;MLLD=8.28478,42.5339,8.87465;QD=18.7364;RBI=0.25357,0.0671808,0.325811;REFB=-0.201696,-0.0766315,-0.190858;REVB=0.0196845,-0.0204662,0.00376465;RO=44;SAF=19,0,0;SAR=10,11,20;SRF=38;SRR=6;SSEN=0.34252,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.272246,-0.843557,-0.868938;STB=0.502079,0.998743,0.73151;STBP=0.969,0,0.002;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.103606,0.0415535,0.0282494;OID=.,.,.;OPOS=17256345,17256349,17256345;OREF=A,AAT,A;OALT=-,TTA,T;OMAPALT=TAAAAAT,TAAAATTA,TTAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.601626,0.0569106,0.195122:29,11,20:124:74,7,24:123:18:57,0,6:17,7,18:14:4:91:44:19,0,0:10,11,20:38:6 chr10 17256354 . ATT ATA,AT 1499.61 PASS AF=0.292398,0.707602;AO=46,45;DP=173;FAO=50,121;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=0,66;FSAR=50,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0876081,1.13842;FXX=0.01156;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=214.082,11.3232;QD=35.0786;RBI=0.0876378,1.13869;REFB=0.0260135,0.00447206;REVB=0.00227933,0.0246802;RO=61;SAF=0,0;SAR=46,45;SRF=53;SRR=8;SSEN=0,0.448276;SSEP=0,0;SSSB=-0.889244,-0.888789;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0343779,-0.00974082;OID=.,.;OPOS=17256356,17256355;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.292398,0.707602:46,45:173:50,121:171:0:0,66:50,55:0:0:99:61:0,0:46,45:53:8 chr10 17891705 . A G 754.9 PASS AF=0.388393;AO=86;DP=224;FAO=87;FDP=224;FR=.;FRO=137;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=87;FWDB=0.0269204;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.348;QD=13.4803;RBI=0.0269217;REFB=-0.00149507;REVB=-0.000264241;RO=136;SAF=41;SAR=45;SRF=49;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128131;STB=0.572474;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00191693;OID=.;OPOS=17891705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:136:137:86:87:0.388393:45:41:49:87:45:42:50:87 chr10 18087629 . CTGT CT,CTAA,CTGTT 67.2 PASS AF=0.571429,0,0.142857;AO=7,2,2;DP=16;FAO=8,0,2;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=3,0,2;FSAR=5,0,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0126234,-0.00840038,0.0117639;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=254.488,238.785,23.9651;QD=19.2001;RBI=0.0138082,0.00914124,0.0436502;REFB=-0.0173739,-0.00728462,-0.0174023;REVB=0.00559624,0.00360499,0.0420351;RO=4;SAF=3,0,2;SAR=4,2,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.346644,-0.767801,0;STB=0.699532,0.5,0.5;STBP=0.088,1,1;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.0141719,0,0.120168;OID=.,.,.;OPOS=18087630,18087631,18087632;OREF=TG,GT,-;OALT=-,AA,T;OMAPALT=CT,CTAA,CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429,0,0.142857:7,2,2:16:8,0,2:14:4:3,0,2:5,0,0:4:0:25:4:3,0,2:4,2,0:4:0 chr10 18242304 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.813;QD=56.1871;RBI=0.017071;REFB=0;REVB=0.00475433;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149073;OID=.;OPOS=18242304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr10 18242311 . A G 84.8 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0102868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3481;QD=10.9419;RBI=0.064182;REFB=-0.0107328;REVB=-0.0633523;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493524;STB=0.502953;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.018174;OID=.;OPOS=18242311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:5:6:11:9:5:6:11:9 chr10 18266989 . G A 141.3 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00809114;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6175;QD=10.4663;RBI=0.00825686;REFB=0.000763351;REVB=0.00164593;RO=33;SAF=6;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17443;STB=0.597291;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.000774801;OID=.;OPOS=18266989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:33:36:18:18:0.333333:12:6:16:17:12:6:17:19 chr10 18829981 . A ATGTT 1264.25 PASS AF=0.857143;AO=89;DP=115;FAO=96;FDP=112;FR=.;FRO=16;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0253169;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=4;MLLD=238.393;QD=45.1519;RBI=0.0260078;REFB=-0.00201995;REVB=0.00595503;RO=18;SAF=34;SAR=55;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572476;STB=0.524629;STBP=0.187;TYPE=ins;VARB=0.000202727;OID=.;OPOS=18829982;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=ATGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:89:115:96:112:16:38:58:9:7:77:18:34:55:10:8 chr10 18965160 . G A 300.46 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0351355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.142;QD=19.0767;RBI=0.05507;REFB=-0.0127757;REVB=-0.0424052;RO=31;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475764;STB=0.526463;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0122193;OID=.;OPOS=18965160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:13:19:20:11:13:19:20:11 chr10 19492832 . A C 690.14 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.117;QD=62.7396;RBI=0.0693012;REFB=0;REVB=0.00390242;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181593;OID=.;OPOS=19492832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:24:18:0:0:25:19:0:0 chr10 19498278 . G A 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.704;QD=61.2132;RBI=0.014173;REFB=0;REVB=0.00916663;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2159e-05;OID=.;OPOS=19498278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:29:50:0:0:29:50:0:0 chr10 19620407 . A C 536.99 PASS AF=0.398649;AO=59;DP=148;FAO=59;FDP=148;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.0254922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9586;QD=14.5131;RBI=0.0511496;REFB=-0.00450916;REVB=0.0443444;RO=89;SAF=29;SAR=30;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150277;STB=0.508472;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00690747;OID=.;OPOS=19620407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:89:89:59:59:0.398649:30:29:45:44:30:29:45:44 chr10 19620439 . A G 409.21 PASS AF=0.352518;AO=49;DP=139;FAO=49;FDP=139;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=0.0067979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.641;QD=11.7758;RBI=0.0299387;REFB=-0.00502915;REVB=0.0291567;RO=89;SAF=25;SAR=24;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00516931;STB=0.506605;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00839666;OID=.;OPOS=19620439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:89:90:49:49:0.352518:24:25:45:44:24:25:45:45 chr10 19636869 . G T 114.98 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0166223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6764;QD=19.1639;RBI=0.0177397;REFB=-0.0134217;REVB=0.00619647;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155247;STB=0.588105;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.022097;OID=.;OPOS=19636869;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:8:3:6:7:8:3 chr10 19641035 . T C 751.32 PASS AF=0.537313;AO=72;DP=134;FAO=72;FDP=134;FR=.;FRO=62;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00605735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.73;QD=22.4276;RBI=0.0060799;REFB=-0.019606;REVB=0.000523231;RO=61;SAF=48;SAR=24;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195518;STB=0.604137;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0158997;OID=.;OPOS=19641035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:61:62:72:72:0.537313:24:48:27:34:24:48:28:34 chr10 19678286 . C T 410.03 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0160478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.637;QD=15.6202;RBI=0.0221981;REFB=-0.0214674;REVB=-0.015337;RO=59;SAF=12;SAR=34;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240007;STB=0.635451;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0341971;OID=.;OPOS=19678286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:59:46:46:0.438095:34:12:28:31:34:12:28:31 chr10 19678497 . G A 517.26 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00316941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.88;QD=25.2321;RBI=0.00447357;REFB=-0.00746022;REVB=0.00315715;RO=34;SAF=27;SAR=21;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427239;STB=0.523355;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00610901;OID=.;OPOS=19678497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:34:48:48:0.585366:21:27:21:13:21:27:21:13 chr10 19777926 . T C 884.79 PASS AF=0.408163;AO=97;DP=252;FAO=100;FDP=245;FR=.;FRO=145;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=47;FSRR=98;FWDB=-0.000619503;FXX=0.0277767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.763;QD=14.4456;RBI=0.0277865;REFB=-0.0245336;REVB=-0.0277796;RO=144;SAF=35;SAR=62;SRF=47;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403421;STB=0.529552;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0233991;OID=.;OPOS=19777926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:245:144:145:97:100:0.408163:62:35:47:97:63:37:47:98 chr10 19778056 . G A 1652.49 PASS AF=0.974359;AO=109;DP=113;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0211722;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.7617;QD=56.4955;RBI=0.0477896;REFB=0.00215459;REVB=0.0428437;RO=4;SAF=35;SAR=74;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00548588;STB=0.509432;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=5.50735e-06;OID=.;OPOS=19778056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:113:117:4:3:109:114:0.974359:74:35:1:3:78:36:0:3 chr10 19778072 . A G 1495.67 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125661;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.098;QD=62.3197;RBI=0.0130356;REFB=-0.0448867;REVB=0.00346699;RO=1;SAF=32;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145863;STB=0.507691;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=9.30317e-06;OID=.;OPOS=19778072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:63:32:1:0:63:32:1:0 chr10 19820222 . T C 723.79 PASS AF=0.484076;AO=74;DP=155;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.0118095;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.837;QD=18.4404;RBI=0.0572895;REFB=-0.00766518;REVB=0.0560591;RO=80;SAF=29;SAR=45;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323646;STB=0.512861;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00953577;OID=.;OPOS=19820222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:80:81:74:76:0.484076:45:29:34:46:45:31:35:46 chr10 19884264 . G A 442.74 PASS AF=0.484536;AO=38;DP=88;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0497875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.391;QD=18.2575;RBI=0.0512461;REFB=-0.0414773;REVB=0.0121396;RO=43;SAF=17;SAR=21;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10506;STB=0.535383;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0220194;OID=.;OPOS=19884264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:97:43:50:38:47:0.484536:21:17:24:19:22:25:30:20 chr10 19887292 . T G 443.79 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0108489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.725;QD=17.7517;RBI=0.0177716;REFB=-0.0157649;REVB=0.014076;RO=55;SAF=26;SAR=19;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503996;STB=0.528204;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0169825;OID=.;OPOS=19887292;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:19:26:29:26:19:26:29:26 chr10 19896830 . C A 573.16 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00702919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.086;QD=55.9178;RBI=0.0243957;REFB=0.00392043;REVB=0.0233611;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218009;STB=0.501886;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=4.6244e-05;OID=.;OPOS=19896830;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:39:39:0.95122:18:21:1:0:18:21:1:1 chr10 20036605 . A AGT 71.1 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0139775;FXX=0.0238039;HRUN=0;LEN=2;MLLD=122.659;QD=6.93661;RBI=0.0142395;REFB=0.000453356;REVB=-0.00271901;RO=38;SAF=4;SAR=6;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122838;STB=0.510184;STBP=0.967;TYPE=ins;VARB=-0.00154205;OID=.;OPOS=20036606;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243902:10:49:10:41:31:4:6:12:19:71:38:4:6:19:19 chr10 20036609 . C A 52.58 PASS AF=0.2;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0115871;FXX=0.0697512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.791;QD=5.25759;RBI=0.0129559;REFB=-0.00106391;REVB=0.00579603;RO=31;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154395;STB=0.526249;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0143652;OID=.;OPOS=20036609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:43:40:31:32:8:8:0.2:5:3:12:19:5:3:13:19 chr10 20500592 . T C 842.57 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000275624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.878;QD=54.3593;RBI=0.054137;REFB=-0.100206;REVB=0.0541363;RO=1;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178047;STB=0.502187;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00147172;OID=.;OPOS=20500592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:1:2:60:60:0.967742:26:34:0:1:26:34:1:1 chr10 20506418 . G A 464.72 PASS AF=0.641791;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.00771577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.606;QD=27.7446;RBI=0.00942718;REFB=0.0126329;REVB=-0.0054165;RO=24;SAF=19;SAR=24;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159433;STB=0.586466;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00862456;OID=.;OPOS=20506418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:24:43:43:0.641791:24:19:5:19:24:19:5:19 chr10 20534333 . A G 299.36 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0335453;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2097;QD=16.4031;RBI=0.0389616;REFB=0.00812654;REVB=0.0198171;RO=39;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271189;STB=0.530285;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00547043;OID=.;OPOS=20534333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:40:32:33:0.452055:18:14:16:23:18:15:16:24 chr10 21071191 . G C 240.45 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0119516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.147;QD=21.3734;RBI=0.0124662;REFB=-0.0189755;REVB=-0.00354482;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02356;STB=0.533951;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0230087;OID=.;OPOS=21071191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:22:23:23:0.511111:12:11:9:11:12:11:9:13 chr10 21074344 . A G 1349.91 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0244544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6276;QD=59.9962;RBI=0.0512499;REFB=-0.160646;REVB=0.0450393;RO=2;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270559;STB=0.514282;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00185612;OID=.;OPOS=21074344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:90:2:2:88:88:0.977778:34:54:0:2:34:54:0:2 chr10 21074455 . T C 787.64 PASS AF=0.58871;AO=73;DP=125;FAO=73;FDP=124;FR=.;FRO=51;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0041381;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.674;QD=25.4079;RBI=0.00709852;REFB=-0.00411792;REVB=0.00576759;RO=51;SAF=40;SAR=33;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610869;STB=0.533205;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00257172;OID=.;OPOS=21074455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:51:51:73:73:0.58871:33:40:32:19:33:40:32:19 chr10 21104613 . T C 212.66 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0249343;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1217;QD=19.3328;RBI=0.0540967;REFB=0.0138237;REVB=0.0480076;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100971;STB=0.557321;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.0155732;OID=.;OPOS=21104613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:23:21:21:0.477273:14:7:10:13:14:7:10:13 chr10 21112137 . A T 227.0 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00212211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.796;QD=13.5524;RBI=0.0209454;REFB=-0.00227742;REVB=-0.0208376;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511776;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00261792;OID=.;OPOS=21112137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:40:27:27:0.402985:15:12:16:20:15:12:17:23 chr10 21414892 . C G 1227.46 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.168;QD=61.3728;RBI=0.0123294;REFB=0;REVB=-0.00897055;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.01306e-07;OID=.;OPOS=21414892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr10 21415006 . T C 592.05 PASS AF=0.43871;AO=64;DP=153;FAO=68;FDP=155;FR=.;FRO=87;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=-0.00170241;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.293;QD=15.2786;RBI=0.00442025;REFB=-0.0149951;REVB=-0.00407927;RO=85;SAF=35;SAR=29;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079674;STB=0.520579;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0214398;OID=.;OPOS=21415006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:85:87:64:68:0.43871:29:35:53:32:29:39:53:34 chr10 21435340 . ACACT A 184.43 PASS AF=0.4;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0447624;FXX=0.0677851;HRUN=1;LEN=4;MLLD=247.522;QD=13.4129;RBI=0.0486918;REFB=-0.00810283;REVB=-0.0191629;RO=32;SAF=8;SAR=14;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267543;STB=0.661094;STBP=0.071;TYPE=del;VARB=0.0081094;OID=.;OPOS=21435341;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:22:59:22:55:33:8:14:21:12:99:32:8:14:20:12 chr10 21805480 . T C 34.55 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=23;FWDB=-0.0731905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4212;QD=4.45757;RBI=0.192103;REFB=-0.0213466;REVB=-0.177614;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54626;STB=0.838097;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0538989;OID=.;OPOS=21805480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:31:23:25:6:6:0.193548:3:3:2:21:3:3:2:23 chr10 21806832 . A C 283.51 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00639522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.562;QD=17.4465;RBI=0.00668878;REFB=-0.0221683;REVB=0.00195984;RO=34;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486165;STB=0.527255;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0236075;OID=.;OPOS=21806832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:13:18:18:16:13:18:18:16 chr10 21807000 . TTA T,TTT 63.14 PASS AF=0.44,0;AO=7,4;DP=32;FAO=11,0;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4,0;FSAR=7,0;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0720803,0.205038;FXX=0.107105;HRUN=7,6;LEN=2,1;MLLD=15.6144,10.0437;QD=10.1028;RBI=0.179953,0.208602;REFB=-0.106771,-0.0873688;REVB=-0.164886,0.0383966;RO=17;SAF=1,0;SAR=6,4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.602758,-0.731236;STB=0.654398,0.5;STBP=0.168,1;TYPE=del,snp;VARB=0.117169,0;OID=.,.;OPOS=21807001,21807002;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44,0:7,4:32:11,0:25:14:4,0:7,0:9:5:63:17:1,0:6,4:12:5 chr10 21827796 . G A 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00753988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.993;QD=25.6501;RBI=0.0197582;REFB=-4.68321e-05;REVB=0.018263;RO=17;SAF=9;SAR=16;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053189;STB=0.512185;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=5.89188e-05;OID=.;OPOS=21827796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:25:25:0.581395:16:9:5:12:16:9:6:12 chr10 21950592 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0199946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7085;QD=15.3789;RBI=0.0447965;REFB=-0.00173348;REVB=0.0400867;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28665;STB=0.666389;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00666337;OID=.;OPOS=21950592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:8:4:9:5:8:4:9:5 chr10 22498209 . A G 96.52 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0380411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.58;QD=13.7889;RBI=0.039786;REFB=-0.0394114;REVB=0.0116535;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358412;STB=0.666389;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.069686;OID=.;OPOS=22498209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:28:28:16:16:11:12:0.428571:3:8:6:10:4:8:6:10 chr10 22498468 . C T 228.89 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0204441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.783;QD=16.0623;RBI=0.0213796;REFB=0.00826447;REVB=0.00625488;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111235;STB=0.540953;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0129239;OID=.;OPOS=22498468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:31:26:26:0.45614:14:12:10:19:14:12:12:19 chr10 22498483 . TC GA,TCAGA 132.64 PASS AF=0.0740741,0.259259;AO=4,13;DP=56;FAO=4,14;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=4,7;FSAR=0,7;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00336453,-0.0021873;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=223.187,142.411;QD=9.8248;RBI=0.0113216,0.00388695;REFB=-0.00415909,-0.0134852;REVB=0.0108101,-0.00321312;RO=36;SAF=4,6;SAR=0,7;SRF=20;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.560971,-0.111728;STB=0.997137,0.519971;STBP=0.061,0.842;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0111294,0.0441905;OID=.,.;OPOS=22498483,22498485;OREF=TC,-;OALT=GA,AGA;OMAPALT=GA,TCAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:56:54:36:36:4,13:4,14:0.0740741,0.259259:0,7:4,6:20:16:0,7:4,7:19:17 chr10 22498749 . A T 1766.98 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3103;QD=60.9303;RBI=0.0521001;REFB=0;REVB=-0.00893369;RO=0;SAF=55;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160491;OID=.;OPOS=22498749;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:60:55:0:0:60:56:0:0 chr10 22518522 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00903403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.507;QD=11.2559;RBI=0.0132144;REFB=0.00798353;REVB=-0.00964406;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434779;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.0194395;OID=.;OPOS=22518522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:5:7:5:3:5:7 chr10 22825596 . C T 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0960984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7503;QD=14.7969;RBI=0.0963316;REFB=-0.0237151;REVB=-0.00669946;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165392;STB=0.59672;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0331449;OID=.;OPOS=22825596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:7:6:7:4:7:6 chr10 22839628 . T C 273.92 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0234672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.659;QD=15.2179;RBI=0.0263226;REFB=-0.00478924;REVB=-0.0119236;RO=41;SAF=9;SAR=22;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215213;STB=0.622356;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00555703;OID=.;OPOS=22839628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:22:9:20:21:22:9:20:21 chr10 23003226 . A G 373.83 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.00662594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.788;QD=14.805;RBI=0.0497392;REFB=-0.00115043;REVB=-0.0492959;RO=59;SAF=24;SAR=18;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203417;STB=0.614472;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.000804513;OID=.;OPOS=23003226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:18:24:22:37:18:24:22:37 chr10 23297252 . G A 1018.76 PASS AF=0.444444;AO=106;DP=241;FAO=108;FDP=243;FR=.;FRO=135;FSAF=33;FSAR=75;FSRF=57;FSRR=78;FWDB=0.0162249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7342;QD=16.7697;RBI=0.0396784;REFB=-0.00482391;REVB=0.0362095;RO=125;SAF=33;SAR=73;SRF=53;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121529;STB=0.572069;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00427581;OID=.;OPOS=23297252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:243:125:135:106:108:0.444444:73:33:53:72:75:33:57:78 chr10 23297301 . C T 1013.68 PASS AF=0.520833;AO=100;DP=201;FAO=100;FDP=192;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=66;FSRF=31;FSRR=61;FWDB=-0.0100057;FXX=0.0447739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.34;QD=21.1184;RBI=0.043171;REFB=-0.00882747;REVB=-0.0419955;RO=88;SAF=34;SAR=66;SRF=27;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320325;STB=0.501626;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00768784;OID=.;OPOS=23297301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:192:88:92:100:100:0.520833:66:34:27:61:66:34:31:61 chr10 23556110 . A G 281.42 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00107978;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=88.4037;QD=17.0557;RBI=0.0293073;REFB=-0.019891;REVB=0.0292874;RO=30;SAF=19;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188389;STB=0.61283;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0239427;OID=.;OPOS=23556110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:30:35:31:31:0.469697:12:19:12:18:12:19:14:21 chr10 23633566 . C A 469.88 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=-0.0146385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.542;QD=15.7943;RBI=0.0152808;REFB=-0.0354919;REVB=0.00438397;RO=67;SAF=31;SAR=21;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064248;STB=0.535883;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0414578;OID=.;OPOS=23633566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:67:52:52:0.436975:21:31:44:23:21:31:44:23 chr10 24564653 . C T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0149748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.174;QD=8.69806;RBI=0.015537;REFB=0.00398431;REVB=0.00414171;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502138;STB=0.81719;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00509308;OID=.;OPOS=24564653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:1:6:6:8:1:6:6:8 chr10 24832283 . C G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0168421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.205;QD=9.44486;RBI=0.0278556;REFB=-0.0263266;REVB=-0.0221874;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173695;STB=0.608323;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.058089;OID=.;OPOS=24832283;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:5:5:2:4:5:5 chr10 24832885 . C T 154.98 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00291077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.706;QD=22.9592;RBI=0.0389024;REFB=-0.0184549;REVB=0.0387933;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143451;STB=0.580545;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0121753;OID=.;OPOS=24832885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:7:9:4:7:7:9:4:7 chr10 24833137 . C T 229.56 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0249119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.193;QD=22.3963;RBI=0.0309553;REFB=-0.0252531;REVB=0.0183746;RO=19;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141042;STB=0.578992;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0217421;OID=.;OPOS=24833137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:13:9:11:8:13:9:11:8 chr10 24873150 . AATATATATATATAT AATATATATATATA,AATATATATATAT 138.19 PASS AF=0,0.933333;AO=2,4;DP=12;FAO=0,14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=0,10;FSAR=0,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0634174,0.0993999;FXX=0.062461;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=125.572,142.815;QD=36.8515;RBI=0.096896,0.124938;REFB=-0.14251,-0.123299;REVB=0.0732602,0.0756916;RO=0;SAF=1,3;SAR=1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.523776;STBP=1,0.622;TYPE=del,del;VARB=0,0.0030813;OID=.,.;OPOS=24873164,24873151;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AATATATATATATA,AATATATATATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.933333:2,4:12:0,14:15:1:0,10:0,4:1:0:6:0:1,3:1,1:0:0 chr10 24873369 . C G 97.9 PASS AF=0.175258;AO=17;DP=97;FAO=17;FDP=97;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0156951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.498;QD=4.03699;RBI=0.0161722;REFB=-0.0074039;REVB=-0.00389922;RO=80;SAF=5;SAR=12;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280317;STB=0.683794;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0184583;OID=.;OPOS=24873369;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:97:97:80:80:17:17:0.175258:12:5:41:39:12:5:41:39 chr10 24879281 . A G 878.94 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000909964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.004;QD=57.6352;RBI=0.00991459;REFB=0;REVB=0.00987274;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42476e-06;OID=.;OPOS=24879281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:58:61:1:33:25:0:0:36:25:0:0 chr10 24889668 . C T 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0309195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.3;QD=16.4258;RBI=0.0358582;REFB=-0.0119319;REVB=0.0181602;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325354;STB=0.689298;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0170053;OID=.;OPOS=24889668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:4:7:3:8:4:7 chr10 24908686 . T C 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0153196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6293;QD=18.0868;RBI=0.0163413;REFB=-0.00969831;REVB=-0.00568757;RO=27;SAF=17;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094995;STB=0.553446;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.010677;OID=.;OPOS=24908686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:9:17:15:12:9:17:15:12 chr10 24929141 . G A 2132.6 PASS AF=0.985612;AO=137;DP=140;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00105203;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.295;QD=61.3697;RBI=0.0429647;REFB=-0.0858386;REVB=0.0429518;RO=1;SAF=60;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785746;STB=0.500906;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000195315;OID=.;OPOS=24929141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:139:1:2:137:137:0.985612:77:60:1:0:77:60:1:1 chr10 25197468 . G A 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0248927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1679;QD=18.7116;RBI=0.0664107;REFB=-0.000637323;REVB=-0.061569;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788358;STB=0.544841;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.0021333;OID=.;OPOS=25197468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:7:11:10:9:7:11:10:9 chr10 25197541 . C T 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00758624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.354;QD=18.4268;RBI=0.0209464;REFB=-0.011893;REVB=-0.0195244;RO=28;SAF=19;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261313;STB=0.64649;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0134282;OID=.;OPOS=25197541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:9:19:11:17:9:19:11:17 chr10 25197663 . C T 241.59 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0300801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.178;QD=21.9626;RBI=0.0302241;REFB=-0.0242359;REVB=0.00294666;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114911;STB=0.564459;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0374383;OID=.;OPOS=25197663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:9:14:10:11:9:14:10:11 chr10 25197695 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0166664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.268;QD=18.3452;RBI=0.0167938;REFB=-0.00720289;REVB=0.00206439;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08752;STB=0.54994;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00724433;OID=.;OPOS=25197695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:6:11:10:8:6:11:10:8 chr10 25241520 . C A 598.94 PASS AF=0.504;AO=53;DP=116;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.144036;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.307;QD=19.1661;RBI=0.144145;REFB=-0.0288057;REVB=0.00560952;RO=61;SAF=18;SAR=35;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122036;STB=0.553321;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0201458;OID=.;OPOS=25241520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:125:61:62:53:63:0.504:35:18:28:33:40:23:29:33 chr10 25312689 . A G 842.73 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7214;QD=56.182;RBI=0.0506644;REFB=0;REVB=-0.0233038;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215662;OID=.;OPOS=25312689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:24:34:0:0:25:35:0:0 chr10 25313818 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3048;QD=46.8472;RBI=0.0706932;REFB=0;REVB=-0.0706765;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00256061;OID=.;OPOS=25313818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr10 25314637 . G C 1760.34 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=121;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0158382;FXX=0.0165276;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.903;QD=59.1711;RBI=0.0228403;REFB=0.00699126;REVB=0.0164569;RO=1;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736346;STB=0.500797;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=9.54873e-05;OID=.;OPOS=25314637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:119:1:2:117:117:0.983193:64:53:0:1:64:53:1:1 chr10 25861632 . C T 626.34 PASS AF=0.445205;AO=65;DP=146;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.0156837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8008;QD=17.16;RBI=0.0287861;REFB=-0.029746;REVB=-0.0241383;RO=81;SAF=33;SAR=32;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138021;STB=0.50769;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.036708;OID=.;OPOS=25861632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:81:81:65:65:0.445205:32:33:40:41:32:33:40:41 chr10 25888180 . A G 115.95 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.29;QD=42.165;RBI=0.0248163;REFB=0;REVB=0.0212487;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533779;OID=.;OPOS=25888180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr10 27303605 . A T 490.81 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0444149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8322;QD=22.3095;RBI=0.0444891;REFB=-0.0226508;REVB=0.00256812;RO=39;SAF=20;SAR=27;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788643;STB=0.528666;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0181923;OID=.;OPOS=27303605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:39:41:47:47:0.534091:27:20:13:26:27:20:15:26 chr10 27317778 . T C 237.2 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.00797195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.493;QD=11.4312;RBI=0.011724;REFB=-0.00923618;REVB=0.00859655;RO=53;SAF=19;SAR=10;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062014;STB=0.543797;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0174283;OID=.;OPOS=27317778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:54:29:29:0.349398:10:19:32:21:10:19:32:22 chr10 27317840 . C T 191.48 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0674517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8757;QD=9.69519;RBI=0.081666;REFB=-0.0111698;REVB=-0.0460391;RO=53;SAF=14;SAR=11;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518644;STB=0.522709;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0207786;OID=.;OPOS=27317840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:54:25:25:0.316456:11:14:32:21:11:14:32:22 chr10 27377283 . A T 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0122478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.353;QD=15.6455;RBI=0.0132139;REFB=-0.0126078;REVB=-0.00495967;RO=29;SAF=16;SAR=6;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230333;STB=0.632284;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00906539;OID=.;OPOS=27377283;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:6:16:15:14:6:16:15:14 chr10 27381349 . T C 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=6.3438e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.534;QD=15.577;RBI=0.0459442;REFB=-0.0250504;REVB=0.0459442;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0215253;OID=.;OPOS=27381349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:12:12:15:15:12:12:15:15 chr10 27389197 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00881815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.148;QD=52.6125;RBI=0.0229522;REFB=0;REVB=0.0211907;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65537e-05;OID=.;OPOS=27389197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr10 27400861 . G A 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7771;QD=60.2266;RBI=0.0473265;REFB=0;REVB=0.0336818;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67802e-06;OID=.;OPOS=27400861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr10 27434483 . G A 475.96 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.020389;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.05;QD=17.6281;RBI=0.0209878;REFB=-0.0112805;REVB=-0.00497762;RO=56;SAF=23;SAR=28;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295349;STB=0.52135;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0101998;OID=.;OPOS=27434483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:56:57:51:51:0.472222:28:23:27:29:28:23:28:29 chr10 27437964 . T C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00579452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.087;QD=19.976;RBI=0.00591415;REFB=-0.0167114;REVB=-0.00118349;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449437;STB=0.525356;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0136423;OID=.;OPOS=27437964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:8:12:11:9:8:12 chr10 27442121 . A G 216.28 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0492618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.594;QD=29.8315;RBI=0.0669408;REFB=-0.013769;REVB=0.0453249;RO=9;SAF=5;SAR=15;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264438;STB=0.646901;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00760984;OID=.;OPOS=27442121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:15:5:6:3:15:5:6:3 chr10 27443083 . A T 43.65 PASS AF=0.235294;AO=3;DP=18;FAO=4;FDP=17;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00627573;FXX=0.105208;HRUN=8;LEN=1;MLLD=213.056;QD=10.2712;RBI=0.0572664;REFB=-0.020713;REVB=-0.0569215;RO=3;SAF=2;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.630873;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0218746;OID=.;OPOS=27443083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:18:17:3:7:3:4:0.235294:1:2:2:1:1:3:4:3 chr10 27459670 . C T 169.03 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0144282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.126;QD=17.3368;RBI=0.0168531;REFB=-0.0175289;REVB=-0.0087094;RO=20;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283926;STB=0.643795;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0179575;OID=.;OPOS=27459670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:21:17:18:0.461538:4:13:10:10:5:13:10:11 chr10 27475444 . T C 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00707896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.73;QD=17.8595;RBI=0.0143838;REFB=-0.00716688;REVB=0.0125213;RO=37;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104657;STB=0.558634;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00771545;OID=.;OPOS=27475444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:22:12:17:20:22:12:17:20 chr10 27475693 . T C 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0140401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.522;QD=25.3678;RBI=0.0218659;REFB=-0.0121925;REVB=0.0167628;RO=14;SAF=15;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223448;STB=0.624875;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0123208;OID=.;OPOS=27475693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:6:15:6:8:6:15:6:8 chr10 27508758 . T C 309.94 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0716034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0831;QD=18.7843;RBI=0.0716205;REFB=-0.014009;REVB=0.00156142;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109393;STB=0.560849;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0147913;OID=.;OPOS=27508758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:17:16:12:21:17:16:12:21 chr10 27687225 . A G 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00100446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.877;QD=18.4582;RBI=0.00373323;REFB=0.000109017;REVB=0.00359556;RO=41;SAF=18;SAR=20;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171186;STB=0.595189;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-9.4238e-05;OID=.;OPOS=27687225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:20:18:27:14:20:18:27:14 chr10 27687775 . T C 817.57 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00409877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.856;QD=57.373;RBI=0.00413615;REFB=0;REVB=0.000554769;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43841e-05;OID=.;OPOS=27687775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr10 27687965 . A G 224.38 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.10333;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.867;QD=24.9309;RBI=0.103446;REFB=-0.0443417;REVB=-0.00489916;RO=13;SAF=4;SAR=17;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186726;STB=0.586118;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.037378;OID=.;OPOS=27687965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:15:21:21:0.583333:17:4:5:8:17:4:5:10 chr10 27687994 . A G 100.7 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0349457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.549;QD=16.1127;RBI=0.0351471;REFB=-0.00584919;REVB=0.00375769;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116823;STB=0.612036;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0049513;OID=.;OPOS=27687994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:10:2:3:9:10:2:4:9 chr10 27702624 . G T 151.98 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0199849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.218;QD=20.962;RBI=0.0220071;REFB=-0.019814;REVB=0.00921507;RO=13;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358473;STB=0.672271;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00931111;OID=.;OPOS=27702624;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:13:15:16:0.551724:11:4:9:4:11:5:9:4 chr10 27702726 . G A 126.79 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0305362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.709;QD=19.5061;RBI=0.0398195;REFB=-0.0186425;REVB=-0.0255565;RO=12;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277455;STB=0.659749;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0307677;OID=.;OPOS=27702726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:3:11:6:6:3:11:6:6 chr10 27702744 . A G 103.47 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.023555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0158;QD=18.8124;RBI=0.0740305;REFB=-0.001427;REVB=-0.0701832;RO=10;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342369;STB=0.699618;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=3.94818e-05;OID=.;OPOS=27702744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:2:10:5:5:2:10:5:5 chr10 27963892 . C T 1697.61 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00699954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7542;QD=60.0923;RBI=0.0868068;REFB=0;REVB=-0.0865242;RO=0;SAF=41;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65433e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256381;OID=.;OPOS=27963892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:111:113:1:70:41:0:0:70:43:0:0 chr10 27964470 . G A 1112.47 PASS AF=0.987179;AO=73;DP=76;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0448583;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.404;QD=57.0498;RBI=0.0457805;REFB=-0.129671;REVB=0.00914268;RO=1;SAF=36;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129584;STB=0.506848;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00188122;OID=.;OPOS=27964470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:78:1:1:73:77:0.987179:37:36:1:0:41:36:1:0 chr10 28224075 . G A 183.46 PASS AF=0.4;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00484225;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.523;QD=13.3423;RBI=0.00735762;REFB=0.00592308;REVB=0.00553961;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20718;STB=0.62779;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00606823;OID=.;OPOS=28224075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:32:33:22:22:0.4:8:14:14:18:8:14:14:19 chr10 28228865 . A G 912.07 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153812;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.74;QD=58.8431;RBI=0.00233533;REFB=0;REVB=0.00175726;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277218;OID=.;OPOS=28228865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr10 28228926 . C T 169.51 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00366064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.649;QD=10.5941;RBI=0.0091427;REFB=-0.000895308;REVB=0.00837787;RO=42;SAF=13;SAR=9;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496925;STB=0.529043;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00179571;OID=.;OPOS=28228926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:9:13:23:19:9:13:23:19 chr10 28378758 . T C 273.95 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0140479;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.682;QD=15.2195;RBI=0.01408;REFB=-0.00170705;REVB=0.000950433;RO=41;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206287;STB=0.511662;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0024583;OID=.;OPOS=28378758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:16:15:19:22:16:15:19:22 chr10 28731618 . T C 271.23 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00917088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.991;QD=14.8618;RBI=0.0217434;REFB=-0.0437695;REVB=0.0197147;RO=41;SAF=15;SAR=15;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111952;STB=0.563836;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0559427;OID=.;OPOS=28731618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:42:30:31:0.424658:15:15:25:16:16:15:25:17 chr10 28909299 . GTT GT,GTA 870.19 PASS AF=0.96875,0.03125;AO=59,3;DP=64;FAO=62,2;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=31,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122652,-0.0593804;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.5815,6.15006;QD=54.3866;RBI=0.0176479,0.0663866;REFB=0,0;REVB=-0.0126891,0.0296841;RO=0;SAF=30,1;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00197614,0.0231252;OID=.,.;OPOS=28909300,28909301;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GT,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.96875,0.03125:59,3:64:62,2:64:0:31,0:31,2:0:0:5:0:30,1:29,2:0:0 chr10 28970487 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.616;QD=53.9112;RBI=0.018112;REFB=0;REVB=0.0151458;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0363e-05;OID=.;OPOS=28970487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr10 29163413 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00788051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.595;QD=55.6561;RBI=0.00804886;REFB=0;REVB=-0.0016376;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39765e-05;OID=.;OPOS=29163413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr10 29578084 . A G 784.38 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5614;QD=64.0306;RBI=0.0514003;REFB=0;REVB=-0.0513445;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171068;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00059598;OID=.;OPOS=29578084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:48:49:1:21:27:1:0:21:28:0:0 chr10 29599972 . G A 182.5 PASS AF=0.268817;AO=25;DP=93;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.00121275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.353;QD=7.84951;RBI=0.00304207;REFB=0.00287358;REVB=0.00278988;RO=66;SAF=13;SAR=12;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242283;STB=0.525345;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00927294;OID=.;OPOS=29599972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:66:68:25:25:0.268817:12:13:33:33:12:13:33:35 chr10 29606197 . C G 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0370635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.316;QD=15.9155;RBI=0.0378751;REFB=-0.0157346;REVB=0.00779905;RO=34;SAF=11;SAR=17;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323626;STB=0.681392;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0222388;OID=.;OPOS=29606197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:17:11:25:9:17:11:25:9 chr10 29606270 . A T 306.04 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00199164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.816;QD=20.4029;RBI=0.00219205;REFB=-0.0113282;REVB=0.000915672;RO=27;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137882;STB=0.566626;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00792607;OID=.;OPOS=29606270;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:28:32:32:0.533333:16:16:18:9:16:16:18:10 chr10 29746346 . C CTGTT 214.27 PASS AF=0.512195;AO=19;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0066557;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=272.811;QD=20.9041;RBI=0.0123596;REFB=-0.00752445;REVB=0.0104144;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122806;STB=0.559751;STBP=0.48;TYPE=ins;VARB=0.00669191;OID=.;OPOS=29746347;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512195:19:41:21:41:20:13:8:10:10:99:20:12:7:10:10 chr10 29747417 . C T 311.58 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00144497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.078;QD=19.1743;RBI=0.0202133;REFB=-0.00530243;REVB=0.0201616;RO=32;SAF=22;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127877;STB=0.571384;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00647954;OID=.;OPOS=29747417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:11:22:17:15:11:22:17:15 chr10 29754609 . T C 298.82 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00819514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.644;QD=18.676;RBI=0.0252537;REFB=0.00100443;REVB=-0.023887;RO=32;SAF=23;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215567;STB=0.620871;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00085787;OID=.;OPOS=29754609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:9:23:16:16:9:23:16:16 chr10 29759225 . A G 475.26 PASS AF=0.452174;AO=51;DP=114;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0218031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9954;QD=16.5309;RBI=0.0314172;REFB=-0.0102753;REVB=-0.02262;RO=62;SAF=22;SAR=29;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083763;STB=0.53612;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00898432;OID=.;OPOS=29759225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:62:63:51:52:0.452174:29:22:32:30:29:23:32:31 chr10 29783908 . A G 115.75 PASS AF=0.19;AO=19;DP=100;FAO=19;FDP=100;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.00544857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.416;QD=4.63003;RBI=0.0215174;REFB=-0.00733864;REVB=-0.0208161;RO=81;SAF=11;SAR=8;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107841;STB=0.569093;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0180871;OID=.;OPOS=29783908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:81:81:19:19:0.19:8:11:40:41:8:11:40:41 chr10 29784072 . G C 374.87 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00452307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.34;QD=26.3065;RBI=0.0101927;REFB=-0.0349135;REVB=0.0091342;RO=21;SAF=24;SAR=12;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290157;STB=0.658735;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0289688;OID=.;OPOS=29784072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:12:24:5:16:12:24:5:16 chr10 29784114 . T C 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6683;QD=62.3442;RBI=0.0210349;REFB=0;REVB=-0.015478;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183948;OID=.;OPOS=29784114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr10 29822032 . C T 766.24 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0873;QD=63.8529;RBI=0.0498232;REFB=0;REVB=-0.0157395;RO=0;SAF=42;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.07197e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245978;OID=.;OPOS=29822032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:6:42:0:0:6:42:0:0 chr10 29833998 . A G 301.73 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00291595;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.584;QD=19.1575;RBI=0.00619034;REFB=-0.0169517;REVB=0.00546055;RO=32;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854272;STB=0.55485;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0201058;OID=.;OPOS=29833998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:32:31:32:32:0.507937:19:13:16:16:19:13:16:15 chr10 29834003 . G A 286.28 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00863113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.458;QD=18.1766;RBI=0.0106924;REFB=-0.0334284;REVB=-0.00631114;RO=31;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891329;STB=0.558785;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0116772;OID=.;OPOS=29834003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:31:31:0.492063:19:12:15:16:19:12:16:16 chr10 29839787 . A G 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00902321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.297;QD=17.7909;RBI=0.021633;REFB=-0.017975;REVB=-0.0196613;RO=33;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307875;STB=0.51723;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0189335;OID=.;OPOS=29839787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:14:17:17:16:14:17:17:16 chr10 29839864 . A C 566.19 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0505981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4166;QD=21.3655;RBI=0.0521839;REFB=-0.0387856;REVB=-0.012767;RO=49;SAF=33;SAR=24;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160441;STB=0.588088;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0300891;OID=.;OPOS=29839864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:49:57:57:0.537736:24:33:19:30:24:33:19:30 chr10 29840038 . A G 444.94 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.025794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.583;QD=17.9775;RBI=0.0328121;REFB=-0.0171119;REVB=-0.0202806;RO=53;SAF=23;SAR=22;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381505;STB=0.516151;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.015866;OID=.;OPOS=29840038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:53:54:45:45:0.454545:22:23:25:28:22:23:26:28 chr10 29840164 . A G 123.85 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0169486;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.004;QD=24.7707;RBI=0.0200723;REFB=-0.0144231;REVB=-0.0107538;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681814;STB=0.538402;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00735605;OID=.;OPOS=29840164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:7:7:13:13:0.65:7:6:4:3:7:6:4:3 chr10 29843833 . C T 205.1 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0159529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4015;QD=15.7767;RBI=0.0198817;REFB=-0.00132229;REVB=-0.0118654;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374422;STB=0.513078;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.000884789;OID=.;OPOS=29843833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:29:23:23:0.442308:14:9:12:16:14:9:12:17 chr10 30000844 . T G 574.64 PASS AF=0.487805;AO=59;DP=120;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0131937;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.31;QD=18.6874;RBI=0.0451462;REFB=-0.00576531;REVB=0.0431753;RO=61;SAF=31;SAR=28;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598972;STB=0.528123;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00683206;OID=.;OPOS=30000844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:61:63:59:60:0.487805:28:31:36:25:29:31:36:27 chr10 30588502 . A G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.018928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.293;QD=13.9591;RBI=0.018928;REFB=0.00444751;REVB=-1.62214e-05;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441607;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00308444;OID=.;OPOS=30588502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:6:7:7:7:0.5:5:2:2:4:5:2:2:5 chr10 30629226 . G A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0233705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.063;QD=14.5589;RBI=0.0277492;REFB=0.00733853;REVB=0.0149613;RO=35;SAF=9;SAR=17;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283659;STB=0.661106;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00578597;OID=.;OPOS=30629226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:17:9:22:13:17:9:22:13 chr10 30728101 . T C 1389.62 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179432;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.313;QD=61.7611;RBI=0.0416169;REFB=-0.100346;REVB=0.03755;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.506023;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000525176;OID=.;OPOS=30728101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:90:0:1:89:89:0.988889:41:48:0:0:41:48:0:1 chr10 30728250 . A G 2083.81 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.594;QD=62.671;RBI=0.0302685;REFB=0;REVB=0.0249102;RO=0;SAF=73;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43757e-05;OID=.;OPOS=30728250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:60:73:0:0:60:73:0:0 chr10 30918549 . G C 554.21 PASS AF=0.413793;AO=57;DP=143;FAO=60;FDP=145;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.000567727;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.19;QD=15.2886;RBI=0.0156272;REFB=-0.00439338;REVB=-0.0156169;RO=86;SAF=31;SAR=26;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961816;STB=0.553394;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00648191;OID=.;OPOS=30918549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:86:85:57:60:0.413793:26:31:39:47:27:33:39:46 chr10 30918597 . T C 287.71 PASS AF=0.352381;AO=35;DP=103;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0312748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4699;QD=10.9605;RBI=0.0320343;REFB=0.013411;REVB=0.00693433;RO=68;SAF=18;SAR=17;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000479921;STB=0.518261;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.0179189;OID=.;OPOS=30918597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:68:68:35:37:0.352381:17:18:35:33:19:18:35:33 chr10 30989188 . G C 1225.95 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.578;QD=61.2975;RBI=0.055282;REFB=0;REVB=-0.0127163;RO=0;SAF=24;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83448e-05;OID=.;OPOS=30989188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:54:24:0:0:54:26:0:0 chr10 30993404 . G A 200.09 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0878763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4626;QD=13.5653;RBI=0.0910325;REFB=0.0168846;REVB=0.0237629;RO=35;SAF=17;SAR=6;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366827;STB=0.716627;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0187996;OID=.;OPOS=30993404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:35:35:23:24:0.40678:6:17:14:21:6:18:14:21 chr10 30993448 . G A 1030.05 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0403969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.688;QD=58.0312;RBI=0.0503651;REFB=-0.0507994;REVB=0.0300787;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133173;STB=0.50704;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00144182;OID=.;OPOS=30993448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:35:35:1:0:35:35:1:0 chr10 31001494 . A C 764.04 PASS AF=0.982456;AO=42;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00597638;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=47.4771;QD=53.617;RBI=0.0581338;REFB=-0.0814497;REVB=0.0578258;RO=0;SAF=32;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96961e-08;STB=0.506171;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0140748;OID=.;OPOS=31001494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:42:56:0.982456:10:32:0:0:16:40:1:0 chr10 31138817 . G A 45.98 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00133119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.4;QD=9.19607;RBI=0.0149281;REFB=-0.00711799;REVB=0.0148686;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073775;STB=0.521677;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00803095;OID=.;OPOS=31138817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:12:13:7:7:0.35:3:4:6:6:3:4:7:6 chr10 31146643 . T C 87.44 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0236085;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.124;QD=12.4915;RBI=0.0474838;REFB=-0.00341213;REVB=0.0411989;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766352;STB=0.545372;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00447604;OID=.;OPOS=31146643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:8:9:5:6:8:9 chr10 31651824 . T C 189.76 PASS AF=0.642857;AO=17;DP=27;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0114255;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.132;QD=27.1081;RBI=0.0152137;REFB=-0.0352539;REVB=-0.0100456;RO=10;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151346;STB=0.571351;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.015005;OID=.;OPOS=31651824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:28:10:10:17:18:0.642857:9:8:7:3:9:9:7:3 chr10 31816596 . C T 253.1 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0362902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6481;QD=15.1108;RBI=0.044173;REFB=-0.000139709;REVB=-0.0251849;RO=38;SAF=21;SAR=7;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202669;STB=0.621531;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.000521014;OID=.;OPOS=31816596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:38:28:29:0.432836:7:21:22:16:7:22:22:16 chr10 32045045 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.416;QD=51.9167;RBI=0.0216004;REFB=0;REVB=0.00458625;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015225;OID=.;OPOS=32045045;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr10 32095666 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.99;QD=60.2307;RBI=0.0192301;REFB=0;REVB=0.0162609;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61871e-05;OID=.;OPOS=32095666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr10 32120672 . C CT 178.07 PASS AF=1;AO=3;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151484;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.3051;QD=29.6776;RBI=0.195029;REFB=0;REVB=0.19444;RO=20;SAF=1;SAR=2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0138792;OID=.;OPOS=32120673;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:24:24:24:0:14:10:0:0:3:20:1:2:12:8 chr10 32120678 . C T 290.07 PASS AF=0.958333;AO=17;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0545725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6749;QD=48.3457;RBI=0.228515;REFB=-0.0194197;REVB=0.221903;RO=2;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306173;STB=0.518502;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00738001;OID=.;OPOS=32120678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:2:1:17:23:0.958333:6:11:1:1:10:13:1:0 chr10 32128611 . A G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0395166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.141;QD=54.481;RBI=0.0401273;REFB=-0.0275142;REVB=-0.00697432;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000392648;OID=.;OPOS=32128611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:17:14:0:1:17:14:0:1 chr10 32141460 . T C 657.63 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00721983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.577;QD=59.7849;RBI=0.0624366;REFB=0.00182857;REVB=0.0620178;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208679;STB=0.511106;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=6.96499e-05;OID=.;OPOS=32141460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:21:22:1:0:21:22:1:0 chr10 32345710 . G A 2086.69 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.73;QD=61.8279;RBI=0.0202774;REFB=0.0080119;REVB=0.0170392;RO=0;SAF=62;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71502e-08;STB=0.503999;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-4.47391e-06;OID=.;OPOS=32345710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:0:1:134:134:0.992593:72:62:0:0:72:62:1:0 chr10 32635834 . G A 539.31 PASS AF=1;AO=31;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.656;QD=59.9228;RBI=0.0373098;REFB=0;REVB=-0.0120605;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419231;OID=.;OPOS=32635834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:31:36:1:19:12:0:0:19:17:0:0 chr10 32699547 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.667;QD=62.022;RBI=0.0313054;REFB=0;REVB=0.0300602;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40876e-05;OID=.;OPOS=32699547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr10 32745248 . A C 453.99 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0254511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.461;QD=55.0294;RBI=0.0283604;REFB=-0.18209;REVB=0.0125122;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321794;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00211144;OID=.;OPOS=32745248;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:18:14:1:0:18:14:1:0 chr10 32856746 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.79;QD=48.7373;RBI=0.0528239;REFB=0;REVB=0.0331278;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331764;OID=.;OPOS=32856746;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:7:10:0:0 chr10 32974969 . A G 392.33 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0168679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.4169;QD=50.6232;RBI=0.0197991;REFB=0.00397866;REVB=0.0103671;RO=1;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216718;STB=0.522712;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00121118;OID=.;OPOS=32974969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:1:2:29:29:0.935484:21:8:0:1:21:8:0:2 chr10 33018351 . G C 2056.46 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112444;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.054;QD=62.7927;RBI=0.0156901;REFB=0;REVB=0.0109427;RO=0;SAF=60;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23248e-05;OID=.;OPOS=33018351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:130:131:1:70:60:0:0:70:61:0:0 chr10 33123824 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.081;QD=61.684;RBI=0.0353345;REFB=0;REVB=0.0276897;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149664;OID=.;OPOS=33123824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr10 33143396 . G A 746.59 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0727473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3393;QD=56.3466;RBI=0.0732675;REFB=0;REVB=-0.00871488;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018461;OID=.;OPOS=33143396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:27:26:0:0 chr10 33190285 . G A 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.55941e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.069;QD=57.6709;RBI=0.0592169;REFB=0;REVB=0.0592169;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321821;OID=.;OPOS=33190285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr10 33200468 . G A 599.94 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00894169;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.6;QD=61.5326;RBI=0.00975362;REFB=0;REVB=0.00389604;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111837;OID=.;OPOS=33200468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr10 33209266 . G T 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000851262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.094;QD=59.6782;RBI=0.0164986;REFB=0;REVB=0.0164767;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32701e-05;OID=.;OPOS=33209266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr10 33466566 . C T 237.94 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0455256;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.438;QD=17.6252;RBI=0.0455593;REFB=-0.0155931;REVB=-0.0017504;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051818;STB=0.502913;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0242203;OID=.;OPOS=33466566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:28:28:26:26:0.481481:11:15:16:12:11:15:16:12 chr10 33466843 . T C 182.91 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0224646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6849;QD=25.2284;RBI=0.0426471;REFB=-0.0263035;REVB=0.0362508;RO=10;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471805;STB=0.512806;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00873721;OID=.;OPOS=33466843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:10:11:18:18:0.62069:12:6:4:6:12:6:4:7 chr10 33468014 . T C 271.35 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0106986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.072;QD=23.596;RBI=0.0283773;REFB=-0.0286407;REVB=0.0262833;RO=21;SAF=7;SAR=18;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00578221;STB=0.503223;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0205507;OID=.;OPOS=33468014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:18:7:6:15:18:7:6:15 chr10 33469181 . A G 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0077789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.445;QD=13.9114;RBI=0.007925;REFB=-0.0220176;REVB=-0.00151473;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579029;STB=0.533301;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0337701;OID=.;OPOS=33469181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:12:9:15:16:12:9:15:16 chr10 33491728 . G A 418.05 PASS AF=0.5;AO=41;DP=83;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00507822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.468;QD=19.9072;RBI=0.0109099;REFB=0.00565359;REVB=0.00965597;RO=42;SAF=19;SAR=22;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183747;STB=0.594551;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00639775;OID=.;OPOS=33491728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:42:42:41:42:0.5:22:19:28:14:22:20:28:14 chr10 33495267 . C T 321.97 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.00352953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.437;QD=13.9988;RBI=0.0135442;REFB=-0.021068;REVB=-0.0130763;RO=56;SAF=26;SAR=10;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161514;STB=0.592487;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.033523;OID=.;OPOS=33495267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:10:26:33:23:10:26:33:23 chr10 33502240 . C T 695.52 PASS AF=0.612245;AO=60;DP=99;FAO=60;FDP=98;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0485685;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7317;QD=28.3887;RBI=0.0523499;REFB=0.000255057;REVB=0.019535;RO=38;SAF=29;SAR=31;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0068888;STB=0.503745;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.000318355;OID=.;OPOS=33502240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:38:38:60:60:0.612245:31:29:18:20:31:29:18:20 chr10 33510663 . G A 466.08 PASS AF=0.54878;AO=44;DP=81;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0394405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.042;QD=22.7353;RBI=0.0399528;REFB=-0.0236793;REVB=0.00637741;RO=37;SAF=22;SAR=22;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14598;STB=0.583972;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.023998;OID=.;OPOS=33510663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:37:37:44:45:0.54878:22:22:12:25:22:23:12:25 chr10 33510768 . G A 337.88 PASS AF=0.550725;AO=26;DP=68;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0018014;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.509;QD=19.5874;RBI=0.00426091;REFB=-0.0234409;REVB=-0.00386138;RO=30;SAF=17;SAR=9;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357561;STB=0.598096;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.015713;OID=.;OPOS=33510768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:30:31:26:38:0.550725:9:17:8:22:20:18:8:23 chr10 33552696 . A G 1293.31 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2825;QD=61.5861;RBI=0.0322951;REFB=0;REVB=0.000706902;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100215;OID=.;OPOS=33552696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:37:46:0:0:38:46:0:0 chr10 33577361 . G A 805.55 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0328588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0429;QD=55.5549;RBI=0.0364059;REFB=-0.105092;REVB=-0.0156744;RO=1;SAF=23;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020053;STB=0.510201;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00121016;OID=.;OPOS=33577361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:58:1:1:55:57:0.982759:32:23:1:0:33:24:1:0 chr10 33623251 . G A 105.49 PASS AF=0.846154;AO=9;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0165631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.843;QD=32.4583;RBI=0.213149;REFB=-0.0214227;REVB=0.212505;RO=2;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118266;STB=0.522347;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00510495;OID=.;OPOS=33623251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:9:11:0.846154:2:7:1:1:4:7:1:1 chr10 34591402 . C T 483.13 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3655;QD=58.5614;RBI=0.0838536;REFB=0;REVB=-0.0489852;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284884;OID=.;OPOS=34591402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr10 34620220 . C T 353.77 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0138916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.777;QD=18.6194;RBI=0.0145656;REFB=0.0132239;REVB=0.00437978;RO=38;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362208;STB=0.526638;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.0138759;OID=.;OPOS=34620220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:19:18:20:18:19:18:21:18 chr10 34688287 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4911;QD=55.655;RBI=0.0583591;REFB=0;REVB=-0.00427203;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840008;OID=.;OPOS=34688287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr10 35302705 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0176042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.06;QD=18.4834;RBI=0.0199673;REFB=-0.0326702;REVB=-0.00942256;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462776;STB=0.526288;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0151625;OID=.;OPOS=35302705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:11:10:10:9:11:10 chr10 35321414 . C T 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00675788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.421;QD=14.8164;RBI=0.0132231;REFB=-0.00517933;REVB=-0.0113659;RO=39;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13772;STB=0.578184;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00636741;OID=.;OPOS=35321414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:18:11:20:19:18:11:20:19 chr10 35338699 . G A 332.76 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0179696;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.304;QD=16.4327;RBI=0.0198189;REFB=0.00068231;REVB=0.00835944;RO=44;SAF=21;SAR=15;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054027;STB=0.522376;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00102287;OID=.;OPOS=35338699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:45:36:36:0.444444:15:21:28:16:15:21:28:17 chr10 35362977 . A G 126.2 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0196376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.247;QD=10.9737;RBI=0.0585575;REFB=-0.00200269;REVB=-0.0551665;RO=29;SAF=10;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560397;STB=0.516107;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00238772;OID=.;OPOS=35362977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:31:15:15:0.326087:5:10:18:11:5:10:20:11 chr10 35426755 . A G 501.9 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00176028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.631;QD=22.0615;RBI=0.00947416;REFB=-0.0100585;REVB=-0.0093092;RO=43;SAF=24;SAR=24;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996247;STB=0.505492;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0129457;OID=.;OPOS=35426755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:24:24:21:22:24:24:21:22 chr10 35464778 . C T 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0120765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.757;QD=10.0236;RBI=0.0123753;REFB=-0.00912979;REVB=0.00270293;RO=37;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169491;STB=0.599891;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0254619;OID=.;OPOS=35464778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:10:8:22:15:10:8:22:15 chr10 35772402 . G A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0510621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.787;QD=15.1967;RBI=0.0535597;REFB=-0.033189;REVB=-0.0161646;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866726;STB=0.549931;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0324868;OID=.;OPOS=35772402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:5:13:9:5:5:13 chr10 36723415 . C A 365.06 PASS AF=0.469136;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00578618;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.953;QD=18.0277;RBI=0.041078;REFB=0.00190847;REVB=-0.0406684;RO=36;SAF=23;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612058;STB=0.566002;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00176037;OID=.;OPOS=36723415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:36:43:37:38:0.469136:14:23:20:16:14:24:22:21 chr10 36812362 . C T 437.59 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00965083;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.682;QD=15.4899;RBI=0.0105075;REFB=-0.0456078;REVB=0.00415568;RO=64;SAF=26;SAR=23;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938453;STB=0.552572;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0298496;OID=.;OPOS=36812362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:64:64:49:49:0.433628:23:26:28:36:23:26:28:36 chr10 37508450 . A C 575.7 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.199;QD=60.6;RBI=0.0742706;REFB=0;REVB=0.00212568;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503157;OID=.;OPOS=37508450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:16:22:0:0 chr10 37890955 . G A 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.584;QD=59.4286;RBI=0.00922425;REFB=0;REVB=-0.00352799;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66931e-06;OID=.;OPOS=37890955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr10 37891465 . G T 805.1 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.632;QD=56.498;RBI=0.0240762;REFB=0;REVB=-0.0169881;RO=1;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000780184;OID=.;OPOS=37891465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:1:0:56:57:1:21:35:0:1:22:35:0:0 chr10 37891576 . G A 1227.42 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3239;QD=61.3711;RBI=0.00633322;REFB=0;REVB=0.00165484;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12552e-05;OID=.;OPOS=37891576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr10 38407519 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0180355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.819;QD=15.8821;RBI=0.0247684;REFB=-0.00758593;REVB=-0.0169762;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253163;STB=0.646773;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.012254;OID=.;OPOS=38407519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:4:6:3:7:4:6:3:7 chr10 38645403 . T C 619.76 PASS AF=0.460432;AO=64;DP=139;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=53;FWDB=-0.00746967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.477;QD=17.8347;RBI=0.0231828;REFB=-0.0198228;REVB=-0.0219464;RO=75;SAF=23;SAR=41;SRF=22;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713772;STB=0.539544;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0303252;OID=.;OPOS=38645403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:75:75:64:64:0.460432:41:23:22:53:41:23:22:53 chr10 38672144 . A C 269.33 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0027085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4967;QD=18.9003;RBI=0.0192267;REFB=-0.0139674;REVB=0.019035;RO=28;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234686;STB=0.630168;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0114;OID=.;OPOS=38672144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:15:14:21:7:15:14:21:7 chr10 38740000 . T C 54.87 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0938788;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9121;QD=12.9109;RBI=0.101632;REFB=-0.043438;REVB=0.0389344;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354212;STB=0.6518;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.035982;OID=.;OPOS=38740000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:18:17:9:9:7:8:0.470588:5:2:6:3:5:3:6:3 chr10 38740029 . C T 68.01 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0113785;FXX=0.142755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.474;QD=22.6703;RBI=0.0355847;REFB=-0.0461898;REVB=0.0337165;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426988;STB=0.681335;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.011072;OID=.;OPOS=38740029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:14:12:6:4:8:8:0.666667:6:2:5:1:6:2:3:1 chr10 38740050 . C T 51.52 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0530414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3762;QD=18.7358;RBI=0.0563667;REFB=-0.0175545;REVB=-0.0190742;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45752;STB=0.77329;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0190371;OID=.;OPOS=38740050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:6:1:3:1:6:1:3:1 chr10 38740353 . T C 176.85 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=-0.0933903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9776;QD=8.52292;RBI=0.102053;REFB=-0.000850971;REVB=-0.0411472;RO=57;SAF=17;SAR=7;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578363;STB=0.525543;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.000865591;OID=.;OPOS=38740353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:57:59:24:24:0.289157:7:17:38:19:7:17:40:19 chr10 38740382 . T C 97.72 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=78;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.00439504;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.258;QD=5.07659;RBI=0.0109098;REFB=-0.0129249;REVB=-0.00998532;RO=61;SAF=9;SAR=7;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565387;STB=0.53573;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0352362;OID=.;OPOS=38740382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:78:77:61:61:16:16:0.207792:7:9:37:24:7:9:37:24 chr10 38740493 . G GC 35.86 PASS AF=0.123596;AO=14;DP=90;FAO=11;FDP=89;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=54;FWDB=-0.0513128;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=78.47;QD=1.61189;RBI=0.0523049;REFB=-0.00345936;REVB=-0.010139;RO=75;SAF=7;SAR=7;SRF=21;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285411;STB=0.55445;STBP=0.736;TYPE=ins;VARB=0.139685;OID=.;OPOS=38740494;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.123596:14:90:11:89:78:4:7:24:54:35:75:7:7:21:54 chr10 38740546 . G T 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0193143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.568;QD=13.1193;RBI=0.0225478;REFB=-0.0213008;REVB=-0.0116343;RO=38;SAF=6;SAR=19;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195045;STB=0.612806;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0334528;OID=.;OPOS=38740546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:19:6:15:23:19:6:15:23 chr10 42965636 . C T 260.52 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0151531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0587;QD=18.9467;RBI=0.0152088;REFB=-0.0183646;REVB=-0.00130023;RO=25;SAF=8;SAR=20;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11169;STB=0.568811;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0217345;OID=.;OPOS=42965636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:27:28:28:0.509091:20:8:10:15:20:8:11:16 chr10 43089965 . G A 1363.22 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.382;QD=61.9647;RBI=0.0248912;REFB=0;REVB=0.00652468;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96794e-05;OID=.;OPOS=43089965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:46:41:0:0:46:42:0:0 chr10 43281089 . T C 366.04 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0214341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.153;QD=21.5315;RBI=0.0222419;REFB=-0.0242887;REVB=0.0059401;RO=30;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109082;STB=0.567531;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0144411;OID=.;OPOS=43281089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:31:37:37:0.544118:21:16:17:13:21:16:18:13 chr10 43292647 . A G 40.66 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.000616707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.404;QD=16.2633;RBI=0.0331428;REFB=-0.0317883;REVB=0.0331371;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279564;STB=0.66611;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.027075;OID=.;OPOS=43292647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:3:1:4:2:3:1 chr10 43312807 . C T 536.93 PASS AF=0.534653;AO=48;DP=99;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0142173;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.167;QD=21.2644;RBI=0.0142936;REFB=-0.013712;REVB=0.00147559;RO=35;SAF=15;SAR=33;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145415;STB=0.577263;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0119966;OID=.;OPOS=43312807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:35:47:48:54:0.534653:33:15:17:18:35:19:24:23 chr10 43595968 . A G 274.24 PASS AF=0.376471;AO=31;DP=84;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.000634126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6573;QD=12.9052;RBI=0.0115982;REFB=-0.0136679;REVB=-0.0115809;RO=53;SAF=12;SAR=19;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176601;STB=0.588007;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0221535;OID=.;OPOS=43595968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:53:53:31:32:0.376471:19:12:29:24:19:13:29:24 chr10 43606687 . A G 3656.19 PASS AF=1;AO=227;DP=231;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00989661;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.109;QD=62.7672;RBI=0.0100219;REFB=0;REVB=-0.00157955;RO=0;SAF=110;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29332e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026275;OID=.;OPOS=43606687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:233:0:0:227:233:1:117:110:0:0:119:114:0:0 chr10 43613843 . G T 635.29 PASS AF=0.457746;AO=64;DP=141;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.0370484;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.049;QD=17.8955;RBI=0.0410755;REFB=-0.0425392;REVB=0.0177372;RO=77;SAF=19;SAR=45;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157222;STB=0.590429;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0495131;OID=.;OPOS=43613843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:77:77:64:65:0.457746:45:19:34:43:46:19:34:43 chr10 43690131 . GCAGA G 121.37 PASS AF=0.288136;AO=16;DP=61;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00888955;FXX=0.063482;HRUN=1;LEN=4;MLLD=300.374;QD=8.22819;RBI=0.0169634;REFB=-0.00962331;REVB=-0.0144475;RO=39;SAF=6;SAR=10;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249776;STB=0.669745;STBP=0.095;TYPE=del;VARB=0.018698;OID=.;OPOS=43690132;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288136:16:61:17:59:42:6:11:25:17:99:39:6:10:23:16 chr10 43690189 . G A 1083.94 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02031;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.76;QD=60.2186;RBI=0.0215288;REFB=0;REVB=0.00714109;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94641e-05;OID=.;OPOS=43690189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr10 43691691 . C T 210.7 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0794111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2489;QD=19.1549;RBI=0.0794113;REFB=-0.0207304;REVB=0.000158901;RO=23;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220059;STB=0.624878;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.01816;OID=.;OPOS=43691691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:7:14:10:13:7:14:10:13 chr10 43696279 . A G 503.19 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.044183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9617;QD=18.8107;RBI=0.0508298;REFB=-0.0179319;REVB=-0.0251304;RO=54;SAF=21;SAR=32;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163013;STB=0.590246;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0107146;OID=.;OPOS=43696279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:54:53:53:0.495327:32:21:31:23:32:21:31:23 chr10 43701407 . AG A 77.75 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.192876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.4556;QD=9.71932;RBI=0.193612;REFB=-0.084539;REVB=0.0168706;RO=16;SAF=11;SAR=3;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.487603;SSSB=0.495573;STB=0.778835;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.102872;OID=.;OPOS=43701408;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:14:32:15:32:17:12:3:5:12:75:16:11:3:4:12 chr10 43701471 . C T 66.98 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0754598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9072;QD=13.396;RBI=0.0756085;REFB=-0.0249812;REVB=0.00473907;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769224;STB=0.545355;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0558557;OID=.;OPOS=43701471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:7:4:4:5:7:4 chr10 43701478 . G A 61.74 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0359515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.4372;QD=13.7195;RBI=0.0365917;REFB=-0.0734831;REVB=-0.0068144;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571344;STB=0.556839;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0779171;OID=.;OPOS=43701478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:18:18:8:9:9:9:0.5:4:5:5:3:4:5:6:3 chr10 43837352 . A G 535.42 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00789528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.875;QD=56.3599;RBI=0.0173859;REFB=0.0128044;REVB=0.0154899;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301788;STB=0.51612;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000187327;OID=.;OPOS=43837352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:36:37:0.973684:15:21:0:1:15:22:0:1 chr10 43881703 . T C 395.95 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0240888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.836;QD=20.3049;RBI=0.0242913;REFB=-0.0258875;REVB=-0.00312985;RO=37;SAF=21;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998483;STB=0.512189;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0212097;OID=.;OPOS=43881703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:38:40:40:0.512821:19:21:19:18:19:21:19:19 chr10 43978087 . A G 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0260492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1216;QD=50.1333;RBI=0.0295282;REFB=-0.0129062;REVB=-0.0139051;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00428008;OID=.;OPOS=43978087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:13:11:0:1:13:11:0:1 chr10 44052903 . A C 919.4 PASS AF=0.984615;AO=55;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.106;QD=56.5781;RBI=0.0386058;REFB=0;REVB=0.0156502;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892702;OID=.;OPOS=44052903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:65:0:0:55:64:0.984615:37:18:0:0:37:27:0:0 chr10 44053013 . G C 850.99 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.871;QD=57.6944;RBI=0.0358141;REFB=0;REVB=0.00942132;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.76738e-05;OID=.;OPOS=44053013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr10 44053585 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.798;QD=59.0187;RBI=0.0437372;REFB=0;REVB=-0.0389939;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.57025e-05;OID=.;OPOS=44053585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr10 44788758 . G A 927.22 PASS AF=0.567568;AO=84;DP=148;FAO=84;FDP=148;FR=.;FRO=64;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.000598269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.768;QD=25.0601;RBI=0.00332343;REFB=-0.00534463;REVB=0.00326914;RO=64;SAF=45;SAR=39;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408174;STB=0.522238;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0037871;OID=.;OPOS=44788758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:64:64:84:84:0.567568:39:45:31:33:39:45:31:33 chr10 44788826 . C T 505.94 PASS AF=0.401408;AO=54;DP=139;FAO=57;FDP=142;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.0541458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9509;QD=14.2519;RBI=0.0712942;REFB=-0.0190959;REVB=0.0463798;RO=85;SAF=28;SAR=26;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373108;STB=0.526463;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0306906;OID=.;OPOS=44788826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:142:85:85:54:57:0.401408:26:28:47:38:28:29:47:38 chr10 44793355 . G A 192.99 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0141852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8912;QD=13.7847;RBI=0.0149819;REFB=0.00155416;REVB=-0.00482051;RO=33;SAF=3;SAR=20;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356502;STB=0.709002;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00382852;OID=.;OPOS=44793355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:20:3:12:21:20:3:12:21 chr10 45430462 . C T 292.72 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0204226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.699;QD=18.8848;RBI=0.0204247;REFB=-0.0249956;REVB=-0.000294062;RO=30;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044706;STB=0.532238;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0175605;OID=.;OPOS=45430462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:31:32:0.516129:16:15:13:17:16:16:13:17 chr10 45473317 . C T 429.32 PASS AF=0.494253;AO=42;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0368143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.873;QD=19.7388;RBI=0.0380834;REFB=-0.0331728;REVB=0.00974953;RO=43;SAF=16;SAR=26;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142766;STB=0.578217;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0391293;OID=.;OPOS=45473317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:44:42:43:0.494253:26:16:23:20:27:16:23:21 chr10 45496120 . A T 402.65 PASS AF=0.4375;AO=41;DP=95;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=0.00222249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.0469;QD=16.7772;RBI=0.0317091;REFB=-0.00656487;REVB=0.0316311;RO=44;SAF=19;SAR=22;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137701;STB=0.591733;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00780495;OID=.;OPOS=45496120;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:44:54:41:42:0.4375:22:19:14:30:22:20:17:37 chr10 45499799 . T C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00370889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.557;QD=10.6346;RBI=0.00952272;REFB=-0.0182926;REVB=-0.00877077;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266423;STB=0.516089;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0301952;OID=.;OPOS=45499799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:2:6:10:3:2:6:10:3 chr10 45499886 . TC T 51.44 PASS AF=0.444444;AO=6;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0252488;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.896;QD=11.4311;RBI=0.0271609;REFB=0.00398936;REVB=0.0100106;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100718;STB=0.514669;STBP=0.925;TYPE=del;VARB=-0.00515189;OID=.;OPOS=45499887;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:6:18:8:18:10:5:3:6:4:51:10:3:3:6:4 chr10 45499895 . GAA GAAAAAATT,GA 51.9 PASS AF=0.4375,0.0625;AO=3,2;DP=16;FAO=7,1;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3,1;FSAR=4,0;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0318818,0.306957;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=6,1;MLLD=300.409,11.1478;QD=12.9762;RBI=0.03387,0.327906;REFB=0.0150352,0.0168527;REVB=-0.0114336,-0.115323;RO=6;SAF=1,1;SAR=2,1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0.585366;SSSB=-0.167835,0;STB=0.538351,0.989059;STBP=0.737,0.496;TYPE=ins,del;VARB=-0.0170273,0.0621618;OID=.,.;OPOS=45499898,45499896;OREF=-,A;OALT=AAAATT,-;OMAPALT=GAAAAAATT,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375,0.0625:3,2:16:7,1:16:8:3,1:4,0:4:4:48:6:1,1:2,1:3:3 chr10 45869748 . C T 526.75 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0181288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4355;QD=21.9478;RBI=0.0723735;REFB=-0.0204309;REVB=0.0700661;RO=43;SAF=26;SAR=24;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111104;STB=0.563733;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0243814;OID=.;OPOS=45869748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:46:50:50:0.520833:24:26:28:15:24:26:30:16 chr10 45953767 . A G 1903.96 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236583;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.704;QD=61.9173;RBI=0.0343371;REFB=0;REVB=0.0248861;RO=0;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80398e-05;OID=.;OPOS=45953767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:57:66:0:0:57:66:0:0 chr10 45958856 . G C 445.47 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0514387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.371;QD=52.4084;RBI=0.0521748;REFB=-0.0807854;REVB=0.00873348;RO=2;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00343954;STB=0.501844;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00269002;OID=.;OPOS=45958856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:17:15:1:1:17:15:1:1 chr10 45958881 . A C 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2183;QD=57.1989;RBI=0.040179;REFB=0;REVB=-0.019272;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118439;OID=.;OPOS=45958881;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr10 46143958 . T G 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.040067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5997;QD=12.4133;RBI=0.0408481;REFB=-0.02332;REVB=-0.00795004;RO=37;SAF=6;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342599;STB=0.698451;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.028588;OID=.;OPOS=46143958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:17:6:21:16:17:6:21:16 chr10 46342667 . CGCTCCTGCCATCCTGTCCCCA C 50.0 PASS AO=31;DP=153;LEN=21;RO=122;SAF=10;SAR=14;SRF=43;SRR=86;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=46342668;OREF=GCTCCTGCCATCCTGTCCCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:153:122:31:14:10:43:86 chr10 46965018 . C G 421.11 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.00382912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.658;QD=14.7757;RBI=0.01006;REFB=-0.00713002;REVB=-0.00930279;RO=66;SAF=18;SAR=30;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236922;STB=0.633133;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0133761;OID=.;OPOS=46965018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:66:48:48:0.421053:30:18:40:26:30:18:40:26 chr10 46965727 . G A 127.17 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0166124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.172;QD=11.561;RBI=0.018859;REFB=-0.0166404;REVB=0.00892691;RO=29;SAF=5;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31539;STB=0.686323;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0590881;OID=.;OPOS=46965727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:10:5:18:11:10:5:18:11 chr10 46967672 . C T 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0034266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.661;QD=9.47554;RBI=0.0111447;REFB=0.00206804;REVB=0.0106048;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297831;STB=0.677109;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00363014;OID=.;OPOS=46967672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:16:5:5:5:16:5 chr10 46970792 . G C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0361496;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.607;QD=10.1733;RBI=0.0363168;REFB=-0.0142209;REVB=0.00348083;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162993;STB=0.59968;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0231853;OID=.;OPOS=46970792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:3:6:3:3:3:6 chr10 46998894 . G A 143.75 PASS AF=0.352941;AO=17;DP=56;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00997979;FXX=0.0892698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5685;QD=11.2742;RBI=0.0896181;REFB=-0.020696;REVB=0.0890607;RO=30;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166616;STB=0.606754;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.135676;OID=.;OPOS=46998894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:51:30:33:17:18:0.352941:5:12:17:13:5:13:19:14 chr10 46998995 . C G 354.85 PASS AF=0.560606;AO=32;DP=61;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.000429735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.685;QD=21.5063;RBI=0.0333514;REFB=-0.0601554;REVB=0.0333486;RO=29;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709013;STB=0.528626;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0432765;OID=.;OPOS=46998995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:66:29:29:32:37:0.560606:17:15:16:13:19:18:16:13 chr10 46998999 . G A 255.61 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0515954;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1308;QD=15.4917;RBI=0.0530299;REFB=-0.0137983;REVB=0.0122508;RO=36;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121301;STB=0.576869;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0334229;OID=.;OPOS=46998999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:36:37:29:29:0.439394:11:18:18:18:11:18:18:19 chr10 46999019 . G A 225.18 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00124317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.801;QD=15.2663;RBI=0.0291697;REFB=-0.0308862;REVB=0.0291432;RO=33;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143136;STB=0.581331;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.033861;OID=.;OPOS=46999019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:9:17:17:16:9:17:17:16 chr10 46999030 . C T 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00123434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.315;QD=19.5191;RBI=0.0365979;REFB=-0.0492034;REVB=0.0365771;RO=26;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223598;STB=0.624584;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0373133;OID=.;OPOS=46999030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:17:11:17:9:17:11:17:9 chr10 46999151 . T C 238.16 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0128783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.599;QD=20.2685;RBI=0.0504005;REFB=-0.0155877;REVB=0.0487274;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216262;STB=0.512185;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0189845;OID=.;OPOS=46999151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:10:13:13:11:10:13:13:11 chr10 46999178 . A C 233.62 PASS AF=0.489362;AO=20;DP=44;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0115235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.576;QD=19.8828;RBI=0.0251242;REFB=-0.0208314;REVB=0.0223256;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165484;STB=0.509426;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0179248;OID=.;OPOS=46999178;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:24:24:20:23:0.489362:8:12:14:10:10:13:14:10 chr10 46999189 . CA CG,TG 676.48 PASS AF=0.533333,0.466667;AO=24,21;DP=45;FAO=24,21;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14,11;FSAR=10,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099953,0.0297642;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=100.295,163.787;QD=60.1319;RBI=0.0147451,0.0312143;REFB=0,0;REVB=0.0108403,0.00940328;RO=0;SAF=14,11;SAR=10,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.51176e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00302909,0.0144532;OID=.,.;OPOS=46999190,46999189;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:45:45:0:0:24,21:24,21:0.533333,0.466667:10,10:14,11:0:0:10,10:14,11:0:0 chr10 46999198 . G T 223.28 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00917195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.592;QD=19.0023;RBI=0.0135301;REFB=-0.0260713;REVB=0.00994687;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114428;STB=0.529385;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0310738;OID=.;OPOS=46999198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:25:21:22:0.468085:9:12:14:10:10:12:15:10 chr10 46999465 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.000476382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.443;QD=13.5054;RBI=0.0129074;REFB=-0.000661645;REVB=-0.0128986;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144712;STB=0.585219;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000807465;OID=.;OPOS=46999465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:8:9:8:4:8:9 chr10 46999484 . G T 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0434087;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=320.938;QD=20.2097;RBI=0.0435378;REFB=-0.0148477;REVB=0.00335022;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123573;STB=0.507031;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0119378;OID=.;OPOS=46999484;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:6:4:5:8:6:4 chr10 46999577 . G T 88.55 PASS AF=0.44;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.0535057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.313;QD=14.1672;RBI=0.125949;REFB=-0.0111157;REVB=0.114019;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519599;STB=0.791296;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0138742;OID=.;OPOS=46999577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:14:14:10:11:0.44:5:5:14:0:6:5:14:0 chr10 46999596 . G A 146.85 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=0;FWDB=0.0351142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2601;QD=16.7823;RBI=0.161642;REFB=0.00522287;REVB=0.157781;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490948;STB=0.771189;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00127688;OID=.;OPOS=46999596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:19:15:16:0.457143:7:8:19:0:8:8:19:0 chr10 46999604 . A G 510.8 PASS AF=0.923077;AO=32;DP=36;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000879677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.827;QD=52.3892;RBI=0.0741826;REFB=-0.0105835;REVB=0.0741773;RO=2;SAF=27;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333473;STB=0.52541;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00175147;OID=.;OPOS=46999604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:39:2:3:32:36:0.923077:5:27:2:0:8:28:3:0 chr10 46999732 . G A 481.58 PASS AF=0.434426;AO=53;DP=124;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00298899;FXX=0.0161277;HRUN=6;LEN=1;MLLD=167.339;QD=15.7896;RBI=0.00383464;REFB=-0.00941502;REVB=-0.00240217;RO=66;SAF=28;SAR=25;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281327;STB=0.520116;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0116182;OID=.;OPOS=46999732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:66:69:53:53:0.434426:25:28:33:33:25:28:34:35 chr10 46999747 . T C 592.58 PASS AF=0.453901;AO=61;DP=140;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0250363;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4979;QD=16.8107;RBI=0.0304534;REFB=-0.024817;REVB=-0.0173376;RO=76;SAF=26;SAR=35;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478458;STB=0.53423;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0168759;OID=.;OPOS=46999747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:76:77:61:64:0.453901:35:26:36:40:38:26:36:41 chr10 46999922 . G T 220.89 PASS AF=0.740741;AO=18;DP=25;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0342871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.412;QD=32.7239;RBI=0.054873;REFB=-0.0466032;REVB=0.0428421;RO=7;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12882;STB=0.545409;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0212211;OID=.;OPOS=46999922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:27:7:7:18:20:0.740741:12:6:4:3:12:8:4:3 chr10 47000004 . T C 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5906;QD=62.0158;RBI=0.0366083;REFB=0;REVB=-0.0300737;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101278;OID=.;OPOS=47000004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr10 47000071 . G A 195.6 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0123209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.102;QD=17.7817;RBI=0.0128461;REFB=-0.00811682;REVB=-0.00363569;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260366;STB=0.514836;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0323295;OID=.;OPOS=47000071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:7:13:15:9:7:13:15:9 chr10 47000079 . T C 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.000226157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.301;QD=23.4331;RBI=0.017396;REFB=-0.0287564;REVB=-0.0173945;RO=19;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00557402;STB=0.512185;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.024705;OID=.;OPOS=47000079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:20:24:24:0.545455:9:15:12:7:9:15:13:7 chr10 47000146 . C T 225.45 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.044978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.568;QD=27.3274;RBI=0.0450865;REFB=-0.0416259;REVB=-0.0031264;RO=12;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392297;STB=0.521719;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.018456;OID=.;OPOS=47000146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:33:33:12:12:21:21:0.636364:11:10:5:7:11:10:5:7 chr10 47000188 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00414483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.897;QD=53.9104;RBI=0.0610841;REFB=0;REVB=-0.0609433;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000678646;OID=.;OPOS=47000188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr10 47000239 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0169342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.006;QD=22.1438;RBI=0.025981;REFB=-0.0404448;REVB=-0.0197039;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228486;STB=0.627764;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0306844;OID=.;OPOS=47000239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:3:10:8:9:3:10 chr10 47000321 . G A 314.12 PASS AF=0.492537;AO=31;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00116891;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.777;QD=18.7532;RBI=0.0706525;REFB=-0.00602795;REVB=0.0706428;RO=34;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999007;STB=0.552814;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00812053;OID=.;OPOS=47000321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:31:33:0.492537:14:17:15:19:15:18:15:19 chr10 47000366 . C G 297.14 PASS AF=0.355769;AO=37;DP=104;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.010331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1255;QD=11.4283;RBI=0.0488456;REFB=0.00741062;REVB=0.0477406;RO=67;SAF=18;SAR=19;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736192;STB=0.542271;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0096664;OID=.;OPOS=47000366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:67:67:37:37:0.355769:19:18:37:30:19:18:37:30 chr10 47000374 . T C 333.88 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0361787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.469;QD=12.0317;RBI=0.0364445;REFB=-0.00883801;REVB=0.0043937;RO=70;SAF=20;SAR=21;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922008;STB=0.552606;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0139356;OID=.;OPOS=47000374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:70:70:41:41:0.369369:21:20:40:30:21:20:40:30 chr10 47000381 . T C 1701.13 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0136001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.626;QD=58.6598;RBI=0.0161086;REFB=0.0385088;REVB=0.00863267;RO=2;SAF=62;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179105;STB=0.509432;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.000684851;OID=.;OPOS=47000381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:114:114:0.982759:52:62:0:2:52:62:0:2 chr10 47000426 . T C 2017.94 PASS AF=1;AO=121;DP=124;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198977;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1184;QD=62.0904;RBI=0.0371747;REFB=0;REVB=0.0314012;RO=0;SAF=59;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61175e-05;OID=.;OPOS=47000426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:130:0:0:121:130:1:62:59:0:0:67:63:0:0 chr10 47000487 . G A 482.24 PASS AF=0.406015;AO=54;DP=133;FAO=54;FDP=133;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.00820546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.384;QD=14.5033;RBI=0.00822845;REFB=-0.0107259;REVB=0.000614669;RO=79;SAF=14;SAR=40;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271928;STB=0.65426;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0147384;OID=.;OPOS=47000487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:79:79:54:54:0.406015:40:14:39:40:40:14:39:40 chr10 47000547 . G T 302.12 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.000219119;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.981;QD=13.8906;RBI=0.0039988;REFB=0.00185315;REVB=-0.0039928;RO=54;SAF=10;SAR=24;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136493;STB=0.570509;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00304348;OID=.;OPOS=47000547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:54:53:34:34:0.390805:24:10:22:32:24:10:21:32 chr10 47000728 . T C 521.4 PASS AF=0.474576;AO=49;DP=111;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0102346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.915;QD=17.6746;RBI=0.0232121;REFB=-0.0273332;REVB=0.020834;RO=59;SAF=29;SAR=20;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186412;STB=0.504069;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0288201;OID=.;OPOS=47000728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:118:59:62:49:56:0.474576:20:29:36:23:23:33:37:25 chr10 47000863 . A G 1554.75 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.601;QD=59.7982;RBI=0.020118;REFB=0;REVB=-0.00299816;RO=0;SAF=39;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50658e-05;OID=.;OPOS=47000863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:101:104:1:62:39:0:0:63:41:0:0 chr10 47000873 . T A,G 1474.0 PASS AF=0.485437,0.514563;AO=50,50;DP=101;FAO=50,53;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=20,19;FSAR=30,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268567,-0.00807545;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=42.6648,161.886;QD=57.2426;RBI=0.00475701,0.022718;REFB=0,0;REVB=0.00392637,-0.0212343;RO=0;SAF=20,17;SAR=30,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.56458e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00848339,0.0142453;OID=.,.;OPOS=47000873,47000873;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:101:103:0:0:50,50:50,53:0.485437,0.514563:30,33:20,17:0:0:30,34:20,19:0:0 chr10 47000898 . C T 445.05 PASS AF=0.478723;AO=44;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0197346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.007;QD=18.9384;RBI=0.03686;REFB=-0.0218658;REVB=-0.031132;RO=48;SAF=18;SAR=26;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128863;STB=0.51851;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.022382;OID=.;OPOS=47000898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:49:44:45:0.478723:26:18:19:29:26:19:19:30 chr10 47001032 . G A 241.15 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00652802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3884;QD=26.0701;RBI=0.0293259;REFB=-0.0449734;REVB=0.0285901;RO=15;SAF=17;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310618;STB=0.632855;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0282582;OID=.;OPOS=47001032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:14:22:23:0.621622:5:17:6:9:6:17:6:8 chr10 47001098 . C T 349.28 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0329064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.869;QD=25.402;RBI=0.0362546;REFB=-0.0579722;REVB=-0.0152172;RO=20;SAF=21;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477749;STB=0.537241;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.029077;OID=.;OPOS=47001098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:20:21:34:34:0.618182:13:21:11:9:13:21:11:10 chr10 47001371 . CT GG,GT 1259.63 PASS AF=0.0361446,0.963855;AO=4,78;DP=82;FAO=3,80;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=3,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339016,0.00232074;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=129.863,161.939;QD=60.705;RBI=0.0256676,0.0109462;REFB=0,0;REVB=-0.0254427,-0.0106973;RO=0;SAF=0,37;SAR=4,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.4281e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00944987,0.0011875;OID=.,.;OPOS=47001371,47001371;OREF=CT,C;OALT=GG,G;OMAPALT=GG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:82:83:0:0:4,78:3,80:0.0361446,0.963855:4,41:0,37:0:0:3,43:0,37:0:0 chr10 47001409 . G A 479.82 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0134695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.277;QD=18.2789;RBI=0.0397465;REFB=-0.0138981;REVB=0.0373946;RO=54;SAF=27;SAR=24;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00709718;STB=0.503935;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0109313;OID=.;OPOS=47001409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:54:51:51:0.485714:24:27:29:25:24:27:29:25 chr10 47001485 . A T 645.34 PASS AF=0.458904;AO=67;DP=146;FAO=67;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.00567792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0238;QD=17.6806;RBI=0.0109022;REFB=-0.00602766;REVB=-0.00930696;RO=78;SAF=32;SAR=35;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712781;STB=0.542844;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0232116;OID=.;OPOS=47001485;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:78:79:67:67:0.458904:35:32:43:35:35:32:44:35 chr10 47001504 . G T 638.93 PASS AF=0.452055;AO=64;DP=144;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.0246156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.813;QD=17.5048;RBI=0.0264954;REFB=-0.00763755;REVB=0.00980201;RO=80;SAF=28;SAR=36;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502406;STB=0.518142;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00723652;OID=.;OPOS=47001504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:80:80:64:66:0.452055:36:28:39:41:36:30:39:41 chr10 47001543 . C T 709.5 PASS AF=0.47651;AO=69;DP=148;FAO=71;FDP=149;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.0231801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.258;QD=19.0471;RBI=0.0231909;REFB=-0.0176955;REVB=-0.000706857;RO=78;SAF=33;SAR=36;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778885;STB=0.542851;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0119321;OID=.;OPOS=47001543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:78:78:69:71:0.47651:36:33:31:47:37:34:31:47 chr10 47001786 . A C 289.11 PASS AF=0.5;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00628928;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.378;QD=18.652;RBI=0.00722262;REFB=-0.0133841;REVB=-0.00355122;RO=32;SAF=20;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165237;STB=0.599506;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0167825;OID=.;OPOS=47001786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:32:31:31:31:0.5:11:20:15:17:11:20:14:17 chr10 47001946 . T C 329.41 PASS AF=0.6;AO=30;DP=52;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0260771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.238;QD=23.9573;RBI=0.0301535;REFB=-0.0112446;REVB=0.01514;RO=22;SAF=18;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214262;STB=0.627829;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00934669;OID=.;OPOS=47001946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:22:22:30:33:0.6:12:18:7:15:12:21:7:15 chr10 47001953 . G GT,T 235.95 PASS AF=0.581818,0.0363636;AO=7,2;DP=55;FAO=32,2;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=19,2;FSAR=13,0;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0412994,0.0167081;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=80.5828,76.5675;QD=17.1603;RBI=0.0437261,0.0246649;REFB=-0.0230283,-0.0208413;REVB=-0.0143642,-0.0181438;RO=45;SAF=7,2;SAR=0,0;SRF=20;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.680681,0.421504;STB=0.584562,0.995678;STBP=0.148,0.097;TYPE=ins,snp;VARB=0.077117,-0.0195534;OID=.,.;OPOS=47001954,47001953;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:45:21:7,2:32,2:0.581818,0.0363636:0,0:7,2:20:25:13,0:19,2:8:13 chr10 47001954 . C T 208.14 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00580849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.176;QD=15.1371;RBI=0.0302025;REFB=-0.0245791;REVB=-0.0296387;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652725;STB=0.52725;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0455804;OID=.;OPOS=47001954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:31:24:24:0.436364:12:12:17:13:12:12:17:14 chr10 47001984 . G A 825.76 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0204512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.599;QD=54.1485;RBI=0.0262799;REFB=-0.131696;REVB=0.0165039;RO=0;SAF=41;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49224e-08;STB=0.507489;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.000878667;OID=.;OPOS=47001984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:61:0:2:59:59:0.967213:18:41:0:0:18:41:1:1 chr10 47002079 . T C 508.82 PASS AF=0.5;AO=48;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.00405796;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2477;QD=20.7679;RBI=0.0453079;REFB=-0.0157119;REVB=0.0451258;RO=48;SAF=33;SAR=15;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084238;STB=0.557353;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.014488;OID=.;OPOS=47002079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:49:48:49:0.5:15:33:29:19:15:34:29:20 chr10 47002118 . T A 531.21 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.00206344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.199;QD=19.6742;RBI=0.0305901;REFB=-0.0156542;REVB=0.0305204;RO=52;SAF=31;SAR=24;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135474;STB=0.568221;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0201796;OID=.;OPOS=47002118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:53:55:55:0.509259:24:31:37:15:24:31:37:16 chr10 47002127 . T C 1577.27 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182029;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.303;QD=58.9635;RBI=0.0212368;REFB=0;REVB=0.0109387;RO=1;SAF=63;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747338;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107065;OID=.;OPOS=47002127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:1:0:104:107:1:41:63:1:0:41:66:0:0 chr10 47002135 . A G 467.42 PASS AF=0.459459;AO=50;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0202772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.573;QD=16.8439;RBI=0.0721218;REFB=-0.0158213;REVB=-0.0692126;RO=60;SAF=33;SAR=17;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978167;STB=0.558418;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0167998;OID=.;OPOS=47002135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:50:51:0.459459:17:33:34:26:17:34:34:26 chr10 47002501 . T A 238.74 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00949389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.41;QD=14.0436;RBI=0.00949473;REFB=-0.0262148;REVB=-0.000126379;RO=40;SAF=19;SAR=9;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333127;STB=0.518989;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0334332;OID=.;OPOS=47002501;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:9:19:26:14:9:19:26:14 chr10 47002542 . C A 1316.17 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0280424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.419;QD=60.5134;RBI=0.0292051;REFB=-0.127428;REVB=-0.0081587;RO=1;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137272;STB=0.506848;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00041878;OID=.;OPOS=47002542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:87:1:1:84:86:0.988506:34:50:0:1:36:50:0:1 chr10 47002606 . G A 295.7 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0222447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7562;QD=12.9977;RBI=0.0522353;REFB=-0.008892;REVB=-0.047262;RO=57;SAF=19;SAR=15;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550701;STB=0.531536;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0122716;OID=.;OPOS=47002606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:15:19:29:28:15:19:29:28 chr10 47002617 . T C 331.61 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0218381;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1981;QD=13.5349;RBI=0.0314824;REFB=0.00363791;REVB=-0.0226769;RO=61;SAF=19;SAR=18;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415073;STB=0.523692;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.0084607;OID=.;OPOS=47002617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:61:61:37:37:0.377551:18:19:29:32:18:19:29:32 chr10 47002724 . G A 315.08 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0421283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7426;QD=20.0053;RBI=0.0491699;REFB=-0.0558496;REVB=0.0253551;RO=28;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467495;STB=0.508665;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0421146;OID=.;OPOS=47002724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:30:33:33:0.52381:17:16:12:16:17:16:14:16 chr10 47002757 . A G 802.7 PASS AF=0.983051;AO=52;DP=54;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0500912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1609;QD=54.4202;RBI=0.0545071;REFB=0.0769897;REVB=0.0214917;RO=1;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144938;STB=0.50769;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00256432;OID=.;OPOS=47002757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:59:1:1:52:58:0.983051:32:20:0:1:32:26:0:1 chr10 47002792 . T C 218.16 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0267455;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.416;QD=15.5828;RBI=0.0356882;REFB=-0.00549996;REVB=0.023629;RO=31;SAF=7;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206611;STB=0.624501;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0149115;OID=.;OPOS=47002792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:31:24:25:0.446429:17:7:15:16:18:7:15:16 chr10 47002916 . CTTT CCTT,CTTC,CTT 676.22 PASS AF=0.723404,0.0425532,0.234043;AO=26,7,9;DP=47;FAO=34,2,11;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0,5;FSAR=21,2,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221968,-0.123475,-0.208396;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=28.5667,25.7292,22.0971;QD=57.551;RBI=0.0469055,0.1282,0.219761;REFB=0,0,0;REVB=-0.041321,-0.0344828,-0.0697564;RO=0;SAF=7,0,8;SAR=19,7,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.63811e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.0269273,0.0995858,-0.0654447;OID=.,.,.;OPOS=47002917,47002919,47002917;OREF=T,T,T;OALT=C,C,-;OMAPALT=CCTT,CTTC,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.723404,0.0425532,0.234043:26,7,9:47:34,2,11:47:0:13,0,5:21,2,6:0:0:38:0:7,0,8:19,7,1:0:0 chr10 47002937 . A G 260.46 PASS AF=0.5;AO=28;DP=58;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0360913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9461;QD=17.3638;RBI=0.0653376;REFB=-0.0289901;REVB=-0.0544648;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744682;STB=0.51723;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0284171;OID=.;OPOS=47002937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:30:30:28:30:0.5:18:10:13:17:18:12:13:17 chr10 47002942 . C G 290.16 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0615039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1431;QD=19.0271;RBI=0.0690475;REFB=0.0434668;REVB=-0.0313819;RO=29;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085487;STB=0.540455;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.0425508;OID=.;OPOS=47002942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:30:31:31:0.508197:19:12:14:15:19:12:14:16 chr10 47003115 . C T 540.3 PASS AF=0.530612;AO=39;DP=93;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0526694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7324;QD=22.053;RBI=0.059544;REFB=-0.0147931;REVB=-0.0277745;RO=34;SAF=14;SAR=25;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733913;STB=0.522379;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0132022;OID=.;OPOS=47003115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:98:34:46:39:52:0.530612:25:14:15:19:35:17:17:29 chr10 47003177 . A G 254.4 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0123944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.126;QD=13.0462;RBI=0.0212386;REFB=-0.00786508;REVB=0.017247;RO=48;SAF=6;SAR=24;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308748;STB=0.679113;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00738493;OID=.;OPOS=47003177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:24:6:21:27:24:6:21:27 chr10 47003215 . T C 185.22 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00351767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.008;QD=10.29;RBI=0.00373101;REFB=-0.0109572;REVB=-0.00124356;RO=47;SAF=6;SAR=18;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227345;STB=0.628917;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0209956;OID=.;OPOS=47003215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:48:24:24:0.333333:18:6:20:27:18:6:20:28 chr10 47003229 . C G 151.9 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00972522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.822;QD=8.67986;RBI=0.00976742;REFB=-0.00395192;REVB=0.000907004;RO=48;SAF=7;SAR=14;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129604;STB=0.571359;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0284827;OID=.;OPOS=47003229;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:49:21:21:0.3:14:7:21:27:14:7:21:28 chr10 47003250 . C T 130.17 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0470353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.073;QD=8.82517;RBI=0.0470521;REFB=-0.0107876;REVB=-0.0012573;RO=41;SAF=5;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178092;STB=0.607093;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0230524;OID=.;OPOS=47003250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:13:5:17:24:13:5:17:24 chr10 47003615 . C T 251.7 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00141014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.404;QD=17.0646;RBI=0.0293569;REFB=-0.00942526;REVB=-0.029323;RO=31;SAF=21;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248432;STB=0.640669;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0101084;OID=.;OPOS=47003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:7:21:16:15:7:21:16:15 chr10 47003896 . C T 157.45 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00195931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.228;QD=11.2465;RBI=0.00837227;REFB=-0.00479843;REVB=-0.00813978;RO=36;SAF=5;SAR=15;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299651;STB=0.676283;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00786789;OID=.;OPOS=47003896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:15:5:18:18:15:5:18:18 chr10 47004036 . G C 195.04 PASS AF=0.409836;AO=23;DP=57;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.020831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.3593;QD=12.7893;RBI=0.0853623;REFB=-0.00984315;REVB=-0.0827816;RO=33;SAF=17;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193135;STB=0.57948;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00809922;OID=.;OPOS=47004036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:33:36:23:25:0.409836:6:17:19:14:8:17:20:16 chr10 47004068 . T C 153.68 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00223078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5783;QD=11.5984;RBI=0.0213684;REFB=-0.00399805;REVB=-0.0212517;RO=34;SAF=14;SAR=5;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186695;STB=0.609969;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00800348;OID=.;OPOS=47004068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:5:14:20:14:5:14:20:14 chr10 47004182 . G A 446.85 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271648;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.006;QD=57.6577;RBI=0.0276671;REFB=0;REVB=-0.00524855;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000391508;OID=.;OPOS=47004182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr10 47004217 . T C 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0139755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.575;QD=27.2214;RBI=0.0206116;REFB=-0.0103805;REVB=0.01515;RO=15;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637471;STB=0.547907;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00692608;OID=.;OPOS=47004217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:16:25:25:0.609756:14:11:8:7:14:11:9:7 chr10 47004289 . C T 261.9 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.062538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4144;QD=25.5516;RBI=0.0701013;REFB=-0.0131655;REVB=0.0316733;RO=17;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204271;STB=0.613402;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0130631;OID=.;OPOS=47004289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:9:15:6:11:9:15:6:11 chr10 47004355 . C CA 229.52 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0238668;FXX=0.0370302;HRUN=0;LEN=1;MLLD=197.206;QD=17.6555;RBI=0.0240497;REFB=-0.00669899;REVB=-0.00296026;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170654;STB=0.596255;STBP=0.212;TYPE=ins;VARB=0.00880913;OID=.;OPOS=47004356;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.480769:24:54:25:52:27:13:12:9:18:99:28:12:12:9:19 chr10 47004362 . C T 257.96 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0229692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.932;QD=18.4258;RBI=0.0248082;REFB=0.000586225;REVB=0.00937355;RO=28;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160055;STB=0.589224;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.000423075;OID=.;OPOS=47004362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:14:14:9:19:14:14:9:19 chr10 47004633 . CA TG 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0188211;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176.816;QD=14.0966;RBI=0.0201374;REFB=0.00569169;REVB=-0.00716092;RO=14;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228385;STB=0.636086;STBP=0.28;TYPE=mnp;VARB=-0.0148159;OID=.;OPOS=47004633;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:9:2:5:9:9:2:5:9 chr10 47004702 . A G 174.06 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.000436885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8192;QD=19.3404;RBI=0.0386053;REFB=-0.00653156;REVB=-0.0386029;RO=18;SAF=4;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185554;STB=0.606171;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00797256;OID=.;OPOS=47004702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:14:4:7:11:14:4:7:11 chr10 47004816 . GCA G 424.82 PASS AF=0.47;AO=38;DP=104;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00935854;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.653;QD=16.9929;RBI=0.0130659;REFB=-0.00629335;REVB=-0.00911791;RO=48;SAF=23;SAR=15;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226517;STB=0.509366;STBP=0.877;TYPE=del;VARB=0.0063967;OID=.;OPOS=47004817;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47:38:104:47:100:53:24:23:28:25:99:48:23:15:28:20 chr10 47004971 . A G 315.54 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.00167878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.749;QD=24.272;RBI=0.00367826;REFB=0.00898302;REVB=0.00327282;RO=21;SAF=13;SAR=18;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178793;STB=0.597839;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00840534;OID=.;OPOS=47004971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:18:13:4:17:18:13:4:17 chr10 47004994 . A G 255.66 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0405874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.281;QD=29.2187;RBI=0.0541456;REFB=0.0121448;REVB=-0.0358387;RO=12;SAF=10;SAR=13;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174742;STB=0.595776;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00472485;OID=.;OPOS=47004994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:13:10:2:10:13:10:2:10 chr10 47005224 . C T 62.79 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0236311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9044;QD=14.7733;RBI=0.0482776;REFB=-0.0321818;REVB=-0.0420987;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.507765;STB=0.709643;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0375595;OID=.;OPOS=47005224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:8:9:0.529412:1:7:3:5:2:7:3:5 chr10 47005267 . C T 106.87 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00595182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.437;QD=12.2133;RBI=0.00851257;REFB=-0.00548615;REVB=0.00608603;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858113;STB=0.562406;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00647326;OID=.;OPOS=47005267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:22:13:13:0.371429:6:7:13:8:6:7:14:8 chr10 47005466 . C T 659.12 PASS AF=0.465278;AO=67;DP=144;FAO=67;FDP=144;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=27;FWDB=0.00142463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.118;QD=18.3088;RBI=0.0190039;REFB=-0.00876587;REVB=-0.0189504;RO=75;SAF=34;SAR=33;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126862;STB=0.576038;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0122737;OID=.;OPOS=47005466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:75:77:67:67:0.465278:33:34:48:27:33:34:50:27 chr10 47005504 . T C 759.24 PASS AF=0.481707;AO=79;DP=160;FAO=79;FDP=164;FR=.;FRO=85;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0129434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.27;QD=18.5181;RBI=0.0145955;REFB=-0.0290218;REVB=0.00674501;RO=81;SAF=54;SAR=25;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196711;STB=0.604716;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0165663;OID=.;OPOS=47005504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:164:81:85:79:79:0.481707:25:54:39:42:25:54:42:43 chr10 47005575 . C T 897.19 PASS AF=0.565789;AO=84;DP=151;FAO=86;FDP=152;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0118877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.602;QD=23.6102;RBI=0.0130873;REFB=-0.00200165;REVB=0.00547346;RO=66;SAF=30;SAR=54;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204443;STB=0.608609;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00176694;OID=.;OPOS=47005575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:66:66:84:86:0.565789:54:30:40:26:55:31:40:26 chr10 47005611 . CAGA C 379.76 PASS AF=0.412844;AO=42;DP=107;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=0.0106722;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=3;MLLD=270.97;QD=13.936;RBI=0.0186099;REFB=-0.0105788;REVB=-0.0152457;RO=60;SAF=20;SAR=22;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150947;STB=0.606938;STBP=0.075;TYPE=del;VARB=0.0135698;OID=.;OPOS=47005612;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412844:42:107:45:109:64:23:22:21:43:99:60:20:22:20:40 chr10 47087078 . G T 344.32 PASS AF=0.287425;AO=48;DP=167;FAO=48;FDP=167;FR=.;FRO=119;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=63;FSRR=56;FWDB=-0.0316993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9236;QD=8.24712;RBI=0.0422528;REFB=-0.0137747;REVB=-0.0279366;RO=117;SAF=24;SAR=24;SRF=62;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361683;STB=0.520949;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0431541;OID=.;OPOS=47087078;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:117:119:48:48:0.287425:24:24:62:55:24:24:63:56 chr10 47087474 . C T 1767.22 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4096;QD=60.9386;RBI=0.0306827;REFB=0;REVB=0.0123534;RO=0;SAF=59;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233908;OID=.;OPOS=47087474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:57:59:0:0:57:59:0:0 chr10 47087501 . C T 165.72 PASS AF=0.237624;AO=24;DP=101;FAO=24;FDP=101;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.0496054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.178;QD=6.56335;RBI=0.0501256;REFB=-0.0097136;REVB=0.00720288;RO=76;SAF=11;SAR=13;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843681;STB=0.556332;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0287412;OID=.;OPOS=47087501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:76:77:24:24:0.237624:13:11:40:36:13:11:41:36 chr10 47087608 . TG CA,CG 1476.26 PASS AF=0.193878,0.806122;AO=19,78;DP=99;FAO=19,79;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=12,42;FSAR=7,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0049078,0.0152689;FXX=0.0101;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=62.5229,119.707;QD=60.2554;RBI=0.0211109,0.0460449;REFB=-0.0304119,-0.0915474;REVB=0.0205325,0.0434395;RO=1;SAF=12,42;SAR=7,36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0612242,0.0129667;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0279458,0.0105669;OID=.,.;OPOS=47087608,47087608;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:99:98:1:0:19,78:19,79:0.193878,0.806122:7,36:12,42:0:1:7,37:12,42:0:0 chr10 47087680 . C T 1549.69 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3238;QD=62.6136;RBI=0.046639;REFB=0;REVB=0.0465626;RO=2;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201713;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480239;OID=.;OPOS=47087680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:2:0:97:99:1:46:51:0:2:48:51:0:0 chr10 47087731 . C T 1165.19 PASS AF=1;AO=75;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.284652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7682;QD=53.5721;RBI=0.284658;REFB=-0.103707;REVB=0.0018209;RO=12;SAF=29;SAR=46;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161095;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0166001;OID=.;OPOS=47087731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:12:0:75:87:1:46:29:12:0:46:41:0:0 chr10 47087830 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.029;QD=57.1774;RBI=0.0445173;REFB=0;REVB=0.00675386;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158398;OID=.;OPOS=47087830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr10 47416908 . A G 2684.19 PASS AF=0.402945;AO=298;DP=745;FAO=301;FDP=747;FR=.;FRO=446;FSAF=171;FSAR=130;FSRF=233;FSRR=213;FWDB=-0.0117166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.648;QD=14.3732;RBI=0.0711143;REFB=-0.0061399;REVB=0.0701425;RO=442;SAF=171;SAR=127;SRF=232;SRR=210;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530723;STB=0.527581;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00806556;OID=.;OPOS=47416908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:745:747:442:446:298:301:0.402945:127:171:232:210:130:171:233:213 chr10 47756065 . C T 88.99 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0283121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.507;QD=27.3808;RBI=0.0325644;REFB=-0.0351422;REVB=0.0160893;RO=3;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285311;STB=0.516097;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0193984;OID=.;OPOS=47756065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:6:4:1:2:6:4:1:2 chr10 47769358 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0334426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.632;QD=13.2067;RBI=0.0343684;REFB=-0.0594853;REVB=-0.00792358;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.599699;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0255266;OID=.;OPOS=47769358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:5:6:6:6:0.5:2:4:4:1:2:4:5:1 chr10 47911590 . GT AG 69.04 PASS AF=1;AO=6;DP=9;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240901;FXX=0.221976;HRUN=2;LEN=2;MLLD=145.272;QD=39.4515;RBI=0.0572849;REFB=0;REVB=0.0519733;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000857617;OID=.;OPOS=47911590;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:9:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:5:2:0:0 chr10 48370595 . G A 1218.68 PASS AF=0.936842;AO=82;DP=95;FAO=89;FDP=95;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.144621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.2763;QD=51.313;RBI=0.179563;REFB=-0.224586;REVB=0.106431;RO=6;SAF=34;SAR=48;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113016;STB=0.516275;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0213314;OID=.;OPOS=48370595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:95:95:6:6:82:89:0.936842:48:34:3:3:52:37:1:5 chr10 49400731 . G A 317.51 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00608713;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.981;QD=20.1596;RBI=0.0242426;REFB=-0.024904;REVB=0.0234659;RO=29;SAF=20;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174464;STB=0.503016;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0359787;OID=.;OPOS=49400731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:29:30:33:33:0.52381:13:20:17:12:13:20:18:12 chr10 49659083 . GC G,GG 296.18 PASS AF=0.566038,0.226415;AO=26,12;DP=55;FAO=30,12;FDP=53;FR=.;FRO=11;FSAF=25,1;FSAR=5,11;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.022059,0.030932;FXX=0.036357;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.0388,18.7689;QD=22.3532;RBI=0.0863113,0.0782875;REFB=-0.13321,-0.0834468;REVB=0.0834448,0.0719177;RO=14;SAF=23,1;SAR=3,11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.280798,-0.626445;STB=0.547911,0.875376;STBP=0.439,0.001;TYPE=del,snp;VARB=0.0766819,0.0453795;OID=.,.;OPOS=49659084,49659084;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.566038,0.226415:26,12:55:30,12:53:11:25,1:5,11:8:3:52:14:23,1:3,11:9:5 chr10 49659351 . C T 190.16 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0648792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0586;QD=15.213;RBI=0.159621;REFB=-0.00304234;REVB=0.145841;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278261;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109867;OID=.;OPOS=49659351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:30:19:20:0.4:10:9:15:15:10:10:15:15 chr10 49659559 . C T 173.49 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00144281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.438;QD=16.1387;RBI=0.0155844;REFB=-0.0346398;REVB=0.0155174;RO=24;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173256;STB=0.609256;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0316826;OID=.;OPOS=49659559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:24:18:19:0.44186:6:12:12:12:6:13:12:12 chr10 49659637 . T C 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00411672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1128;QD=10.885;RBI=0.0247788;REFB=0.000266682;REVB=0.0244344;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33795;STB=0.702267;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000463993;OID=.;OPOS=49659637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:3:6:5:10:3:6:5:10 chr10 49667795 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00913732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.154;QD=58.5999;RBI=0.0256151;REFB=0;REVB=0.0239299;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08504e-05;OID=.;OPOS=49667795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr10 49687800 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.167;QD=48.7373;RBI=0.0430324;REFB=0;REVB=0.00964839;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176063;OID=.;OPOS=49687800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:10:4:0:0:11:6:0:0 chr10 49860258 . A G 454.22 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0167419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.53;QD=55.057;RBI=0.0282472;REFB=0.034906;REVB=0.0227511;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516119;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000474854;OID=.;OPOS=49860258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:33:0:1:31:32:0.969697:14:17:0:0:15:17:0:1 chr10 49998824 . C T 394.83 PASS AF=0.364341;AO=47;DP=129;FAO=47;FDP=129;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.0147248;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.002;QD=12.2428;RBI=0.0163595;REFB=-0.00603211;REVB=0.0071284;RO=80;SAF=23;SAR=24;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574515;STB=0.532042;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0189761;OID=.;OPOS=49998824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:80:82:47:47:0.364341:24:23:35:45:24:23:36:46 chr10 50013402 . T C 876.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.383;QD=57.4683;RBI=0.0189039;REFB=0;REVB=-0.00721728;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69178e-05;OID=.;OPOS=50013402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:28:30:0:0:29:32:0:0 chr10 50025396 . G A 368.11 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0233562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.239;QD=19.3741;RBI=0.0244949;REFB=-0.0233514;REVB=0.00738148;RO=38;SAF=13;SAR=24;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631987;STB=0.543357;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0147272;OID=.;OPOS=50025396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:38:38:37:38:0.5:24:13:11:27:24:14:11:27 chr10 50038800 . A G 699.0 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.344;QD=54.8232;RBI=0.013875;REFB=-0.0447392;REVB=0.00512591;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192104;STB=0.5102;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000224556;OID=.;OPOS=50038800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:26:24:1:0:26:24:1:0 chr10 50083111 . T C 1157.91 PASS AF=0.9;AO=81;DP=90;FAO=81;FDP=90;FR=.;FRO=9;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00507931;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.3383;QD=51.4628;RBI=0.00785667;REFB=0.0100397;REVB=-0.00599399;RO=6;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629876;STB=0.537181;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00328441;OID=.;OPOS=50083111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:90:90:6:9:81:81:0.9:42:39:0:6:42:39:1:8 chr10 50109902 . G A 632.09 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7617;QD=61.6673;RBI=0.0733092;REFB=0;REVB=-0.00397933;RO=0;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694573;OID=.;OPOS=50109902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:10:31:0:0:10:31:0:0 chr10 50121784 . T C 1744.91 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00720902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9749;QD=59.6551;RBI=0.0656426;REFB=-0.0754263;REVB=0.0652455;RO=0;SAF=57;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157499;OID=.;OPOS=50121784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:116:117:0:0:115:117:1:58:57:0:0:60:57:0:0 chr10 50122181 . C A 1150.91 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0240757;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.266;QD=58.274;RBI=0.0245468;REFB=-6.34078e-05;REVB=0.00478624;RO=2;SAF=24;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104643;STB=0.505531;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-1.96066e-05;OID=.;OPOS=50122181;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:79:2:2:77:77:0.974684:53:24:1:1:53:24:1:1 chr10 50184949 . C T 329.65 PASS AF=0.666667;AO=27;DP=41;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0637103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.809;QD=31.3957;RBI=0.0658614;REFB=0.00711868;REVB=0.0166952;RO=13;SAF=11;SAR=16;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111215;STB=0.574417;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00468253;OID=.;OPOS=50184949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:13:14:27:28:0.666667:16:11:3:10:16:12:3:11 chr10 50186415 . C T 259.46 PASS AF=0.454545;AO=29;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00258371;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.433;QD=15.7247;RBI=0.029783;REFB=-0.0234579;REVB=-0.0296707;RO=34;SAF=21;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235209;STB=0.602578;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0381235;OID=.;OPOS=50186415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:36:29:30:0.454545:8:21:17:17:9:21:19:17 chr10 50227785 . T C 986.61 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.047286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.679;QD=57.1949;RBI=0.0495321;REFB=0.0517033;REVB=0.0147467;RO=1;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149999;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000841021;OID=.;OPOS=50227785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:31:36:0:1:31:37:0:1 chr10 50339754 . G T 295.7 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0326039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3039;QD=12.9977;RBI=0.0438778;REFB=0.00481003;REVB=0.029364;RO=57;SAF=14;SAR=20;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104593;STB=0.505988;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00985794;OID=.;OPOS=50339754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:20:14:24:33:20:14:24:33 chr10 50374819 . T C 301.43 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0609524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.933;QD=27.4027;RBI=0.0679633;REFB=-0.0296955;REVB=0.0300635;RO=17;SAF=15;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141266;STB=0.577832;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0251802;OID=.;OPOS=50374819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:12:15:6:11:12:15:6:11 chr10 50531604 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0407;QD=47.8205;RBI=0.0445974;REFB=0;REVB=0.0324466;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62303e-05;OID=.;OPOS=50531604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr10 50532683 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3773;QD=47.8187;RBI=0.0453131;REFB=0;REVB=-0.0414595;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249023;OID=.;OPOS=50532683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr10 50533617 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3079;QD=45.8061;RBI=0.0524169;REFB=0;REVB=0.0276564;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293102;OID=.;OPOS=50533617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr10 50533776 . C G 63.07 PASS AF=0.666667;AO=4;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=4;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0772614;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.0057;QD=21.024;RBI=0.252128;REFB=-0.0287448;REVB=0.239999;RO=2;SAF=4;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0286804;OID=.;OPOS=50533776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:2:4:4:8:0.666667:0:4:2:0:2:6:3:1 chr10 50534599 . G A 163.69 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0617329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0916;QD=27.2813;RBI=0.0747233;REFB=0.0361708;REVB=0.0421025;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353093;STB=0.519967;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0173259;OID=.;OPOS=50534599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:24:24:7:7:12:12:0.5:8:4:2:5:8:4:2:5 chr10 50683438 . T C 754.3 PASS AF=0.41791;AO=85;DP=200;FAO=84;FDP=201;FR=.;FRO=117;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=-0.0300073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8237;QD=15.0109;RBI=0.0305784;REFB=-0.00335973;REVB=0.00588199;RO=111;SAF=48;SAR=37;SRF=58;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433127;STB=0.52449;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00461241;OID=.;OPOS=50683438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:111:117:85:84:0.41791:37:48:58:53:36:48:62:55 chr10 50723684 . G A 1532.07 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01415;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.485;QD=63.8363;RBI=0.0152046;REFB=0;REVB=0.00556389;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08056e-06;OID=.;OPOS=50723684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:95:96:1:58:37:0:0:58:38:0:0 chr10 50724016 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00733114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.143;QD=57.2377;RBI=0.00851811;REFB=0;REVB=0.00433736;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40496e-05;OID=.;OPOS=50724016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr10 50732280 . C T 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0171123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.829;QD=14.6983;RBI=0.0305786;REFB=-0.0291416;REVB=0.025342;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297626;STB=0.51722;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0443479;OID=.;OPOS=50732280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:6:10:15:8:6:10:15:8 chr10 50740600 . C T 311.55 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0338711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.408;QD=19.1725;RBI=0.0411884;REFB=-0.00991215;REVB=-0.0234358;RO=32;SAF=18;SAR=15;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204012;STB=0.613193;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0111951;OID=.;OPOS=50740600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:15:18:10:22:15:18:10:22 chr10 50740876 . G C 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0314594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.786;QD=18.4893;RBI=0.0315557;REFB=-0.00988894;REVB=-0.00246276;RO=26;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164312;STB=0.593796;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00425869;OID=.;OPOS=50740876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:16:6:11:15:16:6:11:15 chr10 50819182 . T C 207.02 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0116046;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.143;QD=10.6162;RBI=0.0129378;REFB=-0.0214298;REVB=-0.00572008;RO=52;SAF=20;SAR=6;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297503;STB=0.67553;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0395978;OID=.;OPOS=50819182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:6:20:28:24:6:20:28:24 chr10 50820345 . C A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.15;QD=58.7815;RBI=0.0360296;REFB=0;REVB=0.0138383;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26112e-05;OID=.;OPOS=50820345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr10 50820424 . G T 296.06 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=0.0343925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7632;QD=18.2188;RBI=0.0620951;REFB=-0.00690579;REVB=0.0517007;RO=32;SAF=9;SAR=23;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150021;STB=0.587659;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00855357;OID=.;OPOS=50820424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:33:32:32:0.492308:23:9:5:27:23:9:5:28 chr10 50820693 . G T 530.05 PASS AF=0.531915;AO=49;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0304542;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.71;QD=22.5552;RBI=0.0311879;REFB=-0.0434278;REVB=-0.00672505;RO=45;SAF=27;SAR=22;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733202;STB=0.549468;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0239384;OID=.;OPOS=50820693;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:44:49:50:0.531915:22:27:21:24:22:28:20:24 chr10 50856652 . G A 670.08 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.583;QD=62.3327;RBI=0.0736067;REFB=0;REVB=0.0693319;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224556;OID=.;OPOS=50856652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr10 50863147 . T C 1019.7 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00816427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.22;QD=59.1128;RBI=0.00818587;REFB=0;REVB=0.000594264;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388087;OID=.;OPOS=50863147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:32:36:0:0:32:37:0:0 chr10 50916484 . A G 855.56 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189426;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.002;QD=58.0042;RBI=0.0222573;REFB=0;REVB=0.011686;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6048e-05;OID=.;OPOS=50916484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:19:39:0:0:19:40:0:0 chr10 50942763 . C T 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1712;QD=56.9354;RBI=0.0252241;REFB=0;REVB=-0.0195272;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72575e-05;OID=.;OPOS=50942763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr10 50960209 . G A 536.57 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00231627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.951;QD=59.6187;RBI=0.0429703;REFB=0;REVB=0.0429079;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65245e-05;OID=.;OPOS=50960209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:16:20:0:0 chr10 51465552 . A T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00365956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.731;QD=55.656;RBI=0.00702617;REFB=0;REVB=0.00599788;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28436e-06;OID=.;OPOS=51465552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr10 51549545 . G T 838.83 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00156671;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.924;QD=57.8506;RBI=0.0610191;REFB=0;REVB=0.060999;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445528;OID=.;OPOS=51549545;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:32:26:0:0 chr10 51568378 . T G 242.76 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00717973;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.757;QD=17.0357;RBI=0.0172875;REFB=-0.0130206;REVB=0.015726;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795481;STB=0.544714;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0137588;OID=.;OPOS=51568378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:30:27:27:0.473684:13:14:13:17:13:14:13:17 chr10 51827763 . A G 255.97 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.484;QD=51.1939;RBI=0.0212294;REFB=0;REVB=0.0123665;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186856;OID=.;OPOS=51827763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:11:9:0:0 chr10 52002980 . T G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.857;QD=57.1063;RBI=0.01092;REFB=0;REVB=0.00516201;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84615e-05;OID=.;OPOS=52002980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr10 52005153 . A G 834.31 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.517;QD=57.5385;RBI=0.0385793;REFB=0;REVB=0.0299973;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105193;OID=.;OPOS=52005153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr10 52103707 . A G 313.84 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.018732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.886;QD=14.5971;RBI=0.0235164;REFB=-0.00606864;REVB=-0.0142174;RO=51;SAF=20;SAR=15;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444804;STB=0.525238;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00898009;OID=.;OPOS=52103707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:15:20:27:24:15:20:27:24 chr10 53059406 . T C 320.6 PASS AF=0.391304;AO=33;DP=89;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00846913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.374;QD=13.9393;RBI=0.0179665;REFB=-0.00682355;REVB=0.0158452;RO=56;SAF=19;SAR=14;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198738;STB=0.598033;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0124778;OID=.;OPOS=53059406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:56:56:33:36:0.391304:14:19:22:34:16:20:22:34 chr10 54405572 . A G 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.235;QD=56.1877;RBI=0.0074741;REFB=0;REVB=0.000396653;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48447e-05;OID=.;OPOS=54405572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr10 54528266 . G C 227.18 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0188646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.094;QD=21.1333;RBI=0.0191444;REFB=-0.0211944;REVB=-0.00326117;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228018;STB=0.512809;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.021356;OID=.;OPOS=54528266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:9:12:12:10:9:12 chr10 55568972 . T G 274.62 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0369918;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.623;QD=17.7172;RBI=0.0697998;REFB=-0.0280237;REVB=0.0591913;RO=29;SAF=9;SAR=21;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235136;STB=0.65761;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0461642;OID=.;OPOS=55568972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:29:32:30:30:0.483871:21:9:16:13:21:9:19:13 chr10 55569202 . T G 134.26 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0301332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.356;QD=16.2736;RBI=0.0373276;REFB=-0.0235073;REVB=0.0220303;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125057;STB=0.571339;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0321082;OID=.;OPOS=55569202;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:10:5:4:14:10:5:4:14 chr10 55582905 . G T 1247.08 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00621189;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=332.043;QD=59.3845;RBI=0.00709341;REFB=0.0902687;REVB=0.00342476;RO=1;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114108;STB=0.506023;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-6.99896e-05;OID=.;OPOS=55582905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:82:83:0.988095:41:41:0:1:42:41:1:0 chr10 55949151 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.198;QD=63.2865;RBI=0.00642615;REFB=0;REVB=-0.00252136;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46364e-05;OID=.;OPOS=55949151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr10 55955444 . T G 1124.62 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.546;QD=59.9797;RBI=0.0585208;REFB=0;REVB=0.0544546;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152591;OID=.;OPOS=55955444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr10 56335031 . A G 259.86 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0119055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.973;QD=14.4364;RBI=0.0176553;REFB=-0.00148539;REVB=0.0130372;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194464;STB=0.517034;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00567435;OID=.;OPOS=56335031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:42:30:30:0.416667:17:13:17:24:17:13:17:25 chr10 56335060 . TAAAAAAA TAAAAAA,TAAAAAAG 605.91 PASS AF=0.348837,0.55814;AO=11,36;DP=97;FAO=30,48;FDP=86;FR=.;FRO=8;FSAF=12,21;FSAR=18,27;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.292134,-0.0398674;FXX=0.122436;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=2.68645,189.784;QD=28.1817;RBI=0.295956,0.0398839;REFB=-0.390705,-0.0371609;REVB=-0.0474112,-0.00114829;RO=12;SAF=2,14;SAR=9,22;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.094561,0.0686975;STB=0.561758,0.545853;STBP=0.171,0.117;TYPE=del,snp;VARB=-0.118408,0.0124429;OID=.,.;OPOS=56335061,56335067;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.348837,0.55814:11,36:97:30,48:86:8:12,21:18,27:1:7:99:12:2,14:9,22:3:9 chr10 56345303 . T C 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00197187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.341;QD=23.8208;RBI=0.0104471;REFB=-0.0189423;REVB=0.0102593;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04913;STB=0.527421;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0183681;OID=.;OPOS=56345303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:13:9:8:9:13:9:8:9 chr10 56345335 . T C 229.32 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0327615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5513;QD=22.3724;RBI=0.03671;REFB=-0.00771297;REVB=-0.0165623;RO=19;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00426887;STB=0.50239;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0117718;OID=.;OPOS=56345335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:14:8:7:12:14:8:7:12 chr10 57327576 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3267;QD=46.8478;RBI=0.0311615;REFB=0;REVB=-0.0050917;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108622;OID=.;OPOS=57327576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr10 57360079 . G T 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1443;QD=61.6791;RBI=0.126931;REFB=0;REVB=0.111975;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257827;OID=.;OPOS=57360079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr10 58118630 . T C 1046.79 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277838;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3238;QD=59.8167;RBI=0.0354234;REFB=0;REVB=0.0219746;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53005e-05;OID=.;OPOS=58118630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:43:26:0:0:43:27:0:0 chr10 60145342 . G C 415.97 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=-0.0172257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7873;QD=16.9783;RBI=0.0321089;REFB=-0.051377;REVB=-0.0270972;RO=55;SAF=28;SAR=15;SRF=14;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382738;STB=0.713283;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0574518;OID=.;OPOS=60145342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:15:28:14:41:15:28:14:41 chr10 60573753 . G T 366.94 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=115;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=0.00184945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.791;QD=12.7632;RBI=0.0395171;REFB=-0.0193834;REVB=0.0394738;RO=71;SAF=20;SAR=24;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222997;STB=0.626113;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0398806;OID=.;OPOS=60573753;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:71:71:44:44:0.382609:24:20:47:24:24:20:47:24 chr10 60577393 . T C 546.62 PASS AF=0.554348;AO=50;DP=90;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0660725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4287;QD=23.7662;RBI=0.0923646;REFB=0.0045978;REVB=0.0645419;RO=39;SAF=17;SAR=33;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610889;STB=0.540967;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00573563;OID=.;OPOS=60577393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:39:41:50:51:0.554348:33:17:16:23:33:18:18:23 chr10 60588553 . T C 172.77 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0105764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.35;QD=9.46707;RBI=0.0111935;REFB=-0.00404171;REVB=-0.00366517;RO=49;SAF=15;SAR=8;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301502;STB=0.682459;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0122057;OID=.;OPOS=60588553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:50:23:23:0.315068:8:15:19:30:8:15:19:31 chr10 61005244 . G C 263.78 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0129399;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6537;QD=15.0729;RBI=0.0691886;REFB=-0.00502374;REVB=0.0679678;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10896;STB=0.561629;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00703135;OID=.;OPOS=61005244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:40:40:30:30:0.428571:16:14:23:17:16:14:23:17 chr10 61011325 . C T 536.5 PASS AF=0.402597;AO=62;DP=154;FAO=62;FDP=154;FR=.;FRO=92;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=0.00726993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.342;QD=13.935;RBI=0.0254524;REFB=-0.00710889;REVB=-0.024392;RO=91;SAF=35;SAR=27;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131794;STB=0.570868;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0100673;OID=.;OPOS=61011325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:91:92:62:62:0.402597:27:35:40:51:27:35:41:51 chr10 61122268 . T TTA 333.98 PASS AF=1;AO=22;DP=27;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078699;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=2;MLLD=179.035;QD=53.4363;RBI=0.0885757;REFB=0;REVB=0.0406463;RO=2;SAF=13;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144045;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000590021;OID=.;OPOS=61122269;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:27:25:25:0:13:12:0:0:4:2:13:9:1:1 chr10 61414011 . G T 406.85 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00122915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.619;QD=17.4989;RBI=0.0166572;REFB=-0.00254236;REVB=-0.0166118;RO=51;SAF=20;SAR=22;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441163;STB=0.52468;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00262165;OID=.;OPOS=61414011;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:22:20:22:29:22:20:22:29 chr10 61549657 . AT A 96.08 PASS AF=0.40678;AO=22;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0424754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.6263;QD=6.51407;RBI=0.0862956;REFB=-0.0346449;REVB=0.0751184;RO=32;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144845;STB=0.578246;STBP=0.33;TYPE=del;VARB=0.0745714;OID=.;OPOS=61549658;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40678:22:59:24:59:35:8:16:16:19:96:32:8:14:16:16 chr10 61551428 . T C 120.17 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0128325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.924;QD=14.1382;RBI=0.0174258;REFB=0.00760418;REVB=-0.0117891;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122474;STB=0.571326;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.032643;OID=.;OPOS=61551428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:9:11:6:8:9:11 chr10 61552692 . G T 205.11 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00249683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.491;QD=16.4088;RBI=0.0122521;REFB=0.00047345;REVB=0.011995;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860282;STB=0.560726;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.000574828;OID=.;OPOS=61552692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:8:13:15:13:8:13:15:14 chr10 61552774 . C T 442.32 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.557;QD=57.0733;RBI=0.0433718;REFB=0;REVB=-0.0427583;RO=0;SAF=28;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56306e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00037174;OID=.;OPOS=61552774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:2:28:0:0:2:29:0:0 chr10 61665886 . C A 878.03 PASS AF=0.612403;AO=79;DP=129;FAO=79;FDP=129;FR=.;FRO=50;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0143205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.937;QD=27.2258;RBI=0.0147156;REFB=-0.0384094;REVB=-0.00338686;RO=47;SAF=42;SAR=37;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104104;STB=0.542382;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0216247;OID=.;OPOS=61665886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:47:50:79:79:0.612403:37:42:32:15:37:42:32:18 chr10 61719159 . C T 419.3 PASS AF=0.432432;AO=45;DP=108;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.00515603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.613;QD=15.11;RBI=0.0206722;REFB=-0.01612;REVB=-0.0200189;RO=63;SAF=26;SAR=19;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234655;STB=0.503998;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.023495;OID=.;OPOS=61719159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:63:63:45:48:0.432432:19:26:35:28:21:27:35:28 chr10 61719232 . A AT 845.76 PASS AF=1;AO=74;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129451;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.3911;QD=42.8231;RBI=0.0993117;REFB=0;REVB=-0.0984644;RO=5;SAF=45;SAR=29;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259216;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00047077;OID=.;OPOS=61719233;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:74:81:79:79:0:45:34:0:0:16:5:45:29:2:3 chr10 61719385 . T G 340.16 PASS AF=0.59322;AO=31;DP=55;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00661935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1218;QD=23.0617;RBI=0.0305246;REFB=-0.0485094;REVB=0.0297982;RO=24;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00534757;STB=0.522736;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0169648;OID=.;OPOS=61719385;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:24:24:31:35:0.59322:14:17:13:11:18:17:13:11 chr10 61788623 . T G 111.5 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0151675;FXX=0.079968;HRUN=9;LEN=1;MLLD=256.164;QD=19.3914;RBI=0.0152242;REFB=-0.00957603;REVB=-0.00131274;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066985;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00135366;OID=.;OPOS=61788623;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:23:6:9:10:11:0.478261:4:6:3:3:5:6:4:5 chr10 61840347 . G A 261.63 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00445329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.192;QD=14.7399;RBI=0.00560193;REFB=-0.0194695;REVB=0.00339851;RO=39;SAF=12;SAR=18;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630654;STB=0.537547;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0257389;OID=.;OPOS=61840347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:41:30:30:0.422535:18:12:18:21:18:12:19:22 chr10 61841573 . CTTTT CTTT,CTTTC 973.45 PASS AF=0.935065,0.0649351;AO=60,7;DP=77;FAO=72,5;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=49,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112844,0.0989085;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=18.6008,7.20427;QD=50.5687;RBI=0.193456,0.105428;REFB=0,0;REVB=-0.157135,-0.0364996;RO=1;SAF=18,1;SAR=42,6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.422397,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0111061,0.0674964;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0151555,0.0407294;OID=.,.;OPOS=61841574,61841577;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTT,CTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.935065,0.0649351:60,7:77:72,5:77:0:23,0:49,5:0:0:14:1:18,1:42,6:0:1 chr10 61868716 . C A 316.99 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0337542;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.48;QD=17.6105;RBI=0.0337698;REFB=0.00709261;REVB=0.00102753;RO=38;SAF=15;SAR=19;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226224;STB=0.626134;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00829988;OID=.;OPOS=61868716;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:38:38:34:34:0.472222:19:15:26:12:19:15:26:12 chr10 61965625 . A G 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0166595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.872;QD=19.9989;RBI=0.0189982;REFB=-0.017412;REVB=-0.00913211;RO=30;SAF=11;SAR=22;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660449;STB=0.536564;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.014027;OID=.;OPOS=61965625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:22:11:8:22:22:11:8:22 chr10 62630615 . T C 109.6 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.000509451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.23;QD=14.6133;RBI=0.0318587;REFB=-0.0302414;REVB=0.0318546;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198112;STB=0.615207;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0202516;OID=.;OPOS=62630615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:10:7:8:5:10:7 chr10 62645873 . A G 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0191212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.568;QD=19.0573;RBI=0.027195;REFB=-0.010714;REVB=0.0193377;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667811;STB=0.537776;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0215738;OID=.;OPOS=62645873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:13:7:8:11:13:7 chr10 63170292 . A G 400.7 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0277927;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.173;QD=23.9224;RBI=0.0286844;REFB=-0.0494078;REVB=-0.00709655;RO=27;SAF=18;SAR=21;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700864;STB=0.545848;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0289569;OID=.;OPOS=63170292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:27:28:39:39:0.58209:21:18:15:12:21:18:16:12 chr10 63422751 . CTGG CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA 1686.7 PASS AF=0.407643,0.522293,0.0382166;AO=46,47,6;DP=163;FAO=64,82,6;FDP=157;FR=.;FRO=5;FSAF=60,47,6;FSAR=4,35,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0329148,0.0461201,-0.0217971;FXX=0.0248432;HRUN=5,5,3;LEN=14,15,4;MLLD=147.547,149.053,225.138;QD=42.9732;RBI=0.0329161,0.046122,0.0219915;REFB=-0.0186854,-0.0152567,-0.00233767;REVB=-0.000291696,0.000416639,-0.0029177;RO=21;SAF=42,15,6;SAR=4,32,0;SRF=18;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0927404,-0.30992,0.627704;STB=0.588204,0.501576,0.997256;STBP=0.026,0.96,0.069;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.0357588,0.00168139,0.0367916;OID=.,.,.;OPOS=63422755,63422755,63422751;OREF=-,-,CTGG;OALT=GGCCGACCCCGGCA,GGGCCGACCCCGGCA,GGCA;OMAPALT=CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:163:157:21:5:46,47,6:64,82,6:0.407643,0.522293,0.0382166:4,32,0:42,15,6:18:3:4,35,0:60,47,6:3:2 chr10 63422754 . G GGGGCCGACCCCGGCA 50.0 PASS AO=35;DP=215;LEN=15;RO=180;SAF=76;SAR=42;SRF=57;SRR=40;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=63422755;OREF=-;OALT=GGGCCGACCCCGGCA;OMAPALT=GGGGCCGACCCCGGCA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:215:180:35:42:76:57:40 chr10 63520698 . T C 1400.28 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0345492;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.225;QD=61.5509;RBI=0.0354098;REFB=-0.0347875;REVB=0.00775911;RO=0;SAF=30;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-2.82395e-05;OID=.;OPOS=63520698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:60:30:0:0:60:30:0:1 chr10 63958112 . T C 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.758;QD=58.059;RBI=0.0569431;REFB=0;REVB=0.0242798;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028929;OID=.;OPOS=63958112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr10 63995983 . C T 1458.21 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.745;QD=62.0517;RBI=0.0245216;REFB=-0.126985;REVB=-0.0220078;RO=1;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117049;STB=0.506172;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-2.26374e-05;OID=.;OPOS=63995983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:40:53:0:1:40:53:0:1 chr10 64000878 . T G 340.62 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2594;QD=54.4989;RBI=0.0481093;REFB=0;REVB=0.0451355;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833922;OID=.;OPOS=64000878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr10 64110037 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00926309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.773;QD=12.7296;RBI=0.00927143;REFB=-0.0199812;REVB=-0.000393236;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13278;STB=0.578773;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0231101;OID=.;OPOS=64110037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:7:5:5:4:7:5 chr10 64159333 . G T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00257753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.494;QD=11.0924;RBI=0.0277005;REFB=-0.00153585;REVB=-0.0275804;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00104904;OID=.;OPOS=64159333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:2:4:3:2:2:4 chr10 64415184 . A G 574.39 PASS AF=0.508475;AO=59;DP=118;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.0247441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.406;QD=19.4709;RBI=0.027452;REFB=-0.024497;REVB=0.0118887;RO=59;SAF=26;SAR=33;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182575;STB=0.591567;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0218041;OID=.;OPOS=64415184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:59:58:59:60:0.508475:33:26:38:21:33:27:37:21 chr10 64565011 . G A 1697.45 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1278;QD=60.0867;RBI=0.0443394;REFB=0;REVB=0.0433192;RO=0;SAF=66;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000947807;OID=.;OPOS=64565011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:111:113:1:45:66:0:0:47:66:0:0 chr10 64566572 . T C 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0344593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.672;QD=59.0415;RBI=0.0379219;REFB=-0.0398245;REVB=0.0158312;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000715978;OID=.;OPOS=64566572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:20:21:1:0:20:21:1:0 chr10 64567364 . C T 2547.53 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1015;QD=61.7582;RBI=0.0385251;REFB=0;REVB=-0.0363972;RO=0;SAF=86;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.29459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.9858e-05;OID=.;OPOS=64567364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:164:165:1:78:86:0:0:79:86:0:0 chr10 64567938 . C T 340.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.071928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.326;QD=54.4621;RBI=0.0757143;REFB=0;REVB=0.0236435;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128083;OID=.;OPOS=64567938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:19:5:0:0:20:5:0:0 chr10 64572037 . ATT A,AT 209.34 PASS AF=0,1;AO=9,33;DP=55;FAO=0,54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252105,-0.0416287;FXX=0.0357079;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=9.01451,6.76914;QD=15.5065;RBI=0.0294439,0.0522391;REFB=0.00230837,0.00534893;REVB=0.015211,0.0315591;RO=9;SAF=6,16;SAR=3,17;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.195767,0.01603;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0366571,0.0143086;OID=.,.;OPOS=64572038,64572038;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:9,33:55:0,54:54:0:0,27:0,27:0:0:3:9:6,16:3,17:4:5 chr10 64572093 . T C 955.18 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.513;QD=58.7804;RBI=0.0389073;REFB=0;REVB=0.0301812;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74044e-05;OID=.;OPOS=64572093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:30:34:0:0:31:34:0:0 chr10 64573771 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.895;QD=58.1421;RBI=0.02406;REFB=0;REVB=-0.00321504;RO=0;SAF=30;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78292e-05;OID=.;OPOS=64573771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:2:30:0:0:2:30:0:0 chr10 64869942 . A G 141.2 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0325248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7939;QD=13.4476;RBI=0.0533483;REFB=-0.00843779;REVB=0.0422869;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226376;STB=0.631421;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0175346;OID=.;OPOS=64869942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:7:9:9:17:7:9:9:17 chr10 64945364 . G A 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0162782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.586;QD=14.0973;RBI=0.017579;REFB=0.00327786;REVB=0.00663638;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223717;STB=0.630343;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00859347;OID=.;OPOS=64945364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:7:11:5:8:7:11 chr10 64967445 . A T 1264.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0069;QD=61.6624;RBI=0.0220037;REFB=0;REVB=0.0058939;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146096;OID=.;OPOS=64967445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:43:38:0:0:44:38:0:0 chr10 64967950 . ACTAAAC A,ACTAAC 87.56 PASS AF=0.392857,0;AO=11,3;DP=29;FAO=11,0;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2,0;FSAR=9,0;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0719512,-0.292864;FXX=0.0344709;HRUN=1,3;LEN=6,1;MLLD=232.383,17.7899;QD=12.5081;RBI=0.073348,0.295105;REFB=-0.018477,-0.0663832;REVB=-0.0142462,-0.0363022;RO=12;SAF=2,3;SAR=9,0;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.275208,0.664653;STB=0.770897,0.5;STBP=0.038,1;TYPE=del,del;VARB=0.0294998,0;OID=.,.;OPOS=64967951,64967953;OREF=CTAAAC,A;OALT=-,-;OMAPALT=A,ACTAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857,0:11,3:29:11,0:28:17:2,0:9,0:10:7:87:12:2,3:9,0:5:7 chr10 64974380 . G C 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00285954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.73;QD=16.0645;RBI=0.0112049;REFB=-0.0257872;REVB=-0.0108339;RO=24;SAF=4;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275604;STB=0.660183;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0186883;OID=.;OPOS=64974380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:14:4:11:13:14:4:11:13 chr10 65322381 . G T 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00750202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.675;QD=20.9184;RBI=0.0367945;REFB=-0.022073;REVB=-0.0360216;RO=26;SAF=22;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280751;STB=0.65622;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0238281;OID=.;OPOS=65322381;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:9:22:10:16:9:22:10:16 chr10 67726392 . C T 188.21 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0517149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4607;QD=15.3643;RBI=0.0828526;REFB=-0.0279143;REVB=0.0647311;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156462;STB=0.609647;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0400002;OID=.;OPOS=67726392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:27:29:20:20:0.408163:12:8:15:12:12:8:17:12 chr10 68040325 . C T 251.97 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0107285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.099;QD=27.2396;RBI=0.0156149;REFB=-0.0229706;REVB=-0.0113457;RO=13;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393343;STB=0.508228;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00720256;OID=.;OPOS=68040325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:14:23:23:0.621622:11:12:6:7:11:12:7:7 chr10 68685929 . G C 155.1 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0020933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.182;QD=15.1318;RBI=0.0134119;REFB=-0.00323113;REVB=0.0132475;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241845;STB=0.623087;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00786843;OID=.;OPOS=68685929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:24:17:17:0.414634:10:7:14:7:10:7:15:9 chr10 68857397 . T G 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0247226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6752;QD=18.6732;RBI=0.0247233;REFB=0.0219631;REVB=-0.000192527;RO=36;SAF=15;SAR=20;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238286;STB=0.632338;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.023088;OID=.;OPOS=68857397;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:20:15:25:11:20:15:25:11 chr10 69773841 . G A 583.51 PASS AF=0.439716;AO=61;DP=140;FAO=62;FDP=141;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.0504482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.425;QD=16.5536;RBI=0.0526401;REFB=0.00440932;REVB=0.0150319;RO=78;SAF=27;SAR=34;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134465;STB=0.574925;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0082189;OID=.;OPOS=69773841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:78:79:61:62:0.439716:34:27:45:33:35:27:45:34 chr10 69905300 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0416884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.327;QD=12.4824;RBI=0.041694;REFB=-0.0140068;REVB=0.000685871;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306025;STB=0.677161;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0313986;OID=.;OPOS=69905300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:4:15:6:6:4:15 chr10 69917921 . C T 1301.85 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.094;QD=61.9927;RBI=0.0199479;REFB=0;REVB=-0.0182958;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32678e-05;OID=.;OPOS=69917921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr10 69917925 . T C 1253.41 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0108533;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.443;QD=58.984;RBI=0.0124537;REFB=-0.0941313;REVB=0.00610754;RO=1;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104081;STB=0.510867;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00018545;OID=.;OPOS=69917925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:85:1:2:82:83:0.976471:45:37:0:1:45:38:0:2 chr10 69926097 . T C 766.21 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9404;QD=63.8513;RBI=0.0254407;REFB=0;REVB=0.0128097;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242032;OID=.;OPOS=69926097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr10 69926319 . C A 143.87 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00537306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.177;QD=15.1441;RBI=0.0152724;REFB=-0.00686901;REVB=0.014296;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216029;STB=0.624844;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0113029;OID=.;OPOS=69926319;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:10:6:13:9:10:6:13:9 chr10 69926325 . C T 132.69 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0078577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.25;QD=15.1645;RBI=0.0161867;REFB=-0.0206899;REVB=-0.0141515;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377555;STB=0.627277;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0252339;OID=.;OPOS=69926325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:6:15:0.428571:1:5:11:9:10:5:11:9 chr10 69926334 . C G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0138844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.658;QD=22.5346;RBI=0.0139018;REFB=-0.00948513;REVB=-0.000694566;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151073;STB=0.584528;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00552491;OID=.;OPOS=69926334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:9:10:5:10:9:10:5:10 chr10 69933921 . G A 224.74 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0246571;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.801;QD=14.9824;RBI=0.0260484;REFB=-0.0262361;REVB=-0.008399;RO=34;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276873;STB=0.656136;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0178941;OID=.;OPOS=69933921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:34:26:26:0.433333:11:15:10:24:11:15:10:24 chr10 69933969 . G A 321.23 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0229569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.352;QD=16.2649;RBI=0.0234693;REFB=0.000744485;REVB=0.00487771;RO=44;SAF=18;SAR=17;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216483;STB=0.62107;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00167036;OID=.;OPOS=69933969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:17:18:13:31:17:18:13:31 chr10 69948844 . T C 1785.81 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.065;QD=61.0534;RBI=0.00620802;REFB=0;REVB=-0.00341311;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65078e-06;OID=.;OPOS=69948844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:61:56:0:0:61:56:0:0 chr10 69959242 . C A 640.07 PASS AF=0.516129;AO=64;DP=124;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=17;FWDB=-0.0137862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.229;QD=20.6475;RBI=0.0204399;REFB=-0.0269849;REVB=-0.0150907;RO=60;SAF=41;SAR=23;SRF=43;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744594;STB=0.540861;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0226529;OID=.;OPOS=69959242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:60:60:64:64:0.516129:23:41:43:17:23:41:43:17 chr10 69991749 . T G 168.36 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0160785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.332;QD=15.6612;RBI=0.0308123;REFB=-0.00588782;REVB=0.0262846;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104889;STB=0.54289;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.012012;OID=.;OPOS=69991749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:7:11:17:7:7:11:17:8 chr10 70044031 . T C 165.78 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0597345;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.677;QD=20.7222;RBI=0.0605628;REFB=-0.00895214;REVB=0.00998207;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150576;STB=0.564981;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0131399;OID=.;OPOS=70044031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:15:17:17:0.53125:9:8:4:10:9:8:5:10 chr10 70051810 . A G 443.65 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.00821806;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=272.391;QD=17.746;RBI=0.00939668;REFB=-0.0041407;REVB=-0.00455642;RO=54;SAF=16;SAR=29;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156838;STB=0.504833;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00503483;OID=.;OPOS=70051810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:55:45:45:0.45:29:16:20:34:29:16:20:35 chr10 70051928 . A G 372.54 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.03245;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.84;QD=17.1282;RBI=0.0443799;REFB=-0.0210558;REVB=-0.030275;RO=48;SAF=19;SAR=20;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739943;STB=0.541474;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0297315;OID=.;OPOS=70051928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:20:19:27:21:20:19:27:21 chr10 70102936 . T A 1288.94 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0715174;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2391;QD=60.6559;RBI=0.0727661;REFB=-0.144361;REVB=0.0134228;RO=1;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997231;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00258811;OID=.;OPOS=70102936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:85:1:1:84:84:0.988235:47:37:0:1:47:37:0:1 chr10 70103272 . G C 105.05 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0203559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5595;QD=6.46469;RBI=0.0288697;REFB=-0.00217354;REVB=-0.0204718;RO=49;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366444;STB=0.522565;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0146781;OID=.;OPOS=70103272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:49:49:16:16:0.246154:9:7:20:29:9:7:20:29 chr10 70105178 . C T 480.46 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0426497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1782;QD=20.2299;RBI=0.0433281;REFB=-0.022452;REVB=0.00763755;RO=47;SAF=23;SAR=24;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383859;STB=0.515891;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0171061;OID=.;OPOS=70105178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:47:48:47:47:0.494737:24:23:25:22:24:23:25:23 chr10 70105286 . C A 346.09 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0137307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4341;QD=16.8822;RBI=0.0390806;REFB=-0.00398163;REVB=-0.036589;RO=45;SAF=15;SAR=22;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147418;STB=0.582736;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00564563;OID=.;OPOS=70105286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:22:15:25:20:22:15:25:20 chr10 70105560 . G A 211.36 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.051455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5321;QD=19.2145;RBI=0.0520243;REFB=-0.0333597;REVB=-0.0076754;RO=23;SAF=1;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568626;STB=0.83676;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.018257;OID=.;OPOS=70105560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:20:1:8:15:20:1:8:15 chr10 70173879 . CAT C,CAC 482.0 PASS AF=0.445783,0.13253;AO=34,12;DP=85;FAO=37,11;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=13,4;FSAR=24,7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0101359,0.00701615;FXX=0.0235266;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=221.384,115.659;QD=23.2287;RBI=0.0108373,0.0190369;REFB=-0.0189682,-0.0144363;REVB=-0.00383554,-0.0176969;RO=35;SAF=12,4;SAR=22,8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.202607,-0.283389;STB=0.59622,0.636116;STBP=0.104,0.332;TYPE=del,snp;VARB=0.0173378,0.00963714;OID=.,.;OPOS=70173880,70173881;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.445783,0.13253:34,12:85:37,11:83:35:13,4:24,7:19:16:99:35:12,4:22,8:20:15 chr10 70221194 . G A 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00556764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.117;QD=18.9484;RBI=0.00895874;REFB=-0.00667572;REVB=-0.00701858;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146798;STB=0.581761;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00483597;OID=.;OPOS=70221194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:14:14:9:18:14:14:9:18 chr10 70225504 . G T 325.09 PASS AF=0.404494;AO=35;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0224203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3576;QD=14.6106;RBI=0.042182;REFB=0.014719;REVB=0.0357303;RO=54;SAF=21;SAR=14;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487393;STB=0.539333;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.0344093;OID=.;OPOS=70225504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:53:35:36:0.404494:14:21:30:24:14:22:29:24 chr10 70227964 . C T 191.45 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0249995;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8456;QD=13.4351;RBI=0.0318622;REFB=-0.00191928;REVB=-0.0197542;RO=34;SAF=6;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271776;STB=0.656998;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00172318;OID=.;OPOS=70227964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:34:23:23:0.403509:17:6:17:17:17:6:17:17 chr10 70231701 . A G 84.37 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.131182;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.848;QD=9.92556;RBI=0.13119;REFB=-0.0113228;REVB=-0.00140712;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00949575;STB=0.710096;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0164655;OID=.;OPOS=70231701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:34:16:23:11:11:0.323529:9:2:3:13:9:2:10:13 chr10 70332672 . T A 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0113486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.899;QD=15.5771;RBI=0.0148752;REFB=-0.00471337;REVB=-0.00961672;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00443786;OID=.;OPOS=70332672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:30:24:24:0.444444:12:12:14:14:12:12:15:15 chr10 70333555 . C T 224.58 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00348466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.286;QD=17.6141;RBI=0.0137495;REFB=0.00220781;REVB=0.0133006;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173553;STB=0.509796;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00229088;OID=.;OPOS=70333555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:13:14:12:12:13:14 chr10 70405237 . G A 66.27 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.072293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5487;QD=12.0489;RBI=0.0762609;REFB=-0.0206818;REVB=-0.0242785;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167732;STB=0.599782;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0211045;OID=.;OPOS=70405237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:5:8:4:5:5:8 chr10 70405855 . A G 65.74 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0205448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4344;QD=11.4325;RBI=0.0316311;REFB=0.00555488;REVB=0.0240507;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377757;STB=0.728627;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00477508;OID=.;OPOS=70405855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:7:2:8:6:7:2:8:6 chr10 70406518 . A T 334.34 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0428058;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8568;QD=23.8815;RBI=0.0436389;REFB=-0.0139703;REVB=-0.00848633;RO=22;SAF=21;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201121;STB=0.602586;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0180139;OID=.;OPOS=70406518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:22:23:33:33:0.589286:12:21:8:14:12:21:9:14 chr10 70495544 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0738468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7062;QD=53.9105;RBI=0.077722;REFB=0;REVB=0.0242353;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253242;OID=.;OPOS=70495544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr10 70502288 . G A 888.48 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176192;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.698;QD=58.2612;RBI=0.0376965;REFB=0;REVB=0.0333256;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174953;OID=.;OPOS=70502288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr10 70534744 . A C 106.67 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690267;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7191;QD=42.6663;RBI=0.0714678;REFB=0;REVB=0.018519;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105798;OID=.;OPOS=70534744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr10 70641860 . T C 789.57 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378847;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2118;QD=64.4544;RBI=0.039545;REFB=0;REVB=0.0113382;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269191;OID=.;OPOS=70641860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr10 70696713 . C T 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.28;QD=56.9347;RBI=0.0217561;REFB=0;REVB=0.01649;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54662e-05;OID=.;OPOS=70696713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr10 70700944 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2652;QD=52.6116;RBI=0.0339599;REFB=0;REVB=0.0330679;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112611;OID=.;OPOS=70700944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:19:3:0:0:19:3:0:0 chr10 70992664 . C T 1264.65 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9408;QD=61.6902;RBI=0.0321538;REFB=0;REVB=0.00375325;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165051;OID=.;OPOS=70992664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr10 71018660 . T C 900.3 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.207;QD=58.0837;RBI=0.00233969;REFB=0;REVB=0.00209485;RO=0;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45797e-05;OID=.;OPOS=71018660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:41:19:0:0:42:20:0:0 chr10 71026510 . C A 265.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00672538;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7913;QD=19.6672;RBI=0.0108607;REFB=-0.0283161;REVB=-0.00852779;RO=25;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131611;STB=0.560398;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0324617;OID=.;OPOS=71026510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:26:28:28:0.518519:16:12:7:18:16:12:8:18 chr10 71027231 . G C 327.62 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0132487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.465;QD=12.2475;RBI=0.0153154;REFB=-0.0190092;REVB=0.0076833;RO=65;SAF=25;SAR=15;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287084;STB=0.518509;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0496811;OID=.;OPOS=71027231;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:65:67:40:40:0.373832:15:25:39:26:15:25:40:27 chr10 71055459 . T C 43.6 PASS AF=0.75;AO=4;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0885865;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=32.6972;QD=21.8018;RBI=0.0898041;REFB=-0.0377769;REVB=0.0147383;RO=0;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00639052;OID=.;OPOS=71055459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:0:2:4:6:0.75:2:2:0:0:4:2:2:0 chr10 71060610 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7049;QD=50.4133;RBI=0.084539;REFB=0;REVB=0.0822381;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00298474;OID=.;OPOS=71060610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr10 71060621 . C T 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.019016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2803;QD=19.6454;RBI=0.0349005;REFB=-0.00604782;REVB=0.029265;RO=8;SAF=9;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524378;STB=0.801413;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00265132;OID=.;OPOS=71060621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:2:9:1:7:2:9:1:7 chr10 71060634 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.209;QD=49.5991;RBI=0.0190629;REFB=0;REVB=-0.0150802;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229737;OID=.;OPOS=71060634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr10 71142420 . G A 790.5 PASS AF=1;AO=30;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.23152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3393;QD=64.5308;RBI=0.246728;REFB=0;REVB=0.0852852;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.005861;OID=.;OPOS=71142420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:30:49:1:19:11:0:0:21:28:0:0 chr10 71164655 . C T 193.2 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0156518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.636;QD=16.4422;RBI=0.0337295;REFB=-0.0150291;REVB=-0.0298781;RO=27;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209583;STB=0.620268;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0201159;OID=.;OPOS=71164655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:7:13:12:15:7:13:12:15 chr10 71168685 . A T 575.86 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.451;QD=60.6165;RBI=0.0413694;REFB=0;REVB=0.0400372;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36744e-05;OID=.;OPOS=71168685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:20:18:0:0 chr10 71168727 . C T 282.4 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=75;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0317465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0987;QD=14.8632;RBI=0.126022;REFB=-0.00627771;REVB=0.121957;RO=44;SAF=21;SAR=10;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363664;STB=0.690895;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0116168;OID=.;OPOS=71168727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:44:44:31:32:0.421053:10:21:14:30:11:21:14:30 chr10 71332204 . A G 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00460675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.555;QD=10.168;RBI=0.0111226;REFB=-0.00233596;REVB=0.0101237;RO=38;SAF=4;SAR=15;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254338;STB=0.651997;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00562759;OID=.;OPOS=71332204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:15:4:15:23:15:4:15:23 chr10 71390392 . C T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0204315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.116;QD=10.8236;RBI=0.030598;REFB=0.01018;REVB=0.022777;RO=23;SAF=9;SAR=3;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015725;STB=0.509418;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.0175339;OID=.;OPOS=71390392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:3:9:17:6:3:9:17:6 chr10 71392557 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00175856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.647;QD=12.329;RBI=0.0399308;REFB=-0.00800856;REVB=-0.039892;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444202;STB=0.526268;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00343224;OID=.;OPOS=71392557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:10:7:5:6:10:7 chr10 71392692 . T C 286.68 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0108167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.652;QD=13.3341;RBI=0.0125903;REFB=-0.0117012;REVB=0.00644328;RO=53;SAF=20;SAR=13;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446566;STB=0.525532;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0193256;OID=.;OPOS=71392692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:13:20:30:23:13:20:30:23 chr10 71620436 . A AC 445.6 PASS AF=1;AO=37;DP=42;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347982;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.4591;QD=45.7022;RBI=0.116902;REFB=0;REVB=-0.111603;RO=2;SAF=21;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042533;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00225568;OID=.;OPOS=71620437;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:42:39:39:0:21:18:0:0:8:2:21:16:2:0 chr10 71647223 . A C 361.1 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0134853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.572;QD=15.204;RBI=0.0146882;REFB=-0.00446952;REVB=0.0058217;RO=56;SAF=20;SAR=19;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050539;STB=0.528572;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00546163;OID=.;OPOS=71647223;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:19:20:26:30:19:20:26:30 chr10 71657272 . A G 651.07 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0218883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.273;QD=54.2558;RBI=0.0284361;REFB=0.026004;REVB=-0.0181525;RO=4;SAF=21;SAR=23;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814627;STB=0.543459;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.000283389;OID=.;OPOS=71657272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:4:4:44:44:0.916667:23:21:4:0:23:21:4:0 chr10 71658512 . G A 785.05 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.357;QD=57.0946;RBI=0.0173925;REFB=0;REVB=0.0106009;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.54095e-06;OID=.;OPOS=71658512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr10 71718724 . C G 538.21 PASS AF=0.53211;AO=28;DP=108;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.019966;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.817;QD=19.7507;RBI=0.10364;REFB=-0.0870799;REVB=0.101699;RO=45;SAF=28;SAR=0;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.837719;STB=0.532099;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0689738;OID=.;OPOS=71718724;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:45:51:28:58:0.53211:0:28:20:25:29:29:22:29 chr10 71876381 . AC AT,GT 805.3 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=54,2;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=41,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251612,-0.00109475;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=140.646,161.784;QD=56.5119;RBI=0.0277248,0.0574627;REFB=0,0;REVB=-0.0116439,-0.0574523;RO=0;SAF=41,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.81937e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00129615,0.00939444;OID=.,.;OPOS=71876382,71876381;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:0:54,2:55,2:0.964912,0.0350877:13,0:41,2:0:0:14,0:41,2:0:0 chr10 71905695 . A G 193.2 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0207163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.826;QD=19.8153;RBI=0.0757736;REFB=-0.0505816;REVB=-0.0728867;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093917;STB=0.564039;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0322633;OID=.;OPOS=71905695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:19:19:20:0.512821:9:10:12:7:10:10:12:7 chr10 71905735 . G A 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0282778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.574;QD=20.156;RBI=0.0345267;REFB=-0.0355263;REVB=0.0198107;RO=25;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472163;STB=0.526297;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0296578;OID=.;OPOS=71905735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:15:13:13:12:15:13:13:12 chr10 71906150 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.06573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.337;QD=23.2183;RBI=0.06573;REFB=0.00717306;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0211064;OID=.;OPOS=71906150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chr10 71912229 . A T 205.13 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00731655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.942;QD=15.7795;RBI=0.0752366;REFB=-0.0220168;REVB=-0.07488;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063522;STB=0.527003;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0204026;OID=.;OPOS=71912229;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:10:13:14:14:10:13:15:14 chr10 72043389 . T G 383.8 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.283;QD=54.8279;RBI=0.0518241;REFB=0;REVB=0.00236022;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599878;OID=.;OPOS=72043389;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:20:8:0:0 chr10 72060345 . C T 386.68 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0276418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.06;QD=20.9016;RBI=0.0281521;REFB=-0.0196589;REVB=-0.00533576;RO=35;SAF=11;SAR=28;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309657;STB=0.671908;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0206609;OID=.;OPOS=72060345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:28:11:22:13:28:11:22:13 chr10 72179746 . C T 446.64 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.906;QD=57.6305;RBI=0.0466295;REFB=0;REVB=0.0463048;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288082;OID=.;OPOS=72179746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr10 72181460 . G T 682.08 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.77;QD=62.007;RBI=0.0152912;REFB=0;REVB=0.0112139;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403829;OID=.;OPOS=72181460;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:21:23:0:0 chr10 72195438 . GT CT,GC 598.27 PASS AF=0.05,0.95;AO=2,25;DP=42;FAO=2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2,24;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00243836,-0.0115399;FXX=0.0476077;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=36.3586,48.9933;QD=59.8267;RBI=0.0792059,0.0141345;REFB=0,0;REVB=-0.0791684,-0.00816176;RO=0;SAF=2,11;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.99383e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0470025,0.000985012;OID=.,.;OPOS=72195438,72195439;OREF=G,T;OALT=C,C;OMAPALT=CT,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:42:40:0:0:2,25:2,38:0.05,0.95:0,14:2,11:0:0:0,14:2,24:0:0 chr10 72289701 . G A 70.5 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=36;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00451648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.592;QD=7.421;RBI=0.033224;REFB=-0.0220499;REVB=-0.0329156;RO=27;SAF=8;SAR=1;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51293;STB=0.74366;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0200942;OID=.;OPOS=72289701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:36:38:27:28:9:10:0.263158:1:8:14:13:2:8:14:14 chr10 72289778 . C T 298.98 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0358713;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.829;QD=20.9811;RBI=0.036916;REFB=-0.0316863;REVB=0.00871997;RO=27;SAF=20;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203016;STB=0.620611;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0246804;OID=.;OPOS=72289778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:27:26:31:31:0.54386:11:20:11:16:11:20:10:16 chr10 72307101 . C T 407.88 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0327726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.299;QD=23.3075;RBI=0.0333143;REFB=-0.00599016;REVB=0.00598298;RO=30;SAF=18;SAR=22;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131429;STB=0.507222;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00498395;OID=.;OPOS=72307101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:22:18:13:17:22:18:13:17 chr10 72324143 . A G 1612.46 PASS AF=0.956897;AO=111;DP=116;FAO=111;FDP=116;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00986131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3569;QD=55.6021;RBI=0.0206901;REFB=0.0214866;REVB=-0.0181889;RO=5;SAF=57;SAR=54;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00707486;STB=0.503731;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00686782;OID=.;OPOS=72324143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:116:116:5:5:111:111:0.956897:54:57:3:2:54:57:3:2 chr10 72358577 . G A 546.27 PASS AF=0.523364;AO=55;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0122332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7645;QD=20.4214;RBI=0.0599962;REFB=0.009334;REVB=0.0587358;RO=51;SAF=23;SAR=32;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638075;STB=0.538578;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00758747;OID=.;OPOS=72358577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:51:55:56:0.523364:32:23:25:26:33:23:25:26 chr10 72500761 . CCT C,CC,CCC 858.03 PASS AF=0,0.983607,0.0163934;AO=11,10,40;DP=61;FAO=0,60,1;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21,1;FSAR=0,39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114347,0.0706796,0.202081;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=189.548,207.654,198.615;QD=56.2639;RBI=0.132394,0.132408,0.241894;REFB=0,0,0;REVB=-0.066731,-0.111965,-0.13295;RO=0;SAF=11,10,1;SAR=0,0,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,4.06141e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.000722224,0.0599217;OID=.,.,.;OPOS=72500762,72500763,72500763;OREF=CT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.983607,0.0163934:11,10,40:61:0,60,1:61:0:0,21,1:0,39,0:0:0:4:0:11,10,1:0,0,39:0:0 chr10 72500863 . C G 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.586;QD=61.3743;RBI=0.0366883;REFB=0;REVB=0.0185214;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83892e-05;OID=.;OPOS=72500863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:50:30:0:0:50:30:0:0 chr10 72503344 . G A 1625.03 PASS AF=0.950413;AO=110;DP=117;FAO=115;FDP=121;FR=.;FRO=6;FSAF=79;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00523391;FXX=0.00819605;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.1;QD=53.7202;RBI=0.0469915;REFB=-0.154809;REVB=0.0466991;RO=4;SAF=75;SAR=35;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138656;STB=0.501168;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.000352825;OID=.;OPOS=72503344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:117:121:4:6:110:115:0.950413:35:75:2:2:36:79:4:2 chr10 72517830 . G A 768.08 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8676;QD=62.7004;RBI=0.114976;REFB=0;REVB=0.0405119;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260727;OID=.;OPOS=72517830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:25:22:0:0:26:23:0:0 chr10 72518009 . A G 803.33 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00375887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7703;QD=55.402;RBI=0.0426028;REFB=-0.0511246;REVB=0.0424366;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192443;STB=0.510201;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00162814;OID=.;OPOS=72518009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:33:24:1:0:33:24:1:0 chr10 72520660 . T C 507.1 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3085;QD=57.954;RBI=0.0289293;REFB=0;REVB=0.0254308;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083381;OID=.;OPOS=72520660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:9:25:0:0:10:25:0:0 chr10 72535007 . C T 501.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3835;QD=59.0081;RBI=0.0325544;REFB=0;REVB=0.0189308;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327282;OID=.;OPOS=72535007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr10 72619205 . C T 1650.29 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.225;QD=60.0106;RBI=0.0342953;REFB=0;REVB=0.0323551;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3357e-05;OID=.;OPOS=72619205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:110:0:0:106:110:1:54:52:0:0:56:54:0:0 chr10 73044580 . G A 577.05 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0062765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.176;QD=24.5552;RBI=0.0216349;REFB=-0.0157991;REVB=-0.0207045;RO=41;SAF=26;SAR=27;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172464;STB=0.594203;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0168138;OID=.;OPOS=73044580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:41:53:53:0.56383:27:26:29:12:27:26:29:12 chr10 73051388 . T C 593.0 PASS AF=0.451852;AO=60;DP=134;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.00158138;FXX=0.0287749;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.803;QD=17.5704;RBI=0.0118546;REFB=-0.0247379;REVB=0.0117487;RO=67;SAF=37;SAR=23;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106619;STB=0.569265;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0221584;OID=.;OPOS=73051388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:67:74:60:61:0.451852:23:37:34:33:23:38:37:37 chr10 73082563 . A G 1153.8 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00198722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.36;QD=60.7261;RBI=0.0201171;REFB=0;REVB=0.0200187;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31423e-05;OID=.;OPOS=73082563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:49:25:0:0:51:25:0:0 chr10 73104056 . A G 222.84 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0127172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.803;QD=18.9647;RBI=0.0423481;REFB=-0.0329259;REVB=-0.0403935;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985473;STB=0.553144;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.032842;OID=.;OPOS=73104056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:25:22:22:0.468085:11:11:9:14:11:11:10:15 chr10 73111408 . C T 479.9 PASS AF=0.434426;AO=52;DP=121;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.057156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2611;QD=15.7343;RBI=0.0618248;REFB=0.0201051;REVB=0.0235691;RO=69;SAF=27;SAR=25;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563615;STB=0.536451;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.0257047;OID=.;OPOS=73111408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:69:69:52:53:0.434426:25:27:32:37:25:28:32:37 chr10 73115941 . TG CA 383.45 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.000622179;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.649;QD=17.4297;RBI=0.00137926;REFB=-0.0176245;REVB=-0.00123096;RO=47;SAF=23;SAR=16;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180201;STB=0.59995;STBP=0.104;TYPE=mnp;VARB=0.0242622;OID=.;OPOS=73115941;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:48:39:40:0.454545:16:23:19:28:16:24:20:28 chr10 73121913 . A G 165.88 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00535173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.544;QD=14.7446;RBI=0.00633554;REFB=0.0054881;REVB=0.00339088;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222065;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00577009;OID=.;OPOS=73121913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:10:8:11:15:10:8:12:15 chr10 73121945 . T C 152.66 PASS AF=0.361702;AO=10;DP=48;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0368414;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.185;QD=12.992;RBI=0.0369608;REFB=-0.00875017;REVB=-0.00296828;RO=30;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282208;STB=0.50251;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0192046;OID=.;OPOS=73121945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:30:30:10:17:0.361702:3:7:14:16:9:8:14:16 chr10 73270906 . T C,G 1457.38 PASS AF=0.946809,0.0531915;AO=87,7;DP=94;FAO=89,5;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=48,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462119,-0.0146557;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=233.466,22.8487;QD=62.0162;RBI=0.0186211,0.0154849;REFB=0,0;REVB=0.0180386,-0.0049993;RO=0;SAF=40,1;SAR=47,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000751574,0.034431;OID=.,.;OPOS=73270906,73270906;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:94:94:0:0:87,7:89,5:0.946809,0.0531915:47,6:40,1:0:0:48,5:41,0:0:0 chr10 73270982 . G A 604.56 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0486218;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.537;QD=58.9817;RBI=0.0501112;REFB=-0.16673;REVB=-0.0121267;RO=1;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177001;STB=0.509429;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00155933;OID=.;OPOS=73270982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:26:14:0:1:26:14:0:1 chr10 73377054 . G A 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0109178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=329.003;QD=23.8368;RBI=0.012753;REFB=-0.015411;REVB=-0.00659097;RO=22;SAF=19;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00217662;STB=0.501198;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.010262;OID=.;OPOS=73377054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:13:19:13:9:13:19:13:9 chr10 73455201 . T C 291.6 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0535533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.216;QD=19.4399;RBI=0.0572714;REFB=0.00233508;REVB=-0.0202991;RO=28;SAF=9;SAR=21;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156839;STB=0.603029;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00246349;OID=.;OPOS=73455201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:29:30:31:0.516667:21:9:13:15:22:9:14:15 chr10 73455273 . T C 269.35 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0322445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.656;QD=18.9019;RBI=0.0337588;REFB=0.00533932;REVB=0.00999746;RO=27;SAF=10;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156723;STB=0.580096;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00551141;OID=.;OPOS=73455273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:29:29:0.508772:19:10:14:13:19:10:14:14 chr10 73466709 . T C 660.11 PASS AF=0.566372;AO=64;DP=112;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0152304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.015;QD=23.3666;RBI=0.0337849;REFB=-0.0427273;REVB=-0.0301572;RO=48;SAF=31;SAR=33;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00409188;STB=0.502352;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0277898;OID=.;OPOS=73466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:48:49:64:64:0.566372:33:31:23:25:33:31:24:25 chr10 73472868 . C G 232.03 PASS AF=0.46;AO=16;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00481027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.484;QD=18.5623;RBI=0.0450875;REFB=-0.0175292;REVB=0.0448301;RO=27;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280841;STB=0.599215;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0162912;OID=.;OPOS=73472868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:16:23:0.46:7:9:8:19:12:11:8:19 chr10 73472882 . C T 263.46 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0228486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.47;QD=19.5155;RBI=0.0242889;REFB=-0.00728089;REVB=0.00823977;RO=26;SAF=13;SAR=15;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172339;STB=0.595622;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0090586;OID=.;OPOS=73472882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:15:13:7:19:15:13:7:19 chr10 73492079 . A G 280.78 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00867793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8688;QD=28.0776;RBI=0.0173666;REFB=-0.0465643;REVB=-0.015043;RO=15;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169978;STB=0.59329;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0302092;OID=.;OPOS=73492079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:11:14:12:3:11:14:12:3 chr10 73498355 . G A 357.47 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0177001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.51;QD=22.3418;RBI=0.030556;REFB=-0.0249836;REVB=-0.0249073;RO=28;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211681;STB=0.616376;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0202663;OID=.;OPOS=73498355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:20:16:20:8:20:16:20:8 chr10 73501556 . G A 267.04 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0201261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.545;QD=21.7993;RBI=0.0251565;REFB=-0.0131181;REVB=0.0150928;RO=24;SAF=9;SAR=16;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365004;STB=0.703143;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00705726;OID=.;OPOS=73501556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:16:9:19:5:16:9:19:5 chr10 73520632 . A C 993.65 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7187;QD=58.45;RBI=0.0524889;REFB=0;REVB=0.0322122;RO=0;SAF=45;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578968;OID=.;OPOS=73520632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:22:45:0:0:22:46:0:0 chr10 73521578 . G A 403.21 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00540268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.888;QD=24.8129;RBI=0.0162516;REFB=-0.0159504;REVB=0.0153273;RO=26;SAF=17;SAR=22;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472236;STB=0.525883;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0106519;OID=.;OPOS=73521578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:26:39:39:0.6:22:17:13:13:22:17:13:13 chr10 73544093 . C G 265.54 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0113059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.455;QD=13.2771;RBI=0.0127885;REFB=-0.0251183;REVB=0.00597691;RO=49;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101172;STB=0.505781;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0381656;OID=.;OPOS=73544093;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:18:13:21:28:18:13:21:28 chr10 73550969 . G A 934.15 PASS AF=0.548193;AO=88;DP=163;FAO=91;FDP=166;FR=.;FRO=75;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.0222744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.183;QD=22.5096;RBI=0.0229569;REFB=-0.0423625;REVB=0.00555627;RO=74;SAF=55;SAR=33;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504533;STB=0.531517;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.031847;OID=.;OPOS=73550969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:166:74:75:88:91:0.548193:33:55:42:32:34:57:42:33 chr10 73558886 . G A 217.92 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0157707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.838;QD=13.6202;RBI=0.0233514;REFB=-0.0138687;REVB=0.0172214;RO=38;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357629;STB=0.530464;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0189734;OID=.;OPOS=73558886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:25:26:0.40625:11:14:20:18:11:15:20:18 chr10 73558952 . C T 220.61 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00422559;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.753;QD=12.0881;RBI=0.00641934;REFB=-0.0230951;REVB=-0.00483243;RO=44;SAF=7;SAR=20;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347939;STB=0.701972;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0262423;OID=.;OPOS=73558952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:46:27:27:0.369863:20:7:25:19:20:7:26:20 chr10 73562744 . G A 334.24 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00238715;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.1581;QD=24.3081;RBI=0.00261493;REFB=-0.0102351;REVB=-0.00106742;RO=22;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888457;STB=0.548859;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00594953;OID=.;OPOS=73562744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:19:14:12:10:19:14:12:10 chr10 73571765 . T C 142.74 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0614867;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5264;QD=13.9258;RBI=0.0635337;REFB=0.0102301;REVB=-0.0159976;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186768;STB=0.598066;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0185397;OID=.;OPOS=73571765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:26:25:16:16:0.390244:9:7:16:10:9:7:15:10 chr10 73574843 . G A 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0325444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.862;QD=24.5996;RBI=0.0562115;REFB=-0.0202166;REVB=0.0458322;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610537;STB=0.53395;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0206287;OID=.;OPOS=73574843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:10:12:10:6:10:12:10:6 chr10 73576307 . C T 315.79 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.864;QD=52.6316;RBI=0.0715159;REFB=0;REVB=0.0435496;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100559;OID=.;OPOS=73576307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:18:4:0:0:19:5:0:0 chr10 73585526 . A G 602.14 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.108;QD=58.7457;RBI=0.0273319;REFB=-0.182471;REVB=0.013791;RO=1;SAF=24;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191347;STB=0.509799;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000631066;OID=.;OPOS=73585526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:41:1:1:39:40:0.97561:15:24:1:0:15:25:1:0 chr10 74237247 . C CT 816.36 PASS AF=1;AO=70;DP=80;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164539;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.361;QD=42.4081;RBI=0.157483;REFB=0;REVB=-0.156621;RO=5;SAF=38;SAR=32;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432612;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00343208;OID=.;OPOS=74237248;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:80:77:77:0:39:38:0:0:16:5:38:32:1:4 chr10 74326527 . C G 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0305262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.786;QD=15.2373;RBI=0.0337669;REFB=-0.00595688;REVB=-0.0144346;RO=36;SAF=19;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159894;STB=0.590842;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0143142;OID=.;OPOS=74326527;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:9:19:19:17:9:19:19:17 chr10 75000739 . G A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00797558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.708;QD=7.3229;RBI=0.021409;REFB=-0.0118708;REVB=0.019868;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.030128;OID=.;OPOS=75000739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:7:7:3:3:7:7 chr10 75000741 . AGGCAGACCAGTCTCT A 36.2 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00231352;FXX=0;HRUN=2;LEN=15;MLLD=531.197;QD=7.23946;RBI=0.00302781;REFB=-0.00913638;REVB=-0.00195327;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.318777;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0183196;OID=.;OPOS=75000742;OREF=GGCAGACCAGTCTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:6:20:6:20:14:3:3:7:7:36:14:3:3:7:7 chr10 75457513 . TG T 119.44 PASS AF=0.645161;AO=17;DP=32;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.273307;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.617;QD=15.4113;RBI=0.273584;REFB=-0.0481815;REVB=-0.0123137;RO=13;SAF=0;SAR=17;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.832162;STB=0.683319;STBP=0.043;TYPE=del;VARB=0.0876115;OID=.;OPOS=75457514;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.645161:17:32:20:31:11:2:18:4:7:46:13:0:17:6:7 chr10 75558867 . G A 276.98 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0295222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5816;QD=16.0566;RBI=0.068717;REFB=-0.0146305;REVB=0.0620521;RO=38;SAF=18;SAR=12;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605962;STB=0.526404;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0199301;OID=.;OPOS=75558867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:38:30:31:0.449275:12:18:25:13:12:19:25:13 chr10 75632760 . C T 173.07 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=33;FWDB=-0.00702196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0232;QD=11.3491;RBI=0.00817836;REFB=0.0126376;REVB=-0.00419256;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355176;STB=0.700787;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0228096;OID=.;OPOS=75632760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:12:10:6:33:12:10:6:33 chr10 75673101 . T C 99.93 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00112122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.256;QD=15.3746;RBI=0.0299555;REFB=-0.00714961;REVB=-0.0299345;RO=14;SAF=10;SAR=2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742217;STB=0.543402;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00653451;OID=.;OPOS=75673101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:2:10:11:3:2:10:11:3 chr10 75849799 . A C 306.07 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.011983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.178;QD=20.4044;RBI=0.0238435;REFB=-0.00551361;REVB=0.0206136;RO=28;SAF=22;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075921;STB=0.542226;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00477448;OID=.;OPOS=75849799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:10:22:17:11:10:22:17:11 chr10 75865065 . G A 376.34 PASS AF=0.513158;AO=38;DP=75;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0563974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9217;QD=19.8075;RBI=0.0601236;REFB=-0.00207347;REVB=-0.020837;RO=37;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10988;STB=0.554387;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000994052;OID=.;OPOS=75865065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:37:37:38:39:0.513158:20:18:13:24:21:18:13:24 chr10 75871735 . C G 1370.07 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0023035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.483;QD=62.276;RBI=0.0757222;REFB=0;REVB=0.0756872;RO=0;SAF=53;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1281e-05;OID=.;OPOS=75871735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:88:0:0:82:88:1:29:53:0:0:33:55:0:0 chr10 75878915 . C CTA 409.91 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0121375;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.081;QD=51.2389;RBI=0.0141883;REFB=-0.0282039;REVB=0.00734781;RO=2;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517385;STB=0.527759;STBP=0.307;TYPE=ins;VARB=0.00372827;OID=.;OPOS=75878916;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:30:32:30:32:2:13:17:0:2:9:2:13:17:0:2 chr10 75883134 . C CTT,T 834.01 PASS AF=0.982759,0.0172414;AO=51,4;DP=63;FAO=57,1;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00130829,-0.0125401;FXX=0.0491723;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=178.573,107.26;QD=57.5182;RBI=0.002302,0.0182246;REFB=0,0;REVB=0.00189409,-0.0132244;RO=5;SAF=25,1;SAR=26,3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0151259,-0.15474;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000216246,0.168694;OID=.,.;OPOS=75883135,75883134;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:63:58:5:0:51,4:57,1:0.982759,0.0172414:26,3:25,1:2:3:28,1:29,0:0:0 chr10 75896391 . T C 274.3 PASS AF=0.376471;AO=31;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00935423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.097;QD=12.9083;RBI=0.0103147;REFB=-0.00311505;REVB=-0.00434631;RO=53;SAF=14;SAR=17;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222021;STB=0.501844;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0058578;OID=.;OPOS=75896391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:31:32:0.376471:17:14:25:28:17:15:25:28 chr10 75936611 . C T 805.53 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.089;QD=64.4423;RBI=0.0749022;REFB=0;REVB=0.0728503;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169706;OID=.;OPOS=75936611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:27:23:0:0 chr10 76790261 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.00350767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.405;QD=17.5419;RBI=0.013133;REFB=-0.0225187;REVB=-0.0126559;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299144;STB=0.675491;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0101638;OID=.;OPOS=76790261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:10:5:1:14:10:5:1:15 chr10 76790612 . TG T 199.2 PASS AF=0.84375;AO=23;DP=32;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0722609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.305;QD=24.8997;RBI=0.0722857;REFB=-0.0863354;REVB=-0.0018939;RO=6;SAF=12;SAR=11;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.464789;SSSB=-0.0552386;STB=0.555514;STBP=0.185;TYPE=del;VARB=0.0246642;OID=.;OPOS=76790613;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.84375:23:32:27:32:5:12:15:4:1:18:6:12:11:4:2 chr10 76797632 . G A 319.77 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.00807878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7286;QD=18.5371;RBI=0.0343106;REFB=-0.00925418;REVB=0.0333459;RO=35;SAF=11;SAR=23;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350486;STB=0.695101;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0119659;OID=.;OPOS=76797632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:23:11:25:10:23:11:25:10 chr10 76854564 . C T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.494;QD=60.0306;RBI=0.0577256;REFB=0;REVB=-0.000447832;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014883;OID=.;OPOS=76854564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr10 76855412 . G A 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.219;QD=57.5437;RBI=0.0366171;REFB=0;REVB=0.0341485;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75955e-05;OID=.;OPOS=76855412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr10 76861680 . T C 751.73 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6211;QD=61.3654;RBI=0.0360889;REFB=-0.140653;REVB=-0.00919164;RO=1;SAF=26;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177516;STB=0.50943;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00263504;OID=.;OPOS=76861680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:22:26:1:0:22:26:1:0 chr10 76867899 . T C 926.38 PASS AF=0.984848;AO=62;DP=64;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00589538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8534;QD=56.1444;RBI=0.0268583;REFB=-0.0366165;REVB=0.0262033;RO=1;SAF=22;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209743;STB=0.510201;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00330959;OID=.;OPOS=76867899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:66:1:1:62:65:0.984848:40:22:1:0:41:24:1:0 chr10 77198245 . C T 113.34 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.038214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1547;QD=9.64559;RBI=0.0402283;REFB=0.00752305;REVB=-0.0125702;RO=32;SAF=6;SAR=8;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258641;STB=0.662504;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0217955;OID=.;OPOS=77198245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:33:14:14:0.297872:8:6:21:11:8:6:22:11 chr10 78629795 . C G 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00442449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.648;QD=19.3862;RBI=0.0187592;REFB=1.38265e-05;REVB=0.01823;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075896;STB=0.543037;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=1.91923e-05;OID=.;OPOS=78629795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:7:13:12:9:7:13:12:9 chr10 78944590 . G A 207.29 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00629787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.326;QD=24.387;RBI=0.0270197;REFB=-0.00253438;REVB=0.0262755;RO=14;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116545;STB=0.565151;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0010925;OID=.;OPOS=78944590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:7:13:7:7:7:13:7:7 chr10 79570873 . G T 166.92 PASS AF=0.459459;AO=10;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-3.15338e-05;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=41.1557;QD=18.0458;RBI=0.0280042;REFB=-0.0176539;REVB=-0.0280042;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155332;STB=0.542205;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0500999;OID=.;OPOS=79570873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:12:18:10:17:0.459459:5:5:4:8:10:7:6:12 chr10 79579222 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00498055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.66;QD=12.0516;RBI=0.0101756;REFB=0.0139619;REVB=0.00887336;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820699;STB=0.562372;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00855442;OID=.;OPOS=79579222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:2:7:10:2:2:7:11:2 chr10 79584178 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.692;QD=45.8067;RBI=0.0352648;REFB=0;REVB=0.00146045;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058967;OID=.;OPOS=79584178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr10 79616605 . T C 2108.53 PASS AF=1;AO=131;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267068;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.783;QD=62.4748;RBI=0.0327536;REFB=0;REVB=0.0189617;RO=0;SAF=42;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.62864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146876;OID=.;OPOS=79616605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:131:135:1:89:42:0:0:92:43:0:0 chr10 79628875 . A G 594.43 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.445;QD=60.9673;RBI=0.0553846;REFB=0;REVB=0.0541031;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240364;OID=.;OPOS=79628875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:10:29:0:0:10:29:0:0 chr10 79628961 . G A 169.15 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0916945;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6917;QD=12.0818;RBI=0.096909;REFB=0.0101177;REVB=0.0313603;RO=35;SAF=12;SAR=9;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636958;STB=0.536808;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.0131106;OID=.;OPOS=79628961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:9:12:22:13:9:12:22:13 chr10 79793688 . C T 724.06 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4094;QD=54.6461;RBI=0.057303;REFB=-0.10622;REVB=0.0522519;RO=1;SAF=20;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229599;STB=0.51219;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00499667;OID=.;OPOS=79793688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:31:20:1:0:32:20:1:0 chr10 79799959 . C A 372.91 PASS AF=0.413462;AO=42;DP=102;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0170949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9745;QD=14.3429;RBI=0.0621791;REFB=-0.000461099;REVB=-0.059783;RO=59;SAF=24;SAR=18;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117952;STB=0.581357;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000141664;OID=.;OPOS=79799959;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:59:61:42:43:0.413462:18:24:27:32:18:25:27:34 chr10 80310465 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000142739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.81;QD=43.4861;RBI=0.0480462;REFB=0;REVB=-0.048046;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374086;OID=.;OPOS=80310465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr10 80310636 . G A 2596.01 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00306493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.076;QD=61.8098;RBI=0.00313787;REFB=0;REVB=-0.000672599;RO=0;SAF=86;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.21542e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08632e-06;OID=.;OPOS=80310636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:168:0:0:165:168:1:79:86:0:0:81:87:0:0 chr10 81053475 . G A 52.42 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=0.0150839;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.17;QD=6.1666;RBI=0.0151055;REFB=0.00802483;REVB=0.000807821;RO=26;SAF=2;SAR=6;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.62978;STB=0.877397;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0160904;OID=.;OPOS=81053475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:34:26:26:8:8:0.235294:6:2:22:4:6:2:22:4 chr10 81145701 . G C 86.76 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0294735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5901;QD=12.8536;RBI=0.0344028;REFB=-0.00953043;REVB=0.0177444;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207001;STB=0.619962;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0167619;OID=.;OPOS=81145701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:13:3:4:7:13:3 chr10 81272814 . G C 227.14 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00260741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.791;QD=36.3419;RBI=0.0165078;REFB=-0.00619088;REVB=-0.0163005;RO=5;SAF=2;SAR=18;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428421;STB=0.739426;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00189242;OID=.;OPOS=81272814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:18:2:4:1:18:2:4:1 chr10 81273085 . C T 182.19 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0222847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0164;QD=22.7737;RBI=0.0578981;REFB=-0.0440505;REVB=-0.0534376;RO=9;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224669;STB=0.571344;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00940572;OID=.;OPOS=81273085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:29:32:9:12:17:17:0.53125:10:7:7:2:10:7:7:5 chr10 81273490 . A C 59.41 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=8.11038e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.678;QD=15.8436;RBI=0.0119043;REFB=-0.00558737;REVB=0.011904;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468349;STB=0.773532;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00323834;OID=.;OPOS=81273490;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:6:1:6:2:6:1 chr10 81273879 . A G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0101155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.511;QD=16.4544;RBI=0.0158406;REFB=-0.0290051;REVB=0.0121903;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279564;STB=0.66611;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0227249;OID=.;OPOS=81273879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:1:3:2:4:1:3 chr10 81274334 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.073;QD=39.2064;RBI=0.0234165;REFB=0;REVB=0.0195388;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263628;OID=.;OPOS=81274334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr10 81275154 . G T 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0698914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.154;QD=10.823;RBI=0.0715701;REFB=-0.00799165;REVB=-0.0154103;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378991;STB=0.716044;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0114023;OID=.;OPOS=81275154;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:9:3:13:9:9:3:13:10 chr10 81275625 . TG TGT,T,TT 278.11 PASS AF=0.275862,0.413793,0.310345;AO=4,5,15;DP=28;FAO=8,12,9;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=4,7,4;FSAR=4,5,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175335,-0.0031976,-0.00344615;FXX=0;HRUN=8,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=5.00673,226.097,226.977;QD=38.3599;RBI=0.019625,0.0166646,0.0127133;REFB=0.0488211,-0.00649507,-0.00437594;REVB=0.00881564,0.016355,0.0122373;RO=1;SAF=2,2,9;SAR=2,3,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.166656,-0.169284,-0.0479918;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,del,snp;VARB=-0.181921,-0.0289242,0.0233441;OID=.,.,.;OPOS=81275627,81275626,81275626;OREF=-,G,G;OALT=T,-,T;OMAPALT=TGT,T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.275862,0.413793,0.310345:4,5,15:28:8,12,9:29:0:4,7,4:4,5,5:0:0:46:1:2,2,9:2,3,6:1:0 chr10 81275738 . C T 83.34 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00365104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3019;QD=6.28954;RBI=0.00460127;REFB=0.0050324;REVB=-0.00280029;RO=41;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087556;STB=0.555462;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.0165136;OID=.;OPOS=81275738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:7:5:20:21:7:5:20:21 chr10 81275840 . A G 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0014171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.831;QD=9.82161;RBI=0.00353237;REFB=-0.0105624;REVB=-0.00323565;RO=23;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223153;STB=0.513489;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0242177;OID=.;OPOS=81275840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:6:5:10:13:6:5:10:13 chr10 81275976 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00467117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.84;QD=11.1976;RBI=0.0066332;REFB=0.00151717;REVB=0.00470951;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492868;STB=0.529363;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00150643;OID=.;OPOS=81275976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:12:10:6:6:12:10 chr10 81317045 . G T 940.78 PASS AF=0.482051;AO=92;DP=194;FAO=94;FDP=195;FR=.;FRO=101;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=0.00366197;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.608;QD=19.2981;RBI=0.0172708;REFB=-0.0178284;REVB=0.0168781;RO=102;SAF=49;SAR=43;SRF=43;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105398;STB=0.565359;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.010081;OID=.;OPOS=81317045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:102:101:92:94:0.482051:43:49:43:59:43:51:42:59 chr10 81318663 . C G 176.04 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0543199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4848;QD=20.7111;RBI=0.0637761;REFB=0.00102569;REVB=0.0334176;RO=16;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353489;STB=0.519977;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00200147;OID=.;OPOS=81318663;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:13:5:5:11:13:5:5:11 chr10 81319423 . C T 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.698;QD=59.8347;RBI=0.0532643;REFB=0;REVB=0.00343039;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321855;OID=.;OPOS=81319423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr10 81319458 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.064;QD=60.2305;RBI=0.0228925;REFB=0;REVB=0.021856;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85818e-05;OID=.;OPOS=81319458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr10 81319483 . A G 538.28 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.873;QD=59.8083;RBI=0.0402654;REFB=0;REVB=0.0297765;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161411;OID=.;OPOS=81319483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr10 81371341 . G T 102.62 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0609078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0122;QD=7.07726;RBI=0.0625108;REFB=0.00153293;REVB=0.0140657;RO=43;SAF=9;SAR=6;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00585455;STB=0.503592;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.000992641;OID=.;OPOS=81371341;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:43:43:15:15:0.258621:6:9:26:17:6:9:26:17 chr10 81371698 . C T 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0758943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.218;QD=13.0535;RBI=0.076042;REFB=-0.00877076;REVB=-0.00473669;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828079;STB=0.547471;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0101414;OID=.;OPOS=81371698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:12:11:14:21:12:11:14:21 chr10 81372081 . A G 199.35 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0175827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0457;QD=13.5155;RBI=0.0207621;REFB=-0.0176426;REVB=-0.0110415;RO=32;SAF=16;SAR=8;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603112;STB=0.51281;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0390213;OID=.;OPOS=81372081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:35:24:24:0.40678:8:16:23:9:8:16:24:11 chr10 81373777 . C T 571.96 PASS AF=0.427586;AO=54;DP=140;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=0.0336364;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1049;QD=15.7782;RBI=0.0991738;REFB=-0.0276772;REVB=0.0932955;RO=80;SAF=33;SAR=21;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533502;STB=0.512639;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0334994;OID=.;OPOS=81373777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:145:80:83:54:62:0.427586:21:33:45:35:29:33:46:37 chr10 81471458 . A C 124.78 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0403999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6433;QD=17.8256;RBI=0.0404436;REFB=-0.00808239;REVB=-0.00187948;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122667;OID=.;OPOS=81471458;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:6:8:8:6:6:8 chr10 81701722 . T C 1267.73 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055295;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7422;QD=61.8403;RBI=0.0563089;REFB=0;REVB=-0.0106371;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158898;OID=.;OPOS=81701722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:36:46:0:0:36:46:0:0 chr10 81702243 . C T 464.98 PASS AF=0.422764;AO=52;DP=123;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.00285847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.605;QD=15.1213;RBI=0.0054393;REFB=-0.0101804;REVB=0.00462765;RO=66;SAF=19;SAR=33;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197667;STB=0.60777;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0157276;OID=.;OPOS=81702243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:66:71:52:52:0.422764:33:19:37:29:33:19:39:32 chr10 81706324 . A G 755.54 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3403;QD=62.9621;RBI=0.0223207;REFB=0;REVB=0.0186317;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000779006;OID=.;OPOS=81706324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:29:17:0:0:31:17:0:0 chr10 81841692 . G T 375.93 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.452;QD=55.6931;RBI=0.0306131;REFB=0;REVB=0.020505;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120215;OID=.;OPOS=81841692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:17:10:0:0 chr10 81904059 . G A 163.92 PASS AF=0.264368;AO=23;DP=90;FAO=23;FDP=87;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.010232;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.932;QD=7.53661;RBI=0.0106408;REFB=-0.0155473;REVB=0.00292106;RO=61;SAF=11;SAR=12;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633359;STB=0.553274;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0401746;OID=.;OPOS=81904059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:87:61:64:23:23:0.264368:12:11:26:35:12:11:26:38 chr10 81915136 . T C 867.75 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4127;QD=57.8503;RBI=0.0733682;REFB=0;REVB=0.0679222;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436912;OID=.;OPOS=81915136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:29:30:0:0:29:31:0:0 chr10 81917708 . A G 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.16;QD=63.5801;RBI=0.0114633;REFB=0;REVB=-0.00260245;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1896e-05;OID=.;OPOS=81917708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr10 81926702 . G A 3135.86 PASS AF=0.994949;AO=198;DP=198;FAO=197;FDP=198;FR=.;FRO=1;FSAF=146;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000592754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.201;QD=63.3508;RBI=0.0373464;REFB=-0.0669437;REVB=0.0373417;RO=0;SAF=147;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64538e-08;STB=0.501706;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=4.02662e-05;OID=.;OPOS=81926702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:198:0:1:198:197:0.994949:51:147:0:0:51:146:1:0 chr10 81930716 . C G 181.75 PASS AF=0.32;AO=23;DP=74;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00636421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.451;QD=9.69334;RBI=0.0584745;REFB=-0.0126976;REVB=-0.0581272;RO=51;SAF=7;SAR=16;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205861;STB=0.598047;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0371095;OID=.;OPOS=81930716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:51:51:23:24:0.32:16:7:24:27:16:8:24:27 chr10 82013008 . C T 308.13 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0251285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2323;QD=20.8903;RBI=0.0509205;REFB=-0.010821;REVB=-0.0442883;RO=27;SAF=12;SAR=20;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268304;STB=0.648444;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0112387;OID=.;OPOS=82013008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:20:12:19:8:20:12:19:8 chr10 82013134 . C T 740.79 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.651;QD=56.9839;RBI=0.0430312;REFB=0;REVB=0.0383197;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22549e-05;OID=.;OPOS=82013134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:18:33:0:0:19:33:0:0 chr10 82013146 . T C 1026.34 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.664;QD=59.498;RBI=0.0290594;REFB=0;REVB=0.0218498;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16283e-05;OID=.;OPOS=82013146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:31:37:0:0:31:38:0:0 chr10 82033594 . G A 1267.8 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270278;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9121;QD=61.8438;RBI=0.0307086;REFB=0;REVB=0.014578;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247653;OID=.;OPOS=82033594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:39:42:0:0:40:42:0:0 chr10 82034842 . A G 1541.26 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.03;QD=63.5572;RBI=0.0874106;REFB=0;REVB=0.0450204;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804218;OID=.;OPOS=82034842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:45:49:0:0:48:49:0:0 chr10 82034854 . T C 1308.93 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.338;QD=60.8805;RBI=0.0374195;REFB=-0.0992519;REVB=0.0163324;RO=1;SAF=38;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123032;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401454;OID=.;OPOS=82034854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:86:86:1:0:85:86:1:47:38:1:0:47:39:0:0 chr10 82040052 . A G 958.07 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0393881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9048;QD=57.198;RBI=0.0394011;REFB=-0.120451;REVB=-0.00100957;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00175114;OID=.;OPOS=82040052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:37:29:0:0:37:29:1:0 chr10 82045354 . G C 170.3 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0353002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6147;QD=17.0304;RBI=0.043596;REFB=-0.0352032;REVB=0.0255833;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109005;STB=0.56243;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.042121;OID=.;OPOS=82045354;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:11:7:11:11:11:7:11:11 chr10 82095968 . T G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000817577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.318;QD=57.6807;RBI=0.0184211;REFB=0;REVB=0.0184029;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78208e-05;OID=.;OPOS=82095968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr10 82192713 . T A 170.0 PASS AF=0.514286;AO=16;DP=33;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0106305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.476;QD=19.4281;RBI=0.010945;REFB=-0.0231356;REVB=-0.0026051;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14083;STB=0.555497;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0222506;OID=.;OPOS=82192713;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:17:17:16:18:0.514286:6:10:13:4:6:12:13:4 chr10 82369219 . T A 454.94 PASS AF=0.542169;AO=39;DP=79;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00729708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4368;QD=21.9247;RBI=0.0568595;REFB=-0.0253684;REVB=0.0563893;RO=38;SAF=14;SAR=25;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00909387;STB=0.530959;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0306673;OID=.;OPOS=82369219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:38:38:39:45:0.542169:25:14:14:24:30:15:15:23 chr10 85993836 . A G,T 728.87 PASS AF=0.980769,0.0192308;AO=49,2;DP=51;FAO=51,1;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083887,0.00743302;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=260.423,210.839;QD=56.067;RBI=0.0188466,0.0152082;REFB=0,0;REVB=0.0168767,0.013268;RO=0;SAF=20,1;SAR=29,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000916973,-0.04626;OID=.,.;OPOS=85993836,85993836;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:51:52:0:0:49,2:51,1:0.980769,0.0192308:29,1:20,1:0:0:29,1:22,0:0:0 chr10 86274871 . C T 1988.13 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.248;QD=62.1292;RBI=0.0235476;REFB=0;REVB=0.023407;RO=0;SAF=72;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24314e-05;OID=.;OPOS=86274871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:55:72:0:0:55:73:0:0 chr10 87359435 . A C 204.36 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0449203;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=230.206;QD=22.707;RBI=0.0449453;REFB=-0.0130142;REVB=-0.00149901;RO=8;SAF=12;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479025;STB=0.728337;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0155774;OID=.;OPOS=87359435;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:8:16:14:20:0.555556:2:12:2:6:5:15:4:12 chr10 87359676 . T A 68.71 PASS AF=0.5;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2123;QD=15.2691;RBI=0.107401;REFB=-0.107764;REVB=0.107401;RO=8;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.114248;OID=.;OPOS=87359676;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:8:9:8:9:0.5:8:0:0:8:9:0:0:9 chr10 87359826 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4735;QD=39.2068;RBI=0.0109642;REFB=0;REVB=0.0109642;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241616;OID=.;OPOS=87359826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr10 88126072 . G A 142.53 PASS AF=0.6;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0186601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8027;QD=22.8042;RBI=0.0492899;REFB=-0.00239546;REVB=0.0456212;RO=10;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17755;STB=0.564013;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0030541;OID=.;OPOS=88126072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:10:10:14:15:0.6:11:3:4:6:11:4:4:6 chr10 88203068 . T C 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00274251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.242;QD=16.042;RBI=0.0274715;REFB=-0.0149678;REVB=0.0273342;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801459;STB=0.54605;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0268834;OID=.;OPOS=88203068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:8:11:13:13:8:11:13:13 chr10 88422116 . C T 715.99 PASS AF=0.483871;AO=75;DP=155;FAO=75;FDP=155;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.0337424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.857;QD=18.477;RBI=0.0341357;REFB=-0.0188472;REVB=0.00516703;RO=77;SAF=34;SAR=41;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131379;STB=0.517726;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0203284;OID=.;OPOS=88422116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:77:80:75:75:0.483871:41:34:36:41:41:34:39:41 chr10 88426614 . TC T 275.04 PASS AF=0.48366;AO=63;DP=152;FAO=74;FDP=153;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=0.220614;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.5557;QD=7.1906;RBI=0.279768;REFB=0.0352183;REVB=0.172045;RO=71;SAF=31;SAR=32;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135344;STB=0.542157;STBP=0.336;TYPE=del;VARB=0.0101046;OID=.;OPOS=88426615;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48366:63:152:74:153:79:38:36:47:32:99:71:31:32:45:26 chr10 88505700 . T G 243.36 PASS AF=0.490909;AO=25;DP=53;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0149652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.458;QD=17.6986;RBI=0.0219197;REFB=-0.0169032;REVB=0.0160161;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183913;STB=0.583722;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0169418;OID=.;OPOS=88505700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:27:28:25:27:0.490909:9:16:12:15:11:16:12:16 chr10 88635779 . C A 105.78 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0115745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1118;QD=11.4359;RBI=0.162032;REFB=-0.0251944;REVB=-0.161618;RO=23;SAF=10;SAR=3;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103286;STB=0.552401;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0393566;OID=.;OPOS=88635779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:23:24:13:13:0.351351:3:10:16:7:3:10:17:7 chr10 88683890 . T A 296.59 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0276276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.998;QD=49.4319;RBI=0.0343808;REFB=-0.121279;REVB=0.0204636;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00172817;OID=.;OPOS=88683890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:12:11:0:0:12:11:0:1 chr10 88702350 . G C 303.74 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6244;QD=50.6237;RBI=0.0929321;REFB=0;REVB=0.0550384;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00313484;OID=.;OPOS=88702350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:24:0:0:21:24:1:9:12:0:0:10:14:0:0 chr10 88702390 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0254557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.243;QD=21.1692;RBI=0.0276892;REFB=-0.0111329;REVB=-0.0108949;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288883;STB=0.666221;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0162692;OID=.;OPOS=88702390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:0:3:3:4:0:3 chr10 88717140 . T A 1568.21 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2896;QD=64.0087;RBI=0.0545312;REFB=0;REVB=0.0506917;RO=0;SAF=73;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69608e-05;OID=.;OPOS=88717140;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:25:73:0:0:25:73:0:0 chr10 88717154 . C T 309.46 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=0.00519282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.655;QD=11.9022;RBI=0.0162134;REFB=-0.0142689;REVB=0.0153593;RO=58;SAF=26;SAR=12;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503069;STB=0.534228;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0240141;OID=.;OPOS=88717154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:66:38:38:0.365385:12:26:42:16:12:26:42:24 chr10 88719789 . C G 234.91 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00129676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6315;QD=18.7926;RBI=0.0541334;REFB=0.0223235;REVB=-0.0541179;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885263;STB=0.558619;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.03145;OID=.;OPOS=88719789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:11:12:16:10:11:12:17:10 chr10 88722398 . A T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0323508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.333;QD=17.9405;RBI=0.0379481;REFB=-0.00431402;REVB=-0.0198364;RO=22;SAF=5;SAR=14;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498262;STB=0.781277;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00761235;OID=.;OPOS=88722398;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:14:5:18:4:14:5:18:4 chr10 88730177 . A G 30.21 PASS AF=0.3125;AO=3;DP=17;FAO=5;FDP=16;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=11;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.110926;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.438;QD=7.55172;RBI=0.12312;REFB=-0.0379929;REVB=0.0534225;RO=9;SAF=2;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123106;STB=0.5996;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0463607;OID=.;OPOS=88730177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:16:9:11:3:5:0.3125:1:2:5:4:3:2:6:5 chr10 88730312 . T C 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00786538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9793;QD=15.6191;RBI=0.00861035;REFB=-0.00799268;REVB=-0.00350342;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763977;STB=0.543992;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0102629;OID=.;OPOS=88730312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:12:13:8:10:12:13 chr10 88768253 . A G 160.83 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.000218804;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5112;QD=11.4876;RBI=0.012875;REFB=-0.0110758;REVB=0.0128731;RO=35;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703432;STB=0.532226;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.025219;OID=.;OPOS=88768253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:36:20:20:0.357143:11:9:18:17:11:9:18:18 chr10 88768657 . C T 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0282406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.686;QD=17.4272;RBI=0.0282557;REFB=0.0195184;REVB=-0.000921906;RO=23;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270549;STB=0.655474;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.0141058;OID=.;OPOS=88768657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:14:5:12:11:14:5:12:11 chr10 88782084 . A G 118.24 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.102199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4467;QD=12.7831;RBI=0.1296;REFB=0.0143491;REVB=-0.0796961;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18878;STB=0.609611;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0319681;OID=.;OPOS=88782084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:6:8:17:6:6:8:17:6 chr10 88911363 . A G 107.05 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0276557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4644;QD=22.536;RBI=0.0316059;REFB=0.00699589;REVB=0.0153002;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280329;STB=0.657869;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00168793;OID=.;OPOS=88911363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:5:7:1:6:5:7:1:6 chr10 88930249 . A T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00676559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.281;QD=17.4014;RBI=0.0185707;REFB=-0.0172826;REVB=-0.0172945;RO=13;SAF=11;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115263;STB=0.566898;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0121821;OID=.;OPOS=88930249;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:2:11:10:3:2:11:10:3 chr10 88939898 . C T 393.41 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0368154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2571;QD=15.428;RBI=0.038429;REFB=-0.0165376;REVB=-0.0110188;RO=58;SAF=18;SAR=26;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0049156;STB=0.502761;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0213215;OID=.;OPOS=88939898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:58:44:44:0.431373:26:18:24:34:26:18:24:34 chr10 88939962 . T C 1016.44 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.098;QD=58.0822;RBI=0.0325386;REFB=-0.0301307;REVB=0.0186191;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294034;OID=.;OPOS=88939962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:70:0:0:69:70:1:44:25:0:0:44:26:0:0 chr10 89267957 . C T 313.85 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0104392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.633;QD=14.5977;RBI=0.0174176;REFB=-0.00431193;REVB=-0.0139427;RO=51;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179908;STB=0.510198;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00613481;OID=.;OPOS=89267957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:20:15:21:30:20:15:21:30 chr10 89420789 . A G 1275.37 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.54;QD=61.4636;RBI=0.0592321;REFB=0;REVB=0.020577;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175974;OID=.;OPOS=89420789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:44:38:0:0:45:38:0:0 chr10 89507287 . AC AA,A 151.45 PASS AF=0.134615,0.269231;AO=7,6;DP=46;FAO=7,14;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=4,8;FSAR=3,6;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0153411,-0.132462;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.7147,19.953;QD=11.65;RBI=0.0341121,0.151009;REFB=-0.0264389,-0.00313261;REVB=0.0304678,-0.0725098;RO=30;SAF=4,3;SAR=3,3;SRF=21;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.165596,-0.245282;STB=0.590307,0.576055;STBP=0.656,0.503;TYPE=snp,del;VARB=0.0179169,-0.0148127;OID=.,.;OPOS=89507288,89507288;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.134615,0.269231:7,6:46:7,14:52:31:4,8:3,6:21:10:54:30:4,3:3,3:21:9 chr10 89513452 . C T 1038.27 PASS AF=0.488479;AO=106;DP=217;FAO=106;FDP=217;FR=.;FRO=111;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=47;FSRR=64;FWDB=0.0189239;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9072;QD=19.1386;RBI=0.0293425;REFB=-0.0120246;REVB=-0.0224247;RO=111;SAF=59;SAR=47;SRF=47;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123488;STB=0.567935;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0140772;OID=.;OPOS=89513452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:111:111:106:106:0.488479:47:59:47:64:47:59:47:64 chr10 89624075 . A G 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0210829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9167;QD=9.56951;RBI=0.0917239;REFB=-0.00987644;REVB=-0.0892681;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169958;STB=0.604132;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0222813;OID=.;OPOS=89624075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:8:7:5:3:8:7 chr10 89720907 . T G 555.81 PASS AF=0.368715;AO=66;DP=179;FAO=66;FDP=179;FR=.;FRO=113;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=53;FSRR=60;FWDB=0.0472487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0471;QD=12.4204;RBI=0.0473412;REFB=0.0041407;REVB=-0.00295774;RO=113;SAF=30;SAR=36;SRF=53;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162036;STB=0.5092;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0066115;OID=.;OPOS=89720907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:113:113:66:66:0.368715:36:30:53:60:36:30:53:60 chr10 90305177 . C T 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6401;QD=42.1736;RBI=0.108627;REFB=0;REVB=0.0375232;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00513726;OID=.;OPOS=90305177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr10 90342837 . C G 466.17 PASS AF=0.367742;AO=55;DP=155;FAO=57;FDP=155;FR=.;FRO=98;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=58;FSRR=40;FWDB=0.0318092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0164;QD=12.0301;RBI=0.0327499;REFB=-0.0140027;REVB=-0.00779305;RO=98;SAF=25;SAR=30;SRF=58;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153202;STB=0.574299;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0302122;OID=.;OPOS=90342837;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:98:98:55:57:0.367742:30:25:58:40:30:27:58:40 chr10 90345429 . G A 294.2 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0435711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9807;QD=17.5644;RBI=0.0509195;REFB=-0.000323176;REVB=-0.0263506;RO=33;SAF=22;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14076;STB=0.582431;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.000831164;OID=.;OPOS=90345429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:35:32:32:0.477612:10:22:18:15:10:22:19:16 chr10 90350418 . T C 226.64 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00620747;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.094;QD=20.1456;RBI=0.0081544;REFB=-0.0108175;REVB=-0.00528787;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103146;STB=0.558229;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0140695;OID=.;OPOS=90350418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:11:12:9:13:11:12 chr10 90353833 . C T 390.75 PASS AF=0.361538;AO=47;DP=130;FAO=47;FDP=130;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.00132517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.896;QD=12.0229;RBI=0.0292371;REFB=-0.00772806;REVB=-0.029207;RO=83;SAF=27;SAR=20;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130295;STB=0.574436;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0111056;OID=.;OPOS=90353833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:83:83:47:47:0.361538:20:27:38:45:20:27:38:45 chr10 90354423 . G C 247.53 PASS AF=0.733333;AO=21;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00810619;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9124;QD=33.0038;RBI=0.0309355;REFB=-0.0138251;REVB=0.0298546;RO=7;SAF=6;SAR=15;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05318e-08;STB=0.507685;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00895767;OID=.;OPOS=90354423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:30:30:7:8:21:22:0.733333:15:6:2:5:16:6:2:6 chr10 90354430 . T C 313.3 PASS AF=0.764706;AO=25;DP=33;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0411165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.633;QD=36.8585;RBI=0.0422252;REFB=-0.0193311;REVB=0.00961252;RO=8;SAF=8;SAR=17;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362856;STB=0.516117;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00527976;OID=.;OPOS=90354430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:33:34:8:8:25:26:0.764706:17:8:2:6:18:8:2:6 chr10 90356555 . A T 188.78 PASS AF=0.416667;AO=21;DP=56;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0189812;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.802;QD=12.5852;RBI=0.0200274;REFB=-0.0141391;REVB=-0.00638834;RO=35;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350136;STB=0.721363;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0168351;OID=.;OPOS=90356555;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:35:35:21:25:0.416667:10:11:7:28:10:15:7:28 chr10 90356598 . A G 1089.48 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659121;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.759;QD=60.5269;RBI=0.0173939;REFB=0;REVB=-0.0160967;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030423;OID=.;OPOS=90356598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr10 90433345 . T A 269.56 PASS AF=0.407895;AO=30;DP=75;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.0265992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.119;QD=14.1871;RBI=0.0301725;REFB=-0.0085048;REVB=-0.014243;RO=44;SAF=16;SAR=14;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208357;STB=0.616368;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0112743;OID=.;OPOS=90433345;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:44:45:30:31:0.407895:14:16:32:12:15:16:32:13 chr10 90703465 . C T 267.89 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=6;FWDB=-0.0488949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5125;QD=16.2358;RBI=0.0692885;REFB=-0.0113697;REVB=-0.0490937;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377618;STB=0.709587;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0152382;OID=.;OPOS=90703465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:17:13:30:6:17:13:30:6 chr10 90703524 . C G 339.71 PASS AF=0.420455;AO=35;DP=86;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=9;FWDB=-0.0328874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.916;QD=15.4416;RBI=0.0420985;REFB=-0.0104813;REVB=-0.0262812;RO=51;SAF=17;SAR=18;SRF=42;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355584;STB=0.705224;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00917086;OID=.;OPOS=90703524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:51:51:35:37:0.420455:18:17:42:9:20:17:42:9 chr10 90749256 . G A 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00828186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.661;QD=11.1268;RBI=0.0381496;REFB=-0.00656468;REVB=0.0372398;RO=28;SAF=4;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378154;STB=0.676859;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.017916;OID=.;OPOS=90749256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:34:17:17:0.333333:13:4:16:12:13:4:16:18 chr10 90771829 . T C 340.66 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9016;QD=54.5053;RBI=0.0562773;REFB=0;REVB=-0.0560097;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126908;OID=.;OPOS=90771829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:20:5:0:0:20:5:0:0 chr10 90823124 . T C 201.78 PASS AF=0.512821;AO=18;DP=37;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0160275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.979;QD=20.6956;RBI=0.017254;REFB=-0.0320382;REVB=-0.00638902;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719337;STB=0.514271;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0301256;OID=.;OPOS=90823124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:15:19:18:20:0.512821:8:10:7:8:9:11:11:8 chr10 90966546 . C T 465.0 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.253;QD=58.1248;RBI=0.0755375;REFB=0;REVB=0.0509738;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100167;OID=.;OPOS=90966546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr10 90966996 . C G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4462;QD=58.5867;RBI=0.00333195;REFB=0;REVB=0.00116857;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2861e-05;OID=.;OPOS=90966996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr10 91007360 . T G 762.33 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.856;QD=56.4692;RBI=0.0246487;REFB=0;REVB=0.00561441;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142445;OID=.;OPOS=91007360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:50:54:1:22:28:0:0:23:31:0:0 chr10 91066460 . T A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0222727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.091;QD=20.3165;RBI=0.0229058;REFB=0.00185529;REVB=0.00534813;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018818;STB=0.510627;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.00190777;OID=.;OPOS=91066460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:7:12:11:7:7:12:11:7 chr10 91066769 . C A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.579;QD=63.2867;RBI=0.0105714;REFB=0;REVB=-0.00620761;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55354e-05;OID=.;OPOS=91066769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr10 91067595 . C G 433.01 PASS AF=0.494382;AO=39;DP=84;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0160358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.119;QD=19.4612;RBI=0.0260264;REFB=-0.0149588;REVB=0.0204994;RO=43;SAF=24;SAR=15;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268364;STB=0.638855;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0126089;OID=.;OPOS=91067595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:89:43:45:39:44:0.494382:15:24:14:29:18:26:14:31 chr10 91099943 . C G 128.23 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0144606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.199;QD=12.2127;RBI=0.0193795;REFB=-0.0170957;REVB=-0.0129018;RO=27;SAF=10;SAR=5;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463686;STB=0.527237;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0295427;OID=.;OPOS=91099943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:5:10:19:8:5:10:19:8 chr10 91100068 . C A 60.66 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0706506;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.345;QD=15.1646;RBI=0.072317;REFB=-0.0173315;REVB=-0.0154351;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278203;STB=0.64255;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0230395;OID=.;OPOS=91100068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:16:9:8:8:8:0.5:5:3:1:8:5:3:1:7 chr10 91143529 . T A 302.13 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0242493;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.763;QD=16.5551;RBI=0.0243271;REFB=-0.0327424;REVB=-0.00194396;RO=40;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242834;STB=0.513644;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0277711;OID=.;OPOS=91143529;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:19:14:16:24:19:14:16:24 chr10 91162182 . C T 317.0 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0435805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4839;QD=25.8773;RBI=0.0452845;REFB=-0.0551118;REVB=-0.0123054;RO=21;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373672;STB=0.520695;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0308797;OID=.;OPOS=91162182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:16:12:10:11:16:12:10:11 chr10 91162497 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00283864;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=311.693;QD=59.4356;RBI=0.0049062;REFB=0;REVB=0.00400162;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81306e-06;OID=.;OPOS=91162497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr10 91178000 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0387317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.612;QD=16.9316;RBI=0.0440376;REFB=0.000914102;REVB=-0.0209563;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144308;STB=0.583194;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.000853945;OID=.;OPOS=91178000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:5:7:5:7:5:7 chr10 91222287 . A C 374.29 PASS AF=0.527778;AO=37;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0197495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8907;QD=20.7938;RBI=0.0198374;REFB=-0.0284682;REVB=-0.00186537;RO=34;SAF=16;SAR=21;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124381;STB=0.574287;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.024471;OID=.;OPOS=91222287;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:34:37:38:0.527778:21:16:10:24:21:17:10:24 chr10 91343930 . TTA T,TTT 38.31 PASS AF=0.470588,0;AO=6,4;DP=28;FAO=8,0;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3,0;FSAR=5,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0414014,0.0192152;FXX=0.105208;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=16.075,8.40328;QD=9.01362;RBI=0.0427139,0.0615551;REFB=0.0533307,0.0963496;REVB=0.0105072,-0.0584791;RO=12;SAF=2,0;SAR=4,4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.264239,-0.707566;STB=0.538364,0.5;STBP=0.782,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0857416,0;OID=.,.;OPOS=91343931,91343932;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588,0:6,4:28:8,0:17:9:3,0:5,0:4:5:38:12:2,0:4,4:7:5 chr10 91352966 . G A 555.07 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0122003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1647;QD=20.0025;RBI=0.0131184;REFB=-0.0128844;REVB=-0.00482141;RO=54;SAF=35;SAR=22;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536413;STB=0.529595;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00973471;OID=.;OPOS=91352966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:54:57:57:0.513514:22:35:30:24:22:35:30:24 chr10 91498127 . T C 100.95 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0457781;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.213;QD=14.9548;RBI=0.0751674;REFB=0.00249862;REVB=0.0596197;RO=15;SAF=10;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464022;STB=0.774143;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000179828;OID=.;OPOS=91498127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:2:10:6:9:2:10:6:9 chr10 91738556 . C A 1084.25 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0227133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5497;QD=58.6081;RBI=0.0489059;REFB=-0.111394;REVB=-0.0433116;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00107952;OID=.;OPOS=91738556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:32:41:0:0:32:41:0:1 chr10 91923501 . G A 1118.19 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103088;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.937;QD=58.852;RBI=0.0105302;REFB=0.0324809;REVB=0.0021479;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.506848;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000100073;OID=.;OPOS=91923501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:0:1:75:75:0.986842:36:39:0:0:36:39:0:1 chr10 92503619 . T C 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0121501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.24;QD=11.3327;RBI=0.033163;REFB=-0.0177802;REVB=0.030857;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844256;STB=0.56089;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0139477;OID=.;OPOS=92503619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:7:7:15:11:7:7:16:11 chr10 92639873 . T C 32.36 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.016341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9607;QD=1.9611;RBI=0.0453448;REFB=-0.00927604;REVB=0.042298;RO=59;SAF=1;SAR=6;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395545;STB=0.814548;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0604731;OID=.;OPOS=92639873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:59:59:7:7:0.106061:6:1:27:32:6:1:27:32 chr10 93608142 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.004;QD=57.1062;RBI=0.0199857;REFB=0;REVB=0.0139606;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49471e-06;OID=.;OPOS=93608142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr10 93667635 . C T 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0435379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.403;QD=60.5105;RBI=0.0457432;REFB=-0.0496498;REVB=0.0140317;RO=1;SAF=30;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154108;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000449855;OID=.;OPOS=93667635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:15:30:1:0:15:30:1:0 chr10 93841227 . A G 1220.76 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.206;QD=61.038;RBI=0.167318;REFB=0;REVB=0.026563;RO=0;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399614;OID=.;OPOS=93841227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:80:0:0:76:80:1:49:27:0:0:49:31:0:0 chr10 93999850 . A G 80.79 PASS AF=0.555556;AO=7;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0104326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.194;QD=17.9543;RBI=0.062052;REFB=-0.0338169;REVB=0.0611687;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397415;STB=0.571292;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.047429;OID=.;OPOS=93999850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:7:10:0.555556:2:5:6:2:4:6:6:2 chr10 94594565 . G A 180.96 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0637322;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2584;QD=8.93613;RBI=0.0637338;REFB=-0.00873988;REVB=0.000463281;RO=55;SAF=13;SAR=11;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102268;STB=0.55995;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00939236;OID=.;OPOS=94594565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:55:57:24:24:0.296296:11:13:25:30:11:13:26:31 chr10 94695617 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.312;QD=59.0178;RBI=0.0297256;REFB=0;REVB=-0.0269392;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124306;OID=.;OPOS=94695617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr10 95072906 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.691;QD=60.5472;RBI=0.0328274;REFB=0;REVB=0.0104174;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10345e-05;OID=.;OPOS=95072906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr10 95083039 . C T 540.39 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=44;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=-0.00254913;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.335;QD=24.0173;RBI=0.00968687;REFB=0.00310919;REVB=-0.00934545;RO=37;SAF=6;SAR=44;SRF=6;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724525;STB=0.553169;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00490604;OID=.;OPOS=95083039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:37:40:50:50:0.555556:44:6:6:31:44:6:7:33 chr10 95168634 . A G 483.46 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0177066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6594;QD=19.1469;RBI=0.0188952;REFB=-0.00912926;REVB=-0.00659595;RO=50;SAF=19;SAR=31;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216774;STB=0.615277;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.010334;OID=.;OPOS=95168634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:50:51:50:50:0.49505:31:19:31:19:31:19:31:20 chr10 95216623 . A G 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0135854;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=263.911;QD=18.6421;RBI=0.0196202;REFB=0.000625571;REVB=-0.0141559;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223937;STB=0.5127;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.000683932;OID=.;OPOS=95216623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:12:12:10:11:12:12 chr10 95237963 . A G 953.73 PASS AF=0.594406;AO=87;DP=143;FAO=85;FDP=143;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=69;FSRF=13;FSRR=45;FWDB=-0.00967389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1626;QD=26.6778;RBI=0.0504076;REFB=-0.0159294;REVB=-0.0494706;RO=56;SAF=16;SAR=71;SRF=13;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556703;STB=0.523132;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0148264;OID=.;OPOS=95237963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:56:58:87:85:0.594406:71:16:13:43:69:16:13:45 chr10 95262981 . A G 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7823;QD=60.605;RBI=0.0779486;REFB=0;REVB=0.0493492;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180782;OID=.;OPOS=95262981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:28:10:0:0:28:10:0:0 chr10 95276742 . G C 894.42 PASS AF=0.52907;AO=83;DP=163;FAO=91;FDP=172;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.00592429;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.187;QD=20.8005;RBI=0.0294644;REFB=0.00216287;REVB=0.0288626;RO=79;SAF=34;SAR=49;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532831;STB=0.508822;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.0019065;OID=.;OPOS=95276742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:172:79:81:83:91:0.52907:49:34:37:42:50:41:38:43 chr10 95279506 . A T 283.47 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0185828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.313;QD=23.1401;RBI=0.0189823;REFB=0.00367632;REVB=-0.00387386;RO=23;SAF=16;SAR=10;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292284;STB=0.662456;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00515111;OID=.;OPOS=95279506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:10:16:6:17:10:16:6:17 chr10 95279653 . A G 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5639;QD=59.8309;RBI=0.0104218;REFB=0;REVB=0.00653045;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180609;OID=.;OPOS=95279653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr10 95288874 . A G 377.9 PASS AF=0.596774;AO=36;DP=61;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0293394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.585;QD=24.3808;RBI=0.031169;REFB=0.00163001;REVB=0.0105217;RO=25;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542295;STB=0.524216;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.000524931;OID=.;OPOS=95288874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:25:25:36:37:0.596774:17:19:15:10:17:20:15:10 chr10 95381773 . T A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00808762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.749;QD=57.5452;RBI=0.00855569;REFB=0;REVB=0.0027911;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89528e-05;OID=.;OPOS=95381773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr10 95389041 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.58;QD=57.7119;RBI=0.0156447;REFB=0;REVB=0.0056076;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07848e-05;OID=.;OPOS=95389041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr10 95389083 . A G 785.32 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.052;QD=57.1139;RBI=0.0315626;REFB=0;REVB=-0.00660112;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03818e-05;OID=.;OPOS=95389083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:20:34:0:0:20:35:0:0 chr10 95395364 . C G 657.04 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=50;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00896648;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.804;QD=54.7536;RBI=0.00926715;REFB=0.0314067;REVB=-0.00234146;RO=4;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891781;STB=0.547597;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00173641;OID=.;OPOS=95395364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:50:48:4:4:44:44:0.916667:19:25:0:4:19:25:0:4 chr10 95431668 . A G 205.06 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0032454;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.958;QD=16.405;RBI=0.00691243;REFB=-0.00303225;REVB=-0.0061032;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14578;STB=0.583256;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0323775;OID=.;OPOS=95431668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:11:10:18:11:11:10:18:11 chr10 95433124 . A G 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0380191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.154;QD=14.6481;RBI=0.0403685;REFB=-0.00311197;REVB=-0.0135709;RO=19;SAF=2;SAR=12;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295477;STB=0.517216;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00626972;OID=.;OPOS=95433124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:12:2:3:16:12:2:3:16 chr10 95454681 . G C 96.51 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0129621;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.679;QD=7.0186;RBI=0.0129627;REFB=-0.0116506;REVB=0.000131301;RO=41;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128403;STB=0.507925;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0192512;OID=.;OPOS=95454681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:55:55:41:41:14:14:0.254545:8:6:18:23:8:6:18:23 chr10 95458141 . A G 290.02 PASS AF=0.457143;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00686185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.233;QD=16.5728;RBI=0.0140178;REFB=0.00204536;REVB=0.0122234;RO=38;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00418904;STB=0.511662;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00200235;OID=.;OPOS=95458141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:38:31:32:0.457143:17:14:17:21:17:15:17:21 chr10 95459817 . C T 476.38 PASS AF=0.424;AO=52;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0105688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5275;QD=15.2441;RBI=0.0349466;REFB=-0.0172564;REVB=-0.0333101;RO=72;SAF=30;SAR=22;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944702;STB=0.55743;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0283622;OID=.;OPOS=95459817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:72:72:52:53:0.424:22:30:35:37:22:31:35:37 chr10 95552653 . T C 716.18 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00443844;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.9733;QD=60.9516;RBI=0.0281555;REFB=-0.0950227;REVB=0.0278035;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.511623;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00244038;OID=.;OPOS=95552653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:0:1:46:46:0.978723:21:25:0:0:21:25:0:1 chr10 95718600 . T C 187.67 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0105233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.926;QD=12.7231;RBI=0.0321039;REFB=-0.0149247;REVB=0.0303302;RO=36;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131519;STB=0.576036;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.038488;OID=.;OPOS=95718600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:16:7:15:21:16:7:15:21 chr10 95720490 . C T 629.58 PASS AF=0.477612;AO=63;DP=136;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0132445;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.602;QD=18.7935;RBI=0.0142334;REFB=-0.00973736;REVB=-0.00521291;RO=73;SAF=31;SAR=32;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671962;STB=0.530512;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00996872;OID=.;OPOS=95720490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:73:70:63:64:0.477612:32:31:41:32:33:31:38:32 chr10 95720501 . T C 583.59 PASS AF=0.462121;AO=60;DP=131;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.00226464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.915;QD=17.6845;RBI=0.00240546;REFB=-0.00121462;REVB=-0.000810964;RO=69;SAF=30;SAR=30;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06281;STB=0.530891;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00155648;OID=.;OPOS=95720501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:69:71:60:61:0.462121:30:30:39:30:31:30:39:32 chr10 95791613 . T C 138.96 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00499763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.601;QD=12.0838;RBI=0.025476;REFB=0.0032297;REVB=0.024981;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325676;STB=0.519207;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00565037;OID=.;OPOS=95791613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:9:7:14:16:9:7:14:16 chr10 95791763 . G A 197.34 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.000333683;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.823;QD=14.8934;RBI=0.00229495;REFB=-0.000480519;REVB=-0.00227056;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179026;STB=0.587202;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00116166;OID=.;OPOS=95791763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:30:22:23:0.433962:10:12:11:19:11:12:11:19 chr10 95931087 . G T 392.22 PASS AF=0.470588;AO=37;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-3.00792e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.371;QD=18.4573;RBI=0.00723707;REFB=-0.00274928;REVB=-0.00723701;RO=34;SAF=21;SAR=16;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2816;STB=0.604128;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00571667;OID=.;OPOS=95931087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:43:37:40:0.470588:16:21:8:26:17:23:16:27 chr10 96014682 . C A 350.83 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00932672;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=94.8966;QD=23.3884;RBI=0.0168006;REFB=-0.037065;REVB=-0.0139739;RO=25;SAF=14;SAR=21;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969213;STB=0.553162;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0262101;OID=.;OPOS=96014682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:21:14:7:18:21:14:7:18 chr10 96039597 . G C 358.5 PASS AF=0.580645;AO=27;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.000732298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.547;QD=23.1288;RBI=0.0979372;REFB=-0.0220604;REVB=0.0979345;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154442;STB=0.622568;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0252302;OID=.;OPOS=96039597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:27:36:0.580645:18:9:13:13:27:9:13:13 chr10 96058298 . C T 289.42 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=0.0196923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.677;QD=13.9478;RBI=0.0286194;REFB=0.00833324;REVB=-0.0207673;RO=50;SAF=10;SAR=23;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292685;STB=0.516628;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.0173436;OID=.;OPOS=96058298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:23:10:14:36:23:10:14:36 chr10 96066341 . A G 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0337705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.349;QD=14.2308;RBI=0.0338155;REFB=0.00309467;REVB=0.00174299;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123673;STB=0.570317;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.003405;OID=.;OPOS=96066341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:14:12:21:15:14:12:21:15 chr10 96106240 . G C 207.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00691564;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.85;QD=14.8352;RBI=0.0372443;REFB=-0.00904922;REVB=-0.0365966;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173234;STB=0.634032;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00892553;OID=.;OPOS=96106240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:23:32:18:24:0.428571:11:7:13:10:16:8:18:14 chr10 96163039 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0991472;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.622;QD=33.4283;RBI=0.0991472;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00891632;OID=.;OPOS=96163039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr10 96305729 . T C 593.32 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0896512;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.995;QD=60.8533;RBI=0.0903713;REFB=0;REVB=0.0113853;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223054;OID=.;OPOS=96305729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr10 96313960 . A C 1458.05 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346975;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.091;QD=63.3937;RBI=0.0434201;REFB=0;REVB=0.0261035;RO=0;SAF=30;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21312e-05;OID=.;OPOS=96313960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:62:30:0:0:62:30:0:0 chr10 96352263 . GA AG,G 139.21 PASS AF=0,0.607143;AO=2,27;DP=56;FAO=0,34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=0,18;FSAR=0,16;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.048419,0.127667;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=17.4393,8.32051;QD=9.94325;RBI=0.0597218,0.176287;REFB=-0.024349,-0.0990717;REVB=0.0349614,0.121566;RO=25;SAF=2,15;SAR=0,12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.457423,-0.00387536;STB=0.5,0.524299;STBP=1,0.67;TYPE=mnp,del;VARB=0.031588,0.123571;OID=.,.;OPOS=96352263,96352264;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:74:56:56:25:22:2,27:0,34:0,0.607143:0,12:2,15:14:11:0,16:0,18:13:9 chr10 97071749 . C T 108.67 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00394933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.2;QD=24.1488;RBI=0.0169007;REFB=-0.0113836;REVB=-0.0164328;RO=6;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203483;STB=0.615187;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00693926;OID=.;OPOS=97071749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:8:4:4:2:8:4:4:2 chr10 97072008 . T C 204.14 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00762631;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5605;QD=14.3255;RBI=0.0132759;REFB=0.00648825;REVB=0.0108669;RO=35;SAF=8;SAR=16;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304393;STB=0.65869;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0135199;OID=.;OPOS=97072008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:35:33:24:24:0.421053:16:8:22:13:16:8:20:13 chr10 97072040 . A G 258.78 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0250865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.144;QD=24.0721;RBI=0.0311803;REFB=-0.00622791;REVB=-0.0185169;RO=19;SAF=18;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327372;STB=0.683382;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00225622;OID=.;OPOS=97072040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:6:18:7:12:6:18:7:12 chr10 97106165 . T C 251.87 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0151179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.16;QD=14.8158;RBI=0.0152637;REFB=0.00293242;REVB=0.00210463;RO=39;SAF=13;SAR=16;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167787;STB=0.59491;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00598986;OID=.;OPOS=97106165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:16:13:24:15:16:13:24:15 chr10 97127462 . C A 135.11 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.037275;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.854;QD=15.8954;RBI=0.042657;REFB=0.00295372;REVB=-0.0207412;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19362;STB=0.583219;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00312475;OID=.;OPOS=97127462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:19:15:15:0.441176:10:5:10:9:10:5:9:10 chr10 97141523 . G A 174.34 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00297415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6743;QD=11.6228;RBI=0.0151585;REFB=-0.00447521;REVB=-0.0148639;RO=36;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23587;STB=0.651515;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0147407;OID=.;OPOS=97141523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:38:22:22:0.366667:8:14:15:21:8:14:15:23 chr10 97174164 . A G 359.72 PASS AF=0.402062;AO=37;DP=96;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.0402118;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.496;QD=14.8339;RBI=0.0507642;REFB=-0.032938;REVB=0.0309841;RO=59;SAF=17;SAR=20;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197539;STB=0.628834;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0483077;OID=.;OPOS=97174164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:59:58:37:39:0.402062:20:17:38:21:22:17:38:20 chr10 97192324 . A G 2053.34 PASS AF=0.985185;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0269275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6731;QD=60.8397;RBI=0.026937;REFB=-0.179013;REVB=-0.000714378;RO=2;SAF=51;SAR=82;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182718;STB=0.509614;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=9.22227e-05;OID=.;OPOS=97192324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:135:2:2:133:133:0.985185:82:51:2:0:82:51:2:0 chr10 97447373 . A T 2751.88 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.065;QD=62.5428;RBI=0.0572131;REFB=0;REVB=0.0542464;RO=0;SAF=98;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.60037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8186e-05;OID=.;OPOS=97447373;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:175:176:1:77:98:0:0:77:99:0:0 chr10 97698370 . C T 785.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.818;QD=64.1159;RBI=0.0277404;REFB=0;REVB=0.0178244;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20897e-05;OID=.;OPOS=97698370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:32:16:0:0:32:17:0:0 chr10 97817650 . G T 225.21 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0111514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.163;QD=15.2684;RBI=0.0277319;REFB=-0.0191578;REVB=0.025391;RO=33;SAF=8;SAR=18;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292652;STB=0.516603;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0261497;OID=.;OPOS=97817650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:18:8:11:22:18:8:11:22 chr10 97917517 . G A 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.000730233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.914;QD=21.2646;RBI=0.00868463;REFB=-0.000505235;REVB=-0.00865388;RO=18;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228507;STB=0.629079;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000521659;OID=.;OPOS=97917517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:6:14:8:10:6:14:8:10 chr10 97920062 . G A 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00246944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.094;QD=14.6975;RBI=0.00569407;REFB=0.00251582;REVB=0.00513072;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559333;STB=0.532133;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00428121;OID=.;OPOS=97920062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:13:8:13:17:13:8:13:17 chr10 97920099 . T TC 586.75 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0424295;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.1447;QD=45.1344;RBI=0.152886;REFB=0.00327501;REVB=0.146881;RO=1;SAF=20;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229599;STB=0.51219;STBP=0.308;TYPE=ins;VARB=0.00550532;OID=.;OPOS=97920100;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.980769:51:53:51:52:1:20:31:1:0:7:1:20:31:1:0 chr10 97990583 . A G 146.69 PASS AF=0.432432;AO=8;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0242604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.758;QD=15.8582;RBI=0.0498858;REFB=-0.059082;REVB=0.0435892;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452226;STB=0.622186;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0858583;OID=.;OPOS=97990583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:21:8:16:0.432432:3:5:3:13:11:5:3:18 chr10 98078125 . A AT 374.02 PASS AF=1;AO=8;DP=74;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135052;FXX=0.260238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.0533;QD=27.7055;RBI=0.0966954;REFB=0;REVB=0.0957476;RO=66;SAF=1;SAR=7;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459092;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00564262;OID=.;OPOS=98078126;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:74:54:54:0:33:21:0:0:9:66:1:7:33:33 chr10 98078127 . C T 904.48 PASS AF=0.917808;AO=65;DP=72;FAO=67;FDP=73;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0144007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2163;QD=49.5605;RBI=0.0361965;REFB=-0.171432;REVB=0.0332085;RO=7;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902852;STB=0.540528;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00639719;OID=.;OPOS=98078127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:72:73:7:6:65:67:0.917808:33:32:0:7:34:33:0:6 chr10 98078239 . A G 1245.99 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6649;QD=61.5306;RBI=0.0508395;REFB=0;REVB=0.00340159;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333756;OID=.;OPOS=98078239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr10 98287261 . G C 582.53 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000148017;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.82;QD=58.2526;RBI=0.0183297;REFB=-0.0859264;REVB=0.0183291;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521728;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000248051;OID=.;OPOS=98287261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:28:11:0:0:28:11:1:0 chr10 98380277 . C T 635.65 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266724;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7491;QD=62.0143;RBI=0.0274665;REFB=0;REVB=0.00655674;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363934;OID=.;OPOS=98380277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr10 98386558 . G A 1343.69 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0577163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6538;QD=61.0767;RBI=0.0659694;REFB=-0.0175491;REVB=-0.0319499;RO=1;SAF=41;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114167;STB=0.506023;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000278742;OID=.;OPOS=98386558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:46:41:1:0:46:41:1:0 chr10 98742081 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0240903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.858;QD=15.9167;RBI=0.0269189;REFB=-0.0148189;REVB=-0.0120118;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124619;STB=0.571326;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.024915;OID=.;OPOS=98742081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:4:9:12:3:4:9:12:3 chr10 98742750 . A C 393.16 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00627563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.3277;QD=19.6578;RBI=0.0297858;REFB=-0.013941;REVB=0.0291172;RO=40;SAF=26;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141029;STB=0.578494;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0135059;OID=.;OPOS=98742750;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:14:26:20:20:14:26:20:20 chr10 98806512 . G C 215.49 PASS AF=0.396226;AO=16;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.15647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5469;QD=16.2636;RBI=0.156975;REFB=-0.00759288;REVB=-0.0125905;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124711;STB=0.571361;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0201771;OID=.;OPOS=98806512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:19:27:16:21:0.396226:8:8:12:7:12:9:15:12 chr10 98808866 . C G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.765;QD=57.1063;RBI=0.0207087;REFB=0;REVB=0.0109031;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37234e-05;OID=.;OPOS=98808866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr10 98819317 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.284;QD=59.4326;RBI=0.0779753;REFB=0;REVB=0.0074003;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111321;OID=.;OPOS=98819317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr10 98901433 . C T 472.05 PASS AF=0.511111;AO=44;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=9;FWDB=-0.00274496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.654;QD=20.9799;RBI=0.0319105;REFB=-0.0264996;REVB=0.0317923;RO=46;SAF=25;SAR=19;SRF=37;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231245;STB=0.609057;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0112542;OID=.;OPOS=98901433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:44:44:46:0.511111:19:25:37:9:19:27:35:9 chr10 98901434 . G A 471.84 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=37;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00366497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.656;QD=20.9707;RBI=0.00591669;REFB=-0.0258314;REVB=-0.00464491;RO=44;SAF=37;SAR=9;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268077;STB=0.649865;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0478822;OID=.;OPOS=98901434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:9:37:25:19:9:37:25:19 chr10 98901438 . TG CA,CG 1284.08 PASS AF=0.453488,0.546512;AO=39,47;DP=87;FAO=39,47;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=21,38;FSAR=18,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164294,0.00317876;FXX=0.0114929;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=63.008,60.384;QD=59.7248;RBI=0.017487,0.00449108;REFB=0,0;REVB=-0.0059891,0.00317258;RO=0;SAF=21,38;SAR=18,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.34792e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0138877,0.0247398;OID=.,.;OPOS=98901438,98901438;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:87:86:0:0:39,47:39,47:0.453488,0.546512:18,9:21,38:0:0:18,9:21,38:0:0 chr10 98901463 . T C 93.41 PASS AF=0.159292;AO=17;DP=113;FAO=18;FDP=113;FR=.;FRO=95;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=0.00919917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1482;QD=3.30655;RBI=0.0163546;REFB=-0.0179841;REVB=-0.0135222;RO=93;SAF=8;SAR=9;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438346;STB=0.51326;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0437222;OID=.;OPOS=98901463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:113:113:93:95:17:18:0.159292:9:8:47:46:9:9:49:46 chr10 98901472 . C T 465.33 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=11;FWDB=-0.0347487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.967;QD=17.7268;RBI=0.0408635;REFB=-0.0132631;REVB=-0.0215024;RO=55;SAF=11;SAR=39;SRF=44;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533881;STB=0.795803;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0152714;OID=.;OPOS=98901472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:39:11:44:11:39:11:44:11 chr10 98901475 . T C 404.6 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=15;FWDB=-0.00149388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.154;QD=15.1254;RBI=0.0916095;REFB=-0.0103424;REVB=0.0915973;RO=61;SAF=11;SAR=35;SRF=46;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507484;STB=0.783771;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0375704;OID=.;OPOS=98901475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:61:46:46:0.429907:35:11:46:15:35:11:46:15 chr10 98901480 . T C 472.97 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=12;FWDB=-0.00547782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.377;QD=17.5173;RBI=0.0444643;REFB=-0.00775745;REVB=0.0441256;RO=57;SAF=13;SAR=38;SRF=45;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491572;STB=0.772147;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00622229;OID=.;OPOS=98901480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:38:13:45:12:38:13:45:12 chr10 98901487 . C T 514.36 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=11;FWDB=-0.0350048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3993;QD=18.8756;RBI=0.0409222;REFB=-0.0257492;REVB=-0.0211964;RO=53;SAF=16;SAR=38;SRF=43;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445254;STB=0.744039;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0154033;OID=.;OPOS=98901487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:53:55:54:54:0.495413:38:16:43:10:38:16:44:11 chr10 98901493 . TG CA 593.4 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=9;FWDB=-0.0104832;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=2;MLLD=138.516;QD=24.4699;RBI=0.0234025;REFB=-0.0156864;REVB=0.0209231;RO=43;SAF=17;SAR=37;SRF=34;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378229;STB=0.706931;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0157741;OID=.;OPOS=98901493;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:43:43:54:54:0.556701:37:17:34:9:37:17:34:9 chr10 98901498 . C T 375.88 PASS AF=0.412371;AO=41;DP=99;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=0.0140823;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.457;QD=15.5003;RBI=0.0399895;REFB=-0.00121696;REVB=-0.037428;RO=57;SAF=32;SAR=9;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51006;STB=0.803128;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00370171;OID=.;OPOS=98901498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:57:57:41:40:0.412371:9:32:16:41:8:32:16:41 chr10 98901503 . C T 328.36 PASS AF=0.37;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=0.002209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6286;QD=13.1342;RBI=0.0787557;REFB=-0.0202542;REVB=-0.0787248;RO=63;SAF=30;SAR=7;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543002;STB=0.810643;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0450501;OID=.;OPOS=98901503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:63:37:37:0.37:7:30:20:43:7:30:20:43 chr10 98901528 . C T 1008.19 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.857;QD=59.3053;RBI=0.0246544;REFB=0;REVB=0.012211;RO=0;SAF=21;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03155e-05;OID=.;OPOS=98901528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:47:21:0:0:47:21:0:0 chr10 99006083 . G A 84.27 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0407084;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.902;QD=9.63084;RBI=0.0435348;REFB=7.13159e-05;REVB=0.0154306;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20626;STB=0.622558;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.000487756;OID=.;OPOS=99006083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:36:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:5:19:7:4:5:19 chr10 99019177 . A G 972.82 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.89;QD=58.9585;RBI=0.0245229;REFB=0;REVB=0.0200141;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78765e-05;OID=.;OPOS=99019177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr10 99080246 . CT C 733.32 PASS AF=1;AO=66;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.1848;QD=34.9201;RBI=0.174021;REFB=0;REVB=0.16497;RO=6;SAF=46;SAR=20;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944615;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0048804;OID=.;OPOS=99080247;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:82:84:84:0:50:34:0:0:15:6:46:20:1:5 chr10 99080871 . G T 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.046606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2015;QD=26.5701;RBI=0.0502455;REFB=-0.0038889;REVB=0.0187749;RO=4;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136379;STB=0.507678;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00433629;OID=.;OPOS=99080871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:3:8:3:1:3:8:3:1 chr10 99080981 . G T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0189474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.743;QD=18.7669;RBI=0.0190842;REFB=0.0152762;REVB=0.00228098;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00373834;OID=.;OPOS=99080981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:2:1:2:4:2:1 chr10 99125949 . C T 2105.5 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0434431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.639;QD=61.9266;RBI=0.0550643;REFB=-0.029309;REVB=0.0338345;RO=0;SAF=68;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62038e-08;STB=0.503703;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000137565;OID=.;OPOS=99125949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:0:1:135:135:0.992647:67:68:0:0:67:68:0:1 chr10 99139511 . C T 139.87 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0797313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.353;QD=20.7218;RBI=0.0797861;REFB=0.000960805;REVB=0.00295853;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28546;STB=0.659998;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.000699084;OID=.;OPOS=99139511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:7:8:2:10:7:8:2:10 chr10 99160965 . A G 739.8 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0350102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1706;QD=52.843;RBI=0.03795;REFB=-0.0349136;REVB=0.0146453;RO=2;SAF=20;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448028;STB=0.522719;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00734154;OID=.;OPOS=99160965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:53:54:0.964286:33:20:2:0:33:21:2:0 chr10 99205686 . A G 228.36 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0309186;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.084;QD=15.7488;RBI=0.0311814;REFB=-0.00460566;REVB=0.00404009;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881531;STB=0.568913;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00761628;OID=.;OPOS=99205686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:34:32:26:26:0.448276:13:13:14:20:13:13:12:20 chr10 99219885 . G A 205.37 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0202167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.102;QD=14.6689;RBI=0.0207791;REFB=-0.00271685;REVB=0.0048018;RO=32;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355406;STB=0.69985;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00242217;OID=.;OPOS=99219885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:10:14:7:25:10:14:7:25 chr10 99220707 . C T 282.0 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0355296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1483;QD=28.9235;RBI=0.0366729;REFB=-0.0450787;REVB=0.00908545;RO=14;SAF=20;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199764;STB=0.611013;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0265064;OID=.;OPOS=99220707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:5:20:8:6:5:20:8:6 chr10 99229489 . G A 324.27 PASS AF=0.611111;AO=32;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00479723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7094;QD=24.0198;RBI=0.0519597;REFB=-0.00239683;REVB=-0.0517378;RO=22;SAF=9;SAR=23;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215397;STB=0.594036;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000812494;OID=.;OPOS=99229489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:21:32:33:0.611111:23:9:12:10:23:10:11:10 chr10 99240048 . C T 342.68 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0163559;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.326;QD=21.4177;RBI=0.0164598;REFB=-0.0152468;REVB=0.0018466;RO=29;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591206;STB=0.532658;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.013978;OID=.;OPOS=99240048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:29:29:35:35:0.546875:17:18:17:12:17:18:17:12 chr10 99240758 . G C 1606.94 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.759;QD=60.0727;RBI=0.0287985;REFB=0;REVB=0.0266983;RO=0;SAF=43;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44808e-05;OID=.;OPOS=99240758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:64:43:0:0:64:43:0:0 chr10 99337572 . G A 1061.87 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000420733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.351;QD=59.8234;RBI=0.0853424;REFB=0;REVB=0.0853413;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062387;OID=.;OPOS=99337572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:28:43:0:0:28:43:0:0 chr10 99350017 . G C 201.9 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0391171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.933;QD=21.2525;RBI=0.0392511;REFB=-0.0304373;REVB=0.00323983;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00264095;STB=0.508712;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0317418;OID=.;OPOS=99350017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:18:20:20:0.526316:7:13:11:6:7:13:12:6 chr10 99350128 . A G 142.99 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0288576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.387;QD=10.7918;RBI=0.0289574;REFB=-0.00961913;REVB=0.00240244;RO=35;SAF=12;SAR=6;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810965;STB=0.547891;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.018831;OID=.;OPOS=99350128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:6:12:21:14:6:12:21:14 chr10 99371344 . C A 2000.39 PASS AF=0.924658;AO=135;DP=146;FAO=135;FDP=146;FR=.;FRO=11;FSAF=86;FSAR=49;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0320344;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.495;QD=54.8053;RBI=0.0347832;REFB=-0.0585354;REVB=0.0135525;RO=6;SAF=86;SAR=49;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00259004;STB=0.507379;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.000959486;OID=.;OPOS=99371344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:146:146:6:11:135:135:0.924658:49:86:4:2:49:86:8:3 chr10 99376092 . T C 421.75 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0857702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4234;QD=18.1396;RBI=0.0913865;REFB=0.0109147;REVB=0.0315432;RO=49;SAF=26;SAR=17;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127488;STB=0.502611;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.013243;OID=.;OPOS=99376092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:50:43:43:0.462366:17:26:29:20:17:26:30:20 chr10 99376152 . A G 213.22 PASS AF=0.391304;AO=25;DP=67;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.000591316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.461;QD=12.3607;RBI=0.0280712;REFB=-0.0130249;REVB=-0.028065;RO=42;SAF=13;SAR=12;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561582;STB=0.532304;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.016942;OID=.;OPOS=99376152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:42:42:25:27:0.391304:12:13:24:18:13:14:24:18 chr10 99410790 . T C 342.67 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00398974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6441;QD=18.7766;RBI=0.012373;REFB=-0.0247276;REVB=0.0117121;RO=37;SAF=12;SAR=24;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12279;STB=0.568588;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0157232;OID=.;OPOS=99410790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:24:12:17:20:24:12:17:20 chr10 99422648 . A G 276.62 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100921;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5628;QD=52.6903;RBI=0.110138;REFB=0;REVB=0.0441051;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00525729;OID=.;OPOS=99422648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr10 99434760 . C T 375.86 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00724912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.389;QD=50.1146;RBI=0.0230285;REFB=-0.129243;REVB=0.0218578;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510302;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00133008;OID=.;OPOS=99434760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:30:30:0:2:28:28:0.933333:18:10:0:0:18:10:1:1 chr10 99435006 . G T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.596;QD=59.4354;RBI=0.0329317;REFB=0;REVB=0.0305229;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379481;OID=.;OPOS=99435006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr10 99439541 . G C 710.24 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0921919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5141;QD=54.6337;RBI=0.0986537;REFB=0.0203388;REVB=0.035117;RO=1;SAF=11;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408839;STB=0.52173;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00121525;OID=.;OPOS=99439541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:40:11:1:0:40:11:1:0 chr10 99473729 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.133;QD=53.2772;RBI=0.0327732;REFB=0;REVB=0.0248014;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122234;OID=.;OPOS=99473729;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr10 99664456 . T C 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00911486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.786;QD=23.9649;RBI=0.0125882;REFB=-0.0197983;REVB=0.00868224;RO=18;SAF=13;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223424;STB=0.624112;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.014604;OID=.;OPOS=99664456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:10:13:5:13:10:13:5:13 chr10 99969568 . A G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0038356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.693;QD=16.2717;RBI=0.00428282;REFB=-0.0194547;REVB=-0.00190544;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216322;STB=0.624829;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0124828;OID=.;OPOS=99969568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:5:10:8:10:5:10:8:10 chr10 99991408 . A G,T 1178.96 PASS AF=0.901235,0.0864198;AO=72,7;DP=80;FAO=73,7;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=42,2;FSAR=31,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218514,-0.00753746;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.23,47.0678;QD=58.2203;RBI=0.0232004,0.0330385;REFB=-0.0421874,0.0489193;REVB=0.00779589,-0.0321673;RO=0;SAF=42,2;SAR=30,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.1178e-08,-3.27427e-08;STB=0.507934,0.54533;STBP=0.297,0.649;TYPE=snp,snp;VARB=-6.35099e-05,0.0897425;OID=.,.;OPOS=99991408,99991408;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:80:81:0:1:72,7:73,7:0.901235,0.0864198:30,5:42,2:0:0:31,5:42,2:0:1 chr10 100017453 . T G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.00774088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.203;QD=13.6609;RBI=0.0213237;REFB=-0.0130676;REVB=-0.0198691;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324013;STB=0.685485;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0213171;OID=.;OPOS=100017453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:4:17:7:7:4:17 chr10 100018844 . G A 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9957;QD=62.3477;RBI=0.0670987;REFB=0;REVB=0.0583752;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126771;OID=.;OPOS=100018844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr10 100144782 . C T 160.82 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0390003;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.903;QD=16.9281;RBI=0.0390083;REFB=-0.016063;REVB=0.000790303;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234864;STB=0.622495;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0272343;OID=.;OPOS=100144782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:6:11:8:12:6:11:9:12 chr10 100147060 . A G 293.16 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.000594462;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.4372;QD=18.9136;RBI=0.060671;REFB=-0.0351121;REVB=-0.0606681;RO=26;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987248;STB=0.593691;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0163319;OID=.;OPOS=100147060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:62:26:30:31:32:0.516129:13:18:12:14:13:19:12:18 chr10 100148176 . A G 140.99 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00584048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2961;QD=14.8415;RBI=0.0204663;REFB=-0.0407226;REVB=0.0196153;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149229;STB=0.562422;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0472357;OID=.;OPOS=100148176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:22:15:16:0.421053:6:9:10:12:7:9:10:12 chr10 100167396 . G A 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0193914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.038;QD=14.3998;RBI=0.0214239;REFB=-0.00585614;REVB=0.00910812;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823583;STB=0.546726;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00701799;OID=.;OPOS=100167396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:15:10:11:23:15:10:11:23 chr10 100184062 . CC AG 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0243613;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=221.922;QD=27.2322;RBI=0.0243688;REFB=-0.0214617;REVB=0.000604623;RO=17;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210343;STB=0.511619;STBP=0.837;TYPE=mnp;VARB=0.0132082;OID=.;OPOS=100184062;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:13:13:8:9:13:13:8:9 chr10 100219314 . G A 1115.22 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0985119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.002;QD=57.9337;RBI=0.0993897;REFB=0;REVB=0.0131796;RO=3;SAF=31;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436021;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000794706;OID=.;OPOS=100219314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:3:0:74:77:1:43:31:3:0:43:34:0:0 chr10 100219374 . T A 922.41 PASS AF=1;AO=54;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00469671;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.92;QD=58.5657;RBI=0.0463642;REFB=0;REVB=0.0461257;RO=0;SAF=15;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464985;OID=.;OPOS=100219374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:54:63:1:39:15:0:0:46:17:0:0 chr10 101090139 . C T 214.64 PASS AF=0.525;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00628557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7367;QD=21.4635;RBI=0.0234976;REFB=-0.0310196;REVB=0.0226413;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132995;STB=0.503646;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0367853;OID=.;OPOS=101090139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:19:21:21:0.525:9:12:10:8:9:12:11:8 chr10 101090428 . T G 243.73 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0146243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3903;QD=15.2333;RBI=0.0244721;REFB=-0.0242794;REVB=-0.0196218;RO=36;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173779;STB=0.598552;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0238862;OID=.;OPOS=101090428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:10:18:17:19:10:18:17:19 chr10 101152191 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.38;QD=54.5176;RBI=0.00870147;REFB=0;REVB=0.00726403;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18832e-05;OID=.;OPOS=101152191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr10 101166544 . C T 330.87 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00527739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.275;QD=15.9457;RBI=0.0356663;REFB=-0.000242087;REVB=-0.0352737;RO=47;SAF=17;SAR=19;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112453;STB=0.563184;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0002121;OID=.;OPOS=101166544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:19:17:17:30:19:17:17:30 chr10 101445591 . A C 713.78 PASS AF=0.603604;AO=65;DP=109;FAO=67;FDP=111;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.027554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.972;QD=25.7218;RBI=0.0297537;REFB=-0.00888394;REVB=-0.0112275;RO=43;SAF=33;SAR=32;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821713;STB=0.553752;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00715229;OID=.;OPOS=101445591;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:43:44:65:67:0.603604:32:33:17:26:32:35:17:27 chr10 101451194 . A C 542.91 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0305358;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3658;QD=20.8811;RBI=0.030832;REFB=0.000134131;REVB=-0.00426391;RO=46;SAF=36;SAR=19;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17068;STB=0.609689;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-7.3933e-05;OID=.;OPOS=101451194;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:104:46:49:55:55:0.528846:19:36:21:25:19:36:21:28 chr10 101451259 . T C 415.25 PASS AF=0.446602;AO=44;DP=101;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00965862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0948;QD=16.1261;RBI=0.0476611;REFB=-0.0286804;REVB=0.0466722;RO=56;SAF=16;SAR=28;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209542;STB=0.607477;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.030074;OID=.;OPOS=101451259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:56:57:44:46:0.446602:28:16:32:24:29:17:32:25 chr10 101473218 . A G 279.38 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.049946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9105;QD=48.5886;RBI=0.0514746;REFB=-0.137311;REVB=0.0124511;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0115229;OID=.;OPOS=101473218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:0:1:22:22:0.956522:7:15:0:0:7:15:1:0 chr10 101502968 . A G 500.64 PASS AF=0.473684;AO=52;DP=112;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.00275404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.247;QD=17.5662;RBI=0.043961;REFB=-0.00318142;REVB=-0.0438746;RO=55;SAF=37;SAR=15;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813664;STB=0.522927;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00225287;OID=.;OPOS=101502968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:55:60:52:54:0.473684:15:37:35:20:16:38:40:20 chr10 101544447 . A T 1893.3 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.986;QD=61.5706;RBI=0.038034;REFB=0;REVB=0.00938833;RO=0;SAF=63;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9317e-05;OID=.;OPOS=101544447;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:123:0:0:121:123:1:58:63:0:0:58:65:0:0 chr10 101563815 . G A 543.31 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00156799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4858;QD=22.4044;RBI=0.0252679;REFB=-0.0157502;REVB=-0.0252192;RO=45;SAF=19;SAR=32;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177307;STB=0.593044;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0170392;OID=.;OPOS=101563815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:46:51:51:0.525773:32:19:26:19:32:19:26:20 chr10 101604207 . C T 190.91 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0505271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.969;QD=11.5704;RBI=0.055888;REFB=-0.00141243;REVB=-0.0238847;RO=41;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143969;STB=0.588166;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00253131;OID=.;OPOS=101604207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:14:10:12:29:14:10:12:30 chr10 101639796 . G A 598.19 PASS AF=0.434211;AO=66;DP=152;FAO=66;FDP=152;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=0.00317978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.137;QD=15.7418;RBI=0.0157823;REFB=-0.0228308;REVB=0.0154587;RO=83;SAF=34;SAR=32;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633506;STB=0.544204;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0266919;OID=.;OPOS=101639796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:83:86:66:66:0.434211:32:34:48:35:32:34:51:35 chr10 101639877 . A C 594.99 PASS AF=0.551402;AO=58;DP=106;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.00819795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.832;QD=22.2428;RBI=0.0191016;REFB=0.000871974;REVB=0.017253;RO=48;SAF=40;SAR=18;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00207618;STB=0.504913;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.00064604;OID=.;OPOS=101639877;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:48:48:58:59:0.551402:18:40:33:15:19:40:33:15 chr10 101645498 . T C 229.22 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0489119;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.819;QD=16.0853;RBI=0.0492244;REFB=-0.0183205;REVB=-0.00553784;RO=31;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169123;STB=0.594972;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0184589;OID=.;OPOS=101645498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:14:12:9:22:14:12:9:22 chr10 101657880 . G A 343.21 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0020293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.636;QD=24.0852;RBI=0.0589389;REFB=-0.0221842;REVB=-0.058904;RO=22;SAF=28;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272081;STB=0.645437;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0115666;OID=.;OPOS=101657880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:23:34:34:0.596491:6:28:12:10:6:28:13:10 chr10 101689378 . G C 221.91 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=3;FWDB=-0.0039829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.153;QD=18.4929;RBI=0.00860279;REFB=-0.0257365;REVB=0.00762525;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327543;STB=0.708177;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0217604;OID=.;OPOS=101689378;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:26:22:22:0.458333:11:11:19:3:11:11:23:3 chr10 102295836 . C G 514.35 PASS AF=0.514563;AO=52;DP=102;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0195826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7493;QD=19.9749;RBI=0.0671103;REFB=-0.00833496;REVB=-0.0641897;RO=49;SAF=28;SAR=24;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785987;STB=0.542778;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00722779;OID=.;OPOS=102295836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:49:50:52:53:0.514563:24:28:22:27:25:28:22:28 chr10 102506070 . G C 3319.63 PASS AF=0.96789;AO=159;DP=221;FAO=211;FDP=218;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=105;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.23764;FXX=0.013574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0141;QD=60.9106;RBI=0.237892;REFB=-0.0862607;REVB=-0.0109482;RO=1;SAF=55;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045533;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00357382;OID=.;OPOS=102506070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:221:218:1:0:159:211:0.96789:104:55:0:1:106:105:0:0 chr10 102684380 . C A 83.9 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0248115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6012;QD=10.1698;RBI=0.0274024;REFB=-0.00893252;REVB=-0.0116311;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212501;STB=0.590003;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0191284;OID=.;OPOS=102684380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:22:22:10:11:0.333333:6:4:13:9:6:5:13:9 chr10 102685853 . TTA T 43.28 PASS AF=0.219512;AO=17;DP=94;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0749037;FXX=0.03529;HRUN=6;LEN=2;MLLD=19.1605;QD=2.11105;RBI=0.0749067;REFB=-0.0518345;REVB=0.000660409;RO=61;SAF=5;SAR=12;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29206;STB=0.587573;STBP=0.408;TYPE=del;VARB=0.139052;OID=.;OPOS=102685854;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.219512:17:94:18:82:64:7:11:32:32:43:61:5:12:32:29 chr10 102744331 . A T 401.36 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.000109038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.87;QD=16.3822;RBI=0.0237857;REFB=-0.00630224;REVB=0.0237854;RO=55;SAF=24;SAR=18;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817757;STB=0.551295;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00579744;OID=.;OPOS=102744331;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:56:42:42:0.428571:18:24:27:28:18:24:27:29 chr10 102770082 . T G 965.87 PASS AF=0.489899;AO=90;DP=191;FAO=97;FDP=198;FR=.;FRO=101;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.016698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1643;QD=19.5125;RBI=0.0299137;REFB=-0.0142488;REVB=0.0248194;RO=101;SAF=38;SAR=52;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419506;STB=0.500732;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0168404;OID=.;OPOS=102770082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:198:101:101:90:97:0.489899:52:38:47:54:52:45:47:54 chr10 102770327 . A G 129.95 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0449474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.574;QD=13.3287;RBI=0.0859095;REFB=-0.01388;REVB=-0.0732131;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191266;STB=0.596484;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0207924;OID=.;OPOS=102770327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:24:15:15:0.384615:8:7:15:8:8:7:15:9 chr10 102824349 . G C 836.86 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072068;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7373;QD=57.7143;RBI=0.0748487;REFB=0;REVB=0.0202122;RO=1;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000895053;OID=.;OPOS=102824349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:1:0:58:58:1:25:33:0:1:25:33:0:0 chr10 103124606 . A G 4923.18 PASS AF=0.835267;AO=360;DP=433;FAO=360;FDP=431;FR=.;FRO=71;FSAF=94;FSAR=266;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.00852747;FXX=0.00461883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.433;QD=45.6908;RBI=0.00971206;REFB=0.00157778;REVB=-0.00464827;RO=71;SAF=94;SAR=266;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944118;STB=0.552704;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-7.73862e-05;OID=.;OPOS=103124606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:433:431:71:71:360:360:0.835267:266:94:36:35:266:94:37:34 chr10 103124633 . T C 70.25 PASS AF=0.0701754;AO=32;DP=456;FAO=32;FDP=456;FR=.;FRO=424;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=129;FSRR=295;FWDB=0.00251032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.3;QD=0.616237;RBI=0.00475467;REFB=0.00133858;REVB=0.00403797;RO=422;SAF=15;SAR=17;SRF=127;SRR=295;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200846;STB=0.656479;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0111658;OID=.;OPOS=103124633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:456:456:422:424:32:32:0.0701754:17:15:127:295:17:15:129:295 chr10 103124647 . A G 5221.9 PASS AF=0.842105;AO=384;DP=457;FAO=384;FDP=456;FR=.;FRO=72;FSAF=109;FSAR=275;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0263191;FXX=0.00218814;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5067;QD=45.8062;RBI=0.0266837;REFB=-0.0187386;REVB=-0.00439594;RO=72;SAF=109;SAR=275;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813112;STB=0.543006;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00271624;OID=.;OPOS=103124647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:457:456:72:72:384:384:0.842105:275:109:37:35:275:109:37:35 chr10 103124689 . A G 189.33 PASS AF=0.122449;AO=48;DP=363;FAO=48;FDP=392;FR=.;FRO=344;FSAF=2;FSAR=46;FSRF=132;FSRR=212;FWDB=-0.0533606;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.7206;QD=1.93189;RBI=0.053431;REFB=-0.00213078;REVB=0.00274049;RO=315;SAF=2;SAR=46;SRF=112;SRR=203;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56158;STB=0.922531;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0136516;OID=.;OPOS=103124689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:392:315:344:48:48:0.122449:46:2:112:203:46:2:132:212 chr10 103124696 . T C 4048.19 PASS AF=0.825137;AO=296;DP=360;FAO=302;FDP=366;FR=.;FRO=64;FSAF=97;FSAR=205;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0277167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.119;QD=44.2425;RBI=0.0278983;REFB=-0.00831625;REVB=-0.00317809;RO=63;SAF=97;SAR=199;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489913;STB=0.52596;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000764694;OID=.;OPOS=103124696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:360:366:63:64:296:302:0.825137:199:97:29:34:205:97:29:35 chr10 103124715 . A G 2952.24 PASS AF=0.805054;AO=216;DP=270;FAO=223;FDP=277;FR=.;FRO=54;FSAF=88;FSAR=135;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0542137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.981;QD=42.6316;RBI=0.0547298;REFB=-0.0524033;REVB=-0.00749834;RO=54;SAF=82;SAR=134;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184424;STB=0.506369;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00703508;OID=.;OPOS=103124715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:277:54:54:216:223:0.805054:134:82:23:31:135:88:23:31 chr10 103124726 . A G 2263.4 PASS AF=0.778761;AO=171;DP=221;FAO=176;FDP=226;FR=.;FRO=50;FSAF=78;FSAR=98;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0364347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.183;QD=40.0601;RBI=0.0370091;REFB=-0.0172305;REVB=0.00649481;RO=50;SAF=73;SAR=98;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204593;STB=0.514205;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00245284;OID=.;OPOS=103124726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:226:50:50:171:176:0.778761:98:73:19:31:98:78:19:31 chr10 103124736 . C T 1487.34 PASS AF=0.716763;AO=121;DP=169;FAO=124;FDP=173;FR=.;FRO=49;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.010422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.067;QD=34.3894;RBI=0.0120942;REFB=-0.032343;REVB=0.00613619;RO=48;SAF=58;SAR=63;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556324;STB=0.530879;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0119445;OID=.;OPOS=103124736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:173:48:49:121:124:0.716763:63:58:18:30:65:59:18:31 chr10 103124746 . G A 823.76 PASS AF=0.614754;AO=75;DP=121;FAO=75;FDP=122;FR=.;FRO=47;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0201554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1287;QD=27.0086;RBI=0.0222464;REFB=-0.0234653;REVB=-0.00941627;RO=46;SAF=42;SAR=33;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133191;STB=0.576074;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0179471;OID=.;OPOS=103124746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:46:47:75:75:0.614754:33:42:17:29:33:42:17:30 chr10 103558701 . G A 311.93 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0285878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.066;QD=14.1787;RBI=0.0349963;REFB=-0.0144295;REVB=-0.0201861;RO=53;SAF=11;SAR=24;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216806;STB=0.62373;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0309734;OID=.;OPOS=103558701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:24:11:27:26:24:11:27:26 chr10 103827314 . T C,TC 32.91 PASS AF=0,0.169811;AO=2,17;DP=54;FAO=0,9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=0,8;FSAR=0,1;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.165723,-0.134478;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=80.3709,69.9558;QD=2.48398;RBI=0.166626,0.134952;REFB=-0.0226789,-0.028401;REVB=-0.0173209,-0.0112964;RO=35;SAF=2,16;SAR=0,1;SRF=21;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.394452,0.589258;STB=0.5,0.758788;STBP=1,0.156;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.171572;OID=.,.;OPOS=103827314,103827315;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:54:53:35:44:2,17:0,9:0,0.169811:0,1:2,16:21:14:0,1:0,8:30:14 chr10 103827737 . T G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00401492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.786;QD=20.6011;RBI=0.0212883;REFB=0.000638224;REVB=0.0209063;RO=19;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294619;STB=0.666496;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.000457856;OID=.;OPOS=103827737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:14:6:12:7:14:6:12:7 chr10 103900729 . G A 286.28 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.0119444;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.242;QD=17.8925;RBI=0.0155941;REFB=-0.0149848;REVB=-0.0100254;RO=33;SAF=9;SAR=22;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916269;STB=0.550989;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0306692;OID=.;OPOS=103900729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:33:31:31:0.484375:22:9:7:26:22:9:7:26 chr10 103920475 . T C 130.22 PASS AF=0.56;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0372611;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.875;QD=20.8359;RBI=0.0458142;REFB=-0.00676919;REVB=0.0266563;RO=11;SAF=1;SAR=13;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.651752;STB=0.879041;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00871562;OID=.;OPOS=103920475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:11:11:14:14:0.56:13:1:8:3:13:1:8:3 chr10 103991381 . G A 298.74 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0134313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2718;QD=23.8989;RBI=0.115215;REFB=-0.0108466;REVB=0.114429;RO=23;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018431;STB=0.510261;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0140381;OID=.;OPOS=103991381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:10:17:14:9:10:17:14:9 chr10 104136469 . T C 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00883689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.954;QD=60.8516;RBI=0.049519;REFB=0.126301;REVB=0.0487241;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191868;STB=0.5102;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00078883;OID=.;OPOS=104136469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:22:24:1:0:22:24:1:0 chr10 104159196 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.126;QD=39.2063;RBI=0.0314938;REFB=0;REVB=-0.029628;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000411774;OID=.;OPOS=104159196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr10 104159223 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0207226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9273;QD=19.1335;RBI=0.0219186;REFB=-0.0410514;REVB=-0.00714131;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0541962;OID=.;OPOS=104159223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:1:1:3:2:1:1 chr10 104160434 . A G 397.51 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.368;QD=54.8289;RBI=0.0256859;REFB=0;REVB=0.0256582;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122537;OID=.;OPOS=104160434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:15:14:0:0 chr10 104162770 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.451;QD=23.2183;RBI=0.0229191;REFB=0.0174816;REVB=0.0229191;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313601;OID=.;OPOS=104162770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr10 104184081 . G A 240.37 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00937207;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.046;QD=20.4569;RBI=0.0115924;REFB=-0.00853414;REVB=-0.0068227;RO=22;SAF=16;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222485;STB=0.648515;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00805239;OID=.;OPOS=104184081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:22:24:23:23:0.489362:7:16:10:12:7:16:10:14 chr10 104184953 . C G 265.22 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0026654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.926;QD=24.6713;RBI=0.00420091;REFB=-0.0398187;REVB=0.00324704;RO=18;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149805;STB=0.588714;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0233711;OID=.;OPOS=104184953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:18:24:25:0.581395:10:14:7:11:10:15:7:11 chr10 104214048 . A T 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0231647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.935;QD=17.9391;RBI=0.023334;REFB=-0.0250641;REVB=0.00280623;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210695;STB=0.620028;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0328648;OID=.;OPOS=104214048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:9:13:7:12:9:13 chr10 104229785 . C T 296.59 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00381604;FXX=0.0128189;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.316;QD=15.4074;RBI=0.00677609;REFB=-0.0157845;REVB=0.0055994;RO=44;SAF=21;SAR=12;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273182;STB=0.654113;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0230222;OID=.;OPOS=104229785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:44:44:33:33:0.428571:12:21:16:28:12:21:16:28 chr10 104231054 . A G 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0112181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.9;QD=15.7819;RBI=0.0265613;REFB=-0.0380874;REVB=-0.0240761;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118363;STB=0.555508;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0512451;OID=.;OPOS=104231054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:11:12:18:10:11:12:18:11 chr10 104236457 . C T 575.64 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00762422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0788;QD=60.5935;RBI=0.0140042;REFB=0;REVB=-0.0117468;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199384;OID=.;OPOS=104236457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr10 104239100 . T C 265.35 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00735318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.471;QD=17.9899;RBI=0.00873753;REFB=-0.0126151;REVB=0.00471966;RO=30;SAF=19;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086055;STB=0.548272;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0194753;OID=.;OPOS=104239100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:10:19:17:13:10:19:17:13 chr10 104386934 . T C 205.07 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0667254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3569;QD=15.7747;RBI=0.0668578;REFB=0.00544321;REVB=0.00420559;RO=29;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105614;STB=0.559948;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00461926;OID=.;OPOS=104386934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:11:12:12:17:11:12:12:17 chr10 104389932 . T G 1367.04 PASS AF=0.988636;AO=71;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.35;QD=62.1381;RBI=0.0705493;REFB=0;REVB=0.0439669;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023214;OID=.;OPOS=104389932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:0:0:71:87:0.988636:32:39:0:0:38:49:0:0 chr10 104435746 . C T 884.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.188;QD=57.9943;RBI=0.0185791;REFB=0;REVB=-0.00500201;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27794e-05;OID=.;OPOS=104435746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr10 104436641 . C T 356.57 PASS AF=0.5625;AO=35;DP=63;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00442333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.259;QD=22.2856;RBI=0.00446593;REFB=-0.00855096;REVB=-0.000615345;RO=27;SAF=13;SAR=22;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605768;STB=0.547592;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00881323;OID=.;OPOS=104436641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:27:28:35:36:0.5625:22:13:12:15:23:13:13:15 chr10 104574329 . A T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00723073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.946;QD=15.7843;RBI=0.0187968;REFB=-0.019064;REVB=-0.0173504;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372992;STB=0.713372;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00999805;OID=.;OPOS=104574329;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:4:13:5:9:4:13 chr10 104574562 . T G 77.07 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00684969;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.8;QD=11.8573;RBI=0.0345506;REFB=-0.00749185;REVB=0.0338648;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875907;STB=0.552523;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0183091;OID=.;OPOS=104574562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:27:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:6:10:7:3:6:10 chr10 104596924 . C A 588.72 PASS AF=0.476562;AO=61;DP=128;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.00563946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.012;QD=18.3975;RBI=0.0205063;REFB=-0.00885287;REVB=-0.0197156;RO=67;SAF=37;SAR=24;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165036;STB=0.591512;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0105932;OID=.;OPOS=104596924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:67:67:61:61:0.476562:24:37:29:38:24:37:29:38 chr10 104596981 . G A 493.03 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0108268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.567;QD=16.0335;RBI=0.013677;REFB=-0.0239556;REVB=-0.0083571;RO=69;SAF=30;SAR=24;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092136;STB=0.551518;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0159833;OID=.;OPOS=104596981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:69:69:54:54:0.439024:24:30:32:37:24:30:32:37 chr10 104628234 . T C 533.57 PASS AF=0.530612;AO=46;DP=93;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0104608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7896;QD=21.7785;RBI=0.0175725;REFB=-0.00489322;REVB=0.0141196;RO=46;SAF=23;SAR=23;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196117;STB=0.501179;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00643272;OID=.;OPOS=104628234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:98:46:46:46:52:0.530612:23:23:24:22:25:27:24:22 chr10 104661484 . T C 151.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00810898;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=338.634;QD=12.8974;RBI=0.0101492;REFB=-0.00808161;REVB=0.00610341;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647654;STB=0.537772;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0143563;OID=.;OPOS=104661484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:6:11:21:9:6:11:21:9 chr10 104678579 . G T 517.89 PASS AF=0.478261;AO=54;DP=114;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.118584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5126;QD=18.0135;RBI=0.123749;REFB=0.0263443;REVB=0.0353777;RO=60;SAF=20;SAR=34;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248134;STB=0.630374;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0233837;OID=.;OPOS=104678579;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:60:60:54:55:0.478261:34:20:38:22:34:21:38:22 chr10 104814162 . T C 264.03 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00247527;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6587;QD=12.7241;RBI=0.0131451;REFB=-0.00461747;REVB=0.01291;RO=51;SAF=15;SAR=16;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113076;STB=0.570056;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00894456;OID=.;OPOS=104814162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:51:52:31:31:0.373494:16:15:30:21:16:15:31:21 chr10 104835919 . C T 735.46 PASS AF=0.594828;AO=69;DP=115;FAO=69;FDP=116;FR=.;FRO=47;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0300829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.751;QD=25.3606;RBI=0.0300835;REFB=-0.0201901;REVB=0.000189242;RO=46;SAF=36;SAR=33;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957432;STB=0.556038;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0132154;OID=.;OPOS=104835919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:46:47:69:69:0.594828:33:36:18:28:33:36:18:29 chr10 104849468 . G A 590.75 PASS AF=0.602273;AO=53;DP=88;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00127293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.913;QD=26.852;RBI=0.00674068;REFB=-0.0380523;REVB=0.00661939;RO=35;SAF=27;SAR=26;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024398;STB=0.5133;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.026973;OID=.;OPOS=104849468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:35:35:53:53:0.602273:26:27:19:16:26:27:19:16 chr10 104851301 . G T 292.79 PASS AF=0.349057;AO=37;DP=106;FAO=37;FDP=106;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0165185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7822;QD=11.0488;RBI=0.0296916;REFB=0.00267376;REVB=-0.0246725;RO=66;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079364;STB=0.537231;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00475177;OID=.;OPOS=104851301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:66:69:37:37:0.349057:21:16:24:42:21:16:26:43 chr10 105049105 . C G 1181.25 PASS AF=1;AO=77;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186906;FXX=0.0365809;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.249;QD=59.8099;RBI=0.0187202;REFB=0;REVB=-0.00105129;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031597;OID=.;OPOS=105049105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:77:79:1:36:41:0:0:36:43:0:0 chr10 105154089 . A G 1748.63 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5407;QD=60.8219;RBI=0.0467447;REFB=0;REVB=-0.0452011;RO=0;SAF=69;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294012;OID=.;OPOS=105154089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:46:69:0:0:46:69:0:0 chr10 105194086 . C T 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8472;QD=51.1807;RBI=0.217295;REFB=0;REVB=-0.203753;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00419055;OID=.;OPOS=105194086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr10 105205302 . A C 785.69 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00281475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1615;QD=64.1377;RBI=0.112907;REFB=0;REVB=0.112872;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121298;OID=.;OPOS=105205302;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:25:22:0:0:26:23:0:0 chr10 105215016 . A G 757.94 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000326893;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.27;QD=57.203;RBI=0.0112481;REFB=0;REVB=0.0112434;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64289e-06;OID=.;OPOS=105215016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr10 105218252 . A G 1579.28 PASS AF=1;AO=84;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380793;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.953;QD=60.1629;RBI=0.0380813;REFB=0;REVB=-0.000394657;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86879e-05;OID=.;OPOS=105218252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:105:0:0:84:105:1:51:33:0:0:53:52:0:0 chr10 105218359 . T C 1339.56 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.543;QD=62.3051;RBI=0.0308556;REFB=0;REVB=0.0259308;RO=0;SAF=54;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87009e-05;OID=.;OPOS=105218359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:32:54:0:0:32:54:0:0 chr10 105233110 . C T 940.36 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1497;QD=57.8682;RBI=0.154395;REFB=0;REVB=0.152864;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204254;OID=.;OPOS=105233110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:62:65:1:28:34:0:0:31:34:0:0 chr10 105233230 . GC CG,G 67.82 PASS AF=0.0263158,0.342105;AO=3,15;DP=38;FAO=1,13;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=0,2;FSAR=1,11;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.0279619,0.100609;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=82.5501,10.2264;QD=7.13931;RBI=0.0570912,0.131326;REFB=-0.0130314,-0.113809;REVB=-0.0497749,-0.0844057;RO=18;SAF=0,3;SAR=3,12;SRF=17;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.821145,-0.638136;STB=0.996013,0.889195;STBP=0.089,0.005;TYPE=mnp,del;VARB=0.100417,0.139055;OID=.,.;OPOS=105233230,105233231;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:62:38:38:18:24:3,15:1,13:0.0263158,0.342105:3,12:0,3:17:1:1,11:0,2:20:4 chr10 105361816 . T G 158.85 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00024559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.217;QD=45.386;RBI=0.0306976;REFB=0;REVB=0.0306967;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050853;OID=.;OPOS=105361816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:3:10:0:0:4:10:0:0 chr10 105362209 . T C 557.84 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.1648;QD=60.3073;RBI=0.0741206;REFB=0;REVB=-0.0648438;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212961;OID=.;OPOS=105362209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:16:21:0:0 chr10 105372696 . G A 271.48 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0119587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1612;QD=14.6746;RBI=0.0317143;REFB=-0.0210392;REVB=-0.0293732;RO=40;SAF=19;SAR=12;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139539;STB=0.573664;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0304893;OID=.;OPOS=105372696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:43:31:31:0.418919:12:19:19:21:12:19:21:22 chr10 105657316 . G C 697.25 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0330352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.351;QD=56.9181;RBI=0.0475608;REFB=-0.104661;REVB=0.0342156;RO=1;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218604;STB=0.533319;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00142238;OID=.;OPOS=105657316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:48:49:1:3:46:46:0.938776:21:25:0:1:21:25:0:3 chr10 105659826 . T C 1083.18 PASS AF=1;AO=72;DP=76;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291434;FXX=0.0519413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.567;QD=59.3523;RBI=0.0448832;REFB=-0.0966945;REVB=0.0341345;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000864588;OID=.;OPOS=105659826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:73:0:0:72:73:1:29:43:0:0:30:43:0:0 chr10 105762591 . G A 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0235586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.831;QD=16.6154;RBI=0.0274138;REFB=-0.00958013;REVB=-0.0140181;RO=21;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190792;STB=0.610034;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0217772;OID=.;OPOS=105762591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:5:12:11:10:5:12:11:10 chr10 105796819 . A G 593.67 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4157;QD=60.8887;RBI=0.016238;REFB=0;REVB=-0.010278;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17951e-05;OID=.;OPOS=105796819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:18:19:0:0:19:20:0:0 chr10 105798872 . T C 543.15 PASS AF=0.449612;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=-0.0192704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.261;QD=16.842;RBI=0.0192706;REFB=-0.0259543;REVB=7.58666e-05;RO=67;SAF=31;SAR=27;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119805;STB=0.555326;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0249329;OID=.;OPOS=105798872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:67:71:58:58:0.449612:27:31:44:23:27:31:45:26 chr10 105799216 . G T 667.97 PASS AF=0.560345;AO=64;DP=116;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00754008;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5055;QD=23.0333;RBI=0.0460154;REFB=0.00299792;REVB=-0.0453935;RO=52;SAF=38;SAR=26;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00204067;STB=0.505375;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00266115;OID=.;OPOS=105799216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:52:51:64:65:0.560345:26:38:31:21:26:39:30:21 chr10 105801253 . G A 221.09 PASS AF=0.55;AO=13;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0323152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6626;QD=22.1087;RBI=0.128444;REFB=-0.0428116;REVB=0.124312;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330187;STB=0.549955;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0285137;OID=.;OPOS=105801253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:18:13:22:0.55:9:4:11:6:11:11:11:7 chr10 105805497 . C T 380.49 PASS AF=0.449438;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0152192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.269;QD=17.1004;RBI=0.0285116;REFB=0.00225312;REVB=-0.0241099;RO=49;SAF=18;SAR=21;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128639;STB=0.564042;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00185681;OID=.;OPOS=105805497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:49:49:39:40:0.449438:21:18:29:20:21:19:29:20 chr10 105816916 . C T 712.03 PASS AF=0.560976;AO=68;DP=123;FAO=69;FDP=123;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0140421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.552;QD=23.1555;RBI=0.0245214;REFB=0.003777;REVB=0.0201027;RO=53;SAF=36;SAR=32;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000892714;STB=0.500355;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00159419;OID=.;OPOS=105816916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:53:54:68:69:0.560976:32:36:28:25:32:37:29:25 chr10 105817891 . G A 322.32 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0105012;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.516;QD=18.685;RBI=0.0125355;REFB=-0.00322013;REVB=-0.00684557;RO=35;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117264;STB=0.565327;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00476104;OID=.;OPOS=105817891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:18:16:21:14:18:16:21:14 chr10 105882765 . A G 201.71 PASS AF=0.436364;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=28;FWDB=0.0307723;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.821;QD=14.67;RBI=0.0373811;REFB=-0.0252232;REVB=-0.0212229;RO=30;SAF=3;SAR=20;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711527;STB=0.578255;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0358268;OID=.;OPOS=105882765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:31:23:24:0.436364:20:3:3:27:20:4:3:28 chr10 105957714 . A G 623.02 PASS AF=0.504;AO=63;DP=125;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0161508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9177;QD=19.9366;RBI=0.0246706;REFB=-0.000602327;REVB=0.0186491;RO=60;SAF=27;SAR=36;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107881;STB=0.551708;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000885254;OID=.;OPOS=105957714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:60:62:63:63:0.504:36:27:33:27:36:27:33:29 chr10 105963553 . A G 104.07 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0387578;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.2935;QD=17.3442;RBI=0.0438177;REFB=-0.0336465;REVB=0.0204407;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722214;STB=0.541598;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0237158;OID=.;OPOS=105963553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:7:5:6:6:7:5 chr10 106028157 . G T 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00878557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.696;QD=9.53607;RBI=0.0488132;REFB=-0.0158144;REVB=0.0480161;RO=27;SAF=2;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304744;STB=0.689293;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0376103;OID=.;OPOS=106028157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:10:2:10:17:10:2:10:17 chr10 106039185 . A G 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00829885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.436;QD=17.064;RBI=0.0328166;REFB=-0.0123767;REVB=-0.0317499;RO=31;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191746;STB=0.608115;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00913947;OID=.;OPOS=106039185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:9:19:15:16:9:19:15:16 chr10 106907440 . C T 516.36 PASS AF=0.526882;AO=48;DP=88;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0750809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.413;QD=22.2092;RBI=0.087057;REFB=-0.0282103;REVB=0.0440657;RO=39;SAF=14;SAR=34;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156929;STB=0.555532;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0411108;OID=.;OPOS=106907440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:93:39:44:48:49:0.526882:34:14:12:27:35:14:17:27 chr10 108367020 . C T 508.11 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0281035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.92;QD=20.7392;RBI=0.0388991;REFB=-0.00867068;REVB=0.0268948;RO=49;SAF=16;SAR=33;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211111;STB=0.617176;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00542328;OID=.;OPOS=108367020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:33:16:27:22:33:16:27:22 chr10 108380213 . G A 555.0 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0123723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.612;QD=18.5;RBI=0.0126581;REFB=-0.00507203;REVB=0.00267473;RO=61;SAF=28;SAR=30;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678259;STB=0.532861;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00594356;OID=.;OPOS=108380213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:62:58:58:0.483333:30:28:25:36:30:28:26:36 chr10 108389111 . A G 324.84 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.00360429;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.043;QD=14.4372;RBI=0.00620693;REFB=-0.0073778;REVB=-0.00505322;RO=54;SAF=19;SAR=17;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108936;STB=0.561687;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0156774;OID=.;OPOS=108389111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:54:36:36:0.4:17:19:34:20:17:19:34:20 chr10 108729824 . C T 574.72 PASS AF=0.56383;AO=51;DP=93;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0283522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0906;QD=24.456;RBI=0.0330739;REFB=0.0170786;REVB=-0.0170304;RO=41;SAF=37;SAR=14;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272571;STB=0.642336;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0128801;OID=.;OPOS=108729824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:41:41:51:53:0.56383:14:37:17:24:15:38:17:24 chr10 109221364 . G A 268.53 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00629323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.443;QD=13.9495;RBI=0.00673678;REFB=-0.000905427;REVB=-0.00240403;RO=46;SAF=7;SAR=24;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212719;STB=0.622321;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00118983;OID=.;OPOS=109221364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:24:7:18:28:24:7:18:28 chr10 111625016 . A G 601.74 PASS AF=0.508333;AO=60;DP=121;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0127769;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.479;QD=20.058;RBI=0.0129993;REFB=-0.0137263;REVB=0.00239416;RO=59;SAF=31;SAR=29;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225932;STB=0.516265;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0128264;OID=.;OPOS=111625016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:59:59:60:61:0.508333:29:31:29:30:29:32:29:30 chr10 111895214 . G A 316.35 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00863349;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.374;QD=14.7141;RBI=0.00887058;REFB=-0.00786393;REVB=-0.00203715;RO=50;SAF=13;SAR=22;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116331;STB=0.560957;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0122053;OID=.;OPOS=111895214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:50:51:35:35:0.406977:22:13:24:26:22:13:24:27 chr10 111987960 . C T 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00534161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.298;QD=15.2293;RBI=0.045152;REFB=-0.000244506;REVB=-0.0448349;RO=28;SAF=15;SAR=4;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152791;STB=0.589023;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-8.7962e-05;OID=.;OPOS=111987960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:4:15:19:9:4:15:19:9 chr10 112266771 . C T 469.13 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0955458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2491;QD=17.0592;RBI=0.119052;REFB=-0.00367748;REVB=0.0710238;RO=59;SAF=27;SAR=24;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012536;STB=0.506979;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00581123;OID=.;OPOS=112266771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:59:51:51:0.463636:24:27:32:27:24:27:32:27 chr10 112266822 . GC AT 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626415;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.587;QD=58.0611;RBI=0.0127322;REFB=0;REVB=0.0110847;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.45503e-05;OID=.;OPOS=112266822;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr10 112271245 . GTTGTTGTTGTTC ATTGTTGTTCTTG,GTTGTTGTTGTTG 469.68 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=2,25;DP=52;FAO=2,31;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392187,0.030066;FXX=0.365314;HRUN=1,1;LEN=13,1;MLLD=95.5387,69.6784;QD=56.9311;RBI=0.0430929,0.0642964;REFB=0,0;REVB=-0.0178574,-0.0568336;RO=0;SAF=0,10;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0557078,-0.00299683;OID=.,.;OPOS=112271245,112271257;OREF=GTTGTTGTTGTTC,C;OALT=ATTGTTGTTCTTG,G;OMAPALT=ATTGTTGTTCTTG,GTTGTTGTTGTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:52:33:0:0:2,25:2,31:0.0606061,0.939394:2,15:0,10:0:0:2,18:0,13:0:0 chr10 112361870 . A G 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7167;QD=60.2038;RBI=0.0732326;REFB=0;REVB=0.0285146;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465142;OID=.;OPOS=112361870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr10 112402492 . G C,T 1095.55 PASS AF=0.480519,0.506494;AO=36,39;DP=77;FAO=37,39;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=19,16;FSAR=18,23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0170676,-0.00954117;FXX=0.0253133;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=42.0629,140.78;QD=56.9116;RBI=0.017073,0.0154504;REFB=-0.164957,-0.081008;REVB=0.000430277,-0.0121525;RO=1;SAF=19,16;SAR=17,23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0239982,-0.028395;STB=0.512814,0.515144;STBP=0.497,0.307;TYPE=snp,snp;VARB=0.0318492,0.0216424;OID=.,.;OPOS=112402492,112402492;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:77:77:1:1:36,39:37,39:0.480519,0.506494:17,23:19,16:1:0:18,23:19,16:1:0 chr10 112572458 . G C 1140.78 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00510699;FXX=0.0253133;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.9251;QD=59.2613;RBI=0.00877167;REFB=-0.0987009;REVB=0.00713167;RO=1;SAF=50;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185474;STB=0.509431;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000734295;OID=.;OPOS=112572458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:75:76:0.987013:25:50:0:1:26:50:0:1 chr10 112581547 . G A 157.97 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0804985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.09;QD=11.2837;RBI=0.0814294;REFB=-0.0127823;REVB=-0.0122776;RO=34;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319093;STB=0.511846;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0225414;OID=.;OPOS=112581547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:34:36:20:20:0.357143:13:7:11:23:13:7:12:24 chr10 112595719 . G C 171.49 PASS AF=0.422222;AO=15;DP=47;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00902399;FXX=0.081616;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.689;QD=15.2439;RBI=0.0173734;REFB=-0.0288911;REVB=0.0148459;RO=25;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39753;STB=0.766133;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0240748;OID=.;OPOS=112595719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:25:26:15:19:0.422222:4:11:9:16:4:15:9:17 chr10 112641053 . A G 153.14 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00447717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.0297;QD=13.612;RBI=0.0929284;REFB=-0.0114873;REVB=0.0928205;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118818;STB=0.569648;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0213261;OID=.;OPOS=112641053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:5:12:17:11:5:12:17:11 chr10 112696741 . A G 73.96 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.0268615;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.185;QD=9.24561;RBI=0.033848;REFB=-0.00706368;REVB=-0.0205948;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428175;STB=0.749624;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0249753;OID=.;OPOS=112696741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:5:5:19:3:5:5:19:3 chr10 112839026 . A G 512.34 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0330994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.767;QD=21.5722;RBI=0.0352039;REFB=-0.00992156;REVB=0.0119893;RO=46;SAF=26;SAR=23;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690989;STB=0.538113;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0126206;OID=.;OPOS=112839026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:23:26:28:18:23:26:28:18 chr10 112839579 . A G 354.04 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0261675;FXX=0.0246883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.152;QD=17.9261;RBI=0.0279282;REFB=-0.00659091;REVB=-0.00975929;RO=39;SAF=13;SAR=24;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331783;STB=0.517078;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00321964;OID=.;OPOS=112839579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:39:42:37:37:0.468354:24:13:15:24:24:13:16:26 chr10 112839624 . G A 168.01 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0781317;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9925;QD=13.4408;RBI=0.0784954;REFB=-0.0620958;REVB=-0.00754708;RO=31;SAF=2;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446362;STB=0.767394;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0868851;OID=.;OPOS=112839624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:17:2:12:19:17:2:12:19 chr10 112839940 . T C 214.39 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00295997;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.724;QD=17.1509;RBI=0.0479623;REFB=-0.0128989;REVB=0.0478709;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11363;STB=0.60368;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.014752;OID=.;OPOS=112839940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:24:27:23:23:0.46:7:16:14:10:7:16:14:13 chr10 113913222 . T C 1015.75 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134833;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.802;QD=59.7499;RBI=0.0364332;REFB=0;REVB=0.0338464;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558633;OID=.;OPOS=113913222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:68:0:0:67:68:1:36:31:0:0:37:31:0:0 chr10 113917085 . T A 1102.24 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150786;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.461;QD=60.3969;RBI=0.0150868;REFB=0;REVB=0.00049922;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51021e-05;OID=.;OPOS=113917085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:34:39:0:0 chr10 113920465 . G A 2090.8 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0341596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.212;QD=61.0454;RBI=0.0577937;REFB=-0.0693029;REVB=0.046618;RO=1;SAF=69;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683984;STB=0.507142;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000548123;OID=.;OPOS=113920465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:137:1:2:135:135:0.985401:66:69:1:0:66:69:2:0 chr10 113935379 . T C 446.78 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7933;QD=57.6486;RBI=0.049646;REFB=0;REVB=-0.0485154;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121069;OID=.;OPOS=113935379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr10 113940329 . T C 1092.66 PASS AF=0.973684;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0230839;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.715;QD=57.5085;RBI=0.032977;REFB=-0.201436;REVB=0.0235502;RO=1;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129566;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218797;OID=.;OPOS=113940329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:76:1:2:72:74:0.973684:36:36:0:1:37:37:1:1 chr10 114059330 . TCTCTGTTTTC T 214.08 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.000624755;FXX=0.124969;HRUN=1;LEN=10;MLLD=322.929;QD=24.4662;RBI=0.0151191;REFB=-0.00399234;REVB=0.0151062;RO=9;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059495;STB=0.564039;STBP=0.388;TYPE=del;VARB=0.00268168;OID=.;OPOS=114059331;OREF=CTCTGTTTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:20:38:20:35:15:11:9:6:9:99:9:11:9:4:5 chr10 114186624 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.535;QD=60.2044;RBI=0.0103715;REFB=0;REVB=-0.00846936;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.58734e-05;OID=.;OPOS=114186624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:43:30:0:0:43:30:0:0 chr10 114200355 . G A 195.55 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0100363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.158;QD=17.7776;RBI=0.0315831;REFB=0.0156216;REVB=-0.029946;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119924;STB=0.568115;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.0200026;OID=.;OPOS=114200355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:10:10:9:15:10:10:9:15 chr10 114831434 . A T 288.88 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0357657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.344;QD=21.0097;RBI=0.0358024;REFB=-0.0262516;REVB=0.00162004;RO=24;SAF=10;SAR=20;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107976;STB=0.57138;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0193703;OID=.;OPOS=114831434;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:24:25:30:30:0.545455:20:10:11:13:20:10:12:13 chr10 114925369 . C A 368.19 PASS AF=0.552239;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.0895404;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4781;QD=21.9815;RBI=0.0912188;REFB=-0.0177651;REVB=-0.0174181;RO=30;SAF=14;SAR=22;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236382;STB=0.632625;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0147828;OID=.;OPOS=114925369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:30:30:36:37:0.552239:22:14:4:26:22:15:4:26 chr10 115334124 . C T 150.91 PASS AF=0.354167;AO=16;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0353104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3572;QD=12.5756;RBI=0.0359734;REFB=-0.00551088;REVB=0.00687474;RO=30;SAF=11;SAR=5;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608021;STB=0.569755;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0199807;OID=.;OPOS=115334124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:30:31:16:17:0.354167:5:11:22:8:6:11:23:8 chr10 115370254 . A G 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0133454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.969;QD=17.1667;RBI=0.0257653;REFB=-0.0180225;REVB=-0.0220397;RO=32;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132582;STB=0.574274;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0131617;OID=.;OPOS=115370254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:14:15:12:20:14:15:12:20 chr10 115370274 . T C 265.34 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.033704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2794;QD=17.9893;RBI=0.0368636;REFB=-0.035117;REVB=0.014932;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106247;STB=0.5594;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0314901;OID=.;OPOS=115370274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:14:15:12:18:14:15:12:18 chr10 115375528 . C A 444.15 PASS AF=0.441441;AO=48;DP=122;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0144008;FXX=0.0901565;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.318;QD=16.0054;RBI=0.0217461;REFB=-0.0265394;REVB=0.0162945;RO=51;SAF=27;SAR=21;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997757;STB=0.501485;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0318897;OID=.;OPOS=115375528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:111:51:62:48:49:0.441441:21:27:34:17:22:27:34:28 chr10 115392919 . T A 360.04 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0990633;FXX=0.0090082;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.8433;QD=13.0923;RBI=0.108825;REFB=-0.00384005;REVB=-0.0450491;RO=62;SAF=27;SAR=16;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693585;STB=0.557285;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00792909;OID=.;OPOS=115392919;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:110:62:67:43:43:0.390909:16:27:35:27:16:27:36:31 chr10 115393929 . G A 346.19 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00227164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.691;QD=16.8874;RBI=0.00838081;REFB=-0.0116;REVB=-0.00806707;RO=44;SAF=20;SAR=17;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718527;STB=0.533004;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0152498;OID=.;OPOS=115393929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:45:37:37:0.45122:17:20:27:17:17:20:27:18 chr10 115393948 . C T 376.22 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.042815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9114;QD=21.1956;RBI=0.0486287;REFB=-0.0263316;REVB=-0.0230569;RO=33;SAF=25;SAR=13;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101018;STB=0.555967;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0212501;OID=.;OPOS=115393948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:13:25:18:15:13:25:18:15 chr10 115405615 . T C 218.76 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0236397;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.622;QD=13.6726;RBI=0.0342773;REFB=-0.000774003;REVB=-0.0248213;RO=38;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673112;STB=0.538432;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.000941731;OID=.;OPOS=115405615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:38:38:26:26:0.40625:14:12:20:18:14:12:20:18 chr10 115405664 . C T 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0253304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.538;QD=12.9138;RBI=0.0436262;REFB=-0.00322579;REVB=-0.0355192;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714019;STB=0.54095;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00328217;OID=.;OPOS=115405664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:12:12:21:16:12:12:21:16 chr10 115409840 . C T 446.59 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=91;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0184817;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.65;QD=19.4171;RBI=0.0236958;REFB=-0.0382384;REVB=0.0148296;RO=47;SAF=23;SAR=21;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048288;STB=0.521159;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0333427;OID=.;OPOS=115409840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:47:47:44:45:0.48913:21:23:27:20:21:24:27:20 chr10 115410234 . T C 223.54 PASS AF=0.385714;AO=26;DP=69;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0116526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.741;QD=12.7736;RBI=0.0478433;REFB=-0.00157085;REVB=0.0464026;RO=43;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194767;STB=0.619808;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00209631;OID=.;OPOS=115410234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:43:43:26:27:0.385714:11:15:17:26:11:16:17:26 chr10 115411598 . C A 195.46 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0118155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.856;QD=17.3741;RBI=0.0307035;REFB=-0.0278147;REVB=0.028339;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214855;STB=0.528189;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0325236;OID=.;OPOS=115411598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:25:19:20:0.444444:8:11:15:10:9:11:15:10 chr10 115411614 . A G 679.68 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2763;QD=60.4161;RBI=0.0362795;REFB=0;REVB=0.00968575;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0159067;OID=.;OPOS=115411614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:45:0:0:41:45:1:19:22:0:0:19:26:0:0 chr10 115412793 . A G 271.09 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0522392;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.189;QD=20.8529;RBI=0.0603865;REFB=-0.0050914;REVB=-0.0302917;RO=22;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519217;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00367333;OID=.;OPOS=115412793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:22:24:28:28:0.538462:14:14:11:11:14:14:13:11 chr10 115417289 . G A 1432.9 PASS AF=1;AO=91;DP=94;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0525945;FXX=0.0425487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.295;QD=63.6843;RBI=0.0535598;REFB=0;REVB=0.0101229;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392826;OID=.;OPOS=115417289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:90:0:0:91:90:1:44:47:0:0:43:47:0:0 chr10 115439530 . G C 361.49 PASS AF=0.448276;AO=38;DP=84;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0318648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5144;QD=16.6203;RBI=0.0591859;REFB=-0.00899401;REVB=-0.0498758;RO=46;SAF=28;SAR=10;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147685;STB=0.572558;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0193774;OID=.;OPOS=115439530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:46:48:38:39:0.448276:10:28:28:18:11:28:29:19 chr10 115439569 . C T 1486.23 PASS AF=0.963636;AO=102;DP=106;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0307885;FXX=0.0090082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.119;QD=54.0446;RBI=0.0469308;REFB=-0.101166;REVB=0.0354199;RO=3;SAF=62;SAR=40;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342565;STB=0.514314;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.000758487;OID=.;OPOS=115439569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:106:110:3:4:102:106:0.963636:40:62:0:3:40:66:1:3 chr10 115439640 . CTT C 237.39 PASS AF=0.414894;AO=38;DP=95;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=14;FWDB=-0.0607259;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=2;MLLD=37.6289;QD=10.1018;RBI=0.060823;REFB=0.00362037;REVB=0.00343479;RO=50;SAF=20;SAR=18;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199578;STB=0.624102;STBP=0.07;TYPE=del;VARB=-0.00591364;OID=.;OPOS=115439641;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414894:38:95:39:94:55:21:18:41:14:99:50:20:18:36:14 chr10 115489152 . C G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0397313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.005;QD=17.4275;RBI=0.0459157;REFB=0.00231596;REVB=0.0230146;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294338;STB=0.516778;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00558962;OID=.;OPOS=115489152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:14:9:8:11:14:9 chr10 115489167 . G A 170.63 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00607885;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.512;QD=15.5116;RBI=0.0153509;REFB=-0.0131736;REVB=0.014096;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176619;STB=0.510193;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0180006;OID=.;OPOS=115489167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:8:10:14:12:8:10:14:12 chr10 115525175 . T C 166.4 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0205033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.837;QD=14.7914;RBI=0.0217012;REFB=-0.0107436;REVB=-0.00711045;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020074;STB=0.511615;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0102346;OID=.;OPOS=115525175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:7:11:16:11:7:11:16:11 chr10 115526177 . A G 275.77 PASS AF=0.418919;AO=30;DP=76;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00852608;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.713;QD=14.9066;RBI=0.0440166;REFB=-0.00404696;REVB=0.043183;RO=40;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839318;STB=0.543053;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00513533;OID=.;OPOS=115526177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:40:43:30:31:0.418919:14:16:18:22:15:16:19:24 chr10 115601189 . GAGA G 271.76 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.000125225;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=3;MLLD=302.573;QD=14.4938;RBI=0.00595945;REFB=-0.00758987;REVB=0.00595814;RO=44;SAF=20;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598717;STB=0.534048;STBP=0.646;TYPE=del;VARB=0.0106458;OID=.;OPOS=115601190;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413333:31:76:31:75:44:20:11:26:18:99:44:20:11:26:18 chr10 115609831 . TA T,TT 80.26 PASS AF=0.346154,0;AO=15,7;DP=72;FAO=27,0;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=16,0;FSAR=11,0;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.120918,0.0103146;FXX=0.0249969;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.2911,12.9047;QD=4.11602;RBI=0.139127,0.0460187;REFB=-0.00742509,-0.0163317;REVB=0.0688138,0.0448478;RO=34;SAF=3,7;SAR=12,0;SRF=18;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.41118,0.683738;STB=0.502945,0.5;STBP=0.993,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0122144,-0.0674503;OID=.,.;OPOS=115609832,115609832;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154,0:15,7:72:27,0:78:51:16,0:11,0:30:21:76:34:3,7:12,0:18:16 chr10 115609915 . C G 424.64 PASS AF=0.477778;AO=42;DP=91;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00390264;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.042;QD=18.8731;RBI=0.00828687;REFB=-0.0191999;REVB=-0.00731037;RO=46;SAF=19;SAR=23;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044852;STB=0.536087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0227952;OID=.;OPOS=115609915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:46:47:42:43:0.477778:23:19:23:23:24:19:24:23 chr10 115668149 . A G 351.27 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0037111;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8061;QD=17.7856;RBI=0.00919014;REFB=-0.00227749;REVB=-0.00840753;RO=42;SAF=18;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354583;STB=0.519825;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00175282;OID=.;OPOS=115668149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:42:42:37:37:0.468354:19:18:22:20:19:18:22:20 chr10 115675025 . G A 172.95 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0020398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.597;QD=18.6972;RBI=0.0121897;REFB=0.0127688;REVB=-0.0120178;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197068;STB=0.612662;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0159721;OID=.;OPOS=115675025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:13:5:9:10:13:5:9:10 chr10 115922563 . G A 383.84 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00962964;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.475;QD=22.5787;RBI=0.0429519;REFB=-0.0389964;REVB=-0.0418585;RO=29;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821458;STB=0.538023;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0228508;OID=.;OPOS=115922563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:29:30:38:38:0.558824:17:21:13:16:17:21:14:16 chr10 116032519 . A G 359.21 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=68;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.021634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2777;QD=20.8235;RBI=0.0476261;REFB=-0.00904511;REVB=-0.0424289;RO=32;SAF=21;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717796;STB=0.531628;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0063835;OID=.;OPOS=116032519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:32:36:37:0.536232:15:21:16:16:16:21:16:16 chr10 116048817 . A G 32.41 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0200347;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.235;QD=2.646;RBI=0.0341869;REFB=-0.00153849;REVB=-0.0277011;RO=42;SAF=1;SAR=5;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542232;STB=0.886508;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.030557;OID=.;OPOS=116048817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:49:42:43:6:6:0.122449:5:1:28:14:5:1:29:14 chr10 116050008 . A G 177.48 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0154263;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0719;QD=13.3945;RBI=0.0162627;REFB=-0.0238559;REVB=0.0051483;RO=30;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223506;STB=0.645254;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0292494;OID=.;OPOS=116050008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:32:21:21:0.396226:8:13:12:18:8:13:12:20 chr10 116050080 . G A 296.71 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0374268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4268;QD=15.6164;RBI=0.038751;REFB=0.00217837;REVB=-0.0100435;RO=43;SAF=21;SAR=12;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197496;STB=0.611582;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00231167;OID=.;OPOS=116050080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:12:21:19:24:12:21:19:24 chr10 116060387 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0179831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.403;QD=17.8403;RBI=0.0243406;REFB=0.00539628;REVB=0.0164034;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14117;STB=0.581274;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00595446;OID=.;OPOS=116060387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:4:10:8:6:4:10:8:6 chr10 116073696 . C T 1065.73 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877792;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.31;QD=60.0414;RBI=0.0107699;REFB=0;REVB=-0.00624003;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82028e-06;OID=.;OPOS=116073696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr10 116085784 . C CCCG 769.13 PASS AF=1;AO=42;DP=58;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113254;FXX=0.039992;HRUN=3;LEN=3;MLLD=133.889;QD=64.0943;RBI=0.0267489;REFB=0;REVB=-0.024233;RO=10;SAF=19;SAR=23;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.27455e-05;OID=.;OPOS=116085785;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=CCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:58:48:48:0:24:24:0:0:4:10:19:23:8:2 chr10 116307504 . A G 896.08 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195608;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.496;QD=58.7595;RBI=0.0196065;REFB=0;REVB=-0.0013369;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216917;OID=.;OPOS=116307504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:29:31:0:0:30:31:0:0 chr10 116593175 . C T 131.84 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00057466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7224;QD=14.6487;RBI=0.0183557;REFB=-0.0348957;REVB=-0.0183467;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186732;STB=0.607412;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0501641;OID=.;OPOS=116593175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:6:15:8:7:6:15 chr10 116602805 . A G 215.22 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0119938;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.689;QD=12.849;RBI=0.0200142;REFB=-0.00294781;REVB=-0.0160224;RO=41;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103857;STB=0.559396;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00484909;OID=.;OPOS=116602805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:41:41:26:26:0.38806:14:12:15:26:14:12:15:26 chr10 116621893 . A C 162.97 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0620973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.898;QD=9.18144;RBI=0.062132;REFB=-0.000529409;REVB=0.00207602;RO=47;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234732;STB=0.648115;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000974288;OID=.;OPOS=116621893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:49:22:22:0.309859:10:12:16:31:10:12:16:33 chr10 116623277 . G C 416.83 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0233498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2313;QD=17.3677;RBI=0.0332198;REFB=-0.055989;REVB=0.0236293;RO=51;SAF=20;SAR=23;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623915;STB=0.545214;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0503469;OID=.;OPOS=116623277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:53:43:43:0.447917:23:20:27:24:23:20:29:24 chr10 116659253 . A G 197.74 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0171038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4311;QD=14.6475;RBI=0.0823534;REFB=-0.00183934;REVB=-0.0805577;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474967;STB=0.546885;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00117624;OID=.;OPOS=116659253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:31:23:23:0.425926:10:13:15:14:10:13:15:16 chr10 116710930 . T C 515.74 PASS AF=0.550562;AO=48;DP=88;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00817115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.562;QD=23.1791;RBI=0.0141432;REFB=-0.010618;REVB=0.0115439;RO=40;SAF=19;SAR=29;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129109;STB=0.574199;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0106665;OID=.;OPOS=116710930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:40:40:48:49:0.550562:29:19:22:18:30:19:22:18 chr10 116931101 . C CTT,T 373.11 PASS AF=0.851852,0.148148;AO=20,5;DP=29;FAO=23,4;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=14,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141081,-0.0185363;FXX=0.0689417;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=42.5654,213.936;QD=55.2756;RBI=0.0573196,0.0297737;REFB=0,0;REVB=-0.0555562,-0.0232998;RO=2;SAF=8,2;SAR=12,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0708106,0.212944;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00513269,0.0174474;OID=.,.;OPOS=116931102,116931101;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:29:27:2:0:20,5:23,4:0.851852,0.148148:12,3:8,2:0:2:14,3:9,1:0:0 chr10 117075175 . G A 1381.24 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00943133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.609;QD=61.3886;RBI=0.0112745;REFB=-0.0564259;REVB=-0.00617778;RO=1;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111504;STB=0.505881;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00116765;OID=.;OPOS=117075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:42:47:0:1:42:47:0:1 chr10 117823739 . A G 1019.45 PASS AF=0.986111;AO=65;DP=66;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.006;QD=56.6362;RBI=0.0111043;REFB=-0.10241;REVB=-0.00280768;RO=1;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014995;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00135893;OID=.;OPOS=117823739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:72:1:1:65:71:0.986111:31:34:0:1:35:36:0:1 chr10 117884950 . G A 1268.6 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000458433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.727;QD=60.4096;RBI=0.0362241;REFB=-0.0649561;REVB=0.0362212;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000244948;OID=.;OPOS=117884950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:0:1:82:83:0.988095:40:42:0:0:41:42:1:0 chr10 118030615 . G A 82.01 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0102945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.203;QD=12.1495;RBI=0.0300243;REFB=-0.0252496;REVB=0.0282043;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14995;STB=0.567454;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0325476;OID=.;OPOS=118030615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:27:27:16:16:10:11:0.407407:3:7:13:3:3:8:13:3 chr10 118228763 . T C 2534.23 PASS AF=1;AO=165;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0865615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4816;QD=60.7002;RBI=0.0885219;REFB=-0.100335;REVB=0.0185264;RO=2;SAF=90;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00104445;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015555;OID=.;OPOS=118228763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:167:167:2:0:165:167:1:75:90:1:1:76:91:0:0 chr10 118231305 . A G 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.643;QD=60.7161;RBI=0.023074;REFB=0;REVB=0.0225753;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89703e-05;OID=.;OPOS=118231305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr10 118231360 . G A 959.45 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123679;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.301;QD=57.2804;RBI=0.0216965;REFB=-0.0320687;REVB=0.0178261;RO=1;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165689;STB=0.508769;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=8.41325e-05;OID=.;OPOS=118231360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:64:66:0.985075:28:36:0:1:28:38:0:1 chr10 118231363 . A G 971.93 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.331;QD=57.1722;RBI=0.0136392;REFB=0;REVB=0.00720492;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158148;OID=.;OPOS=118231363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:68:0:0:62:68:1:27:35:0:0:29:39:0:0 chr10 118363642 . T C 1933.29 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.704;QD=61.8652;RBI=0.0360183;REFB=0;REVB=0.0350222;RO=0;SAF=60;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011823;OID=.;OPOS=118363642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:65:60:0:0:65:60:0:0 chr10 118364967 . G C 386.44 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.02662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.825;QD=20.8887;RBI=0.026623;REFB=-0.00221058;REVB=-0.000402579;RO=33;SAF=28;SAR=11;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801104;STB=0.549892;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00216009;OID=.;OPOS=118364967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:35:39:39:0.527027:11:28:21:12:11:28:22:13 chr10 118380511 . A G 239.82 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0805297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.133;QD=50.4875;RBI=0.0912132;REFB=0;REVB=0.0428348;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444035;OID=.;OPOS=118380511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:6:12:0:0:7:12:0:0 chr10 118383461 . AGA AGAG,GAG 1667.65 PASS AF=1,0;AO=108,6;DP=118;FAO=114,0;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=62,0;FSAR=52,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170622,0.0386495;FXX=0.0256388;HRUN=1,4;LEN=1,3;MLLD=25.9383,7.3972;QD=58.5139;RBI=0.177835,0.0418761;REFB=0,0;REVB=0.0501362,0.016119;RO=1;SAF=58,4;SAR=50,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00811401,-0.0962265;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00253637,0;OID=.,.;OPOS=118383464,118383461;OREF=-,AGA;OALT=G,GAG;OMAPALT=AGAG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:118:114:1:0:108,6:114,0:1,0:50,2:58,4:1:0:52,0:62,0:0:0 chr10 118440715 . G A 148.61 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00771515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2374;QD=10.808;RBI=0.0114457;REFB=-0.0151889;REVB=-0.00845466;RO=36;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024319;STB=0.514271;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0296816;OID=.;OPOS=118440715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:12:7:14:22:12:7:14:22 chr10 118620459 . A C 499.7 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.037805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4726;QD=18.3375;RBI=0.0392685;REFB=-0.00755784;REVB=-0.0106206;RO=55;SAF=30;SAR=23;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184531;STB=0.606125;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00887414;OID=.;OPOS=118620459;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:56:53:53:0.486239:23:30:20:35:23:30:20:36 chr10 118890573 . T C 241.12 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.0553084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4752;QD=14.6134;RBI=0.0649977;REFB=-0.00822217;REVB=-0.034142;RO=38;SAF=10;SAR=18;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139899;STB=0.578765;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00734317;OID=.;OPOS=118890573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:18:10:9:29:18:10:9:29 chr10 118927196 . C G 716.47 PASS AF=0.47973;AO=71;DP=149;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=-0.00394285;FXX=0.00671096;HRUN=5;LEN=1;MLLD=70.9763;QD=19.3642;RBI=0.00820864;REFB=-0.00163057;REVB=-0.00719971;RO=73;SAF=45;SAR=26;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995955;STB=0.501436;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00212551;OID=.;OPOS=118927196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:73:77:71:71:0.47973:26:45:47:26:26:45:49:28 chr10 118957027 . A G 2363.01 PASS AF=1;AO=153;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.391;QD=60.981;RBI=0.0109512;REFB=0;REVB=-0.00476841;RO=0;SAF=90;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.19643e-06;OID=.;OPOS=118957027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:153:155:1:63:90:0:0:63:92:0:0 chr10 119003564 . T G 215.22 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0168785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.781;QD=22.6552;RBI=0.0329147;REFB=-0.0105185;REVB=0.0282576;RO=17;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743127;STB=0.541626;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00432172;OID=.;OPOS=119003564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:8:13:9:8:8:13:9:8 chr10 119026566 . T C 373.85 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0180479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.804;QD=18.0166;RBI=0.0475908;REFB=-0.0117677;REVB=0.0440359;RO=43;SAF=21;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253018;STB=0.520436;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0168562;OID=.;OPOS=119026566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:18:21:22:21:18:21:22:22 chr10 119133968 . G C 699.04 PASS AF=0.469799;AO=70;DP=149;FAO=70;FDP=149;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.00232476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.41;QD=18.766;RBI=0.012958;REFB=-0.00999645;REVB=-0.0127478;RO=79;SAF=35;SAR=35;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054514;STB=0.530193;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0103889;OID=.;OPOS=119133968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:79:79:70:70:0.469799:35:35:44:35:35:35:44:35 chr10 119134058 . T C 748.59 PASS AF=0.503448;AO=73;DP=145;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0762195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4185;QD=20.6506;RBI=0.0847648;REFB=-0.00317174;REVB=-0.0370898;RO=71;SAF=49;SAR=24;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130846;STB=0.569399;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00376909;OID=.;OPOS=119134058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:71:72:73:73:0.503448:24:49:38:33:24:49:39:33 chr10 119308944 . T C 1489.22 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955003;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.187;QD=63.3711;RBI=0.0173969;REFB=0;REVB=0.0145413;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5727e-05;OID=.;OPOS=119308944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:48:44:0:0:49:45:0:0 chr10 120069611 . T C 437.68 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00856135;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.464;QD=58.3572;RBI=0.00977217;REFB=0;REVB=-0.00471154;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46653e-05;OID=.;OPOS=120069611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr10 120353910 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.414;QD=58.5877;RBI=0.0531693;REFB=0;REVB=0.0365009;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336918;OID=.;OPOS=120353910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr10 120791060 . A C 251.69 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0861848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.718;QD=50.337;RBI=0.0921693;REFB=0;REVB=0.0326706;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863943;OID=.;OPOS=120791060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:11:8:0:0:12:8:0:0 chr10 120792297 . G GCTA 502.87 PASS AF=0.804348;AO=37;DP=48;FAO=37;FDP=46;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00558219;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=3;MLLD=307.797;QD=43.7275;RBI=0.0160773;REFB=-0.0209618;REVB=0.015077;RO=9;SAF=18;SAR=19;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250715;STB=0.513506;STBP=0.729;TYPE=ins;VARB=0.00348354;OID=.;OPOS=120792298;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=GCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.804348:37:48:37:46:9:18:19:5:4:60:9:18:19:5:4 chr10 120792684 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.679;QD=58.5878;RBI=0.0772043;REFB=0;REVB=0.0728461;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335896;OID=.;OPOS=120792684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr10 120792703 . C A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.358;QD=62.021;RBI=0.00568961;REFB=0;REVB=-0.000378894;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04511e-05;OID=.;OPOS=120792703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr10 120820528 . A G 152.39 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0799863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9533;QD=40.6384;RBI=0.089702;REFB=-0.0389869;REVB=0.0406036;RO=1;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060556;STB=0.533286;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0023136;OID=.;OPOS=120820528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:7:7:0:1:7:7:0:1 chr10 120828968 . CA CG,TG 715.29 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=43,2;DP=46;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192647,0.00757196;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=142.258,82.7458;QD=62.199;RBI=0.0348869,0.00878328;REFB=0,0;REVB=0.0290855,0.00445099;RO=0;SAF=25,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.65211e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000546783,0.180508;OID=.,.;OPOS=120828969,120828968;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:46:46:0:0:43,2:44,2:0.956522,0.0434783:18,0:25,2:0:0:18,0:26,2:0:0 chr10 120896027 . G A,T 1265.16 PASS AF=0.963855,0.0361446;AO=80,3;DP=83;FAO=80,3;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39,2;FSAR=41,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154499,0.0143301;FXX=0.0119033;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.9631,182.477;QD=60.9716;RBI=0.0471579,0.0243243;REFB=0,0;REVB=-0.0445552,-0.019655;RO=0;SAF=39,2;SAR=41,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0012103,0.00692919;OID=.,.;OPOS=120896027,120896027;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:83:83:0:0:80,3:80,3:0.963855,0.0361446:41,1:39,2:0:0:41,1:39,2:0:0 chr10 120909795 . TGGGGCT TGGGCT,TGGGCTG 583.04 PASS AF=0.934426,0;AO=40,3;DP=61;FAO=57,0;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=9,0;FSAR=48,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.259006,0.191952;FXX=0.0161264;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=17.024,6.59642;QD=38.2321;RBI=0.259126,0.210354;REFB=-0.0951733,-0.13347;REVB=-0.00789905,-0.0860422;RO=11;SAF=4,0;SAR=36,3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.341401,-0.657411;STB=0.539863,0.5;STBP=0.076,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0349591,0.110196;OID=.,.;OPOS=120909796,120909799;OREF=G,GCT;OALT=-,CTG;OMAPALT=TGGGCT,TGGGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.934426,0:40,3:61:57,0:61:4:9,0:48,0:2:2:10:11:4,0:36,3:6:5 chr10 120917445 . G A 107.36 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00190871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.114;QD=12.6306;RBI=0.0224383;REFB=-0.0173589;REVB=0.022357;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538402;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0233521;OID=.;OPOS=120917445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:20:21:12:13:0.382353:6:6:10:10:7:6:11:10 chr10 120919246 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.33;QD=59.4349;RBI=0.027529;REFB=0;REVB=-0.00458997;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154726;OID=.;OPOS=120919246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr10 120920588 . T C 213.47 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0109501;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5637;QD=19.8573;RBI=0.0269091;REFB=0.0113233;REVB=-0.0245804;RO=23;SAF=4;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286871;STB=0.647936;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0136449;OID=.;OPOS=120920588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:22:21:21:0.488372:17:4:10:13:17:4:9:13 chr10 120928808 . C T 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00332741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.122;QD=19.0766;RBI=0.0545455;REFB=-0.00896044;REVB=-0.0544439;RO=39;SAF=15;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109412;STB=0.560943;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0114968;OID=.;OPOS=120928808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:23:15:20:19:23:15:20:19 chr10 120933324 . G A 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1488;QD=44.6848;RBI=0.0442572;REFB=0;REVB=0.0169105;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000626688;OID=.;OPOS=120933324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr10 121199310 . T C 145.02 PASS AF=0.377778;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00738228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3722;QD=12.891;RBI=0.0137695;REFB=-0.035209;REVB=0.0116232;RO=28;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999205;STB=0.572515;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.046956;OID=.;OPOS=121199310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:28:28:16:17:0.377778:6:10:15:13:6:11:15:13 chr10 121436362 . A G 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.639;QD=64.1519;RBI=0.0335731;REFB=0;REVB=0.0334441;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6996e-05;OID=.;OPOS=121436362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr10 121551581 . A C 461.37 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=0.000976036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=351.253;QD=18.8312;RBI=0.00413829;REFB=-0.00370327;REVB=0.00402154;RO=52;SAF=30;SAR=16;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638141;STB=0.53545;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00522441;OID=.;OPOS=121551581;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:16:30:37:15:16:30:37:15 chr10 121579040 . T C 166.44 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0315713;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.867;QD=14.7943;RBI=0.0316656;REFB=-0.00177933;REVB=-0.00244196;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207586;STB=0.633989;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00217173;OID=.;OPOS=121579040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:13:5:12:14:13:5:13:14 chr10 121586827 . A G 42.89 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=23;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00286437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.635;QD=7.14767;RBI=0.0893134;REFB=-0.0212653;REVB=-0.0892674;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100585;STB=0.611451;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0715838;OID=.;OPOS=121586827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:23:24:17:17:6:7:0.291667:3:3:7:10:3:4:7:10 chr10 121588537 . A G 397.32 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0222639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.19;QD=20.6399;RBI=0.0296853;REFB=-0.00794094;REVB=0.019635;RO=36;SAF=17;SAR=23;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00730856;STB=0.509655;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00623631;OID=.;OPOS=121588537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:37:40:40:0.519481:23:17:15:21:23:17:15:22 chr10 121588554 . T A 417.39 PASS AF=0.545455;AO=41;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0750284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2196;QD=21.6827;RBI=0.0799925;REFB=0.011971;REVB=0.0277407;RO=36;SAF=15;SAR=26;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456551;STB=0.509134;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00914147;OID=.;OPOS=121588554;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:35:41:42:0.545455:26:15:15:21:26:16:14:21 chr10 121589402 . T G 299.22 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00419537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.2548;QD=13.757;RBI=0.0243073;REFB=0.000417363;REVB=0.0239425;RO=53;SAF=17;SAR=17;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504285;STB=0.528719;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.000723633;OID=.;OPOS=121589402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:17:17:24:29:17:17:24:29 chr10 121590259 . GA AG,G 35.2 PASS AF=0.02,0.26;AO=2,11;DP=50;FAO=1,13;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=1,10;FSAR=0,3;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0592075,-0.0747199;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=132.526,9.77063;QD=2.8164;RBI=0.059517,0.206225;REFB=-0.000509012,-0.0721117;REVB=-0.00606189,0.192212;RO=34;SAF=2,10;SAR=0,1;SRF=16;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.452169,0.589185;STB=0.98992,0.713936;STBP=0.484,0.093;TYPE=mnp,del;VARB=0.0958423,0.128726;OID=.,.;OPOS=121590259,121590260;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:50:50:34:36:2,11:1,13:0.02,0.26:0,1:2,10:16:18:0,3:1,10:18:18 chr10 121602732 . C T 510.16 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0317707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.759;QD=23.7284;RBI=0.0907846;REFB=-0.00715274;REVB=-0.0850439;RO=38;SAF=36;SAR=12;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293829;STB=0.662265;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00404636;OID=.;OPOS=121602732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:12:36:16:22:12:36:16:22 chr10 121671651 . T C 603.8 PASS AF=0.42236;AO=68;DP=161;FAO=68;FDP=161;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.0102137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.452;QD=15.0012;RBI=0.0351281;REFB=-0.0192873;REVB=0.0336104;RO=93;SAF=29;SAR=39;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125901;STB=0.570467;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0268907;OID=.;OPOS=121671651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:93:93:68:68:0.42236:39:29:51:42:39:29:51:42 chr10 121679013 . A G 1679.19 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00866845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.405;QD=59.4405;RBI=0.00965847;REFB=-0.0743542;REVB=0.00425958;RO=1;SAF=51;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921867;STB=0.504853;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000680529;OID=.;OPOS=121679013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:61:51:1:0:61:51:1:0 chr10 121685559 . G A 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00602574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.352;QD=16.9793;RBI=0.0185015;REFB=-0.0178559;REVB=-0.0174927;RO=29;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126582;STB=0.571373;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0107573;OID=.;OPOS=121685559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:10:16:14:15:10:16:14:15 chr10 121693246 . A G 251.23 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0138411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.168;QD=19.704;RBI=0.0190224;REFB=-0.0126105;REVB=0.0130489;RO=23;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329896;STB=0.533955;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0126884;OID=.;OPOS=121693246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:23:25:26:26:0.509804:10:16:15:8:10:16:17:8 chr10 121701160 . G T 193.18 PASS AF=0.512821;AO=18;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.00129744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.024;QD=19.813;RBI=0.0115013;REFB=0.00548154;REVB=-0.0114279;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178792;STB=0.578098;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.003487;OID=.;OPOS=121701160;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:19:18:20:0.512821:11:7:4:15:13:7:4:15 chr10 122216862 . C T 614.69 PASS AF=0.480916;AO=61;DP=129;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.0344201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.77;QD=18.7692;RBI=0.0424292;REFB=-0.0249047;REVB=0.0248091;RO=67;SAF=39;SAR=22;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127196;STB=0.518708;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0189182;OID=.;OPOS=122216862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:67:68:61:63:0.480916:22:39:42:25:22:41:42:26 chr10 122358342 . G C 1102.05 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0616243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5232;QD=58.7759;RBI=0.0638027;REFB=-0.0137009;REVB=0.0165295;RO=1;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119765;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000643637;OID=.;OPOS=122358342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:39:35:0:1:39:35:0:1 chr10 122358604 . C T 215.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000285361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.129;QD=45.3138;RBI=0.0207423;REFB=-0.148612;REVB=0.0207404;RO=1;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316909;STB=0.517223;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00140939;OID=.;OPOS=122358604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:19:19:1:1:18:18:0.947368:14:4:0:1:14:4:0:1 chr10 122358657 . ACC GTG,TCC 175.94 PASS AF=0.2,0.8;AO=3,12;DP=16;FAO=3,12;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=3,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168053,0.0842369;FXX=0.062461;HRUN=3,3;LEN=3,1;MLLD=176.128,83.6793;QD=46.9168;RBI=0.016806,0.0847919;REFB=0,0;REVB=0.000160137,-0.00968516;RO=0;SAF=0,2;SAR=3,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0221712,-0.0252764;OID=.,.;OPOS=122358657,122358657;OREF=ACC,A;OALT=GTG,T;OMAPALT=GTG,TCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:16:15:0:0:3,12:3,12:0.2,0.8:3,10:0,2:0:0:3,10:0,2:0:0 chr10 122358876 . TGA T 185.85 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00800258;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.876;QD=23.9808;RBI=0.0138312;REFB=-0.0159409;REVB=-0.011281;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287626;STB=0.516111;STBP=0.84;TYPE=del;VARB=0.0143913;OID=.;OPOS=122358877;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.580645:18:33:18:31:13:9:9:7:6:99:13:9:9:7:6 chr10 122359040 . A G 216.08 PASS AF=0.536585;AO=19;DP=38;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0137208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8443;QD=21.0809;RBI=0.0137927;REFB=-0.00592432;REVB=-0.00140659;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138931;STB=0.560921;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0383546;OID=.;OPOS=122359040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:19:19:19:22:0.536585:10:9:12:7:11:11:12:7 chr10 122359580 . C A 316.04 PASS AF=0.426829;AO=34;DP=80;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00802807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.117;QD=15.4166;RBI=0.00808736;REFB=-0.0127043;REVB=0.00097747;RO=46;SAF=9;SAR=25;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174465;STB=0.612442;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0163811;OID=.;OPOS=122359580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:46:47:34:35:0.426829:25:9:19:27:26:9:20:27 chr10 122649482 . A G 223.53 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00741958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.141;QD=14.9022;RBI=0.036899;REFB=-0.0220568;REVB=-0.0361454;RO=34;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656652;STB=0.537162;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0279927;OID=.;OPOS=122649482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:16:10:11:23:16:10:11:23 chr10 122663585 . G A 298.02 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0109491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.672;QD=15.8945;RBI=0.0116172;REFB=-0.00687898;REVB=-0.00388289;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03868;STB=0.521796;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00703701;OID=.;OPOS=122663585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:17:16:22:20:17:16:22:20 chr10 123298158 . T C 2529.51 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.07;QD=61.6954;RBI=0.0274311;REFB=0;REVB=0.0253829;RO=0;SAF=79;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14401e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38195e-05;OID=.;OPOS=123298158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:85:79:0:0:85:79:0:0 chr10 123673339 . T C 154.49 PASS AF=0.33871;AO=20;DP=61;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00950411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.243;QD=9.96699;RBI=0.0247087;REFB=-0.0127151;REVB=0.0228078;RO=39;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211883;STB=0.618072;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0259091;OID=.;OPOS=123673339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:41:20:21:0.33871:8:12:16:23:9:12:16:25 chr10 123733511 . C G 53.03 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00146164;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.197;QD=6.42822;RBI=0.0282334;REFB=-0.00628627;REVB=-0.0281956;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261076;STB=0.666263;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0158552;OID=.;OPOS=123733511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:34:33:25:25:8:8:0.242424:3:5:10:15:3:5:10:15 chr10 123845322 . T C 538.38 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3389;QD=59.82;RBI=0.0165461;REFB=0;REVB=0.0110763;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.69367e-06;OID=.;OPOS=123845322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:10:26:0:0:10:26:0:0 chr10 123976391 . C A 808.09 PASS AF=0.909091;AO=60;DP=66;FAO=60;FDP=66;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0128179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.924;QD=48.9753;RBI=0.0285138;REFB=-0.0425733;REVB=0.0254704;RO=6;SAF=32;SAR=28;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517316;STB=0.527486;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00142567;OID=.;OPOS=123976391;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:66:66:6:6:60:60:0.909091:28:32:5:1:28:32:5:1 chr10 124001539 . G C 220.56 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.000720625;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.4494;QD=18.0047;RBI=0.0516882;REFB=-0.0261613;REVB=0.0516832;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00987944;STB=0.505613;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0333747;OID=.;OPOS=124001539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:12:10:12:15:12:10:12:15 chr10 124089036 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.799;QD=58.4197;RBI=0.0272463;REFB=0;REVB=0.00548239;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06096e-05;OID=.;OPOS=124089036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr10 124096035 . T C 356.56 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.118;QD=54.8553;RBI=0.0193908;REFB=0;REVB=0.00566468;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62435e-05;OID=.;OPOS=124096035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:26:0:0:22:26:1:7:15:0:0:9:17:0:0 chr10 124096041 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.815;QD=56.1914;RBI=0.0183642;REFB=0;REVB=-0.014268;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.97225e-06;OID=.;OPOS=124096041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr10 124096061 . A C 576.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.242;QD=60.6368;RBI=0.0132639;REFB=0;REVB=0.0108935;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7659e-06;OID=.;OPOS=124096061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:17:21:0:0 chr10 124183698 . T G 107.28 PASS AF=0.181818;AO=22;DP=113;FAO=20;FDP=110;FR=.;FRO=90;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=70;FSRR=20;FWDB=0.00335122;FXX=0.0350846;HRUN=22;LEN=1;MLLD=160.171;QD=3.90105;RBI=0.0168892;REFB=0.000422853;REVB=-0.0165533;RO=85;SAF=13;SAR=9;SRF=66;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264948;STB=0.623283;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00110449;OID=.;OPOS=124183698;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:110:85:90:22:20:0.181818:9:13:66:19:7:13:70:20 chr10 124183699 . T G 70.52 PASS AF=0.130435;AO=16;DP=116;FAO=15;FDP=115;FR=.;FRO=100;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=79;FSRR=21;FWDB=0.00559933;FXX=0.0170926;HRUN=22;LEN=1;MLLD=180.555;QD=2.45287;RBI=0.00559964;REFB=0.000586719;REVB=5.90679e-05;RO=100;SAF=5;SAR=11;SRF=79;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.559267;STB=0.843908;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0035987;OID=.;OPOS=124183699;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:116:115:100:100:16:15:0.130435:11:5:79:21:10:5:79:21 chr10 124183732 . T C 3105.18 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.824;QD=61.7947;RBI=0.0209413;REFB=0;REVB=-0.019982;RO=0;SAF=105;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69072e-05;OID=.;OPOS=124183732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:201:0:0:201:201:1:96:105:0:0:96:105:0:0 chr10 124189197 . A G 148.97 PASS AF=0.28;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=12;FWDB=0.00764744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2382;QD=7.94519;RBI=0.0118871;REFB=-0.00821878;REVB=0.00910053;RO=52;SAF=13;SAR=8;SRF=40;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204035;STB=0.628464;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0262708;OID=.;OPOS=124189197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:54:21:21:0.28:8:13:40:12:8:13:42:12 chr10 124214355 . C T 1038.75 PASS AF=0.584337;AO=97;DP=167;FAO=97;FDP=166;FR=.;FRO=69;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=0.0183802;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.152;QD=25.0302;RBI=0.0184;REFB=-0.0322086;REVB=0.000853395;RO=69;SAF=56;SAR=41;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17476;STB=0.594842;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0337413;OID=.;OPOS=124214355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:69:69:97:97:0.584337:41:56:24:45:41:56:24:45 chr10 124214448 . G T 199.94 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0106575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.683;QD=11.5904;RBI=0.0187901;REFB=-0.00540833;REVB=-0.0154753;RO=44;SAF=10;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160649;STB=0.592949;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0108649;OID=.;OPOS=124214448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:15:10:24:20:15:10:24:20 chr10 124329672 . TC CT 612.14 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121217;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=2;MLLD=160.579;QD=46.1989;RBI=0.13348;REFB=0;REVB=0.0558872;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165215;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00131006;OID=.;OPOS=124329672;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:1:0:51:53:1:23:28:1:0:24:29:0:0 chr10 124329710 . C A 724.68 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0323021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.677;QD=54.6927;RBI=0.0324214;REFB=-0.102025;REVB=-0.00277916;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018468;STB=0.5098;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00093816;OID=.;OPOS=124329710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:27:25:1:0:27:25:1:0 chr10 124329746 . A T 592.97 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-4.57101e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.477;QD=57.8508;RBI=0.0281672;REFB=-0.0985127;REVB=0.0281671;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253303;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000934878;OID=.;OPOS=124329746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:39:40:0.97561:21:18:1:0:22:18:1:0 chr10 124330427 . C T 1347.46 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0178629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.522;QD=59.8869;RBI=0.0270967;REFB=-0.038383;REVB=-0.0203752;RO=2;SAF=54;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017225;STB=0.508927;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000395313;OID=.;OPOS=124330427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:90:2:2:87:88:0.977778:33:54:2:0:33:55:2:0 chr10 124331867 . C T 2828.06 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.773;QD=62.8458;RBI=0.0102269;REFB=0;REVB=-0.00562939;RO=0;SAF=89;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6979e-06;OID=.;OPOS=124331867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:180:180:1:91:89:0:0:91:89:0:0 chr10 124339332 . T C 1587.7 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9107;QD=64.1493;RBI=0.0593633;REFB=0;REVB=-0.00797126;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268467;OID=.;OPOS=124339332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:46:53:0:0:46:53:0:0 chr10 124348685 . G T 443.32 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=0.0126469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3912;QD=15.0278;RBI=0.0385851;REFB=-0.0088159;REVB=0.0364537;RO=68;SAF=19;SAR=31;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626519;STB=0.5351;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0145173;OID=.;OPOS=124348685;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:68:50:50:0.423729:31:19:22:46:31:19:22:46 chr10 124402677 . A G 1112.57 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5796;QD=60.1387;RBI=0.052814;REFB=0;REVB=-0.0457488;RO=0;SAF=47;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010045;OID=.;OPOS=124402677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:25:47:0:0:25:49:0:0 chr10 124457452 . C T 1250.95 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175465;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.184;QD=61.0219;RBI=0.017978;REFB=0;REVB=0.00391522;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520881;OID=.;OPOS=124457452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:31:49:0:0:32:50:0:0 chr10 124457906 . C T 597.22 PASS AF=0.5;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0056039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.114;QD=19.5811;RBI=0.00628301;REFB=-0.00145734;REVB=-0.00284123;RO=60;SAF=25;SAR=36;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037014;STB=0.525177;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00177853;OID=.;OPOS=124457906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:60:61:61:61:0.5:36:25:27:33:36:25:28:33 chr10 124459139 . T C 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00821722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1782;QD=10.1486;RBI=0.0148723;REFB=-0.00770795;REVB=0.0123961;RO=44;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132824;STB=0.577397;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0146621;OID=.;OPOS=124459139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:12:10:15:29:12:10:15:29 chr10 124459248 . G T 324.55 PASS AF=0.423529;AO=31;DP=80;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.0274011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.914;QD=15.273;RBI=0.0281786;REFB=-0.032494;REVB=-0.00657388;RO=46;SAF=13;SAR=18;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17775;STB=0.548338;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.047877;OID=.;OPOS=124459248;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:85:46:49:31:36:0.423529:18:13:12:34:23:13:14:35 chr10 124585833 . T C 279.04 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.014318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.805;QD=16.4139;RBI=0.0417609;REFB=-0.0018523;REVB=0.0392297;RO=36;SAF=15;SAR=15;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134812;STB=0.574622;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00277725;OID=.;OPOS=124585833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:37:30:31:0.455882:15:15:23:13:16:15:23:14 chr10 124610027 . G A 306.93 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0196291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4026;QD=18.0547;RBI=0.0242437;REFB=-0.00206355;REVB=-0.0142287;RO=35;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255591;STB=0.514277;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00154228;OID=.;OPOS=124610027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:17:16:16:19:17:16:16:19 chr10 124647891 . C T 438.99 PASS AF=0.465347;AO=45;DP=99;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00974469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2538;QD=17.3859;RBI=0.046317;REFB=-0.0131199;REVB=0.0452803;RO=54;SAF=26;SAR=19;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946506;STB=0.550063;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0129772;OID=.;OPOS=124647891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:54:54:45:47:0.465347:19:26:26:28:20:27:26:28 chr10 124647973 . C T 301.35 PASS AF=0.351852;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.0132448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.778;QD=11.1612;RBI=0.0248383;REFB=-0.00664759;REVB=-0.0210124;RO=70;SAF=24;SAR=14;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258763;STB=0.648571;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00920916;OID=.;OPOS=124647973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:70:38:38:0.351852:14:24:28:42:14:24:28:42 chr10 124740079 . G A 414.9 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0168659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.196;QD=21.8371;RBI=0.0204566;REFB=-0.0288825;REVB=0.0115765;RO=31;SAF=23;SAR=18;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156739;STB=0.518316;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0253911;OID=.;OPOS=124740079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:31:35:41:41:0.539474:18:23:18:13:18:23:21:14 chr10 124742792 . G A 288.52 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=12;FWDB=-0.0151312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.675;QD=13.7389;RBI=0.019815;REFB=-0.0119515;REVB=-0.0127938;RO=46;SAF=29;SAR=4;SRF=38;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113389;STB=0.630343;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0137374;OID=.;OPOS=124742792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:51:33:33:0.392857:4:29:38:8:4:29:39:12 chr10 124742895 . G C 354.04 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=0.009483;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.088;QD=15.7351;RBI=0.0172507;REFB=-0.025188;REVB=-0.0144104;RO=51;SAF=31;SAR=7;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136419;STB=0.574032;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0312387;OID=.;OPOS=124742895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:52:38:38:0.422222:7:31:37:14:7:31:38:14 chr10 124816515 . C G 208.16 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0351108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9802;QD=18.5034;RBI=0.0519156;REFB=-0.0354047;REVB=-0.0382421;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168346;STB=0.509545;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0390117;OID=.;OPOS=124816515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:13:11:10:11:13:11 chr10 125426412 . A G 283.64 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0492726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.983;QD=19.9046;RBI=0.0495439;REFB=-0.0153483;REVB=-0.00517757;RO=27;SAF=20;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196676;STB=0.609681;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0180812;OID=.;OPOS=125426412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:10:20:12:15:10:20:12:15 chr10 125426565 . G C 1026.33 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.44;QD=59.4974;RBI=0.0297096;REFB=0;REVB=0.0122649;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.7962e-05;OID=.;OPOS=125426565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:44:25:0:0:44:25:0:0 chr10 125449015 . G A 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.015;QD=57.1745;RBI=0.0273282;REFB=0;REVB=-0.00803191;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.92275e-05;OID=.;OPOS=125449015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr10 125450857 . C G 824.95 PASS AF=1;AO=49;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119497;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.772;QD=54.095;RBI=0.132918;REFB=0;REVB=0.0582047;RO=2;SAF=21;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165212;OID=.;OPOS=125450857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:61:2:0:49:61:1:28:21:2:0:29:32:0:0 chr10 125506302 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.749;QD=63.8719;RBI=0.00970555;REFB=0;REVB=0.00961631;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04191e-05;OID=.;OPOS=125506302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr10 125521533 . G A 213.56 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00065909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.921;QD=20.3393;RBI=0.0354422;REFB=0.00654304;REVB=0.035436;RO=21;SAF=16;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32546;STB=0.68495;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00396769;OID=.;OPOS=125521533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:5:16:9:12:5:16:9:12 chr10 125521590 . G A 202.0 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.029178;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.608;QD=21.2629;RBI=0.0318464;REFB=-0.00106419;REVB=0.0127609;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112803;STB=0.575841;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00104276;OID=.;OPOS=125521590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:9:11:7:10:9:11:7:11 chr10 125528048 . G A 977.61 PASS AF=0.49505;AO=99;DP=203;FAO=100;FDP=202;FR=.;FRO=102;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=-0.0040967;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.139;QD=19.3586;RBI=0.00797622;REFB=-0.0106652;REVB=0.00684376;RO=102;SAF=50;SAR=49;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224754;STB=0.514849;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0125493;OID=.;OPOS=125528048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:102:102:99:100:0.49505:49:50:54:48:50:50:54:48 chr10 125804385 . A G 126.78 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00970427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.649;QD=8.04972;RBI=0.0333377;REFB=-0.0034079;REVB=-0.031894;RO=45;SAF=12;SAR=6;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165352;STB=0.599886;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00744474;OID=.;OPOS=125804385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:45:18:18:0.285714:6:12:24:21:6:12:24:21 chr10 126089434 . G A 847.25 PASS AF=0.983871;AO=58;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00785019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.165;QD=54.6611;RBI=0.0189347;REFB=0.00895098;REVB=0.0172307;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154654;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000949175;OID=.;OPOS=126089434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:58:61:0.983871:30:28:0:1:32:29:0:1 chr10 126172863 . A G 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.147;QD=57.5432;RBI=0.0500812;REFB=0;REVB=-0.0148368;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152561;OID=.;OPOS=126172863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr10 126480381 . C T 72.95 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.000390122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4575;QD=20.842;RBI=0.00693511;REFB=-0.0217046;REVB=0.00692413;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455969;STB=0.526256;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00919502;OID=.;OPOS=126480381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:2:3:6:3:2:3 chr10 126517989 . G A 279.02 PASS AF=0.508475;AO=28;DP=57;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0259148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2973;QD=18.9167;RBI=0.0289761;REFB=-0.0129999;REVB=-0.012963;RO=28;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955016;STB=0.55852;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0252077;OID=.;OPOS=126517989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:28:29:28:30:0.508475:15:13:16:12:16:14:17:12 chr10 126674093 . T C 561.06 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100201;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.246;QD=60.6552;RBI=0.0530917;REFB=0;REVB=0.0530823;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48303e-05;OID=.;OPOS=126674093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr10 126674227 . C CT 1043.35 PASS AF=0.990291;AO=92;DP=106;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0722315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.014;QD=40.5185;RBI=0.126146;REFB=-0.0104643;REVB=-0.103418;RO=9;SAF=52;SAR=40;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558894;STB=0.505746;STBP=0.296;TYPE=ins;VARB=-0.000430873;OID=.;OPOS=126674228;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.990291:92:106:102:103:1:59:43:0:1:13:9:52:40:8:1 chr10 126677239 . GAAGAA G 211.37 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00130813;FXX=0.0999667;HRUN=2;LEN=5;MLLD=269.862;QD=31.3143;RBI=0.0556275;REFB=-0.0104974;REVB=0.0556121;RO=3;SAF=17;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12707;STB=0.588658;STBP=0.126;TYPE=del;VARB=0.00238031;OID=.;OPOS=126677240;OREF=AAGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.814815:22:30:22:27:5:17:5:2:3:23:3:17:5:1:2 chr10 126677262 . G A 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0113658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.018;QD=3.24558;RBI=0.0811086;REFB=0.00149777;REVB=-0.0803083;RO=34;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141104;STB=0.609408;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.0570152;OID=.;OPOS=126677262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:34:35:6:6:0.146341:3:3:21:13:3:3:22:13 chr10 126677266 . A T 62.04 PASS AF=0.214286;AO=8;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0409064;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.417;QD=5.90876;RBI=0.0622075;REFB=-0.0100421;REVB=-0.0468661;RO=26;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369951;STB=0.565077;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0181018;OID=.;OPOS=126677266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:26:33:8:9:0.214286:3:5:17:9:4:5:21:12 chr10 126677287 . GACAA G 32.94 PASS AF=0.125;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.000692689;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=4;MLLD=276.626;QD=2.74478;RBI=0.00214623;REFB=-0.0028309;REVB=0.00203137;RO=42;SAF=3;SAR=3;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112417;STB=0.562295;STBP=0.765;TYPE=del;VARB=0.0192788;OID=.;OPOS=126677288;OREF=ACAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.125:6:49:6:48:42:3:3:24:18:32:42:3:3:25:17 chr10 126677308 . A T 57.58 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.023622;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.1167;QD=4.51578;RBI=0.0328074;REFB=-0.00402434;REVB=-0.0227669;RO=39;SAF=4;SAR=5;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114444;STB=0.58423;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0134668;OID=.;OPOS=126677308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:48:51:39:42:9:9:0.176471:5:4:21:18:5:4:23:19 chr10 126677323 . A T 72.62 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0214546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.027;QD=5.37933;RBI=0.0234843;REFB=-0.00893291;REVB=0.00955039;RO=42;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142759;STB=0.581793;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0501145;OID=.;OPOS=126677323;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:42:43:11:11:0.203704:6:5:24:18:6:5:24:19 chr10 126677363 . T C 53.19 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00310437;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.1327;QD=3.79908;RBI=0.0291033;REFB=0.0031791;REVB=0.0289372;RO=47;SAF=3;SAR=6;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337292;STB=0.726801;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0233502;OID=.;OPOS=126677363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:47:47:9:9:0.160714:6:3:29:18:6:3:29:18 chr10 126677367 . T G 63.19 PASS AF=0.181818;AO=9;DP=53;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0116178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.628;QD=4.59569;RBI=0.0128287;REFB=-0.00781513;REVB=0.00544081;RO=44;SAF=3;SAR=6;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333801;STB=0.675725;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0183866;OID=.;OPOS=126677367;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:53:55:44:45:9:10:0.181818:6:3:27:17:6:4:28:17 chr10 126677391 . A C 69.17 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00352686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4519;QD=6.14806;RBI=0.106459;REFB=-0.00136943;REVB=0.106401;RO=35;SAF=3;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296307;STB=0.690199;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0104287;OID=.;OPOS=126677391;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:7:3:19:16:7:3:19:16 chr10 126677420 . T C 43.8 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00862514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.849;QD=6.25781;RBI=0.0523662;REFB=-0.00582094;REVB=0.051651;RO=21;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283315;STB=0.683671;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0272507;OID=.;OPOS=126677420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:5:2:11:10:5:2:11:10 chr10 126677425 . G T 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0762402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7621;QD=5.44263;RBI=0.108318;REFB=-0.0152475;REVB=-0.0769436;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42192;STB=0.784679;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0522274;OID=.;OPOS=126677425;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:5:1:10:10:5:1:10:10 chr10 126683092 . G A 60.99 PASS AF=0.125;AO=13;DP=104;FAO=13;FDP=104;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=-0.012778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.143;QD=2.34571;RBI=0.0716645;REFB=-0.00277641;REVB=-0.0705161;RO=87;SAF=12;SAR=1;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503468;STB=0.885795;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.015227;OID=.;OPOS=126683092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:104:104:87:91:13:13:0.125:1:12:51:36:1:12:51:40 chr10 126683099 . G A 57.49 PASS AF=0.118182;AO=13;DP=110;FAO=13;FDP=110;FR=.;FRO=97;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=0.057068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2676;QD=2.09061;RBI=0.0693626;REFB=0.00579692;REVB=0.039426;RO=97;SAF=12;SAR=1;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526341;STB=0.895416;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.032426;OID=.;OPOS=126683099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:110:110:97:97:13:13:0.118182:1:12:52:45:1:12:52:45 chr10 126683111 . C T 54.85 PASS AF=0.113043;AO=13;DP=117;FAO=13;FDP=115;FR=.;FRO=102;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=-0.00900015;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.556;QD=1.90777;RBI=0.0550099;REFB=-0.000378995;REVB=-0.0542687;RO=104;SAF=12;SAR=1;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517278;STB=0.891716;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00138301;OID=.;OPOS=126683111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:117:115:104:102:13:13:0.113043:1:12:56:48:1:12:56:46 chr10 126683123 . A C 73.29 PASS AF=0.136752;AO=16;DP=114;FAO=16;FDP=117;FR=.;FRO=101;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=66;FSRR=35;FWDB=-0.0757406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1129;QD=2.50556;RBI=0.0767441;REFB=-0.00700513;REVB=0.0123698;RO=98;SAF=4;SAR=12;SRF=63;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465533;STB=0.816774;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0419485;OID=.;OPOS=126683123;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:114:117:98:101:16:16:0.136752:12:4:63:35:12:4:66:35 chr10 126683132 . A T 55.41 PASS AF=0.114035;AO=13;DP=114;FAO=13;FDP=114;FR=.;FRO=101;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=0.00847689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.845;QD=1.9443;RBI=0.00984137;REFB=-0.00463235;REVB=-0.00499949;RO=100;SAF=12;SAR=1;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514016;STB=0.89313;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.017956;OID=.;OPOS=126683132;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:114:114:100:101:13:13:0.114035:1:12:55:45:1:12:55:46 chr10 126683151 . C T 63.57 PASS AF=0.134021;AO=11;DP=95;FAO=13;FDP=97;FR=.;FRO=84;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=60;FSRR=24;FWDB=-0.0148719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2588;QD=2.62164;RBI=0.0334915;REFB=-0.00198939;REVB=-0.0300085;RO=83;SAF=3;SAR=8;SRF=59;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495915;STB=0.813174;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.016472;OID=.;OPOS=126683151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:95:97:83:84:11:13:0.134021:8:3:59:24:9:4:60:24 chr10 126683162 . C T 65.53 PASS AF=0.142857;AO=13;DP=91;FAO=13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=22;FWDB=0.00219897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.627;QD=2.88035;RBI=0.00410189;REFB=0.000841796;REVB=-0.00346267;RO=78;SAF=4;SAR=9;SRF=56;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480251;STB=0.812867;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00321058;OID=.;OPOS=126683162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:91:91:78:78:13:13:0.142857:9:4:56:22:9:4:56:22 chr10 126683190 . C A 67.6 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.015246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.347;QD=3.97646;RBI=0.0163316;REFB=-0.00151595;REVB=-0.00585484;RO=56;SAF=4;SAR=8;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331755;STB=0.716638;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00867943;OID=.;OPOS=126683190;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:68:68:56:56:12:12:0.176471:8:4:34:22:8:4:34:22 chr10 126691575 . T C 31.09 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=89;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=-0.0443088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.104;QD=1.39738;RBI=0.0459705;REFB=-0.00278159;REVB=-0.012248;RO=81;SAF=1;SAR=7;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526008;STB=0.902908;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0204895;OID=.;OPOS=126691575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:89:89:81:81:8:8:0.0898876:7:1:50:31:7:1:50:31 chr10 126691605 . C A 41.62 PASS AF=0.103093;AO=10;DP=97;FAO=10;FDP=97;FR=.;FRO=87;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.0217682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.043;QD=1.7161;RBI=0.0367156;REFB=-0.00065513;REVB=-0.0295666;RO=85;SAF=2;SAR=8;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443878;STB=0.827509;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0113291;OID=.;OPOS=126691605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:97:97:85:87:10:10:0.103093:8:2:50:35:8:2:51:36 chr10 126691608 . C T 38.41 PASS AF=0.104167;AO=8;DP=96;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=-0.00104047;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.795;QD=1.60045;RBI=0.0147816;REFB=-0.00460593;REVB=-0.0147449;RO=88;SAF=2;SAR=6;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357092;STB=0.824782;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0312752;OID=.;OPOS=126691608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:96:96:88:86:8:10:0.104167:6:2:51:37:8:2:50:36 chr10 126691631 . T A 41.92 PASS AF=0.104167;AO=10;DP=96;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=0.00966669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.42;QD=1.74685;RBI=0.0149129;REFB=-0.00309932;REVB=0.0113555;RO=85;SAF=2;SAR=8;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433422;STB=0.824782;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0125922;OID=.;OPOS=126691631;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:96:96:85:86:10:10:0.104167:8:2:49:36:8:2:50:36 chr10 126691634 . T A 42.19 PASS AF=0.105263;AO=10;DP=95;FAO=10;FDP=95;FR=.;FRO=85;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.0255862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.22;QD=1.77645;RBI=0.0262894;REFB=-0.0110035;REVB=-0.0060396;RO=85;SAF=2;SAR=8;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422943;STB=0.815716;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0472129;OID=.;OPOS=126691634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:95:95:85:85:10:10:0.105263:8:2:48:37:8:2:48:37 chr10 126691660 . G A 47.03 PASS AF=0.125;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.00252811;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.48;QD=2.35156;RBI=0.00936716;REFB=-0.000825874;REVB=0.00901955;RO=70;SAF=2;SAR=8;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402332;STB=0.791287;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00677652;OID=.;OPOS=126691660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:81:80:70:70:10:10:0.125:8:2:37:33:8:2:37:33 chr10 126714714 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.549;QD=46.848;RBI=0.0651086;REFB=0;REVB=0.015664;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554024;OID=.;OPOS=126714714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr10 126714966 . A G 272.34 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.367;QD=51.8737;RBI=0.0150169;REFB=0;REVB=-0.00106252;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.56595e-05;OID=.;OPOS=126714966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr10 126721440 . AC A,AA 354.21 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=3,23;DP=26;FAO=1,25;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508181,0.0538987;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=341.155,362.121;QD=54.4935;RBI=0.0518251,0.0548287;REFB=0,0;REVB=0.0101667,0.0100555;RO=0;SAF=2,3;SAR=1,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00295217,0.000689923;OID=.,.;OPOS=126721441,126721441;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0384615,0.961538:3,23:26:1,25:26:0:0,5:1,20:0:0:4:0:2,3:1,20:0:0 chr10 126727602 . T A 65.07 PASS AF=0.12844;AO=14;DP=109;FAO=14;FDP=109;FR=.;FRO=95;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=73;FWDB=-0.00565667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.917;QD=2.38773;RBI=0.018867;REFB=0.000591708;REVB=0.017999;RO=95;SAF=5;SAR=9;SRF=22;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188212;STB=0.627712;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.0037302;OID=.;OPOS=126727602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:109:109:95:95:14:14:0.12844:9:5:22:73:9:5:22:73 chr10 126727604 . T C 64.64 PASS AF=0.127273;AO=14;DP=110;FAO=14;FDP=110;FR=.;FRO=96;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=74;FWDB=-0.0107381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1931;QD=2.35056;RBI=0.01299;REFB=-0.00721866;REVB=0.00730975;RO=95;SAF=5;SAR=9;SRF=22;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188212;STB=0.630537;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0263019;OID=.;OPOS=126727604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:110:110:95:96:14:14:0.127273:9:5:22:73:9:5:22:74 chr10 126727630 . T G 49.21 PASS AF=0.114583;AO=11;DP=98;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=66;FWDB=0.0141902;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.089;QD=2.05044;RBI=0.0256565;REFB=-0.00205276;REVB=0.0213751;RO=84;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328006;STB=0.71398;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00973863;OID=.;OPOS=126727630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:98:96:84:85:11:11:0.114583:6:5:18:66:6:5:19:66 chr10 127462525 . A G 79.4 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0326175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7559;QD=15.8806;RBI=0.0393151;REFB=-0.0251766;REVB=-0.0219495;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188678;STB=0.608497;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0235692;OID=.;OPOS=127462525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:2:8:6:4:2:8 chr10 127579186 . C A 63.38 PASS AF=0.11811;AO=15;DP=128;FAO=15;FDP=127;FR=.;FRO=112;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=51;FWDB=-0.0217044;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.953;QD=1.99635;RBI=0.0250039;REFB=-0.00620066;REVB=-0.0124143;RO=110;SAF=8;SAR=7;SRF=60;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149826;STB=0.510018;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0470908;OID=.;OPOS=127579186;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:128:127:110:112:15:15:0.11811:7:8:60:50:7:8:61:51 chr10 127579210 . T C 245.72 PASS AF=0.269231;AO=35;DP=130;FAO=35;FDP=130;FR=.;FRO=95;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=0.00902091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.899;QD=7.56055;RBI=0.0481368;REFB=0.00303856;REVB=0.047284;RO=92;SAF=20;SAR=15;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875304;STB=0.540996;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.00558616;OID=.;OPOS=127579210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:92:95:35:35:0.269231:15:20:46:46:15:20:49:46 chr10 127579238 . G T 105.56 PASS AF=0.154412;AO=21;DP=136;FAO=21;FDP=136;FR=.;FRO=115;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=-0.00386067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.961;QD=3.10457;RBI=0.0126744;REFB=-0.00316561;REVB=-0.0120721;RO=115;SAF=15;SAR=6;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273131;STB=0.683118;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0164985;OID=.;OPOS=127579238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:115:115:21:21:0.154412:6:15:58:57:6:15:58:57 chr10 127585173 . T C 39.53 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.000998376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.854;QD=13.1761;RBI=0.00838101;REFB=-0.0260932;REVB=0.00832133;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145035;STB=0.587932;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0617217;OID=.;OPOS=127585173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:3:3:2:4:3:3 chr10 127585179 . G C 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0307336;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=303.436;QD=30.5927;RBI=0.0309926;REFB=-0.0177046;REVB=-0.00399846;RO=2;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305955;STB=0.517207;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00393352;OID=.;OPOS=127585179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:4:6:1:1:4:6:1:1 chr10 127724778 . A G 138.56 PASS AF=0.351852;AO=16;DP=51;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00994224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.751;QD=10.2633;RBI=0.0117726;REFB=-0.018515;REVB=-0.00630439;RO=35;SAF=13;SAR=3;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270033;STB=0.632601;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0316043;OID=.;OPOS=127724778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:35:35:16:19:0.351852:3:13:22:13:4:15:22:13 chr10 127753478 . G A 965.94 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.906;QD=58.5416;RBI=0.0386988;REFB=0;REVB=0.0386162;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117097;OID=.;OPOS=127753478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:34:31:0:0:34:32:0:0 chr10 127789698 . T C 609.62 PASS AF=0.466667;AO=62;DP=134;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.00424304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0276;QD=18.0628;RBI=0.00896599;REFB=-0.0070306;REVB=0.00789846;RO=71;SAF=36;SAR=26;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151825;STB=0.58368;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00470773;OID=.;OPOS=127789698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:71:72:62:63:0.466667:26:36:30:41:26:37:31:41 chr10 127834139 . T G 307.64 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00209449;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.392;QD=33.2585;RBI=0.00372663;REFB=0.00930453;REVB=-0.00308235;RO=11;SAF=7;SAR=19;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119626;STB=0.565704;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00371941;OID=.;OPOS=127834139;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:38:37:11:11:26:26:0.702703:19:7:5:6:19:7:5:6 chr10 128019025 . C G 474.35 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00795476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1538;QD=17.7327;RBI=0.0252639;REFB=-0.0152307;REVB=0.0239789;RO=55;SAF=24;SAR=27;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838207;STB=0.55048;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.017864;OID=.;OPOS=128019025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:56:51:51:0.476636:27:24:21:34:27:24:21:35 chr10 128150096 . G T 374.79 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0205225;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.8763;QD=22.7147;RBI=0.041723;REFB=-0.0279656;REVB=-0.0363268;RO=26;SAF=25;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123944;STB=0.571028;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.018948;OID=.;OPOS=128150096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:28:38:38:0.575758:13:25:13:13:13:25:14:14 chr10 128192985 . C T 127.84 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00561838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.829;QD=11.622;RBI=0.0243265;REFB=-0.00114433;REVB=-0.0236688;RO=29;SAF=10;SAR=4;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779517;STB=0.561957;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00174555;OID=.;OPOS=128192985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:29:29:14:15:0.340909:4:10:19:10:4:11:19:10 chr10 128202435 . T C 289.93 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00518571;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.3101;QD=16.5672;RBI=0.0126055;REFB=-0.0098437;REVB=0.0114895;RO=36;SAF=18;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665208;STB=0.519843;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00981505;OID=.;OPOS=128202435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:38:32:32:0.457143:14:18:20:16:14:18:20:18 chr10 128926013 . A G 1659.62 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.631;QD=60.3498;RBI=0.034979;REFB=0;REVB=0.0271043;RO=0;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63367e-05;OID=.;OPOS=128926013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:52:58:0:0:52:58:0:0 chr10 128974621 . C T 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.875;QD=39.2001;RBI=0.0459655;REFB=0;REVB=-0.0303805;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00154415;OID=.;OPOS=128974621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr10 129216658 . T C 457.41 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0212486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.57;QD=20.5577;RBI=0.032627;REFB=-0.0259952;REVB=-0.0247592;RO=44;SAF=22;SAR=23;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909612;STB=0.550327;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0259863;OID=.;OPOS=129216658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:23:22:26:18:23:22:26:18 chr10 129249662 . G A 666.83 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0311415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.033;QD=57.9856;RBI=0.0544106;REFB=-0.238024;REVB=0.0446175;RO=2;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323812;STB=0.517234;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00750866;OID=.;OPOS=129249662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:28:16:0:2:28:16:0:2 chr10 129249676 . C T 163.05 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00984584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.115;QD=13.0438;RBI=0.0349407;REFB=-0.0166042;REVB=0.0335248;RO=30;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149526;STB=0.593799;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0290667;OID=.;OPOS=129249676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:32:18:18:0.36:13:5:12:18:13:5:13:19 chr10 129249693 . G A 187.37 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0064749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.944;QD=14.696;RBI=0.0375341;REFB=-0.00741546;REVB=0.0369714;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377977;STB=0.521718;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0154305;OID=.;OPOS=129249693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:14:7:11:19:14:7:11:19 chr10 129249701 . C G 761.19 PASS AF=0.98;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0329682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9099;QD=60.8948;RBI=0.0966953;REFB=-0.174811;REVB=0.0909015;RO=1;SAF=19;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024107;STB=0.512815;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00967285;OID=.;OPOS=129249701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:50:1:1:47:49:0.98:28:19:1:0:30:19:1:0 chr10 129249925 . T C 500.56 PASS AF=0.426357;AO=53;DP=128;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=42;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=-0.00173695;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.803;QD=15.5212;RBI=0.00428959;REFB=-0.035178;REVB=0.00392219;RO=74;SAF=41;SAR=12;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19573;STB=0.600798;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0147257;OID=.;OPOS=129249925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:74:74:53:55:0.426357:12:41:46:28:13:42:46:28 chr10 129534478 . A AGCGCGGC,C 57.96 PASS AF=1,0;AO=6,2;DP=8;FAO=6,0;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991576,0.0292229;FXX=0.249688;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=288.914,49.8951;QD=38.6395;RBI=0.0107076,0.0304877;REFB=0,0;REVB=0.00404097,-0.00869046;RO=0;SAF=5,2;SAR=1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000825233,0;OID=.,.;OPOS=129534479,129534478;OREF=-,A;OALT=GCGCGGC,C;OMAPALT=AGCGCGGC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:6:0:0:6,2:6,0:1,0:1,0:5,2:0:0:1,0:5,0:0:0 chr10 129534679 . T C 1445.04 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00304571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.297;QD=62.8277;RBI=0.0268596;REFB=0;REVB=0.0266863;RO=0;SAF=62;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214354;OID=.;OPOS=129534679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:89:92:1:27:62:0:0:29:63:0:0 chr10 129534739 . C G 1600.43 PASS AF=0.95935;AO=113;DP=123;FAO=118;FDP=123;FR=.;FRO=5;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0108326;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.1055;QD=52.0463;RBI=0.0238854;REFB=-0.180604;REVB=0.0212878;RO=3;SAF=68;SAR=45;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204847;STB=0.500988;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0105044;OID=.;OPOS=129534739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:123:123:3:5:113:118:0.95935:45:68:3:0:50:68:3:2 chr10 129534864 . A C 1171.9 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.052;QD=60.8781;RBI=0.0444812;REFB=0;REVB=0.00350188;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44627e-05;OID=.;OPOS=129534864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr10 129780578 . T TA,TTA 37.86 PASS AF=0,0.24;AO=3,5;DP=26;FAO=0,6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=0,4;FSAR=0,2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0104321,-0.0756587;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=13.3969,26.613;QD=6.05733;RBI=0.0749925,0.0756588;REFB=-0.0525914,-0.0414649;REVB=0.0742633,9.3695e-05;RO=15;SAF=0,4;SAR=3,1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.61006,0.393696;STB=0.5,0.717261;STBP=1,0.243;TYPE=ins,ins;VARB=0.05764,0.109415;OID=.,.;OPOS=129780579,129780579;OREF=-,-;OALT=A,TA;OMAPALT=TA,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.24:3,5:26:0,6:25:19:0,4:0,2:7:12:36:15:0,4:3,1:7:8 chr10 129845902 . G A 369.38 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00470935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.042;QD=22.3865;RBI=0.0924231;REFB=-0.0386245;REVB=0.092303;RO=28;SAF=22;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395055;STB=0.511939;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0167113;OID=.;OPOS=129845902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:29:37:37:0.560606:15:22:18:10:15:22:18:11 chr10 129845903 . C T 244.61 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00972345;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.501;QD=15.0529;RBI=0.0284929;REFB=-0.0295475;REVB=-0.0267825;RO=37;SAF=18;SAR=10;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517788;STB=0.52939;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0456533;OID=.;OPOS=129845903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:10:18:22:15:10:18:22:15 chr10 129859992 . T C 431.92 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0166076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.1;QD=23.0358;RBI=0.0172605;REFB=0.00371254;REVB=0.00470254;RO=33;SAF=24;SAR=18;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00353628;STB=0.501945;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.00300148;OID=.;OPOS=129859992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:18:24:19:14:18:24:19:14 chr10 129866449 . C G 192.39 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0732075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4944;QD=16.0324;RBI=0.0798598;REFB=0.00194012;REVB=0.0319101;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182358;STB=0.604067;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000557741;OID=.;OPOS=129866449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:9:19:10:10:9:19 chr10 129871690 . A G 339.98 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00944007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4319;QD=23.4472;RBI=0.0230829;REFB=0.0035701;REVB=-0.0210643;RO=23;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216099;STB=0.609156;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00371544;OID=.;OPOS=129871690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:24:34:34:0.586207:19:15:17:6:19:15:17:7 chr10 129882401 . C T 150.21 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=55;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=6;FWDB=-0.00425042;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6209;QD=11.1266;RBI=0.0627718;REFB=-0.000193074;REVB=-0.0626277;RO=35;SAF=13;SAR=5;SRF=29;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163842;STB=0.582577;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00024842;OID=.;OPOS=129882401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:35:35:18:19:0.351852:5:13:29:6:5:14:29:6 chr10 129883370 . A G 709.86 PASS AF=0.45509;AO=76;DP=167;FAO=76;FDP=167;FR=.;FRO=91;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.0116158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6485;QD=17.0026;RBI=0.0326409;REFB=-0.0298589;REVB=-0.0305041;RO=90;SAF=43;SAR=33;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000872126;STB=0.503129;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0397984;OID=.;OPOS=129883370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:90:91:76:76:0.45509:33:43:51:39:33:43:52:39 chr10 129883933 . C T 326.06 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00493121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.628;QD=17.3897;RBI=0.00695604;REFB=-0.00302131;REVB=-0.00490609;RO=39;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120202;STB=0.572701;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00527741;OID=.;OPOS=129883933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:40:35:35:0.466667:18:17:14:25:18:17:14:26 chr10 129903592 . G A 444.52 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.00164884;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.288;QD=15.0683;RBI=0.006949;REFB=-0.0124455;REVB=0.00675055;RO=68;SAF=25;SAR=25;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136116;STB=0.576241;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0147072;OID=.;OPOS=129903592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:68:50:50:0.423729:25:25:43:25:25:25:43:25 chr10 129903802 . A G 195.31 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00241499;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.279;QD=12.4003;RBI=0.00492387;REFB=-0.0140389;REVB=-0.00429096;RO=33;SAF=18;SAR=6;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32309;STB=0.692139;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0184212;OID=.;OPOS=129903802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:33:39:24:24:0.380952:6:18:15:18:6:18:18:21 chr10 129904560 . C T 279.11 PASS AF=0.609756;AO=24;DP=40;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0189973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.869;QD=27.2305;RBI=0.0191831;REFB=0.00042906;REVB=0.00266345;RO=16;SAF=16;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128491;STB=0.55733;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.000268448;OID=.;OPOS=129904560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:16:16:24:25:0.609756:8:16:8:8:9:16:8:8 chr10 129906903 . C T 762.54 PASS AF=0.528986;AO=73;DP=138;FAO=73;FDP=138;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.00832188;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.762;QD=22.1026;RBI=0.0163752;REFB=0.00379371;REVB=-0.014103;RO=65;SAF=39;SAR=34;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302585;STB=0.516589;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00236382;OID=.;OPOS=129906903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:65:65:73:73:0.528986:34:39:37:28:34:39:37:28 chr10 129917560 . T C 314.24 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00514081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3766;QD=17.2187;RBI=0.00524848;REFB=-0.0194856;REVB=0.00105765;RO=38;SAF=11;SAR=23;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198262;STB=0.505954;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0230843;OID=.;OPOS=129917560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:23:11:13:25:23:11:13:26 chr10 131760506 . G A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0051221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.975;QD=20.1602;RBI=0.00528952;REFB=-0.00489871;REVB=0.00132029;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192046;STB=0.624844;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00233068;OID=.;OPOS=131760506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:14:16:16:0.533333:10:6:8:5:10:6:9:5 chr10 132303374 . G C 176.63 PASS AF=0.38;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00974701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.292;QD=14.1302;RBI=0.02113;REFB=-0.00954255;REVB=-0.0187476;RO=30;SAF=14;SAR=5;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203834;STB=0.611526;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0222242;OID=.;OPOS=132303374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:31:19:19:0.38:5:14:17:13:5:14:18:13 chr10 132891254 . G A 155.26 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00510182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.969;QD=14.7865;RBI=0.0151955;REFB=-0.00896127;REVB=-0.0143134;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00265522;STB=0.517221;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0128615;OID=.;OPOS=132891254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:25:16:17:0.404762:9:7:11:14:10:7:11:14 chr10 133948634 . T C 669.96 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.13208e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.242;QD=62.3217;RBI=0.0506231;REFB=0;REVB=0.050623;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200165;OID=.;OPOS=133948634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr10 133954011 . C T 902.01 PASS AF=0.604478;AO=79;DP=132;FAO=81;FDP=134;FR=.;FRO=53;FSAF=58;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=12;FWDB=2.66278e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.704;QD=26.9255;RBI=4.97086e-05;REFB=-0.019148;REVB=4.19751e-05;RO=52;SAF=58;SAR=21;SRF=40;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334398;STB=0.528667;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0113092;OID=.;OPOS=133954011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:52:53:79:81:0.604478:21:58:40:12:23:58:41:12 chr10 133961494 . C T 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0397671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.956;QD=13.0536;RBI=0.0399289;REFB=-0.0133295;REVB=0.00359068;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1275;STB=0.573072;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0216696;OID=.;OPOS=133961494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:11:12:14:21:11:12:14:21 chr10 133963466 . A G 2191.83 PASS AF=1;AO=138;DP=142;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00971194;FXX=0.028167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1951;QD=63.5313;RBI=0.0107009;REFB=0;REVB=0.00449307;RO=0;SAF=60;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013906;OID=.;OPOS=133963466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:138:0:0:138:138:1:78:60:0:0:78:60:0:0 chr10 133981682 . G A 764.01 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.594;QD=62.3681;RBI=0.0566182;REFB=0;REVB=0.041584;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018447;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102203;OID=.;OPOS=133981682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:48:49:1:23:25:1:0:23:26:0:0 chr10 134013990 . G A 334.09 PASS AF=0.896552;AO=25;DP=28;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0708167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.866;QD=46.0813;RBI=0.0708175;REFB=-0.100382;REVB=0.000351617;RO=3;SAF=8;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145562;STB=0.578884;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00389671;OID=.;OPOS=134013990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:29:3:3:25:26:0.896552:17:8:3:0:18:8:3:0 chr10 134017295 . A G 455.97 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3819;QD=56.9965;RBI=0.0462701;REFB=0;REVB=0.0226024;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203928;OID=.;OPOS=134017295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:8:21:0:0:9:23:0:0 chr10 134018834 . C T 638.64 PASS AF=0.477941;AO=65;DP=136;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=0.0100853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.248;QD=18.7834;RBI=0.012037;REFB=-0.0146804;REVB=-0.00657077;RO=71;SAF=29;SAR=36;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201406;STB=0.611227;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0189312;OID=.;OPOS=134018834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:71:71:65:65:0.477941:36:29:47:24:36:29:47:24 chr10 134036193 . A G 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.017219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5435;QD=12.8693;RBI=0.0216086;REFB=0.0096948;REVB=-0.0130552;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304135;STB=0.680509;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0249993;OID=.;OPOS=134036193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:3:8:7:9:3:8:7:9 chr10 134039242 . C T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0119199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.016;QD=20.2683;RBI=0.0181029;REFB=-0.0262283;REVB=0.0136247;RO=21;SAF=1;SAR=20;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391797;STB=0.72963;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0299582;OID=.;OPOS=134039242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:20:1:4:17:20:1:4:17 chr10 134145136 . A G 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0298367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.842;QD=10.1418;RBI=0.0449124;REFB=-0.00817406;REVB=-0.0335693;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228069;STB=0.647341;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0332194;OID=.;OPOS=134145136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:24:25:12:12:0.324324:5:7:9:15:5:7:9:16 chr10 134145138 . C G 93.8 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0273188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5244;QD=10.1408;RBI=0.0273784;REFB=-0.0212214;REVB=0.00180669;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246456;STB=0.647341;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0497907;OID=.;OPOS=134145138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:5:7:9:16:5:7:9:16 chr10 134145166 . T C 94.24 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.122672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9014;QD=10.4716;RBI=0.122809;REFB=0.0144678;REVB=-0.00578126;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255318;STB=0.649783;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.0430509;OID=.;OPOS=134145166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:7:5:5:19:7:5:5:19 chr10 134145293 . G T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0315963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.836;QD=10.1733;RBI=0.0321066;REFB=-0.0242368;REVB=-0.00570139;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280298;STB=0.66622;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0500074;OID=.;OPOS=134145293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:1:8:4:2:1:8 chr10 134161633 . A G 352.89 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00875535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.064;QD=26.1397;RBI=0.0109603;REFB=0.00763791;REVB=-0.00659342;RO=19;SAF=8;SAR=26;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024967;STB=0.507503;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.00415116;OID=.;OPOS=134161633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:20:34:34:0.62963:26:8:5:14:26:8:5:15 chr10 134598628 . A G 435.16 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00663572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.296;QD=56.1494;RBI=0.00856107;REFB=0;REVB=-0.00540917;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125917;OID=.;OPOS=134598628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:17:14:0:0 chr10 134622257 . GGGCC GC,GGG,GGGC 159.25 PASS AF=0,0,1;AO=3,2,9;DP=18;FAO=0,0,16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,12;FSAR=0,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0877222,-0.100723,-0.188774;FXX=0.0587889;HRUN=4,4,4;LEN=3,2,1;MLLD=17.3774,9.10262,14.8682;QD=39.8117;RBI=0.72432,0.116798,0.211107;REFB=0,0,0;REVB=-0.718988,0.0591321,0.0945016;RO=1;SAF=0,2,9;SAR=3,0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.5,0,0;SSEP=0,0.5,0.5;SSSB=-0.727144,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,-0.000287622,-0.0079636;OID=.,.,.;OPOS=134622258,134622260,134622260;OREF=GGC,CC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=GC,GGG,GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1:3,2,9:18:0,0,16:16:0:0,0,12:0,0,4:0:0:3:1:0,2,9:3,0,0:1:0 chr10 134622408 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0048;QD=61.6837;RBI=0.0632597;REFB=0;REVB=0.0609598;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416417;OID=.;OPOS=134622408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr10 134623959 . T C 1105.54 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309569;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.009;QD=60.5777;RBI=0.0367689;REFB=0;REVB=-0.0198399;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72566e-05;OID=.;OPOS=134623959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr10 134624504 . C T 915.11 PASS AF=0.618321;AO=81;DP=133;FAO=81;FDP=131;FR=.;FRO=50;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=0.0329359;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.845;QD=27.9422;RBI=0.0329668;REFB=-0.00526029;REVB=-0.0014278;RO=50;SAF=39;SAR=42;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143277;STB=0.57743;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00372874;OID=.;OPOS=134624504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:50:50:81:81:0.618321:42:39:14:36:42:39:14:36 chr10 134659626 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.316;QD=47.8223;RBI=0.0465932;REFB=0;REVB=-0.0440671;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019899;OID=.;OPOS=134659626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr10 134663840 . G A 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0157227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.234;QD=22.5336;RBI=0.0200754;REFB=-0.0281363;REVB=0.0124827;RO=15;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184629;STB=0.603663;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0272476;OID=.;OPOS=134663840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:12:7:9:6:12:7:9:6 chr10 134672609 . C T 547.17 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00439372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.309;QD=26.0557;RBI=0.0059238;REFB=-0.0045191;REVB=-0.00397325;RO=33;SAF=19;SAR=31;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123591;STB=0.574044;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00270928;OID=.;OPOS=134672609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:33:34:50:50:0.595238:31:19:18:15:31:19:19:15 chr10 134682802 . C T 274.21 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.051815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1991;QD=24.9281;RBI=0.091309;REFB=-0.0293284;REVB=0.0751834;RO=19;SAF=15;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998414;STB=0.555511;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0245475;OID=.;OPOS=134682802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:10:15:9:10:10:15:9:10 chr10 134698626 . T C 337.94 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00432888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.4;QD=17.5552;RBI=0.0134307;REFB=-0.0165601;REVB=0.012714;RO=40;SAF=25;SAR=11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124752;STB=0.578566;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0168357;OID=.;OPOS=134698626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:40:41:36:36:0.467532:11:25:23:17:11:25:23:18 chr10 134712601 . G A 265.36 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0253691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.808;QD=27.2165;RBI=0.050016;REFB=-0.0236031;REVB=0.0431046;RO=15;SAF=7;SAR=17;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356771;STB=0.697458;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0266971;OID=.;OPOS=134712601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:17:7:12:3:17:7:12:3 chr10 134722022 . A G 252.71 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0142957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.121;QD=21.059;RBI=0.0492982;REFB=-0.0428417;REVB=-0.0471799;RO=24;SAF=19;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343466;STB=0.694943;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0303215;OID=.;OPOS=134722022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:5:19:11:13:5:19:11:13 chr10 134735672 . A G 1850.84 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=124;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0213419;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.675;QD=60.6833;RBI=0.0235946;REFB=-0.0822244;REVB=0.0100612;RO=0;SAF=58;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84183e-08;STB=0.503999;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000148534;OID=.;OPOS=134735672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:122:0:1:120:121:0.991803:62:58:0:0:62:59:0:1 chr10 134736026 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0117864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.214;QD=14.9787;RBI=0.0135194;REFB=-0.0123728;REVB=-0.0066224;RO=11;SAF=8;SAR=2;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539815;STB=0.814204;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0126794;OID=.;OPOS=134736026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:2:8:2:9:2:8:2:9 chr10 134736052 . G T 99.87 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0413338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.218;QD=15.3641;RBI=0.0428627;REFB=-0.00987343;REVB=-0.011346;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28665;STB=0.666389;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0134438;OID=.;OPOS=134736052;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:4:8:5:9:4:8:5:9 chr10 134736076 . T G 483.34 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.317;QD=58.5869;RBI=0.0243097;REFB=0;REVB=-0.0241314;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.81134e-05;OID=.;OPOS=134736076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:20:13:0:0 chr10 134738232 . A G 638.17 PASS AF=0.456376;AO=66;DP=147;FAO=68;FDP=149;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.00525352;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.504;QD=17.1321;RBI=0.020865;REFB=-0.0182024;REVB=-0.0201928;RO=80;SAF=34;SAR=32;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343958;STB=0.515518;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0194441;OID=.;OPOS=134738232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:80:81:66:68:0.456376:32:34:44:36:33:35:44:37 chr10 134748331 . C T 346.13 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0133737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.437;QD=19.5004;RBI=0.0134904;REFB=-0.00741092;REVB=-0.00177106;RO=35;SAF=21;SAR=15;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186724;STB=0.603672;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00553269;OID=.;OPOS=134748331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:15:21:13:22:15:21:13:22 chr10 134756013 . T C 59.38 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.000607029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.6;QD=15.8357;RBI=0.0567049;REFB=-0.0653294;REVB=0.0567017;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468095;STB=0.732875;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0589418;OID=.;OPOS=134756013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:7:7:8:0.533333:4:3:7:0:4:4:7:0 chr10 134777790 . G A 936.72 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00177718;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.755;QD=54.3026;RBI=0.017571;REFB=-0.12026;REVB=0.0174809;RO=1;SAF=17;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00954688;STB=0.514847;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.000537221;OID=.;OPOS=134777790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:1:3:66:66:0.956522:49:17:0:1:49:17:0:3 chr10 134884516 . G A 230.83 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00826968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.878;QD=23.0834;RBI=0.0106364;REFB=-0.017729;REVB=0.0066892;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125495;STB=0.570072;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0107738;OID=.;OPOS=134884516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:12:10:11:7:12:10:11:7 chr10 134884546 . A G 277.25 PASS AF=0.54;AO=25;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0176552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.64;QD=22.1802;RBI=0.0200789;REFB=-0.0324953;REVB=0.0095633;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764207;STB=0.524869;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0379443;OID=.;OPOS=134884546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:23:25:27:0.54:12:13:14:9:12:15:14:9 chr10 134884595 . G A 382.23 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0135821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.336;QD=19.8559;RBI=0.0147069;REFB=-0.0292446;REVB=0.00564089;RO=37;SAF=18;SAR=21;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073987;STB=0.533316;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.02388;OID=.;OPOS=134884595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:38:39:39:0.506494:21:18:14:23:21:18:15:23 chr10 134884610 . C G 437.85 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.035863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3634;QD=21.622;RBI=0.0366778;REFB=0.00783761;REVB=0.00768837;RO=38;SAF=19;SAR=24;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110406;STB=0.560775;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00497438;OID=.;OPOS=134884610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:24:19:12:26:24:19:12:26 chr10 134886618 . G C 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00539916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.875;QD=18.3452;RBI=0.0178973;REFB=-0.00905823;REVB=0.0170634;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521373;STB=0.513498;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00848523;OID=.;OPOS=134886618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:9:8:7:10:9:8:8:10 chr10 134997480 . C T 815.76 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9976;QD=57.2463;RBI=0.0206901;REFB=0;REVB=-0.00368222;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128238;OID=.;OPOS=134997480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr10 134999602 . G C 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9786;QD=56.9363;RBI=0.0321067;REFB=0;REVB=0.0242714;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257548;OID=.;OPOS=134999602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr10 135000148 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.86;QD=43.4862;RBI=0.0716606;REFB=0;REVB=0.00682252;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000825318;OID=.;OPOS=135000148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr10 135000159 . A G 130.38 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5643;QD=43.4614;RBI=0.0794026;REFB=0;REVB=-0.0787683;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00347883;OID=.;OPOS=135000159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr10 135012162 . T C 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0559166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.147;QD=21.9708;RBI=0.0589342;REFB=-0.0146825;REVB=-0.0186167;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923907;STB=0.551674;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.01247;OID=.;OPOS=135012162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:12:8:5:12:12:8:5:12 chr10 135012652 . T C 251.44 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0218576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.793;QD=20.5255;RBI=0.0245919;REFB=-0.0437938;REVB=-0.0112698;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511102;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0367774;OID=.;OPOS=135012652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:13:11:11:13:13:11:12:13 chr10 135015667 . C T 224.07 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00562761;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9178;QD=24.8966;RBI=0.00565852;REFB=-0.0330802;REVB=-0.000590684;RO=15;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126472;STB=0.570184;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0104514;OID=.;OPOS=135015667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:15:15:21:21:0.583333:9:12:11:4:9:12:11:4 chr10 135016089 . T C 1749.74 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.263;QD=60.8604;RBI=0.0709597;REFB=0;REVB=0.00707875;RO=0;SAF=40;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54508e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74885e-05;OID=.;OPOS=135016089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:74:40:0:0:74:41:0:0 chr10 135016175 . T G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0231739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.682;QD=15.3786;RBI=0.0238057;REFB=-0.00125872;REVB=-0.00544812;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245398;STB=0.514262;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00179483;OID=.;OPOS=135016175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:8:4:5:9:8:4:5:9 chr10 135051562 . A G 232.03 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00731629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1788;QD=14.7319;RBI=0.00750835;REFB=-0.0223987;REVB=-0.00168738;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113489;STB=0.553153;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0300519;OID=.;OPOS=135051562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:36:26:27:0.428571:13:13:14:22:14:13:14:22 chr10 135061112 . C T 46.26 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00229334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.936;QD=10.8839;RBI=0.0177924;REFB=-0.023164;REVB=0.017644;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328854;STB=0.642496;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.025988;OID=.;OPOS=135061112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:9:10:7:7:0.411765:4:3:1:8:4:3:2:8 chr10 135076596 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.893;QD=54.5177;RBI=0.048521;REFB=0;REVB=0.0464208;RO=0;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516061;OID=.;OPOS=135076596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:4:21:0:0:4:21:0:0 chr10 135082346 . A G 851.16 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5867;QD=57.7057;RBI=0.0592083;REFB=0;REVB=-0.0271074;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226205;OID=.;OPOS=135082346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr10 135084232 . C CAGA 1461.51 PASS AF=0.962264;AO=96;DP=107;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=74;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0119509;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=249.6;QD=55.1512;RBI=0.0327635;REFB=-0.041997;REVB=0.0305062;RO=5;SAF=26;SAR=70;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082896;STB=0.533327;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.0016634;OID=.;OPOS=135084233;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.962264:96:107:102:106:4:28:74:4:0:8:5:26:70:5:0 chr10 135084322 . A G 1589.83 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0925097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0876;QD=59.9935;RBI=0.10145;REFB=0;REVB=-0.0416413;RO=0;SAF=25;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000738501;OID=.;OPOS=135084322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:81:25:0:0:81:25:0:0 chr10 135085321 . C T 330.38 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.429;QD=50.8274;RBI=0.0281066;REFB=-0.176697;REVB=0.0131135;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00323535;OID=.;OPOS=135085321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:1:0:14:11:1:0 chr10 135085426 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.814;QD=62.3509;RBI=0.0219028;REFB=0;REVB=-0.00614716;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66662e-05;OID=.;OPOS=135085426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr10 135085754 . G A 1802.31 PASS AF=0.960317;AO=121;DP=128;FAO=121;FDP=126;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=85;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.000145517;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.494;QD=57.2162;RBI=0.00717564;REFB=-0.171061;REVB=0.00717416;RO=1;SAF=36;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00555658;STB=0.523395;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000398032;OID=.;OPOS=135085754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:128:126:1:5:121:121:0.960317:85:36:0:1:85:36:4:1 chr10 135087521 . G A 383.79 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.839;QD=54.8267;RBI=0.0434632;REFB=0;REVB=0.036994;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534202;OID=.;OPOS=135087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:5:21:0:0:6:22:0:0 chr10 135089035 . A G 1246.05 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9923;QD=61.5333;RBI=0.0649311;REFB=0;REVB=0.0241407;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374943;OID=.;OPOS=135089035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr10 135097434 . A G 785.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.503;QD=57.125;RBI=0.0141175;REFB=0;REVB=0.00159201;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91457e-05;OID=.;OPOS=135097434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:27:28:0:0 chr10 135098672 . G A 1054.59 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00893921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.69;QD=58.5881;RBI=0.0773881;REFB=-0.0666329;REVB=0.0768701;RO=1;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160235;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193317;OID=.;OPOS=135098672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:72:1:0:70:72:1:29:41:0:1:31:41:0:0 chr10 135098830 . T C 686.79 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.325;QD=59.7209;RBI=0.0391594;REFB=-0.00874064;REVB=0.028869;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000375167;OID=.;OPOS=135098830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:0:1:45:45:0.978261:24:21:0:0:24:21:1:0 chr10 135098845 . C T 700.16 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0108742;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.637;QD=60.8832;RBI=0.03501;REFB=-0.102829;REVB=0.0332784;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00174326;OID=.;OPOS=135098845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:46:1:1:45:45:0.978261:22:23:0:1:22:23:0:1 chr10 135160950 . C T 198.4 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.5058;QD=44.0883;RBI=0.0838294;REFB=0.0523161;REVB=0.0838294;RO=1;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151271;OID=.;OPOS=135160950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:17:0:0:1:17:0:0:1 chr10 135165790 . A G 520.37 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.923;QD=59.4705;RBI=0.0398343;REFB=0;REVB=-0.0334173;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.02573e-05;OID=.;OPOS=135165790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr10 135180430 . A G 1358.25 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.377;QD=62.4481;RBI=0.0211277;REFB=0;REVB=-0.0205421;RO=0;SAF=31;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08979e-05;OID=.;OPOS=135180430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:55:31:0:0:55:32:0:0 chr10 135184126 . G A 1783.08 PASS AF=0.975806;AO=119;DP=125;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0479678;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.59;QD=57.5186;RBI=0.0667659;REFB=-0.0932689;REVB=0.0464411;RO=5;SAF=59;SAR=60;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00732945;STB=0.503735;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00371528;OID=.;OPOS=135184126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:124:5:3:119:121:0.975806:60:59:2:3:62:59:1:2 chr10 135186806 . A G 88.11 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0873324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3718;QD=39.1578;RBI=0.0906331;REFB=0;REVB=0.0242363;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248946;OID=.;OPOS=135186806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:6:2:0:0:6:3:0:0 chr10 135204950 . C G 711.17 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0402974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.358;QD=54.7057;RBI=0.0403002;REFB=-0.172854;REVB=0.000480863;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5098;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00141267;OID=.;OPOS=135204950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:26:25:0:0:26:25:1:0 chr10 135205009 . C G 1199.05 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0335371;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.033;QD=59.9527;RBI=0.0338878;REFB=-0.159623;REVB=-0.00486238;RO=1;SAF=52;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901803;STB=0.504761;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000377743;OID=.;OPOS=135205009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:79:79:0.9875:27:52:1:0:27:52:1:0 chr10 135216218 . C T 236.7 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0791035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8431;QD=21.5184;RBI=0.0964236;REFB=-0.0215861;REVB=0.0551376;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186975;STB=0.592737;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0236966;OID=.;OPOS=135216218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:21:22:23:0.522727:11:11:15:6:11:12:15:6 chr10 135233541 . A G 1511.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613326;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.39;QD=59.8584;RBI=0.00613717;REFB=0;REVB=-0.00021914;RO=0;SAF=59;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029139;OID=.;OPOS=135233541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:42:59:0:0:42:59:0:0 chr10 135271789 . C T 1669.87 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.99;QD=60.1756;RBI=0.0188005;REFB=0;REVB=0.0127336;RO=0;SAF=72;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46987e-06;OID=.;OPOS=135271789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:38:72:0:0:39:72:0:0 chr10 135278193 . A G 259.86 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353244;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5368;QD=51.9722;RBI=0.0692448;REFB=0;REVB=-0.0595569;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305559;OID=.;OPOS=135278193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr10 135279810 . T G 688.9 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316215;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.676;QD=62.6276;RBI=0.0423917;REFB=0;REVB=0.0282336;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153903;OID=.;OPOS=135279810;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:20:24:0:0 chr10 135280765 . C T 1139.06 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00112913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9577;QD=59.172;RBI=0.022744;REFB=-0.110596;REVB=0.0227159;RO=1;SAF=45;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104009;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000656087;OID=.;OPOS=135280765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:31:45:1:0:31:45:1:0 chr10 135347397 . T C 850.55 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2477;QD=57.6646;RBI=0.0284569;REFB=0;REVB=0.0246042;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335129;OID=.;OPOS=135347397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr10 135351362 . T C 490.24 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00370383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.443;QD=56.0273;RBI=0.00880502;REFB=-0.116908;REVB=-0.00798812;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000441529;OID=.;OPOS=135351362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:15:19:0:0:15:19:1:0 chr10 135368163 . A G 150.93 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0101951;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.498;QD=17.7569;RBI=0.0145659;REFB=-0.0140662;REVB=0.0104032;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112057;STB=0.562422;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0131529;OID=.;OPOS=135368163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:18:15:16:0.470588:8:7:10:7:9:7:10:8 chr10 135368590 . T C 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0122342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.535;QD=12.5627;RBI=0.0189247;REFB=0.00739641;REVB=-0.0144384;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636557;STB=0.536708;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0108833;OID=.;OPOS=135368590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:12:10:18:17:12:10:18:17 chr10 135369532 . T C 238.58 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.022767;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2566;QD=19.4759;RBI=0.0345618;REFB=-0.00909688;REVB=-0.0260035;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128261;STB=0.572376;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00823155;OID=.;OPOS=135369532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:10:16:11:12:10:16 chr10 135370343 . G A 314.17 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0141768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8077;QD=17.215;RBI=0.0303817;REFB=-0.0204724;REVB=0.0268713;RO=39;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839573;STB=0.547141;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.03094;OID=.;OPOS=135370343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:22:12:17:22:22:12:17:22 chr10 135370633 . C T 54.61 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0486586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8008;QD=9.92884;RBI=0.0502833;REFB=-0.0121316;REVB=0.0126787;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290092;STB=0.670704;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0562262;OID=.;OPOS=135370633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:2:12:5:3:2:12 chr10 135370639 . C A 55.36 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.027991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.009;QD=10.0647;RBI=0.028136;REFB=-0.00884434;REVB=0.00285288;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290092;STB=0.670704;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0126673;OID=.;OPOS=135370639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:2:12:5:3:2:12 chr10 135372870 . C G 298.52 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.000478706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.851;QD=18.9536;RBI=0.000829005;REFB=-0.0236326;REVB=-0.000676824;RO=29;SAF=17;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116484;STB=0.554862;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0224284;OID=.;OPOS=135372870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:31:31:32:0.507937:14:17:12:17:15:17:13:18 chr10 135373591 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00432134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.788;QD=14.6653;RBI=0.0323772;REFB=0.00324932;REVB=-0.0320876;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123809;STB=0.571338;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00526846;OID=.;OPOS=135373591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:6:9:15:6:6:9:15:6 chr10 135381390 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.123049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9948;QD=8.81144;RBI=0.157222;REFB=-0.0118561;REVB=0.0978659;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383856;STB=0.521666;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0414652;OID=.;OPOS=135381390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:2:4:7:3:2:4:7:4 chr10 135381443 . C T 41.09 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0478291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.81;QD=16.4359;RBI=0.0478366;REFB=-0.0310679;REVB=0.000847189;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28888;STB=0.666218;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0138853;OID=.;OPOS=135381443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:0:4:4:2:0:4 chr10 135381592 . C G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00715817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.47;QD=15.5722;RBI=0.0103782;REFB=-0.0393645;REVB=0.00751444;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224136;STB=0.631326;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0306904;OID=.;OPOS=135381592;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:6:6:3:8:6:6 chr10 135381623 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.932;QD=62.0214;RBI=0.0172489;REFB=0;REVB=-0.0122284;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118523;OID=.;OPOS=135381623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chr10 135381765 . C CT 157.48 PASS AF=1;AO=4;DP=27;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035346;FXX=0.39984;HRUN=0;LEN=1;MLLD=158.741;QD=41.9937;RBI=0.0820149;REFB=-0.0463214;REVB=-0.0740075;RO=23;SAF=3;SAR=1;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312558;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000403131;OID=.;OPOS=135381766;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:27:15:15:0:4:11:0:0:4:23:3:1:11:12 chr10 135381766 . C T 227.71 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0272194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.488;QD=36.4329;RBI=0.0404622;REFB=-0.143216;REVB=0.0299382;RO=4;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108462;STB=0.580564;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00357879;OID=.;OPOS=135381766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:25:25:4:5:20:20:0.8:12:8:3:1:12:8:4:1 chr10 135381927 . T G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000624579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.968;QD=60.608;RBI=0.0651465;REFB=0;REVB=-0.0651435;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163909;OID=.;OPOS=135381927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr10 135440203 . A T 48.99 PASS AF=0.5;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0135573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.692;QD=13.9965;RBI=0.017746;REFB=0.0102867;REVB=0.0114508;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00711925;OID=.;OPOS=135440203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:6:7:0.5:3:3:4:3:3:4:4:3 chr11 193112 . C T 50.43 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=30;FWDB=0.0455907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.355;QD=5.04339;RBI=0.0455961;REFB=-0.00307614;REVB=0.000704875;RO=31;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.660536;STB=0.886615;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0238323;OID=.;OPOS=193112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:31:32:8:8:0.2:3:5:2:29:3:5:2:30 chr11 193113 . G A 59.34 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.074711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.4;QD=6.08634;RBI=0.0747184;REFB=-0.00576547;REVB=-0.00105243;RO=29;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151766;STB=0.636007;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0190126;OID=.;OPOS=193113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:39:39:29:30:9:9:0.230769:8:1:5:24:8:1:6:24 chr11 193722 . A G 114.42 PASS AF=0.318182;AO=13;DP=43;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0588521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7228;QD=10.4017;RBI=0.074689;REFB=-0.0128637;REVB=-0.0459878;RO=29;SAF=11;SAR=2;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30213;STB=0.691985;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0287179;OID=.;OPOS=193722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:29:30:13:14:0.318182:2:11:19:10:2:12:20:10 chr11 193863 . T C 784.67 PASS AF=0.703297;AO=64;DP=91;FAO=64;FDP=91;FR=.;FRO=27;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.012964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.651;QD=34.4912;RBI=0.01911;REFB=-0.00882829;REVB=0.0140401;RO=27;SAF=35;SAR=29;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565888;STB=0.530476;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00306541;OID=.;OPOS=193863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:27:27:64:64:0.703297:29:35:12:15:29:35:12:15 chr11 193865 . T G 439.46 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0121113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3955;QD=19.317;RBI=0.0277439;REFB=-0.00668961;REVB=-0.0249608;RO=47;SAF=26;SAR=18;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134548;STB=0.57484;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00795591;OID=.;OPOS=193865;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:18:26:21:26:18:26:21:26 chr11 197337 . G A 369.78 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00443706;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.717;QD=16.8081;RBI=0.00563491;REFB=-0.00526617;REVB=-0.00347343;RO=44;SAF=14;SAR=25;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117174;STB=0.552798;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00739325;OID=.;OPOS=197337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:44:49:39:39:0.443182:25:14:21:23:25:14:22:27 chr11 214421 . G C 264.96 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0724782;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.431;QD=17.3745;RBI=0.0743182;REFB=-0.0293859;REVB=-0.0164349;RO=31;SAF=9;SAR=20;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172252;STB=0.602079;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0272581;OID=.;OPOS=214421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:31:29:30:0.491803:20:9:15:16:21:9:15:16 chr11 223796 . A G 144.55 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0362523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1107;QD=15.6273;RBI=0.0388979;REFB=-0.00631538;REVB=-0.0141001;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412697;STB=0.54367;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0286253;OID=.;OPOS=223796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:5:11:13:7:5:11:13:8 chr11 223832 . C A 78.87 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0617872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.214;QD=28.6789;RBI=0.0622269;REFB=-0.123541;REVB=0.00738427;RO=2;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12691;STB=0.571279;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00983188;OID=.;OPOS=223832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:6:3:0:2:6:3:0:2 chr11 233067 . C T 498.69 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00382259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.239;QD=24.0335;RBI=0.0192481;REFB=-0.0254225;REVB=-0.0188647;RO=36;SAF=21;SAR=26;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465897;STB=0.525537;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0180494;OID=.;OPOS=233067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:26:21:14:22:26:21:14:22 chr11 233212 . C A 224.79 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0149482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.785;QD=15.7745;RBI=0.0199779;REFB=-0.0399042;REVB=-0.0132539;RO=31;SAF=5;SAR=20;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330311;STB=0.660244;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0591477;OID=.;OPOS=233212;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:25:26:0.45614:20:5:15:16:20:6:15:16 chr11 237087 . A G 1219.66 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.423;QD=60.9832;RBI=0.0301808;REFB=0;REVB=-0.00427083;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89708e-05;OID=.;OPOS=237087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:37:42:0:0:38:42:0:0 chr11 244106 . A G 438.13 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000353831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.417;QD=50.0722;RBI=0.0118513;REFB=-0.0121433;REVB=-0.0118461;RO=3;SAF=22;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639721;STB=0.534391;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00455986;OID=.;OPOS=244106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:3:3:32:32:0.914286:10:22:1:2:10:22:1:2 chr11 244108 . A G 448.97 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0090882;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.264;QD=52.8203;RBI=0.0130485;REFB=-0.046177;REVB=0.00936315;RO=2;SAF=22;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236838;STB=0.512704;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00359909;OID=.;OPOS=244108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:10:22:1:1:10:22:1:1 chr11 244115 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.223;QD=59.0187;RBI=0.0338202;REFB=0;REVB=0.0326996;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021663;OID=.;OPOS=244115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr11 244129 . C T 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7879;QD=59.8294;RBI=0.0339975;REFB=0;REVB=-0.0062866;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000330862;OID=.;OPOS=244129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr11 244141 . G A 482.7 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.156;QD=58.5095;RBI=0.0793805;REFB=0;REVB=0.0784846;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201218;OID=.;OPOS=244141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr11 244167 . C T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.2788;QD=56.7051;RBI=0.0465392;REFB=0;REVB=-0.0290726;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000854621;OID=.;OPOS=244167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr11 244171 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=355.613;QD=56.1916;RBI=0.0210618;REFB=0;REVB=0.0182666;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94141e-05;OID=.;OPOS=244171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr11 244197 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.55;QD=55.0986;RBI=0.039638;REFB=0;REVB=0.013551;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216214;OID=.;OPOS=244197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr11 244414 . C T 765.08 PASS AF=0.949153;AO=57;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0339194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8671;QD=51.8698;RBI=0.0345234;REFB=0.0355799;REVB=-0.00642984;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.505823;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.0213951;OID=.;OPOS=244414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:0:3:57:56:0.949153:26:31:0:0:25:31:2:1 chr11 244490 . ATACCTTTTAGTACCTTTTAGA ATACCTTTTAG,ATACCTTTTAGA 627.32 PASS AF=0,1;AO=7,28;DP=41;FAO=0,41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132497,0.0127838;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=11,10;MLLD=199.235,331.784;QD=61.2015;RBI=0.0229917,0.0257501;REFB=0,0;REVB=0.01879,0.0223526;RO=0;SAF=0,17;SAR=7,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.31638e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000152886;OID=.,.;OPOS=244501,244491;OREF=TACCTTTTAGA,TACCTTTTAG;OALT=-,-;OMAPALT=ATACCTTTTAG,ATACCTTTTAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:7,28:41:0,41:41:0:0,19:0,22:0:0:4:0:0,17:7,11:0:0 chr11 250877 . C T 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00566897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.361;QD=16.1071;RBI=0.00651477;REFB=-0.00782667;REVB=0.00321015;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172758;STB=0.599877;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00822527;OID=.;OPOS=250877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:5:12:12:10:5:12:12:10 chr11 280221 . A C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1818;QD=15.2589;RBI=0.00273581;REFB=-0.0225745;REVB=0.00273581;RO=6;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0152003;OID=.;OPOS=280221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:7:0:0:6:7:0:0:6 chr11 280816 . AT TC 207.64 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.000158486;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=2;MLLD=110.28;QD=12.3961;RBI=0.0511467;REFB=-0.0231242;REVB=-0.0511464;RO=40;SAF=13;SAR=12;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862245;STB=0.532348;STBP=0.706;TYPE=mnp;VARB=0.0388355;OID=.;OPOS=280816;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:42:25:25:0.373134:12:13:24:16:12:13:24:18 chr11 284538 . T C 118.13 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.029526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0609;QD=14.3189;RBI=0.0298793;REFB=-0.0203193;REVB=-0.00458116;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114896;STB=0.588103;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0447641;OID=.;OPOS=284538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:14:14:0.424242:10:4:7:11:10:4:8:11 chr11 290816 . A G 990.11 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.17;QD=59.1111;RBI=0.0039014;REFB=0;REVB=0.00240181;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20323e-06;OID=.;OPOS=290816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:32:34:0:0:33:34:0:0 chr11 290891 . T C 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0187886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.339;QD=15.1565;RBI=0.0191973;REFB=-0.00740463;REVB=-0.00394009;RO=32;SAF=18;SAR=7;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374547;STB=0.7127;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00807157;OID=.;OPOS=290891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:7:18:11:21:7:18:11:21 chr11 290918 . G A 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00639582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.607;QD=18.0732;RBI=0.00907476;REFB=-0.0123499;REVB=-0.00643776;RO=31;SAF=23;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320186;STB=0.680511;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0238844;OID=.;OPOS=290918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:7:23:14:17:7:23:14:17 chr11 293188 . T C 157.77 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0595878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6931;QD=12.1363;RBI=0.0642129;REFB=-0.0507064;REVB=-0.0239287;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374753;STB=0.537776;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0537189;OID=.;OPOS=293188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:31:33:19:19:0.365385:8:11:19:12:8:11:21:12 chr11 299411 . C G 189.14 PASS AF=0.38;AO=17;DP=46;FAO=19;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.034581;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.995;QD=15.1313;RBI=0.0404221;REFB=-0.0238065;REVB=-0.0209307;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765705;STB=0.535925;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0265349;OID=.;OPOS=299411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:50:18:27:17:19:0.38:8:9:8:10:8:11:14:13 chr11 308290 . T C 613.08 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5906;QD=61.3077;RBI=0.041021;REFB=0;REVB=-0.0226094;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000509675;OID=.;OPOS=308290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr11 308314 . T C 594.34 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9722;QD=60.9581;RBI=0.0102443;REFB=0;REVB=0.00737809;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07776e-06;OID=.;OPOS=308314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:29:10:0:0:29:10:0:0 chr11 308354 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0259057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.932;QD=14.0789;RBI=0.0519133;REFB=0.00103024;REVB=-0.0449876;RO=15;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132987;STB=0.568837;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0021499;OID=.;OPOS=308354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:15:16:12:12:0.428571:11:1:2:13:11:1:2:14 chr11 308362 . T TC 277.94 PASS AF=1;AO=4;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.080857;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=124.687;QD=44.4711;RBI=0.0809634;REFB=0;REVB=0.0041498;RO=21;SAF=0;SAR=4;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.543757;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00123517;OID=.;OPOS=308363;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:25:25:25:0:3:22:0:0:4:21:0:4:3:18 chr11 308363 . G C 340.61 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0932163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.719;QD=54.4969;RBI=0.0934417;REFB=0;REVB=0.00648713;RO=0;SAF=3;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000580136;OID=.;OPOS=308363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:22:3:0:0:22:3:0:0 chr11 308426 . G C 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.218;QD=46.843;RBI=0.172734;REFB=0;REVB=0.00399699;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00705289;OID=.;OPOS=308426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr11 309127 . A G 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.203;QD=63.8701;RBI=0.052231;REFB=0;REVB=-0.0166952;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101568;OID=.;OPOS=309127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr11 314207 . C G 834.19 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0944126;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3101;QD=57.5304;RBI=0.153108;REFB=0;REVB=0.120534;RO=1;SAF=34;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120241;OID=.;OPOS=314207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:1:0:52:58:1:18:34:1:0:23:35:0:0 chr11 400040 . A G 413.92 PASS AF=0.462366;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.0170173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.333;QD=17.8029;RBI=0.0207047;REFB=-0.0176827;REVB=-0.0117938;RO=49;SAF=12;SAR=30;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469857;STB=0.526686;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.017876;OID=.;OPOS=400040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:50:42:43:0.462366:30:12:16:33:31:12:16:34 chr11 400109 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.611;QD=62.3501;RBI=0.05587;REFB=0;REVB=0.010053;RO=0;SAF=1;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282795;OID=.;OPOS=400109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:42:1:0:0:42:1:0:0 chr11 403980 . G A 487.82 PASS AF=0.575;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.000498382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.862;QD=24.3909;RBI=0.0552481;REFB=-0.0145781;REVB=-0.0552458;RO=32;SAF=35;SAR=11;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101082;STB=0.576888;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00928165;OID=.;OPOS=403980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:32:34:46:46:0.575:11:35:21:11:11:35:21:13 chr11 404317 . C T 215.66 PASS AF=0.689655;AO=18;DP=27;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.165095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.942;QD=29.7469;RBI=0.203202;REFB=-0.0722627;REVB=0.118469;RO=9;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669182;STB=0.549246;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0414757;OID=.;OPOS=404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:27:29:9:9:18:20:0.689655:8:10:4:5:8:12:4:5 chr11 404468 . G A 173.65 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0227537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5896;QD=11.5767;RBI=0.0471598;REFB=-0.0310856;REVB=0.0413076;RO=36;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13198;STB=0.558229;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0541088;OID=.;OPOS=404468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:36:38:21:22:0.366667:8:13:18:18:9:13:19:19 chr11 406043 . G A 1816.57 PASS AF=1;AO=106;DP=121;FAO=119;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362264;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.846;QD=61.0612;RBI=0.0364929;REFB=0;REVB=-0.00440175;RO=0;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041155;OID=.;OPOS=406043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:119:0:0:106:119:1:51:55:0:0:57:62:0:0 chr11 428385 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6862;QD=56.7064;RBI=0.0223291;REFB=0;REVB=-0.00771374;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336705;OID=.;OPOS=428385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr11 428489 . T C 67.92 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0114989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.888;QD=15.094;RBI=0.020588;REFB=-0.00752975;REVB=0.0170774;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973785;STB=0.556839;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00902371;OID=.;OPOS=428489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:6:3:4:5:6:3 chr11 429659 . C T 244.89 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00380183;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8152;QD=19.2072;RBI=0.00571265;REFB=0.000179485;REVB=-0.00426386;RO=24;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102386;STB=0.569323;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.000259694;OID=.;OPOS=429659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:24:25:26:26:0.509804:9:17:13:11:9:17:13:12 chr11 431757 . C T 377.95 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0594878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.98;QD=18.8974;RBI=0.0630244;REFB=-0.00506794;REVB=0.0208154;RO=41;SAF=12;SAR=27;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200942;STB=0.612311;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00429769;OID=.;OPOS=431757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:27:12:21:20:27:12:21:20 chr11 431834 . A G 613.73 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.3;QD=61.3729;RBI=0.117559;REFB=0;REVB=0.00169952;RO=0;SAF=1;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405593;OID=.;OPOS=431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:38:1:0:0:38:2:0:0 chr11 433387 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.501;QD=56.9569;RBI=0.0230573;REFB=0;REVB=-0.022424;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.81252e-05;OID=.;OPOS=433387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr11 549959 . C T 591.01 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.893;QD=60.6161;RBI=0.0522793;REFB=0;REVB=0.0444938;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261662;OID=.;OPOS=549959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:19:20:0:0 chr11 551753 . G A 2247.77 PASS AF=0.986842;AO=145;DP=153;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0167759;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.346;QD=59.1518;RBI=0.0750144;REFB=-0.048244;REVB=0.0731145;RO=2;SAF=59;SAR=86;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109303;STB=0.505617;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=8.26354e-05;OID=.;OPOS=551753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:152:2:2:145:150:0.986842:86:59:0:2:88:62:0:2 chr11 554166 . C G 792.0 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.994;QD=56.5716;RBI=0.0423102;REFB=0;REVB=0.00759957;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121675;OID=.;OPOS=554166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:26:30:0:0 chr11 554214 . G C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9837;QD=63.2857;RBI=0.0426097;REFB=0;REVB=-0.00718546;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258975;OID=.;OPOS=554214;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr11 556521 . C G 499.42 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0100455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3079;QD=53.9908;RBI=0.0197137;REFB=-0.122159;REVB=-0.0169622;RO=2;SAF=23;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038958;STB=0.520822;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00447415;OID=.;OPOS=556521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:12:23:2:0:12:23:2:0 chr11 556857 . G C 817.39 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.474;QD=57.3607;RBI=0.0878486;REFB=0;REVB=0.074626;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334794;OID=.;OPOS=556857;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:27:28:0:0:28:29:0:0 chr11 557989 . C T 1829.18 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0979607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4344;QD=59.4854;RBI=0.0998991;REFB=-0.0405872;REVB=0.0195843;RO=2;SAF=75;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124985;STB=0.506578;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00527554;OID=.;OPOS=557989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:2:2:121:121:0.98374:46:75:2:0:46:75:2:0 chr11 558884 . C T 569.34 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128533;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.945;QD=59.9303;RBI=0.129115;REFB=0;REVB=-0.0122481;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108563;OID=.;OPOS=558884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:1:0:37:38:1:21:16:1:0:21:17:0:0 chr11 559016 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00521505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.921;QD=42.1825;RBI=0.00653231;REFB=0;REVB=0.00393375;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12532e-05;OID=.;OPOS=559016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr11 610277 . T C 680.59 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00813024;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1748;QD=60.4971;RBI=0.0214491;REFB=-0.051019;REVB=-0.0198485;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000631272;OID=.;OPOS=610277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:0:1:44:44:0.977778:24:20:0:0:24:20:0:1 chr11 614864 . C T 667.0 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0699751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.349;QD=58.0001;RBI=0.0700277;REFB=-0.126324;REVB=0.0027127;RO=1;SAF=31;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149167;STB=0.515618;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00131975;OID=.;OPOS=614864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:1:2:44:44:0.956522:13:31:1:0:13:31:2:0 chr11 616970 . A T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.126;QD=53.9112;RBI=0.0180337;REFB=0;REVB=0.00533497;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11115e-05;OID=.;OPOS=616970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr11 617537 . C T 911.04 PASS AF=0.916667;AO=65;DP=72;FAO=66;FDP=72;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0712258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8788;QD=50.6135;RBI=0.0714283;REFB=-0.0970354;REVB=-0.00537393;RO=4;SAF=28;SAR=37;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353856;STB=0.520542;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0142757;OID=.;OPOS=617537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:72:72:4:6:65:66:0.916667:37:28:3:1:38:28:4:2 chr11 617967 . C G 1188.78 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0973187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.671;QD=60.1915;RBI=0.09755;REFB=0;REVB=0.0067138;RO=1;SAF=23;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201318;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123013;OID=.;OPOS=617967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:1:0:78:79:1:55:23:1:0:55:24:0:0 chr11 618806 . T C 40.41 PASS AF=0.411765;AO=5;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0169361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.137;QD=9.50718;RBI=0.0212101;REFB=-0.0106293;REVB=0.0127685;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112423;STB=0.576693;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0398111;OID=.;OPOS=618806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:16:17:7:10:5:7:0.411765:4:1:2:5:5:2:4:6 chr11 618998 . G A 236.29 PASS AF=0.821429;AO=19;DP=28;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0176377;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.5453;QD=33.7552;RBI=0.0388603;REFB=-0.0424795;REVB=0.0346271;RO=5;SAF=7;SAR=12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917848;STB=0.559387;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0131771;OID=.;OPOS=618998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:28:28:5:5:19:23:0.821429:12:7:3:2:16:7:3:2 chr11 653968 . T C 149.42 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0448188;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.203;QD=16.6018;RBI=0.0451481;REFB=-0.0479791;REVB=-0.00544288;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154651;STB=0.610979;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0767712;OID=.;OPOS=653968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:18:20:16:16:0.444444:8:8:12:6:8:8:14:6 chr11 709401 . A G 168.86 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0612034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6895;QD=24.123;RBI=0.0739946;REFB=-0.0134392;REVB=-0.0415855;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307576;STB=0.517221;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00950591;OID=.;OPOS=709401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:10:7:5:6:10:7:5:6 chr11 720197 . C T 297.95 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0429179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6579;QD=20.9088;RBI=0.0431099;REFB=-0.000611942;REVB=0.00406381;RO=26;SAF=21;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123943;STB=0.56892;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00108077;OID=.;OPOS=720197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:10:21:14:12:10:21:14:12 chr11 721570 . C T 360.5 PASS AF=0.458824;AO=37;DP=84;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0845121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.23;QD=16.9647;RBI=0.0886775;REFB=0.0144648;REVB=0.0268588;RO=47;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395563;STB=0.502731;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.0129398;OID=.;OPOS=721570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:47:46:37:39:0.458824:19:18:21:26:21:18:21:25 chr11 771034 . A G 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9053;QD=57.5428;RBI=0.0271703;REFB=0;REVB=-0.0256088;RO=0;SAF=14;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.80931e-05;OID=.;OPOS=771034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:44:14:0:0:44:14:0:0 chr11 772490 . G A 460.53 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0247115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7043;QD=23.9235;RBI=0.0464062;REFB=-0.00934977;REVB=0.0392794;RO=33;SAF=12;SAR=32;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853644;STB=0.546986;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00744099;OID=.;OPOS=772490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:32:12:12:21:32:12:12:21 chr11 790762 . G A 96.96 PASS AF=0.5;AO=10;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00566862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.6439;QD=16.1604;RBI=0.0108606;REFB=-0.0376089;REVB=-0.00926387;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575228;STB=0.542183;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0358769;OID=.;OPOS=790762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:23:24:9:12:10:12:0.5:4:6:6:3:5:7:6:6 chr11 802379 . T C 171.29 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0476155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3495;QD=26.3522;RBI=0.103734;REFB=-0.0434208;REVB=-0.0921598;RO=9;SAF=13;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802163;STB=0.544855;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.019777;OID=.;OPOS=802379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:4:13:6:3:4:13:6:3 chr11 804212 . C A 307.05 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0203304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.311;QD=18.6093;RBI=0.0242693;REFB=-0.0254909;REVB=0.0132541;RO=32;SAF=18;SAR=14;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175952;STB=0.593167;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0268468;OID=.;OPOS=804212;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:33:32:33:0.5:14:18:24:8:15:18:24:9 chr11 822588 . C T 207.48 PASS AF=0.625;AO=19;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.016301;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.414;QD=25.9352;RBI=0.0249869;REFB=-0.00334467;REVB=0.0189374;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065238;STB=0.531219;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00187214;OID=.;OPOS=822588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:32:32:13:12:19:20:0.625:9:10:8:5:10:10:7:5 chr11 824428 . G T 689.46 PASS AF=0.5;AO=68;DP=139;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0104808;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.935;QD=20.2783;RBI=0.0142716;REFB=-0.00240124;REVB=0.00968666;RO=65;SAF=27;SAR=41;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100146;STB=0.559894;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00282062;OID=.;OPOS=824428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:136:65:68:68:68:0.5:41:27:33:32:41:27:35:33 chr11 824987 . CTGCA C 61.85 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0804901;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=115.375;QD=35.3402;RBI=0.0850982;REFB=0;REVB=-0.0276231;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00112837;OID=.;OPOS=824988;OREF=TGCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:7:7:7:0:3:4:0:0:4:0:3:2:0:0 chr11 828916 . G A 419.44 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00959353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.941;QD=22.9828;RBI=0.0122406;REFB=-0.0245886;REVB=0.00760238;RO=32;SAF=17;SAR=24;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690862;STB=0.538025;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0184075;OID=.;OPOS=828916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:24:17:16:16:24:17:16:16 chr11 829539 . A G 558.58 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00222508;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.187;QD=23.0343;RBI=0.0206355;REFB=-0.0309084;REVB=-0.0205152;RO=44;SAF=28;SAR=24;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069961;STB=0.543565;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0332839;OID=.;OPOS=829539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:44:45:52:52:0.536082:24:28:20:24:24:28:20:25 chr11 830487 . C T 120.36 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.198956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.135;QD=24.0714;RBI=0.198963;REFB=0.00129816;REVB=0.0016748;RO=7;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204873;STB=0.612762;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00165071;OID=.;OPOS=830487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:12:1:0:7:12:1:0:7 chr11 831122 . C T 230.03 PASS AF=0.4;AO=26;DP=69;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=-0.0167624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.589;QD=13.1447;RBI=0.0170478;REFB=-0.0172307;REVB=-0.00310639;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32;STB=0.657042;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0306214;OID=.;OPOS=831122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:42:42:26:28:0.4:14:12:32:10:14:14:32:10 chr11 837582 . G A 321.32 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0136469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2881;QD=16.2691;RBI=0.0279231;REFB=-0.028366;REVB=-0.0243611;RO=43;SAF=21;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883729;STB=0.556668;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0369265;OID=.;OPOS=837582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:44:35:35:0.443038:14:21:22:21:14:21:22:22 chr11 840477 . A G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0184778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.927;QD=12.7388;RBI=0.0248565;REFB=-0.0162931;REVB=-0.0166257;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1654;STB=0.599733;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0136136;OID=.;OPOS=840477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:4:6:6:2:4:6 chr11 862652 . T C 438.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00818742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4513;QD=56.5158;RBI=0.0203925;REFB=0;REVB=-0.0186768;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00627497;OID=.;OPOS=862652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:11:19:0:0:12:19:0:0 chr11 870095 . G A 228.23 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0197174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.372;QD=13.8319;RBI=0.0208441;REFB=-0.0142358;REVB=0.00676035;RO=36;SAF=7;SAR=20;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21249;STB=0.635217;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0143912;OID=.;OPOS=870095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:39:27:27:0.409091:20:7:16:20:20:7:18:21 chr11 870446 . G A 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00815248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.577;QD=9.41525;RBI=0.0162538;REFB=-0.0163893;REVB=-0.0140614;RO=34;SAF=6;SAR=8;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151459;STB=0.591586;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0410395;OID=.;OPOS=870446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:8:6:19:15:8:6:19:15 chr11 903070 . G C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000244366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.403;QD=56.1904;RBI=0.0352881;REFB=0;REVB=0.0352872;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149161;OID=.;OPOS=903070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr11 985547 . C T 135.34 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0106763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.229;QD=8.32882;RBI=0.0290393;REFB=-0.00906937;REVB=-0.0270055;RO=44;SAF=5;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245931;STB=0.650994;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0300566;OID=.;OPOS=985547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:46:19:19:0.292308:14:5:20:24:14:5:21:25 chr11 1010649 . C T 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.04641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8961;QD=19.6968;RBI=0.0558094;REFB=-0.00660287;REVB=-0.0309967;RO=22;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353075;STB=0.519981;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00539491;OID=.;OPOS=1010649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:15:6:7:15:15:6:7:15 chr11 1010694 . C T 182.67 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0408969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.815;QD=25.1963;RBI=0.0409732;REFB=-0.0609614;REVB=-0.00250006;RO=11;SAF=5;SAR=13;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851024;STB=0.547214;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0343087;OID=.;OPOS=1010694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:13:5:2:9:13:5:2:9 chr11 1013987 . G A 410.99 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0225774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3602;QD=23.8257;RBI=0.0227511;REFB=-0.0426577;REVB=0.00280597;RO=29;SAF=25;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1644;STB=0.59036;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.033517;OID=.;OPOS=1013987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:15:25:12:17:15:25:12:17 chr11 1016588 . G C 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0511606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.315;QD=5.00605;RBI=0.0565855;REFB=-0.0339702;REVB=0.0241767;RO=22;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532018;STB=0.851159;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0630853;OID=.;OPOS=1016588;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:5:1:14:8:5:1:14:8 chr11 1016594 . A G 95.13 PASS AF=0.352941;AO=13;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0258058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.449;QD=11.1923;RBI=0.107091;REFB=-0.00894247;REVB=-0.103935;RO=21;SAF=2;SAR=11;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587084;STB=0.832778;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0630166;OID=.;OPOS=1016594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:13:12:0.352941:11:2:15:6:10:2:15:7 chr11 1016604 . ACT GGC 164.98 PASS AF=0.45;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0355518;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=3;MLLD=108.786;QD=16.4977;RBI=0.0598216;REFB=-0.0350586;REVB=-0.0481112;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217802;STB=0.634468;STBP=0.146;TYPE=mnp;VARB=0.0369759;OID=.;OPOS=1016604;OREF=ACT;OALT=GGC;OMAPALT=GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:22:22:17:18:0.45:10:7:14:8:11:7:14:8 chr11 1016614 . G T 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0350866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8367;QD=16.8731;RBI=0.0352961;REFB=0.0216217;REVB=0.00384037;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226813;STB=0.629824;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0302745;OID=.;OPOS=1016614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:13:7:15:11:13:7:15:11 chr11 1016618 . G C 178.23 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00246704;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.096;QD=14.8525;RBI=0.00735624;REFB=-0.0353964;REVB=-0.00693022;RO=28;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210579;STB=0.611854;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0422332;OID=.;OPOS=1016618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:12:7:16:12:12:7:16:13 chr11 1016665 . C T 71.93 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0230958;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.139;QD=4.64035;RBI=0.0459994;REFB=-0.00361581;REVB=-0.0397811;RO=47;SAF=2;SAR=10;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329633;STB=0.703836;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0233353;OID=.;OPOS=1016665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:47:50:12:12:0.193548:10:2:18:29:10:2:18:32 chr11 1016713 . T C 60.29 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00197193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.942;QD=4.23118;RBI=0.00501299;REFB=-0.00927263;REVB=-0.00460886;RO=46;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395669;STB=0.533268;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0393813;OID=.;OPOS=1016713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:46:47:10:10:0.175439:6:4:17:29:6:4:17:30 chr11 1016724 . A G 67.48 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0539032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.79;QD=4.65379;RBI=0.0557937;REFB=-0.00646718;REVB=-0.0144006;RO=42;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227336;STB=0.516748;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0257176;OID=.;OPOS=1016724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:42:47:11:11:0.189655:7:4:16:26:7:4:18:29 chr11 1016776 . C T 167.71 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00171806;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210;QD=14.5836;RBI=0.0190351;REFB=-0.0120809;REVB=-0.0189574;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210251;STB=0.610988;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0183126;OID=.;OPOS=1016776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:27:28:18:18:0.391304:11:7:16:11:11:7:16:12 chr11 1016810 . G T 39.85 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00327966;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.074;QD=3.12521;RBI=0.0578544;REFB=-0.0036768;REVB=-0.0577614;RO=38;SAF=3;SAR=4;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371415;STB=0.673454;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0190201;OID=.;OPOS=1016810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:50:51:38:44:7:7:0.137255:4:3:28:10:4:3:28:16 chr11 1016825 . G A 38.36 PASS AF=0.107143;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=84;FR=.;FRO=75;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.00297875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8711;QD=1.82687;RBI=0.0311739;REFB=-0.0109279;REVB=-0.0310313;RO=74;SAF=1;SAR=8;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51062;STB=0.883229;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.188714;OID=.;OPOS=1016825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:83:84:74:75:9:9:0.107143:8:1:40:34:8:1:40:35 chr11 1016833 . G T 55.96 PASS AF=0.129032;AO=12;DP=93;FAO=12;FDP=93;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00139184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7849;QD=2.4067;RBI=0.0204999;REFB=-0.0111129;REVB=-0.0204526;RO=80;SAF=6;SAR=6;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770287;STB=0.548307;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.113389;OID=.;OPOS=1016833;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:93:93:80:81:12:12:0.129032:6:6:35:45:6:6:36:45 chr11 1016834 . G A 69.77 PASS AF=0.148936;AO=14;DP=93;FAO=14;FDP=94;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.0204866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.422;QD=2.96884;RBI=0.026476;REFB=-0.00922416;REVB=0.0167713;RO=73;SAF=9;SAR=5;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237229;STB=0.680758;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.103748;OID=.;OPOS=1016834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:93:94:73:80:14:14:0.148936:5:9:33:40:5:9:34:46 chr11 1016836 . A T 36.07 PASS AF=0.0957447;AO=9;DP=95;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.0116941;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.72;QD=1.53472;RBI=0.0260933;REFB=-0.00685648;REVB=-0.0233261;RO=84;SAF=6;SAR=3;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271057;STB=0.711879;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.052156;OID=.;OPOS=1016836;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:95:94:84:85:9:9:0.0957447:3:6:36:48:3:6:36:49 chr11 1016869 . AG CA,TG 438.4 PASS AF=0.075,0.475;AO=6,37;DP=83;FAO=6,38;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=4,27;FSAR=2,11;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0177282,0.00332191;FXX=0.0361402;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=139.011,118.826;QD=21.9201;RBI=0.0185692,0.0219772;REFB=-0.0118109,-0.0196912;REVB=0.00552494,-0.0217247;RO=33;SAF=4,26;SAR=2,11;SRF=12;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.348114,0.298156;STB=0.726565,0.663845;STBP=0.263,0.007;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00209766,0.0110485;OID=.,.;OPOS=1016869,1016869;OREF=AG,A;OALT=CA,T;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:83:80:33:36:6,37:6,38:0.075,0.475:2,11:4,26:12:21:2,11:4,27:14:22 chr11 1016890 . G A 81.57 PASS AF=0.171875;AO=10;DP=64;FAO=11;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.00337178;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.829;QD=5.09784;RBI=0.0220508;REFB=-0.00711304;REVB=-0.0217915;RO=49;SAF=7;SAR=3;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00892463;STB=0.539404;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0158302;OID=.;OPOS=1016890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:64:64:49:50:10:11:0.171875:3:7:34:15:4:7:34:16 chr11 1016894 . G A 79.85 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0143598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.681;QD=5.80762;RBI=0.0150026;REFB=-0.00718875;REVB=-0.0043443;RO=43;SAF=11;SAR=1;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51124;STB=0.841848;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0522072;OID=.;OPOS=1016894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:43:43:12:12:0.218182:1:11:26:17:1:11:26:17 chr11 1016914 . G T 156.22 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.0184971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3813;QD=15.6224;RBI=0.039791;REFB=-0.0105141;REVB=0.0352305;RO=23;SAF=14;SAR=3;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846623;STB=0.548334;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0182529;OID=.;OPOS=1016914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:3:14:20:3:3:14:20:3 chr11 1016928 . C G 492.27 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0195462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.565;QD=51.8182;RBI=0.0196407;REFB=-0.054615;REVB=0.0019245;RO=3;SAF=29;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406955;STB=0.521838;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00506435;OID=.;OPOS=1016928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:6:29:2:1:6:29:2:1 chr11 1016933 . C T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00887074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.534;QD=12.5694;RBI=0.071375;REFB=-0.0165586;REVB=-0.0708216;RO=25;SAF=13;SAR=2;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255348;STB=0.676804;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0326307;OID=.;OPOS=1016933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:2:13:18:7:2:13:18:8 chr11 1017023 . G A 62.29 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=47;FWDB=0.0360494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.885;QD=3.89338;RBI=0.0650722;REFB=-0.0217305;REVB=-0.0541741;RO=53;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169507;STB=0.60853;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.09228;OID=.;OPOS=1017023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:53:53:11:11:0.171875:9:2:6:47:9:2:6:47 chr11 1017029 . T G 456.08 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=-0.0334416;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1985;QD=28.0664;RBI=0.044886;REFB=-0.0303954;REVB=-0.0299402;RO=25;SAF=5;SAR=37;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675152;STB=0.52822;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0186167;OID=.;OPOS=1017029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:25:23:42:42:0.646154:37:5:2:23:37:5:2:21 chr11 1017036 . G A 63.94 PASS AF=0.173333;AO=11;DP=75;FAO=13;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=56;FWDB=0.106425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4682;QD=3.41004;RBI=0.10655;REFB=-0.0166556;REVB=-0.00514814;RO=49;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102011;STB=0.552544;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0483238;OID=.;OPOS=1017036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:75:75:49:62:11:13:0.173333:10:1:6:43:12:1:6:56 chr11 1017041 . GT TG 45.51 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=87;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=62;FWDB=0.000111423;FXX=0.034087;HRUN=2;LEN=2;MLLD=140.163;QD=2.14164;RBI=0.0578773;REFB=-0.00151961;REVB=-0.0578772;RO=74;SAF=1;SAR=9;SRF=13;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184231;STB=0.639263;STBP=0.527;TYPE=mnp;VARB=0.0286163;OID=.;OPOS=1017041;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:87:85:74:75:10:10:0.117647:9:1:13:61:9:1:13:62 chr11 1017045 . G T 58.3 PASS AF=0.134831;AO=12;DP=89;FAO=12;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=65;FWDB=0.0281687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.464;QD=2.62002;RBI=0.0732598;REFB=-0.00581949;REVB=-0.0676278;RO=75;SAF=1;SAR=11;SRF=12;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214048;STB=0.652658;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0478631;OID=.;OPOS=1017045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:89:89:75:77:12:12:0.134831:11:1:12:63:11:1:12:65 chr11 1017069 . G A 117.88 PASS AF=0.190476;AO=20;DP=105;FAO=20;FDP=105;FR=.;FRO=85;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=68;FWDB=-0.0176373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2037;QD=4.49059;RBI=0.0176379;REFB=-0.0258721;REVB=-0.000143464;RO=84;SAF=5;SAR=15;SRF=17;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858204;STB=0.556994;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0327297;OID=.;OPOS=1017069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:84:85:20:20:0.190476:15:5:17:67:15:5:17:68 chr11 1017084 . G A 249.97 PASS AF=0.306306;AO=34;DP=111;FAO=34;FDP=111;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=56;FWDB=0.00135766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.761;QD=9.00796;RBI=0.02224;REFB=-0.00967402;REVB=-0.0221985;RO=77;SAF=10;SAR=24;SRF=21;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310113;STB=0.518124;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0274969;OID=.;OPOS=1017084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:77:77:34:34:0.306306:24:10:21:56:24:10:21:56 chr11 1017110 . C T 225.05 PASS AF=0.3;AO=32;DP=114;FAO=36;FDP=120;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=58;FWDB=-0.00821514;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.003;QD=7.50167;RBI=0.0082252;REFB=-0.0315244;REVB=0.000406739;RO=79;SAF=11;SAR=21;SRF=24;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545418;STB=0.503263;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0855429;OID=.;OPOS=1017110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:120:79:84:32:36:0.3:21:11:24:55:25:11:26:58 chr11 1017112 . GT CC,GC 318.15 PASS AF=0.247706,0.12844;AO=28,20;DP=119;FAO=27,14;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=8,6;FSAR=19,8;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=-0.00703661,0.00790791;FXX=0.0840266;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=144.311,113.88;QD=11.6754;RBI=0.0215269,0.0129827;REFB=-0.0188049,-0.0198602;REVB=0.0203444,0.0102964;RO=61;SAF=9,6;SAR=19,14;SRF=22;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0512554,-0.0846171;STB=0.522919,0.591118;STBP=0.79,0.508;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0361172,0.00363162;OID=.,.;OPOS=1017112,1017113;OREF=GT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:109:61:68:28,20:27,14:0.247706,0.12844:19,14:9,6:22:39:19,8:8,6:22:46 chr11 1017173 . G A 506.78 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=0.0131371;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.536;QD=17.7819;RBI=0.0154289;REFB=-0.0303617;REVB=0.0080911;RO=60;SAF=12;SAR=42;SRF=17;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792866;STB=0.544219;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0268085;OID=.;OPOS=1017173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:60:60:54:54:0.473684:42:12:17:43:42:12:17:43 chr11 1017183 . G T 96.23 PASS AF=0.165138;AO=17;DP=108;FAO=18;FDP=109;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=68;FWDB=0.0308997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2536;QD=3.53134;RBI=0.0473405;REFB=-0.00670037;REVB=-0.0358654;RO=91;SAF=5;SAR=12;SRF=23;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657521;STB=0.579628;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0436263;OID=.;OPOS=1017183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:108:109:91:91:17:18:0.165138:12:5:23:68:12:6:23:68 chr11 1017220 . T C 406.43 PASS AF=0.571429;AO=39;DP=72;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0135188;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.852;QD=23.2248;RBI=0.0154562;REFB=-0.0480278;REVB=0.00749232;RO=30;SAF=12;SAR=27;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387108;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0507453;OID=.;OPOS=1017220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:30:30:39:40:0.571429:27:12:8:22:28:12:9:21 chr11 1017231 . A G 354.15 PASS AF=0.545455;AO=33;DP=63;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00512389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.646;QD=21.4638;RBI=0.0152317;REFB=-0.0415258;REVB=0.0143441;RO=28;SAF=13;SAR=20;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639571;STB=0.530596;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0364897;OID=.;OPOS=1017231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:28:30:33:36:0.545455:20:13:9:19:23:13:9:21 chr11 1017239 . CG TA,TG 281.32 PASS AF=0.481481,0.0740741;AO=26,4;DP=54;FAO=26,4;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=10,1;FSAR=16,3;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0154641,-0.0515018;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=194.089,88.4015;QD=20.8382;RBI=0.0222369,0.0568286;REFB=-0.0282425,-0.0367344;REVB=-0.0159794,-0.0240219;RO=24;SAF=10,1;SAR=16,3;SRF=7;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0864516,-0.0593335;STB=0.548137,0.545219;STBP=0.545,0.97;TYPE=mnp,snp;VARB=0.026372,-0.0164269;OID=.,.;OPOS=1017239,1017239;OREF=CG,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:26,4:26,4:0.481481,0.0740741:16,3:10,1:7:17:16,3:10,1:7:17 chr11 1017314 . TGGGGT TGGG,TGGGT,TGGTGT 206.77 PASS AF=0,0.538462,0.346154;AO=3,6,8;DP=24;FAO=0,14,9;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=0,0,1;FSAR=0,14,8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0128972,-0.0281019,-0.0370622;FXX=0.0714031;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=15.5,13.221,163.048;QD=31.811;RBI=0.178203,0.0683033,0.0524904;REFB=-0.0308109,-0.034233,-0.00756088;REVB=-0.177735,-0.0622545,-0.0371703;RO=3;SAF=0,0,1;SAR=3,6,7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0.368421,0.368421,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.767807,-0.804025,-0.510243;STB=0.5,0.998817,0.799197;STBP=1,0.001,0.006;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0103914,-0.0789346,0.0799928;OID=.,.,.;OPOS=1017318,1017315,1017317;OREF=GT,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TGGG,TGGGT,TGGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.538462,0.346154:3,6,8:24:0,14,9:26:3:0,0,1:0,14,8:3:0:72:3:0,0,1:3,6,7:3:0 chr11 1017325 . A C 60.42 PASS AF=0.25;AO=8;DP=35;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=0.0700196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.321;QD=6.71309;RBI=0.0716477;REFB=-0.0805029;REVB=-0.0151872;RO=26;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324162;STB=0.674113;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0633968;OID=.;OPOS=1017325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:35:36:26:27:8:9:0.25:5:3:4:22:6:3:4:23 chr11 1017337 . TC CA 52.38 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0343809;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=2;MLLD=137.687;QD=5.37227;RBI=0.0454429;REFB=-0.00882155;REVB=-0.0297156;RO=30;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220747;STB=0.643258;STBP=0.531;TYPE=mnp;VARB=0.0724723;OID=.;OPOS=1017337;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:41:39:30:31:8:8:0.205128:7:1:7:23:7:1:7:24 chr11 1017384 . G C 35.36 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0360501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.984;QD=5.44036;RBI=0.05951;REFB=-0.00927481;REVB=-0.0473479;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44328;STB=0.784679;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0403797;OID=.;OPOS=1017384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:19:20:6:6:0.230769:5:1:10:9:5:1:10:10 chr11 1017552 . T C 84.5 PASS AF=0.176471;AO=15;DP=85;FAO=15;FDP=85;FR=.;FRO=70;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=59;FWDB=0.00222331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.562;QD=3.97669;RBI=0.00315992;REFB=-0.013252;REVB=-0.00224544;RO=69;SAF=1;SAR=14;SRF=10;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256762;STB=0.696758;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0708676;OID=.;OPOS=1017552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:85:85:69:70:15:15:0.176471:14:1:10:59:14:1:11:59 chr11 1017596 . T G 68.69 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.0126781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.488;QD=5.84591;RBI=0.03278;REFB=-0.0025451;REVB=-0.030229;RO=36;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121576;STB=0.583631;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00885183;OID=.;OPOS=1017596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:47:36:37:10:10:0.212766:7:3:8:28:7:3:8:29 chr11 1017746 . T G 39.74 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=-0.0157445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.3375;QD=1.96251;RBI=0.0323676;REFB=-0.00567987;REVB=-0.0282803;RO=68;SAF=2;SAR=7;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148927;STB=0.62299;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.065272;OID=.;OPOS=1017746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:68:72:9:9:0.111111:7:2:22:46:7:2:24:48 chr11 1017773 . G A 115.35 PASS AF=0.186916;AO=20;DP=107;FAO=20;FDP=107;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=54;FWDB=0.00146214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3124;QD=4.31218;RBI=0.0315807;REFB=-0.0119055;REVB=0.0315468;RO=87;SAF=10;SAR=10;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154187;STB=0.598037;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0670948;OID=.;OPOS=1017773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:87:87:20:20:0.186916:10:10:33:54:10:10:33:54 chr11 1017783 . A G 236.98 PASS AF=0.344828;AO=28;DP=105;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0112111;FXX=0.186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.551;QD=10.8958;RBI=0.0301497;REFB=-0.0172022;REVB=-0.0279878;RO=56;SAF=13;SAR=15;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205795;STB=0.503505;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0203583;OID=.;OPOS=1017783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:87:56:57:28:30:0.344828:15:13:25:31:17:13:25:32 chr11 1017789 . A C 70.0 PASS AF=0.132743;AO=15;DP=113;FAO=15;FDP=113;FR=.;FRO=98;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=-0.00712148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.069;QD=2.4779;RBI=0.0221532;REFB=-0.00264851;REVB=-0.0209774;RO=96;SAF=3;SAR=12;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314365;STB=0.73273;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0231146;OID=.;OPOS=1017789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:113:113:96:98:15:15:0.132743:12:3:41:55:12:3:43:55 chr11 1017845 . C G 199.01 PASS AF=0.247934;AO=30;DP=117;FAO=30;FDP=121;FR=.;FRO=91;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0821724;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.155;QD=6.57885;RBI=0.0832825;REFB=-0.0188735;REVB=-0.0135526;RO=84;SAF=3;SAR=27;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531817;STB=0.846356;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0339248;OID=.;OPOS=1017845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:121:84:91:30:30:0.247934:27:3:37:47:27:3:43:48 chr11 1017858 . A G 238.69 PASS AF=0.274194;AO=34;DP=122;FAO=34;FDP=124;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=-0.0592144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4397;QD=7.69954;RBI=0.0653376;REFB=-0.0418997;REVB=-0.0276164;RO=86;SAF=5;SAR=29;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413025;STB=0.747988;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0677721;OID=.;OPOS=1017858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:86:90:34:34:0.274194:29:5:36:50:29:5:37:53 chr11 1017883 . C A 64.95 PASS AF=0.122951;AO=13;DP=117;FAO=15;FDP=122;FR=.;FRO=107;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=63;FWDB=-0.0596199;FXX=0.0239981;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8197;QD=2.12961;RBI=0.0596763;REFB=-0.00824011;REVB=0.00259265;RO=100;SAF=1;SAR=12;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500706;STB=0.890461;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0488892;OID=.;OPOS=1017883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:117:122:100:107:13:15:0.122951:12:1:43:57:14:1:44:63 chr11 1017892 . CAT TGC 73.84 PASS AF=0.0948276;AO=11;DP=119;FAO=11;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=99;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=0.00355918;FXX=0.0413189;HRUN=1;LEN=3;MLLD=189.059;QD=2.54627;RBI=0.0597807;REFB=-0.00426535;REVB=-0.0596747;RO=94;SAF=2;SAR=9;SRF=36;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278502;STB=0.719553;STBP=0.173;TYPE=mnp;VARB=0.0910552;OID=.;OPOS=1017892;OREF=CAT;OALT=TGC;OMAPALT=TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:119:116:94:99:11:11:0.0948276:9:2:36:58:9:2:38:61 chr11 1017898 . T G 33.97 PASS AF=0.0840336;AO=9;DP=117;FAO=10;FDP=119;FR=.;FRO=109;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=70;FWDB=-0.00975398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.664;QD=1.1418;RBI=0.03131;REFB=-0.000984674;REVB=-0.0297519;RO=108;SAF=2;SAR=7;SRF=39;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176328;STB=0.677292;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0795837;OID=.;OPOS=1017898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:117:119:108:109:9:10:0.0840336:7:2:39:69:8:2:39:70 chr11 1017935 . A G 86.1 PASS AF=0.178571;AO=15;DP=87;FAO=15;FDP=84;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.088665;FXX=0.0344788;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.3512;QD=4.10021;RBI=0.094262;REFB=-0.00226206;REVB=-0.0319974;RO=68;SAF=2;SAR=13;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422914;STB=0.782694;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00272804;OID=.;OPOS=1017935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:87:84:68:69:15:15:0.178571:13:2:28:40:13:2:28:41 chr11 1018295 . T C 44.55 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0245861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.066;QD=7.12792;RBI=0.0263325;REFB=-0.0244178;REVB=-0.00942992;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143116;STB=0.590651;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0358571;OID=.;OPOS=1018295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:3:4:8:10:3:4:8:10 chr11 1018374 . T A 471.59 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7343;QD=55.4812;RBI=0.0660799;REFB=-0.00694444;REVB=0.062955;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207674;STB=0.511104;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00115437;OID=.;OPOS=1018374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:22:11:0:1:22:11:0:1 chr11 1018456 . G A 34.37 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0105379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.724;QD=4.29667;RBI=0.0198687;REFB=-0.00429362;REVB=-0.016844;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348573;STB=0.523732;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0388144;OID=.;OPOS=1018456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:4:2:8:18:4:2:8:18 chr11 1018496 . G T 33.66 PASS AF=0.285714;AO=4;DP=15;FAO=4;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0272942;FXX=0.0666222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.439;QD=9.61791;RBI=0.0650324;REFB=-0.0227547;REVB=-0.0590274;RO=7;SAF=2;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699385;STB=0.582928;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0593687;OID=.;OPOS=1018496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:15:14:7:8:4:4:0.285714:2:2:3:4:2:2:3:5 chr11 1019375 . C T 1237.55 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0127994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.002;QD=58.9311;RBI=0.0137297;REFB=-0.112798;REVB=0.00496803;RO=2;SAF=31;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583545;STB=0.503082;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00069894;OID=.;OPOS=1019375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:51:31:1:1:51:31:1:1 chr11 1020159 . C CG,G 44.54 PASS AF=0.255814,0;AO=9,4;DP=45;FAO=11,0;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=10,0;FSAR=1,0;FSRF=28;FSRR=4;FWDB=-0.0286155,-0.0211912;FXX=0.0227221;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=39.3061,180.086;QD=4.14287;RBI=0.125512,0.0392152;REFB=-0.0133539,-0.0119382;REVB=-0.122206,-0.0329964;RO=31;SAF=8,4;SAR=1,0;SRF=27;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0511107,0.487205;STB=0.568045,0.5;STBP=0.768,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.188529,0;OID=.,.;OPOS=1020160,1020159;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:45:43:31:32:9,4:11,0:0.255814,0:1,0:8,4:27:4:1,0:10,0:28:4 chr11 1075747 . T C 1534.1 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.858;QD=59.5766;RBI=0.0285351;REFB=0;REVB=0.00162279;RO=2;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215467;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80673e-05;OID=.;OPOS=1075747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:103:2:0:98:103:1:43:55:0:2:46:57:0:0 chr11 1080576 . G A 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00575681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.878;QD=13.3678;RBI=0.00718953;REFB=-0.0064711;REVB=-0.00430679;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357603;STB=0.510193;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0110651;OID=.;OPOS=1080576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:31:18:18:0.367347:9:9:14:16:9:9:15:16 chr11 1081074 . T C 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0434335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.748;QD=17.3789;RBI=0.0441356;REFB=-0.0139356;REVB=-0.00784113;RO=36;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400014;STB=0.515142;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0126867;OID=.;OPOS=1081074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:17:16:19:17:17:16:19:18 chr11 1081112 . G C 205.3 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0244803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5102;QD=14.6639;RBI=0.0313971;REFB=0.00727569;REVB=-0.0196594;RO=32;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084521;STB=0.548152;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0108849;OID=.;OPOS=1081112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:10:14:16:16:10:14:16:16 chr11 1081151 . T C 116.7 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0391813;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1709;QD=10.8562;RBI=0.0398327;REFB=-0.0168322;REVB=0.00717394;RO=29;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183728;STB=0.61001;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0373577;OID=.;OPOS=1081151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:29:29:14:14:0.325581:5:9:14:15:5:9:14:15 chr11 1081757 . G C 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00705366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.536;QD=21.2644;RBI=0.00747733;REFB=0.00475662;REVB=0.00248121;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217926;STB=0.605163;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00529048;OID=.;OPOS=1081757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:18:20:20:0.526316:10:10:4:13:10:10:5:13 chr11 1083293 . T C 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0316358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.938;QD=22.7939;RBI=0.031636;REFB=-0.00508895;REVB=8.58616e-05;RO=21;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168354;STB=0.594018;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00116791;OID=.;OPOS=1083293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:14:10:13:8:14:10:13:8 chr11 1084821 . T C 356.92 PASS AF=0.360656;AO=44;DP=125;FAO=44;FDP=122;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0099674;FXX=0.0317435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.956;QD=11.7023;RBI=0.0105393;REFB=-0.00931137;REVB=0.00342467;RO=75;SAF=25;SAR=19;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976825;STB=0.582922;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0128403;OID=.;OPOS=1084821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:122:75:78:44:44:0.360656:19:25:36:39:18:26:36:42 chr11 1087972 . C T 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0105156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.238;QD=8.51206;RBI=0.0322635;REFB=-0.0147255;REVB=0.0305017;RO=24;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198888;STB=0.624724;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0378895;OID=.;OPOS=1087972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:2:8:16:8:2:8:16:8 chr11 1093710 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0805811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.946;QD=40.7624;RBI=0.11755;REFB=0;REVB=0.0855847;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.005476;OID=.;OPOS=1093710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr11 1094690 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.137;QD=53.9111;RBI=0.0148282;REFB=0;REVB=0.0143961;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132383;OID=.;OPOS=1094690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr11 1094748 . A AC 188.57 PASS AF=1;AO=4;DP=22;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0910816;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.2176;QD=39.6996;RBI=0.145435;REFB=0;REVB=-0.113381;RO=17;SAF=0;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604804;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000538614;OID=.;OPOS=1094749;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:22:19:19:0:6:13:0:0:3:17:0:4:5:12 chr11 1094753 . A C 132.62 PASS AF=0.666667;AO=13;DP=20;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0210224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.174;QD=25.26;RBI=0.027534;REFB=-0.00134997;REVB=0.0177814;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166666;STB=0.599866;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0166818;OID=.;OPOS=1094753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:21:7:7:13:14:0.666667:8:5:1:6:8:6:1:6 chr11 1094754 . A C 47.65 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0348727;FXX=0.0869187;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.449;QD=9.07656;RBI=0.0348739;REFB=-0.00196097;REVB=-0.000289593;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343725;STB=0.749167;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0980805;OID=.;OPOS=1094754;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:23:21:16:14:7:7:0.333333:6:1:6:10:6:1:6:8 chr11 1096494 . T C 1573.88 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6409;QD=59.9574;RBI=0.0516048;REFB=0;REVB=-0.0162792;RO=0;SAF=36;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23244e-05;OID=.;OPOS=1096494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:105:0:0:99:105:1:63:36:0:0:63:42:0:0 chr11 1101649 . T C 791.6 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0152828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2073;QD=53.6681;RBI=0.0626086;REFB=-0.060192;REVB=0.0607147;RO=1;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119389;STB=0.509127;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00352358;OID=.;OPOS=1101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:57:59:1:2:56:57:0.966102:39:17:0:1:41:16:1:1 chr11 1151695 . C T 396.47 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0205313;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.237;QD=19.107;RBI=0.0212433;REFB=-0.0128687;REVB=0.00545375;RO=43;SAF=24;SAR=16;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105449;STB=0.558794;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0118996;OID=.;OPOS=1151695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:16:24:21:22:16:24:21:22 chr11 1158073 . T C 1661.4 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00604719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.389;QD=59.3357;RBI=0.00799696;REFB=0.0152134;REVB=0.00523286;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.504761;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000431722;OID=.;OPOS=1158073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:0:1:111:111:0.991071:52:59:0:0:52:59:0:1 chr11 1161315 . T C 267.03 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00799715;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1312;QD=50.8636;RBI=0.0304344;REFB=0;REVB=0.0293649;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139502;OID=.;OPOS=1161315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:13:8:0:0 chr11 1212877 . A G 257.86 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=102;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.00350941;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.686;QD=10.2121;RBI=0.0136934;REFB=-0.019323;REVB=0.0132361;RO=65;SAF=13;SAR=20;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435945;STB=0.522699;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0481854;OID=.;OPOS=1212877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:65:68:33:33:0.326733:20:13:28:37:20:13:29:39 chr11 1212878 . C G 52.8 PASS AF=0.114286;AO=12;DP=105;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.0217733;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.85;QD=2.01137;RBI=0.0271267;REFB=-0.0135977;REVB=-0.0161798;RO=92;SAF=4;SAR=8;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141096;STB=0.599829;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0608726;OID=.;OPOS=1212878;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:105:105:92:93:12:12:0.114286:8:4:41:51:8:4:41:52 chr11 1212921 . C T 75.71 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0142414;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.522;QD=4.45377;RBI=0.0149857;REFB=-0.00821825;REVB=-0.00466405;RO=54;SAF=3;SAR=10;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227643;STB=0.659364;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0252884;OID=.;OPOS=1212921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:68:54:55:13:13:0.191176:10:3:21:33:10:3:22:33 chr11 1212954 . C A 41.27 PASS AF=0.179487;AO=6;DP=38;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00412783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.384;QD=4.23332;RBI=0.0119754;REFB=-0.0148704;REVB=0.0112415;RO=32;SAF=0;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.663297;STB=0.805751;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.10586;OID=.;OPOS=1212954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:39:32:32:6:7:0.179487:6:0:15:17:6:1:15:17 chr11 1213047 . T C 37.01 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.101097;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.679;QD=4.23016;RBI=0.152409;REFB=-0.0247436;REVB=-0.114052;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455768;STB=0.542716;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.103439;OID=.;OPOS=1213047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:34:35:26:29:6:6:0.171429:3:3:12:14:3:3:13:16 chr11 1213174 . A G 55.33 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=47;FWDB=0.00633166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.669;QD=3.51291;RBI=0.0241829;REFB=-0.00886368;REVB=-0.0233393;RO=52;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490881;STB=0.52935;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0351356;OID=.;OPOS=1213174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:52:53:10:10:0.15873:9:1:6:46:9:1:6:47 chr11 1213177 . C T 60.96 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=49;FWDB=-0.00590795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.775;QD=3.69429;RBI=0.0336133;REFB=-0.00578793;REVB=-0.03309;RO=55;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182201;STB=0.616846;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0304401;OID=.;OPOS=1213177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:66:55:55:11:11:0.166667:9:2:6:49:9:2:6:49 chr11 1213204 . C G 114.39 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=39;FWDB=-0.00610871;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.795;QD=6.933;RBI=0.0151826;REFB=-0.00546933;REVB=-0.0138994;RO=46;SAF=4;SAR=13;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305772;STB=0.533296;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0131537;OID=.;OPOS=1213204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:46:49:17:17:0.257576:13:4:10:36:13:4:10:39 chr11 1220760 . T C 408.98 PASS AF=0.438776;AO=39;DP=94;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0107855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.38;QD=16.6928;RBI=0.0122714;REFB=-0.0538454;REVB=-0.00585319;RO=55;SAF=32;SAR=7;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316897;STB=0.693983;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.070619;OID=.;OPOS=1220760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:55:55:39:43:0.438776:7:32:32:23:7:36:32:23 chr11 1220796 . T C 490.45 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.000311101;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.502;QD=20.6507;RBI=0.00471754;REFB=-0.0290451;REVB=-0.00470727;RO=47;SAF=35;SAR=13;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15995;STB=0.588946;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0390903;OID=.;OPOS=1220796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:47:47:48:48:0.505263:13:35:27:20:13:35:27:20 chr11 1220913 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.01888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.063;QD=11.104;RBI=0.0487624;REFB=-0.0211956;REVB=-0.044959;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092698;STB=0.555409;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0531348;OID=.;OPOS=1220913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:1:9:6:1:1:9 chr11 1250488 . C T 229.91 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.0418829;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.442;QD=13.934;RBI=0.0455891;REFB=-0.01131;REVB=0.0180054;RO=39;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238188;STB=0.634415;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0110692;OID=.;OPOS=1250488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:39:39:27:27:0.409091:14:13:10:29:14:13:10:29 chr11 1252708 . G C 188.1 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.029078;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.029;QD=12.7528;RBI=0.0298118;REFB=-0.0179269;REVB=-0.00657373;RO=35;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539318;STB=0.540024;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0241859;OID=.;OPOS=1252708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:35:36:23:23:0.389831:10:13:18:17:10:13:18:18 chr11 1253942 . T C 275.67 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0237128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.761;QD=32.4314;RBI=0.0303149;REFB=-0.0418407;REVB=0.0188864;RO=10;SAF=9;SAR=15;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043459;STB=0.52379;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0138611;OID=.;OPOS=1253942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:15:9:3:7:15:9:3:7 chr11 1253969 . A G 63.66 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0515188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.582;QD=9.09464;RBI=0.052974;REFB=-0.00916983;REVB=-0.0123315;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864553;STB=0.552731;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0145268;OID=.;OPOS=1253969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:7:12:5:4:7:12 chr11 1253976 . A G 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00656518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.555;QD=7.12514;RBI=0.0440322;REFB=-0.0337952;REVB=-0.04354;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265764;STB=0.666222;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.050979;OID=.;OPOS=1253976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:3:4:6:12:3:4:6:12 chr11 1253980 . A G 44.33 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0445784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.72;QD=6.81945;RBI=0.0768519;REFB=-0.0452229;REVB=-0.0626017;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229193;STB=0.644765;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0358346;OID=.;OPOS=1253980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:3:4:7:12:3:4:7:12 chr11 1255773 . C T 490.67 PASS AF=0.432;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0302835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0394;QD=15.7015;RBI=0.0303846;REFB=-0.0200277;REVB=0.00247712;RO=71;SAF=27;SAR=27;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714095;STB=0.503999;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0276265;OID=.;OPOS=1255773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:71:54:54:0.432:27:27:36:35:27:27:36:35 chr11 1264183 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.92;QD=26.0261;RBI=0.0293212;REFB=-0.00197674;REVB=0.0293212;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001161;OID=.;OPOS=1264183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:6:0:0:1:6:0:0:1 chr11 1264890 . A G 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.0163493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8974;QD=9.56956;RBI=0.0205759;REFB=0.0300411;REVB=0.0124928;RO=15;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168204;STB=0.599789;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.0543251;OID=.;OPOS=1264890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:7:1:1:14:7:1:1:14 chr11 1268608 . A G 36.89 PASS AF=0.294118;AO=4;DP=17;FAO=5;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0222959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.172;QD=8.68107;RBI=0.0281653;REFB=-0.00365088;REVB=-0.0172099;RO=11;SAF=0;SAR=4;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.60155;STB=0.635926;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0103972;OID=.;OPOS=1268608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:17:17:11:11:4:5:0.294118:4:0:1:10:4:1:1:10 chr11 1269215 . C T 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0269289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.349;QD=13.9475;RBI=0.0322846;REFB=-0.00931758;REVB=-0.0178081;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171346;STB=0.609951;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0333936;OID=.;OPOS=1269215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:10:7:15:11:10:7:16:11 chr11 1271321 . C G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0888942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9632;QD=19.1316;RBI=0.124056;REFB=-0.007812;REVB=0.0865318;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0243388;OID=.;OPOS=1271321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:1:1:3:2:1:1 chr11 1272226 . A C 78.72 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.000353636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.29;QD=16.5734;RBI=0.014854;REFB=-0.0237223;REVB=-0.0148498;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164675;STB=0.615087;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0316284;OID=.;OPOS=1272226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:19:19:9:9:8:9:0.473684:7:1:2:7:8:1:2:7 chr11 1272858 . C T 161.77 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00197978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.111;QD=28.1346;RBI=0.0135985;REFB=-0.0140179;REVB=-0.0134536;RO=7;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196226;STB=0.608566;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0086955;OID=.;OPOS=1272858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:8:8:1:6:8:8:1:6 chr11 1282941 . T C,TC 69.03 PASS AF=0,0.387097;AO=3,7;DP=38;FAO=0,12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=0,11;FSAR=0,1;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0835697,0.0532432;FXX=0.0312402;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=31.2003,19.7542;QD=8.90685;RBI=0.0835713,0.0565292;REFB=-0.028931,-0.0609201;REVB=-0.000510214,-0.0189923;RO=26;SAF=3,6;SAR=0,1;SRF=10;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.614866,0.552555;STB=0.5,0.887471;STBP=1,0.004;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.130594;OID=.,.;OPOS=1282941,1282942;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:38:31:26:19:3,7:0,12:0,0.387097:0,1:3,6:10:16:0,1:0,11:7:12 chr11 1309956 . C T 194.08 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=89;FAO=19;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0127038;FXX=0.213459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.633;QD=11.0902;RBI=0.0135136;REFB=-0.0102939;REVB=-0.00460756;RO=34;SAF=15;SAR=4;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163675;STB=0.688405;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0303691;OID=.;OPOS=1309956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:70:34:43:19:19:0.271429:4:15:23:11:4:15:24:19 chr11 1501670 . G C 704.63 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00391888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4655;QD=62.6333;RBI=0.00559317;REFB=0;REVB=0.00399073;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4161e-06;OID=.;OPOS=1501670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr11 1502097 . A G 944.22 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0066238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.076;QD=58.1057;RBI=0.0183604;REFB=0;REVB=-0.0171239;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06166e-05;OID=.;OPOS=1502097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:29:34:0:0:31:34:0:0 chr11 1507731 . A G 272.37 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.057;QD=51.879;RBI=0.0274112;REFB=0;REVB=0.00915448;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184793;OID=.;OPOS=1507731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:10:9:0:0:10:11:0:0 chr11 1576137 . C T 471.08 PASS AF=0.480769;AO=49;DP=106;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=50;FSAR=0;FSRF=54;FSRR=0;FWDB=0.00376895;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.932;QD=18.1186;RBI=0.00376895;REFB=0.00219007;REVB=0;RO=52;SAF=49;SAR=0;SRF=52;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00239678;OID=.;OPOS=1576137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:52:54:49:50:0.480769:0:49:52:0:0:50:54:0 chr11 1643267 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0419798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.985;QD=16.4555;RBI=0.052028;REFB=-0.0591895;REVB=0.0307345;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0365049;OID=.;OPOS=1643267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:2:2:3:3:2:2 chr11 1651830 . G T 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0262271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.439;QD=21.944;RBI=0.0488015;REFB=-0.025097;REVB=0.0411549;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098321;STB=0.555485;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0315634;OID=.;OPOS=1651830;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:10:6:6:6:10:6:6:6 chr11 1651917 . C T 82.37 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0126225;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4367;QD=17.3418;RBI=0.078294;REFB=-0.0669353;REVB=0.0772698;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533268;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0586138;OID=.;OPOS=1651917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:19:10:9:10:10:0.526316:6:4:4:6:6:4:3:6 chr11 1652021 . C A 99.16 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0391772;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.995;QD=14.6904;RBI=0.0611662;REFB=-0.0203233;REVB=0.0469728;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234649;STB=0.638051;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0354609;OID=.;OPOS=1652021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:9:3:7:8:9:3:7:8 chr11 1652103 . G C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.037842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.869;QD=11.4398;RBI=0.0378492;REFB=-0.0201786;REVB=-0.000734752;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268092;STB=0.516093;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0356379;OID=.;OPOS=1652103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:5:9:6:3:5:9 chr11 1853107 . C T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0298893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.387;QD=23.3999;RBI=0.0648021;REFB=-0.018526;REVB=0.0574973;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141139;STB=0.581188;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0197694;OID=.;OPOS=1853107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:3:5:1:2:3:5:1:2 chr11 1855854 . G C 443.92 PASS AF=0.360759;AO=56;DP=156;FAO=57;FDP=158;FR=.;FRO=101;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=13;FSRR=88;FWDB=-0.00692077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.696;QD=11.2384;RBI=0.0276101;REFB=-0.0212555;REVB=0.0267287;RO=85;SAF=12;SAR=44;SRF=12;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126648;STB=0.59997;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0290392;OID=.;OPOS=1855854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:85:101:56:57:0.360759:44:12:12:73:44:13:13:88 chr11 1857173 . T C 683.25 PASS AF=0.978261;AO=30;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0918287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.069;QD=59.4126;RBI=0.0933805;REFB=-0.065491;REVB=0.0169529;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-4.76534e-06;OID=.;OPOS=1857173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:0:1:30:45:0.978261:22:8:0:0:27:18:0:1 chr11 1857747 . T C 427.13 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.005679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.288;QD=24.7613;RBI=0.0115314;REFB=-0.00346916;REVB=-0.010036;RO=27;SAF=22;SAR=19;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682754;STB=0.528894;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00355813;OID=.;OPOS=1857747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:28:41:41:0.594203:19:22:17:10:19:22:17:11 chr11 1857751 . C G 410.93 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0372254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0636;QD=23.8221;RBI=0.0447294;REFB=-0.041941;REVB=-0.024799;RO=29;SAF=22;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028081;STB=0.515411;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0423014;OID=.;OPOS=1857751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:18:22:17:12:18:22:17:12 chr11 1858262 . C T 266.27 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00392159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.181;QD=17.7513;RBI=0.0182664;REFB=-0.00606827;REVB=0.0178405;RO=30;SAF=20;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27096;STB=0.660264;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00855012;OID=.;OPOS=1858262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:29:29:0.483333:9:20:12:18:9:20:12:19 chr11 1858572 . C T 33.5 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.105018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9881;QD=19.1412;RBI=0.108017;REFB=0.0120452;REVB=0.0252746;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281149;STB=0.666029;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00776109;OID=.;OPOS=1858572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:2:0:3:2:2:0 chr11 1861760 . T C 907.33 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0148601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.177;QD=56.7078;RBI=0.0378103;REFB=-0.139831;REVB=0.0347678;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149896;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000729942;OID=.;OPOS=1861760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:31:32:0:1:31:32:0:1 chr11 1874404 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00828579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.347;QD=22.1441;RBI=0.0240797;REFB=-0.0230015;REVB=0.0226093;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127272;STB=0.571347;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0136235;OID=.;OPOS=1874404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:9:4:8:9:9:4 chr11 1887806 . T A,C 543.13 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=33,3;DP=36;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=26,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161097,0.000972514;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.71,124.954;QD=58.7168;RBI=0.0185059,0.020472;REFB=0,0;REVB=0.00910744,-0.0204489;RO=0;SAF=7,1;SAR=26,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.44409e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0036637,0.0788355;OID=.,.;OPOS=1887806,1887806;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:36:37:0:0:33,3:35,2:0.945946,0.0540541:26,2:7,1:0:0:26,2:9,0:0:0 chr11 1890990 . G A 330.34 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0271893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.3306;QD=50.8222;RBI=0.0274516;REFB=-0.0574348;REVB=-0.00378585;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516116;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000903851;OID=.;OPOS=1890990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:15:10:0:0:15:10:0:1 chr11 1891722 . C T 389.51 PASS AF=0.909091;AO=29;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00424269;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.439;QD=47.2134;RBI=0.0432777;REFB=-0.072884;REVB=-0.0430692;RO=3;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146073;STB=0.571379;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00416257;OID=.;OPOS=1891722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:33:33:3:3:29:30:0.909091:8:21:0:3:9:21:0:3 chr11 1902768 . G A 2145.49 PASS AF=0.972789;AO=137;DP=147;FAO=143;FDP=147;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=89;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0428139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.476;QD=58.3807;RBI=0.07384;REFB=-0.159136;REVB=0.0601607;RO=7;SAF=48;SAR=89;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644428;STB=0.517855;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00175085;OID=.;OPOS=1902768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:147:147:7:4:137:143:0.972789:89:48:7:0:89:54:4:0 chr11 1910707 . T C 111.28 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.289;QD=40.4641;RBI=0.0199112;REFB=0;REVB=-0.0108444;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471653;OID=.;OPOS=1910707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:8:11:1:3:5:0:0:3:8:0:0 chr11 1911115 . T C 79.49 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101218;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.419;QD=39.7454;RBI=0.0171965;REFB=0;REVB=-0.0139021;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00204884;OID=.;OPOS=1911115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr11 1959707 . C T 500.6 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=0.0367165;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.82;QD=16.9693;RBI=0.038095;REFB=-0.0106945;REVB=0.0101552;RO=62;SAF=26;SAR=28;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187723;STB=0.610933;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0115924;OID=.;OPOS=1959707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:64:54:54:0.457627:28:26:42:20:28:26:44:20 chr11 1974029 . G A 409.91 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00228154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.828;QD=51.2389;RBI=0.0272034;REFB=-0.10172;REVB=0.0271075;RO=2;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490247;STB=0.526298;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00927814;OID=.;OPOS=1974029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:18:12:0:2:18:12:0:2 chr11 1993975 . C A 937.76 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.392;QD=58.6102;RBI=0.0418445;REFB=0;REVB=0.026626;RO=0;SAF=17;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191813;OID=.;OPOS=1993975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:46:17:0:0:46:18:0:0 chr11 2167543 . T G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0201836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.188;QD=13.4558;RBI=0.0219762;REFB=-0.00924633;REVB=0.00869345;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385972;STB=0.726859;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0143473;OID=.;OPOS=2167543;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:3:8:5:10:3:8:5:10 chr11 2167618 . A G 289.3 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00711728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5824;QD=52.5993;RBI=0.0408226;REFB=0;REVB=-0.0401974;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141127;OID=.;OPOS=2167618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr11 2168375 . G C 410.37 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503648;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.4626;QD=56.6021;RBI=0.0779136;REFB=0;REVB=-0.0594467;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000927066;OID=.;OPOS=2168375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr11 2169014 . A G 46.35 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.00353093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1458;QD=9.75835;RBI=0.0151903;REFB=-0.0369371;REVB=0.0147743;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143714;STB=0.585992;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0598622;OID=.;OPOS=2169014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:1:6:11:1:1:6:11:1 chr11 2181060 . T G 238.14 PASS AF=0.84;AO=19;DP=23;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0174517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.959;QD=38.1026;RBI=0.0255459;REFB=-0.0618936;REVB=0.0186556;RO=4;SAF=19;SAR=0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.863916;STB=0.749699;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00620221;OID=.;OPOS=2181060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:25:4:4:19:21:0.84:0:19:0:4:2:19:0:4 chr11 2189113 . G C 234.06 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.00176143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3686;QD=14.1856;RBI=0.00615874;REFB=-0.013845;REVB=-0.00590147;RO=38;SAF=6;SAR=21;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213756;STB=0.518854;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0130553;OID=.;OPOS=2189113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:38:27:28:0.424242:21:6:9:29:22:6:9:29 chr11 2190951 . C T 739.72 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4426;QD=56.9011;RBI=0.0394378;REFB=0;REVB=0.0236097;RO=0;SAF=8;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341786;OID=.;OPOS=2190951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:44:8:0:0:44:8:0:0 chr11 2291715 . G T 102.83 PASS AF=0.317073;AO=12;DP=40;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=1;FWDB=0.038338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9054;QD=10.0325;RBI=0.0388762;REFB=-0.0128689;REVB=0.00644604;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=26;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484019;STB=0.76166;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.010983;OID=.;OPOS=2291715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:27:28:12:13:0.317073:4:8:26:1:4:9:27:1 chr11 2291982 . T A 133.73 PASS AF=0.355556;AO=10;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00937838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.52;QD=11.8869;RBI=0.0145397;REFB=-0.0118113;REVB=0.0111107;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.577683;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.04328;OID=.;OPOS=2291982;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:29:10:16:0.355556:6:4:10:15:8:8:11:18 chr11 2323029 . T C 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0201307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.369;QD=13.4583;RBI=0.0236817;REFB=-0.00623932;REVB=-0.0124731;RO=25;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147469;STB=0.561522;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00863933;OID=.;OPOS=2323029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:11:5:5:20:11:5:6:20 chr11 2324041 . A G 239.62 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0119925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.744;QD=27.3853;RBI=0.0558642;REFB=-0.0136537;REVB=-0.0545618;RO=10;SAF=16;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247492;STB=0.615266;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0137221;OID=.;OPOS=2324041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:10:12:21:21:0.6:5:16:4:6:5:16:6:6 chr11 2329995 . C T 330.55 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0949079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7022;QD=23.611;RBI=0.095555;REFB=-0.0356609;REVB=0.0111019;RO=23;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00491851;STB=0.502707;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0260386;OID=.;OPOS=2329995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:16:17:12:11:16:17:12:11 chr11 2330563 . C T 657.92 PASS AF=0.462069;AO=67;DP=145;FAO=67;FDP=145;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.000663136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.323;QD=18.1494;RBI=0.0166329;REFB=-0.0180915;REVB=-0.0166196;RO=76;SAF=27;SAR=40;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437491;STB=0.525305;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0295295;OID=.;OPOS=2330563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:76:78:67:67:0.462069:40:27:34:42:40:27:35:43 chr11 2343016 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.774;QD=58.1417;RBI=0.0490894;REFB=0;REVB=0.00535557;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376611;OID=.;OPOS=2343016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr11 2424541 . C G 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00999952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.419;QD=27.2216;RBI=0.0190192;REFB=-0.0134604;REVB=0.0161784;RO=15;SAF=4;SAR=20;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178848;STB=0.599908;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00554721;OID=.;OPOS=2424541;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:20:4:5:10:20:4:5:10 chr11 2424684 . A C 649.78 PASS AF=1;AO=32;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.163;QD=61.884;RBI=0.0713305;REFB=0;REVB=0.0614762;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289774;OID=.;OPOS=2424684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:32:42:1:8:24:0:0:15:27:0:0 chr11 2427291 . A C 293.55 PASS AF=0.507463;AO=27;DP=69;FAO=34;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0496124;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.6135;QD=17.5251;RBI=0.0991651;REFB=-0.013642;REVB=-0.0858622;RO=34;SAF=7;SAR=20;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714148;STB=0.609912;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0297227;OID=.;OPOS=2427291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:34:33:27:34:0.507463:20:7:7:27:21:13:6:27 chr11 2432964 . T C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0148596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.681;QD=15.9166;RBI=0.0154102;REFB=-0.010705;REVB=0.00408248;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367163;STB=0.713936;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0154925;OID=.;OPOS=2432964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:10:3:9:6:10:3:9:6 chr11 2439542 . A G 256.35 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0014122;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.714;QD=17.9897;RBI=0.0111181;REFB=-0.0128198;REVB=-0.0110281;RO=29;SAF=21;SAR=7;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142945;STB=0.580584;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00949035;OID=.;OPOS=2439542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:29:29:28:28:0.491228:7:21:18:11:7:21:18:11 chr11 2870070 . G A 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0190809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.186;QD=18.7957;RBI=0.0191478;REFB=-0.0138826;REVB=0.00159999;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143808;STB=0.581246;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0175764;OID=.;OPOS=2870070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:11:12:10:17:11:12:10:17 chr11 2870108 . A G 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.162;QD=57.3818;RBI=0.0243806;REFB=0;REVB=0.00971792;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94765e-05;OID=.;OPOS=2870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr11 2920666 . C T 259.83 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.019029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5889;QD=12.0853;RBI=0.0195877;REFB=-0.0289374;REVB=0.00464512;RO=55;SAF=19;SAR=12;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150272;STB=0.508656;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0398591;OID=.;OPOS=2920666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:55:31:31:0.360465:12:19:33:22:12:19:33:22 chr11 2924610 . G A 305.49 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0561643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.302;QD=17.7098;RBI=0.0567504;REFB=0.001921;REVB=-0.00813537;RO=36;SAF=11;SAR=22;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137711;STB=0.577271;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0014384;OID=.;OPOS=2924610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:22:11:17:19:22:11:17:19 chr11 2929552 . A G 179.38 PASS AF=0.423077;AO=15;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.173832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.716;QD=13.7984;RBI=0.174345;REFB=-0.00160916;REVB=-0.0133727;RO=30;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901503;STB=0.545915;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0016166;OID=.;OPOS=2929552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:15:22:0.423077:11:4:10:20:13:9:10:20 chr11 2929553 . T G 32.55 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0686979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.2778;QD=2.50369;RBI=0.0749077;REFB=-0.0418824;REVB=-0.0298624;RO=43;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436349;STB=0.775687;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0711235;OID=.;OPOS=2929553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:52:43:46:6:6:0.115385:2:4:12:31:2:4:15:31 chr11 2937951 . C T 378.52 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0207462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.4;QD=16.4572;RBI=0.0212467;REFB=-0.00795329;REVB=-0.0045841;RO=51;SAF=18;SAR=22;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598383;STB=0.52837;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00936649;OID=.;OPOS=2937951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:52:40:40:0.434783:22:18:26:25:22:18:26:26 chr11 2943671 . G C 666.21 PASS AF=0.550847;AO=65;DP=118;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00819421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.13;QD=22.5832;RBI=0.00846692;REFB=-0.0285794;REVB=-0.00213162;RO=52;SAF=32;SAR=33;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406598;STB=0.526225;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0230435;OID=.;OPOS=2943671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:52:53:65:65:0.550847:33:32:23:29:33:32:23:30 chr11 2999507 . G T 976.4 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0171424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.813;QD=57.4351;RBI=0.0255545;REFB=-0.102632;REVB=0.0189518;RO=1;SAF=38;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122726;STB=0.506327;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00146618;OID=.;OPOS=2999507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:66:67:0.985294:28:38:1:0:28:39:1:0 chr11 3028140 . G A 55.79 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0528707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.475;QD=10.6275;RBI=0.0631275;REFB=0.00181153;REVB=0.0344932;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126983;STB=0.602151;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00339396;OID=.;OPOS=3028140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:12:13:8:8:0.380952:5:3:6:6:5:3:7:6 chr11 3061780 . C T 292.22 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0208453;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3693;QD=16.4633;RBI=0.0223006;REFB=-0.02156;REVB=0.0079238;RO=36;SAF=11;SAR=21;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101324;STB=0.539461;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0241871;OID=.;OPOS=3061780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:36:39:32:32:0.450704:21:11:16:20:21:11:16:23 chr11 3143621 . C CG 64.81 PASS AF=0.2;AO=20;DP=88;FAO=17;FDP=85;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0154696;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=39.2352;QD=3.05011;RBI=0.0155824;REFB=-0.0103243;REVB=-0.00187177;RO=66;SAF=15;SAR=5;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434199;STB=0.784911;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=0.103262;OID=.;OPOS=3143622;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:20:88:17:85:68:13:4:27:41:64:66:15:5:26:40 chr11 3242957 . G A 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0141726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.333;QD=9.18876;RBI=0.017949;REFB=-0.00247404;REVB=0.0110137;RO=25;SAF=9;SAR=2;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214688;STB=0.63353;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00456752;OID=.;OPOS=3242957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:2:9:17:8:2:9:17:8 chr11 3243346 . C T 98.53 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0670785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.532;QD=14.0762;RBI=0.112045;REFB=0.0123936;REVB=0.0897472;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284721;STB=0.666389;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00803285;OID=.;OPOS=3243346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:10:6:8:4:10:6 chr11 3243367 . G T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0291664;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.748;QD=14.9786;RBI=0.0366159;REFB=-0.018242;REVB=-0.0221369;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286528;STB=0.666349;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0178929;OID=.;OPOS=3243367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:8:3:6:4:8:3 chr11 3243412 . A C 91.21 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0112742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.487;QD=17.374;RBI=0.0222476;REFB=-0.00991211;REVB=0.0191793;RO=10;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358864;STB=0.707579;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0233138;OID=.;OPOS=3243412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:3:8:3:7:3:8:3:7 chr11 3243427 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0343563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.357;QD=12.0515;RBI=0.0427166;REFB=-0.00804342;REVB=-0.0253842;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464536;STB=0.77716;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0108709;OID=.;OPOS=3243427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:9:4:7:2:9:4 chr11 3243638 . A G 123.71 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0152468;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.706;QD=7.3855;RBI=0.0169456;REFB=-0.00865078;REVB=-0.00739513;RO=50;SAF=2;SAR=16;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588384;STB=0.865988;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0178852;OID=.;OPOS=3243638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:50:49:18:18:0.268657:16:2:28:22:16:2:28:21 chr11 3243665 . C T 139.43 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0117961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3503;QD=9.14263;RBI=0.0314206;REFB=0.00111473;REVB=0.0291223;RO=42;SAF=3;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389564;STB=0.736556;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00114434;OID=.;OPOS=3243665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:16:3:18:24:16:3:18:24 chr11 3243673 . G C 151.02 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.073903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7734;QD=9.90307;RBI=0.0814568;REFB=-0.00242708;REVB=0.0342571;RO=39;SAF=4;SAR=16;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260047;STB=0.677222;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000512449;OID=.;OPOS=3243673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:39:41:20:20:0.327869:16:4:15:24:16:4:17:24 chr11 3243908 . T TA 35.44 PASS AF=0.333333;AO=2;DP=20;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0178592;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=75.5915;QD=7.87665;RBI=0.0430919;REFB=0.000851232;REVB=0.0392168;RO=16;SAF=2;SAR=0;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488772;STB=0.759899;STBP=0.152;TYPE=ins;VARB=-0.00747951;OID=.;OPOS=3243909;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:2:20:6:18:12:5:1:6:6:35:16:2:0:10:6 chr11 3244005 . TC T 771.29 PASS AF=0.987179;AO=67;DP=81;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.268876;FXX=0.0370325;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.3859;QD=39.5533;RBI=0.29653;REFB=0.0615365;REVB=-0.125042;RO=9;SAF=25;SAR=42;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118696;STB=0.505617;STBP=0.521;TYPE=del;VARB=0.000331158;OID=.;OPOS=3244006;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987179:67:81:77:78:1:33:44:0:1:9:9:25:42:8:1 chr11 3244029 . C T 319.52 PASS AF=0.416667;AO=36;DP=85;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0668125;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0661;QD=15.2153;RBI=0.0728785;REFB=-0.00444849;REVB=-0.0291095;RO=48;SAF=13;SAR=23;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18623;STB=0.605999;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00780471;OID=.;OPOS=3244029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:48:49:36:35:0.416667:23:13:26:22:22:13:27:22 chr11 3249552 . C T 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0299689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.209;QD=20.2093;RBI=0.0321334;REFB=-0.00518112;REVB=0.0115942;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322655;STB=0.67836;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00546393;OID=.;OPOS=3249552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:4:9:10:0:4:9:10:0 chr11 3249829 . G A 355.01 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.000430727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.435;QD=16.3225;RBI=0.0203905;REFB=-0.0255851;REVB=0.0203859;RO=48;SAF=24;SAR=14;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506327;STB=0.535695;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0314162;OID=.;OPOS=3249829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:49:38:38:0.436782:14:24:28:20:14:24:28:21 chr11 3249984 . C T 291.44 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0116223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.048;QD=16.8952;RBI=0.0130399;REFB=-0.00852658;REVB=-0.00591278;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133831;STB=0.581408;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00864262;OID=.;OPOS=3249984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:37:32:32:0.463768:17:15:22:14:17:15:23:14 chr11 3361087 . T C 221.96 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0159436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.992;QD=25.3673;RBI=0.0213145;REFB=0.00272457;REVB=0.0141459;RO=14;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034374;STB=0.519108;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00120909;OID=.;OPOS=3361087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:11:10:6:8:11:10:6:8 chr11 3436490 . C T 175.19 PASS AF=0.68;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00384101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5732;QD=28.03;RBI=0.0227911;REFB=-0.0334352;REVB=0.0224651;RO=7;SAF=11;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120543;STB=0.590135;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00842005;OID=.;OPOS=3436490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:24:25:7:8:17:17:0.68:6:11:3:4:6:11:3:5 chr11 3436492 . A G 188.46 PASS AF=0.692308;AO=17;DP=24;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0877467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.413;QD=28.994;RBI=0.0897444;REFB=-0.0321753;REVB=-0.0188303;RO=7;SAF=11;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194433;STB=0.63143;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0363154;OID=.;OPOS=3436492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:26:7:8:17:18:0.692308:6:11:2:5:6:12:2:6 chr11 3661140 . T C 782.8 PASS AF=0.982456;AO=48;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00303523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.996;QD=54.9337;RBI=0.0412194;REFB=-0.0442697;REVB=0.0411075;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218744;STB=0.511624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000214221;OID=.;OPOS=3661140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:48:56:0.982456:27:21:1:0:35:21:1:0 chr11 3661585 . A ATGG,G 235.76 PASS AF=0.833333,0.0416667;AO=17,2;DP=24;FAO=20,1;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=9,0;FSAR=11,1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0159309,0.00917964;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=145.31,155.641;QD=39.293;RBI=0.0168126,0.0168325;REFB=-0.0559354,0.0121778;REVB=-0.00537322,-0.0141091;RO=3;SAF=6,1;SAR=11,1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.181817,-0.473628;STB=0.528356,0.990053;STBP=0.476,0.474;TYPE=ins,snp;VARB=0.0029978,-0.0237907;OID=.,.;OPOS=3661586,3661585;OREF=-,A;OALT=TGG,G;OMAPALT=ATGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:24:24:3:3:17,2:20,1:0.833333,0.0416667:11,1:6,1:3:0:11,1:9,0:2:1 chr11 3714489 . C T 639.73 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00686757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8247;QD=55.6288;RBI=0.0238156;REFB=-0.0464044;REVB=0.0228039;RO=3;SAF=34;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133299;STB=0.571393;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00210603;OID=.;OPOS=3714489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:43:43:0.934783:9:34:0:3:9:34:0:3 chr11 3838910 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0972738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.856;QD=35.5759;RBI=0.0987753;REFB=0;REVB=0.0171573;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00457436;OID=.;OPOS=3838910;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr11 3838953 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.69;QD=37.4883;RBI=0.0507825;REFB=0;REVB=0.00800003;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715997;OID=.;OPOS=3838953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr11 4103524 . A G 150.34 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0130768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2925;QD=12.2722;RBI=0.0162411;REFB=-0.00997823;REVB=0.00963172;RO=32;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133593;STB=0.578852;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0239917;OID=.;OPOS=4103524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:11:6:15:17:11:6:15:17 chr11 4113200 . A G 162.91 PASS AF=0.36;AO=17;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0246455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9461;QD=13.033;RBI=0.026655;REFB=-0.006831;REVB=-0.0101533;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292532;STB=0.504499;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00959652;OID=.;OPOS=4113200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:17:18:0.36:10:7:14:18:10:8:14:18 chr11 4141132 . C A 273.18 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0320664;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7456;QD=19.5125;RBI=0.0355193;REFB=-0.0333422;REVB=0.0152764;RO=26;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11687;STB=0.554418;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0253813;OID=.;OPOS=4141132;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:26:27:29:29:0.517857:14:15:17:9:14:15:17:10 chr11 4159457 . A G 402.07 PASS AF=0.685185;AO=37;DP=54;FAO=37;FDP=54;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0283258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7234;QD=29.7833;RBI=0.0429915;REFB=-0.00639715;REVB=0.0323406;RO=17;SAF=15;SAR=22;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732548;STB=0.539856;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00361937;OID=.;OPOS=4159457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:17:37:37:0.685185:22:15:9:8:22:15:9:8 chr11 4159466 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.977;QD=57.106;RBI=0.0471543;REFB=0;REVB=0.0282043;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262976;OID=.;OPOS=4159466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr11 4388905 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00309794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.372;QD=48.7368;RBI=0.0496058;REFB=0;REVB=0.0495089;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758494;OID=.;OPOS=4388905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr11 4389587 . G C 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1884;QD=43.4802;RBI=0.0755704;REFB=0;REVB=0.0227909;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169902;OID=.;OPOS=4389587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr11 4592708 . C CAG 371.46 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.00195202;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=2;MLLD=298.005;QD=13.149;RBI=0.0161892;REFB=0.00479217;REVB=-0.0160711;RO=69;SAF=28;SAR=16;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127649;STB=0.572587;STBP=0.257;TYPE=ins;VARB=-0.00641813;OID=.;OPOS=4592709;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.389381:44:114:44:113:69:28:16:36:33:99:69:28:16:36:33 chr11 4608542 . C T 326.03 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.00795909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.207;QD=17.3883;RBI=0.0140726;REFB=-0.0147637;REVB=-0.0116056;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218608;STB=0.62673;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0166586;OID=.;OPOS=4608542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:40:35:35:0.466667:17:18:11:28:17:18:11:29 chr11 4615234 . A G 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00676837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.068;QD=11.4392;RBI=0.0373265;REFB=-0.0131739;REVB=-0.0367077;RO=24;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130276;STB=0.577857;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0277123;OID=.;OPOS=4615234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:4:9:14:10:4:9:14:10 chr11 4615390 . C T 728.98 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0156612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2639;QD=53.0169;RBI=0.0193628;REFB=-0.18879;REVB=0.0113862;RO=1;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159704;STB=0.51666;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00594362;OID=.;OPOS=4615390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:55:55:1:2:53:53:0.963636:29:24:0:1:29:24:0:2 chr11 4615508 . C G 67.95 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0199487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.439;QD=3.23573;RBI=0.037813;REFB=-0.00175913;REVB=-0.0321228;RO=71;SAF=9;SAR=4;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360615;STB=0.740457;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00729184;OID=.;OPOS=4615508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:84:84:71:71:13:13:0.154762:4:9:28:43:4:9:28:43 chr11 4703165 . C A 456.23 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0299499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5406;QD=50.6917;RBI=0.0826605;REFB=0.00907638;REVB=-0.0770439;RO=2;SAF=28;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154432;STB=0.615306;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00458385;OID=.;OPOS=4703165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:2:3:33:33:0.916667:5:28:0:2:5:28:0:3 chr11 4712079 . A G 398.9 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0588286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.565;QD=20.9948;RBI=0.058833;REFB=-0.000567765;REVB=-0.000717908;RO=35;SAF=23;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276273;STB=0.522716;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.000639299;OID=.;OPOS=4712079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:36:40:40:0.526316:17:23:19:16:17:23:19:17 chr11 4730985 . C T 876.72 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.445;QD=57.4898;RBI=0.0249013;REFB=0;REVB=0.023981;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00349132;OID=.;OPOS=4730985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:31:29:0:0:31:30:0:0 chr11 4731180 . G A 1752.44 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362128;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6589;QD=60.9544;RBI=0.0120408;REFB=0;REVB=-0.0114833;RO=0;SAF=73;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.96319e-05;OID=.;OPOS=4731180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:42:73:0:0:42:73:0:0 chr11 4731468 . G A 750.72 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366715;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7553;QD=63.8907;RBI=0.0430424;REFB=0;REVB=0.0225355;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380824;OID=.;OPOS=4731468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr11 4731583 . C T 1541.97 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0418317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.488;QD=57.6438;RBI=0.0453475;REFB=-0.0748269;REVB=0.0175072;RO=2;SAF=52;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000168916;STB=0.500089;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000428688;OID=.;OPOS=4731583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:53:52:1:1:53:52:1:1 chr11 4928621 . G A 620.27 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0296616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2299;QD=19.536;RBI=0.0378488;REFB=0.0150336;REVB=-0.02351;RO=61;SAF=37;SAR=26;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422673;STB=0.520853;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.0245096;OID=.;OPOS=4928621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:61:64:63:63:0.496063:26:37:33:28:26:37:35:29 chr11 4929061 . C G 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0164891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.255;QD=22.831;RBI=0.0216354;REFB=0.00129954;REVB=0.0140071;RO=10;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323641;STB=0.678377;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.000973303;OID=.;OPOS=4929061;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:6:9:10:0:6:9:10:0 chr11 4945196 . T G 134.99 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0811515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2146;QD=16.8733;RBI=0.0818896;REFB=-0.0227721;REVB=0.0109698;RO=16;SAF=2;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329554;STB=0.683919;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.037571;OID=.;OPOS=4945196;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:13:2:6:10:13:2:6:11 chr11 4945229 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00382879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7459;QD=19.1793;RBI=0.0397085;REFB=-0.0202644;REVB=0.0395235;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216462;STB=0.624791;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.026178;OID=.;OPOS=4945229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:10:3:5:6:10:3:5:6 chr11 4964753 . A G 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.011;QD=59.9372;RBI=0.0224901;REFB=0;REVB=-0.0116707;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26507e-06;OID=.;OPOS=4964753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:56:45:0:0:56:45:0:0 chr11 4965301 . G T 1148.73 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.257;QD=60.4594;RBI=0.0810445;REFB=0;REVB=-0.0567742;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31196e-05;OID=.;OPOS=4965301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:43:32:0:0:43:33:0:0 chr11 4967468 . G A 1659.59 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.365;QD=60.3489;RBI=0.0370832;REFB=0;REVB=0.0352717;RO=0;SAF=80;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57511e-05;OID=.;OPOS=4967468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:30:80:0:0:30:80:0:0 chr11 4968198 . C A 227.2 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2051;QD=47.8325;RBI=0.0757568;REFB=0;REVB=-0.0749642;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000382696;OID=.;OPOS=4968198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr11 4976086 . C T 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8719;QD=57.2365;RBI=0.0182156;REFB=0;REVB=-0.00977876;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48623e-05;OID=.;OPOS=4976086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr11 4976291 . G A 363.98 PASS AF=0.443182;AO=36;DP=85;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0055773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.408;QD=16.5445;RBI=0.00699902;REFB=-0.00643659;REVB=-0.00422847;RO=49;SAF=19;SAR=17;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00290207;STB=0.524158;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00823166;OID=.;OPOS=4976291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:49:49:36:39:0.443182:17:19:26:23:20:19:26:23 chr11 4976811 . C A 198.32 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000189493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.921;QD=44.0706;RBI=0.137604;REFB=0.00037645;REVB=-0.137604;RO=1;SAF=14;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316306;STB=0.517221;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00335664;OID=.;OPOS=4976811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:3:14:1:0:3:14:1:0 chr11 5010905 . A G 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00432591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.39;QD=13.3341;RBI=0.0280177;REFB=-0.00746117;REVB=0.0276817;RO=39;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538234;STB=0.530782;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0119443;OID=.;OPOS=5010905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:12:14:19:20:12:14:19:20 chr11 5013423 . T TG 163.47 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=55;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0375567;FXX=0.0232504;HRUN=0;LEN=1;MLLD=208.408;QD=15.5684;RBI=0.0626536;REFB=0.0443447;REVB=-0.0501495;RO=41;SAF=11;SAR=2;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496621;STB=0.66083;STBP=0.088;TYPE=ins;VARB=-0.0309312;OID=.;OPOS=5013424;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:13:55:18:42:24:13:5:11:13:99:41:11:2:19:22 chr11 5013424 . T G 37.12 PASS AF=0.132075;AO=8;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0093218;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=142.612;QD=2.80186;RBI=0.0413699;REFB=-0.00597702;REVB=-0.040306;RO=44;SAF=4;SAR=4;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830098;STB=0.52452;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0142341;OID=.;OPOS=5013424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:53:53:44:46:8:7:0.132075:4:4:25:19:3:4:25:21 chr11 5020416 . A G 493.76 PASS AF=0.504762;AO=47;DP=98;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0466822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.098;QD=18.8099;RBI=0.0481054;REFB=-0.00842197;REVB=0.0116147;RO=50;SAF=21;SAR=26;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123604;STB=0.514188;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00947564;OID=.;OPOS=5020416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:105:50:52:47:53:0.504762:26:21:23:27:26:27:25:27 chr11 5020509 . C T 465.11 PASS AF=0.484211;AO=44;DP=93;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00738439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.302;QD=19.5835;RBI=0.0126725;REFB=-0.00927359;REVB=-0.0102987;RO=49;SAF=25;SAR=19;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164885;STB=0.518979;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0113661;OID=.;OPOS=5020509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:49:49:44:46:0.484211:19:25:27:22:19:27:27:22 chr11 5020799 . C T 378.01 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00330531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.241;QD=18.9005;RBI=0.00350519;REFB=-0.0068812;REVB=-0.00116674;RO=41;SAF=33;SAR=6;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418859;STB=0.736832;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0150946;OID=.;OPOS=5020799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:6:33:20:21:6:33:20:21 chr11 5020832 . C T 387.57 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0221273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1703;QD=15.9823;RBI=0.0654988;REFB=-0.0141235;REVB=-0.061648;RO=56;SAF=36;SAR=5;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563456;STB=0.82243;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0165621;OID=.;OPOS=5020832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:5:36:23:33:5:36:23:33 chr11 5067984 . A G 836.83 PASS AF=0.549296;AO=78;DP=142;FAO=78;FDP=142;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.017376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.047;QD=23.5727;RBI=0.0227211;REFB=-0.0124537;REVB=-0.0146398;RO=64;SAF=32;SAR=46;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752791;STB=0.541166;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0108677;OID=.;OPOS=5067984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:64:64:78:78:0.549296:46:32:32:32:46:32:32:32 chr11 5068137 . G A 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0331328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.537;QD=14.2309;RBI=0.0331329;REFB=-0.0138552;REVB=-5.77492e-05;RO=36;SAF=7;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201282;STB=0.615399;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0168515;OID=.;OPOS=5068137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:19:7:16:20:19:7:16:20 chr11 5068661 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.019497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.371;QD=15.2627;RBI=0.0401668;REFB=-0.0277028;REVB=0.0351175;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154499;STB=0.589338;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0317989;OID=.;OPOS=5068661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:6:10:6:7:6:10 chr11 5079946 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.576;QD=56.9377;RBI=0.0407031;REFB=0;REVB=0.0189954;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67245e-05;OID=.;OPOS=5079946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr11 5080068 . G A 199.69 PASS AF=0.655172;AO=18;DP=28;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00187761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.73;QD=27.5428;RBI=0.0713855;REFB=-0.00728248;REVB=0.0713608;RO=10;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060989;STB=0.543351;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00607227;OID=.;OPOS=5080068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:10:10:18:19:0.655172:7:11:7:3:8:11:7:3 chr11 5080234 . T C 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0055393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.868;QD=15.5713;RBI=0.00672303;REFB=-0.00538214;REVB=0.0038099;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115026;STB=0.566808;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00394579;OID=.;OPOS=5080234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:5:7:5:6:5:7 chr11 5141902 . T C 178.9 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0112991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.238;QD=22.3621;RBI=0.0140761;REFB=-0.00493437;REVB=0.00839451;RO=13;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448988;STB=0.504306;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0031153;OID=.;OPOS=5141902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:14:18:18:0.5625:5:13:10:3:5:13:10:4 chr11 5141980 . A G 160.8 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0355866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.143;QD=18.377;RBI=0.0362216;REFB=-0.0268656;REVB=-0.0067525;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118788;STB=0.54602;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0223373;OID=.;OPOS=5141980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:18:16:17:0.485714:10:6:9:9:10:7:9:9 chr11 5142270 . T G 201.52 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0022096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.781;QD=13.8978;RBI=0.0125136;REFB=-0.00351577;REVB=0.012317;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911804;STB=0.551845;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00748593;OID=.;OPOS=5142270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:15:9:10:24:15:9:10:24 chr11 5172786 . A G 782.29 PASS AF=1;AO=35;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.042;QD=63.8603;RBI=0.0433662;REFB=0;REVB=0.0420537;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000896085;OID=.;OPOS=5172786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:35:49:1:21:14:0:0:32:17:0:0 chr11 5172795 . A AC 169.21 PASS AF=0.603774;AO=26;DP=55;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.010405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.8212;QD=12.7705;RBI=0.11304;REFB=0.0477371;REVB=0.112561;RO=27;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646802;STB=0.530811;STBP=0.624;TYPE=ins;VARB=0.00441871;OID=.;OPOS=5172796;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.603774:26:55:32:53:21:10:22:8:13:70:27:8:18:10:17 chr11 5221645 . C G 480.79 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0101398;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.712;QD=53.4214;RBI=0.0228922;REFB=0.0782341;REVB=0.0205241;RO=2;SAF=16;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00161671;STB=0.501638;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.000543677;OID=.;OPOS=5221645;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:36:2:2:33:34:0.944444:17:16:1:1:18:16:1:1 chr11 5221825 . G A 60.91 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.596;QD=34.8083;RBI=0.0948084;REFB=0;REVB=0.0926015;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261534;OID=.;OPOS=5221825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:4:3:0:0 chr11 5248243 . A G 697.61 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.752;QD=62.01;RBI=0.0329915;REFB=0;REVB=-0.0163323;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111735;OID=.;OPOS=5248243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:26:19:0:0 chr11 5269583 . GTGA AGAG 779.28 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264701;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=295.389;QD=56.6751;RBI=0.0401167;REFB=0;REVB=0.0301444;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.81685e-05;OID=.;OPOS=5269583;OREF=GTGA;OALT=AGAG;OMAPALT=AGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:53:55:1:27:26:0:0:29:26:0:0 chr11 5322737 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.994;QD=49.5991;RBI=0.038626;REFB=0;REVB=0.00213484;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263599;OID=.;OPOS=5322737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr11 5323071 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.971;QD=56.9382;RBI=0.0149772;REFB=0;REVB=0.00587451;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33914e-05;OID=.;OPOS=5323071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr11 5344592 . A C 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0261894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7148;QD=9.47539;RBI=0.0363576;REFB=0.00731255;REVB=0.0252189;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221961;STB=0.513487;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.0118986;OID=.;OPOS=5344592;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:4:6:13:8:4:6:13:8 chr11 5344772 . T C 378.13 PASS AF=0.596774;AO=36;DP=61;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0250999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.398;QD=24.3954;RBI=0.0265768;REFB=-0.0359968;REVB=0.00873638;RO=25;SAF=14;SAR=22;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396723;STB=0.526061;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0124205;OID=.;OPOS=5344772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:25:25:36:37:0.596774:22:14:11:14:23:14:11:14 chr11 5344847 . A G 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0331887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9559;QD=23.0877;RBI=0.0331936;REFB=0.00720175;REVB=-0.000567094;RO=18;SAF=5;SAR=17;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343823;STB=0.693687;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0046684;OID=.;OPOS=5344847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:17:5:11:7:17:5:11:7 chr11 5344902 . C G 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00055906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.377;QD=22.3408;RBI=0.0391486;REFB=-0.0213376;REVB=-0.0391446;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197662;STB=0.610988;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0217291;OID=.;OPOS=5344902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:11:7:9:5:11:7:9:5 chr11 5345128 . G A 120.88 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00187288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.362;QD=14.6522;RBI=0.0138024;REFB=-0.00841506;REVB=-0.0136748;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151154;STB=0.560893;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0112344;OID=.;OPOS=5345128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:9:5:4:14:9:5:5:14 chr11 5345170 . A G 95.62 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0498418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.501;QD=11.5906;RBI=0.0569971;REFB=-0.00424524;REVB=-0.027649;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938032;STB=0.555466;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0202774;OID=.;OPOS=5345170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:7:14:7:5:7:14 chr11 5345486 . G A 159.53 PASS AF=0.372549;AO=15;DP=47;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0247699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.328;QD=12.512;RBI=0.0249231;REFB=-0.00154908;REVB=0.0027592;RO=32;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00740054;STB=0.509544;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00364977;OID=.;OPOS=5345486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:32:32:15:19:0.372549:9:6:13:19:11:8:13:19 chr11 5364276 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.031901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.99;QD=13.4417;RBI=0.0319055;REFB=-0.00441147;REVB=-0.000535469;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160312;STB=0.535642;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.005613;OID=.;OPOS=5364276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:6:4:5:7:6:4:6:7 chr11 5364450 . A G 61.56 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0008887;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4218;QD=16.4151;RBI=0.0103082;REFB=-0.0167153;REVB=-0.0102698;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158056;STB=0.592984;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0282597;OID=.;OPOS=5364450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:4:3:5:3:4:3 chr11 5364742 . C T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00991834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.989;QD=20.8379;RBI=0.0203042;REFB=0.00406275;REVB=0.0177168;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300734;STB=0.516093;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.00485826;OID=.;OPOS=5364742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:4:5:9:9:0.642857:4:5:2:2:4:5:3:2 chr11 5364776 . T TGTC 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0269161;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=261.05;QD=13.2053;RBI=0.0269262;REFB=0.015448;REVB=0.000737232;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280783;STB=0.666171;STBP=0.274;TYPE=ins;VARB=-0.0136399;OID=.;OPOS=5364777;OREF=-;OALT=GTC;OMAPALT=TGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:6:12:6:12:6:3:3:5:1:36:6:3:3:5:1 chr11 5372751 . A C 834.19 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.86;QD=57.5302;RBI=0.0836764;REFB=0;REVB=-0.0760358;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249134;OID=.;OPOS=5372751;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr11 5372856 . A G 444.48 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0106836;FXX=0.0180164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.38;QD=16.311;RBI=0.0216704;REFB=-0.0119134;REVB=0.0188538;RO=58;SAF=25;SAR=24;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110334;STB=0.560514;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0202369;OID=.;OPOS=5372856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:58:60:49:49:0.449541:24:25:23:35:24:25:24:36 chr11 5373006 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.526;QD=59.8558;RBI=0.0222327;REFB=0;REVB=0.0134319;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56578e-05;OID=.;OPOS=5373006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr11 5373095 . T C 317.94 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0151415;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.935;QD=15.1402;RBI=0.0242624;REFB=-0.0107025;REVB=0.0189578;RO=50;SAF=18;SAR=17;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152727;STB=0.58135;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00707449;OID=.;OPOS=5373095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:50:49:35:35:0.416667:17:18:33:17:17:18:32:17 chr11 5373104 . A G 1301.65 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8326;QD=61.9835;RBI=0.031026;REFB=0;REVB=0.0142261;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011735;OID=.;OPOS=5373104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:34:49:0:0:34:50:0:0 chr11 5373111 . G A 1283.39 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6769;QD=61.8503;RBI=0.0117673;REFB=0;REVB=0.00851967;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04206e-06;OID=.;OPOS=5373111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:35:48:0:0:35:48:0:0 chr11 5373114 . G A 1240.18 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5661;QD=59.0564;RBI=0.0512465;REFB=0;REVB=0.0127457;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188025;OID=.;OPOS=5373114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:84:0:0:75:84:1:34:41:0:0:35:49:0:0 chr11 5373129 . C T 1287.37 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.872;QD=60.5819;RBI=0.0333463;REFB=-0.091138;REVB=0.00834796;RO=1;SAF=51;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919817;STB=0.504853;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=7.53607e-05;OID=.;OPOS=5373129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:33:51:1:0:33:51:1:0 chr11 5373170 . C G 1282.33 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.182;QD=61.7991;RBI=0.0106366;REFB=0;REVB=0.00532045;RO=0;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30728e-06;OID=.;OPOS=5373170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:32:50:0:0:33:50:0:0 chr11 5373242 . T G 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.294;QD=59.4992;RBI=0.0383074;REFB=0;REVB=0.00439072;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74418e-05;OID=.;OPOS=5373242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr11 5373251 . C T 1026.69 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.928;QD=59.5183;RBI=0.04523;REFB=0;REVB=-1.66925e-05;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34027e-05;OID=.;OPOS=5373251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:31:37:0:0:31:38:0:0 chr11 5373334 . A G 599.21 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315571;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.257;QD=61.457;RBI=0.0133566;REFB=0;REVB=-0.0129784;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20995e-05;OID=.;OPOS=5373334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr11 5373562 . C A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.151;QD=57.2025;RBI=0.0420329;REFB=0;REVB=-0.0101318;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126472;OID=.;OPOS=5373562;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr11 5410933 . A AG 284.84 PASS AF=0.914286;AO=6;DP=38;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.222434;FXX=0.0789266;HRUN=0;LEN=1;MLLD=42.0582;QD=32.5527;RBI=0.222498;REFB=-0.00448337;REVB=-0.00533063;RO=32;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.544126;STB=0.531895;STBP=0.304;TYPE=ins;VARB=0.0249037;OID=.;OPOS=5410934;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.914286:6:38:32:35:3:10:22:0:3:16:32:4:2:6:26 chr11 5411031 . C T 109.0 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0308513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8889;QD=36.3317;RBI=0.0393264;REFB=-0.0631686;REVB=-0.0243878;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599362;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0271127;OID=.;OPOS=5411031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:7:4:0:1:7:4:0:1 chr11 5411239 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.721;QD=62.3506;RBI=0.0230779;REFB=0;REVB=0.0220038;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119408;OID=.;OPOS=5411239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr11 5411395 . C A 1330.89 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0334676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.923;QD=59.1505;RBI=0.0806111;REFB=-0.0375723;REVB=0.0733353;RO=3;SAF=48;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139099;STB=0.501018;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00101982;OID=.;OPOS=5411395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:3:2:87:88:0.977778:39:48:1:2:40:48:1:1 chr11 5411398 . T G 1396.35 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3928;QD=62.7572;RBI=0.0394587;REFB=0;REVB=0.0358069;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409386;OID=.;OPOS=5411398;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:40:49:0:0:40:49:0:0 chr11 5411579 . GT AC 1055.82 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169318;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.391;QD=59.4827;RBI=0.018552;REFB=0;REVB=0.00758216;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000265985;OID=.;OPOS=5411579;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:43:27:0:0:43:28:0:0 chr11 5424050 . G A 1134.86 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6402;QD=60.5256;RBI=0.0180447;REFB=0;REVB=0.0176214;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127092;OID=.;OPOS=5424050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr11 5424430 . A G 855.33 PASS AF=0.466667;AO=86;DP=197;FAO=98;FDP=210;FR=.;FRO=112;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=58;FSRR=54;FWDB=0.00829009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.511;QD=16.2921;RBI=0.00906552;REFB=-0.0166617;REVB=0.00366852;RO=103;SAF=41;SAR=45;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180999;STB=0.504083;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0206496;OID=.;OPOS=5424430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:210:103:112:86:98:0.466667:45:41:51:52:48:50:58:54 chr11 5443442 . G C 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8437;QD=58.5814;RBI=0.0866267;REFB=0;REVB=0.0793406;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000646388;OID=.;OPOS=5443442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr11 5443700 . C T 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00358184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.282;QD=57.1021;RBI=0.00421199;REFB=0;REVB=-0.00221613;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40883e-05;OID=.;OPOS=5443700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:40:15:0:0:40:15:0:0 chr11 5443739 . T C 796.28 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0279005;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.105;QD=53.9853;RBI=0.0311833;REFB=-0.0457481;REVB=0.0139269;RO=1;SAF=18;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254762;STB=0.512816;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000354576;OID=.;OPOS=5443739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:59:59:1:1:57:58:0.983051:39:18:1:0:39:19:1:0 chr11 5443867 . C T 244.24 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.105238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8718;QD=44.4074;RBI=0.108858;REFB=-0.165047;REVB=-0.0278403;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00963059;OID=.;OPOS=5443867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:22:0:1:20:21:0.954545:11:9:0:0:11:10:1:0 chr11 5443887 . T C 219.1 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.84;QD=48.6884;RBI=0.0722295;REFB=0;REVB=0.027063;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012114;OID=.;OPOS=5443887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr11 5443893 . G A 198.64 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5359;QD=46.7395;RBI=0.0423436;REFB=0;REVB=0.0422703;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00828355;OID=.;OPOS=5443893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:10:7:0:0 chr11 5443963 . G A 272.34 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7442;QD=51.875;RBI=0.0359936;REFB=0;REVB=0.0293384;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011772;OID=.;OPOS=5443963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr11 5444061 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.596;QD=62.3508;RBI=0.0367528;REFB=0;REVB=0.0362231;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210158;OID=.;OPOS=5444061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr11 5444136 . C T 1661.42 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8558;QD=59.3363;RBI=0.0171165;REFB=-0.100928;REVB=-0.00103579;RO=0;SAF=56;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00107734;OID=.;OPOS=5444136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:0:1:111:111:0.991071:55:56:0:0:55:56:1:0 chr11 5444353 . T C 525.53 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0249208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.592;QD=52.5527;RBI=0.0327127;REFB=0.0224747;REVB=0.0211914;RO=3;SAF=16;SAR=21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800463;STB=0.542834;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00673479;OID=.;OPOS=5444353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:21:16:3:0:21:16:3:0 chr11 5462085 . G A 190.02 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0109785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.643;QD=21.7168;RBI=0.0159841;REFB=-0.0103226;REVB=-0.0116174;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196931;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00724697;OID=.;OPOS=5462085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:16:18:19:0.542857:12:6:5:11:13:6:5:11 chr11 5462105 . T C 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0137147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.697;QD=23.3816;RBI=0.0469296;REFB=0.00499026;REVB=0.0448809;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481957;STB=0.526998;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.00328549;OID=.;OPOS=5462105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:12:7:6:8:12:7:6:8 chr11 5462255 . C G 294.64 PASS AF=0.702703;AO=25;DP=36;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0247426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3968;QD=31.8529;RBI=0.0311899;REFB=0.00102882;REVB=-0.0189898;RO=10;SAF=15;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536778;STB=0.509547;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00299525;OID=.;OPOS=5462255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:37:10:11:25:26:0.702703:10:15:5:5:11:15:6:5 chr11 5462374 . C T 272.8 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0305686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9697;QD=19.8397;RBI=0.032994;REFB=-0.00964422;REVB=0.0124165;RO=26;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742856;STB=0.541372;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00610202;OID=.;OPOS=5462374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:17:12:13:13:17:12:13:13 chr11 5462702 . G A 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0216033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.577;QD=32.352;RBI=0.0367373;REFB=-0.0398365;REVB=0.0297141;RO=2;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012578;STB=0.507029;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00735473;OID=.;OPOS=5462702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:5:6:1:1:5:6:1:1 chr11 5475118 . A G 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0144232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.11;QD=20.2741;RBI=0.0232784;REFB=-0.00876679;REVB=0.0182716;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171115;STB=0.596247;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00700645;OID=.;OPOS=5475118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:15:9:13:10:15:9 chr11 5510284 . A G 1408.53 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633061;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.781;QD=62.6014;RBI=0.0640515;REFB=0;REVB=0.00974362;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157994;OID=.;OPOS=5510284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:88:90:1:50:38:0:0:50:40:0:0 chr11 5510497 . T C 1120.78 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000916043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.28;QD=58.9885;RBI=0.0257048;REFB=-0.117851;REVB=0.0256885;RO=1;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116825;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-5.27688e-05;OID=.;OPOS=5510497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:40:35:0:1:40:35:0:1 chr11 5510626 . T C 740.87 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.633;QD=56.9903;RBI=0.0374815;REFB=0;REVB=0.0242927;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104768;OID=.;OPOS=5510626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:18:33:0:0:18:34:0:0 chr11 5510928 . G A 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.055;QD=57.1984;RBI=0.0357316;REFB=0;REVB=-0.0320854;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149527;OID=.;OPOS=5510928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr11 5529865 . G A 340.56 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.453;QD=54.489;RBI=0.0140491;REFB=0;REVB=0.00648125;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12765e-05;OID=.;OPOS=5529865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr11 5530705 . C T 224.61 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0109469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.067;QD=17.6167;RBI=0.0135572;REFB=-0.0139101;REVB=0.00799774;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119687;STB=0.567333;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0143997;OID=.;OPOS=5530705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:13:11:9:18:13:11:9:18 chr11 5536537 . A C 1317.42 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8552;QD=61.9961;RBI=0.0567994;REFB=0;REVB=-0.0294239;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00054817;OID=.;OPOS=5536537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:41:43:0:0:42:43:0:0 chr11 5536848 . G A 1491.83 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.29265e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.36;QD=63.4823;RBI=0.0153406;REFB=0;REVB=0.0153406;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.734e-05;OID=.;OPOS=5536848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:54:39:0:0:55:39:0:0 chr11 5565906 . A G 241.13 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00295661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.854;QD=14.6139;RBI=0.0596157;REFB=-0.00777266;REVB=0.0595423;RO=38;SAF=17;SAR=11;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110625;STB=0.562868;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.011884;OID=.;OPOS=5565906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:11:17:19:19:11:17:19:19 chr11 5566030 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.949;QD=62.6706;RBI=0.0386851;REFB=0;REVB=0.0202053;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110123;OID=.;OPOS=5566030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr11 5566365 . T C 869.84 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165838;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.777;QD=56.1186;RBI=0.144043;REFB=-0.102562;REVB=0.143085;RO=1;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129304;STB=0.506664;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000953478;OID=.;OPOS=5566365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:60:61:0.983871:36:24:0:1:37:24:0:1 chr11 5602275 . A G 612.99 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8512;QD=61.2987;RBI=0.0364179;REFB=0;REVB=0.0246598;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10814e-05;OID=.;OPOS=5602275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr11 5602438 . T A 545.14 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1557;QD=57.3833;RBI=0.0928302;REFB=-0.0586165;REVB=0.0919599;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019929;STB=0.510633;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00209675;OID=.;OPOS=5602438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:23:14:0:1:23:14:0:1 chr11 5602605 . G A 770.52 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.954;QD=62.8994;RBI=0.0618253;REFB=0;REVB=0.0598088;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440419;OID=.;OPOS=5602605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:22:25:0:0:23:26:0:0 chr11 5602615 . A G 714.73 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0916315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2904;QD=60.8282;RBI=0.0928853;REFB=-0.235097;REVB=0.0152101;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200022;STB=0.510634;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0142631;OID=.;OPOS=5602615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:23:23:1:0:23:23:1:0 chr11 5602679 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.215;QD=61.6829;RBI=0.0313062;REFB=0;REVB=0.0281627;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243789;OID=.;OPOS=5602679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:14:26:0:0:14:27:0:0 chr11 5602790 . A G 1506.14 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144519;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.02;QD=59.0645;RBI=0.0145653;REFB=0;REVB=-0.00181463;RO=0;SAF=69;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625223;OID=.;OPOS=5602790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:31:69:0:0:32:70:0:0 chr11 5602927 . CG C,CC 1324.05 PASS AF=0.113402,0.835052;AO=10,81;DP=91;FAO=11,81;FDP=97;FR=.;FRO=5;FSAF=7,36;FSAR=4,45;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0359984,0.0408565;FXX=0.0202;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=218.007,236.591;QD=54.6;RBI=0.0483934,0.0502281;REFB=0.0133386,0.0189831;REVB=0.0323425,0.0292166;RO=0;SAF=6,36;SAR=4,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.42691e-08;STB=0.63137,0.532459;STBP=0.204,0.012;TYPE=del,snp;VARB=-0.00466677,-0.00220126;OID=.,.;OPOS=5602928,5602928;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.113402,0.835052:10,81:91:11,81:97:5:7,36:4,45:5:0:34:0:6,36:4,45:0:0 chr11 5602968 . G A 1495.09 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=100;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0117722;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.404;QD=60.4079;RBI=0.0311834;REFB=-0.210463;REVB=0.0288759;RO=2;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193473;STB=0.515148;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00105424;OID=.;OPOS=5602968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:100:99:2:3:96:96:0.969697:48:48:0:2:48:48:0:3 chr11 5625847 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939859;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.844;QD=63.8717;RBI=0.0134176;REFB=0;REVB=-0.00957596;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.9027e-07;OID=.;OPOS=5625847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr11 5629607 . G A 455.41 PASS AF=0.393939;AO=52;DP=132;FAO=52;FDP=132;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=61;FWDB=0.0127972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.287;QD=13.8003;RBI=0.0138254;REFB=-0.00760456;REVB=0.00523194;RO=79;SAF=18;SAR=34;SRF=19;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131139;STB=0.576118;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0132517;OID=.;OPOS=5629607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:79:80:52:52:0.393939:34:18:19:60:34:18:19:61 chr11 5632212 . G A 2724.47 PASS AF=0.962366;AO=179;DP=186;FAO=179;FDP=186;FR=.;FRO=7;FSAF=93;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00432228;FXX=0.0158722;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.267;QD=58.5907;RBI=0.0194847;REFB=-0.171743;REVB=0.0189993;RO=7;SAF=93;SAR=86;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167476;STB=0.508807;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00055809;OID=.;OPOS=5632212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:186:186:7:7:179:179:0.962366:86:93:2:5:86:93:2:5 chr11 5664831 . C A 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00354191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.862;QD=15.8612;RBI=0.00383257;REFB=-0.0197763;REVB=0.00146406;RO=51;SAF=22;SAR=16;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710978;STB=0.540098;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0293559;OID=.;OPOS=5664831;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:16:22:26:25:16:22:26:25 chr11 5688940 . C T 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0216208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.4646;QD=25.7127;RBI=0.0219345;REFB=-0.000893808;REVB=-0.00369618;RO=6;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671703;STB=0.537756;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.000512849;OID=.;OPOS=5688940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:5:8:3:3:5:8:3:3 chr11 5691191 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.693;QD=45.8068;RBI=0.063893;REFB=0;REVB=-0.0487771;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129332;OID=.;OPOS=5691191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr11 5691214 . A C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0163312;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=272.793;QD=12.7824;RBI=0.0187951;REFB=-0.0136524;REVB=0.00930311;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168645;STB=0.5998;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0171447;OID=.;OPOS=5691214;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:6:8:4:6:6:8 chr11 5700340 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.065759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.798;QD=53.2738;RBI=0.0676006;REFB=0;REVB=-0.0156714;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000938237;OID=.;OPOS=5700340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr11 5701074 . C A 236.83 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0326088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3036;QD=26.3139;RBI=0.0329299;REFB=0.0450331;REVB=-0.00458734;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227074;STB=0.624896;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.030353;OID=.;OPOS=5701074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:10:12:12:2:10:12:12:2 chr11 5701409 . G C 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0747749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8694;QD=32.3509;RBI=0.0747808;REFB=-0.0473847;REVB=0.00093896;RO=2;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149061;STB=0.583183;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00862624;OID=.;OPOS=5701409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:5:6:0:2:5:6:0:2 chr11 5719667 . T C 162.27 PASS AF=0.381818;AO=18;DP=57;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00559597;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.057;QD=11.8014;RBI=0.124344;REFB=-0.00771831;REVB=0.124218;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185127;STB=0.604715;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0180417;OID=.;OPOS=5719667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:33:34:18:21:0.381818:9:9:22:11:11:10:22:12 chr11 5719750 . G C 229.67 PASS AF=0.44;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00271103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.8268;QD=18.3736;RBI=0.0054881;REFB=-0.00604568;REVB=0.00477174;RO=20;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19502;STB=0.663311;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00195083;OID=.;OPOS=5719750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:26:21:22:0.44:7:14:9:11:7:15:10:16 chr11 5758062 . T C 1440.15 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1118;QD=60.6378;RBI=0.136481;REFB=0;REVB=-0.00669026;RO=3;SAF=47;SAR=45;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292971;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100387;OID=.;OPOS=5758062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:95:95:3:0:92:95:1:45:47:3:0:45:50:0:0 chr11 5758118 . A C 1208.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.411;QD=61.211;RBI=0.0273111;REFB=0;REVB=0.00936416;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1877e-05;OID=.;OPOS=5758118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr11 5758646 . T C 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0226119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.623;QD=16.5615;RBI=0.0270666;REFB=-0.0529599;REVB=-0.0148763;RO=31;SAF=8;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162523;STB=0.591997;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.072317;OID=.;OPOS=5758646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:19:8:14:17:19:8:14:17 chr11 5776287 . C T 2279.23 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661037;FXX=0.013157;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.346;QD=60.7794;RBI=0.00676207;REFB=0;REVB=0.0014243;RO=0;SAF=93;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272059;OID=.;OPOS=5776287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:150:0:0:149:150:1:56:93:0:0:56:94:0:0 chr11 5776470 . T G 909.95 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8037;QD=57.7746;RBI=0.029024;REFB=0;REVB=0.01902;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126749;OID=.;OPOS=5776470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:28:34:0:0:29:34:0:0 chr11 5776484 . A T 260.14 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0260806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3126;QD=16.7834;RBI=0.0425444;REFB=-0.0112531;REVB=-0.0336129;RO=33;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030655;STB=0.517229;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0142221;OID=.;OPOS=5776484;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:15:14:17:16:15:14:17:16 chr11 5776623 . A T 902.7 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.011;QD=58.2388;RBI=0.0322807;REFB=0;REVB=0.0281667;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02095e-05;OID=.;OPOS=5776623;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:27:34:0:0:28:34:0:0 chr11 5809308 . A T 787.63 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0362334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.241;QD=55.2719;RBI=0.0444394;REFB=-0.184072;REVB=0.0257294;RO=1;SAF=28;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165422;STB=0.508769;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00264494;OID=.;OPOS=5809308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:1:1:56:56:0.982456:28:28:1:0:28:28:1:0 chr11 5809477 . A G 255.67 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0182054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2127;QD=17.9414;RBI=0.0333025;REFB=0.00650072;REVB=-0.0278858;RO=29;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146244;STB=0.508191;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00706839;OID=.;OPOS=5809477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:15:13:13:16:15:13:13:16 chr11 5809548 . G A 222.68 PASS AF=0.402985;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00170975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9549;QD=13.2943;RBI=0.0395016;REFB=-0.00595048;REVB=0.0394646;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138055;STB=0.504584;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00666987;OID=.;OPOS=5809548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:40:26:27:0.402985:15:11:16:23:16:11:16:24 chr11 5809673 . C T 390.12 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.003108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8237;QD=19.0302;RBI=0.0055279;REFB=-0.0158188;REVB=0.00457144;RO=41;SAF=16;SAR=24;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032637;STB=0.523066;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0227509;OID=.;OPOS=5809673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:24:16:15:26:24:16:15:27 chr11 5809746 . C T 180.09 PASS AF=0.353846;AO=18;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00907946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3941;QD=11.0824;RBI=0.0154914;REFB=-0.00165088;REVB=-0.0125517;RO=39;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705802;STB=0.539533;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00762542;OID=.;OPOS=5809746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:42:18:23:0.353846:10:8:15:24:15:8:17:25 chr11 5817841 . C T 664.19 PASS AF=0.434524;AO=73;DP=167;FAO=73;FDP=168;FR=.;FRO=95;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=-0.00836951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.808;QD=15.8141;RBI=0.00856617;REFB=0.00527813;REVB=0.00182498;RO=94;SAF=34;SAR=39;SRF=36;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846277;STB=0.543585;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00680148;OID=.;OPOS=5817841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:94:95:73:73:0.434524:39:34:36:58:39:34:37:58 chr11 5817896 . G A 508.46 PASS AF=0.45082;AO=54;DP=121;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.01489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.402;QD=16.671;RBI=0.0175843;REFB=0.00150625;REVB=-0.009354;RO=64;SAF=28;SAR=26;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787504;STB=0.549982;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00236006;OID=.;OPOS=5817896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:64:67:54:55:0.45082:26:28:28:36:27:28:28:39 chr11 5841856 . C T 1033.43 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.046;QD=59.053;RBI=0.0292289;REFB=0;REVB=0.00428963;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158955;OID=.;OPOS=5841856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:36:33:0:0:36:34:0:0 chr11 5842310 . T G 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00350008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.085;QD=24.1066;RBI=0.0230898;REFB=-0.00833863;REVB=-0.022823;RO=19;SAF=17;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160789;STB=0.589943;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00781102;OID=.;OPOS=5842310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:7:17:10:9:7:17:10:9 chr11 5842356 . A G 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00895204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.034;QD=16.8246;RBI=0.014851;REFB=-0.0130506;REVB=0.0118495;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191106;STB=0.60927;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.015739;OID=.;OPOS=5842356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:8:13:12:16:8:13:12:16 chr11 5862532 . A C 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0289173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.366;QD=19.3865;RBI=0.0315667;REFB=-0.00568892;REVB=0.0126588;RO=21;SAF=5;SAR=15;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353382;STB=0.701087;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00426854;OID=.;OPOS=5862532;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:15:5:13:8:15:5:13:8 chr11 5862653 . T C 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0199263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.113;QD=14.6975;RBI=0.0199314;REFB=-0.00618741;REVB=-0.000451491;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707152;STB=0.552073;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00864701;OID=.;OPOS=5862653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:13:8:13:16:13:8:14:16 chr11 5862731 . A G 225.86 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.000403554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.5;QD=13.2861;RBI=0.0925215;REFB=-0.0040737;REVB=-0.0925206;RO=41;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342266;STB=0.519582;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00562601;OID=.;OPOS=5862731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:16:11:18:23:16:11:18:23 chr11 5862780 . T C 164.33 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.129174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.416;QD=13.694;RBI=0.133603;REFB=-0.00468549;REVB=0.0341157;RO=30;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114802;STB=0.567087;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00469895;OID=.;OPOS=5862780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:12:6:13:17:12:6:13:17 chr11 5862845 . A G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00925689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.422;QD=11.8143;RBI=0.015075;REFB=0.00577055;REVB=-0.0118982;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194513;STB=0.615207;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00848244;OID=.;OPOS=5862845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:8:5:13:10:8:5:13:10 chr11 5862937 . C A 162.98 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.027781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.69;QD=19.755;RBI=0.0293253;REFB=-0.00804602;REVB=0.00939094;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329008;STB=0.66059;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00548905;OID=.;OPOS=5862937;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:16:16:17:0.515152:11:5:11:5:11:6:11:5 chr11 5862984 . G C 207.84 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0177634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.186;QD=17.6886;RBI=0.0188148;REFB=0.0038267;REVB=0.00620158;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00545082;STB=0.503103;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.00153334;OID=.;OPOS=5862984;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:12:9:11:15:12:9:11:15 chr11 5863013 . T C 207.63 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0276373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.19;QD=15.1002;RBI=0.0280164;REFB=-0.0219069;REVB=0.00459341;RO=30;SAF=7;SAR=17;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120343;STB=0.561686;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0339114;OID=.;OPOS=5863013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:17:7:12:18:17:7:12:19 chr11 5863113 . G A 297.86 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00352349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.096;QD=15.886;RBI=0.00563403;REFB=0.000974822;REVB=-0.00439628;RO=42;SAF=15;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068863;STB=0.538811;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00204273;OID=.;OPOS=5863113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:18:15:22:20:18:15:22:20 chr11 5906048 . G A 308.13 PASS AF=0.583333;AO=27;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0317288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8433;QD=25.6773;RBI=0.0558731;REFB=-0.0283861;REVB=0.0459901;RO=20;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590167;STB=0.526297;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0235184;OID=.;OPOS=5906048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:27:28:0.583333:10:17:14:6:10:18:14:6 chr11 5906073 . G T 263.26 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.012613;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.82;QD=25.0724;RBI=0.0284105;REFB=-0.00296827;REVB=0.0254571;RO=18;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126327;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0048525;OID=.;OPOS=5906073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:18:23:24:0.571429:8:15:12:6:8:16:12:6 chr11 5906192 . A C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00110168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.272;QD=15.8821;RBI=0.0110323;REFB=0.00505582;REVB=-0.0109772;RO=10;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548441;STB=0.828159;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0170496;OID=.;OPOS=5906192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:9:1:6:4:9:1:6:4 chr11 5906205 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00127001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.43;QD=19.5225;RBI=0.00520301;REFB=0.00645001;REVB=0.00504563;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247621;STB=0.646839;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00860541;OID=.;OPOS=5906205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:10:12:14:14:0.538462:10:4:6:4:10:4:7:5 chr11 5968728 . T C 449.98 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0275379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5854;QD=24.3232;RBI=0.0310122;REFB=-0.037865;REVB=0.0142626;RO=31;SAF=27;SAR=16;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122162;STB=0.506699;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0215491;OID=.;OPOS=5968728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:16:27:19:12:16:27:19:12 chr11 6007272 . A G 208.83 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0519377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.026;QD=25.3128;RBI=0.0770819;REFB=-0.00406244;REVB=0.0569569;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179883;STB=0.614344;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00335172;OID=.;OPOS=6007272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:12:13:20:20:0.606061:12:8:8:4:12:8:9:4 chr11 6007396 . C T 204.21 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00633396;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.444;QD=16.6701;RBI=0.0425077;REFB=-0.0289179;REVB=-0.0420332;RO=26;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109688;STB=0.575686;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0209711;OID=.;OPOS=6007396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:27:22:22:0.44898:7:15:15:11:7:15:15:12 chr11 6007613 . T G 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00393467;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.636;QD=14.6688;RBI=0.0403561;REFB=-0.00489054;REVB=-0.0401638;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941656;STB=0.553527;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00727869;OID=.;OPOS=6007613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:12:12:19:13:12:12:19:13 chr11 6007680 . A G 216.46 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0156504;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.71;QD=19.6783;RBI=0.0269207;REFB=-0.0238851;REVB=0.0219041;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771839;STB=0.543583;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0352923;OID=.;OPOS=6007680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:23:21:21:0.477273:12:9:8:15:12:9:8:15 chr11 6007743 . A G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00297968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5746;QD=20.3168;RBI=0.0510539;REFB=-0.010526;REVB=-0.0509669;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130094;STB=0.573061;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.012554;OID=.;OPOS=6007743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:11:8:5:13:11:8:5:13 chr11 6007772 . G A 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.027261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.424;QD=17.1002;RBI=0.0272619;REFB=0.000896645;REVB=-0.000222476;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162948;STB=0.593772;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00147551;OID=.;OPOS=6007772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:9:5:8:7:9:5:8:7 chr11 6023581 . A G 157.83 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0100987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.419;QD=12.141;RBI=0.0102204;REFB=-0.0133974;REVB=-0.0015726;RO=33;SAF=11;SAR=8;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650009;STB=0.537776;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0259219;OID=.;OPOS=6023581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:8:11:21:12:8:11:21:12 chr11 6023640 . T C 114.04 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00566995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.674;QD=18.247;RBI=0.00829552;REFB=-0.0225122;REVB=0.00605535;RO=11;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216462;STB=0.65192;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0192153;OID=.;OPOS=6023640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:3:10:6:5:3:10:6:6 chr11 6023818 . G A 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00267905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.636;QD=10.4725;RBI=0.0956614;REFB=-0.0138155;REVB=-0.0956238;RO=24;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378726;STB=0.728181;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0240668;OID=.;OPOS=6023818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:3:9:10:14:3:9:10:14 chr11 6129837 . C T 194.82 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.101279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1227;QD=17.3172;RBI=0.120986;REFB=0.00789567;REVB=0.0661839;RO=25;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23882;STB=0.645414;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0137434;OID=.;OPOS=6129837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:25:19:20:0.444444:14:5:12:13:15:5:12:13 chr11 6173346 . G T 200.28 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=66;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.0202433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.684;QD=11.957;RBI=0.0205269;REFB=-0.014326;REVB=0.00340027;RO=42;SAF=10;SAR=14;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294434;STB=0.676168;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.014398;OID=.;OPOS=6173346;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:42:42:24:25:0.373134:14:10:29:13:15:10:29:13 chr11 6173364 . T A 853.98 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271849;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4314;QD=57.8969;RBI=0.0662307;REFB=0;REVB=-0.0603944;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00146289;OID=.;OPOS=6173364;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr11 6221169 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.195;QD=59.143;RBI=0.0412505;REFB=0;REVB=-0.0138517;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61504e-05;OID=.;OPOS=6221169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr11 6221214 . T A 1141.38 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00087314;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3851;QD=60.8739;RBI=0.0305843;REFB=0;REVB=0.0305719;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95937e-05;OID=.;OPOS=6221214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr11 6231080 . G T 360.88 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00507435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0898;QD=14.2922;RBI=0.0121324;REFB=0.00235182;REVB=-0.0110203;RO=60;SAF=17;SAR=24;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906138;STB=0.551294;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00355198;OID=.;OPOS=6231080;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:41:41:0.405941:24:17:30:30:24:17:30:30 chr11 6231731 . C T 699.6 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.778;QD=60.8348;RBI=0.0403028;REFB=-0.127917;REVB=-0.00243045;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191802;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203566;OID=.;OPOS=6231731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:46:1:0:45:46:1:24:21:0:1:25:21:0:0 chr11 6231857 . AGG A,AG 62.66 PASS AF=0.115385,0.346154;AO=4,8;DP=29;FAO=3,9;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=0,1;FSAR=3,8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00463039,0.00934411;FXX=0.103413;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.0112,13.2612;QD=9.63948;RBI=0.0462744,0.0866359;REFB=-0.0332089,-0.0600041;REVB=-0.0460422,-0.0861305;RO=12;SAF=0,0;SAR=4,8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.685298,-0.774183;STB=0.995706,0.777026;STBP=0.13,0.087;TYPE=del,del;VARB=0.0445522,0.00598227;OID=.,.;OPOS=6231858,6231858;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.115385,0.346154:4,8:29:3,9:26:14:0,1:3,8:6:8:39:12:0,0:4,8:6:6 chr11 6243804 . A G 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=0.000651377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.292;QD=11.5766;RBI=0.0208473;REFB=-0.00371538;REVB=-0.0208371;RO=39;SAF=15;SAR=8;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149072;STB=0.590618;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00435612;OID=.;OPOS=6243804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:39:40:23:23:0.365079:8:15:30:9:8:15:31:9 chr11 6262715 . G A 277.58 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.014007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.865;QD=20.5615;RBI=0.014817;REFB=-0.0180958;REVB=-0.00483184;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266087;STB=0.51479;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0180019;OID=.;OPOS=6262715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:16:13:12:13:16:13:12:13 chr11 6292065 . C A 227.77 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=3.81025e-05;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.234;QD=15.7082;RBI=0.00372199;REFB=-0.00676836;REVB=-0.0037218;RO=31;SAF=17;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755791;STB=0.553782;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0163732;OID=.;OPOS=6292065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:31:32:26:26:0.448276:9:17:18:13:9:17:18:14 chr11 6292387 . C T 305.07 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00437244;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.67;QD=20.0043;RBI=0.00961733;REFB=-0.0354229;REVB=0.00856591;RO=29;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137757;STB=0.576278;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0251493;OID=.;OPOS=6292387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:15:17:20:9:15:17:20:9 chr11 6340525 . A T 71.11 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.000861061;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.375;QD=15.8022;RBI=0.0171386;REFB=0.0220993;REVB=0.0171169;RO=9;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192123;STB=0.615087;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.0160595;OID=.;OPOS=6340525;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:18:9:9:9:9:0.5:8:1:2:7:8:1:2:7 chr11 6340706 . A G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.015612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.304;QD=17.4276;RBI=0.0166826;REFB=-0.0193954;REVB=-0.00587984;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325195;STB=0.690639;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0282095;OID=.;OPOS=6340706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:18:19:0.452381:8:10:5:18:8:11:5:18 chr11 6341684 . C G 87.76 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.149973;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.6642;QD=39.0033;RBI=0.174264;REFB=0;REVB=0.0887481;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00431414;OID=.;OPOS=6341684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr11 6411935 . T C 285.95 PASS AF=0.611111;AO=13;DP=29;FAO=22;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0274129;FXX=0.099975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.663;QD=31.7718;RBI=0.0343404;REFB=-0.0336249;REVB=0.0206832;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.530359;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0272067;OID=.;OPOS=6411935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:29:36:0:11:13:22:0.611111:6:7:0:0:12:10:6:5 chr11 6415463 . G A 84.78 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0127674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.002;QD=10.9397;RBI=0.0851267;REFB=0.00505039;REVB=-0.0841639;RO=19;SAF=10;SAR=1;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.538458;STB=0.845398;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0114193;OID=.;OPOS=6415463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:19:20:11:11:0.354839:1:10:10:9:1:10:10:10 chr11 6422834 . G A 264.96 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0102303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5799;QD=21.197;RBI=0.0425007;REFB=-0.00472011;REVB=0.041251;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204837;STB=0.621261;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0070181;OID=.;OPOS=6422834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:25:24:25:0.5:15:9:15:10:16:9:15:10 chr11 6471722 . T G 223.7 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0285256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1556;QD=13.5579;RBI=0.0316519;REFB=-0.0166761;REVB=-0.0137161;RO=39;SAF=18;SAR=8;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370713;STB=0.69293;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0269766;OID=.;OPOS=6471722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:39:26:27:0.409091:8:18:13:26:9:18:13:26 chr11 6549779 . A C 955.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000991754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.615;QD=58.8043;RBI=0.0136453;REFB=0;REVB=0.0136092;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71102e-05;OID=.;OPOS=6549779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:25:39:0:0:26:39:0:0 chr11 6549995 . A G 468.92 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600852;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.658;QD=58.6147;RBI=0.0233903;REFB=0;REVB=0.0226053;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171495;OID=.;OPOS=6549995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr11 6550004 . A G 374.35 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.713;QD=55.4593;RBI=0.0215989;REFB=0;REVB=0.0208689;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159457;OID=.;OPOS=6550004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:12:13:0:0:14:13:0:0 chr11 6550309 . G A 752.94 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.179e-05;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.337;QD=56.8256;RBI=0.00801484;REFB=0;REVB=0.00801478;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85478e-05;OID=.;OPOS=6550309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr11 6555365 . A G 446.22 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2301;QD=57.5771;RBI=0.0697996;REFB=0;REVB=0.00656147;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00073876;OID=.;OPOS=6555365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr11 6567894 . GC CA,GCTGCCCTACTGCA 270.98 PASS AF=0.128205,0.564103;AO=5,18;DP=41;FAO=5,22;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=5,14;FSAR=0,8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00195378,-0.026484;FXX=0.0930016;HRUN=2,1;LEN=2,12;MLLD=171.783,263.473;QD=27.7925;RBI=0.00869346,0.0283427;REFB=0.0157951,0.00962582;REVB=0.00847106,-0.0100948;RO=16;SAF=5,10;SAR=0,8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.656709,-0.113292;STB=0.997179,0.519982;STBP=0.058,0.729;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00968575,-0.0118236;OID=.,.;OPOS=6567894,6567896;OREF=GC,-;OALT=CA,TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CA,GCTGCCCTACTGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:41:39:16:12:5,18:5,22:0.128205,0.564103:0,8:5,10:11:5:0,8:5,14:7:5 chr11 6567895 . C CTGCCCTACTGCA 50.0 PASS AO=31;DP=65;LEN=12;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=19;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=6567896;OREF=-;OALT=TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CTGCCCTACTGCA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:65:34:31:12:15:19:19 chr11 6585007 . G A 797.41 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9823;QD=63.7927;RBI=0.0311215;REFB=0;REVB=0.000468784;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269356;OID=.;OPOS=6585007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:18:31:0:0:18:32:0:0 chr11 6622714 . G A 969.99 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0402136;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5953;QD=57.0581;RBI=0.0554943;REFB=-0.146343;REVB=0.0382424;RO=1;SAF=40;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011667;STB=0.506171;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00281644;OID=.;OPOS=6622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:1:1:66:67:0.985294:26:40:1:0:27:40:1:0 chr11 6630028 . TC T 769.32 PASS AF=0.965116;AO=72;DP=87;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00541991;FXX=0.0227247;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.408;QD=35.7822;RBI=0.0270817;REFB=0.035688;REVB=-0.0265338;RO=4;SAF=26;SAR=46;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.650794;SSSB=-0.014888;STB=0.502341;STBP=0.919;TYPE=del;VARB=0.00442838;OID=.;OPOS=6630029;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.965116:72:87:83:86:3:33:50:1:2:5:4:26:46:2:2 chr11 6634149 . C T 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.993;QD=62.008;RBI=0.00659535;REFB=0;REVB=0.00309391;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13014e-05;OID=.;OPOS=6634149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:39:45:0:0:39:45:0:0 chr11 6634189 . G A 1312.47 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.304;QD=61.7633;RBI=0.0166764;REFB=0;REVB=0.0022816;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98665e-05;OID=.;OPOS=6634189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:40:44:0:0:41:44:0:0 chr11 6638506 . A T 857.04 PASS AF=0.721519;AO=57;DP=77;FAO=57;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0227118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.284;QD=43.3943;RBI=0.0298038;REFB=-0.00651303;REVB=0.0192988;RO=7;SAF=25;SAR=32;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862741;STB=0.554235;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00235845;OID=.;OPOS=6638506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:77:79:7:12:57:57:0.721519:32:25:6:1:32:25:9:3 chr11 6638507 . C T 38.18 PASS AF=0.104651;AO=7;DP=84;FAO=9;FDP=86;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.0130973;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.662;QD=1.77568;RBI=0.0130997;REFB=-0.00363406;REVB=0.00024943;RO=77;SAF=6;SAR=1;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500056;STB=0.91294;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00220897;OID=.;OPOS=6638507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:84:86:77:77:7:9:0.104651:1:6:29:48:1:8:29:48 chr11 6735869 . A G 311.82 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0379666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.494;QD=16.6304;RBI=0.0386181;REFB=-0.0136897;REVB=-0.00706363;RO=41;SAF=13;SAR=21;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128943;STB=0.572531;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0133929;OID=.;OPOS=6735869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:21:13:21:20:21:13:21:20 chr11 6738411 . A G 220.05 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0555217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0598;QD=16.0037;RBI=0.126132;REFB=-0.0135219;REVB=0.113255;RO=30;SAF=9;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107481;STB=0.560926;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0250144;OID=.;OPOS=6738411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:16:9:14:16:16:9:14:16 chr11 6738728 . T C 127.38 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0181094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7873;QD=11.3223;RBI=0.0580411;REFB=-0.0410873;REVB=-0.0551436;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136678;STB=0.609829;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0559783;OID=.;OPOS=6738728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:30:14:15:0.333333:7:7:11:18:7:8:11:19 chr11 6739109 . G A 885.18 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0012;QD=58.0446;RBI=0.04685;REFB=0;REVB=-0.0419333;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000689207;OID=.;OPOS=6739109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr11 6739407 . A G 596.13 PASS AF=0.857143;AO=42;DP=49;FAO=42;FDP=49;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00708349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0954;QD=48.6632;RBI=0.0219276;REFB=-0.0158731;REVB=0.020752;RO=4;SAF=35;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239667;STB=0.561766;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.01487;OID=.;OPOS=6739407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:4:7:42:42:0.857143:7:35:3:1:7:35:4:3 chr11 6739814 . C T 709.45 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.484;QD=63.0623;RBI=0.0514696;REFB=0;REVB=0.0368574;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206388;OID=.;OPOS=6739814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:1:0:41:45:1:25:16:1:0:28:17:0:0 chr11 6739822 . T C 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.42557e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8082;QD=62.9785;RBI=0.00726053;REFB=0;REVB=0.00726052;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73826e-05;OID=.;OPOS=6739822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr11 6740308 . C T 123.21 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=-0.00266909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.914;QD=16.4277;RBI=0.0369276;REFB=-0.0151076;REVB=0.036831;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480125;STB=0.749749;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0144895;OID=.;OPOS=6740308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:16:13:14:0.466667:6:7:16:0:6:8:16:0 chr11 6789929 . C A 506.23 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00291859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6329;QD=23.2751;RBI=0.0570846;REFB=0.0132131;REVB=0.05701;RO=39;SAF=27;SAR=21;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164967;STB=0.590548;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00360771;OID=.;OPOS=6789929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:39:48:48:0.551724:21:27:14:25:21:27:14:25 chr11 6790106 . T C 632.43 PASS AF=0.520661;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0150126;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7994;QD=20.9068;RBI=0.0293885;REFB=-0.0154271;REVB=0.0252648;RO=58;SAF=28;SAR=35;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336547;STB=0.518513;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0164519;OID=.;OPOS=6790106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:58:58:63:63:0.520661:35:28:28:30:35:28:28:30 chr11 6806496 . T C 416.67 PASS AF=0.494118;AO=41;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00724646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.532;QD=19.6079;RBI=0.0126067;REFB=-0.0111249;REVB=-0.0103159;RO=43;SAF=26;SAR=15;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241085;STB=0.637371;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00977471;OID=.;OPOS=6806496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:41:42:0.494118:15:26:16:27:15:27:16:27 chr11 6806827 . G T 205.96 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0266095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0296;QD=16.8131;RBI=0.0353157;REFB=-0.00256291;REVB=0.0232192;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361869;STB=0.52069;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00168102;OID=.;OPOS=6806827;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:9:12:15:13:9:12:15:13 chr11 6807163 . C G 346.27 PASS AF=0.445783;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.00593413;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.799;QD=16.6877;RBI=0.0174315;REFB=-0.00932119;REVB=0.0163903;RO=46;SAF=10;SAR=26;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130986;STB=0.565518;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0121754;OID=.;OPOS=6807163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:36:37:0.445783:26:10:18:28:27:10:17:29 chr11 6807243 . G A 256.13 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.659;QD=51.225;RBI=0.0209854;REFB=0;REVB=-0.0036225;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120726;OID=.;OPOS=6807243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:14:5:0:0:15:5:0:0 chr11 6816778 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.099;QD=46.848;RBI=0.0221302;REFB=0;REVB=-0.0119898;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40065e-05;OID=.;OPOS=6816778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr11 6891113 . A G 518.76 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.0408533;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7792;QD=17.4372;RBI=0.0564395;REFB=-0.0202318;REVB=0.0389413;RO=61;SAF=29;SAR=26;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187841;STB=0.589649;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.022747;OID=.;OPOS=6891113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:119:61:64:55:55:0.462185:26:29:20:41:26:29:23:41 chr11 6891385 . G A 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0189372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.192;QD=16.0336;RBI=0.0502131;REFB=-0.00323979;REVB=0.0465052;RO=28;SAF=15;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172587;STB=0.599893;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00393718;OID=.;OPOS=6891385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:5:15:17:11:5:15:17:11 chr11 6891528 . C G 141.9 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00787339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6204;QD=13.8443;RBI=0.0531149;REFB=-0.00632497;REVB=0.0525281;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107476;STB=0.574375;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0116719;OID=.;OPOS=6891528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:7:9:11:13:7:9:11:14 chr11 6891605 . A G 222.81 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0338903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5183;QD=18.9625;RBI=0.0339872;REFB=-0.00786866;REVB=-0.00256439;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883468;STB=0.549854;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0131157;OID=.;OPOS=6891605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:8:17:13:9:8:17 chr11 6891705 . A ATG,G 206.09 PASS AF=0.421053,0.131579;AO=16,5;DP=38;FAO=16,5;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=5,3;FSAR=11,2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0258673,0.0541329;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=136.829,93.2001;QD=21.6934;RBI=0.0295887,0.054134;REFB=-0.00788801,-0.0332597;REVB=0.0143658,-0.000341959;RO=17;SAF=5,3;SAR=11,2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.154133,0.147854;STB=0.588363,0.5996;STBP=0.352,0.679;TYPE=ins,snp;VARB=0.0102736,0.0274435;OID=.,.;OPOS=6891706,6891705;OREF=-,A;OALT=TG,G;OMAPALT=ATG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:16,5:16,5:0.421053,0.131579:11,2:5,3:8:9:11,2:5,3:8:9 chr11 6891758 . A C 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0185979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.397;QD=24.0667;RBI=0.0195832;REFB=-0.0142312;REVB=0.00613344;RO=10;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889661;STB=0.549936;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0110017;OID=.;OPOS=6891758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:10:6:5:5:10:6:5:5 chr11 6913127 . A G 40.33 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0172402;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.315;QD=11.5226;RBI=0.0181463;REFB=0.0011638;REVB=0.00566234;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542893;STB=0.832221;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00704449;OID=.;OPOS=6913127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:15:14:8:8:6:6:0.428571:1:5:2:6:1:5:2:6 chr11 6913244 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.801;QD=58.1401;RBI=0.0454668;REFB=0;REVB=-0.0226727;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1566e-05;OID=.;OPOS=6913244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr11 6942476 . C A 211.72 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0257025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9081;QD=19.6948;RBI=0.0259956;REFB=-0.0129557;REVB=-0.00389309;RO=22;SAF=14;SAR=6;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139349;STB=0.592512;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00990949;OID=.;OPOS=6942476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:22:20:21:0.488372:6:14:18:4:7:14:18:4 chr11 6942695 . C T 257.21 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00662517;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.778;QD=16.5939;RBI=0.0134293;REFB=0.00861987;REVB=-0.0116814;RO=30;SAF=9;SAR=19;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800866;STB=0.583881;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0110997;OID=.;OPOS=6942695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:33:28:29:0.467742:19:9:12:18:20:9:15:18 chr11 6942726 . G C 251.64 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0629472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.7884;QD=17.0602;RBI=0.0666115;REFB=0.00894214;REVB=0.0217888;RO=31;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037623;STB=0.521112;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00974771;OID=.;OPOS=6942726;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:17:11:11:20:17:11:11:20 chr11 6953858 . A G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0124844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3848;QD=11.0195;RBI=0.0181379;REFB=-0.0213758;REVB=-0.0131576;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912889;STB=0.555379;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0308009;OID=.;OPOS=6953858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:2:6:4:2:2:6 chr11 6976988 . A T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.863;QD=54.5176;RBI=0.0134018;REFB=0;REVB=0.00728636;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8703e-05;OID=.;OPOS=6976988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr11 7022038 . A G 220.73 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00541159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2673;QD=12.0946;RBI=0.0161595;REFB=0.00900028;REVB=0.0152265;RO=46;SAF=16;SAR=11;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942966;STB=0.554088;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0146801;OID=.;OPOS=7022038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:11:16:31:15:11:16:31:15 chr11 7022160 . A G 1026.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.201;QD=59.5197;RBI=0.0635318;REFB=0;REVB=0.0562341;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21908e-05;OID=.;OPOS=7022160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:62:69:0:0:62:69:1:31:31:0:0:38:31:0:0 chr11 7022531 . A T 1304.22 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161839;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.422;QD=62.1056;RBI=0.0187644;REFB=0;REVB=0.00949645;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91644e-05;OID=.;OPOS=7022531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:37:47:0:0:37:47:0:0 chr11 7022717 . T C 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.77;QD=56.9352;RBI=0.0162893;REFB=0;REVB=0.0135304;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2647e-05;OID=.;OPOS=7022717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr11 7059960 . A C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.123;QD=62.6704;RBI=0.0588924;REFB=0;REVB=0.0308919;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401312;OID=.;OPOS=7059960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr11 7063755 . C T 1137.82 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00355455;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.31;QD=60.6837;RBI=0.00659792;REFB=0;REVB=0.00555857;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452896;OID=.;OPOS=7063755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:29:45:0:0:28:47:0:0 chr11 7071031 . G A 938.2 PASS AF=0.932432;AO=64;DP=70;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0441156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6374;QD=50.7136;RBI=0.0515401;REFB=-0.152089;REVB=-0.0266496;RO=5;SAF=27;SAR=37;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798008;STB=0.537303;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0164103;OID=.;OPOS=7071031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:70:74:5:5:64:69:0.932432:37:27:5:0:38:31:5:0 chr11 7079038 . G A 1977.29 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.568;QD=61.7903;RBI=0.0299339;REFB=0;REVB=-0.0201653;RO=0;SAF=62;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.74741e-06;OID=.;OPOS=7079038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:65:62:0:0:66:62:0:0 chr11 7110363 . G A 627.34 PASS AF=0.481203;AO=64;DP=133;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=0.0184417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.694;QD=18.8675;RBI=0.0198251;REFB=-0.011973;REVB=-0.00727598;RO=69;SAF=31;SAR=33;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129833;STB=0.571741;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0103714;OID=.;OPOS=7110363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:69:69:64:64:0.481203:33:31:43:26:33:31:43:26 chr11 7324475 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.134;QD=63.2864;RBI=0.0160637;REFB=0;REVB=-2.47651e-05;RO=0;SAF=9;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07329e-05;OID=.;OPOS=7324475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:37:9:0:0:37:9:0:0 chr11 7335424 . C G 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00308722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.068;QD=10.1573;RBI=0.00896735;REFB=-0.0139574;REVB=0.00841917;RO=31;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136891;STB=0.582161;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.040354;OID=.;OPOS=7335424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:6:8:14:17:6:8:14:17 chr11 7509566 . A T 250.69 PASS AF=0.605263;AO=22;DP=37;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.11528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.224;QD=26.3886;RBI=0.115332;REFB=-0.0100134;REVB=0.00347353;RO=13;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100496;STB=0.557554;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00661618;OID=.;OPOS=7509566;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:13:15:22:23:0.605263:12:10:4:9:12:11:5:10 chr11 7619518 . T C 1718.0 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.471;QD=59.7566;RBI=0.043116;REFB=-0.0862159;REVB=0.0428207;RO=0;SAF=65;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1061e-05;OID=.;OPOS=7619518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:115:115:0:0:114:115:1:49:65:0:0:50:65:0:0 chr11 7661047 . TCTC T 326.41 PASS AF=0.539683;AO=30;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0157087;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=3;MLLD=243.319;QD=20.7242;RBI=0.0180515;REFB=-0.0287095;REVB=-0.00889339;RO=27;SAF=23;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309741;STB=0.627688;STBP=0.041;TYPE=del;VARB=0.0302932;OID=.;OPOS=7661048;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.539683:30:62:34:63:29:24:10:13:16:99:27:23:7:12:15 chr11 7670440 . A G 1525.45 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.76;QD=59.8217;RBI=0.0164545;REFB=0;REVB=0.0149335;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58789e-05;OID=.;OPOS=7670440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:52:50:0:0:52:50:0:0 chr11 7674823 . T C 396.51 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0182339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5092;QD=17.8209;RBI=0.0182853;REFB=-0.00383029;REVB=-0.00136896;RO=48;SAF=15;SAR=26;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519152;STB=0.529055;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00745304;OID=.;OPOS=7674823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:26:15:20:28:26:15:20:28 chr11 7687715 . T C 462.53 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0113205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.613;QD=19.0735;RBI=0.0113415;REFB=-0.0165932;REVB=-0.000690623;RO=51;SAF=21;SAR=25;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239942;STB=0.513349;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0189753;OID=.;OPOS=7687715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:25:21:22:29:25:21:22:29 chr11 7710877 . C T 206.08 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0285747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.315;QD=16.8227;RBI=0.0285853;REFB=-0.00922247;REVB=0.000777331;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719406;STB=0.541137;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0128108;OID=.;OPOS=7710877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:12:9:14:14:12:9:14:14 chr11 7712471 . C T 399.06 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.014426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.842;QD=23.8242;RBI=0.0197226;REFB=-0.00147026;REVB=0.0134489;RO=28;SAF=17;SAR=22;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763455;STB=0.541934;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.000858015;OID=.;OPOS=7712471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:22:17:15:13:22:17:15:13 chr11 7716855 . T A 1555.65 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8906;QD=58.7038;RBI=0.0396333;REFB=-0.0370646;REVB=0.0149041;RO=1;SAF=76;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0062042;STB=0.503267;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00239654;OID=.;OPOS=7716855;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:29:76:1:0:29:76:1:0 chr11 7717219 . A T 118.97 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00886189;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=283.381;QD=33.9914;RBI=0.0533053;REFB=-0.16079;REVB=0.0525635;RO=2;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436083;STB=0.749461;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00242076;OID=.;OPOS=7717219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:1:11:0:2:1:11:0:2 chr11 7721870 . G A 2026.68 PASS AF=0.964539;AO=134;DP=141;FAO=136;FDP=141;FR=.;FRO=5;FSAF=75;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0502734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.729;QD=57.4945;RBI=0.0794959;REFB=-0.11024;REVB=0.0615807;RO=7;SAF=74;SAR=60;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117634;STB=0.505422;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00781218;OID=.;OPOS=7721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:141:141:7:5:134:136:0.964539:60:74:3:4:61:75:2:3 chr11 7721974 . C T 550.84 PASS AF=0.5;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0394574;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.206;QD=19.3278;RBI=0.041167;REFB=-0.0302138;REVB=0.0117404;RO=52;SAF=27;SAR=30;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726989;STB=0.517554;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0249963;OID=.;OPOS=7721974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:52:57:57:57:0.5:30:27:29:23:30:27:29:28 chr11 7727872 . T C 457.05 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0224178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.71;QD=23.1417;RBI=0.0224375;REFB=-0.0240462;REVB=-0.000940079;RO=35;SAF=17;SAR=27;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128507;STB=0.570725;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0143825;OID=.;OPOS=7727872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:27:17:19:16:27:17:19:16 chr11 7727886 . C T 319.95 PASS AF=0.4375;AO=34;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00397003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.931;QD=15.9974;RBI=0.00910985;REFB=-0.000967176;REVB=-0.00819928;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123564;STB=0.57647;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00327855;OID=.;OPOS=7727886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:34:35:0.4375:17:17:17:28:17:18:17:28 chr11 7749695 . C T 430.69 PASS AF=0.5;AO=44;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00164349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.525;QD=20.0322;RBI=0.00241367;REFB=-0.0127905;REVB=0.00176769;RO=42;SAF=17;SAR=27;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164863;STB=0.605862;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0091363;OID=.;OPOS=7749695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:43:44:43:0.5:27:17:24:18:27:16:25:18 chr11 7847208 . T C 727.62 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.737;QD=63.2716;RBI=0.0217081;REFB=0;REVB=-0.0182133;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174695;OID=.;OPOS=7847208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr11 7847466 . A G 173.27 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.398;QD=46.2044;RBI=0.0198461;REFB=0;REVB=0.0177595;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000950506;OID=.;OPOS=7847466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:12:2:0:0:12:3:0:0 chr11 7847472 . C T 133.1 PASS AF=0.928571;AO=9;DP=12;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0226552;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.996;QD=38.0294;RBI=0.0324295;REFB=0.0871158;REVB=0.0232038;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523774;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.000714253;OID=.;OPOS=7847472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:14:0:1:9:13:0.928571:8:1:0:0:10:3:0:1 chr11 7871011 . A G,T 1565.58 PASS AF=0.935185,0.0555556;AO=99,7;DP=107;FAO=101,6;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=46,4;FSAR=55,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00995654,-0.0132485;FXX=0.052627;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.0217,169.259;QD=57.9843;RBI=0.0439604,0.0196302;REFB=-0.0760209,-0.0201579;REVB=0.0428181,-0.0144853;RO=0;SAF=45,4;SAR=54,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.505375,0.555378;STBP=0.276,0.618;TYPE=snp,snp;VARB=0.0162616,0.0548781;OID=.,.;OPOS=7871011,7871011;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:107:108:0:1:99,7:101,6:0.935185,0.0555556:54,3:45,4:0:0:55,2:46,4:1:0 chr11 7949350 . A G 1824.98 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0023955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.679;QD=60.3299;RBI=0.00240508;REFB=-0.214729;REVB=0.000214492;RO=1;SAF=64;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736466;STB=0.503875;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-7.51929e-06;OID=.;OPOS=7949350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:56:64:1:0:56:64:1:0 chr11 7949791 . A C 177.03 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0241862;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.7838;QD=21.4583;RBI=0.0248071;REFB=0.037917;REVB=0.00551534;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125302;STB=0.520525;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.0333731;OID=.;OPOS=7949791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:15:18:18:0.545455:10:8:6:8:10:8:6:9 chr11 7949860 . G A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00262225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.929;QD=17.1565;RBI=0.00279648;REFB=-0.00787521;REVB=-0.000971634;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610493;STB=0.534843;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0127967;OID=.;OPOS=7949860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:13:7:7:10:13:7 chr11 7950024 . A G 189.06 PASS AF=0.527778;AO=20;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.046711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.2683;QD=21.0069;RBI=0.0502462;REFB=-0.0117289;REVB=-0.0185139;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992364;STB=0.529381;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0107164;OID=.;OPOS=7950024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:20:19:0.527778:10:10:10:6:9:10:10:7 chr11 7961130 . C T 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00518865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.883;QD=20.7383;RBI=0.00588292;REFB=-0.00501779;REVB=-0.00277248;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156805;STB=0.58814;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00355688;OID=.;OPOS=7961130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:9:9:5:11:9:9:5:11 chr11 8014479 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0115269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.77;QD=9.11043;RBI=0.0455618;REFB=-0.00857892;REVB=0.0440796;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106688;STB=0.583131;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0134482;OID=.;OPOS=8014479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:4:4:9:6:4:4:10:6 chr11 8115663 . G A 414.37 PASS AF=0.488372;AO=41;DP=85;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.010074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.206;QD=19.273;RBI=0.0106621;REFB=-0.0269022;REVB=-0.00349222;RO=44;SAF=14;SAR=27;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235861;STB=0.634855;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0281871;OID=.;OPOS=8115663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:44:44:41:42:0.488372:27:14:26:18:28:14:26:18 chr11 8123499 . G A 423.26 PASS AF=0.525;AO=41;DP=79;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.00410616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.431;QD=21.1629;RBI=0.0155849;REFB=-0.0170244;REVB=-0.0150342;RO=38;SAF=32;SAR=9;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836912;STB=0.549975;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0136388;OID=.;OPOS=8123499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:38:38:41:42:0.525:9:32:27:11:9:33:27:11 chr11 8127495 . T C 465.12 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0268724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7007;QD=19.5842;RBI=0.0941695;REFB=-0.00345286;REVB=-0.0902539;RO=48;SAF=14;SAR=32;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740533;STB=0.548835;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00258413;OID=.;OPOS=8127495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:49:46:46:0.484211:32:14:18:30:32:14:19:30 chr11 8159892 . G T 333.35 PASS AF=0.467532;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00557721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.498;QD=17.3168;RBI=0.0116368;REFB=-0.00932364;REVB=-0.0102133;RO=41;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686337;STB=0.530847;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0116482;OID=.;OPOS=8159892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:35:36:0.467532:17:18:24:17:17:19:24:17 chr11 8174966 . G A 161.67 PASS AF=0.409091;AO=16;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0658013;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.24;QD=14.6972;RBI=0.0664906;REFB=0.00809;REVB=-0.00954901;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127951;STB=0.597587;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00917471;OID=.;OPOS=8174966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:16:18:0.409091:11:5:11:15:13:5:11:15 chr11 8251921 . G C 399.29 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0218372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.317;QD=15.3572;RBI=0.0218552;REFB=-0.0303429;REVB=0.00088647;RO=59;SAF=23;SAR=22;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368969;STB=0.520708;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0380482;OID=.;OPOS=8251921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:22:23:28:31:22:23:28:31 chr11 8486310 . C A 422.95 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00600854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.835;QD=18.3893;RBI=0.0068438;REFB=-0.0419688;REVB=0.00327644;RO=49;SAF=27;SAR=16;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964558;STB=0.553893;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0439849;OID=.;OPOS=8486310;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:16:27:26:23:16:27:26:23 chr11 8671369 . C T 526.46 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0135387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9303;QD=21.9359;RBI=0.0137209;REFB=-0.00840367;REVB=-0.00222826;RO=45;SAF=26;SAR=24;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458084;STB=0.530379;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0105773;OID=.;OPOS=8671369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:46:50:50:0.520833:24:26:21:24:24:26:21:25 chr11 8693405 . G A,T 1410.6 PASS AF=0.505155,0.474227;AO=49,46;DP=97;FAO=49,46;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=22,23;FSAR=27,23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0262115,-0.0287549;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=124.397,108.189;QD=58.169;RBI=0.0297602,0.032157;REFB=0.00531658,-0.00209657;REVB=-0.0140936,-0.0143953;RO=2;SAF=22,23;SAR=27,23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00380022,0;STB=0.50202,0.5;STBP=0.886,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0101321,0.0280469;OID=.,.;OPOS=8693405,8693405;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:97:97:2:2:49,46:49,46:0.505155,0.474227:27,23:22,23:1:1:27,23:22,23:1:1 chr11 8715262 . T TCAGG 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00484038;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=315.928;QD=14.6539;RBI=0.0224757;REFB=-0.0319481;REVB=-0.0219483;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128818;STB=0.576719;STBP=0.614;TYPE=ins;VARB=0.0353811;OID=.;OPOS=8715263;OREF=-;OALT=CAGG;OMAPALT=TCAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:8:16:8:16:8:6:2:5:3:55:8:6:2:5:3 chr11 8717003 . C T 304.19 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0208867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.979;QD=19.9466;RBI=0.0315196;REFB=-0.0222208;REVB=-0.0236057;RO=29;SAF=24;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286858;STB=0.660443;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0114569;OID=.;OPOS=8717003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:8:24:13:16:8:24:13:16 chr11 8751889 . C G 123.11 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0159221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7303;QD=16.4146;RBI=0.0411024;REFB=0.0108481;REVB=0.0378932;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786514;STB=0.545388;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.0280818;OID=.;OPOS=8751889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:7:9:9:5:7:9 chr11 8788168 . A T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.923;QD=59.3227;RBI=0.00349242;REFB=0;REVB=-0.00283188;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01912e-06;OID=.;OPOS=8788168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:44:24:0:0:44:24:0:0 chr11 8788225 . A C 782.02 PASS AF=1;AO=44;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.742;QD=56.874;RBI=0.0649608;REFB=0;REVB=0.0262911;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630159;OID=.;OPOS=8788225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:44:55:1:29:15:0:0:36:19:0:0 chr11 8866808 . C G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00528606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.097;QD=20.601;RBI=0.0249655;REFB=-0.0165665;REVB=-0.0243995;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682328;STB=0.538423;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0147948;OID=.;OPOS=8866808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:8:11:10:10:8:11 chr11 8938934 . C T 215.63 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0591583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6355;QD=15.132;RBI=0.0701382;REFB=-0.0157978;REVB=-0.0376784;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173804;STB=0.59825;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0318583;OID=.;OPOS=8938934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:12:13:11:21:12:13:11:21 chr11 8942942 . C T 631.42 PASS AF=0.492308;AO=64;DP=130;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.00198961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.09;QD=19.4283;RBI=0.0032698;REFB=-0.0122342;REVB=0.00259481;RO=66;SAF=35;SAR=29;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126134;STB=0.569629;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0127402;OID=.;OPOS=8942942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:66:66:64:64:0.492308:29:35:27:39:29:35:27:39 chr11 8942999 . G A 2101.46 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.368;QD=62.7301;RBI=0.0269648;REFB=0;REVB=0.00809392;RO=0;SAF=56;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.07652e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77374e-05;OID=.;OPOS=8942999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:134:0:0:130:134:1:74:56:0:0:74:60:0:0 chr11 8947019 . CAA CA,CAG,CCA 358.55 PASS AF=0.0384615,0.961538,0;AO=3,21,2;DP=27;FAO=1,25,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,0;FSAR=1,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102272,0.177414,-0.0574585;FXX=0.0370233;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=27.1593,48.9727,12.6499;QD=55.1622;RBI=0.102724,0.183578,0.0783978;REFB=0,0,0;REVB=0.00963434,-0.0471719,-0.0533362;RO=0;SAF=3,4,1;SAR=0,17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.45803e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00809391,0.0020219,0.0727002;OID=.,.,.;OPOS=8947020,8947021,8947020;OREF=A,A,A;OALT=-,G,C;OMAPALT=CA,CAG,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0384615,0.961538,0:3,21,2:27:1,25,0:26:0:0,8,0:1,17,0:0:0:4:0:3,4,1:0,17,1:0:0 chr11 8947179 . G A 328.68 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00603175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.25;QD=18.0097;RBI=0.032659;REFB=-0.0181091;REVB=-0.0320972;RO=36;SAF=18;SAR=17;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139062;STB=0.562026;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0159717;OID=.;OPOS=8947179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:38:35:35:0.479452:17:18:13:23:17:18:15:23 chr11 8947283 . G C 318.49 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0400524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0014;QD=15.9242;RBI=0.0423625;REFB=-0.0122949;REVB=0.013798;RO=44;SAF=12;SAR=23;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13986;STB=0.573653;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.016725;OID=.;OPOS=8947283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:45:35:35:0.4375:23:12:21:23:23:12:21:24 chr11 8948680 . A T 187.56 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00482334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6569;QD=20.277;RBI=0.00491748;REFB=0.00198702;REVB=0.000957608;RO=17;SAF=4;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215217;STB=0.642691;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00115862;OID=.;OPOS=8948680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:19:19:0.513514:15:4:7:10:15:4:8:10 chr11 8959370 . G A 435.01 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.019275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.868;QD=20.9642;RBI=0.0310042;REFB=-0.0186321;REVB=0.0242844;RO=39;SAF=19;SAR=24;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105184;STB=0.552164;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0203958;OID=.;OPOS=8959370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:40:43:43:0.518072:24:19:22:17:24:19:22:18 chr11 8959511 . T G 651.91 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00268361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.615;QD=54.3254;RBI=0.00459398;REFB=-0.188983;REVB=0.00372865;RO=4;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694461;STB=0.53702;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0029597;OID=.;OPOS=8959511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:48:48:4:4:44:44:0.916667:25:19:0:4:25:19:0:4 chr11 8959545 . C A 94.23 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00198167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0475;QD=10.4705;RBI=0.00686032;REFB=-0.00909335;REVB=-0.00656788;RO=24;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256683;STB=0.657594;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0103319;OID=.;OPOS=8959545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:10:2:8:16:10:2:8:16 chr11 8968878 . GAGGACAT G 67.24 PASS AF=0.36;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00393552;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=7;MLLD=307.797;QD=10.7579;RBI=0.00951186;REFB=-0.00329062;REVB=0.00865952;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237275;STB=0.648314;STBP=0.281;TYPE=del;VARB=0.00605453;OID=.;OPOS=8968879;OREF=AGGACAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:8:27:9:25:16:6:3:7:9:67:15:5:3:6:9 chr11 9005036 . T A 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.01;QD=62.0071;RBI=0.0226164;REFB=0;REVB=0.00386174;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68463e-05;OID=.;OPOS=9005036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr11 9009175 . A G 91.2 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0311127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6463;QD=17.3723;RBI=0.0313432;REFB=-0.0262998;REVB=0.0037943;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278546;STB=0.516099;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0248334;OID=.;OPOS=9009175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:3:7:8:3:3:7 chr11 9045960 . T A 651.59 PASS AF=0.503817;AO=64;DP=129;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0150015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.003;QD=19.8958;RBI=0.0184526;REFB=-0.00585385;REVB=-0.010745;RO=64;SAF=28;SAR=36;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286431;STB=0.503495;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00840923;OID=.;OPOS=9045960;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:64:65:64:66:0.503817:36:28:30:34:36:30:30:35 chr11 9052423 . A C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.579;QD=57.8847;RBI=0.147288;REFB=0;REVB=0.0359265;RO=0;SAF=17;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347746;OID=.;OPOS=9052423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:43:17:0:0:43:17:0:0 chr11 9069046 . G A 620.09 PASS AF=0.584158;AO=59;DP=101;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0298369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.998;QD=24.558;RBI=0.0568069;REFB=-0.0208492;REVB=0.0483403;RO=42;SAF=22;SAR=37;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207146;STB=0.613083;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0156886;OID=.;OPOS=9069046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:42:42:59:59:0.584158:37:22:27:15:37:22:27:15 chr11 9225486 . C G 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0240948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.325;QD=16.0718;RBI=0.02976;REFB=-0.0140619;REVB=-0.0174671;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17971;STB=0.601217;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0190998;OID=.;OPOS=9225486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:12:17:14:21:12:17:14:21 chr11 9228785 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0695876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1724;QD=16.9312;RBI=0.0731682;REFB=-0.0111307;REVB=-0.0226084;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351049;STB=0.6997;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00377368;OID=.;OPOS=9228785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:2:10:5:7:2:10 chr11 9316937 . G A 730.88 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2644;QD=56.2217;RBI=0.0123329;REFB=0;REVB=0.0110479;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366643;OID=.;OPOS=9316937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr11 9406349 . T C 1513.38 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.436;QD=59.9358;RBI=0.0375733;REFB=0;REVB=0.0119999;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44254e-05;OID=.;OPOS=9406349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:52:48:0:0:52:49:0:0 chr11 9537904 . G C 642.36 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00800265;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.115;QD=59.7545;RBI=0.0115913;REFB=-0.06036;REVB=0.00838542;RO=1;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149055;STB=0.507933;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000210474;OID=.;OPOS=9537904;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:42:42:0.976744:31:11:0:1:31:11:0:1 chr11 9754221 . C T 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0261414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.635;QD=15.1565;RBI=0.0291063;REFB=-0.00570323;REVB=-0.0127985;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155735;STB=0.577026;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00626205;OID=.;OPOS=9754221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:13:12:10:21:13:12:11:21 chr11 9769483 . C T 251.4 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.027248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0634;QD=20.5228;RBI=0.02755;REFB=-0.030961;REVB=-0.00406797;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772338;STB=0.555508;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0264245;OID=.;OPOS=9769483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:15:9:11:13:15:9:12:13 chr11 9769562 . C G 286.45 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00648593;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4596;QD=19.0964;RBI=0.0207165;REFB=-0.00868821;REVB=-0.019675;RO=29;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190724;STB=0.519987;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0112236;OID=.;OPOS=9769562;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:29:30:31:0.516667:18:12:11:18:18:13:11:18 chr11 9771886 . TCAAAA T 66.97 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00539845;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=5;MLLD=212.381;QD=9.92198;RBI=0.00590927;REFB=-0.000518324;REVB=0.00240338;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162992;STB=0.863988;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=0.00189687;OID=.;OPOS=9771887;OREF=CAAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:27:9:27:18:1:8:11:7:66:8:1:6:2:6 chr11 9800601 . G A 769.93 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.26;QD=57.032;RBI=0.0278054;REFB=0;REVB=-0.0155817;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23744e-06;OID=.;OPOS=9800601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:28:26:0:0 chr11 9800821 . T C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0178329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8095;QD=11.4395;RBI=0.0304752;REFB=0.00230235;REVB=0.0247128;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127938;STB=0.576152;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00488289;OID=.;OPOS=9800821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:5:8:12:12:5:8:12:12 chr11 10521764 . T C 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.0106243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.886;QD=16.3499;RBI=0.0237135;REFB=-0.0191005;REVB=0.0212003;RO=42;SAF=23;SAR=11;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374764;STB=0.709971;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0125243;OID=.;OPOS=10521764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:11:23:12:30:11:23:12:30 chr11 10533952 . T C 419.42 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0214713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.477;QD=25.8101;RBI=0.0372697;REFB=-0.00370166;REVB=0.0304634;RO=25;SAF=10;SAR=30;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972526;STB=0.55337;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00438969;OID=.;OPOS=10533952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:30:10:9:16:30:10:9:16 chr11 10555589 . A G 531.59 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.00974297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5143;QD=22.8639;RBI=0.0146202;REFB=0.0166163;REVB=0.0109007;RO=43;SAF=26;SAR=24;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111104;STB=0.561015;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0144767;OID=.;OPOS=10555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:24:26:28:15:24:26:28:15 chr11 10597081 . G A 293.53 PASS AF=0.357895;AO=33;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00972428;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.933;QD=12.3592;RBI=0.0103504;REFB=-0.0227577;REVB=-0.00354522;RO=45;SAF=13;SAR=20;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988097;STB=0.602559;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0315057;OID=.;OPOS=10597081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:61:33:34:0.357895:20:13:22:23:21:13:33:28 chr11 10647702 . G A 595.92 PASS AF=0.426752;AO=66;DP=156;FAO=67;FDP=157;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=-0.0101646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.175;QD=15.1826;RBI=0.0107312;REFB=-0.0180039;REVB=0.00344073;RO=90;SAF=30;SAR=36;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453703;STB=0.52133;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0235201;OID=.;OPOS=10647702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:90:90:66:67:0.426752:36:30:37:53:37:30:37:53 chr11 10650329 . C T 304.02 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00300085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0915;QD=48.6434;RBI=0.0124589;REFB=-0.0659722;REVB=0.0120921;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370176;STB=0.518503;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0250602;OID=.;OPOS=10650329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:25:1:1:23:24:0.96:12:11:0:1:13:11:0:1 chr11 10655609 . C T 1227.4 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3469;QD=61.37;RBI=0.0787133;REFB=0;REVB=-0.0597611;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.52466e-05;OID=.;OPOS=10655609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr11 10673739 . T C,G 3748.94 PASS AF=0.940711,0.0474308;AO=236,14;DP=255;FAO=238,12;FDP=253;FR=.;FRO=3;FSAF=105,12;FSAR=133,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0116285,-0.0240787;FXX=0.00784283;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.819,81.4409;QD=59.2718;RBI=0.0213131,0.0286169;REFB=-0.0232702,-0.00787092;REVB=0.0178613,-0.0154642;RO=2;SAF=103,14;SAR=133,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00711228,0.844806;STB=0.501362,0.998543;STBP=0.728,0.015;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00074284,0.0393813;OID=.,.;OPOS=10673739,10673739;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:255:253:2:3:236,14:238,12:0.940711,0.0474308:133,0:103,14:0:2:133,0:105,12:1:2 chr11 10715124 . T C 767.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.489;QD=63.9249;RBI=0.052114;REFB=0;REVB=0.0483229;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56725e-05;OID=.;OPOS=10715124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:21:27:0:0 chr11 10786175 . C T 1328.16 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00110677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3223;QD=59.6924;RBI=0.0326608;REFB=0.0347124;REVB=-0.0326421;RO=2;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019332;STB=0.510202;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.000763058;OID=.;OPOS=10786175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:48:39:0:2:48:39:0:2 chr11 10822350 . C T 1896.39 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.417;QD=61.6711;RBI=0.018972;REFB=0;REVB=0.0180783;RO=0;SAF=64;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65645e-05;OID=.;OPOS=10822350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:59:64:0:0:59:64:0:0 chr11 10823079 . T C 116.59 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00354319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2276;QD=12.6043;RBI=0.0347384;REFB=-0.0146228;REVB=0.0345573;RO=23;SAF=2;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314221;STB=0.689337;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0267721;OID=.;OPOS=10823079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:12:2:8:15:12:2:8:15 chr11 10828361 . C A 226.78 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0137287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.869;QD=13.5394;RBI=0.0169222;REFB=-0.00413143;REVB=0.0098936;RO=39;SAF=16;SAR=11;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526227;STB=0.535937;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00856476;OID=.;OPOS=10828361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:40:27:27:0.402985:11:16:25:14:11:16:26:14 chr11 11373508 . T C 375.55 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000524119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8493;QD=55.6376;RBI=0.0174523;REFB=0;REVB=0.0174444;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339095;OID=.;OPOS=11373508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr11 11373587 . A G 1055.75 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.855;QD=59.4791;RBI=0.017494;REFB=0;REVB=0.00575039;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76668e-06;OID=.;OPOS=11373587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:32:38:0:0:33:38:0:0 chr11 11373635 . C T 1423.22 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137531;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3211;QD=63.2541;RBI=0.0138131;REFB=0;REVB=-0.00128609;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420585;OID=.;OPOS=11373635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr11 11373808 . T G 1512.13 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217467;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.22;QD=59.8863;RBI=0.0350723;REFB=0;REVB=-0.0275163;RO=0;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.5275e-07;OID=.;OPOS=11373808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:99:101:1:55:44:0:0:55:46:0:0 chr11 11373925 . A C 1405.45 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.017837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.251;QD=60.4494;RBI=0.0356377;REFB=0.0743715;REVB=-0.0308527;RO=2;SAF=55;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00444396;STB=0.502345;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0022304;OID=.;OPOS=11373925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:2:2:91:91:0.978495:36:55:1:1:36:55:1:1 chr11 11373960 . C T 448.36 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.023618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.326;QD=18.6818;RBI=0.0385963;REFB=-0.0198895;REVB=-0.0305264;RO=51;SAF=20;SAR=25;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227636;STB=0.62637;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0319217;OID=.;OPOS=11373960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:25:20:35:16:25:20:35:16 chr11 11374016 . T A 1471.1 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.207;QD=63.2732;RBI=0.0237504;REFB=0;REVB=-0.00666512;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4099e-05;OID=.;OPOS=11374016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:43:49:0:0:44:49:0:0 chr11 11374269 . A G 687.63 PASS AF=0.507463;AO=68;DP=134;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=0.065976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.566;QD=20.5263;RBI=0.0660168;REFB=-0.015518;REVB=-0.00232108;RO=64;SAF=32;SAR=36;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162798;STB=0.595791;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0113446;OID=.;OPOS=11374269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:64:66:68:68:0.507463:36:32:42:22:36:32:44:22 chr11 11374283 . T G 2269.27 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=153;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264151;FXX=0.013071;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.717;QD=60.1132;RBI=0.0264223;REFB=0.0190875;REVB=-0.000617592;RO=1;SAF=86;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549902;STB=0.50289;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=4.62889e-05;OID=.;OPOS=11374283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:151:1:1:150:150:0.993377:64:86:1:0:64:86:1:0 chr11 11913585 . G T 1134.48 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00493231;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=301.04;QD=56.7242;RBI=0.0115568;REFB=-0.0822957;REVB=-0.0104515;RO=2;SAF=40;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00093444;STB=0.505529;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.000241925;OID=.;OPOS=11913585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:2:3:77:77:0.9625:37:40:1:1:37:40:2:1 chr11 11976628 . G A 541.53 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0449502;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8165;QD=20.828;RBI=0.0533496;REFB=0.0257893;REVB=-0.0287343;RO=49;SAF=22;SAR=33;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726695;STB=0.503999;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0225883;OID=.;OPOS=11976628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:49:49:55:55:0.528846:33:22:20:29:33:22:20:29 chr11 11986061 . T C 1008.03 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.578;QD=59.2961;RBI=0.0299805;REFB=0;REVB=0.00544176;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6391e-05;OID=.;OPOS=11986061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:37:29:0:0:38:30:0:0 chr11 12023771 . AAC A,AA,AAA 227.87 PASS AF=0.0833333,0.333333,0.0333333;AO=8,11,13;DP=68;FAO=5,20,2;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=4,12,2;FSAR=1,8,0;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00348175,0.00203404,0.000817289;FXX=0.0322529;HRUN=6,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=215.342,218.84,217.819;QD=15.191;RBI=0.0157107,0.0117399,0.00985072;REFB=-0.00854197,-0.00733546,-0.0067692;REVB=-0.0153201,-0.0115624,-0.00981676;RO=34;SAF=4,9,6;SAR=4,2,7;SRF=19;SRR=15;SSEN=0.55102,0,0;SSEP=0.391304,0,0;SSSB=-0.0713609,0.36049,-0.114477;STB=0.721919,0.515609,0.99406;STBP=0.341,0.886,0.198;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00414657,0.0105379,0.0173943;OID=.,.,.;OPOS=12023772,12023773,12023773;OREF=AC,C,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0833333,0.333333,0.0333333:8,11,13:68:5,20,2:60:33:4,12,2:1,8,0:19:14:71:34:4,9,6:4,2,7:19:15 chr11 12225946 . T G 384.85 PASS AF=0.352941;AO=33;DP=103;FAO=36;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00187777;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.085;QD=15.092;RBI=0.00792456;REFB=-0.0192845;REVB=0.00769887;RO=58;SAF=22;SAR=11;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173283;STB=0.611876;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0274095;OID=.;OPOS=12225946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:58:57:33:36:0.352941:11:22:30:28:12:24:28:29 chr11 12246233 . G C 1253.54 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0195506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2967;QD=58.9901;RBI=0.0214699;REFB=0.0570758;REVB=-0.00887313;RO=2;SAF=37;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249103;STB=0.513155;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0283312;OID=.;OPOS=12246233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:46:37:2:0:46:37:2:0 chr11 12285090 . C T 1116.81 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.923;QD=60.3683;RBI=0.0683017;REFB=0;REVB=0.0625986;RO=0;SAF=53;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103297;OID=.;OPOS=12285090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:74:0:0:70:74:1:17:53:0:0:19:55:0:0 chr11 12315186 . G A 1102.87 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378509;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.748;QD=60.4313;RBI=0.0462218;REFB=0;REVB=-0.0265286;RO=0;SAF=21;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84448e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204156;OID=.;OPOS=12315186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:73:0:0:72:73:1:51:21:0:0:52:21:0:0 chr11 12315407 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.0699;QD=46.8478;RBI=0.0358107;REFB=0;REVB=0.0348943;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101072;OID=.;OPOS=12315407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr11 12315715 . C CT 263.22 PASS AF=1;AO=3;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135606;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=177.442;QD=43.8698;RBI=0.135819;REFB=0;REVB=0.0076022;RO=22;SAF=1;SAR=2;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00429133;OID=.;OPOS=12315716;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:25:24:24:0:15:9:0:0:4:22:1:2:14:8 chr11 12315716 . C T 276.56 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0341645;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.08;QD=46.0934;RBI=0.0429217;REFB=-0.00354778;REVB=0.025982;RO=2;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102305;STB=0.555504;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000266045;OID=.;OPOS=12315716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:25:24:2:2:22:22:0.916667:8:14:0:2:8:14:0:2 chr11 12315848 . C T 239.31 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.097014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6038;QD=50.3806;RBI=0.0974714;REFB=0;REVB=-0.00943194;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140282;OID=.;OPOS=12315848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr11 12315891 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.135;QD=48.7364;RBI=0.0434372;REFB=0;REVB=0.00282471;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294374;OID=.;OPOS=12315891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:7:8:0:0:7:10:0:0 chr11 12315915 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.014;QD=51.9166;RBI=0.027837;REFB=0;REVB=-0.00756207;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38702e-05;OID=.;OPOS=12315915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr11 12534707 . G A 479.61 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.517;QD=58.1343;RBI=0.0190419;REFB=0;REVB=0.0159121;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127434;OID=.;OPOS=12534707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:18:15:0:0 chr11 12550685 . C T 972.65 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.801;QD=58.9483;RBI=0.0185923;REFB=0;REVB=0.0167125;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94001e-05;OID=.;OPOS=12550685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:44:22:0:0:44:22:0:0 chr11 12903443 . C T 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.507;QD=59.8363;RBI=0.0216948;REFB=0;REVB=-0.00201646;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61899e-05;OID=.;OPOS=12903443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr11 13398129 . T A 1304.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000411656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.694;QD=61.3676;RBI=0.0598944;REFB=0;REVB=0.0598929;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51939e-05;OID=.;OPOS=13398129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:85:0:0:81:85:1:34:47:0:0:38:47:0:0 chr11 13441126 . A G 459.8 PASS AF=0.54321;AO=43;DP=83;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.016342;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.816;QD=22.706;RBI=0.0265797;REFB=-0.0217327;REVB=-0.0209623;RO=36;SAF=23;SAR=20;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747175;STB=0.528871;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0130234;OID=.;OPOS=13441126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:36:37:43:44:0.54321:20:23:16:20:21:23:17:20 chr11 13443250 . C T 191.93 PASS AF=0.369231;AO=23;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0105779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.65;QD=11.8112;RBI=0.0226501;REFB=-0.015649;REVB=-0.0200283;RO=41;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227027;STB=0.527863;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0273282;OID=.;OPOS=13443250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:23:24:0.369231:13:10:17:24:13:11:17:24 chr11 13929046 . T A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.466;QD=55.0987;RBI=0.0248278;REFB=0;REVB=-0.0247103;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.89455e-05;OID=.;OPOS=13929046;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr11 14101493 . G C,GC 914.52 PASS AF=0.0298507,0.970149;AO=3,60;DP=69;FAO=2,65;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=2,32;FSAR=0,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148041,0.0396181;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.172,23.3668;QD=54.5982;RBI=0.0182496,0.12403;REFB=0,0;REVB=0.0106718,0.117532;RO=6;SAF=3,28;SAR=0,32;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.637446,-0.0342624;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0456011,0.00111991;OID=.,.;OPOS=14101493,14101494;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:69:67:6:0:3,60:2,65:0.0298507,0.970149:0,32:3,28:4:2:0,33:2,32:0:0 chr11 14264916 . A G 600.42 PASS AF=0.561905;AO=59;DP=106;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0264515;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2526;QD=22.8733;RBI=0.0265838;REFB=-0.0395083;REVB=-0.00264937;RO=44;SAF=29;SAR=30;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243836;STB=0.522742;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0265574;OID=.;OPOS=14264916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:44:46:59:59:0.561905:30:29:23:21:30:29:25:21 chr11 14632570 . A C 267.35 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00804582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.209;QD=18.438;RBI=0.0236466;REFB=-0.0162502;REVB=0.0222357;RO=29;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628569;STB=0.535085;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0121839;OID=.;OPOS=14632570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:16:13:11:18:16:13:11:18 chr11 14810762 . A G 357.53 PASS AF=0.528571;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00632755;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.044;QD=20.4304;RBI=0.00973228;REFB=-0.00134319;REVB=-0.00739455;RO=33;SAF=20;SAR=16;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983929;STB=0.560408;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0016394;OID=.;OPOS=14810762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:33:33:36:37:0.528571:16:20:22:11:17:20:22:11 chr11 14991539 . T C 1859.16 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4178;QD=61.4597;RBI=0.0467864;REFB=0;REVB=-0.0329622;RO=0;SAF=58;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032114;OID=.;OPOS=14991539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:63:58:0:0:63:58:0:0 chr11 15199957 . T C 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4546;QD=60.6066;RBI=0.0829146;REFB=0;REVB=0.056128;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019229;OID=.;OPOS=15199957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr11 16133413 . A G 268.36 PASS AF=0.380952;AO=29;DP=81;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0256024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.423;QD=12.7789;RBI=0.0285509;REFB=-0.0237547;REVB=0.0126361;RO=51;SAF=10;SAR=19;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566037;STB=0.540167;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0395764;OID=.;OPOS=16133413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:51:52:29:32:0.380952:19:10:20:31:21:11:21:31 chr11 16848077 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0117981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0232;QD=17.3206;RBI=0.0180045;REFB=0.00493508;REVB=0.0136002;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327332;STB=0.687265;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00906432;OID=.;OPOS=16848077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:11:5:12:6:11:5:12:6 chr11 16863881 . G T 226.42 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00618867;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.939;QD=20.1261;RBI=0.00894019;REFB=-0.00802079;REVB=0.00645192;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241997;STB=0.646454;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00626346;OID=.;OPOS=16863881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:23:22:22:0.488889:14:8:14:8:14:8:15:8 chr11 16872822 . C G 269.45 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00195963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7146;QD=14.1817;RBI=0.0432654;REFB=-0.0116585;REVB=0.043221;RO=45;SAF=14;SAR=17;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107981;STB=0.561349;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0146065;OID=.;OPOS=16872822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:17:14:25:20:17:14:25:20 chr11 17108868 . ACT A 162.81 PASS AF=0.377358;AO=18;DP=54;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0168403;FXX=0.101678;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.727;QD=12.2874;RBI=0.0213954;REFB=-0.0089552;REVB=-0.0131972;RO=33;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20662;STB=0.641288;STBP=0.128;TYPE=del;VARB=0.0194599;OID=.;OPOS=17108869;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377358:18:54:20:53:33:6:14:17:16:99:33:6:12:17:16 chr11 17172133 . T C 331.99 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0343176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.9;QD=16.1944;RBI=0.0344986;REFB=-0.0350494;REVB=0.00352924;RO=46;SAF=16;SAR=20;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204859;STB=0.614911;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0244827;OID=.;OPOS=17172133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:20:16:30:16:20:16:30:16 chr11 17333663 . G A 375.13 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0554769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7046;QD=55.5749;RBI=0.0586358;REFB=0;REVB=0.018986;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000815799;OID=.;OPOS=17333663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr11 17339127 . T C 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0106209;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.439;QD=17.3255;RBI=0.0251665;REFB=-0.0179427;REVB=0.0228155;RO=24;SAF=6;SAR=14;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350974;STB=0.690391;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0172644;OID=.;OPOS=17339127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:14:6:16:8:14:6:16:9 chr11 17351683 . C G 47.69 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0211455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3067;QD=11.9217;RBI=0.0212089;REFB=-0.00214392;REVB=-0.00163819;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354212;STB=0.713673;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00330676;OID=.;OPOS=17351683;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:3:6:2:5:3:6 chr11 17393644 . A G 154.98 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0292227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3303;QD=15.1201;RBI=0.0308018;REFB=-0.0366588;REVB=-0.0097355;RO=24;SAF=13;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126155;STB=0.573438;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0510904;OID=.;OPOS=17393644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:4:13:16:8:4:13:16:8 chr11 17408404 . C T 197.64 PASS AF=0.298851;AO=26;DP=87;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.000923493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.424;QD=9.08707;RBI=0.0135504;REFB=-0.0115825;REVB=0.0135189;RO=61;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27091;STB=0.658799;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0166043;OID=.;OPOS=17408404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:61:61:26:26:0.298851:11:15:21:40:11:15:21:40 chr11 17408630 . C T 356.07 PASS AF=0.5625;AO=35;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00193713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.183;QD=22.2543;RBI=0.0340186;REFB=-0.0103449;REVB=-0.0339634;RO=28;SAF=22;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10722;STB=0.549972;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0102197;OID=.;OPOS=17408630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:35:36:0.5625:13:22:14:14:14:22:14:14 chr11 17409572 . T C 157.47 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00298282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.669;QD=15.3626;RBI=0.00444082;REFB=-0.0193211;REVB=0.00328993;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00559472;STB=0.514002;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0289791;OID=.;OPOS=17409572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:11:6:8:15:11:6:9:15 chr11 17418477 . C A 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.00580397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.118;QD=16.1147;RBI=0.0149582;REFB=-0.0130699;REVB=0.0137862;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387817;STB=0.717324;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0272286;OID=.;OPOS=17418477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:9:15:6:23:9:15:6:23 chr11 17419279 . C T 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00544801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.378;QD=15.1533;RBI=0.00876873;REFB=-0.0157156;REVB=-0.00687093;RO=43;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0044849;STB=0.502536;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0224832;OID=.;OPOS=17419279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:18:14:19:24:18:14:19:24 chr11 17448704 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00460409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.081;QD=16.1061;RBI=0.00584116;REFB=-0.0157353;REVB=0.00359465;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279872;STB=0.51611;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0213472;OID=.;OPOS=17448704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:5:12:15:7:5:12:15:7 chr11 17452492 . G A 754.35 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.479;QD=56.9321;RBI=0.0468275;REFB=0;REVB=0.0444552;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156042;OID=.;OPOS=17452492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr11 17491730 . G A 540.34 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00292916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.851;QD=18.0113;RBI=0.00770774;REFB=-0.0145181;REVB=-0.00712946;RO=63;SAF=34;SAR=23;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100307;STB=0.555701;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0131368;OID=.;OPOS=17491730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:63:57:57:0.475:23:34:31:32:23:34:31:32 chr11 17519742 . C G 279.88 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.000901275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8439;QD=14.1709;RBI=0.0345563;REFB=-0.0156794;REVB=0.0345445;RO=46;SAF=22;SAR=10;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183693;STB=0.612069;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0219754;OID=.;OPOS=17519742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:47:32:32:0.405063:10:22:24:22:10:22:24:23 chr11 17522638 . G A 359.29 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0365149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3867;QD=19.9606;RBI=0.0511567;REFB=-0.0202798;REVB=-0.0358284;RO=35;SAF=28;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317096;STB=0.677129;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.019766;OID=.;OPOS=17522638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:9:28:15:20:9:28:15:20 chr11 17542439 . T C 331.68 PASS AF=0.386139;AO=37;DP=100;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0149726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.264;QD=13.1358;RBI=0.0181449;REFB=-0.00285573;REVB=0.0102499;RO=56;SAF=22;SAR=15;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637747;STB=0.519764;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00457747;OID=.;OPOS=17542439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:56:62:37:39:0.386139:15:22:30:26:17:22:33:29 chr11 17593709 . T C 523.41 PASS AF=0.391892;AO=58;DP=148;FAO=58;FDP=148;FR=.;FRO=90;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.00890161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.665;QD=14.1462;RBI=0.0192805;REFB=-0.0179298;REVB=-0.0171026;RO=90;SAF=28;SAR=30;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413688;STB=0.523356;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0263756;OID=.;OPOS=17593709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:90:90:58:58:0.391892:30:28:40:50:30:28:40:50 chr11 17596313 . G A 498.96 PASS AF=0.394366;AO=55;DP=140;FAO=56;FDP=142;FR=.;FRO=86;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=61;FSRR=25;FWDB=-0.00253485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.184;QD=14.0552;RBI=0.0169507;REFB=0.00257035;REVB=0.0167601;RO=85;SAF=27;SAR=28;SRF=60;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231571;STB=0.626718;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00269367;OID=.;OPOS=17596313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:85:86:55:56:0.394366:28:27:60:25:28:28:61:25 chr11 17598187 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0151091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.839;QD=17.542;RBI=0.0171484;REFB=-0.0101884;REVB=0.00811061;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230768;STB=0.645381;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00930825;OID=.;OPOS=17598187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:6:9:5:10:6:9:5:11 chr11 17600033 . G A 591.56 PASS AF=0.465649;AO=58;DP=129;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0298674;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.618;QD=18.063;RBI=0.0337366;REFB=-0.0151782;REVB=0.0156876;RO=66;SAF=35;SAR=23;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172195;STB=0.588162;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0195256;OID=.;OPOS=17600033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:66:70:58:61:0.465649:23:35:28:38:24:37:31:39 chr11 17615203 . G A 275.79 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0162773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.556;QD=18.0845;RBI=0.0177877;REFB=-0.0185286;REVB=-0.00717297;RO=31;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13599;STB=0.576108;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0177959;OID=.;OPOS=17615203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:12:18:14:17:12:18:14:17 chr11 17627613 . G C 962.71 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.683;QD=58.3459;RBI=0.0446008;REFB=0;REVB=0.0379021;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66201e-05;OID=.;OPOS=17627613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:28:37:0:0:29:37:0:0 chr11 17631751 . C T 251.62 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0479754;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.5238;QD=20.5406;RBI=0.094808;REFB=-0.0153995;REVB=0.0817736;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310605;STB=0.653141;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0107878;OID=.;OPOS=17631751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:25:24:24:0.489796:9:15:6:17:9:15:8:17 chr11 17632651 . C T 415.17 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0222859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0747;QD=19.31;RBI=0.0248406;REFB=-0.00917058;REVB=0.0109724;RO=43;SAF=19;SAR=23;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185242;STB=0.594383;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0133582;OID=.;OPOS=17632651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:44:42:42:0.488372:23:19:11:32:23:19:12:32 chr11 17656686 . C T 301.44 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0537014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2443;QD=16.7465;RBI=0.0554335;REFB=9.16374e-05;REVB=0.0137489;RO=38;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268908;STB=0.523546;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00122516;OID=.;OPOS=17656686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:20:13:16:22:20:13:17:22 chr11 17663444 . C T 535.28 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=0.0155835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.768;QD=20.9915;RBI=0.0264405;REFB=-0.0349321;REVB=0.0213601;RO=48;SAF=25;SAR=29;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243043;STB=0.633096;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0223072;OID=.;OPOS=17663444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:48:54:54:0.529412:29:25:36:12:29:25:36:12 chr11 17663742 . G C 349.39 PASS AF=0.4;AO=36;DP=94;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0296491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.989;QD=14.7112;RBI=0.0296659;REFB=-0.0278652;REVB=-0.000996545;RO=57;SAF=26;SAR=10;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928927;STB=0.54313;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0433364;OID=.;OPOS=17663742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:57:57:36:38:0.4:10:26:37:20:11:27:37:20 chr11 17809639 . C T 282.57 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00870604;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.4406;QD=17.3888;RBI=0.0669959;REFB=-0.0510085;REVB=0.0664278;RO=33;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255253;STB=0.505513;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0581896;OID=.;OPOS=17809639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:34:31:31:0.476923:14:17:19:14:14:17:19:15 chr11 17809724 . T C 329.51 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0303362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.142;QD=18.3063;RBI=0.0315895;REFB=0.00976209;REVB=0.00880965;RO=37;SAF=19;SAR=16;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125038;STB=0.569541;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0106868;OID=.;OPOS=17809724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:16:19:25:12:16:19:25:12 chr11 17948311 . T C 207.29 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0271404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.021;QD=24.3867;RBI=0.0271823;REFB=-0.0217564;REVB=-0.0015095;RO=14;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127839;STB=0.571356;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.016743;OID=.;OPOS=17948311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:12:8:8:6:12:8:8:6 chr11 17981047 . C T 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00515427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.583;QD=15.5687;RBI=0.0057601;REFB=-0.0153769;REVB=-0.00257143;RO=35;SAF=13;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160505;STB=0.590488;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0247849;OID=.;OPOS=17981047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:15:13:22:13:15:13:22:13 chr11 18159169 . A G 1577.08 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.827;QD=63.7204;RBI=0.0310392;REFB=0;REVB=-0.017519;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86169e-05;OID=.;OPOS=18159169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:43:54:0:0:45:54:0:0 chr11 18159254 . A G 1312.26 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=92;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00289109;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.332;QD=57.6818;RBI=0.00293216;REFB=-0.073868;REVB=-0.000489028;RO=4;SAF=53;SAR=34;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344244;STB=0.518178;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00132461;OID=.;OPOS=18159254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:92:91:4:4:87:87:0.956044:34:53:4:0:34:53:4:0 chr11 18194944 . T A 1008.42 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.945;QD=59.3188;RBI=0.0484661;REFB=0;REVB=0.0273402;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03821e-05;OID=.;OPOS=18194944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr11 18195051 . T C 799.54 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0732844;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.561;QD=57.11;RBI=0.0781779;REFB=0;REVB=0.0272247;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.65688e-06;OID=.;OPOS=18195051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr11 18210580 . C T 1324.55 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.696;QD=60.8991;RBI=0.217531;REFB=-0.0678823;REVB=0.204775;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130187;OID=.;OPOS=18210580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:82:87:0:0:80:87:1:32:48:0:0:36:51:0:0 chr11 18210674 . C T 636.84 PASS AF=0.5;AO=65;DP=130;FAO=66;FDP=132;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00984199;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.428;QD=19.2981;RBI=0.0129116;REFB=-0.0312714;REVB=-0.00835733;RO=63;SAF=29;SAR=36;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127788;STB=0.515231;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0206773;OID=.;OPOS=18210674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:63:66:65:66:0.5:36:29:29:34:36:30:32:34 chr11 18231749 . T G 501.15 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3911;QD=58.9588;RBI=0.0129661;REFB=0;REVB=-0.00413606;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305082;OID=.;OPOS=18231749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr11 18231915 . T C 126.9 PASS AF=0.538462;AO=12;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0211716;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=286.266;QD=19.5232;RBI=0.0214544;REFB=-0.00648385;REVB=-0.00347199;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125311;STB=0.545391;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00584631;OID=.;OPOS=18231915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:9:12:12:14:0.538462:6:6:3:6:8:6:4:8 chr11 18253176 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.645;QD=55.0964;RBI=0.105398;REFB=0;REVB=-0.0214932;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000916805;OID=.;OPOS=18253176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr11 18267027 . C T 1360.53 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0634852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4047;QD=61.8421;RBI=0.0708425;REFB=0;REVB=0.031437;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.54259e-05;OID=.;OPOS=18267027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:41:46:0:0:42:46:0:0 chr11 18267463 . A G 109.53 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0342926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0742;QD=14.6033;RBI=0.0393152;REFB=-0.0645851;REVB=-0.0192275;RO=16;SAF=12;SAR=1;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57136;STB=0.83655;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0631341;OID=.;OPOS=18267463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:1:12:8:8:1:12:9:8 chr11 18267471 . A G 140.07 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.00503847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.075;QD=20.7515;RBI=0.00694437;REFB=-0.0145628;REVB=0.00477892;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390418;STB=0.718051;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00696858;OID=.;OPOS=18267471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:11:1:9:6:11:1 chr11 18290874 . T C 45.45 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0682782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9431;QD=25.9692;RBI=0.244219;REFB=-0.145122;REVB=0.23448;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.030438;OID=.;OPOS=18290874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr11 18290880 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0676974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.321;QD=37.4878;RBI=0.085451;REFB=0;REVB=0.0521434;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229365;OID=.;OPOS=18290880;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr11 18291321 . T C 695.21 PASS AF=0.527132;AO=68;DP=129;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00310611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.544;QD=21.5569;RBI=0.0189122;REFB=-0.00961876;REVB=0.0186554;RO=61;SAF=27;SAR=41;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976407;STB=0.553651;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00796451;OID=.;OPOS=18291321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:61:61:68:68:0.527132:41:27:31:30:41:27:31:30 chr11 18301129 . AG GA 107.62 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00472686;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.461;QD=11.0374;RBI=0.014274;REFB=-0.0211748;REVB=0.0134686;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177174;STB=0.589619;STBP=0.386;TYPE=mnp;VARB=0.0449987;OID=.;OPOS=18301129;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:25:13:14:0.358974:7:6:15:9:7:7:16:9 chr11 18327684 . G T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.123;QD=57.6804;RBI=0.032579;REFB=0;REVB=0.0267695;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50891e-05;OID=.;OPOS=18327684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr11 18333436 . A T 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0188427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.783;QD=11.5972;RBI=0.0207392;REFB=-0.0197398;REVB=0.00866406;RO=21;SAF=10;SAR=2;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439822;STB=0.52627;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0387885;OID=.;OPOS=18333436;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:2:10:17:4:2:10:17:4 chr11 18388128 . G C 214.1 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00905255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.389;QD=14.7658;RBI=0.00925831;REFB=0.00322779;REVB=0.00194104;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165017;STB=0.593633;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00898147;OID=.;OPOS=18388128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:11:14:13:20:11:14:13:20 chr11 18424451 . C T 371.91 PASS AF=0.396396;AO=44;DP=111;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=-0.0134907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.838;QD=13.4021;RBI=0.0237348;REFB=-0.00998356;REVB=-0.0195279;RO=67;SAF=24;SAR=20;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121452;STB=0.568532;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0157284;OID=.;OPOS=18424451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:67:67:44:44:0.396396:20:24:44:23:20:24:44:23 chr11 18424487 . A G 391.25 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.00625738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0579;QD=14.626;RBI=0.0355815;REFB=0.00458508;REVB=0.0350269;RO=62;SAF=23;SAR=22;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384277;STB=0.521621;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.016249;OID=.;OPOS=18424487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:62:45:45:0.420561:22:23:34:28:22:23:34:28 chr11 18467821 . T C 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.029726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.788;QD=58.6115;RBI=0.0420366;REFB=-0.000544604;REVB=0.0297227;RO=1;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145519;STB=0.50769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=6.74511e-05;OID=.;OPOS=18467821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:32:41:0:1:32:41:0:1 chr11 18555901 . C G 179.57 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.000329779;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.957;QD=14.9644;RBI=0.0133806;REFB=0.00742577;REVB=-0.0133766;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403918;STB=0.515423;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.013195;OID=.;OPOS=18555901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:30:29:19:19:0.395833:7:12:20:10:7:12:19:10 chr11 18555949 . T C 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0045068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.31;QD=14.6505;RBI=0.0178015;REFB=-0.0158446;REVB=0.0172216;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492149;STB=0.528029;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0215149;OID=.;OPOS=18555949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:10:13:19:12:10:13:19:12 chr11 18633897 . T C 331.77 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0106767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6936;QD=16.3835;RBI=0.0139451;REFB=-0.00592285;REVB=-0.00897061;RO=44;SAF=22;SAR=14;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436924;STB=0.519302;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0078873;OID=.;OPOS=18633897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:44:45:36:36:0.444444:14:22:25:19:14:22:26:19 chr11 18724558 . C T 233.04 PASS AF=0.471698;AO=23;DP=56;FAO=25;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00979666;FXX=0.0535619;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.452;QD=17.5879;RBI=0.0139484;REFB=-0.00559832;REVB=0.00992892;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564209;STB=0.559952;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00738377;OID=.;OPOS=18724558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:53:26:27:23:25:0.471698:11:12:12:14:11:14:12:15 chr11 18735396 . G T 411.04 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.418;QD=56.6957;RBI=0.0301849;REFB=0;REVB=0.0172778;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41556e-05;OID=.;OPOS=18735396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr11 18735947 . T C 508.88 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0816138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.019;QD=56.5422;RBI=0.0873129;REFB=-0.164578;REVB=0.0310279;RO=1;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170157;STB=0.509086;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00276595;OID=.;OPOS=18735947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:27:8:0:1:27:8:0:1 chr11 18737095 . C T 930.44 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403354;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.687;QD=58.1523;RBI=0.0423498;REFB=0;REVB=0.0129059;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754195;OID=.;OPOS=18737095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:35:27:0:0:36:28:0:0 chr11 18738281 . C T 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.816;QD=57.6763;RBI=0.0432684;REFB=0;REVB=-0.00868224;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270474;OID=.;OPOS=18738281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr11 18743091 . G A 432.88 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.00675181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.843;QD=16.1825;RBI=0.0207633;REFB=-0.0108847;REVB=0.0196349;RO=59;SAF=26;SAR=22;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685509;STB=0.538264;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0253069;OID=.;OPOS=18743091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:59:48:48:0.448598:22:26:36:23:22:26:36:23 chr11 18751479 . G T 115.58 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0254975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2936;QD=7.22399;RBI=0.0314733;REFB=-0.00446869;REVB=0.0184511;RO=44;SAF=15;SAR=2;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387757;STB=0.730329;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00950605;OID=.;OPOS=18751479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:47:17:17:0.265625:2:15:29:15:2:15:32:15 chr11 19167850 . A G 395.14 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0142055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1227;QD=20.2637;RBI=0.0169234;REFB=-0.0116142;REVB=-0.0091981;RO=38;SAF=19;SAR=21;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681428;STB=0.537753;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0106551;OID=.;OPOS=19167850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:21:19:21:17:21:19:21:17 chr11 19245854 . T C 1102.25 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00218852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.26;QD=58.7867;RBI=0.00851704;REFB=-0.0513771;REVB=-0.00823106;RO=1;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119748;STB=0.506171;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000135501;OID=.;OPOS=19245854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:39:34:0:1:40:34:0:1 chr11 19252263 . T A 777.13 PASS AF=0.496894;AO=80;DP=161;FAO=80;FDP=161;FR=.;FRO=81;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.00425399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.786;QD=19.3075;RBI=0.00488004;REFB=-0.0106203;REVB=0.00239132;RO=79;SAF=43;SAR=37;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873902;STB=0.54693;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0126672;OID=.;OPOS=19252263;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:79:81:80:80:0.496894:37:43:50:29:37:43:51:30 chr11 19612775 . C T 754.28 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.944;QD=56.9268;RBI=0.0499456;REFB=0;REVB=-0.0218117;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107929;OID=.;OPOS=19612775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr11 19799525 . CCG C,CC 452.0 PASS AF=0,0.454545;AO=13,43;DP=123;FAO=0,50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=0,23;FSAR=0,27;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0600398,0.00702167;FXX=0.0265463;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=89.3424,92.0795;QD=16.4365;RBI=0.0600682,0.0129474;REFB=-0.0247759,-0.0198361;REVB=0.0018457,0.010878;RO=67;SAF=8,16;SAR=5,27;SRF=32;SRR=35;SSEN=0.4,0;SSEP=0.492063,0;SSSB=0.171974,-0.116809;STB=0.5,0.503656;STBP=1,0.965;TYPE=del,del;VARB=0.0126123,0.0169082;OID=.,.;OPOS=19799526,19799527;OREF=CG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.454545:13,43:123:0,50:110:60:0,23:0,27:28:32:99:67:8,16:5,27:32:35 chr11 19955194 . G C 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0496953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.071;QD=17.4541;RBI=0.0502906;REFB=-0.0196246;REVB=0.00771515;RO=29;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161364;STB=0.590485;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0270935;OID=.;OPOS=19955194;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:12:15:11:18:12:15:11:18 chr11 19955500 . A G 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0183192;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.823;QD=17.6943;RBI=0.0196964;REFB=-0.0118283;REVB=-0.00723565;RO=39;SAF=20;SAR=15;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931785;STB=0.551971;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0122587;OID=.;OPOS=19955500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:15:20:26:13:15:20:26:13 chr11 19970558 . T C 1852.43 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0040722;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.058;QD=61.7476;RBI=0.0143423;REFB=0;REVB=-0.0137521;RO=0;SAF=32;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188536;OID=.;OPOS=19970558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:87:32:0:0:88:32:0:0 chr11 19970579 . C G,T 2184.92 PASS AF=0.0567376,0.943262;AO=8,132;DP=140;FAO=8,133;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=1,39;FSAR=7,94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00037444,0.0134752;FXX=0.013985;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=16.3955,97.0713;QD=61.9834;RBI=0.0363057,0.0148536;REFB=0,0;REVB=-0.0363037,0.00624878;RO=0;SAF=1,38;SAR=7,94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.161825,0.000257019;OID=.,.;OPOS=19970579,19970579;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:140:141:0:0:8,132:8,133:0.0567376,0.943262:7,94:1,38:0:0:7,94:1,39:0:0 chr11 20065779 . C G 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0115985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7308;QD=16.1166;RBI=0.0337444;REFB=0.00418161;REVB=-0.0316885;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191053;STB=0.610921;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00563433;OID=.;OPOS=20065779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:6:7:4:8:6:7 chr11 20067064 . C T 1003.92 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.231;QD=59.0539;RBI=0.0420658;REFB=0;REVB=0.0299708;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198123;OID=.;OPOS=20067064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:66:68:1:34:32:0:0:35:33:0:0 chr11 20089792 . G C 465.97 PASS AF=0.368421;AO=56;DP=152;FAO=56;FDP=152;FR=.;FRO=96;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.021173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3495;QD=12.2623;RBI=0.0267664;REFB=-0.0276807;REVB=-0.0163752;RO=95;SAF=33;SAR=23;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825145;STB=0.550506;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0430255;OID=.;OPOS=20089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:95:96:56:56:0.368421:23:33:49:46:23:33:49:47 chr11 20089944 . T C 253.54 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.000850323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.44;QD=17.4856;RBI=0.00617732;REFB=-0.0121391;REVB=0.00611852;RO=30;SAF=16;SAR=12;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304909;STB=0.669744;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0145041;OID=.;OPOS=20089944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:12:16:7:23:12:16:7:23 chr11 20099112 . A T 277.03 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00587494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.864;QD=13.5137;RBI=0.00932709;REFB=-0.00450288;REVB=-0.00724428;RO=50;SAF=23;SAR=9;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30968;STB=0.677433;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00681994;OID=.;OPOS=20099112;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:9:23:22:28:9:23:22:28 chr11 20099541 . C T 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0412108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0919;QD=16.1071;RBI=0.0508365;REFB=-0.0388807;REVB=-0.029766;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248216;STB=0.640378;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0372359;OID=.;OPOS=20099541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:7:10:18:4:7:10:18:4 chr11 20101704 . C T 512.08 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0154475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.496;QD=19.6955;RBI=0.0217577;REFB=-0.0340476;REVB=0.0153223;RO=50;SAF=22;SAR=31;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137113;STB=0.511624;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.034367;OID=.;OPOS=20101704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:51:53:53:0.509615:31:22:20:30:31:22:20:31 chr11 20101744 . C A 416.38 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00316841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5355;QD=19.5944;RBI=0.0160375;REFB=0.00297658;REVB=-0.0157214;RO=43;SAF=16;SAR=26;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00857232;STB=0.50476;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00504295;OID=.;OPOS=20101744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:26:16:16:27:26:16:16:27 chr11 20112417 . A C 159.62 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00958993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.286;QD=17.7354;RBI=0.0134359;REFB=-0.0197831;REVB=0.00941041;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582958;STB=0.533294;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0226625;OID=.;OPOS=20112417;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:9:10:10:7:9:10 chr11 20117232 . T C 1548.33 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.711;QD=63.8488;RBI=0.0468681;REFB=0;REVB=0.0418841;RO=0;SAF=65;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84875e-05;OID=.;OPOS=20117232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:32:65:0:0:32:65:0:0 chr11 20124914 . A C 801.33 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.163;QD=57.2376;RBI=0.029918;REFB=0;REVB=-0.0209082;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53394e-06;OID=.;OPOS=20124914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:33:22:0:0:34:22:0:0 chr11 20140387 . A G 1504.3 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0319656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9532;QD=62.0331;RBI=0.0671834;REFB=-0.0567617;REVB=-0.0590915;RO=1;SAF=31;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735249;STB=0.503816;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000145555;OID=.;OPOS=20140387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:1:1:95:96:0.989691:64:31:0:1:65:31:0:1 chr11 20140471 . A G 1453.63 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.7944;QD=63.2014;RBI=0.0576036;REFB=0;REVB=0.0146513;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284562;OID=.;OPOS=20140471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:52:39:0:0:52:40:0:0 chr11 20429454 . T C 211.98 PASS AF=0.423729;AO=21;DP=55;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00889588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.546;QD=14.3715;RBI=0.00990648;REFB=-0.0110252;REVB=0.0043591;RO=33;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279167;STB=0.528433;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0136199;OID=.;OPOS=20429454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:33:34:21:25:0.423729:9:12:18:15:13:12:18:16 chr11 20529886 . G A 919.85 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00300266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.253;QD=56.6063;RBI=0.0055739;REFB=-0.0657364;REVB=0.00469599;RO=1;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129402;STB=0.506847;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00515543;OID=.;OPOS=20529886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:36:28:0:1:36:28:0:1 chr11 20622975 . G A 113.96 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0534522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9673;QD=18.2334;RBI=0.0608416;REFB=0.0340565;REVB=0.0290612;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234295;STB=0.633942;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.022307;OID=.;OPOS=20622975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:8:4:8:5:8:4 chr11 20623023 . C T 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00388289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.082;QD=6.54482;RBI=0.0236722;REFB=-0.0103907;REVB=-0.0233516;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980232;STB=0.562346;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0546388;OID=.;OPOS=20623023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:4:4:14:10:4:4:14:10 chr11 20623042 . T C 709.03 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387156;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.631;QD=63.0252;RBI=0.0438248;REFB=0;REVB=0.0205358;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71353e-05;OID=.;OPOS=20623042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:15:29:0:0:15:30:0:0 chr11 20623156 . C G 887.73 PASS AF=1;AO=54;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0541237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6614;QD=58.2119;RBI=0.187908;REFB=0;REVB=0.179944;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130209;OID=.;OPOS=20623156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:54:61:1:25:29:0:0:32:29:0:0 chr11 20629164 . G A 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.019249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.545;QD=19.9407;RBI=0.0230695;REFB=-0.00686611;REVB=-0.0127152;RO=29;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147463;STB=0.508192;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00412824;OID=.;OPOS=20629164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:16:16:15:14:16:16:15:14 chr11 20639400 . A G,T 772.76 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=53,2;DP=56;FAO=53,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267031,-0.0621204;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.9729,132.164;QD=56.201;RBI=0.0393138,0.0659011;REFB=0,0;REVB=0.0288534,-0.0220003;RO=0;SAF=20,2;SAR=33,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.88914e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00339681,0.178632;OID=.,.;OPOS=20639400,20639400;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:55:0:0:53,2:53,2:0.963636,0.0363636:33,0:20,2:0:0:33,0:20,2:0:0 chr11 20673867 . G A 625.33 PASS AF=0.460432;AO=62;DP=140;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0341522;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.44;QD=17.995;RBI=0.0363835;REFB=-0.0164209;REVB=0.0125453;RO=77;SAF=28;SAR=34;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675622;STB=0.52048;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0158943;OID=.;OPOS=20673867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:77:75:62:64:0.460432:34:28:40:37:34:30:38:37 chr11 20805286 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00291993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.398;QD=51.9164;RBI=0.00823156;REFB=0;REVB=-0.00769628;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87925e-05;OID=.;OPOS=20805286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr11 20959394 . C T 348.63 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=36;FWDB=0.0440501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4177;QD=17.4316;RBI=0.0522487;REFB=0.00883313;REVB=-0.0280982;RO=41;SAF=6;SAR=31;SRF=7;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146509;STB=0.500621;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.00720162;OID=.;OPOS=20959394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:43:37:37:0.4625:31:6:7:34:31:6:7:36 chr11 21305927 . T C 1629.52 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0199773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.834;QD=58.1971;RBI=0.03181;REFB=0.0507172;REVB=0.0247544;RO=2;SAF=70;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498597;STB=0.502626;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=6.45834e-05;OID=.;OPOS=21305927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:2:2:110:110:0.982143:40:70:1:1:40:70:1:1 chr11 21581805 . C T 1317.55 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.8258;QD=59.2158;RBI=0.108132;REFB=0;REVB=0.0847826;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811815;OID=.;OPOS=21581805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:89:0:0:77:89:1:43:34:0:0:48:41:0:0 chr11 22242729 . T C 369.11 PASS AF=0.552239;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.006756;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.464;QD=22.0365;RBI=0.0158796;REFB=-0.0134851;REVB=0.0143708;RO=30;SAF=17;SAR=19;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876478;STB=0.553817;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0138287;OID=.;OPOS=22242729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:30:30:36:37:0.552239:19:17:11:19:19:18:11:19 chr11 22401037 . CT C 58.86 PASS AF=0.382716;AO=23;DP=82;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00227568;FXX=0.0121936;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.86403;QD=2.90688;RBI=0.168322;REFB=-0.0617339;REVB=0.168306;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988855;STB=0.522279;STBP=0.773;TYPE=del;VARB=0.0329974;OID=.;OPOS=22401038;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382716:23:82:31:81:50:15:16:26:24:58:38:13:10:18:20 chr11 22647366 . G A 83.97 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0260598;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8359;QD=9.59612;RBI=0.123185;REFB=0.00879487;REVB=0.120397;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151945;STB=0.502613;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0651891;OID=.;OPOS=22647366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:36:35:19:24:11:11:0.314286:5:6:13:6:5:6:13:11 chr11 22696451 . A G 1008.73 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.992;QD=58.4772;RBI=0.0312179;REFB=0;REVB=0.031115;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34439e-05;OID=.;OPOS=22696451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:69:0:0:65:69:1:26:39:0:0:29:40:0:0 chr11 22709973 . C A 1482.68 PASS AF=0.980769;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00680637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3443;QD=57.0262;RBI=0.0343057;REFB=0.212117;REVB=-0.0336238;RO=2;SAF=54;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172453;STB=0.509089;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00240778;OID=.;OPOS=22709973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:101:102:0.980769:47:54:2:0:48:54:2:0 chr11 22881002 . C T 254.15 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0403711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.977;QD=13.0332;RBI=0.085782;REFB=-0.016817;REVB=-0.0756883;RO=48;SAF=12;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152963;STB=0.58757;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0355808;OID=.;OPOS=22881002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:18:12:26:22:18:12:26:22 chr11 24784862 . A T 807.72 PASS AF=0.5125;AO=82;DP=158;FAO=82;FDP=160;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0226177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.315;QD=20.1929;RBI=0.022985;REFB=-0.0170566;REVB=0.00409279;RO=76;SAF=36;SAR=46;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307038;STB=0.523687;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0167632;OID=.;OPOS=24784862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:76:78:82:82:0.5125:46:36:36:40:46:36:38:40 chr11 25098938 . G C 1760.05 PASS AF=1;AO=104;DP=108;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5761;QD=60.1727;RBI=0.146055;REFB=0;REVB=-0.0316478;RO=0;SAF=26;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450708;OID=.;OPOS=25098938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:108:117:0:0:104:117:1:78:26:0:0:80:37:0:0 chr11 26481611 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.305;QD=57.2026;RBI=0.0215809;REFB=0;REVB=0.016366;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56552e-05;OID=.;OPOS=26481611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr11 26568966 . A G 1608.56 PASS AF=0.973451;AO=108;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0325368;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2827;QD=56.9402;RBI=0.0338699;REFB=0.0217298;REVB=-0.00940888;RO=3;SAF=34;SAR=74;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188527;STB=0.509932;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.000211019;OID=.;OPOS=26568966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:113:113:3:3:108:110:0.973451:74:34:0:3:74:36:0:3 chr11 26586801 . G A 598.96 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0139388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.216;QD=21.3915;RBI=0.0248951;REFB=-0.00834363;REVB=0.0206271;RO=50;SAF=22;SAR=38;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811795;STB=0.537048;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00888464;OID=.;OPOS=26586801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:50:52:60:60:0.535714:38:22:23:27:38:22:23:29 chr11 26587133 . T C 526.39 PASS AF=0.431818;AO=57;DP=133;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.041694;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.867;QD=15.9513;RBI=0.0506231;REFB=-0.0245156;REVB=0.0287108;RO=73;SAF=30;SAR=27;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021821;STB=0.519224;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.026233;OID=.;OPOS=26587133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:73:75:57:57:0.431818:27:30:40:33:27:30:42:33 chr11 26621117 . A C 421.85 PASS AF=0.392;AO=49;DP=125;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0154895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.875;QD=13.4991;RBI=0.0166951;REFB=-0.0192443;REVB=-0.00622895;RO=76;SAF=22;SAR=27;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111054;STB=0.562841;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0276493;OID=.;OPOS=26621117;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:76:76:49:49:0.392:27:22:42:34:27:22:42:34 chr11 26677947 . C T 377.78 PASS AF=0.387931;AO=45;DP=116;FAO=45;FDP=116;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.0393213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0648;QD=13.0267;RBI=0.0761485;REFB=0.0102823;REVB=-0.0652107;RO=69;SAF=33;SAR=12;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171474;STB=0.600485;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0149359;OID=.;OPOS=26677947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:71:45:45:0.387931:12:33:41:28:12:33:42:29 chr11 26692733 . T C 972.72 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5385;QD=58.9528;RBI=0.0197436;REFB=0;REVB=-0.000947576;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015901;OID=.;OPOS=26692733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr11 26692742 . G A 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.751;QD=58.5957;RBI=0.0531369;REFB=0;REVB=-0.0134176;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017399;OID=.;OPOS=26692742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr11 26702664 . C T 1283.35 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00991532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5302;QD=61.8482;RBI=0.0618006;REFB=0;REVB=-0.061;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000511322;OID=.;OPOS=26702664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr11 26732923 . A G 674.37 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296488;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.035;QD=62.7325;RBI=0.0327759;REFB=0;REVB=0.0139717;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000945825;OID=.;OPOS=26732923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr11 26734209 . C T 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.235;QD=62.7613;RBI=0.0331403;REFB=0;REVB=0.00763136;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07952e-05;OID=.;OPOS=26734209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:49:40:0:0:49:40:0:0 chr11 27077118 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.089;QD=61.049;RBI=0.0218993;REFB=0;REVB=0.0195917;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52013e-05;OID=.;OPOS=27077118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:30:48:0:0:30:48:0:0 chr11 27388910 . T C 422.94 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00671533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.517;QD=18.3889;RBI=0.00756456;REFB=-0.0100349;REVB=0.00348237;RO=49;SAF=19;SAR=24;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655377;STB=0.536568;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00985941;OID=.;OPOS=27388910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:24:19:25:24:24:19:25:24 chr11 27390089 . T C 996.62 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.126;QD=56.1474;RBI=0.0195283;REFB=-0.0378574;REVB=0.0187823;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121528;OID=.;OPOS=27390089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:71:0:0:65:71:1:33:32:0:0:39:32:0:0 chr11 27517670 . T C 267.45 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.506;QD=48.6267;RBI=0.0598459;REFB=-0.142634;REVB=0.0148433;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274471;OID=.;OPOS=27517670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:21:22:0:0:21:22:1:13:8:0:0:14:8:0:0 chr11 27679662 . T C 1135.37 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.798;QD=60.5533;RBI=0.0651331;REFB=0;REVB=0.0532964;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142967;OID=.;OPOS=27679662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:32:42:0:0:33:42:0:0 chr11 27679916 . C T 355.15 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00477311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.1;QD=18.9415;RBI=0.00881121;REFB=-0.00055038;REVB=0.0074064;RO=37;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50649;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.000464656;OID=.;OPOS=27679916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:38:37:37:0.493333:18:19:19:18:18:19:20:18 chr11 27680744 . A T 430.19 PASS AF=0.552632;AO=40;DP=74;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00536658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.5013;QD=22.6416;RBI=0.00879027;REFB=-0.017569;REVB=-0.00696194;RO=33;SAF=17;SAR=23;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746156;STB=0.5214;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0108746;OID=.;OPOS=27680744;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:33:34:40:42:0.552632:23:17:17:16:23:19:17:17 chr11 28134974 . C A 902.82 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00988629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.435;QD=58.2466;RBI=0.0145315;REFB=0;REVB=0.0106502;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.551e-07;OID=.;OPOS=28134974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:39:22:0:0:39:23:0:0 chr11 30255185 . C T 789.31 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769804;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.716;QD=57.4045;RBI=0.0229672;REFB=0;REVB=0.0216387;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287476;OID=.;OPOS=30255185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr11 30432220 . A T 678.96 PASS AF=0.418994;AO=75;DP=179;FAO=75;FDP=179;FR=.;FRO=104;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=-0.0765607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.714;QD=15.1723;RBI=0.0882132;REFB=-0.00620413;REVB=0.0438181;RO=104;SAF=38;SAR=37;SRF=57;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430357;STB=0.524073;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0112386;OID=.;OPOS=30432220;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:104:104:75:75:0.418994:37:38:57:47:37:38:57:47 chr11 30965855 . A T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.053;QD=59.8381;RBI=0.00741577;REFB=0;REVB=-0.0046446;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51224e-06;OID=.;OPOS=30965855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr11 31327316 . C T 423.81 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0130325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5596;QD=18.629;RBI=0.0663243;REFB=-0.0173943;REVB=0.0650313;RO=47;SAF=18;SAR=25;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106954;STB=0.565232;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0409506;OID=.;OPOS=31327316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:48:43:43:0.472527:25:18:25:22:25:18:26:22 chr11 31458730 . T G 401.27 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4809;QD=55.3474;RBI=0.0497197;REFB=0;REVB=0.0483281;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320266;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132515;OID=.;OPOS=31458730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:1:0:26:29:1:12:14:1:0:15:14:0:0 chr11 32103440 . T G 354.35 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00368595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.236;QD=21.4756;RBI=0.016543;REFB=-0.023163;REVB=-0.0161271;RO=30;SAF=24;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892441;STB=0.549422;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0218694;OID=.;OPOS=32103440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:12:24:17:13:12:24:17:13 chr11 32124579 . C T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0121381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.373;QD=13.0887;RBI=0.0206166;REFB=-0.00754674;REVB=-0.0166647;RO=27;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266644;STB=0.656516;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0150399;OID=.;OPOS=32124579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:11:5:15:12:11:5:15:12 chr11 32124978 . T C 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0192757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1398;QD=21.4297;RBI=0.0197992;REFB=-0.0233235;REVB=0.00452261;RO=29;SAF=21;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207917;STB=0.614842;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0199607;OID=.;OPOS=32124978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:14:21:10:19:14:21:10:19 chr11 32125961 . C T 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00861752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.953;QD=12.7369;RBI=0.0357784;REFB=-0.00264626;REVB=-0.0347251;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219928;STB=0.628337;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00236849;OID=.;OPOS=32125961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:7:9:10:18:7:9:10:18 chr11 32417945 . T C 106.34 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0563178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5169;QD=11.8155;RBI=0.056502;REFB=0.0129094;REVB=-0.00455895;RO=23;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207999;STB=0.624792;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0256301;OID=.;OPOS=32417945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:10:3:9:14:10:3:9:14 chr11 32449661 . G A 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.000747415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.164;QD=10.6978;RBI=0.0406618;REFB=-0.0111978;REVB=0.0406549;RO=32;SAF=13;SAR=2;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517087;STB=0.814711;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0364994;OID=.;OPOS=32449661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:2:13:15:17:2:13:15:17 chr11 32624405 . C T 353.07 PASS AF=0.528571;AO=33;DP=65;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00836478;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.297;QD=20.1756;RBI=0.0252553;REFB=-0.0175983;REVB=0.0238299;RO=32;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153812;STB=0.584571;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0163997;OID=.;OPOS=32624405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:70:32:33:33:37:0.528571:16:17:22:10:19:18:22:11 chr11 32635180 . GT G,TG 46.27 PASS AF=0.329114,0.0253165;AO=22,5;DP=76;FAO=26,2;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=5,1;FSAR=21,1;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.160762,0.0514964;FXX=0.0246883;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=6.98534,43.6004;QD=2.34258;RBI=0.256363,0.146085;REFB=-0.145087,-0.0423198;REVB=-0.199694,-0.136707;RO=36;SAF=1,4;SAR=21,1;SRF=19;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.696963,0.329703;STB=0.668645,0.602789;STBP=0.055,0.772;TYPE=del,mnp;VARB=0.108604,0.0715835;OID=.,.;OPOS=32635181,32635180;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:79:36:51:22,5:26,2:0.329114,0.0253165:21,1:1,4:19:17:21,1:5,1:20:31 chr11 32657266 . T C 183.9 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0188984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.438;QD=12.059;RBI=0.0238162;REFB=-0.00260355;REVB=0.0144935;RO=38;SAF=9;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174501;STB=0.60077;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0059588;OID=.;OPOS=32657266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:14:9:21:17:14:9:21:17 chr11 32722320 . A T 264.72 PASS AF=0.330435;AO=41;DP=110;FAO=38;FDP=115;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=0.00687216;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=30.9036;QD=9.20766;RBI=0.0936071;REFB=-0.0166604;REVB=-0.0933545;RO=69;SAF=27;SAR=14;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927815;STB=0.515114;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0387325;OID=.;OPOS=32722320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:115:69:77:41:38:0.330435:14:27:40:29:14:24:47:30 chr11 32874926 . G A 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0121494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.383;QD=22.5346;RBI=0.0170518;REFB=0.00195182;REVB=0.0119648;RO=15;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191533;STB=0.60725;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0010185;OID=.;OPOS=32874926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:11:8:10:5:11:8:10:5 chr11 32954344 . G A 746.45 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.726;QD=63.5277;RBI=0.064294;REFB=0;REVB=0.0361871;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.52576e-05;OID=.;OPOS=32954344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr11 32956244 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4766;QD=51.9156;RBI=0.0380119;REFB=0;REVB=0.0153757;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000972798;OID=.;OPOS=32956244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr11 32956620 . A G 703.94 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0033891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.186;QD=59.9095;RBI=0.0118447;REFB=-0.0064231;REVB=0.0113495;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191802;STB=0.5098;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000147489;OID=.;OPOS=32956620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:45:46:0.978723:24:21:0:1:25:21:0:1 chr11 33076191 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.841;QD=63.8714;RBI=0.0147576;REFB=0;REVB=0.00279692;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71062e-05;OID=.;OPOS=33076191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr11 33564123 . T C 144.06 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0103199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.036;QD=15.1641;RBI=0.0103477;REFB=-0.0252768;REVB=-0.000757416;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703014;STB=0.552566;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.029908;OID=.;OPOS=33564123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:16:16:0.421053:8:8:12:9:8:8:13:9 chr11 33565593 . C T 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00387387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.351;QD=17.6717;RBI=0.017201;REFB=0.00210831;REVB=0.0167592;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552241;STB=0.530885;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00292407;OID=.;OPOS=33565593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:13:17:20:12:13:17:20:12 chr11 33581306 . G A 425.4 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00319387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8561;QD=18.9064;RBI=0.0039189;REFB=0.00436713;REVB=0.0022709;RO=46;SAF=16;SAR=27;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142455;STB=0.574433;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00458093;OID=.;OPOS=33581306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:47:43:43:0.477778:27:16:24:22:27:16:24:23 chr11 33631423 . G A 142.86 PASS AF=0.31746;AO=17;DP=60;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0100819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.456;QD=9.07027;RBI=0.0202266;REFB=-0.0149092;REVB=0.0175349;RO=43;SAF=5;SAR=12;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189591;STB=0.605426;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0308684;OID=.;OPOS=33631423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:43:43:17:20:0.31746:12:5:19:24:14:6:19:24 chr11 33640104 . A C 416.2 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0207138;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.02;QD=27.2915;RBI=0.0384214;REFB=-0.0321787;REVB=0.0323596;RO=22;SAF=29;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123057;STB=0.56742;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0101494;OID=.;OPOS=33640104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:22:22:39:39:0.639344:10:29:13:9:10:29:13:9 chr11 33667333 . A G 289.19 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.00955583;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.623;QD=21.0322;RBI=0.0571065;REFB=-0.0181675;REVB=-0.0563013;RO=25;SAF=14;SAR=16;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190156;STB=0.604872;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00807718;OID=.;OPOS=33667333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:25:25:30:30:0.545455:16:14:6:19:16:14:6:19 chr11 33689652 . G A 250.99 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0208653;FXX=0.0465008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.417;QD=24.4864;RBI=0.0341019;REFB=-0.00220972;REVB=0.0269737;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267106;STB=0.514881;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00309806;OID=.;OPOS=33689652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:18:18:23:23:0.560976:12:11:8:10:12:11:8:10 chr11 33690455 . T C 533.52 PASS AF=0.463415;AO=55;DP=121;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0279649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.933;QD=17.3504;RBI=0.0297178;REFB=0.0116332;REVB=0.0100553;RO=66;SAF=23;SAR=32;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661771;STB=0.53471;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00938342;OID=.;OPOS=33690455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:66:66:55:57:0.463415:32:23:32:34:33:24:32:34 chr11 33881016 . T C 431.74 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.867;QD=55.7087;RBI=0.109568;REFB=0;REVB=0.0311489;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189034;OID=.;OPOS=33881016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:20:8:0:0:20:11:0:0 chr11 33903328 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1938;QD=43.4851;RBI=0.0674823;REFB=0;REVB=-0.0542435;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000738162;OID=.;OPOS=33903328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr11 34093349 . AT A 991.68 PASS AF=1;AO=89;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.123569;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=13.8983;QD=36.0611;RBI=0.235344;REFB=-0.00749208;REVB=0.200293;RO=8;SAF=41;SAR=48;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.368421;SSSB=0.0331277;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00325356;OID=.;OPOS=34093350;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:89:110:110:110:0:50:60:0:0:14:8:41:48:2:6 chr11 34122369 . G T 1194.33 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00361158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.968;QD=59.7164;RBI=0.0138688;REFB=0.00823718;REVB=-0.0133903;RO=1;SAF=45;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104046;STB=0.505493;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000145011;OID=.;OPOS=34122369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:34:45:1:0:34:45:1:0 chr11 34152939 . T C 940.19 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00616125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.891;QD=56.9812;RBI=0.0689404;REFB=-0.0644962;REVB=0.0686646;RO=1;SAF=32;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014534;STB=0.50769;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.000540995;OID=.;OPOS=34152939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:33:32:1:0:33:32:1:0 chr11 34154641 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.0008;QD=54.517;RBI=0.0624407;REFB=0;REVB=-0.0573036;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000562417;OID=.;OPOS=34154641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr11 34482908 . C T 246.1 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0889659;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.78;QD=13.4851;RBI=0.0904724;REFB=-0.0196555;REVB=-0.0164412;RO=44;SAF=17;SAR=12;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162606;STB=0.592773;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0374915;OID=.;OPOS=34482908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:44:44:29:29:0.39726:12:17:19:25:12:17:19:25 chr11 34501596 . A G 508.35 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0449943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.039;QD=56.4832;RBI=0.0529465;REFB=-0.0138255;REVB=0.0279078;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00115835;OID=.;OPOS=34501596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:18:17:0:1:18:17:0:1 chr11 34643955 . G A 341.31 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.0131123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.593;QD=13.3849;RBI=0.0150931;REFB=-0.00563949;REVB=-0.0074747;RO=59;SAF=15;SAR=25;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409567;STB=0.523798;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00759639;OID=.;OPOS=34643955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:62:40:40:0.392157:25:15:20:39:25:15:21:41 chr11 34668143 . C T 558.02 PASS AF=0.547368;AO=51;DP=97;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0122522;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.021;QD=23.4954;RBI=0.0128882;REFB=-0.0257969;REVB=0.00399878;RO=46;SAF=24;SAR=27;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253495;STB=0.501628;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0200913;OID=.;OPOS=34668143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:46:43:51:52:0.547368:27:24:23:23:28:24:20:23 chr11 34680400 . T A 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00953911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0674;QD=18.7109;RBI=0.0935723;REFB=0.0191595;REVB=-0.0930848;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179615;STB=0.510193;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.0136299;OID=.;OPOS=34680400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:6:12:13:6:6:12:13:6 chr11 34680634 . G A 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00271961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.894;QD=64.4116;RBI=0.0207679;REFB=0;REVB=-0.020589;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.96921e-05;OID=.;OPOS=34680634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr11 34680853 . G T 878.66 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00211376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.473;QD=57.6169;RBI=0.0303301;REFB=0;REVB=0.0302563;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02165e-05;OID=.;OPOS=34680853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:39:21:0:0:40:21:0:0 chr11 34909926 . T G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000319283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.343;QD=57.2377;RBI=0.00584807;REFB=0;REVB=0.00583934;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74745e-06;OID=.;OPOS=34909926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr11 34910397 . C T 882.21 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.171;QD=57.8496;RBI=0.045846;REFB=0;REVB=0.038734;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214408;OID=.;OPOS=34910397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:36:24:0:0:37:24:0:0 chr11 34918375 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.579;QD=57.1755;RBI=0.0284604;REFB=0;REVB=0.0126362;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31621e-05;OID=.;OPOS=34918375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr11 34937813 . G A 958.61 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240934;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.22;QD=58.9916;RBI=0.0520718;REFB=0;REVB=0.0461626;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131967;OID=.;OPOS=34937813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr11 34937931 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.456;QD=46.848;RBI=0.0386123;REFB=0;REVB=0.0365082;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000847421;OID=.;OPOS=34937931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr11 34938265 . C T 1195.57 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00762812;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.072;QD=59.7783;RBI=0.0236292;REFB=-0.136862;REVB=0.022364;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000241105;OID=.;OPOS=34938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:80:0:1:79:79:0.9875:33:46:0:0:33:46:1:0 chr11 34963416 . T C 1062.75 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.38;QD=59.0419;RBI=0.0300645;REFB=0;REVB=0.0193905;RO=0;SAF=15;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99845e-05;OID=.;OPOS=34963416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:69:72:1:54:15:0:0:55:17:0:0 chr11 34991727 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3113;QD=48.7372;RBI=0.016163;REFB=0;REVB=0.0158496;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212682;OID=.;OPOS=34991727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr11 34999745 . C G 789.21 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575205;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.176;QD=64.4252;RBI=0.0187569;REFB=0;REVB=0.0178531;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104865;OID=.;OPOS=34999745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr11 35017205 . G T 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5809;QD=57.384;RBI=0.0437899;REFB=0;REVB=-0.0232207;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41179e-05;OID=.;OPOS=35017205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr11 35017363 . C A 323.46 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.462;QD=53.9099;RBI=0.0299595;REFB=0;REVB=-0.00307813;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155691;OID=.;OPOS=35017363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:15:8:0:0:15:9:0:0 chr11 35201842 . C T 150.31 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0242255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7292;QD=12.2701;RBI=0.0433978;REFB=-0.0116203;REVB=0.0360068;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23325;STB=0.636636;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0240104;OID=.;OPOS=35201842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:7:10:12:20:7:10:12:20 chr11 35226155 . A G 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.0116206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.289;QD=17.0703;RBI=0.012477;REFB=-0.00510117;REVB=0.00454267;RO=35;SAF=16;SAR=15;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271729;STB=0.651073;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00512204;OID=.;OPOS=35226155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:15:16:8:27:15:16:8:27 chr11 35229673 . T C 1197.4 PASS AF=1;AO=74;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941467;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.362;QD=61.4051;RBI=0.123383;REFB=0;REVB=0.123023;RO=0;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267538;OID=.;OPOS=35229673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:74:78:1:25:49:0:0:29:49:0:0 chr11 35274829 . A G 757.84 PASS AF=0.419512;AO=86;DP=206;FAO=86;FDP=205;FR=.;FRO=119;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=49;FSRR=70;FWDB=0.00486729;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4183;QD=14.787;RBI=0.0246297;REFB=-0.0152873;REVB=0.024144;RO=115;SAF=35;SAR=51;SRF=48;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110359;STB=0.502875;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0464161;OID=.;OPOS=35274829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:205:115:119:86:86:0.419512:51:35:48:67:51:35:49:70 chr11 36310941 . G A 524.03 PASS AF=0.422222;AO=56;DP=135;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=0.00702981;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.83;QD=15.5269;RBI=0.0144801;REFB=0.00326147;REVB=0.0126592;RO=77;SAF=30;SAR=26;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917343;STB=0.541938;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0038812;OID=.;OPOS=36310941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:77:78:56:57:0.422222:26:30:48:29:26:31:48:30 chr11 36422792 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.096;QD=51.1843;RBI=0.043099;REFB=0;REVB=0.0306082;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38424e-06;OID=.;OPOS=36422792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr11 36484208 . T C 813.74 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0442931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.319;QD=55.169;RBI=0.0521577;REFB=-0.158977;REVB=0.0275418;RO=1;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132859;STB=0.50704;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000792367;OID=.;OPOS=36484208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:59:1:1:57:58:0.983051:35:22:0:1:35:23:0:1 chr11 36595600 . A G 305.68 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0895552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5691;QD=48.9089;RBI=0.132424;REFB=-0.034693;REVB=-0.0975503;RO=2;SAF=14;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616508;STB=0.516116;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00100002;OID=.;OPOS=36595600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:2:1:23:24:0.96:9:14:2:0:9:15:1:0 chr11 36597313 . A G 499.63 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0157643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9278;QD=54.0137;RBI=0.0284141;REFB=-0.0863661;REVB=0.02364;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267214;STB=0.527762;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00629007;OID=.;OPOS=36597313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:35:35:0.945946:18:17:1:0:18:17:2:0 chr11 36601170 . G A 1174.1 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298305;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.193;QD=60.9923;RBI=0.0318155;REFB=0;REVB=0.0110618;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774428;OID=.;OPOS=36601170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:33:43:0:0:33:44:0:0 chr11 40137543 . T C 469.85 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00508314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.878;QD=15.7932;RBI=0.00552372;REFB=-0.00851337;REVB=-0.00216176;RO=65;SAF=28;SAR=24;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153599;STB=0.509087;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0106793;OID=.;OPOS=40137543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:67:52:52:0.436975:24:28:34:31:24:28:35:32 chr11 41144553 . C T 925.65 PASS AF=0.5;AO=92;DP=184;FAO=92;FDP=184;FR=.;FRO=92;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=-0.0626145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4747;QD=20.1229;RBI=0.0631733;REFB=-0.021089;REVB=-0.00838435;RO=92;SAF=43;SAR=49;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00991781;STB=0.505453;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0220847;OID=.;OPOS=41144553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:92:92:92:92:0.5:49:43:44:48:49:43:44:48 chr11 43911365 . T C 836.95 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00125499;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.885;QD=57.7206;RBI=0.00159571;REFB=0;REVB=-0.000985536;RO=0;SAF=16;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07234e-05;OID=.;OPOS=43911365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:41:16:0:0:42:16:0:0 chr11 43940644 . G T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.314;QD=58.2396;RBI=0.0179656;REFB=0;REVB=0.00609281;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34533e-05;OID=.;OPOS=43940644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr11 43946967 . A G 1138.35 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599042;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2694;QD=60.7122;RBI=0.0073047;REFB=0;REVB=0.00418013;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65326e-05;OID=.;OPOS=43946967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr11 43946995 . G A 312.32 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0422112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4705;QD=21.9171;RBI=0.0448774;REFB=-0.0169021;REVB=0.0152381;RO=25;SAF=13;SAR=19;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10642;STB=0.558617;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00949028;OID=.;OPOS=43946995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:19:13:7:18:19:13:7:18 chr11 43947990 . T C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1361;QD=56.1859;RBI=0.0911799;REFB=0;REVB=-0.0897849;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00246492;OID=.;OPOS=43947990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr11 44077643 . A C 377.66 PASS AF=0.550725;AO=36;DP=68;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.000176903;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.375;QD=21.8935;RBI=0.0436471;REFB=-0.0218588;REVB=0.0436467;RO=31;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036733;STB=0.507243;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0138693;OID=.;OPOS=44077643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:31:31:36:38:0.550725:17:19:15:16:19:19:15:16 chr11 44080210 . T C 380.8 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0088489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.25;QD=19.5282;RBI=0.0444687;REFB=-0.00810284;REVB=0.0435794;RO=39;SAF=15;SAR=24;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949494;STB=0.552818;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00831211;OID=.;OPOS=44080210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:24:15:19:20:24:15:19:20 chr11 44096238 . G A 357.88 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.765;QD=55.0586;RBI=0.0325432;REFB=0;REVB=0.00951562;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202926;OID=.;OPOS=44096238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:18:7:0:0:18:8:0:0 chr11 44104981 . C T 358.03 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0146494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.479;QD=19.6178;RBI=0.0157965;REFB=-0.0262682;REVB=-0.00590987;RO=32;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862826;STB=0.53371;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.023134;OID=.;OPOS=44104981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:36:37:37:0.506849:20:17:18:14:20:17:19:17 chr11 44129290 . C A 532.62 PASS AF=0.448819;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.00280163;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.871;QD=16.7754;RBI=0.0184276;REFB=-0.00698083;REVB=0.0182134;RO=68;SAF=17;SAR=40;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239531;STB=0.642471;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00843469;OID=.;OPOS=44129290;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:68:70:57:57:0.448819:40:17:36:32:40:17:38:32 chr11 44129291 . G A 37.67 PASS AF=0.0859375;AO=11;DP=127;FAO=11;FDP=128;FR=.;FRO=117;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=68;FWDB=-0.0143624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.033;QD=1.17717;RBI=0.0153871;REFB=-0.00254046;REVB=0.00552134;RO=116;SAF=7;SAR=4;SRF=48;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250262;STB=0.691975;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0138209;OID=.;OPOS=44129291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:127:128:116:117:11:11:0.0859375:4:7:48:68:4:7:49:68 chr11 44129462 . C T 340.59 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0207701;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.445;QD=22.7059;RBI=0.0236095;REFB=-0.0358364;REVB=0.0112254;RO=26;SAF=15;SAR=19;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139918;STB=0.57688;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0184843;OID=.;OPOS=44129462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:26:26:34:34:0.566667:19:15:7:19:19:15:7:19 chr11 44286566 . G A 837.83 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0267486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.506;QD=55.8555;RBI=0.0629588;REFB=-0.134023;REVB=0.0569941;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000675572;OID=.;OPOS=44286566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:60:0:1:58:59:0.983333:40:18:0:0:40:19:0:1 chr11 44297054 . T C 1800.7 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.488;QD=61.0407;RBI=0.0258645;REFB=0;REVB=0.0238352;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31958e-05;OID=.;OPOS=44297054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:61:56:0:0:62:56:0:0 chr11 44331309 . G A 120.3 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0653622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1044;QD=34.3708;RBI=0.140781;REFB=-0.160178;REVB=0.124688;RO=2;SAF=9;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812822;STB=0.545376;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0345039;OID=.;OPOS=44331309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:14:14:2:2:12:12:0.857143:3:9:1:1:3:9:1:1 chr11 44331509 . C G 658.81 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00128342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.521;QD=50.678;RBI=0.0156396;REFB=-0.0553042;REVB=0.0155869;RO=3;SAF=10;SAR=39;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122045;STB=0.565189;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0028441;OID=.;OPOS=44331509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:52:52:3:3:49:49:0.942308:39:10:3:0:39:10:3:0 chr11 44636833 . G A 755.56 PASS AF=0.41791;AO=84;DP=201;FAO=84;FDP=201;FR=.;FRO=117;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=53;FSRR=64;FWDB=-0.00613164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.428;QD=15.0359;RBI=0.00740565;REFB=-0.010838;REVB=0.0041529;RO=117;SAF=33;SAR=51;SRF=53;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645148;STB=0.536112;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0160545;OID=.;OPOS=44636833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:117:117:84:84:0.41791:51:33:53:64:51:33:53:64 chr11 44924950 . GC G 500.73 PASS AF=0.436508;AO=53;DP=129;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.00197259;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.03;QD=15.8962;RBI=0.0310866;REFB=-0.0150616;REVB=-0.0310239;RO=69;SAF=29;SAR=24;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15645;STB=0.592242;STBP=0.105;TYPE=del;VARB=0.0341282;OID=.;OPOS=44924951;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.436508:53:129:55:126:71:30:25:27:44:99:69:29:24:27:42 chr11 44925038 . A G 825.4 PASS AF=0.536424;AO=81;DP=151;FAO=81;FDP=151;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0155517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.763;QD=21.865;RBI=0.0157479;REFB=-0.0208744;REVB=-0.00247786;RO=68;SAF=36;SAR=45;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466653;STB=0.532536;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0172132;OID=.;OPOS=44925038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:68:70:81:81:0.536424:45:36:34:34:45:36:36:34 chr11 44925359 . C CT 136.63 PASS AF=0.478261;AO=20;DP=48;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.130848;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.4005;QD=11.8808;RBI=0.196457;REFB=0.0369659;REVB=-0.14654;RO=26;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368808;STB=0.512304;STBP=0.91;TYPE=ins;VARB=-0.0375543;OID=.;OPOS=44925360;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:20:48:22:46:24:6:16:7:17:99:26:6:14:7:19 chr11 44940873 . G A,C 519.18 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=32,3;DP=35;FAO=33,3;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14,3;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195213,0.0168383;FXX=0.0270197;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.9578,141.591;QD=57.6862;RBI=0.070069,0.0201846;REFB=0,0;REVB=0.0672947,-0.0111306;RO=0;SAF=13,3;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00840322,0.0232892;OID=.,.;OPOS=44940873,44940873;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:35:36:0:0:32,3:33,3:0.916667,0.0833333:19,0:13,3:0:0:19,0:14,3:0:0 chr11 45670395 . C T 195.0 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0197321;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.624;QD=16.9561;RBI=0.0388491;REFB=-0.00829768;REVB=-0.0334649;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119952;STB=0.629824;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00745232;OID=.;OPOS=45670395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:26:20:20:0.434783:13:7:10:11:13:7:15:11 chr11 45672261 . A G 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0141679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.975;QD=9.8217;RBI=0.069443;REFB=0.0048688;REVB=-0.0679823;RO=23;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07195;STB=0.5434;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.0105434;OID=.;OPOS=45672261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:6:5:9:14:6:5:9:14 chr11 45793218 . G C 373.61 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0258508;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.4064;QD=18.0053;RBI=0.0583324;REFB=0.00694414;REVB=0.0522916;RO=44;SAF=20;SAR=19;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310174;STB=0.517318;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.00741432;OID=.;OPOS=45793218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:19:20:24:20:19:20:24:20 chr11 45834198 . T C 923.0 PASS AF=0.984615;AO=34;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.784;QD=56.8001;RBI=0.0238338;REFB=-0.0233967;REVB=0.0202875;RO=0;SAF=0;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000548052;OID=.;OPOS=45834198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:34:64:0.984615:34:0:0:0:36:28:1:0 chr11 45834201 . C T 327.92 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.000667454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.705;QD=20.4951;RBI=0.022006;REFB=-0.0234217;REVB=0.0219959;RO=30;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500691;STB=0.527761;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0240362;OID=.;OPOS=45834201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:19:15:15:15:19:15:15:15 chr11 45848271 . A G 34.44 PASS AF=0.09;AO=9;DP=100;FAO=9;FDP=100;FR=.;FRO=91;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=58;FWDB=-0.00819656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.066;QD=1.37755;RBI=0.0336151;REFB=-0.00374008;REVB=-0.0326005;RO=91;SAF=2;SAR=7;SRF=33;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185858;STB=0.652962;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0378114;OID=.;OPOS=45848271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:100:100:91:91:9:9:0.09:7:2:33:58:7:2:33:58 chr11 45848275 . T C 35.09 PASS AF=0.0927835;AO=9;DP=97;FAO=9;FDP=97;FR=.;FRO=88;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=55;FWDB=-0.00443627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.192;QD=1.44688;RBI=0.0326572;REFB=0.00159653;REVB=0.0323545;RO=86;SAF=2;SAR=7;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211234;STB=0.66356;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0200787;OID=.;OPOS=45848275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:97:97:86:88:9:9:0.0927835:7:2:33:53:7:2:33:55 chr11 45868849 . GCGGGC CGGGGC,GCGGGG,GCGGGGC 477.89 PASS AF=0,0,1;AO=4,2,29;DP=43;FAO=0,0,41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,14;FSAR=0,0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552311,0.0789377,0.0897225;FXX=0.0238039;HRUN=5,2,3;LEN=2,1,1;MLLD=6.12,8.80529,16.528;QD=46.623;RBI=0.0566032,0.0858221,0.13771;REFB=0,0,0;REVB=0.0123872,0.033679,0.104469;RO=6;SAF=4,0,7;SAR=0,2,22;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.742829,-0.562437,-0.0388558;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0,0,0.00684999;OID=.,.,.;OPOS=45868849,45868854,45868851;OREF=GC,C,-;OALT=CG,G,G;OMAPALT=CGGGGC,GCGGGG,GCGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:3:43:41:6:0:4,2,29:0,0,41:0,0,1:0,2,22:4,0,7:2:4:0,0,27:0,0,14:0:0 chr11 45889294 . G A 385.25 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00699692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.788;QD=17.9186;RBI=0.00828962;REFB=-0.0106852;REVB=0.00444534;RO=46;SAF=14;SAR=26;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149436;STB=0.583695;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00809352;OID=.;OPOS=45889294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:26:14:23:23:26:14:23:23 chr11 45903613 . A C 319.73 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0143224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.391;QD=30.45;RBI=0.0159958;REFB=-0.0478502;REVB=0.00712284;RO=14;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149908;STB=0.582596;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0273644;OID=.;OPOS=45903613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:26:26:0.619048:17:9:8:6:17:9:8:6 chr11 45903814 . A AGT,T 77.38 PASS AF=0.285714,0.107143;AO=7,4;DP=34;FAO=8,3;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2,0;FSAR=6,3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0823532,-0.06711;FXX=0.0344709;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=153.168,113.012;QD=11.0544;RBI=0.085887,0.069949;REFB=-0.0323833,-0.0395841;REVB=0.0243828,0.0197259;RO=23;SAF=1,0;SAR=6,4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.515148,-0.658352;STB=0.734096,0.996679;STBP=0.127,0.073;TYPE=ins,snp;VARB=0.0892989,0.100693;OID=.,.;OPOS=45903815,45903814;OREF=-,A;OALT=GT,T;OMAPALT=AGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:34:28:23:17:7,4:8,3:0.285714,0.107143:6,4:1,0:13:10:6,3:2,0:10:7 chr11 45935384 . A G 691.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.319;QD=61.4441;RBI=0.0379409;REFB=0;REVB=-0.0274612;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432689;OID=.;OPOS=45935384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:18:25:0:0:19:26:0:0 chr11 45937267 . C T 167.48 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00181941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.134;QD=41.8692;RBI=0.0225899;REFB=-0.101936;REVB=0.0225165;RO=1;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365123;STB=0.519974;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0021523;OID=.;OPOS=45937267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:12:3:0:1:12:3:0:1 chr11 45949534 . C T 768.88 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.789;QD=61.5103;RBI=0.012379;REFB=-0.0919919;REVB=-0.000694;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171068;STB=0.508768;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00106822;OID=.;OPOS=45949534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:50:1:1:48:49:0.98:21:27:1:0:21:28:1:0 chr11 46321676 . GC CG 41.91 PASS AF=0.214286;AO=3;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.17978;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=121.99;QD=3.99154;RBI=0.179967;REFB=-0.00565698;REVB=0.00821093;RO=30;SAF=3;SAR=0;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.591044;STB=0.888025;STBP=0.01;TYPE=mnp;VARB=0.113783;OID=.;OPOS=46321676;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:42:42:30:33:3:9:0.214286:0:3:12:18:1:8:13:20 chr11 46342081 . TG T 813.25 PASS AF=0.9875;AO=72;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00325603;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.8259;QD=40.6625;RBI=0.00370494;REFB=0.0554339;REVB=-0.00176771;RO=3;SAF=23;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00120646;STB=0.509432;STBP=0.278;TYPE=del;VARB=0.00168581;OID=.;OPOS=46342082;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.9875:72:79:79:80:1:26:53:1:0:7:3:23:49:1:2 chr11 46342259 . A AG 403.58 PASS AF=1;AO=29;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.206485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.8723;QD=42.4822;RBI=0.286407;REFB=0;REVB=0.198475;RO=8;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245879;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0149842;OID=.;OPOS=46342260;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:38:38:38:0:19:19:0:0:7:8:18:11:0:8 chr11 46702920 . T C 1145.22 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00516038;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.315;QD=57.986;RBI=0.0103494;REFB=-0.0570966;REVB=0.00897112;RO=2;SAF=33;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00349053;STB=0.501845;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-1.99126e-05;OID=.;OPOS=46702920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:44:33:1:1:44:33:1:1 chr11 46745003 . C T 217.8 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.025441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.197;QD=16.7541;RBI=0.0274758;REFB=0.0009287;REVB=-0.0103765;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564863;STB=0.522489;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00070104;OID=.;OPOS=46745003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:13:11:14:13:13:11:14:14 chr11 46801502 . T C 324.9 PASS AF=1;AO=19;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344455;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.9667;QD=54.1505;RBI=0.076401;REFB=0;REVB=0.0763233;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837995;OID=.;OPOS=46801502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:19:24:1:13:6:0:0:17:7:0:0 chr11 46879973 . A G 128.79 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00347608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.976;QD=12.5652;RBI=0.00532197;REFB=-0.00530647;REVB=-0.00402992;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555343;STB=0.503264;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0152186;OID=.;OPOS=46879973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:7:8:14:12:7:8:14:12 chr11 46879990 . T C 741.84 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.448;QD=63.1353;RBI=0.0849064;REFB=0;REVB=0.0824029;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254261;OID=.;OPOS=46879990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr11 46890165 . C T 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0270546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.453;QD=12.7408;RBI=0.0339525;REFB=-0.00698262;REVB=-0.0205139;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930819;STB=0.555418;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00778668;OID=.;OPOS=46890165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:4:6:4:4:4:6 chr11 46890197 . G A 33.46 PASS AF=0.375;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00644103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9464;QD=8.36403;RBI=0.124672;REFB=-0.0220499;REVB=0.124505;RO=9;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046104;STB=0.545299;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.106955;OID=.;OPOS=46890197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:14:16:9:10:5:6:0.375:3:2:4:5:4:2:4:6 chr11 46893108 . T C 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0447726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.628;QD=17.501;RBI=0.0451032;REFB=-0.0021606;REVB=0.00545111;RO=28;SAF=4;SAR=22;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194827;STB=0.611015;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00181205;OID=.;OPOS=46893108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:22:4:8:20:22:4:8:20 chr11 46897446 . G A 860.88 PASS AF=0.537975;AO=85;DP=158;FAO=85;FDP=158;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.0121278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.417;QD=21.7943;RBI=0.0141397;REFB=-0.0224048;REVB=0.00726969;RO=73;SAF=42;SAR=43;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10523;STB=0.557481;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0154177;OID=.;OPOS=46897446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:73:73:85:85:0.537975:43:42:27:46:43:42:27:46 chr11 46898771 . T C 553.23 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0132403;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5823;QD=18.1387;RBI=0.0204374;REFB=-0.0141724;REVB=0.0155686;RO=63;SAF=25;SAR=33;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102352;STB=0.552793;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0180995;OID=.;OPOS=46898771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:63:64:58:58:0.47541:33:25:34:29:33:25:34:30 chr11 46907982 . C T 207.84 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0435572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4288;QD=17.6883;RBI=0.0477216;REFB=0.000506025;REVB=-0.0194968;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324837;STB=0.518501;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.000214291;OID=.;OPOS=46907982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:12:9:12:14:12:9:12:14 chr11 46914583 . T C 519.96 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2581;QD=59.4243;RBI=0.138631;REFB=0;REVB=-0.0470682;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0030238;OID=.;OPOS=46914583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr11 46914598 . A G 616.88 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179988;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7957;QD=61.6875;RBI=0.031362;REFB=0;REVB=0.025683;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61129e-05;OID=.;OPOS=46914598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr11 46969616 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.57;QD=56.9989;RBI=0.0314526;REFB=0;REVB=0.0300045;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38235e-05;OID=.;OPOS=46969616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr11 47185680 . G A 93.43 PASS AF=0.315789;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0374541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.251;QD=9.83511;RBI=0.0374689;REFB=-0.0316142;REVB=0.00105571;RO=26;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0080845;STB=0.526272;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0516378;OID=.;OPOS=47185680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:38:26:26:11:12:0.315789:5:6:14:12:6:6:14:12 chr11 47188314 . T C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.491;QD=61.3755;RBI=0.0499406;REFB=0;REVB=0.00415751;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2232e-05;OID=.;OPOS=47188314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:46:34:0:0:46:34:0:0 chr11 47188411 . C T 414.68 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00506369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.682;QD=16.7548;RBI=0.0116109;REFB=0.000331991;REVB=-0.0104485;RO=56;SAF=19;SAR=24;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228161;STB=0.512815;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.000532691;OID=.;OPOS=47188411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:24:19:26:30:24:19:26:30 chr11 47196982 . C T 168.66 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0400744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.276;QD=16.0631;RBI=0.0403279;REFB=-0.00304929;REVB=0.00451414;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137426;STB=0.57886;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00320165;OID=.;OPOS=47196982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:10:8:14:10:10:8:14:10 chr11 47238522 . T C 749.54 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.513;QD=56.5692;RBI=0.0648507;REFB=0;REVB=0.0113681;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324066;OID=.;OPOS=47238522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:24:27:0:0:24:29:0:0 chr11 47266762 . G A 207.47 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.000787591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.691;QD=24.4084;RBI=0.0172823;REFB=0.00231894;REVB=0.0172644;RO=14;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343833;STB=0.519211;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00198817;OID=.;OPOS=47266762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:5:15:10:4:5:15:10:4 chr11 47266808 . T G 226.41 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0016159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.819;QD=17.0876;RBI=0.00725126;REFB=-0.0190931;REVB=-0.00706892;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116764;STB=0.557797;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0277851;OID=.;OPOS=47266808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:28:25:25:0.471698:9:16:14:13:9:16:15:13 chr11 47267079 . C T 119.11 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.079785;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6082;QD=12.5378;RBI=0.0798615;REFB=-0.0142681;REVB=-0.00349495;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363284;STB=0.71398;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0156799;OID=.;OPOS=47267079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:4:10:9:15:4:10:9:15 chr11 47269129 . C T 464.09 PASS AF=0.535714;AO=44;DP=83;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00152475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5591;QD=22.0993;RBI=0.00184817;REFB=-0.0123223;REVB=-0.00104446;RO=39;SAF=18;SAR=26;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677488;STB=0.541445;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0108765;OID=.;OPOS=47269129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:39:39:44:45:0.535714:26:18:19:20:27:18:19:20 chr11 47269159 . T C 1492.44 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0318463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.144;QD=58.5269;RBI=0.0320237;REFB=0.0931685;REVB=0.00336578;RO=0;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25502e-08;STB=0.506023;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00649922;OID=.;OPOS=47269159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:0:1:101:101:0.990196:60:41:0:0:60:41:1:0 chr11 47270255 . C T 1553.41 PASS AF=1;AO=78;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335449;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.4183;QD=63.4044;RBI=0.0579971;REFB=0;REVB=-0.0473118;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55414e-05;OID=.;OPOS=47270255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:78:98:1:47:31:0:0:51:47:0:0 chr11 47282024 . C T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00303152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.415;QD=15.196;RBI=0.0161558;REFB=-0.0051562;REVB=0.0158688;RO=26;SAF=13;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126506;STB=0.573444;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0103376;OID=.;OPOS=47282024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:5:13:16:10:5:13:16:10 chr11 47306585 . G A 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00216605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.336;QD=15.7381;RBI=0.0165988;REFB=-0.0027562;REVB=0.0164569;RO=36;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236646;STB=0.51336;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00376702;OID=.;OPOS=47306585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:13:16:19:17:13:16:19:17 chr11 47331116 . T C 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0099521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.463;QD=57.1047;RBI=0.0171842;REFB=0;REVB=0.0140091;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38354e-05;OID=.;OPOS=47331116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr11 47346145 . G A 409.98 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0367999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.739;QD=18.6355;RBI=0.0396271;REFB=-0.0296976;REVB=-0.0146996;RO=46;SAF=20;SAR=22;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802469;STB=0.544641;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0293282;OID=.;OPOS=47346145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:22:20:18:28:22:20:18:28 chr11 47354787 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.417;QD=57.8849;RBI=0.0198456;REFB=0;REVB=0.00856257;RO=0;SAF=17;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37966e-05;OID=.;OPOS=47354787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:43:17:0:0:43:17:0:0 chr11 47358997 . G A 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.000233477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.318;QD=14.977;RBI=0.0323994;REFB=-4.29864e-05;REVB=0.0323986;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539815;STB=0.814204;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000443452;OID=.;OPOS=47358997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:8:2:9:2:8:2:9:2 chr11 47364762 . A G 865.87 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218641;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.65;QD=57.7244;RBI=0.0352343;REFB=0;REVB=0.02763;RO=0;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33476e-06;OID=.;OPOS=47364762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:19:40:0:0:19:41:0:0 chr11 47431728 . A G 606.13 PASS AF=0.914894;AO=40;DP=44;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0225207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7716;QD=51.5858;RBI=0.0291744;REFB=-0.0260914;REVB=0.0185463;RO=2;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407438;STB=0.539982;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00933377;OID=.;OPOS=47431728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:44:47:2:4:40:43:0.914894:22:18:0:2:23:20:0:4 chr11 47434986 . G A 190.55 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.014775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.199;QD=13.372;RBI=0.0628688;REFB=-0.0529635;REVB=0.061108;RO=33;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667556;STB=0.512728;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0630187;OID=.;OPOS=47434986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:34:22:23:0.403509:14:8:14:19:14:9:14:20 chr11 47460262 . CA AC 31.71 PASS AF=0.131579;AO=5;DP=38;FAO=5;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.00199533;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=89.3037;QD=3.33753;RBI=0.0620791;REFB=-0.000894874;REVB=-0.062047;RO=22;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561983;STB=0.914227;STBP=0.249;TYPE=mnp;VARB=0.0177647;OID=.;OPOS=47460262;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:38:38:22:32:5:5:0.131579:1:4:6:16:1:4:6:26 chr11 47460306 . A G 280.23 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0427215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0678;QD=16.7303;RBI=0.0427217;REFB=-0.0145269;REVB=0.000134503;RO=35;SAF=6;SAR=25;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334736;STB=0.699158;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0115358;OID=.;OPOS=47460306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:25:6:17:18:25:6:18:18 chr11 47469439 . A G 496.56 PASS AF=0.461538;AO=53;DP=116;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0165967;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.893;QD=16.9765;RBI=0.0248882;REFB=-0.0209371;REVB=-0.0185465;RO=62;SAF=30;SAR=23;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156814;STB=0.584875;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0271828;OID=.;OPOS=47469439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:62:63:53:54:0.461538:23:30:25:37:24:30:25:38 chr11 47579103 . CCG ATA 106.12 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119382;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=3;MLLD=346.704;QD=42.4493;RBI=0.0119382;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.97594e-05;OID=.;OPOS=47579103;OREF=CCG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr11 47579119 . A T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00772764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.44;QD=62.9829;RBI=0.0147275;REFB=0;REVB=0.0125373;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25887e-05;OID=.;OPOS=47579119;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr11 47593945 . A C 897.97 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.865;QD=57.0138;RBI=0.0496849;REFB=0;REVB=0.0491852;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142045;OID=.;OPOS=47593945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:31:32:0:0 chr11 47609867 . G A 1381.35 PASS AF=0.942308;AO=98;DP=104;FAO=98;FDP=104;FR=.;FRO=6;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0279324;FXX=0.0188661;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.809;QD=53.1287;RBI=0.0537174;REFB=-0.0972876;REVB=0.0458839;RO=5;SAF=34;SAR=64;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452554;STB=0.520099;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.000979973;OID=.;OPOS=47609867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:104:104:5:6:98:98:0.942308:64:34:4:1:64:34:4:2 chr11 47681369 . A AG 123.03 PASS AF=1;AO=2;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500749;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=289.761;QD=41.0111;RBI=0.0705683;REFB=0;REVB=0.0497232;RO=10;SAF=1;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213474;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000207472;OID=.;OPOS=47681370;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:12:12:12:0:8:4:0:0:4:10:1:1:7:3 chr11 47681370 . T G 91.79 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0229233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.362;QD=30.5951;RBI=0.0577423;REFB=-0.0504976;REVB=0.0529971;RO=2;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680994;STB=0.538382;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000524047;OID=.;OPOS=47681370;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:3:7:1:1:3:7:1:1 chr11 47748509 . T C 683.44 PASS AF=0.98;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120696;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4671;QD=54.6754;RBI=0.0411923;REFB=-0.0213748;REVB=0.0393844;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.511107;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00024053;OID=.;OPOS=47748509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:50:0:1:49:49:0.98:27:22:0:0:27:22:1:0 chr11 47826090 . A C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.265;QD=60.9786;RBI=0.03774;REFB=0;REVB=0.0372577;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57066e-05;OID=.;OPOS=47826090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr11 47834592 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.204;QD=51.9166;RBI=0.0216589;REFB=0;REVB=0.011179;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.96189e-05;OID=.;OPOS=47834592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr11 47857253 . T C 420.0 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0889725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2612;QD=52.5;RBI=0.0920014;REFB=0.023572;REVB=0.0234124;RO=1;SAF=3;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132075;STB=0.571377;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00185536;OID=.;OPOS=47857253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:1:1:29:31:0.96875:26:3:1:0:28:3:1:0 chr11 48145247 . T C 592.75 PASS AF=0.488;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.00933131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.045;QD=18.9679;RBI=0.0166298;REFB=-0.011119;REVB=0.013765;RO=63;SAF=36;SAR=25;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13463;STB=0.57065;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0121404;OID=.;OPOS=48145247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:63:64:61:61:0.488:25:36:28:35:25:36:29:35 chr11 48145375 . A C 318.5 PASS AF=0.5;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0114576;FXX=0.0422476;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5479;QD=18.7352;RBI=0.0973027;REFB=-0.0150586;REVB=0.0966258;RO=37;SAF=12;SAR=21;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266985;STB=0.617578;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0173796;OID=.;OPOS=48145375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:37:34:33:34:0.5:21:12:24:13:21:13:21:13 chr11 48146622 . G A 466.12 PASS AF=0.42623;AO=52;DP=122;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.020585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.721;QD=15.2827;RBI=0.0210464;REFB=-0.0048991;REVB=-0.00438279;RO=70;SAF=29;SAR=23;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593052;STB=0.533278;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00684288;OID=.;OPOS=48146622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:70:70:52:52:0.42623:23:29:35:35:23:29:35:35 chr11 48164532 . C G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00629523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8895;QD=12.7295;RBI=0.0446733;REFB=-0.0423708;REVB=0.0442275;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196246;STB=0.615148;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0436047;OID=.;OPOS=48164532;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:3:9:5:4:3:9 chr11 48185115 . G A 163.02 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.00242697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.486;QD=9.18394;RBI=0.0509955;REFB=-0.0242116;REVB=0.0509377;RO=47;SAF=13;SAR=9;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165632;STB=0.590894;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0482111;OID=.;OPOS=48185115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:49:22:22:0.309859:9:13:34:13:9:13:35:14 chr11 48190383 . A T 742.57 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.605;QD=54.0052;RBI=0.0180166;REFB=-0.0652214;REVB=0.010765;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.507934;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00124905;OID=.;OPOS=48190383;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:55:0:1:52:54:0.981818:29:23:0:0:31:23:0:1 chr11 48190527 . T C 766.37 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9887;QD=63.8644;RBI=0.0107703;REFB=0;REVB=0.000723362;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011522;OID=.;OPOS=48190527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr11 48238421 . T G 1513.35 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.741;QD=59.9348;RBI=0.0444018;REFB=0;REVB=0.0326862;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137282;OID=.;OPOS=48238421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:50:51:0:0:50:51:0:0 chr11 48238549 . G A 1752.06 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135952;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.392;QD=60.9411;RBI=0.0274331;REFB=0;REVB=0.0238274;RO=0;SAF=49;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.49054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352252;OID=.;OPOS=48238549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:66:49:0:0:66:49:0:0 chr11 48239182 . C A 283.71 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.601;QD=51.583;RBI=0.0179415;REFB=0;REVB=0.00571494;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274862;OID=.;OPOS=48239182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:11:11:0:0 chr11 48267589 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0093048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8602;QD=40.7622;RBI=0.0514889;REFB=0;REVB=0.0506412;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185773;OID=.;OPOS=48267589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr11 48285842 . A G 1185.6 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.982;QD=60.8001;RBI=0.0518287;REFB=0;REVB=0.0489796;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17328e-05;OID=.;OPOS=48285842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:78:0:0:73:78:1:34:39:0:0:38:40:0:0 chr11 48328644 . C T 746.5 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.613;QD=63.5321;RBI=0.0264653;REFB=0;REVB=0.00452638;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.63926e-05;OID=.;OPOS=48328644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr11 48346513 . T C 49.27 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0072278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5151;QD=3.23052;RBI=0.0219497;REFB=0.00565011;REVB=0.0207255;RO=49;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307074;STB=0.531066;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.0231616;OID=.;OPOS=48346513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:49:52:9:9:0.147541:5:4:23:26:5:4:25:27 chr11 48346523 . C T 59.08 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00741519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0207;QD=3.42483;RBI=0.0248719;REFB=-0.00544113;REVB=0.0237408;RO=57;SAF=7;SAR=4;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117736;STB=0.573634;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0239186;OID=.;OPOS=48346523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:69:69:57:58:11:11:0.15942:4:7:31:26:4:7:32:26 chr11 48346535 . G C 87.85 PASS AF=0.194805;AO=15;DP=77;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.094557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3042;QD=4.56388;RBI=0.0978246;REFB=-0.0198655;REVB=-0.0250723;RO=62;SAF=11;SAR=4;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26659;STB=0.673227;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0787274;OID=.;OPOS=48346535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:77:77:62:62:15:15:0.194805:4:11:33:29:4:11:33:29 chr11 48346541 . A T 80.93 PASS AF=0.189189;AO=13;DP=74;FAO=14;FDP=74;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.015345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.935;QD=4.37486;RBI=0.0366849;REFB=-0.0165388;REVB=-0.0333214;RO=60;SAF=10;SAR=3;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333188;STB=0.736042;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0388727;OID=.;OPOS=48346541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:74:74:60:60:13:14:0.189189:3:10:31:29:3:11:31:29 chr11 48346547 . C T 103.72 PASS AF=0.204819;AO=17;DP=83;FAO=17;FDP=83;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0115934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.127;QD=4.99857;RBI=0.0119057;REFB=-0.00130662;REVB=-0.00270899;RO=66;SAF=13;SAR=4;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379395;STB=0.74202;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00222767;OID=.;OPOS=48346547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:66:66:17:17:0.204819:4:13:31:35:4:13:31:35 chr11 48346551 . C A 150.06 PASS AF=0.244444;AO=21;DP=89;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0196848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.887;QD=6.66941;RBI=0.0330006;REFB=-0.0100899;REVB=-0.0264868;RO=67;SAF=16;SAR=5;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397057;STB=0.75649;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0327834;OID=.;OPOS=48346551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:67:68:21:22:0.244444:5:16:30:37:5:17:30:38 chr11 48346579 . C A 343.46 PASS AF=0.368421;AO=37;DP=110;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0115237;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.958;QD=12.0512;RBI=0.0164307;REFB=-0.0190996;REVB=-0.011712;RO=71;SAF=31;SAR=6;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467026;STB=0.765166;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0369124;OID=.;OPOS=48346579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:114:71:72:37:42:0.368421:6:31:34:37:7:35:34:38 chr11 48346588 . A C 370.39 PASS AF=0.362903;AO=45;DP=124;FAO=45;FDP=124;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.00396668;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.418;QD=11.948;RBI=0.012704;REFB=-0.015091;REVB=-0.0120688;RO=79;SAF=36;SAR=9;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409323;STB=0.736348;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0199091;OID=.;OPOS=48346588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:79:79:45:45:0.362903:9:36:37:42:9:36:37:42 chr11 48346604 . T G 427.84 PASS AF=0.379845;AO=47;DP=131;FAO=49;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.0183283;FXX=0.015266;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.518;QD=13.2662;RBI=0.0406996;REFB=-0.0156556;REVB=-0.0363391;RO=56;SAF=36;SAR=11;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261375;STB=0.709313;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0212215;OID=.;OPOS=48346604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:56:79:47:49:0.379845:11:36:30:26:11:38:37:42 chr11 48346615 . G A 469.57 PASS AF=0.369863;AO=54;DP=146;FAO=54;FDP=146;FR=.;FRO=92;FSAF=44;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=-0.0135986;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8887;QD=12.865;RBI=0.0285615;REFB=0.00533321;REVB=-0.0251165;RO=85;SAF=44;SAR=10;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402201;STB=0.754183;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00975833;OID=.;OPOS=48346615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:85:92:54:54:0.369863:10:44:42:43:10:44:42:50 chr11 48346660 . TTTGCTGATC T 282.11 PASS AF=0.348101;AO=49;DP=166;FAO=55;FDP=158;FR=.;FRO=103;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=0.0111798;FXX=0.030673;HRUN=5;LEN=9;MLLD=314.199;QD=7.14193;RBI=0.0224254;REFB=-0.00389812;REVB=-0.0194399;RO=100;SAF=34;SAR=15;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235954;STB=0.659679;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.0112265;OID=.;OPOS=48346661;OREF=TTGCTGATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348101:49:166:55:158:103:39:16:49:54:99:100:34:15:50:50 chr11 48346681 . G A 496.58 PASS AF=0.329787;AO=62;DP=187;FAO=62;FDP=188;FR=.;FRO=126;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=64;FSRR=62;FWDB=0.00379918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.888;QD=10.5655;RBI=0.00393298;REFB=-0.0104033;REVB=0.00101712;RO=125;SAF=44;SAR=18;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253051;STB=0.644168;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0124769;OID=.;OPOS=48346681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:125:126:62:62:0.329787:18:44:63:62:18:44:64:62 chr11 48346729 . G C 383.91 PASS AF=0.315152;AO=49;DP=163;FAO=52;FDP=165;FR=.;FRO=113;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=60;FSRR=53;FWDB=0.000967944;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.365;QD=9.30679;RBI=0.00572616;REFB=-0.0088703;REVB=-0.00564376;RO=114;SAF=22;SAR=27;SRF=60;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925762;STB=0.534329;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0198552;OID=.;OPOS=48346729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:114:113:49:52:0.315152:27:22:60:54:27:25:60:53 chr11 48346791 . C T 311.04 PASS AF=0.330645;AO=37;DP=121;FAO=41;FDP=124;FR=.;FRO=83;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=0.0026988;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.385;QD=10.0334;RBI=0.0057027;REFB=-0.0155859;REVB=0.00502367;RO=81;SAF=14;SAR=23;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235862;STB=0.62494;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0269108;OID=.;OPOS=48346791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:81:83:37:41:0.330645:23:14:47:34:25:16:48:35 chr11 48346822 . A C 206.89 PASS AF=0.293478;AO=27;DP=93;FAO=27;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00266931;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.878;QD=8.99519;RBI=0.00897535;REFB=0.00431505;REVB=0.00856923;RO=63;SAF=11;SAR=16;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174947;STB=0.592524;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00864112;OID=.;OPOS=48346822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:63:65:27:27:0.293478:16:11:35:28:16:11:35:30 chr11 48346843 . C T 201.47 PASS AF=0.320988;AO=27;DP=84;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00434118;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.338;QD=9.94894;RBI=0.00440315;REFB=-0.0108375;REVB=0.000736126;RO=54;SAF=11;SAR=16;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043391;STB=0.548981;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0212497;OID=.;OPOS=48346843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:81:54:55:27:26:0.320988:16:11:24:30:16:10:25:30 chr11 48346916 . G C 400.45 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=119;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0058902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1472;QD=13.3483;RBI=0.00927585;REFB=-0.00901458;REVB=0.00716568;RO=72;SAF=23;SAR=24;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262057;STB=0.518957;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0129434;OID=.;OPOS=48346916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:72:73:47:47:0.391667:24:23:37:35:24:23:38:35 chr11 48346924 . T C 447.57 PASS AF=0.401575;AO=50;DP=125;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.00105268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.236;QD=14.0968;RBI=0.0725331;REFB=-0.00489187;REVB=0.0725254;RO=75;SAF=26;SAR=24;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141934;STB=0.517767;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00946175;OID=.;OPOS=48346924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:75:76:50:51:0.401575:24:26:40:35:25:26:41:35 chr11 48346932 . G A 467.16 PASS AF=0.395522;AO=53;DP=134;FAO=53;FDP=134;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.00272255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.273;QD=13.945;RBI=0.00272296;REFB=-0.00782323;REVB=4.69971e-05;RO=80;SAF=29;SAR=24;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00304263;STB=0.505118;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00691602;OID=.;OPOS=48346932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:80:81:53:53:0.395522:24:29:44:36:24:29:45:36 chr11 48346961 . AA TG 467.18 PASS AF=0.395522;AO=53;DP=134;FAO=53;FDP=134;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.00175618;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=210.406;QD=13.9457;RBI=0.0165368;REFB=-0.0165786;REVB=-0.0164433;RO=80;SAF=31;SAR=22;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514403;STB=0.533244;STBP=0.54;TYPE=mnp;VARB=0.0261058;OID=.;OPOS=48346961;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:80:81:53:53:0.395522:22:31:43:37:22:31:43:38 chr11 48346999 . T G 514.08 PASS AF=0.395833;AO=57;DP=145;FAO=57;FDP=144;FR=.;FRO=87;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=0.028957;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1302;QD=14.2801;RBI=0.0296387;REFB=-0.0139584;REVB=-0.00632025;RO=87;SAF=36;SAR=21;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101646;STB=0.550441;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0216386;OID=.;OPOS=48346999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:87:87:57:57:0.395833:21:36:47:40:21:36:48:39 chr11 48347014 . G A 452.91 PASS AF=0.353333;AO=53;DP=150;FAO=53;FDP=150;FR=.;FRO=97;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=0.0526797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.728;QD=12.0777;RBI=0.0527169;REFB=-0.00416403;REVB=-0.00197904;RO=92;SAF=33;SAR=20;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912152;STB=0.544366;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0448784;OID=.;OPOS=48347014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:92:97:53:53:0.353333:20:33:50:42:20:33:54:43 chr11 48347023 . C T 489.34 PASS AF=0.381944;AO=50;DP=145;FAO=55;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=88;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=0.0136114;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.422;QD=13.5927;RBI=0.0226975;REFB=-0.0177799;REVB=-0.0181633;RO=67;SAF=32;SAR=18;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307322;STB=0.546347;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0267837;OID=.;OPOS=48347023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:67:88:50:55:0.381944:18:32:41:26:21:34:48:40 chr11 48347067 . C T 360.29 PASS AF=0.330882;AO=45;DP=136;FAO=45;FDP=136;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=-0.014422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.574;QD=10.5967;RBI=0.0316371;REFB=-0.0260865;REVB=-0.0281587;RO=91;SAF=30;SAR=15;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130889;STB=0.575882;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0461403;OID=.;OPOS=48347067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:91:91:45:45:0.330882:15:30:51:40:15:30:51:40 chr11 48347100 . C T 198.01 PASS AF=0.266055;AO=29;DP=109;FAO=29;FDP=109;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0338342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.577;QD=7.26648;RBI=0.036966;REFB=-0.00690526;REVB=-0.0148905;RO=80;SAF=23;SAR=6;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338578;STB=0.705985;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0521454;OID=.;OPOS=48347100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:80:80:29:29:0.266055:6:23:44:36:6:23:44:36 chr11 48347124 . A G 130.49 PASS AF=0.229885;AO=20;DP=85;FAO=20;FDP=87;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0528476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4005;QD=5.99949;RBI=0.0810362;REFB=-0.020496;REVB=-0.0614328;RO=65;SAF=14;SAR=6;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264901;STB=0.654517;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0650467;OID=.;OPOS=48347124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:65:67:20:20:0.229885:6:14:32:33:6:14:34:33 chr11 48347130 . C G 113.81 PASS AF=0.219512;AO=18;DP=82;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.00158079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9701;QD=5.55182;RBI=0.0139522;REFB=0.00206529;REVB=0.0138624;RO=64;SAF=12;SAR=6;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193721;STB=0.62171;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00664747;OID=.;OPOS=48347130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:64:64:18:18:0.219512:6:12:33:31:6:12:33:31 chr11 48347140 . T C 1245.03 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.27;QD=61.4829;RBI=0.0541601;REFB=0;REVB=-0.00571485;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120601;OID=.;OPOS=48347140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr11 48347142 . C T 130.46 PASS AF=0.224719;AO=20;DP=89;FAO=20;FDP=89;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.00938606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.503;QD=5.86348;RBI=0.0211947;REFB=-0.00156863;REVB=-0.0190031;RO=67;SAF=14;SAR=6;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195831;STB=0.613021;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0047309;OID=.;OPOS=48347142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:67:69:20:20:0.224719:6:14:37:30:6:14:39:30 chr11 48347144 . T C 132.46 PASS AF=0.235294;AO=20;DP=85;FAO=20;FDP=85;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0141038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.369;QD=6.23318;RBI=0.0173819;REFB=-0.0129605;REVB=-0.0101595;RO=65;SAF=14;SAR=6;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155816;STB=0.596798;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0208201;OID=.;OPOS=48347144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:65:65:20:20:0.235294:6:14:38:27:6:14:38:27 chr11 48347267 . T C 313.29 PASS AF=0.308271;AO=41;DP=133;FAO=41;FDP=133;FR=.;FRO=92;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=58;FSRR=34;FWDB=-0.010298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.529;QD=9.42216;RBI=0.0103565;REFB=0.000861201;REVB=0.00109976;RO=91;SAF=19;SAR=22;SRF=57;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191467;STB=0.61416;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00398175;OID=.;OPOS=48347267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:91:92:41:41:0.308271:22:19:57:34:22:19:58:34 chr11 48347306 . G T 245.12 PASS AF=0.265152;AO=35;DP=133;FAO=35;FDP=132;FR=.;FRO=97;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=60;FSRR=37;FWDB=-0.0102823;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.751;QD=7.42783;RBI=0.0103602;REFB=-0.00832954;REVB=0.00126772;RO=98;SAF=15;SAR=20;SRF=60;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2235;STB=0.636867;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0238061;OID=.;OPOS=48347306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:98:97:35:35:0.265152:20:15:60:38:20:15:60:37 chr11 48347342 . G A 230.6 PASS AF=0.275;AO=33;DP=120;FAO=33;FDP=120;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.0470846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.499;QD=7.68668;RBI=0.0535116;REFB=-0.00860629;REVB=-0.025427;RO=84;SAF=14;SAR=19;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21879;STB=0.615891;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0184418;OID=.;OPOS=48347342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:84:87:33:33:0.275:19:14:51:33:19:14:51:36 chr11 48347346 . A T 242.65 PASS AF=0.285714;AO=33;DP=117;FAO=34;FDP=119;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=-0.0311714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.932;QD=8.15613;RBI=0.0315064;REFB=-0.0155082;REVB=-0.00458241;RO=81;SAF=14;SAR=19;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200436;STB=0.624318;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0476135;OID=.;OPOS=48347346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:81:85:33:34:0.285714:19:14:48:33:20:14:50:35 chr11 48347358 . C T 226.75 PASS AF=0.305556;AO=30;DP=102;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0148392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6866;QD=8.39796;RBI=0.0150596;REFB=-0.0272719;REVB=0.00256683;RO=70;SAF=9;SAR=21;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324647;STB=0.636281;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0094003;OID=.;OPOS=48347358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:108:70:75:30:33:0.305556:21:9:40:30:21:12:42:33 chr11 48347363 . C T 246.25 PASS AF=0.313725;AO=32;DP=102;FAO=32;FDP=102;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0211516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.262;QD=9.65692;RBI=0.0237509;REFB=-0.00776137;REVB=-0.0108036;RO=70;SAF=11;SAR=21;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267034;STB=0.656152;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.013527;OID=.;OPOS=48347363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:70:70:32:32:0.313725:21:11:40:30:21:11:40:30 chr11 48347392 . T C 149.3 PASS AF=0.3;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0116347;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.181;QD=8.53148;RBI=0.0116837;REFB=-0.0130177;REVB=0.00106908;RO=49;SAF=9;SAR=12;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963917;STB=0.557322;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0440021;OID=.;OPOS=48347392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:49:49:21:21:0.3:12:9:25:24:12:9:25:24 chr11 48347419 . A G 129.6 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0153323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1551;QD=9.59988;RBI=0.0698531;REFB=-0.00221373;REVB=0.0681497;RO=37;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117703;STB=0.570092;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00481344;OID=.;OPOS=48347419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:10:7:19:18:10:7:19:18 chr11 48347492 . G A 77.84 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0187756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2573;QD=14.1522;RBI=0.0218873;REFB=-0.012393;REVB=-0.0112486;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502873;STB=0.529355;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0155508;OID=.;OPOS=48347492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:2:10:8:2:2:10 chr11 48347498 . A T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00934578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.426;QD=12.73;RBI=0.0111717;REFB=-0.0193131;REVB=-0.00612081;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820699;STB=0.548286;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0242724;OID=.;OPOS=48347498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:2:10:7:2:2:10 chr11 48366958 . T G 195.08 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00298997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.613;QD=14.1879;RBI=0.00937276;REFB=-0.00550864;REVB=0.00888306;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195363;STB=0.591758;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00264474;OID=.;OPOS=48366958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:32:23:23:0.418182:10:13:11:19:10:13:13:19 chr11 48366971 . GG CA 195.18 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00199112;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=2;MLLD=318.022;QD=14.1947;RBI=0.00440637;REFB=-0.00678984;REVB=-0.00393085;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191781;STB=0.609282;STBP=0.185;TYPE=mnp;VARB=0.00946263;OID=.;OPOS=48366971;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:32:32:23:23:0.418182:10:13:12:20:10:13:12:20 chr11 48367050 . T TAG 147.16 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.000555297;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.161;QD=11.3196;RBI=0.00815285;REFB=-0.0189402;REVB=0.00813392;RO=34;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370184;STB=0.521715;STBP=0.845;TYPE=ins;VARB=0.02971;OID=.;OPOS=48367051;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:18:52:18:52:34:10:8:20:14:99:34:10:8:20:14 chr11 48367073 . A C 545.27 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00888087;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.216;QD=57.3973;RBI=0.021729;REFB=-0.0045509;REVB=0.0198313;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=5.70316e-05;OID=.;OPOS=48367073;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:36:37:0.973684:16:20:0:0:17:20:1:0 chr11 48367097 . A G 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.020033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.565;QD=4.70127;RBI=0.0286632;REFB=-0.0191029;REVB=-0.0205001;RO=29;SAF=6;SAR=1;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.53061;STB=0.856124;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0541032;OID=.;OPOS=48367097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:1:6:12:17:1:6:12:17 chr11 48367170 . G A 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.030715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6147;QD=5.78779;RBI=0.0885463;REFB=-0.0133329;REVB=-0.0830484;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109374;STB=0.571225;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0308949;OID=.;OPOS=48367170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:4:3:12:11:4:3:12:11 chr11 48367190 . A T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00530576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.91;QD=9.10009;RBI=0.00534085;REFB=-0.0101496;REVB=0.00061126;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905072;STB=0.555432;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0153886;OID=.;OPOS=48367190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:10:9:5:4:10:9 chr11 48367195 . C T 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0192841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.735;QD=7.95465;RBI=0.0372155;REFB=-0.00153532;REVB=-0.0318294;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618928;STB=0.518472;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0220353;OID=.;OPOS=48367195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:4:4:8:10:4:4:9:10 chr11 48367249 . C T 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0126145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.737;QD=10.2708;RBI=0.0126544;REFB=-0.00134357;REVB=-0.00100462;RO=31;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124388;STB=0.615618;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00197149;OID=.;OPOS=48367249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:35:16:16:0.313725:10:6:15:16:10:6:19:16 chr11 48367252 . G A 149.5 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.023748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0615;QD=11.9601;RBI=0.0541066;REFB=0.0128054;REVB=-0.0486165;RO=33;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149475;STB=0.588131;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0265625;OID=.;OPOS=48367252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:10:7:18:15:10:7:18:15 chr11 48367311 . T C 300.3 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00366132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8534;QD=16.2324;RBI=0.014417;REFB=-0.0193931;REVB=-0.0139443;RO=39;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219503;STB=0.623687;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0225063;OID=.;OPOS=48367311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:41:33:33:0.445946:21:12:23:16:21:12:24:17 chr11 48367363 . C T 264.47 PASS AF=0.3875;AO=30;DP=77;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0662531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5833;QD=13.2235;RBI=0.0665775;REFB=-0.0420199;REVB=-0.00656425;RO=47;SAF=11;SAR=19;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243809;STB=0.61283;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0669877;OID=.;OPOS=48367363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:47:49:30:31:0.3875:19:11:28:19:19:12:28:21 chr11 48367387 . C T 210.49 PASS AF=0.366197;AO=25;DP=69;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0846144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7978;QD=11.8586;RBI=0.0849413;REFB=-0.018251;REVB=0.00744595;RO=44;SAF=9;SAR=16;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158341;STB=0.567575;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0347382;OID=.;OPOS=48367387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:44:45:25:26:0.366197:16:9:22:22:16:10:22:23 chr11 48367419 . G A 202.0 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0346798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.52;QD=12.0596;RBI=0.0353771;REFB=-0.00845727;REVB=-0.00698948;RO=42;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785921;STB=0.545418;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0206849;OID=.;OPOS=48367419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:16:9:18:24:16:9:18:24 chr11 48367424 . C G 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00230965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.109;QD=12.5662;RBI=0.00754208;REFB=0.00722778;REVB=-0.00717973;RO=40;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100823;STB=0.558092;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0159761;OID=.;OPOS=48367424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:16:9:18:22:16:9:18:22 chr11 48367455 . G A 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0014571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.284;QD=11.6171;RBI=0.00356182;REFB=0.00342541;REVB=-0.00325014;RO=34;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119253;STB=0.569647;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.0049576;OID=.;OPOS=48367455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:11:8:18:16:11:8:18:16 chr11 48367469 . TG CA 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00776398;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.559;QD=11.0159;RBI=0.0141852;REFB=-0.0281853;REVB=-0.0118718;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799514;STB=0.547552;STBP=0.695;TYPE=mnp;VARB=0.0362112;OID=.;OPOS=48367469;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:12:16:7:7:12:16 chr11 48367474 . A G 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0611393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.112;QD=12.0207;RBI=0.0611465;REFB=-0.0127995;REVB=0.000938578;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216762;STB=0.512802;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0183014;OID=.;OPOS=48367474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:12:13:7:7:12:13 chr11 48367499 . A G 73.82 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0203555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.068;QD=9.84272;RBI=0.0233621;REFB=-0.0111558;REVB=-0.0114647;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280897;STB=0.670883;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0199002;OID=.;OPOS=48367499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:3:7:9:11:3:7:9:11 chr11 48367511 . T G 46.18 PASS AF=0.35;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.040638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.275;QD=9.23571;RBI=0.0420669;REFB=0.000968005;REVB=-0.010871;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561709;STB=0.829762;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00644575;OID=.;OPOS=48367511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:11:13:6:7:0.35:1:5:3:8:1:6:5:8 chr11 48373748 . C G 47.22 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=-0.010161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3334;QD=3.56374;RBI=0.0514238;REFB=-0.0118889;REVB=-0.05041;RO=42;SAF=2;SAR=6;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545039;STB=0.852975;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0909176;OID=.;OPOS=48373748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:42:45:8:8:0.150943:6:2:31:11:6:2:33:12 chr11 48373770 . T A 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=0.00974777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.368;QD=3.44819;RBI=0.00982092;REFB=-0.00384852;REVB=-0.00119637;RO=46;SAF=2;SAR=6;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524155;STB=0.846086;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0302692;OID=.;OPOS=48373770;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:6:2:33:13:6:2:33:13 chr11 48373885 . A G 329.46 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.00621473;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.703;QD=12.4325;RBI=0.0231443;REFB=-0.00855914;REVB=-0.0222943;RO=65;SAF=17;SAR=23;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188569;STB=0.602382;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0179129;OID=.;OPOS=48373885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:65:66:40:40:0.377358:23:17:39:26:23:17:39:27 chr11 48373900 . A G 401.61 PASS AF=0.394958;AO=47;DP=119;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.0208453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4656;QD=13.4995;RBI=0.0242548;REFB=0.00460451;REVB=0.0124004;RO=71;SAF=19;SAR=28;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183704;STB=0.599743;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00606213;OID=.;OPOS=48373900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:71:72:47:47:0.394958:28:19:41:30:28:19:41:31 chr11 48373936 . A G 469.25 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0192111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0096;QD=17.0635;RBI=0.0310482;REFB=-5.40169e-05;REVB=0.024391;RO=58;SAF=19;SAR=32;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17394;STB=0.592771;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000280002;OID=.;OPOS=48373936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:59:51:51:0.463636:32:19:32:26:32:19:32:27 chr11 48373946 . C A 548.61 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0262441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.146;QD=20.5088;RBI=0.0264919;REFB=-0.0203955;REVB=0.00361466;RO=50;SAF=31;SAR=25;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148014;STB=0.585651;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0140988;OID=.;OPOS=48373946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:51:56:56:0.523364:25:31:19:31:25:31:19:32 chr11 48373976 . T G 415.04 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0206768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.45;QD=16.7693;RBI=0.0241097;REFB=-0.0259286;REVB=-0.0123994;RO=52;SAF=18;SAR=25;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992082;STB=0.566541;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0327139;OID=.;OPOS=48373976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:52:56:43:43:0.434343:25:18:27:25:25:18:30:26 chr11 48373986 . A G 369.8 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0986735;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3115;QD=16.8089;RBI=0.0998344;REFB=0.0227138;REVB=-0.0151802;RO=48;SAF=18;SAR=21;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379149;STB=0.515781;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.0125563;OID=.;OPOS=48373986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:48:49:39:39:0.443182:21:18:24:24:21:18:24:25 chr11 48374000 . C CT 67.97 PASS AF=0.368421;AO=26;DP=83;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0770756;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.89958;QD=3.57721;RBI=0.094194;REFB=-0.0535088;REVB=0.0541467;RO=51;SAF=11;SAR=15;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769806;STB=0.555729;STBP=0.441;TYPE=ins;VARB=0.0195041;OID=.;OPOS=48374001;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:26:83:28:76:48:11:17:23:25:67:51:11:15:25:26 chr11 48387098 . A C 50.74 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0118495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.622;QD=3.43993;RBI=0.0166897;REFB=-0.00146846;REVB=-0.0117531;RO=49;SAF=8;SAR=1;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440918;STB=0.825447;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00636317;OID=.;OPOS=48387098;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:58:59:49:50:9:9:0.152542:1:8:29:20:1:8:29:21 chr11 48387107 . T C 47.79 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0136185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.929;QD=3.03436;RBI=0.0205265;REFB=-0.00395912;REVB=-0.0153582;RO=54;SAF=8;SAR=1;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450053;STB=0.830318;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0519834;OID=.;OPOS=48387107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:54:54:9:9:0.142857:1:8:31:23:1:8:31:23 chr11 48387115 . G A 34.41 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00595119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.956;QD=2.21997;RBI=0.0220872;REFB=-0.00340249;REVB=-0.0212704;RO=55;SAF=6;SAR=1;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334798;STB=0.766561;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0264517;OID=.;OPOS=48387115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:55:55:7:7:0.112903:1:6:34:21:1:6:34:21 chr11 48387118 . G A 41.36 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0223077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.518;QD=2.66853;RBI=0.0225763;REFB=-0.00224353;REVB=-0.00347203;RO=53;SAF=7;SAR=1;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374825;STB=0.792956;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0558347;OID=.;OPOS=48387118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:53:54:8:8:0.129032:1:7:33:20:1:7:33:21 chr11 48387301 . G A 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0161532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2854;QD=5.6966;RBI=0.0460241;REFB=-0.0288194;REVB=0.0430963;RO=32;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00848833;STB=0.508004;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0380128;OID=.;OPOS=48387301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:32:33:9:9:0.214286:5:4:14:18:5:4:15:18 chr11 48387335 . C A 179.95 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0023807;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.04;QD=14.9958;RBI=0.0264039;REFB=-0.0202976;REVB=0.0262963;RO=30;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395261;STB=0.542951;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0354283;OID=.;OPOS=48387335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:29:18:19:0.395833:12:6:11:19:13:6:11:18 chr11 48387370 . A G 166.7 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0111976;FXX=0.109358;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.251;QD=11.6982;RBI=0.0117967;REFB=-0.00482433;REVB=-0.00371152;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884132;STB=0.552188;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0121798;OID=.;OPOS=48387370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:57:34:37:20:20:0.350877:12:8:11:23:12:8:12:25 chr11 48387424 . G T 265.02 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00992716;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.636;QD=12.1848;RBI=0.00994604;REFB=-0.00617102;REVB=-0.00061251;RO=51;SAF=10;SAR=21;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370578;STB=0.549885;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00942584;OID=.;OPOS=48387424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:51:56:31:31:0.356322:21:10:18:33:21:10:22:34 chr11 48387490 . G A 262.77 PASS AF=0.32;AO=32;DP=100;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.0286875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.222;QD=10.5108;RBI=0.0296733;REFB=-0.00924747;REVB=-0.00758505;RO=68;SAF=11;SAR=21;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066958;STB=0.539164;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0275973;OID=.;OPOS=48387490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:68:68:32:32:0.32:21:11:27:41:21:11:27:41 chr11 48387506 . A G 184.2 PASS AF=0.271739;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=92;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.00559088;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.011;QD=8.00864;RBI=0.0189982;REFB=-0.00234632;REVB=-0.0181569;RO=65;SAF=8;SAR=17;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105403;STB=0.577295;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00900037;OID=.;OPOS=48387506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:65:67:25:25:0.271739:17:8:26:39:17:8:28:39 chr11 48387526 . G T 124.34 PASS AF=0.234568;AO=19;DP=81;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0171389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.071;QD=6.14034;RBI=0.0171558;REFB=-0.0021465;REVB=0.000759574;RO=62;SAF=7;SAR=12;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045513;STB=0.528168;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0050166;OID=.;OPOS=48387526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:62:62:19:19:0.234568:12:7:25:37:12:7:25:37 chr11 48387535 . T C 108.47 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0268353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6932;QD=5.8634;RBI=0.0332287;REFB=0.00939339;REVB=0.0195963;RO=57;SAF=7;SAR=10;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118228;STB=0.507356;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0317781;OID=.;OPOS=48387535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:57:57:17:17:0.22973:10:7:24:33:10:7:24:33 chr11 48387540 . G T 118.32 PASS AF=0.243243;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0398051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.916;QD=6.39575;RBI=0.0399522;REFB=0.00301702;REVB=-0.00342566;RO=56;SAF=7;SAR=11;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279622;STB=0.517222;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.0060567;OID=.;OPOS=48387540;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:56:18:18:0.243243:11:7:23:33:11:7:23:33 chr11 48387580 . G T 37.64 PASS AF=0.125;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0713972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6158;QD=2.68866;RBI=0.0742432;REFB=-0.0114648;REVB=0.0203589;RO=47;SAF=2;SAR=5;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153228;STB=0.617624;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0699884;OID=.;OPOS=48387580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:54:56:47:49:7:7:0.125:5:2:19:28:5:2:20:29 chr11 48387582 . C T 37.92 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0166254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.141;QD=2.75755;RBI=0.0180538;REFB=-0.0212609;REVB=-0.00703828;RO=48;SAF=2;SAR=5;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167223;STB=0.624626;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.051695;OID=.;OPOS=48387582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:48:48:7:7:0.127273:5:2:20:28:5:2:20:28 chr11 48387584 . A T 37.92 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0622514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9373;QD=2.75774;RBI=0.0625262;REFB=-0.0234432;REVB=-0.00585504;RO=47;SAF=2;SAR=5;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153228;STB=0.624626;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0584283;OID=.;OPOS=48387584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:47:48:7:7:0.127273:5:2:19:28:5:2:20:28 chr11 48387591 . A G 38.89 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00264676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.406;QD=2.93536;RBI=0.0329746;REFB=-0.00463857;REVB=-0.0328682;RO=46;SAF=2;SAR=5;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188557;STB=0.639118;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0374469;OID=.;OPOS=48387591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:46:46:7:7:0.132075:5:2:20:26:5:2:20:26 chr11 48387757 . A C 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00227421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.413;QD=6.52645;RBI=0.00900106;REFB=-0.0049061;REVB=-0.00870902;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338709;STB=0.521678;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0129738;OID=.;OPOS=48387757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:3:4:12:8:3:4:12:8 chr11 48387780 . C T 36.61 PASS AF=0.206897;AO=5;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0209026;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.631;QD=5.05011;RBI=0.0262279;REFB=0.00107292;REVB=-0.0158425;RO=17;SAF=3;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571796;STB=0.585928;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00896016;OID=.;OPOS=48387780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:29:29:17:23:5:6:0.206897:2:3:11:6:3:3:14:9 chr11 48387789 . C G 42.69 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0079917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.403;QD=5.0221;RBI=0.0200292;REFB=-0.000267012;REVB=-0.0183658;RO=26;SAF=4;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540614;STB=0.517192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.000748094;OID=.;OPOS=48387789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:34:26:27:7:7:0.205882:3:4:16:10:3:4:16:11 chr11 48387825 . T G 49.31 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=73;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0175952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.92;QD=2.70187;RBI=0.0478829;REFB=-0.00396528;REVB=-0.0445329;RO=63;SAF=5;SAR=5;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107395;STB=0.575195;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.048019;OID=.;OPOS=48387825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:73:63:63:10:10:0.136986:5:5:26:37:5:5:26:37 chr11 48387833 . T C 41.54 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.018252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.341;QD=2.18657;RBI=0.0312194;REFB=-0.00250279;REVB=-0.0253282;RO=67;SAF=4;SAR=5;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508699;STB=0.537232;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0424186;OID=.;OPOS=48387833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:67:67:9:9:0.118421:5:4:27:40:5:4:27:40 chr11 48387850 . G T 37.56 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.00157132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.557;QD=1.70721;RBI=0.040931;REFB=-0.0085628;REVB=-0.0409008;RO=79;SAF=5;SAR=4;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131173;STB=0.599782;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0482859;OID=.;OPOS=48387850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:88:79:79:9:9:0.102273:4:5:35:44:4:5:35:44 chr11 48387890 . T C 37.64 PASS AF=0.0909091;AO=10;DP=111;FAO=10;FDP=110;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.0134625;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.93;QD=1.36881;RBI=0.0267824;REFB=-0.00264742;REVB=-0.0231529;RO=101;SAF=7;SAR=3;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277687;STB=0.714631;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0251336;OID=.;OPOS=48387890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:111:110:101:100:10:10:0.0909091:3:7:46:55:3:7:46:54 chr11 48387894 . C T 35.96 PASS AF=0.0869565;AO=10;DP=115;FAO=10;FDP=115;FR=.;FRO=105;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=-0.056859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4751;QD=1.25077;RBI=0.0738492;REFB=-0.0264758;REVB=-0.0471248;RO=105;SAF=7;SAR=3;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273695;STB=0.717522;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0444479;OID=.;OPOS=48387894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:115:115:105:105:10:10:0.0869565:3:7:48:57:3:7:48:57 chr11 48387900 . G A 30.88 PASS AF=0.079646;AO=9;DP=114;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=0.0304807;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2973;QD=1.09301;RBI=0.0661511;REFB=-0.0094567;REVB=-0.0587103;RO=104;SAF=6;SAR=3;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235399;STB=0.693222;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0381826;OID=.;OPOS=48387900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:114:113:104:104:9:9:0.079646:3:6:47:57:3:6:47:57 chr11 48387919 . G A 31.07 PASS AF=0.0803571;AO=9;DP=113;FAO=9;FDP=112;FR=.;FRO=103;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=-0.000465962;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.739;QD=1.10973;RBI=0.000941198;REFB=-0.00862356;REVB=-0.000817761;RO=101;SAF=6;SAR=3;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274521;STB=0.704764;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0338037;OID=.;OPOS=48387919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:113:112:101:103:9:9:0.0803571:3:6:42:59:3:6:45:58 chr11 48387930 . T C 34.97 PASS AF=0.0847458;AO=10;DP=118;FAO=10;FDP=118;FR=.;FRO=108;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=63;FWDB=0.00408154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.873;QD=1.18551;RBI=0.0104536;REFB=-0.00146984;REVB=-0.00962383;RO=108;SAF=6;SAR=4;SRF=45;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205442;STB=0.663054;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0048462;OID=.;OPOS=48387930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:118:118:108:108:10:10:0.0847458:4:6:45:63:4:6:45:63 chr11 48387946 . G T 33.81 PASS AF=0.0819672;AO=10;DP=123;FAO=10;FDP=122;FR=.;FRO=112;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=66;FWDB=-0.010853;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.522;QD=1.10854;RBI=0.0137185;REFB=-0.00186734;REVB=-0.00839107;RO=106;SAF=6;SAR=4;SRF=44;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208002;STB=0.668469;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.01255;OID=.;OPOS=48387946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:123:122:106:112:10:10:0.0819672:4:6:44:62:4:6:46:66 chr11 48387960 . T C 58.03 PASS AF=0.113821;AO=14;DP=123;FAO=14;FDP=123;FR=.;FRO=109;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=0.00969138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.358;QD=1.88727;RBI=0.0252838;REFB=0.00328226;REVB=0.0233527;RO=108;SAF=8;SAR=6;SRF=46;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175882;STB=0.629957;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0176841;OID=.;OPOS=48387960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:123:123:108:109:14:14:0.113821:6:8:46:62:6:8:46:63 chr11 48387978 . T A 66.76 PASS AF=0.12605;AO=15;DP=119;FAO=15;FDP=119;FR=.;FRO=104;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=-0.00946708;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.102;QD=2.24411;RBI=0.0103336;REFB=-0.00293715;REVB=0.00414225;RO=104;SAF=8;SAR=7;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136034;STB=0.595431;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0259469;OID=.;OPOS=48387978;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:119:119:104:104:15:15:0.12605:7:8:44:60:7:8:44:60 chr11 48387983 . T C 67.56 PASS AF=0.12605;AO=15;DP=119;FAO=15;FDP=119;FR=.;FRO=104;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=58;FWDB=0.0153833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5187;QD=2.27093;RBI=0.0164478;REFB=-0.0044208;REVB=0.00582077;RO=102;SAF=8;SAR=7;SRF=45;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113843;STB=0.578961;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0926831;OID=.;OPOS=48387983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:119:119:102:104:15:15:0.12605:7:8:45:57:7:8:46:58 chr11 48997107 . G A 804.72 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.964;QD=64.3778;RBI=0.055033;REFB=0;REVB=0.0163053;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000934122;OID=.;OPOS=48997107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr11 48997334 . T G 689.27 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.36;QD=62.6608;RBI=0.0575052;REFB=0;REVB=-0.045696;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04629e-05;OID=.;OPOS=48997334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr11 49000558 . G A 455.57 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159685;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.844;QD=58.7837;RBI=0.0162247;REFB=0;REVB=0.00287152;RO=0;SAF=3;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434379;OID=.;OPOS=49000558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:28:3:0:0:28:3:0:0 chr11 49176021 . A G 88.98 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0104994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.448;QD=7.11854;RBI=0.0113028;REFB=0.00125423;REVB=-0.0041851;RO=38;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13035;STB=0.580858;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00416534;OID=.;OPOS=49176021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:7:5:12:26:7:5:12:26 chr11 49196490 . T C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00266302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.354;QD=17.9558;RBI=0.0222451;REFB=0.00706342;REVB=0.0220851;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134542;STB=0.576379;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00627602;OID=.;OPOS=49196490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:12:5:7:9:12:5 chr11 49197416 . A G 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00571701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.253;QD=11.8156;RBI=0.0134846;REFB=-0.00610245;REVB=-0.0122127;RO=41;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055777;STB=0.503223;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0138133;OID=.;OPOS=49197416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:11:13:22:19:11:13:22:19 chr11 49207315 . A G 113.75 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00177907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.576;QD=7.98261;RBI=0.0125851;REFB=-0.0025723;REVB=-0.0124588;RO=40;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148506;STB=0.596375;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00662788;OID=.;OPOS=49207315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:41:16:16:0.280702:8:8:15:25:8:8:15:26 chr11 49221885 . T A 289.27 PASS AF=0.342593;AO=37;DP=108;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0124717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.717;QD=10.7136;RBI=0.0129615;REFB=-0.00699845;REVB=-0.0035293;RO=71;SAF=18;SAR=19;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569731;STB=0.532847;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0139498;OID=.;OPOS=49221885;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:71:71:37:37:0.342593:19:18:31:40:19:18:31:40 chr11 49227620 . A G 363.07 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0207206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.784;QD=15.6157;RBI=0.0232153;REFB=-0.022774;REVB=0.0104692;RO=53;SAF=15;SAR=24;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129915;STB=0.579084;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0303511;OID=.;OPOS=49227620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:54:39:39:0.419355:24:15:27:26:24:15:28:26 chr11 49598178 . G A 1616.83 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00753837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.52;QD=59.3332;RBI=0.0263827;REFB=0;REVB=0.0252827;RO=1;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999205;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351224;OID=.;OPOS=49598178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:109:109:1:0:108:109:1:47:61:0:1:48:61:0:0 chr11 49598207 . T C 373.72 PASS AF=0.415842;AO=41;DP=100;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0134967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8342;QD=14.8009;RBI=0.033406;REFB=-0.0215948;REVB=-0.0305581;RO=59;SAF=21;SAR=20;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084922;STB=0.55443;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0230702;OID=.;OPOS=49598207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:59:59:41:42:0.415842:20:21:35:24:21:21:35:24 chr11 49598209 . T C 1606.67 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.894;QD=64.267;RBI=0.0267605;REFB=0;REVB=0.00795987;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43362e-05;OID=.;OPOS=49598209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:43:56:0:0:44:56:0:0 chr11 49830142 . G T 609.99 PASS AF=0.56;AO=54;DP=98;FAO=56;FDP=100;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00478873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.965;QD=24.3994;RBI=0.00628902;REFB=-0.0285278;REVB=-0.00407674;RO=44;SAF=29;SAR=25;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489668;STB=0.525742;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0215095;OID=.;OPOS=49830142;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:44:44:54:56:0.56:25:29:21:23:26:30:21:23 chr11 49974371 . G A 828.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.546;QD=57.1157;RBI=0.0212641;REFB=0;REVB=-0.0209955;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.64606e-05;OID=.;OPOS=49974371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:24:31:0:0:25:33:0:0 chr11 49974670 . C T 238.68 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0104772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.644;QD=27.2776;RBI=0.0107596;REFB=-0.00541953;REVB=-0.00244897;RO=13;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0081333;STB=0.5045;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00276975;OID=.;OPOS=49974670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:7:15:9:4:7:15:9:4 chr11 49974931 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.265;QD=55.0977;RBI=0.0861874;REFB=0;REVB=0.0771228;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744249;OID=.;OPOS=49974931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr11 50003191 . C A 512.07 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0101569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1649;QD=17.9672;RBI=0.0319193;REFB=0.0125022;REVB=-0.0302602;RO=58;SAF=34;SAR=21;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128229;STB=0.575868;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00888258;OID=.;OPOS=50003191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:58:59:55:55:0.482456:21:34:28:30:21:34:28:31 chr11 51411510 . C T 767.05 PASS AF=0.472603;AO=62;DP=153;FAO=69;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0121963;FXX=0.0331104;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.372;QD=21.015;RBI=0.0125229;REFB=-0.015255;REVB=-0.00284151;RO=71;SAF=33;SAR=29;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105183;STB=0.525474;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0186839;OID=.;OPOS=51411510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:146:71:68:62:69:0.472603:29:33:30:41:34:35:31:37 chr11 51412379 . T C 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0269379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.156;QD=16.993;RBI=0.0275867;REFB=-0.0213289;REVB=-0.0059475;RO=30;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144761;STB=0.581336;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0263009;OID=.;OPOS=51412379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:12:15:12:18:12:15:12:18 chr11 51515460 . C T 369.14 PASS AF=0.40404;AO=39;DP=97;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0318748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.3367;QD=14.9149;RBI=0.0370775;REFB=-0.0316629;REVB=0.0189403;RO=58;SAF=19;SAR=20;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086172;STB=0.545432;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0466338;OID=.;OPOS=51515460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:58:59:39:40:0.40404:20:19:33:25:20:20:34:25 chr11 51515640 . A G 123.89 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.020376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.326;QD=7.39659;RBI=0.0204356;REFB=-0.00282207;REVB=0.00155892;RO=48;SAF=9;SAR=9;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751561;STB=0.552181;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0125184;OID=.;OPOS=51515640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:49:18:18:0.268657:9:9:27:21:9:9:28:21 chr11 51515912 . C T 204.72 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0636209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8867;QD=12.7948;RBI=0.100931;REFB=-0.0470111;REVB=-0.0783551;RO=39;SAF=17;SAR=8;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132922;STB=0.576599;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0534718;OID=.;OPOS=51515912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:8:17:22:17:8:17:22:17 chr11 51516000 . C T 270.14 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00369972;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.451;QD=22.0519;RBI=0.0482489;REFB=-0.0638762;REVB=0.0481069;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16068;STB=0.58988;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0538368;OID=.;OPOS=51516000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:14:11:15:9:14:11:15:9 chr11 51516036 . G A 147.16 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00618611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9522;QD=17.3124;RBI=0.0123645;REFB=-0.0437825;REVB=0.0107057;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154651;STB=0.588128;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0195189;OID=.;OPOS=51516036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:12:6:8:8:12:6 chr11 51516144 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0788919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8109;QD=23.2174;RBI=0.093879;REFB=-0.0354374;REVB=-0.0508856;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0505995;OID=.;OPOS=51516144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr11 55111238 . C A 306.01 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0280396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.279;QD=15.3003;RBI=0.0340344;REFB=-0.0105825;REVB=-0.0192904;RO=46;SAF=20;SAR=14;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068783;STB=0.538899;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0162048;OID=.;OPOS=55111238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:14:20:24:22:14:20:24:22 chr11 55111584 . A T 375.16 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00553585;FXX=0.0266631;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.195;QD=20.5568;RBI=0.0170563;REFB=-0.0182994;REVB=0.016133;RO=35;SAF=25;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106162;STB=0.55895;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0179013;OID=.;OPOS=55111584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:35:35:38:38:0.520548:13:25:19:16:13:25:19:16 chr11 55322298 . C T 360.76 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0628814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4703;QD=20.3243;RBI=0.0681657;REFB=-0.0489463;REVB=-0.0263152;RO=34;SAF=19;SAR=18;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138463;STB=0.576591;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0416527;OID=.;OPOS=55322298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:18:19:12:22:18:19:12:22 chr11 55322507 . G A 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00017036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.877;QD=6.52641;RBI=0.00300651;REFB=-0.0159066;REVB=-0.00300168;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338709;STB=0.521678;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0520548;OID=.;OPOS=55322507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:3:4:12:8:3:4:12:8 chr11 55322539 . G A 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.015643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.924;QD=10.8227;RBI=0.0224105;REFB=-0.00280823;REVB=0.0160476;RO=23;SAF=9;SAR=3;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015725;STB=0.509418;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00968262;OID=.;OPOS=55322539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:3:9:17:6:3:9:17:6 chr11 55322638 . C T 423.19 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0175861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1376;QD=23.8417;RBI=0.0181212;REFB=-0.00761052;REVB=-0.00437109;RO=30;SAF=25;SAR=16;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102692;STB=0.556187;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00490627;OID=.;OPOS=55322638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:16:25:22:8:16:25:22:8 chr11 55339676 . G T 157.22 PASS AF=0.232323;AO=23;DP=99;FAO=23;FDP=99;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0112166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.587;QD=6.35212;RBI=0.0125397;REFB=-0.000706111;REVB=0.00560651;RO=75;SAF=16;SAR=7;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259034;STB=0.655598;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00301942;OID=.;OPOS=55339676;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:75:76:23:23:0.232323:7:16:37:38:7:16:38:38 chr11 55339702 . C T 199.64 PASS AF=0.268519;AO=29;DP=108;FAO=29;FDP=108;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.00581181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.107;QD=7.3939;RBI=0.0460369;REFB=-0.0228904;REVB=-0.0456686;RO=78;SAF=22;SAR=7;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323253;STB=0.699716;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0122025;OID=.;OPOS=55339702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:78:79:29:29:0.268519:7:22:40:38:7:22:40:39 chr11 55339829 . A G 1263.29 PASS AF=0.934066;AO=85;DP=94;FAO=85;FDP=91;FR=.;FRO=6;FSAF=64;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0243553;FXX=0.0319115;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.543;QD=55.5291;RBI=0.0247455;REFB=-0.00907507;REVB=0.0043773;RO=6;SAF=64;SAR=21;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013567;STB=0.507174;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.000103727;OID=.;OPOS=55339829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:94:91:6:6:85:85:0.934066:21:64:5:1:21:64:5:1 chr11 55340379 . T C 331.01 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0330941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7134;QD=19.4712;RBI=0.0407653;REFB=-0.00986112;REVB=0.0238032;RO=33;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670739;STB=0.52989;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0108472;OID=.;OPOS=55340379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:33:33:34:35:0.514706:17:17:19:14:17:18:19:14 chr11 55406022 . C G 461.23 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0323354;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.271;QD=18.0876;RBI=0.0368965;REFB=-0.0186675;REVB=-0.0177699;RO=50;SAF=36;SAR=13;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290523;STB=0.677426;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0262129;OID=.;OPOS=55406022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:53:49:49:0.480392:13:36:22:28:13:36:22:31 chr11 55418693 . T C 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-5.56342e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.529;QD=24.9293;RBI=0.0105274;REFB=-0.0164104;REVB=0.0105273;RO=19;SAF=18;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326002;STB=0.681668;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0115537;OID=.;OPOS=55418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:7:18:6:13:7:18:6:13 chr11 55541098 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.482;QD=64.1532;RBI=0.0383732;REFB=0;REVB=-0.0271123;RO=0;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000529906;OID=.;OPOS=55541098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:13:36:0:0:13:36:0:0 chr11 55563336 . A T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0268824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.311;QD=17.542;RBI=0.0431377;REFB=-0.0075911;REVB=-0.0337372;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316095;STB=0.680613;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0100888;OID=.;OPOS=55563336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:10:5:11:5:10:5:11:5 chr11 55563776 . T G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.716;QD=59.3228;RBI=0.0608408;REFB=0;REVB=0.031354;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101584;OID=.;OPOS=55563776;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr11 55587117 . T A 289.55 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.987;QD=52.6455;RBI=0.0354732;REFB=0;REVB=-0.00879638;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332224;OID=.;OPOS=55587117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:20:22:1:15:5:0:0:15:7:0:0 chr11 55587511 . A G 1339.1 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.317;QD=62.2837;RBI=0.00402342;REFB=0;REVB=-0.00320365;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.81119e-06;OID=.;OPOS=55587511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:50:36:0:0:50:36:0:0 chr11 55606302 . G T 251.94 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.000848253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.568;QD=14.8202;RBI=0.00764396;REFB=-0.0153559;REVB=-0.00759675;RO=38;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165012;STB=0.600335;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0154103;OID=.;OPOS=55606302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:12:17:16:22:12:17:16:23 chr11 55606818 . C T 114.04 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0390375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.824;QD=18.2465;RBI=0.039189;REFB=-0.0272425;REVB=-0.00344361;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459857;STB=0.526276;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.048263;OID=.;OPOS=55606818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:5:8:8:4:5:8:8:4 chr11 55652963 . A G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0221456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.516;QD=13.2072;RBI=0.113131;REFB=-0.0124963;REVB=0.110943;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553146;STB=0.587932;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0124361;OID=.;OPOS=55652963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:5:6:6:6:0.5:2:4:3:2:2:4:3:3 chr11 55652971 . C A 123.17 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000496383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.679;QD=37.8975;RBI=0.0281305;REFB=-0.144974;REVB=0.0281261;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998765;STB=0.55546;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00221965;OID=.;OPOS=55652971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:4:8:0:1:4:8:0:1 chr11 55653164 . G A 196.03 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0792405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.754;QD=17.8211;RBI=0.0798026;REFB=-0.0307422;REVB=0.00945511;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136729;STB=0.577903;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0312253;OID=.;OPOS=55653164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:12:8:13:11:12:8:13:11 chr11 55656483 . T A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.145;QD=58.1419;RBI=0.0255723;REFB=0;REVB=0.0217634;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84559e-05;OID=.;OPOS=55656483;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr11 55681336 . G A 163.85 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0161554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2144;QD=11.1082;RBI=0.0360161;REFB=-0.0176453;REVB=0.0321894;RO=36;SAF=6;SAR=15;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40655;STB=0.734379;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0276551;OID=.;OPOS=55681336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:38:21:21:0.355932:15:6:24:12:15:6:25:13 chr11 55681494 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.549;QD=53.9108;RBI=0.0341021;REFB=0;REVB=0.0326304;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365601;OID=.;OPOS=55681494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr11 55746891 . G A 2326.22 PASS AF=0.975;AO=154;DP=158;FAO=156;FDP=160;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=96;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00248099;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.702;QD=58.1555;RBI=0.0062635;REFB=-0.0301687;REVB=0.00575118;RO=0;SAF=59;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509604;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00179681;OID=.;OPOS=55746891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:158:160:0:4:154:156:0.975:95:59:0:0:96:60:3:1 chr11 55761221 . C T 765.79 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2412;QD=63.8162;RBI=0.0534799;REFB=0;REVB=0.0225879;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000896948;OID=.;OPOS=55761221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr11 55761738 . T G 851.05 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.821;QD=57.6983;RBI=0.0297613;REFB=0;REVB=-0.0195442;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118226;OID=.;OPOS=55761738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:33:26:0:0 chr11 55762060 . T C 195.45 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0555322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.118;QD=18.1816;RBI=0.0638847;REFB=0.0120468;REVB=0.031582;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521471;STB=0.529699;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0179146;OID=.;OPOS=55762060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:14:6:8:15:14:6:8:15 chr11 55798152 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0547143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.405;QD=59.8389;RBI=0.0550867;REFB=0;REVB=0.0063939;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102086;OID=.;OPOS=55798152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr11 55872876 . C T 1992.54 PASS AF=0.992308;AO=126;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0475174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.754;QD=61.3089;RBI=0.0500036;REFB=-0.110782;REVB=0.0155711;RO=0;SAF=62;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29882e-08;STB=0.503816;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000174677;OID=.;OPOS=55872876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:0:1:126:129:0.992308:64:62:0:0:64:65:1:0 chr11 55873024 . A G 1738.19 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=117;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187256;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.843;QD=59.9375;RBI=0.0187356;REFB=-0.0072206;REVB=0.000610327;RO=1;SAF=66;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714086;STB=0.503759;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000101513;OID=.;OPOS=55873024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:116:1:1:114:115:0.991379:48:66:1:0:49:66:1:0 chr11 55873368 . G A 599.67 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297744;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7385;QD=61.5047;RBI=0.0355294;REFB=0;REVB=-0.0193862;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20835e-05;OID=.;OPOS=55873368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr11 55890257 . C T 1738.42 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183984;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3467;QD=59.9453;RBI=0.02015;REFB=0.0691106;REVB=-0.00821718;RO=1;SAF=48;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979034;STB=0.505154;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0016424;OID=.;OPOS=55890257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:67:48:1:0:67:48:1:0 chr11 56000403 . C G 834.04 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.069;QD=57.5196;RBI=0.0465715;REFB=0;REVB=0.0464088;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38849e-05;OID=.;OPOS=56000403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chr11 56043604 . A G 338.63 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0082078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.996;QD=15.2192;RBI=0.0191846;REFB=-0.0146809;REVB=-0.0173402;RO=51;SAF=17;SAR=20;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00876289;STB=0.501222;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0177642;OID=.;OPOS=56043604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:52:37:37:0.41573:20:17:23:28:20:17:24:28 chr11 56043702 . G C 140.7 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0108052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.035;QD=13.0886;RBI=0.0396353;REFB=-0.0153316;REVB=-0.038134;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773426;STB=0.567486;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0235795;OID=.;OPOS=56043702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:27:27:15:16:0.372093:9:6:9:18:9:7:9:18 chr11 56058197 . G A 512.43 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.01374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.282;QD=18.6339;RBI=0.0322752;REFB=-0.00974453;REVB=0.0292044;RO=56;SAF=31;SAR=23;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358256;STB=0.519842;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00940903;OID=.;OPOS=56058197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:54:54:0.490909:23:31:30:26:23:31:30:26 chr11 56086147 . T G 200.75 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0510077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8533;QD=20.5901;RBI=0.0515292;REFB=-0.0129545;REVB=-0.00731268;RO=19;SAF=18;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441856;STB=0.755982;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0135464;OID=.;OPOS=56086147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:2:18:11:8:2:18:11:8 chr11 56113516 . T C 212.46 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0136811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.665;QD=12.3166;RBI=0.014311;REFB=0.000929447;REVB=-0.00419905;RO=42;SAF=17;SAR=9;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17097;STB=0.592262;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00148936;OID=.;OPOS=56113516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:43:26:26:0.376812:9:17:21:21:9:17:22:21 chr11 56113575 . A G 357.17 PASS AF=0.393939;AO=38;DP=98;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00647614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.001;QD=14.431;RBI=0.0197924;REFB=-0.0013228;REVB=-0.0187029;RO=59;SAF=23;SAR=15;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691299;STB=0.524656;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00130311;OID=.;OPOS=56113575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:59:60:38:39:0.393939:15:23:32:27:16:23:33:27 chr11 56113593 . C A 354.19 PASS AF=0.373913;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.00827514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.268;QD=12.3195;RBI=0.0270336;REFB=-0.00963103;REVB=-0.025736;RO=72;SAF=25;SAR=18;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134411;STB=0.507663;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0138652;OID=.;OPOS=56113593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:72:72:43:43:0.373913:18:25:41:31:18:25:41:31 chr11 56127746 . A G 889.13 PASS AF=0.984127;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00577982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.835;QD=56.4524;RBI=0.0212042;REFB=-0.0632687;REVB=0.0204012;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=8.86695e-05;OID=.;OPOS=56127746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:63:0:1:60:62:0.984127:26:34:0:0:27:35:0:1 chr11 56128081 . A G 569.24 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0214694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2738;QD=22.7696;RBI=0.0325315;REFB=-0.023598;REVB=-0.024441;RO=47;SAF=36;SAR=17;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136133;STB=0.575145;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0123412;OID=.;OPOS=56128081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:17:36:25:22:17:36:25:22 chr11 56128524 . C T 619.65 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000492701;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.957;QD=61.9652;RBI=0.00519744;REFB=0;REVB=-0.00517403;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103995;OID=.;OPOS=56128524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr11 56143156 . C T 472.58 PASS AF=0.484536;AO=45;DP=96;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.014285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.831;QD=19.488;RBI=0.0143482;REFB=-0.0288131;REVB=-0.00134458;RO=50;SAF=18;SAR=27;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197826;STB=0.501625;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0195158;OID=.;OPOS=56143156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:50:50:45:47:0.484536:27:18:19:31:29:18:19:31 chr11 56143158 . A G 457.41 PASS AF=0.48;AO=46;DP=98;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0382878;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.392;QD=18.2963;RBI=0.0408609;REFB=-0.00988573;REVB=0.0142711;RO=52;SAF=17;SAR=29;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153025;STB=0.506111;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00971847;OID=.;OPOS=56143158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:52:52:46:48:0.48:29:17:20:32:29:19:20:32 chr11 56143434 . C G 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00506011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.176;QD=17.2649;RBI=0.0279974;REFB=-0.0242463;REVB=0.0275363;RO=42;SAF=20;SAR=16;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144183;STB=0.580692;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0230506;OID=.;OPOS=56143434;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:16:20:17:25:16:20:17:25 chr11 56143570 . A G 31.78 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.010331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2193;QD=1.47799;RBI=0.011165;REFB=-0.000533568;REVB=0.00423418;RO=74;SAF=2;SAR=6;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319086;STB=0.740568;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0157637;OID=.;OPOS=56143570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:86:74:78:8:8:0.0930233:6:2:39:35:6:2:40:38 chr11 56143592 . C T 279.91 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00724573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.021;QD=14.1724;RBI=0.00800762;REFB=-0.0220968;REVB=-0.00340901;RO=47;SAF=21;SAR=11;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304991;STB=0.673075;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0268461;OID=.;OPOS=56143592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:11:21:17:30:11:21:17:30 chr11 56143690 . C A 255.63 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0424769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6616;QD=15.7311;RBI=0.0436673;REFB=-0.00924166;REVB=0.0101265;RO=33;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14285;STB=0.552203;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0166701;OID=.;OPOS=56143690;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:36:29:29:0.446154:14:15:22:11:14:15:22:14 chr11 56143696 . C T 243.04 PASS AF=0.461538;AO=25;DP=61;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0289447;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.429;QD=14.9563;RBI=0.0858544;REFB=-0.0397637;REVB=0.0808281;RO=36;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175336;STB=0.551833;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.114233;OID=.;OPOS=56143696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:36:35:25:30:0.461538:14:11:22:14:14:16:22:13 chr11 56143716 . TG CA 108.77 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0374224;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.862;QD=7.13213;RBI=0.0375414;REFB=-0.00962982;REVB=-0.00298703;RO=45;SAF=5;SAR=11;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270508;STB=0.66576;STBP=0.15;TYPE=mnp;VARB=0.0383603;OID=.;OPOS=56143716;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:11:5:24:21:11:5:24:21 chr11 56143723 . T C 102.08 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0114511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.699;QD=5.91788;RBI=0.011677;REFB=-0.00750511;REVB=-0.00228612;RO=53;SAF=5;SAR=11;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290529;STB=0.681011;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0281443;OID=.;OPOS=56143723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:53:53:16:16:0.231884:11:5:29:24:11:5:29:24 chr11 56143725 . C G 101.41 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00129806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.302;QD=5.79494;RBI=0.00947046;REFB=-0.00519135;REVB=-0.00938108;RO=54;SAF=5;SAR=11;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279763;STB=0.674869;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0412343;OID=.;OPOS=56143725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:54:54:16:16:0.228571:11:5:29:25:11:5:29:25 chr11 56143729 . CC TG 89.78 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.00839384;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=265.461;QD=4.85279;RBI=0.0134265;REFB=-0.0087002;REVB=-0.0104793;RO=59;SAF=5;SAR=10;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299089;STB=0.690017;STBP=0.131;TYPE=mnp;VARB=0.0363614;OID=.;OPOS=56143729;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:59:59:15:15:0.202703:10:5:34:25:10:5:34:25 chr11 56143966 . C T 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00780985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.914;QD=18.6734;RBI=0.0107914;REFB=-0.0129891;REVB=0.00744717;RO=36;SAF=12;SAR=23;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149803;STB=0.583707;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0100305;OID=.;OPOS=56143966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:23:12:18:18:23:12:18:18 chr11 56143977 . A G 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00565581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.899;QD=18.6731;RBI=0.0089505;REFB=-0.0163961;REVB=0.0069371;RO=35;SAF=13;SAR=22;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106326;STB=0.553196;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0148123;OID=.;OPOS=56143977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:36:35:35:0.492958:22:13:17:18:22:13:17:19 chr11 56184888 . G A 304.92 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0031047;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.545;QD=13.2573;RBI=0.00311831;REFB=-0.00832256;REVB=-0.000291104;RO=56;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100749;STB=0.562036;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0132762;OID=.;OPOS=56184888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:57:35:35:0.380435:18:17:22:34:18:17:22:35 chr11 56185159 . A G 35.77 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00351836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3103;QD=5.9615;RBI=0.0619316;REFB=0.0276172;REVB=-0.0618316;RO=18;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46586;STB=0.807742;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0833672;OID=.;OPOS=56185159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:1:5:8:10:1:5:8:10 chr11 56185345 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.72;QD=46.848;RBI=0.0729621;REFB=0;REVB=0.0668744;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125865;OID=.;OPOS=56185345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr11 56185689 . A G 157.02 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0150032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.083;QD=16.1051;RBI=0.0150805;REFB=-0.015604;REVB=0.00152481;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020831;STB=0.506571;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0221784;OID=.;OPOS=56185689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:11:6:7:14:11:6:8:14 chr11 56237410 . A G 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0225971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.233;QD=10.4722;RBI=0.023297;REFB=-0.0203731;REVB=0.00566758;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16234;STB=0.60991;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0454356;OID=.;OPOS=56237410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:23:24:12:12:0.333333:5:7:10:13:5:7:10:14 chr11 56237722 . T A 185.92 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00862655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.837;QD=13.772;RBI=0.0130373;REFB=-0.00292016;REVB=0.00977516;RO=32;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116792;STB=0.546057;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00397799;OID=.;OPOS=56237722;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:32:32:21:22:0.407407:7:14:18:14:8:14:18:14 chr11 56258310 . C T 503.76 PASS AF=0.533333;AO=47;DP=89;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00534713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.224;QD=22.3891;RBI=0.0117894;REFB=-0.0262205;REVB=-0.0105071;RO=42;SAF=18;SAR=29;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143315;STB=0.582352;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0245748;OID=.;OPOS=56258310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:42:42:47:48:0.533333:29:18:23:19:30:18:23:19 chr11 56294275 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6543;QD=63.5811;RBI=0.0110733;REFB=0;REVB=-0.0101278;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.44504e-05;OID=.;OPOS=56294275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr11 56294338 . G A 675.98 PASS AF=0.927273;AO=51;DP=55;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0036988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.512;QD=49.1623;RBI=0.0385981;REFB=-0.0792209;REVB=0.0384205;RO=4;SAF=32;SAR=19;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542972;STB=0.528914;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00164954;OID=.;OPOS=56294338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:55:55:4:4:51:51:0.927273:19:32:1:3:19:32:1:3 chr11 56310222 . C T 323.37 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.998;QD=53.895;RBI=0.00697494;REFB=0;REVB=-0.00123425;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56907e-05;OID=.;OPOS=56310222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:8:15:0:0:8:16:0:0 chr11 56344260 . A G 438.24 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0115293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6833;QD=50.0845;RBI=0.0124467;REFB=0.00325156;REVB=0.00469003;RO=3;SAF=21;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559728;STB=0.530078;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000709051;OID=.;OPOS=56344260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:35:3:3:32:32:0.914286:11:21:1:2:11:21:1:2 chr11 56344993 . C A 886.07 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.872;QD=58.1032;RBI=0.0244669;REFB=0;REVB=0.0244156;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00155e-05;OID=.;OPOS=56344993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:27:32:0:0:28:33:0:0 chr11 56380546 . CCAGA C 647.53 PASS AF=0.948276;AO=54;DP=57;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0035664;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=293.533;QD=44.657;RBI=0.0382988;REFB=-0.0778887;REVB=0.0381324;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.648;TYPE=del;VARB=0.00324741;OID=.;OPOS=56380547;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.948276:54:57:55:58:3:27:28:2:1:3:0:27:27:0:0 chr11 56431216 . C T 1158.92 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0491551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.088;QD=59.4317;RBI=0.0540386;REFB=-0.122362;REVB=0.0224489;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.506492;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000495659;OID=.;OPOS=56431216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:78:0:1:77:77:0.987179:39:38:0:0:39:38:1:0 chr11 56467881 . T C 471.09 PASS AF=0.410853;AO=53;DP=129;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.00428094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4987;QD=14.6073;RBI=0.0191677;REFB=0.012474;REVB=0.0186835;RO=76;SAF=26;SAR=27;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314735;STB=0.517709;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.0182492;OID=.;OPOS=56467881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:76:76:53:53:0.410853:27:26:35:41:27:26:35:41 chr11 56467926 . A G 638.63 PASS AF=0.40678;AO=71;DP=176;FAO=72;FDP=177;FR=.;FRO=105;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=57;FSRR=48;FWDB=-0.0479191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1497;QD=14.4324;RBI=0.0556199;REFB=-0.00143236;REVB=-0.0282371;RO=105;SAF=34;SAR=37;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067832;STB=0.541825;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0017695;OID=.;OPOS=56467926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:105:105:71:72:0.40678:37:34:57:48:38:34:57:48 chr11 56468020 . TG CA 651.63 PASS AF=0.395722;AO=73;DP=187;FAO=74;FDP=187;FR=.;FRO=113;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=63;FSRR=50;FWDB=-0.0318643;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.414;QD=13.9386;RBI=0.0322352;REFB=-0.0247972;REVB=-0.00487556;RO=110;SAF=37;SAR=36;SRF=60;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041295;STB=0.53475;STBP=0.423;TYPE=mnp;VARB=0.0353287;OID=.;OPOS=56468020;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:110:113:73:74:0.395722:36:37:60:50:37:37:63:50 chr11 56468044 . T G 2226.51 PASS AF=0.950617;AO=153;DP=163;FAO=154;FDP=162;FR=.;FRO=8;FSAF=69;FSAR=85;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0107184;FXX=0.00613459;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.635;QD=54.9755;RBI=0.0157354;REFB=-0.0720755;REVB=-0.0115204;RO=3;SAF=68;SAR=85;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00822031;STB=0.502592;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.000383299;OID=.;OPOS=56468044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:163:162:3:8:153:154:0.950617:85:68:2:1:85:69:4:4 chr11 56468047 . AC GT 2338.54 PASS AF=1;AO=152;DP=156;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130591;FXX=0.0254761;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.61;QD=61.1382;RBI=0.0163378;REFB=0;REVB=-0.00981754;RO=0;SAF=69;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68244e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.00279e-05;OID=.;OPOS=56468047;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:153:0:0:152:153:1:83:69:0:0:83:70:0:0 chr11 56468111 . C T 441.87 PASS AF=0.386364;AO=51;DP=131;FAO=51;FDP=132;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=0.00784726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.621;QD=13.39;RBI=0.0127036;REFB=-0.00806437;REVB=-0.00999011;RO=80;SAF=25;SAR=26;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976659;STB=0.558512;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0129376;OID=.;OPOS=56468111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:80:81:51:51:0.386364:26:25:32:48:26:25:32:49 chr11 56468198 . A G 357.14 PASS AF=0.4;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0421019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1365;QD=13.6054;RBI=0.0764083;REFB=-0.0304599;REVB=-0.0637625;RO=61;SAF=26;SAR=16;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135903;STB=0.587055;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0471844;OID=.;OPOS=56468198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:61:63:42:42:0.4:16:26:30:31:16:26:30:33 chr11 56468200 . C T 331.66 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0170726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2495;QD=12.6349;RBI=0.0171981;REFB=-0.00757124;REVB=0.0020736;RO=64;SAF=26;SAR=14;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200142;STB=0.618987;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0123749;OID=.;OPOS=56468200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:65:40:40:0.380952:14:26:30:34:14:26:30:35 chr11 56468202 . G A 334.25 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.000385241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.174;QD=12.8556;RBI=0.00697494;REFB=-0.0275401;REVB=0.00696429;RO=63;SAF=26;SAR=14;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191536;STB=0.614115;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0375684;OID=.;OPOS=56468202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:64:40:40:0.384615:14:26:30:33:14:26:30:34 chr11 56468212 . G A 324.84 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0090605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.389;QD=12.6152;RBI=0.0251184;REFB=-0.0157271;REVB=0.0234273;RO=64;SAF=25;SAR=14;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190973;STB=0.60908;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00931162;OID=.;OPOS=56468212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:39:39:0.378641:14:25:30:34:14:25:30:34 chr11 56468259 . C T 672.71 PASS AF=0.637363;AO=51;DP=90;FAO=58;FDP=91;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0260048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.141;QD=29.5698;RBI=0.0262697;REFB=-0.021564;REVB=0.00372118;RO=14;SAF=26;SAR=25;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612053;STB=0.553816;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00582181;OID=.;OPOS=56468259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:14:33:51:58:0.637363:25:26:5:9:26:32:23:10 chr11 56508525 . A G 727.27 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.005045;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.965;QD=54.8882;RBI=0.0352447;REFB=-0.0796201;REVB=0.0348818;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.507933;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000791756;OID=.;OPOS=56508525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:53:0:1:52:52:0.981132:21:31:0:0:21:31:1:0 chr11 56510623 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.003;QD=51.1846;RBI=0.0476778;REFB=0;REVB=0.0285617;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.20356e-05;OID=.;OPOS=56510623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr11 56510672 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.23;QD=53.2772;RBI=0.0462204;REFB=0;REVB=0.00552148;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138453;OID=.;OPOS=56510672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr11 56570012 . C T 435.97 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00556108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.646;QD=54.4968;RBI=0.0378995;REFB=-0.0150061;REVB=0.0374893;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300657;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00255723;OID=.;OPOS=56570012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:1:1:30:31:0.96875:15:15:0:1:15:16:0:1 chr11 56570095 . A T 526.79 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6481;QD=58.5318;RBI=0.0732199;REFB=0;REVB=0.0730664;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123477;OID=.;OPOS=56570095;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:19:17:0:0 chr11 56570228 . C CA 249.41 PASS AF=1;AO=4;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158639;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=46.5344;QD=39.9057;RBI=0.016968;REFB=0;REVB=0.00602079;RO=21;SAF=3;SAR=1;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269533;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.29529e-05;OID=.;OPOS=56570229;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:25:25:25:0:14:11:0:0:5:21:3:1:11:10 chr11 56570229 . G A 246.68 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0215202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.996;QD=39.4684;RBI=0.0228147;REFB=0.00484139;REVB=-0.00757583;RO=4;SAF=11;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667856;STB=0.536364;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00938991;OID=.;OPOS=56570229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:25:4:4:21:21:0.84:10:11:3:1:10:11:3:1 chr11 56756664 . G A,T 1290.19 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=80,5;DP=85;FAO=80,5;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41,5;FSAR=39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263818,-0.00458014;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.6692,177.673;QD=60.7149;RBI=0.0321908,0.00702356;REFB=0,0;REVB=-0.0184458,0.00532473;RO=0;SAF=41,5;SAR=39,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00295705,0.0476177;OID=.,.;OPOS=56756664,56756664;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:85:85:0:0:80,5:80,5:0.941176,0.0588235:39,0:41,5:0:0:39,0:41,5:0:0 chr11 56757021 . G A 783.32 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00345136;FXX=0.0333278;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.38;QD=54.0221;RBI=0.0126161;REFB=-0.180657;REVB=0.0121349;RO=2;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362315;STB=0.519224;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000403791;OID=.;OPOS=56757021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:58:2:2:56:56:0.965517:25:31:0:2:25:31:0:2 chr11 56954846 . C T 681.32 PASS AF=0.51938;AO=66;DP=129;FAO=67;FDP=129;FR=.;FRO=62;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0168504;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.286;QD=21.1263;RBI=0.0194069;REFB=-0.0221926;REVB=0.00962771;RO=63;SAF=42;SAR=24;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187635;STB=0.601096;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0244843;OID=.;OPOS=56954846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:63:62:66:67:0.51938:24:42:27:36:25:42:26:36 chr11 56956516 . G A 342.48 PASS AF=0.538462;AO=36;DP=66;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0640646;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7947;QD=21.0759;RBI=0.0664281;REFB=-0.00265306;REVB=0.0175618;RO=30;SAF=18;SAR=18;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109781;STB=0.555132;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.000869723;OID=.;OPOS=56956516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:30:30:36:35:0.538462:18:18:19:11:17:18:19:11 chr11 57004344 . G T 629.83 PASS AF=1;AO=34;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.32;QD=61.4467;RBI=0.0552967;REFB=0;REVB=0.0481754;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588215;OID=.;OPOS=57004344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:34:41:1:19:15:0:0:24:17:0:0 chr11 57077464 . T C 911.56 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.011129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2992;QD=55.2459;RBI=0.0216248;REFB=-0.000162675;REVB=-0.0185412;RO=2;SAF=29;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314596;STB=0.516661;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.000222323;OID=.;OPOS=57077464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:35:29:2:0:35:29:2:0 chr11 57137424 . C T 224.46 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0405186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2993;QD=15.2178;RBI=0.0407077;REFB=-0.00397961;REVB=0.00391939;RO=32;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174616;STB=0.590958;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00874558;OID=.;OPOS=57137424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:10:16:14:18:10:16:15:18 chr11 57147016 . A G 1221.0 PASS AF=0.964706;AO=81;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00186949;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.839;QD=57.4586;RBI=0.0090743;REFB=-0.0443008;REVB=0.00887964;RO=3;SAF=56;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534904;STB=0.528295;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0040711;OID=.;OPOS=57147016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:3:3:81:82:0.964706:25:56:0:3:25:57:0:3 chr11 57148175 . A G 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.512;QD=62.007;RBI=0.0477914;REFB=0;REVB=-0.0232317;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43306e-05;OID=.;OPOS=57148175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr11 57155001 . G A 2745.68 PASS AF=0.983425;AO=178;DP=183;FAO=178;FDP=181;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0283844;FXX=0.0109284;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.55;QD=60.678;RBI=0.0391886;REFB=0.000547637;REVB=0.0270199;RO=1;SAF=82;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493328;STB=0.507691;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=3.63633e-05;OID=.;OPOS=57155001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:183:181:1:3:178:178:0.983425:96:82:0:1:96:82:0:3 chr11 57155288 . T C 3246.92 PASS AF=1;AO=207;DP=211;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296187;FXX=0.0141503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.222;QD=62.142;RBI=0.0435032;REFB=0;REVB=0.0318631;RO=0;SAF=101;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42609e-05;OID=.;OPOS=57155288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:209:0:0:207:209:1:106:101:0:0:108:101:0:0 chr11 57157405 . A G 75.94 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00245188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9326;QD=12.1503;RBI=0.0323133;REFB=-0.0151113;REVB=-0.0322202;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169053;STB=0.599808;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0165265;OID=.;OPOS=57157405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:10:5:5:5:10:5 chr11 57313469 . C G 2635.55 PASS AF=0.962766;AO=176;DP=187;FAO=181;FDP=188;FR=.;FRO=7;FSAF=78;FSAR=103;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00282869;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2342;QD=56.0756;RBI=0.0721343;REFB=-0.0374113;REVB=0.0720788;RO=11;SAF=78;SAR=98;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193416;STB=0.50009;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00437291;OID=.;OPOS=57313469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:187:188:11:7:176:181:0.962766:98:78:3:8:103:78:3:4 chr11 57314055 . G A 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00321405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.701;QD=8.30609;RBI=0.0390926;REFB=-0.00501451;REVB=-0.0389603;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265764;STB=0.651767;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0104588;OID=.;OPOS=57314055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:17:18:8:8:0.307692:6:2:8:9:6:2:8:10 chr11 57353983 . T G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=348.261;QD=49.5983;RBI=0.00386709;REFB=0;REVB=-0.00247419;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03608e-06;OID=.;OPOS=57353983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr11 57463500 . T C 741.56 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2803;QD=63.1115;RBI=0.046267;REFB=0;REVB=0.0419178;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000907896;OID=.;OPOS=57463500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:22:24:0:0:22:25:0:0 chr11 57468129 . T C 1453.28 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.08773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1202;QD=63.1862;RBI=0.0919677;REFB=0;REVB=0.0275954;RO=0;SAF=33;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236825;OID=.;OPOS=57468129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:59:33:0:0:59:33:0:0 chr11 57509429 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.549;QD=33.4285;RBI=0.112611;REFB=0;REVB=-0.00662413;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00471145;OID=.;OPOS=57509429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr11 57571232 . C T 803.82 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239139;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.341;QD=57.4158;RBI=0.0263283;REFB=0;REVB=-0.0262195;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111636;OID=.;OPOS=57571232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:37:19:0:0:37:19:0:0 chr11 57585662 . C T 180.1 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0230787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4831;QD=23.2387;RBI=0.0347399;REFB=-0.118742;REVB=-0.0259661;RO=13;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562804;STB=0.531563;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0213797;OID=.;OPOS=57585662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:7:11:7:6:7:11:7:6 chr11 57798723 . A G 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0227847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.106;QD=16.9929;RBI=0.025346;REFB=-0.000962304;REVB=-0.0111031;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766364;STB=0.543049;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00132882;OID=.;OPOS=57798723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:13:14:18:12:13:14:18:12 chr11 57798942 . A G 309.48 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.0342647;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.79;QD=20.9815;RBI=0.0345546;REFB=0.0132159;REVB=-0.00446692;RO=27;SAF=4;SAR=28;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102942;STB=0.557483;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00947663;OID=.;OPOS=57798942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:27:27:32:32:0.542373:28:4:5:22:28:4:5:22 chr11 57799183 . C T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.031792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.326;QD=9.09998;RBI=0.0327121;REFB=-0.000450791;REVB=-0.00770411;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062215;STB=0.538373;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000395282;OID=.;OPOS=57799183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:7:2:5:14:7:2:5:14 chr11 57799371 . G C 131.65 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.025967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.216;QD=14.628;RBI=0.031878;REFB=-0.00516063;REVB=-0.018491;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100239;STB=0.572936;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0154554;OID=.;OPOS=57799371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:6:9:10:10:6:9:10:11 chr11 57947264 . C G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.907;QD=62.9081;RBI=0.0338892;REFB=0;REVB=0.0217034;RO=0;SAF=65;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09833e-05;OID=.;OPOS=57947264;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:25:65:0:0:25:65:0:0 chr11 57948141 . AT AA,A 37.59 PASS AF=0.0325203,0.170732;AO=9,39;DP=126;FAO=4,21;FDP=123;FR=.;FRO=98;FSAF=4,10;FSAR=0,11;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=-0.0148275,-0.0656321;FXX=0.0238076;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=23.5791,6.93307;QD=1.22239;RBI=0.0591911,0.108341;REFB=-0.0598764,-0.125225;REVB=-0.0573039,-0.0861992;RO=68;SAF=9,10;SAR=0,29;SRF=31;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.667892,-0.247647;STB=0.997899,0.564911;STBP=0.02,0.548;TYPE=snp,del;VARB=0.0992366,0.11797;OID=.,.;OPOS=57948142,57948142;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0325203,0.170732:9,39:126:4,21:123:98:4,10:0,11:39:59:28:68:9,10:0,29:31:37 chr11 57948952 . G A 330.51 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0736244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.152;QD=50.848;RBI=0.0935894;REFB=-0.0735368;REVB=0.0577791;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518504;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0013945;OID=.;OPOS=57948952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:26:0:1:24:25:0.961538:12:12:0:0:12:13:1:0 chr11 57958775 . C T 1007.63 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.625;QD=59.2726;RBI=0.00956254;REFB=0;REVB=0.0055791;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28104e-05;OID=.;OPOS=57958775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr11 57958972 . C A 779.01 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.052768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5451;QD=54.6676;RBI=0.0533509;REFB=-0.105751;REVB=0.00786504;RO=1;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219159;STB=0.511107;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00362739;OID=.;OPOS=57958972;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:21:34:0:1:22:34:0:1 chr11 57971195 . G A 553.55 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.876;QD=59.8436;RBI=0.0537672;REFB=0;REVB=0.013654;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365327;OID=.;OPOS=57971195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:21:13:0:0:21:16:0:0 chr11 57971201 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.36;QD=59.435;RBI=0.0306564;REFB=0;REVB=-0.0264451;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190563;OID=.;OPOS=57971201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr11 57982229 . A G 721.59 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.449;QD=62.747;RBI=0.0256667;REFB=0;REVB=0.01734;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19884e-05;OID=.;OPOS=57982229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:26:19:0:0:26:20:0:0 chr11 57982584 . T C 1029.91 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0446763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.752;QD=58.0233;RBI=0.0458602;REFB=-0.118049;REVB=-0.0103531;RO=1;SAF=45;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103923;STB=0.505493;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00173707;OID=.;OPOS=57982584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:25:45:1:0:25:45:1:0 chr11 57982620 . A G 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.954;QD=58.9615;RBI=0.0319122;REFB=0;REVB=0.00367768;RO=0;SAF=47;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97533e-05;OID=.;OPOS=57982620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:19:47:0:0:19:47:0:0 chr11 57982726 . G T 483.62 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.431;QD=58.6202;RBI=0.0380484;REFB=0;REVB=0.0168206;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155281;OID=.;OPOS=57982726;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:10:22:0:0:10:23:0:0 chr11 57982763 . A G 375.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.934;QD=55.6456;RBI=0.0542968;REFB=0;REVB=0.0391542;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090095;OID=.;OPOS=57982763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr11 57982832 . T A 472.6 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.042996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.124;QD=55.5995;RBI=0.0473288;REFB=-0.154625;REVB=0.0197828;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227903;STB=0.512188;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00786266;OID=.;OPOS=57982832;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:1:1:33:33:0.970588:13:20:1:0:13:20:1:0 chr11 57982896 . G T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.654;QD=58.061;RBI=0.0162155;REFB=0;REVB=0.011246;RO=0;SAF=42;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73075e-05;OID=.;OPOS=57982896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:19:42:0:0:19:42:0:0 chr11 57983194 . A G 691.74 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0678069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.001;QD=56.4689;RBI=0.0679064;REFB=0.0291097;REVB=-0.00367485;RO=3;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447271;STB=0.523799;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00234005;OID=.;OPOS=57983194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:30:16:0:3:30:16:0:3 chr11 57996312 . C G 959.07 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321712;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.198;QD=58.1253;RBI=0.0432066;REFB=0;REVB=0.0288413;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183837;OID=.;OPOS=57996312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:62:66:1:41:21:0:0:43:23:0:0 chr11 58034543 . C T 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.157;QD=55.4104;RBI=0.0141273;REFB=0.0636146;REVB=0.00990511;RO=1;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200621;STB=0.510635;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000287125;OID=.;OPOS=58034543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:23:34:0:1:23:34:0:1 chr11 58123152 . T C 1017.97 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.158;QD=59.0125;RBI=0.0365887;REFB=0;REVB=0.0350045;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55847e-05;OID=.;OPOS=58123152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:34:35:0:0 chr11 58125620 . T A,C 847.74 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=5,55;DP=60;FAO=5,55;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=1,37;FSAR=4,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00178254,-0.00753524;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=189.795,186.237;QD=56.5159;RBI=0.051401,0.0363293;REFB=0,0;REVB=-0.0513701,-0.0355392;RO=0;SAF=1,37;SAR=4,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.85968e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0134385,0.000818082;OID=.,.;OPOS=58125620,58125620;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:60:60:0:0:5,55:5,55:0.0833333,0.916667:4,18:1,37:0:0:4,18:1,37:0:0 chr11 58126305 . A T 534.67 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.261;QD=56.2812;RBI=0.0275423;REFB=0.00778153;REVB=0.010668;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267359;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-5.60367e-05;OID=.;OPOS=58126305;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:36:37:0.973684:19:17:1:0:19:18:1:0 chr11 58190088 . T A 306.69 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0220939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.175;QD=22.7175;RBI=0.0335951;REFB=-0.00882836;REVB=0.0253078;RO=23;SAF=6;SAR=25;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02469;STB=0.51361;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00673941;OID=.;OPOS=58190088;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:25:6:4:19:25:6:4:19 chr11 58207204 . A G 954.93 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.571;QD=56.1721;RBI=0.0396767;REFB=-0.16908;REVB=0.0293499;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00108033;OID=.;OPOS=58207204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:0:1:65:67:0.985294:32:33:0:0:33:34:0:1 chr11 58318619 . C G 1497.19 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000311915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.95;QD=58.7133;RBI=0.00866052;REFB=-0.0635739;REVB=0.0086549;RO=1;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998727;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230521;OID=.;OPOS=58318619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:102:102:1:0:101:102:1:47:54:0:1:48:54:0:0 chr11 58478084 . T C 2220.09 PASS AF=0.980392;AO=149;DP=153;FAO=150;FDP=153;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000216455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2246;QD=58.0415;RBI=0.0326731;REFB=-0.0421763;REVB=0.0326724;RO=3;SAF=74;SAR=75;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186417;STB=0.503138;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.000733913;OID=.;OPOS=58478084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:153:153:3:3:149:150:0.980392:75:74:0:3:76:74:1:2 chr11 58491921 . A T 212.57 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00650671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.42;QD=13.2856;RBI=0.0311302;REFB=-0.00999183;REVB=0.0304426;RO=37;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796624;STB=0.563725;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0145881;OID=.;OPOS=58491921;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:37:38:25:26:0.40625:16:9:16:21:17:9:17:21 chr11 58602309 . C T 239.87 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0390822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.622;QD=21.3214;RBI=0.0563967;REFB=-0.0196112;REVB=0.0406592;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161331;STB=0.597973;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0180747;OID=.;OPOS=58602309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:22:22:23:0.511111:13:9:13:9:14:9:13:9 chr11 58973982 . GTATA GTACG,GTA 385.22 PASS AF=0,0.864865;AO=2,24;DP=46;FAO=0,32;FDP=37;FR=.;FRO=5;FSAF=0,8;FSAR=0,24;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00209579,-0.0186438;FXX=0.19561;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=72.9949,136.249;QD=41.6458;RBI=0.0378916,0.0533226;REFB=-0.0839901,-0.0995082;REVB=0.0378336,0.0499571;RO=7;SAF=0,2;SAR=2,22;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.804017,-0.570427;STB=0.5,0.618968;STBP=1,0.004;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.00491068;OID=.,.;OPOS=58973985,58973983;OREF=TA,TA;OALT=CG,-;OMAPALT=GTACG,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.864865:2,24:46:0,32:37:5:0,8:0,24:5:0:29:7:0,2:2,22:7:0 chr11 58982071 . C T 775.49 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.51;QD=63.3057;RBI=0.0194369;REFB=0;REVB=-0.000227142;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13201e-05;OID=.;OPOS=58982071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:15:33:0:0:16:33:0:0 chr11 59058590 . C G 1263.02 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.076;QD=61.6109;RBI=0.0311932;REFB=0;REVB=0.0311698;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97677e-05;OID=.;OPOS=59058590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:45:36:0:0:46:36:0:0 chr11 59132798 . G C 302.7 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0234013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9794;QD=17.0534;RBI=0.0521736;REFB=-0.0139514;REVB=0.0466311;RO=38;SAF=12;SAR=21;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25471;STB=0.642771;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0151219;OID=.;OPOS=59132798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:21:12:24:14:21:12:24:14 chr11 59132882 . A G 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0198809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.927;QD=21.7471;RBI=0.0218692;REFB=-0.0170215;REVB=0.00911117;RO=20;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121974;STB=0.568656;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.015667;OID=.;OPOS=59132882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:15:7:9:11:15:7:9:11 chr11 59189912 . G A 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0212875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.592;QD=7.40618;RBI=0.0378372;REFB=-0.00548693;REVB=-0.031281;RO=40;SAF=9;SAR=5;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116089;STB=0.571718;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0206905;OID=.;OPOS=59189912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:40:14:14:0.259259:5:9:22:18:5:9:22:18 chr11 59210761 . C G 546.05 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.000892043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5179;QD=18.8291;RBI=0.0479822;REFB=-0.0189782;REVB=0.0479739;RO=58;SAF=32;SAR=25;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103277;STB=0.552876;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0159326;OID=.;OPOS=59210761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:59:57:57:0.491379:25:32:26:32:25:32:27:32 chr11 59211188 . G A 300.13 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0275063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8789;QD=23.0867;RBI=0.0278569;REFB=-0.0449544;REVB=0.00440519;RO=21;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286157;STB=0.524532;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0295079;OID=.;OPOS=59211188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:21:22:30:30:0.576923:14:16:12:9:14:16:13:9 chr11 59211265 . T C 185.81 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0104188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.298;QD=15.8139;RBI=0.0142806;REFB=-0.0267853;REVB=0.00976642;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832917;STB=0.560449;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0261556;OID=.;OPOS=59211265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:19:20:0.425532:10:9:15:12:11:9:15:12 chr11 59211421 . C T 921.29 PASS AF=0.535294;AO=89;DP=168;FAO=91;FDP=170;FR=.;FRO=79;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.00782667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.398;QD=21.6773;RBI=0.0104132;REFB=-0.00618385;REVB=-0.00686863;RO=78;SAF=42;SAR=47;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567841;STB=0.52822;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00319438;OID=.;OPOS=59211421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:78:79:89:91:0.535294:47:42:42:36:47:44:43:36 chr11 59224608 . A G 1522.93 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6342;QD=58.5743;RBI=0.0171363;REFB=0.00606088;REVB=0.011814;RO=1;SAF=61;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111632;STB=0.505881;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000123518;OID=.;OPOS=59224608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:42:61:0:1:42:61:0:1 chr11 59224720 . A G 1710.06 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.913;QD=60.533;RBI=0.0485199;REFB=0;REVB=-0.0125126;RO=0;SAF=68;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108005;OID=.;OPOS=59224720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:44:68:0:0:44:69:0:0 chr11 59224885 . G C 2747.58 PASS AF=0.983425;AO=177;DP=180;FAO=178;FDP=181;FR=.;FRO=3;FSAF=93;FSAR=85;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0335721;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5116;QD=60.72;RBI=0.0419329;REFB=-0.0616143;REVB=0.0251253;RO=3;SAF=93;SAR=84;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151057;STB=0.507936;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000547929;OID=.;OPOS=59224885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:180:181:3:3:177:178:0.983425:84:93:3:0:85:93:3:0 chr11 59225221 . T C 766.26 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.394;QD=63.8551;RBI=0.0437069;REFB=0;REVB=-0.0180684;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116919;OID=.;OPOS=59225221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr11 59271637 . T C 1549.19 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.803;QD=63.8839;RBI=0.0615949;REFB=0;REVB=0.0464883;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143907;OID=.;OPOS=59271637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:45:52:0:0:45:52:0:0 chr11 59282719 . GT GG,G 91.5 PASS AF=0.0384615,0.461538;AO=3,10;DP=26;FAO=1,12;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=1,10;FSAR=0,2;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0724046,0.0850947;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=25.6576,13.6356;QD=14.0763;RBI=0.0726679,0.0937814;REFB=-0.0205781,-0.0516592;REVB=0.0061805,-0.0394187;RO=12;SAF=3,8;SAR=0,2;SRF=1;SRR=11;SSEN=0,0.350877;SSEP=0,0;SSSB=0.798545,0.610984;STB=0.995718,0.843598;STBP=0.092,0.003;TYPE=snp,del;VARB=0.0342445,0.0514877;OID=.,.;OPOS=59282720,59282720;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0384615,0.461538:3,10:26:1,12:26:13:1,10:0,2:2:11:59:12:3,8:0,2:1:11 chr11 59323951 . G A 2024.57 PASS AF=0.977778;AO=132;DP=135;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0167839;FXX=0.0073524;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.4;QD=59.9872;RBI=0.0169336;REFB=-0.0310592;REVB=0.00224677;RO=3;SAF=79;SAR=53;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116174;STB=0.506114;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=3.38514e-05;OID=.;OPOS=59323951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:135:3:3:132:132:0.977778:53:79:1:2:53:79:1:2 chr11 59480951 . T C 421.22 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603688;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.049;QD=58.0995;RBI=0.0061756;REFB=0;REVB=0.00130158;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075923;OID=.;OPOS=59480951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr11 59603364 . G A 450.28 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0248626;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4139;QD=18.5681;RBI=0.0258777;REFB=-0.00358872;REVB=0.00717681;RO=52;SAF=27;SAR=18;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116111;STB=0.564824;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00462565;OID=.;OPOS=59603364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:52:52:45:45:0.463918:18:27:25:27:18:27:25:27 chr11 59631480 . G A 494.28 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.00966958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.499;QD=16.2058;RBI=0.0111813;REFB=0.000967405;REVB=-0.00561437;RO=66;SAF=25;SAR=29;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994527;STB=0.545466;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00132454;OID=.;OPOS=59631480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:68:54:54:0.442623:29:25:24:42:29:25:26:42 chr11 59814173 . G A 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0392547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3427;QD=15.1663;RBI=0.0392667;REFB=-0.0436613;REVB=0.000973764;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087676;STB=0.549875;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0308118;OID=.;OPOS=59814173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:17:13:12:11:17:13 chr11 59831716 . C A 340.26 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00258274;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.052;QD=17.9084;RBI=0.0173982;REFB=-0.0107946;REVB=-0.0172054;RO=40;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049675;STB=0.527762;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0144673;OID=.;OPOS=59831716;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:19:17:21:19:19:17:21:19 chr11 59837097 . C T 327.62 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.000920139;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.723;QD=17.4731;RBI=0.0260883;REFB=-0.00790563;REVB=-0.0260721;RO=39;SAF=20;SAR=15;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703493;STB=0.501944;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00937481;OID=.;OPOS=59837097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:39:40:35:35:0.466667:15:20:22:17:15:20:23:17 chr11 59837721 . T TTATGAAAA 194.82 PASS AF=0.5;AO=17;DP=48;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00163772;FXX=0;HRUN=2;LEN=8;MLLD=336.802;QD=19.4821;RBI=0.00587965;REFB=-0.0111498;REVB=-0.00564696;RO=28;SAF=3;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462655;STB=0.70809;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=0.00994846;OID=.;OPOS=59837722;OREF=-;OALT=TATGAAAA;OMAPALT=TTATGAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:17:48:20:40:20:3:17:9:11:99:28:3:14:16:12 chr11 59945745 . T C 94.14 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00991905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.946;QD=10.4601;RBI=0.0345262;REFB=-0.0075759;REVB=0.0330707;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764774;STB=0.555464;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0136785;OID=.;OPOS=59945745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:21:24:12:12:0.333333:6:6:12:9:6:6:14:10 chr11 59946302 . C T 334.39 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.064;QD=53.5018;RBI=0.007045;REFB=0;REVB=0.00672453;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73132e-06;OID=.;OPOS=59946302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:18:5:0:0:19:6:0:0 chr11 59947252 . C T 708.77 PASS AF=0.59292;AO=67;DP=113;FAO=67;FDP=113;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00539743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3263;QD=25.0892;RBI=0.0115102;REFB=-0.0174788;REVB=-0.0101663;RO=46;SAF=24;SAR=43;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266735;STB=0.514526;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00781605;OID=.;OPOS=59947252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:46:46:67:67:0.59292:43:24:18:28:43:24:18:28 chr11 60050125 . A G 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.169;QD=63.5803;RBI=0.0520312;REFB=0;REVB=-0.0438677;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33073e-05;OID=.;OPOS=60050125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr11 60070176 . A G 234.96 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0349457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2378;QD=15.4073;RBI=0.0366882;REFB=-0.0398744;REVB=0.0111724;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760349;STB=0.542999;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0303483;OID=.;OPOS=60070176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:13:14:15:19:13:14:15:19 chr11 60073597 . C T 1769.63 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0953106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4957;QD=59.9876;RBI=0.0953161;REFB=-0.117061;REVB=-0.00102435;RO=1;SAF=44;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655085;STB=0.503448;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0045804;OID=.;OPOS=60073597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:118:1:1:116:117:0.991525:72:44:0:1:72:45:0:1 chr11 60105313 . T C 478.92 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0313587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8438;QD=15.5745;RBI=0.0333906;REFB=0.00940479;REVB=-0.0114703;RO=69;SAF=23;SAR=30;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304879;STB=0.513374;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.0200916;OID=.;OPOS=60105313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:69:70:53:53:0.430894:30:23:32:37:30:23:32:38 chr11 60183042 . A T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.00209962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=357.126;QD=16.0426;RBI=0.00775397;REFB=-0.00461309;REVB=0.00746429;RO=26;SAF=14;SAR=5;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155667;STB=0.588152;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00610845;OID=.;OPOS=60183042;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:5:14:22:4:5:14:22:4 chr11 60183073 . C G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0164712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.422;QD=15.6507;RBI=0.0168768;REFB=-0.000532069;REVB=-0.00367774;RO=21;SAF=12;SAR=4;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823145;STB=0.547114;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000278909;OID=.;OPOS=60183073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:4:12:17:4:4:12:17:4 chr11 60183392 . T G 207.69 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0178107;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.027;QD=15.1048;RBI=0.0208219;REFB=-0.00379633;REVB=0.0107856;RO=32;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128581;STB=0.563327;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00372308;OID=.;OPOS=60183392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:32:31:24:24:0.436364:9:15:16:16:9:15:16:15 chr11 60183937 . G T 149.08 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0150415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8258;QD=18.6348;RBI=0.0262613;REFB=0.00522331;REVB=-0.021527;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054861;STB=0.531211;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00507323;OID=.;OPOS=60183937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:9:7:8:8:9:7 chr11 60197173 . C T 368.48 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.004785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.031;QD=22.3323;RBI=0.00648694;REFB=-0.00860895;REVB=0.00437997;RO=27;SAF=15;SAR=22;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144324;STB=0.579858;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00517115;OID=.;OPOS=60197173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:29:37:37:0.560606:22:15:16:11:22:15:17:12 chr11 60197182 . T C 397.09 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0275405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.782;QD=23.3584;RBI=0.0312672;REFB=-0.000175682;REVB=0.014804;RO=29;SAF=16;SAR=23;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110803;STB=0.560944;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000193798;OID=.;OPOS=60197182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:23:16:16:13:23:16:16:13 chr11 60264947 . C T 191.26 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0381068;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.061;QD=13.1906;RBI=0.0506171;REFB=-0.0287801;REVB=-0.0333161;RO=33;SAF=15;SAR=8;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165412;STB=0.503308;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0530435;OID=.;OPOS=60264947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:33:35:23:23:0.396552:8:15:22:11:8:15:23:12 chr11 60265002 . C T 317.68 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00238277;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.049;QD=19.8551;RBI=0.0258211;REFB=-0.00401001;REVB=-0.025711;RO=28;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518336;STB=0.549104;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00397571;OID=.;OPOS=60265002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:64:28:31:33:33:0.515625:15:18:17:11:15:18:20:11 chr11 60285575 . A G 1409.82 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=99;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00985458;FXX=0.0679546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.561;QD=58.7424;RBI=0.0121075;REFB=-0.138186;REVB=0.00703414;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000230006;OID=.;OPOS=60285575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:96:0:1:95:95:0.989583:48:47:0:0:48:47:1:0 chr11 60291413 . C T 795.32 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.45;QD=63.6254;RBI=0.0189453;REFB=0;REVB=0.0082645;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.13819e-05;OID=.;OPOS=60291413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:25:24:0:0:26:24:0:0 chr11 60496852 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0731778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.903;QD=14.9786;RBI=0.0731987;REFB=-0.0126814;REVB=0.00174954;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131181;STB=0.576768;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00699335;OID=.;OPOS=60496852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:6:5:6:4:6:5 chr11 60531346 . T G 217.4 PASS AF=0.478261;AO=18;DP=42;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00670892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.291;QD=18.9042;RBI=0.0250673;REFB=-0.0091693;REVB=0.0241528;RO=22;SAF=15;SAR=3;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311864;STB=0.56332;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0119562;OID=.;OPOS=60531346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:46:22:24:18:22:0.478261:3:15:13:9:6:16:15:9 chr11 60559805 . A G,T 371.78 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=25,2;DP=28;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169482,0.0877284;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.9309,53.6908;QD=53.1117;RBI=0.0290065,0.0923312;REFB=0,0;REVB=0.0235401,-0.0287887;RO=0;SAF=6,1;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000330059,0.215854;OID=.,.;OPOS=60559805,60559805;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:28:28:0:0:25,2:26,2:0.928571,0.0714286:19,1:6,1:0:0:20,1:6,1:0:0 chr11 60567335 . T C 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0156481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.28;QD=21.5457;RBI=0.0169712;REFB=-0.0373561;REVB=0.00656967;RO=8;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125035;STB=0.519203;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0264795;OID=.;OPOS=60567335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:8:10:14:14:0.583333:9:5:3:5:9:5:4:6 chr11 60610065 . G A 481.47 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0551797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.785;QD=53.4963;RBI=0.055224;REFB=0.0588745;REVB=0.00221198;RO=2;SAF=3;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292216;STB=0.515616;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00305878;OID=.;OPOS=60610065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:31:3:0:2:31:3:0:2 chr11 60620585 . A G 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.844;QD=58.1354;RBI=0.0158206;REFB=0;REVB=-0.00333058;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71721e-05;OID=.;OPOS=60620585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr11 60620590 . C G 508.07 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.016533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2216;QD=56.4523;RBI=0.0553547;REFB=-0.0316648;REVB=-0.052828;RO=1;SAF=22;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207916;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00429914;OID=.;OPOS=60620590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:13:22:1:0:13:22:1:0 chr11 60635091 . T C 267.72 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6454;QD=50.9951;RBI=0.0268555;REFB=0;REVB=0.00552154;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00035151;OID=.;OPOS=60635091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:12:9:0:0 chr11 60638461 . C T 1563.2 PASS AF=0.990654;AO=100;DP=101;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0148287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.523;QD=58.4375;RBI=0.0170429;REFB=-0.0823328;REVB=0.00840047;RO=1;SAF=50;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939351;STB=0.504504;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000165947;OID=.;OPOS=60638461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:107:1:1:100:106:0.990654:50:50:1:0:51:55:1:0 chr11 60638470 . A G 1611.62 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00185546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.829;QD=59.142;RBI=0.0188876;REFB=-0.0797439;REVB=-0.0187963;RO=0;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371403;OID=.;OPOS=60638470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:109:109:0:0:108:109:1:52:56:0:0:52:57:0:0 chr11 60640660 . G A 156.23 PASS AF=0.391304;AO=16;DP=44;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0216908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3007;QD=13.5849;RBI=0.0328582;REFB=-0.0187793;REVB=0.0246814;RO=28;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140625;STB=0.557077;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.035212;OID=.;OPOS=60640660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:28:28:16:18:0.391304:12:4:10:18:13:5:10:18 chr11 60689445 . T C 1081.83 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.961;QD=59.2783;RBI=0.149384;REFB=0;REVB=-0.019835;RO=0;SAF=4;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371662;OID=.;OPOS=60689445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:73:0:0:64:73:1:60:4:0:0:60:13:0:0 chr11 60695301 . C A 2072.89 PASS AF=0.985294;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0336748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.303;QD=60.9674;RBI=0.0387785;REFB=-0.043726;REVB=0.0192297;RO=2;SAF=63;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132003;STB=0.506943;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000166591;OID=.;OPOS=60695301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:2:2:134:134:0.985294:71:63:0:2:71:63:0:2 chr11 60703777 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.958;QD=60.9787;RBI=0.0436743;REFB=0;REVB=0.00865569;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207498;OID=.;OPOS=60703777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:11:27:0:0:11:28:0:0 chr11 60705454 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023572;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0257;QD=57.0815;RBI=0.0343646;REFB=0;REVB=0.0250057;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123772;OID=.;OPOS=60705454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr11 60892605 . C CG 185.24 PASS AF=1;AO=5;DP=46;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0899161;FXX=0.377694;HRUN=0;LEN=1;MLLD=11.7308;QD=26.4634;RBI=0.0962953;REFB=0;REVB=-0.0344657;RO=41;SAF=5;SAR=0;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.654877;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0012127;OID=.;OPOS=60892606;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:46:28:28:0:20:8:0:0:6:41:5:0:16:25 chr11 60892606 . A C,G 683.6 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=5,40;DP=45;FAO=5,40;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=5,15;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133047,0.0369566;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=200.222,51.8534;QD=60.7644;RBI=0.0110965,0.0790193;REFB=0,0;REVB=-0.0110165,0.0698446;RO=0;SAF=5,15;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0826513,-0.00299677;OID=.,.;OPOS=60892606,60892606;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:45:45:0:0:5,40:5,40:0.111111,0.888889:0,25:5,15:0:0:0,25:5,15:0:0 chr11 60893235 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.439;QD=56.9568;RBI=0.0493359;REFB=0;REVB=-0.000250516;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43573e-05;OID=.;OPOS=60893235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr11 60899767 . A G 537.92 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8871;QD=58.153;RBI=0.0109828;REFB=0;REVB=0.00979649;RO=0;SAF=33;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.7801e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811671;OID=.;OPOS=60899767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:4:33:0:0:4:33:0:0 chr11 61106892 . G C 784.96 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1833;QD=57.0881;RBI=0.040941;REFB=0;REVB=-0.00290444;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041748;OID=.;OPOS=61106892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:31:24:0:0 chr11 61108974 . G A 313.46 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0598504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3991;QD=50.1543;RBI=0.0685203;REFB=-0.0817759;REVB=0.033361;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52379;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00355875;OID=.;OPOS=61108974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:10:14:0:0:10:14:0:1 chr11 61112802 . C T 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0248;QD=59.8302;RBI=0.0276783;REFB=0;REVB=-0.0138593;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173298;OID=.;OPOS=61112802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr11 61165280 . G A 1287.36 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0206328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.032;QD=60.5817;RBI=0.0223195;REFB=0.0282963;REVB=-0.00851166;RO=1;SAF=44;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106442;STB=0.505617;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000988302;OID=.;OPOS=61165280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:40:44:1:0:40:44:1:0 chr11 61165731 . C CA 223.54 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108169;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=296.14;QD=49.6746;RBI=0.0208295;REFB=0;REVB=0.0178007;RO=2;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114072;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000138862;OID=.;OPOS=61165732;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:20:18:18:0:8:10:0:0:4:2:7:10:2:0 chr11 61165741 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.457;QD=50.412;RBI=0.0239844;REFB=0;REVB=-0.0213982;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31132e-05;OID=.;OPOS=61165741;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr11 61166306 . G A 289.83 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188955;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7106;QD=52.6958;RBI=0.0335086;REFB=0;REVB=0.0276728;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104664;OID=.;OPOS=61166306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:21:22:1:13:8:0:0:14:8:0:0 chr11 61179285 . G A 1607.1 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00621994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.545;QD=64.2842;RBI=0.0216894;REFB=0;REVB=0.0207784;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92555e-05;OID=.;OPOS=61179285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:45:55:0:0:45:55:0:0 chr11 61204361 . A C 1249.17 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0436331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5616;QD=60.201;RBI=0.0606412;REFB=-0.149119;REVB=0.042113;RO=1;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106396;STB=0.505493;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00253302;OID=.;OPOS=61204361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:1:1:80:82:0.987952:44:36:0:1:45:37:0:1 chr11 61249383 . C A 820.19 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.959;QD=55.6063;RBI=0.0372754;REFB=-0.113724;REVB=0.0327557;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.509088;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00136418;OID=.;OPOS=61249383;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:27:31:0:0:27:31:0:1 chr11 61277300 . CCG C,CCC 111.13 PASS AF=0.454545,0;AO=13,5;DP=48;FAO=15,0;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10,0;FSAR=5,0;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=0.120973,0.043219;FXX=0.0294031;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=23.9672,16.3819;QD=13.4707;RBI=0.14836,0.08084;REFB=-0.0722234,-0.0620622;REVB=0.0858851,-0.068317;RO=27;SAF=8,1;SAR=5,4;SRF=25;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.434036,-0.743509;STB=0.73663,0.5;STBP=0.085,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0999671,0;OID=.,.;OPOS=61277301,61277302;OREF=CG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545,0:13,5:48:15,0:33:18:10,0:5,0:18:0:99:27:8,1:5,4:25:2 chr11 61404766 . C T 1731.21 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2798;QD=60.7443;RBI=0.0255903;REFB=0;REVB=-0.0231382;RO=0;SAF=54;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.55368e-05;OID=.;OPOS=61404766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:59:54:0:0:60:54:0:0 chr11 61511133 . G A 849.18 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.014333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.35;QD=53.0737;RBI=0.0617493;REFB=-0.142431;REVB=0.0600628;RO=3;SAF=37;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367462;STB=0.519474;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00217548;OID=.;OPOS=61511133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:61:61:0.953125:24:37:3:0:24:37:3:0 chr11 61513952 . G A 2317.31 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.412;QD=63.0562;RBI=0.0332091;REFB=0;REVB=-0.00481395;RO=0;SAF=61;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.26383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17084e-05;OID=.;OPOS=61513952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:147:0:0:142:147:1:81:61:0:0:83:64:0:0 chr11 61534872 . A C 910.12 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8058;QD=57.7853;RBI=0.0265315;REFB=0;REVB=0.0189005;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232128;OID=.;OPOS=61534872;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:30:30:0:0:32:31:0:0 chr11 61551356 . T C 722.14 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00379777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.104;QD=62.795;RBI=0.0244971;REFB=0;REVB=0.0242009;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131026;OID=.;OPOS=61551356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:22:24:0:0 chr11 61564299 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.821;QD=44.6898;RBI=0.0795982;REFB=0;REVB=0.0260459;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665806;OID=.;OPOS=61564299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr11 61582708 . T C 427.19 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00344742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.151;QD=51.7807;RBI=0.0477028;REFB=0.0372944;REVB=-0.0475781;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321576;STB=0.502957;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0222005;OID=.;OPOS=61582708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:33:1:2:31:31:0.939394:17:14:1:0:17:14:1:1 chr11 61593816 . C T 754.34 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3628;QD=56.9313;RBI=0.09515;REFB=0;REVB=0.0540053;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591765;OID=.;OPOS=61593816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr11 61630518 . C T 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0161948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.209;QD=12.9224;RBI=0.0180537;REFB=-0.0275387;REVB=-0.007979;RO=34;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775083;STB=0.544515;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0428157;OID=.;OPOS=61630518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:10:12:21:13:10:12:21:13 chr11 61658800 . C T 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3177;QD=39.2011;RBI=0.133994;REFB=0;REVB=0.0500607;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00504943;OID=.;OPOS=61658800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr11 61672235 . T C 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0228371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5781;QD=21.0076;RBI=0.0983129;REFB=-0.00312949;REVB=-0.0956237;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422077;STB=0.523784;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.000488866;OID=.;OPOS=61672235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:8:9:11:8:8:9 chr11 61719387 . T C 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0812162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6753;QD=13.4592;RBI=0.081555;REFB=-0.00206946;REVB=-0.00742529;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329583;STB=0.519207;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00432132;OID=.;OPOS=61719387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:10:6:9:17:10:6:9:17 chr11 61722645 . C A 119.3 PASS AF=0.4;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00160337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0021;QD=13.6338;RBI=0.0784792;REFB=-0.00184042;REVB=0.0784628;RO=21;SAF=1;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574664;STB=0.757466;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00594593;OID=.;OPOS=61722645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:13:14:0.4:12:1:10:11:12:2:10:11 chr11 61727485 . C T 337.88 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00739911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.774;QD=22.9074;RBI=0.0148259;REFB=-0.0122759;REVB=-0.0128476;RO=25;SAF=14;SAR=20;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00935288;STB=0.505152;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0117052;OID=.;OPOS=61727485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:20:14:10:15:20:14:10:15 chr11 61730234 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0047005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.185;QD=44.6885;RBI=0.0683787;REFB=0;REVB=0.0682169;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144191;OID=.;OPOS=61730234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr11 61895741 . A G 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00545511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.448;QD=20.4561;RBI=0.00629463;REFB=-0.0401445;REVB=-0.00314072;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806589;STB=0.545403;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0349708;OID=.;OPOS=61895741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:6:11:11:4:6:11:11:4 chr11 61897359 . C T 179.73 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0331471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4982;QD=11.0602;RBI=0.0450502;REFB=0.0105181;REVB=-0.0305088;RO=41;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816374;STB=0.556115;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.018476;OID=.;OPOS=61897359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:41:42:23:23:0.353846:14:9:19:22:14:9:20:22 chr11 61906374 . T C 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0565476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.498;QD=14.6985;RBI=0.0602035;REFB=-0.00382391;REVB=-0.0206598;RO=23;SAF=13;SAR=3;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46111;STB=0.769674;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00615228;OID=.;OPOS=61906374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:3:13:9:14:3:13:9:14 chr11 61913196 . G T 137.97 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00145656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3077;QD=29.0457;RBI=0.0759601;REFB=-0.0427202;REVB=0.0759461;RO=5;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814507;STB=0.545389;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0357415;OID=.;OPOS=61913196;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:8:6:3:2:8:6:3:2 chr11 61914260 . G A 121.99 PASS AF=0.8;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.145499;FXX=0.117578;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.735;QD=32.53;RBI=0.147518;REFB=-0.0324845;REVB=0.0243227;RO=3;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128918;STB=0.571319;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0126273;OID=.;OPOS=61914260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:17:15:3:3:12:12:0.8:9:3:0:3:9:3:0:3 chr11 62010863 . C T 483.64 PASS AF=0.376712;AO=55;DP=146;FAO=55;FDP=146;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=-0.0103463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.849;QD=13.2504;RBI=0.0167175;REFB=-0.0146493;REVB=-0.0131312;RO=89;SAF=30;SAR=25;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152778;STB=0.579179;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0254036;OID=.;OPOS=62010863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:89:91:55:55:0.376712:25:30:36:53:25:30:38:53 chr11 62160723 . C T 90.04 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00919361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.028;QD=5.90448;RBI=0.0215719;REFB=-0.00795644;REVB=-0.0195147;RO=47;SAF=10;SAR=4;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161007;STB=0.601941;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0278112;OID=.;OPOS=62160723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:47:47:14:14:0.229508:4:10:28:19:4:10:28:19 chr11 62160729 . G A 97.27 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0410355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.181;QD=6.17567;RBI=0.0411612;REFB=-0.015524;REVB=-0.00321419;RO=48;SAF=11;SAR=4;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178813;STB=0.612432;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0525036;OID=.;OPOS=62160729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:48:48:15:15:0.238095:4:11:29:19:4:11:29:19 chr11 62236219 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.286;QD=45.8068;RBI=0.0266417;REFB=0;REVB=0.0259731;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171243;OID=.;OPOS=62236219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr11 62292882 . G T 880.29 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00670451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5273;QD=57.724;RBI=0.0507112;REFB=0;REVB=-0.0502661;RO=1;SAF=30;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154718;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000578312;OID=.;OPOS=62292882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:1:0:60:61:1:30:30:1:0:30:31:0:0 chr11 62349023 . C CG 44.12 PASS AF=0.222222;AO=13;DP=66;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00842866;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=143.364;QD=2.80117;RBI=0.019281;REFB=-0.000523814;REVB=-0.0173411;RO=53;SAF=12;SAR=1;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509925;STB=0.857441;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=0.0669712;OID=.;OPOS=62349024;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:13:66:14:63:49:13:1:30:19:44:53:12:1:33:20 chr11 62371595 . C T 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0323369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.161;QD=16.4804;RBI=0.0373611;REFB=-0.00206471;REVB=-0.018713;RO=25;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199577;STB=0.615255;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00291211;OID=.;OPOS=62371595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:5:14:14:11:5:14:14:11 chr11 62378801 . T C 589.62 PASS AF=0.488722;AO=55;DP=139;FAO=65;FDP=133;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=0.00971471;FXX=0.029195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.999;QD=17.733;RBI=0.023162;REFB=-0.00288775;REVB=0.0210262;RO=52;SAF=24;SAR=31;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15691;STB=0.602078;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00511885;OID=.;OPOS=62378801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:133:52:68:55:65:0.488722:31:24:32:20:37:28:43:25 chr11 62381106 . G C 198.37 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0948;QD=44.0826;RBI=0.0414779;REFB=-0.0367929;REVB=0.0282011;RO=1;SAF=15;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029595;STB=0.51611;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.031011;OID=.;OPOS=62381106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:2:15:1:0:2:15:1:0 chr11 62383715 . G C 202.15 PASS AF=1;AO=5;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.871;QD=47.5639;RBI=0.158085;REFB=0;REVB=0.0165527;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00807948;OID=.;OPOS=62383715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:5:17:1:5:0:0:0:14:3:0:0 chr11 62430659 . T A 760.93 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450236;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.653;QD=56.3651;RBI=0.0491234;REFB=0;REVB=0.0196464;RO=0;SAF=38;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18481e-05;OID=.;OPOS=62430659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:14:38:0:0:14:40:0:0 chr11 62439569 . G A 1343.7 PASS AF=0.988636;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.035531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.918;QD=61.0774;RBI=0.0576968;REFB=0.169444;REVB=0.0454584;RO=1;SAF=37;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126311;STB=0.506328;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000389574;OID=.;OPOS=62439569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:88:1:1:85:87:0.988636:48:37:1:0:48:39:1:0 chr11 62495890 . A T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00335199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.153;QD=16.0422;RBI=0.0152356;REFB=-0.0087432;REVB=-0.0148623;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303363;STB=0.674343;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0207065;OID=.;OPOS=62495890;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:13:6:16:10:13:6:16:10 chr11 62563353 . G A 289.52 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00737163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.591;QD=46.3224;RBI=0.0112512;REFB=-0.14123;REVB=0.00849991;RO=2;SAF=10;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839258;STB=0.545415;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0014564;OID=.;OPOS=62563353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:13:10:2:0:13:10:2:0 chr11 62609112 . A G 1010.33 PASS AF=0.593333;AO=89;DP=150;FAO=89;FDP=150;FR=.;FRO=61;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00764891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7685;QD=26.9422;RBI=0.0131642;REFB=0.00162582;REVB=-0.010714;RO=61;SAF=47;SAR=42;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394891;STB=0.521434;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00125435;OID=.;OPOS=62609112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:61:61:89:89:0.593333:42:47:29:32:42:47:29:32 chr11 62609122 . T C 71.1 PASS AF=0.0963303;AO=21;DP=218;FAO=21;FDP=218;FR=.;FRO=197;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=88;FSRR=109;FWDB=-0.00311795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.8;QD=1.30455;RBI=0.0536005;REFB=0.00385397;REVB=-0.0535098;RO=195;SAF=16;SAR=5;SRF=88;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367704;STB=0.777899;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.015467;OID=.;OPOS=62609122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:218:218:195:197:21:21:0.0963303:5:16:88:107:5:16:88:109 chr11 62609171 . TATT CTGC 2255.12 PASS AF=0.756198;AO=172;DP=250;FAO=183;FDP=242;FR=.;FRO=59;FSAF=104;FSAR=79;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00248855;FXX=0.039681;HRUN=1;LEN=4;MLLD=204.672;QD=37.2748;RBI=0.024569;REFB=-0.0363434;REVB=0.0244426;RO=56;SAF=100;SAR=72;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714802;STB=0.531432;STBP=0.097;TYPE=mnp;VARB=0.0135742;OID=.;OPOS=62609171;OREF=TATT;OALT=CTGC;OMAPALT=CTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:242:56:59:172:183:0.756198:72:100:24:32:79:104:26:33 chr11 62609178 . A G 60.74 PASS AF=0.0820312;AO=20;DP=261;FAO=21;FDP=256;FR=.;FRO=235;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=124;FSRR=111;FWDB=-0.0441841;FXX=0.0228999;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.8895;QD=0.949071;RBI=0.0442026;REFB=-0.00241935;REVB=0.00128103;RO=201;SAF=9;SAR=11;SRF=102;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677107;STB=0.590369;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0265216;OID=.;OPOS=62609178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:261:256:201:235:20:21:0.0820312:11:9:102:99:12:9:124:111 chr11 62609220 . A G 56.09 PASS AF=0.0774908;AO=21;DP=271;FAO=21;FDP=271;FR=.;FRO=250;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=134;FSRR=116;FWDB=-0.00464376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.382;QD=0.827949;RBI=0.00475646;REFB=-0.00228328;REVB=-0.00102925;RO=246;SAF=9;SAR=12;SRF=130;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113485;STB=0.598234;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0229469;OID=.;OPOS=62609220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:271:271:246:250:21:21:0.0774908:12:9:130:116:12:9:134:116 chr11 62847453 . T C 715.44 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155241;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4501;QD=57.2352;RBI=0.0652932;REFB=0;REVB=0.0634208;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409803;OID=.;OPOS=62847453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr11 62848487 . A C 739.6 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.024;QD=56.8926;RBI=0.0664872;REFB=0;REVB=0.0626324;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145407;OID=.;OPOS=62848487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:19:31:0:0:21:31:0:0 chr11 62886319 . G A,C 337.49 PASS AF=0.08,0.92;AO=2,23;DP=26;FAO=2,23;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493644,-0.000888042;FXX=0.0384468;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=171.324,69.6817;QD=53.9988;RBI=0.0416198,0.048433;REFB=0,0;REVB=0.041326,0.0484249;RO=0;SAF=0,12;SAR=2,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00623254,0.00207195;OID=.,.;OPOS=62886319,62886319;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:26:25:0:0:2,23:2,23:0.08,0.92:2,11:0,12:0:0:2,11:0,12:0:0 chr11 62902172 . A C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.223;QD=58.5871;RBI=0.0560631;REFB=0;REVB=0.0409382;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18985e-05;OID=.;OPOS=62902172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr11 62910849 . T C 1521.53 PASS AF=0.990385;AO=100;DP=100;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00965948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.478;QD=58.5205;RBI=0.0233414;REFB=-0.0476113;REVB=0.0212488;RO=0;SAF=64;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=9.401e-05;OID=.;OPOS=62910849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:104:0:1:100:103:0.990385:36:64:0:0:36:67:0:1 chr11 62911079 . G C 716.14 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397239;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.399;QD=57.2909;RBI=0.0401566;REFB=0;REVB=-0.00587931;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.32938e-05;OID=.;OPOS=62911079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:30:19:0:0:30:20:0:0 chr11 63057925 . G A 701.58 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.157;QD=61.0066;RBI=0.0271779;REFB=-0.0583725;REVB=0.0170255;RO=1;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140319;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287269;OID=.;OPOS=63057925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:1:0:45:46:1:33:12:0:1:34:12:0:0 chr11 63064823 . T C 1279.83 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.103664;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0431;QD=59.5272;RBI=0.10701;REFB=-0.147128;REVB=0.0265506;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511361;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00287983;OID=.;OPOS=63064823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:86:0:2:84:84:0.976744:41:43:0:0:41:43:2:0 chr11 63072310 . C T 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00432964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.015;QD=62.008;RBI=0.0438808;REFB=0;REVB=-0.0436667;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.0418e-05;OID=.;OPOS=63072310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:51:33:0:0:51:33:0:0 chr11 63129876 . T G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.979;QD=57.1767;RBI=0.0365872;REFB=0;REVB=-0.0225729;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51409e-05;OID=.;OPOS=63129876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr11 63256441 . C G 167.19 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=32;FWDB=-0.0280547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9018;QD=11.7326;RBI=0.0612296;REFB=0.00165788;REVB=0.0544242;RO=36;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38705;STB=0.717233;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00201429;OID=.;OPOS=63256441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:12:9:4:32:12:9:4:32 chr11 63258416 . T C 1036.44 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.285;QD=59.225;RBI=0.00375419;REFB=0;REVB=-0.00361394;RO=0;SAF=47;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52964e-05;OID=.;OPOS=63258416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:22:47:0:0:22:48:0:0 chr11 63313644 . T C 1258.23 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00575933;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1339;QD=59.211;RBI=0.0445451;REFB=-0.206249;REVB=0.0441712;RO=2;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020583;STB=0.510867;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00172757;OID=.;OPOS=63313644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:86:85:2:2:83:83:0.976471:45:38:0:2:45:38:0:2 chr11 63413962 . AAAAT A 916.8 PASS AF=0.986842;AO=66;DP=74;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0363643;FXX=0.0379699;HRUN=4;LEN=4;MLLD=268.471;QD=48.2527;RBI=0.0364067;REFB=-0.0645415;REVB=-0.00175705;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.529;TYPE=del;VARB=0.000277057;OID=.;OPOS=63413963;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.986842:66:74:75:76:1:40:35:1:0:10:0:33:33:0:0 chr11 63487386 . T C 714.97 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00927306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.139;QD=60.8488;RBI=0.0217991;REFB=-0.0113327;REVB=0.0197285;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02089;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=7.31695e-05;OID=.;OPOS=63487386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:24:22:1:0:24:22:1:0 chr11 63650134 . ATTTTTTTG ATTTTTTG,ATTTTTTGT 47.43 PASS AF=0.309524,0.0238095;AO=13,3;DP=42;FAO=13,1;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=4,0;FSAR=9,1;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.135582,0.0187981;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=9.70728,22.5347;QD=4.51721;RBI=0.140521,0.0653644;REFB=-0.0462087,-0.0209894;REVB=0.0369267,-0.062603;RO=23;SAF=5,0;SAR=8,3;SRF=8;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.04243,-0.525763;STB=0.538401,0.9872;STBP=0.757,0.476;TYPE=del,mnp;VARB=0.0756376,-0.00703602;OID=.,.;OPOS=63650135,63650141;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTTTG,ATTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309524,0.0238095:13,3:42:13,1:42:28:4,0:9,1:10:18:44:23:5,0:8,3:8:15 chr11 63661820 . C T 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00901217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.144;QD=15.645;RBI=0.0113417;REFB=-0.0158029;REVB=0.00688583;RO=29;SAF=16;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196388;STB=0.612795;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0282282;OID=.;OPOS=63661820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:6:16:16:13:6:16:16:13 chr11 63681513 . T C 740.29 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1303;QD=56.9451;RBI=0.0969634;REFB=0;REVB=0.0848544;RO=0;SAF=47;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477921;OID=.;OPOS=63681513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:5:47:0:0:5:47:0:0 chr11 63742174 . C T 801.37 PASS AF=0.601626;AO=73;DP=123;FAO=74;FDP=123;FR=.;FRO=49;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00114062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.606;QD=26.0606;RBI=0.0307671;REFB=-0.0388097;REVB=0.030746;RO=49;SAF=35;SAR=38;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00765325;STB=0.501319;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0232246;OID=.;OPOS=63742174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:49:49:73:74:0.601626:38:35:24:25:38:36:24:25 chr11 63764961 . C T 273.31 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00379746;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.462;QD=23.7663;RBI=0.0175295;REFB=-0.0242875;REVB=0.0171132;RO=21;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689383;STB=0.538431;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0300189;OID=.;OPOS=63764961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:21:21:25:25:0.543478:14:11:11:10:14:11:11:10 chr11 63765802 . GC G 39.14 PASS AF=0.416667;AO=6;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0337052;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.4502;QD=6.52328;RBI=0.0682881;REFB=-0.0461669;REVB=0.0593904;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249025;STB=0.555452;STBP=0.786;TYPE=del;VARB=0.103671;OID=.;OPOS=63765803;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:6:24:10:24:14:8:2:12:2:39:13:4:2:11:2 chr11 63767186 . A G 52.93 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0446706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.451;QD=21.1713;RBI=0.0508313;REFB=-0.0754166;REVB=-0.0242562;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0280535;OID=.;OPOS=63767186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:1:2:4:3:1:2 chr11 63883985 . T C 287.55 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0596965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.633;QD=13.5315;RBI=0.0597009;REFB=-0.00102971;REVB=0.000728041;RO=49;SAF=16;SAR=17;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266412;STB=0.521014;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.000811672;OID=.;OPOS=63883985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:52:33:33:0.388235:17:16:25:24:17:16:27:25 chr11 63884027 . C T 123.78 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0142901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.754;QD=8.68631;RBI=0.0398615;REFB=-0.0125071;REVB=0.037212;RO=40;SAF=9;SAR=8;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242246;STB=0.514506;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0348591;OID=.;OPOS=63884027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:8:9:22:18:8:9:22:18 chr11 63884453 . C T 712.66 PASS AF=0.539062;AO=69;DP=128;FAO=69;FDP=128;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0304335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0703;QD=22.2705;RBI=0.0304662;REFB=-0.015984;REVB=0.00141068;RO=58;SAF=34;SAR=35;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778809;STB=0.546243;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0178311;OID=.;OPOS=63884453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:58:59:69:69:0.539062:35:34:34:24:35:34:35:24 chr11 63884474 . C T 549.46 PASS AF=0.5;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0261674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4964;QD=19.2792;RBI=0.0293827;REFB=-0.0384398;REVB=0.0133646;RO=56;SAF=23;SAR=34;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166989;STB=0.596457;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0506931;OID=.;OPOS=63884474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:57:57:57:0.5:34:23:33:23:34:23:34:23 chr11 63885632 . A G 382.43 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.108206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0601;QD=52.7491;RBI=0.132521;REFB=0.0432031;REVB=0.0765072;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.54542;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00203084;OID=.;OPOS=63885632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:5:23:0:0:5:23:0:1 chr11 63885704 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0173643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.536;QD=11.9533;RBI=0.0203932;REFB=0.00244986;REVB=0.0106941;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166061;STB=0.599747;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00889708;OID=.;OPOS=63885704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:5:6:3:5:5:6 chr11 63886539 . C T 468.53 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=-0.027386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3104;QD=18.0203;RBI=0.0274996;REFB=-0.0102349;REVB=-0.00249646;RO=54;SAF=29;SAR=21;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121716;STB=0.567313;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0110942;OID=.;OPOS=63886539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:54:50:50:0.480769:21:29:38:16:21:29:38:16 chr11 63962095 . A G 181.49 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0672017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.64;QD=24.1984;RBI=0.0707758;REFB=-0.0441395;REVB=0.022207;RO=12;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0206191;OID=.;OPOS=63962095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:30:12:12:18:18:0.6:12:6:4:8:12:6:4:8 chr11 63988045 . G A 500.05 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.000190684;FXX=0.0259707;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.652;QD=26.6694;RBI=0.00664979;REFB=-0.02739;REVB=0.00664706;RO=27;SAF=32;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106874;STB=0.576542;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0196345;OID=.;OPOS=63988045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:27:29:46:46:0.613333:14:32:15:12:14:32:15:14 chr11 63994692 . T C 1392.7 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.111;QD=62.5931;RBI=0.0556222;REFB=0;REVB=0.0112955;RO=0;SAF=23;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23049e-05;OID=.;OPOS=63994692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:65:23:0:0:65:24:0:0 chr11 63994696 . T C 1125.84 PASS AF=0.929412;AO=79;DP=85;FAO=79;FDP=85;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=61;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.014776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0787;QD=52.9808;RBI=0.0190754;REFB=-0.0157978;REVB=0.012064;RO=6;SAF=18;SAR=61;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134412;STB=0.571409;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0295863;OID=.;OPOS=63994696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:85:85:6:6:79:79:0.929412:61:18:6:0:61:18:6:0 chr11 63997329 . A G 1510.75 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.765;QD=63.6107;RBI=0.0359917;REFB=0;REVB=-0.0297896;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09043e-05;OID=.;OPOS=63997329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:44:51:0:0:44:51:0:0 chr11 63997338 . T C 1588.98 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.314;QD=64.2012;RBI=0.0529672;REFB=0;REVB=0.0471826;RO=0;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88529e-05;OID=.;OPOS=63997338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:44:53:0:0:44:55:0:0 chr11 64004643 . C G 231.46 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0309414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.679;QD=30.8606;RBI=0.0364675;REFB=-0.00343877;REVB=0.0193005;RO=9;SAF=3;SAR=18;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331712;STB=0.685506;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.001146;OID=.;OPOS=64004643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:18:3:5:4:18:3:5:4 chr11 64004692 . C T 109.2 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0476237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2233;QD=14.09;RBI=0.0787458;REFB=-0.00197743;REVB=-0.0627127;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254806;STB=0.649248;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.000756835;OID=.;OPOS=64004692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:4:9:8:10:4:9:8:10 chr11 64011441 . T C 759.81 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808546;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.688;QD=63.3177;RBI=0.0817202;REFB=0;REVB=0.0118625;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539929;OID=.;OPOS=64011441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:29:18:0:0:29:19:0:0 chr11 64012225 . G C 301.66 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.192;QD=52.462;RBI=0.106167;REFB=0;REVB=0.104634;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439896;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119191;OID=.;OPOS=64012225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:1:0:22:23:1:10:12:0:1:11:12:0:0 chr11 64022459 . A G 1674.08 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00791515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.387;QD=60.3271;RBI=0.0428642;REFB=0;REVB=0.042127;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1991e-05;OID=.;OPOS=64022459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:58:53:0:0:58:53:0:0 chr11 64023971 . G A 614.9 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.0474888;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.119;QD=18.6333;RBI=0.055881;REFB=-0.0186273;REVB=0.0294533;RO=69;SAF=28;SAR=35;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127234;STB=0.570448;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0166852;OID=.;OPOS=64023971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:69:63:63:0.477273:35:28:40:29:35:28:40:29 chr11 64026144 . G A 156.01 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0213251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7414;QD=15.6007;RBI=0.045977;REFB=0.00407816;REVB=0.0407324;RO=23;SAF=1;SAR=16;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395889;STB=0.738086;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00455951;OID=.;OPOS=64026144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:16:1:5:18:16:1:5:18 chr11 64026685 . C T 40.15 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0440302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.657;QD=12.3537;RBI=0.0461471;REFB=-0.0397485;REVB=0.0138164;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538334;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0375266;OID=.;OPOS=64026685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:6:6:0.461538:3:3:3:3:3:3:4:3 chr11 64034911 . G A 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00985569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.666;QD=25.2872;RBI=0.0206963;REFB=-0.00830386;REVB=0.0181989;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0045353;STB=0.502535;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345856;OID=.;OPOS=64034911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:9:7:4:5:9:7:4:5 chr11 64084113 . A G 1208.91 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.68;QD=61.2105;RBI=0.0152977;REFB=0;REVB=-0.0015402;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98808e-05;OID=.;OPOS=64084113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:33:46:0:0:33:46:0:0 chr11 64085785 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.479;QD=58.1415;RBI=0.0771538;REFB=0;REVB=0.000459382;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541238;OID=.;OPOS=64085785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr11 64108664 . C G 154.12 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=24;FWDB=0.00555144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.582;QD=14.3371;RBI=0.0217041;REFB=-0.016007;REVB=0.0209821;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417824;STB=0.745549;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0349511;OID=.;OPOS=64108664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:26:17:17:0.395349:9:8:2:22:9:8:2:24 chr11 64109118 . T G 135.27 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00212204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.759;QD=20.0394;RBI=0.0163671;REFB=-0.0149987;REVB=0.016229;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256667;STB=0.653837;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0122156;OID=.;OPOS=64109118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:12:14:15:0.555556:10:4:7:5:11:4:7:5 chr11 64110668 . G A 477.69 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.00852128;FXX=0.0086949;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.409;QD=16.7611;RBI=0.0119288;REFB=-0.0286144;REVB=-0.00834765;RO=54;SAF=22;SAR=30;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155438;STB=0.585432;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0390838;OID=.;OPOS=64110668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:54:62:52:52:0.45614:30:22:32:22:30:22:36:26 chr11 64110683 . G C 539.17 PASS AF=0.539216;AO=52;DP=99;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0464375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.471;QD=21.144;RBI=0.0697112;REFB=-0.0318562;REVB=0.0519925;RO=46;SAF=23;SAR=29;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864309;STB=0.544233;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0354629;OID=.;OPOS=64110683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:46:47:52:55:0.539216:29:23:25:21:31:24:25:22 chr11 64111928 . T C 265.71 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00326991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.43;QD=22.6132;RBI=0.00372512;REFB=-0.0207322;REVB=0.00178442;RO=19;SAF=3;SAR=21;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405056;STB=0.689965;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0275679;OID=.;OPOS=64111928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:19:22:24:25:0.531915:21:3:9:10:21:4:10:12 chr11 64116843 . A C 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0874745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4209;QD=53.2689;RBI=0.0901543;REFB=0;REVB=-0.0218174;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177566;OID=.;OPOS=64116843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr11 64124515 . T C 161.9 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=-0.0347287;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.629;QD=11.9926;RBI=0.0415435;REFB=-0.00221161;REVB=-0.0227986;RO=32;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154381;STB=0.599911;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00709948;OID=.;OPOS=64124515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:32:34:20:20:0.37037:14:6:6:26:14:6:6:28 chr11 64124823 . C T 361.49 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00304101;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.028;QD=20.0826;RBI=0.0154658;REFB=-0.0151697;REVB=-0.0151639;RO=34;SAF=22;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031808;STB=0.511622;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0119089;OID=.;OPOS=64124823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:34:35:37:37:0.513889:15:22:19:15:15:22:20:15 chr11 64124940 . T G 271.85 PASS AF=0.413333;AO=26;DP=70;FAO=31;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.00922834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7701;QD=14.4984;RBI=0.196696;REFB=0.0187218;REVB=0.196479;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140077;STB=0.590854;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0346729;OID=.;OPOS=64124940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:75:31:44:26:31:0.413333:13:13:11:20:18:13:12:32 chr11 64127744 . A G 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0106796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4553;QD=24.1897;RBI=0.0224475;REFB=-0.00764374;REVB=-0.0197443;RO=6;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147396;STB=0.583194;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.003649;OID=.;OPOS=64127744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:5:7:2:4:5:7:2:4 chr11 64359286 . C T 161.06 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.045909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.419;QD=18.4071;RBI=0.0522398;REFB=-0.0131913;REVB=0.0249271;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134542;STB=0.542205;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0108154;OID=.;OPOS=64359286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:16:17:0.485714:9:7:5:12:10:7:6:12 chr11 64360274 . T C 222.56 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.000479904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.647;QD=18.9409;RBI=0.00587004;REFB=-0.0299494;REVB=0.00585039;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131765;STB=0.574402;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0403034;OID=.;OPOS=64360274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:11:11:9:16:11:11:9:16 chr11 64367325 . A G 1676.48 PASS AF=1;AO=98;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3342;QD=59.8742;RBI=0.0311128;REFB=0;REVB=0.0191034;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00495311;OID=.;OPOS=64367325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:98:112:1:48:50:0:0:54:58:0:0 chr11 64418900 . G A 446.72 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.0178685;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.392;QD=18.0493;RBI=0.0207336;REFB=-0.023591;REVB=-0.0105166;RO=53;SAF=23;SAR=24;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162657;STB=0.596106;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0378015;OID=.;OPOS=64418900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:53:52:47:47:0.474747:24:23:35:18:24:23:35:17 chr11 64507680 . A C 446.28 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9117;QD=57.5849;RBI=0.123807;REFB=0;REVB=-0.10697;RO=0;SAF=26;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000835129;OID=.;OPOS=64507680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:3:26:0:0:3:28:0:0 chr11 64508512 . G A 131.96 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0223851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.025;QD=14.6623;RBI=0.0234921;REFB=-0.0155968;REVB=-0.00712669;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24913;STB=0.602284;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0217918;OID=.;OPOS=64508512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:14:15:0.416667:8:6:4:16:9:6:5:16 chr11 64511050 . G C 336.63 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.027839;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.159;QD=17.0448;RBI=0.0288106;REFB=-0.0380209;REVB=-0.00741894;RO=43;SAF=21;SAR=15;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1375;STB=0.577124;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0374138;OID=.;OPOS=64511050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:15:21:19:24:15:21:19:24 chr11 64519062 . T C 203.44 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0713236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1919;QD=30.1392;RBI=0.0952776;REFB=-0.0405968;REVB=0.0631726;RO=8;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532503;STB=0.529381;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.017704;OID=.;OPOS=64519062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:9:10:5:3:9:10:5:3 chr11 64527223 . G A 401.53 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0168918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.583;QD=18.8954;RBI=0.0414229;REFB=-0.00601156;REVB=0.0378223;RO=43;SAF=27;SAR=14;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225438;STB=0.620447;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00755599;OID=.;OPOS=64527223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:44:41:41:0.482353:14:27:18:25:14:27:19:25 chr11 64543927 . G GT 249.03 PASS AF=0.55;AO=31;DP=62;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0834867;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.6795;QD=16.6023;RBI=0.0843634;REFB=0.0615016;REVB=-0.0121306;RO=27;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214908;STB=0.602179;STBP=0.097;TYPE=ins;VARB=-0.0554549;OID=.;OPOS=64543928;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:31:62:33:60:27:17:16:20:7:99:27:15:16:20:7 chr11 64559898 . T C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0536091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123;QD=36.3484;RBI=0.0596721;REFB=-0.0518651;REVB=0.0262073;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571292;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00169258;OID=.;OPOS=64559898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:3:8:0:0:3:8:0:1 chr11 64572018 . T C 1027.52 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0176064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.397;QD=57.0845;RBI=0.0549343;REFB=-0.141526;REVB=0.0520364;RO=1;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010624;STB=0.505616;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00200199;OID=.;OPOS=64572018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:72:1:1:69:71:0.986111:44:25:0:1:44:27:0:1 chr11 64572557 . A G 657.9 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00974018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126;QD=59.809;RBI=0.00974332;REFB=-0.112335;REVB=-0.000247417;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218371;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00146953;OID=.;OPOS=64572557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:21:22:0:1:21:22:0:1 chr11 64572602 . G A 193.56 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0109634;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.846;QD=15.8004;RBI=0.0133129;REFB=-0.00273754;REVB=0.00755222;RO=27;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222387;STB=0.503367;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00348149;OID=.;OPOS=64572602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:29:20:20:0.408163:13:7:10:17:13:7:10:19 chr11 64591679 . G A 548.85 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.835;QD=59.3354;RBI=0.0195114;REFB=0;REVB=0.00268767;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65782e-05;OID=.;OPOS=64591679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:19:18:0:0 chr11 64606177 . C T 831.92 PASS AF=1;AO=55;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663198;FXX=0.0322529;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.2702;QD=55.4615;RBI=0.0800609;REFB=0;REVB=0.0448489;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197354;OID=.;OPOS=64606177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:55:60:1:20:35:0:0:23:37:0:0 chr11 64621856 . A G 569.69 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.247;QD=59.9669;RBI=0.0653001;REFB=0;REVB=0.0650537;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244363;OID=.;OPOS=64621856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:16:20:0:0:18:20:0:0 chr11 64622869 . G C 897.63 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2496;QD=56.9924;RBI=0.0263533;REFB=0;REVB=-0.00159766;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140493;OID=.;OPOS=64622869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:32:29:0:0:33:30:0:0 chr11 64645871 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.521;QD=58.0611;RBI=0.0361036;REFB=0;REVB=0.00433781;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15394e-05;OID=.;OPOS=64645871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr11 64677293 . G C 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00167394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5621;QD=45.7989;RBI=0.0481112;REFB=0;REVB=-0.0480821;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00210333;OID=.;OPOS=64677293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr11 64680819 . G A 138.39 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0164945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.567;QD=11.7778;RBI=0.0255612;REFB=-0.0195436;REVB=0.0195271;RO=31;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300992;STB=0.67806;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0390659;OID=.;OPOS=64680819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:5:11:13:18:5:11:13:18 chr11 64680829 . G A 150.92 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0355409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1388;QD=12.5766;RBI=0.0465891;REFB=-0.0147753;REVB=-0.0301229;RO=30;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271037;STB=0.669845;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0312055;OID=.;OPOS=64680829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:30:31:17:17:0.354167:5:12:14:16:5:12:14:17 chr11 64695360 . G A 277.07 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.000543964;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.578;QD=17.0505;RBI=0.0108117;REFB=-0.0134413;REVB=0.010798;RO=34;SAF=12;SAR=18;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204666;STB=0.620101;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0256075;OID=.;OPOS=64695360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:30:31:0.476923:18:12:21:13:19:12:21:13 chr11 64789194 . T C 279.01 PASS AF=0.336449;AO=36;DP=107;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0187031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.332;QD=10.4303;RBI=0.0187031;REFB=-0.00652916;REVB=-5.06495e-06;RO=69;SAF=20;SAR=16;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221908;STB=0.523;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0104743;OID=.;OPOS=64789194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:69:71:36:36:0.336449:16:20:37:32:16:20:37:34 chr11 64799998 . T C 415.23 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.000705274;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.44;QD=16.1256;RBI=0.0174169;REFB=-0.00921131;REVB=-0.0174026;RO=56;SAF=19;SAR=27;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138392;STB=0.57273;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0116737;OID=.;OPOS=64799998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:56:57:46:46:0.446602:27:19:31:25:27:19:31:26 chr11 64807294 . G A 299.9 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.020994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8931;QD=13.949;RBI=0.0409834;REFB=-0.0298309;REVB=0.0351978;RO=52;SAF=20;SAR=14;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731577;STB=0.541523;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0632335;OID=.;OPOS=64807294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:14:20:34:18:14:20:34:18 chr11 64833935 . G A 602.59 PASS AF=0.446809;AO=63;DP=141;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0108734;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.745;QD=17.0949;RBI=0.0111977;REFB=-0.0046138;REVB=0.00267526;RO=74;SAF=30;SAR=33;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00313402;STB=0.515249;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0048851;OID=.;OPOS=64833935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:74:78:63:63:0.446809:33:30:35:39:33:30:35:43 chr11 64846763 . A AC,ACG 52.33 PASS AF=0.4375,0;AO=5,4;DP=32;FAO=14,0;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7,0;FSAR=7,0;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00852747,-0.0136584;FXX=0;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=23.7502,36.2416;QD=6.54133;RBI=0.0128818,0.0405679;REFB=-0.0562654,-0.047405;REVB=0.00965521,0.0381995;RO=23;SAF=2,1;SAR=3,3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.041624,-0.226378;STB=0.593621,0.5;STBP=0.378,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.13591,0;OID=.,.;OPOS=64846764,64846764;OREF=-,-;OALT=C,CG;OMAPALT=AC,ACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375,0:5,4:32:14,0:32:18:7,0:7,0:6:12:53:23:2,1:3,3:10:13 chr11 64851453 . CT C 195.57 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.5822;QD=46.0167;RBI=0.127857;REFB=0;REVB=-0.103885;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00924263;OID=.;OPOS=64851454;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:17:17:17:0:3:14:0:0:4:0:3:13:0:0 chr11 64852421 . T C 970.8 PASS AF=0.957746;AO=69;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00304021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0679;QD=54.6929;RBI=0.0344963;REFB=-0.0328421;REVB=-0.0343621;RO=2;SAF=26;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349766;STB=0.512638;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000690502;OID=.;OPOS=64852421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:2:3:69:68:0.957746:43:26:2:0:42:26:2:1 chr11 64855986 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0430463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.053;QD=16.728;RBI=0.0448555;REFB=-0.00348497;REVB=0.0126111;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188477;STB=0.599863;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00363835;OID=.;OPOS=64855986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:13:3:6:12:13:3:6:13 chr11 64856500 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.144;QD=42.1826;RBI=0.0249135;REFB=0;REVB=0.0201121;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000836896;OID=.;OPOS=64856500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr11 64878661 . T C 820.72 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9931;QD=56.6011;RBI=0.133308;REFB=0;REVB=-0.0104985;RO=0;SAF=13;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188342;OID=.;OPOS=64878661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:42:13:0:0:42:16:0:0 chr11 64882789 . C T 355.05 PASS AF=0.528571;AO=32;DP=65;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00354676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.053;QD=20.2888;RBI=0.0597299;REFB=-0.0145108;REVB=0.0596245;RO=33;SAF=21;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162359;STB=0.539278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0113271;OID=.;OPOS=64882789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:70:33:33:32:37:0.528571:11:21:16:17:16:21:16:17 chr11 64884052 . G A 707.72 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.026071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.214;QD=49.6646;RBI=0.0355064;REFB=-0.178245;REVB=0.0241041;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144976;STB=0.507583;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00112241;OID=.;OPOS=64884052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:1:4:53:53:0.929825:21:32:1:0:21:32:2:2 chr11 64895202 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.283;QD=63.2868;RBI=0.028955;REFB=0;REVB=0.0281683;RO=0;SAF=34;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01507e-05;OID=.;OPOS=64895202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:12:34:0:0:12:34:0:0 chr11 64900270 . G T 516.75 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0650256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6801;QD=25.2075;RBI=0.0849255;REFB=0.0147063;REVB=0.054626;RO=33;SAF=26;SAR=22;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109777;STB=0.55373;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0108842;OID=.;OPOS=64900270;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:34:48:48:0.585366:22:26:13:20:22:26:14:20 chr11 64948277 . A C 556.72 PASS AF=0.538462;AO=56;DP=104;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0300612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.019;QD=21.4123;RBI=0.0343408;REFB=-0.00150222;REVB=-0.0166016;RO=48;SAF=37;SAR=19;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107053;STB=0.558932;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0013145;OID=.;OPOS=64948277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:48:48:56:56:0.538462:19:37:26:22:19:37:26:22 chr11 64950970 . C T 129.21 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=40;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0477298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.061;QD=12.6059;RBI=0.048052;REFB=-0.0187971;REVB=-0.00555562;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201192;STB=0.633152;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.038355;OID=.;OPOS=64950970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:26:26:14:15:0.365854:5:9:12:14:5:10:12:14 chr11 64972286 . G C 453.19 PASS AF=0.560976;AO=36;DP=73;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0124652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.936;QD=22.107;RBI=0.0152574;REFB=-0.0519793;REVB=0.00879814;RO=35;SAF=12;SAR=24;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241646;STB=0.567553;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0397968;OID=.;OPOS=64972286;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:82:35:36:36:46:0.560976:24:12:21:14:25:21:22:14 chr11 64981472 . G C 209.26 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.100877;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2625;QD=11.4663;RBI=0.104903;REFB=0.00604148;REVB=-0.0287848;RO=48;SAF=10;SAR=16;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113941;STB=0.515683;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.0166696;OID=.;OPOS=64981472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:48:47:26:26:0.356164:16:10:18:30:16:10:17:30 chr11 64981522 . C A 355.98 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0221893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.509;QD=30.2961;RBI=0.0589143;REFB=-0.0168402;REVB=0.0545759;RO=17;SAF=10;SAR=20;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13767;STB=0.575706;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00933657;OID=.;OPOS=64981522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:20:10:9:8:20:10:9:8 chr11 64981587 . G A 329.62 PASS AF=0.651163;AO=25;DP=42;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0207574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.538;QD=30.6625;RBI=0.031691;REFB=-0.0431258;REVB=0.0239468;RO=15;SAF=8;SAR=17;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155615;STB=0.564413;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0135997;OID=.;OPOS=64981587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:15:15:25:28:0.651163:17:8:8:7:18:10:8:7 chr11 64981837 . C T 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0265187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.91;QD=8.23022;RBI=0.0266702;REFB=-0.0160213;REVB=-0.00283847;RO=25;SAF=9;SAR=1;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.635125;STB=0.89393;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0438543;OID=.;OPOS=64981837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:1:9:9:16:1:9:9:16 chr11 64981853 . G T 291.51 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0038791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6614;QD=33.3154;RBI=0.036548;REFB=0.0381097;REVB=0.0363415;RO=10;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27976;STB=0.65294;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0126391;OID=.;OPOS=64981853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:10:10:25:25:0.714286:16:9:9:1:16:9:9:1 chr11 64990041 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.593;QD=61.3358;RBI=0.0330911;REFB=0;REVB=0.0108814;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123155;OID=.;OPOS=64990041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr11 65000719 . C T 632.14 PASS AF=0.941176;AO=47;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0398569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.844;QD=49.5799;RBI=0.05441;REFB=-0.114525;REVB=0.0370389;RO=3;SAF=13;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534254;STB=0.526101;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00206722;OID=.;OPOS=65000719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:51:51:3:3:47:48:0.941176:34:13:2:1:34:14:2:1 chr11 65004301 . G T 1097.07 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.965;QD=60.1136;RBI=0.0998755;REFB=0;REVB=0.0729503;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511167;OID=.;OPOS=65004301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:27:44:0:0:29:44:0:0 chr11 65004309 . C T 151.26 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0526234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.658;QD=8.40318;RBI=0.054146;REFB=-0.0242906;REVB=-0.0127505;RO=50;SAF=12;SAR=9;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347071;STB=0.526506;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.053182;OID=.;OPOS=65004309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:51:21:21:0.291667:9:12:30:20:9:12:31:20 chr11 65089792 . G C 499.58 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0425213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.5395;QD=54.0083;RBI=0.0432965;REFB=-0.125729;REVB=-0.00815678;RO=2;SAF=24;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215572;STB=0.511539;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00613827;OID=.;OPOS=65089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:11:24:1:1:11:24:1:1 chr11 65120386 . CTTTTT CTTTTC,CTTTT,CTTTTTT 268.21 PASS AF=0.47619,0.309524,0.214286;AO=16,5,7;DP=45;FAO=20,13,9;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12,5,8;FSAR=8,8,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000118757,-0.0249372,-0.0302645;FXX=0.0666519;HRUN=10,10,10;LEN=1,1,1;MLLD=202.407,4.87049,4.59684;QD=25.5435;RBI=0.00952515,0.0455811,0.0838048;REFB=0.0036484,-0.0951077,-0.0405478;REVB=0.00952441,0.0381546,-0.0781493;RO=5;SAF=10,2,6;SAR=6,3,1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.184814,0.179553,0.518377;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,ins;VARB=-0.00385161,0.115406,-0.0323031;OID=.,.,.;OPOS=65120391,65120387,65120387;OREF=T,T,-;OALT=C,-,T;OMAPALT=CTTTTC,CTTTT,CTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.47619,0.309524,0.214286:16,5,7:45:20,13,9:42:0:12,5,8:8,8,1:0:0:55:5:10,2,6:6,3,1:1:4 chr11 65144075 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.254;QD=57.5452;RBI=0.0483159;REFB=0;REVB=0.0015973;RO=0;SAF=10;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122519;OID=.;OPOS=65144075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:48:10:0:0:48:10:0:0 chr11 65144138 . TG T 95.46 PASS AF=0.733333;AO=10;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.206481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.9887;QD=25.4549;RBI=0.238587;REFB=0.00712173;REVB=-0.119537;RO=3;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.508475;SSSB=-0.209237;STB=0.620445;STBP=0.192;TYPE=del;VARB=0.00674294;OID=.;OPOS=65144139;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.733333:10:15:11:15:4:2:9:2:2:18:3:1:9:1:2 chr11 65161129 . C T 734.48 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0515945;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.524;QD=51.5423;RBI=0.0538259;REFB=-0.1018;REVB=-0.0153372;RO=1;SAF=35;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132766;STB=0.52054;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00234255;OID=.;OPOS=65161129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:57:1:3:54:54:0.947368:19:35:1:0:19:35:3:0 chr11 65180883 . A G 1160.54 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540499;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.647;QD=61.0813;RBI=0.055384;REFB=0;REVB=0.0120828;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000395186;OID=.;OPOS=65180883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:75:76:1:49:26:0:0:49:27:0:0 chr11 65347636 . G C 463.4 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0110754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5586;QD=52.96;RBI=0.0919685;REFB=-0.0784506;REVB=0.0912992;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.541641;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00674119;OID=.;OPOS=65347636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:0:2:33:33:0.942857:11:22:0:0:11:22:0:2 chr11 65349756 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.813;QD=37.4885;RBI=0.0705138;REFB=0;REVB=0.0685981;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000943988;OID=.;OPOS=65349756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr11 65351074 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.00860908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.383;QD=15.7005;RBI=0.0300247;REFB=-0.025231;REVB=-0.0287639;RO=19;SAF=13;SAR=2;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622822;STB=0.535669;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0237892;OID=.;OPOS=65351074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:2:13:17:2:2:13:17:2 chr11 65380916 . G A 1836.79 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=125;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0330124;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7198;QD=59.7329;RBI=0.0876153;REFB=-0.0668032;REVB=0.081158;RO=0;SAF=66;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508927;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0011593;OID=.;OPOS=65380916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:125:123:0:2:121:121:0.98374:55:66:0:0:55:66:0:2 chr11 65383896 . G C 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3008;QD=62.3119;RBI=0.0753204;REFB=0;REVB=-0.0662115;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00061692;OID=.;OPOS=65383896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr11 65385606 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.616;QD=57.5447;RBI=0.016999;REFB=0;REVB=0.0104907;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10103e-05;OID=.;OPOS=65385606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr11 65385814 . AGGGGGG AGGGGG,AGGGGGC 52.02 PASS AF=0.5625,0.0625;AO=5,2;DP=16;FAO=9,1;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7,1;FSAR=2,0;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.136388,0.0661514;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=14.7851,26.1266;QD=13.0062;RBI=0.137526,0.0804651;REFB=-0.0896124,-0.0464984;REVB=0.0176542,0.0458106;RO=6;SAF=4,2;SAR=1,0;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.54717,0;SSSB=0.429493,0.658493;STB=0.699519,0.9915;STBP=0.101,0.254;TYPE=del,snp;VARB=0.0998884,-0.0468383;OID=.,.;OPOS=65385815,65385820;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGGGGG,AGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625,0.0625:5,2:16:9,1:16:6:7,1:2,0:2:4:34:6:4,2:1,0:2:4 chr11 65387378 . T A,G 767.2 PASS AF=0.938776,0.0612245;AO=46,3;DP=49;FAO=46,3;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31,3;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121737,-0.0305627;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.3898,178.667;QD=62.6288;RBI=0.0391596,0.0551179;REFB=0,0;REVB=0.0372193,-0.0458683;RO=0;SAF=31,3;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00831838,0.104382;OID=.,.;OPOS=65387378,65387378;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:49:49:0:0:46,3:46,3:0.938776,0.0612245:15,0:31,3:0:0:15,0:31,3:0:0 chr11 65393486 . G A 338.51 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0186279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7717;QD=26.5498;RBI=0.0323024;REFB=0.00609462;REVB=0.0263902;RO=19;SAF=18;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607296;STB=0.533312;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00716736;OID=.;OPOS=65393486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:14:18:9:10:14:18:9:10 chr11 65412467 . G A 889.07 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00419354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.921;QD=55.567;RBI=0.0289832;REFB=0.0635305;REVB=0.0286782;RO=1;SAF=46;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285886;STB=0.514281;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.000157901;OID=.;OPOS=65412467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:62:63:0.984375:16:46:0:1:17:46:0:1 chr11 65417434 . G A 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.252;QD=60.2274;RBI=0.0584225;REFB=0;REVB=0.0222527;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403644;OID=.;OPOS=65417434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr11 65423082 . G A 752.79 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8739;QD=56.8141;RBI=0.0408472;REFB=0;REVB=-0.0314743;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000703007;OID=.;OPOS=65423082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr11 65617113 . AG A,CA 362.11 PASS AF=1,0;AO=25,2;DP=33;FAO=33,0;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128918,0.00757001;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=15.6622,6.11575;QD=43.8923;RBI=0.129682,0.0684276;REFB=0,0;REVB=-0.0140483,-0.0680075;RO=1;SAF=10,2;SAR=15,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.044143,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0060685,0;OID=.,.;OPOS=65617114,65617113;OREF=G,AG;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:33:1:0:25,2:33,0:1,0:15,0:10,2:1:0:19,0:14,0:0:0 chr11 65623519 . G A 971.66 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0289189;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.824;QD=54.7413;RBI=0.0314467;REFB=0.0368616;REVB=-0.0123529;RO=2;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262415;STB=0.520542;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.000615766;OID=.;OPOS=65623519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:2:3:68:68:0.957746:35:33:0:2:35:33:0:3 chr11 65624934 . A C 832.13 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197643;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.764;QD=57.3885;RBI=0.0201659;REFB=0;REVB=-0.00400448;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18468e-05;OID=.;OPOS=65624934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:0:0:57:58:1:29:28:0:0:29:29:0:0 chr11 65628334 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00565454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.039;QD=57.6794;RBI=0.116584;REFB=0;REVB=0.116447;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651963;OID=.;OPOS=65628334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr11 65629932 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.5;QD=61.684;RBI=0.0353844;REFB=0;REVB=0.0195812;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24172e-05;OID=.;OPOS=65629932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr11 65629934 . G C 629.34 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.436;QD=61.3988;RBI=0.0435433;REFB=0;REVB=0.0357359;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150884;OID=.;OPOS=65629934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr11 65631167 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.293;QD=61.0492;RBI=0.0363475;REFB=0;REVB=0.0349643;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32703e-05;OID=.;OPOS=65631167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:29:49:0:0:29:49:0:0 chr11 65631973 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.674;QD=57.8848;RBI=0.0201036;REFB=0;REVB=0.0179472;RO=0;SAF=45;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41609e-05;OID=.;OPOS=65631973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:14:45:0:0:14:46:0:0 chr11 65632262 . G T 801.0 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.247;QD=57.214;RBI=0.0164628;REFB=0;REVB=0.0141147;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13823e-05;OID=.;OPOS=65632262;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr11 65636053 . TG CG,CT 385.13 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=26,2;DP=28;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16,2;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317875,0.00525054;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=151.672,108.788;QD=55.0191;RBI=0.0372093,0.0249572;REFB=0,0;REVB=0.0193414,0.0243986;RO=0;SAF=16,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-7.71087e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000818377,0.00117591;OID=.,.;OPOS=65636053,65636053;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:26,2:26,2:0.928571,0.0714286:10,0:16,2:0:0:10,0:16,2:0:0 chr11 65638719 . G A 753.03 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0481077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5201;QD=52.844;RBI=0.0492403;REFB=-0.0698634;REVB=0.0105;RO=2;SAF=34;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269172;STB=0.514281;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00113006;OID=.;OPOS=65638719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:57:2:2:54:55:0.964912:20:34:2:0:21:34:2:0 chr11 65649774 . A G 728.9 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.535;QD=57.1683;RBI=0.0281699;REFB=0;REVB=0.00823007;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244567;OID=.;OPOS=65649774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:15:36:0:0:15:36:0:0 chr11 65649984 . T C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.946;QD=56.188;RBI=0.0528093;REFB=0;REVB=0.0198836;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385257;OID=.;OPOS=65649984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr11 65684929 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210575;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=343.761;QD=57.1062;RBI=0.0216284;REFB=0;REVB=-0.00493657;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10083e-06;OID=.;OPOS=65684929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr11 65685225 . T C 459.84 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.034;QD=57.4798;RBI=0.0187062;REFB=0;REVB=-0.0138005;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061726;OID=.;OPOS=65685225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:15:17:0:0 chr11 65713207 . T C 746.94 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7757;QD=63.5692;RBI=0.045948;REFB=0;REVB=-0.0256948;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321047;OID=.;OPOS=65713207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr11 65733393 . C T 1461.48 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0374536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.139;QD=57.3129;RBI=0.0395167;REFB=-0.0768188;REVB=-0.0126014;RO=1;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921125;STB=0.500196;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000476827;OID=.;OPOS=65733393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:1:2:100:100:0.980392:51:49:0:1:51:49:1:1 chr11 65787666 . G A 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00585277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.69;QD=19.9734;RBI=0.0241808;REFB=-0.0129446;REVB=0.0234618;RO=35;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481119;STB=0.526697;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0187091;OID=.;OPOS=65787666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:20:17:18:17:20:17:18:17 chr11 65788072 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.166;QD=47.8224;RBI=0.0434573;REFB=0;REVB=0.0428084;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325696;OID=.;OPOS=65788072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr11 65793454 . C T 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00408264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.095;QD=18.4898;RBI=0.014679;REFB=0.00442931;REVB=0.0140998;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14408;STB=0.581324;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00486165;OID=.;OPOS=65793454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:12:10:8:18:12:10:8:18 chr11 65793797 . G A 474.32 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0210916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.525;QD=24.324;RBI=0.044937;REFB=-0.01512;REVB=0.0396797;RO=32;SAF=20;SAR=25;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127666;STB=0.574748;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00951323;OID=.;OPOS=65793797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:33:45:45:0.576923:25:20:9:23:25:20:9:24 chr11 65803383 . T C 225.3 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0482378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3256;QD=27.3088;RBI=0.0851725;REFB=-0.0154361;REVB=0.0701959;RO=12;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240533;STB=0.633112;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00599556;OID=.;OPOS=65803383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:13:8:9:3:13:8:9:3 chr11 65809875 . C A 327.74 PASS AF=0.514706;AO=33;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.000698416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.506;QD=19.2791;RBI=0.00519837;REFB=-0.0227385;REVB=0.00515124;RO=33;SAF=10;SAR=23;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280969;STB=0.66362;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0120354;OID=.;OPOS=65809875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:33:35:0.514706:23:10:20:13:25:10:20:13 chr11 65810209 . C T 61.4 PASS AF=0.615385;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0375342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2139;QD=18.8936;RBI=0.0375359;REFB=-0.0436621;REVB=0.000357348;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518377;STB=0.813053;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0312603;OID=.;OPOS=65810209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:7:8:0.615385:6:1:4:1:7:1:4:1 chr11 65810749 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.691;QD=51.916;RBI=0.060678;REFB=0;REVB=0.0475338;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506899;OID=.;OPOS=65810749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr11 65820673 . A G 720.55 PASS AF=0.570248;AO=68;DP=121;FAO=69;FDP=121;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.013165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6526;QD=23.82;RBI=0.024224;REFB=-0.0205395;REVB=0.0203343;RO=52;SAF=32;SAR=36;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233829;STB=0.515613;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0171386;OID=.;OPOS=65820673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:52:52:68:69:0.570248:36:32:26:26:37:32:26:26 chr11 65868310 . T A 610.02 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6718;QD=61.0016;RBI=0.0901431;REFB=0;REVB=-0.0795097;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00182781;OID=.;OPOS=65868310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr11 65985000 . A C 957.52 PASS AF=0.957746;AO=67;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.010004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.3858;QD=53.9446;RBI=0.0117385;REFB=-0.0838421;REVB=0.00614101;RO=4;SAF=46;SAR=21;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228162;STB=0.517467;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00638887;OID=.;OPOS=65985000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:71:71:4:3:67:68:0.957746:21:46:2:2:21:47:1:2 chr11 66006323 . G C 159.77 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0177043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1412;QD=11.6199;RBI=0.0344038;REFB=-0.00341816;REVB=0.0294989;RO=35;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271857;STB=0.658071;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00632256;OID=.;OPOS=66006323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:7:13:14:21:7:13:14:21 chr11 66010633 . T C 537.35 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.154;QD=59.7059;RBI=0.0207894;REFB=0;REVB=-0.0185417;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.52025e-05;OID=.;OPOS=66010633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:16:18:0:0:16:20:0:0 chr11 66031660 . C T 75.61 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0123815;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.736;QD=11.6324;RBI=0.0229628;REFB=-0.0138529;REVB=-0.0193387;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104401;STB=0.562374;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0122155;OID=.;OPOS=66031660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:8:8:6:4:8:8 chr11 66033430 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0303965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.472;QD=12.3962;RBI=0.0303965;REFB=-0.0168427;REVB=0;RO=5;SAF=5;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104404;OID=.;OPOS=66033430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:0:5:5:0:0:5:5:0 chr11 66035286 . CA C 459.91 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7988;QD=57.4891;RBI=0.138648;REFB=0;REVB=-0.134231;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00135104;OID=.;OPOS=66035287;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:32:32:32:0:12:20:0:0:4:0:12:20:0:0 chr11 66083511 . C T 281.24 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0153795;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.586;QD=14.2398;RBI=0.0154045;REFB=0.000203581;REVB=0.000876837;RO=47;SAF=18;SAR=14;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03234;STB=0.518388;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.000297316;OID=.;OPOS=66083511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:47:47:32:32:0.405063:14:18:25:22:14:18:25:22 chr11 66099987 . C T 196.75 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.000422605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.009;QD=18.3024;RBI=0.01547;REFB=-0.0209319;REVB=0.0154642;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254185;STB=0.651025;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0115224;OID=.;OPOS=66099987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:10:10:5:17:10:10:5:18 chr11 66100152 . T C 906.47 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337993;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6279;QD=58.482;RBI=0.110807;REFB=0;REVB=0.105526;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135614;OID=.;OPOS=66100152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:41:20:0:0:42:20:0:0 chr11 66105194 . G A 203.21 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0232578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.749;QD=21.9688;RBI=0.0309771;REFB=-0.0115745;REVB=-0.0204611;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199317;STB=0.612074;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00711157;OID=.;OPOS=66105194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:7:13:7:10:7:13:7:10 chr11 66106138 . C G 99.18 PASS AF=0.52381;AO=8;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0396127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.5731;QD=18.8911;RBI=0.103482;REFB=-0.0405517;REVB=0.0955995;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323874;STB=0.723766;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0354525;OID=.;OPOS=66106138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:21:8:9:8:11:0.52381:4:4:7:1:7:4:8:1 chr11 66107674 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.411;QD=58.1398;RBI=0.00393773;REFB=0;REVB=0.00354785;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.623e-06;OID=.;OPOS=66107674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr11 66131149 . C T 203.5 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0123817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.907;QD=30.1487;RBI=0.0132439;REFB=-0.0280009;REVB=0.00470046;RO=8;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254457;STB=0.514041;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0179655;OID=.;OPOS=66131149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:11:8:3:5:11:8:3:5 chr11 66161072 . C T 141.94 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0294355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.839;QD=13.8478;RBI=0.0421177;REFB=-0.0138154;REVB=-0.0301239;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168298;STB=0.509792;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.019197;OID=.;OPOS=66161072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:6:10:16:9:6:10:16:9 chr11 66206169 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0287128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.91;QD=13.4856;RBI=0.0339974;REFB=-0.000915244;REVB=-0.0182045;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166665;STB=0.59976;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00114584;OID=.;OPOS=66206169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:4:7:7:2:4:7 chr11 66358126 . C T 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.31;QD=59.9234;RBI=0.0336715;REFB=0;REVB=0.0196463;RO=0;SAF=40;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.02925e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64064e-05;OID=.;OPOS=66358126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:65:40:0:0:65:40:0:0 chr11 66360458 . T A 281.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0341672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7495;QD=22.5033;RBI=0.0515776;REFB=-0.0456711;REVB=0.0386375;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753359;STB=0.542024;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0394893;OID=.;OPOS=66360458;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:12:14:15:9:12:14:15:9 chr11 66392168 . G A 53.91 PASS AF=0.25;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0406676;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.563;QD=6.73914;RBI=0.0417974;REFB=-0.0131447;REVB=-0.00965228;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109026;STB=0.568802;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.050937;OID=.;OPOS=66392168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:33:32:24:24:8:8:0.25:3:5:17:7:3:5:17:7 chr11 66463955 . C T 106.0 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0322624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.267;QD=12.1142;RBI=0.0630635;REFB=-0.0243436;REVB=0.0541862;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164807;STB=0.552551;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0431518;OID=.;OPOS=66463955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:22:12:13:0.371429:5:7:9:12:6:7:10:12 chr11 66480243 . G A 190.18 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0381553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.048;QD=21.7349;RBI=0.0449721;REFB=-0.0210556;REVB=-0.0238046;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238695;STB=0.632899;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0252891;OID=.;OPOS=66480243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:3:13:10:9:3:13 chr11 66834252 . C T 862.56 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0302474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.342;QD=54.766;RBI=0.0303519;REFB=-0.0724621;REVB=0.00251664;RO=2;SAF=37;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667491;STB=0.506665;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000995817;OID=.;OPOS=66834252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:63:63:2:1:61:62:0.984127:24:37:1:1:25:37:1:0 chr11 66837965 . T C 523.87 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433748;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.218;QD=59.8711;RBI=0.0600935;REFB=0;REVB=0.0415916;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41169e-05;OID=.;OPOS=66837965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr11 66995603 . T C 875.73 PASS AF=0.940299;AO=63;DP=68;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00890412;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.689;QD=52.2821;RBI=0.0151421;REFB=-0.0936453;REVB=0.0122475;RO=4;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607971;STB=0.532248;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000531438;OID=.;OPOS=66995603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:68:67:4:4:63:63:0.940299:29:34:0:4:29:34:0:4 chr11 67007690 . G T 622.73 PASS AF=0.548673;AO=62;DP=113;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0548443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8956;QD=22.0437;RBI=0.122132;REFB=-0.0295834;REVB=-0.109126;RO=50;SAF=22;SAR=40;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123895;STB=0.564205;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0200919;OID=.;OPOS=67007690;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:50:51:62:62:0.548673:40:22:25:25:40:22:25:26 chr11 67050292 . G A 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0313895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.707;QD=45.1043;RBI=0.0636165;REFB=0.030073;REVB=0.0553332;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483018;STB=0.526287;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=3.17677e-05;OID=.;OPOS=67050292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:9:9:0:1:9:9:0:1 chr11 67054011 . TA T 127.04 PASS AF=1;AO=14;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00564658;FXX=0.0454339;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.1797;QD=24.1988;RBI=0.177362;REFB=-0.0660741;REVB=0.177272;RO=5;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050881;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000490988;OID=.;OPOS=67054012;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:14:22:21:21:0:5:16:0:0:4:5:4:10:1:4 chr11 67068859 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0665126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.155;QD=60.9784;RBI=0.0675925;REFB=0;REVB=0.0120343;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309944;OID=.;OPOS=67068859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr11 67071584 . C G 1629.08 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0665259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.045;QD=58.1813;RBI=0.0667221;REFB=-0.0465369;REVB=0.00511305;RO=1;SAF=43;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109117;STB=0.502043;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.000651695;OID=.;OPOS=67071584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:1:2:110:110:0.982143:67:43:1:0:67:43:1:1 chr11 67176898 . A G 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00773682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.813;QD=14.1957;RBI=0.00986058;REFB=-0.0310275;REVB=-0.00611332;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594022;STB=0.5345;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.044278;OID=.;OPOS=67176898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:9:13:8:7:9:13 chr11 67177278 . G A 601.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0292674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3229;QD=58.6474;RBI=0.041815;REFB=0.00656542;REVB=0.029865;RO=1;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302369;STB=0.516121;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000115793;OID=.;OPOS=67177278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:15:25:0:1:15:25:0:1 chr11 67191449 . T C 214.75 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=13;FWDB=-0.00657618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.21;QD=10.7375;RBI=0.0105932;REFB=-0.0148033;REVB=0.00830477;RO=52;SAF=13;SAR=14;SRF=39;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305176;STB=0.678748;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0298274;OID=.;OPOS=67191449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:53:27:27:0.3375:14:13:39:13:14:13:40:13 chr11 67192555 . G A 279.77 PASS AF=0.410256;AO=30;DP=76;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.000750014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.261;QD=14.347;RBI=0.00987799;REFB=-0.0145743;REVB=0.00984948;RO=45;SAF=19;SAR=11;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856199;STB=0.530359;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0212862;OID=.;OPOS=67192555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:45:46:30:32:0.410256:11:19:25:20:13:19:25:21 chr11 67200812 . C T 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0366242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0977;QD=6.59523;RBI=0.061336;REFB=0.0114822;REVB=0.0492014;RO=28;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419739;STB=0.767688;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0420841;OID=.;OPOS=67200812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:2:7:12:16:2:7:12:16 chr11 67200819 . C T 83.35 PASS AF=0.289474;AO=12;DP=39;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0148236;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1169;QD=8.77341;RBI=0.0533221;REFB=0.000504586;REVB=0.0512202;RO=26;SAF=10;SAR=2;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493685;STB=0.801414;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0025726;OID=.;OPOS=67200819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:39:38:26:27:12:11:0.289474:2:10:11:15:2:9:11:16 chr11 67202156 . C T 103.24 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0150463;FXX=0.039984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=139.606;QD=17.2068;RBI=0.0162169;REFB=0.00363311;REVB=-0.00604964;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151439;STB=0.54831;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00966351;OID=.;OPOS=67202156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:24:11:12:12:12:0.5:8:4:2:9:8:4:3:9 chr11 67203442 . C T 422.96 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0101857;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.911;QD=18.3896;RBI=0.0107379;REFB=-0.0139847;REVB=0.00339918;RO=49;SAF=14;SAR=29;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656871;STB=0.536718;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0159525;OID=.;OPOS=67203442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:29:14:19:30:29:14:19:30 chr11 67234918 . C CG 34.16 PASS AF=0.322581;AO=11;DP=32;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0244883;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=25.2939;QD=4.4078;RBI=0.0340299;REFB=-0.0233148;REVB=0.0236296;RO=19;SAF=11;SAR=0;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.793809;STB=0.655392;STBP=0.289;TYPE=ins;VARB=0.180239;OID=.;OPOS=67234919;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581:11:32:10:31:21:8:2:13:8:34:19:11:0:9:10 chr11 67257037 . C G 358.91 PASS AF=0.653846;AO=33;DP=53;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.000898158;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.382;QD=27.6081;RBI=0.0132885;REFB=-0.00401022;REVB=-0.0132581;RO=19;SAF=19;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103733;STB=0.550429;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0021784;OID=.;OPOS=67257037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:19:18:33:34:0.653846:14:19:8:11:14:20:8:10 chr11 67257556 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00261867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.329;QD=16.0422;RBI=0.0238413;REFB=-0.0341076;REVB=-0.0236971;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190258;STB=0.59081;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0502584;OID=.;OPOS=67257556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:26:19:19:0.422222:13:6:12:12:13:6:12:14 chr11 67257823 . C A 650.89 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7222;QD=61.9894;RBI=0.030694;REFB=0;REVB=0.00893758;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594164;OID=.;OPOS=67257823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr11 67258391 . A G 643.59 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7493;QD=61.2943;RBI=0.024433;REFB=0;REVB=0.0105988;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205537;OID=.;OPOS=67258391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:28:13:0:0:28:14:0:0 chr11 67263767 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.579;QD=51.9165;RBI=0.0192917;REFB=0;REVB=0.0191987;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36802e-05;OID=.;OPOS=67263767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr11 67352689 . A G 164.67 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0282365;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.326;QD=11.1639;RBI=0.0282599;REFB=-0.000709975;REVB=-0.00114963;RO=38;SAF=5;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263772;STB=0.655334;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00125002;OID=.;OPOS=67352689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:38:38:21:21:0.355932:16:5:17:21:16:5:17:21 chr11 67395456 . A T 59.43 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0308171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3789;QD=15.8481;RBI=0.0610945;REFB=-0.0327003;REVB=-0.0527526;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326506;STB=0.655356;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0241677;OID=.;OPOS=67395456;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:6:7:8:8:0.533333:3:5:1:5:3:5:2:5 chr11 67412771 . G C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.049706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.316;QD=14.0975;RBI=0.0517533;REFB=-0.00059783;REVB=0.0144125;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248656;STB=0.646813;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000594568;OID=.;OPOS=67412771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:10:3:8:10:10:3:8:10 chr11 67430762 . T C 1064.8 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112417;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.864;QD=59.9888;RBI=0.0074457;REFB=0;REVB=-0.00736034;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374692;OID=.;OPOS=67430762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr11 67431910 . T C 459.34 PASS AF=0.511364;AO=44;DP=87;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00801853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.085;QD=20.879;RBI=0.0145032;REFB=-0.0195637;REVB=0.0120849;RO=43;SAF=19;SAR=25;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717151;STB=0.544135;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0153945;OID=.;OPOS=67431910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:43:43:44:45:0.511364:25:19:22:21:26:19:22:21 chr11 67431974 . C T 193.78 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0148233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.692;QD=10.1989;RBI=0.0188644;REFB=-0.0109363;REVB=0.0116677;RO=50;SAF=16;SAR=9;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956618;STB=0.550458;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.021157;OID=.;OPOS=67431974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:51:25:25:0.328947:9:16:28:22:9:16:29:22 chr11 67432804 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.561;QD=61.6837;RBI=0.0439575;REFB=0;REVB=0.0358206;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152856;OID=.;OPOS=67432804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:11:30:0:0:11:30:0:0 chr11 67432854 . T C 632.07 PASS AF=0.977778;AO=41;DP=43;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9309;QD=56.1842;RBI=0.0303769;REFB=-0.117366;REVB=0.017053;RO=1;SAF=29;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159086;STB=0.507689;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00474099;OID=.;OPOS=67432854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:45:1:1:41:44:0.977778:12:29:1:0:12:32:1:0 chr11 67433869 . C T 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.823;QD=44.6851;RBI=0.0258909;REFB=0;REVB=0.00634488;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448369;OID=.;OPOS=67433869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr11 67434416 . C A 483.6 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.307;QD=58.6176;RBI=0.0463263;REFB=0;REVB=0.0424275;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78788e-05;OID=.;OPOS=67434416;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:19:12:0:0:21:12:0:0 chr11 67564181 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00908688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.347;QD=15.2931;RBI=0.0410593;REFB=-0.012017;REVB=0.0400411;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400241;STB=0.736288;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0135331;OID=.;OPOS=67564181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:7:2:6:3:7:2:6:3 chr11 67564197 . T C 239.6 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.977;QD=50.4414;RBI=0.0343567;REFB=0;REVB=0.0180084;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455405;OID=.;OPOS=67564197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:11:8:0:0 chr11 67564238 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0576142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.805;QD=14.3342;RBI=0.0606786;REFB=-0.0103589;REVB=0.0190392;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312786;STB=0.681452;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0182128;OID=.;OPOS=67564238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:2:8:4:5:2:8 chr11 67564241 . C T 68.04 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0328149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4959;QD=14.3241;RBI=0.0668885;REFB=-0.0367036;REVB=0.0582859;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312786;STB=0.681452;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0809525;OID=.;OPOS=67564241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:2:8:4:5:2:8 chr11 67572698 . G T 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.381;QD=39.1995;RBI=0.046733;REFB=0;REVB=0.0467146;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659146;OID=.;OPOS=67572698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr11 67663113 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.627;QD=48.7373;RBI=0.0152203;REFB=0;REVB=-0.00730124;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48637e-05;OID=.;OPOS=67663113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr11 67663116 . T A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.981;QD=48.737;RBI=0.0193275;REFB=0;REVB=-0.019016;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159227;OID=.;OPOS=67663116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr11 67765163 . A AG 486.63 PASS AF=1;AO=39;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.8299;QD=40.5523;RBI=0.169715;REFB=0;REVB=0.128379;RO=8;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177308;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00692124;OID=.;OPOS=67765164;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:48:48:48:0:23:25:0:0:9:8:22:17:0:8 chr11 67786064 . A AC,C 1062.15 PASS AF=1,0;AO=67,6;DP=75;FAO=73,0;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=52,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295724,-0.120942;FXX=0.0135117;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=25.9507,3.80596;QD=58.2;RBI=0.0345992,0.158333;REFB=0,0;REVB=0.0179604,-0.102188;RO=2;SAF=20,1;SAR=47,5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0130931,-0.209294;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000775295,0;OID=.,.;OPOS=67786065,67786064;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:73:2:0:67,6:73,0:1,0:47,5:20,1:1:1:52,0:21,0:0:0 chr11 67789138 . C T 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0145218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.81;QD=19.7635;RBI=0.0799815;REFB=-0.0106864;REVB=0.0786521;RO=33;SAF=19;SAR=16;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165607;STB=0.591524;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0110358;OID=.;OPOS=67789138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:16:19:24:9:16:19:24:9 chr11 67789293 . G GC 715.1 PASS AF=1;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0582002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.626;QD=49.3172;RBI=0.0810933;REFB=0;REVB=0.05647;RO=3;SAF=22;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00523518;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.28005e-05;OID=.;OPOS=67789294;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:60:58:58:0:23:35:0:0:13:3:22:35:1:2 chr11 67793509 . C T 201.23 PASS AF=0.385714;AO=24;DP=69;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00168522;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3091;QD=11.4989;RBI=0.0141441;REFB=-0.00768462;REVB=-0.0140434;RO=39;SAF=15;SAR=9;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398748;STB=0.541635;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00730632;OID=.;OPOS=67793509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:43:24:27:0.385714:9:15:23:16:9:18:26:17 chr11 67795378 . G GC 205.13 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.7939;QD=48.2662;RBI=0.0838959;REFB=0;REVB=0.07443;RO=3;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143999;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00758544;OID=.;OPOS=67795379;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:20:17:17:0:8:9:0:0:4:3:8:9:3:0 chr11 67814979 . G C 1126.87 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340855;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9603;QD=59.309;RBI=0.0343694;REFB=0;REVB=0.00440903;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00783789;OID=.;OPOS=67814979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:73:76:1:37:36:0:0:40:36:0:0 chr11 67957518 . A T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.569;QD=57.2375;RBI=0.046213;REFB=0;REVB=0.0146262;RO=0;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143089;OID=.;OPOS=67957518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:40:16:0:0:40:16:0:0 chr11 68030173 . C A 193.12 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0320994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.911;QD=16.4357;RBI=0.0343817;REFB=-0.0194599;REVB=-0.0123178;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556976;STB=0.531883;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0267428;OID=.;OPOS=68030173;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:12:15:10:10:12:15 chr11 68171013 . T C 1502.63 PASS AF=0.962963;AO=104;DP=109;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0132844;FXX=0.00917347;HRUN=5;LEN=1;MLLD=125.685;QD=55.6531;RBI=0.0160181;REFB=0.022652;REVB=0.00894997;RO=3;SAF=42;SAR=62;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144669;STB=0.513242;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-9.78493e-05;OID=.;OPOS=68171013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:108:3:4:104:104:0.962963:62:42:2:1:62:42:3:1 chr11 68192690 . G A 190.26 PASS AF=0.358209;AO=23;DP=66;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00144696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.48;QD=11.3588;RBI=0.0131914;REFB=-0.0111607;REVB=0.0131118;RO=43;SAF=12;SAR=11;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147378;STB=0.522369;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0237289;OID=.;OPOS=68192690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:43:43:23:24:0.358209:11:12:23:20:12:12:23:20 chr11 68549340 . A G 791.19 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=60;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0144447;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.431;QD=53.6399;RBI=0.0183072;REFB=-0.105914;REVB=0.0112474;RO=2;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00233207;STB=0.501497;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0011898;OID=.;OPOS=68549340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:59:2:2:56:57:0.966102:26:30:1:1:26:31:1:1 chr11 68671477 . T C 73.24 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0108986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9872;QD=10.8504;RBI=0.0371498;REFB=-0.0234151;REVB=-0.0355152;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522173;STB=0.531188;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0746417;OID=.;OPOS=68671477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:6:11:6:4:6:11 chr11 68773403 . G A 532.74 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00722516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.096;QD=23.1627;RBI=0.0119887;REFB=-0.030118;REVB=0.0095669;RO=41;SAF=26;SAR=24;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862484;STB=0.54165;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0135865;OID=.;OPOS=68773403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:42:50:50:0.543478:24:26:17:24:24:26:18:24 chr11 68777183 . G T 87.02 PASS AF=0.392857;AO=9;DP=26;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.050532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.193;QD=12.4317;RBI=0.0542053;REFB=-0.0159425;REVB=-0.0196145;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357641;STB=0.530977;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0445538;OID=.;OPOS=68777183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:28:17:17:9:11:0.392857:4:5:10:7:4:7:10:7 chr11 68822739 . T C 1114.41 PASS AF=1;AO=66;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.18;QD=60.2382;RBI=0.068296;REFB=0;REVB=0.0665928;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277424;OID=.;OPOS=68822739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:66:74:1:38:28:0:0:41:33:0:0 chr11 68834968 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00829739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.764;QD=56.1866;RBI=0.0202935;REFB=0;REVB=0.0185197;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97568e-05;OID=.;OPOS=68834968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr11 68846399 . A T 613.7 PASS AF=0.578947;AO=54;DP=93;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.010194;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2315;QD=25.8399;RBI=0.0789632;REFB=-0.0170111;REVB=-0.0783024;RO=39;SAF=28;SAR=26;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746983;STB=0.530806;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0150897;OID=.;OPOS=68846399;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:39:40:54:55:0.578947:26:28:24:15:26:29:24:16 chr11 68851414 . T C 406.71 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0159922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7878;QD=17.4929;RBI=0.0225218;REFB=-0.00732037;REVB=-0.0158582;RO=50;SAF=11;SAR=31;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256306;STB=0.650519;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0104031;OID=.;OPOS=68851414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:50:51:42:42:0.451613:31:11:25:25:31:11:26:25 chr11 68854012 . A G 409.41 PASS AF=0.329193;AO=53;DP=161;FAO=53;FDP=161;FR=.;FRO=108;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=60;FSRR=48;FWDB=-0.012116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5185;QD=10.1716;RBI=0.020611;REFB=-0.00276699;REVB=-0.0166738;RO=105;SAF=35;SAR=18;SRF=58;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131767;STB=0.574598;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0051765;OID=.;OPOS=68854012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:105:108:53:53:0.329193:18:35:58:47:18:35:60:48 chr11 69063136 . C T 936.56 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0235741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.08;QD=54.2933;RBI=0.0355604;REFB=0.0126128;REVB=0.0266233;RO=3;SAF=35;SAR=31;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038789;STB=0.520542;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.000244659;OID=.;OPOS=69063136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:31:35:3:0:31:35:3:0 chr11 69063393 . T C 654.94 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442973;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.267;QD=62.3754;RBI=0.0478481;REFB=0;REVB=0.0180884;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45322e-05;OID=.;OPOS=69063393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr11 69063510 . G A 278.16 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.993;QD=48.375;RBI=0.0643199;REFB=0.0570784;REVB=0.0610212;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519982;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000334408;OID=.;OPOS=69063510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:0:1:22:22:0.956522:10:12:0:0:10:12:1:0 chr11 69063728 . G C 457.5 PASS AF=0.85;AO=34;DP=40;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00191447;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=220.051;QD=45.7501;RBI=0.00667028;REFB=-0.0633205;REVB=0.00638964;RO=4;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746611;STB=0.55766;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000595687;OID=.;OPOS=69063728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:40:40:4:6:34:34:0.85:23:11:0:4:23:11:0:6 chr11 69462910 . G A 707.37 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.17;QD=62.8776;RBI=0.0254532;REFB=0;REVB=-0.0130277;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09421e-05;OID=.;OPOS=69462910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr11 69933891 . G A 200.28 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00211402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.115;QD=17.4156;RBI=0.0632777;REFB=-0.022445;REVB=-0.0632424;RO=25;SAF=14;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109514;STB=0.571358;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0195839;OID=.;OPOS=69933891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:20:21:0.456522:6:14:15:10:6:15:15:10 chr11 70007311 . A G 294.96 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0143172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8318;QD=20.3419;RBI=0.0746128;REFB=0.0118113;REVB=-0.0732263;RO=27;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175373;STB=0.597283;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0121193;OID=.;OPOS=70007311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:18:13:17:10:18:13:17:10 chr11 70007392 . A G 255.69 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0218066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.32;QD=17.9428;RBI=0.0222495;REFB=-0.0245634;REVB=-0.00441689;RO=29;SAF=9;SAR=18;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208128;STB=0.622452;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.028835;OID=.;OPOS=70007392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:29:27:28:0.491228:18:9:16:13:19:9:16:13 chr11 70016247 . T TG 233.41 PASS AF=0.432;AO=42;DP=127;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.0504352;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.6012;QD=7.46924;RBI=0.135331;REFB=-0.0147687;REVB=0.125582;RO=80;SAF=24;SAR=18;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17966;STB=0.543984;STBP=0.416;TYPE=ins;VARB=0.0163131;OID=.;OPOS=70016248;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432:42:127:54:125:71:27:27:30:41:99:80:24:18:33:47 chr11 70253475 . C T 390.4 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00790775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.588;QD=19.0437;RBI=0.0175447;REFB=-0.0230885;REVB=-0.0156615;RO=42;SAF=22;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242695;STB=0.513507;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0232046;OID=.;OPOS=70253475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:18:22:22:20:18:22:22:20 chr11 70282629 . A C 397.22 PASS AF=0.460674;AO=39;DP=88;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.00176293;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.537;QD=17.8525;RBI=0.00368847;REFB=-0.00709587;REVB=-0.00323989;RO=47;SAF=18;SAR=21;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12039;STB=0.583661;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0108459;OID=.;OPOS=70282629;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:47:48:39:41:0.460674:21:18:16:31:21:20:16:32 chr11 70666765 . C T 33.04 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0219633;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9647;QD=13.2175;RBI=0.0318194;REFB=-0.047088;REVB=0.0230237;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0461928;OID=.;OPOS=70666765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:10:5:5:5:5:0.5:4:1:1:4:4:1:1:4 chr11 71146248 . AAGCAAGGAACAG A 90.84 PASS AF=0.384615;AO=12;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00135489;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=12;MLLD=407.444;QD=9.31647;RBI=0.00159919;REFB=-0.0187378;REVB=0.000849529;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118681;STB=0.505148;STBP=0.979;TYPE=del;VARB=0.0309228;OID=.;OPOS=71146249;OREF=AGCAAGGAACAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:12:38:15:39:24:8:7:13:11:90:23:8:4:13:10 chr11 71146691 . A G 240.12 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0589552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.482;QD=16.5599;RBI=0.0589668;REFB=-0.00364627;REVB=-0.00116953;RO=30;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107755;STB=0.546951;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00555855;OID=.;OPOS=71146691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:17:10:8:22:17:10:9:22 chr11 71146952 . G A 243.81 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00778951;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.872;QD=15.2382;RBI=0.00780023;REFB=-0.011178;REVB=0.000408814;RO=34;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571552;STB=0.515614;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0127458;OID=.;OPOS=71146952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:36:28:28:0.4375:14:14:19:15:14:14:19:17 chr11 71152461 . A G 273.9 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0183542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2215;QD=17.6709;RBI=0.0275893;REFB=-0.0262059;REVB=-0.0205984;RO=32;SAF=11;SAR=19;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547038;STB=0.530568;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0253895;OID=.;OPOS=71152461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:19:11:10:22:19:11:10:22 chr11 71155129 . G A 684.88 PASS AF=0.5;AO=68;DP=136;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.000785488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.739;QD=20.1434;RBI=0.00353121;REFB=0.00669507;REVB=-0.00344274;RO=68;SAF=36;SAR=32;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00559105;OID=.;OPOS=71155129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:68:68:68:68:0.5:32:36:36:32:32:36:36:32 chr11 71155153 . A G 603.34 PASS AF=0.508333;AO=61;DP=120;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.000164096;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.231;QD=20.1112;RBI=0.0141234;REFB=0.000900758;REVB=-0.0141225;RO=59;SAF=31;SAR=30;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305046;STB=0.516812;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00136146;OID=.;OPOS=71155153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:59:59:61:61:0.508333:30:31:32:27:30:31:32:27 chr11 71174553 . C T 183.83 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0122873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.6224;QD=17.9344;RBI=0.0255155;REFB=-0.0106983;REVB=-0.0223621;RO=19;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967875;STB=0.548335;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0128792;OID=.;OPOS=71174553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:22:19:19:0.463415:7:12:10:9:7:12:12:10 chr11 71184678 . A C 2492.98 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.051;QD=61.555;RBI=0.0651264;REFB=0;REVB=0.0328332;RO=0;SAF=81;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.444e-05;OID=.;OPOS=71184678;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:162:162:1:81:81:0:0:81:81:0:0 chr11 71185479 . T C 437.94 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00337523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0672;QD=19.041;RBI=0.00639733;REFB=-0.0182561;REVB=0.00543449;RO=45;SAF=21;SAR=23;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105951;STB=0.50099;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00520901;OID=.;OPOS=71185479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:48:44:44:0.478261:23:21:22:23:23:21:23:25 chr11 71185518 . T C 457.2 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0119285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.589;QD=15.4983;RBI=0.0119962;REFB=-0.0128216;REVB=0.00127214;RO=67;SAF=26;SAR=25;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477029;STB=0.526725;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0198286;OID=.;OPOS=71185518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:67:51:51:0.432203:25:26:31:36:25:26:31:36 chr11 71189436 . T C 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00890954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.017;QD=13.1196;RBI=0.0110772;REFB=-0.00093986;REVB=-0.00658219;RO=37;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147369;STB=0.576861;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00133164;OID=.;OPOS=71189436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:10:15:17:20:10:15:18:20 chr11 71191817 . C T 512.58 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00113409;FXX=0.0103082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.026;QD=21.3574;RBI=0.00115653;REFB=-0.022852;REVB=-0.000226721;RO=47;SAF=24;SAR=25;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372894;STB=0.520604;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0178944;OID=.;OPOS=71191817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:47:47:49:49:0.510417:25:24:25:22:25:24:25:22 chr11 71192439 . C A 425.31 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0226167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.492;QD=21.5344;RBI=0.0480743;REFB=-0.0170106;REVB=-0.042422;RO=37;SAF=25;SAR=17;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719849;STB=0.539664;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0124131;OID=.;OPOS=71192439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:17:25:25:12:17:25:25:12 chr11 71249385 . G GC 220.9 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170909;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=68.5185;QD=44.181;RBI=0.177483;REFB=0;REVB=0.0478569;RO=18;SAF=0;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479986;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00269401;OID=.;OPOS=71249386;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:20:20:0:7:13:0:0:4:18:0:2:7:11 chr11 71249386 . T C 230.28 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00146956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.719;QD=46.0562;RBI=0.0368863;REFB=-0.0617405;REVB=0.036857;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368096;STB=0.519979;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00267049;OID=.;OPOS=71249386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:12:7:0:1:12:7:0:1 chr11 71260243 . T C 145.64 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00893628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.875;QD=16.1822;RBI=0.00926373;REFB=-0.0333221;REVB=-0.00244122;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171002;STB=0.598467;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0407423;OID=.;OPOS=71260243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:9:11:6:10:9:11 chr11 71260296 . G A 268.74 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0401117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5668;QD=22.3947;RBI=0.0402866;REFB=0.0242148;REVB=0.00375048;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357422;STB=0.519984;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0218229;OID=.;OPOS=71260296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:13:12:12:11:13:12:12:11 chr11 71276632 . T C 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00184086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.713;QD=21.0137;RBI=0.0263953;REFB=-0.0207577;REVB=0.026331;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469824;STB=0.526832;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0134336;OID=.;OPOS=71276632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:7:4:3:4:7:4:3:4 chr11 71277598 . A C 506.65 PASS AF=0.443548;AO=54;DP=123;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0226331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.958;QD=16.3434;RBI=0.0233785;REFB=-0.00935592;REVB=0.00585651;RO=68;SAF=28;SAR=26;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698912;STB=0.529349;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0114172;OID=.;OPOS=71277598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:68:69:54:55:0.443548:26:28:40:28:26:29:40:29 chr11 71277643 . AGGGCCGCT AGGGC,CAGGCCGCT 225.02 PASS AF=0.462963,0;AO=21,2;DP=51;FAO=25,0;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=6,0;FSAR=19,0;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00975548,-0.340995;FXX=0.0689536;HRUN=2,1;LEN=4,2;MLLD=287.244,20.3365;QD=16.6683;RBI=0.00996905,0.348982;REFB=0.00430567,0.0228994;REVB=-0.00205244,0.0742337;RO=13;SAF=3,2;SAR=18,0;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.111614,0.67888;STB=0.650555,0.5;STBP=0.061,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00320525,0;OID=.,.;OPOS=71277648,71277643;OREF=CGCT,AG;OALT=-,CA;OMAPALT=AGGGC,CAGGCCGCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:13:29:21,2:25,0:0.462963,0:18,0:3,2:3:10:19,0:6,0:14:15 chr11 71279936 . A C 135.71 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.000418725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6918;QD=7.04997;RBI=0.0380246;REFB=0.00666563;REVB=-0.0380223;RO=53;SAF=4;SAR=16;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404375;STB=0.739625;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0199748;OID=.;OPOS=71279936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:53:57:20:20:0.25974:16:4:27:26:16:4:28:29 chr11 71293892 . C A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0211105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2431;QD=8.69761;RBI=0.0780529;REFB=0.000315527;REVB=0.0751439;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388841;STB=0.749167;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0027998;OID=.;OPOS=71293892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:6:1:6:8:6:1:6:8 chr11 71318195 . G A 323.92 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.145144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.1276;QD=47.9876;RBI=0.145153;REFB=-0.134817;REVB=-0.00163107;RO=1;SAF=17;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026521;STB=0.527756;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0056824;OID=.;OPOS=71318195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:27:27:1:2:25:25:0.925926:8:17:1:0:8:17:2:0 chr11 71507261 . A G 130.49 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0229037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6081;QD=13.7358;RBI=0.0292902;REFB=-0.0259985;REVB=-0.0182574;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236042;STB=0.636506;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0220369;OID=.;OPOS=71507261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:16:7:8:7:16:7 chr11 71544269 . C T 253.33 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0517272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5905;QD=14.2722;RBI=0.0517283;REFB=-0.00537299;REVB=0.000327202;RO=41;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351893;STB=0.530283;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0125802;OID=.;OPOS=71544269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:29:30:0.422535:16:13:17:24:16:14:17:24 chr11 71707489 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.741;QD=59.0185;RBI=0.02588;REFB=0;REVB=0.00967367;RO=0;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224269;OID=.;OPOS=71707489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:27:7:0:0:27:7:0:0 chr11 71708013 . G A 544.29 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.28;QD=58.8425;RBI=0.0327349;REFB=0;REVB=0.00657575;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214787;OID=.;OPOS=71708013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:28:6:0:0:31:6:0:0 chr11 71714525 . A AC 822.51 PASS AF=1;AO=9;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543871;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=257.394;QD=53.9352;RBI=0.0702073;REFB=0;REVB=0.0443972;RO=52;SAF=1;SAR=8;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.615501;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000122854;OID=.;OPOS=71714526;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:61:61:61:0:35:26:0:0:5:52:1:8:34:18 chr11 71714526 . G C 665.34 PASS AF=0.866667;AO=52;DP=61;FAO=52;FDP=60;FR=.;FRO=8;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0135098;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.142;QD=44.3561;RBI=0.0542682;REFB=-0.129707;REVB=0.0525597;RO=8;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17;STB=0.590873;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00140858;OID=.;OPOS=71714526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:60:8:8:52:52:0.866667:18:34:0:8:18:34:0:8 chr11 71817142 . G A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.005476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.114;QD=8.69195;RBI=0.00631465;REFB=0.00162516;REVB=-0.00314455;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232376;STB=0.64321;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00300558;OID=.;OPOS=71817142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:7:10:3:5:7:10 chr11 71906957 . A G 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00283365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.222;QD=16.755;RBI=0.00843473;REFB=-0.0113448;REVB=0.0079445;RO=28;SAF=6;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233669;STB=0.633214;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0127427;OID=.;OPOS=71906957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:18:6:13:15:18:6:13:15 chr11 71941212 . A G 571.98 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6717;QD=60.2082;RBI=0.0338879;REFB=0;REVB=-0.0211256;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88182e-05;OID=.;OPOS=71941212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr11 72281818 . A G 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0119097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.8;QD=16.7845;RBI=0.0121449;REFB=0.000298069;REVB=0.00237876;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125231;STB=0.570421;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000263654;OID=.;OPOS=72281818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:17:12:18:15:17:12:18:15 chr11 72281884 . C T 387.89 PASS AF=0.47619;AO=39;DP=82;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0723021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5109;QD=18.4711;RBI=0.0725752;REFB=-0.0240014;REVB=0.00628988;RO=42;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358647;STB=0.501193;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0142934;OID=.;OPOS=72281884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:42:44:39:40:0.47619:21:18:21:21:21:19:21:23 chr11 72287350 . A G 331.04 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.111811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.299;QD=50.9295;RBI=0.113925;REFB=-0.147176;REVB=0.0218433;RO=0;SAF=2;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34264e-08;STB=0.51063;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00155465;OID=.;OPOS=72287350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:23:2:0:0:23:2:0:1 chr11 72288599 . G A 868.17 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.174;QD=55.1219;RBI=0.0233468;REFB=-0.032879;REVB=0.0218502;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014984;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.82428e-05;OID=.;OPOS=72288599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:63:1:0:61:63:1:31:30:0:1:33:30:0:0 chr11 72290629 . G A 155.82 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.531;QD=44.5188;RBI=0.0579096;REFB=0;REVB=0.0544669;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715253;OID=.;OPOS=72290629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr11 72291927 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.439;QD=53.9112;RBI=0.0213442;REFB=0;REVB=0.0206922;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12682e-05;OID=.;OPOS=72291927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr11 72293602 . A G 885.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00482155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0775;QD=58.0554;RBI=0.0110359;REFB=0;REVB=0.00992695;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1746e-05;OID=.;OPOS=72293602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr11 72295502 . T C 932.78 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0183222;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.497;QD=57.4015;RBI=0.0184086;REFB=-0.0202478;REVB=-0.00178129;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154834;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000195832;OID=.;OPOS=72295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:65:1:1:64:64:0.984615:30:34:0:1:30:34:0:1 chr11 72295906 . A G 255.83 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.265;QD=51.1665;RBI=0.0529277;REFB=0;REVB=-0.00803333;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420512;OID=.;OPOS=72295906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr11 72408055 . G C 575.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.749;QD=60.5994;RBI=0.0648308;REFB=0;REVB=0.0601666;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290698;OID=.;OPOS=72408055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr11 72466156 . T C 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0268687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4999;QD=19.8491;RBI=0.0275414;REFB=-0.0021469;REVB=0.00604985;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235988;STB=0.633628;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00323686;OID=.;OPOS=72466156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:6:9:4:9:6:9:4:9 chr11 72532569 . G T 751.19 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9418;QD=61.3218;RBI=0.0479065;REFB=0.0443352;REVB=0.0371091;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019199;STB=0.5102;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00052939;OID=.;OPOS=72532569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:24:24:0:1:24:24:0:1 chr11 72532621 . T G 769.86 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.77;QD=57.0266;RBI=0.0153949;REFB=0;REVB=0.00634536;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02819e-05;OID=.;OPOS=72532621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:26:28:0:0 chr11 72532708 . C T 420.84 PASS AF=0.911765;AO=30;DP=33;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0247142;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.06;QD=49.5105;RBI=0.0252291;REFB=-0.215585;REVB=0.00507115;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300657;STB=0.513299;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00259646;OID=.;OPOS=72532708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:33:34:1:3:30:31:0.911765:15:15:0:1:15:16:2:1 chr11 72536345 . A G 411.33 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00751542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.356;QD=21.0938;RBI=0.0143618;REFB=-0.00806367;REVB=-0.0122384;RO=37;SAF=18;SAR=23;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642657;STB=0.53554;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00724503;OID=.;OPOS=72536345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:23:18:19:18:23:18:19:18 chr11 72945341 . C T 1738.97 PASS AF=0.95935;AO=118;DP=123;FAO=118;FDP=123;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0142713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4725;QD=56.5517;RBI=0.014881;REFB=-0.033879;REVB=0.00421612;RO=4;SAF=56;SAR=62;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00158588;STB=0.50304;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00721113;OID=.;OPOS=72945341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:123:123:4:5:118:118:0.95935:62:56:2:2:62:56:2:3 chr11 72946020 . C T 52.61 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00716206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.206;QD=6.78846;RBI=0.0400067;REFB=-0.0207164;REVB=-0.0393604;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122879;STB=0.578313;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0596141;OID=.;OPOS=72946020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:11:12:5:3:11:12 chr11 72946140 . G C 46.35 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0160595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2003;QD=9.75723;RBI=0.0348892;REFB=-0.0387242;REVB=-0.0309734;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205271;STB=0.646658;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0612686;OID=.;OPOS=72946140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:3:4:4:7:3:4:4:8 chr11 73387057 . TTAAGTA T 498.06 PASS AF=0.977778;AO=40;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0353074;FXX=0.0425441;HRUN=3;LEN=6;MLLD=248.773;QD=44.2722;RBI=0.0358124;REFB=0.0422168;REVB=-0.00599283;RO=2;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390505;STB=0.50943;STBP=0.535;TYPE=del;VARB=-0.000350006;OID=.;OPOS=73387058;OREF=TAAGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.977778:40:46:44:45:1:18:26:0:1:4:2:17:23:0:2 chr11 73390772 . GAA G,GAG 608.14 PASS AF=0.804878,0.195122;AO=25,11;DP=40;FAO=33,8;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19,5;FSAR=14,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410938,-0.0115987;FXX=0.0681663;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=37.4814,199.086;QD=59.3305;RBI=0.0588667,0.0410861;REFB=0,0;REVB=-0.0421496,-0.0394149;RO=0;SAF=15,9;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0128728,0.0487658;OID=.,.;OPOS=73390773,73390774;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.804878,0.195122:25,11:40:33,8:41:0:19,5:14,3:0:0:49:0:15,9:10,2:0:0 chr11 73441772 . A C 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0168551;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=205.186;QD=47.8797;RBI=0.0286175;REFB=-0.0353894;REVB=0.0231272;RO=2;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274738;STB=0.501482;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00253367;OID=.;OPOS=73441772;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:13:12:1:1:13:12:1:1 chr11 74043708 . G A 511.94 PASS AF=0.972222;AO=29;DP=34;FAO=35;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.03918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.409;QD=56.8821;RBI=0.0420269;REFB=-0.0881136;REVB=0.015205;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03211;STB=0.517231;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000447637;OID=.;OPOS=74043708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:36:1:1:29:35:0.972222:15:14:1:0:21:14:1:0 chr11 74046975 . C T 972.02 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.929;QD=58.9105;RBI=0.0066431;REFB=0;REVB=-0.00329755;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33651e-06;OID=.;OPOS=74046975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr11 74049569 . A G 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.795;QD=59.9369;RBI=0.0167423;REFB=0;REVB=-0.0158907;RO=0;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2243e-05;OID=.;OPOS=74049569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:57:44:0:0:57:44:0:0 chr11 74053547 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.369;QD=59.143;RBI=0.0113774;REFB=0;REVB=-0.00868294;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87133e-06;OID=.;OPOS=74053547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr11 74167409 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.1385;QD=53.2769;RBI=0.0223902;REFB=0;REVB=-0.00845136;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324079;OID=.;OPOS=74167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr11 74168411 . A G 404.67 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0588426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1157;QD=32.3732;RBI=0.0631253;REFB=-0.00844124;REVB=0.022855;RO=17;SAF=17;SAR=16;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100746;STB=0.554985;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00610561;OID=.;OPOS=74168411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:16:17:6:11:16:17:6:11 chr11 74204269 . T G 619.87 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0533421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.957;QD=59.0353;RBI=0.0744825;REFB=-0.165952;REVB=0.0519834;RO=0;SAF=8;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8059e-08;STB=0.507459;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00212346;OID=.;OPOS=74204269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:33:8:0:0:33:8:0:1 chr11 74278090 . C T 1776.68 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111222;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.503;QD=60.7411;RBI=0.0112739;REFB=0;REVB=0.00184293;RO=0;SAF=63;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41475e-05;OID=.;OPOS=74278090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:116:117:1:53:63:0:0:53:64:0:0 chr11 74278176 . C T 246.67 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8511;QD=15.9143;RBI=0.0861798;REFB=-0.00539207;REVB=-0.0561231;RO=32;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902906;STB=0.57588;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00424152;OID=.;OPOS=74278176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:34:27:28:0.451613:11:16:16:16:11:17:16:18 chr11 74329615 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00702964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.826;QD=53.2762;RBI=0.0134219;REFB=0;REVB=0.0114338;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25716e-05;OID=.;OPOS=74329615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr11 74396330 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00685571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.98;QD=62.9828;RBI=0.00780329;REFB=0;REVB=-0.003727;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.52137e-05;OID=.;OPOS=74396330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr11 74408740 . C T 138.37 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00706111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4608;QD=11.7765;RBI=0.0865267;REFB=-0.0249832;REVB=-0.0862381;RO=31;SAF=11;SAR=5;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292053;STB=0.51722;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0623513;OID=.;OPOS=74408740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:5:11:22:9:5:11:22:9 chr11 74419357 . C T 714.77 PASS AF=0.915254;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00663424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1101;QD=48.4593;RBI=0.00725577;REFB=-0.0341455;REVB=-0.00293819;RO=4;SAF=34;SAR=20;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017927;STB=0.502687;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0125163;OID=.;OPOS=74419357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:58:59:4:5:54:54:0.915254:20:34:2:2:20:34:3:2 chr11 74419378 . C G,T 715.09 PASS AF=0.0576923,0.942308;AO=2,49;DP=51;FAO=3,49;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=3,31;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421295,0.0647784;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.945,54.064;QD=55.0071;RBI=0.0619529,0.0679623;REFB=0,0;REVB=-0.0454231,0.020558;RO=0;SAF=2,32;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.70321e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.12083,0.00677206;OID=.,.;OPOS=74419378,74419378;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:51:52:0:0:2,49:3,49:0.0576923,0.942308:0,17:2,32:0:0:0,18:3,31:0:0 chr11 74459955 . C T 271.3 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00422516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.532;QD=23.5911;RBI=0.0324121;REFB=-0.0213408;REVB=0.0321355;RO=21;SAF=6;SAR=19;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266614;STB=0.64977;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00612544;OID=.;OPOS=74459955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:19:6:11:10:19:6:11:10 chr11 74553074 . C T 874.92 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188062;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.915;QD=56.4464;RBI=0.0200082;REFB=-0.106621;REVB=-0.00683047;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014984;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00070883;OID=.;OPOS=74553074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:30:31:1:0:30:31:1:0 chr11 74553077 . T C 342.82 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00981875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.379;QD=21.426;RBI=0.0314998;REFB=-0.011297;REVB=0.0299305;RO=29;SAF=21;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153447;STB=0.584857;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00755569;OID=.;OPOS=74553077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:14:21:12:17:14:21:12:17 chr11 74559446 . G C 708.16 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2645;QD=62.9479;RBI=0.0846076;REFB=0;REVB=0.0780631;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120204;OID=.;OPOS=74559446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr11 74559481 . C T 559.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740247;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.166;QD=60.5218;RBI=0.0835794;REFB=0;REVB=0.0388055;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152079;OID=.;OPOS=74559481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr11 74563077 . G A 1286.1 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.193;QD=60.5224;RBI=0.0560149;REFB=-0.177803;REVB=0.052878;RO=1;SAF=26;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00809802;STB=0.504272;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00124487;OID=.;OPOS=74563077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:85:1:1:84:84:0.988235:58:26:0:1:58:26:0:1 chr11 74689763 . T A 31.35 PASS AF=0.116667;AO=8;DP=56;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0131639;FXX=0.0624902;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.9533;QD=2.08972;RBI=0.0574353;REFB=-0.0471977;REVB=0.0559064;RO=46;SAF=8;SAR=0;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.72641;STB=0.847763;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.132769;OID=.;OPOS=74689763;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:56:60:46:53:8:7:0.116667:0:8:17:29:1:6:25:28 chr11 74705696 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.811;QD=55.0983;RBI=0.0217979;REFB=0;REVB=0.0186176;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174218;OID=.;OPOS=74705696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr11 74862391 . A G 262.89 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.5373;QD=47.7984;RBI=0.0216117;REFB=-0.0150608;REVB=0.00718891;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542216;STB=0.529383;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000606535;OID=.;OPOS=74862391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:8:13:0:1:8:13:0:1 chr11 74873754 . GCACAGAAAA G 169.05 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0151252;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=312.566;QD=16.0996;RBI=0.0168714;REFB=-0.0178827;REVB=-0.00747486;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250214;STB=0.622811;STBP=0.18;TYPE=del;VARB=0.0208195;OID=.;OPOS=74873755;OREF=CACAGAAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:18:42:18:42:24:12:6:11:13:99:20:12:6:8:12 chr11 74880370 . G A 468.22 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.000118018;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.974;QD=19.9244;RBI=0.0307391;REFB=-0.0319741;REVB=0.0307389;RO=45;SAF=22;SAR=24;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293477;STB=0.532333;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0203546;OID=.;OPOS=74880370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:45:48:46:46:0.489362:24:22:23:22:24:22:26:22 chr11 74883577 . G A 654.96 PASS AF=0.977273;AO=39;DP=39;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.058124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.394;QD=59.5414;RBI=0.0592902;REFB=-0.0552744;REVB=0.0117019;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514279;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00496052;OID=.;OPOS=74883577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:44:0:1:39:43:0.977273:25:14:0:0:26:17:1:0 chr11 74904362 . T C 1700.33 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252482;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.69;QD=60.7261;RBI=0.0266172;REFB=0;REVB=0.00842625;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.91057e-06;OID=.;OPOS=74904362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:60:51:0:0:61:51:0:0 chr11 74907582 . C T 909.52 PASS AF=0.467005;AO=91;DP=197;FAO=92;FDP=197;FR=.;FRO=105;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=0.0203336;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.331;QD=18.4674;RBI=0.0275316;REFB=-0.00495891;REVB=0.0185616;RO=106;SAF=50;SAR=41;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299083;STB=0.515632;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00559869;OID=.;OPOS=74907582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:106:105:91:92:0.467005:41:50:55:51:42:50:54:51 chr11 74977067 . C T 255.63 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0270185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.57;QD=29.2149;RBI=0.0289992;REFB=0.0247266;REVB=-0.0105334;RO=12;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143641;STB=0.579139;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00947123;OID=.;OPOS=74977067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:13:10:8:4:13:10:8:4 chr11 74977233 . C T 225.42 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0078329;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6008;QD=19.6019;RBI=0.0643661;REFB=-0.00298708;REVB=0.0638878;RO=24;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750266;STB=0.542216;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00346325;OID=.;OPOS=74977233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:15:7:6:18:15:7:6:18 chr11 74995350 . C T 334.04 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0135794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5256;QD=46.0742;RBI=0.0185633;REFB=-0.0118855;REVB=0.0126569;RO=3;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111014;STB=0.559954;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00160131;OID=.;OPOS=74995350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:11:15:0:3:11:15:0:3 chr11 75110627 . C T 174.82 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0146509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.716;QD=14.8783;RBI=0.0216455;REFB=-0.0150797;REVB=-0.0159336;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169044;STB=0.504582;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0390552;OID=.;OPOS=75110627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:18:19:0.404255:10:8:12:16:11:8:12:16 chr11 75145952 . A G 825.84 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.519;QD=56.9543;RBI=0.0364293;REFB=0;REVB=0.0307247;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79423e-05;OID=.;OPOS=75145952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:20:34:0:0:23:35:0:0 chr11 75152243 . C T 88.09 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0197945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.709;QD=14.0944;RBI=0.0321152;REFB=-0.0308569;REVB=-0.0252896;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435331;STB=0.525501;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.037349;OID=.;OPOS=75152243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:7:7:5:6:7:7 chr11 75160575 . G A 567.83 PASS AF=0.417808;AO=61;DP=146;FAO=61;FDP=146;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.0194028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.978;QD=15.5569;RBI=0.0607897;REFB=-0.0177276;REVB=0.0576101;RO=85;SAF=39;SAR=22;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816623;STB=0.545892;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0222652;OID=.;OPOS=75160575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:85:85:61:61:0.417808:22:39:48:37:22:39:48:37 chr11 75277628 . A G 632.03 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.906;QD=61.6614;RBI=0.0660964;REFB=0;REVB=0.0635808;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103294;OID=.;OPOS=75277628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:24:14:0:0:27:14:0:0 chr11 75277757 . C G 283.62 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.013119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.724;QD=15.541;RBI=0.013705;REFB=-0.0362399;REVB=-0.00396456;RO=41;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10669;STB=0.56024;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0547348;OID=.;OPOS=75277757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:13:19:20:21:13:19:20:21 chr11 75279846 . C T 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00628031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.54;QD=14.834;RBI=0.0123718;REFB=-0.0126882;REVB=-0.0106593;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336342;STB=0.519213;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0192247;OID=.;OPOS=75279846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:11:11:16:14:11:11:16:14 chr11 75282882 . G A 183.58 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00582156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.69;QD=9.92297;RBI=0.00790211;REFB=-0.00753588;REVB=-0.00534348;RO=50;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277545;STB=0.66212;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0150188;OID=.;OPOS=75282882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:50:24:24:0.324324:9:15:19:31:9:15:19:31 chr11 75298797 . A G 171.14 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.00141827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.114;QD=17.5532;RBI=0.0415966;REFB=-0.0181666;REVB=0.0415724;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2335;STB=0.642716;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00872365;OID=.;OPOS=75298797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:17:18:0.461538:10:7:4:17:10:8:4:17 chr11 75428958 . A G 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0388978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.397;QD=15.1567;RBI=0.040782;REFB=-0.00699099;REVB=-0.0122526;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151217;STB=0.585706;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0119164;OID=.;OPOS=75428958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:11:14:13:19:11:14:13:19 chr11 75852448 . C T 759.75 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00958611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.63;QD=53.3159;RBI=0.0166553;REFB=-0.0656049;REVB=0.01362;RO=2;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303913;STB=0.516123;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000361978;OID=.;OPOS=75852448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:57:57:2:2:55:55:0.964912:30:25:0:2:30:25:0:2 chr11 75946552 . G A 1529.98 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.097;QD=63.7491;RBI=0.0175288;REFB=0;REVB=0.0103833;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94421e-05;OID=.;OPOS=75946552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:43:53:0:0:43:53:0:0 chr11 76115231 . G A 91.22 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00973127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.562;QD=17.376;RBI=0.0127477;REFB=-0.0175888;REVB=-0.00823448;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25877;STB=0.646239;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0106432;OID=.;OPOS=76115231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:9:1:4:7:9:1 chr11 76207633 . G A 897.55 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000631331;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.414;QD=57.9064;RBI=0.0195909;REFB=0;REVB=0.0195807;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136821;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127345;OID=.;OPOS=76207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:1:0:61:62:1:34:27:0:1:35:27:0:0 chr11 76262357 . TTA T,TTT 107.59 PASS AF=0.340909,0;AO=12,5;DP=48;FAO=15,0;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=4,0;FSAR=11,0;FSRF=25;FSRR=4;FWDB=-0.0235517,0.0694334;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=23.938,17.9764;QD=9.78056;RBI=0.153964,0.167167;REFB=-0.0318682,-0.00238183;REVB=-0.152152,-0.152066;RO=26;SAF=3,1;SAR=9,4;SRF=22;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.605789,-0.666691;STB=0.841332,0.5;STBP=0.006,1;TYPE=del,snp;VARB=0.054776,0;OID=.,.;OPOS=76262358,76262359;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340909,0:12,5:48:15,0:44:29:4,0:11,0:25:4:99:26:3,1:9,4:22:4 chr11 76368553 . A G 1065.46 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.034299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2769;QD=58.3815;RBI=0.0441326;REFB=-0.138906;REVB=0.0277716;RO=1;SAF=33;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141139;STB=0.507244;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0127947;OID=.;OPOS=76368553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:38:33:1:0:38:34:1:0 chr11 76368639 . A C 530.05 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0172273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.378;QD=22.5554;RBI=0.0308074;REFB=-0.0322961;REVB=-0.0255405;RO=44;SAF=31;SAR=19;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199471;STB=0.609879;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.021615;OID=.;OPOS=76368639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:44:50:50:0.531915:19:31:17:27:19:31:17:27 chr11 76370792 . A G 733.38 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.366;QD=56.4141;RBI=0.0045987;REFB=0;REVB=0.0044797;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174071;OID=.;OPOS=76370792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:25:27:0:0 chr11 76372052 . A G 755.17 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6059;QD=55.9381;RBI=0.0236584;REFB=0;REVB=0.0231126;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179005;OID=.;OPOS=76372052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:50:54:1:25:25:0:0:28:26:0:0 chr11 76372418 . T C 130.55 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0014;QD=43.516;RBI=0.136241;REFB=0;REVB=-0.00243604;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00417087;OID=.;OPOS=76372418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:7:4:0:0:7:5:0:0 chr11 76405613 . C T 474.33 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00631292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.122;QD=18.9733;RBI=0.00723509;REFB=0.000382304;REVB=0.00353464;RO=53;SAF=27;SAR=20;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00819158;STB=0.504561;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.000418383;OID=.;OPOS=76405613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:20:27:30:23:20:27:30:23 chr11 76415209 . G A 219.93 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0633311;FXX=0.0156226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.2735;QD=13.9639;RBI=0.0721624;REFB=-0.0372511;REVB=0.0345916;RO=32;SAF=9;SAR=17;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299451;STB=0.631867;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0547938;OID=.;OPOS=76415209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:32:37:26:26:0.412698:17:9:21:11:17:9:21:16 chr11 76418737 . A G 157.87 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0432276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0173;QD=25.2587;RBI=0.0447645;REFB=-0.0238794;REVB=-0.0116293;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144208;STB=0.580215;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0108779;OID=.;OPOS=76418737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:9:7:2:7:9:7:2:7 chr11 76430684 . A C 324.21 PASS AF=0.539683;AO=31;DP=58;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0345538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.913;QD=20.585;RBI=0.0345548;REFB=-0.0106972;REVB=0.000260733;RO=27;SAF=18;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175373;STB=0.580477;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0108847;OID=.;OPOS=76430684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:27:29:31:34:0.539683:13:18:10:17:14:20:12:17 chr11 76507692 . T A 418.53 PASS AF=0.415254;AO=48;DP=119;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0265981;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5393;QD=14.1874;RBI=0.0287184;REFB=-0.01921;REVB=0.0108301;RO=69;SAF=17;SAR=31;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208892;STB=0.608651;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0159861;OID=.;OPOS=76507692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:69:69:48:49:0.415254:31:17:38:31:31:18:38:31 chr11 76637651 . G A 329.54 PASS AF=0.377358;AO=39;DP=105;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0325345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.689;QD=12.4355;RBI=0.0328947;REFB=0.00159144;REVB=-0.00485454;RO=65;SAF=17;SAR=22;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229152;STB=0.510159;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00605111;OID=.;OPOS=76637651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:65:66:39:40:0.377358:22:17:27:38:23:17:27:39 chr11 76637680 . G A 270.52 PASS AF=0.339806;AO=30;DP=98;FAO=35;FDP=103;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.0946639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.601;QD=10.5055;RBI=0.0952287;REFB=0.00445486;REVB=0.0103559;RO=68;SAF=11;SAR=19;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561906;STB=0.511357;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.0146647;OID=.;OPOS=76637680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:103:68:68:30:35:0.339806:19:11:28:40:20:15:28:40 chr11 76687399 . A C 195.21 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00792011;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.018;QD=12.0127;RBI=0.00807383;REFB=-0.00466198;REVB=-0.001568;RO=41;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104923;STB=0.560673;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00765457;OID=.;OPOS=76687399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:41:41:24:24:0.369231:14:10:21:20:14:10:21:20 chr11 76701606 . G A 322.37 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0141434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.653;QD=16.5318;RBI=0.0164234;REFB=-0.00879001;REVB=-0.00834803;RO=42;SAF=13;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151304;STB=0.579337;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0103165;OID=.;OPOS=76701606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:22:13:22:20:22:13:22:21 chr11 76709795 . G A 116.37 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0377174;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.576;QD=10.8247;RBI=0.0378583;REFB=-0.0044448;REVB=-0.00326413;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326792;STB=0.69206;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0156735;OID=.;OPOS=76709795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:29:29:14:14:0.325581:6:8:8:21:6:8:8:21 chr11 76732308 . G A 329.7 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0145741;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.754;QD=18.0658;RBI=0.0210858;REFB=-0.00207141;REVB=-0.0152384;RO=33;SAF=14;SAR=21;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119357;STB=0.56137;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.000897425;OID=.;OPOS=76732308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:38:35:35:0.479452:21:14:9:24:21:14:11:27 chr11 76732949 . T C 57.29 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0123407;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=140.384;QD=12.7322;RBI=0.0296803;REFB=-0.00896984;REVB=0.0269931;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930819;STB=0.555418;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00656112;OID=.;OPOS=76732949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:4:6:4:4:4:6 chr11 76733024 . A G 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0106409;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.022;QD=15.8391;RBI=0.0127987;REFB=-0.00872658;REVB=0.00711187;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170899;STB=0.59976;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00722842;OID=.;OPOS=76733024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:2:5:4:4:2:5 chr11 76751541 . CT C 296.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0615879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.0809;QD=45.554;RBI=0.075596;REFB=0;REVB=-0.0438371;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00481749;OID=.;OPOS=76751542;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:26:26:26:0:18:8:0:0:5:0:18:8:0:0 chr11 76751584 . CT C 893.71 PASS AF=1;AO=59;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584743;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.27;QD=58.6037;RBI=0.0105965;REFB=0;REVB=0.00883702;RO=0;SAF=49;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000274287;OID=.;OPOS=76751585;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:62:61:61:0:50:11:0:0:5:0:49:10:0:0 chr11 76751603 . CT C 925.36 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.068554;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.9965;QD=49.3527;RBI=0.130387;REFB=0;REVB=-0.110911;RO=0;SAF=57;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00290107;OID=.;OPOS=76751604;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:74:76:75:75:0:58:17:0:0:16:0:57:17:0:0 chr11 76799004 . T C 962.93 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000192413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.433;QD=58.3595;RBI=0.0237659;REFB=0;REVB=0.0237651;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20864e-05;OID=.;OPOS=76799004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:26:39:0:0:27:39:0:0 chr11 76814110 . G A 521.07 PASS AF=0.6;AO=48;DP=78;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0416899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.496;QD=26.0534;RBI=0.0422716;REFB=-0.0406493;REVB=-0.00698844;RO=30;SAF=26;SAR=22;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295083;STB=0.529215;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0205533;OID=.;OPOS=76814110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:30:32:48:48:0.6:22:26:15:15:22:26:15:17 chr11 76827360 . A G 449.05 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0105249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1385;QD=21.3835;RBI=0.0600299;REFB=-0.0118911;REVB=-0.0591;RO=40;SAF=13;SAR=31;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27493;STB=0.652374;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0252554;OID=.;OPOS=76827360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:31:13:24:16:31:13:24:16 chr11 76836864 . G A 2657.72 PASS AF=0.972222;AO=174;DP=182;FAO=175;FDP=180;FR=.;FRO=5;FSAF=87;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0250675;FXX=0.0109884;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.738;QD=59.0604;RBI=0.0266467;REFB=0.0176367;REVB=0.00903678;RO=6;SAF=86;SAR=88;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000364324;STB=0.502698;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-3.86084e-05;OID=.;OPOS=76836864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:182:180:6:5:174:175:0.972222:88:86:3:3:88:87:2:3 chr11 76853783 . T C 748.18 PASS AF=0.918033;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0402596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.975;QD=49.0611;RBI=0.0431575;REFB=-0.0695532;REVB=0.0155477;RO=5;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746429;STB=0.539669;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00671199;OID=.;OPOS=76853783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:61:61:5:5:56:56:0.918033:29:27:0:5:29:27:0:5 chr11 76895770 . GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 102.72 PASS AF=0.304348;AO=18;DP=71;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00335006;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=22;MLLD=595.47;QD=5.95477;RBI=0.00495719;REFB=-0.00529848;REVB=0.00365388;RO=39;SAF=7;SAR=11;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201099;STB=0.564254;STBP=0.49;TYPE=del;VARB=0.0114635;OID=.;OPOS=76895771;OREF=GGAGGCGGGGACACCAGGGCCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:18:71:21:69:48:9:12:25:23:99:39:7:11:22:17 chr11 76910766 . C T 306.25 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00466406;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.034;QD=15.1235;RBI=0.0164872;REFB=-0.0143379;REVB=0.0158137;RO=46;SAF=12;SAR=22;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218805;STB=0.618273;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0169352;OID=.;OPOS=76910766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:46:47:34:34:0.419753:22:12:26:20:22:12:26:21 chr11 76912636 . A T 305.78 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00366231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.672;QD=15.8845;RBI=0.00607524;REFB=0.00361242;REVB=0.00484727;RO=43;SAF=14;SAR=19;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15695;STB=0.577901;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00441249;OID=.;OPOS=76912636;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:43:43:33:34:0.441558:19:14:25:18:19:15:25:18 chr11 76917220 . A G 141.84 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00233087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4705;QD=11.125;RBI=0.00635655;REFB=-0.0056215;REVB=0.00591378;RO=34;SAF=4;SAR=13;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459963;STB=0.771373;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00785339;OID=.;OPOS=76917220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:13:4:22:12:13:4:22:12 chr11 76919478 . C A 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0169004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.78;QD=16.4158;RBI=0.0203653;REFB=-0.00068486;REVB=-0.0113632;RO=15;SAF=11;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21079;STB=0.646828;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00138748;OID=.;OPOS=76919478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:3:11:9:6:3:11:9:7 chr11 76928149 . A G 2348.21 PASS AF=0.98125;AO=157;DP=160;FAO=157;FDP=160;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000611692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.502;QD=58.7052;RBI=0.00160077;REFB=0.0405797;REVB=0.00147928;RO=2;SAF=62;SAR=95;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00262971;STB=0.501208;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.000198767;OID=.;OPOS=76928149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:160:160:2:3:157:157:0.98125:95:62:1:1:95:62:1:2 chr11 76954788 . T TA 149.8 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0434815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.0698;QD=9.21859;RBI=0.0839512;REFB=-0.0533014;REVB=-0.0718134;RO=38;SAF=18;SAR=9;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204346;STB=0.537871;STBP=0.624;TYPE=ins;VARB=0.0566918;OID=.;OPOS=76954789;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430769:27:65:28:65:37:18:10:26:11:99:38:18:9:26:12 chr11 76954812 . T C 196.93 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0036756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5385;QD=12.9134;RBI=0.023648;REFB=0.0126892;REVB=0.0233606;RO=37;SAF=16;SAR=8;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021207;STB=0.512185;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0174649;OID=.;OPOS=76954812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:8:16:24:13:8:16:24:13 chr11 76954833 . G A 187.67 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0113009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.562;QD=12.7234;RBI=0.0116216;REFB=-0.00862337;REVB=0.00271103;RO=35;SAF=13;SAR=9;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418689;STB=0.519484;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0144915;OID=.;OPOS=76954833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:35:36:22:23:0.389831:9:13:22:13:9:14:23:13 chr11 77614592 . C T 56.22 PASS AF=0.130435;AO=11;DP=91;FAO=12;FDP=92;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.0200934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.349;QD=2.44416;RBI=0.0314695;REFB=-0.00633046;REVB=-0.0242195;RO=79;SAF=6;SAR=5;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109927;STB=0.608523;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0278405;OID=.;OPOS=77614592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:91:92:79:80:11:12:0.130435:5:6:50:29:6:6:50:30 chr11 77639402 . G A 208.19 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0279537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8598;QD=11.4079;RBI=0.029713;REFB=-0.0171797;REVB=0.0100724;RO=47;SAF=13;SAR=13;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828657;STB=0.547909;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0310861;OID=.;OPOS=77639402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:13:13:27:20:13:13:27:20 chr11 77734209 . T C 180.45 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00684757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.076;QD=16.0396;RBI=0.0204049;REFB=-0.0166578;REVB=-0.0192217;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671446;STB=0.538422;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0221333;OID=.;OPOS=77734209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:7:12:18:8:7:12:18:8 chr11 77790653 . T C 259.39 PASS AF=0.309735;AO=35;DP=113;FAO=35;FDP=113;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.00971696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6692;QD=9.18205;RBI=0.0336827;REFB=0.000404361;REVB=-0.0322506;RO=78;SAF=11;SAR=24;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920042;STB=0.554022;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00172858;OID=.;OPOS=77790653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:78:78:35:35:0.309735:24:11:30:48:24:11:30:48 chr11 77813941 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00187804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.771;QD=8.81111;RBI=0.00930833;REFB=-0.0094229;REVB=0.00911691;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434685;STB=0.776761;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0110577;OID=.;OPOS=77813941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:6:5:5:1:6:5 chr11 77882393 . T C 321.06 PASS AF=0.4;AO=34;DP=88;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0124584;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.098;QD=14.2694;RBI=0.0163767;REFB=-0.0191059;REVB=0.0106294;RO=54;SAF=14;SAR=20;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255354;STB=0.533986;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0254715;OID=.;OPOS=77882393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:54:54:34:36:0.4:20:14:21:33:20:16:21:33 chr11 77921527 . G C 322.7 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00302758;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.996;QD=18.9825;RBI=0.0168967;REFB=-0.0298206;REVB=-0.0166233;RO=35;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122768;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0302993;OID=.;OPOS=77921527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:35:34:34:34:0.5:18:16:16:19:18:16:16:18 chr11 78277277 . A G 228.94 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.015949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.916;QD=16.0662;RBI=0.0210833;REFB=-0.0104104;REVB=-0.013789;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352784;STB=0.508765;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0114007;OID=.;OPOS=78277277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:31:25:26:0.45614:13:12:16:15:13:13:16:15 chr11 78279790 . T G 710.11 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0341983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.076;QD=54.6235;RBI=0.0343648;REFB=0.111393;REVB=-0.00337836;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192158;STB=0.5102;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000172234;OID=.;OPOS=78279790;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:24:27:0:1:24:27:0:1 chr11 78290350 . G A 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0113483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.351;QD=17.501;RBI=0.0387718;REFB=0.00597914;REVB=-0.0370738;RO=28;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759229;STB=0.54274;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.0099315;OID=.;OPOS=78290350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:10:16:15:13:10:16:15:13 chr11 78498022 . C T 254.48 PASS AF=0.585366;AO=19;DP=44;FAO=24;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0511101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.597;QD=24.8272;RBI=0.057839;REFB=-0.032665;REVB=0.0270761;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113156;STB=0.509796;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0250812;OID=.;OPOS=78498022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:41:20:17:19:24:0.585366:10:9:7:13:15:9:6:11 chr11 79133220 . T C 541.94 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645851;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2495;QD=60.2159;RBI=0.0661028;REFB=0;REVB=0.0140836;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109782;OID=.;OPOS=79133220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:37:36:1:12:25:0:0:11:25:0:0 chr11 81264998 . G C,T 771.71 PASS AF=0.0363636,0.963636;AO=2,53;DP=55;FAO=2,53;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=2,28;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000745203,0.000790712;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.107,183.033;QD=56.1242;RBI=0.00957104,0.00600639;REFB=0,0;REVB=0.00954199,0.00595411;RO=0;SAF=2,28;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.216817,-0.00065283;OID=.,.;OPOS=81264998,81264998;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:55:55:0:0:2,53:2,53:0.0363636,0.963636:0,25:2,28:0:0:0,25:2,28:0:0 chr11 82443672 . C G 387.42 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.102429;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.4778;QD=49.9897;RBI=0.102531;REFB=-0.00915318;REVB=-0.00456202;RO=2;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00626798;STB=0.503368;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00682813;OID=.;OPOS=82443672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:16:13:1:1:16:13:1:1 chr11 82443750 . CGGGGGGCA CGGGGGCA,CGGGGGCAG,CGGGGGCGA 84.91 PASS AF=0.588235,0.0588235,0.176471;AO=8,2,2;DP=18;FAO=10,1,3;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=3,1,2;FSAR=7,0,1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.12674,0.0439005,-0.0221242;FXX=0.0555247;HRUN=6,6,6;LEN=1,3,2;MLLD=11.0334,10.7744,34.653;QD=19.9791;RBI=0.181261,0.0911615,0.0236332;REFB=0.00483742,-0.00504687,-0.0268231;REVB=0.129586,-0.0798948,0.00830941;RO=2;SAF=3,1,2;SAR=5,1,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.481481,0,0;SSEP=0.647059,0,0;SSSB=-0.0459355,0,0.639851;STB=0.593025,0.985111,0.5;STBP=0.296,0.519,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0750585,-0.0413348,0.0300794;OID=.,.,.;OPOS=82443751,82443756,82443756;OREF=G,GCA,GC;OALT=-,CAG,CG;OMAPALT=CGGGGGCA,CGGGGGCAG,CGGGGGCGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.588235,0.0588235,0.176471:8,2,2:18:10,1,3:17:3:3,1,2:7,0,1:2:1:13:2:3,1,2:5,1,0:1:1 chr11 82443817 . G A 569.73 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5746;QD=59.9712;RBI=0.0314884;REFB=0;REVB=0.0133617;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107307;OID=.;OPOS=82443817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:35:38:1:20:15:0:0:23:15:0:0 chr11 82535963 . C T 255.61 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0115544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.949;QD=17.9375;RBI=0.0309289;REFB=-0.0273993;REVB=-0.0286896;RO=29;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114883;STB=0.564059;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.029344;OID=.;OPOS=82535963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:11:17:21:8:11:17:21:8 chr11 82643760 . G T 120.19 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0427305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0541;QD=14.1397;RBI=0.0498774;REFB=0.00251982;REVB=0.0257266;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171752;STB=0.599859;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.0027084;OID=.;OPOS=82643760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:8:12:6:8:8:12 chr11 82878197 . T A 248.18 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00269816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.997;QD=21.1213;RBI=0.0184748;REFB=-0.00761473;REVB=0.0182767;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156665;STB=0.595668;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0104594;OID=.;OPOS=82878197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:23:23:24:0.510638:11:12:16:7:12:12:16:7 chr11 82973004 . C T 106.38 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0210856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.989;QD=11.8204;RBI=0.0210978;REFB=-0.0173244;REVB=-0.000717728;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194513;STB=0.615207;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.025421;OID=.;OPOS=82973004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:5:8:10:13:5:8:10:13 chr11 82984985 . T A 177.3 PASS AF=0.362069;AO=16;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.00397761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.4364;QD=12.2273;RBI=0.00402036;REFB=-0.00547594;REVB=-0.000584734;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209444;STB=0.612804;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.034629;OID=.;OPOS=82984985;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:16:21:0.362069:7:9:25:9:9:12:26:9 chr11 82996986 . A C 854.02 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.723;QD=56.0012;RBI=0.0217519;REFB=-0.0943844;REVB=0.0136356;RO=1;SAF=33;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140874;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000273224;OID=.;OPOS=82996986;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:27:33:1:0:27:33:1:0 chr11 83170748 . T C 267.52 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00470613;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.835;QD=15.9713;RBI=0.0307119;REFB=-0.0272525;REVB=-0.0303491;RO=37;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189982;STB=0.607072;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0240343;OID=.;OPOS=83170748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:37:30:30:0.447761:12:18:15:22:12:18:15:22 chr11 85195025 . A C 2914.83 PASS AF=0.969231;AO=188;DP=195;FAO=189;FDP=195;FR=.;FRO=6;FSAF=66;FSAR=123;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0227895;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.324;QD=59.7914;RBI=0.0543688;REFB=0.0420859;REVB=-0.049362;RO=6;SAF=66;SAR=122;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00114528;STB=0.500537;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00123944;OID=.;OPOS=85195025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:195:195:6:6:188:189:0.969231:122:66:2:4:123:66:2:4 chr11 85195075 . T C 3822.82 PASS AF=0.962264;AO=255;DP=265;FAO=255;FDP=265;FR=.;FRO=10;FSAF=92;FSAR=163;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0110392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.543;QD=57.703;RBI=0.0195677;REFB=-0.0162836;REVB=0.0161564;RO=9;SAF=92;SAR=163;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00193292;STB=0.50249;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-2.00809e-06;OID=.;OPOS=85195075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:265:265:9:10:255:255:0.962264:163:92:3:6:163:92:3:7 chr11 85195154 . A T 3560.46 PASS AF=0.97479;AO=227;DP=233;FAO=232;FDP=238;FR=.;FRO=6;FSAF=92;FSAR=140;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0576888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.507;QD=59.8396;RBI=0.075737;REFB=-0.0750545;REVB=0.0490723;RO=6;SAF=89;SAR=138;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116255;STB=0.506069;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00259481;OID=.;OPOS=85195154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:233:238:6:6:227:232:0.97479:138:89:1:5:140:92:1:5 chr11 85195185 . T C 2431.16 PASS AF=0.99375;AO=158;DP=165;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0225147;FXX=0.0303012;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.429;QD=60.7789;RBI=0.025314;REFB=0.0227717;REVB=0.011571;RO=1;SAF=66;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715411;STB=0.503759;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000140954;OID=.;OPOS=85195185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:160:1:1:158:159:0.99375:92:66:1:0:93:66:1:0 chr11 85195190 . CA GG 2113.57 PASS AF=0.992754;AO=121;DP=123;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00832617;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.452;QD=61.263;RBI=0.041735;REFB=-0.00469215;REVB=0.040896;RO=1;SAF=54;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087158;STB=0.504424;STBP=0.278;TYPE=mnp;VARB=4.62523e-05;OID=.;OPOS=85195190;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:123:138:1:1:121:137:0.992754:67:54:1:0:81:56:1:0 chr11 85195226 . T C 820.15 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00941373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.593;QD=55.6036;RBI=0.01436;REFB=-0.104825;REVB=0.010844;RO=1;SAF=20;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229992;STB=0.512191;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00150567;OID=.;OPOS=85195226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:38:20:1:0:38:20:1:0 chr11 85195232 . A G 163.07 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.272;QD=19.7663;RBI=0.024268;REFB=-0.0517286;REVB=0.024268;RO=16;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0271878;OID=.;OPOS=85195232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:16:17:0.515152:16:0:0:16:17:0:0:16 chr11 85195235 . TTT CGG,TGT 53.15 PASS AF=0.0833333,0.25;AO=4,4;DP=24;FAO=2,6;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=0,0;FSAR=2,6;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0,0;FXX=0.039984;HRUN=3,3;LEN=3,1;MLLD=218.002,246.813;QD=8.85757;RBI=0.0321316,0.0280572;REFB=0.000677331,0.00238774;REVB=-0.0321316,-0.0280572;RO=16;SAF=0,0;SAR=4,4;SRF=0;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00902794,-0.000966818;OID=.,.;OPOS=85195235,85195236;OREF=TTT,T;OALT=CGG,G;OMAPALT=CGG,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:24:24:16:16:4,4:2,6:0.0833333,0.25:4,4:0,0:0:16:2,6:0,0:0:16 chr11 85195278 . TC T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.89;QD=33.4285;RBI=0.00752526;REFB=0;REVB=0.00752526;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.16424e-05;OID=.;OPOS=85195279;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:6:6:6:0:0:6:0:0:4:0:0:6:0:0 chr11 85374478 . A T 32.53 PASS AF=0.127273;AO=5;DP=50;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0372193;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=175.718;QD=2.36607;RBI=0.0372474;REFB=0.00115551;REVB=-0.0014475;RO=42;SAF=4;SAR=1;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471179;STB=0.860521;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0135833;OID=.;OPOS=85374478;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:55:42:48:5:7:0.127273:1:4:15:27:1:6:21:27 chr11 85375787 . TCTC T 88.4 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0166056;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=3;MLLD=221.46;QD=12.1936;RBI=0.0348561;REFB=-0.0121399;REVB=-0.0306465;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169053;STB=0.662304;STBP=0.203;TYPE=del;VARB=0.0147279;OID=.;OPOS=85375788;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:10:31:11:29:18:6:5:5:13:88:15:5:5:5:10 chr11 85435730 . C T 1171.91 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.79;QD=60.8782;RBI=0.0789397;REFB=0;REVB=-0.0747503;RO=0;SAF=24;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128765;OID=.;OPOS=85435730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:53:24:0:0:53:24:0:0 chr11 85436352 . G A 1630.48 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497008;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.73;QD=59.8341;RBI=0.00523199;REFB=0;REVB=0.00163464;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27519e-05;OID=.;OPOS=85436352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:55:53:0:0:55:54:0:0 chr11 85436394 . T C 1452.22 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.85;QD=63.1399;RBI=0.040491;REFB=0;REVB=0.0398306;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09286e-05;OID=.;OPOS=85436394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:89:92:1:47:42:0:0:50:42:0:0 chr11 85436500 . T C 728.87 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.184;QD=57.1665;RBI=0.0229912;REFB=0;REVB=0.0160565;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29121e-06;OID=.;OPOS=85436500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr11 85436699 . A G 1603.1 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00969863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.046;QD=59.929;RBI=0.0264885;REFB=0;REVB=0.024649;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19272e-05;OID=.;OPOS=85436699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:107:0:0:104:107:1:52:52:0:0:55:52:0:0 chr11 85436868 . G C 724.51 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.28;QD=55.7311;RBI=0.0337118;REFB=0;REVB=0.0308419;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587579;OID=.;OPOS=85436868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:49:52:1:25:24:0:0:28:24:0:0 chr11 85437896 . A G 796.83 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040683;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5816;QD=56.9164;RBI=0.0844032;REFB=0;REVB=0.0739512;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00426889;OID=.;OPOS=85437896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:21:34:0:0:22:34:0:0 chr11 85447611 . T C 1329.65 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6519;QD=61.1335;RBI=0.0687463;REFB=-0.0352231;REVB=0.0424022;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111576;OID=.;OPOS=85447611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:86:87:0:0:85:87:1:35:50:0:0:37:50:0:0 chr11 85456703 . T C 1572.26 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9116;QD=59.8957;RBI=0.040113;REFB=0;REVB=-0.0297597;RO=0;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68664e-05;OID=.;OPOS=85456703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:61:44:0:0:61:44:0:0 chr11 85565397 . G A 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0434419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.058;QD=16.8944;RBI=0.0515915;REFB=-0.0130622;REVB=-0.0278296;RO=37;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277647;STB=0.515571;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0141976;OID=.;OPOS=85565397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:19:13:14:23:19:13:14:23 chr11 85968623 . C T 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0797491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4697;QD=17.5594;RBI=0.0877819;REFB=0.0182057;REVB=-0.0366842;RO=21;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113565;STB=0.565142;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0196554;OID=.;OPOS=85968623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:13:5:8:13:13:5:8:13 chr11 86098680 . T C 1283.04 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5827;QD=61.8334;RBI=0.103279;REFB=0;REVB=0.0895404;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000973856;OID=.;OPOS=86098680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr11 86520632 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.044;QD=58.2394;RBI=0.0120792;REFB=0;REVB=0.00907007;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50022e-05;OID=.;OPOS=86520632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr11 86520752 . G A 435.08 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0252564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.258;QD=54.3847;RBI=0.0368462;REFB=-0.101534;REVB=0.0268283;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251798;STB=0.512812;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00109105;OID=.;OPOS=86520752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:32:1:1:29:31:0.96875:11:18:1:0:12:19:1:0 chr11 86659524 . G A 329.85 PASS AF=0.486486;AO=33;DP=72;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0101174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.053;QD=17.8298;RBI=0.0123951;REFB=-0.0407478;REVB=-0.00716081;RO=38;SAF=23;SAR=10;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986574;STB=0.551753;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0360183;OID=.;OPOS=86659524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:38:38:33:36:0.486486:10:23:23:15:11:25:23:15 chr11 86660886 . G A 1920.44 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187401;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.705;QD=61.9498;RBI=0.0194092;REFB=0;REVB=-0.00505224;RO=0;SAF=60;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08574e-05;OID=.;OPOS=86660886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:64:60:0:0:64:60:0:0 chr11 87013438 . G A 1231.4 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000105878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.404;QD=60.0685;RBI=0.00610478;REFB=0.0147953;REVB=0.00610386;RO=1;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106407;STB=0.505617;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=3.55926e-06;OID=.;OPOS=87013438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:44:37:0:1:44:37:0:1 chr11 87034002 . C T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.019;QD=61.334;RBI=0.0166709;REFB=0;REVB=-0.00949012;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99237e-06;OID=.;OPOS=87034002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr11 88045583 . A G 1448.99 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7484;QD=62.9994;RBI=0.0299486;REFB=0;REVB=0.0242976;RO=0;SAF=27;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.95165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247848;OID=.;OPOS=88045583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:65:27:0:0:65:27:0:0 chr11 88242024 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.489;QD=39.2068;RBI=0.0365109;REFB=0;REVB=0.0350475;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026558;OID=.;OPOS=88242024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr11 88645129 . T A 499.56 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0258809;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=266.734;QD=54.006;RBI=0.0311202;REFB=-0.0685714;REVB=0.0172814;RO=2;SAF=14;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104939;STB=0.505615;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000485121;OID=.;OPOS=88645129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:21:14:1:1:21:14:1:1 chr11 89133449 . C T 1530.03 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.45;QD=63.751;RBI=0.0268149;REFB=0;REVB=0.00367645;RO=0;SAF=57;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24382e-05;OID=.;OPOS=89133449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:37:57:0:0:38:58:0:0 chr11 89402626 . T C 434.94 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00669689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4338;QD=15.2611;RBI=0.00787104;REFB=0.0010698;REVB=0.00413582;RO=64;SAF=24;SAR=25;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529369;STB=0.524909;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.0012389;OID=.;OPOS=89402626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:65:49:49:0.429825:25:24:28:36:25:24:29:36 chr11 89424073 . T C 58.06 PASS AF=0.133333;AO=12;DP=90;FAO=12;FDP=90;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=-0.00921026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.011;QD=2.58034;RBI=0.00929978;REFB=0.00133265;REVB=0.00128727;RO=76;SAF=9;SAR=3;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151371;STB=0.599822;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00878226;OID=.;OPOS=89424073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:90:90:76:78:12:12:0.133333:3:9:49:27:3:9:51:27 chr11 89609064 . A G 105.49 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0161203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.783;QD=8.11429;RBI=0.0164314;REFB=-0.00703556;REVB=0.00318246;RO=38;SAF=5;SAR=9;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347621;STB=0.710245;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0217592;OID=.;OPOS=89609064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:9:5:25:13:9:5:25:13 chr11 89868755 . G A 389.18 PASS AF=0.427184;AO=43;DP=102;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0196268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1518;QD=15.1137;RBI=0.0346531;REFB=-0.00774828;REVB=-0.0285591;RO=59;SAF=24;SAR=19;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016372;STB=0.501779;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0124738;OID=.;OPOS=89868755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:59:59:43:44:0.427184:19:24:32:27:20:24:32:27 chr11 89916080 . G C 702.12 PASS AF=0.57265;AO=67;DP=117;FAO=67;FDP=117;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0264015;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.07;QD=24.004;RBI=0.0292607;REFB=-0.00746478;REVB=0.0126154;RO=48;SAF=34;SAR=33;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376091;STB=0.520269;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00629003;OID=.;OPOS=89916080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:48:50:67:67:0.57265:33:34:22:26:33:34:23:27 chr11 89935586 . G T 309.16 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0190264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.105;QD=13.5896;RBI=0.0480244;REFB=-0.00724827;REVB=-0.0440947;RO=56;SAF=21;SAR=14;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709546;STB=0.540517;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0236625;OID=.;OPOS=89935586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:14:21:30:26:14:21:30:26 chr11 89939448 . G A 93.84 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0070511;FXX=0.11107;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6063;QD=15.6399;RBI=0.0580538;REFB=0.00375152;REVB=-0.057624;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107964;STB=0.50381;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0160028;OID=.;OPOS=89939448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:27:24:16:13:11:11:0.458333:6:5:9:7:6:5:6:7 chr11 91545212 . C G 557.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7953;QD=60.2228;RBI=0.0686317;REFB=0;REVB=0.066415;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153404;OID=.;OPOS=91545212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr11 92088177 . C T 179.89 PASS AF=0.411765;AO=19;DP=48;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00645798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.864;QD=14.1091;RBI=0.0342943;REFB=-0.00810923;REVB=-0.0336807;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266677;STB=0.522705;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00908139;OID=.;OPOS=92088177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:29:30:19:21:0.411765:10:9:13:16:12:9:14:16 chr11 92531356 . A G 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00118082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.242;QD=24.1571;RBI=0.0166907;REFB=-0.0171132;REVB=-0.0166489;RO=21;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426827;STB=0.523544;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0122043;OID=.;OPOS=92531356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:16:14:11:10:16:14:11:10 chr11 92532677 . T C 103.18 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0475982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5901;QD=18.7604;RBI=0.0887618;REFB=-0.026401;REVB=0.0749204;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22735;STB=0.631344;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0281248;OID=.;OPOS=92532677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:22:22:10:10:12:12:0.545455:3:9:5:5:3:9:5:5 chr11 92534442 . A G 481.47 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0103809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.622;QD=53.4966;RBI=0.0133528;REFB=0.0839722;REVB=0.00839836;RO=2;SAF=12;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071724;STB=0.538438;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.000445866;OID=.;OPOS=92534442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:22:12:2:0:22:12:2:0 chr11 92538349 . G A 166.32 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0080308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.265;QD=11.6718;RBI=0.0169109;REFB=-0.0100531;REVB=-0.0148824;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694126;STB=0.532523;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0181764;OID=.;OPOS=92538349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:36:20:21:0.368421:10:10:17:13:10:11:17:19 chr11 92627848 . A G 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.41;QD=59.9959;RBI=0.0297055;REFB=0;REVB=0.0146816;RO=0;SAF=73;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43018e-05;OID=.;OPOS=92627848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:33:73:0:0:33:73:0:0 chr11 92629305 . C T 1491.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00428291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5105;QD=63.4713;RBI=0.0280682;REFB=0;REVB=0.0277395;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203228;OID=.;OPOS=92629305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:50:43:0:0:50:44:0:0 chr11 92718127 . G C 144.77 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0135454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.517;QD=15.6509;RBI=0.0184259;REFB=-0.0177629;REVB=0.0124914;RO=21;SAF=12;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282608;STB=0.618888;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.015063;OID=.;OPOS=92718127;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:21:15:16:0.432432:3:12:12:9:4:12:12:9 chr11 93141580 . C A 162.97 PASS AF=0.355932;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.000915962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.866;QD=11.0491;RBI=0.0056378;REFB=-0.00430983;REVB=-0.0055629;RO=35;SAF=5;SAR=15;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124397;STB=0.621235;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00805883;OID=.;OPOS=93141580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:35:38:20:21:0.355932:15:5:12:23:16:5:15:23 chr11 93211764 . A G 851.14 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8205;QD=57.7042;RBI=0.094117;REFB=0;REVB=0.074169;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139113;OID=.;OPOS=93211764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr11 93212254 . C T 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.557;QD=59.679;RBI=0.0173565;REFB=0;REVB=0.0103581;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44856e-05;OID=.;OPOS=93212254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr11 93400796 . C T 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0675602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.803;QD=15.7734;RBI=0.0676003;REFB=0.0126551;REVB=0.00232875;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106029;STB=0.559955;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.0120826;OID=.;OPOS=93400796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:16:11:17:16:16:11:17:16 chr11 93402006 . A G 211.63 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0278928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.573;QD=20.6467;RBI=0.0321307;REFB=-0.018762;REVB=-0.0159491;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884614;STB=0.559384;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0250218;OID=.;OPOS=93402006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:20:20:21:0.512195:9:11:9:11:9:12:9:11 chr11 93402096 . C A 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.124047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.881;QD=53.9085;RBI=0.124154;REFB=0;REVB=0.00513614;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000397227;OID=.;OPOS=93402096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr11 93408831 . G A 730.94 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238882;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.123;QD=63.5596;RBI=0.0332965;REFB=0;REVB=-0.023195;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23874e-05;OID=.;OPOS=93408831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr11 93425159 . C A 2239.01 PASS AF=1;AO=139;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282583;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5525;QD=63.5179;RBI=0.0426714;REFB=0;REVB=0.0319737;RO=0;SAF=83;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156228;OID=.;OPOS=93425159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:139:141:1:56:83:0:0:57:84:0:0 chr11 93431931 . C A 357.08 PASS AF=0.652174;AO=25;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0263325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.653;QD=31.0505;RBI=0.027757;REFB=-0.0274756;REVB=0.00877787;RO=16;SAF=17;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224422;STB=0.591926;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.012091;OID=.;OPOS=93431931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:25:30:0.652174:8:17:6:10:11:19:6:10 chr11 93452829 . C CT,T 49.62 PASS AF=0.289474,0;AO=6,3;DP=39;FAO=11,0;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=1,0;FSAR=10,0;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00849878,-0.0200191;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=18.5387,131.283;QD=5.2231;RBI=0.0336297,0.0272634;REFB=-0.0932586,-0.0176074;REVB=-0.0325381,-0.0185075;RO=30;SAF=1,0;SAR=5,3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.447513,-0.560482;STB=0.878349,0.5;STBP=0.005,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.171256,0;OID=.,.;OPOS=93452830,93452829;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:38:30:27:6,3:11,0:0.289474,0:5,3:1,0:16:14:10,0:1,0:15:12 chr11 93460160 . A C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00924069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.994;QD=12.7299;RBI=0.0120134;REFB=-0.00526776;REVB=-0.00767674;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211189;STB=0.624732;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00746843;OID=.;OPOS=93460160;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:4:8:4:5:4:8 chr11 93462607 . A T 344.15 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00158493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4076;QD=16.3882;RBI=0.0314322;REFB=0.00893501;REVB=-0.0313922;RO=47;SAF=14;SAR=23;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11349;STB=0.563915;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0073251;OID=.;OPOS=93462607;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:23:14:23:24:23:14:23:24 chr11 93463117 . G A 110.42 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0198755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0679;QD=15.2306;RBI=0.0491303;REFB=-0.0364985;REVB=-0.0449305;RO=16;SAF=11;SAR=2;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23035;STB=0.636124;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0411202;OID=.;OPOS=93463117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:2:11:11:5:2:11:11:5 chr11 93464175 . A C 290.02 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00311626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.666;QD=16.5728;RBI=0.00504094;REFB=-0.0268311;REVB=-0.00396232;RO=38;SAF=18;SAR=14;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210405;STB=0.617886;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0292132;OID=.;OPOS=93464175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:14:18:13:25:14:18:13:25 chr11 93466866 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.202;QD=37.4885;RBI=0.0157531;REFB=0;REVB=-0.0128037;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.27225e-05;OID=.;OPOS=93466866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr11 93471345 . C G 245.26 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0130652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.682;QD=15.5718;RBI=0.0220729;REFB=-0.0184473;REVB=-0.0177909;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169273;STB=0.594528;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0277195;OID=.;OPOS=93471345;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:34:35:27:28:0.444444:12:15:13:21:12:16:14:21 chr11 93474570 . T A,TGCGTGA 1479.82 PASS AF=0.0472441,0.818898;AO=6,98;DP=132;FAO=6,104;FDP=127;FR=.;FRO=17;FSAF=6,58;FSAR=0,46;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00298967,-0.0130567;FXX=0.0378759;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=76.2686,179.568;QD=46.6086;RBI=0.0127515,0.0170972;REFB=-0.0348684,-0.050192;REVB=0.0123961,0.011038;RO=17;SAF=6,53;SAR=0,45;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.667194,-0.063148;STB=0.997246,0.529673;STBP=0.11,0.1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00317253,0.00946702;OID=.,.;OPOS=93474570,93474571;OREF=T,-;OALT=A,GCGTGA;OMAPALT=A,TGCGTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:81:132:127:17:17:6,98:6,104:0.0472441,0.818898:0,45:6,53:13:4:0,46:6,58:13:4 chr11 93517874 . C G 211.66 PASS AF=0.376812;AO=23;DP=66;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.0497621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.449;QD=12.2699;RBI=0.0497927;REFB=-0.0234253;REVB=-0.00174446;RO=42;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785256;STB=0.594526;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0383336;OID=.;OPOS=93517874;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:42:43:23:26:0.376812:15:8:12:30:15:11:12:31 chr11 93517886 . G C 154.32 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.057275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5485;QD=10.6424;RBI=0.0575372;REFB=-0.0283635;REVB=0.00548757;RO=38;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167377;STB=0.596925;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0203174;OID=.;OPOS=93517886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:12:8:10:28:12:8:10:28 chr11 93529655 . G A 240.5 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0224779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.463;QD=21.3774;RBI=0.0256334;REFB=-0.0152174;REVB=-0.0123214;RO=21;SAF=16;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239191;STB=0.646333;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0100789;OID=.;OPOS=93529655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:22:23:23:0.511111:7:16:9:12:7:16:9:13 chr11 93797619 . A G 628.4 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0367875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9533;QD=57.1269;RBI=0.0781939;REFB=-0.0898907;REVB=0.0689998;RO=2;SAF=18;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493344;STB=0.526303;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00229542;OID=.;OPOS=93797619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:24:18:2:0:24:18:2:0 chr11 93844989 . C T 262.58 PASS AF=0.392405;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0615744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.216;QD=13.2951;RBI=0.0697021;REFB=-0.0152548;REVB=-0.0326645;RO=48;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180095;STB=0.592048;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0296048;OID=.;OPOS=93844989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:48:48:30:31:0.392405:15:15:16:32:16:15:16:32 chr11 93845511 . A G 1261.63 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0358613;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.87;QD=60.0778;RBI=0.0537565;REFB=-0.141201;REVB=0.0400467;RO=1;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997022;STB=0.505262;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000499701;OID=.;OPOS=93845511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:82:83:0.988095:47:35:0:1:47:36:0:1 chr11 93862493 . A C 1171.96 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0876146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7047;QD=60.8809;RBI=0.111405;REFB=0;REVB=-0.0688104;RO=0;SAF=52;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118457;OID=.;OPOS=93862493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:25:52:0:0:25:52:0:0 chr11 94231257 . C G 528.68 PASS AF=0.883721;AO=37;DP=42;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00949744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.825;QD=49.1793;RBI=0.0112832;REFB=-0.0427275;REVB=0.00609181;RO=5;SAF=16;SAR=21;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00733883;STB=0.502511;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00533328;OID=.;OPOS=94231257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:43:5:5:37:38:0.883721:21:16:2:3:22:16:2:3 chr11 94245740 . A G 435.82 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0340723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.621;QD=54.4778;RBI=0.035737;REFB=-0.0199493;REVB=0.0107802;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404935;STB=0.521725;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0021944;OID=.;OPOS=94245740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:1:1:30:31:0.96875:11:19:0:1:11:20:0:1 chr11 94261255 . C G,T 1449.6 PASS AF=0.938144,0.0412371;AO=91,4;DP=97;FAO=91,4;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=54,2;FSAR=37,2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0523031,-0.0170949;FXX=0.010203;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=126.631,21.321;QD=59.7773;RBI=0.0559712,0.0472402;REFB=-0.128794,-0.0108637;REVB=0.019929,-0.0440386;RO=1;SAF=54,2;SAR=37,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00869802,-0.166656;STB=0.502079,0.5;STBP=0.848,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00257252,0.131885;OID=.,.;OPOS=94261255,94261255;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:97:97:1:2:91,4:91,4:0.938144,0.0412371:37,2:54,2:1:0:37,2:54,2:1:1 chr11 94602414 . C T 136.88 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0495723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.093;QD=27.3768;RBI=0.0522422;REFB=-0.0875998;REVB=0.0164875;RO=6;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139697;STB=0.507801;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.010262;OID=.;OPOS=94602414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:20:20:6:6:14:14:0.7:5:9:4:2:5:9:4:2 chr11 94699507 . A AT,T 1423.33 PASS AF=0.958763,0.0412371;AO=84,6;DP=99;FAO=93,4;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49,3;FSAR=44,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198777,-0.00582198;FXX=0.029997;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.9813,266.311;QD=58.6939;RBI=0.154322,0.0129284;REFB=0,0;REVB=0.153036,-0.0115433;RO=6;SAF=44,5;SAR=40,1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0240214,0.45721;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00131689,-0.0194345;OID=.,.;OPOS=94699508,94699507;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:99:97:6:0:84,6:93,4:0.958763,0.0412371:40,1:44,5:2:4:44,1:49,3:0:0 chr11 94758838 . C T 302.54 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0101096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.07;QD=19.8389;RBI=0.027389;REFB=-0.01393;REVB=-0.0254549;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390947;STB=0.521725;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0114402;OID=.;OPOS=94758838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:14:18:15:14:14:18:15:14 chr11 94759059 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.701;QD=35.5759;RBI=0.0144809;REFB=0;REVB=-0.00326271;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158953;OID=.;OPOS=94759059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr11 94800902 . G GC 958.66 PASS AF=1;AO=82;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0747277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.3005;QD=44.0762;RBI=0.0780848;REFB=0;REVB=-0.0226498;RO=1;SAF=47;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000639619;OID=.;OPOS=94800903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:86:87:87:0:52:35:0:0:18:1:47:35:1:0 chr11 94802776 . G C 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.468;QD=59.4999;RBI=0.0440824;REFB=0;REVB=0.0283629;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4417e-05;OID=.;OPOS=94802776;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:27:42:0:0:27:42:0:0 chr11 94862577 . G T 629.31 PASS AF=0.445161;AO=69;DP=156;FAO=69;FDP=155;FR=.;FRO=86;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.10519;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.45;QD=16.2402;RBI=0.107928;REFB=0.0017699;REVB=0.024156;RO=86;SAF=42;SAR=27;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873359;STB=0.548689;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00212815;OID=.;OPOS=94862577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:86:86:69:69:0.445161:27:42:45:41:27:42:45:41 chr11 94963937 . G A 207.38 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.909;QD=48.7944;RBI=0.0709522;REFB=0;REVB=0.0696356;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000955056;OID=.;OPOS=94963937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:8:9:0:0 chr11 95502128 . G C 108.81 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.010169;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1011;QD=11.1601;RBI=0.0115297;REFB=-0.00866194;REVB=-0.00543365;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560947;STB=0.526707;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0373776;OID=.;OPOS=95502128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:23:26:13:13:0.333333:5:8:13:10:5:8:15:11 chr11 95512060 . A G 329.8 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.037746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.918;QD=18.3221;RBI=0.0559751;REFB=0.0222905;REVB=0.0413335;RO=36;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886509;STB=0.541973;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0227604;OID=.;OPOS=95512060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:35:35:0.486111:17:18:15:21:17:18:16:21 chr11 95521648 . A G 236.4 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00905021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5987;QD=13.9058;RBI=0.0179105;REFB=-0.00946092;REVB=-0.0154558;RO=39;SAF=13;SAR=15;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153836;STB=0.593684;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0215655;OID=.;OPOS=95521648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:15:13:24:15:15:13:25:15 chr11 95528714 . C T 332.87 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0229541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.987;QD=19.0212;RBI=0.0240587;REFB=-0.0166323;REVB=-0.00720626;RO=35;SAF=10;SAR=25;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309125;STB=0.517231;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0156158;OID=.;OPOS=95528714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:25:10:11:24:25:10:11:24 chr11 95564259 . A G 65.26 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0185649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.361;QD=10.8774;RBI=0.0196601;REFB=0.0184678;REVB=0.00647027;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103585;STB=0.588033;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.0275314;OID=.;OPOS=95564259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:3:6:8:6:3:6:8:7 chr11 95580926 . G A 403.66 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00495246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=340.468;QD=14.9505;RBI=0.00802638;REFB=-0.00265625;REVB=-0.00631632;RO=62;SAF=24;SAR=22;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222152;STB=0.512484;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00327623;OID=.;OPOS=95580926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:62:46:46:0.425926:22:24:31:31:22:24:31:31 chr11 95657111 . T G 283.62 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0386223;FXX=0.0361402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.216;QD=14.1812;RBI=0.0480077;REFB=-0.0316037;REVB=-0.0285142;RO=47;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681475;STB=0.531476;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0535955;OID=.;OPOS=95657111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:48:32:32:0.4:17:15:19:28:17:15:20:28 chr11 95825373 . GTTGCTGCTGC GCTGCTGCTGT 62.15 PASS AF=0.444444;AO=3;DP=19;FAO=8;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0753122;FXX=0.09995;HRUN=2;LEN=10;MLLD=157.036;QD=13.8101;RBI=0.254776;REFB=-0.0269506;REVB=0.24339;RO=6;SAF=1;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46422;STB=0.896529;STBP=0.021;TYPE=mnp;VARB=0.0642546;OID=.;OPOS=95825374;OREF=TTGCTGCTGC;OALT=CTGCTGCTGT;OMAPALT=GCTGCTGCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:3:19:8:18:10:1:7:9:1:62:6:1:2:5:1 chr11 95825797 . A G 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.252;QD=62.0194;RBI=0.105311;REFB=0;REVB=-0.096208;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00210806;OID=.;OPOS=95825797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr11 96125435 . CTT C 143.28 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0343986;FXX=0.0266631;HRUN=3;LEN=2;MLLD=48.3285;QD=7.85109;RBI=0.0361878;REFB=-0.000688343;REVB=0.011238;RO=46;SAF=10;SAR=16;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819043;STB=0.541452;STBP=0.622;TYPE=del;VARB=0.00102031;OID=.;OPOS=96125436;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.356164:26:74:26:73:47:10:16:21:26:99:46:10:16:21:25 chr11 96126361 . A G 202.19 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0459354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8765;QD=21.2835;RBI=0.0465187;REFB=-0.0224564;REVB=-0.00734363;RO=17;SAF=14;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3765;STB=0.721433;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0203528;OID=.;OPOS=96126361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:18:20:20:0.526316:6:14:4:13:6:14:4:14 chr11 97716872 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.355;QD=37.4885;RBI=0.0537095;REFB=0;REVB=0.0425561;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694815;OID=.;OPOS=97716872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr11 98991112 . C T 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0255104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.882;QD=17.0949;RBI=0.0309131;REFB=-0.00313721;REVB=-0.0174598;RO=40;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373877;STB=0.527407;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00527036;OID=.;OPOS=98991112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:41:35:35:0.460526:17:18:19:21:17:18:19:22 chr11 99690286 . T G 646.4 PASS AF=0.72973;AO=54;DP=75;FAO=54;FDP=74;FR=.;FRO=20;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0213378;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.346;QD=34.9405;RBI=0.0238315;REFB=0.00694026;REVB=-0.010613;RO=20;SAF=31;SAR=23;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18636;STB=0.600261;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00318236;OID=.;OPOS=99690286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:20:20:54:54:0.72973:23:31:4:16:23:31:4:16 chr11 99690428 . T G 68.11 PASS AF=0.204082;AO=9;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0239882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.766;QD=5.56013;RBI=0.0309811;REFB=-0.0175086;REVB=-0.0196059;RO=39;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105873;STB=0.529352;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0551383;OID=.;OPOS=99690428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:9:10:0.204082:5:4:17:22:6:4:17:22 chr11 100226883 . T A 384.21 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0160885;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.141;QD=14.7775;RBI=0.017202;REFB=-0.0188863;REVB=-0.00608856;RO=59;SAF=18;SAR=26;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119449;STB=0.562692;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0290826;OID=.;OPOS=100226883;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:59:60:44:44:0.423077:26:18:31:28:26:18:31:29 chr11 100814570 . A G 1691.0 PASS AF=1;AO=111;DP=114;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215763;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.567;QD=60.3927;RBI=0.00364497;REFB=0;REVB=0.00293777;RO=0;SAF=39;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202439;OID=.;OPOS=100814570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:112:0:0:111:112:1:72:39:0:0:73:39:0:0 chr11 100830579 . G A 224.34 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0451549;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.176;QD=14.9561;RBI=0.0454223;REFB=-0.00908772;REVB=-0.00492093;RO=34;SAF=8;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232227;STB=0.632327;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0294598;OID=.;OPOS=100830579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:34:26:26:0.433333:18:8:18:16:18:8:18:16 chr11 100846936 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.062761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.614;QD=58.5877;RBI=0.0637899;REFB=0;REVB=-0.011411;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162963;OID=.;OPOS=100846936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr11 100847050 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.282;QD=58.141;RBI=0.0303629;REFB=0;REVB=-0.00279007;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47496e-05;OID=.;OPOS=100847050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr11 100847069 . G A 397.77 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.842;QD=54.8653;RBI=0.0162004;REFB=0;REVB=0.00284563;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294706;OID=.;OPOS=100847069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:19:8:0:0:21:8:0:0 chr11 100859439 . G A 310.06 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0130763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0138;QD=21.3832;RBI=0.033131;REFB=-0.0212403;REVB=-0.0304413;RO=24;SAF=19;SAR=13;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594587;STB=0.510083;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0176007;OID=.;OPOS=100859439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:26:32:32:0.551724:13:19:16:8:13:19:16:10 chr11 100863096 . A G 419.57 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00628621;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.515;QD=22.9898;RBI=0.0234898;REFB=0.00391964;REVB=0.022633;RO=32;SAF=20;SAR=21;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401499;STB=0.522078;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00202454;OID=.;OPOS=100863096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:21:20:14:18:21:20:14:18 chr11 100863354 . C A 246.27 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0018588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3455;QD=13.4943;RBI=0.00198684;REFB=0.00701069;REVB=-0.000701687;RO=44;SAF=11;SAR=18;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176918;STB=0.601075;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00977044;OID=.;OPOS=100863354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:18:11:24:20:18:11:24:20 chr11 100863595 . T TGTCTGTGG 330.14 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.00439429;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=8;MLLD=317.01;QD=12.3415;RBI=0.00455009;REFB=-0.00328657;REVB=-0.00118048;RO=67;SAF=18;SAR=22;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176246;STB=0.600321;STBP=0.114;TYPE=ins;VARB=0.0058866;OID=.;OPOS=100863596;OREF=-;OALT=GTCTGTGG;OMAPALT=TGTCTGTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373832:40:110:40:107:67:18:22:41:26:99:67:18:22:41:26 chr11 100864367 . G A 1434.42 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.662;QD=63.0514;RBI=0.0190258;REFB=0;REVB=0.00791467;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0684e-05;OID=.;OPOS=100864367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr11 100909991 . T C 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00341588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.897;QD=19.6922;RBI=0.00494265;REFB=-0.0133119;REVB=0.00357234;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860871;STB=0.548156;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0113983;OID=.;OPOS=100909991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:12:14:11:14:12:14:11:14 chr11 100921665 . C A 844.03 PASS AF=0.403361;AO=87;DP=229;FAO=96;FDP=238;FR=.;FRO=142;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=67;FSRR=75;FWDB=0.00771905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.139;QD=14.1854;RBI=0.0122071;REFB=-0.0152233;REVB=0.00945676;RO=141;SAF=40;SAR=47;SRF=66;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00916389;STB=0.504385;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0228839;OID=.;OPOS=100921665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:238:141:142:87:96:0.403361:47:40:66:75:50:46:67:75 chr11 100922202 . G A 568.06 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0179234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.235;QD=24.9695;RBI=0.0191856;REFB=-0.0146564;REVB=-0.00684379;RO=36;SAF=33;SAR=19;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126053;STB=0.5546;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00805688;OID=.;OPOS=100922202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:36:39:52:52:0.571429:19:33:17:19:19:33:20:19 chr11 100933412 . C A 172.4 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00120486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.118;QD=12.7704;RBI=0.0241551;REFB=-0.000423894;REVB=-0.024125;RO=34;SAF=15;SAR=5;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430032;STB=0.714082;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00138368;OID=.;OPOS=100933412;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:33:20:21:0.388889:5:15:12:22:6:15:12:21 chr11 100998771 . C G 186.61 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00192648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.406;QD=18.661;RBI=0.0321565;REFB=-0.0114568;REVB=-0.0320987;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679889;STB=0.519979;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.011044;OID=.;OPOS=100998771;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:7:12:14:6:7:12:14:7 chr11 101323770 . C T 245.69 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.000314795;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.899;QD=15.3555;RBI=0.000472086;REFB=-0.0104653;REVB=-0.000351808;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28218;STB=0.65088;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0146037;OID=.;OPOS=101323770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:17:11:24:11:17:11:24:12 chr11 101347093 . A G 263.5 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00948329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.43;QD=17.5664;RBI=0.0212545;REFB=-0.00343053;REVB=-0.0190216;RO=28;SAF=22;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197421;STB=0.611029;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0028305;OID=.;OPOS=101347093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:31:29:29:0.483333:7:22:16:12:7:22:18:13 chr11 101771248 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.717;QD=58.5875;RBI=0.0224994;REFB=0;REVB=-0.0063118;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100071;OID=.;OPOS=101771248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr11 101826949 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.171;QD=58.142;RBI=0.0166068;REFB=0;REVB=0.0120962;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8695e-05;OID=.;OPOS=101826949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr11 101832478 . G T 100.9 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.070091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3007;QD=40.3593;RBI=0.1015;REFB=0;REVB=0.0734132;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463824;OID=.;OPOS=101832478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:5:5:0:0 chr11 101833644 . C T 490.13 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00124214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.676;QD=56.0143;RBI=0.00616805;REFB=-0.136422;REVB=0.00604169;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000340792;OID=.;OPOS=101833644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:21:13:0:0:21:13:0:1 chr11 101857758 . G A 323.63 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5135;QD=53.9386;RBI=0.0125465;REFB=0;REVB=0.000758567;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177942;OID=.;OPOS=101857758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:16:7:0:0:16:8:0:0 chr11 102201804 . G A 291.41 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00516317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.883;QD=16.8933;RBI=0.0523429;REFB=-0.010843;REVB=0.0520877;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295483;STB=0.509531;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0140384;OID=.;OPOS=102201804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:32:32:0.463768:17:15:18:18:17:15:18:19 chr11 102495998 . T G 768.99 PASS AF=1;AO=46;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0787244;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5895;QD=64.0821;RBI=0.0797883;REFB=0;REVB=-0.0129866;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00163151;OID=.;OPOS=102495998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:46:48:1:23:23:0:0:23:25:0:0 chr11 102563739 . C T 342.07 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0250343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.28;QD=15.9104;RBI=0.0355078;REFB=-0.0128923;REVB=-0.0251811;RO=46;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511396;STB=0.521399;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0169447;OID=.;OPOS=102563739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:46:49:37:37:0.430233:19:18:20:26:19:18:22:27 chr11 102567207 . T A 126.68 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0214994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.429;QD=11.2601;RBI=0.0231662;REFB=-0.0152276;REVB=-0.00862833;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150051;STB=0.589166;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0268401;OID=.;OPOS=102567207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:6:9:14:16:6:9:14:16 chr11 102576358 . T C 1357.63 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.2;QD=62.4197;RBI=0.0102149;REFB=0;REVB=-9.25015e-05;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04395e-05;OID=.;OPOS=102576358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:38:49:0:0:38:49:0:0 chr11 102593248 . T C 1565.43 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0212242;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.0561;QD=58.5209;RBI=0.0498356;REFB=0.0237696;REVB=-0.0450901;RO=0;SAF=43;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00444693;OID=.;OPOS=102593248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:0:1:106:106:0.990654:63:43:0:0:63:43:0:1 chr11 102595492 . G A,T 554.99 PASS AF=0.871795,0.128205;AO=31,6;DP=37;FAO=34,5;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17,4;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115657,-0.00598293;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=203.294,162.15;QD=56.9221;RBI=0.021431,0.010936;REFB=0,0;REVB=0.0213997,0.0091543;RO=0;SAF=16,4;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00423444,0.049108;OID=.,.;OPOS=102595492,102595492;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:37:39:0:0:31,6:34,5:0.871795,0.128205:15,2:16,4:0:0:17,1:17,4:0:0 chr11 102666316 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.613;QD=62.9823;RBI=0.028171;REFB=0;REVB=0.00958027;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013541;OID=.;OPOS=102666316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr11 102709425 . A G 1363.25 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448591;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.685;QD=62.6784;RBI=0.0485794;REFB=0;REVB=0.0186444;RO=0;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011326;OID=.;OPOS=102709425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:85:87:1:51:34:0:0:52:35:0:0 chr11 102713465 . A G 1552.87 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219906;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.577;QD=64.0358;RBI=0.0236265;REFB=0;REVB=0.00863855;RO=0;SAF=55;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8349e-05;OID=.;OPOS=102713465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:41:55:0:0:42:55:0:0 chr11 102713620 . T C 614.38 PASS AF=0.888889;AO=48;DP=54;FAO=48;FDP=54;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.015195;FXX=0.0181785;HRUN=6;LEN=1;MLLD=82.0611;QD=45.5095;RBI=0.0162511;REFB=0.00922022;REVB=0.00576287;RO=2;SAF=20;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064371;STB=0.50955;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.0016434;OID=.;OPOS=102713620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:2:6:48:48:0.888889:28:20:1:1:28:20:2:4 chr11 102736642 . T C 327.68 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0685401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8609;QD=15.2407;RBI=0.0695185;REFB=-0.000634948;REVB=-0.0116222;RO=50;SAF=14;SAR=22;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315225;STB=0.517798;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00283365;OID=.;OPOS=102736642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:22:14:18:32:22:14:18:32 chr11 102738795 . G T 465.07 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9581;QD=58.1339;RBI=0.0455338;REFB=0;REVB=-0.0189551;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000949794;OID=.;OPOS=102738795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:18:14:0:0 chr11 102988504 . A T 664.09 PASS AF=0.541667;AO=65;DP=121;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00413614;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6803;QD=22.1364;RBI=0.0107927;REFB=-0.00108145;REVB=0.00996865;RO=55;SAF=21;SAR=44;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150562;STB=0.582755;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.000956106;OID=.;OPOS=102988504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:55:55:65:65:0.541667:44:21:27:28:44:21:27:28 chr11 103029516 . A G 366.2 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0154156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.727;QD=16.2757;RBI=0.0170074;REFB=-0.0251739;REVB=0.00718393;RO=51;SAF=13;SAR=26;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166027;STB=0.593701;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0263902;OID=.;OPOS=103029516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:26:13:25:26:26:13:25:26 chr11 103047007 . C A 1769.8 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0459553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4724;QD=59.9932;RBI=0.118545;REFB=0.073207;REVB=-0.109275;RO=0;SAF=59;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0037721;OID=.;OPOS=103047007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:0:1:117:117:0.991525:58:59:0:0:58:59:1:0 chr11 103057048 . A G 265.05 PASS AF=0.355556;AO=31;DP=91;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0021124;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.871;QD=11.7799;RBI=0.006108;REFB=-0.0114167;REVB=0.00573109;RO=57;SAF=19;SAR=12;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00133807;STB=0.506489;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0173024;OID=.;OPOS=103057048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:57:58:31:32:0.355556:12:19:35:22:13:19:35:23 chr11 103058126 . C T 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0435092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.193;QD=12.4665;RBI=0.0441752;REFB=-0.0234842;REVB=0.00764166;RO=33;SAF=5;SAR=15;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391834;STB=0.727921;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0266714;OID=.;OPOS=103058126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:15:5:20:13:15:5:20:13 chr11 103082590 . G A 2425.44 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015817;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.748;QD=61.4035;RBI=0.00160009;REFB=0;REVB=-0.000241915;RO=0;SAF=71;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010155;OID=.;OPOS=103082590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:87:71:0:0:87:71:0:0 chr11 103229027 . T C 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.433;QD=63.2847;RBI=0.0191292;REFB=0;REVB=0.0190739;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03067e-05;OID=.;OPOS=103229027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr11 103275034 . G T 330.67 PASS AF=0.394231;AO=38;DP=102;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=-0.0179672;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0385;QD=12.7181;RBI=0.0195377;REFB=-0.0242969;REVB=0.00767469;RO=64;SAF=16;SAR=22;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704727;STB=0.541381;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0200385;OID=.;OPOS=103275034;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:64:63:38:41:0.394231:22:16:23:41:24:17:22:41 chr11 103278054 . T C 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0233378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.264;QD=20.3419;RBI=0.0235163;REFB=0.0115575;REVB=0.00289194;RO=33;SAF=24;SAR=13;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016926;STB=0.514735;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0117449;OID=.;OPOS=103278054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:34:37:37:0.521127:13:24:22:11:13:24:23:11 chr11 103908735 . G A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00511875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.138;QD=12.7914;RBI=0.00643067;REFB=-0.00926004;REVB=-0.00389255;RO=23;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127729;STB=0.5758;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0128061;OID=.;OPOS=103908735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:11:3:7:16:11:3:7:16 chr11 103908968 . C T 68.54 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00589944;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.83;QD=13.0552;RBI=0.00600238;REFB=-0.0111169;REVB=0.00110684;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16722;STB=0.599771;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0142472;OID=.;OPOS=103908968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:22:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:6:6:3:6:6:6 chr11 103909754 . G C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00975501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5994;QD=15.8812;RBI=0.0191828;REFB=-0.0339038;REVB=0.0165173;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185184;STB=0.608469;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.027;OID=.;OPOS=103909754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:5:5:7:3:5:5 chr11 103909897 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0294104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.935;QD=11.1041;RBI=0.0342305;REFB=-0.00137656;REVB=-0.0175144;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164676;STB=0.599717;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0024974;OID=.;OPOS=103909897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:6:4:4:3:6:4 chr11 104758035 . G A 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00847609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7338;QD=51.181;RBI=0.0285615;REFB=0;REVB=-0.0272748;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000790022;OID=.;OPOS=104758035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr11 104761100 . T C 382.61 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.167;QD=52.7741;RBI=0.056406;REFB=-0.0969265;REVB=0.053989;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.514276;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00157838;OID=.;OPOS=104761100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:17:11:0:0:17:11:0:1 chr11 104761206 . C T 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00936281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2383;QD=56.998;RBI=0.0423255;REFB=0;REVB=-0.041277;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297222;OID=.;OPOS=104761206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr11 104763117 . G A,C 742.36 PASS AF=0.981132,0.0188679;AO=48,3;DP=53;FAO=52,1;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=34,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252965,-0.0485545;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.144,107.57;QD=56.0271;RBI=0.0401974,0.0538419;REFB=0,0;REVB=0.0401178,-0.0232682;RO=0;SAF=16,2;SAR=32,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00133155,0.0832723;OID=.,.;OPOS=104763117,104763117;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:53:53:0:0:48,3:52,1:0.981132,0.0188679:32,1:16,2:0:0:34,1:18,0:0:0 chr11 104763716 . A G 1171.07 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0138025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.339;QD=57.1255;RBI=0.0176932;REFB=-0.0705438;REVB=0.0110697;RO=1;SAF=30;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155173;STB=0.511079;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000834707;OID=.;OPOS=104763716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:1:3:79:79:0.963415:49:30:1:0:49:30:2:1 chr11 104768000 . G A,T 451.27 PASS AF=0.96875,0.03125;AO=29,2;DP=32;FAO=31,1;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00876854,-0.0332309;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.5342,18.9363;QD=56.4092;RBI=0.0655076,0.0333317;REFB=0,0;REVB=0.0649181,-0.00259031;RO=0;SAF=8,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-7.4007e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00693204,0.0183219;OID=.,.;OPOS=104768000,104768000;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:32:32:0:0:29,2:31,1:0.96875,0.03125:21,0:8,2:0:0:21,0:10,1:0:0 chr11 104768098 . T C 500.0 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00908998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5991;QD=54.0537;RBI=0.0629033;REFB=0.00291356;REVB=0.062243;RO=2;SAF=14;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622358;STB=0.533314;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000265295;OID=.;OPOS=104768098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:37:37:2:2:35:35:0.945946:21:14:2:0:21:14:2:0 chr11 104819327 . T C 1040.97 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.06;QD=59.4837;RBI=0.0129271;REFB=0;REVB=0.00674043;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.96971e-06;OID=.;OPOS=104819327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:35:34:0:0:35:35:0:0 chr11 104839222 . A G 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.884;QD=61.5107;RBI=0.0253292;REFB=-0.110843;REVB=-0.00971505;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000425374;OID=.;OPOS=104839222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:24:24:0:0:24:24:1:0 chr11 104869708 . G C 1338.35 PASS AF=0.977528;AO=86;DP=90;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00036713;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.564;QD=60.1505;RBI=0.037683;REFB=-0.106861;REVB=0.0376812;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511625;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00101866;OID=.;OPOS=104869708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:89:0:2:86:87:0.977528:45:41:0:0:45:42:2:0 chr11 105223502 . T C 1044.09 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3856;QD=59.6622;RBI=0.0652801;REFB=0;REVB=-0.0402865;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000855071;OID=.;OPOS=105223502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr11 105878844 . C T 635.83 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153691;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9092;QD=62.0321;RBI=0.00637641;REFB=0;REVB=0.00618842;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61691e-05;OID=.;OPOS=105878844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr11 106647222 . G A 821.55 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0879554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4011;QD=56.6585;RBI=0.0910297;REFB=0;REVB=-0.0234577;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100754;OID=.;OPOS=106647222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:32:24:0:0:32:26:0:0 chr11 106849400 . G A 579.13 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0138233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.672;QD=21.6497;RBI=0.0182229;REFB=-0.011132;REVB=-0.011874;RO=48;SAF=30;SAR=28;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00296911;STB=0.506131;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0070353;OID=.;OPOS=106849400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:49:58:58:0.542056:28:30:25:23:28:30:26:23 chr11 107381765 . G A 205.83 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0327578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.984;QD=23.5235;RBI=0.0540373;REFB=0.005247;REVB=-0.0429762;RO=15;SAF=8;SAR=11;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244853;STB=0.640823;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00415259;OID=.;OPOS=107381765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:15:19:20:0.571429:11:8:2:13:11:9:2:13 chr11 107420530 . A G 313.17 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.032262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.343;QD=19.5731;RBI=0.0356841;REFB=-0.00931254;REVB=0.0152486;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154085;STB=0.576225;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0144019;OID=.;OPOS=107420530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:31:32:33:0.515625:14:18:12:19:15:18:12:19 chr11 107535758 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00401729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.789;QD=9.19988;RBI=0.0218097;REFB=-0.00941047;REVB=0.0214365;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343745;STB=0.71926;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0147028;OID=.;OPOS=107535758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:1:6:8:5:1:6:8:5 chr11 107536187 . A AT 40.04 PASS AF=0.322581;AO=19;DP=68;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.162599;FXX=0.0312451;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.17281;QD=2.5833;RBI=0.163893;REFB=-0.0683818;REVB=0.0205541;RO=41;SAF=6;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20743;STB=0.552578;STBP=0.553;TYPE=ins;VARB=0.111906;OID=.;OPOS=107536188;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581:19:68:20:62:42:8:12:20:22:40:41:6:13:20:21 chr11 107578721 . C G 376.04 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.140324;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.705;QD=31.3366;RBI=0.140331;REFB=-0.0164872;REVB=-0.00144575;RO=16;SAF=18;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166277;STB=0.580593;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0153507;OID=.;OPOS=107578721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:16:17:31:31:0.645833:13:18:5:11:13:18:6:11 chr11 107663403 . T C 45.99 PASS AF=0.35;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.000896365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.681;QD=9.19739;RBI=0.023642;REFB=-0.00501985;REVB=0.023625;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073775;STB=0.521677;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00749804;OID=.;OPOS=107663403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:20:12:13:7:7:0.35:3:4:6:6:3:4:7:6 chr11 107917087 . A G 1208.6 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9817;QD=61.195;RBI=0.0429812;REFB=0;REVB=0.0123929;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420509;OID=.;OPOS=107917087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr11 108183167 . A G 576.79 PASS AF=0.975;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.101654;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.451;QD=57.6787;RBI=0.1059;REFB=-0.166228;REVB=0.0296858;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00102593;OID=.;OPOS=108183167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:40:0:1:38:39:0.975:19:19:0:0:19:20:1:0 chr11 108345515 . G GA 222.4 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0120488;FXX=0.0136968;HRUN=0;LEN=1;MLLD=158.121;QD=12.3557;RBI=0.012054;REFB=-0.00740517;REVB=0.000353649;RO=38;SAF=24;SAR=9;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352536;STB=0.701408;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.00951451;OID=.;OPOS=108345516;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472222:33:72:34:72:38:25:9:14:24:99:38:24:9:14:24 chr11 108380335 . T C 731.35 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144086;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.147;QD=63.5958;RBI=0.0148746;REFB=0;REVB=0.00369408;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45241e-05;OID=.;OPOS=108380335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr11 108381247 . C T 1375.08 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00574533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.397;QD=61.8015;RBI=0.0240561;REFB=0;REVB=0.02336;RO=1;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108931;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77798e-05;OID=.;OPOS=108381247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:1:0:88:89:1:43:45:0:1:44:45:0:0 chr11 108381756 . T G 41.51 PASS AF=0.105882;AO=9;DP=85;FAO=9;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0435139;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.6571;QD=1.95362;RBI=0.0462292;REFB=-0.0392583;REVB=0.0156103;RO=54;SAF=8;SAR=1;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479009;STB=0.850194;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.192192;OID=.;OPOS=108381756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:85:85:54:75:9:9:0.105882:1:8:29:25:1:8:41:34 chr11 108381758 . G T 38.15 PASS AF=0.105882;AO=9;DP=85;FAO=9;FDP=85;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0350571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4913;QD=1.79508;RBI=0.0648199;REFB=-0.0070417;REVB=-0.0545217;RO=72;SAF=8;SAR=1;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453477;STB=0.847616;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0840574;OID=.;OPOS=108381758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:85:85:72:76:9:9:0.105882:1:8:39:33:1:8:42:34 chr11 108384207 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.756;QD=60.2292;RBI=0.0313058;REFB=0;REVB=-0.00530807;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17278e-05;OID=.;OPOS=108384207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:21:16:0:0 chr11 108409784 . T A 929.74 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00568728;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.061;QD=59.0312;RBI=0.0247646;REFB=0;REVB=0.0241027;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104261;OID=.;OPOS=108409784;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr11 108464209 . T C 1019.32 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.659;QD=59.0909;RBI=0.0758958;REFB=0;REVB=-0.0677784;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262575;OID=.;OPOS=108464209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:36:31:0:0:36:33:0:0 chr11 109296550 . A G 299.21 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0144379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8563;QD=24.4252;RBI=0.0356265;REFB=-0.0365383;REVB=-0.0325698;RO=22;SAF=19;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251588;STB=0.640341;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0390963;OID=.;OPOS=109296550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:8:19:9:13:8:19:9:13 chr11 109298127 . T G 124.02 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00536376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.16;QD=17.1057;RBI=0.00809859;REFB=-0.00156621;REVB=0.00606772;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383525;STB=0.718021;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00201063;OID=.;OPOS=109298127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:9:5:12:3:9:5:12:3 chr11 110448226 . A C 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0174574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.746;QD=22.4371;RBI=0.0174612;REFB=-0.00166286;REVB=-0.000361502;RO=25;SAF=11;SAR=22;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232045;STB=0.512813;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00134539;OID=.;OPOS=110448226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:22:11:9:16:22:11:9:16 chr11 110582368 . C T 164.81 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.022312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.0659;QD=21.2654;RBI=0.0421837;REFB=-0.0361574;REVB=0.0357999;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522387;STB=0.545401;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.023722;OID=.;OPOS=110582368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:14:17:17:0.548387:9:8:7:6:9:8:8:6 chr11 111164651 . T C 215.75 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.00269062;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.415;QD=10.9238;RBI=0.00876563;REFB=-0.0031254;REVB=0.00834247;RO=51;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112497;STB=0.569672;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00751461;OID=.;OPOS=111164651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:52:27:27:0.341772:16:11:16:35:16:11:16:36 chr11 111167557 . A C 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0191381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.479;QD=7.03224;RBI=0.0193794;REFB=0.000359501;REVB=0.00304865;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48231;STB=0.792572;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00166609;OID=.;OPOS=111167557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:6:20:3:6:6:20 chr11 111167776 . C G 286.15 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00877362;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.052;QD=20.4392;RBI=0.0102622;REFB=-0.0118451;REVB=-0.00532316;RO=25;SAF=9;SAR=21;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931583;STB=0.564471;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00938356;OID=.;OPOS=111167776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:26:30:30:0.535714:21:9:10:15:21:9:11:15 chr11 111167792 . T G 318.42 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0175634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.845;QD=23.1579;RBI=0.0546694;REFB=-0.0430357;REVB=-0.0517713;RO=23;SAF=9;SAR=23;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214138;STB=0.511815;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.031938;OID=.;OPOS=111167792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:23:9:7:16:23:9:7:16 chr11 111168767 . C T 353.77 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.00431417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.208;QD=18.6197;RBI=0.0318554;REFB=-0.0215411;REVB=-0.0315619;RO=38;SAF=20;SAR=17;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226231;STB=0.630626;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0182738;OID=.;OPOS=111168767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:17:20:11:27:17:20:11:28 chr11 111327213 . G A 464.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0920437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.876;QD=58.1234;RBI=0.0947299;REFB=0;REVB=0.0223989;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499523;OID=.;OPOS=111327213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:16:14:0:0:16:16:0:0 chr11 111367854 . G GT,T 80.13 PASS AF=0.197368,0.0131579;AO=13,3;DP=76;FAO=15,1;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=12,1;FSAR=3,0;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0321079,0.00674359;FXX=0.0129853;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=59.5623,204.874;QD=4.21757;RBI=0.033271,0.00834009;REFB=-0.00203316,-0.00387742;REVB=-0.00872022,-0.00490726;RO=59;SAF=8,3;SAR=5,0;SRF=24;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.25599,0.487498;STB=0.820104,0.992245;STBP=0.006,0.262;TYPE=ins,snp;VARB=0.091166,0.0723594;OID=.,.;OPOS=111367855,111367854;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:76:76:59:60:13,3:15,1:0.197368,0.0131579:5,0:8,3:24:35:3,0:12,1:23:37 chr11 111368047 . G T 919.89 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000817745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.005;QD=58.4057;RBI=0.0157717;REFB=0;REVB=-0.0157505;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.36887e-05;OID=.;OPOS=111368047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr11 111420364 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.196;QD=59.3223;RBI=0.0581082;REFB=0;REVB=0.036789;RO=0;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159906;OID=.;OPOS=111420364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:46:22:0:0:46:22:0:0 chr11 111431656 . GAAT G 609.59 PASS AF=0.842857;AO=58;DP=71;FAO=59;FDP=70;FR=.;FRO=11;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0206267;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=3;MLLD=259.67;QD=34.8337;RBI=0.0246242;REFB=-0.0365416;REVB=0.0134495;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.539375;STBP=0.14;TYPE=del;VARB=0.00615806;OID=.;OPOS=111431657;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.842857:58:71:59:70:11:34:25:9:2:29:0:33:25:0:0 chr11 111553893 . T C 330.38 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00492141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.149;QD=50.8278;RBI=0.046961;REFB=-0.0942824;REVB=0.0467025;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299354;STB=0.516116;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0011156;OID=.;OPOS=111553893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:10:15:1:0:10:15:1:0 chr11 111724133 . C T 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8366;QD=56.1865;RBI=0.0280213;REFB=0;REVB=0.0216059;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8064e-05;OID=.;OPOS=111724133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr11 111731274 . T C 31.95 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00208773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0207;QD=2.55626;RBI=0.0320135;REFB=-0.00492827;REVB=0.0319453;RO=44;SAF=5;SAR=1;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343668;STB=0.768239;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0528385;OID=.;OPOS=111731274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:50:50:44:44:6:6:0.12:1:5:25:19:1:5:25:19 chr11 111749349 . A T 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.716;QD=57.1026;RBI=0.025047;REFB=0;REVB=0.0235212;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92178e-05;OID=.;OPOS=111749349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr11 111795085 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.156;QD=33.4285;RBI=0.0477115;REFB=0;REVB=0.0465405;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497897;OID=.;OPOS=111795085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr11 111848531 . C T 428.7 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4099;QD=57.1598;RBI=0.0621071;REFB=0;REVB=0.0419022;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106115;OID=.;OPOS=111848531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:8:20:0:0:8:22:0:0 chr11 111853106 . G GC 386.22 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.8459;QD=38.6221;RBI=0.0378908;REFB=0;REVB=-0.0113951;RO=2;SAF=18;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492505;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00188825;OID=.;OPOS=111853107;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:40:40:40:0:19:21:0:0:7:2:18:20:2:0 chr11 111896324 . C T 751.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.739;QD=56.707;RBI=0.0417022;REFB=0;REVB=0.0341374;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35415e-05;OID=.;OPOS=111896324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:25:27:0:0:26:27:0:0 chr11 111908162 . T C 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9938;QD=56.9556;RBI=0.0131872;REFB=0;REVB=0.00176923;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.02388e-05;OID=.;OPOS=111908162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr11 111916647 . G A 1030.08 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0402578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4928;QD=58.0329;RBI=0.0403052;REFB=-0.106747;REVB=0.0019548;RO=0;SAF=23;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79556e-08;STB=0.505262;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00118855;OID=.;OPOS=111916647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:47:23:0:0:47:23:0:1 chr11 111956989 . C A 1116.83 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.969;QD=60.3689;RBI=0.0709185;REFB=0;REVB=0.0706515;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58996e-05;OID=.;OPOS=111956989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:74:0:0:69:74:1:40:29:0:0:45:29:0:0 chr11 112020916 . T G 226.53 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0105999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.652;QD=20.5936;RBI=0.0115605;REFB=-0.0128641;REVB=0.00461375;RO=22;SAF=4;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258419;STB=0.653474;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0145522;OID=.;OPOS=112020916;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:22:21:22:0.5:17:4:9:13:18:4:9:13 chr11 112040027 . A G 350.45 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00872114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1947;QD=15.4044;RBI=0.0202196;REFB=0.0155609;REVB=-0.0182421;RO=53;SAF=15;SAR=23;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616608;STB=0.534865;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0218849;OID=.;OPOS=112040027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:23:15:24:29:23:15:24:29 chr11 112065434 . T C 1028.41 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.188;QD=58.7665;RBI=0.0257512;REFB=0;REVB=0.0179922;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483182;OID=.;OPOS=112065434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:65:70:1:34:31:0:0:36:34:0:0 chr11 112088499 . A C 1537.21 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00491381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6533;QD=63.3901;RBI=0.141186;REFB=0;REVB=0.141101;RO=1;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977764;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000946271;OID=.;OPOS=112088499;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:1:0:96:97:1:48:48:0:1:49:48:0:0 chr11 112123095 . A G 727.61 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3991;QD=63.2701;RBI=0.0922913;REFB=0;REVB=-0.0884723;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0016175;OID=.;OPOS=112123095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr11 112223299 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00731559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.29;QD=62.021;RBI=0.0209406;REFB=0;REVB=0.0196212;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46191e-05;OID=.;OPOS=112223299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr11 112832339 . GC G 347.69 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.8673;QD=44.8628;RBI=0.0518296;REFB=0;REVB=-0.0217122;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00286914;OID=.;OPOS=112832340;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:31:31:31:0:20:11:0:0:6:0:18:11:0:0 chr11 112832353 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.327;QD=56.7066;RBI=0.0246327;REFB=0;REVB=-0.0165594;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32741e-06;OID=.;OPOS=112832353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr11 112832358 . T C 382.74 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.824;QD=52.7911;RBI=0.0279271;REFB=0.00339201;REVB=-0.025268;RO=1;SAF=19;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238715;STB=0.512811;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.000142976;OID=.;OPOS=112832358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:9:19:1:0:9:19:1:0 chr11 113111501 . T C 275.73 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0267554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5871;QD=25.6496;RBI=0.0315299;REFB=0.00651501;REVB=-0.0166819;RO=18;SAF=6;SAR=19;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185972;STB=0.510301;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.00549032;OID=.;OPOS=113111501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:19:6:4:14:19:6:4:14 chr11 113113515 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.979;QD=57.8848;RBI=0.043488;REFB=0;REVB=0.0162955;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49523e-05;OID=.;OPOS=113113515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr11 113146785 . T C 596.95 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=94;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.00230425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.091;QD=25.4022;RBI=0.00756608;REFB=-0.0206476;REVB=-0.00720666;RO=38;SAF=42;SAR=12;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959464;STB=0.545437;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0142913;OID=.;OPOS=113146785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:38:40:54:54:0.574468:12:42:26:12:12:42:28:12 chr11 113194168 . A C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.09;QD=62.0207;RBI=0.02344;REFB=0;REVB=0.0233999;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95915e-05;OID=.;OPOS=113194168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr11 113266821 . G A 530.47 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133379;FXX=0.0540395;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.724;QD=60.625;RBI=0.0572913;REFB=0;REVB=0.0572757;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130127;OID=.;OPOS=113266821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr11 113270015 . G C 504.75 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2864;QD=56.083;RBI=0.0317677;REFB=0.0617032;REVB=0.0209234;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022804;STB=0.512188;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0133632;OID=.;OPOS=113270015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:20:14:0:1:20:15:0:1 chr11 113270374 . C T 1791.76 PASS AF=0.97561;AO=118;DP=121;FAO=120;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0246432;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.415;QD=58.2688;RBI=0.0860963;REFB=-0.183939;REVB=0.0824942;RO=3;SAF=66;SAR=52;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107735;STB=0.505331;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00103945;OID=.;OPOS=113270374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:121:123:3:3:118:120:0.97561:52:66:1:2:54:66:1:2 chr11 113270828 . G A 1298.7 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4003;QD=61.8427;RBI=0.0499209;REFB=0;REVB=0.0393173;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024479;OID=.;OPOS=113270828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:52:31:0:0:53:31:0:0 chr11 113283477 . A G 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00060231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.684;QD=57.7089;RBI=0.00835039;REFB=0;REVB=0.00832864;RO=0;SAF=43;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0804e-05;OID=.;OPOS=113283477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:16:43:0:0:16:43:0:0 chr11 113561025 . G A 659.57 PASS AF=0.461039;AO=71;DP=154;FAO=71;FDP=154;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.00698754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2724;QD=17.1316;RBI=0.031511;REFB=-0.00959791;REVB=-0.0307265;RO=83;SAF=27;SAR=44;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113412;STB=0.563023;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0104919;OID=.;OPOS=113561025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:83:83:71:71:0.461039:44:27:41:42:44:27:41:42 chr11 113561054 . A G 703.21 PASS AF=0.465839;AO=75;DP=161;FAO=75;FDP=161;FR=.;FRO=86;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.013528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.466;QD=17.471;RBI=0.0184238;REFB=-0.0171287;REVB=-0.0125072;RO=85;SAF=28;SAR=47;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108155;STB=0.557297;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0174707;OID=.;OPOS=113561054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:85:86:75:75:0.465839:47:28:41:44:47:28:41:45 chr11 113561057 . A G 698.31 PASS AF=0.457317;AO=75;DP=164;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.0196638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6347;QD=17.032;RBI=0.0352212;REFB=-0.00120592;REVB=-0.0292211;RO=87;SAF=27;SAR=48;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145914;STB=0.575752;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.000282845;OID=.;OPOS=113561057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:87:89:75:75:0.457317:48:27:44:43:48:27:44:45 chr11 113567640 . TG T 92.66 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0684797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.8352;QD=6.7386;RBI=0.120947;REFB=0.032734;REVB=-0.099693;RO=32;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0.252101;SSSB=-0.0127417;STB=0.533441;STBP=0.744;TYPE=del;VARB=-0.0645486;OID=.;OPOS=113567641;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345455:18:55:19:55:36:6:13:13:23:92:32:6:12:11:21 chr11 113570405 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=11;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0128223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.9;QD=14.9783;RBI=0.0131194;REFB=-0.00135659;REVB=-0.00277616;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278546;STB=0.615131;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00112202;OID=.;OPOS=113570405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:11:10:0.47619:8:3:3:7:8:2:4:7 chr11 113576932 . A G 180.06 PASS AF=0.387755;AO=20;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.034733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5528;QD=14.6991;RBI=0.0387102;REFB=-0.0481155;REVB=0.0170909;RO=29;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362637;STB=0.744426;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0289754;OID=.;OPOS=113576932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:20:19:0.387755:6:14:10:19:5:14:10:20 chr11 113670052 . T A 734.25 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00952463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.697;QD=61.1872;RBI=0.0106468;REFB=-0.103873;REVB=0.00475778;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184413;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00052478;OID=.;OPOS=113670052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:22:25:1:0:22:25:1:0 chr11 113679119 . C T 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00192764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4268;QD=10.1698;RBI=0.0182013;REFB=-2.76914e-05;REVB=0.018099;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554187;STB=0.533274;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.000923336;OID=.;OPOS=113679119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:7:4:7:15:7:4:7:15 chr11 113803104 . G A 407.3 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00718647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5215;QD=22.9465;RBI=0.0327942;REFB=-0.000523282;REVB=-0.0319971;RO=31;SAF=22;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103505;STB=0.556934;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000110457;OID=.;OPOS=113803104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:18:22:13:18:18:22:13:18 chr11 113846077 . C T 358.18 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0498606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.51;QD=14.6195;RBI=0.0514586;REFB=-0.0253024;REVB=-0.0127245;RO=59;SAF=18;SAR=21;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156784;STB=0.58874;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0323924;OID=.;OPOS=113846077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:59:39:39:0.397959:21:18:36:23:21:18:36:23 chr11 113848273 . A T 45.9 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00347742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3707;QD=9.17999;RBI=0.0105992;REFB=-0.00372015;REVB=-0.0100126;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260866;STB=0.66611;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00575833;OID=.;OPOS=113848273;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:4:9:6:1:4:9 chr11 113860425 . A G 288.83 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0404261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.212;QD=16.2724;RBI=0.0505018;REFB=-0.00777743;REVB=-0.0302683;RO=37;SAF=13;SAR=19;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110788;STB=0.57259;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00998285;OID=.;OPOS=113860425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:39:32:32:0.450704:19:13:11:26:19:13:11:28 chr11 114393801 . ATTTTTTC ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT 472.23 PASS AF=0.119403,0.880597,0;AO=5,11,8;DP=70;FAO=8,59,0;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=6,20,0;FSAR=2,39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10809,-0.192688,-0.368881;FXX=0.042851;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=132.095,8.82797,11.0852;QD=28.1927;RBI=0.150784,0.872736,0.531326;REFB=0.0804636,0.052811,0.0667822;REVB=0.10513,0.851199,0.382406;RO=33;SAF=5,6,8;SAR=0,5,0;SRF=1;SRR=32;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.407407,0;SSSB=0.86288,0.645073,0.872826;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0601828,0.0194293,0;OID=.,.,.;OPOS=114393806,114393802,114393807;OREF=T,T,TC;OALT=C,-,CT;OMAPALT=ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.119403,0.880597,0:5,11,8:70:8,59,0:67:0:6,20,0:2,39,0:0:0:33:33:5,6,8:0,5,0:1:32 chr11 114421857 . T C 52.52 PASS AF=0.16129;AO=9;DP=61;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0113135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.851;QD=3.38827;RBI=0.021954;REFB=8.06315e-06;REVB=-0.0188144;RO=52;SAF=6;SAR=3;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13871;STB=0.53635;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.000155889;OID=.;OPOS=114421857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:61:62:52:52:9:10:0.16129:3:6:29:23:4:6:29:23 chr11 114421861 . G A 45.01 PASS AF=0.147541;AO=8;DP=60;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0128158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5077;QD=2.95142;RBI=0.0140401;REFB=-0.00102384;REVB=-0.00573405;RO=50;SAF=6;SAR=2;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224107;STB=0.597478;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0120057;OID=.;OPOS=114421861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:60:61:50:52:8:9:0.147541:2:6:29:21:3:6:29:23 chr11 114421895 . G A 41.1 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0226334;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.589;QD=3.28796;RBI=0.0298642;REFB=-0.00280193;REVB=-0.0194834;RO=37;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219172;STB=0.643742;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.047646;OID=.;OPOS=114421895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:50:50:37:43:7:7:0.14:2:5:20:17:2:5:24:19 chr11 114421909 . T C 60.91 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0182395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2523;QD=5.1838;RBI=0.0238421;REFB=-0.0142368;REVB=0.0153547;RO=37;SAF=5;SAR=4;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148562;STB=0.519188;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0371694;OID=.;OPOS=114421909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:47:47:37:38:9:9:0.191489:4:5:21:16:4:5:22:16 chr11 114421912 . A G 50.98 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0221833;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1182;QD=4.53146;RBI=0.0263381;REFB=0.00539169;REVB=-0.0141985;RO=36;SAF=5;SAR=3;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868363;STB=0.549008;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0475597;OID=.;OPOS=114421912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:47:45:36:37:8:8:0.177778:3:5:20:16:3:5:21:16 chr11 114453267 . G T 419.46 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0509919;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0081;QD=22.3712;RBI=0.0527118;REFB=0.00263112;REVB=0.0133551;RO=34;SAF=22;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102362;STB=0.556393;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.000564117;OID=.;OPOS=114453267;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:19:22:14:20:19:22:14:20 chr11 114453437 . C T 1040.67 PASS AF=0.566474;AO=98;DP=173;FAO=98;FDP=173;FR=.;FRO=75;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.00371859;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.481;QD=24.0618;RBI=0.0288367;REFB=-0.0089462;REVB=0.028596;RO=74;SAF=46;SAR=52;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618089;STB=0.5303;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00756594;OID=.;OPOS=114453437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:74:75:98:98:0.566474:52:46:29:45:52:46:30:45 chr11 114568942 . T C 472.78 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=-0.0596748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9625;QD=17.5105;RBI=0.0626191;REFB=-0.0114322;REVB=-0.0189756;RO=55;SAF=24;SAR=27;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171168;STB=0.601732;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0119234;OID=.;OPOS=114568942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:57:51:51:0.472222:27:24:16:39:27:24:16:41 chr11 114569054 . A G 468.09 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0440031;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.777;QD=19.9188;RBI=0.0452392;REFB=-0.0159191;REVB=-0.010503;RO=47;SAF=31;SAR=15;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118998;STB=0.572894;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0233736;OID=.;OPOS=114569054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:47:48:46:46:0.489362:15:31:26:21:15:31:26:22 chr11 114576626 . A T 179.76 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0293071;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.9369;QD=9.21851;RBI=0.0638802;REFB=-0.0155037;REVB=-0.0567607;RO=46;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490245;STB=0.55124;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0510756;OID=.;OPOS=114576626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:54:24:24:0.307692:12:12:21:25:12:12:23:31 chr11 115044850 . C A 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00953944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.292;QD=9.53625;RBI=0.0216026;REFB=-0.0205575;REVB=-0.0193822;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191962;STB=0.615203;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0504405;OID=.;OPOS=115044850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:6:6:18:9:6:6:18:9 chr11 116633825 . C T 82.0 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0245107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.657;QD=8.63169;RBI=0.0471817;REFB=0.00355428;REVB=-0.0403155;RO=26;SAF=10;SAR=1;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.568004;STB=0.866282;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00487588;OID=.;OPOS=116633825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:38:38:26:27:11:11:0.289474:1:10:13:13:1:10:13:14 chr11 116661488 . C T 207.54 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0174419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.806;QD=15.0937;RBI=0.0227404;REFB=-0.0213465;REVB=0.0145913;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980391;STB=0.555511;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0179085;OID=.;OPOS=116661488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:14:10:10:21:14:10:10:21 chr11 116661826 . T C 263.61 PASS AF=0.392405;AO=26;DP=74;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00468229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.09;QD=13.3475;RBI=0.015537;REFB=-0.0206224;REVB=-0.0148147;RO=47;SAF=16;SAR=10;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142087;STB=0.603453;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0290533;OID=.;OPOS=116661826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:79:47:48:26:31:0.392405:10:16:23:24:11:20:23:25 chr11 116662579 . C T 176.64 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0227543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.02;QD=14.1309;RBI=0.0233497;REFB=-0.0136253;REVB=-0.00523933;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332318;STB=0.519293;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0250217;OID=.;OPOS=116662579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:8:11:17:14:8:11:17:14 chr11 116692334 . C T 316.54 PASS AF=0.764706;AO=25;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0287069;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.34;QD=37.2397;RBI=0.051205;REFB=-0.0201348;REVB=0.0424012;RO=9;SAF=16;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437368;STB=0.502391;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00506545;OID=.;OPOS=116692334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:34:34:9:8:25:26:0.764706:9:16:5:4:10:16:5:3 chr11 116693464 . C T 421.34 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0414265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.097;QD=23.4077;RBI=0.0418954;REFB=-0.0365368;REVB=0.00625062;RO=31;SAF=29;SAR=12;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265146;STB=0.646223;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0195079;OID=.;OPOS=116693464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:12:29:12:19:12:29:12:19 chr11 116701535 . T C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00890723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.723;QD=14.6496;RBI=0.0139514;REFB=-0.0360469;REVB=0.0107379;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105562;STB=0.560893;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0425041;OID=.;OPOS=116701535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:5:14:9:5:5:14 chr11 116732041 . G T 58.63 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.012383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.263;QD=14.6562;RBI=0.0174807;REFB=-0.00609011;REVB=0.0123384;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439457;STB=0.749529;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00844209;OID=.;OPOS=116732041;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:8:0:4:4:8:0 chr11 117042377 . G A 363.08 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0142136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.697;QD=18.1538;RBI=0.0153904;REFB=-0.0290845;REVB=-0.00590237;RO=42;SAF=22;SAR=16;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157544;STB=0.508791;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0277252;OID=.;OPOS=117042377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:16:22:25:17:16:22:25:17 chr11 117077034 . A G 178.56 PASS AF=0.353846;AO=21;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0428375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.521;QD=10.988;RBI=0.0461428;REFB=0.00108402;REVB=-0.0171495;RO=42;SAF=11;SAR=10;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543984;STB=0.559948;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00149484;OID=.;OPOS=117077034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:21:23:0.353846:10:11:24:18:12:11:24:18 chr11 117156552 . T C 154.08 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.00993425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.372;QD=14.3332;RBI=0.0131101;REFB=-0.000347078;REVB=0.00855492;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38633;STB=0.706589;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00125608;OID=.;OPOS=117156552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:7:10:5:20:7:10:6:20 chr11 117160347 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.48;QD=57.0006;RBI=0.0245352;REFB=0;REVB=-0.00510456;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48507e-05;OID=.;OPOS=117160347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr11 117160518 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0408724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.73;QD=22.1441;RBI=0.0414932;REFB=-0.017732;REVB=-0.00715055;RO=13;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392056;STB=0.522062;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0136422;OID=.;OPOS=117160518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:10:7:6:7:10:7:6:7 chr11 117163824 . C G 424.65 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.0141703;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6039;QD=18.4629;RBI=0.0629041;REFB=-0.00403455;REVB=0.0612872;RO=49;SAF=30;SAR=13;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00428617;STB=0.502391;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00590506;OID=.;OPOS=117163824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:13:30:34:15:13:30:34:15 chr11 117252489 . T C 1027.54 PASS AF=0.484694;AO=77;DP=195;FAO=95;FDP=196;FR=.,HEALED;FRO=94;FSAF=73;FSAR=22;FSRF=69;FSRR=25;FWDB=0.0162053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.353;QD=20.9703;RBI=0.0201054;REFB=-0.0172065;REVB=-0.0119002;RO=88;SAF=57;SAR=20;SRF=64;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161032;STB=0.523412;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0198132;OID=.;OPOS=117252489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:88:94:77:95:0.484694:20:57:64:24:22:73:69:25 chr11 117265137 . A G 154.44 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0332461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.027;QD=22.8801;RBI=0.0342614;REFB=-0.0221519;REVB=-0.00827919;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329238;STB=0.518495;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0307197;OID=.;OPOS=117265137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:8:8:5:6:8:8:5:6 chr11 117266312 . C G 397.1 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0159178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.304;QD=23.359;RBI=0.0176647;REFB=-0.00329106;REVB=0.00765925;RO=27;SAF=20;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233621;STB=0.501886;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00207175;OID=.;OPOS=117266312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:27:29:39:39:0.573529:19:20:13:14:19:20:15:14 chr11 117267884 . A G 507.06 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0171317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7468;QD=17.9489;RBI=0.0605473;REFB=-0.017184;REVB=-0.058073;RO=58;SAF=31;SAR=23;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053744;STB=0.534647;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0170642;OID=.;OPOS=117267884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:58:59:54:54:0.477876:23:31:30:28:23:31:30:29 chr11 117282800 . G T 164.66 PASS AF=0.375;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0202499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6349;QD=13.7214;RBI=0.03892;REFB=-0.00427754;REVB=0.0332371;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108546;STB=0.548335;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0070441;OID=.;OPOS=117282800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:30:17:18:0.375:5:12:20:8:6:12:22:8 chr11 117303858 . T C 1101.85 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176314;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.852;QD=60.3753;RBI=0.0369009;REFB=0;REVB=0.0324162;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93761e-05;OID=.;OPOS=117303858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr11 117335686 . G A 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0028658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.584;QD=18.9019;RBI=0.0847169;REFB=-0.00413056;REVB=0.0846684;RO=34;SAF=19;SAR=15;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268649;STB=0.514956;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00427566;OID=.;OPOS=117335686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:15:19:20:14:15:19:20:14 chr11 117335722 . T C 1334.07 PASS AF=0.967033;AO=84;DP=87;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0328221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7981;QD=58.6405;RBI=0.0373578;REFB=-0.00677144;REVB=0.0178415;RO=3;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359324;STB=0.518983;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00213357;OID=.;OPOS=117335722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:91:3:3:84:88:0.967033:38:46:0:3:38:50:0:3 chr11 117691386 . G A 62.35 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.115432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5249;QD=7.55765;RBI=0.115605;REFB=-0.0064472;REVB=0.00631453;RO=22;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140769;STB=0.636033;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0102595;OID=.;OPOS=117691386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:22:24:9:9:0.272727:7:2:7:15:7:2:9:15 chr11 117693255 . T C 343.3 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0451135;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.197;QD=15.7841;RBI=0.0479103;REFB=-0.028422;REVB=-0.0161297;RO=50;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150528;STB=0.572995;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0356015;OID=.;OPOS=117693255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:50:50:37:37:0.425287:19:18:17:33:19:18:18:32 chr11 117774394 . A G 764.33 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0362763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1451;QD=61.1465;RBI=0.0364277;REFB=0.0221242;REVB=0.00331758;RO=1;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241145;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00717444;OID=.;OPOS=117774394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:19:29:0:1:20:29:0:1 chr11 117789242 . C G 406.93 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0288184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1943;QD=20.0952;RBI=0.0483282;REFB=0.00585098;REVB=-0.0387958;RO=40;SAF=24;SAR=17;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036623;STB=0.52029;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00675661;OID=.;OPOS=117789242;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:17:24:25:15:17:24:25:15 chr11 117789342 . T C 91.85 PASS AF=0.241935;AO=14;DP=61;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0266901;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.269;QD=5.92566;RBI=0.0281619;REFB=-0.0263354;REVB=-0.00898523;RO=41;SAF=10;SAR=4;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383916;STB=0.707033;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.109826;OID=.;OPOS=117789342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:61:62:41:47:14:15:0.241935:4:10:16:25:4:11:22:25 chr11 117789345 . G C 107.6 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0963678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.5588;QD=6.94204;RBI=0.0963689;REFB=-0.0220272;REVB=-0.00045587;RO=42;SAF=14;SAR=3;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.508936;STB=0.813577;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0580303;OID=.;OPOS=117789345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:42:45:17:17:0.274194:3:14:17:25:3:14:18:27 chr11 117800033 . G A 384.16 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.00948584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.337;QD=17.6623;RBI=0.00963739;REFB=-0.0258953;REVB=-0.00170241;RO=47;SAF=14;SAR=26;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104479;STB=0.558142;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0315126;OID=.;OPOS=117800033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:26:14:12:35:26:14:12:35 chr11 117857338 . G C 219.63 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.0376892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1239;QD=11.7137;RBI=0.0381351;REFB=-0.012122;REVB=-0.00581503;RO=47;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219221;STB=0.630663;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0120684;OID=.;OPOS=117857338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:48:27:27:0.36:13:14:15:32:13:14:15:33 chr11 117859209 . G A 160.45 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00672235;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8543;QD=11.8854;RBI=0.0349465;REFB=-0.0161025;REVB=0.0342939;RO=34;SAF=4;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312889;STB=0.68448;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0318816;OID=.;OPOS=117859209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:16:4:15:19:16:4:15:19 chr11 117864047 . A G 193.93 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00886967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.275;QD=16.8637;RBI=0.0475002;REFB=-0.015911;REVB=0.0466647;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046774;STB=0.526673;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0167388;OID=.;OPOS=117864047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:13:7:8:18:13:7:8:18 chr11 117869670 . A G 323.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.07;QD=53.9009;RBI=0.0150737;REFB=0;REVB=-0.00648766;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61605e-05;OID=.;OPOS=117869670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr11 117965595 . C T 93.65 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0371599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3405;QD=11.3515;RBI=0.0380454;REFB=-0.021702;REVB=-0.00816047;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37774;STB=0.738058;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0330561;OID=.;OPOS=117965595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:32:33:21:21:11:12:0.363636:8:3:13:8:9:3:13:8 chr11 117965602 . C T 210.49 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0164708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5789;QD=26.3111;RBI=0.0207267;REFB=0.0477298;REVB=-0.0125821;RO=12;SAF=12;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233563;STB=0.629502;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0229438;OID=.;OPOS=117965602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:8:12:3:9:8:12:3:9 chr11 117982495 . T G 780.51 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.419;QD=56.7646;RBI=0.0264114;REFB=0;REVB=0.0260526;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03344e-05;OID=.;OPOS=117982495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:22:31:0:0:24:31:0:0 chr11 117988082 . T C 1197.95 PASS AF=0.952941;AO=80;DP=84;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00164395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.308;QD=56.3741;RBI=0.0143364;REFB=-0.0151569;REVB=-0.0142418;RO=4;SAF=48;SAR=32;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141118;STB=0.507161;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00106501;OID=.;OPOS=117988082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:84:85:4:4:80:81:0.952941:32:48:3:1:32:49:3:1 chr11 117988654 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.049;QD=53.9112;RBI=0.0100349;REFB=0;REVB=0.00572418;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35275e-05;OID=.;OPOS=117988654;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr11 118074337 . A G 159.53 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0357769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0655;QD=17.7253;RBI=0.0363695;REFB=-0.0409128;REVB=0.00653866;RO=19;SAF=3;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387982;STB=0.724801;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0461449;OID=.;OPOS=118074337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:14:3:10:9:14:3:10:9 chr11 118081345 . A T 553.59 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00217005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.596;QD=18.3005;RBI=0.00504886;REFB=-0.00142118;REVB=-0.00455871;RO=62;SAF=27;SAR=31;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171733;STB=0.505578;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00138214;OID=.;OPOS=118081345;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:62:63:58:58:0.479339:31:27:30:32:31:27:30:33 chr11 118083664 . A G 544.4 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0118512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3817;QD=22.9219;RBI=0.0167906;REFB=-0.0143976;REVB=-0.0118943;RO=44;SAF=30;SAR=21;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754733;STB=0.541545;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0192335;OID=.;OPOS=118083664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:44:51:51:0.536842:21:30:22:22:21:30:22:22 chr11 118107805 . A G 555.14 PASS AF=0.525253;AO=51;DP=98;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0102027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.061;QD=22.4299;RBI=0.0225577;REFB=-0.0214755;REVB=0.0201185;RO=47;SAF=32;SAR=19;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292192;STB=0.5098;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0184842;OID=.;OPOS=118107805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:47:47:51:52:0.525253:19:32:28:19:20:32:28:19 chr11 118110977 . T C 473.67 PASS AF=0.481132;AO=50;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.030527;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.1002;QD=17.8745;RBI=0.034821;REFB=-0.00865197;REVB=-0.0167513;RO=55;SAF=23;SAR=27;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00517586;STB=0.508358;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0108703;OID=.;OPOS=118110977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:50:51:0.481132:27:23:25:30:27:24:25:30 chr11 118393396 . A G 348.59 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0497332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7445;QD=17.4296;RBI=0.0526313;REFB=-0.0163877;REVB=-0.0172239;RO=43;SAF=21;SAR=16;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920246;STB=0.505152;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0187289;OID=.;OPOS=118393396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:16:21:24:19:16:21:24:19 chr11 118405068 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000661547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.623;QD=49.5992;RBI=0.0479849;REFB=0;REVB=0.0479803;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288422;OID=.;OPOS=118405068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr11 118405305 . G A 224.21 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00951051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3588;QD=42.7066;RBI=0.0383193;REFB=-0.108914;REVB=0.0371203;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.571351;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00934512;OID=.;OPOS=118405305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:0:2:19:19:0.904762:13:6:0:0:13:6:2:0 chr11 118405835 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.567;QD=62.0213;RBI=0.0189037;REFB=0;REVB=0.01209;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72625e-05;OID=.;OPOS=118405835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:31:10:0:0:32:10:0:0 chr11 118406328 . CAGTGTGGA C 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112045;FXX=0;HRUN=1;LEN=8;MLLD=333.494;QD=52.6132;RBI=0.115493;REFB=0;REVB=0.0280131;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000426636;OID=.;OPOS=118406329;OREF=AGTGTGGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:22:22:22:0:2:20:0:0:4:0:2:19:0:0 chr11 118430519 . C T 501.53 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8514;QD=59.0033;RBI=0.0526596;REFB=0;REVB=-0.0505706;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000580602;OID=.;OPOS=118430519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr11 118471423 . T C 1138.86 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.93;QD=59.1615;RBI=0.0207779;REFB=0.00760357;REVB=0.0119208;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.505746;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00070056;OID=.;OPOS=118471423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:43:33:0:0:43:33:0:1 chr11 118472354 . C A 1084.25 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.067621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1715;QD=58.6083;RBI=0.106985;REFB=-0.11085;REVB=0.0829047;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012613;STB=0.506665;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00340085;OID=.;OPOS=118472354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:36:37:1:0:36:37:1:0 chr11 118505676 . GT G,GG 1046.73 PASS AF=0.945205,0.0547945;AO=68,4;DP=73;FAO=69,4;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=45,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257829,0.0269281;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.4008,51.6137;QD=57.3549;RBI=0.0684081,0.124596;REFB=0,0;REVB=-0.0633633,-0.121651;RO=0;SAF=24,2;SAR=44,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00252036,-0.0574856;OID=.,.;OPOS=118505677,118505677;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.945205,0.0547945:68,4:73:69,4:73:0:24,2:45,2:0:0:12:0:24,2:44,2:0:0 chr11 118509668 . A G 303.07 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.0451611;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.281;QD=17.0741;RBI=0.0598231;REFB=-0.016814;REVB=-0.0392337;RO=36;SAF=22;SAR=10;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709585;STB=0.543339;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0244993;OID=.;OPOS=118509668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:36:38:32:33:0.464789:10:22:27:9:10:23:29:9 chr11 118529017 . T G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7634;QD=48.735;RBI=0.035467;REFB=0;REVB=0.0298207;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892341;OID=.;OPOS=118529017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr11 118529044 . C CG,G 247.27 PASS AF=0.85,0.15;AO=15,4;DP=20;FAO=17,3;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9,3;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836849,0.0024529;FXX=0;HRUN=0,4;LEN=1,1;MLLD=229.057,214.258;QD=49.4535;RBI=0.046588,0.0387368;REFB=0,0;REVB=0.0458302,0.038659;RO=0;SAF=9,3;SAR=6,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0120332,-0.0388905;OID=.,.;OPOS=118529045,118529044;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:20:20:0:0:15,4:17,3:0.85,0.15:6,1:9,3:0:0:8,0:9,3:0:0 chr11 118529069 . G C 271.77 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2219;QD=51.7659;RBI=0.0866877;REFB=0;REVB=0.0838004;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00332034;OID=.;OPOS=118529069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr11 118529078 . G C 322.55 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0603;QD=53.7585;RBI=0.0722961;REFB=0;REVB=0.0598033;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917619;OID=.;OPOS=118529078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:12:9:0:0:13:11:0:0 chr11 118529703 . G A 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0167904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9366;QD=15.2604;RBI=0.0213787;REFB=0.0104819;REVB=-0.0132337;RO=14;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18945;STB=0.589134;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0183445;OID=.;OPOS=118529703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:16:13:13:0.448276:11:2:4:10:11:2:4:12 chr11 118619253 . C T 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.000910214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5239;QD=22.6774;RBI=0.045924;REFB=-0.0506342;REVB=-0.045915;RO=5;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11821;STB=0.567431;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0203741;OID=.;OPOS=118619253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:4:6:2:3:4:6:2:3 chr11 118621825 . G GT,T 1006.11 PASS AF=0.986301,0.0136986;AO=64,3;DP=71;FAO=72,1;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39,1;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746003,-0.0259105;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=24.196,33.2264;QD=55.1295;RBI=0.0954294,0.0279545;REFB=0,0;REVB=0.0951374,-0.0104929;RO=3;SAF=34,3;SAR=30,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0167643,0.712642;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00394002,0.0971587;OID=.,.;OPOS=118621826,118621825;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:71:73:3:0:64,3:72,1:0.986301,0.0136986:30,0:34,3:1:2:33,0:39,1:0:0 chr11 118622744 . G A 410.99 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0588;QD=56.6878;RBI=0.0245096;REFB=0;REVB=-0.0224242;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269227;OID=.;OPOS=118622744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr11 118757201 . C G 61.97 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.98;QD=35.409;RBI=0.128752;REFB=0;REVB=0.124973;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194995;OID=.;OPOS=118757201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:0:6:0:0:1:6:0:0 chr11 118828942 . A G 260.09 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00372218;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.353;QD=24.1941;RBI=0.0109993;REFB=-0.0235391;REVB=-0.0103503;RO=19;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106008;STB=0.565354;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0188651;OID=.;OPOS=118828942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:23:24:0.55814:16:7:8:11:17:7:8:11 chr11 118865465 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.045448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.4071;QD=15.3784;RBI=0.0653918;REFB=-0.0133797;REVB=0.0470167;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212892;STB=0.647867;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0274527;OID=.;OPOS=118865465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:14:12:12:0.461538:10:2:4:8:10:2:5:9 chr11 118867803 . G C 119.8 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0114236;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7258;QD=21.7811;RBI=0.0524584;REFB=-0.0152985;REVB=0.0511995;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677349;STB=0.538402;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0128477;OID=.;OPOS=118867803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:9:9:13:13:0.590909:7:6:5:4:7:6:5:4 chr11 118872404 . T C 412.83 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.010379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0003;QD=15.878;RBI=0.0121575;REFB=-0.00318249;REVB=0.00633106;RO=57;SAF=24;SAR=22;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00453464;STB=0.502512;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00405167;OID=.;OPOS=118872404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:57:58:46:46:0.442308:22:24:30:27:22:24:30:28 chr11 118886117 . C T 310.05 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0326636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3521;QD=21.383;RBI=0.0378741;REFB=0.0193841;REVB=-0.0191712;RO=26;SAF=14;SAR=18;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760436;STB=0.54201;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0131626;OID=.;OPOS=118886117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:18:14:9:17:18:14:9:17 chr11 118890022 . C T 237.37 PASS AF=0.457627;AO=25;DP=57;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0722372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4941;QD=16.0929;RBI=0.0837443;REFB=0.00724375;REVB=0.0423662;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596718;STB=0.530281;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.00593144;OID=.;OPOS=118890022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:32:32:25:27:0.457627:14:11:16:16:15:12:16:16 chr11 118895686 . C T 765.93 PASS AF=0.653061;AO=64;DP=98;FAO=64;FDP=98;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0217638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.047;QD=31.2623;RBI=0.0249078;REFB=-0.0407425;REVB=0.0121135;RO=34;SAF=21;SAR=43;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995326;STB=0.553952;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0157047;OID=.;OPOS=118895686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:34:34:64:64:0.653061:43:21:16:18:43:21:16:18 chr11 118898435 . AC A 811.05 PASS AF=1;AO=68;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163386;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.741;QD=46.3457;RBI=0.12552;REFB=0;REVB=0.124452;RO=1;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00224118;OID=.;OPOS=118898436;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:71:70:70:0:38:32:0:0:15:1:37:31:0:1 chr11 118919206 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.925;QD=57.1055;RBI=0.0229225;REFB=0;REVB=0.0143061;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169762;OID=.;OPOS=118919206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr11 118925341 . G A 136.86 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0198789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.037;QD=18.2474;RBI=0.0207083;REFB=0.00241303;REVB=-0.00580188;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174999;STB=0.599867;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.001743;OID=.;OPOS=118925341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:6:9:6:9:6:9 chr11 118927013 . T TC 675.41 PASS AF=1;AO=58;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611195;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.1732;QD=41.5636;RBI=0.0991624;REFB=0;REVB=0.078087;RO=7;SAF=15;SAR=43;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789765;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00347403;OID=.;OPOS=118927014;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:66:65:65:0:20:45:0:0:12:7:15:43:4:3 chr11 118940957 . C G 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00459324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.117;QD=9.33501;RBI=0.00557539;REFB=-0.011998;REVB=0.00316024;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29551;STB=0.677706;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0178374;OID=.;OPOS=118940957;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:8:5:20:11:8:5:20:11 chr11 118947634 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0187742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5947;QD=11.9195;RBI=0.0403523;REFB=-0.00257848;REVB=-0.0357189;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354212;STB=0.713673;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.000545311;OID=.;OPOS=118947634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:6:3:5:2:6:3 chr11 118949331 . C T 172.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00234852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.136;QD=18.1163;RBI=0.00235588;REFB=-0.00212082;REVB=-0.000186184;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584155;STB=0.533296;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00295881;OID=.;OPOS=118949331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:7:11:11:9:7:11:11:9 chr11 118952173 . A G 55.35 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00408191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.672;QD=10.0645;RBI=0.0299382;REFB=-0.00613576;REVB=0.0296586;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746008;STB=0.545342;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0124098;OID=.;OPOS=118952173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:6:8:4:4:6:8 chr11 118967758 . T C 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00971818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.427;QD=63.5794;RBI=0.0114389;REFB=0;REVB=0.00603366;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44335e-05;OID=.;OPOS=118967758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr11 118981327 . G GC 37.45 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0977198;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.9272;QD=6.8087;RBI=0.117335;REFB=-0.0903305;REVB=-0.0649487;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281128;STB=0.624687;STBP=0.418;TYPE=ins;VARB=0.145848;OID=.;OPOS=118981328;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:7:25:8:22:14:5:3:6:8:37:17:5:2:8:9 chr11 118983434 . C T 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0596753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.301;QD=11.8413;RBI=0.0613035;REFB=-0.00497442;REVB=0.0140349;RO=39;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19443;STB=0.612093;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0107708;OID=.;OPOS=118983434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:10:13:15:24:10:13:15:24 chr11 119005088 . C T 536.8 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.953;QD=59.6439;RBI=0.0490375;REFB=0;REVB=0.0458343;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336398;OID=.;OPOS=119005088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:26:9:0:0:27:9:0:0 chr11 119005132 . C T 44.78 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0584737;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.52;QD=7.46327;RBI=0.0586371;REFB=-0.00399435;REVB=0.00437499;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725222;STB=0.54533;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00581952;OID=.;OPOS=119005132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:4:13:5:2:4:13 chr11 119043656 . C T 915.26 PASS AF=0.860759;AO=64;DP=76;FAO=68;FDP=79;FR=.;FRO=11;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00688896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.784;QD=46.3421;RBI=0.0199726;REFB=-0.0140145;REVB=0.0187469;RO=9;SAF=34;SAR=30;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458841;STB=0.508377;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00227862;OID=.;OPOS=119043656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:76:79:9:11:64:68:0.860759:30:34:3:6:33:35:5:6 chr11 119052826 . C A 5331.22 PASS AF=1;AO=336;DP=342;FAO=340;FDP=340;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622939;FXX=0.0087461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7556;QD=62.7202;RBI=0.08768;REFB=-0.109978;REVB=0.0617029;RO=3;SAF=179;SAR=157;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902743;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000793509;OID=.;OPOS=119052826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:342:340:3:0:336:340:1:157:179:0:3:160:180:0:0 chr11 119054488 . C T 325.33 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0151441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.9;QD=22.4369;RBI=0.0240991;REFB=-0.027179;REVB=0.0187463;RO=24;SAF=19;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387649;STB=0.52857;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0216758;OID=.;OPOS=119054488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:25:33:33:0.568966:14:19:15:9:14:19:16:9 chr11 119059404 . G A 449.42 PASS AF=0.971429;AO=25;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0212539;FXX=0.0540395;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.44;QD=51.3623;RBI=0.0397898;REFB=-0.111959;REVB=0.0336377;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509428;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00252489;OID=.;OPOS=119059404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:35:35:0:1:25:34:0.971429:6:19:0:0:8:26:1:0 chr11 119063908 . C T 181.52 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0478628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9317;QD=24.2024;RBI=0.0480305;REFB=-0.0302507;REVB=0.00401012;RO=12;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198581;STB=0.610988;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0348537;OID=.;OPOS=119063908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:7:11:4:8:7:11:4:8 chr11 119065709 . G C 296.44 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00206284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4121;QD=49.407;RBI=0.00574233;REFB=-0.173463;REVB=0.00535902;RO=1;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250351;STB=0.513502;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0115474;OID=.;OPOS=119065709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:18:5:0:1:18:5:0:1 chr11 119179542 . A ATCTT 539.81 PASS AF=0.467213;AO=56;DP=125;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00404939;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=4;MLLD=225.577;QD=17.6988;RBI=0.0151919;REFB=-0.00218336;REVB=-0.0146422;RO=67;SAF=28;SAR=28;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00729566;STB=0.508769;STBP=0.87;TYPE=ins;VARB=0.00183821;OID=.;OPOS=119179543;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.467213:56:125:57:122:65:28:29:33:32:99:67:28:28:34:33 chr11 119180650 . G A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.000177109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.003;QD=9.09999;RBI=0.0144475;REFB=-0.0228008;REVB=-0.0144464;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325653;STB=0.519955;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0634051;OID=.;OPOS=119180650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:9:10:5:4:9:10 chr11 119216231 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00959314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.086;QD=62.6707;RBI=0.0226959;REFB=0;REVB=-0.0205688;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168838;OID=.;OPOS=119216231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr11 119216279 . G A 41.58 PASS AF=0.25;AO=4;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.00205537;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=333.697;QD=6.92963;RBI=0.0174496;REFB=-0.00328535;REVB=0.0173281;RO=11;SAF=3;SAR=1;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292645;STB=0.738515;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0214543;OID=.;OPOS=119216279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:24:24:11:17:4:6:0.25:1:3:10:1:3:3:14:3 chr11 119229964 . G A 1380.87 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00311643;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.115;QD=62.7667;RBI=0.0174549;REFB=0;REVB=0.0171744;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14324e-05;OID=.;OPOS=119229964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:38:50:0:0:38:50:0:0 chr11 119244095 . C T 386.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130416;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.241;QD=55.2403;RBI=0.0210994;REFB=0;REVB=0.0165861;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593104;OID=.;OPOS=119244095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:16:11:0:0:17:11:0:0 chr11 119252199 . T G 2439.05 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.338;QD=61.3598;RBI=0.072431;REFB=0;REVB=0.0511869;RO=0;SAF=98;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13491e-05;OID=.;OPOS=119252199;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:159:0:0:158:159:1:60:98:0:0:60:99:0:0 chr11 119290034 . G C 357.75 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0190077;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=321.001;QD=49.3447;RBI=0.0200868;REFB=-0.0587494;REVB=0.00649503;RO=2;SAF=25;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357762;STB=0.519217;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00297733;OID=.;OPOS=119290034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:2:25:2:0:2:25:2:0 chr11 119510644 . A C 3184.95 PASS AF=0.990476;AO=208;DP=210;FAO=208;FDP=210;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=114;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0124684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2833;QD=60.6657;RBI=0.0126255;REFB=-0.0855318;REVB=-0.00198566;RO=2;SAF=94;SAR=114;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000880357;STB=0.500462;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00283811;OID=.;OPOS=119510644;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:210:210:2:2:208:208:0.990476:114:94:1:1:114:94:1:1 chr11 119532034 . C T 168.89 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0646523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7768;QD=12.0638;RBI=0.0687052;REFB=-0.0197385;REVB=0.0232484;RO=35;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123224;STB=0.571361;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.041291;OID=.;OPOS=119532034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:9:12:16:19:9:12:16:19 chr11 119879327 . C T 171.77 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00889961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.753;QD=11.0821;RBI=0.0090871;REFB=-0.00996018;REVB=0.00183639;RO=38;SAF=15;SAR=7;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00301368;STB=0.523234;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0229346;OID=.;OPOS=119879327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:40:22:22:0.354839:7:15:26:12:7:15:26:14 chr11 119879425 . T C 298.58 PASS AF=0.54;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0142188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.259;QD=23.8861;RBI=0.0413938;REFB=-0.0593092;REVB=0.0388751;RO=22;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667044;STB=0.524869;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0283653;OID=.;OPOS=119879425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:23:27:27:0.54:15:12:8:14:15:12:9:14 chr11 119993897 . CCT C 356.71 PASS AF=0.891892;AO=30;DP=36;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0423313;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=2;MLLD=272.793;QD=38.5631;RBI=0.0434268;REFB=-0.150293;REVB=0.00969244;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.576875;STBP=0.015;TYPE=del;VARB=0.00631605;OID=.;OPOS=119993898;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.891892:30:36:33:37:4:11:22:4:0:12:0:9:21:0:0 chr11 119999191 . A G 994.22 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.046069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.38;QD=57.6357;RBI=0.0461857;REFB=0.0231955;REVB=-0.00328117;RO=1;SAF=54;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349599;STB=0.518513;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-3.65055e-05;OID=.;OPOS=119999191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:13:54:0:1:13:55:0:1 chr11 120040695 . C T 292.53 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0723293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5186;QD=22.9433;RBI=0.072672;REFB=-0.0235746;REVB=-0.00705024;RO=21;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311816;STB=0.527008;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0129224;OID=.;OPOS=120040695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:22:29:29:0.568627:15:14:11:10:15:14:12:10 chr11 120041110 . T A 421.24 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.000494525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.215;QD=18.1179;RBI=0.0116923;REFB=-0.00139524;REVB=-0.0116819;RO=50;SAF=17;SAR=26;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834485;STB=0.546645;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00181935;OID=.;OPOS=120041110;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:26:17:24:26:26:17:24:26 chr11 120041444 . C T 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0110183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5366;QD=17.7159;RBI=0.0134795;REFB=0.00691865;REVB=0.00776492;RO=42;SAF=21;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420691;STB=0.523533;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00633336;OID=.;OPOS=120041444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:16:21:22:20:16:21:22:20 chr11 120042081 . G A 146.15 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00891386;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.765;QD=15.384;RBI=0.016559;REFB=-0.000966167;REVB=-0.0139551;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102765;STB=0.547884;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00173986;OID=.;OPOS=120042081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:16:16:0.421053:10:6:10:11:10:6:10:12 chr11 120097639 . G A 177.14 PASS AF=0.4;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0107034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.595;QD=12.8829;RBI=0.0108813;REFB=-0.019057;REVB=-0.0019598;RO=33;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136176;STB=0.557041;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0306863;OID=.;OPOS=120097639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:33:33:21:22:0.4:7:14:18:15:8:14:18:15 chr11 120175749 . A G 858.71 PASS AF=1;AO=52;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.112;QD=57.2472;RBI=0.0146159;REFB=0;REVB=-0.012317;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.46168e-05;OID=.;OPOS=120175749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:52:60:1:30:22:0:0:38:22:0:0 chr11 120187971 . G A 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0365054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4912;QD=19.0578;RBI=0.0502674;REFB=-0.000259697;REVB=-0.0345567;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263626;STB=0.649838;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00203236;OID=.;OPOS=120187971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:6:13:8:12:6:13:8:12 chr11 120189261 . G A 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0109908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.594;QD=9.21746;RBI=0.0127209;REFB=-0.00889936;REVB=0.0064049;RO=37;SAF=6;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193299;STB=0.615968;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0180254;OID=.;OPOS=120189261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:10:6:20:17:10:6:20:17 chr11 120190141 . T C 187.53 PASS AF=0.235772;AO=31;DP=123;FAO=29;FDP=123;FR=.;FRO=94;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=0.00267121;FXX=0.0159987;HRUN=9;LEN=1;MLLD=180.276;QD=6.09841;RBI=0.0179865;REFB=-0.00250428;REVB=-0.0177871;RO=80;SAF=15;SAR=16;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800836;STB=0.595491;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00727501;OID=.;OPOS=120190141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:80:94:31:29:0.235772:16:15:44:36:16:13:54:40 chr11 120198093 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0100779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.678;QD=11.9539;RBI=0.0161489;REFB=-0.0341162;REVB=0.0126183;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380618;STB=0.729141;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0214794;OID=.;OPOS=120198093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:4:7:2:6:4:7 chr11 120292570 . T A 851.23 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.851;QD=57.7103;RBI=0.051603;REFB=0;REVB=0.0276393;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72347e-05;OID=.;OPOS=120292570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:30:27:0:0:30:29:0:0 chr11 120355230 . A G 281.64 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0237473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8081;QD=17.0694;RBI=0.0260906;REFB=0.00724059;REVB=-0.0108066;RO=35;SAF=18;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363895;STB=0.520425;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00821929;OID=.;OPOS=120355230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:13:18:19:16:13:18:19:16 chr11 120357842 . CTT C 171.8 PASS AF=0.617647;AO=14;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.000860531;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=43.5715;QD=20.2115;RBI=0.0133399;REFB=0.0384207;REVB=0.0133121;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00986172;STB=0.57136;STBP=0.299;TYPE=del;VARB=-0.024398;OID=.;OPOS=120357843;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.617647:14:34:21:34:13:12:9:5:8:78:12:6:8:5:7 chr11 120776001 . G A 250.64 PASS AF=0.352273;AO=26;DP=83;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00413687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.419;QD=11.3926;RBI=0.0273252;REFB=-0.0190709;REVB=0.0270102;RO=54;SAF=19;SAR=7;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321918;STB=0.634599;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0302706;OID=.;OPOS=120776001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:88:54:57:26:31:0.352273:7:19:25:29:11:20:25:32 chr11 120823608 . G A 263.52 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00160833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.103;QD=17.5682;RBI=0.00907798;REFB=-0.0219508;REVB=0.00893437;RO=28;SAF=17;SAR=12;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259793;STB=0.618102;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0280836;OID=.;OPOS=120823608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:28:31:29:29:0.483333:12:17:8:20:12:17:11:20 chr11 120827609 . A G 874.15 PASS AF=0.914286;AO=65;DP=70;FAO=64;FDP=70;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0533587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.863;QD=49.9515;RBI=0.0560859;REFB=-0.0242793;REVB=-0.0172765;RO=2;SAF=32;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286092;STB=0.50134;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00264777;OID=.;OPOS=120827609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:70:70:2:6:65:64:0.914286:33:32:2:0:33:31:3:3 chr11 120996292 . A G 616.93 PASS AF=0.571429;AO=55;DP=97;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0154927;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.303;QD=25.1807;RBI=0.0177977;REFB=-0.0280311;REVB=0.0087597;RO=42;SAF=31;SAR=24;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883178;STB=0.543447;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0261177;OID=.;OPOS=120996292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:42:42:55:56:0.571429:24:31:19:23:25:31:19:23 chr11 120998942 . C T 515.31 PASS AF=0.532609;AO=48;DP=90;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0104379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.203;QD=22.4047;RBI=0.0104472;REFB=-0.00933266;REVB=0.000441084;RO=42;SAF=22;SAR=26;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050787;STB=0.51293;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00791894;OID=.;OPOS=120998942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:42:43:48:49:0.532609:26:22:19:23:26:23:19:24 chr11 121000784 . T C 310.6 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0268611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3459;QD=23.4416;RBI=0.0416903;REFB=-0.0254734;REVB=-0.0318836;RO=22;SAF=19;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188264;STB=0.603845;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0145353;OID=.;OPOS=121000784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:12:19:8:14:12:19:8:14 chr11 121032978 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.422;QD=59.8393;RBI=0.0336981;REFB=0;REVB=0.00130189;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105483;OID=.;OPOS=121032978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr11 121038810 . C T 187.38 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0017855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.402;QD=14.6965;RBI=0.0122881;REFB=-0.0033091;REVB=-0.0121577;RO=30;SAF=17;SAR=4;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238715;STB=0.63895;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00938635;OID=.;OPOS=121038810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:4:17:19:11:4:17:19:11 chr11 121403229 . T C 1510.73 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159279;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.853;QD=59.8307;RBI=0.0159291;REFB=0;REVB=-0.000193434;RO=0;SAF=60;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7495e-05;OID=.;OPOS=121403229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:41:60:0:0:41:60:0:0 chr11 121437819 . C A,G 582.85 PASS AF=0.0512821,0.948718;AO=3,36;DP=39;FAO=2,37;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035995,0.0182779;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.923,95.4726;QD=59.7793;RBI=0.0105563,0.0223733;REFB=0,0;REVB=-0.00992365,0.0129029;RO=0;SAF=2,18;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.138609,0.000298263;OID=.,.;OPOS=121437819,121437819;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:39:39:0:0:3,36:2,37:0.0512821,0.948718:1,18:2,18:0:0:0,19:2,18:0:0 chr11 121448090 . T G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0104656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.896;QD=12.7914;RBI=0.021647;REFB=-0.00137138;REVB=-0.018949;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329948;STB=0.702329;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0024853;OID=.;OPOS=121448090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:9:5:15:7:9:5:16:7 chr11 121475922 . T A 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.434;QD=62.3474;RBI=0.0333755;REFB=0;REVB=0.0121547;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206064;OID=.;OPOS=121475922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr11 121491782 . G A 1470.59 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1998;QD=63.2512;RBI=0.0220688;REFB=0;REVB=-0.0164053;RO=0;SAF=56;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.95623e-05;OID=.;OPOS=121491782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:36:56:0:0:36:57:0:0 chr11 122022927 . C T 868.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.097;QD=57.8831;RBI=0.0925764;REFB=0;REVB=-0.0864182;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131517;OID=.;OPOS=122022927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:33:26:0:0:33:27:0:0 chr11 122322268 . A C 403.9 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.00509297;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9212;QD=21.8325;RBI=0.0134701;REFB=0.00754059;REVB=-0.0124701;RO=34;SAF=16;SAR=24;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175975;STB=0.596446;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00675371;OID=.;OPOS=122322268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:24:16:7:27:24:16:7:27 chr11 122430682 . C A 102.67 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0179334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.81;QD=7.08077;RBI=0.0187619;REFB=-0.00280344;REVB=-0.00551403;RO=43;SAF=11;SAR=4;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402529;STB=0.746283;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.007079;OID=.;OPOS=122430682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:43:43:15:15:0.258621:4:11:17:26:4:11:17:26 chr11 122646967 . G A 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00535712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.542;QD=26.4935;RBI=0.0191048;REFB=-0.0276006;REVB=0.0183383;RO=9;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106481;STB=0.559513;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0124151;OID=.;OPOS=122646967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:12:5:4:5:12:5:4:5 chr11 122665437 . A G 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.000527856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.363;QD=19.6923;RBI=0.00214832;REFB=-0.0262531;REVB=-0.00208246;RO=25;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155485;STB=0.587088;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0232953;OID=.;OPOS=122665437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:10:16:11:14:10:16:11:14 chr11 122738261 . A G 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0344674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.764;QD=22.3224;RBI=0.0349666;REFB=-0.0169795;REVB=-0.00588784;RO=23;SAF=15;SAR=15;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222882;STB=0.622565;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0149023;OID=.;OPOS=122738261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:15:15:5:18:15:15:5:18 chr11 122742050 . T C 105.72 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0119969;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.134;QD=19.2218;RBI=0.0123717;REFB=-0.0189408;REVB=0.00302214;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455781;STB=0.545379;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00793411;OID=.;OPOS=122742050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:22:22:10:10:11:12:0.545455:5:6:6:4:6:6:6:4 chr11 122742428 . T G 100.04 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.115222;FXX=0.0605877;HRUN=6;LEN=1;MLLD=132.471;QD=12.9079;RBI=0.115285;REFB=0.000742478;REVB=-0.00380498;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354572;STB=0.708;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.001759;OID=.;OPOS=122742428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:6:13:4:8:6:13 chr11 122743348 . C T 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0349446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.213;QD=17.6717;RBI=0.0546037;REFB=-0.00240375;REVB=-0.0419576;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20319;STB=0.613514;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00208604;OID=.;OPOS=122743348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:13:17:11:21:13:17:11:21 chr11 122795688 . T C 37.46 PASS AF=0.315789;AO=7;DP=21;FAO=6;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0153351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2755;QD=7.88643;RBI=0.0161966;REFB=-0.0032921;REVB=0.005212;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116701;STB=0.578691;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00833535;OID=.;OPOS=122795688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:19:11:13:7:6:0.315789:4:3:6:5:3:3:8:5 chr11 122928622 . A G 112.01 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00495989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.462;QD=18.6674;RBI=0.0100711;REFB=-0.0232375;REVB=0.00876511;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151801;STB=0.547738;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0339135;OID=.;OPOS=122928622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:24:24:11:11:10:11:0.458333:7:3:5:6:7:4:5:6 chr11 122929624 . A G 279.37 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0152426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.075;QD=18.9406;RBI=0.0172576;REFB=-0.0144008;REVB=0.00809251;RO=28;SAF=14;SAR=16;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905746;STB=0.541733;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0142411;OID=.;OPOS=122929624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:30:30:0.508475:16:14:16:12:16:14:16:13 chr11 123065683 . C T 1235.48 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3181;QD=61.0115;RBI=0.0592504;REFB=0;REVB=0.0379627;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515504;OID=.;OPOS=123065683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:37:43:0:0:38:43:0:0 chr11 123493258 . C T 424.06 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0180438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.477;QD=15.1449;RBI=0.0216576;REFB=-0.0180542;REVB=0.0119781;RO=64;SAF=11;SAR=37;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201917;STB=0.61434;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0351847;OID=.;OPOS=123493258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:64:48:48:0.428571:37:11:25:39:37:11:25:39 chr11 123598941 . T C 412.75 PASS AF=0.396694;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.00144203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.736;QD=13.6447;RBI=0.00379739;REFB=-0.0115226;REVB=-0.00351294;RO=72;SAF=27;SAR=21;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528721;STB=0.53332;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0164103;OID=.;OPOS=123598941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:72:73:48:48:0.396694:21:27:44:28:21:27:45:28 chr11 123676231 . G T 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0058282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.996;QD=16.9851;RBI=0.00627768;REFB=-0.0146214;REVB=0.00233266;RO=43;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338451;STB=0.518977;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0168384;OID=.;OPOS=123676231;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:18:18:20:23:18:18:20:23 chr11 123753937 . A G 541.79 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00768192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.14;QD=22.342;RBI=0.0106441;REFB=-0.0133395;REVB=-0.00736783;RO=46;SAF=26;SAR=25;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477613;STB=0.526305;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0109298;OID=.;OPOS=123753937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:46:51:51:0.525773:25:26:26:20:25:26:26:20 chr11 123754844 . T C 820.92 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0337317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.523;QD=55.6552;RBI=0.0817584;REFB=0.025946;REVB=0.0744756;RO=1;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129193;STB=0.506491;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-2.5413e-05;OID=.;OPOS=123754844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:59:1:1:56:58:0.983051:36:20:0:1:38:20:0:1 chr11 123777497 . GC AT 59.0 PASS AF=0.375;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.011189;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=126.314;QD=9.83392;RBI=0.0200497;REFB=-0.0163412;REVB=-0.0166371;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204846;STB=0.59612;STBP=0.515;TYPE=mnp;VARB=0.0400725;OID=.;OPOS=123777497;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:24:24:14:15:8:9:0.375:5:3:8:6:5:4:9:6 chr11 123777536 . G A 71.25 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=37;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0339968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3016;QD=7.49949;RBI=0.0509697;REFB=-0.0094347;REVB=0.0379753;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149962;STB=0.552528;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0454977;OID=.;OPOS=123777536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:38:28:28:9:10:0.263158:4:5:12:16:5:5:12:16 chr11 123777736 . T C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00634074;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.253;QD=16.884;RBI=0.00781831;REFB=0.00481754;REVB=-0.00457395;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458804;STB=0.526281;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00491656;OID=.;OPOS=123777736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:6:11:9:6:6:11 chr11 123777986 . T C 286.54 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.0063199;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.978;QD=20.4671;RBI=0.0207699;REFB=-0.0107294;REVB=0.0197851;RO=27;SAF=16;SAR=14;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247308;STB=0.630091;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00843265;OID=.;OPOS=123777986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:27:26:30:30:0.535714:14:16:22:5:14:16:21:5 chr11 123778031 . G A 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0161755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.76;QD=20.5465;RBI=0.01618;REFB=0.00141809;REVB=-0.000382559;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161935;STB=0.590829;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.0014477;OID=.;OPOS=123778031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:15:7:11:11:15:7 chr11 123778173 . T G 51.63 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.212575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0811;QD=18.7737;RBI=0.217199;REFB=-0.0318254;REVB=0.0445812;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119263;STB=0.52624;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0418066;OID=.;OPOS=123778173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:11:4:4:6:7:0.636364:4:2:2:2:4:3:2:2 chr11 123813823 . G A 206.91 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0143825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.553;QD=24.3421;RBI=0.0144215;REFB=-0.0261335;REVB=-0.00106086;RO=13;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840629;STB=0.534775;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0127224;OID=.;OPOS=123813823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:20:20:0.588235:7:13:7:6:7:13:8:6 chr11 123813940 . G C 245.63 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.033188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6874;QD=23.9638;RBI=0.0418725;REFB=-0.00984729;REVB=-0.0255316;RO=18;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877846;STB=0.548976;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0124187;OID=.;OPOS=123813940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:9:14:9:9:9:14:9:9 chr11 123814489 . A G 94.92 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0118213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.074;QD=11.8644;RBI=0.0180862;REFB=0.00291632;REVB=-0.0136882;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00529347;OID=.;OPOS=123814489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:10:10:6:6:10:10 chr11 123894119 . A G 111.03 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0144478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.245;QD=6.34475;RBI=0.0151093;REFB=-0.00621745;REVB=0.00442163;RO=53;SAF=8;SAR=9;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476477;STB=0.529377;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0177648;OID=.;OPOS=123894119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:53:53:17:17:0.242857:9:8:27:26:9:8:27:26 chr11 123894136 . A G 127.83 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0131677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.978;QD=6.8175;RBI=0.0132286;REFB=-0.0121096;REVB=0.00126783;RO=56;SAF=10;SAR=9;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321813;STB=0.519642;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0335918;OID=.;OPOS=123894136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:56:19:19:0.253333:9:10:28:28:9:10:28:28 chr11 123909627 . T C 198.8 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00573083;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.876;QD=18.4934;RBI=0.00581878;REFB=-0.00320778;REVB=0.0010079;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349629;STB=0.501278;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00815079;OID=.;OPOS=123909627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:23:19:20:0.465116:6:13:15:8:7:13:15:8 chr11 123909637 . G T 211.34 PASS AF=0.466667;AO=18;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00660723;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=257.842;QD=18.7854;RBI=0.0266633;REFB=-0.0106943;REVB=-0.0258317;RO=17;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046632;STB=0.503368;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00826368;OID=.;OPOS=123909637;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:24:18:21:0.466667:5:13:13:4:8:13:15:9 chr11 123909695 . G C 245.09 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0044314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.154;QD=15.5613;RBI=0.030891;REFB=0.00228109;REVB=0.0305715;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145377;STB=0.523793;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00229561;OID=.;OPOS=123909695;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:35:28:28:0.444444:14:14:16:17:14:14:16:19 chr11 124015994 . C T 269.24 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0408343;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.012;QD=22.4369;RBI=0.057032;REFB=-0.0192228;REVB=-0.0398147;RO=23;SAF=17;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253196;STB=0.622935;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0191818;OID=.;OPOS=124015994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:23:23:24:25:0.520833:7:17:10:13:8:17:10:13 chr11 124056377 . T C 265.24 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0210691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8334;QD=15.6025;RBI=0.0661372;REFB=-0.000431279;REVB=-0.0626915;RO=37;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985292;STB=0.562459;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.000191485;OID=.;OPOS=124056377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:14:16:16:21:14:16:16:22 chr11 124056566 . G A 165.84 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0022438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9729;QD=14.4206;RBI=0.0514673;REFB=-0.031133;REVB=-0.0514183;RO=27;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305172;STB=0.666481;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0212352;OID=.;OPOS=124056566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:27:28:18:18:0.391304:6:12:10:17:6:12:11:17 chr11 124056732 . T G 240.07 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=60;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0237555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7958;QD=15.2427;RBI=0.05985;REFB=-0.0379929;REVB=0.0549336;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539318;STB=0.507931;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0472086;OID=.;OPOS=124056732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:35:35:23:28:0.444444:13:10:17:18:14:14:18:17 chr11 124056787 . G A 219.84 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0100355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.424;QD=17.5872;RBI=0.041092;REFB=-0.0290257;REVB=-0.0398477;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206241;STB=0.617539;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0403913;OID=.;OPOS=124056787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:14:8:16:12:14:8:16:12 chr11 124095414 . C G 733.68 PASS AF=0.414508;AO=80;DP=193;FAO=80;FDP=193;FR=.;FRO=113;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=53;FSRR=60;FWDB=0.00931877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.994;QD=15.2058;RBI=0.0422234;REFB=-0.00420778;REVB=0.0411823;RO=113;SAF=44;SAR=36;SRF=53;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084707;STB=0.547422;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0064363;OID=.;OPOS=124095414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:113:113:80:80:0.414508:36:44:53:60:36:44:53:60 chr11 124095525 . T C 601.97 PASS AF=0.508333;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0105092;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.4;QD=20.0658;RBI=0.0155084;REFB=-0.00223076;REVB=-0.0114047;RO=59;SAF=39;SAR=22;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106337;STB=0.55872;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00384329;OID=.;OPOS=124095525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:59:59:61:61:0.508333:22:39:31:28:22:39:31:28 chr11 124095647 . A C 509.03 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0456278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5738;QD=20.991;RBI=0.0493586;REFB=-0.0455242;REVB=-0.0188248;RO=48;SAF=23;SAR=26;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853474;STB=0.547135;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0444415;OID=.;OPOS=124095647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:26:23:18:30:26:23:18:30 chr11 124096122 . G A 63.78 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0196954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3504;QD=4.11477;RBI=0.0308281;REFB=-9.11908e-05;REVB=-0.0237162;RO=50;SAF=6;SAR=5;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179102;STB=0.608504;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00202504;OID=.;OPOS=124096122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:50:51:11:11:0.177419:5:6:20:30:5:6:21:30 chr11 124096195 . G A 33.05 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00108133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.944;QD=3.14763;RBI=0.0451381;REFB=0.00124155;REVB=0.0451252;RO=35;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215425;STB=0.666112;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.0129865;OID=.;OPOS=124096195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:35:36:6:6:0.142857:2:4:17:18:2:4:17:19 chr11 124096247 . G A 59.82 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0109544;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.228;QD=5.43846;RBI=0.017463;REFB=-0.00790259;REVB=-0.0135998;RO=35;SAF=4;SAR=5;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153284;STB=0.599782;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0369492;OID=.;OPOS=124096247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:44:35:35:9:9:0.204545:5:4:20:15:5:4:20:15 chr11 124120821 . T C 388.72 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0244293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2307;QD=18.7333;RBI=0.093546;REFB=-0.0276568;REVB=0.0902999;RO=42;SAF=18;SAR=22;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154602;STB=0.591353;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0265932;OID=.;OPOS=124120821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:43:40:40:0.481928:22:18:26:16:22:18:27:16 chr11 124121199 . G C 375.97 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.00632138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.2;QD=14.6007;RBI=0.0113418;REFB=-0.00126738;REVB=0.00941684;RO=58;SAF=28;SAR=15;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292661;STB=0.655488;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00114641;OID=.;OPOS=124121199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:60:43:43:0.417476:15:28:21:37:15:28:23:37 chr11 124134743 . G A 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0199462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0832;QD=13.9476;RBI=0.0554031;REFB=-0.00467129;REVB=-0.0516881;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166926;STB=0.596706;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00473281;OID=.;OPOS=124134743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:9:8:17:10:9:8:17:10 chr11 124135009 . G A 293.8 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0129126;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.395;QD=21.7631;RBI=0.0152792;REFB=-0.00867204;REVB=0.00816816;RO=24;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126473;STB=0.569978;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00611587;OID=.;OPOS=124135009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:16:14:15:9:16:14:15:9 chr11 124135438 . G A 273.34 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0314395;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.884;QD=14.9778;RBI=0.0576646;REFB=-0.0125618;REVB=-0.0483401;RO=42;SAF=11;SAR=20;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176118;STB=0.599934;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0289481;OID=.;OPOS=124135438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:42:42:31:31:0.424658:20:11:22:20:20:11:22:20 chr11 124135481 . C T 217.52 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0223117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.303;QD=13.5948;RBI=0.0391123;REFB=-0.0137635;REVB=0.0321241;RO=38;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11128;STB=0.563725;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0264896;OID=.;OPOS=124135481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:17:9:17:21:17:9:17:21 chr11 124179835 . C T 561.0 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0111539;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2655;QD=19.0169;RBI=0.0112649;REFB=0.00347914;REVB=-0.0015775;RO=60;SAF=26;SAR=32;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138818;STB=0.576718;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00444974;OID=.;OPOS=124179835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:60:60:58:58:0.491525:32:26:36:24:32:26:36:24 chr11 124180082 . A G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00768559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.328;QD=17.3782;RBI=0.0108138;REFB=0.0129382;REVB=-0.00760722;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274137;STB=0.657836;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0147743;OID=.;OPOS=124180082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:3:7:4:7:3:7 chr11 124180282 . A C 104.2 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0197628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.03;QD=10.4204;RBI=0.0328961;REFB=-0.00381461;REVB=-0.026298;RO=27;SAF=10;SAR=3;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145263;STB=0.58809;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00520842;OID=.;OPOS=124180282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:3:10:18:9:3:10:18:9 chr11 124252422 . G A 160.0 PASS AF=0.391304;AO=16;DP=44;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0107275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.883;QD=13.9127;RBI=0.0129198;REFB=-0.00349696;REVB=-0.00720012;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257493;STB=0.67118;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.005115;OID=.;OPOS=124252422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:28:28:16:18:0.391304:7:9:9:19:7:11:9:19 chr11 124252718 . G A 207.14 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.062299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7214;QD=24.3688;RBI=0.0741585;REFB=-0.0131877;REVB=-0.0402282;RO=14;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127839;STB=0.571356;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.013854;OID=.;OPOS=124252718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:12:8:8:6:12:8:8:6 chr11 124252750 . G A 136.92 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00153445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.283;QD=18.256;RBI=0.00613319;REFB=-0.00456931;REVB=0.00593814;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182502;STB=0.604508;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00275633;OID=.;OPOS=124252750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:10:5:8:7:10:5:8:7 chr11 124252892 . A G 229.56 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0540143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1386;QD=22.3963;RBI=0.0549225;REFB=-0.02793;REVB=0.0099464;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00820253;STB=0.515681;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0264301;OID=.;OPOS=124252892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:22:22:0.536585:12:10:8:10:12:10:8:11 chr11 124253147 . A G 145.23 PASS AF=0.283784;AO=20;DP=72;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00704439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3483;QD=7.85038;RBI=0.00706568;REFB=-0.00789027;REVB=-0.000548046;RO=52;SAF=9;SAR=11;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601347;STB=0.544704;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.019447;OID=.;OPOS=124253147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:52:53:20:21:0.283784:11:9:26:26:12:9:26:27 chr11 124253161 . G A 126.77 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0962119;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.9597;QD=8.04879;RBI=0.0962326;REFB=-0.00250211;REVB=0.0019922;RO=41;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426203;STB=0.539639;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0210046;OID=.;OPOS=124253161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:41:45:18:18:0.285714:9:9:19:22:9:9:20:25 chr11 124253170 . G A 133.64 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0156077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.546;QD=9.37825;RBI=0.0174466;REFB=0.00262758;REVB=-0.00779646;RO=39;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147629;STB=0.508762;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00716836;OID=.;OPOS=124253170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:9:9:20:19:9:9:20:19 chr11 124253181 . T C 125.73 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0170692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.625;QD=9.67113;RBI=0.0220914;REFB=-5.05426e-06;REVB=-0.014024;RO=36;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405079;STB=0.524241;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=3.76004e-05;OID=.;OPOS=124253181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:7:9:19:17:7:9:19:17 chr11 124266906 . C T 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00647619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.902;QD=20.2081;RBI=0.052658;REFB=0.00404499;REVB=-0.0522582;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233879;STB=0.63359;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00205151;OID=.;OPOS=124266906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:4:9:4:6:4:9:4:6 chr11 124266912 . A G 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.018077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.409;QD=21.5459;RBI=0.0187257;REFB=-0.0221349;REVB=0.00488603;RO=10;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247621;STB=0.640814;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00699305;OID=.;OPOS=124266912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:4:10:4:6:4:10:4:6 chr11 124294236 . A G 263.35 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00104902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.913;QD=17.5566;RBI=0.0245281;REFB=-0.0250379;REVB=0.0245057;RO=31;SAF=8;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212713;STB=0.619938;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0343567;OID=.;OPOS=124294236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:21:8:15:16:21:8:15:16 chr11 124294349 . C A 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0104137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.049;QD=21.9446;RBI=0.029039;REFB=-0.0260182;REVB=-0.0271076;RO=12;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301469;STB=0.672171;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0201769;OID=.;OPOS=124294349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:13:3:6:6:13:3:6:6 chr11 124294377 . A G 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0495228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1458;QD=16.116;RBI=0.0496564;REFB=-0.027252;REVB=-0.0036398;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14609;STB=0.585215;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0169799;OID=.;OPOS=124294377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:5:8:9:3:5:8 chr11 124310622 . A G 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0293224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.222;QD=4.81075;RBI=0.0450899;REFB=-0.008085;REVB=-0.0342533;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175337;STB=0.618641;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0376546;OID=.;OPOS=124310622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:4:2:11:12:4:2:11:12 chr11 124440362 . C G 223.04 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0185541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.209;QD=16.5213;RBI=0.0189282;REFB=-0.0214099;REVB=-0.00374444;RO=29;SAF=20;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352785;STB=0.701576;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0476699;OID=.;OPOS=124440362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:5:20:14:15:5:20:14:15 chr11 124440617 . C T 1002.72 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.577;QD=58.9837;RBI=0.00302302;REFB=0;REVB=0.00279345;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3751e-06;OID=.;OPOS=124440617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:28:37:0:0:31:37:0:0 chr11 124610011 . C CG,CGG,G 141.66 PASS AF=0.589744,0,0.0512821;AO=12,6,3;DP=40;FAO=23,0,2;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=21,0,2;FSAR=2,0,0;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.0169702,0.00833686,-0.00637989;FXX=0.0249938;HRUN=5,5,3;LEN=1,2,1;MLLD=10.4211,14.4713,31.1773;QD=14.5291;RBI=0.142438,0.0927318,0.186701;REFB=-0.0961231,-0.0520905,-0.0595895;REVB=0.141423,0.0923562,-0.186592;RO=19;SAF=12,6,2;SAR=0,0,1;SRF=17;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.745462,0.630987,-0.380804;STB=0.519068,0.5,0.990579;STBP=0.86,1,0.489;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.0309998,0.100609,0.00579803;OID=.,.,.;OPOS=124610012,124610012,124610011;OREF=-,-,C;OALT=G,GG,G;OMAPALT=CG,CGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:40:39:19:14:12,6,3:23,0,2:0.589744,0,0.0512821:0,0,1:12,6,2:17:2:2,0,0:21,0,2:13:1 chr11 124742365 . G A 493.89 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0325146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9696;QD=20.3667;RBI=0.0696669;REFB=-0.0276975;REVB=0.0616139;RO=47;SAF=21;SAR=27;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108868;STB=0.515105;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0354754;OID=.;OPOS=124742365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:49:48:48:0.494845:27:21:20:27:27:21:20:29 chr11 124747837 . G A 337.56 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0108092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.553;QD=15.0028;RBI=0.0117582;REFB=-0.0040766;REVB=0.00462785;RO=53;SAF=16;SAR=21;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413134;STB=0.523392;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00561198;OID=.;OPOS=124747837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:21:16:25:28:21:16:25:28 chr11 124750447 . CCGGAGTCGGAGT CCGGAGT,CCGGAGTCAGAGC 44.73 PASS AF=0.173913,0.130435;AO=4,3;DP=25;FAO=4,3;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1,2;FSAR=3,1;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=-0.0432245,-0.0136785;FXX=0.079968;HRUN=1,2;LEN=6,5;MLLD=154.283,253.778;QD=7.77841;RBI=0.0509152,0.021081;REFB=-0.00454231,-0.00597514;REVB=-0.0269074,-0.0160408;RO=16;SAF=1,2;SAR=3,1;SRF=1;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.399989,0.671677;STB=0.749243,0.913084;STBP=0.823,0.583;TYPE=del,mnp;VARB=0.0526833,0.0416392;OID=.,.;OPOS=124750448,124750455;OREF=CGGAGT,GGAGT;OALT=-,AGAGC;OMAPALT=CCGGAGT,CCGGAGTCAGAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173913,0.130435:4,3:25:4,3:23:16:1,2:3,1:1:15:24:16:1,2:3,1:1:15 chr11 124766128 . A G 434.41 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.00564206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.872;QD=19.9728;RBI=0.0306588;REFB=-0.01775;REVB=-0.0301352;RO=39;SAF=18;SAR=26;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114804;STB=0.58061;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0196694;OID=.;OPOS=124766128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:43:44:44:0.505747:26:18:11:28:26:18:11:32 chr11 124766202 . A AC,AT 524.32 PASS AF=0.060241,0.578313;AO=9,11;DP=86;FAO=5,48;FDP=83;FR=.;FRO=30;FSAF=1,12;FSAR=4,36;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0312501,0.037652;FXX=0;HRUN=6,0;LEN=1,1;MLLD=7.32933,132.376;QD=25.2684;RBI=0.31701,0.0492646;REFB=-0.25101,-0.0693902;REVB=0.315466,0.0317699;RO=59;SAF=3,0;SAR=6,11;SRF=21;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0302266,-0.663357;STB=0.748931,0.599956;STBP=0.297,0.044;TYPE=ins,ins;VARB=0.0609248,0.0478941;OID=.,.;OPOS=124766203,124766203;OREF=-,-;OALT=C,T;OMAPALT=AC,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.060241,0.578313:9,11:86:5,48:83:30:1,12:4,36:14:16:99:59:3,0:6,11:21:38 chr11 124766203 . C T 315.09 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.00795907;FXX=0.0232531;HRUN=6;LEN=1;MLLD=122.313;QD=15.0043;RBI=0.0178759;REFB=-0.0329411;REVB=0.0160062;RO=44;SAF=12;SAR=23;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106364;STB=0.524124;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0335923;OID=.;OPOS=124766203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:44:49:35:35:0.416667:23:12:11:33:23:12:15:34 chr11 124767686 . G T 113.25 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.00191057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.107;QD=9.63806;RBI=0.0855124;REFB=-0.0307338;REVB=-0.0854911;RO=32;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583284;STB=0.528342;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0596745;OID=.;OPOS=124767686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:33:14:14:0.297872:11:3:8:24:11:3:8:25 chr11 124789755 . T C 817.71 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.389;QD=57.3834;RBI=0.00926955;REFB=0;REVB=0.00124143;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86513e-05;OID=.;OPOS=124789755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:31:24:0:0:33:24:0:0 chr11 124790574 . C A 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4345;QD=33.4227;RBI=0.0542237;REFB=0;REVB=-0.0223466;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110421;OID=.;OPOS=124790574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr11 124793682 . T C 803.8 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233299;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.785;QD=57.4139;RBI=0.0253429;REFB=0;REVB=0.00989825;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126774;OID=.;OPOS=124793682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr11 124947149 . G A 428.91 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00375669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.615;QD=22.875;RBI=0.00506234;REFB=-0.0363898;REVB=-0.00339332;RO=33;SAF=20;SAR=22;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795001;STB=0.543705;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0344683;OID=.;OPOS=124947149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:22:20:19:14:22:20:19:14 chr11 124947396 . A G 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0329589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.702;QD=18.9664;RBI=0.0329601;REFB=-0.00686468;REVB=-0.000278017;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209681;STB=0.618217;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00426748;OID=.;OPOS=124947396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:8:17:10:12:8:17 chr11 124951311 . T C 293.39 PASS AF=0.361702;AO=31;DP=91;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=0.00126373;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=240.263;QD=12.4847;RBI=0.001487;REFB=-0.00768598;REVB=0.000783686;RO=32;SAF=27;SAR=4;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278348;STB=0.70827;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0184316;OID=.;OPOS=124951311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:32:60:31:34:0.361702:4:27:22:10:4:30:41:19 chr11 124955032 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.298;QD=62.0219;RBI=0.072237;REFB=0;REVB=0.0707534;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590853;OID=.;OPOS=124955032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr11 124972208 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.416;QD=62.3504;RBI=0.0231529;REFB=0;REVB=-0.0108265;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27779e-05;OID=.;OPOS=124972208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr11 124972518 . A G 682.96 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0174648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5523;QD=52.5356;RBI=0.0176535;REFB=-0.00584417;REVB=-0.00257423;RO=2;SAF=41;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937301;STB=0.549979;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00217969;OID=.;OPOS=124972518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:9:41:0:2:9:41:0:2 chr11 124972522 . T C 771.59 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532204;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.662;QD=57.1551;RBI=0.0559443;REFB=0;REVB=0.0556905;RO=0;SAF=43;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115003;OID=.;OPOS=124972522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:11:43:0:0:11:43:0:0 chr11 125003004 . A G 519.69 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.576;QD=59.3934;RBI=0.0174605;REFB=0;REVB=0.015244;RO=0;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10412e-05;OID=.;OPOS=125003004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:28:7:0:0:28:7:0:0 chr11 125301587 . T C 801.12 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.352;QD=57.223;RBI=0.049068;REFB=0;REVB=-0.0238327;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43394e-05;OID=.;OPOS=125301587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr11 125443429 . T C 460.91 PASS AF=0.578947;AO=41;DP=75;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00367175;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.534;QD=24.2583;RBI=0.018331;REFB=-0.00246333;REVB=0.0179595;RO=30;SAF=20;SAR=21;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677633;STB=0.526304;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00132847;OID=.;OPOS=125443429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:30:32:41:44:0.578947:21:20:12:18:22:22:14:18 chr11 125443473 . A C 291.93 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0626033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3615;QD=21.6245;RBI=0.0659385;REFB=0.0175537;REVB=-0.0207056;RO=24;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404142;STB=0.522373;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.0138618;OID=.;OPOS=125443473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:16:14:10:14:16:14:10:14 chr11 125452300 . A AC 515.9 PASS AF=1;AO=44;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.8001;QD=41.2719;RBI=0.061038;REFB=0;REVB=0.0552965;RO=4;SAF=18;SAR=26;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014632;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00120491;OID=.;OPOS=125452301;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:49:50:50:0:21:29:0:0:10:4:18:26:2:2 chr11 125452313 . A G 331.09 PASS AF=0.615385;AO=31;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0371987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.998;QD=25.4687;RBI=0.0373813;REFB=-0.0230916;REVB=-0.00369044;RO=20;SAF=11;SAR=20;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072236;STB=0.530284;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0193767;OID=.;OPOS=125452313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:31:32:0.615385:20:11:9:11:20:12:9:11 chr11 125525195 . A G 1958.77 PASS AF=1;AO=125;DP=129;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769761;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.488;QD=61.6935;RBI=0.0101112;REFB=0;REVB=0.00655614;RO=0;SAF=78;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224914;OID=.;OPOS=125525195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:127:0:0:125:127:1:47:78:0:0:49:78:0:0 chr11 125648503 . G A 762.9 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222347;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.53;QD=56.5109;RBI=0.0239496;REFB=0;REVB=-0.00889966;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173473;OID=.;OPOS=125648503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:29:25:0:0 chr11 125707761 . A C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00320459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.768;QD=17.3217;RBI=0.0118464;REFB=-0.0321031;REVB=-0.0114048;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193565;STB=0.596892;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0304187;OID=.;OPOS=125707761;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:6:10:7:10:6:10:8:10 chr11 125708198 . C T 548.44 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.886;QD=59.2904;RBI=0.0293953;REFB=0;REVB=0.0194183;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153396;OID=.;OPOS=125708198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:37:0:0:33:37:1:8:25:0:0:10:27:0:0 chr11 125708293 . T G 156.24 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00976686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.98;QD=15.6242;RBI=0.019058;REFB=-0.0121923;REVB=0.0163651;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668603;STB=0.538417;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.018128;OID=.;OPOS=125708293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:7:10:15:8:7:10:15:8 chr11 125763746 . C G 695.57 PASS AF=0.469799;AO=70;DP=149;FAO=70;FDP=149;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.0117149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7677;QD=18.6729;RBI=0.0336741;REFB=-0.0279712;REVB=0.0315707;RO=79;SAF=33;SAR=37;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021318;STB=0.511812;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0389416;OID=.;OPOS=125763746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:79:79:70:70:0.469799:37:33:39:40:37:33:39:40 chr11 125766044 . C A 359.79 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00654624;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.596;QD=22.1407;RBI=0.021117;REFB=-0.0074184;REVB=-0.0200767;RO=29;SAF=13;SAR=23;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744519;STB=0.541153;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0075619;OID=.;OPOS=125766044;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:29:29:36:36:0.553846:23:13:13:16:23:13:13:16 chr11 125766173 . A C 729.48 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.097;QD=57.2141;RBI=0.06064;REFB=0;REVB=-0.00734217;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147725;OID=.;OPOS=125766173;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:27:23:0:0:28:23:0:0 chr11 125770425 . A C 380.67 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.00257992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.31;QD=19.5217;RBI=0.0162323;REFB=-0.00755709;REVB=0.016026;RO=39;SAF=16;SAR=23;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249857;STB=0.638407;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00399087;OID=.;OPOS=125770425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:23:16:27:12:23:16:27:12 chr11 125788678 . T C 3172.81 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0077082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.067;QD=61.3103;RBI=0.0245955;REFB=0;REVB=0.0233564;RO=0;SAF=66;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20709e-05;OID=.;OPOS=125788678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:207:207:0:0:206:207:1:140:66:0:0:140:67:0:0 chr11 125810714 . T C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0387023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.54;QD=10.6346;RBI=0.0387648;REFB=-0.0101899;REVB=0.00220183;RO=13;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500064;STB=0.810699;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0146501;OID=.;OPOS=125810714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:1:7:6:7:1:7:6:7 chr11 125810721 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0342318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1741;QD=11.9197;RBI=0.0349845;REFB=-0.00896597;REVB=-0.0072177;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45597;STB=0.781686;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0133426;OID=.;OPOS=125810721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:4:5:1:6:4:5 chr11 125812875 . G A 332.8 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00743307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8281;QD=19.0172;RBI=0.0634096;REFB=-0.0101521;REVB=0.0629724;RO=35;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514504;STB=0.528625;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0124059;OID=.;OPOS=125812875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:18:17:15:20:18:17:15:20 chr11 125813527 . G A 243.64 PASS AF=0.511111;AO=21;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0154173;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.545;QD=21.657;RBI=0.0159159;REFB=-0.010707;REVB=0.0039524;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202661;STB=0.625401;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0107118;OID=.;OPOS=125813527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:22:21:23:0.511111:7:14:11:13:7:16:10:12 chr11 125825708 . A G 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0249092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.875;QD=23.236;RBI=0.0291357;REFB=-0.0110701;REVB=0.0151135;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287626;STB=0.516111;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00552313;OID=.;OPOS=125825708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:9:9:6:7:9:9:6:7 chr11 125830697 . T C 133.57 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0217986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6213;QD=7.97409;RBI=0.0399554;REFB=0.0154061;REVB=-0.0334851;RO=48;SAF=14;SAR=5;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363167;STB=0.718866;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0303745;OID=.;OPOS=125830697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:19:19:0.283582:5:14:21:27:5:14:21:27 chr11 125830970 . A T 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.955;QD=58.0587;RBI=0.0181535;REFB=0;REVB=0.0101789;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20439e-05;OID=.;OPOS=125830970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr11 125831701 . G A 405.39 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00840844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3905;QD=25.3366;RBI=0.00942224;REFB=-0.00742632;REVB=-0.00425168;RO=25;SAF=25;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615206;STB=0.533714;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00475412;OID=.;OPOS=125831701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:14:25:14:11:14:25:14:11 chr11 125848261 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0188947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.306;QD=19.0177;RBI=0.0231059;REFB=-0.00977962;REVB=0.0132993;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264922;STB=0.650959;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0069904;OID=.;OPOS=125848261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:10:5:9:5:10:5:9:5 chr11 125891269 . C T 1208.7 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.484;QD=61.1998;RBI=0.0143477;REFB=0;REVB=-0.0140492;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93454e-05;OID=.;OPOS=125891269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr11 126045822 . T C 225.72 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0471211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9864;QD=15.3029;RBI=0.0756643;REFB=-0.0060259;REVB=-0.0592004;RO=32;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145028;STB=0.590958;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00717549;OID=.;OPOS=126045822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:16:10:17:15:16:10:18:15 chr11 126045830 . C G 306.72 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00933486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.734;QD=22.72;RBI=0.010729;REFB=-0.0296603;REVB=-0.00528882;RO=23;SAF=16;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626526;STB=0.534584;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0153565;OID=.;OPOS=126045830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:15:16:10:13:15:16:10:13 chr11 126074192 . A G 307.96 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0510856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.085;QD=15.7928;RBI=0.0761428;REFB=0.00257026;REVB=0.0564622;RO=41;SAF=22;SAR=12;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112957;STB=0.547323;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00151968;OID=.;OPOS=126074192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:44:34:34:0.435897:12:22:22:19:12:22:25:19 chr11 126081403 . T C 1040.0 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.382;QD=58.5914;RBI=0.0363741;REFB=0;REVB=-0.0344541;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122776;OID=.;OPOS=126081403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:36:33:0:0:37:34:0:0 chr11 126139100 . T C 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.174;QD=63.8694;RBI=0.0398576;REFB=0;REVB=0.0268096;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121328;OID=.;OPOS=126139100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr11 126139313 . T A 747.31 PASS AF=0.918033;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.062056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7565;QD=49.0041;RBI=0.0678184;REFB=-0.0624363;REVB=-0.0273566;RO=4;SAF=25;SAR=31;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00679184;STB=0.512695;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0058375;OID=.;OPOS=126139313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:60:61:4:5:56:56:0.918033:31:25:2:2:31:25:3:2 chr11 126151545 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00185149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=338.866;QD=18.6371;RBI=0.00632835;REFB=-0.00966161;REVB=0.00605145;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270594;STB=0.653657;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0119899;OID=.;OPOS=126151545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:6:10:5:11:6:10:5:11 chr11 126162468 . G A 212.6 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0188386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7929;QD=17.3552;RBI=0.0286181;REFB=0.000387033;REVB=-0.0215431;RO=25;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830942;STB=0.532329;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00381589;OID=.;OPOS=126162468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:27:21:22:0.44898:15:6:9:16:15:7:10:17 chr11 126174038 . C T 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0289367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.866;QD=16.661;RBI=0.0305553;REFB=0.00128305;REVB=-0.00981307;RO=32;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116173;STB=0.565172;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.000613697;OID=.;OPOS=126174038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:13:15:21:11:13:15:21:11 chr11 126174164 . C T 201.17 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0217027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.8778;QD=16.4221;RBI=0.159839;REFB=0.00540078;REVB=0.158359;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506816;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00469927;OID=.;OPOS=126174164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:18:28:14:21:0.428571:7:7:9:9:11:10:13:15 chr11 126176578 . G A 992.93 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653316;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.94;QD=59.2792;RBI=0.0069062;REFB=0;REVB=0.00223905;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3987e-05;OID=.;OPOS=126176578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr11 126201403 . T C 199.77 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0440236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3895;QD=13.5434;RBI=0.0493277;REFB=0.0228966;REVB=0.022252;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083621;STB=0.542338;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.0579309;OID=.;OPOS=126201403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:35:23:24:0.40678:12:11:19:15:12:12:20:15 chr11 126277216 . C T 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0128366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.766;QD=16.6317;RBI=0.0181215;REFB=-0.00205795;REVB=-0.0127911;RO=41;SAF=14;SAR=20;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168515;STB=0.594624;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00209658;OID=.;OPOS=126277216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:20:14:24:17:20:14:24:17 chr11 126277994 . C CCA,T 149.54 PASS AF=0.388889,0.5;AO=5,7;DP=19;FAO=7,9;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=7,0;FSAR=0,9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0667845,-0.080017;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=52.829,54.2011;QD=33.2317;RBI=0.0735103,0.2727;REFB=-0.121653,0.00838535;REVB=0.030718,0.260697;RO=6;SAF=5,0;SAR=0,7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.716421,-0.793444;STB=0.5,0.998168;STBP=1,0.005;TYPE=ins,snp;VARB=0.24243,0.0165026;OID=.,.;OPOS=126277995,126277994;OREF=-,C;OALT=CA,T;OMAPALT=CCA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:47:19:18:6:2:5,7:7,9:0.388889,0.5:0,7:5,0:4:2:0,9:7,0:2:0 chr11 126278075 . C T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.015477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.01;QD=17.9407;RBI=0.0252675;REFB=-0.00793637;REVB=-0.0199728;RO=21;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263901;STB=0.664621;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00806744;OID=.;OPOS=126278075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:14:5:11:10:14:5:12:10 chr11 126294817 . G A 369.86 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8217;QD=54.7946;RBI=0.0445074;REFB=0;REVB=0.0407141;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507376;OID=.;OPOS=126294817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:8:18:0:0:8:19:0:0 chr11 126310082 . A T 292.66 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=46;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0043612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.073;QD=24.3881;RBI=0.0255942;REFB=-0.0809124;REVB=-0.0252199;RO=19;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429704;STB=0.51203;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0488697;OID=.;OPOS=126310082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:19:21:26:27:0.5625:11:15:12:7:11:16:13:8 chr11 126870418 . C T 119.11 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.026547;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.013;QD=12.5378;RBI=0.0430237;REFB=-0.0145343;REVB=-0.033857;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277372;STB=0.671305;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0193814;OID=.;OPOS=126870418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:24:14:14:0.368421:8:6:16:7:8:6:17:7 chr11 128328913 . G A 1081.53 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656614;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.566;QD=60.0847;RBI=0.0670336;REFB=0;REVB=-0.0134941;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211764;OID=.;OPOS=128328913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:70:72:1:42:28:0:0:43:29:0:0 chr11 128333503 . T C 647.9 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4443;QD=61.7044;RBI=0.0702656;REFB=0;REVB=0.00934841;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897503;OID=.;OPOS=128333503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr11 128638216 . TGGGGGGGC TGGGGGC,TGGGGGGC,TGGGGGGCG 971.17 PASS AF=0.019802,0.980198,0;AO=16,72,4;DP=104;FAO=2,99,0;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=0,60,0;FSAR=2,39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000927628,0.00325672,0.0125093;FXX=0.0288434;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,2;MLLD=9.34714,12.5014,31.6605;QD=38.462;RBI=0.118589,0.220394,0.0322387;REFB=0,0,0;REVB=-0.118585,-0.22037,-0.0297128;RO=7;SAF=7,46,0;SAR=9,26,4;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.301656,-0.0667289,-0.819748;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.00825989,-0.0227381,0.096045;OID=.,.,.;OPOS=128638217,128638217,128638223;OREF=GG,G,GC;OALT=-,-,CG;OMAPALT=TGGGGGC,TGGGGGGC,TGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.019802,0.980198,0:16,72,4:104:2,99,0:101:0:0,60,0:2,39,0:0:0:4:7:7,46,0:9,26,4:7:0 chr11 128651893 . A G 290.48 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0177172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.947;QD=16.5991;RBI=0.0182605;REFB=-0.0170227;REVB=-0.004421;RO=37;SAF=12;SAR=20;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306759;STB=0.526299;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0147273;OID=.;OPOS=128651893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:32:32:0.457143:20:12:15:22:20:12:16:22 chr11 128708009 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.305;QD=63.871;RBI=0.0153016;REFB=0;REVB=-0.000580686;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99725e-05;OID=.;OPOS=128708009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr11 128781339 . T C 494.42 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0108813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.278;QD=18.835;RBI=0.0109418;REFB=-0.0131735;REVB=-0.00114954;RO=52;SAF=29;SAR=23;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532527;STB=0.523694;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0155665;OID=.;OPOS=128781339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:53:52:52:0.495238:23:29:32:20:23:29:32:21 chr11 128781978 . T G 315.53 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.000530869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8874;QD=25.2424;RBI=0.0330618;REFB=0.0320958;REVB=0.0330576;RO=22;SAF=8;SAR=20;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324354;STB=0.680341;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0248049;OID=.;OPOS=128781978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:20:8:15:7:20:8:15:7 chr11 128782002 . T C 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0279004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.262;QD=16.6612;RBI=0.0281303;REFB=-0.00508587;REVB=0.003589;RO=31;SAF=8;SAR=20;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393694;STB=0.714133;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0033925;OID=.;OPOS=128782002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:20:8:22:9:20:8:22:10 chr11 128782012 . C G 885.35 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1905;QD=58.0554;RBI=0.0169994;REFB=0;REVB=-0.0133556;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32011e-05;OID=.;OPOS=128782012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr11 128787554 . C T 74.32 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.055891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5182;QD=22.8676;RBI=0.0915622;REFB=-0.00410287;REVB=-0.0725247;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300734;STB=0.517203;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00101737;OID=.;OPOS=128787554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:4:5:2:2:4:5:2:2 chr11 128804960 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0663323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.813;QD=16.8984;RBI=0.0664372;REFB=-0.0135602;REVB=-0.00373336;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20428;STB=0.616236;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.016406;OID=.;OPOS=128804960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:1:8:7:3:1:8 chr11 128805548 . G A 322.33 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0233699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.039;QD=16.5298;RBI=0.0258418;REFB=0.00945759;REVB=0.0110293;RO=43;SAF=18;SAR=17;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202307;STB=0.511365;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.0156203;OID=.;OPOS=128805548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:17:18:23:20:17:18:23:20 chr11 128805557 . T C 329.69 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0326181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.671;QD=16.9073;RBI=0.0436452;REFB=-0.0264054;REVB=0.0289993;RO=41;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489003;STB=0.540518;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0257061;OID=.;OPOS=128805557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:35:36:0.461538:18:17:22:19:19:17:23:19 chr11 128839156 . T C 589.67 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.033096;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8733;QD=23.825;RBI=0.0757555;REFB=-0.00742111;REVB=0.0681436;RO=45;SAF=32;SAR=22;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644202;STB=0.535309;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00783753;OID=.;OPOS=128839156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:45:45:54:54:0.545455:22:32:30:15:22:32:30:15 chr11 128839526 . C G 622.49 PASS AF=0.564815;AO=60;DP=107;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0231717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.636;QD=23.0552;RBI=0.0252565;REFB=-0.0353501;REVB=0.0100479;RO=46;SAF=23;SAR=37;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12978;STB=0.570612;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0288621;OID=.;OPOS=128839526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:46:47:60:61:0.564815:37:23:25:21:37:24:26:21 chr11 128868239 . T C 322.21 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00760736;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.802;QD=13.8586;RBI=0.0169191;REFB=-0.0050479;REVB=-0.0151124;RO=57;SAF=16;SAR=20;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106793;STB=0.560825;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00962976;OID=.;OPOS=128868239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:57:36:36:0.387097:20:16:31:26:20:16:31:26 chr11 129072915 . C G 65.36 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0419819;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2606;QD=9.68256;RBI=0.0967909;REFB=0.0147183;REVB=0.0872124;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180374;STB=0.609518;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.0215669;OID=.;OPOS=129072915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:28:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:11:7:5:4:11:7 chr11 129312660 . C T 754.36 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0427;QD=56.9325;RBI=0.0368428;REFB=0;REVB=-0.0109408;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273352;OID=.;OPOS=129312660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr11 129321066 . C T 79.77 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.018476;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.15;QD=14.5034;RBI=0.0193127;REFB=-0.00417472;REVB=-0.00562313;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271484;STB=0.660047;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00979068;OID=.;OPOS=129321066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:22:12:12:10:10:0.454545:3:7:5:7:3:7:5:7 chr11 129321818 . T G 157.69 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.909;QD=45.0527;RBI=0.0180484;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=13;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288075;OID=.;OPOS=129321818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:0:13:0:0:0:14:0:0 chr11 129729707 . C G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0199769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.912;QD=19.134;RBI=0.026812;REFB=0.0404581;REVB=-0.0178832;RO=2;SAF=3;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407562;STB=0.748924;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00176746;OID=.;OPOS=129729707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:7:2:2:4:5:0.714286:1:3:0:2:1:4:0:2 chr11 129729775 . C T 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00281704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5273;QD=9.19939;RBI=0.0265767;REFB=-0.00906881;REVB=-0.026427;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125019;STB=0.521677;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0135623;OID=.;OPOS=129729775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:12:13:7:7:0.35:3:4:7:5:3:4:7:6 chr11 129746707 . G T 934.75 PASS AF=0.511111;AO=92;DP=181;FAO=92;FDP=180;FR=.;FRO=88;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=0.00129605;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.876;QD=20.7721;RBI=0.0294813;REFB=-0.0108932;REVB=0.0294528;RO=85;SAF=41;SAR=51;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12457;STB=0.565287;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0121121;OID=.;OPOS=129746707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:85:88:92:92:0.511111:51:41:50:35:51:41:51:37 chr11 129754644 . A G 240.54 PASS AF=0.509434;AO=25;DP=51;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00281733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.676;QD=18.154;RBI=0.00661732;REFB=-0.0156058;REVB=-0.00598761;RO=26;SAF=3;SAR=22;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440484;STB=0.674944;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0256818;OID=.;OPOS=129754644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:26:26:25:27:0.509434:22:3:12:14:22:5:12:14 chr11 129754668 . T C 239.28 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00439815;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.593;QD=18.0587;RBI=0.0183043;REFB=-0.0101962;REVB=0.017768;RO=26;SAF=6;SAR=20;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310523;STB=0.668756;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0107864;OID=.;OPOS=129754668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:26:27:26:26:0.490566:20:6:14:12:20:6:14:13 chr11 129758327 . G A 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0157443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.996;QD=9.09231;RBI=0.0157643;REFB=-0.00781497;REVB=0.000794162;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800431;STB=0.561308;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.011494;OID=.;OPOS=129758327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:32:13:13:0.288889:8:5:14:17:8:5:15:17 chr11 129794950 . T C 1234.59 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0169653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6871;QD=58.7901;RBI=0.0465926;REFB=-0.103899;REVB=0.0433941;RO=2;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205808;STB=0.510867;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0025203;OID=.;OPOS=129794950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:45:37:0:2:45:37:0:2 chr11 129801043 . C T 2697.94 PASS AF=0.994286;AO=174;DP=175;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0158377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.147;QD=61.6672;RBI=0.03802;REFB=0.0263672;REVB=-0.0345642;RO=1;SAF=84;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563313;STB=0.502793;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000373139;OID=.;OPOS=129801043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:175:1:1:174:174:0.994286:90:84:1:0:89:85:0:1 chr11 129801124 . T C 1743.59 PASS AF=0.975;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0250525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.867;QD=58.1196;RBI=0.0303833;REFB=0.00491502;REVB=0.0171906;RO=3;SAF=52;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00534244;STB=0.502814;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00023528;OID=.;OPOS=129801124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:120:3:3:117:117:0.975:65:52:1:2:65:52:1:2 chr11 129873028 . C T 791.93 PASS AF=0.433673;AO=85;DP=196;FAO=85;FDP=196;FR=.;FRO=111;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=-0.0758823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7359;QD=16.1618;RBI=0.0799019;REFB=-0.0263449;REVB=-0.0250239;RO=110;SAF=38;SAR=47;SRF=60;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996101;STB=0.552929;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0335987;OID=.;OPOS=129873028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:110:111:85:85:0.433673:47:38:60:50:47:38:60:51 chr11 129970126 . C T 567.07 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0112578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4519;QD=23.1455;RBI=0.0249544;REFB=-0.0184198;REVB=-0.0222707;RO=45;SAF=20;SAR=33;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394211;STB=0.521678;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0144068;OID=.;OPOS=129970126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:45:45:53:53:0.540816:33:20:19:26:33:20:19:26 chr11 130066335 . C T 86.56 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0351262;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.509;QD=16.4872;RBI=0.0370002;REFB=-0.000518119;REVB=-0.0116259;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300918;STB=0.615182;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00292565;OID=.;OPOS=130066335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:21:21:9:10:10:11:0.52381:4:6:2:7:5:6:3:7 chr11 130068491 . G C 334.74 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.012609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.009;QD=33.474;RBI=0.0209094;REFB=-0.0149314;REVB=-0.0166798;RO=12;SAF=4;SAR=24;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109048;STB=0.559954;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0104937;OID=.;OPOS=130068491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:24:4:3:9:24:4:3:9 chr11 130271678 . T G 935.87 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.477;QD=58.492;RBI=0.0565248;REFB=0;REVB=0.048616;RO=0;SAF=48;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030169;OID=.;OPOS=130271678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:15:48:0:0:15:49:0:0 chr11 130281380 . C G 631.33 PASS AF=0.492308;AO=64;DP=130;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=0.0238653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.793;QD=19.4257;RBI=0.0243164;REFB=-0.00425747;REVB=-0.00466174;RO=66;SAF=40;SAR=24;SRF=45;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566614;STB=0.53124;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00542512;OID=.;OPOS=130281380;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:66:66:64:64:0.492308:24:40:45:21:24:40:45:21 chr11 130281488 . G A 592.53 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.214;QD=59.2533;RBI=0.0782545;REFB=0;REVB=0.0322764;RO=1;SAF=9;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491764;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00325229;OID=.;OPOS=130281488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:1:0:36:40:1:27:9:1:0:28:12:0:0 chr11 130340962 . A G 809.27 PASS AF=0.546763;AO=75;DP=139;FAO=76;FDP=139;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.03748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.091;QD=23.2882;RBI=0.037582;REFB=-0.0222904;REVB=0.00276642;RO=63;SAF=36;SAR=39;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10999;STB=0.562615;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0210741;OID=.;OPOS=130340962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:63:63:75:76:0.546763:39:36:22:41:39:37:22:41 chr11 130542882 . C T 1300.28 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5627;QD=61.9181;RBI=0.0197422;REFB=0;REVB=0.00541417;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193824;OID=.;OPOS=130542882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:51:33:0:0:51:33:0:0 chr11 130750642 . A C 398.39 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0036957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.93;QD=18.7477;RBI=0.00565781;REFB=-0.000664446;REVB=-0.00428399;RO=43;SAF=21;SAR=20;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171538;STB=0.599953;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000857524;OID=.;OPOS=130750642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:44:41:41:0.482353:20:21:14:29:20:21:14:30 chr11 130775688 . C T 481.25 PASS AF=0.582278;AO=42;DP=76;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0179731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.365;QD=24.3672;RBI=0.0183784;REFB=-0.0323768;REVB=-0.00383855;RO=34;SAF=18;SAR=24;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385864;STB=0.548152;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0150009;OID=.;OPOS=130775688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:34:33:42:46:0.582278:24:18:13:21:24:22:12:21 chr11 130775782 . C T 497.52 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00621175;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.407;QD=20.9482;RBI=0.0161509;REFB=-0.00332456;REVB=0.0149086;RO=47;SAF=21;SAR=27;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303329;STB=0.516772;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00294945;OID=.;OPOS=130775782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:27:21:19:28:27:21:19:28 chr11 130776524 . T C 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0192874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.579;QD=5.95779;RBI=0.0272893;REFB=-0.0131561;REVB=-0.0193055;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0407507;OID=.;OPOS=130776524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:6:12:4:2:6:12 chr11 130776613 . A G 87.34 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0158257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.839;QD=13.4376;RBI=0.0389323;REFB=-0.0120368;REVB=-0.0355706;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716086;STB=0.542293;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0333838;OID=.;OPOS=130776613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:5:10:8:3:5:10 chr11 130780015 . C T 295.62 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0258759;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.126;QD=17.6491;RBI=0.0340986;REFB=-0.00102894;REVB=0.0222071;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202708;STB=0.613191;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.000963175;OID=.;OPOS=130780015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:35:35:32:32:0.477612:18:14:23:12:18:14:23:12 chr11 130780225 . C A 772.92 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.12961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.406;QD=52.4014;RBI=0.129684;REFB=-0.0430299;REVB=0.0043816;RO=1;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012575;STB=0.506664;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00521342;OID=.;OPOS=130780225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:56:58:0.983051:37:19:0:1:37:21:0:1 chr11 130784754 . C G 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00189035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.429;QD=22.9567;RBI=0.00679122;REFB=0.00377035;REVB=-0.00652283;RO=11;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237239;STB=0.631435;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0171295;OID=.;OPOS=130784754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:6:10:10:1:6:10:10:1 chr11 130784971 . C G 120.76 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0046884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9918;QD=14.6379;RBI=0.0339744;REFB=-0.00446136;REVB=0.0336494;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045221;STB=0.526278;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00789198;OID=.;OPOS=130784971;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:10:9:6:8:10:9 chr11 131531000 . T C 590.64 PASS AF=0.483871;AO=50;DP=125;FAO=60;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0175408;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.917;QD=19.0529;RBI=0.0184007;REFB=-0.0086993;REVB=0.0055593;RO=45;SAF=22;SAR=28;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19293;STB=0.541722;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0028034;OID=.;OPOS=131531000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:45:60:50:60:0.483871:28:22:30:15:33:27:32:28 chr11 131531015 . T G 719.41 PASS AF=0.489655;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=145;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.0022768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.011;QD=19.8458;RBI=0.00581414;REFB=-0.00699437;REVB=-0.0053498;RO=73;SAF=37;SAR=34;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038284;STB=0.517679;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00452841;OID=.;OPOS=131531015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:73:74:71:71:0.489655:34:37:35:38:34:37:36:38 chr11 131531223 . A G 434.46 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0176238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3823;QD=18.2931;RBI=0.0263347;REFB=0.00294359;REVB=-0.0195683;RO=51;SAF=22;SAR=22;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141779;STB=0.578912;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00195844;OID=.;OPOS=131531223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:22:22:33:18:22:22:33:18 chr11 131531564 . A T 486.01 PASS AF=0.418605;AO=54;DP=129;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.00489657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.988;QD=15.07;RBI=0.0300205;REFB=-0.00678896;REVB=-0.0296185;RO=75;SAF=18;SAR=36;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2525;STB=0.642052;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0149405;OID=.;OPOS=131531564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:75:75:54:54:0.418605:36:18:43:32:36:18:43:32 chr11 131531720 . C T 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00558214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.569;QD=15.1007;RBI=0.00593831;REFB=-0.0109645;REVB=0.00202565;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192999;STB=0.609519;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0122218;OID=.;OPOS=131531720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:14:10:19:12:14:10:19:12 chr11 132177633 . A C,G 1263.09 PASS AF=0.975904,0.0240964;AO=79,3;DP=82;FAO=81,2;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35,2;FSAR=46,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735147,-0.00807086;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=302.875,265.394;QD=60.8717;RBI=0.00767902,0.00923855;REFB=0,0;REVB=0.00221882,0.00449578;RO=0;SAF=34,3;SAR=45,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.40017e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00116673,0.0505403;OID=.,.;OPOS=132177633,132177633;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:82:83:0:0:79,3:81,2:0.975904,0.0240964:45,0:34,3:0:0:46,0:35,2:0:0 chr11 132289761 . G A 377.4 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.070121;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5812;QD=15.8904;RBI=0.0703519;REFB=-0.00692261;REVB=0.00569487;RO=54;SAF=28;SAR=12;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10247;STB=0.565287;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0129029;OID=.;OPOS=132289761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:55:40:40:0.421053:12:28:33:21:12:28:33:22 chr11 133714522 . G A 646.02 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0849496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.525;QD=61.5256;RBI=0.0860767;REFB=0;REVB=-0.0138842;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854868;OID=.;OPOS=133714522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:29:11:0:0:29:13:0:0 chr11 133814191 . A G 360.05 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0199794;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.148;QD=12.745;RBI=0.0203421;REFB=-0.00549409;REVB=0.00382375;RO=70;SAF=23;SAR=20;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053543;STB=0.530464;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00892674;OID=.;OPOS=133814191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:70:70:43:43:0.380531:20:23:34:36:20:23:34:36 chr11 133815981 . C G 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00315532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.671;QD=5.21555;RBI=0.00694072;REFB=-0.0157735;REVB=-0.00618203;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648388;STB=0.542719;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0754148;OID=.;OPOS=133815981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:15:6:2:4:15:6 chr11 134018656 . T C 1113.17 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.571;QD=60.1716;RBI=0.0510538;REFB=0;REVB=0.0492112;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132982;OID=.;OPOS=134018656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr11 134019112 . G T 241.87 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.01012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.783;QD=16.9734;RBI=0.044731;REFB=-0.0341734;REVB=-0.0435712;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138825;STB=0.507807;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0276774;OID=.;OPOS=134019112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:14:13:14:16:14:13:14:16 chr11 134019914 . ATTTTTTTA ATTTTTT,ATTTTTTA 45.68 PASS AF=0.307692,0.192308;AO=4,8;DP=27;FAO=8,5;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5,3;FSAR=3,2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0156483,-0.0351604;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=14.9516,8.16167;QD=7.02693;RBI=0.103326,0.191786;REFB=-0.00974875,-0.0365775;REVB=0.102134,0.188536;RO=11;SAF=1,7;SAR=3,1;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0319232,0.600034;STB=0.689206,0.701392;STBP=0.205,0.38;TYPE=del,del;VARB=0.0665569,0.0664293;OID=.,.;OPOS=134019921,134019915;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692,0.192308:4,8:27:8,5:26:13:5,3:3,2:4:9:27:11:1,7:3,1:3:8 chr11 134021477 . G T 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7419;QD=59.4299;RBI=0.0879383;REFB=0;REVB=-0.0803357;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356056;OID=.;OPOS=134021477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr11 134022388 . T A 242.46 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00870667;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=73.0052;QD=13.6596;RBI=0.00979934;REFB=-0.0171614;REVB=-0.00449678;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208662;STB=0.606485;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0103769;OID=.;OPOS=134022388;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:42:29:29:0.408451:17:12:21:12:17:12:25:17 chr11 134047243 . T C 1606.87 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4772;QD=64.2747;RBI=0.0396887;REFB=0;REVB=-0.0271553;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245707;OID=.;OPOS=134047243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:54:46:0:0:54:46:0:0 chr11 134073019 . A T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0038687;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.809;QD=35.5759;RBI=0.0043537;REFB=0;REVB=-0.00199695;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24039e-05;OID=.;OPOS=134073019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr11 134115652 . G A 131.91 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0688813;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.069;QD=23.9829;RBI=0.071693;REFB=0.0019816;REVB=0.0198807;RO=8;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208803;STB=0.616286;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00639882;OID=.;OPOS=134115652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:8:6:1:7:8:6:1:7 chr11 134131491 . T G 344.8 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0101658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.921;QD=21.8922;RBI=0.0182985;REFB=-0.0181691;REVB=0.0152149;RO=28;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460988;STB=0.52544;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.018849;OID=.;OPOS=134131491;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:17:18:16:12:17:18:16:12 chr11 134132157 . C T 55.43 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00135032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.437;QD=10.0774;RBI=0.00230227;REFB=-0.0199904;REVB=0.00186469;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212868;STB=0.631226;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0257808;OID=.;OPOS=134132157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:8:6:2:6:8:6 chr11 134151975 . G C 598.73 PASS AF=0.4375;AO=60;DP=141;FAO=63;FDP=144;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.00644803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.29;QD=16.6314;RBI=0.0240141;REFB=-0.0168522;REVB=0.0231322;RO=81;SAF=32;SAR=28;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658042;STB=0.521809;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.022834;OID=.;OPOS=134151975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:144:81:81:60:63:0.4375:28:32:38:43:31:32:38:43 chr11 134151995 . G A 775.81 PASS AF=0.532374;AO=74;DP=139;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.087774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.638;QD=22.3255;RBI=0.121069;REFB=-0.00865753;REVB=0.0833873;RO=65;SAF=37;SAR=37;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00656168;STB=0.503596;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00919881;OID=.;OPOS=134151995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:65:65:74:74:0.532374:37:37:32:33:37:37:32:33 chr11 134182375 . G A 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.366;QD=60.715;RBI=0.0634373;REFB=0;REVB=0.0624959;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129978;OID=.;OPOS=134182375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr11 134188542 . T C 302.89 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=107;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.011733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.879;QD=11.3228;RBI=0.0126208;REFB=-0.00359968;REVB=0.00464993;RO=68;SAF=20;SAR=18;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111268;STB=0.558793;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00698091;OID=.;OPOS=134188542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:68:69:38:38:0.35514:18:20:29:39:18:20:30:39 chr11 134208701 . C T 182.09 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0206713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.068;QD=13.2433;RBI=0.0282878;REFB=-0.0127066;REVB=-0.0193105;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474492;STB=0.527248;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0332101;OID=.;OPOS=134208701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:11:11:15:18:11:11:15:18 chr11 134208765 . T C 249.3 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0154847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.874;QD=33.2401;RBI=0.0382237;REFB=-0.00514156;REVB=-0.0349467;RO=8;SAF=13;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452524;STB=0.524822;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00335446;OID=.;OPOS=134208765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:9:13:4:4:9:13:4:4 chr11 134208908 . T C 74.43 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0377894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3524;QD=22.9028;RBI=0.0699124;REFB=-0.0286043;REVB=0.0588193;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29369;STB=0.666324;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0230921;OID=.;OPOS=134208908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:5:4:4:0:5:4:4:0 chr11 134249321 . T C 390.61 PASS AF=0.410256;AO=39;DP=109;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=0.00558369;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.832;QD=13.3543;RBI=0.0220213;REFB=-0.00542577;REVB=0.0213016;RO=69;SAF=28;SAR=11;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380127;STB=0.640321;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00956834;OID=.;OPOS=134249321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:117:69:69:39:48:0.410256:11:28:26:43:19:29:25:44 chr12 90902 . C T 1143.84 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759879;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.977;QD=61.0046;RBI=0.0892217;REFB=0;REVB=0.0467584;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599004;OID=.;OPOS=90902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr12 92920 . C G 49.38 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0718936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7682;QD=4.20294;RBI=0.0917527;REFB=-0.00834818;REVB=-0.0570076;RO=38;SAF=6;SAR=2;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367445;STB=0.741325;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0542308;OID=.;OPOS=92920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:38:39:8:8:0.170213:2:6:17:21:2:6:18:21 chr12 92934 . G A 470.8 PASS AF=0.833333;AO=35;DP=41;FAO=35;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0139046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6778;QD=44.8383;RBI=0.0157766;REFB=-0.0731156;REVB=-0.00745423;RO=6;SAF=16;SAR=19;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571135;STB=0.519115;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00786054;OID=.;OPOS=92934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:41:42:6:7:35:35:0.833333:19:16:4:2:19:16:4:3 chr12 235022 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212362;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.675;QD=53.9112;RBI=0.0212655;REFB=0;REVB=0.00111598;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40074e-05;OID=.;OPOS=235022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:4:20:0:0:4:20:0:0 chr12 280349 . C A 861.55 PASS AF=0.455882;AO=93;DP=204;FAO=93;FDP=204;FR=.;FRO=111;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=46;FSRR=65;FWDB=0.00886783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1461;QD=16.8931;RBI=0.0111664;REFB=-0.0117258;REVB=0.006786;RO=109;SAF=43;SAR=50;SRF=46;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396902;STB=0.526338;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0139528;OID=.;OPOS=280349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:109:111:93:93:0.455882:50:43:46:63:50:43:46:65 chr12 311949 . A G 191.48 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=-0.00177997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.036;QD=15.6311;RBI=0.0554606;REFB=-0.00832419;REVB=-0.055432;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267045;STB=0.650241;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0146918;OID=.;OPOS=311949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:13:7:4:25:13:7:4:25 chr12 393489 . CTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTTAA,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTTT 278.32 PASS AF=0.03125,0.40625,0.484375,0;AO=5,9,11,3;DP=65;FAO=2,26,31,0;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=2,12,13,0;FSAR=0,14,18,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0248422,-0.0648535,0.0475869,-0.00976211;FXX=0.0447694;HRUN=12,12,12,2;LEN=2,1,1,2;MLLD=18.641,4.05007,12.8536,156.815;QD=17.395;RBI=0.113506,0.300694,0.220951,0.14082;REFB=-0.0249718,0.0239128,-0.0552108,0.00983425;REVB=-0.110754,-0.293617,-0.215766,-0.140481;RO=11;SAF=2,3,7,0;SAR=3,6,4,3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.154572,-0.202897,0.0822389,-0.657411;STB=0.995714,0.542681,0.531578,0.5;STBP=0.09,0.295,0.389,1;TYPE=mnp,del,snp,mnp;VARB=0.0571967,0.231154,-0.0862781,0.00521814;OID=.,.,.,.;OPOS=393500,393490,393501,393489;OREF=TT,T,T,CT;OALT=AA,-,A,TC;OMAPALT=CTTTTTTTTTTAA,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:60:65:64:11:5:5,9,11,3:2,26,31,0:0.03125,0.40625,0.484375,0:3,6,4,3:2,3,7,0:6:5:0,14,18,0:2,12,13,0:1:4 chr12 406292 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.514;QD=59.323;RBI=0.021152;REFB=0;REVB=0.00971209;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91096e-05;OID=.;OPOS=406292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr12 427575 . A G 764.87 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4047;QD=63.7393;RBI=0.0302152;REFB=0;REVB=0.00161337;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244992;OID=.;OPOS=427575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr12 547683 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0281309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6678;QD=12.7371;RBI=0.0438838;REFB=-0.00457319;REVB=0.0336815;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341689;STB=0.705344;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00737676;OID=.;OPOS=547683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:6:4:6:2:6:4 chr12 662448 . T C 1508.52 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302328;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.723;QD=58.5833;RBI=0.0409425;REFB=-0.0699896;REVB=0.0276092;RO=1;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811007;STB=0.504201;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00058865;OID=.;OPOS=662448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:101:102:0.990291:58:43:0:1:59:43:0:1 chr12 862989 . T C 1226.99 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0674638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9191;QD=61.3493;RBI=0.0675002;REFB=0;REVB=-0.00221544;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000549896;OID=.;OPOS=862989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:34:46:0:0:34:46:0:0 chr12 939302 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.614;QD=62.6704;RBI=0.0536892;REFB=0;REVB=0.00541819;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228341;OID=.;OPOS=939302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr12 974326 . G C 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.000224399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.991;QD=17.1669;RBI=0.00614435;REFB=-0.0255935;REVB=0.00614025;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110572;STB=0.562101;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.034768;OID=.;OPOS=974326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:17:12:17:15:17:12:17:15 chr12 974355 . T TC 441.95 PASS AF=1;AO=37;DP=50;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130733;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.1314;QD=42.0907;RBI=0.13138;REFB=0;REVB=0.0130149;RO=13;SAF=4;SAR=33;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476122;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0029722;OID=.;OPOS=974356;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:50:42:42:0:7:35:0:0:9:13:4:33:10:3 chr12 974404 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.051;QD=63.2868;RBI=0.0225885;REFB=0;REVB=0.0224212;RO=0;SAF=6;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03717e-05;OID=.;OPOS=974404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:40:6:0:0:40:6:0:0 chr12 987482 . G A 108.54 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0401883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.33;QD=13.567;RBI=0.040833;REFB=0.000493722;REVB=-0.00722772;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48136;STB=0.768816;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.000125184;OID=.;OPOS=987482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:3:10:5:13:3:10:6:13 chr12 990912 . A C 207.43 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00207125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.864;QD=17.6534;RBI=0.0389818;REFB=-0.0120708;REVB=-0.0389267;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309681;STB=0.649202;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0168929;OID=.;OPOS=990912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:15:5:14:12:15:6:14:12 chr12 994014 . C T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.040906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.456;QD=15.9165;RBI=0.0450735;REFB=-0.0158266;REVB=0.0189293;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057665;STB=0.533283;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.026965;OID=.;OPOS=994014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:6:9:7:6:6:9 chr12 994487 . G C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.593;QD=63.2868;RBI=0.023405;REFB=0;REVB=-0.0192261;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33289e-05;OID=.;OPOS=994487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr12 998365 . G T 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0115012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0012;QD=16.033;RBI=0.0304603;REFB=-0.0325341;REVB=0.0282055;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220443;STB=0.512646;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0361013;OID=.;OPOS=998365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:11:9:12:16:11:9:12:16 chr12 1017197 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.836;QD=51.9165;RBI=0.0275029;REFB=0;REVB=-0.0207687;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.9088e-05;OID=.;OPOS=1017197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr12 1902766 . T G 1809.71 PASS AF=0.976;AO=121;DP=125;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0185893;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.57;QD=57.9106;RBI=0.0186371;REFB=-0.0239329;REVB=0.00133355;RO=2;SAF=39;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00626568;STB=0.508981;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000311386;OID=.;OPOS=1902766;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:125:2:3:121:122:0.976:82:39:1:1:82:40:0:3 chr12 1995403 . T C 1785.76 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.664;QD=61.0517;RBI=0.09765;REFB=0;REVB=0.0948864;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91296e-05;OID=.;OPOS=1995403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:61:56:0:0:61:56:0:0 chr12 2062323 . T TTGC 174.68 PASS AF=0.365079;AO=17;DP=77;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.010269;FXX=0.0454477;HRUN=2;LEN=3;MLLD=141.042;QD=11.0908;RBI=0.0174413;REFB=-0.076107;REVB=-0.0140978;RO=57;SAF=6;SAR=11;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296004;STB=0.529629;STBP=0.727;TYPE=ins;VARB=0.121371;OID=.;OPOS=2062324;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365079:17:77:23:63:40:11:12:21:19:99:57:6:11:34:23 chr12 2750919 . A G 537.46 PASS AF=0.432836;AO=57;DP=133;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.0187601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.791;QD=16.0435;RBI=0.0234916;REFB=-0.00938748;REVB=0.0141391;RO=74;SAF=27;SAR=30;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972419;STB=0.548136;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0133252;OID=.;OPOS=2750919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:74:76:57:58:0.432836:30:27:28:46:31:27:29:47 chr12 2760761 . C G 283.9 PASS AF=0.330357;AO=37;DP=112;FAO=37;FDP=112;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.00506041;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=221.44;QD=10.1394;RBI=0.0107461;REFB=-0.00860881;REVB=-0.00948003;RO=74;SAF=14;SAR=23;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202601;STB=0.621556;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0148238;OID=.;OPOS=2760761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:74:75:37:37:0.330357:23:14:41:33:23:14:42:33 chr12 2791130 . C T 306.88 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0283778;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.998;QD=17.7902;RBI=0.0285583;REFB=0.0024149;REVB=0.00320583;RO=35;SAF=19;SAR=14;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186709;STB=0.610707;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00144255;OID=.;OPOS=2791130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:14:19:13:22:14:19:13:23 chr12 2791132 . A G 347.67 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00949854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.058;QD=19.8667;RBI=0.0172102;REFB=-0.00870733;REVB=-0.0143516;RO=34;SAF=19;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141453;STB=0.58355;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0109102;OID=.;OPOS=2791132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:35:36:0.514286:16:19:13:21:16:20:13:21 chr12 2791205 . A G 1271.97 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265872;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.132;QD=60.57;RBI=0.031059;REFB=-0.106747;REVB=0.0160557;RO=1;SAF=34;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137242;STB=0.507245;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0002801;OID=.;OPOS=2791205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:82:83:0.988095:48:34:1:0:49:34:1:0 chr12 2801158 . C G 238.13 PASS AF=0.611111;AO=21;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0118062;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.038;QD=26.4592;RBI=0.0270989;REFB=-0.0244683;REVB=0.024392;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158859;STB=0.595772;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0163953;OID=.;OPOS=2801158;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:14:21:22:0.611111:10:11:11:4:10:12:11:3 chr12 2801469 . C CT 83.55 PASS AF=0.522727;AO=20;DP=48;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0116343;FXX=0.0222173;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.329;QD=7.59586;RBI=0.243381;REFB=-0.0931852;REVB=-0.243103;RO=25;SAF=14;SAR=6;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177586;STB=0.587086;STBP=0.309;TYPE=ins;VARB=0.0418088;OID=.;OPOS=2801470;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.522727:20:48:23:44:21:15:8:17:4:70:25:14:6:21:4 chr12 2944024 . G C 342.25 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00758317;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.123;QD=18.5002;RBI=0.00843503;REFB=-0.0187749;REVB=0.00369394;RO=35;SAF=16;SAR=20;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924332;STB=0.539855;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0189963;OID=.;OPOS=2944024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:35:38:36:36:0.486486:20:16:12:23:20:16:14:24 chr12 2968458 . T C 624.53 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0681858;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.8025;QD=60.9292;RBI=0.0995725;REFB=0;REVB=-0.0725629;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00177268;OID=.;OPOS=2968458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr12 2996174 . A G 362.07 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0126353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.666;QD=23.359;RBI=0.0318577;REFB=-0.0244992;REVB=0.0292448;RO=26;SAF=22;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087074;STB=0.547943;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.01413;OID=.;OPOS=2996174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:14:22:13:13:14:22:13:13 chr12 2997397 . G A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0316475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2731;QD=7.9536;RBI=0.033189;REFB=0.000859797;REVB=-0.00999739;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136257;STB=0.599733;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00614015;OID=.;OPOS=2997397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:17:19:8:8:0.296296:6:2:6:11:6:2:7:12 chr12 3310439 . C T 1212.15 PASS AF=0.987805;AO=77;DP=77;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0373954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.649;QD=59.1292;RBI=0.0433006;REFB=0.11278;REVB=0.0218295;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.507461;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00012311;OID=.;OPOS=3310439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:82:0:1:77:81:0.987805:31:46:0:0:33:48:0:1 chr12 3387697 . T C 695.45 PASS AF=0.612245;AO=60;DP=98;FAO=60;FDP=98;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0978382;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5729;QD=28.3858;RBI=0.0982898;REFB=-0.00631053;REVB=-0.00941043;RO=38;SAF=20;SAR=40;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684962;STB=0.537301;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00327893;OID=.;OPOS=3387697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:38:38:60:60:0.612245:40:20:16:22:40:20:16:22 chr12 3391032 . T G 731.75 PASS AF=1;AO=49;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296195;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.309;QD=56.2885;RBI=0.0296826;REFB=0;REVB=-0.00193467;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115146;OID=.;OPOS=3391032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:52:0:0:49:52:1:32:17:0:0:32:20:0:0 chr12 3392558 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0205986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.768;QD=10.0751;RBI=0.0250448;REFB=-0.00128792;REVB=-0.0142458;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204846;STB=0.624687;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00499595;OID=.;OPOS=3392558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:6:8:3:5:6:8 chr12 3409149 . G A 206.08 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00648567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.761;QD=16.8231;RBI=0.0324364;REFB=0.00549528;REVB=0.0317814;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518669;STB=0.527318;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00686548;OID=.;OPOS=3409149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:28:21:21:0.428571:11:10:11:15:11:10:12:16 chr12 3409211 . G A 308.57 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0317344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.79;QD=20.92;RBI=0.0317372;REFB=-0.0150881;REVB=-0.000425872;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056437;STB=0.522785;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0122089;OID=.;OPOS=3409211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:26:27:32:32:0.542373:17:15:14:12:17:15:14:13 chr12 3409277 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.759;QD=59.8393;RBI=0.0418813;REFB=0;REVB=0.0413455;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139473;OID=.;OPOS=3409277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr12 3702331 . G GA 51.72 PASS AF=0.375;AO=10;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0200908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.3509;QD=6.46499;RBI=0.0516442;REFB=0.0124651;REVB=-0.047576;RO=22;SAF=0;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.741029;STB=0.754355;STBP=0.092;TYPE=ins;VARB=-0.0263388;OID=.;OPOS=3702332;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:10:32:12:32:20:1:11:6:14:51:22:0:10:7:15 chr12 3749874 . T C 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0121144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.661;QD=20.5628;RBI=0.0123925;REFB=-0.0117502;REVB=-0.00261081;RO=25;SAF=21;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287661;STB=0.660623;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0146289;OID=.;OPOS=3749874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:8:21:10:15:8:21:10:15 chr12 3782647 . A T 323.25 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0220003;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8933;QD=21.5501;RBI=0.0385536;REFB=-0.0163924;REVB=-0.0316602;RO=27;SAF=23;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959402;STB=0.553231;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0138341;OID=.;OPOS=3782647;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:10:23:16:11:10:23:16:11 chr12 3782701 . C T 264.77 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00164428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.21;QD=20.7666;RBI=0.0138144;REFB=-0.0115622;REVB=-0.0137162;RO=24;SAF=22;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260421;STB=0.646937;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0191902;OID=.;OPOS=3782701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:5:22:14:10:5:22:14:10 chr12 3788145 . C T 397.39 PASS AF=0.471264;AO=39;DP=85;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0852459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.062;QD=18.271;RBI=0.0861088;REFB=-0.0129515;REVB=-0.0121594;RO=46;SAF=25;SAR=14;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141162;STB=0.587949;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0191798;OID=.;OPOS=3788145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:46:46:39:41:0.471264:14:25:23:23:14:27:23:23 chr12 3788188 . C T 306.05 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.034273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9644;QD=15.3023;RBI=0.0605487;REFB=-0.00452801;REVB=-0.049915;RO=46;SAF=23;SAR=11;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167089;STB=0.59477;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00447433;OID=.;OPOS=3788188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:11:23:24:22:11:23:24:22 chr12 3788222 . G A 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0181942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.056;QD=14.904;RBI=0.0189982;REFB=-0.0245721;REVB=0.00546819;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159624;STB=0.590837;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0281782;OID=.;OPOS=3788222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:9:17:17:17:9:17:17:17 chr12 3789452 . C T 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0261835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4793;QD=23.8194;RBI=0.0472193;REFB=-0.0194905;REVB=0.0392948;RO=17;SAF=5;SAR=17;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360623;STB=0.702644;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0196183;OID=.;OPOS=3789452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:17:5:11:6:17:5:11:6 chr12 3806147 . T C 348.07 PASS AF=0.308411;AO=27;DP=107;FAO=33;FDP=107;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=64;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0315612;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.595;QD=13.0121;RBI=0.0318997;REFB=-0.0102392;REVB=-0.00463458;RO=48;SAF=6;SAR=21;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158053;STB=0.607244;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0293646;OID=.;OPOS=3806147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:64:27:33:0.308411:21:6:16:32:23:10:29:35 chr12 4411093 . TC CT,TCT,TT 98.67 PASS AF=0.15625,0.625,0.03125;AO=2,5,5;DP=33;FAO=5,20,1;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=4,14,0;FSAR=1,6,1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0169963,-0.0101091,-0.0304268;FXX=0.0588062;HRUN=11,6,1;LEN=2,1,1;MLLD=26.0515,4.75354,172.152;QD=12.3343;RBI=0.0284493,0.272031,0.0333685;REFB=-0.101851,-0.199612,0.0117934;REVB=0.0228142,0.271843,0.0136992;RO=14;SAF=1,4,4;SAR=1,1,1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.148032,0.218754,0.218754;STB=0.599562,0.509082,0.9915;STBP=0.674,0.955,0.256;TYPE=mnp,ins,snp;VARB=-0.0215777,0.224101,-0.000503994;OID=.,.,.;OPOS=4411093,4411095,4411094;OREF=TC,-,C;OALT=CT,T,T;OMAPALT=CT,TCT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:33:32:14:6:2,5,5:5,20,1:0.15625,0.625,0.03125:1,1,1:1,4,4:9:5:1,6,1:4,14,0:4:2 chr12 4414126 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0725114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.503;QD=43.4861;RBI=0.0854042;REFB=0;REVB=0.0451217;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000458978;OID=.;OPOS=4414126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr12 4459032 . G A 336.26 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.128275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.199;QD=28.0213;RBI=0.128334;REFB=-0.0254002;REVB=0.00386815;RO=19;SAF=12;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338124;STB=0.518616;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0189962;OID=.;OPOS=4459032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:17:12:7:12:17:12:7:12 chr12 4461485 . G A 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00889575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.043;QD=12.143;RBI=0.00910126;REFB=0.00595937;REVB=-0.00192316;RO=33;SAF=15;SAR=4;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340029;STB=0.700703;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0105447;OID=.;OPOS=4461485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:4:15:17:16:4:15:17:16 chr12 4462161 . C T 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00153119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.778;QD=12.7851;RBI=0.00776885;REFB=-0.0171338;REVB=-0.00761647;RO=38;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623281;STB=0.553153;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0201685;OID=.;OPOS=4462161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:43:27:27:0.385714:13:14:22:16:13:14:26:17 chr12 4478080 . T A 119.11 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0191138;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.712;QD=12.5378;RBI=0.0209422;REFB=-0.0119055;REVB=-0.00855803;RO=23;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181298;STB=0.62837;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0200269;OID=.;OPOS=4478080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:24:14:14:0.368421:11:3:8:15:11:3:9:15 chr12 4479549 . G A 46.34 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00796519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.204;QD=9.75504;RBI=0.0150575;REFB=-0.0116217;REVB=-0.0127783;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29761;STB=0.676997;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0285258;OID=.;OPOS=4479549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:10:2:3:4:10:2 chr12 4553332 . A G 754.58 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0364005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8891;QD=54.8785;RBI=0.0489631;REFB=-0.000721725;REVB=0.0327473;RO=1;SAF=22;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020938;STB=0.511107;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-6.24334e-06;OID=.;OPOS=4553332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:32:22:1:0:32:22:1:0 chr12 4553383 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000957816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.119;QD=60.2306;RBI=0.0132625;REFB=0;REVB=0.0132278;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90349e-05;OID=.;OPOS=4553383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chr12 4554548 . G C 1264.79 PASS AF=0.965909;AO=79;DP=82;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0472502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2939;QD=57.4903;RBI=0.0626493;REFB=-0.0368953;REVB=0.0411383;RO=3;SAF=30;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00341201;STB=0.501971;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0141867;OID=.;OPOS=4554548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:88:3:3:79:85:0.965909:49:30:1:2:52:33:1:2 chr12 4671429 . G T 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.352;QD=56.9535;RBI=0.0466997;REFB=0;REVB=0.0341789;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243146;OID=.;OPOS=4671429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr12 4705317 . C T 253.78 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.013414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8832;QD=21.5985;RBI=0.0310725;REFB=-0.00470835;REVB=-0.0280279;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195046;STB=0.616929;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00403702;OID=.;OPOS=4705317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:23:24:24:0.510638:12:12:6:16:12:12:6:17 chr12 4708199 . A G 304.98 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.00921469;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.942;QD=19.364;RBI=0.0142031;REFB=-0.0111772;REVB=0.0108082;RO=31;SAF=13;SAR=19;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290032;STB=0.660774;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00818291;OID=.;OPOS=4708199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:31:31:32:32:0.507937:19:13:23:8:19:13:23:8 chr12 4716572 . C A 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0509344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6223;QD=13.2121;RBI=0.0514929;REFB=0.0160242;REVB=0.00756348;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12178;STB=0.571326;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.0278322;OID=.;OPOS=4716572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:10:12:6:8:10:12 chr12 4735737 . A G 753.01 PASS AF=0.490566;AO=78;DP=149;FAO=78;FDP=159;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.0104894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2181;QD=18.9435;RBI=0.0849066;REFB=-0.00917842;REVB=-0.0842562;RO=71;SAF=40;SAR=38;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440091;STB=0.509675;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0100518;OID=.;OPOS=4735737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:159:71:81:78:78:0.490566:38:40:40:31:38:40:40:41 chr12 4735968 . AGA CAG 75.65 PASS AF=0.44;AO=9;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0737744;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=33.0707;QD=12.1047;RBI=0.235308;REFB=-0.119999;REVB=0.223444;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496607;STB=0.717975;STBP=0.112;TYPE=mnp;VARB=0.0850417;OID=.;OPOS=4735968;OREF=AGA;OALT=CAG;OMAPALT=CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:14:14:9:11:0.44:6:3:12:2:6:5:12:2 chr12 4736495 . C T 1014.1 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368704;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.237;QD=59.6531;RBI=0.00497734;REFB=0;REVB=0.00334359;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011078;OID=.;OPOS=4736495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:68:0:0:67:68:1:29:38:0:0:29:39:0:0 chr12 4736631 . A G 1696.63 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4535;QD=59.531;RBI=0.0151067;REFB=-0.115056;REVB=-0.00863881;RO=1;SAF=40;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646058;STB=0.503401;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000233391;OID=.;OPOS=4736631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:114:1:1:113:113:0.991228:73:40:0:1:73:40:0:1 chr12 4736677 . G C 365.05 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0166036;FXX=0.0652103;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0873;QD=16.9788;RBI=0.0199411;REFB=-0.0101959;REVB=0.0110438;RO=42;SAF=16;SAR=22;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00723862;STB=0.502511;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00732978;OID=.;OPOS=4736677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:86:42:48:38:38:0.44186:22:16:18:24:22:16:20:28 chr12 4736690 . A G 1390.73 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0294543;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0769;QD=60.4667;RBI=0.0402391;REFB=-0.107438;REVB=0.0274159;RO=1;SAF=34;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838952;STB=0.50877;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0042994;OID=.;OPOS=4736690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:1:2:90:90:0.978261:56:34:0:1:56:34:0:2 chr12 4737318 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.435;QD=51.9157;RBI=0.0314802;REFB=0;REVB=-0.0309072;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351143;OID=.;OPOS=4737318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr12 4737459 . C T 803.44 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0263085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.242;QD=55.4095;RBI=0.0263217;REFB=0.180023;REVB=0.000832201;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.50746;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000739322;OID=.;OPOS=4737459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:24:33:0:0:24:33:1:0 chr12 4737715 . C T 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.599;QD=58.9627;RBI=0.049485;REFB=0;REVB=0.0187435;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90529e-05;OID=.;OPOS=4737715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr12 4740515 . A T 607.34 PASS AF=0.496;AO=62;DP=125;FAO=62;FDP=125;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0347084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.821;QD=19.4349;RBI=0.0349857;REFB=-0.016264;REVB=-0.00439601;RO=62;SAF=26;SAR=36;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607313;STB=0.528333;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.018785;OID=.;OPOS=4740515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:62:63:62:62:0.496:36:26:22:40:36:26:23:40 chr12 4794351 . A G 361.99 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00283832;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.496;QD=18.8045;RBI=0.0153834;REFB=-0.013937;REVB=0.0151193;RO=40;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438424;STB=0.519031;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0159663;OID=.;OPOS=4794351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:40:39:38:38:0.493506:22:16:15:25:22:16:15:24 chr12 4921689 . C T 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0241836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7217;QD=12.466;RBI=0.059545;REFB=-0.0283627;REVB=-0.0544129;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146923;STB=0.584823;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.048474;OID=.;OPOS=4921689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:10:10:12:21:10:10:12:21 chr12 4923697 . G T 1539.16 PASS AF=1;AO=88;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.621;QD=59.1986;RBI=0.0397299;REFB=0;REVB=0.0307764;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145579;OID=.;OPOS=4923697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:104:0:0:88:104:1:38:50:0:0:46:58:0:0 chr12 5021228 . T C 1084.14 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0399006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.454;QD=58.6021;RBI=0.0479785;REFB=-0.102472;REVB=0.0266436;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000777682;OID=.;OPOS=5021228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:32:41:0:0:32:41:0:1 chr12 5021348 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.028;QD=44.6898;RBI=0.0449471;REFB=0;REVB=-0.0121184;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213531;OID=.;OPOS=5021348;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr12 5021984 . T A 256.21 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4273;QD=51.2413;RBI=0.0397081;REFB=0;REVB=0.0366816;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000799779;OID=.;OPOS=5021984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:14:5:0:0:15:5:0:0 chr12 5022041 . G A 101.87 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2919;QD=40.7476;RBI=0.0367968;REFB=0;REVB=-0.0332489;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102057;OID=.;OPOS=5022041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr12 5022438 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.763;QD=58.142;RBI=0.0260513;REFB=0;REVB=0.0112637;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23742e-05;OID=.;OPOS=5022438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr12 5023713 . T C 765.97 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.05;QD=63.8312;RBI=0.107204;REFB=0;REVB=0.106249;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581898;OID=.;OPOS=5023713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr12 5023959 . A C,T 675.66 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=2,42;DP=44;FAO=2,42;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454852,0.0252743;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=14.9124,63.9969;QD=61.4239;RBI=0.0476057,0.0282509;REFB=0,0;REVB=0.0140499,-0.0126222;RO=0;SAF=0,32;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.96961e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0248112,0.0038678;OID=.,.;OPOS=5023959,5023959;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:2,42:2,42:0.0454545,0.954545:2,10:0,32:0:0:2,10:0,32:0:0 chr12 5025094 . T C 888.42 PASS AF=0.969697;AO=62;DP=65;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00693345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.562;QD=53.8438;RBI=0.0686802;REFB=-0.0342305;REVB=0.0683293;RO=1;SAF=55;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627695;STB=0.521815;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000533535;OID=.;OPOS=5025094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:66:1:2:62:64:0.969697:7:55:0:1:9:55:1:1 chr12 5154462 . T C 1015.31 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250971;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5318;QD=59.7243;RBI=0.0303344;REFB=0;REVB=0.0170387;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251302;OID=.;OPOS=5154462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr12 5603632 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.495;QD=57.6807;RBI=0.0305038;REFB=0;REVB=0.0122212;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.66487e-05;OID=.;OPOS=5603632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr12 5603989 . C T 721.15 PASS AF=0.584746;AO=68;DP=118;FAO=69;FDP=118;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0142833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.513;QD=24.4456;RBI=0.0182885;REFB=0.010743;REVB=0.0114217;RO=47;SAF=33;SAR=35;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668748;STB=0.53862;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00621102;OID=.;OPOS=5603989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:47:49:68:69:0.584746:35:33:27:20:36:33:28:21 chr12 5674754 . G A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.156;QD=61.334;RBI=0.0425225;REFB=0;REVB=0.0407207;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104327;OID=.;OPOS=5674754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr12 6054395 . A G 213.45 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=-0.00349421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.058;QD=16.1097;RBI=0.00765101;REFB=-0.0216222;REVB=-0.0068065;RO=28;SAF=5;SAR=18;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17704;STB=0.596747;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0275151;OID=.;OPOS=6054395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:29:23:24:0.45283:18:5:3:25:19:5:3:26 chr12 6091000 . A G 2063.59 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.154;QD=62.5329;RBI=0.0108662;REFB=0;REVB=0.00511454;RO=0;SAF=69;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48869e-05;OID=.;OPOS=6091000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:63:69:0:0:63:69:0:0 chr12 6105387 . G A 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0104209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.249;QD=15.1008;RBI=0.010421;REFB=-0.00508901;REVB=-4.78263e-05;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479693;STB=0.52725;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00507344;OID=.;OPOS=6105387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:12:12:17:14:12:12:17:14 chr12 6127535 . T G 35.17 PASS AF=0.0891089;AO=8;DP=100;FAO=9;FDP=101;FR=.;FRO=92;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.0159109;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.486;QD=1.39303;RBI=0.0311747;REFB=-0.00396294;REVB=-0.0268087;RO=92;SAF=3;SAR=5;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126615;STB=0.64397;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0417406;OID=.;OPOS=6127535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:100:101:92:92:8:9:0.0891089:5:3:45:47:6:3:45:47 chr12 6127891 . C A 305.58 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0523383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8878;QD=17.9751;RBI=0.0523705;REFB=-0.0565324;REVB=-0.00183415;RO=35;SAF=15;SAR=17;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955372;STB=0.544457;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0599542;OID=.;OPOS=6127891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:35:32:33:0.485294:17:15:20:15:17:16:20:15 chr12 6127919 . T G 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0181157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.542;QD=16.5723;RBI=0.0182736;REFB=-0.0209441;REVB=-0.0023972;RO=35;SAF=14;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00916232;STB=0.505151;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.026595;OID=.;OPOS=6127919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:16:14:16:19:16:14:16:19 chr12 6127943 . A G 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.546;QD=57.2365;RBI=0.00922764;REFB=0;REVB=0.00102153;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36033e-05;OID=.;OPOS=6127943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr12 6128326 . C T 161.0 PASS AF=0.36;AO=16;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0226598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.013;QD=12.8797;RBI=0.0344974;REFB=-0.0115446;REVB=0.0260116;RO=32;SAF=11;SAR=5;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785478;STB=0.572454;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0256902;OID=.;OPOS=6128326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:16:18:0.36:5:11:20:12:5:13:20:12 chr12 6128443 . T C 512.21 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.030775;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0279;QD=56.9117;RBI=0.0347689;REFB=-0.0720735;REVB=-0.0161794;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217573;STB=0.511621;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00100681;OID=.;OPOS=6128443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:1:1:35:35:0.972222:14:21:1:0:14:21:1:0 chr12 6143984 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.911;QD=57.5448;RBI=0.00365234;REFB=0;REVB=0.00342968;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28429e-06;OID=.;OPOS=6143984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr12 6153514 . A G 428.44 PASS AF=0.488636;AO=42;DP=87;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0425234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.134;QD=19.4748;RBI=0.050288;REFB=0.00254552;REVB=0.0268448;RO=45;SAF=29;SAR=13;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488981;STB=0.531445;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00300951;OID=.;OPOS=6153514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:45:45:42:43:0.488636:13:29:29:16:13:30:29:16 chr12 6153534 . T C 392.07 PASS AF=0.44898;AO=42;DP=102;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0111032;FXX=0.0392118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.318;QD=16.0029;RBI=0.0273644;REFB=-0.00486306;REVB=0.0250105;RO=52;SAF=33;SAR=9;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213073;STB=0.592548;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00730517;OID=.;OPOS=6153534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:98:52:54:42:44:0.44898:9:33:32:20:11:33:33:21 chr12 6167118 . C T 383.32 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.000287369;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.756;QD=14.6027;RBI=0.00235629;REFB=-0.0169472;REVB=0.0023387;RO=59;SAF=21;SAR=23;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317907;STB=0.517965;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0203116;OID=.;OPOS=6167118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:61:44:44:0.419048:23:21:30:29:23:21:31:30 chr12 6167196 . A G 260.39 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00933075;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.409;QD=18.599;RBI=0.016296;REFB=-0.0377976;REVB=-0.0133603;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795805;STB=0.553808;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0294573;OID=.;OPOS=6167196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:12:16:13:14:12:16:13:15 chr12 6172202 . T C 850.8 PASS AF=0.537975;AO=82;DP=156;FAO=85;FDP=158;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.000324271;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.082;QD=21.5392;RBI=0.0184066;REFB=-0.0419227;REVB=-0.0184038;RO=71;SAF=37;SAR=45;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115985;STB=0.508717;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0389681;OID=.;OPOS=6172202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:71:73:82:85:0.537975:45:37:33:38:47:38:34:39 chr12 6173433 . C T 602.13 PASS AF=0.440559;AO=63;DP=143;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=0.0188624;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.433;QD=16.8427;RBI=0.0192086;REFB=-0.0131647;REVB=0.00363014;RO=79;SAF=38;SAR=25;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245069;STB=0.63938;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0135858;OID=.;OPOS=6173433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:79:80:63:63:0.440559:25:38:28:51:25:38:28:52 chr12 6174414 . T G 207.93 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00344792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.929;QD=13.4149;RBI=0.00681461;REFB=-0.0205447;REVB=0.00587799;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041769;STB=0.521036;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0297775;OID=.;OPOS=6174414;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:37:25:25:0.403226:14:11:14:21:14:11:15:22 chr12 6174423 . T A 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0255427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.117;QD=12.9138;RBI=0.0350081;REFB=-0.0100254;REVB=-0.0239403;RO=37;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566489;STB=0.532477;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0121291;OID=.;OPOS=6174423;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:13:11:15:22:13:11:15:22 chr12 6204902 . CA C 114.86 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0325887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.3704;QD=19.1437;RBI=0.0339194;REFB=-0.00436912;REVB=-0.00940749;RO=11;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400481;STB=0.732918;STBP=0.037;TYPE=del;VARB=0.00561554;OID=.;OPOS=6204903;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667:13:24:13:24:11:2:11:6:5:88:11:2:11:6:5 chr12 6344600 . C A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00651298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.817;QD=59.6795;RBI=0.0183822;REFB=0;REVB=-0.0171898;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.70614e-05;OID=.;OPOS=6344600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:27:43:0:0:27:43:0:0 chr12 6439470 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113782;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.149;QD=62.3501;RBI=0.01237;REFB=0;REVB=0.00485311;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20763e-05;OID=.;OPOS=6439470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr12 6442346 . A G 417.84 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0449038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.743;QD=53.9144;RBI=0.0525272;REFB=0.0348842;REVB=-0.0272535;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00327841;OID=.;OPOS=6442346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:0:1:15:15:0:1 chr12 6457062 . T C 1074.35 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1623;QD=58.8683;RBI=0.0130027;REFB=0;REVB=-0.000340921;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016352;OID=.;OPOS=6457062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:70:73:1:32:38:0:0:33:40:0:0 chr12 6484709 . T C 277.23 PASS AF=0.507692;AO=23;DP=67;FAO=33;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0102554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.409;QD=17.0605;RBI=0.0514686;REFB=-0.0457112;REVB=-0.0504365;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318547;STB=0.557248;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.053133;OID=.;OPOS=6484709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:34:32:23:33:0.507692:14:9:24:10:14:19:22:10 chr12 6495275 . C A 250.28 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0142895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.846;QD=20.0222;RBI=0.0305338;REFB=-0.0391699;REVB=-0.0269838;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390642;STB=0.505315;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0350504;OID=.;OPOS=6495275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:26:24:24:0.48:15:9:10:14:15:9:10:16 chr12 6500105 . T G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0412305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.972;QD=15.2929;RBI=0.0499717;REFB=-0.032062;REVB=-0.028235;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101784;STB=0.559863;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0289941;OID=.;OPOS=6500105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:5:4:3:6:5:4 chr12 6560473 . A G 310.3 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178593;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.883;QD=53.9648;RBI=0.0326612;REFB=0;REVB=-0.027346;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.6562e-05;OID=.;OPOS=6560473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:13:10:0:0 chr12 6562285 . C T 293.81 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0156611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.897;QD=19.9196;RBI=0.0178607;REFB=-0.0213837;REVB=0.00858694;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205992;STB=0.625331;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0255235;OID=.;OPOS=6562285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:28:30:31:0.525424:15:15:20:7:16:15:21:7 chr12 6562293 . C T 298.69 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0190647;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.949;QD=20.2502;RBI=0.0216085;REFB=-0.0538116;REVB=-0.0101718;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166476;STB=0.580667;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.024549;OID=.;OPOS=6562293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:27:28:31:31:0.525424:14:17:20:7:14:17:20:8 chr12 6562753 . A G 279.34 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0112758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8529;QD=18.938;RBI=0.0116814;REFB=0.000424314;REVB=0.00305159;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390184;STB=0.509797;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.000549625;OID=.;OPOS=6562753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:29:29:30:0.508475:17:12:10:17:17:13:12:17 chr12 6562810 . A G 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0234259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2689;QD=21.7437;RBI=0.0235195;REFB=0.0123796;REVB=-0.00209659;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165088;STB=0.592717;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.0452083;OID=.;OPOS=6562810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:11:8:10:6:11:8:10:6 chr12 6562823 . C T 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0402318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.086;QD=18.637;RBI=0.0412012;REFB=-0.00298396;REVB=0.00888504;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163462;STB=0.592908;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00315177;OID=.;OPOS=6562823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:9:7:10:6:9:7:10:6 chr12 6562836 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0031368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.997;QD=18.6448;RBI=0.0146198;REFB=-0.00905791;REVB=0.0142794;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156693;STB=0.589347;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0108876;OID=.;OPOS=6562836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:8:5:8:6:8:5 chr12 6572048 . A G 231.25 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0122201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1334;QD=16.2283;RBI=0.0709655;REFB=0.00249698;REVB=-0.0699054;RO=28;SAF=6;SAR=20;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345959;STB=0.692612;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00559504;OID=.;OPOS=6572048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:31:26:26:0.45614:20:6:16:12:20:6:17:14 chr12 6573146 . T C 540.15 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0355185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2252;QD=24.5521;RBI=0.079137;REFB=0.00933807;REVB=-0.0707185;RO=34;SAF=19;SAR=31;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474606;STB=0.55355;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00743504;OID=.;OPOS=6573146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:34:38:50:50:0.568182:31:19:15:19:31:19:19:19 chr12 6574105 . C G 120.35 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0636246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4959;QD=24.0705;RBI=0.0695715;REFB=0.0196611;REVB=-0.0281444;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274508;STB=0.651975;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00748465;OID=.;OPOS=6574105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:8:5:0:7:8:5:0:7 chr12 6575044 . G T 189.17 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0686377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4474;QD=13.0462;RBI=0.0743618;REFB=0.00853634;REVB=0.0286103;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157389;STB=0.590088;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.02504;OID=.;OPOS=6575044;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:11:12:13:22:11:12:13:22 chr12 6619284 . C G 189.05 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0271024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.6;QD=21.0051;RBI=0.0418518;REFB=-0.0189227;REVB=-0.0318909;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799136;STB=0.5045;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0181547;OID=.;OPOS=6619284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:7:10:11:8:7:10 chr12 6631169 . C A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0270155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5112;QD=14.6497;RBI=0.0307453;REFB=-0.00779214;REVB=-0.0146778;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120243;STB=0.570033;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0100953;OID=.;OPOS=6631169;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:9:10:9:5:9:10 chr12 6637845 . T C 304.78 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.012936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.672;QD=26.5026;RBI=0.0313139;REFB=-0.0253802;REVB=0.028517;RO=18;SAF=13;SAR=14;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14902;STB=0.568832;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0136328;OID=.;OPOS=6637845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:19:27:27:0.586957:14:13:5:13:14:13:6:13 chr12 6638116 . C T 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00706282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.655;QD=12.1429;RBI=0.0329376;REFB=0.00876857;REVB=0.0321714;RO=33;SAF=5;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263169;STB=0.654616;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0135297;OID=.;OPOS=6638116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:14:5:16:17:14:5:16:17 chr12 6639088 . A G 511.21 PASS AF=0.515464;AO=45;DP=92;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00289794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2575;QD=21.0808;RBI=0.00912163;REFB=-0.0367978;REVB=0.00864905;RO=47;SAF=21;SAR=24;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600093;STB=0.53486;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0405912;OID=.;OPOS=6639088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:97:47:47:45:50:0.515464:24:21:25:22:27:23:25:22 chr12 6646320 . T C 271.05 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00739435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8684;QD=24.093;RBI=0.0355511;REFB=-0.0181884;REVB=0.0347736;RO=19;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264483;STB=0.504501;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0180195;OID=.;OPOS=6646320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:11:14:10:9:11:14:11:9 chr12 6647109 . T C 210.28 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0867788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.894;QD=15.576;RBI=0.0867868;REFB=-0.0192303;REVB=-0.00118186;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369667;STB=0.707805;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0119182;OID=.;OPOS=6647109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:15:9:23:7:15:9:23:7 chr12 6711147 . C A 85.07 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00999522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.137;QD=22.6865;RBI=0.0100223;REFB=-0.0621531;REVB=-0.000736147;RO=5;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299059;STB=0.670882;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0266927;OID=.;OPOS=6711147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:3:7:1:4:3:7:1:4 chr12 6747295 . G A 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00188741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.583;QD=24.8186;RBI=0.0742761;REFB=0.00641585;REVB=-0.0742521;RO=18;SAF=21;SAR=3;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14814;STB=0.583256;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00296992;OID=.;OPOS=6747295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:3:21:14:4:3:21:14:4 chr12 6835068 . A G 257.64 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0173812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1076;QD=18.403;RBI=0.0288995;REFB=-0.00313142;REVB=0.0230884;RO=27;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472824;STB=0.538016;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0115879;OID=.;OPOS=6835068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:18:10:11:16:18:10:12:16 chr12 6835081 . G A 241.68 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0221867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.106;QD=21.9705;RBI=0.0339307;REFB=-0.0340194;REVB=0.0256719;RO=19;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150556;STB=0.58994;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0287579;OID=.;OPOS=6835081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:21:23:23:0.522727:16:7:9:10:16:7:10:11 chr12 6836852 . A G 139.08 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0468062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5592;QD=15.4536;RBI=0.0516059;REFB=-0.0204633;REVB=-0.0217337;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241819;STB=0.624844;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0284874;OID=.;OPOS=6836852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:15:16:0.444444:5:10:8:11:6:10:8:12 chr12 6836913 . G T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00742704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.423;QD=17.1565;RBI=0.0132279;REFB=-0.00518965;REVB=-0.0109461;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154455;STB=0.574991;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00598423;OID=.;OPOS=6836913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:7:10:8:11:7:10:9:11 chr12 6840209 . G A 114.83 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0286689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7175;QD=13.9185;RBI=0.0329904;REFB=-0.0278073;REVB=-0.0163235;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301131;STB=0.647927;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0690096;OID=.;OPOS=6840209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:13:14:0.424242:10:3:9:9:10:4:10:9 chr12 6887020 . T C 1312.16 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.145;QD=61.7487;RBI=0.0688262;REFB=0;REVB=0.0676077;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104857;OID=.;OPOS=6887020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:35:48:0:0:37:48:0:0 chr12 6925149 . C T 93.1 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00840337;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.316;QD=17.7326;RBI=0.0158188;REFB=-0.0502558;REVB=0.0134021;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34873;STB=0.699657;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.056909;OID=.;OPOS=6925149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:2:8:4:7:2:8 chr12 6926363 . T C 766.61 PASS AF=1;AO=35;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156914;FXX=0.0312451;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.2772;QD=49.459;RBI=0.156937;REFB=0;REVB=-0.00268856;RO=0;SAF=1;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00444754;OID=.;OPOS=6926363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:35:62:1:34:1:0:0:35:27:0:0 chr12 6928075 . T C 447.08 PASS AF=1;AO=26;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.597;QD=57.6873;RBI=0.0801474;REFB=0;REVB=0.0214906;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000893133;OID=.;OPOS=6928075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:26:31:1:18:8:0:0:21:10:0:0 chr12 6928586 . CA AG 1410.2 PASS AF=0.971154;AO=98;DP=106;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.120502;FXX=0.0188661;HRUN=4;LEN=2;MLLD=45.9964;QD=54.2384;RBI=0.12508;REFB=-0.153021;REVB=0.0335295;RO=4;SAF=48;SAR=50;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00075846;STB=0.504383;STBP=0.682;TYPE=mnp;VARB=0.0110393;OID=.;OPOS=6928586;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:106:104:4:3:98:101:0.971154:50:48:2:2:52:49:1:2 chr12 6933787 . A G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00789114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.993;QD=12.3289;RBI=0.0454507;REFB=-0.0143584;REVB=-0.0447604;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444202;STB=0.526268;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0281424;OID=.;OPOS=6933787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:10:7:5:6:10:7 chr12 6939850 . A G 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0875946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.8136;QD=18.0867;RBI=0.0881011;REFB=-0.00928182;REVB=-0.00943315;RO=27;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258446;STB=0.645143;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0103551;OID=.;OPOS=6939850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:17:9:17:10:17:9:17:10 chr12 6941021 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00454984;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=295.319;QD=20.2097;RBI=0.00490584;REFB=-0.0205018;REVB=0.00183473;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162192;STB=0.593066;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0152897;OID=.;OPOS=6941021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:10:3:4:6:10:3:4:6 chr12 6942823 . A G 664.26 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480592;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.518;QD=63.263;RBI=0.0486896;REFB=0;REVB=0.00780927;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000523985;OID=.;OPOS=6942823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr12 6946247 . G T 141.25 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00222696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.508;QD=21.73;RBI=0.0249369;REFB=-0.0261557;REVB=0.0248372;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166822;STB=0.594465;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0342949;OID=.;OPOS=6946247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:6:5:10:5:6:5 chr12 6948468 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0123249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.753;QD=11.9197;RBI=0.0284869;REFB=-0.00188696;REVB=-0.0256827;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118071;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00289493;OID=.;OPOS=6948468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:4:5:3:4:4:5 chr12 6948528 . T C 129.26 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0310957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.728;QD=21.543;RBI=0.0313737;REFB=-0.055868;REVB=-0.00416752;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235791;STB=0.645387;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0174261;OID=.;OPOS=6948528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:9:10:14:14:0.583333:6:8:8:1:6:8:9:1 chr12 6954875 . C T 1136.23 PASS AF=0.939759;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0498381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.349;QD=54.7583;RBI=0.0542451;REFB=-0.246083;REVB=0.0214172;RO=1;SAF=34;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137178;STB=0.514498;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00264885;OID=.;OPOS=6954875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:83:83:1:5:78:78:0.939759:44:34:1:0:44:34:1:4 chr12 6965194 . A G 1483.63 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016885;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.527;QD=63.1334;RBI=0.0239511;REFB=0;REVB=0.0169869;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00413e-05;OID=.;OPOS=6965194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:92:94:1:44:48:0:0:44:50:0:0 chr12 7022085 . T A 1186.44 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.626;QD=60.8433;RBI=0.0552557;REFB=0;REVB=-0.028748;RO=0;SAF=20;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56014e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027064;OID=.;OPOS=7022085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:57:20:0:0:57:21:0:0 chr12 7023123 . A G 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5891;QD=58.5956;RBI=0.0578467;REFB=0;REVB=0.000232959;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605259;OID=.;OPOS=7023123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr12 7053022 . C T 302.1 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.423;QD=52.5398;RBI=0.0394348;REFB=0;REVB=0.0343617;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000407621;OID=.;OPOS=7053022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:19:23:1:9:10:0:0:11:12:0:0 chr12 7055860 . TG CG,GC 507.4 PASS AF=0.942857,0.0571429;AO=33,2;DP=35;FAO=33,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946481,0.00827318;FXX=0.0277701;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=259.612,215.514;QD=57.9881;RBI=0.0177459,0.0178158;REFB=0,0;REVB=0.0150112,0.0157783;RO=0;SAF=13,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.82173e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000487435,0.25471;OID=.,.;OPOS=7055860,7055860;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:0:0:33,2:33,2:0.942857,0.0571429:20,0:13,2:0:0:20,0:13,2:0:0 chr12 7065635 . T C 598.96 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415367;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.016;QD=61.4313;RBI=0.0528387;REFB=0;REVB=0.0326594;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23647e-06;OID=.;OPOS=7065635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr12 7079215 . T G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.385;QD=57.6797;RBI=0.0236944;REFB=0;REVB=-0.0161331;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159094;OID=.;OPOS=7079215;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr12 7080211 . G GGC 273.98 PASS AF=0.969697;AO=7;DP=37;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.044623;FXX=0.0833102;HRUN=1;LEN=2;MLLD=64.6835;QD=33.2092;RBI=0.288233;REFB=-0.136292;REVB=0.284758;RO=28;SAF=7;SAR=0;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.741172;STB=0.515142;STBP=0.52;TYPE=ins;VARB=0.0277654;OID=.;OPOS=7080212;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.969697:7:37:32:33:1:16:16:1:0:7:28:7:0:11:17 chr12 7080212 . T C,G 457.97 PASS AF=0.694444,0.25;AO=23,9;DP=35;FAO=25,9;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=10,7;FSAR=15,2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0404261,0.00629068;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=72.0899,14.9392;QD=50.886;RBI=0.0833836,0.0291619;REFB=-0.0922973,-0.0811417;REVB=0.0729284,0.0284754;RO=2;SAF=9,7;SAR=14,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0922593,-0.11124;STB=0.545418,0.562371;STBP=0.154,0.644;TYPE=snp,snp;VARB=0.0215352,0.0261665;OID=.,.;OPOS=7080212,7080212;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:55:35:36:2:2:23,9:25,9:0.694444,0.25:14,2:9,7:2:0:15,2:10,7:2:0 chr12 7170336 . G A 395.06 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=120;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.00230196;FXX=0.0650354;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.287;QD=13.7413;RBI=0.0132482;REFB=-0.00625908;REVB=-0.0130467;RO=61;SAF=8;SAR=37;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443108;STB=0.780457;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0156296;OID=.;OPOS=7170336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:115:61:70:45:45:0.391304:37:8:34:27:37:8:42:28 chr12 7241055 . A G 430.81 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00430694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.238;QD=15.9561;RBI=0.0398529;REFB=-0.0157273;REVB=-0.0396195;RO=59;SAF=33;SAR=15;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12072;STB=0.573759;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0218105;OID=.;OPOS=7241055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:60:48:48:0.444444:15:33:34:25:15:33:34:26 chr12 7241571 . G A 106.01 PASS AF=0.361111;AO=11;DP=33;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.026819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1448;QD=11.7784;RBI=0.0288494;REFB=-0.0112312;REVB=0.0106315;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503109;STB=0.510713;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0131399;OID=.;OPOS=7241571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:36:22:23:11:13:0.361111:5:6:11:11:6:7:12:11 chr12 7242204 . C T 293.13 PASS AF=0.388889;AO=30;DP=85;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0690245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2418;QD=13.0278;RBI=0.178243;REFB=0.00597664;REVB=0.164335;RO=55;SAF=18;SAR=12;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626188;STB=0.572251;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00387989;OID=.;OPOS=7242204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:90:55:55:30:35:0.388889:12:18:30:25:12:23:30:25 chr12 7242299 . G A 635.6 PASS AF=0.474453;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0112497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.245;QD=18.5577;RBI=0.0118977;REFB=-0.0200607;REVB=-0.0038732;RO=72;SAF=42;SAR=23;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104456;STB=0.557989;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0220653;OID=.;OPOS=7242299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:72:72:65:65:0.474453:23:42:39:33:23:42:39:33 chr12 7280880 . C G 513.49 PASS AF=0.434109;AO=55;DP=128;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.00784141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.96;QD=15.9222;RBI=0.00875706;REFB=-0.0120417;REVB=0.0038985;RO=72;SAF=25;SAR=30;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742015;STB=0.531845;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0101098;OID=.;OPOS=7280880;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:72:73:55:56:0.434109:30:25:38:34:30:26:38:35 chr12 7281317 . C T 440.9 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0757403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9223;QD=22.3241;RBI=0.0802862;REFB=0.0273788;REVB=-0.0266324;RO=36;SAF=27;SAR=16;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857081;STB=0.547076;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.0214947;OID=.;OPOS=7281317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:16:27:26:10:16:27:26:10 chr12 7309471 . C A 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0039363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.583;QD=20.8919;RBI=0.0496262;REFB=-0.0204781;REVB=0.0494698;RO=25;SAF=8;SAR=24;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414466;STB=0.743436;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0203488;OID=.;OPOS=7309471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:27:32:32:0.542373:24:8:19:6:24:8:21:6 chr12 7362759 . TG GT 31.14 PASS AF=0.108527;AO=15;DP=128;FAO=14;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=115;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=-0.092933;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=70.3283;QD=0.965728;RBI=0.137866;REFB=-0.0102363;REVB=-0.101836;RO=83;SAF=0;SAR=15;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.744103;STB=0.908218;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.301616;OID=.;OPOS=7362759;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:128:129:83:115:15:14:0.108527:15:0:50:33:13:1:55:60 chr12 7463241 . A T 443.38 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00714005;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.347;QD=16.2707;RBI=0.00734517;REFB=-0.0106393;REVB=0.00172374;RO=59;SAF=20;SAR=29;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994075;STB=0.560415;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0109866;OID=.;OPOS=7463241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:60:49:49:0.449541:29:20:30:29:29:20:31:29 chr12 7528471 . G A 479.17 PASS AF=0.485714;AO=50;DP=104;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0146955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.979;QD=18.2541;RBI=0.0159451;REFB=-0.0192769;REVB=-0.0061877;RO=50;SAF=28;SAR=22;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364678;STB=0.525318;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0186022;OID=.;OPOS=7528471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:50:54:50:51:0.485714:22:28:26:24:23:28:27:27 chr12 7548996 . C G 31.39 PASS AF=0.555556;AO=4;DP=8;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.124149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.2573;QD=13.9514;RBI=0.164945;REFB=-0.0207941;REVB=0.108599;RO=4;SAF=1;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0463831;OID=.;OPOS=7548996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:8:9:4:4:4:5:0.555556:3:1:1:3:4:1:1:3 chr12 7549009 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0153236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.552;QD=14.0438;RBI=0.019702;REFB=-0.0133653;REVB=0.0123837;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543107;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0105428;OID=.;OPOS=7549009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:1:3:4:1:1:3 chr12 7551022 . A T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.415;QD=59.8394;RBI=0.0377108;REFB=0;REVB=0.0256921;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103989;OID=.;OPOS=7551022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr12 7551050 . A C 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00251678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.357;QD=57.8246;RBI=0.0217202;REFB=-0.00429007;REVB=0.0215739;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208236;STB=0.511105;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000126032;OID=.;OPOS=7551050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:22:16:0:1:22:16:0:1 chr12 7637795 . A G 125.81 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=9;FWDB=-0.0111996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.911;QD=7.8633;RBI=0.0157768;REFB=-0.00971072;REVB=-0.0111119;RO=44;SAF=16;SAR=2;SRF=36;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172445;STB=0.623953;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0241828;OID=.;OPOS=7637795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:46:18:18:0.28125:2:16:36:8:2:16:37:9 chr12 7649484 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9059;QD=57;RBI=0.0424784;REFB=0;REVB=0.0149918;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544769;OID=.;OPOS=7649484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr12 7772997 . G A 498.83 PASS AF=0.45082;AO=54;DP=123;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=20;FWDB=0.0159303;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.534;QD=16.3551;RBI=0.03624;REFB=-0.0233165;REVB=0.0325509;RO=67;SAF=31;SAR=23;SRF=47;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132584;STB=0.578465;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0257638;OID=.;OPOS=7772997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:67:67:54:55:0.45082:23:31:47:20:24:31:47:20 chr12 7773058 . C A 447.47 PASS AF=0.401575;AO=49;DP=125;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.0138797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.21;QD=14.0934;RBI=0.0202195;REFB=-0.027293;REVB=0.0147031;RO=73;SAF=25;SAR=24;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838079;STB=0.553;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0330795;OID=.;OPOS=7773058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:73:76:49:51:0.401575:24:25:43:30:26:25:44:32 chr12 7773096 . T C 304.8 PASS AF=0.358491;AO=38;DP=106;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0533979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8105;QD=11.5018;RBI=0.0549589;REFB=-0.01138;REVB=0.0130057;RO=68;SAF=19;SAR=19;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822592;STB=0.547145;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0168482;OID=.;OPOS=7773096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:68:68:38:38:0.358491:19:19:39:29:19:19:39:29 chr12 7779227 . A G 147.95 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0890061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.702;QD=17.9338;RBI=0.089028;REFB=-0.00819965;REVB=-0.00197338;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843742;STB=0.547888;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00607842;OID=.;OPOS=7779227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:11:5:4:13:11:5:4:13 chr12 7805236 . C G 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00465127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9468;QD=13.224;RBI=0.0302653;REFB=-0.010212;REVB=-0.0299057;RO=36;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133858;STB=0.576858;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0140066;OID=.;OPOS=7805236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:9:15:18:18:9:15:18:18 chr12 7867847 . G C 1542.4 PASS AF=0.989899;AO=94;DP=96;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00569732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6731;QD=62.3192;RBI=0.0811924;REFB=-0.104473;REVB=0.0809923;RO=1;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101963;STB=0.505262;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000768489;OID=.;OPOS=7867847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:99:1:1:94:98:0.989899:46:48:0:1:47:51:0:1 chr12 7966958 . C T 1256.58 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0118981;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.659;QD=59.133;RBI=0.0141865;REFB=-0.185441;REVB=0.00772608;RO=1;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106431;STB=0.500711;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.000626621;OID=.;OPOS=7966958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:1:2:83:83:0.976471:44:39:0:1:44:39:1:1 chr12 7981418 . C A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0235756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.018;QD=16.5358;RBI=0.0396131;REFB=-0.00659554;REVB=-0.0318337;RO=23;SAF=15;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251898;STB=0.646873;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00973591;OID=.;OPOS=7981418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:3:15:15:8:3:15:15:8 chr12 8043688 . G C 1062.1 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.383;QD=59.8366;RBI=0.0238868;REFB=0;REVB=0.0178951;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69171e-06;OID=.;OPOS=8043688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr12 8048082 . T C 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0548856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6056;QD=22.8301;RBI=0.0901193;REFB=-0.00264951;REVB=-0.0714777;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477344;STB=0.526846;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00421167;OID=.;OPOS=8048082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:4:6:8:7:4:6 chr12 8074192 . G A 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00625889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.675;QD=19.7621;RBI=0.0140934;REFB=-0.0158444;REVB=-0.0126273;RO=25;SAF=6;SAR=17;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151649;STB=0.586128;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0164668;OID=.;OPOS=8074192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:17:6:10:15:17:6:10:15 chr12 8192590 . G C 473.1 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0233046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7952;QD=21.2627;RBI=0.0934365;REFB=-0.020261;REVB=-0.0904835;RO=43;SAF=21;SAR=25;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208803;STB=0.615002;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0194132;OID=.;OPOS=8192590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:25:21:30:13:25:21:30:13 chr12 8249050 . C G 221.85 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0530833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0951;QD=18.4876;RBI=0.0530954;REFB=-0.0231646;REVB=-0.00112914;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144194;STB=0.581128;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0401122;OID=.;OPOS=8249050;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:14:8:6:20:14:8:6:20 chr12 8278181 . A T 180.46 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00607337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7149;QD=16.0409;RBI=0.00806568;REFB=-0.0101451;REVB=0.00530749;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170097;STB=0.597059;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0138556;OID=.;OPOS=8278181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:9:10:18:8:9:10:18:8 chr12 8329833 . G A 44.22 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0544573;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2845;QD=5.52724;RBI=0.0658766;REFB=-0.00521797;REVB=-0.0370692;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108265;STB=0.571225;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0189575;OID=.;OPOS=8329833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:33:32:25:25:7:7:0.21875:3:4:12:13:3:4:12:13 chr12 8374770 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3046;QD=43.4854;RBI=0.0804651;REFB=0;REVB=0.0605817;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00329457;OID=.;OPOS=8374770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr12 8374781 . C CACG 50.55 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0312475;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=336.05;QD=16.8489;RBI=0.0323101;REFB=-0.0133305;REVB=-0.00821779;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31972;STB=0.749164;STBP=0.106;TYPE=ins;VARB=0.00469541;OID=.;OPOS=8374782;OREF=-;OALT=ACG;OMAPALT=CACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:7:12:7:12:5:1:6:3:2:29:4:1:6:2:2 chr12 8375198 . C A 450.74 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.00617797;FXX=0.0117633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.024;QD=21.4638;RBI=0.00760163;REFB=-0.0220184;REVB=-0.00442916;RO=38;SAF=20;SAR=24;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165582;STB=0.575188;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0194878;OID=.;OPOS=8375198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:38:40:44:44:0.52381:24:20:10:28:24:20:12:28 chr12 8376110 . T C 433.78 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202663;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.087;QD=57.8378;RBI=0.0231359;REFB=0;REVB=0.0111601;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71908e-05;OID=.;OPOS=8376110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr12 8693333 . G A 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0666806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5323;QD=46.845;RBI=0.0668255;REFB=0;REVB=0.00439937;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00183987;OID=.;OPOS=8693333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr12 8757481 . G A 594.91 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.011585;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9562;QD=20.6927;RBI=0.0235432;REFB=7.16081e-05;REVB=0.0204956;RO=54;SAF=19;SAR=41;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246556;STB=0.63225;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000410909;OID=.;OPOS=8757481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:54:55:60:60:0.521739:41:19:32:22:41:19:32:23 chr12 8808006 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00728161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.451;QD=17.8402;RBI=0.00739541;REFB=-0.00366593;REVB=-0.0012924;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12462;STB=0.571326;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00409849;OID=.;OPOS=8808006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:6:8:6:8:6:8 chr12 8926011 . T C 2403.97 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.555;QD=61.2476;RBI=0.060923;REFB=0;REVB=0.0606735;RO=0;SAF=80;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51589e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71157e-05;OID=.;OPOS=8926011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:157:0:0:155:157:1:75:80:0:0:77:80:0:0 chr12 8975901 . C T 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0156232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.917;QD=13.9118;RBI=0.0194334;REFB=-0.0154287;REVB=0.0115573;RO=31;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289709;STB=0.666508;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0204615;OID=.;OPOS=8975901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:14:7:19:12:14:7:19:12 chr12 9004512 . G A 923.77 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00566349;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.012;QD=58.6521;RBI=0.00642661;REFB=0;REVB=-0.00303746;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77295e-05;OID=.;OPOS=9004512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr12 9004892 . C A 482.75 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.866;QD=58.5153;RBI=0.0626733;REFB=0;REVB=0.0350937;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555653;OID=.;OPOS=9004892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr12 9013755 . C T 735.19 PASS AF=1;AO=47;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244099;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5317;QD=56.5533;RBI=0.0252301;REFB=0;REVB=-0.00638082;RO=0;SAF=9;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642833;OID=.;OPOS=9013755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:47:52:1:38:9:0:0:38:14:0:0 chr12 9016573 . A G 1302.08 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.15;QD=62.0037;RBI=0.0249725;REFB=0;REVB=0.0153758;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33148e-05;OID=.;OPOS=9016573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr12 9020489 . A G 246.95 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.599;QD=47.0374;RBI=0.0208752;REFB=-0.0584618;REVB=0.0055823;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.538422;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000885756;OID=.;OPOS=9020489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:0:1:20:20:0.952381:6:14:0:0:6:14:0:1 chr12 9020912 . A G 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0656298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0914;QD=14.7421;RBI=0.0656357;REFB=0.0117565;REVB=-0.000884866;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283057;STB=0.664523;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0188547;OID=.;OPOS=9020912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:12:5:14:11:12:5:14:11 chr12 9070366 . T A 302.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00371918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.859;QD=19.4997;RBI=0.00757979;REFB=-0.0259047;REVB=-0.00660461;RO=30;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175089;STB=0.597763;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0212816;OID=.;OPOS=9070366;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:22:10:15:15:22:10:15:15 chr12 9074259 . C T 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0386322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.157;QD=21.5107;RBI=0.0426318;REFB=-0.023442;REVB=0.0180285;RO=13;SAF=14;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869583;STB=0.528269;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0238933;OID=.;OPOS=9074259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:15:18:18:0.545455:4:14:9:4:4:14:11:4 chr12 9086898 . A G 476.6 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.01133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.562;QD=15.2511;RBI=0.0201816;REFB=-0.00841999;REVB=0.0167012;RO=71;SAF=26;SAR=27;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263443;STB=0.518579;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0112474;OID=.;OPOS=9086898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:72:53:53:0.424:27:26:33:38:27:26:33:39 chr12 9093001 . G A 74.0 PASS AF=0.324324;AO=8;DP=33;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0589638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.24;QD=8.00051;RBI=0.0761434;REFB=-0.0428562;REVB=0.0481777;RO=25;SAF=7;SAR=1;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376516;STB=0.678671;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0849279;OID=.;OPOS=9093001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:33:37:25:25:8:12:0.324324:1:7:16:9:2:10:16:9 chr12 9142297 . T C 195.6 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.084612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.132;QD=14.2253;RBI=0.0847268;REFB=-0.0111041;REVB=0.00440935;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486882;STB=0.527844;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0109983;OID=.;OPOS=9142297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:14:9:14:18:14:9:14:18 chr12 9161648 . T C 222.68 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00375019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.373;QD=18.5566;RBI=0.0139843;REFB=0.000216273;REVB=0.0134721;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252024;STB=0.649869;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-6.27474e-05;OID=.;OPOS=9161648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:26:21:22:0.458333:12:9:18:8:13:9:18:8 chr12 9232268 . T C 387.27 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00863612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.509;QD=23.8321;RBI=0.0088157;REFB=-0.0286533;REVB=0.00177032;RO=27;SAF=19;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140002;STB=0.507688;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0258549;OID=.;OPOS=9232268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:19:19:13:14:19:19:13:14 chr12 9248233 . T C 1556.22 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00129243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.04;QD=58.7254;RBI=0.0171195;REFB=-0.0821387;REVB=0.0170707;RO=1;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978419;STB=0.505154;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00179636;OID=.;OPOS=9248233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:48:57:0:1:48:57:0:1 chr12 9268473 . A C 353.42 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0541779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8896;QD=23.9604;RBI=0.0545596;REFB=-0.0025289;REVB=-0.00644285;RO=24;SAF=13;SAR=22;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304694;STB=0.516727;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00270728;OID=.;OPOS=9268473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:22:13:8:16:22:13:8:16 chr12 9305473 . T C 1880.49 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=5.02465e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.827;QD=60.661;RBI=0.0196201;REFB=-0.0118642;REVB=0.01962;RO=1;SAF=57;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082617;STB=0.504273;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000152217;OID=.;OPOS=9305473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:124:1:1:122:123:0.991935:65:57:1:0:65:58:1:0 chr12 9307373 . T G 1529.19 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1277;QD=61.7856;RBI=0.102103;REFB=0;REVB=0.0886164;RO=2;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182308;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412764;OID=.;OPOS=9307373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:97:99:2:0:95:99:1:51:44:0:2:55:44:0:0 chr12 9312951 . G A 1588.3 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.64;QD=64.1735;RBI=0.00634106;REFB=0;REVB=0.00417186;RO=0;SAF=72;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6898e-05;OID=.;OPOS=9312951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:26:72:0:0:26:73:0:0 chr12 9317784 . A G 1292.65 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119793;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.442;QD=59.4321;RBI=0.143397;REFB=0;REVB=0.0788184;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026904;OID=.;OPOS=9317784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:87:0:0:77:87:1:39:38:0:0:49:38:0:0 chr12 9345273 . A G 929.1 PASS AF=1;AO=20;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040038;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7859;QD=55.4684;RBI=0.0623604;REFB=0;REVB=0.0622317;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369139;OID=.;OPOS=9345273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:20:67:1:4:16:0:0:49:18:0:0 chr12 9345274 . C G 511.59 PASS AF=0.666667;AO=46;DP=69;FAO=46;FDP=69;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=45;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00791655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.57;QD=29.6573;RBI=0.040929;REFB=-0.0216351;REVB=0.0401561;RO=23;SAF=1;SAR=45;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.785811;STB=0.940494;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00438791;OID=.;OPOS=9345274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:23:23:46:46:0.666667:45:1:17:6:45:1:17:6 chr12 9346792 . G C,T 1012.15 PASS AF=0.878788,0.0707071;AO=65,14;DP=91;FAO=87,7;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=44,5;FSAR=43,2;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0760085,-0.00291996;FXX=0.0198;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=34.346,36.8881;QD=40.8951;RBI=0.110927,0.00415102;REFB=-0.238233,-0.0713325;REVB=0.0807929,-0.00295039;RO=12;SAF=43,5;SAR=22,9;SRF=0;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.200656,0.361914;STB=0.527466,0.777056;STBP=0.026,0.07;TYPE=snp,snp;VARB=0.119243,0.0959339;OID=.,.;OPOS=9346792,9346792;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:91:99:12:5:65,14:87,7:0.878788,0.0707071:22,9:43,5:0:12:43,2:44,5:0:5 chr12 9439294 . T C 537.54 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00706472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.611;QD=17.6241;RBI=0.00786547;REFB=-0.000846102;REVB=0.00345764;RO=63;SAF=29;SAR=28;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608186;STB=0.533322;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00120268;OID=.;OPOS=9439294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:63:65:57:57:0.467213:28:29:28:35:28:29:29:36 chr12 9447492 . T C 53.45 PASS AF=0.2;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0112357;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.036;QD=5.34538;RBI=0.0165338;REFB=-0.00180509;REVB=0.0121295;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21783;STB=0.624707;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0119262;OID=.;OPOS=9447492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:41:40:31:32:8:8:0.2:4:4:21:10:4:4:21:11 chr12 9451397 . G A 72.96 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00226807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5963;QD=3.99775;RBI=0.0155481;REFB=0.000940912;REVB=-0.0153818;RO=60;SAF=8;SAR=5;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165192;STB=0.608712;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00429364;OID=.;OPOS=9451397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:73:73:60:60:13:13:0.178082:5:8:29:31:5:8:29:31 chr12 9452062 . A C 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0536489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2375;QD=33.4215;RBI=0.156467;REFB=0;REVB=0.146982;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00855433;OID=.;OPOS=9452062;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr12 9571420 . C T 194.54 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.0159253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.555;QD=10.3753;RBI=0.0167444;REFB=-0.00478762;REVB=-0.00517313;RO=50;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547968;STB=0.532107;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0135634;OID=.;OPOS=9571420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:18:7:16:34:18:7:16:34 chr12 9571670 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.006;QD=37.4885;RBI=0.0159107;REFB=0;REVB=-0.0159107;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136631;OID=.;OPOS=9571670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr12 9572785 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0262063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.889;QD=12.3962;RBI=0.0554469;REFB=-0.0493624;REVB=-0.048863;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317065;STB=0.691596;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0420742;OID=.;OPOS=9572785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:4:1:3:2:4:1 chr12 9573130 . C T 160.41 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0152405;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.955;QD=8.44246;RBI=0.018568;REFB=-0.0202199;REVB=0.0106064;RO=54;SAF=14;SAR=8;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320903;STB=0.519164;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0409234;OID=.;OPOS=9573130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:54:22:22:0.289474:8:14:33:21:8:14:33:21 chr12 9573223 . C A 565.98 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.000548315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.873;QD=24.6077;RBI=0.0723532;REFB=-0.0164273;REVB=-0.0723512;RO=40;SAF=30;SAR=22;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393568;STB=0.521544;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0300281;OID=.;OPOS=9573223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:40:40:52:52:0.565217:22:30:25:15:22:30:25:15 chr12 9573224 . C T 230.63 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=92;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0204794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.653;QD=10.0272;RBI=0.0209925;REFB=-0.0276845;REVB=0.00461323;RO=63;SAF=21;SAR=8;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234377;STB=0.638355;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0295454;OID=.;OPOS=9573224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:63:63:29:29:0.315217:8:21:34:29:8:21:34:29 chr12 9574002 . C T 1314.02 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110812;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.154;QD=61.8364;RBI=0.0300452;REFB=0;REVB=0.0279271;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33171e-05;OID=.;OPOS=9574002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:82:85:1:36:46:0:0:38:47:0:0 chr12 9574042 . C A 432.01 PASS AF=0.494253;AO=42;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00174496;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.93;QD=19.8626;RBI=0.00194387;REFB=-0.0237248;REVB=0.000856598;RO=43;SAF=22;SAR=20;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111092;STB=0.505615;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.021345;OID=.;OPOS=9574042;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:44:42:43:0.494253:20:22:22:21:21:22:23:21 chr12 9578197 . A T 958.09 PASS AF=0.875;AO=70;DP=81;FAO=70;FDP=80;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00701746;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6445;QD=47.9047;RBI=0.0118957;REFB=-0.0160544;REVB=-0.00960539;RO=10;SAF=17;SAR=53;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138071;STB=0.507336;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00269241;OID=.;OPOS=9578197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:81:80:10:10:70:70:0.875:53:17:2:8:53:17:2:8 chr12 9580395 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.318;QD=39.2068;RBI=0.0152615;REFB=0;REVB=0.0121843;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168574;OID=.;OPOS=9580395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr12 9580403 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=347.217;QD=33.4285;RBI=0.043394;REFB=0;REVB=0.0430758;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552659;OID=.;OPOS=9580403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr12 9581791 . T C 130.96 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.014772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.478;QD=10.271;RBI=0.0285927;REFB=-0.00766456;REVB=-0.0244812;RO=34;SAF=13;SAR=3;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246931;STB=0.643364;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0180209;OID=.;OPOS=9581791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:35:16:16:0.313725:3:13:22:12:3:13:23:12 chr12 9583324 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00673678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.303;QD=19.1089;RBI=0.0148268;REFB=-0.0521614;REVB=-0.013208;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057902;STB=0.533262;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0188983;OID=.;OPOS=9583324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:2:7:5:1:2:7:5:1 chr12 9585578 . C T 147.82 PASS AF=0.875;AO=13;DP=15;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0668153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.085;QD=36.9556;RBI=0.0793043;REFB=-0.0648915;REVB=-0.0427186;RO=2;SAF=10;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824044;STB=0.54161;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0106829;OID=.;OPOS=9585578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:16:2:2:13:14:0.875:3:10:2:0:3:11:2:0 chr12 9590052 . G A 237.0 PASS AF=0.469388;AO=21;DP=46;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00826574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.843;QD=19.3467;RBI=0.0093723;REFB=-0.0316347;REVB=-0.00441786;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257585;STB=0.63146;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0305743;OID=.;OPOS=9590052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:23:26:21:23:0.469388:14:7:14:9:16:7:14:12 chr12 9597776 . G A 1377.49 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.956;QD=62.6131;RBI=0.0416842;REFB=0;REVB=0.0414076;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40777e-05;OID=.;OPOS=9597776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr12 9750669 . A G 463.24 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0267664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.567;QD=19.5048;RBI=0.030013;REFB=-0.0209699;REVB=-0.0135773;RO=49;SAF=24;SAR=22;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654416;STB=0.536323;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0186499;OID=.;OPOS=9750669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:22:24:29:20:22:24:29:20 chr12 9906143 . GT G,TG 445.25 PASS AF=0.586207,0.413793;AO=21,20;DP=57;FAO=34,24;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=14,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.126186,-0.0558978;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=8.97968,18.1994;QD=30.7072;RBI=0.244042,0.115176;REFB=-0.0188165,-0.0567705;REVB=0.208887,0.100702;RO=8;SAF=14,0;SAR=7,20;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.461538,0;SSSB=0.216006,-0.840149;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0774484,-0.0814019;OID=.,.;OPOS=9906144,9906143;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:57:58:8:0:21,20:34,24:0.586207,0.413793:7,20:14,0:2:6:14,24:20,0:0:0 chr12 9906151 . GA AG,G,GT 268.38 PASS AF=0,0.882353,0;AO=4,24,7;DP=53;FAO=0,45,0;FDP=51;FR=.;FRO=6;FSAF=0,13,0;FSAR=0,32,0;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0545863,0.0739477,-0.0976563;FXX=0.0555453;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=15.756,9.12027,56.3016;QD=21.0494;RBI=0.131756,0.0748202,0.102954;REFB=-0.0617875,-0.152294,-0.0204822;REVB=-0.119917,0.0113928,-0.0326005;RO=12;SAF=0,1,7;SAR=4,23,0;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0.461538,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.664388,-0.561822,0.774012;STB=0.5,0.517753,0.5;STBP=1,0.558,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.0997642,0;OID=.,.,.;OPOS=9906151,9906152,9906152;OREF=GA,A,A;OALT=AG,-,T;OMAPALT=AG,G,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:53:51:12:6:4,24,7:0,45,0:0,0.882353,0:4,23,0:0,1,7:5:7:0,32,0:0,13,0:1:5 chr12 9994445 . GTGT G 706.1 PASS AF=1;AO=47;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139007;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=3;MLLD=282.566;QD=56.4883;RBI=0.0147047;REFB=0;REVB=-0.00479566;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-6.96005e-05;OID=.;OPOS=9994446;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:50:50:50:0:23:27:0:0:4:0:22:25:0:0 chr12 10015177 . A G 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0130979;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.981;QD=18.0732;RBI=0.0135559;REFB=-0.0199861;REVB=-0.00349392;RO=31;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756547;STB=0.542326;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0171044;OID=.;OPOS=10015177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:13:17:15:16:13:17:15:16 chr12 10041364 . G A 336.62 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0141519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.304;QD=17.2625;RBI=0.0234418;REFB=-0.00673515;REVB=-0.0186879;RO=42;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495625;STB=0.527762;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00936134;OID=.;OPOS=10041364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:17:19:20:22:17:19:20:22 chr12 10046052 . C A 311.71 PASS AF=0.387097;AO=35;DP=92;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=-0.0149918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9767;QD=13.407;RBI=0.0164461;REFB=0.00792399;REVB=-0.00676162;RO=57;SAF=18;SAR=17;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2064;STB=0.608191;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0150801;OID=.;OPOS=10046052;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:57:57:35:36:0.387097:17:18:40:17:17:19:40:17 chr12 10069302 . C T 408.75 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0223086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.413;QD=33.367;RBI=0.0224319;REFB=-0.0368082;REVB=-0.00234842;RO=15;SAF=17;SAR=16;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872744;STB=0.556488;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0110995;OID=.;OPOS=10069302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:15:16:33:33:0.673469:16:17:10:5:16:17:11:5 chr12 10131939 . C T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=-0.0212963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.094;QD=15.7003;RBI=0.0339707;REFB=0.00782198;REVB=-0.0264664;RO=19;SAF=13;SAR=2;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202203;STB=0.613737;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.0143533;OID=.;OPOS=10131939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:2:13:18:1:2:13:18:1 chr12 10136672 . G A 382.66 PASS AF=0.470588;AO=39;DP=84;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00430084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.648;QD=18.0074;RBI=0.00523323;REFB=-0.00735783;REVB=-0.00298152;RO=38;SAF=18;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576297;STB=0.544147;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00933922;OID=.;OPOS=10136672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:38:45:39:40:0.470588:21:18:20:18:22:18:24:21 chr12 10137557 . A C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00185225;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=243.679;QD=16.884;RBI=0.00379194;REFB=0.00104536;REVB=-0.00330877;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106867;STB=0.560899;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00122009;OID=.;OPOS=10137557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:4:13:10:5:4:13 chr12 10147850 . T C 325.33 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00440256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.3;QD=22.4365;RBI=0.0205858;REFB=-0.0224801;REVB=0.0201095;RO=25;SAF=23;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086013;STB=0.547589;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0196377;OID=.;OPOS=10147850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:10:23:15:10:10:23:15:10 chr12 10149406 . T C 871.13 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8509;QD=56.2017;RBI=0.0351374;REFB=-0.0785402;REVB=-0.0257696;RO=1;SAF=34;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136821;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00173674;OID=.;OPOS=10149406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:27:34:1:0:27:34:1:0 chr12 10149851 . C T 1573.76 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=2.71061e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.58;QD=62.9503;RBI=0.00679329;REFB=-0.13572;REVB=0.00679324;RO=1;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102003;STB=0.505375;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000293852;OID=.;OPOS=10149851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:100:1:1:99:99:0.99:46:53:0:1:46:53:0:1 chr12 10150974 . A G 244.61 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0240528;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.134;QD=18.8163;RBI=0.0419746;REFB=-0.02827;REVB=0.0343996;RO=26;SAF=7;SAR=19;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158916;STB=0.589582;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0284519;OID=.;OPOS=10150974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:19:7:11:15:19:7:11:15 chr12 10151642 . T C 1595.26 PASS AF=0.982143;AO=109;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0358789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2132;QD=56.9736;RBI=0.119244;REFB=-0.144907;REVB=0.113718;RO=0;SAF=46;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61771e-08;STB=0.507691;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00157381;OID=.;OPOS=10151642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:0:2:109:110:0.982143:63:46:0:0:64:46:0:2 chr12 10163375 . C A 258.5 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0210467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7636;QD=24.0465;RBI=0.0741665;REFB=-0.00894029;REVB=-0.0711176;RO=19;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00357459;STB=0.50199;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00551555;OID=.;OPOS=10163375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:10:14:11:8:10:14:11:8 chr12 10165469 . A G 1844.1 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.916;QD=60.4624;RBI=0.0482334;REFB=-0.141764;REVB=0.0470732;RO=1;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714322;STB=0.503759;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00223425;OID=.;OPOS=10165469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:122:1:1:120:121:0.991803:66:54:0:1:66:55:0:1 chr12 10167277 . G C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.222;QD=56.9378;RBI=0.0356669;REFB=0;REVB=0.0331069;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59962e-05;OID=.;OPOS=10167277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr12 10366088 . C T 393.26 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.814;QD=56.1793;RBI=0.0647007;REFB=0;REVB=0.00123215;RO=0;SAF=2;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211283;OID=.;OPOS=10366088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:26:2:0:0:26:2:0:0 chr12 10366229 . CA C 63.73 PASS AF=0.424242;AO=11;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.205623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.4455;QD=7.72544;RBI=0.22154;REFB=-0.0857925;REVB=-0.0824587;RO=19;SAF=0;SAR=11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.754893;STB=0.617456;STBP=0.368;TYPE=del;VARB=0.0802825;OID=.;OPOS=10366230;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:11:33:14:33:19:2:12:5:14:63:19:0:11:5:14 chr12 10367240 . CT C 654.43 PASS AF=1;AO=54;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.4325;QD=45.925;RBI=0.0706609;REFB=0;REVB=-0.0646529;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000769641;OID=.;OPOS=10367241;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:57:57:57:0:22:35:0:0:12:0:19:35:0:0 chr12 10462052 . T G 1149.24 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.215;QD=60.4861;RBI=0.131804;REFB=0;REVB=0.0264816;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561851;OID=.;OPOS=10462052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:32:42:0:0:33:43:0:0 chr12 10525740 . C T 972.75 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.768;QD=58.9549;RBI=0.0129686;REFB=0;REVB=-0.00912585;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83376e-07;OID=.;OPOS=10525740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:25:41:0:0:25:41:0:0 chr12 10532111 . T G 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.095;QD=46.9603;RBI=0.036191;REFB=0.0718329;REVB=0.0252972;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.521717;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.000315763;OID=.;OPOS=10532111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:11:9:0:0:11:9:0:1 chr12 10532326 . T C 681.82 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.015493;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.965;QD=60.6059;RBI=0.0316837;REFB=-0.0536363;REVB=0.0276374;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000147377;OID=.;OPOS=10532326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:29:15:0:0:29:15:0:1 chr12 10560957 . T C 242.39 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.019527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.692;QD=12.5917;RBI=0.0196672;REFB=0.00654103;REVB=0.00234459;RO=48;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139083;STB=0.579837;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0103791;OID=.;OPOS=10560957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:12:17:22:26:12:17:22:26 chr12 10562025 . C T 418.33 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00376098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.393;QD=17.4306;RBI=0.00789342;REFB=-0.0166953;REVB=-0.00693982;RO=53;SAF=28;SAR=15;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108385;STB=0.560834;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0202955;OID=.;OPOS=10562025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:15:28:29:24:15:28:29:24 chr12 10562089 . A C 2189.17 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=144;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022656;FXX=0.0544181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.926;QD=62.9976;RBI=0.023483;REFB=-0.0742489;REVB=-0.00617719;RO=1;SAF=72;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655764;STB=0.503448;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000333861;OID=.;OPOS=10562089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:144:139:1:1:138:138:0.992806:66:72:1:0:66:72:1:0 chr12 10570965 . C G 1631.88 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313421;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9473;QD=59.8856;RBI=0.0337782;REFB=0;REVB=0.0125953;RO=0;SAF=59;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564396;OID=.;OPOS=10570965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:49:59:0:0:50:59:0:0 chr12 10571042 . A G 1936.23 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0380209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6358;QD=60.9838;RBI=0.0445169;REFB=-0.0379511;REVB=0.0231553;RO=1;SAF=65;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772608;STB=0.504064;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000982175;OID=.;OPOS=10571042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:1:1:126:126:0.992126:61:65:0:1:61:65:0:1 chr12 10571091 . T G 1540.68 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221926;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.491;QD=63.5331;RBI=0.0225211;REFB=0;REVB=-0.00383309;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203137;OID=.;OPOS=10571091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:45:51:0:0:44:53:0:0 chr12 10571106 . G A,C 1279.28 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=3,81;DP=84;FAO=3,81;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=3,42;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012207,-0.0302191;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.313,98.7467;QD=60.9181;RBI=0.0145653,0.0320482;REFB=0,0;REVB=-0.00794588,-0.010672;RO=0;SAF=3,42;SAR=0,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0346034,-0.000638579;OID=.,.;OPOS=10571106,10571106;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:84:84:0:0:3,81:3,81:0.0357143,0.964286:0,39:3,42:0:0:0,39:3,42:0:0 chr12 10572982 . A G 1589.27 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6461;QD=59.9726;RBI=0.0527061;REFB=0;REVB=0.00796827;RO=0;SAF=63;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314391;OID=.;OPOS=10572982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:43:63:0:0:43:63:0:0 chr12 10573094 . CA CG,GG 717.09 PASS AF=0.653846,0.346154;AO=34,19;DP=53;FAO=34,18;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21,10;FSAR=13,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014753,0.011655;FXX=0.0188644;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=267.451,248.865;QD=55.1611;RBI=0.0219309,0.0189802;REFB=0,0;REVB=0.0162269,0.0149803;RO=0;SAF=21,10;SAR=13,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.33753e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000929763,0.00266246;OID=.,.;OPOS=10573095,10573094;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:53:52:0:0:34,19:34,18:0.653846,0.346154:13,9:21,10:0:0:13,8:21,10:0:0 chr12 10587111 . A G 5682.31 PASS AF=0.781753;AO=437;DP=559;FAO=437;FDP=559;FR=.;FRO=122;FSAF=244;FSAR=193;FSRF=71;FSRR=51;FWDB=-0.00464561;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.309;QD=40.6605;RBI=0.00709041;REFB=-0.00126325;REVB=-0.00535652;RO=122;SAF=244;SAR=193;SRF=71;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00987109;STB=0.505231;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.000314051;OID=.;OPOS=10587111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:559:559:122:122:437:437:0.781753:193:244:71:51:193:244:71:51 chr12 10588530 . C G 81.36 PASS AF=0.102679;AO=23;DP=226;FAO=23;FDP=224;FR=.;FRO=201;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=125;FSRR=76;FWDB=-0.0482167;FXX=0.00884917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3287;QD=1.45289;RBI=0.0655505;REFB=-0.00112547;REVB=0.0444074;RO=202;SAF=11;SAR=12;SRF=124;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165655;STB=0.627587;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0110741;OID=.;OPOS=10588530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:226:224:202:201:23:23:0.102679:12:11:124:78:12:11:125:76 chr12 10588581 . T C 171.43 PASS AF=0.175824;AO=32;DP=182;FAO=32;FDP=182;FR=.;FRO=150;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=76;FSRR=74;FWDB=-0.00609063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.136;QD=3.76766;RBI=0.0152759;REFB=-0.0124537;REVB=0.0140092;RO=150;SAF=19;SAR=13;SRF=76;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112557;STB=0.572323;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0437863;OID=.;OPOS=10588581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:150:150:32:32:0.175824:13:19:76:74:13:19:76:74 chr12 10603669 . G GC 2230.24 PASS AF=1;AO=15;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.081657;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=137.045;QD=60.6868;RBI=0.0817923;REFB=0;REVB=0.00470274;RO=129;SAF=1;SAR=14;SRF=81;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.627814;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00059305;OID=.;OPOS=10603670;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:148:147:147:0:84:63:0:0:12:129:1:14:81:48 chr12 10603670 . T C 1774.6 PASS AF=0.873333;AO=131;DP=150;FAO=131;FDP=150;FR=.;FRO=19;FSAF=83;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.00267493;FXX=0.00662208;HRUN=5;LEN=1;MLLD=155.756;QD=47.3227;RBI=0.00970535;REFB=-0.128721;REVB=0.00932945;RO=19;SAF=83;SAR=48;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118397;STB=0.562702;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0016211;OID=.;OPOS=10603670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:150:150:19:19:131:131:0.873333:48:83:3:16:48:83:3:16 chr12 10659438 . T C 2408.25 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138353;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.483;QD=61.3566;RBI=0.0223345;REFB=0;REVB=0.0175332;RO=0;SAF=72;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02835e-06;OID=.;OPOS=10659438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:157:157:1:85:72:0:0:85:72:0:0 chr12 10659964 . C G 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.807;QD=60.8831;RBI=0.0247477;REFB=0;REVB=0.0227419;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35888e-05;OID=.;OPOS=10659964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr12 10675250 . G C 378.66 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0298;QD=54.0937;RBI=0.0407701;REFB=0;REVB=-0.0162472;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013313;OID=.;OPOS=10675250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:17:10:0:0:18:10:0:0 chr12 10763205 . T C 84.54 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0103838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.226;QD=17.797;RBI=0.0116871;REFB=0.00632023;REVB=-0.00536331;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442187;STB=0.749604;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0195566;OID=.;OPOS=10763205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:18:19:8:8:10:11:0.578947:4:6:0:8:4:7:0:8 chr12 10763236 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.068499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6654;QD=53.2768;RBI=0.0685357;REFB=0;REVB=-0.00224412;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185997;OID=.;OPOS=10763236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr12 10771779 . C T 1723.09 PASS AF=0.403543;AO=187;DP=494;FAO=205;FDP=508;FR=.;FRO=303;FSAF=103;FSAR=102;FSRF=170;FSRR=133;FWDB=0.00704667;FXX=0.00587073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.868;QD=13.5676;RBI=0.0134435;REFB=-0.0111252;REVB=0.0114487;RO=300;SAF=96;SAR=91;SRF=171;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623484;STB=0.534972;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0193553;OID=.;OPOS=10771779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:494:508:300:303:187:205:0.403543:91:96:171:129:102:103:170:133 chr12 10782115 . T C 495.45 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0317455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.122;QD=26.0765;RBI=0.0319788;REFB=-0.0144223;REVB=-0.00385583;RO=29;SAF=27;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504114;STB=0.521653;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00740393;OID=.;OPOS=10782115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:29:30:46:46:0.605263:19:27:15:14:19:27:16:14 chr12 10782116 . G A 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0275276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.635;QD=13.4909;RBI=0.0297989;REFB=-0.00771034;REVB=-0.0114107;RO=45;SAF=16;SAR=14;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471764;STB=0.532722;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0107524;OID=.;OPOS=10782116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:46:30:30:0.394737:14:16:26:19:14:16:27:19 chr12 10783729 . A G 271.66 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0119594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6693;QD=12.3484;RBI=0.0217656;REFB=-0.00100674;REVB=0.0181855;RO=56;SAF=20;SAR=12;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179642;STB=0.603383;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00177108;OID=.;OPOS=10783729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:12:20:26:30:12:20:26:30 chr12 10856219 . C T 191.42 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0251121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4654;QD=14.7247;RBI=0.0412365;REFB=-0.0183722;REVB=-0.0327082;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164418;STB=0.583259;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0441812;OID=.;OPOS=10856219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:10:12:11:18:10:12:12:18 chr12 10871667 . A G 1171.77 PASS AF=0.97561;AO=77;DP=80;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0248076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9352;QD=57.1597;RBI=0.139695;REFB=-0.164017;REVB=0.137475;RO=3;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311779;STB=0.510636;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.010923;OID=.;OPOS=10871667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:80:82:3:2:77:80:0.97561:44:33:0:3:46:34:0:2 chr12 10958658 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.172;QD=58.4197;RBI=0.0586719;REFB=0;REVB=0.057659;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28361e-05;OID=.;OPOS=10958658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr12 10959031 . C T 520.06 PASS AF=0.550562;AO=48;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00888433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.135;QD=23.3733;RBI=0.0120923;REFB=-0.0109531;REVB=0.00820323;RO=40;SAF=28;SAR=20;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110957;STB=0.554816;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00917317;OID=.;OPOS=10959031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:40:48:49:0.550562:20:28:18:22:21:28:18:22 chr12 10962115 . A G 219.65 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=0.131922;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2059;QD=13.9463;RBI=0.132753;REFB=-0.0297858;REVB=-0.014837;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325314;STB=0.682418;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0459266;OID=.;OPOS=10962115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:37:37:26:26:0.412698:13:13:7:30:13:13:7:30 chr12 10978402 . G A 211.19 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267088;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.62;QD=49.6926;RBI=0.0267205;REFB=0;REVB=-0.000790318;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107829;OID=.;OPOS=10978402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr12 10999708 . T C 1315.82 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000491353;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.266;QD=60.4973;RBI=0.0415595;REFB=0;REVB=0.0415565;RO=0;SAF=58;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119814;OID=.;OPOS=10999708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:84:87:0:0:83:87:1:25:58:0:0:28:59:0:0 chr12 10999780 . C T 555.97 PASS AF=0.541667;AO=51;DP=97;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=45;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=7;FWDB=-0.00662385;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1613;QD=23.1655;RBI=0.0141356;REFB=-0.0249764;REVB=0.0124876;RO=40;SAF=45;SAR=6;SRF=34;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590835;STB=0.523247;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0248119;OID=.;OPOS=10999780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:40:44:51:52:0.541667:6:45:34:6:7:45:37:7 chr12 11001963 . AT A 30.01 PASS AF=0.466667;AO=5;DP=17;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.152234;FXX=0.117578;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.03;QD=8.00291;RBI=0.16475;REFB=0.0390507;REVB=-0.0629877;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15966;STB=0.529329;STBP=0.84;TYPE=del;VARB=-0.0320855;OID=.;OPOS=11001964;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:5:17:7:15:8:4:3:5:3:29:7:2:3:4:3 chr12 11034979 . C CA,CG 35.48 PASS AF=0.428571,0;AO=2,2;DP=17;FAO=6,0;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4,0;FSAR=2,0;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0231971,0.00722229;FXX=0;HRUN=0,4;LEN=1,1;MLLD=238.82,6.87056;QD=10.1382;RBI=0.0244054,0.0403074;REFB=-0.0325805,-0.169587;REVB=-0.00758388,0.0396551;RO=13;SAF=2,0;SAR=0,2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.540126,-0.569211;STB=0.666111,0.5;STBP=0.364,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0312475,0.115886;OID=.,.;OPOS=11034980,11034980;OREF=-,-;OALT=A,G;OMAPALT=CA,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0:2,2:17:6,0:14:8:4,0:2,0:3:5:34:13:2,0:0,2:7:6 chr12 11061122 . T C 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0405479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.02;QD=56.0118;RBI=0.0434923;REFB=-0.0224272;REVB=-0.0157307;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346006;STB=0.518508;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000433477;OID=.;OPOS=11061122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:21:13:1:0:21:13:1:0 chr12 11083356 . A G 352.35 PASS AF=0.229167;AO=54;DP=240;FAO=55;FDP=240;FR=.;FRO=185;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=89;FSRR=96;FWDB=-0.047233;FXX=0.00414921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6311;QD=5.87248;RBI=0.0476967;REFB=0.000911991;REVB=0.00663459;RO=186;SAF=13;SAR=41;SRF=90;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330748;STB=0.704758;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00334206;OID=.;OPOS=11083356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:186:185:54:55:0.229167:41:13:90:96:42:13:89:96 chr12 11083677 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.757;QD=63.2863;RBI=0.0256092;REFB=0;REVB=-0.00692739;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70809e-05;OID=.;OPOS=11083677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr12 11091432 . C T 462.82 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000346472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.22;QD=57.8518;RBI=0.0209124;REFB=0;REVB=0.0209095;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67103e-05;OID=.;OPOS=11091432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:12:19:0:0:12:20:0:0 chr12 11138683 . C T 1072.06 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00739535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.435;QD=57.9491;RBI=0.0206722;REFB=-0.116426;REVB=0.0193041;RO=1;SAF=50;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210088;STB=0.510635;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00220507;OID=.;OPOS=11138683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:22:50:0:1:23:50:0:1 chr12 11138852 . C T 1440.68 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457178;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.224;QD=63.3268;RBI=0.0538853;REFB=0;REVB=-0.0285221;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54166e-05;OID=.;OPOS=11138852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr12 11149711 . C A 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6455;QD=59.1414;RBI=0.0160284;REFB=0;REVB=-0.0102965;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1745e-05;OID=.;OPOS=11149711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr12 11149720 . A G 941.09 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00693263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.848;QD=57.0355;RBI=0.019662;REFB=0.0138848;REVB=-0.0183993;RO=1;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014534;STB=0.50769;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-5.42507e-05;OID=.;OPOS=11149720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:32:33:0:1:32:33:0:1 chr12 11149769 . T C 1062.48 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.578;QD=59.8582;RBI=0.0807485;REFB=0;REVB=0.0799899;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348933;OID=.;OPOS=11149769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:34:35:0:0:36:35:0:0 chr12 11150033 . G T 859.48 PASS AF=1;AO=52;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.377;QD=57.2986;RBI=0.0333666;REFB=0;REVB=0.0130173;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363077;OID=.;OPOS=11150033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:52:60:1:32:20:0:0:35:25:0:0 chr12 11150046 . G T 749.66 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00775384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6443;QD=51.7006;RBI=0.0236977;REFB=-0.0133894;REVB=-0.0223933;RO=2;SAF=26;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00180786;STB=0.510047;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0125231;OID=.;OPOS=11150046;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:58:58:2:3:55:55:0.948276:29:26:1:1:29:26:2:1 chr12 11150054 . C T 164.48 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00408427;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.155;QD=11.1512;RBI=0.0192963;REFB=-0.0129903;REVB=-0.0188591;RO=38;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190347;STB=0.610915;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0244682;OID=.;OPOS=11150054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:38:38:21:21:0.355932:8:13:17:21:8:13:17:21 chr12 11150214 . G A 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5834;QD=51.5085;RBI=0.0712096;REFB=0.074242;REVB=-0.0692703;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343929;STB=0.518504;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00544152;OID=.;OPOS=11150214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:13:13:0:1:13:13:0:1 chr12 11150319 . T C 175.89 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8633;QD=46.9047;RBI=0.0411202;REFB=0;REVB=0.0375472;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118709;OID=.;OPOS=11150319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:11:3:0:0:12:3:0:0 chr12 11174753 . G A 612.52 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.006;QD=61.2519;RBI=0.0389086;REFB=0;REVB=0.0319688;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4767e-05;OID=.;OPOS=11174753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:21:17:0:0:21:19:0:0 chr12 11183042 . C G 30.46 PASS AF=0.0631068;AO=13;DP=207;FAO=13;FDP=206;FR=.;FRO=193;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=103;FSRR=90;FWDB=0.0060839;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2817;QD=0.591438;RBI=0.0215637;REFB=0.000189436;REVB=-0.0206876;RO=193;SAF=5;SAR=8;SRF=103;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15581;STB=0.6379;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0059774;OID=.;OPOS=11183042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:207:206:193:193:13:13:0.0631068:8:5:103:90:8:5:103:90 chr12 11183451 . A T 1525.55 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0480741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0802;QD=57.568;RBI=0.0605157;REFB=-0.111513;REVB=-0.0367564;RO=1;SAF=55;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855017;STB=0.500546;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000363796;OID=.;OPOS=11183451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:106:106:1:2:104:104:0.981132:49:55:1:0:49:55:1:1 chr12 11183524 . T C 34.22 PASS AF=0.09;AO=8;DP=99;FAO=9;FDP=100;FR=.;FRO=91;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.0217602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.281;QD=1.3688;RBI=0.0227867;REFB=0.000273361;REVB=0.00676241;RO=91;SAF=4;SAR=4;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182182;STB=0.565265;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.0225622;OID=.;OPOS=11183524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:100:91:91:8:9:0.09:4:4:47:44:5:4:47:44 chr12 11183576 . T C 116.93 PASS AF=0.195876;AO=19;DP=97;FAO=19;FDP=97;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.00424455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2349;QD=4.82186;RBI=0.00879991;REFB=-0.00424946;REVB=0.00770858;RO=78;SAF=9;SAR=10;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00085362;STB=0.500543;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0233703;OID=.;OPOS=11183576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:78:78:19:19:0.195876:10:9:37:41:10:9:37:41 chr12 11183642 . A G 152.56 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00567263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6375;QD=8.71765;RBI=0.037324;REFB=-0.00549103;REVB=0.0368904;RO=49;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29012;STB=0.671366;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0166139;OID=.;OPOS=11183642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:8:13:18:31:8:13:18:31 chr12 11183676 . C T 132.0 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0147758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.019;QD=7.6519;RBI=0.0152196;REFB=-0.000967222;REVB=-0.00364842;RO=49;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249179;STB=0.641112;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00309338;OID=.;OPOS=11183676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:50:19:19:0.275362:8:11:18:31:8:11:19:31 chr12 11183697 . C A 95.65 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0551206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8991;QD=5.88628;RBI=0.0632817;REFB=-0.00517741;REVB=-0.0310853;RO=50;SAF=10;SAR=5;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321839;STB=0.699742;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.020405;OID=.;OPOS=11183697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:50:50:15:15:0.230769:5:10:20:30:5:10:20:30 chr12 11183708 . T C 88.76 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0171498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.06;QD=6.45509;RBI=0.0268782;REFB=-0.00330711;REVB=0.020696;RO=38;SAF=10;SAR=3;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345485;STB=0.734917;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0498366;OID=.;OPOS=11183708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:38:42:13:13:0.236364:3:10:19:19:3:10:20:22 chr12 11183722 . A C 95.46 PASS AF=0.25;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0188649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1604;QD=7.34287;RBI=0.0242563;REFB=-0.016131;REVB=-0.0152474;RO=38;SAF=10;SAR=3;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446393;STB=0.768817;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0577294;OID=.;OPOS=11183722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:51:52:38:39:13:13:0.25:3:10:15:23:3:10:16:23 chr12 11183752 . T C 58.35 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00264405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.204;QD=4.76354;RBI=0.0218015;REFB=0.00200205;REVB=0.0216406;RO=40;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473359;STB=0.810512;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00457082;OID=.;OPOS=11183752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:2:7:15:25:2:7:15:25 chr12 11244140 . G A 152.32 PASS AF=0.297297;AO=19;DP=74;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00998631;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.391;QD=8.23362;RBI=0.0555039;REFB=-0.0102027;REVB=-0.0545982;RO=49;SAF=10;SAR=9;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192964;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0201087;OID=.;OPOS=11244140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:52:19:22:0.297297:9:10:25:24:11:11:26:26 chr12 11244166 . G C 936.64 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0181901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.016;QD=54.298;RBI=0.0186367;REFB=-0.0399591;REVB=0.00405527;RO=3;SAF=26;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514463;STB=0.527264;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00117651;OID=.;OPOS=11244166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:40:26:3:0:40:26:3:0 chr12 11244194 . T C 897.83 PASS AF=0.984615;AO=61;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0401284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.965;QD=55.2511;RBI=0.0402557;REFB=0.0098509;REVB=-0.0031986;RO=1;SAF=25;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185059;STB=0.508769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000389331;OID=.;OPOS=11244194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:61:64:0.984615:36:25:1:0:36:28:1:0 chr12 11244725 . C G 347.43 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0372165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.749;QD=51.4707;RBI=0.0378027;REFB=0.0558809;REVB=0.00663138;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000488623;OID=.;OPOS=11244725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:11:15:0:1:11:15:0:1 chr12 11338613 . CA GG 607.25 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122269;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.848;QD=60.7245;RBI=0.0281019;REFB=0;REVB=0.0253026;RO=0;SAF=32;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-8.11167e-05;OID=.;OPOS=11338613;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:7:32:0:0:7:33:0:0 chr12 11338781 . C A 748.82 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00190095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1123;QD=51.6429;RBI=0.0287531;REFB=-0.121667;REVB=-0.0286902;RO=3;SAF=27;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171123;STB=0.509088;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00381742;OID=.;OPOS=11338781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:58:58:3:3:55:55:0.948276:28:27:2:1:28:27:2:1 chr12 11338957 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6047;QD=39.2055;RBI=0.0667596;REFB=0;REVB=-0.0561668;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133385;OID=.;OPOS=11338957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr12 11338983 . T C 62.16 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.975;QD=35.5193;RBI=0.112937;REFB=0;REVB=0.00729963;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160589;OID=.;OPOS=11338983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr12 11418954 . A G 757.24 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203301;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.757;QD=57.15;RBI=0.0337925;REFB=0;REVB=0.026993;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16137e-05;OID=.;OPOS=11418954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr12 11461292 . C G 98.44 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.598;QD=39.3772;RBI=0.169743;REFB=0;REVB=-0.169442;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94722e-05;OID=.;OPOS=11461292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:2:7:0:0:2:8:0:0 chr12 11462275 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885535;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.535;QD=59.8394;RBI=0.020663;REFB=0;REVB=0.0186693;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75264e-05;OID=.;OPOS=11462275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:18:18:0:0 chr12 12230938 . C G 561.17 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9026;QD=59.0707;RBI=0.0109867;REFB=0;REVB=-0.0100621;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110765;OID=.;OPOS=12230938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:18:18:0:0:18:20:0:0 chr12 12240199 . C T 1338.1 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.058;QD=62.2371;RBI=0.0172408;REFB=0;REVB=0.00670793;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02734e-05;OID=.;OPOS=12240199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:34:52:0:0:34:52:0:0 chr12 12274317 . TGG TG,TGT 388.22 PASS AF=0.917808,0.0821918;AO=19,7;DP=71;FAO=67,6;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=29,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.0337,0.103519;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=6.50763,220.308;QD=21.2722;RBI=1.03508,0.128691;REFB=0.0153172,-0.0215955;REVB=-0.0534067,-0.0764539;RO=32;SAF=3,0;SAR=16,7;SRF=29;SRR=3;SSEN=0.75,0;SSEP=0.309524,0;SSSB=-0.70729,-0.841947;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0202508,0.125896;OID=.,.;OPOS=12274318,12274319;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.917808,0.0821918:19,7:71:67,6:73:0:38,0:29,6:0:0:22:32:3,0:16,7:29:3 chr12 12301898 . C T 251.99 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0224146;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.953;QD=14.3997;RBI=0.029373;REFB=-0.0296493;REVB=-0.0189831;RO=39;SAF=8;SAR=21;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208514;STB=0.607939;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0288889;OID=.;OPOS=12301898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:41:29:29:0.414286:21:8:18:21:21:8:18:23 chr12 12483275 . G A 226.46 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0140865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6618;QD=17.0912;RBI=0.0242997;REFB=-0.000696898;REVB=0.0198001;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229959;STB=0.512967;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00123485;OID=.;OPOS=12483275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:11:14:15:13:11:14:15:13 chr12 12483713 . A G 122.29 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0855146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0574;QD=15.7787;RBI=0.0881066;REFB=0.0101148;REVB=-0.021214;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372992;STB=0.713372;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0110531;OID=.;OPOS=12483713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:9:5:13:4:9:5:13:4 chr12 12510097 . C T 2259.56 PASS AF=0.968354;AO=151;DP=156;FAO=153;FDP=158;FR=.;FRO=5;FSAF=80;FSAR=73;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0261455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7152;QD=57.204;RBI=0.0271526;REFB=-0.0989008;REVB=-0.00732645;RO=4;SAF=78;SAR=73;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114699;STB=0.502446;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00243108;OID=.;OPOS=12510097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:156:158:4:5:151:153:0.968354:73:78:3:1:73:80:3:2 chr12 12630665 . TGCACGCTGG T 52.1 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0126227;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=9;MLLD=295.428;QD=13.8943;RBI=0.0212579;REFB=-0.0318923;REVB=-0.0171046;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363051;STB=0.740074;STBP=0.117;TYPE=del;VARB=0.0294886;OID=.;OPOS=12630666;OREF=GCACGCTGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:7:15:7:15:8:2:5:6:2:51:5:2:5:4:1 chr12 12814818 . C T 1036.97 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.288;QD=58.4208;RBI=0.0337982;REFB=0;REVB=-0.0224439;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000926055;OID=.;OPOS=12814818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:44:25:0:0:45:26:0:0 chr12 12871099 . T G 324.26 PASS AF=0.433735;AO=35;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0438902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.07;QD=15.627;RBI=0.0490489;REFB=-0.0264172;REVB=-0.0218964;RO=47;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324351;STB=0.510864;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0284163;OID=.;OPOS=12871099;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:35:36:0.433735:19:16:20:27:20:16:20:27 chr12 12941884 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000568907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.665;QD=57.5451;RBI=0.033089;REFB=0;REVB=-0.0330841;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.07017e-05;OID=.;OPOS=12941884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr12 12941956 . A ATCCT 705.61 PASS AF=1;AO=43;DP=50;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499137;FXX=0.10202;HRUN=1;LEN=4;MLLD=283.611;QD=64.1463;RBI=0.0521478;REFB=0;REVB=0.0151001;RO=3;SAF=19;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134713;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.34178e-05;OID=.;OPOS=12941957;OREF=-;OALT=TCCT;OMAPALT=ATCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:50:44:44:0:19:25:0:0:3:3:19:24:1:2 chr12 12967127 . C T 495.59 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.0229694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7165;QD=17.859;RBI=0.0348453;REFB=0.00536557;REVB=-0.026203;RO=58;SAF=31;SAR=22;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519495;STB=0.528798;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00565203;OID=.;OPOS=12967127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:58:53:53:0.477477:22:31:37:21:22:31:37:21 chr12 13028653 . A G 534.73 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.53;QD=57.809;RBI=0.0303297;REFB=0;REVB=-0.0041208;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156566;OID=.;OPOS=13028653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:37:0:0:31:37:1:24:7:0:0:25:12:0:0 chr12 13061294 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.334;QD=55.0984;RBI=0.0257985;REFB=0;REVB=0.0229715;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11371e-05;OID=.;OPOS=13061294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr12 13136623 . T C 200.71 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00555142;FXX=0.0689536;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.142;QD=14.8673;RBI=0.00868347;REFB=0.00835173;REVB=0.00667715;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880988;STB=0.590829;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.0145086;OID=.;OPOS=13136623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:54:27:31:23:23:0.425926:14:9:13:14:14:9:17:14 chr12 13208552 . C T 205.11 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0110087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0562;QD=15.7774;RBI=0.0361815;REFB=-0.00877304;REVB=-0.0344661;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125424;STB=0.571366;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0101903;OID=.;OPOS=13208552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:9:14:14:15:9:14:14:15 chr12 13214537 . A G 302.23 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00327205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.462;QD=19.4984;RBI=0.00900953;REFB=-0.00561078;REVB=0.00839436;RO=30;SAF=11;SAR=21;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280732;STB=0.656152;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0117142;OID=.;OPOS=13214537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:21:11:20:10:21:11:20:10 chr12 13221606 . T C 785.45 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.606;QD=64.1187;RBI=0.0191813;REFB=0;REVB=0.00335776;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.83078e-05;OID=.;OPOS=13221606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr12 13349823 . C T 974.7 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=71;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0491517;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5038;QD=56.5041;RBI=0.0524307;REFB=-0.165578;REVB=0.0182508;RO=2;SAF=31;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295067;STB=0.515147;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00220174;OID=.;OPOS=13349823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:69:2:2:66:67:0.971014:35:31:2:0:35:32:2:0 chr12 13364437 . GAGC GAG,G 936.56 PASS AF=0.897727,0.102273;AO=11,9;DP=88;FAO=79,9;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34,9;FSAR=45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.413484,0.0431981;FXX=0.0112347;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=14.715,187.564;QD=42.571;RBI=0.992329,0.0444545;REFB=-0.0319485,0.00387275;REVB=0.902079,0.0104943;RO=58;SAF=11,9;SAR=0,0;SRF=18;SRR=40;SSEN=0.43026,0;SSEP=0,0;SSSB=0.768519,0.743614;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0597076,0.0421039;OID=.,.;OPOS=13364440,13364438;OREF=C,AGC;OALT=-,-;OMAPALT=GAG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.897727,0.102273:11,9:88:79,9:88:0:34,9:45,0:0:0:40:58:11,9:0,0:18:40 chr12 13369196 . C T 256.63 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0622226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5378;QD=13.8716;RBI=0.0721868;REFB=-0.00488841;REVB=-0.0365962;RO=44;SAF=19;SAR=11;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342686;STB=0.69379;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00509573;OID=.;OPOS=13369196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:11:19:13:31:11:19:13:31 chr12 13369574 . A G 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.044728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.031;QD=17.0703;RBI=0.0447459;REFB=-0.00342084;REVB=-0.00126696;RO=35;SAF=10;SAR=21;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24226;STB=0.636273;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00225709;OID=.;OPOS=13369574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:21:10:20:15:21:10:20:15 chr12 13525603 . T G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0306073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.359;QD=16.728;RBI=0.0309012;REFB=-0.0157954;REVB=0.00425181;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787552;STB=0.545395;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0192338;OID=.;OPOS=13525603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:12:4:6:13:12:4:6:13 chr12 13526328 . G T 138.95 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00595653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9271;QD=12.0828;RBI=0.0736639;REFB=-0.0194306;REVB=-0.0734227;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325676;STB=0.519207;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0349461;OID=.;OPOS=13526328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:7:9:16:14:7:9:16:14 chr12 13527882 . G A 171.13 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00764818;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.62;QD=10.5312;RBI=0.0164615;REFB=-0.0180219;REVB=0.0145769;RO=43;SAF=7;SAR=15;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434112;STB=0.723952;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0355104;OID=.;OPOS=13527882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:15:7:31:12:14:8:31:12 chr12 13593879 . G A 726.77 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167439;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.661;QD=63.1975;RBI=0.0218048;REFB=0;REVB=0.0139675;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.23609e-05;OID=.;OPOS=13593879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:22:24:0:0 chr12 13717508 . G A 920.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.849;QD=58.4572;RBI=0.0750237;REFB=0;REVB=0.0709135;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7764e-05;OID=.;OPOS=13717508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:30:33:0:0 chr12 14018777 . G C 860.51 PASS AF=0.914286;AO=62;DP=69;FAO=64;FDP=70;FR=.;FRO=6;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0633047;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.8283;QD=49.1721;RBI=0.0692084;REFB=-0.140778;REVB=0.0279698;RO=7;SAF=33;SAR=29;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349621;STB=0.526071;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00834291;OID=.;OPOS=14018777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:69:70:7:6:62:64:0.914286:29:33:5:2:30:34:5:1 chr12 14577892 . A T 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0786612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.819;QD=11.3691;RBI=0.0845917;REFB=0.00469878;REVB=0.0311155;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330746;STB=0.695569;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00206159;OID=.;OPOS=14577892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:13:6:7:4:13:6 chr12 14587298 . A G 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00621918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.279;QD=25.8147;RBI=0.0197789;REFB=-0.0130975;REVB=0.0187757;RO=20;SAF=17;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215754;STB=0.619562;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00868767;OID=.;OPOS=14587298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:10:17:7:13:10:17:7:13 chr12 14656768 . G C 850.65 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000218912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7011;QD=57.6715;RBI=0.0716518;REFB=0;REVB=0.0716515;RO=0;SAF=45;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708995;OID=.;OPOS=14656768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:14:45:0:0:14:45:0:0 chr12 14688644 . C T 357.85 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0194276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.524;QD=19.6084;RBI=0.0473475;REFB=-0.0309625;REVB=-0.0431782;RO=34;SAF=16;SAR=21;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151619;STB=0.579312;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0237869;OID=.;OPOS=14688644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:34:36:37:37:0.506849:21:16:9:25:21:16:10:26 chr12 14706837 . A C 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00851213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.927;QD=25.7315;RBI=0.0103964;REFB=-0.0174355;REVB=-0.00596894;RO=19;SAF=7;SAR=19;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178583;STB=0.599524;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0104494;OID=.;OPOS=14706837;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:19:7:9:10:19:7:9:10 chr12 14794062 . G A 260.68 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0156107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9073;QD=18.2934;RBI=0.0181338;REFB=-0.0375634;REVB=-0.00922716;RO=27;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511103;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0490698;OID=.;OPOS=14794062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:27:28:27:27:0.473684:11:16:16:11:11:16:16:12 chr12 14827463 . AATC A 145.4 PASS AF=0.306122;AO=28;DP=97;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.0157445;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=314.084;QD=5.93477;RBI=0.0249676;REFB=-0.00504363;REVB=-0.0193776;RO=66;SAF=16;SAR=12;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423795;STB=0.512812;STBP=0.892;TYPE=del;VARB=0.0109132;OID=.;OPOS=14827464;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.306122:28:97:30:98:68:18:12:42:26:99:66:16:12:40:26 chr12 14829893 . A C 2881.01 PASS AF=0.974227;AO=184;DP=191;FAO=189;FDP=194;FR=.;FRO=5;FSAF=99;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0646079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.469;QD=59.4023;RBI=0.0864117;REFB=-0.195333;REVB=0.057383;RO=7;SAF=97;SAR=87;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00689007;STB=0.503197;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00614024;OID=.;OPOS=14829893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:191:194:7:5:184:189:0.974227:87:97:3:4:90:99:2:3 chr12 14926504 . A G 484.82 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.00769672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.788;QD=21.079;RBI=0.0207303;REFB=-0.00110079;REVB=-0.0192485;RO=45;SAF=25;SAR=22;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120975;STB=0.566717;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00131104;OID=.;OPOS=14926504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:22:25:30:15:22:25:30:15 chr12 14927994 . T C 148.62 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0470085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1226;QD=10.8089;RBI=0.0560679;REFB=-0.0180654;REVB=-0.0305584;RO=35;SAF=11;SAR=8;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124748;STB=0.579397;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0160317;OID=.;OPOS=14927994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:36:19:19:0.345455:8:11:24:11:8:11:25:11 chr12 14929667 . C G 148.05 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0401231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8049;QD=17.9454;RBI=0.0431359;REFB=-0.0464953;REVB=0.0158381;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279432;STB=0.660802;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0518329;OID=.;OPOS=14929667;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:12:4:9:8:12:4:9:8 chr12 14929872 . A G 1016.6 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501981;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9159;QD=59.7998;RBI=0.050232;REFB=0;REVB=0.00184343;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304861;OID=.;OPOS=14929872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:68:0:0:67:68:1:26:41:0:0:26:42:0:0 chr12 14930018 . GT G,TG 59.88 PASS AF=0.26,0.02;AO=12,3;DP=51;FAO=13,1;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=1,0;FSAR=12,1;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.163796,0.154189;FXX=0.019604;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=11.8557,16.8204;QD=4.79074;RBI=0.16637,0.155002;REFB=-0.0279948,-0.0221938;REVB=0.0291556,-0.0158552;RO=30;SAF=1,0;SAR=11,3;SRF=13;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.542112,-0.520139;STB=0.873804,0.989401;STBP=0.01,0.486;TYPE=del,mnp;VARB=0.0794876,0.0253882;OID=.,.;OPOS=14930019,14930018;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:50:30:36:12,3:13,1:0.26,0.02:11,3:1,0:13:17:12,1:1,0:17:19 chr12 14930055 . G T 306.69 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00534408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.491;QD=18.0408;RBI=0.0405191;REFB=-0.0166343;REVB=-0.0401651;RO=35;SAF=10;SAR=23;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190476;STB=0.510632;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00761644;OID=.;OPOS=14930055;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:23:10:10:25:23:10:10:25 chr12 14982352 . G C 1174.21 PASS AF=0.478431;AO=122;DP=255;FAO=122;FDP=255;FR=.;FRO=133;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=60;FSRR=73;FWDB=0.0509347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8094;QD=18.419;RBI=0.0613807;REFB=-0.0065358;REVB=0.0342527;RO=131;SAF=54;SAR=68;SRF=59;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00738764;STB=0.50449;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00767019;OID=.;OPOS=14982352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:131:133:122:122:0.478431:68:54:59:72:68:54:60:73 chr12 15081897 . A C 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.721;QD=58.5981;RBI=0.0565978;REFB=0;REVB=-0.0536892;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100914;OID=.;OPOS=15081897;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr12 15103605 . A G 1937.87 PASS AF=0.992126;AO=125;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0681423;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.836;QD=61.0352;RBI=0.07376;REFB=-0.038861;REVB=0.0282339;RO=1;SAF=64;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772572;STB=0.504064;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00355901;OID=.;OPOS=15103605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:1:1:125:126:0.992126:61:64:0:1:61:65:0:1 chr12 15262179 . G A 360.97 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00605099;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.359;QD=22.5604;RBI=0.00724771;REFB=-0.00535434;REVB=0.00398933;RO=27;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865746;STB=0.555525;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00636992;OID=.;OPOS=15262179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:27:28:36:36:0.5625:20:16:15:12:20:16:16:12 chr12 16189694 . T A 564.18 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=108;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0140335;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.404;QD=21.0909;RBI=0.0146374;REFB=-0.00141896;REVB=0.0041609;RO=49;SAF=29;SAR=28;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873216;STB=0.552069;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00131602;OID=.;OPOS=16189694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:49:50:57:57:0.53271:28:29:30:19:28:29:31:19 chr12 16347308 . G A 421.39 PASS AF=0.388889;AO=49;DP=126;FAO=49;FDP=126;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0282292;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2996;QD=13.3773;RBI=0.0468743;REFB=0.00208159;REVB=-0.0374208;RO=74;SAF=27;SAR=22;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545035;STB=0.527333;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00314168;OID=.;OPOS=16347308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:74:77:49:49:0.388889:22:27:37:37:22:27:39:38 chr12 16369828 . A T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.908;QD=59.4356;RBI=0.0252195;REFB=0;REVB=0.0251758;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63308e-05;OID=.;OPOS=16369828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr12 16397677 . G A 1431.47 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-2.05722e-06;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.263;QD=56.1363;RBI=0.0054561;REFB=-0.167177;REVB=-0.0054561;RO=2;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178927;STB=0.514016;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.000568383;OID=.;OPOS=16397677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:102:102:2:3:99:99:0.970588:52:47:0:2:52:47:0:3 chr12 16425656 . A T 298.8 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00794682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.878;QD=18.6752;RBI=0.0162519;REFB=0.00173737;REVB=-0.0141765;RO=31;SAF=12;SAR=20;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995253;STB=0.564475;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00196508;OID=.;OPOS=16425656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:20:12:15:16:20:12:16:16 chr12 16430284 . G A 923.0 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0751963;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.784;QD=58.603;RBI=0.0759838;REFB=0;REVB=0.010911;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125568;OID=.;OPOS=16430284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr12 18847877 . T C 365.58 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0162238;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.357;QD=15.8947;RBI=0.0172265;REFB=-0.00801874;REVB=0.00579146;RO=53;SAF=18;SAR=21;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284157;STB=0.516012;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00929336;OID=.;OPOS=18847877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:53:53:39:39:0.423913:21:18:23:30:21:18:23:30 chr12 19329493 . T C 263.73 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3911;QD=50.2336;RBI=0.0446348;REFB=0;REVB=0.0150127;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00874687;OID=.;OPOS=19329493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:7:14:0:0 chr12 19456594 . G C 99.93 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00929673;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.567;QD=15.3746;RBI=0.0293446;REFB=0.00759305;REVB=0.027833;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13274;STB=0.576798;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00675014;OID=.;OPOS=19456594;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:5:9:6:6:5:9 chr12 19598956 . C A 287.45 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0630701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6106;QD=24.996;RBI=0.0639018;REFB=-0.0433963;REVB=0.0102767;RO=19;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290631;STB=0.507037;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0330247;OID=.;OPOS=19598956;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:19:20:26:26:0.565217:10:16:11:8:10:16:12:8 chr12 20704503 . CG CC,C 802.4 PASS AF=0,0.57485;AO=7,88;DP=167;FAO=0,96;FDP=167;FR=.;FRO=71;FSAF=0,8;FSAR=0,88;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0759338,-0.0656879;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=16.8638,17.0333;QD=19.2192;RBI=0.0761578,0.096046;REFB=-0.0524558,-0.0713661;REVB=0.00583729,-0.070071;RO=70;SAF=7,1;SAR=0,87;SRF=35;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.598342,-0.8138;STB=0.5,0.797285;STBP=1,0;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0501901;OID=.,.;OPOS=20704504,20704504;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.57485:7,88:167:0,96:167:71:0,8:0,88:36:35:99:70:7,1:0,87:35:35 chr12 20704509 . T G 662.79 PASS AF=0.464052;AO=70;DP=154;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=65;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0333763;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.667;QD=17.3277;RBI=0.0436666;REFB=-0.0137674;REVB=-0.0281566;RO=83;SAF=6;SAR=64;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571553;STB=0.831883;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0385629;OID=.;OPOS=20704509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:83:82:70:71:0.464052:64:6:41:42:65:6:42:40 chr12 20766559 . C T 920.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0883738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.378;QD=58.4158;RBI=0.0883952;REFB=0;REVB=0.00194477;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109242;OID=.;OPOS=20766559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:41:22:0:0:41:22:0:0 chr12 20864356 . C T 223.49 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0148155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.902;QD=26.293;RBI=0.020767;REFB=-0.0387721;REVB=0.0145523;RO=12;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124558;STB=0.553022;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.025333;OID=.;OPOS=20864356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:12:13:21:21:0.617647:11:10:8:4:11:10:8:5 chr12 20903757 . T C 224.28 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0298737;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.8;QD=14.952;RBI=0.0300035;REFB=-0.0437476;REVB=-0.00278777;RO=34;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175047;STB=0.599406;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0503245;OID=.;OPOS=20903757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:10:16:15:19:10:16:15:19 chr12 20905250 . C T 315.04 PASS AF=0.418605;AO=34;DP=84;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0060067;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.64;QD=14.6531;RBI=0.0262813;REFB=-0.0117733;REVB=-0.0255857;RO=50;SAF=17;SAR=17;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839207;STB=0.546486;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0170468;OID=.;OPOS=20905250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:50:50:34:36:0.418605:17:17:29:21:18:18:29:21 chr12 20968665 . GTTTA G 74.47 PASS AF=0.246575;AO=17;DP=73;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.010556;FXX=0.0266631;HRUN=3;LEN=4;MLLD=167.273;QD=4.08042;RBI=0.018824;REFB=-0.0083269;REVB=-0.0155858;RO=53;SAF=15;SAR=2;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446498;STB=0.796284;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.0267807;OID=.;OPOS=20968666;OREF=TTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246575:17:73:18:73:55:16:2:33:22:74:53:15:2:32:21 chr12 21011480 . T G 341.76 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00890367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.948;QD=18.4736;RBI=0.0143119;REFB=-0.0121909;REVB=0.0112051;RO=38;SAF=20;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995761;STB=0.555525;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0111883;OID=.;OPOS=21011480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:16:20:17:21:16:20:17:21 chr12 21011813 . C T 391.54 PASS AF=0.424242;AO=41;DP=98;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.040151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2396;QD=15.8199;RBI=0.0526386;REFB=-0.014684;REVB=-0.03404;RO=56;SAF=29;SAR=12;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262386;STB=0.657414;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0313175;OID=.;OPOS=21011813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:56:57:41:42:0.424242:12:29:26:30:12:30:26:31 chr12 21013948 . C T 83.83 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.000611202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4551;QD=10.1617;RBI=0.0665215;REFB=-0.0149093;REVB=-0.0665186;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153944;STB=0.593048;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0255266;OID=.;OPOS=21013948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:11:11:4:7:11:11 chr12 21015760 . G A 564.29 PASS AF=0.444444;AO=60;DP=135;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.00679864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3966;QD=16.7197;RBI=0.0127017;REFB=-0.011327;REVB=-0.010729;RO=75;SAF=29;SAR=31;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432839;STB=0.524132;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0149871;OID=.;OPOS=21015760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:75:75:60:60:0.444444:31:29:33:42:31:29:33:42 chr12 21036411 . A G 383.86 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0231065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.657;QD=17.6487;RBI=0.0437134;REFB=-0.0275092;REVB=-0.0371073;RO=47;SAF=26;SAR=14;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140512;STB=0.57878;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0269484;OID=.;OPOS=21036411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:14:26:24:23:14:26:24:23 chr12 21054369 . G A 1917.75 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0392501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.582;QD=60.8809;RBI=0.0457419;REFB=-0.0881939;REVB=0.0234894;RO=1;SAF=80;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590274;STB=0.503105;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000124209;OID=.;OPOS=21054369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:45:80:1:0:45:80:1:0 chr12 21054918 . T C 496.42 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0103585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.883;QD=20.902;RBI=0.0254272;REFB=-0.00935748;REVB=0.0232216;RO=46;SAF=29;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113322;STB=0.568345;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00766849;OID=.;OPOS=21054918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:47:48:48:0.505263:19:29:22:24:19:29:22:25 chr12 21176135 . T C 2035.95 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6303;QD=61.6955;RBI=0.178037;REFB=0;REVB=0.175609;RO=1;SAF=63;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704085;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000943049;OID=.;OPOS=21176135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:132:132:1:0:130:132:1:67:63:0:1:69:63:0:0 chr12 21201663 . G A 896.58 PASS AF=0.53012;AO=87;DP=165;FAO=88;FDP=166;FR=.;FRO=78;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=-0.00668771;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.172;QD=21.6044;RBI=0.0498365;REFB=-0.0186413;REVB=0.0493857;RO=77;SAF=49;SAR=38;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643849;STB=0.535203;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0182815;OID=.;OPOS=21201663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:77:78:87:88:0.53012:38:49:49:28:38:50:50:28 chr12 21243001 . C T 312.37 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00815187;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.385;QD=23.575;RBI=0.0216976;REFB=0.0062735;REVB=-0.0201081;RO=22;SAF=9;SAR=22;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242442;STB=0.634247;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.000973976;OID=.;OPOS=21243001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:22:22:31:31:0.584906:22:9:13:9:22:9:13:9 chr12 21329738 . A G 124.82 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0863283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3233;QD=17.8316;RBI=0.0953313;REFB=-0.0230437;REVB=0.0404411;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12462;STB=0.571326;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0296283;OID=.;OPOS=21329738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:8:6:8:6:8:6 chr12 21331549 . T C 407.62 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.0409902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.941;QD=15.3821;RBI=0.0466664;REFB=-0.0257401;REVB=0.022306;RO=60;SAF=24;SAR=22;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113661;STB=0.563609;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0336391;OID=.;OPOS=21331549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:22:24:38:22:22:24:38:22 chr12 21331599 . T C 625.44 PASS AF=0.504;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.00863054;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.061;QD=20.014;RBI=0.0483846;REFB=-0.00397209;REVB=0.0476086;RO=61;SAF=39;SAR=24;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423257;STB=0.519994;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0037102;OID=.;OPOS=21331599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:61:62:63:63:0.504:24:39:35:26:24:39:36:26 chr12 21331625 . C T 480.04 PASS AF=0.452991;AO=51;DP=115;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.00447217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.68;QD=16.4115;RBI=0.00847899;REFB=-0.00991657;REVB=-0.00720368;RO=63;SAF=26;SAR=25;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140325;STB=0.580553;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0121023;OID=.;OPOS=21331625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:63:64:51:53:0.452991:25:26:41:22:26:27:42:22 chr12 21609773 . A G 163.54 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-7.81451e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.986;QD=13.3504;RBI=0.00518553;REFB=-0.0195628;REVB=0.00518552;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190675;STB=0.601254;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0581736;OID=.;OPOS=21609773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:31:18:18:0.367347:7:11:13:17:7:11:14:17 chr12 21622051 . A C 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00663782;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.741;QD=18.6207;RBI=0.017038;REFB=-0.0122682;REVB=0.0156918;RO=39;SAF=15;SAR=22;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100263;STB=0.555926;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0142485;OID=.;OPOS=21622051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:22:15:20:19:22:15:20:19 chr12 21623179 . T C 191.62 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0030891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2213;QD=15.6425;RBI=0.0259246;REFB=-0.00966428;REVB=-0.0257398;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171584;STB=0.609647;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0132267;OID=.;OPOS=21623179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:29:19:20:0.408163:8:11:12:17:8:12:12:17 chr12 21623969 . A G 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0335618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.226;QD=18.6755;RBI=0.0335809;REFB=-0.0203602;REVB=-0.00113269;RO=31;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411278;STB=0.53198;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0195142;OID=.;OPOS=21623969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:19:13:14:17:19:13:15:17 chr12 21654831 . G T 501.56 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.882;QD=59.0067;RBI=0.0640772;REFB=0;REVB=0.0244326;RO=0;SAF=4;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196234;OID=.;OPOS=21654831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:29:4:0:0:29:5:0:0 chr12 21712574 . C T 556.74 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00804331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3863;QD=60.1875;RBI=0.0336915;REFB=0;REVB=-0.0327173;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000415651;OID=.;OPOS=21712574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr12 21713402 . T C 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.741;QD=61.2122;RBI=0.017695;REFB=0;REVB=0.00230897;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62089e-05;OID=.;OPOS=21713402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:48:31:0:0:48:31:0:0 chr12 21797029 . A G 594.26 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.886;QD=60.9502;RBI=0.039739;REFB=0;REVB=0.0251996;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257806;OID=.;OPOS=21797029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr12 22017422 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.369;QD=45.805;RBI=0.0347249;REFB=0;REVB=0.0214654;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689861;OID=.;OPOS=22017422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:8:6:0:0 chr12 22063115 . A G 1561.56 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.576;QD=59.4879;RBI=0.0302443;REFB=0;REVB=0.00765316;RO=0;SAF=57;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21526e-05;OID=.;OPOS=22063115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:47:57:0:0:47:58:0:0 chr12 22213786 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.448;QD=57.545;RBI=0.0182399;REFB=0;REVB=-0.0161822;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15881e-05;OID=.;OPOS=22213786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:39:19:0:0:39:19:0:0 chr12 22348500 . A G 1577.12 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0395956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.912;QD=57.876;RBI=0.0400718;REFB=-0.0742103;REVB=0.00615928;RO=2;SAF=52;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000488499;STB=0.500257;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000321834;OID=.;OPOS=22348500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:109:2:2:107:107:0.981651:55:52:1:1:55:52:1:1 chr12 22354921 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.521;QD=59.0187;RBI=0.0375093;REFB=0;REVB=0.0343889;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12056e-05;OID=.;OPOS=22354921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr12 22478425 . A G 1377.77 PASS AF=0.942308;AO=98;DP=104;FAO=98;FDP=104;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0365558;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.208;QD=52.9912;RBI=0.0365568;REFB=-0.167203;REVB=0.000268829;RO=1;SAF=46;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101995;STB=0.517565;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00127627;OID=.;OPOS=22478425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:104:104:1:6:98:98:0.942308:52:46:1:0:52:46:1:5 chr12 22602796 . A G 141.36 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0216365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2441;QD=13.7907;RBI=0.0283696;REFB=-0.0210742;REVB=-0.0183492;RO=25;SAF=13;SAR=3;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462679;STB=0.771914;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0287369;OID=.;OPOS=22602796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:3:13:10:15:3:13:10:15 chr12 22814036 . A G 448.47 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0595204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3623;QD=18.8829;RBI=0.059709;REFB=-0.0463429;REVB=-0.0047415;RO=50;SAF=24;SAR=21;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126424;STB=0.507039;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0581547;OID=.;OPOS=22814036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:21:24:26:24:21:24:26:24 chr12 24365357 . AGTTGT A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0148662;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=264.045;QD=12.9748;RBI=0.0151961;REFB=-0.00466035;REVB=-0.00314922;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566036;STB=0.533278;STBP=0.788;TYPE=del;VARB=0.00699502;OID=.;OPOS=24365358;OREF=GTTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:12:30:12:30:18:6:6:10:8:97:18:6:6:10:8 chr12 24859899 . G A 948.06 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0129414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.113;QD=55.7684;RBI=0.0149872;REFB=-0.0188747;REVB=0.00755873;RO=2;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236133;STB=0.512496;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00261941;OID=.;OPOS=24859899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:68:2:2:66:66:0.970588:39:27:0:2:39:27:0:2 chr12 24964383 . T C 526.85 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.749;QD=56.9567;RBI=0.0272484;REFB=-0.143882;REVB=0.0106407;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239982;STB=0.512813;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00196627;OID=.;OPOS=24964383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:1:0:17:19:1:0 chr12 24964523 . C T 870.52 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0151541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3601;QD=56.1623;RBI=0.0281552;REFB=0.0348699;REVB=-0.0237291;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0057596;OID=.;OPOS=24964523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:28:33:0:0:28:33:0:1 chr12 24967846 . A G 164.49 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0340608;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.111;QD=19.9382;RBI=0.0347938;REFB=-0.00468099;REVB=-0.00710432;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517331;STB=0.514269;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.005048;OID=.;OPOS=24967846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:16:17:17:0.515152:8:9:8:9:8:9:8:8 chr12 24968131 . G A 255.68 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.276;QD=51.1368;RBI=0.059965;REFB=0;REVB=0.0565904;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249805;OID=.;OPOS=24968131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr12 24968150 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00558725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.66;QD=53.2772;RBI=0.0611046;REFB=0;REVB=0.0608486;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108914;OID=.;OPOS=24968150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr12 24970708 . G A 989.32 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135936;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3575;QD=59.0638;RBI=0.013594;REFB=0;REVB=-0.000105198;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188031;OID=.;OPOS=24970708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:36:30:0:0:37:30:0:0 chr12 25054891 . G A 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0235168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9982;QD=12.071;RBI=0.0267665;REFB=-0.00451652;REVB=-0.0127829;RO=40;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036826;STB=0.521259;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00649131;OID=.;OPOS=25054891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:14:10:18:22:14:10:18:22 chr12 25148755 . C G 1060.46 PASS AF=0.9375;AO=74;DP=80;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0188901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.935;QD=53.0229;RBI=0.0189158;REFB=-0.0817695;REVB=0.000986364;RO=3;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436021;STB=0.501704;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00141242;OID=.;OPOS=25148755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:80:80:3:5:74:75:0.9375:31:43:0:3:32:43:3:2 chr12 25242595 . C G 391.67 PASS AF=0.471264;AO=40;DP=88;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0263733;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6448;QD=18.0076;RBI=0.0270516;REFB=-0.0038695;REVB=0.0060199;RO=45;SAF=16;SAR=24;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106995;STB=0.545742;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00365395;OID=.;OPOS=25242595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:45:46:40:41:0.471264:24:16:23:22:24:17:23:23 chr12 25243115 . G C 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0290565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.01;QD=22.632;RBI=0.0290674;REFB=-0.0301956;REVB=-0.00079603;RO=8;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112223;STB=0.563996;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0197618;OID=.;OPOS=25243115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:11:2:2:6:11:2:2:6 chr12 25311489 . G T 85.3 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0062455;FXX=0.0689417;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.331;QD=12.6377;RBI=0.0382555;REFB=-0.0340298;REVB=-0.0377423;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604717;STB=0.538385;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0217642;OID=.;OPOS=25311489;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:29:27:13:16:9:10:0.37037:4:5:8:5:5:5:9:7 chr12 25343516 . C T 57.31 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0112613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.53;QD=12.735;RBI=0.068544;REFB=-0.00917197;REVB=-0.0676126;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119124;STB=0.571247;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0177354;OID=.;OPOS=25343516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:5:5:5:3:5:5 chr12 25357574 . CAA C 94.43 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0046705;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=161.748;QD=9.93998;RBI=0.0237276;REFB=-0.00982767;REVB=-0.0232634;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12178;STB=0.559362;STBP=0.561;TYPE=del;VARB=0.0115091;OID=.;OPOS=25357575;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737:14:38:15:38:23:7:8:13:10:94:22:6:8:12:10 chr12 25357628 . TA T 36.29 PASS AF=0.375;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0576659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.493;QD=9.07228;RBI=0.0702705;REFB=-0.0062806;REVB=-0.040157;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22268;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=del;VARB=0.0187127;OID=.;OPOS=25357629;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:6:17:6:16:10:4:2:4:6:36:11:4:2:5:6 chr12 25361091 . T C 2067.13 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0319435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.66;QD=61.7054;RBI=0.0584933;REFB=0.0870063;REVB=0.0490008;RO=0;SAF=80;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503105;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000124596;OID=.;OPOS=25361091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:0:1:133:133:0.992537:53:80:0:0:53:80:1:0 chr12 25362217 . A G 501.06 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0322588;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.293;QD=18.3877;RBI=0.0332156;REFB=-0.0215526;REVB=-0.00791518;RO=55;SAF=26;SAR=27;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11723;STB=0.559506;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0285115;OID=.;OPOS=25362217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:56:53:53:0.486239:27:26:20:35:27:26:21:35 chr12 25362465 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.419;QD=50.4117;RBI=0.0611906;REFB=0;REVB=0.0392562;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349843;OID=.;OPOS=25362465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:16:19:1:8:8:0:0:9:10:0:0 chr12 25362552 . A C 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0108957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.604;QD=23.0938;RBI=0.0431385;REFB=0.0153865;REVB=0.0417398;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399905;STB=0.522423;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0072085;OID=.;OPOS=25362552;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:7:5:8:9:7:5 chr12 25368462 . C T 937.81 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212718;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.291;QD=58.6129;RBI=0.0237566;REFB=0;REVB=0.0105777;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71166e-05;OID=.;OPOS=25368462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr12 25671759 . T A 1529.59 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1679;QD=57.1811;RBI=0.142313;REFB=0;REVB=0.130843;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0074607;OID=.;OPOS=25671759;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:107:0:0:97:107:1:53:44:0:0:62:45:0:0 chr12 26377232 . T C 148.56 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0215308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2691;QD=10.8044;RBI=0.0263514;REFB=-0.000494846;REVB=0.0151927;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159553;STB=0.59293;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00228797;OID=.;OPOS=26377232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:9:10:24:12:9:10:24:12 chr12 26491838 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000400637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.147;QD=63.8717;RBI=0.0252602;REFB=0;REVB=0.025257;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85596e-05;OID=.;OPOS=26491838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr12 26732987 . G A 191.93 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0455011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4415;QD=11.8113;RBI=0.0506449;REFB=0.00228927;REVB=-0.0222388;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111615;STB=0.564442;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.0044497;OID=.;OPOS=26732987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:13:11:23:18:13:11:23:18 chr12 26733062 . T C 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00996659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.212;QD=14.0537;RBI=0.0250323;REFB=-0.00176106;REVB=-0.0229626;RO=35;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151515;STB=0.58614;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00275535;OID=.;OPOS=26733062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:13:12:22:13:13:12:22:13 chr12 26749831 . G A 402.43 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.012612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.003;QD=16.5951;RBI=0.0201298;REFB=-0.0177107;REVB=-0.0156891;RO=54;SAF=16;SAR=26;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194297;STB=0.614119;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0171378;OID=.;OPOS=26749831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:55:42:42:0.43299:26:16:31:23:26:16:32:23 chr12 26755546 . C T 4663.96 PASS AF=0.989933;AO=294;DP=297;FAO=295;FDP=298;FR=.;FRO=3;FSAF=156;FSAR=139;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0176629;FXX=0.00334437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.652;QD=62.6035;RBI=0.0177104;REFB=-0.0840486;REVB=0.00129585;RO=3;SAF=155;SAR=139;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0091397;STB=0.504762;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000208854;OID=.;OPOS=26755546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:297:298:3:3:294:295:0.989933:139:155:3:0:139:156:3:0 chr12 26784850 . G A 680.91 PASS AF=0.609524;AO=64;DP=105;FAO=64;FDP=105;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0274139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.609;QD=25.9393;RBI=0.0638691;REFB=-0.0395202;REVB=0.0576866;RO=40;SAF=31;SAR=33;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421478;STB=0.51774;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0206454;OID=.;OPOS=26784850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:40:41:64:64:0.609524:33:31:17:23:33:31:18:23 chr12 26834804 . T TACTC 188.54 PASS AF=0.294118;AO=24;DP=87;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00592005;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=4;MLLD=312.804;QD=8.87266;RBI=0.00860823;REFB=-0.0101192;REVB=-0.00624937;RO=59;SAF=9;SAR=15;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219493;STB=0.605549;STBP=0.215;TYPE=ins;VARB=0.0275075;OID=.;OPOS=26834805;OREF=-;OALT=ACTC;OMAPALT=TACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:24:87:25:85:60:10:15:33:27:99:59:9:15:33:26 chr12 26868322 . T C 1362.88 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000759473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.037;QD=61.2528;RBI=0.0211894;REFB=-0.0417534;REVB=0.0211758;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000121134;OID=.;OPOS=26868322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:39:49:0:0:39:49:0:1 chr12 26943170 . A T 666.98 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.01414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.61;QD=57.9981;RBI=0.0155499;REFB=-0.0290114;REVB=0.00647004;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229092;STB=0.501991;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000397825;OID=.;OPOS=26943170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:1:2:44:44:0.956522:20:24:0:1:20:24:1:1 chr12 27064232 . C T 607.36 PASS AF=0.572917;AO=54;DP=96;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0016392;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.25;QD=25.3068;RBI=0.00172339;REFB=-0.018535;REVB=0.000532074;RO=42;SAF=28;SAR=26;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423929;STB=0.524943;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.01325;OID=.;OPOS=27064232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:41:54:55:0.572917:26:28:24:18:26:29:24:17 chr12 27175640 . A G 1129.01 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0771001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7807;QD=58.65;RBI=0.0848872;REFB=0.00708505;REVB=-0.0355164;RO=1;SAF=49;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955959;STB=0.505049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000472533;OID=.;OPOS=27175640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:1:1:75:76:0.987013:26:49:1:0:27:49:1:0 chr12 27181513 . T G 118.9 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0126059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.605;QD=13.2116;RBI=0.0190844;REFB=0.00401668;REVB=-0.0143285;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213991;STB=0.624826;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0142532;OID=.;OPOS=27181513;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:8:14:6:8:8:14 chr12 27234200 . T C 562.94 PASS AF=0.472;AO=57;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0111225;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.136;QD=18.014;RBI=0.0111885;REFB=-0.0152444;REVB=0.00121363;RO=66;SAF=30;SAR=27;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691653;STB=0.546326;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0139429;OID=.;OPOS=27234200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:66:66:57:59:0.472:27:30:30:36:27:32:30:36 chr12 27234999 . T C 400.41 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0160047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.009;QD=21.3552;RBI=0.0254672;REFB=-0.0271748;REVB=0.0198098;RO=35;SAF=24;SAR=16;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508921;STB=0.528076;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0296247;OID=.;OPOS=27234999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:16:24:23:12:16:24:23:12 chr12 27235381 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0273218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.349;QD=17.5419;RBI=0.0300173;REFB=-0.0223056;REVB=0.0124322;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14199;STB=0.58109;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0233464;OID=.;OPOS=27235381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:6:10:7:8:6:10 chr12 27470866 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.744;QD=61.336;RBI=0.0209939;REFB=0;REVB=-0.00561892;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71593e-05;OID=.;OPOS=27470866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:11:29:0:0:11:29:0:0 chr12 27627805 . G A 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0407055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.888;QD=13.0534;RBI=0.041026;REFB=-0.0167989;REVB=0.00511751;RO=34;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00675485;STB=0.503814;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0191656;OID=.;OPOS=27627805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:13:10:15:19:13:10:15:20 chr12 27641473 . G A 357.32 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.849;QD=54.9726;RBI=0.0950111;REFB=0;REVB=0.061893;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489039;OID=.;OPOS=27641473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr12 27648710 . C T 285.86 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0237475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.344;QD=21.9894;RBI=0.0256506;REFB=-0.0255132;REVB=0.009696;RO=22;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488142;STB=0.536399;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0194844;OID=.;OPOS=27648710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:22:23:29:29:0.557692:15:14:12:10:15:14:13:10 chr12 27648777 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0251367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2267;QD=10.3903;RBI=0.0409121;REFB=0.00210984;REVB=-0.0322791;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466707;STB=0.791508;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00455589;OID=.;OPOS=27648777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:1:6:5:6:1:6:5:6 chr12 27648786 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7884;QD=47.8219;RBI=0.0749657;REFB=0;REVB=0.0682626;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000928524;OID=.;OPOS=27648786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr12 27800746 . G T 1120.93 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8008;QD=58.9962;RBI=0.0288098;REFB=-0.120375;REVB=-0.0196565;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.506848;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00301528;OID=.;OPOS=27800746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:76:0:1:75:75:0.986842:39:36:0:0:39:36:1:0 chr12 27800769 . G A 294.03 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00264029;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.793;QD=17.2959;RBI=0.0354636;REFB=-0.0190023;REVB=0.0353652;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107843;STB=0.560402;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0146426;OID=.;OPOS=27800769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:36:32:32:0.470588:17:15:21:15:17:15:21:15 chr12 27849795 . CA TG 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314378;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=250.358;QD=52.6132;RBI=0.0332313;REFB=0;REVB=0.0107694;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-6.05004e-05;OID=.;OPOS=27849795;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr12 27867706 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.255;QD=60.9785;RBI=0.0393133;REFB=0;REVB=-0.0321535;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45776e-05;OID=.;OPOS=27867706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr12 27915718 . A T 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00905477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.943;QD=58.0597;RBI=0.0171641;REFB=0;REVB=0.0145815;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03603e-05;OID=.;OPOS=27915718;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr12 27959201 . G A 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0127106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.729;QD=17.0593;RBI=0.0145611;REFB=-0.0143146;REVB=0.00710392;RO=38;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000796299;STB=0.500447;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0176463;OID=.;OPOS=27959201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:20:13:15:23:20:13:15:23 chr12 27959285 . TG T 98.51 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00832195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=24.5191;QD=12.711;RBI=0.0226586;REFB=0.0500308;REVB=0.021075;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=12;SSEN=0.323944;SSEP=0;SSSB=0.0877296;STB=0.549936;STBP=0.688;TYPE=del;VARB=-0.0503309;OID=.;OPOS=27959286;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871:15:31:15:31:16:5:10:4:12:98:16:5:10:4:12 chr12 28122893 . A G 396.57 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0163561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.808;QD=17.8235;RBI=0.0211656;REFB=-0.0167303;REVB=0.0134336;RO=48;SAF=25;SAR=16;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880387;STB=0.549271;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0175355;OID=.;OPOS=28122893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:16:25:25:23:16:25:25:23 chr12 28457618 . A C 2184.71 PASS AF=0.985915;AO=139;DP=146;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0329138;FXX=0.0273954;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.433;QD=61.541;RBI=0.0384;REFB=-0.177398;REVB=0.0197799;RO=2;SAF=77;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121879;STB=0.506409;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00125758;OID=.;OPOS=28457618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:146:142:2:2:139:140:0.985915:62:77:2:0:63:77:2:0 chr12 28605426 . G A 1073.24 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0135755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.629;QD=58.013;RBI=0.018412;REFB=-0.0269739;REVB=0.012438;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141159;STB=0.507244;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000178915;OID=.;OPOS=28605426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:39:33:1:0:39:34:1:0 chr12 28658350 . C T 1234.76 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00482136;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.689;QD=60.232;RBI=0.0109566;REFB=-0.0772932;REVB=-0.00983883;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.506848;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-9.57512e-05;OID=.;OPOS=28658350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:0:1:81:81:0.987805:36:45:0:0:36:45:0:1 chr12 29423460 . G A 391.09 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0404393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4727;QD=27.4451;RBI=0.050635;REFB=0.0267546;REVB=0.0304724;RO=20;SAF=18;SAR=19;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0086908;STB=0.504741;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00952013;OID=.;OPOS=29423460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:20:37:37:0.649123:19:18:10:10:19:18:10:10 chr12 29521193 . A G 623.48 PASS AF=0.582524;AO=60;DP=103;FAO=60;FDP=103;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0437569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.764;QD=24.2127;RBI=0.0457676;REFB=-0.019126;REVB=0.0134168;RO=43;SAF=31;SAR=29;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394201;STB=0.521507;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0156873;OID=.;OPOS=29521193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:43:43:60:60:0.582524:29:31:20:23:29:31:20:23 chr12 29626002 . G A 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00518968;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.637;QD=18.3009;RBI=0.00519388;REFB=-0.00702433;REVB=0.00020863;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267609;STB=0.515207;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00751977;OID=.;OPOS=29626002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:11:12:11:9:11:12 chr12 29630081 . G A 640.16 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2314;QD=60.9671;RBI=0.0209525;REFB=0;REVB=0.000214897;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798096;OID=.;OPOS=29630081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:17:23:0:0:19:23:0:0 chr12 29639186 . T C 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=0.00905269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.279;QD=15.4094;RBI=0.00961479;REFB=-0.0234644;REVB=-0.00323931;RO=34;SAF=10;SAR=17;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220734;STB=0.623188;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0300702;OID=.;OPOS=29639186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:17:10:6:28:17:10:6:28 chr12 29642573 . A C 331.89 PASS AF=0.522388;AO=32;DP=64;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0159657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.338;QD=19.8143;RBI=0.032949;REFB=-0.0335564;REVB=-0.0288224;RO=32;SAF=18;SAR=14;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574181;STB=0.512493;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.036662;OID=.;OPOS=29642573;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:32:32:32:35:0.522388:14:18:20:12:14:21:20:12 chr12 29648275 . G A 410.06 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0221394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.114;QD=15.6212;RBI=0.0222242;REFB=-0.0176485;REVB=-0.00193861;RO=59;SAF=25;SAR=21;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181959;STB=0.5102;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0242174;OID=.;OPOS=29648275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:59:46:46:0.438095:21:25:31:28:21:25:31:28 chr12 29655637 . C T 1117.01 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.534;QD=59.5738;RBI=0.0269475;REFB=0;REVB=-0.0108186;RO=0;SAF=18;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520842;OID=.;OPOS=29655637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:55:18:0:0:56:19:0:0 chr12 29656218 . A C 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.000427797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.768;QD=16.1556;RBI=0.0180617;REFB=-0.0118606;REVB=0.0180566;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103096;STB=0.558039;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0150032;OID=.;OPOS=29656218;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:13:14:20:12:13:14:20:12 chr12 29709853 . T C 759.88 PASS AF=0.462428;AO=80;DP=174;FAO=80;FDP=173;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.0114894;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.162;QD=17.5694;RBI=0.01749;REFB=-0.0235638;REVB=-0.0131869;RO=93;SAF=37;SAR=43;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520771;STB=0.52886;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0235267;OID=.;OPOS=29709853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:93:93:80:80:0.462428:43:37:48:45:43:37:48:45 chr12 29736480 . A G 96.56 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2025;QD=12.0703;RBI=0.0963401;REFB=0.00599752;REVB=-0.0354011;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191599;STB=0.613216;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.0117956;OID=.;OPOS=29736480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:12:8:7:5:12:8 chr12 30781912 . A G 249.37 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00971054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.827;QD=33.2498;RBI=0.0188104;REFB=-0.0176838;REVB=0.0161102;RO=8;SAF=10;SAR=12;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101449;STB=0.555506;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00583029;OID=.;OPOS=30781912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:12:10:2:6:12:10:2:6 chr12 30782076 . T C 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00177361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.895;QD=16.9404;RBI=0.0232199;REFB=-0.0209051;REVB=0.023152;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256938;STB=0.51469;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0233119;OID=.;OPOS=30782076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:10:9:12:12:10:9:12:12 chr12 30783546 . G T 378.19 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0239506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4781;QD=18.9095;RBI=0.0386848;REFB=0.0143893;REVB=0.030379;RO=41;SAF=21;SAR=18;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436046;STB=0.524259;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.0147352;OID=.;OPOS=30783546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:18:21:24:17:18:21:24:17 chr12 30805225 . TGAAAAAAAATC ATGAAAAAAATC,TGAAAAAAATC,TGAAAAAAATCA 93.91 PASS AF=0,0.576923,0;AO=3,19,2;DP=53;FAO=0,30,0;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=0,13,0;FSAR=0,17,0;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0222239,0.0996489,0.00625175;FXX=0;HRUN=1,8,8;LEN=3,1,3;MLLD=73.8499,7.22649,17.4085;QD=7.2239;RBI=0.0263576,0.215615,0.0994444;REFB=-0.0355765,-0.0874194,-0.0608948;REVB=-0.0141711,-0.191206,-0.0992477;RO=20;SAF=3,5,1;SAR=0,14,1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.594329,-0.238533,0;STB=0.5,0.547648,0.5;STBP=1,0.452,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.0744757,0;OID=.,.,.;OPOS=30805225,30805227,30805234;OREF=TGA,A,ATC;OALT=ATG,-,TCA;OMAPALT=ATGAAAAAAATC,TGAAAAAAATC,TGAAAAAAATCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:53:52:20:22:3,19,2:0,30,0:0,0.576923,0:0,14,1:3,5,1:10:10:0,17,0:0,13,0:12:10 chr12 30823971 . A G 740.75 PASS AF=0.578512;AO=70;DP=121;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00934498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3772;QD=24.4877;RBI=0.0165055;REFB=0.0128082;REVB=0.0136052;RO=51;SAF=23;SAR=47;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223713;STB=0.622175;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00896087;OID=.;OPOS=30823971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:51:51:70:70:0.578512:47:23:31:20:47:23:31:20 chr12 30868002 . C T 367.96 PASS AF=0.433333;AO=38;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.000436404;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.353;QD=16.3538;RBI=0.0163867;REFB=-0.0112487;REVB=0.0163809;RO=51;SAF=21;SAR=17;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164739;STB=0.517233;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0101631;OID=.;OPOS=30868002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:38:39:0.433333:17:21:29:22:18:21:29:22 chr12 31107131 . A G 202.99 PASS AF=0.433962;AO=24;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00539311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.198;QD=15.32;RBI=0.011452;REFB=-0.0149471;REVB=-0.0101026;RO=29;SAF=19;SAR=5;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174631;STB=0.586875;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0172118;OID=.;OPOS=31107131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:24:23:0.433962:5:19:19:10:5:18:20:10 chr12 31107955 . G A 274.26 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00166967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.159;QD=25.5127;RBI=0.0191407;REFB=-0.0266589;REVB=-0.0190678;RO=18;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117313;STB=0.571372;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0142947;OID=.;OPOS=31107955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:18:24:25:0.581395:11:13:7:11:11:14:7:11 chr12 31135478 . T C 1934.85 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6543;QD=61.4238;RBI=0.0706231;REFB=0;REVB=-0.0631193;RO=0;SAF=57;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000446963;OID=.;OPOS=31135478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:124:126:1:67:57:0:0:68:58:0:0 chr12 31135579 . T C 1320.87 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.054;QD=62.1587;RBI=0.0239679;REFB=0;REVB=0.0226489;RO=0;SAF=30;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72259e-05;OID=.;OPOS=31135579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:55:30:0:0:55:30:0:0 chr12 31237700 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.852;QD=63.2865;RBI=0.0471246;REFB=0;REVB=0.0340345;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193135;OID=.;OPOS=31237700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr12 31240862 . A T 902.63 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2973;QD=58.2344;RBI=0.0605369;REFB=0;REVB=0.0144503;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684237;OID=.;OPOS=31240862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr12 31240925 . A G 1501.13 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00778668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.216;QD=61.2706;RBI=0.0349421;REFB=-0.0478107;REVB=0.0340634;RO=2;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189593;STB=0.509802;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=6.77903e-05;OID=.;OPOS=31240925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:98:2:2:95:96:0.979592:49:46:0:2:50:46:0:2 chr12 31242399 . T C 2235.91 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.055;QD=63.4301;RBI=0.00406931;REFB=0;REVB=-0.00333472;RO=0;SAF=73;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2436e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81035e-06;OID=.;OPOS=31242399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:68:73:0:0:68:73:0:0 chr12 31244748 . G A 732.98 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8227;QD=61.0819;RBI=0.0537855;REFB=-0.0482229;REVB=0.0462619;RO=1;SAF=31;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149319;STB=0.507933;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00143667;OID=.;OPOS=31244748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:16:31:1:0:16:31:1:0 chr12 31247682 . T C 68.84 PASS AF=0.158537;AO=13;DP=82;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0240407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.194;QD=3.35822;RBI=0.0246071;REFB=-0.00815078;REVB=0.00524935;RO=69;SAF=8;SAR=5;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462063;STB=0.531201;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0413623;OID=.;OPOS=31247682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:82:82:69:69:13:13:0.158537:5:8:40:29:5:8:40:29 chr12 31249861 . C G 845.31 PASS AF=0.890411;AO=62;DP=74;FAO=65;FDP=73;FR=.;FRO=8;FSAF=51;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0803147;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3039;QD=46.3184;RBI=0.0969084;REFB=-0.258925;REVB=0.054229;RO=7;SAF=48;SAR=14;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640534;STB=0.536353;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0279804;OID=.;OPOS=31249861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:74:73:7:8:62:65:0.890411:14:48:7:0:14:51:8:0 chr12 31253995 . C T 738.8 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0476598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.764;QD=54.7262;RBI=0.0478008;REFB=0.0413949;REVB=0.00366879;RO=1;SAF=15;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030361;STB=0.515146;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.000138194;OID=.;OPOS=31253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:37:15:1:0:37:16:1:0 chr12 31255263 . G A 558.4 PASS AF=0.833333;AO=40;DP=49;FAO=40;FDP=48;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0857348;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.047;QD=46.5336;RBI=0.112446;REFB=-0.14564;REVB=0.0727578;RO=4;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668789;STB=0.527013;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0059442;OID=.;OPOS=31255263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:49:48:4:8:40:40:0.833333:26:14:0:4:26:14:4:4 chr12 31256545 . C CA 102.7 PASS AF=1;AO=4;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374169;FXX=0.0713776;HRUN=0;LEN=1;MLLD=66.9965;QD=31.601;RBI=0.0445197;REFB=0;REVB=0.0241243;RO=9;SAF=4;SAR=0;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.687014;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00011839;OID=.;OPOS=31256546;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:14:13:13:0:9:4:0:0:3:9:4:0:5:4 chr12 31256546 . G A,T 131.91 PASS AF=0.642857,0.285714;AO=9,4;DP=13;FAO=9,4;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5,4;FSAR=4,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0233932,-0.0522747;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.49,15.8762;QD=37.6872;RBI=0.0272232,0.0523467;REFB=-0.1753,-0.0826745;REVB=0.0139234,0.00274366;RO=0;SAF=5,4;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.545355,0.5;STBP=0.524,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0021745,0.20183;OID=.,.;OPOS=31256546,31256546;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:13:14:0:1:9,4:9,4:0.642857,0.285714:4,0:5,4:0:0:4,0:5,4:1:0 chr12 31256905 . T C 651.09 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.341;QD=62.0087;RBI=0.0652063;REFB=0;REVB=0.0340413;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7812e-05;OID=.;OPOS=31256905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr12 31267744 . A C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.206;QD=58.1421;RBI=0.0232602;REFB=0;REVB=-0.0127611;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70491e-05;OID=.;OPOS=31267744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr12 31285214 . A G 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00396886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.771;QD=16.9303;RBI=0.0422276;REFB=-0.00694685;REVB=0.0420406;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183634;STB=0.628352;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0073045;OID=.;OPOS=31285214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:8:4:6:5:8:4:7:5 chr12 31285244 . T G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0217101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.666;QD=13.4417;RBI=0.0232222;REFB=-0.00811945;REVB=-0.00824277;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11072;STB=0.565089;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0094212;OID=.;OPOS=31285244;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:5:8:5:5:5:8 chr12 31291163 . G A 632.42 PASS AF=0.460993;AO=65;DP=141;FAO=65;FDP=141;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.00769879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.392;QD=17.9411;RBI=0.0105111;REFB=-0.0100112;REVB=0.00715619;RO=76;SAF=29;SAR=36;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00119196;STB=0.500662;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0113044;OID=.;OPOS=31291163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:76:76:65:65:0.460993:36:29:34:42:36:29:34:42 chr12 31298383 . G C 257.95 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0504696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6207;QD=18.4252;RBI=0.0557157;REFB=-0.00382223;REVB=0.023602;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129449;STB=0.572486;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00523895;OID=.;OPOS=31298383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:17:11:15:13:17:11:15:13 chr12 31303173 . G A 743.09 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00657589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.803;QD=59.447;RBI=0.00993578;REFB=-0.0424405;REVB=-0.00744831;RO=2;SAF=26;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315391;STB=0.501677;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00183059;OID=.;OPOS=31303173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:22:26:1:1:22:26:1:1 chr12 31307343 . C T 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00500564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.185;QD=15.1663;RBI=0.0279202;REFB=-0.00333341;REVB=-0.0274679;RO=30;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16315;STB=0.592754;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00337125;OID=.;OPOS=31307343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:13:10:18:12:13:10:18:12 chr12 31310977 . T A 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0367451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.941;QD=19.9049;RBI=0.0850125;REFB=0.032856;REVB=-0.0766611;RO=27;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508901;STB=0.528283;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.0311698;OID=.;OPOS=31310977;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:16:14:11:16:16:14:11:16 chr12 31311990 . T C 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0152538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.263;QD=8.23029;RBI=0.017243;REFB=-0.00576581;REVB=-0.00804001;RO=25;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787474;STB=0.548919;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0112456;OID=.;OPOS=31311990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:7:3:9:16:7:3:9:16 chr12 31476941 . CAAGT C,CAAG 237.88 PASS AF=0.359375,0.09375;AO=22,7;DP=66;FAO=23,6;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=8,4;FSAR=15,2;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0257179,0.0208552;FXX=0.0447694;HRUN=2,1;LEN=4,1;MLLD=216.595,131.627;QD=14.8672;RBI=0.0261684,0.0264978;REFB=-0.0139966,-0.0208506;REVB=0.004835,0.016346;RO=33;SAF=7,5;SAR=15,2;SRF=18;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.244444,0.214285;STB=0.636244,0.585912;STBP=0.096,0.634;TYPE=del,del;VARB=0.0190697,0.124117;OID=.,.;OPOS=31476942,31476945;OREF=AAGT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.359375,0.09375:22,7:66:23,6:64:35:8,4:15,2:20:15:99:33:7,5:15,2:18:15 chr12 31648826 . C T 118.8 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.000741714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.748;QD=14.4002;RBI=0.0111641;REFB=-0.0247947;REVB=0.0111394;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012103;STB=0.507032;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0357431;OID=.;OPOS=31648826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:7:12:9:5:7:12 chr12 31659330 . G A 173.01 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00612466;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.091;QD=17.7445;RBI=0.00937517;REFB=-0.0241565;REVB=-0.00709805;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151842;STB=0.508661;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0292259;OID=.;OPOS=31659330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:12:9:8:10:12:9 chr12 31944567 . T G 260.65 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322926;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.779;QD=52.1289;RBI=0.0326395;REFB=0;REVB=0.00474626;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179177;OID=.;OPOS=31944567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr12 32135441 . T C 405.48 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.389;QD=55.9285;RBI=0.0506491;REFB=0;REVB=0.0275643;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021803;OID=.;OPOS=32135441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:11:17:0:0:11:18:0:0 chr12 32261239 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525516;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.257;QD=35.5759;RBI=0.0376787;REFB=0;REVB=0.0373104;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346307;OID=.;OPOS=32261239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr12 32261252 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468966;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.292;QD=39.2068;RBI=0.0502096;REFB=0;REVB=0.0499901;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251617;OID=.;OPOS=32261252;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr12 32261435 . A G 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.7;QD=53.9042;RBI=0.0353865;REFB=0;REVB=0.0304068;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293054;OID=.;OPOS=32261435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr12 32481369 . C T 168.67 PASS AF=0.586207;AO=13;DP=27;FAO=17;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00646777;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.45;QD=23.2641;RBI=0.0870741;REFB=-0.0251252;REVB=-0.0868336;RO=7;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274508;STB=0.557311;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0193068;OID=.;OPOS=32481369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:27:29:7:12:13:17:0.586207:5:8:7:0:8:9:8:4 chr12 32552769 . C G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0118163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.896;QD=10.6346;RBI=0.0221272;REFB=0.00263586;REVB=-0.018708;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198042;STB=0.618767;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00608251;OID=.;OPOS=32552769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:9:4:4:4:9:4 chr12 32903765 . G A 421.73 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0496005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6892;QD=18.1388;RBI=0.0498666;REFB=-0.0238767;REVB=-0.00514486;RO=50;SAF=21;SAR=22;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273471;STB=0.515266;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0303144;OID=.;OPOS=32903765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:22:21:23:27:22:21:23:27 chr12 38712142 . C G 2385.94 PASS AF=1;AO=154;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.098;QD=61.178;RBI=0.0173918;REFB=0;REVB=0.00416315;RO=0;SAF=83;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30493e-05;OID=.;OPOS=38712142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:154:156:1:71:83:0:0:73:83:0:0 chr12 40148894 . TTA T,TT,TTT 152.53 PASS AF=0.402985,0,0;AO=13,16,11;DP=89;FAO=27,0,0;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=22,0,0;FSAR=5,0,0;FSRF=32;FSRR=8;FWDB=-0.0766313,-0.356414,-0.251436;FXX=0.141008;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=18.7894,9.19364,11.58;QD=9.10647;RBI=0.235944,0.394614,0.252292;REFB=-0.0351194,-0.0312956,0.00474401;REVB=-0.223153,-0.16938,0.020765;RO=20;SAF=11,14,0;SAR=2,2,11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.229362,0.282607,-0.82079;STB=0.514378,0.5,0.5;STBP=0.881,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0214295,0.0443536,0;OID=.,.,.;OPOS=40148895,40148896,40148896;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402985,0,0:13,16,11:89:27,0,0:67:40:22,0,0:5,0,0:32:8:99:20:11,14,0:2,2,11:14:6 chr12 40152900 . G A 1427.53 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.137;QD=62.7487;RBI=0.025462;REFB=0;REVB=0.0238839;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21592e-05;OID=.;OPOS=40152900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:51:39:0:0:52:39:0:0 chr12 40499347 . G A 157.01 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.014086;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.741;QD=15.3184;RBI=0.0145142;REFB=-0.034807;REVB=-0.00349943;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298214;STB=0.517221;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.047991;OID=.;OPOS=40499347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:12:12:9:8:12:12 chr12 40619082 . G A 1163.51 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00409499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.501;QD=58.1757;RBI=0.00640527;REFB=0.0237682;REVB=0.0049253;RO=2;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215054;STB=0.511361;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=1.66568e-05;OID=.;OPOS=40619082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:43:35:0:2:43:35:0:2 chr12 40631791 . T C 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00680392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.134;QD=12.546;RBI=0.0343983;REFB=-0.0105051;REVB=0.0337187;RO=42;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032044;STB=0.518419;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0142639;OID=.;OPOS=40631791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:11:15:23:19:11:15:23:19 chr12 40645257 . C A 280.92 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.000987682;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.52;QD=14.4062;RBI=0.00118827;REFB=-0.00451348;REVB=0.000660656;RO=45;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977452;STB=0.549968;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00569027;OID=.;OPOS=40645257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:46:32:32:0.410256:20:12:21:24:20:12:21:25 chr12 40835749 . T C 1608.71 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.848;QD=59.0351;RBI=0.0203431;REFB=-0.119053;REVB=-0.00805165;RO=1;SAF=54;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870927;STB=0.504586;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000226356;OID=.;OPOS=40835749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:54:54:1:0:54:54:1:0 chr12 40837264 . T C 451.1 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246807;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.325;QD=58.206;RBI=0.0397572;REFB=0;REVB=0.0311689;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81516e-05;OID=.;OPOS=40837264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr12 40843504 . A C 920.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00498807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.289;QD=58.4152;RBI=0.0875098;REFB=0;REVB=0.0873675;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340836;OID=.;OPOS=40843504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr12 41337435 . C T 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0103368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.889;QD=15.4189;RBI=0.0600878;REFB=-0.00215719;REVB=-0.059192;RO=42;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055294;STB=0.53123;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0025316;OID=.;OPOS=41337435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:15:17:20:22:15:17:20:22 chr12 41900463 . G A 185.18 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0210288;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1069;QD=12.1428;RBI=0.0211019;REFB=-0.00618008;REVB=0.00175418;RO=37;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768864;STB=0.550416;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00621381;OID=.;OPOS=41900463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:38:23:23:0.377049:14:9:12:25:14:9:12:26 chr12 41967677 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00684047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.065;QD=58.6003;RBI=0.0507979;REFB=0;REVB=-0.0503352;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168065;OID=.;OPOS=41967677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr12 42476001 . C A 127.9 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.065871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6071;QD=20.4642;RBI=0.0744494;REFB=-0.00392094;REVB=0.0346947;RO=11;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153108;STB=0.587651;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00189246;OID=.;OPOS=42476001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:3:11:7:4:3:11:7:4 chr12 42606229 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.645;QD=59.0184;RBI=0.0491025;REFB=0;REVB=0.0467048;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252884;OID=.;OPOS=42606229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr12 42629550 . T C 1049.19 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445435;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.602;QD=59.954;RBI=0.0459679;REFB=0;REVB=0.0113543;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000848661;OID=.;OPOS=42629550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr12 42636124 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00309915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.274;QD=60.9786;RBI=0.0311951;REFB=0;REVB=0.0310408;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23194e-05;OID=.;OPOS=42636124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr12 42792751 . C T 1153.47 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4668;QD=60.7091;RBI=0.0342456;REFB=0;REVB=-0.0311243;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210419;OID=.;OPOS=42792751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr12 42839836 . A C 1220.17 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.116;QD=58.8036;RBI=0.0719638;REFB=-0.159419;REVB=0.0441584;RO=2;SAF=43;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00174064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00487056;OID=.;OPOS=42839836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:2:0:80:83:1:37:43:1:1:38:45:0:0 chr12 42853084 . C A 651.12 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.685;QD=62.0111;RBI=0.0466982;REFB=0;REVB=0.0147532;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319607;OID=.;OPOS=42853084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr12 42853520 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.076;QD=58.5878;RBI=0.0151494;REFB=0;REVB=0.000806877;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38619e-05;OID=.;OPOS=42853520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:20:13:0:0 chr12 42854205 . A G 1310.42 PASS AF=0.988372;AO=82;DP=83;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115226;FXX=0.0444395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.215;QD=60.9498;RBI=0.02388;REFB=0.0365712;REVB=0.0209161;RO=1;SAF=50;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937821;STB=0.504949;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000976958;OID=.;OPOS=42854205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:86:1:1:82:85:0.988372:32:50:1:0:35:50:1:0 chr12 42863262 . A G 851.15 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0903;QD=57.7049;RBI=0.06549;REFB=0;REVB=0.00797595;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494625;OID=.;OPOS=42863262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr12 43860525 . CA C,CG 835.5 PASS AF=0.0491803,0.934426;AO=9,51;DP=61;FAO=3,57;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=1,27;FSAR=2,30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000306321,0.00346153;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.951,197.883;QD=54.787;RBI=0.00998381,0.0109767;REFB=-0.00609247,-0.150997;REVB=0.00997911,0.0104166;RO=1;SAF=4,24;SAR=5,27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0984833,-0.0192158;STB=0.665547,0.509088;STBP=0.558,0.322;TYPE=del,snp;VARB=0.0442325,0.000356354;OID=.,.;OPOS=43860526,43860526;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0491803,0.934426:9,51:61:3,57:61:1:1,27:2,30:1:0:7:1:4,24:5,27:1:0 chr12 45269284 . C T 449.04 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0131505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6948;QD=21.383;RBI=0.0167251;REFB=0.00121784;REVB=-0.0103341;RO=39;SAF=29;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109573;STB=0.567941;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00190234;OID=.;OPOS=45269284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:40:44:44:0.52381:15:29:21:18:15:29:21:19 chr12 45410075 . A G 453.25 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00987445;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.028;QD=24.4997;RBI=0.0157112;REFB=-0.0106551;REVB=-0.0122204;RO=29;SAF=27;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110568;STB=0.56247;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00553996;OID=.;OPOS=45410075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:29:31:43:43:0.581081:16:27:14:15:16:27:15:16 chr12 45417666 . T C 111.4 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0284373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.455;QD=15.9147;RBI=0.0537403;REFB=-0.0136002;REVB=-0.0455998;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149726;STB=0.508657;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0161725;OID=.;OPOS=45417666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:9:6:5:8:9:6 chr12 45725144 . C A 634.59 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=110;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0385255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1244;QD=23.0759;RBI=0.0689748;REFB=-0.0500108;REVB=-0.0572129;RO=48;SAF=37;SAR=25;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128359;STB=0.57022;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0381276;OID=.;OPOS=45725144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:48:48:62:62:0.563636:25:37:21:27:25:37:21:27 chr12 46121310 . TG T 38.13 PASS AF=0.315789;AO=13;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.032558;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.9231;QD=4.01358;RBI=0.0899984;REFB=-0.078186;REVB=-0.0839029;RO=22;SAF=2;SAR=11;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.653501;STB=0.884078;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.102121;OID=.;OPOS=46121311;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:13:38:12:38:26:2:10:21:5:38:22:2:11:18:4 chr12 46321514 . A T 272.84 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0213807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.429;QD=24.2528;RBI=0.0241527;REFB=-0.0243689;REVB=-0.0112347;RO=18;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118889;STB=0.545418;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0152699;OID=.;OPOS=46321514;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:18:20:25:25:0.555556:10:15:8:10:10:15:10:10 chr12 46367939 . G T 141.42 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00598253;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.41;QD=12.8559;RBI=0.01785;REFB=-0.0096489;REVB=0.0168176;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.004964;OID=.;OPOS=46367939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:28:28:16:16:0.363636:8:8:14:14:8:8:14:14 chr12 46367944 . A G 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00909084;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.496;QD=26.5143;RBI=0.0191313;REFB=-0.0032509;REVB=0.0168334;RO=19;SAF=14;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726478;STB=0.540163;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00253212;OID=.;OPOS=46367944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:13:14:8:11:13:14:8:11 chr12 46385815 . C T 474.63 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0335998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8964;QD=17.743;RBI=0.0762158;REFB=-0.0189786;REVB=0.0684098;RO=56;SAF=26;SAR=25;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581716;STB=0.532293;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0214027;OID=.;OPOS=46385815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:25:26:32:24:25:26:32:24 chr12 46577071 . G A 413.94 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00318526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.915;QD=19.0316;RBI=0.017504;REFB=-0.00469826;REVB=-0.0172117;RO=44;SAF=17;SAR=25;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256737;STB=0.509333;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00385982;OID=.;OPOS=46577071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:45:42:42:0.482759:25:17:19:25:25:17:19:26 chr12 46758494 . A G 94.64 PASS AF=0.647059;AO=9;DP=15;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0078618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.797;QD=22.2692;RBI=0.0490705;REFB=-0.0266743;REVB=0.0484366;RO=5;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275108;STB=0.651862;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0162215;OID=.;OPOS=46758494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:17:5:6:9:11:0.647059:7:2:3:2:9:2:3:3 chr12 46759017 . T A 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00966716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.394;QD=20.7383;RBI=0.0192217;REFB=-0.0191791;REVB=-0.0166138;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156805;STB=0.58814;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0191696;OID=.;OPOS=46759017;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:9:9:11:5:9:9:11:5 chr12 46761127 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00702208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.744;QD=14.6538;RBI=0.0117705;REFB=-0.00609318;REVB=-0.00944644;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427785;STB=0.760088;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00727706;OID=.;OPOS=46761127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:7:1:4:4:7:1:4:4 chr12 47168898 . G A 828.46 PASS AF=0.938462;AO=60;DP=65;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0183139;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.622;QD=50.9823;RBI=0.0360364;REFB=-0.0226713;REVB=0.0310358;RO=5;SAF=30;SAR=30;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434386;STB=0.514887;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.000808792;OID=.;OPOS=47168898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:65:65:5:4:60:61:0.938462:30:30:4:1:30:31:3:1 chr12 47470223 . T A,TTACTA 160.2 PASS AF=0.0392157,0.352941;AO=2,17;DP=55;FAO=2,18;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=0,8;FSAR=2,10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0215664,-0.0134285;FXX=0.0192271;HRUN=3,3;LEN=1,5;MLLD=208.952,241.686;QD=12.5645;RBI=0.0234888,0.0167369;REFB=-0.0022738,-0.00237296;REVB=0.00930653,0.00998989;RO=36;SAF=0,7;SAR=2,10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.430251,-0.101744;STB=0.994892,0.545404;STBP=0.181,0.636;TYPE=snp,ins;VARB=0.0208063,0.00186176;OID=.,.;OPOS=47470223,47470224;OREF=T,-;OALT=A,TACTA;OMAPALT=A,TTACTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:55:51:36:31:2,17:2,18:0.0392157,0.352941:2,10:0,7:18:18:2,10:0,8:16:15 chr12 47471439 . G A 251.71 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0423931;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.068;QD=17.0653;RBI=0.046332;REFB=-0.0170764;REVB=-0.0186944;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356099;STB=0.529391;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0164669;OID=.;OPOS=47471439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:31:28:28:0.474576:16:12:14:16:16:12:15:16 chr12 47581629 . T C 1780.38 PASS AF=0.983471;AO=113;DP=116;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0275251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.532;QD=58.8554;RBI=0.0609777;REFB=-0.00547374;REVB=0.0544118;RO=2;SAF=47;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197731;STB=0.510202;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000144596;OID=.;OPOS=47581629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:121:2:2:113:119:0.983471:66:47:2:0:71:48:2:0 chr12 47740069 . C A 524.86 PASS AF=0.394558;AO=58;DP=145;FAO=58;FDP=147;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-0.016001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.028;QD=14.282;RBI=0.0173597;REFB=-0.0269995;REVB=0.00673242;RO=86;SAF=29;SAR=29;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493155;STB=0.530602;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0555537;OID=.;OPOS=47740069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:86:89:58:58:0.394558:29:29:39:47:29:29:40:49 chr12 47758032 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.649;QD=37.4885;RBI=0.0386553;REFB=0;REVB=0.0386553;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464573;OID=.;OPOS=47758032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr12 48105551 . GA GAG,G 67.76 PASS AF=0.2,0.35;AO=4,6;DP=20;FAO=4,7;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=0,1;FSAR=4,6;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0444095,-0.023973;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=156.562,17.1602;QD=13.553;RBI=0.0497208,0.282495;REFB=-0.00647746,-0.0891952;REVB=-0.0223596,0.281476;RO=9;SAF=0,1;SAR=4,5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.798025,-0.637077;STB=0.998075,0.88425;STBP=0.002,0.02;TYPE=ins,del;VARB=0.0852687,0.112299;OID=.,.;OPOS=48105553,48105552;OREF=-,A;OALT=G,-;OMAPALT=GAG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.2,0.35:4,6:20:4,7:20:9:0,1:4,6:8:1:38:9:0,1:4,5:8:1 chr12 48134695 . T C 119.56 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0627587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8323;QD=14.0656;RBI=0.0765256;REFB=0.0111324;REVB=0.0437894;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171752;STB=0.599859;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.0165294;OID=.;OPOS=48134695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:8:12:6:8:8:12 chr12 48142636 . C T 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00693469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.452;QD=18.8276;RBI=0.0198351;REFB=-0.00991489;REVB=0.0185834;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423538;STB=0.502401;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0126244;OID=.;OPOS=48142636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:12:10:9:11:12:10 chr12 48144925 . T C 1061.73 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.258;QD=59.8159;RBI=0.0652563;REFB=0;REVB=0.0454105;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22938e-05;OID=.;OPOS=48144925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:27:42:0:0:29:42:0:0 chr12 48176792 . C T 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4588;QD=57.3844;RBI=0.0745641;REFB=0;REVB=0.0730002;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000737975;OID=.;OPOS=48176792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr12 48176900 . T G 354.55 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00387771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9753;QD=48.9039;RBI=0.0279744;REFB=-0.104379;REVB=-0.0277043;RO=2;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713683;STB=0.538433;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0374007;OID=.;OPOS=48176900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:12:15:0:2:12:15:0:2 chr12 48177170 . C G 180.49 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.013318;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=228.118;QD=16.0435;RBI=0.0256595;REFB=0.000999994;REVB=-0.0219327;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114392;STB=0.556037;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00143311;OID=.;OPOS=48177170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:7:12:13:12:7:12:14:12 chr12 48177238 . A G 1061.66 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.47;QD=59.8117;RBI=0.0200423;REFB=0;REVB=0.0188416;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42476e-06;OID=.;OPOS=48177238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:43:26:0:0:44:27:0:0 chr12 48272895 . A G 1219.62 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00214611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.842;QD=60.981;RBI=0.00257796;REFB=0;REVB=0.00142832;RO=0;SAF=53;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36375e-06;OID=.;OPOS=48272895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:78:80:1:25:53:0:0:25:55:0:0 chr12 48375568 . A G 513.2 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294443;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.653;QD=58.6509;RBI=0.029475;REFB=0;REVB=0.0013432;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757615;OID=.;OPOS=48375568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:16:17:0:0:17:18:0:0 chr12 48375965 . C T 131.4 PASS AF=0.866667;AO=12;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0458613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1194;QD=35.0401;RBI=0.0755496;REFB=-0.0680939;REVB=0.0600374;RO=2;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222789;STB=0.59984;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00717243;OID=.;OPOS=48375965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:15:15:2:2:12:13:0.866667:9:3:2:0:9:4:2:0 chr12 48376291 . G A 392.09 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0126599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6208;QD=50.5918;RBI=0.0951527;REFB=-0.143302;REVB=0.0943068;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282257;STB=0.503368;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00445333;OID=.;OPOS=48376291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:1:2:29:29:0.935484:16:13:0:1:16:13:1:1 chr12 48380682 . G A 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.584;QD=61.0492;RBI=0.0367737;REFB=0;REVB=0.00335695;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09781e-05;OID=.;OPOS=48380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:45:33:0:0:45:33:0:0 chr12 48389643 . A C 654.39 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412912;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9792;QD=62.3224;RBI=0.0501462;REFB=0;REVB=0.0284547;RO=0;SAF=7;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043988;OID=.;OPOS=48389643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:35:7:0:0:35:7:0:0 chr12 48391416 . G T 1646.93 PASS AF=0.944;AO=115;DP=125;FAO=118;FDP=125;FR=.;FRO=7;FSAF=79;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0425424;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=106.49;QD=52.7017;RBI=0.0430859;REFB=-0.140658;REVB=0.00682162;RO=3;SAF=76;SAR=39;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183743;STB=0.523884;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000600609;OID=.;OPOS=48391416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:125:125:3:7:115:118:0.944:39:76:3:0:39:79:2:5 chr12 48398080 . TC AC,CG,GC 704.77 PASS AF=0.921569,0.0196078,0.0588235;AO=39,2,5;DP=50;FAO=47,1,3;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1,1;FSAR=28,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157158,-0.00835295,-0.0198506;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=97.3978,84.635,68.4903;QD=55.2763;RBI=0.0612286,0.0423806,0.0248336;REFB=0,0,0;REVB=0.0591774,-0.0415493,-0.0149218;RO=0;SAF=14,1,1;SAR=25,1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=0.00606801,0.0733751,0.0244426;OID=.,.,.;OPOS=48398080,48398080,48398080;OREF=T,TC,T;OALT=A,CG,G;OMAPALT=AC,CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:10:50:51:0:0:39,2,5:47,1,3:0.921569,0.0196078,0.0588235:25,1,4:14,1,1:0:0:28,0,2:19,1,1:0:0 chr12 48418710 . T C 157.02 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00414188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1034;QD=16.1049;RBI=0.0227382;REFB=0.0273281;REVB=-0.0223578;RO=22;SAF=14;SAR=3;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298379;STB=0.674465;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0275755;OID=.;OPOS=48418710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:3:14:13:9:3:14:13:9 chr12 48438140 . CAT C 294.51 PASS AF=1;AO=18;DP=24;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.240153;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.041;QD=53.5477;RBI=0.24525;REFB=0;REVB=0.0497373;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00179022;OID=.;OPOS=48438141;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:24:22:22:0:11:11:0:0:4:0:7:11:0:0 chr12 48477422 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.041;QD=58.7817;RBI=0.0193444;REFB=0;REVB=-0.0188015;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41659e-05;OID=.;OPOS=48477422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr12 48512285 . C A 740.11 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00829177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.567;QD=56.9311;RBI=0.0313777;REFB=0;REVB=0.0302623;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35257e-05;OID=.;OPOS=48512285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:23:29:0:0 chr12 48512331 . C T 801.29 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.305;QD=57.235;RBI=0.0425998;REFB=0;REVB=0.033048;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109506;OID=.;OPOS=48512331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:27:29:0:0 chr12 48516616 . T C 120.99 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00774236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.684;QD=8.20275;RBI=0.00774718;REFB=-0.0045633;REVB=0.000273257;RO=42;SAF=11;SAR=6;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177657;STB=0.607233;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0132299;OID=.;OPOS=48516616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:6:11:21:21:6:11:21:21 chr12 48525861 . A G 676.36 PASS AF=1;AO=33;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.502;QD=60.1209;RBI=0.0157521;REFB=0;REVB=-0.0120078;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04729e-05;OID=.;OPOS=48525861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:33:45:1:11:22:0:0:21:24:0:0 chr12 48525862 . C G 91.3 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0511215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9369;QD=8.1156;RBI=0.0618043;REFB=-0.0811305;REVB=0.0347327;RO=32;SAF=2;SAR=10;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586591;STB=0.850506;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0303389;OID=.;OPOS=48525862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:45:32:33:12:12:0.266667:10:2:22:10:10:2:22:11 chr12 48526712 . G A 1393.94 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.261;QD=62.649;RBI=0.0226499;REFB=0;REVB=0.0139475;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100976;OID=.;OPOS=48526712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:48:40:0:0:48:41:0:0 chr12 48541757 . A G 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.925;QD=62.3458;RBI=0.0267989;REFB=0;REVB=0.024744;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85489e-05;OID=.;OPOS=48541757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr12 48578325 . A C 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00154016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.151;QD=25.2764;RBI=0.0351922;REFB=-0.0794271;REVB=0.0351585;RO=12;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355744;STB=0.519834;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0476484;OID=.;OPOS=48578325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:12:7:5:7:12:7:5:7 chr12 48578521 . C CG,G 54.9 PASS AF=0.219512,0;AO=10,2;DP=40;FAO=9,0;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=7,0;FSAR=2,0;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00237442,-0.00823113;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=81.4513,186.397;QD=5.35623;RBI=0.0678344,0.025644;REFB=-0.00259663,-0.00123904;REVB=-0.0677928,-0.0242871;RO=28;SAF=7,0;SAR=3,2;SRF=15;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.204797,-0.482752;STB=0.732013,0.5;STBP=0.165,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0526655,0;OID=.,.;OPOS=48578522,48578521;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:40:41:28:32:10,2:9,0:0.219512,0:3,2:7,0:15:13:2,0:7,0:16:16 chr12 48578809 . T C 252.88 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0230302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.748;QD=17.4399;RBI=0.0237087;REFB=-0.0098335;REVB=0.00563145;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270048;STB=0.515141;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00768886;OID=.;OPOS=48578809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:16:12:12:18:16:12:12:18 chr12 48596241 . A G 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00605536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.236;QD=16.2365;RBI=0.0118129;REFB=-0.00265501;REVB=-0.0101429;RO=36;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106278;STB=0.559959;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00411033;OID=.;OPOS=48596241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:19:11:17:19:19:11:17:19 chr12 48597053 . A G 325.73 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0423823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.516;QD=24.5834;RBI=0.0426238;REFB=-0.0259877;REVB=0.00453044;RO=21;SAF=16;SAR=16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120232;STB=0.565997;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0149066;OID=.;OPOS=48597053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:16:16:7:14:16:16:7:14 chr12 48723108 . C T 569.56 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00218328;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6015;QD=24.7634;RBI=0.00456125;REFB=-0.00558544;REVB=-0.00400478;RO=39;SAF=25;SAR=27;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105132;STB=0.562476;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0155811;OID=.;OPOS=48723108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:39:40:52:52:0.565217:27:25:24:15:27:25:25:15 chr12 48723595 . G A 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0132263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.699;QD=24.3828;RBI=0.0295833;REFB=-0.0416944;REVB=0.026462;RO=21;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191212;STB=0.51063;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0289058;OID=.;OPOS=48723595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:13:13:10:11:13:13:10:11 chr12 48866585 . A C 465.64 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00331514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.272;QD=17.7385;RBI=0.0182412;REFB=0.0013687;REVB=0.0179374;RO=55;SAF=25;SAR=25;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856694;STB=0.50476;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00117966;OID=.;OPOS=48866585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:25:25:28:27:25:25:28:27 chr12 48866792 . C T 382.05 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0535475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.086;QD=19.8466;RBI=0.0537129;REFB=-0.0194167;REVB=-0.00421316;RO=37;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481726;STB=0.532694;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0121698;OID=.;OPOS=48866792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:38:39:39:0.506494:20:19:16:21:20:19:16:22 chr12 48919556 . A G 315.62 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0265494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.605;QD=17.5343;RBI=0.029051;REFB=-0.0188068;REVB=-0.0117938;RO=38;SAF=14;SAR=20;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843308;STB=0.547236;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0187283;OID=.;OPOS=48919556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:20:14:19:19:20:14:19:19 chr12 48919659 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.022119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.842;QD=10.1735;RBI=0.0326473;REFB=-0.0138341;REVB=0.0240124;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0196392;OID=.;OPOS=48919659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:6:3:2:4:6:3 chr12 48919796 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0073787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.576;QD=9.76024;RBI=0.00738297;REFB=-0.0136306;REVB=-0.000251155;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500083;STB=0.812575;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0122096;OID=.;OPOS=48919796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:1:6:5:7:1:6:5:7 chr12 48920006 . G A 589.85 PASS AF=0.65;AO=52;DP=80;FAO=52;FDP=80;FR=.;FRO=28;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0540765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.009;QD=29.4926;RBI=0.059367;REFB=-0.0741805;REVB=-0.0244984;RO=28;SAF=37;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15382;STB=0.583753;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0375526;OID=.;OPOS=48920006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:28:28:52:52:0.65:15:37:14:14:15:37:14:14 chr12 48953682 . G A 117.76 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0480793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5236;QD=12.3959;RBI=0.0550451;REFB=-0.0287197;REVB=0.0268019;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172139;STB=0.618149;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0389357;OID=.;OPOS=48953682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:24:24:13:14:0.368421:5:8:11:13:5:9:11:13 chr12 48953932 . G A 85.23 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0554747;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.3697;QD=11.3644;RBI=0.0629488;REFB=0.000741973;REVB=0.0297509;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18633;STB=0.610583;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0031819;OID=.;OPOS=48953932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:12:7:6:5:12:7 chr12 48954030 . G A 157.76 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.00178696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.603;QD=16.6064;RBI=0.0133686;REFB=-0.00950482;REVB=0.0132486;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218064;STB=0.631969;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00760884;OID=.;OPOS=48954030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:7:10:16:4:7:10:17:4 chr12 48954040 . A G 669.97 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.625;QD=62.3228;RBI=0.0275955;REFB=0;REVB=-0.0205541;RO=0;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24359e-05;OID=.;OPOS=48954040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:12:31:0:0:12:31:0:0 chr12 48954175 . C T 312.83 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00557852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.333;QD=21.9527;RBI=0.00652415;REFB=-0.0211935;REVB=0.00338299;RO=25;SAF=19;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059825;STB=0.533088;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0169861;OID=.;OPOS=48954175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:13:19:13:12:13:19:13:12 chr12 48954225 . G C 130.64 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0193234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.185;QD=13.7516;RBI=0.0214439;REFB=-0.0117063;REVB=-0.00929757;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101896;STB=0.559362;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0231582;OID=.;OPOS=48954225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:13:10:8:7:13:10 chr12 48962869 . A G 275.56 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0365233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1287;QD=18.0697;RBI=0.0416414;REFB=-0.0138172;REVB=0.0200013;RO=31;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506673;STB=0.52837;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0156319;OID=.;OPOS=48962869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:19:11:13:18:19:11:13:18 chr12 49048738 . G T 349.25 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0120417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.569;QD=20.2461;RBI=0.0142161;REFB=-0.0072006;REVB=0.00755609;RO=33;SAF=11;SAR=25;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219648;STB=0.622247;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00574104;OID=.;OPOS=49048738;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:25:11:18:15:25:11:18:15 chr12 49075811 . T G 227.07 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0237253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4666;QD=21.1224;RBI=0.0274578;REFB=-0.0178435;REVB=-0.0138216;RO=21;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329787;STB=0.518502;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0161723;OID=.;OPOS=49075811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:7:15:15:6:7:15:15:6 chr12 49086963 . G A 417.12 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00441631;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.112;QD=21.9536;RBI=0.0175938;REFB=-0.0309309;REVB=-0.0170305;RO=34;SAF=25;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434956;STB=0.531899;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0267034;OID=.;OPOS=49086963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:34:35:41:41:0.539474:16:25:19:15:16:25:19:16 chr12 49177113 . T G 2351.82 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153572;FXX=0.0254761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.205;QD=61.4855;RBI=0.0226447;REFB=0;REVB=0.0166414;RO=0;SAF=79;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.3138e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78207e-05;OID=.;OPOS=49177113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:152:153:1:73:79:0:0:74:79:0:0 chr12 49222217 . T C 115.82 PASS AF=0.52;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0310442;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.627;QD=18.5313;RBI=0.0334226;REFB=-0.00942703;REVB=0.0123826;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601833;STB=0.834913;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0295255;OID=.;OPOS=49222217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:13:12:13:13:0.52:11:2:11:2:11:2:10:2 chr12 49255798 . G C 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.588;QD=58.5978;RBI=0.0780543;REFB=0;REVB=0.0726493;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060482;OID=.;OPOS=49255798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:23:41:0:0:23:41:0:0 chr12 49308284 . A G 233.45 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00585799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9518;QD=15.0609;RBI=0.0172371;REFB=-0.00471266;REVB=-0.0162111;RO=35;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190748;STB=0.607996;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00594809;OID=.;OPOS=49308284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:16:11:21:14:16:11:21:14 chr12 49312593 . A G 369.11 PASS AF=0.481481;AO=37;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.018239;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9607;QD=18.2278;RBI=0.0318562;REFB=0.0198878;REVB=0.0261181;RO=43;SAF=9;SAR=28;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458445;STB=0.722808;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0233659;OID=.;OPOS=49312593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:42:37:39:0.481481:28:9:31:12:28:11:30:12 chr12 49314862 . C A 398.67 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0279075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8724;QD=18.3297;RBI=0.0760052;REFB=-0.0100226;REVB=-0.0706962;RO=46;SAF=22;SAR=19;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197945;STB=0.610042;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0131165;OID=.;OPOS=49314862;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:19:22:15:31:19:22:15:31 chr12 49314994 . A G 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0386071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1693;QD=15.1956;RBI=0.0435103;REFB=0.0366885;REVB=-0.0200659;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892394;STB=0.551811;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0286636;OID=.;OPOS=49314994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:10:8:5:9:10:8 chr12 49332092 . G A 468.05 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00315613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1526;QD=25.2998;RBI=0.015495;REFB=-0.012765;REVB=0.0151701;RO=29;SAF=15;SAR=29;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160489;STB=0.595591;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0137993;OID=.;OPOS=49332092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:30:44:44:0.594595:29:15:16:13:29:15:17:13 chr12 49332366 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0159207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.985;QD=11.9531;RBI=0.0367134;REFB=-0.0545733;REVB=-0.0330819;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09343;STB=0.555425;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0165376;OID=.;OPOS=49332366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:9:2:2:6:9:2 chr12 49333799 . G A 381.83 PASS AF=0.449438;AO=39;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.02106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.446;QD=17.1607;RBI=0.0230049;REFB=-0.01422;REVB=0.00925753;RO=49;SAF=18;SAR=21;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108629;STB=0.566596;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0172417;OID=.;OPOS=49333799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:39:40:0.449438:21:18:28:21:22:18:28:21 chr12 49334762 . G C 928.11 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.687;QD=58.0067;RBI=0.0611627;REFB=0;REVB=-0.0611051;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144243;OID=.;OPOS=49334762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:64:0:0:59:64:1:28:31:0:0:31:33:0:0 chr12 49359587 . T G 403.42 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0130324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.849;QD=16.8091;RBI=0.0185352;REFB=-0.00991083;REVB=0.0131798;RO=54;SAF=24;SAR=18;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072147;STB=0.540521;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0120539;OID=.;OPOS=49359587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:18:24:27:27:18:24:27:27 chr12 49359989 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0212245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.242;QD=12.4823;RBI=0.0220623;REFB=-0.00512623;REVB=0.00602217;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114204;STB=0.567454;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00827119;OID=.;OPOS=49359989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:9:10:5:7:9:10 chr12 49446104 . C CG 30.8 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0236357;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=21.634;QD=15.3993;RBI=0.177832;REFB=-0.0782143;REVB=0.176254;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116878;STB=0.57112;STBP=0.776;TYPE=ins;VARB=0.0658934;OID=.;OPOS=49446105;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:5:8:5:8:3:4:1:2:1:13:3:4:1:2:1 chr12 49500398 . G A 506.9 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0121128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.299;QD=23.041;RBI=0.0121189;REFB=-0.0196466;REVB=-0.000385604;RO=40;SAF=29;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189359;STB=0.604123;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0154875;OID=.;OPOS=49500398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:19:29:15:25:19:29:15:25 chr12 49500509 . C T 251.26 PASS AF=0.48;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00325979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.786;QD=20.1005;RBI=0.00351275;REFB=-0.0070534;REVB=0.00130889;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200127;STB=0.59992;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0046911;OID=.;OPOS=49500509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:26:23:24:0.48:11:12:8:18:12:12:8:18 chr12 49522578 . T C 133.86 PASS AF=0.363636;AO=13;DP=42;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00364019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.334;QD=12.169;RBI=0.0505594;REFB=-0.00240546;REVB=0.0504282;RO=27;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268377;STB=0.545398;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0102037;OID=.;OPOS=49522578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:27:28:13:16:0.363636:5:8:16:11:8:8:16:12 chr12 49522605 . C T 261.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=48;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00884956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.472;QD=20.9066;RBI=0.0313025;REFB=-0.0184436;REVB=0.0300255;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223328;STB=0.637687;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0308289;OID=.;OPOS=49522605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:25:25:23:25:0.5:13:10:17:8:15:10:17:8 chr12 49579696 . C G 273.25 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00784392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.598;QD=19.8726;RBI=0.0350582;REFB=-0.0128557;REVB=0.0341695;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735725;STB=0.549262;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.013492;OID=.;OPOS=49579696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:26:28:29:0.527273:12:16:17:9:13:16:17:9 chr12 49580180 . T C 518.41 PASS AF=0.504673;AO=55;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0189133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3445;QD=19.38;RBI=0.0193985;REFB=-0.00083518;REVB=-0.00431136;RO=52;SAF=28;SAR=27;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00801071;STB=0.504671;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.000644555;OID=.;OPOS=49580180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:53:55:54:0.504673:27:28:26:26:27:27:27:26 chr12 49666509 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.952;QD=35.5758;RBI=0.0669615;REFB=0;REVB=-0.0658807;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00242028;OID=.;OPOS=49666509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr12 49667103 . A T 742.99 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00234305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.386;QD=59.4392;RBI=0.00475204;REFB=-0.0376584;REVB=0.00413425;RO=2;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303353;STB=0.516122;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00547591;OID=.;OPOS=49667103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:30:18:0:2:30:18:0:2 chr12 49949710 . A AC 65.68 PASS AF=0.319149;AO=16;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0336377;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=75.9349;QD=5.58945;RBI=0.0523355;REFB=-0.00449693;REVB=-0.0400938;RO=29;SAF=0;SAR=16;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.778824;STB=0.790443;STBP=0.047;TYPE=ins;VARB=0.11547;OID=.;OPOS=49949711;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.319149:16:47:15:47:32:1:14:9:23:65:29:0:16:9:20 chr12 49981386 . G T 482.01 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0141642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.245;QD=20.5108;RBI=0.0687963;REFB=-0.0110067;REVB=0.0673225;RO=47;SAF=31;SAR=16;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10275;STB=0.557042;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00923631;OID=.;OPOS=49981386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:16:31:26:21:16:31:26:21 chr12 50045723 . T G,TG 36.02 PASS AF=0,0.193548;AO=3,17;DP=72;FAO=0,12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=0,10;FSAR=0,2;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.00364897,-0.00503556;FXX=0.0312451;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=158.873,9.3626;QD=2.32415;RBI=0.00462676,0.151688;REFB=0.00303666,-0.148836;REVB=0.00284464,0.151604;RO=48;SAF=3,15;SAR=0,2;SRF=29;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.434119,0.445222;STB=0.5,0.688046;STBP=1,0.227;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.179038;OID=.,.;OPOS=50045723,50045724;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:72:62:48:50:3,17:0,12:0,0.193548:0,2:3,15:29:19:0,2:0,10:33:17 chr12 50158510 . GA AG 45.31 PASS AF=0.5;AO=4;DP=18;FAO=7;FDP=14;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.17886;FXX=0.263019;HRUN=1;LEN=2;MLLD=11.5412;QD=12.9459;RBI=0.187184;REFB=0.0103473;REVB=-0.055198;RO=2;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210252;STB=0.646735;STBP=0.718;TYPE=mnp;VARB=-0.0356727;OID=.;OPOS=50158510;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:18:14:2:5:4:7:0.5:3:1:0:2:6:1:0:5 chr12 50185334 . A G 223.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.199;QD=49.5832;RBI=0.00912468;REFB=0;REVB=0.000760014;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.775e-05;OID=.;OPOS=50185334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:6:11:0:0:7:11:0:0 chr12 50189602 . A G 1066.85 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.45;QD=59.2694;RBI=0.0742302;REFB=0;REVB=-0.00220564;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178855;OID=.;OPOS=50189602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:63:72:0:0:63:72:1:43:20:0:0:45:27:0:0 chr12 50189807 . C A,T 299.15 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=21,2;DP=23;FAO=21,2;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338145,0.00239632;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=46.4566,178.642;QD=52.0265;RBI=0.153446,0.0900897;REFB=0,0;REVB=0.149674,0.0900578;RO=0;SAF=19,0;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.98875e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00222762,0.102286;OID=.,.;OPOS=50189807,50189807;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:23:23:0:0:21,2:21,2:0.913043,0.0869565:2,2:19,0:0:0:2,2:19,0:0:0 chr12 50189834 . T G 375.34 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3044;QD=55.6061;RBI=0.0194585;REFB=0;REVB=-0.00266448;RO=0;SAF=22;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64887e-05;OID=.;OPOS=50189834;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:5:22:0:0:5:22:0:0 chr12 50190653 . C T 417.93 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000711706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.733;QD=53.9264;RBI=0.0191842;REFB=-0.132489;REVB=0.019171;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000653048;OID=.;OPOS=50190653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:11:19:0:0:11:19:0:1 chr12 50190667 . A T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.608;QD=58.5869;RBI=0.0333201;REFB=0;REVB=0.0123997;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.93769e-05;OID=.;OPOS=50190667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr12 50192207 . C CG,G 63.44 PASS AF=0.411765,0;AO=13,2;DP=33;FAO=14,0;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=1,0;FSAR=13,0;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0964879,-0.0826411;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=34.6121,172.224;QD=7.46362;RBI=0.0969909,0.0828011;REFB=-0.00839442,-0.0128236;REVB=0.00986508,0.00514375;RO=17;SAF=2,2;SAR=11,0;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.439484,0.516333;STB=0.888815,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.124263,0;OID=.,.;OPOS=50192208,50192207;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:33:34:17:20:13,2:14,0:0.411765,0:11,0:2,2:9:8:13,0:1,0:12:8 chr12 50232169 . A T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.465;QD=51.9167;RBI=0.00913341;REFB=0;REVB=0.00799813;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39263e-05;OID=.;OPOS=50232169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr12 50348078 . T C 801.56 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.988;QD=57.2542;RBI=0.0491646;REFB=0;REVB=0.0191826;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103136;OID=.;OPOS=50348078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:28:27:0:0:28:28:0:0 chr12 50369305 . G A,C 771.87 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=53,2;DP=55;FAO=53,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30,1;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141146,0.00175979;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.533,54.1368;QD=56.1362;RBI=0.0265541,0.0493286;REFB=0,0;REVB=0.0224921,-0.0492972;RO=0;SAF=30,1;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.72004e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000206625,0.165708;OID=.,.;OPOS=50369305,50369305;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:55:55:0:0:53,2:53,2:0.963636,0.0363636:23,1:30,1:0:0:23,1:30,1:0:0 chr12 50523947 . A G 409.75 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.114034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.32;QD=51.2187;RBI=0.118332;REFB=-0.0308876;REVB=0.0316019;RO=2;SAF=9;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273502;STB=0.514696;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0258269;OID=.;OPOS=50523947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:21:9:1:1:21:9:1:1 chr12 50523964 . T C 434.4 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0724576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.089;QD=54.3005;RBI=0.0724655;REFB=-0.163166;REVB=-0.00107179;RO=1;SAF=9;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490246;STB=0.526298;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.000267884;OID=.;OPOS=50523964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:22:9:1:0:22:9:1:0 chr12 50529314 . C T 669.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.327;QD=62.2494;RBI=0.0243656;REFB=0;REVB=-0.000545504;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4533e-05;OID=.;OPOS=50529314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:16:26:0:0:16:27:0:0 chr12 50529736 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.378;QD=43.4858;RBI=0.0161374;REFB=0;REVB=0.0134758;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503514;OID=.;OPOS=50529736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr12 50537815 . A G 1264.47 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.454;QD=61.6817;RBI=0.0180168;REFB=0;REVB=0.0168481;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64497e-05;OID=.;OPOS=50537815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr12 50616346 . A G 140.03 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0130565;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5817;QD=10.0022;RBI=0.0203574;REFB=0.0351887;REVB=-0.0156189;RO=37;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183238;STB=0.510904;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.059158;OID=.;OPOS=50616346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:37:37:17:17:0.303571:9:8:18:19:9:8:18:19 chr12 50650057 . T C 272.32 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2535;QD=51.871;RBI=0.0788617;REFB=0;REVB=0.0763883;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00289237;OID=.;OPOS=50650057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr12 50727706 . G C 338.14 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0278607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.177;QD=22.9244;RBI=0.0286494;REFB=-0.00641424;REVB=-0.00667569;RO=24;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160266;STB=0.596365;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0027333;OID=.;OPOS=50727706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:25:34:34:0.576271:20:14:15:9:20:14:16:9 chr12 50744119 . G A 210.68 PASS AF=0.567568;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00957537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4302;QD=22.7767;RBI=0.0229307;REFB=-0.0511417;REVB=0.0208358;RO=16;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634919;STB=0.542331;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0301641;OID=.;OPOS=50744119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:16:20:21:0.567568:5:15:11:5:5:16:11:5 chr12 50744171 . T C 300.61 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0185672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.294;QD=21.4721;RBI=0.0212308;REFB=0.000651187;REVB=0.0102958;RO=24;SAF=22;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114066;STB=0.556553;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00032828;OID=.;OPOS=50744171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:25:31:31:0.553571:9:22:14:10:9:22:15:10 chr12 50744753 . T C 216.36 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0136823;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.594;QD=22.1911;RBI=0.036558;REFB=-0.00252829;REVB=0.033901;RO=18;SAF=15;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986305;STB=0.555501;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00194845;OID=.;OPOS=50744753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:6:15:11:7:6:15:11:7 chr12 50749221 . G C 572.89 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0530256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3922;QD=55.8915;RBI=0.0589701;REFB=-0.0146188;REVB=0.0258022;RO=2;SAF=19;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00117176;STB=0.500625;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00832961;OID=.;OPOS=50749221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:20:19:1:1:20:19:1:1 chr12 50749227 . T G 576.14 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0176062;FXX=0.0238039;HRUN=6;LEN=1;MLLD=215.971;QD=56.2091;RBI=0.0178166;REFB=-0.0480395;REVB=0.00273022;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253303;STB=0.522716;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000195937;OID=.;OPOS=50749227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:41:1:2:39:39:0.95122:21:18:1:0:21:18:0:2 chr12 50749294 . A G 269.32 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0054775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9508;QD=19.2375;RBI=0.00974248;REFB=-0.0111964;REVB=-0.00805686;RO=25;SAF=5;SAR=23;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359253;STB=0.694381;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00523017;OID=.;OPOS=50749294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:27:28:29:0.517857:23:5:13:12:24:5:13:14 chr12 50754563 . T G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00518592;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.299;QD=17.8275;RBI=0.0102041;REFB=-0.00196828;REVB=0.00878802;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323399;STB=0.685409;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00233861;OID=.;OPOS=50754563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:3:8:4:8:3:8 chr12 50824275 . C G 244.53 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0120286;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4091;QD=17.1597;RBI=0.020133;REFB=-0.0332527;REVB=0.0161447;RO=30;SAF=7;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22048;STB=0.624901;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0375297;OID=.;OPOS=50824275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:30:27:27:0.473684:20:7:14:16:20:7:14:16 chr12 50870145 . G A 2310.64 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.344;QD=63.3052;RBI=0.0255127;REFB=0;REVB=-0.0101455;RO=1;SAF=85;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556236;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92356e-05;OID=.;OPOS=50870145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:1:0:145:146:1:60:85:1:0:60:86:0:0 chr12 51112586 . T C 276.95 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=81;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00763159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.211;QD=13.347;RBI=0.036198;REFB=-0.00577245;REVB=0.0353844;RO=49;SAF=13;SAR=18;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119632;STB=0.587869;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0121218;OID=.;OPOS=51112586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:49:51:31:32:0.385542:18:13:26:23:19:13:28:23 chr12 51135275 . T C 563.76 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0334337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4633;QD=57.8217;RBI=0.0470892;REFB=0.0144985;REVB=0.03316;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217908;STB=0.511622;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00278919;OID=.;OPOS=51135275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:17:21:1:0:17:21:1:0 chr12 51141883 . A G 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.656;QD=57.5432;RBI=0.0264088;REFB=0;REVB=-0.0199577;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.23531e-06;OID=.;OPOS=51141883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr12 51235317 . A G 693.65 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201446;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.553;QD=63.059;RBI=0.0101839;REFB=0;REVB=-0.00998272;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011253;OID=.;OPOS=51235317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr12 51236931 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.114;QD=33.4285;RBI=0.0715461;REFB=0;REVB=0.070011;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159731;OID=.;OPOS=51236931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr12 51333796 . C CA 132.69 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00333065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.2772;QD=11.2925;RBI=0.0206269;REFB=-0.052267;REVB=-0.0203562;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00672291;STB=0.507805;STBP=0.936;TYPE=ins;VARB=0.0462467;OID=.;OPOS=51333797;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.468085:22:48:22:47:25:10:12:11:14:99:26:10:12:12:14 chr12 51354803 . C T 842.11 PASS AF=0.530201;AO=79;DP=149;FAO=79;FDP=149;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=24;FWDB=0.00153492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2784;QD=22.6069;RBI=0.0443172;REFB=-0.0132081;REVB=-0.0442906;RO=70;SAF=38;SAR=41;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150536;STB=0.582327;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0103643;OID=.;OPOS=51354803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:70:70:79:79:0.530201:41:38:46:24:41:38:46:24 chr12 51393116 . C T 182.83 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00224506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.448;QD=17.4126;RBI=0.00224854;REFB=0.00712362;REVB=-0.000125091;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876044;STB=0.549948;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00821178;OID=.;OPOS=51393116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:13:10:10:9:13:10 chr12 51402905 . T G 724.39 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199248;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.285;QD=55.7224;RBI=0.160736;REFB=0;REVB=0.159496;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105688;OID=.;OPOS=51402905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:16:34:0:0:18:34:0:0 chr12 51442944 . G A 1881.91 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035697;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.221;QD=61.7018;RBI=0.0498801;REFB=0;REVB=0.0348389;RO=0;SAF=51;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.80326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92763e-05;OID=.;OPOS=51442944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:71:51:0:0:71:51:0:0 chr12 51518787 . C G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.301;QD=59.4355;RBI=0.0373573;REFB=0;REVB=0.0330372;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241518;OID=.;OPOS=51518787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr12 51636259 . C T 798.64 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.646;QD=63.8909;RBI=0.0514527;REFB=0;REVB=0.00244684;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86722e-05;OID=.;OPOS=51636259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:23:25:0:0:23:27:0:0 chr12 51639899 . A G 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0815364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.189;QD=19.1559;RBI=0.0827303;REFB=-0.00336333;REVB=-0.0140048;RO=23;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284167;STB=0.516113;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00263385;OID=.;OPOS=51639899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:16:5:6:17:16:5:6:17 chr12 51681903 . T C 1984.86 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.593;QD=62.0269;RBI=0.0205572;REFB=0;REVB=0.0152468;RO=0;SAF=52;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29511e-05;OID=.;OPOS=51681903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:128:0:0:124:128:1:72:52:0:0:72:56:0:0 chr12 51685831 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.995;QD=59.8394;RBI=0.0248292;REFB=0;REVB=0.0144273;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97454e-05;OID=.;OPOS=51685831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr12 51707626 . C T 204.65 PASS AF=0.290323;AO=26;DP=92;FAO=27;FDP=93;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0290009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.652;QD=8.80195;RBI=0.0290073;REFB=-0.00894352;REVB=0.000609176;RO=64;SAF=10;SAR=16;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121629;STB=0.544979;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0190621;OID=.;OPOS=51707626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:64:66:26:27:0.290323:16:10:31:33:16:11:31:35 chr12 51722311 . C T 937.46 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.438;QD=58.591;RBI=0.020916;REFB=0;REVB=-0.0150772;RO=1;SAF=36;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.68527e-05;OID=.;OPOS=51722311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:1:0:63:64:1:27:36:1:0:27:37:0:0 chr12 51722409 . G GT 600.12 PASS AF=1;AO=51;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.9805;QD=45.2923;RBI=0.0479723;REFB=0;REVB=-0.0455536;RO=4;SAF=21;SAR=30;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472512;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0011913;OID=.;OPOS=51722410;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:55:53:53:0:22:31:0:0:11:4:21:30:3:1 chr12 51723499 . T C 813.68 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.331;QD=57.1;RBI=0.00922877;REFB=0;REVB=0.0089598;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000691397;OID=.;OPOS=51723499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:53:57:1:16:37:0:0:17:40:0:0 chr12 51723598 . AGGGGGCCCC AGGGCCCC,AGGGGCCCAG,AGGGGCCC,AGGGGCCCC,AGGGGCCCCC,AGGGGGCCC 225.83 PASS AF=0,0.0740741,0.814815,0.111111,0,0;AO=3,2,7,4,2,3;DP=27;FAO=0,2,22,3,0,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,11,2,0,0;FSAR=0,0,11,1,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.223415,-0.0744685,0.103165,0.423594,0.347319,-0.247566;FXX=0;HRUN=5,5,5,5,5,5;LEN=2,5,2,1,1,1;MLLD=10.8753,218.115,16.6896,8.80806,4.91545,8.67703;QD=33.4557;RBI=0.288514,0.0760286,0.228802,0.540884,0.647277,0.707077;REFB=-0.0576258,0.0087893,0.0185001,-0.0420958,-0.0871523,0.0616669;REVB=-0.182554,0.0153228,0.204224,-0.336339,-0.546203,0.662321;RO=1;SAF=0,2,6,0,0,3;SAR=3,0,1,4,2,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0,0.344828;SSEP=0,0,0,0,0,0.305556;SSSB=-0.727144,0,-0.0674964,-0.749895,-0.697199,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=del,mnp,del,del,snp,del;VARB=0.00609858,0.0928788,0.045739,0.274501,0,0;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=51723599,51723603,51723603,51723599,51723603,51723604;OREF=GG,GCCCC,GC,G,G,C;OALT=-,CCCAG,-,-,C,-;OMAPALT=AGGGCCCC,AGGGGCCCAG,AGGGGCCC,AGGGGCCCC,AGGGGCCCCC,AGGGGGCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0.0740741,0.814815,0.111111,0,0:3,2,7,4,2,3:27:0,2,22,3,0,0:27:0:0,2,11,2,0,0:0,0,11,1,0,0:0:0:11:1:0,2,6,0,0,3:3,0,1,4,2,0:1:0 chr12 51733734 . G A 1156.22 PASS AF=0.962963;AO=77;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0783825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0489;QD=57.0975;RBI=0.0942738;REFB=-0.206236;REVB=0.0523808;RO=3;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388489;STB=0.519995;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00333409;OID=.;OPOS=51733734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:3:3:77:78:0.962963:35:42:0:3:36:42:0:3 chr12 51737607 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.519;QD=58.5877;RBI=0.012088;REFB=0;REVB=-0.00753582;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59969e-06;OID=.;OPOS=51737607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr12 51739648 . C G 615.87 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0159639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8516;QD=58.6546;RBI=0.0171312;REFB=-0.121545;REVB=-0.00621561;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50847;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00206546;OID=.;OPOS=51739648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:12:29:0:0:12:29:1:0 chr12 51740387 . ACTGG A 135.56 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595965;FXX=0.142755;HRUN=1;LEN=4;MLLD=283.404;QD=45.187;RBI=0.0627651;REFB=0;REVB=0.0196903;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00228374;OID=.;OPOS=51740388;OREF=CTGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:14:12:12:0:4:8:0:0:3:0:4:8:0:0 chr12 51740409 . TA GG 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117108;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.852;QD=43.4862;RBI=0.0117185;REFB=0;REVB=0.000425433;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00017078;OID=.;OPOS=51740409;OREF=TA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr12 51754613 . C T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0152061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.838;QD=10.8236;RBI=0.0192136;REFB=-0.00706984;REVB=-0.0117447;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187185;STB=0.627234;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0190297;OID=.;OPOS=51754613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:8:4:11:11:8:4:12:11 chr12 51863437 . C G 322.89 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=0.00587013;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.048;QD=14.1931;RBI=0.0319501;REFB=0.00254336;REVB=-0.0314062;RO=55;SAF=18;SAR=18;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18454;STB=0.60434;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00403333;OID=.;OPOS=51863437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:18:18:37:18:18:18:37:18 chr12 51863543 . C T 207.81 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00511703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.809;QD=17.6858;RBI=0.0191092;REFB=-0.00311056;REVB=-0.0184113;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216122;STB=0.622641;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00274199;OID=.;OPOS=51863543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:12:9:17:9:12:9:17:9 chr12 51888761 . C T 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0278862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.675;QD=15.4191;RBI=0.0285127;REFB=-0.0193823;REVB=0.00594436;RO=40;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049292;STB=0.513505;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0164131;OID=.;OPOS=51888761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:42:32:32:0.432432:16:16:18:22:16:16:20:22 chr12 51901390 . A G 461.76 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0661987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5929;QD=21.73;RBI=0.0662031;REFB=-0.0153301;REVB=-0.000757914;RO=40;SAF=18;SAR=27;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655892;STB=0.536216;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0186654;OID=.;OPOS=51901390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:27:18:19:21:27:18:19:21 chr12 52080965 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.685;QD=57.7123;RBI=0.0334006;REFB=0;REVB=0.00337041;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06025e-05;OID=.;OPOS=52080965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr12 52184271 . T C 304.92 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.287;QD=53.0294;RBI=0.0460539;REFB=0;REVB=0.00828316;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210646;OID=.;OPOS=52184271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:13:10:0:0 chr12 52200742 . C A 444.21 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00800742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.796;QD=52.2599;RBI=0.0899878;REFB=0.0445322;REVB=0.0896308;RO=2;SAF=14;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621254;STB=0.533312;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00475849;OID=.;OPOS=52200742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:18:14:2:0:18:14:2:0 chr12 52204246 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.96;QD=61.3352;RBI=0.0285268;REFB=0;REVB=0.0284761;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13674e-05;OID=.;OPOS=52204246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr12 52211942 . G A 415.84 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250773;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.961;QD=57.3572;RBI=0.0257184;REFB=0;REVB=-0.00570665;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372036;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114484;OID=.;OPOS=52211942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:1:0:28:29:1:16:12:1:0:16:13:0:0 chr12 52215102 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.161;QD=40.7629;RBI=0.0418452;REFB=0;REVB=0.0377067;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395316;OID=.;OPOS=52215102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr12 52282060 . C T 434.57 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0180887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1764;QD=20.9431;RBI=0.0233583;REFB=-0.0467603;REVB=0.0147786;RO=35;SAF=20;SAR=23;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401376;STB=0.507325;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0419948;OID=.;OPOS=52282060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:40:43:43:0.518072:23:20:18:17:23:20:18:22 chr12 52282748 . G A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00867315;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.2793;QD=20.8975;RBI=0.00867315;REFB=0.0419727;REVB=0;RO=4;SAF=8;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0199549;OID=.;OPOS=52282748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:0:8:4:0:0:8:4:0 chr12 52282873 . A T 239.64 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00663231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.763;QD=18.0859;RBI=0.0460696;REFB=-0.0416868;REVB=-0.0455897;RO=26;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348936;STB=0.530168;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.046155;OID=.;OPOS=52282873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:11:15:14:12:11:15:14:13 chr12 52284233 . T C 752.04 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.815;QD=56.7577;RBI=0.0101777;REFB=0;REVB=-0.00481749;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80613e-06;OID=.;OPOS=52284233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:28:24:0:0:29:24:0:0 chr12 52284668 . C A 527.9 PASS AF=0.495652;AO=51;DP=109;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0481356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7467;QD=18.3617;RBI=0.0915818;REFB=-0.0278346;REVB=0.0779115;RO=58;SAF=19;SAR=32;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924158;STB=0.561127;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0411137;OID=.;OPOS=52284668;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:115:58:58:51:57:0.495652:32:19:27:31:37:20:27:31 chr12 52471159 . C T 352.03 PASS AF=0.5625;AO=35;DP=63;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0273691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.122;QD=22.0019;RBI=0.0300687;REFB=-0.0107445;REVB=0.0124523;RO=28;SAF=8;SAR=27;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314324;STB=0.677312;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0129906;OID=.;OPOS=52471159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:28:28:35:36:0.5625:27:8:16:12:28:8:16:12 chr12 52564449 . C T 199.85 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.0751124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7118;QD=17.0084;RBI=0.0835748;REFB=-0.0141031;REVB=0.0366453;RO=26;SAF=17;SAR=3;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763503;STB=0.551671;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0254415;OID=.;OPOS=52564449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:3:17:21:5:3:18:21:5 chr12 52565322 . G T 639.73 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00217118;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.828;QD=55.6287;RBI=0.0089015;REFB=-0.149476;REVB=-0.00863265;RO=3;SAF=40;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339383;STB=0.518064;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00054447;OID=.;OPOS=52565322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:43:43:0.934783:3:40:3:0:3:40:3:0 chr12 52566047 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.634;QD=52.6129;RBI=0.0228921;REFB=0;REVB=0.0182964;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196744;OID=.;OPOS=52566047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr12 52602013 . C T 1481.93 PASS AF=0.980952;AO=102;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0435131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.87;QD=56.4545;RBI=0.0469585;REFB=-0.187897;REVB=0.0176553;RO=1;SAF=47;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998794;STB=0.510202;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000760702;OID=.;OPOS=52602013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:1:2:102:103:0.980952:55:47:1:0:55:48:2:0 chr12 52627215 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9791;QD=33.4285;RBI=0.116175;REFB=0;REVB=-0.0290897;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00603905;OID=.;OPOS=52627215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr12 52631313 . A G 1427.97 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3495;QD=60.7646;RBI=0.0262925;REFB=-0.142514;REVB=0.0218963;RO=2;SAF=72;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450658;STB=0.511625;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0025888;OID=.;OPOS=52631313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:94:94:2:1:92:93:0.989362:20:72:0:2:21:72:0:1 chr12 52639302 . G C 517.27 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0226574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.4755;QD=54.4497;RBI=0.0435638;REFB=-0.101904;REVB=0.0372082;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322556;STB=0.506132;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00473391;OID=.;OPOS=52639302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:36:36:0.947368:22:14:1:0:22:14:1:1 chr12 52649887 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.397;QD=63.582;RBI=0.00393377;REFB=0;REVB=0.00109616;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.98495e-06;OID=.;OPOS=52649887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr12 52661192 . A G 1927.41 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477532;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1386;QD=61.677;RBI=0.0675921;REFB=0;REVB=-0.0478364;RO=0;SAF=58;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128606;OID=.;OPOS=52661192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:123:125:1:65:58:0:0:67:58:0:0 chr12 52661209 . T C 1575.98 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0480799;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.05;QD=58.9153;RBI=0.0503678;REFB=0.100993;REVB=0.0150079;RO=1;SAF=49;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958731;STB=0.50505;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00451636;OID=.;OPOS=52661209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:1:1:106:106:0.990654:57:49:1:0:57:49:1:0 chr12 52661302 . C A 464.66 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0977699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2958;QD=58.083;RBI=0.105738;REFB=0;REVB=0.0402686;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266644;OID=.;OPOS=52661302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr12 52679937 . C G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0515701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.616;QD=12.0162;RBI=0.0584955;REFB=-0.0182611;REVB=0.027609;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00596754;OID=.;OPOS=52679937;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:4:3:3:3:4:3 chr12 52681056 . C T 244.09 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0076275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.351;QD=23.247;RBI=0.0161943;REFB=-0.0265178;REVB=-0.0142856;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251126;STB=0.514027;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0275673;OID=.;OPOS=52681056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:14:9:8:11:14:9:8:11 chr12 52681080 . G A 219.59 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00191711;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.115;QD=23.1147;RBI=0.0067421;REFB=0.00387226;REVB=-0.00646379;RO=17;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685444;STB=0.538424;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00313128;OID=.;OPOS=52681080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:17:17:21:21:0.552632:14:7:7:10:14:7:7:10 chr12 52681416 . T C 319.92 PASS AF=0.297872;AO=42;DP=141;FAO=42;FDP=141;FR=.;FRO=99;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=-0.00524803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.213;QD=9.07561;RBI=0.0167355;REFB=-0.00960184;REVB=0.0158913;RO=99;SAF=22;SAR=20;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828513;STB=0.548495;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0215117;OID=.;OPOS=52681416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:99:99:42:42:0.297872:20:22:45:54:20:22:45:54 chr12 52681437 . A G 329.84 PASS AF=0.289308;AO=46;DP=157;FAO=46;FDP=159;FR=.;FRO=113;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=62;FWDB=-0.000240694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.969;QD=8.29784;RBI=0.027509;REFB=-0.0126473;REVB=-0.027508;RO=110;SAF=22;SAR=24;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506895;STB=0.519201;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0448355;OID=.;OPOS=52681437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:110:113:46:46:0.289308:24:22:48:62:24:22:51:62 chr12 52681925 . A C 1505.81 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163627;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.17;QD=59.0513;RBI=0.0341476;REFB=0;REVB=-0.029972;RO=1;SAF=36;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012995;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55672e-05;OID=.;OPOS=52681925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:1:0:101:102:1:65:36:1:0:65:37:0:0 chr12 52708420 . G A 462.52 PASS AF=0.416;AO=52;DP=125;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.00211055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.724;QD=14.8007;RBI=0.0171178;REFB=-0.00489467;REVB=0.0169872;RO=71;SAF=21;SAR=31;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107481;STB=0.568869;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0119752;OID=.;OPOS=52708420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:73:52:52:0.416:31:21:36:35:31:21:38:35 chr12 52708565 . A G 191.78 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0153506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.907;QD=11.8016;RBI=0.0206775;REFB=-0.0269626;REVB=-0.0138534;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130586;STB=0.575103;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0372595;OID=.;OPOS=52708565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:13:11:14:27:13:11:14:27 chr12 52709880 . A G 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0331962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.697;QD=14.8338;RBI=0.0368675;REFB=-0.020094;REVB=-0.0160383;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336342;STB=0.519213;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0373075;OID=.;OPOS=52709880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:11:11:16:14:11:11:16:14 chr12 52709883 . T C 199.45 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.07477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3114;QD=15.6432;RBI=0.0760463;REFB=-0.00629147;REVB=-0.0138737;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171759;STB=0.509795;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00618754;OID=.;OPOS=52709883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:11:11:15:14:11:11:15:14 chr12 52710309 . G A 629.34 PASS AF=0.445205;AO=63;DP=146;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.00621723;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.357;QD=17.2422;RBI=0.00652927;REFB=-0.0320945;REVB=0.00199436;RO=79;SAF=28;SAR=35;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142337;STB=0.523397;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0390595;OID=.;OPOS=52710309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:79:81:63:65:0.445205:35:28:34:45:35:30:34:47 chr12 52710715 . G A 491.74 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.0103734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8679;QD=18.5561;RBI=0.0172253;REFB=-0.00530196;REVB=0.0137515;RO=54;SAF=19;SAR=33;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290101;STB=0.660411;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00565356;OID=.;OPOS=52710715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:33:19:37:17:33:19:37:17 chr12 52710721 . G C 503.96 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=0.025188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4186;QD=18.8397;RBI=0.0404489;REFB=-0.00338865;REVB=-0.0316493;RO=54;SAF=19;SAR=34;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294394;STB=0.662661;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00431202;OID=.;OPOS=52710721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:54:53:53:0.495327:34:19:37:17:34:19:37:17 chr12 52711549 . G A 229.29 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00370054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.215;QD=17.6381;RBI=0.022544;REFB=-0.00722781;REVB=0.0222382;RO=27;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10189;STB=0.557231;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0110506;OID=.;OPOS=52711549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:12:13:17:10:12:13:17:10 chr12 52753861 . C T 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0915;QD=61.5357;RBI=0.0372621;REFB=0;REVB=0.00534229;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270002;OID=.;OPOS=52753861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:31:50:0:0:31:50:0:0 chr12 52774235 . A G 750.66 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556991;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8042;QD=63.8863;RBI=0.0624287;REFB=0;REVB=0.028195;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650262;OID=.;OPOS=52774235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:26:21:0:0 chr12 52777502 . A G 1440.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.82;QD=62.627;RBI=0.0295895;REFB=0;REVB=-0.00531565;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100091;OID=.;OPOS=52777502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:47:43:0:0:47:45:0:0 chr12 52789509 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.514;QD=63.583;RBI=0.0512321;REFB=0;REVB=-0.047327;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.47646e-05;OID=.;OPOS=52789509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr12 52789597 . A G 573.18 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0207146;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.345;QD=55.9202;RBI=0.0207951;REFB=-0.145842;REVB=0.00182798;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509086;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.000564997;OID=.;OPOS=52789597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:0:2:39:39:0.95122:26:13:0:0:26:13:1:1 chr12 52789605 . T A 631.99 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.601;QD=61.6572;RBI=0.0151408;REFB=0;REVB=0.00453977;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.96109e-05;OID=.;OPOS=52789605;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:27:13:0:0:27:14:0:0 chr12 52818504 . T G 1527.39 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.69;QD=63.6411;RBI=0.0240293;REFB=0;REVB=0.00633027;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95983e-05;OID=.;OPOS=52818504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:94:96:1:49:45:0:0:49:47:0:0 chr12 52822258 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0867725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.133;QD=62.9829;RBI=0.087295;REFB=0;REVB=0.00953648;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265278;OID=.;OPOS=52822258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr12 52824352 . G A 1585.46 PASS AF=0.956522;AO=109;DP=117;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0282995;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.439;QD=55.1465;RBI=0.0472518;REFB=-0.0146688;REVB=0.0378401;RO=5;SAF=53;SAR=56;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405134;STB=0.521364;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000420911;OID=.;OPOS=52824352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:117:115:5:5:109:110:0.956522:56:53:0:5:56:54:0:5 chr12 52825363 . G A 772.66 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00957786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.579;QD=61.8127;RBI=0.0291516;REFB=-0.0260499;REVB=-0.0275333;RO=1;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229468;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000122847;OID=.;OPOS=52825363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:20:29:0:1:20:29:0:1 chr12 52827818 . T C 955.12 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.54;QD=58.7767;RBI=0.00974235;REFB=0;REVB=-0.00944411;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46457e-05;OID=.;OPOS=52827818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:42:23:0:0:42:23:0:0 chr12 52841765 . G A 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0191159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.507;QD=56.212;RBI=0.0191432;REFB=0.0489706;REVB=-0.00102136;RO=1;SAF=23;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200789;STB=0.510635;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.000160958;OID=.;OPOS=52841765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:38:23:1:0:38:23:1:0 chr12 52842736 . T C 214.0 PASS AF=0.947368;AO=19;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0592229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.0436;QD=45.0525;RBI=0.0959039;REFB=-0.0772273;REVB=0.0754335;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0108762;OID=.;OPOS=52842736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:19:18:0.947368:10:9:0:0:10:8:1:0 chr12 52843581 . A G 133.72 PASS AF=0.183206;AO=24;DP=131;FAO=24;FDP=131;FR=.;FRO=107;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=0.0211154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.3;QD=4.08315;RBI=0.0347629;REFB=-0.00582042;REVB=-0.0276152;RO=107;SAF=9;SAR=15;SRF=45;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605357;STB=0.538889;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0260777;OID=.;OPOS=52843581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:107:107:24:24:0.183206:15:9:45:62:15:9:45:62 chr12 52843779 . T C 194.76 PASS AF=0.19883;AO=32;DP=168;FAO=34;FDP=171;FR=.;FRO=137;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=65;FSRR=72;FWDB=-0.00569459;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.341;QD=4.55567;RBI=0.00686778;REFB=-0.00354411;REVB=0.00383901;RO=134;SAF=17;SAR=15;SRF=62;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875909;STB=0.567417;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0144293;OID=.;OPOS=52843779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:171:134:137:32:34:0.19883:15:17:62:72:15:19:65:72 chr12 52844243 . A G 67.73 PASS AF=0.124031;AO=15;DP=128;FAO=16;FDP=129;FR=.;FRO=113;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=71;FWDB=-0.00849665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8787;QD=2.10011;RBI=0.0207947;REFB=0.00316604;REVB=-0.0189796;RO=112;SAF=12;SAR=3;SRF=42;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493453;STB=0.853198;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0250909;OID=.;OPOS=52844243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:128:129:112:113:15:16:0.124031:3:12:42:70:3:13:42:71 chr12 52844246 . A G 68.72 PASS AF=0.122137;AO=16;DP=130;FAO=16;FDP=131;FR=.;FRO=115;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=69;FWDB=-0.066445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2975;QD=2.09817;RBI=0.0674843;REFB=-0.00504975;REVB=-0.0117983;RO=103;SAF=13;SAR=3;SRF=39;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513874;STB=0.840574;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.045548;OID=.;OPOS=52844246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:130:131:103:115:16:16:0.122137:3:13:39:64:3:13:46:69 chr12 52844265 . T C 1497.23 PASS AF=0.793333;AO=117;DP=149;FAO=119;FDP=150;FR=.;FRO=31;FSAF=39;FSAR=80;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.026733;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.168;QD=39.9261;RBI=0.0297377;REFB=-0.014311;REVB=0.0130259;RO=32;SAF=38;SAR=79;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11801;STB=0.556971;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00472138;OID=.;OPOS=52844265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:32:31:117:119:0.793333:79:38:19:13:80:39:18:13 chr12 52845801 . T C 523.76 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117986;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.211;QD=59.8584;RBI=0.0417736;REFB=0;REVB=0.0400728;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280063;OID=.;OPOS=52845801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr12 52863038 . G A 912.44 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0142145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.836;QD=55.2994;RBI=0.0384155;REFB=-0.200691;REVB=0.0356889;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516124;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00138442;OID=.;OPOS=52863038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:66:0:2:64:64:0.969697:30:34:0:0:30:34:0:2 chr12 52863213 . C T 1526.6 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406217;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.841;QD=59.8667;RBI=0.0408255;REFB=0;REVB=0.0040742;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142196;OID=.;OPOS=52863213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:51:50:0:0:52:50:0:0 chr12 52863621 . T G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.483;QD=57.7124;RBI=0.020897;REFB=0;REVB=-0.0151615;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.00785e-07;OID=.;OPOS=52863621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr12 52883807 . G A 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0136268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1351;QD=17.9425;RBI=0.0464068;REFB=-0.00920706;REVB=0.044361;RO=29;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141215;STB=0.578892;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0087567;OID=.;OPOS=52883807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:14:14:19:10:14:14:19:10 chr12 52885316 . A G 336.33 PASS AF=0.296774;AO=46;DP=155;FAO=46;FDP=155;FR=.;FRO=109;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=51;FWDB=-0.0236324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4949;QD=8.6794;RBI=0.0384234;REFB=-0.00170617;REVB=-0.0302963;RO=108;SAF=29;SAR=17;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126624;STB=0.571397;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00366446;OID=.;OPOS=52885316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:108:109:46:46:0.296774:17:29:57:51:17:29:58:51 chr12 52885339 . CC TT 269.21 PASS AF=0.25641;AO=40;DP=155;FAO=40;FDP=156;FR=.;FRO=116;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=62;FSRR=54;FWDB=0.0185352;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=2;MLLD=210.895;QD=6.90292;RBI=0.0379201;REFB=-0.0108366;REVB=-0.0330814;RO=114;SAF=24;SAR=16;SRF=61;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819628;STB=0.549713;STBP=0.483;TYPE=mnp;VARB=0.0304144;OID=.;OPOS=52885339;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:114:116:40:40:0.25641:16:24:61:53:16:24:62:54 chr12 52885344 . G C 264.08 PASS AF=0.25;AO=40;DP=160;FAO=40;FDP=160;FR=.;FRO=120;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=63;FSRR=57;FWDB=-0.0157463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8601;QD=6.60186;RBI=0.0468555;REFB=0.0113901;REVB=-0.0441304;RO=120;SAF=24;SAR=16;SRF=63;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950812;STB=0.557223;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0374019;OID=.;OPOS=52885344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:120:120:40:40:0.25:16:24:63:57:16:24:63:57 chr12 52885350 . T C 249.77 PASS AF=0.237805;AO=39;DP=164;FAO=39;FDP=164;FR=.;FRO=125;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=64;FSRR=61;FWDB=0.0215555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.312;QD=6.09182;RBI=0.0227274;REFB=-0.00578438;REVB=-0.00720394;RO=125;SAF=23;SAR=16;SRF=64;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987294;STB=0.559881;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00900349;OID=.;OPOS=52885350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:125:125:39:39:0.237805:16:23:64:61:16:23:64:61 chr12 52885374 . G C 217.62 PASS AF=0.216374;AO=32;DP=165;FAO=37;FDP=171;FR=.;FRO=134;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=72;FSRR=62;FWDB=-0.0142633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6491;QD=5.09058;RBI=0.0184155;REFB=-0.0170207;REVB=-0.0116487;RO=132;SAF=16;SAR=16;SRF=71;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484881;STB=0.523979;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.040446;OID=.;OPOS=52885374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:171:132:134:32:37:0.216374:16:16:71:61:16:21:72:62 chr12 52885377 . A G 224.37 PASS AF=0.216374;AO=37;DP=169;FAO=37;FDP=171;FR=.;FRO=134;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=71;FSRR=63;FWDB=-0.013706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.787;QD=5.24851;RBI=0.0176312;REFB=-0.00206556;REVB=-0.0110907;RO=132;SAF=21;SAR=16;SRF=69;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574176;STB=0.529846;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0077645;OID=.;OPOS=52885377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:171:132:134:37:37:0.216374:16:21:69:63:16:21:71:63 chr12 52885381 . C T 204.91 PASS AF=0.204678;AO=35;DP=171;FAO=35;FDP=171;FR=.;FRO=136;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=72;FSRR=64;FWDB=-0.00491058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.478;QD=4.79321;RBI=0.0235793;REFB=-0.00917362;REVB=-0.0230623;RO=136;SAF=20;SAR=15;SRF=72;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054197;STB=0.533764;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0337974;OID=.;OPOS=52885381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:136:136:35:35:0.204678:15:20:72:64:15:20:72:64 chr12 52886478 . T C 759.12 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00925334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.255;QD=53.2716;RBI=0.00973538;REFB=-0.0462887;REVB=0.00302546;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171391;STB=0.517851;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00176376;OID=.;OPOS=52886478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:55:55:0.964912:27:28:0:1:27:28:0:2 chr12 52886490 . A G 1132.74 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.657;QD=60.4128;RBI=0.0429446;REFB=0;REVB=0.0374008;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18458e-05;OID=.;OPOS=52886490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:34:39:0:0:34:41:0:0 chr12 52912906 . G T 214.24 PASS AF=0.40625;AO=24;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0652372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6962;QD=13.3901;RBI=0.0832746;REFB=0.00991907;REVB=-0.0517568;RO=38;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252762;STB=0.658705;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0132705;OID=.;OPOS=52912906;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:38:24:26:0.40625:10:14:13:25:10:16:13:25 chr12 52912909 . G T 212.8 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00222036;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.374;QD=13.5108;RBI=0.0165303;REFB=-0.0073029;REVB=0.0163805;RO=38;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307682;STB=0.666543;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0103908;OID=.;OPOS=52912909;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:37:25:26:0.412698:9:16:13:25:10:16:12:25 chr12 52938364 . T C 1911.69 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.847;QD=61.6676;RBI=0.0205974;REFB=0;REVB=0.0165492;RO=0;SAF=57;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20459e-05;OID=.;OPOS=52938364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:66:57:0:0:67:57:0:0 chr12 52938497 . A C 631.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.208;QD=61.6118;RBI=0.101663;REFB=0;REVB=-0.00865576;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569103;OID=.;OPOS=52938497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:22:17:0:0:22:19:0:0 chr12 52939407 . AGAGG AG,AGAGA,ATAAG 129.51 PASS AF=0.583333,0.25,0.166667;AO=7,3,2;DP=13;FAO=7,3,2;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4,2,2;FSAR=3,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00391116,-0.0349109,0.00952213;FXX=0.076864;HRUN=1,2,1;LEN=3,1,3;MLLD=167.771,35.4286,74.7942;QD=43.171;RBI=0.00520491,0.101735,0.0276117;REFB=0,0,0;REVB=-0.00343422,-0.095557,-0.0259178;RO=0;SAF=4,2,2;SAR=3,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.039414,-0.0182798,0.0221207;OID=.,.,.;OPOS=52939408,52939411,52939408;OREF=GAG,G,GAG;OALT=-,A,TAA;OMAPALT=AG,AGAGA,ATAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.583333,0.25,0.166667:7,3,2:13:7,3,2:12:0:4,2,2:3,1,0:0:0:18:0:4,2,2:3,1,0:0:0 chr12 52943144 . G A 728.7 PASS AF=1;AO=53;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.5555;QD=52.0501;RBI=0.117393;REFB=-0.1454;REVB=0.0596419;RO=3;SAF=31;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434387;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00779116;OID=.;OPOS=52943144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:3:0:53:56:1:22:31:3:0:22:34:0:0 chr12 52965173 . T G 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00435025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.508;QD=14.5325;RBI=0.0089067;REFB=-0.010627;REVB=-0.00777203;RO=40;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176062;STB=0.509993;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0159824;OID=.;OPOS=52965173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:14:15:20:20:14:15:20:20 chr12 52965722 . T C 232.62 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.00129421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.047;QD=15.2537;RBI=0.0185792;REFB=-0.0176521;REVB=-0.018534;RO=34;SAF=8;SAR=18;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885415;STB=0.564058;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0226633;OID=.;OPOS=52965722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:34:26:27:0.442623:18:8:8:26:18:9:8:26 chr12 52965761 . C T 954.04 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.245;QD=58.7104;RBI=0.0742784;REFB=0;REVB=0.041789;RO=0;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268678;OID=.;OPOS=52965761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:45:19:0:0:45:20:0:0 chr12 52965782 . T C 327.31 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0362065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7682;QD=17.6923;RBI=0.0610245;REFB=0.00795814;REVB=-0.049123;RO=38;SAF=10;SAR=25;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622431;STB=0.545428;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.0195801;OID=.;OPOS=52965782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:38:39:35:35:0.472973:25:10:13:25:25:10:14:25 chr12 52966390 . A T 194.36 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0155267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.535;QD=12.3405;RBI=0.0186902;REFB=-0.0180488;REVB=0.0104041;RO=39;SAF=7;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198356;STB=0.61495;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0286674;OID=.;OPOS=52966390;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:17:7:18:21:17:7:18:21 chr12 52981512 . G A 443.79 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00161599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.913;QD=17.7517;RBI=0.00200248;REFB=-0.0089667;REVB=-0.00118258;RO=55;SAF=25;SAR=20;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638104;STB=0.535698;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0117741;OID=.;OPOS=52981512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:20:25:27:28:20:25:27:28 chr12 52985293 . A G 399.88 PASS AF=0.456522;AO=41;DP=88;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0111486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5227;QD=17.386;RBI=0.0372852;REFB=-0.00717152;REVB=-0.0355794;RO=47;SAF=17;SAR=24;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192195;STB=0.613444;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0174098;OID=.;OPOS=52985293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:92:47:50:41:42:0.456522:24:17:29:18:24:18:32:18 chr12 52986187 . T C 250.42 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00534393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.221;QD=20.0336;RBI=0.0190303;REFB=-0.00570584;REVB=0.0182645;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053429;STB=0.538163;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00484917;OID=.;OPOS=52986187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:10:14:16:9:10:14:17:9 chr12 52992812 . T C 223.84 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.009862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5772;QD=10.6588;RBI=0.00989155;REFB=-0.013241;REVB=-0.000764071;RO=56;SAF=13;SAR=15;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409288;STB=0.523833;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0262305;OID=.;OPOS=52992812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:56:28:28:0.333333:15:13:28:28:15:13:28:28 chr12 52993209 . T C 144.01 PASS AF=0.484848;AO=13;DP=31;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.093029;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.892;QD=17.4563;RBI=0.0986826;REFB=-0.0267497;REVB=0.032922;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112115;STB=0.551116;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0179623;OID=.;OPOS=52993209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:16:17:13:16:0.484848:8:5:8:8:10:6:8:9 chr12 52994871 . G A 425.15 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.000153333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.775;QD=21.5268;RBI=0.0125117;REFB=-0.0279805;REVB=0.0125107;RO=37;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545338;STB=0.530106;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0234718;OID=.;OPOS=52994871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:20:22:17:20:20:22:17:20 chr12 52994990 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0422118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.608;QD=8.25458;RBI=0.0424227;REFB=-0.020831;REVB=0.00422487;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181968;STB=0.61499;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0124996;OID=.;OPOS=52994990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:6:6:4:2:6:6 chr12 53045626 . T C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0263434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.003;QD=8.2462;RBI=0.0334268;REFB=-0.00050342;REVB=-0.0205761;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319978;STB=0.519943;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00115102;OID=.;OPOS=53045626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:6:9:4:3:6:9 chr12 53069014 . T C 313.03 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0288028;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2223;QD=16.6947;RBI=0.0288134;REFB=-0.0255278;REVB=0.000783558;RO=42;SAF=27;SAR=7;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139938;STB=0.583731;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0407546;OID=.;OPOS=53069014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:41:34:34:0.453333:7:27:29:13:7:27:28:13 chr12 53070121 . T G 955.02 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6546;QD=58.7705;RBI=0.0778446;REFB=0;REVB=-0.0778097;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000724323;OID=.;OPOS=53070121;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr12 53070145 . G A 291.39 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00897305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2494;QD=16.8923;RBI=0.0249435;REFB=-0.00488179;REVB=0.0232737;RO=37;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729496;STB=0.540958;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00635249;OID=.;OPOS=53070145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:18:14:19:18:18:14:19:18 chr12 53085089 . T C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.936;QD=46.8461;RBI=0.0138177;REFB=0;REVB=-0.0101885;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165243;OID=.;OPOS=53085089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr12 53086645 . G A 271.03 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0194461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.168;QD=17.2082;RBI=0.0590571;REFB=-0.0426938;REVB=0.0557636;RO=33;SAF=18;SAR=11;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241618;STB=0.607523;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0332271;OID=.;OPOS=53086645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:29:30:0.47619:11:18:12:21:12:18:13:20 chr12 53088484 . C T 304.05 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=0.00383209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9196;QD=14.8315;RBI=0.037758;REFB=-0.0123284;REVB=-0.0375631;RO=47;SAF=24;SAR=10;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218768;STB=0.501729;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.015909;OID=.;OPOS=53088484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:48:34:34:0.414634:10:24:34:13:10:24:34:14 chr12 53090190 . C T 252.72 PASS AF=0.5;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.101663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8857;QD=21.0601;RBI=0.110618;REFB=-0.0335872;REVB=-0.0436;RO=23;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555911;STB=0.523057;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0345287;OID=.;OPOS=53090190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:24:24:24:0.5:16:8:9:14:16:8:9:15 chr12 53091566 . C A 389.09 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0062424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.314;QD=18.7515;RBI=0.0131002;REFB=-0.00648882;REVB=0.0115173;RO=43;SAF=23;SAR=17;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166229;STB=0.592524;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00771034;OID=.;OPOS=53091566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:17:23:17:26:17:23:17:26 chr12 53096913 . G A 53.37 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.248;QD=30.495;RBI=0.046753;REFB=0;REVB=0.046753;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155789;OID=.;OPOS=53096913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:7:0:0:6:7:1:6:0:0:0:7:0:0:0 chr12 53162638 . G A 1043.53 PASS AF=0.935897;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0243411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.878;QD=53.5144;RBI=0.0621069;REFB=-0.125346;REVB=0.0571383;RO=4;SAF=30;SAR=43;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341209;STB=0.525514;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00143718;OID=.;OPOS=53162638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:78:78:4:5:73:73:0.935897:43:30:3:1:43:30:4:1 chr12 53162773 . A G 535.18 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6085;QD=59.4646;RBI=0.032162;REFB=0;REVB=-0.0212995;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38937e-05;OID=.;OPOS=53162773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:10:26:0:0:10:26:0:0 chr12 53186122 . G A 677.2 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140801;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.133;QD=62.9954;RBI=0.014211;REFB=0;REVB=0.001924;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679025;OID=.;OPOS=53186122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:43:0:0:44:43:1:17:27:0:0:16:27:0:0 chr12 53204614 . C T 497.8 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175224;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.264;QD=56.8911;RBI=0.0226754;REFB=0;REVB=0.0143922;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000882727;OID=.;OPOS=53204614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:18:15:0:0:20:15:0:0 chr12 53238347 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.247;QD=54.5166;RBI=0.0403287;REFB=0;REVB=-0.0299283;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71089e-05;OID=.;OPOS=53238347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr12 53240584 . A G 501.56 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.954;QD=59.0068;RBI=0.043588;REFB=0;REVB=-0.0319002;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427678;OID=.;OPOS=53240584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr12 53242579 . C T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0589702;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=214.812;QD=26.0294;RBI=0.0589725;REFB=-0.182865;REVB=0.000521203;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00403113;OID=.;OPOS=53242579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:0:1:5:1:0:1 chr12 53343493 . G A 433.34 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0877225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2737;QD=55.9145;RBI=0.0975323;REFB=0;REVB=0.0426299;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300657;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0007246;OID=.;OPOS=53343493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:1:0:30:31:1:15:15:0:1:16:15:0:0 chr12 53433089 . C A 1227.8 PASS AF=0.965116;AO=82;DP=87;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0480221;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.815;QD=57.1072;RBI=0.0849892;REFB=-0.200457;REVB=0.0701217;RO=4;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484854;STB=0.518983;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00419774;OID=.;OPOS=53433089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:87:86:4:3:82:83:0.965116:37:45:0:4:38:45:0:3 chr12 53433486 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.619;QD=62.9829;RBI=0.0173668;REFB=0;REVB=0.0103242;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58365e-05;OID=.;OPOS=53433486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr12 53434774 . G A 415.03 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.002409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.527;QD=16.7689;RBI=0.00271241;REFB=0.00407337;REVB=0.00124655;RO=56;SAF=28;SAR=15;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158097;STB=0.588999;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00518439;OID=.;OPOS=53434774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:15:28:28:28:15:28:28:28 chr12 53452263 . CCAGGTGGCAGG C 331.7 PASS AF=0.790698;AO=33;DP=42;FAO=34;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0240023;FXX=0.122424;HRUN=2;LEN=11;MLLD=295.748;QD=30.8561;RBI=0.0486666;REFB=-0.0757605;REVB=0.0423359;RO=0;SAF=26;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.511335;SSEP=0;SSSB=-3.44409e-08;STB=0.531436;STBP=0.552;TYPE=del;VARB=0.0127689;OID=.;OPOS=53452264;OREF=CAGGTGGCAGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.790698:33:42:34:43:9:27:7:8:1:36:0:26:7:0:0 chr12 53460140 . ATCCTCT A 119.69 PASS AF=0.464286;AO=10;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0227523;FXX=0.151469;HRUN=1;LEN=6;MLLD=205.832;QD=17.0978;RBI=0.0243359;REFB=-0.013694;REVB=-0.00863549;RO=9;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245151;STB=0.51997;STBP=0.876;TYPE=del;VARB=0.0217016;OID=.;OPOS=53460141;OREF=TCCTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:10:27:13:28:15:1:12:1:14:99:9:1:9:1:8 chr12 53497402 . A G 175.87 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0505178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8249;QD=13.7936;RBI=0.149858;REFB=-0.00395496;REVB=-0.141087;RO=29;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235699;STB=0.656981;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.000722533;OID=.;OPOS=53497402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:31:20:20:0.392157:6:14:14:15:6:14:14:17 chr12 53497927 . C G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.00872633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.875;QD=20.6011;RBI=0.0166695;REFB=-0.029177;REVB=0.0142029;RO=19;SAF=18;SAR=2;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121992;STB=0.569543;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0174928;OID=.;OPOS=53497927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:2:18:16:3:2:18:16:3 chr12 53509933 . C T 416.47 PASS AF=0.443396;AO=46;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.00647256;FXX=0.0185168;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.888;QD=15.7158;RBI=0.00740819;REFB=-0.0185804;REVB=-0.00360378;RO=58;SAF=20;SAR=26;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567179;STB=0.532284;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0261759;OID=.;OPOS=53509933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:59:46:47:0.443396:26:20:22:36:26:21:23:36 chr12 53604768 . A G 176.25 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0167915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.018;QD=29.3745;RBI=0.0168924;REFB=-0.0505583;REVB=0.00184326;RO=7;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161831;STB=0.590053;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0071279;OID=.;OPOS=53604768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:12:5:4:3:12:5:4:3 chr12 53607263 . AG A,GA 145.94 PASS AF=0.512195,0.146341;AO=19,5;DP=40;FAO=21,6;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=16,0;FSAR=5,6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0398237,-0.007719;FXX=0.0465008;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=10.0791,60.8445;QD=14.238;RBI=0.0982532,0.106975;REFB=-0.0500192,-0.0152592;REVB=-0.0898207,-0.106696;RO=12;SAF=17,0;SAR=2,5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.432702,-0.717739;STB=0.625278,0.997835;STBP=0.113,0.006;TYPE=del,mnp;VARB=0.134802,-0.0420194;OID=.,.;OPOS=53607264,53607263;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:40:41:12:14:19,5:21,6:0.512195,0.146341:2,5:17,0:6:6:5,6:16,0:7:7 chr12 53662624 . C A 692.74 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.499;QD=61.577;RBI=0.0333844;REFB=0;REVB=0.0200197;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07251e-05;OID=.;OPOS=53662624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:16:28:0:0:17:28:0:0 chr12 53670545 . C A 1318.44 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0176925;FXX=0.0222198;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.9523;QD=59.9292;RBI=0.0343746;REFB=0.0520912;REVB=0.0294718;RO=2;SAF=53;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017542;STB=0.509257;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000645806;OID=.;OPOS=53670545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:33:53:2:0:33:53:2:0 chr12 53681883 . A T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.459;QD=60.2301;RBI=0.022558;REFB=0;REVB=-0.00962508;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116137;OID=.;OPOS=53681883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr12 53682326 . G A 1635.43 PASS AF=0.982609;AO=111;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0870326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7826;QD=56.8847;RBI=0.137659;REFB=-0.196202;REVB=0.106655;RO=4;SAF=73;SAR=38;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295571;STB=0.502771;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00683619;OID=.;OPOS=53682326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:4:2:111:113:0.982609:38:73:1:3:40:73:1:1 chr12 53682986 . C T 320.23 PASS AF=0.4375;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0340551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.691;QD=16.0114;RBI=0.0343802;REFB=-0.00995937;REVB=-0.00471661;RO=44;SAF=23;SAR=11;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16355;STB=0.586156;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0199605;OID=.;OPOS=53682986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:44:45:34:35:0.4375:11:23:23:21:12:23:23:22 chr12 53686703 . G A 747.01 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1349;QD=63.5752;RBI=0.113423;REFB=0;REVB=0.0999037;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177288;OID=.;OPOS=53686703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr12 53693532 . AA GC 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152011;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=160.179;QD=40.7629;RBI=0.0228988;REFB=0;REVB=-0.0171255;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.7447e-05;OID=.;OPOS=53693532;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr12 53700848 . C T 1574.49 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6071;QD=63.6156;RBI=0.0329082;REFB=0;REVB=0.0322399;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212612;OID=.;OPOS=53700848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:40:57:0:0:41:58:0:0 chr12 53700860 . A G 1477.5 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00233566;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.836;QD=58.5147;RBI=0.0344586;REFB=0.0615425;REVB=0.0343793;RO=1;SAF=58;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810884;STB=0.504201;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=5.43108e-05;OID=.;OPOS=53700860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:99:100:0.990099:41:58:1:0:41:59:1:0 chr12 53703021 . G A 656.74 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9471;QD=61.0918;RBI=0.0943425;REFB=0;REVB=0.0819361;RO=1;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234501;OID=.;OPOS=53703021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:1:0:42:43:1:19:23:0:1:20:23:0:0 chr12 53722098 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.788;QD=59.0186;RBI=0.0311903;REFB=0;REVB=-0.024668;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21877e-05;OID=.;OPOS=53722098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr12 53722128 . G A 306.05 PASS AF=0.96;AO=23;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0889191;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5758;QD=48.9681;RBI=0.115869;REFB=-0.111288;REVB=0.0742894;RO=1;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280632;STB=0.514274;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0129986;OID=.;OPOS=53722128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:25:1:1:23:24:0.96:16:7:0:1:17:7:0:1 chr12 54067544 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.351;QD=37.4879;RBI=0.0465844;REFB=0;REVB=0.0171223;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243792;OID=.;OPOS=54067544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr12 54109659 . C T 642.42 PASS AF=0.587629;AO=57;DP=97;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.10529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8876;QD=26.4913;RBI=0.124933;REFB=-0.0255258;REVB=0.0672479;RO=39;SAF=34;SAR=23;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102087;STB=0.550995;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0200764;OID=.;OPOS=54109659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:39:40:57:57:0.587629:23:34:18:21:23:34:19:21 chr12 54109733 . A G 918.89 PASS AF=0.535714;AO=90;DP=169;FAO=90;FDP=168;FR=.;FRO=78;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0137594;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4838;QD=21.8784;RBI=0.067752;REFB=-0.0270216;REVB=-0.0663401;RO=78;SAF=57;SAR=33;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17117;STB=0.593729;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0248707;OID=.;OPOS=54109733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:78:78:90:90:0.535714:33:57:34:44:33:57:34:44 chr12 54110197 . A G 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0236007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.84;QD=24.4133;RBI=0.0318593;REFB=0.0103194;REVB=-0.0214015;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215005;STB=0.512173;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00497802;OID=.;OPOS=54110197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:7:4:2:3:7:4:2:3 chr12 54340077 . G A 466.5 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0129533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.315;QD=22.4819;RBI=0.0137844;REFB=0.00578283;REVB=-0.00471401;RO=38;SAF=30;SAR=15;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00817433;STB=0.504502;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.00536179;OID=.;OPOS=54340077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:15:30:25:13:15:30:25:13 chr12 54340209 . TTA T,TTT 86.18 PASS AF=0.22973,0;AO=10,7;DP=90;FAO=17,0;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=7,0;FSAR=10,0;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.025466,0.123393;FXX=0.0133316;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=21.2031,15.8424;QD=4.65811;RBI=0.180574,0.124883;REFB=-0.0142768,-0.00205944;REVB=0.17877,0.0192329;RO=52;SAF=5,0;SAR=5,7;SRF=22;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0951507,-0.615696;STB=0.534805,0.5;STBP=0.732,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0794208,0;OID=.,.;OPOS=54340210,54340211;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22973,0:10,7:90:17,0:74:57:7,0:10,0:26:31:86:52:5,0:5,7:22:30 chr12 54367061 . T G 789.21 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478143;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.844;QD=64.4256;RBI=0.0510129;REFB=0;REVB=0.0177794;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166367;OID=.;OPOS=54367061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr12 54370108 . G T 331.66 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0292375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9411;QD=21.3975;RBI=0.0304666;REFB=-0.0309016;REVB=-0.0085664;RO=28;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135027;STB=0.574625;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0229713;OID=.;OPOS=54370108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:19:15:17:11:19:15:17:11 chr12 54496166 . G T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00743953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.092;QD=15.9167;RBI=0.0329055;REFB=-0.0202652;REVB=-0.0320535;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139734;STB=0.580879;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0152537;OID=.;OPOS=54496166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:8:7:8:5:8:7 chr12 54496219 . A G 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0184216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.179;QD=21.0155;RBI=0.0247287;REFB=0.0194865;REVB=-0.016497;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193001;STB=0.510903;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0147745;OID=.;OPOS=54496219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:6:7:9:7:6:7 chr12 54711574 . A G 48.72 PASS AF=0.875;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0349968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.2356;QD=24.3598;RBI=0.112347;REFB=-0.0634619;REVB=0.106757;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171367;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0484734;OID=.;OPOS=54711574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:7:8:2:1:5:7:0.875:4:1:0:2:6:1:0:1 chr12 54734289 . A G 462.22 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00779698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.492;QD=18.1264;RBI=0.0252301;REFB=-0.00841765;REVB=-0.0239951;RO=53;SAF=23;SAR=26;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374942;STB=0.520825;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.01314;OID=.;OPOS=54734289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:53:49:49:0.480392:26:23:27:26:26:23:27:26 chr12 54740379 . T G 108.46 PASS AF=0.4;AO=12;DP=33;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0283671;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=47.0288;QD=12.3957;RBI=0.0290915;REFB=-0.00607622;REVB=-0.00645152;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396511;STB=0.52937;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0116067;OID=.;OPOS=54740379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:21:21:12:14:0.4:5:7:13:8:6:8:13:8 chr12 54756815 . A G 341.46 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0460184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6811;QD=13.3904;RBI=0.0540836;REFB=-0.0091892;REVB=-0.0284139;RO=61;SAF=25;SAR=15;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211993;STB=0.624937;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0151902;OID=.;OPOS=54756815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:62:40:40:0.392157:15:25:26:35:15:25:26:36 chr12 54767812 . G A 242.98 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0296064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.395;QD=22.6029;RBI=0.0347502;REFB=-0.0235549;REVB=0.0181944;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107644;STB=0.597476;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0196945;OID=.;OPOS=54767812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:20:23:23:0.534884:9:14:8:9:9:14:8:12 chr12 54795790 . C T 252.82 PASS AF=0.482759;AO=26;DP=56;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00908615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.857;QD=17.4356;RBI=0.0232604;REFB=-0.0231788;REVB=0.0214123;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633213;STB=0.534458;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0284193;OID=.;OPOS=54795790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:30:30:26:28:0.482759:13:13:13:17:14:14:13:17 chr12 54799450 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.161;QD=51.9135;RBI=0.0451986;REFB=0;REVB=-0.0253597;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00901e-05;OID=.;OPOS=54799450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:9:12:0:0 chr12 54905815 . C G 977.55 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0952269;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.696;QD=59.2452;RBI=0.0963206;REFB=0;REVB=0.0144739;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305645;OID=.;OPOS=54905815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:26:39:0:0:26:40:0:0 chr12 54911426 . C T 452.5 PASS AF=0.483871;AO=44;DP=92;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00624859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9366;QD=19.4623;RBI=0.0116295;REFB=-0.0149575;REVB=0.00980815;RO=48;SAF=23;SAR=21;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00177844;STB=0.506472;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0151522;OID=.;OPOS=54911426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:48:48:44:45:0.483871:21:23:25:23:21:24:25:23 chr12 54970454 . T C 1418.23 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765869;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3263;QD=63.0324;RBI=0.0218096;REFB=0;REVB=0.0204206;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49657e-05;OID=.;OPOS=54970454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:45:45:0:0:45:45:0:0 chr12 54972992 . T C 518.49 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9448;QD=59.256;RBI=0.00545468;REFB=0;REVB=0.00191028;RO=0;SAF=6;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6287e-05;OID=.;OPOS=54972992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:29:6:0:0:29:6:0:0 chr12 54973623 . T C 749.09 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0233976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.168;QD=61.1503;RBI=0.101242;REFB=-0.0565698;REVB=-0.0985017;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229399;STB=0.51219;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-7.66546e-05;OID=.;OPOS=54973623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:20:28:0:1:20:28:0:1 chr12 54974803 . C T 502.45 PASS AF=0.465517;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0285289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.877;QD=17.3257;RBI=0.0297839;REFB=-0.0058479;REVB=-0.00855469;RO=62;SAF=28;SAR=26;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912689;STB=0.550687;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00794995;OID=.;OPOS=54974803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:62:54:54:0.465517:26:28:38:24:26:28:38:24 chr12 54975837 . T C 1473.92 PASS AF=0.891667;AO=107;DP=119;FAO=107;FDP=120;FR=.;FRO=13;FSAF=35;FSAR=72;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0329057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4935;QD=49.1305;RBI=0.0513968;REFB=-0.175665;REVB=-0.0394823;RO=11;SAF=35;SAR=72;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947709;STB=0.55242;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0176767;OID=.;OPOS=54975837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:119:120:11:13:107:107:0.891667:72:35:9:2:72:35:10:3 chr12 55248357 . G T 1400.37 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0479413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.532;QD=61.5549;RBI=0.0486161;REFB=-0.115185;REVB=0.00807203;RO=1;SAF=43;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108952;STB=0.505746;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000348296;OID=.;OPOS=55248357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:47:43:1:0:47:43:1:0 chr12 55250612 . A G 1283.35 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.146;QD=61.8484;RBI=0.0254081;REFB=0;REVB=0.0125295;RO=0;SAF=51;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116166;OID=.;OPOS=55250612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:32:51:0:0:32:51:0:0 chr12 55344024 . G A 1626.94 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160758;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6484;QD=60.2569;RBI=0.094055;REFB=0;REVB=0.092671;RO=0;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343769;OID=.;OPOS=55344024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:47:61:0:0:47:61:0:0 chr12 55344133 . C G 2198.52 PASS AF=0.972603;AO=141;DP=148;FAO=142;FDP=146;FR=.;FRO=4;FSAF=75;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.006499;FXX=0.0201329;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.361;QD=60.2334;RBI=0.0229266;REFB=-0.0416293;REVB=0.0219862;RO=3;SAF=74;SAR=67;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208106;STB=0.507638;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000517379;OID=.;OPOS=55344133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:148:146:3:4:141:142:0.972603:67:74:0:3:67:75:1:3 chr12 55355033 . C T 612.69 PASS AF=0.435897;AO=68;DP=156;FAO=68;FDP=156;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.0228582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1414;QD=15.7099;RBI=0.0267497;REFB=-0.00601126;REVB=0.0138943;RO=88;SAF=28;SAR=40;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903311;STB=0.550444;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00764024;OID=.;OPOS=55355033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:88:88:68:68:0.435897:40:28:44:44:40:28:44:44 chr12 55368245 . G A 2794.07 PASS AF=0.973262;AO=182;DP=187;FAO=182;FDP=187;FR=.;FRO=5;FSAF=105;FSAR=77;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0379269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.221;QD=59.7662;RBI=0.0387847;REFB=-0.10037;REVB=0.00811194;RO=3;SAF=105;SAR=77;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00769125;STB=0.500632;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.000429481;OID=.;OPOS=55368245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:187:187:3:5:182:182:0.973262:77:105:1:2:77:105:3:2 chr12 55688267 . G A 563.82 PASS AF=0.974359;AO=33;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0098994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.073;QD=57.8271;RBI=0.0102868;REFB=-0.0485221;REVB=0.00279628;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.515144;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000555174;OID=.;OPOS=55688267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:33:38:0.974359:16:17:0:0:16:22:0:1 chr12 55714772 . G A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.61;QD=61.3342;RBI=0.0341353;REFB=0;REVB=-0.0101988;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151303;OID=.;OPOS=55714772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr12 55714876 . C G 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5802;QD=56.9989;RBI=0.0123843;REFB=0;REVB=-0.00351622;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31774e-05;OID=.;OPOS=55714876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr12 55715119 . G A 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.586;QD=57.3846;RBI=0.0402373;REFB=0;REVB=0.0327469;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015926;OID=.;OPOS=55715119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr12 55794609 . ATTTTTTTT ATTTTTTT,ATTTTTTTA,ATTTTTTTTT 47.74 PASS AF=0.333333,0.0208333,0;AO=15,3,5;DP=49;FAO=16,1,0;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=10,1,0;FSAR=6,0,0;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0106627,0.0104785,0.0161331;FXX=0.020404;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,1;MLLD=7.03663,22.607,8.27146;QD=3.97793;RBI=0.191759,0.115715,0.196116;REFB=-0.0752972,-0.0345451,0.0852494;REVB=0.191462,0.11524,-0.195451;RO=23;SAF=9,3,1;SAR=6,0,4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.171272,0.605533,-0.305545;STB=0.634753,0.991384,0.5;STBP=0.189,0.269,1;TYPE=del,snp,ins;VARB=0.184901,0.0230414,0.00108943;OID=.,.,.;OPOS=55794610,55794617,55794610;OREF=T,T,-;OALT=-,A,T;OMAPALT=ATTTTTTT,ATTTTTTTA,ATTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.0208333,0:15,3,5:49:16,1,0:48:31:10,1,0:6,0,0:13:18:48:23:9,3,1:6,0,4:10:13 chr12 55794976 . A G 990.09 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000821346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.968;QD=55.0052;RBI=0.00920418;REFB=-0.109615;REVB=0.00916746;RO=1;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126057;STB=0.508486;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000385073;OID=.;OPOS=55794976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:1:3:69:69:0.958333:37:32:0:1:37:32:2:1 chr12 55806238 . A G 1530.3 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.316;QD=63.7627;RBI=0.0239118;REFB=0;REVB=0.0184186;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60519e-05;OID=.;OPOS=55806238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:42:53:0:0:43:53:0:0 chr12 55807293 . A G 167.45 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0079452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.51;QD=41.8637;RBI=0.148034;REFB=-0.109794;REVB=0.14782;RO=1;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434393;STB=0.523778;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00265537;OID=.;OPOS=55807293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:5:10:1:0:5:10:1:0 chr12 55808469 . C G 1622.88 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610573;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2678;QD=59.0139;RBI=0.0372377;REFB=0;REVB=-0.0367337;RO=0;SAF=63;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226731;OID=.;OPOS=55808469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:110:0:0:107:110:1:44:63:0:0:47:63:0:0 chr12 55820121 . C T 1308.03 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6332;QD=60.1394;RBI=0.0441443;REFB=-0.0803103;REVB=-0.0204203;RO=1;SAF=47;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218072;OID=.;OPOS=55820121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:87:87:1:0:85:87:1:38:47:1:0:39:48:0:0 chr12 55863224 . C G 1190.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7011;QD=61.0476;RBI=0.0443129;REFB=0;REVB=-0.00538876;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203476;OID=.;OPOS=55863224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:45:33:0:0:45:33:0:0 chr12 55863381 . A G 516.37 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4111;QD=57.3739;RBI=0.122776;REFB=0;REVB=0.10452;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00320396;OID=.;OPOS=55863381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:22:14:0:0 chr12 55886294 . G A 379.51 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018566;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.587;QD=56.2243;RBI=0.0764293;REFB=0;REVB=-0.0741401;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374095;OID=.;OPOS=55886294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr12 55886486 . G GA 427.86 PASS AF=1;AO=7;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.6989;QD=41.7425;RBI=0.0656503;REFB=-0.0482076;REVB=-0.00666907;RO=34;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199094;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00956956;OID=.;OPOS=55886487;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:41:41:41:0:17:24:0:0:6:34:2:5:15:19 chr12 55886489 . T A 476.4 PASS AF=0.857143;AO=34;DP=42;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.167783;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.1032;QD=45.3709;RBI=0.192247;REFB=-0.245191;REVB=0.0938481;RO=8;SAF=15;SAR=19;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237602;STB=0.543976;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.042442;OID=.;OPOS=55886489;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:8:6:34:36:0.857143:19:15:3:5:19:17:1:5 chr12 55945119 . A G 869.71 PASS AF=1;AO=53;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.669;QD=57.9807;RBI=0.0578724;REFB=0;REVB=0.0311173;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169295;OID=.;OPOS=55945119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:53:60:1:31:22:0:0:31:29:0:0 chr12 56031257 . C CG 31.85 PASS AF=0.153846;AO=9;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0132183;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=44.0969;QD=2.45019;RBI=0.042353;REFB=-0.017491;REVB=0.0402374;RO=43;SAF=8;SAR=1;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.66697;STB=0.91719;STBP=0.037;TYPE=ins;VARB=0.107174;OID=.;OPOS=56031258;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846:9:52:8:52:44:7:1:13:31:31:43:8:1:12:31 chr12 56031611 . A G 31.92 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00885417;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4687;QD=10.6391;RBI=0.0128399;REFB=-0.0352353;REVB=0.00929873;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0472505;OID=.;OPOS=56031611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:4:3:2:3:4:3 chr12 56089357 . C T 1298.23 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0870485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.416;QD=61.8204;RBI=0.0891243;REFB=0;REVB=0.0191232;RO=1;SAF=28;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166127;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134433;OID=.;OPOS=56089357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:1:0:83:84:1:55:28:1:0:55:29:0:0 chr12 56233518 . G A 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00347041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3194;QD=12.1814;RBI=0.0195769;REFB=-0.00288492;REVB=-0.0192668;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26404;STB=0.655949;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00315402;OID=.;OPOS=56233518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:5:10:4:6:5:10 chr12 56236531 . A G 2102.22 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.174;QD=62.7529;RBI=0.088851;REFB=0;REVB=0.0875838;RO=0;SAF=103;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190261;OID=.;OPOS=56236531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:134:0:0:130:134:1:27:103:0:0:28:106:0:0 chr12 56295734 . A G 207.08 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.329;QD=48.724;RBI=0.0548595;REFB=0;REVB=0.050305;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017454;OID=.;OPOS=56295734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:9:6:0:0:10:7:0:0 chr12 56330572 . G A 344.25 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=-0.00261868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.403;QD=14.051;RBI=0.0237273;REFB=-0.0219894;REVB=0.0235824;RO=60;SAF=13;SAR=25;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513585;STB=0.529147;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0429274;OID=.;OPOS=56330572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:25:13:18:42:25:13:18:42 chr12 56335107 . A G 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.019922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.524;QD=12.0207;RBI=0.0215664;REFB=-0.00825925;REVB=-0.00825985;RO=25;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226397;STB=0.634719;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0166437;OID=.;OPOS=56335107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:4:10:13:12:4:10:13:12 chr12 56347206 . C T 285.35 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0145559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9611;QD=18.1175;RBI=0.0146971;REFB=-0.00021663;REVB=0.0020322;RO=32;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012962;STB=0.507242;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.000145984;OID=.;OPOS=56347206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:17:14:14:18:17:14:14:18 chr12 56348028 . G A 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0177462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.161;QD=15.4094;RBI=0.0237113;REFB=0.00158032;REVB=-0.0157257;RO=33;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156282;STB=0.595598;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00267556;OID=.;OPOS=56348028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:34:27:27:0.442623:15:12:20:13:15:12:21:13 chr12 56398454 . G C 1044.05 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0269;QD=59.6599;RBI=0.0362841;REFB=0;REVB=-0.0062146;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031047;OID=.;OPOS=56398454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:34:35:0:0:35:35:0:0 chr12 56420725 . TG GT,T 240.71 PASS AF=0,0.826087;AO=2,14;DP=46;FAO=0,38;FDP=46;FR=.;FRO=8;FSAF=0,20;FSAR=0,18;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0215963,0.171094;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=112.324,10.1665;QD=20.9309;RBI=0.0477729,0.245704;REFB=-0.0297596,-0.188172;REVB=-0.0426128,0.176345;RO=18;SAF=2,11;SAR=0,3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.521726,0.319221;STB=0.5,0.517232;STBP=1,0.658;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.122252;OID=.,.;OPOS=56420725,56420726;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:46:46:18:8:2,14:0,38:0,0.826087:0,3:2,11:9:9:0,18:0,20:5:3 chr12 56435929 . C G 556.18 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3056;QD=60.1273;RBI=0.0675367;REFB=0;REVB=0.0258098;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000977662;OID=.;OPOS=56435929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr12 56647911 . G C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2736;QD=62.3491;RBI=0.0627952;REFB=0;REVB=0.0509387;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203535;OID=.;OPOS=56647911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr12 56649601 . A G 2385.38 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.406;QD=61.1636;RBI=0.0761871;REFB=0;REVB=0.0516326;RO=0;SAF=68;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15141e-05;OID=.;OPOS=56649601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:156:0:0:151:156:1:83:68:0:0:86:70:0:0 chr12 56663299 . GCC GC,G,TAG 636.06 PASS AF=0.626866,0.179104,0.19403;AO=20,10,8;DP=67;FAO=42,12,13;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41,2,0;FSAR=1,10,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.516194,0.26341,0.119874;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=1,2,3;MLLD=12.3613,17.8394,124.235;QD=37.9739;RBI=0.524625,0.267886,0.130734;REFB=0,0,0;REVB=0.0936731,0.0487624,0.052168;RO=22;SAF=20,0,0;SAR=0,10,8;SRF=22;SRR=0;SSEN=0.551402,0.551402,0;SSEP=0.483906,0.483906,0;SSSB=0,-0.877355,-0.874996;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.0408847,0.0556807,0.0947923;OID=.,.,.;OPOS=56663300,56663300,56663299;OREF=C,CC,GCC;OALT=-,-,TAG;OMAPALT=GC,G,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:82:67:67:22:0:20,10,8:42,12,13:0.626866,0.179104,0.19403:0,10,8:20,0,0:22:0:1,10,13:41,2,0:0:0 chr12 56711371 . C T 1792.56 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0119079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.722;QD=59.2583;RBI=0.0121646;REFB=-0.10442;REVB=0.00248616;RO=1;SAF=46;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102134;STB=0.501975;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=5.96253e-06;OID=.;OPOS=56711371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:1:2:119:119:0.983471:73:46:1:0:73:46:1:1 chr12 56722060 . T G 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1973;QD=61.2123;RBI=0.057434;REFB=0;REVB=0.0547087;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433464;OID=.;OPOS=56722060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr12 56755422 . C T 221.89 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0232868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.573;QD=18.491;RBI=0.0300468;REFB=-0.0281855;REVB=0.0189879;RO=26;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707115;STB=0.540217;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0248573;OID=.;OPOS=56755422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:15:7:10:16:15:7:10:16 chr12 56814653 . G A 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0346383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.1664;QD=19.4008;RBI=0.0348778;REFB=-0.0232067;REVB=-0.00408057;RO=38;SAF=27;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158915;STB=0.588736;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0418423;OID=.;OPOS=56814653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:11:27:21:17:11:27:21:17 chr12 56815922 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0193039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.305;QD=15.6263;RBI=0.0222243;REFB=-0.00758246;REVB=0.0110126;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681024;STB=0.53913;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0155867;OID=.;OPOS=56815922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:16:11:9:10:16:11 chr12 56822378 . T A 86.64 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0126315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.261;QD=14.4396;RBI=0.121006;REFB=-0.0337199;REVB=0.120345;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293955;STB=0.692551;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0561864;OID=.;OPOS=56822378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:24:24:12:13:11:11:0.458333:8:3:7:5:8:3:8:5 chr12 56825311 . C T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0156849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5469;QD=15.5713;RBI=0.0397875;REFB=-0.0354313;REVB=-0.0365654;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190272;STB=0.60957;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0370165;OID=.;OPOS=56825311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:3:9:6:5:3:9 chr12 56827694 . C G 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.05531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7754;QD=25.2871;RBI=0.0565954;REFB=0.0144273;REVB=0.0119933;RO=9;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356494;STB=0.519974;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00595242;OID=.;OPOS=56827694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:3:13:7:2:3:13:7:2 chr12 56862886 . T C 587.82 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00186386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.926;QD=60.2893;RBI=0.00431103;REFB=0;REVB=0.00388729;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.99721e-05;OID=.;OPOS=56862886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:23:16:0:0 chr12 56956213 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.262;QD=63.5824;RBI=0.0190744;REFB=0;REVB=0.0137756;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142516;OID=.;OPOS=56956213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr12 56989729 . GTT G,GT 186.88 PASS AF=0,1;AO=7,21;DP=31;FAO=0,32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0958636,-0.186815;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=9.36021,8.6005;QD=23.3601;RBI=0.112923,0.218686;REFB=0.0467667,0.0489419;REVB=-0.0596811,-0.113682;RO=2;SAF=2,11;SAR=5,10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0955799,0.0038199;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0127216;OID=.,.;OPOS=56989730,56989730;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:7,21:31:0,32:32:0:0,15:0,17:0:0:3:2:2,11:5,10:1:1 chr12 56991062 . T C 260.07 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00808039;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.179;QD=23.1169;RBI=0.0165383;REFB=-0.0113821;REVB=0.0144299;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980626;STB=0.514007;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0108549;OID=.;OPOS=56991062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:18:21:24:24:0.533333:13:11:6:12:13:11:9:12 chr12 57106660 . A T 764.61 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.005;QD=63.7171;RBI=0.026724;REFB=0;REVB=-0.0240624;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188785;OID=.;OPOS=57106660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr12 57108203 . A G 1066.0 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0354361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.899;QD=58.4112;RBI=0.0366659;REFB=-0.00387844;REVB=-0.00941662;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137071;STB=0.507244;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000128513;OID=.;OPOS=57108203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:34:38:0:1:34:38:0:1 chr12 57109792 . A G 358.46 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.089;QD=55.1482;RBI=0.030625;REFB=0;REVB=-0.0206562;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32218e-05;OID=.;OPOS=57109792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:12:14:0:0 chr12 57109931 . A T 248.07 PASS AF=1;AO=14;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.714;QD=49.6149;RBI=0.111189;REFB=0;REVB=0.0977801;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682989;OID=.;OPOS=57109931;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:14:20:1:1:13:0:0:5:15:0:0 chr12 57109932 . G T 36.63 PASS AF=0.3;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.016371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.3011;QD=7.32523;RBI=0.0572065;REFB=-0.0501637;REVB=0.054814;RO=14;SAF=1;SAR=4;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.699375;STB=0.856376;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0111777;OID=.;OPOS=57109932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:20:14:14:5:6:0.3:4:1:13:1:4:2:13:1 chr12 57112637 . G A 57.14 PASS AF=0.875;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.354;QD=28.5685;RBI=0.0853548;REFB=-0.0376326;REVB=0.0836521;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00296372;OID=.;OPOS=57112637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:8:1:1:6:7:0.875:1:5:1:0:1:6:1:0 chr12 57113876 . G T 369.74 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00731854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.395;QD=22.4082;RBI=0.061234;REFB=-0.025823;REVB=-0.0607951;RO=27;SAF=16;SAR=21;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00936804;STB=0.507074;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0174409;OID=.;OPOS=57113876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:29:37:37:0.560606:21:16:12:15:21:16:13:16 chr12 57114100 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691958;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.598;QD=56.1916;RBI=0.00710953;REFB=0;REVB=0.00163243;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48131e-05;OID=.;OPOS=57114100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr12 57114307 . A T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.877;QD=53.277;RBI=0.0172116;REFB=0;REVB=0.00914374;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119143;OID=.;OPOS=57114307;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr12 57133140 . T G 482.78 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2055;QD=58.5186;RBI=0.0340245;REFB=0;REVB=0.028629;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750808;OID=.;OPOS=57133140;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr12 57137828 . T A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.115;QD=60.9786;RBI=0.0362225;REFB=0;REVB=0.0336059;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36251e-05;OID=.;OPOS=57137828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr12 57255195 . T C 321.13 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00602097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7012;QD=16.2597;RBI=0.0348652;REFB=-0.021919;REVB=0.0343414;RO=42;SAF=14;SAR=21;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189213;STB=0.606;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0219967;OID=.;OPOS=57255195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:44:35:35:0.443038:21:14:25:17:21:14:26:18 chr12 57422936 . A G 293.27 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0328128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1661;QD=23.0015;RBI=0.0384872;REFB=-0.000587845;REVB=-0.0201144;RO=22;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488142;STB=0.527008;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.000208765;OID=.;OPOS=57422936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:14:15:10:12:14:15:10:12 chr12 57489648 . C T 175.21 PASS AF=0.27907;AO=24;DP=86;FAO=24;FDP=86;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.015401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8571;QD=8.14937;RBI=0.0642151;REFB=-0.0157536;REVB=-0.0623409;RO=62;SAF=11;SAR=13;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165842;STB=0.598768;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0561457;OID=.;OPOS=57489648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:62:62:24:24:0.27907:13:11:37:25:13:11:37:25 chr12 57539113 . G A 255.1 PASS AF=0.4;AO=29;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.00453341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.71;QD=13.6051;RBI=0.0578725;REFB=-0.0242855;REVB=0.0576947;RO=45;SAF=8;SAR=21;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732988;STB=0.548773;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0458547;OID=.;OPOS=57539113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:29:30:0.4:21:8:15:30:22:8:15:30 chr12 57585144 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.547;QD=53.9108;RBI=0.0216957;REFB=0;REVB=0.0125589;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117633;OID=.;OPOS=57585144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr12 57589784 . A C 455.36 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5432;QD=56.9201;RBI=0.0644203;REFB=0;REVB=0.017375;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321345;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00535037;OID=.;OPOS=57589784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:1:0:30:32:1:14:16:0:1:16:16:0:0 chr12 57590869 . T C 2372.48 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.204;QD=63.6906;RBI=0.0154393;REFB=0;REVB=-0.00629508;RO=0;SAF=56;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93662e-06;OID=.;OPOS=57590869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:149:0:0:147:149:1:91:56:0:0:93:56:0:0 chr12 57593101 . G A 658.44 PASS AF=0.80303;AO=53;DP=67;FAO=53;FDP=66;FR=.;FRO=13;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=-0.0861159;FXX=0.0294074;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.7491;QD=39.9052;RBI=0.0864461;REFB=-0.0193985;REVB=-0.0075491;RO=8;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155999;STB=0.622595;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00389453;OID=.;OPOS=57593101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:67:66:8:13:53:53:0.80303:20:33:0:8:20:33:0:13 chr12 57593102 . G A 30.28 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0609327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9474;QD=1.70608;RBI=0.0610552;REFB=-0.0332528;REVB=0.0038652;RO=61;SAF=1;SAR=6;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45889;STB=0.845456;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0731537;OID=.;OPOS=57593102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:61:64:7:7:0.0985915:6:1:33:28:6:1:33:31 chr12 57637593 . G A 304.01 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00847506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.388;QD=14.8299;RBI=0.00996376;REFB=-0.0190619;REVB=0.00523927;RO=45;SAF=11;SAR=23;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108422;STB=0.572273;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0308418;OID=.;OPOS=57637593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:48:34:34:0.414634:23:11:19:26:23:11:21:27 chr12 57649840 . C T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00987669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.674;QD=13.0887;RBI=0.0130829;REFB=-0.0167227;REVB=0.00857987;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257591;STB=0.504419;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0265751;OID=.;OPOS=57649840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:7:9:14:12:7:9:15:12 chr12 57848708 . C G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0247093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7718;QD=15.1717;RBI=0.0278162;REFB=0.0118084;REVB=-0.0127748;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281822;STB=0.660844;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.018531;OID=.;OPOS=57848708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:18:6:9:8:18:6 chr12 57859431 . G A 168.66 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0272399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4901;QD=16.0631;RBI=0.0287248;REFB=0.00880461;REVB=-0.00911602;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199228;STB=0.615249;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.0110698;OID=.;OPOS=57859431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:5:13:13:11:5:13:13:11 chr12 57865321 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.000253823;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=307.03;QD=16.7281;RBI=0.00418317;REFB=0.000549441;REVB=-0.00417546;RO=16;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335724;STB=0.664884;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.000436976;OID=.;OPOS=57865321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:19:16:16:0.457143:13:3:8:8:13:3:8:11 chr12 57865821 . G C 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0283706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.309;QD=14.7659;RBI=0.0285994;REFB=0.0111572;REVB=0.00361026;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173804;STB=0.588408;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00761059;OID=.;OPOS=57865821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:13:12:21:11:13:12:21:12 chr12 57869582 . T C 74.18 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.036491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4322;QD=10.2322;RBI=0.0374974;REFB=-0.00706706;REVB=-0.00862919;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55871;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0116579;OID=.;OPOS=57869582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:18:19:9:10:0.344828:6:3:6:12:6:4:6:13 chr12 57870155 . A C 214.41 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0194285;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.84;QD=10.5883;RBI=0.0319039;REFB=-0.026484;REVB=-0.025306;RO=54;SAF=19;SAR=8;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963832;STB=0.556442;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.044151;OID=.;OPOS=57870155;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:54:54:27:27:0.333333:8:19:34:20:8:19:34:20 chr12 57871555 . A G 163.13 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700341;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.817;QD=46.6082;RBI=0.0700827;REFB=0;REVB=0.00261092;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117363;OID=.;OPOS=57871555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:12:14:1:8:4:0:0:9:5:0:0 chr12 57919584 . TC CT 58.92 PASS AF=0.25;AO=3;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=26;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=24.3021;QD=6.54628;RBI=0.0340261;REFB=-0.0369007;REVB=0.0340261;RO=20;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.102802;OID=.;OPOS=57919584;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:36:36:20:26:3:9:0.25:3:0:0:20:9:0:0:26 chr12 57977003 . C T 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.0241666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.772;QD=17.4897;RBI=0.0241715;REFB=-0.00669582;REVB=0.000486525;RO=30;SAF=11;SAR=17;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196931;STB=0.609388;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00987944;OID=.;OPOS=57977003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:17:11:6:24:17:11:6:24 chr12 57977040 . C A 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0200279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.354;QD=21.2645;RBI=0.0254945;REFB=-0.0222343;REVB=-0.0157751;RO=18;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994096;STB=0.555503;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.027392;OID=.;OPOS=57977040;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:15:5:3:15:15:5:3:15 chr12 57994743 . T G 1549.12 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7979;QD=63.8812;RBI=0.0481249;REFB=0;REVB=-0.0284516;RO=0;SAF=34;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.76468e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00038682;OID=.;OPOS=57994743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:63:34:0:0:63:34:0:0 chr12 57995089 . T C 344.82 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00965253;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.803;QD=55.1718;RBI=0.0333748;REFB=0;REVB=0.0319485;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240368;OID=.;OPOS=57995089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr12 58002599 . C T 147.75 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0120075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4925;QD=17.382;RBI=0.106458;REFB=-0.0119056;REVB=0.105778;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11279;STB=0.538413;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0150848;OID=.;OPOS=58002599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:5:10:10:8:6:10:10:8 chr12 58010163 . A G 460.4 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0113203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.622;QD=21.1678;RBI=0.0323739;REFB=-0.0105704;REVB=-0.0303302;RO=42;SAF=29;SAR=16;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067935;STB=0.537606;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0105675;OID=.;OPOS=58010163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:16:29:24:18:16:29:24:18 chr12 58015494 . G A 195.25 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0297832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7666;QD=17.7504;RBI=0.0555999;REFB=-0.0102716;REVB=0.0469501;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149279;STB=0.585221;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.011577;OID=.;OPOS=58015494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:7:13:12:12:7:13:12:12 chr12 58017701 . T G 306.6 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00702375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.731;QD=22.7113;RBI=0.0770141;REFB=-0.0190709;REVB=-0.0766931;RO=23;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223003;STB=0.512307;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0157658;OID=.;OPOS=58017701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:13:18:14:9:13:18:14:9 chr12 58019472 . T G 410.82 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0983758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7131;QD=56.6655;RBI=0.145234;REFB=0;REVB=-0.106841;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00417744;OID=.;OPOS=58019472;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr12 58026001 . G A 178.97 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00668019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2782;QD=23.8623;RBI=0.00812693;REFB=-0.0539038;REVB=-0.0046284;RO=12;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652509;STB=0.536544;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0393323;OID=.;OPOS=58026001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:12:6:5:7:12:6:5:7 chr12 58112189 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.104;QD=58.1421;RBI=0.0195066;REFB=0;REVB=-0.00473197;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16157e-05;OID=.;OPOS=58112189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr12 58126234 . C A 399.01 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00102445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.939;QD=18.3453;RBI=0.00598573;REFB=-0.0208709;REVB=-0.00589741;RO=45;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863478;STB=0.542276;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0241303;OID=.;OPOS=58126234;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:45:46:41:41:0.471264:22:19:25:20:22:19:25:21 chr12 58143016 . T G 270.92 PASS AF=0.527273;AO=27;DP=52;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00378237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.946;QD=19.7032;RBI=0.0562649;REFB=-0.0220756;REVB=-0.0561376;RO=24;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113213;STB=0.55882;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0289051;OID=.;OPOS=58143016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:24:26:27:29:0.527273:17:10:12:12:18:11:13:13 chr12 58166886 . C CG,G 36.7 PASS AF=0.2,0;AO=8,2;DP=51;FAO=9,0;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=2,0;FSAR=7,0;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.113081,-0.0263916;FXX=0.117624;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=16.7253,75.6529;QD=3.26233;RBI=0.113082,0.0631322;REFB=-0.0487366,-0.00168292;REVB=-0.0004241,-0.0573512;RO=40;SAF=3,0;SAR=5,2;SRF=27;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.354233,-0.508971;STB=0.863191,0.5;STBP=0.022,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0420419,0;OID=.,.;OPOS=58166887,58166886;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:51:45:40:36:8,2:9,0:0.2,0:5,2:3,0:27:13:7,0:2,0:27:9 chr12 58174306 . T C 262.74 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0124055;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.989;QD=19.4619;RBI=0.0295813;REFB=0.000742462;REVB=0.0268544;RO=26;SAF=11;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00746711;STB=0.504164;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0015666;OID=.;OPOS=58174306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:54:26:26:28:28:0.518519:17:11:10:16:17:11:10:16 chr12 58176614 . T C 236.71 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0776106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9865;QD=26.3007;RBI=0.117313;REFB=0.027378;REVB=-0.0879716;RO=14;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649535;STB=0.536049;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.0228975;OID=.;OPOS=58176614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:9:13:7:7:9:13:7:7 chr12 58177437 . C T 30.09 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0658973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0173;QD=10.031;RBI=0.0659742;REFB=-0.00480267;REVB=0.00318324;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00546552;OID=.;OPOS=58177437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:4:3:3:2:4:3 chr12 58204283 . T C 965.6 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451494;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.1313;QD=58.5212;RBI=0.0461484;REFB=0;REVB=0.00955053;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135326;OID=.;OPOS=58204283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr12 58220809 . G C 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0373795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.703;QD=2.43216;RBI=0.0405418;REFB=-0.00160468;REVB=-0.0156974;RO=52;SAF=1;SAR=6;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528711;STB=0.882933;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00544281;OID=.;OPOS=58220809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:52:52:7:7:0.118644:6:1:32:20:6:1:32:20 chr12 58220816 . A G 37.4 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0283095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.026;QD=2.67154;RBI=0.0292875;REFB=-0.00369891;REVB=0.00750499;RO=49;SAF=1;SAR=6;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514691;STB=0.872777;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0251318;OID=.;OPOS=58220816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:49:49:7:7:0.125:6:1:29:20:6:1:29:20 chr12 58220823 . C T 38.41 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0186237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.274;QD=2.84554;RBI=0.0222958;REFB=0.00147528;REVB=0.0122581;RO=47;SAF=1;SAR=6;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.536495;STB=0.881355;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0239566;OID=.;OPOS=58220823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:6:1:29:18:6:1:29:18 chr12 58220841 . C T 39.48 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00707364;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.823;QD=3.03714;RBI=0.0407202;REFB=-0.00584341;REVB=-0.0401011;RO=45;SAF=2;SAR=5;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318238;STB=0.744009;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0206122;OID=.;OPOS=58220841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:53:52:45:45:7:7:0.134615:5:2:25:20:5:2:26:19 chr12 58220844 . C T 38.89 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0580552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6201;QD=2.93543;RBI=0.0584973;REFB=-0.000811786;REVB=0.00717819;RO=46;SAF=2;SAR=5;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327578;STB=0.736185;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00957849;OID=.;OPOS=58220844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:46:46:7:7:0.132075:5:2:26:20:5:2:26:20 chr12 58335515 . GGC G,GG,GGG 295.7 PASS AF=0,1,0;AO=9,17,2;DP=37;FAO=0,32,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27,0;FSAR=0,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410291,0.237459,0.270041;FXX=0.0588062;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=8.73013,11.6964,4.90574;QD=36.9624;RBI=0.250996,0.285047,0.502397;REFB=0,0,0;REVB=-0.24762,0.157687,0.423651;RO=6;SAF=5,16,2;SAR=4,1,0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0.594203,0,0;SSEP=0,0.509542,0;SSSB=-0.331835,-0.144697,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0160031,0;OID=.,.,.;OPOS=58335516,58335517,58335517;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:9,17,2:37:0,32,0:32:0:0,27,0:0,5,0:0:0:3:6:5,16,2:4,1,0:6:0 chr12 58335626 . A T 413.7 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.00887118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.423;QD=16.384;RBI=0.0239121;REFB=-0.0162098;REVB=0.0222057;RO=56;SAF=28;SAR=17;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604477;STB=0.533763;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0173873;OID=.;OPOS=58335626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:17:28:38:18:17:28:38:18 chr12 58350631 . C T 431.0 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0312529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8646;QD=17.5918;RBI=0.0313772;REFB=-0.0169844;REVB=-0.00278991;RO=53;SAF=21;SAR=23;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611058;STB=0.538695;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0153911;OID=.;OPOS=58350631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:54:44:44:0.44898:23:21:22:31:23:21:22:32 chr12 59206383 . C T 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0353265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.536;QD=16.4259;RBI=0.0424119;REFB=-0.0110174;REVB=0.0234692;RO=11;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216984;STB=0.627647;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0131559;OID=.;OPOS=59206383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:9:2:4:7:9:2:4:7 chr12 59270333 . C T 356.38 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00860421;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.928;QD=21.5987;RBI=0.0124646;REFB=-0.0104196;REVB=0.00901853;RO=30;SAF=22;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148025;STB=0.581865;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00554896;OID=.;OPOS=59270333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:30:30:36:36:0.545455:14:22:13:17:14:22:13:17 chr12 59279660 . A T 151.25 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00934731;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.594;QD=11.2038;RBI=0.0203305;REFB=-0.013248;REVB=-0.0180543;RO=35;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00357174;STB=0.50209;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00841744;OID=.;OPOS=59279660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:35:35:19:19:0.351852:12:7:13:22:12:7:13:22 chr12 59980579 . T A 133.82 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0259683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.816;QD=25.4898;RBI=0.0262936;REFB=-0.022982;REVB=-0.0041227;RO=6;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131226;STB=0.555473;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0114413;OID=.;OPOS=59980579;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:6:7:14:14:0.666667:10:4:3:3:10:4:3:4 chr12 60127590 . A T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00466975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.011;QD=16.417;RBI=0.00504092;REFB=-0.0123715;REVB=-0.00189849;RO=16;SAF=2;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37288;STB=0.71963;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.011446;OID=.;OPOS=60127590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:12:2:7:9:12:2:7:9 chr12 60169112 . T G 737.05 PASS AF=0.638655;AO=32;DP=129;FAO=76;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0534801;FXX=0.0775134;HRUN=6;LEN=1;MLLD=89.1312;QD=24.7748;RBI=0.0546666;REFB=-0.0753277;REVB=0.0113275;RO=21;SAF=6;SAR=26;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00350843;STB=0.565476;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.122546;OID=.;OPOS=60169112;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:119:21:43:32:76:0.638655:26:6:4:17:29:47:19:24 chr12 62104219 . A C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00670335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9307;QD=17.8401;RBI=0.0815239;REFB=-0.0133659;REVB=0.0812479;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629108;STB=0.536031;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0171984;OID=.;OPOS=62104219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:7:7:8:6:7:7 chr12 62114671 . T C 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00763981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0405;QD=11.5635;RBI=0.0683087;REFB=0.0169338;REVB=0.0678801;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13133;STB=0.577877;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0303633;OID=.;OPOS=62114671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:9:6:15:14:9:6:15:14 chr12 63083521 . G A 249.97 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0381964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.308;QD=12.0465;RBI=0.0386714;REFB=-0.0174329;REVB=-0.00604271;RO=53;SAF=12;SAR=18;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810871;STB=0.546767;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0243468;OID=.;OPOS=63083521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:18:12:25:28:18:12:25:28 chr12 63359549 . ACTGCTG A,ACTG 241.54 PASS AF=0.473684,0.526316;AO=7,7;DP=19;FAO=9,10;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=4,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136324,0.00237302;FXX=0.0951928;HRUN=1,1;LEN=6,3;MLLD=169.134,82.3785;QD=50.8509;RBI=0.0140496,0.0422376;REFB=0,0;REVB=0.00339799,0.0421709;RO=0;SAF=5,1;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0373759,-0.00770015;OID=.,.;OPOS=63359550,63359550;OREF=CTGCTG,CTG;OALT=-,-;OMAPALT=A,ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.473684,0.526316:7,7:19:9,10:19:0:5,2:4,8:0:0:72:0:5,1:2,6:0:0 chr12 63544209 . A G 359.68 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.032409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.041;QD=13.8338;RBI=0.0358686;REFB=-0.00661303;REVB=-0.0153693;RO=61;SAF=21;SAR=21;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00858575;STB=0.509611;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0161819;OID=.;OPOS=63544209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:61:62:42:42:0.403846:21:21:31:30:21:21:32:30 chr12 63954300 . C T 397.1 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0122665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.566;QD=14.1821;RBI=0.0168462;REFB=-0.0117472;REVB=-0.0115468;RO=66;SAF=22;SAR=24;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407741;STB=0.522983;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0158407;OID=.;OPOS=63954300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:46:46:0.410714:24:22:29:37:24:22:29:37 chr12 63954304 . T C 406.49 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0154362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.94;QD=14.1388;RBI=0.029673;REFB=-0.0092004;REVB=-0.0253419;RO=66;SAF=23;SAR=24;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677176;STB=0.537248;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0148025;OID=.;OPOS=63954304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:66:68:47:47:0.408696:24:23:28:38:24:23:29:39 chr12 64062023 . A C 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.061763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.868;QD=14.6164;RBI=0.0617654;REFB=-0.00128249;REVB=0.000542579;RO=37;SAF=11;SAR=17;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196758;STB=0.598044;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00186571;OID=.;OPOS=64062023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:38:28:28:0.424242:17:11:8:29:17:11:9:29 chr12 64062052 . G A 339.11 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=-0.0216077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.972;QD=17.848;RBI=0.0217303;REFB=-0.0173999;REVB=-0.00230467;RO=37;SAF=15;SAR=21;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168381;STB=0.607422;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0213199;OID=.;OPOS=64062052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:40:36:36:0.473684:21:15:9:28:21:15:9:31 chr12 64062065 . T C 349.83 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.0132959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.27;QD=17.713;RBI=0.0338044;REFB=-0.0193922;REVB=-0.0310799;RO=40;SAF=17;SAR=20;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176528;STB=0.594357;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0171113;OID=.;OPOS=64062065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:40:42:37:37:0.468354:20:17:11:29:20:17:12:30 chr12 64173807 . G A 577.19 PASS AF=0.553398;AO=57;DP=105;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00961621;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.327;QD=22.4152;RBI=0.012551;REFB=-0.0574244;REVB=-0.00806579;RO=46;SAF=25;SAR=32;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120736;STB=0.566156;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0575551;OID=.;OPOS=64173807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:46:46:57:57:0.553398:32:25:27:19:32:25:27:19 chr12 64472803 . A T 1493.22 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4757;QD=58.5578;RBI=0.017932;REFB=-0.130341;REVB=0.00145462;RO=0;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00201757;OID=.;OPOS=64472803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:0:1:101:101:0.990196:43:58:0:0:43:58:0:1 chr12 64485153 . G A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0356165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.638;QD=16.2712;RBI=0.0369675;REFB=0.00581623;REVB=0.00990281;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124769;STB=0.571338;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0128863;OID=.;OPOS=64485153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:5:13:9:6:5:13 chr12 64519806 . T C 1590.08 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.73;QD=60.0032;RBI=0.0234212;REFB=0;REVB=0.0233991;RO=0;SAF=70;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21512e-05;OID=.;OPOS=64519806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:35:70:0:0:36:70:0:0 chr12 64587633 . C A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.126;QD=58.5876;RBI=0.00490479;REFB=0;REVB=-0.00468598;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.62109e-06;OID=.;OPOS=64587633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr12 64609499 . G T 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00169442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.375;QD=18.6371;RBI=0.00183886;REFB=-0.0219426;REVB=0.000714378;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199849;STB=0.624853;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0229623;OID=.;OPOS=64609499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:8:8:4:11:8:8:4:12 chr12 64609562 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.524;QD=60.9782;RBI=0.0508768;REFB=0;REVB=0.0433064;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021933;OID=.;OPOS=64609562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr12 64669090 . C A 652.13 PASS AF=0.375;AO=78;DP=208;FAO=78;FDP=208;FR=.;FRO=130;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=55;FSRR=75;FWDB=-0.0388436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5707;QD=12.5409;RBI=0.0725832;REFB=0.0182456;REVB=-0.0613147;RO=128;SAF=40;SAR=38;SRF=53;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108436;STB=0.555951;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0291854;OID=.;OPOS=64669090;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:128:130:78:78:0.375:38:40:53:75:38:40:55:75 chr12 64671466 . G A 855.89 PASS AF=0.524691;AO=85;DP=164;FAO=85;FDP=162;FR=.;FRO=77;FSAF=59;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=-0.0224982;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.326;QD=21.1331;RBI=0.0429218;REFB=-0.0295821;REVB=0.0365528;RO=76;SAF=59;SAR=26;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616612;STB=0.531524;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0212921;OID=.;OPOS=64671466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:162:76:77:85:85:0.524691:26:59:48:28:26:59:49:28 chr12 64712511 . A G 693.45 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292282;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.638;QD=63.0405;RBI=0.0292287;REFB=0;REVB=-0.000179031;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59402e-05;OID=.;OPOS=64712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr12 64749600 . A G 167.29 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0215171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.579;QD=11.7395;RBI=0.0291893;REFB=-0.00620042;REVB=0.0197238;RO=35;SAF=7;SAR=14;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259426;STB=0.642719;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00725601;OID=.;OPOS=64749600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:36:21:21:0.368421:14:7:20:15:14:7:20:16 chr12 64838922 . G T 376.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0982968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.232;QD=55.7241;RBI=0.0990226;REFB=0;REVB=0.0119673;RO=0;SAF=1;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186351;OID=.;OPOS=64838922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:25:1:0:0:25:2:0:0 chr12 64875787 . T A 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.978;QD=63.2836;RBI=0.0202359;REFB=0;REVB=0.0141744;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.97103e-07;OID=.;OPOS=64875787;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr12 64895830 . GTATA GTA,GTAT 536.45 PASS AF=0.972222,0.0277778;AO=31,4;DP=36;FAO=35,1;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126661,0.0120084;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=311.593,292.007;QD=59.606;RBI=0.0586099,0.0342126;REFB=0,0;REVB=0.0572249,-0.0320359;RO=0;SAF=30,1;SAR=1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.000257935,-0.00722045;OID=.,.;OPOS=64895831,64895834;OREF=TA,A;OALT=-,-;OMAPALT=GTA,GTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.972222,0.0277778:31,4:36:35,1:36:0:31,0:4,1:0:0:5:0:30,1:1,3:0:0 chr12 65108160 . G C 829.44 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113752;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.953;QD=57.2024;RBI=0.0135718;REFB=0;REVB=0.00740252;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181426;OID=.;OPOS=65108160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:32:25:0:0:32:26:0:0 chr12 65146532 . C T 425.24 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0589231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.674;QD=18.8995;RBI=0.0631495;REFB=-0.0161709;REVB=-0.0227139;RO=47;SAF=18;SAR=25;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472183;STB=0.526303;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0112884;OID=.;OPOS=65146532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:25:18:22:25:25:18:22:25 chr12 65150485 . C T 176.74 PASS AF=0.343284;AO=27;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0119106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3665;QD=10.5514;RBI=0.0197056;REFB=0.0108734;REVB=-0.0156987;RO=39;SAF=18;SAR=9;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140861;STB=0.720824;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0173226;OID=.;OPOS=65150485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:44:27:23:0.343284:9:18:21:18:5:18:21:23 chr12 65154730 . C G 327.61 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0312116;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2209;QD=20.1604;RBI=0.0322331;REFB=-0.000676189;REVB=-0.00805026;RO=31;SAF=13;SAR=21;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117722;STB=0.565421;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000463861;OID=.;OPOS=65154730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:31:31:34:34:0.523077:21:13:16:15:21:13:16:15 chr12 65514266 . T C 786.24 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0497312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7118;QD=50.7254;RBI=0.0759058;REFB=-0.188174;REVB=0.0573455;RO=4;SAF=27;SAR=31;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649129;STB=0.534471;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0113763;OID=.;OPOS=65514266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:62:62:4:4:58:58:0.935484:31:27:4:0:31:27:4:0 chr12 65563712 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0142324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0726;QD=19.1326;RBI=0.0542933;REFB=-0.095639;REVB=-0.0523946;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0347954;OID=.;OPOS=65563712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:1:1:2:3:1:1 chr12 65641985 . C T 562.78 PASS AF=0.437956;AO=60;DP=137;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.0423969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0835;QD=16.4314;RBI=0.0424604;REFB=0.0069785;REVB=0.00232093;RO=76;SAF=35;SAR=25;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447504;STB=0.52911;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.0076452;OID=.;OPOS=65641985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:76:77:60:60:0.437956:25:35:41:35:25:35:41:36 chr12 66358347 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6659;QD=58.4196;RBI=0.0500044;REFB=0;REVB=-0.0173033;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000395942;OID=.;OPOS=66358347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr12 66359752 . C A 754.72 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.004;QD=56.9598;RBI=0.0262818;REFB=0;REVB=0.0195796;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115781;OID=.;OPOS=66359752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:30:22:0:0:30:23:0:0 chr12 66532493 . A G 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0236264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.16;QD=17.588;RBI=0.0241492;REFB=-0.0244829;REVB=0.00499767;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713905;STB=0.551613;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.037164;OID=.;OPOS=66532493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:9:13:14:13:9:13:14:14 chr12 66546100 . A G 203.1 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00654264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.122;QD=21.9568;RBI=0.0170534;REFB=-0.00638394;REVB=0.0157484;RO=16;SAF=15;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276654;STB=0.645997;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00336859;OID=.;OPOS=66546100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:5:15:7:9:5:15:8:9 chr12 66562977 . T C 382.5 PASS AF=0.5;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.000772056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.222;QD=19.6152;RBI=0.0112541;REFB=-0.00359987;REVB=0.0112276;RO=38;SAF=33;SAR=6;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332389;STB=0.696852;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00392927;OID=.;OPOS=66562977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:38:39:39:39:0.5:6:33:22:16:6:33:22:17 chr12 66605228 . A G 168.26 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.010241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.233;QD=16.0243;RBI=0.0521294;REFB=-0.0240383;REVB=-0.0511135;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157028;STB=0.590803;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0324855;OID=.;OPOS=66605228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:5:13:14:10:5:13:14:10 chr12 66686545 . T G 504.87 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0199182;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5682;QD=22.192;RBI=0.0806294;REFB=-0.0384731;REVB=-0.0781304;RO=44;SAF=20;SAR=28;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477247;STB=0.544915;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.03239;OID=.;OPOS=66686545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:44:43:48:48:0.527473:28:20:16:28:28:20:14:29 chr12 66696410 . C T 648.33 PASS AF=0.537815;AO=64;DP=119;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.00700491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.949;QD=21.7927;RBI=0.0331213;REFB=-0.00786955;REVB=-0.0323721;RO=55;SAF=30;SAR=34;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170855;STB=0.59351;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0115095;OID=.;OPOS=66696410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:55:55:64:64:0.537815:34:30:37:18:34:30:37:18 chr12 66698895 . T C 357.59 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.307;QD=55.0133;RBI=0.0635487;REFB=0;REVB=0.0163778;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041238;OID=.;OPOS=66698895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr12 66700273 . G A 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0141688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.865;QD=16.4266;RBI=0.0734412;REFB=-0.0213335;REVB=-0.0720615;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0174013;OID=.;OPOS=66700273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:8:3:3:8:8:3 chr12 66717784 . T A 298.72 PASS AF=0.356436;AO=35;DP=100;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.00144879;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.655;QD=11.8304;RBI=0.0227742;REFB=-0.00628101;REVB=-0.022728;RO=64;SAF=25;SAR=10;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115132;STB=0.579571;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0110855;OID=.;OPOS=66717784;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:64:65:35:36:0.356436:10:25:40:24:10:26:40:25 chr12 66717910 . G T 358.24 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0440206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4;QD=14.622;RBI=0.0477077;REFB=-0.0173865;REVB=-0.0183903;RO=59;SAF=22;SAR=17;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687763;STB=0.538938;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0304433;OID=.;OPOS=66717910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:59:39:39:0.397959:17:22:37:22:17:22:37:22 chr12 66786091 . G C 447.02 PASS AF=1;AO=21;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.379;QD=57.6801;RBI=0.0379404;REFB=0;REVB=0.0240491;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331961;OID=.;OPOS=66786091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:21:31:1:17:4:0:0:17:14:0:0 chr12 67706466 . G A 220.91 PASS AF=0.6;AO=19;DP=34;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0205096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.684;QD=25.2472;RBI=0.0305305;REFB=-0.0312418;REVB=0.0226157;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103608;STB=0.571359;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0168263;OID=.;OPOS=67706466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:14:14:19:21:0.6:12:7:7:7:14:7:7:7 chr12 68045403 . G A 491.43 PASS AF=0.361446;AO=60;DP=167;FAO=60;FDP=166;FR=.;FRO=106;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=0.0144182;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.364;QD=11.8417;RBI=0.0150304;REFB=-0.00537002;REVB=-0.00424621;RO=106;SAF=27;SAR=33;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00320304;STB=0.501824;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0100432;OID=.;OPOS=68045403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:106:106:60:60:0.361446:33:27:48:58:33:27:48:58 chr12 68052178 . G T 622.03 PASS AF=0.877193;AO=49;DP=57;FAO=50;FDP=57;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0130618;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.83;QD=43.6515;RBI=0.0311178;REFB=-0.214688;REVB=0.0282438;RO=5;SAF=28;SAR=21;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651686;STB=0.551316;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.005415;OID=.;OPOS=68052178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:57:57:5:7:49:50:0.877193:21:28:1:4:22:28:1:6 chr12 68054233 . CAAAAAAC CAAAAAAA,CAAAAAC 60.3 PASS AF=0,0.590909;AO=3,11;DP=25;FAO=0,13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=0,11;FSAR=0,2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0443622,-0.0336362;FXX=0.0832986;HRUN=2,6;LEN=1,1;MLLD=31.9697,9.81995;QD=10.9634;RBI=0.178611,0.0876386;REFB=0.107364,-0.116882;REVB=-0.173014,0.0809267;RO=9;SAF=0,10;SAR=3,1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0.44898;SSEP=0,0;SSSB=-0.740238,0.234231;STB=0.5,0.549918;STBP=1,0.723;TYPE=snp,del;VARB=0,0.128881;OID=.,.;OPOS=68054240,68054234;OREF=C,A;OALT=A,-;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.590909:3,11:25:0,13:22:9:0,11:0,2:7:2:39:9:0,10:3,1:7:2 chr12 68595787 . A G 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00289379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.331;QD=14.4904;RBI=0.00514127;REFB=0.0023007;REVB=-0.00424955;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798895;STB=0.546052;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00441525;OID=.;OPOS=68595787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:12:7:9:21:12:7:9:21 chr12 68708761 . C T 306.15 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=11;FWDB=-0.00762522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.273;QD=15.3077;RBI=0.00842622;REFB=-0.030432;REVB=0.00358569;RO=45;SAF=24;SAR=10;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623135;STB=0.539283;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0426625;OID=.;OPOS=68708761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:46:34:34:0.425:10:24:34:11:10:24:35:11 chr12 68720627 . G A 666.85 PASS AF=0.496296;AO=66;DP=136;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0125899;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.758;QD=19.7585;RBI=0.0198126;REFB=-0.015037;REVB=0.0152982;RO=68;SAF=40;SAR=26;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449319;STB=0.527808;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0159561;OID=.;OPOS=68720627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:68:68:66:67:0.496296:26:40:38:30:26:41:38:30 chr12 68724951 . G T 597.67 PASS AF=0.526316;AO=59;DP=113;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00805892;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.638;QD=20.9707;RBI=0.0114538;REFB=-0.0113006;REVB=0.00813898;RO=54;SAF=34;SAR=25;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00195229;STB=0.504503;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00887484;OID=.;OPOS=68724951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:54:54:59:60:0.526316:25:34:31:23:25:35:31:23 chr12 69082805 . G A 219.76 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0196442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3772;QD=17.5806;RBI=0.0596707;REFB=-0.0175581;REVB=0.0563444;RO=28;SAF=15;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287731;STB=0.664055;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0118742;OID=.;OPOS=69082805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:7:15:11:17:7:15:11:17 chr12 69115698 . G A 461.92 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0469755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8743;QD=19.0482;RBI=0.052138;REFB=-0.0170326;REVB=-0.0226202;RO=51;SAF=23;SAR=23;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648444;STB=0.536067;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0219907;OID=.;OPOS=69115698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:23:23:29:22:23:23:29:22 chr12 69186904 . G A 116.68 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0292794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.27;QD=11.6684;RBI=0.0382525;REFB=0.00382309;REVB=0.0246165;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186027;STB=0.608879;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00700629;OID=.;OPOS=69186904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:8:6:7:19:8:6:7:19 chr12 69187427 . T A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.968;QD=62.021;RBI=0.0321891;REFB=0;REVB=0.0236078;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013641;OID=.;OPOS=69187427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr12 69187585 . G A,GA 1121.89 PASS AF=0,1;AO=3,72;DP=82;FAO=0,77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=0,41;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00319061,0.00274274;FXX=0.0374953;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=215.336,53.0792;QD=58.2798;RBI=0.0154559,0.0135343;REFB=0,0;REVB=-0.015123,-0.0132535;RO=4;SAF=2,37;SAR=1,35;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.413613,-0.0484272;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000199301;OID=.,.;OPOS=69187585,69187586;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:82:77:4:0:3,72:0,77:0,1:1,35:2,37:4:0:0,36:0,41:0:0 chr12 69265578 . A G 396.34 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0097081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.06;QD=17.813;RBI=0.0229909;REFB=-0.0153965;REVB=-0.0208407;RO=46;SAF=21;SAR=20;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115566;STB=0.506576;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0169514;OID=.;OPOS=69265578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:48:41:41:0.460674:20:21:23:23:20:21:24:24 chr12 69645864 . A G 201.79 PASS AF=1;AO=9;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.421;QD=47.4797;RBI=0.0415551;REFB=0;REVB=0.00421861;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118375;OID=.;OPOS=69645864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:9:17:1:4:5:0:0:7:10:0:0 chr12 69646914 . G A 219.68 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0102747;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.173;QD=23.124;RBI=0.0131301;REFB=-0.0165536;REVB=-0.00817495;RO=17;SAF=15;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342722;STB=0.692121;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0204612;OID=.;OPOS=69646914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:6:15:5:12:6:15:5:12 chr12 69794856 . G A 561.34 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0425419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9145;QD=53.4605;RBI=0.0483115;REFB=-0.0443621;REVB=-0.022895;RO=3;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719403;STB=0.538442;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0247942;OID=.;OPOS=69794856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:3:3:39:39:0.928571:18:21:0:3:18:21:0:3 chr12 69972381 . G A 709.03 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9533;QD=63.0247;RBI=0.094261;REFB=0;REVB=0.091245;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000942518;OID=.;OPOS=69972381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:17:27:0:0:18:27:0:0 chr12 69986788 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.446;QD=61.6829;RBI=0.0567639;REFB=0;REVB=0.043542;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308714;OID=.;OPOS=69986788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr12 70037520 . G A 2091.54 PASS AF=0.985401;AO=134;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00241876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.398;QD=61.0669;RBI=0.0157797;REFB=-0.0710987;REVB=-0.0155933;RO=2;SAF=51;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00353612;STB=0.501896;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-6.42278e-05;OID=.;OPOS=70037520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:137:2:2:134:135:0.985401:83:51:1:1:84:51:1:1 chr12 70091432 . T C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.087;QD=63.8713;RBI=0.0575261;REFB=0;REVB=0.0539806;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231006;OID=.;OPOS=70091432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr12 70209474 . AAAAA ACAAA,CAAAC 596.47 PASS AF=0.902439,0.097561;AO=18,4;DP=41;FAO=37,4;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13,4;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00135162,0.00211058;FXX=0.0238039;HRUN=14,14;LEN=1,5;MLLD=253.061,226.089;QD=58.1926;RBI=0.0140723,0.0142016;REFB=0,0;REVB=-0.0140073,-0.0140439;RO=0;SAF=5,4;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000304844,-0.00285679;OID=.,.;OPOS=70209475,70209474;OREF=A,AAAAA;OALT=C,CAAAC;OMAPALT=ACAAA,CAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:41:41:0:0:18,4:37,4:0.902439,0.097561:13,0:5,4:0:0:24,0:13,4:0:0 chr12 70321450 . C T 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00687555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.689;QD=53.9324;RBI=0.0184452;REFB=-0.0334312;REVB=-0.0171158;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282472;STB=0.515141;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00160727;OID=.;OPOS=70321450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:1:0:14:16:1:0 chr12 70330087 . A G 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0185768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.368;QD=26.6163;RBI=0.0188799;REFB=-0.011459;REVB=-0.00336943;RO=20;SAF=17;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101697;STB=0.546821;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00958894;OID=.;OPOS=70330087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:21:29:29:0.58:12:17:9:11:12:17:10:11 chr12 70760520 . G T 300.55 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.0181373;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.501;QD=24.5349;RBI=0.0926091;REFB=0.00196802;REVB=0.0908156;RO=20;SAF=22;SAR=7;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979413;STB=0.553718;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.000622577;OID=.;OPOS=70760520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:20:20:29:29:0.591837:7:22:17:3:7:22:17:3 chr12 70837621 . G A 220.32 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0309473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.542;QD=24.4802;RBI=0.0358372;REFB=-0.00690088;REVB=0.0180714;RO=15;SAF=16;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923074;STB=0.551673;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00486082;OID=.;OPOS=70837621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:5:16:10:5:5:16:10:5 chr12 70912510 . C T 1208.66 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.571;QD=61.1979;RBI=0.0293414;REFB=0;REVB=0.0289813;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7587e-05;OID=.;OPOS=70912510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr12 70928616 . G A 227.03 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.055825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.786;QD=13.5539;RBI=0.0558337;REFB=-0.00932481;REVB=-0.000988167;RO=40;SAF=14;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593056;STB=0.533826;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.011411;OID=.;OPOS=70928616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:13:14:23:17:13:14:23:17 chr12 70928724 . A G,T 715.05 PASS AF=0.943396,0.0377358;AO=50,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21,0;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0207089,-0.0178236;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.542,114.354;QD=53.9657;RBI=0.0313876,0.0336275;REFB=-0.16329,-0.053946;REVB=0.0235865,0.0285154;RO=0;SAF=21,0;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.20481e-08,0;STB=0.508471,0.5;STBP=0.526,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00213985,0.0188659;OID=.,.;OPOS=70928724,70928724;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:53:0:1:50,2:50,2:0.943396,0.0377358:29,2:21,0:0:0:29,2:21,0:0:1 chr12 70953277 . T C 269.89 PASS AF=0.315789;AO=36;DP=114;FAO=36;FDP=114;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.00825342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.299;QD=9.4699;RBI=0.0134048;REFB=-0.00669002;REVB=0.0105627;RO=78;SAF=19;SAR=17;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137389;STB=0.579898;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0194607;OID=.;OPOS=70953277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:78:78:36:36:0.315789:17:19:32:46:17:19:32:46 chr12 70963619 . G A 463.18 PASS AF=0.479167;AO=45;DP=95;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0215183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.592;QD=19.2993;RBI=0.0247161;REFB=-0.0259375;REVB=0.0121592;RO=49;SAF=19;SAR=26;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102159;STB=0.554926;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0165526;OID=.;OPOS=70963619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:49:50:45:46:0.479167:26:19:26:23:26:20:27:23 chr12 70965764 . G A 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0296615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.878;QD=16.8122;RBI=0.0310244;REFB=0.0113586;REVB=0.00909431;RO=47;SAF=22;SAR=16;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171208;STB=0.596009;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0304433;OID=.;OPOS=70965764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:16:22:19:28:16:22:19:28 chr12 70990054 . T C 168.62 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0276991;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.806;QD=15.3289;RBI=0.0495112;REFB=0.00704382;REVB=-0.041038;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282363;STB=0.6533;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0178336;OID=.;OPOS=70990054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:27:26:18:18:0.409091:11:7:18:9:11:7:17:9 chr12 71002865 . T A 1190.34 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.745;QD=61.0431;RBI=0.0216746;REFB=0;REVB=-0.00472006;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.74666e-05;OID=.;OPOS=71002865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chr12 71002893 . C T 1444.02 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00835955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2334;QD=60.8007;RBI=0.0315295;REFB=-0.0105357;REVB=0.0304011;RO=2;SAF=52;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178841;STB=0.509432;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000122566;OID=.;OPOS=71002893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:41:52:2:0:41:52:2:0 chr12 71003524 . CTT C 152.53 PASS AF=0.364865;AO=25;DP=75;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.018568;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=2;MLLD=305.526;QD=8.24498;RBI=0.0192318;REFB=-0.00746673;REVB=-0.00500889;RO=47;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318281;STB=0.539297;STBP=0.595;TYPE=del;VARB=0.0114219;OID=.;OPOS=71003525;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.364865:25:75:27:74:47:11:16:22:25:99:47:11:14:22:25 chr12 71029733 . C T 260.49 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0344774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2879;QD=18.9446;RBI=0.0503359;REFB=0.0302498;REVB=0.0366743;RO=26;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06955;STB=0.546616;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.0295129;OID=.;OPOS=71029733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:27:28:28:0.509091:13:15:16:10:13:15:17:10 chr12 71054946 . C A 335.44 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0669083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1394;QD=16.9843;RBI=0.0705544;REFB=-0.0161839;REVB=-0.0223877;RO=43;SAF=14;SAR=22;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172219;STB=0.509653;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0141945;OID=.;OPOS=71054946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:22:14:16:27:22:14:16:27 chr12 71139664 . T C 1557.45 PASS AF=0.99;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0065477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.51;QD=62.2979;RBI=0.067315;REFB=0.0307378;REVB=0.0669958;RO=1;SAF=54;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087031;STB=0.504586;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-3.63861e-05;OID=.;OPOS=71139664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:100:1:1:98:99:0.99:44:54:1:0:45:54:1:0 chr12 71509652 . T A 567.9 PASS AF=0.392857;AO=66;DP=167;FAO=66;FDP=168;FR=.;FRO=102;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=-0.00529651;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6281;QD=13.5215;RBI=0.0508053;REFB=-0.0119124;REVB=-0.0505285;RO=101;SAF=31;SAR=35;SRF=43;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475185;STB=0.529424;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0139993;OID=.;OPOS=71509652;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:101:102:66:66:0.392857:35:31:43:58:35:31:43:59 chr12 71519096 . G C 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00447388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.091;QD=16.4059;RBI=0.0350318;REFB=-0.0280456;REVB=-0.034745;RO=37;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286567;STB=0.516119;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.030498;OID=.;OPOS=71519096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:15:16:18:19:15:16:18:19 chr12 71519173 . G A 264.94 PASS AF=0.508772;AO=27;DP=55;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0034032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.126;QD=18.5924;RBI=0.00504261;REFB=-0.0276576;REVB=-0.00372104;RO=28;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528073;STB=0.507931;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0287102;OID=.;OPOS=71519173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:28:28:27:29:0.508772:16:11:13:15:16:13:13:15 chr12 71523134 . A C 175.14 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0303516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.466;QD=20.0161;RBI=0.0309936;REFB=-0.00497058;REVB=0.00627577;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210219;STB=0.597335;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00767787;OID=.;OPOS=71523134;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:17:17:18:0.514286:6:11:7:10:7:11:7:10 chr12 71523199 . TAAAAAAAAAA TAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAAAC 113.15 PASS AF=0,0.533333,0.466667;AO=3,3,2;DP=15;FAO=0,8,7;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,3;FSAR=0,2,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.187407,0.125633,0.0855243;FXX=0;HRUN=12,12,12;LEN=2,3,1;MLLD=5.97812,8.10041,154.626;QD=30.1733;RBI=0.187955,0.126042,0.0889652;REFB=0,0,0;REVB=0.0143359,0.0101359,0.0245032;RO=0;SAF=3,1,1;SAR=0,2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0263821,0.0921804,0.00299542;OID=.,.,.;OPOS=71523200,71523200,71523209;OREF=AA,AAA,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=TAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.533333,0.466667:3,3,2:15:0,8,7:15:0:0,6,3:0,2,4:0:0:36:0:3,1,1:0,2,1:0:0 chr12 71533494 . C T 485.3 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0296433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.691;QD=16.4509;RBI=0.0369943;REFB=-0.0179668;REVB=0.0221326;RO=65;SAF=27;SAR=26;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286735;STB=0.515999;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0214884;OID=.;OPOS=71533494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:65:53:53:0.449153:26:27:35:30:26:27:35:30 chr12 71533534 . C G 515.03 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0068124;FXX=0.0190458;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.639;QD=20.0013;RBI=0.00719323;REFB=-0.0153733;REVB=0.00230948;RO=50;SAF=26;SAR=27;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00930015;STB=0.50513;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0125061;OID=.;OPOS=71533534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:50:50:53:53:0.514563:27:26:24:26:27:26:24:26 chr12 71533581 . G A 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0209359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.427;QD=16.8094;RBI=0.0267037;REFB=-0.00496785;REVB=-0.0165763;RO=40;SAF=12;SAR=23;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156395;STB=0.602405;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00950911;OID=.;OPOS=71533581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:42:35:35:0.454545:23:12:20:20:23:12:22:20 chr12 71960208 . G A 779.41 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061181;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.394;QD=56.6844;RBI=0.0244291;REFB=0;REVB=-0.0236506;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153618;OID=.;OPOS=71960208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:20:34:0:0:21:34:0:0 chr12 72018028 . A G 239.66 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0783159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2274;QD=11.9831;RBI=0.0783545;REFB=-0.0216272;REVB=-0.00245957;RO=51;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199421;STB=0.511496;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0498651;OID=.;OPOS=72018028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:17:12:22:29:17:12:22:29 chr12 72071045 . A G 842.49 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00895389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.425;QD=54.3544;RBI=0.0150219;REFB=-0.0482721;REVB=-0.0120618;RO=2;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471109;STB=0.524992;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000164997;OID=.;OPOS=72071045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:19:41:0:2:19:41:0:2 chr12 72179614 . A T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0181777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.923;QD=5.95777;RBI=0.0215558;REFB=-0.00410528;REVB=0.0115855;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690318;STB=0.5453;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0162569;OID=.;OPOS=72179614;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:7:11:4:2:7:11 chr12 72307616 . A G 231.98 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00641583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5522;QD=23.7932;RBI=0.0364677;REFB=-0.0115229;REVB=0.0358989;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448759;STB=0.507036;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00625804;OID=.;OPOS=72307616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:17:21:22:0.564103:10:11:9:8:10:12:9:8 chr12 72372862 . A G 156.15 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0365216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.684;QD=9.46375;RBI=0.0372246;REFB=-0.00318251;REVB=0.00720007;RO=45;SAF=12;SAR=9;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701901;STB=0.541445;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00877484;OID=.;OPOS=72372862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:9:12:23:22:9:12:23:22 chr12 72416235 . A T 730.77 PASS AF=0.579832;AO=69;DP=120;FAO=69;FDP=119;FR=.;FRO=50;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00289391;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.933;QD=24.5637;RBI=0.0105242;REFB=-0.024462;REVB=0.0101185;RO=51;SAF=41;SAR=28;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671946;STB=0.531927;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0128494;OID=.;OPOS=72416235;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:51:50:69:69:0.579832:28:41:26:25:28:41:26:24 chr12 73058186 . G A 540.32 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0162671;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.221;QD=17.8617;RBI=0.0165027;REFB=-0.00120336;REVB=0.00277905;RO=64;SAF=30;SAR=27;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00471362;STB=0.502617;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00203449;OID=.;OPOS=73058186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:64:57:57:0.471074:27:30:34:30:27:30:34:30 chr12 74851233 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00618145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.727;QD=44.6884;RBI=0.097375;REFB=0;REVB=0.0971786;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000992962;OID=.;OPOS=74851233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr12 74932159 . G C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.304;QD=58.7817;RBI=0.0281587;REFB=0;REVB=0.0279041;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58331e-05;OID=.;OPOS=74932159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr12 74932327 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.119;QD=43.4862;RBI=0.012659;REFB=0;REVB=-0.00191516;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7637e-05;OID=.;OPOS=74932327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr12 74932565 . T C 683.01 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00431156;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5574;QD=52.5388;RBI=0.0257602;REFB=0.00815355;REVB=-0.0253968;RO=2;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335981;STB=0.51785;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00516293;OID=.;OPOS=74932565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:52:2:2:50:50:0.961538:27:23:0:2:27:23:0:2 chr12 74933166 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.216;QD=60.2045;RBI=0.0335332;REFB=0;REVB=0.0248621;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01137e-05;OID=.;OPOS=74933166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:32:41:0:0:32:41:0:0 chr12 74934634 . G A 705.07 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.452;QD=61.3108;RBI=0.0327302;REFB=0;REVB=0.0268233;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124771;OID=.;OPOS=74934634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:23:23:0:0 chr12 74934637 . T C 616.63 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00151103;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.739;QD=58.7267;RBI=0.0098672;REFB=-0.0253764;REVB=-0.00975081;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253524;STB=0.513507;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000241827;OID=.;OPOS=74934637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:18:23:0:1:18:23:0:1 chr12 74934909 . AGTGTGTGT A 643.38 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000423175;FXX=0.210489;HRUN=1;LEN=8;MLLD=230.256;QD=57.1889;RBI=0.0433915;REFB=0;REVB=0.0433894;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.06899e-05;OID=.;OPOS=74934910;OREF=GTGTGTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:45:45:45:0:21:24:0:0:3:0:18:21:0:0 chr12 75715330 . C A 575.67 PASS AF=0.476923;AO=53;DP=122;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0176414;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.281;QD=17.713;RBI=0.0271168;REFB=-0.0200302;REVB=-0.0205937;RO=63;SAF=20;SAR=33;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362419;STB=0.502253;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0235267;OID=.;OPOS=75715330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:130:63:68:53:62:0.476923:33:20:26:37:34:28:31:37 chr12 75893388 . T A 468.44 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0433549;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.711;QD=22.5755;RBI=0.0499514;REFB=-0.0537115;REVB=-0.0248092;RO=38;SAF=23;SAR=22;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529413;STB=0.529147;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0435856;OID=.;OPOS=75893388;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:38:38:45:45:0.542169:22:23:17:21:22:23:17:21 chr12 75893404 . C A 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0442588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4049;QD=19.3864;RBI=0.0464421;REFB=-0.0156462;REVB=-0.014072;RO=34;SAF=18;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090688;STB=0.550385;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0194762;OID=.;OPOS=75893404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:17:18:14:20:17:18:14:20 chr12 75902186 . T C 512.41 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00323067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.552;QD=21.575;RBI=0.0129113;REFB=-0.00964437;REVB=0.0125005;RO=46;SAF=22;SAR=27;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139375;STB=0.576892;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00833574;OID=.;OPOS=75902186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:27:22:28:18:27:22:28:18 chr12 76351726 . C G 298.07 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0503405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1947;QD=20.9172;RBI=0.059286;REFB=-0.0101685;REVB=0.0313156;RO=25;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497033;STB=0.537289;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00849898;OID=.;OPOS=76351726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:31:31:0.54386:13:18:13:12:13:18:13:13 chr12 76424937 . TTGCTGCTGCTGCTGC CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG 373.4 PASS AF=0.0714286,0.714286,0.214286;AO=2,16,5;DP=28;FAO=2,20,6;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9,4;FSAR=0,11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522545,0.0426093,0.0540275;FXX=0.0666445;HRUN=2,1,1;LEN=4,3,1;MLLD=167.786,134.517,71.4492;QD=53.3424;RBI=0.0849689,0.0693761,0.0582839;REFB=0,0,0;REVB=0.0670013,0.0547494,-0.0218642;RO=0;SAF=2,7,3;SAR=0,9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0717597,0.0359046,0.00132788;OID=.,.,.;OPOS=76424937,76424938,76424952;OREF=TTGC,TGC,C;OALT=CTGT,-,G;OMAPALT=CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:34:28:28:0:0:2,16,5:2,20,6:0.0714286,0.714286,0.214286:0,9,2:2,7,3:0:0:0,11,2:2,9,4:0:0 chr12 76425476 . G A 293.62 PASS AF=0.355769;AO=36;DP=100;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=0.0313743;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.7073;QD=11.2932;RBI=0.101868;REFB=-0.0268808;REVB=0.0969158;RO=59;SAF=17;SAR=19;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222631;STB=0.609044;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0628669;OID=.;OPOS=76425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:104:59:67:36:37:0.355769:19:17:40:19:19:18:44:23 chr12 76426110 . GGAGAGAG GGAGAG,GGAGAGGC 277.61 PASS AF=0.537037,0;AO=28,2;DP=56;FAO=29,0;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=18,0;FSAR=11,0;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0302523,-0.0102572;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=199.573,115.543;QD=20.5637;RBI=0.044723,0.032472;REFB=-0.0265291,-0.0257296;REVB=-0.0329386,-0.0308094;RO=24;SAF=18,0;SAR=10,2;SRF=9;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.224412,-0.439015;STB=0.620606,0.5;STBP=0.069,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0154581,0;OID=.,.;OPOS=76426111,76426116;OREF=GA,AG;OALT=-,GC;OMAPALT=GGAGAG,GGAGAGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.537037,0:28,2:56:29,0:54:25:18,0:11,0:9:16:99:24:18,0:10,2:9:15 chr12 76426877 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0070945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.914;QD=12.3962;RBI=0.0280655;REFB=0.0110665;REVB=-0.027154;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00707891;OID=.;OPOS=76426877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:2:3:2:3:2:3 chr12 76427103 . GAC G 419.43 PASS AF=0.506024;AO=41;DP=84;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0212328;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.046;QD=20.2137;RBI=0.0219345;REFB=-0.0068249;REVB=-0.0055033;RO=38;SAF=23;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143849;STB=0.565486;STBP=0.229;TYPE=del;VARB=0.00700069;OID=.;OPOS=76427104;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.506024:41:84:42:83:41:24:18:18:23:99:38:23:18:15:23 chr12 76427547 . C CTTAAT 190.65 PASS AF=1;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199242;FXX=0.210416;HRUN=2;LEN=5;MLLD=271.791;QD=50.8401;RBI=0.023694;REFB=0;REVB=0.012823;RO=5;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599997;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000142151;OID=.;OPOS=76427548;OREF=-;OALT=TTAAT;OMAPALT=CTTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:20:15:15:0:8:7:0:0:3:5:8:7:2:3 chr12 76449900 . T C 460.8 PASS AF=0.944444;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00221837;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=50.6795;QD=51.1999;RBI=0.0121521;REFB=-0.105467;REVB=-0.0119479;RO=2;SAF=18;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490904;STB=0.524985;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00583931;OID=.;OPOS=76449900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:34:36:2:2:32:34:0.944444:14:18:2:0:15:19:2:0 chr12 76453966 . G A 1004.18 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7845;QD=59.0697;RBI=0.0349451;REFB=0;REVB=-0.034426;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138134;OID=.;OPOS=76453966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:34:32:0:0:35:33:0:0 chr12 76709606 . T C 339.53 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0034871;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.277;QD=19.9724;RBI=0.0293534;REFB=0.00569689;REVB=0.0291455;RO=31;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111577;STB=0.574283;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00540866;OID=.;OPOS=76709606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:31:33:35:35:0.514706:17:18:20:11:17:18:22:11 chr12 76709610 . T C 390.59 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0101313;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.282;QD=21.4021;RBI=0.0197429;REFB=-0.0157534;REVB=-0.0169451;RO=34;SAF=19;SAR=20;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159251;STB=0.58778;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0100985;OID=.;OPOS=76709610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:20:19:23:11:20:19:23:11 chr12 77256681 . T G 190.22 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0290644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.176;QD=21.7397;RBI=0.0754075;REFB=-0.00505859;REVB=0.0695813;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238695;STB=0.632899;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00773496;OID=.;OPOS=77256681;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:3:13:10:9:3:13 chr12 77449790 . A G 2045.77 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00949966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.708;QD=62.4664;RBI=0.0130435;REFB=0;REVB=0.00893808;RO=0;SAF=78;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50448e-07;OID=.;OPOS=77449790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:53:78:0:0:53:78:0:0 chr12 78225374 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.382;QD=57.2371;RBI=0.0471511;REFB=0;REVB=-0.0250222;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17949e-05;OID=.;OPOS=78225374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr12 78530979 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.552;QD=59.0186;RBI=0.00815868;REFB=0;REVB=0.00556542;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61726e-05;OID=.;OPOS=78530979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr12 78542699 . T C 365.05 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.459;QD=52.1501;RBI=0.0174845;REFB=-0.17207;REVB=0.00765804;RO=1;SAF=6;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712358;STB=0.533308;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00357337;OID=.;OPOS=78542699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:26:27:0.964286:20:6:1:0:20:7:1:0 chr12 78562618 . A G 417.19 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00566775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.749;QD=15.4515;RBI=0.037361;REFB=-0.0178224;REVB=0.0369286;RO=61;SAF=32;SAR=15;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18433;STB=0.603728;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0254881;OID=.;OPOS=78562618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:15:32:31:30:15:32:31:30 chr12 78598891 . G A 508.46 PASS AF=0.647887;AO=46;DP=72;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00554861;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.316;QD=28.6458;RBI=0.0122754;REFB=-0.0272188;REVB=0.0109498;RO=25;SAF=13;SAR=33;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118212;STB=0.564475;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0196979;OID=.;OPOS=78598891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:25:25:46:46:0.647887:33:13:11:14:33:13:11:14 chr12 79685913 . C A 445.15 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4078;QD=57.4386;RBI=0.0234469;REFB=0;REVB=-0.0171836;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.65932e-06;OID=.;OPOS=79685913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr12 80014907 . A C 410.33 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00748222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.159;QD=18.2369;RBI=0.00778093;REFB=-0.0113611;REVB=-0.00213522;RO=48;SAF=25;SAR=17;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131798;STB=0.573604;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0125776;OID=.;OPOS=80014907;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:17:25:22:26:17:25:22:26 chr12 80712420 . G A 1465.65 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.094;QD=63.0386;RBI=0.0283109;REFB=0;REVB=0.0222663;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29729e-05;OID=.;OPOS=80712420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:47:46:0:0:47:46:0:0 chr12 80735771 . T C 83.48 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00347859;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.111;QD=8.34775;RBI=0.00451148;REFB=-0.0104753;REVB=-0.00287277;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114211;STB=0.520511;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0196551;OID=.;OPOS=80735771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:40:40:28:29:11:11:0.275:5:6:15:13:5:6:15:14 chr12 80737521 . C T 308.8 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0278221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.769;QD=16.6919;RBI=0.0331426;REFB=-0.0151054;REVB=-0.0180101;RO=38;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446841;STB=0.50888;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0308952;OID=.;OPOS=80737521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:38:40:34:34:0.459459:19:15:15:23:19:15:17:23 chr12 80747242 . A G 199.2 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.106476;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9362;QD=18.9709;RBI=0.106555;REFB=-0.000102864;REVB=-0.00408933;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211188;STB=0.618935;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00340413;OID=.;OPOS=80747242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:6:16:10:10:6:16 chr12 80752660 . A G 831.63 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327243;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8566;QD=57.354;RBI=0.0331408;REFB=0;REVB=-0.00523743;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22462e-05;OID=.;OPOS=80752660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr12 80761430 . G A 390.04 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0142481;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.926;QD=21.372;RBI=0.0143307;REFB=-0.00235842;REVB=-0.00153638;RO=33;SAF=18;SAR=21;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824198;STB=0.551256;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00234559;OID=.;OPOS=80761430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:34:39:39:0.534247:21:18:12:21:21:18:12:22 chr12 80761465 . G A 919.42 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00318408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131;QD=54.8904;RBI=0.0302995;REFB=-0.026814;REVB=-0.0301317;RO=2;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248459;STB=0.512817;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000143186;OID=.;OPOS=80761465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:67:2:2:64:65:0.970149:37:27:0:2:38:27:0:2 chr12 80765800 . A G 286.12 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00982494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.305;QD=18.1663;RBI=0.0129865;REFB=-0.000671373;REVB=0.00849227;RO=32;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160925;STB=0.590003;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000722088;OID=.;OPOS=80765800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:12:19:14:18:12:19:14:18 chr12 80771813 . G A 315.67 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00608316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.979;QD=17.5371;RBI=0.0130013;REFB=-0.0067692;REVB=-0.0114904;RO=38;SAF=19;SAR=15;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446841;STB=0.524985;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00900165;OID=.;OPOS=80771813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:15:19:23:15:15:19:23:15 chr12 80816492 . C T 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0276984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9664;QD=22.188;RBI=0.0325445;REFB=-0.0269593;REVB=-0.0170864;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723453;STB=0.540502;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0211172;OID=.;OPOS=80816492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:11:10:7:11:11:10:7:11 chr12 80818876 . A G 545.92 PASS AF=0.406452;AO=63;DP=155;FAO=63;FDP=155;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.00840011;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.9329;QD=14.0881;RBI=0.0284068;REFB=0.00687475;REVB=0.0271364;RO=92;SAF=36;SAR=27;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053048;STB=0.529841;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00995222;OID=.;OPOS=80818876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:92:92:63:63:0.406452:27:36:48:44:27:36:48:44 chr12 80889829 . T A 512.27 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00510092;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.078;QD=21.3446;RBI=0.0123636;REFB=-0.0182684;REVB=-0.0112623;RO=47;SAF=27;SAR=22;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210403;STB=0.511623;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0184093;OID=.;OPOS=80889829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:47:47:49:49:0.510417:22:27:27:20:22:27:27:20 chr12 80899901 . C A 128.87 PASS AF=0.394737;AO=13;DP=36;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00233922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.742;QD=13.5652;RBI=0.0254018;REFB=-0.0147566;REVB=0.0252939;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479278;STB=0.546039;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0226311;OID=.;OPOS=80899901;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:21:23:13:15:0.394737:5:8:12:9:7:8:14:9 chr12 80900397 . C G 243.08 PASS AF=0.521739;AO=22;DP=44;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0290159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7464;QD=21.1374;RBI=0.0785267;REFB=-0.0275075;REVB=-0.0729693;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518503;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0242136;OID=.;OPOS=80900397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:22:22:22:24:0.521739:10:12:12:10:10:14:12:10 chr12 81329536 . A C 239.7 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0686919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.118;QD=14.5274;RBI=0.0745451;REFB=-0.0296754;REVB=0.028955;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487122;STB=0.505431;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0315991;OID=.;OPOS=81329536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:38:28:28:0.424242:13:15:20:17:13:15:20:18 chr12 81627238 . C T 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0115954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.486;QD=17.4004;RBI=0.0216674;REFB=-0.0284937;REVB=-0.0183036;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212182;STB=0.622446;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0273809;OID=.;OPOS=81627238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:4:9:6:7:4:9:6:7 chr12 81696487 . G A 400.51 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00464416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.718;QD=21.3604;RBI=0.0161083;REFB=-0.0221156;REVB=-0.0154243;RO=35;SAF=24;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122145;STB=0.567533;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0262662;OID=.;OPOS=81696487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:16:24:16:19:16:24:16:19 chr12 81769581 . C T 821.55 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262026;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5913;QD=57.6529;RBI=0.027888;REFB=0;REVB=-0.00954795;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508895;OID=.;OPOS=81769581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:17:40:0:0:17:40:0:0 chr12 81833745 . G T 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.626;QD=57.7095;RBI=0.0155888;REFB=0;REVB=0.0151238;RO=0;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01595e-05;OID=.;OPOS=81833745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:42:17:0:0:42:17:0:0 chr12 82617454 . T G 420.15 PASS AF=0.561644;AO=40;DP=72;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00151958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.214;QD=23.0218;RBI=0.0474118;REFB=-0.0365631;REVB=0.0473874;RO=32;SAF=14;SAR=26;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101517;STB=0.559656;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0309566;OID=.;OPOS=82617454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:32:32:40:41:0.561644:26:14:15:17:27:14:15:17 chr12 82783668 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.1;QD=57.1775;RBI=0.0112448;REFB=0;REVB=-0.00465927;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56049e-05;OID=.;OPOS=82783668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr12 82792787 . C A 306.45 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.098;QD=53.295;RBI=0.0215381;REFB=0;REVB=0.00100425;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101629;OID=.;OPOS=82792787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:15:7:0:0:15:8:0:0 chr12 83415669 . G A 269.21 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0602776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3821;QD=51.2784;RBI=0.100263;REFB=0;REVB=-0.080121;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00266669;OID=.;OPOS=83415669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:6:14:0:0:7:14:0:0 chr12 85441217 . T C 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0184357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.834;QD=23.5284;RBI=0.0236078;REFB=-0.0110082;REVB=-0.0147463;RO=15;SAF=15;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247208;STB=0.639195;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00691912;OID=.;OPOS=85441217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:5:15:7:8:5:15:7:8 chr12 85518202 . A G 123.23 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00879161;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.587;QD=15.4035;RBI=0.0103801;REFB=-0.0350765;REVB=0.0055185;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123178;STB=0.571326;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0354079;OID=.;OPOS=85518202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:8:10:6:8:8:10 chr12 88380094 . T C 300.29 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00808442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.976;QD=16.4544;RBI=0.0109764;REFB=-0.0167953;REVB=0.00742446;RO=40;SAF=11;SAR=22;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240421;STB=0.63543;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0136302;OID=.;OPOS=88380094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:22:11:23:17:22:11:23:17 chr12 88440676 . G C 324.07 PASS AF=0.378641;AO=38;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.011911;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.697;QD=12.5853;RBI=0.0147157;REFB=-0.0156291;REVB=0.00864177;RO=64;SAF=21;SAR=17;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408551;STB=0.514236;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0349361;OID=.;OPOS=88440676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:38:39:0.378641:17:21:33:31:18:21:33:31 chr12 88472996 . C T 365.87 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0105506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.253;QD=18.7626;RBI=0.0107904;REFB=0.00148255;REVB=-0.00226197;RO=40;SAF=21;SAR=17;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184876;STB=0.602751;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00126262;OID=.;OPOS=88472996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:17:21:14:26:17:21:14:26 chr12 88505078 . T C 129.39 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0269867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.043;QD=12.939;RBI=0.0340852;REFB=0.00697739;REVB=0.0208212;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142432;STB=0.50835;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00914038;OID=.;OPOS=88505078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:8:7:12:13:8:7:12:13 chr12 88525005 . TAAAAAAAAA TAAAAAAAA,TAAAAAAAAT 74.07 PASS AF=0.4,0.6;AO=2,4;DP=12;FAO=4,6;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2;FSAR=1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.250587,-0.0849162;FXX=0.166528;HRUN=12,12;LEN=1,1;MLLD=7.31547,214.292;QD=29.628;RBI=0.271658,0.0871018;REFB=-0.0737938,-0.0425201;REVB=-0.104901,-0.0193896;RO=0;SAF=2,0;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00778143,0.017158;OID=.,.;OPOS=88525006,88525014;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TAAAAAAAA,TAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4,0.6:2,4:12:4,6:10:0:3,2:1,4:0:0:19:0:2,0:0,4:0:0 chr12 88532978 . T A 50.96 PASS AF=0.615385;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0778255;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=18.1289;QD=15.6788;RBI=0.276343;REFB=-0.157133;REVB=0.265158;RO=5;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.826071;STB=0.71943;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.160824;OID=.;OPOS=88532978;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:13:13:5:5:7:8:0.615385:0:7:0:5:2:6:1:4 chr12 88547277 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.987;QD=57.2024;RBI=0.0284705;REFB=0;REVB=-0.0143768;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1426e-05;OID=.;OPOS=88547277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr12 89743223 . G A 1557.14 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00799828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.035;QD=59.8899;RBI=0.0217332;REFB=0;REVB=0.0202079;RO=0;SAF=26;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.23066e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95991e-05;OID=.;OPOS=89743223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:77:26:0:0:78:26:0:0 chr12 89745477 . C A 1185.41 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8023;QD=60.7903;RBI=0.0617841;REFB=0;REVB=0.00734215;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563273;OID=.;OPOS=89745477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:31:46:0:0:32:46:0:0 chr12 89853408 . G A 175.72 PASS AF=0.425926;AO=16;DP=52;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00681036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.67;QD=13.0165;RBI=0.00920856;REFB=-0.00698009;REVB=0.00619812;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116415;STB=0.601189;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00546897;OID=.;OPOS=89853408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:28:31:16:23:0.425926:8:8:11:17:10:13:12:19 chr12 89864162 . G A 817.35 PASS AF=0.434783;AO=88;DP=207;FAO=90;FDP=207;FR=.;FRO=117;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=54;FSRR=63;FWDB=-0.00877956;FXX=0.014285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.942;QD=15.7942;RBI=0.0435516;REFB=-0.0189015;REVB=-0.0426575;RO=118;SAF=51;SAR=37;SRF=54;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12554;STB=0.559522;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0198187;OID=.;OPOS=89864162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:118:117:88:90:0.434783:37:51:54:64:39:51:54:63 chr12 89866054 . TAGAAAGAAGA T 58.4 PASS AF=0.25;AO=7;DP=35;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00234525;FXX=0.135099;HRUN=1;LEN=10;MLLD=257.98;QD=7.29945;RBI=0.00286802;REFB=-0.00300742;REVB=0.00165085;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415612;STB=0.793437;STBP=0.091;TYPE=del;VARB=0.0128625;OID=.;OPOS=89866055;OREF=AGAAAGAAGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:7:35:8:32:24:2:6:16:8:58:18:2:5:12:6 chr12 89917037 . G A 347.55 PASS AF=0.480519;AO=32;DP=81;FAO=37;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0326064;FXX=0.0722804;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.276;QD=18.0546;RBI=0.0326408;REFB=-0.00734635;REVB=0.00149853;RO=23;SAF=12;SAR=20;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581603;STB=0.511863;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00567698;OID=.;OPOS=89917037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:77:23:40:32:37:0.480519:20:12:7:16:23:14:16:24 chr12 89917518 . A G 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.080837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.521;QD=24.5156;RBI=0.0809835;REFB=-0.007698;REVB=0.00486861;RO=22;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148691;STB=0.58264;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00756034;OID=.;OPOS=89917518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:11:16:9:13:11:16:9:13 chr12 91348786 . G T 337.85 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00415188;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.214;QD=17.5509;RBI=0.0285967;REFB=-0.0206595;REVB=-0.0282937;RO=41;SAF=27;SAR=9;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160659;STB=0.590498;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0214503;OID=.;OPOS=91348786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:9:27:25:16:9:27:25:16 chr12 91449636 . T G 448.47 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0658744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3822;QD=21.3555;RBI=0.0716297;REFB=0.00229135;REVB=0.0281316;RO=39;SAF=14;SAR=30;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198169;STB=0.604789;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.000668735;OID=.;OPOS=91449636;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:40:44:44:0.52381:30:14:21:18:30:14:21:19 chr12 91449990 . C T 308.3 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00690674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.377;QD=28.0273;RBI=0.00741284;REFB=-0.0372264;REVB=-0.00269205;RO=17;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131387;STB=0.507241;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0259459;OID=.;OPOS=91449990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:10:17:11:6:10:17:11:6 chr12 91502250 . A G 1631.01 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.221;QD=59.8537;RBI=0.01472;REFB=0;REVB=-0.00724332;RO=0;SAF=60;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429173;OID=.;OPOS=91502250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:107:109:1:47:60:0:0:49:60:0:0 chr12 92380427 . G A 233.16 PASS AF=0.388889;AO=27;DP=71;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0210688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.409;QD=12.9531;RBI=0.0425715;REFB=-0.0179446;REVB=-0.0369924;RO=43;SAF=13;SAR=14;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131587;STB=0.555516;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0260962;OID=.;OPOS=92380427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:43:44:27:28:0.388889:14:13:26:17:14:14:26:18 chr12 92818482 . C T 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0254911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.069;QD=16.4261;RBI=0.0324928;REFB=-0.0121879;REVB=-0.020149;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0124858;OID=.;OPOS=92818482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:8:3:3:8:8:3 chr12 92818786 . A G 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0101432;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.299;QD=5.44274;RBI=0.0170194;REFB=-0.00175573;REVB=0.0136666;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153245;STB=0.576673;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00754736;OID=.;OPOS=92818786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:19:20:6:6:0.230769:3:3:7:12:3:3:8:12 chr12 92818999 . G T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0212603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.758;QD=14.9787;RBI=0.0217573;REFB=-0.0293898;REVB=0.00462357;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940418;STB=0.555438;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0394837;OID=.;OPOS=92818999;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:8:2:3:8:8:2:3:8 chr12 92819139 . A C 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00103889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.088;QD=20.2096;RBI=0.029407;REFB=0.00413287;REVB=0.0293887;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165885;STB=0.594448;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00156246;OID=.;OPOS=92819139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:6:4:8:5:6:4 chr12 92819699 . A G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0888508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.009;QD=15.2928;RBI=0.0922438;REFB=0.000373123;REVB=-0.0247881;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22915;STB=0.636033;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00165303;OID=.;OPOS=92819699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:2:7:5:4:2:7:5:4 chr12 92821860 . CT C 558.45 PASS AF=0.422819;AO=60;DP=148;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=0.0142021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.374;QD=14.992;RBI=0.0150436;REFB=-0.00190293;REVB=-0.00496086;RO=86;SAF=36;SAR=24;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575739;STB=0.54345;STBP=0.378;TYPE=del;VARB=0.0037782;OID=.;OPOS=92821861;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.422819:60:148:63:149:86:39:24:47:39:99:86:36:24:47:39 chr12 92822903 . G C 177.45 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0803875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.799;QD=21.5095;RBI=0.080393;REFB=0.00326327;REVB=0.000944366;RO=15;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172371;STB=0.597587;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0022411;OID=.;OPOS=92822903;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:13:5:7:8:13:5:7:8 chr12 93102295 . G A 1285.93 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.757;QD=61.2347;RBI=0.0176323;REFB=0;REVB=-0.00835416;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.0949e-05;OID=.;OPOS=93102295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:82:84:1:43:39:0:0:44:40:0:0 chr12 93147907 . A T 1568.49 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.253;QD=64.02;RBI=0.0757468;REFB=0;REVB=0.0385897;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270837;OID=.;OPOS=93147907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:42:56:0:0:42:56:0:0 chr12 93150102 . T C 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.97;QD=61.6793;RBI=0.0318756;REFB=0;REVB=0.00407399;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156964;OID=.;OPOS=93150102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr12 93155535 . G A 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.446;QD=58.9612;RBI=0.0239896;REFB=0;REVB=0.0200869;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03289e-05;OID=.;OPOS=93155535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr12 93166538 . A G 1096.45 PASS AF=0.938272;AO=76;DP=81;FAO=76;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0123582;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.401;QD=54.1457;RBI=0.0286303;REFB=-0.119392;REVB=0.0258258;RO=3;SAF=29;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021561;STB=0.527006;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.000403047;OID=.;OPOS=93166538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:81:81:3:5:76:76:0.938272:47:29:2:1:47:29:4:1 chr12 93166928 . T A 77.03 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.111077;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=31.1281;QD=6.41929;RBI=0.112117;REFB=-0.0170478;REVB=0.0152382;RO=23;SAF=14;SAR=0;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.85351;STB=0.938308;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0905259;OID=.;OPOS=93166928;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:41:48:23:34:14:14:0.291667:0:14:4:19:1:13:9:25 chr12 93196422 . T G 488.12 PASS AF=0.837209;AO=36;DP=43;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00333845;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=261.665;QD=45.4062;RBI=0.00850823;REFB=-0.0890852;REVB=0.0078259;RO=7;SAF=22;SAR=14;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100951;STB=0.554346;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000733755;OID=.;OPOS=93196422;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:43:43:7:7:36:36:0.837209:14:22:2:5:14:22:2:5 chr12 93202801 . C T 474.86 PASS AF=0.464286;AO=46;DP=107;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00658403;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.025;QD=16.9592;RBI=0.0120622;REFB=-0.0183022;REVB=0.0101068;RO=61;SAF=29;SAR=17;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12788;STB=0.541651;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0206946;OID=.;OPOS=93202801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:112:61:60:46:52:0.464286:17:29:31:30:22:30:30:30 chr12 93692934 . G A 231.5 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.000318748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.066;QD=12.3469;RBI=0.00246031;REFB=-0.0164059;REVB=-0.00243958;RO=46;SAF=11;SAR=17;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186507;STB=0.613404;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0255898;OID=.;OPOS=93692934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:46:47:28:28:0.373333:17:11:26:20:17:11:27:20 chr12 93969198 . A G 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00445015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.644;QD=24.8186;RBI=0.00654614;REFB=0.00593307;REVB=0.00480084;RO=18;SAF=16;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491305;STB=0.52725;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00396526;OID=.;OPOS=93969198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:8:16:13:5:8:16:13:5 chr12 94243853 . C T 336.97 PASS AF=0.4625;AO=35;DP=78;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0046991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.82;QD=16.8482;RBI=0.0133951;REFB=-0.0333992;REVB=0.0125438;RO=43;SAF=26;SAR=9;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231234;STB=0.618253;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0417067;OID=.;OPOS=94243853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:43:43:35:37:0.4625:9:26:23:20:10:27:23:20 chr12 94543506 . C T 200.55 PASS AF=0.313253;AO=25;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00859596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4954;QD=9.665;RBI=0.0133938;REFB=-0.0109971;REVB=0.0102715;RO=53;SAF=6;SAR=19;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316703;STB=0.685705;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0313648;OID=.;OPOS=94543506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:57:25:26:0.313253:19:6:26:27:19:7:30:27 chr12 94620432 . G T 230.64 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0294181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2149;QD=12.139;RBI=0.0387019;REFB=-0.0124942;REVB=0.0251478;RO=48;SAF=18;SAR=10;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331171;STB=0.689651;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0192069;OID=.;OPOS=94620432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:10:18:16:32:10:18:16:32 chr12 94631496 . C T 255.67 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0207332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.205;QD=17.9419;RBI=0.0223816;REFB=-0.0159613;REVB=0.00843022;RO=28;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190094;STB=0.613305;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0214806;OID=.;OPOS=94631496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:13:15:9:19:13:15:9:20 chr12 94645255 . A G 1497.31 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594004;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.893;QD=59.8925;RBI=0.00808364;REFB=0;REVB=-0.0054828;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74012e-05;OID=.;OPOS=94645255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:100:0:0:100:100:1:45:55:0:0:45:55:0:0 chr12 94671743 . G C 1533.96 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0118036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.587;QD=62.6108;RBI=0.0266135;REFB=-0.0912373;REVB=0.0238527;RO=1;SAF=37;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783967;STB=0.504131;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00199702;OID=.;OPOS=94671743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:60:37:0:1:60:37:0:1 chr12 94671910 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0514414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.348;QD=21.8421;RBI=0.0548216;REFB=-0.0190642;REVB=-0.0189522;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209294;STB=0.624528;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0173782;OID=.;OPOS=94671910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:5:1:1:1:5:1:1:1 chr12 94673277 . G A 285.08 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0154119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.722;QD=23.7569;RBI=0.0161987;REFB=-0.0134932;REVB=-0.00498727;RO=21;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114436;STB=0.554413;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0080788;OID=.;OPOS=94673277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:16:10:11:10:16:10:11:11 chr12 94673509 . GC G 277.95 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.144985;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.9939;QD=41.1781;RBI=0.166848;REFB=0;REVB=-0.082568;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.365854;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00967924;OID=.;OPOS=94673510;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:27:27:27:0:13:14:0:0:5:0:12:12:0:0 chr12 94769758 . A G 1400.6 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0331656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.507;QD=61.5649;RBI=0.0331718;REFB=-0.0334589;REVB=0.000641633;RO=1;SAF=39;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119978;STB=0.506328;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=1.71645e-05;OID=.;OPOS=94769758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:51:39:1:0:51:39:1:0 chr12 94772742 . C T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0758507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.608;QD=19.0579;RBI=0.0775931;REFB=-0.0108055;REVB=-0.0163511;RO=20;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418569;STB=0.523784;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0106395;OID=.;OPOS=94772742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:14:5:6:14:14:5:6:14 chr12 94909304 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.853;QD=48.7361;RBI=0.157199;REFB=0;REVB=0.0879669;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260354;OID=.;OPOS=94909304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr12 94955644 . G T 281.74 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.013863;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4664;QD=14.448;RBI=0.0358915;REFB=-0.0112099;REVB=-0.0331061;RO=46;SAF=15;SAR=17;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127591;STB=0.507242;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0174579;OID=.;OPOS=94955644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:17:15:21:25:17:15:21:25 chr12 94963527 . AT A,ATT 32.89 PASS AF=0.350877,0.0175439;AO=22,7;DP=58;FAO=20,1;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=10,1;FSAR=10,0;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.235422,-0.233494;FXX=0.0172384;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.52708,7.41775;QD=2.30809;RBI=0.274928,0.277907;REFB=-0.0178912,0.0183271;REVB=-0.141993,0.150707;RO=26;SAF=10,5;SAR=12,2;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.152576,0.131509;STB=0.571359,0.987848;STBP=0.461,0.483;TYPE=del,ins;VARB=0.0661532,-0.167014;OID=.,.;OPOS=94963528,94963528;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.350877,0.0175439:22,7:58:20,1:57:36:10,1:10,0:22:14:34:26:10,5:12,2:16:10 chr12 94963611 . C T 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0110803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.932;QD=21.7427;RBI=0.0300568;REFB=-0.011567;REVB=-0.02794;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176946;STB=0.599867;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00774063;OID=.;OPOS=94963611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:7:4:9:6:7:4 chr12 94972290 . C T 250.77 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.067879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2539;QD=19.6682;RBI=0.0776736;REFB=-0.0236562;REVB=0.0377574;RO=25;SAF=17;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290716;STB=0.662544;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.034369;OID=.;OPOS=94972290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:9:17:8:17:9:17:8:17 chr12 94975799 . G A 419.58 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00217015;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.869;QD=19.98;RBI=0.031226;REFB=0.00508869;REVB=-0.0311505;RO=41;SAF=24;SAR=18;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350705;STB=0.524464;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0045565;OID=.;OPOS=94975799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:41:42:42:42:0.5:18:24:25:16:18:24:26:16 chr12 94976084 . T C 441.09 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0021626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.446;QD=22.3338;RBI=0.00422563;REFB=-0.0129557;REVB=-0.00363031;RO=36;SAF=14;SAR=29;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828206;STB=0.545728;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0118785;OID=.;OPOS=94976084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:29:14:15:21:29:14:15:21 chr12 94976159 . T C 411.73 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.018188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.856;QD=35.0411;RBI=0.0200494;REFB=0.000666383;REVB=0.00843652;RO=14;SAF=12;SAR=21;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909224;STB=0.549327;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.000205125;OID=.;OPOS=94976159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:21:12:3:11:21:12:3:11 chr12 95387988 . T C 164.46 PASS AF=0.4;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0541539;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.0996;QD=14.6183;RBI=0.0567919;REFB=-0.0410326;REVB=0.0171079;RO=26;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288549;STB=0.676276;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0618252;OID=.;OPOS=95387988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:27:18:18:0.4:6:12:10:16:6:12:10:17 chr12 95470600 . A ATCTT 378.12 PASS AF=0.358779;AO=35;DP=144;FAO=47;FDP=131;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.00289799;FXX=0.0296274;HRUN=1;LEN=4;MLLD=242.203;QD=11.5457;RBI=0.0111641;REFB=-0.0167322;REVB=-0.0107814;RO=93;SAF=16;SAR=19;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720581;STB=0.548113;STBP=0.439;TYPE=ins;VARB=0.0267601;OID=.;OPOS=95470601;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358779:35:144:47:131:84:20:27:42:42:99:93:16:19:48:45 chr12 95500727 . C G 137.53 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0288178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.76;QD=18.969;RBI=0.103814;REFB=-0.0489634;REVB=0.0997336;RO=14;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203786;STB=0.511612;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0492616;OID=.;OPOS=95500727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:4:11:10:4:4:11:10:4 chr12 95502303 . G A 513.64 PASS AF=0.571429;AO=47;DP=83;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.000358239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.413;QD=24.459;RBI=0.0259163;REFB=-0.00882452;REVB=-0.0259139;RO=36;SAF=27;SAR=20;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103292;STB=0.550725;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00699009;OID=.;OPOS=95502303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:36:36:47:48:0.571429:20:27:16:20:21:27:16:20 chr12 95603098 . G A 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0159577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7531;QD=20.8115;RBI=0.0365697;REFB=0.00349775;REVB=0.0329043;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266171;STB=0.649224;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00173821;OID=.;OPOS=95603098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:14:9:16:7:14:9:16:7 chr12 95604290 . T C 334.69 PASS AF=0.627451;AO=31;DP=50;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00574463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.689;QD=26.2504;RBI=0.0069123;REFB=-0.0178333;REVB=-0.00384435;RO=18;SAF=19;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780108;STB=0.538437;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.010112;OID=.;OPOS=95604290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:18:19:31:32:0.627451:12:19:9:9:12:20:10:9 chr12 95604547 . C T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00890919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.135;QD=18.6449;RBI=0.012009;REFB=-0.0162239;REVB=-0.00805242;RO=13;SAF=12;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226104;STB=0.631363;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0183031;OID=.;OPOS=95604547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:2:12:9:4:2:12:9:4 chr12 95604664 . A G 186.2 PASS AF=0.383333;AO=22;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00410083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.759;QD=12.413;RBI=0.00576053;REFB=0.00430471;REVB=-0.0040456;RO=37;SAF=17;SAR=5;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260435;STB=0.659534;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00825465;OID=.;OPOS=95604664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:37:37:22:23:0.383333:5:17:21:16:5:18:21:16 chr12 95637234 . C T 445.39 PASS AF=0.941176;AO=33;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0624117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3699;QD=52.3989;RBI=0.0661542;REFB=-0.0210623;REVB=0.0219352;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523795;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00244122;OID=.;OPOS=95637234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:0:2:33:32:0.941176:21:12:0:0:20:12:0:2 chr12 95681597 . G A 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.017595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.75;QD=22.6004;RBI=0.0190153;REFB=-0.00673773;REVB=0.00721102;RO=20;SAF=5;SAR=18;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387426;STB=0.52172;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00409373;OID=.;OPOS=95681597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:18:5:5:15:18:5:5:15 chr12 95694394 . G A 500.05 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00490086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.69;QD=54.0598;RBI=0.00852908;REFB=-0.141249;REVB=0.00698045;RO=1;SAF=12;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373832;STB=0.538439;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000830948;OID=.;OPOS=95694394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:37:37:1:2:35:35:0.945946:23:12:1:0:23:12:2:0 chr12 95694547 . A G 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0258485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6297;QD=20.8994;RBI=0.0416274;REFB=0.0104646;REVB=-0.0326297;RO=24;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496446;STB=0.50276;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.0138577;OID=.;OPOS=95694547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:13:15:13:11:13:15:13:11 chr12 95695804 . C A 594.42 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.423;QD=60.9662;RBI=0.005058;REFB=0;REVB=0.00393315;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69528e-05;OID=.;OPOS=95695804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr12 95774672 . C G 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00932247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1695;QD=24.8016;RBI=0.0177985;REFB=-0.0103976;REVB=0.0151617;RO=4;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172958;STB=0.599769;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00695959;OID=.;OPOS=95774672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:9:1:1:3:9:1:1:3 chr12 95879734 . C T 213.96 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00851159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.142;QD=20.8738;RBI=0.0213413;REFB=-0.0278028;REVB=-0.0195705;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206443;STB=0.511617;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0253734;OID=.;OPOS=95879734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:10:10:10:11:10:10 chr12 95927762 . T C 778.56 PASS AF=0.966102;AO=55;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.115936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6739;QD=52.7838;RBI=0.122926;REFB=-0.182722;REVB=0.0408633;RO=2;SAF=32;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285525;STB=0.515146;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00759657;OID=.;OPOS=95927762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:59:59:2:2:55:57:0.966102:23:32:2:0:25:32:2:0 chr12 96052721 . G A 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0102837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.593;QD=18.4892;RBI=0.0106482;REFB=-0.018022;REVB=-0.00276204;RO=25;SAF=16;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097583;STB=0.571361;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00854072;OID=.;OPOS=96052721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:6:16:16:9:6:16:16:10 chr12 96284650 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.306;QD=56.938;RBI=0.0539554;REFB=0;REVB=-0.0539317;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162927;OID=.;OPOS=96284650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr12 96288860 . T C 2351.1 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.629;QD=61.0677;RBI=0.0423572;REFB=0;REVB=0.029102;RO=0;SAF=72;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2594e-05;OID=.;OPOS=96288860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:82:72:0:0:82:72:0:0 chr12 96346594 . T C 619.92 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0133778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3103;QD=59.04;RBI=0.0364469;REFB=0.0476204;REVB=0.0339029;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208513;STB=0.511106;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00144256;OID=.;OPOS=96346594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:22:19:0:1:22:19:0:1 chr12 96374563 . T C 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00348092;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.771;QD=54.6368;RBI=0.00792975;REFB=-0.00281978;REVB=0.0071249;RO=1;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140577;STB=0.50746;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=9.09575e-06;OID=.;OPOS=96374563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:33:18:0:1:33:18:0:1 chr12 96374614 . C T 553.09 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.07;QD=58.2199;RBI=0.0188868;REFB=0;REVB=0.018827;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136618;OID=.;OPOS=96374614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:34:38:1:18:16:0:0:21:17:0:0 chr12 96384249 . T C 693.4 PASS AF=1;AO=38;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000210443;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1187;QD=61.6359;RBI=0.013983;REFB=0;REVB=-0.0139814;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103103;OID=.;OPOS=96384249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:38:45:1:15:23:0:0:20:25:0:0 chr12 96384250 . G C 32.92 PASS AF=0.130435;AO=5;DP=45;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0180364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.2936;QD=2.8626;RBI=0.0181308;REFB=-0.0668017;REVB=-0.001848;RO=40;SAF=1;SAR=4;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436901;STB=0.855053;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.109496;OID=.;OPOS=96384250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:46:40:40:5:6:0.130435:4:1:24:16:5:1:24:16 chr12 96387621 . A G 1085.65 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0340452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3019;QD=58.684;RBI=0.0563076;REFB=-0.150891;REVB=-0.0448495;RO=1;SAF=38;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122856;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00353009;OID=.;OPOS=96387621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:35:38:1:0:35:38:1:0 chr12 96387765 . T A 1362.18 PASS AF=1;AO=88;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766031;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5432;QD=59.8762;RBI=0.0942101;REFB=-0.0920344;REVB=0.0548408;RO=3;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368783;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00429787;OID=.;OPOS=96387765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:92:91:3:0:88:91:1:37:51:0:3:40:51:0:0 chr12 96661610 . TAAAAG T 495.1 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107593;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=5;MLLD=229.108;QD=50.7798;RBI=0.00513112;REFB=0;REVB=0.00501704;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.44464e-05;OID=.;OPOS=96661611;OREF=AAAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:39:39:39:0:23:16:0:0:8:0:23:15:0:0 chr12 96821251 . A T 1387.06 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0620898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4229;QD=60.3068;RBI=0.0813524;REFB=-0.0509625;REVB=0.052565;RO=2;SAF=37;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00377829;STB=0.501994;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00486148;OID=.;OPOS=96821251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:53:37:1:1:53:37:1:1 chr12 96883627 . G A 601.19 PASS AF=0.448276;AO=65;DP=152;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.016184;FXX=0.0460496;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4516;QD=16.5845;RBI=0.0162308;REFB=0.00959269;REVB=-0.0012317;RO=87;SAF=27;SAR=38;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699702;STB=0.512504;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.0126851;OID=.;OPOS=96883627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:145:87:80:65:65:0.448276:38:27:42:45:38:27:35:45 chr12 96974751 . A G 727.48 PASS AF=0.469512;AO=77;DP=164;FAO=77;FDP=164;FR=.;FRO=87;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.004682;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.219;QD=17.7435;RBI=0.0241586;REFB=-0.012898;REVB=-0.0237006;RO=87;SAF=37;SAR=40;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00214826;STB=0.501189;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0122122;OID=.;OPOS=96974751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:87:87:77:77:0.469512:40:37:42:45:40:37:42:45 chr12 96992494 . C T 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.091;QD=56.9556;RBI=0.0221536;REFB=0;REVB=-0.0219701;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.39387e-05;OID=.;OPOS=96992494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr12 97020673 . T C 328.66 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=2.90388e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.923;QD=18.0086;RBI=0.00821785;REFB=-0.0103059;REVB=-0.00821779;RO=38;SAF=21;SAR=14;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214143;STB=0.619498;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0119961;OID=.;OPOS=97020673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:14:21:14:24:14:21:14:24 chr12 97023937 . A C 223.63 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0313433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5861;QD=12.7786;RBI=0.0487659;REFB=-0.0230853;REVB=0.0373592;RO=43;SAF=21;SAR=6;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427526;STB=0.746476;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0376494;OID=.;OPOS=97023937;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:6:21:17:26:6:21:17:26 chr12 97038054 . G A 437.96 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00323164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.608;QD=21.6275;RBI=0.00323723;REFB=-0.0161275;REVB=-0.000190221;RO=38;SAF=19;SAR=24;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497341;STB=0.52746;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0123409;OID=.;OPOS=97038054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:24:19:19:19:24:19:19:19 chr12 97098549 . T C 75.06 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0166793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9588;QD=11.5483;RBI=0.0424494;REFB=-0.00472372;REVB=0.0390353;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189101;STB=0.636097;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00985237;OID=.;OPOS=97098549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:9:10:0.384615:5:4:10:6:6:4:10:6 chr12 97102578 . G A 175.57 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0851274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8307;QD=46.818;RBI=0.0984084;REFB=0;REVB=-0.0493713;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138554;OID=.;OPOS=97102578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr12 97136239 . G A 821.51 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00190608;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.365;QD=57.65;RBI=0.00973346;REFB=0;REVB=0.009545;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011723;OID=.;OPOS=97136239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr12 97254620 . G A 1828.33 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=122;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114956;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.056;QD=60.4407;RBI=0.0348188;REFB=0.0339667;REVB=0.0328663;RO=1;SAF=56;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840652;STB=0.504424;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-5.39616e-05;OID=.;OPOS=97254620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:121:1:1:119:120:0.991736:63:56:1:0:64:56:1:0 chr12 98332904 . TCA T 654.85 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311285;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=285.202;QD=62.3667;RBI=0.0319605;REFB=0;REVB=0.00724526;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.77025e-05;OID=.;OPOS=98332905;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:42:42:42:0:27:15:0:0:4:0:27:15:0:0 chr12 98897267 . C T 695.83 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00475222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.277;QD=60.5073;RBI=0.00886692;REFB=0.0196627;REVB=0.0074859;RO=1;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030296;STB=0.516122;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=8.68089e-05;OID=.;OPOS=98897267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:15:30:0:1:15:30:0:1 chr12 98940228 . A AT 62.81 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.134031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.8092;QD=11.9641;RBI=0.152716;REFB=0.00300107;REVB=0.0731972;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13278;STB=0.578773;STBP=0.537;TYPE=ins;VARB=0.0227887;OID=.;OPOS=98940229;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:9:21:9:21:12:5:4:5:7:62:12:5:4:5:7 chr12 99007623 . C T 197.86 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0243555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7631;QD=11.1469;RBI=0.0470391;REFB=0.0045023;REVB=-0.0402428;RO=45;SAF=13;SAR=12;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148206;STB=0.501128;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.0204341;OID=.;OPOS=99007623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:12:13:24:21:12:13:24:22 chr12 99477625 . T C 1171.37 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7602;QD=60.8504;RBI=0.0339754;REFB=0;REVB=-0.0042969;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000306865;OID=.;OPOS=99477625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr12 99640428 . T C 1642.48 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00256044;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.612;QD=59.1885;RBI=0.0126216;REFB=-0.0272842;REVB=0.0123592;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.504424;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=5.43019e-05;OID=.;OPOS=99640428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:111:0:1:110:110:0.990991:54:56:0:0:54:56:1:0 chr12 99640557 . T C 1553.47 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0322325;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.147;QD=62.7665;RBI=0.042038;REFB=-0.0260753;REVB=0.0269864;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000111333;OID=.;OPOS=99640557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:99:0:1:97:98:0.989899:50:47:0:0:50:48:0:1 chr12 100893636 . C T 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00518752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7437;QD=59.3206;RBI=0.0515441;REFB=0;REVB=-0.0512823;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258719;OID=.;OPOS=100893636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr12 101017445 . T C 1410.87 PASS AF=0.96875;AO=92;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0238309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.408;QD=58.7862;RBI=0.0648669;REFB=-0.162357;REVB=0.0603307;RO=1;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101945;STB=0.50504;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.000700162;OID=.;OPOS=101017445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:96:1:3:92:93:0.96875:46:46:0:1:46:47:2:1 chr12 101018014 . T C 207.35 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1706;QD=48.7881;RBI=0.0392353;REFB=0;REVB=-0.0358014;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000848065;OID=.;OPOS=101018014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:8:9:0:0 chr12 101336201 . G C 393.01 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=49;FWDB=-0.0116941;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.906;QD=14.6918;RBI=0.0116952;REFB=-0.0182684;REVB=-0.000165792;RO=59;SAF=8;SAR=37;SRF=12;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427412;STB=0.530361;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0224711;OID=.;OPOS=101336201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:59:62:45:45:0.420561:37:8:12:47:37:8:13:49 chr12 101520689 . A G 192.81 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00552173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9125;QD=14.8317;RBI=0.0128353;REFB=-0.0206615;REVB=0.0115869;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223656;STB=0.627472;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0398857;OID=.;OPOS=101520689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:9:13:11:19:9:13:11:19 chr12 101522078 . C G 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.000146659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4359;QD=14.7347;RBI=0.0114997;REFB=-0.0140274;REVB=0.0114987;RO=36;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665201;STB=0.537787;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0228446;OID=.;OPOS=101522078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:11:16:19:17:11:16:19:17 chr12 101552075 . G A 849.05 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.061233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1278;QD=54.7777;RBI=0.0687818;REFB=-0.0251328;REVB=0.0313283;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000768318;OID=.;OPOS=101552075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:59:61:0.983871:30:29:0:0:32:29:0:1 chr12 101560328 . C A 286.46 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0157284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9375;QD=24.3795;RBI=0.0165328;REFB=0.00484703;REVB=-0.00509416;RO=21;SAF=7;SAR=19;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227821;STB=0.627419;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0056111;OID=.;OPOS=101560328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:19:7:11:10:19:7:11:10 chr12 101561940 . A T 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00360062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.373;QD=20.7376;RBI=0.0324313;REFB=-0.0266645;REVB=0.0322308;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00586403;STB=0.503308;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0285805;OID=.;OPOS=101561940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:8:10:9:7:8:10:9:7 chr12 101587518 . C T 195.19 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00693087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.56;QD=14.1959;RBI=0.00693113;REFB=-0.0162417;REVB=-5.9705e-05;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253359;STB=0.660239;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0297336;OID=.;OPOS=101587518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:22:23:0.418182:14:8:19:12:15:8:20:12 chr12 101683929 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=26;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.807;QD=58.5878;RBI=0.00644727;REFB=0;REVB=0.00208915;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37276e-05;OID=.;OPOS=101683929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:26:33:1:13:13:0:0:14:19:0:0 chr12 101732670 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0689828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.052;QD=39.2067;RBI=0.0792546;REFB=0;REVB=0.0390213;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000511963;OID=.;OPOS=101732670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr12 101750814 . T A 868.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.62;QD=57.8816;RBI=0.0103106;REFB=0;REVB=-0.00991068;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6958e-05;OID=.;OPOS=101750814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr12 101755809 . T C 888.46 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0083666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.19;QD=56.4101;RBI=0.0412851;REFB=-0.0555775;REVB=0.0404285;RO=1;SAF=33;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140928;STB=0.50746;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00105378;OID=.;OPOS=101755809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:29:33:1:0:29:33:1:0 chr12 101866174 . C A,T 655.61 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=41,2;DP=43;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184171,0.0164406;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.0861,10.6924;QD=60.9873;RBI=0.0386796,0.0821977;REFB=0,0;REVB=-0.0340136,-0.0805367;RO=0;SAF=23,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00404129,0.0978338;OID=.,.;OPOS=101866174,101866174;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:43:43:0:0:41,2:41,2:0.953488,0.0465116:18,2:23,0:0:0:18,2:23,0:0:0 chr12 102036305 . C T 307.45 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00368511;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.736;QD=20.4965;RBI=0.00461224;REFB=-0.0303084;REVB=0.00277358;RO=28;SAF=17;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263216;STB=0.514605;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0256402;OID=.;OPOS=102036305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:15:17:14:14:15:17:14:14 chr12 102045163 . C G 196.09 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0229676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5561;QD=25.3018;RBI=0.0229766;REFB=-0.0283924;REVB=0.000642096;RO=12;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124967;STB=0.569325;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0333606;OID=.;OPOS=102045163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:31:31:12:12:19:19:0.612903:11:8:3:9:11:8:3:9 chr12 102064118 . T C 936.22 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2382;QD=58.5138;RBI=0.047565;REFB=0;REVB=-0.0143325;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000562112;OID=.;OPOS=102064118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr12 102078205 . A G 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0144234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.443;QD=16.4166;RBI=0.0149089;REFB=-0.0234315;REVB=-0.00377359;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178685;STB=0.510294;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0373503;OID=.;OPOS=102078205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:6:10:9:5:6:10 chr12 102079418 . G A 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.827;QD=61.8516;RBI=0.0549806;REFB=0;REVB=0.0505493;RO=0;SAF=52;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38528e-05;OID=.;OPOS=102079418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:31:52:0:0:31:52:0:0 chr12 102108345 . T C 1672.5 PASS AF=0.950413;AO=87;DP=122;FAO=115;FDP=121;FR=.;FRO=6;FSAF=67;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.000917284;FXX=0.00819605;HRUN=8;LEN=1;MLLD=41.6138;QD=55.2892;RBI=0.0134596;REFB=-0.0838866;REVB=0.0134283;RO=1;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014141;STB=0.504205;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00420459;OID=.;OPOS=102108345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:122:121:1:6:87:115:0.950413:33:54:0:1:48:67:3:3 chr12 102117589 . C T 1377.17 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.948;QD=62.5985;RBI=0.0406;REFB=0;REVB=-0.0404717;RO=0;SAF=56;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86172e-05;OID=.;OPOS=102117589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:32:56:0:0:32:56:0:0 chr12 102158763 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.166;QD=62.9818;RBI=0.0176324;REFB=0;REVB=0.00388971;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90129e-05;OID=.;OPOS=102158763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:14:31:0:0:14:31:0:0 chr12 102173654 . T C 887.23 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.101324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1978;QD=56.332;RBI=0.108514;REFB=-0.0288531;REVB=0.0388424;RO=1;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185094;STB=0.509801;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000733662;OID=.;OPOS=102173654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:25:37:0:1:25:37:0:1 chr12 102279193 . G A 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1621;QD=63.5809;RBI=0.0112628;REFB=0;REVB=-0.00818043;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145841;OID=.;OPOS=102279193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:14:33:0:0:14:33:0:0 chr12 102315359 . G T 514.18 PASS AF=1;AO=26;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.421;QD=58.7632;RBI=0.0521513;REFB=0;REVB=0.045119;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000920325;OID=.;OPOS=102315359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:26:35:1:13:13:0:0:21:14:0:0 chr12 102321186 . CTTTTTTTTTTTTTTT CTTTCTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTTA 212.61 PASS AF=0.130435,0.108696,0.695652,0.0434783,0.0217391;AO=3,11,11,6,2;DP=46;FAO=6,5,32,2,1;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5,26,2,1;FSAR=5,0,6,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536801,0.0131023,0.0195617,0.0381607,-0.0109593;FXX=0.061212;HRUN=15,15,15,15,15;LEN=1,3,2,1,1;MLLD=266.264,9.46326,7.03611,4.26617,13.1638;QD=18.488;RBI=0.0112875,0.0239981,0.0430961,0.083707,0.082169;REFB=0.0548265,0.339538,0.403652,0.380763,0.241083;REVB=-0.00992937,0.0201057,0.0384007,0.0745025,0.0814348;RO=2;SAF=0,9,10,6,2;SAR=3,2,1,0,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.74993,-0.089979,-0.0818657,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del,snp;VARB=-0.0134054,0.0545433,-0.0200872,0.247475,0.176734;OID=.,.,.,.,.;OPOS=102321190,102321187,102321187,102321187,102321201;OREF=T,TTT,TT,T,T;OALT=C,-,-,-,A;OMAPALT=CTTTCTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.130435,0.108696,0.695652,0.0434783,0.0217391:3,11,11,6,2:46:6,5,32,2,1:46:0:1,5,26,2,1:5,0,6,0,0:0:0:40:2:0,9,10,6,2:3,2,1,0,0:2:0 chr12 102455729 . G A 292.54 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0290137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.307;QD=16.9591;RBI=0.0315136;REFB=0.0133916;REVB=0.0123009;RO=37;SAF=21;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194047;STB=0.614569;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0244247;OID=.;OPOS=102455729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:31:32:0.463768:10:21:18:19:10:22:18:19 chr12 102517804 . G A 258.35 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0672939;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.65;QD=22.964;RBI=0.068037;REFB=-0.0247542;REVB=-0.0100277;RO=21;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010198;STB=0.505699;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0238635;OID=.;OPOS=102517804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:14:10:9:12:14:10:9:12 chr12 102542124 . C T 421.88 PASS AF=0.392;AO=49;DP=125;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.0154572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.664;QD=13.5001;RBI=0.0249115;REFB=-0.0106362;REVB=-0.0195361;RO=75;SAF=23;SAR=26;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682971;STB=0.534581;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0155214;OID=.;OPOS=102542124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:75:76:49:49:0.392:26:23:40:35:26:23:40:36 chr12 102545563 . A G 369.29 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00869342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.861;QD=25.0366;RBI=0.0129034;REFB=-0.00631968;REVB=-0.00953532;RO=23;SAF=18;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463718;STB=0.52541;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00393308;OID=.;OPOS=102545563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:18:18:10:13:18:18:10:13 chr12 102611371 . T G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.078112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9392;QD=12.7821;RBI=0.0781416;REFB=0.0244381;REVB=-0.00215112;RO=14;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564506;STB=0.842944;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0291502;OID=.;OPOS=102611371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:9:1:8:6:9:1:8:6 chr12 102795811 . C A 398.34 PASS AF=0.471264;AO=39;DP=85;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0203161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.741;QD=18.3145;RBI=0.0203207;REFB=-0.00469111;REVB=0.000432277;RO=46;SAF=20;SAR=19;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123951;STB=0.506447;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00510753;OID=.;OPOS=102795811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:46:46:39:41:0.471264:19:20:23:23:21:20:23:23 chr12 103237468 . G C 1148.81 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.979;QD=60.4636;RBI=0.0175123;REFB=0;REVB=-0.0160218;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83534e-05;OID=.;OPOS=103237468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:73:76:1:35:38:0:0:38:38:0:0 chr12 103246700 . C T 417.95 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0716639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.8;QD=53.9286;RBI=0.0980197;REFB=-0.0985575;REVB=0.0668741;RO=1;SAF=10;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443379;STB=0.523793;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00368636;OID=.;OPOS=103246700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:20:10:1:0:20:10:1:0 chr12 104067812 . C T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0364965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.797;QD=12.5694;RBI=0.0369623;REFB=-0.0168598;REVB=-0.0058496;RO=26;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231845;STB=0.637486;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0370273;OID=.;OPOS=104067812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:4:11:14:12:4:11:14:12 chr12 104086631 . C T 651.85 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0665557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.415;QD=62.0811;RBI=0.0665722;REFB=0;REVB=-0.00148186;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102119;OID=.;OPOS=104086631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:24:18:0:0 chr12 104092996 . T C 453.3 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0126683;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9232;QD=17.4348;RBI=0.0182778;REFB=-0.0197449;REVB=0.0131754;RO=55;SAF=19;SAR=30;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201689;STB=0.612199;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0206101;OID=.;OPOS=104092996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:49:49:0.471154:30:19:33:22:30:19:33:22 chr12 104100617 . C T 3272.82 PASS AF=1;AO=209;DP=210;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253935;FXX=0.00469462;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.061;QD=61.7513;RBI=0.0254075;REFB=-0.0653505;REVB=0.000844652;RO=1;SAF=107;SAR=102;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464752;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88855e-05;OID=.;OPOS=104100617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:210:212:1:0:209:212:1:102:107:0:1:103:109:0:0 chr12 104123924 . A G 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0194169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.454;QD=13.7739;RBI=0.0201669;REFB=-0.0187331;REVB=0.00544886;RO=31;SAF=4;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405262;STB=0.736585;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0252532;OID=.;OPOS=104123924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:16:4:17:14:16:4:17:14 chr12 104136316 . C T 770.43 PASS AF=0.47093;AO=77;DP=169;FAO=81;FDP=172;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=58;FSRF=32;FSRR=59;FWDB=-0.0124543;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.892;QD=17.9169;RBI=0.0131513;REFB=-0.0245254;REVB=0.00422471;RO=87;SAF=21;SAR=56;SRF=30;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831274;STB=0.542414;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0259398;OID=.;OPOS=104136316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:172:87:91:77:81:0.47093:56:21:30:57:58:23:32:59 chr12 104153004 . C G 355.35 PASS AF=0.5;AO=35;DP=72;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00121172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.132;QD=19.2081;RBI=0.00488294;REFB=-0.00871133;REVB=-0.00473021;RO=37;SAF=17;SAR=18;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000711364;STB=0.513506;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0126311;OID=.;OPOS=104153004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:37:37:35:37:0.5:18:17:18:19:18:19:18:19 chr12 104171645 . A G 61.55 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0502502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.167;QD=8.48909;RBI=0.134135;REFB=-0.0531849;REVB=-0.124367;RO=16;SAF=1;SAR=7;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.711552;STB=0.89653;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.111963;OID=.;OPOS=104171645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:29:29:16:19:8:8:0.275862:7:1:14:2:7:1:14:5 chr12 104186946 . G T 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.587;QD=57.6744;RBI=0.00875096;REFB=0;REVB=-0.00636336;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41913e-06;OID=.;OPOS=104186946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr12 104235308 . C G 210.73 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0203056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.022;QD=19.1569;RBI=0.0396641;REFB=-0.0457758;REVB=-0.0340723;RO=22;SAF=19;SAR=2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370365;STB=0.736151;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.047242;OID=.;OPOS=104235308;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:2:19:15:7:2:19:15:8 chr12 104254932 . G A 670.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9482;QD=62.345;RBI=0.110213;REFB=0;REVB=-0.105853;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00130269;OID=.;OPOS=104254932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr12 104309428 . G C 377.37 PASS AF=0.513158;AO=38;DP=70;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0200421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4635;QD=19.8618;RBI=0.0818476;REFB=-0.0314315;REVB=-0.0793558;RO=32;SAF=18;SAR=20;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733973;STB=0.512189;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0200638;OID=.;OPOS=104309428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:76:32:37:38:39:0.513158:20:18:18:14:21:18:18:19 chr12 104309559 . C T 536.39 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0371087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9464;QD=18.9872;RBI=0.0393217;REFB=-0.0107699;REVB=-0.0130053;RO=57;SAF=32;SAR=24;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105507;STB=0.558355;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.012414;OID=.;OPOS=104309559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:57:56:56:0.495575:24:32:26:31:24:32:26:31 chr12 104325459 . G C 442.46 PASS AF=0.511628;AO=43;DP=85;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0301708;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7719;QD=20.5793;RBI=0.0731356;REFB=0.02269;REVB=0.0666224;RO=42;SAF=21;SAR=22;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527783;STB=0.523245;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.0187374;OID=.;OPOS=104325459;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:42:42:43:44:0.511628:22:21:23:19:22:22:23:19 chr12 104341103 . C T 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00293853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.462;QD=22.5998;RBI=0.00832243;REFB=-0.0278599;REVB=0.00778639;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02356;STB=0.513173;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0238012;OID=.;OPOS=104341103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:9:11:12:11:9:11 chr12 104359779 . C T 53.24 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0127373;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.3793;QD=7.09925;RBI=0.0321334;REFB=-0.0102443;REVB=-0.0295011;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975603;STB=0.562336;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0321759;OID=.;OPOS=104359779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:31:30:22:22:8:8:0.266667:6:2:7:15:6:2:7:15 chr12 104408794 . C T 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0729246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.979;QD=12.7898;RBI=0.0739862;REFB=-0.00886504;REVB=-0.0124886;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887419;STB=0.551928;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.026052;OID=.;OPOS=104408794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:8:15:8:6:8:15 chr12 104492191 . TTA T,TTT 38.57 PASS AF=0.268293,0;AO=7,5;DP=50;FAO=11,0;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=7,0;FSAR=4,0;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0455616,0.0439033;FXX=0.0465008;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=20.3183,15.5066;QD=3.76322;RBI=0.124701,0.099253;REFB=-0.0381253,-0.00956893;REVB=-0.116079,-0.0890149;RO=32;SAF=3,0;SAR=4,5;SRF=19;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.196656,-0.675415;STB=0.553389,0.5;STBP=0.694,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0660604,0;OID=.,.;OPOS=104492192,104492193;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268293,0:7,5:50:11,0:41:30:7,0:4,0:17:13:40:32:3,0:4,5:19:13 chr12 104512832 . G A 131.98 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0303475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6362;QD=14.6644;RBI=0.0460438;REFB=0.00269068;REVB=-0.0346274;RO=21;SAF=3;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370286;STB=0.71763;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00732041;OID=.;OPOS=104512832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:12:3:11:10:12:3:11:10 chr12 104645363 . G A 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0155846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.25;QD=9.37563;RBI=0.0182634;REFB=-0.00316439;REVB=0.00952221;RO=41;SAF=6;SAR=13;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383718;STB=0.725661;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00682316;OID=.;OPOS=104645363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:13:6:27:14:13:6:27:14 chr12 104645405 . T C 126.98 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0268925;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.428;QD=8.06207;RBI=0.0316727;REFB=-0.0207421;REVB=-0.0167317;RO=44;SAF=7;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236062;STB=0.648019;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0471213;OID=.;OPOS=104645405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:45:18:18:0.285714:11:7:26:18:11:7:27:18 chr12 104698582 . A G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0085988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.869;QD=14.6498;RBI=0.00924302;REFB=-0.00266918;REVB=0.00339029;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615432;STB=0.535664;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00328026;OID=.;OPOS=104698582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:12:7:6:8:12:7 chr12 104985407 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.984;QD=39.2066;RBI=0.0770431;REFB=0;REVB=0.0241754;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194293;OID=.;OPOS=104985407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr12 104985443 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.764;QD=37.4885;RBI=0.0278457;REFB=0;REVB=-0.0100037;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196285;OID=.;OPOS=104985443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr12 105433523 . T A 803.61 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.061;QD=56.3934;RBI=0.0266452;REFB=0;REVB=0.0013626;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114167;OID=.;OPOS=105433523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:54:57:1:26:28:0:0:28:29:0:0 chr12 105433580 . G A 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0135431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.743;QD=21.839;RBI=0.0135701;REFB=-0.0218736;REVB=0.000855356;RO=23;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17961;STB=0.591522;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0128975;OID=.;OPOS=105433580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:16:9:13:10:16:9:13:11 chr12 105434467 . C T 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00741667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.369;QD=60.1581;RBI=0.0175656;REFB=0.00199826;REVB=-0.015923;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170841;STB=0.509087;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000112259;OID=.;OPOS=105434467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:27:17:0:1:27:17:0:1 chr12 105536238 . A T 394.17 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00954782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.6823;QD=19.9578;RBI=0.0244232;REFB=-0.0201603;REVB=-0.0224796;RO=39;SAF=24;SAR=16;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562593;STB=0.531234;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0181861;OID=.;OPOS=105536238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:16:24:21:18:16:24:21:18 chr12 105546172 . G A 1264.87 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.757;QD=61.7007;RBI=0.0330877;REFB=0;REVB=-0.0295145;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05988e-05;OID=.;OPOS=105546172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:47:34:0:0:47:35:0:0 chr12 105561664 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.566;QD=58.142;RBI=0.00820165;REFB=0;REVB=-0.00432062;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34942e-05;OID=.;OPOS=105561664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr12 105567068 . T A 1044.32 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000663816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0524;QD=59.6757;RBI=0.0357252;REFB=0;REVB=-0.035719;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144795;OID=.;OPOS=105567068;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:25:44:0:0:26:44:0:0 chr12 105567070 . T A 1062.19 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.183;QD=59.8418;RBI=0.0178486;REFB=0;REVB=-0.00316059;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23618e-05;OID=.;OPOS=105567070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:25:44:0:0:26:45:0:0 chr12 105567089 . T A 778.46 PASS AF=0.913043;AO=55;DP=65;FAO=63;FDP=69;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00444949;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=56.9;QD=45.1278;RBI=0.0760819;REFB=-0.0382012;REVB=0.0759517;RO=10;SAF=36;SAR=19;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017264;STB=0.514295;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0344467;OID=.;OPOS=105567089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:65:69:10:6:55:63:0.913043:19:36:6:4:22:41:3:3 chr12 105568122 . G A 2702.08 PASS AF=1;AO=172;DP=177;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392635;FXX=0.0280883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3919;QD=62.4758;RBI=0.0397052;REFB=0;REVB=0.00590555;RO=0;SAF=86;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135657;OID=.;OPOS=105568122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:173:0:0:172:173:1:86:86:0:0:87:86:0:0 chr12 105568176 . G A 2258.38 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382316;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.968;QD=60.2235;RBI=0.0383235;REFB=-0.0748118;REVB=-0.0026537;RO=0;SAF=68;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374005;OID=.;OPOS=105568176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:150:150:0:0:148:150:1:80:68:0:0:80:70:0:0 chr12 106460938 . G C 271.61 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.000905068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.958;QD=19.4005;RBI=0.00261105;REFB=-0.00973365;REVB=0.00244917;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052687;STB=0.538242;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.021573;OID=.;OPOS=106460938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:27:28:29:0.517857:12:16:17:10:13:16:17:10 chr12 106632131 . G C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0203022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.663;QD=9.91657;RBI=0.0226702;REFB=-0.00345008;REVB=0.0100875;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357641;STB=0.521691;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00807104;OID=.;OPOS=106632131;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:7:10:5:4:7:10 chr12 106633569 . C T 344.68 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0622924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4894;QD=14.3617;RBI=0.0640358;REFB=-0.0345455;REVB=0.0148406;RO=58;SAF=20;SAR=18;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641865;STB=0.536405;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0542173;OID=.;OPOS=106633569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:18:20:34:24:18:20:34:24 chr12 106647842 . C T 116.19 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.017775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.975;QD=20.2069;RBI=0.0232354;REFB=0.00264923;REVB=-0.0149644;RO=10;SAF=11;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275703;STB=0.659716;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00672341;OID=.;OPOS=106647842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:2:11:6:4:2:11:6:4 chr12 106704974 . G A 309.52 PASS AF=0.411765;AO=34;DP=84;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0327185;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.005;QD=14.5658;RBI=0.0329128;REFB=0.00462679;REVB=0.00357087;RO=48;SAF=13;SAR=21;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311109;STB=0.537293;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00676407;OID=.;OPOS=106704974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:48:50:34:35:0.411765:21:13:17:31:21:14:17:33 chr12 106838340 . T C 198.96 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.0287089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.207;QD=11.369;RBI=0.0296634;REFB=-0.0145649;REVB=0.00746416;RO=45;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202671;STB=0.616124;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0253264;OID=.;OPOS=106838340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:14:11:12:33:14:11:12:33 chr12 106893863 . G T 282.17 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0130731;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.072;QD=14.2869;RBI=0.0326671;REFB=-0.0201853;REVB=-0.0299371;RO=47;SAF=17;SAR=15;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230868;STB=0.513118;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0404574;OID=.;OPOS=106893863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:47:47:32:32:0.405063:15:17:26:21:15:17:26:21 chr12 106893930 . A T 247.39 PASS AF=0.402778;AO=28;DP=71;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.00457031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.973;QD=13.7437;RBI=0.00989889;REFB=-0.013267;REVB=-0.00878068;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165883;STB=0.594532;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.01814;OID=.;OPOS=106893930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:41:43:28:29:0.402778:14:14:27:14:14:15:29:14 chr12 106903321 . T C 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.00599042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.014;QD=10.4361;RBI=0.00900067;REFB=-0.00139938;REVB=0.00671766;RO=33;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263274;STB=0.655546;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00269446;OID=.;OPOS=106903321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:7:8:10:23:7:8:10:23 chr12 107083059 . C T 421.09 PASS AF=0.455446;AO=48;DP=103;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.0016227;FXX=0.0194156;HRUN=5;LEN=1;MLLD=286.993;QD=16.677;RBI=0.00777465;REFB=-0.0257331;REVB=-0.00760342;RO=54;SAF=25;SAR=23;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14025;STB=0.571775;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0276057;OID=.;OPOS=107083059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:54:55:48:46:0.455446:23:25:36:18:21:25:37:18 chr12 107090201 . T C 504.65 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0330429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2473;QD=20.186;RBI=0.039034;REFB=-0.00493092;REVB=-0.0207803;RO=50;SAF=30;SAR=19;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306887;STB=0.512815;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00589056;OID=.;OPOS=107090201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:51:49:49:0.49:19:30:29:21:19:30:30:21 chr12 107395106 . A G 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.592;QD=60.9755;RBI=0.0226928;REFB=0;REVB=0.00619483;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174001;OID=.;OPOS=107395106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr12 107713696 . G A 137.89 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00586905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.62;QD=19.019;RBI=0.0328037;REFB=-0.00912705;REVB=0.0322744;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395277;STB=0.518494;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00904139;OID=.;OPOS=107713696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:14:15:15:0.517241:8:7:5:7:8:7:6:8 chr12 108140139 . C T 324.08 PASS AF=0.39;AO=38;DP=102;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00239643;FXX=0.0740672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.252;QD=12.9632;RBI=0.0300798;REFB=-0.00707472;REVB=-0.0299842;RO=50;SAF=25;SAR=13;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185623;STB=0.630069;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0101825;OID=.;OPOS=108140139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:50:61:38:39:0.39:13:25:24:26:13:26:28:33 chr12 108618630 . C T 1606.71 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.97;QD=60.0641;RBI=0.0222621;REFB=0;REVB=0.0114795;RO=0;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03206e-05;OID=.;OPOS=108618630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:48:58:0:0:49:58:0:0 chr12 108918146 . C T 1899.06 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0069572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.525;QD=60.7699;RBI=0.0118805;REFB=-0.0890926;REVB=0.0096304;RO=1;SAF=72;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655358;STB=0.503448;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000128898;OID=.;OPOS=108918146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:52:72:1:0:52:72:1:0 chr12 108923950 . A G 629.45 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0160231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.116;QD=57.2226;RBI=0.0285549;REFB=-0.0618752;REVB=-0.0236356;RO=2;SAF=23;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390818;STB=0.520823;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00192744;OID=.;OPOS=108923950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:2:2:42:42:0.954545:19:23:2:0:19:23:2:0 chr12 108941679 . G A 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.883;QD=59.4331;RBI=0.0153568;REFB=0;REVB=0.00985235;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.99887e-06;OID=.;OPOS=108941679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr12 108954823 . C T 803.31 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0330421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1222;QD=55.4006;RBI=0.0397135;REFB=0.00957867;REVB=0.0220314;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145113;STB=0.50769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00111689;OID=.;OPOS=108954823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:25:32:1:0:25:32:1:0 chr12 108954862 . G C 628.17 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1634;QD=61.2853;RBI=0.0706916;REFB=0;REVB=0.0152929;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114504;OID=.;OPOS=108954862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:16:23:0:0:16:25:0:0 chr12 108955106 . C CT 364.13 PASS AF=1;AO=30;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106429;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.9158;QD=44.1372;RBI=0.107647;REFB=0;REVB=0.107642;RO=3;SAF=12;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117651;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00534168;OID=.;OPOS=108955107;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:34:33:33:0:13:20:0:0:7:3:12:18:1:2 chr12 108986112 . G C 117.55 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0246788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.313;QD=12.3733;RBI=0.0322482;REFB=-0.014119;REVB=0.0207581;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164728;STB=0.596878;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0192681;OID=.;OPOS=108986112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:8:6:14:10:8:6:14:10 chr12 109040001 . A G 214.34 PASS AF=0.5;AO=18;DP=40;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0337866;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.52;QD=20.4133;RBI=0.0358821;REFB=-0.00698265;REVB=0.0120827;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405594;STB=0.684044;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0102371;OID=.;OPOS=109040001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:22:21:18:21:0.5:6:12:5:17:8:13:5:16 chr12 109182049 . T C 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0662714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.43;QD=18.483;RBI=0.0684084;REFB=-0.00782683;REVB=-0.016965;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113833;STB=0.575837;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00751774;OID=.;OPOS=109182049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:10:9:12:8:10:9:13:8 chr12 109198916 . T G 254.35 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0717749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5175;QD=13.0436;RBI=0.0914927;REFB=0.00236419;REVB=0.0567386;RO=48;SAF=19;SAR=11;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124906;STB=0.571633;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.000988158;OID=.;OPOS=109198916;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:11:19:25:23:11:19:25:23 chr12 109219903 . C G 311.9 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0331463;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7315;QD=16.4159;RBI=0.0377522;REFB=-0.0174107;REVB=0.0180708;RO=41;SAF=23;SAR=11;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238177;STB=0.640839;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0134537;OID=.;OPOS=109219903;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:41:42:34:34:0.447368:11:23:18:23:11:23:18:24 chr12 109511256 . T C 999.39 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.23;QD=57.9355;RBI=0.0596658;REFB=0;REVB=0.0182785;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205642;OID=.;OPOS=109511256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:69:0:0:62:69:1:28:34:0:0:30:39:0:0 chr12 109519189 . C T 253.93 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0161748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2027;QD=21.6112;RBI=0.046694;REFB=0.00737;REVB=-0.0438031;RO=23;SAF=5;SAR=19;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322381;STB=0.682707;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00900536;OID=.;OPOS=109519189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:19:5:12:11:19:5:12:11 chr12 109524232 . A G 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.000832069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.074;QD=17.2228;RBI=0.000932641;REFB=0.0025214;REVB=0.000421285;RO=36;SAF=8;SAR=24;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314192;STB=0.677301;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00187321;OID=.;OPOS=109524232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:24:8:20:16:24:8:20:16 chr12 109577735 . C T 283.1 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.000984039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.518;QD=17.4217;RBI=0.00726349;REFB=-0.00440324;REVB=-0.00719653;RO=34;SAF=19;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107816;STB=0.560489;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00772188;OID=.;OPOS=109577735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:12:19:17:17:12:19:17:17 chr12 109605730 . C T 517.23 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0160434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.68;QD=25.2305;RBI=0.017821;REFB=0.00732987;REVB=0.00775862;RO=33;SAF=29;SAR=19;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179647;STB=0.592403;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00555819;OID=.;OPOS=109605730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:34:48:48:0.585366:19:29:12:21:19:29:13:21 chr12 109617865 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.212;QD=57.2376;RBI=0.0262676;REFB=0;REVB=-0.0187726;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.09205e-07;OID=.;OPOS=109617865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:39:17:0:0:39:17:0:0 chr12 109623516 . G A 210.41 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=-0.0622086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.76;QD=19.5734;RBI=0.0647752;REFB=-0.00390803;REVB=-0.0180533;RO=22;SAF=4;SAR=16;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179248;STB=0.616345;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00249342;OID=.;OPOS=109623516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:20:21:0.488372:16:4:2:20:16:5:2:20 chr12 109629457 . C T 464.87 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00849677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1001;QD=17.7095;RBI=0.0754764;REFB=-0.0220308;REVB=-0.0749966;RO=55;SAF=36;SAR=14;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251888;STB=0.640669;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0281647;OID=.;OPOS=109629457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:14:36:26:29:14:36:26:29 chr12 109671747 . T C 177.46 PASS AF=0.545455;AO=16;DP=31;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0285114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.291;QD=21.51;RBI=0.0297951;REFB=-0.00376317;REVB=-0.00865171;RO=15;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892964;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331662;OID=.;OPOS=109671747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:15:15:16:18:0.545455:12:4:5:10:12:6:5:10 chr12 109675029 . T C 1013.38 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00134113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.594;QD=57.0918;RBI=0.0241002;REFB=0.0117022;REVB=0.0240629;RO=1;SAF=26;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178302;STB=0.509088;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-8.8877e-05;OID=.;OPOS=109675029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:68:70:0.985915:42:26:1:0:43:27:1:0 chr12 109696838 . G A 501.36 PASS AF=0.504854;AO=51;DP=102;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0127472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.04;QD=19.4703;RBI=0.0149248;REFB=-0.0147331;REVB=-0.00776267;RO=51;SAF=31;SAR=20;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108465;STB=0.55334;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0144901;OID=.;OPOS=109696838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:51:51:51:52:0.504854:20:31:25:26:21:31:25:26 chr12 109848567 . T C 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0390255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.993;QD=16.8738;RBI=0.0393174;REFB=-0.00888851;REVB=-0.00478199;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011497;STB=0.506572;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00971991;OID=.;OPOS=109848567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:11:9:12:14:11:9:12:14 chr12 109883374 . T C 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0273835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.944;QD=5.21555;RBI=0.0273837;REFB=-0.0069467;REVB=-7.7886e-05;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140062;STB=0.592295;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0161501;OID=.;OPOS=109883374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:3:3:8:13:3:3:8:13 chr12 109887523 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0153896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.754;QD=11.257;RBI=0.044541;REFB=0.00396549;REVB=0.0417978;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206895;STB=0.624687;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00372348;OID=.;OPOS=109887523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:5:7:3:5:5:7 chr12 109937534 . G A 321.69 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=-0.00544958;FXX=0.0517152;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.41;QD=23.3957;RBI=0.0122821;REFB=-0.00803281;REVB=0.0110069;RO=23;SAF=6;SAR=26;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138287;STB=0.575468;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00518536;OID=.;OPOS=109937534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:55:23:23:32:32:0.581818:26:6:2:21:26:6:2:21 chr12 109955708 . A C 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00409274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.238;QD=16.8919;RBI=0.00443712;REFB=-0.0182485;REVB=0.00171392;RO=45;SAF=19;SAR=18;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630451;STB=0.535341;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.024343;OID=.;OPOS=109955708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:18:19:26:19:18:19:26:19 chr12 109971481 . C G 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0156964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.268;QD=8.30758;RBI=0.0160684;REFB=-0.0229469;REVB=-0.00343762;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200918;STB=0.624688;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0643927;OID=.;OPOS=109971481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:8:10:3:5:8:10 chr12 109993942 . G T 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0207537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.426;QD=22.1885;RBI=0.0221434;REFB=-0.0193514;REVB=0.00772098;RO=18;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593836;STB=0.533301;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0159031;OID=.;OPOS=109993942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:12:9:9:9:12:9:9:9 chr12 109994870 . A T 328.62 PASS AF=0.651163;AO=27;DP=42;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0173639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.295;QD=30.569;RBI=0.0186999;REFB=-0.0203598;REVB=-0.00694137;RO=14;SAF=13;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115246;STB=0.524109;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00902253;OID=.;OPOS=109994870;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:14:15:27:28:0.651163:14:13:7:7:15:13:8:7 chr12 110011229 . GC TT 328.23 PASS AF=0.666667;AO=23;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0907827;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.288;QD=31.2604;RBI=0.0911762;REFB=-0.0254915;REVB=0.0084622;RO=14;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265456;STB=0.523793;STBP=0.691;TYPE=mnp;VARB=0.0143474;OID=.;OPOS=110011229;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:23:28:0.666667:14:9:6:8:14:14:6:8 chr12 110226379 . G A 318.39 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00425545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9272;QD=18.1938;RBI=0.0510112;REFB=0.00697014;REVB=-0.0508334;RO=36;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024196;STB=0.513506;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00985619;OID=.;OPOS=110226379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:16:18:20:16:16:18:20:16 chr12 110240838 . T G 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.317;QD=53.9069;RBI=0.0458228;REFB=0;REVB=0.0275808;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613989;OID=.;OPOS=110240838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr12 110290073 . G A 300.36 PASS AF=0.888889;AO=22;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000416165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.137;QD=44.4973;RBI=0.000737449;REFB=-0.0037366;REVB=-0.0006088;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.528278;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=6.68135e-05;OID=.;OPOS=110290073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:0:3:22:24:0.888889:9:13:0:0:10:14:1:2 chr12 110368201 . G A 698.93 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000796224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.986;QD=54.8177;RBI=0.00989533;REFB=0.0515457;REVB=0.00986324;RO=1;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154257;STB=0.507933;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000145219;OID=.;OPOS=110368201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:51:1:1:48:50:0.980392:30:18:0:1:31:19:0:1 chr12 110974890 . T C 160.46 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.759;QD=45.8447;RBI=0.0691787;REFB=0;REVB=-0.0171939;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460629;OID=.;OPOS=110974890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:12:14:1:10:2:0:0:11:3:0:0 chr12 111057747 . A G 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.00790801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.732;QD=14.6983;RBI=0.007975;REFB=-0.0144325;REVB=-0.00103148;RO=22;SAF=1;SAR=15;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393419;STB=0.731324;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0335624;OID=.;OPOS=111057747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:15:1:5:17:15:1:5:18 chr12 111375170 . A G 495.4 PASS AF=0.352601;AO=60;DP=173;FAO=61;FDP=173;FR=.;FRO=112;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=57;FSRR=55;FWDB=0.0388687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7211;QD=11.4544;RBI=0.0561047;REFB=-0.00707152;REVB=-0.0404594;RO=111;SAF=22;SAR=38;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159963;STB=0.586957;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0141305;OID=.;OPOS=111375170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:111:112:60:61:0.352601:38:22:56:55:38:23:57:55 chr12 111375172 . C T 548.44 PASS AF=0.375723;AO=65;DP=173;FAO=65;FDP=173;FR=.;FRO=108;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.0196778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.176;QD=12.6806;RBI=0.0202479;REFB=-0.00607209;REVB=0.004771;RO=108;SAF=25;SAR=40;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139515;STB=0.579161;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00947966;OID=.;OPOS=111375172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:108:108:65:65:0.375723:40:25:55:53:40:25:55:53 chr12 111747963 . C T 738.63 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020644;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.3711;QD=54.7132;RBI=0.0240897;REFB=0.0157505;REVB=-0.0124153;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.50746;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-9.02457e-05;OID=.;OPOS=111747963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:20:33:0:0:20:33:1:0 chr12 111760251 . G C 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1479;QD=57.6705;RBI=0.0951521;REFB=0;REVB=-0.0566525;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388008;OID=.;OPOS=111760251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr12 111785586 . T C 221.96 PASS AF=0.6;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00338304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.86;QD=25.3667;RBI=0.0229964;REFB=-0.0348695;REVB=0.0227462;RO=13;SAF=17;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119177;STB=0.595231;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0232775;OID=.;OPOS=111785586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:13:14:21:21:0.6:4:17:9:4:4:17:9:5 chr12 111786082 . G C 171.61 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.407;QD=45.7621;RBI=0.105804;REFB=0;REVB=0.103601;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159143;OID=.;OPOS=111786082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:4:10:0:0:5:10:0:0 chr12 111786676 . G A 126.45 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0107111;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.503;QD=15.8056;RBI=0.0144695;REFB=0.00469374;REVB=0.00972822;RO=18;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366694;STB=0.714668;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.012219;OID=.;OPOS=111786676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:11:3:10:8:11:3:10:8 chr12 111786892 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.558;QD=59.8393;RBI=0.0279121;REFB=0;REVB=0.0278447;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103926;OID=.;OPOS=111786892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr12 111798553 . A G 1679.65 PASS AF=0.958333;AO=114;DP=119;FAO=115;FDP=120;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0379824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0563;QD=55.9882;RBI=0.0400637;REFB=-0.0519756;REVB=-0.0127452;RO=1;SAF=53;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772123;STB=0.513794;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00682698;OID=.;OPOS=111798553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:119:120:1:5:114:115:0.958333:61:53:0:1:61:54:4:1 chr12 111884608 . T C 776.48 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.818;QD=63.3864;RBI=0.0124093;REFB=0;REVB=-0.00729351;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101122;OID=.;OPOS=111884608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:25:24:0:0 chr12 111886967 . T A 233.49 PASS AF=0.435484;AO=28;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00248306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.034;QD=15.0641;RBI=0.00358398;REFB=-0.0100969;REVB=0.00258444;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806339;STB=0.525529;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0141222;OID=.;OPOS=111886967;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:28:27:0.435484:13:15:21:13:12:15:21:14 chr12 111993712 . C T 327.86 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0383867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6288;QD=20.4915;RBI=0.0389787;REFB=-0.0261246;REVB=0.00676757;RO=29;SAF=12;SAR=22;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225401;STB=0.617907;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00875771;OID=.;OPOS=111993712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:30:34:34:0.53125:22:12:18:11:22:12:18:12 chr12 112191641 . G A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.416;QD=52.61;RBI=0.176649;REFB=0;REVB=0.176577;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174501;OID=.;OPOS=112191641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr12 112194727 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.923;QD=46.8475;RBI=0.0541238;REFB=0;REVB=-0.00601181;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275842;OID=.;OPOS=112194727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr12 112219728 . A G 126.75 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00903567;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.125;QD=10.7872;RBI=0.0105236;REFB=0.000525351;REVB=-0.00539465;RO=32;SAF=4;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375713;STB=0.724626;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00214681;OID=.;OPOS=112219728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:32:32:15:15:0.319149:11:4:19:13:11:4:19:13 chr12 112375990 . A C 240.44 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0364785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3085;QD=21.3727;RBI=0.0672527;REFB=-0.00250964;REVB=0.0565;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212378;STB=0.619128;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00489022;OID=.;OPOS=112375990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:14:9:14:8:14:9:14:8 chr12 112416586 . C T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00353157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6637;QD=17.4011;RBI=0.0726931;REFB=0.00107304;REVB=0.0726072;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212182;STB=0.622446;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00273088;OID=.;OPOS=112416586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:7:6:9:4:7:6 chr12 112460147 . T G 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0129353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.042;QD=19.6675;RBI=0.017605;REFB=-0.00805112;REVB=-0.0119421;RO=19;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491355;STB=0.52783;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00716491;OID=.;OPOS=112460147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:7:12:11:8:7:12:11:8 chr12 112460749 . A G 1546.15 PASS AF=0.990566;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0306802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.478;QD=58.3453;RBI=0.0359272;REFB=-0.123527;REVB=-0.0186946;RO=1;SAF=43;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784321;STB=0.504131;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000402748;OID=.;OPOS=112460749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:103:105:0.990566:60:43:0:1:60:45:0:1 chr12 112464893 . C T 183.2 PASS AF=0.4;AO=20;DP=53;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0105691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.333;QD=13.3237;RBI=0.0161892;REFB=-0.0268769;REVB=-0.0122631;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700342;STB=0.536391;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0376067;OID=.;OPOS=112464893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:33:33:20:22:0.4:9:11:16:17:10:12:16:17 chr12 112477055 . T C 165.15 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00319598;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=263.354;QD=21.3091;RBI=0.00812013;REFB=-0.0157405;REVB=0.00746473;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264293;STB=0.502072;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00840367;OID=.;OPOS=112477055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:11:6:5:8:11:6:5:9 chr12 112577990 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0274203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.834;QD=11.1042;RBI=0.0296302;REFB=0.0130463;REVB=-0.0112285;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558176;STB=0.841088;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00668135;OID=.;OPOS=112577990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:7:3:6:1:7:3 chr12 112580071 . C T 287.86 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0506407;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.678;QD=15.5601;RBI=0.0517182;REFB=-0.000338993;REVB=-0.0105021;RO=42;SAF=11;SAR=21;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148189;STB=0.508375;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.000464342;OID=.;OPOS=112580071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:42:42:32:32:0.432432:21:11:15:27:21:11:15:27 chr12 112667675 . T G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000941878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.869;QD=57.8844;RBI=0.035574;REFB=0;REVB=0.0355615;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109807;OID=.;OPOS=112667675;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr12 112703732 . A C 432.71 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00528347;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.708;QD=25.4536;RBI=0.0270513;REFB=-0.0177707;REVB=0.0265303;RO=28;SAF=32;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280008;STB=0.659708;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0181664;OID=.;OPOS=112703732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:28:27:41:41:0.602941:9:32:13:15:9:32:12:15 chr12 112704961 . A G 117.74 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.047363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.044;QD=12.3939;RBI=0.0473652;REFB=-0.0145564;REVB=-0.000459175;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948902;STB=0.578837;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0249716;OID=.;OPOS=112704961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:24:14:14:0.368421:7:7:13:9:7:7:15:9 chr12 112705013 . C T 93.65 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00236371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4368;QD=10.1245;RBI=0.00236525;REFB=-0.0183256;REVB=8.52648e-05;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336519;STB=0.701429;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0172194;OID=.;OPOS=112705013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:8:4:16:9:8:4:16:9 chr12 113313470 . C T 746.54 PASS AF=0.398148;AO=86;DP=216;FAO=86;FDP=216;FR=.;FRO=130;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=71;FSRR=59;FWDB=0.0315615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5222;QD=13.8249;RBI=0.0490648;REFB=-0.0174152;REVB=0.0375663;RO=129;SAF=41;SAR=45;SRF=70;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703124;STB=0.541693;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.024193;OID=.;OPOS=113313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:129:130:86:86:0.398148:45:41:70:59:45:41:71:59 chr12 113319600 . C T 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00529464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3751;QD=18.6415;RBI=0.00530656;REFB=-0.0151256;REVB=0.00035544;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173477;STB=0.590176;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0130756;OID=.;OPOS=113319600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:26:25:25:0.490196:11:14:18:6:11:14:19:7 chr12 113325629 . T C 454.42 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0216488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.103;QD=20.1963;RBI=0.0218331;REFB=-0.00963897;REVB=-0.00283035;RO=43;SAF=28;SAR=17;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22084;STB=0.632554;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0126028;OID=.;OPOS=113325629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:45:45:45:0.5:17:28:16:27:17:28:16:29 chr12 113348870 . G A 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0199324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6433;QD=10.3654;RBI=0.0326104;REFB=0.00160454;REVB=0.0258097;RO=39;SAF=11;SAR=9;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160743;STB=0.509425;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00362466;OID=.;OPOS=113348870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:9:11:22:17:9:11:22:17 chr12 113356516 . T C 178.17 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0055577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.484;QD=14.8478;RBI=0.01305;REFB=-0.024772;REVB=-0.0118073;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101077;STB=0.558437;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0337521;OID=.;OPOS=113356516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:11:8:15:14:11:8:15:14 chr12 113357193 . G A 177.55 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00235413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5522;QD=21.5206;RBI=0.0557216;REFB=-0.0331485;REVB=-0.0556719;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189638;STB=0.593999;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.026584;OID=.;OPOS=113357193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:7:10:12:3:7:11:12:3 chr12 113357209 . G A 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.041323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.035;QD=20.2684;RBI=0.0528083;REFB=-0.0126351;REVB=-0.0328805;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875892;STB=0.54925;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0115936;OID=.;OPOS=113357209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:9:12:14:7:9:12:14:7 chr12 113357237 . G C 253.07 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0127479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7802;QD=19.0995;RBI=0.0317865;REFB=-0.0268004;REVB=-0.0291182;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175275;STB=0.509797;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.020747;OID=.;OPOS=113357237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:13:14:14:12:13:14:14:12 chr12 113357442 . G A 484.69 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.03346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1167;QD=26.5585;RBI=0.0404214;REFB=-0.0172612;REVB=0.0226786;RO=28;SAF=20;SAR=25;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886124;STB=0.548266;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0111384;OID=.;OPOS=113357442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:28:28:45:45:0.616438:25:20:9:19:25:20:9:19 chr12 113369715 . TA T 297.65 PASS AF=0.492308;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0069822;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.138;QD=18.3166;RBI=0.00807508;REFB=-0.00728703;REVB=-0.00405657;RO=33;SAF=10;SAR=21;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728245;STB=0.546406;STBP=0.525;TYPE=del;VARB=0.00918175;OID=.;OPOS=113369716;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492308:31:66:32:65:33:10:22:13:20:99:33:10:21:13:20 chr12 113369759 . G C 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0126809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4712;QD=17.5011;RBI=0.0133753;REFB=0.00389211;REVB=0.00425355;RO=28;SAF=7;SAR=19;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16906;STB=0.595632;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00349881;OID=.;OPOS=113369759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:19:7:12:16:19:7:12:16 chr12 113376388 . G A 382.84 PASS AF=0.72093;AO=28;DP=40;FAO=31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0497313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0562;QD=35.6133;RBI=0.0885749;REFB=-0.050592;REVB=0.0732961;RO=12;SAF=12;SAR=16;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101882;STB=0.541037;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0204001;OID=.;OPOS=113376388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:40:43:12:12:28:31:0.72093:16:12:3:9:19:12:3:9 chr12 113386950 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00186341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.197;QD=57.7122;RBI=0.00653627;REFB=0;REVB=0.00626502;RO=0;SAF=12;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56963e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41381e-06;OID=.;OPOS=113386950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:47:12:0:0:47:12:0:0 chr12 113398919 . G A 602.42 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.558;QD=57.373;RBI=0.110489;REFB=-0.0584117;REVB=-0.00692738;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327696;OID=.;OPOS=113398919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:42:0:0:37:42:1:24:13:0:0:24:18:0:0 chr12 113425154 . C G 289.45 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.395;QD=52.628;RBI=0.0322736;REFB=0;REVB=0.00512416;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99872e-05;OID=.;OPOS=113425154;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:17:4:0:0:17:5:0:0 chr12 113435450 . A T 1607.09 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.974;QD=64.2838;RBI=0.0248776;REFB=0;REVB=0.0121929;RO=0;SAF=61;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36635e-05;OID=.;OPOS=113435450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:39:61:0:0:39:61:0:0 chr12 113448288 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.916;QD=62.3509;RBI=0.010375;REFB=0;REVB=0.0103081;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56042e-05;OID=.;OPOS=113448288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr12 113553481 . C T 511.66 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309226;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.637;QD=56.8506;RBI=0.0359812;REFB=-0.199984;REVB=0.0183968;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267214;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0017958;OID=.;OPOS=113553481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:0:1:17:18:0:1 chr12 113568672 . CGT CGTC,GTC 60.18 PASS AF=0.158416,0.00990099;AO=26,4;DP=101;FAO=16,1;FDP=101;FR=.;FRO=84;FSAF=5,1;FSAR=11,0;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.10737,-0.102652;FXX=0;HRUN=0,5;LEN=1,3;MLLD=43.1894,51.1596;QD=2.38342;RBI=0.109766,0.104609;REFB=-0.00882791,-0.00887304;REVB=-0.0228064,-0.0201405;RO=68;SAF=10,4;SAR=16,0;SRF=38;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.209978,0.456691;STB=0.704182,0.988944;STBP=0.083,0.492;TYPE=ins,mnp;VARB=0.137027,0.129018;OID=.,.;OPOS=113568675,113568672;OREF=-,CGT;OALT=C,GTC;OMAPALT=CGTC,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:101:101:68:84:26,4:16,1:0.158416,0.00990099:16,0:10,4:38:30:11,0:5,1:47:37 chr12 113664624 . A C 509.54 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0158372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.175;QD=21.0118;RBI=0.0214035;REFB=-0.0228693;REVB=0.0143977;RO=45;SAF=24;SAR=25;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134039;STB=0.576973;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0154219;OID=.;OPOS=113664624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:45:48:49:49:0.505155:25:24:29:16:25:24:31:17 chr12 113796566 . A C 179.52 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00855196;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.966;QD=21.7599;RBI=0.0138535;REFB=-0.0155461;REVB=-0.0108988;RO=15;SAF=15;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32293;STB=0.684696;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0155204;OID=.;OPOS=113796566;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:15:15:18:18:0.545455:3:15:8:7:3:15:8:7 chr12 113863514 . A T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00740924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.197;QD=15.8391;RBI=0.00791792;REFB=-0.0178913;REVB=0.00279223;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368767;STB=0.713795;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0155828;OID=.;OPOS=113863514;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:6:1:5:3:6:1 chr12 114261053 . G A 558.16 PASS AF=0.401235;AO=64;DP=162;FAO=65;FDP=162;FR=.;FRO=97;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=0.0136115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.871;QD=13.7817;RBI=0.0483525;REFB=-0.0173899;REVB=0.0463971;RO=97;SAF=31;SAR=33;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442366;STB=0.513858;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0279302;OID=.;OPOS=114261053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:97:97:64:65:0.401235:33:31:51:46:33:32:50:47 chr12 114362483 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=328.44;QD=60.6103;RBI=0.0213833;REFB=0;REVB=0.021204;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58714e-05;OID=.;OPOS=114362483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr12 114377899 . G C 1253.35 PASS AF=0.987952;AO=79;DP=81;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101396;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.029;QD=60.4024;RBI=0.0305683;REFB=-0.0779251;REVB=0.0288376;RO=1;SAF=44;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106383;STB=0.505617;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=4.31689e-05;OID=.;OPOS=114377899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:83:1:1:79:82:0.987952:35:44:1:0:38:44:1:0 chr12 114793240 . C T 237.26 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00303121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.499;QD=18.6089;RBI=0.0241687;REFB=-0.0136136;REVB=-0.0239779;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709782;STB=0.549257;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0180022;OID=.;OPOS=114793240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:24:25:0.490196:12:12:15:11:13:12:15:11 chr12 114793297 . T C 169.96 PASS AF=0.396226;AO=18;DP=49;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0286768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.919;QD=12.8269;RBI=0.0322015;REFB=-0.0518145;REVB=-0.0146485;RO=31;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100343;STB=0.505489;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0736526;OID=.;OPOS=114793297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:31:32:18:21:0.396226:12:6:13:18:12:9:14:18 chr12 115108136 . T C 43.04 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0386595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.127;QD=9.06053;RBI=0.0495441;REFB=-0.0349554;REVB=-0.0309849;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181968;STB=0.644727;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.058444;OID=.;OPOS=115108136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:18:19:12:12:6:7:0.368421:2:4:6:6:2:5:6:6 chr12 116155595 . G A 368.11 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0342129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1102;QD=19.3741;RBI=0.0585249;REFB=-0.0076188;REVB=0.0474831;RO=38;SAF=19;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473374;STB=0.526302;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0119978;OID=.;OPOS=116155595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:19:19:17:21:19:19:17:21 chr12 116586414 . CTA ATA,C 215.96 PASS AF=0,0.625;AO=3,10;DP=32;FAO=0,20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=0,9;FSAR=0,11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.134289,0.0411535;FXX=0.11108;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=46.1489,74.7134;QD=26.9952;RBI=0.180031,0.0721829;REFB=-0.126774,-0.193057;REVB=-0.119906,0.0593023;RO=6;SAF=0,5;SAR=3,5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.606014,0.219729;STB=0.5,0.544542;STBP=1,0.548;TYPE=snp,del;VARB=0.100101,0.121943;OID=.,.;OPOS=116586414,116586415;OREF=C,TA;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:93:32:32:6:12:3,10:0,20:0,0.625:3,5:0,5:1:5:0,11:0,9:4:8 chr12 116866114 . A C 123.88 PASS AF=1;AO=5;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.316;QD=41.2925;RBI=0.123439;REFB=0;REVB=0.123439;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010145;OID=.;OPOS=116866114;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:12:12:0:0:5:12:1:5:0:0:0:12:0:0:0 chr12 117217141 . T C 743.24 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.065;QD=63.2544;RBI=0.0203163;REFB=0;REVB=0.012604;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22874e-05;OID=.;OPOS=117217141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:22:24:0:0:23:24:0:0 chr12 117289613 . G C 787.49 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.552;QD=55.2621;RBI=0.0549781;REFB=-0.0924465;REVB=0.0502072;RO=1;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154585;STB=0.508194;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000352605;OID=.;OPOS=117289613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:1:1:56:56:0.982456:30:26:0:1:30:26:0:1 chr12 117290182 . T TTTCCCC 540.69 PASS AF=1;AO=32;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141371;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=6;MLLD=315.964;QD=60.0769;RBI=0.0293218;REFB=0;REVB=0.0256887;RO=2;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00695581;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.14233e-05;OID=.;OPOS=117290183;OREF=-;OALT=TTCCCC;OMAPALT=TTTCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:37:36:36:0:14:22:0:0:4:2:14:18:1:1 chr12 117383320 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9785;QD=56.9997;RBI=0.0253002;REFB=0;REVB=0.0156389;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33561e-05;OID=.;OPOS=117383320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr12 117402622 . G T 377.6 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0108719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.392;QD=16.5976;RBI=0.0113943;REFB=-0.0160436;REVB=-0.00341065;RO=51;SAF=13;SAR=27;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193385;STB=0.608966;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0181386;OID=.;OPOS=117402622;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:27:13:26:25:27:13:26:25 chr12 117465857 . T C 375.49 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=18;FWDB=-0.00439652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.128;QD=13.6542;RBI=0.00445158;REFB=-0.00540455;REVB=-0.000697967;RO=65;SAF=31;SAR=13;SRF=47;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237574;STB=0.516592;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00865794;OID=.;OPOS=117465857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:66:44:44:0.4:13:31:47:18:13:31:48:18 chr12 117593387 . G A 924.97 PASS AF=0.47449;AO=93;DP=193;FAO=93;FDP=196;FR=.;FRO=103;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=-0.00185785;FXX=0.00507588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.663;QD=18.8769;RBI=0.00186123;REFB=-0.0191286;REVB=0.000112194;RO=100;SAF=53;SAR=40;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075619;STB=0.549757;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00886327;OID=.;OPOS=117593387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:196:100:103:93:93:0.47449:40:53:49:51:40:53:49:54 chr12 117593391 . A G 936.06 PASS AF=0.47;AO=94;DP=200;FAO=94;FDP=200;FR=.;FRO=106;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=-0.0388632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.364;QD=18.7212;RBI=0.0413289;REFB=-0.000139922;REVB=-0.0140615;RO=101;SAF=53;SAR=41;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743059;STB=0.553956;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00010337;OID=.;OPOS=117593391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:101:106:94:94:0.47:41:53:49:52:41:53:49:57 chr12 117701714 . A G 1097.95 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00616164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.762;QD=57.7866;RBI=0.060045;REFB=-0.113787;REVB=-0.059728;RO=1;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108744;STB=0.505746;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000710139;OID=.;OPOS=117701714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:73:75:0.986842:43:30:0:1:43:32:0:1 chr12 117890947 . T C 1261.76 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.105;QD=61.5492;RBI=0.0223239;REFB=0;REVB=-0.00249425;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89515e-05;OID=.;OPOS=117890947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:44:37:0:0:44:38:0:0 chr12 117900360 . A G 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00255151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.151;QD=13.3343;RBI=0.00271622;REFB=-0.00669717;REVB=-0.000931476;RO=39;SAF=14;SAR=12;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818765;STB=0.546727;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0092873;OID=.;OPOS=117900360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:12:14:24:15:12:14:24:15 chr12 118020115 . G A 557.45 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.951;QD=60.2649;RBI=0.0412575;REFB=0;REVB=0.0192525;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145606;OID=.;OPOS=118020115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:13:23:0:0:14:23:0:0 chr12 118198833 . G C 122.3 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00957601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6409;QD=15.78;RBI=0.110926;REFB=5.03395e-05;REVB=0.110511;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258764;STB=0.648446;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0041811;OID=.;OPOS=118198833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:12:5:8:6:12:5 chr12 118199286 . C G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.327;QD=57.2004;RBI=0.0437017;REFB=0;REVB=-0.0118608;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245139;OID=.;OPOS=118199286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr12 118467553 . A G 194.07 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00376695;FXX=0.131126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.237;QD=14.6465;RBI=0.0082292;REFB=-0.00535763;REVB=-0.00731641;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384446;STB=0.547127;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0145129;OID=.;OPOS=118467553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:53:24:31:22:22:0.415094:11:11:13:11:11:11:18:13 chr12 118473054 . T C 244.25 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0310468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.909;QD=23.2615;RBI=0.0338342;REFB=-0.0196381;REVB=0.0134481;RO=18;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337737;STB=0.695667;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.017348;OID=.;OPOS=118473054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:23:23:0.547619:14:9:15:3:14:9:16:3 chr12 118506186 . A T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0207001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.844;QD=14.1955;RBI=0.02427;REFB=-0.00759818;REVB=0.0126704;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340922;STB=0.519829;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.014988;OID=.;OPOS=118506186;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:11:11:8:7:11:11 chr12 118509191 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0748928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.931;QD=53.9105;RBI=0.0795854;REFB=0;REVB=0.026924;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260351;OID=.;OPOS=118509191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr12 118517275 . C T 267.7 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0195244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.8;QD=22.7827;RBI=0.0206432;REFB=-0.00833373;REVB=0.00670372;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145316;STB=0.554751;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00896497;OID=.;OPOS=118517275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:22:25:25:0.531915:12:13:14:6:12:13:14:8 chr12 118682751 . C T 229.45 PASS AF=0.46;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.035145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.679;QD=18.3562;RBI=0.0357835;REFB=-0.0286435;REVB=-0.00672959;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00987944;STB=0.505296;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0323869;OID=.;OPOS=118682751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:27:22:23:0.46:10:12:15:12:10:13:15:12 chr12 118855405 . A G 919.92 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.025;QD=58.4079;RBI=0.028036;REFB=0;REVB=0.0278855;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21936e-05;OID=.;OPOS=118855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr12 119431750 . G T 359.59 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00712226;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.999;QD=22.4742;RBI=0.0192293;REFB=-0.00333085;REVB=0.0178617;RO=28;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134821;STB=0.574225;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00223983;OID=.;OPOS=119431750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:19:17:18:10:19:17:18:10 chr12 119594626 . TGGGGG TGGGG,TGGGGC 142.56 PASS AF=0.526316,0.105263;AO=17,4;DP=38;FAO=20,4;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=8,2;FSAR=12,2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00467556,0.0293513;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.1316,12.126;QD=15.0066;RBI=0.061127,0.036797;REFB=-0.120095,-0.138685;REVB=-0.0609479,0.0221928;RO=12;SAF=6,2;SAR=11,2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0.349206,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0159068,0.185955;STB=0.5185,0.610584;STBP=0.807,0.678;TYPE=del,snp;VARB=0.090028,0.0538915;OID=.,.;OPOS=119594627,119594631;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316,0.105263:17,4:38:20,4:38:14:8,2:12,2:5:9:54:12:6,2:11,2:4:8 chr12 119866533 . A G 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00771906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.538;QD=17.378;RBI=0.0139343;REFB=0.00472783;REVB=0.0116009;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455781;STB=0.526268;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.0019432;OID=.;OPOS=119866533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:4:6:6:5:4:6 chr12 119871266 . C T 255.16 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0340881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.618;QD=22.188;RBI=0.0435467;REFB=-0.017823;REVB=-0.0270983;RO=22;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00325798;STB=0.501823;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0127927;OID=.;OPOS=119871266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:11:13:12:10:11:13:12:10 chr12 119871387 . A G 271.88 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0103199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.508;QD=19.42;RBI=0.0233012;REFB=-0.0191626;REVB=0.0208913;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185599;STB=0.603356;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0152171;OID=.;OPOS=119871387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:17:12:17:10:17:12:17:10 chr12 120067561 . T C 407.31 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0355255;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.245;QD=17.3324;RBI=0.0355893;REFB=-0.00618743;REVB=0.00212929;RO=50;SAF=27;SAR=15;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143834;STB=0.581979;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00741728;OID=.;OPOS=120067561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:52:42:42:0.446809:15:27:25:25:15:27:26:26 chr12 120118264 . T C 112.56 PASS AF=0.311111;AO=13;DP=44;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0144105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.947;QD=10.0053;RBI=0.0193281;REFB=-0.00664192;REVB=-0.0128807;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29551;STB=0.645764;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0145841;OID=.;OPOS=120118264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:31:31:13:14:0.311111:8:5:20:11:8:6:20:11 chr12 120436408 . G A 186.35 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0122774;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.553;QD=18.1804;RBI=0.0127833;REFB=-0.0384194;REVB=-0.00356075;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751474;STB=0.542812;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0458198;OID=.;OPOS=120436408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:22:19:19:0.463415:11:8:11:11:11:8:11:11 chr12 120527791 . G A 83.07 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0474195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4209;QD=9.49336;RBI=0.0556075;REFB=0.00493769;REVB=0.0290445;RO=24;SAF=1;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471842;STB=0.799314;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.015318;OID=.;OPOS=120527791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:10:1:9:15:10:1:9:15 chr12 120532202 . A G 257.73 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0290123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.55;QD=23.4304;RBI=0.0293986;REFB=-0.0166872;REVB=0.0047501;RO=20;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340521;STB=0.518996;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.011674;OID=.;OPOS=120532202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:11:13:10:10:11:13:10:10 chr12 120534471 . C G 162.45 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.022602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9139;QD=19.6912;RBI=0.0267259;REFB=-0.00530922;REVB=-0.0142626;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825894;STB=0.546708;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0190429;OID=.;OPOS=120534471;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:10:6:8:9:10:6 chr12 120575549 . A C 1152.8 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.42;QD=60.6735;RBI=0.0214799;REFB=0;REVB=0.00321529;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57239e-05;OID=.;OPOS=120575549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:33:41:0:0:33:43:0:0 chr12 120580329 . C T 542.41 PASS AF=0.367232;AO=65;DP=178;FAO=65;FDP=177;FR=.;FRO=112;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=71;FSRR=41;FWDB=-0.00578339;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.985;QD=12.2579;RBI=0.0214653;REFB=-0.0166699;REVB=0.0206715;RO=112;SAF=33;SAR=32;SRF=71;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141442;STB=0.58007;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0209327;OID=.;OPOS=120580329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:112:112:65:65:0.367232:32:33:71:41:32:33:71:41 chr12 120589064 . G C 400.86 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.0304184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9899;QD=16.8781;RBI=0.0329439;REFB=-0.00297142;REVB=-0.0126501;RO=53;SAF=19;SAR=23;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154253;STB=0.586079;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00484551;OID=.;OPOS=120589064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:23:19:16:37:23:19:16:37 chr12 120589160 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.145;QD=60.23;RBI=0.0243006;REFB=0;REVB=-0.0177701;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44611e-06;OID=.;OPOS=120589160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr12 120591143 . A G 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0206031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.978;QD=16.2726;RBI=0.0209387;REFB=-0.0224959;REVB=0.00373352;RO=39;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271189;STB=0.515251;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0277076;OID=.;OPOS=120591143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:14:18:23:16:14:18:23:16 chr12 120608031 . A G 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00104279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.9;QD=21.9715;RBI=0.00549733;REFB=-0.00876971;REVB=-0.00539752;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116308;STB=0.565161;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00711775;OID=.;OPOS=120608031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:9:12:10:13:9:12 chr12 120613565 . T C 387.8 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00130605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6532;QD=26.7448;RBI=0.0045238;REFB=-0.0133718;REVB=0.00433117;RO=20;SAF=18;SAR=19;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408114;STB=0.53071;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0100109;OID=.;OPOS=120613565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:21:37:37:0.637931:19:18:11:9:19:18:12:9 chr12 120636549 . C A 279.34 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.027964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.098;QD=21.082;RBI=0.0551536;REFB=0.0153643;REVB=-0.0475388;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541011;STB=0.530006;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.0157634;OID=.;OPOS=120636549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:15:14:10:14:15:14:10:14 chr12 120649970 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00278056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.287;QD=11.0924;RBI=0.00504273;REFB=0.00117686;REVB=-0.00420686;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0102144;OID=.;OPOS=120649970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:3:3:2:3:3:3 chr12 120661977 . T C 410.84 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.394;QD=56.6679;RBI=0.0297878;REFB=0;REVB=-0.027787;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.36091e-05;OID=.;OPOS=120661977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:6:23:0:0:6:23:0:0 chr12 120662505 . T C 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0882172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8912;QD=18.087;RBI=0.0914521;REFB=-0.00948379;REVB=-0.0241085;RO=27;SAF=20;SAR=6;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792966;STB=0.544711;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00789689;OID=.;OPOS=120662505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:6:20:19:8:6:20:19:8 chr12 120730900 . T C 134.41 PASS AF=0.483871;AO=11;DP=28;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00861566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.238;QD=17.3436;RBI=0.120446;REFB=0.00166341;REVB=0.120138;RO=17;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135016;STB=0.510191;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00182722;OID=.;OPOS=120730900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:31:17:16:11:15:0.483871:3:8:14:3:3:12:13:3 chr12 120731003 . A G 401.07 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0106735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.603;QD=24.3072;RBI=0.026695;REFB=-0.0164656;REVB=-0.0244684;RO=27;SAF=26;SAR=13;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314531;STB=0.517233;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0130994;OID=.;OPOS=120731003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:13:26:19:8:13:26:19:8 chr12 120741382 . G A 70.59 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0259011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.89;QD=17.6484;RBI=0.0650711;REFB=-0.025818;REVB=0.0596941;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186168;STB=0.608447;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0108674;OID=.;OPOS=120741382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:3:4:3:6:3:4 chr12 120741615 . G A 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.068865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4207;QD=19.0569;RBI=0.0708127;REFB=-0.0347909;REVB=0.0164938;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214966;STB=0.512182;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0335503;OID=.;OPOS=120741615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:10:9:9:11:10:9:9:11 chr12 120750517 . A G 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.03451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4721;QD=17.5009;RBI=0.0519572;REFB=-6.82244e-05;REVB=-0.0388409;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294975;STB=0.664701;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-9.53825e-06;OID=.;OPOS=120750517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:11:15:7:21:11:15:7:21 chr12 120762765 . C T 508.52 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00913177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.273;QD=23.3801;RBI=0.0110942;REFB=-0.0213339;REVB=-0.00630016;RO=39;SAF=30;SAR=18;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303958;STB=0.51671;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0168666;OID=.;OPOS=120762765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:39:48:48:0.551724:18:30:23:16:18:30:23:16 chr12 120762837 . A G 331.99 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00677614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.517;QD=16.1948;RBI=0.0221746;REFB=-0.0209805;REVB=-0.0211139;RO=46;SAF=18;SAR=18;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867366;STB=0.548754;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0214433;OID=.;OPOS=120762837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:18:18:27:19:18:18:27:19 chr12 120882217 . G T 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0107174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.58;QD=17.7318;RBI=0.0234951;REFB=-0.00773656;REVB=-0.0209083;RO=18;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978135;STB=0.575553;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00624015;OID=.;OPOS=120882217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:5:12:11:7:5:12:11:8 chr12 120882264 . AAAG A 93.89 PASS AF=0.416667;AO=11;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0181476;FXX=0.0270197;HRUN=7;LEN=3;MLLD=219.027;QD=10.4326;RBI=0.0213265;REFB=0.000640388;REVB=-0.0112019;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509707;STB=0.530571;STBP=0.758;TYPE=del;VARB=-0.000957621;OID=.;OPOS=120882265;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:11:36:15:36:21:10:5:13:8:93:22:6:5:13:9 chr12 120884328 . C T 105.85 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0444331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5397;QD=21.1698;RBI=0.0445544;REFB=-0.0116363;REVB=-0.00328581;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879115;STB=0.549917;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0152727;OID=.;OPOS=120884328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:3:5:6:6:3:5 chr12 120934407 . C T 368.23 PASS AF=0.493671;AO=38;DP=76;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0653542;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.4257;QD=18.6445;RBI=0.14314;REFB=-0.0177809;REVB=0.12735;RO=38;SAF=17;SAR=21;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724984;STB=0.53148;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0228918;OID=.;OPOS=120934407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:38:40:38:39:0.493671:21:17:14:24:21:18:16:24 chr12 120934624 . A C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0145064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4502;QD=14.0964;RBI=0.0489231;REFB=0.00480228;REVB=-0.046723;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957667;STB=0.556415;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.00797501;OID=.;OPOS=120934624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:3:8:9:5:3:8:9:5 chr12 120960057 . C T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00078192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.675;QD=24.0275;RBI=0.0122098;REFB=0.00174432;REVB=-0.0121847;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808139;STB=0.54539;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00141579;OID=.;OPOS=120960057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:7:7:5:3:7:7:5:3 chr12 120966921 . A G 124.07 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0172812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.209;QD=17.1134;RBI=0.0451661;REFB=-0.0401053;REVB=0.0417293;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188592;STB=0.586087;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0473572;OID=.;OPOS=120966921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:13:14:0.482759:6:7:5:10:7:7:5:10 chr12 121017171 . A G 423.65 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.01062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9848;QD=21.1825;RBI=0.0187635;REFB=-0.0467538;REVB=0.0154688;RO=38;SAF=23;SAR=19;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272479;STB=0.515053;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0345388;OID=.;OPOS=121017171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:19:23:22:16:19:23:22:16 chr12 121093633 . C CGT 38.67 PASS AF=0.461538;AO=4;DP=18;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.010366;FXX=0.235156;HRUN=1;LEN=2;MLLD=63.7112;QD=11.8993;RBI=0.0727697;REFB=-0.1249;REVB=-0.0720276;RO=12;SAF=3;SAR=1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365665;STB=0.699353;STBP=0.247;TYPE=ins;VARB=0.234745;OID=.;OPOS=121093634;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:4:18:6:13:7:4:2:2:5:38:12:3:1:5:7 chr12 121131891 . C T 448.95 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0116262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.539;QD=21.3785;RBI=0.0578293;REFB=-0.0155631;REVB=-0.0566486;RO=39;SAF=21;SAR=23;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738032;STB=0.534579;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0112525;OID=.;OPOS=121131891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:39:40:44:44:0.52381:23:21:22:17:23:21:22:18 chr12 121174899 . T C 419.15 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.100081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0967;QD=15.6691;RBI=0.100394;REFB=-0.00986168;REVB=-0.00792308;RO=59;SAF=18;SAR=29;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192922;STB=0.612547;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0110566;OID=.;OPOS=121174899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:60:47:47:0.439252:29:18:34:25:29:18:35:25 chr12 121175984 . T C 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0293389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.06;QD=13.5751;RBI=0.0294345;REFB=-0.0157967;REVB=0.00237069;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145442;STB=0.585233;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0180275;OID=.;OPOS=121175984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:8:5:10:9:8:5:10:9 chr12 121176679 . C T 206.84 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0609134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.777;QD=17.2367;RBI=0.0644362;REFB=-0.0240862;REVB=-0.0210139;RO=27;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15399;STB=0.588149;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0388083;OID=.;OPOS=121176679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:7:14:14:13:7:14:14:13 chr12 121434630 . C CTCATTCAT,T 346.53 PASS AF=0.634615,0;AO=30,3;DP=53;FAO=33,0;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=20,0;FSAR=13,0;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0153754,-0.0204034;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=8,1;MLLD=191.849,109.329;QD=26.6559;RBI=0.015436,0.0208729;REFB=-0.0205412,0.000912423;REVB=-0.00136596,-0.00440211;RO=20;SAF=17,3;SAR=13,0;SRF=12;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0247283,0.559415;STB=0.509798,0.5;STBP=0.879,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0109114,0;OID=.,.;OPOS=121434631,121434630;OREF=-,C;OALT=TCATTCAT,T;OMAPALT=CTCATTCAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:20:19:30,3:33,0:0.634615,0:13,0:17,3:12:8:13,0:20,0:12:7 chr12 121435475 . G A 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0127227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.937;QD=24.0303;RBI=0.034699;REFB=-0.0156957;REVB=-0.0322825;RO=9;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156502;STB=0.588114;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00793936;OID=.;OPOS=121435475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:10:5:5:4:10:5:5:4 chr12 121435533 . G C 159.48 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0100311;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.323;QD=24.5347;RBI=0.0249436;REFB=-0.0190131;REVB=0.0228377;RO=9;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945429;STB=0.578845;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0138773;OID=.;OPOS=121435533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:26:26:9:10:16:16:0.615385:11:5:4:5:11:5:5:5 chr12 121435587 . G T 145.16 PASS AF=0.4375;AO=10;DP=34;FAO=14;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00540862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.9;QD=18.1453;RBI=0.0559873;REFB=-0.0183797;REVB=0.0557254;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136659;STB=0.504847;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0370342;OID=.;OPOS=121435587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:32:17:16:10:14:0.4375:4:6:8:9:8:6:7:9 chr12 121437221 . T C 1151.3 PASS AF=0.940476;AO=79;DP=84;FAO=79;FDP=84;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.000194175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.776;QD=54.8237;RBI=0.0158865;REFB=-0.0524409;REVB=0.0158853;RO=4;SAF=40;SAR=39;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222102;STB=0.517487;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00841133;OID=.;OPOS=121437221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:84:84:4:5:79:79:0.940476:39:40:3:1:39:40:4:1 chr12 121437267 . G A 108.08 PASS AF=0.311111;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0933968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4422;QD=9.6074;RBI=0.105751;REFB=-0.0374818;REVB=0.049601;RO=27;SAF=1;SAR=12;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39655;STB=0.708739;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.110574;OID=.;OPOS=121437267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:45:27:31:13:14:0.311111:12:1:7:20:12:2:11:20 chr12 121437382 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.285;QD=39.205;RBI=0.0610577;REFB=0;REVB=0.029453;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223657;OID=.;OPOS=121437382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr12 121439598 . G A 549.65 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.000583719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.372;QD=23.8978;RBI=0.0106394;REFB=0.000974362;REVB=0.0106234;RO=40;SAF=32;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145682;STB=0.575156;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.000335983;OID=.;OPOS=121439598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:40:41:51:51:0.554348:19:32:18:22:19:32:19:22 chr12 121442199 . T A 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0623704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.283;QD=10.1693;RBI=0.0702917;REFB=-0.0208128;REVB=0.0324169;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295482;STB=0.677107;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0551528;OID=.;OPOS=121442199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:8:14:4:7:8:14 chr12 121442214 . G A 45.4 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.145787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9067;QD=8.25517;RBI=0.146214;REFB=0.0115492;REVB=0.0111693;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32668;STB=0.699491;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0107072;OID=.;OPOS=121442214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:4:11:3:4:4:11 chr12 121454257 . T A 769.21 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.089;QD=54.9437;RBI=0.0387375;REFB=-0.0755044;REVB=0.0351482;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00243513;OID=.;OPOS=121454257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:54:55:0.982143:27:27:0:0:28:27:1:0 chr12 121600253 . T C 742.82 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0178372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2283;QD=53.0583;RBI=0.0178807;REFB=-0.114468;REVB=-0.00124726;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00397013;OID=.;OPOS=121600253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:0:2:54:54:0.964286:27:27:0:0:27:27:1:1 chr12 121615103 . G A 1816.46 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262638;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.528;QD=61.0576;RBI=0.0299562;REFB=0;REVB=0.0144078;RO=0;SAF=49;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709721;OID=.;OPOS=121615103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:118:119:1:69:49:0:0:69:50:0:0 chr12 121622304 . A C 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0161217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.073;QD=25.2545;RBI=0.0248462;REFB=-0.0275816;REVB=0.0189057;RO=11;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186071;STB=0.603067;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00935867;OID=.;OPOS=121622304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:8:10:9:2:8:10:9:2 chr12 121622520 . A T 471.58 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.947;QD=55.4796;RBI=0.0211895;REFB=-0.0803869;REVB=0.0153587;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322;STB=0.517231;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000553853;OID=.;OPOS=121622520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:1:0:19:14:1:0 chr12 121622563 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00872896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2537;QD=21.3521;RBI=0.00961588;REFB=0.00271383;REVB=0.00403366;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677349;STB=0.538402;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00325321;OID=.;OPOS=121622563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:4:5:6:7:4:5 chr12 121660524 . ATTC A 192.14 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00524168;FXX=0.0444346;HRUN=2;LEN=3;MLLD=275.023;QD=17.8732;RBI=0.028736;REFB=-0.0125965;REVB=-0.0282539;RO=18;SAF=22;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381218;STB=0.715767;STBP=0.014;TYPE=del;VARB=0.0103996;OID=.;OPOS=121660525;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.581395:25:44:25:43:18:22:3:10:8:99:18:22:3:10:8 chr12 121660787 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5695;QD=56.7044;RBI=0.0617591;REFB=0;REVB=-0.0164367;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000824799;OID=.;OPOS=121660787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr12 121666646 . A G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00873516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.956;QD=11.814;RBI=0.015865;REFB=-0.0039686;REVB=0.0132437;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174558;STB=0.602471;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00870827;OID=.;OPOS=121666646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:16:7:6:7:16:7 chr12 121691096 . G A 105.33 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0037946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.474;QD=11.0871;RBI=0.0115503;REFB=-0.00311177;REVB=-0.0109091;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632438;STB=0.537756;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00590741;OID=.;OPOS=121691096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:8:5:11:14:8:5:11:14 chr12 121707321 . G A 192.38 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.023462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.634;QD=16.0318;RBI=0.0235179;REFB=-0.0134094;REVB=0.00162186;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815356;STB=0.555265;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0195507;OID=.;OPOS=121707321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:28:20:20:0.416667:11:9:10:17:11:9:10:18 chr12 121712077 . T A 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0439333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4428;QD=10.3781;RBI=0.0584221;REFB=-0.0039931;REVB=0.0385099;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18252;STB=0.610858;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00995165;OID=.;OPOS=121712077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:8:8:3:6:8:8 chr12 121853164 . T C 109.9 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0200615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.62;QD=14.6534;RBI=0.111184;REFB=0.0176914;REVB=0.109359;RO=17;SAF=11;SAR=2;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133757;STB=0.578814;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.0168942;OID=.;OPOS=121853164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:2:11:13:4:2:11:13:4 chr12 121870922 . G A 137.68 PASS AF=0.5;AO=12;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0957573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9796;QD=18.3579;RBI=0.151052;REFB=-0.0907553;REVB=0.116821;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484683;STB=0.5342;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.101981;OID=.;OPOS=121870922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:12:15:0.5:5:7:8:7:6:9:8:7 chr12 121871006 . A C 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0293076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.792;QD=20.2096;RBI=0.0336059;REFB=-0.0196033;REVB=0.0164445;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123573;STB=0.507031;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.012584;OID=.;OPOS=121871006;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:6:4:5:8:6:4 chr12 121878659 . C T 296.79 PASS AF=0.361702;AO=31;DP=91;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.00134682;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.426;QD=12.6295;RBI=0.012303;REFB=-0.0134689;REVB=-0.0122291;RO=59;SAF=12;SAR=19;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584275;STB=0.552602;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0216249;OID=.;OPOS=121878659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:59:60:31:34:0.361702:19:12:20:39:20:14:20:40 chr12 121880520 . G A 390.8 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0375834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.382;QD=16.63;RBI=0.0377701;REFB=-0.0288554;REVB=-0.00375041;RO=51;SAF=25;SAR=16;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101067;STB=0.557889;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0537934;OID=.;OPOS=121880520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:53:41:41:0.43617:16:25:26:25:16:25:27:26 chr12 121881848 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0115598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.306;QD=18.8286;RBI=0.0256407;REFB=0.000175926;REVB=0.0228871;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211188;STB=0.618935;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-5.18307e-05;OID=.;OPOS=121881848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:16:6:10:10:16:6 chr12 122042844 . A G 330.4 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0182608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4615;QD=50.8306;RBI=0.119457;REFB=-0.0202937;REVB=0.118053;RO=1;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281249;STB=0.515139;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00374538;OID=.;OPOS=122042844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:9:16:1:0:9:16:1:0 chr12 122079189 . C T 95.26 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00458779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.306;QD=11.2068;RBI=0.0080597;REFB=-0.0215739;REVB=0.00662653;RO=22;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294148;STB=0.677105;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0508125;OID=.;OPOS=122079189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:3:9:11:11:3:9:11:11 chr12 122079441 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0842;QD=48.7369;RBI=0.0348977;REFB=0;REVB=0.0121102;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000508366;OID=.;OPOS=122079441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr12 122079668 . A G 87.45 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00383997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1238;QD=13.4539;RBI=0.00384818;REFB=-0.00940628;REVB=0.00025117;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00751908;STB=0.504417;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0138344;OID=.;OPOS=122079668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:3:8:11:4:3:8:11:4 chr12 122079682 . A AT,ATT 83.45 PASS AF=0.6,0.04;AO=12,3;DP=26;FAO=15,1;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=11,1;FSAR=4,0;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0230504,0.0119045;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=12.093,14.8509;QD=13.3516;RBI=0.0305286,0.0160029;REFB=-0.0351676,-0.0189557;REVB=-0.0200169,-0.0106947;RO=11;SAF=9,2;SAR=3,1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0247797,-0.0774686;STB=0.521711,0.984323;STBP=0.825,0.563;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0182375,0.0573872;OID=.,.;OPOS=122079683,122079683;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6,0.04:12,3:26:15,1:25:9:11,1:4,0:7:2:41:11:9,2:3,1:8:3 chr12 122107255 . G A 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.015613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.389;QD=5.78796;RBI=0.0442096;REFB=0.00102171;REVB=0.0413608;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588231;STB=0.538351;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.0018755;OID=.;OPOS=122107255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:3:4:12:11:3:4:12:11 chr12 122234089 . T A 853.96 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0491321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3116;QD=56.9305;RBI=0.0726795;REFB=0;REVB=0.053557;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274019;OID=.;OPOS=122234089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:58:60:1:22:36:0:0:24:36:0:0 chr12 122243905 . C T 1264.92 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.82;QD=61.7035;RBI=0.0592267;REFB=0;REVB=0.00980041;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.167e-05;OID=.;OPOS=122243905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:41:40:0:0:41:41:0:0 chr12 122248582 . C G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000437591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.87;QD=62.3507;RBI=0.013366;REFB=0;REVB=0.0133588;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24195e-05;OID=.;OPOS=122248582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr12 122295335 . T C 205.15 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00204994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.761;QD=12.8219;RBI=0.0256183;REFB=-0.0129526;REVB=0.0255361;RO=38;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15909;STB=0.582025;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0256757;OID=.;OPOS=122295335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:39:25:25:0.390625:12:13:14:24:12:13:15:24 chr12 122326812 . T C 120.82 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.122357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.32;QD=14.6454;RBI=0.14558;REFB=-0.00350181;REVB=-0.0788814;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154289;STB=0.567475;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00246552;OID=.;OPOS=122326812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:14:14:0.424242:8:6:5:13:8:6:6:13 chr12 122355716 . C T 551.06 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.492;QD=59.5736;RBI=0.0292259;REFB=0;REVB=0.0220531;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108848;OID=.;OPOS=122355716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:23:14:0:0 chr12 122674032 . C T 515.84 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000736999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.553;QD=58.9531;RBI=0.00524863;REFB=0;REVB=0.00519663;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22418e-05;OID=.;OPOS=122674032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr12 122674758 . G A 696.63 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00702022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2844;QD=52.5759;RBI=0.0466843;REFB=-0.170757;REVB=0.0461534;RO=1;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254383;STB=0.506051;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00576153;OID=.;OPOS=122674758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:51:51:0.962264:18:33:0:1:18:33:1:1 chr12 122676013 . A C 1572.58 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.072;QD=59.908;RBI=0.0207368;REFB=0;REVB=-0.0129557;RO=0;SAF=38;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48181e-05;OID=.;OPOS=122676013;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:67:38:0:0:67:38:0:0 chr12 122689161 . C G 462.51 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0579044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7092;QD=52.8585;RBI=0.111447;REFB=-0.0994671;REVB=0.0952237;RO=1;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054844;STB=0.55552;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0221801;OID=.;OPOS=122689161;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:8:25:0:1:8:25:0:2 chr12 122689181 . C G 650.64 PASS AF=0.977273;AO=40;DP=41;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0840729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7061;QD=59.1487;RBI=0.148533;REFB=-0.156277;REVB=-0.12245;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523798;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00512588;OID=.;OPOS=122689181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:44:0:1:40:43:0.977273:10:30:0:0:10:33:0:1 chr12 122689244 . C T 922.21 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6731;QD=57.638;RBI=0.0688367;REFB=0;REVB=0.0385248;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000845007;OID=.;OPOS=122689244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:21:41:0:0:21:43:0:0 chr12 122691257 . G A 85.43 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00600815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3947;QD=12.204;RBI=0.0447669;REFB=-0.0242977;REVB=0.0443619;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154872;STB=0.596829;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.107971;OID=.;OPOS=122691257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:27:28:16:17:10:11:0.392857:7:3:7:9:8:3:7:10 chr12 122691738 . C A 573.9 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.653;QD=60.4109;RBI=0.078452;REFB=0;REVB=0.077944;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288887;OID=.;OPOS=122691738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr12 122692820 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00565357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.699;QD=35.5759;RBI=0.00565357;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130075;OID=.;OPOS=122692820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr12 122756342 . G A 1018.73 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.194;QD=59.0568;RBI=0.0418518;REFB=0;REVB=0.0382519;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77948e-05;OID=.;OPOS=122756342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:66:69:1:29:37:0:0:30:39:0:0 chr12 122812503 . G C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0637084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2329;QD=18.8866;RBI=0.0793745;REFB=-0.00141369;REVB=-0.0473451;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175135;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00134818;OID=.;OPOS=122812503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:5:3:2:3:5:3:2:3 chr12 122989234 . GA G,GC 2129.22 PASS AF=0.0652174,0.934783;AO=19,117;DP=136;FAO=9,129;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=6,79;FSAR=3,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128384,0.00760893;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.2008,77.0386;QD=61.7165;RBI=0.0162253,0.212629;REFB=0,0;REVB=-0.00992157,0.212492;RO=0;SAF=6,79;SAR=13,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.851e-08,3.49722e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00759956,-0.00028702;OID=.,.;OPOS=122989235,122989235;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0652174,0.934783:19,117:136:9,129:138:0:6,79:3,50:0:0:20:0:6,79:13,38:0:0 chr12 123087442 . A G 536.25 PASS AF=1;AO=28;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0853441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.784;QD=57.9727;RBI=0.0853456;REFB=0;REVB=0.000509424;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122403;OID=.;OPOS=123087442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:28:37:1:23:5:0:0:24:13:0:0 chr12 123103016 . G T 49.11 PASS AF=0.4;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00382849;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.811;QD=13.0964;RBI=0.0170917;REFB=-0.0301801;REVB=0.0166574;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568762;STB=0.555379;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0727874;OID=.;OPOS=123103016;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:19:15:10:8:6:6:0.4:1:5:8:2:2:4:6:2 chr12 123105143 . C T 292.96 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00211753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.031;QD=19.2104;RBI=0.0044936;REFB=-0.00568092;REVB=-0.0039634;RO=29;SAF=10;SAR=21;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118558;STB=0.559636;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00606254;OID=.;OPOS=123105143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:30:31:31:0.508197:21:10:13:16:21:10:13:17 chr12 123185864 . A G 242.46 PASS AF=0.238994;AO=38;DP=161;FAO=38;FDP=159;FR=.;FRO=121;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=73;FSRR=48;FWDB=-0.00334776;FXX=0.0124216;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.85;QD=6.09959;RBI=0.00384982;REFB=-0.00408012;REVB=0.00190094;RO=120;SAF=16;SAR=22;SRF=73;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231827;STB=0.636058;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00957167;OID=.;OPOS=123185864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:120:121:38:38:0.238994:22:16:73:47:22:16:73:48 chr12 123185962 . T G 78.75 PASS AF=0.113636;AO=20;DP=176;FAO=20;FDP=176;FR=.;FRO=156;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=91;FSRR=65;FWDB=0.00193679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5204;QD=1.78971;RBI=0.00397361;REFB=0.00517345;REVB=-0.00346964;RO=156;SAF=4;SAR=16;SRF=91;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457348;STB=0.823988;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0372921;OID=.;OPOS=123185962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:176:176:156:156:20:20:0.113636:16:4:91:65:16:4:91:65 chr12 123200247 . G C 1768.44 PASS AF=0.983333;AO=117;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00735844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.952;QD=58.948;RBI=0.0160505;REFB=-0.0469282;REVB=-0.0142643;RO=1;SAF=66;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922126;STB=0.501151;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-7.09286e-05;OID=.;OPOS=123200247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:1:2:117:118:0.983333:51:66:0:1:51:67:1:1 chr12 123200334 . T C 392.29 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00519883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.469;QD=50.6182;RBI=0.0105221;REFB=-0.0035069;REVB=0.00914802;RO=2;SAF=15;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581366;STB=0.531229;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000646651;OID=.;OPOS=123200334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:14:15:2:0:14:15:2:0 chr12 123200693 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3722;QD=59.0162;RBI=0.095525;REFB=0;REVB=-0.0904458;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110607;OID=.;OPOS=123200693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr12 123200768 . T G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00414102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.886;QD=57.7124;RBI=0.0176741;REFB=0;REVB=0.0171821;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69892e-05;OID=.;OPOS=123200768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr12 123200937 . T G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8513;QD=62.3502;RBI=0.0621229;REFB=0;REVB=-0.0344203;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123981;OID=.;OPOS=123200937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:31:12:0:0:31:12:0:0 chr12 123246781 . T A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.034191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.211;QD=20.8979;RBI=0.0356346;REFB=0.00283261;REVB=-0.0100401;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00388866;OID=.;OPOS=123246781;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:6:2:1:3:6:2:1:3 chr12 123253852 . T C 71.67 PASS AF=0.152174;AO=13;DP=92;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=55;FSRR=23;FWDB=-0.0311155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2539;QD=3.1163;RBI=0.100672;REFB=-0.00595144;REVB=0.0957431;RO=78;SAF=10;SAR=3;SRF=54;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120025;STB=0.50942;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0224277;OID=.;OPOS=123253852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:92:92:78:78:13:14:0.152174:3:10:54:24:4:10:55:23 chr12 123253856 . C CAT,T 1352.48 PASS AF=0.692308,0.259615;AO=72,27;DP=104;FAO=72,27;FDP=104;FR=.;FRO=5;FSAF=52,18;FSAR=20,9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0307751,-0.0278906;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=145.337,56.7247;QD=52.0184;RBI=0.033562,0.0715582;REFB=-0.107977,-0.0444348;REVB=0.0133905,-0.0658991;RO=5;SAF=52,18;SAR=20,9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.048034,0.0838088;STB=0.525476,0.54542;STBP=0.127,0.249;TYPE=ins,snp;VARB=0.0282062,0.0226328;OID=.,.;OPOS=123253857,123253856;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:104:104:5:5:72,27:72,27:0.692308,0.259615:20,9:52,18:2:3:20,9:52,18:2:3 chr12 123333065 . C T 274.38 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.010649;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9343;QD=29.6625;RBI=0.087464;REFB=-0.0540107;REVB=-0.0868133;RO=12;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254735;STB=0.501133;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0196147;OID=.;OPOS=123333065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:37:37:12:13:24:24:0.648649:11:13:7:5:11:13:7:6 chr12 123344021 . G A 334.54 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00786646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.762;QD=27.3091;RBI=0.0198875;REFB=-0.00560102;REVB=-0.0182656;RO=20;SAF=23;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269339;STB=0.650062;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00471316;OID=.;OPOS=123344021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:6:23:10:10:6:23:10:10 chr12 123345736 . C G 246.55 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0008049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.075;QD=46.9611;RBI=0.0297424;REFB=-0.054984;REVB=0.0297315;RO=1;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834715;STB=0.545407;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000739858;OID=.;OPOS=123345736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:5:15:0:1:5:15:0:1 chr12 123345756 . G GC 73.39 PASS AF=0.611111;AO=8;DP=20;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0178529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.0009;QD=16.3082;RBI=0.0295242;REFB=-0.0450298;REVB=-0.0235149;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594079;STB=0.571292;STBP=0.503;TYPE=ins;VARB=0.0289173;OID=.;OPOS=123345757;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.611111:8:20:11:18:7:8:3:4:3:37:10:6:2:7:3 chr12 123460823 . A G 810.64 PASS AF=0.547445;AO=75;DP=142;FAO=75;FDP=137;FR=.;FRO=62;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=15;FWDB=-0.00712656;FXX=0.0486077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.008;QD=23.6682;RBI=0.0341917;REFB=-0.045102;REVB=0.0334407;RO=60;SAF=45;SAR=30;SRF=47;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161688;STB=0.576783;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.035553;OID=.;OPOS=123460823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:137:60:62:75:75:0.547445:30:45:47:13:30:45:47:15 chr12 123471094 . G A 315.45 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0482963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.34;QD=17.7719;RBI=0.048356;REFB=-0.027257;REVB=0.00240185;RO=37;SAF=12;SAR=22;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579747;STB=0.532329;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0296952;OID=.;OPOS=123471094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:22:12:11:26:22:12:11:26 chr12 123495289 . C A 224.59 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=0.00104258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0744;QD=17.6146;RBI=0.0192227;REFB=-0.0254985;REVB=-0.0191944;RO=27;SAF=19;SAR=5;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912935;STB=0.551141;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0271983;OID=.;OPOS=123495289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:5:19:23:4:5:19:23:4 chr12 123645803 . G A 621.9 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0197593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.925;QD=19.5874;RBI=0.0199621;REFB=-0.00705793;REVB=0.00283795;RO=61;SAF=29;SAR=34;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105413;STB=0.543553;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00724741;OID=.;OPOS=123645803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:61:64:63:63:0.496063:34:29:21:40:34:29:24:40 chr12 123665695 . A G 247.06 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0338289;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.588;QD=15.9392;RBI=0.0339052;REFB=-0.00905707;REVB=-0.00227253;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462161;STB=0.526048;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0121348;OID=.;OPOS=123665695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:34:34:28:28:0.451613:12:16:21:13:12:16:21:13 chr12 123705962 . C T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0224762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.709;QD=20.4858;RBI=0.0241165;REFB=0.00800656;REVB=0.00874226;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204611;STB=0.511611;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00550824;OID=.;OPOS=123705962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:8:6:5:6:8:6:5:6 chr12 123738494 . C T 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0201865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.873;QD=22.8307;RBI=0.0297055;REFB=0.0111311;REVB=0.0217927;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00608165;OID=.;OPOS=123738494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:9:6:4:6:9:6:4:6 chr12 123746357 . C G 358.28 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.089291;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6109;QD=28.662;RBI=0.089917;REFB=-0.00356734;REVB=-0.0105911;RO=17;SAF=13;SAR=20;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194066;STB=0.605996;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.000145649;OID=.;OPOS=123746357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:20:13:12:5:20:13:12:5 chr12 123789056 . T G 550.4 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0226273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.991;QD=21.5843;RBI=0.0232812;REFB=-0.0108207;REVB=0.00547876;RO=47;SAF=21;SAR=34;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110962;STB=0.561034;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0109758;OID=.;OPOS=123789056;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:47:55:55:0.539216:34:21:24:23:34:21:24:23 chr12 123794104 . G T 282.98 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00573223;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4791;QD=15.5055;RBI=0.00673569;REFB=-0.00208304;REVB=-0.0035371;RO=41;SAF=16;SAR=16;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607054;STB=0.534225;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00202625;OID=.;OPOS=123794104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:41:41:32:32:0.438356:16:16:23:18:16:16:23:18 chr12 123799938 . C T 220.97 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00285973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.615;QD=18.0385;RBI=0.0741561;REFB=0.0113554;REVB=-0.0741009;RO=26;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144194;STB=0.56426;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0221401;OID=.;OPOS=123799938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:27:22:22:0.44898:8:14:20:6:8:14:20:7 chr12 123799974 . A G 194.95 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00163129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.36;QD=17.3285;RBI=0.05184;REFB=-0.0329166;REVB=0.0518143;RO=25;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324818;STB=0.5185;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0390911;OID=.;OPOS=123799974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:7:13:17:8:7:13:17:8 chr12 123806219 . C T 369.3 PASS AF=0.610169;AO=35;DP=58;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0142924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.052;QD=25.0369;RBI=0.0164428;REFB=-0.0163198;REVB=0.00812973;RO=22;SAF=17;SAR=18;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863011;STB=0.54235;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0103971;OID=.;OPOS=123806219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:22:23:35:36:0.610169:18:17:8:14:18:18:9:14 chr12 123825559 . C T 145.83 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00555155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.618;QD=16.2028;RBI=0.0336523;REFB=-0.000922419;REVB=0.0331912;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209193;STB=0.610979;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00162538;OID=.;OPOS=123825559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:20:15:16:0.444444:7:8:6:13:8:8:6:14 chr12 123879666 . A G 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.00206063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.163;QD=10.6295;RBI=0.00641691;REFB=-0.00362498;REVB=0.00607705;RO=44;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183533;STB=0.606212;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00747443;OID=.;OPOS=123879666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:12:11:14:30:12:11:14:30 chr12 123879668 . G C 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.019478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.405;QD=10.6295;RBI=0.0229067;REFB=0.00851484;REVB=0.0120551;RO=43;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17373;STB=0.606212;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00304963;OID=.;OPOS=123879668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:44:23:23:0.343284:12:11:14:29:12:11:14:30 chr12 123879768 . AA CG 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0433028;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=129.182;QD=15.2625;RBI=0.0454289;REFB=0.00476596;REVB=0.0137351;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339338;STB=0.692062;STBP=0.129;TYPE=mnp;VARB=-0.00540128;OID=.;OPOS=123879768;OREF=AA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:2:14:7:6:2:14 chr12 123879800 . G C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0219387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8081;QD=7.32199;RBI=0.0437305;REFB=0.0140137;REVB=-0.0378292;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413788;STB=0.749374;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0335453;OID=.;OPOS=123879800;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:2:12:3:3:2:12 chr12 123889492 . A C 56.28 PASS AF=0.115044;AO=13;DP=112;FAO=13;FDP=113;FR=.;FRO=100;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=-0.0203268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.148;QD=1.9921;RBI=0.0257296;REFB=-0.0075519;REVB=-0.0157745;RO=97;SAF=4;SAR=9;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265773;STB=0.688234;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0324575;OID=.;OPOS=123889492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:112:113:97:100:13:13:0.115044:9:4:51:46:9:4:52:48 chr12 123892095 . T C 216.05 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=-0.0261245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.457;QD=10.9391;RBI=0.0277714;REFB=0.000789647;REVB=-0.00942114;RO=51;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952041;STB=0.559543;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00213725;OID=.;OPOS=123892095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:51:52:27:27:0.341772:17:10:15:36:17:10:15:37 chr12 123892186 . T C 266.65 PASS AF=0.5;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0185897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.043;QD=18.3895;RBI=0.024188;REFB=-0.0197387;REVB=-0.0154753;RO=28;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099546;STB=0.55282;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0161744;OID=.;OPOS=123892186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:29:28:29:0.5:16:12:9:19:16:13:10:19 chr12 123892235 . G A 177.4 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.00855636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.469;QD=21.5027;RBI=0.0190742;REFB=-0.00260739;REVB=-0.0170474;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265967;STB=0.647742;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00656078;OID=.;OPOS=123892235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:2:13:10:8:2:13 chr12 123892590 . C T 159.62 PASS AF=0.244681;AO=23;DP=94;FAO=23;FDP=94;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.00450255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.92;QD=6.79233;RBI=0.0265908;REFB=-0.00596383;REVB=-0.0262069;RO=70;SAF=10;SAR=13;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440794;STB=0.531282;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0231408;OID=.;OPOS=123892590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:70:71:23:23:0.244681:13:10:28:42:13:10:28:43 chr12 123892824 . C T 711.35 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0140025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.272;QD=52.6924;RBI=0.037153;REFB=-0.0127155;REVB=-0.0344133;RO=2;SAF=30;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00548722;STB=0.502914;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=2.65686e-05;OID=.;OPOS=123892824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:22:30:1:1:22:30:1:1 chr12 124008073 . A G 1048.04 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193486;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.1953;QD=59.8882;RBI=0.0196807;REFB=0;REVB=-0.00360063;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376532;OID=.;OPOS=124008073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:26:44:0:0:26:44:0:0 chr12 124069213 . T C 296.36 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0593373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0355;QD=49.3931;RBI=0.0720625;REFB=-0.0339507;REVB=-0.0408912;RO=1;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615783;STB=0.533304;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00226688;OID=.;OPOS=124069213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:7:16:0:1:7:16:0:1 chr12 124090453 . A G 1441.87 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.128;QD=62.69;RBI=0.0160238;REFB=0;REVB=-0.00632544;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8349e-05;OID=.;OPOS=124090453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:48:43:0:0:49:43:0:0 chr12 124118087 . T C 151.95 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.101551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3018;QD=17.877;RBI=0.142257;REFB=-0.0576219;REVB=-0.0996213;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517331;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0540944;OID=.;OPOS=124118087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:9:8:9:8:9:8:9:8 chr12 124209332 . T C 154.14 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00414124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.357;QD=44.0392;RBI=0.0444612;REFB=0;REVB=0.0442679;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572667;OID=.;OPOS=124209332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:10:3:0:0:11:3:0:0 chr12 124210782 . T C 395.58 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.453;QD=51.0429;RBI=0.070832;REFB=-0.197089;REVB=0.0673077;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00420549;OID=.;OPOS=124210782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:31:31:0:1:29:30:0.967742:12:17:0:0:12:18:1:0 chr12 124229429 . T C 1175.33 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031849;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.036;QD=61.056;RBI=0.0384045;REFB=0;REVB=0.0214604;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164402;OID=.;OPOS=124229429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr12 124243707 . T C 720.24 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929354;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.917;QD=64.0213;RBI=0.00930081;REFB=0;REVB=0.000367844;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61639e-06;OID=.;OPOS=124243707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr12 124265687 . T C 460.43 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.010449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.451;QD=21.1692;RBI=0.0269249;REFB=-0.00236831;REVB=0.0248147;RO=42;SAF=27;SAR=18;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150628;STB=0.583296;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00182392;OID=.;OPOS=124265687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:18:27:18:24:18:27:18:24 chr12 124267703 . T C 234.14 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00134236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.102;QD=10.7651;RBI=0.00749815;REFB=-0.00354134;REVB=0.00737701;RO=58;SAF=15;SAR=14;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985793;STB=0.557273;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00980515;OID=.;OPOS=124267703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:58:29:29:0.333333:14:15:25:33:14:15:25:33 chr12 124274474 . A G 618.36 PASS AF=0.560748;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00293121;FXX=0.0530926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.203;QD=23.1163;RBI=0.00797426;REFB=-0.0204288;REVB=0.00741599;RO=45;SAF=18;SAR=42;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248677;STB=0.637576;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0142612;OID=.;OPOS=124274474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:107:45:47:60:60:0.560748:42:18:27:18:42:18:28:19 chr12 124325977 . T G 452.67 PASS AF=0.483871;AO=44;DP=94;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00832763;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.004;QD=19.4697;RBI=0.0256696;REFB=-0.0146998;REVB=-0.0242812;RO=48;SAF=22;SAR=22;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505734;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0198935;OID=.;OPOS=124325977;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:48:48:44:45:0.483871:22:22:24:24:23:22:24:24 chr12 124824721 . C T 71.12 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0142505;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=101.058;QD=15.8033;RBI=0.0280337;REFB=-0.0153313;REVB=0.0241416;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726992;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0382288;OID=.;OPOS=124824721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:19:18:10:9:6:6:0.333333:2:4:6:4:2:4:6:3 chr12 124829234 . C T 1465.98 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.308;QD=63.0529;RBI=0.0444165;REFB=0;REVB=0.0365064;RO=0;SAF=53;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65984e-05;OID=.;OPOS=124829234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:90:93:1:37:53:0:0:40:53:0:0 chr12 124829255 . AC GC,TG 944.83 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=43,5;DP=67;FAO=63,3;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33,3;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406632,0.0294606;FXX=0.0149231;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=177.952,146.774;QD=57.2626;RBI=0.0451148,0.0368967;REFB=0,0;REVB=0.0195411,0.0222135;RO=0;SAF=13,5;SAR=30,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0125439,-0.0233447;OID=.,.;OPOS=124829255,124829255;OREF=A,AC;OALT=G,TG;OMAPALT=GC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:67:66:0:0:43,5:63,3:0.954545,0.0454545:30,0:13,5:0:0:30,0:33,3:0:0 chr12 124838720 . C T 475.54 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00645013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.367;QD=19.2136;RBI=0.0074;REFB=-0.0136569;REVB=0.00362711;RO=49;SAF=25;SAR=22;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574991;STB=0.516789;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0172403;OID=.;OPOS=124838720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:52:47:47:0.474747:22:25:23:26:22:25:26:26 chr12 124856660 . T A 1117.09 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231729;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4471;QD=60.3831;RBI=0.0754803;REFB=0;REVB=0.0718352;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383066;OID=.;OPOS=124856660;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:39:34:0:0:40:34:0:0 chr12 124968349 . T C 81.57 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0753161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8691;QD=8.36649;RBI=0.0760022;REFB=-0.0184516;REVB=-0.0101895;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943631;STB=0.558034;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0452113;OID=.;OPOS=124968349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:5:6:13:15:5:6:13:15 chr12 124968359 . C T 236.8 PASS AF=0.709677;AO=21;DP=30;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0770331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.549;QD=30.5546;RBI=0.0839935;REFB=-0.0203003;REVB=0.0334785;RO=8;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051041;STB=0.516114;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00682512;OID=.;OPOS=124968359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:31:8:9:21:22:0.709677:10:11:5:3:11:11:5:4 chr12 124979789 . T G 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00219423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.462;QD=13.0536;RBI=0.0282442;REFB=-0.00567059;REVB=-0.0281589;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1275;STB=0.573072;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00926804;OID=.;OPOS=124979789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:11:12:14:21:11:12:14:21 chr12 125284748 . A G 49.21 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=-0.035456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.185;QD=4.10104;RBI=0.0419473;REFB=0.00144486;REVB=-0.0224152;RO=40;SAF=3;SAR=5;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472209;STB=0.801322;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0105617;OID=.;OPOS=125284748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:5:3:31:9:5:3:31:9 chr12 125298877 . G A 558.72 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.00371692;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.874;QD=18.9396;RBI=0.0327;REFB=0.00121301;REVB=0.0324881;RO=58;SAF=22;SAR=36;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166504;STB=0.515942;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.001058;OID=.;OPOS=125298877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:58:60:58:58:0.491525:36:22:21:37:36:22:21:39 chr12 125324513 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000524715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.738;QD=33.4282;RBI=0.000524715;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06167e-05;OID=.;OPOS=125324513;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr12 125324553 . C T 122.51 PASS AF=0.923077;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00235068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.769;QD=37.6955;RBI=0.0838607;REFB=0.00724369;REVB=0.0838277;RO=1;SAF=9;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471711;STB=0.523771;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00035667;OID=.;OPOS=125324553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:13:1:1:10:12:0.923077:1:9:1:0:2:10:1:0 chr12 125324570 . C T 218.42 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00140673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.717;QD=39.7126;RBI=0.15694;REFB=-0.115928;REVB=0.156934;RO=3;SAF=13;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950419;STB=0.551672;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0146322;OID=.;OPOS=125324570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:6:13:3:0:6:13:3:0 chr12 125386076 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.72;QD=54.5176;RBI=0.0533159;REFB=0;REVB=0.0437701;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76957e-05;OID=.;OPOS=125386076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr12 125386091 . A G 97.23 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0388159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8402;QD=12.9645;RBI=0.0406372;REFB=-0.0069334;REVB=-0.0120293;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566036;STB=0.533278;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0081777;OID=.;OPOS=125386091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:10:8:6:6:10:8 chr12 125386114 . T A 122.2 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0131763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.343;QD=15.7679;RBI=0.0134024;REFB=-0.0183149;REVB=0.00245162;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150849;STB=0.587032;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0197611;OID=.;OPOS=125386114;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:10:7:8:6:10:7 chr12 125396488 . T C 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00541098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.12;QD=9.13236;RBI=0.00937454;REFB=-0.00553918;REVB=0.00765528;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357233;STB=0.713903;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0113118;OID=.;OPOS=125396488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:6:4:16:6:6:4:16:6 chr12 125397061 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00267643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.554;QD=25.4671;RBI=0.0957515;REFB=-0.007143;REVB=0.0957141;RO=3;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177567;STB=0.599799;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00362925;OID=.;OPOS=125397061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:3:6:3:0:3:6:3:0 chr12 125397364 . A G 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00506222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.66;QD=15.7844;RBI=0.00969153;REFB=-0.0189094;REVB=0.00826437;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253949;STB=0.644971;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0186062;OID=.;OPOS=125397364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:13:4:7:7:13:4 chr12 125397750 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3149;QD=58.1409;RBI=0.102628;REFB=0;REVB=-0.101461;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00168779;OID=.;OPOS=125397750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:8:24:0:0:8:24:0:0 chr12 125398039 . G C 388.25 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.0564599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8601;QD=21.274;RBI=0.0807861;REFB=-0.0134728;REVB=0.0577813;RO=34;SAF=18;SAR=21;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277118;STB=0.652101;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0156185;OID=.;OPOS=125398039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:21:18:27:7:21:18:27:7 chr12 125398517 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.974;QD=57.2026;RBI=0.0193921;REFB=0;REVB=-0.0189532;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61042e-05;OID=.;OPOS=125398517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr12 125399068 . C T 733.84 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0546717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3516;QD=61.1529;RBI=0.094148;REFB=-0.140155;REVB=0.0766475;RO=1;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159381;STB=0.508471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00999811;OID=.;OPOS=125399068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:46:47:0.979167:29:17:0:1:29:18:0:1 chr12 125399150 . G A 460.15 PASS AF=0.463636;AO=50;DP=109;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.00602393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3111;QD=16.7328;RBI=0.0300884;REFB=-0.0212564;REVB=-0.0294792;RO=59;SAF=27;SAR=23;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16121;STB=0.593603;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0218222;OID=.;OPOS=125399150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:59:59:50:51:0.463636:23:27:22:37:23:28:22:37 chr12 125399167 . T C 615.62 PASS AF=0.492188;AO=62;DP=128;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00114765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.658;QD=19.238;RBI=0.0280373;REFB=-0.0112622;REVB=-0.0280138;RO=64;SAF=26;SAR=36;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893257;STB=0.540528;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00929455;OID=.;OPOS=125399167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:64:65:62:63:0.492188:36:26:33:31:36:27:33:32 chr12 125411882 . GT AC 212.45 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00625849;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.425;QD=13.9308;RBI=0.00629299;REFB=0.00052133;REVB=0.000658092;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149201;STB=0.568008;STBP=0.379;TYPE=mnp;VARB=-0.00315984;OID=.;OPOS=125411882;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:61:34:36:25:25:0.409836:11:14:14:20:11:14:16:20 chr12 125412470 . C T 194.33 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0192106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.404;QD=12.3386;RBI=0.0198321;REFB=0.00393342;REVB=0.00492609;RO=39;SAF=6;SAR=18;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445744;STB=0.525751;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00557396;OID=.;OPOS=125412470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:18:6:11:28:18:6:11:28 chr12 125424502 . A G 308.51 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00416615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.252;QD=25.1841;RBI=0.0234886;REFB=-0.017362;REVB=0.0231162;RO=21;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137052;STB=0.565991;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.009867;OID=.;OPOS=125424502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:27:28:0.571429:12:15:8:13:13:15:8:13 chr12 125424510 . T A 289.42 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.013324;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.072;QD=22.6995;RBI=0.013783;REFB=-0.00590178;REVB=0.00352733;RO=21;SAF=15;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103328;STB=0.565993;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00491198;OID=.;OPOS=125424510;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:22:29:29:0.568627:14:15:8:13:14:15:8:14 chr12 125432618 . G A 161.34 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.00726329;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.535;QD=17.9269;RBI=0.0152287;REFB=-0.00852507;REVB=0.013385;RO=19;SAF=1;SAR=16;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282606;STB=0.666419;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00872994;OID=.;OPOS=125432618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:19:17:17:0.472222:16:1:3:16:16:1:3:16 chr12 125434580 . C G,T 647.19 PASS AF=0.0465116,0.953488;AO=2,42;DP=44;FAO=2,41;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498161,0.0326719;FXX=0.0227221;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.0272,178.696;QD=60.204;RBI=0.0568533,0.0553266;REFB=0,0;REVB=-0.0273982,0.0446495;RO=0;SAF=1,21;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.185896,0.00110406;OID=.,.;OPOS=125434580,125434580;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:44:43:0:0:2,42:2,41:0.0465116,0.953488:1,21:1,21:0:0:1,20:1,21:0:0 chr12 125434716 . G A 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00784477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.177;QD=18.0872;RBI=0.020611;REFB=-0.0199734;REVB=-0.0190597;RO=27;SAF=19;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146245;STB=0.582557;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0222208;OID=.;OPOS=125434716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:7:19:16:11:7:19:16:11 chr12 125437019 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7406;QD=57.1054;RBI=0.0132956;REFB=0;REVB=0.01292;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68175e-05;OID=.;OPOS=125437019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr12 125438516 . T C 787.16 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00199383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.671;QD=55.2395;RBI=0.0221868;REFB=0.0287699;REVB=-0.0220971;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.508472;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000417374;OID=.;OPOS=125438516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:0:1:55:56:0.982456:29:26:0:0:29:27:0:1 chr12 125438523 . C T 830.22 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.124;QD=57.2563;RBI=0.0813108;REFB=0;REVB=0.0703688;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347766;OID=.;OPOS=125438523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:31:25:0:0:31:27:0:0 chr12 125441347 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0170988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5571;QD=14.7985;RBI=0.024778;REFB=-0.00746584;REVB=0.0179327;RO=13;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386609;STB=0.729264;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0292638;OID=.;OPOS=125441347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:2:9:6:7:2:9:6:7 chr12 125441359 . T C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0194618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.12;QD=14.1687;RBI=0.0332967;REFB=-0.0126653;REVB=-0.0270169;RO=12;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327406;STB=0.695219;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0249571;OID=.;OPOS=125441359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:2:8:6:6:2:8:6:6 chr12 125448960 . C T 302.24 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0113948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.104;QD=19.4996;RBI=0.0134138;REFB=-0.0317989;REVB=-0.00707726;RO=30;SAF=11;SAR=21;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113456;STB=0.563264;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0368339;OID=.;OPOS=125448960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:21:11:14:16:21:11:14:16 chr12 125451767 . G A 150.09 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.100444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.859;QD=19.3667;RBI=0.103732;REFB=0.00933838;REVB=0.0259106;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225385;STB=0.512804;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00974142;OID=.;OPOS=125451767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:6:10:9:6:6:10:9:6 chr12 125467158 . C T 1116.89 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.501;QD=60.3726;RBI=0.0383908;REFB=0;REVB=-0.0321588;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81942e-05;OID=.;OPOS=125467158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr12 125562809 . G A 1000.04 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000390548;FXX=0.0270234;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.984;QD=55.5577;RBI=0.0316038;REFB=-0.10364;REVB=-0.0316014;RO=3;SAF=55;SAR=14;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091113;STB=0.548372;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000763725;OID=.;OPOS=125562809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:3:3:69:69:0.958333:14:55:0:3:14:55:0:3 chr12 125587278 . G A 144.61 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0197951;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8071;QD=8.63331;RBI=0.0548425;REFB=-0.00831467;REVB=0.0511454;RO=47;SAF=6;SAR=14;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210246;STB=0.626067;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0186199;OID=.;OPOS=125587278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:14:6:22:25:14:6:22:25 chr12 125834095 . C A 211.23 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0021466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.553;QD=12.07;RBI=0.00326977;REFB=-0.00201729;REVB=-0.00246647;RO=38;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533183;STB=0.548743;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00284999;OID=.;OPOS=125834095;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:44:26:26:0.371429:11:15:20:18:11:15:22:22 chr12 125834395 . T C 287.08 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0257027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7597;QD=22.0831;RBI=0.0322595;REFB=-0.0204979;REVB=-0.0194948;RO=23;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383817;STB=0.521262;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0135561;OID=.;OPOS=125834395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:14:15:13:10:14:15:13:10 chr12 126068417 . T C 1659.62 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.66;QD=60.3497;RBI=0.0438741;REFB=0;REVB=-0.00290092;RO=0;SAF=65;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74692e-05;OID=.;OPOS=126068417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:45:65:0:0:45:65:0:0 chr12 126139525 . G A 216.34 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00157309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.488;QD=22.1884;RBI=0.0358049;REFB=-0.00561585;REVB=-0.0357703;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888256;STB=0.558767;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00577726;OID=.;OPOS=126139525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:18:20:21:0.538462:11:9:10:8:12:9:10:8 chr12 126141880 . CCCG CCCGTG,C 95.61 PASS AF=0.411765,0.294118;AO=4,4;DP=21;FAO=7,5;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=1,0;FSAR=6,5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.204151,-0.0817847;FXX=0.190386;HRUN=1,3;LEN=2,3;MLLD=43.8072,80.8242;QD=22.4971;RBI=0.211493,0.101052;REFB=-0.0486099,-0.0975138;REVB=0.055242,-0.0593527;RO=4;SAF=1,0;SAR=3,4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0.560811;SSSB=-0.548203,-0.794086;STB=0.809829,0.997596;STBP=0.035,0.009;TYPE=ins,del;VARB=0.205255,0.0779368;OID=.,.;OPOS=126141883,126141881;OREF=-,CCG;OALT=GT,-;OMAPALT=CCCGTG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765,0.294118:4,4:21:7,5:17:5:1,0:6,5:4:1:39:4:1,0:3,4:4:0 chr12 127068865 . A G 365.45 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0005049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.878;QD=54.1413;RBI=0.0435358;REFB=0;REVB=0.0435329;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175614;OID=.;OPOS=127068865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:17:10:0:0 chr12 127068892 . C T 725.46 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.968;QD=63.0835;RBI=0.0549793;REFB=0;REVB=-0.0436312;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.11769e-05;OID=.;OPOS=127068892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr12 127650467 . G C 5570.86 PASS AF=0.960836;AO=365;DP=381;FAO=368;FDP=383;FR=.;FRO=15;FSAF=177;FSAR=191;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0131783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4482;QD=58.1813;RBI=0.0131792;REFB=0.0262273;REVB=0.000151095;RO=12;SAF=175;SAR=190;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00124878;STB=0.504666;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00061591;OID=.;OPOS=127650467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:381:383:12:15:365:368:0.960836:190:175:6:6:191:177:9:6 chr12 127650471 . AT GG 6100.15 PASS AF=0.971084;AO=359;DP=378;FAO=403;FDP=415;FR=.;FRO=12;FSAF=214;FSAR=189;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0426506;FXX=0.00954631;HRUN=1;LEN=2;MLLD=311.888;QD=58.7966;RBI=0.0433516;REFB=-0.0141516;REVB=0.00776472;RO=12;SAF=178;SAR=181;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000257653;STB=0.5009;STBP=0.828;TYPE=mnp;VARB=0.00195724;OID=.;OPOS=127650471;OREF=AT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:378:415:12:12:359:403:0.971084:181:178:6:6:189:214:6:6 chr12 127650538 . A G 11688.1 PASS AF=0.971795;AO=755;DP=779;FAO=758;FDP=780;FR=.;FRO=22;FSAF=325;FSAR=433;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0164375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0513;QD=59.9387;RBI=0.0497383;REFB=-0.053074;REVB=-0.0469437;RO=22;SAF=324;SAR=431;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00890908;STB=0.504662;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0029913;OID=.;OPOS=127650538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:779:780:22:22:755:758:0.971795:431:324:13:9:433:325:13:9 chr12 127650583 . T G 10378.9 PASS AF=0.975291;AO=666;DP=685;FAO=671;FDP=688;FR=.;FRO=17;FSAF=291;FSAR=380;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0537565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1514;QD=60.3427;RBI=0.0538436;REFB=0.00588745;REVB=0.00306136;RO=17;SAF=290;SAR=376;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398774;STB=0.502032;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000271626;OID=.;OPOS=127650583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:685:688:17:17:666:671:0.975291:376:290:6:11:380:291:6:11 chr12 127650599 . A G 8582.36 PASS AF=0.977193;AO=462;DP=573;FAO=557;FDP=570;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=244;FSAR=313;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0541408;FXX=0.00349644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.837;QD=60.2271;RBI=0.0547214;REFB=-0.0458105;REVB=0.00795034;RO=14;SAF=161;SAR=301;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00831223;STB=0.504807;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00112074;OID=.;OPOS=127650599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:573:570:14:13:462:557:0.977193:301:161:3:11:313:244:3:10 chr12 127650616 . G A 2056.27 PASS AF=0.428298;AO=223;DP=523;FAO=224;FDP=523;FR=.;FRO=299;FSAF=104;FSAR=120;FSRF=102;FSRR=197;FWDB=-0.0207028;FXX=0.00190836;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2289;QD=15.7267;RBI=0.0252133;REFB=0.000132666;REVB=0.0143913;RO=299;SAF=103;SAR=120;SRF=102;SRR=197;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12706;STB=0.571482;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.000668545;OID=.;OPOS=127650616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:523:523:299:299:223:224:0.428298:120:103:102:197:120:104:102:197 chr12 127650639 . A G 5176.5 PASS AF=0.969152;AO=252;DP=383;FAO=377;FDP=389;FR=.;FRO=12;FSAF=130;FSAR=247;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0403297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.265;QD=53.2288;RBI=0.0480662;REFB=-0.115149;REVB=0.0261511;RO=4;SAF=121;SAR=131;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143298;STB=0.505279;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00264143;OID=.;OPOS=127650639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:383:389:4:12:252:377:0.969152:131:121:0:4:247:130:6:6 chr12 127650662 . T C 1495.61 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0256492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.965;QD=62.3169;RBI=0.026411;REFB=-0.0206285;REVB=-0.0062975;RO=1;SAF=31;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015049;STB=0.507935;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=9.6302e-05;OID=.;OPOS=127650662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:64:31:1:0:64:31:1:0 chr12 127650669 . A G 631.6 PASS AF=0.976744;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.044068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.124;QD=58.7533;RBI=0.0447661;REFB=0.0553242;REVB=-0.00787444;RO=1;SAF=12;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374761;STB=0.51999;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.000396837;OID=.;OPOS=127650669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:40:42:0.976744:28:12:1:0:30:12:1:0 chr12 127650675 . G C 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0344612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.007;QD=26.6015;RBI=0.0451511;REFB=-0.0740512;REVB=-0.0291727;RO=2;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108557;STB=0.562335;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0345956;OID=.;OPOS=127650675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:6:2:1:1:6:2:1:1 chr12 127650883 . G T 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.036986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.339;QD=35.4869;RBI=0.0711659;REFB=0.021309;REVB=0.0607999;RO=2;SAF=12;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262406;STB=0.648367;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00186683;OID=.;OPOS=127650883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:1:12:1:1:1:12:1:1 chr12 127650890 . G C 129.49 PASS AF=0.8125;AO=12;DP=15;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.010711;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.938;QD=32.3731;RBI=0.0473133;REFB=-0.0692538;REVB=-0.046085;RO=3;SAF=11;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225452;STB=0.631334;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.011459;OID=.;OPOS=127650890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:15:16:3:3:12:13:0.8125:1:11:2:1:1:12:2:1 chr12 127650927 . TA T 229.37 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.4389;QD=35.2876;RBI=0.0878699;REFB=-0.0776077;REVB=0.0741546;RO=1;SAF=21;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301654;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0253092;OID=.;OPOS=127650928;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:22:26:26:26:0:23:3:0:0:3:1:21:1:0:1 chr12 128778703 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0815;QD=57.202;RBI=0.0757316;REFB=0;REVB=0.0706532;RO=0;SAF=27;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614458;OID=.;OPOS=128778703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:3:27:0:0:3:27:0:0 chr12 128899673 . A G 1320.36 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7653;QD=62.1345;RBI=0.0409916;REFB=0;REVB=-0.0407906;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137563;OID=.;OPOS=128899673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:37:47:0:0:37:48:0:0 chr12 129181810 . A G 2648.31 PASS AF=0.988506;AO=170;DP=174;FAO=172;FDP=174;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.005521;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.123;QD=60.8808;RBI=0.0296268;REFB=0.0142921;REVB=-0.0291079;RO=2;SAF=87;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000260553;STB=0.500134;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.000178123;OID=.;OPOS=129181810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:174:174:2:2:170:172:0.988506:83:87:1:1:84:88:1:1 chr12 129181834 . A G 3105.29 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0842;QD=61.7968;RBI=0.0258932;REFB=0;REVB=0.0126695;RO=0;SAF=100;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94326e-05;OID=.;OPOS=129181834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:201:0:0:200:201:1:100:100:0:0:100:101:0:0 chr12 129189941 . G A 101.46 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0101172;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.316;QD=15.0304;RBI=0.0108987;REFB=-0.00641461;REVB=-0.00405259;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574537;STB=0.509538;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00906646;OID=.;OPOS=129189941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:14:15:12:12:0.444444:7:5:5:9:7:5:6:9 chr12 129190021 . A G 296.3 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0346315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3644;QD=49.384;RBI=0.0346639;REFB=-0.0433315;REVB=0.00149938;RO=1;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486633;STB=0.526293;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00964529;OID=.;OPOS=129190021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:9:14:0:1:9:14:0:1 chr12 129190474 . G A 574.13 PASS AF=0.432624;AO=61;DP=142;FAO=61;FDP=141;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.0121287;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.042;QD=16.2874;RBI=0.0122248;REFB=-0.0161762;REVB=-0.00152965;RO=73;SAF=37;SAR=24;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00391025;STB=0.518602;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0216404;OID=.;OPOS=129190474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:73:80:61:61:0.432624:24:37:44:29:24:37:46:34 chr12 129278864 . A G 247.33 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0552524;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.0663;QD=47.1105;RBI=0.0576381;REFB=-0.160552;REVB=0.0164109;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368683;STB=0.51998;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0102728;OID=.;OPOS=129278864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:0:1:12:8:0:1 chr12 129298735 . C G 544.45 PASS AF=0.504425;AO=55;DP=112;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=0.0868247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5196;QD=19.2726;RBI=0.0868277;REFB=-0.045271;REVB=-0.000723319;RO=57;SAF=37;SAR=18;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120463;STB=0.503225;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0623871;OID=.;OPOS=129298735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:57:56:55:57:0.504425:18:37:39:18:18:39:38:18 chr12 129298779 . C T 75.91 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0174729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3732;QD=4.46512;RBI=0.0186788;REFB=-0.016949;REVB=0.00660251;RO=54;SAF=11;SAR=2;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.555633;STB=0.853126;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0395795;OID=.;OPOS=129298779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:54:55:13:13:0.191176:2:11:21:33:2:11:22:33 chr12 129298799 . T C 234.72 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00187011;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0747;QD=13.8068;RBI=0.0473301;REFB=-0.0202272;REVB=-0.0472932;RO=39;SAF=8;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248621;STB=0.622028;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0284826;OID=.;OPOS=129298799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:20:8:20:19:20:8:19:21 chr12 129298848 . G A 574.34 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=52;FSRF=13;FSRR=45;FWDB=-0.0106465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2696;QD=19.6357;RBI=0.0299594;REFB=-0.0183425;REVB=0.0280039;RO=58;SAF=7;SAR=52;SRF=13;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187791;STB=0.604962;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0188474;OID=.;OPOS=129298848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:59:59:0.504274:52:7:13:45:52:7:13:45 chr12 129299385 . G A 217.66 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00250223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.72;QD=16.7428;RBI=0.00483363;REFB=-0.00969109;REVB=0.00413556;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212965;STB=0.620155;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0080473;OID=.;OPOS=129299385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:14:10:18:10:14:10:18:10 chr12 129348666 . C T 265.41 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00193696;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9781;QD=27.9378;RBI=0.0236085;REFB=-0.0479799;REVB=0.0235289;RO=13;SAF=15;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00652193;STB=0.520816;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0250376;OID=.;OPOS=129348666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:13:14:24:24:0.631579:9:15:8:5:9:15:8:6 chr12 129383848 . GTGT G 429.34 PASS AF=0.483146;AO=44;DP=94;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0150628;FXX=0.0531858;HRUN=1;LEN=3;MLLD=304.156;QD=19.296;RBI=0.0150685;REFB=-0.00460021;REVB=-0.000416827;RO=46;SAF=24;SAR=20;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018367;STB=0.506817;STBP=0.881;TYPE=del;VARB=0.00498578;OID=.;OPOS=129383849;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483146:44:94:43:89:46:23:20:24:22:99:46:24:20:26:20 chr12 129559557 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.487;QD=59.839;RBI=0.0282402;REFB=0;REVB=0.0192344;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251003;OID=.;OPOS=129559557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr12 129566406 . C T 221.91 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0334487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.213;QD=18.4924;RBI=0.041078;REFB=-0.0195457;REVB=0.0238451;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367064;STB=0.520814;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0256247;OID=.;OPOS=129566406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:12:14:11:11:12:14 chr12 130647709 . G C 1272.57 PASS AF=0.539823;AO=122;DP=226;FAO=122;FDP=226;FR=.;FRO=104;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=60;FSRR=44;FWDB=0.0274328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.596;QD=22.5233;RBI=0.0302474;REFB=-0.0503245;REVB=0.0127416;RO=104;SAF=66;SAR=56;SRF=60;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306187;STB=0.516693;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0316282;OID=.;OPOS=130647709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:104:104:122:122:0.539823:56:66:60:44:56:66:60:44 chr12 130649316 . CTTTTTTTTTTTTTA CTTCTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTATTA,CTTTTTTTTTTTTAT 266.69 PASS AF=0.186441,0.779661,0,0;AO=4,9,3,4;DP=63;FAO=11,46,0,0;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=2,22,0,0;FSAR=9,24,0,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0210995,0.108347,-0.0271965,-0.193446;FXX=0.063482;HRUN=13,13,13,13;LEN=1,3,1,2;MLLD=134.965,6.95589,137.254,11.6736;QD=18.0803;RBI=0.0863328,0.143502,0.0403959,0.220771;REFB=-0.0496964,-0.304147,-0.0541285,-0.357427;REVB=-0.0837147,-0.0940944,-0.0298693,-0.106389;RO=2;SAF=0,2,3,4;SAR=4,7,0,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.725637,-0.118266,0.692188,0.725637;STB=0.574321,0.500907,0.5,0.5;STBP=0.355,0.869,1,1;TYPE=snp,del,snp,mnp;VARB=-0.0317213,0.208203,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=130649319,130649317,130649327,130649329;OREF=T,TTT,T,TA;OALT=C,-,A,AT;OMAPALT=CTTCTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTATTA,CTTTTTTTTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.186441,0.779661,0,0:4,9,3,4:63:11,46,0,0:59:2:2,22,0,0:9,24,0,0:1:1:70:2:0,2,3,4:4,7,0,0:1:1 chr12 130649543 . C G 569.59 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0317445;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.357;QD=58.4192;RBI=0.0367781;REFB=-0.117441;REVB=0.0185719;RO=1;SAF=21;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217802;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00216202;OID=.;OPOS=130649543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:39:39:1:1:37:38:0.974359:16:21:1:0:16:22:1:0 chr12 130649687 . T C 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.012132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.362;QD=23.0011;RBI=0.0246303;REFB=-0.00230996;REVB=0.0214352;RO=21;SAF=18;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374964;STB=0.5072;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00202865;OID=.;OPOS=130649687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:22:29:29:0.568627:11:18:14:7:11:18:14:8 chr12 130650016 . G C 301.19 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0585312;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.827;QD=14.515;RBI=0.0585575;REFB=-0.00615094;REVB=-0.00175603;RO=47;SAF=18;SAR=15;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582069;STB=0.52339;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.010856;OID=.;OPOS=130650016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:49:33:34:0.409639:15:18:23:24:16:18:24:25 chr12 130650180 . A G 257.67 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00500811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.614;QD=19.8207;RBI=0.0198656;REFB=-0.0065611;REVB=0.019224;RO=25;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267529;STB=0.648432;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00823344;OID=.;OPOS=130650180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:15:12:19:6:15:12:19:6 chr12 130839165 . G A 516.74 PASS AF=0.635135;AO=47;DP=74;FAO=47;FDP=74;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0378275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5309;QD=27.9316;RBI=0.0406915;REFB=0.00201538;REVB=0.0149959;RO=27;SAF=14;SAR=33;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111333;STB=0.560758;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.000700904;OID=.;OPOS=130839165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:27:27:47:47:0.635135:33:14:12:15:33:14:12:15 chr12 130847389 . A G 274.16 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0093758;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2019;QD=15.0227;RBI=0.012459;REFB=0.00340596;REVB=0.00820493;RO=42;SAF=15;SAR=16;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137044;STB=0.577416;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00533206;OID=.;OPOS=130847389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:16:15:26:16:16:15:26:16 chr12 130884347 . A G 157.83 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0377647;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.055;QD=16.188;RBI=0.03799;REFB=-0.0166466;REVB=-0.00413137;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844149;STB=0.524662;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0214393;OID=.;OPOS=130884347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:22:17:17:0.435897:7:10:10:10:7:10:12:10 chr12 130897150 . G T 384.85 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.000244531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.333;QD=15.394;RBI=0.0204384;REFB=-0.0012388;REVB=-0.020437;RO=59;SAF=14;SAR=27;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736106;STB=0.54169;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00191843;OID=.;OPOS=130897150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:27:14:24:35:27:14:24:35 chr12 130912757 . C T 283.51 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00471923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0509;QD=23.1435;RBI=0.00499036;REFB=0.00546924;REVB=0.00162253;RO=23;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548666;STB=0.530589;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0013866;OID=.;OPOS=130912757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:13:13:10:13:13:13:10:13 chr12 130941150 . G C 519.93 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.771;QD=59.421;RBI=0.0269493;REFB=0;REVB=0.013186;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111827;OID=.;OPOS=130941150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr12 131275484 . G A 1136.3 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00824675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.129;QD=57.5341;RBI=0.0112048;REFB=-0.0532455;REVB=0.00758545;RO=1;SAF=40;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011684;STB=0.512192;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000335459;OID=.;OPOS=131275484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:79:1:2:76:77:0.974684:36:40:1:0:37:40:2:0 chr12 131276448 . G T 1325.16 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.843;QD=60.927;RBI=0.0360468;REFB=-0.144296;REVB=0.0335601;RO=1;SAF=44;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106464;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000497192;OID=.;OPOS=131276448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:86:86:0.988506:42:44:1:0:42:44:1:0 chr12 131296908 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00409755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.384;QD=33.4285;RBI=0.00409755;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22114e-05;OID=.;OPOS=131296908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr12 131299974 . A G 1143.95 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494482;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8564;QD=60.2082;RBI=0.055521;REFB=0;REVB=-0.0252479;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000819881;OID=.;OPOS=131299974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:41:34:0:0:41:35:0:0 chr12 131306314 . C G 1208.78 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.117;QD=61.2043;RBI=0.0473597;REFB=0;REVB=0.0282117;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475557;OID=.;OPOS=131306314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:41:37:0:0:42:37:0:0 chr12 131466562 . T C 994.15 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.403;QD=57.6321;RBI=0.014009;REFB=-0.146986;REVB=0.00170106;RO=1;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145365;STB=0.50769;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00115211;OID=.;OPOS=131466562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:1:1:66:68:0.985507:32:34:0:1:32:36:0:1 chr12 131590404 . G A 416.01 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0123005;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.433;QD=21.8954;RBI=0.0125592;REFB=-0.0132273;REVB=-0.00253625;RO=33;SAF=20;SAR=21;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100993;STB=0.553741;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0100281;OID=.;OPOS=131590404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:33:35:41:41:0.539474:21:20:12:21:21:20:13:22 chr12 131620588 . A G 234.12 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0104595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2798;QD=15.3523;RBI=0.0872332;REFB=-0.0323673;REVB=0.0866039;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106029;STB=0.567293;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0537924;OID=.;OPOS=131620588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:33:27:28:0.459016:16:11:17:16:17:11:17:16 chr12 131622735 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00465903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.296;QD=59.4356;RBI=0.00679922;REFB=0;REVB=-0.00495205;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.81201e-07;OID=.;OPOS=131622735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr12 131623730 . A C 1184.75 PASS AF=0.552764;AO=107;DP=196;FAO=110;FDP=199;FR=.;FRO=89;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=-0.0398467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.274;QD=23.814;RBI=0.0410435;REFB=-0.00602604;REVB=0.00983922;RO=89;SAF=48;SAR=59;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372808;STB=0.514539;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00540544;OID=.;OPOS=131623730;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:199:89:89:107:110:0.552764:59:48:36:53:62:48:36:53 chr12 132237848 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.235;QD=50.4118;RBI=0.0292701;REFB=0;REVB=-0.00621958;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120757;OID=.;OPOS=132237848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr12 132271113 . T C 1066.2 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0321986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.494;QD=58.4219;RBI=0.0325951;REFB=-0.103597;REVB=0.00506879;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000730335;OID=.;OPOS=132271113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:41:31:0:0:41:31:0:1 chr12 132285934 . G A 112.19 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0715824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8273;QD=16.6206;RBI=0.0795402;REFB=-0.0185165;REVB=-0.0346784;RO=13;SAF=11;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288901;STB=0.698058;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.022165;OID=.;OPOS=132285934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:2:11:8:5:2:11:8:6 chr12 132323250 . C G 2155.39 PASS AF=0.986014;AO=131;DP=133;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0649211;FXX=0.00694396;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.46;QD=60.2907;RBI=0.176172;REFB=-0.0536761;REVB=0.163774;RO=2;SAF=71;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155768;STB=0.507245;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00204806;OID=.;OPOS=132323250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:143:2:2:131:141:0.986014:60:71:0:2:68:73:0:2 chr12 132325239 . G A 530.57 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0126287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.805;QD=20.6045;RBI=0.020001;REFB=-0.019858;REVB=0.0155099;RO=49;SAF=25;SAR=29;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299469;STB=0.516485;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0163071;OID=.;OPOS=132325239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:49:54:54:0.524272:29:25:21:28:29:25:21:28 chr12 132326298 . G A 342.27 PASS AF=0.386792;AO=40;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0197925;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.521;QD=12.9157;RBI=0.0221528;REFB=-0.0107372;REVB=0.00994991;RO=65;SAF=26;SAR=14;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192549;STB=0.598354;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0154306;OID=.;OPOS=132326298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:65:65:40:41:0.386792:14:26:31:34:15:26:31:34 chr12 132396603 . C T 884.76 PASS AF=0.473684;AO=90;DP=189;FAO=90;FDP=190;FR=.;FRO=100;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=60;FSRR=40;FWDB=0.00508141;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.523;QD=18.6264;RBI=0.0240347;REFB=-0.0360722;REVB=0.0234914;RO=93;SAF=37;SAR=53;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146903;STB=0.599023;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0414075;OID=.;OPOS=132396603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:93:100:90:90:0.473684:53:37:53:40:53:37:60:40 chr12 132402016 . G GC 592.95 PASS AF=1;AO=11;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=9.1152;QD=28.2355;RBI=0.0742677;REFB=0;REVB=0.0725661;RO=73;SAF=3;SAR=8;SRF=22;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042632;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00284505;OID=.;OPOS=132402017;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:85:84:84:0:23:61:0:0:14:73:3:8:22:51 chr12 132402020 . T C 964.22 PASS AF=0.857143;AO=70;DP=82;FAO=72;FDP=84;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0464427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0599;QD=45.915;RBI=0.0623871;REFB=-0.00354526;REVB=0.0416562;RO=12;SAF=20;SAR=50;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120962;STB=0.504966;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0147893;OID=.;OPOS=132402020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:82:84:12:12:70:72:0.857143:50:20:3:9:52:20:3:9 chr12 132402021 . T C 45.02 PASS AF=0.13253;AO=12;DP=85;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=53;FWDB=0.00229303;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.006;QD=2.16968;RBI=0.0284333;REFB=-0.00122208;REVB=-0.0283407;RO=72;SAF=3;SAR=9;SRF=19;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224604;STB=0.509732;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.176113;OID=.;OPOS=132402021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:85:83:72:72:12:11:0.13253:9:3:19:53:8:3:19:53 chr12 132403161 . A G 489.01 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702096;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.113;QD=59.2741;RBI=0.0702174;REFB=0;REVB=0.00104548;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37877e-05;OID=.;OPOS=132403161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr12 132406666 . G C 635.58 PASS AF=0.39779;AO=72;DP=180;FAO=72;FDP=181;FR=.;FRO=109;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=68;FSRR=41;FWDB=-0.0338356;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.58;QD=14.0459;RBI=0.0374265;REFB=-0.0151461;REVB=-0.0159968;RO=103;SAF=34;SAR=38;SRF=62;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135601;STB=0.590649;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0409173;OID=.;OPOS=132406666;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:103:109:72:72:0.39779:38:34:62:41:38:34:68:41 chr12 132508389 . A G 191.02 PASS AF=0.403509;AO=24;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0178511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.077;QD=13.4046;RBI=0.0204261;REFB=0.00351738;REVB=-0.00992808;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419086;STB=0.539136;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00464012;OID=.;OPOS=132508389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:34:24:23:0.403509:13:11:16:16:13:10:17:17 chr12 132514288 . C G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0105502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.978;QD=16.1193;RBI=0.011511;REFB=-0.00705222;REVB=-0.00460384;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177348;STB=0.602479;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00658077;OID=.;OPOS=132514288;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:8:5:7:5:8:5 chr12 132560957 . C T 282.88 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0246761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3147;QD=17.4077;RBI=0.0246799;REFB=-0.00797469;REVB=0.000427963;RO=34;SAF=21;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120118;STB=0.567523;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00598725;OID=.;OPOS=132560957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:10:21:19:15:10:21:19:15 chr12 132561987 . C T 731.05 PASS AF=0.458824;AO=77;DP=169;FAO=78;FDP=170;FR=.;FRO=92;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.0207829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.947;QD=17.2011;RBI=0.0248983;REFB=-0.0307614;REVB=-0.0137113;RO=89;SAF=46;SAR=31;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101216;STB=0.556583;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0389597;OID=.;OPOS=132561987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:89:92:77:78:0.458824:31:46:44:45:31:47:46:46 chr12 132589649 . C T 165.18 PASS AF=0.377358;AO=21;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00335407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.462;QD=12.4666;RBI=0.0295029;REFB=-0.00174273;REVB=-0.0293116;RO=32;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418615;STB=0.543957;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00357985;OID=.;OPOS=132589649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:21:20:0.377358:13:8:11:21:12:8:11:22 chr12 132598995 . C T 84.76 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00854944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4893;QD=10.9373;RBI=0.0859073;REFB=0.000199055;REVB=-0.0854809;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202063;STB=0.621079;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00573558;OID=.;OPOS=132598995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:4:7:9:11:4:7:9:11 chr12 132624252 . G A 222.85 PASS AF=0.617647;AO=19;DP=32;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0573189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.171;QD=26.2176;RBI=0.0595909;REFB=-0.0576805;REVB=0.0162976;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173213;STB=0.5619;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0283216;OID=.;OPOS=132624252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:13:13:19:21:0.617647:13:6:7:6:13:8:7:6 chr12 132626425 . G A 336.97 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0195056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6727;QD=17.5049;RBI=0.0240082;REFB=-0.0153895;REVB=-0.0139973;RO=39;SAF=19;SAR=17;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823459;STB=0.543976;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0175663;OID=.;OPOS=132626425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:41:36:36:0.467532:17:19:24:15:17:19:25:16 chr12 132626668 . T C 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00944304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.051;QD=8.42957;RBI=0.0147592;REFB=-0.00369441;REVB=-0.011343;RO=34;SAF=10;SAR=3;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247194;STB=0.666389;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0103162;OID=.;OPOS=132626668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:35:13:13:0.270833:3:10:20:14:3:10:20:15 chr12 132627365 . G A 277.39 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0146622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.418;QD=18.4923;RBI=0.0234135;REFB=-0.0274138;REVB=0.0182541;RO=29;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133701;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.034379;OID=.;OPOS=132627365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:30:30:0.5:13:17:16:13:13:17:17:13 chr12 132628281 . C T 80.28 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.485;QD=16.9;RBI=0.00316396;REFB=-0.0035296;REVB=0.00316396;RO=9;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260745;OID=.;OPOS=132628281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:10:0:0:9:10:0:0:9 chr12 132628285 . G A 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.391;QD=16.8964;RBI=0.0517313;REFB=-0.0226321;REVB=0.0517313;RO=8;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0241764;OID=.;OPOS=132628285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:10:10:0.526316:10:0:0:8:10:0:0:9 chr12 132630822 . C T 331.08 PASS AF=0.392157;AO=35;DP=98;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.00488642;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.32;QD=12.9837;RBI=0.019121;REFB=-0.0188377;REVB=0.0184861;RO=61;SAF=18;SAR=17;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248913;STB=0.510864;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0292101;OID=.;OPOS=132630822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:61:62:35:40:0.392157:17:18:30:31:22:18:29:33 chr12 132633449 . C G 74.61 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0355406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7506;QD=10.658;RBI=0.0449529;REFB=-0.00774528;REVB=0.0275251;RO=17;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383311;STB=0.749464;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0208;OID=.;OPOS=132633449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:8:2:9:8:8:2:10:8 chr12 132635521 . T C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00791766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.933;QD=13.4559;RBI=0.0222104;REFB=-0.0111645;REVB=-0.0207512;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771943;STB=0.545372;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0191929;OID=.;OPOS=132635521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:8:7:6:5:8:7 chr12 132682481 . T G 2026.63 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00042111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.378;QD=62.3578;RBI=0.0198672;REFB=0;REVB=0.0198628;RO=0;SAF=51;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28766e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10265e-05;OID=.;OPOS=132682481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:78:51:0:0:79:51:0:0 chr12 132682484 . A G 1984.66 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.051;QD=61.5398;RBI=0.0745363;REFB=0;REVB=0.0176533;RO=0;SAF=50;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170801;OID=.;OPOS=132682484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:128:129:0:0:128:129:1:78:50:0:0:78:51:0:0 chr12 132688137 . A G 358.87 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00595968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.467;QD=25.1838;RBI=0.0231187;REFB=-0.0366087;REVB=-0.0223373;RO=22;SAF=19;SAR=16;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667744;STB=0.536565;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0212594;OID=.;OPOS=132688137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:16:19:14:8:16:19:14:8 chr12 132811399 . A G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0254738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.046;QD=19.1338;RBI=0.0495716;REFB=-0.0234535;REVB=0.0425256;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281149;STB=0.666029;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00914098;OID=.;OPOS=132811399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:2:0:3:2:2:0 chr12 132811498 . TC T 83.75 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0259628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.0299;QD=13.9589;RBI=0.0628029;REFB=-0.0161027;REVB=-0.0571851;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222009;STB=0.628352;STBP=0.247;TYPE=del;VARB=0.0130173;OID=.;OPOS=132811499;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:12:24:12:24:12:8:4:5:7:80:12:8:4:5:7 chr12 133102403 . C T 742.15 PASS AF=0.588235;AO=67;DP=116;FAO=70;FDP=119;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0482531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.193;QD=24.9461;RBI=0.0528363;REFB=-0.0390706;REVB=0.0215248;RO=49;SAF=29;SAR=38;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357616;STB=0.528917;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0320711;OID=.;OPOS=133102403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:49:49:67:70:0.588235:38:29:19:30:38:32:19:30 chr12 133127964 . G A 224.25 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00556742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.523;QD=13.0001;RBI=0.012735;REFB=-0.0136286;REVB=0.0114535;RO=42;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339856;STB=0.519466;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0397322;OID=.;OPOS=133127964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:15:12:20:22:15:12:20:22 chr12 133128069 . G A 230.8 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00158314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.875;QD=23.0802;RBI=0.00238647;REFB=-0.00436026;REVB=0.00178576;RO=18;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139605;STB=0.507805;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00381826;OID=.;OPOS=133128069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:7:15:12:6:7:15:12:6 chr12 133158097 . T C 117.36 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0202908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.169;QD=12.3538;RBI=0.0215388;REFB=-0.0104699;REVB=0.00722536;RO=23;SAF=1;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519334;STB=0.709325;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00983822;OID=.;OPOS=133158097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:24:13:14:0.368421:12:1:9:14:12:2:9:15 chr12 133158650 . C T 128.49 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0942171;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3833;QD=18.3552;RBI=0.106066;REFB=-0.0177426;REVB=0.0487141;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0235977;OID=.;OPOS=133158650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:8:6:6:8:8:6 chr12 133181399 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.695;QD=56.9569;RBI=0.041365;REFB=0;REVB=0.000790203;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32318e-05;OID=.;OPOS=133181399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:23:28:0:0:23:29:0:0 chr12 133182818 . G A 661.06 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0342013;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0763;QD=60.0967;RBI=0.0633438;REFB=-0.132812;REVB=0.0533171;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00372063;OID=.;OPOS=133182818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:45:44:0:1:43:43:0.977273:22:21:0:0:22:21:1:0 chr12 133196596 . T C 269.86 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000281662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.55;QD=51.401;RBI=0.0199396;REFB=0;REVB=-0.0199376;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134476;OID=.;OPOS=133196596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:10:11:0:0 chr12 133201947 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.122;QD=59.0184;RBI=0.0389122;REFB=0;REVB=0.0344138;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194829;OID=.;OPOS=133201947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr12 133202004 . C T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.68;QD=57.1993;RBI=0.0358508;REFB=0;REVB=0.0290602;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316699;OID=.;OPOS=133202004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr12 133208979 . T C 1165.79 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.568;QD=60.5603;RBI=0.0175952;REFB=0;REVB=0.00310283;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3906e-05;OID=.;OPOS=133208979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:48:28:0:0:48:29:0:0 chr12 133219831 . T C 1645.81 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695391;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.996;QD=60.3967;RBI=0.0413629;REFB=0;REVB=0.0407741;RO=0;SAF=53;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1822e-05;OID=.;OPOS=133219831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:56:53:0:0:56:53:0:0 chr12 133236000 . C T 834.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.624;QD=57.5398;RBI=0.0436215;REFB=0;REVB=0.00122368;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113254;OID=.;OPOS=133236000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr12 133295353 . C T 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.174;QD=61.2121;RBI=0.048525;REFB=0;REVB=0.0340121;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29346e-05;OID=.;OPOS=133295353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr12 133363376 . G T 935.61 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.498;QD=58.4757;RBI=0.0632804;REFB=0;REVB=0.00411822;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73622e-05;OID=.;OPOS=133363376;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:64:0:0:59:64:1:30:29:0:0:30:34:0:0 chr12 133365733 . G A 375.77 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00690023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.235;QD=23.8586;RBI=0.0203169;REFB=-0.0258461;REVB=0.0191093;RO=25;SAF=19;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832813;STB=0.537255;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.022922;OID=.;OPOS=133365733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:26:37:37:0.587302:18:19:10:15:18:19:11:15 chr12 133378440 . C T 2260.78 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.718;QD=63.2385;RBI=0.0600496;REFB=0;REVB=0.00458919;RO=0;SAF=71;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.23847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144451;OID=.;OPOS=133378440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:141:143:1:70:71:0:0:72:71:0:0 chr12 133411987 . G C 1457.46 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.839;QD=62.0197;RBI=0.0290574;REFB=-0.00134648;REVB=-0.0103259;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.504853;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=3.19114e-05;OID=.;OPOS=133411987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:93:93:0.989362:51:42:0:0:51:42:0:1 chr12 133433173 . T C 772.26 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6017;QD=61.7804;RBI=0.055719;REFB=-0.0355437;REVB=-0.0507126;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000637494;OID=.;OPOS=133433173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:29:20:0:0:29:20:1:0 chr12 133502802 . T G 1546.59 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383514;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0608;QD=59.4841;RBI=0.0443218;REFB=0;REVB=0.022217;RO=0;SAF=71;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068761;OID=.;OPOS=133502802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:32:71:0:0:32:72:0:0 chr12 133587980 . C T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.08;QD=55.6525;RBI=0.0400349;REFB=0;REVB=0.0225983;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260015;OID=.;OPOS=133587980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr12 133634450 . A C 189.7 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.827;QD=47.4247;RBI=0.0285395;REFB=0;REVB=0.0136829;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163472;OID=.;OPOS=133634450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr12 133660718 . A G 164.45 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209626;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.275;QD=46.9859;RBI=0.021608;REFB=0;REVB=-0.00524154;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00007e-05;OID=.;OPOS=133660718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr12 133683020 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0986598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7873;QD=37.4885;RBI=0.100501;REFB=0;REVB=-0.0191477;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00654321;OID=.;OPOS=133683020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr12 133781231 . GA G 645.42 PASS AF=1;AO=52;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.098365;FXX=0.0338926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.4498;QD=45.2925;RBI=0.165943;REFB=0;REVB=0.133647;RO=2;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00569767;OID=.;OPOS=133781232;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:59:57:57:0:29:28:0:0:12:2:28:24:0:2 chr12 133781428 . A C 1157.8 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.042404;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.664;QD=59.3741;RBI=0.0431201;REFB=0.00124648;REVB=0.00782574;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000172887;OID=.;OPOS=133781428;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:0:1:77:77:0.987179:35:42:0:0:35:42:1:0 chr12 133781605 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.599;QD=56.9569;RBI=0.0172621;REFB=0;REVB=0.0125717;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99126e-05;OID=.;OPOS=133781605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr12 133795885 . G A 1876.0 PASS AF=0.954887;AO=126;DP=134;FAO=127;FDP=133;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0351441;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.501;QD=56.421;RBI=0.0370954;REFB=-0.203474;REVB=0.0118729;RO=4;SAF=55;SAR=71;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376802;STB=0.5103;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00366888;OID=.;OPOS=133795885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:134:133:4:6:126:127:0.954887:71:55:2:2:71:56:4:2 chr12 133795960 . A G 1218.98 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0111133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.161;QD=58.7461;RBI=0.0120655;REFB=-0.0780624;REVB=0.00469806;RO=2;SAF=27;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337829;STB=0.517853;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=1.00365e-05;OID=.;OPOS=133795960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:81:81:0.975904:54:27:2:0:54:27:2:0 chr12 133810751 . C T 548.14 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0312151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.117;QD=20.4912;RBI=0.0372429;REFB=-0.0360675;REVB=-0.020314;RO=50;SAF=31;SAR=25;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290058;STB=0.511616;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0295732;OID=.;OPOS=133810751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:50:51:56:56:0.523364:25:31:26:24:25:31:27:24 chr13 19600126 . G A 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00256695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.412;QD=17.0987;RBI=0.00588407;REFB=-0.0137784;REVB=-0.00529463;RO=14;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264028;STB=0.638091;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0149402;OID=.;OPOS=19600126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:10:4:8:6:10:4:8:7 chr13 19600200 . C T 124.21 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0236145;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.428;QD=16.027;RBI=0.0244938;REFB=-0.00191991;REVB=0.00650382;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278988;STB=0.516106;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00285882;OID=.;OPOS=19600200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:9:8:7:7:9:8 chr13 19600475 . C A 360.01 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0486552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2472;QD=20.2825;RBI=0.0501891;REFB=0.0076908;REVB=-0.0123133;RO=34;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877635;STB=0.548606;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00648014;OID=.;OPOS=19600475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:19:18:20:14:19:18:20:14 chr13 19600529 . G A 181.98 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0397931;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.807;QD=16.1761;RBI=0.039912;REFB=-0.012054;REVB=0.00307934;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439071;STB=0.523784;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.027275;OID=.;OPOS=19600529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:26:19:19:0.422222:8:11:14:10:8:11:14:12 chr13 19753585 . GT G,TG 1310.71 PASS AF=0.924138,0.0758621;AO=50,11;DP=141;FAO=134,11;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=59,0;FSAR=75,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.97054,0.134257;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=12.2842,134.653;QD=36.1575;RBI=1.01204,0.134377;REFB=0.064135,0.0551091;REVB=0.286839,-0.00568322;RO=72;SAF=2,0;SAR=48,11;SRF=52;SRR=20;SSEN=0.326923,0;SSEP=0.324136,0;SSSB=-0.789498,-0.762707;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0195316,0.0405971;OID=.,.;OPOS=19753586,19753585;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:141:145:72:0:50,11:134,11:0.924138,0.0758621:48,11:2,0:52:20:75,11:59,0:0:0 chr13 19999913 . G A 235.08 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0385163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.517;QD=40.8826;RBI=0.0387343;REFB=-0.0698983;REVB=0.00410427;RO=3;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709084;STB=0.538425;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00594547;OID=.;OPOS=19999913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:3:3:20:20:0.869565:18:2:0:3:18:2:0:3 chr13 19999927 . T G 311.61 PASS AF=0.96;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.014;QD=49.8579;RBI=0.0158274;REFB=0.0156933;REVB=-0.00730857;RO=0;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63689e-08;STB=0.599903;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00173209;OID=.;OPOS=19999927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:25:0:1:23:24:0.96:21:2:0:0:22:2:1:0 chr13 20000630 . T C 418.43 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.478;QD=55.7905;RBI=0.0104773;REFB=0;REVB=0.00124068;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280472;OID=.;OPOS=20000630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:16:12:0:0:18:12:0:0 chr13 20038584 . A G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00721964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.434;QD=12.0244;RBI=0.0243692;REFB=-0.0154581;REVB=-0.0232752;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105621;STB=0.562397;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0276473;OID=.;OPOS=20038584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:12:8:6:6:12:8 chr13 20066994 . T C 67.9 PASS AF=0.128205;AO=15;DP=117;FAO=15;FDP=117;FR=.;FRO=102;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=-0.0285282;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.2547;QD=2.32142;RBI=0.0285976;REFB=-0.0020411;REVB=0.00199039;RO=102;SAF=5;SAR=10;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264409;STB=0.68515;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0182322;OID=.;OPOS=20066994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:117:117:102:102:15:15:0.128205:10:5:56:46:10:5:56:46 chr13 20067011 . AGG A,AG,CGG 1002.9 PASS AF=0,0.842593,0.157407;AO=17,29,13;DP=107;FAO=0,91,17;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=0,49,5;FSAR=0,42,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.202146,-0.39667,-0.0567835;FXX=0.00917347;HRUN=3,3,1;LEN=2,1,1;MLLD=14.9957,12.7051,184.468;QD=37.1444;RBI=0.450649,0.884417,0.0643072;REFB=0,0,0;REVB=0.402768,0.790472,-0.0301836;RO=40;SAF=17,29,3;SAR=0,0,10;SRF=0;SRR=40;SSEN=0,0,0;SSEP=0.570681,0.570681,0;SSSB=0.893645,0.897465,0.605571;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.10138,0.0462243;OID=.,.,.;OPOS=20067012,20067012,20067011;OREF=GG,G,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=A,AG,CGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:82:107:108:40:0:17,29,13:0,91,17:0,0.842593,0.157407:0,0,10:17,29,3:0:40:0,42,12:0,49,5:0:0 chr13 20247228 . G T 103.06 PASS AF=0.6;AO=6;DP=18;FAO=12;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.109724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.5615;QD=20.611;RBI=0.238472;REFB=-0.0666632;REVB=0.21173;RO=8;SAF=6;SAR=0;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.702488;STB=0.571319;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.070796;OID=.;OPOS=20247228;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:20:8:8:6:12:0.6:0:6:7:1:3:9:7:1 chr13 20277413 . T C 150.9 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0811639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.507;QD=11.1776;RBI=0.0827695;REFB=-0.0208721;REVB=0.0162236;RO=35;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139355;STB=0.581311;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0354262;OID=.;OPOS=20277413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:10:9:21:14:10:9:21:14 chr13 20398669 . T C 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0544737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0171;QD=18.3439;RBI=0.0900721;REFB=0.00272255;REVB=0.0717328;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074462;STB=0.542324;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00167348;OID=.;OPOS=20398669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:11:7:8:9:11:7 chr13 20398742 . C T 216.28 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00964976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7731;QD=29.8316;RBI=0.0252589;REFB=-0.0120507;REVB=-0.023343;RO=9;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121361;STB=0.566944;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00671758;OID=.;OPOS=20398742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:11:9:6:3:11:9:6:3 chr13 20438606 . GGGCAGTACT G 198.91 PASS AF=0.455882;AO=29;DP=72;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0142605;FXX=0.0285673;HRUN=4;LEN=9;MLLD=310.994;QD=11.7008;RBI=0.0168168;REFB=-0.0160911;REVB=-0.00891291;RO=40;SAF=17;SAR=12;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145566;STB=0.505007;STBP=0.96;TYPE=del;VARB=0.0184084;OID=.;OPOS=20438607;OREF=GGCAGTACT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455882:29:72:31:68:37:19:12:23:14:99:40:17:12:24:16 chr13 20716533 . G T 285.98 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.090498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.051;QD=49.7348;RBI=0.121861;REFB=-0.0583066;REVB=0.0816104;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00620663;OID=.;OPOS=20716533;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:23:0:0:21:23:1:7:14:0:0:9:14:0:0 chr13 21205192 . G A,T 739.98 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=50,3;DP=53;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34,1;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314035,0.00924334;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=145.034,106.775;QD=55.8475;RBI=0.0609269,0.0263302;REFB=0,0;REVB=0.0522103,-0.0246544;RO=0;SAF=33,2;SAR=17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.56458e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00115057,0.0603048;OID=.,.;OPOS=21205192,21205192;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:53:53:0:0:50,3:51,2:0.962264,0.0377358:17,1:33,2:0:0:17,1:34,1:0:0 chr13 21306140 . A G 207.82 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00361469;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.795;QD=17.3187;RBI=0.00653079;REFB=-0.00340742;REVB=0.00543924;RO=27;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040354;STB=0.523055;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00377094;OID=.;OPOS=21306140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:27:27:21:21:0.4375:7:14:17:10:7:14:17:10 chr13 21356650 . T A 833.88 PASS AF=0.467391;AO=86;DP=184;FAO=86;FDP=184;FR=.;FRO=98;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.00279515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.242;QD=18.1277;RBI=0.0493676;REFB=-0.00443533;REVB=-0.0492884;RO=98;SAF=34;SAR=52;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122191;STB=0.56767;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0044269;OID=.;OPOS=21356650;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:98:98:86:86:0.467391:52:34:51:47:52:34:51:47 chr13 21358061 . A G 158.04 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0729919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.43;QD=25.2871;RBI=0.0770285;REFB=0.0276376;REVB=0.0246085;RO=8;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425913;STB=0.50866;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0172535;OID=.;OPOS=21358061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:8:9:16:16:0.64:11:5:3:5:11:5:3:6 chr13 21562832 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.625;QD=53.9112;RBI=0.0355759;REFB=0;REVB=0.0354541;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248787;OID=.;OPOS=21562832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr13 21562948 . G A 296.49 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0179385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6911;QD=49.4155;RBI=0.0808965;REFB=-0.0810155;REVB=0.0788825;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402265;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00212045;OID=.;OPOS=21562948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:12:11:1:0:12:11:1:0 chr13 21612791 . G A 797.93 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.593;QD=55.9949;RBI=0.0374715;REFB=0;REVB=0.00872395;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134314;OID=.;OPOS=21612791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:55:57:1:33:22:0:0:33:24:0:0 chr13 21620085 . T C 917.55 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=68;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0102887;FXX=0.0294074;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.348;QD=55.6093;RBI=0.0227195;REFB=-0.0523663;REVB=0.0202563;RO=2;SAF=38;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242098;STB=0.512816;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000135013;OID=.;OPOS=21620085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:66:2:2:64:64:0.969697:26:38:2:0:26:38:2:0 chr13 21714920 . G A 638.57 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00679489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.686;QD=59.4018;RBI=0.0344369;REFB=0.00852927;REVB=0.0337599;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208598;STB=0.511106;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=3.10598e-05;OID=.;OPOS=21714920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:22:20:0:1:22:20:0:1 chr13 21720956 . C T 619.85 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8681;QD=59.0331;RBI=0.0307119;REFB=-0.0846142;REVB=0.02815;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.512814;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00241116;OID=.;OPOS=21720956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:19:22:0:1:19:22:0:1 chr13 21729252 . T C 233.44 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.00431645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.998;QD=10.6107;RBI=0.00624736;REFB=-0.00473724;REVB=-0.00451639;RO=58;SAF=22;SAR=7;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421164;STB=0.741403;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00771623;OID=.;OPOS=21729252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:59:29:29:0.329545:7:22:23:35:7:22:24:35 chr13 21729267 . G A 227.13 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0133469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.026;QD=11.3566;RBI=0.0156182;REFB=-0.00145348;REVB=-0.00811091;RO=51;SAF=22;SAR=6;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485954;STB=0.776973;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00192013;OID=.;OPOS=21729267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:52:28:28:0.35:6:22:18:33:6:22:19:33 chr13 21732094 . C T 1290.78 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00795085;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.247;QD=60.7428;RBI=0.00823212;REFB=-0.0826939;REVB=-0.0021335;RO=1;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104104;STB=0.505493;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=3.59816e-05;OID=.;OPOS=21732094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:85:1:1:84:84:0.988235:45:39:0:1:45:39:0:1 chr13 21742311 . C T 550.5 PASS AF=0.415493;AO=58;DP=142;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.0155198;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.837;QD=15.5069;RBI=0.0334511;REFB=-0.0125507;REVB=-0.0296329;RO=81;SAF=37;SAR=21;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366009;STB=0.522697;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0252294;OID=.;OPOS=21742311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:81:83:58:59:0.415493:21:37:49:32:22:37:49:34 chr13 21746600 . TG T 140.82 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.000889273;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.382;QD=12.8014;RBI=0.0171777;REFB=-0.0106625;REVB=0.0171546;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117265;STB=0.581292;STBP=0.421;TYPE=del;VARB=0.0134829;OID=.;OPOS=21746601;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:16:45:16:44:28:10:6:14:14:99:27:10:6:14:13 chr13 21750538 . G A 400.18 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.00617719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3752;QD=14.5521;RBI=0.0406569;REFB=-0.0130692;REVB=0.0401849;RO=63;SAF=26;SAR=20;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108047;STB=0.554626;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0190798;OID=.;OPOS=21750538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:64:46:46:0.418182:20:26:42:21:20:26:42:22 chr13 21751528 . A AC 353.42 PASS AF=1;AO=39;DP=52;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219002;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.7835;QD=28.2733;RBI=0.200948;REFB=0.0125255;REVB=0.199751;RO=11;SAF=16;SAR=23;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185947;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0115125;OID=.;OPOS=21751529;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:52:50:50:0:21:29:0:0:5:11:16:23:5:6 chr13 21752154 . G A 707.85 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.024;QD=62.9201;RBI=0.00688958;REFB=0;REVB=-0.00669733;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44307e-05;OID=.;OPOS=21752154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr13 21949267 . T C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00676343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.52;QD=14.17;RBI=0.0112284;REFB=-0.00649543;REVB=0.0089629;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170018;STB=0.5998;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00402606;OID=.;OPOS=21949267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:7:5:6:4:7:5 chr13 22275394 . A G 1194.13 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0268815;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.953;QD=59.7064;RBI=0.0503792;REFB=-0.0208899;REVB=0.0426081;RO=1;SAF=37;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126228;STB=0.506665;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000178127;OID=.;OPOS=22275394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:42:37:1:0:42:37:1:0 chr13 22275583 . G A,T 1079.63 PASS AF=0.986301,0.0136986;AO=69,3;DP=72;FAO=72,1;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=38,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027475,-0.0101;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.506,80.5512;QD=59.1576;RBI=0.00346418,0.010464;REFB=0,0;REVB=-0.00210992,-0.00273601;RO=0;SAF=33,1;SAR=36,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.36169e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00232159,0.00240735;OID=.,.;OPOS=22275583,22275583;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:72:73:0:0:69,3:72,1:0.986301,0.0136986:36,2:33,1:0:0:38,1:34,0:0:0 chr13 23238308 . CT TC 31.2 PASS AF=0.285714;AO=5;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00322334;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=72.647;QD=5.94204;RBI=0.00946211;REFB=-0.0177971;REVB=0.00889615;RO=16;SAF=4;SAR=1;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00232839;OID=.;OPOS=23238308;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:21:21:16:15:5:6:0.285714:1:4:10:6:2:4:10:5 chr13 23251016 . CT C 347.08 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322235;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.3487;QD=44.7846;RBI=0.0721524;REFB=0;REVB=0.0645571;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00147082;OID=.;OPOS=23251017;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:32:31:31:0:16:15:0:0:6:0:16:15:0:0 chr13 23253313 . T A,C 753.14 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=3,45;DP=48;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108009,0.0151209;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.251,160.871;QD=61.4804;RBI=0.041704,0.0612234;REFB=0,0;REVB=-0.0402811,0.0593267;RO=0;SAF=0,33;SAR=3,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.218235,0.00347504;OID=.,.;OPOS=23253313,23253313;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:48:49:0:0:3,45:2,47:0.0408163,0.959184:3,12:0,33:0:0:2,14:0,33:0:0 chr13 23253392 . G A 251.41 PASS AF=0.54717;AO=23;DP=49;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0334976;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.669;QD=18.9741;RBI=0.0337036;REFB=-0.0105698;REVB=0.00372027;RO=21;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155872;STB=0.545423;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00916519;OID=.;OPOS=23253392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:21:24:23:29:0.54717:15:8:11:10:15:14:14:10 chr13 23824783 . T G 314.79 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.00450123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5282;QD=19.9866;RBI=0.0150453;REFB=-0.0459165;REVB=-0.0143562;RO=30;SAF=15;SAR=18;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196236;STB=0.608247;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0345664;OID=.;OPOS=23824783;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:18:15:7:23:18:15:7:23 chr13 23824818 . G A 254.32 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0228564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1549;QD=15.4135;RBI=0.075997;REFB=-0.011673;REVB=0.0724785;RO=36;SAF=6;SAR=23;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256483;STB=0.657023;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0182623;OID=.;OPOS=23824818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:23:6:15:21:23:6:16:21 chr13 23898509 . T C 376.44 PASS AF=0.425532;AO=39;DP=93;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00999268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.766;QD=16.0189;RBI=0.016358;REFB=-0.0267553;REVB=0.0129511;RO=54;SAF=22;SAR=17;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00892418;STB=0.511383;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0237166;OID=.;OPOS=23898509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:54:54:39:40:0.425532:17:22:30:24:17:23:30:24 chr13 23898664 . A G 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.039219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.641;QD=56.0075;RBI=0.039238;REFB=0.0863722;REVB=-0.00121841;RO=1;SAF=37;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125858;STB=0.506664;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000295249;OID=.;OPOS=23898664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:23:37:1:0:23:37:1:0 chr13 23905711 . A G 126.89 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00179607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3921;QD=19.5217;RBI=0.134939;REFB=-0.00650039;REVB=0.134928;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135393;STB=0.576816;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0116513;OID=.;OPOS=23905711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:8:4:7:7:8:4 chr13 23907677 . C T 651.0 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.618;QD=62;RBI=0.0264187;REFB=0;REVB=-0.0261638;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.82492e-05;OID=.;OPOS=23907677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr13 23907909 . A G 330.61 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00272141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.65;QD=23.615;RBI=0.00427496;REFB=-0.0162603;REVB=0.00329685;RO=23;SAF=22;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121011;STB=0.506663;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0166255;OID=.;OPOS=23907909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:11:22:15:8:11:22:15:8 chr13 23909162 . A G 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00260809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.127;QD=19.9285;RBI=0.00904368;REFB=-0.0143465;REVB=-0.00865945;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34462;STB=0.694362;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0134176;OID=.;OPOS=23909162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:5:7:1:8:5:7:1:8 chr13 23911820 . A G 45.98 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0318002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3058;QD=9.19541;RBI=0.0455781;REFB=0.00859773;REVB=0.0326514;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350874;STB=0.521677;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0158975;OID=.;OPOS=23911820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:6:7:4:3:6:7 chr13 23928762 . C A 300.39 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.000354575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.325;QD=24.5212;RBI=0.0205457;REFB=-0.0255778;REVB=0.0205426;RO=21;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418422;STB=0.532601;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0108669;OID=.;OPOS=23928762;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:27:27:0.55102:13:14:12:9:13:14:13:9 chr13 23929842 . T C 228.6 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00167206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.744;QD=21.7714;RBI=0.0201064;REFB=-0.00206993;REVB=0.0200368;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148028;STB=0.568903;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00207503;OID=.;OPOS=23929842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:20:21:22:0.52381:9:12:8:12:10:12:8:12 chr13 24234517 . A G 506.46 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0460668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.973;QD=24.4076;RBI=0.0480245;REFB=-0.0225392;REVB=-0.0135721;RO=35;SAF=27;SAR=21;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595447;STB=0.532612;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0115349;OID=.;OPOS=24234517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:21:27:17:18:21:27:17:18 chr13 24243200 . T C 281.37 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320841;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.868;QD=53.5947;RBI=0.0339925;REFB=0;REVB=-0.0112294;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.64586e-05;OID=.;OPOS=24243200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr13 24243204 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0238286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.188;QD=14.1699;RBI=0.028707;REFB=0.0140942;REVB=-0.0160091;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405291;STB=0.736388;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0101406;OID=.;OPOS=24243204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:9:3:7:3:9:3 chr13 24411772 . T C 934.01 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.865;QD=58.3758;RBI=0.0340532;REFB=0;REVB=0.0338835;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90439e-05;OID=.;OPOS=24411772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:34:29:0:0:34:30:0:0 chr13 24465717 . A G 99.95 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0531058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9291;QD=11.7592;RBI=0.0578586;REFB=-0.00481841;REVB=-0.022965;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164807;STB=0.615207;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00994116;OID=.;OPOS=24465717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:12:13:0.382353:5:7:9:12:5:8:9:12 chr13 24465743 . A G 215.35 PASS AF=0.95;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00198318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9406;QD=43.0696;RBI=0.0298762;REFB=-0.185026;REVB=-0.0298103;RO=2;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101694;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00388405;OID=.;OPOS=24465743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:2:1:18:19:0.95:10:8:2:0:10:9:1:0 chr13 24468704 . G A 589.97 PASS AF=0.428571;AO=66;DP=155;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.0488396;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2096;QD=15.3238;RBI=0.0563182;REFB=-0.00908848;REVB=0.0280435;RO=87;SAF=27;SAR=39;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645084;STB=0.539699;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0173356;OID=.;OPOS=24468704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:87:88:66:66:0.428571:39:27:41:46:39:27:42:46 chr13 24471039 . T G 1050.01 PASS AF=0.684615;AO=88;DP=131;FAO=89;FDP=130;FR=.;FRO=41;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00727905;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.59;QD=32.3081;RBI=0.00884348;REFB=-0.0108362;REVB=-0.00502222;RO=40;SAF=42;SAR=46;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451169;STB=0.521659;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0073169;OID=.;OPOS=24471039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:40:41:88:89:0.684615:46:42:16:24:46:43:17:24 chr13 24471048 . C T 1177.3 PASS AF=0.736434;AO=95;DP=128;FAO=95;FDP=129;FR=.;FRO=34;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00461408;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.925;QD=36.5055;RBI=0.0056368;REFB=-0.0173157;REVB=0.00323787;RO=32;SAF=45;SAR=50;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00233208;STB=0.500818;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00103072;OID=.;OPOS=24471048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:32:34:95:95:0.736434:50:45:15:17:50:45:16:18 chr13 24797913 . C T 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0150343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.612;QD=24.0664;RBI=0.0153968;REFB=-0.0212059;REVB=0.00332103;RO=10;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137454;STB=0.576829;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0112604;OID=.;OPOS=24797913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:8:8:7:3:8:8:7:3 chr13 24895559 . A G 42.47 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00315507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8855;QD=4.85401;RBI=0.00440457;REFB=-0.0241935;REVB=0.0030734;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097573;STB=0.565841;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0620701;OID=.;OPOS=24895559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:2:5:18:10:2:5:18:10 chr13 24895684 . A G 288.41 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.064082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7449;QD=18.6069;RBI=0.0719402;REFB=-0.0211587;REVB=0.0326939;RO=30;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106247;STB=0.548558;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0180188;OID=.;OPOS=24895684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:30:31:29:31:0.5:15:14:18:12:15:16:19:12 chr13 24895805 . G A 264.83 PASS AF=0.329897;AO=32;DP=97;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00690186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.184;QD=10.9209;RBI=0.0151128;REFB=-0.00868525;REVB=0.0134447;RO=65;SAF=19;SAR=13;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1004;STB=0.558422;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0189666;OID=.;OPOS=24895805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:65:65:32:32:0.329897:13:19:33:32:13:19:33:32 chr13 25000617 . C G 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0136638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.588;QD=15.773;RBI=0.0137629;REFB=-0.0033449;REVB=-0.00164941;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120938;STB=0.568216;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00293895;OID=.;OPOS=25000617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:13:14:13:20:13:14:13:20 chr13 25008588 . A G 1323.38 PASS AF=1;AO=83;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477489;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.947;QD=62.2765;RBI=0.0486763;REFB=0;REVB=0.00945655;RO=0;SAF=52;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108721;OID=.;OPOS=25008588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:83:85:1:31:52:0:0:32:53:0:0 chr13 25008630 . A G 1424.99 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.747;QD=61.2899;RBI=0.0404233;REFB=0;REVB=0.023122;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400364;OID=.;OPOS=25008630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:93:0:0:89:93:1:39:50:0:0:41:52:0:0 chr13 25008903 . G T 446.64 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.574;QD=57.6306;RBI=0.0673966;REFB=0;REVB=0.0417154;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533663;OID=.;OPOS=25008903;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr13 25009099 . A C 689.17 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3948;QD=62.652;RBI=0.0748968;REFB=0;REVB=-0.0704351;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000879923;OID=.;OPOS=25009099;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:18:25:0:0:19:25:0:0 chr13 25009297 . G T 114.74 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0117954;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=86.0221;QD=10.4304;RBI=0.0996551;REFB=-0.0230923;REVB=0.0989546;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100268;STB=0.571327;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0661751;OID=.;OPOS=25009297;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:29:30:14:14:0.318182:6:8:14:15:6:8:14:16 chr13 25009441 . C G 275.3 PASS AF=0.376471;AO=31;DP=86;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00548121;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.062;QD=12.9552;RBI=0.00598169;REFB=-0.00968556;REVB=-0.0023952;RO=53;SAF=13;SAR=18;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790355;STB=0.533312;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.02412;OID=.;OPOS=25009441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:53:53:31:32:0.376471:18:13:26:27:18:14:26:27 chr13 25009485 . C G 220.55 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0697016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7049;QD=14.2288;RBI=0.0745485;REFB=-0.00895735;REVB=0.0264418;RO=36;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204465;STB=0.623954;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.010749;OID=.;OPOS=25009485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:36:25:26:0.419355:16:9:20:16:17:9:20:16 chr13 25016008 . C T 399.32 PASS AF=0.5;AO=39;DP=79;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=0.013555;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.003;QD=19.9659;RBI=0.013612;REFB=-0.0051951;REVB=0.0012442;RO=40;SAF=27;SAR=12;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634855;STB=0.544032;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00498428;OID=.;OPOS=25016008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:40:40:39:40:0.5:12:27:30:10:13:27:30:10 chr13 25016092 . C T 169.3 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0911913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1735;QD=16.517;RBI=0.0975099;REFB=-0.0410837;REVB=-0.0345302;RO=22;SAF=14;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22038;STB=0.618904;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0500406;OID=.;OPOS=25016092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:23:18:18:0.439024:4:14:13:9:4:14:14:9 chr13 25020863 . G A 732.28 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.817;QD=56.329;RBI=0.00856811;REFB=0;REVB=0.00240047;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310105;OID=.;OPOS=25020863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:30:20:0:0:30:22:0:0 chr13 25021154 . C T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.032556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7978;QD=19.9276;RBI=0.033744;REFB=-0.0471865;REVB=0.00887484;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253577;STB=0.644916;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0194603;OID=.;OPOS=25021154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:8:4:6:3:8:4:6:3 chr13 25021200 . A C 365.71 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0319007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.23;QD=52.2443;RBI=0.0335972;REFB=-0.158754;REVB=0.0105413;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519985;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000912674;OID=.;OPOS=25021200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:26:27:0.964286:14:12:0:0:15:12:1:0 chr13 25021211 . C T 366.7 PASS AF=0.90625;AO=27;DP=31;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0321446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.872;QD=45.8369;RBI=0.0446884;REFB=0.021255;REVB=0.0310448;RO=4;SAF=11;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392418;STB=0.542828;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00237998;OID=.;OPOS=25021211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:31:32:4:3:27:29:0.90625:16:11:1:3:16:13:0:3 chr13 25021245 . A G 435.23 PASS AF=0.825;AO=32;DP=40;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0207501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9537;QD=43.5228;RBI=0.0312016;REFB=-0.107167;REVB=-0.0233018;RO=7;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132879;STB=0.571388;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0154814;OID=.;OPOS=25021245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:7:7:32:33:0.825:21:11:0:7:21:12:0:7 chr13 25027744 . A G 1283.35 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4136;QD=61.8484;RBI=0.0216783;REFB=0;REVB=-0.0156419;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04077e-06;OID=.;OPOS=25027744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr13 25029218 . C T 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3368;QD=64.0206;RBI=0.0759762;REFB=0;REVB=-0.0111856;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360554;OID=.;OPOS=25029218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:54:44:0:0:54:44:0:0 chr13 25265103 . A G 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.029;QD=56.9995;RBI=0.01951;REFB=0;REVB=0.00799831;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28693e-05;OID=.;OPOS=25265103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr13 25265139 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7616;QD=58.4193;RBI=0.0720244;REFB=0;REVB=-0.0514123;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00057832;OID=.;OPOS=25265139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr13 25266932 . C A 160.02 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000261278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.062;QD=45.7185;RBI=0.0248715;REFB=0;REVB=0.0248701;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238293;OID=.;OPOS=25266932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr13 25378476 . A G 237.25 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0159851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.831;QD=14.8278;RBI=0.0198661;REFB=-0.0181861;REVB=0.0117957;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110481;STB=0.562456;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0165501;OID=.;OPOS=25378476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:36:27:28:0.4375:13:14:22:13:14:14:22:14 chr13 25417893 . A G 80.24 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0248853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.297;QD=16.8917;RBI=0.0248968;REFB=-0.0134136;REVB=0.000757202;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157971;STB=0.590739;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0100516;OID=.;OPOS=25417893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:2:7:6:4:2:7 chr13 25419176 . A G 187.29 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00445145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3823;QD=14.6893;RBI=0.0177518;REFB=-0.00096875;REVB=0.0171846;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559353;STB=0.5118;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.000640796;OID=.;OPOS=25419176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:30:20:21:0.411765:13:7:12:18:13:8:12:18 chr13 25428002 . C A 96.6 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0363305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1282;QD=13.7993;RBI=0.04484;REFB=-0.0190621;REVB=-0.0262816;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172723;STB=0.512175;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0393737;OID=.;OPOS=25428002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:27:28:16:16:11:12:0.428571:6:5:7:9:7:5:7:9 chr13 25433204 . C A 458.8 PASS AF=0.368421;AO=54;DP=150;FAO=56;FDP=152;FR=.;FRO=96;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=0.0065168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.274;QD=12.0736;RBI=0.0503193;REFB=-0.00183752;REVB=-0.0498955;RO=95;SAF=28;SAR=26;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148305;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00464016;OID=.;OPOS=25433204;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:95:96:54:56:0.368421:26:28:48:47:28:28:48:48 chr13 25440318 . G A 252.76 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00675442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9555;QD=21.0632;RBI=0.0142458;REFB=-0.0111468;REVB=0.0125427;RO=23;SAF=20;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420142;STB=0.732538;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00730858;OID=.;OPOS=25440318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:4:20:10:13:4:20:11:13 chr13 25460428 . A G 699.54 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0229173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.751;QD=52.7954;RBI=0.0241237;REFB=-0.00457664;REVB=0.00753327;RO=0;SAF=40;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519992;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=6.69027e-05;OID=.;OPOS=25460428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:53:53:0:1:51:52:0.981132:11:40:0:0:12:40:0:1 chr13 25466955 . T C 836.01 PASS AF=0.924242;AO=61;DP=67;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0184559;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.093;QD=50.6672;RBI=0.0411956;REFB=-0.0612725;REVB=0.0368301;RO=5;SAF=47;SAR=14;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107567;STB=0.557292;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000426668;OID=.;OPOS=25466955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:67:66:5:5:61:61:0.924242:14:47:1:4:14:47:1:4 chr13 25487103 . T C 747.31 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000318358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.887;QD=63.6012;RBI=0.00984351;REFB=0;REVB=0.00983837;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57996e-05;OID=.;OPOS=25487103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:24:23:0:0 chr13 25542441 . G A 695.18 PASS AF=0.946429;AO=52;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0376864;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.7113;QD=49.6556;RBI=0.0387092;REFB=-0.0897085;REVB=0.00883972;RO=4;SAF=22;SAR=30;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238933;STB=0.504515;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00605444;OID=.;OPOS=25542441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:4:3:52:53:0.946429:30:22:1:3:31:22:1:2 chr13 25671271 . A G 150.59 PASS AF=0.169591;AO=28;DP=171;FAO=29;FDP=171;FR=.;FRO=142;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=75;FSRR=67;FWDB=-0.00938209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.004;QD=3.52263;RBI=0.0159382;REFB=-0.00727228;REVB=-0.0128842;RO=142;SAF=12;SAR=16;SRF=75;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127171;STB=0.594627;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0430041;OID=.;OPOS=25671271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:142:142:28:29:0.169591:16:12:75:67:17:12:75:67 chr13 25671274 . C T 148.6 PASS AF=0.164773;AO=28;DP=175;FAO=29;FDP=176;FR=.;FRO=147;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=78;FSRR=69;FWDB=-0.00726425;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.945;QD=3.37718;RBI=0.0127411;REFB=0.000553686;REVB=-0.0104674;RO=145;SAF=12;SAR=16;SRF=76;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122062;STB=0.597123;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0119696;OID=.;OPOS=25671274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:145:147:28:29:0.164773:16:12:76:69:17:12:78:69 chr13 25671292 . C T 161.23 PASS AF=0.164894;AO=31;DP=188;FAO=31;FDP=188;FR=.;FRO=157;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=83;FSRR=74;FWDB=-0.0158617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.655;QD=3.43041;RBI=0.0580238;REFB=-0.00762622;REVB=-0.0558137;RO=153;SAF=12;SAR=19;SRF=82;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190279;STB=0.590913;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0699451;OID=.;OPOS=25671292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:153:157:31:31:0.164894:19:12:82:71:18:13:83:74 chr13 25671310 . TTATGA T 68.37 PASS AF=0.153846;AO=30;DP=199;FAO=30;FDP=195;FR=.;FRO=165;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=87;FSRR=78;FWDB=-0.0145481;FXX=0.0200995;HRUN=2;LEN=5;MLLD=325.978;QD=1.40249;RBI=0.0157278;REFB=-0.00572346;REVB=-0.0059762;RO=164;SAF=13;SAR=17;SRF=87;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123966;STB=0.579164;STBP=0.362;TYPE=del;VARB=0.0285354;OID=.;OPOS=25671311;OREF=TATGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846:30:199:30:195:165:13:17:87:78:68:164:13:17:87:77 chr13 25671320 . A G 143.97 PASS AF=0.147783;AO=29;DP=202;FAO=30;FDP=203;FR=.;FRO=173;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=94;FSRR=79;FWDB=-0.0217898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6374;QD=2.83684;RBI=0.0888384;REFB=-0.028879;REVB=-0.0861248;RO=171;SAF=13;SAR=16;SRF=94;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128739;STB=0.593026;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.134104;OID=.;OPOS=25671320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:171:173:29:30:0.147783:16:13:94:77:17:13:94:79 chr13 25671332 . CA C 64.76 PASS AF=0.15625;AO=31;DP=195;FAO=30;FDP=192;FR=.;FRO=162;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=87;FSRR=75;FWDB=0.0589082;FXX=0.0153838;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.4611;QD=1.34925;RBI=0.085589;REFB=0.012485;REVB=-0.062091;RO=158;SAF=13;SAR=18;SRF=87;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167309;STB=0.55913;STBP=0.473;TYPE=del;VARB=-0.0552625;OID=.;OPOS=25671333;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15625:31:195:30:192:162:14:16:87:75:64:158:13:18:87:71 chr13 25671369 . G T 132.82 PASS AF=0.136986;AO=29;DP=218;FAO=30;FDP=219;FR=.;FRO=189;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=97;FSRR=92;FWDB=-0.0231645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6565;QD=2.42595;RBI=0.0239182;REFB=-0.00310493;REVB=-0.00595703;RO=187;SAF=13;SAR=16;SRF=97;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891174;STB=0.568862;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0148639;OID=.;OPOS=25671369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:187:189:29:30:0.136986:16:13:97:90:17:13:97:92 chr13 25671398 . C T 111.71 PASS AF=0.126829;AO=26;DP=205;FAO=26;FDP=205;FR=.;FRO=179;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=94;FSRR=85;FWDB=-0.0102549;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.525;QD=2.17974;RBI=0.0103002;REFB=-0.00150727;REVB=0.000965179;RO=178;SAF=12;SAR=14;SRF=94;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835189;STB=0.555347;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00971817;OID=.;OPOS=25671398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:178:179:26:26:0.126829:14:12:94:84:14:12:94:85 chr13 25671429 . G T 66.3 PASS AF=0.103448;AO=18;DP=175;FAO=18;FDP=174;FR=.;FRO=156;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=84;FSRR=72;FWDB=-0.00390616;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.466;QD=1.52413;RBI=0.0151144;REFB=-0.00226068;REVB=-0.014601;RO=156;SAF=8;SAR=10;SRF=84;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113172;STB=0.583664;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.01562;OID=.;OPOS=25671429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:175:174:156:156:18:18:0.103448:10:8:84:72:10:8:84:72 chr13 25743537 . A T 237.3 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0074745;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.448;QD=13.3688;RBI=0.00752411;REFB=-0.00638049;REVB=0.000862534;RO=38;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628846;STB=0.542683;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00812672;OID=.;OPOS=25743537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:43:28:28:0.394366:15:13:20:18:15:13:23:20 chr13 25743781 . G C 318.8 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0718544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2494;QD=26.5666;RBI=0.114314;REFB=-0.0095754;REVB=-0.0889079;RO=20;SAF=18;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347319;STB=0.519217;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0078248;OID=.;OPOS=25743781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:10:18:12:8:10:18:12:8 chr13 25825889 . T C 1157.42 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4823;QD=59.3546;RBI=0.0188064;REFB=-0.0479957;REVB=-0.00845024;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000526967;OID=.;OPOS=25825889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:45:32:0:0:45:32:0:1 chr13 25831888 . T C 1198.28 PASS AF=0.931818;AO=82;DP=88;FAO=82;FDP=88;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00624076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.199;QD=54.4673;RBI=0.0144529;REFB=-0.0835581;REVB=-0.0130361;RO=5;SAF=51;SAR=31;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254591;STB=0.520707;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00895923;OID=.;OPOS=25831888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:88:88:5:6:82:82:0.931818:31:51:2:3:31:51:2:4 chr13 25876011 . G A 1949.61 PASS AF=0.992248;AO=126;DP=128;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0711575;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.064;QD=60.4529;RBI=0.0731629;REFB=-0.155664;REVB=0.0170124;RO=1;SAF=43;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109213;STB=0.505617;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000293685;OID=.;OPOS=25876011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:128:129:1:1:126:128:0.992248:83:43:1:0:84:44:1:0 chr13 26273385 . G C 773.62 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310994;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8023;QD=57.3053;RBI=0.0311157;REFB=0;REVB=0.00100605;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106637;OID=.;OPOS=26273385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr13 27976692 . C T 483.43 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0769662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.044;QD=58.5971;RBI=0.0776038;REFB=0;REVB=0.00992765;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000314501;OID=.;OPOS=27976692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:18:15:0:0 chr13 28009031 . G C 1034.29 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0082286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.818;QD=57.4607;RBI=0.0739234;REFB=-0.134968;REVB=0.073464;RO=1;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150093;STB=0.507934;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00113066;OID=.;OPOS=28009031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:31:40:0:1:31:40:0:1 chr13 28009920 . G C 1163.05 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764881;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.363;QD=60.4181;RBI=0.0091676;REFB=0;REVB=0.00505377;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155553;OID=.;OPOS=28009920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:75:77:1:40:35:0:0:40:37:0:0 chr13 28121707 . G A 875.18 PASS AF=0.940299;AO=63;DP=67;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0113174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.609;QD=52.2494;RBI=0.0113197;REFB=0.0749485;REVB=0.000227084;RO=3;SAF=26;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00702772;STB=0.505364;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.000826634;OID=.;OPOS=28121707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:67:67:3:4:63:63:0.940299:37:26:1:2:37:26:2:2 chr13 28143229 . A G 1062.09 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0580497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2;QD=59.8362;RBI=0.0662229;REFB=0;REVB=-0.0318702;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000796685;OID=.;OPOS=28143229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr13 28610183 . A G 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.599;QD=56.9367;RBI=0.0160546;REFB=0;REVB=0.00236572;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.97413e-05;OID=.;OPOS=28610183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr13 28624294 . G A 1482.79 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033449;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.349;QD=63.7759;RBI=0.033503;REFB=0;REVB=0.0019014;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102808;OID=.;OPOS=28624294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:93:93:1:42:51:0:0:42:51:0:0 chr13 28636084 . G A 959.95 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316383;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.649;QD=59.0738;RBI=0.0376962;REFB=0;REVB=0.0204945;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51354e-05;OID=.;OPOS=28636084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr13 28835527 . T TC 1511.31 PASS AF=1;AO=98;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145647;FXX=0.0186898;HRUN=0;LEN=1;MLLD=266.631;QD=57.5737;RBI=0.0148385;REFB=0;REVB=-0.00283715;RO=5;SAF=45;SAR=53;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240407;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.37047e-05;OID=.;OPOS=28835528;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:98:107:105:105:0:49:56:0:0:9:5:45:53:1:4 chr13 28869147 . G C,GGATATAAAC 410.08 PASS AF=0.025641,0.794872;AO=2,28;DP=38;FAO=1,31;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=1,14;FSAR=0,17;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0297392,-0.0045174;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,9;MLLD=108.106,239.894;QD=42.059;RBI=0.042138,0.0108482;REFB=-0.0166272,-0.0562288;REVB=0.0298528,0.00986285;RO=6;SAF=1,14;SAR=1,14;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.359974,-0.108725;STB=0.985273,0.548356;STBP=0.522,0.231;TYPE=snp,ins;VARB=0.015445,0.00632197;OID=.,.;OPOS=28869147,28869148;OREF=G,-;OALT=C,GATATAAAC;OMAPALT=C,GGATATAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:38:39:6:7:2,28:1,31:0.025641,0.794872:1,14:1,14:5:1:0,17:1,14:5:2 chr13 28883061 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.623;QD=57.6805;RBI=0.0395644;REFB=0;REVB=0.0131187;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012007;OID=.;OPOS=28883061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr13 28970917 . C T 256.16 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0611227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0599;QD=51.2313;RBI=0.113019;REFB=0;REVB=0.0950648;RO=0;SAF=15;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128441;OID=.;OPOS=28970917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:2:15:0:0:5:15:0:0 chr13 29233343 . G C 53.98 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0452191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5833;QD=8.30465;RBI=0.0546768;REFB=0.00158868;REVB=0.0307373;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316254;STB=0.693987;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00249252;OID=.;OPOS=29233343;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:6:12:3:5:6:12 chr13 29274977 . T TA 165.7 PASS AF=0.519231;AO=21;DP=55;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.160237;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.4835;QD=12.7458;RBI=0.170235;REFB=0.060101;REVB=-0.0574819;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786929;STB=0.521723;STBP=0.761;TYPE=ins;VARB=-0.0710951;OID=.;OPOS=29274978;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.519231:21:55:27:52:25:12:15:10:15:99:30:10:11:12:18 chr13 29275102 . T A,C 634.37 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,39;DP=41;FAO=3,39;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105596,0.00984289;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=145.275,152.324;QD=60.4157;RBI=0.0207274,0.0132332;REFB=0,0;REVB=0.0178359,-0.00884509;RO=0;SAF=2,16;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.43889e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00473716,-0.000103394;OID=.,.;OPOS=29275102,29275102;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:41:42:0:0:2,39:3,39:0.0714286,0.928571:0,23:2,16:0:0:1,23:2,16:0:0 chr13 29275129 . C T 593.65 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.92;QD=60.8875;RBI=0.0242131;REFB=0;REVB=0.00308027;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90742e-05;OID=.;OPOS=29275129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:19:20:0:0 chr13 29598842 . G A 187.91 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00773893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.634;QD=20.3149;RBI=0.0180228;REFB=-0.0253905;REVB=-0.0162767;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736315;STB=0.541504;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0298627;OID=.;OPOS=29598842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:7:11:10:9:7:11 chr13 29898768 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00362173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.839;QD=53.277;RBI=0.0161975;REFB=0;REVB=-0.0157874;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145577;OID=.;OPOS=29898768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr13 30084173 . G A 990.57 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.243;QD=59.1387;RBI=0.0199501;REFB=0;REVB=-0.00447134;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17119e-05;OID=.;OPOS=30084173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr13 30087778 . T A 560.81 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567132;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.861;QD=60.6276;RBI=0.0578737;REFB=0;REVB=0.0115316;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313702;OID=.;OPOS=30087778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr13 30091714 . G A 1251.68 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125291;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.814;QD=61.8116;RBI=0.025881;REFB=0;REVB=0.0226462;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126542;OID=.;OPOS=30091714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:30:51:0:0:30:51:0:0 chr13 30091817 . AAG A,AA,AAC 2038.44 PASS AF=0.917293,0,0.0827068;AO=30,29,70;DP=135;FAO=122,0,11;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=59,0,6;FSAR=63,0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139583,0.0762186,0.0490149;FXX=0.00746213;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=168.71,163.474,154.967;QD=61.3064;RBI=0.165736,0.120874,0.121226;REFB=0,0,0;REVB=-0.0893599,-0.0938144,-0.110875;RO=0;SAF=30,29,5;SAR=0,0,65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.000492588,0,0.0319015;OID=.,.,.;OPOS=30091818,30091819,30091819;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=A,AA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.917293,0,0.0827068:30,29,70:135:122,0,11:133:0:59,0,6:63,0,5:0:0:25:0:30,29,5:0,0,65:0:0 chr13 30107067 . G C 1759.15 PASS AF=0.975207;AO=116;DP=117;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00150439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.003;QD=58.1537;RBI=0.0022;REFB=-0.0120817;REVB=0.00160524;RO=0;SAF=72;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31343e-08;STB=0.507468;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000152162;OID=.;OPOS=30107067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:121:0:3:116:118:0.975207:44:72:0:0:45:73:1:2 chr13 30438728 . G A 92.7 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.000909778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.128;QD=19.5165;RBI=0.0266712;REFB=-0.0154786;REVB=-0.0266557;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335209;STB=0.519196;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0161603;OID=.;OPOS=30438728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:4:4:5:6:4:4 chr13 30781111 . C A 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.0197909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.046;QD=13.5754;RBI=0.0403781;REFB=-0.00676839;REVB=-0.0351954;RO=19;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103755;STB=0.559916;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0129893;OID=.;OPOS=30781111;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:11:2:2:17:11:2:2:17 chr13 31036681 . A G 725.75 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197119;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.955;QD=54.7736;RBI=0.0197775;REFB=-0.0423343;REVB=-0.00160932;RO=1;SAF=20;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229661;STB=0.51219;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00202457;OID=.;OPOS=31036681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:52:52:0.981132:32:20:1:0:32:20:1:0 chr13 31287979 . G GTA 207.62 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0409706;FXX=0.113611;HRUN=1;LEN=2;MLLD=112.434;QD=21.2943;RBI=0.0513557;REFB=-0.0721008;REVB=0.0309648;RO=30;SAF=4;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347106;STB=0.540941;STBP=0.666;TYPE=ins;VARB=0.0500804;OID=.;OPOS=31287980;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512821:19:50:20:39:19:5:15:6:13:99:30:4:15:15:15 chr13 31531009 . G A 340.64 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.014272;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7354;QD=19.7473;RBI=0.0199537;REFB=-0.0295558;REVB=0.0139449;RO=33;SAF=21;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758146;STB=0.547237;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0309162;OID=.;OPOS=31531009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:33:35:36:0.521739:14:21:17:16:14:22:17:16 chr13 31543095 . C T 115.56 PASS AF=0.52;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0578623;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3354;QD=18.4902;RBI=0.0769024;REFB=-0.005;REVB=-0.050655;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336491;STB=0.708774;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.000338515;OID=.;OPOS=31543095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:11:12:13:13:0.52:4:9:3:8:4:9:3:9 chr13 31728703 . T C 109.74 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0169034;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.668;QD=11.8633;RBI=0.0332669;REFB=-0.0226103;REVB=0.0286524;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872131;STB=0.551788;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0155829;OID=.;OPOS=31728703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:24:24:13:13:0.351351:7:6:13:11:7:6:13:11 chr13 31821240 . C T 773.1 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0357021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3957;QD=61.8476;RBI=0.0596103;REFB=-0.141574;REVB=-0.0477362;RO=1;SAF=16;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285;STB=0.515145;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00245262;OID=.;OPOS=31821240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:49:49:0.98:33:16:1:0:33:16:1:0 chr13 31821992 . T C 1164.07 PASS AF=0.941176;AO=79;DP=84;FAO=80;FDP=85;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0168163;FXX=0.0116266;HRUN=5;LEN=1;MLLD=128.475;QD=54.7797;RBI=0.0632757;REFB=-0.156646;REVB=0.0610002;RO=4;SAF=28;SAR=51;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104302;STB=0.502383;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00261062;OID=.;OPOS=31821992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:84:85:4:5:79:80:0.941176:51:28:1:3:51:29:2:3 chr13 31891746 . G A 973.35 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1975;QD=58.9907;RBI=0.0788487;REFB=0;REVB=0.0780754;RO=0;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613307;OID=.;OPOS=31891746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:44:21:0:0:45:21:0:0 chr13 32360547 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.734;QD=56.9569;RBI=0.0169891;REFB=0;REVB=-0.00203527;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87484e-05;OID=.;OPOS=32360547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr13 32360583 . A G 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0245952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.917;QD=19.4209;RBI=0.0246025;REFB=-0.02199;REVB=-0.000596507;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628746;STB=0.535031;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0250972;OID=.;OPOS=32360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:14:15:12:15:14:15:12:15 chr13 32371361 . A G 522.14 PASS AF=0.413043;AO=57;DP=140;FAO=57;FDP=138;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=0.0136808;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6512;QD=15.1346;RBI=0.0213586;REFB=-0.0196064;REVB=0.016402;RO=81;SAF=21;SAR=36;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00218514;STB=0.501228;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0167311;OID=.;OPOS=32371361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:81:81:57:57:0.413043:36:21:30:51:36:21:30:51 chr13 32376718 . A G 785.0 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6105;QD=57.091;RBI=0.0701592;REFB=0;REVB=0.0124783;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651034;OID=.;OPOS=32376718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr13 32676096 . C T 134.59 PASS AF=0.410256;AO=11;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00247477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.381;QD=13.8037;RBI=0.0203561;REFB=-0.0023544;REVB=-0.0202051;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487679;STB=0.578845;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00327339;OID=.;OPOS=32676096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:23:11:16:0.410256:3:8:11:5:5:11:13:10 chr13 32676114 . A G 302.41 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00416216;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.016;QD=24.6867;RBI=0.0359301;REFB=-0.0179541;REVB=0.0356882;RO=21;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796803;STB=0.553153;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00297113;OID=.;OPOS=32676114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:21:22:27:27:0.55102:13:14:13:8:13:14:14:8 chr13 32776603 . T C 362.35 PASS AF=0.394495;AO=42;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.00653467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6352;QD=13.2971;RBI=0.0103803;REFB=-0.00656762;REVB=0.00806525;RO=66;SAF=25;SAR=17;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121155;STB=0.500892;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00876495;OID=.;OPOS=32776603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:66:66:42:43:0.394495:17:25:40:26:17:26:40:26 chr13 32785086 . G A 198.5 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0239825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.717;QD=15.5685;RBI=0.0365759;REFB=-0.0292663;REVB=0.0276158;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122761;STB=0.56358;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0240643;OID=.;OPOS=32785086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:29:21:22:0.431373:9:12:18:8:10:12:19:10 chr13 32832149 . T C 321.34 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00152468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.265;QD=18.9024;RBI=0.0317856;REFB=-0.0146817;REVB=0.031749;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961915;STB=0.544245;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.017382;OID=.;OPOS=32832149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:34:33:34:0.5:19:14:18:16:19:15:18:16 chr13 32885654 . T C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0938567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2733;QD=12.182;RBI=0.0955436;REFB=-0.0662541;REVB=-0.0178746;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26404;STB=0.655949;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0376806;OID=.;OPOS=32885654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:5:10:4:6:5:10 chr13 32885658 . G A 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0273327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.871;QD=9.56964;RBI=0.0358883;REFB=-0.0183932;REVB=0.0232571;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43557;STB=0.765308;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0158827;OID=.;OPOS=32885658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:2:6:5:10:2:6:5:10 chr13 32911888 . A G 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0595208;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.342;QD=9.47559;RBI=0.0604327;REFB=0.000736601;REVB=0.0104584;RO=21;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348953;STB=0.715943;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00147207;OID=.;OPOS=32911888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:8:2:10:11:8:2:10:11 chr13 32912299 . T C 174.07 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.000418679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5343;QD=19.3416;RBI=0.041413;REFB=0.00335248;REVB=0.0414109;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146151;STB=0.582731;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00219346;OID=.;OPOS=32912299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:7:11:8:10:7:11 chr13 32913055 . A G 1302.12 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8325;QD=62.0055;RBI=0.0245946;REFB=0;REVB=-0.0223276;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219207;OID=.;OPOS=32913055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr13 32915005 . G C 885.07 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.861;QD=58.037;RBI=0.0108969;REFB=0;REVB=-0.00464463;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119727;OID=.;OPOS=32915005;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:30:29:0:0:30:31:0:0 chr13 32929232 . A G 137.87 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=47;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0484416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1052;QD=11.4895;RBI=0.0500953;REFB=-0.0151789;REVB=0.0127653;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380163;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0327607;OID=.;OPOS=32929232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:32:32:15:16:0.333333:8:7:16:16:8:8:16:16 chr13 32929387 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.178;QD=43.4862;RBI=0.0489315;REFB=0;REVB=0.00801939;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129708;OID=.;OPOS=32929387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr13 32976608 . A G 763.33 PASS AF=0.506849;AO=59;DP=146;FAO=74;FDP=146;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.0600365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.418;QD=20.913;RBI=0.060218;REFB=-0.00148975;REVB=-0.00467169;RO=56;SAF=36;SAR=23;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146491;STB=0.554104;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0030154;OID=.;OPOS=32976608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:56:72:59:74:0.506849:23:36:25:31:34:40:31:41 chr13 32976640 . TTTG T 115.33 PASS AF=0.315068;AO=21;DP=77;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.00831279;FXX=0.0394685;HRUN=3;LEN=3;MLLD=176.574;QD=6.3194;RBI=0.00970776;REFB=0.00152182;REVB=-0.00501379;RO=51;SAF=5;SAR=16;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166061;STB=0.565787;STBP=0.496;TYPE=del;VARB=-0.00192598;OID=.;OPOS=32976641;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315068:21:77:23:73:50:6:17:17:33:99:51:5:16:18:33 chr13 32976645 . T A 178.2 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.00447684;FXX=0.0657808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.099;QD=10.0396;RBI=0.00478789;REFB=-0.00344099;REVB=0.00169759;RO=52;SAF=6;SAR=17;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119773;STB=0.526292;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0100198;OID=.;OPOS=32976645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:71:52:48:23:23:0.323944:17:6:18:34:17:6:14:34 chr13 32976648 . G C 178.79 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.01971;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6926;QD=10.6738;RBI=0.064033;REFB=-0.000957144;REVB=-0.0609241;RO=44;SAF=6;SAR=17;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794485;STB=0.546582;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00162246;OID=.;OPOS=32976648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:17:6:14:30:17:6:14:30 chr13 32981142 . C T 86.82 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0571657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7141;QD=12.8629;RBI=0.0582575;REFB=0.00208648;REVB=0.0112258;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813502;STB=0.54786;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.000313006;OID=.;OPOS=32981142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:6:10:6:5:6:10 chr13 32981279 . T A 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00729481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.319;QD=16.1184;RBI=0.0201336;REFB=-0.0162259;REVB=-0.0187655;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256116;STB=0.648398;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0121179;OID=.;OPOS=32981279;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:5:8:4:8:5:8 chr13 33232435 . A G 150.98 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0137958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.951;QD=11.1837;RBI=0.0265838;REFB=-0.00536997;REVB=0.0227239;RO=35;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164301;STB=0.596319;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0104945;OID=.;OPOS=33232435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:12:7:18:17:12:7:18:17 chr13 33270970 . AT A,ATT 55.51 PASS AF=0.4,0;AO=20,7;DP=50;FAO=20,0;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9,0;FSAR=11,0;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0391313,0.0410507;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.66999,6.82647;QD=4.44109;RBI=0.108899,0.10462;REFB=0.0287059,-0.0146021;REVB=0.101626,-0.0962304;RO=20;SAF=12,2;SAR=8,5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0901606,-0.257095;STB=0.53009,0.5;STBP=0.725,1;TYPE=del,ins;VARB=-0.0290436,0.0652892;OID=.,.;OPOS=33270971,33270971;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0:20,7:50:20,0:50:30:9,0:11,0:15:15:57:20:12,2:8,5:10:10 chr13 33315206 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00250064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.023;QD=10.3792;RBI=0.00255086;REFB=0.0071344;REVB=-0.000503688;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163296;STB=0.535635;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.0153133;OID=.;OPOS=33315206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:14:16:9:9:0.36:4:5:8:6:4:5:8:8 chr13 33337578 . A G 143.28 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0295185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.717;QD=14.6951;RBI=0.0295268;REFB=-0.00362944;REVB=0.000699343;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342528;STB=0.698167;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0133472;OID=.;OPOS=33337578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:5:11:8:15:5:11:8:15 chr13 33349845 . A G 292.51 PASS AF=0.349057;AO=37;DP=106;FAO=37;FDP=106;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.00373777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.115;QD=11.0382;RBI=0.0116295;REFB=-0.00263976;REVB=0.0110124;RO=69;SAF=27;SAR=10;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300671;STB=0.674169;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00687421;OID=.;OPOS=33349845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:69:69:37:37:0.349057:10:27:33:36:10:27:33:36 chr13 33590851 . T C 486.93 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331519;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.284;QD=59.0222;RBI=0.0484232;REFB=0;REVB=-0.0483095;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000335265;OID=.;OPOS=33590851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:19:14:0:0 chr13 33635835 . T C 786.72 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.382;QD=64.2218;RBI=0.0216481;REFB=0;REVB=0.01405;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157548;OID=.;OPOS=33635835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:29:19:0:0:30:19:0:0 chr13 33700374 . T G 195.77 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0329456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.685;QD=17.7968;RBI=0.032979;REFB=-0.00323344;REVB=0.00148405;RO=24;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188129;STB=0.607993;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00384815;OID=.;OPOS=33700374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:15:5:10:14:15:5:10:14 chr13 33703656 . T C 469.51 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00194431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.725;QD=18.5944;RBI=0.00672378;REFB=-0.00935064;REVB=0.00643652;RO=52;SAF=29;SAR=20;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686557;STB=0.538129;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0105145;OID=.;OPOS=33703656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:20:29:27:25:20:29:27:25 chr13 33704065 . T C 88.06 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.059776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0954;QD=14.0902;RBI=0.104408;REFB=-0.0244524;REVB=0.0856026;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363052;STB=0.716372;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0306805;OID=.;OPOS=33704065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:2:9:7:7:2:9:7:7 chr13 33704290 . G A 681.0 PASS AF=0.459627;AO=73;DP=161;FAO=74;FDP=161;FR=.;FRO=87;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=0.00562762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8559;QD=16.9192;RBI=0.0456121;REFB=-0.00982922;REVB=0.0452636;RO=86;SAF=42;SAR=31;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293824;STB=0.515678;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0113107;OID=.;OPOS=33704290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:86:87:73:74:0.459627:31:42:52:34:31:43:53:34 chr13 35644952 . A C 366.69 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=90;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00253237;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4582;QD=16.1184;RBI=0.0211037;REFB=-0.0313041;REVB=0.0209512;RO=52;SAF=14;SAR=24;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791939;STB=0.550241;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0279391;OID=.;OPOS=35644952;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:52:52:38:39:0.428571:24:14:23:29:25:14:23:29 chr13 35733539 . A C 211.2 PASS AF=0.366197;AO=25;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=3.30574e-06;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.762;QD=11.8989;RBI=0.00304994;REFB=-0.00924716;REVB=0.00304994;RO=46;SAF=17;SAR=8;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137962;STB=0.594264;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0150678;OID=.;OPOS=35733539;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:45:25:26:0.366197:8:17:26:20:8:18:25:20 chr13 35735976 . A G 979.17 PASS AF=0.502618;AO=96;DP=190;FAO=96;FDP=191;FR=.;FRO=95;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.0111777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2934;QD=20.5061;RBI=0.0171233;REFB=0.00149997;REVB=0.0129717;RO=92;SAF=49;SAR=47;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383535;STB=0.51826;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00122962;OID=.;OPOS=35735976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:92:95:96:96:0.502618:47:49:43:49:47:49:45:50 chr13 35747681 . A G 322.25 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0237095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.096;QD=28.0214;RBI=0.0298902;REFB=-0.00293577;REVB=0.0182011;RO=18;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379912;STB=0.520953;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00194037;OID=.;OPOS=35747681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:11:17:10:8:11:17:10:8 chr13 36246436 . T C 392.53 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0147026;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.981;QD=14.6739;RBI=0.0163778;REFB=-0.0130683;REVB=0.00721583;RO=62;SAF=20;SAR=25;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00746137;STB=0.5042;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0157094;OID=.;OPOS=36246436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:62:62:45:45:0.420561:25:20:28:34:25:20:28:34 chr13 36385031 . G T 463.84 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00943781;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.924;QD=19.3266;RBI=0.00947258;REFB=-0.000880005;REVB=0.000810841;RO=50;SAF=22;SAR=24;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150943;STB=0.583748;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00101282;OID=.;OPOS=36385031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:46:46:0.479167:24:22:32:18:24:22:32:18 chr13 36402426 . A G 401.56 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.030154;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.2;QD=18.6771;RBI=0.0321299;REFB=-0.0271198;REVB=-0.0110935;RO=44;SAF=20;SAR=21;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113369;STB=0.500567;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0246944;OID=.;OPOS=36402426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:44:45:41:41:0.476744:21:20:22:22:21:20:22:23 chr13 36639771 . A C 287.79 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0345625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1099;QD=16.4451;RBI=0.0591286;REFB=-0.0210136;REVB=0.0479753;RO=37;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129037;STB=0.514277;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0661268;OID=.;OPOS=36639771;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:32:32:0.457143:16:16:18:19:16:16:18:20 chr13 36744910 . C T 132.6 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0319755;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.042;QD=8.99002;RBI=0.0357045;REFB=-0.00104667;REVB=-0.0158863;RO=41;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00639674;STB=0.503813;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00308666;OID=.;OPOS=36744910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:10:8:18:23:10:8:18:23 chr13 36801415 . C T 631.16 PASS AF=0.525;AO=63;DP=120;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.021119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.814;QD=21.0388;RBI=0.0217106;REFB=-0.00892591;REVB=0.00503372;RO=57;SAF=37;SAR=26;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00743375;STB=0.504086;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00857086;OID=.;OPOS=36801415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:57:63:63:0.525:26:37:33:24:26:37:33:24 chr13 36828237 . T C 450.48 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0589445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.155;QD=19.1694;RBI=0.126599;REFB=-0.00352833;REVB=0.112039;RO=49;SAF=13;SAR=32;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205749;STB=0.615011;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00657404;OID=.;OPOS=36828237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:32:13:24:25:32:13:24:25 chr13 36855375 . C T 233.45 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0197103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.4437;QD=15.0612;RBI=0.0305649;REFB=0.0164388;REVB=0.0233605;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00764988;STB=0.504334;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.020316;OID=.;OPOS=36855375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:11:16:21:14:11:16:21:14 chr13 36855405 . A G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00661088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.326;QD=20.3164;RBI=0.0167689;REFB=0.000913264;REVB=-0.0154108;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163049;STB=0.591972;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.000737476;OID=.;OPOS=36855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:8:11:7:11:8:11:7:11 chr13 36857639 . T C 379.64 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0169201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9107;QD=22.008;RBI=0.0460205;REFB=-0.00648356;REVB=0.0427972;RO=31;SAF=26;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174665;STB=0.596669;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0045871;OID=.;OPOS=36857639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:12:26:15:16:12:26:15:16 chr13 36877978 . T C 178.96 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00438086;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=207.482;QD=15.2303;RBI=0.00965068;REFB=-0.00598544;REVB=0.00859905;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00973477;STB=0.505612;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00764168;OID=.;OPOS=36877978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:10:9:13:15:10:9:13:15 chr13 36886469 . T C 302.24 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0110441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.617;QD=19.4996;RBI=0.0240603;REFB=-0.0296659;REVB=0.0213758;RO=30;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579822;STB=0.532238;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.02578;OID=.;OPOS=36886469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:16:16:13:17:16:16:13:17 chr13 36939688 . C T 357.03 PASS AF=0.366667;AO=43;DP=121;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0256975;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0246;QD=11.9008;RBI=0.0331684;REFB=0.00148074;REVB=-0.020971;RO=76;SAF=25;SAR=18;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149373;STB=0.576307;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0036531;OID=.;OPOS=36939688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:76:76:43:44:0.366667:18:25:34:42:19:25:34:42 chr13 36939758 . A G 537.42 PASS AF=0.398649;AO=59;DP=148;FAO=59;FDP=148;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-0.00309285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.064;QD=14.525;RBI=0.0102291;REFB=-0.0088632;REVB=-0.0097503;RO=89;SAF=36;SAR=23;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172321;STB=0.597202;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0115551;OID=.;OPOS=36939758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:89:89:59:59:0.398649:23:36:40:49:23:36:40:49 chr13 37269835 . G A 575.05 PASS AF=0.64557;AO=51;DP=79;FAO=51;FDP=79;FR=.;FRO=28;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0111554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.875;QD=29.1162;RBI=0.0121569;REFB=-0.0199527;REVB=-0.00483204;RO=28;SAF=33;SAR=18;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102644;STB=0.555535;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0125439;OID=.;OPOS=37269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:28:28:51:51:0.64557:18:33:22:6:18:33:22:6 chr13 37270174 . A G 282.17 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0177357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.678;QD=22.5732;RBI=0.0178056;REFB=0.00163756;REVB=-0.00157526;RO=24;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172453;STB=0.596257;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00241978;OID=.;OPOS=37270174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:11:15:9:15:11:15:9:15 chr13 37372429 . T C 272.25 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0921;QD=51.8571;RBI=0.130541;REFB=0;REVB=0.127686;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00471635;OID=.;OPOS=37372429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:11:10:0:0 chr13 37580139 . G A 223.87 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0321308;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.508;QD=12.6124;RBI=0.0326009;REFB=-0.0129201;REVB=0.00551654;RO=43;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223353;STB=0.506324;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0191575;OID=.;OPOS=37580139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:43:44:27:27:0.380282:15:12:20:23:15:12:20:24 chr13 37583831 . G A 73.84 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0698465;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.572;QD=8.9499;RBI=0.0744796;REFB=-0.00514737;REVB=-0.0258588;RO=23;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434414;STB=0.768666;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0167453;OID=.;OPOS=37583831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:34:33:23:23:10:10:0.30303:2:8:10:13:2:8:10:13 chr13 37600388 . GA G 42.22 PASS AF=0.357143;AO=12;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0920431;FXX=0.0344709;HRUN=8;LEN=1;MLLD=10.4984;QD=6.03097;RBI=0.128323;REFB=-0.0221024;REVB=0.0894141;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832381;STB=0.564382;STBP=0.658;TYPE=del;VARB=0.0385049;OID=.;OPOS=37600389;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:12:29:10:28:18:3:7:7:11:42:15:5:7:5:10 chr13 37625601 . T C 464.96 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.606;QD=58.1204;RBI=0.0231072;REFB=0;REVB=-0.00117526;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117159;OID=.;OPOS=37625601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr13 37679268 . G T 360.24 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00222317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9272;QD=32.0214;RBI=0.029259;REFB=-0.0345586;REVB=0.0291744;RO=15;SAF=23;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13032;STB=0.571651;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0189254;OID=.;OPOS=37679268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:7:23:9:6:7:23:9:6 chr13 37679535 . G C 302.99 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00580542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.11;QD=17.0699;RBI=0.0124347;REFB=-0.0103282;REVB=-0.0109964;RO=38;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478052;STB=0.510303;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0100867;OID=.;OPOS=37679535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:38:38:32:33:0.464789:15:17:20:18:15:18:20:18 chr13 37679729 . C T 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0301985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6968;QD=21.9437;RBI=0.0486454;REFB=-0.0411831;REVB=-0.038137;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047897;STB=0.526993;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0291845;OID=.;OPOS=37679729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:9:7:6:6:9:7:6:6 chr13 37679776 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0632107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9428;QD=14.9784;RBI=0.0637778;REFB=0.00847757;REVB=0.00848603;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231477;STB=0.63608;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00463051;OID=.;OPOS=37679776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:6:5:7:3:6:5 chr13 38357471 . G A 294.48 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-9.8122e-05;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.98;QD=17.8473;RBI=0.0201042;REFB=-0.00954637;REVB=-0.020104;RO=31;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865288;STB=0.561283;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00640992;OID=.;OPOS=38357471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:34:31:32:0.484848:15:16:13:18:15:17:14:20 chr13 38924083 . A T 2255.56 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150694;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.029;QD=63.537;RBI=0.0157148;REFB=0;REVB=-0.00445729;RO=0;SAF=79;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58445e-05;OID=.;OPOS=38924083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:141:142:1:62:79:0:0:62:80:0:0 chr13 38924263 . T C 1612.45 PASS AF=0.982143;AO=108;DP=110;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0132693;FXX=0.00884877;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.4488;QD=57.5874;RBI=0.0499754;REFB=-0.0848612;REVB=-0.0481816;RO=2;SAF=60;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00194049;STB=0.500818;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00452741;OID=.;OPOS=38924263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:112:2:2:108:110:0.982143:48:60:1:1:50:60:1:1 chr13 38932206 . A T 246.5 PASS AF=0.319328;AO=18;DP=109;FAO=38;FDP=119;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=3;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=0.0117307;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.732;QD=8.28584;RBI=0.057776;REFB=-0.0072163;REVB=-0.0565726;RO=79;SAF=17;SAR=1;SRF=51;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.549622;STB=0.810796;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0203372;OID=.;OPOS=38932206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:119:79:81:18:38:0.319328:1:17:51:28:3:35:52:29 chr13 39262057 . G A 1134.99 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.954;QD=60.5329;RBI=0.00456895;REFB=0;REVB=0.00256123;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26551e-05;OID=.;OPOS=39262057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:39:35:0:0:39:36:0:0 chr13 39262435 . C G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0269118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.207;QD=13.4558;RBI=0.0298281;REFB=-0.0133944;REVB=0.0128635;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154773;STB=0.542293;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0207275;OID=.;OPOS=39262435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:8:3:4:10:8:3:5:10 chr13 39263713 . GT G,GC 766.86 PASS AF=0.927273,0.0727273;AO=16,36;DP=56;FAO=51,4;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18,3;FSAR=33,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049138,-0.0666928;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.6808,84.3327;QD=55.7719;RBI=0.0493965,0.17949;REFB=0,0;REVB=0.00504773,-0.16664;RO=0;SAF=13,7;SAR=3,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.78418e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.001389,0.089326;OID=.,.;OPOS=39263714,39263714;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.927273,0.0727273:16,36:56:51,4:55:0:18,3:33,1:0:0:21:0:13,7:3,29:0:0 chr13 39264690 . T C 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00373021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.499;QD=60.2308;RBI=0.00554551;REFB=0;REVB=0.00410344;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12063e-06;OID=.;OPOS=39264690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr13 39266397 . G A 281.51 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0153017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4711;QD=17.0611;RBI=0.015717;REFB=0.0296692;REVB=-0.00358919;RO=35;SAF=17;SAR=14;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133373;STB=0.574528;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.0356568;OID=.;OPOS=39266397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:14:17:24:11:14:17:24:11 chr13 39430313 . A AT 638.17 PASS AF=1;AO=7;DP=67;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622015;FXX=0.0588149;HRUN=0;LEN=1;MLLD=177.743;QD=39.8857;RBI=0.0672534;REFB=0;REVB=0.0255732;RO=60;SAF=0;SAR=7;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.70899;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000657742;OID=.;OPOS=39430314;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:67:64:64:0:43:21:0:0:13:60:0:7:42:18 chr13 39430314 . C G,T 945.61 PASS AF=0.102941,0.882353;AO=7,60;DP=68;FAO=7,60;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=0,42;FSAR=7,18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00449967,0.0073194;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=39.1314,229.181;QD=55.6244;RBI=0.0237014,0.0124184;REFB=-0.0765908,-0.00808981;REVB=-0.0232704,0.0100322;RO=0;SAF=0,42;SAR=7,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.41114e-08;STB=0.997454,0.50588;STBP=0.045,0.599;TYPE=snp,snp;VARB=0.0360042,0.000289219;OID=.,.;OPOS=39430314,39430314;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:68:68:0:1:7,60:7,60:0.102941,0.882353:7,18:0,42:0:0:7,18:0,42:1:0 chr13 39433606 . A G 238.65 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0313666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.108;QD=14.0383;RBI=0.0388313;REFB=-0.0115971;REVB=-0.0228912;RO=40;SAF=17;SAR=10;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239163;STB=0.621;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0184355;OID=.;OPOS=39433606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:27:28:0.411765:10:17:16:24:11:17:16:24 chr13 39540589 . TC T 764.02 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023369;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.795;QD=63.6681;RBI=0.0272206;REFB=0;REVB=0.0271201;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.64465e-05;OID=.;OPOS=39540590;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:49:48:48:0:15:33:0:0:4:0:14:33:0:0 chr13 39586343 . G C 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0095744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.113;QD=17.7375;RBI=0.0180738;REFB=-0.0117993;REVB=0.0153294;RO=49;SAF=22;SAR=20;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859107;STB=0.541647;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0149967;OID=.;OPOS=39586343;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:50:42:42:0.456522:20:22:30:19:20:22:30:20 chr13 39587865 . A C 134.73 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00433584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.6;QD=17.9633;RBI=0.0237252;REFB=-0.0156507;REVB=0.0233257;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150546;STB=0.59899;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0173906;OID=.;OPOS=39587865;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:15:14:15:0.5:7:7:10:5:8:7:10:5 chr13 39587889 . T C 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0117961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.78;QD=21.5108;RBI=0.0216402;REFB=-0.0232587;REVB=0.0181425;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134807;STB=0.575675;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0169253;OID=.;OPOS=39587889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:9:9:10:5:9:9:10:5 chr13 40021260 . G A 263.99 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0266567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.777;QD=15.3039;RBI=0.0400712;REFB=-0.00295016;REVB=-0.0299186;RO=39;SAF=18;SAR=12;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16439;STB=0.592961;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00842056;OID=.;OPOS=40021260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:12:18:17:22:12:18:17:22 chr13 40229891 . G A 312.81 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.017298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5328;QD=21.9514;RBI=0.164502;REFB=0.0085579;REVB=0.16359;RO=25;SAF=21;SAR=11;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210427;STB=0.511621;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00617139;OID=.;OPOS=40229891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:11:21:17:8:11:21:17:8 chr13 40229957 . T A 252.0 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0122242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.101;QD=14.8235;RBI=0.0130693;REFB=-0.0203829;REVB=-0.00462334;RO=38;SAF=24;SAR=5;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29768;STB=0.666536;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0326177;OID=.;OPOS=40229957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:5:24:23:15:5:24:24:15 chr13 40230229 . C T 421.38 PASS AF=0.385827;AO=46;DP=125;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0140225;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7476;QD=13.2718;RBI=0.0171983;REFB=-0.0472663;REVB=-0.00995745;RO=76;SAF=18;SAR=28;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106703;STB=0.568116;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0136209;OID=.;OPOS=40230229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:76:78:46:49:0.385827:28:18:37:39:31:18:37:41 chr13 40230294 . T C 1048.2 PASS AF=0.471616;AO=108;DP=229;FAO=108;FDP=229;FR=.;FRO=121;FSAF=42;FSAR=66;FSRF=51;FSRR=70;FWDB=-0.01195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.038;QD=18.3092;RBI=0.0148345;REFB=-0.0276619;REVB=0.00878975;RO=118;SAF=42;SAR=66;SRF=48;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177383;STB=0.517971;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0290117;OID=.;OPOS=40230294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:118:121:108:108:0.471616:66:42:48:70:66:42:51:70 chr13 40238175 . C T 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00438084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.208;QD=17.5012;RBI=0.0102843;REFB=-0.00985741;REVB=-0.0093046;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198509;STB=0.611185;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00845161;OID=.;OPOS=40238175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:12:14:9:19:12:14:9:19 chr13 40268818 . A T 2202.13 PASS AF=0.465164;AO=228;DP=486;FAO=227;FDP=488;FR=.;FRO=261;FSAF=108;FSAR=119;FSRF=150;FSRR=111;FWDB=0.00831281;FXX=0.00204495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.964;QD=18.0502;RBI=0.0116419;REFB=-0.00706597;REVB=0.0081505;RO=257;SAF=108;SAR=120;SRF=149;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101919;STB=0.552766;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00765004;OID=.;OPOS=40268818;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:486:488:257:261:228:227:0.465164:120:108:149:108:119:108:150:111 chr13 41133080 . A G 75.8 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00920619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.161;QD=12.6338;RBI=0.0200075;REFB=-0.000473856;REVB=-0.0177636;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208265;STB=0.624739;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00199236;OID=.;OPOS=41133080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:24:13:14:9:10:0.416667:6:3:7:6:7:3:7:7 chr13 41134122 . C T 277.72 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0206211;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.276;QD=20.5718;RBI=0.0276165;REFB=-0.00593522;REVB=0.0183697;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223627;STB=0.623817;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00796041;OID=.;OPOS=41134122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:25:29:29:0.537037:16:13:18:7:16:13:18:7 chr13 41323397 . C T 200.8 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0124503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4123;QD=11.8117;RBI=0.0358972;REFB=0.00578161;REVB=0.0336689;RO=43;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110724;STB=0.563842;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0103715;OID=.;OPOS=41323397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:12:13:18:25:12:13:18:25 chr13 41379272 . C T 326.14 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.000410504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.245;QD=20.0703;RBI=0.0135555;REFB=-0.00772986;REVB=-0.0135493;RO=31;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149262;STB=0.582686;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00472692;OID=.;OPOS=41379272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:16:18:11:20:16:18:11:20 chr13 41383962 . C G 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0042404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.549;QD=13.7737;RBI=0.0101335;REFB=-0.00695419;REVB=-0.00920368;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123459;STB=0.571357;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0138552;OID=.;OPOS=41383962;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:12:8:16:15:12:8:16:15 chr13 41515182 . T C 347.62 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=69;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0135505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.853;QD=19.8637;RBI=0.0428467;REFB=0.000769713;REVB=0.0406475;RO=34;SAF=21;SAR=14;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016348;STB=0.517232;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.000270952;OID=.;OPOS=41515182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:34:35:36:0.514286:14:21:21:13:15:21:21:13 chr13 41515286 . T A 909.71 PASS AF=0.5;AO=91;DP=182;FAO=91;FDP=182;FR=.;FRO=91;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.0271324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0509;QD=19.9936;RBI=0.0308241;REFB=-0.0147671;REVB=0.0146274;RO=90;SAF=57;SAR=34;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107873;STB=0.562509;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0152062;OID=.;OPOS=41515286;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:90:91:91:91:0.5:34:57:46:44:34:57:46:45 chr13 41515368 . T C 827.22 PASS AF=0.485714;AO=83;DP=174;FAO=85;FDP=175;FR=.;FRO=90;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0208604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.527;QD=18.9079;RBI=0.0726767;REFB=-0.0284807;REVB=0.0696186;RO=89;SAF=40;SAR=43;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642684;STB=0.525864;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0243494;OID=.;OPOS=41515368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:89:90:83:85:0.485714:43:40:49:40:43:42:49:41 chr13 41517985 . A G 446.02 PASS AF=0.431034;AO=49;DP=115;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.00117874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.987;QD=15.3801;RBI=0.00838885;REFB=-0.00902619;REVB=0.00830562;RO=64;SAF=26;SAR=23;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781621;STB=0.545749;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00970549;OID=.;OPOS=41517985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:64:66:49:50:0.431034:23:26:29:35:24:26:29:37 chr13 41533052 . T C 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.052624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.276;QD=15.6251;RBI=0.0537948;REFB=-0.0149509;REVB=0.0111626;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681024;STB=0.53913;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0278238;OID=.;OPOS=41533052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:16:11:9:10:16:11 chr13 41657136 . A T 332.5 PASS AF=0.444444;AO=34;DP=79;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00141552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.374;QD=16.4196;RBI=0.00853192;REFB=-0.0138004;REVB=0.00841368;RO=45;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185001;STB=0.509273;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0171568;OID=.;OPOS=41657136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:45:45:34:36:0.444444:16:18:23:22:17:19:23:22 chr13 41657340 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0145853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.704;QD=7.83683;RBI=0.0666673;REFB=-0.00373719;REVB=-0.0650523;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135555;STB=0.584187;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00956164;OID=.;OPOS=41657340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:11:5:3:4:11:5 chr13 41705495 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.713;QD=62.022;RBI=0.0397195;REFB=0;REVB=0.0269147;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142544;OID=.;OPOS=41705495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr13 41706800 . A G 822.95 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104861;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.805;QD=55.7929;RBI=0.0109152;REFB=0.0672819;REVB=-0.00303021;RO=0;SAF=44;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517235;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.000123658;OID=.;OPOS=41706800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:0:1:58:58:0.983051:14:44:0:0:14:44:0:1 chr13 41834744 . C T 958.58 PASS AF=0.985075;AO=67;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00215905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7538;QD=57.2284;RBI=0.00298014;REFB=-0.0121032;REVB=0.00205419;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.50769;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000194994;OID=.;OPOS=41834744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:67:66:0.985075:34:33:0:0:34:32:1:0 chr13 41902939 . T C 875.28 PASS AF=0.940299;AO=44;DP=67;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0245789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0864;QD=52.2555;RBI=0.067846;REFB=0.0244623;REVB=0.0632373;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508318;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00256593;OID=.;OPOS=41902939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:67:67:0:4:44:63:0.940299:19:25:0:0:24:39:3:1 chr13 42032572 . T C 205.38 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0278515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.829;QD=12.8363;RBI=0.0306306;REFB=-0.030626;REVB=-0.0127487;RO=39;SAF=13;SAR=12;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102096;STB=0.558445;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0335596;OID=.;OPOS=42032572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:12:13:24:15:12:13:24:15 chr13 42381889 . T C 258.18 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.000781989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.921;QD=19.8597;RBI=0.0195899;REFB=-0.0151104;REVB=0.0195742;RO=24;SAF=19;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187562;STB=0.616602;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0103541;OID=.;OPOS=42381889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:25:27:27:0.519231:8:19:12:12:8:19:12:13 chr13 42442546 . A G 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0197424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6327;QD=12.4667;RBI=0.021025;REFB=0.0021561;REVB=-0.00723115;RO=32;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278824;STB=0.523786;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0049237;OID=.;OPOS=42442546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:12:8:12:20:12:8:12:21 chr13 42465713 . C T 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0279957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.462;QD=17.0999;RBI=0.0281437;REFB=-0.0166314;REVB=0.00288248;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153613;STB=0.58811;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0192856;OID=.;OPOS=42465713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:9:6:8:6:9:6 chr13 42772717 . G T 866.29 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.532;QD=57.7529;RBI=0.0141699;REFB=0;REVB=0.00822001;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43692e-05;OID=.;OPOS=42772717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr13 42793479 . G A 766.33 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0465;QD=63.8609;RBI=0.0802278;REFB=0;REVB=0.0776951;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729604;OID=.;OPOS=42793479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr13 42803341 . T C 1820.03 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.411;QD=61.1773;RBI=0.0302505;REFB=0;REVB=0.0261842;RO=0;SAF=64;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219852;OID=.;OPOS=42803341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:55:64:0:0:55:64:0:0 chr13 42875721 . A G 310.99 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0197989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.618;QD=19.138;RBI=0.0307876;REFB=-0.0237388;REVB=0.0235771;RO=32;SAF=22;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704614;STB=0.539302;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0327987;OID=.;OPOS=42875721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:11:22:19:13:11:22:19:13 chr13 42876861 . T C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.023888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.578;QD=15.3788;RBI=0.0320234;REFB=-0.00445114;REVB=-0.0213276;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268155;STB=0.653614;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00992818;OID=.;OPOS=42876861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:3:11:6:6:3:11 chr13 42877265 . G C 256.42 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0160757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.091;QD=22.793;RBI=0.0708105;REFB=-0.0292129;REVB=-0.0689616;RO=21;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470104;STB=0.526294;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0326663;OID=.;OPOS=42877265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:9:15:12:9:9:15:12:9 chr13 43462422 . A T 92.68 PASS AF=0.4;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0108935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.895;QD=12.3571;RBI=0.0273842;REFB=-0.00624966;REVB=0.0251242;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256069;STB=0.666389;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0144248;OID=.;OPOS=43462422;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:29:30:18:18:11:12:0.4:7:4:11:7:8:4:11:7 chr13 43469157 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.476;QD=58.9626;RBI=0.0457341;REFB=0;REVB=-0.0415113;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00612e-05;OID=.;OPOS=43469157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr13 43469211 . G A 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.926;QD=59.6783;RBI=0.00358198;REFB=0;REVB=-0.00335051;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86734e-06;OID=.;OPOS=43469211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr13 43597865 . A G 520.08 PASS AF=0.69697;AO=43;DP=64;FAO=46;FDP=66;FR=.;FRO=20;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0138855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.189;QD=31.5197;RBI=0.0181535;REFB=-0.0592813;REVB=0.0116938;RO=20;SAF=28;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941627;STB=0.533413;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0226756;OID=.;OPOS=43597865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:20:20:43:46:0.69697:15:28:10:10:16:30:11:9 chr13 43639845 . A C 203.31 PASS AF=0.512821;AO=16;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00291264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.081;QD=20.8527;RBI=0.107969;REFB=-0.0117601;REVB=0.107929;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965432;STB=0.593123;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0154602;OID=.;OPOS=43639845;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:16:20:0.512821:10:6:9:10:14:6:9:10 chr13 43788158 . G A 285.23 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0228161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.936;QD=15.4176;RBI=0.0244104;REFB=-0.0147855;REVB=-0.008677;RO=42;SAF=18;SAR=14;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063165;STB=0.535692;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0154964;OID=.;OPOS=43788158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:14:18:21:21:14:18:21:21 chr13 44457925 . A G 464.1 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0396273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.642;QD=16.4282;RBI=0.0396285;REFB=-0.0155227;REVB=-0.000315806;RO=62;SAF=26;SAR=25;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538768;STB=0.530054;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0158962;OID=.;OPOS=44457925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:62:51:51:0.451327:25:26:35:27:25:26:35:27 chr13 45563464 . G C 614.74 PASS AF=0.423313;AO=69;DP=162;FAO=69;FDP=163;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=61;FWDB=0.0065479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.254;QD=15.0857;RBI=0.0178047;REFB=-0.011523;REVB=0.016557;RO=92;SAF=32;SAR=37;SRF=31;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132163;STB=0.565944;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.015542;OID=.;OPOS=45563464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:92:94:69:69:0.423313:37:32:31:61:37:32:33:61 chr13 46039407 . G T 115.06 PASS AF=0.541667;AO=9;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0291209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.892;QD=19.1763;RBI=0.0297924;REFB=0.00637941;REVB=0.00628971;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937493;STB=0.533281;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00770444;OID=.;OPOS=46039407;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:9:13:0.541667:5:4:6:5:5:8:6:5 chr13 46067593 . G A 362.5 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0752899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4599;QD=24.1665;RBI=0.0801222;REFB=-0.00893242;REVB=0.0274045;RO=24;SAF=14;SAR=22;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109677;STB=0.559968;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00611991;OID=.;OPOS=46067593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:22:14:6:18:22:14:6:18 chr13 46077381 . G A 289.69 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00860162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.991;QD=52.6713;RBI=0.0334129;REFB=0;REVB=0.0322868;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07154e-05;OID=.;OPOS=46077381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:9:12:0:0:10:12:0:0 chr13 46103935 . A G 683.93 PASS AF=0.979167;AO=44;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0445331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.49;QD=56.9939;RBI=0.131275;REFB=-0.16935;REVB=0.12349;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208755;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00677708;OID=.;OPOS=46103935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:44:47:0.979167:22:22:0:1:25:22:0:1 chr13 46108853 . TG CA 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648125;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=255.498;QD=62.6146;RBI=0.00835472;REFB=0;REVB=-0.00527208;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.24101e-05;OID=.;OPOS=46108853;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chr13 46115731 . C A 303.01 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0111858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9117;QD=15.741;RBI=0.0790528;REFB=-0.024881;REVB=0.0782574;RO=41;SAF=19;SAR=15;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929373;STB=0.552379;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0354982;OID=.;OPOS=46115731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:41:43:34:34:0.441558:15:19:19:22:15:19:20:23 chr13 46137837 . T C 2377.01 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131851;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.443;QD=64.2436;RBI=0.050879;REFB=0;REVB=0.0491409;RO=0;SAF=59;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70841e-05;OID=.;OPOS=46137837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:150:148:0:0:148:148:1:89:59:0:0:89:59:0:0 chr13 46170609 . C T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0105957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.314;QD=19.3436;RBI=0.0116794;REFB=-0.0113242;REVB=0.0049132;RO=18;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114369;STB=0.565142;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0123896;OID=.;OPOS=46170609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:5:13:11:7:5:13:11:7 chr13 46541673 . T A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.393;QD=57.1775;RBI=0.0362782;REFB=0;REVB=0.0250101;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94857e-05;OID=.;OPOS=46541673;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr13 46562935 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.132;QD=57.0007;RBI=0.040663;REFB=0;REVB=0.00496729;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78111e-05;OID=.;OPOS=46562935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr13 46629944 . A G 711.47 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0683224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.944;QD=52.7013;RBI=0.0710991;REFB=0.00118175;REVB=0.0196759;RO=2;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037641;STB=0.519992;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000268399;OID=.;OPOS=46629944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:24:28:0:2:24:28:0:2 chr13 46641466 . A G 252.05 PASS AF=0.37037;AO=29;DP=80;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00828248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.201;QD=12.447;RBI=0.00912169;REFB=-0.0103771;REVB=-0.00382176;RO=51;SAF=20;SAR=9;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167382;STB=0.603701;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.01904;OID=.;OPOS=46641466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:51:51:29:30:0.37037:9:20:28:23:9:21:28:23 chr13 46641481 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.344;QD=61.5361;RBI=0.0303922;REFB=0;REVB=0.00638939;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54352e-05;OID=.;OPOS=46641481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr13 46648094 . C T 270.79 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0134176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.087;QD=16.924;RBI=0.0183671;REFB=0.00141461;REVB=0.0125427;RO=33;SAF=11;SAR=19;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170228;STB=0.588615;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00103413;OID=.;OPOS=46648094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:30:30:0.46875:19:11:18:15:19:11:18:16 chr13 46656669 . A G 2121.63 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.329;QD=62.8631;RBI=0.0479786;REFB=0;REVB=0.0127762;RO=0;SAF=63;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35938e-05;OID=.;OPOS=46656669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:72:63:0:0:72:63:0:0 chr13 46700642 . G T 171.31 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00543136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.357;QD=12.6899;RBI=0.00648885;REFB=0.00597673;REVB=0.00355043;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813988;STB=0.531885;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.0101372;OID=.;OPOS=46700642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:33:33:20:21:0.388889:10:10:14:19:11:10:14:19 chr13 46708291 . T C 458.78 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00131191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.156;QD=23.527;RBI=0.0145086;REFB=-0.0146303;REVB=0.0144492;RO=34;SAF=21;SAR=23;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646303;STB=0.53549;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00950498;OID=.;OPOS=46708291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:23:21:19:15:23:21:19:15 chr13 46946157 . C T 282.67 PASS AF=0.641026;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0025306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.769;QD=28.9921;RBI=0.0251461;REFB=-0.0207893;REVB=0.0250185;RO=14;SAF=5;SAR=19;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381435;STB=0.714097;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00902567;OID=.;OPOS=46946157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:14:14:24:25:0.641026:19:5:10:4:20:5:10:4 chr13 46948548 . G A 209.16 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0090465;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.65;QD=17.4298;RBI=0.00904833;REFB=-0.015903;REVB=-0.000181962;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180014;STB=0.61166;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0155708;OID=.;OPOS=46948548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:12:9:16:10:12:9:17:10 chr13 47260054 . T C 1080.4 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3754;QD=60.0223;RBI=0.0206789;REFB=0;REVB=-0.00120986;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140411;OID=.;OPOS=47260054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr13 47273458 . G C 179.71 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0065533;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.188;QD=10.7291;RBI=0.0123406;REFB=-0.00095775;REVB=0.0104568;RO=40;SAF=17;SAR=6;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308317;STB=0.656508;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00143742;OID=.;OPOS=47273458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:44:23:23:0.343284:6:17:19:21:6:17:23:21 chr13 47279454 . A G 431.65 PASS AF=0.505882;AO=41;DP=84;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00554381;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.998;QD=20.3127;RBI=0.0079602;REFB=-0.00461809;REVB=-0.00571235;RO=42;SAF=18;SAR=23;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318151;STB=0.506664;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00449724;OID=.;OPOS=47279454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:42:42:41:43:0.505882:23:18:17:25:24:19:18:24 chr13 47308109 . A G 2597.63 PASS AF=0.982759;AO=167;DP=175;FAO=171;FDP=174;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0226521;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9273;QD=59.7156;RBI=0.0313834;REFB=-0.121497;REVB=0.0217209;RO=0;SAF=68;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501158;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.000683621;OID=.;OPOS=47308109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:175:174:0:3:167:171:0.982759:99:68:0:0:103:68:1:2 chr13 47315984 . T C 1069.2 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714897;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.357;QD=59.4;RBI=0.0752978;REFB=0;REVB=-0.0236429;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302637;OID=.;OPOS=47315984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:34:35:0:0:34:38:0:0 chr13 47354101 . C T 178.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0475359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.069;QD=14.8507;RBI=0.0596889;REFB=0.0156718;REVB=0.0360985;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253422;STB=0.6469;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0212888;OID=.;OPOS=47354101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:13:6:16:13:13:6:16:13 chr13 47469940 . G A 323.82 PASS AF=0.4;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.00818265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.062;QD=14.3919;RBI=0.00890683;REFB=-0.00573751;REVB=-0.00351794;RO=53;SAF=8;SAR=28;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482291;STB=0.769848;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0109497;OID=.;OPOS=47469940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:53:54:36:36:0.4:28:8:36:17:28:8:36:18 chr13 47470824 . C T 234.63 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1412;QD=49.3962;RBI=0.146215;REFB=0;REVB=0.144411;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00460782;OID=.;OPOS=47470824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:8:11:0:0 chr13 48033224 . G A 746.92 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6384;QD=63.5676;RBI=0.0081691;REFB=0;REVB=-0.00480497;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84181e-05;OID=.;OPOS=48033224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:16:31:0:0:16:31:0:0 chr13 48547467 . A T 176.72 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=28;FWDB=0.0559942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7868;QD=13.3377;RBI=0.0579833;REFB=0.0233317;REVB=0.015057;RO=32;SAF=5;SAR=16;SRF=4;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184492;STB=0.60431;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0346557;OID=.;OPOS=48547467;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:16:5:4:28:16:5:4:28 chr13 49107241 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.466;QD=48.7373;RBI=0.0596768;REFB=0;REVB=0.0152328;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389278;OID=.;OPOS=49107241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr13 49339052 . A G 190.23 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00788422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.437;QD=21.7407;RBI=0.028068;REFB=-0.0132178;REVB=0.0269379;RO=15;SAF=2;SAR=17;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526756;STB=0.795365;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0133657;OID=.;OPOS=49339052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:16:19:19:0.542857:17:2:9:6:17:2:9:7 chr13 49776080 . A G 125.82 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.032984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.6754;QD=11.1838;RBI=0.0331182;REFB=-0.00147337;REVB=0.00297872;RO=29;SAF=3;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450459;STB=0.777394;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0134128;OID=.;OPOS=49776080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:12:3:17:12:12:3:18:12 chr13 49794650 . C A 182.78 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.0345153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.066;QD=9.74821;RBI=0.0367286;REFB=-0.00207001;REVB=0.0125571;RO=49;SAF=16;SAR=8;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880192;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341704;OID=.;OPOS=49794650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:51:24:24:0.32:8:16:33:16:8:16:34:17 chr13 49840024 . A G 669.96 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00533332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1007;QD=62.3217;RBI=0.016258;REFB=0;REVB=0.0153584;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147354;OID=.;OPOS=49840024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr13 49866869 . G C 518.13 PASS AF=0.482456;AO=54;DP=117;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00307617;FXX=0.0420133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8094;QD=18.18;RBI=0.0400954;REFB=-0.0132472;REVB=-0.0399772;RO=55;SAF=23;SAR=31;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092997;STB=0.546282;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0212307;OID=.;OPOS=49866869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:114:55:59:54:55:0.482456:31:23:29:26:31:24:31:28 chr13 50008301 . A G 854.09 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.034;QD=56.0059;RBI=0.0137403;REFB=-0.103573;REVB=-0.00589462;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014981;STB=0.507934;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00162604;OID=.;OPOS=50008301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:29:31:1:0:29:31:1:0 chr13 50050620 . A G 703.83 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0859254;FXX=0.041658;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8581;QD=61.2027;RBI=0.0860498;REFB=0.0668534;REVB=0.00462588;RO=1;SAF=27;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170902;STB=0.509087;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00254904;OID=.;OPOS=50050620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:46:1:1:45:45:0.978261:18:27:1:0:18:27:1:0 chr13 50057097 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4442;QD=59.0172;RBI=0.044659;REFB=0;REVB=-0.00635462;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000905879;OID=.;OPOS=50057097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr13 50057633 . A G 2277.27 PASS AF=1;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216019;FXX=0.0132442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.166;QD=61.1348;RBI=0.0429439;REFB=0;REVB=0.0371152;RO=0;SAF=90;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11608e-05;OID=.;OPOS=50057633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:149:0:0:149:149:1:59:90:0:0:59:90:0:0 chr13 50080847 . A G 763.03 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.081492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3484;QD=63.5862;RBI=0.0822117;REFB=0;REVB=-0.0108542;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527147;OID=.;OPOS=50080847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr13 50106550 . GA G 182.98 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.5901;QD=45.7455;RBI=0.119165;REFB=0;REVB=0.0584354;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0117149;OID=.;OPOS=50106551;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:16:16:16:0:9:7:0:0:4:0:7:7:0:0 chr13 50106584 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.606;QD=48.7373;RBI=0.0252522;REFB=0;REVB=0.000969054;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111174;OID=.;OPOS=50106584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr13 50123622 . G C 1248.61 PASS AF=0.976471;AO=84;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0474923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.374;QD=58.7583;RBI=0.0508886;REFB=-0.0645822;REVB=0.0182791;RO=1;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108888;STB=0.500426;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00194045;OID=.;OPOS=50123622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:1:2:84:83:0.976471:43:41:0:1:43:40:1:1 chr13 50126382 . G A 123.49 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9267;QD=41.1648;RBI=0.127905;REFB=0;REVB=-0.117554;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00684386;OID=.;OPOS=50126382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:4:8:0:0 chr13 50141345 . G A 679.77 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0691858;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.701;QD=60.4238;RBI=0.0708994;REFB=-0.0679643;REVB=0.0154936;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218451;STB=0.511623;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00861698;OID=.;OPOS=50141345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:44:44:0.977778:23:21:1:0:23:21:1:0 chr13 50273831 . T C 563.56 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7718;QD=57.8009;RBI=0.0167817;REFB=-0.0167579;REVB=0.00151879;RO=1;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302093;STB=0.51612;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000144827;OID=.;OPOS=50273831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:15:23:0:1:15:23:0:1 chr13 50273970 . C T 805.05 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.007057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3489;QD=64.4038;RBI=0.0390831;REFB=0;REVB=-0.0384407;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143292;OID=.;OPOS=50273970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:24:26:0:0 chr13 50283819 . T C 1398.44 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002754;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.891;QD=62.8514;RBI=0.0452504;REFB=0;REVB=0.0451665;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49125e-05;OID=.;OPOS=50283819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:50:39:0:0:50:39:0:0 chr13 50296115 . C T 327.54 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5329;QD=52.4069;RBI=0.0625014;REFB=0;REVB=0.0624006;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00604156;OID=.;OPOS=50296115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:7:16:0:0:8:17:0:0 chr13 50466615 . G C 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0209894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2536;QD=9.82161;RBI=0.0518053;REFB=-0.0129595;REVB=-0.0473629;RO=23;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218937;STB=0.631351;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0199051;OID=.;OPOS=50466615;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:6:5:15:8:6:5:15:8 chr13 50466749 . C G 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9982;QD=39.2001;RBI=0.0081658;REFB=0;REVB=-0.00610392;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15904e-05;OID=.;OPOS=50466749;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr13 50466754 . T C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8203;QD=37.4872;RBI=0.0652052;REFB=0;REVB=-0.044408;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237256;OID=.;OPOS=50466754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr13 50587718 . A G 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3369;QD=35.5659;RBI=0.129297;REFB=0;REVB=0.109424;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00929368;OID=.;OPOS=50587718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr13 50588490 . T C 76.11 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0214373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7136;QD=13.8373;RBI=0.104044;REFB=-0.0357758;REVB=0.101811;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160312;STB=0.509415;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0608649;OID=.;OPOS=50588490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:7:5:4:6:7:5 chr13 50588492 . T C 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0280636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8944;QD=14.0968;RBI=0.0469621;REFB=-0.0481483;REVB=-0.0376547;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355378;STB=0.520679;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0878076;OID=.;OPOS=50588492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:4:9:13:5:4:9:13:5 chr13 50588494 . T C 130.63 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00491868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.528;QD=13.7506;RBI=0.068594;REFB=-0.0482706;REVB=-0.0684174;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771969;STB=0.504499;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0718231;OID=.;OPOS=50588494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:4:11:17:6:4:11:17:6 chr13 50588496 . T C 539.66 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0507449;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7927;QD=55.3496;RBI=0.052756;REFB=-0.113726;REVB=-0.0144273;RO=2;SAF=29;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103551;STB=0.555524;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00398262;OID=.;OPOS=50588496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:8:29:0:2:8:29:0:2 chr13 50590423 . G C 73.01 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=0.0566722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0685;QD=9.12655;RBI=0.0601988;REFB=-0.0169274;REVB=-0.0203017;RO=20;SAF=9;SAR=1;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13011;STB=0.562363;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0295819;OID=.;OPOS=50590423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:20:22:10:10:0.3125:1:9:17:3:1:9:19:3 chr13 50591480 . T C 575.29 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.037;QD=60.5565;RBI=0.0293621;REFB=0;REVB=0.0282981;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144838;OID=.;OPOS=50591480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr13 50656582 . T A 491.11 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0062699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.756;QD=17.2318;RBI=0.0067598;REFB=-0.0189106;REVB=0.00252651;RO=61;SAF=27;SAR=26;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169505;STB=0.50943;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0249753;OID=.;OPOS=50656582;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:61:53:53:0.464912:26:27:30:31:26:27:30:31 chr13 51387124 . A G 598.38 PASS AF=0.609195;AO=53;DP=90;FAO=53;FDP=87;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0653293;FXX=0.0333296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3352;QD=27.5116;RBI=0.0667089;REFB=-0.00474159;REVB=0.0134966;RO=37;SAF=27;SAR=26;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0030717;STB=0.519315;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00389124;OID=.;OPOS=51387124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:87:37:34:53:53:0.609195:26:27:19:18:26:27:19:15 chr13 51594741 . T G 221.69 PASS AF=0.310811;AO=19;DP=75;FAO=23;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0249076;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.4479;QD=11.9833;RBI=0.0271182;REFB=0.00872042;REVB=0.0107242;RO=41;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105535;STB=0.52172;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0249598;OID=.;OPOS=51594741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:41:45:19:23:0.310811:8:11:20:21:11:12:22:23 chr13 51603768 . T C 263.24 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0105611;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0485;QD=19.4996;RBI=0.0149983;REFB=-0.0109708;REVB=0.0106496;RO=25;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895085;STB=0.538743;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.011887;OID=.;OPOS=51603768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:26:28:28:0.518519:13:15:16:9:13:15:16:10 chr13 51941943 . T C 253.85 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0743427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5247;QD=21.6039;RBI=0.0807912;REFB=-0.0143519;REVB=0.0316287;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129979;STB=0.572893;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0167043;OID=.;OPOS=51941943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:10:14:10:13:10:14:10:13 chr13 51956225 . T G 161.83 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00434957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.386;QD=11.9875;RBI=0.0205819;REFB=-0.00769822;REVB=0.0201171;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117509;STB=0.568198;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0176575;OID=.;OPOS=51956225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:11:9:19:15:11:9:19:15 chr13 51958756 . C T 141.26 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0330416;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.2683;QD=13.453;RBI=0.0964543;REFB=-0.0116012;REVB=0.0906184;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815884;STB=0.54756;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.022956;OID=.;OPOS=51958756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:11:15:8:8:11:15 chr13 51958840 . G T 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.122728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4869;QD=10.3782;RBI=0.161744;REFB=-0.0295368;REVB=-0.105352;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381346;STB=0.732786;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0380268;OID=.;OPOS=51958840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:7:9:2:7:7:9 chr13 52515354 . A G 1074.22 PASS AF=1;AO=60;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.439;QD=59.6789;RBI=0.0758659;REFB=0;REVB=0.0249579;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618993;OID=.;OPOS=52515354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:60:72:1:32:28:0:0:41:31:0:0 chr13 52515982 . A AAC 675.12 PASS AF=0.808824;AO=52;DP=72;FAO=55;FDP=68;FR=.;FRO=13;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.01497;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=2;MLLD=269.298;QD=39.7129;RBI=0.0255076;REFB=-0.0131247;REVB=0.0206528;RO=18;SAF=27;SAR=25;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886352;STB=0.520335;STBP=0.494;TYPE=ins;VARB=0.00206848;OID=.;OPOS=52515983;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.808824:52:72:55:68:13:27:28:5:8:76:18:27:25:6:12 chr13 52523808 . C T 619.52 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0391503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.442;QD=59.0017;RBI=0.0400936;REFB=-0.0262873;REVB=0.00864607;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000165205;OID=.;OPOS=52523808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:42:0:1:39:41:0.97619:22:17:0:0:23:18:0:1 chr13 52524488 . T C 634.03 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0602619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.952;QD=58.9794;RBI=0.0810229;REFB=-0.0264744;REVB=-0.0541591;RO=1;SAF=14;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323316;STB=0.516121;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00142913;OID=.;OPOS=52524488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:27:14:1:0:27:15:1:0 chr13 52544805 . C G 1525.72 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6712;QD=59.832;RBI=0.0412896;REFB=0;REVB=-0.0400418;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288751;OID=.;OPOS=52544805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:49:53:0:0:49:53:0:0 chr13 52548140 . A C 560.88 PASS AF=0.487603;AO=56;DP=118;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.0103793;FXX=0.0319974;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8343;QD=18.5416;RBI=0.0302316;REFB=-0.00393852;REVB=0.028394;RO=54;SAF=32;SAR=24;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878624;STB=0.502295;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00680474;OID=.;OPOS=52548140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:121:54:62:56:59:0.487603:24:32:36:18:25:34:36:26 chr13 52548743 . C T 390.96 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.021463;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.509;QD=24.4347;RBI=0.0239466;REFB=-0.0129193;REVB=0.0106197;RO=26;SAF=23;SAR=15;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379933;STB=0.520822;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00931769;OID=.;OPOS=52548743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:26:26:38:38:0.59375:15:23:17:9:15:23:17:9 chr13 52603194 . G T 898.17 PASS AF=0.591241;AO=81;DP=138;FAO=81;FDP=137;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00176534;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.913;QD=26.2239;RBI=0.00180379;REFB=-0.00526609;REVB=-0.000370451;RO=55;SAF=33;SAR=48;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00571781;STB=0.501399;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00348864;OID=.;OPOS=52603194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:55:56:81:81:0.591241:48:33:22:33:48:33:23:33 chr13 52603775 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0124334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.065;QD=15.8821;RBI=0.0172364;REFB=-0.00297562;REVB=0.0119375;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185184;STB=0.608469;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00907784;OID=.;OPOS=52603775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:5:5:3:7:5:5 chr13 52605675 . A G 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.000109902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.348;QD=19.9285;RBI=0.0113088;REFB=-0.016474;REVB=-0.0113083;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677961;STB=0.555467;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0102043;OID=.;OPOS=52605675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:8:9:12:12:0.571429:4:8:6:2:4:8:7:2 chr13 52607169 . T C 74.36 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0148704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6629;QD=10.2562;RBI=0.028204;REFB=-0.00181578;REVB=0.0239653;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118978;STB=0.551622;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00720511;OID=.;OPOS=52607169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:18:19:10:10:0.344828:5:5:7:11:5:5:8:11 chr13 52971869 . G A 253.0 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00172486;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9213;QD=24.0952;RBI=0.00452668;REFB=-0.0126365;REVB=-0.00418518;RO=18;SAF=18;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305482;STB=0.670901;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0203251;OID=.;OPOS=52971869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:6:18:7:11:6:18:7:11 chr13 52971893 . G A 145.64 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0240987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8261;QD=16.182;RBI=0.0334771;REFB=-0.0168521;REVB=0.0232372;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390572;STB=0.733057;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0232105;OID=.;OPOS=52971893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:11:5:14:5:11:5:15:5 chr13 53035783 . T C 555.32 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6437;QD=60.0347;RBI=0.0194105;REFB=0;REVB=-0.00377527;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310174;OID=.;OPOS=53035783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:21:16:0:0 chr13 53035925 . A G 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00285341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.786;QD=59.0124;RBI=0.00425257;REFB=0;REVB=0.00315315;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32103e-05;OID=.;OPOS=53035925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr13 53050479 . G A 363.04 PASS AF=0.419355;AO=38;DP=92;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0741291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8919;QD=15.6148;RBI=0.0743088;REFB=-0.00211689;REVB=-0.00516357;RO=52;SAF=18;SAR=20;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18358;STB=0.596673;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0029876;OID=.;OPOS=53050479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:52:54:38:39:0.419355:20:18:34:18:21:18:34:20 chr13 53422553 . A G 160.48 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0774373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3987;QD=11.4626;RBI=0.112228;REFB=-0.0135232;REVB=-0.0812322;RO=35;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062203;STB=0.536048;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.021719;OID=.;OPOS=53422553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:12:9:17:18:12:9:17:18 chr13 53608632 . C T 658.15 PASS AF=0.960784;AO=44;DP=50;FAO=49;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0206582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.742;QD=51.6196;RBI=0.0232235;REFB=-0.00532948;REVB=-0.0106098;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191734;STB=0.503721;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000476006;OID=.;OPOS=53608632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:51:1:2:44:49:0.960784:20:24:1:0:20:29:1:1 chr13 55748673 . T C 345.19 PASS AF=0.323529;AO=44;DP=136;FAO=44;FDP=136;FR=.;FRO=92;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.00946265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2239;QD=10.1527;RBI=0.0342014;REFB=-0.0114744;REVB=0.0328663;RO=90;SAF=21;SAR=23;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135043;STB=0.500669;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0251003;OID=.;OPOS=55748673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:90:92:44:44:0.323529:23:21:44:46:23:21:44:48 chr13 60240961 . C T 370.25 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=37;FWDB=-0.0204139;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.113;QD=16.8297;RBI=0.0228532;REFB=-0.0123093;REVB=-0.0102734;RO=48;SAF=10;SAR=29;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00830671;STB=0.50847;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0184109;OID=.;OPOS=60240961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:49:39:39:0.443182:29:10:12:36:29:10:12:37 chr13 60324979 . G A 351.06 PASS AF=0.422222;AO=35;DP=88;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0461744;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7651;QD=15.6026;RBI=0.0477113;REFB=-0.0160533;REVB=-0.012012;RO=51;SAF=24;SAR=11;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154235;STB=0.590859;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0212621;OID=.;OPOS=60324979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:51:52:35:38:0.422222:11:24:28:23:12:26:28:24 chr13 61986918 . C A 443.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.144;QD=57.2858;RBI=0.0826124;REFB=0;REVB=-0.0548566;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154908;OID=.;OPOS=61986918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr13 64321070 . G C 99.79 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0827955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.465;QD=15.3517;RBI=0.098345;REFB=-0.0117388;REVB=0.0530721;RO=14;SAF=1;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.626445;STB=0.872287;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.064629;OID=.;OPOS=64321070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:11:1:9:5:11:1:9:5 chr13 64413292 . G C 172.74 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00628468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.681;QD=9.46516;RBI=0.0155257;REFB=-0.00282451;REVB=0.0141968;RO=50;SAF=13;SAR=10;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122035;STB=0.571876;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0126448;OID=.;OPOS=64413292;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:23:23:0.315068:10:13:23:27:10:13:23:27 chr13 64413296 . A G 171.23 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.000910523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.314;QD=9.13214;RBI=0.0255942;REFB=-0.00365832;REVB=-0.025578;RO=51;SAF=13;SAR=10;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878078;STB=0.558602;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0153377;OID=.;OPOS=64413296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:51:52:23:23:0.306667:10:13:25:26:10:13:25:27 chr13 64413947 . A C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0222765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5106;QD=16.8981;RBI=0.0565844;REFB=0.0228327;REVB=-0.0520149;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304629;STB=0.677057;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00713433;OID=.;OPOS=64413947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:6:3:7:3:6:3 chr13 64417500 . C G 533.39 PASS AF=0.543478;AO=49;DP=93;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0357367;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.516;QD=23.1908;RBI=0.0361777;REFB=-0.00260372;REVB=-0.00563115;RO=42;SAF=29;SAR=20;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137658;STB=0.569344;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00259424;OID=.;OPOS=64417500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:42:42:49:50:0.543478:20:29:18:24:21:29:18:24 chr13 67800934 . T A,TA 476.13 PASS AF=0.0444444,0.911111;AO=3,10;DP=85;FAO=2,41;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=0,14;FSAR=2,27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0419114,0.041217;FXX=0.457776;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=136.977,148.534;QD=42.3224;RBI=0.0432132,0.0431355;REFB=-0.170768,-0.159345;REVB=0.0105267,0.0127212;RO=70;SAF=0,0;SAR=3,10;SRF=37;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.424444,-0.676691;STB=0.994977,0.533317;STBP=0.131,0.097;TYPE=snp,ins;VARB=0.00304567,0.00331087;OID=.,.;OPOS=67800934,67800935;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:10:85:45:70:2:3,10:2,41:0.0444444,0.911111:3,10:0,0:37:33:2,27:0,14:2:0 chr13 67800935 . G A 880.75 PASS AF=0.819277;AO=66;DP=82;FAO=68;FDP=83;FR=.;FRO=15;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.00383189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.951;QD=42.4456;RBI=0.00432071;REFB=-0.12063;REVB=0.00199628;RO=15;SAF=33;SAR=33;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150518;STB=0.566246;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0056379;OID=.;OPOS=67800935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:82:83:15:15:66:68:0.819277:33:33:1:14:34:34:2:13 chr13 67802339 . A T 1431.69 PASS AF=0.970588;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0161122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.435;QD=56.1447;RBI=0.0169174;REFB=-0.0368655;REVB=0.00515711;RO=2;SAF=44;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00195494;STB=0.503596;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.000323818;OID=.;OPOS=67802339;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:101:102:2:3:98:99:0.970588:54:44:1:1:54:45:1:2 chr13 69267981 . T C 242.39 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00192895;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=334.229;QD=29.3801;RBI=0.0152149;REFB=-0.0251619;REVB=-0.0150922;RO=11;SAF=17;SAR=5;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127208;STB=0.569562;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.013096;OID=.;OPOS=69267981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:5:17:10:1:5:17:10:1 chr13 73280182 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0825127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.812;QD=60.6101;RBI=0.0831973;REFB=0;REVB=0.0106513;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339415;OID=.;OPOS=73280182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr13 73301655 . A C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.099;QD=57.6807;RBI=0.0281236;REFB=0;REVB=0.0270879;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40085e-05;OID=.;OPOS=73301655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr13 73301728 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0626919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2937;QD=47.8198;RBI=0.0832837;REFB=0;REVB=-0.0548261;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00359032;OID=.;OPOS=73301728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr13 73319171 . T C 233.34 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.0267544;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.349;QD=12.6131;RBI=0.059042;REFB=-0.0121815;REVB=0.0526323;RO=45;SAF=13;SAR=15;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21596;STB=0.628484;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0313934;OID=.;OPOS=73319171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:46:28:28:0.378378:15:13:30:15:15:13:31:15 chr13 73329358 . G A 677.01 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.784;QD=61.5466;RBI=0.0160743;REFB=0;REVB=0.00675481;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133468;OID=.;OPOS=73329358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:27:16:0:0:28:16:0:0 chr13 73343039 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.512;QD=58.1415;RBI=0.0462536;REFB=0;REVB=-0.00571224;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336692;OID=.;OPOS=73343039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr13 73349359 . G C 150.31 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0144009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.31;QD=9.85646;RBI=0.0456618;REFB=-0.019926;REVB=-0.0433314;RO=41;SAF=8;SAR=12;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10165;STB=0.559939;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0333591;OID=.;OPOS=73349359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:12:8:20:21:12:8:20:21 chr13 73350079 . T C 406.46 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0127914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.751;QD=14.1377;RBI=0.0152101;REFB=-0.0189837;REVB=-0.00822972;RO=68;SAF=22;SAR=25;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334963;STB=0.518895;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0232997;OID=.;OPOS=73350079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:68:68:47:47:0.408696:25:22:34:34:25:22:34:34 chr13 73369642 . A G 321.37 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0411296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5978;QD=17.854;RBI=0.0569805;REFB=0.00115976;REVB=0.0394351;RO=37;SAF=12;SAR=22;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257044;STB=0.519988;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.000885865;OID=.;OPOS=73369642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:37:34:35:0.486111:22:12:14:23:23:12:14:23 chr13 73650112 . C A 121.67 PASS AF=0.4375;AO=12;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0111581;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.361;QD=15.2081;RBI=0.0141905;REFB=-0.0162232;REVB=0.00876736;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144712;STB=0.630871;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0170746;OID=.;OPOS=73650112;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:18:12:14:0.4375:4:8:9:8:4:10:9:9 chr13 73650117 . G A 118.2 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00444229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.155;QD=12.778;RBI=0.00698015;REFB=-0.0169934;REVB=0.0053841;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192977;STB=0.630057;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0185119;OID=.;OPOS=73650117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:4:10:12:10:4:10:12:11 chr13 74269256 . G T 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0538923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8981;QD=12.2163;RBI=0.056092;REFB=0.0173943;REVB=0.015554;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605125;STB=0.52628;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0501536;OID=.;OPOS=74269256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:10:5:10:16:10:5:10:17 chr13 74518210 . G A 102.1 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0364279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.703;QD=13.6137;RBI=0.0371084;REFB=-0.0213232;REVB=0.00707404;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170731;STB=0.59984;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0246604;OID=.;OPOS=74518210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:8:9:9:4:8:9 chr13 74863339 . C A 175.97 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0175512;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.526;QD=19.5526;RBI=0.0529208;REFB=-0.00869122;REVB=-0.0499257;RO=18;SAF=3;SAR=15;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820689;STB=0.54682;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00835749;OID=.;OPOS=74863339;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:18:18:18:18:0.5:15:3:4:14:15:3:4:14 chr13 74988714 . C T 945.81 PASS AF=0.397059;AO=107;DP=272;FAO=108;FDP=272;FR=.;FRO=164;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=107;FSRR=57;FWDB=-0.0066442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.037;QD=13.9089;RBI=0.0372582;REFB=-0.0312649;REVB=-0.036661;RO=157;SAF=55;SAR=52;SRF=107;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179936;STB=0.58662;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0495969;OID=.;OPOS=74988714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:157:164:107:108:0.397059:52:55:107:50:53:55:107:57 chr13 75814018 . C T 435.79 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.436;QD=54.474;RBI=0.0257972;REFB=-0.0264729;REVB=0.0236886;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000224917;OID=.;OPOS=75814018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:14:17:0:0:14:17:0:1 chr13 75814349 . A T 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0178044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.713;QD=24.8187;RBI=0.0180997;REFB=-0.0125857;REVB=0.00325657;RO=18;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322235;STB=0.517913;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.013926;OID=.;OPOS=75814349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:11:13:9:9:11:13:9:9 chr13 75814384 . C T 168.15 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0287349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.166;QD=16.014;RBI=0.0480591;REFB=-0.00560068;REVB=-0.0385224;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414175;STB=0.523783;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0204177;OID=.;OPOS=75814384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:13:11:9:9:13:11 chr13 75884216 . C T 790.68 PASS AF=0.982456;AO=49;DP=60;FAO=56;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0504932;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.442;QD=55.4863;RBI=0.0505783;REFB=-0.15356;REVB=-0.0029329;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00361994;OID=.;OPOS=75884216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:57:0:1:49:56:0.982456:26:23:0:0:25:31:1:0 chr13 75936519 . C G 471.76 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0255172;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.53;QD=55.5013;RBI=0.0346656;REFB=0.111218;REVB=0.0234644;RO=1;SAF=27;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845286;STB=0.545425;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00045285;OID=.;OPOS=75936519;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:32:33:0.970588:5:27:0:1:5:28:0:1 chr13 76124151 . C T 276.17 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.036852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9995;QD=15.7812;RBI=0.140701;REFB=-0.0425172;REVB=-0.135789;RO=39;SAF=8;SAR=23;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202226;STB=0.614894;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0503241;OID=.;OPOS=76124151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:23:8:17:22:23:8:17:22 chr13 76143572 . T C 112.34 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00139096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9546;QD=8.47829;RBI=0.0273655;REFB=0.000296215;REVB=0.0273301;RO=36;SAF=9;SAR=6;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832198;STB=0.543943;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.000857325;OID=.;OPOS=76143572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:38:15:15:0.283019:6:9:24:12:6:9:25:13 chr13 76378459 . T C 1387.44 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0303865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.377;QD=60.3236;RBI=0.0369452;REFB=-0.0125837;REVB=0.0210146;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.500484;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=2.30128e-06;OID=.;OPOS=76378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:0:2:90:90:0.978261:47:43:0:0:47:43:1:1 chr13 76382100 . C T 323.59 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.39;QD=53.9321;RBI=0.046504;REFB=0;REVB=0.0256988;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284785;OID=.;OPOS=76382100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:13:9:0:0:14:10:0:0 chr13 76423248 . T C 767.24 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00169473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9222;QD=63.9364;RBI=0.0287562;REFB=0;REVB=0.0287062;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283282;OID=.;OPOS=76423248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:27:21:0:0 chr13 76457183 . T C 884.92 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.5;QD=57.0918;RBI=0.0239603;REFB=0;REVB=0.0159752;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012442;OID=.;OPOS=76457183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:62:0:0:57:62:1:22:35:0:0:25:37:0:0 chr13 76709108 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.259;QD=62.3509;RBI=0.0508512;REFB=0;REVB=0.0436039;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108627;OID=.;OPOS=76709108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr13 76709223 . C A 1438.38 PASS AF=0.989362;AO=55;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0111955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9914;QD=61.2076;RBI=0.0575053;REFB=-0.0644113;REVB=0.056405;RO=0;SAF=53;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0313e-08;STB=0.506172;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00277804;OID=.;OPOS=76709223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:0:1:55:93:0.989362:2:53:0:0:40:53:0:1 chr13 77522725 . GACTT G 242.2 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.000694492;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=4;MLLD=275.083;QD=14.4594;RBI=0.0183342;REFB=-0.00638342;REVB=-0.0183211;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941356;STB=0.572589;STBP=0.343;TYPE=del;VARB=0.00979423;OID=.;OPOS=77522726;OREF=ACTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.41791:28:65:28:67:39:13:15:23:16:99:30:13:15:17:13 chr13 77527764 . T A 400.26 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.000655152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.096;QD=18.6165;RBI=0.0038698;REFB=-0.00536975;REVB=0.00381394;RO=45;SAF=20;SAR=21;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146089;STB=0.581158;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00501718;OID=.;OPOS=77527764;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:21:20:15:30:21:20:15:30 chr13 77738664 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.106;QD=59.8556;RBI=0.023984;REFB=0;REVB=0.0190088;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45236e-05;OID=.;OPOS=77738664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr13 78146301 . C T 1218.31 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.057213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0422;QD=58.7138;RBI=0.0718773;REFB=-0.0361862;REVB=-0.0435089;RO=2;SAF=34;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270364;STB=0.514282;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00507266;OID=.;OPOS=78146301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:81:81:0.975904:47:34:2:0:47:34:2:0 chr13 78192207 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.284;QD=56.7059;RBI=0.0347576;REFB=0;REVB=0.00402293;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016715;OID=.;OPOS=78192207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr13 78216873 . A G,T 937.93 PASS AF=0.953846,0.0461538;AO=62,3;DP=65;FAO=62,3;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=29,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00684052,-0.0139073;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.034,129.349;QD=57.7188;RBI=0.0217358,0.017357;REFB=0,0;REVB=0.0206314,-0.0103852;RO=0;SAF=33,0;SAR=29,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00119098,0.0896981;OID=.,.;OPOS=78216873,78216873;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:65:65:0:0:62,3:62,3:0.953846,0.0461538:29,3:33,0:0:0:29,3:33,0:0:0 chr13 78338016 . A G 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00471655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.9;QD=11.7808;RBI=0.00848315;REFB=-0.0109901;REVB=0.00705111;RO=31;SAF=3;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349676;STB=0.710317;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0137597;OID=.;OPOS=78338016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:13:3:14:17:13:3:14:17 chr13 78475313 . T C 125.04 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0113058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7196;QD=10.6415;RBI=0.0190805;REFB=-0.00565663;REVB=0.0153703;RO=32;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521333;STB=0.531208;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0112291;OID=.;OPOS=78475313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:10:5:12:20:10:5:12:20 chr13 78477674 . A G 1098.48 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.917;QD=60.1908;RBI=0.0415634;REFB=0;REVB=-0.0320628;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.39251e-06;OID=.;OPOS=78477674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:39:33:0:0:40:33:0:0 chr13 79174091 . T A 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0141181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.075;QD=18.9979;RBI=0.0148085;REFB=-0.00267733;REVB=0.0044688;RO=30;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721736;STB=0.540228;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00446684;OID=.;OPOS=79174091;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:17:14:16:14:17:14:16:14 chr13 79188534 . T A 478.08 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00579212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.845;QD=19.7146;RBI=0.0168672;REFB=-0.0149096;REVB=-0.0158415;RO=48;SAF=24;SAR=23;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476308;STB=0.526074;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0124395;OID=.;OPOS=79188534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:50:47:47:0.484536:23:24:22:26:23:24:23:27 chr13 79194750 . TGA T 188.47 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0041475;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.056;QD=14.2244;RBI=0.00504024;REFB=-0.00704414;REVB=0.00286396;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105865;STB=0.591465;STBP=0.313;TYPE=del;VARB=0.010419;OID=.;OPOS=79194751;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415094:21:53:22:53:31:8:14:16:15:99:29:8:13:14:15 chr13 79940811 . T C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.000146579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.094;QD=15.2931;RBI=0.0127163;REFB=0.00233106;REVB=0.0127154;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198782;STB=0.615147;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.0035344;OID=.;OPOS=79940811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:7:2:4:5:7:2 chr13 80910786 . C A 563.08 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.100285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5112;QD=57.7516;RBI=0.100817;REFB=-0.0289997;REVB=0.0103421;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.000214634;OID=.;OPOS=80910786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:24:14:0:0:24:14:1:0 chr13 80910851 . A C 240.29 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0113947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.85;QD=43.6887;RBI=0.0144724;REFB=-0.0859214;REVB=-0.00892252;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535679;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.000251529;OID=.;OPOS=80910851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:0:2:20:20:0.909091:7:13:0:0:7:13:2:0 chr13 80911525 . G A 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00979436;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.338;QD=54.883;RBI=0.0156452;REFB=0.0169657;REVB=0.0122001;RO=1;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254582;STB=0.513508;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.000210673;OID=.;OPOS=80911525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:18:36:0:1:18:36:0:1 chr13 80943632 . G A 107.99 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0209549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.136;QD=13.0897;RBI=0.0242309;REFB=-0.0150703;REVB=-0.0121667;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064306;STB=0.537678;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0289065;OID=.;OPOS=80943632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:8:12:7:6:8:12 chr13 86367009 . C A 874.71 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.488;QD=57.3578;RBI=0.0899125;REFB=0;REVB=0.0896719;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185005;OID=.;OPOS=86367009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:55:61:1:26:29:0:0:31:30:0:0 chr13 86367973 . CTTTTTC CTTTTC,CTTTTCT,TCTTTTC 179.1 PASS AF=1,0,0;AO=9,4,2;DP=16;FAO=17,0,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0,0;FSAR=9,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0583539,-0.151957,-0.0358679;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,2;MLLD=16.6822,4.69549,7.41301;QD=42.1419;RBI=0.1357,0.162601,0.0370499;REFB=0,0,0;REVB=0.122512,-0.0578634,0.00928392;RO=1;SAF=5,2,0;SAR=4,2,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0984833,0.166656,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.00557876,0,0;OID=.,.,.;OPOS=86367974,86367978,86367973;OREF=T,TC,CT;OALT=-,CT,TC;OMAPALT=CTTTTC,CTTTTCT,TCTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:1:0:9,4,2:17,0,0:1,0,0:4,2,2:5,2,0:0:1:9,0,0:8,0,0:0:0 chr13 86369120 . C T 473.37 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330173;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.752;QD=59.1713;RBI=0.00605877;REFB=0;REVB=-0.00508009;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244004;OID=.;OPOS=86369120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr13 88330998 . T C 164.12 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0116913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3841;QD=12.872;RBI=0.0314638;REFB=0.00791507;REVB=0.029211;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392367;STB=0.522798;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.00550295;OID=.;OPOS=88330998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:10:9:14:18:10:9:14:18 chr13 88331241 . T TTGTA 32.61 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00504237;FXX=0.142755;HRUN=2;LEN=4;MLLD=326.495;QD=10.8683;RBI=0.00504321;REFB=-0.0029295;REVB=9.19797e-05;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112423;STB=0.571121;STBP=0.776;TYPE=ins;VARB=0.00494428;OID=.;OPOS=88331242;OREF=-;OALT=TGTA;OMAPALT=TTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:5:13:5:12:7:4:1:5:2:32:7:4:1:5:2 chr13 92345579 . C T 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.929;QD=64.0208;RBI=0.0696015;REFB=0;REVB=-0.0684045;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.78445e-05;OID=.;OPOS=92345579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:46:52:0:0:46:52:0:0 chr13 92712225 . T A 50.53 PASS AF=0.230769;AO=4;DP=33;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.0185249;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.719;QD=5.18275;RBI=0.0204652;REFB=-0.00168757;REVB=0.00869785;RO=24;SAF=2;SAR=2;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246837;STB=0.93385;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0095375;OID=.;OPOS=92712225;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:33:39:24:30:4:9:0.230769:2:2:7:17:1:8:6:24 chr13 95034749 . G A 331.84 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0219628;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4288;QD=23.7026;RBI=0.0257202;REFB=-0.0464121;REVB=0.0133853;RO=23;SAF=14;SAR=19;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931584;STB=0.551151;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0545297;OID=.;OPOS=95034749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:19:14:7:16:19:14:7:16 chr13 95097956 . C T 226.11 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0544579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3533;QD=13.7035;RBI=0.0652584;REFB=-0.0268194;REVB=0.0359582;RO=39;SAF=5;SAR=21;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201171;STB=0.62254;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0397617;OID=.;OPOS=95097956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:39:26:27:0.409091:21:5:13:26:22:5:13:26 chr13 95273447 . G A 409.8 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0235499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4145;QD=20.7495;RBI=0.0315987;REFB=-0.00647096;REVB=-0.0210684;RO=38;SAF=22;SAR=19;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014034;STB=0.507765;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00630657;OID=.;OPOS=95273447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:19:22:21:17:19:22:21:17 chr13 95364046 . C G 437.76 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00406452;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.348;QD=16.6765;RBI=0.0175649;REFB=-0.0263439;REVB=-0.0170881;RO=56;SAF=31;SAR=17;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1966;STB=0.605572;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0318774;OID=.;OPOS=95364046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:56:57:48:48:0.457143:17:31:25:31:17:31:26:31 chr13 95673518 . T C 2373.33 PASS AF=0.993333;AO=148;DP=149;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00241169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.833;QD=63.2887;RBI=0.00323516;REFB=0.0241688;REVB=0.00215639;RO=1;SAF=70;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605886;STB=0.503184;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-3.22641e-05;OID=.;OPOS=95673518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:150:1:1:148:149:0.993333:78:70:0:1:78:71:0:1 chr13 95673938 . TA T,TG 1177.63 PASS AF=0.185185,0.814815;AO=15,65;DP=83;FAO=15,66;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=9,35;FSAR=6,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987477,0.0141728;FXX=0.0121936;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.57,136.611;QD=58.1547;RBI=0.0238866,0.0263856;REFB=0,0;REVB=0.02175,0.022256;RO=0;SAF=9,35;SAR=6,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0180181,-0.000446657;OID=.,.;OPOS=95673939,95673939;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.185185,0.814815:15,65:83:15,66:81:0:9,35:6,31:0:0:77:0:9,35:6,30:0:0 chr13 95714976 . C T 376.83 PASS AF=0.535211;AO=37;DP=70;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00148847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.402;QD=21.2296;RBI=0.00719355;REFB=0.00583989;REVB=-0.00703787;RO=33;SAF=21;SAR=16;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602593;STB=0.539662;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00549886;OID=.;OPOS=95714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:33:33:37:38:0.535211:16:21:21:12:17:21:21:12 chr13 95726541 . A G 259.51 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.00379549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.013;QD=14.2194;RBI=0.00467752;REFB=-0.0183112;REVB=0.00273376;RO=42;SAF=15;SAR=15;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196788;STB=0.616365;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0331197;OID=.;OPOS=95726541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:43:30:30:0.410959:15:15:29:13:15:15:30:13 chr13 95727780 . T C 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0211544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7107;QD=12.276;RBI=0.0433762;REFB=0.00969377;REVB=-0.037868;RO=32;SAF=13;SAR=4;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380894;STB=0.72561;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0214686;OID=.;OPOS=95727780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:4:13:14:18:4:13:14:18 chr13 95858978 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.912;QD=55.6561;RBI=0.027038;REFB=0;REVB=0.013905;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0037e-05;OID=.;OPOS=95858978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:21:6:0:0:21:6:0:0 chr13 95858996 . T C 318.81 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.647;QD=53.1357;RBI=0.033008;REFB=0;REVB=0.0068656;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18131e-05;OID=.;OPOS=95858996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:18:4:0:0:20:4:0:0 chr13 95859035 . C A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0419857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.806;QD=14.6538;RBI=0.0428316;REFB=-0.0165204;REVB=0.00847062;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0166865;OID=.;OPOS=95859035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:7:1:1:7:7:1:1:7 chr13 95861804 . A G 1097.84 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.244;QD=60.1554;RBI=0.0557692;REFB=0;REVB=0.00418428;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183734;OID=.;OPOS=95861804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:47:26:0:0:47:26:0:0 chr13 95862627 . C T 182.98 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0193487;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.63;QD=16.2648;RBI=0.0211872;REFB=-0.00413667;REVB=-0.00863301;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229424;STB=0.621048;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00632081;OID=.;OPOS=95862627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:7:12:10:15:7:12:11:15 chr13 95988412 . T C 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0347314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.098;QD=10.1573;RBI=0.0365831;REFB=-0.000276982;REVB=-0.0114914;RO=31;SAF=3;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374982;STB=0.727874;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.000107146;OID=.;OPOS=95988412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:11:3:16:15:11:3:16:15 chr13 96230279 . T G 417.99 PASS AF=0.575342;AO=40;DP=70;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0319109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7751;QD=22.9036;RBI=0.0392844;REFB=-0.046506;REVB=0.022912;RO=30;SAF=21;SAR=19;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972068;STB=0.554371;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0242702;OID=.;OPOS=96230279;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:30:31:40:42:0.575342:19:21:12:18:19:23:13:18 chr13 96239805 . G A 570.03 PASS AF=0.522523;AO=58;DP=111;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0422957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3866;QD=20.5417;RBI=0.0743095;REFB=0.0048803;REVB=0.061098;RO=52;SAF=30;SAR=28;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972689;STB=0.557601;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00329587;OID=.;OPOS=96239805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:52:53:58:58:0.522523:28:30:21:31:28:30:21:32 chr13 96506664 . A G 409.36 PASS AF=0.380531;AO=37;DP=114;FAO=43;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0263506;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.616;QD=14.4904;RBI=0.0279585;REFB=-0.0221652;REVB=-0.0093447;RO=65;SAF=17;SAR=20;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155246;STB=0.553323;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0300868;OID=.;OPOS=96506664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:65:65:37:43:0.380531:20:17:39:26:21:22:39:26 chr13 96540141 . T C 4443.88 PASS AF=0.964286;AO=293;DP=306;FAO=297;FDP=308;FR=.;FRO=11;FSAF=140;FSAR=157;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00558555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0599;QD=57.7127;RBI=0.0346819;REFB=-0.05046;REVB=0.0342291;RO=11;SAF=139;SAR=154;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0013724;STB=0.500603;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00378334;OID=.;OPOS=96540141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:306:308:11:11:293:297:0.964286:154:139:5:6:157:140:5:6 chr13 96540143 . T C 4788.82 PASS AF=1;AO=302;DP=304;FAO=309;FDP=309;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953967;FXX=0.00643066;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.654;QD=61.9912;RBI=0.0501383;REFB=0.0377565;REVB=0.0492224;RO=1;SAF=146;SAR=156;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00304767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010005;OID=.;OPOS=96540143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:304:309:1:0:302:309:1:156:146:0:1:163:146:0:0 chr13 96540204 . T G 1613.26 PASS AF=0.469274;AO=168;DP=358;FAO=168;FDP=358;FR=.;FRO=190;FSAF=72;FSAR=96;FSRF=87;FSRR=103;FWDB=-0.00304541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.387;QD=18.0253;RBI=0.0199578;REFB=-0.010193;REVB=0.019724;RO=190;SAF=72;SAR=96;SRF=87;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286995;STB=0.515813;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0101919;OID=.;OPOS=96540204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:358:190:190:168:168:0.469274:96:72:87:103:96:72:87:103 chr13 96638636 . A C 277.76 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0129241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.759;QD=11.4538;RBI=0.0130756;REFB=-0.00746486;REVB=0.00198434;RO=64;SAF=16;SAR=17;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541416;STB=0.531309;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.012989;OID=.;OPOS=96638636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:64:64:33:33:0.340206:17:16:28:36:17:16:28:36 chr13 96821982 . G T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000699706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.044;QD=60.9778;RBI=0.01956;REFB=0;REVB=0.0195475;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85627e-05;OID=.;OPOS=96821982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr13 97489457 . G A 356.53 PASS AF=0.553846;AO=35;DP=64;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00917824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.818;QD=21.9402;RBI=0.0130576;REFB=0.0110041;REVB=-0.0092877;RO=29;SAF=14;SAR=21;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117388;STB=0.501319;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.00683821;OID=.;OPOS=97489457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:29:29:35:36:0.553846:21:14:12:17:21:15:12:17 chr13 97639414 . C T 217.4 PASS AF=0.380282;AO=26;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.010711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.448;QD=12.2479;RBI=0.0143683;REFB=-0.00147645;REVB=-0.00957722;RO=44;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534941;STB=0.515563;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00218786;OID=.;OPOS=97639414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:26:27:0.380282:16:10:19:25:16:11:19:25 chr13 98045158 . A G 338.08 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.0118341;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.556;QD=14.8607;RBI=0.011836;REFB=-0.0113202;REVB=-0.000215138;RO=54;SAF=22;SAR=15;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100877;STB=0.556924;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0279683;OID=.;OPOS=98045158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:54:54:37:37:0.406593:15:22:37:17:15:22:37:17 chr13 98829176 . T C 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0412151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.888;QD=56.4866;RBI=0.0428663;REFB=0.021455;REVB=-0.0117828;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509086;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.000431233;OID=.;OPOS=98829176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:27:8:0:0:27:8:0:1 chr13 99088113 . C T 407.31 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0184911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.249;QD=22.9468;RBI=0.0197579;REFB=-0.00932879;REVB=0.00696101;RO=31;SAF=14;SAR=26;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163252;STB=0.589998;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00894784;OID=.;OPOS=99088113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:26:14:17:14:26:14:17:14 chr13 99100547 . T C 1264.72 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.772;QD=61.6937;RBI=0.0027887;REFB=0;REVB=0.00129718;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43455e-06;OID=.;OPOS=99100547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:40:42:0:0:40:42:0:0 chr13 99112680 . C T 137.67 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.018408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3986;QD=39.3346;RBI=0.0527415;REFB=-0.0664892;REVB=-0.0494248;RO=1;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294909;STB=0.666346;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00492135;OID=.;OPOS=99112680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:1:12:0:1:1:12:0:1 chr13 99324248 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.26;QD=37.4885;RBI=0.0573264;REFB=0;REVB=-0.0550896;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00075552;OID=.;OPOS=99324248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr13 99324524 . T C 236.37 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00438863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0332;QD=18.5389;RBI=0.0159476;REFB=0.00348987;REVB=0.0153318;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385395;STB=0.510196;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00286466;OID=.;OPOS=99324524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:26:24:25:0.490196:13:11:13:13:13:12:13:13 chr13 99356611 . CA TG 858.57 PASS AF=0.534591;AO=85;DP=159;FAO=85;FDP=159;FR=.;FRO=74;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.0146252;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.536;QD=21.5993;RBI=0.0249685;REFB=-0.0026344;REVB=-0.0202368;RO=74;SAF=45;SAR=40;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105157;STB=0.557509;STBP=0.13;TYPE=mnp;VARB=0.00187414;OID=.;OPOS=99356611;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:74:74:85:85:0.534591:40:45:30:44:40:45:30:44 chr13 99447005 . T C 1723.82 PASS AF=0.97479;AO=116;DP=119;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0738172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5518;QD=57.9437;RBI=0.0738297;REFB=-0.0981719;REVB=0.00136254;RO=1;SAF=59;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825902;STB=0.512818;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00341833;OID=.;OPOS=99447005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:119:119:1:3:116:116:0.97479:57:59:0:1:57:59:0:3 chr13 99448441 . T A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.285;QD=53.2766;RBI=0.0458377;REFB=0;REVB=0.0418425;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07631e-05;OID=.;OPOS=99448441;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr13 99853119 . T G 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0101326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.013;QD=7.32294;RBI=0.017565;REFB=-0.0221985;REVB=-0.0143478;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249025;STB=0.666221;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0318369;OID=.;OPOS=99853119;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:13:14:6:6:0.3:2:4:11:2:2:4:12:2 chr13 99853443 . T G 170.17 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.075968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5913;QD=45.3779;RBI=0.0809054;REFB=0;REVB=-0.0278306;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00683487;OID=.;OPOS=99853443;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:10:4:0:0:10:5:0:0 chr13 99948097 . A G 955.05 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.863;QD=58.772;RBI=0.021272;REFB=0;REVB=-0.0196131;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83365e-05;OID=.;OPOS=99948097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr13 99948178 . C A 457.47 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.591;QD=57.184;RBI=0.0546001;REFB=0;REVB=0.0278427;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375127;OID=.;OPOS=99948178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:12:18:0:0:13:19:0:0 chr13 100188585 . A T 120.84 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0243886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.933;QD=14.6477;RBI=0.030506;REFB=0.000311514;REVB=-0.0183251;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253154;STB=0.647927;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00070927;OID=.;OPOS=100188585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:10:4:10:9:10:4:10:9 chr13 100436131 . CAT AAC,C 1164.16 PASS AF=0.0379747,0.962025;AO=4,68;DP=73;FAO=3,76;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=3,41;FSAR=0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100847,0.0265591;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=170.338,187.755;QD=58.9447;RBI=0.0101075,0.0266392;REFB=0,0;REVB=-0.00067971,0.00206372;RO=0;SAF=4,35;SAR=0,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0197932,0.00142006;OID=.,.;OPOS=100436131,100436132;OREF=CAT,AT;OALT=AAC,-;OMAPALT=AAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:73:79:0:0:4,68:3,76:0.0379747,0.962025:0,33:4,35:0:0:0,35:3,41:0:0 chr13 100436228 . G C 289.51 PASS AF=0.434211;AO=32;DP=75;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00367815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5175;QD=15.2373;RBI=0.0109684;REFB=-0.02108;REVB=0.0103333;RO=39;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00706737;STB=0.501994;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0325947;OID=.;OPOS=100436228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:43:32:33:0.434211:17:15:18:21:17:16:21:22 chr13 100517189 . CTTTTTCTGTGTGTGTGTGTG CTTTTCTGTGTGTGTGTGTG,CTTTTTCTGTGTGTGTGTG,CTTTTTCTGTGTGTGTGTGTA 282.67 PASS AF=0,0.462963,0.12963;AO=6,14,5;DP=58;FAO=0,25,7;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=0,8,3;FSAR=0,17,4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.306312,-0.0357359,-0.0664874;FXX=0.0689536;HRUN=5,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=7.83531,136.052,100.724;QD=20.9385;RBI=0.317206,0.040246,0.0665813;REFB=-0.127487,-0.0416574,-0.0223523;REVB=-0.0824137,-0.0185118,-0.00353395;RO=14;SAF=2,6,2;SAR=4,8,3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0606052,0.130632,0.139653;STB=0.5,0.500978,0.587392;STBP=1,1,0.632;TYPE=del,del,snp;VARB=0.019597,0.0371701,0.0300495;OID=.,.,.;OPOS=100517190,100517196,100517209;OREF=T,TG,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTTCTGTGTGTGTGTGTG,CTTTTTCTGTGTGTGTGTG,CTTTTTCTGTGTGTGTGTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.462963,0.12963:6,14,5:58:0,25,7:54:22:0,8,3:0,17,4:7:15:99:14:2,6,2:4,8,3:4:10 chr13 100518580 . A G 974.92 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00701611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8462;QD=56.5171;RBI=0.0289457;REFB=-0.0902377;REVB=-0.0280825;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00112098;OID=.;OPOS=100518580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:0:1:67:68:0.985507:30:37:0:0:30:38:1:0 chr13 100537232 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.401;QD=60.031;RBI=0.0445405;REFB=0;REVB=0.0299869;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43384e-05;OID=.;OPOS=100537232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr13 100945533 . G A 1227.48 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.297;QD=61.3742;RBI=0.0297271;REFB=0;REVB=-0.0189364;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99444e-06;OID=.;OPOS=100945533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr13 101287340 . C T 790.59 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433177;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.16;QD=64.5383;RBI=0.0435594;REFB=0;REVB=-0.00458218;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21331e-05;OID=.;OPOS=101287340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:29:18:0:0:31:18:0:0 chr13 101287365 . T C 785.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.167;QD=64.1186;RBI=0.0130838;REFB=0;REVB=-0.0060941;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34204e-05;OID=.;OPOS=101287365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:31:17:0:0:31:18:0:0 chr13 101322622 . G C 606.35 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.533;QD=60.6348;RBI=0.0334707;REFB=0;REVB=0.0333685;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339627;OID=.;OPOS=101322622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:14:25:0:0:14:26:0:0 chr13 101720300 . T G 356.55 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0031462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5061;QD=19.2731;RBI=0.010252;REFB=-0.00779639;REVB=0.00975727;RO=37;SAF=22;SAR=15;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170026;STB=0.594543;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00676577;OID=.;OPOS=101720300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:15:22:15:22:15:22:15:22 chr13 101735211 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0226087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=326.198;QD=15.9168;RBI=0.0238082;REFB=-0.00697764;REVB=0.00746145;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057665;STB=0.533283;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0079046;OID=.;OPOS=101735211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:6:9:7:6:6:9 chr13 101736075 . A G 984.23 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9953;QD=58.7599;RBI=0.13403;REFB=0;REVB=-0.132925;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110595;OID=.;OPOS=101736075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:32:34:0:0:32:35:0:0 chr13 101747984 . G A 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0099594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.82;QD=11.2146;RBI=0.0105256;REFB=-0.00554313;REVB=0.00340569;RO=31;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087863;STB=0.532093;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0125762;OID=.;OPOS=101747984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:33:16:16:0.326531:7:9:15:16:7:9:17:16 chr13 101795317 . A C,T 615.85 PASS AF=0.902439,0.097561;AO=35,4;DP=39;FAO=37,4;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23,3;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019894,0.0136118;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.5269,178.085;QD=60.0829;RBI=0.07302,0.0183546;REFB=0,0;REVB=0.0702578,0.012313;RO=0;SAF=23,3;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00122974,0.151883;OID=.,.;OPOS=101795317,101795317;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:39:41:0:0:35,4:37,4:0.902439,0.097561:12,1:23,3:0:0:14,1:23,3:0:0 chr13 101795422 . A G 902.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.752;QD=58.221;RBI=0.0231861;REFB=0;REVB=-0.00222632;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.60942e-05;OID=.;OPOS=101795422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:25:36:0:0:25:37:0:0 chr13 102220193 . G T 176.68 PASS AF=0.37931;AO=20;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0166177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.809;QD=12.1848;RBI=0.0168373;REFB=-0.0312838;REVB=0.00271026;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100321;STB=0.576856;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0432077;OID=.;OPOS=102220193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:36:20:22:0.37931:12:8:11:24:12:10:12:24 chr13 102366825 . A G 304.07 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.0456377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5937;QD=19.9389;RBI=0.0457973;REFB=-0.00983846;REVB=-0.00382045;RO=29;SAF=29;SAR=3;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165645;STB=0.593284;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00894727;OID=.;OPOS=102366825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:3:29:24:5:3:29:24:5 chr13 102431351 . G C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.831;QD=57.3859;RBI=0.0163066;REFB=0;REVB=0.00362769;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34335e-06;OID=.;OPOS=102431351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr13 103275386 . T C 199.86 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0491897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6283;QD=13.5497;RBI=0.0492554;REFB=-0.0206901;REVB=-0.00254316;RO=34;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221743;STB=0.632718;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0293657;OID=.;OPOS=103275386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:13:11:23:11:13:11:24:11 chr13 103339365 . A G 176.24 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0142135;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.968;QD=11.9482;RBI=0.0142205;REFB=-2.69975e-05;REVB=0.000443998;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165241;STB=0.601179;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000157373;OID=.;OPOS=103339365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:36:37:22:22:0.372881:12:10:11:25:12:10:11:26 chr13 103346806 . C G 406.69 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0380285;FXX=0.0294031;HRUN=6;LEN=1;MLLD=294.557;QD=49.2957;RBI=0.0412632;REFB=-0.215174;REVB=0.0160153;RO=3;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527474;STB=0.528284;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00141587;OID=.;OPOS=103346806;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:33:3:3:30:30:0.909091:25:5:0:3:25:5:0:3 chr13 103384824 . G A,T 699.91 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=41,2;DP=44;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937428,0.00421205;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.987,51.2848;QD=62.2143;RBI=0.0096586,0.0112508;REFB=0,0;REVB=0.00232624,0.0104326;RO=0;SAF=28,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000385422,0.107657;OID=.,.;OPOS=103384824,103384824;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:45:0:0:41,2:43,2:0.955556,0.0444444:13,0:28,2:0:0:14,0:29,2:0:0 chr13 103385015 . A G 1195.07 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00263693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.594;QD=59.7536;RBI=0.0633721;REFB=0;REVB=0.0633172;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333824;OID=.;OPOS=103385015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:80:0:0:72:80:1:26:46:0:0:34:46:0:0 chr13 103385299 . A C 654.29 PASS AF=0.956522;AO=42;DP=45;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00102986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.02;QD=56.8946;RBI=0.00310611;REFB=0.0466328;REVB=0.00293041;RO=2;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062438;STB=0.529398;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00134815;OID=.;OPOS=103385299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:46:2:2:42:44:0.956522:14:28:0:2:16:28:0:2 chr13 103385798 . T C 739.03 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.1619;QD=54.7427;RBI=0.0258728;REFB=-0.12541;REVB=0.0201231;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209328;STB=0.511107;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00155795;OID=.;OPOS=103385798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:31:22:1:0:31:22:1:0 chr13 103386116 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.358;QD=60.9786;RBI=0.0431762;REFB=0;REVB=0.0249096;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179858;OID=.;OPOS=103386116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr13 103386283 . A G,T 2123.63 PASS AF=0.971014,0.0289855;AO=131,5;DP=138;FAO=134,4;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=71,3;FSAR=63,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256847,-0.0103409;FXX=0.00719373;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.396,79.9129;QD=61.5546;RBI=0.029582,0.0414706;REFB=0,0;REVB=0.0294703,-0.0401607;RO=2;SAF=70,3;SAR=61,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.000986352,0.0491618;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000163614,0.0552496;OID=.,.;OPOS=103386283,103386283;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:138:138:2:0:131,5:134,4:0.971014,0.0289855:61,2:70,3:1:1:63,1:71,3:0:0 chr13 103388220 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.576;QD=57.1061;RBI=0.0159435;REFB=0;REVB=0.00600838;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82428e-05;OID=.;OPOS=103388220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr13 103388370 . C T 265.31 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.058847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.363;QD=17.9874;RBI=0.0843321;REFB=-0.0151301;REVB=0.0604063;RO=30;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201103;STB=0.612598;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0156562;OID=.;OPOS=103388370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:18:11:18:12:18:11:18:12 chr13 103391634 . C T 117.21 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.010622;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6684;QD=19.5356;RBI=0.0114163;REFB=-0.0221599;REVB=-0.00418392;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201895;STB=0.615207;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0183296;OID=.;OPOS=103391634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:7:4:8:5:7:4 chr13 103394003 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0100213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.541;QD=18.0514;RBI=0.0103021;REFB=-0.0167523;REVB=0.00238924;RO=8;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260141;STB=0.65085;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.016121;OID=.;OPOS=103394003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:3:7:3:5:3:7:3:5 chr13 103394613 . T G 38.16 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0184263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0334;QD=10.1764;RBI=0.0280386;REFB=-0.0536492;REVB=-0.0211337;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318047;STB=0.695017;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0735213;OID=.;OPOS=103394613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:6:3:4:2:6:3 chr13 103394716 . T C 353.15 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=33;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0109751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.218;QD=21.4028;RBI=0.0681644;REFB=-0.0178399;REVB=0.067275;RO=27;SAF=33;SAR=3;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261843;STB=0.70953;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0142271;OID=.;OPOS=103394716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:30:36:36:0.545455:3:33:21:6:3:33:21:9 chr13 103395819 . C T 1264.73 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.278;QD=61.6944;RBI=0.0190342;REFB=0;REVB=-0.00452043;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88616e-05;OID=.;OPOS=103395819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr13 103396716 . C G 343.21 PASS AF=0.596491;AO=33;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0433058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.886;QD=24.085;RBI=0.0485719;REFB=-0.00747539;REVB=0.0219964;RO=23;SAF=17;SAR=16;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254213;STB=0.631507;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00664356;OID=.;OPOS=103396716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:33:34:0.596491:16:17:4:19:17:17:4:19 chr13 103397583 . C G 424.92 PASS AF=0.458333;AO=41;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0126547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8191;QD=17.7051;RBI=0.0220886;REFB=-0.00151265;REVB=0.0181043;RO=52;SAF=25;SAR=16;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536967;STB=0.531482;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00142193;OID=.;OPOS=103397583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:41:44:0.458333:16:25:29:23:17:27:29:23 chr13 103397937 . T G 170.38 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.00896428;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.379;QD=16.2262;RBI=0.0090298;REFB=-0.0150785;REVB=0.00108582;RO=24;SAF=6;SAR=12;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468028;STB=0.764449;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0120313;OID=.;OPOS=103397937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:24:18:18:0.428571:12:6:20:4:12:6:20:4 chr13 103400083 . G A 357.26 PASS AF=0.447059;AO=36;DP=83;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0189092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0646;QD=16.812;RBI=0.0210226;REFB=-0.00670185;REVB=-0.00918647;RO=47;SAF=13;SAR=23;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133473;STB=0.58551;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00866878;OID=.;OPOS=103400083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:47:47:36:38:0.447059:23:13:23:24:25:13:23:24 chr13 103400729 . G A 160.68 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0398412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.931;QD=18.3636;RBI=0.0481607;REFB=0.0178514;REVB=0.0270579;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370643;STB=0.709445;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00488876;OID=.;OPOS=103400729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:11:6:14:4:11:6:14:4 chr13 103402522 . C T 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.000546985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.137;QD=11.185;RBI=0.0316113;REFB=-0.0103665;REVB=-0.0316066;RO=35;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764449;STB=0.5447;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0242751;OID=.;OPOS=103402522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:9:10:16:19:9:10:16:19 chr13 103410782 . T C 285.38 PASS AF=0.625;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0114313;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.156;QD=28.5381;RBI=0.0472145;REFB=0.00574983;REVB=0.0458098;RO=15;SAF=15;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00179205;OID=.;OPOS=103410782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:15:15:25:25:0.625:10:15:9:6:10:15:9:6 chr13 103410914 . A T 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0220905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.816;QD=15.6536;RBI=0.0264986;REFB=-0.00877512;REVB=-0.0146351;RO=32;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221286;STB=0.512525;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00997571;OID=.;OPOS=103410914;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:10:16:19:13:10:16:19:13 chr13 103420680 . C A 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0151158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.893;QD=18.7118;RBI=0.0319749;REFB=-0.0170359;REVB=0.0281763;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227404;STB=0.629483;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0027498;OID=.;OPOS=103420680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:12:6:11:8:12:6:11:8 chr13 103449202 . T C 608.9 PASS AF=0.496;AO=62;DP=125;FAO=62;FDP=125;FR=.;FRO=63;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.00590025;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.295;QD=19.4849;RBI=0.00590909;REFB=-0.00255813;REVB=-0.00032312;RO=61;SAF=40;SAR=22;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216407;STB=0.505616;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00280493;OID=.;OPOS=103449202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:61:63:62:62:0.496:22:40:38:23:22:40:40:23 chr13 103493825 . C G 419.49 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0145463;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.265;QD=19.7406;RBI=0.0198814;REFB=-0.00185711;REVB=0.0135526;RO=41;SAF=17;SAR=25;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130193;STB=0.554871;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00271524;OID=.;OPOS=103493825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:43:42:42:0.494118:25:17:11:30:25:17:13:30 chr13 103504517 . T C 1324.57 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178387;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.934;QD=62.3326;RBI=0.0181242;REFB=0;REVB=-0.00320445;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.86196e-05;OID=.;OPOS=103504517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chr13 103506686 . C G 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00781744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.658;QD=13.4057;RBI=0.0153762;REFB=0.000494002;REVB=0.0132407;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261806;STB=0.649574;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.000948462;OID=.;OPOS=103506686;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:14:9:22:12:14:9:22:12 chr13 103510736 . C T 105.78 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0574529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.891;QD=11.4352;RBI=0.0623163;REFB=-0.00741926;REVB=-0.0241348;RO=24;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353588;STB=0.520927;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0177349;OID=.;OPOS=103510736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:10:3:5:19:10:3:5:19 chr13 103511301 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.458;QD=62.6711;RBI=0.0270747;REFB=0;REVB=0.00157759;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46308e-05;OID=.;OPOS=103511301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr13 103513951 . A G 235.98 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.025496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5587;QD=19.2633;RBI=0.0257254;REFB=-0.0250633;REVB=0.00342769;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710306;STB=0.548405;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0327025;OID=.;OPOS=103513951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:10:13:16:9:10:13:17:9 chr13 103527849 . G C 590.26 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00730234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.273;QD=56.2151;RBI=0.0412075;REFB=-0.0304309;REVB=0.0405553;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253303;STB=0.502403;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00219916;OID=.;OPOS=103527849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:42:1:2:39:40:0.952381:21:18:1:0:22:18:1:1 chr13 103527930 . G C 667.79 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000863543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.71;QD=58.0686;RBI=0.0496637;REFB=-0.0350717;REVB=0.0496561;RO=2;SAF=20;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044666;STB=0.523799;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00429955;OID=.;OPOS=103527930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:46:2:2:43:44:0.956522:23:20:2:0:24:20:2:0 chr13 103528337 . G A 262.79 PASS AF=0.32;AO=32;DP=100;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0272453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.981;QD=10.5116;RBI=0.0272605;REFB=-0.00183351;REVB=-0.00091164;RO=68;SAF=12;SAR=20;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181481;STB=0.605994;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00356559;OID=.;OPOS=103528337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:68:68:32:32:0.32:20:12:36:32:20:12:36:32 chr13 103705044 . A C 407.21 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0105075;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.598;QD=22.6227;RBI=0.013655;REFB=-0.0433948;REVB=0.00872082;RO=31;SAF=12;SAR=28;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16068;STB=0.58329;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0268947;OID=.;OPOS=103705044;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:32:40:40:0.555556:28:12:15:16:28:12:15:17 chr13 107144320 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.138;QD=64.4153;RBI=0.0214417;REFB=0;REVB=0.0210812;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010965;OID=.;OPOS=107144320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr13 107145463 . G C 2117.9 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616815;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.164;QD=62.7527;RBI=0.0633947;REFB=0;REVB=0.0146384;RO=0;SAF=68;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59916e-05;OID=.;OPOS=107145463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:135:0:0:131:135:1:63:68:0:0:63:72:0:0 chr13 108863591 . G A 408.9 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0289723;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.76;QD=23.0365;RBI=0.0298803;REFB=-0.0109133;REVB=0.00730985;RO=31;SAF=24;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169323;STB=0.593174;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00812781;OID=.;OPOS=108863591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:31:31:40:40:0.56338:16:24:12:19:16:24:12:19 chr13 108885972 . G T 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00434036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.884;QD=13.9118;RBI=0.00904282;REFB=-0.0288768;REVB=-0.00793309;RO=31;SAF=14;SAR=7;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248036;STB=0.514272;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0371359;OID=.;OPOS=108885972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:7:14:20:11:7:14:20:11 chr13 109661359 . C G 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.561;QD=59.4248;RBI=0.0271567;REFB=-0.0712921;REVB=-0.00833463;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253627;STB=0.513507;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000860636;OID=.;OPOS=109661359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:24:18:1:0:24:18:1:0 chr13 109717928 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.289;QD=35.5756;RBI=0.0880589;REFB=0;REVB=0.0799777;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000860263;OID=.;OPOS=109717928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr13 109779906 . C T 311.46 PASS AF=0.447368;AO=31;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0890374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9604;QD=16.3925;RBI=0.172911;REFB=-0.0255903;REVB=-0.148224;RO=30;SAF=19;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424692;STB=0.571717;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0283648;OID=.;OPOS=109779906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:42:31:34:0.447368:12:19:17:13:15:19:18:24 chr13 109793474 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0810635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7405;QD=55.0982;RBI=0.120082;REFB=0;REVB=-0.0885914;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00419987;OID=.;OPOS=109793474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr13 109793720 . A C 1961.15 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0483632;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.268;QD=61.286;RBI=0.050541;REFB=0.0379299;REVB=0.0146761;RO=0;SAF=44;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75811e-08;STB=0.505617;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-2.40609e-05;OID=.;OPOS=109793720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:128:0:1:127:127:0.992188:83:44:0:0:83:44:1:0 chr13 110408608 . C T 1164.03 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.01;QD=60.4689;RBI=0.00896183;REFB=0;REVB=-0.00696163;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163474;OID=.;OPOS=110408608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:42:33:0:0:42:35:0:0 chr13 110435953 . A G 167.37 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0250183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.757;QD=15.2157;RBI=0.0962168;REFB=-0.0135609;REVB=-0.0929072;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414175;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0182842;OID=.;OPOS=110435953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:26:18:18:0.409091:9:9:13:11:9:9:13:13 chr13 110813709 . G A 443.46 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00224664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.433;QD=25.7076;RBI=0.0024454;REFB=-0.024824;REVB=-0.000965721;RO=27;SAF=24;SAR=18;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154986;STB=0.508471;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0127715;OID=.;OPOS=110813709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:18:24:16:11:18:24:16:11 chr13 110819586 . G A 1153.1 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024959;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.799;QD=59.1336;RBI=0.0297504;REFB=-0.0121055;REVB=0.0161906;RO=1;SAF=38;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122906;STB=0.506492;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=4.98247e-05;OID=.;OPOS=110819586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:1:1:76:77:0.987179:38:38:1:0:39:38:1:0 chr13 110827574 . T A 344.52 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0101264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5078;QD=13.5105;RBI=0.0293642;REFB=-0.0040085;REVB=0.0275629;RO=60;SAF=17;SAR=23;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00900653;STB=0.503512;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00907193;OID=.;OPOS=110827574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:62:40:40:0.392157:23:17:26:34:23:17:26:36 chr13 110827580 . C T 366.6 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0226476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.047;QD=14.3763;RBI=0.0409482;REFB=-0.0131328;REVB=-0.0341151;RO=58;SAF=15;SAR=27;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098615;STB=0.547455;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0169919;OID=.;OPOS=110827580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:58:60:42:42:0.411765:27:15:26:32:27:15:26:34 chr13 110833702 . C T 394.54 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=72;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00529514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.841;QD=21.6184;RBI=0.00530679;REFB=-0.0102675;REVB=0.000351472;RO=33;SAF=17;SAR=22;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410472;STB=0.527436;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0131467;OID=.;OPOS=110833702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:33:33:39:40:0.547945:22:17:16:17:23:17:16:17 chr13 110839550 . T G 1438.35 PASS AF=0.989474;AO=89;DP=89;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0474619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6423;QD=60.5623;RBI=0.0520197;REFB=-0.0291898;REVB=0.0212936;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00149567;OID=.;OPOS=110839550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:95:0:1:89:94:0.989474:51:38:0:0:51:43:1:0 chr13 110843985 . T C 689.03 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.233;QD=62.6391;RBI=0.0392959;REFB=0;REVB=0.00421311;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102339;OID=.;OPOS=110843985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr13 110857823 . C T 1087.51 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180632;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.52;QD=58.7844;RBI=0.0207971;REFB=-0.0870152;REVB=0.0103073;RO=1;SAF=22;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918607;STB=0.504853;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.000688149;OID=.;OPOS=110857823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:51:22:0:1:51:22:0:1 chr13 110857895 . A G 888.58 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.83;QD=56.4175;RBI=0.0126312;REFB=-0.115973;REVB=0.00142189;RO=1;SAF=17;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269575;STB=0.514281;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000841461;OID=.;OPOS=110857895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:45:17:1:0:45:17:1:0 chr13 110861785 . C G 180.71 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0110629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.711;QD=9.38743;RBI=0.0328396;REFB=-0.0441252;REVB=-0.0309201;RO=53;SAF=12;SAR=12;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110111;STB=0.506488;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.077468;OID=.;OPOS=110861785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:12:12:26:27:12:12:26:27 chr13 111077197 . G A 2017.77 PASS AF=0.940397;AO=139;DP=154;FAO=142;FDP=151;FR=.;FRO=9;FSAF=71;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0179232;FXX=0.0320492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.71;QD=53.4508;RBI=0.0385035;REFB=-0.198135;REVB=0.0340775;RO=8;SAF=70;SAR=69;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261866;STB=0.516554;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0034611;OID=.;OPOS=111077197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:154:151:8:9:139:142:0.940397:69:70:2:6:71:71:2:7 chr13 111088456 . A T 244.35 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0242828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.525;QD=17.4537;RBI=0.0350748;REFB=-0.00628486;REVB=0.0253098;RO=29;SAF=18;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240726;STB=0.513504;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00814456;OID=.;OPOS=111088456;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:9:18:20:9:9:18:20:9 chr13 111088472 . GTTA G 201.38 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00505873;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=3;MLLD=147.965;QD=13.4252;RBI=0.01057;REFB=-0.0122484;REVB=-0.00928087;RO=31;SAF=20;SAR=9;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130852;STB=0.507338;STBP=0.924;TYPE=del;VARB=0.0125704;OID=.;OPOS=111088473;OREF=TTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483333:29:61:29:60:31:20:9:21:10:99:31:20:9:21:10 chr13 111090909 . T C 194.97 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0389879;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0756;QD=16.2474;RBI=0.0412213;REFB=-0.0105503;REVB=0.0133843;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194119;STB=0.611003;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0160558;OID=.;OPOS=111090909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:11:9:18:10:11:9:18:10 chr13 111090924 . G A 212.89 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0242947;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.542;QD=16.0672;RBI=0.0243179;REFB=1.53878e-05;REVB=-0.00106263;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421909;STB=0.53671;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.000144489;OID=.;OPOS=111090924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:29:24:24:0.45283:14:10:12:14:14:10:14:15 chr13 111091024 . C T 268.53 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0676121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.807;QD=13.9495;RBI=0.068451;REFB=-0.00603976;REVB=-0.0106842;RO=46;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102742;STB=0.558246;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0079748;OID=.;OPOS=111091024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:18:13:15:31:18:13:15:31 chr13 111098226 . C T 364.45 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.009888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.227;QD=23.8981;RBI=0.0208651;REFB=-0.0151611;REVB=-0.0183733;RO=25;SAF=21;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178318;STB=0.509798;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.010141;OID=.;OPOS=111098226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:15:21:14:11:15:21:14:11 chr13 111102042 . G A 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.3;QD=58.7797;RBI=0.0217076;REFB=0;REVB=0.0101052;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81656e-05;OID=.;OPOS=111102042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr13 111102126 . C T 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.445;QD=57.1985;RBI=0.0166462;REFB=0;REVB=-0.00413488;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84809e-05;OID=.;OPOS=111102126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr13 111109618 . G C 216.11 PASS AF=0.525;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0104105;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.305;QD=21.6111;RBI=0.0608928;REFB=-0.0376196;REVB=0.0599963;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018852;STB=0.519981;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0454389;OID=.;OPOS=111109618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:20:21:0.525:12:8:8:11:13:8:8:11 chr13 111134858 . T C 269.28 PASS AF=0.555556;AO=23;DP=43;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0104564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.142;QD=23.9359;RBI=0.0192203;REFB=-0.0185871;REVB=0.0161271;RO=20;SAF=17;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182515;STB=0.563301;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0141059;OID=.;OPOS=111134858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:20:20:23:25:0.555556:6:17:11:9:8:17:11:9 chr13 111154058 . T A 905.76 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163211;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.942;QD=58.4359;RBI=0.0169771;REFB=0;REVB=0.00467364;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07898e-05;OID=.;OPOS=111154058;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr13 111154061 . T C 919.8 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4895;QD=58.3997;RBI=0.0384104;REFB=0;REVB=0.0330098;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04952e-05;OID=.;OPOS=111154061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr13 111155773 . T C,G 1256.88 PASS AF=0.951807,0.0481928;AO=79,4;DP=83;FAO=79,4;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44,2;FSAR=35,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100753,0.00819538;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.113,112.954;QD=60.5727;RBI=0.0132807,0.0093712;REFB=0,0;REVB=-0.00865249,-0.00454479;RO=0;SAF=44,2;SAR=35,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.37809e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000238248,0.0357433;OID=.,.;OPOS=111155773,111155773;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:83:83:0:0:79,4:79,4:0.951807,0.0481928:35,2:44,2:0:0:35,2:44,2:0:0 chr13 111155779 . G A 336.69 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.000554642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.135;QD=17.2662;RBI=0.0121425;REFB=-0.018807;REVB=0.0121299;RO=41;SAF=17;SAR=18;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119131;STB=0.565921;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0189729;OID=.;OPOS=111155779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:42:35:36:0.461538:18:17:25:16:19:17:25:17 chr13 111156499 . C T 1764.09 PASS AF=0.892086;AO=117;DP=132;FAO=124;FDP=139;FR=.;FRO=15;FSAF=73;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0.077807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6567;QD=50.765;RBI=0.0779858;REFB=-0.00789338;REVB=-0.00527822;RO=15;SAF=67;SAR=50;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109126;STB=0.564092;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0204153;OID=.;OPOS=111156499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:132:139:15:15:117:124:0.892086:50:67:1:14:51:73:0:15 chr13 111158874 . A G 754.1 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1597;QD=56.9131;RBI=0.0197864;REFB=0;REVB=0.01485;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122721;OID=.;OPOS=111158874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:18:35:0:0:18:35:0:0 chr13 111164614 . T C 249.99 PASS AF=0.348837;AO=29;DP=84;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0146608;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.996;QD=11.6275;RBI=0.0159043;REFB=-0.0027231;REVB=-0.00616501;RO=53;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189957;STB=0.611037;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00465829;OID=.;OPOS=111164614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:53:56:29:30:0.348837:12:17:22:31:12:18:24:32 chr13 111176393 . A G 248.67 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0200904;FXX=0.0465008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.154;QD=24.2608;RBI=0.0745583;REFB=-0.0167879;REVB=-0.0718006;RO=15;SAF=18;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271119;STB=0.69715;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00661822;OID=.;OPOS=111176393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:15:18:23:23:0.560976:5:18:7:8:5:18:7:11 chr13 111279817 . A G 126.4 PASS AF=0.246753;AO=19;DP=77;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00888682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9263;QD=6.56626;RBI=0.0346129;REFB=0.000347872;REVB=-0.0334526;RO=58;SAF=5;SAR=14;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377461;STB=0.731529;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00232966;OID=.;OPOS=111279817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:58:58:19:19:0.246753:14:5:33:25:14:5:33:25 chr13 111291044 . T C 265.27 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0103121;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.981;QD=15.6039;RBI=0.0104396;REFB=-0.0098447;REVB=0.00162655;RO=38;SAF=4;SAR=26;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347544;STB=0.70044;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.014032;OID=.;OPOS=111291044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:26:4:14:24:26:4:14:24 chr13 111298392 . A G 785.71 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0389955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.321;QD=55.1375;RBI=0.0392499;REFB=0.0191812;REVB=-0.00446172;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-3.79996e-05;OID=.;OPOS=111298392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:0:1:55:56:0.982456:34:21:0:0:35:21:0:1 chr13 111315405 . G A 219.21 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0836834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5448;QD=39.8557;RBI=0.10372;REFB=0.00378114;REVB=0.061277;RO=3;SAF=15;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835987;STB=0.545409;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00152029;OID=.;OPOS=111315405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:4:15:3:0:4:15:3:0 chr13 111319754 . T C 1237.49 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00705869;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.317;QD=58.928;RBI=0.0104033;REFB=-0.00254521;REVB=-0.00764225;RO=2;SAF=45;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205808;STB=0.510867;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=1.04335e-05;OID=.;OPOS=111319754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:37:45:2:0:37:45:2:0 chr13 111340101 . T A 191.72 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.565;QD=47.9308;RBI=0.121292;REFB=0;REVB=0.119452;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207611;OID=.;OPOS=111340101;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:13:16:1:7:6:0:0:10:6:0:0 chr13 111368164 . T G 169.4 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.466;QD=45.1733;RBI=0.0188195;REFB=0;REVB=-0.0130728;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345671;OID=.;OPOS=111368164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:6:9:0:0 chr13 111372392 . T A 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.203;QD=42.1789;RBI=0.071682;REFB=0;REVB=-0.0710745;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000465941;OID=.;OPOS=111372392;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr13 111531878 . T TA 203.14 PASS AF=1;AO=11;DP=72;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0735435;FXX=0.471361;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.92558;QD=21.9615;RBI=0.125298;REFB=0;REVB=-0.101444;RO=59;SAF=6;SAR=5;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00384227;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0142864;OID=.;OPOS=111531879;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:72:37:37:0:34:3:0:0:5:59:6:5:32:27 chr13 111531885 . C A 1120.59 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.753;QD=59.7649;RBI=0.0262807;REFB=0;REVB=0.00645737;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6964e-05;OID=.;OPOS=111531885;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:75:0:0:68:75:1:30:38:0:0:33:42:0:0 chr13 111532288 . G A 397.6 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.00882138;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.321;QD=15.2925;RBI=0.00882575;REFB=-0.014515;REVB=0.000277557;RO=57;SAF=20;SAR=25;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11638;STB=0.574435;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0189325;OID=.;OPOS=111532288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:57:59:45:45:0.432692:25:20:32:25:25:20:34:25 chr13 111563052 . C T 356.03 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00452036;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.299;QD=13.4352;RBI=0.0393625;REFB=-0.0155509;REVB=-0.0391021;RO=63;SAF=25;SAR=17;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110575;STB=0.567633;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0378407;OID=.;OPOS=111563052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:63:64:42:42:0.396226:17:25:31:32:17:25:31:33 chr13 111806245 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0535588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.841;QD=50.4135;RBI=0.0724423;REFB=0;REVB=0.0487784;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.0279e-05;OID=.;OPOS=111806245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr13 111870037 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.238;QD=61.3357;RBI=0.0577249;REFB=0;REVB=0.0333648;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337326;OID=.;OPOS=111870037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr13 111980537 . C T 1589.77 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.149;QD=59.9912;RBI=0.0209763;REFB=0;REVB=0.0111468;RO=0;SAF=60;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09515e-05;OID=.;OPOS=111980537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:46:60:0:0:46:60:0:0 chr13 112722099 . G A 48.25 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=23;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.0105759;FXX=0.0869187;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.858;QD=9.1914;RBI=0.0542263;REFB=-0.00101724;REVB=-0.053185;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354947;STB=0.612637;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00194066;OID=.;OPOS=112722099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:23:21:14:14:9:7:0.333333:3:6:13:1:1:6:13:1 chr13 112725196 . T C 149.45 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00676174;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.894;QD=18.1151;RBI=0.00714632;REFB=0.000723436;REVB=0.00231277;RO=17;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205582;STB=0.618883;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00238342;OID=.;OPOS=112725196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:17:16:16:0.484848:13:3:6:11:13:3:6:11 chr13 112725791 . G A 620.35 PASS AF=0.921569;AO=46;DP=52;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00408559;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0698;QD=48.6552;RBI=0.00412349;REFB=-0.0103423;REVB=0.00055781;RO=5;SAF=29;SAR=17;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337491;STB=0.509533;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0193127;OID=.;OPOS=112725791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:52:51:5:4:46:47:0.921569:17:29:4:1:17:30:3:1 chr13 113052388 . A G 184.63 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00561335;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.343;QD=17.5837;RBI=0.00586739;REFB=-0.00630188;REVB=-0.00170777;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439071;STB=0.507684;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00673819;OID=.;OPOS=113052388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:23:19:19:0.452381:11:8:10:14:11:8:10:13 chr13 113053470 . T A 412.74 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00446209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.331;QD=27.065;RBI=0.00628349;REFB=-0.000343618;REVB=0.00442402;RO=22;SAF=17;SAR=22;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728241;STB=0.539743;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.000169532;OID=.;OPOS=113053470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:22:39:39:0.639344:22:17:12:10:22:17:12:10 chr13 113153217 . C A 358.07 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00911544;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.5;QD=16.6543;RBI=0.010503;REFB=-0.00737707;REVB=0.00521738;RO=47;SAF=18;SAR=20;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364125;STB=0.526302;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0118365;OID=.;OPOS=113153217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:48:38:38:0.44186:20:18:24:23:20:18:25:23 chr13 113153271 . G A 302.13 PASS AF=0.453333;AO=27;DP=68;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0148387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.567;QD=16.1137;RBI=0.0214962;REFB=-0.00508615;REVB=0.0155531;RO=41;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787144;STB=0.514756;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00641416;OID=.;OPOS=113153271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:75:41:41:27:34:0.453333:16:11:17:24:19:15:17:24 chr13 113473629 . G A 152.15 PASS AF=0.350877;AO=19;DP=56;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0308414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3356;QD=10.6769;RBI=0.0375987;REFB=-0.00371783;REVB=0.0215051;RO=37;SAF=16;SAR=3;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482339;STB=0.792777;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00714699;OID=.;OPOS=113473629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:37:37:19:20:0.350877:3:16:17:20:3:17:17:20 chr13 113479820 . A G 1455.82 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150717;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7738;QD=63.2966;RBI=0.0203545;REFB=0;REVB=0.0136803;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143563;OID=.;OPOS=113479820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr13 113508725 . G A 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0127485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.252;QD=18.3355;RBI=0.0214982;REFB=0.00563038;REVB=0.0173103;RO=37;SAF=22;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590307;STB=0.53298;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00367255;OID=.;OPOS=113508725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:13:22:21:16:13:22:21:16 chr13 113508839 . G C 483.31 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7807;QD=58.5826;RBI=0.0476492;REFB=0;REVB=0.0228235;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246641;OID=.;OPOS=113508839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:16:16:0:0:16:17:0:0 chr13 113527967 . G A 164.14 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0127783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4317;QD=12.874;RBI=0.0249988;REFB=0.000846286;REVB=0.0214862;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796189;STB=0.555497;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00176968;OID=.;OPOS=113527967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:32:19:19:0.372549:9:10:14:17:9:10:14:18 chr13 113530199 . G A 258.36 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0105692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.451;QD=13.9654;RBI=0.0267088;REFB=-0.00608283;REVB=0.0245286;RO=43;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290155;STB=0.657978;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.010346;OID=.;OPOS=113530199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:44:30:30:0.405405:11:19:15:28:11:19:16:28 chr13 113534907 . T C 366.08 PASS AF=0.365079;AO=43;DP=123;FAO=46;FDP=126;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.013154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.641;QD=11.6215;RBI=0.0215787;REFB=-0.0140055;REVB=-0.0171059;RO=76;SAF=20;SAR=23;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828492;STB=0.551322;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0298498;OID=.;OPOS=113534907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:76:80:43:46:0.365079:23:20:41:35:25:21:43:37 chr13 113536132 . T C 158.6 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.00301094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.292;QD=17.1454;RBI=0.048541;REFB=-0.0124191;REVB=-0.0484475;RO=20;SAF=3;SAR=14;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370313;STB=0.521251;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0153745;OID=.;OPOS=113536132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:14:3:4:16:14:3:4:16 chr13 113656216 . C T 743.36 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.795;QD=56.1027;RBI=0.00984888;REFB=0;REVB=0.0024403;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349579;OID=.;OPOS=113656216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:20:31:0:0:21:32:0:0 chr13 113720476 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7448;QD=53.2754;RBI=0.0398571;REFB=0;REVB=0.00698163;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000553437;OID=.;OPOS=113720476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr13 113728781 . G A 2045.88 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.385;QD=62.4697;RBI=0.0414615;REFB=0;REVB=0.0245293;RO=0;SAF=70;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26824e-05;OID=.;OPOS=113728781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:61:70:0:0:61:70:0:0 chr13 113747070 . A C 345.87 PASS AF=0.607143;AO=33;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0469002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.07;QD=24.705;RBI=0.052358;REFB=-0.0125642;REVB=-0.023275;RO=22;SAF=23;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123042;STB=0.571385;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0099497;OID=.;OPOS=113747070;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:33:34:0.607143:10:23:12:10:10:24:12:10 chr13 113747124 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000526959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.172;QD=60.2289;RBI=0.0166452;REFB=0;REVB=-0.0166369;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.03104e-05;OID=.;OPOS=113747124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:14:22:0:0:15:22:0:0 chr13 113747135 . T C 573.83 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0583472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1838;QD=60.4026;RBI=0.0613738;REFB=0;REVB=-0.0190353;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000593961;OID=.;OPOS=113747135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:16:22:0:0 chr13 113792754 . T C 385.83 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000808798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.715;QD=48.2288;RBI=0.02318;REFB=-0.0820151;REVB=0.0231659;RO=3;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960411;STB=0.551688;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.000378051;OID=.;OPOS=113792754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:32:32:3:3:29:29:0.90625:13:16:0:3:13:16:0:3 chr13 113801737 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000465703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.283;QD=58.9626;RBI=0.0139648;REFB=0;REVB=0.013957;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46977e-05;OID=.;OPOS=113801737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:35:30:0:0:36:30:0:0 chr13 113812962 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.852;QD=62.0209;RBI=0.12499;REFB=0;REVB=0.123755;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548066;OID=.;OPOS=113812962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr13 113818900 . A G 1510.78 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258905;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3393;QD=59.8328;RBI=0.0260622;REFB=0;REVB=-0.00298683;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127173;OID=.;OPOS=113818900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:100:101:1:48:52:0:0:48:53:0:0 chr13 113965176 . C A 365.25 PASS AF=0.870968;AO=26;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0221075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.043;QD=47.1284;RBI=0.0438622;REFB=-0.215287;REVB=0.0378834;RO=2;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545938;STB=0.503976;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00406975;OID=.;OPOS=113965176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:31:31:2:3:26:27:0.870968:16:10:0:2:17:10:1:2 chr13 114083316 . C T 240.48 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00900709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.107;QD=21.3763;RBI=0.00924624;REFB=-0.0221008;REVB=-0.00208935;RO=22;SAF=16;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183898;STB=0.60368;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0125207;OID=.;OPOS=114083316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:7:16:11:11:7:16:11:11 chr13 114150107 . C T 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.01709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.268;QD=11.9166;RBI=0.0225684;REFB=-0.0160001;REVB=0.0147398;RO=36;SAF=6;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262877;STB=0.646324;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0289379;OID=.;OPOS=114150107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:16:6:18:18:16:6:18:19 chr13 114175038 . G A 232.49 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00626965;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.55;QD=12.3996;RBI=0.0136517;REFB=-0.0114708;REVB=0.0121269;RO=45;SAF=10;SAR=18;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346526;STB=0.684474;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00984045;OID=.;OPOS=114175038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:47:28:28:0.373333:18:10:31:14:18:10:31:16 chr13 114265331 . C T 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0421313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.905;QD=11.3237;RBI=0.0444172;REFB=-0.00502361;REVB=-0.0140658;RO=41;SAF=7;SAR=16;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336918;STB=0.695482;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00513632;OID=.;OPOS=114265331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:16:7:25:16:16:7:25:16 chr13 114303764 . C T 369.49 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0183853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7944;QD=16.9881;RBI=0.0328315;REFB=-0.013426;REVB=-0.027201;RO=46;SAF=13;SAR=26;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189752;STB=0.596723;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0179788;OID=.;OPOS=114303764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:48:39:39:0.448276:26:13:24:22:26:13:24:24 chr13 114309226 . G A 204.04 PASS AF=0.384615;AO=26;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0597881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.182;QD=12.556;RBI=0.0675973;REFB=-0.0324828;REVB=-0.0315401;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1536;STB=0.549466;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.055983;OID=.;OPOS=114309226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:40:26:25:0.384615:13:13:13:24:13:12:16:24 chr13 114312354 . T G 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.202;QD=59.4323;RBI=0.0355521;REFB=0;REVB=0.0126827;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96374e-05;OID=.;OPOS=114312354;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr13 114322289 . A G 723.05 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.185;QD=62.8743;RBI=0.0501341;REFB=0;REVB=0.0501177;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95134e-05;OID=.;OPOS=114322289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:16:29:0:0:17:29:0:0 chr13 114498190 . G A 463.1 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0228363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7803;QD=17.4753;RBI=0.0303161;REFB=-0.0198482;REVB=0.0199392;RO=56;SAF=21;SAR=29;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442482;STB=0.52458;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.021348;OID=.;OPOS=114498190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:56:50:50:0.471698:29:21:21:35:29:21:21:35 chr13 114623880 . G A 727.0 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323442;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.504;QD=57.0193;RBI=0.0356909;REFB=0;REVB=0.0150896;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140354;OID=.;OPOS=114623880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr13 114747187 . G C 391.7 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00773632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6804;QD=50.5422;RBI=0.0106044;REFB=-0.00916066;REVB=-0.00725279;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.522712;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00409419;OID=.;OPOS=114747187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:31:0:2:29:29:0.935484:21:8:0:0:21:8:0:2 chr13 115004914 . C T 43.44 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0075015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.645;QD=6.43609;RBI=0.0150349;REFB=-0.00897698;REVB=-0.0130298;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309661;STB=0.698348;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0153318;OID=.;OPOS=115004914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:26:27:18:20:7:7:0.259259:2:5:8:10:2:5:9:11 chr13 115004935 . T C 44.44 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.051436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6442;QD=7.11061;RBI=0.0755949;REFB=-0.0197495;REVB=-0.0553979;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309661;STB=0.697101;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0583381;OID=.;OPOS=115004935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:2:5:8:10:2:5:8:10 chr13 115012490 . ATTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTC,TATTTTTT 59.42 PASS AF=0.314815,0.037037,0;AO=13,2,2;DP=54;FAO=17,2,0;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9,1,0;FSAR=8,1,0;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00956956,0.170274,-0.0195281;FXX=0;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=8.73253,22.1181,19.098;QD=4.40112;RBI=0.100926,0.209862,0.0415493;REFB=-0.127496,-0.0712406,-0.0666661;REVB=0.100471,0.122674,-0.0366742;RO=28;SAF=6,1,1;SAR=7,1,1;SRF=7;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.251516,0.253882,0.253882;STB=0.586417,0.59369,0.5;STBP=0.412,0.752,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.159998,0.0729029,0;OID=.,.,.;OPOS=115012491,115012497,115012490;OREF=T,T,AT;OALT=-,C,TA;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTC,TATTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:54:54:28:35:13,2,2:17,2,0:0.314815,0.037037,0:7,1,1:6,1,1:7:21:8,1,0:9,1,0:14:21 chr14 19378030 . T A 126.56 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00734799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.873;QD=29.7792;RBI=0.136391;REFB=-0.026172;REVB=0.136193;RO=4;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150928;STB=0.583218;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.011053;OID=.;OPOS=19378030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:3:10:4:0:3:10:4:0 chr14 19553764 . A G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5405;QD=18.885;RBI=0.133095;REFB=-0.0506966;REVB=-0.133095;RO=5;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0231989;OID=.;OPOS=19553764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:8:0:0:5:8:0:0:5 chr14 20181502 . C T 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0178641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.893;QD=13.3673;RBI=0.0418303;REFB=0.00366691;REVB=-0.0378239;RO=31;SAF=14;SAR=4;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141242;STB=0.583234;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00750053;OID=.;OPOS=20181502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:4:14:21:10:4:14:21:10 chr14 20216298 . T C 2066.83 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0136542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0967;QD=61.6966;RBI=0.0453469;REFB=-0.0943324;REVB=0.0432424;RO=1;SAF=72;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655629;STB=0.503448;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000921418;OID=.;OPOS=20216298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:61:72:1:0:61:72:1:0 chr14 20248828 . C T 1059.54 PASS AF=0.597561;AO=97;DP=163;FAO=98;FDP=164;FR=.;FRO=66;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0232562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.289;QD=25.8424;RBI=0.0313237;REFB=-0.0331618;REVB=0.0209839;RO=66;SAF=48;SAR=49;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527581;STB=0.526415;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0213355;OID=.;OPOS=20248828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:66:66:97:98:0.597561:49:48:28:38:50:48:28:38 chr14 20249176 . G A 811.4 PASS AF=0.581395;AO=75;DP=130;FAO=75;FDP=129;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0105103;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.558;QD=25.1596;RBI=0.01101;REFB=-0.00880321;REVB=0.00327948;RO=54;SAF=30;SAR=45;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149136;STB=0.581228;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00604562;OID=.;OPOS=20249176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:54:54:75:75:0.581395:45:30:32:22:45:30:32:22 chr14 20249456 . G A 278.33 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0036492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7271;QD=12.9456;RBI=0.0264539;REFB=-0.022649;REVB=0.026201;RO=53;SAF=17;SAR=16;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265122;STB=0.515142;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0356563;OID=.;OPOS=20249456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:16:17:26:27:16:17:26:27 chr14 20295834 . T C 1338.43 PASS AF=0.619048;AO=117;DP=189;FAO=117;FDP=189;FR=.;FRO=72;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0191861;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.938;QD=28.3266;RBI=0.0207192;REFB=-0.00795571;REVB=0.00782169;RO=72;SAF=53;SAR=64;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333272;STB=0.518003;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00492612;OID=.;OPOS=20295834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:72:72:117:117:0.619048:64:53:36:36:64:53:36:36 chr14 20296278 . G A 269.16 PASS AF=0.258503;AO=38;DP=147;FAO=38;FDP=147;FR=.;FRO=109;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=-0.0174276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0776;QD=7.32408;RBI=0.0191061;REFB=-0.00124007;REVB=0.00783083;RO=109;SAF=17;SAR=21;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822839;STB=0.54924;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0036691;OID=.;OPOS=20296278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:109:109:38:38:0.258503:21:17:56:53:21:17:56:53 chr14 20389606 . G A 275.04 PASS AF=0.305785;AO=37;DP=120;FAO=37;FDP=121;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=65;FWDB=-0.0193607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.703;QD=9.09221;RBI=0.0198767;REFB=-0.00713874;REVB=-0.00449984;RO=83;SAF=16;SAR=21;SRF=19;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259786;STB=0.651752;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0156078;OID=.;OPOS=20389606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:83:84:37:37:0.305785:21:16:19:64:21:16:19:65 chr14 20389721 . G A 68.09 PASS AF=0.2;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0148661;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.077;QD=5.44693;RBI=0.0350242;REFB=-0.00524554;REVB=-0.0317126;RO=41;SAF=8;SAR=2;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424369;STB=0.77254;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0181383;OID=.;OPOS=20389721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:51:50:41:40:10:10:0.2:2:8:19:22:2:8:19:21 chr14 20403909 . T C 281.28 PASS AF=0.274648;AO=39;DP=142;FAO=39;FDP=142;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=72;FWDB=0.0218785;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=196.822;QD=7.92334;RBI=0.0229922;REFB=-0.0029763;REVB=-0.00706932;RO=102;SAF=18;SAR=21;SRF=31;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199238;STB=0.619255;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0112801;OID=.;OPOS=20403909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:102:103:39:39:0.274648:21:18:31:71:21:18:31:72 chr14 20404238 . G A 198.03 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00374652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.894;QD=11.1565;RBI=0.00448861;REFB=-0.000252917;REVB=0.00247209;RO=46;SAF=15;SAR=10;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113026;STB=0.565661;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.000549699;OID=.;OPOS=20404238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:10:15:23:23:10:15:23:23 chr14 20404736 . G A 229.55 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00839137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.613;QD=22.3946;RBI=0.0107894;REFB=-0.021392;REVB=-0.00678198;RO=19;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263574;STB=0.647444;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.019467;OID=.;OPOS=20404736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:14:8:13:6:14:8:13:6 chr14 20404767 . A G 233.67 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0268681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.626;QD=24.5968;RBI=0.0278248;REFB=0.000463752;REVB=0.0072335;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130074;STB=0.50724;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.000129555;OID=.;OPOS=20404767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:10:12:9:7:10:12:9:7 chr14 20443872 . C G 312.3 PASS AF=0.515625;AO=31;DP=62;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0106341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.146;QD=19.519;RBI=0.0112935;REFB=-0.0131647;REVB=-0.00380245;RO=30;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142313;STB=0.514277;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0097166;OID=.;OPOS=20443872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:30:31:31:33:0.515625:15:16:15:15:15:18:16:15 chr14 20443943 . A G 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00750428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.835;QD=20.8117;RBI=0.00760183;REFB=-0.0033519;REVB=0.00121393;RO=23;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115893;STB=0.565161;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00385041;OID=.;OPOS=20443943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:10:13:10:13:10:13:10:13 chr14 20444012 . A T 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0472713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8643;QD=19.7024;RBI=0.0523447;REFB=0.00860989;REVB=-0.0224811;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284482;STB=0.51611;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00745394;OID=.;OPOS=20444012;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:7:9:9:8:7:9 chr14 20444026 . T G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0365175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.28;QD=19.0176;RBI=0.0443152;REFB=-0.0114293;REVB=0.025106;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517022;STB=0.514267;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0166752;OID=.;OPOS=20444026;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:9:6:6:7:9:6:6:8 chr14 20444193 . A C 383.2 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0318038;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2461;QD=14.5979;RBI=0.0321966;REFB=0.0086;REVB=-0.00501431;RO=61;SAF=19;SAR=25;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284379;STB=0.516023;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0191511;OID=.;OPOS=20444193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:61:61:44:44:0.419048:25:19:28:33:25:19:28:33 chr14 20444441 . C A 229.23 PASS AF=0.405797;AO=26;DP=67;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00382764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.46;QD=13.2889;RBI=0.00937432;REFB=-0.0141257;REVB=0.00855728;RO=40;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264382;STB=0.521724;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0170636;OID=.;OPOS=20444441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:40:41:26:28:0.405797:13:13:19:21:14:14:19:22 chr14 20444490 . C T 293.27 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00997265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.126;QD=23.0012;RBI=0.0114832;REFB=-0.00526185;REVB=0.00569292;RO=22;SAF=9;SAR=20;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123939;STB=0.568813;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00410049;OID=.;OPOS=20444490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:20:9:10:12:20:9:10:12 chr14 20444588 . T C 225.92 PASS AF=0.5;AO=23;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.000685861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6581;QD=20.5381;RBI=0.00856818;REFB=-0.00702303;REVB=0.00854069;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892066;STB=0.523686;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00445366;OID=.;OPOS=20444588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:23:22:0.5:13:10:7:14:13:9:8:14 chr14 20444607 . C G 289.84 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0301182;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3743;QD=25.2032;RBI=0.0314333;REFB=-0.0362828;REVB=0.00899705;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00909265;STB=0.505047;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0273167;OID=.;OPOS=20444607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:20:20:26:26:0.565217:14:12:9:11:14:12:9:11 chr14 20470737 . G A 1319.34 PASS AF=0.927083;AO=89;DP=96;FAO=89;FDP=96;FR=.;FRO=7;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0111379;FXX=0.0204061;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.747;QD=54.9727;RBI=0.0426293;REFB=-0.152781;REVB=0.0411485;RO=7;SAF=41;SAR=48;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00445371;STB=0.502356;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00132567;OID=.;OPOS=20470737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:96:96:7:7:89:89:0.927083:48:41:3:4:48:41:3:4 chr14 20470852 . CTTTTTTTTG CTTTTTTTG,CTTTTTTTGT 543.78 PASS AF=1,0;AO=55,4;DP=88;FAO=90,0;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=59,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.238588,0.094624;FXX=0.0217368;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.76462,15.1893;QD=24.1679;RBI=0.252191,0.104105;REFB=0,0;REVB=0.0817049,0.0434066;RO=17;SAF=15,4;SAR=40,0;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.103776,0.671112;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00801291,0;OID=.,.;OPOS=20470853,20470860;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=CTTTTTTTG,CTTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:55,4:88:90,0:90:0:31,0:59,0:0:0:4:17:15,4:40,0:8:9 chr14 20470903 . T C 1476.55 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00427251;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.67;QD=62.1706;RBI=0.008459;REFB=-0.0251377;REVB=-0.00730071;RO=1;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886281;STB=0.504672;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-4.11422e-06;OID=.;OPOS=20470903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:53:41:0:1:53:41:0:1 chr14 20482471 . C T 130.61 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.575;QD=43.5363;RBI=0.0596781;REFB=0;REVB=0.0426309;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538776;OID=.;OPOS=20482471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:4:8:0:0 chr14 20502120 . C T 618.21 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00379011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.476;QD=60.3135;RBI=0.0128859;REFB=0;REVB=-0.0123159;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240441;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.71634e-05;OID=.;OPOS=20502120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:1:0:40:41:1:19:21:0:1:20:21:0:0 chr14 20528359 . G T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5521;QD=53.9093;RBI=0.0361303;REFB=0;REVB=-0.0207499;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129504;OID=.;OPOS=20528359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr14 20586042 . G C 366.87 PASS AF=0.520548;AO=34;DP=69;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0279647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.244;QD=20.1024;RBI=0.0279649;REFB=-0.00743158;REVB=0.000103468;RO=33;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703244;STB=0.549393;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00668924;OID=.;OPOS=20586042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:33:35:34:38:0.520548:15:19:21:12:18:20:22:13 chr14 20586432 . C T 385.54 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00747086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.861;QD=20.8399;RBI=0.0075208;REFB=-0.0255734;REVB=-0.000865235;RO=35;SAF=19;SAR=20;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148917;STB=0.582132;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.020535;OID=.;OPOS=20586432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:20:19:11:24:20:19:11:24 chr14 20665538 . C T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0128307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.731;QD=15.7005;RBI=0.0270619;REFB=-0.00377959;REVB=-0.0238269;RO=19;SAF=12;SAR=3;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888851;STB=0.551651;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0046762;OID=.;OPOS=20665538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:3:12:14:5:3:12:14:5 chr14 20665627 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0151198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.321;QD=16.728;RBI=0.0235414;REFB=-0.0408998;REVB=-0.0180441;RO=19;SAF=12;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240418;STB=0.639157;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0364043;OID=.;OPOS=20665627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:4:12:10:9:4:12:10:9 chr14 20665640 . G A 158.95 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00688594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.048;QD=17.6613;RBI=0.0125533;REFB=0.00271333;REVB=-0.0104962;RO=19;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301802;STB=0.673853;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00721893;OID=.;OPOS=20665640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:4:13:9:10:4:13:9:10 chr14 20665887 . G C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0981;QD=57.0004;RBI=0.0317611;REFB=0;REVB=0.0194596;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477675;OID=.;OPOS=20665887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr14 20692188 . T C 517.83 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0305764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.528;QD=54.5081;RBI=0.0484576;REFB=-0.00535136;REVB=0.0375929;RO=2;SAF=23;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174978;STB=0.509798;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.000345306;OID=.;OPOS=20692188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:35:36:0.947368:12:23:1:1:12:24:1:1 chr14 20692291 . C T 716.78 PASS AF=0.946429;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0486839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.47;QD=51.1985;RBI=0.0487309;REFB=-0.139928;REVB=0.00213983;RO=2;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508426;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00564783;OID=.;OPOS=20692291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:55:56:2:3:52:53:0.946429:26:26:1:1:26:27:2:1 chr14 20692453 . G T 880.93 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7606;QD=57.766;RBI=0.0670845;REFB=0;REVB=-0.0533761;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000955171;OID=.;OPOS=20692453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr14 20692574 . T C 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00673908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.131;QD=54.6368;RBI=0.0520842;REFB=-0.0501957;REVB=0.0516464;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.51219;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000492118;OID=.;OPOS=20692574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:20:31:0:0:20:31:0:1 chr14 20692595 . G C 212.86 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0317176;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2501;QD=14.4312;RBI=0.0430456;REFB=-0.0285273;REVB=-0.0291019;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10926;STB=0.562113;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0432861;OID=.;OPOS=20692595;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:13:12:20:14:13:12:20:14 chr14 20692643 . T C 938.85 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00613654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.713;QD=56.9;RBI=0.0381074;REFB=0.0305053;REVB=0.03761;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.509801;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000235902;OID=.;OPOS=20692643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:0:1:64:65:0.984848:39:25:0:0:40:25:1:0 chr14 20697589 . C T 546.88 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0521416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.149;QD=23.5216;RBI=0.0528653;REFB=-0.0143659;REVB=-0.00871762;RO=41;SAF=28;SAR=23;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500922;STB=0.532121;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0125123;OID=.;OPOS=20697589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:42:51:51:0.548387:23:28:25:16:23:28:26:16 chr14 20698068 . G T 48.84 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0612619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2889;QD=13.9556;RBI=0.117294;REFB=0.0464173;REVB=-0.100025;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260141;STB=0.651795;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0514438;OID=.;OPOS=20698068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:1:6:4:3:1:6 chr14 20698239 . T C 201.2 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.013112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.294;QD=13.8756;RBI=0.0351988;REFB=-0.00198422;REVB=-0.0326654;RO=33;SAF=5;SAR=19;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131584;STB=0.569938;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00362698;OID=.;OPOS=20698239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:34:24:24:0.413793:19:5:10:23:19:5:10:24 chr14 20698298 . T G 235.61 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.0680495;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9023;QD=15.2005;RBI=0.0722784;REFB=-0.00889433;REVB=-0.0243604;RO=35;SAF=8;SAR=19;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844358;STB=0.547585;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0264155;OID=.;OPOS=20698298;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:35:35:27:27:0.435484:19:8:8:27:19:8:8:27 chr14 20757804 . C A 386.53 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202189;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1023;QD=53.3143;RBI=0.0462923;REFB=-0.10827;REVB=0.0416434;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442673;STB=0.523792;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00508766;OID=.;OPOS=20757804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:29:1:1:28:28:0.965517:10:18:0:1:10:18:0:1 chr14 20784718 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0081862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.837;QD=48.7373;RBI=0.00970984;REFB=0;REVB=0.00522179;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.713e-05;OID=.;OPOS=20784718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr14 20811332 . C T 936.42 PASS AF=0.454545;AO=99;DP=219;FAO=100;FDP=220;FR=.;FRO=120;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=58;FSRR=62;FWDB=0.00683347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.068;QD=17.0259;RBI=0.00804775;REFB=-0.000950662;REVB=-0.00425088;RO=120;SAF=59;SAR=40;SRF=58;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1127;STB=0.558844;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00104259;OID=.;OPOS=20811332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:120:120:99:100:0.454545:40:59:58:62:41:59:58:62 chr14 20815013 . C T 262.51 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0428066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.495;QD=47.7295;RBI=0.0519946;REFB=-0.0477519;REVB=0.0295133;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368683;STB=0.518501;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00148216;OID=.;OPOS=20815013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:1:1:20:21:0.954545:8:12:1:0:8:13:1:0 chr14 20824181 . T C 676.81 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.021537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.554;QD=60.1609;RBI=0.0306921;REFB=-0.0917972;REVB=0.0218668;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191734;STB=0.510199;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00139306;OID=.;OPOS=20824181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:20:24:1:0:20:24:1:0 chr14 20825321 . T TTTCAC 483.44 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386211;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=274.202;QD=58.5985;RBI=0.0406483;REFB=0;REVB=0.0126766;RO=2;SAF=12;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716363;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00012249;OID=.;OPOS=20825322;OREF=-;OALT=TTCAC;OMAPALT=TTTCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:35:33:33:0:13:20:0:0:4:2:12:20:2:0 chr14 20825323 . T G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.335;QD=58.5875;RBI=0.0404789;REFB=0;REVB=0.00373808;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202735;OID=.;OPOS=20825323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr14 20837033 . T C 244.61 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0304302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2401;QD=17.4721;RBI=0.0309059;REFB=-0.00915818;REVB=-0.00540178;RO=28;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113757;STB=0.571187;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0140592;OID=.;OPOS=20837033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:29:27:27:0.482143:13:14:18:10:13:14:19:10 chr14 20844383 . C T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.107017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.899;QD=17.4013;RBI=0.108009;REFB=-0.0173936;REVB=0.0146068;RO=13;SAF=1;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402954;STB=0.740259;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0118369;OID=.;OPOS=20844383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:12:1:4:9:12:1:4:9 chr14 20845521 . A C 373.42 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0188382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.969;QD=15.3988;RBI=0.0268741;REFB=-0.0243256;REVB=-0.019166;RO=57;SAF=28;SAR=12;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230271;STB=0.630701;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0271343;OID=.;OPOS=20845521;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:57:40:40:0.412371:12:28:28:29:12:28:28:29 chr14 20846950 . C T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0180173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6737;QD=14.0986;RBI=0.0247458;REFB=0.00468038;REVB=-0.0169626;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148003;STB=0.586817;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00905962;OID=.;OPOS=20846950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:8:10:9:4:8:10 chr14 20849169 . G A 186.73 PASS AF=0.5;AO=20;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.104733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9039;QD=19.6556;RBI=0.104977;REFB=-0.0365046;REVB=-0.00715588;RO=18;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846433;STB=0.585492;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0313393;OID=.;OPOS=20849169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:20:19:0.5:13:7:8:10:13:6:9:10 chr14 20850093 . C T 504.16 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.00319315;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.549;QD=19.771;RBI=0.0369327;REFB=-0.0110544;REVB=0.0367944;RO=50;SAF=38;SAR=14;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554912;STB=0.530714;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0101979;OID=.;OPOS=20850093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:14:38:34:16:14:38:34:16 chr14 20852029 . A G 122.25 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0121208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.864;QD=15.774;RBI=0.0127559;REFB=-0.0216251;REVB=-0.00397469;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743153;STB=0.542797;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0213398;OID=.;OPOS=20852029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:11:6:6:8:11:6 chr14 20852267 . C T 314.14 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00743478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.069;QD=30.6478;RBI=0.00785809;REFB=-0.0467753;REVB=0.00254433;RO=14;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100064;STB=0.50549;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.024046;OID=.;OPOS=20852267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:12:15:8:6:12:15:8:6 chr14 20852817 . G A 275.03 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0536514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5198;QD=22.4513;RBI=0.0536535;REFB=-0.0638344;REVB=-0.00047917;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288276;STB=0.648042;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0358803;OID=.;OPOS=20852817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:25:26:0.530612:11:14:5:18:12:14:5:18 chr14 20854734 . A G 902.6 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.221;QD=58.2319;RBI=0.0130357;REFB=0;REVB=0.00252297;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41309e-05;OID=.;OPOS=20854734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr14 20864049 . A G 303.45 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0468074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1117;QD=22.0693;RBI=0.0506249;REFB=-0.0246783;REVB=0.0192859;RO=24;SAF=13;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645161;STB=0.535691;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0277899;OID=.;OPOS=20864049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:18:13:12:12:18:13:12:12 chr14 20872863 . A G 263.94 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.040366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8833;QD=15.3006;RBI=0.0496543;REFB=-0.0162519;REVB=-0.0289159;RO=39;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191828;STB=0.510851;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0170024;OID=.;OPOS=20872863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:19:11:15:24:19:11:15:24 chr14 20872881 . G T 213.3 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00361496;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.291;QD=15.2355;RBI=0.0156247;REFB=-0.00882573;REVB=0.0152008;RO=33;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169869;STB=0.60598;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.010926;OID=.;OPOS=20872881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:33:31:24:25:0.446429:12:12:11:22:13:12:9:22 chr14 20874411 . T C 136.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0222909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.837;QD=18.2497;RBI=0.0309721;REFB=-0.021665;REVB=0.0215032;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589223;STB=0.533588;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0325178;OID=.;OPOS=20874411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:6:9:8:7:6:9 chr14 20897064 . C T 294.38 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.882;QD=51.1964;RBI=0.041297;REFB=0;REVB=0.00689448;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015149;OID=.;OPOS=20897064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:10:11:0:0:11:12:0:0 chr14 20897676 . T C 216.09 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00403921;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.557;QD=10.2902;RBI=0.00964538;REFB=-0.0169538;REVB=-0.00875889;RO=58;SAF=19;SAR=8;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338663;STB=0.693533;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.028318;OID=.;OPOS=20897676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:58:57:27:27:0.321429:8:19:24:34:8:19:24:33 chr14 20898308 . C T 146.68 PASS AF=0.666667;AO=13;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.000243406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.667;QD=27.9392;RBI=0.00195145;REFB=-0.0553627;REVB=0.00193621;RO=4;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180627;STB=0.562413;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0100444;OID=.;OPOS=20898308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:21:21:4:5:13:14:0.666667:8:5:0:4:8:6:1:4 chr14 20916958 . T C 192.87 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00181208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.755;QD=23.3781;RBI=0.0275755;REFB=-0.0214907;REVB=0.0275159;RO=14;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167309;STB=0.593553;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0209887;OID=.;OPOS=20916958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:8:11:5:9:8:11:5:9 chr14 20920250 . T C 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0182475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.74;QD=15.4096;RBI=0.0198315;REFB=-0.0101967;REVB=-0.00776641;RO=34;SAF=7;SAR=20;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434971;STB=0.524673;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0104428;OID=.;OPOS=20920250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:20:7:10:24:20:7:10:24 chr14 20925851 . TTA T,TAA 40.29 PASS AF=0.212766,0;AO=7,6;DP=54;FAO=10,0;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=4,0;FSAR=6,0;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0028935,0.0263607;FXX=0.0961354;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=15.1704,11.8891;QD=3.42931;RBI=0.0167878,0.0297932;REFB=-0.0240504,-0.0185722;REVB=0.0165366,-0.0138833;RO=30;SAF=3,5;SAR=4,1;SRF=17;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0.368071,0;SSSB=-0.164411,0.359652;STB=0.568826,0.5;STBP=0.67,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0673938,-0.0537898;OID=.,.;OPOS=20925852,20925852;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212766,0:7,6:54:10,0:47:37:4,0:6,0:18:19:40:30:3,5:4,1:17:13 chr14 21024619 . A G 1712.81 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.384;QD=60.6306;RBI=0.0881046;REFB=0;REVB=-0.047087;RO=0;SAF=64;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136163;OID=.;OPOS=21024619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:49:64:0:0:49:64:0:0 chr14 21024786 . A G 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.605;QD=60.5459;RBI=0.0263254;REFB=0;REVB=0.021926;RO=0;SAF=52;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45809e-05;OID=.;OPOS=21024786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:60:52:0:0:60:52:0:0 chr14 21081996 . C T 2034.73 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00606969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.964;QD=60.7382;RBI=0.0399785;REFB=-0.0529166;REVB=0.039515;RO=2;SAF=68;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146195;STB=0.507691;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.000155396;OID=.;OPOS=21081996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:132:132:0.985075:64:68:0:2:64:68:0:2 chr14 21109141 . C T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.439;QD=56.9558;RBI=0.0298659;REFB=0;REVB=0.0201846;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132565;OID=.;OPOS=21109141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr14 21109170 . T A 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00171783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7853;QD=59.321;RBI=0.0019208;REFB=0;REVB=0.000859369;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.37787e-06;OID=.;OPOS=21109170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:25:43:0:0:25:43:0:0 chr14 21149930 . T C 235.67 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=-0.0213047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.01;QD=11.0905;RBI=0.036654;REFB=-0.00751551;REVB=0.0298266;RO=56;SAF=12;SAR=17;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332273;STB=0.690505;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0152846;OID=.;OPOS=21149930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:56:29:29:0.341176:17:12:40:16:17:12:40:16 chr14 21151483 . T G 1245.69 PASS AF=0.456446;AO=127;DP=283;FAO=131;FDP=287;FR=.;FRO=156;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=58;FSRR=98;FWDB=0.0472473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8933;QD=17.3615;RBI=0.0566936;REFB=-0.0266852;REVB=0.0313347;RO=156;SAF=60;SAR=67;SRF=58;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101275;STB=0.559661;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0342125;OID=.;OPOS=21151483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:287:156:156:127:131:0.456446:67:60:58:98:68:63:58:98 chr14 21152167 . G C 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-7.64585e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.894;QD=15.4091;RBI=0.0246987;REFB=-0.0158088;REVB=0.0246986;RO=32;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215465;STB=0.606316;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0171064;OID=.;OPOS=21152167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:34:27:27:0.442623:17:10:19:13:17:10:19:15 chr14 21167797 . T C 303.77 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.016173;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.887;QD=25.3139;RBI=0.0281259;REFB=-0.00876123;REVB=0.0230109;RO=21;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418422;STB=0.523203;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0116088;OID=.;OPOS=21167797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:21:21:27:27:0.5625:13:14:12:9:13:14:12:9 chr14 21168055 . T C 267.57 PASS AF=0.363636;AO=30;DP=86;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00389474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.135;QD=12.1622;RBI=0.0134019;REFB=-0.0196862;REVB=0.0128235;RO=56;SAF=11;SAR=19;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173036;STB=0.571588;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0335493;OID=.;OPOS=21168055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:56:56:30:32:0.363636:19:11:29:27:19:13:29:27 chr14 21168084 . C T 859.65 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0374906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6284;QD=54.5812;RBI=0.0378005;REFB=0.0030904;REVB=-0.00483081;RO=2;SAF=27;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336837;STB=0.517851;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00167907;OID=.;OPOS=21168084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:34:27:2:0:34:27:2:0 chr14 21215923 . G T 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0191568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.829;QD=19.7021;RBI=0.0849948;REFB=0.00175947;REVB=-0.0828078;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079858;STB=0.545399;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00286292;OID=.;OPOS=21215923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:12:5:6:10:12:5:6:10 chr14 21215997 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0217696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.98;QD=15.6256;RBI=0.047494;REFB=-0.00146585;REVB=-0.042211;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235602;STB=0.513579;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00363125;OID=.;OPOS=21215997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:7:10:13:10:7:10:13:10 chr14 21216499 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=37;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.219;QD=62.9821;RBI=0.0189457;REFB=0;REVB=-0.0112328;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124294;OID=.;OPOS=21216499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:37:45:1:26:11:0:0:34:11:0:0 chr14 21238318 . G A 497.73 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.422;QD=56.8832;RBI=0.130246;REFB=-0.0466778;REVB=0.124037;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120299;OID=.;OPOS=21238318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:0:0:34:35:1:15:19:0:0:16:19:0:0 chr14 21250366 . T C 1295.89 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0901;QD=60.2739;RBI=0.0661901;REFB=0;REVB=0.0660234;RO=1;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302605;OID=.;OPOS=21250366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:85:86:1:0:83:86:1:36:47:0:1:39:47:0:0 chr14 21360216 . C G 142.9 PASS AF=0.414634;AO=14;DP=38;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0246908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.872;QD=13.9415;RBI=0.097524;REFB=-0.020872;REVB=0.0943467;RO=23;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468977;STB=0.679569;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0189026;OID=.;OPOS=21360216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:23:24:14:17:0.414634:3:11:8:15:6:11:8:16 chr14 21424365 . A G 364.11 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00584017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.501;QD=15.8307;RBI=0.0198613;REFB=-0.0130874;REVB=0.0189833;RO=53;SAF=11;SAR=28;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26799;STB=0.651859;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0204984;OID=.;OPOS=21424365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:28:11:28:25:28:11:28:25 chr14 21458320 . CCCCG C 538.92 PASS AF=0.461538;AO=77;DP=185;FAO=84;FDP=182;FR=.;FRO=98;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=64;FSRR=34;FWDB=0.0284881;FXX=0.0215042;HRUN=5;LEN=4;MLLD=252.689;QD=11.8444;RBI=0.0287501;REFB=-0.000677094;REVB=-0.00387287;RO=93;SAF=29;SAR=48;SRF=59;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251931;STB=0.644594;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.000649604;OID=.;OPOS=21458321;OREF=CCCG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:77:185:84:182:98:32:52:64:34:99:93:29:48:59:34 chr14 21463050 . G C 286.67 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0212112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.616;QD=13.3335;RBI=0.021218;REFB=0.00158856;REVB=-0.000535968;RO=52;SAF=15;SAR=18;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693938;STB=0.545427;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00254712;OID=.;OPOS=21463050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:53:33:33:0.383721:18:15:27:25:18:15:28:25 chr14 21467913 . T G 266.58 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0116322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.792;QD=13.4975;RBI=0.0155775;REFB=-0.00211374;REVB=0.0103611;RO=48;SAF=17;SAR=14;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294952;STB=0.516834;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00454951;OID=.;OPOS=21467913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:14:17:25:23:14:17:25:23 chr14 21486137 . G C 995.32 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.3629;QD=58.548;RBI=0.0592435;REFB=0;REVB=-0.0528843;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000732013;OID=.;OPOS=21486137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:64:68:1:35:29:0:0:36:32:0:0 chr14 21486671 . A G 275.63 PASS AF=0.43662;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0555166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.76;QD=15.5283;RBI=0.0561488;REFB=-0.0253725;REVB=0.00840182;RO=37;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0008979;STB=0.511229;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0265165;OID=.;OPOS=21486671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:37:40:30:31:0.43662:13:17:21:16:13:18:24:16 chr14 21500455 . T A 608.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.698;QD=60.8507;RBI=0.0311969;REFB=0;REVB=0.0190781;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157548;OID=.;OPOS=21500455;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:25:14:0:0:26:14:0:0 chr14 21511458 . G C 446.38 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9783;QD=57.5972;RBI=0.058758;REFB=0;REVB=-0.0285958;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462322;OID=.;OPOS=21511458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr14 21511497 . C T 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00448832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.344;QD=63.8683;RBI=0.0421733;REFB=0;REVB=-0.0419338;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148295;OID=.;OPOS=21511497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr14 21511789 . G A 640.81 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4305;QD=59.6102;RBI=0.0720313;REFB=-0.160102;REVB=0.071833;RO=1;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267986;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00835048;OID=.;OPOS=21511789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:43:1:0:41:43:1:17:24:0:1:18:25:0:0 chr14 21526079 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351295;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.235;QD=56.7066;RBI=0.0523642;REFB=0;REVB=0.038832;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174289;OID=.;OPOS=21526079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr14 21542753 . G A 255.76 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00706445;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.031;QD=21.7669;RBI=0.00941538;REFB=-0.0206466;REVB=0.00622437;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103053;STB=0.557574;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.014051;OID=.;OPOS=21542753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:23:24:24:0.510638:10:14:16:7:10:14:16:7 chr14 21549893 . G C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0293219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2437;QD=8.24624;RBI=0.0317028;REFB=-0.0136909;REVB=0.012054;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461886;STB=0.782407;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0239624;OID=.;OPOS=21549893;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:11:4:5:2:11:4 chr14 21551058 . G A 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.000112534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.731;QD=16.4438;RBI=0.0136848;REFB=-0.00616104;REVB=0.0136844;RO=27;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184848;STB=0.510578;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00761508;OID=.;OPOS=21551058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:7:13:18:9:7:13:18:9 chr14 21551069 . T C 185.2 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0221067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.049;QD=16.1042;RBI=0.0269038;REFB=-0.0336074;REVB=-0.0153333;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046632;STB=0.526852;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0496877;OID=.;OPOS=21551069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:18:18:0.391304:7:11:17:9:7:11:17:9 chr14 21556963 . A AT 114.2 PASS AF=0.436364;AO=19;DP=57;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.122847;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.8629;QD=8.30508;RBI=0.170812;REFB=-0.027371;REVB=0.118681;RO=34;SAF=11;SAR=8;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439867;STB=0.503814;STBP=0.974;TYPE=ins;VARB=0.0583741;OID=.;OPOS=21556964;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.436364:19:57:24:55:31:13:11:17:14:99:34:11:8:21:13 chr14 21562560 . T C 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.025449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6083;QD=20.8721;RBI=0.0282746;REFB=0.0252056;REVB=-0.0123208;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624822;STB=0.535178;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0227292;OID=.;OPOS=21562560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:9:12:10:10:9:12:10:10 chr14 21570273 . T C 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0359084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.262;QD=17.0333;RBI=0.0359088;REFB=0.0114978;REVB=-0.000169383;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316784;STB=0.679918;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0127731;OID=.;OPOS=21570273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:11:7:16:6:11:7:16:6 chr14 21570614 . A C 545.51 PASS AF=0.617284;AO=49;DP=81;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0039567;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.153;QD=26.9386;RBI=0.00824282;REFB=-0.0141392;REVB=0.00723109;RO=29;SAF=26;SAR=23;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00915961;STB=0.521537;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00865666;OID=.;OPOS=21570614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:29:31:49:50:0.617284:23:26:15:14:23:27:15:16 chr14 21623290 . T C 307.2 PASS AF=0.411765;AO=34;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00364535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.264;QD=14.4565;RBI=0.0259922;REFB=-0.019719;REVB=0.0257353;RO=50;SAF=8;SAR=26;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347431;STB=0.702478;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.028845;OID=.;OPOS=21623290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:34:35:0.411765:26:8:27:23:27:8:27:23 chr14 21623489 . C T 64.41 PASS AF=0.3;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00545943;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.244;QD=8.58857;RBI=0.0226867;REFB=-0.00470075;REVB=-0.0220201;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807426;STB=0.571265;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.010067;OID=.;OPOS=21623489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:30:20:21:9:9:0.3:6:3:8:12:6:3:9:12 chr14 21623836 . G A 222.25 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00384951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5128;QD=14.111;RBI=0.0403768;REFB=-0.0564155;REVB=-0.0401929;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236231;STB=0.53235;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0711092;OID=.;OPOS=21623836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:32:36:26:27:0.428571:14:12:14:18:15:12:14:22 chr14 21770681 . A G 1089.58 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153904;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.777;QD=60.5325;RBI=0.0366849;REFB=0;REVB=-0.0333005;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02355e-05;OID=.;OPOS=21770681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:35:36:0:0:35:37:0:0 chr14 21785790 . G A 582.37 PASS AF=0.975;AO=40;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0121839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8735;QD=58.2369;RBI=0.0191106;REFB=0.149437;REVB=-0.014723;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516121;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.0039537;OID=.;OPOS=21785790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:40:39:0.975:16:24:0:0:15:24:0:1 chr14 21829129 . C G 1249.79 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0379857;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.561;QD=60.2308;RBI=0.0385099;REFB=-0.00721783;REVB=-0.0063325;RO=1;SAF=35;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133364;STB=0.507041;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-8.44201e-05;OID=.;OPOS=21829129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:1:1:81:82:0.987952:46:35:1:0:47:35:1:0 chr14 21831052 . T C 987.93 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.538;QD=58.981;RBI=0.111002;REFB=0;REVB=0.110251;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205719;OID=.;OPOS=21831052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr14 21871653 . C T 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5855;QD=62.9758;RBI=0.0386215;REFB=0;REVB=0.03674;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348679;OID=.;OPOS=21871653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr14 21899631 . C T 373.78 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0456339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.005;QD=14.8032;RBI=0.0456492;REFB=-0.00158636;REVB=0.00118453;RO=59;SAF=26;SAR=16;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00971434;STB=0.505481;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00260296;OID=.;OPOS=21899631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:16:26:36:23:16:26:36:23 chr14 21945415 . A G 259.61 PASS AF=0.32381;AO=34;DP=105;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0012249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9722;QD=9.89004;RBI=0.0192378;REFB=0.00505803;REVB=-0.0191988;RO=70;SAF=19;SAR=15;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018688;STB=0.516119;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0151842;OID=.;OPOS=21945415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:70:71:34:34:0.32381:15:19:38:32:15:19:38:33 chr14 21960816 . T C 352.55 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0185376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.152;QD=21.0479;RBI=0.0214264;REFB=-0.0164589;REVB=-0.0107446;RO=31;SAF=14;SAR=22;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157661;STB=0.500872;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0164882;OID=.;OPOS=21960816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:22:14:12:19:22:14:12:19 chr14 21960916 . A G 487.21 PASS AF=0.522222;AO=46;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0181121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.632;QD=21.6538;RBI=0.018192;REFB=-0.00416514;REVB=-0.00170282;RO=43;SAF=21;SAR=25;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335156;STB=0.523799;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00429537;OID=.;OPOS=21960916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:46:47:0.522222:25:21:18:25:25:22:18:25 chr14 21960969 . G A 196.26 PASS AF=0.342466;AO=23;DP=71;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00152669;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.922;QD=10.7539;RBI=0.0204021;REFB=-0.0117569;REVB=-0.0203449;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539318;STB=0.553196;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0234812;OID=.;OPOS=21960969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:35:48:23:25:0.342466:13:10:17:18:14:11:25:23 chr14 21967438 . G A 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00683969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.032;QD=12.8368;RBI=0.00875897;REFB=-0.00443293;REVB=0.00547158;RO=39;SAF=8;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160348;STB=0.592417;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0066042;OID=.;OPOS=21967438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:17:8:18:21:17:8:18:21 chr14 21967916 . A G 139.39 PASS AF=0.347826;AO=14;DP=44;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.015428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.454;QD=12.1206;RBI=0.0154738;REFB=-0.010622;REVB=0.00119008;RO=28;SAF=10;SAR=4;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047539;STB=0.529376;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0178226;OID=.;OPOS=21967916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:28:30:14:16:0.347826:4:10:19:9:6:10:20:10 chr14 21991626 . C G 64.81 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00371341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.166;QD=9.97139;RBI=0.00383728;REFB=-0.00891729;REVB=0.000967135;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553985;STB=0.512168;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0151729;OID=.;OPOS=21991626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:16:17:9:9:0.346154:7:2:3:13:7:2:4:13 chr14 22038450 . G A 160.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0108013;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7371;QD=17.8419;RBI=0.020912;REFB=0.00236642;REVB=-0.0179065;RO=19;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255601;STB=0.647322;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00865057;OID=.;OPOS=22038450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:19:17:17:0.472222:13:4:9:10:13:4:9:10 chr14 22038525 . G T 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0237951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.93;QD=19.6972;RBI=0.0259179;REFB=-0.0121768;REVB=-0.0102729;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196547;STB=0.511101;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.013459;OID=.;OPOS=22038525;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:12:10:10:11:12:10 chr14 22038659 . T C 359.66 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.713;QD=55.332;RBI=0.120198;REFB=0;REVB=0.117416;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123582;OID=.;OPOS=22038659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:26:0:0:24:26:1:9:15:0:0:11:15:0:0 chr14 22102592 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.951;QD=50.4116;RBI=0.058558;REFB=0;REVB=0.0409585;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10626e-06;OID=.;OPOS=22102592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr14 22102612 . T C 272.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00547669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6662;QD=51.9091;RBI=0.00953289;REFB=0;REVB=0.00780268;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271353;OID=.;OPOS=22102612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr14 22102745 . C A 785.86 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.066;QD=64.1517;RBI=0.0506582;REFB=0;REVB=0.0403908;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196907;OID=.;OPOS=22102745;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:30:18:0:0:31:18:0:0 chr14 22111660 . C T 1480.73 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0404308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.225;QD=57.5039;RBI=0.0467015;REFB=-0.168412;REVB=0.0233748;RO=2;SAF=65;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00575226;STB=0.503816;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000738189;OID=.;OPOS=22111660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:103:2:1:101:102:0.990291:36:65:1:1:37:65:1:0 chr14 22133416 . A G 627.9 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.849;QD=61.2582;RBI=0.0348358;REFB=0;REVB=-0.00917977;RO=0;SAF=6;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77188e-05;OID=.;OPOS=22133416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:33:6:0:0:34:7:0:0 chr14 22133648 . G A 1264.53 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.337;QD=61.6846;RBI=0.0138329;REFB=0;REVB=0.0132493;RO=0;SAF=54;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64479e-05;OID=.;OPOS=22133648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:28:54:0:0:28:54:0:0 chr14 22133997 . A G 903.32 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104182;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.916;QD=57.3535;RBI=0.0212611;REFB=0;REVB=-0.0185336;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000996313;OID=.;OPOS=22133997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:59:63:1:25:34:0:0:25:38:0:0 chr14 22236756 . G C 261.69 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0122251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7143;QD=14.7433;RBI=0.0409284;REFB=-0.0197988;REVB=0.03906;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10896;STB=0.554271;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0259691;OID=.;OPOS=22236756;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:30:30:0.422535:16:14:23:17:16:14:23:18 chr14 22237070 . C T 512.71 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.009764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.715;QD=20.3052;RBI=0.0119302;REFB=-0.0272727;REVB=-0.00685528;RO=49;SAF=32;SAR=20;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148484;STB=0.582011;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0277597;OID=.;OPOS=22237070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:20:32:22:27:20:32:22:27 chr14 22237127 . C T 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115176;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.825;QD=63.3368;RBI=0.0155124;REFB=0;REVB=0.0103914;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95113e-05;OID=.;OPOS=22237127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chr14 22294079 . T G 268.23 PASS AF=0.454545;AO=29;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00937257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.302;QD=16.2565;RBI=0.0121485;REFB=-0.0016339;REVB=-0.00772917;RO=33;SAF=3;SAR=26;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.620218;STB=0.861429;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00444291;OID=.;OPOS=22294079;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:36:29:30:0.454545:26:3:22:11:27:3:24:12 chr14 22314985 . T C 1212.84 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0475636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.734;QD=59.8935;RBI=0.0477308;REFB=-0.106947;REVB=0.00399164;RO=1;SAF=44;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106396;STB=0.505617;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000677314;OID=.;OPOS=22314985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:36:44:1:0:36:44:1:0 chr14 22315212 . A G 1971.65 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.959;QD=62.0993;RBI=0.0538815;REFB=0;REVB=0.0204699;RO=0;SAF=60;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76659e-05;OID=.;OPOS=22315212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:127:0:0:124:127:1:64:60:0:0:65:62:0:0 chr14 22315296 . C T 471.57 PASS AF=0.444444;AO=50;DP=116;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00737455;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4377;QD=16.1222;RBI=0.00954115;REFB=-0.0138656;REVB=-0.0060539;RO=65;SAF=16;SAR=34;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199232;STB=0.593392;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0152998;OID=.;OPOS=22315296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:65:65:50:52:0.444444:34:16:33:32:34:18:33:32 chr14 22320728 . T C 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.000173844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.645;QD=21.5951;RBI=0.0138934;REFB=-0.0125982;REVB=-0.0138923;RO=32;SAF=27;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110957;STB=0.561491;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00940058;OID=.;OPOS=22320728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:11:27:19:13:11:27:19:13 chr14 22321124 . T C 200.84 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00993768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.759;QD=13.8511;RBI=0.0112987;REFB=-0.00379848;REVB=-0.00537619;RO=33;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129812;STB=0.580581;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00719729;OID=.;OPOS=22321124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:34:24:24:0.413793:13:11:11:22:13:11:11:23 chr14 22322690 . G A 317.4 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.014755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5245;QD=16.071;RBI=0.0253988;REFB=0.000784064;REVB=-0.0206733;RO=44;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711466;STB=0.539963;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.000623061;OID=.;OPOS=22322690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:19:16:17:27:19:16:17:27 chr14 22337393 . G A 367.6 PASS AF=0.43956;AO=35;DP=86;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0525603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9237;QD=16.1581;RBI=0.0726757;REFB=-0.0115621;REVB=-0.0501914;RO=51;SAF=15;SAR=20;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819712;STB=0.569018;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0183262;OID=.;OPOS=22337393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:91:51:51:35:40:0.43956:20:15:18:33:21:19:18:33 chr14 22356491 . G T 371.33 PASS AF=0.449438;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00652912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8519;QD=16.6889;RBI=0.0223781;REFB=-0.0139321;REVB=0.0214045;RO=44;SAF=28;SAR=11;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665083;STB=0.567054;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0205147;OID=.;OPOS=22356491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:44:49:39:40:0.449438:11:28:29:15:12:28:29:20 chr14 22356551 . T C 298.3 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0183681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3917;QD=13.5591;RBI=0.044357;REFB=0.000449073;REVB=0.0403752;RO=54;SAF=23;SAR=11;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119237;STB=0.568273;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00058003;OID=.;OPOS=22356551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:34:34:0.386364:11:23:31:23:11:23:31:23 chr14 22362971 . A G 450.17 PASS AF=0.385185;AO=52;DP=136;FAO=52;FDP=135;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.00972367;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1569;QD=13.3385;RBI=0.018913;REFB=-0.00900901;REVB=-0.016222;RO=83;SAF=30;SAR=22;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906332;STB=0.544024;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0289203;OID=.;OPOS=22362971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:83:83:52:52:0.385185:22:30:41:42:22:30:42:41 chr14 22386484 . A G 729.29 PASS AF=0.487342;AO=76;DP=158;FAO=77;FDP=158;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00207572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.524;QD=18.4631;RBI=0.0105099;REFB=-0.00844186;REVB=-0.0103029;RO=81;SAF=30;SAR=46;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117555;STB=0.567387;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0131951;OID=.;OPOS=22386484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:81:81:76:77:0.487342:46:30:42:39:47:30:42:39 chr14 22386489 . T A 701.01 PASS AF=0.477419;AO=74;DP=155;FAO=74;FDP=155;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.0350981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.432;QD=18.0906;RBI=0.0408624;REFB=-0.0131005;REVB=0.0209251;RO=81;SAF=28;SAR=46;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146873;STB=0.581323;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0143631;OID=.;OPOS=22386489;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:81:81:74:74:0.477419:46:28:43:38:46:28:43:38 chr14 22386659 . G A 173.89 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0151292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1483;QD=11.5929;RBI=0.0231356;REFB=-0.0143633;REVB=0.0175032;RO=37;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242157;STB=0.521453;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0312287;OID=.;OPOS=22386659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:37:38:22:22:0.366667:12:10:16:21:12:10:16:22 chr14 22392304 . G A 185.52 PASS AF=0.383333;AO=22;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00199571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2409;QD=12.3682;RBI=0.020355;REFB=0.00908483;REVB=0.020257;RO=37;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114017;STB=0.576403;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0255016;OID=.;OPOS=22392304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:37:37:22:23:0.383333:9:13:18:19:9:14:18:19 chr14 22392366 . C T 324.29 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00533711;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.874;QD=16.6301;RBI=0.0199483;REFB=-0.00563194;REVB=-0.0192211;RO=40;SAF=21;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969044;STB=0.562464;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00615765;OID=.;OPOS=22392366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:43:35:35:0.448718:14:21:20:20:14:21:21:22 chr14 22392626 . A C 275.1 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0124173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0833;QD=13.1002;RBI=0.0163237;REFB=0.00654463;REVB=0.010596;RO=52;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208031;STB=0.511897;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.010691;OID=.;OPOS=22392626;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:16:16:25:27:16:16:25:27 chr14 22392703 . G C 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0109849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.268;QD=12.5628;RBI=0.0111322;REFB=-0.0136782;REVB=-0.00180512;RO=35;SAF=16;SAR=6;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302673;STB=0.675509;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0209866;OID=.;OPOS=22392703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:6:16:16:19:6:16:16:19 chr14 22409571 . A G 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00891778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.722;QD=24.4929;RBI=0.0142555;REFB=0.000165787;REVB=0.0111218;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141818;STB=0.578873;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-8.44313e-05;OID=.;OPOS=22409571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:10:11:5:10:10:11:5:10 chr14 22509188 . T C 657.43 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00885823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9759;QD=59.7667;RBI=0.0218724;REFB=-0.00928986;REVB=-0.0199983;RO=1;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170712;STB=0.509087;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000433602;OID=.;OPOS=22509188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:27:15:0:1:27:16:0:1 chr14 22521051 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00992573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.867;QD=62.3509;RBI=0.0136691;REFB=0;REVB=-0.00939805;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.20889e-05;OID=.;OPOS=22521051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr14 22538988 . G C 238.74 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0218887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.296;QD=14.0435;RBI=0.0416;REFB=-0.0117274;REVB=-0.0353757;RO=40;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258221;STB=0.514695;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.01991;OID=.;OPOS=22538988;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:14:14:19:21:14:14:19:21 chr14 22555013 . T C 379.24 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0167754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5125;QD=19.2018;RBI=0.0285372;REFB=-0.0011582;REVB=0.0230859;RO=39;SAF=25;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143296;STB=0.586809;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00137857;OID=.;OPOS=22555013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:40:39:39:0.493671:14:25:19:20:14:25:19:21 chr14 22591988 . C A 676.84 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0201985;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=199.905;QD=51.082;RBI=0.0216465;REFB=-0.0882905;REVB=-0.00778414;RO=3;SAF=25;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177307;STB=0.50037;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00041128;OID=.;OPOS=22591988;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:3:2:50:51:0.962264:25:25:2:1:25:26:1:1 chr14 22600863 . G A 1107.79 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00227456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.124;QD=59.8807;RBI=0.0124173;REFB=0;REVB=-0.0122072;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.11635e-06;OID=.;OPOS=22600863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:28:44:0:0:29:45:0:0 chr14 22616547 . A G 304.16 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0207007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.473;QD=17.3808;RBI=0.0304846;REFB=-0.01713;REVB=-0.0223784;RO=35;SAF=25;SAR=8;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307122;STB=0.675562;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0202846;OID=.;OPOS=22616547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:35:37:33:33:0.471429:8:25:16:19:8:25:17:20 chr14 22631678 . C T 221.13 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0153939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.031;QD=15.2505;RBI=0.0181091;REFB=-0.0041963;REVB=0.00953765;RO=31;SAF=20;SAR=5;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236069;STB=0.599917;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00629592;OID=.;OPOS=22631678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:31:32:25:26:0.448276:5:20:19:12:6:20:20:12 chr14 22636784 . A C 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00399447;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=216.647;QD=12.0831;RBI=0.020088;REFB=-0.00559078;REVB=0.0196869;RO=35;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102458;STB=0.559266;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0108595;OID=.;OPOS=22636784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:11:10:20:15:11:10:20:15 chr14 22636874 . C T 74.12 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0813868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4428;QD=13.4756;RBI=0.0815984;REFB=-0.0522114;REVB=0.00587339;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119999;STB=0.555443;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0637801;OID=.;OPOS=22636874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:21:22:11:12:9:10:0.454545:6:3:5:6:6:4:6:6 chr14 22670458 . C T 427.46 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0484096;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.722;QD=19.2117;RBI=0.04853;REFB=-1.56598e-06;REVB=0.00341629;RO=47;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806465;STB=0.539648;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.000649099;OID=.;OPOS=22670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:47:46:43:43:0.483146:21:22:20:27:21:22:20:26 chr14 22670975 . G A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0627573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5943;QD=7.83701;RBI=0.0988756;REFB=-0.011354;REVB=-0.0764061;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296486;STB=0.679574;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0141819;OID=.;OPOS=22670975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:13:3:3:4:13:3 chr14 22690209 . A C 303.44 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0131498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4925;QD=17.3394;RBI=0.0157897;REFB=-0.000310388;REVB=0.00874055;RO=37;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239919;STB=0.513435;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000605127;OID=.;OPOS=22690209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:17:16:17:20:17:16:17:20 chr14 22695084 . C T 148.79 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0167088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0943;QD=18.5983;RBI=0.0685469;REFB=-0.00129826;REVB=0.0664793;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413581;STB=0.708714;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00470577;OID=.;OPOS=22695084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:16:15:16:0.5:5:10:3:13:6:10:3:13 chr14 22739862 . A T 276.98 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0520518;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2841;QD=20.517;RBI=0.0610472;REFB=0.00775128;REVB=-0.0318963;RO=23;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222293;STB=0.639005;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00867989;OID=.;OPOS=22739862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:25:29:29:0.537037:17:12:16:7:17:12:18:7 chr14 22740245 . A G 280.9 PASS AF=0.484375;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0260536;FXX=0.0447694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.33;QD=17.5561;RBI=0.0267346;REFB=-0.0294833;REVB=-0.00599575;RO=31;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168549;STB=0.502584;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0234212;OID=.;OPOS=22740245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:64:31:33:30:31:0.484375:13:17:17:14:13:18:19:14 chr14 22740270 . G A 331.83 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00403505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.312;QD=18.9617;RBI=0.0059017;REFB=-0.00802545;REVB=0.00430678;RO=35;SAF=20;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519083;STB=0.528909;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00836952;OID=.;OPOS=22740270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:15:20:18:17:15:20:18:17 chr14 22887459 . CG C 740.29 PASS AF=1;AO=63;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0894593;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.9184;QD=41.7062;RBI=0.114971;REFB=0;REVB=0.0722173;RO=4;SAF=28;SAR=35;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.492754;SSSB=-0.00632464;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00329227;OID=.;OPOS=22887460;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:71:71:71:0:32:39:0:0:13:4:28:35:2:2 chr14 22891883 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.597;QD=61.3362;RBI=0.0342316;REFB=0;REVB=0.0101821;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409141;OID=.;OPOS=22891883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr14 22942890 . G T 1862.57 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178969;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.709;QD=61.5726;RBI=0.0443531;REFB=0;REVB=0.0443169;RO=0;SAF=53;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32936e-05;OID=.;OPOS=22942890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:68:53:0:0:68:53:0:0 chr14 22947903 . C T 876.31 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.108;QD=57.4626;RBI=0.0196522;REFB=0;REVB=-0.0157351;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000845872;OID=.;OPOS=22947903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:35:25:0:0:35:26:0:0 chr14 22964880 . A C 470.54 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1788;QD=57.0352;RBI=0.157764;REFB=0;REVB=0.0170266;RO=1;SAF=11;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405505;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219646;OID=.;OPOS=22964880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:1:0:32:33:1:21:11:1:0:21:12:0:0 chr14 22972783 . AC A 1189.9 PASS AF=1;AO=100;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.3552;QD=45.7653;RBI=0.147953;REFB=0;REVB=-0.143312;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00113878;OID=.;OPOS=22972784;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:100:104:104:104:0:51:53:0:0:21:0:50:50:0:0 chr14 22978335 . C T 1862.7 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171928;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.672;QD=61.5768;RBI=0.0241352;REFB=0;REVB=0.0169386;RO=0;SAF=62;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14067e-05;OID=.;OPOS=22978335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:59:62:0:0:59:62:0:0 chr14 22984586 . A C 1422.41 PASS AF=0.981308;AO=82;DP=106;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0151191;FXX=0.0183469;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.555;QD=53.1741;RBI=0.0309199;REFB=-0.0125698;REVB=0.0269714;RO=0;SAF=55;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500626;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000719744;OID=.;OPOS=22984586;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:106:107:0:2:82:105:0.981308:27:55:0:0:49:56:1:1 chr14 22988972 . G C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00940937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.432;QD=59.1432;RBI=0.0119035;REFB=0;REVB=0.00729094;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05647e-06;OID=.;OPOS=22988972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr14 22993278 . A AG 537.18 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.7334;QD=42.9743;RBI=0.00772232;REFB=0;REVB=-0.000331349;RO=2;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046957;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00099066;OID=.;OPOS=22993279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:49:50:50:0:28:22:0:0:10:2:28:19:0:2 chr14 22997524 . A G 1696.86 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8871;QD=59.5391;RBI=0.0267354;REFB=-0.102126;REVB=0.00663755;RO=2;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01861;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331735;OID=.;OPOS=22997524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:114:114:2:0:112:114:1:50:62:0:2:52:62:0:0 chr14 22998590 . AG A 832.29 PASS AF=1;AO=68;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.0943;QD=46.8895;RBI=0.0645021;REFB=0;REVB=0.0616731;RO=1;SAF=33;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141074;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000866547;OID=.;OPOS=22998591;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:71:71:71:0:36:35:0:0:15:1:33:35:1:0 chr14 22998619 . ACCCA ACCA,ACCAC 845.31 PASS AF=0.969231,0.0153846;AO=60,3;DP=65;FAO=63,1;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=36,1;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.07153,-0.117476;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=24.1486,5.67829;QD=52.0191;RBI=0.0720454,0.1175;REFB=0.00640501,-0.0662743;REVB=-0.00860264,-0.00240013;RO=1;SAF=34,3;SAR=26,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0178047,0.727144;STB=0.509088,0.989913;STBP=0.305,0.496;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00198486,0.0217601;OID=.,.;OPOS=22998620,22998622;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=ACCA,ACCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.969231,0.0153846:60,3:65:63,1:65:1:36,1:27,0:0:1:3:1:34,3:26,0:0:1 chr14 23000062 . T C 563.77 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0560417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.028;QD=57.823;RBI=0.0568393;REFB=-0.0575498;REVB=0.00948872;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253062;STB=0.513506;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000896535;OID=.;OPOS=23000062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:1:1:37:38:0.974359:19:18:1:0:20:18:1:0 chr14 23025932 . A T 2555.88 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.825;QD=61.5875;RBI=0.0482498;REFB=0;REVB=0.0168646;RO=0;SAF=68;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77349e-05;OID=.;OPOS=23025932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:0:0:164:166:1:96:68:0:0:98:68:0:0 chr14 23044002 . G T 367.74 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0126316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.832;QD=21.9548;RBI=0.0288736;REFB=-0.00333349;REVB=-0.0259639;RO=30;SAF=24;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20593;STB=0.613799;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00164859;OID=.;OPOS=23044002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:13:24:12:18:13:24:12:18 chr14 23044134 . C T 55.93 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.000344039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.038;QD=3.6086;RBI=0.0136832;REFB=-0.00182347;REVB=-0.0136789;RO=50;SAF=9;SAR=1;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.667189;STB=0.929451;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.031098;OID=.;OPOS=23044134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:60:62:50:52:10:10:0.16129:1:9:15:35:1:9:16:36 chr14 23072578 . G A 300.27 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00284568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.933;QD=16.4529;RBI=0.013822;REFB=-0.0235268;REVB=-0.0135259;RO=39;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365568;STB=0.514374;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0219895;OID=.;OPOS=23072578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:40:33:33:0.452055:19:14:18:21:19:14:18:22 chr14 23081223 . T C 362.42 PASS AF=0.506667;AO=34;DP=70;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00631711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7159;QD=19.3288;RBI=0.00831917;REFB=-0.0177774;REVB=0.0054132;RO=33;SAF=11;SAR=23;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231101;STB=0.614544;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0376349;OID=.;OPOS=23081223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:75:33:37:34:38:0.506667:23:11:19:14:25:13:21:16 chr14 23235808 . G A 896.47 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.148;QD=57.8368;RBI=0.0206354;REFB=0;REVB=-0.00297555;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310838;OID=.;OPOS=23235808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:26:35:0:0:26:36:0:0 chr14 23236524 . C T 1183.58 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0305262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.736;QD=59.1791;RBI=0.0309381;REFB=-0.0747799;REVB=0.00503176;RO=1;SAF=56;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00837884;STB=0.504424;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000139237;OID=.;OPOS=23236524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:1:1:78:79:0.9875:22:56:1:0:23:56:1:0 chr14 23242828 . T C,G 613.16 PASS AF=0.97561,0.0243902;AO=38,2;DP=40;FAO=40,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00813624,-0.139306;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=50.7884,7.21172;QD=59.8204;RBI=0.00822033,0.139306;REFB=0,0;REVB=0.00117275,-8.14783e-05;RO=0;SAF=17,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.53998e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0016625,0.0403302;OID=.,.;OPOS=23242828,23242828;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:40:41:0:0:38,2:40,1:0.97561,0.0243902:21,0:17,2:0:0:22,0:18,1:0:0 chr14 23248112 . A G 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0412907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5906;QD=12.2163;RBI=0.0413944;REFB=-0.0144301;REVB=-0.00292857;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827523;STB=0.553326;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0446636;OID=.;OPOS=23248112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:27:15:15:0.357143:9:6:11:12:9:6:13:14 chr14 23282110 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00144818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.268;QD=15.5714;RBI=0.0154819;REFB=-0.00959405;REVB=0.015414;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521586;STB=0.804309;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0112385;OID=.;OPOS=23282110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:2:9:3:9:2:9:3:9 chr14 23282449 . C T 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00228252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.924;QD=13.3677;RBI=0.0183855;REFB=-0.0266637;REVB=0.0182433;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276363;STB=0.516111;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0351223;OID=.;OPOS=23282449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:8:10:18:13:8:10:18:13 chr14 23299286 . T C 659.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.942;QD=61.3181;RBI=0.0239107;REFB=0;REVB=0.0039017;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.45112e-05;OID=.;OPOS=23299286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:28:15:0:0 chr14 23303641 . A C 915.76 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285531;FXX=0.0147037;HRUN=5;LEN=1;MLLD=186.407;QD=54.672;RBI=0.0365453;REFB=-0.0534898;REVB=0.0228097;RO=1;SAF=34;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136847;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404887;OID=.;OPOS=23303641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:67:1:0:62:67:1:28:34:1:0:29:38:0:0 chr14 23306048 . C T 347.75 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00414266;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=301.448;QD=51.5183;RBI=0.0141277;REFB=-0.0682757;REVB=0.0135067;RO=1;SAF=2;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189727;STB=0.510196;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000165283;OID=.;OPOS=23306048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:24:2:0:1:24:2:0:1 chr14 23312923 . T C 90.38 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00899975;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7859;QD=7.69212;RBI=0.0362873;REFB=-0.00730542;REVB=-0.0351536;RO=33;SAF=7;SAR=5;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092208;STB=0.512799;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0285774;OID=.;OPOS=23312923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:33:35:12:12:0.255319:5:7:19:14:5:7:21:14 chr14 23321900 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.669;QD=52.6132;RBI=0.0131539;REFB=0;REVB=-0.00734653;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49047e-05;OID=.;OPOS=23321900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr14 23371055 . G C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00841432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.243;QD=12.3285;RBI=0.018891;REFB=-0.00700569;REVB=0.0169136;RO=17;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852384;STB=0.550922;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0140443;OID=.;OPOS=23371055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:2:9:13:4:2:9:13:4 chr14 23374100 . A G 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00839748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.687;QD=16.5274;RBI=0.00854215;REFB=-0.00597126;REVB=0.00156546;RO=29;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19726;STB=0.611801;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00778139;OID=.;OPOS=23374100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:17:8:15:14:17:8:15:14 chr14 23374435 . G A 1160.47 PASS AF=1;AO=62;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160311;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.126;QD=61.0776;RBI=0.0514728;REFB=0;REVB=0.0489127;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35699e-05;OID=.;OPOS=23374435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:62:76:1:38:24:0:0:52:24:0:0 chr14 23374862 . C T 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.582;QD=50.8355;RBI=0.0363499;REFB=-0.0219345;REVB=0.0171582;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000572568;OID=.;OPOS=23374862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:0:1:13:12:0:1 chr14 23398902 . C T 695.7 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453141;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.888;QD=63.2451;RBI=0.0831789;REFB=0;REVB=0.0697521;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447873;OID=.;OPOS=23398902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:23:21:0:0 chr14 23398990 . T G 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.285;QD=64.413;RBI=0.0131348;REFB=0;REVB=-0.00679488;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00496e-05;OID=.;OPOS=23398990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr14 23398995 . G A 283.93 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00230816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3864;QD=23.1783;RBI=0.00746801;REFB=-0.0829352;REVB=0.00710236;RO=21;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110699;STB=0.544653;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0600839;OID=.;OPOS=23398995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:23:26:26:0.530612:17:9:10:11:17:9:10:13 chr14 23426182 . C A 167.45 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0650359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.977;QD=41.8624;RBI=0.0713061;REFB=-0.0559974;REVB=0.0292384;RO=1;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396758;STB=0.521711;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00653816;OID=.;OPOS=23426182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:11:4:0:1:11:4:0:1 chr14 23512751 . C CT 82.32 PASS AF=0.555556;AO=13;DP=30;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0134914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.5598;QD=12.1954;RBI=0.0497513;REFB=0.0296135;REVB=-0.0478871;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664503;STB=0.545393;STBP=0.634;TYPE=ins;VARB=-0.0498885;OID=.;OPOS=23512752;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:13:30:15:27:12:6:9:6:6:51:15:6:7:8:7 chr14 23512922 . G A 159.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0305246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6282;QD=17.7297;RBI=0.0329175;REFB=-0.0175468;REVB=0.0123209;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526285;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0183219;OID=.;OPOS=23512922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:19:17:17:0.472222:8:9:9:8:8:9:11:8 chr14 23549379 . C G 1108.22 PASS AF=0.986842;AO=71;DP=71;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00736989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.987;QD=58.3271;RBI=0.0564332;REFB=0.0270519;REVB=0.0559498;RO=0;SAF=49;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.000964428;OID=.;OPOS=23549379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:76:0:1:71:75:0.986842:22:49:0:0:26:49:1:0 chr14 23567443 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.000207809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.073;QD=14.3343;RBI=0.0287221;REFB=0.00230375;REVB=-0.0287213;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230887;STB=0.633877;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00252724;OID=.;OPOS=23567443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:8:2:4:5:8:2 chr14 23567774 . T A 619.93 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00239907;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.323;QD=59.0412;RBI=0.00271005;REFB=-0.082164;REVB=-0.00126048;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000406827;OID=.;OPOS=23567774;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:18:23:0:0:18:23:1:0 chr14 23568018 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.75;QD=37.4883;RBI=0.0283228;REFB=0;REVB=0.00815211;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547124;OID=.;OPOS=23568018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr14 23569106 . A G 754.24 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0317758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.37;QD=54.8539;RBI=0.0374777;REFB=-0.0698333;REVB=-0.0198713;RO=1;SAF=22;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020938;STB=0.511107;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00190169;OID=.;OPOS=23569106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:32:22:1:0:32:22:1:0 chr14 23571671 . A T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00354221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.956;QD=62.6709;RBI=0.003543;REFB=0;REVB=-7.46893e-05;RO=0;SAF=7;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9155e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07158e-05;OID=.;OPOS=23571671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:37:7:0:0:37:7:0:0 chr14 23728766 . A G 68.83 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0457772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.212;QD=15.2955;RBI=0.0494552;REFB=-0.0494546;REVB=0.0187153;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112036;STB=0.565081;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0470063;OID=.;OPOS=23728766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:7:2:3:6:7:2 chr14 23745533 . C T 346.76 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0384859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7103;QD=22.3713;RBI=0.0760867;REFB=-0.0241503;REVB=-0.0656355;RO=26;SAF=17;SAR=18;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485804;STB=0.534177;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0185671;OID=.;OPOS=23745533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:27:35:35:0.564516:18:17:11:15:18:17:11:16 chr14 23777099 . G A 470.19 PASS AF=0.489362;AO=45;DP=95;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00384683;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.164;QD=20.0081;RBI=0.0488582;REFB=-0.0199802;REVB=0.0487065;RO=48;SAF=23;SAR=22;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284044;STB=0.5102;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0174659;OID=.;OPOS=23777099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:48:48:45:46:0.489362:22:23:26:22:22:24:26:22 chr14 23777374 . A G 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.35;QD=62.4653;RBI=0.0229247;REFB=0;REVB=-0.00931539;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.75997e-05;OID=.;OPOS=23777374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr14 23780569 . TTA T,TTT 127.48 PASS AF=0.53125,0;AO=13,3;DP=37;FAO=17,0;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7,0;FSAR=10,0;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.112254,-0.0678242;FXX=0.0856898;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=21.0983,10.4556;QD=15.9345;RBI=0.211227,0.0731001;REFB=0.0859895,-0.00981556;REVB=-0.17893,0.0272674;RO=14;SAF=7,1;SAR=6,2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0.391304,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0298971,-0.257265;STB=0.618045,0.5;STBP=0.167,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.114287,0;OID=.,.;OPOS=23780570,23780571;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125,0:13,3:37:17,0:32:15:7,0:10,0:10:5:99:14:7,1:6,2:8:6 chr14 23821361 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.021803;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=315.178;QD=21.8421;RBI=0.0266304;REFB=-0.00553059;REVB=0.0152907;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418591;STB=0.749058;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00154273;OID=.;OPOS=23821361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:5:1:2:0:5:1:2:0 chr14 23944505 . G A 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.285;QD=57.8831;RBI=0.0489099;REFB=0;REVB=0.0312866;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306551;OID=.;OPOS=23944505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr14 23944514 . C A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000777789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.254;QD=56.9382;RBI=0.0133241;REFB=0;REVB=0.0133014;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27218e-05;OID=.;OPOS=23944514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr14 23947374 . G A 1030.42 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117497;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.509;QD=59.7345;RBI=0.011985;REFB=0;REVB=0.00236307;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159321;OID=.;OPOS=23947374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr14 23992742 . T G 402.62 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0023412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.103;QD=21.7633;RBI=0.038412;REFB=-0.0132617;REVB=-0.0383406;RO=32;SAF=20;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252092;STB=0.513507;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00739816;OID=.;OPOS=23992742;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:34:40:40:0.540541:20:20:15:17:20:20:16:18 chr14 23994517 . A G 331.3 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0218626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.766;QD=18.6647;RBI=0.0264765;REFB=-0.0228574;REVB=-0.0149343;RO=36;SAF=14;SAR=21;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191484;STB=0.606681;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0137692;OID=.;OPOS=23994517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:21:14:22:14:21:14:22:14 chr14 23995170 . TGGGGGA TGGGG,TGGGGA 42.73 PASS AF=0,0.44;AO=4,7;DP=25;FAO=0,11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=0,1;FSAR=0,10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00903901,-0.0142722;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=227.567,15.8123;QD=6.83683;RBI=0.0153732,0.0532976;REFB=0.00321834,-0.0725034;REVB=0.0124351,-0.0513512;RO=13;SAF=0,1;SAR=4,6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0.354839,0.354839;SSEP=0,0;SSSB=-0.736642,-0.576917;STB=0.5,0.868794;STBP=1,0.003;TYPE=del,del;VARB=0,0.0610928;OID=.,.;OPOS=23995175,23995171;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGG,TGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.44:4,7:25:0,11:25:14:0,1:0,10:9:5:43:13:0,1:4,6:9:4 chr14 24026493 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0814781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3573;QD=44.6897;RBI=0.0816635;REFB=0;REVB=0.00549844;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236449;OID=.;OPOS=24026493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr14 24261219 . T C 432.64 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0327955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8461;QD=26.2204;RBI=0.0491726;REFB=-0.0309551;REVB=0.0366388;RO=25;SAF=21;SAR=20;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223193;STB=0.512189;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0210066;OID=.;OPOS=24261219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:25:41:41:0.621212:20:21:12:13:20:21:12:13 chr14 24261273 . G C 373.0 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.000505434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.929;QD=20.4383;RBI=0.00543173;REFB=-0.0170257;REVB=0.00540816;RO=35;SAF=19;SAR=19;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865794;STB=0.54792;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0188388;OID=.;OPOS=24261273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:19:19:14:21:19:19:14:21 chr14 24261275 . C T 389.94 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0155839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.499;QD=21.6635;RBI=0.0166714;REFB=0.0131659;REVB=0.00592243;RO=33;SAF=20;SAR=19;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12363;STB=0.568147;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00767659;OID=.;OPOS=24261275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:19:20:12:21:19:20:12:21 chr14 24261340 . A G 246.7 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.152898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4996;QD=18.2738;RBI=0.153336;REFB=0.029068;REVB=0.0115908;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194459;STB=0.615306;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0317183;OID=.;OPOS=24261340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:27:26:27:0.5:15:11:6:21:15:12:6:21 chr14 24458162 . G C 278.9 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0107854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9133;QD=16.4057;RBI=0.0311462;REFB=0.00372404;REVB=-0.0292192;RO=37;SAF=24;SAR=6;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308911;STB=0.680343;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00500164;OID=.;OPOS=24458162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:30:31:0.455882:6:24:20:17:6:25:20:17 chr14 24526206 . T C 254.72 PASS AF=0.575758;AO=12;DP=34;FAO=19;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0350302;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.355;QD=30.8753;RBI=0.0449279;REFB=-0.0307575;REVB=0.0281319;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222221;STB=0.617642;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0281794;OID=.;OPOS=24526206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:34:33:8:8:12:19:0.575758:7:5:1:7:9:10:1:7 chr14 24527220 . C T 131.96 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0112106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.543;QD=14.6618;RBI=0.0180392;REFB=-0.0153584;REVB=-0.0141327;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057395;STB=0.533289;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0206246;OID=.;OPOS=24527220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:11:10:8:7:11:10 chr14 24529209 . C T 268.69 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0452076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.133;QD=22.3908;RBI=0.045849;REFB=0.00221948;REVB=0.00764175;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114202;STB=0.563708;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.002435;OID=.;OPOS=24529209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:13:12:8:15:13:12:8:15 chr14 24529260 . C T 268.85 PASS AF=0.54;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00150726;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.709;QD=21.5077;RBI=0.00215607;REFB=-0.00885806;REVB=-0.00154169;RO=23;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515799;STB=0.528661;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00675482;OID=.;OPOS=24529260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:23:23:27:27:0.54:16:11:8:15:16:11:8:15 chr14 24529890 . A G 277.23 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644451;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.378;QD=52.8054;RBI=0.0656338;REFB=0;REVB=0.0124353;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492768;OID=.;OPOS=24529890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:20:21:1:18:2:0:0:18:3:0:0 chr14 24543808 . G C 178.2 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00133335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.351;QD=14.8499;RBI=0.00289141;REFB=-0.0167575;REVB=0.00256562;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121904;STB=0.570044;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.02425;OID=.;OPOS=24543808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:8:11:20:9:8:11:20:9 chr14 24545375 . C T 264.71 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00451883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2786;QD=34.1563;RBI=0.0215225;REFB=0.0138338;REVB=0.0210428;RO=7;SAF=5;SAR=18;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121801;STB=0.555933;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00281468;OID=.;OPOS=24545375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:7:8:23:23:0.741935:18:5:3:4:18:5:3:5 chr14 24545835 . C T 290.21 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.122825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.57;QD=26.3828;RBI=0.124734;REFB=-0.0407353;REVB=0.0217385;RO=17;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105302;STB=0.54542;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0237148;OID=.;OPOS=24545835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:18:26:26:0.590909:13:13:11:6:13:13:11:7 chr14 24549778 . G A 364.38 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00414386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.658;QD=21.1232;RBI=0.00925197;REFB=-0.0184645;REVB=-0.00827208;RO=32;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674914;STB=0.537293;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0150661;OID=.;OPOS=24549778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:18:19:19:13:18:19:19:13 chr14 24567498 . A C 1879.8 PASS AF=0.991935;AO=124;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00570022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8321;QD=60.6388;RBI=0.0634726;REFB=0.0209821;REVB=-0.0632161;RO=0;SAF=66;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000552551;OID=.;OPOS=24567498;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:0:1:124:123:0.991935:58:66:0:0:58:65:1:0 chr14 24587639 . G A 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00869004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.114;QD=13.8995;RBI=0.0124229;REFB=-0.00649412;REVB=-0.00887759;RO=34;SAF=16;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148792;STB=0.585293;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.011836;OID=.;OPOS=24587639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:8:16:18:16:8:16:18:16 chr14 24587667 . C T 207.72 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0192141;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.133;QD=15.107;RBI=0.0250182;REFB=-0.0109341;REVB=-0.0160227;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675675;STB=0.538429;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0160736;OID=.;OPOS=24587667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:31:24:24:0.436364:10:14:16:15:10:14:16:15 chr14 24614361 . T G 1283.25 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.494;QD=61.8435;RBI=0.0579912;REFB=0;REVB=0.0503867;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002277;OID=.;OPOS=24614361;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:35:48:0:0:35:48:0:0 chr14 24615435 . T C 673.83 PASS AF=0.59596;AO=59;DP=99;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00704801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.778;QD=27.2254;RBI=0.0116874;REFB=-0.0146084;REVB=-0.00932319;RO=40;SAF=39;SAR=20;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200281;STB=0.609337;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0121245;OID=.;OPOS=24615435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:40:40:59:59:0.59596:20:39:16:24:20:39:16:24 chr14 24617238 . C T 395.7 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0133107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.594;QD=20.2921;RBI=0.0437994;REFB=-0.00983143;REVB=0.0417278;RO=38;SAF=17;SAR=23;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0035508;STB=0.501967;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00901029;OID=.;OPOS=24617238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:23:17:16:22:23:17:16:22 chr14 24629744 . G A 505.13 PASS AF=0.490909;AO=53;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0199052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.163;QD=18.3685;RBI=0.0289038;REFB=-0.00635445;REVB=0.0209573;RO=56;SAF=20;SAR=33;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667801;STB=0.530387;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0120065;OID=.;OPOS=24629744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:53:54:0.490909:33:20:25:31:33:21:25:31 chr14 24641838 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0938214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.895;QD=16.9313;RBI=0.0949975;REFB=-0.0314471;REVB=0.0149021;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144308;STB=0.583194;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0120491;OID=.;OPOS=24641838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:7:5:7:5:7:5 chr14 24642348 . C T 300.42 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0215393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.669;QD=21.4585;RBI=0.0292719;REFB=-0.0285145;REVB=0.0198218;RO=25;SAF=21;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231778;STB=0.628657;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0141612;OID=.;OPOS=24642348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:10:21:10:15:10:21:10:15 chr14 24646406 . G GGAA 657.74 PASS AF=0.942308;AO=48;DP=53;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0178034;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=3;MLLD=248.023;QD=50.5951;RBI=0.0321882;REFB=-0.123798;REVB=0.0268164;RO=3;SAF=25;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161515;STB=0.507883;STBP=0.714;TYPE=ins;VARB=0.0066283;OID=.;OPOS=24646407;OREF=-;OALT=GAA;OMAPALT=GGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.942308:48:53:49:52:3:26:23:2:1:12:3:25:23:2:1 chr14 24647814 . T C 780.36 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.718;QD=56.7538;RBI=0.080902;REFB=0;REVB=0.0266251;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315664;OID=.;OPOS=24647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:35:19:0:0:36:19:0:0 chr14 24653523 . G C 142.73 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.035199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.123;QD=22.8366;RBI=0.0412327;REFB=-0.0161062;REVB=0.0214748;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901393;STB=0.56748;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0087131;OID=.;OPOS=24653523;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:9:10:15:15:0.6:8:7:3:6:8:7:3:7 chr14 24653954 . G A 147.87 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0408622;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.488;QD=16.8992;RBI=0.0423268;REFB=-0.0133518;REVB=0.0110378;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240905;STB=0.628421;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0174665;OID=.;OPOS=24653954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:17:19:16:16:0.457143:8:8:4:13:8:8:5:14 chr14 24653965 . C T 124.09 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0852377;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5643;QD=16.0118;RBI=0.0857009;REFB=0.00799195;REVB=0.0088983;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112472;STB=0.565122;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00649612;OID=.;OPOS=24653965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:17:14:14:0.451613:9:5:8:9:9:5:8:9 chr14 24654489 . T C 1149.84 PASS AF=0.987179;AO=74;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185955;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.62;QD=58.9662;RBI=0.0233505;REFB=0.0397717;REVB=0.0141229;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000169997;OID=.;OPOS=24654489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:0:1:74:77:0.987179:33:41:0:0:34:43:1:0 chr14 24657407 . T G 1162.86 PASS AF=1;AO=54;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.986;QD=61.2034;RBI=0.108696;REFB=0;REVB=0.0953636;RO=0;SAF=43;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205193;OID=.;OPOS=24657407;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:54:76:1:11:43:0:0:26:50:0:0 chr14 24682767 . C T 301.48 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0361852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9698;QD=16.7487;RBI=0.0448457;REFB=-0.00994074;REVB=0.0264909;RO=39;SAF=15;SAR=18;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685579;STB=0.538438;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0147707;OID=.;OPOS=24682767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:18:15:15:24:18:15:15:24 chr14 24702789 . C T 722.3 PASS AF=0.503546;AO=70;DP=141;FAO=71;FDP=141;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.0119493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.438;QD=20.4906;RBI=0.0131373;REFB=-0.00843216;REVB=-0.00545924;RO=69;SAF=41;SAR=29;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00789255;STB=0.5115;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00844612;OID=.;OPOS=24702789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:69:70:70:71:0.503546:29:41:41:28:30:41:42:28 chr14 24728294 . G T 195.19 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0117907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.792;QD=14.1958;RBI=0.0175051;REFB=-0.00459994;REVB=-0.0129386;RO=32;SAF=15;SAR=7;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100007;STB=0.536595;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00537972;OID=.;OPOS=24728294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:32:22:23:0.418182:7:15:19:13:8:15:19:13 chr14 24736027 . G A 93.4 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0509431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0053;QD=6.44122;RBI=0.0703835;REFB=-0.000632198;REVB=0.0485658;RO=42;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901615;STB=0.569136;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00564588;OID=.;OPOS=24736027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:42:44:14:14:0.241379:8:6:15:27:8:6:15:29 chr14 24736961 . T C 551.13 PASS AF=0.609756;AO=50;DP=82;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.016119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.897;QD=26.8844;RBI=0.0214263;REFB=-0.000933598;REVB=-0.0141161;RO=32;SAF=21;SAR=29;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128206;STB=0.50699;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00057262;OID=.;OPOS=24736961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:32:32:50:50:0.609756:29:21:14:18:29:21:14:18 chr14 24771256 . T C 1989.07 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.493;QD=62.1585;RBI=0.0707372;REFB=0;REVB=0.0661766;RO=0;SAF=69;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71107e-05;OID=.;OPOS=24771256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:58:69:0:0:59:69:0:0 chr14 24786060 . G A 411.47 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0245463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.001;QD=18.4928;RBI=0.0245495;REFB=-0.0424496;REVB=-0.000395521;RO=45;SAF=11;SAR=31;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105708;STB=0.550995;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0524785;OID=.;OPOS=24786060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:47:42:42:0.47191:31:11:16:29:31:11:16:31 chr14 24786293 . TC CC,GC,GT,TG 367.82 PASS AF=0.107143,0.785714,0,0.107143;AO=3,22,2,3;DP=30;FAO=3,22,0,3;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,0,1;FSAR=3,20,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098554,0.0330784,0.0391854,0.0291227;FXX=0.096743;HRUN=2,2,2,5;LEN=1,1,2,1;MLLD=16.0384,143.147,108.969,141.299;QD=52.5451;RBI=0.0110669,0.0380405,0.0458027,0.0330649;REFB=0.0951651,-0.00378681,-0.102113,-0.101118;REVB=0.00503461,0.0187855,0.0237147,0.0156574;RO=0;SAF=0,2,0,1;SAR=3,20,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,3.80459e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,snp,mnp,snp;VARB=0.137603,-0.00469061,0,0.011105;OID=.,.,.,.;OPOS=24786293,24786293,24786293,24786294;OREF=T,T,TC,C;OALT=C,G,GT,G;OMAPALT=CC,GC,GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:16:30:28:0:0:3,22,2,3:3,22,0,3:0.107143,0.785714,0,0.107143:3,20,2,2:0,2,0,1:0:0:3,20,0,2:0,2,0,1:0:0 chr14 24786622 . A C 418.02 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0273108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.515;QD=19.9058;RBI=0.027812;REFB=-0.0129902;REVB=0.00525608;RO=42;SAF=17;SAR=25;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212777;STB=0.617922;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00989068;OID=.;OPOS=24786622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:25:17:27:15:25:17:27:15 chr14 24786976 . T C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.975;QD=64.1523;RBI=0.0245091;REFB=0;REVB=0.0183771;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116274;OID=.;OPOS=24786976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr14 24793600 . G A 328.75 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0459693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.62;QD=50.5763;RBI=0.0459749;REFB=0.0423812;REVB=-0.000720781;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040273;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000339657;OID=.;OPOS=24793600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:1:1:24:25:0.961538:13:11:1:0:14:11:1:0 chr14 24807631 . T C 849.52 PASS AF=0.472826;AO=86;DP=183;FAO=87;FDP=184;FR=.;FRO=97;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=-0.00475978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7168;QD=18.4677;RBI=0.0494808;REFB=-0.0269667;REVB=0.0492513;RO=95;SAF=31;SAR=55;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818304;STB=0.548572;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0279914;OID=.;OPOS=24807631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:95:97:86:87:0.472826:55:31:42:53:56:31:43:54 chr14 24839083 . G C 121.37 PASS AF=0.541667;AO=10;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0205165;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.9027;QD=20.2289;RBI=0.0525521;REFB=-0.0291082;REVB=-0.0483818;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.588109;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0188122;OID=.;OPOS=24839083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:24:24:10:10:10:13:0.541667:2:8:8:2:5:8:8:2 chr14 24843620 . T C 244.1 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0124042;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.915;QD=22.1911;RBI=0.0491103;REFB=0.00480353;REVB=-0.0475179;RO=20;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367358;STB=0.71438;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00904799;OID=.;OPOS=24843620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:21:23:23:0.522727:16:7:15:5:16:7:16:5 chr14 24846757 . A G 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.074;QD=60.2269;RBI=0.0318203;REFB=0;REVB=0.031689;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199717;OID=.;OPOS=24846757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr14 24878370 . C T 424.9 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0128609;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.452;QD=20.9825;RBI=0.0129621;REFB=-0.00317818;REVB=0.00161612;RO=39;SAF=16;SAR=26;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444904;STB=0.524579;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00308422;OID=.;OPOS=24878370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:26:16:13:26:26:16:13:26 chr14 24886673 . C T 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.016032;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.233;QD=22.9084;RBI=0.0206272;REFB=-0.0182098;REVB=0.0129791;RO=17;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743127;STB=0.541626;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0167228;OID=.;OPOS=24886673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:8:13:9:8:8:13:9:8 chr14 24888335 . T C 562.19 PASS AF=0.6;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=41;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0163653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0077;QD=26.456;RBI=0.0255536;REFB=-0.00123101;REVB=-0.0196256;RO=34;SAF=10;SAR=41;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754657;STB=0.541331;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.000307228;OID=.;OPOS=24888335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:34:51:51:0.6:41:10:9:25:41:10:9:25 chr14 24898558 . C T 927.38 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=70;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0451841;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.111;QD=54.5518;RBI=0.0452452;REFB=-0.1749;REVB=-0.00235085;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.511365;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00177063;OID=.;OPOS=24898558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:70:68:0:3:65:65:0.955882:38:27:0:0:38:27:2:1 chr14 24901249 . A C 45.04 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0132095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.035;QD=7.83294;RBI=0.013322;REFB=-0.0170148;REVB=0.00172761;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354434;STB=0.522323;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0619436;OID=.;OPOS=24901249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:11:5:2:5:11:5 chr14 24901276 . G T 167.34 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.122621;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.1762;QD=41.8344;RBI=0.123287;REFB=-0.0292597;REVB=-0.0127989;RO=1;SAF=11;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395718;STB=0.519974;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00672812;OID=.;OPOS=24901276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:16:1:1:14:15:0.9375:3:11:1:0:3:12:1:0 chr14 24906534 . G A 362.39 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0075649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4705;QD=18.3489;RBI=0.011555;REFB=-0.0241865;REVB=-0.00873439;RO=41;SAF=24;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115072;STB=0.564281;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0283187;OID=.;OPOS=24906534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:14:24:21:20:14:24:21:20 chr14 24907508 . C CA 324.78 PASS AF=0.456522;AO=60;DP=146;FAO=63;FDP=138;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0266703;FXX=0.0416638;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.5342;QD=9.41397;RBI=0.0318875;REFB=-0.0483861;REVB=-0.0174788;RO=82;SAF=24;SAR=36;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129481;STB=0.589187;STBP=0.076;TYPE=ins;VARB=0.0348288;OID=.;OPOS=24907509;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456522:60:146:63:138:75:25:38:42:33:99:82:24:36:43:39 chr14 24907552 . C T 365.86 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00526325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.658;QD=13.677;RBI=0.00585431;REFB=-0.0108052;REVB=0.00256344;RO=64;SAF=14;SAR=29;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209016;STB=0.618645;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0179133;OID=.;OPOS=24907552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:43:43:0.401869:29:14:33:31:29:14:33:31 chr14 24907580 . G A 314.84 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0163031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.287;QD=14.8158;RBI=0.0179588;REFB=-0.000160303;REVB=-0.00753172;RO=50;SAF=13;SAR=22;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236607;STB=0.633972;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=1.06124e-05;OID=.;OPOS=24907580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:22:13:30:20:22:13:30:20 chr14 24909362 . T C 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0122008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.801;QD=14.2702;RBI=0.0202621;REFB=-0.00476349;REVB=-0.016177;RO=33;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227719;STB=0.628473;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00660191;OID=.;OPOS=24909362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:13:11:8:25:13:11:8:25 chr14 24909475 . C G 141.3 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0202947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.765;QD=13.4574;RBI=0.0370273;REFB=-0.0124098;REVB=-0.0309701;RO=25;SAF=13;SAR=2;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550313;STB=0.76435;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0112505;OID=.;OPOS=24909475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:15:16:0.380952:2:13:10:15:3:13:11:15 chr14 24909628 . GCC GAC,G,GC 751.79 PASS AF=0.592593,0.160494,0.234568;AO=34,9,12;DP=81;FAO=48,13,19;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=24,12,3;FSAR=24,1,16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0243105,-0.0929252,-0.184871;FXX=0.0240935;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=86.2054,11.1019,7.04472;QD=37.1255;RBI=0.0315193,0.108623,0.216904;REFB=0.0235395,0.0231391,0.0251076;REVB=0.0200615,-0.0562483,-0.113445;RO=4;SAF=21,7,2;SAR=13,2,10;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0.494118,0.494118;SSEP=0,0.470588,0.470588;SSSB=0.124026,0.434082,0.150535;STB=0.5102,0.666346,0.515136;STBP=0.519,0.064,0.642;TYPE=snp,del,del;VARB=0.00502857,-0.016298,0.346897;OID=.,.,.;OPOS=24909629,24909629,24909629;OREF=C,CC,C;OALT=A,-,-;OMAPALT=GAC,G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.592593,0.160494,0.234568:34,9,12:81:48,13,19:81:1:24,12,3:24,1,16:0:1:57:4:21,7,2:13,2,10:0:4 chr14 24909731 . C T 207.83 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0932618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.663;QD=17.6879;RBI=0.0979699;REFB=0.0254405;REVB=-0.0300054;RO=26;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691984;STB=0.53953;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.0187431;OID=.;OPOS=24909731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:15:6:9:17:15:6:9:17 chr14 24910210 . C A 493.58 PASS AF=0.404412;AO=55;DP=137;FAO=55;FDP=136;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.000692587;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.253;QD=14.5169;RBI=0.00476768;REFB=-0.0141398;REVB=0.00471711;RO=80;SAF=22;SAR=33;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158463;STB=0.592887;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0183595;OID=.;OPOS=24910210;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:80:81:55:55:0.404412:33:22:44:36:33:22:45:36 chr14 24910973 . TT GA 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0239215;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=110.368;QD=13.5806;RBI=0.0327434;REFB=-0.0147423;REVB=0.0223583;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693722;STB=0.540422;STBP=0.692;TYPE=mnp;VARB=0.0263917;OID=.;OPOS=24910973;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:9:8:15:13:9:8:15:13 chr14 24911452 . T C 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0294878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.923;QD=19.7025;RBI=0.0303031;REFB=0.0013893;REVB=0.00698218;RO=16;SAF=1;SAR=16;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198994;STB=0.615222;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00125028;OID=.;OPOS=24911452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:16:1:2:14:16:1:2:14 chr14 24970942 . A G 410.2 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9269;QD=56.5796;RBI=0.0362303;REFB=0;REVB=-0.027347;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118099;OID=.;OPOS=24970942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr14 24975435 . G T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.207;QD=47.8224;RBI=0.0229044;REFB=0;REVB=-0.0175751;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3832e-05;OID=.;OPOS=24975435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr14 25043671 . T C 92.2 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0177586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.227;QD=18.44;RBI=0.024894;REFB=-0.00589325;REVB=0.0174456;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576918;STB=0.533271;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0023968;OID=.;OPOS=25043671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:3:6:8:3:3:6 chr14 25076836 . G A 103.21 PASS AF=0.146853;AO=21;DP=143;FAO=21;FDP=143;FR=.;FRO=122;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=73;FSRR=49;FWDB=-0.00557103;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7881;QD=2.88692;RBI=0.0372978;REFB=-0.00970357;REVB=-0.0368794;RO=119;SAF=7;SAR=14;SRF=72;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334935;STB=0.717293;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0586879;OID=.;OPOS=25076836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:119:122:21:21:0.146853:14:7:72:47:14:7:73:49 chr14 25100282 . A G 157.45 PASS AF=0.64;AO=15;DP=24;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00751307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.405;QD=25.192;RBI=0.0180604;REFB=-0.0326874;REVB=-0.0164235;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468954;STB=0.538414;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0111831;OID=.;OPOS=25100282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:25:9:9:15:16:0.64:9:6:3:6:9:7:3:6 chr14 25101589 . G C 77.99 PASS AF=0.17284;AO=14;DP=82;FAO=14;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=-0.0148301;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.698;QD=3.8512;RBI=0.0716509;REFB=-0.00447943;REVB=-0.0700993;RO=56;SAF=13;SAR=1;SRF=45;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334138;STB=0.836913;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.022041;OID=.;OPOS=25101589;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:82:81:56:67:14:14:0.17284:1:13:45:11:1:13:45:22 chr14 25101629 . T C 189.4 PASS AF=0.264706;AO=27;DP=99;FAO=27;FDP=102;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.024288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3637;QD=7.42741;RBI=0.0547182;REFB=-0.00499326;REVB=0.0490324;RO=72;SAF=20;SAR=7;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339237;STB=0.692691;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0167443;OID=.;OPOS=25101629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:72:75:27:27:0.264706:7:20:34:38:7:20:37:38 chr14 25101878 . C CT 351.87 PASS AF=0.515464;AO=49;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00173472;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.2904;QD=14.5102;RBI=0.0089496;REFB=-0.00815218;REVB=-0.00877987;RO=46;SAF=24;SAR=25;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279981;STB=0.515458;STBP=0.778;TYPE=ins;VARB=0.00685126;OID=.;OPOS=25101879;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515464:49:97:50:97:47:25:25:25:22:99:46:24:25:24:22 chr14 25101897 . C T 558.3 PASS AF=0.538462;AO=56;DP=105;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0166833;FXX=0.0095229;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.245;QD=21.473;RBI=0.0169634;REFB=0.00845894;REVB=-0.00307026;RO=47;SAF=31;SAR=25;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181657;STB=0.50555;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00718975;OID=.;OPOS=25101897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:47:48:56:56:0.538462:25:31:25:22:25:31:26:22 chr14 25102160 . C T 257.96 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0273756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2049;QD=18.4257;RBI=0.0398073;REFB=-0.0211344;REVB=0.0288997;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644264;STB=0.536057;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0244446;OID=.;OPOS=25102160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:12:16:14:14:12:16:14:14 chr14 25103414 . G A 341.0 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.00993271;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.298;QD=15.4999;RBI=0.0239172;REFB=-0.022333;REVB=0.0217572;RO=51;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111433;STB=0.56274;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0370557;OID=.;OPOS=25103414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:51:51:37:37:0.420455:20:17:18:33:20:17:18:33 chr14 25288513 . C T 302.85 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0217207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.017;QD=19.859;RBI=0.0218063;REFB=-0.0261649;REVB=-0.00192974;RO=29;SAF=21;SAR=11;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00102099;STB=0.500567;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0200268;OID=.;OPOS=25288513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:11:21:19:10:11:21:19:10 chr14 29238428 . CCTTTT C 144.68 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00409351;FXX=0.0644953;HRUN=2;LEN=5;MLLD=293.479;QD=19.9555;RBI=0.0207921;REFB=-0.00770311;REVB=0.0203852;RO=11;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00428658;STB=0.50239;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00469384;OID=.;OPOS=29238429;OREF=CTTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.62069:18:31:18:29:11:13:5:8:3:66:11:13:5:8:3 chr14 29261309 . A AAAC,AAC 58.43 PASS AF=0.352941,0.117647;AO=5,3;DP=21;FAO=6,2;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1,0;FSAR=5,2;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0634385,-0.0580647;FXX=0.0555247;HRUN=8,8;LEN=3,2;MLLD=240.183,242.49;QD=13.7473;RBI=0.0687303,0.0660342;REFB=-0.0367612,-0.0439101;REVB=-0.0264464,-0.0314485;RO=13;SAF=1,0;SAR=4,3;SRF=2;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0860958,-0.53842;STB=0.565019,0.990863;STBP=0.828,0.507;TYPE=ins,ins;VARB=0.0558329,0.00495151;OID=.,.;OPOS=29261310,29261310;OREF=-,-;OALT=AAC,AC;OMAPALT=AAAC,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941,0.117647:5,3:21:6,2:17:9:1,0:5,2:1:8:32:13:1,0:4,3:2:11 chr14 30045978 . C T 209.25 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00320973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.946;QD=13.7212;RBI=0.00951612;REFB=-0.00456906;REVB=0.00895847;RO=36;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00124447;STB=0.500711;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00472206;OID=.;OPOS=30045978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:16:9:13:23:16:9:13:23 chr14 31059969 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4258;QD=63.8712;RBI=0.0231652;REFB=0;REVB=0.0107269;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252498;OID=.;OPOS=31059969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr14 31099738 . A G 818.58 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9893;QD=55.4969;RBI=0.0296365;REFB=-0.0634404;REVB=0.0136921;RO=1;SAF=27;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171508;STB=0.509088;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00685519;OID=.;OPOS=31099738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:31:27:1:0:31:27:1:0 chr14 31108977 . T C 657.76 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.24;QD=59.7968;RBI=0.015149;REFB=0.0673462;REVB=-0.00241101;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268094;STB=0.514279;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=1.07905e-05;OID=.;OPOS=31108977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:17:25:0:1:17:26:0:1 chr14 31191772 . T C 378.08 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0127507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.487;QD=18.9038;RBI=0.0167984;REFB=-0.00634064;REVB=-0.0109364;RO=41;SAF=15;SAR=24;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750099;STB=0.541811;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00725333;OID=.;OPOS=31191772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:24:15:19:22:24:15:19:22 chr14 31359847 . T A 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.265;QD=58.961;RBI=0.0387905;REFB=0;REVB=0.0294965;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283201;OID=.;OPOS=31359847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr14 31381351 . T C 382.8 PASS AF=0.5;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00230007;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.488;QD=19.6309;RBI=0.00323065;REFB=-0.014766;REVB=0.00226865;RO=39;SAF=18;SAR=21;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093733;STB=0.551974;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0159944;OID=.;OPOS=31381351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:39:39:39:39:0.5:21:18:14:25:21:18:14:25 chr14 31578762 . C T 237.52 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0218013;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.86;QD=17.2742;RBI=0.0233055;REFB=-0.0269417;REVB=-0.0082371;RO=29;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176678;STB=0.59992;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0312158;OID=.;OPOS=31578762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:18:8:14:15:18:8:14:15 chr14 31582380 . A G 820.05 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0475976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9691;QD=55.5966;RBI=0.0477558;REFB=-0.154374;REVB=-0.00388326;RO=1;SAF=42;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285653;STB=0.515146;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00848068;OID=.;OPOS=31582380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:16:42:0:1:16:42:0:1 chr14 31582526 . T C 544.11 PASS AF=0.387879;AO=64;DP=165;FAO=64;FDP=165;FR=.;FRO=101;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=0.00666804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.781;QD=13.1904;RBI=0.0112469;REFB=-0.0143749;REVB=0.00905701;RO=101;SAF=34;SAR=30;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499651;STB=0.528222;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0187102;OID=.;OPOS=31582526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:101:101:64:64:0.387879:30:34:49:52:30:34:49:52 chr14 31583173 . G A 330.88 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0212563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.848;QD=15.946;RBI=0.0222205;REFB=-0.00268747;REVB=0.0064745;RO=47;SAF=20;SAR=16;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192911;STB=0.510864;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00312973;OID=.;OPOS=31583173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:16:20:27:20:16:20:27:20 chr14 31598248 . A G 242.94 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0456286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9947;QD=22.5988;RBI=0.0741129;REFB=-0.00416636;REVB=-0.0584017;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174216;STB=0.597476;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000744768;OID=.;OPOS=31598248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:9:14:8:12:9:14:8:12 chr14 31619392 . T C 304.58 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0184441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.761;QD=21.3738;RBI=0.0229395;REFB=-0.0126171;REVB=0.0136396;RO=25;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354459;STB=0.512671;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00831242;OID=.;OPOS=31619392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:31:32:0.561404:16:15:11:14:17:15:11:14 chr14 31647241 . G A 220.75 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=0.00540125;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3832;QD=11.9324;RBI=0.0262119;REFB=0.0083889;REVB=-0.0256494;RO=47;SAF=11;SAR=16;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338086;STB=0.692843;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0178431;OID=.;OPOS=31647241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:16:11:34:13:16:11:34:13 chr14 31763142 . T G 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0028561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.885;QD=15.7725;RBI=0.00943131;REFB=-0.00303489;REVB=0.00898846;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00327958;STB=0.501853;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00312147;OID=.;OPOS=31763142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:14:13:16:17:14:13:16:17 chr14 31819047 . C T 966.17 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.812;QD=56.8332;RBI=0.024609;REFB=0.00539085;REVB=0.0120615;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000452393;OID=.;OPOS=31819047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:68:0:1:65:67:0.985294:22:43:0:0:23:44:0:1 chr14 31819913 . A G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9471;QD=54.4808;RBI=0.0196448;REFB=-0.0685765;REVB=0.00568899;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.518507;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00134271;OID=.;OPOS=31819913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:13:18:0:0:13:18:0:1 chr14 31864485 . G C 1546.46 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180734;FXX=0.0282992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.564;QD=60.0566;RBI=0.0331786;REFB=0;REVB=0.0278239;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551398;OID=.;OPOS=31864485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:103:0:0:103:103:1:50:53:0:0:50:53:0:0 chr14 32071665 . G A 1514.22 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273609;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.154;QD=63.7568;RBI=0.027366;REFB=0;REVB=-0.000529404;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81632e-05;OID=.;OPOS=32071665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:40:55:0:0:40:55:0:0 chr14 32414145 . C A,G 584.23 PASS AF=0.925,0.075;AO=36,3;DP=39;FAO=37,3;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22,3;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133324,0.0527779;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=128.739,15.3089;QD=58.4227;RBI=0.0436678,0.0549523;REFB=0,0;REVB=0.0415828,0.0153052;RO=0;SAF=22,3;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00329623,0.00550349;OID=.,.;OPOS=32414145,32414145;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:39:40:0:0:36,3:37,3:0.925,0.075:14,0:22,3:0:0:15,0:22,3:0:0 chr14 32419331 . C T 286.18 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0106602;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.97;QD=17.0856;RBI=0.0114589;REFB=-0.00596956;REVB=0.00420323;RO=36;SAF=6;SAR=24;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455026;STB=0.77142;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0161005;OID=.;OPOS=32419331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:36:30:31:0.462687:24:6:23:13:25:6:24:12 chr14 32621636 . G A 531.5 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0041521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.635;QD=22.8601;RBI=0.00431861;REFB=-0.000584542;REVB=-0.00118763;RO=43;SAF=21;SAR=29;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972983;STB=0.553558;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000440176;OID=.;OPOS=32621636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:29:21:23:20:29:21:23:20 chr14 32625732 . T A 648.92 PASS AF=0.38;AO=76;DP=200;FAO=76;FDP=200;FR=.;FRO=124;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=73;FSRR=51;FWDB=-0.0141778;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7318;QD=12.9784;RBI=0.055366;REFB=-0.000952116;REVB=0.0535199;RO=124;SAF=41;SAR=35;SRF=73;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546682;STB=0.530859;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00177687;OID=.;OPOS=32625732;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:124:124:76:76:0.38:35:41:73:51:35:41:73:51 chr14 32960254 . G A 1350.07 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0516314;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6435;QD=61.3666;RBI=0.0525215;REFB=-0.138667;REVB=-0.00962819;RO=0;SAF=30;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04997e-08;STB=0.504347;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00129931;OID=.;OPOS=32960254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:0:1:87:87:0.988636:57:30:0:0:57:30:0:1 chr14 33046388 . A G 786.95 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00295517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.623;QD=55.2242;RBI=0.0282031;REFB=-0.148462;REVB=0.0280478;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171432;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000455301;OID=.;OPOS=33046388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:29:27:1:0:29:27:1:0 chr14 33201716 . G C 449.9 PASS AF=0.379562;AO=52;DP=136;FAO=52;FDP=137;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=0.022122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1188;QD=13.1359;RBI=0.0236637;REFB=0.0156082;REVB=0.0084016;RO=84;SAF=31;SAR=21;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00103508;STB=0.502479;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00991358;OID=.;OPOS=33201716;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:84:85:52:52:0.379562:21:31:50:34:21:31:51:34 chr14 33292743 . A C 214.44 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00370866;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.079;QD=45.1447;RBI=0.0229509;REFB=0.0307707;REVB=0.0226492;RO=1;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539582;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-8.72494e-05;OID=.;OPOS=33292743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:1:1:18:18:0.947368:10:8:1:0:10:8:1:0 chr14 33293022 . A G 227.2 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0272431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3051;QD=28.3998;RBI=0.0499799;REFB=-0.0177084;REVB=0.0419023;RO=11;SAF=12;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184174;STB=0.601674;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0071544;OID=.;OPOS=33293022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:9:12:3:8:9:12:3:8 chr14 33293122 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.108;QD=52.6121;RBI=0.0219441;REFB=0;REVB=-0.0152143;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95764e-06;OID=.;OPOS=33293122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr14 33293531 . T A 360.77 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.000381631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.6599;QD=17.5985;RBI=0.0182954;REFB=-0.00725183;REVB=0.0182915;RO=44;SAF=15;SAR=23;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250145;STB=0.639625;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00641157;OID=.;OPOS=33293531;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:23:15:29:15:23:15:29:15 chr14 33294042 . G A 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0482249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.02;QD=10.9729;RBI=0.0511841;REFB=0.000312166;REVB=-0.0171513;RO=31;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598134;STB=0.535666;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00186746;OID=.;OPOS=33294042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:9:6:14:17:9:6:14:17 chr14 34266729 . C T 177.88 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.000831996;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.218;QD=12.2674;RBI=0.00457749;REFB=0.00125305;REVB=0.00450124;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317698;STB=0.528276;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00161329;OID=.;OPOS=34266729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:33:36:22:22:0.37931:10:12:17:16:10:12:18:18 chr14 34393602 . A G 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.388;QD=51.1789;RBI=0.0565281;REFB=0;REVB=0.0132022;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000873392;OID=.;OPOS=34393602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr14 35062312 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00327885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.248;QD=20.0175;RBI=0.00552491;REFB=-0.00757938;REVB=0.00444677;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147069;STB=0.571347;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0105889;OID=.;OPOS=35062312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:12:6:8:8:12:6:8:9 chr14 35099099 . A G 420.48 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0823433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1201;QD=49.4679;RBI=0.0830479;REFB=0.0285058;REVB=0.0107948;RO=3;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090009;STB=0.548356;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0446901;OID=.;OPOS=35099099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:14:17:0:3:14:17:0:3 chr14 35242828 . G A 281.27 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00443284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.409;QD=21.2275;RBI=0.0211592;REFB=-0.0291223;REVB=-0.0206897;RO=21;SAF=12;SAR=17;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638574;STB=0.518206;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0256031;OID=.;OPOS=35242828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:21:24:29:29:0.54717:17:12:7:14:17:12:9:15 chr14 35263983 . T C 177.48 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.018048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6063;QD=14.4885;RBI=0.0229207;REFB=-0.00400529;REVB=-0.0141289;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841413;STB=0.548755;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00637227;OID=.;OPOS=35263983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:11:8:15:15:11:8:15:15 chr14 35591174 . T C 572.73 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0127185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4166;QD=22.6822;RBI=0.0332379;REFB=-0.0262671;REVB=-0.0307082;RO=42;SAF=34;SAR=22;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14165;STB=0.573556;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0220852;OID=.;OPOS=35591174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:42:45:56:56:0.554455:22:34:18:24:22:34:20:25 chr14 35592538 . C G 192.83 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0166646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7828;QD=14.8329;RBI=0.0171376;REFB=-0.00192704;REVB=-0.00399872;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794843;STB=0.545413;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00339245;OID=.;OPOS=35592538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:16:14:12:10:16:14 chr14 35761675 . C G 271.96 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0156024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.519;QD=16.9976;RBI=0.0164604;REFB=-0.0150412;REVB=0.00524514;RO=34;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177974;STB=0.599933;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.019388;OID=.;OPOS=35761675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:12:18:14:20:12:18:14:20 chr14 35871217 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00658352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.201;QD=10.3789;RBI=0.0248918;REFB=-0.0168716;REVB=-0.0240054;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529345;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0479435;OID=.;OPOS=35871217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:6:3:5:10:6:3:6:10 chr14 35873770 . G A 2386.71 PASS AF=1;AO=155;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0949;QD=60.4231;RBI=0.0727733;REFB=-0.104455;REVB=0.0692148;RO=2;SAF=84;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132104;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362957;OID=.;OPOS=35873770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:157:158:2:0:155:158:1:71:84:0:2:74:84:0:0 chr14 36003547 . GGCCCCA GCCCA,GGCCC,GGCCCA,GGGCCCA 263.59 PASS AF=0,0,1,0;AO=10,4,11,2;DP=35;FAO=0,0,34,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,10,0;FSAR=0,0,24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00924606,0.0337428,-0.0833717,-0.0759692;FXX=0.0285633;HRUN=4,4,4,4;LEN=2,2,1,1;MLLD=8.28936,120.554,10.6969,4.43175;QD=31.01;RBI=0.0803862,0.0406434,0.20985,0.300773;REFB=0.125073,0.00964086,-0.0531337,-0.203392;REVB=-0.0798527,-0.0226563,0.192578,0.29102;RO=2;SAF=0,4,3,2;SAR=10,0,8,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0.5,0,0,0;SSEP=0,0.533333,0.533333,0;SSSB=0,0.767801,0.0998761,0.727176;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0463654,0,0.0440149,0.0954678;OID=.,.,.,.;OPOS=36003548,36003552,36003549,36003549;OREF=GC,CA,C,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=GCCCA,GGCCC,GGCCCA,GGGCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,1,0:10,4,11,2:35:0,0,34,0:34:0:0,0,10,0:0,0,24,0:0:0:3:2:0,4,3,2:10,0,8,0:0:2 chr14 36004075 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2806;QD=33.4271;RBI=0.00685802;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346758;OID=.;OPOS=36004075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr14 36005659 . T C 167.42 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00492477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.668;QD=23.0924;RBI=0.0598586;REFB=0.0038298;REVB=0.0596557;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204677;STB=0.614328;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00108026;OID=.;OPOS=36005659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:9:3:9:8:9:3 chr14 36096362 . G A 301.22 PASS AF=0.584906;AO=30;DP=52;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00166528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9433;QD=22.7336;RBI=0.00372731;REFB=-0.013935;REVB=-0.00333461;RO=21;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645959;STB=0.55009;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0123017;OID=.;OPOS=36096362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:22:30:31:0.584906:16:14:8:13:16:15:8:14 chr14 36153177 . T C 346.33 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00175668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.892;QD=16.8943;RBI=0.00181321;REFB=-0.0228393;REVB=-0.000449257;RO=43;SAF=15;SAR=22;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586419;STB=0.54665;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0182003;OID=.;OPOS=36153177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:43:45:37:37:0.45122:22:15:20:23:22:15:22:23 chr14 36191030 . A G 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.00998473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.496;QD=12.4137;RBI=0.0106885;REFB=-0.0138499;REVB=-0.00381437;RO=37;SAF=14;SAR=9;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768864;STB=0.544149;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0226667;OID=.;OPOS=36191030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:9:14:25:12:9:14:25:12 chr14 36400983 . T G 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0328365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.496;QD=18.9137;RBI=0.0438496;REFB=-0.0160014;REVB=-0.0290611;RO=28;SAF=18;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140343;STB=0.578437;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0244432;OID=.;OPOS=36400983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:11:18:13:15:11:18:13:15 chr14 36789729 . T G 1008.05 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.403;QD=59.297;RBI=0.0535022;REFB=0;REVB=0.00713186;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2988e-05;OID=.;OPOS=36789729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr14 36789775 . A T 682.63 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865728;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.42;QD=62.0572;RBI=0.0285831;REFB=0;REVB=0.0272405;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9292e-05;OID=.;OPOS=36789775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:43:44:1:19:24:0:0:19:25:0:0 chr14 36789795 . G A 348.18 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0752603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.919;QD=51.5826;RBI=0.0753204;REFB=-0.0907671;REVB=-0.00300861;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281249;STB=0.51514;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00256487;OID=.;OPOS=36789795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:1:1:25:26:0.962963:16:9:0:1:16:10:0:1 chr14 36840650 . A T 1384.77 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00673588;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.183;QD=61.5454;RBI=0.0162202;REFB=-0.0200809;REVB=0.0147554;RO=1;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126361;STB=0.506665;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00046214;OID=.;OPOS=36840650;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:90:1:1:89:89:0.988889:37:52:0:1:37:52:0:1 chr14 36840695 . A G 362.48 PASS AF=0.409524;AO=42;DP=104;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0207469;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.326;QD=13.8086;RBI=0.0209362;REFB=-0.00631979;REVB=-0.00280929;RO=62;SAF=29;SAR=13;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228466;STB=0.633738;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0139679;OID=.;OPOS=36840695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:62:62:42:43:0.409524:13:29:30:32:13:30:30:32 chr14 36947081 . C T 236.38 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0195676;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0002;QD=11.1237;RBI=0.0281892;REFB=-0.00921702;REVB=-0.0202913;RO=56;SAF=11;SAR=18;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330175;STB=0.690017;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0103974;OID=.;OPOS=36947081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:56:56:29:29:0.341176:18:11:38:18:18:11:38:18 chr14 37063123 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.736;QD=49.5992;RBI=0.0572885;REFB=0;REVB=0.0305243;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133983;OID=.;OPOS=37063123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr14 37063294 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00890862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.944;QD=53.9106;RBI=0.0551428;REFB=0;REVB=0.0544184;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176411;OID=.;OPOS=37063294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr14 37135752 . C T 1348.61 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0635351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1463;QD=59.9382;RBI=0.0680244;REFB=-0.00638095;REVB=0.0243026;RO=1;SAF=38;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123057;STB=0.512497;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=3.25175e-05;OID=.;OPOS=37135752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:90:1:2:87:88:0.977778:49:38:1:0:49:39:2:0 chr14 37180685 . T C 1336.53 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.207;QD=62.164;RBI=0.0633375;REFB=0;REVB=0.0155544;RO=0;SAF=28;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117188;OID=.;OPOS=37180685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:57:28:0:0:58:28:0:0 chr14 37203697 . G A 386.37 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0205596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1141;QD=18.1823;RBI=0.0226196;REFB=-0.0262186;REVB=0.00943132;RO=44;SAF=21;SAR=19;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235014;STB=0.519119;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0365738;OID=.;OPOS=37203697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:19:21:22:22:19:21:22:23 chr14 37344229 . A AG 57.86 PASS AF=0.264706;AO=8;DP=37;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00121792;FXX=0.0285633;HRUN=0;LEN=1;MLLD=215.564;QD=6.80747;RBI=0.00936247;REFB=-0.00031921;REVB=-0.00928292;RO=28;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555432;STBP=0.75;TYPE=ins;VARB=0.00143939;OID=.;OPOS=37344230;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706:8:37:9:34:25:5:4:12:13:57:28:4:4:14:14 chr14 37641880 . C A 347.45 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0810865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.0713;QD=51.474;RBI=0.0812198;REFB=-0.155668;REVB=0.00465167;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00801746;OID=.;OPOS=37641880;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:15:11:1:0:15:11:1:0 chr14 38061742 . C T 655.29 PASS AF=1;AO=34;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.112;QD=62.4086;RBI=0.123719;REFB=0;REVB=0.120952;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696872;OID=.;OPOS=38061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:34:42:1:12:22:0:0:20:22:0:0 chr14 38218343 . A G 229.44 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0120212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.899;QD=14.1195;RBI=0.0430895;REFB=-0.0152739;REVB=-0.0413787;RO=38;SAF=17;SAR=10;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265774;STB=0.51514;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0227859;OID=.;OPOS=38218343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:10:17:23:15:10:17:23:15 chr14 38260034 . T C 465.11 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0102256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.126;QD=19.5835;RBI=0.0112312;REFB=-0.0180702;REVB=0.00464503;RO=49;SAF=30;SAR=16;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211915;STB=0.617925;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0184238;OID=.;OPOS=38260034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:16:30:21:28:16:30:21:28 chr14 38266074 . C T 317.0 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00530527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3907;QD=20.4517;RBI=0.0570525;REFB=-0.00443301;REVB=-0.0568053;RO=28;SAF=13;SAR=20;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000938857;STB=0.509678;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00336492;OID=.;OPOS=38266074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:29:33:33:0.532258:20:13:11:17:20:13:12:17 chr14 39517925 . T C 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.008973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.692;QD=60.6051;RBI=0.0125795;REFB=0;REVB=0.00881635;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59627e-07;OID=.;OPOS=39517925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr14 39556185 . G C 1448.55 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0936594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7985;QD=60.9915;RBI=0.0936601;REFB=-0.132338;REVB=-0.000374632;RO=2;SAF=39;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023689;STB=0.506171;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00344932;OID=.;OPOS=39556185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:2:1:93:94:0.989474:54:39:2:0:54:40:1:0 chr14 39736680 . T C 704.15 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0167182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.851;QD=58.6791;RBI=0.0286481;REFB=0.00432945;REVB=0.0232641;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500907;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-7.52502e-05;OID=.;OPOS=39736680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:48:0:2:45:46:0.958333:22:23:0:0:22:24:1:1 chr14 39777676 . G C 4723.58 PASS AF=1;AO=300;DP=310;FAO=303;FDP=303;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00666653;FXX=0.0257226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.982;QD=62.3574;RBI=0.0503283;REFB=0;REVB=0.0498848;RO=1;SAF=150;SAR=150;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00316905;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388066;OID=.;OPOS=39777676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:310:303:1:0:300:303:1:150:150:0:1:152:151:0:0 chr14 39784014 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.896;QD=46.8478;RBI=0.112462;REFB=0;REVB=0.0701624;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285801;OID=.;OPOS=39784014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr14 39818028 . A G 284.93 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00235458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.392;QD=12.9512;RBI=0.0295807;REFB=-0.0109267;REVB=0.0294868;RO=55;SAF=19;SAR=14;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478328;STB=0.527347;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0158837;OID=.;OPOS=39818028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:14:19:34:21:14:19:34:21 chr14 39818145 . G A 608.62 PASS AF=0.923077;AO=43;DP=48;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00617505;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.0861;QD=46.8167;RBI=0.0689356;REFB=-0.0310169;REVB=-0.0686585;RO=3;SAF=25;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309703;STB=0.5102;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0152292;OID=.;OPOS=39818145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:48:52:3:4:43:48:0.923077:18:25:1:2:18:30:2:2 chr14 42360633 . T C 1203.18 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.562;QD=60.9207;RBI=0.0650958;REFB=0;REVB=0.0639449;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82696e-05;OID=.;OPOS=42360633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:44:32:0:0:47:32:0:0 chr14 42998026 . T C 704.88 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0170222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.269;QD=58.7398;RBI=0.0389525;REFB=0.0144304;REVB=0.0350363;RO=2;SAF=23;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000860266;OID=.;OPOS=42998026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:23:23:1:1:23:23:1:1 chr14 44974922 . A T 480.77 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=-0.00465034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.382;QD=25.6411;RBI=0.0262232;REFB=-0.0039943;REVB=-0.0258076;RO=29;SAF=26;SAR=19;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284831;STB=0.66006;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00216332;OID=.;OPOS=44974922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:30:45:45:0.6:19:26:5:24:19:26:5:25 chr14 44974966 . G A 288.59 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.00533434;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.164;QD=11.5436;RBI=0.010967;REFB=-0.000780923;REVB=-0.00958228;RO=66;SAF=7;SAR=27;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390068;STB=0.728144;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00221832;OID=.;OPOS=44974966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:66:34:34:0.34:27:7:34:32:27:7:34:32 chr14 44975052 . A G 196.89 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00328666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3066;QD=10.9381;RBI=0.00838493;REFB=-0.0290708;REVB=0.00771394;RO=46;SAF=9;SAR=16;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18371;STB=0.613903;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0680452;OID=.;OPOS=44975052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:47:25:25:0.347222:16:9:24:22:16:9:25:22 chr14 44975510 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0169848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.867;QD=12.329;RBI=0.0185619;REFB=0.000557013;REVB=0.00748736;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397116;STB=0.713848;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00101048;OID=.;OPOS=44975510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:15:17:11:11:0.392857:9:2:8:7:9:2:8:9 chr14 44975606 . G T 180.31 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0527725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1132;QD=12.879;RBI=0.0949598;REFB=-0.0309815;REVB=0.0789457;RO=34;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116998;STB=0.567505;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0494326;OID=.;OPOS=44975606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:8:14:18:16:8:14:18:16 chr14 47120557 . C T 381.01 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00652824;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.086;QD=16.7477;RBI=0.0351187;REFB=-0.00403775;REVB=-0.0345066;RO=49;SAF=21;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00552657;STB=0.508526;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00529853;OID=.;OPOS=47120557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:49:51:40:40:0.43956:19:21:26:23:19:21:26:25 chr14 47309496 . G T 1061.47 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0002347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.204;QD=58.9705;RBI=0.0228786;REFB=0;REVB=0.0228774;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40612e-06;OID=.;OPOS=47309496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:63:72:0:0:63:72:1:31:32:0:0:37:35:0:0 chr14 47310820 . TC CT,TT 44.59 PASS AF=0,0.194444;AO=3,7;DP=36;FAO=0,7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=0,6;FSAR=0,1;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00828107,-0.00132735;FXX=0.0270197;HRUN=10,1;LEN=2,1;MLLD=29.4834,189.233;QD=4.95405;RBI=0.0578119,0.00428597;REFB=-0.0656507,0.000568919;REVB=-0.0572157,-0.00407526;RO=22;SAF=3,6;SAR=0,1;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.536353,0.339937;STB=0.5,0.697011;STBP=1,0.336;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0494052,0.000297209;OID=.,.;OPOS=47310820,47310821;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:36:36:22:29:3,7:0,7:0,0.194444:0,1:3,6:14:8:0,1:0,6:20:9 chr14 47341131 . C G 243.39 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.222;QD=48.677;RBI=0.0335218;REFB=0;REVB=0.0334756;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297366;OID=.;OPOS=47341131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:8:11:0:0:8:12:0:0 chr14 47528470 . T C 784.63 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.0839;QD=57.0639;RBI=0.023495;REFB=0;REVB=0.0232377;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181811;OID=.;OPOS=47528470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr14 47528540 . T C 326.05 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0105743;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.347;QD=17.3894;RBI=0.0131267;REFB=-0.00620397;REVB=0.00777786;RO=40;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00860526;STB=0.511621;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00562616;OID=.;OPOS=47528540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:40:40:34:35:0.466667:19:15:18:22:20:15:18:22 chr14 50044392 . T C 211.86 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0164326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.999;QD=16.6162;RBI=0.0188582;REFB=0.00557566;REVB=0.00925218;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113831;STB=0.56432;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00623023;OID=.;OPOS=50044392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:13:10:9:19:13:10:9:19 chr14 50058984 . A G 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0090826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.935;QD=18.7441;RBI=0.00967768;REFB=0.0130274;REVB=-0.00334125;RO=4;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31972;STB=0.691659;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00502455;OID=.;OPOS=50058984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:1:6:2:2:1:6:2:2 chr14 50065359 . C G 370.01 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0530548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5373;QD=19.7341;RBI=0.05319;REFB=-0.0135474;REVB=-0.0037893;RO=37;SAF=26;SAR=12;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113893;STB=0.563433;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0138321;OID=.;OPOS=50065359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:12:26:21:16:12:26:21:16 chr14 50065717 . G C 548.98 PASS AF=0.653333;AO=49;DP=75;FAO=49;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00422641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.705;QD=29.2787;RBI=0.0147044;REFB=-0.0182686;REVB=0.0140839;RO=26;SAF=20;SAR=29;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157202;STB=0.585344;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0138999;OID=.;OPOS=50065717;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:26:26:49:49:0.653333:29:20:17:9:29:20:17:9 chr14 50068299 . C G 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0150974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0116;QD=12.5661;RBI=0.0208665;REFB=-0.0247617;REVB=-0.0144041;RO=39;SAF=7;SAR=18;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360254;STB=0.713582;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0419822;OID=.;OPOS=50068299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:25:25:0.384615:18:7:24:15:18:7:25:15 chr14 50092471 . T C 111.06 PASS AF=0.619048;AO=10;DP=18;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00362128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.332;QD=21.1548;RBI=0.0231122;REFB=-0.0426875;REVB=-0.0228267;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201161;STB=0.529366;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0290364;OID=.;OPOS=50092471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:21:8:8:10:13:0.619048:4:6:5:3:4:9:5:3 chr14 50100386 . T C 96.23 PASS AF=0.375;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0103663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.752;QD=12.0288;RBI=0.023353;REFB=0.00186696;REVB=-0.0209261;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136949;STB=0.593599;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00345121;OID=.;OPOS=50100386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:19:20:12:12:0.375:6:6:7:12:6:6:7:13 chr14 50101370 . G A 643.94 PASS AF=0.587629;AO=56;DP=98;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0455329;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.469;QD=26.5544;RBI=0.0465654;REFB=-0.0327987;REVB=0.00975175;RO=40;SAF=22;SAR=34;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570289;STB=0.501503;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0271863;OID=.;OPOS=50101370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:40:40:56:57:0.587629:34:22:16:24:34:23:16:24 chr14 50101682 . C G 464.93 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0125805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.971;QD=22.1394;RBI=0.022892;REFB=-0.0271363;REVB=-0.0191253;RO=38;SAF=24;SAR=21;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381998;STB=0.514371;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0203845;OID=.;OPOS=50101682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:39:45:45:0.535714:21:24:22:16:21:24:22:17 chr14 50195679 . A G 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.488;QD=63.6144;RBI=0.0205963;REFB=0;REVB=0.00907179;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62483e-05;OID=.;OPOS=50195679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:42:53:0:0:42:53:0:0 chr14 50251369 . A G,T 1141.36 PASS AF=0.961538,0.025641;AO=74,3;DP=77;FAO=75,2;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37,2;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00189733,-0.0618563;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.636,119.9;QD=58.5312;RBI=0.00894025,0.0645277;REFB=-0.0149377,-0.137;REVB=-0.0087366,-0.0183743;RO=0;SAF=36,3;SAR=38,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.79579e-08,0;STB=0.506492,0.993266;STBP=0.523,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000410884,0.138685;OID=.,.;OPOS=50251369,50251369;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:77:78:0:1:74,3:75,2:0.961538,0.025641:38,0:36,3:0:0:38,0:37,2:0:1 chr14 50298962 . T A 774.5 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00470831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.639;QD=55.3211;RBI=0.0310188;REFB=-0.125704;REVB=0.0306593;RO=1;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192354;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000871853;OID=.;OPOS=50298962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:56:1:0:55:56:1:24:31:0:1:25:31:0:0 chr14 50320391 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.615;QD=40.7602;RBI=0.156034;REFB=0;REVB=-0.155687;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00196691;OID=.;OPOS=50320391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr14 50472405 . G A 278.91 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00435416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.149;QD=13.9456;RBI=0.0207209;REFB=-0.017206;REVB=-0.0202582;RO=48;SAF=19;SAR=13;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113448;STB=0.506458;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0188933;OID=.;OPOS=50472405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:13:19:28:20:13:19:28:20 chr14 50474062 . C G 483.42 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00700228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.842;QD=20.792;RBI=0.00753249;REFB=-0.0185299;REVB=-0.00277606;RO=46;SAF=23;SAR=24;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293803;STB=0.516255;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0187955;OID=.;OPOS=50474062;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:24:23:21:25:24:23:21:25 chr14 50477643 . G C 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00320544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0063;QD=59.8369;RBI=0.011401;REFB=0;REVB=-0.0109411;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149304;OID=.;OPOS=50477643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr14 50535374 . C A 207.59 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.00775493;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.3;QD=15.0976;RBI=0.00883457;REFB=-0.00425297;REVB=-0.00423209;RO=30;SAF=18;SAR=6;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220492;STB=0.506019;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00774374;OID=.;OPOS=50535374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:6:18:23:7:6:18:23:8 chr14 50575411 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.272;QD=53.9112;RBI=0.0424977;REFB=0;REVB=0.0348938;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180982;OID=.;OPOS=50575411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr14 50616878 . G A 1248.16 PASS AF=1;AO=80;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00425352;FXX=0.0465062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.09;QD=60.8859;RBI=0.0214958;REFB=0;REVB=0.0210707;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139647;OID=.;OPOS=50616878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:82:0:0:80:82:1:39:41:0:0:40:42:0:0 chr14 50623657 . G A 1812.57 PASS AF=0.9;AO=125;DP=140;FAO=126;FDP=140;FR=.;FRO=14;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0442235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6878;QD=51.7877;RBI=0.0534637;REFB=-0.0875665;REVB=-0.030044;RO=13;SAF=65;SAR=60;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652148;STB=0.537245;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00619082;OID=.;OPOS=50623657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:140:140:13:14:125:126:0.9:60:65:2:11:61:65:2:12 chr14 50623669 . G A 65.94 PASS AF=0.115108;AO=17;DP=139;FAO=16;FDP=139;FR=.;FRO=123;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=63;FSRR=60;FWDB=-0.0945641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.57;QD=1.89764;RBI=0.0995059;REFB=-0.00431078;REVB=-0.0309684;RO=120;SAF=4;SAR=13;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353493;STB=0.796276;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0548246;OID=.;OPOS=50623669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:139:139:120:123:17:16:0.115108:13:4:62:58:13:3:63:60 chr14 50623679 . G A 1313.7 PASS AF=0.79845;AO=102;DP=131;FAO=103;FDP=129;FR=.;FRO=26;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.028835;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9075;QD=40.7349;RBI=0.0386092;REFB=-0.0823132;REVB=0.0256751;RO=27;SAF=55;SAR=47;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109687;STB=0.55321;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0222815;OID=.;OPOS=50623679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:27:26:102:103:0.79845:47:55:7:20:48:55:7:19 chr14 50623683 . A G 1309.44 PASS AF=0.814516;AO=100;DP=125;FAO=101;FDP=124;FR=.;FRO=23;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0419278;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5493;QD=42.2401;RBI=0.082152;REFB=-0.0699731;REVB=0.0706471;RO=24;SAF=54;SAR=46;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901957;STB=0.542662;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0166859;OID=.;OPOS=50623683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:24:23:100:101:0.814516:46:54:7:17:47:54:7:16 chr14 50623696 . TAA ATA,TA,TAT 166.27 PASS AF=0.00961538,0.519231,0;AO=5,36,4;DP=93;FAO=1,54,0;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=1,17,0;FSAR=0,37,0;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.029753,0.0372644,-0.0164216;FXX=0.0630574;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=20.3313,7.58453,118.65;QD=6.39487;RBI=0.15306,0.138099,0.120968;REFB=-0.0256502,-0.165066,-0.0187414;REVB=-0.150141,-0.132977,-0.119849;RO=41;SAF=4,8,0;SAR=1,28,4;SRF=26;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.220451,-0.416561,-0.625186;STB=0.989031,0.618731,0.5;STBP=0.489,0.016,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.0911549,0.152127,0.113289;OID=.,.,.;OPOS=50623696,50623697,50623698;OREF=TA,A,A;OALT=AT,-,T;OMAPALT=ATA,TA,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:93:104:41:49:5,36,4:1,54,0:0.00961538,0.519231,0:1,28,4:4,8,0:26:15:0,37,0:1,17,0:27:22 chr14 50704331 . C T 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0042918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.191;QD=50.8366;RBI=0.00709153;REFB=0.030701;REVB=-0.00564537;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00288861;OID=.;OPOS=50704331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:0:1:13:12:0:1 chr14 50713679 . T G 191.19 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.101;QD=47.7981;RBI=0.113133;REFB=0;REVB=0.109303;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148783;OID=.;OPOS=50713679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:6:8:0:0:6:10:0:0 chr14 50732098 . T C 267.84 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00165604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.4187;QD=16.233;RBI=0.00465441;REFB=-0.00665363;REVB=0.00434984;RO=36;SAF=15;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107749;STB=0.560566;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0145055;OID=.;OPOS=50732098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:15:15:22:14:15:15:22:14 chr14 50769717 . G A 154.95 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=2.04965e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3905;QD=22.955;RBI=0.0605208;REFB=0.0231628;REVB=-0.0605208;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329238;STB=0.518495;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.0182387;OID=.;OPOS=50769717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:8:8:6:5:8:8:6:5 chr14 50778816 . A C 168.1 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0211981;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.697;QD=24.0149;RBI=0.0212035;REFB=-0.0457615;REVB=-0.00047851;RO=10;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151346;STB=0.564778;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0229846;OID=.;OPOS=50778816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:27:28:10:11:17:17:0.607143:9:8:7:3:9:8:7:4 chr14 50788213 . C T 195.26 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00520677;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.073;QD=15.3141;RBI=0.0280424;REFB=-0.00805093;REVB=-0.0275548;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159552;STB=0.600264;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0129437;OID=.;OPOS=50788213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:13:9:16:12:13:9:17:12 chr14 50798743 . G A 54.52 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0238462;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.12;QD=7.78908;RBI=0.0291713;REFB=-0.00979877;REVB=-0.0168025;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199028;STB=0.624688;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0167662;OID=.;OPOS=50798743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:29:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:9:11:3:5:9:11 chr14 50799126 . G C 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0501447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0067;QD=15.4997;RBI=0.0511479;REFB=0.00072469;REVB=0.0100808;RO=38;SAF=12;SAR=19;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188027;STB=0.60613;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-6.649e-06;OID=.;OPOS=50799126;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:40:31:31:0.43662:19:12:22:16:19:12:23:17 chr14 50802727 . A C 251.49 PASS AF=0.47541;AO=27;DP=59;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0189682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7889;QD=16.4912;RBI=0.0214641;REFB=-0.0442278;REVB=-0.0100456;RO=32;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264389;STB=0.623526;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0354533;OID=.;OPOS=50802727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:32:32:27:29:0.47541:11:16:10:22:13:16:10:22 chr14 50802840 . A G 278.02 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0344293;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.667;QD=25.2746;RBI=0.0352413;REFB=-0.00187018;REVB=0.00752159;RO=18;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154372;STB=0.594423;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00166701;OID=.;OPOS=50802840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:18:19:25:25:0.568182:13:12:5:13:13:12:5:14 chr14 50824839 . G A 222.68 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0287479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.607;QD=18.9512;RBI=0.0294264;REFB=-0.0125909;REVB=-0.00628286;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327725;STB=0.527248;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0130038;OID=.;OPOS=50824839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:13:9:9:15:13:9:9:16 chr14 50844367 . G GA 58.74 PASS AF=0.305556;AO=10;DP=78;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0768132;FXX=0.0649266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.583;QD=3.26324;RBI=0.077007;REFB=-0.0313216;REVB=0.00545954;RO=67;SAF=7;SAR=3;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351237;STB=0.51775;STBP=0.853;TYPE=ins;VARB=0.11192;OID=.;OPOS=50844368;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556:10:78:22:72:50:10:12:24:26:58:67:7:3:27:40 chr14 50935150 . A G 964.57 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00125753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.007;QD=55.917;RBI=0.0042799;REFB=-0.121241;REVB=0.00409098;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518513;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-9.45331e-05;OID=.;OPOS=50935150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:0:2:67:67:0.971014:41:26:0:0:41:26:2:0 chr14 51057727 . G A 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00340006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.493;QD=12.798;RBI=0.00506966;REFB=-0.0216222;REVB=-0.00376046;RO=41;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799242;STB=0.545836;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0328279;OID=.;OPOS=51057727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:12:14:19:22:12:14:19:22 chr14 51192659 . G A 998.65 PASS AF=0.497561;AO=100;DP=202;FAO=102;FDP=205;FR=.;FRO=103;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=0.0350516;FXX=0.00485413;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.8905;QD=19.4859;RBI=0.0352548;REFB=-0.0031505;REVB=0.0037804;RO=102;SAF=57;SAR=43;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377731;STB=0.527651;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00407781;OID=.;OPOS=51192659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:205:102:103:100:102:0.497561:43:57:54:48:43:59:54:49 chr14 51204996 . C T 463.06 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0276843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3212;QD=21.7911;RBI=0.0281598;REFB=-0.0219752;REVB=0.00515266;RO=40;SAF=27;SAR=18;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15019;STB=0.582901;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0107422;OID=.;OPOS=51204996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:18:27:17:23:18:27:17:23 chr14 51223789 . C T 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0175515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.342;QD=19.0005;RBI=0.0194496;REFB=-0.0351477;REVB=0.00838041;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0333009;OID=.;OPOS=51223789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:7:10:10:7:7:10 chr14 51224374 . T G 194.89 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0129213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.534;QD=17.3238;RBI=0.014543;REFB=-0.0108955;REVB=-0.00667384;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156291;STB=0.589196;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0126377;OID=.;OPOS=51224374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:12:8:14:11:12:8:14:11 chr14 51224417 . G C 165.15 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00650776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1028;QD=16.5153;RBI=0.034642;REFB=-0.0276365;REVB=0.0340252;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436846;STB=0.524972;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0381263;OID=.;OPOS=51224417;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:12:10:9:9:12:10 chr14 51237701 . A G 346.67 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0894474;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.915;QD=19.2596;RBI=0.0899286;REFB=-0.0110152;REVB=-0.00929064;RO=36;SAF=11;SAR=25;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163193;STB=0.591163;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0122912;OID=.;OPOS=51237701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:36:36:36:36:0.5:25:11:17:19:25:11:17:19 chr14 51239067 . C G 885.32 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.612;QD=58.0535;RBI=0.031943;REFB=0;REVB=0.0146511;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129736;OID=.;OPOS=51239067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr14 51324884 . A G 316.3 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00521137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.637;QD=31.6304;RBI=0.00551041;REFB=-0.0251398;REVB=-0.00179058;RO=11;SAF=5;SAR=22;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201472;STB=0.594518;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0129895;OID=.;OPOS=51324884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:11:13:27:27:0.675:22:5:5:6:22:5:5:8 chr14 51324894 . AAG AA,A 121.12 PASS AF=0.227273,0.409091;AO=2,7;DP=20;FAO=5,9;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=1,2;FSAR=4,7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0134361,-0.0154046;FXX=0.153787;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=213.315,213.547;QD=22.021;RBI=0.0285418,0.0296892;REFB=-0.00735636,-0.00750567;REVB=0.0251814,0.02538;RO=2;SAF=0,2;SAR=2,5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.639851,-0.0955799;STB=0.639379,0.592997;STBP=0.485,0.476;TYPE=del,del;VARB=0.0115256,-0.00213112;OID=.,.;OPOS=51324896,51324895;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.227273,0.409091:2,7:20:5,9:22:8:1,2:4,7:3:5:59:2:0,2:2,5:1:1 chr14 51368610 . A G 349.65 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.00801789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.232;QD=13.5785;RBI=0.0175365;REFB=-0.0185519;REVB=0.0155962;RO=59;SAF=18;SAR=23;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903686;STB=0.56572;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0297109;OID=.;OPOS=51368610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:62:41:41:0.398058:23:18:31:28:23:18:34:28 chr14 51378589 . CCT CC,C 352.27 PASS AF=0.491803,0.00819672;AO=42,13;DP=123;FAO=60,1;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=35,1;FSAR=25,0;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.00111787,0.0379157;FXX=0.00812942;HRUN=3,2;LEN=1,2;MLLD=19.0891,25.2726;QD=11.5498;RBI=0.0040297,0.158496;REFB=0.00518407,0.0595705;REVB=0.00387154,-0.153894;RO=54;SAF=34,1;SAR=8,12;SRF=34;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.239822,-0.668137;STB=0.529318,0.987407;STBP=0.525,0.513;TYPE=del,del;VARB=-0.00268386,0.0476417;OID=.,.;OPOS=51378591,51378590;OREF=T,CT;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491803,0.00819672:42,13:123:60,1:122:61:35,1:25,0:39:22:99:54:34,1:8,12:34:20 chr14 51383432 . G A 188.5 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0127444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.188;QD=14.2265;RBI=0.026532;REFB=-0.00667146;REVB=-0.0232707;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976768;STB=0.520814;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0161977;OID=.;OPOS=51383432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:31:21:22:0.415094:12:9:13:18:12:10:13:18 chr14 51446216 . T G 1855.81 PASS AF=0.976378;AO=123;DP=129;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0286583;FXX=0.0155027;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.156;QD=58.4507;RBI=0.0292904;REFB=-0.144076;REVB=-0.00605234;RO=4;SAF=65;SAR=58;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00170672;STB=0.504715;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000712146;OID=.;OPOS=51446216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:129:127:4:3:123:124:0.976378:58:65:2:2:58:66:1:2 chr14 51710861 . A G 439.45 PASS AF=0.409836;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.110882;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1988;QD=14.4082;RBI=0.111434;REFB=-0.0147038;REVB=0.011071;RO=70;SAF=16;SAR=34;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293439;STB=0.672754;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0143623;OID=.;OPOS=51710861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:70:72:50:50:0.409836:34:16:42:28:34:16:44:28 chr14 51716188 . T G 64.02 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.000946;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.646;QD=7.31685;RBI=0.0135618;REFB=0.00481779;REVB=0.0135288;RO=26;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168084;STB=0.510615;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0111463;OID=.;OPOS=51716188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:35:35:26:26:9:9:0.257143:6:3:9:17:6:3:9:17 chr14 51716467 . G A 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0685443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.188;QD=13.3136;RBI=0.0685707;REFB=-0.00777276;REVB=0.00190439;RO=33;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161765;STB=0.593134;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00843214;OID=.;OPOS=51716467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:14:8:17:16:14:8:17:16 chr14 51722690 . T C 205.34 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.000319816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7055;QD=14.6674;RBI=0.00955486;REFB=-0.0117312;REVB=0.0095495;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353606;STB=0.530278;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0136076;OID=.;OPOS=51722690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:14:10:14:17:14:10:15:17 chr14 52182081 . T A 1227.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.401;QD=61.3733;RBI=0.0344577;REFB=0;REVB=0.0256138;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20126e-06;OID=.;OPOS=52182081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr14 52186972 . A G 1558.43 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00186218;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1735;QD=59.9396;RBI=0.0419513;REFB=0;REVB=-0.0419099;RO=0;SAF=36;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101952;OID=.;OPOS=52186972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:68:36:0:0:68:36:0:0 chr14 52195290 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.502;QD=48.7373;RBI=0.0236378;REFB=0;REVB=-0.0132759;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82253e-05;OID=.;OPOS=52195290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr14 52195320 . A G 217.66 PASS AF=0.95;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0919966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.432;QD=43.5316;RBI=0.132069;REFB=-0.0767991;REVB=0.0947562;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538535;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00516156;OID=.;OPOS=52195320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:17:19:0.95:8:9:0:1:9:10:0:1 chr14 52384093 . G C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.117;QD=58.5877;RBI=0.0420711;REFB=0;REVB=0.000815553;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127479;OID=.;OPOS=52384093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr14 52496387 . C A 1084.28 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0187277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.542;QD=58.6096;RBI=0.0325311;REFB=0.116883;REVB=0.0265998;RO=1;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122856;STB=0.506492;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000166869;OID=.;OPOS=52496387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:38:35:0:1:38:35:0:1 chr14 52496407 . C T 919.87 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9294;QD=58.4044;RBI=0.0112792;REFB=0;REVB=0.000909858;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.57938e-05;OID=.;OPOS=52496407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:33:29:0:0:33:30:0:0 chr14 52507429 . A G 3044.92 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.641;QD=63.4357;RBI=0.0224601;REFB=0;REVB=-0.00188071;RO=0;SAF=102;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71292e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42871e-05;OID=.;OPOS=52507429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:192:0:0:190:192:1:88:102:0:0:90:102:0:0 chr14 52520368 . C T 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.454;QD=60.8835;RBI=0.10547;REFB=0;REVB=0.0909414;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256572;OID=.;OPOS=52520368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chr14 52520853 . A G 1436.99 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026795;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.616;QD=63.1642;RBI=0.0268748;REFB=0;REVB=0.00206892;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118727;OID=.;OPOS=52520853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:43:46:0:0:44:47:0:0 chr14 52535648 . G T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.108;QD=59.4342;RBI=0.0353364;REFB=0;REVB=0.00259345;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155977;OID=.;OPOS=52535648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr14 52536512 . T C 1256.13 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.021581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.597;QD=59.8158;RBI=0.0228423;REFB=-0.104887;REVB=0.00748552;RO=1;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106407;STB=0.505375;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000500587;OID=.;OPOS=52536512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:81:83:0.988095:44:37:0:1:46:37:0:1 chr14 52741950 . A G 758.36 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0421881;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.527;QD=53.2182;RBI=0.0422185;REFB=-0.000821726;REVB=0.00160046;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504381;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=1.9836e-05;OID=.;OPOS=52741950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:0:2:55:55:0.964912:34:21:0:0:34:21:1:1 chr14 52906081 . T G 182.98 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00111126;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.769;QD=14.3516;RBI=0.0155622;REFB=-0.00516514;REVB=0.0155225;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925042;STB=0.553022;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00996183;OID=.;OPOS=52906081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:17:13:11:10:17:13 chr14 52907353 . C T 330.53 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0175237;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.401;QD=17.8667;RBI=0.0210151;REFB=-0.0259352;REVB=-0.0115998;RO=39;SAF=19;SAR=16;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148221;STB=0.582775;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0160099;OID=.;OPOS=52907353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:16:19:15:24:16:19:15:24 chr14 52937255 . C T 335.41 PASS AF=0.455696;AO=35;DP=78;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0446349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.491;QD=16.9831;RBI=0.0462703;REFB=-0.0108356;REVB=-0.012193;RO=43;SAF=14;SAR=21;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423173;STB=0.514031;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00859167;OID=.;OPOS=52937255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:43:43:35:36:0.455696:21:14:19:24:21:15:19:24 chr14 53124807 . C T 153.46 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0206521;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.421;QD=13.3445;RBI=0.0288036;REFB=-0.00360783;REVB=-0.0200783;RO=29;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286762;STB=0.668231;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0241341;OID=.;OPOS=53124807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:5:12:13:16:5:12:13:16 chr14 53244637 . A G 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00377157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.19;QD=26.372;RBI=0.0152435;REFB=-0.009379;REVB=-0.0147695;RO=16;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301861;STB=0.516722;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00617316;OID=.;OPOS=53244637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:11:13:8:8:11:13:8:8 chr14 53345342 . A T 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0112824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.803;QD=24.5996;RBI=0.013089;REFB=-0.0198492;REVB=-0.00663548;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159118;STB=0.588159;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0106151;OID=.;OPOS=53345342;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:12:10:4:12:12:10:4:12 chr14 53345378 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.462;QD=59.4353;RBI=0.014478;REFB=0;REVB=-0.003692;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.55381e-05;OID=.;OPOS=53345378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr14 53348540 . T G 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00408415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.883;QD=18.7117;RBI=0.0165981;REFB=-0.00297158;REVB=-0.0160878;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170494;STB=0.596172;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00404176;OID=.;OPOS=53348540;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:10:8:5:14:10:8:5:14 chr14 53529669 . A T 1251.42 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00355465;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.372;QD=61.7986;RBI=0.00362794;REFB=0;REVB=0.000725533;RO=0;SAF=28;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000857763;OID=.;OPOS=53529669;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:53:28:0:0:53:28:0:0 chr14 53619463 . G A 427.44 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0389453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.89;QD=51.8109;RBI=0.0771829;REFB=-0.146892;REVB=0.0666368;RO=1;SAF=21;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217036;STB=0.522713;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00903892;OID=.;OPOS=53619463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:1:2:31:31:0.939394:10:21:1:0:10:21:2:0 chr14 53619480 . T C,TGCCGCC 461.7 PASS AF=0.0952381,0.761905;AO=4,28;DP=43;FAO=4,32;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=3,24;FSAR=1,8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0136758,-0.0566172;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=109.855,134.787;QD=43.9716;RBI=0.0737694,0.0580671;REFB=-0.0500454,-0.0704682;REVB=0.0724907,0.0128952;RO=7;SAF=3,22;SAR=1,6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.158242,-0.0401586;STB=0.5711,0.517846;STBP=0.831,0.675;TYPE=snp,ins;VARB=0.0584016,0.0138618;OID=.,.;OPOS=53619480,53619481;OREF=T,-;OALT=C,GCCGCC;OMAPALT=C,TGCCGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:43:42:7:6:4,28:4,32:0.0952381,0.761905:1,6:3,22:6:1:1,8:3,24:5:1 chr14 53619544 . G A 854.55 PASS AF=0.939394;AO=56;DP=60;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0667149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.714;QD=51.7906;RBI=0.0793026;REFB=-0.152198;REVB=0.0428722;RO=2;SAF=36;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254762;STB=0.507884;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00376429;OID=.;OPOS=53619544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:60:66:2:4:56:62:0.939394:20:36:2:0:23:39:3:1 chr14 54875276 . C A 656.09 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00193205;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2553;QD=62.4848;RBI=0.0144421;REFB=0;REVB=-0.0143123;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010679;OID=.;OPOS=54875276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr14 54875514 . A G 464.95 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0859203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5738;QD=58.1188;RBI=0.0889298;REFB=0;REVB=0.0229393;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011514;OID=.;OPOS=54875514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr14 55154053 . C T 2110.23 PASS AF=0.971631;AO=133;DP=138;FAO=137;FDP=141;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=60;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0220784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2418;QD=59.8646;RBI=0.0224589;REFB=-0.0907237;REVB=-0.0041165;RO=0;SAF=60;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.80485e-08;STB=0.500906;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00685707;OID=.;OPOS=55154053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:138:141:0:2:133:137:0.971631:73:60:0:0:77:60:1:1 chr14 55255673 . C T 658.72 PASS AF=0.462069;AO=66;DP=138;FAO=67;FDP=145;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.0276467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.38;QD=18.1715;RBI=0.0356068;REFB=-0.0447803;REVB=-0.0224389;RO=72;SAF=29;SAR=37;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148041;STB=0.55563;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0470198;OID=.;OPOS=55255673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:145:72:78:66:67:0.462069:37:29:43:29:37:30:43:35 chr14 55308770 . C A 1650.32 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0944782;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8566;QD=58.4183;RBI=0.100121;REFB=-0.0644821;REVB=-0.0331373;RO=2;SAF=56;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000151341;STB=0.50008;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00727556;OID=.;OPOS=55308770;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:113:2:2:111:111:0.982301:55:56:1:1:55:56:1:1 chr14 55344901 . C T 144.07 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0245996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.704;QD=16.4655;RBI=0.0246005;REFB=-0.0252269;REVB=-0.000200466;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17311;STB=0.576417;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0298042;OID=.;OPOS=55344901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:19:15:16:0.457143:6:9:8:11:7:9:8:11 chr14 55423847 . T C 285.04 PASS AF=0.333333;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=111;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.0392664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.6011;QD=10.2715;RBI=0.0392736;REFB=-0.005878;REVB=-0.000754724;RO=71;SAF=15;SAR=22;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850471;STB=0.545881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0115178;OID=.;OPOS=55423847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:71:74:37:37:0.333333:22:15:34:37:22:15:35:39 chr14 55511365 . T TTTTC 369.34 PASS AF=0.430108;AO=31;DP=104;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0129927;FXX=0.0510152;HRUN=5;LEN=4;MLLD=233.796;QD=15.8854;RBI=0.0132101;REFB=-0.00988293;REVB=0.00238668;RO=65;SAF=15;SAR=16;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152465;STB=0.618182;STBP=0.07;TYPE=ins;VARB=0.00893802;OID=.;OPOS=55511366;OREF=-;OALT=TTTC;OMAPALT=TTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430108:31:104:40:93:53:18:22:35:18:99:65:15:16:40:25 chr14 55512273 . C A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0738613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3432;QD=12.781;RBI=0.0740224;REFB=0.0252515;REVB=0.00488073;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106446;STB=0.562383;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.0192877;OID=.;OPOS=55512273;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:3:11:7:3:3:11 chr14 55513848 . G C 184.75 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0194516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.889;QD=18.4745;RBI=0.0235918;REFB=-0.0186765;REVB=0.0133495;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674485;STB=0.53842;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0254701;OID=.;OPOS=55513848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:13:6:8:13:13:6:8:13 chr14 55604935 . C A 647.41 PASS AF=0.537815;AO=64;DP=119;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.0101051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.765;QD=21.7616;RBI=0.0101205;REFB=-0.0195462;REVB=0.000557718;RO=55;SAF=30;SAR=34;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120919;STB=0.566168;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0198588;OID=.;OPOS=55604935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:55:55:64:64:0.537815:34:30:18:37:34:30:18:37 chr14 55605036 . A C 725.34 PASS AF=0.6;AO=64;DP=110;FAO=69;FDP=115;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0345861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.579;QD=25.2292;RBI=0.0448511;REFB=-0.0424622;REVB=-0.0285556;RO=44;SAF=33;SAR=31;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456612;STB=0.529105;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0259736;OID=.;OPOS=55605036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:115:44:46:64:69:0.6:31:33:20:24:31:38:22:24 chr14 55619311 . A G 54.51 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0749245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.104;QD=12.8263;RBI=0.0833358;REFB=-0.0320853;REVB=0.0364853;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525367;STB=0.55541;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0296458;OID=.;OPOS=55619311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:16:17:9:9:7:8:0.470588:5:2:3:6:6:2:3:6 chr14 55818517 . T A 193.96 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0336783;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5517;QD=12.3152;RBI=0.0733132;REFB=0.00660566;REVB=0.0651198;RO=39;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123663;STB=0.571368;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0104952;OID=.;OPOS=55818517;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:9:15:20:19:9:15:20:19 chr14 55818706 . T C 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00573377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.798;QD=20.6401;RBI=0.00652859;REFB=-0.00265916;REVB=0.00312192;RO=32;SAF=26;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235703;STB=0.631218;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00270757;OID=.;OPOS=55818706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:10:26:15:17:10:26:15:17 chr14 55819791 . G A 443.36 PASS AF=0.5;AO=43;DP=87;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.000385752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8724;QD=20.1528;RBI=0.00322089;REFB=-0.00464141;REVB=0.00319771;RO=44;SAF=25;SAR=18;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216574;STB=0.612195;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00354674;OID=.;OPOS=55819791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:44:44:43:44:0.5:18:25:15:29:19:25:15:29 chr14 55834828 . T TAAA 230.55 PASS AF=0.507692;AO=28;DP=74;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0144816;FXX=0.0441112;HRUN=3;LEN=3;MLLD=41.9153;QD=14.1879;RBI=0.0267621;REFB=-0.0222181;REVB=0.0225054;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115851;STB=0.538798;STBP=0.556;TYPE=ins;VARB=0.0205433;OID=.;OPOS=55834829;OREF=-;OALT=AAA;OMAPALT=TAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507692:28:74:33:65:32:16:17:13:19:99:38:15:13:16:22 chr14 55835745 . G C 269.51 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00750455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.262;QD=18.9128;RBI=0.025344;REFB=-0.0142227;REVB=0.0242074;RO=28;SAF=19;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119322;STB=0.506662;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0110281;OID=.;OPOS=55835745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:10:19:18:10:10:19:18:10 chr14 55835773 . A AAAT 186.57 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0169855;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=3;MLLD=237.666;QD=18.2023;RBI=0.020638;REFB=-0.0142984;REVB=-0.0117227;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203561;STB=0.586645;STBP=0.343;TYPE=ins;VARB=0.014227;OID=.;OPOS=55835774;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415:19:44:19:41:22:9:10:14:8:99:25:9:10:17:8 chr14 55864130 . A G 1093.73 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0329082;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.083;QD=57.5645;RBI=0.0358159;REFB=-0.0636168;REVB=0.0141362;RO=2;SAF=39;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236412;STB=0.512497;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000256843;OID=.;OPOS=55864130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:76:2:2:74:74:0.973684:35:39:2:0:35:39:2:0 chr14 56763886 . G A 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.011155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.627;QD=9.84386;RBI=0.0349935;REFB=0.00279837;REVB=-0.0331679;RO=20;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269229;STB=0.666296;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0132974;OID=.;OPOS=56763886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:8:2:8:12:8:2:8:12 chr14 57052511 . G T 708.16 PASS AF=0.45509;AO=75;DP=166;FAO=76;FDP=167;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.022298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.853;QD=16.9618;RBI=0.0793521;REFB=-0.0228561;REVB=-0.0761548;RO=87;SAF=38;SAR=37;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231503;STB=0.502993;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0216447;OID=.;OPOS=57052511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:87:91:75:76:0.45509:37:38:42:45:38:38:46:45 chr14 57099859 . G A 848.52 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.801;QD=57.5271;RBI=0.0433516;REFB=0;REVB=0.0150835;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28089e-05;OID=.;OPOS=57099859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:59:0:0:54:59:1:31:23:0:0:34:25:0:0 chr14 57101682 . A G 1572.77 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6666;QD=59.915;RBI=0.0370369;REFB=0;REVB=0.000312778;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141493;OID=.;OPOS=57101682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:49:56:0:0:49:56:0:0 chr14 57858194 . C G 130.68 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0366275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9963;QD=13.7556;RBI=0.0366294;REFB=0.0045986;REVB=0.000364207;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171272;STB=0.599867;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0172267;OID=.;OPOS=57858194;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:6:9:10:13:6:9:10:13 chr14 57866623 . A G 1078.69 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0222129;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.771;QD=57.5299;RBI=0.0313858;REFB=0.0286162;REVB=0.0221732;RO=2;SAF=46;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201214;STB=0.510635;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000222281;OID=.;OPOS=57866623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:75:2:2:73:73:0.973333:27:46:2:0:27:46:2:0 chr14 57876265 . G A 1683.25 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0384867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4935;QD=58.5478;RBI=0.0392065;REFB=-0.0568824;REVB=-0.00747868;RO=2;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172588;STB=0.509089;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000853197;OID=.;OPOS=57876265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:2:2:113:113:0.982609:54:59:0:2:54:59:0:2 chr14 57876574 . CTTA CCTA,CTAA,CTA,CT 936.1 PASS AF=0,0,0.986301,0;AO=37,3,9,10;DP=75;FAO=0,0,72,0;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,41,0;FSAR=0,0,31,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.337097,-0.0196148,-0.0604739,-0.0420021;FXX=0.0266631;HRUN=2,2,2,2;LEN=1,1,1,2;MLLD=9.98198,9.81204,18.1477,10.3128;QD=51.2934;RBI=0.435307,0.298123,0.0639388,0.322279;REFB=0.158044,0.0310144,-0.0093106,-0.04427;REVB=-0.275422,0.297478,-0.0207625,-0.31953;RO=1;SAF=29,3,6,0;SAR=8,0,3,10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0158799,0,-0.0684198,-0.819712;STB=0.5,0.5,0.506022,0.5;STBP=1,1,0.516,1;TYPE=snp,snp,del,del;VARB=0,0,-0.000653379,0;OID=.,.,.,.;OPOS=57876575,57876576,57876575,57876576;OREF=T,T,T,TA;OALT=C,A,-,-;OMAPALT=CCTA,CTAA,CTA,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,0.986301,0:37,3,9,10:75:0,0,72,0:73:1:0,0,41,0:0,0,31,0:1:0:3:1:29,3,6,0:8,0,3,10:1:0 chr14 57938124 . C T 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6821;QD=58.2389;RBI=0.0228335;REFB=0;REVB=-0.0224897;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018513;OID=.;OPOS=57938124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:23:39:0:0:23:39:0:0 chr14 57938260 . T C 923.1 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524364;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4566;QD=58.6095;RBI=0.0525259;REFB=0;REVB=0.00306399;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305709;OID=.;OPOS=57938260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr14 57945689 . G A 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.856;QD=64.1515;RBI=0.0437963;REFB=0;REVB=0.0123959;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.05495e-05;OID=.;OPOS=57945689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr14 57948380 . T C 768.2 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.031;QD=56.9035;RBI=0.071332;REFB=0;REVB=0.0414164;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182809;OID=.;OPOS=57948380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:30:22:0:0:30:24:0:0 chr14 57957664 . T A 1997.57 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00919364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=346.619;QD=60.9945;RBI=0.0128328;REFB=-0.0320226;REVB=-0.00895313;RO=1;SAF=66;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748387;STB=0.503875;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=1.47275e-05;OID=.;OPOS=57957664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:129:130:0.992366:63:66:0:1:64:66:0:1 chr14 58304280 . G A 758.8 PASS AF=0.484663;AO=79;DP=163;FAO=79;FDP=163;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.0766389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9982;QD=18.6208;RBI=0.0766413;REFB=-0.0304095;REVB=0.000608405;RO=83;SAF=33;SAR=46;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829511;STB=0.542954;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0279457;OID=.;OPOS=58304280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:83:84:79:79:0.484663:46:33:42:41:46:33:42:42 chr14 58598252 . G C 416.84 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00661807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4788;QD=25.263;RBI=0.0397719;REFB=-0.0207858;REVB=0.0392174;RO=25;SAF=19;SAR=21;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530509;STB=0.535805;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0132957;OID=.;OPOS=58598252;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:26:40:40:0.606061:21:19:10:15:21:19:10:16 chr14 58604793 . G A 280.58 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00976567;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.191;QD=19.0226;RBI=0.0100506;REFB=0.0106396;REVB=-0.00237603;RO=28;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140509;STB=0.559283;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00903252;OID=.;OPOS=58604793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:29:30:0.508475:15:14:18:10:15:15:18:11 chr14 58669651 . TAAAAAAAAAT TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAT 140.42 PASS AF=0.416667,0,0.0833333;AO=9,3,5;DP=36;FAO=15,0,3;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7,0,0;FSAR=8,0,3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00570681,-0.000307344,0.129198;FXX=0;HRUN=1,1,9;LEN=1,1,1;MLLD=258.732,258.767,5.41469;QD=15.6024;RBI=0.00601062,0.0018776,0.132587;REFB=-0.0142829,-0.0135917,-0.0324982;REVB=0.00188676,0.00185228,-0.0297859;RO=12;SAF=5,1,1;SAR=4,2,4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.13278,-0.0961013,-0.27779;STB=0.512179,0.5,0.995894;STBP=0.915,1,0.115;TYPE=del,snp,del;VARB=0.0146488,0,0.0558166;OID=.,.,.;OPOS=58669661,58669661,58669652;OREF=T,T,A;OALT=-,A,-;OMAPALT=TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667,0,0.0833333:9,3,5:36:15,0,3:36:18:7,0,0:8,0,3:8:10:99:12:5,1,1:4,2,4:5:7 chr14 58678057 . G A 494.28 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00433723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3426;QD=17.6528;RBI=0.019899;REFB=-0.00657637;REVB=-0.0194205;RO=58;SAF=30;SAR=23;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463963;STB=0.521642;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00630441;OID=.;OPOS=58678057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:58:59:53:53:0.473214:23:30:30:28:23:30:31:28 chr14 58706609 . C T 767.42 PASS AF=0.509804;AO=78;DP=153;FAO=78;FDP=153;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.00108254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.73;QD=20.0633;RBI=0.00355625;REFB=-0.0105641;REVB=0.00338748;RO=75;SAF=41;SAR=37;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00504104;STB=0.502771;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00995444;OID=.;OPOS=58706609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:75:75:78:78:0.509804:37:41:39:36:37:41:39:36 chr14 58766617 . A G 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.086726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3734;QD=12.563;RBI=0.087906;REFB=0.0249903;REVB=-0.0143547;RO=34;SAF=3;SAR=19;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473836;STB=0.786682;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0368625;OID=.;OPOS=58766617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:34:35:22:22:0.385965:19:3:17:17:19:3:18:17 chr14 58831142 . A G 128.3 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.012416;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.761;QD=21.3839;RBI=0.0128167;REFB=-0.00826415;REVB=-0.00317963;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736238;STB=0.541607;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.010321;OID=.;OPOS=58831142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:7:7:4:6:7:7:4:6 chr14 58838668 . A G 185.38 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0251216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.766;QD=19.5134;RBI=0.0338281;REFB=-0.020199;REVB=-0.022655;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229316;STB=0.629295;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00983168;OID=.;OPOS=58838668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:8:11:6:13:8:11:6:13 chr14 58838701 . C T 120.76 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0111552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7926;QD=14.637;RBI=0.052877;REFB=-0.0104139;REVB=-0.051687;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116789;STB=0.567475;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0141201;OID=.;OPOS=58838701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:6:13:8:6:6:13 chr14 58839339 . A C 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.507;QD=58.243;RBI=0.0173381;REFB=0.123771;REVB=0.00277564;RO=1;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170496;STB=0.509086;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.000410569;OID=.;OPOS=58839339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:27:12:0:1:27:12:0:1 chr14 58917454 . G A 1226.8 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.592;QD=61.3399;RBI=0.0185369;REFB=0;REVB=-0.00925694;RO=0;SAF=26;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74352e-05;OID=.;OPOS=58917454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:54:26:0:0:54:26:0:0 chr14 58937416 . T C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6076;QD=57.3844;RBI=0.04539;REFB=0;REVB=0.000641494;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000437826;OID=.;OPOS=58937416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr14 58953746 . C G 786.63 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00257367;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1968;QD=57.2092;RBI=0.0556836;REFB=0;REVB=-0.0556241;RO=1;SAF=20;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229835;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126142;OID=.;OPOS=58953746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:1:0:55:55:1:35:20:1:0:35:20:0:0 chr14 59010649 . T C 538.12 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.519;QD=59.7913;RBI=0.0319421;REFB=0;REVB=0.0164536;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124651;OID=.;OPOS=59010649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:15:21:0:0 chr14 59112732 . C T 322.27 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.257;QD=53.7124;RBI=0.0492114;REFB=0;REVB=0.0490577;RO=0;SAF=21;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130705;OID=.;OPOS=59112732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:2:21:0:0:3:21:0:0 chr14 59730422 . AAGG A,AAGA,TAGA 492.88 PASS AF=0.452632,0.0315789,0.0421053;AO=42,4,4;DP=99;FAO=43,3,4;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=10,1,4;FSAR=33,2,0;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=0.0098841,0.00439558,-0.00402764;FXX=0.0306091;HRUN=2,2,2;LEN=3,1,4;MLLD=198.366,52.8663,104.395;QD=20.7526;RBI=0.0141601,0.0525174,0.0242353;REFB=-0.0215285,0.0151481,-0.0187965;REVB=-0.0101397,0.0523331,-0.0238983;RO=46;SAF=9,2,4;SAR=33,2,0;SRF=10;SRR=36;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.00431249,0.333331,0.699383;STB=0.508433,0.599402,0.998472;STBP=0.901,0.811,0.001;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0230755,0.0575733,0.066372;OID=.,.,.;OPOS=59730423,59730425,59730422;OREF=AGG,G,AAGG;OALT=-,A,TAGA;OMAPALT=A,AAGA,TAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:95:46:45:42,4,4:43,3,4:0.452632,0.0315789,0.0421053:33,2,0:9,2,4:10:36:33,2,0:10,1,4:11:34 chr14 59789727 . G A 261.97 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0917666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4788;QD=14.9698;RBI=0.0918675;REFB=0.00878407;REVB=-0.00430567;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839318;STB=0.547497;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0215381;OID=.;OPOS=59789727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:16:14:22:18:16:14:22:18 chr14 59797235 . A G 365.11 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0356058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.025;QD=52.1587;RBI=0.035736;REFB=-0.112733;REVB=-0.00304785;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299926;STB=0.516117;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000964296;OID=.;OPOS=59797235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:12:15:1:0:12:15:1:0 chr14 59835971 . A AAC 144.25 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019417;FXX=0.176367;HRUN=7;LEN=2;MLLD=153.613;QD=41.2149;RBI=0.0884013;REFB=0;REVB=-0.0862425;RO=17;SAF=2;SAR=0;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00106954;OID=.;OPOS=59835972;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:14:14:0:7:7:0:0:3:17:2:0:10:7 chr14 59835972 . A C 120.35 PASS AF=0.733333;AO=9;DP=17;FAO=11;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00509864;FXX=0.117578;HRUN=7;LEN=1;MLLD=151.229;QD=32.092;RBI=0.0257974;REFB=-0.0739889;REVB=0.0252885;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292304;STB=0.636115;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00716901;OID=.;OPOS=59835972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:17:15:3:3:9:11:0.733333:6:3:3:0:7:4:3:0 chr14 59939727 . T C 392.68 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0263277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8395;QD=19.6338;RBI=0.0556318;REFB=-0.0302956;REVB=0.0490077;RO=40;SAF=23;SAR=17;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464396;STB=0.52576;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0444636;OID=.;OPOS=59939727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:17:23:25:15:17:23:25:15 chr14 59950417 . T G 155.28 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00701168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8739;QD=9.70487;RBI=0.00781396;REFB=-0.0210462;REVB=0.00344883;RO=42;SAF=9;SAR=12;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239802;STB=0.631458;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0440725;OID=.;OPOS=59950417;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:42:43:21:21:0.328125:12:9:27:15:12:9:27:16 chr14 59950690 . A C 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0013825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.143;QD=9.20023;RBI=0.0589121;REFB=-0.0173616;REVB=-0.0588958;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115383;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0395649;OID=.;OPOS=59950690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:7:6:4:3:7:6 chr14 59951278 . T C 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0409999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1569;QD=18.4889;RBI=0.0445149;REFB=-0.00373782;REVB=0.0173373;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113601;STB=0.555504;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00381892;OID=.;OPOS=59951278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:14:8:12:13:14:8:12:14 chr14 59988324 . C T 350.62 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0143978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.179;QD=19.212;RBI=0.0167699;REFB=-0.00536662;REVB=-0.00859833;RO=36;SAF=24;SAR=12;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277536;STB=0.520388;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00613444;OID=.;OPOS=59988324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:36:36:36:37:0.506849:12:24:23:13:12:25:23:13 chr14 60004844 . C T 171.94 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0334947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7358;QD=18.0993;RBI=0.0349128;REFB=0.00796399;REVB=-0.00984922;RO=20;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325649;STB=0.518498;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0162795;OID=.;OPOS=60004844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:13:5:5:15:13:5:5:15 chr14 60031996 . G A 386.82 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00229119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.272;QD=15.7886;RBI=0.0024225;REFB=-0.00589308;REVB=0.000786751;RO=57;SAF=29;SAR=12;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147938;STB=0.58385;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00655406;OID=.;OPOS=60031996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:12:29:33:24:12:29:33:24 chr14 60043422 . A G 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.457;QD=58.599;RBI=0.0372275;REFB=0;REVB=-0.0172122;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22914e-05;OID=.;OPOS=60043422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr14 60062671 . A C 258.33 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00571992;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.412;QD=20.2608;RBI=0.0353786;REFB=0.00404616;REVB=0.0349131;RO=25;SAF=16;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861151;STB=0.543346;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00303247;OID=.;OPOS=60062671;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:25:24:26:27:0.529412:10:16:13:12:10:17:13:11 chr14 60063472 . A G 1528.58 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1617;QD=63.691;RBI=0.0337256;REFB=0;REVB=0.0163495;RO=0;SAF=35;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249999;OID=.;OPOS=60063472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:60:35:0:0:61:35:0:0 chr14 60574539 . A G 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0147803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4467;QD=12.4134;RBI=0.0179544;REFB=-0.000621167;REVB=0.0101932;RO=37;SAF=14;SAR=9;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157553;STB=0.509083;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00129157;OID=.;OPOS=60574539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:9:14:22:15:9:14:22:15 chr14 60574617 . C T 132.46 PASS AF=0.375;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=3.27244e-05;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9742;QD=13.2464;RBI=0.0339393;REFB=-0.0211262;REVB=-0.0339393;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285998;STB=0.516756;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0377691;OID=.;OPOS=60574617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:25:25:15:15:0.375:7:8:14:11:7:8:14:11 chr14 60575240 . T C 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0210727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.969;QD=10.5419;RBI=0.0563984;REFB=-0.00999775;REVB=0.0523137;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792063;STB=0.547855;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0227919;OID=.;OPOS=60575240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:8:3:7:14:8:3:7:14 chr14 60575869 . A G 482.89 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0187747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.321;QD=18.5725;RBI=0.0189404;REFB=-0.00262614;REVB=-0.00249972;RO=53;SAF=18;SAR=33;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612085;STB=0.533967;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00231437;OID=.;OPOS=60575869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:53:51:51:0.490385:33:18:22:31:33:18:22:31 chr14 60576241 . G C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0189173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.021;QD=13.2051;RBI=0.0478571;REFB=-0.00794176;REVB=-0.0439596;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275357;STB=0.66611;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0102791;OID=.;OPOS=60576241;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:2:4:2:4:2:4 chr14 60576637 . A T 369.67 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.000419165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.577;QD=22.404;RBI=0.000697866;REFB=-0.0281784;REVB=-0.000557959;RO=29;SAF=11;SAR=26;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753687;STB=0.541644;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0244994;OID=.;OPOS=60576637;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:26:11:11:18:26:11:11:18 chr14 60576951 . A G 217.97 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00371972;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.341;QD=15.2962;RBI=0.0101479;REFB=-0.00473615;REVB=0.00944157;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696018;STB=0.539536;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00617062;OID=.;OPOS=60576951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:15:10:15:17:15:10:15:17 chr14 60581863 . G A 207.26 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00812663;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.254;QD=14.8041;RBI=0.00911372;REFB=0.00353948;REVB=0.00412527;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105096;STB=0.505983;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00358876;OID=.;OPOS=60581863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:13:11:15:17:13:11:15:17 chr14 60581935 . C T 305.53 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00716787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.571;QD=17.9722;RBI=0.00733134;REFB=-0.0184324;REVB=0.00153955;RO=35;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690545;STB=0.529813;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0220257;OID=.;OPOS=60581935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:35:32:33:0.485294:17:15:19:16:17:16:19:16 chr14 60582053 . G A 227.37 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.010504;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.384;QD=21.1503;RBI=0.0109943;REFB=-0.010161;REVB=0.00324675;RO=21;SAF=17;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272377;STB=0.62129;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0232225;OID=.;OPOS=60582053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:21:21:22:0.511628:4:17:12:9:5:17:12:9 chr14 60585131 . A G 261.75 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=71;FAO=30;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0942865;FXX=0.0140825;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.0456;QD=14.9573;RBI=0.105205;REFB=-0.025788;REVB=-0.0466707;RO=22;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709017;STB=0.547336;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0181324;OID=.;OPOS=60585131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:22:39:24:30:0.428571:9:15:12:10:10:20:23:16 chr14 60591829 . T C 443.66 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00745451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.579;QD=17.2293;RBI=0.00818889;REFB=-0.0057808;REVB=0.00338944;RO=54;SAF=22;SAR=26;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00443107;STB=0.507727;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00745513;OID=.;OPOS=60591829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:55:48:48:0.466019:26:22:25:29:26:22:26:29 chr14 60591887 . G A 390.4 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00805848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.359;QD=19.0439;RBI=0.00884272;REFB=-0.0156455;REVB=0.00364067;RO=42;SAF=21;SAR=19;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449077;STB=0.524988;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0181817;OID=.;OPOS=60591887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:19:21:20:22:19:21:20:22 chr14 60601308 . G A 269.33 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0121978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.727;QD=22.9215;RBI=0.028579;REFB=-0.000485618;REVB=-0.0258452;RO=22;SAF=19;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335938;STB=0.693706;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000486533;OID=.;OPOS=60601308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:22:24:25:0.531915:5:19:10:12:5:20:10:12 chr14 60611585 . T C 236.5 PASS AF=0.4;AO=29;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=8.48921e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.961;QD=13.5142;RBI=0.0699113;REFB=0.00027073;REVB=0.0699112;RO=41;SAF=20;SAR=9;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288843;STB=0.653014;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-8.53466e-05;OID=.;OPOS=60611585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:42:29:28:0.4:9:20:17:24:9:19:18:24 chr14 60611648 . C T 324.25 PASS AF=0.4;AO=35;DP=89;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00960974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.586;QD=14.4112;RBI=0.0102196;REFB=-0.00316796;REVB=-0.00347761;RO=54;SAF=20;SAR=15;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173632;STB=0.588187;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00517732;OID=.;OPOS=60611648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:54:54:35:36:0.4:15:20:22:32:16:20:22:32 chr14 60611675 . G A 345.61 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.02378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.756;QD=14.4004;RBI=0.0305997;REFB=-0.0023616;REVB=-0.0192576;RO=57;SAF=17;SAR=21;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280331;STB=0.521512;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00736983;OID=.;OPOS=60611675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:58:38:38:0.395833:21:17:27:30:21:17:28:30 chr14 60615914 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.049543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6049;QD=12.3961;RBI=0.0495516;REFB=0.00973029;REVB=0.000922358;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0170135;OID=.;OPOS=60615914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:3:2:3:2:3:2 chr14 60616042 . C T 407.04 PASS AF=0.5;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0183396;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2302;QD=19.8556;RBI=0.022465;REFB=-0.00932605;REVB=-0.0129745;RO=41;SAF=27;SAR=14;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497852;STB=0.527578;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00912605;OID=.;OPOS=60616042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:41:41:41:41:0.5:14:27:29:12:14:27:29:12 chr14 60864583 . G T 1641.41 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.447;QD=60.2354;RBI=0.0310172;REFB=0;REVB=0.0230227;RO=0;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49658e-05;OID=.;OPOS=60864583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:65:44:0:0:65:44:0:0 chr14 60900113 . C T 1896.4 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.187;QD=61.6715;RBI=0.0196256;REFB=0;REVB=-0.00189766;RO=0;SAF=57;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02993e-06;OID=.;OPOS=60900113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:66:57:0:0:66:57:0:0 chr14 60903757 . G A 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.995;QD=59.4286;RBI=0.0293852;REFB=0;REVB=-0.0180298;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41088e-05;OID=.;OPOS=60903757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr14 60923783 . C T 761.63 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4438;QD=63.4691;RBI=0.0389496;REFB=0;REVB=0.00294381;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581521;OID=.;OPOS=60923783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:30:16:0:0:31:17:0:0 chr14 60932752 . G A 557.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6487;QD=60.2198;RBI=0.0174963;REFB=0;REVB=-0.00241997;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282808;OID=.;OPOS=60932752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr14 61124940 . A G 771.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260932;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.183;QD=57.1424;RBI=0.01129;REFB=0;REVB=-0.0109843;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18278e-05;OID=.;OPOS=61124940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr14 61176485 . T C 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.02731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.914;QD=54.4799;RBI=0.0276872;REFB=0.0384019;REVB=0.00455413;RO=1;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372894;STB=0.519987;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000379447;OID=.;OPOS=61176485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:12:19:0:1:12:19:0:1 chr14 61180657 . T G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.075;QD=59.8557;RBI=0.0424975;REFB=0;REVB=0.0309504;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105712;OID=.;OPOS=61180657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr14 61445967 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.596;QD=58.5878;RBI=0.0341317;REFB=0;REVB=0.0267833;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020777;OID=.;OPOS=61445967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr14 61449328 . T A 1459.08 PASS AF=0.953271;AO=102;DP=107;FAO=102;FDP=107;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=74;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00981718;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.009;QD=54.5452;RBI=0.0129304;REFB=-0.137835;REVB=0.00841529;RO=2;SAF=28;SAR=74;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326819;STB=0.529985;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0014046;OID=.;OPOS=61449328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:107:107:2:5:102:102:0.953271:74:28:2:0:74:28:4:1 chr14 61509924 . T C 755.68 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.473;QD=61.6879;RBI=0.020534;REFB=-0.147088;REVB=0.00209174;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018447;STB=0.5098;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000725399;OID=.;OPOS=61509924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:49:49:1:1:48:48:0.979592:25:23:0:1:25:23:0:1 chr14 61748487 . C G 386.5 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0178587;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5175;QD=14.8655;RBI=0.0300732;REFB=-0.00796576;REVB=-0.0241964;RO=56;SAF=37;SAR=7;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321678;STB=0.691697;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0108298;OID=.;OPOS=61748487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:56:60:44:44:0.423077:7:37:34:22:7:37:36:24 chr14 61924239 . G A 314.91 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0158063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.833;QD=17.4951;RBI=0.0181928;REFB=-0.00478971;REVB=0.00900777;RO=37;SAF=19;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172313;STB=0.517317;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00963113;OID=.;OPOS=61924239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:15:19:20:17:15:19:20:18 chr14 61924241 . A C 298.84 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00306172;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.841;QD=16.1534;RBI=0.00947474;REFB=0.000733506;REVB=0.00896641;RO=40;SAF=18;SAR=15;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00446709;STB=0.504947;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00115625;OID=.;OPOS=61924241;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:40:41:33:33:0.445946:15:18:22:18:15:18:22:19 chr14 62037421 . C T 306.69 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0104543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.796;QD=18.0408;RBI=0.0111301;REFB=-0.00551854;REVB=0.0038194;RO=35;SAF=20;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13871;STB=0.57757;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00857668;OID=.;OPOS=62037421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:13:20:16:19:13:20:16:19 chr14 62203623 . G A 239.72 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00455646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.511;QD=18.0919;RBI=0.0320355;REFB=-0.0397497;REVB=-0.0317098;RO=25;SAF=8;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163799;STB=0.596138;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0406481;OID=.;OPOS=62203623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:27:26:26:0.490566:18:8:12:13:18:8:13:14 chr14 62213848 . T C 892.42 PASS AF=0.941176;AO=64;DP=68;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0053263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.857;QD=52.4952;RBI=0.0265723;REFB=0.0146153;REVB=0.026033;RO=4;SAF=36;SAR=28;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211865;STB=0.511232;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00117554;OID=.;OPOS=62213848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:68:68:4:4:64:64:0.941176:28:36:3:1:28:36:3:1 chr14 62462766 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.378;QD=59.0187;RBI=0.00644084;REFB=0;REVB=-0.00220072;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35123e-05;OID=.;OPOS=62462766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:28:6:0:0:28:6:0:0 chr14 62463129 . G T 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0012736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.442;QD=13.8496;RBI=0.0100897;REFB=-0.00840767;REVB=-0.010009;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113019;STB=0.565954;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0134907;OID=.;OPOS=62463129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:10:6:12:13:10:6:12:13 chr14 62463214 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.775;QD=50.4121;RBI=0.0170749;REFB=0;REVB=-0.00457315;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012505;OID=.;OPOS=62463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr14 63174616 . T C 1506.96 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0355901;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.7527;QD=57.408;RBI=0.0530643;REFB=0.0600275;REVB=-0.0393595;RO=1;SAF=52;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903785;STB=0.500092;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00164152;OID=.;OPOS=63174616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:1:2:103:103:0.980952:51:52:1:0:51:52:1:1 chr14 63174960 . C T 191.84 PASS AF=0.369231;AO=23;DP=64;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0129536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.244;QD=11.8057;RBI=0.0156235;REFB=-0.0123412;REVB=-0.0087349;RO=41;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198452;STB=0.59992;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0289611;OID=.;OPOS=63174960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:41:41:23:24:0.369231:11:12:14:27:12:12:14:27 chr14 63784407 . A AG,G 881.88 PASS AF=1,0;AO=36,33;DP=76;FAO=76,0;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=46,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0987585,-0.000958392;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=16.2171,5.69526;QD=46.4147;RBI=0.186135,0.443421;REFB=0,0;REVB=-0.157775,-0.44342;RO=6;SAF=25,0;SAR=11,33;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0443585,-0.880754;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00039914,0;OID=.,.;OPOS=63784408,63784407;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:6:0:36,33:76,0:1,0:11,33:25,0:5:1:46,0:30,0:0:0 chr14 64423187 . C A 257.77 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0228782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.721;QD=23.4332;RBI=0.029986;REFB=-0.00368232;REVB=-0.0193842;RO=20;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195182;STB=0.608526;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00542991;OID=.;OPOS=64423187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:11:13:6:14:11:13:6:14 chr14 64494278 . C T 308.37 PASS AF=0.368421;AO=33;DP=93;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.0133782;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.655;QD=12.9839;RBI=0.0386916;REFB=-0.00620345;REVB=-0.0363051;RO=60;SAF=17;SAR=16;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17179;STB=0.579809;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0132718;OID=.;OPOS=64494278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:60:60:33:35:0.368421:16:17:40:20:16:19:40:20 chr14 64496763 . T C 273.96 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00515939;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.558;QD=23.8222;RBI=0.0826836;REFB=0.00116651;REVB=0.0825225;RO=21;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204705;STB=0.619622;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.000335618;OID=.;OPOS=64496763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:24:25:0.543478:15:9:13:8:16:9:13:8 chr14 64498037 . G A 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0316268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.127;QD=8.73786;RBI=0.0359513;REFB=-0.018477;REVB=-0.0170951;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148306;STB=0.566785;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0418961;OID=.;OPOS=64498037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:4:5:13:6:4:5:13:7 chr14 64518321 . A G 121.17 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00723802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.245;QD=16.1557;RBI=0.0279262;REFB=0.0488854;REVB=0.0269719;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226907;STB=0.642653;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.011722;OID=.;OPOS=64518321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:13:14:0.466667:8:5:10:6:9:5:10:6 chr14 64519035 . A G 341.04 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0993591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9297;QD=54.5663;RBI=0.101716;REFB=0;REVB=0.0217717;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223969;OID=.;OPOS=64519035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:8:16:0:0:8:17:0:0 chr14 64519709 . A T 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0130043;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.174;QD=7.32772;RBI=0.0144291;REFB=-0.00418864;REVB=0.00625211;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542175;STB=0.830074;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0227266;OID=.;OPOS=64519709;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:6:2:16:5:6:2:16:5 chr14 64522674 . G C 244.23 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0117913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3418;QD=23.2597;RBI=0.0374085;REFB=0.00801846;REVB=-0.0355016;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166184;STB=0.592514;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00833804;OID=.;OPOS=64522674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:11:12:6:13:11:12:6:13 chr14 64522843 . A G 176.05 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00119828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7052;QD=14.3714;RBI=0.0124116;REFB=-0.00710437;REVB=0.0123537;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785663;STB=0.545407;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.017445;OID=.;OPOS=64522843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:9:10:18:12:9:10:18:12 chr14 64551688 . C T 464.8 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0156892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.025;QD=22.1331;RBI=0.017734;REFB=-0.00906255;REVB=0.00826704;RO=39;SAF=23;SAR=22;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881254;STB=0.54852;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0106952;OID=.;OPOS=64551688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:22:23:24:15:22:23:24:15 chr14 64554517 . A G 103.3 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0766341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.625;QD=7.12399;RBI=0.0767277;REFB=-0.0012666;REVB=0.00379016;RO=43;SAF=10;SAR=5;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809905;STB=0.549932;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00669172;OID=.;OPOS=64554517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:43:43:15:15:0.258621:5:10:26:17:5:10:26:17 chr14 64565582 . T C 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0129359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.453;QD=14.1188;RBI=0.0143373;REFB=-0.0114839;REVB=0.00618225;RO=38;SAF=6;SAR=21;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272819;STB=0.657016;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.015134;OID=.;OPOS=64565582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:21:6:17:21:21:6:17:21 chr14 64612845 . C T 167.21 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0135943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.868;QD=15.5542;RBI=0.0246363;REFB=-0.0175718;REVB=0.0205462;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00270738;STB=0.55021;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0202053;OID=.;OPOS=64612845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:25:17:18:0.418605:7:10:13:9:8:10:16:9 chr14 64612858 . C A 154.78 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0199364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.177;QD=14.7414;RBI=0.024964;REFB=-0.0200669;REVB=-0.0150246;RO=25;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375915;STB=0.521714;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0349619;OID=.;OPOS=64612858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:6:11:17:8:6:11:17:8 chr14 64637147 . C A 325.31 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00717899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8354;QD=22.435;RBI=0.0449551;REFB=-0.0199166;REVB=0.0443782;RO=25;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350971;STB=0.51936;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0164459;OID=.;OPOS=64637147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:16:17:14:11:16:17:14:11 chr14 64657684 . C A 297.83 PASS AF=0.359223;AO=37;DP=107;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=-0.0123487;FXX=0.0373797;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.463;QD=11.5661;RBI=0.0154002;REFB=-0.00674466;REVB=-0.00920194;RO=64;SAF=26;SAR=11;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399513;STB=0.527012;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0112258;OID=.;OPOS=64657684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:103:64:66:37:37:0.359223:11:26:43:21:11:26:44:22 chr14 64686125 . G T 78.29 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.0209189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.065;QD=14.2345;RBI=0.0694073;REFB=-0.0313688;REVB=0.0661799;RO=11;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364631;STB=0.714004;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0442035;OID=.;OPOS=64686125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:22:11:12:9:10:0.454545:1:8:11:0:2:8:12:0 chr14 64805001 . A G 97.52 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00288019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.489;QD=13.931;RBI=0.0174299;REFB=-0.0133542;REVB=0.0171902;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106918;STB=0.601109;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0156;OID=.;OPOS=64805001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:27:28:15:16:11:12:0.428571:4:7:11:4:5:7:12:4 chr14 64907000 . C T 407.97 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00335996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.742;QD=17.738;RBI=0.014414;REFB=-0.0117084;REVB=-0.0140169;RO=50;SAF=19;SAR=23;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00746302;STB=0.504173;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0121193;OID=.;OPOS=64907000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:23:19:23:27:23:19:23:27 chr14 64935720 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.288;QD=44.6898;RBI=0.0177724;REFB=0;REVB=0.0174765;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319764;OID=.;OPOS=64935720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr14 64988279 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.888;QD=57.6802;RBI=0.0313035;REFB=0;REVB=0.0295618;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112418;OID=.;OPOS=64988279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr14 64988924 . T C 1163.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017262;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.405;QD=60.4459;RBI=0.0233472;REFB=0;REVB=0.0157199;RO=0;SAF=19;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3042e-05;OID=.;OPOS=64988924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:57:19:0:0:58:19:0:0 chr14 65008251 . C T 508.37 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0706947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0933;QD=56.4854;RBI=0.074399;REFB=0.0168246;REVB=-0.0231833;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00189121;OID=.;OPOS=65008251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:17:18:0:0:17:18:0:1 chr14 65016702 . T G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.092;QD=46.8465;RBI=0.0251659;REFB=0;REVB=-0.0202676;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11788e-05;OID=.;OPOS=65016702;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr14 65197791 . C A 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0223317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.619;QD=9.37531;RBI=0.0269951;REFB=-0.0245904;REVB=-0.0151668;RO=40;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272716;STB=0.523785;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0465424;OID=.;OPOS=65197791;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:41:19:19:0.316667:9:10:22:18:9:10:23:18 chr14 65216120 . C T 495.06 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0427335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.388;QD=20.6273;RBI=0.0437993;REFB=-0.0392544;REVB=-0.00960351;RO=48;SAF=27;SAR=21;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0405896;OID=.;OPOS=65216120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:21:27:27:21:21:27:27:21 chr14 65246623 . T C 344.9 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.139474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3205;QD=22.2513;RBI=0.154536;REFB=-0.0150439;REVB=-0.066547;RO=27;SAF=28;SAR=7;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694361;STB=0.538439;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00838706;OID=.;OPOS=65246623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:7:28:20:7:7:28:20:7 chr14 65249052 . C G 279.91 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0194345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.619;QD=14.1724;RBI=0.0341772;REFB=-0.0219244;REVB=-0.0281137;RO=47;SAF=24;SAR=8;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27827;STB=0.659468;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0317881;OID=.;OPOS=65249052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:8:24:24:23:8:24:24:23 chr14 65253232 . T C 342.9 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00248802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.69;QD=18.789;RBI=0.0485061;REFB=-0.0191324;REVB=-0.0484423;RO=37;SAF=22;SAR=14;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898643;STB=0.549891;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0192982;OID=.;OPOS=65253232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:14:22:26:11:14:22:26:11 chr14 65260227 . T G 221.74 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00911979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.047;QD=18.4779;RBI=0.00918326;REFB=-0.00209501;REVB=0.00107782;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435255;STB=0.524692;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00239332;OID=.;OPOS=65260227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:10:12:13:13:10:12:13:13 chr14 65263300 . C T 368.1 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00976954;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.941;QD=17.9561;RBI=0.0157331;REFB=-0.0203472;REVB=-0.0123323;RO=42;SAF=24;SAR=14;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596026;STB=0.518654;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.022197;OID=.;OPOS=65263300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:38:39:0.47561:14:24:24:18:15:24:25:18 chr14 65263347 . C T 448.15 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0205191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.869;QD=17.5744;RBI=0.0227654;REFB=-0.012013;REVB=0.00986066;RO=53;SAF=28;SAR=20;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348442;STB=0.515044;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0137743;OID=.;OPOS=65263347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:54:48:48:0.470588:20:28:29:24:20:28:30:24 chr14 65412748 . G C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.503;QD=58.061;RBI=0.0162885;REFB=0;REVB=0.0118029;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97101e-05;OID=.;OPOS=65412748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr14 65417070 . C A 1006.69 PASS AF=0.946667;AO=68;DP=73;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.131215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1222;QD=53.6901;RBI=0.135357;REFB=-0.135513;REVB=0.0332309;RO=4;SAF=30;SAR=38;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589517;STB=0.529403;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00339431;OID=.;OPOS=65417070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:73:75:4:4:68:71:0.946667:38:30:4:0:39:32:4:0 chr14 65419293 . A G 619.53 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00350903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7479;QD=59.0029;RBI=0.0441366;REFB=-0.00589478;REVB=-0.0439968;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000542318;OID=.;OPOS=65419293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:23:18:0:1:23:18:0:1 chr14 65878807 . C T 256.82 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00128368;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.315;QD=22.3321;RBI=0.0287835;REFB=-0.044398;REVB=0.0287548;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211701;STB=0.605649;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0277229;OID=.;OPOS=65878807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:21:22:24:24:0.521739:13:11:15:6:13:11:15:7 chr14 65878909 . C T 146.74 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.000546716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.366;QD=11.2878;RBI=0.0191699;REFB=-0.0123412;REVB=-0.0191621;RO=34;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254856;STB=0.64838;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0391428;OID=.;OPOS=65878909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:8:10:11:23:8:10:11:23 chr14 66028446 . A AG,G 837.79 PASS AF=0.0677966,0.932203;AO=6,53;DP=59;FAO=4,55;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=4,14;FSAR=0,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640691,0.0650472;FXX=0.0166639;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=239.959,263.213;QD=56.7993;RBI=0.0641359,0.0651039;REFB=0,0;REVB=0.00292606,0.00271678;RO=0;SAF=6,12;SAR=0,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.140287,0.000344564;OID=.,.;OPOS=66028447,66028446;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:59:59:0:0:6,53:4,55:0.0677966,0.932203:0,41:6,12:0:0:0,41:4,14:0:0 chr14 66209496 . G A 236.65 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00335757;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.482;QD=13.9204;RBI=0.00698689;REFB=-0.0190691;REVB=-0.00612727;RO=40;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123603;STB=0.593684;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0267768;OID=.;OPOS=66209496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:40:40:27:28:0.411765:13:14:16:24:13:15:15:25 chr14 66479652 . G T 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.46;QD=59.0423;RBI=0.0173873;REFB=-0.0561941;REVB=-0.00925954;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302497;STB=0.516121;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00177787;OID=.;OPOS=66479652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:26:15:1:0:26:15:1:0 chr14 66479768 . A C 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.291;QD=64.1533;RBI=0.014023;REFB=0;REVB=0.00223808;RO=0;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12525e-05;OID=.;OPOS=66479768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:42:57:0:0:42:57:0:0 chr14 66479771 . G A 1513.67 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2877;QD=59.9472;RBI=0.103593;REFB=0;REVB=0.10108;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740114;OID=.;OPOS=66479771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:41:59:0:0:42:59:0:0 chr14 66974474 . T C 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.14858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.197;QD=43.4814;RBI=0.15503;REFB=0;REVB=0.0442551;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00280302;OID=.;OPOS=66974474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr14 67147816 . T C 601.32 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0482336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8606;QD=58.665;RBI=0.0535552;REFB=-0.15861;REVB=0.0232741;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253417;STB=0.513507;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00590894;OID=.;OPOS=67147816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:18:22:0:1:18:22:0:1 chr14 67671701 . C T 92.51 PASS AF=0.55;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0267044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.735;QD=18.5014;RBI=0.0702311;REFB=-0.00426529;REVB=0.064956;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097017;STB=0.52936;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00576921;OID=.;OPOS=67671701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:8:9:10:11:0.55:2:8:7:1:3:8:7:2 chr14 67769177 . A C 620.77 PASS AF=0.39011;AO=71;DP=180;FAO=71;FDP=182;FR=.;FRO=111;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=69;FWDB=0.00704544;FXX=0.00546418;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.46;QD=13.6432;RBI=0.0210516;REFB=-0.0106801;REVB=-0.0198376;RO=109;SAF=31;SAR=40;SRF=41;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668037;STB=0.536424;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0175271;OID=.;OPOS=67769177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:109:111:71:71:0.39011:40:31:41:68:40:31:42:69 chr14 67800316 . G A 263.81 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0216966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.733;QD=19.5411;RBI=0.029532;REFB=-0.00679121;REVB=-0.0200348;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490108;STB=0.517229;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.004346;OID=.;OPOS=67800316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:26:27:28:0.518519:15:12:13:13:15:13:13:13 chr14 67800815 . G A 187.15 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00861137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8027;QD=15.5961;RBI=0.0559577;REFB=-0.000224893;REVB=0.0552912;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842517;STB=0.562438;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00391704;OID=.;OPOS=67800815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:19:20:0.416667:10:9:11:17:10:10:11:17 chr14 67938818 . G A 200.85 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0134175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.826;QD=20.6003;RBI=0.0145361;REFB=-0.0184436;REVB=0.00559175;RO=19;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386236;STB=0.521718;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0196206;OID=.;OPOS=67938818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:6:14:14:5:6:14:14:5 chr14 67939483 . T C 98.43 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0110072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.478;QD=14.0614;RBI=0.0112442;REFB=-0.0415809;REVB=0.00229598;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107329;STB=0.562399;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0586138;OID=.;OPOS=67939483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:5:11:7:5:5:11 chr14 68035879 . A G 365.71 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=5;FWDB=-0.0319743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.046;QD=21.5122;RBI=0.0639648;REFB=-0.0205839;REVB=-0.0553999;RO=31;SAF=19;SAR=18;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273141;STB=0.649486;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.039933;OID=.;OPOS=68035879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:18:19:26:5:18:19:26:5 chr14 68042255 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0276;QD=60.9779;RBI=0.0127884;REFB=0;REVB=0.00913374;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285328;OID=.;OPOS=68042255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr14 68045935 . G A 728.49 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.633;QD=57.1366;RBI=0.0560764;REFB=0;REVB=0.0174038;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303226;OID=.;OPOS=68045935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr14 68053802 . T C 537.96 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7659;QD=59.7727;RBI=0.0509334;REFB=0;REVB=0.0250698;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000846984;OID=.;OPOS=68053802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr14 68053977 . A C 1954.81 PASS AF=0.992188;AO=124;DP=127;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0647834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5674;QD=61.0878;RBI=0.0648128;REFB=-0.0734329;REVB=-0.00195083;RO=1;SAF=50;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940726;STB=0.503311;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000392473;OID=.;OPOS=68053977;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:128:1:1:124:127:0.992188:74:50:1:0:75:52:0:1 chr14 68055613 . C G 260.56 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0108883;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.763;QD=11.9799;RBI=0.0116079;REFB=0.00355959;REVB=-0.0040234;RO=54;SAF=19;SAR=12;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654866;STB=0.551112;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0058905;OID=.;OPOS=68055613;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:54:56:31:31:0.356322:12:19:30:24:12:19:30:26 chr14 68172894 . C T 156.13 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00855673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1934;QD=15.6132;RBI=0.0223823;REFB=-0.00421032;REVB=-0.0206822;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172932;STB=0.59988;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00700516;OID=.;OPOS=68172894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:11:6:12:11:11:6:12:11 chr14 68213744 . G A 805.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8407;QD=64.4035;RBI=0.0311165;REFB=0;REVB=0.0262377;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221469;OID=.;OPOS=68213744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr14 68213792 . A G 315.47 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0181079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.809;QD=25.2374;RBI=0.0272307;REFB=-0.0423119;REVB=0.0203376;RO=22;SAF=18;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223774;STB=0.624188;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0238676;OID=.;OPOS=68213792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:10:18:8:14:10:18:8:14 chr14 68214788 . T C 149.42 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00989469;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3182;QD=16.602;RBI=0.023418;REFB=0.000163001;REVB=-0.0212249;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792681;STB=0.545399;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.00170336;OID=.;OPOS=68214788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:14:6:6:10:14:6 chr14 68218165 . G A 214.14 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0651774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.963;QD=28.5522;RBI=0.0666828;REFB=0.00213372;REVB=0.0140891;RO=9;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059495;STB=0.54995;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00161459;OID=.;OPOS=68218165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:30:9:10:20:20:0.666667:11:9:5:4:11:9:6:4 chr14 68234539 . T C 958.37 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424812;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.549;QD=58.9766;RBI=0.0557446;REFB=0;REVB=0.0360944;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112658;OID=.;OPOS=68234539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr14 68264867 . A G 401.04 PASS AF=0.966667;AO=21;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0360577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.045;QD=53.4725;RBI=0.0360591;REFB=-0.0942786;REVB=0.000316171;RO=1;SAF=12;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369221;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00580268;OID=.;OPOS=68264867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:21:29:0.966667:9:12:1:0:11:18:1:0 chr14 68616597 . G A 206.97 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.938;QD=48.6978;RBI=0.0754431;REFB=0;REVB=0.0364478;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104276;OID=.;OPOS=68616597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr14 68935789 . T C 1026.39 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2256;QD=59.5008;RBI=0.0434185;REFB=0;REVB=-0.00511972;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291092;OID=.;OPOS=68935789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:39:29:0:0:40:29:0:0 chr14 69012355 . C G 783.7 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.436;QD=56.9966;RBI=0.07465;REFB=0;REVB=0.0021985;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108203;OID=.;OPOS=69012355;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr14 69345647 . C T 55.1 PASS AF=0.25;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00333685;FXX=0.0856898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.769;QD=6.88787;RBI=0.0241208;REFB=-0.000892072;REVB=-0.0238889;RO=24;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511092;STB=0.532704;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00499388;OID=.;OPOS=69345647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:33:32:24:24:8:8:0.25:5:3:10:14:5:3:10:14 chr14 69352230 . G A 357.23 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0240838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3443;QD=16.8108;RBI=0.07248;REFB=0.012229;REVB=0.0683617;RO=47;SAF=16;SAR=22;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231727;STB=0.629653;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0207289;OID=.;OPOS=69352230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:22:16:31:16:22:16:31:16 chr14 69695792 . G A 753.39 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0107826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6623;QD=61.5009;RBI=0.0610695;REFB=-0.0641016;REVB=0.0601101;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165072;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00236548;OID=.;OPOS=69695792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:28:20:0:1:28:20:0:1 chr14 69703158 . A G 1946.96 PASS AF=0.962687;AO=129;DP=135;FAO=129;FDP=134;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=83;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0173219;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.78;QD=58.1183;RBI=0.0248307;REFB=-0.202149;REVB=-0.0177909;RO=5;SAF=46;SAR=83;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488964;STB=0.525769;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00171456;OID=.;OPOS=69703158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:135:134:5:5:129:129:0.962687:83:46:5:0:83:46:5:0 chr14 69704553 . G T 1043.3 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0194748;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.819;QD=57.1671;RBI=0.0643766;REFB=-0.195514;REVB=0.0613603;RO=2;SAF=45;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00744707;STB=0.503939;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0025603;OID=.;OPOS=69704553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:2:2:71:71:0.972603:26:45:1:1:26:45:1:1 chr14 69799806 . C T 118.97 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0658073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2027;QD=13.9961;RBI=0.0756909;REFB=-0.0332968;REVB=-0.0373967;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193058;STB=0.588113;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0208756;OID=.;OPOS=69799806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:20:13:14:0.411765:7:6:13:7:7:7:13:7 chr14 69799892 . A G 86.14 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0129216;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.449;QD=11.115;RBI=0.0153191;REFB=-0.0146067;REVB=-0.00822852;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13622;STB=0.568741;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0289179;OID=.;OPOS=69799892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:31:21:20:11:11:0.354839:5:6:14:7:5:6:13:7 chr14 69922552 . T C 577.39 PASS AF=0.653846;AO=51;DP=78;FAO=51;FDP=78;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0196433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.492;QD=29.6099;RBI=0.0352984;REFB=-0.018011;REVB=0.0293277;RO=27;SAF=20;SAR=31;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588868;STB=0.531969;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0100229;OID=.;OPOS=69922552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:27:27:51:51:0.653846:31:20:13:14:31:20:13:14 chr14 70037611 . A T 1000.33 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00011015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.749;QD=56.3564;RBI=0.0249752;REFB=-0.112264;REVB=0.024975;RO=2;SAF=38;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242294;STB=0.512817;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000338387;OID=.;OPOS=70037611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:31:38:2:0:31:38:2:0 chr14 70038786 . A G 322.19 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.209825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5614;QD=53.699;RBI=0.212714;REFB=0;REVB=-0.0349365;RO=0;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00418691;OID=.;OPOS=70038786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:21:2:0:0:21:3:0:0 chr14 70171418 . T C 384.16 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0964615;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.6806;QD=17.4619;RBI=0.0974123;REFB=-0.0314186;REVB=-0.0135774;RO=47;SAF=24;SAR=16;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465458;STB=0.521116;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0307523;OID=.;OPOS=70171418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:47:48:40:40:0.454545:16:24:26:21:16:24:27:21 chr14 70178686 . A AG 32.52 PASS AF=0.225806;AO=6;DP=30;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.049929;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=62.2276;QD=4.19629;RBI=0.0570147;REFB=-0.0061961;REVB=-0.0275277;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362177;STB=0.751528;STBP=0.178;TYPE=ins;VARB=0.0718538;OID=.;OPOS=70178687;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225806:6:30:7:31:24:5:2:9:15:32:23:4:2:8:15 chr14 70180778 . C G 1246.55 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.211;QD=61.558;RBI=0.0477403;REFB=0;REVB=-0.0033837;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113446;OID=.;OPOS=70180778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:47:33:0:0:47:34:0:0 chr14 70418881 . G A 499.28 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00765076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.587;QD=21.4744;RBI=0.0288463;REFB=-0.0240825;REVB=-0.0278132;RO=45;SAF=21;SAR=27;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136212;STB=0.507521;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0170417;OID=.;OPOS=70418881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:27:21:19:26:27:21:19:26 chr14 70477508 . C T 1570.27 PASS AF=0.964286;AO=108;DP=112;FAO=108;FDP=112;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.037356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.498;QD=56.0809;RBI=0.0504697;REFB=-0.0374272;REVB=0.0339371;RO=4;SAF=63;SAR=45;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231218;STB=0.512193;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000279059;OID=.;OPOS=70477508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:112:112:4:4:108:108:0.964286:45:63:1:3:45:63:1:3 chr14 70634087 . A G 1612.16 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154424;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.816;QD=60.2676;RBI=0.0589207;REFB=0;REVB=-0.056861;RO=0;SAF=67;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9105e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57164e-06;OID=.;OPOS=70634087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:107:107:1:40:67:0:0:40:67:0:0 chr14 70712880 . A C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.709;QD=43.4862;RBI=0.013194;REFB=0;REVB=-0.0112151;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.72455e-05;OID=.;OPOS=70712880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr14 70713156 . G A 743.37 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.28;QD=63.2656;RBI=0.0215332;REFB=0;REVB=-0.0088627;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50931e-05;OID=.;OPOS=70713156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:27:20:0:0 chr14 70827773 . T C 1475.41 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0478921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6583;QD=62.1226;RBI=0.0478929;REFB=-0.0626975;REVB=0.000273657;RO=1;SAF=44;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106543;STB=0.505617;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00104028;OID=.;OPOS=70827773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:50:44:1:0:50:44:1:0 chr14 70924462 . A G 801.61 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603973;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.311;QD=56.2535;RBI=0.0607298;REFB=0;REVB=-0.00634682;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323194;OID=.;OPOS=70924462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:54:57:1:27:27:0:0:27:30:0:0 chr14 70924501 . C G 758.87 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0205179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.579;QD=53.254;RBI=0.0205816;REFB=0.0936837;REVB=0.00161808;RO=2;SAF=27;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000601097;STB=0.500319;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00166234;OID=.;OPOS=70924501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:28:27:1:1:28:27:1:1 chr14 70925257 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.46;QD=50.413;RBI=0.0577201;REFB=0;REVB=0.00316665;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571411;OID=.;OPOS=70925257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr14 71109153 . C G 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00963025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.607;QD=17.9557;RBI=0.0140845;REFB=-0.0113449;REVB=0.0102777;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993111;STB=0.556889;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0105201;OID=.;OPOS=71109153;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:11:5:7:10:11:5:7:10 chr14 71139279 . G T 496.64 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=0.011295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.385;QD=21.8301;RBI=0.0262985;REFB=-0.0163346;REVB=-0.0237494;RO=41;SAF=25;SAR=23;SRF=8;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271537;STB=0.645617;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00901679;OID=.;OPOS=71139279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:41:43:48:48:0.527473:23:25:8:33:23:25:9:34 chr14 71232147 . C T 516.95 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00941159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.242;QD=17.8257;RBI=0.00979888;REFB=-0.0163879;REVB=0.00272764;RO=61;SAF=34;SAR=21;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168138;STB=0.593428;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0176268;OID=.;OPOS=71232147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:61:55:55:0.474138:21:34:27:34:21:34:27:34 chr14 71444788 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00320032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.466;QD=49.5992;RBI=0.0188037;REFB=0;REVB=0.0185294;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75023e-05;OID=.;OPOS=71444788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr14 71581398 . C CT 69.03 PASS AF=0.5;AO=15;DP=42;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0776325;FXX=0.0256345;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.98483;QD=7.26646;RBI=0.18638;REFB=-0.0321987;REVB=-0.169442;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787323;STB=0.554854;STBP=0.506;TYPE=ins;VARB=0.00987194;OID=.;OPOS=71581399;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:15:42:19:38:19:7:12:9:10:68:24:7:8:13:11 chr14 72055468 . A C 469.2 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289724;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3587;QD=58.6501;RBI=0.0710105;REFB=0;REVB=0.0648312;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462833;OID=.;OPOS=72055468;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr14 72117156 . T C 871.55 PASS AF=0.941176;AO=63;DP=68;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0845196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1417;QD=51.2676;RBI=0.0898871;REFB=-0.213145;REVB=0.0305962;RO=5;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581889;STB=0.524383;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0127398;OID=.;OPOS=72117156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:68:68:5:4:63:64:0.941176:38:25:0:5:39:25:0:4 chr14 72457365 . T G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.799;QD=56.9569;RBI=0.0294247;REFB=0;REVB=0.0274595;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3568e-05;OID=.;OPOS=72457365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr14 72457682 . A C 820.16 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.512;QD=55.6043;RBI=0.018138;REFB=-0.00585001;REVB=0.0101665;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017147;STB=0.509088;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000116031;OID=.;OPOS=72457682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:30:27:1:0:31:27:1:0 chr14 72458188 . G A 190.63 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0862492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.782;QD=47.6572;RBI=0.0910853;REFB=0;REVB=-0.0292848;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00179511;OID=.;OPOS=72458188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:3:11:0:0:4:12:0:0 chr14 73079291 . G GA,GAA 267.41 PASS AF=0,1;AO=9,12;DP=25;FAO=0,24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.301826,0.162545;FXX=0.039984;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=15.5809,28.5756;QD=44.569;RBI=0.406025,0.215895;REFB=0,0;REVB=0.271582,0.14209;RO=1;SAF=5,8;SAR=4,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.080744,-0.0531285;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0219988,0.0157305;OID=.,.;OPOS=73079292,73079292;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:9,12:25:0,24:24:0:0,13:0,11:0:0:5:1:5,8:4,4:1:0 chr14 73240486 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0813636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5365;QD=40.7615;RBI=0.0883475;REFB=0;REVB=0.0344273;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00710109;OID=.;OPOS=73240486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr14 73358945 . A C 2123.02 PASS AF=0.960784;AO=144;DP=150;FAO=147;FDP=153;FR=.;FRO=6;FSAF=80;FSAR=67;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0272817;FXX=0.0254761;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.087;QD=55.5037;RBI=0.0293298;REFB=-0.213533;REVB=-0.010768;RO=1;SAF=78;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00715074;STB=0.511449;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000980115;OID=.;OPOS=73358945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:150:153:1:6:144:147:0.960784:66:78:0:1:67:80:5:1 chr14 73360819 . T TTGTC 704.32 PASS AF=0.929825;AO=50;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.000945104;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=291.293;QD=49.4257;RBI=0.0317423;REFB=-0.00669259;REVB=0.0317282;RO=4;SAF=4;SAR=46;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746386;STB=0.540822;STBP=0.201;TYPE=ins;VARB=0.00047958;OID=.;OPOS=73360820;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=TTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.929825:50:57:53:57:4:4:49:1:3:16:4:4:46:1:3 chr14 73404752 . G C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0128621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.351;QD=14.139;RBI=0.0188818;REFB=-0.00624084;REVB=0.0138235;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760533;STB=0.544489;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00832665;OID=.;OPOS=73404752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:4:10:13:7:4:10:13:7 chr14 73413830 . G A 337.59 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00673173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.167;QD=20.1548;RBI=0.00858022;REFB=-0.0247111;REVB=0.00532014;RO=32;SAF=22;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257132;STB=0.514251;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.020842;OID=.;OPOS=73413830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:13:22:21:11:13:22:21:11 chr14 73422259 . C G 626.68 PASS AF=0.568807;AO=62;DP=109;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0145781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.085;QD=22.9973;RBI=0.0245381;REFB=-0.0116245;REVB=-0.0197382;RO=47;SAF=26;SAR=36;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471337;STB=0.525727;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0108322;OID=.;OPOS=73422259;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:47:47:62:62:0.568807:36:26:17:30:36:26:17:30 chr14 73429676 . G GA 152.15 PASS AF=0.407895;AO=28;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0363839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.9576;QD=8.00804;RBI=0.113831;REFB=-0.0461198;REVB=0.10786;RO=48;SAF=20;SAR=8;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409765;STB=0.699874;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.073332;OID=.;OPOS=73429677;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407895:28:76:31:76:45:21:10:15:30:99:48:20:8:16:32 chr14 73440864 . C T 269.81 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0198302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.778;QD=22.9629;RBI=0.0228759;REFB=-0.0136092;REVB=-0.0114048;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163482;STB=0.591144;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0225634;OID=.;OPOS=73440864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:14:11:14:8:14:11:14:8 chr14 73448583 . G A 266.67 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.021839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1544;QD=25.397;RBI=0.0412048;REFB=-0.0197476;REVB=-0.0349412;RO=17;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00893381;STB=0.504947;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0139813;OID=.;OPOS=73448583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:10:15:10:7:10:15:10:7 chr14 73459917 . C T 1723.81 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.021535;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.083;QD=58.9336;RBI=0.0640121;REFB=-0.0272288;REVB=0.0602809;RO=2;SAF=49;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018985;STB=0.509998;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000682709;OID=.;OPOS=73459917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:2:2:115:115:0.982906:66:49:2:0:66:49:2:0 chr14 73465003 . A G 793.02 PASS AF=0.983051;AO=55;DP=57;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0635882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.126;QD=53.7642;RBI=0.0664828;REFB=-0.114071;REVB=0.0194038;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192354;STB=0.509088;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000989903;OID=.;OPOS=73465003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:59:1:1:55:58:0.983051:31:24:1:0:31:27:1:0 chr14 73581011 . A G 39.19 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00960806;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7646;QD=9.22168;RBI=0.0414279;REFB=-0.021536;REVB=0.0402984;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346033;STB=0.521666;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00750114;OID=.;OPOS=73581011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:4:7:4:2:4:7 chr14 73730695 . A G 104.76 PASS AF=0.4;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0193178;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.379;QD=20.9526;RBI=0.0544062;REFB=-0.0349242;REVB=0.0508611;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318742;STB=0.624707;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0212239;OID=.;OPOS=73730695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:21:20:9:8:7:8:0.4:4:3:7:2:4:4:6:2 chr14 73958375 . T C 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0110795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.631;QD=17.6896;RBI=0.0221549;REFB=-0.014124;REVB=-0.0191856;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216122;STB=0.622641;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0165916;OID=.;OPOS=73958375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:12:9:17:9:12:9:17:9 chr14 73958812 . T C 323.75 PASS AF=0.467532;AO=30;DP=71;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.000451887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.639;QD=16.8184;RBI=0.0159326;REFB=-0.0381026;REVB=-0.0159262;RO=40;SAF=19;SAR=11;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13844;STB=0.587106;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0365259;OID=.;OPOS=73958812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:77:40:41:30:36:0.467532:11:19:20:20:12:24:21:20 chr14 73963383 . T C 345.82 PASS AF=0.507042;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00672903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.454;QD=19.4829;RBI=0.00674741;REFB=-0.0294205;REVB=-0.000497627;RO=35;SAF=22;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230844;STB=0.617719;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0302544;OID=.;OPOS=73963383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:35:35:36:0.507042:13:22:13:22:14:22:13:22 chr14 73969610 . G A 295.47 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0214446;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.14;QD=22.2998;RBI=0.0471012;REFB=-0.000125064;REVB=0.0419363;RO=23;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15944;STB=0.588327;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-4.62322e-05;OID=.;OPOS=73969610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:23:23:30:30:0.566038:19:11:13:10:19:11:13:10 chr14 73989859 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.577;QD=57.1059;RBI=0.0256618;REFB=0;REVB=-0.0115768;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63533e-05;OID=.;OPOS=73989859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr14 74042189 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.15;QD=39.2068;RBI=0.048752;REFB=0;REVB=0.0461873;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000825753;OID=.;OPOS=74042189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr14 74058832 . C T 86.65 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0356991;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.4974;QD=20.3877;RBI=0.0357174;REFB=-0.0403596;REVB=0.00114556;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302492;STB=0.674342;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0175735;OID=.;OPOS=74058832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:18:17:7:7:10:10:0.588235:7:3:5:2:7:3:5:2 chr14 74061968 . T C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.141;QD=57.2002;RBI=0.031547;REFB=0;REVB=0.0218754;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.0987e-06;OID=.;OPOS=74061968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr14 74083846 . C T 34.65 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00217804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9032;QD=4.62018;RBI=0.0721353;REFB=-0.0166243;REVB=-0.0721024;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391934;STB=0.722705;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0887734;OID=.;OPOS=74083846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:22:24:6:6:0.2:4:2:15:7:4:2:15:9 chr14 74083901 . G A 155.97 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00941094;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.35;QD=29.708;RBI=0.0145342;REFB=-0.0503382;REVB=0.011076;RO=5;SAF=10;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128204;STB=0.599863;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0279448;OID=.;OPOS=74083901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:22:21:5:6:15:15:0.714286:5:10:2:3:5:10:2:4 chr14 74168625 . G A 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.685;QD=58.7798;RBI=0.014439;REFB=0;REVB=0.00408858;RO=0;SAF=20;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5707e-05;OID=.;OPOS=74168625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:45:20:0:0:45:20:0:0 chr14 74196686 . T C 1091.51 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.632;QD=59.8089;RBI=0.055843;REFB=0;REVB=0.0448438;RO=1;SAF=42;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38603e-05;OID=.;OPOS=74196686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:1:0:71:73:1:29:42:1:0:30:43:0:0 chr14 74196792 . T C 587.67 PASS AF=1;AO=34;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.313;QD=60.2737;RBI=0.102978;REFB=0;REVB=0.0134667;RO=0;SAF=2;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00342538;OID=.;OPOS=74196792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:34:39:1:32:2:0:0:32:7:0:0 chr14 74196844 . T C 382.6 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000787986;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.381;QD=52.7726;RBI=0.0111534;REFB=-0.0894116;REVB=0.0111256;RO=1;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198141;STB=0.510631;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000355337;OID=.;OPOS=74196844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:23:5:0:1:23:5:0:1 chr14 74196872 . G C 100.96 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.0107989;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.769;QD=14.9568;RBI=0.0159473;REFB=-0.00331552;REVB=-0.0117345;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278149;STB=0.656938;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00443156;OID=.;OPOS=74196872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:15:15:12:12:0.444444:9:3:1:14:9:3:1:14 chr14 74203789 . G A 212.26 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0518462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1295;QD=27.3885;RBI=0.0518482;REFB=-0.00039482;REVB=0.000465073;RO=11;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00293581;STB=0.501627;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129612;OID=.;OPOS=74203789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:9:11:6:5:9:11:6:5 chr14 74206481 . T C 730.65 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123793;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2225;QD=63.5346;RBI=0.0591942;REFB=0;REVB=-0.0578853;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000626165;OID=.;OPOS=74206481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr14 74206658 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00596203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.212;QD=12.8607;RBI=0.0290262;REFB=0.0282273;REVB=0.0284073;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119504;STB=0.603481;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0132875;OID=.;OPOS=74206658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:8:7:7:0.466667:3:4:3:4:3:4:3:5 chr14 74324807 . G A 271.18 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00787543;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.9355;QD=20.8601;RBI=0.0366352;REFB=-0.0129983;REVB=-0.0357787;RO=24;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250902;STB=0.513956;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0179397;OID=.;OPOS=74324807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:12:16:13:11:12:16:13:11 chr14 74340797 . A T 261.28 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00935347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1442;QD=17.133;RBI=0.0180094;REFB=-0.00551734;REVB=0.01539;RO=31;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307414;STB=0.509044;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0124481;OID=.;OPOS=74340797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:14:15:15:16:14:15:16:16 chr14 74404756 . T C 108.62 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0278864;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.428;QD=13.5773;RBI=0.0280748;REFB=-0.0045339;REVB=0.00324703;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171008;STB=0.585233;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00827635;OID=.;OPOS=74404756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:5:8:8:10:5:8:9:10 chr14 74425056 . C A 376.43 PASS AF=0.425532;AO=35;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0234286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9301;QD=16.0184;RBI=0.030475;REFB=0.00104066;REVB=-0.019489;RO=42;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149379;STB=0.553165;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00157512;OID=.;OPOS=74425056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:42:54:35:40:0.425532:18:17:14:28:20:20:22:32 chr14 74428445 . G A 255.74 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00914439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4092;QD=15.7378;RBI=0.00937906;REFB=0.0113325;REVB=-0.00208492;RO=36;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874776;STB=0.549262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0154297;OID=.;OPOS=74428445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:13:16:23:13:13:16:23:13 chr14 74441684 . G A 87.44 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0690674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5419;QD=13.4525;RBI=0.075299;REFB=-0.028312;REVB=-0.029994;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141797;STB=0.583184;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0351315;OID=.;OPOS=74441684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:9:6:6:5:9:6 chr14 74489735 . G A 400.16 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0364998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.638;QD=15.3909;RBI=0.039847;REFB=-0.0363568;REVB=-0.0159857;RO=58;SAF=20;SAR=25;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387352;STB=0.517234;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0397357;OID=.;OPOS=74489735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:59:45:45:0.432692:25:20:28:30:25:20:28:31 chr14 74514674 . A T 1080.48 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.066;QD=60.0267;RBI=0.0236881;REFB=0;REVB=-0.023301;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31671e-05;OID=.;OPOS=74514674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr14 74523869 . A G 235.04 PASS AF=0.46;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0052156;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.11;QD=18.803;RBI=0.0206711;REFB=0.0315433;REVB=0.0200023;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128261;STB=0.561472;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0261851;OID=.;OPOS=74523869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:27:23:23:0.46:12:11:16:10:12:11:16:11 chr14 74523949 . G A 324.75 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0417593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7891;QD=14.5953;RBI=0.041847;REFB=-0.0124412;REVB=-0.00270693;RO=53;SAF=20;SAR=16;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684395;STB=0.538825;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0187075;OID=.;OPOS=74523949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:16:20:26:27:16:20:26:27 chr14 74539325 . C A 119.31 PASS AF=0.4375;AO=11;DP=29;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0207428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.883;QD=14.9134;RBI=0.0209277;REFB=-0.00997312;REVB=-0.00277575;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254975;STB=0.630871;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0166473;OID=.;OPOS=74539325;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:32:18:18:11:14:0.4375:3:8:9:9:4:10:9:9 chr14 74759006 . C T 919.95 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.519;QD=58.4092;RBI=0.128942;REFB=0;REVB=-0.00874737;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158461;OID=.;OPOS=74759006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr14 74759301 . G T 129.9 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8076;QD=43.2996;RBI=0.128966;REFB=0;REVB=0.127759;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01584;OID=.;OPOS=74759301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:7:3:0:0:9:3:0:0 chr14 74759477 . C T 1130.47 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214554;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8476;QD=60.2919;RBI=0.0347342;REFB=0;REVB=0.0273153;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131011;OID=.;OPOS=74759477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:43:31:0:0:43:32:0:0 chr14 74766352 . A G 1079.03 PASS AF=0.9375;AO=75;DP=80;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00718918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4008;QD=53.9513;RBI=0.0239446;REFB=0.00961478;REVB=0.0228399;RO=5;SAF=44;SAR=31;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00162274;STB=0.500859;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00467705;OID=.;OPOS=74766352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:80:80:5:5:75:75:0.9375:31:44:3:2:31:44:3:2 chr14 74876181 . T G 1918.23 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6027;QD=60.8962;RBI=0.0175569;REFB=-0.110106;REVB=0.0114929;RO=0;SAF=63;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00147971;OID=.;OPOS=74876181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:126:0:1:125:125:0.992063:62:63:0:0:62:63:1:0 chr14 74943295 . T C 150.1 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0480844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.158;QD=19.368;RBI=0.0744973;REFB=-0.0136485;REVB=0.0569011;RO=15;SAF=3;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403733;STB=0.732073;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0111979;OID=.;OPOS=74943295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:13:3:9:6:13:3:9:6 chr14 74976452 . C T 435.52 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0125141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1136;QD=23.8643;RBI=0.0174036;REFB=-0.0244465;REVB=-0.0120947;RO=31;SAF=24;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931737;STB=0.551157;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0150364;OID=.;OPOS=74976452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:18:24:14:17:18:24:14:17 chr14 74991855 . A G 128.8 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0222592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.594;QD=12.5654;RBI=0.0321048;REFB=-0.0100671;REVB=-0.0231353;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159924;STB=0.60252;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0151525;OID=.;OPOS=74991855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:7:8:17:8:7:8:18:8 chr14 74992800 . A G 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0327567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.168;QD=20.8719;RBI=0.0332581;REFB=-0.00136051;REVB=-0.00575308;RO=20;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353438;STB=0.698229;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00102267;OID=.;OPOS=74992800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:14:7:15:5:14:7:15:5 chr14 75159007 . G A 263.67 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0441744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7227;QD=12.8621;RBI=0.0453231;REFB=-0.0136151;REVB=-0.0101393;RO=48;SAF=26;SAR=5;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414177;STB=0.729289;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0221693;OID=.;OPOS=75159007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:51:31:31:0.378049:5:26:25:23:5:26:28:23 chr14 75179734 . C G 281.95 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0883856;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4542;QD=14.4588;RBI=0.0897918;REFB=-0.00658951;REVB=0.015829;RO=46;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194896;STB=0.503422;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0124606;OID=.;OPOS=75179734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:46:46:31:32:0.410256:19:12:17:29:20:12:17:29 chr14 75245368 . C T 144.73 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.111954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6189;QD=15.6469;RBI=0.112947;REFB=-0.000533105;REVB=-0.0149485;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222638;STB=0.627753;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00444674;OID=.;OPOS=75245368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:7:14:7:9:7:14 chr14 75248669 . G T 64.85 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0426683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.938;QD=10.3763;RBI=0.042827;REFB=-0.000913384;REVB=-0.00368378;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232278;STB=0.504494;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163036;OID=.;OPOS=75248669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:5:4:7:8:5:4:7:9 chr14 75279395 . T A 1125.56 PASS AF=1;AO=62;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496475;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.692;QD=60.8408;RBI=0.0318259;REFB=0;REVB=0.0314363;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108602;OID=.;OPOS=75279395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:62:74:1:40:22:0:0:41:33:0:0 chr14 75359670 . G A 1124.16 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.81;QD=59.955;RBI=0.0490849;REFB=0;REVB=0.0129639;RO=0;SAF=11;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454016;OID=.;OPOS=75359670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:71:75:1:60:11:0:0:61:14:0:0 chr14 75373245 . A G 919.64 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.121;QD=58.39;RBI=0.0113396;REFB=0;REVB=0.00587209;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13893e-05;OID=.;OPOS=75373245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr14 75373475 . T C 937.57 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.187;QD=58.5978;RBI=0.0138683;REFB=0;REVB=0.0130987;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95067e-05;OID=.;OPOS=75373475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:61:64:1:25:36:0:0:28:36:0:0 chr14 75412908 . A C,G 1055.95 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=5,66;DP=71;FAO=4,68;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=4,30;FSAR=0,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150668,0.00954756;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.807,87.7756;QD=58.6641;RBI=0.0396426,0.0429529;REFB=0,0;REVB=-0.0396139,-0.0418784;RO=0;SAF=5,29;SAR=0,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.144454,0.00360415;OID=.,.;OPOS=75412908,75412908;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:71:72:0:0:5,66:4,68:0.0555556,0.944444:0,37:5,29:0:0:0,38:4,30:0:0 chr14 75483812 . T C 427.12 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0496259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.412;QD=16.9157;RBI=0.0515976;REFB=-0.0143507;REVB=-0.0141273;RO=55;SAF=23;SAR=23;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443131;STB=0.524742;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.01875;OID=.;OPOS=75483812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:23:23:25:30:23:23:25:30 chr14 75513828 . G A 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00474418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1095;QD=10.4356;RBI=0.06043;REFB=0.00956304;REVB=-0.0602435;RO=32;SAF=13;SAR=2;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.562164;STB=0.845666;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0222478;OID=.;OPOS=75513828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:32:33:15:15:0.3125:2:13:13:19:2:13:13:20 chr14 75513883 . T C 680.73 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=54;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00780022;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.582;QD=51.3757;RBI=0.0450145;REFB=-0.219866;REVB=0.0443335;RO=3;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655245;STB=0.522718;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00516938;OID=.;OPOS=75513883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:53:3:2:50:51:0.962264:20:30:0:3:21:30:0:2 chr14 75514003 . C T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00306272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.192;QD=21.3532;RBI=0.00311389;REFB=-0.000220303;REVB=0.000562141;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677349;STB=0.538402;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.000219724;OID=.;OPOS=75514003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:7:6:5:4:7:6:5:4 chr14 75538217 . G T 66.2 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0343209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1787;QD=12.0356;RBI=0.0650688;REFB=-0.0283103;REVB=-0.0552813;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120736;STB=0.57128;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0359363;OID=.;OPOS=75538217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:10:3:3:6:10:3 chr14 75544470 . T A 164.84 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-4.10147e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.584;QD=21.2691;RBI=0.00605869;REFB=-0.0217521;REVB=-0.00605868;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455802;STB=0.525662;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0143072;OID=.;OPOS=75544470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:10:7:5:9:10:7:5:9 chr14 75574087 . C T 210.7 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0179135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.975;QD=19.1542;RBI=0.0183634;REFB=-0.00574015;REVB=0.00403996;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337905;STB=0.503308;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0074793;OID=.;OPOS=75574087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:23:20:21:0.477273:8:12:13:10:9:12:13:10 chr14 75590822 . G A 581.48 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.037475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.216;QD=22.8032;RBI=0.0374841;REFB=-0.0544658;REVB=-0.000825769;RO=45;SAF=32;SAR=25;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408855;STB=0.522396;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0334921;OID=.;OPOS=75590822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:45:57:57:0.558824:25:32:23:22:25:32:23:22 chr14 75590846 . A T 392.26 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0167241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.666;QD=14.6641;RBI=0.0167267;REFB=-0.00984062;REVB=0.000296058;RO=61;SAF=22;SAR=23;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365083;STB=0.525103;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.018327;OID=.;OPOS=75590846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:61:62:45:45:0.420561:23:22:32:29:23:22:33:29 chr14 75600697 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.038111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.375;QD=14.9784;RBI=0.04132;REFB=-0.00353802;REVB=-0.0159653;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501495;STB=0.529352;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0118927;OID=.;OPOS=75600697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:6:5:4:6:6:5 chr14 75745753 . CCGGGG CCGGG,CCGGGC,CGGG 689.61 PASS AF=1,0,0;AO=32,7,17;DP=88;FAO=85,0,0;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0,0;FSAR=47,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290732,-0.184499,-0.0167168;FXX=0.0659268;HRUN=4,4,2;LEN=1,1,2;MLLD=10.8835,92.2539,10.1035;QD=32.4522;RBI=0.269046,0.185206,0.0821179;REFB=0.00728496,0.0264034,0.023006;REVB=0.26747,-0.0161747,-0.0803984;RO=20;SAF=19,7,0;SAR=13,0,17;SRF=8;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.13655,0.758886,-0.814515;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.00268044,0,0;OID=.,.,.;OPOS=75745755,75745758,75745754;OREF=G,G,CG;OALT=-,C,-;OMAPALT=CCGGG,CCGGGC,CGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:32,7,17:88:85,0,0:85:0:38,0,0:47,0,0:0:0:3:20:19,7,0:13,0,17:8:12 chr14 75746690 . C T 388.8 PASS AF=0.680851;AO=31;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.020545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4661;QD=33.0898;RBI=0.0464428;REFB=-0.0400812;REVB=0.0416513;RO=15;SAF=18;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689319;STB=0.541358;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0110867;OID=.;OPOS=75746690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:15:31:32:0.680851:13:18:7:8:13:19:7:8 chr14 75758885 . A G,T 745.81 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=45,2;DP=47;FAO=46,2;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030691,-0.0199888;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.523,45.5843;QD=62.151;RBI=0.0311426,0.02005;REFB=0,0;REVB=0.0052842,0.001565;RO=0;SAF=25,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.09779e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=3.13911e-05,0.248474;OID=.,.;OPOS=75758885,75758885;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:47:48:0:0:45,2:46,2:0.958333,0.0416667:20,0:25,2:0:0:21,0:25,2:0:0 chr14 75759060 . C T 108.86 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0427701;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.896;QD=12.807;RBI=0.0483048;REFB=-0.00123529;REVB=-0.0224515;RO=21;SAF=11;SAR=2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454102;STB=0.772499;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0178115;OID=.;OPOS=75759060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:21:21:13:13:0.382353:2:11:10:11:2:11:10:11 chr14 75904660 . A G 2587.9 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509679;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.645;QD=61.9856;RBI=0.100753;REFB=0;REVB=-0.086911;RO=0;SAF=100;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06131e-05;OID=.;OPOS=75904660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:167:0:0:167:167:1:67:100:0:0:67:100:0:0 chr14 75937022 . G A 363.64 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05465;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.537;QD=55.9442;RBI=0.0569676;REFB=0;REVB=-0.0160837;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486861;OID=.;OPOS=75937022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr14 76045362 . T C 219.02 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0313005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.302;QD=23.6773;RBI=0.0323404;REFB=-0.00324217;REVB=-0.00813531;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340611;STB=0.669905;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00233852;OID=.;OPOS=76045362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:21:21:0.567568:10:11:1:14:10:11:2:14 chr14 76045858 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.016675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.474;QD=16.8229;RBI=0.0166867;REFB=-0.00792858;REVB=-0.000624167;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00551706;OID=.;OPOS=76045858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:3:2:2:5:3:2 chr14 76045963 . C G 102.49 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0351205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7939;QD=17.825;RBI=0.0513165;REFB=-0.0218513;REVB=-0.0374158;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514262;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0167739;OID=.;OPOS=76045963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:11:11:12:0.521739:3:8:8:3:3:9:8:3 chr14 76330181 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.411;QD=56.7058;RBI=0.0367349;REFB=0;REVB=0.0352411;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07013e-05;OID=.;OPOS=76330181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr14 76368544 . T C 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00860909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.136;QD=61.1855;RBI=0.0216093;REFB=0.00287092;REVB=0.0198203;RO=1;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218674;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=5.97719e-05;OID=.;OPOS=76368544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:21:26:0:1:21:26:0:1 chr14 76452515 . A G 807.13 PASS AF=0.523529;AO=70;DP=154;FAO=89;FDP=170;FR=.;FRO=81;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.00391324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.7;QD=18.9912;RBI=0.037071;REFB=-0.0340836;REVB=0.0368638;RO=75;SAF=42;SAR=28;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174844;STB=0.541475;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0236005;OID=.;OPOS=76452515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:170:75:81:70:89:0.523529:28:42:31:44:45:44:33:48 chr14 76619167 . A C 149.11 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=-0.00336726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.026;QD=18.6382;RBI=0.0370498;REFB=-0.00513705;REVB=-0.0368964;RO=15;SAF=12;SAR=4;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350348;STB=0.699824;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00245738;OID=.;OPOS=76619167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:4:12:15:0:4:12:16:0 chr14 76662370 . T C 236.17 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0139908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.059;QD=11.3816;RBI=0.0139959;REFB=-0.0154179;REVB=-0.000378692;RO=54;SAF=20;SAR=9;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223343;STB=0.629829;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0149596;OID=.;OPOS=76662370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:54:29:29:0.349398:9:20:27:27:9:20:27:27 chr14 76662376 . G GT 94.6 PASS AF=0.361446;AO=21;DP=85;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.173599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.817;QD=4.55899;RBI=0.176395;REFB=-0.0498345;REVB=0.0312812;RO=60;SAF=13;SAR=8;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08687;STB=0.60497;STBP=0.156;TYPE=ins;VARB=0.0663315;OID=.;OPOS=76662377;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361446:21:85:30:83:53:20:10:27:26:94:60:13:8:33:27 chr14 76662446 . C T 240.47 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0552589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1632;QD=21.3751;RBI=0.0624364;REFB=-0.0219754;REVB=-0.0290647;RO=22;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295247;STB=0.663993;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00917719;OID=.;OPOS=76662446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:12:11:18:4:12:11:18:4 chr14 76957887 . T C 970.36 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6246;QD=58.8099;RBI=0.0248417;REFB=0;REVB=-0.0124518;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278097;OID=.;OPOS=76957887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr14 77236328 . C T 234.92 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00782838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.793;QD=10.9267;RBI=0.0198322;REFB=-0.016266;REVB=-0.0182218;RO=55;SAF=14;SAR=15;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319523;STB=0.50602;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0393886;OID=.;OPOS=77236328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:57:29:29:0.337209:15:14:25:30:15:14:27:30 chr14 77236380 . C T 527.29 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00799021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.219;QD=27.3915;RBI=0.00970434;REFB=-0.00161672;REVB=-0.00550733;RO=28;SAF=21;SAR=27;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042706;STB=0.530266;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00118794;OID=.;OPOS=77236380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:28:29:48:48:0.623377:27:21:14:14:27:21:15:14 chr14 77239567 . A G 210.28 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00719305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.49;QD=15.5766;RBI=0.0484668;REFB=-0.00847114;REVB=-0.04793;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833033;STB=0.55551;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0123724;OID=.;OPOS=77239567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:12:12:17:12:12:12:18:12 chr14 77255478 . TG T 220.69 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0145354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.2511;QD=12.6109;RBI=0.0707502;REFB=0.0236806;REVB=0.069241;RO=35;SAF=12;SAR=22;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22725;STB=0.620441;STBP=0.05;TYPE=del;VARB=-0.0211885;OID=.;OPOS=77255479;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:34:70:34:70:36:12:22:21:15:99:35:12:22:21:14 chr14 77294950 . C T 274.14 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00271189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6995;QD=17.6861;RBI=0.0217264;REFB=0.0232439;REVB=0.0215565;RO=32;SAF=23;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350223;STB=0.702141;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.021607;OID=.;OPOS=77294950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:32:32:29:30:0.483871:6:23:15:17:6:24:15:17 chr14 77323782 . G A 60.78 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0289791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.818;QD=6.39782;RBI=0.0319534;REFB=0.0087329;REVB=0.0134622;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214304;STB=0.633878;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.027358;OID=.;OPOS=77323782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:4:5:21:8:4:5:21:8 chr14 77332367 . C T 246.03 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=-0.00627147;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.028;QD=13.2989;RBI=0.00968199;REFB=-0.018041;REVB=0.00737629;RO=42;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260001;STB=0.660279;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0217945;OID=.;OPOS=77332367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:45:29:29:0.391892:15:14:10:32:15:14:10:35 chr14 77492891 . G A 243.33 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00425899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.562;QD=12.807;RBI=0.0221104;REFB=-0.0165237;REVB=0.0216964;RO=47;SAF=10;SAR=19;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206321;STB=0.618521;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0213769;OID=.;OPOS=77492891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:19:10:25:22:19:10:25:22 chr14 77494682 . G A 293.06 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.090909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3004;QD=16.746;RBI=0.113104;REFB=-0.00100175;REVB=0.0672913;RO=38;SAF=19;SAR=13;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263705;STB=0.630561;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00424661;OID=.;OPOS=77494682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:37:32:33:0.471429:13:19:12:26:14:19:12:25 chr14 77691753 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00261156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.792;QD=16.4168;RBI=0.00308843;REFB=-0.0175396;REVB=-0.00164867;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193277;STB=0.611489;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0206957;OID=.;OPOS=77691753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:9:7:9:5:9:7 chr14 77697967 . A G 1062.34 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.046;QD=59.8501;RBI=0.0485287;REFB=0;REVB=-0.0453447;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013778;OID=.;OPOS=77697967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr14 77703057 . A G 256.43 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.224;QD=46.623;RBI=0.0305311;REFB=-0.09605;REVB=0.0273628;RO=1;SAF=5;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00358395;OID=.;OPOS=77703057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:22:1:0:20:22:1:15:5:1:0:15:7:0:0 chr14 77745193 . A C 323.61 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0134693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.873;QD=16.8111;RBI=0.0216842;REFB=-0.0335199;REVB=-0.0169936;RO=42;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018603;STB=0.510442;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.021146;OID=.;OPOS=77745193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:19:16:20:22:19:16:20:22 chr14 77746112 . T C 100.74 PASS AF=0.48;AO=8;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0647859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0618;QD=16.1181;RBI=0.0648532;REFB=-0.0195867;REVB=0.00295262;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.596146;STB=0.640296;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0377913;OID=.;OPOS=77746112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:8:12:0.48:7:1:9:4:7:5:9:4 chr14 77751925 . C T 354.01 PASS AF=0.377193;AO=41;DP=112;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0236354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5148;QD=12.4214;RBI=0.0671287;REFB=0.0078032;REVB=0.0628302;RO=71;SAF=19;SAR=22;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639602;STB=0.520382;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.0117258;OID=.;OPOS=77751925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:71:71:41:43:0.377193:22:19:37:34:22:21:37:34 chr14 77794283 . T C 755.37 PASS AF=0.549618;AO=71;DP=130;FAO=72;FDP=131;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00466743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.143;QD=23.0646;RBI=0.0255843;REFB=-0.0132402;REVB=-0.025155;RO=59;SAF=34;SAR=37;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176643;STB=0.512844;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0089136;OID=.;OPOS=77794283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:59:59:71:72:0.549618:37:34:27:32:37:35:27:32 chr14 77796641 . G A 397.68 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0907737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6378;QD=18.0762;RBI=0.104519;REFB=-0.0033913;REVB=0.0518114;RO=47;SAF=15;SAR=26;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489077;STB=0.52726;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0058478;OID=.;OPOS=77796641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:26:15:15:32:26:15:15:32 chr14 77926011 . C T 1062.31 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0855878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8529;QD=59.8485;RBI=0.102344;REFB=0;REVB=-0.0561168;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122956;OID=.;OPOS=77926011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr14 77928525 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.502;QD=63.8716;RBI=0.039768;REFB=0;REVB=0.0283443;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353336;OID=.;OPOS=77928525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr14 77935520 . G A 1157.52 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.078;QD=59.3601;RBI=0.0340002;REFB=-0.111855;REVB=-0.00427524;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.507934;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000516394;OID=.;OPOS=77935520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:46:31:0:0:46:31:1:0 chr14 77951124 . C T 1177.64 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000256485;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.491;QD=61.176;RBI=0.0102277;REFB=0;REVB=0.0102245;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86693e-05;OID=.;OPOS=77951124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr14 77976325 . T C 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.194;QD=51.1788;RBI=0.0609826;REFB=0;REVB=0.0600429;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635595;OID=.;OPOS=77976325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr14 77987958 . C A 464.99 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.333;QD=58.1236;RBI=0.0502429;REFB=0;REVB=-0.0491974;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135665;OID=.;OPOS=77987958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr14 78014103 . G A 61.27 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0510056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.271;QD=6.80723;RBI=0.0513132;REFB=-0.00497488;REVB=-0.00561011;RO=25;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131596;STB=0.615122;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.01638;OID=.;OPOS=78014103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:25:27:9:9:0.25:6:3:11:14:6:3:13:14 chr14 78028803 . A G 488.17 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318296;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.332;QD=59.1717;RBI=0.00333516;REFB=0;REVB=-0.000996001;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124142;OID=.;OPOS=78028803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr14 78174473 . A C 413.62 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00495892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3852;QD=15.0408;RBI=0.075294;REFB=-0.019636;REVB=-0.0751305;RO=61;SAF=17;SAR=30;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15189;STB=0.595197;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0236745;OID=.;OPOS=78174473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:63:47:47:0.427273:30:17:31:30:30:17:33:30 chr14 78184566 . C A 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.493;QD=59.1428;RBI=0.0257187;REFB=0;REVB=-0.00275166;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44461e-05;OID=.;OPOS=78184566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:45:22:0:0:45:22:0:0 chr14 78188878 . T C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0121933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.4;QD=18.6371;RBI=0.0152563;REFB=-0.0207859;REVB=-0.00916943;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619456;STB=0.535353;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0198511;OID=.;OPOS=78188878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:11:5:6:10:11:5:6:10 chr14 78197365 . C T 358.31 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.427;QD=55.1247;RBI=0.0612753;REFB=0;REVB=0.0210751;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180683;OID=.;OPOS=78197365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:9:17:0:0 chr14 78287414 . T C 182.07 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0283926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9886;QD=16.1843;RBI=0.047551;REFB=-0.0192862;REVB=0.0381439;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164133;STB=0.603143;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0308852;OID=.;OPOS=78287414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:10:9:16:9:10:9:17:9 chr14 78366967 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0163414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.9525;QD=23.2183;RBI=0.0671683;REFB=-0.0348797;REVB=-0.0651502;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000703297;OID=.;OPOS=78366967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr14 78390880 . T C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0586345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.859;QD=16.8839;RBI=0.0586826;REFB=-0.00646433;REVB=0.00237455;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058016;STB=0.533289;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00790254;OID=.;OPOS=78390880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:8:9:7:8:8:9 chr14 78710044 . G A 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00906993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.177;QD=14.4905;RBI=0.0127606;REFB=-0.0145683;REVB=0.0089761;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243515;STB=0.640878;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0214535;OID=.;OPOS=78710044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:12:7:18:12:12:7:18:12 chr14 80669580 . T C 327.21 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00849887;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.581;QD=16.9976;RBI=0.0100269;REFB=-0.0298741;REVB=0.00532049;RO=42;SAF=11;SAR=23;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136219;STB=0.582005;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0468978;OID=.;OPOS=80669580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:42:42:34:35:0.454545:23:11:19:23:24:11:19:23 chr14 80963383 . A AGC 1009.91 PASS AF=0.958904;AO=61;DP=83;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00763738;FXX=0.0519413;HRUN=0;LEN=2;MLLD=291.135;QD=55.3377;RBI=0.0173393;REFB=-0.0891142;REVB=0.0155667;RO=10;SAF=41;SAR=20;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214409;STB=0.525416;STBP=0.053;TYPE=ins;VARB=0.000772031;OID=.;OPOS=80963384;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.958904:61:83:70:73:3:42:28:0:3:9:10:41:20:6:4 chr14 81610583 . G C 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5648;QD=58.5804;RBI=0.0217118;REFB=0;REVB=0.0182761;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31009e-05;OID=.;OPOS=81610583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr14 81737076 . A C 485.31 PASS AF=0.5;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0304084;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3781;QD=19.0319;RBI=0.0306527;REFB=-0.0381238;REVB=-0.00386224;RO=50;SAF=30;SAR=21;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673011;STB=0.530674;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0297019;OID=.;OPOS=81737076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:50:51:51:51:0.5:21:30:33:17:21:30:33:18 chr14 81743565 . T C 225.33 PASS AF=0.636364;AO=20;DP=32;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00713562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.706;QD=27.3133;RBI=0.0111116;REFB=-0.0177439;REVB=0.00851768;RO=12;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205732;STB=0.618928;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00662012;OID=.;OPOS=81743565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:33:12:12:20:21:0.636364:14:6:7:5:15:6:7:5 chr14 81744736 . A G 311.75 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0460805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6054;QD=12.3465;RBI=0.0607657;REFB=-0.00979519;REVB=-0.0396113;RO=62;SAF=17;SAR=20;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00865902;STB=0.504041;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0143206;OID=.;OPOS=81744736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:62:64:37:37:0.366337:20:17:28:34:20:17:29:35 chr14 86088056 . T C 941.91 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442241;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.937;QD=58.8695;RBI=0.0493071;REFB=0;REVB=-0.0218041;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66e-05;OID=.;OPOS=86088056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:43:21:0:0:43:21:0:0 chr14 86088125 . G A 149.67 PASS AF=0.34;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0130231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.302;QD=11.9737;RBI=0.0265407;REFB=-0.00900153;REVB=-0.0231259;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672013;STB=0.529377;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0168343;OID=.;OPOS=86088125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:32:33:17:17:0.34:8:9:15:17:8:9:16:17 chr14 86091415 . G A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6304;QD=64.1524;RBI=0.0487128;REFB=0;REVB=-0.0295167;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75799e-05;OID=.;OPOS=86091415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr14 86092246 . A G 190.81 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0334984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1495;QD=11.5645;RBI=0.0336281;REFB=-0.0158617;REVB=0.00295044;RO=41;SAF=18;SAR=6;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917845;STB=0.56598;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0115709;OID=.;OPOS=86092246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:6:18:28:13:6:18:28:14 chr14 86093344 . C T 360.62 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0110765;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3287;QD=17.1724;RBI=0.0286068;REFB=-0.014308;REVB=-0.0263753;RO=46;SAF=19;SAR=19;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849838;STB=0.547594;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0198417;OID=.;OPOS=86093344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:46:46:38:38:0.452381:19:19:19:27:19:19:19:27 chr14 86093378 . C T 442.88 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00933377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.84;QD=16.2524;RBI=0.0153193;REFB=-0.00568963;REVB=0.0121475;RO=59;SAF=25;SAR=24;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679737;STB=0.542242;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00744887;OID=.;OPOS=86093378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:60:49:49:0.449541:24:25:26:33:24:25:26:34 chr14 86094035 . G A 318.13 PASS AF=0.478873;AO=36;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.00274039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0872;QD=17.9226;RBI=0.00274109;REFB=-0.00143886;REVB=-6.20302e-05;RO=34;SAF=19;SAR=17;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279764;STB=0.63373;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.000734147;OID=.;OPOS=86094035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:37:36:34:0.478873:17:19:7:27:17:17:9:28 chr14 88400353 . C T 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0276561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.331;QD=9.2171;RBI=0.0277382;REFB=0.000442981;REVB=0.00213215;RO=37;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175816;STB=0.606599;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00170783;OID=.;OPOS=88400353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:12:4:14:23:12:4:14:23 chr14 88400449 . TG CA,CG 627.61 PASS AF=0.357143,0.642857;AO=15,27;DP=43;FAO=15,27;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10,17;FSAR=5,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267676,0.0216791;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=138.062,96.9888;QD=59.7728;RBI=0.00673687,0.0249156;REFB=0,0;REVB=-0.00618227,0.0122802;RO=0;SAF=10,17;SAR=5,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0194101,0.00969457;OID=.,.;OPOS=88400449,88400449;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:43:42:0:0:15,27:15,27:0.357143,0.642857:5,10:10,17:0:0:5,10:10,17:0:0 chr14 88400486 . A G 234.07 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.023577;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.912;QD=23.4069;RBI=0.0284376;REFB=0.00322281;REVB=0.0159003;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128396;STB=0.555506;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00173041;OID=.;OPOS=88400486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:17:18:22:22:0.55:10:12:12:5:10:12:12:6 chr14 88401213 . T C 728.76 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3918;QD=57.158;RBI=0.109375;REFB=0;REVB=0.109256;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118195;OID=.;OPOS=88401213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr14 88407875 . T A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.321;QD=57.7124;RBI=0.0250751;REFB=0;REVB=0.010723;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58161e-05;OID=.;OPOS=88407875;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr14 88407888 . A G 325.29 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.030668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3708;QD=22.4336;RBI=0.0331142;REFB=-0.0225531;REVB=0.0124911;RO=25;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00378942;STB=0.502091;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0370855;OID=.;OPOS=88407888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:16:17:13:12:16:17:13:12 chr14 88411947 . T C 1677.3 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7431;QD=60.4432;RBI=0.0170269;REFB=0;REVB=0.00863945;RO=0;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98872e-05;OID=.;OPOS=88411947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:49:61:0:0:50:61:0:0 chr14 88414211 . G A 193.68 PASS AF=0.367647;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0637793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.426;QD=11.3932;RBI=0.0678247;REFB=-0.0240891;REVB=0.0230735;RO=41;SAF=4;SAR=20;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294703;STB=0.700927;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0465068;OID=.;OPOS=88414211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:41:43:24:25:0.367647:20:4:15:26:21:4:17:26 chr14 88431898 . C T 92.19 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00283487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3924;QD=8.99439;RBI=0.0121784;REFB=0.00771622;REVB=-0.0118438;RO=29;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874741;STB=0.553752;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0257312;OID=.;OPOS=88431898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:9:3:9:20:9:3:9:20 chr14 88453422 . AGGA AG,AGA,AGAA 407.3 PASS AF=0.454545,0.545455,0;AO=11,9,15;DP=39;FAO=15,18,0;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2,0;FSAR=12,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.30833,0.0248246,0.376303;FXX=0.0294031;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=17.5724,17.5665,14.6694;QD=49.3698;RBI=0.339076,0.168541,0.480215;REFB=0,0,0;REVB=0.141084,-0.166703,-0.298333;RO=0;SAF=4,1,3;SAR=7,8,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.18773,-0.0145497,0.0426616;OID=.,.,.;OPOS=88453424,88453423,88453424;OREF=GA,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=AG,AGA,AGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.454545,0.545455,0:11,9,15:39:15,18,0:33:0:3,2,0:12,16,0:0:0:17:0:4,1,3:7,8,12:0:0 chr14 88477413 . C T 1025.78 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0045;QD=59.4654;RBI=0.0291137;REFB=0;REVB=-0.00941737;RO=1;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141074;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291139;OID=.;OPOS=88477413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:1:0:68:69:1:33:35:0:1:34:35:0:0 chr14 88477882 . A C 349.58 PASS AF=0.422222;AO=37;DP=89;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00432346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.432;QD=15.5367;RBI=0.015851;REFB=-0.00923561;REVB=-0.0152499;RO=52;SAF=23;SAR=14;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687563;STB=0.528401;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0117454;OID=.;OPOS=88477882;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:52:52:37:38:0.422222:14:23:29:23:15:23:29:23 chr14 88651826 . A AAC,AC,C 262.49 PASS AF=0.2,0.261538,0;AO=14,10,6;DP=96;FAO=13,17,0;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=12,1,0;FSAR=1,16,0;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0303526,0.0409158,0.0388123;FXX=0.0972087;HRUN=5,1,5;LEN=2,1,1;MLLD=144.138,150.725,116.974;QD=16.1535;RBI=0.0304586,0.0414284,0.0523614;REFB=-0.0608918,-0.0608951,-0.0864591;REVB=0.00253944,0.00649666,0.0351471;RO=61;SAF=7,0,5;SAR=7,10,1;SRF=20;SRR=41;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.219172,-0.63315,0.520138;STB=0.928156,0.827065,0.5;STBP=0.002,0.021,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.0802278,0.0467584,0;OID=.,.,.;OPOS=88651827,88651827,88651826;OREF=-,-,A;OALT=AC,C,C;OMAPALT=AAC,AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:80:96:65:61:35:14,10,6:13,17,0:0.2,0.261538,0:7,10,1:7,0,5:20:41:1,16,0:12,1,0:11:24 chr14 88652389 . C T 840.7 PASS AF=0.553191;AO=78;DP=142;FAO=78;FDP=141;FR=.;FRO=63;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.0103342;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.991;QD=23.8495;RBI=0.0271839;REFB=-0.0168573;REVB=-0.025143;RO=63;SAF=45;SAR=33;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355201;STB=0.519388;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0168953;OID=.;OPOS=88652389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:63:63:78:78:0.553191:33:45:39:24:33:45:39:24 chr14 88693725 . G C 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0031796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0497;QD=11.623;RBI=0.00897034;REFB=-0.00316684;REVB=-0.00838792;RO=38;SAF=9;SAR=13;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212047;STB=0.622645;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00643834;OID=.;OPOS=88693725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:13:9:23:15:13:9:23:15 chr14 88792816 . T G 1017.8 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00334638;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.513;QD=58.1603;RBI=0.0160242;REFB=-0.145743;REVB=0.0156709;RO=1;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145434;STB=0.50769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-7.03248e-05;OID=.;OPOS=88792816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:1:1:69:69:0.985714:32:37:0:1:32:37:0:1 chr14 88852279 . TG T,TT 659.52 PASS AF=1,0;AO=41,3;DP=47;FAO=50,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218897,-0.0148216;FXX=0.019604;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=24.8951,7.60821;QD=52.7617;RBI=0.0369972,0.0201105;REFB=0,0;REVB=-0.0298268,-0.0135923;RO=0;SAF=26,2;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.289157,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=9.85016e-06,0.00185696;OID=.,.;OPOS=88852280,88852280;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:41,3:47:50,0:50:0:30,0:20,0:0:0:4:0:26,2:15,1:0:0 chr14 89094243 . G C 492.18 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4402;QD=57.9035;RBI=0.00703271;REFB=0;REVB=0.0062353;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225151;OID=.;OPOS=89094243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:15:19:0:0 chr14 89445481 . C T 299.68 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0226172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9811;QD=19.0275;RBI=0.0355157;REFB=-0.0426047;REVB=-0.027383;RO=29;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668166;STB=0.55485;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0400211;OID=.;OPOS=89445481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:31:32:32:0.507937:19:13:14:15:19:13:16:15 chr14 89627942 . C T 171.29 PASS AF=0.708333;AO=16;DP=23;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0817908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.252;QD=28.5485;RBI=0.0819218;REFB=-0.066945;REVB=0.00463117;RO=7;SAF=3;SAR=13;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082597;STB=0.519976;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0286143;OID=.;OPOS=89627942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:24:7:7:16:17:0.708333:13:3:2:5:13:4:2:5 chr14 89750819 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.833;QD=56.9378;RBI=0.0196147;REFB=0;REVB=0.0147853;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125417;OID=.;OPOS=89750819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr14 89867978 . T C 1456.38 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259068;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4614;QD=63.3208;RBI=0.0348316;REFB=0;REVB=0.0232825;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236007;OID=.;OPOS=89867978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:47:45:0:0:47:45:0:0 chr14 90095445 . T C 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00916518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.439;QD=11.1312;RBI=0.0300607;REFB=-0.00932509;REVB=-0.0286295;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196337;STB=0.617414;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0166777;OID=.;OPOS=90095445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:4:6:7:10:4:6:7:10 chr14 90178913 . T C 392.93 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.087;QD=56.1327;RBI=0.0127852;REFB=0;REVB=-0.00337754;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25646e-05;OID=.;OPOS=90178913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:15:13:0:0 chr14 90178992 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00712102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.427;QD=18.4438;RBI=0.00891273;REFB=-0.00599959;REVB=0.00535983;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796806;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00566126;OID=.;OPOS=90178992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:5:4:5:6:5:4 chr14 90302996 . T G 519.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.042;QD=59.4271;RBI=0.0374324;REFB=0;REVB=0.0312744;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27461e-05;OID=.;OPOS=90302996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr14 90341494 . G A 941.07 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00113842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1223;QD=57.0344;RBI=0.0550711;REFB=-0.0414019;REVB=-0.0550593;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.509431;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=8.33781e-05;OID=.;OPOS=90341494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:39:26:0:0:39:26:1:0 chr14 90745422 . T C 1549.69 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00820073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.066;QD=63.9049;RBI=0.0246693;REFB=0;REVB=0.0232663;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26298e-05;OID=.;OPOS=90745422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:45:51:0:0:45:52:0:0 chr14 90767607 . C T 1264.23 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7845;QD=61.6699;RBI=0.0440837;REFB=0;REVB=0.0353332;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18227e-05;OID=.;OPOS=90767607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:38:43:0:0:39:43:0:0 chr14 90865462 . C G 746.73 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0332321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.794;QD=54.308;RBI=0.0548396;REFB=-0.0330925;REVB=0.0436235;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000729452;OID=.;OPOS=90865462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:53:54:0.981818:24:29:0:0:25:29:1:0 chr14 90871478 . T C 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00974647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.096;QD=54.0129;RBI=0.020247;REFB=0.0181377;REVB=0.0177467;RO=2;SAF=22;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138465;STB=0.507409;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.000901341;OID=.;OPOS=90871478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:13:22:1:1:13:22:1:1 chr14 90871914 . CTTTT CTTCT,C,CT,CTT 163.14 PASS AF=0.24,0,0.76,0;AO=2,5,4,4;DP=22;FAO=6,0,19,0;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,13,0;FSAR=6,0,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405066,0.251744,0.329599,0.486915;FXX=0.0384468;HRUN=15,15,15,15;LEN=1,4,3,2;MLLD=153.148,8.45543,8.46855,5.40194;QD=26.1019;RBI=0.10075,0.268967,0.353359,0.522101;REFB=0.0205197,0.064449,0.0696152,0.0823093;REVB=-0.0922489,-0.0946999,-0.127388,-0.188423;RO=2;SAF=0,3,2,4;SAR=2,2,2,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.639851,0.0491618,0,0.725637;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=-0.0213139,-0.0288758,0.0410456,0.300425;OID=.,.,.,.;OPOS=90871917,90871915,90871915,90871915;OREF=T,TTTT,TTT,TT;OALT=C,-,-,-;OMAPALT=CTTCT,C,CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.24,0,0.76,0:2,5,4,4:22:6,0,19,0:25:0:0,0,13,0:6,0,6,0:0:0:40:2:0,3,2,4:2,2,2,0:1:1 chr14 91084338 . C T 266.35 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0029693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7435;QD=13.4861;RBI=0.00687688;REFB=-0.0101854;REVB=-0.0062028;RO=48;SAF=14;SAR=17;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117647;STB=0.567085;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0238693;OID=.;OPOS=91084338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:17:14:27:21:17:14:27:21 chr14 91123575 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7274;QD=53.91;RBI=0.0604438;REFB=0;REVB=-0.0602592;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000538403;OID=.;OPOS=91123575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr14 91161862 . C T 2320.04 PASS AF=0.483471;AO=231;DP=483;FAO=234;FDP=484;FR=.;FRO=250;FSAF=135;FSAR=99;FSRF=169;FSRR=81;FWDB=-0.0177052;FXX=0.00206181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.627;QD=19.1739;RBI=0.0177091;REFB=-0.0181858;REVB=0.000371625;RO=247;SAF=133;SAR=98;SRF=167;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098533;STB=0.553272;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0172917;OID=.;OPOS=91161862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:483:484:247:250:231:234:0.483471:98:133:167:80:99:135:169:81 chr14 91165572 . G A 553.35 PASS AF=0.52;AO=51;DP=99;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0322141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.175;QD=22.1339;RBI=0.0326386;REFB=-0.0223588;REVB=-0.00524702;RO=47;SAF=15;SAR=36;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068384;STB=0.548498;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0118909;OID=.;OPOS=91165572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:47:48:51:52:0.52:36:15:17:30:37:15:18:30 chr14 91316481 . A G 302.42 PASS AF=0.353535;AO=34;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00457389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.9473;QD=12.2191;RBI=0.0348518;REFB=-0.015599;REVB=0.0345503;RO=64;SAF=20;SAR=14;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152804;STB=0.576325;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0252794;OID=.;OPOS=91316481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:64:34:35:0.353535:14:20:29:35:15:20:29:35 chr14 91316521 . T C 295.63 PASS AF=0.373626;AO=33;DP=90;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00694021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.889;QD=12.9949;RBI=0.0124783;REFB=-0.0250435;REVB=-0.0103702;RO=57;SAF=16;SAR=17;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123304;STB=0.516474;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0372034;OID=.;OPOS=91316521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:57:57:33:34:0.373626:17:16:27:30:17:17:27:30 chr14 91671124 . G A 380.14 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0511937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0195;QD=14.9074;RBI=0.0866661;REFB=-0.00121892;REVB=0.06993;RO=57;SAF=25;SAR=18;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922412;STB=0.552462;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00295189;OID=.;OPOS=91671124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:59:43:43:0.421569:18:25:28:29:18:25:29:30 chr14 91717214 . C T 505.54 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00568823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.811;QD=20.2217;RBI=0.0160061;REFB=-0.0113385;REVB=0.0149612;RO=50;SAF=30;SAR=19;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176294;STB=0.593042;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0127171;OID=.;OPOS=91717214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:51:49:49:0.49:19:30:21:29:19:30:22:29 chr14 91739081 . A G 378.21 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=8;FWDB=-0.00487591;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.734;QD=18.6771;RBI=0.0353523;REFB=-0.0118545;REVB=0.0350145;RO=43;SAF=29;SAR=10;SRF=34;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601481;STB=0.546852;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0130319;OID=.;OPOS=91739081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:43:42:39:39:0.481481:10:29:34:9:10:29:34:8 chr14 91751788 . TC T 126.49 PASS AF=0.617647;AO=17;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0870987;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.8209;QD=14.8815;RBI=0.103741;REFB=0.0641256;REVB=-0.0563554;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29586;STB=0.62489;STBP=0.086;TYPE=del;VARB=-0.0242991;OID=.;OPOS=91751789;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.617647:17:34:21:34:13:11:10:11:2:63:12:9:8:11:1 chr14 91773494 . G A 471.84 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0158309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.208;QD=20.9707;RBI=0.0168117;REFB=-0.0218307;REVB=0.00565811;RO=41;SAF=22;SAR=24;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11202;STB=0.57689;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0150158;OID=.;OPOS=91773494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:44:46:46:0.511111:24:22:25:16:24:22:28:16 chr14 91883499 . G A 501.25 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7776;QD=58.9703;RBI=0.0525441;REFB=0;REVB=0.0152131;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343881;OID=.;OPOS=91883499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr14 91925027 . G T 260.82 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=5;FWDB=0.00466479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.713;QD=17.388;RBI=0.032969;REFB=-0.000605517;REVB=0.0326373;RO=31;SAF=19;SAR=9;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186478;STB=0.612176;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000665708;OID=.;OPOS=91925027;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:31:31:28:29:0.483333:9:19:26:5:10:19:26:5 chr14 91942087 . AG A,AA 130.6 PASS AF=0.535714,0;AO=12,2;DP=27;FAO=15,0;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10,0;FSAR=5,0;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0173157,-0.00514005;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.219,49.101;QD=18.6565;RBI=0.0207606,0.0406316;REFB=-0.0493294,-0.0472552;REVB=0.0114529,-0.0403051;RO=13;SAF=9,1;SAR=3,1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.218591,-0.0390695;STB=0.564015,0.5;STBP=0.493,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00971484,0.0433802;OID=.,.;OPOS=91942088,91942088;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535714,0:12,2:27:15,0:28:13:10,0:5,0:7:6:99:13:9,1:3,1:7:6 chr14 92040793 . C G 473.85 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0198656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0796;QD=16.3397;RBI=0.0292821;REFB=-0.0202935;REVB=-0.0215128;RO=64;SAF=31;SAR=21;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142149;STB=0.579409;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0192755;OID=.;OPOS=92040793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:64:52:52:0.448276:21:31:29:35:21:31:29:35 chr14 92084004 . C G 488.03 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211563;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.334;QD=59.155;RBI=0.0378871;REFB=0;REVB=-0.03143;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.63398e-05;OID=.;OPOS=92084004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr14 92088016 . G A 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.845;QD=57.2342;RBI=0.0462654;REFB=0;REVB=-0.0457521;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011253;OID=.;OPOS=92088016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr14 92181405 . G A 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0310063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.727;QD=54.7457;RBI=0.0310174;REFB=-0.00799284;REVB=0.000827905;RO=1;SAF=23;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200431;STB=0.510634;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000193833;OID=.;OPOS=92181405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:30:23:1:0:30:23:1:0 chr14 92249126 . G A 1739.49 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.839;QD=60.5042;RBI=0.0236348;REFB=0;REVB=0.0180428;RO=0;SAF=57;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9161e-05;OID=.;OPOS=92249126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:108:115:0:0:108:115:1:51:57:0:0:55:60:0:0 chr14 92251587 . A G 598.96 PASS AF=0.469697;AO=61;DP=131;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=0.0105625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.201;QD=18.1504;RBI=0.0109669;REFB=-0.0196262;REVB=-0.00295081;RO=70;SAF=31;SAR=30;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130178;STB=0.567546;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0221725;OID=.;OPOS=92251587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:70:70:61:62:0.469697:30:31:45:25:30:32:45:25 chr14 92268615 . T G 787.62 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.036507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.855;QD=55.2713;RBI=0.0396852;REFB=-0.00844178;REVB=0.0155613;RO=1;SAF=36;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129193;STB=0.506847;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000310091;OID=.;OPOS=92268615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:1:1:56:56:0.982456:20:36:1:0:20:36:1:0 chr14 92280037 . T C 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0150511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.746;QD=21.5104;RBI=0.0222094;REFB=0.0110373;REVB=0.0163316;RO=19;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221153;STB=0.624875;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0237495;OID=.;OPOS=92280037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:15:6:10:9:15:6:10:9 chr14 92344300 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0848992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1443;QD=13.4412;RBI=0.0885103;REFB=0.0323016;REVB=0.0250238;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274414;STB=0.660708;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0317631;OID=.;OPOS=92344300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:9:4:6:4:9:4 chr14 92347680 . A G 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5756;QD=62.3445;RBI=0.0409653;REFB=0;REVB=0.00201924;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531017;OID=.;OPOS=92347680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr14 92353655 . A G 234.86 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00666259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.526;QD=18.7889;RBI=0.049899;REFB=-0.0232284;REVB=-0.0494522;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523984;STB=0.529704;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0271044;OID=.;OPOS=92353655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:9:14:15:12:9:14:15:12 chr14 92441066 . C T 383.3 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0175265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.188;QD=22.8835;RBI=0.019185;REFB=-0.0272165;REVB=-0.00780279;RO=29;SAF=20;SAR=18;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115199;STB=0.563347;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0190711;OID=.;OPOS=92441066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:18:20:11:18:18:20:11:18 chr14 92530513 . C T 362.64 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0138898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4672;QD=20.7225;RBI=0.0143134;REFB=0.00347235;REVB=0.00345646;RO=32;SAF=21;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832901;STB=0.539278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00292265;OID=.;OPOS=92530513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:16:21:15:17:16:21:16:17 chr14 92537223 . G T 303.93 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.031378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0416;QD=14.826;RBI=0.0350364;REFB=0.000533254;REVB=0.0155876;RO=47;SAF=14;SAR=20;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187548;STB=0.599941;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.000357766;OID=.;OPOS=92537223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:48:34:34:0.414634:20:14:28:19:20:14:28:20 chr14 92537354 . CCTG CTGC,GCTG 70.45 PASS AF=0,0.2;AO=3,10;DP=54;FAO=0,11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=0,7;FSAR=0,4;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.000477689,-0.0131086;FXX=0.017854;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=23.9715,169.908;QD=5.1237;RBI=0.0330661,0.0174335;REFB=0.000105747,-0.00991989;REVB=-0.0330627,-0.011493;RO=28;SAF=0,7;SAR=3,3;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.620269,0.0765413;STB=0.5,0.556988;STBP=1,0.712;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0426539;OID=.,.;OPOS=92537355,92537354;OREF=CTG,C;OALT=TGC,G;OMAPALT=CTGC,GCTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:70:54:55:28:44:3,10:0,11:0,0.2:3,3:0,7:18:10:0,4:0,7:25:19 chr14 92537379 . T C 68.69 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0346663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.548;QD=5.84567;RBI=0.0678585;REFB=-0.00909589;REVB=-0.0583354;RO=36;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310415;STB=0.690602;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.058315;OID=.;OPOS=92537379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:47:36:37:10:10:0.212766:3:7:16:20:3:7:17:20 chr14 92548785 . C T 253.12 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0968239;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1369;QD=20.663;RBI=0.0992396;REFB=-0.0293842;REVB=-0.0217629;RO=25;SAF=5;SAR=19;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505296;STB=0.784613;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0184007;OID=.;OPOS=92548785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:25:25:24:24:0.489796:19:5:19:6:19:5:19:6 chr14 92549586 . G A 323.24 PASS AF=0.607843;AO=30;DP=50;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.00191638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.149;QD=25.352;RBI=0.0136567;REFB=-0.0179864;REVB=0.0135216;RO=20;SAF=8;SAR=22;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393782;STB=0.7014;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0106637;OID=.;OPOS=92549586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:20:20:30:31:0.607843:22:8:16:4:22:9:16:4 chr14 92559678 . G C 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00625029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.792;QD=19.3862;RBI=0.00906589;REFB=-0.0158959;REVB=-0.00656691;RO=33;SAF=15;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049754;STB=0.535544;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00992933;OID=.;OPOS=92559678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:35:35:0.507246:20:15:16:17:20:15:17:17 chr14 92588002 . T G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0199745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.117;QD=12.8607;RBI=0.0484246;REFB=-0.0168096;REVB=-0.0441131;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09181;STB=0.555391;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0109917;OID=.;OPOS=92588002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:3:5:5:2:3:5 chr14 92792255 . G A 731.5 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172595;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9307;QD=63.6091;RBI=0.0186524;REFB=0;REVB=-0.00707264;RO=0;SAF=34;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275922;OID=.;OPOS=92792255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:12:34:0:0:12:34:0:0 chr14 92909073 . T C,G 715.38 PASS AF=0.962963,0.0185185;AO=50,2;DP=53;FAO=52,1;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=32,0;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00837581,-0.00276795;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.148,128.843;QD=52.9912;RBI=0.0523818,0.0235333;REFB=-0.138721,-0.164047;REVB=0.0517078,-0.02337;RO=0;SAF=32,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.51219,0.5;STBP=0.317,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00180696,0.113878;OID=.,.;OPOS=92909073,92909073;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:53:54:0:1:50,2:52,1:0.962963,0.0185185:18,2:32,0:0:0:20,1:32,0:0:1 chr14 92920371 . C T 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.363;QD=59.9233;RBI=0.0100414;REFB=0;REVB=0.000514853;RO=0;SAF=39;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0015e-05;OID=.;OPOS=92920371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:66:39:0:0:66:39:0:0 chr14 92950085 . G A 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0199362;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.161;QD=16.6187;RBI=0.0200749;REFB=-0.009712;REVB=-0.00235556;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735483;STB=0.550976;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0101621;OID=.;OPOS=92950085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:11:12:12:15:11:12:12:16 chr14 92958502 . TG T 221.3 PASS AF=0.440678;AO=24;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00934333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.612;QD=15.0034;RBI=0.0497549;REFB=-0.000286235;REVB=0.0488697;RO=33;SAF=15;SAR=9;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114968;STB=0.546632;STBP=0.587;TYPE=del;VARB=0.00047794;OID=.;OPOS=92958503;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.440678:24:59:26:59:33:17:9:24:9:99:33:15:9:24:9 chr14 92959216 . G A 385.17 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0318878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.831;QD=20.5425;RBI=0.03211;REFB=-0.0224668;REVB=0.00377138;RO=36;SAF=23;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173638;STB=0.596131;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0271032;OID=.;OPOS=92959216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:16:23:14:22:16:23:14:22 chr14 92959228 . G A 308.43 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0188222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6183;QD=18.4138;RBI=0.0296187;REFB=-0.014472;REVB=0.022869;RO=34;SAF=11;SAR=22;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261965;STB=0.646375;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00783405;OID=.;OPOS=92959228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:22:11:21:13:22:11:21:13 chr14 92981606 . C G 444.83 PASS AF=0.48;AO=46;DP=94;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00629743;FXX=0.00990001;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.1352;QD=17.7931;RBI=0.0373876;REFB=-0.0297782;REVB=0.0368534;RO=48;SAF=18;SAR=28;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636388;STB=0.513646;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0223692;OID=.;OPOS=92981606;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:100:48:52:46:48:0.48:28:18:22:26:28:20:23:29 chr14 93118038 . A G 579.01 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0202559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.111;QD=21.6452;RBI=0.021756;REFB=-0.0209194;REVB=-0.00793884;RO=47;SAF=29;SAR=29;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130543;STB=0.57007;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0133129;OID=.;OPOS=93118038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:47:49:58:58:0.542056:29:29:16:31:29:29:17:32 chr14 93118668 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0115915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.622;QD=14.6657;RBI=0.0270873;REFB=0.00238901;REVB=0.0244818;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197969;STB=0.615227;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.000551808;OID=.;OPOS=93118668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:10:11:5:10:10:11 chr14 93118669 . G A 164.22 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0115018;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.241;QD=19.9049;RBI=0.0183512;REFB=-0.0255449;REVB=-0.0142994;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161694;STB=0.574382;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00818268;OID=.;OPOS=93118669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:15:16:17:17:0.515152:9:8:10:5:9:8:10:6 chr14 93119407 . C T 336.29 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0407161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.954;QD=28.0237;RBI=0.0454313;REFB=-0.0290748;REVB=0.0201546;RO=19;SAF=13;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974148;STB=0.553562;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.019057;OID=.;OPOS=93119407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:16:13:6:13:16:13:6:13 chr14 93178191 . A G 1181.93 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0412355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.192;QD=58.3667;RBI=0.0412741;REFB=-0.0834112;REVB=-0.00178423;RO=2;SAF=33;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00394874;STB=0.502086;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00594188;OID=.;OPOS=93178191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:46:33:1:1:46:33:1:1 chr14 93199080 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.527;QD=57.3857;RBI=0.0319562;REFB=0;REVB=-0.0182334;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54207e-05;OID=.;OPOS=93199080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr14 93263982 . C G 817.52 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.409;QD=57.3698;RBI=0.0440401;REFB=0;REVB=0.00871724;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288181;OID=.;OPOS=93263982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr14 93275841 . A G 491.74 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0429519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4412;QD=51.7621;RBI=0.0591531;REFB=-0.0661999;REVB=0.0406721;RO=2;SAF=10;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261699;STB=0.504585;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0283161;OID=.;OPOS=93275841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:2:3:35:35:0.921053:25:10:1:1:25:10:1:2 chr14 93276654 . T C 409.91 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00298366;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.22;QD=51.2389;RBI=0.00321866;REFB=-0.0441206;REVB=0.00120728;RO=2;SAF=18;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120839;STB=0.506489;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00335311;OID=.;OPOS=93276654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:12:18:1:1:12:18:1:1 chr14 93398031 . G C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00192142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.269;QD=19.1804;RBI=0.00363356;REFB=-0.0325053;REVB=0.00308397;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513374;STB=0.529366;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0299398;OID=.;OPOS=93398031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:9:4:4:7:9:4:4:7 chr14 93399169 . G A 571.45 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0434337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1629;QD=23.0888;RBI=0.0950187;REFB=-0.0258978;REVB=0.0845108;RO=46;SAF=21;SAR=32;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107946;STB=0.559418;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.023883;OID=.;OPOS=93399169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:46:53:53:0.535354:32:21:24:22:32:21:24:22 chr14 93401178 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.082774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3325;QD=48.7363;RBI=0.100076;REFB=0;REVB=-0.0562457;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00510056;OID=.;OPOS=93401178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr14 93407062 . A G 840.5 PASS AF=0.938462;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0295664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.409;QD=51.7232;RBI=0.0529675;REFB=-0.0566841;REVB=0.0439475;RO=4;SAF=35;SAR=26;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00873015;STB=0.504633;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00777074;OID=.;OPOS=93407062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:65:65:4:4:61:61:0.938462:26:35:2:2:26:35:2:2 chr14 93407301 . C A 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00618009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.421;QD=19.4209;RBI=0.015565;REFB=-0.0179911;REVB=0.0142855;RO=27;SAF=11;SAR=18;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00822723;STB=0.504584;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0186314;OID=.;OPOS=93407301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:18:11:10:17:18:11:10:17 chr14 93412743 . G A 218.59 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00333659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.12;QD=14.3339;RBI=0.0347304;REFB=0.00522256;REVB=0.0345698;RO=34;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00954085;STB=0.524571;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0106205;OID=.;OPOS=93412743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:35:25:26:0.42623:12:13:18:16:13:13:19:16 chr14 93693831 . C T 443.54 PASS AF=0.47;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0277921;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4868;QD=17.7415;RBI=0.0302691;REFB=-0.0184952;REVB=0.0119924;RO=53;SAF=20;SAR=27;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101761;STB=0.505665;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.022088;OID=.;OPOS=93693831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:53:53:47:47:0.47:27:20:22:31:27:20:22:31 chr14 93703854 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0537578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.001;QD=11.0197;RBI=0.110172;REFB=-0.00445198;REVB=-0.096166;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12327;STB=0.576643;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00826937;OID=.;OPOS=93703854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:1:5:6:2:1:5:6:2 chr14 93943998 . G A 512.32 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.00734571;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.645;QD=21.3468;RBI=0.00770008;REFB=-0.0090598;REVB=0.00230905;RO=46;SAF=35;SAR=14;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198059;STB=0.519705;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00798911;OID=.;OPOS=93943998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:46:47:49:49:0.510417:14:35:32:14:14:35:32:15 chr14 93994954 . G A 521.75 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0277236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4028;QD=18.4692;RBI=0.0285671;REFB=0.00947582;REVB=-0.00689048;RO=56;SAF=29;SAR=26;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736269;STB=0.540474;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00825218;OID=.;OPOS=93994954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:56:58:55:55:0.486726:26:29:25:31:26:29:26:32 chr14 94007075 . C T 376.75 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00138398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.659;QD=18.6048;RBI=0.00969725;REFB=-0.0333224;REVB=0.00959798;RO=41;SAF=17;SAR=22;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115089;STB=0.570128;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0323275;OID=.;OPOS=94007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:42:39:39:0.481481:22:17:23:18:22:17:24:18 chr14 94187832 . C T 126.56 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0140441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8905;QD=29.7794;RBI=0.0772878;REFB=0.0208797;REVB=0.0760011;RO=4;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289225;STB=0.516104;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.0124313;OID=.;OPOS=94187832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:4:9:3:1:4:9:3:1 chr14 94405871 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450989;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=103.611;QD=33.4244;RBI=0.0465038;REFB=0;REVB=0.0113444;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00086319;OID=.;OPOS=94405871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr14 94410275 . CA C 1144.61 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0565285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.3247;QD=46.2469;RBI=0.090325;REFB=0.0836742;REVB=-0.0704495;RO=2;SAF=58;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160722;STB=0.504201;STBP=0.495;TYPE=del;VARB=-0.00284445;OID=.;OPOS=94410276;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.989899:97:99:98:99:1:59:39:1:0:14:2:58:39:2:0 chr14 94417421 . G A 651.13 PASS AF=0.446541;AO=71;DP=160;FAO=71;FDP=159;FR=.;FRO=88;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=-0.0133776;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5676;QD=16.3807;RBI=0.0182584;REFB=-0.0173565;REVB=-0.0124261;RO=85;SAF=46;SAR=25;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074716;STB=0.546985;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0144275;OID=.;OPOS=94417421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:85:88:71:71:0.446541:25:46:49:36:25:46:50:38 chr14 94417541 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.105;QD=59.839;RBI=0.0116846;REFB=0;REVB=0.00402727;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132946;OID=.;OPOS=94417541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr14 94417586 . G A 80.24 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0638219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5549;QD=16.8916;RBI=0.0980821;REFB=-0.0218557;REVB=0.0744773;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373874;STB=0.521695;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0131112;OID=.;OPOS=94417586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:4:5:6:4:4:5 chr14 94467549 . C T 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0104161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.179;QD=19.2749;RBI=0.0144971;REFB=-0.00901566;REVB=-0.0100833;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22758;STB=0.637361;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0161709;OID=.;OPOS=94467549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:14:9:16:9:14:9:17:9 chr14 94510964 . T C 222.2 PASS AF=0.44898;AO=20;DP=47;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0273382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8508;QD=18.1387;RBI=0.0637284;REFB=-0.0157471;REVB=0.0575668;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137865;STB=0.607448;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0239559;OID=.;OPOS=94510964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:26:27:20:22:0.44898:12:8:14:12:14:8:15:12 chr14 94524216 . T C 216.49 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.00334895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.808;QD=22.2037;RBI=0.00678632;REFB=-0.027061;REVB=0.00590243;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317611;STB=0.66251;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0131225;OID=.;OPOS=94524216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:18:20:21:0.538462:9:11:3:15:10:11:3:15 chr14 94564035 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.392;QD=57.2025;RBI=0.0453926;REFB=0;REVB=0.00718048;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00036074;OID=.;OPOS=94564035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr14 94564039 . A G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0400453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8037;QD=9.09983;RBI=0.045509;REFB=3.32527e-05;REVB=-0.0216205;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212292;STB=0.62784;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00415881;OID=.;OPOS=94564039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:5:14:5:4:5:14 chr14 94582130 . T TGGCCATGGC 98.76 PASS AF=0.26;AO=12;DP=51;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0227578;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=9;MLLD=338.15;QD=7.90047;RBI=0.0283705;REFB=-0.00903116;REVB=-0.0169402;RO=38;SAF=8;SAR=4;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144931;STB=0.556873;STBP=0.696;TYPE=ins;VARB=0.0242465;OID=.;OPOS=94582131;OREF=-;OALT=GGCCATGGC;OMAPALT=TGGCCATGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26:12:51:13:50:37:8:5:20:17:98:38:8:4:21:17 chr14 94756450 . T A 783.54 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00623176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.378;QD=53.1211;RBI=0.0653752;REFB=-0.0638461;REVB=0.0650776;RO=2;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351986;STB=0.509431;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00194723;OID=.;OPOS=94756450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:59:59:2:1:56:58:0.983051:31:25:1:1:32:26:1:0 chr14 94756750 . T C 1316.96 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.009;QD=61.9744;RBI=0.0290066;REFB=0;REVB=0.0110381;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56914e-05;OID=.;OPOS=94756750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:52:32:0:0:52:33:0:0 chr14 94756794 . T C 1033.33 PASS AF=0.972603;AO=68;DP=70;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00513662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6062;QD=56.6209;RBI=0.0193595;REFB=-0.0414569;REVB=-0.0186656;RO=1;SAF=28;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165801;STB=0.501764;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0109604;OID=.;OPOS=94756794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:73:1:2:68:71:0.972603:40:28:1:0:40:31:1:1 chr14 94776221 . A C 1989.39 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.942;QD=62.1684;RBI=0.0216006;REFB=0;REVB=0.0214464;RO=0;SAF=60;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90404e-05;OID=.;OPOS=94776221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:68:60:0:0:68:60:0:0 chr14 94912799 . G A 623.88 PASS AF=0.449664;AO=67;DP=151;FAO=67;FDP=149;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=-0.0108173;FXX=0.0132442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.387;QD=16.7484;RBI=0.0184144;REFB=-0.00568239;REVB=0.0149022;RO=81;SAF=33;SAR=34;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108442;STB=0.563121;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00800528;OID=.;OPOS=94912799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:81:82:67:67:0.449664:34:33:31:50:34:33:31:51 chr14 94912896 . T G 452.1 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0490979;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.224;QD=19.4451;RBI=0.0494101;REFB=-0.0243694;REVB=0.00554543;RO=48;SAF=16;SAR=29;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195591;STB=0.510876;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0170764;OID=.;OPOS=94912896;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:48:48:45:45:0.483871:29:16:18:30:29:16:18:30 chr14 94929541 . G A 1570.3 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161115;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.033;QD=64.0938;RBI=0.0274761;REFB=0;REVB=-0.0222566;RO=0;SAF=60;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000383083;OID=.;OPOS=94929541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:38:60:0:0:38:60:0:0 chr14 94931105 . A G 708.72 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.511;QD=62.9972;RBI=0.0685556;REFB=0;REVB=0.0660333;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64869e-05;OID=.;OPOS=94931105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:17:26:0:0:19:26:0:0 chr14 94933473 . C A 274.2 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00268806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.262;QD=24.9274;RBI=0.00735801;REFB=0.00170194;REVB=-0.00684943;RO=19;SAF=14;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188021;STB=0.604235;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00217514;OID=.;OPOS=94933473;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:11:14:6:13:11:14:6:13 chr14 94933640 . A T 234.65 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00423949;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.554;QD=15.1385;RBI=0.0106141;REFB=-0.0152231;REVB=-0.00973068;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23717;STB=0.633708;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.013205;OID=.;OPOS=94933640;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:35:35:27:27:0.435484:15:12:24:11:15:12:24:11 chr14 94933695 . G A 250.34 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0143567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6525;QD=20.027;RBI=0.0595778;REFB=0.0347066;REVB=0.0578222;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144062;STB=0.581059;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.03491;OID=.;OPOS=94933695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:13:11:16:10:13:11:16:10 chr14 94933709 . C T 253.97 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00121451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.475;QD=21.6141;RBI=0.00187783;REFB=-0.00756611;REVB=-0.0014322;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129979;STB=0.572893;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00752977;OID=.;OPOS=94933709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:10:14:10:13:10:14:10:13 chr14 94936110 . G A 65.56 PASS AF=0.6;AO=6;DP=18;FAO=9;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00514468;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.457;QD=17.4816;RBI=0.0156111;REFB=-0.0544983;REVB=0.014739;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129519;STB=0.588041;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0266565;OID=.;OPOS=94936110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:18:15:9:6:6:9:0.6:2:4:7:2:5:4:4:2 chr14 95080803 . G A 290.49 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0344745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1609;QD=46.4785;RBI=0.0506552;REFB=-0.210961;REVB=0.0371141;RO=2;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710841;STB=0.538428;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.020169;OID=.;OPOS=95080803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:25:25:2:2:23:23:0.92:12:11:0:2:12:11:0:2 chr14 95107973 . C T 257.73 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0938545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7482;QD=23.4296;RBI=0.116784;REFB=-0.0395042;REVB=0.069497;RO=19;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128754;STB=0.579937;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0375076;OID=.;OPOS=95107973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:20:24:24:0.545455:10:14:14:5:10:14:15:5 chr14 95555205 . C T 749.56 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2972;QD=56.5702;RBI=0.012799;REFB=0;REVB=-0.00348697;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168306;OID=.;OPOS=95555205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr14 95660242 . A G 1010.54 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254917;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.005;QD=59.4435;RBI=0.0275169;REFB=0;REVB=0.0103611;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018904;OID=.;OPOS=95660242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:38:29:0:0:39:29:0:0 chr14 95786115 . C T 177.45 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0458828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.859;QD=21.5087;RBI=0.0465176;REFB=-0.0309433;REVB=-0.00765836;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17785;STB=0.599891;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0334347;OID=.;OPOS=95786115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:8:10:5:10:8:10:5:10 chr14 95903307 . TAGA T 234.47 PASS AF=0.481481;AO=24;DP=57;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0124902;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=3;MLLD=189.025;QD=17.3685;RBI=0.058921;REFB=-0.0179897;REVB=-0.0575819;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590111;STB=0.51514;STBP=0.864;TYPE=del;VARB=0.0196337;OID=.;OPOS=95903308;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:24:57:26:54:28:10:16:10:18:99:28:10:14:10:18 chr14 95906321 . G A 1040.76 PASS AF=0.479821;AO=103;DP=220;FAO=107;FDP=223;FR=.;FRO=116;FSAF=33;FSAR=74;FSRF=38;FSRR=78;FWDB=-0.0123072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.465;QD=18.6683;RBI=0.013237;REFB=-0.0137181;REVB=0.00487368;RO=115;SAF=31;SAR=72;SRF=37;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233176;STB=0.511585;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0167694;OID=.;OPOS=95906321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:223:115:116:103:107:0.479821:72:31:37:78:74:33:38:78 chr14 95918625 . T C 312.41 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0294041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4164;QD=21.9233;RBI=0.0301507;REFB=-0.000757538;REVB=-0.00666807;RO=25;SAF=11;SAR=21;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210427;STB=0.511621;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000453851;OID=.;OPOS=95918625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:21:11:8:17:21:11:8:17 chr14 95921741 . C T 193.89 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.000206169;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.024;QD=14.1007;RBI=0.014898;REFB=-0.0153643;REVB=-0.0148965;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17463;STB=0.591758;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0236138;OID=.;OPOS=95921741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:31:32:22:23:0.418182:13:9:18:13:13:10:19:13 chr14 95923670 . A C 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00958017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.692;QD=21.5108;RBI=0.0236667;REFB=-0.0214503;REVB=-0.021641;RO=15;SAF=4;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239574;STB=0.636198;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0160782;OID=.;OPOS=95923670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:14:4:7:8:14:4:7:8 chr14 95999820 . T C 400.32 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0441962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.673;QD=16.1745;RBI=0.0441995;REFB=-0.00319888;REVB=0.000541625;RO=56;SAF=21;SAR=21;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505048;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00424551;OID=.;OPOS=95999820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:57:42:42:0.424242:21:21:28:28:21:21:29:28 chr14 96131432 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00367089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7673;QD=56.706;RBI=0.0413891;REFB=0;REVB=-0.0412259;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000705174;OID=.;OPOS=96131432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr14 96136794 . A G 287.32 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0251698;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6108;QD=23.9433;RBI=0.0476704;REFB=0.0127568;REVB=0.040484;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120169;STB=0.566725;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.0128547;OID=.;OPOS=96136794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:22:22:26:26:0.541667:14:12:7:15:14:12:7:15 chr14 96157679 . T A 163.77 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00633695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.359;QD=13.3686;RBI=0.00748992;REFB=-0.00428124;REVB=0.00399274;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143572;STB=0.591738;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00821177;OID=.;OPOS=96157679;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:31:18:18:0.367347:9:9:11:19:9:9:11:20 chr14 96178688 . C T 571.74 PASS AF=0.58427;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.030213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.425;QD=25.696;RBI=0.0342642;REFB=0.000690879;REVB=0.016162;RO=36;SAF=20;SAR=32;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109976;STB=0.566346;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.000298722;OID=.;OPOS=96178688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:36:37:52:52:0.58427:32:20:19:17:32:20:20:17 chr14 96556914 . T C 699.38 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0144686;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.312;QD=60.8152;RBI=0.0646889;REFB=-0.113255;REVB=0.06305;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.515145;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0012217;OID=.;OPOS=96556914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:46:0:1:45:45:0.978261:16:29:0:0:16:29:0:1 chr14 96557121 . T C 409.79 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0016362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.169;QD=56.5232;RBI=0.0111754;REFB=0;REVB=0.011055;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68566e-05;OID=.;OPOS=96557121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr14 96557825 . G A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00710989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.678;QD=12.0208;RBI=0.0202505;REFB=-0.0123829;REVB=-0.0189613;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201609;STB=0.634719;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0195255;OID=.;OPOS=96557825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:14:14:0.358974:4:10:13:11:4:10:13:12 chr14 96557873 . GA TA,TC 125.91 PASS AF=0.340909,0;AO=10,2;DP=43;FAO=15,0;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8,0;FSAR=7,0;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00679086,-0.00920346;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=80.4458,116.532;QD=11.4463;RBI=0.0462245,0.0240888;REFB=-0.0158722,-0.00152488;REVB=0.0457229,-0.0222613;RO=29;SAF=6,0;SAR=4,2;SRF=13;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.17891,-0.440237;STB=0.555817,0.5;STBP=0.606,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0569481,0;OID=.,.;OPOS=96557873,96557873;OREF=G,GA;OALT=T,TC;OMAPALT=TA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:29:29:10,2:15,0:0.340909,0:4,2:6,0:13:16:7,0:8,0:13:16 chr14 96558235 . T C 295.02 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0268296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8645;QD=20.7032;RBI=0.0422985;REFB=-0.0114266;REVB=0.0327007;RO=26;SAF=24;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267209;STB=0.649421;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0106589;OID=.;OPOS=96558235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:7:24:13:13:7:24:13:13 chr14 96558595 . C T 101.52 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0202675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.8;QD=8.63962;RBI=0.0774224;REFB=-0.0160378;REVB=-0.0747226;RO=34;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302576;STB=0.683277;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0367003;OID=.;OPOS=96558595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:5:8:12:22:5:8:12:22 chr14 96558694 . C T 141.35 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0115246;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.33;QD=13.4615;RBI=0.0238646;REFB=-0.013539;REVB=-0.0208975;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891363;STB=0.579168;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0180423;OID=.;OPOS=96558694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:26:16:16:0.380952:10:6:11:13:10:6:13:13 chr14 96558881 . C G 782.27 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0161374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.715;QD=52.1513;RBI=0.0227266;REFB=-0.158901;REVB=0.0160026;RO=3;SAF=16;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332681;STB=0.517641;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00126279;OID=.;OPOS=96558881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:60:60:3:3:57:57:0.95:41:16:0:3:41:16:0:3 chr14 96559250 . C T 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00603769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.043;QD=22.7238;RBI=0.0224207;REFB=0.000632679;REVB=0.0215925;RO=16;SAF=5;SAR=15;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406626;STB=0.728337;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00014862;OID=.;OPOS=96559250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:15:5:12:4:15:5:12:4 chr14 96559459 . C A 428.68 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0117608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.213;QD=22.2692;RBI=0.0144531;REFB=-0.0148821;REVB=0.00840088;RO=35;SAF=27;SAR=15;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390007;STB=0.521462;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0127354;OID=.;OPOS=96559459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:15:27:24:11:15:27:24:11 chr14 96559723 . G A 483.8 PASS AF=0.704918;AO=43;DP=61;FAO=43;FDP=61;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0124726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.791;QD=31.7246;RBI=0.0127974;REFB=-0.0121957;REVB=0.00286473;RO=17;SAF=18;SAR=25;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589595;STB=0.524464;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00386234;OID=.;OPOS=96559723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:17:18:43:43:0.704918:25:18:9:8:25:18:9:9 chr14 96559732 . G C 108.68 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0332977;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.646;QD=7.12682;RBI=0.0352791;REFB=-0.00612343;REVB=-0.0116567;RO=44;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182795;STB=0.618038;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0393375;OID=.;OPOS=96559732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:45:16:16:0.262295:7:9:18:26:7:9:18:27 chr14 96559791 . C T 191.33 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0171505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.198;QD=22.5099;RBI=0.0183207;REFB=-0.0249608;REVB=0.00644268;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468823;STB=0.526288;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0216286;OID=.;OPOS=96559791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:9:10:7:8:9:10:7:8 chr14 96560083 . A T 354.79 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00792037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.553;QD=16.1267;RBI=0.0079232;REFB=-0.00390065;REVB=-0.000211991;RO=49;SAF=16;SAR=22;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170145;STB=0.600897;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00553404;OID=.;OPOS=96560083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:50:38:38:0.431818:22:16:29:20:22:16:30:20 chr14 96560092 . G A 457.7 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0118798;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7914;QD=20.3421;RBI=0.0479166;REFB=-0.00411308;REVB=-0.0464206;RO=45;SAF=26;SAR=19;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159827;STB=0.588543;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00425368;OID=.;OPOS=96560092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:19:26:18:27:19:26:18:27 chr14 96671207 . GGGTGGGGAC G 420.27 PASS AF=0.666667;AO=44;DP=60;FAO=48;FDP=72;FR=.;FRO=24;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0177174;FXX=0.0399947;HRUN=4;LEN=9;MLLD=271.793;QD=23.3486;RBI=0.0257373;REFB=-0.0358398;REVB=0.0186682;RO=0;SAF=33;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599955;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.0147288;OID=.;OPOS=96671208;OREF=GGTGGGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:44:60:48:72:24:36:12:12:12:99:0:33:11:0:0 chr14 96707457 . A G 651.03 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00515697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9053;QD=62.003;RBI=0.0136757;REFB=0;REVB=-0.0126662;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166721;OID=.;OPOS=96707457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr14 96708667 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00712582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.041;QD=59.8379;RBI=0.0215167;REFB=0;REVB=0.0203025;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77846e-05;OID=.;OPOS=96708667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr14 96708782 . A T 406.16 PASS AF=0.446809;AO=41;DP=93;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0202023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.125;QD=17.2833;RBI=0.0206931;REFB=-0.0152354;REVB=-0.0044798;RO=50;SAF=27;SAR=14;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237679;STB=0.627675;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0125582;OID=.;OPOS=96708782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:50:52:41:42:0.446809:14:27:21:29:14:28:23:29 chr14 96709230 . G A 318.46 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0163593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.332;QD=20.8828;RBI=0.0173115;REFB=0.00276601;REVB=0.00566215;RO=28;SAF=10;SAR=23;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235144;STB=0.630719;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00329772;OID=.;OPOS=96709230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:23:10:16:12:23:10:16:12 chr14 96709359 . A AC 349.5 PASS AF=1;AO=31;DP=39;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705232;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.5013;QD=42.3637;RBI=0.0923144;REFB=0;REVB=0.0595688;RO=8;SAF=13;SAR=18;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12578;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0060909;OID=.;OPOS=96709360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:39:33:33:0:15:18:0:0:6:8:13:18:6:2 chr14 96730142 . A G 2331.5 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.244;QD=63.8767;RBI=0.0343179;REFB=0;REVB=-0.0341729;RO=0;SAF=73;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.34787e-05;OID=.;OPOS=96730142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:73:73:0:0:73:73:0:0 chr14 96751968 . TAAAAAAT TAAAAAT,TAAAAATA 73.98 PASS AF=0.297297,0.189189;AO=10,5;DP=37;FAO=11,7;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=3,7;FSAR=8,0;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.210325,-0.00633112;FXX=0.0263089;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=7.87436,84.199;QD=7.99801;RBI=0.2469,0.0441871;REFB=-0.116109,-0.024445;REVB=-0.129319,-0.0437312;RO=13;SAF=3,5;SAR=7,0;SRF=10;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.431165,0.656602;STB=0.776676,0.997692;STBP=0.037,0.061;TYPE=del,mnp;VARB=0.146032,-0.0495995;OID=.,.;OPOS=96751969,96751974;OREF=A,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=TAAAAAT,TAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297297,0.189189:10,5:37:11,7:37:19:3,7:8,0:14:5:31:13:3,5:7,0:10:3 chr14 96771959 . A G 1298.16 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135869;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.413;QD=61.0898;RBI=0.0168621;REFB=-0.0929923;REVB=0.00998633;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000585343;OID=.;OPOS=96771959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:85:0:1:84:84:0.988235:40:44:0:0:40:44:1:0 chr14 96777468 . G C 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00080281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.692;QD=12.143;RBI=0.00591913;REFB=-0.0163207;REVB=-0.00586443;RO=32;SAF=12;SAR=7;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663241;STB=0.524204;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0379815;OID=.;OPOS=96777468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:7:12:22:10:7:12:22:11 chr14 96781912 . T C 1230.95 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0358596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4025;QD=60.0462;RBI=0.03751;REFB=0.000907148;REVB=0.0110037;RO=1;SAF=33;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014132;STB=0.507461;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000295885;OID=.;OPOS=96781912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:48:33:1:0:48:33:1:0 chr14 96797724 . G A 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.489;QD=61.2128;RBI=0.0123284;REFB=0;REVB=-0.00143916;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90796e-05;OID=.;OPOS=96797724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:32:47:0:0:32:47:0:0 chr14 96829290 . G A 1489.9 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00489075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.463;QD=60.1978;RBI=0.0053643;REFB=0.113865;REVB=-0.00220369;RO=3;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251628;STB=0.513272;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00163402;OID=.;OPOS=96829290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:99:3:3:96:96:0.969697:55:41:0:3:55:41:0:3 chr14 96851111 . C T 272.8 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0375262;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0823;QD=23.2167;RBI=0.0446413;REFB=-0.00698224;REVB=-0.0241791;RO=21;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596777;STB=0.52457;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0129766;OID=.;OPOS=96851111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:9:16:12:9:9:16:13:9 chr14 96922752 . C G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.342;QD=57.7122;RBI=0.0426353;REFB=0;REVB=0.0380254;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120947;OID=.;OPOS=96922752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr14 97104758 . A G 272.59 PASS AF=0.372093;AO=31;DP=85;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00050388;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.581;QD=12.6786;RBI=0.00156024;REFB=-0.00420504;REVB=0.00147663;RO=54;SAF=18;SAR=13;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110054;STB=0.550988;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00659323;OID=.;OPOS=97104758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:54:54:31:32:0.372093:13:18:26:28:14:18:26:28 chr14 97299853 . A G 231.75 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0293255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.1031;QD=18.9181;RBI=0.0768342;REFB=-0.0313283;REVB=-0.0710177;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754884;STB=0.517545;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0545507;OID=.;OPOS=97299853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:25:26:22:23:0.469388:14:8:11:14:14:9:11:15 chr14 97321689 . C T 438.63 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0390951;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4052;QD=17.3714;RBI=0.0426753;REFB=-0.00642511;REVB=-0.01711;RO=54;SAF=24;SAR=23;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116665;STB=0.564916;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00963041;OID=.;OPOS=97321689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:23:24:21:33:23:24:21:33 chr14 98435696 . T C 2234.77 PASS AF=1;AO=138;DP=143;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124985;FXX=0.0344804;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.529;QD=63.8505;RBI=0.0785196;REFB=0;REVB=0.0775185;RO=0;SAF=79;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468541;OID=.;OPOS=98435696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:140:0:0:138:140:1:59:79:0:0:60:80:0:0 chr14 98444369 . T C 1194.33 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0200401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.509;QD=59.7165;RBI=0.0270669;REFB=-0.0387879;REVB=0.0181937;RO=1;SAF=39;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011984;STB=0.506328;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-3.37119e-06;OID=.;OPOS=98444369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:40:39:1:0:40:39:1:0 chr14 98817896 . T C 1015.13 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272053;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5104;QD=58.0076;RBI=0.0272535;REFB=-0.00174766;REVB=-0.00161903;RO=1;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141097;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000455879;OID=.;OPOS=98817896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:1:1:69:69:0.985714:33:36:0:1:33:36:0:1 chr14 99182535 . C T 369.95 PASS AF=0.632653;AO=30;DP=48;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00968797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.37;QD=30.1999;RBI=0.0110159;REFB=-0.0213526;REVB=-0.00524332;RO=18;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921317;STB=0.55552;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0133639;OID=.;OPOS=99182535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:18:18:30:31:0.632653:14:16:12:6:15:16:12:6 chr14 100039109 . C G 361.29 PASS AF=0.389381;AO=43;DP=112;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.0155805;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.509;QD=12.7891;RBI=0.017744;REFB=-0.00745565;REVB=-0.00849086;RO=68;SAF=20;SAR=23;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905138;STB=0.552832;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0137626;OID=.;OPOS=100039109;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:68:69:43:44:0.389381:23:20:26:42:23:21:27:42 chr14 100049433 . C G 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0288663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.111;QD=14.1386;RBI=0.0428872;REFB=-0.0216914;REVB=0.0317183;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328654;STB=0.693872;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0269672;OID=.;OPOS=100049433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:11:3:10:10:11:3:10:10 chr14 100189287 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.664;QD=57.2377;RBI=0.0262229;REFB=0;REVB=0.00940536;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0108e-05;OID=.;OPOS=100189287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr14 100375707 . C T 614.65 PASS AF=0.463235;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=136;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.00657879;FXX=0.0285694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6992;QD=18.0778;RBI=0.0137525;REFB=0.0147712;REVB=0.0120769;RO=72;SAF=35;SAR=28;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0202985;OID=.;OPOS=100375707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:136:72:73:63:63:0.463235:28:35:40:32:28:35:40:33 chr14 100380948 . T C 262.78 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00347972;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.476;QD=14.8043;RBI=0.00765769;REFB=-0.001518;REVB=0.00682142;RO=41;SAF=7;SAR=23;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110411;STB=0.562991;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00197224;OID=.;OPOS=100380948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:41:41:30:30:0.422535:23:7:13:28:23:7:13:28 chr14 100411737 . C A 53.03 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0127932;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6343;QD=7.31481;RBI=0.0175297;REFB=-0.00593814;REVB=0.0119844;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118826;STB=0.57503;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0165114;OID=.;OPOS=100411737;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:3:5:11:10:3:5:11:10 chr14 100411767 . C T 63.32 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0346723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.168;QD=8.73439;RBI=0.0360673;REFB=-0.0214739;REVB=-0.00993364;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244737;STB=0.650823;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0529606;OID=.;OPOS=100411767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:11:9:6:3:11:9 chr14 100411771 . T G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00441512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.813;QD=9.09989;RBI=0.0153059;REFB=-0.0022506;REVB=0.0146553;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217768;STB=0.633843;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00392859;OID=.;OPOS=100411771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:10:9:6:3:10:9 chr14 100411774 . G A 357.86 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.462;QD=55.0551;RBI=0.0412506;REFB=0;REVB=0.00896629;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233032;OID=.;OPOS=100411774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:15:11:0:0 chr14 100615665 . T C 1175.64 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00653103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.998;QD=59.5259;RBI=0.0253872;REFB=-0.0493302;REVB=0.0245327;RO=1;SAF=40;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116869;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000195147;OID=.;OPOS=100615665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:38:40:1:0:38:40:1:0 chr14 100615961 . C T 122.37 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0630823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8367;QD=37.6535;RBI=0.070233;REFB=-0.115539;REVB=0.0308756;RO=1;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128042;STB=0.571302;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0120702;OID=.;OPOS=100615961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:3:9:0:1:3:9:0:1 chr14 100759046 . C A 108.76 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0266527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.577;QD=24.1678;RBI=0.0277013;REFB=-0.0268681;REVB=-0.0075497;RO=6;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147396;STB=0.583194;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00895901;OID=.;OPOS=100759046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:5:7:2:4:5:7:2:4 chr14 100759277 . C T 486.0 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0127549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.516;QD=23.9999;RBI=0.019353;REFB=-0.0212644;REVB=0.0145551;RO=35;SAF=17;SAR=29;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162379;STB=0.589197;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0167262;OID=.;OPOS=100759277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:46:46:0.567901:29:17:20:15:29:17:20:15 chr14 100792482 . C A 1297.28 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.253;QD=61.0484;RBI=0.0463397;REFB=0;REVB=0.0297394;RO=0;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295962;OID=.;OPOS=100792482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:82:85:1:32:50:0:0:33:52:0:0 chr14 100795139 . G T 125.83 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0283809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8939;QD=18.642;RBI=0.0388356;REFB=-0.000762434;REVB=0.026509;RO=13;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185034;STB=0.60673;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00157227;OID=.;OPOS=100795139;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:11:3:5:8:11:3:5:8 chr14 100808845 . G A 1320.72 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000813482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.939;QD=62.1514;RBI=0.0394169;REFB=0;REVB=0.0394085;RO=0;SAF=28;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9243e-05;OID=.;OPOS=100808845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:56:28:0:0:57:28:0:0 chr14 100832391 . T C 1338.9 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.584;QD=62.2746;RBI=0.0256253;REFB=0;REVB=0.0165549;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1027e-05;OID=.;OPOS=100832391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr14 100847523 . T C 608.57 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00227551;FXX=0.0465008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0293;QD=59.3729;RBI=0.0193419;REFB=-0.0119603;REVB=0.0192076;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253417;STB=0.513507;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00083518;OID=.;OPOS=100847523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:40:40:0.97561:18:22:0:1:18:22:0:1 chr14 100847707 . A G 640.26 PASS AF=0.516129;AO=64;DP=124;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0183552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.021;QD=20.6534;RBI=0.0273476;REFB=-0.0110052;REVB=-0.0202725;RO=60;SAF=31;SAR=33;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722613;STB=0.539746;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0101;OID=.;OPOS=100847707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:60:60:64:64:0.516129:33:31:34:26:33:31:34:26 chr14 100847930 . A G 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0222636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.247;QD=15.1663;RBI=0.0314759;REFB=-0.0125765;REVB=-0.02225;RO=30;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904417;STB=0.551618;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0146871;OID=.;OPOS=100847930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:8:15:17:13:8:15:17:13 chr14 100996312 . T C 308.38 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0202545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.696;QD=28.0343;RBI=0.0330364;REFB=-0.0247166;REVB=-0.0260991;RO=17;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184913;STB=0.510197;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0145161;OID=.;OPOS=100996312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:15:12:8:9:15:12:8:9 chr14 101004529 . TC CT,T 71.49 PASS AF=0.0857143,0.571429;AO=2,15;DP=33;FAO=3,20;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=0,9;FSAR=3,11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0124734,-0.00721689;FXX=0;HRUN=1,8;LEN=2,1;MLLD=159.796,6.82381;QD=8.16983;RBI=0.0147558,0.0428917;REFB=-0.00245211,-0.0724264;REVB=-0.00788346,0.0422802;RO=13;SAF=0,8;SAR=2,7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.490041,0.183258;STB=0.995574,0.512646;STBP=0.137,0.869;TYPE=mnp,del;VARB=0.0478011,0.145432;OID=.,.;OPOS=101004529,101004530;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:44:33:35:13:12:2,15:3,20:0.0857143,0.571429:2,7:0,8:4:9:3,11:0,9:5:7 chr14 101005215 . T C 121.38 PASS AF=0.325;AO=11;DP=42;FAO=13;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=-0.0158364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.083;QD=12.1382;RBI=0.0279769;REFB=-0.0402663;REVB=-0.0230633;RO=17;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00927386;STB=0.53776;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0737199;OID=.;OPOS=101005215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:17:24:11:13:0.325:9:2:3:14:11:2:3:21 chr14 101005236 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.0283463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.508;QD=12.9745;RBI=0.0397736;REFB=-0.0205733;REVB=-0.0279003;RO=18;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838313;STB=0.549909;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0382263;OID=.;OPOS=101005236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:11:1:2:16:11:1:2:16 chr14 101138230 . A C 892.32 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8179;QD=56.6553;RBI=0.0869643;REFB=-0.110952;REVB=0.0817283;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00453066;OID=.;OPOS=101138230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:63:0:0:62:63:1:36:26:0:0:37:26:0:0 chr14 101198417 . A G 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.883;QD=60.7155;RBI=0.0177383;REFB=0;REVB=0.011202;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65617e-06;OID=.;OPOS=101198417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr14 101200645 . T C,G 290.53 PASS AF=0.875,0.0833333;AO=21,2;DP=24;FAO=21,2;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9,0;FSAR=12,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253451,0.0237781;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=158.018,30.3497;QD=48.4218;RBI=0.0297878,0.0466609;REFB=-0.194693,-0.139216;REVB=0.0156504,-0.0401478;RO=1;SAF=9,0;SAR=12,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0485363,-0.697199;STB=0.526291,0.993266;STBP=0.323,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.00158026,0.0928912;OID=.,.;OPOS=101200645,101200645;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:24:1:1:21,2:21,2:0.875,0.0833333:12,2:9,0:1:0:12,2:9,0:1:0 chr14 101301038 . C G 242.52 PASS AF=0.42029;AO=28;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0488617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4699;QD=14.0589;RBI=0.0542537;REFB=-0.0182082;REVB=0.0235795;RO=39;SAF=11;SAR=17;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225895;STB=0.60707;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0314221;OID=.;OPOS=101301038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:28:29:0.42029:17:11:24:15:17:12:24:16 chr14 101302211 . G T 238.31 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00147358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.717;QD=16.1563;RBI=0.00278576;REFB=-0.0218119;REVB=0.00236411;RO=30;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13283;STB=0.595165;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0167374;OID=.;OPOS=101302211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:32:27:27:0.457627:18:9:14:16:18:9:16:16 chr14 101302283 . C T 124.78 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0136631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.6303;QD=10.1858;RBI=0.0136746;REFB=-0.00954508;REVB=0.0005593;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139853;STB=0.583674;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0122327;OID=.;OPOS=101302283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:8:7:20:14:8:7:20:14 chr14 101350721 . T C 732.08 PASS AF=0.486667;AO=72;DP=150;FAO=73;FDP=150;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.000528297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4747;QD=19.5222;RBI=0.040004;REFB=0.00864687;REVB=0.0400006;RO=77;SAF=35;SAR=37;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675636;STB=0.54047;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00919087;OID=.;OPOS=101350721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:77:77:72:73:0.486667:37:35:43:34:38:35:43:34 chr14 101507727 . C T 885.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.686;QD=58.05;RBI=0.0419623;REFB=0;REVB=0.0106041;RO=0;SAF=13;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.47961e-05;OID=.;OPOS=101507727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:47:13:0:0:48:13:0:0 chr14 101522556 . T C 255.21 PASS AF=0.329787;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00068184;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.095;QD=10.8599;RBI=0.00463103;REFB=-0.00332287;REVB=-0.00458056;RO=62;SAF=22;SAR=9;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304493;STB=0.682531;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00484836;OID=.;OPOS=101522556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:62:63:31:31:0.329787:9:22:28:34:9:22:28:35 chr14 101531854 . A G 636.03 PASS AF=0.382199;AO=72;DP=190;FAO=73;FDP=191;FR=.;FRO=118;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=77;FWDB=-0.00498575;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.75;QD=13.32;RBI=0.0551003;REFB=-0.0178078;REVB=-0.0548743;RO=118;SAF=38;SAR=34;SRF=41;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196998;STB=0.606153;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0242379;OID=.;OPOS=101531854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:118:118:72:73:0.382199:34:38:41:77:35:38:41:77 chr14 102028550 . C T 253.06 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0703861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9159;QD=19.0987;RBI=0.0714333;REFB=-0.0228735;REVB=0.0121869;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175275;STB=0.509797;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0174279;OID=.;OPOS=102028550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:13:14:14:12:13:14:14:12 chr14 102446161 . G A 445.72 PASS AF=0.462264;AO=48;DP=105;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0254078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0545;QD=16.8194;RBI=0.0524911;REFB=-0.00616001;REVB=-0.0459321;RO=56;SAF=26;SAR=22;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125935;STB=0.569592;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00678021;OID=.;OPOS=102446161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:56:57:48:49:0.462264:22:26:23:33:22:27:24:33 chr14 102550803 . G A 516.24 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3086;QD=58.9983;RBI=0.0764105;REFB=0;REVB=0.0689296;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000359466;OID=.;OPOS=102550803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:31:35:1:11:20:0:0:14:21:0:0 chr14 102568296 . G A 1325.31 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00968513;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9336;QD=60.934;RBI=0.046009;REFB=0.114845;REVB=-0.0449781;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00116397;OID=.;OPOS=102568296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:40:46:0:0:40:46:0:1 chr14 102568367 . T A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000614618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.27;QD=58.9623;RBI=0.0317862;REFB=0;REVB=0.0317802;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5787e-05;OID=.;OPOS=102568367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr14 102808330 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0553733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2189;QD=16.9315;RBI=0.0578083;REFB=0.0143542;REVB=0.0166012;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288616;STB=0.666389;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0103736;OID=.;OPOS=102808330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:4:8:4:8:4:8:4:8 chr14 102808655 . G C 214.98 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00167322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.313;QD=21.4981;RBI=0.0167906;REFB=-0.0325729;REVB=-0.0167071;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831478;STB=0.546718;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0272819;OID=.;OPOS=102808655;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:9:12:9:10:9:12:9:10 chr14 102814945 . G A 272.19 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.000734645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.846;QD=17.2818;RBI=0.039331;REFB=-0.0068847;REVB=0.0393242;RO=33;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215268;STB=0.62036;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0110547;OID=.;OPOS=102814945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:17:13:22:11:17:13:22:11 chr14 102894593 . G A 224.21 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00559412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2567;QD=20.857;RBI=0.0107283;REFB=-0.0205368;REVB=0.00915441;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161935;STB=0.602013;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0183852;OID=.;OPOS=102894593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:9:13:8:12:9:13:8:13 chr14 102965367 . TCACCA T 80.54 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0742691;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=5;MLLD=219.165;QD=15.3405;RBI=0.074374;REFB=-0.0362743;REVB=0.00394902;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151801;STB=0.589287;STBP=0.469;TYPE=del;VARB=0.0403638;OID=.;OPOS=102965368;OREF=CACCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:10:22:10:21:11:3:7:5:6:80:11:3:7:5:6 chr14 102965435 . A G 193.93 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00566958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.872;QD=16.8639;RBI=0.043759;REFB=-0.0102385;REVB=0.0433902;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584098;STB=0.543435;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0180125;OID=.;OPOS=102965435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:10:10:14:11:10:10:15:11 chr14 102965437 . A T 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00501548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.554;QD=16.8737;RBI=0.00798003;REFB=-0.0234406;REVB=-0.00620692;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760636;STB=0.543435;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0260871;OID=.;OPOS=102965437;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:10:10:15:11:10:10:15:11 chr14 103161736 . A AG,G 669.94 PASS AF=0.981818,0.0181818;AO=46,8;DP=56;FAO=54,1;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228208,0.00942411;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=19.2379,6.40969;QD=48.7228;RBI=0.0594421,0.150033;REFB=0,0;REVB=-0.0548869,-0.149737;RO=2;SAF=22,0;SAR=24,8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00170451,-0.793829;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00124443,0.0774163;OID=.,.;OPOS=103161737,103161736;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:56:55:2:0:46,8:54,1:0.981818,0.0181818:24,8:22,0:1:1:32,1:22,0:0:0 chr14 103195365 . G C 1549.07 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.945;QD=63.879;RBI=0.0283585;REFB=0;REVB=0.00657234;RO=0;SAF=58;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27903e-05;OID=.;OPOS=103195365;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:39:58:0:0:39:58:0:0 chr14 103338324 . T A 300.83 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0142739;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=39.009;QD=12.4054;RBI=0.0162118;REFB=-0.00334652;REVB=0.00768628;RO=28;SAF=23;SAR=12;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126927;STB=0.553343;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00645888;OID=.;OPOS=103338324;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:97:28:62:35:35:0.360825:12:23:18:10:13:22:34:28 chr14 103342049 . T C 301.94 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0271735;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.231;QD=21.5669;RBI=0.0459581;REFB=-0.0150057;REVB=0.037064;RO=25;SAF=20;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138562;STB=0.576872;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.010042;OID=.;OPOS=103342049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:25:25:31:31:0.553571:11:20:12:13:11:20:12:13 chr14 103370114 . CGGGGC CGGGC,CGGGGT 529.23 PASS AF=0.2,0.65;AO=11,37;DP=59;FAO=12,39;FDP=60;FR=.;FRO=9;FSAF=7,18;FSAR=5,21;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00433359,0.0287814;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=12.8528,157.543;QD=35.2822;RBI=0.0225132,0.0300456;REFB=-0.177376,-0.0661909;REVB=-0.0220922,0.00862374;RO=8;SAF=5,18;SAR=6,19;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0335209,-0.00446496;STB=0.559899,0.503224;STBP=0.597,0.967;TYPE=del,snp;VARB=0.0566111,0.0313085;OID=.,.;OPOS=103370115,103370119;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=CGGGC,CGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.65:11,37:59:12,39:60:9:7,18:5,21:4:5:64:8:5,18:6,19:4:4 chr14 103370163 . C T 342.58 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0161968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.807;QD=21.4112;RBI=0.0346979;REFB=-0.0261636;REVB=0.0306856;RO=27;SAF=16;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101078;STB=0.519844;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0142595;OID=.;OPOS=103370163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:29:35:35:0.546875:19:16:12:15:19:16:12:17 chr14 103440473 . G C 207.31 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0100943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.469;QD=24.3898;RBI=0.0113665;REFB=-0.00628444;REVB=-0.00522505;RO=14;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127839;STB=0.571356;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0050302;OID=.;OPOS=103440473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:12:8:8:6:12:8:8:6 chr14 103566785 . C T 649.69 PASS AF=0.507812;AO=65;DP=128;FAO=65;FDP=128;FR=.;FRO=63;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.00824484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.949;QD=20.3029;RBI=0.0172194;REFB=-0.0119832;REVB=0.0151172;RO=62;SAF=42;SAR=23;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318739;STB=0.522814;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0130638;OID=.;OPOS=103566785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:62:63:65:65:0.507812:23:42:38:24:23:42:38:25 chr14 103566835 . C G 544.83 PASS AF=0.479339;AO=50;DP=113;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.0228152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.817;QD=18.0108;RBI=0.0405724;REFB=-0.0345152;REVB=0.0335497;RO=62;SAF=26;SAR=24;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125158;STB=0.526369;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0346352;OID=.;OPOS=103566835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:121:62:63:50:58:0.479339:24:26:40:22:24:34:40:23 chr14 103566904 . G A 508.96 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0105224;FXX=0.052627;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.045;QD=18.8504;RBI=0.0161348;REFB=-0.0217217;REVB=0.0122315;RO=55;SAF=35;SAR=18;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211784;STB=0.617528;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0242124;OID=.;OPOS=103566904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:108:55:55:53:53:0.490741:18:35:24:31:18:35:24:31 chr14 103568614 . T A 414.41 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.00383412;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.064;QD=15.0694;RBI=0.011652;REFB=-0.0162279;REVB=0.0110031;RO=61;SAF=31;SAR=16;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224819;STB=0.515558;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.020624;OID=.;OPOS=103568614;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:61:63:47:47:0.427273:16:31:39:22:16:31:40:23 chr14 103576415 . A G 1358.08 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0808;QD=62.4404;RBI=0.0390662;REFB=0;REVB=0.0287207;RO=0;SAF=30;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23106e-06;OID=.;OPOS=103576415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:55:30:0:0:56:31:0:0 chr14 103576443 . TC CG 225.22 PASS AF=0.385714;AO=26;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0317703;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176.792;QD=12.8698;RBI=0.0333367;REFB=-0.0147712;REVB=-0.0100987;RO=43;SAF=8;SAR=18;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10564;STB=0.541635;STBP=0.614;TYPE=mnp;VARB=0.0211201;OID=.;OPOS=103576443;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:26:27:0.385714:18:8:17:26:18:9:17:26 chr14 103593950 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.494;QD=37.4885;RBI=0.0103305;REFB=0;REVB=-0.0012757;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117666;OID=.;OPOS=103593950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr14 103602278 . A G 673.95 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341004;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.157;QD=62.6932;RBI=0.0389689;REFB=0;REVB=0.0188611;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194772;OID=.;OPOS=103602278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr14 103808153 . A G 251.66 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0180969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.891;QD=12.4276;RBI=0.0278036;REFB=-0.017518;REVB=0.0211079;RO=50;SAF=22;SAR=8;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233348;STB=0.642235;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0300563;OID=.;OPOS=103808153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:50:51:30:30:0.37037:8:22:27:23:8:22:27:24 chr14 103808199 . T TAAAC 113.08 PASS AF=0.243243;AO=15;DP=74;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0163768;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=239.053;QD=6.11271;RBI=0.0175248;REFB=0.00229183;REVB=-0.00623874;RO=55;SAF=10;SAR=5;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157057;STB=0.639181;STBP=0.208;TYPE=ins;VARB=-0.00966456;OID=.;OPOS=103808200;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=TAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243243:15:74:18:74:56:13:5:31:25:99:55:10:5:30:25 chr14 103808472 . C T 84.3 PASS AF=0.354839;AO=12;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00101881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0273;QD=10.8769;RBI=0.00244873;REFB=0.00120126;REVB=0.00222673;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664552;STB=0.524954;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00626856;OID=.;OPOS=103808472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:17:20:12:11:0.354839:7:5:6:11:7:4:8:12 chr14 103852725 . C T 1261.95 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.912;QD=61.5585;RBI=0.0633946;REFB=0;REVB=-0.0027489;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149056;OID=.;OPOS=103852725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr14 103934488 . T C 1431.52 PASS AF=0.949495;AO=94;DP=99;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0118854;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.679;QD=57.8392;RBI=0.0160165;REFB=-0.0153376;REVB=-0.0107362;RO=3;SAF=52;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130115;STB=0.517969;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=6.81882e-05;OID=.;OPOS=103934488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:99:99:3:5:94:94:0.949495:42:52:1:2:42:52:1:4 chr14 103969909 . A G 448.2 PASS AF=0.573333;AO=42;DP=74;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00497995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.597;QD=23.9042;RBI=0.0115844;REFB=-0.000674385;REVB=-0.0104593;RO=32;SAF=17;SAR=25;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149395;STB=0.574856;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000290681;OID=.;OPOS=103969909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:32:32:42:43:0.573333:25:17:19:13:25:18:19:13 chr14 103986255 . C T 1640.88 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.129;QD=60.2158;RBI=0.0646357;REFB=0;REVB=0.0534198;RO=0;SAF=72;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010163;OID=.;OPOS=103986255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:0:0:107:109:1:35:72:0:0:35:74:0:0 chr14 103996396 . G A 1246.0 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.595;QD=61.5307;RBI=0.0508759;REFB=0;REVB=0.0214335;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013893;OID=.;OPOS=103996396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr14 104001517 . G A 591.7 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00780009;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.91;QD=56.352;RBI=0.0213515;REFB=-0.0546724;REVB=0.0198758;RO=2;SAF=27;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176673;STB=0.509429;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00241166;OID=.;OPOS=104001517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:13:27:1:1:13:27:1:1 chr14 104178445 . G GGCCCGGCGTGGA 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740102;FXX=0;HRUN=2;LEN=12;MLLD=466.975;QD=50.4127;RBI=0.0141626;REFB=0;REVB=0.012075;RO=4;SAF=12;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13106;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.41813e-05;OID=.;OPOS=104178446;OREF=-;OALT=GCCCGGCGTGGA;OMAPALT=GGCCCGGCGTGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:24:19:19:0:12:7:0:0:4:4:12:7:4:0 chr14 104194169 . C T 626.23 PASS AF=0.512195;AO=63;DP=123;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00785537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.074;QD=20.3651;RBI=0.0183448;REFB=-0.0122895;REVB=0.0165779;RO=60;SAF=40;SAR=23;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790806;STB=0.543612;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0117024;OID=.;OPOS=104194169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:60:60:63:63:0.512195:23:40:33:27:23:40:33:27 chr14 104194196 . C G 1880.43 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.007307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.972;QD=60.6591;RBI=0.0336888;REFB=-0.0816576;REVB=0.0328868;RO=0;SAF=67;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.60146e-08;STB=0.503703;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000369464;OID=.;OPOS=104194196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:0:1:123:123:0.991935:56:67:0:0:56:67:1:0 chr14 104429453 . A G 957.83 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.748;QD=57.1836;RBI=0.0357185;REFB=-0.0888678;REVB=0.0273669;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000506446;OID=.;OPOS=104429453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:38:28:0:0:38:28:0:1 chr14 104465037 . T C 1015.24 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0367933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.039;QD=54.1463;RBI=0.154651;REFB=0.00487664;REVB=0.150211;RO=4;SAF=40;SAR=31;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449707;STB=0.523803;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00204186;OID=.;OPOS=104465037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:75:75:4:4:71:71:0.946667:31:40:4:0:31:40:4:0 chr14 104480071 . G A 231.49 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=39;FWDB=-0.0118978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.636;QD=12.3463;RBI=0.0133587;REFB=-0.0154027;REVB=-0.00607431;RO=46;SAF=9;SAR=19;SRF=8;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201012;STB=0.617678;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.023681;OID=.;OPOS=104480071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:47:28:28:0.373333:19:9:8:38:19:9:8:39 chr14 104480201 . C A 1283.12 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.584;QD=61.8373;RBI=0.0270472;REFB=0;REVB=-0.0160669;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46626e-05;OID=.;OPOS=104480201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:50:33:0:0:50:33:0:0 chr14 104559552 . G C 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0225819;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.925;QD=13.9118;RBI=0.0346699;REFB=-0.000632181;REVB=-0.026307;RO=31;SAF=17;SAR=4;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566709;STB=0.532731;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00106177;OID=.;OPOS=104559552;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:4:17:24:7:4:17:24:7 chr14 104559623 . T C 393.44 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0186634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.118;QD=15.4292;RBI=0.0186791;REFB=-0.0073727;REVB=0.00076553;RO=53;SAF=37;SAR=7;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237469;STB=0.677306;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0112105;OID=.;OPOS=104559623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:58:44:44:0.431373:7:37:36:17:7:37:36:22 chr14 104559852 . T C 336.95 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0728501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6747;QD=20.1161;RBI=0.0924668;REFB=0.00578215;REVB=-0.0569471;RO=32;SAF=20;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350858;STB=0.519469;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.00835374;OID=.;OPOS=104559852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:15:20:17:15:15:20:17:15 chr14 104559919 . T C 221.95 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.131195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.132;QD=25.3654;RBI=0.134919;REFB=-0.00390792;REVB=-0.0314801;RO=14;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103053;STB=0.557322;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0154462;OID=.;OPOS=104559919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:9:12:6:8:9:12:6:8 chr14 104559922 . C G 221.96 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0150759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.671;QD=25.3665;RBI=0.0159026;REFB=-0.0210061;REVB=-0.00506055;RO=14;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103053;STB=0.557322;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0191024;OID=.;OPOS=104559922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:9:12:6:8:9:12:6:8 chr14 104563932 . G T 418.18 PASS AF=0.477778;AO=42;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.000815243;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.615;QD=18.5857;RBI=0.00712719;REFB=-0.00228122;REVB=0.00708041;RO=47;SAF=20;SAR=22;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130086;STB=0.577547;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00175836;OID=.;OPOS=104563932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:42:43:0.477778:22:20:16:31:22:21:16:31 chr14 104571054 . C G 460.43 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0202588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7922;QD=16.1552;RBI=0.0511353;REFB=0.00848985;REVB=-0.0469511;RO=63;SAF=27;SAR=24;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682735;STB=0.538129;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.0134689;OID=.;OPOS=104571054;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:24:27:29:34:24:27:29:34 chr14 104583813 . GT G 34.46 PASS AF=0.291667;AO=3;DP=20;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0428542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.2207;QD=5.74411;RBI=0.105804;REFB=-0.0473088;REVB=-0.0967367;RO=16;SAF=1;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311196;STB=0.856123;STBP=0.038;TYPE=del;VARB=0.0748059;OID=.;OPOS=104583814;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:3:20:7:24:17:1:6:11:6:34:16:1:2:10:6 chr14 104624146 . C G 506.32 PASS AF=0.474747;AO=44;DP=101;FAO=47;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0519672;FXX=0.0198;HRUN=7;LEN=1;MLLD=244.147;QD=20.4572;RBI=0.0529204;REFB=-0.0278094;REVB=0.00999935;RO=21;SAF=19;SAR=25;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603342;STB=0.519232;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00785573;OID=.;OPOS=104624146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:21:41:44:47:0.474747:25:19:7:14:26:21:20:21 chr14 104633322 . G A 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00335163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.572;QD=15.1654;RBI=0.0103985;REFB=-0.0133951;REVB=0.0098436;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228813;STB=0.631413;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0216473;OID=.;OPOS=104633322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:6:14:7:8:6:14 chr14 104641792 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0209753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.582;QD=12.7814;RBI=0.0212282;REFB=-0.00348679;REVB=0.00326684;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998889;STB=0.559202;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00434667;OID=.;OPOS=104641792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:7:7:4:6:7:7 chr14 104642341 . A G 446.14 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=34;FWDB=-0.0145967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.075;QD=20.7508;RBI=0.0147843;REFB=-0.0188775;REVB=-0.0023483;RO=42;SAF=11;SAR=33;SRF=8;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731535;STB=0.540305;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0201321;OID=.;OPOS=104642341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:33:11:8:34:33:11:8:34 chr14 104643592 . GGC G,GG 115.86 PASS AF=0.764706,0;AO=5,5;DP=18;FAO=13,0;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=10,0;FSAR=3,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.169861,-0.158531;FXX=0.0555247;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=21.2341,11.6626;QD=27.2609;RBI=0.229636,0.327678;REFB=-0.120721,-0.0329123;REVB=0.154531,0.286777;RO=5;SAF=4,5;SAR=1,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0.326531,0;SSEP=0,0.555556;SSSB=0.20967,0.730294;STB=0.506319,0.5;STBP=0.991,1;TYPE=del,del;VARB=0.0563545,0;OID=.,.;OPOS=104643593,104643594;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.764706,0:5,5:18:13,0:17:4:10,0:3,0:3:1:17:5:4,5:1,0:3:2 chr14 104643721 . C A 128.22 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0197815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.585;QD=12.2115;RBI=0.0197961;REFB=-0.0238524;REVB=-0.000758331;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149835;STB=0.599867;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0344982;OID=.;OPOS=104643721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:6:9:12:14:6:9:12:15 chr14 104643859 . A G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00218294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.837;QD=16.1192;RBI=0.00737655;REFB=-0.0262054;REVB=-0.00704616;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218591;STB=0.627678;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0205742;OID=.;OPOS=104643859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:3:9:7:6:3:9:7:6 chr14 104644099 . T C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00506842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.606;QD=14.6525;RBI=0.0728272;REFB=0.00691128;REVB=-0.0726506;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290708;STB=0.666254;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.0138387;OID=.;OPOS=104644099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:0:5:5:1:0:5 chr14 104646326 . A C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.164;QD=63.872;RBI=0.0194459;REFB=0;REVB=0.0159783;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02016e-05;OID=.;OPOS=104646326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr14 104646771 . T C 291.7 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0754733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2215;QD=21.6076;RBI=0.104292;REFB=-0.00900581;REVB=-0.0719759;RO=23;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111018;STB=0.55169;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00530858;OID=.;OPOS=104646771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:23:24:30:30:0.555556:16:14:14:9:16:14:14:10 chr14 104647224 . C T 220.78 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0246454;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8287;QD=11.9342;RBI=0.0248043;REFB=7.67183e-05;REVB=-0.00280347;RO=48;SAF=13;SAR=14;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112559;STB=0.558839;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.000742377;OID=.;OPOS=104647224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:48:47:27:27:0.364865:14:13:28:20:14:13:27:20 chr14 104978998 . G A 69.6 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0690538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9538;QD=16.3764;RBI=0.110581;REFB=0.0240475;REVB=0.0863697;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355772;STB=0.709643;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0299013;OID=.;OPOS=104978998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:5:3:7:2:5:3 chr14 105055118 . TGACGGGCAG T 190.86 PASS AF=0.4;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00150891;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=283.413;QD=15.2686;RBI=0.0174624;REFB=-0.0176144;REVB=0.0173971;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317252;STB=0.564041;STBP=0.503;TYPE=del;VARB=0.0243948;OID=.;OPOS=105055119;OREF=GACGGGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:20:47:20:50:30:12:8:21:9:99:17:12:8:16:1 chr14 105058498 . A G 726.55 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138665;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.179;QD=56.9843;RBI=0.0459582;REFB=0;REVB=0.0438164;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282645;OID=.;OPOS=105058498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr14 105070791 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00061733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1566;QD=42.1816;RBI=0.00729116;REFB=0;REVB=-0.00726498;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271841;OID=.;OPOS=105070791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr14 105167807 . C T 656.01 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00168191;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.591;QD=48.5935;RBI=0.0147359;REFB=-0.113861;REVB=0.0146396;RO=2;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303527;STB=0.531238;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00111864;OID=.;OPOS=105167807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:54:2:4:50:50:0.925926:30:20:0:2:30:20:0:4 chr14 105177351 . CAG C,CG,CGG 1812.82 PASS AF=0,1,0;AO=13,97,11;DP=123;FAO=0,120,0;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=0,66,0;FSAR=0,54,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172109,-0.0178288,-0.0143271;FXX=0.0243883;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=55.1967,70.9576,57.1945;QD=60.4272;RBI=0.0593472,0.018452,0.0522768;REFB=0,0,0;REVB=-0.0567968,-0.00475487,0.0502752;RO=0;SAF=3,59,4;SAR=10,38,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.66457e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.000183019,0;OID=.,.,.;OPOS=105177352,105177352,105177352;OREF=AG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=C,CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:13,97,11:123:0,120,0:120:0:0,66,0:0,54,0:0:0:10:0:3,59,4:10,38,7:0:0 chr14 105179194 . T C 1200.38 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.229;QD=60.7785;RBI=0.0591907;REFB=0;REVB=0.0591673;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032545;OID=.;OPOS=105179194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:34:43:0:0:36:43:0:0 chr14 105180565 . T C 818.51 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1065;QD=56.449;RBI=0.0174262;REFB=0;REVB=-0.00860595;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69705e-05;OID=.;OPOS=105180565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:32:23:0:0:32:26:0:0 chr14 105180706 . A C 971.15 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.325;QD=58.8575;RBI=0.016036;REFB=0;REVB=-0.00656527;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40035e-06;OID=.;OPOS=105180706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:30:35:0:0:30:36:0:0 chr14 105181691 . C T 262.2 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0045902;FXX=0.0454477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5847;QD=16.6477;RBI=0.00885141;REFB=0.0145593;REVB=0.00756819;RO=33;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148507;STB=0.590601;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0228463;OID=.;OPOS=105181691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:63:33:34:29:29:0.460317:13:16:13:20:13:16:13:21 chr14 105196230 . A C 150.27 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.355;QD=42.9341;RBI=0.138667;REFB=0;REVB=0.0607777;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239758;OID=.;OPOS=105196230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:14:0:0:11:14:1:7:4:0:0:9:5:0:0 chr14 105196235 . G A 157.23 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0449529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.161;QD=39.3078;RBI=0.0651624;REFB=-0.14935;REVB=0.0471738;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526281;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00429444;OID=.;OPOS=105196235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:16:0:1:14:15:0.9375:9:5:0:0:9:6:0:1 chr14 105196365 . T C 1577.68 PASS AF=0.990741;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0011013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5761;QD=58.4326;RBI=0.0103455;REFB=0.0114672;REVB=0.0102867;RO=1;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771683;STB=0.504064;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000129058;OID=.;OPOS=105196365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:108:1:1:105:107:0.990741:61:44:0:1:61:46:0:1 chr14 105211221 . C T 769.99 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060279;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.042;QD=64.1659;RBI=0.015781;REFB=0;REVB=0.0145844;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91967e-05;OID=.;OPOS=105211221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr14 105213343 . A G 1193.43 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13818;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1082;QD=61.2014;RBI=0.142527;REFB=0;REVB=0.0349294;RO=0;SAF=25;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119941;OID=.;OPOS=105213343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:53:25:0:0:53:25:0:0 chr14 105220209 . G GA 1615.11 PASS AF=1;AO=47;DP=126;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0761013;FXX=0.0499958;HRUN=0;LEN=1;MLLD=193.982;QD=56.6706;RBI=0.0882461;REFB=0;REVB=-0.0446762;RO=79;SAF=23;SAR=24;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107279;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000362205;OID=.;OPOS=105220210;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:126:114:114:0:49:65:0:0:9:79:23:24:31:48 chr14 105220210 . G A 825.87 PASS AF=0.614754;AO=75;DP=122;FAO=75;FDP=122;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.036045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.15;QD=27.0778;RBI=0.0475218;REFB=-0.146545;REVB=0.030969;RO=46;SAF=27;SAR=48;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874747;STB=0.552472;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00964975;OID=.;OPOS=105220210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:46:47:75:75:0.614754:48:27:22:24:48:27:23:24 chr14 105222037 . C T 3456.96 PASS AF=0.991071;AO=222;DP=227;FAO=222;FDP=224;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=119;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.046837;FXX=0.0132153;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.133;QD=61.7315;RBI=0.0675528;REFB=-0.094371;REVB=0.0486794;RO=1;SAF=103;SAR=119;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398738;STB=0.500323;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000341507;OID=.;OPOS=105222037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:227:224:1:2:222:222:0.991071:119:103:0:1:119:103:1:1 chr14 105223668 . G A 489.38 PASS AF=0.5;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00718622;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.236;QD=19.1913;RBI=0.0114121;REFB=-0.0123712;REVB=0.00886528;RO=51;SAF=20;SAR=31;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126008;STB=0.569781;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0153088;OID=.;OPOS=105223668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:51:51:51:51:0.5:31:20:27:24:31:20:27:24 chr14 105239894 . C T 393.42 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.226;QD=56.2031;RBI=0.0802249;REFB=0;REVB=0.0735967;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403749;OID=.;OPOS=105239894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:17:10:0:0:18:10:0:0 chr14 105269326 . G A 166.42 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0407059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.962;QD=19.0191;RBI=0.0407063;REFB=-0.00258851;REVB=-0.000187412;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184484;STB=0.597378;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00288915;OID=.;OPOS=105269326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:17:18:0.514286:8:9:5:11:8:10:6:11 chr14 105361934 . T C 137.75 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0152095;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.082;QD=17.2189;RBI=0.0153931;REFB=-0.0167948;REVB=-0.00237048;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583331;STB=0.56423;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0156914;OID=.;OPOS=105361934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:17:15:15:0.46875:8:7:8:7:8:7:10:7 chr14 105393556 . G C 1101.39 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516872;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9535;QD=60.3501;RBI=0.0525281;REFB=0;REVB=0.00936143;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220264;OID=.;OPOS=105393556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr14 105408987 . G A 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0357337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.091;QD=14.6974;RBI=0.0357551;REFB=-0.006794;REVB=0.00123909;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194493;STB=0.611009;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0107663;OID=.;OPOS=105408987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:10:11:10:20:10:11:10:20 chr14 105415352 . G C 527.21 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.0200249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.599;QD=17.7212;RBI=0.022367;REFB=-0.0209529;REVB=0.00996415;RO=63;SAF=35;SAR=21;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220364;STB=0.512245;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0190678;OID=.;OPOS=105415352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:63:63:56:56:0.470588:21:35:38:25:21:35:38:25 chr14 105415731 . C T 227.0 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0689436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8361;QD=21.1162;RBI=0.087634;REFB=-0.029118;REVB=0.054097;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594698;STB=0.533447;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0312208;OID=.;OPOS=105415731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:9:13:11:10:9:13:11:10 chr14 105416253 . C T 224.17 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0566614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.852;QD=10.6746;RBI=0.0568057;REFB=-0.00458108;REVB=-0.00404531;RO=54;SAF=13;SAR=15;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405448;STB=0.523833;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.011748;OID=.;OPOS=105416253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:56:28:28:0.333333:15:13:27:27:15:13:28:28 chr14 105416844 . G A 441.08 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00658545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7682;QD=22.3332;RBI=0.0297459;REFB=-0.0290352;REVB=0.0290078;RO=36;SAF=25;SAR=18;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158872;STB=0.587503;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0262439;OID=.;OPOS=105416844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:18:25:14:22:18:25:14:22 chr14 105418303 . C T 286.26 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0186555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1882;QD=18.1755;RBI=0.0227932;REFB=0.0133078;REVB=-0.0130958;RO=33;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149703;STB=0.560909;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0131297;OID=.;OPOS=105418303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:32:30:31:0.492063:20:10:16:17:20:11:15:17 chr14 105461067 . C T 242.19 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0116904;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.606;QD=14.678;RBI=0.0116925;REFB=-0.00754184;REVB=0.000221502;RO=39;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00764349;STB=0.504422;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00928737;OID=.;OPOS=105461067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:39:38:28:28:0.424242:12:16:22:17:12:16:22:16 chr14 105478102 . G A 358.87 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0160724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.788;QD=25.1837;RBI=0.0366095;REFB=-0.0204633;REVB=0.0328927;RO=21;SAF=19;SAR=16;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528414;STB=0.536565;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0120491;OID=.;OPOS=105478102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:22:35:35:0.614035:16:19:13:8:16:19:14:8 chr14 105609335 . A G 63.33 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00746786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.396;QD=8.73455;RBI=0.0621103;REFB=-0.00565781;REVB=-0.0616597;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623617;STB=0.538376;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0350602;OID=.;OPOS=105609335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:10:10:5:4:10:10 chr14 105611282 . A G 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.000276899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.352;QD=10.9363;RBI=0.0199588;REFB=-0.00949511;REVB=-0.0199569;RO=34;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134796;STB=0.579903;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0165197;OID=.;OPOS=105611282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:8:8:13:21:8:8:13:21 chr14 105617042 . C T 110.48 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0162426;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.8;QD=14.2551;RBI=0.02204;REFB=-0.0143915;REVB=-0.0148977;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228726;STB=0.648567;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0348721;OID=.;OPOS=105617042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:12:13:0.419355:6:6:5:13:6:7:5:13 chr14 105643619 . G A 57.94 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0213879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.602;QD=13.6339;RBI=0.0323445;REFB=-0.010086;REVB=0.0242637;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213273;STB=0.646722;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00631069;OID=.;OPOS=105643619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:4:4:6:2:4:4:7:2 chr14 105643652 . A C 38.45 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0689494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6906;QD=10.9847;RBI=0.0862297;REFB=-0.0999841;REVB=0.0517836;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32987;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0481705;OID=.;OPOS=105643652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:4:2:5:2:4:2:5:3 chr14 105916420 . C T 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.976;QD=59.8529;RBI=0.037894;REFB=0;REVB=0.0128121;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134922;OID=.;OPOS=105916420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr14 105935824 . G A 427.68 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00547166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.863;QD=51.8403;RBI=0.00560844;REFB=-0.0594824;REVB=-0.0012311;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252169;STB=0.526299;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00159746;OID=.;OPOS=105935824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:1:2:31:31:0.939394:18:13:0:1:18:13:0:2 chr14 105953595 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.152;QD=33.4285;RBI=0.038499;REFB=0;REVB=0.0337708;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369248;OID=.;OPOS=105953595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr14 105962234 . T C 995.77 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.356;QD=58.5746;RBI=0.0415383;REFB=0;REVB=-0.0410762;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101012;OID=.;OPOS=105962234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:29:38:0:0:30:38:0:0 chr14 105962369 . A G 1320.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.257;QD=62.1591;RBI=0.0101905;REFB=0;REVB=0.00678766;RO=0;SAF=25;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47492e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84476e-05;OID=.;OPOS=105962369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:60:25:0:0:60:25:0:0 chr14 106053491 . C G,T 699.96 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=2,43;DP=45;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029728,-0.000460105;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.0838,98.7119;QD=62.2187;RBI=0.0423718,0.0295331;REFB=0,0;REVB=-0.0301929,0.0295295;RO=0;SAF=1,29;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.13233e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0024249,0.000961875;OID=.,.;OPOS=106053491,106053491;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:45:45:0:0:2,43:1,44:0.0222222,0.977778:1,14:1,29:0:0:0,15:1,29:0:0 chr14 106053559 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0561256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1973;QD=39.2059;RBI=0.0599335;REFB=0;REVB=-0.0210226;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00269027;OID=.;OPOS=106053559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr14 106053577 . A G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1465;QD=35.5718;RBI=0.0501063;REFB=0;REVB=0.0303651;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000618908;OID=.;OPOS=106053577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr14 106053975 . G A 527.24 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0273184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1511;QD=22.1997;RBI=0.0699085;REFB=-0.026211;REVB=0.0643498;RO=43;SAF=28;SAR=22;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00158542;STB=0.502134;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0176379;OID=.;OPOS=106053975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:45:50:50:0.526316:22:28:24:19:22:28:25:20 chr14 106054428 . C G 67.1 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00984957;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5745;QD=12.7805;RBI=0.0204072;REFB=-0.0343576;REVB=-0.0178729;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386833;STB=0.669755;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0568402;OID=.;OPOS=106054428;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:21:21:13:12:8:9:0.428571:3:5:3:10:4:5:3:9 chr14 106054456 . A G 197.31 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0749017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3586;QD=17.5385;RBI=0.0810919;REFB=-0.000314271;REVB=-0.0310746;RO=22;SAF=14;SAR=6;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456393;STB=0.740519;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00784427;OID=.;OPOS=106054456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:22:24:20:21:0.466667:6:14:4:18:6:15:6:18 chr14 106054568 . A G 749.81 PASS AF=0.533333;AO=72;DP=135;FAO=72;FDP=135;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0389961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.878;QD=22.2167;RBI=0.0402857;REFB=-0.0468041;REVB=-0.0101115;RO=62;SAF=32;SAR=40;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00612363;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0366822;OID=.;OPOS=106054568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:62:63:72:72:0.533333:40:32:28:34:40:32:28:35 chr14 106066454 . T C 820.46 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438595;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.603;QD=57.5759;RBI=0.0177909;REFB=0;REVB=0.0172418;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.59633e-06;OID=.;OPOS=106066454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr14 106067298 . T C 641.58 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.687;QD=61.1026;RBI=0.019405;REFB=0;REVB=0.00310937;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5484e-07;OID=.;OPOS=106067298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:17:25:0:0 chr14 106067958 . C G,T 2579.17 PASS AF=0.0465116,0.947674;AO=8,163;DP=172;FAO=8,163;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=2,55;FSAR=6,108;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0336488,0.0174167;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.5462,253.82;QD=59.9806;RBI=0.0493036,0.0174272;REFB=-0.0639897,0.0383964;REVB=-0.0360362,0.000606707;RO=1;SAF=2,55;SAR=6,108;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0679981,0.00438606;STB=0.538369,0.502304;STBP=0.64,0.53;TYPE=snp,snp;VARB=0.200484,-0.000316373;OID=.,.;OPOS=106067958,106067958;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:172:172:1:1:8,163:8,163:0.0465116,0.947674:6,108:2,55:0:1:6,108:2,55:0:1 chr14 106090846 . T C 2293.2 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.668;QD=63.6999;RBI=0.0517787;REFB=0;REVB=0.0201362;RO=0;SAF=75;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.07191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73134e-05;OID=.;OPOS=106090846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:69:75:0:0:69:75:0:0 chr14 106090927 . G T 3623.26 PASS AF=0.983122;AO=233;DP=237;FAO=233;FDP=237;FR=.;FRO=4;FSAF=112;FSAR=121;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00597341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.364;QD=61.152;RBI=0.00857865;REFB=0.00302467;REVB=-0.00615724;RO=0;SAF=112;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508771;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-7.82688e-05;OID=.;OPOS=106090927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:237:237:0:4:233:233:0.983122:121:112:0:0:121:112:4:0 chr14 106091329 . G C 2331.82 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7886;QD=63.8855;RBI=0.0139379;REFB=0;REVB=0.00549641;RO=0;SAF=78;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29847e-05;OID=.;OPOS=106091329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:68:78:0:0:68:78:0:0 chr14 106091355 . T C 742.26 PASS AF=0.514286;AO=72;DP=140;FAO=72;FDP=140;FR=.;FRO=68;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.00210536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.756;QD=21.2074;RBI=0.00852694;REFB=-0.00681726;REVB=0.00826294;RO=68;SAF=40;SAR=32;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00292399;STB=0.501607;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00628755;OID=.;OPOS=106091355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:68:68:72:72:0.514286:32:40:38:30:32:40:38:30 chr14 106091504 . A G 808.37 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00525197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.569;QD=56.7279;RBI=0.010126;REFB=0;REVB=0.00865746;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590307;OID=.;OPOS=106091504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:55:57:1:23:32:0:0:23:34:0:0 chr14 106091555 . C T 615.27 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.874;QD=58.597;RBI=0.0251986;REFB=-0.0383031;REVB=0.0198602;RO=1;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302369;STB=0.515144;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000291727;OID=.;OPOS=106091555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:40:41:0.97619:15:25:0:1:16:25:0:1 chr14 106091697 . T C,G 542.91 PASS AF=0.918919,0.0810811;AO=34,3;DP=37;FAO=34,3;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225067,0.0108972;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.8003,173.641;QD=58.6927;RBI=0.0357269,0.0278119;REFB=0,0;REVB=0.0277464,0.0255881;RO=0;SAF=23,2;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0364251,-0.0252182;OID=.,.;OPOS=106091697,106091697;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:37:37:0:0:34,3:34,3:0.918919,0.0810811:11,1:23,2:0:0:11,1:23,2:0:0 chr14 106091743 . CAGA CGA,CGAG,GCGA 433.39 PASS AF=1,0,0;AO=27,2,2;DP=31;FAO=30,0,0;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0,0;FSAR=9,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651348,-0.0310635,-0.0540899;FXX=0.0322477;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,2;MLLD=112.386,38.2206,16.0149;QD=57.7854;RBI=0.039104,0.100765,0.0559689;REFB=0,0,0;REVB=0.0385577,-0.0958579,-0.0143806;RO=0;SAF=17,2,2;SAR=10,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.000366043,0,0;OID=.,.,.;OPOS=106091744,106091744,106091743;OREF=A,AGA,CA;OALT=-,GAG,GC;OMAPALT=CGA,CGAG,GCGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:27,2,2:30,0,0:1,0,0:10,0,0:17,2,2:0:0:9,0,0:21,0,0:0:0 chr14 106092152 . G A 2325.91 PASS AF=1;AO=144;DP=147;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000369673;FXX=0.0268438;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.731;QD=64.163;RBI=0.0376226;REFB=0;REVB=0.0376208;RO=0;SAF=70;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06798e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44319e-05;OID=.;OPOS=106092152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:145:0:0:144:145:1:74:70:0:0:75:70:0:0 chr14 106109752 . A C 1844.85 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338322;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.134;QD=61.4949;RBI=0.0353342;REFB=0;REVB=-0.0101925;RO=0;SAF=57;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70562e-05;OID=.;OPOS=106109752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:63:57:0:0:63:57:0:0 chr14 106110137 . C T 2216.59 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7733;QD=63.3312;RBI=0.029189;REFB=0;REVB=0.0118855;RO=0;SAF=72;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7079e-05;OID=.;OPOS=106110137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:68:72:0:0:68:72:0:0 chr14 106110914 . G T 2353.15 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00968966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.729;QD=63.1717;RBI=0.0315412;REFB=-0.120437;REVB=0.030016;RO=0;SAF=87;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000209636;OID=.;OPOS=106110914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:0:1:148:148:0.993289:61:87:0:0:61:87:0:1 chr14 106173790 . A G 570.97 PASS AF=0.731343;AO=49;DP=67;FAO=49;FDP=67;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0126237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.774;QD=34.0875;RBI=0.0188161;REFB=-0.0065394;REVB=-0.013953;RO=18;SAF=18;SAR=31;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183306;STB=0.509877;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00274651;OID=.;OPOS=106173790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:18:18:49:49:0.731343:31:18:6:12:31:18:6:12 chr14 106188230 . C T 369.22 PASS AF=0.903226;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0678736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.546;QD=47.6417;RBI=0.0680808;REFB=-0.169081;REVB=0.00530787;RO=2;SAF=10;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842653;STB=0.559957;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00243773;OID=.;OPOS=106188230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:29:31:2:3:27:28:0.903226:17:10:2:0:17:11:3:0 chr14 106204113 . C T 1200.65 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.023621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.414;QD=58.5684;RBI=0.0253039;REFB=0.0129537;REVB=0.0090739;RO=1;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129698;STB=0.51351;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.000246658;OID=.;OPOS=106204113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:1:2:80:80:0.97561:36:44:0:1:36:44:0:2 chr14 106207843 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.819;QD=60.0306;RBI=0.0429394;REFB=0;REVB=0.0215512;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129812;OID=.;OPOS=106207843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr14 106209119 . T C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.204;QD=58.781;RBI=0.0365676;REFB=0;REVB=0.00583141;RO=0;SAF=48;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.33797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82373e-05;OID=.;OPOS=106209119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:17:48:0:0:17:48:0:0 chr14 106209340 . T C,G 1191.14 PASS AF=0.974684,0.0253165;AO=73,3;DP=76;FAO=77,2;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37,1;FSAR=40,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269562,0.0137343;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.473,113.886;QD=60.311;RBI=0.040843,0.0255847;REFB=0,0;REVB=0.0306841,0.0215858;RO=0;SAF=34,2;SAR=39,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000521488,0.0574307;OID=.,.;OPOS=106209340,106209340;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:76:79:0:0:73,3:77,2:0.974684,0.0253165:39,1:34,2:0:0:40,1:37,1:0:0 chr14 106237624 . C T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.03;QD=56.9561;RBI=0.0409027;REFB=0;REVB=0.00996212;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109504;OID=.;OPOS=106237624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chr14 106237642 . T G 462.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.461;QD=57.8712;RBI=0.0260682;REFB=0;REVB=-0.00613355;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.83298e-05;OID=.;OPOS=106237642;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:9:22:0:0:10:22:0:0 chr14 106303846 . C G,T 605.29 PASS AF=0.025,0.975;AO=2,38;DP=40;FAO=1,39;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143631,0.0164937;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.653,83.5798;QD=60.5293;RBI=0.00174623,0.020779;REFB=0,0;REVB=-0.000993155,0.0126382;RO=0;SAF=2,26;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.05056e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.140682,-0.00107493;OID=.,.;OPOS=106303846,106303846;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:40:40:0:0:2,38:1,39:0.025,0.975:0,12:2,26:0:0:0,12:1,27:0:0 chr14 106307418 . G A 928.76 PASS AF=0.492063;AO=92;DP=189;FAO=93;FDP=189;FR=.;FRO=96;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=59;FWDB=0.0109545;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.693;QD=19.6564;RBI=0.0143663;REFB=-0.0114396;REVB=0.00929459;RO=91;SAF=41;SAR=51;SRF=32;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871075;STB=0.534159;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0132362;OID=.;OPOS=106307418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:91:96:92:93:0.492063:51:41:32:59:51:42:37:59 chr14 106321590 . C A 1486.42 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0107846;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.749;QD=61.2958;RBI=0.0703864;REFB=0.0227477;REVB=0.0695553;RO=2;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231139;STB=0.511902;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=1.69057e-05;OID=.;OPOS=106321590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:94:95:0.979381:40:54:0:2:41:54:0:2 chr14 106321663 . T C 368.38 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.030708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.005;QD=16.7446;RBI=0.0336914;REFB=-0.0230364;REVB=-0.013861;RO=49;SAF=22;SAR=17;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00739298;STB=0.50415;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0310981;OID=.;OPOS=106321663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:17:22:28:21:17:22:28:21 chr14 106321913 . G A 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0153401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.653;QD=13.3681;RBI=0.0288828;REFB=-0.0122594;REVB=0.0244723;RO=31;SAF=13;SAR=5;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981344;STB=0.557574;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0231383;OID=.;OPOS=106321913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:5:13:20:11:5:13:20:11 chr14 106324349 . C T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0383245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.535;QD=20.8966;RBI=0.0396733;REFB=-0.0149556;REVB=-0.0102566;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171168;STB=0.599732;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00683931;OID=.;OPOS=106324349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:6:2:2:2:6:2:2:2 chr14 106329435 . T G 325.43 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.00504746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2517;QD=14.7923;RBI=0.0250573;REFB=0.020379;REVB=0.0245437;RO=52;SAF=14;SAR=22;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259679;STB=0.514698;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.0280689;OID=.;OPOS=106329435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:22:14:19:33:22:14:19:33 chr14 106329451 . GTA ACC 268.55 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0262947;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=180.917;QD=13.9507;RBI=0.0284429;REFB=-0.0131245;REVB=0.0108438;RO=43;SAF=10;SAR=21;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303538;STB=0.545424;STBP=0.536;TYPE=mnp;VARB=0.0172651;OID=.;OPOS=106329451;OREF=GTA;OALT=ACC;OMAPALT=ACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:46:31:31:0.402597:21:10:15:28:21:10:18:28 chr14 106350696 . A G 2560.53 PASS AF=0.474359;AO=258;DP=547;FAO=259;FDP=546;FR=.;FRO=287;FSAF=125;FSAR=134;FSRF=142;FSRR=145;FWDB=0.00505971;FXX=0.00364957;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.166;QD=18.7585;RBI=0.0188715;REFB=0.0039526;REVB=-0.0181806;RO=287;SAF=125;SAR=133;SRF=141;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00651354;STB=0.50639;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00448172;OID=.;OPOS=106350696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:547:546:287:287:258:259:0.474359:133:125:141:146:134:125:142:145 chr14 106357102 . G C 412.48 PASS AF=0.521739;AO=22;DP=70;FAO=36;FDP=69;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=25;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0159924;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.398;QD=23.9121;RBI=0.0299113;REFB=-0.0260434;REVB=0.0252771;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365635;STB=0.627172;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0329647;OID=.;OPOS=106357102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:23:25:22:36:0.521739:9:13:4:19:16:20:6:19 chr14 106370603 . G C 1101.24 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0616341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9703;QD=58.7326;RBI=0.0616677;REFB=-0.0262799;REVB=0.00203302;RO=1;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145519;STB=0.50769;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00320411;OID=.;OPOS=106370603;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:32:41:0:1:32:42:0:1 chr14 106382687 . C T 588.12 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0091762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4675;QD=23.7623;RBI=0.0158975;REFB=-0.00737585;REVB=-0.0129818;RO=45;SAF=29;SAR=25;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215366;STB=0.511824;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00768362;OID=.;OPOS=106382687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:45:54:54:0.545455:25:29:23:22:25:29:23:22 chr14 106385332 . G C 1548.89 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.044744;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3082;QD=58.4489;RBI=0.0556227;REFB=-0.112938;REVB=-0.0330433;RO=0;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00134742;OID=.;OPOS=106385332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:105:105:0.990566:62:43:0:0:62:43:1:0 chr14 106385363 . C G 472.53 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.0100025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.285;QD=16.1548;RBI=0.0242933;REFB=-0.00173375;REVB=-0.0221386;RO=65;SAF=28;SAR=24;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182199;STB=0.601524;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00150011;OID=.;OPOS=106385363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:65:52:52:0.444444:24:28:23:42:24:28:23:42 chr14 106471268 . A G 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0269012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0913;QD=12.5685;RBI=0.04036;REFB=-0.0152457;REVB=-0.0300875;RO=26;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374714;STB=0.718474;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0114227;OID=.;OPOS=106471268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:5:10:8:18:5:10:8:18 chr14 106471273 . C T 126.67 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0530217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1482;QD=11.2593;RBI=0.0599254;REFB=0.00884923;REVB=0.0279242;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292433;STB=0.672196;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0204988;OID=.;OPOS=106471273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:6:9:10:20:6:9:10:20 chr14 106471353 . C T 250.8 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0179854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9928;QD=12.2341;RBI=0.0249171;REFB=-0.00440483;REVB=-0.017245;RO=52;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290485;STB=0.666558;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00657697;OID=.;OPOS=106471353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:11:19:19:33:11:19:19:33 chr14 106471388 . C A 339.42 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00419529;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.319;QD=15.255;RBI=0.00723111;REFB=-0.0310566;REVB=-0.00588969;RO=52;SAF=20;SAR=17;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140512;STB=0.579318;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0398242;OID=.;OPOS=106471388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:52:52:37:37:0.41573:17:20:21:31:17:20:21:31 chr14 106471503 . T G 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0020336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.448;QD=14.2699;RBI=0.00203502;REFB=0.00344292;REVB=-7.58758e-05;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560269;STB=0.531889;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00962628;OID=.;OPOS=106471503;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:10:14:21:12:10:14:21:12 chr14 106471528 . C A 154.24 PASS AF=0.36;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.056241;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8349;QD=12.3392;RBI=0.0691715;REFB=-0.00687578;REVB=-0.0402696;RO=32;SAF=12;SAR=6;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107648;STB=0.562434;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0148744;OID=.;OPOS=106471528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:32:32:18:18:0.36:6:12:24:8:6:12:24:8 chr14 106471534 . A G 151.38 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0116815;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3978;QD=12.11;RBI=0.0773693;REFB=-0.0045657;REVB=-0.0764824;RO=31;SAF=12;SAR=6;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13961;STB=0.562434;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00488697;OID=.;OPOS=106471534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:6:12:24:7:6:12:24:8 chr14 106471547 . A G 119.47 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=-0.0209942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5538;QD=8.84941;RBI=0.0542613;REFB=-0.0263935;REVB=0.0500353;RO=37;SAF=12;SAR=4;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544124;STB=0.538415;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.025542;OID=.;OPOS=106471547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:38:16:16:0.296296:4:12:29:8:4:12:30:8 chr14 106478401 . G A 82.31 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0120386;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.637;QD=8.03016;RBI=0.0141465;REFB=-0.00817581;REVB=-0.00742935;RO=30;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927261;STB=0.557418;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0187789;OID=.;OPOS=106478401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:42:41:30:30:11:11:0.268293:5:6:14:16:5:6:14:16 chr14 106478513 . C G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.169;QD=57.2021;RBI=0.0402701;REFB=0;REVB=0.00954346;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135478;OID=.;OPOS=106478513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:24:6:0:0:24:6:0:0 chr14 106518418 . A G 400.19 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0110292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.373;QD=53.3589;RBI=0.0382238;REFB=-0.0606255;REVB=0.036598;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300429;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00320263;OID=.;OPOS=106518418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:0:1:15:14:0:1 chr14 106518565 . C T 511.88 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00205962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.3861;QD=52.5002;RBI=0.0308324;REFB=0.0374751;REVB=0.0307635;RO=2;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467499;STB=0.536565;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00282144;OID=.;OPOS=106518565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:39:39:2:3:36:36:0.923077:19:17:0:2:19:17:0:3 chr14 106518848 . T C 350.79 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0511301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.753;QD=46.7719;RBI=0.0512997;REFB=0.0343995;REVB=0.00416834;RO=2;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662949;STB=0.518505;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00484405;OID=.;OPOS=106518848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:2:3:27:27:0.9:13:14:0:2:13:14:1:2 chr14 106539280 . A G 740.34 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9759;QD=56.9494;RBI=0.0614074;REFB=0;REVB=-0.0358534;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131194;OID=.;OPOS=106539280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr14 106552667 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.949;QD=42.1825;RBI=0.0669175;REFB=0;REVB=-0.00508477;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146027;OID=.;OPOS=106552667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr14 106573251 . G A 387.67 PASS AF=0.833333;AO=30;DP=36;FAO=30;FDP=36;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0062023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.593;QD=43.074;RBI=0.0182533;REFB=-0.0380466;REVB=0.0171672;RO=6;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936842;STB=0.550529;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0102705;OID=.;OPOS=106573251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:6:6:30:30:0.833333:16:14:1:5:16:14:1:5 chr14 106573311 . C T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0209859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.911;QD=15.577;RBI=0.023147;REFB=-0.0350324;REVB=-0.00976601;RO=30;SAF=7;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154556;STB=0.588158;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0377764;OID=.;OPOS=106573311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:17:7:13:17:17:7:13:17 chr14 106573352 . A T 124.26 PASS AF=0.327586;AO=16;DP=55;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0348753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.771;QD=8.56983;RBI=0.0702488;REFB=-0.05442;REVB=0.0609803;RO=39;SAF=6;SAR=10;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104797;STB=0.604537;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.158572;OID=.;OPOS=106573352;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:39:39:16:19:0.327586:10:6:18:21:13:6:18:21 chr14 106573354 . A G 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0540482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5366;QD=9.88534;RBI=0.0556862;REFB=0.0270909;REVB=0.0134072;RO=38;SAF=6;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159378;STB=0.604537;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0598377;OID=.;OPOS=106573354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:39:19:19:0.327586:13:6:17:21:13:6:18:21 chr14 106573357 . GT TA 124.85 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.032853;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=47.7323;QD=8.76164;RBI=0.042138;REFB=-0.0192801;REVB=-0.0263874;RO=38;SAF=5;SAR=12;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191816;STB=0.618688;STBP=0.265;TYPE=mnp;VARB=0.0481923;OID=.;OPOS=106573357;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:40:17:17:0.298246:12:5:17:21:12:5:18:22 chr14 106573364 . C T 154.36 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0204465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.425;QD=10.6456;RBI=0.0222849;REFB=-0.0245951;REVB=-0.00886335;RO=38;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114422;STB=0.567204;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.028287;OID=.;OPOS=106573364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:13:7:17:21:13:7:17:21 chr14 106573662 . A G 153.41 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0156525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0145;QD=13.946;RBI=0.0357635;REFB=0.0406621;REVB=0.0321563;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166926;STB=0.596706;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.0303754;OID=.;OPOS=106573662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:9:8:17:10:9:8:17:10 chr14 106586290 . C T 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00205103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.969;QD=15.2296;RBI=0.0121742;REFB=-0.0178078;REVB=-0.0120002;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198558;STB=0.613524;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0299662;OID=.;OPOS=106586290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:20:8:9:10:20:8 chr14 106622076 . G A 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.000242767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.909;QD=16.7552;RBI=0.0033209;REFB=0.00175671;REVB=-0.00331201;RO=28;SAF=7;SAR=17;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725634;STB=0.541163;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00227564;OID=.;OPOS=106622076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:17:7:10:18:17:7:10:18 chr14 106622284 . G T 256.8 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0492686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.206;QD=23.3453;RBI=0.0527235;REFB=-0.00415008;REVB=-0.0187717;RO=20;SAF=18;SAR=6;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00547817;OID=.;OPOS=106622284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:6:18:15:5:6:18:15:5 chr14 106667592 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.273;QD=57.1997;RBI=0.0498436;REFB=0;REVB=0.0487904;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493488;OID=.;OPOS=106667592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr14 106667786 . T C 121.53 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0131609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.903;QD=15.1912;RBI=0.0132378;REFB=-0.0122102;REVB=-0.00142478;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220966;STB=0.613472;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0142128;OID=.;OPOS=106667786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:5:9:7:10:5:9:8:10 chr14 106780816 . CA C,CC 797.64 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=13,43;DP=56;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103259,0.108671;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=210.86,228.256;QD=56.9743;RBI=0.103263,0.108707;REFB=0,0;REVB=-0.000845839,-0.00279976;RO=0;SAF=11,20;SAR=2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0144839,0.000989644;OID=.,.;OPOS=106780817,106780817;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0178571,0.982143:13,43:56:1,55:56:0:0,31:1,24:0:0:4:0:11,20:2,23:0:0 chr14 106791006 . C T 422.29 PASS AF=0.625;AO=39;DP=63;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0239022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.745;QD=26.3932;RBI=0.0312457;REFB=-0.0211725;REVB=-0.0201242;RO=24;SAF=18;SAR=21;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120492;STB=0.569367;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0143479;OID=.;OPOS=106791006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:24:24:39:40:0.625:21:18:7:17:21:19:7:17 chr14 106791119 . A G 315.17 PASS AF=0.36;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0166152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.488;QD=12.6067;RBI=0.0353078;REFB=-0.0105799;REVB=-0.031154;RO=63;SAF=14;SAR=22;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133955;STB=0.572357;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0156994;OID=.;OPOS=106791119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:64:36:36:0.36:22:14:32:31:22:14:32:32 chr14 106791131 . A G 272.95 PASS AF=0.336538;AO=35;DP=104;FAO=35;FDP=104;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0112444;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.051;QD=10.498;RBI=0.0177671;REFB=-0.0104031;REVB=0.0137563;RO=68;SAF=14;SAR=21;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115555;STB=0.571943;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0254274;OID=.;OPOS=106791131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:68:69:35:35:0.336538:21:14:34:34:21:14:35:34 chr14 106791200 . GC AG 139.22 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0225617;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.367;QD=8.98192;RBI=0.0268589;REFB=-0.00978175;REVB=-0.014573;RO=42;SAF=9;SAR=10;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112992;STB=0.574247;STBP=0.451;TYPE=mnp;VARB=0.0226874;OID=.;OPOS=106791200;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:42:43:19:19:0.306452:10:9:24:18:10:9:25:18 chr14 106805212 . C G 206.81 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.106323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1093;QD=17.2339;RBI=0.107433;REFB=-0.0374161;REVB=0.0153994;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311812;STB=0.533711;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0279229;OID=.;OPOS=106805212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:27:20:21:0.4375:12:8:10:17:12:9:10:17 chr14 106805236 . C T 270.79 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.00604908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.402;QD=14.6375;RBI=0.0286797;REFB=-0.0365225;REVB=-0.0280345;RO=42;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170565;STB=0.585964;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0478686;OID=.;OPOS=106805236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:43:31:31:0.418919:18:13:11:31:18:13:12:31 chr14 106805278 . A G 460.95 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=0.0102238;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.521;QD=15.8947;RBI=0.0143759;REFB=-0.00276105;REVB=-0.0101064;RO=65;SAF=17;SAR=34;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576245;STB=0.503225;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00204819;OID=.;OPOS=106805278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:65:65:51:51:0.439655:34:17:22:43:34:17:22:43 chr14 106805299 . A G 33.53 PASS AF=0.0758621;AO=11;DP=143;FAO=11;FDP=145;FR=.;FRO=134;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=84;FWDB=0.00130606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.777;QD=0.924898;RBI=0.0119713;REFB=-0.00204573;REVB=-0.0118999;RO=131;SAF=3;SAR=8;SRF=47;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108103;STB=0.605512;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0203327;OID=.;OPOS=106805299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:143:145:131:134:11:11:0.0758621:8:3:47:84:8:3:50:84 chr14 106805341 . G A 71.33 PASS AF=0.106742;AO=19;DP=178;FAO=19;FDP=178;FR=.;FRO=159;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=100;FWDB=-0.0396807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.016;QD=1.60287;RBI=0.0400181;REFB=-0.000834765;REVB=0.00518558;RO=158;SAF=8;SAR=11;SRF=58;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690033;STB=0.546414;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0245924;OID=.;OPOS=106805341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:178:178:158:159:19:19:0.106742:11:8:58:100:11:8:59:100 chr14 106805343 . A G 71.33 PASS AF=0.106742;AO=19;DP=178;FAO=19;FDP=178;FR=.;FRO=159;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=100;FWDB=-0.000864522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.755;QD=1.60296;RBI=0.00692765;REFB=-0.000903585;REVB=-0.0068735;RO=159;SAF=8;SAR=11;SRF=59;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637278;STB=0.546414;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00939097;OID=.;OPOS=106805343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:178:178:159:159:19:19:0.106742:11:8:59:100:11:8:59:100 chr14 106805380 . GT GG,TG 704.43 PASS AF=0.392593,0.140741;AO=51,19;DP=135;FAO=53,19;FDP=135;FR=.;FRO=63;FSAF=17,9;FSAR=36,10;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=0.030828,-0.099793;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=300.465,39.4143;QD=20.8721;RBI=0.0308589,0.100181;REFB=-0.00934352,-0.00930364;REVB=0.00138226,0.00881338;RO=63;SAF=17,9;SAR=34,10;SRF=20;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0177908,0.199565;STB=0.502055,0.621784;STBP=0.979,0.253;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0194017,-0.016738;OID=.,.;OPOS=106805381,106805380;OREF=T,GT;OALT=G,TG;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:63:63:51,19:53,19:0.392593,0.140741:34,10:17,9:20:43:36,10:17,9:20:43 chr14 106805386 . G C 100.29 PASS AF=0.153846;AO=20;DP=130;FAO=20;FDP=130;FR=.;FRO=110;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=73;FWDB=-0.00381512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2362;QD=3.08583;RBI=0.0507137;REFB=0.0122276;REVB=0.05057;RO=110;SAF=9;SAR=11;SRF=37;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150446;STB=0.598956;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0273185;OID=.;OPOS=106805386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:110:110:20:20:0.153846:11:9:37:73:11:9:37:73 chr14 106805395 . G A 390.43 PASS AF=0.361538;AO=47;DP=130;FAO=47;FDP=130;FR=.;FRO=83;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=-0.0359652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.519;QD=12.0133;RBI=0.0442119;REFB=0.000677392;REVB=0.0257137;RO=79;SAF=16;SAR=31;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621266;STB=0.531415;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00208929;OID=.;OPOS=106805395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:79:83:47:47:0.361538:31:16:31:48:31:16:32:51 chr14 106805402 . T G 128.22 PASS AF=0.185484;AO=23;DP=123;FAO=23;FDP=124;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=63;FWDB=-0.0309348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.175;QD=4.13619;RBI=0.0347951;REFB=0.00417332;REVB=-0.0159291;RO=100;SAF=9;SAR=14;SRF=38;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151689;STB=0.512942;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0243508;OID=.;OPOS=106805402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:100:101:23:23:0.185484:14:9:38:62:14:9:38:63 chr14 106805408 . C T 383.96 PASS AF=0.368;AO=46;DP=127;FAO=46;FDP=125;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0112123;FXX=0.0157468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.634;QD=12.2867;RBI=0.0116435;REFB=0.00231742;REVB=0.00313927;RO=79;SAF=17;SAR=29;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561836;STB=0.532096;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00322659;OID=.;OPOS=106805408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:79:79:46:46:0.368:29:17:33:46:29:17:33:46 chr14 106805439 . TA CG,TG 1599.19 PASS AF=0.181818,0.818182;AO=20,87;DP=110;FAO=20,90;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=10,38;FSAR=10,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0082333,0.0119649;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=57.8286,120.292;QD=58.1525;RBI=0.0104238,0.0165468;REFB=0,0;REVB=0.00639284,0.0114296;RO=0;SAF=10,36;SAR=10,51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00663215,0.00485028;OID=.,.;OPOS=106805439,106805440;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:110:110:0:0:20,87:20,90:0.181818,0.818182:10,51:10,36:0:0:10,52:10,38:0:0 chr14 106805508 . G A 647.48 PASS AF=0.960784;AO=41;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0148959;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.4257;QD=50.7827;RBI=0.0436875;REFB=-0.221272;REVB=0.0410696;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51785;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00492549;OID=.;OPOS=106805508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:0:2:41:49:0.960784:15:26:0:0:22:27:2:0 chr14 106877390 . C G 442.82 PASS AF=0.389313;AO=51;DP=131;FAO=51;FDP=131;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=60;FSRR=20;FWDB=-0.00616969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5745;QD=13.5211;RBI=0.014577;REFB=-0.00829023;REVB=0.013207;RO=79;SAF=37;SAR=14;SRF=59;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292551;STB=0.519106;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0136337;OID=.;OPOS=106877390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:79:80:51:51:0.389313:14:37:59:20:14:37:60:20 chr14 106877445 . C T 552.95 PASS AF=0.411765;AO=63;DP=152;FAO=63;FDP=153;FR=.;FRO=90;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=59;FSRR=31;FWDB=-0.00795974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.116;QD=14.4563;RBI=0.0459837;REFB=-0.0178468;REVB=-0.0452895;RO=88;SAF=45;SAR=18;SRF=59;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541899;STB=0.540825;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.02507;OID=.;OPOS=106877445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:88:90:63:63:0.411765:18:45:59:29:18:45:59:31 chr14 106877447 . A ATGATCT 533.16 PASS AF=0.406667;AO=59;DP=147;FAO=61;FDP=150;FR=.;FRO=89;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=31;FWDB=0.00388238;FXX=0.013157;HRUN=0;LEN=6;MLLD=269.166;QD=14.2176;RBI=0.00748818;REFB=-0.0191866;REVB=0.00640312;RO=84;SAF=43;SAR=16;SRF=53;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120686;STB=0.536803;STBP=0.488;TYPE=ins;VARB=0.0278724;OID=.;OPOS=106877448;OREF=-;OALT=TGATCT;OMAPALT=ATGATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.406667:59:147:61:150:89:43:18:58:31:99:84:43:16:53:31 chr14 106877519 . A G 490.51 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0146592;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.152;QD=18.3367;RBI=0.0147125;REFB=-0.0062954;REVB=0.0012508;RO=55;SAF=33;SAR=19;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693547;STB=0.538505;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00782095;OID=.;OPOS=106877519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:55:55:52:52:0.485981:19:33:31:24:19:33:31:24 chr14 106877551 . A C 258.79 PASS AF=0.439394;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.00510495;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3471;QD=15.6841;RBI=0.00572373;REFB=-0.0835366;REVB=0.00258855;RO=35;SAF=16;SAR=12;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178216;STB=0.618972;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0346872;OID=.;OPOS=106877551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:35:37:28:29:0.439394:12:16:26:9:13:16:28:9 chr14 106877556 . C G 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0101181;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.814;QD=17.0703;RBI=0.0232554;REFB=-0.0224791;REVB=-0.0209389;RO=35;SAF=23;SAR=8;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158829;STB=0.589682;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0210903;OID=.;OPOS=106877556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:8:23:21:14:8:23:21:14 chr14 106877618 . G C 142.59 PASS AF=0.289855;AO=19;DP=68;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0397798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0887;QD=8.2663;RBI=0.0406704;REFB=-0.0268729;REVB=0.0084645;RO=48;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215603;STB=0.647584;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0397255;OID=.;OPOS=106877618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:48:49:19:20:0.289855:8:11:19:29:8:12:19:30 chr14 106877637 . A G 204.95 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00502777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5479;QD=10.6466;RBI=0.0183549;REFB=0.00178881;REVB=0.0176528;RO=50;SAF=17;SAR=9;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285015;STB=0.659579;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00390515;OID=.;OPOS=106877637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:51:26:26:0.337662:9:17:20:30:9:17:21:30 chr14 106877646 . T C 174.65 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0211204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.732;QD=8.03007;RBI=0.0246514;REFB=-0.0197237;REVB=-0.0127129;RO=63;SAF=15;SAR=9;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271462;STB=0.66184;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.040187;OID=.;OPOS=106877646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:63:63:24:24:0.275862:9:15:25:38:9:15:25:38 chr14 106877700 . G T 498.02 PASS AF=0.419847;AO=55;DP=131;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=0.00412293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.838;QD=15.2067;RBI=0.00456624;REFB=-0.00507097;REVB=-0.00196264;RO=76;SAF=31;SAR=24;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173238;STB=0.597103;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00649342;OID=.;OPOS=106877700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:76:76:55:55:0.419847:24:31:30:46:24:31:30:46 chr14 106878056 . T G 348.61 PASS AF=0.690476;AO=29;DP=42;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0135353;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.878;QD=33.2006;RBI=0.0138037;REFB=0.00572437;REVB=0.00270859;RO=13;SAF=13;SAR=16;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126639;STB=0.568977;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00200452;OID=.;OPOS=106878056;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:13:29:29:0.690476:16:13:3:10:16:13:3:10 chr14 106878067 . T G 300.4 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0200965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.47;QD=30.8105;RBI=0.0330085;REFB=-0.000818749;REVB=-0.0261858;RO=13;SAF=11;SAR=15;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122412;STB=0.566961;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=6.19225e-05;OID=.;OPOS=106878067;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:15:11:3:10:15:11:3:10 chr14 106878071 . A G 284.56 PASS AF=0.675676;AO=22;DP=34;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00208385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.829;QD=30.7627;RBI=0.00216068;REFB=-0.0243965;REVB=0.000571073;RO=12;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213895;STB=0.591859;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00728295;OID=.;OPOS=106878071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:34:37:12:12:22:25:0.675676:11:11:2:10:14:11:2:10 chr14 106993886 . A G 53.03 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00192435;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.597;QD=6.42811;RBI=0.013466;REFB=-0.0105474;REVB=-0.0133278;RO=23;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480729;STB=0.799128;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0254467;OID=.;OPOS=106993886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:33:33:23:25:8:8:0.242424:7:1:11:12:7:1:11:14 chr14 106993945 . T C 100.8 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0195619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.486;QD=8.22843;RBI=0.0322058;REFB=-0.0115443;REVB=0.0255841;RO=36;SAF=4;SAR=9;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206113;STB=0.627703;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.013144;OID=.;OPOS=106993945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:9:4:17:19:9:4:17:19 chr14 106994009 . GCT TTC 142.81 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00407737;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=3;MLLD=249.649;QD=13.601;RBI=0.0144208;REFB=-0.0295411;REVB=0.0138324;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234134;STB=0.646878;STBP=0.126;TYPE=mnp;VARB=0.0458802;OID=.;OPOS=106994009;OREF=GCT;OALT=TTC;OMAPALT=TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:25:26:16:16:0.380952:10:6:15:10:10:6:16:10 chr14 106994015 . G A 131.17 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0448889;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.004;QD=12.7972;RBI=0.0450534;REFB=-0.0247985;REVB=-0.00384611;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30187;STB=0.677185;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0253926;OID=.;OPOS=106994015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:26:26:15:15:0.365854:10:5:16:10:10:5:16:10 chr14 106994063 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.027896;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=243.534;QD=9.49166;RBI=0.0289574;REFB=-0.000736218;REVB=0.0077682;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239847;STB=0.644856;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000963725;OID=.;OPOS=106994063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:12:6:5:4:12:6 chr14 107013129 . A C 256.38 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0840561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9569;QD=22.7894;RBI=0.0864887;REFB=-0.00108376;REVB=-0.0203684;RO=21;SAF=7;SAR=17;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00603007;STB=0.503368;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.0016496;OID=.;OPOS=107013129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:17:7:6:15:17:7:6:15 chr14 107013201 . G T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00318415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.075;QD=15.2625;RBI=0.00367735;REFB=-0.0118337;REVB=0.0018396;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522596;STB=0.530339;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0146125;OID=.;OPOS=107013201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:7:9:8:5:7:9 chr14 107034920 . C T 31.66 PASS AF=0.0818182;AO=9;DP=110;FAO=9;FDP=110;FR=.;FRO=101;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=-0.00531481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.573;QD=1.15121;RBI=0.013116;REFB=-0.000894609;REVB=-0.011991;RO=100;SAF=3;SAR=6;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134468;STB=0.60735;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0148525;OID=.;OPOS=107034920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:110:110:100:101:9:9:0.0818182:6:3:45:55:6:3:45:56 chr14 107034967 . T C 49.11 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0521943;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6293;QD=2.61913;RBI=0.0534637;REFB=-0.00565419;REVB=-0.0115807;RO=66;SAF=5;SAR=5;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111543;STB=0.599808;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0289047;OID=.;OPOS=107034967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:76:75:66:65:10:10:0.133333:5:5:27:39:5:5:25:40 chr14 107035020 . C T 75.8 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.0458113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1856;QD=5.22767;RBI=0.0458188;REFB=-0.0119404;REVB=0.000827451;RO=45;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170561;STB=0.613324;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0394147;OID=.;OPOS=107035020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:45:46:12:12:0.206897:7:5:13:32:7:5:13:33 chr14 107035140 . G C 36.3 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0173675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9697;QD=1.98924;RBI=0.0713605;REFB=0.00321283;REVB=0.0692148;RO=65;SAF=3;SAR=5;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119794;STB=0.509068;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.0234042;OID=.;OPOS=107035140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:65:65:8:8:0.109589:5:3:25:40:5:3:25:40 chr14 107035142 . G A 36.5 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=72;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0336047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0013;QD=2.02763;RBI=0.0661992;REFB=-0.00168723;REVB=0.0570356;RO=64;SAF=3;SAR=5;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0200462;OID=.;OPOS=107035142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:72:64:64:8:8:0.111111:5:3:24:40:5:3:24:40 chr14 107048702 . G A 145.81 PASS AF=0.259259;AO=21;DP=82;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00127802;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.18;QD=7.2005;RBI=0.036243;REFB=-0.010605;REVB=-0.0362205;RO=60;SAF=14;SAR=7;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129415;STB=0.57887;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0330909;OID=.;OPOS=107048702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:60:60:21:21:0.259259:7:14:34:26:7:14:34:26 chr14 107048749 . C G 160.74 PASS AF=0.25;AO=23;DP=92;FAO=23;FDP=92;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0395156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.542;QD=6.98851;RBI=0.0585326;REFB=-0.00397915;REVB=-0.0431808;RO=64;SAF=16;SAR=7;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193108;STB=0.627021;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0268688;OID=.;OPOS=107048749;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:64:69:23:23:0.25:7:16:35:29:7:16:37:32 chr14 107048767 . G T 153.78 PASS AF=0.25;AO=22;DP=91;FAO=23;FDP=92;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0106009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.916;QD=6.68609;RBI=0.0108683;REFB=-0.0126618;REVB=0.00239606;RO=69;SAF=17;SAR=5;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337181;STB=0.67568;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0332082;OID=.;OPOS=107048767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:69:69:22:23:0.25:5:17:36:33:6:17:36:33 chr14 107048804 . G A 219.53 PASS AF=0.284404;AO=31;DP=109;FAO=31;FDP=109;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.0153258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.423;QD=8.05629;RBI=0.0153444;REFB=-0.00883461;REVB=-0.00075611;RO=78;SAF=22;SAR=9;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360145;STB=0.713306;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0195077;OID=.;OPOS=107048804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:78:78:31:31:0.284404:9:22:32:46:9:22:32:46 chr14 107048885 . C T 108.35 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0425215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.048;QD=15.4779;RBI=0.0425799;REFB=-0.0120778;REVB=0.00223081;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692817;STB=0.555467;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0177275;OID=.;OPOS=107048885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:15:15:12:13:0.464286:4:8:9:6:4:9:9:6 chr14 107078567 . T C 370.01 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0132749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5955;QD=19.7338;RBI=0.0151325;REFB=-0.0092781;REVB=0.00726431;RO=37;SAF=25;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273291;STB=0.651787;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0136722;OID=.;OPOS=107078567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:13:25:13:24:13:25:13:24 chr14 107078790 . C T 1284.36 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0463788;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.859;QD=59.7375;RBI=0.0585626;REFB=-0.160385;REVB=0.0357574;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.504853;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000564299;OID=.;OPOS=107078790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:84:85:0.988372:34:50:0:0:34:51:1:0 chr14 107082756 . A T 362.91 PASS AF=0.394495;AO=42;DP=108;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.00301015;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.067;QD=13.3178;RBI=0.00410287;REFB=-0.0244762;REVB=-0.00278793;RO=64;SAF=15;SAR=27;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189112;STB=0.597351;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0183669;OID=.;OPOS=107082756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:64:66:42:43:0.394495:27:15:34:30:27:16:35:31 chr14 107083424 . T C 694.87 PASS AF=0.334507;AO=81;DP=282;FAO=95;FDP=284;FR=.;FRO=189;FSAF=29;FSAR=66;FSRF=55;FSRR=134;FWDB=-0.00594377;FXX=0.00699276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3004;QD=9.78688;RBI=0.0106018;REFB=-0.00662304;REVB=-0.00877893;RO=163;SAF=25;SAR=56;SRF=49;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110162;STB=0.511281;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0164313;OID=.;OPOS=107083424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:284:163:189:81:95:0.334507:56:25:49:114:66:29:55:134 chr14 107083633 . T C 467.79 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0455499;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7646;QD=19.9061;RBI=0.0584503;REFB=-0.0153365;REVB=-0.0366285;RO=48;SAF=28;SAR=18;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158791;STB=0.588197;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0116381;OID=.;OPOS=107083633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:48:48:46:46:0.489362:18:28:21:27:18:28:21:27 chr14 107095326 . C T 1545.88 PASS AF=0.972477;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0378033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.784;QD=56.7296;RBI=0.0383431;REFB=-0.116576;REVB=-0.00641095;RO=3;SAF=42;SAR=64;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326932;STB=0.517238;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00109053;OID=.;OPOS=107095326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:109:109:3:3:106:106:0.972477:64:42:3:0:64:42:3:0 chr14 107113745 . G A 32.82 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0204422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.831;QD=3.05277;RBI=0.0206024;REFB=-0.00892931;REVB=0.00256377;RO=37;SAF=3;SAR=3;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179148;STB=0.627509;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.096376;OID=.;OPOS=107113745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:43:43:37:37:6:6:0.139535:3:3:24:13:3:3:24:13 chr14 107113763 . A G 88.9 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00706864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.427;QD=7.11184;RBI=0.029709;REFB=0.000219221;REVB=0.0288558;RO=37;SAF=8;SAR=4;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241583;STB=0.50745;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.000161304;OID=.;OPOS=107113763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:37:38:12:12:0.24:4:8:24:13:4:8:25:13 chr14 107113780 . G A 103.91 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0298155;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.424;QD=7.29179;RBI=0.0470507;REFB=-0.0104842;REVB=0.0363978;RO=42;SAF=10;SAR=5;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625035;STB=0.538409;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0378321;OID=.;OPOS=107113780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:42:42:15:15:0.263158:5:10:26:16:5:10:26:16 chr14 107113785 . C T 109.85 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0574174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.278;QD=7.32354;RBI=0.0593683;REFB=-0.0196352;REVB=-0.015094;RO=44;SAF=10;SAR=6;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144897;STB=0.508838;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0754641;OID=.;OPOS=107113785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:44:16:16:0.266667:6:10:27:17:6:10:27:17 chr14 107113846 . A T 278.9 PASS AF=0.4;AO=31;DP=79;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0355278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.732;QD=13.9449;RBI=0.0633782;REFB=0.000740073;REVB=-0.052484;RO=46;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962664;STB=0.55604;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00264689;OID=.;OPOS=107113846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:46:48:31:32:0.4:14:17:21:25:15:17:21:27 chr14 107113851 . C T 111.05 PASS AF=0.225;AO=15;DP=77;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.021759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.986;QD=5.55246;RBI=0.0252583;REFB=-0.0202234;REVB=-0.0128268;RO=62;SAF=5;SAR=10;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173957;STB=0.56243;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0586691;OID=.;OPOS=107113851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:62:62:15:18:0.225:10:5:29:33:11:7:29:33 chr14 107113855 . A G 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00959803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.996;QD=14.8327;RBI=0.00989756;REFB=-0.0102244;REVB=0.00241649;RO=48;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11609;STB=0.565676;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00552405;OID=.;OPOS=107113855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:16:18:20:28:16:18:20:28 chr14 107113858 . A G 301.42 PASS AF=0.414634;AO=33;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0111495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.257;QD=14.7034;RBI=0.0131216;REFB=-0.0192324;REVB=-0.00691846;RO=48;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102598;STB=0.565676;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0371291;OID=.;OPOS=107113858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:33:34:0.414634:16:17:20:28:16:18:20:28 chr14 107113968 . C A 118.3 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00406575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.368;QD=12.7897;RBI=0.0100893;REFB=-0.0162369;REVB=-0.0092338;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172185;STB=0.580535;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0270822;OID=.;OPOS=107113968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:8:6:6:16:8:6:7:16 chr14 107114009 . T C 141.84 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0145616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9993;QD=22.6945;RBI=0.061101;REFB=-0.0730247;REVB=-0.0593405;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477344;STB=0.526846;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.031904;OID=.;OPOS=107114009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:4:6:8:7:4:6 chr14 107114193 . A G 172.0 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0223416;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.913;QD=15.6362;RBI=0.0279043;REFB=-0.0169446;REVB=0.0167184;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14173;STB=0.593728;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0226661;OID=.;OPOS=107114193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:25:18:19:0.431818:9:9:16:9:10:9:16:9 chr14 107131410 . A G 113.21 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0617985;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4383;QD=16.1727;RBI=0.0628103;REFB=0.0212193;REVB=0.0112285;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149726;STB=0.508657;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.0204468;OID=.;OPOS=107131410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:6:9:8:5:6:9 chr14 107170005 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.155;QD=57.1768;RBI=0.0079767;REFB=0;REVB=-0.000603581;RO=0;SAF=8;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72506e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39101e-05;OID=.;OPOS=107170005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:43:8:0:0:43:8:0:0 chr14 107170219 . C G 207.33 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00794389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.515;QD=24.3924;RBI=0.0117189;REFB=-0.00686095;REVB=-0.00861546;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895656;STB=0.54995;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00515709;OID=.;OPOS=107170219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:11:9:8:6:11:9:8:6 chr14 107178832 . A G 1647.0 PASS AF=0.982301;AO=109;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00675796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3136;QD=58.301;RBI=0.0819074;REFB=-0.114252;REVB=-0.0816281;RO=2;SAF=63;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201884;STB=0.510202;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00290781;OID=.;OPOS=107178832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:2:2:109:111:0.982301:46:63:0:2:48:63:0:2 chr14 107178965 . A C 654.34 PASS AF=0.58;AO=58;DP=100;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0453484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.438;QD=26.1735;RBI=0.0454002;REFB=-0.0243259;REVB=0.00216781;RO=41;SAF=23;SAR=35;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142846;STB=0.513964;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0141223;OID=.;OPOS=107178965;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:41:42:58:58:0.58:35:23:17:24:35:23:18:24 chr14 107179268 . A G 308.06 PASS AF=0.425;AO=32;DP=79;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00865391;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.305;QD=15.4032;RBI=0.0110705;REFB=-0.0119286;REVB=0.00690411;RO=47;SAF=17;SAR=15;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881637;STB=0.524985;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0168268;OID=.;OPOS=107179268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:47:46:32:34:0.425:15:17:21:26:17:17:21:25 chr14 107211211 . G A 150.04 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0212054;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.938;QD=17.6514;RBI=0.0220986;REFB=-0.00171964;REVB=-0.00621922;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334955;STB=0.519206;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00238533;OID=.;OPOS=107211211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:12:4:5:13:12:4:5:13 chr15 20462585 . A G 144.59 PASS AF=0.256098;AO=21;DP=82;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.015898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.297;QD=7.05292;RBI=0.0188499;REFB=-0.00889024;REVB=-0.0101277;RO=59;SAF=9;SAR=12;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565601;STB=0.547323;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0167456;OID=.;OPOS=20462585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:61:21:21:0.256098:12:9:28:31:12:9:30:31 chr15 20462603 . G T 151.89 PASS AF=0.265823;AO=21;DP=88;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0154123;FXX=0.102261;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.813;QD=7.69043;RBI=0.0161914;REFB=-0.0124885;REVB=0.00496219;RO=65;SAF=12;SAR=9;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264501;STB=0.614179;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0724867;OID=.;OPOS=20462603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:79:65:58:21:21:0.265823:9:12:23:42:9:12:24:34 chr15 20476906 . T C 83.16 PASS AF=0.136364;AO=18;DP=132;FAO=18;FDP=132;FR=.;FRO=114;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=63;FWDB=-0.00104708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.563;QD=2.51997;RBI=0.0185592;REFB=-0.00303481;REVB=0.0185296;RO=112;SAF=12;SAR=6;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273376;STB=0.686364;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0213027;OID=.;OPOS=20476906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:132:132:112:114:18:18:0.136364:6:12:50:62:6:12:51:63 chr15 20476942 . C T 405.25 PASS AF=0.362963;AO=48;DP=135;FAO=49;FDP=135;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=-0.0346323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.469;QD=12.0073;RBI=0.0495296;REFB=-0.00667558;REVB=-0.0354088;RO=86;SAF=22;SAR=26;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858085;STB=0.54165;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0185854;OID=.;OPOS=20476942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:86:86:48:49:0.362963:26:22:46:40:26:23:46:40 chr15 20645827 . A G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0429107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.988;QD=8.25461;RBI=0.0429722;REFB=0.00547798;REVB=0.00229903;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0175434;OID=.;OPOS=20645827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:4:8:4:2:4:8 chr15 20648687 . GCAGA G 50.0 PASS AO=48;DP=202;LEN=4;RO=154;SAF=33;SAR=18;SRF=118;SRR=33;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=20648688;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:202:154:48:18:33:118:33 chr15 20874897 . A G 2803.5 PASS AF=0.738562;AO=226;DP=306;FAO=226;FDP=306;FR=.;FRO=80;FSAF=128;FSAR=98;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.0345373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.414;QD=36.6471;RBI=0.0346108;REFB=-0.02399;REVB=-0.00225439;RO=80;SAF=128;SAR=98;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576594;STB=0.530714;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00710529;OID=.;OPOS=20874897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:306:80:80:226:226:0.738562:98:128:36:44:98:128:36:44 chr15 20874927 . T A 826.09 PASS AF=0.3663;AO=97;DP=269;FAO=100;FDP=273;FR=.;FRO=173;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=90;FSRR=83;FWDB=-0.00325204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.758;QD=12.1039;RBI=0.00886015;REFB=-0.00663622;REVB=0.00824175;RO=165;SAF=59;SAR=38;SRF=85;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105785;STB=0.538385;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0118361;OID=.;OPOS=20874927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:273:165:173:97:100:0.3663:38:59:85:80:42:58:90:83 chr15 20876515 . A G 1991.5 PASS AF=0.786458;AO=151;DP=192;FAO=151;FDP=192;FR=.;FRO=41;FSAF=86;FSAR=65;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0203538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.86;QD=41.4895;RBI=0.0299715;REFB=-0.0263621;REVB=0.0220003;RO=41;SAF=86;SAR=65;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921261;STB=0.54898;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00862558;OID=.;OPOS=20876515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:41:41:151:151:0.786458:65:86:14:27:65:86:14:27 chr15 22368855 . T C 455.85 PASS AF=0.329545;AO=58;DP=176;FAO=58;FDP=176;FR=.;FRO=118;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=0.0090979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.541;QD=10.3601;RBI=0.00910511;REFB=-0.00442883;REVB=0.000362407;RO=118;SAF=24;SAR=34;SRF=59;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101244;STB=0.558349;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00903174;OID=.;OPOS=22368855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:118:118:58:58:0.329545:34:24:59:59:34:24:59:59 chr15 22368862 . G A 1245.9 PASS AF=0.675;AO=108;DP=160;FAO=108;FDP=160;FR=.;FRO=52;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0317731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5657;QD=31.1475;RBI=0.0508791;REFB=-0.00762203;REVB=-0.0397386;RO=49;SAF=44;SAR=64;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108574;STB=0.562049;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00333367;OID=.;OPOS=22368862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:49:52:108:108:0.675:64:44:29:20:64:44:31:21 chr15 22368905 . G A 227.37 PASS AF=0.298969;AO=29;DP=97;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.00344753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.811;QD=9.37601;RBI=0.00458218;REFB=-0.0141729;REVB=-0.00301843;RO=68;SAF=11;SAR=18;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196237;STB=0.615743;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0228792;OID=.;OPOS=22368905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:68:68:29:29:0.298969:18:11:37:31:18:11:37:31 chr15 22368957 . C T 334.17 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.00241888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.256;QD=12.8527;RBI=0.00468479;REFB=-0.00246088;REVB=0.00401201;RO=63;SAF=21;SAR=19;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033022;STB=0.523177;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00498988;OID=.;OPOS=22368957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:64:40:40:0.384615:19:21:35:28:19:21:36:28 chr15 22369132 . G A 141.85 PASS AF=0.241379;AO=21;DP=87;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.0407726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.348;QD=6.52182;RBI=0.0411522;REFB=0.00418176;REVB=0.00557657;RO=66;SAF=13;SAR=8;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557063;STB=0.534214;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.0133524;OID=.;OPOS=22369132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:66:66:21:21:0.241379:8:13:38:28:8:13:38:28 chr15 22369179 . A T 115.72 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0344528;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.708;QD=9.07627;RBI=0.0368366;REFB=-0.0112959;REVB=-0.0130362;RO=37;SAF=8;SAR=7;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405877;STB=0.515768;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0320071;OID=.;OPOS=22369179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:37:36:15:15:0.294118:7:8:21:16:7:8:20:16 chr15 22369248 . T C 517.34 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4496;QD=55.9281;RBI=0.0518162;REFB=-0.10214;REVB=0.0490906;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346204;STB=0.517232;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00226382;OID=.;OPOS=22369248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:37:1:1:35:36:0.972973:22:13:1:0:22:14:1:0 chr15 22369373 . G A 278.3 PASS AF=0.257669;AO=41;DP=161;FAO=42;FDP=163;FR=.;FRO=121;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=63;FSRR=58;FWDB=0.0018478;FXX=0.0180712;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.392;QD=6.82945;RBI=0.00892796;REFB=0.000602983;REVB=0.00873465;RO=112;SAF=23;SAR=18;SRF=61;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203374;STB=0.520108;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0022994;OID=.;OPOS=22369373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:112:121:41:42:0.257669:18:23:61:51:19:23:63:58 chr15 22382655 . A C 59.07 PASS AF=0.137931;AO=12;DP=87;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0124649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.663;QD=2.71573;RBI=0.0134636;REFB=-0.00271313;REVB=-0.00508868;RO=71;SAF=3;SAR=9;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325679;STB=0.718186;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0376752;OID=.;OPOS=22382655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:87:87:71:75:12:12:0.137931:9:3:36:35:9:3:37:38 chr15 22382704 . G C 237.94 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0211064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2639;QD=11.6066;RBI=0.035527;REFB=-0.00999184;REVB=-0.0285777;RO=53;SAF=14;SAR=15;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547766;STB=0.531624;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0179465;OID=.;OPOS=22382704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:15:14:23:30:15:14:23:30 chr15 22382728 . C T 104.15 PASS AF=0.204819;AO=17;DP=84;FAO=17;FDP=83;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=0.0197525;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.909;QD=5.01927;RBI=0.0305903;REFB=-0.00773353;REVB=-0.0233582;RO=67;SAF=6;SAR=11;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333914;STB=0.715211;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0348072;OID=.;OPOS=22382728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:67:66:17:17:0.204819:11:6:42:25:11:6:42:24 chr15 22382739 . A G 1157.44 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00354114;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.114;QD=59.3558;RBI=0.0120463;REFB=-0.0459496;REVB=0.0115141;RO=1;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150214;STB=0.507934;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=1.05883e-05;OID=.;OPOS=22382739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:31:46:0:1:31:46:0:1 chr15 22382821 . G C 304.9 PASS AF=0.280822;AO=41;DP=146;FAO=41;FDP=146;FR=.;FRO=105;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=57;FSRR=48;FWDB=-0.0069153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.388;QD=8.35354;RBI=0.0155583;REFB=-0.00670957;REVB=-0.013937;RO=105;SAF=20;SAR=21;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669604;STB=0.53952;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00638278;OID=.;OPOS=22382821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:105:105:41:41:0.280822:21:20:57:48:21:20:57:48 chr15 22382828 . C A 287.46 PASS AF=0.267974;AO=41;DP=153;FAO=41;FDP=153;FR=.;FRO=112;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=59;FSRR=53;FWDB=-0.00614987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.562;QD=7.51539;RBI=0.0185348;REFB=0.00712236;REVB=0.0174848;RO=112;SAF=20;SAR=21;SRF=59;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479524;STB=0.528498;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.0231893;OID=.;OPOS=22382828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:112:112:41:41:0.267974:21:20:59:53:21:20:59:53 chr15 22382897 . A G 480.74 PASS AF=0.311881;AO=62;DP=202;FAO=63;FDP=202;FR=.;FRO=139;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=62;FSRR=77;FWDB=0.00255596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.264;QD=9.51951;RBI=0.0978692;REFB=-0.0174579;REVB=-0.0978359;RO=139;SAF=37;SAR=25;SRF=62;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17919;STB=0.596837;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0405276;OID=.;OPOS=22382897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:139:139:62:63:0.311881:25:37:62:77:26:37:62:77 chr15 22383064 . C A 363.13 PASS AF=0.290698;AO=50;DP=172;FAO=50;FDP=172;FR=.;FRO=122;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=64;FSRR=58;FWDB=0.0132809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.425;QD=8.44477;RBI=0.0255413;REFB=-0.00274073;REVB=0.0218169;RO=122;SAF=30;SAR=20;SRF=64;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928118;STB=0.55448;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00545569;OID=.;OPOS=22383064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:122:122:50:50:0.290698:20:30:64:58:20:30:64:58 chr15 22383066 . A G 1044.26 PASS AF=0.573099;AO=98;DP=171;FAO=98;FDP=171;FR=.;FRO=73;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00891404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.139;QD=24.4271;RBI=0.00891404;REFB=0.000806373;REVB=-1.86813e-06;RO=73;SAF=56;SAR=42;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620964;STB=0.533777;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00079498;OID=.;OPOS=22383066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:73:73:98:98:0.573099:42:56:36:37:42:56:36:37 chr15 22383189 . G A 281.94 PASS AF=0.257669;AO=42;DP=163;FAO=42;FDP=163;FR=.;FRO=121;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=71;FSRR=50;FWDB=-0.0214713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.779;QD=6.91888;RBI=0.021524;REFB=-0.0021767;REVB=0.00150549;RO=121;SAF=24;SAR=18;SRF=71;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019529;STB=0.511664;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00661575;OID=.;OPOS=22383189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:121:121:42:42:0.257669:18:24:71:50:18:24:71:50 chr15 22383482 . GA G 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.000841043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.78;QD=8.99487;RBI=0.00084251;REFB=-0.00896763;REVB=-4.96962e-05;RO=29;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140429;STB=0.586059;STBP=0.468;TYPE=del;VARB=0.0242683;OID=.;OPOS=22383483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292683:12:41:12:41:29:8:4:16:13:92:29:8:4:16:13 chr15 22413700 . A G 1322.04 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0174975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7781;QD=60.7835;RBI=0.02969;REFB=-0.145988;REVB=-0.0239861;RO=1;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111471;STB=0.505881;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00197635;OID=.;OPOS=22413700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:42:44:0:1:42:44:0:1 chr15 22413954 . C T 1773.18 PASS AF=0.675676;AO=150;DP=223;FAO=150;FDP=222;FR=.;FRO=72;FSAF=94;FSAR=56;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0111304;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.922;QD=31.9492;RBI=0.0222574;REFB=-0.023474;REVB=0.0192745;RO=72;SAF=94;SAR=56;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097052;STB=0.552105;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00970214;OID=.;OPOS=22413954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:72:72:150:150:0.675676:56:94:34:38:56:94:34:38 chr15 22414005 . C T 1528.56 PASS AF=0.653659;AO=134;DP=205;FAO=134;FDP=205;FR=.;FRO=71;FSAF=85;FSAR=49;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.00259142;FXX=0.00485413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.307;QD=29.8257;RBI=0.0191642;REFB=-0.0242431;REVB=0.0189882;RO=70;SAF=85;SAR=49;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805572;STB=0.541312;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0241582;OID=.;OPOS=22414005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:70:71:134:134:0.653659:49:85:36:34:49:85:37:34 chr15 22414190 . T C 694.98 PASS AF=0.613208;AO=65;DP=107;FAO=65;FDP=106;FR=.;FRO=41;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00446446;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5561;QD=26.2256;RBI=0.0537473;REFB=-0.0106897;REVB=0.0535616;RO=41;SAF=38;SAR=27;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018494;STB=0.510042;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00851939;OID=.;OPOS=22414190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:41:41:65:65:0.613208:27:38:25:16:27:38:25:16 chr15 22440297 . A G 713.3 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329586;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.651;QD=63.4046;RBI=0.0552655;REFB=0;REVB=0.0443623;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045008;OID=.;OPOS=22440297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr15 22440322 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.673;QD=64.4154;RBI=0.0344222;REFB=0;REVB=-0.026533;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30715e-05;OID=.;OPOS=22440322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr15 22440611 . A G 254.93 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.000726542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.957;QD=10.9648;RBI=0.00141575;REFB=0.0083078;REVB=0.0012151;RO=62;SAF=21;SAR=10;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175785;STB=0.602581;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.022924;OID=.;OPOS=22440611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:62:62:31:31:0.333333:10:21:33:29:10:21:33:29 chr15 22440816 . A G 913.84 PASS AF=0.752475;AO=75;DP=103;FAO=76;FDP=101;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0123361;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.581;QD=36.1915;RBI=0.013476;REFB=-0.0288332;REVB=-0.00542429;RO=25;SAF=29;SAR=46;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00654815;STB=0.501362;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00914004;OID=.;OPOS=22440816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:25:25:75:76:0.752475:46:29:10:15:46:30:10:15 chr15 22448406 . G A 96.31 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.0125839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4116;QD=6.87909;RBI=0.0174592;REFB=-0.0172235;REVB=0.0121024;RO=40;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409448;STB=0.737582;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0186568;OID=.;OPOS=22448406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:40:42:14:14:0.25:6:8:9:31:6:8:10:32 chr15 22448436 . G A 310.51 PASS AF=0.447368;AO=33;DP=75;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00942383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.907;QD=16.3424;RBI=0.0297005;REFB=-0.0065948;REVB=0.0281658;RO=42;SAF=7;SAR=26;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286518;STB=0.641592;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.016073;OID=.;OPOS=22448436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:42:42:33:34:0.447368:26:7:19:23:26:8:19:23 chr15 22448456 . C T 141.33 PASS AF=0.238636;AO=21;DP=88;FAO=21;FDP=88;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.0145823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3376;QD=6.42415;RBI=0.0244047;REFB=0.000221348;REVB=-0.0195691;RO=67;SAF=9;SAR=12;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712525;STB=0.543583;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00090878;OID=.;OPOS=22448456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:67:67:21:21:0.238636:12:9:25:42:12:9:25:42 chr15 22448752 . C T 485.26 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.00762883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.162;QD=16.4495;RBI=0.036918;REFB=-0.00215558;REVB=0.0361211;RO=65;SAF=30;SAR=23;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103318;STB=0.55767;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00163407;OID=.;OPOS=22448752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:65:53:53:0.449153:23:30:30:35:23:30:30:35 chr15 22840279 . G T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.479;QD=59.0187;RBI=0.0415297;REFB=0;REVB=-0.0181707;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2957e-05;OID=.;OPOS=22840279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr15 22873784 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.445;QD=56.9568;RBI=0.0435626;REFB=0;REVB=0.025346;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287008;OID=.;OPOS=22873784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr15 22926229 . G A 1191.5 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00361684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.812;QD=60.3292;RBI=0.0206217;REFB=0;REVB=-0.020302;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614728;OID=.;OPOS=22926229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:77:79:1:36:41:0:0:38:41:0:0 chr15 22960868 . G C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0451002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.585;QD=11.3693;RBI=0.0455256;REFB=0.00178501;REVB=0.00620877;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.572193;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00410256;OID=.;OPOS=22960868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:9:10:7:4:9:10 chr15 23006364 . GAAAAG AGAAAG,GAAAG,GAAAGA 66.83 PASS AF=0,0.548387,0;AO=4,9,2;DP=31;FAO=0,17,0;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=0,6,0;FSAR=0,11,0;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0559372,-0.102409,-0.21106;FXX=0;HRUN=1,4,4;LEN=2,1,2;MLLD=30.5436,8.58337,13.1405;QD=8.62326;RBI=0.17733,0.138975,0.212267;REFB=0.00862758,-0.156423,-0.0899239;REVB=-0.168277,-0.0939495,-0.0225977;RO=10;SAF=0,3,2;SAR=4,6,0;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0.326087,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.650438,0.033981,0.655147;STB=0.5,0.536542,0.5;STBP=1,0.662,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.103413,0;OID=.,.,.;OPOS=23006364,23006365,23006368;OREF=GA,A,AG;OALT=AG,-,GA;OMAPALT=AGAAAG,GAAAG,GAAAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:46:31:31:10:14:4,9,2:0,17,0:0,0.548387,0:4,6,0:0,3,2:3:7:0,11,0:0,6,0:6:8 chr15 23052632 . T C 906.11 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.039;QD=56.6319;RBI=0.0205449;REFB=-0.108743;REVB=-0.000343622;RO=1;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012593;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000442868;OID=.;OPOS=23052632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:37:26:0:1:37:26:0:1 chr15 23059394 . C T 563.56 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0113852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.421;QD=57.8011;RBI=0.0114423;REFB=-0.0452622;REVB=-0.00114185;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253186;STB=0.513506;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000486588;OID=.;OPOS=23059394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:20:18:1:0:20:18:1:0 chr15 23098401 . C T 571.3 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.034106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.805;QD=55.7366;RBI=0.0564877;REFB=-0.0633004;REVB=0.0450293;RO=2;SAF=31;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292807;STB=0.515617;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00339703;OID=.;OPOS=23098401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:41:2:2:38:39:0.95122:7:31:2:0:8:31:2:0 chr15 23098449 . C T 708.02 PASS AF=0.9;AO=54;DP=60;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=43;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.000785529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.995;QD=47.2014;RBI=0.0196681;REFB=-0.00114274;REVB=0.0196524;RO=6;SAF=43;SAR=11;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107937;STB=0.505745;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.000113957;OID=.;OPOS=23098449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:60:60:6:6:54:54:0.9:11:43:5:1:11:43:5:1 chr15 23098503 . G T 59.92 PASS AF=0.141176;AO=12;DP=78;FAO=12;FDP=85;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=52;FSRR=21;FWDB=-0.0133211;FXX=0.0229859;HRUN=6;LEN=1;MLLD=191.628;QD=2.81981;RBI=0.027571;REFB=-0.00510283;REVB=0.0241393;RO=65;SAF=9;SAR=3;SRF=46;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662151;STB=0.541282;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.028033;OID=.;OPOS=23098503;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:78:85:65:73:12:12:0.141176:3:9:46:19:3:9:52:21 chr15 23098518 . G A 67.95 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=17;FWDB=0.0223885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6007;QD=3.23573;RBI=0.0331268;REFB=-0.00856498;REVB=0.024416;RO=71;SAF=9;SAR=4;SRF=54;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10737;STB=0.571327;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0428062;OID=.;OPOS=23098518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:84:84:71:71:13:13:0.154762:4:9:54:17:4:9:54:17 chr15 23158293 . A C 191.27 PASS AF=0.375;AO=23;DP=63;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0249113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.037;QD=11.9546;RBI=0.0327385;REFB=-0.004076;REVB=-0.0212424;RO=40;SAF=18;SAR=5;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121206;STB=0.578782;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00896202;OID=.;OPOS=23158293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:40:40:23:24:0.375:5:18:28:12:5:19:28:12 chr15 23158339 . G C 285.78 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0443742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.3124;QD=18.7395;RBI=0.110613;REFB=-0.0410712;REVB=-0.101322;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152099;STB=0.590998;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.033931;OID=.;OPOS=23158339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:30:31:31:0.508197:15:16:20:9:15:16:21:9 chr15 23259835 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0202071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.992;QD=11.2564;RBI=0.072373;REFB=-0.00547795;REVB=0.0694948;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359997;STB=0.713795;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0161785;OID=.;OPOS=23259835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:9:3:5:3:9:3 chr15 23261950 . A G 272.45 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3888;QD=51.8954;RBI=0.0906534;REFB=0;REVB=-0.0722645;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333253;OID=.;OPOS=23261950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr15 23326356 . G C 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0157489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.494;QD=6.54485;RBI=0.0170228;REFB=-0.00575762;REVB=-0.00646123;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265732;STB=0.671955;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0176004;OID=.;OPOS=23326356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:2:6:13:11:2:6:13:11 chr15 23685004 . G GCAT 62.67 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.11268;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=3;MLLD=264.326;QD=17.9051;RBI=0.113929;REFB=-0.0576452;REVB=0.0168195;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507765;STB=0.736128;STBP=0.123;TYPE=ins;VARB=0.0361956;OID=.;OPOS=23685005;OREF=-;OALT=CAT;OMAPALT=GCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:8:16:8:14:6:1:7:3:3:40:8:1:7:5:3 chr15 23686598 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.659;QD=39.2065;RBI=0.0482015;REFB=0;REVB=-0.0206916;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704854;OID=.;OPOS=23686598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr15 23686633 . A G 71.92 PASS AF=0.6;AO=7;DP=13;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00929659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.561;QD=19.1794;RBI=0.0813615;REFB=-0.0376587;REVB=0.0808287;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12173;STB=0.578784;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0403049;OID=.;OPOS=23686633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:13:15:6:6:7:9:0.6:2:5:5:1:3:6:5:1 chr15 23686673 . G A,C 257.35 PASS AF=0.863636,0.0909091;AO=19,2;DP=22;FAO=19,2;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=16,2;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00514746,-0.0294416;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.957,100.849;QD=46.7912;RBI=0.0175857,0.0460434;REFB=-0.164794,-0.108161;REVB=0.0168155,-0.0354003;RO=0;SAF=16,2;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.571347,0.993266;STBP=0.085,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=0.0149891,0.14115;OID=.,.;OPOS=23686673,23686673;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:22:22:0:1:19,2:19,2:0.863636,0.0909091:3,0:16,2:0:0:3,0:16,2:0:1 chr15 23687214 . C G 1134.18 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00558764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4688;QD=59.6939;RBI=0.0223049;REFB=0;REVB=-0.0215937;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224436;OID=.;OPOS=23687214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr15 23688944 . A G 972.8 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.841;QD=58.9577;RBI=0.0147718;REFB=0;REVB=-0.00709239;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129765;OID=.;OPOS=23688944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr15 23690543 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.808;QD=35.5759;RBI=0.0307915;REFB=0;REVB=-0.0107356;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241084;OID=.;OPOS=23690543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr15 23811592 . C T 270.54 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00573395;FXX=0.020404;HRUN=5;LEN=1;MLLD=122.097;QD=22.5454;RBI=0.00955848;REFB=0.0116414;REVB=0.00764763;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548052;STB=0.540733;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0188824;OID=.;OPOS=23811592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:22:23:25:25:0.520833:12:13:10:12:12:13:10:13 chr15 23889033 . G T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00765322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.344;QD=16.8979;RBI=0.00907571;REFB=0.00293755;REVB=-0.00487819;RO=9;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437098;STB=0.762054;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00271211;OID=.;OPOS=23889033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:9:1:4:5:9:1:4:5 chr15 23931507 . G A 403.52 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0180122;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.96;QD=32.2819;RBI=0.0182985;REFB=-0.00214218;REVB=0.00322413;RO=16;SAF=15;SAR=18;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646947;STB=0.525532;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00205107;OID=.;OPOS=23931507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:17:33:33:0.66:18:15:9:7:18:15:9:8 chr15 24921649 . T C 134.16 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0870002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.095;QD=9.41487;RBI=0.0871926;REFB=0.000408727;REVB=-0.00579045;RO=38;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120153;STB=0.584171;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00111991;OID=.;OPOS=24921649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:38:39:18:18:0.315789:13:5:14:24:13:5:15:24 chr15 24922230 . C G 340.26 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.845;QD=54.4408;RBI=0.0100882;REFB=0;REVB=0.00792975;RO=0;SAF=2;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34264e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119614;OID=.;OPOS=24922230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:23:2:0:0:23:2:0:0 chr15 24923390 . C T 354.53 PASS AF=0.931034;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0723431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2143;QD=48.8999;RBI=0.0920493;REFB=-0.0136624;REVB=0.056917;RO=2;SAF=8;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280356;STB=0.512811;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0136401;OID=.;OPOS=24923390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:29:2:2:25:27:0.931034:17:8:1:1:18:9:1:1 chr15 24924663 . T C 240.09 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0147557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.695;QD=15.2438;RBI=0.0210956;REFB=-0.0171306;REVB=-0.0150762;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413564;STB=0.503988;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0183253;OID=.;OPOS=24924663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:35:28:28:0.444444:16:12:16:18:15:13:16:19 chr15 24924729 . T C 258.18 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0116037;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.498;QD=22.9497;RBI=0.0121969;REFB=-0.00377752;REVB=-0.00375724;RO=21;SAF=18;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218993;STB=0.623266;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00305988;OID=.;OPOS=24924729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:6:18:11:10:6:18:11:10 chr15 24925133 . T G 178.51 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0243917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7036;QD=22.3132;RBI=0.0459504;REFB=0.0271299;REVB=0.0389421;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155953;STB=0.610988;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00871597;OID=.;OPOS=24925133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:14:17:18:0.5625:10:7:9:6:11:7:9:5 chr15 25307562 . A G 893.31 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.045;QD=57.6329;RBI=0.0286616;REFB=0;REVB=0.00173596;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60628e-05;OID=.;OPOS=25307562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:32:28:0:0:33:29:0:0 chr15 25330550 . T A 456.01 PASS AF=0.706897;AO=41;DP=58;FAO=41;FDP=58;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0159012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.823;QD=31.4487;RBI=0.0174494;REFB=-0.0230039;REVB=0.00718565;RO=17;SAF=14;SAR=27;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755106;STB=0.540963;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00933998;OID=.;OPOS=25330550;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:17:17:41:41:0.706897:27:14:8:9:27:14:8:9 chr15 25924539 . T C 884.92 PASS AF=0.440909;AO=92;DP=215;FAO=97;FDP=220;FR=.;FRO=123;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=56;FSRR=67;FWDB=0.0167068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.892;QD=16.0894;RBI=0.0455979;REFB=-0.00878397;REVB=0.0424271;RO=123;SAF=47;SAR=45;SRF=56;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056997;STB=0.522126;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0131045;OID=.;OPOS=25924539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:220:123:123:92:97:0.440909:45:47:56:67:49:48:56:67 chr15 25926179 . C T 447.12 PASS AF=0.46;AO=45;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0119342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.986;QD=17.8849;RBI=0.0157946;REFB=-0.00758354;REVB=-0.0103461;RO=53;SAF=17;SAR=28;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148512;STB=0.582553;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.015471;OID=.;OPOS=25926179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:54:45:46:0.46:28:17:28:25:29:17:28:26 chr15 25926186 . G A 394.2 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0218202;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.899;QD=17.1392;RBI=0.023943;REFB=0.00159508;REVB=-0.00985621;RO=51;SAF=17;SAR=24;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950485;STB=0.553325;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00167266;OID=.;OPOS=25926186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:24:17:26:25:24:17:26:25 chr15 25940212 . C T 54.85 PASS AF=0.12;AO=12;DP=100;FAO=12;FDP=100;FR=.;FRO=88;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=-0.0198745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.102;QD=2.19417;RBI=0.0430764;REFB=-0.00774622;REVB=-0.0382175;RO=82;SAF=1;SAR=11;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488499;STB=0.854837;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0899799;OID=.;OPOS=25940212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:100:100:82:88:12:12:0.12:11:1:34:48:11:1:34:54 chr15 25961964 . A G 1071.16 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00690106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.573;QD=59.5091;RBI=0.0185694;REFB=0;REVB=0.0172394;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130399;OID=.;OPOS=25961964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:35:36:0:0:36:36:0:0 chr15 26063160 . CTTA C 288.93 PASS AF=0.442308;AO=43;DP=102;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00768415;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=3;MLLD=207.692;QD=11.1125;RBI=0.00851514;REFB=-0.0102979;REVB=-0.00366899;RO=56;SAF=24;SAR=19;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228161;STB=0.52985;STBP=0.587;TYPE=del;VARB=0.0127949;OID=.;OPOS=26063161;OREF=TTA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442308:43:102:46:104:58:27:19:31:27:99:56:24:19:30:26 chr15 26327370 . A G 193.6 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0438013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8793;QD=10.1897;RBI=0.0687331;REFB=0.00224521;REVB=0.0529687;RO=50;SAF=16;SAR=9;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956618;STB=0.563824;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00242625;OID=.;OPOS=26327370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:51:25:25:0.328947:9:16:28:22:9:16:28:23 chr15 26327375 . C T 205.8 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0213079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.436;QD=10.8314;RBI=0.022747;REFB=-0.00349115;REVB=0.00796245;RO=50;SAF=16;SAR=10;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877239;STB=0.551108;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00928007;OID=.;OPOS=26327375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:10:16:27:23:10:16:27:23 chr15 26327466 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.245;QD=58.2392;RBI=0.050086;REFB=0;REVB=-0.0478293;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.8591e-05;OID=.;OPOS=26327466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr15 27128254 . A G 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00702149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.305;QD=22.1441;RBI=0.0326361;REFB=-0.0282249;REVB=0.0318718;RO=13;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736839;STB=0.541616;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0189683;OID=.;OPOS=27128254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:4:13:9:4:4:13:9:4 chr15 27182357 . T C 293.44 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0183386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.614;QD=17.784;RBI=0.0184266;REFB=-0.001747;REVB=-0.00179866;RO=34;SAF=21;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148111;STB=0.569233;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00201061;OID=.;OPOS=27182357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:31:32:0.484848:10:21:18:16:11:21:18:16 chr15 27184435 . C T 342.82 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.0334195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2195;QD=21.4261;RBI=0.0334381;REFB=0.0139731;REVB=0.00111338;RO=28;SAF=6;SAR=29;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418098;STB=0.500785;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0158406;OID=.;OPOS=27184435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:29:35:35:0.546875:29:6:4:24:29:6:5:24 chr15 27184482 . C T 213.51 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=-0.0188417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.452;QD=16.1139;RBI=0.0237825;REFB=-0.0137677;REVB=-0.014512;RO=29;SAF=6;SAR=18;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106734;STB=0.559953;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0141063;OID=.;OPOS=27184482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:18:6:5:24:18:6:5:24 chr15 27184517 . G A 133.55 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0125906;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.071;QD=14.839;RBI=0.0310866;REFB=-0.00640374;REVB=0.0284228;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00964467;STB=0.517218;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0089043;OID=.;OPOS=27184517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:22:21:15:15:0.416667:9:6:9:13:9:6:9:12 chr15 27188459 . C T 301.07 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0138767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.648;QD=25.0891;RBI=0.0240211;REFB=-0.00981609;REVB=0.0196074;RO=21;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130188;STB=0.572263;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00804587;OID=.;OPOS=27188459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:11:16:9:12:11:16:9:12 chr15 27193332 . G A 457.53 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.00737971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0759;QD=20.5629;RBI=0.0200566;REFB=0.0153187;REVB=0.0186496;RO=44;SAF=14;SAR=31;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164225;STB=0.509087;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.0135889;OID=.;OPOS=27193332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:31:14:13:31:31:14:13:31 chr15 27516740 . GAGTC G 79.05 PASS AF=0.22;AO=10;DP=51;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0161672;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=4;MLLD=366.753;QD=6.32439;RBI=0.0177044;REFB=-0.00457101;REVB=0.00721578;RO=39;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258796;STB=0.62344;STBP=0.39;TYPE=del;VARB=0.0126536;OID=.;OPOS=27516741;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22:10:51:11:50:39:6:5:15:24:79:39:6:4:15:24 chr15 27772676 . C T 797.16 PASS AF=0.551471;AO=75;DP=136;FAO=75;FDP=136;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.00878902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.504;QD=23.446;RBI=0.0142171;REFB=-0.00216935;REVB=0.0111749;RO=61;SAF=33;SAR=42;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136232;STB=0.574423;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00164589;OID=.;OPOS=27772676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:61:61:75:75:0.551471:42:33:37:24:42:33:37:24 chr15 28090173 . C T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.473;QD=63.195;RBI=0.0297524;REFB=0;REVB=0.0195602;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31008e-05;OID=.;OPOS=28090173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:49:43:0:0:49:43:0:0 chr15 28171294 . T G 158.58 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0356462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7114;QD=18.6563;RBI=0.0947021;REFB=0.00320967;REVB=0.0877373;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327623;STB=0.654357;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00393135;OID=.;OPOS=28171294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:17:16:17:0.5:4:12:7:10:5:12:7:10 chr15 28231793 . T C 901.44 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112359;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.228;QD=57.2343;RBI=0.062601;REFB=-0.0010109;REVB=0.0615844;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.000210166;OID=.;OPOS=28231793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:0:1:62:62:0.984127:30:32:0:0:30:32:0:1 chr15 28235773 . C T 398.8 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00882262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.369;QD=20.9894;RBI=0.0114853;REFB=-0.00890192;REVB=-0.00735351;RO=36;SAF=22;SAR=18;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102266;STB=0.556424;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00883436;OID=.;OPOS=28235773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:18:22:24:12:18:22:24:12 chr15 28362459 . G A 542.19 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530038;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.957;QD=60.2433;RBI=0.0581352;REFB=0;REVB=0.023881;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344732;OID=.;OPOS=28362459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr15 28414665 . T C 1231.6 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0309858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1952;QD=60.0778;RBI=0.051689;REFB=-0.00925801;REVB=0.0413719;RO=1;SAF=40;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116896;STB=0.506171;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000373961;OID=.;OPOS=28414665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:80:81:0.987805:40:40:1:0:41:40:1:0 chr15 28419746 . G A 181.26 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.015917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.856;QD=9.41583;RBI=0.017677;REFB=-0.0163155;REVB=-0.00768934;RO=52;SAF=10;SAR=14;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141534;STB=0.589558;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0191192;OID=.;OPOS=28419746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:53:24:24:0.311688:14:10:28:24:14:10:29:24 chr15 28422609 . C T 421.35 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00764793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.301;QD=23.4082;RBI=0.00855914;REFB=-0.00365814;REVB=-0.00384294;RO=31;SAF=12;SAR=29;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191945;STB=0.605916;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0063202;OID=.;OPOS=28422609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:29:12:16:15:29:12:16:15 chr15 28502279 . A G 277.28 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0106041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.343;QD=18.4852;RBI=0.0132164;REFB=-0.0178354;REVB=-0.00788829;RO=30;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177618;STB=0.599054;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0156098;OID=.;OPOS=28502279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:13:17:11:19:13:17:11:19 chr15 28517436 . T C 498.51 PASS AF=0.45;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0205107;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.45;QD=16.6171;RBI=0.0217281;REFB=-0.0011334;REVB=-0.00717073;RO=61;SAF=29;SAR=25;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058835;STB=0.537023;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000883251;OID=.;OPOS=28517436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:61:66:54:54:0.45:25:29:29:32:25:29:31:35 chr15 28517454 . G T 485.31 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0256867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.033;QD=16.4511;RBI=0.0296329;REFB=-0.0159085;REVB=-0.0147752;RO=65;SAF=29;SAR=24;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694131;STB=0.538743;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0211048;OID=.;OPOS=28517454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:65:53:53:0.449153:24:29:31:34:24:29:31:34 chr15 29034198 . C T 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0164114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.826;QD=21.5108;RBI=0.017196;REFB=-0.0118724;REVB=0.00513489;RO=15;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648528;STB=0.536544;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.014737;OID=.;OPOS=29034198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:11:7:7:8:11:7:7:8 chr15 29394009 . C T 187.36 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00801492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.198;QD=14.6949;RBI=0.0163748;REFB=-0.0133541;REVB=-0.0142792;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153116;STB=0.517225;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0232974;OID=.;OPOS=29394009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:12:9:12:17:12:9:12:18 chr15 29415560 . G A 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0221038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.975;QD=15.6185;RBI=0.0248121;REFB=0.00545262;REVB=0.0112721;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457137;STB=0.526287;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00901981;OID=.;OPOS=29415560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:15:10:8:10:15:10 chr15 29415698 . A G 1230.94 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681826;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.775;QD=61.5468;RBI=0.015522;REFB=0;REVB=0.0139443;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26001e-05;OID=.;OPOS=29415698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr15 29416901 . A G 185.14 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=42;FWDB=-0.00706402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7613;QD=10.2853;RBI=0.0225528;REFB=-0.0328756;REVB=-0.0214179;RO=48;SAF=8;SAR=16;SRF=6;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307692;STB=0.674304;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0409969;OID=.;OPOS=29416901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:16:8:6:42:16:8:6:42 chr15 29418520 . C T 128.44 PASS AF=0.32;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0278291;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4967;QD=10.2752;RBI=0.0410059;REFB=-0.016071;REVB=-0.0301169;RO=33;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932131;STB=0.546816;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0535749;OID=.;OPOS=29418520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:33:34:16:16:0.32:6:10:18:15:6:10:19:15 chr15 29418573 . AT GC 120.25 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00167821;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.757;QD=11.4528;RBI=0.0670773;REFB=-0.0141078;REVB=-0.0670563;RO=27;SAF=9;SAR=3;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139465;STB=0.50846;STBP=0.98;TYPE=mnp;VARB=0.0332823;OID=.;OPOS=29418573;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:42:42:27:27:12:12:0.285714:3:9:20:7:3:9:20:7 chr15 29421014 . G C 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0335787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.952;QD=5.21455;RBI=0.0491987;REFB=-0.00516827;REVB=-0.035958;RO=31;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426399;STB=0.768679;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0190992;OID=.;OPOS=29421014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:3:5:8:23:3:5:8:23 chr15 29421054 . C T 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.00564167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.12;QD=3.64933;RBI=0.0115398;REFB=-0.00494251;REVB=-0.0100667;RO=31;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346837;STB=0.729126;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0288282;OID=.;OPOS=29421054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:3:3:7:24:3:3:7:24 chr15 29544656 . T C 108.62 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0019054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.136;QD=13.577;RBI=0.0303913;REFB=-0.0139287;REVB=-0.0303316;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656314;STB=0.538402;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.017844;OID=.;OPOS=29544656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:10:9:7:6:10:9 chr15 29996472 . G A 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0128598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.984;QD=19.577;RBI=0.0258872;REFB=-0.00415281;REVB=0.0224672;RO=31;SAF=20;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230368;STB=0.512813;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00350728;OID=.;OPOS=29996472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:13:20:18:13:13:20:18:13 chr15 30008856 . C A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.814;QD=64.414;RBI=0.038065;REFB=0;REVB=0.0281633;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018014;OID=.;OPOS=30008856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr15 30008889 . G A 902.89 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0319005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.087;QD=56.4304;RBI=0.0348316;REFB=-0.121529;REVB=-0.0139856;RO=1;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145288;STB=0.50769;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000954155;OID=.;OPOS=30008889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:32:31:0:1:32:31:0:1 chr15 30664453 . C T 650.94 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8897;QD=61.9947;RBI=0.062104;REFB=0;REVB=0.0520753;RO=0;SAF=6;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112968;OID=.;OPOS=30664453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:36:6:0:0:36:6:0:0 chr15 31197564 . G A 517.69 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0475882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6989;QD=54.4935;RBI=0.0497227;REFB=-0.0232595;REVB=-0.0144121;RO=2;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519265;STB=0.527762;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00966274;OID=.;OPOS=31197564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:17:19:0:2:17:19:0:2 chr15 31222820 . T C 562.69 PASS AF=0.495726;AO=57;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=-0.00724987;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0852;QD=19.2371;RBI=0.0531098;REFB=-0.0151371;REVB=0.0526126;RO=55;SAF=18;SAR=39;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025917;STB=0.506847;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0184038;OID=.;OPOS=31222820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:59:57:58:0.495726:39:18:16:39:40:18:19:40 chr15 31229420 . T C 1373.7 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350721;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4011;QD=61.7392;RBI=0.069482;REFB=0;REVB=0.0599808;RO=1;SAF=44;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106475;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000824239;OID=.;OPOS=31229420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:1:0:87:89:1:43:44:1:0:43:46:0:0 chr15 31231190 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.901;QD=57.6803;RBI=0.0217654;REFB=0;REVB=-0.0216734;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013743;OID=.;OPOS=31231190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr15 31267147 . C T 773.96 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.774;QD=63.1805;RBI=0.0119984;REFB=0;REVB=-0.00867459;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282215;OID=.;OPOS=31267147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:15:33:0:0:15:34:0:0 chr15 31330280 . A G 1835.83 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158319;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.768;QD=60.6887;RBI=0.019576;REFB=-0.0592285;REVB=0.011514;RO=1;SAF=67;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887818;STB=0.504672;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000183238;OID=.;OPOS=31330280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:53:67:0:1:53:67:0:1 chr15 31342744 . C T 1363.2 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0364705;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.547;QD=61.2676;RBI=0.0618847;REFB=-0.0956582;REVB=-0.0499961;RO=1;SAF=38;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123069;STB=0.506492;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000399482;OID=.;OPOS=31342744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:50:38:1:0:50:38:1:0 chr15 31362351 . GC G,GT 562.23 PASS AF=0.0789474,0.921053;AO=5,32;DP=37;FAO=3,35;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467884,0.0434096;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=249.291,267.137;QD=59.1825;RBI=0.0495909,0.0496683;REFB=0,0;REVB=0.0164348,0.0241359;RO=0;SAF=5,15;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0077617,6.58869e-05;OID=.,.;OPOS=31362352,31362352;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0789474,0.921053:5,32:37:3,35:38:0:2,18:1,17:0:0:9:0:5,15:0,17:0:0 chr15 31369123 . A G 1353.93 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1969;QD=62.2495;RBI=0.0656796;REFB=0;REVB=0.0154821;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451133;OID=.;OPOS=31369123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:38:48:0:0:38:49:0:0 chr15 31793930 . A G 301.47 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0190526;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.489;QD=16.5189;RBI=0.0219257;REFB=-0.0169649;REVB=-0.0108507;RO=40;SAF=19;SAR=14;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242834;STB=0.513644;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0238658;OID=.;OPOS=31793930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:14:19:24:16:14:19:24:16 chr15 33010412 . G A 450.79 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234553;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.4704;QD=58.1667;RBI=0.0875079;REFB=0;REVB=0.0843059;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134866;OID=.;OPOS=33010412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr15 33010736 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.93;QD=40.7629;RBI=0.053281;REFB=0;REVB=0.0319059;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663969;OID=.;OPOS=33010736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr15 33023670 . C T 738.98 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4543;QD=54.7395;RBI=0.0525086;REFB=-0.0282607;REVB=0.0470304;RO=1;SAF=20;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229721;STB=0.51219;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0016019;OID=.;OPOS=33023670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:33:20:1:0:33:20:1:0 chr15 33023685 . A C 885.58 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4181;QD=58.0706;RBI=0.0459774;REFB=0;REVB=-0.00721506;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173271;OID=.;OPOS=33023685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:35:25:0:0:35:26:0:0 chr15 33023951 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.871;QD=55.097;RBI=0.0495289;REFB=0;REVB=0.031525;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749866;OID=.;OPOS=33023951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr15 33023985 . A G 391.5 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0606184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5078;QD=50.516;RBI=0.0946579;REFB=-0.196984;REVB=0.0727016;RO=2;SAF=21;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423286;STB=0.522712;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0198304;OID=.;OPOS=33023985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:8:21:2:0:8:21:2:0 chr15 33024567 . C T 171.82 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.0680144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9891;QD=22.1708;RBI=0.0753094;REFB=-0.00494669;REVB=-0.032335;RO=13;SAF=13;SAR=4;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304346;STB=0.666523;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00280629;OID=.;OPOS=33024567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:17:18:0.580645:4:13:13:0:5:13:13:0 chr15 33024767 . A G 506.77 PASS AF=0.594937;AO=46;DP=78;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0292681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.956;QD=25.6594;RBI=0.0353309;REFB=-0.0387982;REVB=0.0197902;RO=32;SAF=19;SAR=27;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158878;STB=0.589595;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0246142;OID=.;OPOS=33024767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:32:32:46:47:0.594937:27:19:20:12:28:19:20:12 chr15 33025627 . C T 145.81 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00174604;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.82;QD=15.3487;RBI=0.0129711;REFB=-0.00524608;REVB=-0.012853;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158357;STB=0.536378;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00912098;OID=.;OPOS=33025627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:22:16:16:0.421053:7:9:11:8:7:9:11:11 chr15 33026667 . A T 188.67 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.032947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6173;QD=29.0256;RBI=0.0576841;REFB=-0.0364114;REVB=-0.0473493;RO=8;SAF=14;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26728;STB=0.649303;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0142273;OID=.;OPOS=33026667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:4:14:3:5:4:14:3:5 chr15 33191023 . A G 191.97 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.000345031;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.686;QD=13.4712;RBI=0.0237408;REFB=-0.0144562;REVB=-0.0237383;RO=33;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11387;STB=0.556526;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0130956;OID=.;OPOS=33191023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:33:34:23:23:0.403509:10:13:15:18:10:13:16:18 chr15 33261232 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.00407875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.25;QD=10.0336;RBI=0.00407875;REFB=-0.0211964;REVB=0;RO=7;SAF=5;SAR=0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0369573;OID=.;OPOS=33261232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:0:5:7:0:0:5:7:0 chr15 33261250 . T C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00294404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.314;QD=18.0503;RBI=0.00294404;REFB=0.0149795;REVB=0;RO=8;SAF=10;SAR=0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00565053;OID=.;OPOS=33261250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:0:10:8:0:0:10:8:0 chr15 33357262 . A G 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.000469059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.367;QD=15.7383;RBI=0.0124999;REFB=0.000930327;REVB=0.0124911;RO=36;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148123;STB=0.583725;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00115445;OID=.;OPOS=33357262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:18:11:19:17:18:11:19:17 chr15 33359370 . C T 280.92 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.00450247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.866;QD=14.4064;RBI=0.00747489;REFB=-0.0170389;REVB=0.00596672;RO=46;SAF=11;SAR=20;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112326;STB=0.556033;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0291304;OID=.;OPOS=33359370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:46:46:31:32:0.410256:20:11:12:34:21:11:12:34 chr15 33359574 . C A 885.24 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1201;QD=58.0483;RBI=0.107664;REFB=0;REVB=-0.00523363;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904671;OID=.;OPOS=33359574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr15 33381000 . A T 322.85 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00272068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.74;QD=19.2743;RBI=0.0601152;REFB=0.000418847;REVB=0.0600536;RO=33;SAF=22;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149101;STB=0.583131;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-2.39888e-05;OID=.;OPOS=33381000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:12:22:16:17:12:22:16:17 chr15 33446258 . G A 372.04 PASS AF=0.5;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0271503;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7359;QD=19.0787;RBI=0.0434548;REFB=-0.0236423;REVB=0.033929;RO=38;SAF=10;SAR=28;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14043;STB=0.559968;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0298796;OID=.;OPOS=33446258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:38:39:38:39:0.5:28:10:15:23:28:11:15:24 chr15 33446311 . G C 400.65 PASS AF=0.526316;AO=41;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.00396958;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.695;QD=21.0867;RBI=0.00620016;REFB=-0.0164616;REVB=0.00476282;RO=35;SAF=7;SAR=34;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416937;STB=0.561288;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0111473;OID=.;OPOS=33446311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:36:41:40:0.526316:34:7:7:28:34:6:8:28 chr15 33446344 . T C 254.32 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=31;FWDB=0.00506389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.404;QD=15.4134;RBI=0.0145267;REFB=-0.00982748;REVB=-0.0136155;RO=37;SAF=7;SAR=22;SRF=6;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115422;STB=0.564647;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0162539;OID=.;OPOS=33446344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:22:7:6:31:22:7:6:31 chr15 33840414 . A G 235.94 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0191845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2605;QD=13.4825;RBI=0.0348684;REFB=-0.0055863;REVB=-0.0291163;RO=41;SAF=19;SAR=9;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255512;STB=0.639898;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0284155;OID=.;OPOS=33840414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:42:28:28:0.4:9:19:18:23:9:19:19:23 chr15 33936540 . A G 437.33 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0128412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8206;QD=24.296;RBI=0.0130271;REFB=2.94725e-05;REVB=0.00219336;RO=30;SAF=11;SAR=31;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126115;STB=0.569454;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.000147583;OID=.;OPOS=33936540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:30:42:42:0.583333:31:11:12:18:31:11:12:18 chr15 33954652 . C T 979.79 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0455007;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.213;QD=57.6349;RBI=0.103754;REFB=-0.0804267;REVB=0.0932452;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000875455;OID=.;OPOS=33954652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:0:1:67:67:0.985294:26:41:0:0:26:41:1:0 chr15 34014753 . T C 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5385;QD=56.9986;RBI=0.0366934;REFB=0;REVB=0.0172516;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132105;OID=.;OPOS=34014753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr15 34014913 . C T 225.0 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0107693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.416;QD=19.9998;RBI=0.0110987;REFB=-0.0328295;REVB=-0.00268409;RO=21;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610948;STB=0.565349;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0249331;OID=.;OPOS=34014913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:23:22:22:0.488889:7:15:13:8:7:15:13:10 chr15 34016274 . G A 705.11 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0140165;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.426;QD=58.7593;RBI=0.0154319;REFB=-0.0413828;REVB=0.00645603;RO=2;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347981;STB=0.518511;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000172234;OID=.;OPOS=34016274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:48:2:2:46:46:0.958333:26:20:0:2:26:20:0:2 chr15 34032131 . G A 274.85 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=0.0029049;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.338;QD=15.2693;RBI=0.00767571;REFB=-0.00242521;REVB=-0.00710479;RO=41;SAF=8;SAR=23;SRF=8;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871918;STB=0.54899;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00175384;OID=.;OPOS=34032131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:41:41:31:31:0.430556:23:8:8:33:23:8:8:33 chr15 34113536 . A G 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.169;QD=56.9977;RBI=0.0121472;REFB=0;REVB=0.00494576;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88818e-05;OID=.;OPOS=34113536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr15 34158529 . G C 179.68 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00700092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9839;QD=15.6246;RBI=0.0280926;REFB=-0.00487857;REVB=-0.0272062;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120822;STB=0.569404;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00785963;OID=.;OPOS=34158529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:10:9:16:11:10:9:16:11 chr15 34168116 . C G 217.05 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.0805547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.997;QD=13.3567;RBI=0.100131;REFB=-0.00643796;REVB=0.0594741;RO=37;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335087;STB=0.685584;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0107909;OID=.;OPOS=34168116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:39:26:26:0.4:11:15:9:28:11:15:10:29 chr15 34356988 . G A 768.3 PASS AF=1;AO=51;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412566;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.11;QD=56.9109;RBI=0.048292;REFB=0;REVB=0.0481154;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41902e-05;OID=.;OPOS=34356988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:51:54:1:27:24:0:0:30:24:0:0 chr15 34357259 . T A 427.87 PASS AF=0.864865;AO=32;DP=37;FAO=32;FDP=37;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0388039;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.393;QD=46.2556;RBI=0.0388126;REFB=-0.0788372;REVB=-0.000822015;RO=4;SAF=12;SAR=20;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273288;STB=0.531895;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00263319;OID=.;OPOS=34357259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:37:37:4:5:32:32:0.864865:20:12:2:2:20:12:3:2 chr15 34522985 . C G 1263.93 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.454;QD=61.6549;RBI=0.05188;REFB=0;REVB=0.0515873;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238394;OID=.;OPOS=34522985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr15 34524995 . G T 1209.16 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.627;QD=61.2231;RBI=0.0235993;REFB=0;REVB=-0.00920803;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24801e-05;OID=.;OPOS=34524995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:79:0:0:75:79:1:39:36:0:0:41:38:0:0 chr15 34525035 . T C 917.33 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.02081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8986;QD=53.9605;RBI=0.0452044;REFB=-0.0406756;REVB=-0.0401296;RO=3;SAF=32;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132402;STB=0.507015;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00706468;OID=.;OPOS=34525035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:3:3:65:65:0.955882:33:32:1:2:33:32:1:2 chr15 34528948 . G A 720.28 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0532742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8285;QD=54.3609;RBI=0.0551919;REFB=-0.0986968;REVB=0.0144224;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0143776;OID=.;OPOS=34528948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:23:29:0:1:23:29:0:1 chr15 34640218 . C T 837.23 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0387718;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.7;QD=54.0146;RBI=0.05503;REFB=-0.00237347;REVB=0.0390519;RO=2;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00157582;STB=0.500538;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000167753;OID=.;OPOS=34640218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:2:2:59:60:0.967742:31:28:1:1:31:29:1:1 chr15 34640378 . T C 282.63 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.546;QD=51.3864;RBI=0.0374833;REFB=0;REVB=0.0241917;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717826;OID=.;OPOS=34640378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:15:6:0:0:16:6:0:0 chr15 34647837 . AG A,GA 55.44 PASS AF=0.40625,0;AO=13,2;DP=32;FAO=13,0;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7,0;FSAR=6,0;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.182228,-0.0333054;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=9.84834,145.5;QD=6.92939;RBI=0.184661,0.0508392;REFB=-0.138442,0.000328183;REVB=0.0298792,-0.0384105;RO=15;SAF=9,0;SAR=4,2;SRF=2;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0.461538,0;SSSB=0.485812,-0.427206;STB=0.66015,0.5;STBP=0.192,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.167099,0;OID=.,.;OPOS=34647838,34647837;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:32:32:15:19:13,2:13,0:0.40625,0:4,2:9,0:2:13:6,0:7,0:5:14 chr15 34648935 . G T 501.19 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00550544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.319;QD=58.964;RBI=0.0111774;REFB=0;REVB=0.00972755;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68939e-05;OID=.;OPOS=34648935;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr15 34649631 . G A 1477.35 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0023853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.61;QD=62.2042;RBI=0.0643641;REFB=-0.120263;REVB=0.0643199;RO=1;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854356;STB=0.504504;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000519623;OID=.;OPOS=34649631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:55:39:0:1:55:39:0:1 chr15 35080931 . T A,C 786.38 PASS AF=0.0535714,0.946429;AO=3,53;DP=56;FAO=3,53;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,35;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00660795,-0.00447327;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.561,262.21;QD=56.1699;RBI=0.0261139,0.0262426;REFB=0,0;REVB=0.025264,0.0258585;RO=0;SAF=1,35;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0488228,-0.00166268;OID=.,.;OPOS=35080931,35080931;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:56:56:0:0:3,53:3,53:0.0535714,0.946429:2,18:1,35:0:0:2,18:1,35:0:0 chr15 35149008 . C T 1175.11 PASS AF=0.864078;AO=89;DP=106;FAO=89;FDP=103;FR=.;FRO=14;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0100966;FXX=0.0282992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.372;QD=45.6354;RBI=0.0117314;REFB=-0.00335172;REVB=-0.00597365;RO=14;SAF=38;SAR=51;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183226;STB=0.509723;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.000328125;OID=.;OPOS=35149008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:106:103:14:14:89:89:0.864078:51:38:5:9:51:38:5:9 chr15 35149009 . G T 37.4 PASS AF=0.0925926;AO=10;DP=108;FAO=10;FDP=108;FR=.;FRO=98;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.00620883;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.384;QD=1.38525;RBI=0.0351674;REFB=-0.0116471;REVB=-0.0346149;RO=98;SAF=1;SAR=9;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452326;STB=0.868929;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.089324;OID=.;OPOS=35149009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:108:108:98:98:10:10:0.0925926:9:1:45:53:9:1:45:53 chr15 35230934 . A ATAGT,T 60.15 PASS AF=0.241379,0.0689655;AO=6,3;DP=29;FAO=7,2;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3,2;FSAR=4,0;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0166106,-0.013184;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=215.191,189.795;QD=8.29708;RBI=0.0189134,0.0144889;REFB=0.000641922,-0.00187583;REVB=0.00904469,0.0060094;RO=19;SAF=2,3;SAR=4,0;SRF=5;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0961294,0.700525;STB=0.599733,0.996379;STBP=0.612,0.046;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00409746,0.00780879;OID=.,.;OPOS=35230935,35230934;OREF=-,A;OALT=TAGT,T;OMAPALT=ATAGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:29:29:19:20:6,3:7,2:0.241379,0.0689655:4,0:2,3:5:14:4,0:3,2:6:14 chr15 35256624 . C G 211.9 PASS AF=0.382353;AO=24;DP=67;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0133042;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.184;QD=12.4649;RBI=0.0271432;REFB=8.26635e-05;REVB=-0.0236591;RO=42;SAF=14;SAR=10;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134129;STB=0.50347;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.000317825;OID=.;OPOS=35256624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:42:42:24:26:0.382353:10:14:24:18:11:15:24:18 chr15 35270904 . AG A 35.79 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0104695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9485;QD=6.22467;RBI=0.140513;REFB=-0.0377906;REVB=-0.140122;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404914;STB=0.755997;STBP=0.201;TYPE=del;VARB=0.0191695;OID=.;OPOS=35270905;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087:6:23:6:23:17:4:2:5:12:35:17:4:2:5:12 chr15 35273620 . C T 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0384102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.355;QD=26.3128;RBI=0.0422252;REFB=-0.00490309;REVB=-0.0175392;RO=12;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214162;STB=0.617543;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00218213;OID=.;OPOS=35273620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:13:7:1:11:13:7:1:11 chr15 35665765 . G C 534.57 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0408198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6068;QD=23.4975;RBI=0.0416144;REFB=-0.0134063;REVB=0.00809351;RO=41;SAF=31;SAR=19;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111487;STB=0.561315;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0120163;OID=.;OPOS=35665765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:19:31:20:21:19:31:20:21 chr15 35747033 . GA AG,G 79.62 PASS AF=0,0.336735;AO=7,29;DP=96;FAO=0,33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=0,23;FSAR=0,10;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.139026,-0.164251;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=15.76,7.48778;QD=3.24993;RBI=0.16018,0.266614;REFB=-0.0343675,-0.0809223;REVB=0.079557,0.210012;RO=48;SAF=7,22;SAR=0,7;SRF=19;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.691698,0.405904;STB=0.5,0.623187;STBP=1,0.079;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0648057,0.0910845;OID=.,.;OPOS=35747033,35747034;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:79:96:98:48:65:7,29:0,33:0,0.336735:0,7:7,22:19:29:0,10:0,23:34:31 chr15 36946303 . C G 531.07 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=140;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.0290696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.789;QD=15.1735;RBI=0.0293545;REFB=-0.0310425;REVB=0.0040797;RO=81;SAF=23;SAR=35;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381694;STB=0.525704;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0358572;OID=.;OPOS=36946303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:81:82:58:58:0.414286:35:23:35:46:35:23:36:46 chr15 36983962 . T C 306.94 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0062846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.605;QD=18.0551;RBI=0.00655;REFB=-0.0183997;REVB=-0.00184563;RO=35;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108763;STB=0.501347;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0199455;OID=.;OPOS=36983962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:35:32:33:0.485294:17:15:16:19:18:15:16:19 chr15 37173267 . G A 1305.47 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112801;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7707;QD=62.1652;RBI=0.0363209;REFB=0;REVB=-0.0345248;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01919e-05;OID=.;OPOS=37173267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr15 37183609 . CT C 211.41 PASS AF=0.62585;AO=67;DP=148;FAO=92;FDP=147;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.193906;FXX=0.0199987;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.93444;QD=5.75259;RBI=0.195917;REFB=-0.115098;REVB=-0.0279934;RO=52;SAF=27;SAR=40;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170105;STB=0.543397;STBP=0.215;TYPE=del;VARB=0.102848;OID=.;OPOS=37183610;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.62585:67:148:92:147:55:38:54:29:26:99:52:27:40:32:20 chr15 37343040 . C G 191.46 PASS AF=0.465116;AO=18;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0103758;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0136;QD=17.8103;RBI=0.0479954;REFB=-0.0142336;REVB=-0.0468604;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194092;STB=0.611001;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0265113;OID=.;OPOS=37343040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:18:20:0.465116:11:7:13:9:12:8:14:9 chr15 38233869 . T C 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.709;QD=56.9369;RBI=0.0157937;REFB=0;REVB=0.0151126;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35975e-05;OID=.;OPOS=38233869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr15 38614525 . G A 1065.93 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.756;QD=59.2182;RBI=0.00486691;REFB=0;REVB=-0.00335953;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17229e-05;OID=.;OPOS=38614525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:72:0:0:67:72:1:38:29:0:0:40:32:0:0 chr15 38643574 . T C 787.04 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00853891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.78;QD=55.2309;RBI=0.0185934;REFB=-0.153978;REVB=0.0165167;RO=1;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129193;STB=0.506847;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00112329;OID=.;OPOS=38643574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:36:20:0:1:36:20:0:1 chr15 38794566 . A G 268.33 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0291637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7505;QD=13.939;RBI=0.0291875;REFB=-0.00523804;REVB=0.00117935;RO=46;SAF=21;SAR=10;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103636;STB=0.559189;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0110037;OID=.;OPOS=38794566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:10:21:27:19:10:21:27:19 chr15 39545032 . T G 1069.05 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.611;QD=58.578;RBI=0.0402266;REFB=-0.127635;REVB=0.0320516;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119732;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476979;OID=.;OPOS=39545032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:73:73:1:0:72:73:1:39:33:0:1:40:33:0:0 chr15 39545268 . G A 689.3 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00105475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.12;QD=62.6633;RBI=0.0303585;REFB=0;REVB=0.0303402;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189768;OID=.;OPOS=39545268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr15 39889144 . A C 337.03 PASS AF=0.406593;AO=36;DP=90;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0279829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6821;QD=14.8144;RBI=0.0394544;REFB=-0.0107588;REVB=0.0278138;RO=53;SAF=14;SAR=22;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338858;STB=0.516859;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00632517;OID=.;OPOS=39889144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:53:54:36:37:0.406593:22:14:19:34:23:14:19:35 chr15 40226495 . T C 822.83 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472265;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.637;QD=57.7425;RBI=0.0203203;REFB=0;REVB=0.0197639;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177797;OID=.;OPOS=40226495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr15 40259848 . A C 1070.22 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398774;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.239;QD=60.2941;RBI=0.0421918;REFB=0;REVB=0.0137818;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000984593;OID=.;OPOS=40259848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:71:71:1:43:28:0:0:43:28:0:0 chr15 40265799 . A G 740.53 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0177676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8016;QD=59.2426;RBI=0.0497162;REFB=0.0448982;REVB=-0.0464328;RO=2;SAF=3;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123313;STB=0.566007;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00333287;OID=.;OPOS=40265799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:45:3:1:1:45:3:1:1 chr15 40327207 . ATCTTT A 585.22 PASS AF=0.442177;AO=61;DP=151;FAO=65;FDP=147;FR=.;FRO=82;FSAF=49;FSAR=16;FSRF=59;FSRR=23;FWDB=0.012061;FXX=0.0328926;HRUN=1;LEN=5;MLLD=179.988;QD=15.9244;RBI=0.0314403;REFB=-0.0105682;REVB=0.0290349;RO=60;SAF=47;SAR=14;SRF=48;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384371;STB=0.525136;STBP=0.656;TYPE=del;VARB=0.0140348;OID=.;OPOS=40327208;OREF=TCTTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442177:61:151:65:147:82:49:16:59:23:99:60:47:14:48:12 chr15 40327290 . A G 1293.36 PASS AF=0.505837;AO=129;DP=255;FAO=130;FDP=257;FR=.;FRO=127;FSAF=77;FSAR=53;FSRF=67;FSRR=60;FWDB=0.00387363;FXX=0.00387582;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.939;QD=20.1301;RBI=0.00477079;REFB=-0.0140229;REVB=-0.00278486;RO=125;SAF=76;SAR=53;SRF=65;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633077;STB=0.53272;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0167893;OID=.;OPOS=40327290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:257:125:127:129:130:0.505837:53:76:65:60:53:77:67:60 chr15 40327301 . G A 1373.5 PASS AF=0.533865;AO=133;DP=254;FAO=134;FDP=251;FR=.;FRO=117;FSAF=77;FSAR=57;FSRF=64;FSRR=53;FWDB=-0.0228154;FXX=0.0156857;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9897;QD=21.8885;RBI=0.0596791;REFB=-0.00699479;REVB=-0.0551457;RO=117;SAF=77;SAR=56;SRF=64;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279416;STB=0.513114;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00799243;OID=.;OPOS=40327301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:251:117:117:133:134:0.533865:56:77:64:53:57:77:64:53 chr15 40327793 . CCTG C 259.59 PASS AF=0.283019;AO=59;DP=211;FAO=60;FDP=212;FR=.;FRO=152;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=83;FSRR=69;FWDB=-0.00564402;FXX=0.0139528;HRUN=2;LEN=3;MLLD=306.887;QD=4.89794;RBI=0.022999;REFB=-0.00977112;REVB=-0.0222957;RO=115;SAF=26;SAR=33;SRF=73;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220906;STB=0.592446;STBP=0.093;TYPE=del;VARB=0.0281659;OID=.;OPOS=40327794;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283019:59:211:60:212:152:25:35:83:69:99:115:26:33:73:42 chr15 40328575 . G C 1339.7 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.937;QD=62.3116;RBI=0.0675529;REFB=0;REVB=0.0426537;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169975;OID=.;OPOS=40328575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:44:42:0:0:44:42:0:0 chr15 40328665 . G A 101.35 PASS AF=0.25;AO=15;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=-0.00424671;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.374;QD=6.33438;RBI=0.0131876;REFB=-0.0167901;REVB=-0.0124852;RO=42;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215272;STB=0.605144;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0556206;OID=.;OPOS=40328665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:48:15:16:0.25:10:5:8:34:10:6:12:36 chr15 40330564 . C T 584.28 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00503714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.7926;QD=54.352;RBI=0.0531227;REFB=-0.10794;REVB=-0.0528834;RO=2;SAF=15;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585022;STB=0.545431;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00392318;OID=.;OPOS=40330564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:43:43:2:3:40:40:0.930233:25:15:2:0:25:15:3:0 chr15 40383332 . G A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0171022;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.559;QD=20.3167;RBI=0.025842;REFB=-0.013772;REVB=-0.0193732;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252917;STB=0.514271;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0126727;OID=.;OPOS=40383332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:9:10:10:8:9:10:10:8 chr15 40383347 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.837;QD=60.9786;RBI=0.0273818;REFB=0;REVB=0.0201932;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40937e-05;OID=.;OPOS=40383347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr15 40383779 . A C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.883;QD=59.4357;RBI=0.00308747;REFB=0;REVB=0.00173607;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00395e-06;OID=.;OPOS=40383779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr15 40426913 . C A 351.26 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0147024;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.227;QD=17.7852;RBI=0.0187232;REFB=-0.00286392;REVB=-0.011593;RO=42;SAF=17;SAR=20;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612098;STB=0.534228;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00315891;OID=.;OPOS=40426913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:42:42:37:37:0.468354:20:17:22:20:20:17:22:20 chr15 40477831 . G A 343.22 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00977906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6452;QD=18.8063;RBI=0.0347178;REFB=0.0191898;REVB=0.0333121;RO=37;SAF=15;SAR=21;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137528;STB=0.576616;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0141888;OID=.;OPOS=40477831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:21:15:21:16:21:15:21:16 chr15 40488851 . G A 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00465511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.198;QD=24.1061;RBI=0.0183985;REFB=-0.0218232;REVB=0.0177998;RO=19;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508788;STB=0.528279;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0135415;OID=.;OPOS=40488851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:9:15:13:6:9:15:13:6 chr15 40558087 . G A 280.59 PASS AF=0.476923;AO=25;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.013608;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.196;QD=17.2669;RBI=0.027229;REFB=-0.065336;REVB=-0.0235848;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124224;STB=0.53606;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0337081;OID=.;OPOS=40558087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:34:25:31:0.476923:14:11:8:18:18:13:12:22 chr15 40564576 . C T 123.09 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0418067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.762;QD=16.4125;RBI=0.0443841;REFB=-0.0114103;REVB=-0.0149046;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228988;STB=0.645891;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0160471;OID=.;OPOS=40564576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:16:13:14:0.466667:9:4:2:14:9:5:2:14 chr15 40568685 . A T 265.03 PASS AF=0.441176;AO=29;DP=67;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.022415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.651;QD=15.5901;RBI=0.0224658;REFB=-0.0165562;REVB=0.0015108;RO=37;SAF=16;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159072;STB=0.525675;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0211607;OID=.;OPOS=40568685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:37:38:29:30:0.441176:13:16:21:16:14:16:22:16 chr15 40573675 . G T 553.26 PASS AF=0.617284;AO=50;DP=81;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00289597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.139;QD=27.3213;RBI=0.00726596;REFB=-0.0419574;REVB=0.0066639;RO=29;SAF=20;SAR=30;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0096735;STB=0.505153;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0269254;OID=.;OPOS=40573675;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:29:31:50:50:0.617284:30:20:12:17:30:20:12:19 chr15 40573716 . A G 1250.09 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00525623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.51;QD=60.2451;RBI=0.0185;REFB=-0.0589549;REVB=-0.0177376;RO=1;SAF=31;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150302;STB=0.507935;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000275175;OID=.;OPOS=40573716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:51:31:1:0:51:31:1:0 chr15 40581543 . T C 338.68 PASS AF=0.4625;AO=35;DP=78;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.000906998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.802;QD=16.9338;RBI=0.00218238;REFB=-0.0204342;REVB=0.00198497;RO=42;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369928;STB=0.513506;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0241207;OID=.;OPOS=40581543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:42:43:35:37:0.4625:18:17:22:20:19:18:22:21 chr15 40583876 . T G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00453791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4935;QD=54.5164;RBI=0.0662794;REFB=0;REVB=0.0661239;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080163;OID=.;OPOS=40583876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr15 40589002 . A G 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00483326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.531;QD=17.0948;RBI=0.00998562;REFB=0.0102759;REVB=-0.00873797;RO=39;SAF=19;SAR=16;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020202;STB=0.509858;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0102412;OID=.;OPOS=40589002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:41:35:35:0.460526:16:19:22:17:16:19:23:18 chr15 40590134 . G A 677.61 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0162258;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.848;QD=60.2318;RBI=0.0212631;REFB=-0.0236641;REVB=0.013742;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184086;STB=0.509799;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000922484;OID=.;OPOS=40590134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:42:44:0.977778:17:25:1:0:19:25:1:0 chr15 40630073 . G A 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00828901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.804;QD=21.0076;RBI=0.0116932;REFB=-0.00238879;REVB=-0.00824764;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140662;STB=0.579531;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00602352;OID=.;OPOS=40630073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:13:6:8:9:13:6:8:9 chr15 40655845 . C G 130.4 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0549559;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.772;QD=43.4661;RBI=0.0957538;REFB=0;REVB=-0.0784132;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00695273;OID=.;OPOS=40655845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr15 40655873 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0092;QD=45.8066;RBI=0.0464155;REFB=0;REVB=-0.0217648;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0018701;OID=.;OPOS=40655873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr15 40660192 . C T 172.39 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0337996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.344;QD=26.5207;RBI=0.0398775;REFB=-0.0481731;REVB=0.0211615;RO=8;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897335;STB=0.573371;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0160065;OID=.;OPOS=40660192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:26:26:8:9:17:17:0.653846:11:6:4:4:11:6:5:4 chr15 40675155 . C A 251.62 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0209599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8767;QD=17.0593;RBI=0.0221025;REFB=-0.0323107;REVB=0.00701468;RO=31;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191746;STB=0.608115;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0885076;OID=.;OPOS=40675155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:19:9:16:15:19:9:16:15 chr15 40675443 . G T 68.87 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0454559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8026;QD=15.3047;RBI=0.0456948;REFB=-0.052218;REVB=-0.00466701;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112036;STB=0.565081;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0424991;OID=.;OPOS=40675443;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:2:7:6:3:2:7 chr15 40675493 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0129075;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=225.817;QD=17.2298;RBI=0.0135439;REFB=-0.0153687;REVB=0.00410278;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17296;STB=0.599771;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0119367;OID=.;OPOS=40675493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:1:5:5:3:1:5 chr15 40683702 . A G 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0050635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.834;QD=19.5227;RBI=0.00547344;REFB=-0.0132153;REVB=0.00207835;RO=11;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406348;STB=0.744344;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0173536;OID=.;OPOS=40683702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:10:4:9:2:10:4:10:2 chr15 40750740 . A G 248.07 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0485864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7237;QD=16.538;RBI=0.132482;REFB=-0.0247765;REVB=-0.123251;RO=31;SAF=23;SAR=5;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230337;STB=0.62575;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0269648;OID=.;OPOS=40750740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:31:32:28:28:0.466667:5:23:20:11:5:23:21:11 chr15 40751555 . C A 183.64 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0235743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.411;QD=17.9163;RBI=0.0440154;REFB=-0.0157838;REVB=0.03717;RO=22;SAF=14;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121947;STB=0.536701;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0251647;OID=.;OPOS=40751555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:22:18:19:0.463415:4:14:15:7:5:14:15:7 chr15 40849408 . C T 440.81 PASS AF=0.6;AO=43;DP=71;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0233354;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2075;QD=25.1892;RBI=0.0984935;REFB=-0.00561391;REVB=-0.0956893;RO=28;SAF=32;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149702;STB=0.594546;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00179928;OID=.;OPOS=40849408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:28:28:43:42:0.6:11:32:16:12:10:32:16:12 chr15 40856989 . C T 385.54 PASS AF=0.966667;AO=27;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217864;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.891;QD=51.4056;RBI=0.0262052;REFB=0.145991;REVB=-0.0145624;RO=2;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00237327;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.000235234;OID=.;OPOS=40856989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:30:2:1:27:29:0.966667:14:13:1:1:15:14:1:0 chr15 40886015 . C T 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0189177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.285;QD=19.3861;RBI=0.0190435;REFB=-0.00805925;REVB=-0.00218576;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668974;STB=0.537859;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00693116;OID=.;OPOS=40886015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:11:10:11:9:11:10 chr15 40886017 . C T 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00133961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.439;QD=19.3853;RBI=0.0400021;REFB=-0.000419519;REVB=-0.0399797;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668974;STB=0.537859;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=4.9966e-05;OID=.;OPOS=40886017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:11:10:11:9:11:10 chr15 40886020 . C G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0192179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.223;QD=18.8286;RBI=0.0596335;REFB=-0.00582271;REVB=-0.0564519;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881007;STB=0.54995;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00517245;OID=.;OPOS=40886020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:11:9:12:10:11:9:12:10 chr15 40898643 . G C 221.73 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00787852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.33;QD=12.3182;RBI=0.00816527;REFB=-0.0102101;REVB=0.00214486;RO=45;SAF=9;SAR=18;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267634;STB=0.65409;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.018256;OID=.;OPOS=40898643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:18:9:26:19:18:9:26:19 chr15 40903684 . A G 507.98 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0179741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.369;QD=16.7928;RBI=0.0228094;REFB=-0.00364554;REVB=-0.0140428;RO=65;SAF=26;SAR=29;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00409145;STB=0.506624;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00552999;OID=.;OPOS=40903684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:66:55:55:0.454545:29:26:31:34:29:26:32:34 chr15 40913840 . G T 446.07 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0118385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4024;QD=20.7476;RBI=0.0175922;REFB=0.000701877;REVB=-0.013013;RO=42;SAF=22;SAR=22;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000651557;OID=.;OPOS=40913840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:22:22:21:21:22:22:21:21 chr15 40914177 . T C 84.77 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0131115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.808;QD=10.9381;RBI=0.0140046;REFB=-0.00604929;REVB=0.00492129;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596839;STB=0.53565;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0117998;OID=.;OPOS=40914177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:5:6:12:8:5:6:12:8 chr15 40914772 . C T 99.25 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00697894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.787;QD=14.7037;RBI=0.0547333;REFB=-0.0224175;REVB=-0.0542866;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692817;STB=0.540471;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0344222;OID=.;OPOS=40914772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:9:6:4:8:9:6 chr15 40915045 . T G 147.64 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.011186;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.915;QD=24.6069;RBI=0.0354421;REFB=-0.048825;REVB=-0.0336305;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901393;STB=0.550495;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0307562;OID=.;OPOS=40915045;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:24:24:9:9:15:15:0.625:8:7:3:6:8:7:3:6 chr15 40915894 . T C 267.37 PASS AF=0.5;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00392105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8475;QD=18.4396;RBI=0.00830514;REFB=-0.0156799;REVB=0.00732126;RO=29;SAF=16;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233684;STB=0.618912;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0221104;OID=.;OPOS=40915894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:29:28:29:0.5:12:16:9:20:13:16:9:20 chr15 41036410 . G T 289.22 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0267383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5554;QD=13.9383;RBI=0.0424766;REFB=-0.00301363;REVB=-0.0330049;RO=50;SAF=16;SAR=17;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142785;STB=0.581043;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00790624;OID=.;OPOS=41036410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:17:16:31:19:17:16:31:19 chr15 41063244 . C T 179.82 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266955;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.097;QD=47.9531;RBI=0.125653;REFB=0;REVB=-0.125624;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000569831;OID=.;OPOS=41063244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:1:14:0:0:1:14:0:0 chr15 41105926 . T G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0059178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.04;QD=57.2025;RBI=0.0135376;REFB=0;REVB=0.0121756;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9901e-05;OID=.;OPOS=41105926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr15 41148199 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00624427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.781;QD=59.8391;RBI=0.0242709;REFB=0;REVB=-0.0234539;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111733;OID=.;OPOS=41148199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr15 41149161 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.887;QD=50.4135;RBI=0.0249961;REFB=0;REVB=0.0144452;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105746;OID=.;OPOS=41149161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr15 41271718 . C T 1974.53 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273351;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.706;QD=61.7042;RBI=0.0255179;REFB=0;REVB=0.025371;RO=0;SAF=69;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010129;OID=.;OPOS=41271718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:128:0:0:122:128:1:53:69:0:0:56:72:0:0 chr15 41313210 . GGC G,GG 219.66 PASS AF=0,0.627119;AO=10,23;DP=62;FAO=0,37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=0,21;FSAR=0,16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0386069,0.138702;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=14.4637,11.9565;QD=14.8925;RBI=0.175784,0.140179;REFB=-0.0300779,-0.151619;REVB=-0.171492,0.0202961;RO=24;SAF=2,18;SAR=8,5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0.475325,0;SSEP=0.309218,0.445161;SSSB=-0.338027,0.335125;STB=0.5,0.542412;STBP=1,0.38;TYPE=del,del;VARB=-0.0266589,0.127793;OID=.,.;OPOS=41313211,41313212;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.627119:10,23:62:0,37:59:22:0,21:0,16:10:12:54:24:2,18:8,5:11:13 chr15 41476209 . T C 1035.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453985;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.683;QD=59.164;RBI=0.00696929;REFB=0;REVB=-0.00528779;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170487;OID=.;OPOS=41476209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:39:30:0:0:39:31:0:0 chr15 41672302 . G A 203.0 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00647124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.883;QD=21.9455;RBI=0.0108358;REFB=-0.0295065;REVB=-0.00869125;RO=17;SAF=3;SAR=17;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310058;STB=0.677084;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0244895;OID=.;OPOS=41672302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:17:3:7:10:17:3:7:10 chr15 41805237 . C T 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00142305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.495;QD=10.2403;RBI=0.0109327;REFB=0.00234436;REVB=-0.0108397;RO=17;SAF=8;SAR=2;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398764;STB=0.510617;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.00436567;OID=.;OPOS=41805237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:17:19:10:10:0.344828:2:8:14:3:2:8:15:4 chr15 41815516 . G C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.088;QD=61.3756;RBI=0.0560267;REFB=0;REVB=0.023093;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114853;OID=.;OPOS=41815516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:50:30:0:0:50:30:0:0 chr15 41819716 . C T 709.9 PASS AF=0.571429;AO=68;DP=119;FAO=68;FDP=119;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0269729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8324;QD=23.8622;RBI=0.0310515;REFB=-0.0295149;REVB=0.0153837;RO=51;SAF=29;SAR=39;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112019;STB=0.561133;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0131084;OID=.;OPOS=41819716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:51:51:68:68:0.571429:39:29:29:22:39:29:29:22 chr15 41820200 . C T 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.013307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.466;QD=10.4387;RBI=0.0223972;REFB=-0.00949844;REVB=0.0180155;RO=27;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268377;STB=0.516104;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0281831;OID=.;OPOS=41820200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:5:8:16:11:5:8:16:11 chr15 41821752 . T C 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0198734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6562;QD=18.1185;RBI=0.031257;REFB=0.00656238;REVB=-0.0241257;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035158;STB=0.519978;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00640971;OID=.;OPOS=41821752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:6:12:14:6:6:12:14:6 chr15 41857303 . T C 184.82 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0338943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.589;QD=18.4824;RBI=0.0343648;REFB=0.00794617;REVB=-0.00566679;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035222;STB=0.519979;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00584958;OID=.;OPOS=41857303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:7:12:14:7:7:12:14:7 chr15 41991315 . A T 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000433352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4571;QD=61.6771;RBI=0.0101306;REFB=0;REVB=-0.0101213;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.14916e-05;OID=.;OPOS=41991315;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr15 42003316 . G A 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00622677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.475;QD=18.7122;RBI=0.0335732;REFB=-0.0100171;REVB=-0.0329907;RO=19;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220745;STB=0.626712;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.015588;OID=.;OPOS=42003316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:14:4:8:11:14:4:8:11 chr15 42026764 . C T 1525.28 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0284183;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.411;QD=62.2562;RBI=0.0292474;REFB=-0.0952205;REVB=0.00691437;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.504949;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000212456;OID=.;OPOS=42026764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:0:1:96:97:0.989796:50:46:0:0:50:47:0:1 chr15 42032383 . C G 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0118613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.202;QD=18.0095;RBI=0.0143697;REFB=-0.0125033;REVB=-0.00811158;RO=38;SAF=21;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143231;STB=0.580064;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0183442;OID=.;OPOS=42032383;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:14:21:17:21:14:21:17:21 chr15 42041712 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.73;QD=39.2068;RBI=0.0633643;REFB=0;REVB=0.0356103;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000879694;OID=.;OPOS=42041712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr15 42109223 . T C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00406598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.075;QD=17.3211;RBI=0.0134712;REFB=-0.00333901;REVB=-0.0128429;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459956;STB=0.526283;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00227895;OID=.;OPOS=42109223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:11:7:7:9:11:7 chr15 42115747 . G C 580.73 PASS AF=0.484127;AO=58;DP=123;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00908237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.539;QD=18.436;RBI=0.00909819;REFB=-0.0187972;REVB=0.00053626;RO=64;SAF=22;SAR=36;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268361;STB=0.502954;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0202711;OID=.;OPOS=42115747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:64:65:58:61:0.484127:36:22:26:38:36:25:27:38 chr15 42119900 . T C 241.83 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0775882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9334;QD=16.9703;RBI=0.0836397;REFB=-0.00681199;REVB=-0.0312357;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297882;STB=0.66655;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00495986;OID=.;OPOS=42119900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:11:16:8:22:11:16:8:22 chr15 42128568 . C G 254.3 PASS AF=0.531915;AO=23;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.019437;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.5576;QD=21.6426;RBI=0.0470076;REFB=-0.0329573;REVB=0.0428009;RO=23;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446302;STB=0.500978;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0301957;OID=.;OPOS=42128568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:22:23:25:0.531915:16:7:8:15:17:8:7:15 chr15 42134097 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00333265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.815;QD=11.1041;RBI=0.023001;REFB=-0.0161488;REVB=0.0227583;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167433;STB=0.510175;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0233067;OID=.;OPOS=42134097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:3:7:5:2:3:7 chr15 42135988 . C T 3208.06 PASS AF=0.963801;AO=212;DP=223;FAO=213;FDP=221;FR=.;FRO=8;FSAF=105;FSAR=108;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0289989;FXX=0.00896821;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.413;QD=58.0644;RBI=0.0539444;REFB=-0.0456276;REVB=0.045487;RO=2;SAF=104;SAR=108;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000168048;STB=0.508798;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000902531;OID=.;OPOS=42135988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:223:221:2:8:212:213:0.963801:108:104:1:1:108:105:2:6 chr15 42138321 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.42;QD=51.9167;RBI=0.00426681;REFB=0;REVB=-0.000235883;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09326e-05;OID=.;OPOS=42138321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr15 42139642 . C T 209.0 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0211011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.649;QD=25.3335;RBI=0.0281879;REFB=-0.051033;REVB=0.0186895;RO=13;SAF=5;SAR=15;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526517;STB=0.529382;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0228589;OID=.;OPOS=42139642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:15:5:4:9:15:5:4:9 chr15 42143533 . T G 248.37 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.057577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8839;QD=13.9927;RBI=0.0576577;REFB=-0.0137748;REVB=-0.00305053;RO=42;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670976;STB=0.538273;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0182664;OID=.;OPOS=42143533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:19:10:17:25:19:10:17:25 chr15 42149472 . T C 1558.8 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00637887;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.554;QD=58.8226;RBI=0.0229895;REFB=0.0440349;REVB=0.0220868;RO=1;SAF=32;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145973;STB=0.507691;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00021162;OID=.;OPOS=42149472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:1:1:105:105:0.990566:73:32:1:0:73:32:1:0 chr15 42149506 . G C 1385.41 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0119151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.912;QD=60.2352;RBI=0.0119156;REFB=-0.140775;REVB=-0.000108954;RO=2;SAF=24;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141463;STB=0.507461;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.000657039;OID=.;OPOS=42149506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:66:24:0:2:66:24:0:2 chr15 42154738 . G A 616.46 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=134;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=54;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=24;FWDB=0.0991704;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5372;QD=18.6806;RBI=0.0999812;REFB=-0.0139244;REVB=0.0127075;RO=69;SAF=54;SAR=9;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295979;STB=0.666605;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0172745;OID=.;OPOS=42154738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:69:69:63:63:0.477273:9:54:45:24:9:54:45:24 chr15 42158373 . G A 480.04 PASS AF=0.434426;AO=53;DP=122;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=51;FWDB=0.00720493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5252;QD=15.7391;RBI=0.0270554;REFB=-0.021156;REVB=0.0260784;RO=66;SAF=16;SAR=37;SRF=18;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349283;STB=0.528122;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0451922;OID=.;OPOS=42158373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:69:53:53:0.434426:37:16:18:48:37:16:18:51 chr15 42166500 . C T 2845.77 PASS AF=1;AO=180;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747601;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.036;QD=62.5443;RBI=0.0678191;REFB=0;REVB=0.0674058;RO=0;SAF=121;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287605;OID=.;OPOS=42166500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:180:182:1:59:121:0:0:61:121:0:0 chr15 42171537 . A G 2565.2 PASS AF=0.994048;AO=166;DP=166;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00157482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.019;QD=61.0762;RBI=0.0406737;REFB=-0.00350401;REVB=0.0406432;RO=0;SAF=96;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.28438e-08;STB=0.503496;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000698502;OID=.;OPOS=42171537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:166:168:0:1:166:167:0.994048:70:96:0:0:71:96:0:1 chr15 42178155 . T C 1926.53 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0432972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6668;QD=60.2042;RBI=0.046866;REFB=-0.144383;REVB=0.017938;RO=0;SAF=73;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43441e-08;STB=0.504586;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00144867;OID=.;OPOS=42178155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:0:1:126:127:0.992188:53:73:0:0:54:73:0:1 chr15 42235316 . C T 388.22 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0150846;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9756;QD=15.0765;RBI=0.0176356;REFB=-0.0125865;REVB=-0.00913607;RO=59;SAF=22;SAR=22;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777453;STB=0.54367;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0162432;OID=.;OPOS=42235316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:59:59:44:44:0.427184:22:22:34:25:22:22:34:25 chr15 42281719 . G A 195.09 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0292099;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1327;QD=16.9643;RBI=0.0302207;REFB=-0.00570908;REVB=-0.00775075;RO=26;SAF=6;SAR=14;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381842;STB=0.717735;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00626523;OID=.;OPOS=42281719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:26:20:20:0.434783:14:6:18:8:14:6:18:8 chr15 42287578 . G A 727.67 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7628;QD=63.2755;RBI=0.030638;REFB=0;REVB=0.0301564;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259499;OID=.;OPOS=42287578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr15 42297112 . GCCCC GCCC,GCCCG 368.74 PASS AF=0.5125,0.025;AO=39,3;DP=81;FAO=41,2;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=24,2;FSAR=17,0;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0355048,0.00444847;FXX=0.0123442;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=20.1409,23.9471;QD=18.4367;RBI=0.0938954,0.0608387;REFB=-0.036158,0.000511366;REVB=0.0869238,0.0606758;RO=38;SAF=24,2;SAR=15,1;SRF=15;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.196655,0.263065;STB=0.585324,0.995672;STBP=0.117,0.105;TYPE=del,snp;VARB=0.0374757,0.045162;OID=.,.;OPOS=42297113,42297116;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5125,0.025:39,3:81:41,2:80:37:24,2:17,0:15:22:99:38:24,2:15,1:15:23 chr15 42371752 . A T 483.04 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.169;QD=58.5498;RBI=0.0239251;REFB=0;REVB=0.0132147;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37572e-05;OID=.;OPOS=42371752;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr15 42373810 . G C 2913.46 PASS AF=0.989362;AO=185;DP=188;FAO=186;FDP=188;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0180506;FXX=0.00529073;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.875;QD=61.9885;RBI=0.0591065;REFB=-0.138575;REVB=0.0562828;RO=2;SAF=93;SAR=92;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102371;STB=0.505319;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000315785;OID=.;OPOS=42373810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:188:188:2:2:185:186:0.989362:92:93:0:2:93:93:0:2 chr15 42377744 . C G 753.14 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.874;QD=62.7618;RBI=0.0653844;REFB=0;REVB=0.0442725;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218218;OID=.;OPOS=42377744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:19:26:0:0:19:29:0:0 chr15 42433802 . A G 1472.08 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.494;QD=63.3152;RBI=0.0270449;REFB=0;REVB=-0.00113799;RO=0;SAF=31;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72668e-05;OID=.;OPOS=42433802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:61:31:0:0:61:32:0:0 chr15 42434254 . G A 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00450037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.427;QD=14.1959;RBI=0.0424606;REFB=0.0093288;REVB=0.0422215;RO=31;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952689;STB=0.546301;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.009202;OID=.;OPOS=42434254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:9:14:16:15:9:14:17:15 chr15 42434837 . T C 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0187064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.987;QD=26.3151;RBI=0.0274299;REFB=-0.0237221;REVB=0.0200617;RO=14;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149856;STB=0.583256;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0238051;OID=.;OPOS=42434837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:8:14:6:8:8:14:6:8 chr15 42553217 . AAT A,AA,AAA 355.56 PASS AF=0,1,0;AO=6,18,4;DP=28;FAO=0,26,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,0;FSAR=0,13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486188,0.0660633,0.0719713;FXX=0;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=291.106,298.025,291.876;QD=54.7013;RBI=0.0486229,0.066065,0.0719783;REFB=0,0,0;REVB=0.000630637,-0.000477808,-0.00100809;RO=0;SAF=5,8,2;SAR=1,10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.18042e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-7.10418e-07,-0.00204225;OID=.,.,.;OPOS=42553218,42553219,42553219;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:6,18,4:28:0,26,0:26:0:0,13,0:0,13,0:0:0:4:0:5,8,2:1,10,2:0:0 chr15 42565588 . C A 351.15 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0213355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.102;QD=23.4097;RBI=0.0219851;REFB=0.00120279;REVB=0.00530449;RO=25;SAF=21;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621669;STB=0.534227;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00116519;OID=.;OPOS=42565588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:14:21:13:12:14:21:13:12 chr15 42568547 . C A,G 775.93 PASS AF=0.0363636,0.963636;AO=3,52;DP=56;FAO=2,53;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20;FSAR=1,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286276,0.00121722;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.7775,152.491;QD=56.4315;RBI=0.0377334,0.00759543;REFB=0,0;REVB=-0.0245819,-0.00749726;RO=0;SAF=2,19;SAR=1,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.0907e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.101232,0.00445354;OID=.,.;OPOS=42568547,42568547;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:55:0:0:3,52:2,53:0.0363636,0.963636:1,33:2,19:0:0:1,33:1,20:0:0 chr15 42570718 . A G 389.49 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.408;QD=55.6417;RBI=0.0818171;REFB=0;REVB=0.0398299;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588707;OID=.;OPOS=42570718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:11:16:0:0:11:17:0:0 chr15 42575963 . A G 710.48 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0879669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.47;QD=54.6525;RBI=0.104231;REFB=-0.21568;REVB=0.0559093;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200325;STB=0.510634;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00282934;OID=.;OPOS=42575963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:23:28:0:1:23:28:0:1 chr15 42579948 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.704;QD=57.1061;RBI=0.0466672;REFB=0;REVB=0.027374;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46156e-05;OID=.;OPOS=42579948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:19:36:0:0:19:36:0:0 chr15 42957532 . T G 385.28 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=53;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0311487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9737;QD=28.5389;RBI=0.035177;REFB=-0.0347283;REVB=0.0163456;RO=17;SAF=20;SAR=16;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153148;STB=0.57373;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0168449;OID=.;OPOS=42957532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:17:18:36:36:0.666667:16:20:5:12:16:20:6:12 chr15 42977526 . A C 95.6 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0338759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1874;QD=11.5885;RBI=0.0341839;REFB=-0.0025963;REVB=0.00457794;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938032;STB=0.555466;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0108815;OID=.;OPOS=42977526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:7:14:7:5:7:14 chr15 42977676 . G A 168.98 PASS AF=0.5;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0193008;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.936;QD=18.7754;RBI=0.0233296;REFB=-0.0128062;REVB=-0.0131054;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161694;STB=0.555495;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0127617;OID=.;OPOS=42977676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:18:17:18:0.5:9:8:10:5:9:9:11:7 chr15 42979146 . A G 463.17 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0639186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0517;QD=21.7963;RBI=0.0642879;REFB=-0.000385691;REVB=0.00688127;RO=40;SAF=18;SAR=27;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439464;STB=0.524261;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.000850988;OID=.;OPOS=42979146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:27:18:18:22:27:18:18:22 chr15 42981022 . A G 556.78 PASS AF=0.541667;AO=51;DP=92;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0142409;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.175;QD=23.1992;RBI=0.0205834;REFB=-0.0261732;REVB=-0.0148619;RO=39;SAF=17;SAR=34;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130007;STB=0.584698;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0193653;OID=.;OPOS=42981022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:39:44:51:52:0.541667:34:17:19:20:34:18:23:21 chr15 42981806 . G A 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0332338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.604;QD=24.1568;RBI=0.0375195;REFB=-0.00143406;REVB=-0.0174135;RO=21;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713279;STB=0.503934;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0010311;OID=.;OPOS=42981806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:16:14:10:11:16:14:10:11 chr15 42982340 . C T 192.39 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.02302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6667;QD=16.0321;RBI=0.0404928;REFB=-0.00253902;REVB=0.0333129;RO=28;SAF=15;SAR=5;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911024;STB=0.552577;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00306949;OID=.;OPOS=42982340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:5:15:19:9:5:15:19:9 chr15 42983923 . A G 275.68 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0520634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5549;QD=18.0775;RBI=0.0600378;REFB=-0.00269215;REVB=0.0298989;RO=31;SAF=14;SAR=15;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149284;STB=0.573722;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0016412;OID=.;OPOS=42983923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:31:29:30:0.491803:15:14:20:11:15:15:20:11 chr15 43017426 . T G 175.56 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0096883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4311;QD=13.7692;RBI=0.0301137;REFB=0.000156679;REVB=-0.0285126;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694126;STB=0.548971;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.000880652;OID=.;OPOS=43017426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:31:20:20:0.392157:10:10:17:13:10:10:18:13 chr15 43021563 . G A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0547401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.467;QD=19.8498;RBI=0.0680502;REFB=-0.043334;REVB=0.0404271;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801109;STB=0.529372;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0226486;OID=.;OPOS=43021563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:9:6:6:6:9:6:6:7 chr15 43023482 . T C 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0127614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.72;QD=19.5769;RBI=0.0179431;REFB=0.0104061;REVB=0.0126135;RO=31;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083309;STB=0.546286;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.0105715;OID=.;OPOS=43023482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:17:16:18:13:17:16:18:13 chr15 43044193 . G A 361.99 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00208252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.73;QD=28.9589;RBI=0.0181649;REFB=-0.00544983;REVB=-0.0180451;RO=19;SAF=22;SAR=9;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230583;STB=0.51265;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00391021;OID=.;OPOS=43044193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:9:22:14:5:9:22:14:5 chr15 43093243 . G A 337.58 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00187146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5465;QD=20.1538;RBI=0.0645972;REFB=-0.0220054;REVB=0.0645701;RO=32;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415942;STB=0.523064;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0221894;OID=.;OPOS=43093243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:18:17:14:18:18:17:14:18 chr15 43170793 . A G 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9152;QD=43.4757;RBI=0.0426042;REFB=0;REVB=0.0384672;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156142;OID=.;OPOS=43170793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr15 43507393 . C T 389.96 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.006176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.012;QD=21.6643;RBI=0.0119901;REFB=-0.0340295;REVB=-0.0102772;RO=32;SAF=21;SAR=18;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183251;STB=0.606712;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.031275;OID=.;OPOS=43507393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:33:39:39:0.541667:18:21:10:22:18:21:10:23 chr15 43512995 . G A 347.52 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=78;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0380612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.189;QD=17.5961;RBI=0.043505;REFB=-0.0254398;REVB=-0.0210721;RO=41;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765403;STB=0.555217;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0528757;OID=.;OPOS=43512995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:41:42:36:37:0.468354:20:16:15:26:20:17:15:27 chr15 43527871 . C T 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0249964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.566;QD=19.7636;RBI=0.0249975;REFB=-0.00358825;REVB=-0.000229683;RO=33;SAF=20;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128548;STB=0.571388;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00391305;OID=.;OPOS=43527871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:15:20:14:19:15:20:14:19 chr15 43531411 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00398206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.112;QD=56.1914;RBI=0.0346188;REFB=0;REVB=0.034389;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121911;OID=.;OPOS=43531411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr15 43533091 . G A 364.63 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00899425;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6966;QD=15.8533;RBI=0.0374024;REFB=0.0114066;REVB=0.0363049;RO=50;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419306;STB=0.538052;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.01613;OID=.;OPOS=43533091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:53:39:39:0.423913:21:18:21:29:21:18:21:32 chr15 43545728 . G A 980.53 PASS AF=0.945205;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0197411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.808;QD=53.7279;RBI=0.0489002;REFB=-0.236562;REVB=0.0447383;RO=4;SAF=49;SAR=20;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856311;STB=0.545441;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00715841;OID=.;OPOS=43545728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:73:73:4:4:69:69:0.945205:20:49:0:4:20:49:0:4 chr15 43568794 . G A 562.94 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0124206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.396;QD=19.5807;RBI=0.0227538;REFB=0.0170684;REVB=0.0190647;RO=57;SAF=30;SAR=28;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873973;STB=0.548176;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0161004;OID=.;OPOS=43568794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:57:58:58:0.504348:28:30:35:22:28:30:35:22 chr15 43571390 . C G 1042.76 PASS AF=0.935897;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.104163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4026;QD=53.475;RBI=0.106618;REFB=-0.158814;REVB=0.0227503;RO=4;SAF=29;SAR=44;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608902;STB=0.539672;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0111926;OID=.;OPOS=43571390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:78:78:4:5:73:73:0.935897:44:29:4:0:44:29:5:0 chr15 43571958 . C A 451.34 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0298459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5735;QD=22.0165;RBI=0.030797;REFB=-0.0259474;REVB=0.0075946;RO=37;SAF=17;SAR=27;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0069936;STB=0.508799;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0235095;OID=.;OPOS=43571958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:37:38:44:44:0.536585:27:17:14:23:27:17:14:24 chr15 43579566 . A G 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.233;QD=59.4312;RBI=0.0130499;REFB=0;REVB=-0.0113715;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33339e-05;OID=.;OPOS=43579566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr15 43579621 . C T 289.42 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0279405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.001;QD=25.7259;RBI=0.0295562;REFB=-5.5528e-05;REVB=0.00963818;RO=19;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112969;STB=0.562453;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000127762;OID=.;OPOS=43579621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:14:12:6:13:14:12:6:13 chr15 43621947 . A G 1499.86 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148348;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.883;QD=58.2469;RBI=0.0241091;REFB=-0.13917;REVB=0.0190047;RO=0;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00010388;OID=.;OPOS=43621947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:102:102:0.990291:44:58:0:0:44:58:0:1 chr15 43622265 . C A 220.1 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00990101;FXX=0.0294031;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.882;QD=26.6788;RBI=0.0191976;REFB=-0.0559934;REVB=0.0164474;RO=8;SAF=14;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313215;STB=0.511616;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.03159;OID=.;OPOS=43622265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:34:33:8:11:20:20:0.606061:6:14:6:2:6:14:8:3 chr15 43632549 . T A,C 731.92 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=2,45;DP=47;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=2,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029677,0.00901862;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.3995,115.877;QD=62.2908;RBI=0.0301895,0.0162054;REFB=0,0;REVB=0.0055392,-0.013464;RO=0;SAF=0,16;SAR=2,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.49331e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0976871,-0.000610581;OID=.,.;OPOS=43632549,43632549;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:47:47:0:0:2,45:2,45:0.0425532,0.957447:2,29:0,16:0:0:2,29:0,16:0:0 chr15 43635247 . A G 189.32 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0155522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.92;QD=13.0568;RBI=0.0169416;REFB=-0.00395264;REVB=0.00671898;RO=35;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142936;STB=0.582019;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0102798;OID=.;OPOS=43635247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:10:13:15:20:10:13:15:20 chr15 43650384 . G A 299.93 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00865561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.581;QD=52.1621;RBI=0.0314166;REFB=0;REVB=0.0302007;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115124;OID=.;OPOS=43650384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:10:11:0:0:12:11:0:0 chr15 43661802 . T C 955.08 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.123;QD=58.7738;RBI=0.0165007;REFB=0;REVB=-0.0163905;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31692e-05;OID=.;OPOS=43661802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:42:22:0:0:42:23:0:0 chr15 43690300 . T C 266.28 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0194268;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.222;QD=18.0529;RBI=0.0310908;REFB=-0.0077345;REVB=-0.0242742;RO=29;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031042;STB=0.526421;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00962419;OID=.;OPOS=43690300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:29:30:29:29:0.491525:16:13:14:15:16:13:15:15 chr15 43724646 . T G 1437.56 PASS AF=0.989247;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0012364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8827;QD=61.8305;RBI=0.00697949;REFB=-0.0312724;REVB=0.0068691;RO=1;SAF=55;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854059;STB=0.504424;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00129324;OID=.;OPOS=43724646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:93:1:1:90:92:0.989247:35:55:1:0:36:56:1:0 chr15 43748304 . A G 492.46 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.948;QD=57.9361;RBI=0.0261356;REFB=0;REVB=0.0170544;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360919;OID=.;OPOS=43748304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:14:19:0:0:14:20:0:0 chr15 43762196 . C T 803.89 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.093;QD=55.4407;RBI=0.0153919;REFB=-0.171378;REVB=5.94304e-05;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000467757;OID=.;OPOS=43762196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:0:1:57:57:0.982759:23:34:0:0:23:34:1:0 chr15 43767774 . G C 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4826;QD=60.222;RBI=0.0739308;REFB=0;REVB=0.064449;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174055;OID=.;OPOS=43767774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr15 43816917 . G A 228.11 PASS AF=0.594595;AO=21;DP=36;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0213632;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.472;QD=24.6601;RBI=0.0382476;REFB=-0.0322099;REVB=0.0317253;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713466;STB=0.513501;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0217509;OID=.;OPOS=43816917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:15:15:21:22:0.594595:10:11:8:7:11:11:8:7 chr15 43817406 . T C 109.23 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0382842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8382;QD=14.0943;RBI=0.038842;REFB=-0.0042808;REVB=-0.00655898;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257155;STB=0.648567;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00858867;OID=.;OPOS=43817406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:6:7:5:13:6:7:5:13 chr15 43831724 . C T 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0170565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.235;QD=15.6508;RBI=0.0578772;REFB=-0.0514297;REVB=-0.0553069;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194315;STB=0.612104;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0464426;OID=.;OPOS=43831724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:6:10:9:12:6:10:9:12 chr15 43891426 . C G 645.2 PASS AF=0.455128;AO=70;DP=155;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.0376345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3018;QD=16.5437;RBI=0.0379022;REFB=-0.0275218;REVB=-0.00449708;RO=85;SAF=37;SAR=33;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224115;STB=0.508313;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.033925;OID=.;OPOS=43891426;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:85:85:70:71:0.455128:33:37:43:42:34:37:43:42 chr15 43893072 . G A 69.9 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0241857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.087;QD=16.4481;RBI=0.0262535;REFB=-0.027866;REVB=0.0102126;RO=7;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226064;STB=0.710535;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0211752;OID=.;OPOS=43893072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:7:8:8:9:0.529412:1:7:5:2:1:8:5:3 chr15 43901551 . C T 358.08 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00571468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.015;QD=31.1378;RBI=0.0137179;REFB=-0.0204893;REVB=0.0124709;RO=16;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212131;STB=0.51162;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0113603;OID=.;OPOS=43901551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:14:16:8:8:14:16:8:8 chr15 44038899 . C T 1079.93 PASS AF=0.9375;AO=75;DP=80;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0220281;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.79;QD=53.9967;RBI=0.0357147;REFB=-0.0328201;REVB=0.0281123;RO=5;SAF=44;SAR=31;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05079;STB=0.526875;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000625355;OID=.;OPOS=44038899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:80:80:5:5:75:75:0.9375:31:44:5:0:31:44:5:0 chr15 44061802 . C T 834.32 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9353;QD=57.5392;RBI=0.0434082;REFB=0;REVB=0.0247511;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.74265e-05;OID=.;OPOS=44061802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr15 44120559 . T G 789.96 PASS AF=1;AO=43;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.917;QD=56.4256;RBI=0.0460342;REFB=0;REVB=0.0371022;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190595;OID=.;OPOS=44120559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:43:56:1:18:25:0:0:29:27:0:0 chr15 44120560 . C G 86.98 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0190399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3918;QD=6.21284;RBI=0.0245509;REFB=-0.0673067;REVB=0.0154994;RO=43;SAF=2;SAR=11;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532808;STB=0.83609;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0642393;OID=.;OPOS=44120560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:56:56:43:43:13:13:0.232143:11:2:25:18:11:2:25:18 chr15 44943757 . A G 391.59 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0169193;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=308.16;QD=24.8626;RBI=0.0173438;REFB=-0.00729906;REVB=-0.00381347;RO=25;SAF=26;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244041;STB=0.634074;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00550766;OID=.;OPOS=44943757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:12:26:9:16:12:26:9:16 chr15 44966389 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9363;QD=48.7356;RBI=0.0264242;REFB=0;REVB=-0.0125017;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237467;OID=.;OPOS=44966389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr15 45047402 . A G 267.23 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0036983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2844;QD=21.8149;RBI=0.0174024;REFB=0.00100753;REVB=0.0170049;RO=23;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142568;STB=0.590092;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00228436;OID=.;OPOS=45047402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:15:10:13:10:15:10:14:10 chr15 45048651 . C T 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0146888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.682;QD=25.4286;RBI=0.0155734;REFB=-0.030231;REVB=0.00517396;RO=15;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00686416;STB=0.503813;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.020474;OID=.;OPOS=45048651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:13:9:6:9:13:9:6:9 chr15 45392075 . G A 1036.94 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4715;QD=58.4192;RBI=0.0797957;REFB=0;REVB=0.0624111;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205032;OID=.;OPOS=45392075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:71:0:0:70:71:1:29:41:0:0:30:41:0:0 chr15 45400358 . C G 595.12 PASS AF=1;AO=29;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336158;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=200.271;QD=61.038;RBI=0.0548901;REFB=0;REVB=0.0433924;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18921e-05;OID=.;OPOS=45400358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:29:39:1:12:17:0:0:13:26:0:0 chr15 45404066 . G A 1385.06 PASS AF=0.957895;AO=91;DP=95;FAO=91;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0283571;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.949;QD=58.3184;RBI=0.0306136;REFB=-0.147211;REVB=0.0115355;RO=3;SAF=52;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146593;STB=0.503067;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.000580053;OID=.;OPOS=45404066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:95:95:3:4:91:91:0.957895:39:52:1:2:39:52:2:2 chr15 45408414 . C G 671.19 PASS AF=1;AO=16;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000512222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3757;QD=63.923;RBI=0.284156;REFB=0;REVB=0.284156;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00436604;OID=.;OPOS=45408414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:16:42:1:2:14:0:0:27:15:0:0 chr15 45408933 . T C 757.87 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.436;QD=61.8667;RBI=0.0534767;REFB=-0.065508;REVB=0.0270319;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000856205;OID=.;OPOS=45408933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:28:21:0:0 chr15 45444133 . T C 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0137511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.126;QD=16.0767;RBI=0.0261034;REFB=-0.0372342;REVB=-0.0221877;RO=43;SAF=17;SAR=17;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1039;STB=0.558408;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0342245;OID=.;OPOS=45444133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:17:17:26:17:17:17:26:17 chr15 45444518 . A G 356.79 PASS AF=0.625;AO=33;DP=54;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0413293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.612;QD=25.4848;RBI=0.0429075;REFB=-0.00585968;REVB=0.0115301;RO=21;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738631;STB=0.539384;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0028231;OID=.;OPOS=45444518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:21:21:33:35:0.625:16:17:13:8:17:18:13:8 chr15 45446156 . C T 178.94 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00380103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.638;QD=14.3151;RBI=0.0174251;REFB=-0.00583962;REVB=0.0170055;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187564;STB=0.589198;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0137361;OID=.;OPOS=45446156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:30:19:20:0.4:11:8:18:12:11:9:18:12 chr15 45453032 . T C 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0376227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.696;QD=20.4363;RBI=0.037623;REFB=-0.0262152;REVB=0.000143903;RO=26;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240909;STB=0.634055;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0240682;OID=.;OPOS=45453032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:20:10:16:10:20:10:16:10 chr15 45457458 . G T 652.44 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=126;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0471695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5626;QD=20.7123;RBI=0.050298;REFB=-0.013782;REVB=0.0174622;RO=60;SAF=40;SAR=25;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593083;STB=0.529253;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0130837;OID=.;OPOS=45457458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:60:61:65:65:0.515873:25:40:33:27:25:40:34:27 chr15 45457519 . T G 461.83 PASS AF=0.440678;AO=50;DP=116;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0259074;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6352;QD=15.6553;RBI=0.0403784;REFB=-0.0410385;REVB=0.0309713;RO=58;SAF=21;SAR=29;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446373;STB=0.551885;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.033604;OID=.;OPOS=45457519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:58:66:50:52:0.440678:29:21:27:31:30:22:34:32 chr15 45467523 . GGCCCCC GCCCC,GGCCCCG,GGCCCC,GGCCCTC 56.5 PASS AF=0.205128,0,0,0.0512821;AO=5,2,5,2;DP=44;FAO=8,0,0,2;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4,0,0,2;FSAR=4,0,0,0;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.085577,-0.083058,-0.249607,-0.0591518;FXX=0.0249938;HRUN=5,5,5,5;LEN=2,1,1,1;MLLD=24.1436,152.344,13.7637,209.273;QD=5.79438;RBI=0.0888835,0.0830583,0.256627,0.0597054;REFB=-0.0641666,-0.00703541,-0.0789196,-0.00502158;REVB=0.0240179,0.000230703,0.0596135,-0.00811135;RO=22;SAF=1,0,5,2;SAR=4,2,0,0;SRF=10;SRR=12;SSEN=0.555556,0,0.364532,0;SSEP=0,0,0.305263,0;SSSB=-0.32522,-0.47972,0.692133,0.518239;STB=0.51348,0.5,0.5,0.994882;STBP=0.928,1,1,0.181;TYPE=del,snp,del,snp;VARB=0.148147,0,0.0461577,0.108863;OID=.,.,.,.;OPOS=45467524,45467529,45467525,45467528;OREF=GC,C,C,C;OALT=-,G,-,T;OMAPALT=GCCCC,GGCCCCG,GGCCCC,GGCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205128,0,0,0.0512821:5,2,5,2:44:8,0,0,2:39:29:4,0,0,2:4,0,0,0:14:15:41:22:1,0,5,2:4,2,0,0:10:12 chr15 45467540 . C G 688.64 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0660835;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.284;QD=58.6073;RBI=0.0815184;REFB=-0.105586;REVB=0.0477308;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191734;STB=0.519991;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000434724;OID=.;OPOS=45467540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:46:47:1:2:44:45:0.957447:24:20:0:1:24:21:0:2 chr15 45470476 . G A 313.91 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0208981;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.004;QD=35.8755;RBI=0.0210477;REFB=-0.0260612;REVB=-0.00250544;RO=9;SAF=13;SAR=13;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785839;STB=0.542824;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0117259;OID=.;OPOS=45470476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:35:35:9:9:26:26:0.742857:13:13:6:3:13:13:6:3 chr15 45545478 . C T 115.85 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0064453;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.169;QD=10.5316;RBI=0.0150383;REFB=-0.000113337;REVB=-0.0135871;RO=29;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269295;STB=0.531205;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00018528;OID=.;OPOS=45545478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:29:30:14:14:0.318182:5:9:18:11:5:9:18:12 chr15 45554267 . C A 290.32 PASS AF=0.377778;AO=33;DP=89;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0222955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.957;QD=12.9033;RBI=0.0223975;REFB=-0.000140532;REVB=0.00213462;RO=56;SAF=12;SAR=21;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134045;STB=0.514885;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=4.30142e-05;OID=.;OPOS=45554267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:56:56:33:34:0.377778:21:12:21:35:22:12:21:35 chr15 45653707 . T C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00419535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.674;QD=12.1823;RBI=0.0215776;REFB=-0.0112775;REVB=-0.0211658;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430131;STB=0.758071;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.019771;OID=.;OPOS=45653707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:2:8:6:9:2:8:6:9 chr15 45654327 . A G 449.37 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0219195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8222;QD=18.921;RBI=0.0253983;REFB=0.0116489;REVB=0.0128299;RO=50;SAF=30;SAR=15;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127866;STB=0.571396;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0110937;OID=.;OPOS=45654327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:15:30:27:23:15:30:27:23 chr15 45661678 . T A 618.61 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=130;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00553365;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.896;QD=19.1817;RBI=0.00584765;REFB=-0.0077827;REVB=-0.00189045;RO=66;SAF=35;SAR=28;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796247;STB=0.544027;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00860963;OID=.;OPOS=45661678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:66:66:63:63:0.488372:28:35:31:35:28:35:31:35 chr15 45695695 . G A 788.82 PASS AF=0.528169;AO=75;DP=142;FAO=75;FDP=142;FR=.;FRO=67;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0231633;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4325;QD=22.2203;RBI=0.0433486;REFB=-0.0214506;REVB=0.0366411;RO=67;SAF=40;SAR=35;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086313;STB=0.547316;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0164206;OID=.;OPOS=45695695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:67:67:75:75:0.528169:35:40:29:38:35:40:29:38 chr15 45779810 . G A 218.23 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0454978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.408;QD=11.4859;RBI=0.0457906;REFB=-0.00148297;REVB=0.00517006;RO=48;SAF=13;SAR=14;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256983;STB=0.507807;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00230683;OID=.;OPOS=45779810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:48:49:27:27:0.355263:14:13:22:26:14:13:23:26 chr15 48053229 . C A 762.75 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0778742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2525;QD=62.2653;RBI=0.0794983;REFB=0;REVB=0.0159874;RO=2;SAF=19;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00761039;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102492;OID=.;OPOS=48053229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:2:0:47:49:1:28:19:1:1:29:20:0:0 chr15 48058071 . G A 667.44 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00950684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.377;QD=62.0873;RBI=0.0357626;REFB=0;REVB=0.0344759;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110743;OID=.;OPOS=48058071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:13:30:0:0:13:30:0:0 chr15 48063076 . T C 2182.6 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136581;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.273;QD=63.2638;RBI=0.0173088;REFB=0;REVB=0.0106326;RO=0;SAF=70;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68848e-05;OID=.;OPOS=48063076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:68:70:0:0:68:70:0:0 chr15 48426484 . A G 771.21 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00230037;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.149;QD=57.1263;RBI=0.0110079;REFB=0;REVB=0.0107649;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52906e-05;OID=.;OPOS=48426484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:38:16:0:0:38:16:0:0 chr15 48443699 . T C 727.74 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9376;QD=63.2819;RBI=0.0354391;REFB=0;REVB=-0.0170718;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000554089;OID=.;OPOS=48443699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:23:23:0:0 chr15 48460927 . C T 1933.56 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.722;QD=61.874;RBI=0.0436601;REFB=0;REVB=-0.0312915;RO=0;SAF=48;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.44953e-05;OID=.;OPOS=48460927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:77:48:0:0:77:48:0:0 chr15 48470298 . C G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.076584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.153;QD=8.81095;RBI=0.0796461;REFB=-0.0145401;REVB=-0.0218721;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447794;STB=0.764069;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0274254;OID=.;OPOS=48470298;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:1:10:3:3:1:10 chr15 48493620 . G A 398.68 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.00833072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.558;QD=14.367;RBI=0.0119278;REFB=-0.00277758;REVB=-0.00853652;RO=65;SAF=23;SAR=23;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104047;STB=0.558533;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00438037;OID=.;OPOS=48493620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:65:46:46:0.414414:23:23:39:26:23:23:39:26 chr15 48495508 . C T 152.83 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00324743;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.847;QD=13.0067;RBI=0.00532458;REFB=-0.00763147;REVB=0.00421964;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803418;STB=0.556894;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0167483;OID=.;OPOS=48495508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:31:30:17:17:0.361702:7:10:16:15:7:10:15:15 chr15 48539174 . C T 457.57 PASS AF=0.505618;AO=43;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.00785542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.706;QD=20.5649;RBI=0.047855;REFB=-0.0315574;REVB=0.0472059;RO=44;SAF=20;SAR=23;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195928;STB=0.594984;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0331101;OID=.;OPOS=48539174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:43:45:0.505618:23:20:30:14:23:22:30:14 chr15 48539587 . T C 1016.89 PASS AF=1;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328511;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6088;QD=59.8169;RBI=0.0179898;REFB=0;REVB=0.0176873;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.44738e-05;OID=.;OPOS=48539587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr15 48580713 . T C 351.99 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0772946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.18;QD=54.1519;RBI=0.0782886;REFB=0;REVB=0.0124356;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000344097;OID=.;OPOS=48580713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:21:4:0:0:22:4:0:0 chr15 48595192 . G T 209.63 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.118607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.325;QD=18.634;RBI=0.118607;REFB=-0.0368577;REVB=-0.000110523;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121916;STB=0.578873;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.03761;OID=.;OPOS=48595192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:24:21:21:0.466667:11:10:14:9:11:10:15:9 chr15 48623812 . G A 219.82 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0273042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.59;QD=17.5859;RBI=0.0394595;REFB=-0.0451398;REVB=0.0284875;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240293;STB=0.50549;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0404159;OID=.;OPOS=48623812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:28:22:22:0.44:12:10:12:13:12:10:13:15 chr15 48701029 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.99;QD=59.4354;RBI=0.0143836;REFB=0;REVB=-0.00630413;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0851e-05;OID=.;OPOS=48701029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr15 48702457 . C A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.445;QD=63.871;RBI=0.0181989;REFB=0;REVB=0.0180096;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24526e-05;OID=.;OPOS=48702457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr15 48779530 . G C 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0175342;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.386;QD=19.0235;RBI=0.019048;REFB=-0.00111482;REVB=-0.00744171;RO=35;SAF=28;SAR=7;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26112;STB=0.646966;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00141164;OID=.;OPOS=48779530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:7:28:20:15:7:28:20:15 chr15 48797307 . A G 358.35 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0433405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.233;QD=17.0645;RBI=0.0493704;REFB=-0.00844893;REVB=-0.023644;RO=46;SAF=12;SAR=26;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169929;STB=0.595635;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00892635;OID=.;OPOS=48797307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:26:12:22:24:26:12:22:24 chr15 48807637 . C T 1540.06 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9806;QD=63.5075;RBI=0.0617892;REFB=0;REVB=0.00373212;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657094;OID=.;OPOS=48807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:53:43:0:0:53:44:0:0 chr15 49054772 . C A 275.17 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.00281895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.449;QD=13.1035;RBI=0.002925;REFB=-0.00970927;REVB=0.000780462;RO=52;SAF=16;SAR=16;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188307;STB=0.607079;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0166372;OID=.;OPOS=49054772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:16:16:35:17:16:16:35:17 chr15 49127199 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0134323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.559;QD=15.3783;RBI=0.0175108;REFB=-0.0229751;REVB=-0.0112339;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177348;STB=0.620056;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0382941;OID=.;OPOS=49127199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:7:5:8:5:7:5:9:5 chr15 49172317 . T G 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00395417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.396;QD=18.7435;RBI=0.00456515;REFB=-0.0341045;REVB=-0.00228148;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197383;STB=0.615061;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0167047;OID=.;OPOS=49172317;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:3:1:4:3:3:1 chr15 49491143 . G A 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.342;QD=59.1404;RBI=0.0737536;REFB=0;REVB=0.0680479;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247682;OID=.;OPOS=49491143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr15 49716845 . T C 915.73 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00980857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.153;QD=56.3524;RBI=0.0786883;REFB=-0.0946923;REVB=0.0780746;RO=1;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012593;STB=0.506491;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00135472;OID=.;OPOS=49716845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:65:1:1:63:64:0.984615:37:26:0:1:38:26:0:1 chr15 49800528 . CTTTTTG CCTTTTG,CTTTTG,CTTTTGT 63.27 PASS AF=0.0196078,0.411765,0;AO=2,19,2;DP=51;FAO=1,21,0;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=0,17,0;FSAR=1,4,0;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0084603,-0.033024,-0.0693898;FXX=0.0192271;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=22.0705,9.95884,105.292;QD=4.96265;RBI=0.129689,0.201824,0.0700428;REFB=-0.0755438,-0.130589,-0.0105844;REVB=0.129413,0.199104,0.00954192;RO=23;SAF=1,17,2;SAR=1,2,0;SRF=10;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0618654,0.556638,0.522115;STB=0.990177,0.704851,0.5;STBP=0.452,0.031,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.101682,0.159494,0.0618519;OID=.,.,.;OPOS=49800529,49800529,49800533;OREF=T,T,TG;OALT=C,-,GT;OMAPALT=CCTTTTG,CTTTTG,CTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0196078,0.411765,0:2,19,2:51:1,21,0:51:29:0,17,0:1,4,0:15:14:60:23:1,17,2:1,2,0:10:13 chr15 50152583 . G T 1513.76 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00304425;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.349;QD=59.9509;RBI=0.010001;REFB=0;REVB=-0.00952638;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13021e-05;OID=.;OPOS=50152583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:100:101:1:47:53:0:0:48:53:0:0 chr15 50189447 . AC A,AA 67.44 PASS AF=0.238095,0.190476;AO=6,5;DP=37;FAO=5,4;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4,1;FSAR=1,3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0202762,-0.0192684;FXX=0.0869187;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.364,195.957;QD=12.8458;RBI=0.020949,0.0202143;REFB=-0.00829424,-0.00754351;REVB=-0.0052664,-0.006111;RO=24;SAF=4,3;SAR=2,2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.104477,0.020103;STB=0.684891,0.748752;STBP=0.37,0.325;TYPE=del,snp;VARB=-0.0130781,0.0280276;OID=.,.;OPOS=50189448,50189448;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095,0.190476:6,5:37:5,4:21:12:4,1:1,3:7:5:25:24:4,3:2,2:14:10 chr15 50226313 . G T 428.82 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.136875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7125;QD=57.1759;RBI=0.144401;REFB=0;REVB=0.0460104;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00188967;OID=.;OPOS=50226313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr15 50311135 . C A 714.79 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522667;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1332;QD=57.1834;RBI=0.0522675;REFB=0;REVB=-0.000284802;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378863;OID=.;OPOS=50311135;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr15 50311148 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.285;QD=57.2376;RBI=0.00861686;REFB=0;REVB=0.00813678;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20713e-05;OID=.;OPOS=50311148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr15 50399125 . T C 455.94 PASS AF=0.494624;AO=44;DP=92;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00469287;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.851;QD=19.6102;RBI=0.0122751;REFB=-0.013634;REVB=-0.0113426;RO=48;SAF=23;SAR=21;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571191;STB=0.526728;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0141434;OID=.;OPOS=50399125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:48:47:44:46:0.494624:21:23:28:20:21:25:28:19 chr15 50534454 . T G 348.67 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00491071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.887;QD=17.4333;RBI=0.00538013;REFB=-0.0156839;REVB=-0.00219791;RO=42;SAF=20;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612098;STB=0.540519;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.01517;OID=.;OPOS=50534454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:43:37:37:0.4625:17:20:20:22:17:20:20:23 chr15 50534514 . T G 329.99 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0560715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.861;QD=16.7084;RBI=0.0592116;REFB=-0.0175493;REVB=-0.0190261;RO=42;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307541;STB=0.524066;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0275327;OID=.;OPOS=50534514;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:42:43:36:36:0.455696:20:16:20:22:20:16:21:22 chr15 50534703 . C T 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00511124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.302;QD=12.2122;RBI=0.0240344;REFB=-0.0220252;REVB=-0.0234846;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124865;STB=0.573876;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0369472;OID=.;OPOS=50534703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:5:8:11:11:5:8:11:11 chr15 50534832 . A G 380.96 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.0175483;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2737;QD=14.2413;RBI=0.026201;REFB=-0.017217;REVB=0.0194563;RO=61;SAF=30;SAR=14;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493452;STB=0.531086;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0272626;OID=.;OPOS=50534832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:61:63:44:44:0.411215:14:30:39:22:14:30:40:23 chr15 50773755 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.736;QD=57.3855;RBI=0.0283959;REFB=0;REVB=0.0171503;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58046e-05;OID=.;OPOS=50773755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr15 50867082 . G A 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0669154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.106;QD=22.9089;RBI=0.0673737;REFB=-0.00455057;REVB=-0.00784532;RO=17;SAF=6;SAR=15;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382718;STB=0.714082;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00723469;OID=.;OPOS=50867082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:15:6:13:4:15:6:13:4 chr15 51217361 . T C 522.81 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00301232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.253;QD=21.1237;RBI=0.00483199;REFB=-0.00844775;REVB=-0.00377811;RO=49;SAF=18;SAR=32;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121056;STB=0.567061;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00626521;OID=.;OPOS=51217361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:32:18:24:25:32:18:24:25 chr15 51295934 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00527409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.245;QD=17.8276;RBI=0.0205566;REFB=-0.0106667;REVB=-0.0198685;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457974;STB=0.526272;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.01752;OID=.;OPOS=51295934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:4:7:7:5:4:7 chr15 51502844 . A C 487.91 PASS AF=0.421875;AO=53;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.0199619;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4344;QD=15.2473;RBI=0.0597609;REFB=-0.037553;REVB=0.0563284;RO=74;SAF=23;SAR=30;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302795;STB=0.512169;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0529483;OID=.;OPOS=51502844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:74:74:53:54:0.421875:30:23:30:44:31:23:30:44 chr15 51507968 . G A 457.78 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0330567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.74;QD=17.778;RBI=0.0332618;REFB=-0.0147642;REVB=0.00368852;RO=54;SAF=27;SAR=22;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398127;STB=0.522115;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0120214;OID=.;OPOS=51507968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:22:27:32:22:22:27:32:22 chr15 51669625 . A C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0351679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.68;QD=9.91665;RBI=0.0407714;REFB=-0.0196489;REVB=-0.0206282;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30146;STB=0.685825;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0370706;OID=.;OPOS=51669625;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:7:2:8:9:7:2:8:9 chr15 51675625 . C T 553.61 PASS AF=0.52;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00520841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.778;QD=22.1444;RBI=0.00806284;REFB=0.00120441;REVB=-0.00615482;RO=48;SAF=29;SAR=23;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686412;STB=0.537852;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00108195;OID=.;OPOS=51675625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:48:52:52:0.52:23:29:23:25:23:29:23:25 chr15 51689772 . G A 853.92 PASS AF=0.452736;AO=90;DP=200;FAO=91;FDP=201;FR=.;FRO=110;FSAF=18;FSAR=73;FSRF=42;FSRR=68;FWDB=0.022819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.675;QD=16.9933;RBI=0.0231981;REFB=-0.00502244;REVB=0.00417626;RO=109;SAF=18;SAR=72;SRF=42;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237683;STB=0.633099;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00476625;OID=.;OPOS=51689772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:109:110:90:91:0.452736:72:18:42:67:73:18:42:68 chr15 51984490 . A G 349.06 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0135361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.903;QD=20.2352;RBI=0.0136629;REFB=-0.0117285;REVB=-0.00185741;RO=33;SAF=16;SAR=20;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712611;STB=0.539452;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0168085;OID=.;OPOS=51984490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:20:16:12:21:20:16:12:21 chr15 52350879 . T C 226.95 PASS AF=0.402985;AO=26;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0191523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.489;QD=13.5492;RBI=0.0191608;REFB=-0.00226294;REVB=-0.000572409;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390265;STB=0.533826;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00464363;OID=.;OPOS=52350879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:26:27:0.402985:14:12:17:23:14:13:17:23 chr15 52357589 . A G 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00240714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.429;QD=9.56905;RBI=0.00322299;REFB=-0.0080209;REVB=0.00214321;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185755;STB=0.615076;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0289392;OID=.;OPOS=52357589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:2:6:9:6:2:6:9:6 chr15 52521383 . C T 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0167197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.864;QD=16.0644;RBI=0.0272576;REFB=-0.0154734;REVB=-0.0215274;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420474;STB=0.515806;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0121007;OID=.;OPOS=52521383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:11:15:16:14:11:15:17:14 chr15 52536596 . C T 275.54 PASS AF=0.478261;AO=20;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0191356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.173;QD=23.9599;RBI=0.0233957;REFB=-0.00893774;REVB=-0.0134607;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390674;STB=0.68167;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0224031;OID=.;OPOS=52536596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:17:20:22:0.478261:10:10:0:15:10:12:2:15 chr15 52539673 . C T 411.43 PASS AF=0.47191;AO=41;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.00322181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9047;QD=18.4913;RBI=0.0761775;REFB=0.0101178;REVB=0.0761094;RO=47;SAF=17;SAR=24;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14028;STB=0.583855;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0076283;OID=.;OPOS=52539673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:41:42:0.47191:24:17:13:34:24:18:13:34 chr15 52556429 . A G 803.81 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255157;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.377;QD=57.4146;RBI=0.00812667;REFB=0;REVB=-0.00771571;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41106e-05;OID=.;OPOS=52556429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr15 52601033 . T C 452.89 PASS AF=0.484211;AO=39;DP=88;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00202223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.065;QD=19.069;RBI=0.0104978;REFB=-0.0198141;REVB=-0.0103012;RO=47;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144684;STB=0.547924;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0196828;OID=.;OPOS=52601033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:95:47:49:39:46:0.484211:21:18:21:26:22:24:21:28 chr15 52604136 . A ATTTGTCATT 417.87 PASS AF=1;AO=25;DP=34;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183913;FXX=0.0644953;HRUN=3;LEN=9;MLLD=308.555;QD=57.6374;RBI=0.0351287;REFB=0;REVB=0.0299297;RO=5;SAF=13;SAR=12;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.28516e-05;OID=.;OPOS=52604137;OREF=-;OALT=TTTGTCATT;OMAPALT=ATTTGTCATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:34:29:29:0:15:14:0:0:4:5:13:12:2:3 chr15 52611451 . A G 952.88 PASS AF=0.534091;AO=91;DP=174;FAO=94;FDP=176;FR=.;FRO=82;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=0.00954564;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.872;QD=21.6564;RBI=0.011236;REFB=-0.0252447;REVB=-0.00592698;RO=81;SAF=43;SAR=48;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103013;STB=0.560093;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0243918;OID=.;OPOS=52611451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:81:82:91:94:0.534091:48:43:48:33:50:44:49:33 chr15 52643564 . G A 610.28 PASS AF=0.470149;AO=63;DP=134;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.000691466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0151;QD=18.2173;RBI=0.0117624;REFB=-0.0131756;REVB=-0.011742;RO=71;SAF=27;SAR=36;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115517;STB=0.564082;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0163823;OID=.;OPOS=52643564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:71:71:63:63:0.470149:36:27:39:32:36:27:39:32 chr15 52667552 . G A 1324.87 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.743;QD=60.9137;RBI=0.017421;REFB=-0.0270042;REVB=0.0139926;RO=1;SAF=52;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902401;STB=0.504672;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000157377;OID=.;OPOS=52667552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:1:1:85:86:0.988506:33:52:1:0:33:53:1:0 chr15 52689526 . T C 1246.05 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.249;QD=61.5334;RBI=0.031686;REFB=0;REVB=0.0116732;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184831;OID=.;OPOS=52689526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:30:51:0:0:30:51:0:0 chr15 52689631 . T G 771.63 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0711961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7649;QD=54.1496;RBI=0.0909861;REFB=-0.0796727;REVB=-0.0566532;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5098;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00310388;OID=.;OPOS=52689631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:57:0:1:55:56:0.982456:26:29:0:0:25:31:0:1 chr15 52901283 . TT CA,CC 664.06 PASS AF=0.0232558,0.976744;AO=2,40;DP=42;FAO=1,42;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015816,0.0447821;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=51.1828,76.5016;QD=61.7728;RBI=0.0271179,0.0659288;REFB=0,0;REVB=0.022028,0.0483856;RO=0;SAF=2,26;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.149625,-0.000189188;OID=.,.;OPOS=52901283,52901283;OREF=TT,TT;OALT=CA,CC;OMAPALT=CA,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:42:43:0:0:2,40:1,42:0.0232558,0.976744:0,14:2,26:0:0:0,14:1,28:0:0 chr15 52901914 . T C 212.02 PASS AF=0.5;AO=18;DP=39;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0923611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0064;QD=20.1921;RBI=0.0926888;REFB=-0.0372129;REVB=-0.00778727;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142722;STB=0.605954;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0398363;OID=.;OPOS=52901914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:21:21:18:21:0.5:6:12:11:10:6:15:11:10 chr15 53907948 . G A 802.03 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0591;QD=55.3128;RBI=0.0769127;REFB=-0.049008;REVB=-0.0688452;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192443;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003617;OID=.;OPOS=53907948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:1:0:57:58:1:33:24:1:0:33:25:0:0 chr15 53994493 . A G 828.1 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.283;QD=57.1106;RBI=0.0560869;REFB=0;REVB=0.0123083;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199705;OID=.;OPOS=53994493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:23:32:0:0:25:33:0:0 chr15 54008795 . T C 1008.47 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4483;QD=59.3215;RBI=0.0598281;REFB=0;REVB=0.0507533;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066716;OID=.;OPOS=54008795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:36:31:0:0:36:32:0:0 chr15 54008845 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.417;QD=59.8556;RBI=0.0342884;REFB=0;REVB=-0.0155793;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15924e-05;OID=.;OPOS=54008845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr15 54306925 . G A 828.59 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0380504;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3564;QD=54.3336;RBI=0.0390453;REFB=-0.0627566;REVB=-0.00875817;RO=2;SAF=42;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158455;STB=0.508403;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00326109;OID=.;OPOS=54306925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:61:2:2:59:59:0.967213:17:42:1:1:17:42:1:1 chr15 54841874 . A G 182.83 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0187226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.834;QD=17.412;RBI=0.0225987;REFB=-0.0128842;REVB=0.0126557;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161163;STB=0.601884;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0140786;OID=.;OPOS=54841874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:23:19:19:0.452381:8:11:8:12:8:11:9:14 chr15 54847677 . C T 369.49 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.010383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5326;QD=16.9881;RBI=0.0114807;REFB=-0.00486974;REVB=0.00489906;RO=47;SAF=21;SAR=18;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163611;STB=0.583743;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00705745;OID=.;OPOS=54847677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:48:39:39:0.448276:18:21:33:14:18:21:33:15 chr15 54919047 . A G 316.79 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0829677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3225;QD=20.4384;RBI=0.0887332;REFB=0.0140611;REVB=0.0314632;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206577;STB=0.511459;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0122416;OID=.;OPOS=54919047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:19:14:13:16:19:14:13:16 chr15 55619796 . T C 207.45 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0323371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.091;QD=15.0873;RBI=0.0324763;REFB=0.000998166;REVB=0.00300345;RO=30;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170957;STB=0.589667;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00133083;OID=.;OPOS=55619796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:8:16:15:15:8:16:16:15 chr15 55632859 . G T 972.24 PASS AF=0.957746;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0405375;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0948;QD=54.774;RBI=0.0612554;REFB=-0.112743;REVB=-0.0459231;RO=3;SAF=34;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128853;STB=0.506427;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00520394;OID=.;OPOS=55632859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:70:71:3:3:67:68:0.957746:33:34:2:1:33:35:2:1 chr15 55653031 . A G 78.49 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0186748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2369;QD=14.9508;RBI=0.0556175;REFB=-0.0139391;REVB=-0.0523886;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119999;STB=0.589287;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.02065;OID=.;OPOS=55653031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:11:11:9:10:0.47619:6:3:5:6:7:3:5:6 chr15 55681641 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0341561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.867;QD=9.11044;RBI=0.0971527;REFB=-0.00405114;REVB=-0.0909506;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350398;STB=0.716828;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000794795;OID=.;OPOS=55681641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:2:6:7:9:2:6:7:9 chr15 55722872 . G C 147.11 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0106134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7792;QD=17.3064;RBI=0.0331013;REFB=-0.0149864;REVB=-0.0313536;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218222;STB=0.624844;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0157515;OID=.;OPOS=55722872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:6:10:7:11:6:10:7:11 chr15 55759193 . T C 133.46 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0534973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1624;QD=15.7015;RBI=0.0543741;REFB=0.00214822;REVB=-0.00972539;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681493;STB=0.503932;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00636292;OID=.;OPOS=55759193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:9:10:8:7:9:10 chr15 55880106 . C A 479.86 PASS AF=0.490741;AO=45;DP=111;FAO=53;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0194783;FXX=0.0270246;HRUN=7;LEN=1;MLLD=248.525;QD=17.7725;RBI=0.0329061;REFB=-0.0161176;REVB=0.0265218;RO=35;SAF=23;SAR=22;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179353;STB=0.583591;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0153948;OID=.;OPOS=55880106;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:108:35:55:45:53:0.490741:22:23:10:25:24:29:21:34 chr15 55970041 . A G 271.37 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000898591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.848;QD=23.597;RBI=0.00129522;REFB=-0.0241532;REVB=-0.000932813;RO=20;SAF=16;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116599;STB=0.555713;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0229674;OID=.;OPOS=55970041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:9:16:10:10:9:16:11:10 chr15 55972797 . T C 499.1 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=130;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.0076501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.812;QD=15.357;RBI=0.0076528;REFB=-0.0173525;REVB=0.000203157;RO=75;SAF=27;SAR=28;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983971;STB=0.555132;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0246722;OID=.;OPOS=55972797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:75:75:55:55:0.423077:28:27:44:31:28:27:44:31 chr15 56120962 . T C 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0265091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.507;QD=15.1968;RBI=0.0266406;REFB=-0.00588907;REVB=-0.00264412;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156724;STB=0.509078;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00869748;OID=.;OPOS=56120962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:8:10:8:6:8:10 chr15 56139153 . T C 709.43 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182608;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.967;QD=61.6895;RBI=0.123357;REFB=0;REVB=0.121998;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152141;OID=.;OPOS=56139153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:43:46:1:22:21:0:0:25:21:0:0 chr15 56140995 . T A 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00255824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.738;QD=20.563;RBI=0.00955034;REFB=-0.0266585;REVB=-0.00920133;RO=30;SAF=25;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251352;STB=0.633723;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0255287;OID=.;OPOS=56140995;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:31:35:35:0.530303:10:25:13:17:10:25:14:17 chr15 56152729 . T C 208.66 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0153094;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.889;QD=13.4621;RBI=0.0160334;REFB=-0.0039117;REVB=-0.00476389;RO=37;SAF=17;SAR=8;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210741;STB=0.62101;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00461005;OID=.;OPOS=56152729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:37:37:25:25:0.403226:8:17:18:19:8:17:18:19 chr15 56152872 . C T 479.09 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0161173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2638;QD=19.962;RBI=0.0435937;REFB=0.00360695;REVB=-0.0405048;RO=47;SAF=23;SAR=24;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384623;STB=0.52063;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.00662972;OID=.;OPOS=56152872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:49:47:47:0.489583:24:23:21:26:24:23:22:27 chr15 56207811 . T G 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.00174322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.869;QD=16.2365;RBI=0.00651873;REFB=-0.0189939;REVB=0.00628132;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248971;STB=0.639515;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0272964;OID=.;OPOS=56207811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:17:13:25:11:17:13:25:11 chr15 56208535 . G A 94.58 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0209681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.055;QD=6.63716;RBI=0.0218729;REFB=-0.00705559;REVB=-0.00622604;RO=41;SAF=8;SAR=6;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172295;STB=0.525737;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0318962;OID=.;OPOS=56208535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:41:43:14:14:0.245614:6:8:24:17:6:8:26:17 chr15 56258659 . A T 388.34 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=0.0199806;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.814;QD=18.2746;RBI=0.0284523;REFB=-0.0278929;REVB=-0.020256;RO=45;SAF=25;SAR=15;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137938;STB=0.576511;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0347479;OID=.;OPOS=56258659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:15:25:34:11:15:25:34:11 chr15 56285695 . C T 346.58 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00173777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.572;QD=22.3599;RBI=0.0204204;REFB=-0.0207898;REVB=0.0203463;RO=25;SAF=19;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130911;STB=0.521889;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0143619;OID=.;OPOS=56285695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:27:35:35:0.564516:16:19:14:11:16:19:16:11 chr15 56322148 . C T 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0553964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1671;QD=20.4845;RBI=0.0609629;REFB=0.00898131;REVB=-0.0254504;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465572;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0176995;OID=.;OPOS=56322148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:10:11:14:14:0.56:9:5:3:7:9:5:4:7 chr15 56322156 . T C 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00377608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5442;QD=21.5446;RBI=0.0489062;REFB=-0.0269905;REVB=0.0487602;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339143;STB=0.519203;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0401298;OID=.;OPOS=56322156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:9:5:4:6:9:5:4:6 chr15 56386577 . T G 954.92 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.666;QD=58.7643;RBI=0.0419483;REFB=0;REVB=0.00393121;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14017e-05;OID=.;OPOS=56386577;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr15 56387859 . T C 305.36 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0307952;FXX=0.0273935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.338;QD=17.2035;RBI=0.0329276;REFB=-0.0268242;REVB=-0.011657;RO=37;SAF=7;SAR=26;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00575381;STB=0.519339;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0332853;OID=.;OPOS=56387859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:26:7:8:29:26:7:9:29 chr15 56387931 . C T 710.44 PASS AF=0.980769;AO=52;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0382677;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5039;QD=54.649;RBI=0.0458867;REFB=-0.0388317;REVB=-0.0253215;RO=1;SAF=16;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285241;STB=0.515146;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00341797;OID=.;OPOS=56387931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:52:51:0.980769:36:16:1:0:35:16:1:0 chr15 56388033 . T C 374.6 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00870219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.861;QD=20.8111;RBI=0.0107396;REFB=0.0137177;REVB=-0.00629376;RO=34;SAF=18;SAR=20;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122383;STB=0.56765;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0164062;OID=.;OPOS=56388033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:20:18:21:13:20:18:21:13 chr15 56471441 . G T 58.49 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0105924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.953;QD=3.89906;RBI=0.0127159;REFB=-0.00123233;REVB=-0.00703536;RO=50;SAF=1;SAR=9;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.616972;STB=0.910615;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0439028;OID=.;OPOS=56471441;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:60:60:50:50:10:10:0.166667:9:1:31:19:9:1:31:19 chr15 56471449 . T G 194.22 PASS AF=0.321429;AO=16;DP=57;FAO=18;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0514123;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8707;QD=13.8729;RBI=0.157869;REFB=-0.00928132;REVB=0.149263;RO=29;SAF=14;SAR=2;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51401;STB=0.90746;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0367545;OID=.;OPOS=56471449;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:31:16:18:0.321429:2:14:14:15:1:17:14:17 chr15 56721264 . G A 575.66 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.884;QD=60.5954;RBI=0.0210619;REFB=0;REVB=-0.000498696;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010243;OID=.;OPOS=56721264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr15 56923714 . G A 944.12 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094874;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.045;QD=59.0072;RBI=0.0107132;REFB=0;REVB=-0.00497604;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28857e-05;OID=.;OPOS=56923714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr15 56946980 . T G 1011.49 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7378;QD=57.7995;RBI=0.0791601;REFB=0.0227165;REVB=0.0701226;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154963;STB=0.508194;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00269168;OID=.;OPOS=56946980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:39:30:1:0:39:30:1:0 chr15 56968865 . C T 226.06 PASS AF=0.469388;AO=21;DP=47;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0343914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.671;QD=18.4536;RBI=0.0569664;REFB=-0.0497758;REVB=-0.0454137;RO=26;SAF=16;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251219;STB=0.656503;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.04108;OID=.;OPOS=56968865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:26:26:21:23:0.469388:5:16:14:12:5:18:14:12 chr15 57213283 . A G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0130469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.688;QD=11.4398;RBI=0.0294296;REFB=-0.0179206;REVB=-0.0263795;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910242;STB=0.554337;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0178455;OID=.;OPOS=57213283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:9:5:4:5:9:5 chr15 57730404 . T C 446.14 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00840372;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.401;QD=23.4811;RBI=0.00855725;REFB=-0.0141246;REVB=-0.00161369;RO=33;SAF=26;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237344;STB=0.513043;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00811774;OID=.;OPOS=57730404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:17:26:19:14:17:26:19:14 chr15 57730599 . C T 52.39 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0347877;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.899;QD=5.66354;RBI=0.042476;REFB=-0.000100199;REVB=-0.0243725;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232212;STB=0.661857;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-6.73224e-05;OID=.;OPOS=57730599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:37:37:28:29:8:8:0.216216:5:3:16:12:5:3:17:12 chr15 57731335 . A C 353.93 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.434;QD=52.4343;RBI=0.0380264;REFB=-0.0476945;REVB=0.0373405;RO=1;SAF=8;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054487;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0053197;OID=.;OPOS=57731335;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:27:1:0:25:27:1:17:8:1:0:17:10:0:0 chr15 57731573 . C T 169.45 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0540836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.386;QD=16.532;RBI=0.168686;REFB=-0.0117723;REVB=0.15978;RO=23;SAF=4;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249323;STB=0.644561;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0226701;OID=.;OPOS=57731573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:14:4:10:13:14:4:10:13 chr15 57731728 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.477;QD=56.9382;RBI=0.0363024;REFB=0;REVB=0.0307787;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118042;OID=.;OPOS=57731728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr15 57918069 . A G 316.07 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0301732;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.792;QD=17.3191;RBI=0.0388432;REFB=0.00302794;REVB=-0.0244616;RO=39;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188725;STB=0.605517;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00416459;OID=.;OPOS=57918069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:15:19:14:25:15:19:14:25 chr15 57918090 . A G 769.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2303;QD=56.9901;RBI=0.0652421;REFB=0;REVB=0.00536651;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767653;OID=.;OPOS=57918090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr15 57967219 . T C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.791;QD=61.6953;RBI=0.00183351;REFB=0;REVB=0.00127303;RO=0;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40573e-06;OID=.;OPOS=57967219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:32:50:0:0:32:50:0:0 chr15 58006854 . G A 84.98 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0313594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.13;QD=22.6616;RBI=0.0337018;REFB=-0.0172647;REVB=-0.012345;RO=5;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299059;STB=0.670882;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00474256;OID=.;OPOS=58006854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:3:7:1:4:3:7:1:4 chr15 58256127 . C T 614.56 PASS AF=0.544643;AO=61;DP=111;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0022242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.847;QD=21.9485;RBI=0.0221552;REFB=-0.00447005;REVB=-0.0220433;RO=48;SAF=34;SAR=27;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965532;STB=0.53967;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00372997;OID=.;OPOS=58256127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:48:51:61:61:0.544643:27:34:21:27:27:34:24:27 chr15 58444720 . A T 259.43 PASS AF=0.309735;AO=35;DP=113;FAO=35;FDP=113;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.00199534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.1;QD=9.1832;RBI=0.0133679;REFB=-0.00174199;REVB=-0.0132182;RO=78;SAF=21;SAR=14;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125642;STB=0.507349;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00404367;OID=.;OPOS=58444720;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:78:78:35:35:0.309735:14:21:46:32:14:21:46:32 chr15 58471368 . C T 1249.57 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.836;QD=61.707;RBI=0.0374135;REFB=0;REVB=0.0365689;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23555e-05;OID=.;OPOS=58471368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:81:0:0:74:81:1:43:31:0:0:48:33:0:0 chr15 58476281 . A G 744.21 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.67;QD=63.3369;RBI=0.0316838;REFB=0;REVB=0.00664205;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158868;OID=.;OPOS=58476281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:18:28:0:0:19:28:0:0 chr15 58833993 . G A 383.54 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0301746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5611;QD=20.1865;RBI=0.0303514;REFB=0.00820212;REVB=0.00327058;RO=37;SAF=22;SAR=17;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273308;STB=0.515144;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00463221;OID=.;OPOS=58833993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:17:22:22:15:17:22:22:15 chr15 58837957 . A G 565.5 PASS AF=0.487603;AO=58;DP=120;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0188839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2606;QD=18.6941;RBI=0.0194256;REFB=-0.00937566;REVB=-0.00455529;RO=62;SAF=28;SAR=30;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106121;STB=0.562357;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00845114;OID=.;OPOS=58837957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:62:62:58:59:0.487603:30:28:37:25:31:28:37:25 chr15 58838010 . A G 459.93 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0248135;FXX=0.0247913;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7568;QD=15.591;RBI=0.0257516;REFB=-0.0126154;REVB=-0.00688737;RO=58;SAF=24;SAR=27;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774672;STB=0.512483;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0133019;OID=.;OPOS=58838010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:118:58:67:51:51:0.432203:27:24:32:26:27:24:33:34 chr15 58838038 . C G 478.39 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0102913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.782;QD=16.934;RBI=0.0105447;REFB=-0.0131949;REVB=-0.00229805;RO=60;SAF=27;SAR=25;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345398;STB=0.523638;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0158526;OID=.;OPOS=58838038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:61:52:52:0.460177:25:27:29:31:25:27:29:32 chr15 58853079 . C A 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.013;QD=60.2269;RBI=0.058472;REFB=0;REVB=0.0525314;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172719;OID=.;OPOS=58853079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:10:27:0:0:10:27:0:0 chr15 58853109 . A G 382.27 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287224;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.205;QD=56.6319;RBI=0.104417;REFB=0;REVB=0.100388;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682089;OID=.;OPOS=58853109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:27:0:0:28:27:1:14:14:0:0:13:14:0:0 chr15 58857378 . A G 231.07 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0045822;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.31;QD=22.0062;RBI=0.0149094;REFB=-0.0125637;REVB=0.0141878;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849073;STB=0.547576;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0109687;OID=.;OPOS=58857378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:11:11:8:12:11:11:8:12 chr15 58983318 . G C 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00547212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.093;QD=15.6986;RBI=0.00777816;REFB=-0.0112597;REVB=0.00552772;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577034;STB=0.533289;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0183581;OID=.;OPOS=58983318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:10:9:8:7:10:9 chr15 58983425 . G C 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0264379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.012;QD=17.5011;RBI=0.031776;REFB=-0.00721975;REVB=-0.0176281;RO=28;SAF=18;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157128;STB=0.588714;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00828046;OID=.;OPOS=58983425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:8:18:15:13:8:18:15:13 chr15 58983588 . T A 436.56 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0204196;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8779;QD=20.7884;RBI=0.0222243;REFB=-0.0089285;REVB=0.00877258;RO=41;SAF=32;SAR=11;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211258;STB=0.617702;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00816228;OID=.;OPOS=58983588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:41:41:43:43:0.511905:11:32:22:19:11:32:22:19 chr15 59147037 . A T 457.43 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109412;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.728;QD=57.1791;RBI=0.0223387;REFB=0;REVB=0.0194758;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143738;OID=.;OPOS=59147037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:14:16:0:0:16:16:0:0 chr15 59147413 . T A 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402597;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.792;QD=58.1355;RBI=0.0263065;REFB=0;REVB=0.0259966;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17828e-05;OID=.;OPOS=59147413;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr15 59323048 . C G 76.61 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0163061;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0996;QD=10.2141;RBI=0.0198763;REFB=-0.0148429;REVB=-0.0113656;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399672;STB=0.732968;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0298502;OID=.;OPOS=59323048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:30:30:20:20:10:10:0.333333:5:5:17:3:5:5:17:3 chr15 59347929 . C A 358.23 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0640358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8545;QD=17.0587;RBI=0.068723;REFB=-0.00517036;REVB=-0.0249451;RO=45;SAF=23;SAR=15;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218677;STB=0.627725;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0049319;OID=.;OPOS=59347929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:46:38:38:0.452381:15:23:17:28:15:23:17:29 chr15 59368167 . G A 445.97 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0319754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7679;QD=15.3781;RBI=0.0428539;REFB=-0.0191965;REVB=0.0285311;RO=66;SAF=29;SAR=21;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201113;STB=0.511279;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0183549;OID=.;OPOS=59368167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:66:66:50:50:0.431034:21:29:37:29:21:29:37:29 chr15 59499179 . G A 382.19 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.000487131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.973;QD=19.8542;RBI=0.0135967;REFB=-0.0404917;REVB=0.013588;RO=38;SAF=20;SAR=19;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589486;STB=0.532694;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0311111;OID=.;OPOS=59499179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:19:20:22:16:19:20:22:16 chr15 59499228 . C T 548.03 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00586485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.156;QD=23.5711;RBI=0.00656229;REFB=-0.0172151;REVB=0.00294401;RO=41;SAF=25;SAR=26;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574264;STB=0.536633;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0110784;OID=.;OPOS=59499228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:42:51:51:0.548387:26:25:23:18:26:25:24:18 chr15 59499274 . C A 521.7 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00094017;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.38;QD=19.6869;RBI=0.00793797;REFB=-0.00414485;REVB=0.0078821;RO=52;SAF=29;SAR=25;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035753;STB=0.519725;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00401011;OID=.;OPOS=59499274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:54:54:0.509434:25:29:30:22:25:29:30:22 chr15 59500116 . T C 162.19 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0132822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.806;QD=12.0141;RBI=0.0238848;REFB=0.0142013;REVB=0.0198512;RO=34;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860063;STB=0.54995;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00733603;OID=.;OPOS=59500116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:9:11:16:18:9:11:16:18 chr15 59682493 . C T 689.48 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0128677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.893;QD=51.0727;RBI=0.0233053;REFB=-0.259394;REVB=-0.0194308;RO=3;SAF=20;SAR=31;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655422;STB=0.53487;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0023759;OID=.;OPOS=59682493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:3:3:51:51:0.944444:31:20:3:0:31:20:3:0 chr15 59784493 . C T 1463.1 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0248678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.529;QD=60.9623;RBI=0.0257908;REFB=-0.0124307;REVB=-0.00683812;RO=2;SAF=35;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158007;STB=0.508332;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000184166;OID=.;OPOS=59784493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:59:35:0:2:59:35:0:2 chr15 59910961 . C T 116.93 PASS AF=0.5;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0394611;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.811;QD=17.9897;RBI=0.0403979;REFB=-0.00378166;REVB=0.0086492;RO=13;SAF=1;SAR=12;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.709391;STB=0.910719;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000383789;OID=.;OPOS=59910961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:26:13:13:13:13:0.5:12:1:11:2:12:1:11:2 chr15 59911892 . G T 1526.94 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.826;QD=63.6227;RBI=0.0396594;REFB=0;REVB=0.0395105;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4852e-05;OID=.;OPOS=59911892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:51:44:0:0:51:45:0:0 chr15 59912253 . A C 805.41 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0297699;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5872;QD=55.5455;RBI=0.0831202;REFB=-0.0531188;REVB=0.0776062;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017147;STB=0.509088;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0017589;OID=.;OPOS=59912253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:27:30:0:1:27:30:0:1 chr15 59912625 . G A 306.19 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.103;QD=53.2497;RBI=0.0348256;REFB=0;REVB=0.0329336;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239268;OID=.;OPOS=59912625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:9:14:0:0 chr15 59963488 . A G 207.86 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0235435;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.594;QD=16.9681;RBI=0.0339522;REFB=-0.00322952;REVB=0.0244633;RO=28;SAF=7;SAR=14;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3074;STB=0.67551;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00754587;OID=.;OPOS=59963488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:28:21:21:0.428571:14:7:18:10:14:7:18:10 chr15 60666686 . C T 378.54 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0168926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.06;QD=16.4582;RBI=0.0178666;REFB=-0.0139554;REVB=-0.00581839;RO=52;SAF=21;SAR=19;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444521;STB=0.524988;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0132907;OID=.;OPOS=60666686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:19:21:25:27:19:21:25:27 chr15 60678298 . T A 173.57 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.414;QD=43.3928;RBI=0.0294756;REFB=-0.0881969;REVB=-0.00291157;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607183;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182843;OID=.;OPOS=60678298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:16:1:0:15:16:1:7:8:0:1:8:8:0:0 chr15 60715800 . T G 199.54 PASS AF=0.583333;AO=15;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0297811;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=62.7957;QD=22.1714;RBI=0.095238;REFB=-0.0200052;REVB=0.0904619;RO=10;SAF=12;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399186;STB=0.643815;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00678312;OID=.;OPOS=60715800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:10:15:15:21:0.583333:3:12:3:7:5:16:7:8 chr15 60724118 . C G 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00172784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.082;QD=20.5463;RBI=0.0185364;REFB=0.0196907;REVB=-0.0184557;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0137161;OID=.;OPOS=60724118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:9:13:13:9:9:13:13:9 chr15 60734697 . A G 217.57 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0954731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.275;QD=22.9019;RBI=0.0960443;REFB=-0.00432811;REVB=0.0104593;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323634;STB=0.678861;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00587819;OID=.;OPOS=60734697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:10:11:2:15:10:11:2:15 chr15 60789798 . G T 902.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00429043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6651;QD=58.2361;RBI=0.0101202;REFB=0;REVB=0.00916578;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77877e-05;OID=.;OPOS=60789798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr15 61028973 . C T 261.31 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00708294;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.121;QD=24.3078;RBI=0.021118;REFB=-0.00934938;REVB=-0.0198948;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669753;STB=0.546521;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00780825;OID=.;OPOS=61028973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:14:10:6:12:14:10:6:13 chr15 62202482 . C T 1896.21 PASS AF=0.545455;AO=175;DP=328;FAO=180;FDP=330;FR=.;FRO=150;FSAF=102;FSAR=78;FSRF=94;FSRR=56;FWDB=0.0077147;FXX=0.00302106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.665;QD=22.9844;RBI=0.00794961;REFB=0.00340883;REVB=0.00191826;RO=144;SAF=100;SAR=75;SRF=91;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517414;STB=0.52797;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00222575;OID=.;OPOS=62202482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:330:144:150:175:180:0.545455:75:100:91:53:78:102:94:56 chr15 62259637 . C T 165.12 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0679383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7931;QD=14.0524;RBI=0.0684143;REFB=-0.00948572;REVB=0.00805669;RO=27;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161308;STB=0.617513;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00342902;OID=.;OPOS=62259637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:29:18:18:0.382979:12:6:13:14:12:6:15:14 chr15 62539781 . A G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0178603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.434;QD=9.1323;RBI=0.0547161;REFB=-0.0038655;REVB=-0.051719;RO=22;SAF=8;SAR=2;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459899;STB=0.528243;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00910385;OID=.;OPOS=62539781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:2:8:17:5:2:8:17:5 chr15 62989978 . G A 417.56 PASS AF=0.606061;AO=39;DP=65;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0321583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.0774;QD=25.3064;RBI=0.0385558;REFB=-0.0199341;REVB=0.0212696;RO=26;SAF=26;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185881;STB=0.59272;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0186158;OID=.;OPOS=62989978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:26:26:39:40:0.606061:13:26:11:15:14:26:11:15 chr15 62990971 . C T 746.15 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5398;QD=63.502;RBI=0.0890496;REFB=0;REVB=-0.0647061;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.60892e-05;OID=.;OPOS=62990971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr15 63009804 . C T 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.237;QD=58.1332;RBI=0.0544123;REFB=0;REVB=0.016577;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325955;OID=.;OPOS=63009804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr15 63047778 . C T 1287.95 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513468;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.821;QD=62.0697;RBI=0.0709555;REFB=0;REVB=0.0489713;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420642;OID=.;OPOS=63047778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:41:41:0:0:41:42:0:0 chr15 63111739 . T C 189.53 PASS AF=0.487805;AO=18;DP=39;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.057228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.83;QD=18.4908;RBI=0.0572288;REFB=-0.00294309;REVB=-0.000298271;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611687;STB=0.535945;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00517401;OID=.;OPOS=63111739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:21:21:18:20:0.487805:10:8:8:13:11:9:8:13 chr15 63127983 . G A 439.86 PASS AF=0.443478;AO=37;DP=113;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0183065;FXX=0.00861995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.1968;QD=15.2996;RBI=0.138805;REFB=-0.0594601;REVB=0.137593;RO=59;SAF=34;SAR=3;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.637805;STB=0.622705;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0611328;OID=.;OPOS=63127983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:59:64:37:51:0.443478:3:34:26:33:17:34:29:35 chr15 63131117 . T A 260.56 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00586486;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.211;QD=18.9501;RBI=0.0212102;REFB=-0.00918112;REVB=-0.0203832;RO=26;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611297;STB=0.544694;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00841035;OID=.;OPOS=63131117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:27:28:28:0.509091:11:17:14:12:11:17:14:13 chr15 63351840 . C A 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9398;QD=52.6096;RBI=0.0469228;REFB=0;REVB=-0.0153693;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00170811;OID=.;OPOS=63351840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr15 63433766 . G A 972.97 PASS AF=0.945205;AO=70;DP=73;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0530413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3027;QD=53.3134;RBI=0.055026;REFB=-0.0183745;REVB=-0.0146451;RO=2;SAF=36;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025541;STB=0.527019;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00677004;OID=.;OPOS=63433766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:73:73:2:4:70:69:0.945205:34:36:2:0:34:35:4:0 chr15 63446199 . CAAAATT C 76.11 PASS AF=0.342105;AO=11;DP=40;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0204492;FXX=0.0499875;HRUN=4;LEN=6;MLLD=313.544;QD=8.01132;RBI=0.0256784;REFB=0.013152;REVB=0.0155309;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31541;STB=0.615828;STBP=0.329;TYPE=del;VARB=-0.0189197;OID=.;OPOS=63446200;OREF=AAAATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105:11:40:13:38:25:7:6:9:16:76:20:6:5:5:15 chr15 63597857 . T G 456.42 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00606038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.0239;QD=16.9042;RBI=0.011142;REFB=-0.0236901;REVB=-0.00934963;RO=56;SAF=36;SAR=14;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124227;STB=0.572627;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.042904;OID=.;OPOS=63597857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:58:50:50:0.462963:14:36:34:22:14:36:35:23 chr15 63922752 . T A 317.16 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00836683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.311;QD=25.8908;RBI=0.0123493;REFB=-0.0170962;REVB=-0.00908306;RO=21;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00924929;STB=0.505121;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0128826;OID=.;OPOS=63922752;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:13:15:11:10:13:15:11:10 chr15 63932513 . G C 581.5 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.00988369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.209;QD=17.3582;RBI=0.00988484;REFB=-0.00634575;REVB=0.00015046;RO=69;SAF=40;SAR=21;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162456;STB=0.606944;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00688205;OID=.;OPOS=63932513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:69:73:61:61:0.455224:21:40:34:35:21:40:34:39 chr15 63937209 . C G 510.99 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0131263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.678;QD=21.2911;RBI=0.0143164;REFB=-0.010541;REVB=-0.00571503;RO=47;SAF=29;SAR=20;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184342;STB=0.601822;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00933785;OID=.;OPOS=63937209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:20:29:18:29:20:29:18:29 chr15 63953153 . A G 154.4 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0248698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5401;QD=17.1553;RBI=0.0818055;REFB=-0.0267837;REVB=0.0779335;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08752;STB=0.56693;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.123651;OID=.;OPOS=63953153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:6:11:10:8:6:11:10:9 chr15 63954029 . C T 409.72 PASS AF=0.6875;AO=32;DP=47;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0112118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.124;QD=34.1432;RBI=0.0213543;REFB=-0.0167622;REVB=-0.0181742;RO=15;SAF=13;SAR=19;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757648;STB=0.54472;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0077554;OID=.;OPOS=63954029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:15:15:32:33:0.6875:19:13:8:7:20:13:8:7 chr15 63970456 . T C 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00863453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.481;QD=14.7939;RBI=0.00899941;REFB=0.00203455;REVB=-0.00253658;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114927;STB=0.566429;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00270166;OID=.;OPOS=63970456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:10:8:15:12:10:8:15:12 chr15 63988357 . C G 299.87 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0316046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0441;QD=15.5776;RBI=0.0733932;REFB=-0.0144312;REVB=0.0662398;RO=43;SAF=17;SAR=16;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185283;STB=0.595295;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0231698;OID=.;OPOS=63988357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:43:43:33:34:0.441558:16:17:30:13:16:18:30:13 chr15 64215375 . G C 728.68 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00246833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3689;QD=57.1513;RBI=0.00390111;REFB=0;REVB=-0.00302093;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00006e-05;OID=.;OPOS=64215375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr15 64385851 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3893;QD=60.6095;RBI=0.0227453;REFB=0;REVB=0.0101804;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176425;OID=.;OPOS=64385851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr15 64418397 . G A 499.6 PASS AF=0.972973;AO=33;DP=35;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0499384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1081;QD=54.0109;RBI=0.050279;REFB=-0.132938;REVB=-0.00584262;RO=1;SAF=2;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148398;STB=0.507242;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0107926;OID=.;OPOS=64418397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:35:37:1:1:33:36:0.972973:31:2:0:1:34:2:0:1 chr15 64430607 . T C 327.09 PASS AF=1;AO=9;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389423;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.064;QD=54.5148;RBI=0.0523759;REFB=0;REVB=0.0350246;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473082;OID=.;OPOS=64430607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:9:24:1:5:4:0:0:14:10:0:0 chr15 64634884 . C A 460.41 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0825904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.896;QD=54.1665;RBI=0.0895377;REFB=0.0600526;REVB=-0.0345807;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321794;STB=0.517231;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00166033;OID=.;OPOS=64634884;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:18:14:1:0:19:14:1:0 chr15 64710827 . T C 325.25 PASS AF=0.404494;AO=35;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=-0.00201787;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.667;QD=14.6177;RBI=0.0164649;REFB=-0.016335;REVB=-0.0163408;RO=53;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245227;STB=0.629146;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0188521;OID=.;OPOS=64710827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:35:36:0.404494:17:18:15:38:18:18:15:38 chr15 64737225 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00908884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.655;QD=58.5873;RBI=0.0214166;REFB=0;REVB=0.0193923;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5945e-05;OID=.;OPOS=64737225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr15 64792896 . G A 998.03 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00252227;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.751;QD=57.8567;RBI=0.0141879;REFB=-0.0237565;REVB=-0.0139619;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=3.63447e-05;OID=.;OPOS=64792896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:0:1:68:68:0.985507:31:37:0:0:31:37:0:1 chr15 64793617 . A G 870.83 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213429;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.423;QD=58.0554;RBI=0.0215524;REFB=0;REVB=0.00299791;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.59656e-05;OID=.;OPOS=64793617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr15 64915106 . C T 819.56 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00507618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1905;QD=55.5631;RBI=0.0456019;REFB=-0.102324;REVB=0.0453185;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.507934;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00239774;OID=.;OPOS=64915106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:27:31:0:0:27:31:1:0 chr15 64962624 . A AC 243.8 PASS AF=0.573034;AO=12;DP=93;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00594891;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.9718;QD=10.9574;RBI=0.164489;REFB=0.0534644;REVB=-0.164382;RO=79;SAF=5;SAR=7;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172533;STB=0.518313;STBP=0.704;TYPE=ins;VARB=-0.0181458;OID=.;OPOS=64962625;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.573034:12:93:51:89:38:22:29:18:20:99:79:5:7:34:45 chr15 64962630 . A C 516.82 PASS AF=0.556818;AO=46;DP=86;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0475953;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3891;QD=23.4919;RBI=0.0536884;REFB=0.0200518;REVB=-0.0248422;RO=39;SAF=19;SAR=27;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413053;STB=0.514845;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.0152818;OID=.;OPOS=64962630;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:39:39:46:49:0.556818:27:19:18:21:28:21:18:21 chr15 64977578 . A G 159.34 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0524407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.255;QD=17.2255;RBI=0.0550853;REFB=-0.02684;REVB=-0.0168631;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617758;STB=0.503812;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0299262;OID=.;OPOS=64977578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:16:17:0.459459:12:4:6:14:12:5:6:14 chr15 65041622 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3379;QD=48.737;RBI=0.0489415;REFB=0;REVB=0.0425219;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389824;OID=.;OPOS=65041622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr15 65108503 . GA G,GT 782.78 PASS AF=0.12,0.88;AO=5,45;DP=50;FAO=6,44;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,30;FSAR=5,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298369,-0.0480467;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.957,134.801;QD=62.6222;RBI=0.0393718,0.054195;REFB=0,0;REVB=0.0256885,0.025072;RO=0;SAF=0,31;SAR=5,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0118233,-0.00520881;OID=.,.;OPOS=65108504,65108504;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.12,0.88:5,45:50:6,44:50:0:1,30:5,14:0:0:30:0:0,31:5,14:0:0 chr15 65369951 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0823002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.049;QD=33.4278;RBI=0.118447;REFB=0;REVB=0.0851849;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027516;OID=.;OPOS=65369951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr15 65370353 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000248466;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.02;QD=57.2375;RBI=0.0134843;REFB=0;REVB=0.013482;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495781;OID=.;OPOS=65370353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr15 65398457 . C T 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00394634;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.507;QD=14.6581;RBI=0.0170114;REFB=-0.0192477;REVB=-0.0165473;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122807;STB=0.57132;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0229987;OID=.;OPOS=65398457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:7:10:6:7:7:10 chr15 65449169 . C T 951.75 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00992859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.789;QD=58.5695;RBI=0.0240369;REFB=0;REVB=0.0218906;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38148e-05;OID=.;OPOS=65449169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:33:31:0:0:33:32:0:0 chr15 65489128 . C T 787.04 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0630725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.16;QD=55.2309;RBI=0.068465;REFB=-0.107236;REVB=0.0266329;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145081;STB=0.50769;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000507562;OID=.;OPOS=65489128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:32:24:0:1:32:24:0:1 chr15 65489688 . T C 919.72 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.761;QD=58.3949;RBI=0.0773427;REFB=0;REVB=-0.0767272;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155171;OID=.;OPOS=65489688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr15 65490901 . T C 723.45 PASS AF=0.931034;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0171064;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.825;QD=49.8931;RBI=0.0223008;REFB=0.0455321;REVB=-0.0143072;RO=4;SAF=36;SAR=18;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495407;STB=0.526306;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00173824;OID=.;OPOS=65490901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:58:58:4:4:54:54:0.931034:18:36:4:0:18:36:4:0 chr15 65619427 . T A 59.12 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.516;QD=33.7853;RBI=0.0476824;REFB=0;REVB=-0.0111652;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115253;OID=.;OPOS=65619427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:5:2:0:0 chr15 65620156 . C T 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1162;QD=54.5157;RBI=0.0794958;REFB=0;REVB=0.0794958;RO=0;SAF=0;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203236;OID=.;OPOS=65620156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:25:0:0:0:25:0:0:0 chr15 65621441 . C A 508.36 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00178568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.058;QD=56.4849;RBI=0.0946489;REFB=-0.0342588;REVB=0.0946321;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000677835;OID=.;OPOS=65621441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:36:0:1:34:35:0.972222:13:21:0:0:14:21:0:1 chr15 65621857 . T C 483.2 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0889175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8075;QD=58.5695;RBI=0.0891942;REFB=0;REVB=0.00702058;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000894466;OID=.;OPOS=65621857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr15 65667724 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.722;QD=59.0184;RBI=0.0460198;REFB=0;REVB=0.0151234;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267481;OID=.;OPOS=65667724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr15 65689267 . T C 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00424047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.776;QD=18.1535;RBI=0.00697198;REFB=-0.0190759;REVB=0.00553416;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162969;STB=0.592505;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0304411;OID=.;OPOS=65689267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:12:9:15:10:12:9:15:10 chr15 65703625 . C G 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2597;QD=62.9775;RBI=0.0733152;REFB=0;REVB=-0.0351658;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038774;OID=.;OPOS=65703625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr15 65856653 . G A 215.49 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0184;QD=47.8865;RBI=0.0368491;REFB=0;REVB=0.0207454;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143464;OID=.;OPOS=65856653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:5:12:0:0:5:13:0:0 chr15 65994733 . C T 543.12 PASS AF=0.536842;AO=49;DP=92;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00306459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.929;QD=22.8682;RBI=0.0145991;REFB=-0.0273688;REVB=-0.0142738;RO=42;SAF=24;SAR=25;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114154;STB=0.515058;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.018722;OID=.;OPOS=65994733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:42:44:49:51:0.536842:25:24:20:22:25:26:21:23 chr15 66011668 . TTTTTTTTT ATTTTTTTA,ATTTTTTTT 199.71 PASS AF=0.111111,0.592593;AO=3,9;DP=28;FAO=3,16;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=2,9;FSAR=1,7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00746426,0.0091598;FXX=0.156201;HRUN=14,14;LEN=9,1;MLLD=169.401,183.029;QD=29.5873;RBI=0.0647983,0.0675612;REFB=0.000573069,0.00128613;REVB=-0.0643669,-0.0669374;RO=2;SAF=2,7;SAR=1,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.272699,-0.11124;STB=0.691333,0.608569;STBP=0.792,0.166;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00354597,-0.00118914;OID=.,.;OPOS=66011668,66011668;OREF=TTTTTTTTT,T;OALT=ATTTTTTTA,A;OMAPALT=ATTTTTTTA,ATTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:62:28:27:2:8:3,9:3,16:0.111111,0.592593:1,2:2,7:2:0:1,7:2,9:7:1 chr15 66023799 . G T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.025677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3288;QD=17.4014;RBI=0.0281949;REFB=-0.000991687;REVB=0.0116467;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237804;STB=0.638067;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00130763;OID=.;OPOS=66023799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:10:3:6:7:10:3:6:7 chr15 66257408 . T C 499.24 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1311;QD=58.7341;RBI=0.0879875;REFB=0;REVB=0.0702311;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213527;OID=.;OPOS=66257408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr15 66274690 . T C 161.2 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6517;QD=42.9865;RBI=0.0304385;REFB=0;REVB=-0.030167;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165009;OID=.;OPOS=66274690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:15:0:0:14:15:1:3:11:0:0:3:12:0:0 chr15 66411441 . C T 1208.89 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.72;QD=61.2095;RBI=0.0404798;REFB=0;REVB=0.0384819;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5776e-05;OID=.;OPOS=66411441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:48:31:0:0:48:31:0:0 chr15 66612965 . T C 1324.69 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280337;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.498;QD=62.3381;RBI=0.0351136;REFB=0;REVB=0.0211442;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39239e-05;OID=.;OPOS=66612965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr15 66640619 . C A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00460539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.051;QD=55.6554;RBI=0.0112046;REFB=0;REVB=0.0102143;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29561e-06;OID=.;OPOS=66640619;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr15 66644521 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.076;QD=53.9111;RBI=0.0439694;REFB=0;REVB=-0.0286906;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66959e-05;OID=.;OPOS=66644521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr15 66821250 . A G 574.29 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.171;QD=60.4515;RBI=0.0298176;REFB=0;REVB=0.00654439;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89697e-05;OID=.;OPOS=66821250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:25:10:0:0:26:12:0:0 chr15 67073549 . C T 353.7 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0660781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.015;QD=23.9797;RBI=0.0669632;REFB=-0.0265219;REVB=0.0108516;RO=23;SAF=19;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162951;STB=0.500488;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.016855;OID=.;OPOS=67073549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:23:24:35:35:0.59322:16:19:13:10:16:19:13:11 chr15 67234251 . A G 976.38 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0300892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.539;QD=57.4341;RBI=0.0378634;REFB=-0.0263707;REVB=0.0229843;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.507934;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000408633;OID=.;OPOS=67234251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:0:1:66:67:0.985294:35:31:0:0:36:31:1:0 chr15 67457335 . A G 178.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0173063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.111;QD=14.8508;RBI=0.0216204;REFB=-0.00272902;REVB=0.0129589;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813853;STB=0.546997;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00579636;OID=.;OPOS=67457335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:10:9:16:13:10:9:16:13 chr15 67486775 . T C 95.69 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.016593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.587;QD=11.5983;RBI=0.052841;REFB=-0.00109783;REVB=0.0501682;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105621;STB=0.545379;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0033582;OID=.;OPOS=67486775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:6:6:12:8:6:6:12:9 chr15 67486847 . T C 45.07 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00171088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.821;QD=7.83784;RBI=0.0188977;REFB=-0.000811267;REVB=-0.0188201;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100525;STB=0.506311;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010038;OID=.;OPOS=67486847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:7:9:4:3:7:9 chr15 67494304 . T G 162.45 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0165121;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.114;QD=17.5627;RBI=0.0165718;REFB=0.00575682;REVB=-0.00140449;RO=20;SAF=3;SAR=14;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370313;STB=0.521251;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00452628;OID=.;OPOS=67494304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:14:3:4:16:14:3:4:16 chr15 67528374 . T G 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0269056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1847;QD=17.9425;RBI=0.0613462;REFB=0.0152585;REVB=0.0551312;RO=29;SAF=17;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206097;STB=0.615399;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00666156;OID=.;OPOS=67528374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:11:17:11:18:11:17:11:18 chr15 67574440 . C G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0160805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.11;QD=11.6669;RBI=0.0188518;REFB=-0.00729678;REVB=-0.00983902;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366241;STB=0.521708;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0123124;OID=.;OPOS=67574440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:8:6:12:14:8:6:12:14 chr15 67692502 . T C 1732.93 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0191951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.269;QD=59.7563;RBI=0.0215797;REFB=-0.0972679;REVB=-0.00986057;RO=1;SAF=54;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784876;STB=0.504064;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000274645;OID=.;OPOS=67692502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:116:1:1:114:115:0.991379:60:54:0:1:61:54:0:1 chr15 67768151 . G C 1472.55 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.547;QD=63.3356;RBI=0.0586234;REFB=0;REVB=0.0565075;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100739;OID=.;OPOS=67768151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr15 67951150 . G T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00557102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.1;QD=10.8236;RBI=0.0348438;REFB=-0.00851792;REVB=-0.0343956;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693119;STB=0.541596;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0159625;OID=.;OPOS=67951150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:4:8:14:9:4:8:14:9 chr15 67962763 . A G 494.08 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.00494422;FXX=0.0186898;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.045;QD=18.8222;RBI=0.00711816;REFB=-0.00134879;REVB=-0.00512082;RO=53;SAF=23;SAR=29;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605422;STB=0.53347;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00156022;OID=.;OPOS=67962763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:53:53:52:52:0.495238:29:23:20:33:29:23:20:33 chr15 68117300 . T A 378.49 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0407789;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.817;QD=16.1058;RBI=0.0424815;REFB=-0.00262556;REVB=-0.0119064;RO=54;SAF=23;SAR=17;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133086;STB=0.574962;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0043031;OID=.;OPOS=68117300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:17:23:24:30:17:23:24:30 chr15 68434310 . GAAA GAA,GAAG 60.75 PASS AF=0.333333,0.0606061;AO=11,2;DP=34;FAO=11,2;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=1,2;FSAR=10,0;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00710113,-0.000130832;FXX=0.0294031;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=18.9083,208.389;QD=7.36326;RBI=0.0850955,0.0449661;REFB=-0.0705482,-0.00570549;REVB=-0.0847987,-0.0449659;RO=18;SAF=0,2;SAR=11,0;SRF=13;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.826275,0.444428;STB=0.890954,0.993251;STBP=0.004,0.304;TYPE=del,snp;VARB=0.0954247,0.0137174;OID=.,.;OPOS=68434311,68434313;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.0606061:11,2:34:11,2:33:20:1,2:10,0:13:7:49:18:0,2:11,0:13:5 chr15 68583175 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.847;QD=57.3855;RBI=0.0663953;REFB=0;REVB=0.0480778;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023915;OID=.;OPOS=68583175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr15 68603625 . C T 859.72 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0408479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.341;QD=54.5857;RBI=0.0469405;REFB=-0.0384491;REVB=0.023127;RO=2;SAF=23;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00782079;STB=0.504145;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00110561;OID=.;OPOS=68603625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:38:23:1:1:38:23:1:1 chr15 68605169 . G A 713.76 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0190249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.077;QD=50.983;RBI=0.0394886;REFB=-0.0859488;REVB=0.0346035;RO=2;SAF=23;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392057;STB=0.520825;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00451075;OID=.;OPOS=68605169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:56:56:2:2:52:52:0.928571:29:23:2:0:29:23:2:0 chr15 68607979 . C T 269.51 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0264528;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.084;QD=28.369;RBI=0.0372246;REFB=-0.0380959;REVB=0.02619;RO=13;SAF=14;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17492;STB=0.583264;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0128898;OID=.;OPOS=68607979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:14:24:24:0.631579:10:14:4:9:10:14:5:9 chr15 68612556 . T C 766.23 PASS AF=0.503401;AO=74;DP=148;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=56;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.0091589;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.395;QD=20.8498;RBI=0.0139682;REFB=-0.00504473;REVB=-0.0105463;RO=73;SAF=56;SAR=18;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246892;STB=0.63687;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00633235;OID=.;OPOS=68612556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:73:73:74:74:0.503401:18:56:38:35:18:56:38:35 chr15 68613778 . G T 391.47 PASS AF=0.47619;AO=38;DP=80;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.000572567;FXX=0.0232531;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.368;QD=18.6415;RBI=0.00283755;REFB=-0.0109345;REVB=0.00277919;RO=42;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471204;STB=0.549975;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0202282;OID=.;OPOS=68613778;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:42:44:38:40:0.47619:18:20:20:22:18:22:20:24 chr15 68613787 . A G 467.36 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00772509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.683;QD=20.1013;RBI=0.00908753;REFB=-0.0171746;REVB=-0.00478603;RO=47;SAF=26;SAR=20;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146095;STB=0.580971;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0224105;OID=.;OPOS=68613787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:20:26:19:28:20:26:19:28 chr15 68624396 . A C 442.56 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773114;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.226;QD=57.1041;RBI=0.0219938;REFB=0;REVB=0.0205902;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135454;OID=.;OPOS=68624396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:17:14:0:0 chr15 68628049 . T G 528.61 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0244218;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.393;QD=17.7683;RBI=0.0294171;REFB=-0.0160877;REVB=0.0163994;RO=62;SAF=23;SAR=33;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857335;STB=0.552156;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0309145;OID=.;OPOS=68628049;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:62:63:56:56:0.470588:33:23:31:31:33:23:32:31 chr15 68628143 . C T 743.7 PASS AF=0.517986;AO=72;DP=139;FAO=72;FDP=139;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=0.0208206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.78;QD=21.4015;RBI=0.0218846;REFB=-0.0210761;REVB=0.00674077;RO=65;SAF=26;SAR=46;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213657;STB=0.501517;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0233897;OID=.;OPOS=68628143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:65:67:72:72:0.517986:46:26:22:43:46:26:24:43 chr15 68649587 . G A 1020.31 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.712;QD=58.3033;RBI=0.0453281;REFB=0;REVB=0.0435952;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566911;OID=.;OPOS=68649587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:70:0:0:69:70:1:35:34:0:0:36:34:0:0 chr15 69019582 . G C 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00148615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.95;QD=8.81182;RBI=0.0329073;REFB=-0.00752592;REVB=-0.0328737;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103103;STB=0.506316;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0150183;OID=.;OPOS=69019582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:6:4:9:14:6:4:9:14 chr15 69325581 . C T 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9685;QD=58.2376;RBI=0.0823217;REFB=0;REVB=0.011013;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000956192;OID=.;OPOS=69325581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr15 69327825 . C T 808.37 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00670387;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.309;QD=55.7498;RBI=0.040702;REFB=0;REVB=0.0401461;RO=0;SAF=40;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075875;OID=.;OPOS=69327825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:58:0:0:56:58:1:16:40:0:0:18:40:0:0 chr15 69542968 . G A 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.01384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7256;QD=6.52523;RBI=0.0555141;REFB=-0.00623768;REVB=0.0537612;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195617;STB=0.624653;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00525226;OID=.;OPOS=69542968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:4:3:12:8:4:3:12:8 chr15 69561518 . G A 90.28 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0275563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5097;QD=16.4139;RBI=0.0402733;REFB=-0.000931071;REVB=0.0293699;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246576;STB=0.640795;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000789114;OID=.;OPOS=69561518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:9:2:5:6:9:2 chr15 69683945 . C G 728.79 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000276739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6515;QD=57.1599;RBI=0.0260381;REFB=0;REVB=-0.0260366;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281631;OID=.;OPOS=69683945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:35:15:0:0:35:16:0:0 chr15 69697756 . G A 558.26 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.84;QD=60.3526;RBI=0.0341408;REFB=0;REVB=0.0316419;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144196;OID=.;OPOS=69697756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:35:37:1:15:20:0:0:17:20:0:0 chr15 69728530 . A C 471.82 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00538899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.954;QD=20.9696;RBI=0.00567387;REFB=-0.00963379;REVB=0.00177525;RO=44;SAF=29;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990365;STB=0.55486;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0148572;OID=.;OPOS=69728530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:17:29:23:21:17:29:23:21 chr15 69728949 . A G 1861.64 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00450057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.761;QD=60.5412;RBI=0.00460298;REFB=-0.0306046;REVB=-0.000965545;RO=1;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082617;STB=0.504347;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=6.65787e-05;OID=.;OPOS=69728949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:57:65:0:1:57:65:0:1 chr15 69732736 . C T 782.99 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.782;QD=63.9179;RBI=0.0651984;REFB=0;REVB=0.0651603;RO=0;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216672;OID=.;OPOS=69732736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:13:36:0:0:13:36:0:0 chr15 69740350 . A G 801.25 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8451;QD=57.2323;RBI=0.0721559;REFB=0;REVB=0.0134679;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000929504;OID=.;OPOS=69740350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:25:31:0:0 chr15 69750313 . G C 211.83 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0175983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.606;QD=19.7053;RBI=0.0318573;REFB=-0.00361834;REVB=0.0265554;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046355;STB=0.536877;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00420593;OID=.;OPOS=69750313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:20:21:0.488372:11:9:11:11:12:9:11:11 chr15 70345626 . C T 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.0250748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.798;QD=16.8092;RBI=0.0254218;REFB=-0.0163574;REVB=-0.00418618;RO=41;SAF=14;SAR=21;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289343;STB=0.666576;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0121624;OID=.;OPOS=70345626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:21:14:29:12:21:14:30:12 chr15 70346923 . C T 76.22 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0253792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1187;QD=11.7259;RBI=0.0329066;REFB=-0.0413051;REVB=0.0209461;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120736;STB=0.6996;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0728066;OID=.;OPOS=70346923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:26:26:12:16:10:10:0.384615:7:3:5:7:7:3:10:6 chr15 70347362 . C A 306.28 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.272;QD=53.2652;RBI=0.0406117;REFB=0;REVB=0.0165587;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425465;OID=.;OPOS=70347362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr15 70347816 . A AG 542.01 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106534;FXX=0.0526177;HRUN=0;LEN=1;MLLD=125.158;QD=60.2234;RBI=0.0214492;REFB=0;REVB=0.0186164;RO=1;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164281;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.28021e-05;OID=.;OPOS=70347817;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:38:36:36:0:8:28:0:0:4:1:8:28:0:1 chr15 70347920 . T C 990.53 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.557;QD=59.136;RBI=0.0960862;REFB=0;REVB=-0.0958045;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.67393e-05;OID=.;OPOS=70347920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr15 70351788 . T C 307.66 PASS AF=0.485294;AO=30;DP=65;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0179691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.953;QD=18.0977;RBI=0.0240351;REFB=-0.0237276;REVB=-0.0159623;RO=35;SAF=12;SAR=18;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26864;STB=0.617346;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0240283;OID=.;OPOS=70351788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:35:35:30:33:0.485294:18:12:24:11:18:15:24:11 chr15 70368432 . T C 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0033057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.247;QD=11.6672;RBI=0.0315745;REFB=0.00946856;REVB=-0.031401;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131804;STB=0.507801;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.0255516;OID=.;OPOS=70368432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:5:9:17:9:5:9:17:9 chr15 70960068 . G A 400.36 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0197568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.611;QD=53.3807;RBI=0.0241028;REFB=-0.0807738;REVB=0.0138063;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521724;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000425882;OID=.;OPOS=70960068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:11:18:0:0:11:18:0:1 chr15 70991925 . G C,T 1403.68 PASS AF=0.968085,0.0212766;AO=87,5;DP=93;FAO=91,2;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=46,1;FSAR=45,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00420797,0.00441721;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=190.45,135.612;QD=59.731;RBI=0.0099742,0.0431896;REFB=-0.107506,-0.225377;REVB=-0.0090431,-0.0429631;RO=0;SAF=43,4;SAR=44,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.505375,0.665164;STBP=0.509,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=0.000606914,0.0921734;OID=.,.;OPOS=70991925,70991925;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:93:94:0:1:87,5:91,2:0.968085,0.0212766:44,1:43,4:0:0:45,1:46,1:1:0 chr15 71125093 . G A 146.83 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0491967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3306;QD=11.2943;RBI=0.0744241;REFB=0.0104237;REVB=0.0558447;RO=34;SAF=12;SAR=6;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192046;STB=0.613204;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.0205715;OID=.;OPOS=71125093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:6:12:17:17:6:12:17:17 chr15 71125204 . A G 193.34 PASS AF=0.571429;AO=17;DP=34;FAO=20;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0500662;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=83.5072;QD=22.0957;RBI=0.0519846;REFB=-0.0170251;REVB=-0.0139919;RO=12;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126697;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.016796;OID=.;OPOS=71125204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:12:15:17:20:0.571429:10:7:3:9:12:8:6:9 chr15 71184278 . G T 230.83 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.00267078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.134;QD=23.0827;RBI=0.0288014;REFB=-0.00503284;REVB=0.0286773;RO=18;SAF=3;SAR=19;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494622;STB=0.527751;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0047339;OID=.;OPOS=71184278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:19:3:3:15:19:3:3:15 chr15 71184495 . A G 153.1 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=62;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00985398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.77;QD=9.72056;RBI=0.0639164;REFB=-0.0301938;REVB=-0.0631523;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208926;STB=0.547899;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0416162;OID=.;OPOS=71184495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:42:20:21:0.333333:9:11:10:19:9:12:21:21 chr15 71276480 . GCAA G 46.63 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0324182;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.453;QD=8.47879;RBI=0.0324888;REFB=-0.00968402;REVB=-0.00214175;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278858;STB=0.675158;STBP=0.283;TYPE=del;VARB=0.0149705;OID=.;OPOS=71276481;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:7:23:7:22:15:2:5:8:7:46:15:2:5:8:7 chr15 71403406 . T C 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0100531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.287;QD=20.7692;RBI=0.0202089;REFB=-0.0286894;REVB=-0.0175309;RO=24;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148059;STB=0.58265;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0200683;OID=.;OPOS=71403406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:10:17:11:13:10:17:11:13 chr15 72070075 . G A 167.32 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00861266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5481;QD=15.5649;RBI=0.0167476;REFB=-0.0110789;REVB=0.0143633;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763977;STB=0.543992;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0275459;OID=.;OPOS=72070075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:12:13:8:10:12:13 chr15 72104364 . A G 379.11 PASS AF=0.414141;AO=40;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0085401;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.759;QD=15.3174;RBI=0.00890089;REFB=-0.0229979;REVB=-0.0025085;RO=59;SAF=15;SAR=25;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212253;STB=0.604887;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0316744;OID=.;OPOS=72104364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:58:40:41:0.414141:25:15:34:25:25:16:33:25 chr15 72104433 . T C 161.89 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0774484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6539;QD=17.5019;RBI=0.078602;REFB=-0.00490906;REVB=0.0134173;RO=17;SAF=4;SAR=13;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755876;STB=0.509424;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00480184;OID=.;OPOS=72104433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:19:17:18:0.486486:13:4:3:14:13:5:5:14 chr15 72105928 . AC A 1093.63 PASS AF=1;AO=83;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503775;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=22.2991;QD=46.0476;RBI=0.0655885;REFB=0;REVB=-0.0419995;RO=1;SAF=34;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000885957;OID=.;OPOS=72105929;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:94:95:95:0:43:52:0:0:19:1:34:49:1:0 chr15 72172883 . G C 397.44 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0118901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.783;QD=20.6461;RBI=0.0121404;REFB=-0.00440756;REVB=-0.00245251;RO=37;SAF=17;SAR=23;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192427;STB=0.606378;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00554888;OID=.;OPOS=72172883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:23:17:24:13:23:17:24:13 chr15 72191266 . C T 307.54 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0159099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3844;QD=18.639;RBI=0.044409;REFB=-0.0202061;REVB=0.0414612;RO=33;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835656;STB=0.546625;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0235201;OID=.;OPOS=72191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:20:13:16:17:20:13:16:17 chr15 72432583 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.681;QD=55.097;RBI=0.048772;REFB=0;REVB=0.00624522;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343338;OID=.;OPOS=72432583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr15 72433182 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.407;QD=60.9785;RBI=0.0238876;REFB=0;REVB=0.00197593;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04432e-05;OID=.;OPOS=72433182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr15 72637795 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00487106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.836;QD=61.6838;RBI=0.00750022;REFB=0;REVB=-0.00570316;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.51085e-05;OID=.;OPOS=72637795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr15 72638892 . T C,G 676.9 PASS AF=0.934783,0.0434783;AO=43,2;DP=46;FAO=43,2;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=31,0;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186602,0.019676;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.58,137.742;QD=58.861;RBI=0.0310251,0.0733801;REFB=0.0634266,-0.0406637;REVB=0.0247861,-0.070693;RO=0;SAF=31,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.41862e-08,0;STB=0.519991,0.5;STBP=0.152,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00228217,0.163967;OID=.,.;OPOS=72638892,72638892;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:46:0:1:43,2:43,2:0.934783,0.0434783:12,2:31,0:0:0:12,2:31,0:0:1 chr15 72879653 . A ATTG 562.83 PASS AF=0.865385;AO=44;DP=53;FAO=45;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00863683;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=3;MLLD=256.287;QD=43.2943;RBI=0.00866218;REFB=0.000386144;REVB=-0.000662292;RO=7;SAF=27;SAR=17;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274021;STB=0.51326;STBP=0.63;TYPE=ins;VARB=-4.6948e-05;OID=.;OPOS=72879654;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=ATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.865385:44:53:45:52:7:28:17:5:2:39:7:27:17:5:2 chr15 72987588 . G T 726.42 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.151083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.09;QD=63.167;RBI=0.16018;REFB=0;REVB=-0.0532113;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00291908;OID=.;OPOS=72987588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr15 73002035 . G A 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00289435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.09;QD=56.9991;RBI=0.0357894;REFB=0;REVB=0.0356721;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161186;OID=.;OPOS=73002035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr15 73023937 . T C 1245.39 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00510896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1234;QD=57.9249;RBI=0.0184177;REFB=-0.225263;REVB=0.0176949;RO=3;SAF=38;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828409;STB=0.504376;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0046673;OID=.;OPOS=73023937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:86:86:3:3:83:83:0.965116:45:38:1:2:45:38:1:2 chr15 73027478 . T C 181.95 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00985011;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3615;QD=16.1737;RBI=0.0385666;REFB=-0.00168366;REVB=0.0372875;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120026;STB=0.568558;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00302346;OID=.;OPOS=73027478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:26:26:19:19:0.422222:8:11:18:8:8:11:18:8 chr15 73044575 . G A 295.82 PASS AF=0.435897;AO=32;DP=81;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00737555;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.292;QD=15.1703;RBI=0.010821;REFB=-0.00859347;REVB=0.00791799;RO=42;SAF=20;SAR=12;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00636353;STB=0.53396;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0155409;OID=.;OPOS=73044575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:42:44:32:34:0.435897:12:20:26:16:12:22:26:18 chr15 73067234 . T C,G 546.42 PASS AF=0.918919,0.0810811;AO=34,2;DP=37;FAO=34,3;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=6,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267033,-0.0140148;FXX=0.0263089;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.335,155.218;QD=59.0719;RBI=0.0446039,0.0326101;REFB=0,0;REVB=0.0445239,0.0294449;RO=0;SAF=28,0;SAR=6,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.73777e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0022157,0.105885;OID=.,.;OPOS=73067234,73067234;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:37:37:0:0:34,2:34,3:0.918919,0.0810811:6,2:28,0:0:0:6,3:28,0:0:0 chr15 73541513 . A G 270.63 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0200658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2443;QD=16.9146;RBI=0.0449685;REFB=0.00805814;REVB=0.0402434;RO=33;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523686;STB=0.522565;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00705164;OID=.;OPOS=73541513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:30:30:0.46875:12:18:18:15:12:18:19:15 chr15 73545732 . T C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00686948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.736;QD=8.3082;RBI=0.0107121;REFB=-0.00568647;REVB=-0.00821941;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309661;STB=0.624688;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0152538;OID=.;OPOS=73545732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:26:18:18:7:8:0.307692:5:2:10:8:5:3:10:8 chr15 73564881 . C T 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00311001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.503;QD=18.7769;RBI=0.0235577;REFB=-0.00374808;REVB=0.0233515;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105531;STB=0.559224;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00467564;OID=.;OPOS=73564881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:16:10:13:13:16:10:13:13 chr15 73614114 . T C 318.14 PASS AF=0.58;AO=27;DP=49;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0329647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.169;QD=25.4509;RBI=0.049913;REFB=-0.0509857;REVB=0.0374784;RO=21;SAF=13;SAR=14;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117731;STB=0.563064;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0388402;OID=.;OPOS=73614114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:21:21:27:29:0.58:14:13:7:14:15:14:7:14 chr15 73614834 . T C 38.58 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0031077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.26;QD=11.0227;RBI=0.0515001;REFB=-0.00972462;REVB=0.0514062;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271446;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00495185;OID=.;OPOS=73614834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:3:5:2:4:3:5 chr15 74032783 . A G 375.6 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1409;QD=55.6442;RBI=0.0193045;REFB=0;REVB=0.0124722;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63208e-05;OID=.;OPOS=74032783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr15 74244277 . AC A,AG 586.11 PASS AF=0.025,0.975;AO=7,32;DP=40;FAO=1,39;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336542,0.0271605;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.394,157.967;QD=58.6112;RBI=0.0637492,0.0775081;REFB=0,0;REVB=0.054142,0.0725935;RO=0;SAF=1,12;SAR=6,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0503042,0.00361809;OID=.,.;OPOS=74244278,74244278;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025,0.975:7,32:40:1,39:40:0:0,13:1,26:0:0:4:0:1,12:6,20:0:0 chr15 74244344 . C T 84.14 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0346777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.033;QD=16.0267;RBI=0.0349975;REFB=-0.00636745;REVB=0.00472001;RO=10;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243156;STB=0.642565;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00504467;OID=.;OPOS=74244344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:9:2:4:6:9:2:4:6 chr15 74275676 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00960415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.802;QD=15.3789;RBI=0.0120755;REFB=-0.034994;REVB=0.00731977;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162033;STB=0.594432;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0377739;OID=.;OPOS=74275676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:8:4:7:7:8:4:7:7 chr15 74277795 . T C 730.44 PASS AF=0.490323;AO=76;DP=155;FAO=76;FDP=155;FR=.;FRO=79;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.0323707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.468;QD=18.8502;RBI=0.0348324;REFB=-0.00938279;REVB=-0.0128621;RO=78;SAF=40;SAR=36;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230306;STB=0.5092;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00994093;OID=.;OPOS=74277795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:78:79:76:76:0.490323:36:40:43:35:36:40:43:36 chr15 74328116 . A G 218.12 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.123767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.855;QD=22.9603;RBI=0.13305;REFB=-0.049429;REVB=-0.0488276;RO=14;SAF=5;SAR=16;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322557;STB=0.651007;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0151248;OID=.;OPOS=74328116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:17:21:21:0.552632:16:5:9:5:16:5:9:8 chr15 74328141 . G T 205.86 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.000944177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4489;QD=23.527;RBI=0.0195155;REFB=0.00431501;REVB=0.0194926;RO=15;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193409;STB=0.608582;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00256121;OID=.;OPOS=74328141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:14:6:8:7:14:6:8:7 chr15 74337209 . G A 48.8 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0268502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.21;QD=13.9424;RBI=0.0291535;REFB=-0.00568477;REVB=0.0113575;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275357;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.003034;OID=.;OPOS=74337209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:13:14:6:7:6:7:0.5:4:2:4:2:4:3:4:3 chr15 74365168 . C T 38.38 PASS AF=0.25;AO=6;DP=27;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0125375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.427;QD=5.48223;RBI=0.0208003;REFB=-0.0203449;REVB=-0.0165971;RO=21;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473859;STB=0.594353;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0185326;OID=.;OPOS=74365168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:27:28:21:21:6:7:0.25:1:5:17:4:2:5:17:4 chr15 74368293 . A G 271.88 PASS AF=0.293651;AO=37;DP=126;FAO=37;FDP=126;FR=.;FRO=89;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=61;FWDB=0.0124215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5124;QD=8.63116;RBI=0.0847262;REFB=0.0090311;REVB=-0.0838107;RO=83;SAF=13;SAR=24;SRF=28;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183025;STB=0.528946;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0141756;OID=.;OPOS=74368293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:83:89:37:37:0.293651:24:13:28:55:24:13:28:61 chr15 74368297 . C G 279.87 PASS AF=0.292308;AO=38;DP=130;FAO=38;FDP=130;FR=.;FRO=92;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=63;FWDB=0.0125551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5331;QD=8.61128;RBI=0.0285821;REFB=0.0121738;REVB=0.025677;RO=92;SAF=13;SAR=25;SRF=29;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364858;STB=0.521411;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0446532;OID=.;OPOS=74368297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:92:92:38:38:0.292308:25:13:29:63:25:13:29:63 chr15 74467856 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0257665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.645;QD=18.6447;RBI=0.0289781;REFB=-0.0403501;REVB=0.0132596;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380779;STB=0.521708;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0238576;OID=.;OPOS=74467856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:6:8:8:5:6:8:8:5 chr15 74500080 . G C 314.66 PASS AF=0.375;AO=38;DP=103;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0218365;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.32;QD=12.1023;RBI=0.0222704;REFB=-0.021082;REVB=0.00437452;RO=65;SAF=21;SAR=17;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497921;STB=0.535501;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0303589;OID=.;OPOS=74500080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:65:65:38:39:0.375:17:21:33:32:17:22:33:32 chr15 74565181 . G A 352.73 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0146224;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9254;QD=18.0886;RBI=0.0193854;REFB=-0.0177641;REVB=0.0127271;RO=39;SAF=26;SAR=11;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918505;STB=0.541644;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0115693;OID=.;OPOS=74565181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:39:41:37:37:0.474359:11:26:24:15:11:26:26:15 chr15 74622678 . G A 291.51 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00858695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.548;QD=41.6441;RBI=0.00925134;REFB=-0.191076;REVB=0.00344262;RO=2;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617183;STB=0.512185;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0084428;OID=.;OPOS=74622678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:28:28:2:4:24:24:0.857143:14:10:0:2:14:10:2:2 chr15 74709975 . G A 114.98 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0361896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.091;QD=19.1631;RBI=0.0365407;REFB=0.00495157;REVB=-0.00505292;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796854;STB=0.545386;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0043289;OID=.;OPOS=74709975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:4:7:7:6:4:7 chr15 74710593 . C T 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.015395;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.05;QD=12.8696;RBI=0.0243525;REFB=-0.0271575;REVB=-0.0188691;RO=15;SAF=10;SAR=1;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.634159;STB=0.872244;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0206049;OID=.;OPOS=74710593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:1:10:5:10:1:10:6:10 chr15 74749015 . A G 179.56 PASS AF=0.353846;AO=20;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.131777;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=57.4597;QD=11.0497;RBI=0.145476;REFB=-0.010106;REVB=-0.0616297;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246527;STB=0.617017;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0153838;OID=.;OPOS=74749015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:21:42:20:23:0.353846:9:11:17:4:10:13:31:11 chr15 74783370 . C T 114.04 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0297269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1287;QD=18.2466;RBI=0.0396998;REFB=-0.0291069;REVB=0.0263132;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111715;STB=0.564411;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0255706;OID=.;OPOS=74783370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:10:3:4:8:10:3:4:8 chr15 74889163 . C T 265.6 PASS AF=0.378049;AO=30;DP=85;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0520377;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7263;QD=12.9559;RBI=0.0532825;REFB=-0.00569692;REVB=0.01145;RO=51;SAF=18;SAR=12;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133768;STB=0.504851;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0103988;OID=.;OPOS=74889163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:82:51:51:30:31:0.378049:12:18:30:21:13:18:30:21 chr15 75012985 . T C 304.07 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0034407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.681;QD=17.3757;RBI=0.0359507;REFB=-0.0169573;REVB=-0.0357857;RO=35;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255591;STB=0.527761;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0164837;OID=.;OPOS=75012985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:37:33:33:0.471429:17:16:16:19:17:16:16:21 chr15 75091247 . C T 426.47 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0909868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.673;QD=34.8134;RBI=0.0910396;REFB=-0.0173364;REVB=-0.00309969;RO=15;SAF=24;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225762;STB=0.623301;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0100191;OID=.;OPOS=75091247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:15:34:34:0.693878:10:24:5:10:10:24:5:10 chr15 75091664 . G A 314.75 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0311547;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.499;QD=17.0137;RBI=0.0329406;REFB=-0.0113997;REVB=0.0106989;RO=40;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328739;STB=0.518448;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0144883;OID=.;OPOS=75091664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:40:34:34:0.459459:19:15:19:21:19:15:19:21 chr15 75131661 . A G 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0256148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.894;QD=15.1968;RBI=0.0256526;REFB=0.00625445;REVB=0.00139216;RO=18;SAF=12;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390237;STB=0.731318;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0101662;OID=.;OPOS=75131661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:2:12:10:8:2:12:10:8 chr15 75305040 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.016;QD=62.6709;RBI=0.0411611;REFB=0;REVB=0.00785092;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99765e-05;OID=.;OPOS=75305040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr15 75312715 . C G 214.23 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0288303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.301;QD=45.1009;RBI=0.0477181;REFB=0.175095;REVB=-0.0380241;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483018;STB=0.526287;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00470878;OID=.;OPOS=75312715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:9:9:1:0:9:9:1:0 chr15 75336729 . A G 1171.51 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617387;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.218;QD=60.8577;RBI=0.00794058;REFB=0;REVB=-0.00499361;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249383;OID=.;OPOS=75336729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:76:77:1:41:35:0:0:42:35:0:0 chr15 75498548 . A G 1321.4 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.43;QD=62.1837;RBI=0.0272329;REFB=0;REVB=0.00219091;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09122e-05;OID=.;OPOS=75498548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:82:85:1:40:42:0:0:41:44:0:0 chr15 75499602 . C A 705.88 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566319;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0208;QD=56.4706;RBI=0.0579308;REFB=0;REVB=0.0121986;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451261;OID=.;OPOS=75499602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:27:23:0:0 chr15 75499619 . T C 770.46 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491831;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.847;QD=57.0709;RBI=0.00493583;REFB=0;REVB=0.000415519;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1484e-05;OID=.;OPOS=75499619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:26:28:0:0 chr15 75499861 . G A 854.8 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00798579;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.6243;QD=56.0527;RBI=0.0399729;REFB=-0.106118;REVB=0.039167;RO=1;SAF=45;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103722;STB=0.505493;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.000626731;OID=.;OPOS=75499861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:1:1:59:60:0.983607:14:45:1:0:15:45:1:0 chr15 75499995 . T G 539.0 PASS AF=0.459677;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=18;FWDB=-0.0163609;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.809;QD=17.3869;RBI=0.0251792;REFB=-0.0155991;REVB=0.0191392;RO=64;SAF=22;SAR=35;SRF=47;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323124;STB=0.680575;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0168536;OID=.;OPOS=75499995;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:64:67:57:57:0.459677:35:22:47:17:35:22:49:18 chr15 75503147 . G A 1208.87 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.367;QD=61.2085;RBI=0.0549478;REFB=0;REVB=0.0409855;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224328;OID=.;OPOS=75503147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr15 75562413 . A T 41.03 PASS AF=0.225806;AO=5;DP=30;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0110304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.785;QD=5.29392;RBI=0.0146622;REFB=-0.00343029;REVB=-0.00965965;RO=22;SAF=5;SAR=0;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.60518;STB=0.589878;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00260377;OID=.;OPOS=75562413;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:30:31:22:24:5:7:0.225806:0:5:17:5:1:6:19:5 chr15 75650836 . G A 190.71 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0224493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.166;QD=15.2564;RBI=0.0224612;REFB=-0.00421495;REVB=0.000731883;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173384;STB=0.5999;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00708239;OID=.;OPOS=75650836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:8:12:13:17:8:12:13:17 chr15 75890811 . A T 177.48 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.0411779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.747;QD=21.5121;RBI=0.0451833;REFB=-0.0115642;REVB=-0.0185987;RO=15;SAF=1;SAR=17;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407717;STB=0.52305;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.010601;OID=.;OPOS=75890811;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:17:1:1:14:17:1:1:14 chr15 75932129 . G T 138.96 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00745088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.383;QD=12.0831;RBI=0.00767605;REFB=-0.00643702;REVB=0.00184558;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24979;STB=0.646103;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0119766;OID=.;OPOS=75932129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:9:7:20:10:9:7:20:10 chr15 75950602 . T C 343.19 PASS AF=0.445783;AO=35;DP=82;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0127944;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.553;QD=16.5394;RBI=0.0156129;REFB=-0.0140478;REVB=-0.00894788;RO=47;SAF=21;SAR=14;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488893;STB=0.53268;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.016516;OID=.;OPOS=75950602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:47:46:35:37:0.445783:14:21:26:21:14:23:26:20 chr15 76031200 . C T 52.87 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0181138;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8269;QD=15.1058;RBI=0.0311667;REFB=-0.00795648;REVB=0.0253624;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351206;STB=0.705362;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0219609;OID=.;OPOS=76031200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:14:7:7:7:7:0.5:3:4:1:6:3:4:1:6 chr15 76136768 . C T 1882.9 PASS AF=0.900662;AO=118;DP=152;FAO=136;FDP=151;FR=.;FRO=15;FSAF=42;FSAR=94;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.050538;FXX=0.00657851;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.363;QD=49.8782;RBI=0.0514044;REFB=0.0172236;REVB=0.00939785;RO=0;SAF=24;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6544e-08;STB=0.554746;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-8.22738e-05;OID=.;OPOS=76136768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:152:151:0:15:118:136:0.900662:94:24:0:0:94:42:12:3 chr15 76191802 . G A 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4558;QD=58.961;RBI=0.0491911;REFB=0;REVB=-0.0194602;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288387;OID=.;OPOS=76191802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr15 76298132 . A G 223.15 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3017;QD=49.5878;RBI=0.0197919;REFB=0;REVB=0.0149192;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344801;OID=.;OPOS=76298132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:8:10:0:0 chr15 76496232 . G A 175.58 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0354387;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4996;QD=19.5086;RBI=0.0404079;REFB=-0.00765425;REVB=-0.0194138;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205263;STB=0.615266;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00844301;OID=.;OPOS=76496232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:18:18:18:18:0.5:10:8:4:14:10:8:4:14 chr15 76496954 . TGGGGGGG TGGGGGG,TGGGGGGC 53.55 PASS AF=0.175,0.0625;AO=15,4;DP=83;FAO=14,5;FDP=80;FR=.;FRO=61;FSAF=9,5;FSAR=5,0;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=0.0180225,0.0972611;FXX=0.0476134;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.59611,21.939;QD=2.67774;RBI=0.114292,0.111091;REFB=-0.129419,-0.0814953;REVB=-0.112862,0.0536797;RO=43;SAF=10,4;SAR=5,0;SRF=31;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.076482,0.478073;STB=0.526279,0.997224;STBP=0.864,0.06;TYPE=del,snp;VARB=0.0597145,0.108104;OID=.,.;OPOS=76496955,76496961;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGGGGG,TGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175,0.0625:15,4:83:14,5:80:61:9,5:5,0:41:20:31:43:10,4:5,0:31:12 chr15 76496977 . G C 2008.45 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.66;QD=62.2776;RBI=0.0157825;REFB=0;REVB=-0.00831258;RO=0;SAF=52;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.32173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24723e-06;OID=.;OPOS=76496977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:128:129:1:76:52:0:0:76:53:0:0 chr15 76603679 . G C 124.1 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0264099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4598;QD=9.92818;RBI=0.0350486;REFB=-0.0104496;REVB=-0.0230417;RO=33;SAF=12;SAR=3;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337794;STB=0.692024;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0369869;OID=.;OPOS=76603679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:35:15:15:0.3:3:12:18:15:3:12:20:15 chr15 76630303 . T C 447.31 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0494726;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.199;QD=16.2658;RBI=0.0497317;REFB=-0.0117731;REVB=0.00506978;RO=60;SAF=13;SAR=37;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212217;STB=0.619196;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0131014;OID=.;OPOS=76630303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:60:60:50:50:0.454545:37:13:27:33:37:13:27:33 chr15 76634680 . T C 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0121424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.33;QD=14.7941;RBI=0.0128318;REFB=-0.0114089;REVB=0.0041492;RO=27;SAF=4;SAR=14;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465653;STB=0.769696;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0113117;OID=.;OPOS=76634680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:14:4:18:9:14:4:18:9 chr15 76673716 . T C 305.01 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00458062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.717;QD=20.334;RBI=0.0577807;REFB=-0.0131437;REVB=0.0575989;RO=27;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567963;STB=0.538438;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0101636;OID=.;OPOS=76673716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:28:32:32:0.533333:14:18:17:10:14:18:18:10 chr15 76726465 . G T 739.66 PASS AF=0.464286;AO=78;DP=168;FAO=78;FDP=168;FR=.;FRO=90;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=-0.0511134;FXX=0.00591681;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5437;QD=17.611;RBI=0.0521852;REFB=-0.00627974;REVB=0.0105219;RO=83;SAF=49;SAR=29;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136808;STB=0.528486;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00731173;OID=.;OPOS=76726465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:83:90:78:78:0.464286:29:49:51:32:29:49:52:38 chr15 77176158 . T C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0342609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.713;QD=10.3901;RBI=0.0429198;REFB=-0.0090986;REVB=0.0258516;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381916;STB=0.726721;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00815771;OID=.;OPOS=77176158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:9:2:4:3:9:2 chr15 77176200 . A T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0110859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.41;QD=17.6438;RBI=0.0451563;REFB=-0.0115066;REVB=-0.0437744;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364502;STB=0.705518;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0128391;OID=.;OPOS=77176200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:7:0:4:5:7:0 chr15 77324880 . A G 933.03 PASS AF=1;AO=56;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.717;QD=58.3143;RBI=0.027758;REFB=0;REVB=0.0241436;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31054e-05;OID=.;OPOS=77324880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:56:64:1:30:26:0:0:37:27:0:0 chr15 77325279 . C T 741.59 PASS AF=0.402844;AO=85;DP=212;FAO=85;FDP=211;FR=.;FRO=126;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=52;FSRR=74;FWDB=-0.0139274;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.879;QD=14.0586;RBI=0.0141748;REFB=-0.00793878;REVB=-0.00263678;RO=125;SAF=39;SAR=46;SRF=52;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459784;STB=0.527853;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0117538;OID=.;OPOS=77325279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:125:126:85:85:0.402844:46:39:52:73:46:39:52:74 chr15 77344793 . T A 510.25 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0140749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.993;QD=26.5066;RBI=0.0141191;REFB=-0.0130574;REVB=-0.00111589;RO=29;SAF=21;SAR=26;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253631;STB=0.520859;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00613429;OID=.;OPOS=77344793;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:30:47:47:0.61039:26:21:14:15:26:21:15:15 chr15 77404160 . G C 85.12 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00309279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2783;QD=11.3497;RBI=0.0304894;REFB=-0.0195543;REVB=-0.0303322;RO=18;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14699;STB=0.577828;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0532063;OID=.;OPOS=77404160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:2:9:13:5:2:9:14:5 chr15 77450964 . C T 822.34 PASS AF=0.480226;AO=85;DP=177;FAO=85;FDP=177;FR=.;FRO=92;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.00873103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.5581;QD=18.5839;RBI=0.0193599;REFB=-0.0086654;REVB=0.0172793;RO=88;SAF=40;SAR=45;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027193;STB=0.520953;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00957257;OID=.;OPOS=77450964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:88:92:85:85:0.480226:45:40:44:44:45:40:47:45 chr15 77764104 . C T 238.22 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0120517;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.003;QD=11.4803;RBI=0.0194545;REFB=-0.0103582;REVB=-0.015272;RO=54;SAF=9;SAR=20;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223343;STB=0.629829;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0207415;OID=.;OPOS=77764104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:54:54:29:29:0.349398:20:9:27:27:20:9:27:27 chr15 77907145 . G A 383.67 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.000310609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.191;QD=20.1934;RBI=0.00184354;REFB=-0.0104589;REVB=-0.00181718;RO=37;SAF=9;SAR=30;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10761;STB=0.559968;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00578894;OID=.;OPOS=77907145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:30:9:12:25:30:9:12:25 chr15 77907535 . C G 382.14 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00977704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.505;QD=19.8516;RBI=0.0291836;REFB=-0.0283471;REVB=-0.0274971;RO=37;SAF=9;SAR=30;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239861;STB=0.642778;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0180182;OID=.;OPOS=77907535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:38:39:39:0.506494:30:9:17:20:30:9:18:20 chr15 77907775 . T C 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0032489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.46;QD=9.14893;RBI=0.0234315;REFB=-0.00727609;REVB=0.0232051;RO=40;SAF=6;SAR=12;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253421;STB=0.650993;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0263832;OID=.;OPOS=77907775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:12:6:22:18:12:6:22:18 chr15 77907784 . G A 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00657992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.511;QD=9.4157;RBI=0.00677426;REFB=-0.00117386;REVB=0.00161094;RO=38;SAF=7;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187389;STB=0.619285;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00216754;OID=.;OPOS=77907784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:18:18:0.315789:11:7:21:17:11:7:22:17 chr15 78207625 . A G 128.81 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.846;QD=42.9354;RBI=0.0360994;REFB=0;REVB=0.0206808;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166975;OID=.;OPOS=78207625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:7:4:0:0:8:4:0:0 chr15 78208880 . G A 1138.45 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335795;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.8856;QD=60.7174;RBI=0.0494508;REFB=0;REVB=0.0363015;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65314e-06;OID=.;OPOS=78208880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:46:29:0:0:46:29:0:0 chr15 78209131 . T C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=12;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0589419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1446;QD=36.3482;RBI=0.0589665;REFB=-0.0547949;REVB=0.00170285;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0043318;OID=.;OPOS=78209131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:12:11:0.916667:6:6:0:0:6:5:1:0 chr15 78209436 . C T 567.74 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00719746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.735;QD=58.2297;RBI=0.0132926;REFB=0;REVB=0.0111754;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574854;OID=.;OPOS=78209436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:18:19:0:0:18:21:0:0 chr15 78211345 . A G 485.31 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647208;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.61;QD=57.0948;RBI=0.0102598;REFB=0;REVB=0.00796092;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174684;OID=.;OPOS=78211345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:34:1:0:33:34:1:19:14:0:1:20:14:0:0 chr15 78276594 . AC CA 161.34 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0138614;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=2;MLLD=208.56;QD=17.9271;RBI=0.0194187;REFB=-0.00389819;REVB=0.0135996;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170902;STB=0.604188;STBP=0.274;TYPE=mnp;VARB=0.00411673;OID=.;OPOS=78276594;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:17:19:17:17:0.472222:12:5:8:9:12:5:9:10 chr15 78276660 . A G 616.6 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0525921;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.508;QD=61.6602;RBI=0.0526594;REFB=0;REVB=0.00266276;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025896;OID=.;OPOS=78276660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr15 78317837 . C G 478.43 PASS AF=0.773585;AO=41;DP=53;FAO=41;FDP=53;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0715132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.992;QD=36.1081;RBI=0.0715225;REFB=-0.0283937;REVB=-0.00115745;RO=12;SAF=14;SAR=27;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108542;STB=0.558591;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00319271;OID=.;OPOS=78317837;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:12:12:41:41:0.773585:27:14:7:5:27:14:7:5 chr15 78369815 . G A 278.13 PASS AF=0.625;AO=24;DP=39;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.000125882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.766;QD=27.8134;RBI=0.0579975;REFB=-0.0296612;REVB=0.0579973;RO=14;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020029;STB=0.510113;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0205639;OID=.;OPOS=78369815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:14:15:24:25:0.625:13:11:6:8:14:11:7:8 chr15 78403004 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.877;QD=57.1759;RBI=0.0685313;REFB=0;REVB=0.0560994;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357765;OID=.;OPOS=78403004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr15 78466127 . T C 144.0 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0166333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.665;QD=15.1574;RBI=0.0186126;REFB=-0.00841038;REVB=0.00835238;RO=22;SAF=1;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533837;STB=0.822629;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0224285;OID=.;OPOS=78466127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:15:1:8:14:15:1:8:14 chr15 78474476 . C T 458.73 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0157183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.74;QD=23.5246;RBI=0.0262816;REFB=-0.0242883;REVB=-0.0210632;RO=34;SAF=23;SAR=21;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522392;STB=0.528676;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0191271;OID=.;OPOS=78474476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:21:23:20:14:21:23:20:14 chr15 78562942 . GC G 36.76 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.11477;FXX=0.0689417;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.2056;QD=5.44618;RBI=0.137197;REFB=-0.0727199;REVB=0.0751716;RO=16;SAF=8;SAR=2;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.627713;STB=0.798153;STBP=0.04;TYPE=del;VARB=0.098619;OID=.;OPOS=78562943;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:10:29:10:27:17:7:3:3:14:36:16:8:2:2:14 chr15 78565478 . C T 281.98 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0210825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.021;QD=17.0899;RBI=0.0211149;REFB=-0.0228753;REVB=0.00116994;RO=35;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154162;STB=0.576388;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0231384;OID=.;OPOS=78565478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:35:30:31:0.469697:14:16:13:22:15:16:13:22 chr15 78587910 . A G 2119.44 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.741;QD=62.7981;RBI=0.0347323;REFB=0;REVB=0.024111;RO=0;SAF=61;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38616e-05;OID=.;OPOS=78587910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:135:0:0:132:135:1:71:61:0:0:74:61:0:0 chr15 78632830 . C G 757.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9677;QD=56.106;RBI=0.0522442;REFB=0;REVB=0.0468002;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173326;OID=.;OPOS=78632830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:19:34:0:0:20:34:0:0 chr15 78633595 . T G 781.04 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.223;QD=56.8026;RBI=0.0501725;REFB=0;REVB=0.0501339;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74979e-05;OID=.;OPOS=78633595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:51:55:1:32:19:0:0:36:19:0:0 chr15 78758677 . G C 1426.46 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024474;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.166;QD=62.7016;RBI=0.0270599;REFB=0;REVB=0.0115438;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6294e-05;OID=.;OPOS=78758677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:90:91:1:50:40:0:0:51:40:0:0 chr15 78780104 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.519;QD=57.7121;RBI=0.0319344;REFB=0;REVB=0.016652;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32158e-05;OID=.;OPOS=78780104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr15 78789488 . C T 183.01 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00120088;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.259;QD=11.6198;RBI=0.0234438;REFB=-0.016831;REVB=-0.0234131;RO=40;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899201;STB=0.552236;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.039329;OID=.;OPOS=78789488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:40:40:23:23:0.365079:15:8:17:23:15:8:17:23 chr15 78789676 . T C 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.015143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.416;QD=18.0349;RBI=0.015693;REFB=-0.0165057;REVB=0.0041181;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734584;STB=0.550974;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0124964;OID=.;OPOS=78789676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:11:11:11:15:11:11:11:16 chr15 78841220 . T C 104.6 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0062014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.308;QD=19.924;RBI=0.0103475;REFB=-0.00473979;REVB=-0.00828338;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416756;STB=0.52377;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00215012;OID=.;OPOS=78841220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:5:4:6:6:5:4 chr15 78873119 . C T 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.020258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.779;QD=12.579;RBI=0.0518221;REFB=-0.00598492;REVB=-0.0476984;RO=31;SAF=13;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394812;STB=0.733048;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0102421;OID=.;OPOS=78873119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:4:13:13:18:4:13:13:18 chr15 78885574 . T A 278.66 PASS AF=0.4;AO=30;DP=79;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00726917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.755;QD=13.9327;RBI=0.00805321;REFB=-0.0130276;REVB=0.00346603;RO=48;SAF=17;SAR=13;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049745;STB=0.544558;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0169981;OID=.;OPOS=78885574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:48:48:30:32:0.4:13:17:25:23:13:19:25:23 chr15 78887709 . G GTCTC 883.28 PASS AF=0.890411;AO=65;DP=76;FAO=65;FDP=73;FR=.;FRO=8;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0306617;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=4;MLLD=260.136;QD=48.3989;RBI=0.0427555;REFB=-0.0289016;REVB=0.0297974;RO=10;SAF=30;SAR=35;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846782;STB=0.531636;STBP=0.107;TYPE=ins;VARB=0.00297479;OID=.;OPOS=78887710;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=GTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.890411:65:76:65:73:8:30:35:6:2:36:10:30:35:8:2 chr15 78909452 . T C 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0114392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.412;QD=22.5854;RBI=0.011554;REFB=-0.00731136;REVB=0.00162454;RO=6;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886587;STB=0.550468;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0085119;OID=.;OPOS=78909452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:7:4:3:3:7:4:3:3 chr15 78911181 . T C 287.84 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0167496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.113;QD=25.0297;RBI=0.0291984;REFB=-0.00773451;REVB=-0.0239165;RO=19;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031099;STB=0.527006;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00500787;OID=.;OPOS=78911181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:20:26:26:0.565217:14:12:8:11:14:12:8:12 chr15 78917399 . A G 352.23 PASS AF=0.426966;AO=37;DP=88;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0068408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.258;QD=15.8305;RBI=0.0141102;REFB=-0.0136855;REVB=-0.012341;RO=51;SAF=24;SAR=13;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24446;STB=0.642483;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0187666;OID=.;OPOS=78917399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:51:51:37:38:0.426966:13:24:21:30:13:25:21:30 chr15 79054900 . C G 133.44 PASS AF=0.535714;AO=11;DP=25;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.156003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.562;QD=19.0622;RBI=0.157896;REFB=-0.0557038;REVB=0.0243727;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236675;STB=0.502389;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0607448;OID=.;OPOS=79054900;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:28:14:13:11:15:0.535714:8:3:7:7:8:7:6:7 chr15 79058572 . T G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0980084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2176;QD=54.5166;RBI=0.102622;REFB=0;REVB=0.0304235;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00165899;OID=.;OPOS=79058572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr15 79058923 . G A 123.18 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00912825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9718;QD=37.9012;RBI=0.0986176;REFB=-0.114621;REVB=0.0981943;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069361;STB=0.538398;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0175247;OID=.;OPOS=79058923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:6:6:0:1:6:6:0:1 chr15 79058968 . T C,G 369.31 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=24,2;DP=26;FAO=26,1;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114335,-0.00286932;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.9475,189.721;QD=54.7127;RBI=0.0230829,0.0390585;REFB=0,0;REVB=-0.0200523,-0.038953;RO=0;SAF=10,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0171054,-0.0282292;OID=.,.;OPOS=79058968,79058968;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:26:27:0:0:24,2:26,1:0.962963,0.037037:14,1:10,1:0:0:16,0:10,1:0:0 chr15 79066581 . G A 388.29 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0275661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.426;QD=21.276;RBI=0.0313537;REFB=-0.0136885;REVB=0.0149386;RO=34;SAF=12;SAR=27;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150169;STB=0.583289;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00942084;OID=.;OPOS=79066581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:27:12:16:18:27:12:16:18 chr15 79082108 . C T 207.91 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0141459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.24;QD=13.4133;RBI=0.0188654;REFB=-0.0177757;REVB=-0.0124819;RO=37;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314453;STB=0.679856;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0390518;OID=.;OPOS=79082108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:8:17:14:23:8:17:14:23 chr15 79083120 . G A 96.72 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.10448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9546;QD=12.4796;RBI=0.104947;REFB=0.00946655;REVB=0.00989154;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306025;STB=0.677161;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0340894;OID=.;OPOS=79083120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:4:15:6:6:4:15 chr15 79089007 . T C 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0115;QD=59.8349;RBI=0.0567372;REFB=0;REVB=0.0521264;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176058;OID=.;OPOS=79089007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr15 79189580 . CTTC CTTT,CTTTTC,TCTT,TTTC 555.75 PASS AF=0,0.65,0.325,0.025;AO=6,13,2,10;DP=40;FAO=0,26,13,1;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19,8,1;FSAR=0,7,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00788368,-0.0700681,-0.00457812,0.00185427;FXX=0;HRUN=1,2,1,1;LEN=1,2,4,1;MLLD=239.992,35.7026,240.603,236.624;QD=55.5747;RBI=0.0330416,0.228006,0.0354129,0.0349049;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0320873,0.216972,0.0351157,0.0348556;RO=0;SAF=4,8,2,8;SAR=2,5,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,3.60098e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,ins,mnp,snp;VARB=-0.0535309,-0.068002,0.033921,-0.0238182;OID=.,.,.,.;OPOS=79189583,79189581,79189580,79189580;OREF=C,-,CTTC,C;OALT=T,TT,TCTT,T;OMAPALT=CTTT,CTTTTC,TCTT,TTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:78:40:40:0:0:6,13,2,10:0,26,13,1:0,0.65,0.325,0.025:2,5,0,2:4,8,2,8:0:0:0,7,5,0:0,19,8,1:0:0 chr15 79191209 . C T 538.36 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.426;QD=59.8178;RBI=0.0319715;REFB=0;REVB=0.0105603;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98822e-05;OID=.;OPOS=79191209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr15 79217690 . G C 707.57 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6663;QD=62.8952;RBI=0.0152353;REFB=0;REVB=-0.000886598;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124724;OID=.;OPOS=79217690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:25:20:0:0 chr15 79231518 . A G 889.48 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116486;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.151;QD=54.7374;RBI=0.0344604;REFB=-0.189315;REVB=0.0324319;RO=2;SAF=29;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314539;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351179;OID=.;OPOS=79231518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:2:0:63:65:1:34:29:2:0:34:31:0:0 chr15 79231526 . A AG 509.0 PASS AF=0.808511;AO=30;DP=57;FAO=38;FDP=47;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.017745;FXX=0.040808;HRUN=0;LEN=1;MLLD=212;QD=43.3194;RBI=0.0202944;REFB=-0.0196531;REVB=0.00984774;RO=21;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426827;STB=0.510633;STBP=0.8;TYPE=ins;VARB=0.00387322;OID=.;OPOS=79231527;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.808511:30:57:38:47:9:19:19:4:5:54:21:14:16:11:10 chr15 79231527 . A G 53.27 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00946682;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=96.8214;QD=3.80519;RBI=0.0252729;REFB=-0.0130734;REVB=0.0234329;RO=47;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551417;STB=0.537764;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0110801;OID=.;OPOS=79231527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:47:47:9:9:0.160714:5:4:23:24:5:4:23:24 chr15 79271213 . G A 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0357253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3521;QD=20.4364;RBI=0.0407738;REFB=0.00548525;REVB=0.0196522;RO=26;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642943;STB=0.535691;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00226707;OID=.;OPOS=79271213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:15:15:15:11:15:15:15:11 chr15 79277247 . A C 1705.59 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263098;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.973;QD=60.9141;RBI=0.0263334;REFB=0;REVB=0.00111551;RO=0;SAF=64;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106568;OID=.;OPOS=79277247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:113:112:1:49:64:0:0:49:63:0:0 chr15 79586361 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.606;QD=47.8224;RBI=0.0209048;REFB=0;REVB=0.0131702;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93803e-05;OID=.;OPOS=79586361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr15 79587964 . C A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0378201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.007;QD=12.9421;RBI=0.0381249;REFB=-0.00033904;REVB=0.00481108;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207063;STB=0.622468;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000528131;OID=.;OPOS=79587964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:11:4:11:14:11:4:11:14 chr15 79588710 . C T 344.52 PASS AF=0.607143;AO=33;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0111491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.412;QD=24.6087;RBI=0.0468802;REFB=-0.0520547;REVB=-0.0455351;RO=15;SAF=22;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422863;STB=0.5789;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0327571;OID=.;OPOS=79588710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:15:22:33:34:0.607143:11:22:9:6:12:22:10:12 chr15 79589174 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.254;QD=46.848;RBI=0.00884012;REFB=0;REVB=0.0087228;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06418e-05;OID=.;OPOS=79589174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr15 79590208 . A G 183.0 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.844;QD=43.0588;RBI=0.0372971;REFB=-0.100127;REVB=0.0264759;RO=1;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043542;STB=0.52378;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00172187;OID=.;OPOS=79590208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:17:17:1:1:16:16:0.941176:6:10:1:0:6:10:1:0 chr15 79606137 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.359;QD=56.9372;RBI=0.0182428;REFB=0;REVB=0.0166645;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15174e-05;OID=.;OPOS=79606137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr15 79614418 . A G 1342.2 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565133;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.006;QD=61.7102;RBI=0.00568271;REFB=0;REVB=0.000596388;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531092;OID=.;OPOS=79614418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:41:44:0:0:41:46:0:0 chr15 79750307 . T C 272.5 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1514;QD=51.9053;RBI=0.0239475;REFB=0;REVB=0.0210292;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062225;OID=.;OPOS=79750307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr15 80215300 . T C 422.28 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404225;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.933;QD=56.3042;RBI=0.0430239;REFB=0;REVB=-0.0147336;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262934;OID=.;OPOS=80215300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr15 80216325 . A G 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0168483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4517;QD=12.3946;RBI=0.0223536;REFB=0.0228871;REVB=-0.0146908;RO=24;SAF=13;SAR=1;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55415;STB=0.840549;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0364061;OID=.;OPOS=80216325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:1:13:14:10:1:13:14:10 chr15 80216532 . A T 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=-0.00436405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.252;QD=18.6734;RBI=0.0112858;REFB=-0.0150438;REVB=0.0104079;RO=35;SAF=8;SAR=27;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764762;STB=0.525191;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0123041;OID=.;OPOS=80216532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:36:35:35:0.492958:27:8:6:29:27:8:7:29 chr15 80217100 . A G 1264.73 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6059;QD=61.6942;RBI=0.038584;REFB=0;REVB=0.0266994;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426253;OID=.;OPOS=80217100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr15 80259964 . C T 519.91 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4941;QD=59.4186;RBI=0.0431594;REFB=0;REVB=-0.0405093;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010349;OID=.;OPOS=80259964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr15 80260014 . T C 509.12 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00651047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.195;QD=56.5689;RBI=0.02301;REFB=-0.137364;REVB=0.0220698;RO=1;SAF=22;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207916;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00433524;OID=.;OPOS=80260014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:36:1:1:35:35:0.972222:13:22:1:0:13:22:1:0 chr15 80263217 . C T 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0265553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.269;QD=15.1011;RBI=0.0339248;REFB=0.00117868;REVB=0.0211118;RO=31;SAF=19;SAR=5;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290492;STB=0.667129;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0016694;OID=.;OPOS=80263217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:5:19:17:14:5:19:17:14 chr15 80263345 . A C,T 773.69 PASS AF=0.9,0.1;AO=43,6;DP=50;FAO=45,5;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24,4;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318546,-0.028854;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=257.716,225.35;QD=61.8955;RBI=0.0322812,0.0306112;REFB=0,0;REVB=-0.00523097,-0.0102221;RO=0;SAF=22,5;SAR=21,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00570892,0.0405342;OID=.,.;OPOS=80263345,80263345;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:50:50:0:0:43,6:45,5:0.9,0.1:21,1:22,5:0:0:21,1:24,4:0:0 chr15 80263406 . C T 483.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00201966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0816;QD=58.5752;RBI=0.0146738;REFB=0;REVB=-0.0145342;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282075;OID=.;OPOS=80263406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr15 80454707 . G A 532.05 PASS AF=0.588235;AO=48;DP=83;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0786332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.234;QD=25.0375;RBI=0.0810284;REFB=-0.0279534;REVB=-0.0195555;RO=35;SAF=19;SAR=29;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487582;STB=0.515611;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0157866;OID=.;OPOS=80454707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:35:35:48:50:0.588235:29:19:16:19:29:21:16:19 chr15 80890101 . T C 478.67 PASS AF=0.48;AO=47;DP=99;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0227261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.057;QD=19.1469;RBI=0.0415061;REFB=-0.0211531;REVB=0.0347316;RO=51;SAF=26;SAR=21;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592017;STB=0.52173;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.025394;OID=.;OPOS=80890101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:51:52:47:48:0.48:21:26:25:26:22:26:26:26 chr15 81212521 . T C 437.82 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.0733837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.325;QD=15.6365;RBI=0.073433;REFB=-0.0106826;REVB=0.00269131;RO=62;SAF=31;SAR=18;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134857;STB=0.511037;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0158437;OID=.;OPOS=81212521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:62:63:49:49:0.4375:18:31:40:22:18:31:41:22 chr15 81212608 . G A 640.83 PASS AF=0.941176;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0151186;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.837;QD=50.2609;RBI=0.0152143;REFB=-0.0900841;REVB=-0.00170314;RO=3;SAF=15;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852017;STB=0.545435;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00114736;OID=.;OPOS=81212608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:51:3:3:47:48:0.941176:32:15:3:0:33:15:3:0 chr15 81475223 . C T 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00870328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.289;QD=14.1947;RBI=0.0112929;REFB=-0.0136549;REVB=0.00719604;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348076;STB=0.701494;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0146385;OID=.;OPOS=81475223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:10:5:15:7:10:5:15:7 chr15 81578139 . C T 429.31 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0148193;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.373;QD=19.7385;RBI=0.0196212;REFB=-0.023344;REVB=-0.01286;RO=44;SAF=21;SAR=22;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105911;STB=0.50588;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0205145;OID=.;OPOS=81578139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:22:21:22:22:22:21:22:22 chr15 81582868 . G A 319.31 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0179125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.775;QD=13.4447;RBI=0.017941;REFB=-0.031221;REVB=0.00101133;RO=59;SAF=13;SAR=23;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146146;STB=0.583638;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0419207;OID=.;OPOS=81582868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:59:36:36:0.378947:23:13:29:30:23:13:29:30 chr15 81600995 . A G 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.395;QD=57.1034;RBI=0.00427985;REFB=0;REVB=-0.00100231;RO=0;SAF=14;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.83258e-06;OID=.;OPOS=81600995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:41:14:0:0:41:14:0:0 chr15 81624768 . C T 158.05 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00465971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.144;QD=16.6363;RBI=0.0203191;REFB=-0.00477656;REVB=0.0197776;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282106;STB=0.670534;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00764466;OID=.;OPOS=81624768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:16:17:0.447368:10:6:14:7:11:6:14:7 chr15 81625385 . C T 207.77 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00682596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.069;QD=17.6822;RBI=0.0491584;REFB=-0.063935;REVB=-0.0486822;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166326;STB=0.594176;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.046451;OID=.;OPOS=81625385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:8:18:11:10:8:18 chr15 81636267 . C T 174.45 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=59;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.00834298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.049;QD=11.6298;RBI=0.0171624;REFB=-0.00740461;REVB=0.0149981;RO=38;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40498;STB=0.713701;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0160681;OID=.;OPOS=81636267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:38:38:21:22:0.366667:8:13:9:29:9:13:9:29 chr15 81637284 . G A 668.33 PASS AF=0.456376;AO=68;DP=149;FAO=68;FDP=149;FR=.;FRO=81;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.00757704;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.907;QD=17.9417;RBI=0.00777055;REFB=-0.0118089;REVB=0.00172332;RO=81;SAF=45;SAR=23;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206751;STB=0.615146;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0172759;OID=.;OPOS=81637284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:81:81:68:68:0.456376:23:45:37:44:23:45:37:44 chr15 82384085 . G C 122.32 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0185527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.509;QD=8.4359;RBI=0.0193597;REFB=-0.00138681;REVB=0.00553103;RO=41;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217844;STB=0.630992;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00332999;OID=.;OPOS=82384085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:6:11:19:22:6:11:19:22 chr15 82444437 . A G 911.77 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152767;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.768;QD=56.9856;RBI=0.0189061;REFB=-0.126915;REVB=-0.0111385;RO=1;SAF=48;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304355;STB=0.516124;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-5.83768e-05;OID=.;OPOS=82444437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:64:1:1:63:63:0.984375:15:48:0:1:15:48:0:1 chr15 82512429 . C G 820.16 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0293049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8965;QD=55.6038;RBI=0.0294466;REFB=0.0716689;REVB=-0.00288593;RO=1;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171508;STB=0.509088;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.000773008;OID=.;OPOS=82512429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:27:31:0:1:27:31:0:1 chr15 82636940 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5722;QD=39.2065;RBI=0.0496023;REFB=0;REVB=-0.0288551;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000825408;OID=.;OPOS=82636940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr15 82637061 . C T 363.84 PASS AF=0.878788;AO=28;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0930307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.309;QD=44.1013;RBI=0.096044;REFB=-0.246104;REVB=0.0238694;RO=5;SAF=9;SAR=19;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200502;STB=0.583274;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.018052;OID=.;OPOS=82637061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:33:33:5:4:28:29:0.878788:19:9:5:0:19:10:4:0 chr15 82637078 . C CT 330.54 PASS AF=1;AO=4;DP=30;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266038;FXX=0.0714031;HRUN=0;LEN=1;MLLD=155.359;QD=50.8523;RBI=0.139553;REFB=0;REVB=-0.136993;RO=26;SAF=4;SAR=0;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.682921;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0100806;OID=.;OPOS=82637079;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:30:26:26:0:11:15:0:0:3:26:4:0:9:17 chr15 82637079 . C T 294.19 PASS AF=0.827586;AO=24;DP=29;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0431875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.318;QD=40.5775;RBI=0.0451787;REFB=-0.188029;REVB=0.0132648;RO=5;SAF=7;SAR=17;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241143;STB=0.631464;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00618093;OID=.;OPOS=82637079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:29:29:5:5:24:24:0.827586:17:7:5:0:17:7:5:0 chr15 83224696 . C T 1866.7 PASS AF=0.984;AO=121;DP=123;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0151765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.884;QD=59.7343;RBI=0.0169779;REFB=-0.148146;REVB=0.00761061;RO=2;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146119;STB=0.507691;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.000584577;OID=.;OPOS=83224696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:125:2:2:121:123:0.984:64:57:0:2:64:59:0:2 chr15 83395340 . T C 73.26 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.021699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5527;QD=11.2704;RBI=0.0554437;REFB=-0.0306574;REVB=-0.0510211;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306545;STB=0.6996;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0224451;OID=.;OPOS=83395340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:26:26:15:16:10:10:0.384615:3:7:6:9:3:7:6:10 chr15 83428193 . G A 209.73 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0146192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.201;QD=15.5358;RBI=0.0155762;REFB=-0.015427;REVB=0.00537555;RO=30;SAF=14;SAR=9;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135201;STB=0.566274;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0242117;OID=.;OPOS=83428193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:23:24:0.444444:9:14:22:8:9:15:22:8 chr15 83502065 . AC CG 110.07 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0101663;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.996;QD=11.2895;RBI=0.0149992;REFB=-0.0125617;REVB=-0.0110282;RO=26;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24905;STB=0.65091;STBP=0.211;TYPE=mnp;VARB=0.0215953;OID=.;OPOS=83502065;OREF=AC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:26:26:13:13:0.333333:10:3:11:15:10:3:11:15 chr15 83680287 . A G 855.01 PASS AF=0.541401;AO=84;DP=155;FAO=85;FDP=157;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=58;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.00969274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.352;QD=21.7838;RBI=0.024228;REFB=-0.0255494;REVB=-0.0222047;RO=71;SAF=27;SAR=57;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933191;STB=0.550437;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0251345;OID=.;OPOS=83680287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:71:72:84:85:0.541401:57:27:30:41:58:27:30:42 chr15 83698984 . C T 56.22 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0122318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.295;QD=11.2437;RBI=0.0135796;REFB=-0.00298806;REVB=-0.00589833;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284261;STB=0.670319;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00303848;OID=.;OPOS=83698984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:8:4:5:3:8:4 chr15 84488636 . A G 480.68 PASS AF=0.541176;AO=45;DP=84;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0281422;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.187;QD=22.6203;RBI=0.0289001;REFB=0.00666858;REVB=-0.00657503;RO=39;SAF=29;SAR=16;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719969;STB=0.54334;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00593413;OID=.;OPOS=84488636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:39:39:45:46:0.541176:16:29:22:17:16:30:22:17 chr15 84493651 . T C 739.75 PASS AF=0.537879;AO=71;DP=133;FAO=71;FDP=132;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0313564;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7038;QD=22.4166;RBI=0.0313763;REFB=0.00589798;REVB=0.00111648;RO=61;SAF=41;SAR=30;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868343;STB=0.547595;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00454065;OID=.;OPOS=84493651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:61:61:71:71:0.537879:30:41:29:32:30:41:29:32 chr15 84539619 . C G 946.62 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0353915;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6879;QD=57.3711;RBI=0.0355996;REFB=-0.113805;REVB=0.00384308;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.508769;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00175791;OID=.;OPOS=84539619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:66:0:1:65:65:0.984848:28:37:0:0:28:37:0:1 chr15 84581889 . G A 249.36 PASS AF=0.575;AO=22;DP=39;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0342732;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.083;QD=24.9364;RBI=0.035429;REFB=-0.0433478;REVB=0.00897572;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585855;STB=0.52172;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0360452;OID=.;OPOS=84581889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:17:22:23:0.575:12:10:9:8:12:11:9:8 chr15 84581904 . T C 498.7 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6831;QD=56.9947;RBI=0.0999212;REFB=0;REVB=0.0987118;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00636505;OID=.;OPOS=84581904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:35:0:0:33:35:1:14:19:0:0:15:20:0:0 chr15 84582124 . G T 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.846;QD=56.6975;RBI=0.0574822;REFB=0;REVB=0.0456697;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545158;OID=.;OPOS=84582124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr15 84639350 . C T 499.75 PASS AF=0.460177;AO=49;DP=114;FAO=52;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0330802;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.646;QD=17.6904;RBI=0.0332958;REFB=-0.00743102;REVB=0.00378294;RO=47;SAF=34;SAR=15;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317726;STB=0.658898;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0110394;OID=.;OPOS=84639350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:47:55:49:52:0.460177:15:34:16:31:15:37:23:32 chr15 84651185 . C A 340.7 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00364134;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.441;QD=20.6485;RBI=0.00365956;REFB=-0.0113781;REVB=0.000364788;RO=32;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370165;STB=0.512612;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0122217;OID=.;OPOS=84651185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:31:35:35:0.530303:19:16:16:16:19:16:15:16 chr15 84651290 . T C 394.45 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.078749;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.46;QD=56.3508;RBI=0.0826475;REFB=0;REVB=0.0250837;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83943e-05;OID=.;OPOS=84651290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:10:17:0:0:11:17:0:0 chr15 84911245 . A G 137.01 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.324;QD=39.1463;RBI=0.0426231;REFB=-0.107065;REVB=0.0344313;RO=1;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431971;STB=0.523774;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0573008;OID=.;OPOS=84911245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:10:3:0:1:10:3:0:1 chr15 85149771 . G T 769.04 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9265;QD=56.9657;RBI=0.063842;REFB=0;REVB=0.0504744;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117109;OID=.;OPOS=85149771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr15 85163998 . G C 557.83 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.055;QD=57.2137;RBI=0.0358882;REFB=-0.128713;REVB=0.034677;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000976454;OID=.;OPOS=85163998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:20:19:0:0 chr15 85186876 . ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 227.32 PASS AF=0.280702;AO=32;DP=119;FAO=32;FDP=114;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0132101;FXX=0.0499958;HRUN=1;LEN=18;MLLD=471.658;QD=7.97626;RBI=0.0160104;REFB=-0.00468348;REVB=-0.0090459;RO=78;SAF=17;SAR=15;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241888;STB=0.503852;STBP=0.959;TYPE=del;VARB=0.0129567;OID=.;OPOS=85186877;OREF=CTTGGCTCCGTGTTCCAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.280702:32:119:32:114:82:17:15:44:38:99:78:17:15:43:35 chr15 85188994 . T C 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.983;QD=62.9809;RBI=0.0281113;REFB=0;REVB=0.01119;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.51213e-05;OID=.;OPOS=85188994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr15 85198362 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.99;QD=51.9167;RBI=0.0230551;REFB=0;REVB=-0.0114384;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80262e-05;OID=.;OPOS=85198362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr15 85333953 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.528;QD=58.2396;RBI=0.011583;REFB=0;REVB=0.0101546;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22417e-05;OID=.;OPOS=85333953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr15 85341859 . G A 1046.35 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.663;QD=58.1303;RBI=0.071726;REFB=-0.0436145;REVB=0.0297824;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354102;OID=.;OPOS=85341859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:72:0:0:68:72:1:33:35:0:0:35:37:0:0 chr15 85360101 . T C 1525.7 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.159;QD=59.8313;RBI=0.0407212;REFB=0;REVB=0.00598696;RO=0;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128186;OID=.;OPOS=85360101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:56:46:0:0:56:46:0:0 chr15 85383839 . G A 1237.49 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0258109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.202;QD=58.9283;RBI=0.0304331;REFB=0.0328786;REVB=0.0161237;RO=2;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182084;STB=0.509613;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-5.03215e-05;OID=.;OPOS=85383839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:51:31:0:2:51:31:0:2 chr15 85401259 . C T 1492.08 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0237239;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2205;QD=56.305;RBI=0.0540871;REFB=-0.157261;REVB=0.0486065;RO=1;SAF=43;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784321;STB=0.512193;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00585948;OID=.;OPOS=85401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:106:106:1:3:103:103:0.971698:60:43:0:1:60:43:0:3 chr15 85401419 . T C 1247.31 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.421;QD=61.5957;RBI=0.0277027;REFB=0;REVB=0.0163604;RO=0;SAF=53;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2688e-05;OID=.;OPOS=85401419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:25:53:0:0:28:53:0:0 chr15 85411941 . A G 911.69 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0453282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.902;QD=55.2539;RBI=0.046664;REFB=-0.193075;REVB=-0.0110854;RO=2;SAF=24;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377378;STB=0.519994;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00475166;OID=.;OPOS=85411941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:40:24:2:0:40:24:2:0 chr15 85447431 . G A 402.72 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.00705537;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.602;QD=14.7788;RBI=0.00817631;REFB=-0.0227882;REVB=-0.00413205;RO=63;SAF=26;SAR=20;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107866;STB=0.560676;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0351335;OID=.;OPOS=85447431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:63:63:46:46:0.422018:20:26:29:34:20:26:29:34 chr15 85448875 . C A 395.47 PASS AF=0.428571;AO=44;DP=104;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.00421904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.263;QD=15.0656;RBI=0.00472574;REFB=-0.0235316;REVB=0.00212892;RO=51;SAF=20;SAR=24;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344388;STB=0.516122;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0282323;OID=.;OPOS=85448875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:51:60:44:45:0.428571:24:20:25:26:25:20:25:35 chr15 85467275 . C T 181.16 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.00729859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3717;QD=11.3226;RBI=0.0103714;REFB=0.00343404;REVB=-0.00736868;RO=41;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118355;STB=0.568225;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00741231;OID=.;OPOS=85467275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:14:9:12:29:14:9:12:29 chr15 85476441 . G A 669.63 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.773;QD=62.2915;RBI=0.0344629;REFB=0;REVB=0.0317554;RO=0;SAF=8;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176195;OID=.;OPOS=85476441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:34:8:0:0:35:8:0:0 chr15 85478410 . A G 631.44 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0308205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2053;QD=48.5726;RBI=0.0414634;REFB=-0.0215164;REVB=-0.0277363;RO=4;SAF=19;SAR=29;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892911;STB=0.547599;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0157495;OID=.;OPOS=85478410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:52:52:4:4:48:48:0.923077:29:19:4:0:29:19:4:0 chr15 85478696 . C T 317.15 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=0.00796122;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8615;QD=18.1227;RBI=0.0153115;REFB=-0.0154859;REVB=0.013079;RO=36;SAF=10;SAR=24;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083126;STB=0.546193;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0156621;OID=.;OPOS=85478696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:24:10:8:28:24:10:8:28 chr15 86087309 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.166;QD=56.956;RBI=0.0230602;REFB=0;REVB=0.0179037;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65751e-05;OID=.;OPOS=86087309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr15 86125304 . C T 178.97 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=-0.0248742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.564;QD=12.5592;RBI=0.0251391;REFB=-7.6652e-05;REVB=0.00363962;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235849;STB=0.639403;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-8.11286e-05;OID=.;OPOS=86125304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:34:35:22:22:0.385965:13:9:7:27:13:9:7:28 chr15 86284342 . C T 772.02 PASS AF=0.98;AO=46;DP=47;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000974897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.772;QD=61.7616;RBI=0.0823311;REFB=-0.0417619;REVB=0.0823254;RO=1;SAF=36;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446978;STB=0.519992;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000673273;OID=.;OPOS=86284342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:50:1:1:46:49:0.98:10:36:0:1:12:37:0:1 chr15 86284363 . G A 318.04 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0112196;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.993;QD=22.7172;RBI=0.0123691;REFB=-0.0243988;REVB=-0.00520727;RO=25;SAF=27;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317451;STB=0.663816;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0102585;OID=.;OPOS=86284363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:25:24:32:32:0.571429:5:27:14:11:5:27:14:10 chr15 86292324 . G C 1227.68 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.22751e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.236;QD=61.3839;RBI=0.0167012;REFB=0;REVB=0.0167011;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60963e-05;OID=.;OPOS=86292324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:43:36:0:0:43:37:0:0 chr15 86312796 . G A 40.63 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0156386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0118;QD=3.4578;RBI=0.0659063;REFB=0.000785103;REVB=0.0640241;RO=40;SAF=1;SAR=6;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493779;STB=0.850833;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00420985;OID=.;OPOS=86312796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:6:1:22:18:6:1:22:18 chr15 86313048 . T C 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.614;QD=59.0155;RBI=0.0424956;REFB=0;REVB=-0.030938;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.31028e-06;OID=.;OPOS=86313048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr15 86697675 . C T 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00671877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.231;QD=16.923;RBI=0.0228914;REFB=-0.00805852;REVB=-0.0218832;RO=34;SAF=19;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102326;STB=0.55757;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00620209;OID=.;OPOS=86697675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:11:19:18:16:11:19:18:16 chr15 86807878 . C T 158.02 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00241214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3444;QD=25.2826;RBI=0.00804927;REFB=-0.018179;REVB=0.00767934;RO=8;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938761;STB=0.585252;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0138739;OID=.;OPOS=86807878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:8:9:16:16:0.64:12:4:3:5:12:4:4:5 chr15 86838497 . C T 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00509805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.688;QD=17.2466;RBI=0.0506915;REFB=-0.00713309;REVB=-0.0504345;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110904;STB=0.506323;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0141085;OID=.;OPOS=86838497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:8:13:17:10:8:13:17:10 chr15 86940622 . T C 1556.08 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.146;QD=59.8491;RBI=0.0334592;REFB=0;REVB=0.0315837;RO=0;SAF=59;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125253;OID=.;OPOS=86940622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:43:59:0:0:45:59:0:0 chr15 86940673 . C T 270.68 PASS AF=0.318584;AO=36;DP=113;FAO=36;FDP=113;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0382307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3721;QD=9.58143;RBI=0.0461373;REFB=-0.00763526;REVB=-0.0258276;RO=77;SAF=22;SAR=14;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124355;STB=0.572532;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0127932;OID=.;OPOS=86940673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:77:77:36:36:0.318584:14:22:39:38:14:22:39:38 chr15 87217613 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.652;QD=57.3847;RBI=0.010689;REFB=0;REVB=-0.00388209;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27568e-05;OID=.;OPOS=87217613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:20:37:0:0:20:37:0:0 chr15 87531281 . A C 1559.03 PASS AF=0.981481;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0213836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2104;QD=57.7418;RBI=0.0746836;REFB=0.0370207;REVB=0.0715569;RO=3;SAF=47;SAR=58;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00609221;STB=0.508473;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000170727;OID=.;OPOS=87531281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:3:2:105:106:0.981481:58:47:1:2:58:48:0:2 chr15 88576185 . G C 764.21 PASS AF=0.419192;AO=77;DP=193;FAO=83;FDP=198;FR=.;FRO=115;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=70;FSRR=45;FWDB=0.0416453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3336;QD=15.4386;RBI=0.0841795;REFB=-0.0216445;REVB=0.0731564;RO=116;SAF=39;SAR=38;SRF=70;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103986;STB=0.573316;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0347712;OID=.;OPOS=88576185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:198:116:115:77:83:0.419192:38:39:70:46:43:40:70:45 chr15 88679785 . G A 1472.49 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.03;QD=63.3331;RBI=0.0500775;REFB=0;REVB=0.0499683;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92814e-05;OID=.;OPOS=88679785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:53:40:0:0:53:40:0:0 chr15 88680684 . G A 263.97 PASS AF=0.402597;AO=26;DP=73;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.025064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2612;QD=13.7127;RBI=0.0663139;REFB=-0.0409943;REVB=0.0613949;RO=45;SAF=20;SAR=6;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359122;STB=0.602342;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0482512;OID=.;OPOS=88680684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:45:46:26:31:0.402597:6:20:21:24:11:20:22:24 chr15 89002870 . C T 494.07 PASS AF=0.652174;AO=45;DP=69;FAO=45;FDP=69;FR=.;FRO=24;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00880636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.74;QD=28.6415;RBI=0.0625503;REFB=-0.0137839;REVB=-0.0619272;RO=24;SAF=34;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167012;STB=0.591261;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00460975;OID=.;OPOS=89002870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:24:24:45:45:0.652174:11:34:13:11:11:34:13:11 chr15 89169858 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00690687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.359;QD=56.1916;RBI=0.00879231;REFB=0;REVB=0.00544057;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.56055e-06;OID=.;OPOS=89169858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr15 89172558 . G C 786.02 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00202925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.537;QD=64.1652;RBI=0.00385359;REFB=0;REVB=-0.00327601;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02965e-05;OID=.;OPOS=89172558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:28:21:0:0 chr15 89173657 . A T 434.55 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00384159;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.301;QD=57.9399;RBI=0.0144184;REFB=0;REVB=0.0138972;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81765e-05;OID=.;OPOS=89173657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr15 89173732 . T C 865.01 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0757463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4798;QD=56.7219;RBI=0.0759323;REFB=0;REVB=0.00531184;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164019;OID=.;OPOS=89173732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr15 89174748 . G C 784.31 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5863;QD=64.0252;RBI=0.0283241;REFB=0;REVB=-0.00452348;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156686;OID=.;OPOS=89174748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr15 89193497 . A T 141.89 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.00919998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3883;QD=9.61965;RBI=0.0192656;REFB=-0.00656475;REVB=0.0169271;RO=40;SAF=11;SAR=8;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179395;STB=0.604813;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0130656;OID=.;OPOS=89193497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:8:11:29:11:8:11:29:11 chr15 89195178 . G C 276.31 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0176184;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.656;QD=15.5665;RBI=0.0275887;REFB=-0.00241462;REVB=0.0212304;RO=39;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220931;STB=0.505001;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00340685;OID=.;OPOS=89195178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:39:40:31:31:0.43662:15:16:21:18:15:16:21:19 chr15 89195245 . C T 224.84 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0482953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8936;QD=15.2436;RBI=0.0487895;REFB=-0.018768;REVB=0.00692639;RO=33;SAF=17;SAR=9;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478811;STB=0.527066;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0255011;OID=.;OPOS=89195245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:9:17:23:10:9:17:23:10 chr15 89195526 . A G 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00514274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.245;QD=12.5684;RBI=0.0103533;REFB=-0.0204737;REVB=-0.00898574;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128923;STB=0.56427;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0336938;OID=.;OPOS=89195526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:9:6:13:12:9:6:13:13 chr15 89391160 . C A 399.01 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0178673;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.264;QD=18.3453;RBI=0.0179111;REFB=-0.00543659;REVB=-0.00125296;RO=46;SAF=17;SAR=24;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195815;STB=0.510927;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00546772;OID=.;OPOS=89391160;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:24:17:20:26:24:17:20:26 chr15 89392745 . T C 2349.77 PASS AF=1;AO=153;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103462;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5288;QD=61.0331;RBI=0.0107572;REFB=0;REVB=-0.00294474;RO=0;SAF=65;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560761;OID=.;OPOS=89392745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:153:154:1:88:65:0:0:88:66:0:0 chr15 89398330 . G A 134.18 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.00219159;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.939;QD=9.41583;RBI=0.0233037;REFB=-0.0175334;REVB=0.0232004;RO=39;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101618;STB=0.559936;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0321057;OID=.;OPOS=89398330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:39:39:18:18:0.315789:11:7:12:27:11:7:12:27 chr15 89398553 . C A 189.16 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00969738;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5539;QD=13.7572;RBI=0.0121897;REFB=0.0295512;REVB=-0.00738569;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300867;STB=0.512647;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0304825;OID=.;OPOS=89398553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:31:32:22:23:0.418182:10:12:16:15:11:12:16:16 chr15 89401109 . A G 504.0 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0113939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.026;QD=18.8411;RBI=0.0215874;REFB=-0.0124128;REVB=0.0183356;RO=53;SAF=28;SAR=25;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170912;STB=0.5143;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0138696;OID=.;OPOS=89401109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:54:53:53:0.495327:25:28:27:26:25:28:27:27 chr15 89401615 . T G 229.78 PASS AF=0.95;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.354;QD=45.9567;RBI=0.0156033;REFB=-0.124275;REVB=-0.000647793;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517223;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00144866;OID=.;OPOS=89401615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:0:1:19:19:0.95:14:5:0:0:14:5:0:1 chr15 89402051 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.904;QD=51.1846;RBI=0.0569509;REFB=0;REVB=-0.0194543;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162075;OID=.;OPOS=89402051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:18:2:0:0:18:2:0:0 chr15 89402239 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.355;QD=46.8478;RBI=0.0652739;REFB=0;REVB=0.0527347;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145931;OID=.;OPOS=89402239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr15 89402596 . T G 272.76 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.024924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.141;QD=17.5977;RBI=0.0331037;REFB=-0.039252;REVB=-0.0217864;RO=27;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609373;STB=0.515141;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0337726;OID=.;OPOS=89402596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:62:27:32:29:30:0.483871:16:13:14:13:16:14:14:18 chr15 89417729 . G A 569.37 PASS AF=0.495868;AO=59;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0104454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.529;QD=18.822;RBI=0.0395765;REFB=-0.0343241;REVB=0.0381732;RO=62;SAF=37;SAR=22;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07614;STB=0.531141;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0216137;OID=.;OPOS=89417729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:62:61:59:60:0.495868:22:37:34:28:23:37:34:27 chr15 89418188 . C T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0221714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.342;QD=19.0584;RBI=0.0359772;REFB=-0.0159902;REVB=-0.0283335;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667811;STB=0.537776;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0205725;OID=.;OPOS=89418188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:11:8:7:13:11:8:7:13 chr15 89436244 . T C 350.28 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00550051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8192;QD=20.6048;RBI=0.0181082;REFB=-0.0259454;REVB=-0.0172526;RO=31;SAF=14;SAR=22;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157661;STB=0.506893;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0395029;OID=.;OPOS=89436244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:31:32:36:36:0.529412:22:14:12:19:22:14:12:20 chr15 89436295 . G A 412.88 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0288984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.347;QD=21.4481;RBI=0.028911;REFB=-0.0101662;REVB=-0.000853507;RO=36;SAF=15;SAR=26;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00433033;STB=0.502391;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0081352;OID=.;OPOS=89436295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:26:15:13:23:26:15:13:23 chr15 89450003 . G A 184.81 PASS AF=0.475;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0865642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7309;QD=18.4805;RBI=0.0873733;REFB=-0.00268556;REVB=0.0118633;RO=20;SAF=5;SAR=14;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399102;STB=0.736593;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000197316;OID=.;OPOS=89450003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:21:19:19:0.475:14:5:14:6:14:5:15:6 chr15 89450546 . C T 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00709303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.723;QD=14.4905;RBI=0.0159051;REFB=-0.0118701;REVB=0.0142359;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221481;STB=0.627776;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0138905;OID=.;OPOS=89450546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:8:11:11:19:8:11:11:19 chr15 89450587 . G T 142.63 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00367513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.019;QD=14.2625;RBI=0.0368204;REFB=-0.0272583;REVB=0.0366365;RO=24;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322429;STB=0.687266;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0141126;OID=.;OPOS=89450587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:5:11:9:15:5:11:9:15 chr15 89739259 . G C 710.25 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.001;QD=54.6342;RBI=0.0378816;REFB=0.107655;REVB=0.0299058;RO=1;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268896;STB=0.51428;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00126381;OID=.;OPOS=89739259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:17:34:0:1:17:34:0:1 chr15 89740616 . G A,T 1169.93 PASS AF=0.962025,0.0379747;AO=70,5;DP=77;FAO=76,3;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39,1;FSAR=37,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252813,-0.0229963;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.2769,19.444;QD=59.237;RBI=0.0252816,0.0273112;REFB=0,0;REVB=-0.000133677,-0.0147334;RO=0;SAF=34,3;SAR=36,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0059857,0.0750301;OID=.,.;OPOS=89740616,89740616;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:77:79:0:0:70,5:76,3:0.962025,0.0379747:36,2:34,3:0:0:37,2:39,1:0:0 chr15 89744476 . G T 1892.58 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.34;QD=61.5472;RBI=0.0421087;REFB=0;REVB=0.00573642;RO=0;SAF=59;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33953e-05;OID=.;OPOS=89744476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:123:0:0:117:123:1:58:59:0:0:59:64:0:0 chr15 89838236 . G A 1421.67 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0949782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4601;QD=62.4909;RBI=0.0949833;REFB=0;REVB=0.000987104;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000636316;OID=.;OPOS=89838236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:88:91:1:40:48:0:0:43:48:0:0 chr15 89864088 . G A 466.05 PASS AF=0.522222;AO=45;DP=89;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.000722309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9541;QD=20.7135;RBI=0.00326195;REFB=-0.027073;REVB=0.00318098;RO=44;SAF=18;SAR=27;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775485;STB=0.529399;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0226029;OID=.;OPOS=89864088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:44:43:45:47:0.522222:27:18:14:30:29:18:14:29 chr15 89878377 . A T 2023.14 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=135;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0286631;FXX=0.0148137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.615;QD=60.8463;RBI=0.0623235;REFB=-0.0359521;REVB=-0.0553411;RO=2;SAF=56;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00211632;STB=0.501113;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00112346;OID=.;OPOS=89878377;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:133:2:2:131:131:0.984962:75:56:1:1:75:56:1:1 chr15 90126121 . C T 201.32 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00112597;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.489;QD=15.1943;RBI=0.025561;REFB=0.00658598;REVB=0.0255362;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832115;STB=0.544516;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.0096024;OID=.;OPOS=90126121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:28:30:23:23:0.433962:12:11:11:17:12:11:12:18 chr15 90128966 . C T 371.97 PASS AF=0.371901;AO=45;DP=121;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.00342546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.844;QD=12.2966;RBI=0.0304272;REFB=-4.51985e-06;REVB=-0.0302338;RO=73;SAF=19;SAR=26;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092743;STB=0.565605;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-7.32624e-06;OID=.;OPOS=90128966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:73:76:45:45:0.371901:26:19:37:36:26:19:40:36 chr15 90138670 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.983;QD=59.8555;RBI=0.0115075;REFB=0;REVB=0.00292804;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38009e-05;OID=.;OPOS=90138670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:45:26:0:0:45:26:0:0 chr15 90167877 . A C 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0149414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.872;QD=16.9415;RBI=0.0228384;REFB=-0.0124151;REVB=-0.0172727;RO=24;SAF=15;SAR=4;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4913;STB=0.781337;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0149213;OID=.;OPOS=90167877;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:4:15:7:17:4:15:7:17 chr15 90168108 . C T 1089.29 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367108;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.64;QD=59.6873;RBI=0.0370778;REFB=0;REVB=0.00520389;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031772;OID=.;OPOS=90168108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:45:27:0:0:45:28:0:0 chr15 90168693 . T A 131.29 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0258521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.944;QD=14.1939;RBI=0.0273153;REFB=-0.0127938;REVB=0.00882013;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149229;STB=0.58684;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0430175;OID=.;OPOS=90168693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:6:9:10:12:6:9:10:12 chr15 90170237 . C T 382.22 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0186245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.332;QD=19.8557;RBI=0.0188854;REFB=-0.0243518;REVB=0.00312827;RO=38;SAF=19;SAR=20;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120078;STB=0.506663;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0212017;OID=.;OPOS=90170237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:20:19:18:20:20:19:18:20 chr15 90174789 . C T 597.44 PASS AF=0.540541;AO=59;DP=111;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0490926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1413;QD=21.5293;RBI=0.0507671;REFB=-0.0100079;REVB=0.012931;RO=51;SAF=24;SAR=35;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185703;STB=0.604282;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00835095;OID=.;OPOS=90174789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:51:51:59:60:0.540541:35:24:32:19:36:24:32:19 chr15 90174824 . C T 422.0 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.00098577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.546;QD=18.1506;RBI=0.0138209;REFB=-0.0020132;REVB=0.0137857;RO=47;SAF=19;SAR=24;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202037;STB=0.615636;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00221691;OID=.;OPOS=90174824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:50:43:43:0.462366:24:19:31:16:24:19:33:17 chr15 90176073 . C A 527.8 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.05212;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.708;QD=24.5489;RBI=0.0529437;REFB=-0.0301075;REVB=0.00930271;RO=37;SAF=19;SAR=30;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058361;STB=0.532007;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0200343;OID=.;OPOS=90176073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:37:37:49:49:0.569767:30:19:17:20:30:19:17:20 chr15 90176432 . T G 1678.13 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.242;QD=60.4731;RBI=0.0288051;REFB=0;REVB=0.00812911;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81499e-05;OID=.;OPOS=90176432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:111:0:0:107:111:1:56:51:0:0:57:54:0:0 chr15 90191827 . T C 234.74 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00555702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.667;QD=49.4185;RBI=0.0783407;REFB=0;REVB=-0.0781433;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000668736;OID=.;OPOS=90191827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr15 90195967 . C G 1479.16 PASS AF=0.971429;AO=103;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00934815;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.7215;QD=56.3491;RBI=0.0123626;REFB=0.0239039;REVB=0.00808989;RO=1;SAF=49;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958531;STB=0.504209;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00232949;OID=.;OPOS=90195967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:105:105:1:3:103:102:0.971429:54:49:1:0:53:49:1:2 chr15 90196008 . C T 349.77 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00304928;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.537;QD=17.71;RBI=0.00879874;REFB=-0.0115216;REVB=-0.00825347;RO=41;SAF=21;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917888;STB=0.563677;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00961062;OID=.;OPOS=90196008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:36:37:0.468354:15:21:20:21:15:22:20:22 chr15 90210257 . G A 676.69 PASS AF=0.48227;AO=66;DP=140;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00592713;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.392;QD=19.1968;RBI=0.0112241;REFB=-0.0122442;REVB=0.00953148;RO=74;SAF=21;SAR=45;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196857;STB=0.600678;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0123794;OID=.;OPOS=90210257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:74:73:66:68:0.48227:45:21:38:36:46:22:37:36 chr15 90210263 . A G 2129.72 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.415;QD=62.1816;RBI=0.0389915;REFB=0;REVB=0.0357672;RO=0;SAF=58;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78904e-05;OID=.;OPOS=90210263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:137:0:0:128:137:1:70:58:0:0:79:58:0:0 chr15 90213229 . G C 610.52 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025639;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.613;QD=61.0519;RBI=0.0478815;REFB=0;REVB=0.0404385;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418032;OID=.;OPOS=90213229;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr15 90226947 . C A 1025.34 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00372783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.516;QD=55.4235;RBI=0.0605437;REFB=0.0140713;REVB=-0.0604289;RO=3;SAF=35;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133031;STB=0.50704;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00416914;OID=.;OPOS=90226947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:3:3:71:71:0.959459:36:35:2:1:36:35:2:1 chr15 90245174 . T A 725.59 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131779;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8648;QD=54.7617;RBI=0.0222184;REFB=-0.129311;REVB=-0.0178885;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00119939;OID=.;OPOS=90245174;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:52:52:0.981132:29:23:1:0:29:23:1:0 chr15 90245253 . C T 95.36 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.057213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.428;QD=34.6766;RBI=0.0597989;REFB=-0.0874946;REVB=0.0173947;RO=1;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126911;STB=0.57128;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00150261;OID=.;OPOS=90245253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:7:3:1:0:7:3:1:0 chr15 90246336 . A G 738.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00247683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.548;QD=62.8348;RBI=0.0303946;REFB=0;REVB=0.0302935;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54587e-05;OID=.;OPOS=90246336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:25:19:0:0:27:20:0:0 chr15 90248819 . A T 688.99 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2903;QD=62.6355;RBI=0.0417134;REFB=0;REVB=-0.0024871;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000465619;OID=.;OPOS=90248819;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr15 90260145 . T A,C 315.38 PASS AF=0.884615,0.0769231;AO=21,4;DP=26;FAO=23,2;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14,1;FSAR=9,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00735269,-0.0037914;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.7815,203.162;QD=48.5192;RBI=0.0215987,0.0252858;REFB=-0.0984407,-0.0365345;REVB=0.0203087,0.025;RO=1;SAF=14,1;SAR=7,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0614156,0.119989;STB=0.526293,0.665164;STBP=0.283,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=0.00291108,0.198885;OID=.,.;OPOS=90260145,90260145;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:26:26:1:1:21,4:23,2:0.884615,0.0769231:7,3:14,1:0:1:9,1:14,1:0:1 chr15 90309135 . A G 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=0.0228342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.651;QD=13.7844;RBI=0.0234598;REFB=-0.0263484;REVB=0.00538173;RO=33;SAF=16;SAR=7;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118994;STB=0.567513;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0397515;OID=.;OPOS=90309135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:7:16:26:7:7:16:26:7 chr15 90334240 . A G 426.1 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.0333732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.759;QD=14.0861;RBI=0.0334282;REFB=-0.00883468;REVB=-0.00191679;RO=72;SAF=23;SAR=26;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119718;STB=0.567468;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0106437;OID=.;OPOS=90334240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:72:72:49:49:0.404959:26:23:42:30:26:23:42:30 chr15 90335534 . G A 169.68 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0519103;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3066;QD=23.4041;RBI=0.0608841;REFB=0.0177417;REVB=-0.0318151;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126697;STB=0.570736;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00996112;OID=.;OPOS=90335534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:12:17:17:0.586207:7:10:9:3:7:10:9:3 chr15 90335788 . C T 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00556097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.814;QD=19.6682;RBI=0.00559701;REFB=-0.00042312;REVB=0.000634123;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23132;STB=0.630007;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000625644;OID=.;OPOS=90335788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:5:14:9:10:5:14 chr15 90344352 . T C 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0251163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5981;QD=13.2119;RBI=0.0260832;REFB=0.0121021;REVB=0.00703592;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25965;STB=0.650958;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.024935;OID=.;OPOS=90344352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:7:15:6:8:7:15 chr15 90346861 . C T 369.3 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0349792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.136;QD=25.0372;RBI=0.0543551;REFB=-0.0162462;REVB=-0.0416045;RO=23;SAF=19;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352313;STB=0.519311;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00722887;OID=.;OPOS=90346861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:17:19:11:12:17:19:11:12 chr15 90631834 . G A 268.49 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00602015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6812;QD=16.5222;RBI=0.0162118;REFB=-0.0418574;REVB=-0.0150526;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123309;STB=0.569185;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0494848;OID=.;OPOS=90631834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:15:15:22:13:15:15:22:13 chr15 90709545 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0163;QD=59.8373;RBI=0.0366844;REFB=0;REVB=-0.0211769;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000766451;OID=.;OPOS=90709545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:12:23:0:0:12:24:0:0 chr15 90764219 . G A 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.898;QD=55.8044;RBI=0.0257638;REFB=0.00569651;REVB=-0.0199692;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.50769;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-6.68578e-06;OID=.;OPOS=90764219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:27:32:0:0:27:32:1:0 chr15 90768320 . C T 178.84 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00243393;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.769;QD=12.5499;RBI=0.0301512;REFB=-0.0260562;REVB=0.0300528;RO=35;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100277;STB=0.512304;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0274757;OID=.;OPOS=90768320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:35:35:22:22:0.385965:13:9:14:21:13:9:15:20 chr15 90771749 . GTC GC,GCC,GGC,GGG 698.32 PASS AF=0.351852,0,0.611111,0.037037;AO=8,20,24,2;DP=54;FAO=19,0,33,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0,16,2;FSAR=6,0,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019488,0.0174198,0.02113,0.020879;FXX=0;HRUN=1,1,1,1;LEN=1,1,1,2;MLLD=95.0585,79.939,98.4997,76.0713;QD=51.7271;RBI=0.0546639,0.0480614,0.0619062,0.063364;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0510721,0.0447934,0.0581885,0.0598252;RO=0;SAF=0,17,12,2;SAR=8,3,12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,snp,mnp;VARB=0.0111695,0,0.00379561,0.0687595;OID=.,.,.,.;OPOS=90771750,90771750,90771750,90771750;OREF=T,T,T,TC;OALT=-,C,G,GG;OMAPALT=GC,GCC,GGC,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.351852,0,0.611111,0.037037:8,20,24,2:54:19,0,33,2:54:0:13,0,16,2:6,0,17,0:0:0:66:0:0,17,12,2:8,3,12,0:0:0 chr15 90772200 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.449;QD=56.9382;RBI=0.0328169;REFB=0;REVB=0.0315946;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15153e-05;OID=.;OPOS=90772200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr15 90772831 . C T 793.99 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2055;QD=56.7137;RBI=0.0489456;REFB=0;REVB=-0.0475097;RO=0;SAF=12;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190553;OID=.;OPOS=90772831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:42:12:0:0:42:14:0:0 chr15 90774259 . G C 435.61 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0336662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.733;QD=54.4513;RBI=0.0352073;REFB=-0.071529;REVB=0.0103024;RO=1;SAF=19;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239259;STB=0.512812;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00196311;OID=.;OPOS=90774259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:12:19:1:0:12:19:1:0 chr15 90774446 . CTAGAG C,CT 207.29 PASS AF=0,1;AO=2,15;DP=17;FAO=0,17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017302,0.0510988;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,4;MLLD=97.3141,225.339;QD=48.7752;RBI=0.0388013,0.0645882;REFB=0,0;REVB=0.0347301,0.0395037;RO=0;SAF=2,6;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000588831;OID=.,.;OPOS=90774447,90774448;OREF=TAGAG,AGAG;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,15:17:0,17:17:0:0,8:0,9:0:0:4:0:2,6:0,9:0:0 chr15 90784207 . A G 1972.97 PASS AF=1;AO=114;DP=117;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.737;QD=60.7068;RBI=0.0606634;REFB=0;REVB=0.0573706;RO=0;SAF=63;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202649;OID=.;OPOS=90784207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:130:0:0:114:130:1:51:63:0:0:67:63:0:0 chr15 90784250 . T C 1859.14 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00985292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.399;QD=61.4593;RBI=0.0182375;REFB=0;REVB=0.0153468;RO=0;SAF=52;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19705e-05;OID=.;OPOS=90784250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:69:52:0:0:69:52:0:0 chr15 90794102 . G A 355.83 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.172;QD=54.7432;RBI=0.0500681;REFB=0;REVB=0.0491808;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110594;OID=.;OPOS=90794102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:22:26:1:8:14:0:0:10:16:0:0 chr15 90794757 . T G 548.84 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00478853;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.436;QD=57.7726;RBI=0.035085;REFB=0.125526;REVB=0.0347567;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00183846;OID=.;OPOS=90794757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:0:1:37:37:0.973684:20:17:0:0:20:17:0:1 chr15 90794845 . G A 563.78 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0301235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.642;QD=57.824;RBI=0.0301443;REFB=-0.103641;REVB=0.00112094;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199387;STB=0.510633;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00161454;OID=.;OPOS=90794845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:23:15:0:1:23:15:0:1 chr15 90796558 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0642;QD=60.6102;RBI=0.0346645;REFB=0;REVB=0.028883;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129159;OID=.;OPOS=90796558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr15 90800408 . C G 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7286;QD=56.9539;RBI=0.0427337;REFB=0;REVB=0.0298575;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671487;OID=.;OPOS=90800408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr15 90800449 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2229;QD=62.9822;RBI=0.0110824;REFB=0;REVB=-0.00346855;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106964;OID=.;OPOS=90800449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr15 90806375 . C T 161.94 PASS AF=0.38;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0300668;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.115;QD=12.9555;RBI=0.0417467;REFB=-0.00571891;REVB=0.0289615;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305279;STB=0.644349;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00608471;OID=.;OPOS=90806375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:18:19:0.38:10:8:22:8:10:9:22:9 chr15 90807138 . T G 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0166072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.492;QD=17.9428;RBI=0.0166079;REFB=-0.0242496;REVB=0.000157977;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127608;STB=0.562769;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0246547;OID=.;OPOS=90807138;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:12:16:12:16:12:16:13:16 chr15 90809633 . G A 387.05 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162874;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6682;QD=53.3868;RBI=0.017427;REFB=0.000179834;REVB=0.00619833;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000980782;OID=.;OPOS=90809633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:27:28:0.965517:15:12:0:0:15:13:1:0 chr15 90818400 . A T 175.41 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.946;QD=46.7752;RBI=0.0589217;REFB=0;REVB=0.0557509;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251778;OID=.;OPOS=90818400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:7:6:0:0:9:6:0:0 chr15 90818469 . C T 100.4 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0175587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.373;QD=12.5498;RBI=0.0268478;REFB=-0.024934;REVB=0.02031;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00467161;STB=0.522578;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0315026;OID=.;OPOS=90818469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:19:19:12:13:0.40625:7:5:8:11:8:5:8:11 chr15 90818641 . G C 89.78 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0070051;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2483;QD=13.8116;RBI=0.0183913;REFB=-0.0143501;REVB=-0.017005;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17847;STB=0.583184;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0211793;OID=.;OPOS=90818641;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:27:26:14:15:11:11:0.423077:5:6:5:9:5:6:6:9 chr15 90818827 . G A 305.82 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00249492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.56;QD=50.97;RBI=0.185288;REFB=0;REVB=0.185271;RO=1;SAF=18;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182146;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156628;OID=.;OPOS=90818827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:1:0:20:24:1:2:18:0:1:6:18:0:0 chr15 90819132 . C T 269.54 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.569;QD=51.3415;RBI=0.0406024;REFB=0;REVB=0.0356662;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00583695;OID=.;OPOS=90819132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:17:21:1:6:11:0:0:8:13:0:0 chr15 90819641 . A C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.977;QD=57.1054;RBI=0.0219834;REFB=0;REVB=-0.0033125;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128895;OID=.;OPOS=90819641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr15 90819876 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9024;QD=55.0965;RBI=0.085738;REFB=0;REVB=0.0771465;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231367;OID=.;OPOS=90819876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr15 90820063 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.358;QD=59.8393;RBI=0.0296256;REFB=0;REVB=-0.0146544;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33597e-05;OID=.;OPOS=90820063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr15 90820721 . C T 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000203443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.587;QD=52.6108;RBI=0.0135118;REFB=0;REVB=0.0135103;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46479e-05;OID=.;OPOS=90820721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr15 90892293 . C T 1677.1 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7892;QD=60.4359;RBI=0.0215125;REFB=0;REVB=0.00025983;RO=0;SAF=43;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63972e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18678e-05;OID=.;OPOS=90892293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:67:43:0:0:67:44:0:0 chr15 90903311 . A G 330.42 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0444379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.25;QD=50.8339;RBI=0.0452672;REFB=-0.0628411;REVB=0.00862506;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044143;STB=0.52379;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000961582;OID=.;OPOS=90903311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:10:15:0:1:10:15:0:1 chr15 91424574 . G C 733.34 PASS AF=0.356557;AO=38;DP=245;FAO=87;FDP=244;FR=.;FRO=157;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=75;FSRR=82;FWDB=-0.00251082;FXX=0.00408147;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.441;QD=12.022;RBI=0.0299201;REFB=-0.0109118;REVB=-0.0298146;RO=119;SAF=0;SAR=38;SRF=67;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.806477;STB=0.519062;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0244745;OID=.;OPOS=91424574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:244:119:157:38:87:0.356557:38:0:67:52:48:39:75:82 chr15 91452595 . A G 799.43 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.211;QD=63.9546;RBI=0.0344952;REFB=0;REVB=-0.0210994;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82987e-05;OID=.;OPOS=91452595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr15 91474236 . T C 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.104;QD=62.9804;RBI=0.0175198;REFB=0;REVB=0.00233491;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49174e-05;OID=.;OPOS=91474236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr15 91474738 . G C 2086.68 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.146;QD=61.8275;RBI=0.0470408;REFB=-0.0637122;REVB=0.0394467;RO=1;SAF=69;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683923;STB=0.503546;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000157444;OID=.;OPOS=91474738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:135:1:1:133:134:0.992593:64:69:1:0:64:70:1:0 chr15 91478544 . A C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4577;QD=39.2048;RBI=0.0422377;REFB=0;REVB=-0.0343032;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000679279;OID=.;OPOS=91478544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr15 91509592 . T C 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0787652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6948;QD=57.2361;RBI=0.0791731;REFB=0;REVB=0.00802586;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000381819;OID=.;OPOS=91509592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr15 91524841 . G T 1189.91 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00251621;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.113;QD=61.021;RBI=0.00688981;REFB=0;REVB=0.0064139;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510349;OID=.;OPOS=91524841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:44:32:0:0:46:32:0:0 chr15 91525197 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.417;QD=51.1842;RBI=0.0330708;REFB=0;REVB=0.0326762;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466774;OID=.;OPOS=91525197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr15 91543761 . C T 195.24 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256876;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.131;QD=48.8093;RBI=0.0286028;REFB=0;REVB=-0.0125805;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016113;OID=.;OPOS=91543761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr15 91548601 . G A 785.11 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.469;QD=57.0987;RBI=0.0119323;REFB=0;REVB=0.0116184;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91134e-05;OID=.;OPOS=91548601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr15 91836683 . T C 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000667635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.494;QD=60.5469;RBI=0.0423264;REFB=0;REVB=0.0423211;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63753e-05;OID=.;OPOS=91836683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr15 92647645 . G C 427.24 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0897764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.49;QD=56.965;RBI=0.0899388;REFB=0;REVB=0.00540265;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002085;OID=.;OPOS=92647645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:24:5:0:0:24:6:0:0 chr15 93015427 . G A 348.89 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00379806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8738;QD=22.8781;RBI=0.0394047;REFB=0.00280247;REVB=-0.0392213;RO=26;SAF=26;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15328;STB=0.584875;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00485573;OID=.;OPOS=93015427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:9:26:15:11:9:26:15:11 chr15 93198671 . A G 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0820271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1051;QD=58.5956;RBI=0.0920152;REFB=0;REVB=-0.0416935;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114865;OID=.;OPOS=93198671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr15 93198678 . TTGGAGCTGGA TTGGA,TTGGAGCTGCC 699.17 PASS AF=0.891304,0.108696;AO=33,6;DP=44;FAO=41,5;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28,4;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248498,-0.0141649;FXX=0.0212721;HRUN=1,2;LEN=6,2;MLLD=224.982,100.568;QD=60.7974;RBI=0.03755,0.0183798;REFB=0,0;REVB=0.0374677,-0.011712;RO=0;SAF=20,5;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.82173e-08,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00264365,0.0140476;OID=.,.;OPOS=93198679,93198687;OREF=TGGAGC,GA;OALT=-,CC;OMAPALT=TTGGA,TTGGAGCTGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.891304,0.108696:33,6:44:41,5:46:0:28,4:13,1:0:0:25:0:20,5:13,1:0:0 chr15 93447631 . T G 775.48 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178235;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.336;QD=63.3045;RBI=0.0186059;REFB=0;REVB=0.00533863;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60534e-06;OID=.;OPOS=93447631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:49:0:0:43:49:1:19:24:0:0:21:28:0:0 chr15 93510603 . A G 884.07 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0218618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.935;QD=53.5802;RBI=0.0239015;REFB=-0.0315259;REVB=0.00966138;RO=2;SAF=21;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428634;STB=0.516849;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000833993;OID=.;OPOS=93510603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:2:3:63:63:0.954545:42:21:2:0:42:21:2:1 chr15 93521604 . A G 1181.93 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0166987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.347;QD=58.3668;RBI=0.0182204;REFB=-0.0330139;REVB=-0.00728937;RO=2;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242617;STB=0.512817;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00030672;OID=.;OPOS=93521604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:38:41:0:2:38:41:0:2 chr15 93536197 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.104;QD=63.5826;RBI=0.0197191;REFB=0;REVB=-0.00426399;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51192e-05;OID=.;OPOS=93536197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr15 93567864 . A C 335.94 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.0230102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.51;QD=19.761;RBI=0.0231467;REFB=-0.00873295;REVB=-0.00250957;RO=32;SAF=5;SAR=30;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119575;STB=0.562461;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0138117;OID=.;OPOS=93567864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:33:35:35:0.514706:30:5:7:25:30:5:7:26 chr15 93568466 . A AGGG 47.79 PASS AF=0.321429;AO=7;DP=27;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00936871;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=35.1385;QD=6.82689;RBI=0.100136;REFB=-0.028563;REVB=0.0996967;RO=18;SAF=7;SAR=0;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.707182;STB=0.761192;STBP=0.102;TYPE=ins;VARB=0.0585629;OID=.;OPOS=93568467;OREF=-;OALT=GGG;OMAPALT=AGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:7:27:9:28:19:8:1:12:7:47:18:7:0:12:6 chr15 93570241 . T C 2310.85 PASS AF=0.974843;AO=154;DP=161;FAO=155;FDP=159;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=88;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0138828;FXX=0.0124216;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.76;QD=58.1346;RBI=0.0194957;REFB=-0.096304;REVB=0.0136876;RO=0;SAF=66;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.26356e-08;STB=0.514491;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000229565;OID=.;OPOS=93570241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:161:159:0:4:154:155:0.974843:88:66:0:0:88:67:4:0 chr15 93586633 . G A 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.907;QD=58.1387;RBI=0.0491596;REFB=0;REVB=0.040968;RO=0;SAF=25;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411197;OID=.;OPOS=93586633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:7:25:0:0:7:25:0:0 chr15 93588264 . G C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0204292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.876;QD=13.2051;RBI=0.0314114;REFB=-0.0482671;REVB=0.0238605;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168138;STB=0.599699;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0195974;OID=.;OPOS=93588264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:5:1:2:4:5:1 chr15 93588289 . G A 144.67 PASS AF=0.6;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0118363;FXX=0.0384468;HRUN=6;LEN=1;MLLD=120.76;QD=23.1476;RBI=0.0321791;REFB=-0.0195715;REVB=-0.0299232;RO=9;SAF=13;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114948;STB=0.618866;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0150127;OID=.;OPOS=93588289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:9:10:15:15:0.6:2:13:7:2:2:13:7:3 chr15 93588336 . A C 901.41 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00162715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.684;QD=58.1557;RBI=0.0270068;REFB=0;REVB=0.0269577;RO=0;SAF=44;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140411;OID=.;OPOS=93588336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:18:44:0:0:18:44:0:0 chr15 93609460 . A T 986.15 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000125571;FXX=0.0285673;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.307;QD=58.0088;RBI=0.0735117;REFB=-0.0132569;REVB=-0.0735116;RO=1;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019281;STB=0.510201;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=9.30073e-05;OID=.;OPOS=93609460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:24:43:0:1:24:43:0:1 chr15 93616933 . C G 1859.33 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.151;QD=61.4656;RBI=0.0396688;REFB=0;REVB=0.0293937;RO=0;SAF=65;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76108e-06;OID=.;OPOS=93616933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:56:65:0:0:56:65:0:0 chr15 93616975 . A G 1134.63 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.116;QD=60.5139;RBI=0.0229551;REFB=0;REVB=-0.00155724;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78776e-05;OID=.;OPOS=93616975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:75:0:0:72:75:1:46:26:0:0:47:28:0:0 chr15 93632123 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2909;QD=40.7616;RBI=0.045896;REFB=0;REVB=-0.0422512;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00175894;OID=.;OPOS=93632123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr15 93749883 . G A 184.79 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00929423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.539;QD=12.1176;RBI=0.00961892;REFB=-0.00691334;REVB=-0.00247811;RO=38;SAF=11;SAR=12;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221649;STB=0.627014;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00414542;OID=.;OPOS=93749883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:12:11:26:12:12:11:26:12 chr15 93750256 . G T 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00588166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.79;QD=19.1564;RBI=0.00851852;REFB=0.000126695;REVB=-0.00616208;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327272;STB=0.518501;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.000211296;OID=.;OPOS=93750256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:13:8:8:15:13:8:8:15 chr15 94841691 . G A 388.85 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=50;FWDB=-0.0117992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.627;QD=16.2021;RBI=0.0122243;REFB=-0.00987689;REVB=0.00319564;RO=55;SAF=4;SAR=37;SRF=5;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195972;STB=0.511008;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00868971;OID=.;OPOS=94841691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:37:4:5:50:37:4:5:50 chr15 94884108 . G C 1526.08 PASS AF=1;AO=93;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1918;QD=62.9309;RBI=0.047612;REFB=0;REVB=0.0239204;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621697;OID=.;OPOS=94884108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:93:97:1:39:54:0:0:39:58:0:0 chr15 94945704 . A G 152.77 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0177928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2031;QD=13.5795;RBI=0.0252187;REFB=0.0017553;REVB=0.0178718;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115119;STB=0.518303;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.00186696;OID=.;OPOS=94945704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:17:17:0.377778:8:9:14:13:8:9:14:14 chr15 94945719 . G T 733.04 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133835;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.07;QD=63.7428;RBI=0.0312978;REFB=0;REVB=-0.028292;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16506e-05;OID=.;OPOS=94945719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr15 96289064 . T A 340.54 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0412611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8706;QD=23.4857;RBI=0.0462792;REFB=-0.00559157;REVB=0.0209592;RO=24;SAF=26;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203616;STB=0.612832;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00437768;OID=.;OPOS=96289064;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:8:26:13:11:8:26:13:11 chr15 96881264 . C CAACA 324.65 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=64;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00947156;FXX=0;HRUN=0;LEN=4;MLLD=290.141;QD=20.6126;RBI=0.0128644;REFB=-0.000317914;REVB=0.00870537;RO=30;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156081;STB=0.510313;STBP=0.88;TYPE=ins;VARB=0.000830846;OID=.;OPOS=96881265;OREF=-;OALT=AACA;OMAPALT=CAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.539683:33:64:34:63:29:16:18:13:16:99:30:16:17:14:16 chr15 97896933 . A C 182.1 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.05174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.391;QD=16.9392;RBI=0.0525808;REFB=-0.00372196;REVB=0.00936535;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497194;STB=0.528467;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00379553;OID=.;OPOS=97896933;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:12:7:10:14:12:7:10:14 chr15 98015489 . A G 674.96 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0566629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7852;QD=59.9968;RBI=0.0567052;REFB=-0.103248;REVB=0.00218882;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199884;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00330127;OID=.;OPOS=98015489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:21:23:1:0:21:23:1:0 chr15 98301844 . GC G,GG,GT,TG 240.67 PASS AF=0.3,0.1,0.5,0.1;AO=5,2,9,2;DP=19;FAO=6,2,10,2;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2,9,0;FSAR=5,0,1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00939169,-0.00685595,-0.00972945,-0.00459021;FXX=0;HRUN=1,1,1,1;LEN=1,1,1,2;MLLD=107.649,91.4886,105.634,93.0709;QD=48.1336;RBI=0.0459437,0.0541933,0.0454262,0.0571436;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0449736,0.0537579,0.044372,0.056959;RO=0;SAF=1,2,8,0;SAR=4,0,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,snp,mnp;VARB=0.00992019,-0.025813,-0.0014748,-0.00188437;OID=.,.,.,.;OPOS=98301845,98301845,98301845,98301844;OREF=C,C,C,GC;OALT=-,G,T,TG;OMAPALT=G,GG,GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:37:19:20:0:0:5,2,9,2:6,2,10,2:0.3,0.1,0.5,0.1:4,0,1,2:1,2,8,0:0:0:5,0,1,2:1,2,9,0:0:0 chr15 98301849 . A T 52.85 PASS AF=0.434783;AO=8;DP=21;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0439323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.7008;QD=9.19129;RBI=0.220422;REFB=-0.0344165;REVB=-0.215999;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.752011;STB=0.932629;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0690143;OID=.;OPOS=98301849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:21:23:13:13:8:10:0.434783:7:1:13:0:9:1:13:0 chr15 98513845 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.522;QD=56.9999;RBI=0.0445205;REFB=0;REVB=0.0230076;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125055;OID=.;OPOS=98513845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr15 98995081 . A G 1117.05 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.112;QD=60.381;RBI=0.0588173;REFB=0;REVB=0.0384346;RO=0;SAF=47;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184321;OID=.;OPOS=98995081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:26:47:0:0:27:47:0:0 chr15 99023968 . T G 235.06 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00562695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.647;QD=13.0586;RBI=0.0132052;REFB=-0.00601344;REVB=0.0119463;RO=43;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884236;STB=0.557728;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0118959;OID=.;OPOS=99023968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:44:28:28:0.388889:16:12:22:21:16:12:23:21 chr15 99465473 . C T 491.98 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00315321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.622;QD=22.6197;RBI=0.0179477;REFB=-0.0138028;REVB=0.0176686;RO=40;SAF=26;SAR=21;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862524;STB=0.547482;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0169532;OID=.;OPOS=99465473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:21:26:18:22:21:26:18:22 chr15 99478225 . G A 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00447485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.133;QD=11.734;RBI=0.00600531;REFB=-0.016495;REVB=0.00400493;RO=50;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210034;STB=0.620854;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0346612;OID=.;OPOS=99478225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:12:16:19:31:12:16:19:31 chr15 99500605 . C T 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0256543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.288;QD=14.6585;RBI=0.0450036;REFB=-0.00775264;REVB=0.0369754;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322174;STB=0.689341;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0153337;OID=.;OPOS=99500605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:10:3:9:8:10:3:9:8 chr15 99503199 . GGT G 105.71 PASS AF=0.666667;AO=9;DP=19;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0113969;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=153.139;QD=23.492;RBI=0.0603915;REFB=-0.0481121;REVB=0.0593064;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341797;STB=0.713945;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=0.00826223;OID=.;OPOS=99503200;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:9:19:12:18:6:4:8:6:0:34:6:2:7:4:2 chr15 99504437 . C T 1665.33 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0049573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2181;QD=58.4326;RBI=0.0141398;REFB=-0.167144;REVB=-0.0132423;RO=2;SAF=58;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160887;STB=0.508473;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00114615;OID=.;OPOS=99504437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:2:2:112:112:0.982456:54:58:2:0:54:58:2:0 chr15 99511873 . G A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0356554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.99;QD=15.1968;RBI=0.0433634;REFB=-0.0156624;REVB=-0.0246796;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395996;STB=0.522903;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0126619;OID=.;OPOS=99511873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:7:11:8:6:7:11 chr15 99653800 . T C 179.11 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00726184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1767;QD=11.0219;RBI=0.123042;REFB=-0.0102515;REVB=0.122828;RO=41;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112306;STB=0.557591;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0120319;OID=.;OPOS=99653800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:42:23:23:0.353846:13:10:22:19:13:10:22:20 chr15 99670265 . C T 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0111102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.462;QD=12.724;RBI=0.0297375;REFB=-0.0158303;REVB=-0.0275841;RO=36;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127757;STB=0.573466;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0224535;OID=.;OPOS=99670265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:10:13:16:20:10:13:16:20 chr15 99670518 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00430686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.864;QD=14.7986;RBI=0.0419794;REFB=-0.0266716;REVB=0.0417579;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229475;STB=0.631371;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.029023;OID=.;OPOS=99670518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:11:2:4:7:11:2 chr15 99670989 . T C 501.91 PASS AF=1;AO=30;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.896;QD=59.0485;RBI=0.0795943;REFB=0;REVB=0.0550639;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696679;OID=.;OPOS=99670989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:30:34:1:15:15:0:0:17:17:0:0 chr15 99671760 . T C 1560.6 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00465381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.151;QD=63.6982;RBI=0.0870918;REFB=0;REVB=-0.0869674;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155629;OID=.;OPOS=99671760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:47:50:0:0:47:51:0:0 chr15 99671795 . C T 402.61 PASS AF=0.398305;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.00596761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.045;QD=13.6478;RBI=0.0114659;REFB=-0.0248381;REVB=0.00979056;RO=71;SAF=27;SAR=20;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057422;STB=0.532492;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0366131;OID=.;OPOS=99671795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:71:71:47:47:0.398305:20:27:37:34:20:27:37:34 chr15 99672599 . G C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00620743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.211;QD=12.3961;RBI=0.0110487;REFB=-0.0299583;REVB=-0.00914006;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179553;STB=0.608297;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0210962;OID=.;OPOS=99672599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:1:4:3:2:1:4 chr15 99672722 . A G 150.86 PASS AF=0.346939;AO=15;DP=47;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00131733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.986;QD=12.3153;RBI=0.0193414;REFB=-0.0129551;REVB=0.0192964;RO=30;SAF=10;SAR=5;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119572;STB=0.537852;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0225047;OID=.;OPOS=99672722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:30:32:15:17:0.346939:5:10:17:13:7:10:17:15 chr15 99679489 . GAGAT G 135.72 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=51;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.0250965;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=4;MLLD=268.167;QD=11.3101;RBI=0.0263423;REFB=-0.0216335;REVB=0.00800519;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207466;STB=0.617516;STBP=0.316;TYPE=del;VARB=0.0446563;OID=.;OPOS=99679490;OREF=AGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:15:51:16:48:32:10:6:25:7:99:30:9:6:23:7 chr15 99679655 . C A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0148294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.908;QD=16.8834;RBI=0.0221365;REFB=-0.0185252;REVB=-0.0164352;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104939;STB=0.559923;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0275885;OID=.;OPOS=99679655;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:12:5:6:9:12:5 chr15 99715352 . A G 885.41 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.893;QD=58.0594;RBI=0.026249;REFB=0;REVB=-0.0240484;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.70851e-05;OID=.;OPOS=99715352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:33:27:0:0:34:27:0:0 chr15 100246936 . T C 789.03 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645508;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.194;QD=64.4105;RBI=0.00984543;REFB=0;REVB=-0.00743401;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334787;OID=.;OPOS=100246936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:17:32:0:0:17:32:0:0 chr15 100246942 . G A 724.17 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0133446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.829;QD=54.6542;RBI=0.0133774;REFB=0.0787072;REVB=-0.000936403;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-2.71501e-05;OID=.;OPOS=100246942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:53:0:1:51:52:0.981132:17:34:0:0:17:35:1:0 chr15 100269796 . A G 468.92 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174813;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.213;QD=58.6149;RBI=0.0179054;REFB=0;REVB=0.00387391;RO=0;SAF=5;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.13708e-05;OID=.;OPOS=100269796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:27:5:0:0:27:5:0:0 chr15 100341293 . A G 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0309261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.95;QD=27.6513;RBI=0.0358312;REFB=-0.00163828;REVB=0.0180955;RO=9;SAF=9;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100115;STB=0.555495;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.000149819;OID=.;OPOS=100341293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:9:9:3:6:9:9:3:6 chr15 100512047 . A G 186.66 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0460381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.013;QD=20.1789;RBI=0.0468849;REFB=-0.00552616;REVB=-0.0088705;RO=18;SAF=14;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274686;STB=0.656076;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00651315;OID=.;OPOS=100512047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:5:14:8:10:5:14:8:10 chr15 100512079 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0379015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.105;QD=10.8848;RBI=0.0458551;REFB=0.00527469;REVB=-0.0258102;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920876;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0143567;OID=.;OPOS=100512079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:7:8:4:5:7:8 chr15 100513117 . G A 103.65 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0272942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.556;QD=10.9108;RBI=0.0292207;REFB=-0.00476599;REVB=0.0104343;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408843;STB=0.713963;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0108537;OID=.;OPOS=100513117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:25:12:13:0.342105:8:4:16:6:9:4:16:9 chr15 100514417 . CC TG 551.9 PASS AF=0.588235;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00197804;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=2;MLLD=191.069;QD=25.9718;RBI=0.00492606;REFB=0.00573619;REVB=0.00451148;RO=34;SAF=31;SAR=19;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219671;STB=0.625478;STBP=0.01;TYPE=mnp;VARB=-0.00430876;OID=.;OPOS=100514417;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:34:35:50:50:0.588235:19:31:11:23:19:31:11:24 chr15 100514614 . T C 257.96 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0108741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.702;QD=18.426;RBI=0.0134441;REFB=-0.0275821;REVB=0.00790556;RO=28;SAF=17;SAR=11;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103193;STB=0.557495;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0285674;OID=.;OPOS=100514614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:11:17:20:8:11:17:20:8 chr15 100672237 . T G 150.87 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220197;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.021;QD=46.4225;RBI=0.0452674;REFB=0;REVB=0.0452138;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000852001;OID=.;OPOS=100672237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr15 100794363 . C T 444.95 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0602575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8689;QD=52.3469;RBI=0.0662355;REFB=-0.058864;REVB=-0.0274987;RO=2;SAF=17;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051808;STB=0.527761;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0255626;OID=.;OPOS=100794363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:15:17:2:0:15:17:2:0 chr15 100801698 . G A 724.19 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00194393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.005;QD=54.6556;RBI=0.0345435;REFB=-0.125846;REVB=0.0344887;RO=1;SAF=33;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140615;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=2.55299e-05;OID=.;OPOS=100801698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:19:33:1:0:19:33:1:0 chr15 100821467 . G A 2263.75 PASS AF=1;AO=130;DP=161;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536566;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.067;QD=55.8951;RBI=0.0552074;REFB=0;REVB=0.0129933;RO=0;SAF=63;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00432096;OID=.;OPOS=100821467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:162:0:0:130:162:1:67:63:0:0:69:93:0:0 chr15 100821576 . G A 1135.91 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01346;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.592;QD=59.0085;RBI=0.0144531;REFB=0.031384;REVB=-0.00526488;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=2.58729e-05;OID=.;OPOS=100821576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:77:0:1:75:76:0.987013:41:34:0:0:42:34:1:0 chr15 100942961 . CT C,CC 318.23 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=3,21;DP=24;FAO=1,23;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602311,0.113891;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.92,154.159;QD=53.0389;RBI=0.0604211,0.113977;REFB=0,0;REVB=-0.00478733,-0.00444407;RO=0;SAF=2,6;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00347457,0.00147163;OID=.,.;OPOS=100942962,100942962;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0416667,0.958333:3,21:24:1,23:24:0:0,8:1,15:0:0:6:0:2,6:1,15:0:0 chr15 101041896 . T C 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00128043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.979;QD=62.9788;RBI=0.0328534;REFB=0;REVB=0.0328285;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181309;OID=.;OPOS=101041896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr15 101113862 . C T 526.33 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.00367173;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.163;QD=17.3992;RBI=0.00720661;REFB=-0.0117958;REVB=0.00620109;RO=64;SAF=32;SAR=24;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989326;STB=0.55922;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0134522;OID=.;OPOS=101113862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:65:56:56:0.46281:24:32:30:34:24:32:30:35 chr15 101421451 . A G 258.51 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0142161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.016;QD=16.4135;RBI=0.017626;REFB=-0.00590516;REVB=0.01042;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116817;STB=0.506574;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00778311;OID=.;OPOS=101421451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:15:14:16:18:15:14:16:18 chr15 101421673 . G A 103.76 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0228098;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.591;QD=9.22291;RBI=0.0420094;REFB=-0.0244752;REVB=-0.0352775;RO=32;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00845992;STB=0.505147;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0411902;OID=.;OPOS=101421673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:32:32:13:13:0.288889:7:6:15:17:7:6:15:17 chr15 101464915 . T C 863.32 PASS AF=0.541401;AO=85;DP=157;FAO=85;FDP=157;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.022869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6595;QD=21.9954;RBI=0.0295353;REFB=-0.0173706;REVB=0.0186907;RO=71;SAF=41;SAR=44;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12582;STB=0.571497;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0152891;OID=.;OPOS=101464915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:71:72:85:85:0.541401:44:41:45:26:44:41:46:26 chr15 101591923 . A G 851.16 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0124336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.733;QD=54.9138;RBI=0.0229079;REFB=-0.136188;REVB=0.01924;RO=2;SAF=34;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412713;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=8.62868e-06;OID=.;OPOS=101591923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:62:2:1:60:61:0.983871:26:34:1:1:27:34:1:0 chr15 101607450 . T C 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.986;QD=64.1499;RBI=0.0190294;REFB=0;REVB=-0.0172895;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73366e-05;OID=.;OPOS=101607450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr15 101717680 . G T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.928;QD=59.6795;RBI=0.014776;REFB=0;REVB=0.0121311;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84867e-05;OID=.;OPOS=101717680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr15 101718529 . T C 432.43 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0397731;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7917;QD=17.8323;RBI=0.0411503;REFB=-0.010298;REVB=-0.0105568;RO=53;SAF=23;SAR=21;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023961;STB=0.513393;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0128377;OID=.;OPOS=101718529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:53:53:44:44:0.453608:21:23:29:24:21:23:29:24 chr15 101718950 . T C 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00766654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.405;QD=22.5342;RBI=0.0113865;REFB=-0.0123314;REVB=0.00841878;RO=24;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139719;STB=0.576877;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0106376;OID=.;OPOS=101718950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:15:17:17:7:15:17:17:7 chr15 101791359 . C G 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.019568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.122;QD=24.493;RBI=0.0296061;REFB=-0.0313865;REVB=-0.0222175;RO=15;SAF=5;SAR=16;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402475;STB=0.522367;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0229772;OID=.;OPOS=101791359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:16:5:3:12:16:5:3:12 chr15 101827855 . C T 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00334175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.781;QD=55.6056;RBI=0.00375857;REFB=-0.0121751;REVB=-0.00172033;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145145;STB=0.50769;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000170479;OID=.;OPOS=101827855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:32:26:0:1:32:26:0:1 chr15 101910550 . G A 1005.33 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.664;QD=59.1369;RBI=0.0332868;REFB=0;REVB=-0.0156806;RO=0;SAF=52;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1102e-05;OID=.;OPOS=101910550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:13:52:0:0:13:55:0:0 chr15 101972225 . G A 333.59 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0508126;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7588;QD=12.8302;RBI=0.0537286;REFB=0.000262399;REVB=-0.0174598;RO=64;SAF=24;SAR=16;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175672;STB=0.59995;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00101712;OID=.;OPOS=101972225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:64:64:40:40:0.384615:16:24:28:36:16:24:28:36 chr15 102192548 . A C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.877;QD=43.4862;RBI=0.0768606;REFB=0;REVB=0.0200291;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000746355;OID=.;OPOS=102192548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr15 102223771 . G A 1132.19 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553689;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.287;QD=60.3837;RBI=0.0586812;REFB=0;REVB=0.0194362;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.73548e-05;OID=.;OPOS=102223771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:32:42:0:0:32:43:0:0 chr15 102224341 . G A 1342.45 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0038737;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.534;QD=62.4398;RBI=0.0348144;REFB=0;REVB=0.0345982;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40919e-05;OID=.;OPOS=102224341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:38:48:0:0:38:48:0:0 chr16 103517 . A C 850.37 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.821;QD=57.6521;RBI=0.0170251;REFB=0;REVB=-0.013355;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.81344e-06;OID=.;OPOS=103517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr16 108585 . T C 826.16 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.567;QD=56.9766;RBI=0.048325;REFB=0;REVB=0.0172052;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39217e-05;OID=.;OPOS=108585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:33:23:0:0:34:24:0:0 chr16 109103 . T C 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0038739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.567;QD=20.3164;RBI=0.0120927;REFB=-0.0239415;REVB=-0.0114554;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226898;STB=0.512807;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0291193;OID=.;OPOS=109103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:9:10:9:9:9:10:9:9 chr16 113883 . G GCC 286.26 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213426;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=2;MLLD=40.9943;QD=45.8009;RBI=0.0392751;REFB=0;REVB=0.0329701;RO=5;SAF=19;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170067;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00055184;OID=.;OPOS=113884;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:30:25:25:0:19:6:0:0:5:5:19:6:4:1 chr16 113886 . GC G 270.56 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011624;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=19.2675;QD=40.0832;RBI=0.187224;REFB=0;REVB=0.187221;RO=1;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102305;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00988834;OID=.;OPOS=113887;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:27:27:27:0:20:7:0:0:5:1:19:4:0:1 chr16 322934 . C T 144.16 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0502633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.976;QD=24.0271;RBI=0.059207;REFB=-0.0198458;REVB=0.0312901;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132903;STB=0.574487;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0211359;OID=.;OPOS=322934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:8:7:6:3:8:7:6:3 chr16 324052 . A G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.00968061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.514;QD=9.19977;RBI=0.016567;REFB=-0.0041096;REVB=-0.0134444;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428566;STB=0.749498;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.010113;OID=.;OPOS=324052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:12:1:3:4:12:1 chr16 336660 . G A 184.77 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0292158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.097;QD=26.3951;RBI=0.0340229;REFB=-0.00267098;REVB=-0.0174354;RO=10;SAF=12;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114781;STB=0.564029;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00118393;OID=.;OPOS=336660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:6:12:5:5:6:12:5:5 chr16 336916 . C T 192.77 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.005302;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.4599;QD=22.6791;RBI=0.00883719;REFB=-0.0196827;REVB=-0.00706999;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255202;STB=0.642062;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.061359;OID=.;OPOS=336916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:10:9:12:3:10:9:12:3 chr16 337691 . C T 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0346689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.7;QD=18.9979;RBI=0.0348668;REFB=0.00672728;REVB=-0.00370973;RO=30;SAF=10;SAR=21;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195478;STB=0.609302;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00566387;OID=.;OPOS=337691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:21:10:16:14:21:10:16:14 chr16 396264 . A G 420.64 PASS AF=0.569444;AO=40;DP=71;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0174182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.51;QD=23.3691;RBI=0.0183315;REFB=-0.0311013;REVB=0.00571411;RO=31;SAF=21;SAR=19;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01862;STB=0.50511;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0283678;OID=.;OPOS=396264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:31:31:40:41:0.569444:19:21:17:14:19:22:17:14 chr16 419092 . A G 194.96 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0130603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.281;QD=17.3301;RBI=0.0137998;REFB=-0.00456415;REVB=0.0044567;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106824;STB=0.560915;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00577572;OID=.;OPOS=419092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:11:14:9:11:11:14 chr16 424277 . G A 128.3 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0447956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.932;QD=12.2193;RBI=0.0451853;REFB=-0.0136738;REVB=-0.00592194;RO=27;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389035;STB=0.726989;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0482347;OID=.;OPOS=424277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:5:10:8:19:5:10:8:19 chr16 426432 . T C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=-0.0123982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.005;QD=16.2715;RBI=0.0643086;REFB=-0.0260886;REVB=-0.0631022;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380857;STB=0.712114;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0224714;OID=.;OPOS=426432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:17:1:6:9:17:1 chr16 427479 . T C 86.5 PASS AF=0.354839;AO=12;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0184152;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.035;QD=11.1612;RBI=0.0314959;REFB=-0.0149401;REVB=-0.0255514;RO=18;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241378;STB=0.609948;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0285549;OID=.;OPOS=427479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:31:18:20:12:11:0.354839:10:2:6:12:9:2:6:14 chr16 427516 . T C 160.48 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0165485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.85;QD=18.3406;RBI=0.0307446;REFB=-0.0289725;REVB=-0.025911;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115311;STB=0.571347;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0264195;OID=.;OPOS=427516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:15:18:17:17:0.485714:9:8:5:10:9:8:6:12 chr16 427784 . G A 240.44 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00916496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.006;QD=21.3724;RBI=0.0109418;REFB=-0.0157549;REVB=0.00597724;RO=22;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143918;STB=0.581123;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0124623;OID=.;OPOS=427784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:16:7:10:12:16:7:10:12 chr16 427820 . C T 181.51 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0425438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1193;QD=16.8848;RBI=0.0431991;REFB=-0.0208342;REVB=0.00749613;RO=24;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254427;STB=0.646575;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0424677;OID=.;OPOS=427820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:14:5:12:12:14:5:12:12 chr16 456416 . T G 1003.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0078102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.335;QD=59.0416;RBI=0.133282;REFB=0;REVB=0.133053;RO=0;SAF=56;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226478;OID=.;OPOS=456416;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:68:0:0:62:68:1:6:56:0:0:11:57:0:0 chr16 511421 . G C 214.09 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0153556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1731;QD=14.765;RBI=0.0171701;REFB=-0.0116895;REVB=-0.00768217;RO=33;SAF=18;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1941;STB=0.611017;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.015618;OID=.;OPOS=511421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:7:18:18:15:7:18:18:15 chr16 547297 . T C 164.08 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0198449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.518;QD=12.8691;RBI=0.0208698;REFB=-0.00250829;REVB=0.00645976;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164237;STB=0.509544;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00313938;OID=.;OPOS=547297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:11:8:13:19:11:8:13:19 chr16 570557 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.347;QD=55.6561;RBI=0.0315343;REFB=0;REVB=0.0312938;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00183e-05;OID=.;OPOS=570557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr16 601632 . T C 607.64 PASS AF=0.496;AO=62;DP=125;FAO=62;FDP=125;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0264926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.524;QD=19.4446;RBI=0.0282198;REFB=-0.0264832;REVB=0.00972125;RO=61;SAF=35;SAR=27;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023535;STB=0.519909;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0349623;OID=.;OPOS=601632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:61:63:62:62:0.496:27:35:36:25:27:35:38:25 chr16 602313 . C A 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2377;QD=53.908;RBI=0.0859165;REFB=0;REVB=0.0840371;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000968551;OID=.;OPOS=602313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr16 603464 . GCCCCCCA GCCCCCCG,GCCCCCGC 232.42 PASS AF=0.481481,0;AO=17,2;DP=54;FAO=26,0;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=7,0;FSAR=19,0;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0388449,-0.0976126;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,2;MLLD=116.061,110.354;QD=17.2164;RBI=0.0388922,0.0976333;REFB=-0.0035499,-0.00993499;REVB=0.00191712,0.00201108;RO=20;SAF=2,2;SAR=15,0;SRF=7;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.351673,0.58092;STB=0.575696,0.5;STBP=0.322,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000543356,0;OID=.,.;OPOS=603471,603470;OREF=A,CA;OALT=G,GC;OMAPALT=GCCCCCCG,GCCCCCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481,0:17,2:54:26,0:54:28:7,0:19,0:11:17:99:20:2,2:15,0:7:13 chr16 614763 . T C 52.22 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0555339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.873;QD=11.6042;RBI=0.0651646;REFB=-0.0221916;REVB=-0.0340941;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163877;STB=0.599733;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.039385;OID=.;OPOS=614763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:18:18:9:10:7:8:0.444444:2:5:5:4:2:6:6:4 chr16 614821 . A G 95.9 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00831281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.523;QD=16.6775;RBI=0.00832138;REFB=-0.0181388;REVB=-0.000377542;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822389;STB=0.518487;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0153605;OID=.;OPOS=614821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:11:11:12:0.521739:4:7:6:5:5:7:6:5 chr16 614837 . G A 77.9 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00827775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7691;QD=14.1634;RBI=0.0841433;REFB=-0.0133684;REVB=0.0837351;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373874;STB=0.555443;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0621013;OID=.;OPOS=614837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:9:12:10:10:0.454545:4:6:5:4:4:6:6:6 chr16 622565 . A G 712.41 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.489;QD=60.6308;RBI=0.0267461;REFB=-0.0826587;REVB=0.0203566;RO=1;SAF=36;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128838;STB=0.506846;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00410682;OID=.;OPOS=622565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:10:36:1:0:10:36:1:0 chr16 622568 . G GATGT 165.35 PASS AF=0.4;AO=16;DP=46;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=0.0155405;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=252.721;QD=14.6978;RBI=0.0224734;REFB=-0.0198367;REVB=-0.0162341;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230441;STB=0.636235;STBP=0.249;TYPE=ins;VARB=0.0232776;OID=.;OPOS=622569;OREF=-;OALT=ATGT;OMAPALT=GATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:16:46:18:45:27:12:6:23:4:99:27:11:5:23:4 chr16 624114 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0693;QD=33.4285;RBI=0.0268102;REFB=0;REVB=-0.00604368;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118138;OID=.;OPOS=624114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr16 624713 . C T 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.01;QD=58.5957;RBI=0.0393305;REFB=0;REVB=0.0249193;RO=0;SAF=6;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71345e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03897e-05;OID=.;OPOS=624713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:58:6:0:0:58:6:0:0 chr16 626161 . G T 126.34 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00338608;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.788;QD=17.4256;RBI=0.0186791;REFB=-0.0211019;REVB=0.0183696;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373859;STB=0.727834;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0143376;OID=.;OPOS=626161;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:15:14:14:0.482759:4:10:4:10:4:10:4:11 chr16 630902 . C G 96.35 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0320571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.743;QD=12.4318;RBI=0.0321033;REFB=-0.0189591;REVB=-0.00172111;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141414;STB=0.567454;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0303032;OID=.;OPOS=630902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:5:7:8:10:5:7:9:10 chr16 632073 . C T 822.61 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190928;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.285;QD=57.7271;RBI=0.0191761;REFB=0;REVB=0.00178541;RO=0;SAF=42;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000874145;OID=.;OPOS=632073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:15:42:0:0:15:42:0:0 chr16 632115 . G A 1001.11 PASS AF=0.985294;AO=50;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.071;QD=58.8887;RBI=0.0561308;REFB=0;REVB=0.0437861;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00600745;OID=.;OPOS=632115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:0:0:50:67:0.985294:17:33:0:0:21:46:0:0 chr16 632138 . C T 779.28 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0920902;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.86;QD=56.6752;RBI=0.107206;REFB=0;REVB=0.0548858;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118231;OID=.;OPOS=632138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:18:34:0:0:18:37:0:0 chr16 632180 . G C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.937;QD=64.1521;RBI=0.0396026;REFB=0;REVB=0.00454496;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26522e-05;OID=.;OPOS=632180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr16 632198 . T A,C 564.22 PASS AF=0.974359,0.025641;AO=34,3;DP=37;FAO=38,1;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289796,-0.0798391;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.7209,123.359;QD=57.8688;RBI=0.0449869,0.0801952;REFB=0,0;REVB=0.0344093,-0.00754958;RO=0;SAF=6,3;SAR=28,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.73777e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00324071,0.0972763;OID=.,.;OPOS=632198,632198;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:37:39:0:0:34,3:38,1:0.974359,0.025641:28,0:6,3:0:0:29,0:9,1:0:0 chr16 632225 . T C 651.15 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5571;QD=62.0146;RBI=0.0647379;REFB=0;REVB=0.0593252;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564454;OID=.;OPOS=632225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:30:11:0:0:30:12:0:0 chr16 632230 . CG C,CC 713.91 PASS AF=0.978261,0.0217391;AO=40,4;DP=44;FAO=45,1;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613528,0.0459784;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=275.266,261.065;QD=62.0788;RBI=0.0638339,0.0485088;REFB=0,0;REVB=0.0176237,0.0154625;RO=0;SAF=12,2;SAR=28,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=1.80859e-05,0.00955977;OID=.,.;OPOS=632231,632231;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.978261,0.0217391:40,4:44:45,1:46:0:16,0:29,1:0:0:6:0:12,2:28,2:0:0 chr16 632233 . T C 702.09 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4676;QD=62.4082;RBI=0.0254351;REFB=0;REVB=0.016634;RO=1;SAF=15;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302851;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607575;OID=.;OPOS=632233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:1:0:44:45:1:29:15:1:0:29:16:0:0 chr16 632283 . G A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00497941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.584;QD=21.6127;RBI=0.0188263;REFB=-0.010503;REVB=0.0181559;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131254;STB=0.573708;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0142772;OID=.;OPOS=632283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:12:11:15:9:12:11 chr16 633125 . T C 2388.96 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.402;QD=64.1333;RBI=0.0452889;REFB=0;REVB=0.0450002;RO=0;SAF=60;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08837e-05;OID=.;OPOS=633125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:148:149:1:88:60:0:0:89:60:0:0 chr16 633353 . TG CA 1931.81 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428183;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.599;QD=61.8181;RBI=0.0445179;REFB=0;REVB=-0.0121835;RO=0;SAF=38;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.76486e-05;OID=.;OPOS=633353;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:125:0:0:121:125:1:83:38:0:0:87:38:0:0 chr16 633706 . C T 387.08 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=49;FWDB=-0.00711469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.983;QD=15.6397;RBI=0.00750694;REFB=-0.00596247;REVB=0.00239486;RO=58;SAF=14;SAR=27;SRF=9;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236574;STB=0.631399;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0100535;OID=.;OPOS=633706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:27:14:9:49:27:14:9:49 chr16 633764 . G A 511.47 PASS AF=0.666667;AO=46;DP=69;FAO=46;FDP=69;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=0.00731246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.851;QD=29.6502;RBI=0.0136829;REFB=-0.0160057;REVB=0.011565;RO=23;SAF=9;SAR=37;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666572;STB=0.536035;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00956714;OID=.;OPOS=633764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:23:23:46:46:0.666667:37:9:3:20:37:9:3:20 chr16 678843 . C T 507.03 PASS AF=0.477876;AO=53;DP=112;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0792657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.298;QD=17.948;RBI=0.0792725;REFB=-0.0323241;REVB=-0.00103767;RO=59;SAF=19;SAR=34;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031943;STB=0.510828;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0438366;OID=.;OPOS=678843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:59:59:53:54:0.477876:34:19:23:36:34:20:23:36 chr16 679814 . T C 2006.1 PASS AF=0.992424;AO=123;DP=128;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0417004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5422;QD=60.7908;RBI=0.047863;REFB=-0.122082;REVB=0.0234936;RO=5;SAF=47;SAR=76;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170263;STB=0.503225;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000901535;OID=.;OPOS=679814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:132:5:1:123:131:0.992424:76:47:3:2:77:54:0:1 chr16 679953 . C T 55.81 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0529967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.014;QD=10.63;RBI=0.0530519;REFB=0.00974124;REVB=0.00241932;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162774;STB=0.599733;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0171505;OID=.;OPOS=679953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:6:2:5:8:6:2:5:8 chr16 681280 . G T 52.11 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0102281;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.537;QD=13.8969;RBI=0.0287186;REFB=-0.0437804;REVB=-0.0268355;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334227;STB=0.519944;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0379195;OID=.;OPOS=681280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:17:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:7:1:1:6:7:1 chr16 681284 . C T 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0513163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8277;QD=16.897;RBI=0.0667453;REFB=0.0285893;REVB=0.0426798;RO=9;SAF=9;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245151;STB=0.514256;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0189619;OID=.;OPOS=681284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:1:9:8:1:1:9:8:1 chr16 701656 . C T 164.14 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00188044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.332;QD=12.8738;RBI=0.0211556;REFB=-0.0152593;REVB=-0.0210719;RO=29;SAF=15;SAR=4;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447543;STB=0.78258;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0104493;OID=.;OPOS=701656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:32:19:19:0.372549:4:15:11:18:4:15:11:21 chr16 705844 . T C 194.6 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0338327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0004;QD=17.2979;RBI=0.0594315;REFB=-0.0065549;REVB=-0.0488616;RO=25;SAF=15;SAR=5;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51105;STB=0.789203;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00650726;OID=.;OPOS=705844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:5:15:5:20:5:15:5:20 chr16 705920 . G C 173.75 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.0642887;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.93;QD=18.2891;RBI=0.0679097;REFB=-0.0201905;REVB=-0.021879;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422442;STB=0.751131;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0221355;OID=.;OPOS=705920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:20:18:18:0.473684:7:11:3:18:7:11:2:18 chr16 706534 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00410653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.408;QD=26.0262;RBI=0.0570628;REFB=-0.0613805;REVB=0.0569148;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00915221;OID=.;OPOS=706534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:0:1:5:1:0:1 chr16 708275 . C A 414.26 PASS AF=0.482759;AO=41;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0714045;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6067;QD=19.0463;RBI=0.103969;REFB=-0.00628352;REVB=0.0755705;RO=45;SAF=13;SAR=28;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864362;STB=0.552525;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0102648;OID=.;OPOS=708275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:41:42:0.482759:28:13:18:27:29:13:18:27 chr16 709001 . C A 88.8 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0439868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.039;QD=14.7993;RBI=0.0497528;REFB=-0.0221054;REVB=-0.0232486;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468943;STB=0.762192;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.041526;OID=.;OPOS=709001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:11:11:0.458333:2:9:4:8:2:9:5:8 chr16 711712 . C T 388.02 PASS AF=0.361538;AO=46;DP=132;FAO=47;FDP=130;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=0.0435404;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.621;QD=11.939;RBI=0.0602913;REFB=-0.0598371;REVB=0.0417046;RO=83;SAF=32;SAR=14;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185643;STB=0.587118;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0829422;OID=.;OPOS=711712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:83:83:46:47:0.361538:14:32:45:38:15:32:46:37 chr16 711905 . A G 243.27 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00331556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.768;QD=24.3273;RBI=0.0130605;REFB=-0.019609;REVB=-0.0126327;RO=16;SAF=18;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205805;STB=0.634019;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.022425;OID=.;OPOS=711905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:17:23:23:0.575:5:18:9:7:5:18:9:8 chr16 712867 . A G 262.3 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.012312;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.035;QD=24.4001;RBI=0.0213092;REFB=-0.0200795;REVB=-0.0173925;RO=19;SAF=18;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289305;STB=0.662193;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0163234;OID=.;OPOS=712867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:6:18:8:11:6:18:8:11 chr16 715990 . G A 196.83 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0207147;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4566;QD=17.1153;RBI=0.110181;REFB=-0.00887226;REVB=0.108216;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14424;STB=0.629824;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00737911;OID=.;OPOS=715990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:22:26:20:20:0.434783:13:7:11:11:13:7:15:11 chr16 717523 . G T 381.14 PASS AF=0.654545;AO=36;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0156454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.516;QD=27.7193;RBI=0.022677;REFB=-0.0191061;REVB=0.0164155;RO=19;SAF=23;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405667;STB=0.52215;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0117794;OID=.;OPOS=717523;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:19:36:36:0.654545:13:23:11:8:13:23:11:8 chr16 718514 . C G 167.95 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00798493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8238;QD=15.6234;RBI=0.00819261;REFB=-0.0125241;REVB=-0.00183297;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193225;STB=0.621973;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0153233;OID=.;OPOS=718514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:7:11:10:14:7:11:10:15 chr16 720986 . G A 48.08 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0411099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.662;QD=10.1229;RBI=0.0443106;REFB=-0.0272985;REVB=0.016535;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184599;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0415858;OID=.;OPOS=720986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:19:11:12:7:7:0.368421:2:5:6:5:2:5:7:5 chr16 722331 . C T 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=0.0189401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.047;QD=22.5338;RBI=0.0195558;REFB=-0.0357247;REVB=0.00486829;RO=14;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336554;STB=0.692151;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0184446;OID=.;OPOS=722331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:7:12:14:0:7:12:15:0 chr16 722548 . A G 54.3 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00347472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.936;QD=9.87308;RBI=0.0146009;REFB=-0.00802752;REVB=0.0141814;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020009;STB=0.512165;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00319341;OID=.;OPOS=722548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:5:9:5:3:5:9 chr16 735921 . T C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0466124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.636;QD=17.8275;RBI=0.0483038;REFB=-0.0158789;REVB=-0.0126704;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34695;STB=0.695375;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0274646;OID=.;OPOS=735921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:1:10:6:6:1:10 chr16 737269 . C T 552.22 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0397433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7132;QD=18.1055;RBI=0.0400013;REFB=-0.0252113;REVB=0.00453578;RO=64;SAF=28;SAR=30;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310753;STB=0.517235;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0219166;OID=.;OPOS=737269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:64:58:58:0.47541:30:28:33:31:30:28:33:31 chr16 740404 . C G 171.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0153451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6831;QD=17.1334;RBI=0.0306372;REFB=-0.0237424;REVB=0.0265173;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391713;STB=0.741585;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0169905;OID=.;OPOS=740404;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:22:18:18:0.45:13:5:13:5:13:5:16:6 chr16 746884 . A C 857.11 PASS AF=0.427928;AO=92;DP=218;FAO=95;FDP=222;FR=.;FRO=127;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=72;FSRR=55;FWDB=-0.0334913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9084;QD=15.4435;RBI=0.0396568;REFB=-0.00895644;REVB=0.0212365;RO=126;SAF=39;SAR=53;SRF=72;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152338;STB=0.589455;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0171148;OID=.;OPOS=746884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:222:126:127:92:95:0.427928:53:39:72:54:56:39:72:55 chr16 746914 . G A 855.56 PASS AF=0.429224;AO=94;DP=217;FAO=94;FDP=219;FR=.;FRO=125;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=69;FSRR=56;FWDB=-0.014694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.916;QD=15.6267;RBI=0.0170683;REFB=-0.0117756;REVB=0.00868408;RO=123;SAF=45;SAR=49;SRF=67;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067101;STB=0.541743;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0128997;OID=.;OPOS=746914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:219:123:125:94:94:0.429224:49:45:67:56:49:45:69:56 chr16 772061 . C T 240.09 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00791819;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.738;QD=16.2774;RBI=0.0425968;REFB=-0.0227832;REVB=-0.0418544;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235028;STB=0.538433;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0289087;OID=.;OPOS=772061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:23:32:27:27:0.457627:12:15:19:4:12:15:20:12 chr16 772141 . G C 235.86 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0057857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.514;QD=17.4714;RBI=0.03566;REFB=-0.0226234;REVB=-0.0351876;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641081;STB=0.535996;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0279411;OID=.;OPOS=772141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:12:14:17:11:12:14:17:11 chr16 773341 . G A 156.52 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00584342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3823;QD=24.0804;RBI=0.019281;REFB=-0.0116972;REVB=0.0183742;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178529;STB=0.599877;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0084399;OID=.;OPOS=773341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:26:26:10:10:16:16:0.615385:7:9:3:7:7:9:3:7 chr16 773367 . G T 205.42 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0120847;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.9194;QD=23.476;RBI=0.0120866;REFB=0.00372357;REVB=-0.00021531;RO=12;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562357;STB=0.542815;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00306857;OID=.;OPOS=773367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:12:15:20:20:0.571429:10:10:5:7:10:10:6:9 chr16 774692 . A G 286.78 PASS AF=0.402439;AO=32;DP=81;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.00582197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.362;QD=13.9891;RBI=0.0445624;REFB=-0.013859;REVB=-0.0441804;RO=48;SAF=18;SAR=14;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223811;STB=0.528073;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0229392;OID=.;OPOS=774692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:48:49:32:33:0.402439:14:18:28:20:15:18:29:20 chr16 774760 . T C 92.98 PASS AF=0.22093;AO=20;DP=79;FAO=19;FDP=86;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.0519636;FXX=0.0227247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.9846;QD=4.32452;RBI=0.0597019;REFB=-0.0182514;REVB=-0.0293956;RO=54;SAF=19;SAR=1;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.77346;STB=0.902779;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.120747;OID=.;OPOS=774760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:79:86:54:67:20:19:0.22093:1:19:14:40:2:17:24:43 chr16 813650 . G A 1172.92 PASS AF=0.469231;AO=122;DP=264;FAO=122;FDP=260;FR=.;FRO=138;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=95;FSRR=43;FWDB=-0.0228274;FXX=0.0188672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0129;QD=18.045;RBI=0.0306822;REFB=-0.0387913;REVB=0.0205014;RO=118;SAF=70;SAR=52;SRF=75;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572847;STB=0.563352;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0301647;OID=.;OPOS=813650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:260:118:138:122:122:0.469231:52:70:75:43:52:70:95:43 chr16 832910 . TC T 64.55 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0201275;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.9028;QD=14.3445;RBI=0.0884196;REFB=0.065471;REVB=-0.0860982;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430337;STB=0.817409;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=-0.0246793;OID=.;OPOS=832911;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:5:18:10:18:8:1:9:5:3:41:8:1:4:5:3 chr16 839262 . A G 2171.77 PASS AF=0.992857;AO=137;DP=137;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.095275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.56;QD=62.0505;RBI=0.0953067;REFB=0.00266093;REVB=-0.00245955;RO=0;SAF=52;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76369e-08;STB=0.504586;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000186842;OID=.;OPOS=839262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:140:0:1:137:139:0.992857:85:52:0:0:85:54:1:0 chr16 842545 . AG A 33.04 PASS AF=0.478261;AO=9;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.096624;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.53032;QD=5.74666;RBI=0.16606;REFB=-0.0910792;REVB=-0.135054;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.590305;STB=0.864614;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.0868225;OID=.;OPOS=842546;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:9:23:11:23:12:1:10:8:4:32:12:1:8:8:4 chr16 843221 . C T 263.56 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0327675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.852;QD=19.5228;RBI=0.0409489;REFB=-0.0164052;REVB=0.024558;RO=26;SAF=19;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241903;STB=0.513504;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0144336;OID=.;OPOS=843221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:9:19:17:9:9:19:17:9 chr16 855717 . C G 294.22 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0248411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.404;QD=17.5651;RBI=0.029837;REFB=-0.013982;REVB=0.0165276;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138347;STB=0.584363;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0109524;OID=.;OPOS=855717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:18:14:20:14:18:14:21:14 chr16 929711 . C T 171.02 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.010382;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.352;QD=15.909;RBI=0.0183789;REFB=-0.019083;REVB=0.0151656;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457137;STB=0.526287;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0260766;OID=.;OPOS=929711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:10:15:10:8:10:15 chr16 943317 . C CT 272.94 PASS AF=0.594203;AO=37;DP=70;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00716532;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.1843;QD=15.8225;RBI=0.0428581;REFB=0.0506116;REVB=-0.0422548;RO=32;SAF=15;SAR=22;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823554;STB=0.503815;STBP=0.949;TYPE=ins;VARB=-0.0416235;OID=.;OPOS=943318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.594203:37:70:41:69:28:15:26:10:18:99:32:15:22:10:22 chr16 943361 . T C 467.26 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0195517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8825;QD=16.8382;RBI=0.0199184;REFB=-0.00922256;REVB=0.0038046;RO=60;SAF=15;SAR=36;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150586;STB=0.584288;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0121235;OID=.;OPOS=943361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:36:15:26:34:36:15:26:34 chr16 1034834 . T C 689.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0089294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.335;QD=62.6629;RBI=0.0227578;REFB=0;REVB=-0.0209329;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000421046;OID=.;OPOS=1034834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr16 1116169 . A G 217.26 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0248804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.081;QD=22.8696;RBI=0.0291676;REFB=-0.00997627;REVB=-0.0152223;RO=17;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685444;STB=0.538424;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00772671;OID=.;OPOS=1116169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:14:7:7:10:14:7:7:10 chr16 1116445 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00604985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.026;QD=46.848;RBI=0.1533;REFB=0;REVB=0.15318;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743394;OID=.;OPOS=1116445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:2:13:0:0:2:13:0:0 chr16 1129872 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.612;QD=43.4862;RBI=0.0786103;REFB=0;REVB=0.0201429;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153044;OID=.;OPOS=1129872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr16 1129912 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0385;QD=35.5759;RBI=0.07184;REFB=0;REVB=-0.07184;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00544541;OID=.;OPOS=1129912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr16 1130129 . C T 301.48 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00705288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.076;QD=16.7487;RBI=0.00716885;REFB=-0.00867334;REVB=-0.00128423;RO=38;SAF=24;SAR=9;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330747;STB=0.692793;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0166786;OID=.;OPOS=1130129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:9:24:15:23:9:24:15:24 chr16 1130168 . G A 408.4 PASS AF=0.621212;AO=36;DP=60;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0286634;FXX=0.0294074;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.7036;QD=24.7516;RBI=0.0414321;REFB=-0.0399793;REVB=0.029917;RO=24;SAF=24;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129771;STB=0.540521;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0232254;OID=.;OPOS=1130168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:66:24:25:36:41:0.621212:12:24:12:12:17:24:12:13 chr16 1131181 . C T 1382.77 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0333067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.199;QD=60.7809;RBI=0.0347532;REFB=0.0340955;REVB=0.00992201;RO=1;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133461;STB=0.506848;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-3.41907e-05;OID=.;OPOS=1131181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:88:90:0.989011:35:53:0:1:36:54:0:1 chr16 1131393 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.199;QD=57.68;RBI=0.0635671;REFB=0;REVB=-0.0635116;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000641999;OID=.;OPOS=1131393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr16 1252369 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.429;QD=57.2026;RBI=0.103704;REFB=0;REVB=0.0999968;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419761;OID=.;OPOS=1252369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr16 1260481 . T C 594.44 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00420182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.822;QD=60.968;RBI=0.0622572;REFB=0;REVB=-0.0621153;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171326;OID=.;OPOS=1260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr16 1261219 . A G 174.41 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=-0.0226483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.705;QD=9.82614;RBI=0.025323;REFB=-0.0166426;REVB=-0.0113275;RO=48;SAF=16;SAR=7;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768989;STB=0.544873;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0767477;OID=.;OPOS=1261219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:7:16:36:12:7:16:36:12 chr16 1261222 . A G 173.66 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=-0.030849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3597;QD=9.6478;RBI=0.0320089;REFB=-0.0171326;REVB=-0.00853878;RO=49;SAF=16;SAR=7;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548742;STB=0.532137;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0350779;OID=.;OPOS=1261222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:49:23:23:0.319444:7:16:36:13:7:16:36:13 chr16 1261282 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00741796;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.251;QD=60.9786;RBI=0.0125615;REFB=0;REVB=0.0101374;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05278e-06;OID=.;OPOS=1261282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr16 1265600 . G A 126.89 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0328552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0999;QD=19.5223;RBI=0.0421206;REFB=-0.0144435;REVB=0.0263568;RO=12;SAF=11;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398313;STB=0.728565;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0101365;OID=.;OPOS=1265600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:3:11:4:8:3:11:4:8 chr16 1268485 . C T 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.037665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.309;QD=12.1812;RBI=0.0468739;REFB=-0.0400143;REVB=0.0279018;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245627;STB=0.646754;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00867682;OID=.;OPOS=1268485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:8:7:7:3:8:7 chr16 1268494 . C T 152.01 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00234576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.568;QD=30.4025;RBI=0.0303783;REFB=-0.0341011;REVB=-0.0302876;RO=5;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302113;STB=0.516756;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0240798;OID=.;OPOS=1268494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:7:8:3:2:7:8:3:2 chr16 1269029 . T C 101.58 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00759726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.207;QD=16.9304;RBI=0.0236418;REFB=0.0125533;REVB=0.0223879;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188581;STB=0.583198;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00623726;OID=.;OPOS=1269029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:23:24:12:12:11:12:0.5:5:6:4:8:6:6:4:8 chr16 1270111 . G A 394.22 PASS AF=0.424528;AO=44;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00078492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.903;QD=14.8762;RBI=0.00590847;REFB=-0.0250799;REVB=0.0058561;RO=59;SAF=9;SAR=35;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276044;STB=0.65377;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0223612;OID=.;OPOS=1270111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:61:44:45:0.424528:35:9:25:34:36:9:25:36 chr16 1270162 . G A 325.72 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0735327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1157;QD=24.5823;RBI=0.0806266;REFB=-0.0247967;REVB=0.0330694;RO=21;SAF=9;SAR=23;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844931;STB=0.546255;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0168682;OID=.;OPOS=1270162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:23:9:4:17:23:9:4:17 chr16 1270349 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.084;QD=37.4885;RBI=0.0105302;REFB=0;REVB=0.00924699;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724703;OID=.;OPOS=1270349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr16 1271890 . G T 201.06 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0254342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.019;QD=21.1638;RBI=0.124889;REFB=-0.0456684;REVB=0.122272;RO=18;SAF=19;SAR=1;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.635099;STB=0.871057;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.046143;OID=.;OPOS=1271890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:1:19:9:9:1:19:9:9 chr16 1272038 . G A,C 495.41 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=30,5;DP=35;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14,2;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0921241,-0.017226;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.047,35.1285;QD=55.0454;RBI=0.0966938,0.0205674;REFB=0,0;REVB=0.0293741,0.0112375;RO=0;SAF=10,5;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00423056,0.147786;OID=.,.;OPOS=1272038,1272038;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:36:0:0:30,5:34,2:0.944444,0.0555556:20,0:10,5:0:0:20,0:14,2:0:0 chr16 1272865 . G A 3275.63 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000863108;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.966;QD=61.8044;RBI=0.0130512;REFB=-0.0129371;REVB=0.0130226;RO=0;SAF=104;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24756e-05;OID=.;OPOS=1272865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:211:212:0:0:211:212:1:107:104:0:0:107:105:0:0 chr16 1278744 . C T 101.61 PASS AF=0.5;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0243213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.512;QD=16.9352;RBI=0.028321;REFB=-0.023099;REVB=-0.0145104;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116603;STB=0.599822;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0287012;OID=.;OPOS=1278744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:23:24:11:12:12:12:0.5:9:3:4:7:9:3:5:7 chr16 1278767 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0307185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.779;QD=13.9591;RBI=0.0307189;REFB=-0.0255214;REVB=-0.000168543;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0107043;OID=.;OPOS=1278767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:2:5:5:2:2:5 chr16 1279574 . C G 103.55 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0137725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.903;QD=18.8265;RBI=0.0329345;REFB=-0.0554206;REVB=-0.0299166;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290625;STB=0.666389;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0216799;OID=.;OPOS=1279574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:4:8:3:7:4:8:3:7 chr16 1279584 . T C 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0335284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.672;QD=17.8268;RBI=0.0446466;REFB=-0.032133;REVB=-0.0294817;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323399;STB=0.685409;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0417548;OID=.;OPOS=1279584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:3:8:4:8:3:8 chr16 1279623 . G A 163.54 PASS AF=0.5;AO=14;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0247482;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.629;QD=19.2403;RBI=0.0288058;REFB=0.00914089;REVB=0.0147411;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1854;STB=0.616303;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00290232;OID=.;OPOS=1279623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:14:17:14:17:0.5:6:8:5:9:7:10:6:11 chr16 1291188 . C T 37.74 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0161825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9019;QD=8.38628;RBI=0.0210503;REFB=-0.00123756;REVB=0.0134626;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137251;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0156056;OID=.;OPOS=1291188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:10:12:6:6:0.333333:1:5:9:1:1:5:10:2 chr16 1291622 . A G 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0044753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9864;QD=6.30283;RBI=0.030767;REFB=-0.00964074;REVB=-0.0304398;RO=40;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555158;STB=0.527731;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0186465;OID=.;OPOS=1291622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:40:41:12:12:0.226415:8:4:15:25:8:4:15:26 chr16 1306346 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0324958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.29;QD=10.0339;RBI=0.0325035;REFB=-0.0344872;REVB=-0.000707172;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0596486;OID=.;OPOS=1306346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:4:3:2:3:4:3 chr16 1306355 . T C 50.5 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0238837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.927;QD=18.3632;RBI=0.0434141;REFB=-0.0431353;REVB=0.036254;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298189;STB=0.675156;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00404113;OID=.;OPOS=1306355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:1:3:2:5:1:3 chr16 1306558 . CAG CA,GCA 105.14 PASS AF=0.517241,0;AO=7,2;DP=29;FAO=15,0;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8,0;FSAR=7,0;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0611886,0.0274064;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=16.6894,17.6467;QD=14.502;RBI=0.141701,0.0583537;REFB=0.0139515,0.0326994;REVB=0.127809,0.0515174;RO=6;SAF=3,2;SAR=4,0;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0560707,0.606693;STB=0.550392,0.5;STBP=0.614,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0099411,0;OID=.,.;OPOS=1306560,1306558;OREF=G,CAG;OALT=-,GCA;OMAPALT=CA,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:29:29:6:14:7,2:15,0:0.517241,0:4,0:3,2:3:3:7,0:8,0:6:8 chr16 1306680 . C T 148.48 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0255301;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.947;QD=16.969;RBI=0.0265808;REFB=-0.0151289;REVB=-0.00739961;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109111;STB=0.548326;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.024364;OID=.;OPOS=1306680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:19:16:16:0.457143:9:7:10:8:9:7:10:9 chr16 1306918 . C T 71.06 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00844993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.875;QD=4.51147;RBI=0.0341547;REFB=-0.00194648;REVB=-0.0330929;RO=46;SAF=9;SAR=3;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198925;STB=0.663426;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0112176;OID=.;OPOS=1306918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:63:46:51:12:12:0.190476:3:9:28:18:3:9:29:22 chr16 1306921 . G A 70.29 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0122467;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.597;QD=4.39342;RBI=0.0143829;REFB=-0.00114383;REVB=-0.00754241;RO=52;SAF=9;SAR=3;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259386;STB=0.672108;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00608193;OID=.;OPOS=1306921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:64:52:52:12:12:0.1875:3:9:29:23:3:9:29:23 chr16 1306927 . C T 70.29 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0205664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.401;QD=4.39343;RBI=0.0358284;REFB=-0.0114923;REVB=0.0293376;RO=52;SAF=9;SAR=3;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259386;STB=0.672108;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0145126;OID=.;OPOS=1306927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:64:52:52:12:12:0.1875:3:9:29:23:3:9:29:23 chr16 1306971 . A G 59.14 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0226243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.789;QD=3.42859;RBI=0.0316654;REFB=-0.00332377;REVB=-0.0221549;RO=57;SAF=9;SAR=2;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320145;STB=0.730782;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0328721;OID=.;OPOS=1306971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:69:69:57:58:11:11:0.15942:2:9:34:23:2:9:34:24 chr16 1306973 . A G 59.17 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0283577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4258;QD=3.42998;RBI=0.0676536;REFB=-0.00496081;REVB=-0.0614236;RO=58;SAF=9;SAR=2;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330555;STB=0.730782;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0329577;OID=.;OPOS=1306973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:69:69:58:58:11:11:0.15942:2:9:34:24:2:9:34:24 chr16 1306981 . G A 276.05 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00430414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.56;QD=16.0026;RBI=0.0311484;REFB=0.00148015;REVB=0.0308496;RO=38;SAF=21;SAR=9;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186293;STB=0.611036;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00429735;OID=.;OPOS=1306981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:38:30:31:0.449275:9:21:20:18:9:22:20:18 chr16 1306986 . C T 51.7 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0312765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2859;QD=2.9972;RBI=0.0317818;REFB=0.00299108;REVB=-0.0056446;RO=59;SAF=8;SAR=2;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307292;STB=0.719518;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0186257;OID=.;OPOS=1306986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:59:59:10:10:0.144928:2:8:34:25:2:8:34:25 chr16 1307050 . C T 39.34 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0148118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3585;QD=3.02628;RBI=0.0281308;REFB=-0.00253111;REVB=0.0239155;RO=40;SAF=5;SAR=2;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179412;STB=0.589793;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00787811;OID=.;OPOS=1307050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:40:45:7:7:0.134615:2:5:23:17:2:5:28:17 chr16 1307060 . A G 32.59 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0292194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.515;QD=2.77372;RBI=0.0402225;REFB=-0.000112237;REVB=-0.0276419;RO=40;SAF=4;SAR=2;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836643;STB=0.553663;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00101488;OID=.;OPOS=1307060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:47:40:41:6:6:0.12766:2:4:24:16:2:4:25:16 chr16 1311333 . A G 255.64 PASS AF=0.364706;AO=29;DP=81;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0210135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.423;QD=12.03;RBI=0.027067;REFB=-0.0324316;REVB=-0.0170604;RO=52;SAF=20;SAR=9;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158586;STB=0.547914;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0627231;OID=.;OPOS=1311333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:85:52:54:29:31:0.364706:9:20:29:23:11:20:31:23 chr16 1312546 . T A 241.67 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0081008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.091;QD=21.9701;RBI=0.00892858;REFB=-0.0130963;REVB=0.00375456;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166283;STB=0.592737;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00876591;OID=.;OPOS=1312546;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:11:12:15:6:11:12:15:6 chr16 1312826 . A G 308.37 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00439951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.004;QD=18.41;RBI=0.00653522;REFB=-0.0178155;REVB=-0.00483254;RO=34;SAF=22;SAR=11;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100661;STB=0.505615;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0141825;OID=.;OPOS=1312826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:11:22:23:11:11:22:23:11 chr16 1370597 . G C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.42;QD=59.4339;RBI=0.0323145;REFB=0;REVB=0.0110234;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90325e-05;OID=.;OPOS=1370597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr16 1370614 . C G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.66;QD=55.6548;RBI=0.0199223;REFB=0;REVB=0.0192538;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4981e-05;OID=.;OPOS=1370614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr16 1370630 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00994543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.536;QD=51.1814;RBI=0.0774731;REFB=0;REVB=-0.076832;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00211137;OID=.;OPOS=1370630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr16 1374818 . A G 347.7 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0088415;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.76;QD=51.511;RBI=0.0175629;REFB=-0.0529901;REVB=-0.0151751;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-3.65738e-05;OID=.;OPOS=1374818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:11:15:0:1:11:15:0:1 chr16 1389153 . C A 1092.73 PASS AF=0.905882;AO=74;DP=82;FAO=77;FDP=85;FR=.;FRO=8;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0365972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.9921;QD=51.4224;RBI=0.102798;REFB=-0.123514;REVB=0.096063;RO=8;SAF=42;SAR=32;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107732;STB=0.506359;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0119655;OID=.;OPOS=1389153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:82:85:8:8:74:77:0.905882:32:42:5:3:34:43:5:3 chr16 1391871 . C G 165.7 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0258485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4559;QD=14.4084;RBI=0.0260985;REFB=-0.0137822;REVB=0.00360303;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169465;STB=0.597979;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0262012;OID=.;OPOS=1391871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:8:10:11:17:8:10:11:17 chr16 1393020 . G A 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00318163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.313;QD=12.0238;RBI=0.0189661;REFB=-0.0224106;REVB=0.0186973;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18246;STB=0.608509;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0337522;OID=.;OPOS=1393020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:4:8:10:10:4:8:10:10 chr16 1394507 . A C 1157.65 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00843219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.646;QD=60.1379;RBI=0.00846296;REFB=0;REVB=-0.000721028;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000909743;OID=.;OPOS=1394507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:32:41:0:0:36:41:0:0 chr16 1395100 . G A 203.51 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0376941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.196;QD=30.1499;RBI=0.0449067;REFB=-0.00428249;REVB=0.0244082;RO=8;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141351;STB=0.507804;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00147249;OID=.;OPOS=1395100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:10:9:4:4:10:9:4:4 chr16 1397815 . C T 81.25 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0379977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.277;QD=18.0545;RBI=0.0389344;REFB=-0.026165;REVB=0.00848875;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097017;STB=0.555452;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00723604;OID=.;OPOS=1397815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:2:8:7:1:2:8:7:1 chr16 1399462 . T A 251.06 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0236109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.51;QD=19.691;RBI=0.0305244;REFB=-0.0206428;REVB=0.0193459;RO=24;SAF=4;SAR=22;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420946;STB=0.733126;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.016803;OID=.;OPOS=1399462;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:26:26:0.509804:22:4:13:11:22:4:13:12 chr16 1413427 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00693552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.864;QD=22.1441;RBI=0.0079798;REFB=-0.0180792;REVB=-0.00394661;RO=13;SAF=13;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424459;STB=0.739546;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0116831;OID=.;OPOS=1413427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:4:13:3:10:4:13:3:10 chr16 1419947 . A G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.202;QD=51.5087;RBI=0.0165498;REFB=-0.0228513;REVB=-0.00924736;RO=1;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238291;STB=0.512811;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000904798;OID=.;OPOS=1419947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:19:7:0:1:19:7:0:1 chr16 1433766 . T C 1455.65 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166819;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.409;QD=63.2893;RBI=0.0355612;REFB=0;REVB=0.0314057;RO=0;SAF=59;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.53094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99596e-05;OID=.;OPOS=1433766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:32:59:0:0:33:59:0:0 chr16 1447278 . A G 519.59 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.166;QD=59.3816;RBI=0.0412415;REFB=0;REVB=0.0234989;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175156;OID=.;OPOS=1447278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr16 1479250 . C T 586.91 PASS AF=0.472868;AO=61;DP=129;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.00295578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.715;QD=18.1987;RBI=0.00312969;REFB=-0.0152304;REVB=-0.00102875;RO=68;SAF=26;SAR=35;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140866;STB=0.50781;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0160672;OID=.;OPOS=1479250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:68:68:61:61:0.472868:35:26:28:40:35:26:28:40 chr16 1484392 . G C 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000319021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.763;QD=60.0291;RBI=0.0843612;REFB=0;REVB=0.0843606;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322726;OID=.;OPOS=1484392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr16 1484473 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00435466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.521;QD=59.6795;RBI=0.00764256;REFB=0;REVB=-0.00628057;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0423e-06;OID=.;OPOS=1484473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr16 1503879 . T A 1512.33 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217508;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.112;QD=59.8942;RBI=0.0235109;REFB=0;REVB=-0.00892551;RO=0;SAF=62;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76915e-05;OID=.;OPOS=1503879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:39:62:0:0:39:62:0:0 chr16 1545448 . A G 1607.05 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6239;QD=64.2821;RBI=0.00977697;REFB=0;REVB=-0.00478613;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44311e-05;OID=.;OPOS=1545448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr16 1545511 . TG T 448.72 PASS AF=0.784314;AO=63;DP=102;FAO=80;FDP=102;FR=.;FRO=22;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.135405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.466;QD=17.5967;RBI=0.141568;REFB=-0.0998401;REVB=0.0413177;RO=32;SAF=22;SAR=41;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.372913;SSSB=-0.287774;STB=0.584534;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0837407;OID=.;OPOS=1545512;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.784314:63:102:80:102:22:34:46:18:4:47:32:22:41:26:6 chr16 1559838 . T C 434.21 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0013872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.973;QD=17.0279;RBI=0.00995172;REFB=-0.0185832;REVB=-0.00985457;RO=55;SAF=31;SAR=16;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810653;STB=0.545312;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0187634;OID=.;OPOS=1559838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:16:31:32:23:16:31:32:23 chr16 1570661 . C A 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00419618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.909;QD=18.0081;RBI=0.0137569;REFB=-0.0106921;REVB=0.0131014;RO=41;SAF=14;SAR=23;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239261;STB=0.633537;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0140953;OID=.;OPOS=1570661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:23:14:26:15:23:14:26:15 chr16 1574863 . G A 384.24 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.01334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1781;QD=17.6663;RBI=0.0159364;REFB=-0.0057291;REVB=0.0087184;RO=46;SAF=21;SAR=19;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187538;STB=0.596812;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00665882;OID=.;OPOS=1574863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:46:47:40:40:0.45977:19:21:33:13:19:21:33:14 chr16 1591962 . G A 450.57 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00783752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.668;QD=21.7144;RBI=0.0120233;REFB=-0.019667;REVB=0.0091177;RO=39;SAF=17;SAR=27;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195415;STB=0.607859;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0118951;OID=.;OPOS=1591962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:27:17:24:15:27:17:24:15 chr16 1608082 . A G 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0225747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.786;QD=17.6944;RBI=0.022985;REFB=-0.00907622;REVB=0.00432371;RO=37;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100084;STB=0.541226;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0104112;OID=.;OPOS=1608082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:39:35:35:0.472973:18:17:22:15:18:17:22:17 chr16 1614097 . A G 364.92 PASS AF=0.475;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0202692;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.719;QD=18.2459;RBI=0.0206191;REFB=-0.0105665;REVB=0.00378249;RO=41;SAF=25;SAR=13;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261314;STB=0.505129;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00943601;OID=.;OPOS=1614097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:41:42:38:38:0.475:13:25:28:13:13:25:28:14 chr16 1784991 . T A 1269.57 PASS AF=0.466192;AO=131;DP=282;FAO=131;FDP=281;FR=.;FRO=150;FSAF=56;FSAR=75;FSRF=67;FSRR=83;FWDB=0.0240003;FXX=0.00354597;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9189;QD=18.0721;RBI=0.0799029;REFB=-0.00883411;REVB=0.0762133;RO=150;SAF=56;SAR=75;SRF=67;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188941;STB=0.510428;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0100552;OID=.;OPOS=1784991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:281:150:150:131:131:0.466192:75:56:67:83:75:56:67:83 chr16 1816537 . G A 371.53 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0121587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.8616;QD=20.0826;RBI=0.0282323;REFB=-0.00272323;REVB=0.02548;RO=36;SAF=13;SAR=25;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169618;STB=0.594303;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0028082;OID=.;OPOS=1816537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:25:13:19:17:25:13:19:17 chr16 1818503 . G C 296.76 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.372;QD=49.4599;RBI=0.0575533;REFB=-0.193619;REVB=0.0502509;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.526293;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00497697;OID=.;OPOS=1818503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:9:14:0:0:9:14:0:1 chr16 1820992 . T A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.657;QD=50.4135;RBI=0.0406015;REFB=0;REVB=0.0393242;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018567;OID=.;OPOS=1820992;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr16 1827836 . T C 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00220861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.203;QD=20.9185;RBI=0.0140411;REFB=-0.013208;REVB=0.0138663;RO=26;SAF=20;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927657;STB=0.551525;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0145347;OID=.;OPOS=1827836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:11:20:14:12:11:20:14:12 chr16 1836796 . C A 134.0 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.018885;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=95.9631;QD=14.8886;RBI=0.0189091;REFB=-0.0432095;REVB=0.000955255;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677349;STB=0.554372;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0243159;OID=.;OPOS=1836796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:9:18:13:13:0.361111:6:7:4:5:6:7:8:10 chr16 1838640 . T C 480.33 PASS AF=0.418605;AO=53;DP=128;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=-0.000428307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.299;QD=14.8941;RBI=0.00273743;REFB=-0.00900642;REVB=-0.00270372;RO=74;SAF=28;SAR=25;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083557;STB=0.547588;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0141264;OID=.;OPOS=1838640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:74:75:53:54:0.418605:25:28:45:29:26:28:45:30 chr16 1842209 . A G 229.45 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00766753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.208;QD=22.3855;RBI=0.0359217;REFB=-0.00421;REVB=-0.0350939;RO=18;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686566;STB=0.528276;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00506921;OID=.;OPOS=1842209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:22:22:0.536585:14:8:8:10:14:8:8:11 chr16 1843672 . T C 777.25 PASS AF=0.47093;AO=80;DP=170;FAO=81;FDP=172;FR=.;FRO=91;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=-0.0047526;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.423;QD=18.0755;RBI=0.00476789;REFB=-0.026541;REVB=-0.000381554;RO=88;SAF=41;SAR=39;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09786;STB=0.541011;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0295125;OID=.;OPOS=1843672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:88:91:80:81:0.47093:39:41:36:52:40:41:39:52 chr16 1859432 . G C 73.93 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0333574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4087;QD=10.1978;RBI=0.0353143;REFB=-0.0221398;REVB=-0.0115924;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13765;STB=0.583166;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0221454;OID=.;OPOS=1859432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:9:10:4:6:9:10 chr16 1877494 . T C 41.69 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0190566;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.579;QD=13.8979;RBI=0.0201234;REFB=-0.0266644;REVB=0.00646503;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439131;STB=0.799197;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00754775;OID=.;OPOS=1877494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:12:7:6:6:6:0.5:2:4:1:6:2:4:0:6 chr16 1878031 . GC AT 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0240993;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.582;QD=19.3697;RBI=0.0354391;REFB=0.00414508;REVB=0.0259837;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326017;STB=0.518496;STBP=0.88;TYPE=mnp;VARB=-0.00378025;OID=.;OPOS=1878031;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:9:6:7:9:9:6 chr16 1878067 . C G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0112099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.883;QD=14.7984;RBI=0.0112559;REFB=-0.018904;REVB=0.00101675;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659235;STB=0.538392;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0224304;OID=.;OPOS=1878067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:8:5:5:6:8:5 chr16 1878492 . G A 326.7 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.007004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.598;QD=15.0208;RBI=0.00844845;REFB=-0.00582269;REVB=-0.00472444;RO=51;SAF=20;SAR=16;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137306;STB=0.507768;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00916726;OID=.;OPOS=1878492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:16:20:29:22:16:20:29:22 chr16 1878521 . C G 157.73 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0167397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.143;QD=11.2664;RBI=0.0200049;REFB=-0.0118219;REVB=0.0109535;RO=36;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306013;STB=0.517839;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0332468;OID=.;OPOS=1878521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:10:10:17:19:10:10:17:19 chr16 1878597 . T C 117.66 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0277663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4231;QD=12.3857;RBI=0.0490302;REFB=-0.0291797;REVB=0.0404103;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676393;STB=0.539942;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0592143;OID=.;OPOS=1878597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:5:9:14:10:5:9:14:10 chr16 1878641 . A C 76.18 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00137482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3093;QD=12.1893;RBI=0.0399096;REFB=0.0156742;REVB=0.0398859;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308755;STB=0.679686;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0205915;OID=.;OPOS=1878641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:12:3:5:5:12:3 chr16 1894912 . C T 134.21 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00198197;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0488;QD=14.5096;RBI=0.0396291;REFB=-0.0112454;REVB=-0.0395796;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880615;STB=0.5345;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0235895;OID=.;OPOS=1894912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:24:22:15:15:0.405405:8:7:11:13:8:7:9:13 chr16 1894961 . A G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0236769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.086;QD=13.5766;RBI=0.0237463;REFB=-0.00312621;REVB=-0.00181396;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174255;STB=0.510188;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00164897;OID=.;OPOS=1894961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:8:5:7:12:8:5:7:12 chr16 1918125 . T G 503.41 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0324581;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.675;QD=18.6447;RBI=0.0328893;REFB=-0.00258321;REVB=-0.00530794;RO=55;SAF=29;SAR=24;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184169;STB=0.5102;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00269025;OID=.;OPOS=1918125;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:24:29:29:26:24:29:29:26 chr16 1961674 . G C 279.26 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.00142092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.648;QD=18.9331;RBI=0.00147968;REFB=-0.0129454;REVB=-0.00041285;RO=29;SAF=19;SAR=11;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336186;STB=0.686628;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0131599;OID=.;OPOS=1961674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:11:19:7:22:11:19:7:22 chr16 1962132 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0277503;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=119.788;QD=11.1041;RBI=0.0279864;REFB=-0.0197088;REVB=-0.00362761;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108508;STB=0.565043;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0263016;OID=.;OPOS=1962132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:2:8:5:2:2:8 chr16 2011532 . G A 385.33 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0409566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5218;QD=26.1238;RBI=0.0912563;REFB=0.0338286;REVB=-0.0815492;RO=22;SAF=19;SAR=18;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102004;STB=0.555729;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0224496;OID=.;OPOS=2011532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:18:19:8:14:18:19:8:14 chr16 2013756 . T C 185.18 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.12187;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.1915;QD=12.3452;RBI=0.122085;REFB=0.0118866;REVB=0.00725087;RO=34;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00675485;STB=0.515405;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.0223337;OID=.;OPOS=2013756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:37:23:23:0.383333:13:10:15:19:13:10:17:20 chr16 2014283 . A G 360.06 PASS AF=1;AO=21;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.231;QD=55.3943;RBI=0.069811;REFB=0;REVB=0.0659936;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419014;OID=.;OPOS=2014283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:21:26:1:6:15:0:0:10:16:0:0 chr16 2024131 . T C 206.98 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0583727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6844;QD=48.7005;RBI=0.0666476;REFB=0;REVB=-0.0321642;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0016941;OID=.;OPOS=2024131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr16 2024355 . G T 360.94 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00397759;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.974;QD=22.5586;RBI=0.0327802;REFB=-0.0397521;REVB=0.032538;RO=27;SAF=19;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647752;STB=0.527762;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0260823;OID=.;OPOS=2024355;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:27:28:36:36:0.5625:17:19:12:15:17:19:13:15 chr16 2025206 . A C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0385513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3888;QD=13.6307;RBI=0.0698427;REFB=-0.0527057;REVB=-0.0582391;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164675;STB=0.599716;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0492427;OID=.;OPOS=2025206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:1:7:7:2:1:7:7:2 chr16 2025678 . C A 163.58 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0307656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3036;QD=20.447;RBI=0.0517074;REFB=0.00846593;REVB=0.0415588;RO=15;SAF=15;SAR=2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142015;STB=0.581289;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0052215;OID=.;OPOS=2025678;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:2:15:12:3:2:15:12:3 chr16 2028402 . A C 219.84 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0226353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3279;QD=11.8832;RBI=0.0252395;REFB=-0.0213331;REVB=0.0111658;RO=47;SAF=10;SAR=17;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180006;STB=0.603983;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0313774;OID=.;OPOS=2028402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:17:10:25:22:17:10:25:22 chr16 2029083 . G A 88.72 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00403037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.58;QD=14.7859;RBI=0.037298;REFB=-0.0666446;REVB=0.0370796;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170018;STB=0.586311;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0664478;OID=.;OPOS=2029083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:12:13:10:11:0.458333:6:4:7:5:6:5:8:5 chr16 2030127 . G A 375.55 PASS AF=0.421569;AO=42;DP=101;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0186382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3327;QD=14.7276;RBI=0.0692261;REFB=-0.0385041;REVB=0.0666698;RO=59;SAF=22;SAR=20;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192829;STB=0.504354;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.054656;OID=.;OPOS=2030127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:59:59:42:43:0.421569:20:22:32:27:20:23:32:27 chr16 2034713 . G A 237.73 PASS AF=0.511111;AO=21;DP=43;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0458429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.055;QD=21.1315;RBI=0.0462084;REFB=-0.0141055;REVB=0.00580109;RO=22;SAF=16;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309717;STB=0.685922;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0166299;OID=.;OPOS=2034713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:22:22:21:23:0.511111:5:16:10:12:5:18:10:12 chr16 2048796 . C T 181.21 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0842423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8156;QD=16.474;RBI=0.0848681;REFB=0.0024973;REVB=-0.0102872;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986702;STB=0.556567;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0089268;OID=.;OPOS=2048796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:13:12:11:8:13:12 chr16 2048826 . C G 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0268737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.859;QD=17.156;RBI=0.0365382;REFB=-0.0248787;REVB=0.0247557;RO=20;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254495;STB=0.646285;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0210501;OID=.;OPOS=2048826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:12:5:11:9:12:5:11:9 chr16 2049640 . A G 295.25 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0142603;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4396;QD=14.9494;RBI=0.106037;REFB=-0.0438512;REVB=-0.105074;RO=44;SAF=13;SAR=20;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131863;STB=0.575382;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0407508;OID=.;OPOS=2049640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:46:33:33:0.417722:20:13:23:21:20:13:24:22 chr16 2049728 . C T 365.35 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=0.0475841;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7911;QD=15.5467;RBI=0.0570578;REFB=-0.0211587;REVB=0.0314856;RO=52;SAF=13;SAR=26;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991358;STB=0.528441;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.021412;OID=.;OPOS=2049728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:52:55:39:39:0.414894:26:13:13:39:26:13:16:39 chr16 2049849 . T C 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0809856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.41;QD=5.37732;RBI=0.0827237;REFB=-0.00682894;REVB=-0.0168684;RO=25;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0083377;STB=0.505479;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0167911;OID=.;OPOS=2049849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:5:2:7:18:5:2:7:18 chr16 2050192 . G T 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0112345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.284;QD=25.2543;RBI=0.0186885;REFB=0.0207537;REVB=0.0149348;RO=8;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231207;STB=0.584318;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00824094;OID=.;OPOS=2050192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:8:10:17:17:0.62963:9:8:7:1:9:8:7:3 chr16 2144182 . G A 487.24 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0183099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.039;QD=18.0458;RBI=0.0326004;REFB=-0.0263077;REVB=0.0269728;RO=54;SAF=30;SAR=22;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884643;STB=0.54955;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0234606;OID=.;OPOS=2144182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:56:52:52:0.481481:22:30:26:28:22:30:27:29 chr16 2147241 . A T 164.17 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00107591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.008;QD=11.1305;RBI=0.00162349;REFB=-0.00548547;REVB=0.00121579;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151776;STB=0.596063;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0133519;OID=.;OPOS=2147241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:38:21:21:0.355932:9:12:16:21:9:12:16:22 chr16 2235117 . C T 116.54 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=37;FWDB=0.0961597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.469;QD=7.39918;RBI=0.0983651;REFB=-0.00401715;REVB=-0.0207127;RO=44;SAF=3;SAR=14;SRF=7;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368498;STB=0.523336;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0160164;OID=.;OPOS=2235117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:46:17:17:0.269841:14:3:7:37:14:3:9:37 chr16 2257105 . C G 323.44 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0196065;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.741;QD=16.8018;RBI=0.0583007;REFB=-0.00177288;REVB=-0.054905;RO=40;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611477;STB=0.54664;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00225433;OID=.;OPOS=2257105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:42:35:35:0.454545:17:18:18:22:17:18:18:24 chr16 2260567 . C T 395.94 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.00166092;FXX=0.0092584;HRUN=5;LEN=1;MLLD=101.657;QD=14.8015;RBI=0.00312971;REFB=-0.020721;REVB=-0.00265262;RO=56;SAF=21;SAR=24;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559231;STB=0.556092;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0278923;OID=.;OPOS=2260567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:107:56:62:45:45:0.420561:24:21:23:33:24:21:23:39 chr16 2260612 . T C 271.74 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0165228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.769;QD=12.3516;RBI=0.0186188;REFB=-0.0253005;REVB=-0.0085823;RO=56;SAF=12;SAR=20;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209329;STB=0.512041;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0418146;OID=.;OPOS=2260612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:20:12:22:34:20:12:22:34 chr16 2263146 . A G 188.12 PASS AF=0.444444;AO=14;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0191497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0426;QD=16.7219;RBI=0.127587;REFB=-0.0401294;REVB=0.126142;RO=23;SAF=11;SAR=3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230725;STB=0.5;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0561815;OID=.;OPOS=2263146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:25:14:20:0.444444:3:11:14:9:8:12:15:10 chr16 2263507 . C T 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0123443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.265;QD=20.2097;RBI=0.0152155;REFB=-0.00771504;REVB=-0.00889546;RO=10;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355333;STB=0.706053;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00480443;OID=.;OPOS=2263507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:11:2:5:5:11:2:5:5 chr16 2263516 . A G 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0270835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3203;QD=9.916;RBI=0.0300718;REFB=-0.00957597;REVB=-0.013069;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217481;STB=0.642574;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0226111;OID=.;OPOS=2263516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:5:4:4:12:5:4:4:13 chr16 2285357 . C T 154.08 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0171044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.467;QD=14.3332;RBI=0.0251716;REFB=-0.0133198;REVB=-0.0184675;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229786;STB=0.632285;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0214381;OID=.;OPOS=2285357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:8:18:8:9:8:18 chr16 2293072 . C T 484.89 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.05273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.904;QD=26.5691;RBI=0.0528893;REFB=0.00626417;REVB=-0.00410213;RO=26;SAF=20;SAR=25;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121304;STB=0.57677;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00588557;OID=.;OPOS=2293072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:26:28:45:45:0.616438:25:20:7:19:25:20:7:21 chr16 2331430 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00920919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.107;QD=60.6102;RBI=0.011118;REFB=0;REVB=-0.00622898;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5455e-05;OID=.;OPOS=2331430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr16 2512523 . G A 146.6 PASS AF=0.875;AO=13;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0270446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7656;QD=36.6498;RBI=0.065137;REFB=-0.144044;REVB=0.0592571;RO=3;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10082;STB=0.535665;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0106202;OID=.;OPOS=2512523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:16:16:3:2:13:14:0.875:12:1:0:3:13:1:0:2 chr16 2766484 . G C 72.05 PASS AF=0.5;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0724979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.968;QD=14.4106;RBI=0.0732371;REFB=-0.0437617;REVB=0.0103795;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787205;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.120691;OID=.;OPOS=2766484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:19:20:9:10:10:10:0.5:7:3:2:7:7:3:3:7 chr16 2790568 . G C,GC 37.41 PASS AF=0,0.207547;AO=2,6;DP=56;FAO=0,11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=0,2;FSAR=0,9;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0984642,-0.0905681;FXX=0.0185151;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=41.1035,16.9611;QD=2.82341;RBI=0.128119,0.0948013;REFB=-0.0100088,-0.0595322;REVB=-0.0819708,0.0280125;RO=47;SAF=0,3;SAR=2,3;SRF=27;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.424124,-0.0865861;STB=0.5,0.853847;STBP=1,0.02;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.161839;OID=.,.;OPOS=2790568,2790569;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:56:53:47:42:2,6:0,11:0,0.207547:2,3:0,3:27:20:0,9:0,2:28:14 chr16 2810331 . C T 119.71 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0224367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7927;QD=7.98093;RBI=0.0345673;REFB=-0.0104417;REVB=-0.0262963;RO=42;SAF=9;SAR=8;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166067;STB=0.588369;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0784231;OID=.;OPOS=2810331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:43:17:17:0.283333:8:9:28:14:8:9:28:15 chr16 2810373 . G A 90.29 PASS AF=0.266667;AO=11;DP=43;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0199472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3588;QD=8.02555;RBI=0.0735646;REFB=0.00293049;REVB=0.0708086;RO=32;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136266;STB=0.564099;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00221143;OID=.;OPOS=2810373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:43:45:32:33:11:12:0.266667:5:6:21:11:5:7:22:11 chr16 2812647 . C T 246.51 PASS AF=0.7;AO=17;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00703102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.163;QD=32.868;RBI=0.0253268;REFB=-0.0465779;REVB=0.0243313;RO=7;SAF=4;SAR=13;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359856;STB=0.574802;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.017648;OID=.;OPOS=2812647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:30:30:7:8:17:21:0.7:13:4:2:5:17:4:3:5 chr16 2814506 . G A 249.74 PASS AF=0.5;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00359178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.458;QD=18.4989;RBI=0.0194847;REFB=-0.00935498;REVB=-0.0191508;RO=26;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203727;STB=0.609677;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0110736;OID=.;OPOS=2814506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:26:27:0.5:11:15:9:17:12:15:9:18 chr16 2815237 . A C 579.52 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761529;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.751;QD=61.0023;RBI=0.0403915;REFB=0;REVB=0.0396671;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12429e-05;OID=.;OPOS=2815237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr16 2817499 . C G 334.17 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.00849781;FXX=0.0188661;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.6045;QD=12.8528;RBI=0.00954601;REFB=-0.0104196;REVB=0.00434898;RO=64;SAF=24;SAR=16;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928875;STB=0.552914;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0188654;OID=.;OPOS=2817499;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:64:40:40:0.384615:16:24:33:31:16:24:33:31 chr16 2817501 . C T 353.7 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0659304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1671;QD=13.3472;RBI=0.0868334;REFB=-0.00763097;REVB=0.0565086;RO=64;SAF=26;SAR=16;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129462;STB=0.573494;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0147649;OID=.;OPOS=2817501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:64:64:42:42:0.396226:16:26:32:32:16:26:32:32 chr16 2818030 . G C 137.21 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00724305;FXX=0.0302984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.573;QD=8.5757;RBI=0.0317275;REFB=-0.00570768;REVB=-0.0308897;RO=44;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163373;STB=0.603483;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0327688;OID=.;OPOS=2818030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:44:45:19:19:0.296875:9:10:17:27:9:10:17:28 chr16 2818161 . T C 344.34 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=-0.077058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.016;QD=13.1178;RBI=0.0797847;REFB=-0.0188993;REVB=-0.0206801;RO=61;SAF=15;SAR=26;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331959;STB=0.68966;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0288878;OID=.;OPOS=2818161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:61:64:41:41:0.390476:26:15:42:19:26:15:44:20 chr16 2818704 . T G 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0390104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.857;QD=21.3986;RBI=0.0405706;REFB=-0.0615293;REVB=0.0111427;RO=28;SAF=14;SAR=20;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774232;STB=0.542719;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0482052;OID=.;OPOS=2818704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:20:14:9:19:20:14:9:19 chr16 2820882 . G T 448.38 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0158633;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.557;QD=21.3513;RBI=0.0166986;REFB=0.0046933;REVB=0.00521528;RO=40;SAF=26;SAR=18;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811651;STB=0.504482;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00383547;OID=.;OPOS=2820882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:18:26:24:16:18:26:24:16 chr16 2821307 . GA CG,G 352.24 PASS AF=0,0.535211;AO=4,32;DP=72;FAO=0,38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=0,31;FSAR=0,7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.10921,-0.135497;FXX=0.013887;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=58.0536,25.0941;QD=19.8445;RBI=0.111738,0.135716;REFB=-0.0055096,-0.0129822;REVB=-0.023631,-0.00770436;RO=30;SAF=4,26;SAR=0,6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.618519,0.362924;STB=0.5,0.70635;STBP=1,0.001;TYPE=mnp,del;VARB=0.0389446,0.00436289;OID=.,.;OPOS=2821307,2821308;OREF=GA,A;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:72:71:30:33:4,32:0,38:0,0.535211:0,6:4,26:14:16:0,7:0,31:15:18 chr16 2821525 . G A 696.06 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.018;QD=60.5271;RBI=0.0359872;REFB=-0.128421;REVB=0.0295828;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000467096;OID=.;OPOS=2821525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:22:23:0:0:22:23:0:1 chr16 2855008 . C T 400.23 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.020357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.827;QD=18.6155;RBI=0.0206637;REFB=-0.0102782;REVB=-0.00354727;RO=45;SAF=24;SAR=17;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286467;STB=0.515971;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00943387;OID=.;OPOS=2855008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:17:24:25:20:17:24:25:20 chr16 2855028 . C T 415.37 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00744026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7965;QD=19.0974;RBI=0.010927;REFB=0.0104686;REVB=0.00800262;RO=45;SAF=24;SAR=18;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566629;STB=0.531546;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00781135;OID=.;OPOS=2855028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:18:24:23:22:18:24:23:22 chr16 2871555 . G A 270.61 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00606962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.28;QD=16.9128;RBI=0.00626762;REFB=-0.0186632;REVB=-0.00156294;RO=34;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835063;STB=0.546844;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.015904;OID=.;OPOS=2871555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:15:15:14:20:15:15:14:20 chr16 2983459 . C T 277.44 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0129613;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.855;QD=15.8538;RBI=0.0130744;REFB=-0.00720914;REVB=0.001716;RO=39;SAF=15;SAR=16;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154886;STB=0.587101;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0121101;OID=.;OPOS=2983459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:39:31:31:0.442857:16:15:25:14:16:15:25:14 chr16 2983483 . C G 897.03 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6066;QD=56.9545;RBI=0.0661778;REFB=0;REVB=0.040584;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159799;OID=.;OPOS=2983483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:29:32:0:0:31:32:0:0 chr16 2986840 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.668;QD=55.6558;RBI=0.0608738;REFB=0;REVB=0.00852649;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026145;OID=.;OPOS=2986840;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr16 3065924 . G A 180.08 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0360685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.887;QD=11.082;RBI=0.0391379;REFB=-0.00481289;REVB=0.0151936;RO=42;SAF=13;SAR=10;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089217;STB=0.55168;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0101901;OID=.;OPOS=3065924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:10:13:27:15:10:13:27:15 chr16 3071847 . CG CC,C 46.96 PASS AF=0.105263,0.368421;AO=3,5;DP=19;FAO=2,7;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2,2;FSAR=0,5;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00444769,0.103799;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=23.5264,13.5356;QD=9.88727;RBI=0.01346,0.143436;REFB=-0.0831472,-0.108667;REVB=-0.0127039,-0.0989932;RO=9;SAF=3,0;SAR=0,5;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.780801,-0.663036;STB=0.997493,0.650814;STBP=0.013,0.421;TYPE=snp,del;VARB=0.0239684,0.149257;OID=.,.;OPOS=3071848,3071848;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.105263,0.368421:3,5:19:2,7:19:10:2,2:0,5:1:9:31:9:3,0:0,5:1:8 chr16 3099998 . T C 963.84 PASS AF=0.581081;AO=85;DP=149;FAO=86;FDP=148;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0314247;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.104;QD=26.0498;RBI=0.0338072;REFB=-0.00497133;REVB=-0.0124666;RO=62;SAF=29;SAR=56;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104947;STB=0.553051;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00288105;OID=.;OPOS=3099998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:62:62:85:86:0.581081:56:29:29:33:56:30:29:33 chr16 3119167 . T C 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0103356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3843;QD=5.00556;RBI=0.030234;REFB=0.00863663;REVB=-0.0284125;RO=22;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.566202;STB=0.868464;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0310452;OID=.;OPOS=3119167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:1:5:7:15:1:5:7:15 chr16 3119304 . A G 42.77 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0474463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.992;QD=5.18374;RBI=0.0477257;REFB=-0.00105916;REVB=0.00515672;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209277;STB=0.615062;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00553176;OID=.;OPOS=3119304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:23:26:7:7:0.212121:3:4:9:14:3:4:11:15 chr16 3132197 . A G 614.14 PASS AF=0.679487;AO=54;DP=79;FAO=53;FDP=78;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0188211;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0057;QD=31.4941;RBI=0.0527246;REFB=-0.0240427;REVB=-0.0492509;RO=24;SAF=14;SAR=40;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136516;STB=0.592029;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0116502;OID=.;OPOS=3132197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:24:25:54:53:0.679487:40:14:11:13:40:13:12:13 chr16 3165425 . A G 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.000606541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.235;QD=17.7533;RBI=0.0061257;REFB=-0.0119578;REVB=-0.0060956;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355086;STB=0.519984;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.022744;OID=.;OPOS=3165425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:13:12:14:13:13:12:14:13 chr16 3199713 . C T 176.61 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00781914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0981;QD=14.1288;RBI=0.0142225;REFB=-0.017907;REVB=-0.0118803;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108965;STB=0.506322;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0337684;OID=.;OPOS=3199713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:9:10:16:15:9:10:16:15 chr16 3202685 . C CA 99.35 PASS AF=0.395833;AO=34;DP=103;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0593087;FXX=0.0103082;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.0526;QD=4.13938;RBI=0.0657117;REFB=-0.0390782;REVB=-0.0282933;RO=61;SAF=14;SAR=20;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126528;STB=0.611914;STBP=0.096;TYPE=ins;VARB=-0.0451486;OID=.;OPOS=3202686;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395833:34:103:38:96:58:14:24:32:26:99:61:14:20:32:29 chr16 3207446 . G A 1339.77 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.193;QD=62.3147;RBI=0.024965;REFB=0;REVB=0.0109638;RO=0;SAF=56;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2475e-05;OID=.;OPOS=3207446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:29:56:0:0:29:57:0:0 chr16 3208911 . G A 296.57 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.06201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.569;QD=49.428;RBI=0.0632729;REFB=-0.0343443;REVB=0.0125785;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519983;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000638637;OID=.;OPOS=3208911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:11:12:0:0:11:12:1:0 chr16 3208914 . T C 126.72 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0776098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.7369;QD=21.1198;RBI=0.0776103;REFB=-0.0612436;REVB=-0.000258969;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319331;STB=0.679983;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0126595;OID=.;OPOS=3208914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:9:5:8:2:9:5:8:2 chr16 3214964 . A G 387.99 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0261308;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.317;QD=18.2583;RBI=0.0270544;REFB=-0.0150642;REVB=-0.00700857;RO=45;SAF=23;SAR=17;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682437;STB=0.538021;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0140505;OID=.;OPOS=3214964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:45:45:40:40:0.470588:17:23:29:16:17:23:29:16 chr16 3225693 . C T 321.1 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0103743;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.3973;QD=15.6635;RBI=0.0284929;REFB=-0.0218297;REVB=-0.0265372;RO=44;SAF=24;SAR=11;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00446315;STB=0.530788;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0326333;OID=.;OPOS=3225693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:44:47:35:35:0.426829:11:24:30:14:11:24:30:17 chr16 3230588 . G A 143.34 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.008332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.57;QD=14.7013;RBI=0.00868778;REFB=-0.0116865;REVB=0.00246076;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141214;STB=0.581298;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0159731;OID=.;OPOS=3230588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:16:7:7:9:16:7 chr16 3234217 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00697912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.445;QD=12.0517;RBI=0.00853596;REFB=-0.0255773;REVB=-0.00491472;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211189;STB=0.643262;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.041353;OID=.;OPOS=3234217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:5:4:8:4:5:4:9:4 chr16 3241975 . G T 207.93 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00589906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.771;QD=13.4147;RBI=0.0233764;REFB=-0.00523868;REVB=-0.0226198;RO=37;SAF=17;SAR=8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237429;STB=0.636252;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00728588;OID=.;OPOS=3241975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:8:17:17:20:8:17:17:20 chr16 3243904 . G A 261.37 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00606739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.827;QD=14.7253;RBI=0.0311385;REFB=-0.0245217;REVB=-0.0305417;RO=41;SAF=23;SAR=6;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264411;STB=0.626469;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0446686;OID=.;OPOS=3243904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:29:30:0.422535:6:23:24:17:7:23:24:17 chr16 3243922 . C A 261.57 PASS AF=0.418919;AO=20;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0399912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.3296;QD=14.1391;RBI=0.0520353;REFB=-0.0385339;REVB=0.0332922;RO=39;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708362;STB=0.624916;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0452074;OID=.;OPOS=3243922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:43:20:31:0.418919:9:11:19:20:9:22:22:21 chr16 3243942 . T C 307.23 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0208787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.961;QD=15.5561;RBI=0.030053;REFB=-0.00392396;REVB=0.0216163;RO=43;SAF=20;SAR=14;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1454;STB=0.569674;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00520848;OID=.;OPOS=3243942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:45:34:34:0.43038:14:20:19:24:14:20:21:24 chr16 3243951 . C T 287.72 PASS AF=0.43038;AO=31;DP=76;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0646835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1929;QD=14.5679;RBI=0.0676737;REFB=-0.00628375;REVB=-0.0198942;RO=45;SAF=17;SAR=14;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107981;STB=0.582041;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00986607;OID=.;OPOS=3243951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:45:45:31:34:0.43038:14:17:20:25:14:20:20:25 chr16 3254470 . T C 257.69 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0169305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8846;QD=23.426;RBI=0.0420306;REFB=0.00226509;REVB=-0.0384698;RO=20;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638945;STB=0.535684;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00383037;OID=.;OPOS=3254470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:15:9:9:11:15:9:9:11 chr16 3254972 . T C 479.32 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0260479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.499;QD=22.5563;RBI=0.0303424;REFB=-0.0306863;REVB=-0.0155618;RO=39;SAF=15;SAR=31;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099824;STB=0.555096;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0279418;OID=.;OPOS=3254972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:31:15:17:22:31:15:17:22 chr16 3266071 . A G 204.95 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0282007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4424;QD=15.7657;RBI=0.0634896;REFB=-0.0233267;REVB=-0.0568828;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134304;STB=0.507633;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0315018;OID=.;OPOS=3266071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:13:16:13:10:13:16 chr16 3297073 . A G 665.27 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.774;QD=61.8857;RBI=0.0542227;REFB=0;REVB=0.00955843;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120966;OID=.;OPOS=3297073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:24:19:0:0 chr16 3297175 . T C 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4113;QD=59.5008;RBI=0.0478831;REFB=0;REVB=-0.0241212;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393975;OID=.;OPOS=3297175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr16 3297181 . C T 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6044;QD=59.6783;RBI=0.0325781;REFB=0;REVB=0.0199854;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268997;OID=.;OPOS=3297181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr16 3299749 . G A 966.49 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.651;QD=57.701;RBI=0.0549265;REFB=0;REVB=0.0387004;RO=1;SAF=29;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160134;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283797;OID=.;OPOS=3299749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:66:67:1:37:29:1:0:37:30:0:0 chr16 3405994 . A G 855.21 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00574088;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.832;QD=57.9805;RBI=0.024977;REFB=0;REVB=0.0243083;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117428;OID=.;OPOS=3405994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:60:59:1:34:26:0:0:33:26:0:0 chr16 3406387 . C G 570.93 PASS AF=1;AO=34;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265071;FXX=0.0476077;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2232;QD=57.0929;RBI=0.0364186;REFB=-0.0486636;REVB=0.0249738;RO=0;SAF=31;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278451;OID=.;OPOS=3406387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:40:0:0:34:40:1:3:31:0:0:9:31:0:0 chr16 3419934 . G T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.748;QD=59.4356;RBI=0.0332404;REFB=0;REVB=0.0200068;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84446e-05;OID=.;OPOS=3419934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr16 3452193 . T G 854.08 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00036237;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.605;QD=57.9039;RBI=0.00656246;REFB=0;REVB=0.00655245;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48022e-05;OID=.;OPOS=3452193;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr16 3486285 . C A 1772.93 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188794;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.182;QD=61.1354;RBI=0.0393638;REFB=0;REVB=0.034541;RO=0;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58706e-05;OID=.;OPOS=3486285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:115:116:1:53:62:0:0:54:62:0:0 chr16 3490922 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9483;QD=61.6838;RBI=0.0359012;REFB=0;REVB=0.00174597;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000320039;OID=.;OPOS=3490922;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr16 3533576 . GC G,GG 719.83 PASS AF=1,0;AO=23,33;DP=60;FAO=60,0;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484666,-0.334328;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.3444,5.05387;QD=47.9885;RBI=0.086043,0.384775;REFB=0,0;REVB=0.0710942,-0.190464;RO=0;SAF=5,17;SAR=18,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.60901e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00015578,0;OID=.,.;OPOS=3533577,3533577;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:23,33:60:60,0:60:0:25,0:35,0:0:0:5:0:5,17:18,16:0:0 chr16 3534890 . TCG CAC,TCA 505.83 PASS AF=0.823529,0.176471;AO=2,31;DP=34;FAO=28,6;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=27,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164494,-0.000701641;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=241.207,164.478;QD=59.5097;RBI=0.0361616,0.107765;REFB=0,0;REVB=-0.0322038,-0.107763;RO=0;SAF=1,0;SAR=1,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00567652,0.10241;OID=.,.;OPOS=3534890,3534892;OREF=TCG,G;OALT=CAC,A;OMAPALT=CAC,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:34:34:0:0:2,31:28,6:0.823529,0.176471:1,31:1,0:0:0:27,6:1,0:0:0 chr16 3535116 . T C 2296.72 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0643916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1859;QD=60.8404;RBI=0.0648433;REFB=0;REVB=-0.00764059;RO=0;SAF=90;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148578;OID=.;OPOS=3535116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:150:151:1:60:90:0:0:60:91:0:0 chr16 3535540 . G A 766.32 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.168;QD=63.8602;RBI=0.0626852;REFB=0;REVB=0.0581031;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89435e-05;OID=.;OPOS=3535540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr16 3536872 . G A 371.48 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.076;QD=55.0343;RBI=0.0750381;REFB=0;REVB=0.0461182;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514972;OID=.;OPOS=3536872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:19:7:0:0:20:7:0:0 chr16 3551067 . T C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0348759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.224;QD=17.4275;RBI=0.0393021;REFB=-0.00811628;REVB=-0.0181197;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210156;STB=0.618553;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0114797;OID=.;OPOS=3551067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:11:8:5:18:11:8:5:18 chr16 3554799 . T C 305.71 PASS AF=0.368421;AO=34;DP=94;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0288003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.116;QD=12.8721;RBI=0.0302698;REFB=-0.00188724;REVB=-0.00931667;RO=59;SAF=20;SAR=14;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252577;STB=0.644548;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00903003;OID=.;OPOS=3554799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:59:60:34:35:0.368421:14:20:21:38:14:21:22:38 chr16 3580565 . T C 301.63 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00516788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.372;QD=16.9933;RBI=0.0472562;REFB=-0.00489903;REVB=0.0469728;RO=39;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00706737;STB=0.510303;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00710329;OID=.;OPOS=3580565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:38:32:33:0.464789:17:15:18:21:18:15:18:20 chr16 3594296 . C T 139.71 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0109665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.06;QD=9.16099;RBI=0.0144106;REFB=-0.0199826;REVB=0.00934895;RO=41;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100382;STB=0.566941;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0419793;OID=.;OPOS=3594296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:42:19:19:0.311475:9:10:18:23:9:10:18:24 chr16 3613150 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.728;QD=40.7629;RBI=0.0324502;REFB=0;REVB=-0.0313973;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000323018;OID=.;OPOS=3613150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr16 3613928 . A G 230.5 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0255447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0091;QD=12.1315;RBI=0.0517207;REFB=-0.0299004;REVB=-0.0449722;RO=48;SAF=15;SAR=13;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039221;STB=0.522583;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0458792;OID=.;OPOS=3613928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:13:15:24:24:13:15:24:24 chr16 3615301 . C T 886.34 PASS AF=0.395437;AO=102;DP=261;FAO=104;FDP=263;FR=.;FRO=159;FSAF=76;FSAR=28;FSRF=72;FSRR=87;FWDB=0.0250603;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.493;QD=13.4805;RBI=0.0252752;REFB=-0.0231684;REVB=-0.00328921;RO=159;SAF=74;SAR=28;SRF=72;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310753;STB=0.678325;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0457627;OID=.;OPOS=3615301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:263:159:159:102:104:0.395437:28:74:72:87:28:76:72:87 chr16 3631472 . T C 176.54 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00267318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7752;QD=14.123;RBI=0.0180811;REFB=-0.000706195;REVB=-0.0178824;RO=31;SAF=4;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302941;STB=0.678185;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00146561;OID=.;OPOS=3631472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:15:4:14:17:15:4:14:17 chr16 3632416 . G A 537.84 PASS AF=0.712121;AO=47;DP=66;FAO=47;FDP=66;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00750832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.814;QD=32.5961;RBI=0.0493859;REFB=-0.0117682;REVB=0.0488118;RO=19;SAF=17;SAR=30;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632954;STB=0.534232;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00650274;OID=.;OPOS=3632416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:19:19:47:47:0.712121:30:17:9:10:30:17:9:10 chr16 3639139 . A G 676.8 PASS AF=0.598131;AO=64;DP=107;FAO=64;FDP=107;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00190837;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.225;QD=25.301;RBI=0.0134414;REFB=-0.0177666;REVB=-0.0133052;RO=43;SAF=31;SAR=33;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142395;STB=0.507748;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00622239;OID=.;OPOS=3639139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:43:43:64:64:0.598131:33:31:20:23:33:31:20:23 chr16 3640274 . G A 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0124437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.794;QD=15.1532;RBI=0.0138975;REFB=0.00251437;REVB=-0.0061884;RO=43;SAF=25;SAR=7;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246519;STB=0.640929;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00416356;OID=.;OPOS=3640274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:7:25:25:18:7:25:25:18 chr16 3640785 . C T 464.66 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0264455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6328;QD=22.1265;RBI=0.0268449;REFB=-0.0187012;REVB=0.00461338;RO=39;SAF=18;SAR=27;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751257;STB=0.541445;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0181407;OID=.;OPOS=3640785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:27:18:19:20:27:18:19:20 chr16 3645607 . A G 226.13 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0188744;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.484;QD=17.0662;RBI=0.085951;REFB=-0.0047817;REVB=-0.083853;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25311;STB=0.641904;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00738495;OID=.;OPOS=3645607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:14:11:20:8:14:11:20:8 chr16 3647692 . A C 238.56 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0458318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.595;QD=27.2639;RBI=0.0471174;REFB=0.00568733;REVB=0.0109314;RO=13;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410802;STB=0.522707;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00197749;OID=.;OPOS=3647692;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:8:14:9:4:8:14:9:4 chr16 3650987 . T C 251.86 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00182932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.475;QD=14.8153;RBI=0.024952;REFB=-0.00513434;REVB=-0.0248848;RO=37;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189635;STB=0.502091;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0170013;OID=.;OPOS=3650987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:39:29:29:0.426471:12:17:21:16:12:17:23:16 chr16 3650991 . T C 227.39 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00896076;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.126;QD=13.376;RBI=0.0091995;REFB=-0.00522151;REVB=0.00208221;RO=40;SAF=15;SAR=12;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473606;STB=0.518259;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00594496;OID=.;OPOS=3650991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:40:41:27:27:0.397059:12:15:24:16:12:15:24:17 chr16 3658540 . A T 748.08 PASS AF=0.509677;AO=73;DP=157;FAO=79;FDP=155;FR=.;FRO=76;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.00891837;FXX=0.0548747;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0704;QD=19.3054;RBI=0.0336052;REFB=-0.034493;REVB=0.0324001;RO=60;SAF=42;SAR=31;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117491;STB=0.547377;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0116132;OID=.;OPOS=3658540;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:155:60:76:73:79:0.509677:31:42:26:34:35:44:35:41 chr16 3707747 . G A 301.12 PASS AF=0.425;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.033574;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9646;QD=15.056;RBI=0.0523686;REFB=-0.00490143;REVB=0.0401903;RO=46;SAF=17;SAR=16;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741246;STB=0.533314;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.012677;OID=.;OPOS=3707747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:33:34:0.425:16:17:27:19:16:18:27:19 chr16 3713468 . G A 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0130524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.289;QD=13.8493;RBI=0.0131777;REFB=0.00246147;REVB=-0.00181298;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219177;STB=0.501546;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00355851;OID=.;OPOS=3713468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:9:7:10:14:9:7:11:14 chr16 3724352 . G A 764.83 PASS AF=0.510345;AO=74;DP=145;FAO=74;FDP=145;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0070902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.533;QD=21.0988;RBI=0.0104051;REFB=-0.0340571;REVB=0.00761544;RO=68;SAF=39;SAR=35;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010769;STB=0.509801;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0324981;OID=.;OPOS=3724352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:68:71:74:74:0.510345:35:39:35:33:35:39:36:35 chr16 3724465 . G C 2001.46 PASS AF=0.984962;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0571471;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7969;QD=60.1943;RBI=0.0572215;REFB=-0.147489;REVB=-0.00291577;RO=1;SAF=60;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067414;STB=0.500519;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00343036;OID=.;OPOS=3724465;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:131:133:1:2:130:131:0.984962:70:60:0:1:70:61:1:1 chr16 3726074 . G C 300.74 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0294923;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4472;QD=16.4787;RBI=0.0314876;REFB=-0.0323689;REVB=-0.0110305;RO=41;SAF=22;SAR=11;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868075;STB=0.554422;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0399418;OID=.;OPOS=3726074;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:41:40:33:33:0.452055:11:22:24:17:11:22:23:17 chr16 3781313 . G A 399.93 PASS AF=0.633333;AO=37;DP=59;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0343152;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.076;QD=26.6618;RBI=0.0418733;REFB=-0.0312331;REVB=0.0239966;RO=22;SAF=24;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138308;STB=0.567237;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0145381;OID=.;OPOS=3781313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:22:22:37:38:0.633333:13:24:10:12:14:24:10:12 chr16 3795363 . G A 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0460534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.469;QD=10.715;RBI=0.0466374;REFB=-0.00796581;REVB=0.00735737;RO=29;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146018;STB=0.587501;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0192122;OID=.;OPOS=3795363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:9:5:14:15:9:5:14:15 chr16 3820723 . T A 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.00901288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.441;QD=10.4722;RBI=0.0356997;REFB=-0.0411607;REVB=-0.0345432;RO=22;SAF=9;SAR=3;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105942;STB=0.5384;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0606398;OID=.;OPOS=3820723;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:22:24:12:12:0.333333:3:9:18:4:3:9:19:5 chr16 3860640 . A G 701.78 PASS AF=0.544;AO=67;DP=125;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.00124021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.019;QD=22.4569;RBI=0.0201171;REFB=-0.0342334;REVB=0.0200788;RO=57;SAF=44;SAR=23;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231408;STB=0.621017;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0184826;OID=.;OPOS=3860640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:57:57:67:68:0.544:23:44:22:35:24:44:22:35 chr16 4016676 . A G 299.23 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=11;FWDB=-0.0131998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.807;QD=13.7579;RBI=0.0188668;REFB=-0.00511869;REVB=-0.0134804;RO=52;SAF=22;SAR=12;SRF=41;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175932;STB=0.602771;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00774483;OID=.;OPOS=4016676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:53:34:34:0.390805:12:22:41:11:12:22:42:11 chr16 4027605 . C T 213.48 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0458012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2363;QD=16.1117;RBI=0.0469552;REFB=-0.0186187;REVB=-0.0103463;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166439;STB=0.509426;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0162435;OID=.;OPOS=4027605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:12:12:14:15:12:12:14:15 chr16 4033436 . T C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0100232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.354;QD=10.6347;RBI=0.0225192;REFB=-0.00187823;REVB=-0.0201655;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31536;STB=0.689206;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00634914;OID=.;OPOS=4033436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:4:9:3:5:4:9 chr16 4164364 . C T 51.7 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00775713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6918;QD=5.90817;RBI=0.136887;REFB=-0.00766425;REVB=-0.136667;RO=26;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228692;STB=0.666223;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0123013;OID=.;OPOS=4164364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:35:26:27:8:8:0.228571:2:6:15:11:2:6:15:12 chr16 4165069 . G A 88.72 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00154464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.283;QD=15.4299;RBI=0.0220821;REFB=-0.0336813;REVB=-0.022028;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657668;STB=0.538389;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0284904;OID=.;OPOS=4165069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:4:8:8:3:4:8 chr16 4165432 . T C 356.58 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00291115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.91;QD=54.8577;RBI=0.0312934;REFB=0;REVB=0.0311577;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163776;OID=.;OPOS=4165432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:15:8:0:0:16:10:0:0 chr16 4242028 . A T 88.09 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=-0.0406755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.353;QD=14.0949;RBI=0.0411717;REFB=-0.00782633;REVB=-0.00637255;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419712;STB=0.733058;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0235467;OID=.;OPOS=4242028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:8:3:0:14:8:3:0:14 chr16 4242093 . C T 96.46 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0736346;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.66;QD=11.3486;RBI=0.104505;REFB=-0.0253116;REVB=-0.0741575;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288153;STB=0.505042;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0452198;OID=.;OPOS=4242093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:35:34:23:22:12:12:0.352941:7:5:9:14:7:5:9:13 chr16 4245693 . A G 1213.06 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0291156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.276;QD=59.904;RBI=0.0399301;REFB=-0.145789;REVB=0.0273258;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.507935;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000457413;OID=.;OPOS=4245693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:31:49:0:0:31:49:0:1 chr16 4256755 . TCCCCCTG TCCCCTG,TCCCCTGC,TCCCTG 225.82 PASS AF=0.621622,0,0;AO=26,3,15;DP=75;FAO=46,0,0;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=30,0,0;FSAR=16,0,0;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.176451,-0.0641181,-0.0899766;FXX=0.0263123;HRUN=5,5,5;LEN=1,3,2;MLLD=9.28028,88.7442,14.7077;QD=12.2065;RBI=0.224709,0.0648926,0.115994;REFB=0.0371174,0.000387904,0.0201561;REVB=0.139137,0.00999596,0.0732033;RO=27;SAF=13,0,15;SAR=13,3,0;SRF=15;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0504043,-0.583327,0.795376;STB=0.53298,0.5,0.5;STBP=0.512,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=-0.0865861,0,0.0252202;OID=.,.,.;OPOS=4256756,4256760,4256756;OREF=C,CTG,CC;OALT=-,TGC,-;OMAPALT=TCCCCTG,TCCCCTGC,TCCCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.621622,0,0:26,3,15:75:46,0,0:74:28:30,0,0:16,0,0:16:12:82:27:13,0,15:13,3,0:15:12 chr16 4257131 . C G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0186854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.292;QD=9.44486;RBI=0.0187086;REFB=-0.02579;REVB=-0.000930396;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203317;STB=0.624609;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0457806;OID=.;OPOS=4257131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:3:7:3:3:3:7 chr16 4257686 . A G 175.41 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00524058;FXX=0.0937207;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.956;QD=24.1942;RBI=0.00676656;REFB=-0.0316685;REVB=0.00428049;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179039;STB=0.580552;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.016148;OID=.;OPOS=4257686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:29:11:12:17:17:0.586207:9:8:8:3:9:8:8:4 chr16 4257729 . C T 181.55 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00734865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.047;QD=24.2071;RBI=0.00840455;REFB=-0.0235978;REVB=0.00407846;RO=12;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198581;STB=0.610988;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0175986;OID=.;OPOS=4257729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:30:12:12:18:18:0.6:11:7:8:4:11:7:8:4 chr16 4258005 . C G 82.5 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0302724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.315;QD=14.3472;RBI=0.034941;REFB=-0.0214247;REVB=0.0174487;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271484;STB=0.671941;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0354398;OID=.;OPOS=4258005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:22:23:12:12:10:11:0.478261:7:3:7:5:8:3:7:5 chr16 4307646 . A G 1264.24 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2964;QD=61.67;RBI=0.114486;REFB=0;REVB=0.103406;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112883;OID=.;OPOS=4307646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr16 4310468 . C G 1434.21 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.426;QD=63.042;RBI=0.0357243;REFB=0;REVB=0.0256884;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2724e-05;OID=.;OPOS=4310468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:89:91:1:48:41:0:0:49:42:0:0 chr16 4386814 . T C 1194.08 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273513;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.167;QD=61.2351;RBI=0.0105314;REFB=0;REVB=0.01017;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99279e-05;OID=.;OPOS=4386814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr16 4414987 . G A 556.75 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7027;QD=60.1894;RBI=0.0367825;REFB=0;REVB=-0.00951009;RO=0;SAF=36;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181241;OID=.;OPOS=4414987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:1:36:0:0:1:36:0:0 chr16 4431202 . A G 1992.01 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.837;QD=61.7678;RBI=0.0409603;REFB=0;REVB=0.00276604;RO=0;SAF=59;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101617;OID=.;OPOS=4431202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:129:0:0:125:129:1:66:59:0:0:66:63:0:0 chr16 4432029 . A C 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.457;QD=54.7458;RBI=0.0206302;REFB=-0.0367722;REVB=0.00535678;RO=1;SAF=13;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348586;STB=0.518511;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000668251;OID=.;OPOS=4432029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:40:13:1:0:40:13:1:0 chr16 4445327 . C T 1054.68 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041163;FXX=0.0410903;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.057;QD=60.2673;RBI=0.0165293;REFB=0;REVB=0.0160085;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187966;OID=.;OPOS=4445327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:44:26:0:0:44:26:0:0 chr16 4790503 . C T 510.25 PASS AF=0.509434;AO=53;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.010107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.202;QD=19.2546;RBI=0.0115268;REFB=-0.0195576;REVB=-0.00554222;RO=52;SAF=22;SAR=31;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104005;STB=0.511107;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0167842;OID=.;OPOS=4790503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:53:54:0.509434:31:22:21:31:31:23:21:31 chr16 4815608 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2558;QD=56.7042;RBI=0.0634234;REFB=0;REVB=-0.0468135;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41891e-05;OID=.;OPOS=4815608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr16 4861709 . G C 809.3 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.953;QD=56.7929;RBI=0.0366074;REFB=0;REVB=0.0359841;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250794;OID=.;OPOS=4861709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:55:57:1:24:31:0:0:24:33:0:0 chr16 4933939 . G C 483.71 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0816727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.041;QD=58.6309;RBI=0.086426;REFB=0;REVB=0.0282671;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181452;OID=.;OPOS=4933939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:21:11:0:0:21:12:0:0 chr16 4934549 . G A 62.18 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.988;QD=35.529;RBI=0.122994;REFB=0;REVB=-0.00785602;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254908;OID=.;OPOS=4934549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr16 4934564 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.593;QD=45.8061;RBI=0.0361641;REFB=0;REVB=0.00395627;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407882;OID=.;OPOS=4934564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr16 4938160 . T G 908.96 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.186;QD=56.8099;RBI=0.0249464;REFB=-0.138587;REVB=0.00410682;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014292;OID=.;OPOS=4938160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:64:0:0:63:64:1:27:36:0:0:28:36:0:0 chr16 4940809 . A G 1972.16 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9103;QD=61.63;RBI=0.0120065;REFB=0;REVB=-0.000253173;RO=0;SAF=48;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190213;OID=.;OPOS=4940809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:128:0:0:124:128:1:76:48:0:0:77:51:0:0 chr16 4940825 . C T 940.54 PASS AF=0.591549;AO=84;DP=142;FAO=84;FDP=142;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0083075;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.239;QD=26.4941;RBI=0.0131962;REFB=-0.0124977;REVB=0.0102531;RO=58;SAF=37;SAR=47;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336594;STB=0.518274;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00813603;OID=.;OPOS=4940825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:58:58:84:84:0.591549:47:37:23:35:47:37:23:35 chr16 4942099 . C T 430.14 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00484279;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.87;QD=22.3451;RBI=0.00522716;REFB=0.0047603;REVB=0.00196739;RO=35;SAF=14;SAR=28;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348467;STB=0.519221;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00579897;OID=.;OPOS=4942099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:35:35:42:42:0.545455:28:14:13:22:28:14:13:22 chr16 4944518 . C G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.796;QD=54.5173;RBI=0.0542028;REFB=0;REVB=0.0199666;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170345;OID=.;OPOS=4944518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr16 5061153 . C A 180.89 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00127251;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=230.724;QD=12.921;RBI=0.00642634;REFB=-0.0113379;REVB=-0.00629909;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310048;STB=0.517841;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0198573;OID=.;OPOS=5061153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:11:11:18:16:11:11:18:16 chr16 5064893 . C T 185.5 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0161944;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.529;QD=16.8632;RBI=0.0257082;REFB=-0.0173833;REVB=-0.0199663;RO=25;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695562;STB=0.540016;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.019523;OID=.;OPOS=5064893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:25:19:19:0.431818:14:5:8:17:14:5:8:17 chr16 5074952 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.189;QD=49.5992;RBI=0.0319828;REFB=0;REVB=-0.000744907;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112374;OID=.;OPOS=5074952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr16 5075226 . G A 259.99 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0488795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.754;QD=31.5138;RBI=0.0527952;REFB=-0.0901872;REVB=0.0199532;RO=10;SAF=12;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120007;STB=0.506591;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0357864;OID=.;OPOS=5075226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:11:12:5:5:11:12:5:5 chr16 5075542 . G A 1476.38 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214148;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.071;QD=63.5001;RBI=0.0214853;REFB=0;REVB=-0.00173847;RO=0;SAF=57;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7512e-05;OID=.;OPOS=5075542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:36:57:0:0:36:57:0:0 chr16 5077985 . C T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0177788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.437;QD=17.5418;RBI=0.0311848;REFB=-0.0244198;REVB=0.0256204;RO=16;SAF=2;SAR=13;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187678;STB=0.609209;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0304817;OID=.;OPOS=5077985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:13:2:4:12:13:2:4:12 chr16 5106184 . C T 308.43 PASS AF=0.414634;AO=33;DP=78;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0104001;FXX=0.03529;HRUN=5;LEN=1;MLLD=95.3343;QD=15.0455;RBI=0.0319649;REFB=-0.0231325;REVB=-0.0302256;RO=43;SAF=13;SAR=20;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142705;STB=0.552295;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0105601;OID=.;OPOS=5106184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:82:43:48:33:34:0.414634:20:13:23:20:20:14:24:24 chr16 5132636 . C T 795.29 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.329;QD=56.8066;RBI=0.0244633;REFB=0;REVB=0.0190291;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08884e-05;OID=.;OPOS=5132636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:27:27:0:0:28:28:0:0 chr16 5139186 . G C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0228864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.919;QD=19.3688;RBI=0.028678;REFB=-0.0138261;REVB=0.0172812;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123877;STB=0.571284;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0115931;OID=.;OPOS=5139186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:4:6:3:4:4:6:3:4 chr16 5139217 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.005;QD=44.6898;RBI=0.0294449;REFB=0;REVB=0.0237131;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76858e-05;OID=.;OPOS=5139217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr16 5649140 . T TTAGGAAA 218.16 PASS AF=1;AO=14;DP=27;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544258;FXX=0.149925;HRUN=1;LEN=7;MLLD=304.521;QD=51.3327;RBI=0.0548729;REFB=0;REVB=0.00699022;RO=10;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3915;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00021784;OID=.;OPOS=5649141;OREF=-;OALT=TAGGAAA;OMAPALT=TTAGGAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:27:17:17:0:4:13:0:0:3:10:3:11:7:3 chr16 6533549 . C A 141.3 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0183447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6495;QD=13.4567;RBI=0.0314845;REFB=-0.0180275;REVB=-0.025588;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12938;STB=0.571341;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0217451;OID=.;OPOS=6533549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:24:26:16:16:0.380952:8:8:15:9:8:8:16:10 chr16 6923966 . A G 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.514;QD=63.8649;RBI=0.0104837;REFB=0;REVB=0.00935573;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92363e-05;OID=.;OPOS=6923966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr16 7102036 . CT CC,C 236.81 PASS AF=0.0365854,0.390244;AO=4,28;DP=81;FAO=3,32;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=1,23;FSAR=2,9;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0135374,-0.0253183;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.7483,18.7114;QD=11.5517;RBI=0.0619728,0.106991;REFB=-0.00999561,-0.0144284;REVB=0.0604762,0.103952;RO=45;SAF=2,21;SAR=2,7;SRF=30;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.181654,0.111018;STB=0.778918,0.541915;STBP=0.459,0.589;TYPE=snp,del;VARB=0.0550059,0.01367;OID=.,.;OPOS=7102037,7102037;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0365854,0.390244:4,28:81:3,32:82:47:1,23:2,9:31:16:99:45:2,21:2,7:30:15 chr16 7760884 . T G 280.25 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00223043;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7387;QD=16.4853;RBI=0.00319793;REFB=-0.00455939;REVB=-0.00229172;RO=35;SAF=10;SAR=21;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164133;STB=0.609537;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.018418;OID=.;OPOS=7760884;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:35:37:31:31:0.455882:21:10:17:18:21:10:19:18 chr16 7761529 . C T 585.27 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.021;QD=60.0276;RBI=0.0228184;REFB=0;REVB=0.0122512;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101782;OID=.;OPOS=7761529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:19:20:0:0 chr16 8728953 . C T 1506.25 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0389483;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.777;QD=61.4795;RBI=0.0389815;REFB=-0.0808603;REVB=0.00160931;RO=2;SAF=56;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166343;STB=0.50877;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00132405;OID=.;OPOS=8728953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:98:2:2:96:96:0.979592:40:56:2:0:40:56:2:0 chr16 8729111 . C T 268.75 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00673452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.969;QD=22.3962;RBI=0.00808215;REFB=0.000128262;REVB=0.0044685;RO=23;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470952;STB=0.526295;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-1.00463e-07;OID=.;OPOS=8729111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:15:10:8:15:15:10:8:15 chr16 8729124 . G A 213.51 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0604755;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.908;QD=19.8616;RBI=0.0636953;REFB=-0.00418424;REVB=0.0199953;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606693;STB=0.534214;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00311245;OID=.;OPOS=8729124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:8:14:12:9:8:14 chr16 8736028 . T C 1600.99 PASS AF=0.981818;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0223196;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2123;QD=58.2178;RBI=0.0317627;REFB=0.0579672;REVB=-0.0225988;RO=2;SAF=34;SAR=73;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270968;STB=0.513886;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00106728;OID=.;OPOS=8736028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:110:2:2:107:108:0.981818:73:34:2:0:73:35:2:0 chr16 8738427 . T C 617.99 PASS AF=1;AO=38;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145806;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.954;QD=61.799;RBI=0.0304989;REFB=0;REVB=0.0267878;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141512;OID=.;OPOS=8738427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:38:40:1:12:26:0:0:14:26:0:0 chr16 8738499 . G A 556.93 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.12;QD=60.2088;RBI=0.0455267;REFB=0;REVB=0.017807;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449904;OID=.;OPOS=8738499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr16 8738579 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.242;QD=54.5177;RBI=0.0198104;REFB=0;REVB=0.00467728;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13671e-05;OID=.;OPOS=8738579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr16 8739954 . G A,T 1009.98 PASS AF=0.985294,0.0147059;AO=58,9;DP=67;FAO=67,1;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33,1;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361605,0.000683879;FXX=0.0144907;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.289,220.848;QD=59.4105;RBI=0.090057,0.00391588;REFB=0,0;REVB=0.0824784,0.0038557;RO=0;SAF=32,1;SAR=26,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.09576e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000365982,0.0846245;OID=.,.;OPOS=8739954,8739954;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:67:68:0:0:58,9:67,1:0.985294,0.0147059:26,8:32,1:0:0:34,0:33,1:0:0 chr16 8740015 . A C 963.94 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0279289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6891;QD=55.8806;RBI=0.0472918;REFB=0.0788117;REVB=-0.038164;RO=1;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129467;STB=0.501087;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00582935;OID=.;OPOS=8740015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:1:2:67:67:0.971014:36:31:0:1:36:31:1:1 chr16 8740151 . G A 306.15 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00452871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.89;QD=15.3076;RBI=0.00464514;REFB=-0.0119286;REVB=0.0010335;RO=45;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409046;STB=0.529394;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0180388;OID=.;OPOS=8740151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:46:34:34:0.425:16:18:22:23:16:18:22:24 chr16 8740235 . T C 370.43 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00851193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.631;QD=14.8173;RBI=0.0529454;REFB=-0.0143957;REVB=0.0522567;RO=58;SAF=22;SAR=18;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163613;STB=0.510076;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0199909;OID=.;OPOS=8740235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:60:40:40:0.4:18:22:31:27:18:22:32:28 chr16 8740418 . T C 753.85 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000241087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3677;QD=61.5391;RBI=0.0274095;REFB=-0.169793;REVB=-0.0274084;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.511106;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00233099;OID=.;OPOS=8740418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:0:1:48:48:0.979592:26:22:0:0:26:22:1:0 chr16 8740503 . G A 410.97 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.257;QD=56.6857;RBI=0.0376511;REFB=0;REVB=0.0245461;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110885;OID=.;OPOS=8740503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:13:16:0:0 chr16 8839954 . A G 157.06 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0275039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.478;QD=16.109;RBI=0.0346675;REFB=0.000486425;REVB=-0.0211038;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126847;STB=0.573289;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.000885388;OID=.;OPOS=8839954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:5:12:13:9:5:12:13:9 chr16 8841960 . T C 266.06 PASS AF=0.447761;AO=28;DP=65;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0682583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.369;QD=15.8841;RBI=0.0745259;REFB=-0.0266472;REVB=0.029915;RO=37;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253242;STB=0.617196;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.02773;OID=.;OPOS=8841960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:37:37:28:30:0.447761:11:17:13:24:13:17:13:24 chr16 8868776 . C A 222.71 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.005469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.168;QD=12.5472;RBI=0.00876266;REFB=-0.00878768;REVB=0.00684648;RO=44;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228753;STB=0.630676;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0166605;OID=.;OPOS=8868776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:12:15:15:29:12:15:15:29 chr16 8875763 . T C 306.08 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.248;QD=53.231;RBI=0.0270698;REFB=0;REVB=-0.021163;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06431e-05;OID=.;OPOS=8875763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:6:15:0:0:7:16:0:0 chr16 8890172 . G A 192.74 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.012292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4281;QD=23.3627;RBI=0.114817;REFB=-0.0500531;REVB=0.114157;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300096;STB=0.533945;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0548533;OID=.;OPOS=8890172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:14:19:19:0.575758:11:8:6:7:11:8:7:7 chr16 8952248 . A G 682.89 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.632;QD=62.0807;RBI=0.00565259;REFB=0;REVB=0.00545513;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82359e-05;OID=.;OPOS=8952248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr16 8979046 . A G 728.93 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.903;QD=57.1711;RBI=0.0195767;REFB=0;REVB=-0.0144497;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.61312e-06;OID=.;OPOS=8979046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:20:30:0:0:21:30:0:0 chr16 9030444 . C G 708.43 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7525;QD=62.9717;RBI=0.104295;REFB=0;REVB=0.101401;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651566;OID=.;OPOS=9030444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr16 9187256 . C T 288.01 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=1.33112e-05;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3245;QD=22.5888;RBI=0.0411141;REFB=-0.0359249;REVB=-0.0411141;RO=23;SAF=12;SAR=17;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917941;STB=0.522457;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0161833;OID=.;OPOS=9187256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:23:22:29:29:0.568627:17:12:7:16:17:12:8:14 chr16 9693953 . C G 96.66 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.011753;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.231;QD=14.8712;RBI=0.0233892;REFB=-0.0362956;REVB=-0.0202218;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384612;STB=0.734184;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0479789;OID=.;OPOS=9693953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:27:26:10:12:10:10:0.384615:2:8:4:6:2:8:5:7 chr16 9693997 . C G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0294408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.044;QD=10.8846;RBI=0.0297105;REFB=-0.0365732;REVB=-0.00399476;RO=15;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.608985;STB=0.870411;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0444075;OID=.;OPOS=9693997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:1:8:5:10:1:8:5:10 chr16 10315838 . T C 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0194801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0616;QD=22.1439;RBI=0.0299187;REFB=-0.0270835;REVB=-0.022708;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667668;STB=0.537506;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0249649;OID=.;OPOS=10315838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:8:5:8:9:8:5 chr16 10524656 . GGAC G 114.25 PASS AF=0.4;AO=15;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0406028;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=204.316;QD=9.13975;RBI=0.0410311;REFB=-0.0336583;REVB=0.0059136;RO=28;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723332;STB=0.588403;STBP=0.338;TYPE=del;VARB=0.049002;OID=.;OPOS=10524657;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:15:50:20:50:30:6:14:13:17:99:28:6:9:13:15 chr16 10574796 . C T 95.42 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00564535;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.51;QD=20.0885;RBI=0.0129687;REFB=-0.000712411;REVB=0.0116755;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35797;STB=0.705499;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00127001;OID=.;OPOS=10574796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:19:19:8:8:11:11:0.578947:8:3:6:2:8:3:6:2 chr16 10574813 . G A 38.14 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0380111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.87;QD=10.1714;RBI=0.0410321;REFB=-0.00579583;REVB=0.0154529;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318047;STB=0.695017;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00561286;OID=.;OPOS=10574813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:6:3:4:2:6:3 chr16 10631912 . C T 619.99 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0291742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.756;QD=59.0468;RBI=0.0352829;REFB=-0.131877;REVB=0.0198431;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253524;STB=0.513507;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00109175;OID=.;OPOS=10631912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:18:23:0:1:18:23:0:1 chr16 10769958 . T C 787.44 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218866;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.293;QD=57.2683;RBI=0.022767;REFB=0;REVB=0.00627013;RO=0;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91255e-05;OID=.;OPOS=10769958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:17:38:0:0:17:38:0:0 chr16 10775855 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0148132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.259;QD=12.0517;RBI=0.0526283;REFB=-0.0291703;REVB=-0.0505005;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288925;STB=0.517204;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0220467;OID=.;OPOS=10775855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:9:4:3:6:9:4 chr16 10788406 . G T 89.35 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0045075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.933;QD=14.2958;RBI=0.0244924;REFB=-0.0298857;REVB=-0.0240741;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17847;STB=0.604131;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0514283;OID=.;OPOS=10788406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:5:9:5:6:5:9 chr16 10989219 . C G 353.46 PASS AF=0.493333;AO=36;DP=74;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0269496;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.7942;QD=18.8511;RBI=0.0387158;REFB=-0.0165178;REVB=0.0277963;RO=33;SAF=20;SAR=16;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983929;STB=0.51964;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0133549;OID=.;OPOS=10989219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:33:38:36:37:0.493333:16:20:22:11:17:20:22:16 chr16 10995933 . A G 664.43 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.105;QD=61.8075;RBI=0.0489255;REFB=0;REVB=0.0154836;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163714;OID=.;OPOS=10995933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:26:15:0:0:27:16:0:0 chr16 11000848 . G C 165.87 PASS AF=0.303571;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00460154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3024;QD=11.8476;RBI=0.0513419;REFB=0.0108084;REVB=0.0511353;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105643;STB=0.577891;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.0363602;OID=.;OPOS=11000848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:34:16:17:0.303571:8:8:13:19:8:9:14:20 chr16 11001770 . G T 198.64 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0381292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3287;QD=19.3795;RBI=0.095858;REFB=-0.0141512;REVB=0.0879484;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197257;STB=0.611539;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0183254;OID=.;OPOS=11001770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:13:8:12:8:13:8 chr16 11002133 . C G 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0199233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6068;QD=16.94;RBI=0.0295526;REFB=-0.0118358;REVB=-0.0218271;RO=24;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173408;STB=0.599888;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0179283;OID=.;OPOS=11002133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:14:5:10:14:14:5:10:14 chr16 11002904 . G A 423.62 PASS AF=0.594203;AO=38;DP=66;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00382522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7622;QD=24.5574;RBI=0.0269415;REFB=-0.0188881;REVB=0.0266685;RO=28;SAF=22;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223982;STB=0.528894;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0152499;OID=.;OPOS=11002904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:28:28:38:41:0.594203:16:22:17:11:19:22:17:11 chr16 11002927 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.087;QD=60.5471;RBI=0.0437449;REFB=0;REVB=0.0436947;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85467e-05;OID=.;OPOS=11002927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr16 11016045 . C T 364.2 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00681117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.868;QD=19.1684;RBI=0.00713479;REFB=-0.00927058;REVB=-0.00212442;RO=38;SAF=22;SAR=16;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990402;STB=0.554885;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00752364;OID=.;OPOS=11016045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:16:22:26:12:16:22:26:12 chr16 11023208 . T C 278.9 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0218859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.621;QD=13.945;RBI=0.0246174;REFB=-0.00631955;REVB=0.0112705;RO=48;SAF=10;SAR=22;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739726;STB=0.542226;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0161616;OID=.;OPOS=11023208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:22:10:18:30:22:10:18:30 chr16 11154770 . G A 670.93 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0175878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.715;QD=50.6364;RBI=0.0260635;REFB=-0.0737827;REVB=0.0192348;RO=2;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348399;STB=0.527262;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00504553;OID=.;OPOS=11154770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:2:3:50:50:0.943396:26:24:0:2:26:24:0:3 chr16 11361895 . C G 1016.13 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0159914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.504;QD=54.1938;RBI=0.0190415;REFB=-0.0440812;REVB=0.010337;RO=2;SAF=34;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270022;STB=0.52777;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00133393;OID=.;OPOS=11361895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:75:75:2:4:71:71:0.946667:37:34:2:0:37:34:4:0 chr16 11362729 . G A 707.3 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0323;QD=62.8711;RBI=0.0252444;REFB=0;REVB=0.0121128;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217899;OID=.;OPOS=11362729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr16 11367143 . G A 545.55 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.04621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.644;QD=57.4261;RBI=0.0651138;REFB=-0.05284;REVB=0.0458741;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.523796;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000207311;OID=.;OPOS=11367143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:10:27:0:0:10:27:0:1 chr16 11367154 . C T 542.55 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173696;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8067;QD=60.2834;RBI=0.0351487;REFB=0;REVB=0.0305569;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237708;OID=.;OPOS=11367154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:9:26:0:0:9:27:0:0 chr16 11367195 . G C 105.51 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0163543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4596;QD=11.7231;RBI=0.049282;REFB=-0.0271673;REVB=0.0464892;RO=23;SAF=12;SAR=1;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551489;STB=0.840101;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0660224;OID=.;OPOS=11367195;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:1:12:13:10:1:12:13:10 chr16 11374866 . G T 1262.09 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000165375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9272;QD=60.0994;RBI=0.0500364;REFB=0;REVB=0.0500361;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301941;OID=.;OPOS=11374866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:81:84:1:38:43:0:0:41:43:0:0 chr16 11387117 . A G 1287.49 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0208007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.942;QD=60.5876;RBI=0.0236531;REFB=-0.0920588;REVB=-0.0112605;RO=1;SAF=24;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783045;STB=0.504131;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-3.46636e-05;OID=.;OPOS=11387117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:60:24:0:1:60:24:0:1 chr16 11387129 . C A 317.93 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.00638411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.855;QD=15.5087;RBI=0.012287;REFB=-0.00538847;REVB=-0.0104983;RO=47;SAF=10;SAR=25;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114058;STB=0.506434;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00756407;OID=.;OPOS=11387129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:25:10:13:34:25:10:13:34 chr16 11387164 . T C 385.29 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00701186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.734;QD=23.3507;RBI=0.0119213;REFB=-0.00736067;REVB=0.00964113;RO=28;SAF=9;SAR=29;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050484;STB=0.527822;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00558963;OID=.;OPOS=11387164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:29:9:8:20:29:9:8:20 chr16 11643458 . T C 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00115982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.16;QD=15.6509;RBI=0.00138386;REFB=-0.0198213;REVB=0.000754903;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754966;STB=0.54367;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0290245;OID=.;OPOS=11643458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:5:11:13:8:5:11:13:8 chr16 11658459 . A AT 299.61 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0235921;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=159.026;QD=30.7294;RBI=0.0306112;REFB=-0.0171872;REVB=-0.0195052;RO=12;SAF=10;SAR=16;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193916;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00889367;OID=.;OPOS=11658460;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:26:39:26:39:13:10:16:5:8:99:12:10:16:5:7 chr16 11852354 . A C 501.53 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7481;QD=59.0038;RBI=0.0557727;REFB=0;REVB=-0.0136169;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007169;OID=.;OPOS=11852354;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr16 11933678 . G C 218.09 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0374485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.675;QD=15.5777;RBI=0.0380245;REFB=0.000920741;REVB=-0.00659341;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247048;STB=0.646043;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00140781;OID=.;OPOS=11933678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:11:14:9:21:11:14:9:22 chr16 11940390 . T C 220.56 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00332928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.946;QD=24.5066;RBI=0.0199265;REFB=-0.0148002;REVB=0.0196464;RO=15;SAF=15;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385346;STB=0.690871;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00576125;OID=.;OPOS=11940390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:15:15:20:21:0.583333:5:15:4:11:6:15:4:11 chr16 11969724 . G C 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.07;QD=58.0593;RBI=0.00439281;REFB=0;REVB=-0.0030684;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07353e-05;OID=.;OPOS=11969724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr16 11991672 . T C 242.27 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0383813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0869;QD=22.5368;RBI=0.0387545;REFB=-0.0123019;REVB=-0.00536588;RO=20;SAF=16;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294562;STB=0.665134;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0137775;OID=.;OPOS=11991672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:7:16:7:13:7:16:7:13 chr16 12021332 . G A 61.39 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0328003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.032;QD=18.8894;RBI=0.0328399;REFB=-0.0361598;REVB=0.00161312;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199671;STB=0.615111;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0107392;OID=.;OPOS=12021332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:1:4:4:4:1:4 chr16 12021486 . G A 47.18 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0164533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.192;QD=11.1003;RBI=0.0277305;REFB=-0.0118018;REVB=0.022322;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258458;STB=0.655317;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0218449;OID=.;OPOS=12021486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:3:7:3:4:3:7 chr16 12027474 . CAT C,CGT 209.27 PASS AF=0.944444,0;AO=17,2;DP=21;FAO=17,0;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7,0;FSAR=10,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202081,-0.0112808;FXX=0.142789;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=218.95,56.6805;QD=46.504;RBI=0.0239987,0.0154021;REFB=0.0355071,0.158266;REVB=0.012945,-0.0104866;RO=1;SAF=7,0;SAR=10,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0609958,-0.697199;STB=0.533294,0.5;STBP=0.311,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00142711,0;OID=.,.;OPOS=12027475,12027475;OREF=AT,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.944444,0:17,2:21:17,0:18:1:7,0:10,0:1:0:6:1:7,0:10,2:1:0 chr16 12027781 . A C 163.32 PASS AF=0.264368;AO=22;DP=86;FAO=23;FDP=87;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.00560291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7561;QD=7.50902;RBI=0.00996553;REFB=-0.0125813;REVB=0.00824131;RO=63;SAF=15;SAR=7;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325666;STB=0.709879;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0370308;OID=.;OPOS=12027781;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:63:64:22:23:0.264368:7:15:26:37:7:16:26:38 chr16 12031448 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00834486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7253;QD=37.4882;RBI=0.0801565;REFB=0;REVB=0.0797209;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00320627;OID=.;OPOS=12031448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr16 12060163 . A G 965.38 PASS AF=0.971429;AO=66;DP=71;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0340197;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.623;QD=55.1645;RBI=0.0434349;REFB=-0.24271;REVB=0.0270046;RO=2;SAF=31;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295067;STB=0.514702;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00204551;OID=.;OPOS=12060163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:71:70:2:2:66:68:0.971429:35:31:2:0:35:33:2:0 chr16 12061626 . G A 214.29 PASS AF=0.446429;AO=23;DP=54;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.00759953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.699;QD=15.3067;RBI=0.0185201;REFB=-0.00748475;REVB=-0.0168891;RO=31;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342069;STB=0.682622;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00394807;OID=.;OPOS=12061626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:31:31:23:25:0.446429:9:14:8:23:10:15:8:23 chr16 12162969 . A G 1252.57 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.086;QD=61.1011;RBI=0.00761478;REFB=0;REVB=-0.000767816;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188577;OID=.;OPOS=12162969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:39:42:0:0:40:42:0:0 chr16 12183686 . C T 282.86 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0142716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.082;QD=12.7127;RBI=0.0335584;REFB=-0.00323572;REVB=0.0303725;RO=56;SAF=18;SAR=15;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500054;STB=0.528671;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00588555;OID=.;OPOS=12183686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:56:33:33:0.370787:15:18:28:28:15:18:28:28 chr16 12621157 . A C 169.52 PASS AF=0.375;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.0247359;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.617;QD=12.1089;RBI=0.0262992;REFB=-0.0285368;REVB=-0.00893189;RO=32;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273574;STB=0.605969;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0451453;OID=.;OPOS=12621157;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:32:35:21:21:0.375:13:8:5:27:13:8:8:27 chr16 12666984 . T A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0193243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1166;QD=16.8832;RBI=0.0244882;REFB=-0.00808553;REVB=-0.0150414;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29008;STB=0.666444;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0112136;OID=.;OPOS=12666984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:11:6:10:5:11:6 chr16 12756048 . AT A,TA 69.12 PASS AF=0.442308,0;AO=17,5;DP=51;FAO=23,0;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=17,0;FSAR=6,0;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.15173,-0.195706;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=8.51217,13.681;QD=5.31686;RBI=0.281277,0.197226;REFB=-0.0670495,-0.0304683;REVB=0.236843,0.0244447;RO=18;SAF=15,2;SAR=2,3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0.372727,0;SSSB=0.575487,0.0823023;STB=0.638969,0.5;STBP=0.102,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0438889,0;OID=.,.;OPOS=12756049,12756048;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:51:52:18:29:17,5:23,0:0.442308,0:2,3:15,2:6:12:6,0:17,0:15:14 chr16 12758966 . T C 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00304297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.498;QD=55.0448;RBI=0.0184824;REFB=-0.0441926;REVB=0.0182302;RO=1;SAF=20;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229835;STB=0.512191;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000880242;OID=.;OPOS=12758966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:35:20:1:0:35:20:1:0 chr16 13002359 . T C 1153.38 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00779926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.122;QD=60.7041;RBI=0.00788366;REFB=0;REVB=0.00115047;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.6586e-06;OID=.;OPOS=13002359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:44:31:0:0:44:32:0:0 chr16 14304175 . A C 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0592991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.378;QD=18.8208;RBI=0.0653164;REFB=-0.0547028;REVB=0.0273835;RO=9;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152892;STB=0.599854;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0380026;OID=.;OPOS=14304175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:9:10:12:12:0.545455:9:3:1:8:9:3:1:9 chr16 14311035 . T C 203.0 PASS AF=0.373134;AO=22;DP=64;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0168423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.355;QD=12.1195;RBI=0.0168694;REFB=-0.0240497;REVB=0.00095719;RO=41;SAF=5;SAR=17;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190807;STB=0.542518;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0349581;OID=.;OPOS=14311035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:41:42:22:25:0.373134:17:5:15:26:17:8:16:26 chr16 14356373 . T C 364.94 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0452104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6049;QD=33.9477;RBI=0.0492748;REFB=-0.0012223;REVB=0.0195966;RO=13;SAF=14;SAR=16;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398271;STB=0.521725;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=2.52915e-05;OID=.;OPOS=14356373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:13:30:30:0.697674:16:14:7:6:16:14:7:6 chr16 14356920 . A C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00383744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.486;QD=16.8243;RBI=0.0258145;REFB=-0.00942361;REVB=0.0255277;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025414;STB=0.514509;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0107101;OID=.;OPOS=14356920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:8:13:18:10:8:13:18:10 chr16 14359205 . G A 135.08 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0134091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.819;QD=16.8846;RBI=0.0350838;REFB=0.00123864;REVB=-0.0324202;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14199;STB=0.56423;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00169452;OID=.;OPOS=14359205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:8:7:10:6:8:7:10:7 chr16 14359233 . T A 204.7 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0241036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8544;QD=17.4209;RBI=0.052095;REFB=-0.00887164;REVB=-0.0461834;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194604;STB=0.513172;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00548207;OID=.;OPOS=14359233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:20:21:0.446809:10:10:12:13:10:11:13:13 chr16 14369420 . T TC 55.77 PASS AF=0.375;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0192822;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.6475;QD=9.29438;RBI=0.109846;REFB=0.00388932;REVB=0.108141;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00463431;OID=.;OPOS=14369421;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:9:25:9:24:15:6:3:10:5:55:16:6:3:10:6 chr16 14693755 . A G 415.34 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0308604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3097;QD=15.2419;RBI=0.0309112;REFB=-0.0153727;REVB=0.00177088;RO=60;SAF=31;SAR=16;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215024;STB=0.612698;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0216185;OID=.;OPOS=14693755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:62:47:47:0.431193:16:31:27:33:16:31:29:33 chr16 15082865 . C T 191.25 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0609918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9995;QD=17.386;RBI=0.10944;REFB=-0.00981423;REVB=0.0908682;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124548;STB=0.538985;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0175934;OID=.;OPOS=15082865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:23:24:19:20:0.454545:6:13:13:10:7:13:14:10 chr16 15083131 . A T 364.36 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837939;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.022;QD=56.0548;RBI=0.0213187;REFB=0;REVB=-0.0196029;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324468;OID=.;OPOS=15083131;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr16 15083383 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00264651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.737;QD=12.0517;RBI=0.0325548;REFB=-0.0123725;REVB=0.032447;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170594;STB=0.510181;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0177133;OID=.;OPOS=15083383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:7:6:4:5:7:6 chr16 15091601 . G C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00479987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.674;QD=14.6541;RBI=0.00717589;REFB=-0.0117813;REVB=-0.00533429;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105859;STB=0.562346;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00762622;OID=.;OPOS=15091601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:5:3:4:4:5:3 chr16 15095675 . C A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00802703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6489;QD=8.3078;RBI=0.0655184;REFB=-0.00347026;REVB=-0.0650248;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298001;STB=0.687004;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00180296;OID=.;OPOS=15095675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:18:18:8:8:0.307692:6:2:9:9:6:2:9:9 chr16 15098047 . C G 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0127905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.132;QD=9.70518;RBI=0.0190725;REFB=-0.00274239;REVB=-0.0141479;RO=38;SAF=9;SAR=9;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212899;STB=0.62487;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00623222;OID=.;OPOS=15098047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:9:9:26:12:9:9:26:12 chr16 15111218 . C T 322.28 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00457943;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.912;QD=23.8723;RBI=0.120625;REFB=-0.026428;REVB=-0.120538;RO=20;SAF=21;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00484007;STB=0.508923;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.010272;OID=.;OPOS=15111218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:20:22:32:32:0.592593:11:21:13:7:11:21:14:8 chr16 15116625 . G T 170.29 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0298586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4227;QD=17.0294;RBI=0.0409919;REFB=-0.00973913;REVB=-0.0280855;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112459;STB=0.574919;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0158606;OID=.;OPOS=15116625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:9:9:13:8:9:9:14:8 chr16 15129970 . A G 292.61 PASS AF=0.604651;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0122136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4137;QD=27.2196;RBI=0.01605;REFB=-0.0241778;REVB=-0.0104131;RO=16;SAF=6;SAR=19;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262456;STB=0.640908;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0146074;OID=.;OPOS=15129970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:16:17:25:26:0.604651:19:6:9:7:20:6:9:8 chr16 15131962 . A G 226.26 PASS AF=0.308511;AO=28;DP=91;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0132105;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5324;QD=9.62819;RBI=0.0718757;REFB=-0.00369497;REVB=-0.0706513;RO=63;SAF=9;SAR=19;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344626;STB=0.674031;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0103451;OID=.;OPOS=15131962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:63:65:28:29:0.308511:19:9:39:24:19:10:39:26 chr16 15131974 . G T 220.59 PASS AF=0.311111;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.026552;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.574;QD=9.80409;RBI=0.033792;REFB=0.00217292;REVB=-0.020902;RO=62;SAF=9;SAR=19;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337309;STB=0.697518;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00420661;OID=.;OPOS=15131974;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:62:62:28:28:0.311111:19:9:38:24:19:9:38:24 chr16 15133889 . T G 721.29 PASS AF=0.560976;AO=69;DP=123;FAO=69;FDP=123;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00885939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.989;QD=23.4564;RBI=0.00931749;REFB=-0.00721926;REVB=-0.00288564;RO=54;SAF=32;SAR=37;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608187;STB=0.533197;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0054504;OID=.;OPOS=15133889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:54:54:69:69:0.560976:37:32:21:33:37:32:21:33 chr16 15155407 . G A 125.83 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0180422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.145;QD=18.642;RBI=0.0194918;REFB=-0.0122458;REVB=0.00737624;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191435;STB=0.631986;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00783609;OID=.;OPOS=15155407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:10:4:6:6:10:4:7:6 chr16 15178499 . G A 131.44 PASS AF=0.229885;AO=20;DP=87;FAO=20;FDP=87;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.0167894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.549;QD=6.0432;RBI=0.0278875;REFB=-0.00878619;REVB=-0.0222672;RO=67;SAF=12;SAR=8;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294257;STB=0.679831;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0262041;OID=.;OPOS=15178499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:67:67:20:20:0.229885:8:12:24:43:8:12:24:43 chr16 15221957 . T C 217.91 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00253605;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.876;QD=45.8756;RBI=0.0911583;REFB=-0.00347198;REVB=-0.091123;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437188;STB=0.523783;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00125119;OID=.;OPOS=15221957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:19:1:1:18:18:0.947368:8:10:1:0:8:10:1:0 chr16 15689721 . A G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0693709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.587;QD=9.56963;RBI=0.0707338;REFB=-0.00947282;REVB=0.0138185;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319318;STB=0.697155;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0080843;OID=.;OPOS=15689721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:8:7:6:2:8:7 chr16 15711335 . G A 198.38 PASS AF=0.4;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0236163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9615;QD=13.2254;RBI=0.0361193;REFB=-0.00912622;REVB=0.027329;RO=36;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146089;STB=0.566983;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00934632;OID=.;OPOS=15711335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:23:24:0.4:14:9:19:17:14:10:19:17 chr16 15761214 . C T 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0106688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.96;QD=10.1417;RBI=0.0175979;REFB=-0.011745;REVB=-0.0139951;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116255;STB=0.570018;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0343526;OID=.;OPOS=15761214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:5:7:12:13:5:7:12:13 chr16 15781054 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.911;QD=56.9569;RBI=0.0387105;REFB=0;REVB=0.0367698;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19968e-05;OID=.;OPOS=15781054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:26:26:0:0 chr16 15793639 . C T 159.77 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0221488;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4011;QD=10.1441;RBI=0.0301904;REFB=-0.00557261;REVB=0.0205157;RO=42;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0027578;STB=0.515918;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00917729;OID=.;OPOS=15793639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:20:21:0.333333:9:11:23:19:10:11:23:19 chr16 15809117 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0298118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3947;QD=16.6272;RBI=0.0934387;REFB=0.0366446;REVB=-0.0885553;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230746;STB=0.631394;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.0231754;OID=.;OPOS=15809117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:3:11:7:6:3:11 chr16 15814764 . G C 171.24 PASS AF=0.306667;AO=22;DP=74;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0524907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2313;QD=9.133;RBI=0.0525056;REFB=0.0100586;REVB=0.00124907;RO=52;SAF=9;SAR=13;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152845;STB=0.602236;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0192405;OID=.;OPOS=15814764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:52:52:22:23:0.306667:13:9:28:24:14:9:28:24 chr16 15818653 . G A 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0157717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.192;QD=19.0784;RBI=0.0343937;REFB=-0.00193195;REVB=-0.0305644;RO=31;SAF=20;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995253;STB=0.55552;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00115257;OID=.;OPOS=15818653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:12:20:16:15:12:20:16:15 chr16 15842023 . G A 253.66 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0284516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.155;QD=28.1849;RBI=0.033322;REFB=-0.0120514;REVB=-0.0173455;RO=13;SAF=13;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167216;STB=0.592247;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00856197;OID=.;OPOS=15842023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:10:13:4:9:10:13:4:9 chr16 15843899 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000483783;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=356.677;QD=60.6103;RBI=0.000831438;REFB=0;REVB=0.000676197;RO=0;SAF=30;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68426e-07;OID=.;OPOS=15843899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:8:30:0:0:8:30:0:0 chr16 15850204 . A G 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0298543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.193;QD=14.8514;RBI=0.0357909;REFB=-0.0158883;REVB=-0.019741;RO=26;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118019;STB=0.607359;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.026556;OID=.;OPOS=15850204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:29:19:19:0.395833:6:13:15:11:6:13:15:14 chr16 15917197 . G A 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.156;QD=59.4994;RBI=0.0240144;REFB=0;REVB=0.0238935;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119108;OID=.;OPOS=15917197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr16 15971028 . C G 760.73 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107939;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7036;QD=54.3382;RBI=0.0539228;REFB=-0.0768935;REVB=0.0528314;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.508471;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00281121;OID=.;OPOS=15971028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:54:55:0.982143:26:28:0:0:26:29:1:0 chr16 15973654 . G T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00262285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.709;QD=15.1962;RBI=0.0219817;REFB=-0.0132817;REVB=0.0218247;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115825;STB=0.566935;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0137507;OID=.;OPOS=15973654;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:7:11:13:13:7:11:13:13 chr16 16162019 . T C 1297.5 PASS AF=0.988636;AO=83;DP=84;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0630794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1348;QD=58.9774;RBI=0.132754;REFB=-0.128816;REVB=0.11681;RO=1;SAF=48;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976579;STB=0.504761;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00535302;OID=.;OPOS=16162019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:88:1:1:83:87:0.988636:35:48:1:0:35:52:1:0 chr16 16177275 . G A 255.84 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0171204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.253;QD=14.4138;RBI=0.0200247;REFB=-0.0148516;REVB=-0.0103865;RO=41;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115772;STB=0.573522;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0183107;OID=.;OPOS=16177275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:29:30:0.422535:13:16:18:23:13:17:18:23 chr16 16236650 . T C 712.85 PASS AF=0.539062;AO=69;DP=128;FAO=69;FDP=128;FR=.;FRO=59;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0103104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.426;QD=22.2766;RBI=0.0114953;REFB=-0.000318328;REVB=0.00508308;RO=59;SAF=41;SAR=28;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447496;STB=0.524533;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.000317081;OID=.;OPOS=16236650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:59:59:69:69:0.539062:28:41:32:27:28:41:32:27 chr16 16248895 . G A 371.0 PASS AF=0.552239;AO=33;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0011903;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.697;QD=22.1492;RBI=0.00830581;REFB=-0.0105523;REVB=-0.00822007;RO=22;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440564;STB=0.526902;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00788668;OID=.;OPOS=16248895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:22:30:33:37:0.552239:17:16:12:10:17:20:18:12 chr16 16263663 . G A 331.52 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00828303;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=169.527;QD=18.6774;RBI=0.00979085;REFB=-0.0429241;REVB=-0.00522035;RO=34;SAF=11;SAR=24;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390202;STB=0.526974;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0352954;OID=.;OPOS=16263663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:36:35:35:0.492958:24:11:12:22:24:11:13:23 chr16 16271357 . T C 1483.4 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.513;QD=63.1235;RBI=0.00167173;REFB=0;REVB=-4.34069e-06;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34943e-06;OID=.;OPOS=16271357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:92:94:1:51:41:0:0:53:41:0:0 chr16 16272670 . T C 1350.02 PASS AF=1;AO=66;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2188;QD=58.6966;RBI=0.0769514;REFB=0;REVB=0.0575996;RO=0;SAF=46;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0192867;OID=.;OPOS=16272670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:92:0:0:66:92:1:20:46:0:0:43:49:0:0 chr16 17196433 . G C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0109134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2595;QD=9.11028;RBI=0.0539038;REFB=-0.00787247;REVB=0.0527875;RO=16;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312772;STB=0.699399;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0243333;OID=.;OPOS=17196433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:1:7:11:5:1:7:11:5 chr16 17196621 . A ATTC 112.16 PASS AF=0.608696;AO=3;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0164497;FXX=0;HRUN=8;LEN=3;MLLD=269.087;QD=19.5057;RBI=0.0182697;REFB=-0.0411623;REVB=0.0079492;RO=18;SAF=1;SAR=2;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353018;STB=0.608548;STBP=0.207;TYPE=ins;VARB=0.0431081;OID=.;OPOS=17196622;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.608696:3:23:14:23:9:7:7:7:2:66:18:1:2:12:6 chr16 17196622 . T TTC 66.61 PASS AF=0.45;AO=6;DP=22;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00734251;FXX=0.0908678;HRUN=8;LEN=2;MLLD=239.429;QD=13.3212;RBI=0.0373455;REFB=-0.00572911;REVB=-0.0366165;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154555;STB=0.604168;STBP=0.424;TYPE=ins;VARB=0.0125042;OID=.;OPOS=17196623;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:6:22:9:20:11:4:5:7:4:66:15:4:2:8:7 chr16 17228368 . G A 882.22 PASS AF=0.55102;AO=81;DP=147;FAO=81;FDP=147;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=20;FWDB=-0.00478288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.288;QD=24.0059;RBI=0.0468447;REFB=-0.0372163;REVB=0.0465999;RO=64;SAF=39;SAR=42;SRF=46;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19126;STB=0.596169;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.036952;OID=.;OPOS=17228368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:64:66:81:81:0.55102:42:39:46:18:42:39:46:20 chr16 18823192 . A G 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0109798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.291;QD=25.8979;RBI=0.0324043;REFB=-0.0248164;REVB=0.0304875;RO=20;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164303;STB=0.520695;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0181782;OID=.;OPOS=18823192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:28:28:0.571429:16:12:9:11:16:12:10:11 chr16 18823379 . T C 1197.05 PASS AF=0.89;AO=90;DP=101;FAO=89;FDP=100;FR=.;FRO=11;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00189896;FXX=0.0196059;HRUN=7;LEN=1;MLLD=173.182;QD=47.8818;RBI=0.0132193;REFB=-0.108426;REVB=0.0130822;RO=3;SAF=53;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00491183;STB=0.536289;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.000914158;OID=.;OPOS=18823379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:101:100:3:11:90:89:0.89:37:53:2:1:36:53:10:1 chr16 18839362 . T C 255.74 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0306108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.158;QD=15.7381;RBI=0.030666;REFB=0.00143119;REVB=-0.00183898;RO=36;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165866;STB=0.593586;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00153676;OID=.;OPOS=18839362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:17:12:21:15:17:12:21:15 chr16 18839496 . G C 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00362028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.823;QD=16.5038;RBI=0.00714008;REFB=-0.020261;REVB=-0.00615421;RO=29;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240421;STB=0.523725;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0188049;OID=.;OPOS=18839496;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:11:15:16:13:11:15:16:14 chr16 18849858 . C T 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0098175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.99;QD=16.923;RBI=0.00984587;REFB=-0.0172819;REVB=-0.000746927;RO=34;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142097;STB=0.579658;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0189145;OID=.;OPOS=18849858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:16:14:21:13:16:14:21:13 chr16 18861335 . A G 283.64 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0340528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1278;QD=19.9048;RBI=0.0562293;REFB=-0.0143294;REVB=0.0447453;RO=27;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00961318;STB=0.505347;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0101162;OID=.;OPOS=18861335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:13:17:15:12:13:17:15:12 chr16 18907429 . G T 105.08 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.043587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.42;QD=32.3314;RBI=0.0450583;REFB=-0.0945254;REVB=-0.0114205;RO=2;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754271;STB=0.542293;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0188096;OID=.;OPOS=18907429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:13:13:2:2:11:11:0.846154:8:3:1:1:8:3:1:1 chr16 19041595 . G A,T 887.34 PASS AF=0.911765,0.0441176;AO=62,3;DP=68;FAO=62,3;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=27,1;FSAR=35,2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00923368,-0.0189367;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=204.084,175.248;QD=52.1962;RBI=0.0095143,0.0194037;REFB=-0.0266072,-0.0243812;REVB=0.00229369,-0.00423165;RO=1;SAF=27,1;SAR=35,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0132996,0.163246;STB=0.510817,0.665552;STBP=0.472,0.592;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00013879,0.174131;OID=.,.;OPOS=19041595,19041595;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:1:3:62,3:62,3:0.911765,0.0441176:35,2:27,1:0:1:35,2:27,1:2:1 chr16 19067933 . G A 1249.41 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000445952;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.301;QD=61.6991;RBI=0.00942122;REFB=0;REVB=0.00941066;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15877e-05;OID=.;OPOS=19067933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr16 19080184 . C T 957.09 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279568;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.257;QD=58.8981;RBI=0.0344469;REFB=0;REVB=0.0201246;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54049e-05;OID=.;OPOS=19080184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:34:29:0:0:34:31:0:0 chr16 19080227 . C CTG 665.56 PASS AF=1;AO=39;DP=48;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110492;FXX=0.0869376;HRUN=0;LEN=2;MLLD=289.034;QD=63.3869;RBI=0.0116895;REFB=0;REVB=0.00381572;RO=4;SAF=19;SAR=20;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.77872e-06;OID=.;OPOS=19080228;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:48:42:42:0:20:22:0:0:3:4:19:20:2:2 chr16 19085298 . C T 1840.77 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00666899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.33;QD=61.359;RBI=0.0245189;REFB=0;REVB=-0.0235945;RO=0;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83185e-05;OID=.;OPOS=19085298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:59:61:0:0:59:61:0:0 chr16 19131105 . G A 283.06 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0263665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4188;QD=17.4188;RBI=0.082121;REFB=7.82217e-05;REVB=0.0777732;RO=33;SAF=20;SAR=11;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335162;STB=0.692855;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000879249;OID=.;OPOS=19131105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:11:20:9:24:11:20:9:25 chr16 19297219 . T G 311.42 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00632932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6867;QD=19.164;RBI=0.0158305;REFB=-0.0337989;REVB=-0.0145102;RO=32;SAF=10;SAR=23;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18819;STB=0.605197;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0397335;OID=.;OPOS=19297219;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:23:10:16:16:23:10:16:16 chr16 19310092 . T C 281.47 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0113798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.134;QD=17.3209;RBI=0.0150652;REFB=-0.021506;REVB=-0.00987219;RO=34;SAF=14;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00372317;STB=0.506954;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0224761;OID=.;OPOS=19310092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:34:34:30:31:0.476923:16:14:16:18:16:15:16:18 chr16 19509938 . G GCA 1033.98 PASS AF=0.9125;AO=73;DP=81;FAO=73;FDP=80;FR=.;FRO=7;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0320421;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=2;MLLD=301.025;QD=51.6988;RBI=0.0320467;REFB=0.00290306;REVB=0.000547168;RO=7;SAF=42;SAR=31;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721332;STB=0.538264;STBP=0.03;TYPE=ins;VARB=-6.25716e-05;OID=.;OPOS=19509939;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9125:73:81:73:80:7:42:31:1:6:27:7:42:31:1:6 chr16 19514351 . G A 381.49 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0792876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.165;QD=17.3402;RBI=0.0804279;REFB=-0.0219975;REVB=0.0134958;RO=47;SAF=19;SAR=21;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549222;STB=0.536304;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0113339;OID=.;OPOS=19514351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:48:40:40:0.454545:21:19:25:22:21:19:26:22 chr16 19514483 . C T 234.97 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0650316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6057;QD=15.4078;RBI=0.0705278;REFB=0.0106648;REVB=-0.027296;RO=34;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341533;STB=0.519336;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0140278;OID=.;OPOS=19514483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:16:11:15:19:16:11:15:19 chr16 19547357 . A G 351.66 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0113671;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.54;QD=20.3864;RBI=0.0206307;REFB=-0.0112021;REVB=0.0172167;RO=31;SAF=19;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904525;STB=0.54937;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0110117;OID=.;OPOS=19547357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:33:36:36:0.521739:17:19:13:18:17:19:14:19 chr16 19547503 . C T 334.4 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00194462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.678;QD=19.3855;RBI=0.00196264;REFB=-0.0103362;REVB=-0.000265332;RO=34;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914353;STB=0.55092;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00823857;OID=.;OPOS=19547503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:22:13:16:18:22:13:16:18 chr16 19547747 . C G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0547784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3686;QD=12.7299;RBI=0.0688167;REFB=-0.0315669;REVB=-0.0416542;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196246;STB=0.615148;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0460471;OID=.;OPOS=19547747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:3:9:5:4:3:9 chr16 19868687 . G C 1202.34 PASS AF=0.931818;AO=82;DP=89;FAO=82;FDP=88;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0120369;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.43;QD=54.6517;RBI=0.0194441;REFB=-0.00805806;REVB=0.0152704;RO=6;SAF=46;SAR=36;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035788;STB=0.518933;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000752915;OID=.;OPOS=19868687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:89:88:6:6:82:82:0.931818:36:46:5:1:36:46:5:1 chr16 20043330 . TA CA,CG 789.54 PASS AF=0.96,0.04;AO=48,2;DP=50;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232399,0.0024977;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=105.691,56.8061;QD=63.1635;RBI=0.0365598,0.0119046;REFB=0,0;REVB=0.0282228,-0.0116396;RO=0;SAF=32,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00138628,0.00752346;OID=.,.;OPOS=20043330,20043330;OREF=T,TA;OALT=C,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:48,2:48,2:0.96,0.04:16,2:32,0:0:0:16,2:32,0:0:0 chr16 20328666 . C T 622.44 PASS AF=0.534483;AO=62;DP=116;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0342331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5581;QD=21.4633;RBI=0.0572443;REFB=-0.0342724;REVB=-0.0458804;RO=54;SAF=33;SAR=29;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198656;STB=0.510903;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.029423;OID=.;OPOS=20328666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:54:62:62:0.534483:29:33:30:24:29:33:30:24 chr16 20331737 . C G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0283828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.757;QD=11.4395;RBI=0.0292943;REFB=-0.0193356;REVB=-0.00725075;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244315;STB=0.646728;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0178676;OID=.;OPOS=20331737;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:8:6:6:3:8:6 chr16 20334679 . C T 1603.4 PASS AF=1;AO=105;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149534;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.639;QD=58.8402;RBI=0.0282792;REFB=0;REVB=0.0240023;RO=1;SAF=56;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610991;OID=.;OPOS=20334679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:108:109:1:0:105:109:1:49:56:1:0:50:59:0:0 chr16 20360101 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6517;QD=35.5758;RBI=0.0435586;REFB=0;REVB=-0.0382355;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147486;OID=.;OPOS=20360101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr16 20441053 . C G 1208.53 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.178;QD=61.1915;RBI=0.0374556;REFB=0;REVB=0.000962209;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59562e-05;OID=.;OPOS=20441053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr16 20441084 . T C 955.18 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.71;QD=58.78;RBI=0.0364068;REFB=0;REVB=0.0341532;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06421e-05;OID=.;OPOS=20441084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:35:29:0:0:35:30:0:0 chr16 20471450 . G A 519.09 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00115859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.833;QD=56.1175;RBI=0.00963881;REFB=-0.0367745;REVB=0.00956892;RO=1;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322556;STB=0.517232;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000102953;OID=.;OPOS=20471450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:14:22:0:1:14:22:0:1 chr16 20476852 . T C 746.28 PASS AF=0.948276;AO=52;DP=55;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0169836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.888;QD=51.4678;RBI=0.0202328;REFB=-0.0294378;REVB=-0.0109965;RO=3;SAF=33;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00354868;STB=0.501694;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00227394;OID=.;OPOS=20476852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:55:58:3:3:52:55:0.948276:19:33:2:1:20:35:2:1 chr16 20488696 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.013;QD=50.413;RBI=0.0186667;REFB=0;REVB=0.00517691;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115334;OID=.;OPOS=20488696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr16 20552075 . G T 562.77 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.000959623;FXX=0.0180164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.883;QD=20.6522;RBI=0.00394602;REFB=-0.00407149;REVB=-0.00382756;RO=51;SAF=25;SAR=32;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210209;STB=0.619249;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00451891;OID=.;OPOS=20552075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:51:52:57:57:0.522936:32:25:35:16:32:25:36:16 chr16 20570661 . T C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0322971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.249;QD=36.3483;RBI=0.0326458;REFB=-0.0232383;REVB=-0.0047588;RO=1;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127515;STB=0.571292;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00635269;OID=.;OPOS=20570661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:8:3:1:0:8:3:1:0 chr16 20576048 . C A 311.88 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.057;QD=51.9804;RBI=0.0183365;REFB=0;REVB=0.00336975;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14284e-05;OID=.;OPOS=20576048;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:22:24:1:9:13:0:0:11:13:0:0 chr16 20635418 . C T 549.92 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.04334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7489;QD=20.7515;RBI=0.0911958;REFB=-0.0220207;REVB=0.0802392;RO=49;SAF=39;SAR=17;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154678;STB=0.581625;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0245897;OID=.;OPOS=20635418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:50:56:56:0.528302:17:39:26:23:17:39:27:23 chr16 20636814 . G A 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00737135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.15;QD=24.7084;RBI=0.0129785;REFB=-0.0283838;REVB=0.010682;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309972;STB=0.517227;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0188558;OID=.;OPOS=20636814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:9:14:11:6:9:14:11:6 chr16 20638576 . A T 1031.65 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016652;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.937;QD=59.806;RBI=0.0223181;REFB=0;REVB=0.0148597;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449736;OID=.;OPOS=20638576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr16 20648702 . G A 185.23 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0197774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.947;QD=10.2907;RBI=0.0275058;REFB=-0.0049137;REVB=0.019116;RO=48;SAF=8;SAR=16;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173553;STB=0.601854;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.011432;OID=.;OPOS=20648702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:16:8:23:25:16:8:23:25 chr16 20748331 . C A 369.92 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0214293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6858;QD=19.7289;RBI=0.043248;REFB=-0.0421422;REVB=0.0375656;RO=35;SAF=16;SAR=22;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249639;STB=0.648759;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0364696;OID=.;OPOS=20748331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:37:38:38:0.506667:22:16:25:10:22:16:27:10 chr16 20753123 . T C 1538.22 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.119;QD=59.7368;RBI=0.028627;REFB=0;REVB=0.0256058;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64236e-05;OID=.;OPOS=20753123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:50:53:0:0:50:53:0:0 chr16 20796387 . G C 453.48 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.015707;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4901;QD=22.1208;RBI=0.0161545;REFB=0.00590483;REVB=0.00377592;RO=37;SAF=15;SAR=27;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247985;STB=0.636958;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0014463;OID=.;OPOS=20796387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:37:37:42:42:0.512195:27:15:24:13:27:15:24:13 chr16 20809283 . C A 313.87 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0109211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.898;QD=14.5984;RBI=0.0125361;REFB=-0.00970957;REVB=-0.00615501;RO=49;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252352;STB=0.514278;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00940902;OID=.;OPOS=20809283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:51:35:35:0.406977:17:18:24:25:17:18:25:26 chr16 20811681 . C T 342.59 PASS AF=0.674419;AO=27;DP=41;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0083506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.486;QD=31.8686;RBI=0.0628294;REFB=-0.0216738;REVB=0.062272;RO=14;SAF=19;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941697;STB=0.529596;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00891363;OID=.;OPOS=20811681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:14:14:27:29:0.674419:8:19:8:6:10:19:8:6 chr16 20855309 . A G 987.96 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000874323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8021;QD=54.8864;RBI=0.00106707;REFB=-0.0638102;REVB=0.000611714;RO=3;SAF=36;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148417;STB=0.507857;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0168618;OID=.;OPOS=20855309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:3:3:69:69:0.958333:33:36:1:2:33:36:1:2 chr16 20873767 . T G 157.81 PASS AF=0.425;AO=14;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0188383;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.15;QD=15.7814;RBI=0.0367978;REFB=-0.0146159;REVB=-0.0316101;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171974;STB=0.545941;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.02545;OID=.;OPOS=20873767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:23:14:17:0.425:7:7:14:7:8:9:14:9 chr16 20959918 . G A 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0167884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.529;QD=10.4727;RBI=0.0246302;REFB=-0.00194364;REVB=0.0180221;RO=35;SAF=8;SAR=9;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276055;STB=0.661296;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00397725;OID=.;OPOS=20959918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:9:8:25:10:9:8:25:10 chr16 20966273 . G A 294.56 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00267678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.143;QD=20.671;RBI=0.0168922;REFB=-0.0377891;REVB=0.0166788;RO=26;SAF=27;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294081;STB=0.665908;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0195106;OID=.;OPOS=20966273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:4:27:17:9:4:27:17:9 chr16 20966362 . T C 223.81 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0139453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9172;QD=19.4616;RBI=0.0684751;REFB=-0.00559872;REVB=0.0670401;RO=24;SAF=16;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192966;STB=0.60976;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0100856;OID=.;OPOS=20966362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:6:16:13:11:6:16:13:11 chr16 20975069 . G A 253.59 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0128314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.175;QD=17.4892;RBI=0.0172106;REFB=-0.00472585;REVB=0.01147;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462645;STB=0.533558;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.008943;OID=.;OPOS=20975069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:13:15:17:12:13:15:18:12 chr16 20975303 . A G 519.86 PASS AF=0.532609;AO=48;DP=91;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0118402;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.959;QD=22.6026;RBI=0.0132939;REFB=-0.0178312;REVB=-0.00604461;RO=43;SAF=22;SAR=26;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546568;STB=0.525452;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0156989;OID=.;OPOS=20975303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:43:43:48:49:0.532609:26:22:17:26:27:22:17:26 chr16 20975522 . A G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.018317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.361;QD=20.3162;RBI=0.0201957;REFB=-0.012534;REVB=-0.0085062;RO=18;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173386;STB=0.509794;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0098829;OID=.;OPOS=20975522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:6:13:12:6:6:13:12:6 chr16 20976360 . T G 245.45 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0260409;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0019;QD=17.5321;RBI=0.0260781;REFB=-0.0105336;REVB=-0.00139228;RO=29;SAF=18;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118576;STB=0.506662;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0131941;OID=.;OPOS=20976360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:9:18:19:10:9:18:19:10 chr16 20981162 . T C 405.98 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00372336;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.45;QD=15.177;RBI=0.0459557;REFB=-0.00902806;REVB=0.0458046;RO=57;SAF=20;SAR=26;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214091;STB=0.50454;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0112338;OID=.;OPOS=20981162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:57:61:46:46:0.429907:26:20:26:31:26:20:27:34 chr16 21008690 . T C 353.97 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00618002;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=250.798;QD=16.0897;RBI=0.0103661;REFB=-0.00967918;REVB=-0.00832247;RO=48;SAF=12;SAR=26;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152761;STB=0.576982;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0123598;OID=.;OPOS=21008690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:50:38:38:0.431818:26:12:22:26:26:12:22:28 chr16 21031026 . T C 518.42 PASS AF=0.391026;AO=61;DP=154;FAO=61;FDP=156;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=0.00762751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.58;QD=13.2928;RBI=0.0138597;REFB=-0.0027345;REVB=-0.0115721;RO=93;SAF=36;SAR=25;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171005;STB=0.59632;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00559907;OID=.;OPOS=21031026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:93:95:61:61:0.391026:25:36:40:53:25:36:41:54 chr16 21045369 . A G 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00299803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6254;QD=19.3856;RBI=0.0179119;REFB=-0.0303927;REVB=-0.0176592;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194887;STB=0.609652;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00941852;OID=.;OPOS=21045369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:15:6:10:10:15:6 chr16 21078693 . T G 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.027939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.324;QD=5.37736;RBI=0.0312954;REFB=-0.0127428;REVB=0.0141;RO=25;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196324;STB=0.630675;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0308809;OID=.;OPOS=21078693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:2:5:14:11:2:5:14:11 chr16 21190853 . A C 598.61 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0215475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.653;QD=46.9498;RBI=0.0296281;REFB=-0.0342811;REVB=-0.0203354;RO=5;SAF=23;SAR=23;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551035;STB=0.529399;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00488281;OID=.;OPOS=21190853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:51:5:5:46:46:0.901961:23:23:4:1:23:23:4:1 chr16 21215672 . A G 326.4 PASS AF=0.413793;AO=35;DP=86;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00440167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7528;QD=15.0068;RBI=0.00621653;REFB=0.000395854;REVB=0.00438981;RO=51;SAF=12;SAR=23;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559222;STB=0.537794;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.000691768;OID=.;OPOS=21215672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:51:51:35:36:0.413793:23:12:20:31:24:12:20:31 chr16 21217061 . G A 246.82 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0449895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7697;QD=17.9508;RBI=0.0571609;REFB=-0.0296524;REVB=0.0352606;RO=26;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116053;STB=0.565937;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0188669;OID=.;OPOS=21217061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:28:27:27:0.490909:11:16:12:14:11:16:13:15 chr16 21222672 . C A 270.77 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0172277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.58;QD=16.9229;RBI=0.0174091;REFB=-0.00720574;REVB=-0.0025065;RO=34;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166751;STB=0.599933;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00737565;OID=.;OPOS=21222672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:34:29:30:0.46875:17:12:20:14:18:12:20:14 chr16 21222941 . C A 127.45 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0103991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.139;QD=8.49681;RBI=0.0104944;REFB=-0.0121927;REVB=-0.00141115;RO=41;SAF=10;SAR=8;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022292;STB=0.505612;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0200593;OID=.;OPOS=21222941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:42:18:18:0.3:8:10:22:19:8:10:23:19 chr16 21272591 . G C 305.64 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00567271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1079;QD=12.869;RBI=0.055248;REFB=0.0266206;REVB=0.054956;RO=58;SAF=24;SAR=11;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118968;STB=0.559965;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0486441;OID=.;OPOS=21272591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:58:60:35:35:0.368421:11:24:34:24:11:24:36:24 chr16 21289565 . C A 242.3 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.095038;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.092;QD=21.5381;RBI=0.0952905;REFB=-0.0207874;REVB=-0.00693243;RO=22;SAF=5;SAR=18;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328012;STB=0.685922;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0163131;OID=.;OPOS=21289565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:22:23:23:0.511111:18:5:12:10:18:5:12:10 chr16 21531133 . C G 131.05 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0168219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2666;QD=8.88495;RBI=0.0170122;REFB=-0.0307857;REVB=0.00253757;RO=41;SAF=11;SAR=7;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312401;STB=0.518643;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0748493;OID=.;OPOS=21531133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:7:11:24:17:7:11:24:17 chr16 21531154 . G C 183.58 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0394212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.865;QD=9.92311;RBI=0.0396696;REFB=-0.0205711;REVB=-0.00443251;RO=50;SAF=11;SAR=13;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162137;STB=0.594789;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0290638;OID=.;OPOS=21531154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:50:24:24:0.324324:13:11:30:20:13:11:30:20 chr16 21531457 . T C 184.1 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0474987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4622;QD=16.7363;RBI=0.0670156;REFB=0.00795285;REVB=-0.0472753;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157769;STB=0.5999;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.0206154;OID=.;OPOS=21531457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:19:20:0.454545:8:11:10:14:8:12:10:14 chr16 21531473 . G A 177.21 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0584119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.6375;QD=14.4658;RBI=0.0608163;REFB=-0.00540229;REVB=0.0169311;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210404;STB=0.621901;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0190967;OID=.;OPOS=21531473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:7:12:13:17:7:12:13:17 chr16 21531494 . T C 774.53 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.102;QD=56.3291;RBI=0.0583979;REFB=0;REVB=0.0192421;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482536;OID=.;OPOS=21531494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:28:24:0:0:28:27:0:0 chr16 21531609 . C T 299.56 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00268813;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.767;QD=36.3104;RBI=0.0274055;REFB=-0.0230811;REVB=0.0272733;RO=8;SAF=9;SAR=16;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539891;STB=0.529389;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0135668;OID=.;OPOS=21531609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:34:33:8:8:25:25:0.757576:16:9:2:6:16:9:2:6 chr16 21531681 . C G 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0616844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7204;QD=11.2571;RBI=0.0652075;REFB=-0.00546394;REVB=0.0211438;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466517;STB=0.78947;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0134738;OID=.;OPOS=21531681;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:7:1:6:6:7:1:6:6 chr16 21666714 . C T 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00359028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.025;QD=13.7413;RBI=0.0142284;REFB=-0.0199014;REVB=-0.0137679;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545428;STB=0.531079;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0322308;OID=.;OPOS=21666714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:15:14:23:20:15:14:23:20 chr16 21690225 . C A 197.31 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00619248;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.085;QD=17.5383;RBI=0.00841875;REFB=-0.0120331;REVB=0.00570339;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215653;STB=0.622107;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0150094;OID=.;OPOS=21690225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:25:20:20:0.444444:10:10:18:7:10:10:18:7 chr16 21730449 . C T 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0026415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.144;QD=18.4982;RBI=0.010422;REFB=-0.0163219;REVB=-0.0100817;RO=27;SAF=18;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205382;STB=0.615297;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0169688;OID=.;OPOS=21730449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:9:18:12:15:9:18:12:15 chr16 21742188 . G A 51.82 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0209161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.01;QD=6.09602;RBI=0.0472489;REFB=-0.0030513;REVB=0.0423671;RO=26;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593907;STB=0.538364;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0156233;OID=.;OPOS=21742188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:5:3:11:15:5:3:11:15 chr16 21747633 . A C 199.03 PASS AF=0.337662;AO=22;DP=74;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.00319309;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.655;QD=10.3394;RBI=0.00466096;REFB=-0.00628841;REVB=-0.0033954;RO=52;SAF=8;SAR=14;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312974;STB=0.645054;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0148759;OID=.;OPOS=21747633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:52:51:22:26:0.337662:14:8:33:19:15:11:33:18 chr16 21747639 . G T 225.52 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0030389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.224;QD=11.0009;RBI=0.0166634;REFB=-0.00596538;REVB=-0.0163839;RO=53;SAF=11;SAR=17;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255337;STB=0.64141;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00345563;OID=.;OPOS=21747639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:54:28:28:0.341463:17:11:33:20:17:11:33:21 chr16 21747662 . G A 296.56 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0189723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.405;QD=13.1804;RBI=0.0229625;REFB=-0.0212269;REVB=-0.0129357;RO=56;SAF=14;SAR=20;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173078;STB=0.5989;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0255954;OID=.;OPOS=21747662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:56:34:34:0.377778:20:14:32:24:20:14:32:24 chr16 22128178 . A AC 31.42 PASS AF=0.170732;AO=11;DP=42;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0118986;FXX=0.0238039;HRUN=0;LEN=1;MLLD=50.2468;QD=3.06544;RBI=0.0119323;REFB=-0.0116727;REVB=-0.000895671;RO=31;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108081;STB=0.510608;STBP=0.968;TYPE=ins;VARB=0.22182;OID=.;OPOS=22128179;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170732:11:42:7:41:34:4:3:19:15:31:31:7:4:17:14 chr16 22144318 . C T 440.39 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0725865;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7836;QD=55.0481;RBI=0.0936823;REFB=-0.15515;REVB=0.0592246;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252169;STB=0.513505;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0118989;OID=.;OPOS=22144318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:32:1:1:31:31:0.96875:13:18:1:0:13:18:1:0 chr16 22161136 . T C 737.73 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.4674;QD=62.7855;RBI=0.0621664;REFB=0;REVB=0.0118259;RO=0;SAF=8;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.42054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258517;OID=.;OPOS=22161136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:36:8:0:0:36:11:0:0 chr16 22167150 . T C 231.45 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0187675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.437;QD=30.86;RBI=0.0341642;REFB=-0.00554685;REVB=0.0285477;RO=9;SAF=12;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129629;STB=0.57136;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00245769;OID=.;OPOS=22167150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:9:12:3:6:9:12:3:6 chr16 22178256 . G A 729.64 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0106104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0262;QD=52.1172;RBI=0.0991069;REFB=-0.198939;REVB=0.0985373;RO=1;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254518;STB=0.512816;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00554067;OID=.;OPOS=22178256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:53:54:0.964286:18:35:0:1:19:35:0:1 chr16 22192896 . G A 283.03 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.000355129;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0525;QD=17.1533;RBI=0.00299233;REFB=-0.0161829;REVB=-0.00297118;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698564;STB=0.53123;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0125542;OID=.;OPOS=22192896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:35:31:31:0.469697:16:15:19:15:16:15:19:16 chr16 22207121 . C T 71.4 PASS AF=0.25;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0628468;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9793;QD=7.14028;RBI=0.0628661;REFB=0.00324193;REVB=-0.00155409;RO=31;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176654;STB=0.623518;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.00429766;OID=.;OPOS=22207121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:41:40:31:30:10:10:0.25:4:6:14:17:4:6:13:17 chr16 22237118 . A G 348.86 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0085935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9833;QD=22.8759;RBI=0.0100402;REFB=-0.0266123;REVB=0.00519207;RO=26;SAF=15;SAR=20;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434152;STB=0.502391;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0129686;OID=.;OPOS=22237118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:20:15:11:15:20:15:11:15 chr16 22237273 . C G 137.33 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00942685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.909;QD=11.2109;RBI=0.0113294;REFB=-0.00332907;REVB=-0.00628407;RO=33;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171785;STB=0.602606;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00722321;OID=.;OPOS=22237273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:11:5:15:18:11:5:15:18 chr16 22262514 . C A 347.67 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0744979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.198;QD=51.5074;RBI=0.0762772;REFB=-0.00622323;REVB=-0.0163789;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343929;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000459262;OID=.;OPOS=22262514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:13:13:1:0:13:13:1:0 chr16 22269867 . A G 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.576;QD=56.9352;RBI=0.0239283;REFB=0;REVB=0.00157852;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37263e-05;OID=.;OPOS=22269867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr16 22357850 . C CAG 735.15 PASS AF=1;AO=49;DP=57;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252839;FXX=0.0545355;HRUN=0;LEN=2;MLLD=204.955;QD=56.5503;RBI=0.0353379;REFB=0;REVB=0.0246878;RO=4;SAF=24;SAR=25;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000179603;OID=.;OPOS=22357851;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:57:52:52:0:25:27:0:0:4:4:24:25:4:0 chr16 22563785 . G A 75.33 PASS AF=0.113095;AO=19;DP=167;FAO=19;FDP=168;FR=.;FRO=149;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=99;FSRR=50;FWDB=-0.00521263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.262;QD=1.79361;RBI=0.00782894;REFB=-0.00192081;REVB=0.00584131;RO=145;SAF=13;SAR=6;SRF=98;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118042;STB=0.519979;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00551654;OID=.;OPOS=22563785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:167:168:145:149:19:19:0.113095:6:13:98:47:6:13:99:50 chr16 22826339 . A G 416.1 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00376755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.279;QD=16.1594;RBI=0.00462327;REFB=-0.0333963;REVB=-0.0026796;RO=57;SAF=29;SAR=17;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715893;STB=0.540115;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0231296;OID=.;OPOS=22826339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:17:29:32:25:17:29:32:25 chr16 23072868 . A G 285.8 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0151424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.317;QD=13.1402;RBI=0.015819;REFB=-0.00538538;REVB=-0.00457706;RO=54;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293658;STB=0.516797;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00854039;OID=.;OPOS=23072868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:18:15:26:28:18:15:26:28 chr16 23078857 . C T 303.11 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0233581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0136;QD=14.6077;RBI=0.0460293;REFB=-0.00351915;REVB=-0.0396622;RO=48;SAF=23;SAR=11;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292118;STB=0.66035;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00567378;OID=.;OPOS=23078857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:49:34:34:0.409639:11:23:19:29:11:23:20:29 chr16 23200761 . T C 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0124432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.929;QD=16.4438;RBI=0.0184718;REFB=-0.00241766;REVB=0.0136519;RO=26;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173827;STB=0.612785;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00275261;OID=.;OPOS=23200761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:14:6:12:14:14:6:13:14 chr16 23200848 . T C 203.01 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.0316485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2771;QD=10.2788;RBI=0.086447;REFB=-0.0343811;REVB=-0.0804454;RO=53;SAF=8;SAR=18;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661405;STB=0.538772;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0553985;OID=.;OPOS=23200848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:53:26:26:0.329114:18:8:19:34:18:8:19:34 chr16 23200921 . G A 198.98 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0184619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.165;QD=11.37;RBI=0.0191876;REFB=-0.00440506;REVB=-0.00522713;RO=45;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016851;STB=0.50977;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.009477;OID=.;OPOS=23200921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:17:8:15:30:17:8:15:30 chr16 23224416 . G A 175.74 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0219259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2859;QD=13.7834;RBI=0.0398472;REFB=0.00227058;REVB=0.0332724;RO=30;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863798;STB=0.53107;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00374747;OID=.;OPOS=23224416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:14:6:7:23:14:6:8:23 chr16 23226787 . C G 42.91 PASS AF=0.75;AO=5;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00318468;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.705;QD=21.4547;RBI=0.0083379;REFB=0.0117128;REVB=-0.00770574;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00529947;OID=.;OPOS=23226787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:8:8:2:2:5:6:0.75:3:2:1:1:3:3:1:1 chr16 23360199 . T C 160.03 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.537;QD=45.7215;RBI=0.0710896;REFB=0;REVB=0.00398845;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319137;OID=.;OPOS=23360199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:10:3:0:0:11:3:0:0 chr16 23477997 . CCA C 199.92 PASS AF=0.604651;AO=25;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00752499;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=263.651;QD=18.5967;RBI=0.00932495;REFB=-0.0357231;REVB=-0.0055072;RO=15;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126433;STB=0.549962;STBP=0.392;TYPE=del;VARB=0.024327;OID=.;OPOS=23477998;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.604651:25:43:26:43:17:12:14:10:7:97:15:12:13:10:5 chr16 23489711 . C G 157.02 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00132561;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.707;QD=15.3193;RBI=0.0193464;REFB=-0.00241293;REVB=-0.0193009;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904212;STB=0.552263;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00319569;OID=.;OPOS=23489711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:24:24:17:17:0.414634:7:10:12:12:7:10:12:12 chr16 23490353 . T G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00446418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.593;QD=18.767;RBI=0.023628;REFB=-0.026348;REVB=-0.0232024;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0115414;OID=.;OPOS=23490353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:2:1:2:4:2:1 chr16 23536684 . T C 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00756803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.479;QD=18.4268;RBI=0.00759015;REFB=-0.0173032;REVB=-0.000579101;RO=28;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638041;STB=0.535689;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0171324;OID=.;OPOS=23536684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:13:15:13:15:13:15:13:15 chr16 23546561 . G C 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0503221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2021;QD=13.3357;RBI=0.0544984;REFB=-0.0186335;REVB=-0.0209228;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787323;STB=0.546014;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.02539;OID=.;OPOS=23546561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:8:7:13:11:8:7:13:11 chr16 23563501 . C T 854.4 PASS AF=0.483333;AO=87;DP=180;FAO=87;FDP=180;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=63;FSRF=12;FSRR=81;FWDB=0.016469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.455;QD=18.9866;RBI=0.0181356;REFB=-0.0154215;REVB=0.00759423;RO=92;SAF=24;SAR=63;SRF=12;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187287;STB=0.603753;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0120549;OID=.;OPOS=23563501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:92:93:87:87:0.483333:63:24:12:80:63:24:12:81 chr16 23582153 . G A 223.71 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0114413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4162;QD=15.9796;RBI=0.0151853;REFB=0.00310358;REVB=0.00998454;RO=30;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833889;STB=0.556121;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00125788;OID=.;OPOS=23582153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:25:26:0.464286:13:12:17:13:14:12:17:13 chr16 23585061 . T C 670.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2969;QD=62.3452;RBI=0.0199365;REFB=0;REVB=0.0196735;RO=0;SAF=5;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18892e-05;OID=.;OPOS=23585061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:38:5:0:0:38:5:0:0 chr16 23607504 . G C 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00632286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3269;QD=13.4393;RBI=0.0758407;REFB=-0.0213715;REVB=-0.0755767;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872281;STB=0.505144;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0244204;OID=.;OPOS=23607504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:9:4:3:7:9:4 chr16 23646191 . T C 252.54 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.031016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7833;QD=17.1212;RBI=0.0441181;REFB=-0.0086148;REVB=0.0313754;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262644;STB=0.645869;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0102566;OID=.;OPOS=23646191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:13:15:25:6:13:15:25:6 chr16 23677006 . A G 1264.48 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.439;QD=61.6821;RBI=0.00751132;REFB=0;REVB=0.00363509;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22977e-05;OID=.;OPOS=23677006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr16 23701255 . A G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0164372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.003;QD=20.6006;RBI=0.0260631;REFB=-0.0163462;REVB=-0.0202263;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927571;STB=0.562597;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0131303;OID=.;OPOS=23701255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:19:20:0.512821:10:9:11:8:11:9:11:8 chr16 23701538 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.152;QD=62.3505;RBI=0.00905499;REFB=0;REVB=0.00780725;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86934e-05;OID=.;OPOS=23701538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:24:19:0:0 chr16 23711925 . C G 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.953;QD=59.8536;RBI=0.0252846;REFB=0;REVB=-0.0216557;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26453e-06;OID=.;OPOS=23711925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr16 24564879 . GTA G 62.49 PASS AF=0.727273;AO=5;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0742148;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.917;QD=22.7222;RBI=0.102398;REFB=-0.120118;REVB=0.0705511;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335094;STB=0.631225;STBP=0.288;TYPE=del;VARB=0.0250221;OID=.;OPOS=24564880;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273:5:11:8:11:3:2:6:2:1:15:3:1:4:2:1 chr16 24834233 . C T 196.75 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0224631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.515;QD=19.6751;RBI=0.023289;REFB=-0.00885427;REVB=0.00614682;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214966;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0110699;OID=.;OPOS=24834233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:20:19:20:0.5:9:10:11:9:9:11:11:9 chr16 24902194 . T C 1801.89 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=122;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0356831;FXX=0.0163921;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.674;QD=60.0631;RBI=0.041619;REFB=-0.166363;REVB=0.0214211;RO=1;SAF=71;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999792;STB=0.503496;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000499549;OID=.;OPOS=24902194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:120:1:1:118:119:0.991667:47:71:0:1:48:71:1:0 chr16 25137289 . G C 429.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.692;QD=57.2025;RBI=0.0229524;REFB=0;REVB=0.0115821;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92413e-05;OID=.;OPOS=25137289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:14:16:0:0 chr16 25137385 . G A 100.73 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00393181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.797;QD=5.67506;RBI=0.0149866;REFB=-0.00205827;REVB=0.0144617;RO=54;SAF=10;SAR=6;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181744;STB=0.505611;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00765979;OID=.;OPOS=25137385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:54:55:16:16:0.225352:6:10:33:21:6:10:34:21 chr16 25239805 . G C 181.27 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0194452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5464;QD=16.4794;RBI=0.0862516;REFB=0.00632917;REVB=0.0840311;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191767;STB=0.510991;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00615216;OID=.;OPOS=25239805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:8:11:14:11:8:11:14:11 chr16 25255506 . C T 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00140424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.764;QD=20.8122;RBI=0.013233;REFB=-0.0192638;REVB=0.0131583;RO=22;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575055;STB=0.523593;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0162043;OID=.;OPOS=25255506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:8:15:13:9:8:15:14:9 chr16 25258035 . A G 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00272502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.723;QD=20.893;RBI=0.0675479;REFB=-0.00551924;REVB=-0.0674929;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459658;STB=0.526264;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0032512;OID=.;OPOS=25258035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:4:6:4:2:4:6:4:2 chr16 25263278 . G A 399.17 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0600857;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9924;QD=17.7409;RBI=0.0609076;REFB=-0.0173992;REVB=0.00997212;RO=48;SAF=16;SAR=25;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880387;STB=0.544367;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0233207;OID=.;OPOS=25263278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:49:41:41:0.455556:25:16:23:25:25:16:23:26 chr16 25268368 . A G 38.72 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0048167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.462;QD=11.0622;RBI=0.00484773;REFB=-0.0177331;REVB=0.000547578;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274957;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0220509;OID=.;OPOS=25268368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:7:8:5:6:0.428571:3:2:3:4:3:3:4:4 chr16 27226106 . G A 281.03 PASS AF=0.535714;AO=27;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0257703;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.691;QD=20.0733;RBI=0.0258138;REFB=-0.00839187;REVB=-0.00149804;RO=27;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16825;STB=0.565174;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00615779;OID=.;OPOS=27226106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:26:27:30:0.535714:10:17:12:15:12:18:12:14 chr16 27238110 . C T 180.76 PASS AF=0.359375;AO=22;DP=62;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.000497574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.432;QD=11.2972;RBI=0.0128647;REFB=-0.00433505;REVB=0.0128551;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207359;STB=0.525217;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00934117;OID=.;OPOS=27238110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:39:41:22:23:0.359375:12:10:17:22:12:11:18:23 chr16 27246617 . T C 119.52 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0248176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2251;QD=13.6598;RBI=0.0644597;REFB=-0.00382611;REVB=-0.0594907;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733535;STB=0.542796;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0064099;OID=.;OPOS=27246617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:12:9:7:7:12:9 chr16 27356203 . A G 307.68 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0300385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9064;QD=20.5122;RBI=0.0375784;REFB=-0.0201519;REVB=-0.0225792;RO=27;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127773;STB=0.562461;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0503159;OID=.;OPOS=27356203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:28:32:32:0.533333:18:14:16:11:18:14:16:12 chr16 27371158 . C T 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2282;QD=55.0949;RBI=0.00822204;REFB=0;REVB=0.0014841;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128051;OID=.;OPOS=27371158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr16 27772901 . G A 644.1 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0164931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.028;QD=56.0083;RBI=0.016578;REFB=-0.0583628;REVB=-0.00167552;RO=2;SAF=23;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390966;STB=0.519991;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000504752;OID=.;OPOS=27772901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:46:46:2:2:43:44:0.956522:20:23:2:0:20:24:2:0 chr16 27974487 . T C 273.06 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0433643;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9688;QD=19.8591;RBI=0.0591539;REFB=-0.0117529;REVB=-0.0402333;RO=24;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155756;STB=0.591941;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0143594;OID=.;OPOS=27974487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:26:28:29:0.527273:12:16:18:6:12:17:20:6 chr16 28145165 . T A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0161159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.556;QD=12.0206;RBI=0.0183619;REFB=-0.0125652;REVB=0.00879993;RO=25;SAF=2;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374103;STB=0.726891;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0262646;OID=.;OPOS=28145165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:12:2:10:15:12:2:10:15 chr16 28222690 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0697761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.092;QD=11.1033;RBI=0.0702771;REFB=0.000117265;REVB=0.00837728;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470509;STB=0.780525;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0015086;OID=.;OPOS=28222690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:2:8:2:5:2:8 chr16 28354077 . G A 159.75 PASS AF=0.242105;AO=23;DP=96;FAO=23;FDP=95;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=56;FSRR=16;FWDB=-0.073247;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6742;QD=6.72622;RBI=0.0748315;REFB=-0.0161177;REVB=-0.0153175;RO=71;SAF=20;SAR=3;SRF=56;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179357;STB=0.624875;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0565212;OID=.;OPOS=28354077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:71:72:23:23:0.242105:3:20:56:15:3:20:56:16 chr16 28354087 . T C 35.38 PASS AF=0.0927835;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=97;FR=.;FRO=88;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=72;FSRR=16;FWDB=-0.0225358;FXX=0.0202;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.433;QD=1.4591;RBI=0.0401455;REFB=-0.0124485;REVB=-0.0332235;RO=88;SAF=5;SAR=4;SRF=72;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362521;STB=0.754505;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.119762;OID=.;OPOS=28354087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:99:97:88:88:9:9:0.0927835:4:5:72:16:4:5:72:16 chr16 28354090 . C G 52.27 PASS AF=0.121212;AO=13;DP=99;FAO=12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=73;FSRR=14;FWDB=-0.0373383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.262;QD=2.112;RBI=0.0449671;REFB=-0.0047067;REVB=-0.0250578;RO=83;SAF=7;SAR=6;SRF=69;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415862;STB=0.797659;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0301843;OID=.;OPOS=28354090;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:99:99:83:87:13:12:0.121212:6:7:69:14:6:6:73:14 chr16 28354093 . T C 52.57 PASS AF=0.121212;AO=11;DP=99;FAO=12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=73;FSRR=14;FWDB=0.023881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4261;QD=2.12423;RBI=0.0242299;REFB=-0.0177286;REVB=-0.00409722;RO=87;SAF=5;SAR=6;SRF=73;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500237;STB=0.797659;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.126284;OID=.;OPOS=28354093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:99:99:87:87:11:12:0.121212:6:5:73:14:6:6:73:14 chr16 28354223 . G C 122.77 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=2;FWDB=0.0610553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2146;QD=9.26546;RBI=0.123671;REFB=0.0151809;REVB=-0.107549;RO=37;SAF=15;SAR=1;SRF=35;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441852;STB=0.526284;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.0380507;OID=.;OPOS=28354223;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:1:15:35:2:1:15:35:2 chr16 28508447 . A G 442.49 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.135;QD=57.0958;RBI=0.0663971;REFB=0;REVB=0.0614007;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466494;OID=.;OPOS=28508447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:15:16:0:0 chr16 28508716 . T C 305.84 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.432;QD=53.1895;RBI=0.0315018;REFB=0;REVB=0.0302348;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89876e-05;OID=.;OPOS=28508716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr16 28602991 . A G 242.92 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0517387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.817;QD=22.597;RBI=0.0517388;REFB=-0.0149757;REVB=-9.10936e-05;RO=20;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363841;STB=0.520325;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0184999;OID=.;OPOS=28602991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:14:9:7:13:14:9:7:13 chr16 28603393 . T C 472.25 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0535264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0823;QD=55.5582;RBI=0.0639984;REFB=-0.141206;REVB=-0.0350815;RO=2;SAF=11;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775742;STB=0.519988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00479782;OID=.;OPOS=28603393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:2:1:32:33:0.970588:21:11:2:0:21:12:1:0 chr16 28617485 . C T 1731.18 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.967;QD=60.743;RBI=0.0194359;REFB=0;REVB=-0.0161594;RO=0;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.35003e-06;OID=.;OPOS=28617485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:53:61:0:0:53:61:0:0 chr16 28617507 . C T 170.42 PASS AF=0.210526;AO=28;DP=133;FAO=28;FDP=133;FR=.;FRO=105;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=-0.00843563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.488;QD=5.12536;RBI=0.0376277;REFB=-0.00614203;REVB=-0.0366699;RO=105;SAF=20;SAR=8;SRF=47;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339069;STB=0.711056;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0353887;OID=.;OPOS=28617507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:105:105:28:28:0.210526:8:20:47:58:8:20:47:58 chr16 28617552 . C G 205.35 PASS AF=0.22069;AO=32;DP=143;FAO=32;FDP=145;FR=.;FRO=113;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=65;FWDB=-0.000529734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.383;QD=5.66492;RBI=0.00208544;REFB=-0.0050503;REVB=-0.00201704;RO=108;SAF=21;SAR=11;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276596;STB=0.677598;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0169254;OID=.;OPOS=28617552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:108:113:32:32:0.22069:11:21:47:61:11:21:48:65 chr16 28619911 . T C 111.21 PASS AF=0.184211;AO=20;DP=113;FAO=21;FDP=114;FR=.;FRO=93;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=-0.0166625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.425;QD=3.90197;RBI=0.0370769;REFB=-0.0038275;REVB=-0.0331218;RO=92;SAF=14;SAR=6;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168904;STB=0.619715;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0153833;OID=.;OPOS=28619911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:92:93:20:21:0.184211:6:14:53:39:6:15:54:39 chr16 28619920 . A G 97.67 PASS AF=0.161017;AO=19;DP=118;FAO=19;FDP=118;FR=.;FRO=99;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=42;FWDB=-0.0222515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.83;QD=3.31085;RBI=0.0226783;REFB=-0.00593312;REVB=0.00437915;RO=98;SAF=14;SAR=5;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227666;STB=0.649389;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0333594;OID=.;OPOS=28619920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:118:118:98:99:19:19:0.161017:5:14:56:42:5:14:57:42 chr16 28620120 . C T 317.35 PASS AF=0.239024;AO=49;DP=205;FAO=49;FDP=205;FR=.;FRO=156;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=66;FSRR=90;FWDB=-0.00453809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2424;QD=6.19213;RBI=0.0509113;REFB=-0.00479659;REVB=-0.0507086;RO=155;SAF=19;SAR=30;SRF=66;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497266;STB=0.527939;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0238482;OID=.;OPOS=28620120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:155:156:49:49:0.239024:30:19:66:89:30:19:66:90 chr16 28621311 . T C 1011.85 PASS AF=0.68254;AO=81;DP=124;FAO=86;FDP=126;FR=.;FRO=40;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.029365;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1665;QD=32.1223;RBI=0.0299715;REFB=-0.0317812;REVB=0.00599869;RO=39;SAF=46;SAR=35;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613078;STB=0.518864;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0130184;OID=.;OPOS=28621311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:39:40:81:86:0.68254:35:46:26:13:35:51:26:14 chr16 28649787 . G A 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00728569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.336;QD=26.6377;RBI=0.0232907;REFB=-0.0198685;REVB=0.0221219;RO=8;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074712;STB=0.541615;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00671794;OID=.;OPOS=28649787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:8:8:5:3:8:8:5:3 chr16 28734477 . G T 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=0.00556273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.218;QD=6.73532;RBI=0.0171348;REFB=-0.00730876;REVB=-0.0162068;RO=36;SAF=9;SAR=2;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250411;STB=0.515894;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.021021;OID=.;OPOS=28734477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:2:9:29:7:2:9:29:7 chr16 28842311 . A G 226.85 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179365;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.074;QD=50.41;RBI=0.0312067;REFB=0;REVB=0.0311551;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134021;OID=.;OPOS=28842311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr16 28844448 . C A 61.35 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0914907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6162;QD=18.8759;RBI=0.0916254;REFB=0.0217113;REVB=0.00496662;RO=5;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2967;STB=0.676889;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0201638;OID=.;OPOS=28844448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:1:7:3:2:1:7:3:2 chr16 28846866 . G A 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.013235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3632;QD=22.9151;RBI=0.0937785;REFB=0.00299218;REVB=0.0928398;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228994;STB=0.63128;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00309642;OID=.;OPOS=28846866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:1:3:3:6:1:3 chr16 28847568 . G C 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0160809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.751;QD=13.2127;RBI=0.0579683;REFB=-0.000377133;REVB=-0.0556931;RO=21;SAF=12;SAR=2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2342;STB=0.666389;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.000376785;OID=.;OPOS=28847568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:2:12:15:6:2:12:15:7 chr16 28848366 . G A 499.23 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.00384987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.126;QD=21.4724;RBI=0.00399722;REFB=-0.00847956;REVB=-0.00107532;RO=45;SAF=22;SAR=26;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219262;STB=0.620641;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00911981;OID=.;OPOS=28848366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:26:22:32:13:26:22:32:13 chr16 28856665 . T C 363.4 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00184705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.215;QD=21.0664;RBI=0.00848634;REFB=-0.0229408;REVB=0.0082829;RO=28;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134821;STB=0.592775;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.017501;OID=.;OPOS=28856665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:32:36:37:0.536232:19:17:18:10:19:18:22:10 chr16 28884920 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00321347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.328;QD=15.3789;RBI=0.0173744;REFB=-0.0521534;REVB=-0.0170746;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13274;STB=0.576798;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0542633;OID=.;OPOS=28884920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:5:9:6:6:5:9 chr16 28909622 . G A 346.17 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00779327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.577;QD=24.7261;RBI=0.0141711;REFB=-0.00681974;REVB=-0.0118358;RO=22;SAF=14;SAR=20;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642892;STB=0.535311;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00428403;OID=.;OPOS=28909622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:20:14:11:11:20:14:11:11 chr16 28913710 . G T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0427558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.29;QD=9.56972;RBI=0.0435236;REFB=-0.000491237;REVB=-0.00813874;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189262;STB=0.612662;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00044045;OID=.;OPOS=28913710;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:2:13:6:2:2:13 chr16 28915527 . G A 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00777512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.897;QD=56.9369;RBI=0.0266156;REFB=0;REVB=0.0254546;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24824e-05;OID=.;OPOS=28915527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr16 28944396 . C G 773.59 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3069;QD=55.2566;RBI=0.123782;REFB=0;REVB=0.0628471;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182352;OID=.;OPOS=28944396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:33:21:0:0:33:23:0:0 chr16 28993369 . C T 221.7 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.035087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4023;QD=18.4747;RBI=0.0887118;REFB=-0.00688602;REVB=-0.0814781;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939972;STB=0.562444;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00653773;OID=.;OPOS=28993369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:11:11:10:15:11:11:10:16 chr16 28995757 . C A 611.44 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000215322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.964;QD=61.1439;RBI=0.00750329;REFB=0;REVB=-0.0075002;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71804e-05;OID=.;OPOS=28995757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr16 29057392 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9792;QD=53.2767;RBI=0.0157435;REFB=0;REVB=-0.00615004;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116669;OID=.;OPOS=29057392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr16 29124421 . T C 1525.86 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022227;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8214;QD=59.8378;RBI=0.0238125;REFB=0;REVB=0.00854363;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69325e-05;OID=.;OPOS=29124421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:50:52:0:0:50:52:0:0 chr16 29580611 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5068;QD=60.2301;RBI=0.0474749;REFB=0;REVB=0.0111925;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000468449;OID=.;OPOS=29580611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr16 29624734 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0184773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.424;QD=14.6657;RBI=0.0184797;REFB=-0.0249682;REVB=0.000301841;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781561;STB=0.545393;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0378403;OID=.;OPOS=29624734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:6:9:11:10:6:9:11:10 chr16 29675928 . C T 123.11 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.030596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.457;QD=16.4148;RBI=0.0383732;REFB=-0.00774729;REVB=0.02316;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057851;STB=0.533286;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0120618;OID=.;OPOS=29675928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:7:9:7:7:7:9 chr16 29677845 . T A 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.100989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2886;QD=32.822;RBI=0.101098;REFB=-0.11511;REVB=-0.00467481;RO=1;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524171;STB=0.529348;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0396509;OID=.;OPOS=29677845;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:8:1:0:1:8:1:0:1 chr16 29679989 . A G 749.02 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.817;QD=61.1443;RBI=0.0355172;REFB=0;REVB=0.0211772;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148657;OID=.;OPOS=29679989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:23:23:0:0:26:23:0:0 chr16 29680256 . T G 74.86 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.631;QD=37.4314;RBI=0.0843912;REFB=0;REVB=0.0381032;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222416;OID=.;OPOS=29680256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr16 29680389 . A C 401.53 PASS AF=0.482353;AO=40;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=9;FWDB=-0.00365257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.14;QD=18.8956;RBI=0.0133846;REFB=-0.0125739;REVB=0.0128766;RO=44;SAF=21;SAR=19;SRF=35;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260858;STB=0.647708;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0154326;OID=.;OPOS=29680389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:40:41:0.482353:19:21:35:9:20:21:35:9 chr16 29680464 . A T 610.0 PASS AF=0.46;AO=50;DP=137;FAO=69;FDP=150;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.0013974;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.03;QD=16.2667;RBI=0.00144786;REFB=-0.00722999;REVB=-0.000378883;RO=54;SAF=36;SAR=14;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173493;STB=0.53814;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00738808;OID=.;OPOS=29680464;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:150:54:81:50:69:0.46:14:36:30:24:26:43:45:36 chr16 29708350 . A G 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4481;QD=59.8337;RBI=0.116926;REFB=0;REVB=-0.115009;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164405;OID=.;OPOS=29708350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr16 29790864 . G A 447.57 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.015731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1603;QD=21.062;RBI=0.0608729;REFB=-0.0239958;REVB=0.0588051;RO=41;SAF=19;SAR=25;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371764;STB=0.520539;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0227319;OID=.;OPOS=29790864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:25:19:16:25:25:19:16:25 chr16 29791561 . T G 1139.06 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0018775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2309;QD=59.1721;RBI=0.0164394;REFB=-0.037579;REVB=0.0163318;RO=1;SAF=46;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101772;STB=0.505375;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000724575;OID=.;OPOS=29791561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:30:46:1:0:30:46:1:0 chr16 29791721 . G C 76.12 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00865473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7047;QD=12.1798;RBI=0.0334251;REFB=-0.00108421;REVB=-0.0322852;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245627;STB=0.646754;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00274849;OID=.;OPOS=29791721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:3:7:7:8:3:7:7:8 chr16 29808237 . A C 412.89 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.000868923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2386;QD=21.4487;RBI=0.0675269;REFB=0.0233857;REVB=-0.0675213;RO=35;SAF=23;SAR=18;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110469;STB=0.56733;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0225568;OID=.;OPOS=29808237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:35:36:41:41:0.532468:18:23:15:20:18:23:15:21 chr16 29808347 . C T 293.38 PASS AF=0.492308;AO=30;DP=64;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0193587;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4827;QD=18.054;RBI=0.0217742;REFB=-0.0207591;REVB=0.00996785;RO=30;SAF=9;SAR=21;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361445;STB=0.512187;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0450767;OID=.;OPOS=29808347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:33:30:32:0.492308:21:9:8:22:22:10:11:22 chr16 29814234 . G A 274.28 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0147039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.676;QD=12.9074;RBI=0.0182177;REFB=-0.0246761;REVB=-0.0107554;RO=53;SAF=12;SAR=20;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149093;STB=0.585531;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0468919;OID=.;OPOS=29814234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:20:12:27:26:20:12:27:26 chr16 29816417 . A G 106.14 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0175364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.779;QD=15.7244;RBI=0.0328077;REFB=-0.0233586;REVB=-0.0277276;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222009;STB=0.632566;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0353861;OID=.;OPOS=29816417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:14:12:13:0.481481:4:8:5:7:5:8:5:9 chr16 29821744 . G A 1048.13 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00382721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.241;QD=58.2295;RBI=0.0165462;REFB=-0.140564;REVB=-0.0160975;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00118166;OID=.;OPOS=29821744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:27:44:0:0:27:44:0:1 chr16 29825126 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.297;QD=64.414;RBI=0.0274232;REFB=0;REVB=0.0245806;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143818;OID=.;OPOS=29825126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr16 29826218 . CTA CTAC,TAC 138.01 PASS AF=0.357143,0.642857;AO=2,10;DP=14;FAO=5,9;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5,9;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.288961,0.114482;FXX=0;HRUN=0,5;LEN=1,3;MLLD=17.7378,26.0038;QD=39.4303;RBI=0.288961,0.114482;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=2;SAF=2,10;SAR=0,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0616187,-0.00450445;OID=.,.;OPOS=29826221,29826218;OREF=-,CTA;OALT=C,TAC;OMAPALT=CTAC,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:14:14:2:0:2,10:5,9:0.357143,0.642857:0,0:2,10:2:0:0,0:5,9:0:0 chr16 29851738 . C T 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00490832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.944;QD=14.3317;RBI=0.0446648;REFB=-0.0259452;REVB=-0.0443942;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322491;STB=0.689242;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0635337;OID=.;OPOS=29851738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:3:7:3:6:3:7 chr16 29882490 . C T 169.34 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0143792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0456;QD=16.5209;RBI=0.0143878;REFB=-0.048483;REVB=-0.000497197;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970462;STB=0.54343;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0602498;OID=.;OPOS=29882490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:8:10:10:12:8:10:11:12 chr16 29899123 . G T 198.92 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.050302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6284;QD=11.3666;RBI=0.0652246;REFB=0.00377516;REVB=0.0415205;RO=45;SAF=12;SAR=13;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083653;STB=0.548422;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00419918;OID=.;OPOS=29899123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:13:12:25:20:13:12:25:20 chr16 29908433 . C G 793.68 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6957;QD=63.4944;RBI=0.0358405;REFB=0;REVB=-0.012145;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000424592;OID=.;OPOS=29908433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr16 29918034 . T C 82.72 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.00975348;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.402;QD=17.4158;RBI=0.0140837;REFB=0.00326933;REVB=-0.0101598;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349852;STB=0.695364;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00199096;OID=.;OPOS=29918034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:9:0:3:7:9:0 chr16 29994922 . C T 157.18 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00911975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.02;QD=16.1208;RBI=0.00970459;REFB=-0.0184361;REVB=0.00331802;RO=22;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492771;STB=0.528421;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.026645;OID=.;OPOS=29994922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:13:4:6:16:13:4:6:16 chr16 29998200 . A G 385.22 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=37;FWDB=0.000255496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.318;QD=17.9173;RBI=0.0183244;REFB=-0.0162417;REVB=-0.0183226;RO=46;SAF=14;SAR=26;SRF=9;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173276;STB=0.595902;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0120879;OID=.;OPOS=29998200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:26:14:9:37:26:14:9:37 chr16 30005970 . CCT C 77.79 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=38;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00876618;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=25.2063;QD=9.42855;RBI=0.129558;REFB=-0.11202;REVB=-0.129261;RO=26;SAF=9;SAR=0;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.71052;STB=0.816956;STBP=0.022;TYPE=del;VARB=0.154217;OID=.;OPOS=30005971;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:9:38:15:33:18:14:1:11:7:77:26:9:0:18:8 chr16 30006693 . GC G 108.7 PASS AF=0.714286;AO=19;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0287414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.2127;QD=15.5279;RBI=0.217375;REFB=-0.123168;REVB=0.215466;RO=9;SAF=19;SAR=0;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.855099;STB=0.837765;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.10166;OID=.;OPOS=30006694;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:19:28:20:28:8:19:1:3:5:26:9:19:0:3:6 chr16 30006914 . T C 264.7 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0473524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0181;QD=20.7605;RBI=0.0614788;REFB=-0.010844;REVB=-0.0392095;RO=24;SAF=5;SAR=22;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031572;STB=0.517634;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00741422;OID=.;OPOS=30006914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:22:5:5:19:22:5:5:19 chr16 30018500 . C T 76.58 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0407434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0723;QD=12.7635;RBI=0.0471718;REFB=0.0109801;REVB=-0.0237731;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872281;STB=0.50998;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.0143883;OID=.;OPOS=30018500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:13:14:10:10:0.416667:7:3:4:9:7:3:4:10 chr16 30021402 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00586677;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.904;QD=15.3791;RBI=0.00770651;REFB=-0.0207131;REVB=0.00499713;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319896;STB=0.687169;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0168407;OID=.;OPOS=30021402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:3:9:6:8:3:9:6:8 chr16 30034986 . G A 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0275646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.501;QD=29.0496;RBI=0.0366173;REFB=-0.0479259;REVB=0.0241043;RO=5;SAF=10;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166281;STB=0.59308;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0100871;OID=.;OPOS=30034986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:4:10:2:3:4:10:2:3 chr16 30037128 . A C 207.72 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=28;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0196168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.397;QD=27.6961;RBI=0.0243904;REFB=-0.0195994;REVB=-0.0144939;RO=9;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669182;STB=0.5333;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0111102;OID=.;OPOS=30037128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:28:30:9:10:18:20:0.666667:10:8:5:4:10:10:6:4 chr16 30081367 . G T 273.76 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00408879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.628;QD=15.2087;RBI=0.00901308;REFB=-0.0181622;REVB=-0.00803227;RO=41;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206287;STB=0.511662;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0176063;OID=.;OPOS=30081367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:16:15:19:22:16:15:19:22 chr16 30097630 . C T 99.68 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0117823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.72;QD=15.9486;RBI=0.0388357;REFB=-0.0229874;REVB=0.0370053;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519967;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0168579;OID=.;OPOS=30097630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:6:6:6:6:6:6:6:7 chr16 30119525 . C A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.411;QD=63.2868;RBI=0.0164003;REFB=0;REVB=-0.00465914;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97532e-05;OID=.;OPOS=30119525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:15:31:0:0:15:31:0:0 chr16 30198151 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.013;QD=44.6898;RBI=0.0286418;REFB=0;REVB=0.0095547;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135278;OID=.;OPOS=30198151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr16 30393660 . G A 636.88 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213154;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.217;QD=62.1348;RBI=0.0225866;REFB=0;REVB=0.00747044;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019652;OID=.;OPOS=30393660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr16 30408765 . C T 905.9 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0402918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6538;QD=56.6185;RBI=0.0416719;REFB=-0.0420806;REVB=-0.0106357;RO=1;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185128;STB=0.509801;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000487867;OID=.;OPOS=30408765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:25:38:0:1:25:38:0:1 chr16 30536672 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0125258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.342;QD=11.8305;RBI=0.0194589;REFB=-0.0172696;REVB=-0.0148913;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255529;STB=0.64911;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0217818;OID=.;OPOS=30536672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:4:14:6:5:4:14 chr16 30566532 . A G 368.51 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0567546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.424;QD=19.3951;RBI=0.057821;REFB=-0.00763148;REVB=-0.0110537;RO=37;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593407;STB=0.539398;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00488637;OID=.;OPOS=30566532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:38:38:38:0.5:20:18:20:17:20:18:21:17 chr16 30666367 . C T 90.41 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00346059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.127;QD=7.86206;RBI=0.0234661;REFB=-0.0148444;REVB=-0.0232095;RO=34;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213106;STB=0.630232;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0615832;OID=.;OPOS=30666367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:6:6:11:23:6:6:11:23 chr16 30671670 . C G 31.0 PASS AF=0.0615942;AO=17;DP=276;FAO=17;FDP=276;FR=.;FRO=259;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=153;FSRR=106;FWDB=0.0024656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.214;QD=0.449271;RBI=0.063921;REFB=-0.000393271;REVB=-0.0638735;RO=244;SAF=2;SAR=15;SRF=149;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498846;STB=0.905297;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0551915;OID=.;OPOS=30671670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:276:276:244:259:17:17:0.0615942:15:2:149:95:15:2:153:106 chr16 30724070 . G T 1406.24 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0531101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2916;QD=60.4836;RBI=0.060465;REFB=0.0606321;REVB=-0.0289023;RO=2;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185816;STB=0.509802;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00202829;OID=.;OPOS=30724070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:2:2:91:91:0.978495:50:41:0:2:50:41:0:2 chr16 30734963 . C A 241.3 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0300851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.762;QD=43.873;RBI=0.0319457;REFB=-0.183694;REVB=0.0107431;RO=2;SAF=8;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102025;STB=0.555499;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00213457;OID=.;OPOS=30734963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:22:22:2:2:20:20:0.909091:12:8:2:0:12:8:2:0 chr16 30762640 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236617;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.969;QD=60.2307;RBI=0.0339698;REFB=0;REVB=0.0243736;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02077e-05;OID=.;OPOS=30762640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr16 30767531 . G A 695.21 PASS AF=0.589286;AO=66;DP=113;FAO=66;FDP=112;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00498904;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.91;QD=24.8289;RBI=0.0468951;REFB=-0.0216423;REVB=0.046629;RO=46;SAF=31;SAR=35;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647784;STB=0.503528;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0139988;OID=.;OPOS=30767531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:46:46:66:66:0.589286:35:31:22:24:35:31:22:24 chr16 30772004 . GAA G 94.76 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0531095;FXX=0.0256345;HRUN=5;LEN=2;MLLD=39.7151;QD=9.97487;RBI=0.0571109;REFB=-0.00446146;REVB=-0.0210008;RO=21;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037545;STB=0.528346;STBP=0.794;TYPE=del;VARB=0.00545108;OID=.;OPOS=30772005;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737:15:39:15:38:23:4:11:7:16:94:21:4:11:5:16 chr16 30779716 . A G 2287.12 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.402;QD=63.531;RBI=0.039286;REFB=0;REVB=0.0211227;RO=0;SAF=52;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70885e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13072e-05;OID=.;OPOS=30779716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:144:0:0:138:144:1:86:52:0:0:89:55:0:0 chr16 30780828 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.418;QD=51.1844;RBI=0.0198765;REFB=0;REVB=-0.0188861;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.7811e-05;OID=.;OPOS=30780828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr16 30886643 . T C 105.17 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00381579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6128;QD=11.0703;RBI=0.00927438;REFB=-0.0218249;REVB=-0.00845304;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204309;STB=0.512176;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0563374;OID=.;OPOS=30886643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:7:6:12:13:7:6:12:13 chr16 30936081 . G A 473.59 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0669448;FXX=0.0169477;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.2862;QD=16.3305;RBI=0.0837566;REFB=-0.0143977;REVB=0.0503344;RO=64;SAF=22;SAR=30;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330446;STB=0.500679;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0183797;OID=.;OPOS=30936081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:64:64:52:52:0.448276:30:22:25:39:30:22:27:37 chr16 30937201 . C T 227.71 PASS AF=0.5;AO=18;DP=42;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0146796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.825;QD=19.8007;RBI=0.0479748;REFB=-0.031723;REVB=0.0456738;RO=21;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629543;STB=0.523026;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0360648;OID=.;OPOS=30937201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:46:21:23:18:23:0.5:5:13:14:7:9:14:15:8 chr16 30964940 . A G 676.1 PASS AF=0.944444;AO=49;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0556971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2066;QD=50.0817;RBI=0.0612427;REFB=-0.0202249;REVB=-0.0254657;RO=3;SAF=17;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377433;STB=0.517314;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00621064;OID=.;OPOS=30964940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:49:51:0.944444:32:17:2:1:32:19:2:1 chr16 30977125 . G A 55.2 PASS AF=0.636364;AO=8;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0146197;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.203;QD=20.0731;RBI=0.0183012;REFB=-0.0280734;REVB=0.0110091;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141139;STB=0.615061;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0271121;OID=.;OPOS=30977125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:11:11:3:4:8:7:0.636364:5:3:2:1:4:3:3:1 chr16 30999462 . T C 201.93 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0328594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4205;QD=12.0553;RBI=0.03754;REFB=0.00511592;REVB=-0.0181524;RO=42;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135061;STB=0.577557;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0093933;OID=.;OPOS=30999462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:13:12:15:27:13:12:15:27 chr16 31075175 . G A 214.67 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00520275;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.714;QD=18.6668;RBI=0.0735893;REFB=0.0020202;REVB=0.0734052;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878716;STB=0.549952;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00196666;OID=.;OPOS=31075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:25:25:21:21:0.456522:12:9:13:12:12:9:13:12 chr16 31075708 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00530994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.982;QD=45.8065;RBI=0.0124414;REFB=0;REVB=0.0112513;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126274;OID=.;OPOS=31075708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr16 31088347 . G A 350.41 PASS AF=0.44186;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0574443;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6381;QD=16.2982;RBI=0.0632483;REFB=-0.0265205;REVB=0.0264669;RO=48;SAF=26;SAR=11;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276836;STB=0.660144;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0381659;OID=.;OPOS=31088347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:37:38:0.44186:11:26:21:27:11:27:21:27 chr16 31088625 . A G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0166661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.121;QD=17.542;RBI=0.0170497;REFB=-0.0254761;REVB=0.00359635;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213067;STB=0.512179;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.024579;OID=.;OPOS=31088625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:5:10:11:5:5:10:11:5 chr16 31088893 . CAA ACA,CA,CAC 227.82 PASS AF=0,0.757576,0.242424;AO=2,7,7;DP=33;FAO=0,25,8;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15,0;FSAR=0,10,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665946,0.728657,0.0831923;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=140.029,7.84976,132.864;QD=27.6147;RBI=0.109322,0.758665,0.126409;REFB=-0.00975291,-0.0107713,-0.0227214;REVB=-0.0866979,-0.211264,-0.0951749;RO=12;SAF=0,2,0;SAR=2,5,7;SRF=12;SRR=0;SSEN=0,0.326923,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.836514,-0.652726,-0.85447;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0782465,0.00999247,0.128528;OID=.,.,.;OPOS=31088893,31088894,31088895;OREF=CA,A,A;OALT=AC,-,C;OMAPALT=ACA,CA,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:46:33:33:12:0:2,7,7:0,25,8:0,0.757576,0.242424:2,5,7:0,2,0:12:0:0,10,8:0,15,0:0:0 chr16 31090407 . G C 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00735548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.361;QD=18.1596;RBI=0.0220176;REFB=-0.0156056;REVB=0.0207527;RO=39;SAF=15;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904585;STB=0.550534;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0148627;OID=.;OPOS=31090407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:21:15:20:19:21:15:20:19 chr16 31091209 . T C 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.054969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.89;QD=18.0487;RBI=0.0568121;REFB=-0.0231409;REVB=0.0143537;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518632;STB=0.799399;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0136912;OID=.;OPOS=31091209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:8:2:7:1:8:2:7:1 chr16 31093892 . A G 861.73 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.075;QD=57.4486;RBI=0.026163;REFB=0;REVB=0.014623;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349923;OID=.;OPOS=31093892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:21:37:0:0:22:38:0:0 chr16 31093954 . C T 362.69 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0214491;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.661;QD=20.7249;RBI=0.0215849;REFB=-0.0219742;REVB=-0.00241764;RO=31;SAF=29;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267983;STB=0.639419;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0225405;OID=.;OPOS=31093954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:33:37:37:0.528571:8:29:16:15:8:29:18:15 chr16 31094900 . A AG 42.91 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0205445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.6308;QD=6.3565;RBI=0.0388855;REFB=-0.0612798;REVB=-0.0330152;RO=17;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272686;STB=0.7992;STBP=0.056;TYPE=ins;VARB=0.0514154;OID=.;OPOS=31094901;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:10:27:9:27:18:8:1:10:8:42:17:8:2:10:7 chr16 31096164 . G C 55.84 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0212752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3697;QD=10.6357;RBI=0.0218868;REFB=-0.0160299;REVB=0.00513765;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118061;STB=0.571254;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0144359;OID=.;OPOS=31096164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:8:5:4:4:8:5 chr16 31097683 . TGGGGGC TGGGG,TGGGGC,TGGGGGCC 31.15 PASS AF=0.206897,0.0344828,0.0689655;AO=4,4,3;DP=29;FAO=6,1,2;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3,1,2;FSAR=3,0,0;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.010693,-0.0352884,-0.0180831;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=21.3586,11.6966,11.6417;QD=4.29692;RBI=0.206732,0.205371,0.193473;REFB=0.0066024,-0.0359348,-0.0509461;REVB=0.206456,0.202317,-0.192626;RO=14;SAF=2,3,3;SAR=2,1,0;SRF=9;SRR=5;SSEN=0.375,0.375,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.161868,0.141006,0.583079;STB=0.615021,0.986969,0.993251;STBP=0.553,0.47,0.304;TYPE=del,del,ins;VARB=0.0659839,0.0659715,0.109729;OID=.,.,.;OPOS=31097688,31097684,31097689;OREF=GC,G,-;OALT=-,-,C;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC,TGGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206897,0.0344828,0.0689655:4,4,3:29:6,1,2:29:20:3,1,2:3,0,0:13:7:20:14:2,3,3:2,1,0:9:5 chr16 31102321 . C T 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0100266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8036;QD=13.0288;RBI=0.0325294;REFB=-0.00535512;REVB=-0.0309456;RO=45;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195316;STB=0.616362;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00741651;OID=.;OPOS=31102321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:46:29:29:0.386667:14:15:15:30:14:15:15:31 chr16 31141826 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6404;QD=53.911;RBI=0.0225108;REFB=0;REVB=-0.00206648;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427464;OID=.;OPOS=31141826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr16 31141880 . A G 301.5 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.147;QD=52.4342;RBI=0.037439;REFB=0;REVB=0.035542;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368036;OID=.;OPOS=31141880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr16 31153105 . A G 708.31 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6093;QD=62.961;RBI=0.00388886;REFB=0;REVB=0.0035158;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09051e-05;OID=.;OPOS=31153105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr16 31195279 . C T 889.63 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0556639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.638;QD=56.4841;RBI=0.0637389;REFB=-0.140854;REVB=0.0310512;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171613;STB=0.509088;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000547898;OID=.;OPOS=31195279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:34:27:1:0:35:27:1:0 chr16 31230463 . C T 718.77 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.03;QD=62.5018;RBI=0.0593453;REFB=0;REVB=0.0553285;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408424;OID=.;OPOS=31230463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:21:22:0:0:24:22:0:0 chr16 31336719 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.06;QD=56.7053;RBI=0.0328809;REFB=0;REVB=0.00740945;RO=0;SAF=3;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476234;OID=.;OPOS=31336719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:26:3:0:0:26:3:0:0 chr16 31374535 . C G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.885;QD=55.6547;RBI=0.0560171;REFB=0;REVB=0.0552418;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151518;OID=.;OPOS=31374535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr16 31422429 . T C 766.74 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.102;QD=63.8953;RBI=0.0798517;REFB=0;REVB=0.0798336;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392772;OID=.;OPOS=31422429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:26:22:0:0 chr16 31476458 . C T 974.1 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.813;QD=58.1549;RBI=0.0327104;REFB=0;REVB=-0.00499363;RO=1;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014995;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11528e-05;OID=.;OPOS=31476458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:65:67:1:31:34:0:1:32:35:0:0 chr16 31500270 . G C 165.0 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0362309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3318;QD=12.0003;RBI=0.0901504;REFB=-0.00539994;REVB=-0.0825495;RO=34;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118459;STB=0.506843;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00823571;OID=.;OPOS=31500270;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:14:7:11:23:14:7:11:23 chr16 31724836 . T C 69.63 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.062738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2471;QD=16.3838;RBI=0.0990736;REFB=-0.03044;REVB=-0.076678;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571344;STB=0.53326;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0182746;OID=.;OPOS=31724836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:3:5:5:4:3:5 chr16 31734054 . C T 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.025772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.664;QD=10.2403;RBI=0.035121;REFB=-0.00119058;REVB=-0.0238598;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300856;STB=0.679662;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00225007;OID=.;OPOS=31734054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:6:13:4:6:6:13 chr16 31765220 . G A 239.57 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0672749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.169;QD=14.0922;RBI=0.0746846;REFB=-0.0425691;REVB=-0.0324325;RO=39;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257551;STB=0.636554;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0592416;OID=.;OPOS=31765220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:39:40:28:28:0.411765:13:15:11:28:13:15:12:28 chr16 31926617 . CTGTA CTATA,TAACT 193.98 PASS AF=0.823529,0.176471;AO=12,2;DP=17;FAO=14,3;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4,3;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175242,-0.00330345;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,5;MLLD=225.989,170.78;QD=45.6421;RBI=0.0240072,0.0212303;REFB=0,0;REVB=0.0164089,0.0209717;RO=0;SAF=2,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00804462,-0.0288901;OID=.,.;OPOS=31926619,31926617;OREF=G,CTGTA;OALT=A,TAACT;OMAPALT=CTATA,TAACT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:17:17:0:0:12,2:14,3:0.823529,0.176471:10,0:2,2:0:0:10,0:4,3:0:0 chr16 32077537 . G T 222.99 PASS AF=0.251908;AO=33;DP=131;FAO=33;FDP=131;FR=.;FRO=98;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=63;FSRR=35;FWDB=-0.00756004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.268;QD=6.8088;RBI=0.0091555;REFB=-0.00447762;REVB=0.0051642;RO=96;SAF=20;SAR=13;SRF=62;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523896;STB=0.529164;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0131845;OID=.;OPOS=32077537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:96:98:33:33:0.251908:13:20:62:34:13:20:63:35 chr16 32077580 . A G 219.48 PASS AF=0.268908;AO=32;DP=119;FAO=32;FDP=119;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.00306985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3643;QD=7.37761;RBI=0.0483243;REFB=-0.00696456;REVB=-0.0482267;RO=85;SAF=18;SAR=14;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468499;STB=0.517674;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0212272;OID=.;OPOS=32077580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:85:87:32:32:0.268908:14:18:51:34:14:18:51:36 chr16 32191941 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00659542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.126;QD=9.49155;RBI=0.0190103;REFB=0.00443129;REVB=-0.0178295;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509371;STB=0.799466;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0107483;OID=.;OPOS=32191941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:15:3:6:3:15:3 chr16 33629700 . G A 290.82 PASS AF=0.350515;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00593052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.926;QD=11.9927;RBI=0.0189993;REFB=-0.0115012;REVB=0.01805;RO=61;SAF=14;SAR=20;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903986;STB=0.552794;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0251488;OID=.;OPOS=33629700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:61:63:34:34:0.350515:20:14:30:31:20:14:31:32 chr16 33629846 . T A 201.97 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0241769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.755;QD=12.058;RBI=0.0464021;REFB=-0.00378493;REVB=0.0396059;RO=42;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475723;STB=0.527424;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0119598;OID=.;OPOS=33629846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:13:12:22:20:13:12:22:20 chr16 33629888 . G A 163.95 PASS AF=0.306667;AO=19;DP=71;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0175316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.54;QD=8.74372;RBI=0.0177234;REFB=-0.00728791;REVB=0.00260045;RO=52;SAF=15;SAR=4;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360141;STB=0.666092;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0193629;OID=.;OPOS=33629888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:52:52:19:23:0.306667:4:15:27:25:6:17:27:25 chr16 33629950 . G T 282.03 PASS AF=0.358696;AO=32;DP=91;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=12;FWDB=0.000217799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.948;QD=12.262;RBI=0.0179796;REFB=0.00132899;REVB=-0.0179782;RO=59;SAF=19;SAR=13;SRF=47;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253243;STB=0.651542;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00346196;OID=.;OPOS=33629950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:59:59:32:33:0.358696:13:19:47:12:14:19:47:12 chr16 33629973 . G A 265.57 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=96;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=13;FWDB=-0.0238581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.926;QD=11.0655;RBI=0.0287926;REFB=-0.0101372;REVB=-0.0161185;RO=63;SAF=18;SAR=14;SRF=50;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284797;STB=0.665201;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0147557;OID=.;OPOS=33629973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:63:64:32:32:0.333333:14:18:50:13:14:18:51:13 chr16 33630022 . A T 170.03 PASS AF=0.226891;AO=27;DP=119;FAO=27;FDP=119;FR=.;FRO=92;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.0147349;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.444;QD=5.71525;RBI=0.0345719;REFB=-0.00416221;REVB=-0.0312745;RO=91;SAF=15;SAR=12;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354975;STB=0.526296;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0128328;OID=.;OPOS=33630022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:91:92:27:27:0.226891:12:15:48:43:12:15:48:44 chr16 33961317 . G A 48.85 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00972226;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.418;QD=11.4945;RBI=0.0147937;REFB=-0.00920823;REVB=0.0111504;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303669;STB=0.713564;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0106702;OID=.;OPOS=33961317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:17:10:10:6:7:0.411765:5:1:4:6:6:1:4:6 chr16 33961327 . G T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0401866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.873;QD=10.3903;RBI=0.0609643;REFB=-0.0200471;REVB=-0.0458441;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312896;STB=0.69701;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0308566;OID=.;OPOS=33961327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:4:7:6:1:4:7 chr16 33961768 . T G 36.72 PASS AF=0.2;AO=3;DP=15;FAO=3;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=2;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0261357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.566;QD=9.79172;RBI=0.031634;REFB=0.00182528;REVB=-0.0178224;RO=9;SAF=2;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329465;STB=0.713258;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0379623;OID=.;OPOS=33961768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:15:15:9:9:3:3:0.2:1:2:8:1:1:2:8:1 chr16 33961880 . CA CG,TG 61.05 PASS AF=0.333333,0.333333;AO=4,4;DP=12;FAO=4,4;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1,3;FSAR=3,1;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0493432,0.00762544;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=139.82,133.602;QD=20.3507;RBI=0.0514948,0.0160338;REFB=-0.0152259,-0.00712426;REVB=-0.0147294,-0.0141044;RO=4;SAF=1,3;SAR=3,1;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.338535,0.548203;STB=0.699286,0.831939;STBP=0.759,0.169;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0123249,0.0140438;OID=.,.;OPOS=33961881,33961880;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:12:12:4:4:4,4:4,4:0.333333,0.333333:3,1:1,3:0:4:3,1:1,3:0:4 chr16 33962422 . C A 40.28 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0264765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.8933;QD=14.6456;RBI=0.0720735;REFB=-0.0293898;REVB=0.0670342;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553146;STB=0.53322;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.04579;OID=.;OPOS=33962422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:3:2:2:4:3:2 chr16 33962434 . CG C,CA 142.72 PASS AF=0.294118,0.529412;AO=6,11;DP=21;FAO=5,9;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=3,7;FSAR=2,2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0029275,-0.00111581;FXX=0.0555247;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.801,80.8931;QD=33.5819;RBI=0.00319452,0.145228;REFB=0.0189747,-0.034021;REVB=0.00127857,0.145224;RO=4;SAF=4,9;SAR=2,2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.28888,-0.163533;STB=0.666107,0.588061;STBP=0.341,0.549;TYPE=del,snp;VARB=-0.0152011,-0.000500415;OID=.,.;OPOS=33962435,33962435;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.294118,0.529412:6,11:21:5,9:17:3:3,7:2,2:3:0:34:4:4,9:2,2:4:0 chr16 33962500 . T G 56.05 PASS AF=0.16129;AO=8;DP=60;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0129988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.12;QD=3.61595;RBI=0.0141478;REFB=3.06659e-05;REVB=0.00558509;RO=52;SAF=3;SAR=5;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833331;STB=0.53635;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.000210841;OID=.;OPOS=33962500;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:60:62:52:52:8:10:0.16129:5:3:23:29:6:4:23:29 chr16 33962542 . T A 48.45 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.00696823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7558;QD=2.54991;RBI=0.00697878;REFB=0.00625175;REVB=-0.000383452;RO=66;SAF=4;SAR=6;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771061;STB=0.505484;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.0543519;OID=.;OPOS=33962542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:76:76:66:66:10:10:0.131579:6:4:26:40:6:4:26:40 chr16 33962561 . GG CA 518.96 PASS AF=0.647059;AO=44;DP=66;FAO=44;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0350829;FXX=0.0555478;HRUN=2;LEN=2;MLLD=181.544;QD=30.527;RBI=0.0358164;REFB=-0.0469162;REVB=0.00721117;RO=17;SAF=18;SAR=26;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127522;STB=0.525536;STBP=0.557;TYPE=mnp;VARB=0.0148781;OID=.;OPOS=33962561;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:17:21:44:44:0.647059:26:18:3:14:26:18:7:14 chr16 33962570 . G A 377.68 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00699469;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.329;QD=21.2779;RBI=0.00701789;REFB=0.00619493;REVB=-0.000570064;RO=33;SAF=16;SAR=22;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499728;STB=0.527593;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0037706;OID=.;OPOS=33962570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:33:33:38:38:0.535211:22:16:12:21:22:16:12:21 chr16 33962582 . C T 43.66 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0193238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.873;QD=2.4597;RBI=0.0240286;REFB=-0.00561471;REVB=-0.0142816;RO=62;SAF=4;SAR=5;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308548;STB=0.522244;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0251557;OID=.;OPOS=33962582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:71:62:62:9:9:0.126761:5:4:26:36:5:4:26:36 chr16 33962619 . G A 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00280652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.099;QD=20.9183;RBI=0.00376909;REFB=-0.00127543;REVB=0.00251585;RO=25;SAF=11;SAR=20;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00453496;STB=0.504334;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00110735;OID=.;OPOS=33962619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:31:31:0.54386:20:11:9:16:20:11:9:17 chr16 33962641 . G T 230.05 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0229536;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4375;QD=21.9097;RBI=0.0229808;REFB=0.000319694;REVB=0.00111765;RO=19;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128704;STB=0.554746;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00428691;OID=.;OPOS=33962641;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:13:9:5:14:13:9:6:14 chr16 33962682 . T C 154.94 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0685564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.3;QD=22.9547;RBI=0.0689116;REFB=-0.0193777;REVB=0.00698781;RO=10;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181774;STB=0.533938;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.010299;OID=.;OPOS=33962682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:10:11:16:16:0.592593:10:6:4:6:10:6:5:6 chr16 33962697 . C T 70.02 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0186804;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9216;QD=14.7418;RBI=0.0544087;REFB=-0.0112669;REVB=-0.0511013;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112036;STB=0.519956;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0102502;OID=.;OPOS=33962697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:19:9:10:9:9:0.473684:6:3:2:7:6:3:3:7 chr16 33962891 . A T 74.03 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0393998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.836;QD=10.2114;RBI=0.0394018;REFB=-0.00178581;REVB=0.000395519;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285136;STB=0.517207;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00799986;OID=.;OPOS=33962891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:9:10:5:5:9:10 chr16 33962907 . A T 54.77 PASS AF=0.258065;AO=7;DP=32;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00293431;FXX=0.0605877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.161;QD=7.06668;RBI=0.0525145;REFB=0.00595275;REVB=-0.0524325;RO=22;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135998;STB=0.639653;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00681936;OID=.;OPOS=33962907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:32:31:22:23:7:8:0.258065:3:4:10:12:3:5:10:13 chr16 33962910 . A G 83.77 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00558859;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.96;QD=10.1534;RBI=0.00903656;REFB=-0.0188995;REVB=0.0071012;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138367;STB=0.56033;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0367856;OID=.;OPOS=33962910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:31:33:21:22:10:11:0.333333:4:6:10:11:5:6:10:12 chr16 33962923 . G A 80.54 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00516652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3747;QD=7.67019;RBI=0.0145978;REFB=-0.00741345;REVB=-0.0136529;RO=31;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427304;STB=0.763031;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0181884;OID=.;OPOS=33962923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:3:8:11:20:3:8:11:20 chr16 33962930 . G T 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0140925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.381;QD=8.28243;RBI=0.0143442;REFB=-0.00500169;REVB=0.00267551;RO=32;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368698;STB=0.724286;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0127705;OID=.;OPOS=33962930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:4:8:11:21:4:8:11:21 chr16 33962996 . TG CG,CT 387.75 PASS AF=0.62069,0.0344828;AO=35,7;DP=62;FAO=36,2;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=14,1;FSAR=22,1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00447475,0.00186274;FXX=0.0793525;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=268.78,145.486;QD=26.7416;RBI=0.00576326,0.0356806;REFB=-0.0059658,-0.00976329;REVB=0.00363205,0.0356319;RO=20;SAF=14,4;SAR=21,3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0681411,0.0826548;STB=0.540961,0.5;STBP=0.442,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00131197,0.0488398;OID=.,.;OPOS=33962996,33962996;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:58:20:20:35,7:36,2:0.62069,0.0344828:21,3:14,4:10:10:22,1:14,1:10:10 chr16 33963000 . T C 373.61 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00346371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.525;QD=23.3504;RBI=0.00437758;REFB=0.0113267;REVB=0.00267692;RO=27;SAF=16;SAR=21;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665458;STB=0.536607;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00766023;OID=.;OPOS=33963000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:21:16:14:13:21:16:14:13 chr16 33963002 . G A 179.04 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0107257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.955;QD=10.8509;RBI=0.0146032;REFB=0.00729697;REVB=0.00991019;RO=37;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141468;STB=0.550221;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.051445;OID=.;OPOS=33963002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:43:23:23:0.348485:13:10:21:16:13:10:22:21 chr16 33963003 . A G 112.05 PASS AF=0.257576;AO=12;DP=61;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0109414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.194;QD=6.791;RBI=0.0110388;REFB=-0.0163261;REVB=-0.00146296;RO=49;SAF=10;SAR=2;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50529;STB=0.66059;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0155639;OID=.;OPOS=33963003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:66:49:49:12:17:0.257576:2:10:21:28:6:11:21:28 chr16 33963015 . T C 1271.21 PASS AF=0.685535;AO=109;DP=160;FAO=109;FDP=159;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=73;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00216102;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.733;QD=31.9801;RBI=0.0330286;REFB=-0.0295067;REVB=0.0329579;RO=49;SAF=36;SAR=73;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752856;STB=0.544699;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0136473;OID=.;OPOS=33963015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:49:50:109:109:0.685535:73:36:22:27:73:36:23:27 chr16 33963020 . C A 2567.6 PASS AF=0.831169;AO=171;DP=211;FAO=192;FDP=231;FR=.;FRO=39;FSAF=71;FSAR=121;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0681257;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.07;QD=44.4606;RBI=0.0691474;REFB=-0.0359754;REVB=0.0118426;RO=39;SAF=57;SAR=114;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299681;STB=0.5073;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00810535;OID=.;OPOS=33963020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:231:39:39:171:192:0.831169:114:57:16:23:121:71:16:23 chr16 33963024 . A C 60.09 PASS AF=0.075;AO=24;DP=329;FAO=24;FDP=320;FR=.;FRO=296;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=103;FSRR=193;FWDB=0.0095689;FXX=0.0273548;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2424;QD=0.751067;RBI=0.0253148;REFB=-0.000573333;REVB=0.0234366;RO=304;SAF=11;SAR=13;SRF=102;SRR=202;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145351;STB=0.604507;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00856938;OID=.;OPOS=33963024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:329:320:304:296:24:24:0.075:13:11:102:202:13:11:103:193 chr16 33963046 . T C 8937.84 PASS AF=0.928463;AO=565;DP=616;FAO=610;FDP=657;FR=.;FRO=47;FSAF=261;FSAR=349;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00227116;FXX=0.00454539;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.773;QD=54.4161;RBI=0.127856;REFB=-0.0233669;REVB=0.127836;RO=46;SAF=260;SAR=305;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887245;STB=0.507585;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0035492;OID=.;OPOS=33963046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:616:657:46:47:565:610:0.928463:305:260:24:22:349:261:25:22 chr16 33963086 . A G 10610.6 PASS AF=0.940633;AO=715;DP=758;FAO=713;FDP=758;FR=.;FRO=45;FSAF=304;FSAR=409;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0409143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8222;QD=55.9924;RBI=0.0443504;REFB=-0.0273755;REVB=0.0171165;RO=41;SAF=306;SAR=409;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00373941;STB=0.505135;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00546845;OID=.;OPOS=33963086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:758:758:41:45:715:713:0.940633:409:306:19:22:409:304:23:22 chr16 33963106 . T C 11327.9 PASS AF=1;AO=737;DP=760;FAO=738;FDP=738;FR=.;FRO=0;FSAF=308;FSAR=430;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024988;FXX=0.0314956;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.529;QD=61.3979;RBI=0.0292519;REFB=-0.0684871;REVB=0.0152076;RO=14;SAF=308;SAR=429;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00821667;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37299e-05;OID=.;OPOS=33963106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:760:738:14:0:737:738:1:429:308:9:5:430:308:0:0 chr16 33963108 . A G 11033.3 PASS AF=0.96164;AO=720;DP=749;FAO=727;FDP=756;FR=.;FRO=29;FSAF=310;FSAR=417;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00787218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.456;QD=58.3774;RBI=0.0177642;REFB=-0.0222063;REVB=-0.0159247;RO=27;SAF=303;SAR=417;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00166954;STB=0.500857;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0014002;OID=.;OPOS=33963108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:749:756:27:29:720:727:0.96164:417:303:12:15:417:310:13:16 chr16 33963175 . C G 10449.5 PASS AF=0.969871;AO=674;DP=698;FAO=676;FDP=697;FR=.;FRO=21;FSAF=295;FSAR=381;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.020216;FXX=0.00286119;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.565;QD=59.9685;RBI=0.0350228;REFB=-0.00146593;REVB=-0.0285992;RO=18;SAF=293;SAR=381;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000491237;STB=0.501698;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=5.48596e-05;OID=.;OPOS=33963175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:698:697:18:21:674:676:0.969871:381:293:8:10:381:295:8:13 chr16 33963202 . A G 8374.1 PASS AF=1;AO=528;DP=534;FAO=531;FDP=531;FR=.;FRO=0;FSAF=220;FSAR=311;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00599985;FXX=0.011173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.179;QD=63.0817;RBI=0.011581;REFB=-0.00836317;REVB=0.0099056;RO=5;SAF=219;SAR=309;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000272577;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02628e-05;OID=.;OPOS=33963202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:534:531:5:0:528:531:1:309:219:2:3:311:220:0:0 chr16 33963210 . AT GC 6666.76 PASS AF=1;AO=422;DP=433;FAO=423;FDP=423;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=259;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012105;FXX=0.0275856;HRUN=1;LEN=2;MLLD=183.204;QD=63.0426;RBI=0.0122909;REFB=-0.0152411;REVB=-0.00212929;RO=3;SAF=163;SAR=259;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398071;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.47891e-05;OID=.;OPOS=33963210;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:433:423:3:0:422:423:1:259:163:2:1:259:164:0:0 chr16 33963224 . T C 4758.13 PASS AF=0.981013;AO=310;DP=316;FAO=310;FDP=316;FR=.;FRO=6;FSAF=133;FSAR=177;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0138367;FXX=0.00315447;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.324;QD=60.2295;RBI=0.0157919;REFB=-0.0157179;REVB=0.00761129;RO=5;SAF=133;SAR=177;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00527693;STB=0.501375;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-6.3459e-06;OID=.;OPOS=33963224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:316:316:5:6:310:310:0.981013:177:133:3:2:177:133:3:3 chr16 33963248 . T C 3076.93 PASS AF=0.945701;AO=208;DP=221;FAO=209;FDP=221;FR=.;FRO=12;FSAF=95;FSAR=114;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.000246172;FXX=0.0045043;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.464;QD=55.6911;RBI=0.0211672;REFB=-0.0402382;REVB=0.0211658;RO=12;SAF=95;SAR=113;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218887;STB=0.511588;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0030075;OID=.;OPOS=33963248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:221:221:12:12:208:209:0.945701:113:95:8:4:114:95:8:4 chr16 33963279 . T C 3105.08 PASS AF=0.950226;AO=213;DP=221;FAO=210;FDP=221;FR=.;FRO=11;FSAF=100;FSAR=110;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00948395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5644;QD=56.2006;RBI=0.0511784;REFB=0.0269684;REVB=0.050292;RO=8;SAF=103;SAR=110;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269674;STB=0.52155;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0048234;OID=.;OPOS=33963279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:221:221:8:11:213:210:0.950226:110:103:7:1:110:100:10:1 chr16 33963283 . C CGG,G 3004.22 PASS AF=0.921659,0.0368664;AO=174,13;DP=227;FAO=200,8;FDP=217;FR=.;FRO=9;FSAF=95,8;FSAR=105,0;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0650835,-0.0107179;FXX=0.00458695;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=40.3678,188.13;QD=55.3772;RBI=0.0665586,0.0128943;REFB=-0.0175275,0.0120441;REVB=0.0139352,-0.00716866;RO=28;SAF=77,11;SAR=97,2;SRF=24;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.108695,-0.02451;STB=0.513053,0.997778;STBP=0.082,0.114;TYPE=ins,snp;VARB=0.00263081,0.0175802;OID=.,.;OPOS=33963284,33963283;OREF=-,C;OALT=GG,G;OMAPALT=CGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:227:217:28:9:174,13:200,8:0.921659,0.0368664:97,2:77,11:24:4:105,0:95,8:7:2 chr16 33963289 . A G 3190.79 PASS AF=0.951327;AO=208;DP=221;FAO=215;FDP=226;FR=.;FRO=11;FSAF=110;FSAR=105;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.000446265;FXX=0.00440509;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.382;QD=56.4741;RBI=0.0130007;REFB=-0.00321255;REVB=0.0129931;RO=11;SAF=103;SAR=105;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134826;STB=0.506076;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=8.37067e-05;OID=.;OPOS=33963289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:221:226:11:11:208:215:0.951327:105:103:7:4:105:110:7:4 chr16 33963329 . T C 3253.75 PASS AF=0.903226;AO=223;DP=247;FAO=224;FDP=248;FR=.;FRO=24;FSAF=124;FSAR=100;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00337274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4451;QD=52.4798;RBI=0.00597773;REFB=-0.0114649;REVB=0.00493537;RO=24;SAF=123;SAR=100;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00592336;STB=0.502915;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00162096;OID=.;OPOS=33963329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:247:248:24:24:223:224:0.903226:100:123:14:10:100:124:14:10 chr16 33963332 . A G 3390.89 PASS AF=0.919679;AO=229;DP=250;FAO=229;FDP=249;FR=.;FRO=20;FSAF=131;FSAR=98;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.024476;FXX=0.00399984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.737;QD=54.4721;RBI=0.0296942;REFB=-0.0443461;REVB=0.0168128;RO=20;SAF=131;SAR=98;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00435701;STB=0.502294;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00340839;OID=.;OPOS=33963332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:250:249:20:20:229:229:0.919679:98:131:12:8:98:131:12:8 chr16 33963395 . AT TC 1948.03 PASS AF=0.847059;AO=131;DP=162;FAO=144;FDP=170;FR=.;FRO=26;FSAF=73;FSAR=71;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0182453;FXX=0.0285698;HRUN=1;LEN=2;MLLD=305.91;QD=45.8359;RBI=0.0423722;REFB=-0.0421703;REVB=0.0382428;RO=26;SAF=70;SAR=61;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107683;STB=0.501062;STBP=0.963;TYPE=mnp;VARB=0.00601592;OID=.;OPOS=33963395;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:170:26:26:131:144:0.847059:61:70:13:13:71:73:13:13 chr16 33963424 . A G 1128.97 PASS AF=0.662252;AO=95;DP=146;FAO=100;FDP=151;FR=.;FRO=51;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00744009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.527;QD=29.9065;RBI=0.031659;REFB=-0.0123408;REVB=-0.0307724;RO=50;SAF=47;SAR=48;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022233;STB=0.519922;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00253836;OID=.;OPOS=33963424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:151:50:51:95:100:0.662252:48:47:23:27:49:51:23:28 chr16 33963426 . C G 34.09 PASS AF=0.0753425;AO=11;DP=147;FAO=11;FDP=146;FR=.;FRO=135;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=70;FSRR=65;FWDB=0.00926264;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4158;QD=0.933998;RBI=0.0209899;REFB=-0.00542062;REVB=-0.0188356;RO=121;SAF=4;SAR=7;SRF=61;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159461;STB=0.642422;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0539569;OID=.;OPOS=33963426;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:147:146:121:135:11:11:0.0753425:7:4:61:60:7:4:70:65 chr16 33963427 . T C 983.79 PASS AF=0.634483;AO=76;DP=133;FAO=92;FDP=145;FR=.;FRO=53;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00170809;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157;QD=27.139;RBI=0.00652076;REFB=-0.0178107;REVB=0.00629307;RO=48;SAF=40;SAR=36;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336737;STB=0.544093;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00322187;OID=.;OPOS=33963427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:145:48:53:76:92:0.634483:36:40:23:25:41:51:23:30 chr16 33963437 . T C 1423.58 PASS AF=0.746835;AO=117;DP=158;FAO=118;FDP=158;FR=.;FRO=40;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00878174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.0721;QD=36.0401;RBI=0.0102737;REFB=-0.0128865;REVB=-0.00533203;RO=40;SAF=57;SAR=60;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177604;STB=0.50204;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0103696;OID=.;OPOS=33963437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:40:40:117:118:0.746835:60:57:18:22:61:57:19:21 chr16 33963445 . A G 1416.09 PASS AF=0.73125;AO=116;DP=159;FAO=117;FDP=160;FR=.;FRO=43;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0367518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7344;QD=35.4023;RBI=0.0378799;REFB=0.0320547;REVB=-0.00917585;RO=43;SAF=55;SAR=61;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282128;STB=0.516182;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.012615;OID=.;OPOS=33963445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:43:43:116:117:0.73125:61:55:18:25:61:56:18:25 chr16 33963447 . C T 43.86 PASS AF=0.0828402;AO=14;DP=169;FAO=14;FDP=169;FR=.;FRO=155;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=72;FSRR=83;FWDB=0.00684169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.056;QD=1.03822;RBI=0.0262834;REFB=-0.00374515;REVB=-0.0253773;RO=153;SAF=4;SAR=10;SRF=72;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21753;STB=0.671125;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0372779;OID=.;OPOS=33963447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:169:169:153:155:14:14:0.0828402:10:4:72:81:10:4:72:83 chr16 33963477 . GTTT AGAC,GTTC 839.29 PASS AF=0.458647,0.142857;AO=60,19;DP=137;FAO=61,19;FDP=133;FR=.;FRO=53;FSAF=11,5;FSAR=50,14;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00158949,0.00283904;FXX=0.029195;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=192.474,112.478;QD=25.2417;RBI=0.0241653,0.0295946;REFB=-0.000598388,0.0104785;REVB=0.0241129,0.0294581;RO=51;SAF=10,5;SAR=50,14;SRF=25;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.354738,-0.290732;STB=0.677135,0.666481;STBP=0,0.105;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00596837,-0.00723248;OID=.,.;OPOS=33963477,33963480;OREF=GTTT,T;OALT=AGAC,C;OMAPALT=AGAC,GTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:133:51:53:60,19:61,19:0.458647,0.142857:50,14:10,5:25:26:50,14:11,5:25:28 chr16 33963490 . T C 517.35 PASS AF=0.444444;AO=55;DP=126;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=43;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.0276595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0461;QD=16.4237;RBI=0.0694971;REFB=0.00229169;REVB=0.0637558;RO=67;SAF=12;SAR=43;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194291;STB=0.597185;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00280346;OID=.;OPOS=33963490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:67:70:55:56:0.444444:43:12:25:42:43:13:26:44 chr16 33963528 . T C 483.35 PASS AF=0.5;AO=50;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00815822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.461;QD=18.9548;RBI=0.0217972;REFB=-0.00922079;REVB=0.0202129;RO=51;SAF=12;SAR=38;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280116;STB=0.658599;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0127784;OID=.;OPOS=33963528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:50:51:0.5:38:12:26:25:39:12:26:25 chr16 33963560 . C A 31.63 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=87;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=0.00148675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.767;QD=1.45436;RBI=0.00507016;REFB=-0.000743359;REVB=-0.00484728;RO=79;SAF=4;SAR=4;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139359;STB=0.608936;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00930229;OID=.;OPOS=33963560;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:79:79:8:8:0.091954:4:4:30:49:4:4:30:49 chr16 33963563 . G C 314.83 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0017581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.844;QD=14.8157;RBI=0.0258897;REFB=-0.00532101;REVB=-0.02583;RO=50;SAF=9;SAR=26;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277117;STB=0.658132;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00774692;OID=.;OPOS=33963563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:26:9:25:25:26:9:25:25 chr16 33963571 . T C 344.0 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0124805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.235;QD=16.381;RBI=0.0175323;REFB=0.00119359;REVB=0.0123134;RO=47;SAF=11;SAR=26;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226504;STB=0.627947;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00216445;OID=.;OPOS=33963571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:26:11:24:23:26:11:24:23 chr16 33963591 . T C 51.19 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00699374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.112;QD=2.92488;RBI=0.00752357;REFB=-0.00195447;REVB=0.00277338;RO=60;SAF=3;SAR=7;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230834;STB=0.662388;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0158742;OID=.;OPOS=33963591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:60:60:10:10:0.142857:7:3:29:31:7:3:29:31 chr16 33963595 . A G 159.14 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00860991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2882;QD=10.1039;RBI=0.0597553;REFB=0.00456055;REVB=-0.0591318;RO=41;SAF=7;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233711;STB=0.630308;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0120087;OID=.;OPOS=33963595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:41:42:21:21:0.333333:14:7:22:19:14:7:22:20 chr16 33963597 . C T 160.31 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0335856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.263;QD=10.3427;RBI=0.0338015;REFB=0.00118294;REVB=0.00381403;RO=41;SAF=7;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233711;STB=0.63723;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0052511;OID=.;OPOS=33963597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:14:7:22:19:14:7:22:19 chr16 33963605 . T C 265.23 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0171045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.384;QD=15.602;RBI=0.0247158;REFB=0.0123893;REVB=-0.0178412;RO=38;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590043;STB=0.533311;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00766019;OID=.;OPOS=33963605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:16:14:20:18:16:14:20:18 chr16 33963624 . T C 131.06 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0129348;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.962;QD=7.38363;RBI=0.015106;REFB=-0.00111539;REVB=0.00780267;RO=51;SAF=11;SAR=8;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366748;STB=0.544181;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00188757;OID=.;OPOS=33963624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:51:52:19:19:0.267606:8:11:28:23:8:11:27:25 chr16 33963636 . AA GG 132.0 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.000559323;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=261.858;QD=7.65204;RBI=0.0232772;REFB=-0.00599913;REVB=0.0232705;RO=50;SAF=11;SAR=8;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071495;STB=0.543164;STBP=0.659;TYPE=mnp;VARB=0.0134268;OID=.;OPOS=33963636;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:50:19:19:0.275362:8:11:26:24:8:11:26:24 chr16 33963653 . GGGTTTTTA G 65.41 PASS AF=0.245902;AO=14;DP=58;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00881071;FXX=0.0468677;HRUN=3;LEN=8;MLLD=307.684;QD=4.28905;RBI=0.0203004;REFB=-0.00883045;REVB=-0.0182887;RO=33;SAF=9;SAR=5;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045683;STB=0.559919;STBP=0.597;TYPE=del;VARB=0.0216991;OID=.;OPOS=33963654;OREF=GGTTTTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245902:14:58:15:61:46:9:6:24:22:65:33:9:5:20:13 chr16 33963678 . C T 461.38 PASS AF=0.578947;AO=43;DP=75;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0016827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.821;QD=24.2829;RBI=0.0156454;REFB=-0.0112866;REVB=-0.0155546;RO=29;SAF=19;SAR=24;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731433;STB=0.510997;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00624193;OID=.;OPOS=33963678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:29:32:43:44:0.578947:24:19:10:19:25:19:13:19 chr16 33963708 . GT AC 75.81 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.020752;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=240.479;QD=5.22794;RBI=0.0225238;REFB=0.00127871;REVB=-0.00875658;RO=46;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355134;STB=0.724923;STBP=0.1;TYPE=mnp;VARB=-0.0145701;OID=.;OPOS=33963708;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:46:46:12:12:0.206897:4:8:17:29:4:8:17:29 chr16 33963722 . C G 61.86 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00811189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.217;QD=4.34104;RBI=0.0288869;REFB=0.000292985;REVB=-0.0277245;RO=47;SAF=3;SAR=7;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239942;STB=0.661486;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00232438;OID=.;OPOS=33963722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:57:57:47:47:10:10:0.175439:7:3:23:24:7:3:23:24 chr16 33963732 . A C 69.44 PASS AF=0.196429;AO=10;DP=57;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00797452;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.786;QD=4.96016;RBI=0.012152;REFB=-0.00113548;REVB=-0.00916946;RO=44;SAF=4;SAR=6;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123686;STB=0.545372;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00290959;OID=.;OPOS=33963732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:57:56:44:45:10:11:0.196429:6:4:22:22:6:5:23:22 chr16 33963737 . GC AT 224.89 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00457627;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.624;QD=14.9925;RBI=0.00615807;REFB=-0.00114236;REVB=-0.00412063;RO=33;SAF=8;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00513645;STB=0.503101;STBP=0.994;TYPE=mnp;VARB=0.00384564;OID=.;OPOS=33963737;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:14:14:0.233333:6:8:19:14:6:8:19:14 chr16 33963758 . T C 78.59 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0025972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.304;QD=6.41547;RBI=0.00792227;REFB=-0.00057153;REVB=0.00748444;RO=37;SAF=9;SAR=2;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294623;STB=0.685333;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00219236;OID=.;OPOS=33963758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:37:38:11:11:0.22449:2:9:23:14:2:9:24:14 chr16 33963769 . C A 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00880556;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=341.179;QD=29.0929;RBI=0.0167609;REFB=-0.00301539;REVB=0.0142615;RO=13;SAF=17;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12307;STB=0.568064;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0020033;OID=.;OPOS=33963769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:7:17:7:6:7:17:7:6 chr16 33963775 . G C 224.49 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0232171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.7006;QD=17.6073;RBI=0.0238486;REFB=-0.00454886;REVB=-0.00545205;RO=12;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101807;STB=0.611559;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0167354;OID=.;OPOS=33963775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:12:27:24:24:0.470588:14:10:7:5:14:10:17:10 chr16 33963783 . G C,T 917.03 PASS AF=0.531646,0.35443;AO=42,28;DP=79;FAO=42,28;FDP=79;FR=.;FRO=9;FSAF=6,18;FSAR=36,10;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00301106,0.00494452;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=141.269,153.064;QD=46.4319;RBI=0.0192672,0.00510911;REFB=0.0168526,0.0129354;REVB=0.0190304,0.00128636;RO=9;SAF=6,18;SAR=36,10;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.317305,-0.0671873;STB=0.672318,0.536455;STBP=0.001,0.491;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000974516,0.000891682;OID=.,.;OPOS=33963783,33963783;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:79:79:9:9:42,28:42,28:0.531646,0.35443:36,10:6,18:7:2:36,10:6,18:7:2 chr16 33963788 . A C 30.51 PASS AF=0.0789474;AO=9;DP=114;FAO=9;FDP=114;FR=.;FRO=105;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=79;FWDB=-0.000669912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.086;QD=1.07055;RBI=0.0221684;REFB=0.000370487;REVB=-0.0221583;RO=104;SAF=7;SAR=2;SRF=25;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.556446;STB=0.895149;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00631691;OID=.;OPOS=33963788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:114:114:104:105:9:9:0.0789474:2:7:25:79:2:7:26:79 chr16 33963809 . G C 1829.48 PASS AF=0.876712;AO=127;DP=147;FAO=128;FDP=146;FR=.;FRO=18;FSAF=27;FSAR=101;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00252021;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4825;QD=50.1227;RBI=0.118399;REFB=-0.0589994;REVB=0.118372;RO=18;SAF=27;SAR=100;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160378;STB=0.585323;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00830955;OID=.;OPOS=33963809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:147:146:18:18:127:128:0.876712:100:27:13:5:101:27:13:5 chr16 33963816 . TG GA 1830.37 PASS AF=0.79096;AO=139;DP=179;FAO=140;FDP=177;FR=.;FRO=37;FSAF=38;FSAR=102;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.00984761;FXX=0.0327851;HRUN=1;LEN=2;MLLD=117.861;QD=41.3643;RBI=0.0192832;REFB=-0.0229156;REVB=0.0165791;RO=36;SAF=37;SAR=102;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191213;STB=0.597308;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.00512765;OID=.;OPOS=33963816;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:177:36:37:139:140:0.79096:102:37:25:11:102:38:25:12 chr16 33963822 . A G 3279.33 PASS AF=0.861818;AO=237;DP=275;FAO=237;FDP=275;FR=.;FRO=38;FSAF=72;FSAR=165;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00598141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.427;QD=47.6994;RBI=0.0295066;REFB=-0.010192;REVB=-0.028894;RO=38;SAF=72;SAR=165;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111981;STB=0.55924;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00127299;OID=.;OPOS=33963822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:38:38:237:237:0.861818:165:72:26:12:165:72:26:12 chr16 33963840 . C CCGTT 4829.04 PASS AF=0.884615;AO=326;DP=399;FAO=345;FDP=390;FR=.;FRO=45;FSAF=129;FSAR=216;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00262175;FXX=0.041768;HRUN=2;LEN=4;MLLD=224.115;QD=49.5286;RBI=0.00941945;REFB=-0.014485;REVB=-0.00904724;RO=47;SAF=122;SAR=204;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609005;STB=0.53013;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.00184942;OID=.;OPOS=33963841;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=CCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.884615:326:399:345:390:45:129:216:28:17:99:47:122:204:29:18 chr16 33963855 . T C 8755.45 PASS AF=0.92224;AO=593;DP=644;FAO=593;FDP=643;FR=.;FRO=50;FSAF=225;FSAR=368;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0129417;FXX=0.00155277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4564;QD=54.4662;RBI=0.0624523;REFB=-0.0243634;REVB=0.0610967;RO=48;SAF=225;SAR=368;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030615;STB=0.514802;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00142154;OID=.;OPOS=33963855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:644:643:48:50:593:593:0.92224:368:225:28:20:368:225:28:22 chr16 33963875 . A G 13244.1 PASS AF=0.99061;AO=838;DP=846;FAO=844;FDP=852;FR=.;FRO=8;FSAF=374;FSAR=470;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0119221;FXX=0.00583424;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2469;QD=62.1789;RBI=0.104214;REFB=0.00491691;REVB=-0.10353;RO=8;SAF=371;SAR=467;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00790553;STB=0.504104;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-1.93743e-05;OID=.;OPOS=33963875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:846:852:8:8:838:844:0.99061:467:371:7:1:470:374:7:1 chr16 33963881 . C G 12718.8 PASS AF=0.941501;AO=852;DP=911;FAO=853;FDP=906;FR=.;FRO=53;FSAF=378;FSAR=475;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00898583;FXX=0.00548841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.379;QD=56.1536;RBI=0.0619703;REFB=0.0302902;REVB=-0.0613154;RO=52;SAF=377;SAR=475;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170388;STB=0.509499;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00142187;OID=.;OPOS=33963881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:911:906:52:53:852:853:0.941501:475:377:31:21:475:378:32:21 chr16 33963912 . T C 16573.5 PASS AF=1;AO=1064;DP=1090;FAO=1065;FDP=1065;FR=.;FRO=0;FSAF=495;FSAR=570;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104739;FXX=0.0238311;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4748;QD=62.2477;RBI=0.0210009;REFB=-0.0121076;REVB=0.0182026;RO=22;SAF=495;SAR=569;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119445;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141914;OID=.;OPOS=33963912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:1090:1065:22:0:1064:1065:1:569:495:17:5:570:495:0:0 chr16 33963961 . C G 17884.5 PASS AF=0.957586;AO=1173;DP=1229;FAO=1174;FDP=1226;FR=.;FRO=52;FSAF=537;FSAR=637;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.0502074;FXX=0.00325201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.923;QD=58.3506;RBI=0.0509129;REFB=-0.0451743;REVB=-0.00844617;RO=47;SAF=536;SAR=637;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149877;STB=0.50838;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00142975;OID=.;OPOS=33963961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:1229:1226:47:52:1173:1174:0.957586:637:536:31:16:637:537:34:18 chr16 33963975 . A G 16873.3 PASS AF=0.9375;AO=1125;DP=1200;FAO=1125;FDP=1200;FR=.;FRO=75;FSAF=535;FSAR=590;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0127844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=331.099;QD=56.2445;RBI=0.0160351;REFB=0.000923154;REVB=0.00967903;RO=75;SAF=535;SAR=590;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100791;STB=0.505288;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-4.52707e-05;OID=.;OPOS=33963975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1200:1200:75:75:1125:1125:0.9375:590:535:42:33:590:535:42:33 chr16 33963991 . A G 16785.4 PASS AF=0.965548;AO=1087;DP=1127;FAO=1093;FDP=1132;FR=.;FRO=39;FSAF=530;FSAR=563;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0334919;FXX=0.0043975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.115;QD=59.3123;RBI=0.0337012;REFB=-0.0249183;REVB=0.00374958;RO=37;SAF=525;SAR=562;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121167;STB=0.507149;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000786834;OID=.;OPOS=33963991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:1127:1132:37:39:1087:1093:0.965548:562:525:25:12:563:530:27:12 chr16 33964017 . A G 13355.5 PASS AF=0.945435;AO=857;DP=912;FAO=901;FDP=953;FR=.;FRO=52;FSAF=446;FSAR=455;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0103377;FXX=0.00209422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5583;QD=56.0565;RBI=0.014018;REFB=-0.0216653;REVB=0.00946759;RO=52;SAF=435;SAR=422;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159578;STB=0.508666;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000787999;OID=.;OPOS=33964017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:912:953:52:52:857:901:0.945435:422:435:34:18:455:446:34:18 chr16 33964050 . G A 31.28 PASS AF=0.0449927;AO=31;DP=689;FAO=31;FDP=689;FR=.;FRO=658;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=317;FSRR=341;FWDB=-0.00852154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.758;QD=0.181625;RBI=0.0143977;REFB=-0.000404201;REVB=-0.011605;RO=658;SAF=20;SAR=11;SRF=317;SRR=341;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152786;STB=0.654967;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0209509;OID=.;OPOS=33964050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:689:689:658:658:31:31:0.0449927:11:20:317:341:11:20:317:341 chr16 33964062 . C T 114.75 PASS AF=0.0883621;AO=40;DP=463;FAO=41;FDP=464;FR=.;FRO=423;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=136;FSRR=287;FWDB=-0.0687286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.409;QD=0.989209;RBI=0.0719332;REFB=-0.00964904;REVB=0.0212315;RO=419;SAF=15;SAR=25;SRF=133;SRR=286;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758978;STB=0.567757;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0525296;OID=.;OPOS=33964062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:463:464:419:423:40:41:0.0883621:25:15:133:286:25:16:136:287 chr16 33964064 . T C 4408.08 PASS AF=0.785548;AO=327;DP=429;FAO=337;FDP=429;FR=.;FRO=92;FSAF=84;FSAR=253;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.0182093;FXX=0.00232553;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7404;QD=41.1009;RBI=0.0196991;REFB=-0.0602395;REVB=-0.00751499;RO=90;SAF=79;SAR=248;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127326;STB=0.567006;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0144665;OID=.;OPOS=33964064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:429:90:92:327:337:0.785548:248:79:44:46:253:84:46:46 chr16 33964070 . AG GC 3806.97 PASS AF=0.752551;AO=293;DP=396;FAO=295;FDP=392;FR=.;FRO=97;FSAF=80;FSAR=215;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=0.0117604;FXX=0.015075;HRUN=1;LEN=2;MLLD=128.712;QD=38.8466;RBI=0.0221765;REFB=-0.0552944;REVB=0.0188014;RO=96;SAF=78;SAR=215;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134933;STB=0.571453;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0159475;OID=.;OPOS=33964070;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:392:96:97:293:295:0.752551:215:78:49:47:215:80:50:47 chr16 33964082 . T C 3277.25 PASS AF=0.731302;AO=262;DP=369;FAO=264;FDP=361;FR=.;FRO=97;FSAF=79;FSAR=185;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=0.00551212;FXX=0.0216796;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.937;QD=36.313;RBI=0.00561341;REFB=-0.0157287;REVB=-0.00106159;RO=97;SAF=77;SAR=185;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104877;STB=0.553636;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00914889;OID=.;OPOS=33964082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:361:97:97:262:264:0.731302:185:77:46:51:185:79:46:51 chr16 33964091 . T C 4783.76 PASS AF=0.912536;AO=254;DP=339;FAO=313;FDP=343;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=106;FSAR=207;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0590404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.097;QD=55.7873;RBI=0.0590408;REFB=-0.0431079;REVB=-0.000209565;RO=19;SAF=46;SAR=208;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730451;STB=0.511895;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00612414;OID=.;OPOS=33964091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:339:343:19:19:254:313:0.912536:208:46:10:9:207:106:10:9 chr16 33964108 . G C 2154.22 PASS AF=0.632653;AO=186;DP=291;FAO=186;FDP=294;FR=.;FRO=108;FSAF=68;FSAR=118;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=0.00505422;FXX=0.00338972;HRUN=5;LEN=1;MLLD=123.438;QD=29.3091;RBI=0.0271985;REFB=-0.0198394;REVB=0.0267247;RO=105;SAF=68;SAR=118;SRF=47;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058271;STB=0.534243;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00524568;OID=.;OPOS=33964108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:294:105:108:186:186:0.632653:118:68:47:58:118:68:49:59 chr16 33964119 . A G 79.64 PASS AF=0.0952381;AO=23;DP=252;FAO=24;FDP=252;FR=.;FRO=228;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=91;FSRR=137;FWDB=0.00364403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.993;QD=1.26419;RBI=0.00934448;REFB=-0.00125818;REVB=0.00860467;RO=224;SAF=13;SAR=10;SRF=89;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198951;STB=0.627017;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00972592;OID=.;OPOS=33964119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:252:252:224:228:23:24:0.0952381:10:13:89:135:11:13:91:137 chr16 33964134 . G C 754.52 PASS AF=0.454545;AO=80;DP=175;FAO=80;FDP=176;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.0577576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.752;QD=17.1481;RBI=0.0578144;REFB=0.00144134;REVB=0.00256267;RO=95;SAF=34;SAR=46;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586552;STB=0.529946;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00753916;OID=.;OPOS=33964134;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:95:96:80:80:0.454545:46:34:46:49:46:34:46:50 chr16 33964143 . T C 542.82 PASS AF=0.41844;AO=59;DP=141;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0603955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5904;QD=15.3992;RBI=0.0851512;REFB=-0.0067743;REVB=-0.0600259;RO=81;SAF=32;SAR=27;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374731;STB=0.524708;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00755716;OID=.;OPOS=33964143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:81:82:59:59:0.41844:27:32:41:40:27:32:41:41 chr16 33964153 . G T 112.47 PASS AF=0.157143;AO=22;DP=140;FAO=22;FDP=140;FR=.;FRO=118;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=54;FWDB=-0.00714668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.922;QD=3.21334;RBI=0.00845296;REFB=-0.00401568;REVB=-0.00451414;RO=116;SAF=12;SAR=10;SRF=62;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140383;STB=0.502615;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0151068;OID=.;OPOS=33964153;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:116:118:22:22:0.157143:10:12:62:54:10:12:64:54 chr16 33964154 . C T 197.52 PASS AF=0.221429;AO=31;DP=140;FAO=31;FDP=140;FR=.;FRO=109;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=66;FSRR=43;FWDB=0.0114028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.357;QD=5.64335;RBI=0.0115297;REFB=-0.0101695;REVB=-0.00170557;RO=103;SAF=10;SAR=21;SRF=65;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375793;STB=0.713642;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0247471;OID=.;OPOS=33964154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:103:109:31:31:0.221429:21:10:65:38:21:10:66:43 chr16 33964168 . G A 199.76 PASS AF=0.252101;AO=30;DP=118;FAO=30;FDP=119;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=58;FSRR=31;FWDB=-0.0260568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.31;QD=6.71462;RBI=0.0268052;REFB=-0.00893399;REVB=-0.00628991;RO=88;SAF=9;SAR=21;SRF=58;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426302;STB=0.750244;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0190252;OID=.;OPOS=33964168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:88:89:30:30:0.252101:21:9:58:30:21:9:58:31 chr16 33964170 . C A 32.46 PASS AF=0.0941176;AO=8;DP=89;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0159671;FXX=0.0449388;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.012;QD=1.52757;RBI=0.0264912;REFB=0.000869432;REVB=-0.0211385;RO=77;SAF=1;SAR=7;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468663;STB=0.871466;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0303601;OID=.;OPOS=33964170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:89:85:77:77:8:8:0.0941176:7:1:41:36:7:1:41:36 chr16 33964196 . T C 105.07 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00722461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.214;QD=6.46598;RBI=0.0178555;REFB=-0.00381311;REVB=-0.0163286;RO=48;SAF=10;SAR=6;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506165;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0259018;OID=.;OPOS=33964196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:48:49:16:16:0.246154:6:10:30:18:6:10:31:18 chr16 33964202 . C T 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0035883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.559;QD=15.7729;RBI=0.0260129;REFB=-0.0111496;REVB=-0.0257642;RO=33;SAF=17;SAR=10;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1055;STB=0.559303;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0137866;OID=.;OPOS=33964202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:10:17:24:9:10:17:24:9 chr16 33964204 . T G 92.16 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=-0.0298792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.876;QD=6.24791;RBI=0.0351744;REFB=-0.000735289;REVB=0.01856;RO=45;SAF=8;SAR=6;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21377;STB=0.630601;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00495268;OID=.;OPOS=33964204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:6:8:33:12:6:8:33:12 chr16 33964233 . C T 62.56 PASS AF=0.171875;AO=10;DP=62;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.00380159;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.817;QD=3.90994;RBI=0.00842979;REFB=-0.0178779;REVB=-0.00752391;RO=51;SAF=8;SAR=2;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206346;STB=0.565532;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0376909;OID=.;OPOS=33964233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:62:64:51:53:10:11:0.171875:2:8:34:17:3:8:35:18 chr16 33964237 . CT CG,TG 91.63 PASS AF=0.145455,0.109091;AO=8,6;DP=55;FAO=8,6;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=6,5;FSAR=2,1;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.000507426,-0.0126772;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=132.845,204.24;QD=6.66404;RBI=0.0325465,0.0270205;REFB=-0.010493,-0.0106638;REVB=-0.0325426,-0.023862;RO=41;SAF=6,5;SAR=2,1;SRF=28;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0995689,0.230324;STB=0.569437,0.678927;STBP=0.739,0.476;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0312361,0.0257058;OID=.,.;OPOS=33964238,33964237;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:55:55:41:41:8,6:8,6:0.145455,0.109091:2,1:6,5:28:13:2,1:6,5:28:13 chr16 33964242 . CA CG,GG 93.51 PASS AF=0.148148,0.111111;AO=8,6;DP=53;FAO=8,6;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=6,5;FSAR=2,1;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0114954,-0.000520634;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=127.444,209.288;QD=6.92703;RBI=0.0719241,0.0224206;REFB=-0.0207017,-0.0146355;REVB=-0.0709995,-0.0224145;RO=39;SAF=6,5;SAR=2,1;SRF=27;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0866871,0.220727;STB=0.57672,0.685565;STBP=0.69,0.476;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00864577,0.0309734;OID=.,.;OPOS=33964243,33964242;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:53:54:39:40:8,6:8,6:0.148148,0.111111:2,1:6,5:27:12:2,1:6,5:27:13 chr16 33964252 . G A 31.81 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.00240821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.153;QD=2.49479;RBI=0.0402823;REFB=-0.000581296;REVB=-0.0402103;RO=43;SAF=5;SAR=1;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211501;STB=0.694907;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0183859;OID=.;OPOS=33964252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:49:51:43:45:6:6:0.117647:1:5:30:13:1:5:30:15 chr16 33965449 . G C 86.13 PASS AF=0.185185;AO=15;DP=81;FAO=15;FDP=81;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00554681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4994;QD=4.25345;RBI=0.0331387;REFB=-0.00384431;REVB=0.0326712;RO=66;SAF=9;SAR=6;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144703;STB=0.593934;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0174779;OID=.;OPOS=33965449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:81:81:66:66:15:15:0.185185:6:9:32:34:6:9:32:34 chr16 33965456 . T C 168.36 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0122796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8655;QD=8.52462;RBI=0.0214341;REFB=0.00545723;REVB=0.0175679;RO=56;SAF=14;SAR=9;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172266;STB=0.60256;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00805917;OID=.;OPOS=33965456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:56:23:23:0.291139:9:14:26:30:9:14:26:30 chr16 33965459 . C T 85.84 PASS AF=0.182927;AO=15;DP=82;FAO=15;FDP=82;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00956605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9758;QD=4.1873;RBI=0.0462302;REFB=0.00870026;REVB=-0.0452297;RO=67;SAF=9;SAR=6;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153564;STB=0.599867;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.0510626;OID=.;OPOS=33965459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:82:82:67:67:15:15:0.182927:6:9:32:35:6:9:32:35 chr16 33965460 . G A 33.05 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.0182825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.942;QD=1.61217;RBI=0.0435849;REFB=0.000633199;REVB=-0.0395651;RO=71;SAF=5;SAR=3;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153461;STB=0.624688;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00873338;OID=.;OPOS=33965460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:71:74:8:8:0.097561:3:5:35:36:3:5:36:38 chr16 33965487 . C T 31.91 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0256098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.732;QD=1.48418;RBI=0.0256207;REFB=0.000325236;REVB=-0.000746376;RO=78;SAF=7;SAR=1;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433667;STB=0.852186;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00971015;OID=.;OPOS=33965487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:86:78:78:8:8:0.0930233:1:7:40:38:1:7:40:38 chr16 33965507 . G C 264.15 PASS AF=0.326531;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00120629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.816;QD=10.7814;RBI=0.0431876;REFB=-0.0106644;REVB=-0.0431708;RO=66;SAF=23;SAR=9;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268173;STB=0.65704;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.033712;OID=.;OPOS=33965507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:66:66:32:32:0.326531:9:23:33:33:9:23:33:33 chr16 33965533 . A C 343.34 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.000116963;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0255;QD=15.9695;RBI=0.0311106;REFB=-0.0192725;REVB=-0.0311103;RO=49;SAF=26;SAR=11;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268042;STB=0.65163;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00464586;OID=.;OPOS=33965533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:49:49:37:37:0.430233:11:26:22:27:11:26:22:27 chr16 33965536 . GCA GCG,GTG 341.21 PASS AF=0.383721,0.0465116;AO=33,4;DP=86;FAO=33,4;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=23,2;FSAR=10,2;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0173862,0.0174871;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=114.487,116.182;QD=15.8703;RBI=0.0348286,0.0268204;REFB=-0.0549279,-0.0450737;REVB=-0.0301786,-0.0203355;RO=33;SAF=23,2;SAR=10,2;SRF=21;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0624058,-0.153866;STB=0.641346,0.529266;STBP=0.04,0.928;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00623497,-0.0341579;OID=.,.;OPOS=33965538,33965537;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=GCG,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.383721,0.0465116:33,4:86:33,4:86:47:23,2:10,2:22:25:99:33:23,2:10,2:21:12 chr16 33965539 . G GC 117.3 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0437902;FXX=0.0813859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.0077;QD=5.93908;RBI=0.0782173;REFB=-0.0512214;REVB=-0.0648102;RO=61;SAF=20;SAR=7;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344756;STB=0.676478;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=0.0740391;OID=.;OPOS=33965540;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.341772:27:88:27:79:52:19:8:23:29:99:61:20:7:28:33 chr16 33965554 . A G 260.04 PASS AF=0.189873;AO=12;DP=80;FAO=15;FDP=79;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=42;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.0116444;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.981;QD=13.1664;RBI=0.0130934;REFB=0.00079259;REVB=-0.00598709;RO=34;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346258;STB=0.672878;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0511928;OID=.;OPOS=33965554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:80:79:34:42:12:15:0.189873:8:4:4:30:8:7:10:32 chr16 33965560 . TT AC,AT 312.62 PASS AF=0.333333,0.111111;AO=26,9;DP=81;FAO=27,9;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=19,3;FSAR=8,6;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.015681,0.00221003;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=208.408,239.913;QD=15.4379;RBI=0.0168265,0.00423509;REFB=-0.0122692,-0.0116061;REVB=-0.00610218,-0.00361271;RO=44;SAF=19,3;SAR=7,6;SRF=17;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.37978,-0.0702573;STB=0.691844,0.559863;STBP=0.018,0.694;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0214667,0.0147101;OID=.,.;OPOS=33965560,33965560;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:45:26,9:27,9:0.333333,0.111111:7,6:19,3:17:27:8,6:19,3:18:27 chr16 34970274 . C G 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0279892;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.1799;QD=14.3333;RBI=0.02799;REFB=0.0314358;REVB=-0.000211209;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286347;STB=0.670818;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0344009;OID=.;OPOS=34970274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:7:2:5:5:7:2:5:5 chr16 46565019 . T G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114948;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.788;QD=64.4154;RBI=0.011501;REFB=0;REVB=-0.000379291;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43407e-05;OID=.;OPOS=46565019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr16 46590024 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.2462;QD=60.6092;RBI=0.0374266;REFB=0;REVB=-0.0245441;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60774e-05;OID=.;OPOS=46590024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr16 46655210 . A G 344.64 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00250834;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.005;QD=55.1422;RBI=0.00937676;REFB=0;REVB=0.00903504;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39021e-05;OID=.;OPOS=46655210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr16 46696284 . G A 747.06 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000483641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.785;QD=63.5791;RBI=0.018283;REFB=0;REVB=-0.0182766;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102299;OID=.;OPOS=46696284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:21:26:0:0 chr16 46766268 . G A 390.47 PASS AF=0.633333;AO=37;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.010695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.909;QD=26.031;RBI=0.016851;REFB=-0.0232802;REVB=-0.0130221;RO=22;SAF=15;SAR=22;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297261;STB=0.521728;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0119246;OID=.;OPOS=46766268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:22:37:38:0.633333:22:15:8:14:22:16:8:14 chr16 46773999 . C A 311.57 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00243212;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.1744;QD=18.3276;RBI=0.0166829;REFB=-0.00605757;REVB=0.0165047;RO=34;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671674;STB=0.544016;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0103826;OID=.;OPOS=46773999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:34:33:34:0.5:16:17:15:19:16:18:15:19 chr16 48122582 . G A 1713.61 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7205;QD=60.1267;RBI=0.0713153;REFB=0;REVB=0.00887416;RO=0;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271684;OID=.;OPOS=48122582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:111:114:1:56:55:0:0:56:58:0:0 chr16 48201432 . T C 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00921185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5341;QD=19.5187;RBI=0.0175032;REFB=-0.00515443;REVB=-0.014883;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952675;STB=0.553153;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00562647;OID=.;OPOS=48201432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:12:16:12:14:12:16:12:14 chr16 48227862 . G A 211.72 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0501346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3078;QD=19.695;RBI=0.0573311;REFB=-0.0236501;REVB=-0.0278097;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185364;STB=0.604299;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0243201;OID=.;OPOS=48227862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:11:10:15:7:11:10:15:7 chr16 48234327 . C T 251.06 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00247269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.539;QD=19.6906;RBI=0.00268747;REFB=-0.033679;REVB=0.00105278;RO=22;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435819;STB=0.509084;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0338802;OID=.;OPOS=48234327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:25:26:26:0.509804:12:14:13:9:12:14:13:12 chr16 48248918 . T C 538.4 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0163386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.232;QD=24.1976;RBI=0.0166918;REFB=-0.00569875;REVB=-0.00341566;RO=38;SAF=18;SAR=32;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729102;STB=0.535358;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00395737;OID=.;OPOS=48248918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:38:39:50:50:0.561798:32:18:17:21:32:18:17:22 chr16 48250026 . G T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0074328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4188;QD=14.0964;RBI=0.0520458;REFB=-0.0125129;REVB=0.0515123;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134192;STB=0.578801;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0406232;OID=.;OPOS=48250026;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:7:7:7:4:7:7 chr16 48256602 . T C 435.76 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.012251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.741;QD=18.5431;RBI=0.0123048;REFB=0.00107594;REVB=-0.00114945;RO=50;SAF=30;SAR=14;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659641;STB=0.536859;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00207494;OID=.;OPOS=48256602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:14:30:31:19:14:30:31:19 chr16 48258198 . C T 129.63 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0231608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.273;QD=13.2953;RBI=0.0276678;REFB=-0.0027572;REVB=0.0151355;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275815;STB=0.516108;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0045279;OID=.;OPOS=48258198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:9:15:9:6:9:15 chr16 48265777 . C T 348.44 PASS AF=0.4;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.00267717;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.843;QD=14.6712;RBI=0.0154228;REFB=-0.0015356;REVB=-0.0151887;RO=57;SAF=19;SAR=19;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00927459;STB=0.50526;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00228409;OID=.;OPOS=48265777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:57:57:38:38:0.4:19:19:29:28:19:19:29:28 chr16 48396190 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0230962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5935;QD=11.8302;RBI=0.0310854;REFB=-0.00743803;REVB=0.0208055;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0066101;STB=0.50393;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.011084;OID=.;OPOS=48396190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:3:8:13:5:3:8:13:5 chr16 48765612 . TTA T,TT,TTT 116.11 PASS AF=0.5,0.03125,0;AO=6,5,13;DP=39;FAO=16,1,0;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4,0,0;FSAR=12,1,0;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.20598,-0.0800865,-0.288484;FXX=0;HRUN=7,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=18.5022,9.62129,9.20834;QD=14.5141;RBI=0.210017,0.167738,0.317046;REFB=-0.101545,-0.187431,-0.0995263;REVB=0.040981,0.147384,0.131511;RO=14;SAF=2,3,0;SAR=4,2,13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.11111,0.189489,-0.806766;STB=0.654339,0.99016,0.5;STBP=0.085,0.477,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.103594,0.102909,0;OID=.,.,.;OPOS=48765613,48765614,48765614;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.03125,0:6,5,13:39:16,1,0:32:15:4,0,0:12,1,0:8:7:88:14:2,3,0:4,2,13:6:8 chr16 49671177 . T C 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0303436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.858;QD=21.0067;RBI=0.0308134;REFB=-0.00404387;REVB=0.00536035;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957355;STB=0.553879;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00342055;OID=.;OPOS=49671177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:10:7:10:9:10:7 chr16 49671218 . C T 52.86 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00134165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.233;QD=9.19259;RBI=0.00670682;REFB=-0.00832174;REVB=-0.00657126;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420002;STB=0.561641;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0184095;OID=.;OPOS=49671218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:23:23:15:15:7:8:0.347826:4:3:7:8:5:3:7:8 chr16 49672520 . A G 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8719;QD=56.6982;RBI=0.0958449;REFB=0;REVB=-0.0958319;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00230724;OID=.;OPOS=49672520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr16 50059279 . C A 162.38 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0265853;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.436;QD=38.2061;RBI=0.0286535;REFB=-0.195965;REVB=-0.0106885;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434393;STB=0.545396;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00311311;OID=.;OPOS=50059279;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:1:2:15:15:0.882353:10:5:0:1:10:5:0:2 chr16 50069312 . C G 74.14 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0185262;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.867;QD=8.98635;RBI=0.0188176;REFB=0.00226653;REVB=0.00329897;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357233;STB=0.723744;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00780437;OID=.;OPOS=50069312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:33:33:22:23:10:10:0.30303:6:4:16:6:6:4:17:6 chr16 50069772 . A G 844.52 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00505885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.986;QD=57.2555;RBI=0.0326203;REFB=0;REVB=-0.0322257;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19467e-05;OID=.;OPOS=50069772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:31:27:0:0:32:27:0:0 chr16 50071011 . C CTTTAG,G 434.53 PASS AF=0.72093,0.0697674;AO=31,2;DP=43;FAO=31,3;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=11,0;FSAR=20,3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0416584,0.0170873;FXX=0.0227221;HRUN=3,1;LEN=5,1;MLLD=272.414,81.5213;QD=40.421;RBI=0.0435932,0.0239803;REFB=-0.0118896,-0.0096887;REVB=-0.0128432,0.016825;RO=9;SAF=11,0;SAR=20,2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.135093,-0.64528;STB=0.573307,0.996672;STBP=0.118,0.064;TYPE=ins,snp;VARB=0.0017282,0.0361864;OID=.,.;OPOS=50071012,50071011;OREF=-,C;OALT=TTTAG,G;OMAPALT=CTTTAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:43:43:9:9:31,2:31,3:0.72093,0.0697674:20,2:11,0:6:3:20,3:11,0:6:3 chr16 50106594 . T C 415.75 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0509422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3167;QD=16.1455;RBI=0.0570309;REFB=0.0045724;REVB=-0.0256401;RO=57;SAF=11;SAR=35;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249396;STB=0.640706;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00445468;OID=.;OPOS=50106594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:35:11:26:31:35:11:26:31 chr16 50263762 . G A 411.45 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.305;QD=56.7511;RBI=0.0341506;REFB=0;REVB=0.029598;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182455;OID=.;OPOS=50263762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:8:20:0:0:8:21:0:0 chr16 50265818 . C T 83.37 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0186231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1244;QD=10.1056;RBI=0.0200997;REFB=-0.00522632;REVB=-0.0075618;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819168;STB=0.530671;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0224194;OID=.;OPOS=50265818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:21:22:11:11:0.333333:6:5:8:13:6:5:9:13 chr16 50326661 . A G 1465.78 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399781;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.552;QD=59.8276;RBI=0.0444586;REFB=0;REVB=0.0194504;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119166;OID=.;OPOS=50326661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:97:98:1:48:49:0:0:48:50:0:0 chr16 50346051 . C T 283.5 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00329821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.728;QD=22.6801;RBI=0.0101682;REFB=-0.00367256;REVB=0.00961847;RO=23;SAF=18;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118587;STB=0.558574;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00368022;OID=.;OPOS=50346051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:8:18:13:10:8:18:14:10 chr16 50359744 . A T 335.62 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0113577;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.302;QD=24.8608;RBI=0.0113764;REFB=-0.00191833;REVB=0.000651589;RO=21;SAF=20;SAR=13;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193082;STB=0.605996;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00284975;OID=.;OPOS=50359744;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:21:21:33:33:0.611111:13:20:7:14:13:20:7:14 chr16 50368663 . G A 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0121454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.816;QD=25.2545;RBI=0.0192722;REFB=-0.0152445;REVB=0.0149636;RO=11;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851024;STB=0.547214;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00847014;OID=.;OPOS=50368663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:5:13:9:2:5:13:9:2 chr16 50642201 . G C 993.38 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267573;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0936;QD=59.3062;RBI=0.0267678;REFB=0;REVB=-0.000751291;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.88628e-05;OID=.;OPOS=50642201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr16 50703016 . C T 297.27 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0362796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.963;QD=18.2936;RBI=0.0372541;REFB=-0.0263229;REVB=-0.00846509;RO=33;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407372;STB=0.522735;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0188337;OID=.;OPOS=50703016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:17:15:14:19:17:15:14:19 chr16 50711334 . G A 206.17 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00544037;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.959;QD=12.6872;RBI=0.0142183;REFB=-0.0105361;REVB=0.0131363;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203588;STB=0.603832;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0167431;OID=.;OPOS=50711334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:37:40:25:25:0.384615:13:12:25:12:13:12:26:14 chr16 50745583 . T G 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0142653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.001;QD=18.7119;RBI=0.0143378;REFB=-0.0160891;REVB=0.00144;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788358;STB=0.544841;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0177854;OID=.;OPOS=50745583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:9:10:11:7:9:10 chr16 51171175 . C T 1719.29 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355714;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9383;QD=60.8597;RBI=0.0514243;REFB=0;REVB=-0.0371367;RO=0;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41199e-05;OID=.;OPOS=51171175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:61:51:0:0:61:52:0:0 chr16 51173558 . CG C,CA 783.31 PASS AF=0.107143,0.892857;AO=6,50;DP=59;FAO=6,50;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=5,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113816,0.00588916;FXX=0.0508388;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.6901,111.314;QD=55.9503;RBI=0.0856391,0.0818145;REFB=0,0;REVB=0.0848794,0.0816023;RO=0;SAF=1,22;SAR=5,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,-4.15703e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0736,-0.00500311;OID=.,.;OPOS=51173559,51173559;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.107143,0.892857:6,50:59:6,50:56:0:1,22:5,28:0:0:21:0:1,22:5,28:0:0 chr16 51175687 . G T 31.46 PASS AF=0.118421;AO=12;DP=78;FAO=9;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0375742;FXX=0.0379699;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.4904;QD=1.65559;RBI=0.0703662;REFB=-0.0324825;REVB=-0.0594944;RO=51;SAF=11;SAR=1;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.546169;STB=0.871399;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.167562;OID=.;OPOS=51175687;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:78:76:51:67:12:9:0.118421:1:11:28:23:1:8:33:34 chr16 51705448 . C T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.444;QD=63.5822;RBI=0.0132866;REFB=0;REVB=0.00696497;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49336e-05;OID=.;OPOS=51705448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr16 53256556 . C T 320.34 PASS AF=0.37037;AO=39;DP=108;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.00488417;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5736;QD=11.8643;RBI=0.0403261;REFB=-6.64932e-05;REVB=-0.0400292;RO=67;SAF=17;SAR=22;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128253;STB=0.583984;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-2.9935e-05;OID=.;OPOS=53256556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:67:68:39:40:0.37037:22:17:37:30:23:17:38:30 chr16 53341748 . T G 265.74 PASS AF=0.450704;AO=27;DP=68;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0176374;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8991;QD=14.9715;RBI=0.0176511;REFB=-0.0604628;REVB=-0.000694857;RO=35;SAF=4;SAR=23;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255139;STB=0.534297;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0550132;OID=.;OPOS=53341748;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:35:39:27:32:0.450704:23:4:11:24:23:9:13:26 chr16 53395863 . C T 255.34 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0165321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6189;QD=29.1821;RBI=0.0591034;REFB=-0.010641;REVB=-0.0567441;RO=10;SAF=12;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120007;STB=0.535949;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.021757;OID=.;OPOS=53395863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:35:35:10:12:23:23:0.657143:11:12:5:5:11:12:5:7 chr16 53396356 . T C 1309.54 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5905;QD=61.6253;RBI=0.11636;REFB=0;REVB=0.11634;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916526;OID=.;OPOS=53396356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:85:0:0:79:85:1:43:36:0:0:49:36:0:0 chr16 53404203 . C A 593.58 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.064536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2612;QD=59.3581;RBI=0.0714342;REFB=0;REVB=-0.030626;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00139347;OID=.;OPOS=53404203;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:25:14:0:0:26:14:0:0 chr16 53503934 . G A 1237.57 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0219157;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6161;QD=60.3694;RBI=0.0219658;REFB=-0.091483;REVB=0.00148234;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000800514;OID=.;OPOS=53503934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:0:1:81:81:0.987805:40:41:0:0:40:41:1:0 chr16 53504721 . T C 1215.44 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956863;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.101;QD=61.5414;RBI=0.0139926;REFB=0;REVB=0.0102095;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27087e-06;OID=.;OPOS=53504721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr16 53513055 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0893022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7188;QD=55.6533;RBI=0.0905109;REFB=0;REVB=0.0147423;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248919;OID=.;OPOS=53513055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr16 53639438 . C T 476.61 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.077209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6815;QD=15.2516;RBI=0.0772159;REFB=0.00632621;REVB=0.00102652;RO=72;SAF=27;SAR=26;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12365;STB=0.569251;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0085886;OID=.;OPOS=53639438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:72:72:53:53:0.424:26:27:28:44:26:27:28:44 chr16 53671754 . C T 68.78 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0282863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5812;QD=15.2842;RBI=0.0671906;REFB=-0.0125407;REVB=-0.0609464;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112036;STB=0.565081;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0117669;OID=.;OPOS=53671754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:2:7:6:3:2:7 chr16 53682949 . C T 684.03 PASS AF=0.480519;AO=72;DP=150;FAO=74;FDP=154;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.0814433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0501;QD=17.7671;RBI=0.102464;REFB=-0.00795925;REVB=-0.0621753;RO=76;SAF=38;SAR=34;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00136321;STB=0.514056;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00919999;OID=.;OPOS=53682949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:154:76:80:72:74:0.480519:34:38:40:36:35:39:40:40 chr16 54279662 . C T 153.24 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.016044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2458;QD=13.9308;RBI=0.041361;REFB=-0.00392513;REVB=0.0381224;RO=27;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199556;STB=0.511614;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00824352;OID=.;OPOS=54279662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:6:11:17:10:6:11:17:10 chr16 54967096 . C A 280.42 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00886519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.925;QD=16.7413;RBI=0.0117217;REFB=0.0134613;REVB=0.00766854;RO=36;SAF=2;SAR=29;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52653;STB=0.806785;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0109559;OID=.;OPOS=54967096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:29:2:13:23:29:2:13:23 chr16 55325436 . C G 128.84 PASS AF=0.365854;AO=13;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0138302;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=193.306;QD=12.5696;RBI=0.0142055;REFB=-0.00166225;REVB=-0.00324384;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425376;STB=0.576828;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00299062;OID=.;OPOS=55325436;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:26:13:15:0.365854:9:4:0:16:10:5:6:20 chr16 55325460 . T C 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0319085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.204;QD=14.2614;RBI=0.0442454;REFB=0.00670494;REVB=-0.0306513;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400228;STB=0.727306;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00982674;OID=.;OPOS=55325460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:7:9:4:20:7:9:4:20 chr16 55523705 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5747;QD=57.1771;RBI=0.0149111;REFB=0;REVB=0.0116467;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168195;OID=.;OPOS=55523705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr16 55601388 . A G 140.8 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0356008;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.534;QD=12.5155;RBI=0.0386782;REFB=-0.0231773;REVB=-0.0151192;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293432;STB=0.529375;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.035391;OID=.;OPOS=55601388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:29:16:16:0.355556:7:9:15:13:7:9:15:14 chr16 55731835 . G A 181.25 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0249143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.5674;QD=16.4769;RBI=0.0268632;REFB=-0.00203378;REVB=-0.0100454;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196208;STB=0.61154;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00285129;OID=.;OPOS=55731835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:10:9:7:18:10:9:7:18 chr16 55844927 . A C 63.61 PASS AF=0.225;AO=11;DP=35;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0253746;FXX=0.0476077;HRUN=14;LEN=1;MLLD=136.015;QD=6.36078;RBI=0.039273;REFB=-0.0127817;REVB=0.029975;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28409;STB=0.505606;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0297903;OID=.;OPOS=55844927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:35:40:24:31:11:9:0.225:5:6:7:17:5:4:14:17 chr16 55880480 . A C 412.66 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0909421;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.7233;QD=18.7574;RBI=0.118728;REFB=-0.00894358;REVB=0.0763282;RO=44;SAF=22;SAR=20;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16758;STB=0.580156;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00971162;OID=.;OPOS=55880480;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:46:42:42:0.477273:20:22:15:29:20:22:17:29 chr16 55880534 . G C 370.06 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0267605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.429;QD=19.7363;RBI=0.0272934;REFB=-0.0180066;REVB=-0.00536705;RO=37;SAF=20;SAR=18;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202344;STB=0.611904;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0153969;OID=.;OPOS=55880534;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:18:20:11:26:18:20:11:26 chr16 55883618 . T C 522.77 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00891651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.7;QD=21.1219;RBI=0.0389582;REFB=-0.0142223;REVB=0.0379241;RO=48;SAF=22;SAR=28;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164464;STB=0.5147;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.012368;OID=.;OPOS=55883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:49:50:50:0.505051:28:22:22:26:28:22:23:26 chr16 55897289 . C T 506.13 PASS AF=0.479592;AO=35;DP=99;FAO=47;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.140919;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5044;QD=20.6583;RBI=0.145942;REFB=-0.037212;REVB=0.0379607;RO=45;SAF=4;SAR=31;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562982;STB=0.614681;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.058038;OID=.;OPOS=55897289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:45:46:35:47:0.479592:31:4:26:19:31:16:26:20 chr16 55905636 . A G 867.95 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626727;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2673;QD=57.8631;RBI=0.0636373;REFB=0;REVB=0.0110378;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518215;OID=.;OPOS=55905636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:27:33:0:0 chr16 55907811 . C T 477.68 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=70;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0340096;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.364;QD=27.6915;RBI=0.0340206;REFB=-0.0255343;REVB=-0.000866166;RO=24;SAF=26;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602022;STB=0.526304;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0104988;OID=.;OPOS=55907811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:24:25:44:44:0.637681:18:26:12:12:18:26:13:12 chr16 56228066 . A G 829.19 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530009;FXX=0.065563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.016;QD=58.1884;RBI=0.0562757;REFB=0;REVB=-0.0189174;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000367762;OID=.;OPOS=56228066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr16 56368689 . C T 190.95 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0214694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.879;QD=13.3999;RBI=0.0288384;REFB=-0.0145755;REVB=0.019254;RO=34;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879557;STB=0.550272;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0229277;OID=.;OPOS=56368689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:13:10:12:22:13:10:12:22 chr16 56379449 . GTG CGT,GTC 86.56 PASS AF=0,0.34375;AO=3,8;DP=32;FAO=0,11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=0,5;FSAR=0,6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.014247,0.0260643;FXX=0.0302939;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=182.996,177.394;QD=10.8195;RBI=0.0159368,0.0313154;REFB=-0.0209145,-0.0335875;REVB=-0.00714178,0.0173581;RO=19;SAF=3,2;SAR=0,6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.629797,-0.21811;STB=0.5,0.51721;STBP=1,0.902;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0501511;OID=.,.;OPOS=56379449,56379451;OREF=GTG,G;OALT=CGT,C;OMAPALT=CGT,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:84:32:32:19:21:3,8:0,11:0,0.34375:0,6:3,2:8:11:0,6:0,5:9:12 chr16 56379496 . G A 89.5 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0158742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.168;QD=15.5651;RBI=0.0161481;REFB=-0.00275074;REVB=-0.00296137;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408741;STB=0.523766;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00285223;OID=.;OPOS=56379496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:6:6:6:5:6:6 chr16 56395610 . G A 178.92 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00222988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.718;QD=15.227;RBI=0.0332803;REFB=-0.0222998;REVB=-0.0332055;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00794639;STB=0.504582;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.023497;OID=.;OPOS=56395610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:11:8:12:16:11:8:12:16 chr16 56396430 . C A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0130238;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=303.385;QD=20.1601;RBI=0.016582;REFB=-0.0187173;REVB=0.0102636;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110236;STB=0.562422;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0124524;OID=.;OPOS=56396430;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:6:8:7:9:6:8 chr16 56401352 . T C 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00102544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.877;QD=20.6011;RBI=0.00377129;REFB=-0.00629949;REVB=-0.0036292;RO=19;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252895;STB=0.643095;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00769264;OID=.;OPOS=56401352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:6:14:8:11:6:14:8:11 chr16 56500132 . C T 507.36 PASS AF=0.387755;AO=57;DP=145;FAO=57;FDP=147;FR=.;FRO=90;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=56;FSRR=34;FWDB=-0.00175943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0204;QD=13.8056;RBI=0.0118864;REFB=-0.0174634;REVB=-0.0117554;RO=88;SAF=24;SAR=33;SRF=55;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216568;STB=0.621427;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0262664;OID=.;OPOS=56500132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:88:90:57:57:0.387755:33:24:55:33:33:24:56:34 chr16 56500176 . T A 506.78 PASS AF=0.411765;AO=56;DP=136;FAO=56;FDP=136;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=26;FWDB=0.0128579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9929;QD=14.9053;RBI=0.0334129;REFB=0.0108495;REVB=0.0308398;RO=79;SAF=26;SAR=30;SRF=54;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226468;STB=0.622365;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0158625;OID=.;OPOS=56500176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:79:80:56:56:0.411765:30:26:54:25:30:26:54:26 chr16 56510299 . A C 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0100803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7778;QD=12.6359;RBI=0.0268723;REFB=-0.00348071;REVB=0.02491;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195695;STB=0.615207;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00619834;OID=.;OPOS=56510299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:8:5:12:9:8:5:12:9 chr16 56545175 . T C 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0099529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.635;QD=18.8207;RBI=0.010115;REFB=0.00133668;REVB=-0.00180341;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159197;STB=0.590762;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00584682;OID=.;OPOS=56545175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:6:6:3:7:6:6:3:7 chr16 56548501 . C T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.135;QD=61.3341;RBI=0.0527962;REFB=0;REVB=0.0107361;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214379;OID=.;OPOS=56548501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr16 56601720 . A G 1031.0 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0324497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.616;QD=58.0843;RBI=0.0324809;REFB=-0.0918871;REVB=-0.00142323;RO=1;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015007;STB=0.507934;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000299031;OID=.;OPOS=56601720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:31:39:0:1:31:39:0:1 chr16 56601722 . T C 1022.7 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122888;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1086;QD=59.2868;RBI=0.0309338;REFB=0;REVB=0.0283882;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145775;OID=.;OPOS=56601722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:68:69:1:29:39:0:0:30:39:0:0 chr16 56651456 . C A 228.6 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.000801898;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.265;QD=13.648;RBI=0.0101633;REFB=-0.0158983;REVB=0.0101316;RO=40;SAF=15;SAR=12;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074322;STB=0.542342;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.023495;OID=.;OPOS=56651456;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:40:27:27:0.402985:12:15:25:15:12:15:25:15 chr16 56667282 . C A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.278;QD=61.684;RBI=0.0333764;REFB=0;REVB=0.0204535;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116829;OID=.;OPOS=56667282;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr16 56673227 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8615;QD=44.6895;RBI=0.0382891;REFB=0;REVB=-0.0247425;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0024026;OID=.;OPOS=56673227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr16 56673249 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.49;QD=37.4885;RBI=0.0599334;REFB=0;REVB=0.0595861;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00468287;OID=.;OPOS=56673249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr16 56686470 . C T 304.14 PASS AF=0.5;AO=31;DP=67;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0242547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.955;QD=16.8967;RBI=0.0243418;REFB=-0.00613862;REVB=0.00205651;RO=35;SAF=23;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241881;STB=0.558219;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0976938;OID=.;OPOS=56686470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:72:35:36:31:36:0.5:8:23:18:17:13:23:19:17 chr16 56686471 . G T 333.15 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0216334;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.43;QD=18.7687;RBI=0.0220511;REFB=-0.0013447;REVB=-0.00427167;RO=36;SAF=18;SAR=17;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114038;STB=0.563424;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0237929;OID=.;OPOS=56686471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:36:36:35:35:0.492958:17:18:23:13:17:18:23:13 chr16 56692992 . C T 306.46 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0305354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.136;QD=18.0273;RBI=0.0307504;REFB=-0.0235609;REVB=-0.00362956;RO=35;SAF=23;SAR=9;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465332;STB=0.760774;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0182844;OID=.;OPOS=56692992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:35:32:33:0.485294:9:23:7:28:9:24:7:28 chr16 56693004 . C T 352.31 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.014916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.609;QD=21.0335;RBI=0.137322;REFB=0.000485859;REVB=-0.136509;RO=31;SAF=7;SAR=29;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466096;STB=0.759557;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00243773;OID=.;OPOS=56693004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:29:7:22:9:29:7:22:9 chr16 56855496 . C G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.809;QD=61.3341;RBI=0.0333468;REFB=0;REVB=0.0140217;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294014;OID=.;OPOS=56855496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr16 56868700 . A G 248.2 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00431745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.731;QD=16.2752;RBI=0.00721872;REFB=-0.0107147;REVB=0.00578528;RO=33;SAF=13;SAR=15;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192849;STB=0.608268;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00824371;OID=.;OPOS=56868700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:15:13:22:11:15:13:22:11 chr16 56873495 . C T 762.89 PASS AF=0.532847;AO=73;DP=137;FAO=73;FDP=137;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0121476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5554;QD=22.2742;RBI=0.0359931;REFB=-0.0119045;REVB=0.0338813;RO=61;SAF=32;SAR=41;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241748;STB=0.507831;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0112671;OID=.;OPOS=56873495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:61:64:73:73:0.532847:41:32:25:36:41:32:27:37 chr16 56904587 . C G 788.9 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381399;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7315;QD=64.4003;RBI=0.0209511;REFB=0;REVB=-0.0206011;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020192;OID=.;OPOS=56904587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr16 56920969 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.126;QD=55.6561;RBI=0.0553274;REFB=0;REVB=0.0506662;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295094;OID=.;OPOS=56920969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr16 56928519 . C T 1040.14 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183406;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2466;QD=59.4363;RBI=0.041356;REFB=0;REVB=0.0370668;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061154;OID=.;OPOS=56928519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:40:29:0:0:40:30:0:0 chr16 56966011 . G A 749.22 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.019278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.58;QD=51.6705;RBI=0.0590052;REFB=-0.00340469;REVB=0.0557671;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165384;STB=0.525415;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-9.14901e-05;OID=.;OPOS=56966011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:58:58:1:3:55:55:0.948276:28:27:0:1:28:27:0:3 chr16 56966043 . CG C,GC 54.44 PASS AF=0.341463,0;AO=15,3;DP=42;FAO=14,0;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=3,0;FSAR=11,0;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.206658,-0.142634;FXX=0.0238039;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=11.8926,27.502;QD=5.31102;RBI=0.211838,0.152799;REFB=-0.0612541,-0.00654378;REVB=-0.0465589,-0.0548016;RO=23;SAF=4,0;SAR=11,3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.196948,-0.555009;STB=0.655075,0.5;STBP=0.201,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0391998,0;OID=.,.;OPOS=56966044,56966043;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:42:41:23:27:15,3:14,0:0.341463,0:11,3:4,0:10:13:11,0:3,0:11:16 chr16 56966071 . T G 98.84 PASS AF=0.265306;AO=12;DP=48;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.00891617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.077;QD=8.06857;RBI=0.0255086;REFB=-0.00890988;REVB=-0.0238996;RO=36;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345755;STB=0.681582;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0261084;OID=.;OPOS=56966071;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:48:49:36:36:12:13:0.265306:6:6:8:28:7:6:8:28 chr16 57016092 . G A 208.12 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.011097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3237;QD=14.3531;RBI=0.0519969;REFB=-0.0098421;REVB=0.0507989;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701368;STB=0.52571;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0194132;OID=.;OPOS=57016092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:24:25:0.431034:10:14:17:16:11:14:17:16 chr16 57059427 . C T 367.52 PASS AF=0.714286;AO=29;DP=41;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0105414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.235;QD=35.0019;RBI=0.0123138;REFB=-0.0265359;REVB=-0.00636464;RO=12;SAF=16;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116852;STB=0.566622;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00977248;OID=.;OPOS=57059427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:42:12:12:29:30:0.714286:13:16:4:8:13:17:4:8 chr16 57060340 . T C 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0726756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3465;QD=31.2416;RBI=0.094054;REFB=-0.028282;REVB=-0.0597026;RO=4;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812514;STB=0.545385;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00348481;OID=.;OPOS=57060340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:12:2:1:3:12:2:1:3 chr16 57060353 . T C 52.94 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0389952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.293;QD=21.1761;RBI=0.0394098;REFB=-0.0818648;REVB=0.00570153;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295447;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0165683;OID=.;OPOS=57060353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:1:2:5:2:1:2 chr16 57067595 . A T 172.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0157827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.37;QD=18.1168;RBI=0.0215511;REFB=-0.00971468;REVB=-0.014675;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215434;STB=0.631443;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00832782;OID=.;OPOS=57067595;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:9:9:14:5:9:9:15:5 chr16 57068106 . AC GT 161.65 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.017488;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=2;MLLD=109.545;QD=11.9737;RBI=0.0203961;REFB=-0.0139001;REVB=0.0104963;RO=34;SAF=15;SAR=5;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266183;STB=0.656083;STBP=0.1;TYPE=mnp;VARB=0.0237008;OID=.;OPOS=57068106;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:34:34:20:20:0.37037:5:15:18:16:5:15:18:16 chr16 57071113 . TA CG,TG 687.76 PASS AF=0.6,0.4;AO=30,20;DP=51;FAO=30,20;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23,8;FSAR=7,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364119,-0.0180338;FXX=0.0384541;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=130.574,93.2019;QD=55.0207;RBI=0.0464421,0.0361458;REFB=0,0;REVB=-0.0462991,-0.0313257;RO=0;SAF=23,8;SAR=7,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0170169,-0.00447779;OID=.,.;OPOS=57071113,57071114;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:51:50:0:0:30,20:30,20:0.6,0.4:7,12:23,8:0:0:7,12:23,8:0:0 chr16 57073683 . G C 851.1 PASS AF=1;AO=42;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195951;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.485;QD=57.7013;RBI=0.0910312;REFB=0;REVB=-0.0888972;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000364364;OID=.;OPOS=57073683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:42:59:1:18:24:0:0:24:35:0:0 chr16 57392733 . A C,G 211.09 PASS AF=0.894737,0.0526316;AO=14,3;DP=18;FAO=17,1;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7,1;FSAR=10,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0358852,0.0304381;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.1827,55.4884;QD=44.4402;RBI=0.0975458,0.0481996;REFB=0.0198627,-0.197423;REVB=0.0907053,-0.0373728;RO=0;SAF=6,1;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.533294,0.5;STBP=0.311,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00165785,0.0875021;OID=.,.;OPOS=57392733,57392733;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:18:19:0:1:14,3:17,1:0.894737,0.0526316:8,2:6,1:0:0:10,0:7,1:1:0 chr16 57496931 . G C 738.7 PASS AF=0.5;AO=75;DP=150;FAO=75;FDP=150;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=-8.21673e-05;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8565;QD=19.6988;RBI=0.0132025;REFB=-0.0107643;REVB=0.0132022;RO=75;SAF=37;SAR=38;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13312;STB=0.573184;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00476167;OID=.;OPOS=57496931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:75:75:75:75:0.5:38:37:48:27:38:37:48:27 chr16 57499902 . T C 322.88 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00819149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.725;QD=14.3503;RBI=0.0566509;REFB=0.000611916;REVB=0.0560556;RO=54;SAF=16;SAR=20;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977971;STB=0.555525;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.000428376;OID=.;OPOS=57499902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:54:36:36:0.4:20:16:29:25:20:16:29:25 chr16 57601792 . C T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00776506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.802;QD=10.9409;RBI=0.0159294;REFB=-0.00666947;REVB=-0.0139086;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493524;STB=0.502953;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.008236;OID=.;OPOS=57601792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:5:6:11:9:5:6:11:9 chr16 57689385 . C G 368.39 PASS AF=0.493671;AO=35;DP=76;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00100198;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.915;QD=18.6527;RBI=0.00274933;REFB=-0.0147386;REVB=-0.00256025;RO=40;SAF=25;SAR=10;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721379;STB=0.540937;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0154784;OID=.;OPOS=57689385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:40:40:35:39:0.493671:10:25:26:14:11:28:26:14 chr16 57689883 . T C 203.54 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.0946644;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5062;QD=13.1319;RBI=0.0947585;REFB=-0.031736;REVB=0.00422049;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394203;STB=0.698114;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0487769;OID=.;OPOS=57689883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:36:37:24:25:0.403226:10:14:7:29:11:14:8:29 chr16 57698931 . A G 118.27 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0522912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1614;QD=12.7856;RBI=0.0762379;REFB=0.000265453;REVB=-0.0554784;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243559;STB=0.654953;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.000557199;OID=.;OPOS=57698931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:9:5:13:9:9:5:14:9 chr16 57735900 . G C 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00695343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.043;QD=15.3052;RBI=0.018938;REFB=0.00204475;REVB=0.0176152;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927095;STB=0.565175;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00249104;OID=.;OPOS=57735900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:39:30:30:0.434783:15:15:15:22:15:15:15:24 chr16 57760824 . C T 126.33 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0625816;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.6;QD=17.4242;RBI=0.0625864;REFB=-0.0327357;REVB=-0.000775962;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799787;STB=0.58751;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0274097;OID=.;OPOS=57760824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:15:14:14:0.482759:8:6:4:8:8:6:4:11 chr16 57762401 . T C 546.26 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0244671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.569;QD=20.2317;RBI=0.0253022;REFB=0.000441492;REVB=-0.0064471;RO=50;SAF=33;SAR=23;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432436;STB=0.534401;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00075701;OID=.;OPOS=57762401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:52:56:56:0.518519:23:33:27:23:23:33:27:25 chr16 57786517 . C T 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0218224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.567;QD=25.8983;RBI=0.0231657;REFB=-0.0190249;REVB=0.00777382;RO=21;SAF=9;SAR=19;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166996;STB=0.592755;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0128692;OID=.;OPOS=57786517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:19:9:11:10:19:9:11:10 chr16 57786711 . C T 183.38 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0416254;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.347;QD=16.6706;RBI=0.0438859;REFB=-0.0375628;REVB=0.0139029;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332383;STB=0.519064;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0305873;OID=.;OPOS=57786711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:7:12:15:10:7:12:15:10 chr16 57787027 . C T 170.31 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00186304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2866;QD=17.0314;RBI=0.0458656;REFB=-0.0109058;REVB=-0.0458278;RO=22;SAF=4;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30648;STB=0.677205;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0230378;OID=.;OPOS=57787027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:14:4:11:11:14:4:11:11 chr16 57787906 . C T 912.69 PASS AF=0.594203;AO=81;DP=137;FAO=82;FDP=138;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0206404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.94;QD=26.4547;RBI=0.0210995;REFB=-0.00870677;REVB=0.00437788;RO=56;SAF=30;SAR=51;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740564;STB=0.536536;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00618906;OID=.;OPOS=57787906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:56:56:81:82:0.594203:51:30:26:30:51:31:26:30 chr16 57795394 . G A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00935916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.106;QD=13.0904;RBI=0.00939669;REFB=-0.00735038;REVB=-0.000839033;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064306;STB=0.537678;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0181174;OID=.;OPOS=57795394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:8:12:7:6:8:12 chr16 57805176 . A G 1432.68 PASS AF=0.96875;AO=92;DP=95;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00330516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.968;QD=59.6951;RBI=0.058768;REFB=-0.0495638;REVB=0.058675;RO=3;SAF=43;SAR=49;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031926;STB=0.51685;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.000620592;OID=.;OPOS=57805176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:96:3:3:92:93:0.96875:49:43:3:0:50:43:3:0 chr16 57808942 . G A 178.25 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00371595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.06;QD=14.8538;RBI=0.00840942;REFB=-0.0139841;REVB=-0.00754387;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298318;STB=0.669354;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0228313;OID=.;OPOS=57808942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:29:19:19:0.395833:12:7:18:9:12:7:19:10 chr16 57819479 . T C 252.42 PASS AF=0.414286;AO=30;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0307097;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.89;QD=14.424;RBI=0.0309542;REFB=-0.0190122;REVB=0.0038831;RO=41;SAF=14;SAR=16;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243264;STB=0.648552;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0218948;OID=.;OPOS=57819479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:41:30:29:0.414286:16:14:29:12:16:13:29:12 chr16 57850192 . T C 395.44 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00678571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.717;QD=17.5749;RBI=0.0301982;REFB=-0.0146467;REVB=0.0294259;RO=49;SAF=20;SAR=21;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101073;STB=0.55649;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0185585;OID=.;OPOS=57850192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:21:20:29:20:21:20:29:20 chr16 57850605 . C T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0152781;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.202;QD=24.0303;RBI=0.0221514;REFB=-0.0155126;REVB=0.0160394;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306606;STB=0.517218;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00935312;OID=.;OPOS=57850605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:9:6:4:5:9:6:4:5 chr16 57937856 . G C 1336.45 PASS AF=0.957447;AO=87;DP=92;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.110259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6563;QD=56.8702;RBI=0.127411;REFB=-0.139753;REVB=0.063846;RO=5;SAF=44;SAR=43;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508555;STB=0.520404;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00740488;OID=.;OPOS=57937856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:92:94:5:4:87:90:0.957447:43:44:5:0:43:47:4:0 chr16 57950057 . G A 1456.52 PASS AF=0.989583;AO=93;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00348567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9742;QD=60.6882;RBI=0.0138039;REFB=-0.104395;REVB=0.0133565;RO=2;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023689;STB=0.506023;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00241241;OID=.;OPOS=57950057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:2:1:93:95:0.989583:39:54:0:2:41:54:0:1 chr16 58019396 . G A 814.44 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.966;QD=57.1534;RBI=0.0678736;REFB=0;REVB=0.0217739;RO=0;SAF=1;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9503e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116291;OID=.;OPOS=58019396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:55:57:1:54:1:0:0:56:1:0:0 chr16 58030595 . C T 226.31 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0150006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.717;QD=17.0798;RBI=0.016831;REFB=-0.0281697;REVB=0.00763306;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118784;STB=0.566864;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.052797;OID=.;OPOS=58030595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:12:13:11:17:12:13:11:17 chr16 58030634 . C T 867.92 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.451;QD=57.8612;RBI=0.0495364;REFB=0;REVB=0.0127501;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57816e-05;OID=.;OPOS=58030634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:32:27:0:0:32:28:0:0 chr16 58075570 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.112886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6937;QD=15.8821;RBI=0.120694;REFB=-0.0144467;REVB=0.0427082;RO=10;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190473;STB=0.613371;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0231617;OID=.;OPOS=58075570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:9:1:2:8:9:1:2:8 chr16 58080009 . C T 118.24 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.124575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4437;QD=12.7823;RBI=0.169666;REFB=-0.0165492;REVB=0.115184;RO=23;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174555;STB=0.603293;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.038514;OID=.;OPOS=58080009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:10:4:10:13:10:4:10:13 chr16 58191966 . C T 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959279;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4909;QD=57.2419;RBI=0.029617;REFB=0;REVB=0.0280205;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035257;OID=.;OPOS=58191966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr16 58233709 . T C 116.03 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0365531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.1;QD=20.1793;RBI=0.0371742;REFB=-0.0154049;REVB=0.00676741;RO=10;SAF=1;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578025;STB=0.839337;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00848338;OID=.;OPOS=58233709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:12:1:6:4:12:1:6:4 chr16 58314433 . T C 287.46 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0130139;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.332;QD=15.7511;RBI=0.0306803;REFB=-0.0196232;REVB=0.0277835;RO=41;SAF=19;SAR=13;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165721;STB=0.509344;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.041751;OID=.;OPOS=58314433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:41:41:32:32:0.438356:13:19:25:16:13:19:25:16 chr16 58314598 . C T 260.26 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0134868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.435;QD=17.3508;RBI=0.0247394;REFB=-0.0340242;REVB=0.02074;RO=31;SAF=11;SAR=17;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261922;STB=0.651481;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.035758;OID=.;OPOS=58314598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:31:31:28:29:0.483333:17:11:21:10:18:11:21:10 chr16 58327646 . A G 1066.06 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00314178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.905;QD=58.4142;RBI=0.018665;REFB=-0.0100775;REVB=0.0183986;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.505616;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000272256;OID=.;OPOS=58327646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:28:44:0:0:28:44:1:0 chr16 58530833 . A G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0441307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.863;QD=12.2128;RBI=0.0455991;REFB=-0.00381378;REVB=-0.0114786;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137569;STB=0.562406;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00553006;OID=.;OPOS=58530833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:7:6:7:14:7:6:8:14 chr16 58538323 . C T 199.25 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0226971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.675;QD=22.1392;RBI=0.0251084;REFB=-0.0345422;REVB=-0.0107367;RO=15;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015839;STB=0.538422;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00603824;OID=.;OPOS=58538323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:19:20:0.555556:6:13:10:5:6:14:10:6 chr16 58540531 . A G 1120.69 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0341195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.284;QD=58.9839;RBI=0.0341196;REFB=-0.0388879;REVB=8.61533e-05;RO=1;SAF=49;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009557;STB=0.504853;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000274269;OID=.;OPOS=58540531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:76:1:1:73:75:0.986842:24:49:1:0:24:51:1:0 chr16 58542901 . G A 1555.46 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6776;QD=59.8256;RBI=0.0656783;REFB=0;REVB=0.0423575;RO=0;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284511;OID=.;OPOS=58542901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:44:58:0:0:44:60:0:0 chr16 58545426 . A G 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.973;QD=62.3133;RBI=0.0189447;REFB=0;REVB=0.00492347;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20916e-05;OID=.;OPOS=58545426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:43:43:0:0:43:43:0:0 chr16 58552921 . G A 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.824;QD=58.9621;RBI=0.0288231;REFB=0;REVB=0.00817446;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80916e-05;OID=.;OPOS=58552921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr16 58575489 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.338;QD=58.6004;RBI=0.0216829;REFB=0;REVB=0.0140607;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.35628e-06;OID=.;OPOS=58575489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr16 58577421 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.978;QD=56.1916;RBI=0.0150193;REFB=0;REVB=0.0011717;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39048e-05;OID=.;OPOS=58577421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr16 58587737 . C T 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.24;QD=59.0168;RBI=0.0158964;REFB=0;REVB=-0.00889799;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146785;OID=.;OPOS=58587737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr16 58743454 . A C 690.79 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264679;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.366;QD=60.0683;RBI=0.028521;REFB=-0.0530173;REVB=-0.0106253;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.509087;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000197308;OID=.;OPOS=58743454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:44:45:0.978261:17:27:0:0:18:27:1:0 chr16 58750604 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.285;QD=53.276;RBI=0.0470191;REFB=0;REVB=0.0273079;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165404;OID=.;OPOS=58750604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:4:19:0:0:4:19:0:0 chr16 58752466 . C T 164.59 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00792083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8064;QD=14.0078;RBI=0.0203334;REFB=-0.00461434;REVB=0.0187272;RO=29;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277849;STB=0.516111;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0084384;OID=.;OPOS=58752466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:6:12:20:9:6:12:20:9 chr16 58757668 . A C 786.91 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0026747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.69;QD=55.2219;RBI=0.034277;REFB=-0.0249473;REVB=0.0341724;RO=1;SAF=34;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136677;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00145157;OID=.;OPOS=58757668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:22:34:1:0:22:34:1:0 chr16 58757683 . A G 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=367.86;QD=59.5018;RBI=0.0104354;REFB=0;REVB=0.00894786;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17551e-06;OID=.;OPOS=58757683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr16 58766287 . A C 337.89 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0173329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.92;QD=17.5528;RBI=0.0214752;REFB=-0.0168992;REVB=0.0126789;RO=41;SAF=13;SAR=23;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203932;STB=0.511402;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0199816;OID=.;OPOS=58766287;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:23:13:14:27:23:13:14:27 chr16 58804449 . T C 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.070347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0938;QD=53.9033;RBI=0.108522;REFB=0;REVB=0.0826339;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325101;OID=.;OPOS=58804449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr16 64980818 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.588;QD=57.8844;RBI=0.0289197;REFB=0;REVB=0.0288079;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3982e-05;OID=.;OPOS=64980818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr16 65016087 . A C 1478.33 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444126;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3716;QD=63.5839;RBI=0.0446085;REFB=0;REVB=0.00417595;RO=0;SAF=28;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275961;OID=.;OPOS=65016087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:93:93:1:65:28:0:0:65:28:0:0 chr16 65022114 . C T 486.75 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00788531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.136;QD=19.6668;RBI=0.0304232;REFB=-0.0235158;REVB=-0.0293836;RO=51;SAF=30;SAR=18;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181731;STB=0.60098;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0244647;OID=.;OPOS=65022114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:18:30:22:29:18:30:22:29 chr16 65025718 . G A 568.73 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0026486;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6437;QD=24.7275;RBI=0.0223707;REFB=-0.024661;REVB=-0.0222134;RO=40;SAF=31;SAR=21;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873326;STB=0.547727;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0298043;OID=.;OPOS=65025718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:40:40:52:52:0.565217:21:31:28:12:21:31:28:12 chr16 66420885 . C T 1084.11 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141585;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.366;QD=60.2281;RBI=0.0170859;REFB=0;REVB=-0.00956377;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308615;OID=.;OPOS=66420885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:45:27:0:0:45:27:0:0 chr16 66432423 . T C 397.19 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00898519;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.882;QD=56.7422;RBI=0.0281174;REFB=0;REVB=0.0266431;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79749e-05;OID=.;OPOS=66432423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr16 66519419 . G A 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00427242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.981;QD=17.0592;RBI=0.0335233;REFB=-0.000374435;REVB=0.03325;RO=36;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00950429;STB=0.518124;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.000572069;OID=.;OPOS=66519419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:38:33:33:0.464789:18:15:16:20:18:15:16:22 chr16 66584002 . T C 144.99 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.066536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7903;QD=8.78716;RBI=0.0779087;REFB=-0.0065987;REVB=-0.0405305;RO=44;SAF=10;SAR=10;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160585;OID=.;OPOS=66584002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:44:46:20:20:0.30303:10:10:22:22:10:10:23:23 chr16 66600479 . G A 137.43 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0661506;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.883;QD=17.7322;RBI=0.066789;REFB=-0.0561367;REVB=-0.00921298;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239999;STB=0.619574;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.033819;OID=.;OPOS=66600479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:16:14:15:0.483871:6:8:13:3:6:9:13:3 chr16 66613525 . G A 337.68 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.00773615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.472;QD=15.0082;RBI=0.026487;REFB=-0.0140862;REVB=-0.0253321;RO=53;SAF=24;SAR=13;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134487;STB=0.507607;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0269606;OID=.;OPOS=66613525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:13:24:35:18:13:24:35:18 chr16 66614008 . T C 152.03 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00373188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9689;QD=13.5139;RBI=0.0106101;REFB=-0.0120084;REVB=0.00993211;RO=28;SAF=5;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268624;STB=0.657342;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0263786;OID=.;OPOS=66614008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:12:5:15:13:12:5:15:13 chr16 66656102 . C T 241.75 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00431328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.677;QD=21.9775;RBI=0.00653838;REFB=-0.0200007;REVB=-0.00491386;RO=21;SAF=5;SAR=18;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342489;STB=0.693694;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.032338;OID=.;OPOS=66656102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:18:5:12:9:18:5:12:9 chr16 66765067 . G A 376.67 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00536071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.203;QD=18.6008;RBI=0.0150703;REFB=-0.0272449;REVB=-0.0140847;RO=41;SAF=19;SAR=20;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000575833;STB=0.506646;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0354084;OID=.;OPOS=66765067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:42:39:39:0.481481:20:19:20:21:20:19:21:21 chr16 66792714 . T C 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00660736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8156;QD=16.9296;RBI=0.00662971;REFB=-0.0181528;REVB=-0.000543898;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352618;STB=0.702376;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.011585;OID=.;OPOS=66792714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:8:4:9:3:8:4:9:3 chr16 66812797 . C T 142.75 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0443169;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.11;QD=13.9265;RBI=0.0452944;REFB=0.00749862;REVB=0.00935909;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2731;STB=0.658489;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00624756;OID=.;OPOS=66812797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:10:6:16:9:10:6:16:9 chr16 66851305 . ATTTTTTTTA ATTTTTTT,ATTTTTTTA,ATTTTTTTAA 36.19 PASS AF=0.16,0,0;AO=6,8,5;DP=53;FAO=8,0,0;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=3,0,0;FSAR=5,0,0;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.258607,-0.396193,-0.164263;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=21.2169,8.68735,15.1605;QD=2.89547;RBI=0.258891,0.396236,0.165047;REFB=0.00929036,0.0169334,0.00847633;REVB=0.0121078,-0.00583051,-0.016077;RO=26;SAF=3,7,5;SAR=3,1,0;SRF=10;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.137902,0.580832,0.702329;STB=0.605794,0.5,0.5;STBP=0.552,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.060778,0,0;OID=.,.,.;OPOS=66851313,66851306,66851313;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTTTT,ATTTTTTTA,ATTTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16,0,0:6,8,5:53:8,0,0:50:42:3,0,0:5,0,0:21:21:36:26:3,7,5:3,1,0:10:16 chr16 66919929 . G C 156.1 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00976581;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.05;QD=15.2293;RBI=0.0141071;REFB=-0.00658529;REVB=-0.0101803;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234768;STB=0.635677;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00895403;OID=.;OPOS=66919929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:24:24:17:17:0.414634:11:6:14:10:11:6:14:10 chr16 66920510 . A G 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00729354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.298;QD=13.2306;RBI=0.0316616;REFB=-0.00349555;REVB=0.03081;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319143;STB=0.685574;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00600423;OID=.;OPOS=66920510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:11:6:19:10:11:6:19:10 chr16 66920949 . G A 178.01 PASS AF=0.315789;AO=23;DP=74;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0107157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.069;QD=9.36872;RBI=0.0187319;REFB=-0.0165108;REVB=-0.0153642;RO=50;SAF=9;SAR=14;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173161;STB=0.599916;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0455279;OID=.;OPOS=66920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:50:52:23:24:0.315789:14:9:27:23:15:9:27:25 chr16 66946748 . G C 229.16 PASS AF=0.421875;AO=22;DP=59;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.000891299;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.579;QD=14.3223;RBI=0.0265637;REFB=-0.00333425;REVB=0.0265488;RO=36;SAF=13;SAR=9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388998;STB=0.508765;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00342327;OID=.;OPOS=66946748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:64:36:37:22:27:0.421875:9:13:20:16:12:15:20:17 chr16 66948130 . G A 400.21 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00208727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.21;QD=21.3447;RBI=0.0155067;REFB=-0.00807111;REVB=-0.0153655;RO=35;SAF=23;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276273;STB=0.515267;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00745892;OID=.;OPOS=66948130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:17:23:19:16:17:23:19:16 chr16 67037054 . A C 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00349399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.415;QD=19.7624;RBI=0.034863;REFB=-0.0144199;REVB=-0.0346875;RO=25;SAF=16;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992073;STB=0.556187;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0149192;OID=.;OPOS=67037054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:7:16:15:10:7:16:15:10 chr16 67690775 . GC G 37.14 PASS AF=0.322581;AO=12;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.167631;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.2753;QD=4.79271;RBI=0.244715;REFB=-0.0741511;REVB=-0.178285;RO=19;SAF=11;SAR=1;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.246575;SSSB=0.644134;STB=0.865847;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=0.0696214;OID=.;OPOS=67690776;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581:12:31:10:31:21:9:1:9:12:37:19:11:1:7:12 chr16 67691668 . A G 248.4 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0491888;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.001;QD=13.7998;RBI=0.0497405;REFB=-0.00707594;REVB=-0.00738787;RO=44;SAF=20;SAR=9;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278615;STB=0.665246;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.016902;OID=.;OPOS=67691668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:44:43:29:29:0.402778:9:20:19:25:9:20:18:25 chr16 67702481 . C G 224.46 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.012638;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=47.0809;QD=15.2175;RBI=0.0127391;REFB=-0.0142717;REVB=-0.00160131;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167385;STB=0.609556;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0111444;OID=.;OPOS=67702481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:32:27:27:0.457627:14:13:8:19:14:13:9:23 chr16 67865937 . T C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00606897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.405;QD=12.8602;RBI=0.0316281;REFB=-0.0154353;REVB=0.0310404;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334227;STB=0.519944;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0203473;OID=.;OPOS=67865937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:7:1:1:6:7:1 chr16 67984330 . G A 247.34 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0127676;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.204;QD=11.3719;RBI=0.012769;REFB=-0.0336404;REVB=-0.000187932;RO=56;SAF=10;SAR=20;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094072;STB=0.549966;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0538444;OID=.;OPOS=67984330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:57:30:30:0.344828:20:10:23:33:20:10:23:34 chr16 67997396 . T C 202.0 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0161078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6004;QD=21.2632;RBI=0.0164937;REFB=0.0153638;REVB=0.00354671;RO=18;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182887;STB=0.60334;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.013598;OID=.;OPOS=67997396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:14:6:9:9:14:6:9:9 chr16 68025801 . G C 676.74 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0421408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4556;QD=60.155;RBI=0.0529753;REFB=-0.000439185;REVB=0.0321019;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000887594;OID=.;OPOS=68025801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:22:22:1:0:22:22:1:0 chr16 68057096 . T C 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6017;QD=57.3818;RBI=0.0262092;REFB=0;REVB=-0.00299982;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190876;OID=.;OPOS=68057096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr16 68100461 . C T 305.24 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0177284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4575;QD=20.3492;RBI=0.0266967;REFB=-0.0206249;REVB=0.0199604;RO=28;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227958;STB=0.51265;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0284158;OID=.;OPOS=68100461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:18:14:13:15:18:14:13:15 chr16 68344696 . C T 223.53 PASS AF=0.433333;AO=21;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00541197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.059;QD=14.9022;RBI=0.017409;REFB=-0.0145305;REVB=-0.0165464;RO=28;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242292;STB=0.576864;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0303337;OID=.;OPOS=68344696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:34:21:26:0.433333:14:7:16:12:15:11:19:15 chr16 68389772 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.0126496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.175;QD=14.7986;RBI=0.0130011;REFB=-0.0296077;REVB=-0.00300262;RO=13;SAF=1;SAR=10;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409687;STB=0.523768;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0289416;OID=.;OPOS=68389772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:10:1:1:12:10:1:1:12 chr16 68398924 . C T 96.21 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0228518;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1138;QD=11.3191;RBI=0.0426436;REFB=-0.0193124;REVB=-0.0360037;RO=22;SAF=10;SAR=2;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335648;STB=0.704737;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0368911;OID=.;OPOS=68398924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:34:34:22:22:12:12:0.352941:2:10:13:9:2:10:13:9 chr16 68405673 . G A 255.61 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0150832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.579;QD=17.9378;RBI=0.033416;REFB=-0.00798238;REVB=0.0298182;RO=29;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119123;STB=0.56688;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00936146;OID=.;OPOS=68405673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:18:10:14:15:18:10:14:15 chr16 68569440 . T G 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.622;QD=62.0177;RBI=0.0490872;REFB=0;REVB=0.0437124;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012335;OID=.;OPOS=68569440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr16 68569459 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.536;QD=62.6711;RBI=0.0449376;REFB=0;REVB=0.00298025;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104073;OID=.;OPOS=68569459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr16 68598007 . A G 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3963;QD=61.6809;RBI=0.0408;REFB=0;REVB=0.0299211;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44089e-05;OID=.;OPOS=68598007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr16 68713730 . G A 859.69 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0219831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.466;QD=54.5833;RBI=0.0370288;REFB=-0.0391546;REVB=0.0297972;RO=2;SAF=26;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349287;STB=0.518512;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00251218;OID=.;OPOS=68713730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:35:26:2:0:35:26:2:0 chr16 68713823 . C A 909.06 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0284947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0271;QD=52.6992;RBI=0.0285069;REFB=-0.0306784;REVB=0.000835918;RO=3;SAF=30;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449228;STB=0.516773;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0123401;OID=.;OPOS=68713823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:69:3:4:65:65:0.942029:35:30:3:0:35:30:3:1 chr16 68721470 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.243;QD=49.5989;RBI=0.0576687;REFB=0;REVB=0.0524056;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179487;OID=.;OPOS=68721470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr16 68721533 . G C 357.49 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.104;QD=54.998;RBI=0.00953994;REFB=0;REVB=0.00510268;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20885e-05;OID=.;OPOS=68721533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr16 68725783 . G A 691.68 PASS AF=0.962264;AO=48;DP=50;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0685416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7988;QD=52.2025;RBI=0.126571;REFB=-0.14247;REVB=0.106406;RO=2;SAF=33;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162924;STB=0.508109;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0076981;OID=.;OPOS=68725783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:50:53:2:2:48:51:0.962264:15:33:1:1:16:35:1:1 chr16 68729785 . C A 753.16 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216099;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.212;QD=62.7635;RBI=0.0319496;REFB=-0.0272649;REVB=-0.0235328;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124416;OID=.;OPOS=68729785;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:48:0:0:47:48:1:32:15:0:0:32:16:0:0 chr16 68776416 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.559;QD=43.486;RBI=0.0424929;REFB=0;REVB=0.0400561;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442357;OID=.;OPOS=68776416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr16 68857441 . T C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00088267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.892;QD=60.8835;RBI=0.0359282;REFB=0;REVB=0.0359174;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101728;OID=.;OPOS=68857441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr16 68868522 . T C 251.88 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0481534;FXX=0.0227247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.5755;QD=11.7154;RBI=0.0494582;REFB=-0.00928641;REVB=0.0112856;RO=55;SAF=16;SAR=14;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047536;STB=0.521725;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0241671;OID=.;OPOS=68868522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:55:56:30:30:0.348837:14:16:27:28:14:16:28:28 chr16 68869449 . A G 511.46 PASS AF=0.972973;AO=34;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.508;QD=55.2925;RBI=0.0269083;REFB=0.125497;REVB=-0.00910302;RO=1;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444566;STB=0.523796;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.000365754;OID=.;OPOS=68869449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:34:36:0.972973:10:24:0:1:10:26:0:1 chr16 68893953 . T C 371.58 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0236614;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.004;QD=19.8178;RBI=0.0236945;REFB=-0.00258121;REVB=-0.0012524;RO=37;SAF=29;SAR=9;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32591;STB=0.68225;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0045206;OID=.;OPOS=68893953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:37:37:38:38:0.506667:9:29:16:21:9:29:16:21 chr16 68919559 . T C 368.01 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0153302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.489;QD=29.4407;RBI=0.015476;REFB=-0.0108135;REVB=0.0021193;RO=18;SAF=9;SAR=22;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231687;STB=0.619637;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00685555;OID=.;OPOS=68919559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:19:31:31:0.62:22:9:11:7:22:9:11:8 chr16 69143577 . A G 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0377996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0718;QD=12.4555;RBI=0.0400652;REFB=-0.00403959;REVB=-0.013282;RO=33;SAF=7;SAR=14;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288611;STB=0.658385;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00585209;OID=.;OPOS=69143577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:33:34:21:21:0.381818:14:7:20:13:14:7:20:14 chr16 69493016 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00721441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.136;QD=14.0437;RBI=0.010986;REFB=0.0197549;REVB=-0.00828513;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543107;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0494332;OID=.;OPOS=69493016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:3:1:1:4:3:1 chr16 69499731 . T C 410.96 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1243;QD=56.6839;RBI=0.0275712;REFB=0;REVB=0.0213882;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487578;OID=.;OPOS=69499731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr16 69704122 . C CTG 293.71 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207043;FXX=0.0434594;HRUN=5;LEN=2;MLLD=263.959;QD=53.4022;RBI=0.0387781;REFB=0;REVB=0.0327883;RO=3;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110273;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00013002;OID=.;OPOS=69704123;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:24:22:22:0:10:12:0:0:4:3:9:11:0:3 chr16 69733460 . G A 1192.65 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5532;QD=60.3875;RBI=0.0501983;REFB=0;REVB=0.0304541;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203635;OID=.;OPOS=69733460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:39:39:0:0:40:39:0:0 chr16 69735271 . T A 1572.43 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.508;QD=59.9023;RBI=0.0714307;REFB=0;REVB=0.0398526;RO=0;SAF=42;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196262;OID=.;OPOS=69735271;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:63:42:0:0:63:42:0:0 chr16 69736851 . G A 107.53 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0342363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9041;QD=12.651;RBI=0.0547546;REFB=-0.0157465;REVB=-0.0427311;RO=21;SAF=2;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510378;STB=0.747271;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0229401;OID=.;OPOS=69736851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:21:21:12:13:0.382353:10:2:13:8:10:3:13:8 chr16 69737468 . C G 369.28 PASS AF=0.648148;AO=34;DP=53;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0154247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.763;QD=27.3542;RBI=0.0160512;REFB=-0.0341749;REVB=0.00444068;RO=19;SAF=17;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862717;STB=0.541378;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0195951;OID=.;OPOS=69737468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:19:19:34:35:0.648148:17:17:7:12:18:17:7:12 chr16 69745145 . G A 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0145327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.301;QD=9.18841;RBI=0.028957;REFB=-0.0108304;REVB=-0.0250462;RO=25;SAF=3;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372491;STB=0.72686;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0341457;OID=.;OPOS=69745145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:8:3:15:10:8:3:15:10 chr16 69782855 . C T 205.15 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=9.89174e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.738;QD=16.4122;RBI=0.018598;REFB=-0.0100069;REVB=0.0185977;RO=29;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352694;STB=0.701113;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0120635;OID=.;OPOS=69782855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:7:14:9:20:7:14:9:20 chr16 69922098 . C T 179.47 PASS AF=0.452381;AO=17;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0376112;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.253;QD=17.0922;RBI=0.0411437;REFB=-0.00722038;REVB=0.0166795;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194915;STB=0.601884;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00983032;OID=.;OPOS=69922098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:23:17:19:0.452381:10:7:14:9:11:8:14:9 chr16 69963355 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.078;QD=51.9167;RBI=0.0517001;REFB=0;REVB=0.0176905;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227085;OID=.;OPOS=69963355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr16 69967897 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.458;QD=56.9569;RBI=0.0342769;REFB=0;REVB=-0.0146595;RO=0;SAF=12;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1459e-05;OID=.;OPOS=69967897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:40:12:0:0:40:12:0:0 chr16 69970329 . A G 704.8 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.684;QD=62.6491;RBI=0.0395438;REFB=0;REVB=0.00888813;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24482e-05;OID=.;OPOS=69970329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:23:22:0:0 chr16 69988373 . T C 647.83 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8241;QD=60.2629;RBI=0.0181167;REFB=0;REVB=0.0139831;RO=1;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164729;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000817913;OID=.;OPOS=69988373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:1:0:42:43:1:28:14:0:1:29:14:0:0 chr16 69988472 . C T 272.43 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.897;QD=51.8916;RBI=0.0668637;REFB=0;REVB=0.0102619;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495903;OID=.;OPOS=69988472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr16 70010559 . T C 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0067089;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=245.55;QD=6.39527;RBI=0.00685205;REFB=-0.000763652;REVB=-0.00139328;RO=29;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.562967;STB=0.865366;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00215343;OID=.;OPOS=70010559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:1:8:13:16:1:8:13:16 chr16 70010589 . T C 122.32 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.027146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.184;QD=8.43602;RBI=0.047092;REFB=-0.0102796;REVB=0.0384806;RO=39;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217866;STB=0.646886;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0291898;OID=.;OPOS=70010589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:41:17:17:0.293103:6:11:18:21:6:11:18:23 chr16 70010610 . C T 142.6 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0356311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.999;QD=8.26653;RBI=0.0416471;REFB=-0.0156332;REVB=-0.0215617;RO=48;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739437;STB=0.536196;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0427278;OID=.;OPOS=70010610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:49:20:20:0.289855:10:10:21:27:10:10:22:27 chr16 70016573 . G A 1495.61 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00168272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.249;QD=62.3173;RBI=0.0461587;REFB=0.0377993;REVB=0.046128;RO=1;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938984;STB=0.504949;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-7.84831e-05;OID=.;OPOS=70016573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:50:45:0:1:50:45:0:1 chr16 70164334 . A G 324.2 PASS AF=0.347458;AO=39;DP=116;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.00111782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.904;QD=10.9898;RBI=0.0102218;REFB=-0.0138018;REVB=-0.0101605;RO=76;SAF=16;SAR=23;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737784;STB=0.52729;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0252061;OID=.;OPOS=70164334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:76:77:39:41:0.347458:23:16:36:40:23:18:37:40 chr16 70165914 . T C 82.97 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.818;QD=9.76098;RBI=0.0127534;REFB=-0.00818408;REVB=-0.00963985;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509707;STB=0.513489;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0304873;OID=.;OPOS=70165914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:34:34:22:23:11:11:0.323529:6:5:9:13:6:5:10:13 chr16 70170222 . G T 231.85 PASS AF=0.296296;AO=32;DP=108;FAO=32;FDP=108;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.0325105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.741;QD=8.58704;RBI=0.0326244;REFB=-0.00993954;REVB=0.00272287;RO=76;SAF=15;SAR=17;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574887;STB=0.533818;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0219644;OID=.;OPOS=70170222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:76:76:32:32:0.296296:17:15:32:44:17:15:32:44 chr16 70172890 . C T 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.019243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.588;QD=15.1604;RBI=0.0193356;REFB=0.000862466;REVB=0.00188939;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173115;STB=0.599199;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.000731415;OID=.;OPOS=70172890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:9:7:6:16:9:7:6:16 chr16 70180088 . A T 302.72 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00705089;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.076;QD=18.92;RBI=0.0309908;REFB=-0.0173888;REVB=0.0301781;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126809;STB=0.564477;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0145742;OID=.;OPOS=70180088;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:32:32:32:0.5:18:14:10:23:18:14:10:22 chr16 70191029 . T G 364.9 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00779295;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.928;QD=13.5148;RBI=0.0276149;REFB=-0.0260316;REVB=-0.0264925;RO=65;SAF=28;SAR=15;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925193;STB=0.552522;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0368311;OID=.;OPOS=70191029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:65:65:43:43:0.398148:15:28:37:28:15:28:37:28 chr16 70191161 . C T 211.37 PASS AF=0.264957;AO=31;DP=117;FAO=31;FDP=117;FR=.;FRO=86;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0393284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5424;QD=7.22629;RBI=0.0415589;REFB=0.00197044;REVB=0.013432;RO=85;SAF=9;SAR=22;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220838;STB=0.629608;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00375813;OID=.;OPOS=70191161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:85:86:31:31:0.264957:22:9:39:46:22:9:39:47 chr16 70191333 . T C 119.61 PASS AF=0.25;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0106072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.304;QD=6.6448;RBI=0.0106247;REFB=-0.0133565;REVB=0.000609563;RO=54;SAF=10;SAR=8;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455474;STB=0.527919;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0411733;OID=.;OPOS=70191333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:54:54:18:18:0.25:8:10:28:26:8:10:28:26 chr16 70191566 . A G 216.14 PASS AF=0.28866;AO=28;DP=97;FAO=28;FDP=97;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=0.0209403;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3847;QD=8.91308;RBI=0.0211019;REFB=0.00876076;REVB=0.00260638;RO=68;SAF=11;SAR=17;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699274;STB=0.545209;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0431219;OID=.;OPOS=70191566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:68:69:28:28:0.28866:17:11:23:45:17:11:23:46 chr16 70287177 . A G 445.68 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.674;QD=57.5075;RBI=0.0858898;REFB=0;REVB=-0.078425;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00237896;OID=.;OPOS=70287177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:19:12:0:0 chr16 70500084 . C T 292.03 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.003597;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.521;QD=21.6315;RBI=0.0146041;REFB=-0.0206807;REVB=0.0141542;RO=24;SAF=9;SAR=21;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208421;STB=0.615919;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0178957;OID=.;OPOS=70500084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:21:9:13:11:21:9:13:11 chr16 70506907 . T C 246.7 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0249596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.904;QD=15.9162;RBI=0.0252244;REFB=-0.0392178;REVB=-0.00364555;RO=34;SAF=14;SAR=14;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230268;STB=0.628946;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0427817;OID=.;OPOS=70506907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:14:14:25:9:14:14:25:9 chr16 70546234 . G A 729.39 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.691;QD=57.2072;RBI=0.0200286;REFB=0;REVB=0.0192693;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43227e-05;OID=.;OPOS=70546234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:21:28:0:0:22:29:0:0 chr16 70548297 . G A 1306.13 PASS AF=1;AO=69;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5971;QD=60.052;RBI=0.15621;REFB=0;REVB=0.155931;RO=0;SAF=49;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00548263;OID=.;OPOS=70548297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:69:87:1:20:49:0:0:37:50:0:0 chr16 70569215 . A T 1503.04 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.608;QD=63.2859;RBI=0.0320999;REFB=0;REVB=-0.0250382;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.7597e-06;OID=.;OPOS=70569215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:40:54:0:0:41:54:0:0 chr16 70602221 . C T 1302.12 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6583;QD=62.0057;RBI=0.0617598;REFB=0;REVB=-0.0600767;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303252;OID=.;OPOS=70602221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr16 70690989 . G C 216.0 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.000826035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.768;QD=15.1576;RBI=0.005926;REFB=-0.00981826;REVB=-0.00586814;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596718;STB=0.533871;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0102741;OID=.;OPOS=70690989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:11:14:16:16:11:14:16:16 chr16 70696626 . A G 127.55 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0130041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.156;QD=20.4085;RBI=0.0168931;REFB=-0.00606682;REVB=0.0107828;RO=11;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888212;STB=0.549934;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00771969;OID=.;OPOS=70696626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:12:2:1:10:12:2:1:10 chr16 70697414 . T G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00336807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.479;QD=15.9168;RBI=0.00974199;REFB=-0.00272916;REVB=0.00914125;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122388;STB=0.533283;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00278635;OID=.;OPOS=70697414;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:16:15:12:13:0.464286:6:6:10:6:6:7:9:6 chr16 70710858 . C T 149.63 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0122281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.932;QD=11.9703;RBI=0.0122514;REFB=-0.00852714;REVB=-0.000755191;RO=33;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182311;STB=0.607351;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0281182;OID=.;OPOS=70710858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:10:7:19:14:10:7:19:14 chr16 70796515 . G A 479.98 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00466714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.84;QD=17.1422;RBI=0.00630467;REFB=-0.0321178;REVB=-0.00423871;RO=60;SAF=21;SAR=31;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045629;STB=0.525414;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0340638;OID=.;OPOS=70796515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:60:52:52:0.464286:31:21:27:33:31:21:27:33 chr16 70818759 . A G 469.81 PASS AF=0.445378;AO=48;DP=114;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.00897566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.188;QD=15.7919;RBI=0.00914425;REFB=-0.0243089;REVB=0.00174784;RO=63;SAF=26;SAR=22;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181582;STB=0.528497;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.03052;OID=.;OPOS=70818759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:63:66:48:53:0.445378:22:26:33:30:23:30:34:32 chr16 70884524 . C G 261.69 PASS AF=0.315315;AO=35;DP=111;FAO=35;FDP=111;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=0.0102036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7789;QD=9.43015;RBI=0.0284234;REFB=-0.0183659;REVB=-0.0265288;RO=76;SAF=23;SAR=12;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065717;STB=0.538439;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0267113;OID=.;OPOS=70884524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:76:76:35:35:0.315315:12:23:46:30:12:23:46:30 chr16 70884534 . T A 205.32 PASS AF=0.27551;AO=27;DP=98;FAO=27;FDP=98;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0125457;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5111;QD=8.38055;RBI=0.0157761;REFB=-0.00602592;REVB=-0.00956512;RO=70;SAF=18;SAR=9;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140015;STB=0.579649;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0156001;OID=.;OPOS=70884534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:70:71:27:27:0.27551:9:18:39:31:9:18:40:31 chr16 70886630 . C T 253.08 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0864734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5986;QD=19.1005;RBI=0.0869086;REFB=-0.0180881;REVB=-0.00868691;RO=26;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149116;STB=0.583272;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0188266;OID=.;OPOS=70886630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:12:15:10:16:12:15:10:16 chr16 70889147 . A G 1113.03 PASS AF=0.70229;AO=92;DP=132;FAO=92;FDP=131;FR=.;FRO=39;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0150206;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.527;QD=33.9858;RBI=0.0150461;REFB=-0.000872609;REVB=-0.000875703;RO=39;SAF=37;SAR=55;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484967;STB=0.52604;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.000512195;OID=.;OPOS=70889147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:39:39:92:92:0.70229:55:37:19:20:55:37:19:20 chr16 70894087 . T C 868.27 PASS AF=0.447619;AO=94;DP=210;FAO=94;FDP=210;FR=.;FRO=116;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=0.00512281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.692;QD=16.5384;RBI=0.027705;REFB=-0.00240452;REVB=0.0272273;RO=115;SAF=39;SAR=55;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552114;STB=0.533312;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00298734;OID=.;OPOS=70894087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:115:116:94:94:0.447619:55:39:54:61:55:39:55:61 chr16 70896015 . GA G 281.94 PASS AF=0.395522;AO=49;DP=134;FAO=53;FDP=134;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=-0.168069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.5461;QD=8.41613;RBI=0.168755;REFB=-0.00677073;REVB=-0.0152018;RO=73;SAF=37;SAR=12;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222248;STB=0.617465;STBP=0.056;TYPE=del;VARB=0.00457721;OID=.;OPOS=70896016;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395522:49:134:53:134:81:41:12:50:31:99:73:37:12:42:31 chr16 70896118 . A G 528.19 PASS AF=0.386503;AO=62;DP=162;FAO=63;FDP=163;FR=.;FRO=100;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=0.00273059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.411;QD=12.9617;RBI=0.0121708;REFB=-0.0137509;REVB=-0.0118605;RO=99;SAF=44;SAR=18;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298978;STB=0.658125;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0247175;OID=.;OPOS=70896118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:99:100:62:63:0.386503:18:44:44:55:19:44:45:55 chr16 70896122 . A C 526.77 PASS AF=0.401274;AO=60;DP=154;FAO=63;FDP=157;FR=.;FRO=94;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=0.017473;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2038;QD=13.4208;RBI=0.0252242;REFB=-0.0216065;REVB=-0.0181922;RO=92;SAF=41;SAR=19;SRF=38;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293687;STB=0.673645;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0348708;OID=.;OPOS=70896122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:157:92:94:60:63:0.401274:19:41:38:54:19:44:39:55 chr16 70897039 . C G 385.94 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=15;FWDB=0.0136116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.507;QD=14.8439;RBI=0.0280644;REFB=-0.00656884;REVB=0.0245426;RO=60;SAF=25;SAR=19;SRF=45;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197243;STB=0.610045;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00957259;OID=.;OPOS=70897039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:44:44:0.423077:19:25:45:15:19:25:45:15 chr16 70902559 . C T 1397.32 PASS AF=0.514925;AO=138;DP=268;FAO=138;FDP=268;FR=.;FRO=130;FSAF=63;FSAR=75;FSRF=81;FSRR=49;FWDB=5.20527e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.34;QD=20.8556;RBI=0.00629311;REFB=-0.016849;REVB=-0.00629289;RO=130;SAF=63;SAR=75;SRF=81;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146869;STB=0.580259;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0165456;OID=.;OPOS=70902559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:130:130:138:138:0.514925:75:63:81:49:75:63:81:49 chr16 70902568 . C T 1341.54 PASS AF=0.52459;AO=128;DP=244;FAO=128;FDP=244;FR=.;FRO=116;FSAF=54;FSAR=74;FSRF=72;FSRR=44;FWDB=0.00165319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.887;QD=21.9924;RBI=0.00348706;REFB=3.40684e-05;REVB=-0.00307027;RO=116;SAF=54;SAR=74;SRF=72;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172152;STB=0.594022;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-5.33136e-05;OID=.;OPOS=70902568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:116:116:128:128:0.52459:74:54:72:44:74:54:72:44 chr16 70902683 . G A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0409321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.163;QD=16.4175;RBI=0.04139;REFB=-0.000641347;REVB=0.00613973;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137003;STB=0.579092;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00072174;OID=.;OPOS=70902683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:8:8:9:5:8:8 chr16 70908736 . A G 225.71 PASS AF=0.3;AO=30;DP=99;FAO=30;FDP=100;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.000956702;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.894;QD=9.02845;RBI=0.0194667;REFB=-0.00586807;REVB=-0.0194432;RO=63;SAF=14;SAR=16;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662482;STB=0.533311;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0131566;OID=.;OPOS=70908736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:63:70:30:30:0.3:16:14:33:30:16:14:36:34 chr16 70913386 . G A 294.62 PASS AF=0.336283;AO=38;DP=113;FAO=38;FDP=113;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.00405817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.404;QD=10.4291;RBI=0.00720394;REFB=-0.015454;REVB=-0.00595215;RO=75;SAF=14;SAR=24;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191251;STB=0.610686;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0282897;OID=.;OPOS=70913386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:75:75:38:38:0.336283:24:14:40:35:24:14:40:35 chr16 70917855 . A G 632.32 PASS AF=0.529412;AO=63;DP=119;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.00752332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5127;QD=21.2544;RBI=0.0205721;REFB=-0.0168463;REVB=-0.0191471;RO=55;SAF=25;SAR=38;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793689;STB=0.546705;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0153382;OID=.;OPOS=70917855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:55:56:63:63:0.529412:38:25:17:38:38:25:17:39 chr16 70917931 . C G 528.54 PASS AF=0.495575;AO=46;DP=103;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0259163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.296;QD=18.7095;RBI=0.0365775;REFB=-0.0164065;REVB=0.025812;RO=57;SAF=17;SAR=29;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892916;STB=0.552718;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0175759;OID=.;OPOS=70917931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:113:57:57:46:56:0.495575:29:17:26:31:36:20:26:31 chr16 70926334 . G C 212.22 PASS AF=0.190722;AO=37;DP=195;FAO=37;FDP=194;FR=.;FRO=157;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=83;FSRR=74;FWDB=-0.00189725;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.7;QD=4.37563;RBI=0.00845211;REFB=-0.00286842;REVB=0.00823642;RO=157;SAF=16;SAR=21;SRF=83;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123307;STB=0.577619;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0107741;OID=.;OPOS=70926334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:157:157:37:37:0.190722:21:16:83:74:21:16:83:74 chr16 70934994 . C T 136.37 PASS AF=0.205357;AO=22;DP=110;FAO=23;FDP=112;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.0372582;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2177;QD=4.87046;RBI=0.0902575;REFB=-0.00413974;REVB=0.0822085;RO=88;SAF=9;SAR=13;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101532;STB=0.582802;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0233249;OID=.;OPOS=70934994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:88:89:22:23:0.205357:13:9:43:45:14:9:44:45 chr16 70942688 . A C 836.21 PASS AF=0.443902;AO=91;DP=205;FAO=91;FDP=205;FR=.;FRO=114;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=57;FSRR=57;FWDB=-0.0500726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.615;QD=16.3162;RBI=0.0501054;REFB=-0.013943;REVB=-0.00181395;RO=113;SAF=49;SAR=42;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340408;STB=0.52144;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0180881;OID=.;OPOS=70942688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:113:114:91:91:0.443902:42:49:57:56:42:49:57:57 chr16 70954513 . T C 271.67 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0236185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0978;QD=12.3487;RBI=0.0693107;REFB=-0.0405592;REVB=-0.0651625;RO=53;SAF=14;SAR=18;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785907;STB=0.539975;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0566788;OID=.;OPOS=70954513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:53:56:32:32:0.363636:18:14:27:26:18:14:28:28 chr16 70954571 . CT TA 177.92 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0173205;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.936;QD=8.18;RBI=0.0186509;REFB=-0.0107938;REVB=0.00691786;RO=61;SAF=12;SAR=12;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690082;STB=0.540197;STBP=0.677;TYPE=mnp;VARB=0.0288352;OID=.;OPOS=70954571;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:61:63:24:24:0.275862:12:12:34:27:12:12:35:28 chr16 70954606 . C T 120.98 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0346891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.318;QD=6.91318;RBI=0.0349014;REFB=-0.0103537;REVB=-0.00384351;RO=52;SAF=8;SAR=10;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114072;STB=0.569543;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0285322;OID=.;OPOS=70954606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:52:52:18:18:0.257143:10:8:28:24:10:8:28:24 chr16 70954703 . GGCGCTCCTTCTCCGT G 37.81 PASS AF=0.352941;AO=4;DP=19;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0218589;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=15;MLLD=307.979;QD=8.89653;RBI=0.0325069;REFB=-0.0225026;REVB=-0.02406;RO=13;SAF=1;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291583;STB=0.646611;STBP=0.423;TYPE=del;VARB=0.0457178;OID=.;OPOS=70954704;OREF=GCGCTCCTTCTCCGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:4:19:6:17:11:3:3:3:8:37:13:1:3:3:10 chr16 70954774 . A G 108.49 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.00306465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.605;QD=13.5611;RBI=0.079048;REFB=-0.0389643;REVB=-0.0789886;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445238;STB=0.766446;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0220781;OID=.;OPOS=70954774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:19:13:13:0.40625:4:9:4:14:4:9:4:15 chr16 70954809 . C A 192.03 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00674699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.683;QD=11.8172;RBI=0.00722031;REFB=-0.00799153;REVB=-0.00257119;RO=41;SAF=17;SAR=7;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325857;STB=0.688729;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.025244;OID=.;OPOS=70954809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:7:17:17:24:7:17:17:24 chr16 70954915 . G T 1236.07 PASS AF=0.965116;AO=81;DP=85;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0165984;FXX=0.0227247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.957;QD=57.4914;RBI=0.0172566;REFB=-0.169252;REVB=-0.00472035;RO=2;SAF=34;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270364;STB=0.521122;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000101594;OID=.;OPOS=70954915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:86:2:3:81:83:0.965116:47:34:2:0:49:34:3:0 chr16 70954945 . T A 290.43 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0199295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.839;QD=14.1672;RBI=0.019982;REFB=-0.0143947;REVB=0.00144751;RO=49;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714027;STB=0.540516;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0148357;OID=.;OPOS=70954945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:18:15:19:30:18:15:19:30 chr16 70972620 . G C 379.8 PASS AF=0.421569;AO=41;DP=100;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=0.0373684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.258;QD=14.894;RBI=0.038111;REFB=-0.0244303;REVB=-0.00748673;RO=59;SAF=18;SAR=23;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107919;STB=0.574041;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0362129;OID=.;OPOS=70972620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:59:59:41:43:0.421569:23:18:20:39:23:20:20:39 chr16 70975565 . T C 203.14 PASS AF=0.219178;AO=31;DP=146;FAO=32;FDP=146;FR=.;FRO=114;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=66;FWDB=-0.00276482;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.259;QD=5.56543;RBI=0.0195512;REFB=-0.00860003;REVB=0.0193547;RO=111;SAF=17;SAR=14;SRF=48;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146072;STB=0.60907;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0232862;OID=.;OPOS=70975565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:111:114:31:32:0.219178:14:17:48:63:14:18:48:66 chr16 70975667 . T C 466.7 PASS AF=0.395522;AO=52;DP=134;FAO=53;FDP=134;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.00919527;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.225;QD=13.9314;RBI=0.00955838;REFB=-0.0150485;REVB=0.00260952;RO=81;SAF=28;SAR=24;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877548;STB=0.554535;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0209859;OID=.;OPOS=70975667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:81:81:52:53:0.395522:24:28:37:44:24:29:37:44 chr16 70986480 . G A 936.4 PASS AF=0.409639;AO=102;DP=249;FAO=102;FDP=249;FR=.;FRO=147;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=57;FSRR=90;FWDB=0.0177079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4893;QD=15.0426;RBI=0.0177959;REFB=0.0101332;REVB=-0.00176761;RO=147;SAF=47;SAR=55;SRF=57;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781848;STB=0.543669;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0156016;OID=.;OPOS=70986480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:147:147:102:102:0.409639:55:47:57:90:55:47:57:90 chr16 70989299 . C T 813.52 PASS AF=0.497006;AO=83;DP=167;FAO=83;FDP=167;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=53;FSRR=31;FWDB=0.00592611;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.971;QD=19.4854;RBI=0.0297087;REFB=-0.0139602;REVB=0.0291117;RO=82;SAF=33;SAR=50;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202012;STB=0.616636;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0117242;OID=.;OPOS=70989299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:82:84:83:83:0.497006:50:33:51:31:50:33:53:31 chr16 70989335 . G A 854.78 PASS AF=0.47541;AO=87;DP=182;FAO=87;FDP=183;FR=.;FRO=96;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=65;FSRR=31;FWDB=-0.00972088;FXX=0.0108102;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.232;QD=18.6838;RBI=0.0101725;REFB=-0.0113007;REVB=0.00299749;RO=93;SAF=39;SAR=48;SRF=63;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212284;STB=0.618331;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0245332;OID=.;OPOS=70989335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:93:96:87:87:0.47541:48:39:63:30:48:39:65:31 chr16 70993553 . A T 523.23 PASS AF=0.330049;AO=67;DP=205;FAO=67;FDP=203;FR=.;FRO=136;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=71;FSRR=65;FWDB=-0.00673432;FXX=0.0193227;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.663;QD=10.31;RBI=0.0234097;REFB=-0.013976;REVB=-0.0224201;RO=132;SAF=38;SAR=29;SRF=68;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606434;STB=0.530512;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0237129;OID=.;OPOS=70993553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:203:132:136:67:67:0.330049:29:38:68:64:29:38:71:65 chr16 70993566 . A G 3463.83 PASS AF=1;AO=221;DP=224;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000747598;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4164;QD=62.4114;RBI=0.00902749;REFB=-0.0846698;REVB=-0.00899648;RO=0;SAF=126;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162116;OID=.;OPOS=70993566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:224:222:0:0:221:222:1:95:126:0:0:95:127:0:0 chr16 71008169 . T C 580.43 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.00300565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.571;QD=18.8759;RBI=0.0141338;REFB=-0.0147976;REVB=0.0138106;RO=61;SAF=35;SAR=25;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00641764;STB=0.502091;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0166845;OID=.;OPOS=71008169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:61:63:60:60:0.487805:25:35:36:25:25:35:37:26 chr16 71012855 . T C 536.45 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.000297309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.967;QD=18.9895;RBI=0.0283598;REFB=-0.0195999;REVB=-0.0283583;RO=57;SAF=35;SAR=21;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410432;STB=0.522665;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0185231;OID=.;OPOS=71012855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:57:56:56:0.495575:21:35:38:19:21:35:38:19 chr16 71015329 . G T 1484.42 PASS AF=0.550201;AO=137;DP=250;FAO=137;FDP=249;FR=.;FRO=112;FSAF=74;FSAR=63;FSRF=44;FSRR=68;FWDB=-0.00759966;FXX=0.00399984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.315;QD=23.8461;RBI=0.00912598;REFB=-0.00478178;REVB=0.00505259;RO=109;SAF=74;SAR=63;SRF=44;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110882;STB=0.565964;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00362979;OID=.;OPOS=71015329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:249:109:112:137:137:0.550201:63:74:44:65:63:74:44:68 chr16 71025245 . C T 113.6 PASS AF=0.280702;AO=15;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0106741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.093;QD=7.97203;RBI=0.0119475;REFB=-0.00113699;REVB=-0.00536725;RO=41;SAF=9;SAR=6;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135144;STB=0.553779;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00535858;OID=.;OPOS=71025245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:15:16:0.280702:6:9:20:21:7:9:20:21 chr16 71026076 . C G 258.84 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=0.0400967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3517;QD=14.1827;RBI=0.040724;REFB=-0.00531765;REVB=-0.00712029;RO=41;SAF=15;SAR=15;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263455;STB=0.643748;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00831775;OID=.;OPOS=71026076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:43:30:30:0.410959:15:15:31:10:15:15:32:11 chr16 71026098 . C T 108.5 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=46;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0356812;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5719;QD=9.23415;RBI=0.0375375;REFB=-0.0254736;REVB=0.0116583;RO=30;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273364;STB=0.638115;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0268339;OID=.;OPOS=71026098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:30:33:13:14:0.297872:7:6:21:9:7:7:23:10 chr16 71054178 . T C 488.99 PASS AF=0.425197;AO=53;DP=126;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.00591501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.049;QD=15.4012;RBI=0.0117866;REFB=-0.00685392;REVB=0.010195;RO=71;SAF=21;SAR=32;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00198559;STB=0.505049;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00809114;OID=.;OPOS=71054178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:71:73:53:54:0.425197:32:21:28:43:33:21:29:44 chr16 71061495 . A G 947.28 PASS AF=0.460829;AO=100;DP=217;FAO=100;FDP=217;FR=.;FRO=117;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=-0.00356702;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2068;QD=17.4614;RBI=0.00787964;REFB=-0.0238873;REVB=-0.00702603;RO=116;SAF=61;SAR=39;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839818;STB=0.544479;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0202907;OID=.;OPOS=71061495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:116:117:100:100:0.460829:39:61:61:55:39:61:62:55 chr16 71094434 . G A 392.02 PASS AF=0.18593;AO=74;DP=398;FAO=74;FDP=398;FR=.;FRO=324;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=165;FSRR=159;FWDB=-0.0137116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8491;QD=3.93994;RBI=0.021655;REFB=-0.0055143;REVB=0.016761;RO=312;SAF=44;SAR=30;SRF=160;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106899;STB=0.570117;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0344467;OID=.;OPOS=71094434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:398:312:324:74:74:0.18593:30:44:160:152:30:44:165:159 chr16 71098649 . T C 685.26 PASS AF=0.453988;AO=74;DP=163;FAO=74;FDP=163;FR=.;FRO=89;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=0.00780523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5895;QD=16.8161;RBI=0.0115544;REFB=-0.000401513;REVB=0.00851951;RO=89;SAF=40;SAR=34;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233799;STB=0.512988;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.000457772;OID=.;OPOS=71098649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:89:89:74:74:0.453988:34:40:46:43:34:40:46:43 chr16 71101200 . T C 234.65 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00128643;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.559;QD=12.8575;RBI=0.0279929;REFB=0.00302064;REVB=0.0279633;RO=44;SAF=14;SAR=14;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506844;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00497504;OID=.;OPOS=71101200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:45:28:28:0.383562:14:14:22:22:14:14:22:23 chr16 71101270 . C T 251.87 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.023355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.01;QD=14.8156;RBI=0.0334419;REFB=0.000262858;REVB=0.0239355;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999465;STB=0.556537;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-3.41246e-05;OID=.;OPOS=71101270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:14:15:24:15:14:15:24:15 chr16 71103269 . T C 1036.3 PASS AF=0.425373;AO=112;DP=268;FAO=114;FDP=268;FR=.;FRO=154;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=80;FSRR=74;FWDB=0.0109105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.759;QD=15.4672;RBI=0.0109107;REFB=-0.00889349;REVB=5.75747e-05;RO=152;SAF=66;SAR=46;SRF=80;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662657;STB=0.545155;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0114128;OID=.;OPOS=71103269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:152:154:112:114:0.425373:46:66:80:72:46:68:80:74 chr16 71109904 . C A 340.79 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.0120408;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.735;QD=13.3643;RBI=0.0172527;REFB=-0.0127122;REVB=0.0123561;RO=61;SAF=13;SAR=27;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016523;STB=0.501677;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0194339;OID=.;OPOS=71109904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:61:62:40:40:0.392157:27:13:19:42:27:13:20:42 chr16 71113780 . C T 129.6 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0308645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.701;QD=9.60021;RBI=0.033843;REFB=0.00164974;REVB=-0.0138828;RO=36;SAF=13;SAR=4;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271243;STB=0.673853;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00570041;OID=.;OPOS=71113780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:36:37:17:17:0.314815:4:13:20:16:4:13:20:17 chr16 71122408 . C T 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0191989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2074;QD=19.7623;RBI=0.0219573;REFB=0.0167344;REVB=-0.0106548;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00160681;STB=0.500907;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.0178775;OID=.;OPOS=71122408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:11:12:13:12:11:12:13:12 chr16 71163579 . C T 401.84 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0136673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.96;QD=14.7464;RBI=0.0326236;REFB=-0.0119731;REVB=0.0296227;RO=63;SAF=26;SAR=20;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139925;STB=0.578662;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0113424;OID=.;OPOS=71163579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:20:26:27:36:20:26:27:36 chr16 71163693 . A G 339.13 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0168837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.673;QD=20.5534;RBI=0.0185376;REFB=-0.03012;REVB=0.00765393;RO=31;SAF=14;SAR=21;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258361;STB=0.642778;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0205071;OID=.;OPOS=71163693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:21:14:22:9:21:14:22:9 chr16 71237702 . C T 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0212848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.158;QD=46.0589;RBI=0.0221203;REFB=-0.108794;REVB=0.00602221;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437955;STB=0.523785;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00252377;OID=.;OPOS=71237702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:10:9:0:1:10:9:0:1 chr16 71264523 . T A,C 579.41 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=36,2;DP=38;FAO=36,3;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=30,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199107,-0.0431502;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.4805,13.7756;QD=59.4262;RBI=0.0202971,0.047061;REFB=0,0;REVB=0.00394169,0.0187829;RO=0;SAF=6,0;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.50008e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00174466,0.162443;OID=.,.;OPOS=71264523,71264523;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:38:39:0:0:36,2:36,3:0.923077,0.0769231:30,2:6,0:0:0:30,3:6,0:0:0 chr16 71316812 . A G 1153.6 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.679;QD=60.7158;RBI=0.0363934;REFB=0;REVB=0.0298763;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16958e-05;OID=.;OPOS=71316812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:30:45:0:0:31:45:0:0 chr16 71319646 . G A 1165.16 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3884;QD=58.9952;RBI=0.0313775;REFB=0;REVB=0.0246471;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021528;OID=.;OPOS=71319646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:75:79:1:33:42:0:0:34:45:0:0 chr16 71509685 . C G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0458146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.927;QD=12.9748;RBI=0.0458911;REFB=-0.015274;REVB=0.00264801;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352939;STB=0.700956;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0279746;OID=.;OPOS=71509685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:2:16:7:5:2:16 chr16 71509796 . C G 63.33 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0367795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9241;QD=8.73585;RBI=0.0533923;REFB=0.00155867;REVB=0.038704;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22771;STB=0.638803;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00168212;OID=.;OPOS=71509796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:7:13:4:5:7:13 chr16 71660310 . G A 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.48;QD=56.1863;RBI=0.157296;REFB=0;REVB=0.11818;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00490112;OID=.;OPOS=71660310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:6:22:0:0:6:22:0:0 chr16 71668634 . T G 200.39 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00353247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.995;QD=44.5313;RBI=0.0129287;REFB=-0.180442;REVB=0.0124367;RO=1;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366754;STB=0.519977;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.000963962;OID=.;OPOS=71668634;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:18:18:1:1:17:17:0.944444:12:5:0:1:12:5:0:1 chr16 71674882 . C G 310.28 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303299;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7518;QD=53.9609;RBI=0.0687964;REFB=0;REVB=-0.0617499;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00242389;OID=.;OPOS=71674882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr16 71678932 . T C 489.42 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2979;QD=55.9334;RBI=0.0156306;REFB=-0.155163;REVB=-0.00552883;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.512813;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00128233;OID=.;OPOS=71678932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:35:35:0:1:34:34:0.971429:19:15:0:0:19:15:0:1 chr16 71679057 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.293;QD=54.5159;RBI=0.115549;REFB=0;REVB=-0.11533;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000718696;OID=.;OPOS=71679057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr16 71724461 . T G 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00663153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.323;QD=15.9155;RBI=0.0133525;REFB=-0.0115774;REVB=-0.0115893;RO=34;SAF=20;SAR=8;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439328;STB=0.524844;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0146248;OID=.;OPOS=71724461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:8:20:23:11:8:20:23:11 chr16 71800384 . T A 766.44 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.902;QD=63.8699;RBI=0.0285136;REFB=0;REVB=0.014644;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98958e-05;OID=.;OPOS=71800384;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:32:15:0:0:33:15:0:0 chr16 71886530 . T A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.044;QD=59.0187;RBI=0.0425346;REFB=0;REVB=-0.038108;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.57789e-05;OID=.;OPOS=71886530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr16 71887103 . GT G 112.76 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0137085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.8898;QD=9.02064;RBI=0.0652796;REFB=0.0490544;REVB=0.063824;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377983;STB=0.510111;STBP=0.927;TYPE=del;VARB=-0.0682789;OID=.;OPOS=71887104;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:20:50:20:50:30:9:11:13:17:99:29:9:11:12:17 chr16 71889173 . C T 968.25 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=360.074;QD=58.6819;RBI=0.0118699;REFB=0;REVB=0.0111082;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127169;OID=.;OPOS=71889173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:36:29:0:0:36:30:0:0 chr16 71890489 . C G 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000296138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.389;QD=62.7621;RBI=0.0128274;REFB=0;REVB=0.012824;RO=0;SAF=62;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58674e-05;OID=.;OPOS=71890489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:27:62:0:0:27:62:0:0 chr16 71981414 . C CTTTG 1117.63 PASS AF=0.861702;AO=76;DP=95;FAO=81;FDP=94;FR=.;FRO=13;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00329016;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=4;MLLD=287.064;QD=47.5586;RBI=0.00415745;REFB=-0.0240795;REVB=0.0025415;RO=13;SAF=38;SAR=38;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105613;STB=0.501055;STBP=0.976;TYPE=ins;VARB=0.00406882;OID=.;OPOS=71981415;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.861702:76:95:81:94:13:38:43:6:7:65:13:38:38:6:7 chr16 71983772 . G C 901.91 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.434;QD=58.1879;RBI=0.0341832;REFB=0;REVB=0.017122;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29601e-05;OID=.;OPOS=71983772;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:27:34:0:0:28:34:0:0 chr16 71986946 . A G 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6955;QD=64.1505;RBI=0.0199585;REFB=0;REVB=-0.0164721;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.40447e-05;OID=.;OPOS=71986946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr16 71986995 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.672;QD=60.2307;RBI=0.0188697;REFB=0;REVB=0.0142988;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83096e-05;OID=.;OPOS=71986995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr16 71988106 . C T 937.41 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.579;QD=58.588;RBI=0.0256114;REFB=0;REVB=0.0248908;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73062e-05;OID=.;OPOS=71988106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr16 72001110 . G A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0160318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.635;QD=15.1962;RBI=0.0188453;REFB=-0.0338646;REVB=0.00990598;RO=26;SAF=4;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285067;STB=0.666465;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0403331;OID=.;OPOS=72001110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:14:4:12:14:14:4:12:14 chr16 72003952 . G C 391.59 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00830074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.476;QD=24.8628;RBI=0.00925866;REFB=-0.0126572;REVB=0.00410128;RO=25;SAF=11;SAR=27;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154953;STB=0.58525;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00762821;OID=.;OPOS=72003952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:27:11:12:13:27:11:12:13 chr16 72007232 . G A 165.21 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0428653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.454;QD=12.4684;RBI=0.0433871;REFB=-0.0147593;REVB=0.00670903;RO=32;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228151;STB=0.641224;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0202757;OID=.;OPOS=72007232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:32:33:20:20:0.377358:13:7:18:14:13:7:19:14 chr16 72011181 . G T 356.11 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00178828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.518;QD=24.5594;RBI=0.00568441;REFB=-0.00603068;REVB=0.00539579;RO=23;SAF=18;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573695;STB=0.531478;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00358345;OID=.;OPOS=72011181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:17:18:10:13:17:18:10:13 chr16 72011193 . A C 379.29 PASS AF=0.606557;AO=36;DP=59;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0267473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9706;QD=24.8715;RBI=0.032224;REFB=-0.0256844;REVB=-0.0179713;RO=23;SAF=18;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154542;STB=0.511085;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0232877;OID=.;OPOS=72011193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:23:24:36:37:0.606557:18:18:11:12:19:18:11:13 chr16 72011261 . A G 522.62 PASS AF=0.563218;AO=48;DP=86;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0149722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4815;QD=24.0285;RBI=0.0150168;REFB=-0.0338159;REVB=0.00115702;RO=38;SAF=27;SAR=21;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928882;STB=0.545308;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0324648;OID=.;OPOS=72011261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:38:38:48:49:0.563218:21:27:17:21:22:27:17:21 chr16 72013797 . G C 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00584022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.322;QD=15.2296;RBI=0.0207206;REFB=-0.0121932;REVB=-0.0198805;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271912;STB=0.515679;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0101006;OID=.;OPOS=72013797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:14:14:9:10:14:14 chr16 72020294 . G A 110.43 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.036959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4004;QD=12.9912;RBI=0.0866423;REFB=-0.0506429;REVB=-0.0783641;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660375;STB=0.52937;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0921202;OID=.;OPOS=72020294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:17:20:13:14:0.411765:6:7:8:9:7:7:9:11 chr16 72020323 . A G 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00539921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.997;QD=14.7015;RBI=0.0226125;REFB=-0.0373693;REVB=-0.0219585;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953953;STB=0.555464;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0466647;OID=.;OPOS=72020323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:6:9:6:6:6:9 chr16 72032231 . T A 205.26 PASS AF=0.45098;AO=21;DP=49;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0072309;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.984;QD=16.0988;RBI=0.00997807;REFB=-0.0107338;REVB=0.00687576;RO=27;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101902;STB=0.541264;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0175826;OID=.;OPOS=72032231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:27:28:21:23:0.45098:13:8:13:14:14:9:13:15 chr16 72033580 . T A 412.78 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0309574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3917;QD=18.7627;RBI=0.033219;REFB=-0.00352836;REVB=0.0120475;RO=45;SAF=24;SAR=18;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566629;STB=0.537687;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00346227;OID=.;OPOS=72033580;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:46:42:42:0.477273:18:24:23:22:18:24:23:23 chr16 72042682 . A C 210.88 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.015964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.852;QD=19.1712;RBI=0.0240656;REFB=-0.0375579;REVB=-0.0180085;RO=20;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632754;STB=0.557321;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.026824;OID=.;OPOS=72042682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:20:23:21:21:0.477273:7:14:12:8:7:14:13:10 chr16 72057421 . C T 877.9 PASS AF=0.5625;AO=80;DP=144;FAO=81;FDP=144;FR=.;FRO=63;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0209944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.573;QD=24.3861;RBI=0.0210146;REFB=-0.0201513;REVB=0.000920788;RO=63;SAF=40;SAR=40;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320387;STB=0.514664;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0170428;OID=.;OPOS=72057421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:63:63:80:81:0.5625:40:40:29:34:41:40:29:34 chr16 72110541 . G A 600.67 PASS AF=0.684211;AO=51;DP=75;FAO=52;FDP=76;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0148741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.046;QD=31.614;RBI=0.0171052;REFB=-0.0386709;REVB=0.00844668;RO=24;SAF=22;SAR=29;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162017;STB=0.511359;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0189778;OID=.;OPOS=72110541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:24:24:51:52:0.684211:29:22:11:13:30:22:11:13 chr16 72110781 . T C 210.26 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0218694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9449;QD=15.5748;RBI=0.0232199;REFB=-0.0117894;REVB=0.00780321;RO=30;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157594;STB=0.589547;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.016003;OID=.;OPOS=72110781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:9:15:14:16:9:15:14:16 chr16 72110948 . C G 169.46 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.121502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.831;QD=16.5325;RBI=0.121512;REFB=-0.0251955;REVB=0.00154942;RO=22;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273901;STB=0.647921;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0497489;OID=.;OPOS=72110948;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:23:18:18:0.439024:5:13:10:12:5:13:11:12 chr16 72130125 . T C 507.22 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0100324;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3873;QD=22.7962;RBI=0.0239855;REFB=-0.0300349;REVB=0.0217865;RO=40;SAF=25;SAR=23;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170978;STB=0.586644;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0233031;OID=.;OPOS=72130125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:41:48:48:0.539326:23:25:29:11:23:25:29:12 chr16 72130203 . C G 1084.02 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466889;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3792;QD=60.2236;RBI=0.0485333;REFB=0;REVB=0.0132524;RO=0;SAF=47;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287226;OID=.;OPOS=72130203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:24:47:0:0:24:48:0:0 chr16 72130815 . C A 254.35 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00605709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.512;QD=15.4152;RBI=0.0292263;REFB=-0.00510409;REVB=-0.0285918;RO=37;SAF=9;SAR=20;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238256;STB=0.635172;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0146905;OID=.;OPOS=72130815;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:20:9:20:17:20:9:20:17 chr16 72135014 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.732;QD=59.8559;RBI=0.0238144;REFB=0;REVB=0.0089922;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05049e-05;OID=.;OPOS=72135014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:43:28:0:0:43:28:0:0 chr16 72137561 . G A 260.14 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0269959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.782;QD=16.7834;RBI=0.0504496;REFB=-0.00681972;REVB=0.0426191;RO=33;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263264;STB=0.647345;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00564574;OID=.;OPOS=72137561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:12:17:10:23:12:17:10:23 chr16 72139184 . C A 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0079994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.478;QD=15.9157;RBI=0.00817969;REFB=-0.024022;REVB=-0.00170788;RO=34;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155013;STB=0.587806;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0268822;OID=.;OPOS=72139184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:19:9:16:18:19:9:16:18 chr16 72156842 . T G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00222728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.182;QD=19.9757;RBI=0.0128467;REFB=-0.0133417;REVB=-0.0126522;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449437;STB=0.525356;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00969189;OID=.;OPOS=72156842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:8:12:11:9:8:12 chr16 72184631 . A C 544.57 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00581834;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.513;QD=18.46;RBI=0.0179871;REFB=-0.014804;REVB=-0.0170201;RO=60;SAF=40;SAR=17;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171244;STB=0.600485;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0131577;OID=.;OPOS=72184631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:60:61:57:57:0.483051:17:40:32:28:17:40:32:29 chr16 72822296 . G A 253.17 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00194089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.643;QD=19.1075;RBI=0.0144794;REFB=-0.0132047;REVB=0.0143487;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514262;STB=0.528731;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00736249;OID=.;OPOS=72822296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:14:13:11:15:14:13:11:15 chr16 72827758 . T C 519.81 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.768;QD=59.4073;RBI=0.0248338;REFB=0;REVB=0.0241115;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48696e-05;OID=.;OPOS=72827758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:17:16:0:0:18:17:0:0 chr16 72829426 . C T 373.01 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0216151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.52;QD=17.7621;RBI=0.0263034;REFB=-0.00269127;REVB=-0.0149885;RO=41;SAF=20;SAR=19;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895953;STB=0.534866;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00482653;OID=.;OPOS=72829426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:45:39:39:0.464286:19:20:25:16:19:20:26:19 chr16 72832135 . T A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.815;QD=56.9382;RBI=0.0178889;REFB=0;REVB=0.0144806;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59783e-05;OID=.;OPOS=72832135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr16 72991660 . C G 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00289443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4593;QD=55.6494;RBI=0.0154995;REFB=0;REVB=0.0152269;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82515e-05;OID=.;OPOS=72991660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr16 72991715 . A G 49.67 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.276;QD=33.1125;RBI=0.050447;REFB=0;REVB=-0.0427833;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000919867;OID=.;OPOS=72991715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:4:1:0:0:5:1:0:0 chr16 72991762 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.00344515;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=209.361;QD=14.6539;RBI=0.0108849;REFB=-0.0174828;REVB=-0.0103253;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323155;STB=0.681501;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0178935;OID=.;OPOS=72991762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:1:7:8:0:1:7:8:0 chr16 73143402 . C CAGA 510.43 PASS AF=0.925;AO=36;DP=41;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0171991;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=3;MLLD=211.838;QD=51.0429;RBI=0.0229201;REFB=-0.0383997;REVB=-0.01515;RO=5;SAF=24;SAR=12;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114161;STB=0.555525;STBP=0.047;TYPE=ins;VARB=0.00328743;OID=.;OPOS=73143403;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.925:36:41:37:40:3:25:12:0:3:15:5:24:12:1:4 chr16 73512206 . C A 190.26 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0641215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3943;QD=21.7437;RBI=0.064808;REFB=-0.0199294;REVB=-0.00940826;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104329;STB=0.568791;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0130583;OID=.;OPOS=73512206;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:16:18:19:0.542857:9:9:6:10:9:10:6:10 chr16 74394671 . T C 34.72 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0414529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.56;QD=1.80361;RBI=0.0500599;REFB=-0.00870438;REVB=-0.0280651;RO=69;SAF=3;SAR=5;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886352;STB=0.568388;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.046804;OID=.;OPOS=74394671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:69:69:8:8:0.103896:5:3:31:38:5:3:31:38 chr16 74425314 . G A 56.3 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=-0.0251446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.4;QD=3.63195;RBI=0.117953;REFB=-0.0072898;REVB=0.115242;RO=51;SAF=6;SAR=4;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172632;STB=0.619503;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0374144;OID=.;OPOS=74425314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:62:51:52:10:10:0.16129:4:6:37:14:4:6:38:14 chr16 74425358 . G A 557.61 PASS AF=0.548077;AO=55;DP=103;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=42;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.000682278;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.898;QD=21.4466;RBI=0.0152613;REFB=0.00634332;REVB=0.015246;RO=48;SAF=41;SAR=14;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163968;STB=0.586794;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00374633;OID=.;OPOS=74425358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:48:47:55:57:0.548077:14:41:28:20:15:42:27:20 chr16 74425365 . A G 71.19 PASS AF=0.115385;AO=11;DP=107;FAO=12;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=88;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=60;FSRR=28;FWDB=-0.000735688;FXX=0.0458673;HRUN=6;LEN=1;MLLD=250.689;QD=2.73793;RBI=0.0376373;REFB=-0.00331743;REVB=-0.0376301;RO=63;SAF=7;SAR=4;SRF=45;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109993;STB=0.591729;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0047344;OID=.;OPOS=74425365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:107:104:63:88:11:12:0.115385:4:7:45:18:5:7:60:28 chr16 74425548 . A G 1649.81 PASS AF=0.887218;AO=118;DP=135;FAO=118;FDP=133;FR=.;FRO=15;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0368427;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.837;QD=49.6185;RBI=0.0440323;REFB=-0.0659056;REVB=0.0241136;RO=15;SAF=57;SAR=61;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107268;STB=0.505674;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0057682;OID=.;OPOS=74425548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:135:133:15:15:118:118:0.887218:61:57:8:7:61:57:8:7 chr16 74425569 . C T 353.92 PASS AF=0.310345;AO=45;DP=145;FAO=45;FDP=145;FR=.;FRO=100;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=0.0263028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.437;QD=9.76319;RBI=0.0265557;REFB=-0.0233131;REVB=-0.00365599;RO=100;SAF=25;SAR=20;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777997;STB=0.545295;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0521267;OID=.;OPOS=74425569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:100:100:45:45:0.310345:20:25:49:51:20:25:49:51 chr16 74425702 . GG AA 231.97 PASS AF=0.199074;AO=22;DP=197;FAO=43;FDP=216;FR=.;FRO=173;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=79;FSRR=94;FWDB=-0.00191798;FXX=0.00917389;HRUN=2;LEN=2;MLLD=163.738;QD=4.29581;RBI=0.0289034;REFB=-0.00957462;REVB=0.0288397;RO=168;SAF=13;SAR=9;SRF=75;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177329;STB=0.56984;STBP=0.322;TYPE=mnp;VARB=0.0391457;OID=.;OPOS=74425702;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:216:168:173:22:43:0.199074:9:13:75:93:27:16:79:94 chr16 74425732 . G T 337.89 PASS AF=0.242991;AO=50;DP=216;FAO=52;FDP=214;FR=.,HEALED;FRO=162;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=68;FSRR=94;FWDB=-0.0115381;FXX=0.0138242;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.177;QD=6.31567;RBI=0.0624343;REFB=-0.0178161;REVB=-0.0613589;RO=133;SAF=23;SAR=27;SRF=65;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353981;STB=0.531965;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0534496;OID=.;OPOS=74425732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:214:133:162:50:52:0.242991:27:23:65:68:28:24:68:94 chr16 74425769 . C T 354.81 PASS AF=0.272727;AO=50;DP=187;FAO=51;FDP=187;FR=.;FRO=136;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=59;FSRR=77;FWDB=-0.0144811;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7258;QD=7.58946;RBI=0.0223525;REFB=-0.0188439;REVB=-0.0170274;RO=135;SAF=26;SAR=24;SRF=58;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111145;STB=0.569165;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0492168;OID=.;OPOS=74425769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:135:136:50:51:0.272727:24:26:58:77:24:27:59:77 chr16 74425787 . G T 327.41 PASS AF=0.294521;AO=43;DP=146;FAO=43;FDP=146;FR=.;FRO=103;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=0.012112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.621;QD=8.97006;RBI=0.0127673;REFB=-0.00499373;REVB=0.00403789;RO=100;SAF=23;SAR=20;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655724;STB=0.541674;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00746771;OID=.;OPOS=74425787;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:100:103:43:43:0.294521:20:23:48:52:20:23:49:54 chr16 74425793 . T C 323.94 PASS AF=0.311111;AO=42;DP=135;FAO=42;FDP=135;FR=.;FRO=93;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.000124254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.508;QD=9.59815;RBI=0.00633671;REFB=-0.0302643;REVB=-0.00633549;RO=92;SAF=23;SAR=19;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690578;STB=0.543925;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0362707;OID=.;OPOS=74425793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:92:93:42:42:0.311111:19:23:45:47:19:23:45:48 chr16 74425795 . G A 296.19 PASS AF=0.302326;AO=39;DP=130;FAO=39;FDP=129;FR=.;FRO=90;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.018624;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4372;QD=9.18407;RBI=0.0410477;REFB=-0.0428593;REVB=-0.0365795;RO=87;SAF=22;SAR=17;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963673;STB=0.552605;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0119448;OID=.;OPOS=74425795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:87:90:39:39:0.302326:17:22:42:45:17:22:44:46 chr16 74425826 . G A 187.9 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0306403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.451;QD=10.8929;RBI=0.0312039;REFB=-0.00755502;REVB=0.0059035;RO=45;SAF=15;SAR=9;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808599;STB=0.54713;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0137029;OID=.;OPOS=74425826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:9:15:25:20:9:15:25:20 chr16 74425902 . T C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0440989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.278;QD=15.2591;RBI=0.0440989;REFB=0.000981385;REVB=0;RO=6;SAF=7;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541585;OID=.;OPOS=74425902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:0:7:6:0:0:7:6:0 chr16 74537591 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.403;QD=54.5175;RBI=0.0285691;REFB=0;REVB=0.0196406;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148616;OID=.;OPOS=74537591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr16 74664743 . T C 1084.3 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00303728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.897;QD=58.6106;RBI=0.0133203;REFB=-0.0125718;REVB=-0.0129694;RO=1;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145519;STB=0.50769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000198907;OID=.;OPOS=74664743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:32:41:0:1:32:41:0:1 chr16 74664810 . A T 932.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9353;QD=56.4892;RBI=0.162733;REFB=0;REVB=0.0143407;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00365138;OID=.;OPOS=74664810;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:30:33:0:0:31:35:0:0 chr16 74670458 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9437;QD=62.0211;RBI=0.0101889;REFB=0;REVB=0.00531563;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104754;OID=.;OPOS=74670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:31:10:0:0:31:11:0:0 chr16 74695079 . G T 964.78 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.765;QD=58.4717;RBI=0.0146405;REFB=0;REVB=0.0106113;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201787;OID=.;OPOS=74695079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:33:30:0:0:36:30:0:0 chr16 74747024 . G C 455.42 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0222329;FXX=0.0769165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3106;QD=16.8673;RBI=0.0328091;REFB=-0.0601787;REVB=0.0241275;RO=45;SAF=27;SAR=22;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015475;STB=0.532612;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0663046;OID=.;OPOS=74747024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:108:45:59:49:49:0.453704:22:27:24:21:22:27:29:30 chr16 74750405 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00620664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.602;QD=62.6707;RBI=0.0175659;REFB=0;REVB=0.0164328;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44773e-05;OID=.;OPOS=74750405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr16 75238103 . C T 1039.05 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0760458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8887;QD=59.3742;RBI=0.0789512;REFB=0;REVB=0.0212208;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806763;OID=.;OPOS=75238103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:35:34:0:0:36:34:0:0 chr16 75269267 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.528;QD=61.3352;RBI=0.074221;REFB=0;REVB=-0.00088354;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041281;OID=.;OPOS=75269267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr16 75269534 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.846;QD=53.2756;RBI=0.0470058;REFB=0;REVB=0.0426624;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379193;OID=.;OPOS=75269534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr16 75281964 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.39;QD=48.737;RBI=0.0177607;REFB=0;REVB=0.0173591;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181637;OID=.;OPOS=75281964;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr16 75327916 . A G 591.42 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0276583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2481;QD=56.3261;RBI=0.0278336;REFB=-0.100175;REVB=0.00311848;RO=2;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683707;STB=0.503648;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00223743;OID=.;OPOS=75327916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:2:2:40:40:0.952381:23:17:1:1:23:17:1:1 chr16 75563330 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0112898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5608;QD=16.9315;RBI=0.0261718;REFB=0.0136296;REVB=-0.0236116;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288616;STB=0.666389;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0221179;OID=.;OPOS=75563330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:4:8:4:8:4:8:4:8 chr16 75563746 . T G 91.81 PASS AF=0.352941;AO=10;DP=32;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00202229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.983;QD=10.8009;RBI=0.0504237;REFB=-0.0136487;REVB=-0.0503831;RO=21;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392929;STB=0.755336;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0398196;OID=.;OPOS=75563746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:32:34:21:22:10:12:0.352941:2:8:10:11:2:10:11:11 chr16 75564287 . T C 115.5 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0451058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8027;QD=11.268;RBI=0.0464525;REFB=-0.026464;REVB=0.0111044;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770945;STB=0.514265;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0198253;OID=.;OPOS=75564287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:27:14:14:0.341463:8:6:9:16:8:6:11:16 chr16 75565420 . A G 131.94 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0058949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.563;QD=14.6598;RBI=0.0588942;REFB=-0.0143376;REVB=-0.0585984;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123809;STB=0.571338;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0225715;OID=.;OPOS=75565420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:6:9:15:6:6:9:15:6 chr16 75590113 . C G 261.14 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.033166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.616;QD=12.2888;RBI=0.0377636;REFB=-0.00568244;REVB=-0.0180583;RO=54;SAF=9;SAR=22;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338157;STB=0.694788;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00856887;OID=.;OPOS=75590113;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:22:9:32:22:22:9:32:22 chr16 75652522 . A T 246.28 PASS AF=0.6875;AO=18;DP=33;FAO=22;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0381985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.531;QD=30.7852;RBI=0.0488945;REFB=-0.0261628;REVB=0.0305213;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927626;STB=0.502939;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0127771;OID=.;OPOS=75652522;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:32:11:10:18:22:0.6875:9:9:7:4:9:13:6:4 chr16 76311602 . G GT 452.35 PASS AF=1;AO=38;DP=42;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248532;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.0405;QD=46.3945;RBI=0.0855151;REFB=0;REVB=0.081824;RO=1;SAF=23;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199387;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00205892;OID=.;OPOS=76311603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:42:39:39:0:24:15:0:0:8:1:23:15:1:0 chr16 76321560 . G A 743.51 PASS AF=0.546154;AO=70;DP=130;FAO=71;FDP=130;FR=.;FRO=59;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=17;FWDB=-0.014498;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7621;QD=22.8772;RBI=0.0354631;REFB=-0.00894466;REVB=-0.0323642;RO=59;SAF=38;SAR=32;SRF=42;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144577;STB=0.581476;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00827682;OID=.;OPOS=76321560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:59:59:70:71:0.546154:32:38:42:17:33:38:42:17 chr16 76528874 . G A 570.03 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0131913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.414;QD=17.4056;RBI=0.0131918;REFB=-0.011856;REVB=0.00011133;RO=68;SAF=20;SAR=40;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667597;STB=0.544429;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0131669;OID=.;OPOS=76528874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:68:71:60:60:0.458015:40:20:27:41:40:20:29:42 chr16 76532583 . A G 1262.65 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.716;QD=61.5929;RBI=0.0140047;REFB=0;REVB=0.0129162;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16473e-05;OID=.;OPOS=76532583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:44:37:0:0:44:38:0:0 chr16 76587202 . T G 524.88 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0147784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.985;QD=21.6446;RBI=0.0802247;REFB=0.0026985;REVB=-0.0788518;RO=46;SAF=33;SAR=17;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688281;STB=0.544828;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00318429;OID=.;OPOS=76587202;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:47:50:50:0.515464:17:33:27:19:17:33:27:20 chr16 76587331 . T C 597.12 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0648944;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.359;QD=19.4184;RBI=0.0648966;REFB=-0.00888708;REVB=-0.000532824;RO=62;SAF=27;SAR=34;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00830176;STB=0.503648;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0089663;OID=.;OPOS=76587331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:62:62:61:61:0.495935:34:27:28:34:34:27:27:35 chr16 76902847 . T C 99.76 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0228667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.888;QD=6.23509;RBI=0.0228676;REFB=-0.0104683;REVB=-0.000200675;RO=48;SAF=6;SAR=10;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178716;STB=0.610097;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.037755;OID=.;OPOS=76902847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:48:48:16:16:0.25:10:6:25:23:10:6:25:23 chr16 76902850 . G A 105.93 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0669651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.22;QD=6.62071;RBI=0.0680445;REFB=0.00147998;REVB=-0.0120721;RO=47;SAF=6;SAR=10;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166328;STB=0.610097;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00736174;OID=.;OPOS=76902850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:48:16:16:0.25:10:6:24:23:10:6:25:23 chr16 77228629 . A G 272.52 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0034;QD=51.909;RBI=0.0508098;REFB=0;REVB=0.0502962;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172069;OID=.;OPOS=77228629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:7:14:0:0 chr16 77228866 . T C 323.06 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.102147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.356;QD=25.3381;RBI=0.102745;REFB=-0.0375768;REVB=0.011073;RO=20;SAF=6;SAR=25;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615363;STB=0.533958;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0162281;OID=.;OPOS=77228866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:25:6:5:15:25:6:5:15 chr16 77233338 . C T 1867.8 PASS AF=0.464115;AO=194;DP=419;FAO=194;FDP=418;FR=.;FRO=224;FSAF=74;FSAR=120;FSRF=97;FSRR=127;FWDB=0.00766772;FXX=0.00712572;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.014;QD=17.8737;RBI=0.0102451;REFB=-0.0100692;REVB=0.00679472;RO=224;SAF=74;SAR=120;SRF=97;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523783;STB=0.52889;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0110721;OID=.;OPOS=77233338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:419:418:224:224:194:194:0.464115:120:74:97:127:120:74:97:127 chr16 77233394 . A G 4732.76 PASS AF=1;AO=297;DP=299;FAO=297;FDP=297;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=189;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199629;FXX=0.00668874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.442;QD=63.7409;RBI=0.0493246;REFB=-0.0791064;REVB=0.0451043;RO=1;SAF=108;SAR=189;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00251691;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114462;OID=.;OPOS=77233394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:299:297:1:0:297:297:1:189:108:0:1:189:108:0:0 chr16 77246517 . C A 426.71 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00494516;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.378;QD=19.178;RBI=0.00853686;REFB=-0.016316;REVB=-0.0069587;RO=46;SAF=26;SAR=17;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585544;STB=0.532599;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0175962;OID=.;OPOS=77246517;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:17:26:25:21:17:26:25:21 chr16 77246795 . C G 137.81 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0366176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1286;QD=11.484;RBI=0.0394494;REFB=0.0128286;REVB=0.0146767;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241761;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.027105;OID=.;OPOS=77246795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:32:16:16:0.333333:6:10:20:11:6:10:20:12 chr16 77316023 . T C 346.9 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0212887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.25;QD=14.6064;RBI=0.0632084;REFB=-0.00297166;REVB=0.0595155;RO=57;SAF=28;SAR=10;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210321;STB=0.620186;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0069935;OID=.;OPOS=77316023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:38:38:0.4:10:28:32:25:10:28:32:25 chr16 77317304 . T C 227.21 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0420797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.923;QD=21.1363;RBI=0.0423117;REFB=-0.016323;REVB=-0.00442474;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122923;STB=0.568661;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0145231;OID=.;OPOS=77317304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:14:8:5:16:14:8:5:16 chr16 77325325 . G T 230.87 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00406006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8891;QD=23.0874;RBI=0.0682899;REFB=-0.0347717;REVB=-0.0681691;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089494;STB=0.549955;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0266412;OID=.;OPOS=77325325;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:11:11:11:7:11:11:11:7 chr16 77353973 . G T 254.42 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0216911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.878;QD=15.6564;RBI=0.0219379;REFB=-0.0426901;REVB=-0.00328143;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713018;STB=0.540227;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.031311;OID=.;OPOS=77353973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:14:15:16:20:14:15:16:20 chr16 77359919 . A T 400.5 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00422179;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.499;QD=21.079;RBI=0.00765481;REFB=-0.00608949;REVB=0.00638534;RO=36;SAF=12;SAR=28;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255137;STB=0.641593;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00586734;OID=.;OPOS=77359919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:36:36:40:40:0.526316:28:12:21:15:28:12:21:15 chr16 77389956 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.637;QD=58.6003;RBI=0.0386963;REFB=0;REVB=0.00168131;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32136e-05;OID=.;OPOS=77389956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:44:20:0:0:44:20:0:0 chr16 77401545 . A G 778.84 PASS AF=0.540146;AO=73;DP=137;FAO=74;FDP=137;FR=.;FRO=63;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.0283519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.03;QD=22.7399;RBI=0.02937;REFB=-0.00446823;REVB=-0.00766589;RO=63;SAF=45;SAR=28;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309775;STB=0.520771;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00347952;OID=.;OPOS=77401545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:63:63:73:74:0.540146:28:45:41:22:29:45:41:22 chr16 77769369 . C T 2999.73 PASS AF=0.994792;AO=189;DP=193;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0658503;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.645;QD=62.4943;RBI=0.0666128;REFB=-0.0267275;REVB=0.01005;RO=2;SAF=99;SAR=90;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000475839;STB=0.502762;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000194645;OID=.;OPOS=77769369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:193:192:2:1:189:191:0.994792:90:99:1:1:90:101:0:1 chr16 77769834 . G A 440.14 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0126395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.259;QD=15.7192;RBI=0.013124;REFB=-0.0133365;REVB=-0.00353291;RO=61;SAF=26;SAR=23;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222718;STB=0.521699;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.014165;OID=.;OPOS=77769834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:61:63:49:49:0.4375:23:26:31:30:23:26:31:32 chr16 78013123 . C T 766.21 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.287;QD=63.8511;RBI=0.0150158;REFB=0;REVB=-0.0072386;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19417e-05;OID=.;OPOS=78013123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr16 78063000 . T C 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0556264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.239;QD=20.0304;RBI=0.0602994;REFB=-0.0404853;REVB=0.0232749;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00607167;STB=0.503422;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0273682;OID=.;OPOS=78063000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:14:10:11:15:14:10:11:15 chr16 78063064 . G T 215.74 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0352437;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3715;QD=21.0473;RBI=0.0354992;REFB=-0.0170006;REVB=0.00425117;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206443;STB=0.511617;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0155013;OID=.;OPOS=78063064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:10:10:10:11:10:10 chr16 78064351 . C G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0052366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.398;QD=9.13236;RBI=0.0115324;REFB=-0.00733375;REVB=0.0102749;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186273;STB=0.614625;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.014748;OID=.;OPOS=78064351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:7:3:10:12:7:3:10:12 chr16 78065139 . A G 792.01 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00501126;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.774;QD=53.6955;RBI=0.0114365;REFB=-0.0613184;REVB=0.0102801;RO=2;SAF=35;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00767061;STB=0.504069;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.000177999;OID=.;OPOS=78065139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:22:35:1:1:22:35:1:1 chr16 78065972 . A G 361.49 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.0163561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4938;QD=12.0497;RBI=0.0422835;REFB=-0.000920853;REVB=0.0389919;RO=75;SAF=22;SAR=22;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081069;STB=0.549977;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00265329;OID=.;OPOS=78065972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:75:76:44:44:0.366667:22:22:32:43:22:22:32:44 chr16 78066018 . A C 320.0 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0147068;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.05;QD=13.196;RBI=0.0148491;REFB=-0.000816105;REVB=0.0020503;RO=60;SAF=16;SAR=20;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872452;STB=0.543302;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.001324;OID=.;OPOS=78066018;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:60:61:36:36:0.371134:20:16:22:38:20:16:23:38 chr16 78312497 . C A 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00329695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.366;QD=18.7119;RBI=0.0174327;REFB=-0.0195837;REVB=0.0171181;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167808;STB=0.595134;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0194;OID=.;OPOS=78312497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:10:8:12:7:10:8:12:7 chr16 78420775 . G A 193.44 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00139152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9934;QD=17.1947;RBI=0.0259746;REFB=-0.0166866;REVB=-0.0259373;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137654;STB=0.560915;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0158812;OID=.;OPOS=78420775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:25:19:20:0.444444:11:8:14:11:11:9:14:11 chr16 78586531 . T C 1381.2 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.032097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7306;QD=60.7119;RBI=0.0321188;REFB=-0.0907036;REVB=0.00118185;RO=1;SAF=44;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106495;STB=0.505493;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0101158;OID=.;OPOS=78586531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:89:90:0.989011:45:44:1:0:45:45:1:0 chr16 79630802 . G A 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0810387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7618;QD=24.3818;RBI=0.0838492;REFB=0.00689923;REVB=-0.0215272;RO=21;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191212;STB=0.51063;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00948681;OID=.;OPOS=79630802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:13:13:11:10:13:13:11:10 chr16 79630983 . A G 498.63 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.016642;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1188;QD=16.2155;RBI=0.0380366;REFB=0.0183337;REVB=0.0342028;RO=63;SAF=31;SAR=23;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646626;STB=0.554054;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.018676;OID=.;OPOS=79630983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:123:63:69:54:54:0.439024:23:31:32:31:23:31:33:36 chr16 79633805 . TGCC T 194.18 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0949389;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=3;MLLD=240.304;QD=48.5458;RBI=0.110116;REFB=0;REVB=0.0557871;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000828506;OID=.;OPOS=79633806;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:17:16:16:0:3:13:0:0:4:0:3:11:0:0 chr16 79634579 . A C 365.3 PASS AF=0.636364;AO=34;DP=54;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0118815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.066;QD=26.5673;RBI=0.0295298;REFB=-0.0434;REVB=0.027034;RO=20;SAF=16;SAR=18;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199255;STB=0.515649;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0329878;OID=.;OPOS=79634579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:20:20:34:35:0.636364:18:16:10:10:19:16:10:10 chr16 81050965 . A T 734.24 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00661333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.813;QD=61.1866;RBI=0.0629648;REFB=-0.0362892;REVB=-0.0626165;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.50943;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=1.89843e-05;OID=.;OPOS=81050965;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:46:47:0.979167:21:25:0:0:21:26:1:0 chr16 81058392 . GTGTT G 195.04 PASS AF=0.324675;AO=23;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.00425098;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=4;MLLD=242.517;QD=10.1318;RBI=0.00877514;REFB=-0.0129415;REVB=0.00767674;RO=50;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163348;STB=0.629151;STBP=0.117;TYPE=del;VARB=0.0290595;OID=.;OPOS=81058393;OREF=TGTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324675:23:77:25:77:52:13:12:17:35:99:50:11:12:17:33 chr16 81061827 . G A 1240.73 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00269612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.8653;QD=57.0451;RBI=0.0400553;REFB=0.0762132;REVB=0.0399645;RO=2;SAF=36;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00320943;STB=0.50375;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00297197;OID=.;OPOS=81061827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:87:87:2:3:84:84:0.965517:48:36:1:1:47:37:1:2 chr16 81062171 . C T 639.57 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.63;QD=60.9113;RBI=0.0413929;REFB=0;REVB=0.0405397;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331332;OID=.;OPOS=81062171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:14:27:0:0:14:28:0:0 chr16 81077915 . T C 465.4 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.294;QD=58.175;RBI=0.0230408;REFB=0;REVB=0.0103102;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144881;OID=.;OPOS=81077915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:22:9:0:0:22:10:0:0 chr16 81095363 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.379;QD=48.7372;RBI=0.032876;REFB=0;REVB=0.0172439;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256817;OID=.;OPOS=81095363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr16 81145807 . C G 1788.14 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0317082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0394;QD=60.1054;RBI=0.0361299;REFB=0.0883212;REVB=0.0173192;RO=0;SAF=57;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.03988e-08;STB=0.504064;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.000951788;OID=.;OPOS=81145807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:0:1:118:118:0.991597:61:57:0:0:61:57:0:1 chr16 81151122 . A C 1476.27 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4517;QD=62.1587;RBI=0.0120414;REFB=-0.0245169;REVB=0.00259095;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000140044;OID=.;OPOS=81151122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:0:1:94:94:0.989474:47:47:0:0:47:47:1:0 chr16 81157324 . G A 785.8 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2139;QD=64.1467;RBI=0.0500297;REFB=0;REVB=0.0326171;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917426;OID=.;OPOS=81157324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr16 81173136 . T C 851.14 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.035;QD=57.7046;RBI=0.0183295;REFB=0;REVB=0.0102953;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63946e-05;OID=.;OPOS=81173136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr16 81173193 . C T 300.22 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0154178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.077;QD=16.4501;RBI=0.0291439;REFB=-0.0214404;REVB=0.0247317;RO=40;SAF=21;SAR=12;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208008;STB=0.617057;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0213018;OID=.;OPOS=81173193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:12:21:17:23:12:21:17:23 chr16 81181821 . T C 426.9 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0265232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3083;QD=21.8921;RBI=0.0509641;REFB=-0.0319029;REVB=0.0435186;RO=34;SAF=19;SAR=23;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578065;STB=0.542837;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0069229;OID=.;OPOS=81181821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:36:42:42:0.538462:23:19:13:21:23:19:13:23 chr16 81185416 . A G 501.27 PASS AF=0.878049;AO=36;DP=41;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0705721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8656;QD=48.9041;RBI=0.0792841;REFB=-0.185733;REVB=0.0361322;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.564067;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0132981;OID=.;OPOS=81185416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:41:41:0:5:36:36:0.878049:17:19:0:0:17:19:0:5 chr16 81190598 . T C 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0178855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.056;QD=16.7847;RBI=0.0182582;REFB=-0.00892731;REVB=-0.00366997;RO=32;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227115;STB=0.522169;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00939727;OID=.;OPOS=81190598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:12:17:18:14:12:17:18:15 chr16 81190601 . T C 798.66 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0233848;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5466;QD=55.0799;RBI=0.0383058;REFB=0.0474878;REVB=0.0303394;RO=1;SAF=32;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145081;STB=0.50746;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000526144;OID=.;OPOS=81190601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:1:1:56:57:0.982759:24:32:1:0:24:33:1:0 chr16 81190613 . A G 868.31 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.628;QD=57.8871;RBI=0.021821;REFB=0;REVB=0.00508075;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279867;OID=.;OPOS=81190613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:22:36:0:0:24:36:0:0 chr16 81194382 . T C 695.38 PASS AF=0.613208;AO=65;DP=107;FAO=65;FDP=106;FR=.;FRO=41;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00460569;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.638;QD=26.2409;RBI=0.00910413;REFB=-0.0166347;REVB=-0.0078532;RO=39;SAF=40;SAR=25;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553281;STB=0.531712;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00957918;OID=.;OPOS=81194382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:39:41:65:65:0.613208:25:40:21:18:25:40:22:19 chr16 81199520 . T C 715.03 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0264348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6801;QD=60.8532;RBI=0.0320291;REFB=-0.137445;REVB=0.0180849;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00411587;OID=.;OPOS=81199520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:19:27:0:0:19:27:0:1 chr16 81199538 . T C 634.73 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5528;QD=60.4501;RBI=0.0323851;REFB=0;REVB=0.0254462;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531652;OID=.;OPOS=81199538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:19:22:0:0:19:23:0:0 chr16 81199544 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.3;QD=62.0211;RBI=0.0362766;REFB=0;REVB=0.00189994;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129251;OID=.;OPOS=81199544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr16 81199554 . CA TG 483.95 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115494;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.244;QD=58.6605;RBI=0.115496;REFB=0;REVB=-0.000633362;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000536549;OID=.;OPOS=81199554;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:18:15:0:0 chr16 81201661 . T C 238.28 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0198012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.035;QD=16.1549;RBI=0.0423356;REFB=-0.0191802;REVB=-0.0374194;RO=32;SAF=9;SAR=18;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197387;STB=0.61168;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0286471;OID=.;OPOS=81201661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:18:9:17:15:18:9:17:15 chr16 81209207 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.6;QD=51.914;RBI=0.0139156;REFB=0;REVB=-0.01331;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.74306e-05;OID=.;OPOS=81209207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr16 81209234 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.026;QD=55.6549;RBI=0.0382425;REFB=0;REVB=0.0273429;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033398;OID=.;OPOS=81209234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr16 81211496 . C A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00862793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.036;QD=14.6498;RBI=0.0255293;REFB=-0.00994193;REVB=-0.0240272;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067199;STB=0.539114;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0114611;OID=.;OPOS=81211496;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:8:11:9:5:8:11 chr16 81211548 . G A 208.83 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0116306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2442;QD=25.3129;RBI=0.051011;REFB=-0.00701668;REVB=0.0496674;RO=13;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688599;STB=0.538422;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0086441;OID=.;OPOS=81211548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:14:6:5:8:14:6:5:8 chr16 81213378 . A G 152.34 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00127966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.805;QD=21.0121;RBI=0.0320944;REFB=-0.00660931;REVB=0.0320689;RO=13;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367903;STB=0.708818;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.006487;OID=.;OPOS=81213378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:12:4:9:4:12:4:9:4 chr16 81219187 . C T 245.2 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=31;FWDB=0.0643707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.074;QD=15.5681;RBI=0.0646931;REFB=-0.00872862;REVB=0.00645085;RO=35;SAF=3;SAR=25;SRF=4;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180118;STB=0.510197;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00796552;OID=.;OPOS=81219187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:25:3:4:31:25:3:4:31 chr16 81232275 . G A 54.65 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0379881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.932;QD=9.1088;RBI=0.0431228;REFB=0.000581314;REVB=-0.0204079;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677072;STB=0.541563;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.00106948;OID=.;OPOS=81232275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:7:9:4:4:7:9 chr16 81232564 . T G 609.66 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0305186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.0479;QD=18.0639;RBI=0.0428036;REFB=-0.00452492;REVB=-0.0300128;RO=71;SAF=43;SAR=20;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243488;STB=0.639243;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00654694;OID=.;OPOS=81232564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:71:72:63:63:0.466667:20:43:31:40:20:43:31:41 chr16 81241098 . C T 891.54 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00970706;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.098;QD=56.6058;RBI=0.0124219;REFB=-0.0620686;REVB=0.00775086;RO=1;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154778;STB=0.508194;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00120153;OID=.;OPOS=81241098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:30:32:0:1:30:32:0:1 chr16 81241100 . G C 906.0 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00722356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.167;QD=56.6247;RBI=0.0268773;REFB=-0.000433763;REVB=0.0258884;RO=1;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154778;STB=0.508194;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=2.51548e-05;OID=.;OPOS=81241100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:30:32:0:1:30:33:0:1 chr16 81242102 . G A 855.16 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00999841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.111;QD=55.1713;RBI=0.0105028;REFB=-0.139073;REVB=-0.00321579;RO=1;SAF=40;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116518;STB=0.506171;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00105924;OID=.;OPOS=81242102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:62:1:1:59:61:0.983871:19:40:1:0:21:40:1:0 chr16 81242194 . T C 1046.3 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.284;QD=59.7887;RBI=0.0539815;REFB=0;REVB=0.0211374;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70607e-05;OID=.;OPOS=81242194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:70:0:0:64:70:1:27:37:0:0:27:43:0:0 chr16 81248716 . C T 1204.35 PASS AF=0.564103;AO=110;DP=196;FAO=110;FDP=195;FR=.;FRO=85;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=54;FSRR=31;FWDB=-0.00102525;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0593;QD=24.7046;RBI=0.0251894;REFB=-0.0226137;REVB=-0.0251685;RO=85;SAF=58;SAR=52;SRF=54;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873615;STB=0.547463;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.016371;OID=.;OPOS=81248716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:85:85:110:110:0.564103:52:58:54:31:52:58:54:31 chr16 81248745 . A G 531.46 PASS AF=0.394904;AO=62;DP=152;FAO=62;FDP=157;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=-0.0379293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.988;QD=13.5403;RBI=0.0386266;REFB=-0.0271685;REVB=-0.00730619;RO=87;SAF=36;SAR=26;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428119;STB=0.507573;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0451712;OID=.;OPOS=81248745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:157:87:95:62:62:0.394904:26:36:47:40:26:36:54:41 chr16 81249954 . T A 397.76 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0448987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.943;QD=18.0799;RBI=0.0449296;REFB=-0.0234017;REVB=0.00166518;RO=46;SAF=23;SAR=18;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250818;STB=0.507325;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0261968;OID=.;OPOS=81249954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:46:47:41:41:0.465909:18:23:27:19:18:23:27:20 chr16 81253745 . C G 414.57 PASS AF=0.447619;AO=43;DP=102;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00625375;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.361;QD=15.7933;RBI=0.0110864;REFB=-0.0304832;REVB=0.00915415;RO=58;SAF=23;SAR=20;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180612;STB=0.532006;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0388004;OID=.;OPOS=81253745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:58:58:43:47:0.447619:20:23:30:28:20:27:30:28 chr16 81253759 . A G 494.48 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00569386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2545;QD=20.6035;RBI=0.0157152;REFB=-0.0141111;REVB=-0.0146474;RO=48;SAF=29;SAR=19;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114711;STB=0.563577;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0138667;OID=.;OPOS=81253759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:19:29:23:25:19:29:23:25 chr16 81253917 . A G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0202589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.677;QD=15.1716;RBI=0.0206641;REFB=-0.00271976;REVB=-0.00407202;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718897;STB=0.541498;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00408939;OID=.;OPOS=81253917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:8:9:11:13:8:9:11:13 chr16 81279120 . T C 113.6 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0182431;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.901;QD=7.97214;RBI=0.0275174;REFB=-0.00264388;REVB=-0.0206009;RO=40;SAF=14;SAR=2;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495761;STB=0.814365;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00342245;OID=.;OPOS=81279120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:40:41:16:16:0.280702:2:14:21:19:2:14:21:20 chr16 81295902 . T C 156.29 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0121945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.266;QD=15.6293;RBI=0.0205087;REFB=0.00835145;REVB=0.0164894;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294677;STB=0.669369;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00921466;OID=.;OPOS=81295902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:6:11:8:15:6:11:8:15 chr16 81314496 . C T 1377.49 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3659;QD=62.613;RBI=0.0375914;REFB=0;REVB=-0.0168917;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3709e-05;OID=.;OPOS=81314496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr16 81413523 . T G 1572.49 PASS AF=0.736111;AO=67;DP=153;FAO=106;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=36;FSAR=70;FSRF=19;FSRR=2;FWDB=-0.0119905;FXX=0.0588197;HRUN=12;LEN=1;MLLD=240.203;QD=43.6802;RBI=0.0214564;REFB=-0.00213625;REVB=-0.0177934;RO=16;SAF=20;SAR=47;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223757;STB=0.597622;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0001228;OID=.;OPOS=81413523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:144:16:21:67:106:0.736111:47:20:14:2:70:36:19:2 chr16 81497952 . A G 277.73 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00166577;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.825;QD=20.5727;RBI=0.00679551;REFB=-0.0076087;REVB=0.00658819;RO=25;SAF=11;SAR=18;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528308;STB=0.529391;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00667065;OID=.;OPOS=81497952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:25:29:29:0.537037:18:11:11:14:18:11:11:14 chr16 81679151 . A G 243.77 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0156146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.665;QD=15.2356;RBI=0.0336232;REFB=-0.0108276;REVB=-0.0297775;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172388;STB=0.597277;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0183602;OID=.;OPOS=81679151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:13:15:13:23:13:15:13:23 chr16 81819768 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.314;QD=57.3858;RBI=0.0273524;REFB=0;REVB=0.0169193;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29825e-05;OID=.;OPOS=81819768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr16 81892708 . T A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.912;QD=53.2772;RBI=0.0408148;REFB=0;REVB=0.0260429;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156193;OID=.;OPOS=81892708;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr16 81902079 . T C 851.21 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8696;QD=57.7092;RBI=0.0941437;REFB=0;REVB=0.0832997;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812241;OID=.;OPOS=81902079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:33:24:0:0:35:24:0:0 chr16 81902283 . A G 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0650918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.537;QD=50.134;RBI=0.065622;REFB=0.0845678;REVB=-0.00832522;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370602;STB=0.519983;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000997081;OID=.;OPOS=81902283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:12:12:1:0:12:12:1:0 chr16 81914583 . C T 198.27 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.0451297;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.936;QD=17.2408;RBI=0.0451582;REFB=-0.0200009;REVB=-0.00160398;RO=25;SAF=2;SAR=18;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212248;STB=0.61751;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0195913;OID=.;OPOS=81914583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:18:2:5:20:18:2:5:21 chr16 81929488 . C T 696.32 PASS AF=0.496403;AO=69;DP=139;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00913386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.349;QD=20.0378;RBI=0.0251304;REFB=-0.0254385;REVB=-0.0234117;RO=70;SAF=34;SAR=35;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325354;STB=0.517941;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.025903;OID=.;OPOS=81929488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:70:70:69:69:0.496403:35:34:32:38:35:34:32:38 chr16 81941319 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.818;QD=62.6711;RBI=0.0283567;REFB=0;REVB=0.0279601;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21155e-05;OID=.;OPOS=81941319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr16 81971403 . T C 325.71 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.027;QD=52.1133;RBI=0.086457;REFB=0;REVB=0.0851602;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125226;OID=.;OPOS=81971403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:8:16:0:0:9:16:0:0 chr16 82033098 . C T 280.79 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0084879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.515;QD=28.0793;RBI=0.0122878;REFB=-0.0281693;REVB=0.00888515;RO=13;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595839;STB=0.555288;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0160429;OID=.;OPOS=82033098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:15:25:25:0.625:12:13:8:5:12:13:10:5 chr16 82203705 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.668;QD=45.8068;RBI=0.0119916;REFB=0;REVB=0.00780932;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96203e-05;OID=.;OPOS=82203705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr16 82203711 . G T 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0712;QD=47.8148;RBI=0.150326;REFB=0;REVB=0.0357964;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00684621;OID=.;OPOS=82203711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr16 82203742 . T C 137.6 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0622308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2778;QD=39.3146;RBI=0.0638889;REFB=-0.169224;REVB=0.0144606;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555467;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0130758;OID=.;OPOS=82203742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:14:0:1:13:13:0.928571:9:4:0:0:9:4:1:0 chr16 82203758 . C T 115.97 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.054939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2056;QD=42.169;RBI=0.0646774;REFB=0;REVB=-0.0341301;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00290254;OID=.;OPOS=82203758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr16 82203768 . G T 92.45 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124679;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.483;QD=41.0879;RBI=0.12659;REFB=0;REVB=0.0219078;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180401;OID=.;OPOS=82203768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr16 82203786 . C G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.000773529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.519;QD=14.0437;RBI=0.0272137;REFB=-0.00213215;REVB=0.0272027;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.665923;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00383536;OID=.;OPOS=82203786;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:3:4:5:5:0.555556:4:1:1:2:4:1:2:2 chr16 82673047 . C T 1181.99 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00269756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.48;QD=58.3699;RBI=0.026562;REFB=-0.0592989;REVB=0.0264246;RO=2;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021508;STB=0.511361;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000239933;OID=.;OPOS=82673047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:43:36:0:2:43:36:0:2 chr16 82903030 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3076;QD=45.8045;RBI=0.103279;REFB=0;REVB=0.0919708;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00626873;OID=.;OPOS=82903030;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr16 83065664 . G A 615.17 PASS AF=0.504065;AO=63;DP=126;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0128229;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.541;QD=20.0056;RBI=0.0227694;REFB=-0.018804;REVB=0.0188154;RO=63;SAF=34;SAR=29;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288646;STB=0.504346;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0207164;OID=.;OPOS=83065664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:123:63:61:63:62:0.504065:29:34:32:31:29:33:33:28 chr16 83214480 . C A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00434385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.515;QD=21.3532;RBI=0.00457478;REFB=0.00143533;REVB=0.0014351;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225945;STB=0.627399;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.000755244;OID=.;OPOS=83214480;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:2:7:6:7:2:7 chr16 83817019 . A G 156.9 PASS AF=0.439024;AO=13;DP=36;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0100143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.043;QD=15.3071;RBI=0.0119854;REFB=-0.00671177;REVB=-0.00658505;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117418;STB=0.585274;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.022499;OID=.;OPOS=83817019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:41:20:23:13:18:0.439024:6:7:13:7:9:9:15:8 chr16 83941865 . G C 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0446706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.03;QD=15.6252;RBI=0.0477477;REFB=-0.0251762;REVB=-0.0168638;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180203;STB=0.603381;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0364396;OID=.;OPOS=83941865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:8:15:8:9:8:15 chr16 83949765 . C T 345.47 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00593381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9868;QD=19.4631;RBI=0.0332297;REFB=-0.0109872;REVB=-0.0326956;RO=33;SAF=17;SAR=19;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121309;STB=0.578738;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00782159;OID=.;OPOS=83949765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:33:35:36:36:0.507042:19:17:11:22:19:17:11:24 chr16 83983071 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.119;QD=62.6703;RBI=0.05359;REFB=0;REVB=0.0451633;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253417;OID=.;OPOS=83983071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr16 83984776 . A C 1060.44 PASS AF=0.960526;AO=74;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0128129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9848;QD=55.8125;RBI=0.0281132;REFB=-0.0314076;REVB=-0.0250237;RO=2;SAF=13;SAR=61;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673803;STB=0.555539;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00500891;OID=.;OPOS=83984776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:2:3:74:73:0.960526:61:13:2:0:61:12:3:0 chr16 83984844 . A C 857.84 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154918;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.588;QD=58.1583;RBI=0.0207616;REFB=0;REVB=0.0138219;RO=0;SAF=14;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111769;OID=.;OPOS=83984844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:58:59:1:44:14:0:0:45:14:0:0 chr16 83984850 . C G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.181;QD=58.7814;RBI=0.01986;REFB=0;REVB=0.00998162;RO=0;SAF=16;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59608e-05;OID=.;OPOS=83984850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:49:16:0:0:49:16:0:0 chr16 84028014 . C G 370.06 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00528967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.41;QD=19.7367;RBI=0.00868309;REFB=-0.0183638;REVB=-0.00688589;RO=37;SAF=21;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10662;STB=0.559184;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0127182;OID=.;OPOS=84028014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:17:21:16:21:17:21:16:21 chr16 84031884 . G C 175.88 PASS AF=0.323944;AO=22;DP=69;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=0.042164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7017;QD=9.90897;RBI=0.0439797;REFB=-0.030193;REVB=0.0125066;RO=47;SAF=15;SAR=7;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274093;STB=0.510195;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0656707;OID=.;OPOS=84031884;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:47:48:22:23:0.323944:7:15:33:14:7:16:34:14 chr16 84035446 . C G 627.86 PASS AF=0.448052;AO=69;DP=154;FAO=69;FDP=154;FR=.;FRO=85;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.0240337;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=163.376;QD=16.3079;RBI=0.0244652;REFB=-0.00405263;REVB=0.00457482;RO=81;SAF=43;SAR=26;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164309;STB=0.598446;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00693487;OID=.;OPOS=84035446;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:81:85:69:69:0.448052:26:43:37:44:26:43:38:47 chr16 84035514 . G A 401.19 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0376169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.219;QD=15.4304;RBI=0.0376186;REFB=-0.0125566;REVB=0.000360775;RO=58;SAF=23;SAR=23;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171645;STB=0.509611;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0161449;OID=.;OPOS=84035514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:46:46:0.442308:23:23:28:30:23:23:28:30 chr16 84035919 . T C 439.41 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0177692;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.89;QD=19.3149;RBI=0.0271035;REFB=-0.020735;REVB=0.020466;RO=47;SAF=21;SAR=23;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855317;STB=0.504755;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0227054;OID=.;OPOS=84035919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:23:21:22:25:23:21:22:25 chr16 84067004 . C T 140.21 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0186483;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.962;QD=12.4632;RBI=0.0236628;REFB=-0.0231583;REVB=0.014566;RO=28;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343667;STB=0.528019;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0240262;OID=.;OPOS=84067004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:29:16:16:0.355556:11:5:8:20:11:5:8:21 chr16 84070500 . C G 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.00520547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.989;QD=8.50824;RBI=0.0052217;REFB=-0.00968159;REVB=0.00041138;RO=31;SAF=3;SAR=9;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.590295;STB=0.848026;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0540032;OID=.;OPOS=84070500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:9:3:25:6:9:3:25:6 chr16 84100173 . C T 194.87 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00117391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.691;QD=17.3217;RBI=0.00201455;REFB=-0.00613129;REVB=-0.00163717;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573397;STB=0.522913;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00978244;OID=.;OPOS=84100173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:12:8:11:13:12:8:11:14 chr16 84115483 . G A 1539.69 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0238668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.97;QD=58.655;RBI=0.0249791;REFB=-0.0192717;REVB=0.00737099;RO=1;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839826;STB=0.504424;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=2.79503e-05;OID=.;OPOS=84115483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:105:1:1:103:104:0.990476:56:47:0:1:56:48:0:1 chr16 84203612 . A G 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0170876;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.4512;QD=12.181;RBI=0.026112;REFB=0.0158359;REVB=0.0197446;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11281;STB=0.567427;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.0256984;OID=.;OPOS=84203612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:3:7:9:6:3:7:9:6 chr16 84203939 . C T 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.026745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.912;QD=22.9565;RBI=0.0574594;REFB=-0.0219228;REVB=0.0508555;RO=11;SAF=2;SAR=14;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199524;STB=0.613872;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0276513;OID=.;OPOS=84203939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:14:2:3:8:14:2:3:8 chr16 84208335 . G T 515.32 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00515957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4226;QD=20.0124;RBI=0.0126652;REFB=0.00670954;REVB=0.0115666;RO=50;SAF=26;SAR=27;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00930015;STB=0.50513;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.00598994;OID=.;OPOS=84208335;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:27:26:24:26:27:26:24:26 chr16 84209634 . C G 169.95 PASS AF=0.375;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.011189;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.096;QD=12.1392;RBI=0.0142828;REFB=-0.00337126;REVB=-0.00887724;RO=33;SAF=5;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163286;STB=0.621552;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00358325;OID=.;OPOS=84209634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:33:35:21:21:0.375:16:5:12:21:16:5:14:21 chr16 84209738 . T C 167.44 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00997162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.205;QD=23.0945;RBI=0.0202901;REFB=-0.0251488;REVB=-0.0176707;RO=12;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942134;STB=0.553126;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00810758;OID=.;OPOS=84209738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:13:4:4:8:13:4:4:8 chr16 84212571 . C A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00439004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.179;QD=11.4396;RBI=0.0206092;REFB=-0.00833473;REVB=0.0201362;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175766;STB=0.605818;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.010134;OID=.;OPOS=84212571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:7:7:6:3:7:7 chr16 84213114 . C T 356.57 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00833965;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.477;QD=29.7145;RBI=0.0145769;REFB=-0.0281741;REVB=0.0119556;RO=18;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921317;STB=0.550529;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0183216;OID=.;OPOS=84213114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:14:16:12:6:14:16:12:6 chr16 84213434 . A T 131.59 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0255511;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.612;QD=21.9308;RBI=0.0301592;REFB=-0.00575429;REVB=-0.0160224;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197756;STB=0.611608;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00520254;OID=.;OPOS=84213434;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:3:7:6:8:3:7 chr16 84215390 . T C 157.87 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.029417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.595;QD=12.144;RBI=0.0324353;REFB=-0.0255887;REVB=0.0136634;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00533629;STB=0.512182;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0339457;OID=.;OPOS=84215390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:9:10:17:15:9:10:18:15 chr16 84217062 . C T 619.93 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1322;QD=59.0408;RBI=0.0572519;REFB=-0.120249;REVB=0.0517626;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177076;STB=0.509429;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00241749;OID=.;OPOS=84217062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:26:15:0:1:26:15:0:1 chr16 84218565 . T C 98.87 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0158681;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.436;QD=20.8137;RBI=0.0316279;REFB=0.0110076;REVB=0.0273592;RO=7;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230775;STB=0.616203;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00674075;OID=.;OPOS=84218565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:21:19:7:8:11:11:0.578947:9:2:3:4:9:2:3:5 chr16 84225184 . C T 458.26 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0101348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.633;QD=17.7966;RBI=0.0107746;REFB=-0.0355678;REVB=0.00365762;RO=52;SAF=20;SAR=29;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603486;STB=0.520653;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0384836;OID=.;OPOS=84225184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:52:54:49:49:0.475728:29:20:18:34:29:20:20:34 chr16 84227713 . C T 392.48 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.0227356;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.235;QD=15.3915;RBI=0.0271772;REFB=-0.00925853;REVB=0.0148893;RO=55;SAF=27;SAR=17;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827382;STB=0.525179;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.008746;OID=.;OPOS=84227713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:55:58:44:44:0.431373:17:27:38:17:17:27:38:20 chr16 84228199 . G T 315.54 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0185243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.556;QD=24.2721;RBI=0.040566;REFB=-0.0166986;REVB=0.0360895;RO=21;SAF=21;SAR=10;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313294;STB=0.51723;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00809333;OID=.;OPOS=84228199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:10:21:15:6:10:21:15:6 chr16 84228237 . A C 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.482;QD=57.6756;RBI=0.0421919;REFB=0;REVB=0.0291209;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242877;OID=.;OPOS=84228237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr16 84228770 . G C 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.000933027;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.553;QD=17.0333;RBI=0.0105723;REFB=-0.0117701;REVB=0.010531;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140082;STB=0.580022;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0154168;OID=.;OPOS=84228770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:9:13:8:10:9:13 chr16 84229559 . T C 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5667;QD=57.6769;RBI=0.0459822;REFB=0;REVB=0.0173374;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267534;OID=.;OPOS=84229559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr16 84230376 . T C 482.45 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.969;QD=58.4784;RBI=0.0391978;REFB=0;REVB=0.00326723;RO=0;SAF=5;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014861;OID=.;OPOS=84230376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:27:5:0:0:28:5:0:0 chr16 84230500 . A C 676.2 PASS AF=0.470199;AO=70;DP=151;FAO=71;FDP=151;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=-0.0261592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.63;QD=17.9125;RBI=0.0261902;REFB=-0.00712902;REVB=0.00127399;RO=79;SAF=29;SAR=41;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00910742;STB=0.505455;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00735033;OID=.;OPOS=84230500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:79:80:70:71:0.470199:41:29:32:47:41:30:33:47 chr16 84360533 . A G 123.05 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.068978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5478;QD=16.4063;RBI=0.0743471;REFB=-0.0608464;REVB=0.0277402;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157511;STB=0.591261;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0738317;OID=.;OPOS=84360533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:4:10:9:7:4:10:9:7 chr16 84438512 . G A 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2725;QD=64.1494;RBI=0.0182329;REFB=0;REVB=5.53514e-05;RO=0;SAF=12;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162475;OID=.;OPOS=84438512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:37:12:0:0:37:12:0:0 chr16 84444349 . A C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.997;QD=57.8849;RBI=0.0253332;REFB=0;REVB=0.0220554;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01711e-05;OID=.;OPOS=84444349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr16 84449161 . C T 175.07 PASS AF=0.392157;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.0141055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4894;QD=13.7312;RBI=0.0193745;REFB=-0.0146108;REVB=-0.0132818;RO=31;SAF=13;SAR=6;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163636;STB=0.582015;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0201055;OID=.;OPOS=84449161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:31:31:19:20:0.392157:6:13:25:6:6:14:25:6 chr16 84476200 . A T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0608065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.388;QD=21.3533;RBI=0.0611986;REFB=-0.0313019;REVB=-0.0069162;RO=9;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280846;STB=0.654986;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0226081;OID=.;OPOS=84476200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:10:3:0:9:10:3:0:9 chr16 84485573 . C A 888.74 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0293227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3804;QD=56.428;RBI=0.0640481;REFB=-0.120334;REVB=0.0569415;RO=1;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129354;STB=0.506847;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0020241;OID=.;OPOS=84485573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:36:26:0:1:36:26:0:1 chr16 84493144 . C G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.229;QD=59.4356;RBI=0.0569555;REFB=0;REVB=0.0478633;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263097;OID=.;OPOS=84493144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr16 84494020 . G T 591.79 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000385554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.082;QD=56.3611;RBI=0.0321143;REFB=-0.151154;REVB=0.032112;RO=2;SAF=22;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407438;STB=0.521728;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00119556;OID=.;OPOS=84494020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:2:2:40:40:0.952381:18:22:2:0:18:22:2:0 chr16 84494275 . C T 146.34 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00339248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.311;QD=15.8204;RBI=0.0328592;REFB=-0.00890586;REVB=0.0326836;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141333;STB=0.517906;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00979954;OID=.;OPOS=84494275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:16:16:0.432432:5:11:14:6:5:11:15:6 chr16 84516309 . G A 398.09 PASS AF=0.530864;AO=37;DP=76;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0273129;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5204;QD=19.6588;RBI=0.0357509;REFB=0.00853986;REVB=0.023068;RO=37;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242894;STB=0.515074;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0030419;OID=.;OPOS=84516309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:81:37:38:37:43:0.530864:19:18:19:18:19:24:20:18 chr16 84520325 . T C 113.44 PASS AF=0.481481;AO=8;DP=28;FAO=13;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0177661;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.5778;QD=16.8059;RBI=0.0184213;REFB=-0.0153253;REVB=0.0048693;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926992;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00934367;OID=.;OPOS=84520325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:9:13:8:13:0.481481:2:6:6:3:7:6:7:6 chr16 84520396 . A G 805.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.146;QD=64.4094;RBI=0.0373734;REFB=0;REVB=-0.0289006;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02827e-05;OID=.;OPOS=84520396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr16 84520537 . T C 1204.27 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.882;QD=60.9759;RBI=0.0311201;REFB=0;REVB=0.00703333;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.82753e-05;OID=.;OPOS=84520537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:45:33:0:0:45:34:0:0 chr16 84522897 . G C 43.4 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=2;FWDB=-0.000695034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3082;QD=5.7868;RBI=0.0113746;REFB=-0.0173159;REVB=0.0113534;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487338;STB=0.788964;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0573235;OID=.;OPOS=84522897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:3:4:21:2:3:4:21:2 chr16 84691014 . G A 285.86 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0236271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5853;QD=18.1498;RBI=0.0939503;REFB=-0.0380449;REVB=0.0909308;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145149;STB=0.571383;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0434151;OID=.;OPOS=84691014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:32:32:30:31:0.492063:16:14:20:12:16:15:20:12 chr16 84778690 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290015;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.457;QD=56.1916;RBI=0.0294203;REFB=0;REVB=0.00494669;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25518e-05;OID=.;OPOS=84778690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr16 84778694 . T C 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.94;QD=55.0917;RBI=0.0185936;REFB=0;REVB=0.00614816;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136142;OID=.;OPOS=84778694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr16 84778697 . G C 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0091;QD=55.0887;RBI=0.00643417;REFB=0;REVB=-0.00570616;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90796e-05;OID=.;OPOS=84778697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr16 84808824 . C G 698.53 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0165314;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.199;QD=54.7869;RBI=0.0273312;REFB=-0.165986;REVB=-0.0217648;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00157433;OID=.;OPOS=84808824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:51:0:1:50:50:0.980392:21:29:0:0:21:29:1:0 chr16 84879464 . A G 683.06 PASS AF=0.473684;AO=72;DP=152;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0134787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.55;QD=17.9752;RBI=0.0232383;REFB=-0.012449;REVB=-0.0189299;RO=79;SAF=33;SAR=39;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00251149;STB=0.504419;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0141514;OID=.;OPOS=84879464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:79:80:72:72:0.473684:39:33:36:43:39:33:36:44 chr16 84883102 . C T 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0406419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.254;QD=21.4741;RBI=0.0407418;REFB=-0.0328784;REVB=-0.00285184;RO=25;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264559;STB=0.646166;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.015815;OID=.;OPOS=84883102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:19:12:18:7:19:12:18:7 chr16 84922859 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.787;QD=63.8712;RBI=0.0615855;REFB=0;REVB=0.0073003;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349373;OID=.;OPOS=84922859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr16 84942638 . T G 248.26 PASS AF=0.48;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.000277893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.552;QD=19.861;RBI=0.00722449;REFB=-0.0103011;REVB=0.00721914;RO=26;SAF=17;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347928;STB=0.701951;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0190677;OID=.;OPOS=84942638;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:26:23:24:0.48:6:17:10:16:6:18:10:16 chr16 85009463 . T C 271.72 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0223505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.42;QD=20.9018;RBI=0.0235761;REFB=-0.0078244;REVB=0.00750236;RO=24;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182219;STB=0.600772;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00808032;OID=.;OPOS=85009463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:13:15:18:6:13:15:18:6 chr16 85009970 . A G 362.31 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=15;FWDB=0.00829281;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.504;QD=15.255;RBI=0.0306786;REFB=0.0105261;REVB=-0.0295365;RO=55;SAF=25;SAR=14;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100605;STB=0.56031;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0139085;OID=.;OPOS=85009970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:55:56:39:39:0.410526:14:25:40:15:14:25:41:15 chr16 85112002 . T G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7091;QD=57.3843;RBI=0.0812551;REFB=0;REVB=-0.0610041;RO=0;SAF=16;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.88091e-05;OID=.;OPOS=85112002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:41:16:0:0:41:16:0:0 chr16 85689982 . GGAGCGCGAGCGCGAGCGC GGAGCGCGAGCGC,GGAGCGCGAGCGCGAGCGT 222.86 PASS AF=0.385965,0.0877193;AO=20,6;DP=59;FAO=22,5;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=18,4;FSAR=4,1;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0176678,0.0394;FXX=0.0338926;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=173.922,81.2499;QD=15.639;RBI=0.0295441,0.0980971;REFB=-0.0435523,-0.0197281;REVB=-0.0236792,-0.0898369;RO=28;SAF=17,5;SAR=3,1;SRF=22;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.114812,0.0910079;STB=0.546916,0.542196;STBP=0.676,0.875;TYPE=del,snp;VARB=0.0673205,0.0536939;OID=.,.;OPOS=85689983,85690000;OREF=GAGCGC,C;OALT=-,T;OMAPALT=GGAGCGCGAGCGC,GGAGCGCGAGCGCGAGCGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385965,0.0877193:20,6:59:22,5:57:30:18,4:4,1:23:7:99:28:17,5:3,1:22:6 chr16 85706047 . A C 808.04 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0176977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.4118;QD=53.8696;RBI=0.017857;REFB=-0.107735;REVB=-0.00237964;RO=1;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125806;STB=0.504961;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00222398;OID=.;OPOS=85706047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:1:2:58:58:0.966667:37:21:0:1:37:21:1:1 chr16 85707072 . GT GG,G 33.9 PASS AF=0.1,0.35;AO=2,5;DP=21;FAO=2,7;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=0,5;FSAR=2,2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.043027,0.126334;FXX=0.0475964;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=22.1917,7.40601;QD=6.78083;RBI=0.0434359,0.127769;REFB=-0.0159516,-0.00578962;REVB=-0.00594573,-0.0190959;RO=9;SAF=0,4;SAR=2,1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.694553,0.0339569;STB=0.996164,0.509776;STBP=0.054,0.986;TYPE=snp,del;VARB=-0.0185383,-0.0112757;OID=.,.;OPOS=85707073,85707073;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.1,0.35:2,5:21:2,7:20:11:0,5:2,2:8:3:23:9:0,4:2,1:7:2 chr16 85711860 . C T 511.57 PASS AF=0.505051;AO=47;DP=98;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0163988;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.233;QD=20.6694;RBI=0.0169965;REFB=-0.0194446;REVB=0.00446772;RO=50;SAF=26;SAR=21;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17783;STB=0.584804;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0232103;OID=.;OPOS=85711860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:50:49:47:50:0.505051:21:26:18:32:23:27:18:31 chr16 85813231 . A C 1144.11 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00402976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.919;QD=57.9297;RBI=0.0210982;REFB=-0.0632467;REVB=-0.0207098;RO=2;SAF=48;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00628164;STB=0.50332;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00150771;OID=.;OPOS=85813231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:29:48:1:1:29:48:1:1 chr16 85814899 . T TAGTC 508.78 PASS AF=0.840909;AO=37;DP=45;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00468235;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=4;MLLD=235.91;QD=46.2526;RBI=0.0135849;REFB=-0.0412621;REVB=-0.0127524;RO=7;SAF=30;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163071;STB=0.588183;STBP=0.029;TYPE=ins;VARB=0.0108744;OID=.;OPOS=85814900;OREF=-;OALT=AGTC;OMAPALT=TAGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.840909:37:45:37:44:7:30:7:3:4:41:7:30:7:3:4 chr16 85838653 . T C 1319.55 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0321027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.104;QD=58.6468;RBI=0.0462038;REFB=-0.0227594;REVB=0.0332297;RO=2;SAF=48;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019332;STB=0.503875;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00207821;OID=.;OPOS=85838653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:2:3:87:87:0.966667:39:48:2:0:39:48:2:1 chr16 85839211 . G C 1318.94 PASS AF=1;AO=63;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00868113;FXX=0.0232531;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.776;QD=62.8065;RBI=0.206439;REFB=0;REVB=0.206257;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358241;OID=.;OPOS=85839211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:63:84:1:28:35:0:0:48:36:0:0 chr16 85948098 . G A 314.93 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00851886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.256;QD=17.4959;RBI=0.0207561;REFB=-0.0107641;REVB=0.0189273;RO=37;SAF=14;SAR=20;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145493;STB=0.588183;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0111423;OID=.;OPOS=85948098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:20:14:21:16:20:14:22:16 chr16 85948113 . C T 321.12 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0115192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.415;QD=18.8897;RBI=0.0158025;REFB=-0.00418336;REVB=0.0108179;RO=33;SAF=14;SAR=20;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14546;STB=0.588183;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00679796;OID=.;OPOS=85948113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:34:34:0.5:20:14:19:14:20:14:20:14 chr16 85954801 . G A 697.62 PASS AF=0.468354;AO=74;DP=163;FAO=74;FDP=158;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.0166892;FXX=0.030673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.063;QD=17.6613;RBI=0.0186339;REFB=-0.0168194;REVB=0.00828813;RO=76;SAF=34;SAR=40;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111923;STB=0.521614;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0184696;OID=.;OPOS=85954801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:158:76:84:74:74:0.468354:40:34:34:42:40:34:42:42 chr16 86069722 . A G 625.34 PASS AF=0.97619;AO=42;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206175;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2762;QD=59.5558;RBI=0.04973;REFB=-0.171383;REVB=-0.0452548;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00524268;OID=.;OPOS=86069722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:42:0:1:42:41:0.97619:19:23:0:0:19:22:1:0 chr16 86069738 . C G 638.84 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00315829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6463;QD=59.4267;RBI=0.00625011;REFB=-0.138886;REVB=0.00539343;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00187145;OID=.;OPOS=86069738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:18:24:0:0:18:24:1:0 chr16 86069788 . GT TG 505.41 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295344;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.006;QD=59.4596;RBI=0.0434506;REFB=0;REVB=-0.0318696;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-6.39053e-06;OID=.;OPOS=86069788;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr16 86069827 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.178;QD=60.2307;RBI=0.0153157;REFB=0;REVB=0.0119278;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53807e-06;OID=.;OPOS=86069827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr16 86547496 . C T 1422.37 PASS AF=0.952381;AO=100;DP=104;FAO=100;FDP=105;FR=.;FRO=5;FSAF=65;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0356232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8579;QD=54.1856;RBI=0.0456537;REFB=0.0246981;REVB=0.0285526;RO=4;SAF=65;SAR=35;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317009;STB=0.523215;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00135736;OID=.;OPOS=86547496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:104:105:4:5:100:100:0.952381:35:65:1:3:35:65:1:4 chr16 86547838 . T C 736.47 PASS AF=0.652632;AO=62;DP=95;FAO=62;FDP=95;FR=.;FRO=33;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0354496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.773;QD=31.009;RBI=0.0364869;REFB=-0.0216905;REVB=0.00863838;RO=32;SAF=38;SAR=24;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533948;STB=0.5352;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0112924;OID=.;OPOS=86547838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:32:33:62:62:0.652632:24:38:17:15:24:38:17:16 chr16 86564671 . G T 459.07 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00571468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.4044;QD=55.6447;RBI=0.0471241;REFB=0;REVB=0.0467763;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00366713;OID=.;OPOS=86564671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:13:19:0:0:14:19:0:0 chr16 86564721 . T C 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0437297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8295;QD=6.31756;RBI=0.0443371;REFB=0.00396794;REVB=0.00731388;RO=25;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708534;STB=0.545342;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.0149369;OID=.;OPOS=86564721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:4:4:11:14:4:4:11:14 chr16 86565826 . C G 820.12 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00569569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.2803;QD=55.6011;RBI=0.00609714;REFB=-0.0355316;REVB=-0.00217584;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.512816;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000152704;OID=.;OPOS=86565826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:59:0:1:58:58:0.983051:19:39:0:0:19:39:0:1 chr16 86566039 . C T 873.02 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.701;QD=57.2473;RBI=0.0851805;REFB=0;REVB=0.0111135;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461345;OID=.;OPOS=86566039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:58:61:1:39:19:0:0:39:22:0:0 chr16 86566042 . G A 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.012;QD=55.8051;RBI=0.0414122;REFB=-0.0723483;REVB=0.0385737;RO=1;SAF=21;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219355;STB=0.511624;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00203787;OID=.;OPOS=86566042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:38:21:1:0:38:21:1:0 chr16 86575737 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6326;QD=54.5176;RBI=0.0179366;REFB=0;REVB=0.0131505;RO=0;SAF=22;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88898e-05;OID=.;OPOS=86575737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:3:22:0:0:3:22:0:0 chr16 86614583 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00811586;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.189;QD=10.0318;RBI=0.0118538;REFB=-0.0351981;REVB=-0.00863974;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0346482;OID=.;OPOS=86614583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr16 87350773 . C A 976.72 PASS AF=0.924051;AO=70;DP=79;FAO=73;FDP=79;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.159413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.243;QD=49.4542;RBI=0.166616;REFB=-0.180759;REVB=0.0484592;RO=5;SAF=25;SAR=45;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856563;STB=0.548374;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00587233;OID=.;OPOS=87350773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:79:79:5:6:70:73:0.924051:45:25:5:0:45:28:6:0 chr16 87417621 . G A 1185.23 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00976519;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.864;QD=58.5298;RBI=0.0157719;REFB=-0.0839495;REVB=0.0123853;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.510867;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000235137;OID=.;OPOS=87417621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:82:81:0:2:79:79:0.975309:45:34:0:0:45:34:0:2 chr16 87436720 . G T 309.89 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0168988;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.136;QD=47.6752;RBI=0.0578669;REFB=-0.109798;REVB=-0.0553444;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519068;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00474518;OID=.;OPOS=87436720;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:27:26:0:2:24:24:0.923077:7:17:0:0:7:17:1:1 chr16 87436764 . A G 493.4 PASS AF=0.972222;AO=30;DP=34;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0450605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.681;QD=54.822;RBI=0.0450807;REFB=-0.0428075;REVB=-0.00134849;RO=1;SAF=23;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198449;STB=0.509086;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=8.73805e-05;OID=.;OPOS=87436764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:36:1:1:30:35:0.972222:7:23:1:0:8:27:1:0 chr16 87445270 . T C 340.53 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00772049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.843;QD=18.6592;RBI=0.0147927;REFB=-0.027307;REVB=-0.0126182;RO=36;SAF=16;SAR=20;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148926;STB=0.574334;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0257961;OID=.;OPOS=87445270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:36:37:0.506849:20:16:22:14:20:17:22:14 chr16 87445839 . C T 262.81 PASS AF=0.6;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0292484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.966;QD=26.2808;RBI=0.0300697;REFB=0.00152957;REVB=0.00697979;RO=16;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452342;STB=0.533727;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.000482482;OID=.;OPOS=87445839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:16:16:23:24:0.6:13:10:6:10:13:11:6:10 chr16 87446053 . G A 218.98 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00292791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.484;QD=23.6739;RBI=0.0112984;REFB=0.00294576;REVB=0.0109125;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667197;STB=0.53724;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00164363;OID=.;OPOS=87446053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:11:10:9:7:11:10:9:7 chr16 87493737 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0316822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.379;QD=14.6656;RBI=0.0348018;REFB=-0.00364844;REVB=0.0144013;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104935;STB=0.560805;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00506652;OID=.;OPOS=87493737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:12:9:8:7:12:9 chr16 87678144 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.782;QD=47.8204;RBI=0.0845921;REFB=0;REVB=0.0836986;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113462;OID=.;OPOS=87678144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr16 87678165 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0105663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.126;QD=14.6538;RBI=0.0247795;REFB=-0.026107;REVB=-0.0224138;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0206357;OID=.;OPOS=87678165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:5:3:3:5:5:3 chr16 87723838 . T C 651.66 PASS AF=0.449664;AO=63;DP=144;FAO=67;FDP=149;FR=.;FRO=82;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.00219375;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.979;QD=17.4942;RBI=0.0329623;REFB=-0.0154491;REVB=-0.0328893;RO=71;SAF=39;SAR=24;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136601;STB=0.582834;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0119161;OID=.;OPOS=87723838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:149:71:82:63:67:0.449664:24:39:34:37:26:41:38:44 chr16 87729334 . C CA 362.2 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135073;FXX=0.0370233;HRUN=0;LEN=1;MLLD=255.487;QD=55.7237;RBI=0.057751;REFB=0;REVB=0.0561492;RO=4;SAF=17;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206479;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000223349;OID=.;OPOS=87729335;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:30:26:26:0:18:8:0:0:4:4:17:8:3:1 chr16 87729699 . C T 122.31 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0293283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4179;QD=15.7815;RBI=0.0346646;REFB=-0.0249431;REVB=-0.0184794;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403838;STB=0.523331;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0211866;OID=.;OPOS=87729699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:9:8:6:8:9:8 chr16 87735527 . G A 342.98 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0331409;FXX=0.0493766;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.2921;QD=17.8173;RBI=0.0422554;REFB=-0.0119029;REVB=-0.0262145;RO=39;SAF=25;SAR=11;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182563;STB=0.604935;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0190905;OID=.;OPOS=87735527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:39:41:36:36:0.467532:11:25:20:19:11:25:21:20 chr16 87735740 . G GA 167.77 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.142797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.231;QD=13.1586;RBI=0.20278;REFB=-0.00763745;REVB=0.143974;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018742;STB=0.509796;STBP=0.912;TYPE=ins;VARB=0.0257077;OID=.;OPOS=87735741;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509804:25:53:26:51:25:13:13:13:12:99:28:12:13:14:14 chr16 87737628 . C G 173.86 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.00879234;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.014;QD=18.301;RBI=0.00933316;REFB=-0.0115126;REVB=-0.00313094;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272921;STB=0.616907;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00932083;OID=.;OPOS=87737628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:20:18:18:0.473684:6:12:18:2:6:12:17:3 chr16 87738853 . T C 231.54 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.057837;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0446;QD=16.5385;RBI=0.0581947;REFB=-0.0298615;REVB=-0.00644247;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641081;STB=0.551493;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0228452;OID=.;OPOS=87738853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:28:30:26:26:0.464286:12:14:17:11:12:14:19:11 chr16 87741662 . C A 55.29 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0305847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.11;QD=10.0532;RBI=0.0309933;REFB=-0.0209935;REVB=0.00501653;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478584;STB=0.78069;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0112402;OID=.;OPOS=87741662;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:12:2:5:3:12:2 chr16 87788864 . G A 1145.41 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00147922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.725;QD=57.9953;RBI=0.0224796;REFB=-0.153389;REVB=0.0224309;RO=1;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01088;STB=0.511361;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00194803;OID=.;OPOS=87788864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:77:77:0.974684:43:34:0:1:43:34:0:2 chr16 87866138 . G C 132.65 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0212994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2878;QD=15.1597;RBI=0.0367214;REFB=-0.00910585;REVB=-0.0299131;RO=20;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00589578;OID=.;OPOS=87866138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:12:3:4:16:12:3:4:16 chr16 87921846 . T A 269.31 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0561939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.882;QD=16.5727;RBI=0.0562139;REFB=-0.0113479;REVB=0.0014966;RO=35;SAF=6;SAR=24;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184766;STB=0.604965;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0110955;OID=.;OPOS=87921846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:24:6:12:23:24:6:12:23 chr16 87938398 . G A 293.71 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.000894931;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.929;QD=22.1667;RBI=0.0120711;REFB=-0.00491329;REVB=-0.0120379;RO=23;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111018;STB=0.561363;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00343878;OID=.;OPOS=87938398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:14:16:9:14:14:16:9:14 chr16 88052161 . C A 1310.7 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00689977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.371;QD=61.6801;RBI=0.00789777;REFB=0;REVB=-0.00384291;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213588;OID=.;OPOS=88052161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:45:39:0:0:46:39:0:0 chr16 88105053 . T A 1572.54 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324634;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.853;QD=63.5371;RBI=0.0337996;REFB=0;REVB=0.00940987;RO=0;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25055e-05;OID=.;OPOS=88105053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:96:99:1:56:40:0:0:59:40:0:0 chr16 88105461 . C G 97.9 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00433704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5743;QD=13.503;RBI=0.102595;REFB=-0.002997;REVB=-0.102503;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547084;STB=0.53211;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.000138906;OID=.;OPOS=88105461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:9:8:5:7:9:8 chr16 88123598 . C G 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.039287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3853;QD=59.0418;RBI=0.0401202;REFB=-0.119551;REVB=-0.00813407;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184012;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00323877;OID=.;OPOS=88123598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:16:25:1:0:16:25:1:0 chr16 88123697 . C A 575.54 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8628;QD=60.583;RBI=0.0933394;REFB=0;REVB=0.0932666;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142198;OID=.;OPOS=88123697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr16 88124525 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.715;QD=43.4857;RBI=0.0481821;REFB=0;REVB=-0.0275412;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179561;OID=.;OPOS=88124525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr16 88134285 . A G 734.01 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.7613;QD=55.3967;RBI=0.0554946;REFB=0;REVB=-0.0510978;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209097;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284575;OID=.;OPOS=88134285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:1:0:49:53:1:27:22:1:0:28:25:0:0 chr16 88494824 . G A 520.36 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00107263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5021;QD=21.0246;RBI=0.0406801;REFB=-0.0224457;REVB=0.040666;RO=46;SAF=19;SAR=31;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14469;STB=0.586073;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0298008;OID=.;OPOS=88494824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:49:50:50:0.505051:31:19:25:21:31:19:27:22 chr16 88494947 . T C 691.53 PASS AF=0.898305;AO=54;DP=59;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00586539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.215;QD=46.8833;RBI=0.0225295;REFB=0.000242288;REVB=-0.0217526;RO=5;SAF=31;SAR=23;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701743;STB=0.545438;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000277111;OID=.;OPOS=88494947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:59:59:5:6:54:53:0.898305:23:31:5:0:23:30:6:0 chr16 88494976 . A C 1076.3 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.221;QD=59.7943;RBI=0.0324764;REFB=0;REVB=-0.0226631;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01465e-07;OID=.;OPOS=88494976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:34:37:0:0:35:37:0:0 chr16 88495654 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5805;QD=57.2021;RBI=0.0533282;REFB=0;REVB=-0.0440187;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205799;OID=.;OPOS=88495654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr16 88496008 . T C 287.6 PASS AF=0.445946;AO=25;DP=66;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00689621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.24;QD=15.5457;RBI=0.0160528;REFB=-0.0423625;REVB=-0.014496;RO=40;SAF=1;SAR=24;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.712814;STB=0.645068;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0596424;OID=.;OPOS=88496008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:74:40:41:25:33:0.445946:24:1:21:19:24:9:21:20 chr16 88497446 . A G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.6;QD=43.4826;RBI=0.046548;REFB=0;REVB=0.0425459;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654276;OID=.;OPOS=88497446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr16 88498297 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.305;QD=40.7629;RBI=0.0173063;REFB=0;REVB=-0.010375;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7535e-05;OID=.;OPOS=88498297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr16 88500430 . G T 673.7 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252635;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.162;QD=62.6696;RBI=0.0433542;REFB=0;REVB=0.0352327;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124215;OID=.;OPOS=88500430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:20:23:0:0 chr16 88501386 . C A 130.37 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.804;QD=43.4579;RBI=0.141941;REFB=0;REVB=0.122415;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327161;OID=.;OPOS=88501386;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr16 88502505 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.242;QD=53.2758;RBI=0.0317565;REFB=0;REVB=0.000363875;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397437;OID=.;OPOS=88502505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr16 88504868 . A G 2174.84 PASS AF=1;AO=136;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.541;QD=62.1384;RBI=0.035322;REFB=0;REVB=-0.0184949;RO=1;SAF=57;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597994;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88021e-05;OID=.;OPOS=88504868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:1:0:136:140:1:79:57:0:1:82:58:0:0 chr16 88505635 . A C,G 558.1 PASS AF=0.0789474,0.921053;AO=3,35;DP=38;FAO=3,35;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=3,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205591,0.0773911;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.105,53.8472;QD=58.7475;RBI=0.020643,0.0812973;REFB=0,0;REVB=0.00185977,0.024897;RO=0;SAF=0,24;SAR=3,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.186206,-0.0033658;OID=.,.;OPOS=88505635,88505635;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:38:38:0:0:3,35:3,35:0.0789474,0.921053:3,11:0,24:0:0:3,11:0,24:0:0 chr16 88505734 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4765;QD=46.8473;RBI=0.0419431;REFB=0;REVB=0.0235251;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360768;OID=.;OPOS=88505734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr16 88535341 . G A 444.76 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.017015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.262;QD=16.4726;RBI=0.0170807;REFB=-0.0126226;REVB=-0.00149634;RO=59;SAF=20;SAR=29;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164468;STB=0.591799;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0103984;OID=.;OPOS=88535341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:29:20:34:25:29:20:34:25 chr16 88535407 . C G 243.18 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0144329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0243;QD=12.799;RBI=0.0144331;REFB=-0.0331194;REVB=-8.13865e-05;RO=47;SAF=15;SAR=14;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108461;STB=0.562002;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0522691;OID=.;OPOS=88535407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:14:15:29:18:14:15:29:18 chr16 88594567 . C T 177.51 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0856918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7269;QD=22.1886;RBI=0.0932848;REFB=-0.0568315;REVB=0.0368643;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863657;STB=0.531215;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0379112;OID=.;OPOS=88594567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:14:18:18:0.5625:9:9:5:8:9:9:6:8 chr16 88599023 . A G 483.73 PASS AF=0.348837;AO=58;DP=171;FAO=60;FDP=172;FR=.;FRO=112;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=-0.00993815;FXX=0.0171419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.488;QD=11.2494;RBI=0.0146457;REFB=-0.0100694;REVB=-0.0107578;RO=101;SAF=17;SAR=41;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270675;STB=0.674941;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0174519;OID=.;OPOS=88599023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:101:112:58:60:0.348837:41:17:53:48:42:18:63:49 chr16 88644005 . A G 667.69 PASS AF=0.978261;AO=43;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0297968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.9206;QD=58.0599;RBI=0.0311675;REFB=-0.072124;REVB=0.00914155;RO=2;SAF=23;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390966;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0068581;OID=.;OPOS=88644005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:2:1:43:45:0.978261:20:23:2:0:20:25:1:0 chr16 88713236 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.887;QD=61.3363;RBI=0.00738568;REFB=0;REVB=0.00304762;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.679e-06;OID=.;OPOS=88713236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr16 88713501 . A G 866.34 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.099;QD=57.7562;RBI=0.0241398;REFB=0;REVB=0.0121139;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9729e-05;OID=.;OPOS=88713501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:23:34:0:0:23:37:0:0 chr16 88717386 . T C 689.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.535;QD=62.6647;RBI=0.0339881;REFB=0;REVB=0.0160225;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160375;OID=.;OPOS=88717386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr16 88724347 . G T 875.35 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229512;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.01;QD=58.3569;RBI=0.0416114;REFB=0;REVB=0.0347095;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6228e-05;OID=.;OPOS=88724347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr16 88778615 . G A 429.17 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=122;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.00220171;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.473;QD=14.1875;RBI=0.00722569;REFB=-0.0208545;REVB=-0.00688208;RO=72;SAF=29;SAR=20;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242958;STB=0.513714;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0302493;OID=.;OPOS=88778615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:72:72:49:49:0.404959:20:29:41:31:20:29:41:31 chr16 88779739 . A G 549.67 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00791931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.413;QD=17.8755;RBI=0.0133493;REFB=-0.0215356;REVB=-0.0107466;RO=63;SAF=38;SAR=20;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14499;STB=0.589892;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0255833;OID=.;OPOS=88779739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:63:65:58:58:0.471545:20:38:32:31:20:38:32:33 chr16 88780634 . AGGTGTGGGTGT AGGTGT,AGGTGTGTGTGG 114.95 PASS AF=0.304348,0.26087;AO=7,5;DP=22;FAO=7,6;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4,2;FSAR=3,4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0091921,-0.0134527;FXX=0.079968;HRUN=3,3;LEN=6,5;MLLD=222.721,70.0096;QD=19.9907;RBI=0.00950024,0.016983;REFB=-0.0172269,-0.0363363;REVB=-0.00239996,-0.0103657;RO=8;SAF=4,2;SAR=3,3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.168179,-0.33255;STB=0.578732,0.719306;STBP=0.616,0.207;TYPE=del,mnp;VARB=0.0178848,0.0351481;OID=.,.;OPOS=88780635,88780641;OREF=GGTGTG,GGTGT;OALT=-,TGTGG;OMAPALT=AGGTGT,AGGTGTGTGTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348,0.26087:7,5:22:7,6:23:10:4,2:3,4:7:3:57:8:4,2:3,3:6:2 chr16 88781040 . A G 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.00497997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.913;QD=12.0148;RBI=0.00527215;REFB=-0.000583879;REVB=-0.00173074;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225097;STB=0.629509;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000593845;OID=.;OPOS=88781040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:10:10:24:10:10:10:24:10 chr16 88781125 . T C 71.59 PASS AF=0.4;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.154214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.263;QD=11.4542;RBI=0.154329;REFB=-0.0209366;REVB=0.00594462;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521077;STB=0.808233;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0162268;OID=.;OPOS=88781125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:25:25:13:15:9:10:0.4:8:1:7:6:9:1:7:8 chr16 88782676 . A G 380.8 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00139382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.567;QD=19.5282;RBI=0.0197073;REFB=-0.00227123;REVB=-0.0196579;RO=38;SAF=19;SAR=20;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120078;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024227;OID=.;OPOS=88782676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:39:39:39:0.5:20:19:18:20:20:19:19:20 chr16 88783449 . C G 286.24 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0121548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1816;QD=18.1741;RBI=0.06425;REFB=-0.00645962;REVB=0.0630898;RO=32;SAF=18;SAR=12;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314214;STB=0.678462;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00880375;OID=.;OPOS=88783449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:30:31:0.492063:12:18:8:24:12:19:8:24 chr16 88783521 . T C 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0445703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.401;QD=20.6399;RBI=0.0520646;REFB=0.00896567;REVB=0.0269111;RO=31;SAF=19;SAR=17;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197393;STB=0.600432;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0122498;OID=.;OPOS=88783521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:32:36:36:0.529412:17:19:9:22:17:19:10:22 chr16 88786904 . G A 223.48 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.102314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7157;QD=14.8988;RBI=0.102337;REFB=-0.0184865;REVB=-0.00217627;RO=33;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171366;STB=0.603983;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0389321;OID=.;OPOS=88786904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:14:12:21:12:14:12:22:12 chr16 88787704 . G C 289.23 PASS AF=0.342593;AO=37;DP=108;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0141615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.698;QD=10.7122;RBI=0.0208108;REFB=-0.0125123;REVB=-0.0152493;RO=71;SAF=23;SAR=14;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180026;STB=0.603984;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0295306;OID=.;OPOS=88787704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:71:71:37:37:0.342593:14:23:33:38:14:23:33:38 chr16 88792047 . A G 322.61 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.0740837;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7794;QD=16.5441;RBI=0.147521;REFB=-0.00516981;REVB=-0.127569;RO=41;SAF=18;SAR=17;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236477;STB=0.614698;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00260704;OID=.;OPOS=88792047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:41:43:35:35:0.448718:17:18:31:10:17:18:31:12 chr16 88792097 . A G 190.71 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00279459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.076;QD=15.2564;RBI=0.011203;REFB=-0.00819674;REVB=0.0108488;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02229;STB=0.520988;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0101827;OID=.;OPOS=88792097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:8:12:18:11:8:12:19:11 chr16 88799116 . G A 277.31 PASS AF=0.52;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.037726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.08;QD=22.1847;RBI=0.0382159;REFB=-0.0244012;REVB=0.006099;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425862;STB=0.542024;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0193099;OID=.;OPOS=88799116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:24:25:26:0.52:14:11:9:14:14:12:9:15 chr16 88803124 . T C 1478.84 PASS AF=0.989583;AO=64;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00475655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.163;QD=61.6182;RBI=0.00649249;REFB=-0.0628189;REVB=0.00441901;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0014131;OID=.;OPOS=88803124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:1:64:95:0.989583:20:44:0:0:45:50:0:1 chr16 88803982 . C G 464.89 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9493;QD=58.1111;RBI=0.0691064;REFB=0;REVB=0.0534434;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196615;OID=.;OPOS=88803982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr16 88804734 . A G 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0829637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.831;QD=55.6501;RBI=0.0904386;REFB=0;REVB=-0.0360024;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397855;OID=.;OPOS=88804734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr16 88804924 . TC CT,T 447.6 PASS AF=0,1;AO=2,30;DP=32;FAO=0,32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932192,0.145759;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=3.89678,28.5819;QD=55.9505;RBI=0.00936484,0.151029;REFB=0,0;REVB=0.000895562,0.0395503;RO=0;SAF=1,7;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.00735178;OID=.,.;OPOS=88804924,88804925;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:32:32:0:0:2,30:0,32:0,1:1,23:1,7:0:0:0,24:0,8:0:0 chr16 88805183 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.229;QD=42.1812;RBI=0.0305253;REFB=0;REVB=0.0270954;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127774;OID=.;OPOS=88805183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr16 88805236 . G A 81.74 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6431;QD=36.3291;RBI=0.0524917;REFB=0;REVB=-0.0242417;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00969022;OID=.;OPOS=88805236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:1:7:0:0:1:8:0:0 chr16 88808743 . A G 481.25 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0186549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.102;QD=53.4717;RBI=0.0283524;REFB=-0.0317589;REVB=0.0213508;RO=2;SAF=18;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491206;STB=0.524985;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00107283;OID=.;OPOS=88808743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:33:34:0.944444:15:18:2:0:15:19:2:0 chr16 88809773 . G C 1327.25 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.886;QD=61.7327;RBI=0.0550799;REFB=0;REVB=0.0318536;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95081e-05;OID=.;OPOS=88809773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:84:86:1:45:39:0:0:45:41:0:0 chr16 88872145 . T C 976.18 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0269111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8292;QD=57.4224;RBI=0.0285425;REFB=0.0276764;REVB=-0.00951134;RO=1;SAF=27;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171796;STB=0.509088;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.000863979;OID=.;OPOS=88872145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:40:27:1:0:40:27:1:0 chr16 88872511 . T C 117.74 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.047799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.09;QD=12.3932;RBI=0.0483939;REFB=-0.00923543;REVB=0.00756505;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603055;STB=0.535662;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0224612;OID=.;OPOS=88872511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:10:4:8:16:10:4:8:16 chr16 88921634 . C G 404.41 PASS AF=0.606061;AO=39;DP=65;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0293493;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.518;QD=24.5097;RBI=0.0293493;REFB=-0.035814;REVB=7.83484e-07;RO=26;SAF=29;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17666;STB=0.599947;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0165069;OID=.;OPOS=88921634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:26:26:39:40:0.606061:10:29:14:12:10:30:14:12 chr16 88942648 . TA T,TTAA 39.23 PASS AF=0,0.138889;AO=10,9;DP=73;FAO=0,10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=0,4;FSAR=0,6;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.148836,0.0620786;FXX=0.0526247;HRUN=7,6;LEN=1,2;MLLD=9.23124,15.0702;QD=2.17929;RBI=0.162785,0.0861218;REFB=-0.0172074,-0.00663353;REVB=-0.0659324,-0.0596927;RO=43;SAF=3,4;SAR=7,5;SRF=17;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.128566,0.061653;STB=0.5,0.502884;STBP=1,0.989;TYPE=del,ins;VARB=0.0191291,0.0222914;OID=.,.;OPOS=88942649,88942649;OREF=A,-;OALT=-,TA;OMAPALT=T,TTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.138889:10,9:73:0,10:72:62:0,4:0,6:25:37:38:43:3,4:7,5:17:26 chr16 89016952 . TG CG,GT,TCG 43.65 PASS AF=0.136364,0.0909091,0.181818;AO=2,2,4;DP=21;FAO=3,2,4;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3,2,1;FSAR=0,0,3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.016013,-0.0230721,-0.034928;FXX=0;HRUN=1,1,0;LEN=1,2,1;MLLD=153.296,102.952,38.7814;QD=7.93582;RBI=0.0184724,0.0233587,0.101391;REFB=-0.0303671,-0.00676603,-0.0278717;REVB=-0.00920948,0.00364807,-0.0951849;RO=13;SAF=2,2,1;SAR=0,0,3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.490041,0.490041,-0.464525;STB=0.995021,0.992731,0.809428;STBP=0.217,0.317,0.23;TYPE=snp,mnp,ins;VARB=0.110745,0.262145,0.184436;OID=.,.,.;OPOS=89016952,89016952,89016953;OREF=T,TG,-;OALT=C,GT,C;OMAPALT=CG,GT,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:18:21:22:13:13:2,2,4:3,2,4:0.136364,0.0909091,0.181818:0,0,3:2,2,1:9:4:0,0,3:3,2,1:9:4 chr16 89167140 . G C 520.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0833325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.46;QD=59.4934;RBI=0.221165;REFB=0;REVB=0.204865;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012425;OID=.;OPOS=89167140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:13:21:0:0:14:21:0:0 chr16 89167386 . C T 560.06 PASS AF=0.527778;AO=58;DP=108;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0736488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8553;QD=20.7431;RBI=0.0772903;REFB=0.00730397;REVB=0.0234444;RO=49;SAF=34;SAR=24;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645071;STB=0.523801;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00531452;OID=.;OPOS=89167386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:49:51:58:57:0.527778:24:34:25:24:24:33:27:24 chr16 89180765 . A T 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0724371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.274;QD=13.9113;RBI=0.0725852;REFB=-0.0117535;REVB=0.00463475;RO=31;SAF=4;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297188;STB=0.673474;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00986887;OID=.;OPOS=89180765;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:17:4:13:18:17:4:13:18 chr16 89180883 . G A 234.91 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0461067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.691;QD=18.7931;RBI=0.0473062;REFB=-0.0237609;REVB=-0.0105853;RO=27;SAF=6;SAR=17;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125275;STB=0.571363;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0233428;OID=.;OPOS=89180883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:17:6:10:17:17:6:10:17 chr16 89211662 . C G 302.27 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00485669;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.749;QD=19.5015;RBI=0.0184846;REFB=-0.0180236;REVB=0.0178352;RO=30;SAF=10;SAR=22;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11591;STB=0.56469;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0166659;OID=.;OPOS=89211662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:22:10:13:17:22:10:13:17 chr16 89217507 . C T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0153924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.483;QD=17.5599;RBI=0.0297893;REFB=-0.00629698;REVB=0.0255044;RO=21;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250433;STB=0.643795;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00953453;OID=.;OPOS=89217507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:13:5:11:10:13:5:11:10 chr16 89234723 . A G 614.36 PASS AF=0.438356;AO=64;DP=148;FAO=64;FDP=146;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=0.00222213;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.012;QD=16.8319;RBI=0.0192979;REFB=-0.00805536;REVB=-0.0191696;RO=80;SAF=31;SAR=33;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115018;STB=0.570158;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00708956;OID=.;OPOS=89234723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:146:80:82:64:64:0.438356:33:31:48:32:33:31:50:32 chr16 89234760 . A G 587.03 PASS AF=0.427586;AO=62;DP=146;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.00813458;FXX=0.00684885;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.876;QD=16.1938;RBI=0.00912953;REFB=-0.0131744;REVB=-0.0041445;RO=82;SAF=30;SAR=32;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783937;STB=0.540191;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0160241;OID=.;OPOS=89234760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:82:83:62:62:0.427586:32:30:46:36:32:30:46:37 chr16 89234948 . C A 281.11 PASS AF=0.459016;AO=25;DP=62;FAO=28;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0118452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.073;QD=18.4337;RBI=0.0289245;REFB=-0.00825884;REVB=0.0263879;RO=27;SAF=19;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289303;STB=0.635258;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00678601;OID=.;OPOS=89234948;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:27:28:25:28:0.459016:6:19:13:14:8:20:13:15 chr16 89235258 . C A 207.96 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0230788;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.976;QD=13.4168;RBI=0.0236002;REFB=-0.0248644;REVB=-0.00493347;RO=37;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00586133;STB=0.503353;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0245296;OID=.;OPOS=89235258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:15:10:15:22:15:10:15:22 chr16 89238228 . G A 286.23 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.028446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.737;QD=18.1736;RBI=0.0366315;REFB=-0.0194392;REVB=0.02308;RO=31;SAF=23;SAR=8;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505373;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0337981;OID=.;OPOS=89238228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:31:31:0.492063:8:23:23:8:8:23:24:8 chr16 89246670 . T C,G 458.91 PASS AF=0.96875,0.03125;AO=30,2;DP=32;FAO=31,1;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283588,-0.0164862;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.161,185.366;QD=57.3639;RBI=0.0131122,0.0199365;REFB=0,0;REVB=-0.0128018,-0.0112103;RO=0;SAF=16,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.56309e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000194275,0.0384023;OID=.,.;OPOS=89246670,89246670;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:32:32:0:0:30,2:31,1:0.96875,0.03125:14,1:16,1:0:0:14,1:17,0:0:0 chr16 89251776 . G A 279.38 PASS AF=0.625;AO=24;DP=39;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00338494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.434;QD=27.9379;RBI=0.00443045;REFB=-0.0215962;REVB=0.00285851;RO=15;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052231;STB=0.519984;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0221932;OID=.;OPOS=89251776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:15:15:24:25:0.625:11:13:7:8:12:13:7:8 chr16 89251798 . C T 240.4 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.13835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.396;QD=28.2828;RBI=0.138351;REFB=-0.0117748;REVB=-0.000237494;RO=11;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082425;STB=0.529385;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00422011;OID=.;OPOS=89251798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:34:11:12:22:22:0.647059:11:11:7:4:11:11:7:5 chr16 89251851 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0475;QD=56.1905;RBI=0.0478067;REFB=0;REVB=-0.0283944;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00148803;OID=.;OPOS=89251851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr16 89259993 . A G 804.82 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6344;QD=64.3857;RBI=0.026591;REFB=0;REVB=-0.0214091;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000434321;OID=.;OPOS=89259993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr16 89262646 . G A 219.74 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.056196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9301;QD=17.5794;RBI=0.0563229;REFB=-0.0315228;REVB=0.00377842;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138237;STB=0.578874;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0399843;OID=.;OPOS=89262646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:14:8:14:14:14:8:14:14 chr16 89262657 . G A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0230506;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=312.728;QD=23.2632;RBI=0.0231931;REFB=-0.0055221;REVB=-0.00256733;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191248;STB=0.605975;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00452756;OID=.;OPOS=89262657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:13:10:4:15:13:10:4:15 chr16 89265087 . A G 365.81 PASS AF=0.4875;AO=34;DP=76;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0744122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4725;QD=18.2906;RBI=0.0784821;REFB=-0.0213058;REVB=-0.024945;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290731;STB=0.624227;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0251753;OID=.;OPOS=89265087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:42:41:34:39:0.4875:20:14:30:12:21:18:29:12 chr16 89265101 . C T 410.3 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0141311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.533;QD=20.7747;RBI=0.0160182;REFB=-0.0109379;REVB=-0.00754276;RO=37;SAF=19;SAR=22;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157955;STB=0.59273;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0100402;OID=.;OPOS=89265101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:37:38:41:41:0.518987:22:19:24:13:22:19:25:13 chr16 89265466 . AC CG,GC 314.95 PASS AF=0.125,0.875;AO=3,18;DP=24;FAO=3,21;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3,8;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684752,0.0534062;FXX=0.0768935;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=69.3575,77.6739;QD=52.4918;RBI=0.0922243,0.0534069;REFB=0,0;REVB=0.0617776,-0.00026625;RO=0;SAF=3,6;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0137233,0.0465267;OID=.,.;OPOS=89265466,89265466;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:24:24:0:0:3,18:3,21:0.125,0.875:0,12:3,6:0:0:0,13:3,8:0:0 chr16 89289624 . G A 762.19 PASS AF=0.55814;AO=72;DP=130;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0136102;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.337;QD=23.6337;RBI=0.018235;REFB=-0.0133615;REVB=0.0121359;RO=57;SAF=38;SAR=34;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703317;STB=0.538384;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00842703;OID=.;OPOS=89289624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:57:57:72:72:0.55814:34:38:35:22:34:38:35:22 chr16 89291210 . G GGTGA 135.63 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0141431;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=4;MLLD=268.411;QD=9.51792;RBI=0.0142772;REFB=-0.0110206;REVB=-0.00195216;RO=40;SAF=10;SAR=8;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825865;STB=0.541787;STBP=0.684;TYPE=ins;VARB=0.0232626;OID=.;OPOS=89291211;OREF=-;OALT=GTGA;OMAPALT=GGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:18:60:18:57:39:10:8:24:15:99:40:10:8:25:15 chr16 89291951 . C T 63.8 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00234094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.421;QD=4.11609;RBI=0.00448998;REFB=-0.00182808;REVB=0.00383143;RO=47;SAF=9;SAR=2;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346263;STB=0.725857;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00528193;OID=.;OPOS=89291951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:47:51:11:11:0.177419:2:9:27:20:2:9:30:21 chr16 89293271 . A C 502.24 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0171311;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.004;QD=22.0763;RBI=0.0201187;REFB=-0.00709933;REVB=0.0105492;RO=43;SAF=23;SAR=25;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874288;STB=0.548176;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00561754;OID=.;OPOS=89293271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:25:23:25:18:25:23:25:18 chr16 89293614 . A G 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00626281;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.824;QD=13.054;RBI=0.00681902;REFB=-0.00768107;REVB=-0.00269745;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838162;STB=0.548151;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0136051;OID=.;OPOS=89293614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:13:10:18:17:13:10:18:17 chr16 89294184 . G A 226.0 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00410878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.915;QD=20.5454;RBI=0.0259575;REFB=-0.0249681;REVB=-0.0256302;RO=22;SAF=15;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211409;STB=0.619453;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0200565;OID=.;OPOS=89294184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:7:15:10:12:7:15:10:12 chr16 89294381 . T C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0102025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1851;QD=9.44475;RBI=0.0214331;REFB=0.00868242;REVB=-0.0188491;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163877;STB=0.599699;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0175331;OID=.;OPOS=89294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:8:2:2:4:8:2 chr16 89294511 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0012365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.492;QD=16.8983;RBI=0.0289669;REFB=-0.0356793;REVB=0.0289405;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215579;STB=0.624753;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0182276;OID=.;OPOS=89294511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:6:3:6:4:6:3 chr16 89294697 . C T 265.78 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0424365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5034;QD=21.2625;RBI=0.0427373;REFB=-0.0139544;REVB=0.00506213;RO=24;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904086;STB=0.562763;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0141444;OID=.;OPOS=89294697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:9:16:13:11:9:16:13:12 chr16 89299200 . C A 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00395549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.579;QD=6.25134;RBI=0.046012;REFB=-0.0192628;REVB=-0.0458417;RO=17;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206131;STB=0.637776;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0444201;OID=.;OPOS=89299200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:1:5:12:5:1:5:12:5 chr16 89299227 . C T 44.5 PASS AF=0.269231;AO=6;DP=25;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0505246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.502;QD=6.84629;RBI=0.0599383;REFB=-0.0118326;REVB=-0.0322468;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235388;STB=0.687892;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0223124;OID=.;OPOS=89299227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:26:19:19:6:7:0.269231:1:5:13:6:1:6:13:6 chr16 89299280 . T A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0354631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9799;QD=9.0998;RBI=0.0392956;REFB=0.00369914;REVB=-0.0169267;RO=19;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355283;STB=0.726653;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00843081;OID=.;OPOS=89299280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:1:8:13:6:1:8:13:6 chr16 89300015 . A G 82.07 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.150393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6109;QD=32.8286;RBI=0.161855;REFB=-0.17616;REVB=-0.0598252;RO=1;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28888;STB=0.666218;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0287507;OID=.;OPOS=89300015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:1:8:0:1:1:8:0:1 chr16 89300147 . A G 33.37 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0765852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7352;QD=19.0694;RBI=0.121387;REFB=-0.058219;REVB=0.0941776;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212944;STB=0.62455;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.048405;OID=.;OPOS=89300147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:2:0:2:3:2:0 chr16 89348038 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.888;QD=57.6807;RBI=0.0194655;REFB=0;REVB=0.00692652;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105289;OID=.;OPOS=89348038;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr16 89590168 . T C,TATCTC 889.85 PASS AF=0.0410959,0.863014;AO=3,61;DP=77;FAO=3,63;FDP=73;FR=.;FRO=7;FSAF=1,25;FSAR=2,38;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00208102,-0.00881593;FXX=0.0266631;HRUN=2,1;LEN=1,5;MLLD=78.6529,235.491;QD=48.7589;RBI=0.0030981,0.0136807;REFB=0.0149282,-0.0175706;REVB=-0.00229512,0.0104614;RO=9;SAF=1,24;SAR=2,37;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.562113,-0.121726;STB=0.821926,0.547128;STBP=0.413,0.027;TYPE=snp,ins;VARB=0.0034973,0.00129087;OID=.,.;OPOS=89590168,89590169;OREF=T,-;OALT=C,ATCTC;OMAPALT=C,TATCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:77:73:9:7:3,61:3,63:0.0410959,0.863014:2,37:1,24:8:1:2,38:1,25:6:1 chr16 89590243 . G A 1212.89 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168624;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.648;QD=61.412;RBI=0.0199396;REFB=0;REVB=0.0198681;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173161;OID=.;OPOS=89590243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr16 89651175 . T C,TC 61.52 PASS AF=0,0.407407;AO=2,8;DP=30;FAO=0,11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=0,4;FSAR=0,7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.029763,0.00788565;FXX=0.0357015;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=285.596,14.9077;QD=9.11449;RBI=0.0575819,0.0276386;REFB=-0.000813867,0.011303;REVB=-0.0492934,-0.0264898;RO=19;SAF=0,4;SAR=2,4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.526746,-0.0296329;STB=0.5,0.546014;STBP=1,0.716;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.0452856;OID=.,.;OPOS=89651175,89651176;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:62:30:27:19:16:2,8:0,11:0,0.407407:2,4:0,4:10:9:0,7:0,4:7:9 chr16 89652191 . C T 69.27 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00220579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.907;QD=4.54204;RBI=0.00336395;REFB=-0.018482;REVB=0.00253981;RO=44;SAF=9;SAR=1;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510601;STB=0.854558;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0674633;OID=.;OPOS=89652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:61:61:44:48:10:10:0.163934:1:9:24:20:1:9:26:22 chr16 89653943 . C T 455.73 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00273323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.293;QD=25.675;RBI=0.0268943;REFB=-0.0267334;REVB=0.0267551;RO=27;SAF=27;SAR=16;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537781;STB=0.523535;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0137906;OID=.;OPOS=89653943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:28:43:43:0.605634:16:27:15:12:16:27:16:12 chr16 89653999 . TTGAG T 125.24 PASS AF=0.37931;AO=17;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0481186;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=4;MLLD=290.774;QD=8.63716;RBI=0.0482482;REFB=-0.0173804;REVB=0.00353436;RO=37;SAF=6;SAR=11;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246864;STB=0.562443;STBP=0.477;TYPE=del;VARB=0.030262;OID=.;OPOS=89654000;OREF=TGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:17:58:22:58:36:10:12:20:16:99:37:6:11:21:16 chr16 89661807 . C T 833.54 PASS AF=0.57037;AO=77;DP=136;FAO=77;FDP=135;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0162623;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.572;QD=24.6974;RBI=0.0206927;REFB=-0.0289135;REVB=0.0127956;RO=58;SAF=39;SAR=38;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765572;STB=0.541696;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0154968;OID=.;OPOS=89661807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:58:58:77:77:0.57037:38:39:35:23:38:39:35:23 chr16 89662319 . C T 149.34 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0338724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8349;QD=18.6674;RBI=0.116026;REFB=-0.0476649;REVB=0.110972;RO=16;SAF=13;SAR=2;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960355;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.057045;OID=.;OPOS=89662319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:16:15:16:0.5:2:13:13:3:3:13:13:3 chr16 89662990 . T C 821.84 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851061;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6705;QD=57.6732;RBI=0.0159082;REFB=0;REVB=-0.0134402;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31717e-05;OID=.;OPOS=89662990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr16 89704365 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.753;QD=55.0985;RBI=0.00991954;REFB=0;REVB=-0.0030961;RO=0;SAF=24;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01005e-05;OID=.;OPOS=89704365;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:2:24:0:0:2:24:0:0 chr16 89764549 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.447;QD=50.4132;RBI=0.0486099;REFB=0;REVB=-0.00266009;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171191;OID=.;OPOS=89764549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:9:10:0:0 chr16 89777761 . C T 231.04 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0103476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.816;QD=16.503;RBI=0.0270153;REFB=-0.0109551;REVB=-0.024955;RO=29;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245637;STB=0.645054;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0127413;OID=.;OPOS=89777761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:11:15:9:20:11:15:9:21 chr16 89782989 . A G 256.97 PASS AF=0.545455;AO=21;DP=41;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.107898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1703;QD=23.361;RBI=0.120483;REFB=-0.0528338;REVB=0.0536109;RO=20;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622529;STB=0.557328;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0423209;OID=.;OPOS=89782989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:20:20:21:24:0.545455:13:8:9:11:16:8:9:11 chr16 89783187 . C T 736.87 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2011;QD=62.7123;RBI=0.044627;REFB=0;REVB=0.0422793;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486269;OID=.;OPOS=89783187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:21:23:0:0:22:25:0:0 chr16 89785603 . A C 296.76 PASS AF=0.484848;AO=33;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0463595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2501;QD=17.9856;RBI=0.0786878;REFB=-0.00150989;REVB=-0.0635812;RO=33;SAF=13;SAR=20;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512812;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00116659;OID=.;OPOS=89785603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:34:33:32:0.484848:20:13:13:20:19:13:13:21 chr16 89789898 . T C 368.72 PASS AF=0.392857;AO=43;DP=113;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0196844;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2029;QD=13.1686;RBI=0.0504027;REFB=-0.00835989;REVB=-0.0464;RO=67;SAF=25;SAR=18;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156372;STB=0.510865;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0178314;OID=.;OPOS=89789898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:67:68:43:44:0.392857:18:25:38:29:18:26:39:29 chr16 89790048 . G C 178.61 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00158487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.598;QD=22.326;RBI=0.01698;REFB=-0.0253193;REVB=-0.0169058;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179883;STB=0.5999;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0254411;OID=.;OPOS=89790048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:12:6:2:12:12:6:2:12 chr16 89799950 . C T 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0500765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6851;QD=8.89997;RBI=0.0554819;REFB=-0.000327421;REVB=-0.0238869;RO=26;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819496;STB=0.549911;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00230691;OID=.;OPOS=89799950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:5:6:16:10:5:6:16:10 chr16 89805914 . T C 409.59 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0782473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3689;QD=23.4049;RBI=0.0798368;REFB=-0.047736;REVB=-0.0158518;RO=29;SAF=13;SAR=27;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075036;STB=0.550994;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0228318;OID=.;OPOS=89805914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:30:40:40:0.571429:27:13:12:17:27:13:13:17 chr16 89806343 . C A 219.81 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.000448673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.886;QD=17.9434;RBI=0.00471755;REFB=-0.00491185;REVB=-0.00469617;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114389;STB=0.550974;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00594436;OID=.;OPOS=89806343;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:27:21:22:0.44898:11:10:16:11:11:11:16:11 chr16 89806347 . A T 782.52 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.07;QD=63.879;RBI=0.0211487;REFB=0;REVB=-0.00651233;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88327e-05;OID=.;OPOS=89806347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr16 89807233 . C G 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0152503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.689;QD=13.4158;RBI=0.0325537;REFB=-0.00967215;REVB=-0.0287606;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119208;STB=0.56807;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0141045;OID=.;OPOS=89807233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:12:13:15:22:12:13:15:22 chr16 89809319 . T C 65.51 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.0360749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5444;QD=11.9104;RBI=0.0360757;REFB=-0.0235452;REVB=0.000229889;RO=10;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34404;STB=0.723836;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.052477;OID=.;OPOS=89809319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:21:22:10:13:9:9:0.409091:1:8:10:0:1:8:13:0 chr16 89825065 . G A 186.29 PASS AF=0.436364;AO=19;DP=51;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0240428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9735;QD=13.5487;RBI=0.0243854;REFB=0.00834272;REVB=-0.00407319;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114534;STB=0.581752;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00142072;OID=.;OPOS=89825065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:30:31:19:24:0.436364:9:10:19:11:12:12:20:11 chr16 89828437 . A G 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0105538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.057;QD=22.6;RBI=0.0432727;REFB=-0.0407862;REVB=-0.0419659;RO=20;SAF=17;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265213;STB=0.6493;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0446631;OID=.;OPOS=89828437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:6:17:9:11:6:17:9:11 chr16 89836323 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000395772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.667;QD=59.8392;RBI=0.066266;REFB=0;REVB=0.0662648;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194314;OID=.;OPOS=89836323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr16 89839766 . G C 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0070979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.994;QD=6.25134;RBI=0.00713028;REFB=-0.00216335;REVB=-0.000678763;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225245;STB=0.646563;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00610023;OID=.;OPOS=89839766;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:9:8:4:2:9:8 chr16 89845194 . A G 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0357593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.854;QD=55.8046;RBI=0.0479834;REFB=-0.047822;REVB=-0.031995;RO=1;SAF=36;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129277;STB=0.506847;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000491051;OID=.;OPOS=89845194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:23:36:1:0:23:36:1:0 chr16 89849480 . C T 379.8 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00898065;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.29;QD=50.6399;RBI=0.0286159;REFB=-0.0648273;REVB=0.0271702;RO=2;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115702;STB=0.562453;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0016716;OID=.;OPOS=89849480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:30:2:2:28:28:0.933333:7:21:0:2:7:21:0:2 chr16 89857935 . G A 272.76 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0523776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1121;QD=24.245;RBI=0.0603941;REFB=-0.0028787;REVB=-0.030067;RO=20;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53832e-05;OID=.;OPOS=89857935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:15:10:8:12:15:10:8:12 chr16 89858417 . C A 64.54 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0163375;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.881;QD=8.90182;RBI=0.0226511;REFB=-2.46795e-05;REVB=-0.0156895;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807426;STB=0.549886;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.000256679;OID=.;OPOS=89858417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:30:29:20:20:9:9:0.310345:3:6:12:8:3:6:12:8 chr16 89866043 . T C 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3186;QD=63.5794;RBI=0.0589047;REFB=0;REVB=0.0421498;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29579e-05;OID=.;OPOS=89866043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr16 89916879 . C CGAG 209.34 PASS AF=0.456522;AO=16;DP=62;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0240679;FXX=0.079984;HRUN=1;LEN=3;MLLD=219.839;QD=18.2038;RBI=0.0245499;REFB=-0.011096;REVB=0.00484113;RO=41;SAF=5;SAR=11;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160832;STB=0.533445;STBP=0.706;TYPE=ins;VARB=0.0112825;OID=.;OPOS=89916880;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=CGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456522:16:62:21:46:25:8:13:11:14:99:41:5:11:18:23 chr16 89920957 . A G 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0192624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8979;QD=21.1301;RBI=0.041656;REFB=0.00637923;REVB=-0.0369348;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620553;STB=0.534852;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00746855;OID=.;OPOS=89920957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:11:11:9:12:11:11:9:12 chr16 89954138 . G C 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0415689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1266;QD=16.8737;RBI=0.0549328;REFB=0.0121968;REVB=-0.0359115;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623481;STB=0.535678;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.0152584;OID=.;OPOS=89954138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:8:12:14:12:8:12:14:12 chr16 89965055 . G A 271.3 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0221939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.919;QD=23.5912;RBI=0.0224266;REFB=-0.0089186;REVB=-0.00322213;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00312376;STB=0.501741;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0103914;OID=.;OPOS=89965055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:13:12:10:11:13:12:10:11 chr16 89985940 . G A 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00646227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.559;QD=21.8935;RBI=0.016748;REFB=-0.0145581;REVB=-0.0154511;RO=36;SAF=13;SAR=29;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26177;STB=0.644783;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0201169;OID=.;OPOS=89985940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:29:13:22:14:29:13:22:14 chr16 89986154 . G A 245.47 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0195831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.089;QD=23.9478;RBI=0.0369011;REFB=-0.0152428;REVB=0.0312761;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607908;STB=0.533869;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0090376;OID=.;OPOS=89986154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:11:12:8:10:11:12:8:10 chr16 89986608 . A G 336.77 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.01455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.239;QD=12.3586;RBI=0.0180767;REFB=-0.00920209;REVB=-0.0107267;RO=66;SAF=22;SAR=19;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12129;STB=0.559293;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0134584;OID=.;OPOS=89986608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:66:68:41:41:0.376147:19:22:28:38:19:22:30:38 chr16 89986760 . A G 644.77 PASS AF=0.524194;AO=54;DP=123;FAO=65;FDP=124;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0328003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4679;QD=20.7992;RBI=0.0753065;REFB=0.00552583;REVB=-0.067788;RO=52;SAF=24;SAR=30;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153464;STB=0.535796;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.00587058;OID=.;OPOS=89986760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:52:59:54:65:0.524194:30:24:24:28:41:24:26:33 chr16 89987201 . A G 315.83 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00480551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5309;QD=15.0395;RBI=0.00645343;REFB=-0.0117239;REVB=-0.00430742;RO=49;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0153224;OID=.;OPOS=89987201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:20:15:21:28:20:15:21:28 chr16 90025640 . G C 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0092474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.959;QD=14.4116;RBI=0.0254126;REFB=-0.0279341;REVB=0.0236703;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374803;STB=0.521715;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0423291;OID=.;OPOS=90025640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:9:9:13:15:9:9:13:15 chr16 90037828 . G A 168.0 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0150855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.254;QD=15.6275;RBI=0.0277791;REFB=0.0183748;REVB=0.023326;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874601;STB=0.55021;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.0245401;OID=.;OPOS=90037828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:16:9:8:10:16:9 chr16 90038369 . A G 222.68 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0117864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8546;QD=18.9518;RBI=0.01625;REFB=0.00779942;REVB=-0.0111868;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142154;STB=0.580509;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00958312;OID=.;OPOS=90038369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:9:13:11:14:9:13:11:14 chr16 90038647 . A G 352.45 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00486801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.407;QD=18.309;RBI=0.00758267;REFB=-0.016647;REVB=-0.00581372;RO=40;SAF=14;SAR=23;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250689;STB=0.639703;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0145521;OID=.;OPOS=90038647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:23:14:26:14:23:14:26:14 chr16 90038786 . C A 1098.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.113;QD=60.2025;RBI=0.03523;REFB=0;REVB=0.0152133;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.71447e-05;OID=.;OPOS=90038786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr16 90048327 . G A 450.41 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=123;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0518648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.577;QD=14.5293;RBI=0.0520974;REFB=-0.0265407;REVB=0.00491751;RO=68;SAF=21;SAR=30;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149989;STB=0.572491;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0193333;OID=.;OPOS=90048327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:68:73:51:51:0.41129:30:21:38:30:30:21:39:34 chr16 90075226 . C T 512.43 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.00856393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.636;QD=18.6339;RBI=0.00895036;REFB=-0.0217062;REVB=-0.00260155;RO=56;SAF=28;SAR=26;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819437;STB=0.545315;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0230907;OID=.;OPOS=90075226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:54:54:0.490909:26:28:34:22:26:28:34:22 chr16 90095484 . C T 386.93 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0172765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.906;QD=14.0703;RBI=0.0175879;REFB=-0.0165744;REVB=0.00329487;RO=61;SAF=23;SAR=22;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132042;STB=0.580087;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0222417;OID=.;OPOS=90095484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:65:45:45:0.409091:22:23:39:22:22:23:42:23 chr16 90095949 . C T 152.23 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0110769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.009;QD=20.9971;RBI=0.0125413;REFB=-0.0185107;REVB=-0.00588112;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030493;STB=0.51722;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0180642;OID=.;OPOS=90095949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:6:7:8:8:6:7 chr16 90096052 . CCTT C 230.52 PASS AF=0.507692;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0240239;FXX=0.0972087;HRUN=2;LEN=3;MLLD=194.188;QD=14.1861;RBI=0.0268611;REFB=-0.0532303;REVB=-0.0120156;RO=28;SAF=9;SAR=23;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141881;STB=0.557393;STBP=0.388;TYPE=del;VARB=0.0427142;OID=.;OPOS=90096053;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507692:32:70:33:65:32:10:23:13:19:99:28:9:23:12:16 chr16 90097748 . C T 95.98 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0193803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.836;QD=22.5847;RBI=0.0203065;REFB=-0.0375418;REVB=-0.00606267;RO=6;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263404;STB=0.651862;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0335493;OID=.;OPOS=90097748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:2:9:3:3:2:9:3:3 chr16 90103087 . C T 327.89 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.014947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.411;QD=23.0096;RBI=0.0185995;REFB=-0.0212303;REVB=-0.0110693;RO=23;SAF=11;SAR=22;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823679;STB=0.556927;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0154385;OID=.;OPOS=90103087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:24:33:33:0.578947:22:11:10:13:22:11:11:13 chr16 90103117 . G A 385.16 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0078225;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.697;QD=25.6771;RBI=0.0078571;REFB=-0.027689;REVB=-0.000736636;RO=23;SAF=16;SAR=21;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609319;STB=0.533316;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0083843;OID=.;OPOS=90103117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:23:23:37:37:0.616667:21:16:8:15:21:16:8:15 chr16 90103659 . G A 192.99 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0046917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.794;QD=10.0255;RBI=0.0193583;REFB=-0.022406;REVB=-0.0187811;RO=52;SAF=13;SAR=12;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672815;STB=0.539388;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0371545;OID=.;OPOS=90103659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:12:13:24:28:12:13:24:28 chr16 90106746 . C T 395.94 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0136327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.396;QD=20.3048;RBI=0.0211418;REFB=-0.0204771;REVB=0.0161594;RO=38;SAF=15;SAR=25;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113299;STB=0.562882;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0169644;OID=.;OPOS=90106746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:25:15:19:19:25:15:19:19 chr16 90109711 . A G 346.39 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301179;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6811;QD=55.4223;RBI=0.0328905;REFB=0;REVB=-0.0132175;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153008;OID=.;OPOS=90109711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr16 90110027 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.272;QD=56.7065;RBI=0.0696017;REFB=0;REVB=0.0683431;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462462;OID=.;OPOS=90110027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr16 90110279 . C T 250.78 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0836264;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.206;QD=25.7205;RBI=0.0845112;REFB=-0.00584911;REVB=-0.012197;RO=16;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302011;STB=0.516764;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0150835;OID=.;OPOS=90110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:16:16:23:23:0.589744:12:11:7:9:12:11:7:9 chr16 90110284 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00538397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.677;QD=16.8838;RBI=0.00819192;REFB=-0.00990091;REVB=-0.00617417;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668581;STB=0.53841;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0158585;OID=.;OPOS=90110284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:8:9:9:6:8:9 chr16 90110289 . C A 381.82 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.614;QD=54.546;RBI=0.0625683;REFB=0;REVB=0.0385425;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535956;OID=.;OPOS=90110289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:24:28:1:12:12:0:0:15:13:0:0 chr16 90110678 . GCCT GCCC,GCTC 250.07 PASS AF=0.415094,0;AO=17,2;DP=53;FAO=22,0;FDP=53;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=23;FSAF=2,0;FSAR=20,0;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0190826,-0.0932998;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=298.403,24.1226;QD=18.8731;RBI=0.0219856,0.133581;REFB=-0.033738,-0.109467;REVB=-0.0109189,-0.0955987;RO=19;SAF=0,0;SAR=17,2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.818514,-0.485011;STB=0.783986,0.5;STBP=0.007,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0365072,0.0471689;OID=.,.;OPOS=90110681,90110680;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=GCCC,GCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415094,0:17,2:53:22,0:53:23:2,0:20,0:10:13:99:19:0,0:17,2:8:11 chr16 90124871 . G T 419.26 PASS AF=0.452632;AO=42;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0127441;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.9;QD=17.6529;RBI=0.0153367;REFB=-0.00275432;REVB=0.0085323;RO=52;SAF=27;SAR=15;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127141;STB=0.561615;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00340825;OID=.;OPOS=90124871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:52:42:43:0.452632:15:27:27:25:16:27:27:25 chr16 90130136 . C T 868.34 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.958;QD=57.8894;RBI=0.00561585;REFB=0;REVB=0.00418026;RO=0;SAF=42;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3027e-05;OID=.;OPOS=90130136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:16:42:0:0:17:43:0:0 chr16 90160238 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.662;QD=39.2068;RBI=0.0230868;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325302;OID=.;OPOS=90160238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr16 90160246 . G A 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00398301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.942;QD=32.352;RBI=0.00398301;REFB=0.067338;REVB=0;RO=2;SAF=11;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00143716;OID=.;OPOS=90160246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:0:11:2:0:0:11:2:0 chr16 90160481 . G C 54.65 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.0170794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.678;QD=3.41549;RBI=0.0182386;REFB=-0.00333347;REVB=-0.00639867;RO=54;SAF=2;SAR=8;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205655;STB=0.64484;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0211739;OID=.;OPOS=90160481;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:64:64:54:54:10:10:0.15625:8:2:18:36:8:2:18:36 chr16 90160793 . G C 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0684261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2354;QD=27.3835;RBI=0.0760484;REFB=-0.0198477;REVB=0.0331848;RO=3;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178335;STB=0.599815;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00370204;OID=.;OPOS=90160793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:6:4:0:3:6:4:0:3 chr16 90160952 . CTC CC,CCC,CCT 108.56 PASS AF=0.0909091,0.545455,0.363636;AO=2,5,3;DP=11;FAO=1,6,4;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2,0;FSAR=0,4,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349278,0.019619,0.0232241;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=113.775,122.951,63.9477;QD=39.4774;RBI=0.0356146,0.0243419,0.0784451;REFB=0,0,0;REVB=0.00696055,0.014409,0.0749284;RO=0;SAF=1,2,0;SAR=1,3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.00935715,0.0547058,0.0448175;OID=.,.,.;OPOS=90160953,90160953,90160953;OREF=T,T,TC;OALT=-,C,CT;OMAPALT=CC,CCC,CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0909091,0.545455,0.363636:2,5,3:11:1,6,4:11:0:1,2,0:0,4,4:0:0:23:0:1,2,0:1,3,3:0:0 chr16 90161034 . C A 166.9 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0151594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.246;QD=16.283;RBI=0.0162971;REFB=-0.0148185;REVB=-0.00598233;RO=23;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439195;STB=0.76158;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0129722;OID=.;OPOS=90161034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:23:17:18:0.439024:3:14:10:13:3:15:10:13 chr16 90161065 . A T 185.0 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00836339;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8124;QD=17.2095;RBI=0.0617225;REFB=-0.0252526;REVB=-0.0611532;RO=21;SAF=16;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292177;STB=0.71999;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0422943;OID=.;OPOS=90161065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:21:24:19:19:0.44186:3:16:13:8:3:16:13:11 chr16 90161231 . T C 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0423551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3404;QD=15.7832;RBI=0.0747773;REFB=0.014534;REVB=-0.0616255;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150849;STB=0.587032;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0227667;OID=.;OPOS=90161231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:7:10:6:8:7:10 chr16 90161578 . G A 86.24 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0517423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5471;QD=12.3199;RBI=0.0593062;REFB=-0.0301225;REVB=0.0289822;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2224;STB=0.632838;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0255098;OID=.;OPOS=90161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:8:3:8:9:8:3:8:9 chr16 90161585 . C A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00791739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.079;QD=12.8686;RBI=0.050699;REFB=0.00208402;REVB=-0.050077;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246768;STB=0.646777;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0039297;OID=.;OPOS=90161585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:8:8:8:3:8:8 chr16 90161590 . G A 75.67 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0185538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6063;QD=11.6421;RBI=0.0287675;REFB=-0.0319671;REVB=0.0219847;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217976;STB=0.630875;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0592185;OID=.;OPOS=90161590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:8:8:7:3:8:8 chr16 90161592 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0430181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8664;QD=11.634;RBI=0.062557;REFB=-0.018769;REVB=0.0454183;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217976;STB=0.630875;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0272721;OID=.;OPOS=90161592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:8:8:7:3:8:8 chr16 90232872 . C T 130.15 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.026262;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.346;QD=9.64087;RBI=0.0283103;REFB=-0.0120218;REVB=0.0105726;RO=37;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036578;STB=0.521714;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0258032;OID=.;OPOS=90232872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:37:37:17:17:0.314815:11:6:12:25:11:6:12:25 chr16 90233312 . C T 106.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0747986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4582;QD=11.8128;RBI=0.0757279;REFB=-0.0161505;REVB=0.0118272;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329042;STB=0.699733;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.028748;OID=.;OPOS=90233312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:7:6:17:5:7:6:18:5 chr17 6115 . G C 473.29 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00552065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.276;QD=21.2714;RBI=0.00552512;REFB=-0.0208669;REVB=0.000222127;RO=43;SAF=24;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291772;STB=0.516122;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.025685;OID=.;OPOS=6115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:22:24:21:22:22:24:21:22 chr17 6157 . A G 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00772093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.157;QD=22.4371;RBI=0.00814703;REFB=-0.00250472;REVB=0.00260025;RO=25;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144038;STB=0.579392;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0014908;OID=.;OPOS=6157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:18:15:16:9:18:15:16:9 chr17 181474 . T C 2246.61 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.623;QD=63.2847;RBI=0.0249063;REFB=0;REVB=0.0123615;RO=0;SAF=70;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.23847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65342e-06;OID=.;OPOS=181474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:141:142:1:71:70:0:0:71:71:0:0 chr17 181479 . C A 616.26 PASS AF=0.450704;AO=64;DP=142;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.00881217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.31;QD=17.3594;RBI=0.0207857;REFB=-0.0145464;REVB=0.0188253;RO=78;SAF=33;SAR=31;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065939;STB=0.536692;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0164302;OID=.;OPOS=181479;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:78:78:64:64:0.450704:31:33:35:43:31:33:35:43 chr17 182955 . GT GG,G 87.68 PASS AF=0.727273,0.181818;AO=7,2;DP=12;FAO=8,2;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5,2;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.116301,0.153308;FXX=0.0832639;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=33.1868,17.8492;QD=31.8835;RBI=0.233037,0.187087;REFB=-0.151183,-0.164609;REVB=0.201941,0.10723;RO=2;SAF=5,1;SAR=2,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0.259259;SSSB=0.0955799,0;STB=0.571246,0.993266;STBP=0.279,0.227;TYPE=snp,del;VARB=0.00693807,0.156446;OID=.,.;OPOS=182956,182956;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.727273,0.181818:7,2:12:8,2:11:1:5,2:3,0:0:1:11:2:5,1:2,1:1:1 chr17 182990 . A C 109.85 PASS AF=0.8;AO=11;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0253166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7501;QD=29.2925;RBI=0.0289885;REFB=-0.13343;REVB=0.014121;RO=3;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294912;STB=0.636132;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0439507;OID=.;OPOS=182990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:15:15:3:3:11:12:0.8:3:8:0:3:4:8:0:3 chr17 465775 . G A 279.05 PASS AF=0.336449;AO=36;DP=107;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.00683577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.422;QD=10.4318;RBI=0.00964704;REFB=-0.0129964;REVB=0.00680717;RO=71;SAF=15;SAR=21;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136079;STB=0.578739;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0463241;OID=.;OPOS=465775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:71:71:36:36:0.336449:21:15:38:33:21:15:38:33 chr17 505129 . A C 403.28 PASS AF=0.44;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.034321;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.611;QD=16.1311;RBI=0.0343349;REFB=-0.0197102;REVB=0.00097692;RO=56;SAF=22;SAR=22;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107143;STB=0.559973;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0262257;OID=.;OPOS=505129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:56:56:44:44:0.44:22:22:22:34:22:22:22:34 chr17 600735 . A G 414.12 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0473709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6146;QD=16.5649;RBI=0.0489717;REFB=0.0153459;REVB=0.0124188;RO=54;SAF=18;SAR=25;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00745572;STB=0.521811;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.0190713;OID=.;OPOS=600735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:57:43:43:0.43:25:18:23:31:25:18:26:31 chr17 648186 . G A 572.38 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.66;QD=60.2509;RBI=0.0398772;REFB=0;REVB=0.0361834;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175955;OID=.;OPOS=648186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr17 648498 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.265;QD=53.9106;RBI=0.0239617;REFB=0;REVB=-0.0108811;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61616e-05;OID=.;OPOS=648498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr17 649232 . C T 161.19 PASS AF=0.323529;AO=21;DP=66;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0163992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.267;QD=9.48185;RBI=0.0164077;REFB=-0.0119212;REVB=0.000527214;RO=45;SAF=14;SAR=7;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186383;STB=0.594433;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0159364;OID=.;OPOS=649232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:45:46:21:22:0.323529:7:14:23:22:8:14:23:23 chr17 649547 . G C 357.51 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0718789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2176;QD=49.3113;RBI=0.0724952;REFB=-0.167893;REVB=0.00943317;RO=2;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546421;STB=0.52939;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0162047;OID=.;OPOS=649547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:16:11:0:2:16:11:0:2 chr17 649935 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00332334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5682;QD=47.8221;RBI=0.014121;REFB=0;REVB=0.0137244;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443996;OID=.;OPOS=649935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr17 650206 . C T 588.06 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00338056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6628;QD=60.314;RBI=0.0423273;REFB=0;REVB=0.0421921;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166342;OID=.;OPOS=650206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:20:19:0:0 chr17 685640 . G T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4817;QD=56.7048;RBI=0.122474;REFB=0;REVB=0.121628;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020612;OID=.;OPOS=685640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr17 704017 . A G 255.84 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.982;QD=51.1681;RBI=0.00713264;REFB=0;REVB=0.00318668;RO=0;SAF=19;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295772;OID=.;OPOS=704017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:1:19:0:0:1:19:0:0 chr17 908529 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.631;QD=52.611;RBI=0.0610637;REFB=0;REVB=0.0561988;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000882042;OID=.;OPOS=908529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr17 915279 . T C,TC 40.5 PASS AF=0,0.363636;AO=2,6;DP=23;FAO=0,8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=0,7;FSAR=0,1;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0356221,0.0126701;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=105.348,85.6408;QD=7.36277;RBI=0.0426281,0.0207495;REFB=-0.00331066,-0.00795349;REVB=-0.023414,-0.0164319;RO=15;SAF=2,5;SAR=0,1;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.61514,0.542371;STB=0.5,0.874062;STBP=1,0.017;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.102477;OID=.,.;OPOS=915279,915280;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:23:22:15:14:2,6:0,8:0,0.363636:0,1:2,5:5:10:0,1:0,7:4:10 chr17 925764 . A G 432.45 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00748731;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.703;QD=17.2978;RBI=0.0104703;REFB=-0.00586433;REVB=-0.00731895;RO=54;SAF=21;SAR=25;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421969;STB=0.52355;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00713381;OID=.;OPOS=925764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:25:21:27:27:25:21:27:27 chr17 970413 . C T 207.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.997;QD=48.7745;RBI=0.0275304;REFB=0;REVB=0.00131936;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011806;OID=.;OPOS=970413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:8:9:0:0 chr17 1183354 . T C 410.96 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0693044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1729;QD=56.6835;RBI=0.0721388;REFB=0;REVB=-0.0200226;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00139047;OID=.;OPOS=1183354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr17 1183464 . A G 1320.86 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.912;QD=62.158;RBI=0.0144772;REFB=0;REVB=-0.0134014;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17867e-05;OID=.;OPOS=1183464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:38:47:0:0:38:47:0:0 chr17 1201721 . C T 313.37 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0365018;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.998;QD=50.1398;RBI=0.0519684;REFB=-0.118962;REVB=0.036991;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00110251;OID=.;OPOS=1201721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:13:11:0:1:13:11:0:1 chr17 1209747 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.204;QD=45.8055;RBI=0.141856;REFB=0;REVB=0.139341;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021844;OID=.;OPOS=1209747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr17 1359363 . T G 244.66 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00113777;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.349;QD=15.7848;RBI=0.0030151;REFB=-0.00680225;REVB=-0.00279218;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673308;STB=0.523348;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0110289;OID=.;OPOS=1359363;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:29:34:27:28:0.451613:15:12:15:14:16:12:16:18 chr17 1371123 . T C 300.11 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0320437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4106;QD=31.5908;RBI=0.0448958;REFB=-0.0136687;REVB=0.0314458;RO=12;SAF=14;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260574;STB=0.514275;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00756167;OID=.;OPOS=1371123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:12:14:7:5:12:14:7:5 chr17 1371393 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0348288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.991;QD=14.9784;RBI=0.0353956;REFB=-0.0218863;REVB=0.0063092;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151801;STB=0.589287;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0151818;OID=.;OPOS=1371393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:5:6:7:3:5:6 chr17 1373518 . T C 135.73 PASS AF=0.457143;AO=14;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00212767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.395;QD=15.5125;RBI=0.0335726;REFB=-0.0225188;REVB=-0.0335051;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32343;STB=0.664136;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.04862;OID=.;OPOS=1373518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:19:14:16:0.457143:5:9:5:12:6:10:6:13 chr17 1377943 . A G 135.78 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.011369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.9785;QD=27.1558;RBI=0.0713035;REFB=-0.100067;REVB=0.0703913;RO=6;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270675;STB=0.649805;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0151372;OID=.;OPOS=1377943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:20:20:6:6:14:14:0.7:7:7:6:0:7:7:6:0 chr17 1381176 . A C 209.69 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0632898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5372;QD=18.6393;RBI=0.0809275;REFB=-0.00620015;REVB=-0.0504347;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677185;STB=0.538425;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00340642;OID=.;OPOS=1381176;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:9:12:12:12:9:12:12:12 chr17 1383893 . G A 250.91 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0511146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.052;QD=19.6792;RBI=0.0535313;REFB=0.00332836;REVB=0.0159028;RO=25;SAF=16;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282234;STB=0.662544;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00309012;OID=.;OPOS=1383893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:25:25:26:0.509804:9:16:8:17:9:17:8:17 chr17 1384066 . A G 632.07 PASS AF=1;AO=35;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.881;QD=60.1973;RBI=0.0158075;REFB=0;REVB=0.00713308;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32509e-05;OID=.;OPOS=1384066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:35:42:1:13:22:0:0:15:27:0:0 chr17 1384067 . C G 32.83 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.000141688;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=85.6707;QD=2.91804;RBI=0.0353384;REFB=-0.0138372;REVB=0.0353381;RO=39;SAF=4;SAR=2;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332292;STB=0.524507;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0140901;OID=.;OPOS=1384067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:2:4:25:14:2:4:25:14 chr17 1424948 . A G 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00584636;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=257.335;QD=13.2242;RBI=0.00643838;REFB=-0.00113383;REVB=-0.00269681;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216101;STB=0.623189;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0016513;OID=.;OPOS=1424948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:13:11:24:12:13:11:24:12 chr17 1479888 . T C 43.57 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0581277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8717;QD=3.87325;RBI=0.0898258;REFB=-0.0170489;REVB=-0.0684824;RO=30;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359652;STB=0.778797;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.207316;OID=.;OPOS=1479888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:46:45:30:35:6:6:0.133333:1:5:17:13:1:5:19:16 chr17 1489088 . C G 762.16 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.221;QD=56.4562;RBI=0.048369;REFB=0;REVB=-0.0269795;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413195;OID=.;OPOS=1489088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:24:29:0:0:25:29:0:0 chr17 1516480 . T C 1090.41 PASS AF=0.973684;AO=70;DP=73;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0576798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.207;QD=57.39;RBI=0.0636193;REFB=-0.0342185;REVB=-0.0268412;RO=2;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248698;STB=0.513154;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00045966;OID=.;OPOS=1516480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:76:2:2:70:74:0.973684:37:33:0:2:37:37:0:2 chr17 1538546 . C T 1580.42 PASS AF=0.990741;AO=105;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.155;QD=58.5342;RBI=0.0436527;REFB=-0.0973163;REVB=0.0415127;RO=1;SAF=42;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747393;STB=0.503936;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00025916;OID=.;OPOS=1538546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:105:107:0.990741:63:42:0:1:63:44:0:1 chr17 1538628 . C G 1715.33 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.642;QD=59.6637;RBI=0.0236634;REFB=-0.0696901;REVB=0.00701367;RO=1;SAF=59;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798018;STB=0.504132;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00101944;OID=.;OPOS=1538628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:113:114:0.991304:54:59:1:0:54:60:1:0 chr17 1542153 . G A 340.26 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00416602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5273;QD=48.6081;RBI=0.0286938;REFB=-0.0458017;REVB=-0.0283898;RO=1;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238291;STB=0.524981;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00575501;OID=.;OPOS=1542153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:1:2:26:26:0.928571:19:7:0:1:19:7:0:2 chr17 1542190 . G A 310.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321478;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.329;QD=53.9694;RBI=0.0493383;REFB=0;REVB=0.0374272;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209926;OID=.;OPOS=1542190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr17 1611433 . A G 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0284927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.024;QD=18.7441;RBI=0.0296656;REFB=-0.0255654;REVB=-0.00825918;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275654;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.015251;OID=.;OPOS=1611433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:1:3:5:2:1:3 chr17 1629969 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0519441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.557;QD=12.7814;RBI=0.0519942;REFB=0.00296885;REVB=0.00228205;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400953;STB=0.74022;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0122639;OID=.;OPOS=1629969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:2:8:6:8:2:8:6:8 chr17 1629975 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0309842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.431;QD=12.0517;RBI=0.0355181;REFB=-0.0392089;REVB=0.0173642;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406226;STB=0.744113;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0374783;OID=.;OPOS=1629975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:2:7:5:8:2:7:5:8 chr17 1630208 . C T 251.56 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.00685895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.774;QD=17.0551;RBI=0.0128797;REFB=-0.0250477;REVB=0.0109014;RO=31;SAF=7;SAR=21;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487299;STB=0.527452;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0216059;OID=.;OPOS=1630208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:21:7:9:22:21:7:9:22 chr17 1630395 . T C 330.58 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0110911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.134;QD=23.6131;RBI=0.0199828;REFB=-0.059416;REVB=0.0166222;RO=23;SAF=10;SAR=23;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177467;STB=0.598047;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.020626;OID=.;OPOS=1630395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:23:10:12:11:23:10:12:11 chr17 1630584 . A G 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.000230549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.461;QD=12.8689;RBI=0.00252833;REFB=-0.0016641;REVB=0.0025178;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185652;STB=0.610474;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00202751;OID=.;OPOS=1630584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:7:9:8:3:7:9 chr17 1636934 . A G 470.29 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.00129474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.689;QD=20.6721;RBI=0.0299058;REFB=-0.0274819;REVB=-0.0298777;RO=43;SAF=26;SAR=20;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207181;STB=0.623654;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0276047;OID=.;OPOS=1636934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:45:46:46:0.505495:20:26:14:29:20:26:14:31 chr17 1637074 . A G 833.99 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2083;QD=57.5162;RBI=0.0202461;REFB=0;REVB=-0.0139082;RO=0;SAF=40;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139205;OID=.;OPOS=1637074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:18:40:0:0:18:40:0:0 chr17 1637302 . AA GA,GG 1098.14 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=70,4;DP=75;FAO=70,4;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=41,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433391,-0.0495505;FXX=0.0133316;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=76.6405,93.1884;QD=59.3589;RBI=0.0457521,0.05285;REFB=0,0;REVB=-0.0146623,-0.0183814;RO=0;SAF=29,0;SAR=41,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00372332,0.00134714;OID=.,.;OPOS=1637302,1637302;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:75:74:0:0:70,4:70,4:0.945946,0.0540541:41,4:29,0:0:0:41,4:29,0:0:0 chr17 1639458 . A G 728.72 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00574384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6256;QD=57.1543;RBI=0.0518157;REFB=0;REVB=-0.0514964;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000440547;OID=.;OPOS=1639458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr17 1640709 . C T 134.33 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00110583;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.155;QD=15.3514;RBI=0.101764;REFB=-0.00759749;REVB=0.101758;RO=20;SAF=14;SAR=1;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402545;STB=0.742934;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00785438;OID=.;OPOS=1640709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:20:15:15:0.428571:1:14:15:5:1:14:15:5 chr17 1648294 . C T 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0239225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.887;QD=15.9156;RBI=0.024549;REFB=-0.0182119;REVB=0.00551065;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25507;STB=0.649101;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0325485;OID=.;OPOS=1648294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:3:10:8:7:3:10:8:7 chr17 1673276 . C T 1213.95 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0267462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2376;QD=58.5034;RBI=0.0813687;REFB=-0.176809;REVB=0.0768472;RO=2;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018561;STB=0.509613;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00464605;OID=.;OPOS=1673276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:82:83:2:2:80:81:0.975904:50:30:0:2:51:30:0:2 chr17 1680002 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7929;QD=47.8209;RBI=0.0336248;REFB=0;REVB=0.0220404;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.57123e-05;OID=.;OPOS=1680002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr17 1686410 . T C 837.3 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315147;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.378;QD=57.7447;RBI=0.0315364;REFB=0;REVB=0.00116949;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186064;OID=.;OPOS=1686410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr17 1704296 . C A 347.63 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0491336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2888;QD=51.5005;RBI=0.0491793;REFB=0.110547;REVB=0.0021182;RO=1;SAF=6;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712358;STB=0.538431;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00731361;OID=.;OPOS=1704296;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:20:6:1:0:20:6:1:0 chr17 1731268 . T C 922.51 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120125;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.802;QD=58.5719;RBI=0.0341804;REFB=0;REVB=0.032;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44397e-05;OID=.;OPOS=1731268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:31:32:0:0 chr17 1733399 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00982806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.783;QD=33.4284;RBI=0.0688654;REFB=0;REVB=-0.0681605;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00748237;OID=.;OPOS=1733399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr17 1801144 . C T 1377.46 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.34;QD=62.6117;RBI=0.00864726;REFB=0;REVB=0.00833989;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38225e-06;OID=.;OPOS=1801144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr17 1839674 . G C 1434.26 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0534;QD=63.0445;RBI=0.0269859;REFB=0;REVB=-0.0128348;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234425;OID=.;OPOS=1839674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:40:51:0:0:40:51:0:0 chr17 1840357 . G A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00915099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.055;QD=17.2463;RBI=0.0104528;REFB=-0.00201254;REVB=-0.00505186;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150686;STB=0.585719;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00320554;OID=.;OPOS=1840357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:10:11:10:17:10:11:10:17 chr17 1840468 . C T 2479.05 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00832083;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.009;QD=61.5913;RBI=0.0340114;REFB=0;REVB=0.0329779;RO=0;SAF=115;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66393e-05;OID=.;OPOS=1840468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:160:161:1:45:115:0:0:45:116:0:0 chr17 1943888 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.895;QD=57.2026;RBI=0.0562589;REFB=0;REVB=0.0409137;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99391e-06;OID=.;OPOS=1943888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr17 1962394 . C T 317.79 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0144034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.1826;QD=23.1119;RBI=0.0144034;REFB=-0.0314215;REVB=1.61535e-05;RO=22;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105555;STB=0.514277;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0349985;OID=.;OPOS=1962394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:22:23:32:32:0.581818:15:17:12:10:15:17:13:10 chr17 2091765 . C T 315.96 PASS AF=0.559322;AO=32;DP=58;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.01313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.901;QD=21.4211;RBI=0.0201009;REFB=-0.0334259;REVB=0.0152199;RO=26;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623041;STB=0.540488;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0217417;OID=.;OPOS=2091765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:26:26:32:33:0.559322:16:16:15:11:17:16:15:11 chr17 2186100 . C T 522.74 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0047208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.697;QD=21.1206;RBI=0.0172862;REFB=-0.0202349;REVB=0.0166291;RO=49;SAF=28;SAR=22;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290299;STB=0.516043;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0343265;OID=.;OPOS=2186100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:22:28:29:20:22:28:29:20 chr17 2202943 . T C 236.88 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00297803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.582;QD=19.7402;RBI=0.0203089;REFB=-0.00922765;REVB=-0.0200894;RO=24;SAF=3;SAR=20;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50645;STB=0.7997;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00508714;OID=.;OPOS=2202943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:20:3:14:10:20:3:15:10 chr17 2203167 . T G 220.61 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0144216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8982;QD=14.466;RBI=0.0406189;REFB=-0.00816097;REVB=-0.0379725;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926565;STB=0.552691;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0141257;OID=.;OPOS=2203167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:11:15:17:18:11:15:17:18 chr17 2203348 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.776;QD=42.1824;RBI=0.0308688;REFB=0;REVB=-0.0253673;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.64196e-05;OID=.;OPOS=2203348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr17 2203453 . A G 96.76 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0379812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.508;QD=15.4809;RBI=0.0405333;REFB=-0.0458698;REVB=-0.0141554;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29566;STB=0.679738;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0293082;OID=.;OPOS=2203453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:24:25:13:13:11:12:0.48:6:5:2:11:6:6:2:11 chr17 2266799 . G A 211.7 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=86;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0405684;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2197;QD=9.96228;RBI=0.112085;REFB=-0.0207348;REVB=0.104486;RO=58;SAF=15;SAR=12;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124412;STB=0.572863;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0481892;OID=.;OPOS=2266799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:58:58:27:27:0.317647:12:15:26:32:12:15:26:32 chr17 2266812 . T C 301.73 PASS AF=0.35;AO=36;DP=100;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0802318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.195;QD=12.0692;RBI=0.0822646;REFB=-0.0278628;REVB=-0.0181749;RO=64;SAF=19;SAR=17;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830345;STB=0.534227;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0586589;OID=.;OPOS=2266812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:64:65:36:35:0.35:17:19:29:35:17:18:30:35 chr17 2268311 . G A 531.05 PASS AF=0.456;AO=56;DP=120;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00813792;FXX=0.0157468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.034;QD=16.9936;RBI=0.0144055;REFB=-0.0199312;REVB=0.0118866;RO=64;SAF=36;SAR=20;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186122;STB=0.600196;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0292495;OID=.;OPOS=2268311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:125:64:68:56:57:0.456:20:36:29:35:20:37:32:36 chr17 2588722 . TAA T 134.25 PASS AF=0.475;AO=17;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0055734;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=190.79;QD=13.4252;RBI=0.0190147;REFB=-0.00781113;REVB=-0.0181795;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164313;STB=0.624875;STBP=0.158;TYPE=del;VARB=0.00727315;OID=.;OPOS=2588723;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475:17:40:19:40:21:10:9:6:15:99:20:8:9:6:14 chr17 2595964 . G A 70.51 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0316648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3437;QD=17.6274;RBI=0.0321741;REFB=-0.0596653;REVB=0.00570199;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186168;STB=0.608447;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0333442;OID=.;OPOS=2595964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:4:3:6:3:4:3 chr17 2600186 . G A 617.96 PASS AF=0.38587;AO=71;DP=184;FAO=71;FDP=184;FR=.;FRO=113;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=63;FWDB=0.0458672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7947;QD=13.4338;RBI=0.0499481;REFB=-0.0118975;REVB=0.019774;RO=110;SAF=33;SAR=38;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308865;STB=0.513793;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0158705;OID=.;OPOS=2600186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:110:113:71:71:0.38587:38:33:48:62:38:33:50:63 chr17 2601836 . T C 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0195068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.077;QD=19.3692;RBI=0.0273374;REFB=-0.0192891;REVB=-0.0191525;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915042;STB=0.551804;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0133429;OID=.;OPOS=2601836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:5:10:9:7:5:10 chr17 2606715 . G A 899.13 PASS AF=0.497238;AO=90;DP=181;FAO=90;FDP=181;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=-0.0286081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.72;QD=19.8703;RBI=0.0422521;REFB=-0.010912;REVB=0.0310937;RO=90;SAF=36;SAR=54;SRF=56;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201216;STB=0.607906;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0109855;OID=.;OPOS=2606715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:90:91:90:90:0.497238:54:36:56:34:54:36:56:35 chr17 2868935 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.973;QD=62.3509;RBI=0.0455729;REFB=0;REVB=0.0174923;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131031;OID=.;OPOS=2868935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr17 2883588 . C A 213.32 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0117353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.19;QD=16.0993;RBI=0.0127151;REFB=-0.0131779;REVB=-0.00489447;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900295;STB=0.550978;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0205315;OID=.;OPOS=2883588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:11:13:13:16:11:13:13:16 chr17 2884545 . A G 323.57 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00494688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.369;QD=16.809;RBI=0.00768159;REFB=0.00797768;REVB=0.00587667;RO=42;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018603;STB=0.510442;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00934639;OID=.;OPOS=2884545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:19:16:20:22:19:16:20:22 chr17 2929392 . G A 71.37 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00846521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.978;QD=7.71524;RBI=0.0129039;REFB=-0.00773061;REVB=-0.00973912;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288828;STB=0.675368;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0227767;OID=.;OPOS=2929392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:5:5:20:7:5:5:20:7 chr17 2929674 . T C 452.16 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0202678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.019;QD=22.0564;RBI=0.0235206;REFB=-0.0108715;REVB=0.0119346;RO=37;SAF=25;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682697;STB=0.544065;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00736299;OID=.;OPOS=2929674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:38:44:44:0.536585:19:25:18:19:19:25:18:20 chr17 2930339 . G A 231.13 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00651153;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.368;QD=19.261;RBI=0.0121781;REFB=-0.0178952;REVB=-0.0102911;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214664;STB=0.628256;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0207891;OID=.;OPOS=2930339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:22:23:0.479167:9:13:9:16:9:14:9:16 chr17 2940759 . A G 364.1 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0301651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.102;QD=18.4355;RBI=0.0400169;REFB=-0.00926466;REVB=-0.0262949;RO=41;SAF=14;SAR=24;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522073;STB=0.529055;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0133144;OID=.;OPOS=2940759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:24:14:13:28:24:14:13:28 chr17 3057392 . G GCAA 175.63 PASS AF=0.545455;AO=16;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0076157;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=176.228;QD=21.2888;RBI=0.00834315;REFB=-0.032215;REVB=-0.00340722;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255143;STB=0.629087;STBP=0.173;TYPE=ins;VARB=0.0137808;OID=.;OPOS=3057393;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=GCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:16:33:18:33:15:11:7:13:2:99:16:10:6:14:2 chr17 3057511 . G T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00209001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.8726;QD=14.1385;RBI=0.0915143;REFB=0.0151125;REVB=0.0914905;RO=20;SAF=12;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484247;STB=0.787412;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00780486;OID=.;OPOS=3057511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:2:12:9:11:2:12:9:11 chr17 3100827 . T C 95.21 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.000804945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.203;QD=12.6945;RBI=0.00717355;REFB=-0.00267838;REVB=0.00712824;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256705;STB=0.695334;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0059496;OID=.;OPOS=3100827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:30:30:15:18:12:12:0.4:4:8:6:9:4:8:6:12 chr17 3101076 . G C 1107.55 PASS AF=0.95;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.000613232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.535;QD=55.3773;RBI=0.0231379;REFB=-0.108411;REVB=0.0231298;RO=4;SAF=33;SAR=43;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177565;STB=0.509394;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000434195;OID=.;OPOS=3101076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:80:80:4:4:76:76:0.95:43:33:1:3:43:33:1:3 chr17 3101578 . G T 266.58 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0252548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.585;QD=13.4975;RBI=0.0257497;REFB=-0.0165184;REVB=-0.00502427;RO=48;SAF=11;SAR=20;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223185;STB=0.627497;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0238442;OID=.;OPOS=3101578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:20:11:27:21:20:11:27:21 chr17 3101691 . G T 139.56 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0260336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.157;QD=12.4057;RBI=0.0269572;REFB=-0.0134482;REVB=-0.0069956;RO=29;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232782;STB=0.637504;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.020735;OID=.;OPOS=3101691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:11:5:15:14:11:5:15:14 chr17 3119008 . T C 1456.58 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2617;QD=61.9822;RBI=0.0305224;REFB=0.0170817;REVB=-0.02831;RO=1;SAF=61;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150451;STB=0.507935;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.000108751;OID=.;OPOS=3119008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:92:93:0.989362:31:61:0:1:31:62:0:1 chr17 3195503 . C T 817.87 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0394373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.121;QD=55.4488;RBI=0.0426641;REFB=-0.0481907;REVB=0.0162765;RO=1;SAF=13;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106006;STB=0.505493;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000136799;OID=.;OPOS=3195503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:44:13:0:1:45:13:0:1 chr17 3300934 . A T 403.22 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0180794;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.903;QD=21.5051;RBI=0.019167;REFB=-0.0216467;REVB=0.00636473;RO=34;SAF=20;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506663;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0197231;OID=.;OPOS=3300934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:35:40:40:0.533333:20:20:17:17:20:20:17:18 chr17 3324810 . A G 213.2 PASS AF=0.567568;AO=17;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0104638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.5949;QD=23.0485;RBI=0.0227969;REFB=-0.100947;REVB=-0.0202536;RO=16;SAF=3;SAR=14;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016007;STB=0.537276;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.076869;OID=.;OPOS=3324810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:17:21:0.567568:14:3:3:13:18:3:3:13 chr17 3343519 . T C 126.04 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00325005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9252;QD=9.51242;RBI=0.0610389;REFB=0.00215511;REVB=-0.0609523;RO=36;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223316;STB=0.631433;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00954866;OID=.;OPOS=3343519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:8:9:12:24:8:9:12:24 chr17 3352294 . A G 277.32 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00378308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.373;QD=18.488;RBI=0.00949775;REFB=-0.00790584;REVB=-0.0087118;RO=30;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181926;STB=0.601741;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0151298;OID=.;OPOS=3352294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:19:11:17:13:19:11:17:13 chr17 3352331 . C T 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0190736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.965;QD=15.6537;RBI=0.0195804;REFB=-0.0180669;REVB=-0.00442583;RO=31;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199529;STB=0.621856;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0101295;OID=.;OPOS=3352331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:17:9:17:14:17:9:18:14 chr17 3416555 . C A 501.48 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6116;QD=58.9975;RBI=0.0256654;REFB=0;REVB=0.00574272;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556221;OID=.;OPOS=3416555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr17 3422032 . G A 1213.22 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015645;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.842;QD=61.429;RBI=0.0196316;REFB=0;REVB=0.011859;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100221;OID=.;OPOS=3422032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr17 3422077 . G A 1287.64 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0278988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7679;QD=60.5947;RBI=0.0636642;REFB=-0.131588;REVB=0.0572258;RO=1;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123019;STB=0.506492;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00119932;OID=.;OPOS=3422077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:38:46:0:1:38:46:0:1 chr17 3445901 . T G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.929;QD=61.0491;RBI=0.0540052;REFB=0;REVB=0.0316621;RO=0;SAF=24;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226985;OID=.;OPOS=3445901;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:54:24:0:0:54:24:0:0 chr17 3446885 . T C 146.74 PASS AF=0.377778;AO=15;DP=43;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0025688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.177;QD=13.0438;RBI=0.00563561;REFB=-0.011945;REVB=0.00501611;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106654;STB=0.548756;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.022045;OID=.;OPOS=3446885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:27:28:15:17:0.377778:8:7:10:17:9:8:11:17 chr17 3447914 . C T 239.35 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8461;QD=50.3884;RBI=0.0437289;REFB=0;REVB=-0.0196463;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623896;OID=.;OPOS=3447914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr17 3458072 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.409;QD=61.3363;RBI=0.00332452;REFB=0;REVB=0.00250179;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00122e-05;OID=.;OPOS=3458072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:25:14:0:0:26:14:0:0 chr17 3480447 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.177;QD=43.4861;RBI=0.0294717;REFB=0;REVB=0.0210978;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53297e-06;OID=.;OPOS=3480447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr17 3486702 . G A,T 317.75 PASS AF=0.88,0.12;AO=20,2;DP=22;FAO=22,3;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138873,-0.0122898;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.707,144.741;QD=50.84;RBI=0.0313977,0.0244453;REFB=0,0;REVB=0.0281595,0.0211314;RO=0;SAF=10,1;SAR=10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00270706,0.041628;OID=.,.;OPOS=3486702,3486702;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:22:25:0:0:20,2:22,3:0.88,0.12:10,1:10,1:0:0:12,2:10,1:0:0 chr17 3494310 . C T 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0109426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.954;QD=19.44;RBI=0.0259611;REFB=-0.00815161;REVB=-0.0235422;RO=29;SAF=20;SAR=11;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769524;STB=0.542693;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00851508;OID=.;OPOS=3494310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:11:20:21:8:11:20:21:8 chr17 3514028 . G C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4026;QD=53.2751;RBI=0.0310834;REFB=0;REVB=0.0251966;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27078e-05;OID=.;OPOS=3514028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr17 3553526 . A G 96.22 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0224329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5987;QD=12.0274;RBI=0.022437;REFB=0.00846037;REVB=0.000426105;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035838;STB=0.521241;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0219189;OID=.;OPOS=3553526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:11:9:5:7:11:9 chr17 3561396 . C T 602.16 PASS AF=0.593407;AO=54;DP=91;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0116374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.109;QD=26.4686;RBI=0.0172933;REFB=-0.023423;REVB=0.0127917;RO=37;SAF=25;SAR=29;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432854;STB=0.523605;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0136136;OID=.;OPOS=3561396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:37:37:54:54:0.593407:29:25:15:22:29:25:15:22 chr17 3563963 . C G 83.49 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0533657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.229;QD=9.82191;RBI=0.0575704;REFB=-0.0159078;REVB=-0.0215976;RO=23;SAF=2;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457414;STB=0.779804;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0349664;OID=.;OPOS=3563963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:9:2:13:10:9:2:13:10 chr17 3564400 . TT AG,TG 472.46 PASS AF=0.571429,0.4;AO=20,14;DP=36;FAO=20,14;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=7,5;FSAR=13,9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0192483,-0.0374729;FXX=0.0277701;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=89.938,69.9366;QD=53.9954;RBI=0.0373948,0.0410478;REFB=-0.112023,-0.113108;REVB=0.0320604,0.0167542;RO=0;SAF=7,5;SAR=13,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5185,0.526279;STBP=0.625,0.631;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0201145,0.0167132;OID=.,.;OPOS=3564400,3564401;OREF=TT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:36:35:0:1:20,14:20,14:0.571429,0.4:13,9:7,5:0:0:13,9:7,5:0:1 chr17 3568012 . A G 260.1 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0167519;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.746;QD=23.12;RBI=0.0211184;REFB=-0.00976529;REVB=0.0128591;RO=21;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903595;STB=0.550519;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00846792;OID=.;OPOS=3568012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:14:10:11:10:14:10:11:10 chr17 3582954 . C T 452.31 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0302903;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.072;QD=21.7983;RBI=0.0303199;REFB=-0.0376834;REVB=0.00133813;RO=37;SAF=16;SAR=28;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131462;STB=0.502369;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0293615;OID=.;OPOS=3582954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:37:39:44:44:0.53012:28:16:14:23:28:16:14:25 chr17 3594276 . TG T 361.05 PASS AF=1;AO=32;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.212813;FXX=0.0256345;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.7087;QD=38.0048;RBI=0.269806;REFB=0.03352;REVB=-0.165849;RO=2;SAF=5;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154328;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00440207;OID=.;OPOS=3594277;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:39:38:38:0:7:31:0:0:5:2:5:27:2:0 chr17 3627399 . C T 126.49 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0339874;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.189;QD=29.7613;RBI=0.0348063;REFB=-0.00989155;REVB=-0.00750581;RO=4;SAF=10;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257639;STB=0.644918;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0047957;OID=.;OPOS=3627399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:3:10:1:3:3:10:1:3 chr17 3775848 . T C 1485.74 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.542;QD=63.2228;RBI=0.0357569;REFB=0;REVB=0.0229168;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236628;OID=.;OPOS=3775848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:94:0:0:87:94:1:37:50:0:0:37:57:0:0 chr17 3775916 . T C 1178.64 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482142;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7092;QD=61.2283;RBI=0.0131289;REFB=0;REVB=0.0122116;RO=0;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21721e-05;OID=.;OPOS=3775916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:76:77:1:27:49:0:0:28:49:0:0 chr17 3787726 . G A 104.6 PASS AF=0.325;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00428465;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.44;QD=10.4604;RBI=0.00452992;REFB=-0.0209525;REVB=0.00147037;RO=26;SAF=10;SAR=3;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289633;STB=0.689341;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0189815;OID=.;OPOS=3787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:26:27:13:13:0.325:3:10:14:12:3:10:14:13 chr17 3818788 . G A 709.22 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0446703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.055;QD=53.5261;RBI=0.0455848;REFB=0.128995;REVB=0.00908493;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184631;STB=0.50943;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00022749;OID=.;OPOS=3818788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:51:52:0.981132:26:25:1:0:26:26:1:0 chr17 3818830 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6357;QD=62.6686;RBI=0.0177988;REFB=0;REVB=0.00935482;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135702;OID=.;OPOS=3818830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr17 3819001 . GT CA,GC 789.41 PASS AF=0.04,0.96;AO=2,37;DP=50;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243747,0.0305216;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=70.3516,110.777;QD=63.1531;RBI=0.0548766,0.0492813;REFB=0,0;REVB=0.0491662,0.0386921;RO=0;SAF=0,27;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.67388e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0519769,0.0110598;OID=.,.;OPOS=3819001,3819002;OREF=GT,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:2,37:2,48:0.04,0.96:2,10:0,27:0:0:2,20:0,28:0:0 chr17 3828655 . C T 84.42 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0066599;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7454;QD=9.64753;RBI=0.0113068;REFB=-0.0119671;REVB=-0.00913731;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909731;STB=0.554817;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0137657;OID=.;OPOS=3828655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:36:35:24:24:11:11:0.314286:4:7:17:7:4:7:17:7 chr17 4067315 . G A 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00998751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.367;QD=15.1652;RBI=0.0112667;REFB=-0.0203314;REVB=0.00521425;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329428;STB=0.519058;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0265045;OID=.;OPOS=4067315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:10:10:8:7:10:10 chr17 4088291 . C T 508.37 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.04126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.094;QD=56.485;RBI=0.0529601;REFB=-0.08753;REVB=0.0332022;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032238;STB=0.517231;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00169177;OID=.;OPOS=4088291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:21:14:1:0:21:14:1:0 chr17 4352636 . G A 207.48 PASS AF=0.421875;AO=22;DP=58;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0767215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.6664;QD=12.9675;RBI=0.0798714;REFB=-0.0240623;REVB=-0.0222094;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489413;STB=0.54004;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0496067;OID=.;OPOS=4352636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:64:36:37:22:27:0.421875:12:10:18:18:12:15:18:19 chr17 4391132 . C T 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0115906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.392;QD=5.78751;RBI=0.0607167;REFB=0.0055095;REVB=0.0596001;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371426;STB=0.740075;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00932012;OID=.;OPOS=4391132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:2:5:9:14:2:5:9:14 chr17 4391153 . A G 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00584576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.176;QD=6.54486;RBI=0.0420235;REFB=-0.0169236;REVB=-0.041615;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287035;STB=0.681385;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0395524;OID=.;OPOS=4391153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:3:5:9:15:3:5:9:15 chr17 4440907 . A G 188.2 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.036572;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1062;QD=12.7595;RBI=0.0776776;REFB=-0.00822079;REVB=-0.0685295;RO=37;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182212;STB=0.596245;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.012058;OID=.;OPOS=4440907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:37:36:23:23:0.389831:8:15:18:19:8:15:18:18 chr17 4455500 . T C 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.921;QD=57.234;RBI=0.0150379;REFB=0;REVB=-0.00481902;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35639e-05;OID=.;OPOS=4455500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr17 4461748 . G A 51.69 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0237006;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.188;QD=12.9227;RBI=0.048992;REFB=-0.045925;REVB=-0.0428776;RO=4;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120201;STB=0.58039;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.035543;OID=.;OPOS=4461748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:16:16:4:9:7:7:0.4375:1:6:3:1:1:6:7:2 chr17 4463023 . G A 1631.98 PASS AF=0.919355;AO=114;DP=127;FAO=114;FDP=124;FR=.;FRO=10;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0280939;FXX=0.0236202;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.048;QD=52.6445;RBI=0.0560892;REFB=-0.0874039;REVB=0.0485462;RO=8;SAF=55;SAR=59;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642218;STB=0.525589;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0009602;OID=.;OPOS=4463023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:127:124:8:10:114:114:0.919355:59:55:8:0:59:55:8:2 chr17 4495740 . G A 513.18 PASS AF=0.863636;AO=38;DP=44;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0370025;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.149;QD=46.6526;RBI=0.0869622;REFB=-0.121658;REVB=0.0786971;RO=4;SAF=21;SAR=17;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0094539;STB=0.515768;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00249981;OID=.;OPOS=4495740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:44:44:4:6:38:38:0.863636:17:21:2:2:17:21:4:2 chr17 4497160 . T C 698.11 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0045168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.677;QD=62.0545;RBI=0.00461194;REFB=0;REVB=0.000931933;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679968;OID=.;OPOS=4497160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:24:21:0:0 chr17 4545580 . G GT 458.93 PASS AF=1;AO=4;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0988823;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=47.346;QD=50.9923;RBI=0.100255;REFB=0;REVB=0.016532;RO=33;SAF=3;SAR=1;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175951;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000923032;OID=.;OPOS=4545581;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:37:36:36:0:22:14:0:0:4:33:3:1:20:13 chr17 4545581 . C T 506.16 PASS AF=1;AO=33;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.257891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1981;QD=56.24;RBI=0.258232;REFB=0;REVB=0.0132644;RO=3;SAF=19;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682414;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00326454;OID=.;OPOS=4545581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:3:0:33:36:1:14:19:3:0:14:22:0:0 chr17 4575283 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00487282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.785;QD=61.3356;RBI=0.0127764;REFB=0;REVB=-0.0118107;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34425e-05;OID=.;OPOS=4575283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr17 4620497 . C T 545.03 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0463031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7302;QD=57.3711;RBI=0.0773635;REFB=0.0463559;REVB=0.0619769;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228411;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00531622;OID=.;OPOS=4620497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:17:20:1:0:17:20:1:0 chr17 4622638 . C T 470.98 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179685;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.953;QD=58.8728;RBI=0.0194825;REFB=0;REVB=-0.00752994;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610461;OID=.;OPOS=4622638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr17 4637886 . G A 236.04 PASS AF=0.4;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0162997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.269;QD=13.4881;RBI=0.0164216;REFB=-0.00797641;REVB=-0.00199706;RO=41;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136797;STB=0.593362;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0119198;OID=.;OPOS=4637886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:41:42:27:28:0.4:11:16:19:22:11:17:19:23 chr17 4638484 . T C 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0143627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.621;QD=12.737;RBI=0.0167148;REFB=-0.00856921;REVB=0.0085498;RO=28;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249201;STB=0.645887;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0132168;OID=.;OPOS=4638484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:6:10:11:17:6:10:11:17 chr17 4638563 . G A 294.7 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0297248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.968;QD=15.113;RBI=0.030039;REFB=0.00838318;REVB=-0.00433352;RO=44;SAF=26;SAR=7;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24667;STB=0.63654;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0232784;OID=.;OPOS=4638563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:44:45:33:33:0.423077:7:26:26:18:7:26:27:18 chr17 4638737 . A G 212.1 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00209927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.5256;QD=19.7301;RBI=0.0321549;REFB=-0.0170937;REVB=-0.0320863;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831478;STB=0.559943;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0329285;OID=.;OPOS=4638737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:19:22:21:21:0.488372:12:9:10:9:12:9:12:10 chr17 4641755 . C T 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0123691;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=310.499;QD=15.782;RBI=0.0128669;REFB=-0.00606778;REVB=0.0035443;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114669;STB=0.565161;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00789852;OID=.;OPOS=4641755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:16:13:13:10:16:13 chr17 4645324 . T C 1437.34 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194723;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5773;QD=63.1797;RBI=0.0269005;REFB=0;REVB=-0.0185597;RO=0;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.75772e-06;OID=.;OPOS=4645324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:55:36:0:0:55:36:0:0 chr17 4686414 . A C 465.52 PASS AF=0.485149;AO=46;DP=98;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00770289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.159;QD=18.4365;RBI=0.00786489;REFB=-0.0256391;REVB=-0.00158806;RO=51;SAF=24;SAR=22;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631597;STB=0.523585;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0264352;OID=.;OPOS=4686414;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:51:52:46:49:0.485149:22:24:30:21:22:27:31:21 chr17 4689572 . T C 232.8 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0530355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4791;QD=15.2652;RBI=0.0637347;REFB=-0.0437349;REVB=-0.0353461;RO=34;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586206;STB=0.519336;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0495762;OID=.;OPOS=4689572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:34:26:27:0.442623:10:16:19:15:11:16:19:15 chr17 4692559 . G T 43.91 PASS AF=0.269231;AO=6;DP=25;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0168093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.083;QD=6.75513;RBI=0.0275218;REFB=-0.007661;REVB=0.0217921;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.569413;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0498655;OID=.;OPOS=4692559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:25:26:18:19:6:7:0.269231:4:2:6:12:5:2:7:12 chr17 4693054 . G A 93.67 PASS AF=0.3;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00291733;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.431;QD=9.36689;RBI=0.0132484;REFB=-0.0121364;REVB=-0.0129232;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176841;STB=0.729802;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.023699;OID=.;OPOS=4693054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:41:40:18:28:12:12:0.3:4:8:9:9:4:8:9:19 chr17 4693170 . T C 235.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8893;QD=49.5158;RBI=0.0240729;REFB=0;REVB=0.017903;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171264;OID=.;OPOS=4693170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:12:6:0:0:12:7:0:0 chr17 4701019 . C T 259.11 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00901873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.4;QD=24.1028;RBI=0.0271136;REFB=-0.0349522;REVB=-0.0255697;RO=19;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00557402;STB=0.503103;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0107289;OID=.;OPOS=4701019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:9:15:12:7:9:15:12:7 chr17 4711093 . TC T 39.87 PASS AF=0.170543;AO=32;DP=125;FAO=22;FDP=129;FR=.;FRO=107;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=66;FWDB=-0.0352421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.4144;QD=1.23628;RBI=0.0740431;REFB=-0.0975287;REVB=-0.0651181;RO=88;SAF=9;SAR=23;SRF=31;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1013;STB=0.559385;STBP=0.574;TYPE=del;VARB=0.151023;OID=.;OPOS=4711094;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170543:32:125:22:129:107:7:15:41:66:39:88:9:23:31:57 chr17 4712617 . C T 128.02 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0458271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.079;QD=20.4839;RBI=0.0493908;REFB=0.00927215;REVB=-0.018421;RO=11;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231617;STB=0.632885;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0157636;OID=.;OPOS=4712617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:3:11:6:5:3:11:6:5 chr17 4718776 . G A 754.82 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00947681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5048;QD=56.9674;RBI=0.113558;REFB=0;REVB=0.113162;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127119;OID=.;OPOS=4718776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:25:27:0:0:26:27:0:0 chr17 4722785 . G A 189.11 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00245779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.738;QD=13.0419;RBI=0.0288466;REFB=-0.0199436;REVB=0.0287417;RO=33;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00284342;STB=0.50549;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0304317;OID=.;OPOS=4722785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:35:23:23:0.396552:9:14:20:13:9:14:21:14 chr17 4726143 . T G 454.83 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0230431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.69;QD=19.9926;RBI=0.0241949;REFB=-0.00978532;REVB=-0.00737597;RO=45;SAF=24;SAR=21;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200973;STB=0.50588;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00642043;OID=.;OPOS=4726143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:46:45:45:0.494505:21:24:23:22:21:24:24:22 chr17 4796274 . T C 954.99 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8804;QD=58.7685;RBI=0.0286114;REFB=0;REVB=0.0192356;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86994e-06;OID=.;OPOS=4796274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:30:34:0:0:31:34:0:0 chr17 4796286 . C T 818.12 PASS AF=0.897059;AO=61;DP=68;FAO=61;FDP=68;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0111863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.361;QD=48.1247;RBI=0.0219731;REFB=-0.135949;REVB=0.0189125;RO=6;SAF=31;SAR=30;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267192;STB=0.521229;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00176529;OID=.;OPOS=4796286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:68:68:6:7:61:61:0.897059:30:31:4:2:30:31:5:2 chr17 4797305 . G A 247.07 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0264205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.275;QD=24.7067;RBI=0.0269;REFB=-0.0288942;REVB=-0.00505623;RO=17;SAF=8;SAR=15;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152755;STB=0.584315;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0319403;OID=.;OPOS=4797305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:15:8:3:14:15:8:3:14 chr17 4801163 . C A,CA 594.83 PASS AF=0.975,0.025;AO=28,12;DP=40;FAO=39,1;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=37,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168417,0.0217129;FXX=0;HRUN=6,0;LEN=1,1;MLLD=167.571,160.275;QD=59.4834;RBI=0.017964,0.0224787;REFB=0,0;REVB=0.00625006,0.00581739;RO=0;SAF=2,0;SAR=26,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-8.71634e-05,0.0215247;OID=.,.;OPOS=4801163,4801164;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:40:40:0:0:28,12:39,1:0.975,0.025:26,12:2,0:0:0:37,1:2,0:0:0 chr17 4801286 . C T 392.31 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0254723;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=308.028;QD=50.6202;RBI=0.0263854;REFB=0.0208264;REVB=0.00688118;RO=2;SAF=2;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167934;STB=0.591168;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.000738566;OID=.;OPOS=4801286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:27:2:1:1:27:2:1:1 chr17 4802329 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.121637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.11;QD=14.0438;RBI=0.12179;REFB=-0.00470526;REVB=-0.00610422;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28673;STB=0.666163;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0158076;OID=.;OPOS=4802329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:0:4:4:1:0:4 chr17 4803711 . G A 649.56 PASS AF=0.507812;AO=65;DP=128;FAO=65;FDP=128;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.0398743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4602;QD=20.2989;RBI=0.0868002;REFB=-0.0173062;REVB=0.0770994;RO=62;SAF=35;SAR=30;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960983;STB=0.548097;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0225146;OID=.;OPOS=4803711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:62:63:65:65:0.507812:30:35:40:22:30:35:40:23 chr17 4836381 . C T 305.79 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0687104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.493;QD=27.1812;RBI=0.0698573;REFB=0.0129817;REVB=-0.0126067;RO=18;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246346;STB=0.636261;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00509376;OID=.;OPOS=4836381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:18:9:12:6:18:9:12:6 chr17 4856376 . A G 868.16 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1987;QD=57.8772;RBI=0.0118468;REFB=0;REVB=-0.0111802;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65266e-05;OID=.;OPOS=4856376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr17 4856580 . T C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00778106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.974;QD=21.2675;RBI=0.0103588;REFB=-0.00475125;REVB=0.00683809;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188707;STB=0.617631;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00153384;OID=.;OPOS=4856580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:8:9:10:3:8:9:11:3 chr17 4863410 . A G 565.38 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4588;QD=59.5131;RBI=0.124586;REFB=0;REVB=-0.0599112;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139022;OID=.;OPOS=4863410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:21:15:0:0:21:17:0:0 chr17 4875566 . T C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00417487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.688;QD=15.8391;RBI=0.0871343;REFB=0.00479225;REVB=0.0870342;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246937;STB=0.666295;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00427214;OID=.;OPOS=4875566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:4:4:5:1:4:4:6:1 chr17 4924097 . C G 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00408864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.839;QD=25.2545;RBI=0.0106834;REFB=-0.000618451;REVB=0.00987001;RO=11;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699535;STB=0.539126;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.000422066;OID=.;OPOS=4924097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:13:5:4:7:13:5:4:7 chr17 4926882 . A G 598.99 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.011966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.965;QD=21.3925;RBI=0.0310823;REFB=-0.0248389;REVB=-0.0286867;RO=51;SAF=42;SAR=18;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140641;STB=0.583304;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.023656;OID=.;OPOS=4926882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:51:52:60:60:0.535714:18:42:28:23:18:42:28:24 chr17 4936972 . G A 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00687768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.611;QD=58.5819;RBI=0.00743215;REFB=0;REVB=-0.0028168;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02715e-05;OID=.;OPOS=4936972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr17 4937351 . G T 46.23 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0559357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.755;QD=11.5564;RBI=0.0579211;REFB=-0.0551724;REVB=-0.0150351;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41721;STB=0.736402;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0173829;OID=.;OPOS=4937351;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:9:0:2:5:9:0 chr17 4937575 . T C 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00494251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6957;QD=48.7312;RBI=0.0228666;REFB=0;REVB=-0.022326;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000712255;OID=.;OPOS=4937575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr17 4996838 . A G 205.24 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00766723;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.154;QD=22.1878;RBI=0.0165845;REFB=0.00157179;REVB=0.0147057;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422861;STB=0.536549;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.00133275;OID=.;OPOS=4996838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:17:20:20:0.540541:9:11:9:9:9:11:8:9 chr17 4996915 . AC A 221.03 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4373;QD=49.1172;RBI=0.0566688;REFB=0;REVB=0.01484;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0010473;OID=.;OPOS=4996916;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:18:18:18:0:11:7:0:0:4:0:10:7:0:0 chr17 4997039 . G C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0623231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3923;QD=56.186;RBI=0.0984694;REFB=0;REVB=0.0762368;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285965;OID=.;OPOS=4997039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr17 4997176 . C T 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00634247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.206;QD=28.0162;RBI=0.00874317;REFB=-0.00104232;REVB=0.00601798;RO=20;SAF=19;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130764;STB=0.5072;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.000677511;OID=.;OPOS=4997176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:11:19:13:7:11:19:13:7 chr17 4997715 . A G 269.1 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00947605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.567;QD=29.0915;RBI=0.0268005;REFB=-0.0104406;REVB=-0.0250693;RO=13;SAF=16;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185164;STB=0.510196;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0052684;OID=.;OPOS=4997715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:8:16:9:4:8:16:9:4 chr17 4997787 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.11;QD=62.981;RBI=0.0278536;REFB=0;REVB=0.0180575;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.78587e-06;OID=.;OPOS=4997787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:13:32:0:0:13:32:0:0 chr17 4998030 . G C 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2195;QD=51.1772;RBI=0.0439674;REFB=0;REVB=-0.0389639;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115883;OID=.;OPOS=4998030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr17 4998228 . G C 450.4 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0409561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.0269;QD=24.6796;RBI=0.0478534;REFB=0.030278;REVB=0.0247496;RO=30;SAF=18;SAR=25;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18494;STB=0.601219;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0238868;OID=.;OPOS=4998228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:25:18:20:10:25:18:20:10 chr17 4998586 . G A 376.17 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.662;QD=55.7281;RBI=0.0792079;REFB=0;REVB=0.0331207;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496919;OID=.;OPOS=4998586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:17:10:0:0 chr17 4998852 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000623281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.197;QD=55.0983;RBI=0.00264439;REFB=0;REVB=0.00256989;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35907e-05;OID=.;OPOS=4998852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr17 5042422 . G A 131.35 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0168645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.741;QD=14.1997;RBI=0.0495745;REFB=-0.0229755;REVB=-0.0466178;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131556;STB=0.576817;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0348528;OID=.;OPOS=5042422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:10:5:10:12:10:5:10:12 chr17 5042894 . T C 1942.15 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000740648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.456;QD=61.6554;RBI=0.0161211;REFB=0;REVB=0.016104;RO=0;SAF=57;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51821e-05;OID=.;OPOS=5042894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:124:126:1:67:57:0:0:68:58:0:0 chr17 5058808 . G A 543.2 PASS AF=0.449612;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.00136384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.961;QD=16.8434;RBI=0.015712;REFB=-0.00887442;REVB=-0.0156527;RO=71;SAF=31;SAR=27;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000722581;STB=0.500403;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.011846;OID=.;OPOS=5058808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:71:58:58:0.449612:27:31:38:33:27:31:38:33 chr17 5072316 . C T 222.42 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0794784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0739;QD=25.4188;RBI=0.0846574;REFB=-0.0671803;REVB=0.0291557;RO=14;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034374;STB=0.519108;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.046823;OID=.;OPOS=5072316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:10:11:8:6:10:11:8:6 chr17 5084763 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00096197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0062;QD=63.8712;RBI=0.0154733;REFB=0;REVB=0.0154433;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26603e-05;OID=.;OPOS=5084763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr17 5085893 . C T 459.88 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.010957;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8056;QD=20.9035;RBI=0.0348929;REFB=-0.0203457;REVB=0.0331279;RO=43;SAF=10;SAR=35;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278656;STB=0.655514;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0321578;OID=.;OPOS=5085893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:43:43:45:45:0.511364:35:10:21:22:35:10:21:22 chr17 5126674 . A G 163.1 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00164632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.905;QD=20.3874;RBI=0.0156845;REFB=-0.0312488;REVB=0.0155978;RO=15;SAF=13;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175884;STB=0.608554;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0345502;OID=.;OPOS=5126674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:15:16:17:0.53125:3:13:10:5:3:14:10:5 chr17 5126689 . G A 192.89 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0141685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.806;QD=23.381;RBI=0.024916;REFB=-0.0154095;REVB=0.0204954;RO=14;SAF=15;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149488;STB=0.58432;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00352162;OID=.;OPOS=5126689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:4:15:9:5:4:15:9:5 chr17 5276611 . G A 315.7 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0320064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8611;QD=15.0334;RBI=0.0416798;REFB=-0.012693;REVB=-0.0266983;RO=49;SAF=21;SAR=14;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731594;STB=0.541439;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0207024;OID=.;OPOS=5276611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:14:21:26:23:14:21:26:23 chr17 5280440 . T C 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0188889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7094;QD=19.6978;RBI=0.0328082;REFB=-0.00436961;REVB=-0.0268251;RO=22;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633716;STB=0.535681;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00606988;OID=.;OPOS=5280440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:7:14:16:6:7:14:16:6 chr17 5284698 . A G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.666;QD=53.2749;RBI=0.0225754;REFB=0;REVB=0.0141538;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44207e-05;OID=.;OPOS=5284698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr17 5284719 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.168;QD=57.2025;RBI=0.0723835;REFB=0;REVB=0.0719507;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023962;OID=.;OPOS=5284719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr17 5284770 . G A 417.81 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.516;QD=53.9112;RBI=0.0315783;REFB=0.0498321;REVB=0.0176878;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239088;STB=0.512812;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.000122579;OID=.;OPOS=5284770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:11:19:1:0:11:19:1:0 chr17 5287297 . AG A 508.24 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118434;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.0291;QD=46.2039;RBI=0.162959;REFB=0;REVB=-0.111933;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.537815;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00643578;OID=.;OPOS=5287298;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:44:44:44:0:23:21:0:0:9:0:22:21:0:0 chr17 5288760 . A G 168.4 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0145391;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.491;QD=15.3089;RBI=0.0185996;REFB=-0.0297296;REVB=-0.0115999;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288549;STB=0.666481;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0601765;OID=.;OPOS=5288760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:18:18:0.409091:12:6:16:10:12:6:16:10 chr17 5288769 . CA C 157.41 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0476679;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.516;QD=14.6431;RBI=0.0523651;REFB=0.0104811;REVB=0.0216768;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234575;STB=0.656075;STBP=0.098;TYPE=del;VARB=-0.0298416;OID=.;OPOS=5288770;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418605:17:44:18:43:25:6:12:15:10:99:26:6:11:15:11 chr17 5288794 . G C 235.97 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0724629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5794;QD=19.2629;RBI=0.0923835;REFB=-0.0399344;REVB=-0.0573048;RO=24;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181011;STB=0.62376;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.044271;OID=.;OPOS=5288794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:26:23:23:0.469388:15:8:13:11:15:8:15:11 chr17 5289580 . A G 465.03 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.828;QD=58.1289;RBI=0.0728113;REFB=0;REVB=0.0184238;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496357;OID=.;OPOS=5289580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr17 5290033 . T C 754.18 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1056;QD=56.9188;RBI=0.0454166;REFB=0;REVB=0.0209439;RO=0;SAF=38;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223107;OID=.;OPOS=5290033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:15:38:0:0:15:38:0:0 chr17 5290703 . G A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00374204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.365;QD=57.2365;RBI=0.0355345;REFB=0;REVB=-0.0353369;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.13783e-05;OID=.;OPOS=5290703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr17 5294976 . T A 914.29 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.75;QD=58.05;RBI=0.0188539;REFB=0;REVB=0.0188008;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07308e-05;OID=.;OPOS=5294976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:32:31:0:0 chr17 5326089 . C T 237.52 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=-0.0144707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.889;QD=13.7692;RBI=0.0313071;REFB=-0.00963808;REVB=0.0277622;RO=41;SAF=13;SAR=15;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326912;STB=0.683774;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0166012;OID=.;OPOS=5326089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:15:13:32:9:15:13:32:9 chr17 5326145 . C G 254.61 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0507798;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.012;QD=15.4312;RBI=0.0529965;REFB=-0.0423694;REVB=0.0151674;RO=36;SAF=10;SAR=19;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359904;STB=0.694992;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0248864;OID=.;OPOS=5326145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:36:37:29:29:0.439394:19:10:26:10:19:10:26:11 chr17 5326162 . G A 929.29 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0471474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2892;QD=55.48;RBI=0.0472682;REFB=-0.0800111;REVB=0.00337652;RO=2;SAF=33;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277691;STB=0.514701;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00118751;OID=.;OPOS=5326162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:32:33:2:0:32:33:2:0 chr17 5356913 . C T 161.49 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00989908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.798;QD=18.9984;RBI=0.00993445;REFB=-0.0103125;REVB=-0.000837598;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292813;STB=0.654357;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0104456;OID=.;OPOS=5356913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:12:5:10:6:12:5:10:7 chr17 5393019 . T TGTTCCTTA 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0061726;FXX=0;HRUN=1;LEN=8;MLLD=304.823;QD=16.4059;RBI=0.00707131;REFB=-0.0156821;REVB=-0.00345;RO=38;SAF=19;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870551;STB=0.555519;STBP=0.471;TYPE=ins;VARB=0.0198279;OID=.;OPOS=5393020;OREF=-;OALT=GTTCCTTA;OMAPALT=TGTTCCTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455882:31:69:31:68:37:19:12:19:18:99:38:19:12:20:18 chr17 5393089 . C T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00283526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.655;QD=19.9761;RBI=0.00496852;REFB=0.00775263;REVB=0.00408014;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133037;STB=0.574927;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0183685;OID=.;OPOS=5393089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:13:7:10:10:13:7 chr17 5393431 . G A 317.0 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0245371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.887;QD=17.8594;RBI=0.0300638;REFB=-0.0206082;REVB=-0.0173714;RO=37;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612455;STB=0.534204;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0270892;OID=.;OPOS=5393431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:18:16:15:22:18:16:15:22 chr17 5393461 . T C 930.21 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2565;QD=58.1379;RBI=0.130184;REFB=0;REVB=0.0491064;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149753;OID=.;OPOS=5393461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:38:23:0:0:38:26:0:0 chr17 5393603 . C T 211.02 PASS AF=0.567568;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0372466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.349;QD=22.8132;RBI=0.0386039;REFB=-0.0253747;REVB=-0.0101465;RO=15;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388861;STB=0.523787;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0110306;OID=.;OPOS=5393603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:20:21:0.567568:9:11:9:6:9:12:10:6 chr17 5393784 . T TTTAA 90.82 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00738371;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=260.212;QD=7.72939;RBI=0.0164645;REFB=-0.0143051;REVB=-0.014716;RO=40;SAF=8;SAR=4;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114822;STB=0.507923;STBP=0.96;TYPE=ins;VARB=0.0409294;OID=.;OPOS=5393785;OREF=-;OALT=TTAA;OMAPALT=TTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255319:12:53:12:47:35:8:4:23:12:90:40:8:4:27:13 chr17 5404011 . T C 278.13 PASS AF=0.517241;AO=28;DP=56;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00604227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.816;QD=19.1816;RBI=0.00615427;REFB=-0.00653275;REVB=-0.00116879;RO=28;SAF=18;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195075;STB=0.600634;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0131691;OID=.;OPOS=5404011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:28:28:28:30:0.517241:10:18:12:16:11:19:12:16 chr17 5418107 . G A 300.03 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0166013;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.376;QD=16.903;RBI=0.0166173;REFB=-0.00852478;REVB=0.000727388;RO=37;SAF=19;SAR=13;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154411;STB=0.599255;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0165534;OID=.;OPOS=5418107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:37:38:32:33:0.464789:13:19:16:21:13:20:16:22 chr17 5418799 . G A 187.4 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0197653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.263;QD=14.6981;RBI=0.0312964;REFB=-0.0210996;REVB=-0.0242651;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300506;STB=0.517225;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0274818;OID=.;OPOS=5418799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:9:12:18:12:9:12:18:12 chr17 5424886 . G A 263.58 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0618889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1452;QD=19.5242;RBI=0.0622256;REFB=0.00468822;REVB=-0.00646454;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127983;STB=0.571378;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00395219;OID=.;OPOS=5424886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:12:16:11:15:12:16:11:15 chr17 5424983 . A G 33.91 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.00852573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5919;QD=1.73906;RBI=0.0094112;REFB=-0.000776907;REVB=-0.00398529;RO=70;SAF=1;SAR=7;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464498;STB=0.862393;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0116049;OID=.;OPOS=5424983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:78:78:70:70:8:8:0.102564:7:1:36:34:7:1:36:34 chr17 5425077 . T C 303.34 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00245366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.369;QD=25.8162;RBI=0.00455831;REFB=-0.0054467;REVB=-0.00384158;RO=20;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724507;STB=0.540163;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00515609;OID=.;OPOS=5425077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:16:11:10:10:16:11:10:10 chr17 5440197 . T C 409.86 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0185821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.489;QD=20.7522;RBI=0.0213233;REFB=-0.0113164;REVB=-0.0104587;RO=38;SAF=15;SAR=26;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209963;STB=0.616287;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0142083;OID=.;OPOS=5440197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:26:15:23:15:26:15:23:15 chr17 5487164 . C G 770.98 PASS AF=0.496855;AO=79;DP=164;FAO=79;FDP=159;FR=.;FRO=80;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.019777;FXX=0.0304859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2999;QD=19.3957;RBI=0.0371193;REFB=-0.000656156;REVB=0.031412;RO=78;SAF=45;SAR=34;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016835;STB=0.516401;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.000702509;OID=.;OPOS=5487164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:159:78:80:79:79:0.496855:34:45:43:35:34:45:43:37 chr17 5991344 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.286;QD=57.1772;RBI=0.0436127;REFB=0;REVB=0.0216335;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233296;OID=.;OPOS=5991344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr17 6014176 . A G 920.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.72;QD=58.4152;RBI=0.0414007;REFB=0;REVB=0.0128567;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213837;OID=.;OPOS=6014176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr17 6330068 . T C 419.92 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.147;QD=55.9889;RBI=0.0785305;REFB=0;REVB=0.012198;RO=0;SAF=3;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140372;OID=.;OPOS=6330068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:26:3:0:0:26:4:0:0 chr17 6331803 . T C 180.86 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0177708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5954;QD=13.912;RBI=0.0194722;REFB=-0.00166707;REVB=0.00796022;RO=31;SAF=8;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269706;STB=0.654532;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00567014;OID=.;OPOS=6331803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:13:8:20:11:13:8:20:11 chr17 6353679 . A C 81.85 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00639154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.264;QD=8.39509;RBI=0.0145239;REFB=-0.018371;REVB=-0.0130419;RO=27;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739862;STB=0.532651;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.045359;OID=.;OPOS=6353679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:27:28:11:11:0.282051:5:6:13:14:5:6:14:14 chr17 6364753 . A G 426.39 PASS AF=0.447619;AO=41;DP=106;FAO=47;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.0267303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.336;QD=16.2433;RBI=0.0586918;REFB=-0.020123;REVB=-0.0522515;RO=39;SAF=19;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00165948;STB=0.549529;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0224303;OID=.;OPOS=6364753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:39:58:41:47:0.447619:22:19:18:21:22:25:36:22 chr17 6381357 . C T 508.24 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.109599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2483;QD=19.3614;RBI=0.109737;REFB=-0.0140315;REVB=0.00549842;RO=52;SAF=29;SAR=24;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621378;STB=0.534294;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00428317;OID=.;OPOS=6381357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:24:29:32:20:24:29:32:20 chr17 6381939 . G A 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00340021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.02;QD=17.6896;RBI=0.0182175;REFB=-0.00934863;REVB=-0.0178973;RO=26;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15506;STB=0.588392;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0166177;OID=.;OPOS=6381939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:8:13:12:14:8:13:12:14 chr17 6483046 . T C 1153.46 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.014;QD=60.7082;RBI=0.00760332;REFB=0;REVB=0.00541094;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8157e-05;OID=.;OPOS=6483046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr17 6493198 . T C 2754.79 PASS AF=0.988889;AO=175;DP=177;FAO=178;FDP=180;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00222562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6528;QD=61.2176;RBI=0.00362282;REFB=0.0608182;REVB=0.00285857;RO=2;SAF=83;SAR=92;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113306;STB=0.505746;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.000361183;OID=.;OPOS=6493198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:177:180:2:2:175:178:0.988889:92:83:2:0:92:86:2:0 chr17 6511781 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.313;QD=59.8556;RBI=0.0327548;REFB=0;REVB=0.0291376;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73604e-05;OID=.;OPOS=6511781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:1:0:70:71:1:35:35:0:1:36:35:0:0 chr17 6513329 . G A 418.42 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.0111051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.024;QD=17.4342;RBI=0.0160512;REFB=-0.0185444;REVB=-0.0115896;RO=53;SAF=23;SAR=20;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106736;STB=0.559619;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0224228;OID=.;OPOS=6513329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:20:23:34:19:20:23:34:19 chr17 6515387 . A G 971.91 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.983;QD=58.9036;RBI=0.0380511;REFB=0;REVB=0.0101575;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60645e-05;OID=.;OPOS=6515387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:35:30:0:0:35:31:0:0 chr17 6515454 . C T 624.47 PASS AF=1;AO=38;DP=44;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.135;QD=60.9236;RBI=0.0172431;REFB=0;REVB=0.0169206;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84109e-05;OID=.;OPOS=6515454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:41:0:0:38:41:1:14:24:0:0:16:25:0:0 chr17 6524298 . T A 238.31 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0185093;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.308;QD=16.1566;RBI=0.0185246;REFB=0.00290698;REVB=0.000752914;RO=32;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00676195;STB=0.503814;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00335354;OID=.;OPOS=6524298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:12:15:18:14:12:15:18:14 chr17 6531648 . A G 2216.83 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.007;QD=63.338;RBI=0.0439885;REFB=0;REVB=0.0126648;RO=0;SAF=85;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74538e-05;OID=.;OPOS=6531648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:55:85:0:0:55:85:0:0 chr17 6545083 . C A 286.25 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0160073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.838;QD=18.1748;RBI=0.0782184;REFB=-0.0395579;REVB=-0.076563;RO=32;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708964;STB=0.539558;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0368483;OID=.;OPOS=6545083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:17:14:12:20:17:14:12:20 chr17 6546259 . T C 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00326965;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=286.936;QD=17.064;RBI=0.00704132;REFB=-0.0073134;REVB=0.00623615;RO=31;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257792;STB=0.514491;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00871871;OID=.;OPOS=6546259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:11:17:18:13:11:17:18:13 chr17 6555945 . CT CC,C 41.43 PASS AF=0.0120482,0.168675;AO=3,17;DP=84;FAO=1,14;FDP=83;FR=.;FRO=68;FSAF=0,12;FSAR=1,2;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.132987,-0.206617;FXX=0.0119033;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=31.6231,14.4057;QD=1.99667;RBI=0.174799,0.293709;REFB=-0.0293597,-0.0740458;REVB=-0.113442,-0.208745;RO=58;SAF=0,15;SAR=3,2;SRF=24;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.408874,0.595478;STB=0.988934,0.850554;STBP=0.504,0.009;TYPE=snp,del;VARB=0.122393,0.142065;OID=.,.;OPOS=6555946,6555946;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0120482,0.168675:3,17:84:1,14:83:68:0,12:1,2:30:38:39:58:0,15:3,2:24:34 chr17 6556022 . A G 356.56 PASS AF=0.414894;AO=36;DP=91;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0716754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.292;QD=15.1729;RBI=0.0720971;REFB=-0.0143384;REVB=-0.00778654;RO=55;SAF=14;SAR=22;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14872;STB=0.568958;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0177103;OID=.;OPOS=6556022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:55:55:36:39:0.414894:22:14:29:26:23:16:29:26 chr17 6556194 . T TAGAAG 285.25 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=72;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0131155;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=5;MLLD=286.687;QD=16.0704;RBI=0.0173819;REFB=-0.00298696;REVB=0.0114068;RO=40;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522987;STB=0.515251;STBP=0.83;TYPE=ins;VARB=0.00433153;OID=.;OPOS=6556195;OREF=-;OALT=AGAAG;OMAPALT=TAGAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.450704:31:72:32:71:39:14:18:16:23:99:40:14:17:16:24 chr17 6556326 . G A 163.98 PASS AF=0.355932;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00270986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.504;QD=11.1172;RBI=0.00319274;REFB=-0.013789;REVB=-0.00168826;RO=38;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114441;STB=0.549068;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0220702;OID=.;OPOS=6556326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:38:38:20:21:0.355932:9:11:17:21:10:11:17:21 chr17 6556538 . G C 1135.01 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2873;QD=60.5337;RBI=0.0829125;REFB=0;REVB=0.0706791;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627128;OID=.;OPOS=6556538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr17 6556541 . A T 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.465;QD=60.8835;RBI=0.0364013;REFB=0;REVB=0.0197081;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52432e-05;OID=.;OPOS=6556541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:31:46:0:0:31:46:0:0 chr17 6558768 . C T 246.38 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0622175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0973;QD=46.9301;RBI=0.074668;REFB=-0.0950928;REVB=-0.0412832;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368683;STB=0.51998;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0116367;OID=.;OPOS=6558768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:8:12:1:0:8:12:1:0 chr17 6663894 . GC AG,GG 659.55 PASS AF=0.340909,0.659091;AO=15,29;DP=44;FAO=15,29;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=4,15;FSAR=11,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00380303,0.0486737;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=103.833,130.003;QD=59.9591;RBI=0.0138443,0.0499828;REFB=0,0;REVB=0.0133117,-0.0113641;RO=0;SAF=4,15;SAR=11,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.33019e-08,5.92057e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0316937,0.00026667;OID=.,.;OPOS=6663894,6663895;OREF=GC,C;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:44:44:0:0:15,29:15,29:0.340909,0.659091:11,14:4,15:0:0:11,14:4,15:0:0 chr17 6683215 . C T 175.75 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0058357;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.445;QD=20.6764;RBI=0.0200786;REFB=0.0248711;REVB=-0.0192118;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122168;STB=0.506889;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00750698;OID=.;OPOS=6683215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:6:10:11:7:6:10 chr17 6690161 . C T 415.14 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0322467;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9246;QD=15.9669;RBI=0.0331085;REFB=-0.00995122;REVB=0.00750502;RO=56;SAF=33;SAR=13;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232059;STB=0.622872;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0116915;OID=.;OPOS=6690161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:58:46:46:0.442308:13:33:28:28:13:33:30:28 chr17 6716242 . G A 345.53 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0171788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.345;QD=22.2922;RBI=0.0652793;REFB=-0.0390011;REVB=0.0629784;RO=27;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160408;STB=0.588076;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0332887;OID=.;OPOS=6716242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:16:19:20:7:16:19:20:7 chr17 6904934 . A G 737.58 PASS AF=0.916667;AO=55;DP=62;FAO=55;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0282472;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.182;QD=49.1721;RBI=0.0364011;REFB=-0.0197759;REVB=0.0229595;RO=5;SAF=27;SAR=28;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796626;STB=0.542358;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00159575;OID=.;OPOS=6904934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:62:60:5:5:55:55:0.916667:28:27:5:0:28:27:5:0 chr17 6913652 . G A 251.84 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00266058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.039;QD=14.814;RBI=0.00547255;REFB=-0.00325835;REVB=-0.00478227;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447486;STB=0.502536;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00530722;OID=.;OPOS=6913652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:14:15:20:19:14:15:20:19 chr17 6919093 . T C 400.08 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.818;QD=55.1832;RBI=0.0460436;REFB=0;REVB=0.045902;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117349;OID=.;OPOS=6919093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:9:19:0:0:10:19:0:0 chr17 6928019 . C CCAG 70.9 PASS AF=0.5625;AO=6;DP=32;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0310629;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=141.667;QD=17.7237;RBI=0.15166;REFB=-0.121924;REVB=0.148445;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316493;STB=0.675319;STBP=0.167;TYPE=ins;VARB=0.0844792;OID=.;OPOS=6928020;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:6:32:9:16:7:4:5:6:1:47:23:4:2:9:14 chr17 6929924 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.743;QD=57.3857;RBI=0.023594;REFB=0;REVB=-0.00938001;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.69092e-05;OID=.;OPOS=6929924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr17 6931174 . GCT G 77.67 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00679197;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.921;QD=14.7943;RBI=0.0197016;REFB=-0.0325434;REVB=-0.0184939;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356162;STB=0.719196;STBP=0.082;TYPE=del;VARB=0.0226231;OID=.;OPOS=6931175;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:9:21:10:21:11:7:3:3:8:77:11:6:3:3:8 chr17 6943266 . G A 254.5 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0606962;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.839;QD=21.2084;RBI=0.0615119;REFB=-0.00286553;REVB=0.00998441;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156482;STB=0.58816;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00272216;OID=.;OPOS=6943266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:24:24:24:0.5:16:8:12:12:16:8:12:12 chr17 7011129 . C T 126.25 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0159121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4731;QD=19.4232;RBI=0.0204045;REFB=-0.0376982;REVB=0.012773;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515323;STB=0.529369;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0499671;OID=.;OPOS=7011129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:5:9:7:5:5:9:7:5 chr17 7011144 . G A 86.16 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0110624;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2077;QD=12.3088;RBI=0.05907;REFB=-0.0145245;REVB=0.0580249;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270173;STB=0.526268;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0557084;OID=.;OPOS=7011144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:16:17:10:11:0.392857:4:6:10:6:5:6:10:7 chr17 7012073 . G T 83.55 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0622307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8251;QD=20.8871;RBI=0.0659884;REFB=0.00906366;REVB=0.0219501;RO=6;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444069;STB=0.756209;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0139637;OID=.;OPOS=7012073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:2:8:1:5:2:8:1:5 chr17 7012077 . C T 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0141968;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.697;QD=24.4133;RBI=0.0142009;REFB=-0.0235757;REVB=-0.000340659;RO=5;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306644;STB=0.674367;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0272292;OID=.;OPOS=7012077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:3:8:1:4:3:8:1:4 chr17 7012079 . C T 97.81 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00255617;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=110.4;QD=24.4532;RBI=0.0159059;REFB=-0.0312992;REVB=0.0156992;RO=5;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306644;STB=0.674367;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0364383;OID=.;OPOS=7012079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:3:8:1:4:3:8:1:4 chr17 7099811 . G A 257.95 PASS AF=0.5;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00116307;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.839;QD=18.4249;RBI=0.0566868;REFB=-0.0299993;REVB=0.0566749;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161364;STB=0.588546;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0330419;OID=.;OPOS=7099811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:28:27:28:0.5:15:12:18:11:15:13:18:10 chr17 7100306 . C CG 32.51 PASS AF=0.285714;AO=11;DP=39;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0420201;FXX=0.0540395;HRUN=0;LEN=1;MLLD=53.6285;QD=3.71587;RBI=0.042401;REFB=-0.00985408;REVB=0.0056708;RO=26;SAF=10;SAR=1;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.637248;STB=0.89393;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.116571;OID=.;OPOS=7100307;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:11:39:10:35:25:9:1:9:16:32:26:10:1:10:16 chr17 7120419 . C T 89.21 PASS AF=0.296296;AO=6;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.279128;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=31.2805;QD=13.2168;RBI=0.281228;REFB=-0.0634389;REVB=-0.0343035;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346033;STB=0.561641;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.129646;OID=.;OPOS=7120419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:27:27:11:15:6:8:0.296296:4:2:4:7:5:3:7:8 chr17 7123240 . T C,TGGGCGTGCAGGACGC 113.01 PASS AF=0.0322581,0.241935;AO=4,13;DP=62;FAO=2,15;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=0,12;FSAR=2,3;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0567677,-0.017303;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,15;MLLD=134.258,336.521;QD=7.29081;RBI=0.0659181,0.0288254;REFB=-0.00900896,-0.00760413;REVB=-0.0335056,-0.0230545;RO=42;SAF=0,12;SAR=4,1;SRF=22;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.570496,0.586525;STB=0.99473,0.753262;STBP=0.187,0.031;TYPE=snp,ins;VARB=0.0430334,0.0229006;OID=.,.;OPOS=7123240,7123241;OREF=T,-;OALT=C,GGGCGTGCAGGACGC;OMAPALT=C,TGGGCGTGCAGGACGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:98:62:62:42:45:4,13:2,15:0.0322581,0.241935:4,1:0,12:22:20:2,3:0,12:22:23 chr17 7127718 . T C 220.08 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00327371;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.743;QD=13.9733;RBI=0.0180214;REFB=-0.0161649;REVB=-0.0177215;RO=37;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115646;STB=0.565708;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.018154;OID=.;OPOS=7127718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:37:37:26:26:0.412698:14:12:13:24:14:12:13:24 chr17 7128727 . C T 90.67 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00203054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.252;QD=6.71638;RBI=0.0109756;REFB=-0.00405636;REVB=-0.0107862;RO=41;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276004;STB=0.517215;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0150545;OID=.;OPOS=7128727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:7:6:18:23:7:6:18:23 chr17 7129840 . T C 81.49 PASS AF=0.5;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00628096;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.06;QD=16.2978;RBI=0.00631935;REFB=-0.0283831;REVB=0.000695535;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342855;STB=0.6996;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0403968;OID=.;OPOS=7129840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:20:10:10:10:10:0.5:3:7:3:7:3:7:3:7 chr17 7132556 . C T 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.928;QD=59.5018;RBI=0.0493301;REFB=0;REVB=0.0141054;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07096e-05;OID=.;OPOS=7132556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr17 7133162 . G A 527.95 PASS AF=0.331633;AO=64;DP=196;FAO=65;FDP=196;FR=.;FRO=131;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=72;FSRR=59;FWDB=-0.0377459;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.869;QD=10.7745;RBI=0.0382089;REFB=-0.00255058;REVB=0.0059305;RO=130;SAF=35;SAR=29;SRF=72;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00820039;STB=0.502856;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00818798;OID=.;OPOS=7133162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:130:131:64:65:0.331633:29:35:72:58:29:36:72:59 chr17 7134129 . A G 671.66 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0306196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0959;QD=52.6788;RBI=0.0914989;REFB=-0.0277575;REVB=-0.0862235;RO=2;SAF=28;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537235;STB=0.502856;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00761711;OID=.;OPOS=7134129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:21:28:1:1:21:28:1:1 chr17 7154534 . G A 748.01 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.062;QD=63.66;RBI=0.011373;REFB=0;REVB=0.0108489;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87576e-05;OID=.;OPOS=7154534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:27:18:0:0:29:18:0:0 chr17 7158203 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.022;QD=39.2068;RBI=0.0740455;REFB=0;REVB=0.0740455;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118312;OID=.;OPOS=7158203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr17 7163723 . A C 240.04 PASS AF=0.489362;AO=18;DP=48;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0278303;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.599;QD=20.429;RBI=0.0512918;REFB=0.00374375;REVB=-0.0430851;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157858;STB=0.636909;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00219222;OID=.;OPOS=7163723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:24:24:18:23:0.489362:10:8:7:17:10:13:7:17 chr17 7163739 . A G 720.36 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623228;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.52;QD=62.6398;RBI=0.0114861;REFB=0;REVB=-0.0096483;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000746145;OID=.;OPOS=7163739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:26:20:0:0 chr17 7185788 . T C 359.36 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.523;QD=55.2855;RBI=0.0547532;REFB=0;REVB=0.0136735;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30786e-05;OID=.;OPOS=7185788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:18:6:0:0:19:7:0:0 chr17 7187123 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.92;QD=57.6806;RBI=0.0822249;REFB=0;REVB=0.0152424;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010301;OID=.;OPOS=7187123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr17 7190435 . T G 40.16 PASS AF=0.75;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.174269;FXX=0;HRUN=29;LEN=1;MLLD=27.0897;QD=20.0782;RBI=0.184694;REFB=0.00601374;REVB=-0.0611719;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.545299;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0279921;OID=.;OPOS=7190435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:7:8:2:2:5:6:0.75:2:3:1:1:2:4:1:1 chr17 7192091 . C T 511.47 PASS AF=0.486486;AO=53;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0146567;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.332;QD=18.4313;RBI=0.0170478;REFB=-0.0286599;REVB=0.00870673;RO=58;SAF=27;SAR=26;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561347;STB=0.540526;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.029831;OID=.;OPOS=7192091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:57:53:54:0.486486:26:27:33:25:27:27:33:24 chr17 7213560 . C G 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0195227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.319;QD=18.1184;RBI=0.0569695;REFB=-0.0201853;REVB=-0.05352;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161894;STB=0.592487;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0315587;OID=.;OPOS=7213560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:6:12:10:10:6:12:10:10 chr17 7213694 . C A 112.97 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0363234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.63;QD=9.41451;RBI=0.0412008;REFB=-0.0125043;REVB=-0.0194451;RO=34;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244149;STB=0.645643;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0428291;OID=.;OPOS=7213694;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:7:7:10:24:7:7:10:24 chr17 7213773 . GGT G 90.83 PASS AF=0.578947;AO=7;DP=21;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0123359;FXX=0.0951928;HRUN=2;LEN=2;MLLD=211.649;QD=19.1229;RBI=0.0419799;REFB=-0.0328012;REVB=0.0401265;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775494;STB=0.616203;STBP=0.3;TYPE=del;VARB=0.0255906;OID=.;OPOS=7213774;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947:7:21:11:19:8:2:9:3:5:56:5:2:5:1:4 chr17 7216540 . G A 144.56 PASS AF=0.652174;AO=14;DP=22;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0270563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.524;QD=25.1406;RBI=0.0359167;REFB=-0.010713;REVB=0.0236214;RO=7;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469771;STB=0.53329;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00614523;OID=.;OPOS=7216540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:23:7:8:14:15:0.652174:9:5:2:5:10:5:2:6 chr17 7217463 . T C 226.03 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0176508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.977;QD=20.5479;RBI=0.0215965;REFB=-0.0155573;REVB=-0.0124441;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00988948;OID=.;OPOS=7217463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:14:8:8:14:14:8:8:14 chr17 7219230 . A G 230.22 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00270621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9349;QD=46.0439;RBI=0.132385;REFB=-0.128932;REVB=-0.132357;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437955;STB=0.523785;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0051521;OID=.;OPOS=7219230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:9:10:1:0:9:10:1:0 chr17 7221385 . G A 1175.85 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.758;QD=59.5369;RBI=0.0531081;REFB=-0.0747428;REVB=0.0520328;RO=1;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160409;STB=0.508472;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000253541;OID=.;OPOS=7221385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:29:49:0:1:29:49:0:1 chr17 7286326 . T A 638.76 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00126958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.035;QD=59.4197;RBI=0.0564159;REFB=-0.06341;REVB=0.0564016;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00524079;OID=.;OPOS=7286326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:20:22:0:0:20:22:1:0 chr17 7292107 . G A 342.45 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0124701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.704;QD=19.0252;RBI=0.0146481;REFB=-0.00501794;REVB=-0.00768526;RO=36;SAF=20;SAR=16;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128787;STB=0.57139;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00617876;OID=.;OPOS=7292107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:16:20:25:11:16:20:25:11 chr17 7293715 . C T 275.15 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0469633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.64;QD=13.1024;RBI=0.0469728;REFB=-0.00624329;REVB=0.000942904;RO=51;SAF=18;SAR=14;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2021;STB=0.608757;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0167995;OID=.;OPOS=7293715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:52:32:32:0.380952:14:18:19:32:14:18:20:32 chr17 7297452 . A G 150.58 PASS AF=0.318182;AO=20;DP=65;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0344974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.671;QD=9.12623;RBI=0.0382393;REFB=-0.0131575;REVB=-0.0164976;RO=43;SAF=12;SAR=8;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103432;STB=0.56012;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0266367;OID=.;OPOS=7297452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:43:45:20:21:0.318182:8:12:22:21:8:13:24:21 chr17 7307018 . AAAG A 70.48 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0246569;FXX=0.0517152;HRUN=4;LEN=3;MLLD=302.533;QD=5.1258;RBI=0.0248055;REFB=-0.000939504;REVB=-0.0027113;RO=39;SAF=2;SAR=10;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0.33858;SSSB=-0.202726;STB=0.689094;STBP=0.148;TYPE=del;VARB=0.00266039;OID=.;OPOS=7307019;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:12:55:15:55:40:2:13:12:28:70:39:2:10:11:28 chr17 7318396 . C T 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.010772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.583;QD=19.7622;RBI=0.0113986;REFB=-0.0361358;REVB=0.0037272;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710306;STB=0.540003;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0327649;OID=.;OPOS=7318396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:10:13:16:9:10:13:16:9 chr17 7322245 . A G 134.22 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0173228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.574;QD=16.2687;RBI=0.0237303;REFB=-0.0254273;REVB=0.0162187;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359142;STB=0.705618;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0304771;OID=.;OPOS=7322245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:10:5:13:5:10:5:13:5 chr17 7324788 . G A 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0276369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.947;QD=59.5373;RBI=0.0329189;REFB=-0.0525576;REVB=0.0178846;RO=0;SAF=22;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000134146;OID=.;OPOS=7324788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:56:22:0:0:56:22:0:1 chr17 7324852 . C G 558.62 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0342352;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.635;QD=51.9649;RBI=0.0372899;REFB=-0.102059;REVB=0.0147815;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267753;STB=0.50605;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00279424;OID=.;OPOS=7324852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:43:43:1:4:39:39:0.906977:22:17:1:0:22:17:2:2 chr17 7363088 . T C 545.14 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0082135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.732;QD=57.3832;RBI=0.0204815;REFB=-0.0334022;REVB=0.0187625;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322723;STB=0.517232;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=3.40402e-05;OID=.;OPOS=7363088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:14:23:0:1:14:23:0:1 chr17 7366651 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.067;QD=47.8223;RBI=0.0225374;REFB=0;REVB=-0.0217567;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319899;OID=.;OPOS=7366651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr17 7385454 . G A 585.89 PASS AF=0.9;AO=45;DP=51;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0202884;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.98;QD=46.8713;RBI=0.0338414;REFB=-0.116654;REVB=0.0270854;RO=2;SAF=20;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446978;STB=0.555531;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00224816;OID=.;OPOS=7385454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:51:50:2:5:45:45:0.9:25:20:2:0:25:20:5:0 chr17 7386055 . C T 2194.57 PASS AF=0.992958;AO=140;DP=143;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209363;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.921;QD=61.819;RBI=0.0270177;REFB=-0.144965;REVB=0.0170771;RO=0;SAF=75;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32058e-08;STB=0.503268;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000361226;OID=.;OPOS=7386055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:143:142:0:1:140:141:0.992958:65:75:0:0:65:76:1:0 chr17 7386279 . TG CA 728.61 PASS AF=0.959184;AO=45;DP=48;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0101343;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.187;QD=59.4782;RBI=0.0334875;REFB=-0.0183452;REVB=0.0319172;RO=2;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521232;STB=0.524989;STBP=0.129;TYPE=mnp;VARB=0.0013311;OID=.;OPOS=7386279;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:49:2:2:45:47:0.959184:17:28:0:2:19:28:0:2 chr17 7400137 . T C 613.96 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5223;QD=61.3956;RBI=0.085979;REFB=0;REVB=0.0857169;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062138;OID=.;OPOS=7400137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:22:18:0:0 chr17 7402600 . T C 641.38 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.385;QD=61.0835;RBI=0.0332755;REFB=0;REVB=0.0294976;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337559;OID=.;OPOS=7402600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:24:18:0:0 chr17 7404107 . T C 1377.44 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.428;QD=62.6108;RBI=0.0241072;REFB=0;REVB=0.00157851;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12712e-05;OID=.;OPOS=7404107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr17 7404991 . T C 1319.9 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347925;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7015;QD=61.3906;RBI=0.0350036;REFB=0;REVB=-0.00383836;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191024;OID=.;OPOS=7404991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:84:86:1:52:32:0:0:52:34:0:0 chr17 7405937 . C T 781.73 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.427;QD=63.8147;RBI=0.0543037;REFB=0;REVB=0.0390987;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131686;OID=.;OPOS=7405937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:47:49:1:24:23:0:0:26:23:0:0 chr17 7416683 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.823;QD=39.2058;RBI=0.0592298;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108443;OID=.;OPOS=7416683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr17 7460193 . G T 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00385385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.7683;QD=14.7936;RBI=0.0207163;REFB=0.00769584;REVB=-0.0203547;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136183;STB=0.578859;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0252668;OID=.;OPOS=7460193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:7:11:13:14:7:11:13:14 chr17 7460559 . T G 574.49 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.126;QD=60.4726;RBI=0.051393;REFB=0;REVB=0.0359362;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243275;OID=.;OPOS=7460559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:20:18:0:0 chr17 7462555 . G A 1550.67 PASS AF=0.972477;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.044888;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.535;QD=56.9053;RBI=0.0514858;REFB=-0.230889;REVB=0.0252161;RO=1;SAF=29;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00612467;STB=0.513441;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.000722843;OID=.;OPOS=7462555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:109:1:3:106:106:0.972477:77:29:0:1:77:29:2:1 chr17 7462969 . A G 1283.4 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1427;QD=61.8508;RBI=0.0167327;REFB=0;REVB=0.0156747;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08211e-05;OID=.;OPOS=7462969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:38:44:0:0:39:44:0:0 chr17 7470285 . CA C 1109.97 PASS AF=1;AO=88;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.3678;QD=46.7356;RBI=0.0425778;REFB=0;REVB=-0.0209835;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000264945;OID=.;OPOS=7470286;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:88:92:95:95:0:40:55:0:0:20:0:37:51:0:0 chr17 7475159 . A T 443.95 PASS AF=0.617647;AO=39;DP=64;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0533651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.408;QD=26.1148;RBI=0.0536533;REFB=0.00102761;REVB=-0.00555372;RO=25;SAF=17;SAR=22;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176217;STB=0.594671;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.000981255;OID=.;OPOS=7475159;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:25:26:39:42:0.617647:22:17:5:20:24:18:5:21 chr17 7477938 . G C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.666;QD=61.6824;RBI=0.0594092;REFB=0;REVB=0.0593762;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152453;OID=.;OPOS=7477938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr17 7479892 . C T 321.23 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00865187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.85;QD=16.2647;RBI=0.063136;REFB=-0.00483036;REVB=0.0625404;RO=42;SAF=27;SAR=8;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233639;STB=0.649392;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00686281;OID=.;OPOS=7479892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:44:35:35:0.443038:8:27:24:18:8:27:24:20 chr17 7482125 . A G 211.67 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0525241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9661;QD=19.6904;RBI=0.0639627;REFB=-0.00621008;REVB=-0.0365028;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268452;STB=0.651275;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00839665;OID=.;OPOS=7482125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:8:13:7:15:8:13:7:15 chr17 7530271 . C T 153.11 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.010138;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.943;QD=20.4149;RBI=0.0112702;REFB=0.0062117;REVB=-0.00492316;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679609;STB=0.538414;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00942845;OID=.;OPOS=7530271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:5:9:9:7:5:9 chr17 7557419 . A G 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0206121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.859;QD=15.1528;RBI=0.0213106;REFB=-0.00192053;REVB=-0.00541156;RO=43;SAF=9;SAR=23;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260302;STB=0.514741;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00216658;OID=.;OPOS=7557419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:23:9:13:30:23:9:13:30 chr17 7560834 . C CG 455.65 PASS AF=1;AO=4;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156233;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=67.6406;QD=46.7337;RBI=0.164827;REFB=0;REVB=0.0525272;RO=34;SAF=0;SAR=4;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.639879;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00159174;OID=.;OPOS=7560835;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:39:39:39:0:22:17:0:0:4:34:0:4:21:13 chr17 7560835 . T C,G 546.59 PASS AF=0.0769231,0.897436;AO=3,34;DP=38;FAO=3,35;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=0,22;FSAR=3,13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0461267,0.08969;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=10.9604,97.9292;QD=56.0606;RBI=0.0462643,0.106522;REFB=-0.065269,-0.136473;REVB=-0.00356575,0.0574678;RO=1;SAF=0,21;SAR=3,13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0346006;STB=0.5,0.518508;STBP=1,0.263;TYPE=snp,snp;VARB=0.188644,0.000570328;OID=.,.;OPOS=7560835,7560835;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:38:39:1:1:3,34:3,35:0.0769231,0.897436:3,13:0,21:0:1:3,13:0,22:0:1 chr17 7577252 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.136584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4747;QD=12.0149;RBI=0.145524;REFB=0.0390274;REVB=0.050219;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.0277164;OID=.;OPOS=7577252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:2:5:4:2:2:5 chr17 7577407 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0060404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.789;QD=40.7629;RBI=0.037433;REFB=0;REVB=-0.0369425;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000346766;OID=.;OPOS=7577407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr17 7577427 . G A 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00880847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.1684;QD=32.3666;RBI=0.112549;REFB=0.0299097;REVB=0.112204;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524235;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.00127627;OID=.;OPOS=7577427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:0:3:13:13:0.8125:6:7:0:0:6:7:2:1 chr17 7578115 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.971;QD=56.1916;RBI=0.0609629;REFB=0;REVB=-0.0579949;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371892;OID=.;OPOS=7578115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr17 7578159 . C G 121.73 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.000233685;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.547;QD=14.3212;RBI=0.00935549;REFB=-0.00576739;REVB=0.00935257;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414085;STB=0.713979;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.01225;OID=.;OPOS=7578159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:18:20:14:14:0.411765:4:10:5:13:4:10:7:13 chr17 7592167 . AC A,AG 392.11 PASS AF=0.310345,0.689655;AO=11,16;DP=31;FAO=9,20;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3;FSAR=7,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111776,-0.0324396;FXX=0.0333222;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.4045,59.7268;QD=54.0838;RBI=0.0710672,0.0727139;REFB=0,0;REVB=0.0701827,0.0650768;RO=0;SAF=0,3;SAR=11,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.78418e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00496958,0.0221912;OID=.,.;OPOS=7592168,7592168;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.310345,0.689655:11,16:31:9,20:29:0:2,3:7,17:0:0:37:0:0,3:11,13:0:0 chr17 7592560 . C T 760.93 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.673;QD=63.4105;RBI=0.0401387;REFB=0;REVB=0.0329863;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103225;OID=.;OPOS=7592560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:32:14:0:0:33:15:0:0 chr17 7606722 . C G 403.51 PASS AF=1;AO=22;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.367;QD=55.6565;RBI=0.0700487;REFB=0;REVB=0.00837674;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160852;OID=.;OPOS=7606722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:22:29:1:7:15:0:0:10:19:0:0 chr17 7614601 . G A 277.41 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.0243778;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.523;QD=18.4938;RBI=0.0255504;REFB=-0.0249494;REVB=-0.0076516;RO=30;SAF=9;SAR=21;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195342;STB=0.607695;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.023372;OID=.;OPOS=7614601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:21:9:4:26:21:9:4:26 chr17 7673928 . C G 770.73 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.2826;QD=55.0519;RBI=0.0140056;REFB=-0.106852;REVB=0.00731794;RO=1;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129164;STB=0.506847;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=2.10323e-05;OID=.;OPOS=7673928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:1:1:55:55:0.982143:36:19:0:1:36:19:0:1 chr17 7681412 . C G 823.0 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0184421;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3831;QD=55.7964;RBI=0.0203027;REFB=-0.0783577;REVB=-0.00849069;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.50769;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00109906;OID=.;OPOS=7681412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:0:1:57:58:0.983051:26:31:0:0:26:32:1:0 chr17 7722365 . C T 1283.4 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.784;QD=61.8507;RBI=0.017363;REFB=0;REVB=0.0153608;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90711e-05;OID=.;OPOS=7722365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:52:31:0:0:52:31:0:0 chr17 7735063 . T G 278.03 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.011604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7813;QD=18.535;RBI=0.0142512;REFB=-0.00461023;REVB=0.00827318;RO=29;SAF=17;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193575;STB=0.615057;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00664073;OID=.;OPOS=7735063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:30:30:0.5:13:17:10:19:13:17:10:20 chr17 7735934 . G A 650.03 PASS AF=0.47482;AO=66;DP=139;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.016856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.028;QD=18.706;RBI=0.0180369;REFB=-0.00107828;REVB=0.00641931;RO=73;SAF=38;SAR=28;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268516;STB=0.514878;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00107793;OID=.;OPOS=7735934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:73:73:66:66:0.47482:28:38:40:33:28:38:40:33 chr17 7750232 . T C 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00313955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.904;QD=17.6437;RBI=0.00707765;REFB=-0.0142886;REVB=0.00634321;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955156;STB=0.555432;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0168922;OID=.;OPOS=7750232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:3:4:4:5:3:4 chr17 7760397 . G A 589.17 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0389607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9695;QD=22.6604;RBI=0.0674901;REFB=0.0160232;REVB=0.0551087;RO=45;SAF=36;SAR=22;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543598;STB=0.525721;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00701631;OID=.;OPOS=7760397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:45:46:58:58:0.557692:22:36:25:20:22:36:26:20 chr17 7760704 . A G 338.61 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0143734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.753;QD=15.2183;RBI=0.0192598;REFB=-0.000234632;REVB=-0.0128197;RO=51;SAF=13;SAR=24;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871938;STB=0.556311;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.000313024;OID=.;OPOS=7760704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:52:37:37:0.41573:24:13:22:29:24:13:23:29 chr17 7761512 . C A 259.99 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00876211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.466;QD=18.9083;RBI=0.0304255;REFB=-0.0144025;REVB=0.0291365;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835962;STB=0.546616;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0268798;OID=.;OPOS=7761512;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:13:15:17:10:13:15:17:10 chr17 7761926 . C T 162.44 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.056983;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2272;QD=27.0739;RBI=0.0571175;REFB=-0.0125331;REVB=-0.00391825;RO=9;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295738;STB=0.642666;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00828945;OID=.;OPOS=7761926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:24:9:8:16:16:0.666667:12:4:6:3:12:4:5:3 chr17 7802454 . A C 178.46 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.000445183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.716;QD=13.4691;RBI=0.00377966;REFB=-0.0127462;REVB=0.00375335;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932069;STB=0.561537;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0242485;OID=.;OPOS=7802454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:32:21:21:0.396226:11:10:12:19:11:10:12:20 chr17 7843053 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0361;QD=35.5754;RBI=0.0833204;REFB=0;REVB=0.0298934;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00895368;OID=.;OPOS=7843053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr17 7847955 . C A 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0945;QD=51.1771;RBI=0.0146404;REFB=0;REVB=0.0146404;RO=0;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443774;OID=.;OPOS=7847955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:20:0:0:0:20:0:0:0 chr17 7849087 . C G 1264.11 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2032;QD=61.6639;RBI=0.0249943;REFB=0;REVB=-0.0116813;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23159e-05;OID=.;OPOS=7849087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:32:49:0:0:33:49:0:0 chr17 7907189 . C T 247.43 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.00313133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5327;QD=11.5082;RBI=0.0212544;REFB=-0.0181139;REVB=-0.0210225;RO=53;SAF=18;SAR=12;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263032;STB=0.665053;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0309867;OID=.;OPOS=7907189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:56:30:30:0.348837:12:18:19:34:12:18:19:37 chr17 7915912 . C T 133.38 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0489401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7457;QD=15.6915;RBI=0.084957;REFB=-0.0219665;REVB=0.0694446;RO=18;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191332;STB=0.599859;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0344527;OID=.;OPOS=7915912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:19:15:15:0.441176:4:11:10:8:4:11:11:8 chr17 7948175 . C T 223.63 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00859307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.025;QD=26.3088;RBI=0.0411529;REFB=-0.0219971;REVB=-0.0402458;RO=12;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600218;STB=0.521718;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0118582;OID=.;OPOS=7948175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:12:13:21:21:0.617647:7:14:7:5:7:14:8:5 chr17 7950377 . C T 240.27 PASS AF=0.376623;AO=27;DP=76;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0148181;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.352;QD=12.4816;RBI=0.0160979;REFB=-0.00997947;REVB=-0.0062903;RO=48;SAF=9;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235315;STB=0.602099;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0179165;OID=.;OPOS=7950377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:48:48:27:29:0.376623:18:9:26:22:18:11:26:22 chr17 7950952 . C A 135.01 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00408353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.038;QD=16.8759;RBI=0.0218698;REFB=-0.0153772;REVB=0.0214852;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112983;STB=0.506485;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0173337;OID=.;OPOS=7950952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:7:10:9:6:7:10 chr17 7951819 . A G 456.54 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0102383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.968;QD=18.6344;RBI=0.0274449;REFB=-0.0148631;REVB=-0.0254637;RO=52;SAF=26;SAR=20;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206352;STB=0.614662;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.012518;OID=.;OPOS=7951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:20:26:18:34:20:26:18:34 chr17 7960625 . C T 198.64 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0146159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.951;QD=19.3791;RBI=0.0337787;REFB=-0.0230316;REVB=-0.0304529;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238865;STB=0.634022;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0142244;OID=.;OPOS=7960625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:16:5:10:10:16:5 chr17 7979986 . GCCCCCCCT GCCCCCCT,GCCCCCCTC 139.4 PASS AF=0.541667,0;AO=30,3;DP=72;FAO=39,0;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=28,0;FSAR=11,0;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0593761,-0.0987782;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.14968,18.364;QD=7.74456;RBI=0.066134,0.108986;REFB=-0.122968,-0.064647;REVB=0.0291237,0.0460512;RO=30;SAF=22,3;SAR=8,0;SRF=15;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.232785,0.546357;STB=0.575145,0.5;STBP=0.206,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.127384,0;OID=.,.;OPOS=7979987,7979993;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCCCT,GCCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667,0:30,3:72:39,0:72:33:28,0:11,0:19:14:99:30:22,3:8,0:15:15 chr17 7983799 . A G 194.57 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=74;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=0.0208745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.131;QD=10.3768;RBI=0.0282972;REFB=-0.00273811;REVB=-0.0191047;RO=48;SAF=5;SAR=19;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068188;STB=0.517919;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00541199;OID=.;OPOS=7983799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:48:50:24:25:0.333333:19:5:12:36:19:6:13:37 chr17 7983969 . G C 798.86 PASS AF=0.555556;AO=75;DP=135;FAO=75;FDP=135;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.00196262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.416;QD=23.6698;RBI=0.0104568;REFB=-0.0209763;REVB=0.010271;RO=60;SAF=37;SAR=38;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116997;STB=0.563807;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0176123;OID=.;OPOS=7983969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:60:60:75:75:0.555556:38:37:21:39:38:37:21:39 chr17 8023057 . A C 397.84 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.779;QD=54.8743;RBI=0.109068;REFB=0;REVB=0.104332;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301291;OID=.;OPOS=8023057;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr17 8023059 . A C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.001;QD=57.2026;RBI=0.0386738;REFB=0;REVB=0.0385923;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92513e-05;OID=.;OPOS=8023059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr17 8023061 . C T 52.87 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0158424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.516;QD=7.04875;RBI=0.0202858;REFB=-0.00792917;REVB=-0.0126701;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213535;STB=0.633024;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0327276;OID=.;OPOS=8023061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:7:15:4:4:7:15 chr17 8023143 . G A 358.03 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.578;QD=55.0812;RBI=0.0115954;REFB=0;REVB=0.00901223;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89122e-05;OID=.;OPOS=8023143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr17 8024237 . T C 501.4 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5594;QD=58.988;RBI=0.0615484;REFB=0;REVB=-0.0456137;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126029;OID=.;OPOS=8024237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr17 8045707 . GCC GC,GCT 100.99 PASS AF=0.684211,0.105263;AO=11,2;DP=20;FAO=13,2;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=5,0;FSAR=8,2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0217626,-0.0659672;FXX=0.049975;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.224,202.172;QD=21.261;RBI=0.0458812,0.0780698;REFB=-0.170233,-0.0343789;REVB=0.0403915,-0.041752;RO=5;SAF=5,0;SAR=6,2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.144298,-0.544828;STB=0.528258,0.993343;STBP=0.691,0.303;TYPE=del,snp;VARB=0.14341,0.136785;OID=.,.;OPOS=8045708,8045709;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684211,0.105263:11,2:20:13,2:19:4:5,0:8,2:2:2:20:5:5,0:6,2:1:4 chr17 8046154 . C CG,G 31.57 PASS AF=0.15625,0.0625;AO=6,3;DP=32;FAO=5,2;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4,0;FSAR=1,2;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0269511,0.0201013;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=87.3366,108.17;QD=3.9466;RBI=0.0582783,0.0740706;REFB=-0.00945707,-0.00798534;REVB=-0.051672,-0.0712909;RO=23;SAF=4,0;SAR=2,3;SRF=8;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.362177,-0.525763;STB=0.85592,0.993041;STBP=0.16,0.333;TYPE=ins,snp;VARB=0.160306,0.200742;OID=.,.;OPOS=8046155,8046154;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:32:32:23:25:6,3:5,2:0.15625,0.0625:2,3:4,0:8:15:1,2:4,0:8:17 chr17 8135061 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.012;QD=53.9111;RBI=0.0294764;REFB=0;REVB=0.00260081;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247229;OID=.;OPOS=8135061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr17 8141707 . T C 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3866;QD=57.2363;RBI=0.0486888;REFB=0;REVB=-0.039724;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.75178e-05;OID=.;OPOS=8141707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr17 8215534 . C T 114.18 PASS AF=0.923077;AO=11;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189471;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.973;QD=35.1312;RBI=0.0358665;REFB=-0.154529;REVB=0.0304534;RO=1;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473806;STB=0.523771;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00269672;OID=.;OPOS=8215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:13:13:1:1:11:12:0.923077:9:2:0:1:10:2:0:1 chr17 8216468 . T C 613.38 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.777;QD=61.338;RBI=0.0232318;REFB=0;REVB=0.00844853;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95843e-05;OID=.;OPOS=8216468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:24:16:0:0 chr17 8248664 . C T 523.12 PASS AF=0.607595;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0072744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.246;QD=26.4869;RBI=0.0106064;REFB=-0.032697;REVB=-0.00771879;RO=31;SAF=29;SAR=19;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558266;STB=0.530417;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0196779;OID=.;OPOS=8248664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:31:48:48:0.607595:19:29:21:10:19:29:21:10 chr17 8249116 . C T 79.97 PASS AF=0.234043;AO=12;DP=48;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0165893;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.502;QD=6.80607;RBI=0.0168235;REFB=-0.000883986;REVB=0.00279759;RO=35;SAF=3;SAR=9;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415404;STB=0.811191;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00400279;OID=.;OPOS=8249116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:48:47:35:36:12:11:0.234043:9:3:21:14:9:2:21:15 chr17 8272767 . G A 164.62 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0243191;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0304;QD=19.3667;RBI=0.0407096;REFB=0.00725183;REVB=0.0326474;RO=16;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473621;STB=0.782062;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00486192;OID=.;OPOS=8272767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:35:34:16:16:11:11:0.323529:2:9:6:10:2:9:6:10 chr17 8273384 . G A 272.75 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0413549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9897;QD=24.2447;RBI=0.0444696;REFB=-0.00372069;REVB=-0.0163499;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240149;STB=0.513358;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00215654;OID=.;OPOS=8273384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:12:13:11:9:12:13:11:9 chr17 8339283 . C T 567.67 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.922;QD=59.7548;RBI=0.0845705;REFB=0;REVB=0.0387011;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589831;OID=.;OPOS=8339283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:22:16:0:0 chr17 8339307 . G A 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.167;QD=62.6688;RBI=0.0766183;REFB=0;REVB=0.070512;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386454;OID=.;OPOS=8339307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr17 8378932 . A G 1452.51 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2078;QD=63.1525;RBI=0.0433487;REFB=0;REVB=0.0394137;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32374e-05;OID=.;OPOS=8378932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr17 8383894 . A G 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.571;QD=63.5793;RBI=0.04143;REFB=0;REVB=0.00843736;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411536;OID=.;OPOS=8383894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr17 8416901 . C T 766.42 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9089;QD=63.8681;RBI=0.126226;REFB=0;REVB=0.0649287;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185092;OID=.;OPOS=8416901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:21:26:0:0:22:26:0:0 chr17 8424270 . G A 602.34 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.032;QD=58.7652;RBI=0.0333191;REFB=-0.173499;REVB=0.0286525;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00194244;OID=.;OPOS=8424270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:0:1:40:40:0.97561:15:25:0:0:15:25:1:0 chr17 8450357 . C A 769.4 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.923;QD=56.9925;RBI=0.0310522;REFB=0;REVB=0.0269952;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29002e-05;OID=.;OPOS=8450357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr17 8644854 . C T 613.19 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0631;QD=61.319;RBI=0.0583217;REFB=0;REVB=0.00348414;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000987512;OID=.;OPOS=8644854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr17 8647931 . G C 340.25 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0727135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.034;QD=48.6069;RBI=0.0727208;REFB=-0.0231476;REVB=0.00103092;RO=2;SAF=17;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223251;STB=0.512039;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0050837;OID=.;OPOS=8647931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:9:17:1:1:9:17:1:1 chr17 8700778 . G A 513.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.067;QD=58.6987;RBI=0.0557748;REFB=0;REVB=0.0331508;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315492;OID=.;OPOS=8700778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:19:16:0:0 chr17 8700982 . C T 206.97 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.284;QD=48.6981;RBI=0.0493034;REFB=0;REVB=0.0121098;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211107;OID=.;OPOS=8700982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr17 8725214 . A AG 252.17 PASS AF=1;AO=23;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373239;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.7501;QD=34.7824;RBI=0.108805;REFB=0;REVB=-0.102203;RO=6;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134222;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00114503;OID=.;OPOS=8725215;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:30:29:29:0:16:13:0:0:5:6:11:12:5:1 chr17 8740124 . C T 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-6.62326e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.483;QD=15.6938;RBI=0.00136131;REFB=-0.00256015;REVB=-0.00136129;RO=41;SAF=14;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746785;STB=0.542142;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00320835;OID=.;OPOS=8740124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:18:14:21:20:18:14:21:20 chr17 9066254 . T C 378.57 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0600821;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7857;QD=21.3281;RBI=0.0602769;REFB=-0.0131989;REVB=-0.00484185;RO=33;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161457;STB=0.508924;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0117801;OID=.;OPOS=9066254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:20:18:15:18:20:18:15:18 chr17 9086712 . C T 59.1 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0153279;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3224;QD=13.1337;RBI=0.0164329;REFB=-0.0276935;REVB=0.00592437;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258322;STB=0.655832;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.036518;OID=.;OPOS=9086712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:5:5:6:2:5:5 chr17 9395231 . G A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.722;QD=56.1905;RBI=0.0212121;REFB=0;REVB=0.00658312;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108158;OID=.;OPOS=9395231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr17 9471711 . T G 272.9 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0540936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.657;QD=45.4838;RBI=0.0558406;REFB=-0.142594;REVB=0.0138587;RO=2;SAF=10;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083825;STB=0.545413;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00116067;OID=.;OPOS=9471711;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:12:10:2:0:12:10:2:0 chr17 9479098 . C A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.071;QD=53.277;RBI=0.0506026;REFB=0;REVB=0.0479065;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263614;OID=.;OPOS=9479098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr17 9515777 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.608;QD=61.3352;RBI=0.0367218;REFB=0;REVB=0.00437321;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537204;OID=.;OPOS=9515777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr17 9586165 . C T 213.89 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.000911819;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.564;QD=20.8673;RBI=0.0373015;REFB=-0.0185148;REVB=0.0372904;RO=20;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329301;STB=0.518501;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0174996;OID=.;OPOS=9586165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:7:14:14:6:7:14:14:6 chr17 9632247 . A G 484.9 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00512215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.73;QD=26.5697;RBI=0.00539888;REFB=-0.014185;REVB=0.00170633;RO=28;SAF=14;SAR=31;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650827;STB=0.535575;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00919818;OID=.;OPOS=9632247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:28:28:45:45:0.616438:31:14:11:17:31:14:11:17 chr17 9712255 . G A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0107289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.229;QD=20.3167;RBI=0.0147689;REFB=-0.00592749;REVB=-0.0101494;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809967;STB=0.521717;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0057837;OID=.;OPOS=9712255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:19:19:0.513514:13:6:4:13:13:6:5:13 chr17 9764531 . A G 496.39 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00134067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.628;QD=20.9008;RBI=0.00965363;REFB=0.00915012;REVB=-0.00956008;RO=47;SAF=20;SAR=28;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468428;STB=0.525928;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0128238;OID=.;OPOS=9764531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:28:20:22:25:28:20:22:25 chr17 9769199 . T C 240.58 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0864035;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.598;QD=19.2463;RBI=0.134353;REFB=0.00154647;REVB=0.102884;RO=25;SAF=8;SAR=17;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850492;STB=0.547492;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00154315;OID=.;OPOS=9769199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:25:25:25:25:0.5:17:8:6:19:17:8:6:19 chr17 10216067 . G GT 74.26 PASS AF=0.462963;AO=18;DP=60;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0226237;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.12188;QD=5.50077;RBI=0.0800571;REFB=-0.0413917;REVB=-0.0767939;RO=34;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130236;STB=0.519839;STBP=0.832;TYPE=ins;VARB=0.0158799;OID=.;OPOS=10216068;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.462963:18:60:25:54:29:7:18:9:20:73:34:6:12:8:26 chr17 10216510 . G A 2130.74 PASS AF=0.992701;AO=134;DP=135;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.045222;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.526;QD=62.2113;RBI=0.0825688;REFB=-0.0630527;REVB=0.0690839;RO=1;SAF=82;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00905324;STB=0.504586;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000194492;OID=.;OPOS=10216510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:137:1:1:134:136:0.992701:52:82:0:1:54:82:0:1 chr17 10223714 . T C 729.63 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.02981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7075;QD=60.8023;RBI=0.11932;REFB=-0.0264759;REVB=0.115536;RO=1;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014927;STB=0.507689;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00100787;OID=.;OPOS=10223714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:46:47:0.979167:31:15:0:1:32:15:0:1 chr17 10231417 . C T 205.55 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0127726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.789;QD=15.8115;RBI=0.054732;REFB=-0.0156421;REVB=-0.0532208;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171759;STB=0.52172;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0145117;OID=.;OPOS=10231417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:22:23:0.442308:11:11:14:15:11:12:14:15 chr17 10243717 . G A 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6752;QD=57.1033;RBI=0.0344172;REFB=0;REVB=-0.011474;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237503;OID=.;OPOS=10243717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr17 10318636 . A G 1416.24 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.039;QD=61.5757;RBI=0.13475;REFB=0;REVB=0.0292467;RO=0;SAF=27;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421104;OID=.;OPOS=10318636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:92:0:0:85:92:1:58:27:0:0:58:34:0:0 chr17 10346781 . T C 313.0 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0159332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.831;QD=16.9187;RBI=0.0230364;REFB=-0.0071035;REVB=0.0166375;RO=40;SAF=8;SAR=26;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11137;STB=0.562848;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0103375;OID=.;OPOS=10346781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:26:8:13:27:26:8:13:27 chr17 10348354 . T C 213.95 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00681021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.671;QD=14.7548;RBI=0.0201072;REFB=-0.0104089;REVB=-0.0189188;RO=33;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239827;STB=0.643134;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0116479;OID=.;OPOS=10348354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:33:24:25:0.431034:11:13:10:23:11:14:10:23 chr17 10355371 . C T 238.34 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0212382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9181;QD=16.4373;RBI=0.119135;REFB=-0.034354;REVB=0.117227;RO=31;SAF=19;SAR=7;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343279;STB=0.673981;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0396667;OID=.;OPOS=10355371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:31:31:26:27:0.465517:7:19:12:19:8:19:12:19 chr17 10355763 . T C 492.28 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0052722;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.501;QD=19.8899;RBI=0.0366035;REFB=-0.0127064;REVB=0.0362219;RO=48;SAF=18;SAR=30;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591217;STB=0.530491;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0159297;OID=.;OPOS=10355763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:51:48:48:0.484848:30:18:21:27:30:18:22:29 chr17 10363410 . A G 709.22 PASS AF=0.398058;AO=82;DP=206;FAO=82;FDP=206;FR=.;FRO=124;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=56;FSRR=68;FWDB=0.00314645;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.654;QD=13.7713;RBI=0.0114775;REFB=-0.00713881;REVB=0.0110378;RO=122;SAF=35;SAR=47;SRF=55;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259877;STB=0.515173;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0118044;OID=.;OPOS=10363410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:122:124:82:82:0.398058:47:35:55:67:47:35:56:68 chr17 10409375 . G A 692.81 PASS AF=0.424581;AO=76;DP=179;FAO=76;FDP=179;FR=.;FRO=103;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=66;FWDB=0.0143271;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=186.774;QD=15.4817;RBI=0.0155776;REFB=-0.00823058;REVB=0.0061152;RO=96;SAF=29;SAR=47;SRF=32;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520253;STB=0.513713;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0102586;OID=.;OPOS=10409375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:96:103:76:76:0.424581:47:29:32:64:47:29:37:66 chr17 10415840 . A G 740.76 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.311;QD=56.9816;RBI=0.0263662;REFB=0;REVB=0.0182927;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55122e-05;OID=.;OPOS=10415840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:29:22:0:0:29:23:0:0 chr17 10427924 . G A 261.43 PASS AF=0.4;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0251635;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.61;QD=13.9428;RBI=0.0263086;REFB=-0.010658;REVB=0.00767709;RO=39;SAF=8;SAR=22;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192668;STB=0.659462;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.016051;OID=.;OPOS=10427924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:75:39:45:30:30:0.4:22:8:17:22:22:8:23:22 chr17 10448769 . A T 460.84 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.000299513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5827;QD=17.2277;RBI=0.0367134;REFB=0.0040803;REVB=-0.0367122;RO=56;SAF=17;SAR=33;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175896;STB=0.594091;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00552231;OID=.;OPOS=10448769;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:57:50:50:0.46729:33:17:29:27:33:17:29:28 chr17 10450816 . T C 574.22 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00766222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.884;QD=19.6314;RBI=0.0188297;REFB=-0.0149033;REVB=0.0172002;RO=58;SAF=32;SAR=27;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690707;STB=0.538114;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0144093;OID=.;OPOS=10450816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:59:59:0.504274:27:32:27:31:27:32:27:31 chr17 10541741 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6862;QD=40.7616;RBI=0.126686;REFB=0;REVB=0.0678799;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00262489;OID=.;OPOS=10541741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr17 10614442 . A G 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7872;QD=62.016;RBI=0.0281461;REFB=0;REVB=-0.0261682;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000228224;OID=.;OPOS=10614442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:31:11:0:0:31:11:0:0 chr17 10617802 . AG A,AT 519.53 PASS AF=0.194444,0.805556;AO=7,28;DP=36;FAO=7,29;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=7,18;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789681,0.00633445;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.3362,84.0741;QD=57.725;RBI=0.0514024,0.0537775;REFB=0,0;REVB=0.0507922,0.0534032;RO=0;SAF=7,18;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0102766,0.00418972;OID=.,.;OPOS=10617803,10617803;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.194444,0.805556:7,28:36:7,29:36:0:7,18:0,11:0:0:40:0:7,18:0,10:0:0 chr17 11523082 . A G 786.89 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0111193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.275;QD=55.2201;RBI=0.0312263;REFB=-0.00100736;REVB=0.0291794;RO=1;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136677;STB=0.507244;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=8.93403e-05;OID=.;OPOS=11523082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:34:22:0:1:34:22:0:1 chr17 11583089 . T C 752.81 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.32;QD=56.816;RBI=0.0591823;REFB=0;REVB=0.0556222;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123459;OID=.;OPOS=11583089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:19:33:0:0:20:33:0:0 chr17 11593743 . A G 433.49 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0194027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.66;QD=15.078;RBI=0.0458261;REFB=-0.0001591;REVB=-0.0415159;RO=64;SAF=13;SAR=36;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359783;STB=0.702936;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-7.85995e-06;OID=.;OPOS=11593743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:64:66:49:49:0.426087:36:13:39:25:36:13:40:26 chr17 11648332 . C T 744.76 PASS AF=0.964912;AO=52;DP=55;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.106633;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7718;QD=52.2641;RBI=0.106639;REFB=-0.040586;REVB=-0.0011117;RO=2;SAF=22;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040906;STB=0.520826;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000798536;OID=.;OPOS=11648332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:57:2:2:52:55:0.964912:30:22:2:0:32:23:2:0 chr17 11650958 . G A 964.25 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8015;QD=58.4393;RBI=0.113536;REFB=0;REVB=0.103934;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234792;OID=.;OPOS=11650958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:66:0:0:62:66:1:37:25:0:0:40:26:0:0 chr17 11757556 . C G 330.42 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0177859;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.9154;QD=23.6015;RBI=0.0313562;REFB=0.0222893;REVB=0.0258239;RO=22;SAF=11;SAR=22;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162735;STB=0.599938;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0064809;OID=.;OPOS=11757556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:23:33:33:0.589286:22:11:12:10:22:11:13:10 chr17 11865462 . G A 293.89 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0173719;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.696;QD=17.2878;RBI=0.0225492;REFB=-0.00932897;REVB=-0.0143766;RO=36;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145313;STB=0.588182;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0173035;OID=.;OPOS=11865462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:36:31:32:0.470588:16:15:12:24:16:16:12:24 chr17 12820632 . A C 552.11 PASS AF=0.641026;AO=49;DP=77;FAO=50;FDP=78;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=3;FWDB=0.0382891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.027;QD=28.3131;RBI=0.0393339;REFB=-0.0352621;REVB=0.00900551;RO=28;SAF=21;SAR=28;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303544;STB=0.658599;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00424358;OID=.;OPOS=12820632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:28:28:49:50:0.641026:28:21:25:3:28:22:25:3 chr17 12820646 . G C 217.2 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00691421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9563;QD=11.2829;RBI=0.064603;REFB=-0.0188718;REVB=-0.064232;RO=50;SAF=24;SAR=3;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.58183;STB=0.843249;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0389823;OID=.;OPOS=12820646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:3:24:22:28:3:24:22:28 chr17 12852459 . A G 104.87 PASS AF=0.297872;AO=9;DP=42;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0039704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.559;QD=8.92489;RBI=0.0517884;REFB=-0.0163254;REVB=0.051636;RO=29;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313618;STB=0.586078;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0252612;OID=.;OPOS=12852459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:47:29:33:9:14:0.297872:6:3:9:20:10:4:13:20 chr17 12894832 . A G 44.27 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0449782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7113;QD=6.8115;RBI=0.0508355;REFB=0.00720269;REVB=-0.0236899;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169726;STB=0.609427;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0182681;OID=.;OPOS=12894832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:11:8:2:5:11:8 chr17 13399616 . A T 433.06 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340513;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.322;QD=57.7409;RBI=0.044075;REFB=0;REVB=-0.0279841;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258234;OID=.;OPOS=13399616;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr17 14095309 . A G 383.12 PASS AF=0.389831;AO=43;DP=117;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.0235711;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.444;QD=12.9872;RBI=0.0402538;REFB=-0.00989655;REVB=-0.0326308;RO=64;SAF=28;SAR=15;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274644;STB=0.614448;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0225489;OID=.;OPOS=14095309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:64:72:43:46:0.389831:15:28:25:39:17:29:32:40 chr17 14139891 . A C 46.94 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.163;QD=31.2917;RBI=0.0244745;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227768;OID=.;OPOS=14139891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:0:5:0:0:0:6:0:0 chr17 14140103 . A G 856.97 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0380774;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.655;QD=56.1944;RBI=0.0395883;REFB=-0.142875;REVB=0.0108326;RO=1;SAF=36;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129304;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00132227;OID=.;OPOS=14140103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:24:36:1:0:24:36:1:0 chr17 14248423 . T C 136.8 PASS AF=0.483871;AO=13;DP=29;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0157558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.034;QD=17.6513;RBI=0.0464616;REFB=-0.0176392;REVB=0.0437086;RO=16;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457924;STB=0.716101;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0254583;OID=.;OPOS=14248423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:16:16:13:15:0.483871:11:2:9:7:12:3:9:7 chr17 14249167 . C T 178.48 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0201925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.954;QD=15.8651;RBI=0.02059;REFB=-0.0084612;REVB=-0.00402622;RO=25;SAF=15;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352553;STB=0.673955;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0112198;OID=.;OPOS=14249167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:26:18:19:0.422222:3:15:14:11:4:15:14:12 chr17 14673567 . C CA 80.19 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0827313;FXX=0.0227221;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.80635;QD=7.45955;RBI=0.112502;REFB=-0.0241532;REVB=0.076238;RO=28;SAF=3;SAR=16;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203954;STB=0.585267;STBP=0.434;TYPE=ins;VARB=0.0448038;OID=.;OPOS=14673568;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44186:19:50:19:43:24:3:16:6:18:78:28:3:16:8:20 chr17 15154966 . T A 223.92 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0126941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.313;QD=10.6628;RBI=0.0147315;REFB=-0.0110653;REVB=0.00747505;RO=55;SAF=17;SAR=11;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17419;STB=0.607066;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0246249;OID=.;OPOS=15154966;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:55:56:28:28:0.333333:11:17:25:30:11:17:25:31 chr17 15207364 . T G 313.75 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00863121;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.65;QD=21.6381;RBI=0.0101619;REFB=-0.0138175;REVB=-0.00536345;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155851;STB=0.612697;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00958945;OID=.;OPOS=15207364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:58:29:26:32:32:0.551724:14:18:11:18:14:18:8:18 chr17 15215660 . T C 429.1 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.000778561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.963;QD=25.2412;RBI=0.0272545;REFB=-0.0123314;REVB=0.0272434;RO=27;SAF=15;SAR=26;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856339;STB=0.546729;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00609691;OID=.;OPOS=15215660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:41:41:0.602941:26:15:7:20:26:15:7:20 chr17 15311975 . G A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7087;QD=56.1906;RBI=0.047352;REFB=0;REVB=-0.0316773;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00143236;OID=.;OPOS=15311975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr17 15341183 . A C 484.44 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0162578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.551;QD=21.0624;RBI=0.0279381;REFB=-0.0163452;REVB=0.0227205;RO=45;SAF=25;SAR=22;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772592;STB=0.542707;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0176147;OID=.;OPOS=15341183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:22:25:20:25:22:25:20:25 chr17 15343524 . C CCTT,T 183.48 PASS AF=1,0;AO=15,2;DP=17;FAO=15,0;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.13321e-10,-8.83679e-10;FXX=0.117578;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=183.805,63.318;QD=48.9269;RBI=0.0143615,0.0500544;REFB=0,0;REVB=0.0143615,0.0500544;RO=0;SAF=0,2;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000116096,0;OID=.,.;OPOS=15343525,15343524;OREF=-,C;OALT=CTT,T;OMAPALT=CCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:15:0:0:15,2:15,0:1,0:15,0:0,2:0:0:15,0:0,0:0:0 chr17 15443734 . A G 413.82 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026203;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.066;QD=55.1758;RBI=0.0288971;REFB=0;REVB=-0.0121839;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139945;OID=.;OPOS=15443734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:27:30:1:13:14:0:0:13:17:0:0 chr17 15443742 . C G 431.14 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0168565;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.417;QD=52.2598;RBI=0.0269362;REFB=-0.0377315;REVB=0.02101;RO=1;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372894;STB=0.538436;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00441152;OID=.;OPOS=15443742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:1:2:31:31:0.939394:12:19:0:1:12:19:0:2 chr17 15457054 . A G 506.18 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.0491345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8189;QD=19.1012;RBI=0.0676545;REFB=-0.0336413;REVB=-0.0465073;RO=51;SAF=28;SAR=25;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1067;STB=0.566726;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0342053;OID=.;OPOS=15457054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:53:53:53:0.5:25:28:33:18:25:28:35:18 chr17 15477417 . A G 75.88 PASS AF=0.357143;AO=6;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00321364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.562;QD=10.84;RBI=0.0691401;REFB=-0.0259234;REVB=0.0690653;RO=18;SAF=6;SAR=0;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.694933;STB=0.564382;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.044526;OID=.;OPOS=15477417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:28:28:18:18:6:10:0.357143:0:6:11:7:3:7:11:7 chr17 15496730 . A G 403.24 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00996114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0272;QD=16.8015;RBI=0.0127277;REFB=-0.00995829;REVB=0.00792268;RO=53;SAF=18;SAR=24;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995788;STB=0.561165;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0121078;OID=.;OPOS=15496730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:54:42:42:0.4375:24:18:28:25:24:18:29:25 chr17 15498181 . A G 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0158359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.994;QD=9.0922;RBI=0.0177223;REFB=-0.011615;REVB=0.00795644;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179938;STB=0.608235;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0248154;OID=.;OPOS=15498181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:6:7:22:10:6:7:22:10 chr17 15510888 . G A 474.36 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.00822989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.103;QD=14.9404;RBI=0.00881733;REFB=-0.0145597;REVB=0.00316453;RO=74;SAF=22;SAR=31;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890087;STB=0.550056;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0218728;OID=.;OPOS=15510888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:74:74:53:53:0.417323:31:22:37:37:31:22:37:37 chr17 15510988 . T C 291.36 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0796115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.369;QD=14.3882;RBI=0.0796433;REFB=-0.00117952;REVB=0.00225257;RO=48;SAF=9;SAR=23;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205628;STB=0.623037;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000527221;OID=.;OPOS=15510988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:32:33:0.407407:23:9:22:26:24:9:22:26 chr17 15554561 . C A 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0278829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.319;QD=21.0076;RBI=0.0284361;REFB=-0.0206664;REVB=-0.00558185;RO=17;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139958;STB=0.507878;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0151491;OID=.;OPOS=15554561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:12:7:6:11:12:7:6:11 chr17 15611495 . T C 202.23 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00103359;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.701;QD=9.8649;RBI=0.0264906;REFB=-0.0158905;REVB=-0.0264705;RO=55;SAF=12;SAR=14;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00815327;STB=0.510389;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0339081;OID=.;OPOS=15611495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:55:56:26:26:0.317073:14:12:25:30:14:12:25:31 chr17 15620647 . G A 149.4 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00596048;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.375;QD=45.9688;RBI=0.0366559;REFB=0;REVB=0.0361681;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000960181;OID=.;OPOS=15620647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr17 15690793 . T C 592.7 PASS AF=0.449275;AO=62;DP=139;FAO=62;FDP=138;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.0318932;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.226;QD=17.1798;RBI=0.0323453;REFB=-0.00227787;REVB=-0.00538866;RO=75;SAF=23;SAR=39;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00248987;STB=0.506239;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00455563;OID=.;OPOS=15690793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:75:76:62:62:0.449275:39:23:28:47:39:23:29:47 chr17 15690863 . T A 410.55 PASS AF=0.446602;AO=42;DP=99;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0079743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.278;QD=15.9437;RBI=0.0133317;REFB=-0.0258559;REVB=0.0106838;RO=57;SAF=21;SAR=21;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807779;STB=0.54367;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0286539;OID=.;OPOS=15690863;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:57:57:42:46:0.446602:21:21:24:33:23:23:24:33 chr17 15938249 . CAAAC CAAC,CAACA,TCAAC 478.3 PASS AF=0.739583,0,0;AO=23,17,8;DP=97;FAO=71,0,0;FDP=96;FR=.;FRO=25;FSAF=33,0,0;FSAR=38,0,0;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.123699,-0.115295,0.0991571;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=1,2,2;MLLD=11.1839,85.4271,13.2406;QD=19.9291;RBI=0.227294,0.115363,0.131539;REFB=-0.217439,-0.0133807,-0.131083;REVB=0.190686,0.00396853,0.0864306;RO=41;SAF=2,17,8;SAR=21,0,0;SRF=11;SRR=30;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.378383,0.836648,0.773299;STB=0.516992,0.5,0.5;STBP=0.607,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.176235,0,0;OID=.,.,.;OPOS=15938250,15938252,15938249;OREF=A,AC,CA;OALT=-,CA,TC;OMAPALT=CAAC,CAACA,TCAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:97:96:41:25:23,17,8:71,0,0:0.739583,0,0:21,0,0:2,17,8:11:30:38,0,0:33,0,0:10:15 chr17 16068287 . A T 60.95 PASS AF=0.144578;AO=12;DP=85;FAO=12;FDP=83;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=22;FWDB=-0.00639764;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.16;QD=2.93754;RBI=0.0127816;REFB=0.000950258;REVB=0.0110652;RO=68;SAF=6;SAR=6;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224376;STB=0.662408;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00678185;OID=.;OPOS=16068287;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:85:83:68:71:12:12:0.144578:6:6:46:22:6:6:49:22 chr17 16068340 . C T 433.88 PASS AF=0.355263;AO=47;DP=147;FAO=54;FDP=152;FR=.;FRO=98;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=59;FSRR=39;FWDB=-0.0112744;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.084;QD=11.418;RBI=0.0112801;REFB=-0.0163032;REVB=-0.000356301;RO=96;SAF=30;SAR=17;SRF=59;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295191;STB=0.53054;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0237477;OID=.;OPOS=16068340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:152:96:98:47:54:0.355263:17:30:59:37:24:30:59:39 chr17 16068343 . G A 439.59 PASS AF=0.352564;AO=55;DP=154;FAO=55;FDP=156;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=60;FSRR=41;FWDB=-0.0269954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9034;QD=11.2716;RBI=0.0342611;REFB=-0.0182895;REVB=-0.0210966;RO=99;SAF=31;SAR=24;SRF=58;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255367;STB=0.520117;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0227309;OID=.;OPOS=16068343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:99:101:55:55:0.352564:24:31:58:41:24:31:60:41 chr17 16068362 . C T 540.31 PASS AF=0.378698;AO=64;DP=170;FAO=64;FDP=169;FR=.;FRO=105;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=61;FSRR=44;FWDB=-0.00316352;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.937;QD=12.7883;RBI=0.0232269;REFB=-0.00968191;REVB=-0.0230104;RO=105;SAF=32;SAR=32;SRF=61;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889043;STB=0.55028;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0131431;OID=.;OPOS=16068362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:105:105:64:64:0.378698:32:32:61:44:32:32:61:44 chr17 16068377 . C G 574.64 PASS AF=0.375691;AO=67;DP=183;FAO=68;FDP=181;FR=.;FRO=113;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=65;FSRR=48;FWDB=-0.005714;FXX=0.0109284;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.45;QD=12.6992;RBI=0.00936456;REFB=0.00513756;REVB=-0.00741925;RO=107;SAF=32;SAR=35;SRF=61;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100414;STB=0.56503;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00549974;OID=.;OPOS=16068377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:181:107:113:67:68:0.375691:35:32:61:46:36:32:65:48 chr17 16068383 . G A 631.75 PASS AF=0.391304;AO=70;DP=182;FAO=72;FDP=184;FR=.;FRO=112;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=-0.00405704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.662;QD=13.7337;RBI=0.00812137;REFB=-0.00542398;REVB=0.00703542;RO=112;SAF=34;SAR=36;SRF=63;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835452;STB=0.554771;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00826266;OID=.;OPOS=16068383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:112:112:70:72:0.391304:36:34:63:49:38:34:63:49 chr17 16068396 . G A 707.04 PASS AF=0.40625;AO=77;DP=191;FAO=78;FDP=192;FR=.;FRO=114;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=64;FSRR=50;FWDB=-0.00825314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.977;QD=14.73;RBI=0.0166605;REFB=-3.6716e-06;REVB=0.0144726;RO=112;SAF=38;SAR=39;SRF=64;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822764;STB=0.543989;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=1.84393e-05;OID=.;OPOS=16068396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:112:114:77:78:0.40625:39:38:64:48:40:38:64:50 chr17 16068463 . C T 79.15 PASS AF=0.114286;AO=20;DP=175;FAO=20;FDP=175;FR=.;FRO=155;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=66;FSRR=89;FWDB=-0.0230381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.327;QD=1.80906;RBI=0.0230393;REFB=-0.00418014;REVB=-0.000237995;RO=155;SAF=12;SAR=8;SRF=66;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212052;STB=0.650861;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.030531;OID=.;OPOS=16068463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:175:175:155:155:20:20:0.114286:8:12:66:89:8:12:66:89 chr17 16097825 . T G 35.43 PASS AF=0.0808824;AO=11;DP=136;FAO=11;FDP=136;FR=.;FRO=125;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=76;FWDB=-0.0420428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3887;QD=1.04192;RBI=0.0717225;REFB=-0.00178316;REVB=-0.0581079;RO=122;SAF=3;SAR=8;SRF=49;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1582;STB=0.622519;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0143462;OID=.;OPOS=16097825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:136:136:122:125:11:11:0.0808824:8:3:49:73:8:3:49:76 chr17 16097870 . C A 44.02 PASS AF=0.0952381;AO=12;DP=126;FAO=12;FDP=126;FR=.;FRO=114;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=73;FWDB=0.00834766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.077;QD=1.39747;RBI=0.0218906;REFB=-0.00662432;REVB=0.0202365;RO=114;SAF=4;SAR=8;SRF=41;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338824;STB=0.526271;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0553704;OID=.;OPOS=16097870;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:126:126:114:114:12:12:0.0952381:8:4:41:73:8:4:41:73 chr17 16735618 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.759;QD=49.5992;RBI=0.0470422;REFB=0;REVB=0.0384772;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057626;OID=.;OPOS=16735618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr17 16746358 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0879;QD=63.8714;RBI=0.0441253;REFB=0;REVB=0.00895051;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020907;OID=.;OPOS=16746358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr17 16828713 . A T 1606.64 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6424;QD=60.0614;RBI=0.0424852;REFB=0;REVB=0.0257568;RO=0;SAF=38;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43318e-05;OID=.;OPOS=16828713;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:69:38:0:0:69:38:0:0 chr17 16828790 . TG CA 958.4 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764786;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=155.062;QD=58.9784;RBI=0.0795248;REFB=0;REVB=0.0791562;RO=0;SAF=18;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000255522;OID=.;OPOS=16828790;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:47:18:0:0:47:18:0:0 chr17 16836425 . G A 1341.64 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250675;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.777;QD=62.4018;RBI=0.0445607;REFB=0;REVB=0.0368412;RO=0;SAF=32;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01678e-05;OID=.;OPOS=16836425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:85:86:1:53:32:0:0:54:32:0:0 chr17 16842912 . A G 857.03 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.418;QD=57.1351;RBI=0.0487221;REFB=0;REVB=0.0429751;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414289;OID=.;OPOS=16842912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:24:34:0:0:26:34:0:0 chr17 16842991 . G A 1110.96 PASS AF=0.906977;AO=78;DP=86;FAO=78;FDP=86;FR=.;FRO=8;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00130054;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.62;QD=51.6723;RBI=0.00629176;REFB=-0.0334224;REVB=-0.00615587;RO=8;SAF=40;SAR=38;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197047;STB=0.510445;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000609335;OID=.;OPOS=16842991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:86:8:8:78:78:0.906977:38:40:5:3:38:40:5:3 chr17 16855878 . C T 587.25 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.101779;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.7404;QD=55.9285;RBI=0.103611;REFB=-0.153436;REVB=-0.0193982;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228628;STB=0.511106;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00558345;OID=.;OPOS=16855878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:42:1:1:39:41:0.97619:19:20:1:0:19:22:1:0 chr17 16892265 . G A 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0733793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.345;QD=10.1073;RBI=0.0827735;REFB=0.000734881;REVB=0.0383004;RO=42;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161281;STB=0.594505;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00249062;OID=.;OPOS=16892265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:9:12:18:24:9:12:18:24 chr17 16946210 . C T 498.73 PASS AF=0.426357;AO=53;DP=127;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.00058927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.503;QD=15.4644;RBI=0.000589271;REFB=0.00115145;REVB=1.25736e-06;RO=73;SAF=24;SAR=29;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139807;STB=0.582579;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00157682;OID=.;OPOS=16946210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:73:74:53:55:0.426357:29:24:43:30:31:24:43:31 chr17 16960978 . G A 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=30;FWDB=-0.0487475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.442;QD=6.90619;RBI=0.0489282;REFB=-0.00259673;REVB=0.0042007;RO=35;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336255;STB=0.701145;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.020102;OID=.;OPOS=16960978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:7:4:5:30:7:4:5:30 chr17 17000077 . T C 212.75 PASS AF=0.355263;AO=23;DP=73;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0269534;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.655;QD=11.1973;RBI=0.0271823;REFB=-0.017521;REVB=0.00352017;RO=50;SAF=8;SAR=15;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891332;STB=0.523792;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0396492;OID=.;OPOS=17000077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:50:49:23:27:0.355263:15:8:21:29:15:12:20:29 chr17 17039561 . CCAGCAG C,CCAG 304.45 PASS AF=0.347826,0.652174;AO=5,10;DP=25;FAO=8,15;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6,11;FSAR=2,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172958,0.0491105;FXX=0.148093;HRUN=2,1;LEN=6,3;MLLD=127.882,78.9497;QD=52.9481;RBI=0.0220809,0.0824868;REFB=0,0;REVB=0.0137267,0.0662738;RO=0;SAF=4,10;SAR=1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.250253,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0643541,0.0239824;OID=.,.;OPOS=17039562,17039562;OREF=CAGCAG,CAG;OALT=-,-;OMAPALT=C,CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.347826,0.652174:5,10:25:8,15:23:0:6,11:2,4:0:0:58:0:4,10:1,0:0:0 chr17 17046024 . C A 178.71 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0369254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4762;QD=22.3388;RBI=0.037462;REFB=-0.0103619;REVB=0.00631795;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125302;STB=0.507034;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0137343;OID=.;OPOS=17046024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:6:8:10:8:6:8 chr17 17062241 . C G 1671.23 PASS AF=0.51735;AO=165;DP=319;FAO=164;FDP=317;FR=.;FRO=153;FSAF=98;FSAR=66;FSRF=65;FSRR=88;FWDB=-0.00774973;FXX=0.0062694;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.868;QD=21.088;RBI=0.0124696;REFB=-0.0170129;REVB=-0.0097689;RO=151;SAF=99;SAR=66;SRF=64;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155078;STB=0.58382;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0133735;OID=.;OPOS=17062241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:317:151:153:165:164:0.51735:66:99:64:87:66:98:65:88 chr17 17069105 . G A 298.67 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.025768;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.87;QD=29.1383;RBI=0.0274254;REFB=-0.0244706;REVB=0.00938949;RO=16;SAF=10;SAR=16;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381501;STB=0.531226;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0192609;OID=.;OPOS=17069105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:16:15:26:26:0.634146:16:10:7:9:16:10:7:8 chr17 17080575 . C T 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0108281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.618;QD=23.9649;RBI=0.0154553;REFB=-0.0120636;REVB=0.0110282;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159983;STB=0.588791;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00743632;OID=.;OPOS=17080575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:11:12:13:5:11:12:13:5 chr17 17168164 . G A 194.92 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00719355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.235;QD=17.3266;RBI=0.0101633;REFB=-0.0191569;REVB=-0.00717954;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798477;STB=0.555501;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0221618;OID=.;OPOS=17168164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:10:10:14:10:10:10:15:10 chr17 17179481 . G A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0974338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.958;QD=12.6371;RBI=0.101004;REFB=-0.000966083;REVB=-0.0266157;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089691;STB=0.552409;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-3.8328e-05;OID=.;OPOS=17179481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:9:4:5:16:9:4:5:16 chr17 17183974 . A C 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0179075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.881;QD=13.7844;RBI=0.0259129;REFB=-0.0386747;REVB=0.0187296;RO=33;SAF=6;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339676;STB=0.695404;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0424938;OID=.;OPOS=17183974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:17:6:19:14:17:6:19:14 chr17 17250159 . C T 194.33 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.013065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.945;QD=24.2917;RBI=0.0135599;REFB=-0.0135665;REVB=0.00363008;RO=13;SAF=12;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287251;STB=0.660029;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00843482;OID=.;OPOS=17250159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:7:12:3:10:7:12:3:10 chr17 17250189 . GC G 35.45 PASS AF=0.411765;AO=12;DP=35;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.174185;FXX=0.0285633;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.27898;QD=4.17107;RBI=0.21681;REFB=-0.103321;REVB=-0.129096;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310145;STB=0.627922;STBP=0.244;TYPE=del;VARB=0.134929;OID=.;OPOS=17250190;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:12:35:14:34:20:6:8:13:7:35:17:4:8:11:6 chr17 17363784 . A C 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.00236529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.948;QD=20.2683;RBI=0.0113074;REFB=-0.0147089;REVB=0.0110572;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189913;STB=0.605969;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0177001;OID=.;OPOS=17363784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:8:13:17:4:8:13:17:4 chr17 17394611 . G A 518.35 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00080382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.019;QD=22.7846;RBI=0.0203522;REFB=-0.0235267;REVB=0.0203363;RO=42;SAF=32;SAR=17;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134848;STB=0.574367;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0244379;OID=.;OPOS=17394611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:17:32:21:21:17:32:21:21 chr17 17397818 . G C 477.77 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00511198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.008;QD=22.2216;RBI=0.0111343;REFB=-0.0374872;REVB=-0.00989138;RO=40;SAF=24;SAR=22;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183589;STB=0.510117;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.034566;OID=.;OPOS=17397818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:22:24:20:20:22:24:20:20 chr17 17397982 . T C 1812.2 PASS AF=0.946154;AO=123;DP=129;FAO=123;FDP=130;FR=.;FRO=7;FSAF=73;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0649164;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.3264;QD=55.7601;RBI=0.0649206;REFB=-0.102383;REVB=-0.000742137;RO=6;SAF=73;SAR=50;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387148;STB=0.517061;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00156673;OID=.;OPOS=17397982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:129:130:6:7:123:123:0.946154:50:73:1:5:50:73:2:5 chr17 17682484 . G A 613.32 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.07;QD=61.3318;RBI=0.0339277;REFB=0;REVB=-0.0072213;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.61509e-05;OID=.;OPOS=17682484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:26:13:0:0:27:13:0:0 chr17 17696531 . G C 689.35 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4087;QD=62.6682;RBI=0.0275665;REFB=0;REVB=-0.00668695;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198714;OID=.;OPOS=17696531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:25:19:0:0 chr17 17696755 . C A 1126.9 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0408096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.574;QD=57.7899;RBI=0.0485664;REFB=-0.15657;REVB=-0.0263299;RO=2;SAF=28;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326006;STB=0.517237;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000978755;OID=.;OPOS=17696755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:78:2:2:76:76:0.974359:48:28:2:0:48:28:2:0 chr17 17715101 . G A 964.7 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00955934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.449;QD=55.9248;RBI=0.0138018;REFB=-0.0891365;REVB=0.00995529;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119641;STB=0.512496;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000643396;OID=.;OPOS=17715101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:1:2:67:67:0.971014:39:28:0:1:39:28:0:2 chr17 17896089 . TC T,TT 756.49 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=50,5;DP=57;FAO=56,2;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=51,2;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.122778,0.140355;FXX=0.0169463;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.3336,5.20778;QD=52.1714;RBI=0.170444,0.549872;REFB=0,0;REVB=-0.118222,-0.531657;RO=0;SAF=50,1;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0016228,0.00100053;OID=.,.;OPOS=17896090,17896090;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.965517,0.0344828:50,5:57:56,2:58:0:51,2:5,0:0:0:6:0:50,1:0,4:0:0 chr17 17896205 . C T 1142.76 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0637811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.69;QD=58.6033;RBI=0.0705999;REFB=-0.125253;REVB=0.0302707;RO=1;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101772;STB=0.508195;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00120281;OID=.;OPOS=17896205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:76:77:0.987179:46:30:0:1:47:30:1:0 chr17 18003671 . T G 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.77;QD=58.2429;RBI=0.0228732;REFB=-0.0981461;REVB=0.0202899;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253303;STB=0.513507;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00285773;OID=.;OPOS=18003671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:18:21:0:1:18:21:0:1 chr17 18023897 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00578974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.006;QD=23.2181;RBI=0.120814;REFB=0.0115617;REVB=0.120675;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0034948;OID=.;OPOS=18023897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr17 18041507 . C T 481.71 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0270036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8223;QD=23.2151;RBI=0.0427148;REFB=0.00259267;REVB=0.0330962;RO=37;SAF=28;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571578;STB=0.53144;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.00265403;OID=.;OPOS=18041507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:18:28:20:17:18:28:20:17 chr17 18046898 . T C 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.00387042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8639;QD=21.9441;RBI=0.0716485;REFB=-0.0346561;REVB=-0.0715439;RO=12;SAF=15;SAR=1;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628826;STB=0.535666;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0269867;OID=.;OPOS=18046898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:1:15:11:1:1:15:11:1 chr17 18047189 . G A 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00287464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.951;QD=13.0147;RBI=0.00287648;REFB=-0.0148168;REVB=-0.000102892;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0248263;OID=.;OPOS=18047189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:10:10:16:16:10:10:16:16 chr17 18052867 . T C 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0734848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6371;QD=62.0183;RBI=0.14789;REFB=0;REVB=0.128342;RO=0;SAF=39;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686674;OID=.;OPOS=18052867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:3:39:0:0:3:39:0:0 chr17 18060366 . G C 213.42 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0367944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4826;QD=28.4561;RBI=0.0424344;REFB=-0.00990302;REVB=0.0211389;RO=9;SAF=14;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220376;STB=0.640699;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0113343;OID=.;OPOS=18060366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:9:10:20:20:0.666667:6:14:3:6:6:14:3:7 chr17 18137141 . A G 2676.27 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.454;QD=62.2388;RBI=0.0419423;REFB=0;REVB=0.0188868;RO=0;SAF=94;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81573e-05;OID=.;OPOS=18137141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:172:0:0:171:172:1:77:94:0:0:77:95:0:0 chr17 18148049 . CA CG,GG 92.28 PASS AF=0.545455,0.454545;AO=6,4;DP=11;FAO=6,5;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6,4;FSAR=0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396232,0.0286826;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=39.9046,266.971;QD=33.5559;RBI=0.113098,0.0286826;REFB=0.0105952,0;REVB=0.10593,0;RO=1;SAF=6,4;SAR=0,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.782178,0.749895;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0318693,0.0401169;OID=.,.;OPOS=18148050,18148049;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:11:11:1:0:6,4:6,5:0.545455,0.454545:0,0:6,4:0:1:0,1:6,4:0:0 chr17 18167505 . T C 255.49 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0154308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.796;QD=17.9291;RBI=0.01894;REFB=-0.0382203;REVB=0.0109823;RO=29;SAF=19;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217895;STB=0.622452;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0470396;OID=.;OPOS=18167505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:9:19:13:16:9:19:13:16 chr17 18193941 . G A 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0125809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.42;QD=5.57561;RBI=0.012985;REFB=-0.00263521;REVB=-0.00321418;RO=24;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528924;STB=0.848038;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00432545;OID=.;OPOS=18193941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:6:1:14:10:6:1:14:10 chr17 18205750 . TGGAGAGTGAA T 85.23 PASS AF=0.578947;AO=9;DP=15;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0325507;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=10;MLLD=292.656;QD=17.9437;RBI=0.0354977;REFB=-0.0289656;REVB=0.0141611;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300734;STB=0.559889;STBP=0.597;TYPE=del;VARB=0.0233418;OID=.;OPOS=18205751;OREF=GGAGAGTGAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947:9:15:11:19:8:7:4:4:4:59:4:5:4:2:2 chr17 18220770 . G A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0319619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1972;QD=11.1311;RBI=0.0679442;REFB=0.0195245;REVB=-0.0599571;RO=17;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208773;STB=0.627169;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0346622;OID=.;OPOS=18220770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:8:2:6:11:8:2:6:11 chr17 18221134 . C T 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00231151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.02;QD=14.3998;RBI=0.00249273;REFB=-0.011219;REVB=0.000933066;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730532;STB=0.541633;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.018419;OID=.;OPOS=18221134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:15:10:16:18:15:10:16:18 chr17 18226177 . G T 178.82 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0225297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.763;QD=23.074;RBI=0.0226763;REFB=-0.0301101;REVB=-0.00257422;RO=13;SAF=4;SAR=13;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00485436;STB=0.505149;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0211049;OID=.;OPOS=18226177;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:13:17:18:0.580645:13:4:3:10:14:4:3:10 chr17 18230380 . T C 305.38 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00811648;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.398;QD=17.4504;RBI=0.0136487;REFB=-0.0246333;REVB=0.0109731;RO=36;SAF=14;SAR=19;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198247;STB=0.603372;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0223015;OID=.;OPOS=18230380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:37:33:33:0.471429:19:14:23:13:19:14:23:14 chr17 18232096 . G A 802.53 PASS AF=0.555556;AO=73;DP=134;FAO=75;FDP=135;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00766593;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.64;QD=23.7787;RBI=0.0130815;REFB=-0.0289676;REVB=-0.0105999;RO=61;SAF=41;SAR=32;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448536;STB=0.525539;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0233935;OID=.;OPOS=18232096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:61:60:73:75:0.555556:32:41:31:30:32:43:31:29 chr17 18284262 . G A 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00577101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.668;QD=25.3676;RBI=0.023009;REFB=-0.0128446;REVB=0.0222735;RO=14;SAF=16;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457848;STB=0.525522;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00688541;OID=.;OPOS=18284262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:5:16:10:4:5:16:10:4 chr17 18291544 . A G 214.16 PASS AF=0.282828;AO=28;DP=98;FAO=28;FDP=99;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0329654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.534;QD=8.65303;RBI=0.0362197;REFB=-0.00613874;REVB=-0.0150048;RO=70;SAF=10;SAR=18;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072761;STB=0.539142;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0218172;OID=.;OPOS=18291544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:70:71:28:28:0.282828:18:10:29:41:18:10:29:42 chr17 18291559 . T C 248.08 PASS AF=0.314286;AO=33;DP=104;FAO=33;FDP=105;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.00619328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.544;QD=9.45051;RBI=0.0170101;REFB=-0.0500503;REVB=0.0158425;RO=71;SAF=12;SAR=21;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725017;STB=0.538438;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0758648;OID=.;OPOS=18291559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:71:72:33:33:0.314286:21:12:30:41:21:12:30:42 chr17 18380154 . A G 231.17 PASS AF=0.300971;AO=31;DP=103;FAO=31;FDP=103;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=23;FWDB=-0.0166587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.009;QD=8.97756;RBI=0.0315372;REFB=-0.0150909;REVB=-0.0267784;RO=72;SAF=17;SAR=14;SRF=49;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162668;STB=0.594919;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0402712;OID=.;OPOS=18380154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:72:72:31:31:0.300971:14:17:49:23:14:17:49:23 chr17 18528623 . A G 944.16 PASS AF=0.943662;AO=68;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0618138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9165;QD=53.192;RBI=0.0779641;REFB=0.00905635;REVB=-0.0475126;RO=3;SAF=43;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318384;STB=0.522721;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00163574;OID=.;OPOS=18528623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:3:4:68:67:0.943662:25:43:3:0:25:42:4:0 chr17 18542519 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.751;QD=42.1821;RBI=0.0669472;REFB=0;REVB=0.0627874;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159214;OID=.;OPOS=18542519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr17 18631073 . T G,TG 50.91 PASS AF=0,0.22449;AO=3,8;DP=49;FAO=0,11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=0,2;FSAR=0,9;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.000235636,-0.0378442;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=178.36,52.596;QD=4.1558;RBI=0.00450496,0.061971;REFB=-0.0112667,-0.015287;REVB=-0.00449879,-0.0490736;RO=37;SAF=0,2;SAR=3,6;SRF=14;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.469383,-0.17877;STB=0.5,0.685333;STBP=1,0.214;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.194346;OID=.,.;OPOS=18631073,18631074;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:49:49:37:38:3,8:0,11:0,0.22449:3,6:0,2:14:23:0,9:0,2:14:24 chr17 18684642 . G T 37.74 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00124737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.984;QD=9.43408;RBI=0.0403197;REFB=-0.0157922;REVB=-0.0403004;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383856;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.125049;OID=.;OPOS=18684642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:7:3:2:4:7:3 chr17 18694277 . G A 104.2 PASS AF=0.207317;AO=17;DP=82;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0292727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.538;QD=5.08292;RBI=0.0297447;REFB=-0.00715934;REVB=-0.00527822;RO=65;SAF=5;SAR=12;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291298;STB=0.684991;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0314468;OID=.;OPOS=18694277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:65:65:17:17:0.207317:12:5:34:31:12:5:34:31 chr17 18702220 . T C 718.2 PASS AF=0.433333;AO=78;DP=178;FAO=78;FDP=180;FR=.;FRO=102;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=60;FWDB=0.0300203;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.9684;QD=15.9599;RBI=0.0544369;REFB=0.00876202;REVB=0.0454109;RO=100;SAF=40;SAR=38;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103557;STB=0.55712;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0109661;OID=.;OPOS=18702220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:100:102:78:78:0.433333:38:40:41:59:38:40:42:60 chr17 18775900 . A G 234.97 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00773887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1177;QD=15.4079;RBI=0.00813025;REFB=-0.0175161;REVB=0.00249217;RO=34;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215281;STB=0.621861;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0200492;OID=.;OPOS=18775900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:17:10:20:14:17:10:20:14 chr17 18855611 . T C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.026909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.45;QD=9.44433;RBI=0.0648131;REFB=-0.00189965;REVB=-0.0589631;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195996;STB=0.62453;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00233023;OID=.;OPOS=18855611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:3:7:5:1:3:7 chr17 18874685 . C CGGT,T 161.81 PASS AF=0.27451,0.117647;AO=13,6;DP=51;FAO=14,6;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11,5;FSAR=3,1;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.00389222,-0.00605585;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=223.742,99.1495;QD=12.6911;RBI=0.0300037,0.0134334;REFB=-0.00300548,0.00180251;REVB=-0.0297502,-0.011991;RO=29;SAF=11,5;SAR=2,1;SRF=24;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0392123,0.012102;STB=0.521709,0.538327;STBP=0.898,0.911;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00579046,-0.0131343;OID=.,.;OPOS=18874686,18874685;OREF=-,C;OALT=GGT,T;OMAPALT=CGGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:31:13,6:14,6:0.27451,0.117647:2,1:11,5:24:5:3,1:11,5:25:6 chr17 18874720 . C G 272.27 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=5;FWDB=-0.0482156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4143;QD=17.2869;RBI=0.0633868;REFB=-0.0237615;REVB=0.0411478;RO=32;SAF=23;SAR=7;SRF=27;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106309;STB=0.563942;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0191333;OID=.;OPOS=18874720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:7:23:27:5:7:23:28:5 chr17 18880268 . C A 286.1 PASS AF=0.557692;AO=27;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0305653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.433;QD=22.0074;RBI=0.0355524;REFB=-0.0340132;REVB=0.0181587;RO=23;SAF=20;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277906;STB=0.619633;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0497368;OID=.;OPOS=18880268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:23:27:29:0.557692:7:20:10:13:9:20:10:13 chr17 18907029 . A G 638.37 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00647104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.932;QD=59.383;RBI=0.0082139;REFB=-0.0831962;REVB=-0.00505903;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000446673;OID=.;OPOS=18907029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:0:1:41:42:0.976744:19:22:0:0:19:23:1:0 chr17 18918396 . G C 213.98 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0144946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4284;QD=20.8759;RBI=0.0741075;REFB=-0.00678944;REVB=0.0726761;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263761;STB=0.655827;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00771402;OID=.;OPOS=18918396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:11:10:15:4:11:10:16:4 chr17 18923180 . C T 334.69 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0299168;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.967;QD=14.0923;RBI=0.0305005;REFB=-0.0193397;REVB=-0.00593867;RO=58;SAF=26;SAR=11;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195252;STB=0.611702;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0311243;OID=.;OPOS=18923180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:11:26:31:27:11:26:31:27 chr17 19216917 . T C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0263373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5457;QD=18.7467;RBI=0.0461096;REFB=-0.0454246;REVB=-0.0378477;RO=3;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168825;STB=0.691659;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0242929;OID=.;OPOS=19216917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:3:4:7:7:0.636364:6:1:1:2:6:1:2:2 chr17 19232078 . T C 405.21 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0267229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6327;QD=13.9726;RBI=0.0529889;REFB=-0.00816501;REVB=-0.0457571;RO=68;SAF=28;SAR=19;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191962;STB=0.603978;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00757988;OID=.;OPOS=19232078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:68:69:47:47:0.405172:19:28:28:40:19:28:29:40 chr17 19238310 . G A 370.53 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00502718;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.516;QD=19.2481;RBI=0.0225562;REFB=0.000709163;REVB=0.0219888;RO=39;SAF=22;SAR=16;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843078;STB=0.546936;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.000173083;OID=.;OPOS=19238310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:39:39:38:38:0.493506:16:22:19:20:16:22:19:20 chr17 19319374 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.666;QD=40.7624;RBI=0.0246298;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309477;OID=.;OPOS=19319374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr17 19355571 . G A 398.08 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00138194;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.309;QD=56.8683;RBI=0.0106082;REFB=0;REVB=0.0105178;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759515;OID=.;OPOS=19355571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr17 19454725 . G C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.965;QD=63.8719;RBI=0.0128407;REFB=0;REVB=-0.00184716;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.18876e-05;OID=.;OPOS=19454725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr17 19454733 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.734;QD=64.1533;RBI=0.0324673;REFB=0;REVB=0.0227363;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31792e-05;OID=.;OPOS=19454733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr17 19460972 . G A 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00920602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.172;QD=17.5012;RBI=0.00928531;REFB=-0.0129396;REVB=-0.00121089;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988874;STB=0.555513;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0108124;OID=.;OPOS=19460972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:13:13:17:11:13:13:17:11 chr17 19578873 . A T 1153.6 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.187;QD=60.7158;RBI=0.0350524;REFB=0;REVB=-0.034631;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103834;OID=.;OPOS=19578873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:38:37:0:0:38:38:0:0 chr17 19608773 . G A 491.0 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0469756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.178;QD=22.3184;RBI=0.0566292;REFB=-0.0262978;REVB=0.0316254;RO=40;SAF=28;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102303;STB=0.562443;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0284472;OID=.;OPOS=19608773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:40:41:47:47:0.534091:19:28:19:21:19:28:19:22 chr17 19618108 . G A 65.44 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.00123101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.136;QD=10.906;RBI=0.0189987;REFB=-0.00152931;REVB=0.0189587;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288614;STB=0.666387;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00240891;OID=.;OPOS=19618108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:2:7:14:1:2:7:14:1 chr17 19618447 . C T 331.9 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0392205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.705;QD=16.1902;RBI=0.0462866;REFB=-0.00278805;REVB=0.0245805;RO=46;SAF=12;SAR=24;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108737;STB=0.561368;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00328809;OID=.;OPOS=19618447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:24:12:20:26:24:12:20:26 chr17 19641744 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0196773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.563;QD=22.1441;RBI=0.0348225;REFB=-0.0159643;REVB=0.02873;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148243;STB=0.583573;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0132921;OID=.;OPOS=19641744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:11:6:7:6:11:6:7:6 chr17 19643672 . C T 281.36 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0098271;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.222;QD=19.4039;RBI=0.0220739;REFB=-0.013845;REVB=0.0197658;RO=27;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390347;STB=0.514276;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.010921;OID=.;OPOS=19643672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:28:30:30:0.517241:12:18:15:12:12:18:16:12 chr17 19645938 . A C 716.84 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267566;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.141;QD=57.3468;RBI=0.0305258;REFB=0;REVB=-0.0146939;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224885;OID=.;OPOS=19645938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr17 19645986 . C A 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.039532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4576;QD=16.4798;RBI=0.0696855;REFB=0.0254329;REVB=0.0573872;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743284;STB=0.542668;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0289367;OID=.;OPOS=19645986;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:12:7:11:14:12:7:11:14 chr17 19646005 . A G 182.55 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0242732;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.101;QD=16.5958;RBI=0.0246445;REFB=-0.0136811;REVB=0.00426163;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132079;STB=0.588141;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0194304;OID=.;OPOS=19646005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:12:7:12:12:12:7:13:12 chr17 19646136 . C T 73.84 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0099427;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.737;QD=8.9504;RBI=0.0492556;REFB=-0.00956408;REVB=-0.0482416;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257359;STB=0.660047;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.033523;OID=.;OPOS=19646136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:33:33:21:23:10:10:0.30303:3:7:10:11:3:7:11:12 chr17 19646521 . T C 867.22 PASS AF=0.445498;AO=94;DP=211;FAO=94;FDP=211;FR=.;FRO=117;FSAF=33;FSAR=61;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=-0.0497793;FXX=0.00471676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0105;QD=16.4403;RBI=0.0565937;REFB=-0.0164245;REVB=-0.0269233;RO=116;SAF=33;SAR=61;SRF=57;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145491;STB=0.574177;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0301161;OID=.;OPOS=19646521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:116:117:94:94:0.445498:61:33:57:59:61:33:56:61 chr17 19651611 . C T 298.52 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00315062;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.017;QD=18.3706;RBI=0.00727819;REFB=-0.0055247;REVB=-0.00656092;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179268;STB=0.599938;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00819242;OID=.;OPOS=19651611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:33:33:32:32:0.492308:18:14:21:12:18:14:21:12 chr17 19678475 . G A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00813863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.187;QD=11.1312;RBI=0.0156319;REFB=-0.0176261;REVB=-0.0133462;RO=17;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466808;STB=0.790488;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0335818;OID=.;OPOS=19678475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:1:9:10:7:1:9:10:7 chr17 19679067 . T C 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00379816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.841;QD=11.1311;RBI=0.0247756;REFB=-0.0123786;REVB=-0.0244828;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030867;STB=0.518482;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0278017;OID=.;OPOS=19679067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:8:9:5:5:8:9 chr17 19702892 . CA AC 40.29 PASS AF=0.833333;AO=2;DP=18;FAO=5;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-1.23734e-06;FXX=0.3996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=19.5728;QD=26.862;RBI=0.0556096;REFB=0.144911;REVB=-0.0556096;RO=12;SAF=0;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.593836;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.009941;OID=.;OPOS=19702892;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:6:12:1:2:5:0.833333:2:0:7:5:5:0:0:1 chr17 19713740 . C T 623.23 PASS AF=0.504;AO=62;DP=124;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.0470847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3847;QD=19.9434;RBI=0.0517327;REFB=0.00466772;REVB=-0.0214314;RO=61;SAF=36;SAR=26;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00633752;STB=0.5034;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00235274;OID=.;OPOS=19713740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:61:62:62:63:0.504:26:36:35:26:26:37:36:26 chr17 19750168 . A G 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00556017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.805;QD=12.4555;RBI=0.029961;REFB=-0.00988885;REVB=-0.0294405;RO=34;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122979;STB=0.571359;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0143484;OID=.;OPOS=19750168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:14:7:15:19:14:7:15:19 chr17 19764178 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0187069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.239;QD=12.0156;RBI=0.0265144;REFB=-0.000196609;REVB=-0.01879;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160904;STB=0.599629;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.000136973;OID=.;OPOS=19764178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:5:2:1:5:5:2 chr17 20107773 . T C 1175.87 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0452257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1552;QD=59.5378;RBI=0.0461288;REFB=-0.0961964;REVB=-0.00908295;RO=1;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114055;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000956672;OID=.;OPOS=20107773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:41:37:0:1:41:37:0:1 chr17 20108239 . A T 444.27 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.45;QD=57.3255;RBI=0.0357316;REFB=0;REVB=0.0190343;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254834;OID=.;OPOS=20108239;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:21:9:0:0:22:9:0:0 chr17 20109189 . C T 769.19 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3961;QD=56.9773;RBI=0.0169868;REFB=0;REVB=0.0115326;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04576e-05;OID=.;OPOS=20109189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr17 20163529 . A G 773.73 PASS AF=1;AO=39;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.245768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.558;QD=63.1613;RBI=0.246117;REFB=0;REVB=0.0131106;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140642;OID=.;OPOS=20163529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:39:49:1:26:13:0:0:26:23:0:0 chr17 20244264 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00649381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.811;QD=45.8062;RBI=0.0333259;REFB=0;REVB=0.032687;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212481;OID=.;OPOS=20244264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr17 20268754 . A G 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.035835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1401;QD=28.5358;RBI=0.037186;REFB=-0.0119041;REVB=-0.0099326;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00120829;OID=.;OPOS=20268754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:1:0:2:5:1:0 chr17 20370735 . T C,G 234.05 PASS AF=0.842105,0.157895;AO=16,3;DP=19;FAO=16,3;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6,3;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352712,0.0304712;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.521,71.9362;QD=49.2745;RBI=0.0602914,0.0468095;REFB=0,0;REVB=-0.0488978,-0.0355336;RO=0;SAF=6,3;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00101601,0.00431709;OID=.,.;OPOS=20370735,20370735;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:19:19:0:0:16,3:16,3:0.842105,0.157895:10,0:6,3:0:0:10,0:6,3:0:0 chr17 20370767 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00739025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.234;QD=49.5992;RBI=0.00762634;REFB=0;REVB=0.00188291;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60147e-05;OID=.;OPOS=20370767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr17 20370806 . G A 191.21 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7792;QD=47.8027;RBI=0.159952;REFB=0;REVB=0.107131;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00424537;OID=.;OPOS=20370806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr17 20769862 . T A 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.00429094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.614;QD=10.1572;RBI=0.0377758;REFB=-0.00620505;REVB=-0.0375313;RO=30;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442285;STB=0.747463;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0171709;OID=.;OPOS=20769862;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:14:14:0.311111:5:9:7:23:5:9:8:23 chr17 20769866 . G A 58.35 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00887057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0446;QD=4.7632;RBI=0.0258392;REFB=0.00393408;REVB=0.0242689;RO=40;SAF=7;SAR=2;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495846;STB=0.822877;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0375116;OID=.;OPOS=20769866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:2:7:14:26:2:7:14:26 chr17 20769896 . G T 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00052434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.471;QD=10.7925;RBI=0.020244;REFB=-0.0186347;REVB=-0.0202372;RO=34;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341801;STB=0.707096;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.013329;OID=.;OPOS=20769896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:35:18:18:0.339623:6:12:12:22:6:12:12:23 chr17 20769899 . G T 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00966004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.011;QD=11.617;RBI=0.0123447;REFB=0.000801823;REVB=-0.0076861;RO=34;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29987;STB=0.674241;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00147654;OID=.;OPOS=20769899;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:7:12:12:22:7:12:12:22 chr17 20769904 . G A 150.99 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00676849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9695;QD=11.1846;RBI=0.00778458;REFB=-0.0036037;REVB=-0.00384542;RO=35;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283431;STB=0.665222;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00611854;OID=.;OPOS=20769904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:7:12:13:22:7:12:13:22 chr17 20769954 . T G 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0276161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.519;QD=17.5879;RBI=0.0280823;REFB=-0.017091;REVB=-0.00509552;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197112;STB=0.511226;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0251928;OID=.;OPOS=20769954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:13:9:12:16:13:9:12:16 chr17 20769964 . C A 181.26 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0641755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0805;QD=16.4779;RBI=0.0643963;REFB=0.028872;REVB=-0.00532815;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592025;STB=0.533945;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0357711;OID=.;OPOS=20769964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:12:13:11:8:12:13 chr17 20769968 . G A 181.97 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00926953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.453;QD=16.927;RBI=0.00971714;REFB=-0.031874;REVB=-0.00291522;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777901;STB=0.544507;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0157768;OID=.;OPOS=20769968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:11:8:12:12:11:8:12:12 chr17 20769995 . C T 108.25 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0877738;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3037;QD=12.3713;RBI=0.0944898;REFB=-0.000506816;REVB=0.034987;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211998;STB=0.627703;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00744501;OID=.;OPOS=20769995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:23:22:12:13:0.371429:8:4:12:11:9:4:11:11 chr17 20770002 . CC AG 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00397583;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=236.929;QD=13.5054;RBI=0.0117349;REFB=-0.00331159;REVB=0.0110409;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201953;STB=0.618844;STBP=0.331;TYPE=mnp;VARB=0.0056605;OID=.;OPOS=20770002;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:9:8:8:4:9:8 chr17 20796694 . A G 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.02879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.562;QD=14.5325;RBI=0.0300436;REFB=-0.0155739;REVB=-0.00858819;RO=39;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135327;STB=0.515598;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0192238;OID=.;OPOS=20796694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:16:13:18:21:16:13:19:21 chr17 20798992 . C T 311.02 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.00979928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.322;QD=13.9782;RBI=0.0102716;REFB=-0.0039866;REVB=0.00307891;RO=54;SAF=16;SAR=19;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20185;STB=0.614395;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00631085;OID=.;OPOS=20798992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:19:16:35:19:19:16:35:19 chr17 20799119 . A G 235.28 PASS AF=0.301887;AO=28;DP=102;FAO=32;FDP=106;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.015522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.206;QD=8.87852;RBI=0.0157046;REFB=-0.0235919;REVB=-0.00238781;RO=74;SAF=15;SAR=13;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893276;STB=0.554198;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0549393;OID=.;OPOS=20799119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:106:74:74:28:32:0.301887:13:15:45:29:15:17:45:29 chr17 20903068 . C A 360.55 PASS AF=0.632653;AO=29;DP=48;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0183792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2862;QD=29.4323;RBI=0.0183847;REFB=-0.0471398;REVB=0.000451415;RO=18;SAF=8;SAR=21;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216255;STB=0.607485;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0108796;OID=.;OPOS=20903068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:18:18:29:31:0.632653:21:8:10:8:22:9:10:8 chr17 20903080 . C A 353.57 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00679311;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.819;QD=28.863;RBI=0.00879947;REFB=-0.00236366;REVB=-0.00559324;RO=20;SAF=8;SAR=22;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193708;STB=0.614825;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00241813;OID=.;OPOS=20903080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:20:19:30:30:0.612245:22:8:10:10:22:8:10:9 chr17 20924523 . G A 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0187183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.882;QD=27.2322;RBI=0.0237529;REFB=-0.0349094;REVB=-0.0146227;RO=15;SAF=10;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107564;STB=0.511269;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0255685;OID=.;OPOS=20924523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:17:26:26:0.604651:16:10:6:9:16:10:7:10 chr17 21117589 . C A 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0753316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2586;QD=20.2094;RBI=0.07839;REFB=-0.0121131;REVB=0.0216825;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294478;STB=0.516753;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0107732;OID=.;OPOS=21117589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:5:5:6:7:5:5 chr17 21132915 . C T 66.0 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0565348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.585;QD=11.4777;RBI=0.0593117;REFB=-0.0187422;REVB=0.0179358;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746008;STB=0.576753;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0252589;OID=.;OPOS=21132915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:14:14:8:9:0.391304:4:4:6:8:4:5:6:8 chr17 21144074 . G A 489.57 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.00902392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.786;QD=17.0285;RBI=0.00904885;REFB=0.00103155;REVB=0.000671197;RO=61;SAF=33;SAR=20;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19033;STB=0.610262;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00146065;OID=.;OPOS=21144074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:62:53:53:0.46087:20:33:26:35:20:33:26:36 chr17 21144155 . C G 107.15 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0164276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.226;QD=12.9882;RBI=0.0251057;REFB=-0.0055235;REVB=-0.0189849;RO=18;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321688;STB=0.67316;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0121036;OID=.;OPOS=21144155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:20:13:13:0.393939:11:2:7:11:11:2:7:13 chr17 21144352 . G A 128.08 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0115011;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.827;QD=10.9006;RBI=0.0148912;REFB=-0.0129491;REVB=-0.00945896;RO=31;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132271;STB=0.568873;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0266641;OID=.;OPOS=21144352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:31:32:15:15:0.319149:9:6:16:15:9:6:16:16 chr17 21194769 . C T 81.02 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0154654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2334;QD=6.11439;RBI=0.0164304;REFB=-0.0127727;REVB=-0.00554785;RO=41;SAF=6;SAR=6;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196029;STB=0.622449;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0457119;OID=.;OPOS=21194769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:53:53:41:41:12:12:0.226415:6:6:27:14:6:6:27:14 chr17 21194771 . A T 81.58 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00933658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3776;QD=6.04288;RBI=0.0463123;REFB=-0.00247456;REVB=-0.0453614;RO=42;SAF=6;SAR=6;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206919;STB=0.629428;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0074961;OID=.;OPOS=21194771;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:42:42:12:12:0.222222:6:6:28:14:6:6:28:14 chr17 21194785 . T C 87.37 PASS AF=0.24;AO=11;DP=49;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00119495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.028;QD=6.98988;RBI=0.0251208;REFB=0.000111614;REVB=-0.0250924;RO=38;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214125;STB=0.59984;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.0012063;OID=.;OPOS=21194785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:49:50:38:38:11:12:0.24:6:5:24:14:6:6:24:14 chr17 21194820 . G A 117.43 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0206455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.869;QD=9.03319;RBI=0.022523;REFB=-0.0145688;REVB=-0.00900262;RO=36;SAF=9;SAR=6;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533373;STB=0.543249;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0351307;OID=.;OPOS=21194820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:37:15:15:0.288462:6:9:20:16:6:9:20:17 chr17 21194843 . T C 168.49 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0326356;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.542;QD=11.6202;RBI=0.0330642;REFB=-0.0174759;REVB=-0.00530688;RO=37;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482525;STB=0.528026;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0510224;OID=.;OPOS=21194843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:37:37:21:21:0.362069:10:11:21:16:10:11:21:16 chr17 21194852 . G A 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.007208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.776;QD=12.4136;RBI=0.00953165;REFB=-0.0194342;REVB=-0.00623676;RO=37;SAF=11;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124087;STB=0.571367;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0172622;OID=.;OPOS=21194852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:12:11:22:15:12:11:22:15 chr17 21194859 . G A 186.19 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0401136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1132;QD=12.012;RBI=0.050137;REFB=-0.000412748;REVB=0.0300769;RO=38;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800708;STB=0.557593;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.000168291;OID=.;OPOS=21194859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:23:24:0.387097:12:11:21:17:13:11:21:17 chr17 21199022 . A T 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0205228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.157;QD=18.0355;RBI=0.0265893;REFB=-0.00345839;REVB=-0.0169059;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463131;STB=0.526292;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00820957;OID=.;OPOS=21199022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:12:10:11:16:12:10:11:16 chr17 21199037 . G A 196.48 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0519785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2555;QD=17.0851;RBI=0.0549889;REFB=-0.00160078;REVB=-0.0179449;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040977;STB=0.509082;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.000690616;OID=.;OPOS=21199037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:12:8:9:16:12:8:10:16 chr17 21199083 . T A 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.129765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.094;QD=7.46504;RBI=0.130085;REFB=-0.00360394;REVB=-0.00911963;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241432;STB=0.650753;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00608075;OID=.;OPOS=21199083;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:6:11:3:4:6:11 chr17 21199390 . C T 292.45 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0162805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0037;QD=17.2028;RBI=0.0317175;REFB=0.00431008;REVB=-0.0272202;RO=36;SAF=18;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331283;STB=0.518576;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00653102;OID=.;OPOS=21199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:14:18:19:17:14:18:19:17 chr17 21199403 . C T 344.65 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0140154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.452;QD=19.1475;RBI=0.0768523;REFB=-0.00549878;REVB=-0.0755635;RO=36;SAF=22;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771425;STB=0.542969;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0049296;OID=.;OPOS=21199403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:14:22:19:17:14:22:19:17 chr17 21201719 . T C 390.32 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0616434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5469;QD=19.0398;RBI=0.0621728;REFB=-0.0221425;REVB=-0.00809629;RO=40;SAF=19;SAR=21;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113744;STB=0.548502;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.031791;OID=.;OPOS=21201719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:40:42:40:40:0.487805:21:19:14:26:21:19:16:26 chr17 21202191 . C A 398.12 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=0.0442214;FXX=0.0112347;HRUN=7;LEN=1;MLLD=42.3046;QD=18.0962;RBI=0.0564423;REFB=-0.0664628;REVB=0.0350742;RO=43;SAF=24;SAR=17;SRF=7;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376261;STB=0.691483;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0640323;OID=.;OPOS=21202191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:43:47:41:41:0.465909:17:24:7:36:17:24:10:37 chr17 21202237 . G C 250.71 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0332903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.522;QD=14.5339;RBI=0.033324;REFB=-0.0156205;REVB=0.00149702;RO=40;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286076;STB=0.661373;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.017309;OID=.;OPOS=21202237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:12:17:12:28:12:17:12:28 chr17 21203893 . T C 495.11 PASS AF=0.552941;AO=46;DP=84;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00928702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.505;QD=23.2995;RBI=0.00953873;REFB=-0.0144963;REVB=0.00217681;RO=38;SAF=21;SAR=25;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735806;STB=0.544976;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0112452;OID=.;OPOS=21203893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:38:38:46:47:0.552941:25:21:14:24:25:22:14:24 chr17 21203934 . G A 488.35 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0151973;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.422;QD=26.759;RBI=0.0268534;REFB=-0.0126358;REVB=0.0221393;RO=26;SAF=21;SAR=24;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134947;STB=0.58438;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00677343;OID=.;OPOS=21203934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:26:28:45:45:0.616438:24:21:7:19:24:21:7:21 chr17 21203949 . C T 485.77 PASS AF=0.676923;AO=44;DP=65;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0817736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9902;QD=29.8937;RBI=0.0821772;REFB=-0.0900868;REVB=0.00813369;RO=20;SAF=21;SAR=23;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191568;STB=0.609295;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0401109;OID=.;OPOS=21203949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:20:21:44:44:0.676923:23:21:3:17:23:21:3:18 chr17 21204187 . G T 340.9 PASS AF=0.48;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.00801418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.613;QD=18.1812;RBI=0.0205205;REFB=-0.0147779;REVB=0.0188909;RO=39;SAF=16;SAR=19;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24304;STB=0.626307;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0130227;OID=.;OPOS=21204187;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:39:35:36:0.48:19:16:28:11:19:17:28:11 chr17 21204192 . C T 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0096899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.751;QD=18.478;RBI=0.0202176;REFB=0.00244124;REVB=-0.0177442;RO=38;SAF=17;SAR=19;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242126;STB=0.634203;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00342751;OID=.;OPOS=21204192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:19:17:28:10:19:17:28:10 chr17 21204210 . C T 371.77 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0369741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8031;QD=17.4949;RBI=0.042759;REFB=-0.00192373;REVB=0.0214768;RO=46;SAF=19;SAR=20;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159315;STB=0.588898;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00278258;OID=.;OPOS=21204210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:20:19:30:16:20:19:30:16 chr17 21204257 . G A 342.5 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.0267925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.31;QD=13.6999;RBI=0.0317571;REFB=-0.0173984;REVB=0.0170492;RO=62;SAF=20;SAR=18;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131016;STB=0.57443;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0226036;OID=.;OPOS=21204257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:62:38:38:0.38:18:20:40:22:18:20:40:22 chr17 21204266 . T C 324.93 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0141669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.652;QD=12.6187;RBI=0.0289231;REFB=-0.0114701;REVB=-0.0252159;RO=61;SAF=21;SAR=18;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921098;STB=0.544607;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0201199;OID=.;OPOS=21204266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:61:64:39:39:0.378641:18:21:38:23:18:21:39:25 chr17 21204308 . G T 244.95 PASS AF=0.352941;AO=29;DP=84;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=0.0238498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.955;QD=11.5273;RBI=0.0274477;REFB=0.00528818;REVB=0.0135854;RO=55;SAF=14;SAR=15;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214526;STB=0.611694;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00519946;OID=.;OPOS=21204308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:55:55:29:30:0.352941:15:14:37:18:15:15:37:18 chr17 21205460 . C T 247.34 PASS AF=0.575;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.0181369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.873;QD=24.7338;RBI=0.0319569;REFB=-0.0304972;REVB=0.0263115;RO=15;SAF=17;SAR=6;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126516;STB=0.585299;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0249304;OID=.;OPOS=21205460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:15:17:23:23:0.575:6:17:13:2:6:17:15:2 chr17 21206556 . C T 297.82 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.0173955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.2322;QD=15.8838;RBI=0.0341569;REFB=0.0175364;REVB=0.0293954;RO=42;SAF=2;SAR=31;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451737;STB=0.76449;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0132888;OID=.;OPOS=21206556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:31:2:11:31:31:2:11:31 chr17 21207813 . T G 163.97 PASS AF=0.189189;AO=28;DP=148;FAO=28;FDP=148;FR=.;FRO=120;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=69;FWDB=0.00526415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5654;QD=4.43161;RBI=0.0315121;REFB=-0.00140053;REVB=-0.0310693;RO=120;SAF=9;SAR=19;SRF=51;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140876;STB=0.589996;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00352194;OID=.;OPOS=21207813;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:120:120:28:28:0.189189:19:9:51:69:19:9:51:69 chr17 21207835 . G A 175.93 PASS AF=0.194805;AO=29;DP=153;FAO=30;FDP=154;FR=.;FRO=124;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=73;FWDB=0.036288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0412;QD=4.56952;RBI=0.0585085;REFB=0.00169032;REVB=-0.0458958;RO=122;SAF=9;SAR=20;SRF=50;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137491;STB=0.567396;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00508561;OID=.;OPOS=21207835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:122:124:29:30:0.194805:20:9:50:72:20:10:51:73 chr17 21207844 . C T 512.95 PASS AF=0.395833;AO=57;DP=144;FAO=57;FDP=144;FR=.;FRO=87;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=56;FWDB=-0.00956227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.791;QD=14.2486;RBI=0.0132255;REFB=-0.00909346;REVB=-0.0091365;RO=87;SAF=22;SAR=35;SRF=31;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337921;STB=0.51905;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0133722;OID=.;OPOS=21207844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:87:87:57:57:0.395833:35:22:31:56:35:22:31:56 chr17 21208413 . C T 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00398156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.001;QD=9.88534;RBI=0.00667964;REFB=-0.0115789;REVB=-0.00536327;RO=39;SAF=15;SAR=4;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424892;STB=0.752616;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0236449;OID=.;OPOS=21208413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:4:15:17:22:4:15:17:22 chr17 21208449 . G T 126.22 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00299376;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=190.969;QD=10.9753;RBI=0.024343;REFB=0.000134393;REVB=-0.0241582;RO=31;SAF=13;SAR=2;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450905;STB=0.775689;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.000266129;OID=.;OPOS=21208449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:2:13:17:14:2:13:17:14 chr17 21215483 . C T 748.73 PASS AF=0.5;AO=77;DP=154;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.00348665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.622;QD=19.4476;RBI=0.00653972;REFB=-0.0100521;REVB=-0.00553273;RO=76;SAF=40;SAR=37;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886638;STB=0.545351;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00846408;OID=.;OPOS=21215483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:76:77:77:77:0.5:37:40:32:44:37:40:33:44 chr17 21215537 . C A 643.99 PASS AF=0.458333;AO=65;DP=144;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.000240363;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=253.63;QD=17.8885;RBI=0.0102189;REFB=-0.0124675;REVB=0.010216;RO=75;SAF=32;SAR=33;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267144;STB=0.513885;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0139942;OID=.;OPOS=21215537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:75:78:65:66:0.458333:33:32:39:36:33:33:41:37 chr17 21215552 . C T 624.2 PASS AF=0.474453;AO=64;DP=138;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0120905;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.634;QD=18.2248;RBI=0.0149198;REFB=-0.00637178;REVB=0.00874186;RO=73;SAF=33;SAR=31;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473173;STB=0.504835;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00724872;OID=.;OPOS=21215552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:73:72:64:65:0.474453:31:33:38:35:31:34:37:35 chr17 21215557 . G A 632.87 PASS AF=0.485075;AO=64;DP=135;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.00303645;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.692;QD=18.8917;RBI=0.00305199;REFB=-0.00816766;REVB=-0.000307574;RO=66;SAF=32;SAR=32;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139223;STB=0.507234;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00854479;OID=.;OPOS=21215557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:66:69:64:65:0.485075:32:32:34:32:32:33:36:33 chr17 21216788 . C T 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0210335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.609;QD=15.2189;RBI=0.0217869;REFB=-0.00584585;REVB=-0.00567981;RO=41;SAF=23;SAR=8;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208805;STB=0.618966;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00659442;OID=.;OPOS=21216788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:8:23:23:18:8:23:23:18 chr17 21216846 . G C 204.54 PASS AF=0.44;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.115644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6093;QD=16.3635;RBI=0.116019;REFB=-0.0430593;REVB=0.00932602;RO=28;SAF=17;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262142;STB=0.658374;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0532188;OID=.;OPOS=21216846;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:21:22:0.44:4:17:17:11:4:18:17:11 chr17 21217513 . G A 283.81 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00888849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2281;QD=12.6138;RBI=0.0148681;REFB=0.00777217;REVB=0.0119186;RO=57;SAF=9;SAR=24;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260361;STB=0.650453;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0147266;OID=.;OPOS=21217513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:24:9:28:29:24:9:28:29 chr17 21217547 . T C 249.95 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0170378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.882;QD=12.0457;RBI=0.0199886;REFB=-0.000501873;REVB=-0.0104527;RO=52;SAF=13;SAR=17;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949104;STB=0.548797;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00147695;OID=.;OPOS=21217547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:53:30:30:0.361446:17:13:27:25:17:13:27:26 chr17 21217586 . G T 321.69 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00153861;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.9;QD=15.3183;RBI=0.00569531;REFB=-0.0150059;REVB=-0.00548354;RO=47;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01883;STB=0.512104;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0178101;OID=.;OPOS=21217586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:49:35:35:0.416667:20:15:21:26:20:15:22:27 chr17 21217596 . C G 265.28 PASS AF=0.273973;AO=22;DP=79;FAO=20;FDP=73;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=41;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00349387;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.378;QD=14.536;RBI=0.00364271;REFB=-0.038515;REVB=0.00103064;RO=34;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211534;STB=0.527;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0571986;OID=.;OPOS=21217596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:73:34:41:22:20:0.273973:14:8:13:21:12:8:18:23 chr17 21217660 . C T 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-6.94453e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.609;QD=15.1533;RBI=0.00812957;REFB=-0.00737874;REVB=0.00812927;RO=43;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131223;STB=0.574261;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00904027;OID=.;OPOS=21217660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:13:19:20:23:13:19:20:23 chr17 21217690 . C T 303.29 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0145333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.341;QD=17.8404;RBI=0.0152512;REFB=-0.0160765;REVB=0.00462411;RO=35;SAF=21;SAR=12;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268335;STB=0.649777;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0139473;OID=.;OPOS=21217690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:12:21:12:23:12:21:12:23 chr17 21217727 . T C 141.54 PASS AF=0.339623;AO=15;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0695321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.201;QD=10.6824;RBI=0.0744935;REFB=-0.0142302;REVB=-0.0267315;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241887;STB=0.565966;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0321158;OID=.;OPOS=21217727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:35:15:18:0.339623:7:8:8:18:9:9:14:21 chr17 21217749 . G C 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00605231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3955;QD=15.6257;RBI=0.0115656;REFB=-0.032782;REVB=0.00985556;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304574;STB=0.661309;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0413627;OID=.;OPOS=21217749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:8:11:7:19:8:11:8:19 chr17 21318663 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00929383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.567;QD=11.44;RBI=0.011087;REFB=-0.00530931;REVB=0.00604529;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128213;STB=0.576753;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0119596;OID=.;OPOS=21318663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:6:8:4:5:6:8 chr17 21318698 . C T 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0363702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1478;QD=9.49457;RBI=0.0480269;REFB=-0.00459783;REVB=0.0313655;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110746;STB=0.567442;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0152995;OID=.;OPOS=21318698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:11:13:7:4:11:13 chr17 21318770 . G A 140.37 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00283598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.287;QD=7.79834;RBI=0.00991579;REFB=-0.0108183;REVB=0.00950159;RO=51;SAF=10;SAR=10;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117213;STB=0.513875;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0239824;OID=.;OPOS=21318770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:51:52:20:20:0.277778:10:10:25:26:10:10:25:27 chr17 21318773 . G A 110.71 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00762723;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.02;QD=6.2371;RBI=0.00872612;REFB=-0.0189132;REVB=0.00423917;RO=54;SAF=10;SAR=7;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109176;STB=0.567533;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0339138;OID=.;OPOS=21318773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:54:54:17:17:0.239437:7:10:27:27:7:10:27:27 chr17 21318782 . G A 125.02 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0107101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4218;QD=6.33027;RBI=0.0121703;REFB=-0.0185288;REVB=-0.0057801;RO=60;SAF=7;SAR=12;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242619;STB=0.648921;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0373206;OID=.;OPOS=21318782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:60:60:19:19:0.240506:12:7:34:26:12:7:34:26 chr17 21318867 . G A 138.36 PASS AF=0.209091;AO=23;DP=110;FAO=23;FDP=110;FR=.;FRO=87;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.0410971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.656;QD=5.03124;RBI=0.0412558;REFB=-0.0027903;REVB=-0.003615;RO=87;SAF=11;SAR=12;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347065;STB=0.52172;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0135532;OID=.;OPOS=21318867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:87:87:23:23:0.209091:12:11:44:43:12:11:44:43 chr17 21318897 . G C 323.93 PASS AF=0.344538;AO=41;DP=119;FAO=41;FDP=119;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.00539403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.542;QD=10.8885;RBI=0.0258485;REFB=-0.0188803;REVB=-0.0252795;RO=78;SAF=21;SAR=20;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739588;STB=0.54252;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0310496;OID=.;OPOS=21318897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:78:78:41:41:0.344538:20:21:45:33:20:21:45:33 chr17 21318912 . C A 105.18 PASS AF=0.168067;AO=20;DP=119;FAO=20;FDP=119;FR=.;FRO=99;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=60;FSRR=39;FWDB=0.0106406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0206;QD=3.53548;RBI=0.032803;REFB=-0.00343414;REVB=0.0310293;RO=99;SAF=8;SAR=12;SRF=60;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257134;STB=0.666508;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0268755;OID=.;OPOS=21318912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:99:99:20:20:0.168067:12:8:60:39:12:8:60:39 chr17 21318918 . G A 101.7 PASS AF=0.169643;AO=19;DP=112;FAO=19;FDP=112;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=57;FSRR=36;FWDB=0.0109312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6142;QD=3.63209;RBI=0.0352089;REFB=-0.00347231;REVB=0.033469;RO=92;SAF=8;SAR=11;SRF=56;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234701;STB=0.655207;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0214438;OID=.;OPOS=21318918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:92:93:19:19:0.169643:11:8:56:36:11:8:57:36 chr17 21318948 . C T 82.49 PASS AF=0.150943;AO=16;DP=106;FAO=16;FDP=106;FR=.;FRO=90;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=0.0159167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.016;QD=3.11278;RBI=0.0284285;REFB=-0.0052328;REVB=-0.023555;RO=89;SAF=8;SAR=8;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077876;STB=0.556534;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.046912;OID=.;OPOS=21318948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:106:106:89:90:16:16:0.150943:8:8:50:39:8:8:51:39 chr17 21318951 . CA CG,TG 521.36 PASS AF=0.377358,0.150943;AO=40,17;DP=107;FAO=40,16;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=19,8;FSAR=21,8;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0285145,-0.0217876;FXX=0.00934492;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=78.2973,159.783;QD=19.6739;RBI=0.0332943,0.0284826;REFB=-0.0361935,-0.0109564;REVB=-0.0171881,-0.0183455;RO=50;SAF=19,8;SAR=21,9;SRF=31;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.143011,-0.181299;STB=0.580071,0.590799;STBP=0.188,0.398;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0246999,0.0104599;OID=.,.;OPOS=21318952,21318951;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:50:50:40,17:40,16:0.377358,0.150943:21,9:19,8:31:19:21,8:19,8:31:19 chr17 21318969 . C T 96.17 PASS AF=0.165138;AO=18;DP=109;FAO=18;FDP=109;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.0056698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.6;QD=3.52925;RBI=0.0339171;REFB=-0.00418548;REVB=-0.0334398;RO=88;SAF=9;SAR=9;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101025;STB=0.559568;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0362229;OID=.;OPOS=21318969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:109:109:88:91:18:18:0.165138:9:9:51:37:9:9:52:39 chr17 21318981 . C T 103.44 PASS AF=0.172727;AO=19;DP=110;FAO=19;FDP=110;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=0.000384022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4512;QD=3.76158;RBI=0.0290344;REFB=-0.00711822;REVB=-0.0290318;RO=90;SAF=9;SAR=10;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103536;STB=0.571354;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.030782;OID=.;OPOS=21318981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:90:91:19:19:0.172727:10:9:50:40:10:9:51:40 chr17 21319007 . GG AC,GC 514.23 PASS AF=0.34375,0.1875;AO=33,18;DP=100;FAO=33,18;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=17,10;FSAR=16,8;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.00589968,-0.000266545;FXX=0.039996;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=205.794,191.224;QD=21.4261;RBI=0.0188736,0.0165195;REFB=-0.0083499,-0.010893;REVB=0.0179278,0.0165173;RO=45;SAF=17,10;SAR=16,8;SRF=32;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.202701,-0.194242;STB=0.613874,0.615266;STBP=0.104,0.283;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0114578,0.00031316;OID=.,.;OPOS=21319007,21319008;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:96:45:45:33,18:33,18:0.34375,0.1875:16,8:17,10:32:13:16,8:17,10:32:13 chr17 21319069 . G A 123.56 PASS AF=0.172932;AO=23;DP=134;FAO=23;FDP=133;FR=.;FRO=110;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=0.0363238;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4536;QD=3.71622;RBI=0.0372509;REFB=-0.00972772;REVB=0.00825925;RO=109;SAF=15;SAR=8;SRF=54;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201966;STB=0.627794;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0541013;OID=.;OPOS=21319069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:109:110:23:23:0.172932:8:15:54:55:8:15:55:55 chr17 21319079 . C A 122.92 PASS AF=0.17037;AO=23;DP=134;FAO=23;FDP=135;FR=.;FRO=112;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=0.017516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4919;QD=3.64205;RBI=0.0207333;REFB=-0.00581115;REVB=0.0110932;RO=111;SAF=15;SAR=8;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25529;STB=0.662048;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0276327;OID=.;OPOS=21319079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:111:112:23:23:0.17037:8:15:50:61:8:15:51:61 chr17 21319087 . G A 113.98 PASS AF=0.161765;AO=22;DP=136;FAO=22;FDP=136;FR=.;FRO=114;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=0.0140221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.536;QD=3.35247;RBI=0.0185787;REFB=0.00182751;REVB=0.012188;RO=113;SAF=14;SAR=8;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244176;STB=0.663013;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00838173;OID=.;OPOS=21319087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:113:114:22:22:0.161765:8:14:50:63:8:14:50:64 chr17 21319110 . G A 122.24 PASS AF=0.167883;AO=23;DP=137;FAO=23;FDP=137;FR=.;FRO=114;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=67;FWDB=0.0385522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9831;QD=3.56898;RBI=0.0491857;REFB=0.000995808;REVB=0.0305445;RO=114;SAF=16;SAR=7;SRF=47;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353082;STB=0.728424;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00132662;OID=.;OPOS=21319110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:114:114:23:23:0.167883:7:16:47:67:7:16:47:67 chr17 21319121 . C T 712.75 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0210595;FXX=0.0225547;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.6083;QD=21.9307;RBI=0.0254942;REFB=-0.00398848;REVB=-0.0143684;RO=58;SAF=29;SAR=40;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960077;STB=0.557036;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.005104;OID=.;OPOS=21319121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:130:58:61:69:69:0.530769:40:29:31:27:40:29:33:28 chr17 21319171 . G A 124.32 PASS AF=0.189655;AO=22;DP=115;FAO=22;FDP=116;FR=.;FRO=94;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=58;FWDB=-0.0149807;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4714;QD=4.28695;RBI=0.0255205;REFB=-0.00772742;REVB=0.020661;RO=93;SAF=16;SAR=6;SRF=34;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440099;STB=0.766238;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0343049;OID=.;OPOS=21319171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:93:94:22:22:0.189655:6:16:34:59:6:16:36:58 chr17 21319208 . C T 147.85 PASS AF=0.226804;AO=21;DP=95;FAO=22;FDP=97;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=53;FWDB=0.0329547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.301;QD=6.09674;RBI=0.0360504;REFB=-0.00642406;REVB=-0.0146157;RO=74;SAF=15;SAR=6;SRF=21;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502874;STB=0.80522;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0233943;OID=.;OPOS=21319208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:74:75:21:22:0.226804:6:15:21:53:6:16:22:53 chr17 21319230 . G C 379.76 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0607415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.747;QD=19.2283;RBI=0.0607724;REFB=-0.0370488;REVB=0.001936;RO=40;SAF=13;SAR=26;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114056;STB=0.563603;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0288162;OID=.;OPOS=21319230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:26:13:18:22:26:13:18:22 chr17 21319251 . C T 77.15 PASS AF=0.170732;AO=14;DP=82;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0119723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.162;QD=3.76339;RBI=0.0237527;REFB=-0.00319415;REVB=0.0205148;RO=68;SAF=9;SAR=5;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317955;STB=0.70708;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0139621;OID=.;OPOS=21319251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:82:82:68:68:14:14:0.170732:5:9:26:42:5:9:26:42 chr17 21319272 . C T 100.15 PASS AF=0.186813;AO=17;DP=91;FAO=17;FDP=91;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.0128688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.657;QD=4.40226;RBI=0.0373937;REFB=-0.00548486;REVB=-0.0351096;RO=73;SAF=9;SAR=8;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166125;STB=0.599886;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0518955;OID=.;OPOS=21319272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:73:74:17:17:0.186813:8:9:29:44:8:9:30:44 chr17 21319285 . C T 88.58 PASS AF=0.172043;AO=16;DP=93;FAO=16;FDP=93;FR=.;FRO=77;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.0167676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0515;QD=3.81003;RBI=0.0224103;REFB=-0.0133712;REVB=0.0148684;RO=77;SAF=9;SAR=7;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183573;STB=0.619722;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0755609;OID=.;OPOS=21319285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:93:93:77:77:16:16:0.172043:7:9:32:45:7:9:32:45 chr17 21319302 . T C 665.72 PASS AF=0.655556;AO=41;DP=90;FAO=59;FDP=90;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00541617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9165;QD=29.5877;RBI=0.0122158;REFB=-0.0166694;REVB=0.0109495;RO=29;SAF=27;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216353;STB=0.530293;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0158548;OID=.;OPOS=21319302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:29:31:41:59:0.655556:14:27:11:18:31:28:12:19 chr17 21319311 . C T 149.31 PASS AF=0.223301;AO=23;DP=103;FAO=23;FDP=103;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.0244322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.08;QD=5.79855;RBI=0.0280922;REFB=-0.00629665;REVB=-0.0138651;RO=79;SAF=12;SAR=11;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351514;STB=0.526559;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0341209;OID=.;OPOS=21319311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:79:80:23:23:0.223301:11:12:39:40:11:12:39:41 chr17 21319369 . G A 182.6 PASS AF=0.224806;AO=29;DP=129;FAO=29;FDP=129;FR=.;FRO=100;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=-0.0161954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.527;QD=5.66197;RBI=0.016439;REFB=-0.00986357;REVB=-0.00281945;RO=100;SAF=10;SAR=19;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187224;STB=0.615515;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0383923;OID=.;OPOS=21319369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:100:100:29:29:0.224806:19:10:49:51:19:10:49:51 chr17 21319392 . G A 142.01 PASS AF=0.189394;AO=25;DP=132;FAO=25;FDP=132;FR=.;FRO=107;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=-0.031814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.313;QD=4.30331;RBI=0.0417542;REFB=-0.00212788;REVB=0.0270421;RO=107;SAF=8;SAR=17;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217425;STB=0.638984;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0248086;OID=.;OPOS=21319392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:107:107:25:25:0.189394:17:8:52:55:17:8:52:55 chr17 21319399 . A G 418.88 PASS AF=0.382812;AO=49;DP=128;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=0.00297552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.308;QD=13.0901;RBI=0.0174395;REFB=-0.0183916;REVB=-0.0171837;RO=79;SAF=27;SAR=22;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184657;STB=0.604499;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0169658;OID=.;OPOS=21319399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:79:79:49:49:0.382812:22:27:30:49:22:27:30:49 chr17 21319407 . C T 128.17 PASS AF=0.185484;AO=23;DP=124;FAO=23;FDP=124;FR=.;FRO=101;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=0.0506755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8819;QD=4.13452;RBI=0.0559502;REFB=-0.00495645;REVB=-0.0237155;RO=101;SAF=7;SAR=16;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225843;STB=0.645504;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0124325;OID=.;OPOS=21319407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:101:101:23:23:0.185484:16:7:48:53:16:7:48:53 chr17 21319436 . G A 82.66 PASS AF=0.146552;AO=17;DP=116;FAO=17;FDP=116;FR=.;FRO=99;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=-0.0153737;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.888;QD=2.85046;RBI=0.0187027;REFB=-0.00444561;REVB=-0.0106508;RO=97;SAF=5;SAR=12;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30441;STB=0.70564;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0287105;OID=.;OPOS=21319436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:116:116:97:99:17:17:0.146552:12:5:52:45:12:5:53:46 chr17 21319439 . T G 75.99 PASS AF=0.137931;AO=16;DP=117;FAO=16;FDP=116;FR=.;FRO=100;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=-0.0125596;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.208;QD=2.62032;RBI=0.0139733;REFB=-0.00432686;REVB=0.00612447;RO=100;SAF=5;SAR=11;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27166;STB=0.687266;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0210548;OID=.;OPOS=21319439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:117:116:100:100:16:16:0.137931:11:5:53:47:11:5:53:47 chr17 21319452 . G A 51.1 PASS AF=0.110092;AO=12;DP=109;FAO=12;FDP=109;FR=.;FRO=97;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=-0.000522534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5275;QD=1.87525;RBI=0.0228711;REFB=-0.00268983;REVB=0.0228651;RO=95;SAF=4;SAR=8;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255493;STB=0.686441;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.023011;OID=.;OPOS=21319452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:109:109:95:97:12:12:0.110092:8:4:52:43:8:4:53:44 chr17 21319465 . T C 54.46 PASS AF=0.12037;AO=12;DP=108;FAO=13;FDP=108;FR=.;FRO=95;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.050609;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0085;QD=2.01696;RBI=0.06363;REFB=-0.00471733;REVB=-0.0385681;RO=96;SAF=4;SAR=8;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248819;STB=0.632566;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0293691;OID=.;OPOS=21319465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:108:108:96:95:12:13:0.12037:8:4:52:44:8:5:51:44 chr17 21319470 . T C 56.97 PASS AF=0.117117;AO=13;DP=111;FAO=13;FDP=111;FR=.;FRO=98;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=-0.0131819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.702;QD=2.05288;RBI=0.0133172;REFB=-0.00523992;REVB=-0.00189412;RO=95;SAF=5;SAR=8;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20954;STB=0.661007;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0232751;OID=.;OPOS=21319470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:111:111:95:98:13:13:0.117117:8:5:53:42:8:5:56:42 chr17 21319473 . G A 328.5 PASS AF=0.369369;AO=38;DP=108;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0137428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.291;QD=11.8379;RBI=0.0143374;REFB=-0.00167867;REVB=0.0040863;RO=70;SAF=27;SAR=11;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281271;STB=0.638326;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00330943;OID=.;OPOS=21319473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:70:70:38:41:0.369369:11:27:33:37:13:28:33:37 chr17 21319488 . C T 62.87 PASS AF=0.123894;AO=14;DP=113;FAO=14;FDP=113;FR=.;FRO=99;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=61;FSRR=38;FWDB=-0.0036629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.13;QD=2.22541;RBI=0.00514762;REFB=-0.00284604;REVB=-0.00361679;RO=99;SAF=6;SAR=8;SRF=61;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228762;STB=0.659884;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0234907;OID=.;OPOS=21319488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:113:113:99:99:14:14:0.123894:8:6:61:38:8:6:61:38 chr17 21319519 . G C 61.24 PASS AF=0.12069;AO=14;DP=116;FAO=14;FDP=116;FR=.;FRO=102;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=43;FWDB=-0.0183275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.579;QD=2.11184;RBI=0.0184523;REFB=-0.00776538;REVB=0.00214256;RO=102;SAF=4;SAR=10;SRF=59;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350557;STB=0.747879;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0668227;OID=.;OPOS=21319519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:116:116:102:102:14:14:0.12069:10:4:59:43:10:4:59:43 chr17 21319523 . C T 54.44 PASS AF=0.112069;AO=13;DP=116;FAO=13;FDP=116;FR=.;FRO=103;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=0.00238454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.06;QD=1.8772;RBI=0.0229412;REFB=-0.00205944;REVB=-0.0228169;RO=102;SAF=4;SAR=9;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299713;STB=0.720601;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0558302;OID=.;OPOS=21319523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:116:116:102:103:13:13:0.112069:9:4:57:45:9:4:58:45 chr17 21319527 . C T 53.54 PASS AF=0.110169;AO=13;DP=118;FAO=13;FDP=118;FR=.;FRO=105;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=60;FSRR=45;FWDB=-0.000761755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.413;QD=1.81499;RBI=0.0121566;REFB=0.000313322;REVB=-0.0121327;RO=104;SAF=4;SAR=9;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308003;STB=0.726937;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00464446;OID=.;OPOS=21319527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:118:118:104:105:13:13:0.110169:9:4:59:45:9:4:60:45 chr17 21319543 . G A 131.93 PASS AF=0.177778;AO=24;DP=135;FAO=24;FDP=135;FR=.;FRO=111;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=0.00975063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.641;QD=3.90889;RBI=0.0149745;REFB=-0.00476198;REVB=-0.0113648;RO=111;SAF=12;SAR=12;SRF=60;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517449;STB=0.533306;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0232698;OID=.;OPOS=21319543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:111:111:24:24:0.177778:12:12:60:51:12:12:60:51 chr17 21319560 . G T 168.76 PASS AF=0.201439;AO=27;DP=139;FAO=28;FDP=139;FR=.;FRO=111;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=66;FSRR=45;FWDB=-0.0174276;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4493;QD=4.85636;RBI=0.0506967;REFB=0.0141536;REVB=0.0476071;RO=112;SAF=14;SAR=13;SRF=67;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102674;STB=0.575487;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0602143;OID=.;OPOS=21319560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:112:111:27:28:0.201439:13:14:67:45:14:14:66:45 chr17 21319650 . CGAG C 260.44 PASS AF=0.243902;AO=36;DP=163;FAO=40;FDP=164;FR=.;FRO=124;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=70;FSRR=54;FWDB=-0.0130481;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.713;QD=6.3521;RBI=0.013239;REFB=-0.0101294;REVB=0.00224006;RO=123;SAF=19;SAR=17;SRF=69;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422751;STB=0.508086;STBP=0.926;TYPE=del;VARB=0.0292287;OID=.;OPOS=21319651;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243902:36:163:40:164:124:23:17:70:54:99:123:19:17:69:54 chr17 21319682 . C T 330.29 PASS AF=0.289308;AO=46;DP=159;FAO=46;FDP=159;FR=.;FRO=113;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=0.00486945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2579;QD=8.30919;RBI=0.00487691;REFB=-0.0127822;REVB=0.000269557;RO=113;SAF=27;SAR=19;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794764;STB=0.54672;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.023062;OID=.;OPOS=21319682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:113:113:46:46:0.289308:19:27:59:54:19:27:59:54 chr17 21319716 . G A 218.89 PASS AF=0.256;AO=32;DP=129;FAO=32;FDP=125;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.00747878;FXX=0.0310053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.375;QD=7.00449;RBI=0.0172297;REFB=-0.00704529;REVB=0.0155219;RO=87;SAF=20;SAR=12;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18921;STB=0.598315;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00848416;OID=.;OPOS=21319716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:125:87:93:32:32:0.256:12:20:41:46:12:20:46:47 chr17 21319728 . T C 230.26 PASS AF=0.272727;AO=33;DP=121;FAO=33;FDP=121;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.0784449;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9066;QD=7.61201;RBI=0.078521;REFB=-0.0198761;REVB=-0.00345643;RO=88;SAF=22;SAR=11;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182522;STB=0.609127;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0489059;OID=.;OPOS=21319728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:88:88:33:33:0.272727:11:22:46:42:11:22:46:42 chr17 21319743 . A G 233.07 PASS AF=0.282051;AO=33;DP=117;FAO=33;FDP=117;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.0071333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.069;QD=7.96831;RBI=0.00994489;REFB=-0.01256;REVB=-0.00692941;RO=83;SAF=25;SAR=8;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274617;STB=0.661271;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.022828;OID=.;OPOS=21319743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:83:84:33:33:0.282051:8:25:46:37:8:25:47:37 chr17 21319767 . C T 275.47 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=107;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0551814;FXX=0.247684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.385;QD=13.4377;RBI=0.0557052;REFB=-0.0168136;REVB=-0.00762148;RO=50;SAF=18;SAR=14;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00271149;STB=0.501547;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0205612;OID=.;OPOS=21319767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:82:50:50:32:32:0.390244:14:18:28:22:14:18:28:22 chr17 21319785 . C T 206.87 PASS AF=0.278846;AO=29;DP=104;FAO=29;FDP=104;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=0.00691508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.586;QD=7.95654;RBI=0.0139499;REFB=0.00286589;REVB=-0.0121153;RO=75;SAF=16;SAR=13;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110047;STB=0.565174;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.0060802;OID=.;OPOS=21319785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:75:75:29:29:0.278846:13:16:48:27:13:16:48:27 chr17 21319786 . G A 196.38 PASS AF=0.269231;AO=28;DP=104;FAO=28;FDP=104;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.018953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7433;QD=7.55317;RBI=0.0199082;REFB=0.00666437;REVB=0.00609253;RO=76;SAF=20;SAR=8;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181736;STB=0.609674;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0313904;OID=.;OPOS=21319786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:76:76:28:28:0.269231:8:20:44:32:8:20:44:32 chr17 21319845 . C T 205.19 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0120431;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8693;QD=10.5224;RBI=0.0140686;REFB=-0.0103299;REVB=0.00727258;RO=52;SAF=15;SAR=11;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684974;STB=0.539847;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00405482;OID=.;OPOS=21319845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:11:15:33:19:11:15:33:19 chr17 21319860 . C A 203.71 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00155632;FXX=0.289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.685;QD=16.6297;RBI=0.0487803;REFB=-0.0275194;REVB=-0.0487555;RO=25;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443258;STB=0.554364;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0395568;OID=.;OPOS=21319860;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:49:25:27:22:22:0.44898:7:15:16:9:7:15:16:11 chr17 21319868 . G T 111.23 PASS AF=0.258065;AO=15;DP=63;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00895988;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.538;QD=7.17609;RBI=0.0378912;REFB=-0.00458504;REVB=-0.0368167;RO=44;SAF=10;SAR=5;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984685;STB=0.597699;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0160325;OID=.;OPOS=21319868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:44:46:15:16:0.258065:5:10:26:18:5:11:26:20 chr17 21319908 . C T 152.87 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.037158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2584;QD=10.3644;RBI=0.0372056;REFB=-0.00174951;REVB=0.00188094;RO=39;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997027;STB=0.558562;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0022598;OID=.;OPOS=21319908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:8:12:20:19:8:12:20:19 chr17 21319943 . A G 252.08 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0115079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.482;QD=21.007;RBI=0.0122544;REFB=-0.0093728;REVB=-0.00421186;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130141;STB=0.542218;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00852979;OID=.;OPOS=21319943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:24:24:22:24:0.5:14:8:12:12:14:10:12:12 chr17 21319955 . G A 113.37 PASS AF=0.297872;AO=12;DP=45;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0311019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.702;QD=9.64806;RBI=0.051232;REFB=-0.0288685;REVB=0.0407111;RO=33;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457167;STB=0.531869;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0541027;OID=.;OPOS=21319955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:33:33:12:14:0.297872:7:5:15:18:7:7:15:18 chr17 21319977 . A G 81.57 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0124801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.697;QD=8.36655;RBI=0.0174036;REFB=-0.0213041;REVB=0.0121298;RO=28;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362456;STB=0.522347;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0372146;OID=.;OPOS=21319977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:7:4:11:17:7:4:11:17 chr17 21319989 . C A,T 312.9 PASS AF=0.314286,0.457143;AO=11,16;DP=35;FAO=11,16;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=4,4;FSAR=7,12;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0138953,0.0285006;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=98.7863,90.0816;QD=35.7595;RBI=0.0234857,0.0289175;REFB=0.0240635,0.0598453;REVB=0.018934,-0.00489262;RO=8;SAF=4,4;SAR=7,12;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.194374,-0.254081;STB=0.611445,0.642666;STBP=0.307,0.063;TYPE=snp,snp;VARB=0.00615436,-0.00106371;OID=.,.;OPOS=21319989,21319989;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:95:35:35:8:8:11,16:11,16:0.314286,0.457143:7,12:4,4:5:3:7,12:4,4:5:3 chr17 21319993 . T C 238.29 PASS AF=0.733333;AO=20;DP=29;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0100906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.949;QD=31.7719;RBI=0.0113222;REFB=-0.0023251;REVB=0.0051354;RO=7;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110283;STB=0.558229;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00165253;OID=.;OPOS=21319993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:30:7:8:20:22:0.733333:13:7:4:3:13:9:5:3 chr17 21320008 . C T 62.93 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0124875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.89;QD=8.39005;RBI=0.0256036;REFB=-0.0032965;REVB=-0.0223519;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411763;STB=0.7495;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0364928;OID=.;OPOS=21320008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:21:21:9:9:0.3:3:6:6:15:3:6:6:15 chr17 21320012 . C T 53.41 PASS AF=0.285714;AO=7;DP=27;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0132911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8331;QD=7.63064;RBI=0.0139464;REFB=-0.027306;REVB=0.00422466;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365795;STB=0.678182;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0167206;OID=.;OPOS=21320012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:28:20:20:7:8:0.285714:3:4:5:15:4:4:5:15 chr17 21320025 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00860671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.928;QD=13.456;RBI=0.00955682;REFB=-0.0237535;REVB=0.00415421;RO=14;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228385;STB=0.666324;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0222484;OID=.;OPOS=21320025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:9:2:5:9:9:2:6:9 chr17 21320041 . G A 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.007028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.484;QD=9.47557;RBI=0.0220538;REFB=-0.0162166;REVB=-0.020904;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048854;STB=0.551901;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0382423;OID=.;OPOS=21320041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:31:19:21:10:10:0.322581:7:3:5:14:7:3:5:16 chr17 21320114 . T G 89.41 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.0277554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5752;QD=7.29871;RBI=0.0998715;REFB=0.0247496;REVB=-0.0959373;RO=37;SAF=1;SAR=11;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360149;STB=0.737746;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0328505;OID=.;OPOS=21320114;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:11:1:9:28:11:1:9:28 chr17 21320197 . G C 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0100987;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=234.07;QD=13.5519;RBI=0.0101842;REFB=-0.00869387;REVB=0.00131716;RO=35;SAF=6;SAR=18;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00980497;STB=0.505613;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0107178;OID=.;OPOS=21320197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:18:6:9:26:18:6:9:26 chr17 21320210 . C T 184.29 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0192546;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.792;QD=11.1692;RBI=0.0209787;REFB=-0.00433969;REVB=-0.00832863;RO=39;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490382;STB=0.516115;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00538861;OID=.;OPOS=21320210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:66:39:43:23:23:0.348485:15:8:12:27:15:8:14:29 chr17 21320212 . A G 496.84 PASS AF=0.652174;AO=42;DP=67;FAO=45;FDP=69;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.000376026;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.488;QD=28.8021;RBI=0.00433482;REFB=-0.00849522;REVB=0.00431848;RO=24;SAF=14;SAR=28;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308821;STB=0.508951;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00351502;OID=.;OPOS=21320212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:24:24:42:45:0.652174:28:14:9:15:31:14:8:16 chr17 21320252 . G T 256.48 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.0163125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.161;QD=11.274;RBI=0.0193516;REFB=-0.00798488;REVB=-0.010411;RO=59;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181247;STB=0.608812;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0136286;OID=.;OPOS=21320252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:59:60:31:31:0.340659:15:16:21:38:15:16:21:39 chr17 21320263 . T C 145.21 PASS AF=0.256098;AO=21;DP=83;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0111578;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.502;QD=7.08332;RBI=0.0284589;REFB=-0.0151247;REVB=-0.0261804;RO=62;SAF=6;SAR=15;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326372;STB=0.704029;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.045863;OID=.;OPOS=21320263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:62:61:21:21:0.256098:15:6:34:28:15:6:34:27 chr17 21320279 . C T 256.43 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0241648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.3543;QD=11.2715;RBI=0.0789589;REFB=0.00351026;REVB=-0.0751702;RO=60;SAF=22;SAR=9;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304015;STB=0.676806;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0113554;OID=.;OPOS=21320279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:60:60:31:31:0.340659:9:22:27:33:9:22:27:33 chr17 21320350 . G A 213.23 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00847276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.482;QD=10.4015;RBI=0.00962396;REFB=0.00205332;REVB=-0.00456429;RO=55;SAF=19;SAR=8;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275016;STB=0.661213;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00364465;OID=.;OPOS=21320350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:55:27:27:0.329268:8:19:26:29:8:19:26:29 chr17 21320365 . T C 125.44 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0425032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9641;QD=6.3512;RBI=0.0429194;REFB=0.00151141;REVB=-0.00596259;RO=58;SAF=4;SAR=15;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509665;STB=0.809455;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00991348;OID=.;OPOS=21320365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:58:60:19:19:0.240506:15:4:37:21:15:4:38:22 chr17 21320711 . C G 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.00240314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.498;QD=6.59547;RBI=0.168385;REFB=-0.00406502;REVB=-0.168368;RO=28;SAF=6;SAR=3;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174784;STB=0.608481;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.000335815;OID=.;OPOS=21320711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:3:6:22:6:3:6:22:6 chr17 21320787 . G A 421.93 PASS AF=0.296296;AO=56;DP=189;FAO=56;FDP=189;FR=.;FRO=133;FSAF=9;FSAR=47;FSRF=24;FSRR=109;FWDB=-0.0267768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.444;QD=8.92979;RBI=0.0322976;REFB=-0.00742997;REVB=-0.0180593;RO=133;SAF=9;SAR=47;SRF=24;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423925;STB=0.524864;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.018163;OID=.;OPOS=21320787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:133:133:56:56:0.296296:47:9:24:109:47:9:24:109 chr17 21320796 . C T 1150.88 PASS AF=0.569892;AO=106;DP=186;FAO=106;FDP=186;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=93;FSRF=16;FSRR=64;FWDB=-0.0147854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.249;QD=24.75;RBI=0.014879;REFB=-0.00479258;REVB=-0.00166662;RO=79;SAF=13;SAR=93;SRF=15;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11075;STB=0.569213;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00368102;OID=.;OPOS=21320796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:79:80:106:106:0.569892:93:13:15:64:93:13:16:64 chr17 21320798 . G C 811.97 PASS AF=0.576923;AO=105;DP=183;FAO=105;FDP=182;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=92;FSRF=16;FSRR=61;FWDB=0.0154301;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.932;QD=17.8455;RBI=0.0367171;REFB=-0.0419511;REVB=0.0333175;RO=75;SAF=13;SAR=92;SRF=16;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139083;STB=0.572886;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.105444;OID=.;OPOS=21320798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:75:77:105:105:0.576923:92:13:16:59:92:13:16:61 chr17 21320980 . C G 738.58 PASS AF=0.594828;AO=69;DP=118;FAO=69;FDP=116;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.0156437;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.86;QD=25.4681;RBI=0.0165433;REFB=-0.0289763;REVB=-0.0053811;RO=47;SAF=27;SAR=42;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109371;STB=0.559305;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0169934;OID=.;OPOS=21320980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:47:47:69:69:0.594828:42:27:12:35:42:27:12:35 chr17 21320991 . C T 164.14 PASS AF=0.238095;AO=25;DP=105;FAO=25;FDP=105;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=-0.0178301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.505;QD=6.25279;RBI=0.0222651;REFB=-0.00499832;REVB=-0.013335;RO=78;SAF=4;SAR=21;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323772;STB=0.696913;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0154816;OID=.;OPOS=21320991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:78:80:25:25:0.238095:21:4:28:50:21:4:28:52 chr17 21320993 . G T 661.0 PASS AF=0.607843;AO=62;DP=102;FAO=62;FDP=102;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=0.028815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.245;QD=25.9216;RBI=0.0288744;REFB=-0.0282671;REVB=-0.00185126;RO=40;SAF=21;SAR=41;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116683;STB=0.56317;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0193064;OID=.;OPOS=21320993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:40:40:62:62:0.607843:41:21:8:32:41:21:8:32 chr17 21321005 . C A 117.3 PASS AF=0.223529;AO=18;DP=85;FAO=19;FDP=85;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=0.0119015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7269;QD=5.51997;RBI=0.0573307;REFB=-0.0124991;REVB=0.0560817;RO=63;SAF=4;SAR=14;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150908;STB=0.60963;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0525525;OID=.;OPOS=21321005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:63:66:18:19:0.223529:14:4:20:43:15:4:21:45 chr17 21321016 . T C 378.43 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=0.0681602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.916;QD=24.4146;RBI=0.0681802;REFB=-0.0314814;REVB=-0.00165246;RO=25;SAF=11;SAR=26;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168986;STB=0.591884;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0292798;OID=.;OPOS=21321016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:26:11:3:22:26:11:3:22 chr17 21321028 . CC TG 187.71 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=-0.00228575;FXX=0.0238039;HRUN=6;LEN=2;MLLD=209.373;QD=18.3127;RBI=0.00812155;REFB=-0.0175884;REVB=-0.00779327;RO=21;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185776;STB=0.60853;STBP=0.583;TYPE=mnp;VARB=0.0164562;OID=.;OPOS=21321028;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:42:41:21:21:11:11:0.268293:9:2:2:19:9:2:2:19 chr17 21322933 . C T 34.86 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0182252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.206;QD=4.80862;RBI=0.0184652;REFB=-0.00423116;REVB=-0.00296714;RO=23;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44118;STB=0.801399;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0473692;OID=.;OPOS=21322933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:1:5:11:12:1:5:11:12 chr17 21322972 . GT CC 104.75 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00418529;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.044;QD=10.4751;RBI=0.0103096;REFB=0.0038709;REVB=0.00942187;RO=24;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342971;STB=0.692012;STBP=0.13;TYPE=mnp;VARB=-0.00741446;OID=.;OPOS=21322972;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:27:13:13:0.325:4:9:9:15:4:9:11:16 chr17 21322975 . G A 49.52 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00486494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.366;QD=4.71585;RBI=0.0412363;REFB=-0.00212954;REVB=-0.0409484;RO=34;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00475154;OID=.;OPOS=21322975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:42:42:34:34:8:8:0.190476:4:4:17:17:4:4:17:17 chr17 21323001 . C T 131.45 PASS AF=0.32;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00524312;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.966;QD=10.5158;RBI=0.0148245;REFB=-0.00583877;REVB=-0.0138663;RO=32;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308775;STB=0.661568;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0326754;OID=.;OPOS=21323001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:32:34:16:16:0.32:6:10:11:21:6:10:13:21 chr17 21323049 . C T 132.41 PASS AF=0.235294;AO=19;DP=85;FAO=20;FDP=85;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00921259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.216;QD=6.23123;RBI=0.00987973;REFB=-0.00842017;REVB=-0.00356894;RO=64;SAF=7;SAR=12;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165727;STB=0.571357;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0300307;OID=.;OPOS=21323049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:64:65:19:20:0.235294:12:7:32:32:12:8:32:33 chr17 21323056 . G T 44.2 PASS AF=0.113636;AO=10;DP=88;FAO=10;FDP=88;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.00447152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.788;QD=2.00924;RBI=0.0412299;REFB=-0.00572484;REVB=-0.0409867;RO=77;SAF=9;SAR=1;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563824;STB=0.910862;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0223064;OID=.;OPOS=21323056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:88:88:77:78:10:10:0.113636:1:9:32:45:1:9:32:46 chr17 21323096 . G A 242.48 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0230037;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.38;QD=11.411;RBI=0.0232404;REFB=-0.00309662;REVB=0.00330837;RO=50;SAF=14;SAR=15;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00303604;STB=0.512187;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00403482;OID=.;OPOS=21323096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:50:56:29:29:0.341176:15:14:24:26:15:14:26:30 chr17 21323107 . A G 191.91 PASS AF=0.288889;AO=25;DP=89;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00670106;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.769;QD=8.52949;RBI=0.00799395;REFB=-0.0130039;REVB=-0.0043588;RO=60;SAF=11;SAR=14;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518794;STB=0.532903;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0199635;OID=.;OPOS=21323107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:60:64:25:26:0.288889:14:11:29:31:15:11:30:34 chr17 21730703 . G A 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.00563783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.976;QD=14.9206;RBI=0.0178313;REFB=-0.0184132;REVB=-0.0169166;RO=36;SAF=20;SAR=8;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238322;STB=0.526297;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0314574;OID=.;OPOS=21730703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:8:20:25:11:8:20:25:12 chr17 21731041 . G A 219.13 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00485287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9868;QD=15.3772;RBI=0.0213641;REFB=-0.0201098;REVB=-0.0208057;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855604;STB=0.538432;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0331002;OID=.;OPOS=21731041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:31:25:26:0.45614:14:11:11:20:15:11:11:20 chr17 21825565 . G T 714.83 PASS AF=0.445087;AO=77;DP=170;FAO=77;FDP=173;FR=.;FRO=96;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=-0.0070967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.949;QD=16.5279;RBI=0.00709675;REFB=-0.0131682;REVB=-2.5241e-05;RO=92;SAF=46;SAR=31;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757798;STB=0.537588;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0153728;OID=.;OPOS=21825565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:173:92:96:77:77:0.445087:31:46:48:44:31:46:51:45 chr17 21826256 . A G 231.47 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00283249;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.146;QD=16.5337;RBI=0.00457016;REFB=-0.016331;REVB=-0.00358656;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195899;STB=0.512702;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0190748;OID=.;OPOS=21826256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:30:25:26:0.464286:10:15:18:13:11:15:18:12 chr17 22023528 . G C 308.25 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00222178;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.722;QD=18.1323;RBI=0.00764545;REFB=0.00456856;REVB=-0.0073155;RO=36;SAF=18;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621747;STB=0.543452;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00471394;OID=.;OPOS=22023528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:35:33:33:0.485294:15:18:22:14:15:18:22:13 chr17 22023591 . T C 341.36 PASS AF=0.430233;AO=34;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0105145;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.838;QD=15.8771;RBI=0.0149538;REFB=-0.00612427;REVB=0.0106329;RO=49;SAF=9;SAR=25;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150182;STB=0.558706;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00969732;OID=.;OPOS=22023591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:34:37:0.430233:25:9:19:30:26:11:19:30 chr17 22026431 . C T 70.99 PASS AF=0.434783;AO=8;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.000913421;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.22;QD=12.3454;RBI=0.00485101;REFB=-0.0181498;REVB=-0.00476423;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284261;STB=0.608488;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0151052;OID=.;OPOS=22026431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:22:23:12:13:8:10:0.434783:5:3:8:4:5:5:9:4 chr17 22029018 . A G 226.37 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.085806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2708;QD=17.0848;RBI=0.0961182;REFB=0.0098402;REVB=0.0433133;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108765;STB=0.50613;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00723773;OID=.;OPOS=22029018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:14:11:12:16:14:11:12:16 chr17 25628820 . T C 346.14 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0149761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.195;QD=19.5008;RBI=0.0235385;REFB=0.000792559;REVB=0.0181598;RO=35;SAF=17;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389303;STB=0.521625;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.000790139;OID=.;OPOS=25628820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:19:17:15:20:19:17:15:20 chr17 25972311 . C T 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0122773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.498;QD=12.4026;RBI=0.0133193;REFB=0.00589425;REVB=0.00516451;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23012;STB=0.635191;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00818098;OID=.;OPOS=25972311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:10:6:17:12:10:6:17:12 chr17 26089867 . T C 1575.46 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123444;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.643;QD=60.0176;RBI=0.0183924;REFB=0;REVB=-0.0136344;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39182e-06;OID=.;OPOS=26089867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:55:50:0:0:55:50:0:0 chr17 26092631 . A G 1301.8 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.134;QD=61.9903;RBI=0.0569374;REFB=0;REVB=-0.0465238;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18601e-05;OID=.;OPOS=26092631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr17 26096597 . G A 85.16 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0180036;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.255;QD=10.3221;RBI=0.023787;REFB=-0.00468718;REVB=-0.0155464;RO=23;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20057;STB=0.603574;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00658805;OID=.;OPOS=26096597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:34:33:23:22:11:11:0.333333:3:8:13:10:3:8:13:9 chr17 26105932 . G A 655.62 PASS AF=0.556522;AO=63;DP=114;FAO=64;FDP=115;FR=.;FRO=51;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00794557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.844;QD=22.8042;RBI=0.00928141;REFB=-0.00595704;REVB=0.00479713;RO=49;SAF=42;SAR=21;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656266;STB=0.550118;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00448333;OID=.;OPOS=26105932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:49:51:63:64:0.556522:21:42:29:20:21:43:29:22 chr17 26654991 . A C 269.51 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.00548056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.466;QD=18.9131;RBI=0.015698;REFB=-0.0161517;REVB=0.0147102;RO=28;SAF=13;SAR=16;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261733;STB=0.64522;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0154806;OID=.;OPOS=26654991;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:16:13:21:7:16:13:21:7 chr17 26671945 . A AG 979.26 PASS AF=1;AO=79;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.263826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.6183;QD=42.1185;RBI=0.289584;REFB=0;REVB=0.119392;RO=11;SAF=54;SAR=25;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363551;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00731242;OID=.;OPOS=26671946;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:94:93:93:0:63:30:0:0:16:11:54:25:9:2 chr17 26672360 . G GC 190.32 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.6822;QD=47.5793;RBI=0.0270819;REFB=0;REVB=-0.0205718;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000179508;OID=.;OPOS=26672361;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:16:16:16:0:9:7:0:0:4:0:9:7:0:0 chr17 26674131 . TAGCCAGGTCGTA T 69.26 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0124132;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=12;MLLD=318.258;QD=4.94735;RBI=0.034775;REFB=-0.000866923;REVB=-0.0324841;RO=44;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569475;STB=0.544475;STBP=0.776;TYPE=del;VARB=0.00341705;OID=.;OPOS=26674132;OREF=AGCCAGGTCGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196429:11:57:11:56:45:5:6:18:27:69:44:5:6:18:26 chr17 26674151 . CTG C 71.88 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0093629;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.017;QD=4.63732;RBI=0.0153856;REFB=-0.010981;REVB=-0.0122087;RO=50;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149985;STB=0.596619;STBP=0.489;TYPE=del;VARB=0.0299528;OID=.;OPOS=26674152;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.193548:12:62:12:62:50:6:6:19:31:71:50:6:6:19:31 chr17 26676135 . C T 304.0 PASS AF=0.425;AO=33;DP=79;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0231403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9948;QD=15.2001;RBI=0.0316211;REFB=-0.00372089;REVB=-0.0215503;RO=46;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503063;STB=0.538439;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00586752;OID=.;OPOS=26676135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:46:46:33:34:0.425:20:13:16:30:20:14:16:30 chr17 26684394 . T G 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0288337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4098;QD=36.3478;RBI=0.0378245;REFB=0.0220615;REVB=0.0244808;RO=1;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177567;STB=0.599799;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00279566;OID=.;OPOS=26684394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:9:2:1:0:9:2:1:0 chr17 26684849 . A G 354.31 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.010202;FXX=0.0666593;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.002;QD=16.8718;RBI=0.0103649;REFB=-0.0108444;REVB=-0.00183062;RO=44;SAF=14;SAR=23;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082027;STB=0.52765;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0171004;OID=.;OPOS=26684849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:84:44:47:37:37:0.440476:23:14:17:27:23:14:20:27 chr17 26686416 . G A 389.35 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0322146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.383;QD=16.5682;RBI=0.0322643;REFB=-0.00661505;REVB=0.00179171;RO=53;SAF=27;SAR=14;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15655;STB=0.588191;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00973059;OID=.;OPOS=26686416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:14:27:27:26:14:27:27:26 chr17 26691916 . T C 236.94 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0571045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.354;QD=26.3271;RBI=0.0572401;REFB=-0.00984392;REVB=-0.00393715;RO=14;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00492302;STB=0.50273;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00932873;OID=.;OPOS=26691916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:14:8:5:9:14:8:5:9 chr17 26694483 . A G 663.86 PASS AF=0.647727;AO=57;DP=89;FAO=57;FDP=88;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00458899;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.163;QD=30.1752;RBI=0.0169882;REFB=0.000618378;REVB=-0.0163566;RO=31;SAF=22;SAR=35;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108224;STB=0.558718;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.000352319;OID=.;OPOS=26694483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:31:31:57:57:0.647727:35:22:17:14:35:22:17:14 chr17 26694861 . G A 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0114272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.936;QD=14.9038;RBI=0.0154621;REFB=-0.0290294;REVB=0.0104161;RO=34;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175047;STB=0.599406;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0248102;OID=.;OPOS=26694861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:10:16:15:19:10:16:15:19 chr17 26695068 . T C 43.12 PASS AF=0.263158;AO=5;DP=20;FAO=5;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0483738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.183;QD=9.07876;RBI=0.0483891;REFB=-0.00735371;REVB=-0.00121643;RO=13;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157903;STB=0.684891;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00603443;OID=.;OPOS=26695068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:20:19:13:12:5:5:0.263158:4:1:4:9:4:1:5:7 chr17 26699367 . G GC 156.28 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.8055;QD=39.0704;RBI=0.0596034;REFB=0;REVB=-0.0467991;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536101;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000563761;OID=.;OPOS=26699368;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:16:16:16:0:9:7:0:0:4:1:8:7:1:0 chr17 26708300 . T C 994.18 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.03;QD=57.6338;RBI=0.0312753;REFB=0.0145164;REVB=0.0295477;RO=1;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011386;STB=0.505745;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000112642;OID=.;OPOS=26708300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:66:68:0.985507:41:25:0:1:43:25:0:1 chr17 26708302 . G T 919.23 PASS AF=0.955882;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0316185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.353;QD=54.0724;RBI=0.0402723;REFB=-0.117674;REVB=0.0249425;RO=3;SAF=23;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279399;STB=0.514954;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00137084;OID=.;OPOS=26708302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:68:3:3:64:65:0.955882:41:23:2:1:42:23:2:1 chr17 26708547 . CTTTC CTTCG 753.02 PASS AF=1;AO=30;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.248021;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=37.5131;QD=56.8313;RBI=0.289244;REFB=0;REVB=-0.148822;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00144606;OID=.;OPOS=26708550;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CTTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:53:53:53:0:34:19:0:0:4:0:13:17:0:0 chr17 26727721 . GA G 870.63 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.2634;QD=47.7058;RBI=0.0458599;REFB=0;REVB=-0.02195;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000994904;OID=.;OPOS=26727722;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:72:73:73:0:40:33:0:0:16:0:37:32:0:0 chr17 26824156 . A G 72.65 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0146641;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.262;QD=17.0948;RBI=0.030647;REFB=-0.00173703;REVB=-0.026911;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371297;STB=0.52169;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0031654;OID=.;OPOS=26824156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:3:5:6:3:3:5 chr17 26961753 . C T 472.63 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00855392;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.62;QD=17.3441;RBI=0.012144;REFB=-0.00732408;REVB=-0.00862016;RO=58;SAF=35;SAR=16;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221704;STB=0.623765;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00628674;OID=.;OPOS=26961753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:58:58:51:51:0.46789:16:35:27:31:16:35:27:31 chr17 27009749 . C T 834.09 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00515061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.076;QD=57.5234;RBI=0.0118832;REFB=0;REVB=0.0107089;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0593e-06;OID=.;OPOS=27009749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:40:17:0:0:40:18:0:0 chr17 27068005 . TGAG T 236.96 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=0.00925419;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=3;MLLD=286.283;QD=17.5525;RBI=0.0611245;REFB=-0.00400215;REVB=0.0604199;RO=25;SAF=18;SAR=7;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143216;STB=0.583571;STBP=0.303;TYPE=del;VARB=0.00435659;OID=.;OPOS=27068006;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:25:55:26:54:28:18:8:23:5:99:25:18:7:21:4 chr17 27185827 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.798;QD=64.1531;RBI=0.0211588;REFB=0;REVB=-0.0120347;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172181;OID=.;OPOS=27185827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr17 27207453 . G A 726.6 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00728093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.489;QD=63.1825;RBI=0.00982735;REFB=0;REVB=-0.00660037;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.99477e-05;OID=.;OPOS=27207453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr17 27286851 . T C 513.23 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0110424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2707;QD=17.2514;RBI=0.0158086;REFB=-0.0091073;REVB=0.0113127;RO=64;SAF=35;SAR=20;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151093;STB=0.584221;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0118475;OID=.;OPOS=27286851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:64:55:55:0.462185:20:35:31:33:20:35:31:33 chr17 27422053 . C T 598.23 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.160054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.855;QD=58.3642;RBI=0.161371;REFB=-0.104503;REVB=0.0205758;RO=2;SAF=14;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623593;STB=0.516121;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00136749;OID=.;OPOS=27422053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:2:1:39:40:0.97561:25:14:2:0:25:15:1:0 chr17 27424316 . G A 288.66 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.628;QD=50.2013;RBI=0.0750962;REFB=0;REVB=0.0698891;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684946;OID=.;OPOS=27424316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:10:13:0:0 chr17 27438469 . G A 518.82 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0237707;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=94.0575;QD=50.6165;RBI=0.0346642;REFB=-0.149327;REVB=0.0252301;RO=1;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406685;STB=0.505544;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0025358;OID=.;OPOS=27438469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:41:41:1:4:37:37:0.902439:11:26:0:1:11:26:3:1 chr17 27441077 . C G 642.02 PASS AF=1;AO=36;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.853;QD=61.1449;RBI=0.0454808;REFB=0;REVB=0.0291684;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447698;OID=.;OPOS=27441077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:36:42:1:23:13:0:0:27:15:0:0 chr17 27588806 . C A 347.92 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00351031;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.0351;QD=53.5263;RBI=0.0170042;REFB=0;REVB=-0.0166379;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00469323;OID=.;OPOS=27588806;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:15:11:0:0 chr17 27588980 . CAG C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234293;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=246.686;QD=43.4862;RBI=0.0472282;REFB=0;REVB=0.0410069;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000556617;OID=.;OPOS=27588981;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:12:12:12:0:6:6:0:0:4:0:6:6:0:0 chr17 27835138 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.512;QD=50.4134;RBI=0.0117286;REFB=0;REVB=-0.0012183;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26876e-05;OID=.;OPOS=27835138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr17 27889578 . T C 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.285;QD=60.4469;RBI=0.0401509;REFB=0;REVB=0.0376994;RO=0;SAF=69;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86387e-05;OID=.;OPOS=27889578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:42:69:0:0:42:69:0:0 chr17 27889986 . T C 990.54 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00983242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.627;QD=59.1365;RBI=0.0683329;REFB=0;REVB=0.0676218;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127075;OID=.;OPOS=27889986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr17 27901975 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.688;QD=60.6097;RBI=0.0744407;REFB=0;REVB=-0.0731588;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361486;OID=.;OPOS=27901975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr17 27904711 . G A 344.76 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0271806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5548;QD=21.8894;RBI=0.0561823;REFB=0.00208637;REVB=0.0491697;RO=28;SAF=21;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13916;STB=0.576879;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00162042;OID=.;OPOS=27904711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:14:21:12:16:14:21:12:16 chr17 28268800 . A C 191.04 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0238002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0721;QD=13.4065;RBI=0.0463221;REFB=0.0171561;REVB=0.0397403;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845597;STB=0.548547;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.0244713;OID=.;OPOS=28268800;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:14:9:16:18:14:9:16:18 chr17 28296327 . T G 173.47 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0107285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2125;QD=27.7553;RBI=0.0575006;REFB=-0.0270608;REVB=-0.0564909;RO=8;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169637;STB=0.509423;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0104858;OID=.;OPOS=28296327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:25:25:8:8:17:17:0.68:8:9:4:4:8:9:4:4 chr17 28320248 . T A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.172;QD=62.3509;RBI=0.0444385;REFB=0;REVB=0.00674013;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60704e-05;OID=.;OPOS=28320248;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr17 28381141 . C G 224.32 PASS AF=0.6;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00108416;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.911;QD=25.6367;RBI=0.0200721;REFB=0.0161559;REVB=0.0200428;RO=14;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127962;STB=0.571359;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.0110211;OID=.;OPOS=28381141;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:14:14:21:21:0.6:14:7:7:7:14:7:7:7 chr17 28407876 . T G 466.59 PASS AF=0.534884;AO=40;DP=81;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0036218;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3716;QD=21.7017;RBI=0.0684269;REFB=-0.0379523;REVB=0.0683309;RO=39;SAF=25;SAR=15;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103221;STB=0.520296;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0335563;OID=.;OPOS=28407876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:86:39:40:40:46:0.534884:15:25:20:19:21:25:20:20 chr17 28444183 . A C 740.27 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0035;QD=56.944;RBI=0.0380187;REFB=0;REVB=-0.0304504;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.17761e-05;OID=.;OPOS=28444183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr17 28511978 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.003;QD=42.1827;RBI=0.0402056;REFB=0;REVB=0.0329947;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607653;OID=.;OPOS=28511978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr17 28671550 . T A 197.82 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0230937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.414;QD=18.8395;RBI=0.0235636;REFB=-0.0141613;REVB=0.00468232;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035222;STB=0.54541;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0168117;OID=.;OPOS=28671550;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:22:19:20:0.47619:7:12:14:7:8:12:15:7 chr17 28712037 . C T 412.99 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0118365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.102;QD=15.8842;RBI=0.0280497;REFB=-0.0078138;REVB=-0.0254299;RO=57;SAF=26;SAR=20;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159024;STB=0.593321;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00820486;OID=.;OPOS=28712037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:57:58:46:46:0.442308:20:26:23:34:20:26:23:35 chr17 28794020 . A G 435.13 PASS AF=0.459184;AO=43;DP=96;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0147353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5333;QD=17.7602;RBI=0.0184816;REFB=-0.00791345;REVB=-0.0111553;RO=52;SAF=21;SAR=22;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829906;STB=0.561964;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0163914;OID=.;OPOS=28794020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:52:53:43:45:0.459184:22:21:21:31:22:23:21:32 chr17 28853530 . A C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0120689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.996;QD=13.4559;RBI=0.0168078;REFB=-0.0197887;REVB=0.011698;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771943;STB=0.545372;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0225847;OID=.;OPOS=28853530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:7:8:5:6:7:8 chr17 28900708 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00632049;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=267.377;QD=57.2026;RBI=0.0132755;REFB=0;REVB=-0.0116744;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10461e-05;OID=.;OPOS=28900708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chr17 29486152 . G A 833.89 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00282707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.957;QD=57.5098;RBI=0.0051167;REFB=0;REVB=0.00426477;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44327e-06;OID=.;OPOS=29486152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr17 29496819 . C T 357.94 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0159993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1343;QD=49.3714;RBI=0.016668;REFB=-0.119225;REVB=0.00467386;RO=2;SAF=17;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176938;STB=0.50953;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0103106;OID=.;OPOS=29496819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:29:29:2:2:27:27:0.931034:10:17:1:1:10:17:1:1 chr17 29508775 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.071;QD=63.5822;RBI=0.035485;REFB=0;REVB=-0.00417418;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.94068e-05;OID=.;OPOS=29508775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr17 29849423 . G A 413.95 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.00180054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.998;QD=19.4797;RBI=0.0317863;REFB=-0.0276668;REVB=0.0317353;RO=43;SAF=30;SAR=12;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322001;STB=0.679354;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.023557;OID=.;OPOS=29849423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:12:30:16:27:12:30:16:27 chr17 29859146 . C T 291.57 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00269899;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.677;QD=25.9174;RBI=0.0272816;REFB=-0.0303718;REVB=-0.0271477;RO=18;SAF=15;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138919;STB=0.565987;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0150363;OID=.;OPOS=29859146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:18:19:26:26:0.577778:11:15:7:11:11:15:8:11 chr17 29859464 . G A 230.88 PASS AF=0.647059;AO=21;DP=33;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0280924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.535;QD=27.1624;RBI=0.0283183;REFB=0.00335769;REVB=-0.00356964;RO=12;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17222;STB=0.580036;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00137623;OID=.;OPOS=29859464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:34:12:12:21:22:0.647059:14:7:7:5:14:8:7:5 chr17 29859506 . G T 139.16 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0221319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0203;QD=12.3695;RBI=0.0782608;REFB=-0.0249203;REVB=0.0750662;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341752;STB=0.675465;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0398034;OID=.;OPOS=29859506;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:29:16:16:0.355556:6:10:8:19:6:10:10:19 chr17 29890808 . C T 306.54 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0344489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3517;QD=27.2481;RBI=0.0417254;REFB=-0.0114614;REVB=-0.0235432;RO=18;SAF=16;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22546;STB=0.6243;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00934474;OID=.;OPOS=29890808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:11:16:5:13:11:16:5:13 chr17 29890870 . C G 201.03 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00520252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.595;QD=15.1721;RBI=0.0148935;REFB=0.00209285;REVB=-0.0139553;RO=30;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769762;STB=0.54388;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00335468;OID=.;OPOS=29890870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:14:9:14:16:14:9:14:16 chr17 30183857 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.779;QD=56.1914;RBI=0.025543;REFB=0;REVB=0.0203501;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83275e-05;OID=.;OPOS=30183857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr17 30222002 . T C 562.15 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467163;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.415;QD=60.7731;RBI=0.0490168;REFB=0;REVB=0.01484;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350246;OID=.;OPOS=30222002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr17 30533970 . A G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0101882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.362;QD=21.5108;RBI=0.0116024;REFB=-0.021452;REVB=0.00555121;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920302;STB=0.551668;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0179831;OID=.;OPOS=30533970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:5:10:10:8:5:10 chr17 30625205 . G A 1632.96 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206873;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.08;QD=59.3803;RBI=0.0462269;REFB=-0.11522;REVB=0.0413395;RO=0;SAF=48;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755195;OID=.;OPOS=30625205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:110:110:0:0:109:110:1:61:48:0:0:62:48:0:0 chr17 31268378 . C T 247.32 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.037604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.863;QD=13.7402;RBI=0.0433596;REFB=-0.00119146;REVB=-0.0215868;RO=42;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658703;STB=0.531228;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00133234;OID=.;OPOS=31268378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:43:29:29:0.402778:12:17:22:20:12:17:23:20 chr17 31318932 . CA CACTG,TG 138.73 PASS AF=0.535714,0;AO=11,3;DP=29;FAO=15,0;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11,0;FSAR=4,0;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0500642,-0.0260012;FXX=0.0344709;HRUN=1,2;LEN=3,2;MLLD=182.113,104.484;QD=19.8184;RBI=0.0515663,0.0570091;REFB=-0.0333209,-0.0057657;REVB=0.0123554,-0.0507343;RO=11;SAF=8,2;SAR=3,1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.325354,0.318673;STB=0.704153,0.5;STBP=0.02,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.037123,0;OID=.,.;OPOS=31318934,31318932;OREF=-,CA;OALT=CTG,TG;OMAPALT=CACTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:11:13:11,3:15,0:0.535714,0:3,1:8,2:4:7:4,0:11,0:4:9 chr17 31618732 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.596;QD=39.2044;RBI=0.0596517;REFB=0;REVB=-0.0575464;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000583378;OID=.;OPOS=31618732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr17 32483237 . A G 343.51 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0119021;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.635;QD=18.3204;RBI=0.014435;REFB=0.00104716;REVB=-0.00816756;RO=38;SAF=17;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022984;STB=0.518977;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.000569286;OID=.;OPOS=32483237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:39:36:36:0.48:19:17:17:21:19:17:17:22 chr17 32483270 . C G 434.92 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.07053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.666;QD=20.9598;RBI=0.070535;REFB=-0.00701052;REVB=-0.000840689;RO=40;SAF=21;SAR=22;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553361;STB=0.530587;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00562256;OID=.;OPOS=32483270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:22:21:17:23:22:21:17:23 chr17 32583269 . T C 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0122771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.609;QD=15.6454;RBI=0.019517;REFB=-0.0108482;REVB=0.015172;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171759;STB=0.509795;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0168035;OID=.;OPOS=32583269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:11:11:15:14:11:11:15:14 chr17 32583911 . C T 300.81 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00283311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7358;QD=20.7458;RBI=0.0155561;REFB=-0.0172558;REVB=-0.0152959;RO=26;SAF=16;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156139;STB=0.586155;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0194233;OID=.;OPOS=32583911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:16:16:8:18:16:16:8:18 chr17 32647831 . A C 190.06 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0140966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8826;QD=21.7216;RBI=0.0181373;REFB=-0.0454448;REVB=-0.0114126;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257597;STB=0.644625;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0369813;OID=.;OPOS=32647831;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:12:7:11:5:12:7:11:5 chr17 32904586 . C T 795.72 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8568;QD=55.8401;RBI=0.0364602;REFB=0;REVB=-0.0306569;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196688;OID=.;OPOS=32904586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:22:34:0:0:22:35:0:0 chr17 32906008 . C G 363.81 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0208946;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=65.191;QD=15.8178;RBI=0.0326004;REFB=-0.00194071;REVB=-0.025024;RO=53;SAF=15;SAR=24;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078472;STB=0.504423;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00257226;OID=.;OPOS=32906008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:24:15:20:33:24:15:20:33 chr17 32953258 . G A 305.29 PASS AF=0.658537;AO=24;DP=38;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0533251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.059;QD=29.7839;RBI=0.127638;REFB=-0.0507637;REVB=0.115965;RO=14;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122609;STB=0.567518;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0287768;OID=.;OPOS=32953258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:14:14:24:27:0.658537:11:13:5:9:12:15:5:9 chr17 33255117 . T C 123.11 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00716759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.319;QD=16.4146;RBI=0.0309122;REFB=-0.00717258;REVB=0.0300697;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247787;STB=0.642653;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.010058;OID=.;OPOS=33255117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:6:10:5:9:6:10 chr17 33269648 . C G 192.1 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.01029;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.616;QD=21.954;RBI=0.0112268;REFB=-0.00728915;REVB=-0.00448961;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35805;STB=0.701974;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00419152;OID=.;OPOS=33269648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:16:19:19:0.542857:14:5:11:5:14:5:11:5 chr17 33288363 . C T 1327.68 PASS AF=0.557522;AO=125;DP=225;FAO=126;FDP=226;FR=.;FRO=100;FSAF=50;FSAR=76;FSRF=40;FSRR=60;FWDB=-0.0210578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.624;QD=23.4988;RBI=0.0223702;REFB=-0.0197059;REVB=-0.00754956;RO=93;SAF=50;SAR=75;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00176098;STB=0.501466;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0151408;OID=.;OPOS=33288363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:93:100:125:126:0.557522:75:50:37:56:76:50:40:60 chr17 33288882 . T G 1410.64 PASS AF=1;AO=81;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.938;QD=60.6725;RBI=0.0694558;REFB=0;REVB=0.0180114;RO=0;SAF=21;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0033116;OID=.;OPOS=33288882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:81:93:1:60:21:0:0:62:31:0:0 chr17 33289113 . AAG AA,A 41.51 PASS AF=0.0263158,0.263158;AO=4,8;DP=39;FAO=1,10;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=0,4;FSAR=1,6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0674829,-0.0221829;FXX=0;HRUN=6,5;LEN=1,2;MLLD=13.0133,24.1683;QD=4.36997;RBI=0.0895893,0.0879855;REFB=-0.0131467,-0.0394524;REVB=0.0589262,0.0851432;RO=27;SAF=2,3;SAR=2,5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0.6,0;SSEP=0.480519,0;SSSB=-0.0627456,-0.213633;STB=0.991554,0.638028;STBP=0.28,0.304;TYPE=del,del;VARB=-0.0194565,0.134122;OID=.,.;OPOS=33289115,33289114;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0263158,0.263158:4,8:39:1,10:38:27:0,4:1,6:16:11:37:27:2,3:2,5:15:12 chr17 33289937 . A T 284.63 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0372648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.417;QD=15.3854;RBI=0.0395764;REFB=-0.000539017;REVB=0.0133276;RO=42;SAF=20;SAR=12;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265908;STB=0.649908;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00156634;OID=.;OPOS=33289937;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:12:20:15:27:12:20:15:27 chr17 33307586 . G A 269.75 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.025799;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.24;QD=20.7497;RBI=0.0322117;REFB=-0.025148;REVB=-0.0192875;RO=24;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100975;STB=0.505614;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0278154;OID=.;OPOS=33307586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:24:24:28:28:0.538462:16:12:10:14:16:12:10:14 chr17 33332629 . G A 297.77 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0108164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1549;QD=15.881;RBI=0.0154376;REFB=-0.0239279;REVB=-0.0110147;RO=41;SAF=22;SAR=11;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896444;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0212693;OID=.;OPOS=33332629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:42:33:33:0.44:11:22:27:14:11:22:28:14 chr17 33448818 . T C 905.64 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0219216;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.2988;QD=56.6024;RBI=0.0284582;REFB=0.0304566;REVB=-0.0181469;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0224129;OID=.;OPOS=33448818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:33:30:0:0:33:30:0:1 chr17 33454415 . C A 334.23 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0557114;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.152;QD=51.4196;RBI=0.0559476;REFB=-0.103074;REVB=0.00513556;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370602;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00102771;OID=.;OPOS=33454415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:26:1:1:24:25:0.961538:12:12:1:0:13:12:1:0 chr17 33464864 . C T 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2758;QD=60.9755;RBI=0.0644119;REFB=0;REVB=0.0621413;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721796;OID=.;OPOS=33464864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr17 33469279 . G C 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4192;QD=42.1796;RBI=0.084743;REFB=0;REVB=-0.0658421;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00471988;OID=.;OPOS=33469279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr17 33680807 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.721;QD=48.7371;RBI=0.034465;REFB=0;REVB=0.0222854;RO=0;SAF=16;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.25068e-05;OID=.;OPOS=33680807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:1:16:0:0:1:16:0:0 chr17 33680840 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9485;QD=55.0961;RBI=0.020521;REFB=0;REVB=-0.0193059;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000639145;OID=.;OPOS=33680840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr17 33689926 . T C 1539.95 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3074;QD=59.8039;RBI=0.0539609;REFB=0;REVB=-0.0358137;RO=0;SAF=67;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000438499;OID=.;OPOS=33689926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:36:67:0:0:36:67:0:0 chr17 33690466 . C A 123.02 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0169431;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.185;QD=13.669;RBI=0.0172068;REFB=-0.00160079;REVB=0.00300133;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780192;STB=0.545393;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0050396;OID=.;OPOS=33690466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:10:4:5:17:10:4:5:17 chr17 33768199 . G A 1607.04 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00704075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.426;QD=64.2818;RBI=0.0142863;REFB=0;REVB=0.0124309;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07088e-06;OID=.;OPOS=33768199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:43:57:0:0:43:57:0:0 chr17 33768354 . C T 846.31 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0659857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.9861;QD=57.3772;RBI=0.118909;REFB=0;REVB=0.0989209;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374303;OID=.;OPOS=33768354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:59:0:0:55:59:1:30:25:0:0:34:25:0:0 chr17 33769034 . G A 390.79 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00915443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.286;QD=32.5662;RBI=0.00995923;REFB=-0.00206128;REVB=-0.00392207;RO=16;SAF=24;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221793;STB=0.62187;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00140616;OID=.;OPOS=33769034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:8:24:7:9:8:24:7:9 chr17 33769038 . C A 291.47 PASS AF=0.563636;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00501836;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.785;QD=21.198;RBI=0.0726571;REFB=-0.0348625;REVB=0.0724836;RO=25;SAF=20;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128337;STB=0.547914;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0256072;OID=.;OPOS=33769038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:25:24:30:31:0.563636:10:20:13:12:11:20:13:11 chr17 33772658 . G T 341.95 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00197684;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9777;QD=15.7219;RBI=0.0100411;REFB=0.00234473;REVB=0.0098446;RO=50;SAF=17;SAR=20;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061363;STB=0.534573;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00256609;OID=.;OPOS=33772658;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:50:50:37:37:0.425287:20:17:20:30:20:17:20:30 chr17 33805150 . T C 348.59 PASS AF=0.4625;AO=36;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00654933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.069;QD=17.4294;RBI=0.00973903;REFB=-0.014638;REVB=0.00720798;RO=43;SAF=14;SAR=22;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143487;STB=0.585638;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0174038;OID=.;OPOS=33805150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:36:37:0.4625:22:14:23:20:23:14:23:20 chr17 33814758 . T C 240.48 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0294972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.792;QD=21.3758;RBI=0.029562;REFB=-0.0116016;REVB=0.00195708;RO=22;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137196;STB=0.576857;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00941488;OID=.;OPOS=33814758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:12:11:14:8:12:11:14:8 chr17 33880003 . C G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0070813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.356;QD=11.1034;RBI=0.013039;REFB=-0.011255;REVB=0.0109486;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125396;STB=0.576693;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0438931;OID=.;OPOS=33880003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:6:4:2:5:6:4 chr17 33881631 . T C 445.98 PASS AF=0.459184;AO=37;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0469656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.424;QD=18.2032;RBI=0.0473106;REFB=0.0121153;REVB=0.00570325;RO=51;SAF=16;SAR=21;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997537;STB=0.512955;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0132143;OID=.;OPOS=33881631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:53:37:45:0.459184:21:16:27:24:21:24:27:26 chr17 33881718 . G A 323.05 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0486005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6165;QD=14.3576;RBI=0.0491309;REFB=-0.00224857;REVB=-0.00719965;RO=54;SAF=17;SAR=19;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293728;STB=0.516678;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00482345;OID=.;OPOS=33881718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:54:36:36:0.4:19:17:27:27:19:17:27:27 chr17 33884804 . T C 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00184401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.114;QD=14.7406;RBI=0.00400543;REFB=-0.0154427;REVB=-0.00355571;RO=41;SAF=20;SAR=10;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115373;STB=0.565612;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0237316;OID=.;OPOS=33884804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:10:20:23:18:10:20:23:18 chr17 33901965 . C G 139.49 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00116491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.748;QD=12.3991;RBI=0.0448291;REFB=-0.0202686;REVB=0.044814;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284778;STB=0.657918;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0150176;OID=.;OPOS=33901965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:29:16:16:0.355556:5:11:12:16:5:11:13:16 chr17 33954527 . C G 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0321591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.924;QD=16.0649;RBI=0.0403417;REFB=0.000838271;REVB=0.0243565;RO=24;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239599;STB=0.638566;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000714761;OID=.;OPOS=33954527;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:13:5:12:12:13:5:12:12 chr17 34070283 . G A 330.22 PASS AF=0.418605;AO=38;DP=88;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0106809;FXX=0.0227247;HRUN=7;LEN=1;MLLD=253.272;QD=15.3589;RBI=0.0109633;REFB=-0.0133511;REVB=-0.00247244;RO=49;SAF=22;SAR=16;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02851;STB=0.502616;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0161281;OID=.;OPOS=34070283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:49:50:38:36:0.418605:16:22:27:22:16:20:28:22 chr17 34070284 . G A 37.58 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.00227942;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=169.483;QD=1.70825;RBI=0.00814388;REFB=-0.00647731;REVB=-0.00781838;RO=79;SAF=5;SAR=4;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016731;STB=0.512792;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0335527;OID=.;OPOS=34070284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:88:79:79:9:9:0.102273:4:5:45:34:4:5:45:34 chr17 34077232 . G A 234.22 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0306723;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.335;QD=24.023;RBI=0.0547687;REFB=-0.00679391;REVB=0.0453742;RO=17;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178848;STB=0.599908;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00864345;OID=.;OPOS=34077232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:17:17:22:22:0.564103:14:8:10:7:14:8:10:7 chr17 34091078 . C G 2209.08 PASS AF=0.97931;AO=141;DP=143;FAO=142;FDP=145;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0526925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9419;QD=60.9401;RBI=0.0563582;REFB=0.0299751;REVB=-0.0199937;RO=2;SAF=52;SAR=89;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105647;STB=0.508196;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0029476;OID=.;OPOS=34091078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:143:145:2:3:141:142:0.97931:89:52:0:2:90:52:0:3 chr17 34100350 . G GC 653.64 PASS AF=1;AO=40;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021627;FXX=0.0232504;HRUN=0;LEN=1;MLLD=251.725;QD=62.2516;RBI=0.048941;REFB=0;REVB=0.0439032;RO=2;SAF=11;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248513;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000126572;OID=.;OPOS=34100351;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:44:42:42:0:13:29:0:0:4:2:11:29:1:1 chr17 34182341 . G A 196.33 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00493337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.252;QD=17.8479;RBI=0.0190136;REFB=-0.0107992;REVB=0.0183624;RO=24;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397655;STB=0.694916;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0103627;OID=.;OPOS=34182341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:24:19:20:0.454545:4:15:10:14:5:15:10:14 chr17 34215825 . T C 281.07 PASS AF=0.343434;AO=34;DP=99;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.0209734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.871;QD=11.3562;RBI=0.0214889;REFB=-0.0165551;REVB=-0.00467894;RO=65;SAF=13;SAR=21;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346465;STB=0.519988;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0255451;OID=.;OPOS=34215825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:65:65:34:34:0.343434:21:13:23:42:21:13:23:42 chr17 34252537 . A C 434.42 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0104398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4624;QD=18.2914;RBI=0.0104928;REFB=-0.0108608;REVB=-0.00105324;RO=51;SAF=19;SAR=25;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942183;STB=0.552595;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0122614;OID=.;OPOS=34252537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:25:19:27:24:25:19:27:24 chr17 34261831 . A G 386.88 PASS AF=0.481928;AO=38;DP=81;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0424695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4461;QD=18.6449;RBI=0.0474549;REFB=0.0039111;REVB=0.0211734;RO=43;SAF=12;SAR=26;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10758;STB=0.56907;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00295663;OID=.;OPOS=34261831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:43:43:38:40:0.481928:26:12:18:25:28:12:18:25 chr17 34264862 . T C 506.84 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00977848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.63;QD=20.4783;RBI=0.0108123;REFB=-0.0126125;REVB=0.0046139;RO=50;SAF=24;SAR=25;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100471;STB=0.555579;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0139747;OID=.;OPOS=34264862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:25:24:19:31:25:24:19:31 chr17 34303693 . T C 48.69 PASS AF=0.173913;AO=7;DP=34;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.000864318;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=75.4233;QD=4.23425;RBI=0.0242344;REFB=-0.00218053;REVB=-0.0242189;RO=26;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174911;STB=0.54337;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00468897;OID=.;OPOS=34303693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:34:46:26:38:7:8:0.173913:4:3:15:11:4:4:17:21 chr17 34311432 . G A 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00304826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.697;QD=16.0642;RBI=0.00884291;REFB=0.00382267;REVB=0.00830091;RO=31;SAF=18;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860135;STB=0.548742;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0125383;OID=.;OPOS=34311432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:8:18:19:12:8:18:19:12 chr17 34312849 . TA T 33.91 PASS AF=0.30303;AO=7;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.011075;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.0738;QD=4.10977;RBI=0.113134;REFB=-0.0152601;REVB=-0.112591;RO=23;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.487805;SSSB=-0.546871;STB=0.768666;STBP=0.056;TYPE=del;VARB=0.0107849;OID=.;OPOS=34312850;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303:7:32:10:33:23:2:8:13:10:33:23:1:6:14:9 chr17 34313612 . G A 148.04 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0420227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6358;QD=9.39945;RBI=0.0513409;REFB=-0.0149303;REVB=-0.0294956;RO=43;SAF=7;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164573;STB=0.597601;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0327003;OID=.;OPOS=34313612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:13:7:21:22:13:7:21:22 chr17 34313674 . G A 152.9 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00122661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.954;QD=10.3662;RBI=0.0153679;REFB=-0.0198942;REVB=0.0153189;RO=39;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075894;STB=0.544701;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0360771;OID=.;OPOS=34313674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:14:6:14:25:14:6:14:25 chr17 34328461 . A G 300.64 PASS AF=0.553571;AO=26;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0233756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.746;QD=21.4744;RBI=0.0366811;REFB=-0.0190128;REVB=-0.0282681;RO=20;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302;STB=0.524594;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0159554;OID=.;OPOS=34328461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:25:26:31:0.553571:12:14:10:10:12:19:14:11 chr17 34340284 . C T 407.3 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00544752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.886;QD=22.9465;RBI=0.0186904;REFB=-0.0183705;REVB=-0.017879;RO=31;SAF=24;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682023;STB=0.537553;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0116931;OID=.;OPOS=34340284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:16:24:16:15:16:24:16:15 chr17 34341398 . A G 252.87 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0400357;FXX=0.0487686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.783;QD=25.9356;RBI=0.0409521;REFB=-0.0182289;REVB=-0.00861497;RO=16;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160664;STB=0.508921;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.013626;OID=.;OPOS=34341398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:16:16:23:23:0.589744:11:12:8:8:11:12:8:8 chr17 34416537 . G A 474.0 PASS AF=0.490196;AO=49;DP=101;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=41;FWDB=0.0019534;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.663;QD=18.5881;RBI=0.0352959;REFB=-0.00334936;REVB=0.0352418;RO=51;SAF=17;SAR=32;SRF=11;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140411;STB=0.576507;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00356259;OID=.;OPOS=34416537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:51:52:49:50:0.490196:32:17:11:40:33:17:11:41 chr17 34431287 . G T 1227.08 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.863;QD=61.3541;RBI=0.0385589;REFB=0;REVB=0.0346955;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129041;OID=.;OPOS=34431287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:44:34:0:0:44:36:0:0 chr17 34431961 . T C 223.05 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.347;QD=49.5662;RBI=0.0570132;REFB=0;REVB=0.0520312;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240462;OID=.;OPOS=34431961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr17 34432663 . AT GA 514.23 PASS AF=0.571429;AO=47;DP=85;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00473008;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=2;MLLD=199.724;QD=24.4869;RBI=0.0063389;REFB=0.00287347;REVB=0.00421995;RO=36;SAF=19;SAR=28;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991565;STB=0.557668;STBP=0.237;TYPE=mnp;VARB=-0.00270333;OID=.;OPOS=34432663;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:36:36:47:48:0.571429:28:19:19:17:29:19:19:17 chr17 34437572 . C T 131.45 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0305778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.671;QD=13.8366;RBI=0.045701;REFB=-0.0236207;REVB=-0.0339644;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383171;STB=0.71974;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0268604;OID=.;OPOS=34437572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:6:9:5:18:6:9:5:18 chr17 34539815 . G C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0609907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.508;QD=53.2736;RBI=0.0723704;REFB=0;REVB=-0.0389565;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0026755;OID=.;OPOS=34539815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr17 35478362 . T C 907.34 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00343296;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.135;QD=58.5381;RBI=0.0179053;REFB=0;REVB=0.0175731;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283618;OID=.;OPOS=35478362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr17 35609866 . C T 650.4 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.94;QD=61.9427;RBI=0.0454227;REFB=0;REVB=0.0162142;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105164;OID=.;OPOS=35609866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:26:15:0:0:26:16:0:0 chr17 35696804 . G A 340.32 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.774;QD=54.4506;RBI=0.01149;REFB=0;REVB=0.00790245;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34337e-05;OID=.;OPOS=35696804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:15:10:0:0 chr17 35696825 . AGAG A,AAG 177.33 PASS AF=0,1;AO=2,3;DP=18;FAO=0,15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655264,0.065416;FXX=0.166574;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=61.7048,97.3648;QD=47.2876;RBI=0.0919676,0.225669;REFB=0,0;REVB=0.0917339,0.21598;RO=12;SAF=1,1;SAR=1,2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.275016,0.109789;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00471012;OID=.,.;OPOS=35696826,35696826;OREF=GAG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,3:18:0,15:15:0:0,3:0,12:0:0:3:12:1,1:1,2:3:9 chr17 35873324 . T C 1249.96 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.861;QD=60.2389;RBI=0.0256053;REFB=-0.0182487;REVB=0.00736031;RO=1;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129728;STB=0.506848;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000142774;OID=.;OPOS=35873324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:36:46:0:1:36:46:0:1 chr17 35873399 . TA T 1129.85 PASS AF=1;AO=91;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326826;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.7502;QD=48.0789;RBI=0.0441872;REFB=0;REVB=-0.0297382;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.15603e-05;OID=.;OPOS=35873400;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:91:95:94:94:0:56:38:0:0:20:0:54:37:0:0 chr17 35902225 . C G 1131.58 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.278;QD=59.5567;RBI=0.0446809;REFB=0;REVB=0.00863402;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128626;OID=.;OPOS=35902225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:76:0:0:71:76:1:38:33:0:0:40:36:0:0 chr17 35937637 . T C 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.364;QD=58.9621;RBI=0.0067782;REFB=0;REVB=-0.00278173;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0662e-05;OID=.;OPOS=35937637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr17 36358847 . T A 1308.89 PASS AF=0.727273;AO=104;DP=143;FAO=104;FDP=143;FR=.;FRO=39;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0035012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7908;QD=36.6122;RBI=0.0368176;REFB=-0.0362704;REVB=0.0366508;RO=39;SAF=53;SAR=51;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767007;STB=0.541026;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0142203;OID=.;OPOS=36358847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:39:39:104:104:0.727273:51:53:14:25:51:53:14:25 chr17 36387082 . C T 131.08 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0160954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2027;QD=8.88683;RBI=0.0569036;REFB=-0.0128935;REVB=-0.0545798;RO=41;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710869;STB=0.542326;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0199601;OID=.;OPOS=36387082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:9:9:18:23:9:9:18:23 chr17 36474601 . A G 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0378017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.49;QD=11.1978;RBI=0.0446561;REFB=-0.00845322;REVB=-0.0237739;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887244;STB=0.553101;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0115792;OID=.;OPOS=36474601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:4:8:13:9:4:8:13:9 chr17 36478388 . G T 92.05 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0268127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.729;QD=18.4095;RBI=0.0459644;REFB=-0.0450451;REVB=0.0373336;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175522;STB=0.642612;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0247898;OID=.;OPOS=36478388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:7:9:11:11:0.55:6:5:5:2:6:5:7:2 chr17 36485753 . G C 108.57 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00579236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.854;QD=13.5709;RBI=0.0315996;REFB=-0.0298441;REVB=0.0310641;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754579;STB=0.543976;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0317053;OID=.;OPOS=36485753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:8:5:6:13:8:5:6:13 chr17 36617210 . A G 304.28 PASS AF=0.333333;AO=39;DP=117;FAO=39;FDP=117;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0333196;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.472;QD=10.4029;RBI=0.0540131;REFB=-0.0224715;REVB=-0.0425115;RO=74;SAF=23;SAR=16;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415116;STB=0.526231;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0310667;OID=.;OPOS=36617210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:74:78:39:39:0.333333:16:23:41:33:16:23:43:35 chr17 36635721 . C T 750.47 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578194;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0926;QD=63.8697;RBI=0.0204252;REFB=0;REVB=0.0195897;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198687;OID=.;OPOS=36635721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr17 36646386 . A G 3347.19 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.927;QD=61.985;RBI=0.0352718;REFB=0;REVB=0.0340546;RO=1;SAF=101;SAR=114;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00416096;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64722e-05;OID=.;OPOS=36646386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:216:1:0:215:216:1:114:101:0:1:115:101:0:0 chr17 36861983 . T C 428.41 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9001;QD=57.1206;RBI=0.0480833;REFB=0;REVB=0.0129265;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000538855;OID=.;OPOS=36861983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:25:5:0:0:25:5:0:0 chr17 36873773 . G C 77.43 PASS AF=0.25;AO=4;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=36;FWDB=0.187474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.4728;QD=6.45224;RBI=0.198373;REFB=-0.0306236;REVB=-0.0648503;RO=27;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.725044;STB=0.821206;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.166331;OID=.;OPOS=36873773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:48:48:27:36:4:12:0.25:3:1:0:27:10:2:0:36 chr17 36890949 . T C 229.51 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0201897;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.011;QD=19.5324;RBI=0.0294692;REFB=-0.0134001;REVB=0.0214665;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413286;STB=0.516883;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0146757;OID=.;OPOS=36890949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:25:22:22:0.468085:13:9:10:12:13:9:11:14 chr17 36894839 . G A 96.16 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.00359091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.48;QD=12.0205;RBI=0.0143159;REFB=-0.00408334;REVB=0.0138582;RO=20;SAF=1;SAR=11;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18253;STB=0.610894;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0137014;OID=.;OPOS=36894839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:11:1:3:17:11:1:3:17 chr17 36906480 . G A 245.81 PASS AF=0.638889;AO=16;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.163313;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.1083;QD=27.3122;RBI=0.174141;REFB=-0.0733562;REVB=0.0604471;RO=12;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567603;STB=0.561991;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0508542;OID=.;OPOS=36906480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:12:13:16:23:0.638889:11:5:3:9:12:11:4:9 chr17 36909061 . A G 592.5 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0867561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.904;QD=60.7694;RBI=0.0890806;REFB=0;REVB=-0.0202169;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176872;OID=.;OPOS=36909061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:22:17:0:0 chr17 36922196 . A G 371.89 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0328123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.749;QD=25.6477;RBI=0.032814;REFB=-0.0207113;REVB=0.000331207;RO=22;SAF=16;SAR=20;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702015;STB=0.53844;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0158693;OID=.;OPOS=36922196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:20:16:12:10:20:16:12:10 chr17 36922839 . C G 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00287875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.865;QD=18.9484;RBI=0.0530864;REFB=-0.0179038;REVB=-0.0530083;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111794;STB=0.562455;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.030637;OID=.;OPOS=36922839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:12:16:12:15:12:16:12:15 chr17 36926731 . T G 180.65 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0511663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5733;QD=12.9035;RBI=0.0711677;REFB=-0.0135697;REVB=0.0494657;RO=34;SAF=6;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198791;STB=0.615274;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0161165;OID=.;OPOS=36926731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:16:6:15:19:16:6:15:19 chr17 36926767 . G A 159.08 PASS AF=0.36;AO=15;DP=48;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0152605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.36;QD=12.7267;RBI=0.0164185;REFB=-0.00933207;REVB=-0.0060566;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168599;STB=0.648481;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0157051;OID=.;OPOS=36926767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:29:32:15:18:0.36:9:6:16:13:12:6:18:14 chr17 37017969 . T G 282.53 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0556259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8602;QD=23.0639;RBI=0.0615301;REFB=0.0152871;REVB=0.0263004;RO=23;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471213;STB=0.526295;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.0111206;OID=.;OPOS=37017969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:11:15:12:11:11:15:12:11 chr17 37023896 . G A 165.99 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00706519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.885;QD=15.441;RBI=0.0315676;REFB=-0.00406504;REVB=0.0307668;RO=25;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031474;STB=0.508762;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00668863;OID=.;OPOS=37023896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:25:17:18:0.418605:5:12:17:8:6:12:17:8 chr17 37070658 . A G 712.78 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595189;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2645;QD=63.3582;RBI=0.0300528;REFB=0;REVB=-0.0294576;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132301;OID=.;OPOS=37070658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr17 37074932 . C T 209.69 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00679709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.236;QD=18.6392;RBI=0.0128461;REFB=0.00344794;REVB=0.0109006;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264895;STB=0.64986;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00346175;OID=.;OPOS=37074932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:8:13:8:16:8:13:8:16 chr17 37076331 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.22;QD=55.6557;RBI=0.061222;REFB=0;REVB=0.0471093;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348175;OID=.;OPOS=37076331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr17 37101380 . T C 804.26 PASS AF=0.95082;AO=50;DP=62;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00411648;FXX=0.0161264;HRUN=5;LEN=1;MLLD=178.154;QD=52.7381;RBI=0.029723;REFB=-0.128213;REVB=0.0294366;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.528292;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000502681;OID=.;OPOS=37101380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:61:0:3:50:58:0.95082:26:24:0:0:33:25:3:0 chr17 37213317 . C A 169.67 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0452678;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.28;QD=23.4034;RBI=0.0454856;REFB=-0.011716;REVB=0.00444663;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857078;STB=0.547891;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00695061;OID=.;OPOS=37213317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:12:17:17:0.586207:11:6:3:9:11:6:3:9 chr17 37224211 . C T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0263799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.174;QD=14.3351;RBI=0.0344335;REFB=-0.00688351;REVB=-0.0221306;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239166;STB=0.617521;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00866851;OID=.;OPOS=37224211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:7:10:20:5:7:10:20:6 chr17 37228765 . A G 699.34 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0521564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0609;QD=54.8505;RBI=0.0538921;REFB=-0.0230302;REVB=-0.0135671;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192104;STB=0.5102;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000124333;OID=.;OPOS=37228765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:26:24:1:0:26:24:1:0 chr17 37349710 . C G 1033.66 PASS AF=0.478632;AO=106;DP=224;FAO=112;FDP=234;FR=.;FRO=122;FSAF=40;FSAR=72;FSRF=23;FSRR=99;FWDB=0.0425368;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.44;QD=17.6695;RBI=0.0463581;REFB=-0.0477747;REVB=0.0184309;RO=116;SAF=37;SAR=69;SRF=21;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187733;STB=0.601249;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0644543;OID=.;OPOS=37349710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:234:116:122:106:112:0.478632:69:37:21:95:72:40:23:99 chr17 37410892 . C G 996.55 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426113;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.036;QD=59.4956;RBI=0.0427682;REFB=0;REVB=-0.00365931;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.16247e-07;OID=.;OPOS=37410892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr17 37814080 . G A 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.658;QD=57.3816;RBI=0.0876359;REFB=0;REVB=0.0635829;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344921;OID=.;OPOS=37814080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:17:40:0:0:17:40:0:0 chr17 37822311 . A C 611.12 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.683;QD=61.112;RBI=0.0495547;REFB=0;REVB=0.0468512;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026381;OID=.;OPOS=37822311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:11:28:0:0:12:28:0:0 chr17 37828496 . T C 483.72 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.007;QD=58.6325;RBI=0.0260744;REFB=0;REVB=0.0215494;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66719e-05;OID=.;OPOS=37828496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:9:23:0:0:10:23:0:0 chr17 37828745 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.678;QD=37.4885;RBI=0.0244959;REFB=0;REVB=0.0213093;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503594;OID=.;OPOS=37828745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr17 37828787 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.309;QD=42.1826;RBI=0.0395543;REFB=0;REVB=0.00337014;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524362;OID=.;OPOS=37828787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr17 37829129 . A G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.5901;QD=43.4817;RBI=0.0739803;REFB=0;REVB=-0.0707445;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110767;OID=.;OPOS=37829129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr17 37830900 . A G 703.63 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.314;QD=55.1865;RBI=0.0221422;REFB=-0.10066;REVB=0.0183886;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177622;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209321;OID=.;OPOS=37830900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:51:1:0:50:51:1:24:26:1:0:24:27:0:0 chr17 37884037 . C G 742.11 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0991326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8588;QD=60.5803;RBI=0.123198;REFB=-0.14839;REVB=0.0731462;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268299;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00770887;OID=.;OPOS=37884037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:45:49:1:0:44:49:1:27:17:1:0:31:18:0:0 chr17 37898543 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.756;QD=60.978;RBI=0.107428;REFB=0;REVB=0.0375752;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164815;OID=.;OPOS=37898543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:11:28:0:0:11:28:0:0 chr17 38121993 . G A 1887.16 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283848;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5541;QD=60.8762;RBI=0.0347453;REFB=-0.0983873;REVB=0.0200385;RO=0;SAF=71;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251111;OID=.;OPOS=38121993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:124:124:0:0:123:124:1:52:71:0:0:52:72:0:0 chr17 38122680 . G T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0100991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.936;QD=19.0581;RBI=0.0107846;REFB=-0.0155281;REVB=0.00378372;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214966;STB=0.512182;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0178367;OID=.;OPOS=38122680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:10:9:9:11:10:9:9:11 chr17 38122686 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.081277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8109;QD=19.058;RBI=0.12348;REFB=0.0401618;REVB=0.0929595;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214966;STB=0.512182;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.0395125;OID=.;OPOS=38122686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:10:9:9:11:10:9:9:11 chr17 38131187 . C A 264.31 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00269583;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9791;QD=15.1033;RBI=0.0370891;REFB=-0.0250962;REVB=0.036991;RO=40;SAF=11;SAR=19;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235382;STB=0.633244;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0327498;OID=.;OPOS=38131187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:19:11:24:16:19:11:24:16 chr17 38137364 . G A 224.34 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0664409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8457;QD=19.9413;RBI=0.0760671;REFB=0.00946317;REVB=0.0370381;RO=20;SAF=15;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121974;STB=0.541722;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00826107;OID=.;OPOS=38137364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:23:22:22:0.488889:7:15:11:9:7:15:14:9 chr17 38154038 . G C 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0112483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.201;QD=13.8496;RBI=0.018399;REFB=-0.0121746;REVB=-0.0145602;RO=25;SAF=11;SAR=5;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924333;STB=0.553442;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0180687;OID=.;OPOS=38154038;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:5:11:19:6:5:11:19:6 chr17 38173143 . G A 222.45 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0113336;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.283;QD=18.159;RBI=0.0260286;REFB=0.0021;REVB=0.0234315;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831127;STB=0.547128;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00236223;OID=.;OPOS=38173143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:27:22:22:0.44898:10:12:17:10:10:12:17:10 chr17 38176256 . A T 38.14 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00309617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9504;QD=10.1717;RBI=0.0405662;REFB=0.0151079;REVB=0.0404479;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426681;STB=0.768236;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00869171;OID=.;OPOS=38176256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:5:4:5:1:5:4 chr17 38179492 . A G 328.68 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.000970836;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.861;QD=18.0097;RBI=0.00190897;REFB=-0.000897093;REVB=-0.00164367;RO=37;SAF=8;SAR=27;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300817;STB=0.664438;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000756292;OID=.;OPOS=38179492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:35:35:0.479452:27:8:19:18:27:8:19:19 chr17 38246286 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0138539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.159;QD=15.7003;RBI=0.0154267;REFB=-0.0134898;REVB=-0.00678619;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117088;STB=0.56798;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0179961;OID=.;OPOS=38246286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:11:4:7:12:11:4:7:12 chr17 38350583 . G A 111.89 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00622299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.7;QD=17.9017;RBI=0.0371897;REFB=-0.0342914;REVB=-0.0366653;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262554;STB=0.65192;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0513987;OID=.;OPOS=38350583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:6:6:3:10:6:6 chr17 38437920 . GA G 45.03 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.172741;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.39043;QD=6.00397;RBI=0.209934;REFB=-0.0718441;REVB=0.119302;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692817;STB=0.550186;STBP=0.662;TYPE=del;VARB=0.115037;OID=.;OPOS=38437921;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:12:30:13:30:17:5:8:8:9:45:15:4:8:6:9 chr17 38457151 . G A 253.51 PASS AF=0.441176;AO=27;DP=65;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00612285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.164;QD=14.9125;RBI=0.00713819;REFB=-0.0434954;REVB=0.0036694;RO=37;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870148;STB=0.503065;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0359053;OID=.;OPOS=38457151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:37:38:27:30:0.441176:17:10:14:23:18:12:15:23 chr17 38784927 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0319041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.53;QD=13.486;RBI=0.0384826;REFB=-0.0106159;REVB=0.0215185;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202897;STB=0.620415;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.012749;OID=.;OPOS=38784927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:5:6:3:6:5:6 chr17 38855772 . T C 726.88 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00438785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7228;QD=52.8641;RBI=0.0605994;REFB=-0.136897;REVB=0.0604403;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.520825;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00324552;OID=.;OPOS=38855772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:0:2:53:53:0.963636:23:30:0:0:23:30:0:2 chr17 38857446 . C A 1656.84 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286852;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.645;QD=60.2488;RBI=0.0448452;REFB=0;REVB=0.034471;RO=0;SAF=60;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0645e-05;OID=.;OPOS=38857446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:108:110:1:48:60:0:0:50:60:0:0 chr17 38858134 . CA C,GC 684.6 PASS AF=1,0;AO=39,2;DP=42;FAO=44,0;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322177,0.0781014;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=294.94,272.155;QD=62.2366;RBI=0.0322232,0.0781788;REFB=0,0;REVB=-0.000596098,-0.00347586;RO=0;SAF=1,0;SAR=38,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=9.55045e-05,0;OID=.,.;OPOS=38858135,38858134;OREF=A,CA;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:39,2:44,0:1,0:38,2:1,0:0:0:43,0:1,0:0:0 chr17 38911212 . G A 171.0 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0419017;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1606;QD=12.4363;RBI=0.0435383;REFB=-0.0134563;REVB=-0.0118249;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279167;STB=0.526291;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0175276;OID=.;OPOS=38911212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:21:21:0.381818:12:9:15:18:12:9:16:18 chr17 38911363 . G A 219.73 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0365017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.321;QD=17.5787;RBI=0.0514225;REFB=-0.00715897;REVB=0.0362202;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114534;STB=0.565158;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0226945;OID=.;OPOS=38911363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:12:10:16:12:12:10:16:12 chr17 38933576 . A G 544.6 PASS AF=0.60241;AO=49;DP=84;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.141704;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3843;QD=26.2457;RBI=0.142462;REFB=-0.0476479;REVB=0.014678;RO=34;SAF=22;SAR=27;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169213;STB=0.581586;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0250742;OID=.;OPOS=38933576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:34:33:49:50:0.60241:27:22:23:11:27:23:22:11 chr17 38935812 . A G 226.92 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0355642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9229;QD=15.6498;RBI=0.0412463;REFB=0.00501045;REVB=-0.0208912;RO=32;SAF=11;SAR=15;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224374;STB=0.626537;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00559218;OID=.;OPOS=38935812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:15:11:21:11:15:11:21:11 chr17 38935876 . C T 189.46 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0385436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.792;QD=15.7879;RBI=0.0397889;REFB=-0.0243794;REVB=-0.00987625;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362745;STB=0.520813;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0633022;OID=.;OPOS=38935876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:13:15:10:10:13:15 chr17 38936659 . C T 521.38 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0580061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.175;QD=20.8552;RBI=0.0582064;REFB=0.00890298;REVB=0.00482404;RO=49;SAF=22;SAR=28;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00844802;OID=.;OPOS=38936659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:50:50:50:0.5:28:22:21:28:28:22:22:28 chr17 38950272 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.306;QD=59.3227;RBI=0.0207325;REFB=0;REVB=0.00527716;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27297e-05;OID=.;OPOS=38950272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr17 38955173 . G A 319.82 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0158567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.893;QD=18.5405;RBI=0.0173095;REFB=-0.00676785;REVB=0.00694145;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649372;STB=0.53616;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00964554;OID=.;OPOS=38955173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:15:19:22:13:15:19:22:13 chr17 38955961 . G A 175.85 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00811452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.905;QD=20.6884;RBI=0.0146822;REFB=-0.00828574;REVB=-0.0122361;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149652;STB=0.584323;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00508644;OID=.;OPOS=38955961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:10:8:10:6:10:8:10:6 chr17 38978462 . C T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0420603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.431;QD=15.9171;RBI=0.0423251;REFB=-0.00573872;REVB=-0.00472747;RO=14;SAF=1;SAR=12;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386532;STB=0.765423;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00219075;OID=.;OPOS=38978462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:12:1:4:10:12:1:5:10 chr17 38978536 . A C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.901;QD=54.5177;RBI=0.0107861;REFB=0;REVB=0.00431838;RO=0;SAF=3;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16935e-05;OID=.;OPOS=38978536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:22:3:0:0:22:3:0:0 chr17 38990834 . G C 1176.29 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.003;QD=60.3226;RBI=0.06178;REFB=0;REVB=0.0615034;RO=0;SAF=47;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26567e-05;OID=.;OPOS=38990834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:78:0:0:72:78:1:25:47:0:0:29:49:0:0 chr17 38991003 . T C 993.81 PASS AF=0.530387;AO=95;DP=181;FAO=96;FDP=181;FR=.;FRO=85;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.00363514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.832;QD=21.9626;RBI=0.013816;REFB=-0.0115564;REVB=0.0133292;RO=85;SAF=48;SAR=47;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502008;STB=0.524857;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0107098;OID=.;OPOS=38991003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:85:85:95:96:0.530387:47:48:38:47:48:48:38:47 chr17 38991032 . T A 2875.84 PASS AF=0.994624;AO=183;DP=186;FAO=185;FDP=186;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0491604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4236;QD=61.8461;RBI=0.0681936;REFB=-0.121658;REVB=0.0472612;RO=0;SAF=88;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0579e-08;STB=0.502793;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000917673;OID=.;OPOS=38991032;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:186:186:0:1:183:185:0.994624:95:88:0:0:96:89:1:0 chr17 39081713 . A G 578.5 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0202876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.79;QD=17.1408;RBI=0.0202911;REFB=-0.0243978;REVB=0.000374649;RO=72;SAF=31;SAR=30;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10255;STB=0.548856;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.018986;OID=.;OPOS=39081713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:72:74:61:61:0.451852:30:31:29:43:30:31:31:43 chr17 39084504 . T C 286.21 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0198697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.93;QD=18.172;RBI=0.0420521;REFB=-0.0166984;REVB=0.0370618;RO=32;SAF=11;SAR=20;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137254;STB=0.576872;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0157494;OID=.;OPOS=39084504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:20:11:16:16:20:11:16:16 chr17 39116644 . C T 424.16 PASS AF=0.472527;AO=41;DP=89;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00848467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.364;QD=18.6445;RBI=0.0378435;REFB=-0.00936841;REVB=-0.0368801;RO=48;SAF=31;SAR=10;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198468;STB=0.583489;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0102665;OID=.;OPOS=39116644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:48:48:41:43:0.472527:10:31:28:20:12:31:28:20 chr17 39134455 . G A 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.000111081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.342;QD=12.9739;RBI=0.000112224;REFB=0.00902528;REVB=1.59798e-05;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210525;STB=0.621445;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00772891;OID=.;OPOS=39134455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:4:8:15:3:4:8:15:3 chr17 39135205 . A G 829.69 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.097;QD=57.2198;RBI=0.0345732;REFB=0;REVB=0.0316509;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79481e-05;OID=.;OPOS=39135205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:39:17:0:0:39:19:0:0 chr17 39135207 . A G 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0201761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.385;QD=12.5628;RBI=0.02215;REFB=-0.00553247;REVB=0.00914041;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219043;STB=0.624896;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00891563;OID=.;OPOS=39135207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:12:10:9:26:12:10:9:26 chr17 39137297 . C T 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.82;QD=51.1787;RBI=0.0351387;REFB=0;REVB=-0.0242206;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28391e-05;OID=.;OPOS=39137297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr17 39139348 . A G 680.78 PASS AF=0.473684;AO=72;DP=152;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.0124579;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.27;QD=17.9153;RBI=0.0344808;REFB=-0.0229584;REVB=-0.0321516;RO=80;SAF=41;SAR=31;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547077;STB=0.530295;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0235187;OID=.;OPOS=39139348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:80:80:72:72:0.473684:31:41:41:39:31:41:41:39 chr17 39140272 . A G 435.63 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0376124;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4544;QD=20.744;RBI=0.0423132;REFB=-0.00592998;REVB=-0.0193834;RO=41;SAF=18;SAR=25;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104738;STB=0.558009;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0046712;OID=.;OPOS=39140272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:25:18:22:19:25:18:22:19 chr17 39150167 . G A 141.43 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.00102503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.412;QD=11.0923;RBI=0.058316;REFB=-0.0193067;REVB=0.0583069;RO=33;SAF=15;SAR=2;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250785;STB=0.646348;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0270091;OID=.;OPOS=39150167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:34:17:17:0.333333:2:15:25:8:2:15:26:8 chr17 39150284 . A G 785.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.036;QD=57.0995;RBI=0.0248178;REFB=0;REVB=-0.0130462;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16697e-05;OID=.;OPOS=39150284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr17 39150357 . A G 799.34 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.401;QD=57.0959;RBI=0.0270108;REFB=0;REVB=0.0119378;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21375e-05;OID=.;OPOS=39150357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:21:34:0:0:22:34:0:0 chr17 39155881 . C T 112.56 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0020229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.386;QD=9.18862;RBI=0.00996866;REFB=-0.00859162;REVB=0.00976125;RO=34;SAF=3;SAR=11;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56687;STB=0.841262;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00690901;OID=.;OPOS=39155881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:35:14:14:0.285714:11:3:25:9:11:3:26:9 chr17 39156027 . G A 355.82 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0118111;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.683;QD=21.5645;RBI=0.0144463;REFB=-0.0355752;REVB=-0.00831815;RO=30;SAF=13;SAR=23;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912444;STB=0.550503;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0445502;OID=.;OPOS=39156027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:23:13:14:16:23:13:14:16 chr17 39156067 . A G 311.77 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00253887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.434;QD=16.6276;RBI=0.00298043;REFB=-0.0238153;REVB=-0.00156113;RO=39;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18583;STB=0.614842;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0298139;OID=.;OPOS=39156067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:41:34:34:0.453333:16:18:13:26:16:18:13:28 chr17 39156084 . T C 356.51 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00277995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7207;QD=19.2709;RBI=0.0104356;REFB=-0.0220557;REVB=-0.0100586;RO=36;SAF=19;SAR=18;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159667;STB=0.594132;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0249983;OID=.;OPOS=39156084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:37:37:37:0.5:18:19:12:24:18:19:12:25 chr17 39183254 . T C 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0134387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.292;QD=18.8207;RBI=0.0134415;REFB=-0.0017144;REVB=-0.000273471;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230212;STB=0.629444;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0014195;OID=.;OPOS=39183254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:4:8:9:1:4:8:9:1 chr17 39183304 . C T 133.27 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.00413535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.478;QD=15.6785;RBI=0.0147309;REFB=-0.0207883;REVB=0.0141385;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263521;STB=0.649179;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.026927;OID=.;OPOS=39183304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:16:3:6:9:16:3 chr17 39185966 . T C 223.54 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0318564;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.971;QD=14.9024;RBI=0.0338915;REFB=0.0143886;REVB=0.0115675;RO=28;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161077;STB=0.583269;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.0200109;OID=.;OPOS=39185966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:34:25:26:0.433333:10:15:12:16:10:16:16:18 chr17 39186031 . C T 239.98 PASS AF=0.45;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0240237;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.906;QD=15.9986;RBI=0.0272371;REFB=-0.00679046;REVB=-0.0128344;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124346;STB=0.584705;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00655066;OID=.;OPOS=39186031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:31:33:27:27:0.45:13:14:12:19:13:14:12:21 chr17 39186052 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0219721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.731;QD=19.8257;RBI=0.0272382;REFB=-0.0155436;REVB=0.016098;RO=25;SAF=8;SAR=19;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207938;STB=0.616602;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.017009;OID=.;OPOS=39186052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:19:8:13:12:19:8:13:12 chr17 39186168 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1451;QD=45.8067;RBI=0.0638452;REFB=0;REVB=-0.0499851;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00300358;OID=.;OPOS=39186168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr17 39186195 . CA TG 60.31 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0202581;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=188.661;QD=17.2314;RBI=0.031473;REFB=0.000472402;REVB=0.0240864;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128939;STB=0.599771;STBP=0.535;TYPE=mnp;VARB=0.0003229;OID=.;OPOS=39186195;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:5:6:8:8:0.571429:5:3:1:4:5:3:1:5 chr17 39186220 . G A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0103241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.979;QD=10.8845;RBI=0.0135238;REFB=-0.0177252;REVB=0.00873535;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232278;STB=0.513987;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0362022;OID=.;OPOS=39186220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:7:8:5:4:7:8 chr17 39186302 . C T 259.04 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00785562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.451;QD=24.0965;RBI=0.0993554;REFB=-0.0195731;REVB=0.0990443;RO=19;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208682;STB=0.511618;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.016687;OID=.;OPOS=39186302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:12:12:9:10:12:12:9:10 chr17 39190758 . T C 129.16 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.014783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.081;QD=21.5272;RBI=0.0582811;REFB=-0.00610403;REVB=-0.0563751;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736238;STB=0.541607;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00311737;OID=.;OPOS=39190758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:7:7:4:6:7:7:4:6 chr17 39190830 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0131508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.526;QD=10.6346;RBI=0.0160584;REFB=-0.00276495;REVB=0.00921577;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392276;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00484582;OID=.;OPOS=39190830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:6:7:4:4:6:7 chr17 39197176 . G A 87.77 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0142797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4547;QD=14.6287;RBI=0.0331429;REFB=-0.0311963;REVB=0.0299089;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544356;STB=0.817603;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0223196;OID=.;OPOS=39197176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:24:13:13:11:11:0.458333:9:2:10:3:9:2:10:3 chr17 39203455 . G C 48.38 PASS AF=0.3125;AO=5;DP=17;FAO=5;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0125591;FXX=0.0587889;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.169;QD=12.0955;RBI=0.0237823;REFB=0.00334915;REVB=0.0201957;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286688;STB=0.705136;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0202345;OID=.;OPOS=39203455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:17:16:7:8:5:5:0.3125:3:2:5:2:3:2:6:2 chr17 39203490 . G C 522.49 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.055025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4141;QD=56.4854;RBI=0.0624196;REFB=-0.020975;REVB=0.0294695;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032238;STB=0.517232;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00120932;OID=.;OPOS=39203490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:35:36:0.972973:14:21:0:1:14:22:0:1 chr17 39203521 . GTGGTGTCTGAGGC G,GTGG 543.0 PASS AF=0.810811,0.189189;AO=30,5;DP=40;FAO=30,7;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=8,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851713,-0.00882948;FXX=0.0749813;HRUN=1,1;LEN=13,10;MLLD=266.049,165.7;QD=58.7025;RBI=0.0438641,0.017377;REFB=0,0;REVB=0.0430293,0.0149667;RO=0;SAF=22,0;SAR=8,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000466979,0.0232584;OID=.,.;OPOS=39203522,39203525;OREF=TGGTGTCTGAGGC,TGTCTGAGGC;OALT=-,-;OMAPALT=G,GTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.810811,0.189189:30,5:40:30,7:37:0:22,2:8,5:0:0:42:0:22,0:8,5:0:0 chr17 39203553 . G T 346.09 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0222257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8135;QD=26.622;RBI=0.0225098;REFB=-0.0470179;REVB=0.00356475;RO=19;SAF=18;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128516;STB=0.507038;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0308507;OID=.;OPOS=39203553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:15:18:10:9:15:18:10:9 chr17 39216302 . T G,TG 150.27 PASS AF=0,0.409091;AO=2,15;DP=43;FAO=0,18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=0,13;FSAR=0,5;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.0187341,-0.117099;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=161.64,26.2079;QD=13.6606;RBI=0.0883091,0.179631;REFB=-0.00229754,-0.0129215;REVB=-0.0862991,-0.136217;RO=26;SAF=1,12;SAR=1,3;SRF=22;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.401516,-0.0830164;STB=0.5,0.599217;STBP=1,0.357;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00653142;OID=.,.;OPOS=39216302,39216303;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:43:44:26:26:2,15:0,18:0,0.409091:1,3:1,12:22:4:0,5:0,13:22:4 chr17 39240504 . A G 60.27 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0158636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.138;QD=17.2209;RBI=0.016133;REFB=-0.00175434;REVB=0.00293589;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661115;STB=0.571253;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.000441204;OID=.;OPOS=39240504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:5:6:8:8:0.571429:4:4:2:3:4:4:2:4 chr17 39240511 . A T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0068287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3418;QD=17.2298;RBI=0.0399363;REFB=-0.00381959;REVB=-0.0393482;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122361;STB=0.571253;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00064661;OID=.;OPOS=39240511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:2:4:4:4:2:4 chr17 39305636 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00522205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.485;QD=8.30767;RBI=0.0203973;REFB=-0.00440057;REVB=0.0197175;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180179;STB=0.613332;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00707139;OID=.;OPOS=39305636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:6:2:7:11:6:2:7:11 chr17 39334456 . G A 642.07 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3924;QD=59.7271;RBI=0.125929;REFB=0;REVB=0.10673;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00836553;OID=.;OPOS=39334456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:20:21:0:0:22:21:0:0 chr17 39340707 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.307;QD=59.8394;RBI=0.0669306;REFB=0;REVB=0.0432554;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295971;OID=.;OPOS=39340707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr17 39340910 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.006;QD=33.4283;RBI=0.0157319;REFB=0;REVB=0.0156852;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303391;OID=.;OPOS=39340910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr17 39341158 . G A 575.78 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0839;QD=60.6084;RBI=0.0342321;REFB=0;REVB=-0.0326156;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289554;OID=.;OPOS=39341158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:21:17:0:0 chr17 39341266 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.88;QD=46.848;RBI=0.0372754;REFB=0;REVB=-0.0177902;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102634;OID=.;OPOS=39341266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr17 39341294 . T A 191.14 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.673;QD=47.7851;RBI=0.0581039;REFB=0;REVB=0.00997047;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284861;OID=.;OPOS=39341294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:13:16:1:7:6:0:0:7:9:0:0 chr17 39341473 . G C 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4838;QD=56.7009;RBI=0.03069;REFB=0;REVB=-0.0306479;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000488492;OID=.;OPOS=39341473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr17 39346518 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.061;QD=48.7368;RBI=0.0302052;REFB=0;REVB=-0.00331856;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290002;OID=.;OPOS=39346518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr17 39383335 . C G 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.7462;QD=58.1319;RBI=0.074388;REFB=0;REVB=0.0396239;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078166;OID=.;OPOS=39383335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr17 39394674 . A G 235.84 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.00486838;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.114;QD=24.8248;RBI=0.0185249;REFB=-0.00978302;REVB=0.0178737;RO=14;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413116;STB=0.746399;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00419135;OID=.;OPOS=39394674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:14:16:22:22:0.578947:15:7:13:1:15:7:15:1 chr17 39394729 . C A 149.74 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.157706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7933;QD=28.5222;RBI=0.16988;REFB=0.0611284;REVB=-0.0631503;RO=6;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309762;STB=0.673226;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0197543;OID=.;OPOS=39394729;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:11:4:5:1:11:4:5:1 chr17 39394755 . C A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0158981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3066;QD=19.1337;RBI=0.0569531;REFB=-0.0306652;REVB=0.0546892;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281149;STB=0.666029;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0203721;OID=.;OPOS=39394755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:2:0:3:2:2:0 chr17 39406409 . C A 450.86 PASS AF=0.425;AO=50;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=-0.00089131;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7916;QD=15.0287;RBI=0.0596754;REFB=-0.0182841;REVB=0.0596687;RO=68;SAF=29;SAR=21;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399576;STB=0.520889;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0219792;OID=.;OPOS=39406409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:68:69:50:51:0.425:21:29:42:26:21:30:43:26 chr17 39406447 . A G 599.26 PASS AF=0.429487;AO=65;DP=154;FAO=67;FDP=156;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=0.01624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.059;QD=15.3658;RBI=0.0250923;REFB=-0.0155101;REVB=-0.0191281;RO=89;SAF=40;SAR=25;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939396;STB=0.512191;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0183778;OID=.;OPOS=39406447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:89:89:65:67:0.429487:25:40:54:35:25:42:54:35 chr17 39406567 . C A 531.39 PASS AF=0.361582;AO=64;DP=177;FAO=64;FDP=177;FR=.;FRO=113;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=-0.0312219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.789;QD=12.0088;RBI=0.032286;REFB=-0.00461009;REVB=0.0082207;RO=111;SAF=43;SAR=21;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185126;STB=0.606386;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0120708;OID=.;OPOS=39406567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:111:113:64:64:0.361582:21:43:57:54:21:43:58:55 chr17 39406589 . A G 2457.9 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0497988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.034;QD=60.6888;RBI=0.0529978;REFB=-0.0820065;REVB=0.0181342;RO=1;SAF=90;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525787;STB=0.502762;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000185307;OID=.;OPOS=39406589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:1:1:161:161:0.993827:71:90:1:0:71:90:1:0 chr17 39406673 . T G 754.49 PASS AF=0.5;AO=77;DP=156;FAO=79;FDP=158;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=0.0274987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.3891;QD=19.1011;RBI=0.050763;REFB=-0.00621376;REVB=0.0426697;RO=78;SAF=33;SAR=44;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14682;STB=0.588401;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00655168;OID=.;OPOS=39406673;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:78:79:77:79:0.5:44:33:46:32:46:33:47:32 chr17 39412372 . G C 305.02 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0220444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9216;QD=15.0625;RBI=0.0247926;REFB=-0.00104353;REVB=0.0113454;RO=47;SAF=20;SAR=14;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367817;STB=0.520821;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.000946693;OID=.;OPOS=39412372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:14:20:26:21:14:20:26:21 chr17 39422677 . C T 1002.57 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5139;QD=58.1197;RBI=0.103431;REFB=0;REVB=-0.00286636;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154939;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480624;OID=.;OPOS=39422677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:1:0:68:69:1:38:30:1:0:38:31:0:0 chr17 39432562 . A T 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0264466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.537;QD=12.4026;RBI=0.0290103;REFB=-0.00741877;REVB=0.0119236;RO=29;SAF=11;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816726;STB=0.548225;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0133953;OID=.;OPOS=39432562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:5:11:18:11:5:11:18:11 chr17 39458476 . A T 345.61 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0161186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.766;QD=14.252;RBI=0.0356175;REFB=0.0167055;REVB=-0.0317615;RO=59;SAF=22;SAR=16;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398071;STB=0.52264;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.0259114;OID=.;OPOS=39458476;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:59:38:38:0.391753:16:22:32:27:16:22:32:27 chr17 39458573 . TGTACAGATGGTTG T 142.28 PASS AF=0.322034;AO=18;DP=62;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0147401;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=13;MLLD=311.043;QD=9.6463;RBI=0.0169297;REFB=-0.00804178;REVB=-0.0083273;RO=40;SAF=5;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323849;STB=0.646251;STBP=0.122;TYPE=del;VARB=0.0169813;OID=.;OPOS=39458574;OREF=GTACAGATGGTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322034:18:62:19:59:40:6:13:21:19:99:40:5:13:22:18 chr17 39458765 . A G 140.18 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0181395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.978;QD=20.7679;RBI=0.0213904;REFB=-0.00757452;REVB=0.0113361;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232282;STB=0.649798;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0106196;OID=.;OPOS=39458765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:27:27:11:12:15:15:0.555556:10:5:7:4:10:5:8:4 chr17 39458893 . G A 497.2 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0010179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.857;QD=23.6761;RBI=0.00480371;REFB=-0.0108684;REVB=-0.00469463;RO=37;SAF=18;SAR=29;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107553;STB=0.55912;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00740062;OID=.;OPOS=39458893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:47:47:0.559524:29:18:19:18:29:18:19:18 chr17 39464046 . G C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0250498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.33;QD=13.9591;RBI=0.041012;REFB=-0.0134016;REVB=0.0324729;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135151;STB=0.581152;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0122594;OID=.;OPOS=39464046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:4:3:2:5:4:3 chr17 39464487 . G C 226.63 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0203269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.825;QD=20.6031;RBI=0.0855365;REFB=-0.00708755;REVB=0.0830862;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185364;STB=0.590829;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00657729;OID=.;OPOS=39464487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:22:21:22:0.5:10:11:7:15:11:11:7:15 chr17 39464736 . C G 106.85 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0686229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2363;QD=12.2115;RBI=0.0788835;REFB=0.0106611;REVB=-0.0389037;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218069;STB=0.628624;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.0185083;OID=.;OPOS=39464736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:8:5:13:9:8:5:13:9 chr17 39465094 . C T 78.4 PASS AF=0.526316;AO=6;DP=20;FAO=10;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0158003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5632;QD=16.5054;RBI=0.0171661;REFB=-0.0794487;REVB=0.00671022;RO=7;SAF=6;SAR=0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.72927;STB=0.627605;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0534684;OID=.;OPOS=39465094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:19:7:9:6:10:0.526316:0:6:5:2:1:9:7:2 chr17 39465389 . T A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0214982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.144;QD=15.258;RBI=0.060389;REFB=-0.0263485;REVB=0.0564328;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0244478;OID=.;OPOS=39465389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:3:3:4:3:3:3 chr17 39503163 . G A 283.72 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0496149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5774;QD=23.1606;RBI=0.0585517;REFB=-0.0011502;REVB=-0.0310913;RO=21;SAF=19;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227821;STB=0.611716;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00137665;OID=.;OPOS=39503163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:23:26:26:0.530612:7:19:10:11:7:19:12:11 chr17 39535859 . A G 709.44 PASS AF=0.45509;AO=76;DP=167;FAO=76;FDP=167;FR=.;FRO=91;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.000178053;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.38;QD=16.9925;RBI=0.00663054;REFB=-0.0153642;REVB=-0.00662815;RO=86;SAF=39;SAR=37;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237584;STB=0.504177;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0180192;OID=.;OPOS=39535859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:86:91:76:76:0.45509:37:39:42:44:37:39:46:45 chr17 39578424 . G T 207.59 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0183209;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.791;QD=15.0977;RBI=0.0237105;REFB=-0.0298011;REVB=0.0150511;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00273855;STB=0.501556;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0321212;OID=.;OPOS=39578424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:31:24:24:0.436364:10:14:18:13:10:14:18:13 chr17 39579059 . G A 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0332079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.305;QD=7.27344;RBI=0.0579178;REFB=-0.00458304;REVB=0.0474522;RO=32;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238669;STB=0.633914;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00608984;OID=.;OPOS=39579059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:32:33:11:11:0.25:5:6:11:21:5:6:12:21 chr17 39579112 . G A 160.96 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0870668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.134;QD=11.1008;RBI=0.0870921;REFB=-0.0148116;REVB=-0.00209605;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266396;STB=0.653707;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0601122;OID=.;OPOS=39579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:9:12:12:25:9:12:12:25 chr17 39580559 . T A 182.61 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0101036;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6472;QD=15.8795;RBI=0.0109529;REFB=-0.00426384;REVB=0.00422894;RO=25;SAF=5;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276375;STB=0.66316;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0102795;OID=.;OPOS=39580559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:25:27:19:19:0.413043:14:5:13:12:14:5:14:13 chr17 39580562 . T C 178.91 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00875395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.408;QD=15.2264;RBI=0.0229188;REFB=-0.00701209;REVB=0.0211811;RO=28;SAF=4;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373346;STB=0.717636;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0190566;OID=.;OPOS=39580562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:15:4:15:13:15:4:15:13 chr17 39580660 . T C 133.84 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.011203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.304;QD=25.4933;RBI=0.0238602;REFB=0.0162005;REVB=-0.0210666;RO=7;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168706;STB=0.59446;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00543519;OID=.;OPOS=39580660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:6:8:2:5:6:8:2:5 chr17 39593768 . A G 1138.96 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0322664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.375;QD=59.1669;RBI=0.0422286;REFB=0.0238783;REVB=-0.0272421;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00240001;OID=.;OPOS=39593768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:46:30:0:0:46:30:0:1 chr17 39594539 . A G 80.62 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0404929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4597;QD=7.67831;RBI=0.0409522;REFB=-0.0201959;REVB=-0.00611634;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262511;STB=0.660747;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.056512;OID=.;OPOS=39594539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:6:5:21:10:6:5:21:10 chr17 39595484 . G A 94.82 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0011557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.339;QD=6.65423;RBI=0.0323607;REFB=-0.0356087;REVB=0.03234;RO=43;SAF=10;SAR=4;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204763;STB=0.628223;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0531473;OID=.;OPOS=39595484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:4:10:24:19:4:10:24:19 chr17 39616430 . G T 45.04 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0395771;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7319;QD=7.83224;RBI=0.0399925;REFB=-0.00490964;REVB=-0.00574952;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211684;STB=0.616089;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0147952;OID=.;OPOS=39616430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:15:16:7:7:0.304348:5:2:7:8:5:2:7:9 chr17 39619093 . GT AC 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00237651;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.036;QD=15.6538;RBI=0.0210612;REFB=-0.0267293;REVB=0.0209266;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609456;STB=0.534456;STBP=0.667;TYPE=mnp;VARB=0.0268216;OID=.;OPOS=39619093;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:13:13:14:18:13:13:14:18 chr17 39619193 . C T 610.16 PASS AF=0.578947;AO=55;DP=95;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.02239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.007;QD=25.6909;RBI=0.0267155;REFB=-0.0122157;REVB=0.0145741;RO=39;SAF=27;SAR=28;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613868;STB=0.527778;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0107583;OID=.;OPOS=39619193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:39:40:55:55:0.578947:28:27:16:23:28:27:17:23 chr17 39619219 . G A 339.85 PASS AF=0.397959;AO=38;DP=98;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0152157;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.388;QD=13.8713;RBI=0.0231175;REFB=-0.0132372;REVB=0.017404;RO=57;SAF=14;SAR=24;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965663;STB=0.535055;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0193019;OID=.;OPOS=39619219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:59:38:39:0.397959:24:14:26:31:24:15:26:33 chr17 39622068 . G T 1135.08 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.1394;QD=60.5378;RBI=0.0156602;REFB=0;REVB=0.00202434;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21498e-05;OID=.;OPOS=39622068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr17 39623363 . T C 289.81 PASS AF=0.52459;AO=30;DP=59;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0165796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.062;QD=19.0038;RBI=0.028764;REFB=-0.0325324;REVB=0.023505;RO=28;SAF=21;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18804;STB=0.604328;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0277702;OID=.;OPOS=39623363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:28:29:30:32:0.52459:9:21:14:14:10:22:14:15 chr17 39624240 . G C 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0139717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.076;QD=15.5771;RBI=0.0365996;REFB=-0.00704785;REVB=-0.0338278;RO=30;SAF=16;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26383;STB=0.649874;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00820252;OID=.;OPOS=39624240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:8:16:12:18:8:16:12:18 chr17 39624326 . G C 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0199231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.075;QD=18.0872;RBI=0.0234856;REFB=-0.00861933;REVB=0.0124357;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851628;STB=0.547789;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00764086;OID=.;OPOS=39624326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:12:15:12:14:12:15 chr17 39633317 . A G 397.1 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354081;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9364;QD=56.7289;RBI=0.0456846;REFB=0;REVB=0.0288678;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185246;OID=.;OPOS=39633317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:8:18:0:0:10:18:0:0 chr17 39633349 . G C 185.93 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0147912;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.369;QD=19.0698;RBI=0.0158172;REFB=-0.0144542;REVB=0.00560405;RO=19;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275581;STB=0.666496;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00947136;OID=.;OPOS=39633349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:12:7:13:6:12:7:14:6 chr17 39633354 . C T 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.000158983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.115;QD=16.6158;RBI=0.0568814;REFB=-0.00169258;REVB=-0.0568811;RO=21;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318969;STB=0.683324;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00087321;OID=.;OPOS=39633354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:5:12:8:13:5:12:8:13 chr17 39634625 . A G 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0219421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.31;QD=16.6186;RBI=0.0287235;REFB=-0.0389;REVB=-0.0185359;RO=27;SAF=17;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125275;STB=0.564257;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0407955;OID=.;OPOS=39634625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:6:17:17:10:6:17:18:10 chr17 39636926 . G A 109.98 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00670654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.444;QD=14.6639;RBI=0.0247573;REFB=-0.00922596;REVB=-0.0238316;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282428;STB=0.646244;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0139641;OID=.;OPOS=39636926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:5:8:5:11:5:8:6:11 chr17 39637244 . A G 372.91 PASS AF=0.513514;AO=36;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00493071;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.515;QD=20.157;RBI=0.0419044;REFB=-0.0474206;REVB=0.0416133;RO=37;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138011;STB=0.527882;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0449625;OID=.;OPOS=39637244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:36:36:38:0.513514:16:20:20:17:18:20:21:15 chr17 39643646 . G A 85.75 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00128979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.526;QD=11.8282;RBI=0.00782901;REFB=-0.0197819;REVB=-0.00772204;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697097;STB=0.541327;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0289908;OID=.;OPOS=39643646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:11:7:5:6:11:7 chr17 39646021 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.711;QD=60.2307;RBI=0.0789738;REFB=0;REVB=0.0466005;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442638;OID=.;OPOS=39646021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr17 39659194 . T C 1204.01 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.914;QD=60.9624;RBI=0.0215934;REFB=0;REVB=0.0111292;RO=0;SAF=57;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77157e-05;OID=.;OPOS=39659194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:21:57:0:0:21:58:0:0 chr17 39659913 . G A 1083.87 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000519121;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8097;QD=60.2151;RBI=0.0247624;REFB=0;REVB=0.024757;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183031;OID=.;OPOS=39659913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr17 39661689 . G A 120.93 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809248;FXX=0.0832639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.395;QD=43.973;RBI=0.0315558;REFB=0;REVB=0.0305005;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250929;OID=.;OPOS=39661689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr17 39670912 . G C 817.2 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0498724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4737;QD=55.4036;RBI=0.0500816;REFB=-0.0608147;REVB=-0.00457311;RO=0;SAF=15;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516123;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00564448;OID=.;OPOS=39670912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:59:59:0:1:58:58:0.983051:43:15:0:0:43:15:1:0 chr17 39674641 . T C 546.07 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00543735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.054;QD=20.2249;RBI=0.0199337;REFB=-0.00162805;REVB=-0.0191778;RO=52;SAF=29;SAR=27;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00120172;STB=0.500662;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00156073;OID=.;OPOS=39674641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:52:56:56:0.518519:27:29:27:25:27:29:27:25 chr17 39681475 . A G 297.17 PASS AF=0.584906;AO=28;DP=54;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0352194;FXX=0.0701631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.77;QD=22.428;RBI=0.0365156;REFB=-0.0179115;REVB=-0.00964273;RO=21;SAF=16;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110809;STB=0.525531;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0211456;OID=.;OPOS=39681475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:21:22:28:31:0.584906:12:16:9:12:15:16:10:12 chr17 39684321 . G C 71.77 PASS AF=0.6;AO=7;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0889767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1056;QD=19.1373;RBI=0.0937009;REFB=-0.0110059;REVB=-0.0293771;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206743;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131111;OID=.;OPOS=39684321;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:5:6:7:9:0.6:3:4:3:2:3:6:4:2 chr17 39723990 . T A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00653339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0572;QD=48.7355;RBI=0.0439318;REFB=0;REVB=-0.0434432;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121574;OID=.;OPOS=39723990;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr17 39727816 . T G 374.9 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9988;QD=55.5402;RBI=0.103861;REFB=0;REVB=0.0114265;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106242;OID=.;OPOS=39727816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr17 39728050 . G A 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0014;QD=45.8015;RBI=0.0325582;REFB=0;REVB=0.0325582;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139936;OID=.;OPOS=39728050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:14:0:0:0:14:0:0:0 chr17 39742718 . A G 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.644;QD=57.1039;RBI=0.0162753;REFB=0;REVB=-0.0145898;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69675e-05;OID=.;OPOS=39742718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr17 39742894 . G A 163.68 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0867455;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.856;QD=46.7662;RBI=0.0867469;REFB=0;REVB=0.000491477;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187104;OID=.;OPOS=39742894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:9:5:0:0 chr17 39742898 . GC AT 175.97 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251411;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.846;QD=46.9254;RBI=0.0781227;REFB=0;REVB=0.0739668;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0010234;OID=.;OPOS=39742898;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:10:5:0:0 chr17 39743081 . G A 747.55 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.999;QD=62.2957;RBI=0.0967627;REFB=0;REVB=0.0955051;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038599;OID=.;OPOS=39743081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:17:30:0:0:18:30:0:0 chr17 39766504 . A G 271.92 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645724;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.6075;QD=51.7948;RBI=0.128733;REFB=0;REVB=-0.111367;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126707;OID=.;OPOS=39766504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:18:21:1:7:11:0:0:8:13:0:0 chr17 39767744 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.964;QD=53.276;RBI=0.0238672;REFB=0;REVB=-0.010092;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105365;OID=.;OPOS=39767744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr17 39871700 . G A 563.89 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7816;QD=57.8343;RBI=0.0366012;REFB=-0.106069;REVB=0.0315505;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000179162;OID=.;OPOS=39871700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:0:1:19:19:0:1 chr17 39874267 . T A 1013.26 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0062449;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.547;QD=57.9007;RBI=0.00649922;REFB=-0.0100101;REVB=0.00180032;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000206723;OID=.;OPOS=39874267;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:38:31:0:0:38:31:1:0 chr17 39874283 . T A 1083.44 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0257386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.022;QD=58.5641;RBI=0.0289709;REFB=-0.0301225;REVB=-0.0132981;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00681329;OID=.;OPOS=39874283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:43:30:0:0:43:30:1:0 chr17 39879729 . CAGA C 269.64 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133857;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=3;MLLD=266.824;QD=51.3593;RBI=0.0240884;REFB=0;REVB=-0.0200268;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000251199;OID=.;OPOS=39879730;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:21:21:21:0:12:9:0:0:4:0:12:7:0:0 chr17 39880340 . A C 475.73 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269374;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.47;QD=55.9686;RBI=0.0339485;REFB=-0.111844;REVB=0.0206611;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510632;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000679903;OID=.;OPOS=39880340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:0:1:33:33:0.970588:10:23:0:0:10:23:1:0 chr17 39880545 . C T 1176.01 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0377134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.357;QD=59.5446;RBI=0.0389629;REFB=-0.130087;REVB=0.00978833;RO=1;SAF=7;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00662168;STB=0.503496;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000360031;OID=.;OPOS=39880545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:71:7:0:1:71:7:0:1 chr17 39880573 . G A 772.44 PASS AF=0.934426;AO=56;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0324296;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.108;QD=50.6516;RBI=0.0328778;REFB=-0.0553066;REVB=0.00541055;RO=4;SAF=2;SAR=54;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336633;STB=0.517538;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00176045;OID=.;OPOS=39880573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:61:61:4:4:56:57:0.934426:54:2:0:4:55:2:0:4 chr17 39881289 . G C 871.48 PASS AF=0.984375;AO=60;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0333375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.241;QD=54.4675;RBI=0.0431161;REFB=-0.0655865;REVB=0.0273423;RO=4;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509393;STB=0.506491;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00107465;OID=.;OPOS=39881289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:4:1:60:63:0.984375:35:25:0:4:38:25:0:1 chr17 39883350 . G A 241.01 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0234606;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.476;QD=14.3889;RBI=0.0235637;REFB=-0.0156276;REVB=-0.00220138;RO=33;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119285;STB=0.599928;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.012966;OID=.;OPOS=39883350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:39:28:28:0.41791:17:11:17:16:17:11:22:17 chr17 39883559 . G A 74.56 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0138247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.525;QD=11.4705;RBI=0.0549606;REFB=-0.00109142;REVB=0.0531935;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308755;STB=0.653567;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00276886;OID=.;OPOS=39883559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:26:26:15:16:10:10:0.384615:5:5:12:3:5:5:12:4 chr17 39883595 . T C 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00570371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.432;QD=15.6254;RBI=0.0194749;REFB=-0.0128734;REVB=-0.0186209;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201851;STB=0.592375;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00987762;OID=.;OPOS=39883595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:23:17:17:0.425:7:10:15:4:7:10:17:6 chr17 39883672 . G A 148.52 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00686776;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.58;QD=16.9733;RBI=0.0188161;REFB=-0.0203133;REVB=0.017518;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136325;STB=0.503812;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0286047;OID=.;OPOS=39883672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:19:16:16:0.457143:6:10:11:7:6:10:12:7 chr17 39884065 . C A 323.55 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.148;QD=53.9253;RBI=0.00873556;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=23;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40868e-05;OID=.;OPOS=39884065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:0:23:0:0:0:24:0:0 chr17 39884091 . G C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=335.731;QD=59.8394;RBI=0.0105985;REFB=0;REVB=0.00291211;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40863e-05;OID=.;OPOS=39884091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr17 39884583 . G A 905.35 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5883;QD=55.7136;RBI=0.102562;REFB=-0.0565179;REVB=0.0766089;RO=1;SAF=27;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171646;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00469308;OID=.;OPOS=39884583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:65:1:0:62:65:1:35:27:1:0:36:29:0:0 chr17 39890715 . A T 936.59 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.255;QD=58.5368;RBI=0.0322044;REFB=0;REVB=0.0156012;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74167e-05;OID=.;OPOS=39890715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:32:32:0:0 chr17 39925925 . A G 695.06 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0296661;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6593;QD=54.5149;RBI=0.0389016;REFB=0.120122;REVB=0.0251647;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00072256;OID=.;OPOS=39925925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:0:1:49:50:0.980392:23:26:0:0:23:27:0:1 chr17 39927903 . G T 128.72 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00925547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5127;QD=12.5578;RBI=0.0106393;REFB=-0.0104777;REVB=0.00524702;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115578;STB=0.577458;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.057939;OID=.;OPOS=39927903;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:7:8:16:9:7:8:17:9 chr17 39959189 . C G 535.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.613;QD=59.4475;RBI=0.021052;REFB=0;REVB=0.0208035;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59109e-05;OID=.;OPOS=39959189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:15:21:0:0 chr17 39983808 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4525;QD=62.0214;RBI=0.029481;REFB=0;REVB=0.00448532;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365173;OID=.;OPOS=39983808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr17 39983820 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.612;QD=60.2301;RBI=0.0123957;REFB=0;REVB=0.00565766;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59318e-05;OID=.;OPOS=39983820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr17 39983849 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7867;QD=56.1909;RBI=0.0465083;REFB=0;REVB=0.0177721;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133073;OID=.;OPOS=39983849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr17 39987130 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.06097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8408;QD=57.2368;RBI=0.0621299;REFB=0;REVB=0.0119496;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000495454;OID=.;OPOS=39987130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr17 39991867 . A ATAT,ATATC 747.77 PASS AF=0,1;AO=7,44;DP=59;FAO=0,53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216227,0.0187261;FXX=0.086192;HRUN=0,0;LEN=3,4;MLLD=185.411,257.84;QD=56.4358;RBI=0.0226356,0.0208107;REFB=0,0;REVB=0.00669554,0.00907844;RO=1;SAF=1,20;SAR=6,24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.2842,-0.0229092;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,2.50236e-05;OID=.,.;OPOS=39991868,39991868;OREF=-,-;OALT=TAT,TATC;OMAPALT=ATAT,ATATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:7,44:59:0,53:53:0:0,22:0,31:0:0:4:1:1,20:6,24:1:0 chr17 39991868 . G C 35.27 PASS AF=0.116667;AO=6;DP=59;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0253298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9738;QD=2.35121;RBI=0.0274671;REFB=0.00989409;REVB=0.0106226;RO=53;SAF=1;SAR=5;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334391;STB=0.640605;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.0131377;OID=.;OPOS=39991868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:60:53:53:6:7:0.116667:5:1:23:30:5:2:23:30 chr17 39998141 . C T 666.95 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00801786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.633;QD=57.9954;RBI=0.0256771;REFB=-0.109844;REVB=0.0243932;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218451;STB=0.522717;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00112064;OID=.;OPOS=39998141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:1:2:44:44:0.956522:23:21:1:0:23:21:2:0 chr17 40010979 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.059;QD=62.0217;RBI=0.0421216;REFB=0;REVB=0.00555864;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76515e-05;OID=.;OPOS=40010979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr17 40024108 . C T 323.07 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00250752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2776;QD=25.3385;RBI=0.0168056;REFB=-0.0236112;REVB=-0.0166175;RO=20;SAF=13;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223275;STB=0.512282;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0139463;OID=.;OPOS=40024108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:18:13:9:11:18:13:9:11 chr17 40048613 . A G 1154.11 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.128;QD=60.7428;RBI=0.0139899;REFB=0;REVB=0.00738261;RO=0;SAF=21;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84276e-06;OID=.;OPOS=40048613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:54:21:0:0:55:21:0:0 chr17 40125864 . G A 88.99 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00835674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.13;QD=27.3825;RBI=0.0346641;REFB=0.000376743;REVB=0.0336417;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285311;STB=0.516097;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.000229911;OID=.;OPOS=40125864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:4:6:2:1:4:6:2:1 chr17 40142302 . T C 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.010692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.53;QD=16.8944;RBI=0.0149134;REFB=-0.00339668;REVB=0.0103966;RO=37;SAF=12;SAR=20;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574733;STB=0.532299;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00444211;OID=.;OPOS=40142302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:20:12:16:21:20:12:16:21 chr17 40146970 . G A 233.55 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0409054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.025;QD=24.5841;RBI=0.0447471;REFB=-0.00253416;REVB=-0.0181397;RO=15;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175918;STB=0.586127;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00110727;OID=.;OPOS=40146970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:16:22:22:0.578947:14:8:9:6:14:8:9:7 chr17 40173851 . A C 134.28 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00943343;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.418;QD=15.3457;RBI=0.0305032;REFB=-0.0109777;REVB=0.0290078;RO=21;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134948;STB=0.58916;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0164582;OID=.;OPOS=40173851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:21:20:15:15:0.428571:11:4:8:13:11:4:8:12 chr17 40274891 . T C 75.61 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.000686386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3921;QD=11.6326;RBI=0.0226693;REFB=0.0173403;REVB=0.022659;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167304;STB=0.5998;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.0405683;OID=.;OPOS=40274891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:7:9:4:6:7:9 chr17 40277110 . C G 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0244578;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=233.559;QD=21.1693;RBI=0.0589262;REFB=-0.00823878;REVB=0.0536107;RO=3;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175667;STB=0.599755;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00194418;OID=.;OPOS=40277110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:6:1:0:3:6:1:0:3 chr17 40282473 . C T 550.24 PASS AF=0.609756;AO=49;DP=81;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0479718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4572;QD=26.8412;RBI=0.0533487;REFB=-0.00146378;REVB=0.0233408;RO=32;SAF=21;SAR=28;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295413;STB=0.511348;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00144798;OID=.;OPOS=40282473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:32:32:49:50:0.609756:28:21:15:17:28:22:15:17 chr17 40316200 . G A 250.51 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.00469242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8616;QD=20.0405;RBI=0.0399388;REFB=-0.00530443;REVB=-0.0396621;RO=26;SAF=8;SAR=16;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156286;STB=0.587235;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00368503;OID=.;OPOS=40316200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:16:8:5:21:16:8:5:21 chr17 40344455 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5396;QD=56.7065;RBI=0.134052;REFB=0;REVB=0.0618001;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385991;OID=.;OPOS=40344455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr17 40689455 . T C 878.36 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0617174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5572;QD=57.5975;RBI=0.0838662;REFB=0;REVB=0.0567848;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56112e-05;OID=.;OPOS=40689455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:30:29:0:0:31:30:0:0 chr17 40696233 . C G 480.75 PASS AF=0.837209;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0903421;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.9244;QD=44.7213;RBI=0.0955297;REFB=-0.108552;REVB=0.0310522;RO=2;SAF=9;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321959;STB=0.591495;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0197274;OID=.;OPOS=40696233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:42:43:2:7:36:36:0.837209:27:9:1:1:27:9:5:2 chr17 40699291 . G A 390.72 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00554506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.514;QD=55.8164;RBI=0.127412;REFB=0;REVB=0.127291;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000914987;OID=.;OPOS=40699291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:9:18:0:0:9:19:0:0 chr17 40699332 . T C 552.54 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.245;QD=59.7343;RBI=0.0281501;REFB=0;REVB=0.0156503;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22144e-05;OID=.;OPOS=40699332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:11:25:0:0:11:26:0:0 chr17 40705100 . C T 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0197153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.25;QD=20.5465;RBI=0.0272746;REFB=-0.01389;REVB=-0.0188471;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120584;STB=0.56784;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0160949;OID=.;OPOS=40705100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:10:12:9:13:10:12:9:13 chr17 40706906 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0325745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.262;QD=20.8931;RBI=0.0329338;REFB=-0.0236522;REVB=-0.00485143;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251221;STB=0.644436;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0184201;OID=.;OPOS=40706906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:3:7:2:4:3:7:2:4 chr17 40716520 . A G 270.59 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.000955002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.403;QD=14.4316;RBI=0.0278916;REFB=-0.00389922;REVB=-0.0278752;RO=43;SAF=7;SAR=24;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132941;STB=0.587259;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00650405;OID=.;OPOS=40716520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:44:31:31:0.413333:24:7:14:29:24:7:15:29 chr17 40722029 . A G 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00402718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.748;QD=19.1478;RBI=0.0103344;REFB=-0.00920106;REVB=-0.00951743;RO=35;SAF=19;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119894;STB=0.513903;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00946345;OID=.;OPOS=40722029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:36:36:36:0.5:17:19:18:17:17:19:18:18 chr17 40731597 . T A 426.61 PASS AF=0.575342;AO=41;DP=71;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00762767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9185;QD=23.3757;RBI=0.0160808;REFB=-0.0230752;REVB=-0.0141567;RO=29;SAF=12;SAR=29;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464662;STB=0.537417;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0214984;OID=.;OPOS=40731597;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:29:31:41:42:0.575342:29:12:10:19:29:13:12:19 chr17 40811919 . A G 55.58 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0125795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8124;QD=9.26305;RBI=0.109553;REFB=0.00204842;REVB=-0.108828;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521733;STB=0.832323;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00786175;OID=.;OPOS=40811919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:24:24:14:15:6:7:0.291667:1:5:5:9:1:6:6:9 chr17 40818451 . G A 123.16 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0283204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.687;QD=16.4207;RBI=0.0292636;REFB=-0.0496642;REVB=0.00737005;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293412;STB=0.666455;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0261127;OID=.;OPOS=40818451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:3:13:7:7:3:13 chr17 40818699 . A G 505.2 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00174109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.482;QD=22.7058;RBI=0.0301658;REFB=-0.00514492;REVB=-0.0301155;RO=41;SAF=24;SAR=24;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1124;STB=0.561772;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00511256;OID=.;OPOS=40818699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:48:48:0.539326:24:24:26:15:24:24:26:15 chr17 40822678 . C T 453.73 PASS AF=0.54321;AO=43;DP=80;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0165598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.122;QD=22.4064;RBI=0.0425544;REFB=-0.0025802;REVB=0.0392001;RO=37;SAF=14;SAR=29;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25435;STB=0.643039;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00259123;OID=.;OPOS=40822678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:37:37:43:44:0.54321:29:14:23:14:30:14:23:14 chr17 40835922 . A C 670.41 PASS AF=0.450617;AO=73;DP=162;FAO=73;FDP=162;FR=.;FRO=89;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=-0.0272652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6038;QD=16.5533;RBI=0.0739682;REFB=-0.0089032;REVB=-0.0687597;RO=85;SAF=35;SAR=38;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938955;STB=0.563515;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0155482;OID=.;OPOS=40835922;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:85:89:73:73:0.450617:38:35:49:36:38:35:53:36 chr17 40854534 . G GT 644.02 PASS AF=1;AO=38;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769759;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.1829;QD=47.705;RBI=0.134413;REFB=0;REVB=0.110188;RO=16;SAF=21;SAR=17;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23051;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00147215;OID=.;OPOS=40854535;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:55:54:54:0:23:31:0:0:12:16:21:17:2:14 chr17 40926695 . A T 574.35 PASS AF=0.5;AO=54;DP=113;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.00357966;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.114;QD=19.4694;RBI=0.0246626;REFB=-0.0159248;REVB=0.0244014;RO=58;SAF=38;SAR=16;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710695;STB=0.529285;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0165245;OID=.;OPOS=40926695;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:118:58:59:54:59:0.5:16:38:37:21:18:41:38:21 chr17 41116234 . G A 695.7 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0407669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4837;QD=60.4957;RBI=0.0408614;REFB=0.0545643;REVB=0.00277764;RO=1;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014922;STB=0.507933;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.00691936;OID=.;OPOS=41116234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:31:14:0:1:31:14:0:1 chr17 41121207 . GGGGC G,GG,GGG,GGGG,GGGGG 449.44 PASS AF=0.625,0,0.09375,0.28125,0;AO=8,6,7,5,5;DP=31;FAO=20,0,3,9,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,1,4,0;FSAR=18,0,2,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345027,0.00459348,0.0055495,0.00631362,0.0068931;FXX=0;HRUN=5,5,5,1,1;LEN=4,3,2,1,1;MLLD=217.874,217.919,217.687,215.194,210.624;QD=56.1802;RBI=0.00589291,0.014414,0.0275206,0.0361366,0.041253;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.00477723,-0.0136625,-0.0269553,-0.0355808,-0.040673;RO=0;SAF=1,0,1,3,1;SAR=7,6,6,2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-4.78849e-08,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del,snp;VARB=-0.00465156,-0.0241668,-0.00302918,-0.00265407,0.0151353;OID=.,.,.,.,.;OPOS=41121208,41121209,41121210,41121211,41121211;OREF=GGGC,GGC,GC,C,C;OALT=-,-,-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG,GGGG,GGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.625,0,0.09375,0.28125,0:8,6,7,5,5:31:20,0,3,9,0:32:0:2,0,1,4,0:18,0,2,5,0:0:0:28:0:1,0,1,3,1:7,6,6,2,4:0:0 chr17 41133071 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.062;QD=40.7629;RBI=0.0246317;REFB=0;REVB=-0.0134005;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90566e-05;OID=.;OPOS=41133071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr17 41154761 . G A 492.35 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0158469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.257;QD=20.096;RBI=0.0811519;REFB=-0.0126966;REVB=0.0795896;RO=49;SAF=27;SAR=21;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121896;STB=0.562474;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0136929;OID=.;OPOS=41154761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:50:48:48:0.489796:21:27:21:28:21:27:22:28 chr17 41165493 . A C,G 766.81 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=4,49;DP=55;FAO=5,50;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=5,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273819,0.021292;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=38.8465,100.341;QD=55.7677;RBI=0.0302689,0.0330156;REFB=0,0;REVB=0.0129009,0.0252325;RO=1;SAF=0,28;SAR=4,21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.749895,-0.0165122;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0323389,0.0018266;OID=.,.;OPOS=41165493,41165493;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:55:55:1:0:4,49:5,50:0.0909091,0.909091:4,21:0,28:1:0:5,21:0,29:0:0 chr17 41165878 . C G,T 419.67 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=2,28;DP=30;FAO=2,28;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437137,0.0316614;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=45.7777,76.1194;QD=55.9555;RBI=0.0205524,0.0482339;REFB=0,0;REVB=0.0200821,0.0363878;RO=0;SAF=1,10;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.171008,-0.00243384;OID=.,.;OPOS=41165878,41165878;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:30:0:0:2,28:2,28:0.0666667,0.933333:1,18:1,10:0:0:1,18:1,10:0:0 chr17 41174025 . A C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0239185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.39;QD=18.4436;RBI=0.0239695;REFB=0.0178249;REVB=-0.00156229;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796806;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00980868;OID=.;OPOS=41174025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:5:4:5:6:5:4 chr17 41196407 . TG GT,TA 270.2 PASS AF=0,0.538462;AO=4,24;DP=53;FAO=0,28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=0,17;FSAR=0,11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0136081,0.0308216;FXX=0.0188644;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=66.422,118.346;QD=20.7844;RBI=0.021601,0.0311504;REFB=0.0251385,0.00506107;REVB=-0.0167757,-0.00451359;RO=19;SAF=4,14;SAR=0,10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.613472,-0.0396765;STB=0.5,0.549965;STBP=1,0.5;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00829712,-0.00821711;OID=.,.;OPOS=41196407,41196408;OREF=TG,G;OALT=GT,A;OMAPALT=GT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:53:52:19:24:4,24:0,28:0,0.538462:0,10:4,14:12:7:0,11:0,17:17:7 chr17 41223094 . T C 387.02 PASS AF=0.47619;AO=37;DP=81;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0239906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.677;QD=18.4295;RBI=0.0260542;REFB=-0.0287346;REVB=0.0101624;RO=44;SAF=15;SAR=22;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488253;STB=0.51575;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0308003;OID=.;OPOS=41223094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:44:44:37:40:0.47619:22:15:20:24:23:17:20:24 chr17 41234470 . A G 423.76 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0362161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.486;QD=21.1878;RBI=0.0368022;REFB=-0.00631917;REVB=0.00654141;RO=38;SAF=16;SAR=26;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127753;STB=0.570698;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00822624;OID=.;OPOS=41234470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:26:16:20:18:26:16:20:18 chr17 41244000 . T C 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0307448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.214;QD=10.4293;RBI=0.0473576;REFB=-0.00733672;REVB=0.0360209;RO=30;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238185;STB=0.642653;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0187152;OID=.;OPOS=41244000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:9:5:17:13:9:5:17:13 chr17 41244435 . T C 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0629934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7697;QD=17.3249;RBI=0.0861761;REFB=0.0241699;REVB=0.058806;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193849;STB=0.610509;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0241368;OID=.;OPOS=41244435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:12:8:15:10:12:8:15:10 chr17 41244936 . G A 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0219136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.196;QD=24.246;RBI=0.0219333;REFB=0.0017163;REVB=0.000927989;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166505;STB=0.592519;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00174505;OID=.;OPOS=41244936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:11:14:7:13:11:14:7:13 chr17 41245237 . A G 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0256619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2013;QD=15.6187;RBI=0.0395429;REFB=0.0132376;REVB=0.030085;RO=25;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141507;STB=0.581994;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.0170264;OID=.;OPOS=41245237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:5:13:15:10:5:13:15:10 chr17 41245466 . G A 203.74 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00253248;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.218;QD=14.2972;RBI=0.0415486;REFB=-0.00675461;REVB=-0.0414714;RO=33;SAF=8;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672294;STB=0.538429;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0106897;OID=.;OPOS=41245466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:16:8:13:20:16:8:13:20 chr17 41291953 . C G 192.77 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0231621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9245;QD=14.8286;RBI=0.0512412;REFB=-0.0156061;REVB=-0.0457076;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558771;STB=0.531886;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0212157;OID=.;OPOS=41291953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:12:18:12:10:12:18 chr17 41330024 . T C 408.32 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00303275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0371;QD=20.4161;RBI=0.00824182;REFB=-0.0252371;REVB=0.00766355;RO=38;SAF=21;SAR=20;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03345;STB=0.524668;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0264513;OID=.;OPOS=41330024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:39:41:41:0.5125:20:21:18:20:20:21:18:21 chr17 41331460 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0205275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.582;QD=14.7015;RBI=0.0212613;REFB=0.00684076;REVB=-0.00553766;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191053;STB=0.649747;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.0159236;OID=.;OPOS=41331460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:15:12:12:0.444444:4:8:6:7:4:8:6:9 chr17 41332804 . T C 267.67 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0402729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1695;QD=42.8278;RBI=0.049839;REFB=-0.15464;REVB=0.0293602;RO=2;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768812;STB=0.559946;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0210628;OID=.;OPOS=41332804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:25:25:2:3:22:22:0.88:11:11:2:0:11:11:3:0 chr17 41361960 . A G 331.62 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0004371;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.433;QD=23.2715;RBI=0.00540531;REFB=-0.0123549;REVB=0.0053876;RO=23;SAF=19;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169182;STB=0.601205;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00484658;OID=.;OPOS=41361960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:23:24:33:33:0.578947:14:19:8:15:14:19:8:16 chr17 41362272 . C G 393.4 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0236978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.697;QD=22.48;RBI=0.027949;REFB=-0.00980575;REVB=0.0148176;RO=30;SAF=12;SAR=27;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533281;STB=0.524038;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.014113;OID=.;OPOS=41362272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:31:39:39:0.557143:27:12:11:19:27:12:11:20 chr17 41478004 . TAAAAAT TAAAA,TAAAAT 160.89 PASS AF=0.677419,0;AO=12,7;DP=30;FAO=21,0;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=10,0;FSAR=11,0;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.211147,0.0297885;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=21.5143,11.823;QD=20.7596;RBI=0.245929,0.140465;REFB=-0.132526,-0.109684;REVB=0.126088,0.13727;RO=10;SAF=3,5;SAR=9,2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0511116,0.392579;STB=0.58998,0.5;STBP=0.179,1;TYPE=del,del;VARB=0.0823304,0.0619189;OID=.,.;OPOS=41478009,41478005;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=TAAAA,TAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.677419,0:12,7:30:21,0:31:10:10,0:11,0:2:8:35:10:3,5:9,2:3:7 chr17 41843979 . C G 732.93 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.08053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6658;QD=62.3774;RBI=0.0817203;REFB=0;REVB=0.0138971;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000559276;OID=.;OPOS=41843979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:31:15:0:0:32:15:0:0 chr17 41846508 . A G 838.35 PASS AF=1;AO=51;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.284;QD=56.8373;RBI=0.0842413;REFB=0;REVB=0.0840829;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00508264;OID=.;OPOS=41846508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:51:59:1:16:35:0:0:17:42:0:0 chr17 41959808 . T C 4359.24 PASS AF=0.953333;AO=286;DP=300;FAO=286;FDP=300;FR=.;FRO=14;FSAF=124;FSAR=162;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=-0.0099229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.654;QD=58.1232;RBI=0.0143197;REFB=-0.0673253;REVB=-0.0103242;RO=14;SAF=124;SAR=162;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508534;STB=0.526716;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00400237;OID=.;OPOS=41959808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:300:300:14:14:286:286:0.953333:162:124:14:0:162:124:14:0 chr17 41960343 . T C 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00208742;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.919;QD=56.2303;RBI=0.0207889;REFB=0;REVB=0.0206838;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90575e-05;OID=.;OPOS=41960343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr17 41960633 . CG GC 1595.87 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108567;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.639;QD=60.2215;RBI=0.0126201;REFB=0;REVB=0.0064343;RO=0;SAF=64;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.79622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000283197;OID=.;OPOS=41960633;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:42:64:0:0:42:64:0:0 chr17 41961451 . T C 306.53 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.71;QD=53.3101;RBI=0.0274255;REFB=0;REVB=0.0262817;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119714;OID=.;OPOS=41961451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:13:10:0:0 chr17 42030531 . G C 444.9 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.575;QD=55.6124;RBI=0.040106;REFB=0;REVB=0.0388802;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217152;OID=.;OPOS=42030531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:32:1:0:31:32:1:16:15:1:0:16:16:0:0 chr17 42030743 . G C 772.23 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.8717;QD=56.1623;RBI=0.0984593;REFB=0;REVB=0.0963704;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511092;OID=.;OPOS=42030743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:25:27:0:0:28:27:0:0 chr17 42085972 . C T 834.11 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0225;QD=57.5248;RBI=0.122008;REFB=0;REVB=0.067599;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175077;OID=.;OPOS=42085972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chr17 42154470 . A G 566.54 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.012;QD=59.6353;RBI=0.0516142;REFB=0;REVB=0.0501184;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41236e-05;OID=.;OPOS=42154470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:33:38:1:11:22:0:0:16:22:0:0 chr17 42155408 . G A 127.02 PASS AF=0.264706;AO=8;DP=33;FAO=9;FDP=34;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.0249589;FXX=0.0285633;HRUN=6;LEN=1;MLLD=194.017;QD=14.9437;RBI=0.0350511;REFB=-0.0331299;REVB=-0.0246097;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396203;STB=0.822995;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0480356;OID=.;OPOS=42155408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:33:34:5:11:8:9:0.264706:5:3:5:0:6:3:11:0 chr17 42164885 . G C 416.98 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1852;QD=53.8038;RBI=0.0216943;REFB=0.00321923;REVB=-0.00590929;RO=1;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216718;STB=0.51162;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=6.31776e-05;OID=.;OPOS=42164885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:1:1:29:30:0.967742:21:8:0:1:21:9:0:1 chr17 42213347 . G A 444.65 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.000281197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.872;QD=20.4439;RBI=0.00740567;REFB=-0.0169485;REVB=-0.00740033;RO=42;SAF=13;SAR=31;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132039;STB=0.581098;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0216439;OID=.;OPOS=42213347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:43:44:44:0.505747:31:13:18:24:31:13:19:24 chr17 42225547 . A C 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0143125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.918;QD=11.4381;RBI=0.0258384;REFB=-0.00932506;REVB=0.0215122;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269689;STB=0.65547;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0221737;OID=.;OPOS=42225547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:7:2:1:13:7:2:1:13 chr17 42248346 . A T 718.22 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4371;QD=55.2478;RBI=0.0450086;REFB=0;REVB=0.0283095;RO=0;SAF=11;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191547;OID=.;OPOS=42248346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:49:52:1:38:11:0:0:40:12:0:0 chr17 42254527 . T G 197.87 PASS AF=0.45283;AO=22;DP=55;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.00424614;FXX=0.086192;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.251;QD=14.9338;RBI=0.0756625;REFB=-0.0071981;REVB=-0.0755433;RO=28;SAF=21;SAR=1;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501465;STB=0.619355;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00947024;OID=.;OPOS=42254527;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:28:29:22:24:0.45283:1:21:21:7:3:21:22:7 chr17 42255097 . T C 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0442255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.712;QD=8.12765;RBI=0.0456276;REFB=-0.0152618;REVB=-0.0112241;RO=29;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19343;STB=0.618626;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0422909;OID=.;OPOS=42255097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:6:5:18:11:6:5:18:11 chr17 42270291 . A G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.012017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.872;QD=15.6191;RBI=0.023388;REFB=-0.021818;REVB=0.0200646;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605675;STB=0.534845;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0192783;OID=.;OPOS=42270291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:11:14:9:9:11:14 chr17 42287519 . C T 245.12 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.000433702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2306;QD=13.2495;RBI=0.057056;REFB=-0.0102658;REVB=-0.0570543;RO=45;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113804;STB=0.565011;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.023607;OID=.;OPOS=42287519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:13:16:20:25:13:16:20:25 chr17 42338998 . T G 872.67 PASS AF=0.624;AO=78;DP=126;FAO=78;FDP=125;FR=.;FRO=47;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0180528;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8633;QD=27.9253;RBI=0.018791;REFB=-0.0305177;REVB=0.00521513;RO=46;SAF=40;SAR=38;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210364;STB=0.515197;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0170662;OID=.;OPOS=42338998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:46:47:78:78:0.624:38:40:25:21:38:40:26:21 chr17 42392622 . T C 1572.9 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.64;QD=59.9201;RBI=0.0301118;REFB=0;REVB=0.0261424;RO=0;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92979e-05;OID=.;OPOS=42392622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:50:55:0:0:50:55:0:0 chr17 42398052 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.897;QD=43.4862;RBI=0.0282881;REFB=0;REVB=0.00961506;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022155;OID=.;OPOS=42398052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr17 42398756 . C CA 117.62 PASS AF=1;AO=2;DP=18;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165453;FXX=0.176367;HRUN=0;LEN=1;MLLD=114.511;QD=33.6051;RBI=0.168532;REFB=0;REVB=0.0320642;RO=16;SAF=1;SAR=1;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127296;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00670945;OID=.;OPOS=42398757;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:18:14:14:0:3:11:0:0:3:16:1:1:6:10 chr17 42398757 . C A,G 202.17 PASS AF=0.764706,0.235294;AO=15,2;DP=17;FAO=13,4;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3,3;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201149,0.00339456;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=154.885,19.9926;QD=47.5681;RBI=0.0701176,0.0190427;REFB=0,0;REVB=0.0671705,0.0187377;RO=0;SAF=5,1;SAR=10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-5.73944e-05,0.0557642;OID=.,.;OPOS=42398757,42398757;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:17:17:0:0:15,2:13,4:0.764706,0.235294:10,1:5,1:0:0:10,1:3,3:0:0 chr17 42449789 . G A 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0172907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.925;QD=7.32771;RBI=0.0586667;REFB=-0.0040944;REVB=0.0560608;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171993;STB=0.608422;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0103309;OID=.;OPOS=42449789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:3:5:10:11:3:5:10:11 chr17 42453065 . A C 180.34 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0120561;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.051;QD=15.3482;RBI=0.0187477;REFB=-0.0057071;REVB=-0.0143571;RO=28;SAF=17;SAR=2;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372882;STB=0.721719;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0109787;OID=.;OPOS=42453065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:28:19:19:0.404255:2:17:19:9:2:17:19:9 chr17 42454463 . G C 109.36 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0472478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7385;QD=14.1103;RBI=0.0474657;REFB=-0.0315196;REVB=0.00454253;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248656;STB=0.646813;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0345044;OID=.;OPOS=42454463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:3:10:10:8:3:10:10:8 chr17 42475983 . G C 194.35 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.000440366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.273;QD=12.3396;RBI=0.0126362;REFB=-0.011096;REVB=-0.0126286;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142685;STB=0.50793;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0188006;OID=.;OPOS=42475983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:39:24:24:0.380952:12:12:18:19:12:12:20:19 chr17 42744238 . A C 152.78 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0270574;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1734;QD=11.5303;RBI=0.0270582;REFB=-0.00385667;REVB=-0.000208871;RO=34;SAF=4;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356629;STB=0.710819;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0141209;OID=.;OPOS=42744238;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:34:34:19:19:0.358491:15:4:17:17:15:4:17:17 chr17 42744383 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0249052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.048;QD=16.728;RBI=0.0431015;REFB=-0.0340914;REVB=-0.0351776;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225818;STB=0.628421;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0200215;OID=.;OPOS=42744383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:5:14:8:8:5:14 chr17 42744407 . A T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0247333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.583;QD=20.0175;RBI=0.0456523;REFB=-0.00984629;REVB=0.0383718;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734303;STB=0.541619;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0276098;OID=.;OPOS=42744407;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:12:6:7:10:12:6:7:10 chr17 42744726 . A C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0123038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9844;QD=11.2567;RBI=0.0170321;REFB=0.00236064;REVB=-0.0117775;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413789;STB=0.749375;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00538469;OID=.;OPOS=42744726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:8:4:6:2:8:4 chr17 42786213 . G C 226.02 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00667614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.161;QD=20.5474;RBI=0.0186133;REFB=-0.0251769;REVB=0.0173748;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254163;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0279635;OID=.;OPOS=42786213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:9:13:13:8:9:13:13:9 chr17 42852604 . G T 195.79 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0374608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3495;QD=17.7992;RBI=0.0450686;REFB=-0.0421788;REVB=0.0250572;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114687;STB=0.565053;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0444868;OID=.;OPOS=42852604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:16:8:9:11:16:8 chr17 42852610 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.732;QD=62.3508;RBI=0.0182059;REFB=0;REVB=-0.00575334;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95478e-05;OID=.;OPOS=42852610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr17 42854610 . T C 215.74 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0102815;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5989;QD=16.5953;RBI=0.0213257;REFB=0.00862464;REVB=-0.0186836;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00894198;STB=0.506573;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00464932;OID=.;OPOS=42854610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:28:24:24:0.461538:10:14:16:11:10:14:16:12 chr17 42855554 . T C 315.1 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0577808;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.433;QD=19.6934;RBI=0.0619206;REFB=-0.0500431;REVB=0.0222606;RO=30;SAF=12;SAR=21;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311018;STB=0.664707;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0214686;OID=.;OPOS=42855554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:30:31:33:33:0.515625:21:12:22:8:21:12:22:9 chr17 42857430 . G A 293.1 PASS AF=0.4125;AO=34;DP=81;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0050095;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9212;QD=14.6549;RBI=0.066785;REFB=-0.00925184;REVB=0.0665968;RO=46;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165644;STB=0.612834;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00570387;OID=.;OPOS=42857430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:46:47:34:33:0.4125:13:21:21:25:12:21:21:26 chr17 42857517 . C T 213.54 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00617681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.989;QD=16.1163;RBI=0.0282131;REFB=-0.0203953;REVB=0.0275286;RO=29;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037391;STB=0.521155;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0458254;OID=.;OPOS=42857517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:10:14:18:11:10:14:18:11 chr17 42857945 . T C 732.48 PASS AF=0.48125;AO=77;DP=160;FAO=77;FDP=160;FR=.;FRO=83;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=0.018175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6093;QD=18.3121;RBI=0.0296714;REFB=-0.0294711;REVB=0.0234535;RO=83;SAF=40;SAR=37;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114169;STB=0.562999;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0373335;OID=.;OPOS=42857945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:83:83:77:77:0.48125:37:40:33:50:37:40:33:50 chr17 42880753 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00790959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3142;QD=9.84389;RBI=0.067837;REFB=0.00603746;REVB=-0.0673743;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200623;STB=0.640553;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00906666;OID=.;OPOS=42880753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:19:20:10:10:0.333333:3:7:10:9:3:7:10:10 chr17 42925559 . C T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0198291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.597;QD=19.3436;RBI=0.0200025;REFB=-0.00314442;REVB=-0.0026277;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048982;STB=0.527747;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00392233;OID=.;OPOS=42925559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:9:9:10:8:9:9:10:8 chr17 43003484 . T C 356.88 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0461002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1486;QD=26.9344;RBI=0.0461014;REFB=-0.040295;REVB=0.000337882;RO=17;SAF=22;SAR=12;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514697;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0286146;OID=.;OPOS=43003484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:17:19:34:34:0.641509:12:22:11:6:12:22:13:6 chr17 43010064 . G A 485.75 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0036093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.436;QD=16.4662;RBI=0.0137195;REFB=-0.00298215;REVB=0.0132362;RO=63;SAF=30;SAR=23;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026026;STB=0.523924;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00404136;OID=.;OPOS=43010064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:63:65:53:53:0.449153:23:30:34:29:23:30:34:31 chr17 43111558 . G A 31.32 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0268708;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.02;QD=9.63758;RBI=0.027065;REFB=-0.00813188;REVB=0.00323677;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090044;STB=0.578664;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0155352;OID=.;OPOS=43111558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:13:7:8:5:5:0.384615:4:1:1:6:4:1:1:7 chr17 43181287 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00373265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.052;QD=63.2868;RBI=0.0276042;REFB=0;REVB=0.0273507;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28057e-05;OID=.;OPOS=43181287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr17 43192548 . GT GTC,TC 319.67 PASS AF=1,0;AO=17,5;DP=26;FAO=26,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.178126,0.246958;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=21.1403,5.79488;QD=49.1807;RBI=0.221077,0.258019;REFB=0,0;REVB=0.130943,-0.0747345;RO=2;SAF=2,0;SAR=15,5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.152626,-0.749526;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0150695,0;OID=.,.;OPOS=43192550,43192548;OREF=-,GT;OALT=C,TC;OMAPALT=GTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:26:2:0:17,5:26,0:1,0:15,5:2,0:1:1:21,0:5,0:0:0 chr17 43192821 . A G 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0357031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.694;QD=6.92894;RBI=0.0357038;REFB=-0.00998118;REVB=0.000222997;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800118;STB=0.551548;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.029124;OID=.;OPOS=43192821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:6:9:4:2:6:9 chr17 43227766 . T TTTGG 552.16 PASS AF=0.974359;AO=32;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00893985;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=4;MLLD=276.844;QD=56.6321;RBI=0.035943;REFB=-0.0543875;REVB=-0.0348135;RO=2;SAF=17;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051808;STB=0.512189;STBP=0.527;TYPE=ins;VARB=0.00114902;OID=.;OPOS=43227767;OREF=-;OALT=TTGG;OMAPALT=TTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.974359:32:39:38:39:1:20:18:1:0:5:2:17:15:2:0 chr17 43228098 . A G 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00381882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8062;QD=20.7379;RBI=0.007567;REFB=-0.00206129;REVB=0.0065327;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189201;STB=0.617523;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00179253;OID=.;OPOS=43228098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:9:9:11:4:9:9:12:4 chr17 43229299 . A C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.014197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.004;QD=10.3792;RBI=0.0143844;REFB=-0.0109785;REVB=0.0023148;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419926;STB=0.7495;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0193504;OID=.;OPOS=43229299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:4:12:3:6:4:12 chr17 43318778 . GC CG 351.33 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0190261;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=245.304;QD=46.8443;RBI=0.0215851;REFB=-0.150662;REVB=0.0101942;RO=3;SAF=17;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737355;STB=0.503976;STBP=0.952;TYPE=mnp;VARB=0.00198447;OID=.;OPOS=43318778;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:30:30:3:3:27:27:0.9:10:17:2:1:10:17:2:1 chr17 43319770 . C T 307.25 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.044061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.547;QD=18.0736;RBI=0.0486613;REFB=-0.0245021;REVB=-0.020653;RO=35;SAF=8;SAR=24;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24984;STB=0.622676;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0203238;OID=.;OPOS=43319770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:35:32:33:0.485294:24:8:17:18:24:9:17:18 chr17 43331880 . G A 213.47 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00176715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.757;QD=16.111;RBI=0.0316976;REFB=-0.0350352;REVB=0.0316483;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631938;STB=0.543824;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0406228;OID=.;OPOS=43331880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:11:13:17:11:11:13:18:11 chr17 43333125 . C T 155.16 PASS AF=0.36;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.000490635;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.149;QD=12.4131;RBI=0.0300999;REFB=-0.0148641;REVB=-0.0300959;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10273;STB=0.559934;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0259078;OID=.;OPOS=43333125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:32:32:18:18:0.36:9:9:19:13:9:9:19:13 chr17 43333785 . AAGAC A 191.45 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0086899;FXX=0.0675584;HRUN=2;LEN=4;MLLD=229.115;QD=11.0984;RBI=0.0216848;REFB=-0.0148922;REVB=0.0198675;RO=40;SAF=20;SAR=10;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125676;STB=0.577267;STBP=0.294;TYPE=del;VARB=0.0212906;OID=.;OPOS=43333786;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:30:75:30:69:39:20:10:21:18:99:40:20:10:22:18 chr17 43340734 . C T 292.83 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0113009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.308;QD=17.2251;RBI=0.0113031;REFB=-0.010941;REVB=0.000218464;RO=35;SAF=11;SAR=21;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308187;STB=0.506131;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0115132;OID=.;OPOS=43340734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:36:32:32:0.470588:21:11:11:24:21:11:12:24 chr17 43340936 . G A 80.82 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0326248;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.491;QD=13.4708;RBI=0.0657846;REFB=-0.0139158;REVB=0.0571247;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.541584;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0250032;OID=.;OPOS=43340936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:24:24:12:14:10:10:0.416667:5:5:6:6:5:5:8:6 chr17 43342141 . G C 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0063031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.696;QD=14.7346;RBI=0.00769923;REFB=-0.00590354;REVB=-0.00442143;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944603;STB=0.553659;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0111732;OID=.;OPOS=43342141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:16:11:18:18:16:11:18:18 chr17 43364293 . C CG,G 439.37 PASS AF=1,0;AO=29,2;DP=36;FAO=32,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391112,-0.056669;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=24.045,4.09542;QD=54.9213;RBI=0.0245747,0.0763105;REFB=0,0;REVB=0.0242615,0.0511068;RO=5;SAF=8,2;SAR=21,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.10452,0.589598;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00115654,0;OID=.,.;OPOS=43364294,43364293;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:32:5:0:29,2:32,0:1,0:21,0:8,2:3:2:22,0:10,0:0:0 chr17 43483413 . C T 390.77 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0249572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.334;QD=32.5643;RBI=0.028134;REFB=-0.0171943;REVB=-0.012987;RO=16;SAF=21;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101733;STB=0.555675;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00850345;OID=.;OPOS=43483413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:11:21:8:8:11:21:8:8 chr17 43531116 . T C 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0209796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8222;QD=12.02;RBI=0.0341794;REFB=-0.00752875;REVB=-0.0269831;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241385;STB=0.64084;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0365762;OID=.;OPOS=43531116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:18:7:7:7:18:7 chr17 43923180 . G A 270.89 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0211254;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.534;QD=22.1135;RBI=0.0354956;REFB=-0.0256944;REVB=0.0285247;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556107;STB=0.531123;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.020598;OID=.;OPOS=43923180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:13:12:10:14:13:12:10:14 chr17 43923898 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5046;QD=50.4127;RBI=0.0701914;REFB=0;REVB=-0.0687231;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104867;OID=.;OPOS=43923898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:3:16:0:0:3:16:0:0 chr17 43924412 . T C 418.26 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00355901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.227;QD=17.4275;RBI=0.0220992;REFB=-0.00244485;REVB=0.0218107;RO=52;SAF=12;SAR=31;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179647;STB=0.60779;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00261618;OID=.;OPOS=43924412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:53:43:43:0.447917:31:12:23:29:31:12:24:29 chr17 44067382 . T C 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0121564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5337;QD=9.56931;RBI=0.0122758;REFB=0.00627237;REVB=-0.00170851;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407015;STB=0.512164;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0229075;OID=.;OPOS=44067382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:14:15:8:8:0.347826:7:1:2:12:7:1:2:13 chr17 44077044 . T C 318.35 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182843;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8038;QD=53.0579;RBI=0.103563;REFB=0;REVB=0.101936;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507888;OID=.;OPOS=44077044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:22:24:1:11:11:0:0:13:11:0:0 chr17 44117135 . C T 165.83 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0140393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.745;QD=9.75449;RBI=0.0707332;REFB=-0.00324284;REVB=-0.069326;RO=40;SAF=21;SAR=1;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585023;STB=0.896956;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00460985;OID=.;OPOS=44117135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:40:46:22:22:0.323529:1:21:27:13:1:21:27:19 chr17 44144993 . C G 335.73 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.097;QD=53.7162;RBI=0.0499792;REFB=0;REVB=0.0418371;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046746;OID=.;OPOS=44144993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:7:16:0:0:8:17:0:0 chr17 44248499 . G C 215.23 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0361;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.337;QD=12.8493;RBI=0.036677;REFB=0.00643188;REVB=-0.00647998;RO=41;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105712;STB=0.560594;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.00861659;OID=.;OPOS=44248499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:41:41:26:26:0.38806:14:12:23:18:14:12:23:18 chr17 44998563 . G A 370.07 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0039356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5601;QD=14.098;RBI=0.0713631;REFB=0.000448062;REVB=-0.0712545;RO=62;SAF=19;SAR=24;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144387;STB=0.58146;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00184345;OID=.;OPOS=44998563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:62:43:43:0.409524:24:19:36:26:24:19:36:26 chr17 45000529 . G C 475.49 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0236561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.138;QD=24.3843;RBI=0.0341651;REFB=-0.0304287;REVB=0.0246505;RO=30;SAF=22;SAR=23;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811953;STB=0.549466;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0257748;OID=.;OPOS=45000529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:30:33:45:45:0.576923:23:22:18:12:23:22:20:13 chr17 45000547 . G C 1017.92 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0296601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.7649;QD=56.5513;RBI=0.0598251;REFB=-0.0972087;REVB=-0.051955;RO=2;SAF=35;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019604;OID=.;OPOS=45000547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:35:35:1:1:35:35:1:1 chr17 45214544 . T C 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00711777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.568;QD=4.81088;RBI=0.074019;REFB=-0.0164259;REVB=-0.073676;RO=23;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164016;STB=0.61361;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0611386;OID=.;OPOS=45214544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:1:5:17:6:1:5:17:6 chr17 45214558 . G A 62.63 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-5.3213e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8539;QD=8.08064;RBI=0.0702341;REFB=-0.0189811;REVB=-0.0702341;RO=22;SAF=8;SAR=1;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308479;STB=0.699458;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.084308;OID=.;OPOS=45214558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:1:8:16:6:1:8:16:6 chr17 45214582 . A G 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0145291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.046;QD=4.46085;RBI=0.0149182;REFB=-0.00224136;REVB=0.00338475;RO=24;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206555;STB=0.634413;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0332808;OID=.;OPOS=45214582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:24:25:6:6:0.193548:1:5:17:7:1:5:18:7 chr17 45214631 . G A 59.12 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00658879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.056;QD=9.09561;RBI=0.00824354;REFB=-0.0112832;REVB=-0.00495416;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72236e-08;STB=0.512168;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0293965;OID=.;OPOS=45214631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:26:26:16:17:8:9:0.346154:2:6:12:4:2:7:13:4 chr17 45214643 . A T 40.93 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0120629;FXX=0.185117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.704;QD=7.4411;RBI=0.0131841;REFB=-0.0124399;REVB=-0.00532057;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228049;STB=0.651596;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0287843;OID=.;OPOS=45214643;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:26:22:16:16:6:6:0.272727:1:5:11:5:1:5:11:5 chr17 45214682 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0219555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.799;QD=15.3789;RBI=0.0220151;REFB=-0.00265816;REVB=-0.00161872;RO=14;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169434;STB=0.599815;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00106291;OID=.;OPOS=45214682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:2:10:10:4:2:10:10:4 chr17 45214690 . G A 42.76 PASS AF=0.217391;AO=5;DP=23;FAO=5;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0566607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6565;QD=7.4363;RBI=0.116534;REFB=0.0195342;REVB=0.101831;RO=16;SAF=4;SAR=1;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815185;STB=0.55532;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0412252;OID=.;OPOS=45214690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:23:23:16:16:5:5:0.217391:1:4:12:4:1:4:12:4 chr17 45214699 . T C 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0254365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.573;QD=5.95778;RBI=0.0323546;REFB=-0.00198769;REVB=-0.019995;RO=18;SAF=5;SAR=1;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102181;STB=0.567936;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00443551;OID=.;OPOS=45214699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:1:5:14:4:1:5:14:4 chr17 45216172 . A G 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0286777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6412;QD=6.10488;RBI=0.0292572;REFB=-0.00549922;REVB=-0.00579436;RO=26;SAF=7;SAR=1;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498796;STB=0.829587;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0125495;OID=.;OPOS=45216172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:1:7:13:13:1:7:13:13 chr17 45216210 . A G 164.77 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.025109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2607;QD=21.2605;RBI=0.0372195;REFB=0.0106155;REVB=0.0274741;RO=14;SAF=16;SAR=1;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.711315;STB=0.909381;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00209704;OID=.;OPOS=45216210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:1:16:3:11:1:16:3:11 chr17 45216216 . A G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0108639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.115;QD=21.2669;RBI=0.0448662;REFB=-0.000950847;REVB=-0.0435311;RO=14;SAF=16;SAR=1;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.711315;STB=0.909381;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00113583;OID=.;OPOS=45216216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:1:16:3:11:1:16:3:11 chr17 45216231 . T C 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0269903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.572;QD=20.4548;RBI=0.027947;REFB=-0.00880845;REVB=-0.00724964;RO=15;SAF=16;SAR=1;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.722676;STB=0.915733;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00844696;OID=.;OPOS=45216231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:1:16:3:12:1:16:3:12 chr17 45216247 . AT TG 152.38 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00597422;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=118.47;QD=21.0173;RBI=0.0236935;REFB=0.000982546;REVB=-0.0229279;RO=12;SAF=15;SAR=1;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.706894;STB=0.913114;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=-0.00133834;OID=.;OPOS=45216247;OREF=AT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:16:16:0.551724:1:15:2:10:1:15:2:11 chr17 45219255 . A G 30.83 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.0411791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6439;QD=1.37033;RBI=0.0442371;REFB=0.00949778;REVB=0.0161617;RO=82;SAF=1;SAR=7;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438061;STB=0.858709;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0363288;OID=.;OPOS=45219255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:90:82:82:8:8:0.0888889:7:1:41:41:7:1:41:41 chr17 45219276 . A G 39.1 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0303124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.59;QD=1.88431;RBI=0.0303528;REFB=0.00117016;REVB=-0.00156619;RO=72;SAF=2;SAR=7;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296801;STB=0.737337;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00571211;OID=.;OPOS=45219276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:72:74:9:9:0.108434:7:2:33:39:7:2:35:39 chr17 45219283 . T C 35.07 PASS AF=0.105263;AO=6;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.00958151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.636;QD=1.84567;RBI=0.0103593;REFB=-0.0040088;REVB=0.00393817;RO=68;SAF=1;SAR=5;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345888;STB=0.70779;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0239675;OID=.;OPOS=45219283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:68:68:6:8:0.105263:5:1:32:36:6:2:32:36 chr17 45219296 . G C 39.75 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0184706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.595;QD=2.44599;RBI=0.0254046;REFB=-0.00337423;REVB=-0.0174422;RO=57;SAF=2;SAR=6;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222054;STB=0.666223;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0166857;OID=.;OPOS=45219296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:57:57:8:8:0.123077:6:2:24:33:6:2:24:33 chr17 45234343 . T G 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00707274;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.044;QD=7.32771;RBI=0.0114672;REFB=-0.00908324;REVB=-0.00902628;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250934;STB=0.654822;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0204476;OID=.;OPOS=45234343;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:4:4:15:6:4:4:15:6 chr17 45234360 . A C 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.012889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.38;QD=8.40223;RBI=0.0135631;REFB=-0.0227686;REVB=0.00422251;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189188;STB=0.615148;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0450587;OID=.;OPOS=45234360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:15:6:4:5:15:6 chr17 45234420 . T G 55.32 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0520111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9093;QD=10.0576;RBI=0.05202;REFB=-0.020809;REVB=-0.000964065;RO=14;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527668;STB=0.828027;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0570539;OID=.;OPOS=45234420;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:1:7:6:8:1:7:6:8 chr17 45249306 . T C 31.93 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00468911;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.816;QD=2.55436;RBI=0.0137386;REFB=-0.00377256;REVB=0.0129136;RO=43;SAF=3;SAR=3;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123517;STB=0.599681;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.098892;OID=.;OPOS=45249306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:50:50:43:44:6:6:0.12:3:3:26:17:3:3:27:17 chr17 45249316 . T C 31.46 PASS AF=0.12;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0317738;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.68;QD=2.51714;RBI=0.0365758;REFB=-0.00188588;REVB=0.0181166;RO=44;SAF=3;SAR=3;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134117;STB=0.599681;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0243089;OID=.;OPOS=45249316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:50:44:44:6:6:0.12:3:3:27:17:3:3:27:17 chr17 45249330 . T G 44.4 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=54;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0087251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.82;QD=3.17119;RBI=0.0107687;REFB=-0.00665144;REVB=0.00631176;RO=48;SAF=3;SAR=3;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481195;STB=0.573208;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0301421;OID=.;OPOS=45249330;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:54:56:48:48:6:8:0.142857:3:3:26:22:3:5:26:22 chr17 45258971 . A G 40.07 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0457968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8059;QD=3.20569;RBI=0.0594351;REFB=0.000957076;REVB=0.0378838;RO=43;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.567107;STB=0.891329;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00762544;OID=.;OPOS=45258971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:1:6:15:28:1:6:15:28 chr17 45266522 . T C 199.91 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0323152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1128;QD=19.0387;RBI=0.0554928;REFB=-0.0307076;REVB=-0.0451129;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196241;STB=0.502401;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.039252;OID=.;OPOS=45266522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:22:20:20:0.47619:11:9:9:12:11:9:10:12 chr17 45266535 . T C 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.010846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.945;QD=26.6162;RBI=0.0386843;REFB=0.00397891;REVB=-0.0371327;RO=21;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935448;STB=0.551688;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00584498;OID=.;OPOS=45266535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:13:16:9:12:13:16:9:12 chr17 45266571 . T A 337.44 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0110319;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.014;QD=24.9958;RBI=0.0127707;REFB=-0.0130356;REVB=-0.00643337;RO=18;SAF=22;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221799;STB=0.615313;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00852282;OID=.;OPOS=45266571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:18:21:33:33:0.611111:11:22:6:12:11:22:8:13 chr17 45368337 . A C 739.53 PASS AF=0.541985;AO=71;DP=131;FAO=71;FDP=131;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0150531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1466;QD=22.5811;RBI=0.0151399;REFB=-0.00542233;REVB=0.00161898;RO=60;SAF=28;SAR=43;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00492552;STB=0.502697;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00257554;OID=.;OPOS=45368337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:60:60:71:71:0.541985:43:28:24:36:43:28:24:36 chr17 45369777 . A G 214.97 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0210566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.139;QD=21.4968;RBI=0.0296111;REFB=-0.0163695;REVB=-0.0208192;RO=19;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306258;STB=0.517225;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0343706;OID=.;OPOS=45369777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:15:6:6:13:15:6:6:13 chr17 45369789 . G A 203.18 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0184079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.012;QD=21.9655;RBI=0.0184609;REFB=-0.00846202;REVB=0.00139894;RO=17;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00574418;STB=0.503223;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00843159;OID=.;OPOS=45369789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:14:6:5:12:14:6:5:12 chr17 45388586 . T A 1138.13 PASS AF=0.987342;AO=75;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00280052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6184;QD=57.627;RBI=0.0763125;REFB=-0.0869851;REVB=0.0762611;RO=2;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027017;STB=0.506665;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00222021;OID=.;OPOS=45388586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:78:79:2:1:75:78:0.987342:34:41:0:2:37:41:0:1 chr17 45438886 . CAGTG C,CAGTT 236.42 PASS AF=0.4,0.0909091;AO=22,5;DP=56;FAO=22,5;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=10,1;FSAR=12,4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0142966,-0.0604157;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=197.898,125.517;QD=17.1941;RBI=0.025899,0.0604295;REFB=-0.03116,-0.0213764;REVB=-0.0215955,-0.00128902;RO=27;SAF=10,1;SAR=12,4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00987944,-0.312714;STB=0.50549,0.745609;STBP=0.957,0.27;TYPE=del,snp;VARB=0.0321018,0.0588623;OID=.,.;OPOS=45438887,45438890;OREF=AGTG,G;OALT=-,T;OMAPALT=C,CAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0.0909091:22,5:56:22,5:55:28:10,1:12,4:13:15:99:27:10,1:12,4:12:15 chr17 45447832 . A G 506.8 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0114426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3367;QD=20.4769;RBI=0.0160176;REFB=-0.00904397;REVB=0.0112085;RO=50;SAF=14;SAR=35;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266151;STB=0.648085;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00888821;OID=.;OPOS=45447832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:35:14:28:22:35:14:28:22 chr17 45451894 . G A 2090.32 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0884083;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.925;QD=61.9355;RBI=0.0884197;REFB=-0.0849013;REVB=-0.00142134;RO=0;SAF=55;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=6.82221e-05;OID=.;OPOS=45451894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:135:0:1:134:134:0.992593:79:55:0:0:79:55:1:0 chr17 45468842 . A T 203.85 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00384579;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.104;QD=13.8203;RBI=0.0216537;REFB=-0.00320542;REVB=-0.0213094;RO=35;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16353;STB=0.593145;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00512331;OID=.;OPOS=45468842;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:12:12:23:12:12:12:23:12 chr17 45490251 . C T 188.49 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.023438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1547;QD=14.2254;RBI=0.0689126;REFB=0.00189642;REVB=-0.0648044;RO=29;SAF=4;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33162;STB=0.679815;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00470119;OID=.;OPOS=45490251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:29:31:22:22:0.415094:18:4:13:16:18:4:13:18 chr17 45567593 . ATC A 186.74 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0225659;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.22;QD=22.6345;RBI=0.0253946;REFB=-0.0546619;REVB=-0.0116474;RO=12;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192156;STB=0.551672;STBP=0.537;TYPE=del;VARB=0.0390313;OID=.;OPOS=45567594;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575758:18:34:19:33:14:6:13:3:11:99:12:5:13:1:11 chr17 45569815 . A G 395.38 PASS AF=1;AO=22;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447353;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.195;QD=56.4828;RBI=0.0484896;REFB=0;REVB=0.018708;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103537;OID=.;OPOS=45569815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:22:28:1:11:11:0:0:11:17:0:0 chr17 45663702 . CA AA,AC 75.99 PASS AF=0.3125,0;AO=8,2;DP=32;FAO=10,0;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5,0;FSAR=5,0;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0072608,0.0116964;FXX=0.0588062;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=138.929,71.174;QD=9.49918;RBI=0.0454694,0.0746925;REFB=-0.0201178,-0.0107409;REVB=0.044886,-0.073771;RO=22;SAF=5,2;SAR=3,0;SRF=15;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0721645,0.431599;STB=0.624766,0.5;STBP=0.377,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0402148,0;OID=.,.;OPOS=45663702,45663702;OREF=C,CA;OALT=A,AC;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:32:32:22:22:8,2:10,0:0.3125,0:3,0:5,2:15:7:5,0:5,0:15:7 chr17 45700384 . C CCTA 257.37 PASS AF=0.5;AO=26;DP=58;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0339699;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=3;MLLD=219.783;QD=18.3832;RBI=0.0367929;REFB=-0.0241798;REVB=-0.0141338;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136305;STB=0.571378;STBP=0.316;TYPE=ins;VARB=0.0222538;OID=.;OPOS=45700385;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=CCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:26:58:28:56:28:16:12:12:16:99:30:15:11:13:17 chr17 45735975 . G A 309.94 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00340924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8558;QD=18.784;RBI=0.0185616;REFB=-0.00641897;REVB=-0.0182459;RO=31;SAF=13;SAR=20;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160134;STB=0.56518;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0040747;OID=.;OPOS=45735975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:33:33:33:0.5:20:13:7:24:20:13:9:24 chr17 45750468 . T C 346.56 PASS AF=0.546875;AO=34;DP=62;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0212808;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.6;QD=21.66;RBI=0.0223625;REFB=-0.000477737;REVB=-0.00687085;RO=27;SAF=20;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174062;STB=0.601712;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.000261532;OID=.;OPOS=45750468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:27:29:34:35:0.546875:14:20:10:17:15:20:10:19 chr17 45759767 . C T 535.6 PASS AF=0.504505;AO=54;DP=109;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0112991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8825;QD=19.301;RBI=0.0178458;REFB=0.0130878;REVB=-0.0138132;RO=55;SAF=30;SAR=24;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00931354;STB=0.504853;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.01257;OID=.;OPOS=45759767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:55:55:54:56:0.504505:24:30:30:25:26:30:30:25 chr17 45760349 . T C 696.54 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0375694;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.415;QD=52.569;RBI=0.0398157;REFB=-0.0917546;REVB=0.0131847;RO=1;SAF=32;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014486;STB=0.5147;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00040008;OID=.;OPOS=45760349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:50:51:0.962264:18:32:1:0:18:33:2:0 chr17 45760429 . T C 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0336404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.971;QD=50.1339;RBI=0.0336405;REFB=0.277486;REVB=-5.62574e-05;RO=1;SAF=15;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299036;STB=0.516116;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00263064;OID=.;OPOS=45760429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:9:15:1:0:9:15:1:0 chr17 45760433 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.404;QD=53.9112;RBI=0.00492357;REFB=0;REVB=0.0043168;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32023e-05;OID=.;OPOS=45760433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr17 45760958 . TA T 130.08 PASS AF=0.540541;AO=18;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.1105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.6531;QD=14.0622;RBI=0.152913;REFB=0.042898;REVB=0.105698;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104329;STB=0.509527;STBP=0.935;TYPE=del;VARB=-0.0306052;OID=.;OPOS=45760959;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.540541:18:37:20:37:17:9:11:8:9:99:16:9:9:6:10 chr17 45885687 . A C,G 926.35 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=3,58;DP=62;FAO=2,64;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=2,32;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209499,0.0213087;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.4353,115.161;QD=56.1425;RBI=0.0222396,0.0258993;REFB=0,0;REVB=0.00746325,0.0147212;RO=1;SAF=3,29;SAR=0,29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0159891;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0191666,0.00167564;OID=.,.;OPOS=45885687,45885687;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:62:66:1:0:3,58:2,64:0.030303,0.969697:0,29:3,29:1:0:0,32:2,32:0:0 chr17 45915788 . T C 815.81 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.52;QD=57.2496;RBI=0.00978038;REFB=0;REVB=-0.0063206;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85191e-06;OID=.;OPOS=45915788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:55:57:1:31:24:0:0:32:25:0:0 chr17 45918143 . C CG,G 44.38 PASS AF=0.290323,0;AO=8,3;DP=31;FAO=9,0;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0348651,0.0308601;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=42.3175,191.691;QD=5.7264;RBI=0.121364,0.058882;REFB=-0.01748,0.000580289;REVB=-0.116249,-0.0501472;RO=20;SAF=1,0;SAR=7,3;SRF=6;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.305967,-0.528374;STB=0.699458,0.5;STBP=0.264,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.175111,0;OID=.,.;OPOS=45918144,45918143;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:31:31:20:22:8,3:9,0:0.290323,0:7,3:1,0:6:14:8,0:1,0:6:16 chr17 45925160 . G T 174.19 PASS AF=0.5625;AO=16;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0674352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.3599;QD=21.7741;RBI=0.0741326;REFB=-0.0270481;REVB=0.0307918;RO=14;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260868;STB=0.661559;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0240889;OID=.;OPOS=45925160;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:16:18:0.5625:13:3:6:8:15:3:6:8 chr17 45959620 . T C 326.51 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.000162603;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.945;QD=14.8415;RBI=0.0108566;REFB=-0.0122411;REVB=-0.0108553;RO=51;SAF=18;SAR=18;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101511;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0189863;OID=.;OPOS=45959620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:52:36:36:0.409091:18:18:26:25:18:18:26:26 chr17 45994044 . C T 360.25 PASS AF=0.463415;AO=36;DP=81;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0204988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5939;QD=17.5732;RBI=0.0244898;REFB=0.000430309;REVB=0.0133996;RO=44;SAF=29;SAR=7;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141176;STB=0.541573;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=7.76097e-05;OID=.;OPOS=45994044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:44:44:36:38:0.463415:7:29:31:13:9:29:31:13 chr17 45994094 . T C 393.45 PASS AF=0.431373;AO=43;DP=101;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=14;FWDB=-0.0203048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.28;QD=15.4295;RBI=0.0240341;REFB=0.00676769;REVB=-0.012859;RO=57;SAF=32;SAR=11;SRF=43;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136919;STB=0.522926;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0102131;OID=.;OPOS=45994094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:57:58:43:44:0.431373:11:32:43:14:12:32:44:14 chr17 45994154 . G A 133.58 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0974713;FXX=0.0540468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.491;QD=7.63297;RBI=0.0980314;REFB=-0.0109074;REVB=-0.0104647;RO=51;SAF=2;SAR=17;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452616;STB=0.784248;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0630679;OID=.;OPOS=45994154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:51:51:19:19:0.271429:17:2:19:32:17:2:19:32 chr17 46002744 . G T 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0169949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.421;QD=13.336;RBI=0.019832;REFB=-0.0133493;REVB=0.0102217;RO=24;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304406;STB=0.677731;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0250533;OID=.;OPOS=46002744;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:10:5:15:9:10:5:15:9 chr17 46005792 . A ACT 213.98 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0268492;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=2;MLLD=254.819;QD=14.507;RBI=0.0273697;REFB=-0.0129998;REVB=0.00531222;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149201;STB=0.584838;STBP=0.261;TYPE=ins;VARB=0.0164643;OID=.;OPOS=46005793;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423729:25:60:25:59:34:11:14:20:14:99:34:11:14:20:14 chr17 46020698 . C T 277.02 PASS AF=0.336735;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.010023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.958;QD=11.307;RBI=0.0144951;REFB=-0.00774289;REVB=0.0104713;RO=65;SAF=21;SAR=12;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16818;STB=0.597663;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0153544;OID=.;OPOS=46020698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:65:65:33:33:0.336735:12:21:32:33:12:21:32:33 chr17 46026156 . A G 417.99 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00995727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.301;QD=53.934;RBI=0.0385101;REFB=-0.118464;REVB=-0.0372005;RO=1;SAF=21;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216881;STB=0.51162;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000756234;OID=.;OPOS=46026156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:9:21:1:0:9:21:1:0 chr17 46029962 . ACTCT A 216.97 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0057309;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=4;MLLD=283.037;QD=15.2259;RBI=0.0108191;REFB=-0.0171788;REVB=-0.00917662;RO=30;SAF=8;SAR=17;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245033;STB=0.62398;STBP=0.127;TYPE=del;VARB=0.0216743;OID=.;OPOS=46029963;OREF=CTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.438596:25:58:25:57:32:8:17:17:15:99:30:8:17:17:13 chr17 46059071 . T C 259.13 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0116821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.943;QD=24.1053;RBI=0.0146558;REFB=-0.0125418;REVB=0.00884999;RO=19;SAF=10;SAR=14;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174759;STB=0.596633;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0103465;OID=.;OPOS=46059071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:14:10:4:15:14:10:4:15 chr17 46147945 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0228871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.071;QD=11.1041;RBI=0.0248263;REFB=-0.0126209;REVB=-0.00961887;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130818;STB=0.578732;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0238137;OID=.;OPOS=46147945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:7:3:3:4:7:3 chr17 46233806 . A G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0129042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.826;QD=14.3343;RBI=0.0144456;REFB=-0.0281617;REVB=0.00649278;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286347;STB=0.670818;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0300205;OID=.;OPOS=46233806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:7:2:5:5:7:2:5:5 chr17 46262171 . C T 1219.59 PASS AF=0.975904;AO=79;DP=81;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0207949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.845;QD=58.7756;RBI=0.0244747;REFB=-0.107197;REVB=0.0129068;RO=2;SAF=31;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526509;STB=0.502308;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.000206155;OID=.;OPOS=46262171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:83:2:2:79:81:0.975904:48:31:1:1:48:33:1:1 chr17 46607021 . T C 2373.98 PASS AF=0.981366;AO=158;DP=161;FAO=158;FDP=161;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.05917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4089;QD=58.9808;RBI=0.0735107;REFB=-0.0882046;REVB=0.0436202;RO=0;SAF=76;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38593e-08;STB=0.508981;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00106318;OID=.;OPOS=46607021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:161:161:0:3:158:158:0.981366:82:76:0:0:82:76:0:3 chr17 46607817 . C T 615.98 PASS AF=0.521008;AO=61;DP=118;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0119757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8949;QD=20.7052;RBI=0.0264436;REFB=-0.0415167;REVB=0.0235763;RO=55;SAF=28;SAR=33;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996517;STB=0.540528;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0308766;OID=.;OPOS=46607817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:55:57:61:62:0.521008:33:28:19:36:34:28:21:36 chr17 46607958 . T A 113.52 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=41;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0467267;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1207;QD=10.8118;RBI=0.0573793;REFB=-0.0211148;REVB=-0.0333016;RO=28;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26506;STB=0.642653;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0458757;OID=.;OPOS=46607958;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:28:28:13:14:0.333333:4:9:13:15:5:9:12:16 chr17 46608030 . G A 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0395043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.913;QD=11.2573;RBI=0.0485175;REFB=-0.0290658;REVB=0.0281666;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284261;STB=0.670319;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00761358;OID=.;OPOS=46608030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:8:4:5:3:8:4 chr17 46608184 . G GGGGCGCTGT 226.42 PASS AF=0.363636;AO=26;DP=79;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00451775;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=9;MLLD=319.294;QD=11.7622;RBI=0.0059038;REFB=-0.0160693;REVB=0.00380063;RO=51;SAF=18;SAR=8;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239378;STB=0.625271;STBP=0.095;TYPE=ins;VARB=0.0256481;OID=.;OPOS=46608185;OREF=-;OALT=GGGCGCTGT;OMAPALT=GGGGCGCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:26:79:28:77:49:19:9:24:25:99:51:18:8:25:26 chr17 46620095 . G T 388.06 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0320317;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2711;QD=15.0702;RBI=0.0355142;REFB=-0.0227706;REVB=-0.0153372;RO=58;SAF=24;SAR=20;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132654;STB=0.569389;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0179874;OID=.;OPOS=46620095;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:58:59:44:44:0.427184:20:24:24:34:20:24:25:34 chr17 46620111 . T C 353.93 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0995363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.763;QD=16.0876;RBI=0.0997244;REFB=-0.00789449;REVB=0.00612276;RO=50;SAF=21;SAR=17;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113376;STB=0.563809;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0147839;OID=.;OPOS=46620111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:17:21:22:28:17:21:22:28 chr17 46626811 . G A,GGACA 214.12 PASS AF=0,0.947368;AO=7,19;DP=29;FAO=0,18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=0,4;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.03197,-0.00011669;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,4;MLLD=164.525,316.565;QD=45.077;RBI=0.0324064,0.00725526;REFB=0.0411885,0.0463592;REVB=-0.00530058,-0.00725433;RO=2;SAF=7,6;SAR=0,13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.804017,0.0656807;STB=0.5,0.517223;STBP=1,0.64;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00349218;OID=.,.;OPOS=46626811,46626812;OREF=G,-;OALT=A,GACA;OMAPALT=A,GGACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:5:29:19:2:1:7,19:0,18:0,0.947368:0,13:7,6:0:2:0,14:0,4:0:1 chr17 46629593 . G T 283.7 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0541566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.0915;QD=15.1305;RBI=0.0581241;REFB=-0.013626;REVB=0.0211061;RO=42;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506662;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.015932;OID=.;OPOS=46629593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:32:32:0.426667:16:16:21:21:16:16:22:21 chr17 46670520 . T C 583.75 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000200443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.49;QD=54.3022;RBI=0.00147913;REFB=-0.0421537;REVB=-0.00146548;RO=3;SAF=31;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786371;STB=0.542108;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00345827;OID=.;OPOS=46670520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:3:3:40:40:0.930233:9:31:1:2:9:31:1:2 chr17 46688256 . T A,C 384.78 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,26;DP=28;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376205,0.0154705;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=43.3509,55.2933;QD=54.9688;RBI=0.0382268,0.125973;REFB=0,0;REVB=-0.00678108,0.125019;RO=0;SAF=2,16;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-7.71087e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0565448,0.0172771;OID=.,.;OPOS=46688256,46688256;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:2,26:2,26:0.0714286,0.928571:0,10:2,16:0:0:0,10:2,16:0:0 chr17 46842983 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.171;QD=59.4351;RBI=0.0141319;REFB=0;REVB=0.0140685;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22733e-05;OID=.;OPOS=46842983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr17 46881748 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.183;QD=63.8719;RBI=0.0124438;REFB=0;REVB=0.0108925;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37753e-05;OID=.;OPOS=46881748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr17 46923384 . G A 1443.16 PASS AF=1;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170857;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.167;QD=63.4355;RBI=0.0228215;REFB=0;REVB=-0.0151294;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110186;OID=.;OPOS=46923384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:91:0:0:91:91:1:45:46:0:0:45:46:0:0 chr17 46926615 . G A 650.96 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1426;QD=61.9966;RBI=0.0889341;REFB=0;REVB=0.073614;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173584;OID=.;OPOS=46926615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chr17 46934007 . A C 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.578;QD=54.5141;RBI=0.0513474;REFB=0;REVB=0.0371553;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430789;OID=.;OPOS=46934007;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr17 46970836 . A G 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.464;QD=60.3755;RBI=0.0309132;REFB=0;REVB=0.0291163;RO=0;SAF=48;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8136e-05;OID=.;OPOS=46970836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:26:48:0:0:26:48:0:0 chr17 46971140 . G A 520.63 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0445657;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9866;QD=54.8033;RBI=0.0492088;REFB=-0.0586809;REVB=-0.0208662;RO=2;SAF=17;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518991;STB=0.526301;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00506389;OID=.;OPOS=46971140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:35:36:0.947368:18:17:2:0:18:18:2:0 chr17 46972479 . ATCTC A 433.27 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028248;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=4;MLLD=297.05;QD=57.7694;RBI=0.0404206;REFB=0;REVB=0.0289115;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00018668;OID=.;OPOS=46972480;OREF=TCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:31:30:30:0:14:16:0:0:4:0:13:16:0:0 chr17 47000251 . C T 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.249;QD=62.9078;RBI=0.036006;REFB=0;REVB=-0.00124959;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73191e-05;OID=.;OPOS=47000251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:42:48:0:0:42:48:0:0 chr17 47007888 . G A 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0333992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.205;QD=17.7325;RBI=0.0334505;REFB=0.00251827;REVB=0.00185261;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305872;STB=0.695982;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00234381;OID=.;OPOS=47007888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:19:17:17:0.472222:11:6:12:5:11:6:14:5 chr17 47014675 . C T 498.89 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8498;QD=58.6923;RBI=0.0590902;REFB=0;REVB=0.026389;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642019;OID=.;OPOS=47014675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:13:20:0:0:13:21:0:0 chr17 47026835 . AG AC,GC 394.71 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=25,2;DP=30;FAO=27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128366,-0.0153588;FXX=0.0333222;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=108.679,80.1095;QD=54.4431;RBI=0.0210919,0.0185085;REFB=0,0;REVB=0.0167359,0.0103282;RO=0;SAF=14,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.99383e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000291909,0.027408;OID=.,.;OPOS=47026836,47026835;OREF=G,AG;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:29:0:0:25,2:27,2:0.931034,0.0689655:11,2:14,0:0:0:13,2:14,0:0:0 chr17 47039132 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.54;QD=52.6132;RBI=0.0450316;REFB=0;REVB=-0.00596345;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240047;OID=.;OPOS=47039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr17 47076549 . TCG CTG,CTT,TCT,TGG 398.27 PASS AF=0.09375,0.09375,0.75,0.0625;AO=2,3,14,3;DP=32;FAO=3,3,24,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3,19,2;FSAR=1,0,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797792,0.00974345,0.00748048,-0.01592;FXX=0;HRUN=4,4,8,1;LEN=2,3,1,1;MLLD=38.6547,41.3071,43.353,118.179;QD=49.7843;RBI=0.0658753,0.0875702,0.230473,0.0192122;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0653905,0.0870264,0.230352,0.0107546;RO=0;SAF=2,3,11,2;SAR=0,0,3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,mnp,snp,snp;VARB=0.0256983,0.00939741,2.53573e-05,0.0900828;OID=.,.,.,.;OPOS=47076549,47076549,47076551,47076550;OREF=TC,TCG,G,C;OALT=CT,CTT,T,G;OMAPALT=CTG,CTT,TCT,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:17:32:32:0:0:2,3,14,3:3,3,24,2:0.09375,0.09375,0.75,0.0625:0,0,3,1:2,3,11,2:0:0:1,0,5,0:2,3,19,2:0:0 chr17 47128722 . GC G,GG 179.75 PASS AF=1,0;AO=15,3;DP=22;FAO=21,0;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00661559,-0.118488;FXX=0.0454339;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.2196,7.17836;QD=34.2379;RBI=0.069347,0.161583;REFB=-0.0154272,-0.00630356;REVB=0.0690307,0.109861;RO=2;SAF=4,3;SAR=11,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.423729,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0615517,0.692188;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00700128,0;OID=.,.;OPOS=47128723,47128723;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:15,3:22:21,0:21:0:9,0:12,0:0:0:3:2:4,3:11,0:1:1 chr17 47210429 . A G 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.854;QD=56.9338;RBI=0.108364;REFB=0;REVB=-0.107729;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141974;OID=.;OPOS=47210429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr17 47241604 . T C 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.77;QD=56.9342;RBI=0.0206373;REFB=0;REVB=0.0195662;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85934e-05;OID=.;OPOS=47241604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr17 47297297 . T C 1125.68 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0347624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.243;QD=55.5889;RBI=0.034913;REFB=-0.120411;REVB=-0.00323929;RO=4;SAF=50;SAR=27;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103488;STB=0.505474;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.000565365;OID=.;OPOS=47297297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:81:81:4:4:77:77:0.950617:27:50:3:1:27:50:3:1 chr17 47587819 . C T 308.27 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.03627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.055;QD=16.0142;RBI=0.0398117;REFB=-0.00585407;REVB=0.0164152;RO=42;SAF=4;SAR=29;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312256;STB=0.695737;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00601397;OID=.;OPOS=47587819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:43:33:34:0.441558:29:4:13:29:30:4:14:29 chr17 47676982 . G A 89.51 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0738351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0677;QD=15.5664;RBI=0.0820794;REFB=-0.0138418;REVB=-0.0358524;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504152;STB=0.529358;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00949055;OID=.;OPOS=47676982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:7:5:4:7:7:5 chr17 47888852 . A G 428.6 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.807;QD=57.1472;RBI=0.043046;REFB=0;REVB=0.00764823;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038459;OID=.;OPOS=47888852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr17 47903381 . C T 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.027292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.414;QD=13.037;RBI=0.0282665;REFB=-0.00611547;REVB=-0.00735808;RO=32;SAF=5;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227421;STB=0.633989;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00759105;OID=.;OPOS=47903381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:13:5:15:17:13:5:15:17 chr17 48067439 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.261;QD=54.5167;RBI=0.0578576;REFB=0;REVB=0.0110902;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676505;OID=.;OPOS=48067439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr17 48067953 . T C 811.57 PASS AF=1;AO=55;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.292;QD=54.1049;RBI=0.168569;REFB=0;REVB=0.167152;RO=2;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553369;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121114;OID=.;OPOS=48067953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:2:0:55:60:1:16:39:0:2:21:39:0:0 chr17 48154013 . C T 58.86 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.16742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1738;QD=7.59546;RBI=0.17417;REFB=0.0307418;REVB=-0.0480199;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192383;STB=0.611945;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.055462;OID=.;OPOS=48154013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:31:31:12:21:8:8:0.258065:2:6:7:5:2:6:13:8 chr17 48193184 . C A 384.98 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.559;QD=54.9966;RBI=0.0663496;REFB=0;REVB=0.0506885;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100145;OID=.;OPOS=48193184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:12:14:0:0:12:16:0:0 chr17 48258140 . T C 772.67 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.768;QD=61.8137;RBI=0.0474927;REFB=0.00367822;REVB=0.0417791;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019199;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=3.02049e-05;OID=.;OPOS=48258140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:48:49:0.98:24:24:0:1:24:25:0:1 chr17 48258321 . C T 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.906;QD=58.5833;RBI=0.0631293;REFB=0;REVB=0.0625435;RO=0;SAF=27;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252382;OID=.;OPOS=48258321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:6:27:0:0:6:27:0:0 chr17 48262775 . A G 116.04 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00373488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.099;QD=42.1977;RBI=0.0316227;REFB=0;REVB=0.0314014;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56766e-05;OID=.;OPOS=48262775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:11:0:0:9:11:1:3:6:0:0:5:6:0:0 chr17 48265495 . T C 391.68 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271056;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.832;QD=55.9537;RBI=0.031823;REFB=0;REVB=0.016673;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000997882;OID=.;OPOS=48265495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:16:12:0:0 chr17 48268223 . A G 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.354;QD=56.9967;RBI=0.0375763;REFB=0;REVB=0.0074743;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73277e-05;OID=.;OPOS=48268223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr17 48269903 . A G 1398.31 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0317924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.188;QD=61.4641;RBI=0.0373761;REFB=-0.0191364;REVB=0.0196523;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=4.93272e-05;OID=.;OPOS=48269903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:41:49:0:0:41:49:0:1 chr17 48276971 . G C 1659.62 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.798;QD=60.3497;RBI=0.0140259;REFB=0;REVB=0.00183258;RO=0;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01051e-06;OID=.;OPOS=48276971;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:66:44:0:0:66:44:0:0 chr17 48356260 . G A 219.02 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00236295;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.726;QD=16.5301;RBI=0.0301337;REFB=-0.0301984;REVB=0.0300409;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155862;STB=0.523791;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0466045;OID=.;OPOS=48356260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:28:24:25:0.471698:10:14:15:10:10:15:18:10 chr17 48539035 . T C 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00853485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.274;QD=9.47537;RBI=0.0570421;REFB=0.00404882;REVB=0.0564;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861957;STB=0.552525;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.0145979;OID=.;OPOS=48539035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:10:11:6:4:10:11 chr17 48545995 . G A 177.09 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0335527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.297;QD=10.4168;RBI=0.0349491;REFB=-0.0164985;REVB=0.0097802;RO=45;SAF=9;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185902;STB=0.608601;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.022197;OID=.;OPOS=48545995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:14:9:25:20:14:9:25:20 chr17 48557326 . G A 55.32 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0108496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6069;QD=10.0579;RBI=0.0181148;REFB=-0.0176961;REVB=0.0145062;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305248;STB=0.681423;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0334504;OID=.;OPOS=48557326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:3:11:4:4:3:11 chr17 48557348 . T C 37.62 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.018104;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.914;QD=7.16507;RBI=0.0249526;REFB=-0.00992229;REVB=0.017172;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292794;STB=0.686886;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.017246;OID=.;OPOS=48557348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:6:9:2:4:6:9 chr17 48559559 . A G 130.65 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0211081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.92;QD=15.3701;RBI=0.0288973;REFB=-0.0145478;REVB=-0.0197357;RO=18;SAF=11;SAR=3;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113338;STB=0.502509;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0249922;OID=.;OPOS=48559559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:18:19:14:15:0.441176:3:11:14:4:4:11:14:5 chr17 48598785 . G A 1358.57 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.164;QD=62.4628;RBI=0.0643119;REFB=0;REVB=-0.00330146;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013012;OID=.;OPOS=48598785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr17 48599450 . A T 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00860245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.468;QD=42.7089;RBI=0.011525;REFB=-0.0649998;REVB=-0.00766961;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612242;STB=0.562433;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00177631;OID=.;OPOS=48599450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:1:2:19:19:0.904762:12:7:1:0:12:7:2:0 chr17 48603503 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.737;QD=61.6835;RBI=0.0718288;REFB=0;REVB=-0.0142951;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270264;OID=.;OPOS=48603503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr17 48606537 . C G 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9596;QD=59.0115;RBI=0.0273559;REFB=0;REVB=-0.0111176;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000647995;OID=.;OPOS=48606537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr17 48607614 . G A 198.56 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.91;QD=44.1254;RBI=0.0260398;REFB=0.00349731;REVB=0.0171399;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538415;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=1.07417e-05;OID=.;OPOS=48607614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:11:6:0:0:11:6:1:0 chr17 48608717 . T C 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.682;QD=60.3496;RBI=0.0175957;REFB=0;REVB=0.0168659;RO=0;SAF=63;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57384e-05;OID=.;OPOS=48608717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:47:63:0:0:47:63:0:0 chr17 48610272 . G C 1379.98 PASS AF=1;AO=85;DP=97;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00897168;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.817;QD=61.3325;RBI=0.0654134;REFB=0;REVB=0.0647952;RO=0;SAF=59;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231922;OID=.;OPOS=48610272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:97:90:0:0:85:90:1:26:59:0:0:34:56:0:0 chr17 48613837 . A G 1531.47 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000649851;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.913;QD=56.721;RBI=0.0033574;REFB=-0.0706821;REVB=-0.00329391;RO=3;SAF=51;SAR=54;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095384;STB=0.505028;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00107459;OID=.;OPOS=48613837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:108:3:3:105:105:0.972222:54:51:2:1:54:51:2:1 chr17 48629458 . A G 1230.99 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0460625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.056;QD=60.0483;RBI=0.0522939;REFB=-0.110075;REVB=-0.0247568;RO=0;SAF=60;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.000813605;OID=.;OPOS=48629458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:21:60:0:0:21:60:1:0 chr17 48653354 . C A 653.4 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0221633;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.357;QD=58.0803;RBI=0.0309503;REFB=-0.0651755;REVB=0.0216034;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184156;STB=0.50371;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00372688;OID=.;OPOS=48653354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:45:1:2:43:43:0.955556:25:18:0:1:25:18:1:1 chr17 48701800 . C T 216.31 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0112795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.922;QD=22.1854;RBI=0.0734845;REFB=-0.0164068;REVB=0.0726137;RO=18;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239236;STB=0.634786;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0173865;OID=.;OPOS=48701800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:15:6:10:8:15:6:10:8 chr17 48703752 . T C 768.37 PASS AF=0.585366;AO=72;DP=124;FAO=72;FDP=123;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0379335;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.807;QD=24.9876;RBI=0.0414505;REFB=-0.044525;REVB=-0.0167091;RO=49;SAF=29;SAR=43;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186091;STB=0.601099;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0403536;OID=.;OPOS=48703752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:49:51:72:72:0.585366:43:29:32:17:43:29:33:18 chr17 48704043 . G A 184.35 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=-0.0395694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1511;QD=20.4827;RBI=0.0569116;REFB=-0.0264234;REVB=0.0409046;RO=17;SAF=2;SAR=16;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127961;STB=0.599911;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0317623;OID=.;OPOS=48704043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:18:19:0.527778:16:2:1:16:16:3:1:16 chr17 48712705 . G A 323.57 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0205091;FXX=0.0273935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.3898;QD=18.2292;RBI=0.0450681;REFB=-0.0354788;REVB=-0.0401312;RO=33;SAF=19;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145244;STB=0.605518;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0508039;OID=.;OPOS=48712705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:33:36:34:35:0.492958:15:19:13:20:15:20:13:23 chr17 48712711 . C G 1116.73 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1899;QD=60.3638;RBI=0.0439752;REFB=0;REVB=0.0353544;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98723e-05;OID=.;OPOS=48712711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr17 48916935 . G A 176.83 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00566392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.01;QD=13.3454;RBI=0.0646425;REFB=-0.00467777;REVB=0.0643939;RO=31;SAF=19;SAR=2;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403953;STB=0.735202;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0038962;OID=.;OPOS=48916935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:32:21:21:0.396226:2:19:21:10:2:19:22:10 chr17 48917333 . C T 271.25 PASS AF=0.447761;AO=29;DP=66;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0195515;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.482;QD=16.1938;RBI=0.0251103;REFB=-0.0165658;REVB=0.0157565;RO=36;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238481;STB=0.628602;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0191701;OID=.;OPOS=48917333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:37:29:30:0.447761:13:16:11:25:14:16:11:26 chr17 48917609 . C T 144.25 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00219047;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.358;QD=23.0795;RBI=0.036863;REFB=-0.00716099;REVB=-0.0367979;RO=10;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268262;STB=0.652834;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0161344;OID=.;OPOS=48917609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:25:10:10:15:15:0.6:12:3:5:5:12:3:5:5 chr17 48917645 . A C 164.64 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.119331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.783;QD=22.7093;RBI=0.119694;REFB=-0.0138121;REVB=-0.00932109;RO=12;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182627;STB=0.519208;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00786007;OID=.;OPOS=48917645;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:12:12:16:17:0.586207:11:5:4:8:12:5:4:8 chr17 48940422 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00423001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.304;QD=60.23;RBI=0.0440577;REFB=0;REVB=0.0438541;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204775;OID=.;OPOS=48940422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr17 49350802 . A C 293.91 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0135319;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.953;QD=17.289;RBI=0.0242554;REFB=-0.0162072;REVB=0.0201299;RO=36;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125457;STB=0.560402;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0153135;OID=.;OPOS=49350802;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:31:32:0.470588:17:14:21:15:17:15:21:15 chr17 49713300 . G A 453.3 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0428215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.773;QD=16.3352;RBI=0.042893;REFB=-0.0211269;REVB=0.00247619;RO=59;SAF=24;SAR=26;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00527416;STB=0.506491;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.031475;OID=.;OPOS=49713300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:59:61:50:50:0.45045:26:24:28:31:26:24:30:31 chr17 51063068 . A G 203.24 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0221371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6188;QD=21.9717;RBI=0.0452199;REFB=-0.0127138;REVB=0.0394308;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104312;STB=0.558679;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00988251;OID=.;OPOS=51063068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:7:13:9:8:7:13:9:8 chr17 51901084 . A G 249.92 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00311721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.993;QD=26.3072;RBI=0.00718852;REFB=0.00707381;REVB=-0.00647749;RO=15;SAF=13;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117573;STB=0.565161;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00251526;OID=.;OPOS=51901084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:10:13:6:9:10:13:6:9 chr17 51901385 . C T 592.97 PASS AF=0.6;AO=51;DP=88;FAO=54;FDP=90;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00324419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.496;QD=26.3541;RBI=0.0233609;REFB=-0.0228798;REVB=0.0231346;RO=37;SAF=26;SAR=25;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04446;STB=0.514846;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0155097;OID=.;OPOS=51901385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:37:36:51:54:0.6:25:26:21:16:26:28:20:16 chr17 51901643 . C T 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0210512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.447;QD=13.8995;RBI=0.0221145;REFB=0.00466122;REVB=0.00677499;RO=34;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207623;STB=0.618946;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00533485;OID=.;OPOS=51901643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:16:8:18:16:16:8:18:16 chr17 51901703 . C G 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0131432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.686;QD=11.3684;RBI=0.0173032;REFB=-0.00861832;REVB=0.0112542;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129996;STB=0.589906;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.010197;OID=.;OPOS=51901703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:6:5:6:12:6:5:6:13 chr17 51902252 . C T 504.55 PASS AF=0.494949;AO=48;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0013907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.074;QD=20.3856;RBI=0.0234611;REFB=-0.00996539;REVB=-0.0234199;RO=50;SAF=26;SAR=22;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543317;STB=0.535314;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.012126;OID=.;OPOS=51902252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:48:49:0.494949:22:26:30:20:23:26:30:20 chr17 51902492 . A AAAT 61.45 PASS AF=1;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318415;FXX=0.332963;HRUN=3;LEN=3;MLLD=286.178;QD=40.9681;RBI=0.0318519;REFB=0;REVB=-0.000812477;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921951;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000295973;OID=.;OPOS=51902493;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:10:6:6:0:1:5:0:0:3:4:1:5:1:3 chr17 53076799 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.501;QD=63.8716;RBI=0.00792421;REFB=0;REVB=-0.00496493;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53342e-06;OID=.;OPOS=53076799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr17 53076986 . G A,T 452.81 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=29,2;DP=33;FAO=31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19,2;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409738,-0.0239631;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.8657,14.999;QD=54.886;RBI=0.223911,0.142001;REFB=0,0;REVB=0.22013,0.139965;RO=2;SAF=19,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0844049,0.727176;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00434873,0.211395;OID=.,.;OPOS=53076986,53076986;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:2:0:29,2:31,2:0.939394,0.0606061:10,0:19,2:0:2:12,0:19,2:0:0 chr17 53121020 . A G 634.78 PASS AF=0.583333;AO=56;DP=100;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0195951;FXX=0.039996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.127;QD=26.4493;RBI=0.0422731;REFB=-0.027429;REVB=-0.0374572;RO=39;SAF=26;SAR=30;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172834;STB=0.504483;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0168504;OID=.;OPOS=53121020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:96:39:40:56:56:0.583333:30:26:19:20:30:26:19:21 chr17 53158492 . G A 363.23 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.00814815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.284;QD=18.1616;RBI=0.00848725;REFB=0.00441697;REVB=0.00237508;RO=42;SAF=12;SAR=26;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879571;STB=0.548871;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00527321;OID=.;OPOS=53158492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:26:12:10:32:26:12:10:32 chr17 53237959 . T C 435.05 PASS AF=0.449541;AO=48;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=-0.030444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.143;QD=15.9652;RBI=0.0304726;REFB=-0.00840011;REVB=0.00132111;RO=59;SAF=32;SAR=16;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248178;STB=0.514533;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00851731;OID=.;OPOS=53237959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:60:48:49:0.449541:16:32:38:21:16:33:39:21 chr17 53238728 . G A 840.7 PASS AF=0.505952;AO=85;DP=168;FAO=85;FDP=168;FR=.;FRO=83;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0365674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.3492;QD=20.0166;RBI=0.0587249;REFB=-0.0274457;REVB=0.0459505;RO=80;SAF=46;SAR=39;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475226;STB=0.529322;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0267785;OID=.;OPOS=53238728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:80:83:85:85:0.505952:39:46:39:41:39:46:40:43 chr17 53400110 . T C 773.73 PASS AF=0.490798;AO=80;DP=163;FAO=80;FDP=163;FR=.;FRO=83;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=0.0103792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.82;QD=18.9872;RBI=0.0464546;REFB=-0.00866522;REVB=0.0452802;RO=83;SAF=51;SAR=29;SRF=52;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109432;STB=0.506035;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00778572;OID=.;OPOS=53400110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:83:83:80:80:0.490798:29:51:52:31:29:51:52:31 chr17 53400918 . GT G 265.59 PASS AF=0.571429;AO=43;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0468551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.6723;QD=15.1768;RBI=0.114342;REFB=-0.0960333;REVB=-0.104301;RO=27;SAF=24;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282463;STB=0.55811;STBP=0.271;TYPE=del;VARB=0.0671728;OID=.;OPOS=53400919;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:43:70:40:70:30:24:16:14:16:99:27:24:19:14:13 chr17 53471105 . T G 1476.67 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.773;QD=62.1755;RBI=0.0268517;REFB=-0.0853251;REVB=0.00986932;RO=1;SAF=35;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133534;STB=0.507041;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000117786;OID=.;OPOS=53471105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:59:35:1:0:59:35:1:0 chr17 53485186 . C T 164.61 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660767;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4694;QD=47.0306;RBI=0.0202051;REFB=0;REVB=0.0190941;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.95034e-05;OID=.;OPOS=53485186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr17 53851228 . C T 1488.57 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532205;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3882;QD=63.3434;RBI=0.0618357;REFB=0;REVB=0.0314838;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467846;OID=.;OPOS=53851228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:47:46:0:0:47:47:0:0 chr17 54450038 . C A 399.86 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00217408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.446;QD=53.3143;RBI=0.0556967;REFB=0;REVB=0.0556542;RO=1;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017444;OID=.;OPOS=54450038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:30:1:0:26:30:1:9:17:0:1:12:18:0:0 chr17 54450134 . G A 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.080209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.014;QD=58.5851;RBI=0.0802122;REFB=0;REVB=-0.000710404;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195808;OID=.;OPOS=54450134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr17 54534634 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.95;QD=57.0001;RBI=0.0303272;REFB=0;REVB=-0.0277124;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.22379e-05;OID=.;OPOS=54534634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr17 54921494 . A C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.384;QD=56.9567;RBI=0.0161836;REFB=0;REVB=-0.00470054;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0019e-05;OID=.;OPOS=54921494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr17 54978794 . G A 781.8 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.028017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.137;QD=52.1202;RBI=0.0583986;REFB=0.0769872;REVB=0.0512391;RO=3;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627305;STB=0.533321;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.000230156;OID=.;OPOS=54978794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:3:3:57:57:0.95:21:36:0:3:21:36:0:3 chr17 55027850 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.34;QD=58.5875;RBI=0.0613209;REFB=0;REVB=-0.00514126;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529325;OID=.;OPOS=55027850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr17 55182811 . CT C 127.04 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0266053;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.0547;QD=8.91475;RBI=0.0496513;REFB=-0.024736;REVB=0.0419215;RO=32;SAF=15;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301204;STB=0.505613;STBP=0.955;TYPE=del;VARB=0.0439676;OID=.;OPOS=55182812;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403509:23:58:23:57:34:14:9:21:13:99:32:15:8:20:12 chr17 55183203 . T C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0409896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.934;QD=7.95465;RBI=0.0433235;REFB=-0.0126129;REVB=-0.0140278;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283248;STB=0.675254;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0369676;OID=.;OPOS=55183203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:3:5:7:12:3:5:7:12 chr17 55183716 . T C 331.65 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0425621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.957;QD=21.397;RBI=0.0425998;REFB=-0.02183;REVB=-0.00179196;RO=28;SAF=24;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926498;STB=0.551391;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0284208;OID=.;OPOS=55183716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:10:24:17:11:10:24:17:11 chr17 55822171 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.585;QD=57.8849;RBI=0.030956;REFB=0;REVB=0.0294937;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4179e-05;OID=.;OPOS=55822171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr17 55822214 . T A 874.15 PASS AF=0.984127;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00230194;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6585;QD=55.5019;RBI=0.0625481;REFB=0.0031749;REVB=0.0625057;RO=1;SAF=25;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184984;STB=0.509088;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00336125;OID=.;OPOS=55822214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:63:1:1:59:62:0.984127:34:25:1:0:35:27:1:0 chr17 55822467 . G A 1382.96 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0064269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9406;QD=61.465;RBI=0.0102846;REFB=-0.11087;REVB=0.00802925;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000161389;OID=.;OPOS=55822467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:49:40:0:0:49:40:0:1 chr17 55866835 . C T 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0108271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.599;QD=16.8839;RBI=0.0273042;REFB=0.0110599;REVB=-0.0250658;RO=17;SAF=12;SAR=3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490561;STB=0.528263;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.0205668;OID=.;OPOS=55866835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:3:12:13:4:3:12:13:4 chr17 55866892 . G A 159.46 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00818859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.231;QD=17.7181;RBI=0.012141;REFB=-0.0187016;REVB=0.00896388;RO=19;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238079;STB=0.513602;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0447217;OID=.;OPOS=55866892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:5:12:13:6:5:12:13:6 chr17 55866898 . A C 148.08 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0368451;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.572;QD=16.9234;RBI=0.0380524;REFB=0.0117424;REVB=0.00950926;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412697;STB=0.502072;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0174952;OID=.;OPOS=55866898;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:19:16:16:0.457143:5:11:13:7:5:11:13:6 chr17 55866907 . C T 158.47 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.095948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8915;QD=16.6807;RBI=0.101901;REFB=-0.00402797;REVB=0.0343184;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00304274;STB=0.511931;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0101397;OID=.;OPOS=55866907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:6:11:13:7:6:11:14:7 chr17 55867040 . A C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0437577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.422;QD=12.638;RBI=0.0459633;REFB=-0.0130361;REVB=-0.0140674;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213434;STB=0.624816;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0215199;OID=.;OPOS=55867040;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:14:7:7:6:14:7 chr17 56166568 . C A 462.65 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0157409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.193;QD=17.4584;RBI=0.0184166;REFB=-0.0299126;REVB=-0.00956006;RO=55;SAF=30;SAR=20;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155013;STB=0.590873;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.025596;OID=.;OPOS=56166568;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:55:56:50:50:0.471698:20:30:24:31:20:30:24:32 chr17 56270438 . G A 226.02 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.000878637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.54;QD=20.547;RBI=0.0536218;REFB=-0.024818;REVB=0.0536146;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200242;STB=0.612603;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0270654;OID=.;OPOS=56270438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:13:9:14:8:13:9:14:8 chr17 56345373 . G C 334.54 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00111602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.348;QD=27.309;RBI=0.00709045;REFB=-0.0153565;REVB=0.00700207;RO=19;SAF=8;SAR=21;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114855;STB=0.51336;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0135449;OID=.;OPOS=56345373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:20:29:29:0.591837:21:8:5:14:21:8:5:15 chr17 56435884 . AG AT,CA 249.63 PASS AF=0.52,0;AO=24,2;DP=51;FAO=26,0;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14,0;FSAR=12,0;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0120767,0.0131067;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=90.3475,64.7388;QD=19.9702;RBI=0.0942443,0.0161844;REFB=0.00024741,-0.00112463;REVB=0.0934674,-0.00949478;RO=24;SAF=14,0;SAR=10,2;SRF=9;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.184232,-0.439015;STB=0.577922,0.5;STBP=0.268,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00108135,0;OID=.,.;OPOS=56435885,56435884;OREF=G,AG;OALT=T,CA;OMAPALT=AT,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:24:24:24,2:26,0:0.52,0:10,2:14,0:9:15:12,0:14,0:9:15 chr17 56448297 . C T 259.26 PASS AF=0.492308;AO=25;DP=62;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0183529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4987;QD=15.9546;RBI=0.0184839;REFB=-0.0778299;REVB=0.00219656;RO=23;SAF=21;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283304;STB=0.562859;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0642179;OID=.;OPOS=56448297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:23:33:25:32:0.492308:4:21:14:9:10:22:19:14 chr17 56492800 . T C 123.28 PASS AF=0.228916;AO=19;DP=83;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0443077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1011;QD=5.94116;RBI=0.0691491;REFB=0.00183108;REVB=0.0530888;RO=64;SAF=8;SAR=11;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059993;STB=0.537236;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00994292;OID=.;OPOS=56492800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:64:64:19:19:0.228916:11:8:30:34:11:8:30:34 chr17 56544280 . T G 484.83 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00262429;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6311;QD=53.8704;RBI=0.051446;REFB=0.00922868;REVB=0.051379;RO=2;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622008;STB=0.533314;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00101305;OID=.;OPOS=56544280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:14:20:0:2:14:20:0:2 chr17 56584205 . A C 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.000415434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.702;QD=21.5109;RBI=0.00304014;REFB=-0.00242127;REVB=-0.00301162;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386554;STB=0.521718;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00200166;OID=.;OPOS=56584205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:12:9:9:10:12:9:9:10 chr17 56584508 . T C 366.07 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0200936;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.414;QD=18.0774;RBI=0.0205363;REFB=-0.00358491;REVB=0.0042414;RO=43;SAF=17;SAR=21;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277205;STB=0.515483;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00345517;OID=.;OPOS=56584508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:21:17:18:25:21:17:18:25 chr17 56585872 . G C 357.98 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00280762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.204;QD=19.6156;RBI=0.0215644;REFB=-0.00779562;REVB=0.0213809;RO=36;SAF=13;SAR=24;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137775;STB=0.576702;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00873611;OID=.;OPOS=56585872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:24:13:18:18:24:13:18:18 chr17 56598439 . T C 378.53 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0473834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.137;QD=16.4578;RBI=0.0475121;REFB=-0.000900665;REVB=0.00349497;RO=52;SAF=15;SAR=25;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109685;STB=0.561766;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000876756;OID=.;OPOS=56598439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:25:15:25:27:25:15:25:27 chr17 56618030 . C T 181.4 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0963288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6432;QD=24.1865;RBI=0.120529;REFB=-0.0392914;REVB=0.0724427;RO=12;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215988;STB=0.620308;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0433548;OID=.;OPOS=56618030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:10:8:9:3:10:8:9:3 chr17 56621286 . G T 714.58 PASS AF=0.915254;AO=54;DP=59;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00460245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7198;QD=48.4461;RBI=0.00597611;REFB=-0.0129974;REVB=0.003812;RO=4;SAF=25;SAR=29;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278345;STB=0.505368;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.000326387;OID=.;OPOS=56621286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:59:59:4:5:54:54:0.915254:29:25:1:3:29:25:2:3 chr17 56621359 . T C,G 969.25 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=60,4;DP=64;FAO=64,4;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30,4;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115978,-0.0218964;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.801,101.185;QD=57.0147;RBI=0.0992897,0.0924812;REFB=0,0;REVB=0.09861,0.0898516;RO=0;SAF=30,4;SAR=30,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000128423,0.0321265;OID=.,.;OPOS=56621359,56621359;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:64:68:0:0:60,4:64,4:0.941176,0.0588235:30,0:30,4:0:0:34,0:30,4:0:0 chr17 56636854 . T C 630.69 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0172859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.52;QD=57.3355;RBI=0.0261535;REFB=-0.100438;REVB=0.0196267;RO=2;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493344;STB=0.526303;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000752275;OID=.;OPOS=56636854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:44:44:2:2:42:42:0.954545:18:24:0:2:18:24:0:2 chr17 56636908 . T C 81.93 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0768466;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.0444;QD=7.99359;RBI=0.0768493;REFB=0.0178792;REVB=-0.000641769;RO=31;SAF=2;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457519;STB=0.778305;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0173788;OID=.;OPOS=56636908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:42:41:31:30:11:11:0.268293:9:2:17:14:9:2:16:14 chr17 56659018 . C T 347.51 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0196928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.528;QD=17.161;RBI=0.023295;REFB=0.00103302;REVB=-0.0124439;RO=44;SAF=21;SAR=16;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131327;STB=0.573578;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0015692;OID=.;OPOS=56659018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:16:21:19:25:16:21:19:25 chr17 56690848 . T C 226.93 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0103458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.751;QD=13.5479;RBI=0.023636;REFB=-0.00363902;REVB=-0.0212514;RO=40;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206357;STB=0.511776;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00784776;OID=.;OPOS=56690848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:15:12:17:23:15:12:17:23 chr17 56709055 . T G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.013688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3562;QD=12.7299;RBI=0.0309694;REFB=0.0159879;REVB=0.0277803;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211189;STB=0.624732;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.0184254;OID=.;OPOS=56709055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:4:8:4:5:4:8 chr17 56709077 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00298993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.688;QD=12.8687;RBI=0.0280901;REFB=0.00286109;REVB=0.0279305;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259909;STB=0.653058;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00349043;OID=.;OPOS=56709077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:6:10:4:7:6:10 chr17 56709107 . T C 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0119572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.761;QD=12.0243;RBI=0.0176607;REFB=-0.00046133;REVB=-0.0129972;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18246;STB=0.608509;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.000691268;OID=.;OPOS=56709107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:4:8:10:10:4:8:10:10 chr17 56709117 . T C 98.21 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.013817;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.691;QD=12.6724;RBI=0.0327054;REFB=-0.000735026;REVB=-0.0296434;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18246;STB=0.622014;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000895827;OID=.;OPOS=56709117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:31:20:19:12:12:0.387097:4:8:10:10:4:8:9:10 chr17 56709169 . A G 84.48 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0111188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.063;QD=10.5601;RBI=0.0209389;REFB=-0.0218729;REVB=0.0177429;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.606739;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0750785;OID=.;OPOS=56709169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:19:21:11:11:0.34375:7:4:9:10:7:4:11:10 chr17 56709172 . G A 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0153912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.777;QD=13.5766;RBI=0.0259439;REFB=-0.00593093;REVB=-0.0208853;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171216;STB=0.507235;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00937474;OID=.;OPOS=56709172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:7:6:8:10:7:6:9:10 chr17 56736596 . T A,TCCCAAACACAA 37.34 PASS AF=0,0.375;AO=2,4;DP=20;FAO=0,6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=0,1;FSAR=0,5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0227602,-0.0126357;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,11;MLLD=254.474,325.37;QD=9.33525;RBI=0.023059,0.016577;REFB=-0.0105441,-0.00275616;REVB=-0.00369988,-0.0107301;RO=14;SAF=0,1;SAR=2,3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.608678,-0.423518;STB=0.5,0.749062;STBP=1,0.189;TYPE=snp,ins;VARB=0.00532421,0.00431835;OID=.,.;OPOS=56736596,56736597;OREF=T,-;OALT=A,CCCAAACACAA;OMAPALT=A,TCCCAAACACAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:20:16:14:10:2,4:0,6:0,0.375:2,3:0,1:9:5:0,5:0,1:5:5 chr17 56738919 . G A 99.57 PASS AF=0.444444;AO=9;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.139358;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.114;QD=14.7518;RBI=0.149744;REFB=-0.00839938;REVB=0.0547955;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145524;STB=0.578812;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0230768;OID=.;OPOS=56738919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:27:27:15:15:9:12:0.444444:3:6:8:7:4:8:8:7 chr17 56743948 . G A 155.35 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00521302;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4474;QD=16.7942;RBI=0.0099369;REFB=-0.0223557;REVB=-0.0084597;RO=19;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131727;STB=0.565138;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0488854;OID=.;OPOS=56743948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:5:12:11:8:5:12:12:8 chr17 56755092 . TA T 134.86 PASS AF=0.525;AO=19;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.147704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.1143;QD=13.486;RBI=0.148858;REFB=0.00200303;REVB=-0.0185044;RO=19;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196579;STB=0.624875;STBP=0.115;TYPE=del;VARB=-0.00354858;OID=.;OPOS=56755093;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.525:19:40:21:40:19:6:15:10:9:99:19:6:13:10:9 chr17 56756977 . A G 150.36 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0701739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6467;QD=12.2741;RBI=0.0994096;REFB=-0.0169416;REVB=0.0704123;RO=32;SAF=12;SAR=5;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173489;STB=0.510192;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0350071;OID=.;OPOS=56756977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:5:12:23:9:5:12:23:9 chr17 57059119 . GAAA GAA,GAAT 704.17 PASS AF=1,0;AO=38,8;DP=49;FAO=49,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0694663,-0.0448822;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=21.9705,8.6006;QD=57.4835;RBI=0.0702605,0.192095;REFB=0,0;REVB=-0.0105342,-0.186778;RO=0;SAF=32,1;SAR=6,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.29107e-08,-4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00190668,0;OID=.,.;OPOS=57059120,57059122;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAA,GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:38,8:49:49,0:49:0:35,0:14,0:0:0:4:0:32,1:6,7:0:0 chr17 57287454 . A G 1553.22 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0316104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.965;QD=62.7565;RBI=0.0317623;REFB=0.0149285;REVB=0.00310294;RO=1;SAF=56;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839512;STB=0.504424;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-1.6886e-05;OID=.;OPOS=57287454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:42:56:1:0:42:56:1:0 chr17 57288427 . G A 153.21 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00176514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.139;QD=14.2521;RBI=0.016178;REFB=-0.0134752;REVB=-0.0160814;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150139;STB=0.586856;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0441124;OID=.;OPOS=57288427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:10:16:8:9:10:16 chr17 57290383 . G A 578.98 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.832;QD=57.8984;RBI=0.0268571;REFB=0;REVB=-0.0091932;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113812;OID=.;OPOS=57290383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:37:40:1:19:18:0:0:19:21:0:0 chr17 57477235 . T G 411.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.321;QD=56.6994;RBI=0.00836921;REFB=0;REVB=-0.0014928;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96634e-05;OID=.;OPOS=57477235;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr17 57477616 . G A 1049.52 PASS AF=0.986301;AO=69;DP=70;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.309;QD=57.508;RBI=0.0167136;REFB=0.10593;REVB=0.0101784;RO=1;SAF=34;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013701;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000194179;OID=.;OPOS=57477616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:73:1:1:69:72:0.986301:35:34:1:0:35:37:1:0 chr17 57478276 . T A 1824.62 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0621644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.848;QD=60.3182;RBI=0.0629073;REFB=0.0460324;REVB=0.00963962;RO=1;SAF=60;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785133;STB=0.504132;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-5.41051e-05;OID=.;OPOS=57478276;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:60:60:1:0:60:60:1:0 chr17 57951973 . G A 508.28 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00125876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.912;QD=56.4757;RBI=0.00534759;REFB=-0.024729;REVB=0.00519733;RO=1;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190966;STB=0.510198;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000106824;OID=.;OPOS=57951973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:24:11:0:1:24:11:0:1 chr17 57963537 . A G,T 827.45 PASS AF=0.982759,0.0172414;AO=55,3;DP=58;FAO=57,1;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=31,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00463668,-0.0576751;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.125,52.0442;QD=57.0658;RBI=0.0181729,0.0601866;REFB=0,0;REVB=-0.0175715,0.0172052;RO=0;SAF=24,2;SAR=31,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00399081,-0.0581958;OID=.,.;OPOS=57963537,57963537;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:58:58:0:0:55,3:57,1:0.982759,0.0172414:31,1:24,2:0:0:31,1:26,0:0:0 chr17 58024275 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.057;QD=51.9167;RBI=0.031408;REFB=0;REVB=0.0156069;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127015;OID=.;OPOS=58024275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr17 58024322 . CA C,CAG 597.13 PASS AF=0,1;AO=4,8;DP=40;FAO=0,40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529817,0.0378799;FXX=0;HRUN=9,0;LEN=1,1;MLLD=2.32722,274.563;QD=59.7133;RBI=0.967552,0.0947107;REFB=0,0;REVB=-0.9661,-0.0868057;RO=26;SAF=2,7;SAR=2,1;SRF=20;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.328856,0.215889;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0,0.00216373;OID=.,.;OPOS=58024323,58024324;OREF=A,-;OALT=-,G;OMAPALT=C,CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,8:40:0,40:40:0:0,29:0,11:0:0:4:26:2,7:2,1:20:6 chr17 58024324 . A G 275.82 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00333173;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=237.376;QD=25.6579;RBI=0.0164339;REFB=-0.0214695;REVB=-0.0160926;RO=17;SAF=21;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315557;STB=0.694477;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000613621;OID=.;OPOS=58024324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:25:25:0.581395:4:21:9:8:4:21:9:9 chr17 58024325 . A G 32.82 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.00563077;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=122.977;QD=2.91758;RBI=0.0383981;REFB=-0.00352086;REVB=0.037983;RO=39;SAF=2;SAR=4;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435209;STB=0.799201;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0132349;OID=.;OPOS=58024325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:4:2:28:11:4:2:28:11 chr17 58031412 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.008461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.836;QD=51.9167;RBI=0.0145121;REFB=0;REVB=0.0117904;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39519e-05;OID=.;OPOS=58031412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr17 58355629 . C T 594.45 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2946;QD=60.9687;RBI=0.0333046;REFB=0;REVB=-0.0321343;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223512;OID=.;OPOS=58355629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr17 58786625 . A G 1498.79 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313557;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2332;QD=59.9517;RBI=0.0728652;REFB=0;REVB=0.0657735;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591543;OID=.;OPOS=58786625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:50:50:0:0:50:50:0:0 chr17 58824567 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9134;QD=61.3358;RBI=0.0479782;REFB=0;REVB=0.0255479;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108466;OID=.;OPOS=58824567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr17 58969056 . T C 1520.95 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00206632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.111;QD=61.4526;RBI=0.00208175;REFB=-0.169133;REVB=0.000252982;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500313;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.000112563;OID=.;OPOS=58969056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:0:2:97:97:0.979798:47:50:0:0:47:50:1:1 chr17 58977482 . A T 239.67 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0837154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.302;QD=50.4564;RBI=0.0839009;REFB=0;REVB=0.0055751;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159881;OID=.;OPOS=58977482;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:8:11:0:0 chr17 59477903 . C A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00480636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.882;QD=21.3533;RBI=0.0298474;REFB=-0.0443538;REVB=0.0294579;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225945;STB=0.627399;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0119652;OID=.;OPOS=59477903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:7:6:7:2:7:6:7:2 chr17 59482173 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00695654;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=260.647;QD=12.7823;RBI=0.0267579;REFB=-0.0189124;REVB=-0.0258378;RO=14;SAF=9;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233934;STB=0.642516;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0160552;OID=.;OPOS=59482173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:1:9:11:3:1:9:11:3 chr17 59482300 . G C 718.01 PASS AF=0.481013;AO=74;DP=156;FAO=76;FDP=158;FR=.;FRO=82;FSAF=52;FSAR=24;FSRF=58;FSRR=24;FWDB=0.00578217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.578;QD=18.1775;RBI=0.0262334;REFB=-0.0139914;REVB=0.0255882;RO=82;SAF=50;SAR=24;SRF=58;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347979;STB=0.514015;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0119093;OID=.;OPOS=59482300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:82:82:74:76:0.481013:24:50:58:24:24:52:58:24 chr17 59485555 . C T 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.026769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.448;QD=22.6775;RBI=0.0744195;REFB=-0.0529538;REVB=0.0694383;RO=5;SAF=9;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327428;STB=0.691832;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.019739;OID=.;OPOS=59485555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:1:9:3:2:1:9:3:2 chr17 59534987 . T G 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00523112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.134;QD=7.52606;RBI=0.00863621;REFB=-0.0179118;REVB=-0.00687164;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112516;STB=0.570314;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.052494;OID=.;OPOS=59534987;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:4:5:11:13:4:5:11:13 chr17 59760174 . G A 636.02 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164627;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.003;QD=62.0502;RBI=0.0451931;REFB=0;REVB=0.0420879;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108057;OID=.;OPOS=59760174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:42:41:1:15:27:0:0:15:26:0:0 chr17 59760996 . A G 340.49 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.906;QD=54.4783;RBI=0.055035;REFB=0;REVB=0.0327416;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526529;OID=.;OPOS=59760996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:14:9:0:0:15:10:0:0 chr17 59763114 . A T 70.7 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.000622762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1345;QD=7.2513;RBI=0.00187996;REFB=-0.00119911;REVB=0.00177381;RO=29;SAF=3;SAR=7;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405279;STB=0.75075;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00371193;OID=.;OPOS=59763114;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:7:3:19:10:7:3:19:10 chr17 59763347 . A G 985.7 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.012;QD=58.8475;RBI=0.0218441;REFB=0;REVB=-0.00906804;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253302;OID=.;OPOS=59763347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:35:30:0:0:35:32:0:0 chr17 59763465 . T C 786.77 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290132;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.202;QD=57.2197;RBI=0.0311038;REFB=0;REVB=0.0309682;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39147e-05;OID=.;OPOS=59763465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr17 59955426 . T G 754.3 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.371;QD=56.928;RBI=0.0154222;REFB=0;REVB=0.00785703;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17685e-05;OID=.;OPOS=59955426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr17 59969000 . T C 113.75 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0646178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2572;QD=12.6386;RBI=0.06624;REFB=-0.00755912;REVB=0.0145697;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10623;STB=0.562409;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0149967;OID=.;OPOS=59969000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:5:9:12:10:5:9:12:10 chr17 60020137 . AAAG A 86.76 PASS AF=0.521739;AO=9;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00993294;FXX=0.079968;HRUN=5;LEN=3;MLLD=217.965;QD=15.0889;RBI=0.0284395;REFB=0.00633767;REVB=0.0266485;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947861;STB=0.56194;STBP=0.572;TYPE=del;VARB=-0.00379901;OID=.;OPOS=60020138;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521739:9:23:12:23:11:5:7:6:5:75:11:5:4:6:5 chr17 60023751 . A C 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0017917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.563;QD=13.091;RBI=0.00871603;REFB=-0.002713;REVB=0.00852988;RO=20;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438384;STB=0.75789;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00205456;OID=.;OPOS=60023751;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:3:10:7:13:3:10:7:13 chr17 60043884 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.102;QD=57.106;RBI=0.0159905;REFB=0;REVB=0.000339569;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89477e-05;OID=.;OPOS=60043884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr17 60493386 . A G 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0252915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.527;QD=11.4391;RBI=0.027773;REFB=0.00031729;REVB=0.0114753;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44622;STB=0.777026;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.000192257;OID=.;OPOS=60493386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:1:8:8:6:1:8:8:6 chr17 60683503 . A G 1026.32 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.659;QD=59.4966;RBI=0.0458292;REFB=0;REVB=0.0353138;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66198e-05;OID=.;OPOS=60683503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr17 60753904 . A C 1058.64 PASS AF=1;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251414;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1548;QD=59.6415;RBI=0.033022;REFB=0;REVB=-0.0214095;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211843;OID=.;OPOS=60753904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:70:71:1:32:38:0:0:33:38:0:0 chr17 60758273 . G C 885.31 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.81;QD=58.053;RBI=0.044431;REFB=0;REVB=-0.0189954;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000598212;OID=.;OPOS=60758273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr17 60766224 . A G 1283.31 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8704;QD=61.8464;RBI=0.0263884;REFB=0;REVB=-0.0212728;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155403;OID=.;OPOS=60766224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr17 60767015 . G A 955.03 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685006;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.373;QD=57.0169;RBI=0.101766;REFB=-0.105381;REVB=0.101535;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110896;OID=.;OPOS=60767015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:67:0:0:65:67:1:40:25:0:0:42:25:0:0 chr17 60769803 . A G 723.74 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.52;QD=62.9342;RBI=0.0133031;REFB=0;REVB=0.00655888;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59622e-05;OID=.;OPOS=60769803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:19:26:0:0:20:26:0:0 chr17 60814023 . C T 569.97 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00272532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.486;QD=22.799;RBI=0.00397454;REFB=0.00178822;REVB=-0.00289302;RO=46;SAF=21;SAR=32;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162039;STB=0.584443;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00201582;OID=.;OPOS=60814023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:47:53:53:0.53:32:21:27:19:32:21:27:20 chr17 61391843 . A AT 31.35 PASS AF=0.0866142;AO=16;DP=129;FAO=11;FDP=127;FR=.;FRO=116;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=0.01185;FXX=0.00781189;HRUN=0;LEN=1;MLLD=95.9922;QD=0.987444;RBI=0.0522829;REFB=-0.000598059;REVB=-0.0509223;RO=108;SAF=15;SAR=1;SRF=48;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.618354;STB=0.907036;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.0579458;OID=.;OPOS=61391844;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0866142:16:129:11:127:116:10:1:54:62:31:108:15:1:48:60 chr17 61559923 . C T 129.38 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0352573;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.794;QD=12.3222;RBI=0.0409483;REFB=-0.0402048;REVB=0.0208251;RO=27;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128693;STB=0.576167;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0618919;OID=.;OPOS=61559923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:27:27:15:15:0.357143:5:10:15:12:5:10:15:12 chr17 61562309 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00744831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.47;QD=19.1804;RBI=0.00962785;REFB=0.00360671;REVB=0.00610067;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201895;STB=0.615207;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00427525;OID=.;OPOS=61562309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:4:7:5:8:4:7 chr17 61562774 . T C 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0320325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.244;QD=21.5452;RBI=0.0396345;REFB=-0.0167924;REVB=0.0233411;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175524;STB=0.59985;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00990511;OID=.;OPOS=61562774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:5:5:10:4:5:5 chr17 61564052 . A G 222.88 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00526853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.336;QD=18.9685;RBI=0.0290837;REFB=0.00122931;REVB=-0.0286025;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384446;STB=0.531886;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.00217397;OID=.;OPOS=61564052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:11:11:13:11:11:11:14:11 chr17 61566031 . G A 339.98 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.000954874;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.691;QD=13.3327;RBI=0.0254096;REFB=0.000465208;REVB=0.0253916;RO=61;SAF=20;SAR=20;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131187;STB=0.568594;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.000808836;OID=.;OPOS=61566031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:62:40:40:0.392157:20:20:38:23:20:20:38:24 chr17 61573761 . T C 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0406561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.3218;QD=14.978;RBI=0.0722995;REFB=0.0048663;REVB=-0.0597854;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253163;STB=0.622399;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0144885;OID=.;OPOS=61573761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:6:4:7:3:6:4:7:4 chr17 61902513 . G A 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0149823;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.708;QD=16.0289;RBI=0.0195491;REFB=-0.0168034;REVB=-0.0125578;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153358;STB=0.586636;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0202122;OID=.;OPOS=61902513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:18:12:14:11:18:12 chr17 61910167 . G A 868.33 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.677;QD=57.889;RBI=0.0287693;REFB=0;REVB=0.0188837;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16163e-05;OID=.;OPOS=61910167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:25:34:0:0:25:35:0:0 chr17 61986988 . A G 613.31 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4547;QD=61.3305;RBI=0.0674088;REFB=0;REVB=-0.0673921;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000984635;OID=.;OPOS=61986988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:19:21:0:0 chr17 61987570 . G T 994.74 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.626;QD=57.6658;RBI=0.0207199;REFB=0.0538976;REVB=-0.000682513;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000393952;OID=.;OPOS=61987570;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:0:1:67:68:0.985507:30:37:0:0:30:38:0:1 chr17 61987576 . G A 972.77 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7084;QD=58.9559;RBI=0.00862099;REFB=0;REVB=-0.00447819;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99844e-05;OID=.;OPOS=61987576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr17 61988014 . G A 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0467;QD=60.9768;RBI=0.0200168;REFB=0;REVB=-0.011227;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043032;OID=.;OPOS=61988014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr17 61988103 . ACCC A 154.68 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0038973;FXX=0.0338926;HRUN=3;LEN=3;MLLD=278.672;QD=10.8545;RBI=0.0177888;REFB=-0.00541247;REVB=0.0173566;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135204;STB=0.56763;STBP=0.391;TYPE=del;VARB=0.00758756;OID=.;OPOS=61988104;OREF=CCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:24:58:24:57:33:11:13:19:14:99:32:11:13:19:13 chr17 61996140 . A C 593.91 PASS AF=0.422819;AO=63;DP=149;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=-0.00885736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.407;QD=15.944;RBI=0.0282585;REFB=-0.0164187;REVB=-0.0268345;RO=85;SAF=33;SAR=30;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421621;STB=0.526645;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0195606;OID=.;OPOS=61996140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:85:86:63:63:0.422819:30:33:48:37:30:33:49:37 chr17 62007498 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.003;QD=63.2858;RBI=0.0251977;REFB=0;REVB=0.0103508;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162806;OID=.;OPOS=62007498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:15:31:0:0:15:31:0:0 chr17 62018773 . T C 1940.92 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.184;QD=61.6164;RBI=0.0297559;REFB=0;REVB=0.000296213;RO=0;SAF=49;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206826;OID=.;OPOS=62018773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:76:49:0:0:77:49:0:0 chr17 62020348 . T C 715.37 PASS AF=0.915254;AO=53;DP=59;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0568801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.263;QD=48.4995;RBI=0.0583218;REFB=-0.0937732;REVB=0.0128877;RO=5;SAF=20;SAR=33;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713953;STB=0.536049;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00579783;OID=.;OPOS=62020348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:59:59:5:5:53:54:0.915254:33:20:4:1:33:21:4:1 chr17 62026057 . G C 177.09 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.035012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1556;QD=14.4561;RBI=0.0962928;REFB=-0.0604319;REVB=-0.0897022;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262364;STB=0.649749;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0673139;OID=.;OPOS=62026057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:9:10:23:7:9:10:23:7 chr17 62041068 . T C 2124.83 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198563;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.988;QD=62.9581;RBI=0.0500353;REFB=0;REVB=0.0459267;RO=0;SAF=73;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108827;OID=.;OPOS=62041068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:135:135:1:62:73:0:0:62:73:0:0 chr17 62079334 . A G 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0277305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.624;QD=19.1562;RBI=0.0305142;REFB=-0.00956756;REVB=-0.0127332;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171704;STB=0.597281;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00756881;OID=.;OPOS=62079334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:13:8:13:10:13:8:13:10 chr17 62125272 . A G 1381.23 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00799793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.748;QD=61.3881;RBI=0.0152228;REFB=-0.0950503;REVB=0.0129525;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=8.48728e-06;OID=.;OPOS=62125272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:46:43:0:0:46:43:0:1 chr17 62141455 . A G 1503.42 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3962;QD=63.3021;RBI=0.0306219;REFB=0;REVB=0.00908775;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.281e-06;OID=.;OPOS=62141455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:43:51:0:0:44:51:0:0 chr17 62776173 . C A 1026.84 PASS AF=0.490654;AO=104;DP=212;FAO=105;FDP=214;FR=.;FRO=109;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=-0.0333275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.586;QD=19.1933;RBI=0.0536437;REFB=-0.0198733;REVB=0.0420348;RO=104;SAF=62;SAR=42;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978072;STB=0.558447;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0186915;OID=.;OPOS=62776173;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:214:104:109:104:105:0.490654:42:62:51:53:43:62:52:57 chr17 62782689 . T C 1090.34 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0441879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8026;QD=57.3864;RBI=0.0682519;REFB=-0.0322984;REVB=0.0520169;RO=2;SAF=22;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410748;STB=0.521733;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0080592;OID=.;OPOS=62782689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:52:22:2:0:52:22:2:0 chr17 62796759 . A C 254.75 PASS AF=0.509091;AO=26;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0843525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.816;QD=18.5273;RBI=0.0844734;REFB=-0.0360923;REVB=0.00451799;RO=27;SAF=3;SAR=23;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333651;STB=0.699126;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0291423;OID=.;OPOS=62796759;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:26:28:0.509091:23:3:9:18:25:3:9:18 chr17 62820746 . G T 397.44 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00884985;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.091;QD=20.6463;RBI=0.0200191;REFB=-0.00771183;REVB=0.0179568;RO=37;SAF=25;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146754;STB=0.581354;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00622458;OID=.;OPOS=62820746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:15:25:17:20:15:25:17:20 chr17 62820820 . TC AA 352.74 PASS AF=0.405941;AO=39;DP=102;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0243042;FXX=0.00980296;HRUN=5;LEN=2;MLLD=154.325;QD=13.9699;RBI=0.0243148;REFB=-0.0029116;REVB=-0.000716833;RO=60;SAF=20;SAR=19;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136805;STB=0.507243;STBP=0.895;TYPE=mnp;VARB=0.00286347;OID=.;OPOS=62820820;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:60:60:39:41:0.405941:19:20:30:30:20:21:30:30 chr17 62820880 . G A 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00860251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.865;QD=18.1631;RBI=0.0175104;REFB=-0.0246325;REVB=0.0152516;RO=42;SAF=17;SAR=21;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273033;STB=0.515244;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0252683;OID=.;OPOS=62820880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:21:17:20:22:21:17:20:22 chr17 62845873 . C T 263.24 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0296859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.551;QD=26.3242;RBI=0.0296881;REFB=-0.0173947;REVB=-0.000365364;RO=16;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0167265;OID=.;OPOS=62845873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:15:9:6:10:15:9:6:10 chr17 62854942 . C G 202.68 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0364616;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.25;QD=20.268;RBI=0.0531709;REFB=-0.00251508;REVB=-0.0387001;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442434;STB=0.524975;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00391521;OID=.;OPOS=62854942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:9:11:10:10:9:11 chr17 63532517 . G A 119.04 PASS AF=0.857143;AO=11;DP=13;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0647612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.849;QD=34.012;RBI=0.066389;REFB=-0.204251;REVB=0.0146112;RO=2;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128043;STB=0.562399;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0433096;OID=.;OPOS=63532517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:13:14:2:2:11:12:0.857143:5:6:2:0:5:7:2:0 chr17 63533789 . T C 433.54 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487273;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.504;QD=57.8058;RBI=0.029187;REFB=0;REVB=-0.0287774;RO=0;SAF=25;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32553e-05;OID=.;OPOS=63533789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:5:25:0:0:5:25:0:0 chr17 63534250 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.927;QD=63.2854;RBI=0.0547188;REFB=0;REVB=0.0456748;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271515;OID=.;OPOS=63534250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:14:32:0:0:14:32:0:0 chr17 63822357 . T C 84.78 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0509098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.309;QD=10.9392;RBI=0.0619494;REFB=-0.0300313;REVB=0.0352976;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416209;STB=0.524954;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0513363;OID=.;OPOS=63822357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:4:7:12:8:4:7:12:8 chr17 63957694 . G C 177.41 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0251577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9481;QD=21.504;RBI=0.0273335;REFB=0.0166239;REVB=-0.0106869;RO=15;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119099;STB=0.567488;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.0154467;OID=.;OPOS=63957694;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:14:4:5:10:14:4:5:10 chr17 64023642 . A G 1607.36 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=111;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0371059;FXX=0.0267833;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.23;QD=58.9855;RBI=0.0375848;REFB=-0.125875;REVB=0.00598108;RO=1;SAF=51;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921579;STB=0.504761;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000161982;OID=.;OPOS=64023642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:111:109:1:1:107:108:0.990826:56:51:1:0:56:52:1:0 chr17 64208230 . G A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.698;QD=60.8835;RBI=0.0162169;REFB=0;REVB=-0.00614064;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45651e-05;OID=.;OPOS=64208230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr17 64210757 . C A 767.54 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8212;QD=61.4028;RBI=0.0176565;REFB=-0.139059;REVB=-0.0163469;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165072;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00778082;OID=.;OPOS=64210757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:50:1:0:48:50:1:28:20:0:1:30:20:0:0 chr17 64783081 . G A 1464.91 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341375;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4502;QD=63.0067;RBI=0.034245;REFB=0;REVB=-0.00271098;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000905948;OID=.;OPOS=64783081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:92:93:1:53:39:0:0:54:39:0:0 chr17 64801021 . A G 622.63 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125734;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1826;QD=60.7444;RBI=0.128073;REFB=0;REVB=0.0243647;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203424;OID=.;OPOS=64801021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:18:23:0:0 chr17 64881075 . A G 336.21 PASS AF=0.397849;AO=36;DP=95;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=0.0064996;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9095;QD=14.4608;RBI=0.0327313;REFB=-0.0167296;REVB=-0.0320795;RO=55;SAF=21;SAR=15;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303743;STB=0.679685;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0283736;OID=.;OPOS=64881075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:55:56:36:37:0.397849:15:21:16:39:15:22:16:40 chr17 65027739 . GG AC,GC 203.15 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=2,15;DP=17;FAO=2,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2,11;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991539,0.0119049;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=203.813,313.348;QD=47.7998;RBI=0.0303018,0.031273;REFB=0,0;REVB=0.0286336,0.0289184;RO=0;SAF=2,11;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.33019e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00547669,0.000279575;OID=.,.;OPOS=65027739,65027740;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:17:17:0:0:2,15:2,15:0.117647,0.882353:0,4:2,11:0:0:0,4:2,11:0:0 chr17 65052304 . G A 245.44 PASS AF=0.39726;AO=27;DP=71;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.00817057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.116;QD=13.4486;RBI=0.0197245;REFB=-0.0150109;REVB=0.0179527;RO=44;SAF=9;SAR=18;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365794;STB=0.676947;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0157232;OID=.;OPOS=65052304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:44:44:27:29:0.39726:18:9:30:14:18:11:30:14 chr17 65066879 . A G 770.65 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.099;QD=62.9105;RBI=0.033668;REFB=0;REVB=0.0327679;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0066e-05;OID=.;OPOS=65066879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:25:22:0:0:26:23:0:0 chr17 65073898 . A T 36.5 PASS AF=0.2;AO=3;DP=20;FAO=4;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00882376;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=20.7963;QD=7.30021;RBI=0.190734;REFB=-0.0429134;REVB=0.19053;RO=9;SAF=2;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562193;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.16258;OID=.;OPOS=65073898;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:20:20:9:12:3:4:0.2:1:2:6:3:2:2:7:5 chr17 65104666 . T G 1349.08 PASS AF=0.988636;AO=72;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315263;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.873;QD=61.3217;RBI=0.0580419;REFB=-0.129646;REVB=0.0487335;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.505049;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000748335;OID=.;OPOS=65104666;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:89:88:0:1:72:87:0.988636:45:27:0:0:49:38:0:1 chr17 65104743 . G A 1472.98 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.806;QD=63.354;RBI=0.0526429;REFB=0;REVB=0.0334957;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130832;OID=.;OPOS=65104743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:52:39:0:0:53:40:0:0 chr17 65110436 . A G 363.44 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0242124;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.622;QD=17.9475;RBI=0.0312141;REFB=0.00649981;REVB=-0.0196998;RO=43;SAF=22;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10867;STB=0.560752;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00686318;OID=.;OPOS=65110436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:16:22:20:23:16:22:20:23 chr17 65212042 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0132084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.929;QD=14.6538;RBI=0.031739;REFB=-0.000333935;REVB=-0.02886;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427785;STB=0.760088;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000441064;OID=.;OPOS=65212042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:7:1:4:4:7:1:4:4 chr17 65404916 . AAG A 76.68 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0058208;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=39.6903;QD=9.29497;RBI=0.0828743;REFB=-0.0151422;REVB=-0.0826696;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171216;STB=0.523328;STBP=0.831;TYPE=del;VARB=0.0175624;OID=.;OPOS=65404917;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:13:33:13:33:20:7:6:10:10:76:18:7:6:10:8 chr17 65453288 . C T 338.48 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=-0.0152718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7458;QD=15.2127;RBI=0.0526194;REFB=0.00784255;REVB=-0.0503545;RO=52;SAF=16;SAR=21;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302071;STB=0.669336;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00765357;OID=.;OPOS=65453288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:21:16:38:14:21:16:38:14 chr17 65574283 . A G 283.76 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00872707;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.408;QD=23.1637;RBI=0.0251925;REFB=-0.0219921;REVB=0.0236326;RO=22;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278527;STB=0.646942;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0132065;OID=.;OPOS=65574283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:26:26:0.530612:18:8:14:8:18:8:14:9 chr17 65717525 . T C 771.32 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314949;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.681;QD=57.1348;RBI=0.0410798;REFB=0;REVB=0.0263746;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125106;OID=.;OPOS=65717525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr17 65936587 . AG A 53.68 PASS AF=0.5;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.150958;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.4935;QD=7.15687;RBI=0.157845;REFB=-0.0979841;REVB=-0.0461166;RO=11;SAF=12;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.355556;SSSB=0.173528;STB=0.548951;STBP=0.675;TYPE=del;VARB=0.0693464;OID=.;OPOS=65936588;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:14:30:15:30:15:12:3:11:4:53:11:12:2:8:3 chr17 65978851 . T G 672.21 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0793653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3053;QD=52.7223;RBI=0.0972557;REFB=-0.0744293;REVB=0.0562123;RO=2;SAF=20;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00699852;STB=0.503721;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00352283;OID=.;OPOS=65978851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:29:20:1:1:29:20:1:1 chr17 65989048 . T C 426.9 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0419455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4727;QD=51.7449;RBI=0.0431439;REFB=-0.129915;REVB=-0.0100983;RO=2;SAF=18;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490584;STB=0.526299;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00872325;OID=.;OPOS=65989048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:13:18:2:0:13:18:2:0 chr17 66016006 . T C 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.711;QD=62.9813;RBI=0.0128364;REFB=0;REVB=-0.0121567;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8734e-05;OID=.;OPOS=66016006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr17 66016096 . C T 519.9 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4094;QD=59.417;RBI=0.0634801;REFB=0;REVB=0.0149809;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140012;OID=.;OPOS=66016096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr17 66195838 . A T 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00188838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.052;QD=15.6508;RBI=0.0173959;REFB=-0.00857894;REVB=-0.0172931;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703014;STB=0.54049;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0121129;OID=.;OPOS=66195838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:9:12:8:8:9:12 chr17 66246416 . A G 300.63 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0102699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.857;QD=23.1255;RBI=0.011033;REFB=-0.0114733;REVB=0.00403169;RO=21;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160335;STB=0.576873;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00612137;OID=.;OPOS=66246416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:22:30:30:0.576923:15:15:15:6:15:15:15:7 chr17 66264542 . A T 570.15 PASS AF=0.39759;AO=66;DP=166;FAO=66;FDP=166;FR=.;FRO=100;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=-0.00632072;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1214;QD=13.7387;RBI=0.0453161;REFB=-0.0147196;REVB=0.0448732;RO=100;SAF=46;SAR=20;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302669;STB=0.670852;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0224682;OID=.;OPOS=66264542;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:100:100:66:66:0.39759:20:46:42:58:20:46:42:58 chr17 66264567 . TTA T 234.38 PASS AF=0.377193;AO=33;DP=77;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0633477;FXX=0.161753;HRUN=2;LEN=2;MLLD=113.583;QD=8.22386;RBI=0.0719411;REFB=-0.0500586;REVB=0.0340969;RO=22;SAF=7;SAR=26;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383094;STB=0.698235;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0964599;OID=.;OPOS=66264568;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377193:33:77:43:114:71:10:33:37:34:99:22:7:26:15:7 chr17 66267691 . A T 180.84 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0115709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.902;QD=13.9109;RBI=0.0230552;REFB=0.000284186;REVB=-0.0199414;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579029;STB=0.533301;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00109557;OID=.;OPOS=66267691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:12:9:15:16:12:9:15:16 chr17 66390978 . C T 230.67 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0157668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.962;QD=14.1952;RBI=0.0254568;REFB=-0.0137214;REVB=-0.0199864;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325598;STB=0.526177;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0226825;OID=.;OPOS=66390978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:38:27:27:0.415385:14:13:19:18:14:13:20:18 chr17 66449122 . G A 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0125376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.787;QD=17.6718;RBI=0.0136982;REFB=0.00357308;REVB=0.00551805;RO=32;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905467;STB=0.550722;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00563359;OID=.;OPOS=66449122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:17:13:17:15:17:13:17:15 chr17 66533655 . A G 239.57 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0165576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.397;QD=18.0804;RBI=0.0259193;REFB=-0.0182695;REVB=-0.0199414;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342964;STB=0.509427;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0235193;OID=.;OPOS=66533655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:27:26:26:0.490566:13:13:12:14:13:13:13:14 chr17 66537003 . G A 304.72 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00255856;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.459;QD=19.6592;RBI=0.00942759;REFB=0.00727687;REVB=0.00907376;RO=31;SAF=21;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240921;STB=0.611156;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00473194;OID=.;OPOS=66537003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:31:30:32:32:0.516129:11:21:12:19:11:21:13:17 chr17 66538239 . G T 260.44 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0374418;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0347;QD=18.2768;RBI=0.0664684;REFB=-0.028916;REVB=0.0549196;RO=29;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217895;STB=0.634422;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0309088;OID=.;OPOS=66538239;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:28:28:29:0.508772:19:9:16:13:20:9:16:12 chr17 66539847 . C T 251.06 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.102457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.342;QD=19.6912;RBI=0.105539;REFB=0.0228538;REVB=0.025319;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01751;STB=0.509796;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0193454;OID=.;OPOS=66539847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:13:13:12:13:13:13:12:13 chr17 66596463 . C T 722.32 PASS AF=0.534351;AO=70;DP=131;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0150918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.438;QD=22.0554;RBI=0.0393141;REFB=-0.0120503;REVB=0.036302;RO=61;SAF=35;SAR=35;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348067;STB=0.519079;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00698353;OID=.;OPOS=66596463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:61:61:70:70:0.534351:35:35:28:33:35:35:28:33 chr17 66872802 . G C 1284.4 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5175;QD=60.4425;RBI=0.01677;REFB=0;REVB=0.0004966;RO=1;SAF=35;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133394;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015966;OID=.;OPOS=66872802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:84:85:1:0:83:85:1:48:35:1:0:48:37:0:0 chr17 66985992 . T G 686.11 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0204094;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=254.007;QD=58.3927;RBI=0.0289051;REFB=-0.053914;REVB=0.0204686;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361215;STB=0.519222;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000159306;OID=.;OPOS=66985992;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:2:2:45:45:0.957447:20:25:2:0:20:25:2:0 chr17 67028260 . T C 345.84 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.052553;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5362;QD=13.9734;RBI=0.0730081;REFB=-0.0212499;REVB=-0.0506791;RO=58;SAF=23;SAR=15;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289156;STB=0.657063;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0310108;OID=.;OPOS=67028260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:58:61:38:38:0.383838:15:23:19:39:15:23:21:40 chr17 67031457 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.715;QD=61.6832;RBI=0.0219414;REFB=0;REVB=-0.0213443;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219332;OID=.;OPOS=67031457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr17 67081830 . T C 1102.13 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0121748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.81;QD=58.7801;RBI=0.0312746;REFB=0.0612129;REVB=0.0288075;RO=1;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113997;STB=0.506023;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000900585;OID=.;OPOS=67081830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:41:33:0:1:41:33:0:1 chr17 67101718 . C T 1245.95 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.851;QD=61.5284;RBI=0.0274074;REFB=0;REVB=-0.00798398;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53463e-05;OID=.;OPOS=67101718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr17 67125840 . C T 294.93 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00719103;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.12;QD=53.6243;RBI=0.00721942;REFB=0;REVB=0.000639659;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089566;OID=.;OPOS=67125840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr17 67178316 . A G 959.07 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436223;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.986;QD=59.0194;RBI=0.051051;REFB=0;REVB=0.0265198;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3514e-05;OID=.;OPOS=67178316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr17 67210992 . T C 223.1 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.091955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.65;QD=49.5786;RBI=0.0987913;REFB=0;REVB=0.0361108;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00099903;OID=.;OPOS=67210992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:8:10:0:0 chr17 67212031 . A G 596.77 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0897805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.693;QD=59.6765;RBI=0.0908426;REFB=0;REVB=0.0138509;RO=1;SAF=24;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191347;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695792;OID=.;OPOS=67212031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:15:24:1:0:15:25:0:0 chr17 67212423 . G A 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00996959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.197;QD=56.8271;RBI=0.0159459;REFB=0.0580372;REVB=0.0124451;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154834;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=2.5072e-05;OID=.;OPOS=67212423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:30:34:0:1:30:34:0:1 chr17 67215712 . C T 870.53 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142922;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.648;QD=56.1635;RBI=0.017564;REFB=-0.00812476;REVB=0.0102093;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512191;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000463745;OID=.;OPOS=67215712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:0:1:60:61:0.983871:20:40:0:0:20:41:0:1 chr17 67260926 . A G 626.71 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0351178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5741;QD=20.548;RBI=0.0728083;REFB=-0.00408117;REVB=0.0637792;RO=59;SAF=35;SAR=28;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144907;STB=0.579685;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00396936;OID=.;OPOS=67260926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:59:59:63:63:0.516393:28:35:23:36:28:35:23:36 chr17 67267317 . T C 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00945411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.177;QD=20.4566;RBI=0.0308113;REFB=-0.0071622;REVB=0.029325;RO=15;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189718;STB=0.608554;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00948668;OID=.;OPOS=67267317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:3:14:10:5:3:14:10:5 chr17 67273882 . C A 1476.12 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.257;QD=58.4603;RBI=0.0317821;REFB=-0.0966119;REVB=0.0154964;RO=0;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581477;OID=.;OPOS=67273882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:100:101:0:0:99:101:1:58:41:0:0:59:42:0:0 chr17 67982157 . C T 868.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.7;QD=57.881;RBI=0.00746591;REFB=0;REVB=-0.000689278;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47011e-05;OID=.;OPOS=67982157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr17 68131526 . C T 152.12 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0860074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1622;QD=13.2279;RBI=0.112958;REFB=0.00171251;REVB=-0.0732268;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386483;STB=0.708827;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00795047;OID=.;OPOS=68131526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:17:17:0.369565:7:10:6:22:7:10:7:22 chr17 68173731 . A G 284.17 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00207586;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.463;QD=49.4215;RBI=0.0433561;REFB=-0.082452;REVB=0.0433063;RO=1;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298327;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00290248;OID=.;OPOS=68173731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:23:1:1:22:22:0.956522:15:7:0:1:15:7:0:1 chr17 70943990 . T C 526.74 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0250627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.189;QD=56.9453;RBI=0.0512317;REFB=-0.0662959;REVB=0.0446827;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0011153;OID=.;OPOS=70943990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:0:1:18:18:0:1 chr17 71232687 . T C 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00964397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.428;QD=22.6321;RBI=0.0188138;REFB=-0.00424705;REVB=-0.016154;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259793;STB=0.514683;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00311813;OID=.;OPOS=71232687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:7:6:4:4:7:6:4:4 chr17 71232804 . C A 670.16 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.063;QD=62.3403;RBI=0.0573407;REFB=0;REVB=-0.0381875;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111826;OID=.;OPOS=71232804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr17 71232807 . T C 182.1 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.018223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.42;QD=16.9399;RBI=0.0846249;REFB=-0.00699598;REVB=-0.0826396;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181141;STB=0.602875;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0091557;OID=.;OPOS=71232807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:17:7:9:10:17:7 chr17 71232881 . G C 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0277832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3191;QD=14.7663;RBI=0.0308953;REFB=-0.015243;REVB=0.0135136;RO=33;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135335;STB=0.576862;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0138553;OID=.;OPOS=71232881;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:14:11:19:14:14:11:19:14 chr17 71233130 . A G 54.72 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0798737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4064;QD=9.51711;RBI=0.0799384;REFB=-0.0152202;REVB=-0.00321482;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743475;STB=0.56739;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0906932;OID=.;OPOS=71233130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:23:13:15:8:8:0.347826:6:2:4:9:6:2:5:10 chr17 71238433 . G A 496.79 PASS AF=0.45;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00165708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5424;QD=16.5598;RBI=0.00746897;REFB=-0.00803266;REVB=0.00728283;RO=66;SAF=25;SAR=29;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11083;STB=0.561785;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00921855;OID=.;OPOS=71238433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:66:54:54:0.45:29:25:38:28:29:25:38:28 chr17 71239215 . AA TT 96.2 PASS AF=0.4;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0172486;FXX=0.0624805;HRUN=2;LEN=2;MLLD=172.579;QD=12.827;RBI=0.0184885;REFB=-0.00536978;REVB=0.0066566;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345893;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.019526;OID=.;OPOS=71239215;OREF=AA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:30:18:18:11:12:0.4:4:7:12:6:4:8:12:6 chr17 71244630 . C T 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0327493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.812;QD=15.4089;RBI=0.0348534;REFB=-0.0431342;REVB=-0.0119264;RO=34;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00443704;STB=0.502511;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0407357;OID=.;OPOS=71244630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:16:11:14:20:16:11:14:20 chr17 71365314 . A G 286.67 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0117644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.077;QD=13.3332;RBI=0.0122731;REFB=-0.0148559;REVB=-0.00349697;RO=53;SAF=12;SAR=21;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158981;STB=0.509085;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0204958;OID=.;OPOS=71365314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:21:12:20:33:21:12:20:33 chr17 71384016 . C T 363.19 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00804406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.148;QD=23.4319;RBI=0.00915057;REFB=-0.0298573;REVB=-0.00436187;RO=25;SAF=22;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869492;STB=0.514973;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0186757;OID=.;OPOS=71384016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:26:36:36:0.580645:14:22:15:10:14:22:15:11 chr17 71390366 . C A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0300318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.082;QD=12.0505;RBI=0.0320669;REFB=-0.0230391;REVB=0.0112417;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604717;STB=0.536003;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.036727;OID=.;OPOS=71390366;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:8:5:4:5:8:5 chr17 71398170 . G C 336.56 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00856051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.434;QD=17.2594;RBI=0.0688907;REFB=0.00543558;REVB=0.0683567;RO=42;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623255;STB=0.534865;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00706662;OID=.;OPOS=71398170;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:20:16:16:26:20:16:16:26 chr17 71410891 . C T 125.98 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00289045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.471;QD=10.9544;RBI=0.00452788;REFB=-0.0119717;REVB=-0.00348525;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292433;STB=0.660811;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.026019;OID=.;OPOS=71410891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:31:15:15:0.326087:9:6:20:10:9:6:20:11 chr17 71426656 . G T 49.58 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0796937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.403;QD=15.2562;RBI=0.0978814;REFB=0.00307948;REVB=0.0568304;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413035;STB=0.788535;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00863782;OID=.;OPOS=71426656;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:6:7:7:0.538462:1:6:2:3:1:6:2:4 chr17 71426670 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00636362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.056;QD=11.0192;RBI=0.0428083;REFB=-0.0238984;REVB=0.0423327;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271446;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0315391;OID=.;OPOS=71426670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:3:5:2:4:3:5 chr17 71503636 . T C 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0252684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.198;QD=19.4012;RBI=0.0433193;REFB=0.00555122;REVB=0.0351863;RO=37;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132304;STB=0.578907;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00346949;OID=.;OPOS=71503636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:38:38:38:0.5:19:19:24:13:19:19:25:13 chr17 71746427 . G A 197.42 PASS AF=0.421053;AO=22;DP=55;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0228522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3703;QD=13.8541;RBI=0.0382949;REFB=0.00879396;REVB=0.0307291;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363894;STB=0.522369;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0022134;OID=.;OPOS=71746427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:31:33:22:24:0.421053:10:12:18:13:10:14:18:15 chr17 71746435 . C T 223.02 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0442882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.283;QD=14.8681;RBI=0.0531409;REFB=-0.0180825;REVB=-0.0293686;RO=34;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883721;STB=0.550225;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0174108;OID=.;OPOS=71746435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:10:16:18:16:10:16:18:16 chr17 71746479 . C G 262.9 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0102639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9775;QD=12.6697;RBI=0.0105851;REFB=-0.00968389;REVB=0.00258774;RO=51;SAF=20;SAR=11;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130809;STB=0.569986;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00554099;OID=.;OPOS=71746479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:52:31:31:0.373494:11:20:27:24:11:20:28:24 chr17 71746508 . T C 270.28 PASS AF=0.355556;AO=31;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0175062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.373;QD=12.0124;RBI=0.0192007;REFB=-0.0125422;REVB=-0.00788675;RO=58;SAF=21;SAR=10;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226705;STB=0.637592;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0292145;OID=.;OPOS=71746508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:31:32:0.355556:10:21:28:30:10:22:28:30 chr17 71746796 . A G 185.56 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0453112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7632;QD=13.7452;RBI=0.0485636;REFB=-0.00907987;REVB=-0.0174733;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223589;STB=0.512809;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0106292;OID=.;OPOS=71746796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:8:14:21:11:8:14:21:11 chr17 71747278 . G C 290.85 PASS AF=0.350515;AO=34;DP=97;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=19;FWDB=-0.0168757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.523;QD=11.9938;RBI=0.0202173;REFB=-0.00296519;REVB=-0.0111333;RO=63;SAF=17;SAR=17;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22542;STB=0.628795;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00443959;OID=.;OPOS=71747278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:63:63:34:34:0.350515:17:17:44:19:17:17:44:19 chr17 71747323 . T C 155.28 PASS AF=0.25;AO=23;DP=83;FAO=21;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0383582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.232;QD=7.39441;RBI=0.0470792;REFB=-0.02738;REVB=-0.0272965;RO=51;SAF=11;SAR=12;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219663;STB=0.552298;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0531012;OID=.;OPOS=71747323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:51:61:23:21:0.25:12:11:34:17:9:12:39:22 chr17 71747336 . G A 153.49 PASS AF=0.258824;AO=22;DP=84;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.00881132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2254;QD=7.22323;RBI=0.0257373;REFB=-0.0029698;REVB=-0.024182;RO=61;SAF=13;SAR=9;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000937289;STB=0.50276;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00593543;OID=.;OPOS=71747336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:61:63:22:22:0.258824:9:13:36:25:9:13:37:26 chr17 71747394 . C T 198.11 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.000211111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8822;QD=11.1611;RBI=0.0273086;REFB=0.000992185;REVB=0.0273078;RO=46;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119096;STB=0.568969;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00118238;OID=.;OPOS=71747394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:12:13:19:27:12:13:19:27 chr17 71747397 . G A 186.08 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0562612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.831;QD=10.4836;RBI=0.0567975;REFB=0.00386346;REVB=0.00778621;RO=47;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845254;STB=0.549255;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00766303;OID=.;OPOS=71747397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:12:12:20:27:12:12:20:27 chr17 71752500 . C CT 1389.72 PASS AF=0.978947;AO=89;DP=96;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0243771;FXX=0.0104156;HRUN=0;LEN=1;MLLD=211.2;QD=58.5143;RBI=0.0280042;REFB=-0.0729244;REVB=-0.0137837;RO=2;SAF=57;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016338;STB=0.508473;STBP=0.325;TYPE=ins;VARB=0.0012652;OID=.;OPOS=71752501;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.978947:89:96:93:95:2:58:35:2:0:3:2:57:32:2:0 chr17 71819962 . C T 395.26 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.038067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2214;QD=22.9137;RBI=0.0392509;REFB=-0.0681059;REVB=0.00956727;RO=30;SAF=21;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829424;STB=0.545634;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0508388;OID=.;OPOS=71819962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:18:21:13:17:18:21:13:17 chr17 72209858 . A G 993.78 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00322939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.521;QD=57.6105;RBI=0.0124828;REFB=0.0572392;REVB=-0.0120578;RO=1;SAF=10;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00822056;STB=0.504347;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.000892864;OID=.;OPOS=72209858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:57:10:0:1:57:11:0:1 chr17 72233559 . G A 181.99 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00709079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1684;QD=9.57833;RBI=0.0101891;REFB=0.00413827;REVB=0.00731703;RO=52;SAF=13;SAR=11;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872493;STB=0.551183;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.0105367;OID=.;OPOS=72233559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:52:52:24:24:0.315789:11:13:32:20:11:13:32:20 chr17 72240168 . G A 302.21 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=6;FWDB=0.0320524;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6029;QD=14.9237;RBI=0.0385645;REFB=-0.0491198;REVB=0.0214444;RO=47;SAF=29;SAR=5;SRF=41;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041094;STB=0.523156;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0900979;OID=.;OPOS=72240168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:47:47:34:34:0.419753:5:29:41:6:5:29:41:6 chr17 72240177 . T G 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.123;QD=59.6773;RBI=0.0193064;REFB=0;REVB=0.00479562;RO=0;SAF=58;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66814e-05;OID=.;OPOS=72240177;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:12:58:0:0:12:58:0:0 chr17 72246101 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9365;QD=56.7061;RBI=0.0621539;REFB=0;REVB=-0.0585222;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012382;OID=.;OPOS=72246101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr17 72246466 . C T 895.63 PASS AF=0.941176;AO=64;DP=69;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0459711;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.654;QD=52.6841;RBI=0.046241;REFB=-0.07244;REVB=-0.00498852;RO=3;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422401;STB=0.514701;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00100801;OID=.;OPOS=72246466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:68:3:4:64:64:0.941176:32:32:0:3:32:32:1:3 chr17 72248483 . A G 620.35 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00862485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.677;QD=60.5219;RBI=0.0145162;REFB=0;REVB=0.0116762;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594197;OID=.;OPOS=72248483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:25:14:0:0:25:16:0:0 chr17 72248512 . C T 143.27 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0288935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.36;QD=14.6939;RBI=0.0291556;REFB=-0.00686525;REVB=0.00390046;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37322;STB=0.696376;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00695215;OID=.;OPOS=72248512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:7:9:4:18:7:9:5:18 chr17 72249229 . C A 396.08 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00134812;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.484;QD=25.5537;RBI=0.00904331;REFB=-0.00386217;REVB=-0.00894226;RO=23;SAF=16;SAR=22;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00968776;STB=0.514724;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00585691;OID=.;OPOS=72249229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:23:24:38:38:0.612903:22:16:10:13:22:16:11:13 chr17 72257713 . C T 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0071254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.032;QD=15.3562;RBI=0.00838252;REFB=-0.00892629;REVB=0.00441536;RO=43;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416024;STB=0.517617;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0145116;OID=.;OPOS=72257713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:44:33:33:0.428571:19:14:20:23:19:14:20:24 chr17 72257932 . T C 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0174439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.922;QD=14.6976;RBI=0.0180256;REFB=0.00824963;REVB=-0.00454219;RO=30;SAF=4;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308695;STB=0.679808;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0132215;OID=.;OPOS=72257932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:17:4:13:17:17:4:13:17 chr17 72295966 . C T 560.29 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=133;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.00688118;FXX=0.0225547;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.84;QD=17.2396;RBI=0.00921444;REFB=-0.0297402;REVB=0.00612823;RO=69;SAF=30;SAR=29;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00119061;STB=0.500782;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0406877;OID=.;OPOS=72295966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:130:69:71:59:59:0.453846:29:30:35:34:29:30:36:35 chr17 72301432 . A G 186.1 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.0187476;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.601;QD=12.4069;RBI=0.0219243;REFB=-0.00187631;REVB=0.0113668;RO=37;SAF=12;SAR=11;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258358;STB=0.646943;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00306762;OID=.;OPOS=72301432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:11:12:28:9:11:12:28:9 chr17 72303449 . G A 613.43 PASS AF=0.435897;AO=68;DP=157;FAO=68;FDP=156;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.00299484;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.628;QD=15.729;RBI=0.0221736;REFB=-0.0119435;REVB=0.0219705;RO=88;SAF=27;SAR=41;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139856;STB=0.578102;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0148936;OID=.;OPOS=72303449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:88:88:68:68:0.435897:41:27:47:41:41:27:47:41 chr17 72305534 . C T 388.77 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.033358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.721;QD=18.7357;RBI=0.041638;REFB=-0.0178502;REVB=-0.0249193;RO=43;SAF=25;SAR=15;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314333;STB=0.674403;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0211766;OID=.;OPOS=72305534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:15:25:12:31:15:25:12:31 chr17 72305688 . T C 163.69 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0339953;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.1647;QD=16.7891;RBI=0.0348864;REFB=0.0275065;REVB=0.00783469;RO=21;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625533;STB=0.561734;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.0302211;OID=.;OPOS=72305688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:17:18:0.461538:13:4:4:17:13:5:4:17 chr17 72308319 . G A 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.981;QD=58.962;RBI=0.0421686;REFB=0;REVB=0.018532;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294239;OID=.;OPOS=72308319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr17 72324649 . G GC 387.64 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.4738;QD=44.3021;RBI=0.0667639;REFB=0;REVB=0.0663118;RO=4;SAF=13;SAR=19;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199865;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00245053;OID=.;OPOS=72324650;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:36:35:35:0:15:20:0:0:7:4:13:19:2:2 chr17 72346855 . T C 244.05 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00135004;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.535;QD=51.3792;RBI=0.0349034;REFB=0;REVB=0.0348773;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553351;OID=.;OPOS=72346855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr17 72349067 . C G,T 769.94 PASS AF=0.0350877,0.947368;AO=2,54;DP=57;FAO=2,54;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=2,15;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0534247,0.0670189;FXX=0.0172384;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.324,83.7234;QD=54.0305;RBI=0.0589282,0.131171;REFB=0.031649,-0.0564617;REVB=0.0248664,0.112758;RO=1;SAF=2,15;SAR=0,39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697199,0.0119331;STB=0.993266,0.506327;STBP=0.227,0.632;TYPE=snp,snp;VARB=0.0187044,0.00264694;OID=.,.;OPOS=72349067,72349067;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:1:1:2,54:2,54:0.0350877,0.947368:0,39:2,15:0:1:0,39:2,15:0:1 chr17 72350412 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6523;QD=59.4345;RBI=0.104024;REFB=0;REVB=0.0957706;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016439;OID=.;OPOS=72350412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr17 72351406 . C T 461.55 PASS AF=0.370629;AO=52;DP=142;FAO=53;FDP=143;FR=.;FRO=90;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=0.010573;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4198;QD=12.9106;RBI=0.0383852;REFB=-0.0319517;REVB=0.0369004;RO=76;SAF=16;SAR=36;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173813;STB=0.631701;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0353519;OID=.;OPOS=72351406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:76:90:52:53:0.370629:36:16:35:41:36:17:47:43 chr17 72351761 . A G 999.11 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.037;QD=58.7712;RBI=0.038492;REFB=0;REVB=0.0261928;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67623e-05;OID=.;OPOS=72351761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:68:0:0:62:68:1:25:37:0:0:28:40:0:0 chr17 72366695 . C A 981.2 PASS AF=0.945205;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0106582;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2274;QD=53.7641;RBI=0.0350368;REFB=-0.210375;REVB=0.0333763;RO=1;SAF=34;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013701;STB=0.52777;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00963201;OID=.;OPOS=72366695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:73:73:1:4:69:69:0.945205:35:34:1:0:35:34:4:0 chr17 72368550 . T C 163.9 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0333283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0114;QD=12.3699;RBI=0.0333425;REFB=-0.0135727;REVB=-0.000972307;RO=32;SAF=2;SAR=18;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346421;STB=0.724552;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0541102;OID=.;OPOS=72368550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:18:2:9:23:18:2:10:23 chr17 72439700 . T G 159.99 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00623968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.347;QD=45.712;RBI=0.0396502;REFB=0;REVB=0.0391562;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120919;OID=.;OPOS=72439700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:4:9:0:0:5:9:0:0 chr17 72439808 . TG T 947.08 PASS AF=1;AO=79;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.173375;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.6184;QD=45.0989;RBI=0.184064;REFB=0;REVB=-0.0618126;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00262838;OID=.;OPOS=72439809;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:86:84:84:0:37:47:0:0:18:0:32:47:0:0 chr17 72469958 . A G 392.48 PASS AF=0.367188;AO=47;DP=128;FAO=47;FDP=128;FR=.;FRO=81;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.0451175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6363;QD=12.2649;RBI=0.0775646;REFB=-0.0215886;REVB=-0.0630926;RO=81;SAF=17;SAR=30;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680838;STB=0.538905;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.029666;OID=.;OPOS=72469958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:81:81:47:47:0.367188:30:17:34:47:30:17:34:47 chr17 72519798 . C T 412.87 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00284051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.091;QD=21.4479;RBI=0.00475748;REFB=-0.020061;REVB=0.00381643;RO=36;SAF=21;SAR=20;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127679;STB=0.570402;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0140739;OID=.;OPOS=72519798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:20:21:13:23:20:21:13:23 chr17 72521897 . G A 142.95 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00858596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.22;QD=10.7884;RBI=0.0181606;REFB=-0.00355288;REVB=-0.0160028;RO=35;SAF=11;SAR=7;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207195;STB=0.512182;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00597675;OID=.;OPOS=72521897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:7:11:22:13:7:11:22:13 chr17 72537878 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0430712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3724;QD=20.0169;RBI=0.0452269;REFB=0.0188548;REVB=-0.0137967;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804767;STB=0.545405;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.0195655;OID=.;OPOS=72537878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:6:11:10:8:6:11 chr17 72584764 . C T 286.25 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0213214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7666;QD=18.1749;RBI=0.0220479;REFB=-0.00738729;REVB=-0.00561324;RO=31;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506845;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0107808;OID=.;OPOS=72584764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:31:31:0.492063:13:18:18:13:13:18:19:13 chr17 72588326 . A C 708.56 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00738672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.501;QD=62.9826;RBI=0.0362653;REFB=0;REVB=0.0355051;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49476e-05;OID=.;OPOS=72588326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:24:21:0:0 chr17 72588778 . C T 223.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0102828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.188;QD=19.4664;RBI=0.0104083;REFB=-0.00536846;REVB=0.00161191;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123185;STB=0.569657;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0065574;OID=.;OPOS=72588778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:13:11:13:9:13:11 chr17 72589114 . C G 334.51 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0111923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.027;QD=27.3068;RBI=0.0112333;REFB=-0.0145624;REVB=-0.000959225;RO=20;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865344;STB=0.54772;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00837669;OID=.;OPOS=72589114;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:15:14:12:8:15:14:12:8 chr17 72589178 . ATTTTTTC ATTTTTC,ATTTTTCT 49.84 PASS AF=0.307692,0.153846;AO=6,2;DP=25;FAO=8,4;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=2,4;FSAR=6,0;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.234653,0.115658;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.31927,23.3748;QD=7.66812;RBI=0.251236,0.122429;REFB=-0.115086,-0.0817408;REVB=-0.0897635,-0.0401518;RO=15;SAF=1,2;SAR=5,0;SRF=12;SRR=3;SSEN=0.33042,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.633411,0.444178;STB=0.811807,0.995836;STBP=0.039,0.222;TYPE=del,mnp;VARB=0.134275,0.230289;OID=.,.;OPOS=72589179,72589184;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692,0.153846:6,2:25:8,4:26:14:2,4:6,0:11:3:32:15:1,2:5,0:12:3 chr17 72589196 . T C 57.01 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0354319;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.578;QD=10.8591;RBI=0.0381365;REFB=-0.0078382;REVB=-0.0141058;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162774;STB=0.599733;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.015073;OID=.;OPOS=72589196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:22:21:13:13:8:8:0.380952:2:6:8:5:2:6:8:5 chr17 72589264 . G T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0248432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.097;QD=15.1663;RBI=0.0258267;REFB=-0.00671452;REVB=-0.00705916;RO=20;SAF=13;SAR=2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373916;STB=0.721869;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00900209;OID=.;OPOS=72589264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:2:13:12:8:2:13:12:8 chr17 72589435 . T C 219.85 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00832941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.077;QD=11.8835;RBI=0.0314639;REFB=-0.0140119;REVB=-0.0303414;RO=47;SAF=9;SAR=18;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179107;STB=0.603695;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0232792;OID=.;OPOS=72589435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:18:9:23:24:18:9:23:24 chr17 72590267 . T C 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.377;QD=57.1944;RBI=0.0138046;REFB=0;REVB=0.0127037;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87223e-05;OID=.;OPOS=72590267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr17 72608834 . G A 316.76 PASS AF=0.372549;AO=37;DP=101;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.00501545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.028;QD=12.4221;RBI=0.00553269;REFB=-0.00487761;REVB=-0.00233579;RO=64;SAF=15;SAR=22;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206657;STB=0.623784;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0094984;OID=.;OPOS=72608834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:64:64:37:38:0.372549:22:15:38:26:23:15:38:26 chr17 72610089 . C T 271.63 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00336948;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.731;QD=14.6828;RBI=0.0138913;REFB=-0.00897876;REVB=0.0134765;RO=43;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581561;STB=0.53301;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0178028;OID=.;OPOS=72610089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:19:12:19:24:19:12:19:24 chr17 72613589 . T G 72.4 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0620115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.601;QD=13.7913;RBI=0.0621918;REFB=-0.0306663;REVB=0.00473132;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025779;STB=0.515122;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0237895;OID=.;OPOS=72613589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:19:21:10:11:9:10:0.47619:8:1:1:9:8:2:2:9 chr17 72615293 . C T 150.1 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.143665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1053;QD=19.3671;RBI=0.147978;REFB=-0.001803;REVB=-0.0354655;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08522;STB=0.548327;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00592978;OID=.;OPOS=72615293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:6:9:8:8:6:9 chr17 72691928 . T C 1283.49 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0066014;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.9709;QD=61.1186;RBI=0.0159225;REFB=0;REVB=0.0144896;RO=0;SAF=60;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91537e-05;OID=.;OPOS=72691928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:23:60:0:0:24:60:0:0 chr17 72700943 . A G 279.63 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0625;QD=48.6305;RBI=0.0188369;REFB=0.0240153;REVB=-0.0113845;RO=1;SAF=9;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486023;STB=0.526292;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00107669;OID=.;OPOS=72700943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:13:9:1:0:13:9:1:0 chr17 72838649 . C A 780.54 PASS AF=0.397321;AO=89;DP=225;FAO=89;FDP=224;FR=.;FRO=135;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=64;FSRR=71;FWDB=-0.00467617;FXX=0.00444425;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.866;QD=13.9381;RBI=0.00499992;REFB=-0.0108831;REVB=-0.00176993;RO=134;SAF=39;SAR=50;SRF=64;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425551;STB=0.521831;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0154347;OID=.;OPOS=72838649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:134:135:89:89:0.397321:50:39:64:70:50:39:64:71 chr17 72851133 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.591;QD=42.1826;RBI=0.012285;REFB=0;REVB=0.00400116;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318293;OID=.;OPOS=72851133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr17 72863018 . C T 173.06 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0174561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.183;QD=18.7093;RBI=0.0175404;REFB=-0.0194437;REVB=-0.00171707;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195539;STB=0.511099;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0176;OID=.;OPOS=72863018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:7:11:12:7:7:11:12:7 chr17 72877212 . C T 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0087998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.216;QD=25.1491;RBI=0.00996398;REFB=-0.0204989;REVB=0.00467379;RO=20;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194332;STB=0.616355;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0132615;OID=.;OPOS=72877212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:21:27:27:0.5625:15:12:14:6:15:12:15:6 chr17 72889676 . G C 206.79 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=90;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=17;FWDB=-0.0246867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.893;QD=9.08944;RBI=0.0679709;REFB=-0.0500969;REVB=0.0633294;RO=63;SAF=3;SAR=24;SRF=47;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.702292;STB=0.906752;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0295367;OID=.;OPOS=72889676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:63:64:27:27:0.296703:24:3:47:16:24:3:47:17 chr17 72889685 . G A 367.44 PASS AF=0.481013;AO=23;DP=89;FAO=38;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=36;FWDB=0.0645278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.802;QD=18.6044;RBI=0.072228;REFB=-0.0403723;REVB=-0.0324506;RO=53;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304594;STB=0.809907;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0185129;OID=.;OPOS=72889685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:79:53:41:23:38:0.481013:10:13:16:37:9:29:5:36 chr17 72889696 . A G 215.05 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=37;FWDB=-0.0217728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7236;QD=13.0333;RBI=0.102023;REFB=0.00338456;REVB=-0.099673;RO=38;SAF=21;SAR=5;SRF=3;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.672029;STB=0.880008;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00788458;OID=.;OPOS=72889696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:38:40:26:26:0.393939:5:21:3:35:5:21:3:37 chr17 72927123 . G T 258.95 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.024;FXX=0.0441112;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.897;QD=15.9356;RBI=0.0245013;REFB=-0.013354;REVB=0.0049309;RO=36;SAF=5;SAR=23;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333845;STB=0.66218;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0177951;OID=.;OPOS=72927123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:36:36:28:29:0.446154:23:5:16:20:23:6:16:20 chr17 72937605 . G A 304.0 PASS AF=0.586957;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0208359;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.101;QD=26.4352;RBI=0.0211866;REFB=-0.0210305;REVB=-0.00383873;RO=18;SAF=20;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238078;STB=0.603692;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.01935;OID=.;OPOS=72937605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:18:19:26:27:0.586957:6:20:9:9:7:20:10:9 chr17 72938100 . T C 738.3 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.041;QD=62.8341;RBI=0.0449824;REFB=0;REVB=0.0282355;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157664;OID=.;OPOS=72938100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:28:19:0:0 chr17 72948369 . A G 221.85 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0171958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.915;QD=25.3539;RBI=0.0175101;REFB=-0.0216324;REVB=0.00330256;RO=14;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884415;STB=0.549248;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00935014;OID=.;OPOS=72948369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:8:13:7:7:8:13:7:7 chr17 72949167 . T C 102.82 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00454703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1727;QD=19.5847;RBI=0.0528023;REFB=-0.00867988;REVB=-0.0526061;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125311;STB=0.571312;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00638627;OID=.;OPOS=72949167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:3:6:6:6:3:6 chr17 72949649 . C T 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0270993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.88;QD=17.4225;RBI=0.0673957;REFB=-0.0271183;REVB=0.0617074;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952966;STB=0.553306;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0227039;OID=.;OPOS=72949649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:16:15:13:21:16:15:13:21 chr17 72952017 . A G 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0306302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.778;QD=16.2784;RBI=0.0332773;REFB=-0.0043594;REVB=-0.0130064;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643713;STB=0.536206;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00767486;OID=.;OPOS=72952017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:16:12:12:21:16:12:12:21 chr17 72999773 . C T 115.03 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00474099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.96;QD=19.172;RBI=0.0107892;REFB=-0.00262061;REVB=0.00969175;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017866;STB=0.510188;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00544142;OID=.;OPOS=72999773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:7:4:5:8:7:4 chr17 73000061 . A G 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.197;QD=62.3147;RBI=0.0352449;REFB=0;REVB=0.0129092;RO=0;SAF=21;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.63946e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25421e-05;OID=.;OPOS=73000061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:65:21:0:0:65:21:0:0 chr17 73000351 . C T 199.49 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0463895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.56;QD=15.6463;RBI=0.0489446;REFB=-0.0197947;REVB=-0.0156075;RO=29;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274134;STB=0.655517;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0184386;OID=.;OPOS=73000351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:9:13:9:20:9:13:9:20 chr17 73000359 . C G 252.52 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.028481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.868;QD=21.0434;RBI=0.0284934;REFB=-0.0189693;REVB=0.000841275;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192815;STB=0.608603;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0396918;OID=.;OPOS=73000359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:16:8:13:11:16:8:13:11 chr17 73008804 . G T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0232003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.984;QD=11.0919;RBI=0.0675009;REFB=-0.0580453;REVB=0.0633886;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0207559;OID=.;OPOS=73008804;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:2:4:2:3:2:4 chr17 73016621 . C T 189.11 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00207338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.933;QD=21.0121;RBI=0.0039688;REFB=-0.0177253;REVB=-0.00338415;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522087;STB=0.529381;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0136675;OID=.;OPOS=73016621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:9:10:10:7:9:10:10:7 chr17 73037868 . C G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00768264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.139;QD=19.0177;RBI=0.0105688;REFB=-0.00938677;REVB=0.00725793;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148555;STB=0.584364;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00728864;OID=.;OPOS=73037868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:5:9:7:8:5:9 chr17 73038000 . C T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00506317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.678;QD=19.3436;RBI=0.00908082;REFB=-0.00482744;REVB=0.00753827;RO=18;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293785;STB=0.666481;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00469949;OID=.;OPOS=73038000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:6:12:6:12:6:12:6:12 chr17 73038746 . T C 189.95 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00279446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.185;QD=9.6178;RBI=0.00692432;REFB=-0.00133222;REVB=-0.0063354;RO=52;SAF=12;SAR=13;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672815;STB=0.551474;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00272582;OID=.;OPOS=73038746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:54:25:25:0.316456:13:12:28:24:13:12:30:24 chr17 73059820 . C G 564.98 PASS AF=0.47619;AO=59;DP=126;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0262591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.587;QD=17.9358;RBI=0.0263275;REFB=-0.0194602;REVB=0.001896;RO=64;SAF=33;SAR=26;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118312;STB=0.503228;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0269952;OID=.;OPOS=73059820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:66:59:60:0.47619:26:33:35:29:26:34:37:29 chr17 73059836 . G A 641.32 PASS AF=0.521368;AO=57;DP=119;FAO=61;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0242813;FXX=0.0168053;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.774;QD=21.9255;RBI=0.0380695;REFB=-0.0247622;REVB=-0.0293207;RO=37;SAF=35;SAR=22;SRF=31;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17934;STB=0.510006;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0205679;OID=.;OPOS=73059836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:37:51:57:61:0.521368:22:35:31:6:24:37:32:19 chr17 73089852 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0553241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1922;QD=12.7388;RBI=0.0604313;REFB=-0.00853001;REVB=0.0243145;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258322;STB=0.655832;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00895566;OID=.;OPOS=73089852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:5:5:6:2:5:5 chr17 73110279 . C T 451.01 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0102651;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.92;QD=17.8616;RBI=0.0123627;REFB=-0.0192255;REVB=0.00688931;RO=52;SAF=13;SAR=35;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23706;STB=0.628686;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0190324;OID=.;OPOS=73110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:52:53:48:48:0.475248:35:13:26:26:35:13:26:27 chr17 73127217 . G C 115.09 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0491098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3689;QD=19.1812;RBI=0.12871;REFB=0.0400143;REVB=0.118973;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00564475;STB=0.503221;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0273336;OID=.;OPOS=73127217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:5:6:7:6:5:6 chr17 73221439 . C T 961.74 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00688772;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.095;QD=57.4173;RBI=0.0140749;REFB=-0.104136;REVB=0.0122744;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000308703;OID=.;OPOS=73221439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:0:1:66:66:0.985075:29:37:0:0:29:37:1:0 chr17 73222847 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.127;QD=64.1538;RBI=0.0276286;REFB=0;REVB=-0.00559631;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.40778e-05;OID=.;OPOS=73222847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr17 73222865 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.747;QD=62.9829;RBI=0.0219465;REFB=0;REVB=0.0174365;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36916e-05;OID=.;OPOS=73222865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr17 73230856 . C T 1850.14 PASS AF=0.984;AO=122;DP=124;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0217105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.649;QD=59.2046;RBI=0.0331019;REFB=0.0500978;REVB=0.0249878;RO=1;SAF=54;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871627;STB=0.508927;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.000291255;OID=.;OPOS=73230856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:125:1:2:122:123:0.984:68:54:1:0:68:55:2:0 chr17 73238509 . C G 237.57 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0271854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.449;QD=13.7723;RBI=0.0347703;REFB=-0.00258245;REVB=-0.0216778;RO=39;SAF=9;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113937;STB=0.590388;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00265536;OID=.;OPOS=73238509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:41:27:28:0.405797:18:9:17:22:19:9:19:22 chr17 73258479 . C T 895.99 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00892969;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.156;QD=57.8055;RBI=0.0325895;REFB=0;REVB=0.0313423;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97365e-05;OID=.;OPOS=73258479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:34:28:0:0 chr17 73269530 . A G 769.01 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6779;QD=56.9638;RBI=0.0716849;REFB=0;REVB=-0.0716481;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000772895;OID=.;OPOS=73269530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr17 73269676 . C T 1142.29 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9318;QD=60.1207;RBI=0.0250068;REFB=0;REVB=-0.019416;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.61676e-06;OID=.;OPOS=73269676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr17 73279624 . A G 822.44 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0307935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.909;QD=54.8295;RBI=0.0336773;REFB=-0.0400105;REVB=-0.0136353;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000281128;OID=.;OPOS=73279624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:0:1:57:59:0.983333:30:27:0:0:31:28:0:1 chr17 73315368 . C T 182.89 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00798497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.264;QD=17.418;RBI=0.00960059;REFB=-0.00906167;REVB=0.00533026;RO=23;SAF=15;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263141;STB=0.651997;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0172184;OID=.;OPOS=73315368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:4:15:13:10:4:15:13:10 chr17 73402246 . C A 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0598707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0392;QD=43.4818;RBI=0.0728351;REFB=0;REVB=0.0414783;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000975555;OID=.;OPOS=73402246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr17 73488794 . C T 375.22 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.696;QD=55.5883;RBI=0.100942;REFB=0;REVB=-0.00471165;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548495;OID=.;OPOS=73488794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:15:11:0:0:16:11:0:0 chr17 73495692 . C G 1073.08 PASS AF=1;AO=47;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.169358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.067;QD=56.4778;RBI=0.169686;REFB=0;REVB=-0.0105449;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00729143;OID=.;OPOS=73495692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:47:76:1:30:17:0:0:32:44:0:0 chr17 73498483 . T C 240.03 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.973;QD=50.5334;RBI=0.121098;REFB=0;REVB=0.00508946;RO=0;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371595;OID=.;OPOS=73498483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:17:0:0:0:17:2:0:0 chr17 73498623 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.553;QD=58.1398;RBI=0.116661;REFB=0;REVB=-0.116589;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000814611;OID=.;OPOS=73498623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:8:24:0:0:8:24:0:0 chr17 73518203 . G C 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00227321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.8;QD=55.8048;RBI=0.0249103;REFB=-0.0548705;REVB=0.0248064;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000753856;OID=.;OPOS=73518203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:36:23:0:0:36:23:1:0 chr17 73518284 . G C 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00467344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.96;QD=53.3622;RBI=0.0421171;REFB=-0.0928609;REVB=0.041857;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251798;STB=0.513504;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00743485;OID=.;OPOS=73518284;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:18:11:0:1:18:11:0:1 chr17 73519413 . C T 424.13 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.04269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.5189;QD=53.0161;RBI=0.0597857;REFB=-0.021537;REVB=0.0418557;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321345;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00200283;OID=.;OPOS=73519413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:1:1:30:31:0.96875:14:16:0:1:14:17:0:1 chr17 73520536 . GGACT G 89.65 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=48;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00548214;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=4;MLLD=264.711;QD=7.96888;RBI=0.00553141;REFB=-0.0122862;REVB=-0.000736687;RO=28;SAF=11;SAR=4;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.551402;SSSB=0.118055;STB=0.548225;STBP=0.643;TYPE=del;VARB=0.0209154;OID=.;OPOS=73520537;OREF=GACT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355556:15:48:16:45:29:11:5:18:11:89:28:11:4:18:10 chr17 73552185 . G A 121.58 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00289889;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4492;QD=23.1574;RBI=0.0506018;REFB=-0.0368621;REVB=0.0505187;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19275;STB=0.608533;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0326606;OID=.;OPOS=73552185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:21:8:8:13:13:0.619048:7:6:6:2:7:6:6:2 chr17 73565171 . T C 216.96 PASS AF=0.714286;AO=19;DP=27;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0125288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2606;QD=30.9936;RBI=0.019483;REFB=0.0307113;REVB=-0.0149203;RO=8;SAF=7;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00378494;STB=0.507805;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.0211239;OID=.;OPOS=73565171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:28:8:8:19:20:0.714286:12:7:3:5:13:7:3:5 chr17 73566561 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0307338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.055;QD=8.81114;RBI=0.0339211;REFB=-0.0276555;REVB=-0.0143553;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303669;STB=0.730829;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0280037;OID=.;OPOS=73566561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:5:1:4:6:5:1:5:6 chr17 73567846 . C T 802.29 PASS AF=0.454054;AO=84;DP=182;FAO=84;FDP=185;FR=.;FRO=101;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=-0.00728968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.087;QD=17.3468;RBI=0.0368201;REFB=-0.0352378;REVB=-0.0360912;RO=97;SAF=37;SAR=47;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629359;STB=0.540779;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0387177;OID=.;OPOS=73567846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:185:97:101:84:84:0.454054:47:37:49:48:47:37:52:49 chr17 73568055 . C T 212.81 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.00920959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.172;QD=20.2679;RBI=0.025927;REFB=-0.00804142;REVB=0.0242362;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398891;STB=0.704809;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0110188;OID=.;OPOS=73568055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:21:20:21:0.5:13:7:17:4:13:8:17:4 chr17 73570718 . C G 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00183149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7693;QD=16.4253;RBI=0.00458982;REFB=-0.0213169;REVB=-0.00420858;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105136;STB=0.560337;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0227191;OID=.;OPOS=73570718;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:9:2:3:8:9:2 chr17 73570756 . G T 82.73 PASS AF=0.4;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0376363;FXX=0.0384468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=95.0948;QD=13.2366;RBI=0.123293;REFB=-0.0275608;REVB=-0.117409;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231477;STB=0.608469;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0858861;OID=.;OPOS=73570756;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:26:25:11:15:10:10:0.4:7:3:6:5:7:3:7:8 chr17 73571030 . A G 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0477554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5137;QD=24.2039;RBI=0.0477816;REFB=-0.00967281;REVB=-0.00158032;RO=12;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350648;STB=0.69544;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00125579;OID=.;OPOS=73571030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:12:6:10:2:12:6:10:2 chr17 73586233 . C G 624.81 PASS AF=0.442177;AO=66;DP=147;FAO=65;FDP=147;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=-0.0234138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9157;QD=17.0016;RBI=0.032622;REFB=-0.0228339;REVB=0.0227154;RO=77;SAF=33;SAR=33;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11982;STB=0.550205;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0273641;OID=.;OPOS=73586233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:77:82:66:65:0.442177:33:33:48:29:32:33:49:33 chr17 73587784 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.282;QD=57.3858;RBI=0.0120812;REFB=0;REVB=0.00479184;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.96588e-06;OID=.;OPOS=73587784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr17 73588067 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8134;QD=59.5014;RBI=0.0462413;REFB=0;REVB=-0.00556609;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000408236;OID=.;OPOS=73588067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr17 73590830 . T G 426.31 PASS AF=0.558442;AO=41;DP=74;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.029415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.173;QD=22.1461;RBI=0.0299625;REFB=-0.0201874;REVB=-0.00570131;RO=33;SAF=20;SAR=21;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711361;STB=0.520861;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0145881;OID=.;OPOS=73590830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:33:34:41:43:0.558442:21:20:19:14:21:22:19:15 chr17 73602081 . G A 128.0 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0295087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1567;QD=20.4795;RBI=0.031201;REFB=-0.0160346;REVB=-0.0101359;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00546547;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0135443;OID=.;OPOS=73602081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:5:9:7:4:5:9:7:4 chr17 73608905 . G A 202.25 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0853728;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.606;QD=13.9484;RBI=0.0854955;REFB=-0.0222003;REVB=0.00457733;RO=33;SAF=7;SAR=17;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844536;STB=0.54191;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0298413;OID=.;OPOS=73608905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:33:34:24:24:0.413793:17:7:12:21:17:7:12:22 chr17 73609139 . C T 292.74 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0394786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.747;QD=27.232;RBI=0.0556823;REFB=-0.0160373;REVB=0.0392678;RO=17;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137637;STB=0.576211;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00625147;OID=.;OPOS=73609139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:17:9:9:8:17:9:9:8 chr17 73609409 . C T 125.72 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00141743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8822;QD=18.6244;RBI=0.0265104;REFB=-0.0262837;REVB=0.0264725;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162718;STB=0.592465;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0191334;OID=.;OPOS=73609409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:9:4:7:7:9:4 chr17 73611823 . T C 492.43 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0527771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.573;QD=20.0993;RBI=0.0543244;REFB=-0.0242975;REVB=0.0128729;RO=50;SAF=15;SAR=33;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14756;STB=0.582137;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0245692;OID=.;OPOS=73611823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:33:15:23:27:33:15:23:27 chr17 73611908 . C T 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00593378;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=210.278;QD=18.7959;RBI=0.00760964;REFB=-0.00607633;REVB=-0.00476413;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100106;STB=0.556505;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00764057;OID=.;OPOS=73611908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:13:10:9:18:13:10:9:18 chr17 73612641 . CA AT,CAT 372.25 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,25;DP=29;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279933,0.0232111;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=11.8276,28.4231;QD=53.1784;RBI=0.143632,0.26689;REFB=0,0;REVB=0.140878,0.265879;RO=2;SAF=2,23;SAR=0,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.639851,0.164479;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0824032,0.0322325;OID=.,.;OPOS=73612641,73612643;OREF=CA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:28:2:0:2,25:2,26:0.0714286,0.928571:0,2:2,23:1:1:0,3:2,23:0:0 chr17 73615962 . T C 396.12 PASS AF=0.573529;AO=35;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0247934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3468;QD=23.3014;RBI=0.0557079;REFB=-0.0365094;REVB=-0.0498865;RO=24;SAF=9;SAR=26;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20769;STB=0.597082;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0212532;OID=.;OPOS=73615962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:24:29:35:39:0.573529:26:9:12:12:29:10:13:16 chr17 73615983 . G A 281.84 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0307171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2333;QD=15.6577;RBI=0.0978806;REFB=-0.0526698;REVB=0.0929358;RO=40;SAF=9;SAR=23;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160347;STB=0.590849;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0740292;OID=.;OPOS=73615983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:23:9:17:23:23:9:17:23 chr17 73616088 . T C 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0286516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.291;QD=22.9823;RBI=0.0286702;REFB=-0.00551398;REVB=-0.00103371;RO=22;SAF=6;SAR=19;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324164;STB=0.682263;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00607668;OID=.;OPOS=73616088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:19:6:13:9:19:6:13:9 chr17 73616853 . G C 119.86 PASS AF=0.4;AO=10;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0455166;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.589;QD=13.698;RBI=0.0457579;REFB=-0.0114289;REVB=-0.00469308;RO=21;SAF=9;SAR=1;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.61713;STB=0.817686;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0543176;OID=.;OPOS=73616853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:21:21:10:14:0.4:1:9:8:13:2:12:8:13 chr17 73616864 . C A 157.67 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0318982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.988;QD=16.597;RBI=0.0929436;REFB=-0.0277589;REVB=-0.0872984;RO=21;SAF=15;SAR=2;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.565229;STB=0.829816;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0136998;OID=.;OPOS=73616864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:2:15:8:13:2:15:8:13 chr17 73616920 . A G 164.92 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0243597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.505;QD=15.7069;RBI=0.0248849;REFB=-0.0156924;REVB=-0.00508567;RO=24;SAF=16;SAR=2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.537423;STB=0.815911;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0472579;OID=.;OPOS=73616920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:2:16:11:13:2:16:11:13 chr17 73617104 . A C 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.196;QD=55.6515;RBI=0.0377039;REFB=0;REVB=-0.0191467;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61826e-05;OID=.;OPOS=73617104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr17 73625286 . G A 545.31 PASS AF=0.421429;AO=59;DP=140;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=45;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=0.00210801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.112;QD=15.5803;RBI=0.00527523;REFB=-0.0241344;REVB=0.00483573;RO=80;SAF=45;SAR=14;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201515;STB=0.6113;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.038267;OID=.;OPOS=73625286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:80:81:59:59:0.421429:14:45:48:32:14:45:49:32 chr17 73625478 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.232;QD=58.2395;RBI=0.0071059;REFB=0;REVB=-0.00277373;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73552e-06;OID=.;OPOS=73625478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr17 73627565 . A G 773.04 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.027218;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1195;QD=55.2172;RBI=0.0291709;REFB=-0.0282099;REVB=-0.0104941;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165384;STB=0.508769;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00177639;OID=.;OPOS=73627565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:1:1:55:55:0.982143:28:27:0:1:28:27:0:1 chr17 73636368 . C T 250.86 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0103805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.2521;QD=20.9049;RBI=0.0647938;REFB=-0.018831;REVB=0.0639568;RO=24;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111914;STB=0.562884;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0242755;OID=.;OPOS=73636368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:10:14:11:13:10:14:11:13 chr17 73687495 . G A 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0183249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.816;QD=11.677;RBI=0.0443953;REFB=-0.01637;REVB=-0.0404369;RO=47;SAF=19;SAR=8;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156912;STB=0.599488;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0276345;OID=.;OPOS=73687495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:48:27:27:0.36:8:19:27:20:8:19:27:21 chr17 73698557 . C T 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.54;QD=63.2825;RBI=0.0261067;REFB=0;REVB=0.0171082;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185815;OID=.;OPOS=73698557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr17 73753503 . T C 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.103;QD=62.9782;RBI=0.0198384;REFB=0;REVB=-0.00209964;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.33983e-05;OID=.;OPOS=73753503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr17 73773735 . AC A 136.4 PASS AF=0.410714;AO=21;DP=58;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0539749;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2333;QD=9.74311;RBI=0.0539799;REFB=0.0496063;REVB=-0.000729528;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041387;STB=0.52172;STBP=0.821;TYPE=del;VARB=-0.06179;OID=.;OPOS=73773736;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410714:21:58:23:56:33:11:12:17:16:99:31:10:11:16:15 chr17 73812909 . A G 3356.9 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7495;QD=61.5944;RBI=0.0702525;REFB=0;REVB=0.0630734;RO=0;SAF=96;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103553;OID=.;OPOS=73812909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:205:218:0:0:204:218:1:108:96:0:0:118:100:0:0 chr17 73816026 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.097;QD=50.4126;RBI=0.106846;REFB=0;REVB=-0.104447;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000575027;OID=.;OPOS=73816026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr17 73949540 . G C 789.12 PASS AF=1;AO=35;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00269249;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.278;QD=64.4178;RBI=0.049628;REFB=0;REVB=-0.0495549;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000411084;OID=.;OPOS=73949540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:35:49:1:15:20:0:0:15:34:0:0 chr17 73997474 . G A 400.42 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.991;QD=53.3897;RBI=0.0295826;REFB=-0.14416;REVB=0.0262547;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00110766;OID=.;OPOS=73997474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:14:15:0:0:14:15:0:1 chr17 74014228 . G A 194.74 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0110138;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.349;QD=12.3646;RBI=0.0265867;REFB=-0.0102918;REVB=0.0241981;RO=38;SAF=14;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534934;STB=0.53716;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.018169;OID=.;OPOS=74014228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:39:24:24:0.380952:10:14:24:14:10:14:25:14 chr17 74014628 . G A 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4247;QD=58.597;RBI=0.0201638;REFB=0;REVB=0.00939303;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226485;OID=.;OPOS=74014628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr17 74014668 . T C 762.8 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00529276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.711;QD=56.5038;RBI=0.0430169;REFB=0;REVB=0.0426901;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186749;OID=.;OPOS=74014668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:27:25:0:0:28:26:0:0 chr17 74015697 . G A 225.13 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.025542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.504;QD=15.2633;RBI=0.0342549;REFB=-0.0120149;REVB=0.0228255;RO=32;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845618;STB=0.557596;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0235258;OID=.;OPOS=74015697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:16:10:15:17:16:10:16:17 chr17 74017554 . G T 100.28 PASS AF=0.25;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0171122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.335;QD=6.68535;RBI=0.0297052;REFB=0.00145148;REVB=0.0242811;RO=44;SAF=3;SAR=12;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371805;STB=0.740394;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00313617;OID=.;OPOS=74017554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:44:45:15:15:0.25:12:3:21:23:12:3:22:23 chr17 74017573 . C G 92.17 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.032071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.326;QD=6.2487;RBI=0.0340012;REFB=-0.00866127;REVB=0.011293;RO=45;SAF=2;SAR=12;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476822;STB=0.803985;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0294897;OID=.;OPOS=74017573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:12:2:22:23:12:2:22:23 chr17 74017594 . A G 92.16 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0380971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9475;QD=6.24819;RBI=0.061093;REFB=0.00878919;REVB=-0.0477594;RO=45;SAF=2;SAR=12;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476822;STB=0.803985;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0232552;OID=.;OPOS=74017594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:12:2:22:23:12:2:22:23 chr17 74019680 . C T 283.7 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0833005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2665;QD=23.1591;RBI=0.0871919;REFB=-0.0198689;REVB=-0.0257576;RO=23;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971993;STB=0.554099;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0314449;OID=.;OPOS=74019680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:14:12:8:15:14:12:8:15 chr17 74056413 . C T 189.93 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00153492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9779;QD=21.7059;RBI=0.0255443;REFB=-0.0445014;REVB=-0.0254981;RO=16;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127962;STB=0.571359;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0348414;OID=.;OPOS=74056413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:6:13:13:3:6:13:13:3 chr17 74066447 . T A 336.23 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00751639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.914;QD=28.0194;RBI=0.018605;REFB=-0.00447478;REVB=-0.0170191;RO=19;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689789;STB=0.537994;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00312514;OID=.;OPOS=74066447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:15:14:11:8:15:14:11:8 chr17 74072851 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.000851722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.63;QD=15.5715;RBI=0.0442393;REFB=-0.027226;REVB=0.0442311;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408741;STB=0.523766;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0367553;OID=.;OPOS=74072851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:6:6:6:5:6:6 chr17 74076415 . G A 127.54 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0388045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6887;QD=15.4597;RBI=0.0392991;REFB=-0.0323102;REVB=-0.00621547;RO=18;SAF=12;SAR=2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214561;STB=0.636153;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0309293;OID=.;OPOS=74076415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:14:15:0.454545:2:12:13:5:2:13:13:5 chr17 74077797 . C T 303.2 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0159874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.995;QD=25.804;RBI=0.0160388;REFB=-0.00121801;REVB=0.00128304;RO=19;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177521;STB=0.607399;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000515154;OID=.;OPOS=74077797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:15:12:13:6:15:12:14:6 chr17 74080443 . C T 245.67 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0292751;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4999;QD=15.3546;RBI=0.0294098;REFB=-0.0042066;REVB=-0.00281189;RO=36;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715461;STB=0.540511;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00465269;OID=.;OPOS=74080443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:36:36:28:28:0.4375:16:12:18:18:16:12:18:18 chr17 74093941 . G T 335.21 PASS AF=0.433735;AO=30;DP=84;FAO=36;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00600984;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.376;QD=16.1547;RBI=0.0698316;REFB=-0.0278194;REVB=-0.0695725;RO=21;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21094;STB=0.560942;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.028979;OID=.;OPOS=74093941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:21:46:30:36:0.433735:12:18:18:3:18:18:18:28 chr17 74152366 . A G 265.38 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0442314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0298;QD=27.2188;RBI=0.0557406;REFB=0.0150762;REVB=-0.0339206;RO=15;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041004;STB=0.522659;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00867715;OID=.;OPOS=74152366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:11:13:9:6:11:13:9:6 chr17 74275160 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0595034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.756;QD=15.6255;RBI=0.0612989;REFB=-0.022754;REVB=0.0147273;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412186;STB=0.523781;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0138578;OID=.;OPOS=74275160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:6:11:14:9:6:11:14:9 chr17 74286082 . C T 242.32 PASS AF=0.575;AO=20;DP=37;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0376781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208;QD=24.232;RBI=0.0421848;REFB=-0.0282427;REVB=0.0189716;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291865;STB=0.62059;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0225232;OID=.;OPOS=74286082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:17:17:20:23:0.575:8:12:4:13:11:12:4:13 chr17 74286106 . C T 247.24 PASS AF=0.575;AO=21;DP=41;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0310582;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0811;QD=24.7238;RBI=0.0352137;REFB=-0.0011051;REVB=-0.0165949;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11202;STB=0.578881;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0015938;OID=.;OPOS=74286106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:17:17:21:23:0.575:12:9:5:12:12:11:5:12 chr17 74287204 . C G 166.33 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0506443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.572;QD=14.7845;RBI=0.050902;REFB=-0.0115601;REVB=0.00511495;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576169;STB=0.533296;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0218343;OID=.;OPOS=74287204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:9:9:12:15:9:9:12:15 chr17 74287389 . T C 151.36 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00654154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.164;QD=20.1819;RBI=0.00693349;REFB=-0.0158715;REVB=-0.00229816;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885829;STB=0.533292;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0222375;OID=.;OPOS=74287389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:14:15:16:0.533333:7:8:6:8:8:8:6:8 chr17 74287594 . G A 242.25 PASS AF=0.575;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00600055;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2612;QD=24.225;RBI=0.0171512;REFB=-0.00119435;REVB=0.0160672;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585855;STB=0.540446;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00150748;OID=.;OPOS=74287594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:22:23:0.575:10:12:8:9:10:13:8:9 chr17 74289500 . G A 49.07 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.03364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.003;QD=14.0202;RBI=0.0607771;REFB=-0.0261467;REVB=0.0506182;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32405;STB=0.705362;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0587871;OID=.;OPOS=74289500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:13:14:7:7:6:7:0.5:3:3:6:1:4:3:6:1 chr17 74289705 . A G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00165804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.983;QD=17.2296;RBI=0.105766;REFB=-0.0180124;REVB=-0.105753;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21129;STB=0.624664;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.000906513;OID=.;OPOS=74289705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:3:3:2:6:3:3 chr17 74289839 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00846989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.591;QD=17.9406;RBI=0.0272893;REFB=0.00684915;REVB=0.0259416;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250898;STB=0.642708;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00574998;OID=.;OPOS=74289839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:8:14:7:12:8:14 chr17 74289875 . C T 210.78 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0961222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3946;QD=14.0521;RBI=0.105555;REFB=-0.00055149;REVB=0.0436164;RO=35;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341133;STB=0.694181;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00417905;OID=.;OPOS=74289875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:8:17:12:23:8:17:12:23 chr17 74289908 . A G 232.41 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.00881799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.322;QD=12.5629;RBI=0.0254249;REFB=0.00492633;REVB=-0.0238468;RO=46;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238513;STB=0.63627;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0121531;OID=.;OPOS=74289908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:12:16:16:30:12:16:16:30 chr17 74290097 . T A 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00607677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.048;QD=19.1559;RBI=0.0063663;REFB=-0.0194241;REVB=0.00189808;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092644;STB=0.552522;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0187095;OID=.;OPOS=74290097;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:8:13:12:11:8:13:12:11 chr17 74307737 . T C 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00921265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.082;QD=9.47552;RBI=0.020801;REFB=-0.00126804;REVB=0.0186497;RO=21;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348953;STB=0.715943;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00345411;OID=.;OPOS=74307737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:8:2:10:11:8:2:10:11 chr17 74383475 . T C 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0130813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.63;QD=21.7423;RBI=0.0199816;REFB=-0.0560947;REVB=-0.0151044;RO=11;SAF=10;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29491;STB=0.666444;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0425713;OID=.;OPOS=74383475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:5:10:3:8:5:10:3:8 chr17 74467017 . G C 209.26 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0170472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.804;QD=18.1961;RBI=0.0185676;REFB=-0.0136849;REVB=-0.00735872;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156291;STB=0.598232;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0236179;OID=.;OPOS=74467017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:25:20:21:0.456522:8:12:11:14:8:13:11:14 chr17 74475024 . G A 309.63 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607765;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.368;QD=51.605;RBI=0.125885;REFB=0;REVB=0.125738;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134451;OID=.;OPOS=74475024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:5:18:0:0:6:18:0:0 chr17 74475975 . C A 956.51 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.791;QD=58.8624;RBI=0.104565;REFB=0;REVB=0.0846473;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194035;OID=.;OPOS=74475975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:65:0:0:59:65:1:32:27:0:0:36:29:0:0 chr17 74540917 . A C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00113855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.058;QD=15.9167;RBI=0.00863371;REFB=-0.0286289;REVB=0.0085583;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121144;STB=0.569728;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0277313;OID=.;OPOS=74540917;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:5:10:7:6:5:10 chr17 74541137 . C T 53.22 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=21;FSRR=0;FWDB=-0.00425799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.158;QD=7.3404;RBI=0.00425799;REFB=0.00525995;REVB=0;RO=17;SAF=8;SAR=0;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0331127;OID=.;OPOS=74541137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:17:21:8:8:0.275862:0:8:17:0:0:8:21:0 chr17 74541171 . T C 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.0104946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.249;QD=13.7537;RBI=0.0447696;REFB=-0.011889;REVB=-0.0435222;RO=23;SAF=12;SAR=3;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124079;STB=0.571342;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0212728;OID=.;OPOS=74541171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:3:12:20:3:3:12:20:3 chr17 74555106 . T C 206.18 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0144442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.658;QD=16.8308;RBI=0.0823809;REFB=-0.0316668;REVB=0.0811048;RO=28;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667315;STB=0.547898;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.048103;OID=.;OPOS=74555106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:28:20:21:0.428571:14:6:10:18:15:6:10:18 chr17 74622774 . T C 310.9 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0209938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2118;QD=13.9732;RBI=0.0210122;REFB=-0.00745535;REVB=-0.000880642;RO=54;SAF=23;SAR=12;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154349;STB=0.588104;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00716419;OID=.;OPOS=74622774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:12:23:28:26:12:23:28:26 chr17 74625686 . A G 465.27 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00476732;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.539;QD=21.6403;RBI=0.0945495;REFB=-0.0174426;REVB=-0.0944292;RO=41;SAF=24;SAR=21;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16464;STB=0.59073;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0121252;OID=.;OPOS=74625686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:41:41:45:45:0.523256:21:24:14:27:21:24:14:27 chr17 74625715 . T C 419.34 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0159528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.456;QD=20.2092;RBI=0.0207443;REFB=-0.0202096;REVB=-0.0132603;RO=41;SAF=23;SAR=19;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182154;STB=0.600748;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0247319;OID=.;OPOS=74625715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:19:23:14:27:19:23:14:27 chr17 74652491 . T C 101.42 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0166433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.981;QD=6.87614;RBI=0.0181569;REFB=-0.000442682;REVB=0.00725764;RO=44;SAF=7;SAR=8;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403865;STB=0.524854;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.000813207;OID=.;OPOS=74652491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:44:44:15:15:0.254237:8:7:22:22:8:7:22:22 chr17 74652501 . AT TA 62.16 PASS AF=0.160714;AO=6;DP=53;FAO=9;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.000457873;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.668;QD=4.43984;RBI=0.00502882;REFB=-0.00901076;REVB=-0.00500794;RO=42;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.649015;STBP=0.341;TYPE=mnp;VARB=0.0954337;OID=.;OPOS=74652501;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:56:42:43:6:9:0.160714:3:3:21:21:6:3:22:21 chr17 74732507 . A G 669.31 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1071;QD=62.2616;RBI=0.013871;REFB=0;REVB=0.0122845;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135748;OID=.;OPOS=74732507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:25:17:0:0:26:17:0:0 chr17 74733099 . G A 3821.16 PASS AF=1;AO=239;DP=242;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354167;FXX=0.0123452;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.455;QD=63.6861;RBI=0.060875;REFB=0;REVB=0.0495119;RO=0;SAF=105;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38088e-05;OID=.;OPOS=74733099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:242:240:0:0:239:240:1:134:105:0:0:134:106:0:0 chr17 74878259 . G A 714.29 PASS AF=0.503597;AO=69;DP=139;FAO=70;FDP=139;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.00364279;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.515;QD=20.555;RBI=0.0467927;REFB=-0.0215283;REVB=0.0466507;RO=69;SAF=31;SAR=38;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534814;STB=0.526077;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0209787;OID=.;OPOS=74878259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:69:69:69:70:0.503597:38:31:27:42:39:31:27:42 chr17 74922706 . C T 882.76 PASS AF=0.514925;AO=65;DP=135;FAO=69;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.012399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0565;QD=26.3511;RBI=0.0532825;REFB=0.0389298;REVB=0.0518198;RO=38;SAF=33;SAR=32;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946934;STB=0.544573;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0101118;OID=.;OPOS=74922706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:38:40:65:69:0.514925:32:33:14:24:33:36:16:24 chr17 74928758 . C T 126.32 PASS AF=0.441176;AO=16;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0211292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.816;QD=14.8613;RBI=0.0343657;REFB=-0.0208491;REVB=-0.0271028;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102025;STB=0.502509;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0292336;OID=.;OPOS=74928758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:16:15:0.441176:11:5:4:14:11:4:5:14 chr17 74936576 . G A 274.47 PASS AF=0.455882;AO=24;DP=71;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0258011;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8021;QD=16.1452;RBI=0.0408535;REFB=-0.0132747;REVB=0.0316752;RO=28;SAF=6;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329132;STB=0.626686;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0345728;OID=.;OPOS=74936576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:68:28:37:24:31:0.455882:18:6:16:12:19:12:23:14 chr17 74942478 . C T 275.17 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.0165187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.426;QD=13.1034;RBI=0.016795;REFB=-0.00835295;REVB=0.00303347;RO=52;SAF=12;SAR=20;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565083;STB=0.532238;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.014237;OID=.;OPOS=74942478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:20:12:17:35:20:12:17:35 chr17 75158213 . T G 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00376246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.365;QD=19.4776;RBI=0.0100892;REFB=-0.0190392;REVB=-0.00936135;RO=42;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967329;STB=0.505374;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0265411;OID=.;OPOS=75158213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:23:18:18:24:23:18:18:24 chr17 75158261 . C G 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.046;QD=58.7806;RBI=0.026122;REFB=0;REVB=-0.0241251;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120083;OID=.;OPOS=75158261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr17 75190846 . A C 784.82 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.477;QD=57.0777;RBI=0.0345715;REFB=0;REVB=0.0281567;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152192;OID=.;OPOS=75190846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:27:26:0:0:29:26:0:0 chr17 75190962 . C T 193.91 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.109776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.443;QD=16.862;RBI=0.109842;REFB=-0.0178437;REVB=0.00381983;RO=26;SAF=2;SAR=18;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474805;STB=0.779652;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00869339;OID=.;OPOS=75190962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:18:2:11:15:18:2:11:15 chr17 75303298 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.328;QD=57.7124;RBI=0.0197075;REFB=0;REVB=0.00265015;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31556e-05;OID=.;OPOS=75303298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr17 75478481 . C T 906.17 PASS AF=0.930556;AO=65;DP=71;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0453009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.463;QD=50.3427;RBI=0.0482182;REFB=-0.0840542;REVB=-0.0165174;RO=4;SAF=28;SAR=37;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628378;STB=0.53845;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000587172;OID=.;OPOS=75478481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:71:72:4:5:65:67:0.930556:37:28:4:0:37:30:5:0 chr17 75494705 . A G 919.99 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.836;QD=58.4122;RBI=0.0431354;REFB=0;REVB=0.042748;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173467;OID=.;OPOS=75494705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:61:63:1:40:21:0:0:40:23:0:0 chr17 75495065 . T C 151.58 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313081;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.922;QD=46.64;RBI=0.00328769;REFB=0;REVB=-0.00100345;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798433;OID=.;OPOS=75495065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr17 75495397 . T C,G 257.17 PASS AF=0.863636,0.0909091;AO=19,2;DP=21;FAO=19,2;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=7,1;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0488923,-0.023535;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=100.724,17.1927;QD=46.7586;RBI=0.0585986,0.0286629;REFB=-0.16367,-0.101113;REVB=-0.0323008,-0.0163606;RO=0;SAF=7,1;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.519979,0.665164;STBP=0.53,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=0.0166173,0.0138137;OID=.,.;OPOS=75495397,75495397;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:21:22:0:1:19,2:19,2:0.863636,0.0909091:12,1:7,1:0:0:12,1:7,1:0:1 chr17 75548687 . G A 185.99 PASS AF=0.416667;AO=18;DP=46;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0280262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8619;QD=15.4994;RBI=0.0610609;REFB=-0.012835;REVB=-0.0542491;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150511;STB=0.555265;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0140467;OID=.;OPOS=75548687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:28:28:18:20:0.416667:9:9:18:10:9:11:18:10 chr17 75558676 . A T 43.45 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0918382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.062;QD=21.7264;RBI=0.113669;REFB=-0.0342353;REVB=0.0669801;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215133;STB=0.624607;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0378264;OID=.;OPOS=75558676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:0:2:3:3:0:2 chr17 75559019 . C T 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.856;QD=59.4318;RBI=0.00686303;REFB=0;REVB=0.00554105;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86868e-05;OID=.;OPOS=75559019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr17 76060866 . C G 736.48 PASS AF=0.5;AO=72;DP=144;FAO=72;FDP=144;FR=.;FRO=72;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.00571128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5696;QD=20.4577;RBI=0.0146594;REFB=0.00634361;REVB=-0.0135011;RO=71;SAF=43;SAR=29;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10821;STB=0.556455;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00706938;OID=.;OPOS=76060866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:71:72:72:72:0.5:29:43:34:37:29:43:35:37 chr17 76060954 . A C 492.58 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0051331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0254;QD=17.4365;RBI=0.0255215;REFB=-0.00317868;REVB=-0.0249999;RO=60;SAF=26;SAR=27;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885081;STB=0.549165;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00245349;OID=.;OPOS=76060954;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:27:26:35:25:27:26:35:25 chr17 76063047 . A G 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0549095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9445;QD=8.30756;RBI=0.0761269;REFB=0.00203161;REVB=0.0527281;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450262;STB=0.777113;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=6.85462e-05;OID=.;OPOS=76063047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:6:2:12:6:6:2:12:6 chr17 76093866 . T C 221.33 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0199065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4804;QD=16.3947;RBI=0.0638213;REFB=-0.0202513;REVB=-0.0606374;RO=28;SAF=6;SAR=19;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127283;STB=0.501013;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0272355;OID=.;OPOS=76093866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:29:25:25:0.462963:19:6:7:21:19:6:7:22 chr17 76105731 . C T 319.94 PASS AF=0.353982;AO=40;DP=113;FAO=40;FDP=113;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.00540865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.859;QD=11.3251;RBI=0.0114474;REFB=-0.00504511;REVB=-0.0100891;RO=72;SAF=25;SAR=15;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127651;STB=0.578192;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0115621;OID=.;OPOS=76105731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:72:73:40:40:0.353982:15:25:37:35:15:25:37:36 chr17 76105754 . G A 367.23 PASS AF=0.37931;AO=43;DP=117;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0268811;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.73;QD=12.6632;RBI=0.0296676;REFB=-0.0155533;REVB=0.0125528;RO=71;SAF=25;SAR=18;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667852;STB=0.539918;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0273885;OID=.;OPOS=76105754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:71:72:43:44:0.37931:18:25:37:34:18:26:38:34 chr17 76130575 . A T 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00815772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.107;QD=12.8728;RBI=0.0413388;REFB=-0.00932135;REVB=-0.0405259;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217277;STB=0.625887;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0338977;OID=.;OPOS=76130575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:8:11:12:20:8:11:12:20 chr17 76131070 . G A 224.27 PASS AF=0.391304;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00926201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1049;QD=13.0011;RBI=0.0385318;REFB=-0.0170514;REVB=0.0374021;RO=42;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102501;STB=0.546891;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0346249;OID=.;OPOS=76131070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:42:42:26:27:0.391304:13:13:17:25:14:13:17:25 chr17 76134828 . C A 193.26 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=-0.0808388;FXX=0.0526177;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.15;QD=21.4734;RBI=0.0808668;REFB=-0.0300304;REVB=0.00212642;RO=16;SAF=1;SAR=18;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384794;STB=0.51427;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0176823;OID=.;OPOS=76134828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:16:17:19:19:0.527778:18:1:1:15:18:1:1:16 chr17 76142461 . C T 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.014438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.905;QD=26.3129;RBI=0.0144839;REFB=-0.0155869;REVB=0.00115262;RO=12;SAF=13;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106975;STB=0.559542;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0126743;OID=.;OPOS=76142461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:7:13:6:6:7:13:6:6 chr17 76143009 . G A 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0040646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.935;QD=24.127;RBI=0.0126965;REFB=-0.0268037;REVB=0.0120283;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112978;STB=0.506322;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0171608;OID=.;OPOS=76143009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:6:5:8:9:6:5 chr17 76157266 . T C 187.41 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0148835;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.638;QD=15.9494;RBI=0.0153663;REFB=0.00256045;REVB=-0.0038215;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115914;STB=0.578984;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00630601;OID=.;OPOS=76157266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:26:27:20:20:0.425532:13:7:12:14:13:7:13:14 chr17 76167047 . C T 282.31 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0816181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0953;QD=12.409;RBI=0.0866304;REFB=0.000622208;REVB=-0.0290397;RO=58;SAF=18;SAR=15;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126342;STB=0.572521;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000138259;OID=.;OPOS=76167047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:58:33:33:0.362637:15:18:25:33:15:18:25:33 chr17 76187108 . G C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00584849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.219;QD=15.3789;RBI=0.0299133;REFB=-0.0180803;REVB=0.029336;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066069;STB=0.524957;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0236727;OID=.;OPOS=76187108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:14:12:12:0.461538:9:3:4:9:9:3:4:10 chr17 76188753 . C A 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0106465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.441;QD=13.7739;RBI=0.0107119;REFB=-0.0148372;REVB=0.00118168;RO=31;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139019;STB=0.580702;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0226134;OID=.;OPOS=76188753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:14:6:13:18:14:6:13:18 chr17 76210367 . G C 770.07 PASS AF=0.622807;AO=70;DP=111;FAO=71;FDP=114;FR=.;FRO=43;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0303655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1855;QD=27.0199;RBI=0.0613669;REFB=-0.0169575;REVB=-0.0533276;RO=41;SAF=47;SAR=23;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151273;STB=0.587475;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00842269;OID=.;OPOS=76210367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:41:43:70:71:0.622807:23:47:19:22:24:47:19:24 chr17 76219591 . G A 728.92 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4296;QD=57.1701;RBI=0.0538301;REFB=0;REVB=0.0499034;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346005;OID=.;OPOS=76219591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr17 76267843 . G A 103.49 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0267955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4356;QD=18.8159;RBI=0.0311572;REFB=-0.0215112;REVB=-0.0158988;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144193;STB=0.583186;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.015842;OID=.;OPOS=76267843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:3:9:6:4:3:9:6:4 chr17 76367106 . G A 319.75 PASS AF=0.492754;AO=33;DP=68;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0104986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6668;QD=18.5363;RBI=0.0153713;REFB=-0.0182053;REVB=0.0112275;RO=35;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00241075;STB=0.506845;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0147121;OID=.;OPOS=76367106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:35:33:34:0.492754:18:15:16:19:18:16:16:19 chr17 76395430 . C T 1084.3 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00434895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0284;QD=58.6109;RBI=0.00539174;REFB=-0.0948989;REVB=0.00318708;RO=1;SAF=49;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009557;STB=0.505049;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.000842197;OID=.;OPOS=76395430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:24:49:1:0:24:49:1:0 chr17 76396845 . G A 352.18 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00282727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.928;QD=28.7495;RBI=0.007709;REFB=-0.00655748;REVB=0.00717184;RO=19;SAF=19;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390757;STB=0.521467;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00213459;OID=.;OPOS=76396845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:11:19:13:6:11:19:13:6 chr17 76421443 . G A 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.014341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3214;QD=19.0778;RBI=0.0162887;REFB=-0.0195473;REVB=0.00772373;RO=31;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142415;STB=0.507932;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0195455;OID=.;OPOS=76421443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:16:16:15:16:16:16:15:16 chr17 76423097 . G A 448.71 PASS AF=0.46875;AO=43;DP=94;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00497936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.052;QD=18.6961;RBI=0.022209;REFB=-0.000865507;REVB=0.0216436;RO=51;SAF=28;SAR=15;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854133;STB=0.529826;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00112475;OID=.;OPOS=76423097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:51:51:43:45:0.46875:15:28:29:22:17:28:29:22 chr17 76423151 . C T 287.64 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0186856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.334;QD=15.9801;RBI=0.0191769;REFB=-0.0111926;REVB=0.00431305;RO=38;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464098;STB=0.538505;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0152849;OID=.;OPOS=76423151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:40:32:32:0.444444:15:17:22:16:15:17:24:16 chr17 76433898 . TG CA,CG 413.72 PASS AF=0.433333,0.566667;AO=13,17;DP=30;FAO=13,17;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8,7;FSAR=5,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303806,0.0150943;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=153.184,155.863;QD=55.1627;RBI=0.0452592,0.037738;REFB=0,0;REVB=0.0335473,0.0345878;RO=0;SAF=8,7;SAR=5,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.60098e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00376376,0.00854884;OID=.,.;OPOS=76433898,76433898;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:30:30:0:0:13,17:13,17:0.433333,0.566667:5,10:8,7:0:0:5,10:8,7:0:0 chr17 76435291 . GTTTTTTTC GTTTTCTTC,GTTTTT,GTTTTTC,GTTTTTTC 233.31 PASS AF=0,0,0.545455,0.333333;AO=2,6,7,9;DP=32;FAO=0,0,18,11;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=0,0,11,2;FSAR=0,0,7,9;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0553744,-0.109905,-0.0475005,-0.0899625;FXX=0.0294031;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,3,2,1;MLLD=147.772,16.3692,16.3803,10.3972;QD=28.2803;RBI=0.0559048,0.134536,0.101085,0.192921;REFB=0.00954949,-0.00901302,-0.0519801,-0.0855879;REVB=-0.00768205,0.0775949,0.0892297,0.170661;RO=7;SAF=2,6,3,2;SAR=0,0,4,7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.577625,0.747681,-0.119504,-0.301282;STB=0.5,0.5,0.576842,0.749499;STBP=1,1,0.184,0.012;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0,0,0.0404714,0.0446505;OID=.,.,.,.;OPOS=76435296,76435297,76435292,76435292;OREF=T,TTC,TT,T;OALT=C,-,-,-;OMAPALT=GTTTTCTTC,GTTTTT,GTTTTTC,GTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.545455,0.333333:2,6,7,9:32:0,0,18,11:33:4:0,0,11,2:0,0,7,9:4:0:26:7:2,6,3,2:0,0,4,7:4:3 chr17 76451921 . A G 1007.76 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0285147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.336;QD=55.2198;RBI=0.0288335;REFB=-0.0381515;REVB=-0.00427574;RO=2;SAF=34;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000750534;STB=0.506268;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.000348551;OID=.;OPOS=76451921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:2:3:70:70:0.958904:36:34:1:1:36:34:1:2 chr17 76455218 . G A 754.68 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.791;QD=56.9571;RBI=0.0529756;REFB=0;REVB=0.0403939;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145539;OID=.;OPOS=76455218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:23:29:0:0:24:29:0:0 chr17 76462770 . G A 655.63 PASS AF=0.601942;AO=62;DP=103;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00781718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.62;QD=25.4613;RBI=0.0141208;REFB=-0.0395193;REVB=0.0117596;RO=41;SAF=29;SAR=33;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681444;STB=0.537077;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0212083;OID=.;OPOS=76462770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:41:41:62:62:0.601942:33:29:23:18:33:29:23:18 chr17 76468817 . G A 236.81 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00450464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4318;QD=26.3122;RBI=0.0836913;REFB=-0.0197498;REVB=0.08357;RO=14;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310262;STB=0.517226;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0160106;OID=.;OPOS=76468817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:7:15:9:5:7:15:9:5 chr17 76472768 . G A 274.6 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0142415;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.325;QD=17.716;RBI=0.0484015;REFB=-0.00390489;REVB=-0.0462589;RO=33;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966834;STB=0.564546;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00974708;OID=.;OPOS=76472768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:33:32:30:30:0.483871:13:17:22:11:13:17:22:10 chr17 76480966 . T C 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0130177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6745;QD=11.5973;RBI=0.0203562;REFB=0.0164657;REVB=-0.0156498;RO=21;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313907;STB=0.688192;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0348793;OID=.;OPOS=76480966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:9:3:11:10:9:3:11:10 chr17 76481693 . C G 322.84 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0336915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1871;QD=12.7859;RBI=0.0505782;REFB=0.0126554;REVB=0.0377231;RO=63;SAF=22;SAR=16;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197149;STB=0.612313;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0162427;OID=.;OPOS=76481693;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:63:63:38:38:0.376238:16:22:25:38:16:22:25:38 chr17 76482432 . A G 833.81 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0633;QD=57.5042;RBI=0.0265753;REFB=0;REVB=-0.0255888;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201157;OID=.;OPOS=76482432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:25:32:0:0:25:33:0:0 chr17 76491127 . TG CC 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276879;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=260.921;QD=62.7621;RBI=0.00974485;REFB=0;REVB=-0.00934323;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.19277e-05;OID=.;OPOS=76491127;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr17 76496492 . A G 2226.61 PASS AF=1;AO=122;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.558;QD=62.2829;RBI=0.0576449;REFB=0;REVB=0.0466571;RO=0;SAF=44;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011932;OID=.;OPOS=76496492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:122:143:1:78:44:0:0:88:55:0:0 chr17 76497920 . C A 320.94 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.102424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7852;QD=18.8789;RBI=0.104442;REFB=0.0157378;REVB=0.0204324;RO=34;SAF=21;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134555;STB=0.575044;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.0143112;OID=.;OPOS=76497920;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:13:21:16:18:13:21:16:18 chr17 76498346 . CCTT C 148.76 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=64;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.000203567;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=3;MLLD=260.277;QD=9.59741;RBI=0.0127757;REFB=-0.00360039;REVB=0.0127741;RO=36;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173543;STB=0.630471;STBP=0.096;TYPE=del;VARB=0.00511904;OID=.;OPOS=76498347;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403226:24:64:25:62:37:10:15:23:14:99:36:10:14:21:15 chr17 76498393 . A G 150.46 PASS AF=0.28125;AO=15;DP=67;FAO=18;FDP=64;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=42;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00488772;FXX=0.0985777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.202;QD=9.40358;RBI=0.0123734;REFB=0.00119892;REVB=-0.0113671;RO=20;SAF=2;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496346;STB=0.780908;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0241334;OID=.;OPOS=76498393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:64:20:42:15:18:0.28125:13:2:11:9:15:3:22:20 chr17 76498406 . A G 248.98 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0214158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.948;QD=11.8559;RBI=0.0272092;REFB=0.00323805;REVB=0.0167841;RO=54;SAF=11;SAR=19;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11124;STB=0.564313;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.00434397;OID=.;OPOS=76498406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:54:30:30:0.357143:19:11:25:29:19:11:25:29 chr17 76498692 . C T 836.88 PASS AF=1;AO=52;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412117;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.701;QD=57.716;RBI=0.0413812;REFB=0;REVB=-0.00374171;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016526;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230514;OID=.;OPOS=76498692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:1:0:52:58:1:24:28:1:0:25:33:0:0 chr17 76503593 . T C 601.45 PASS AF=0.561905;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0190134;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.634;QD=22.9122;RBI=0.0265303;REFB=0.0146099;REVB=0.0185026;RO=45;SAF=35;SAR=24;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204285;STB=0.6069;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00815988;OID=.;OPOS=76503593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:45:46:59:59:0.561905:24:35:15:30:24:35:16:30 chr17 76503624 . C T 345.51 PASS AF=0.375;AO=41;DP=111;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.00220939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.854;QD=12.3396;RBI=0.00459455;REFB=-0.0137301;REVB=-0.00402846;RO=69;SAF=18;SAR=23;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184823;STB=0.614556;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0263873;OID=.;OPOS=76503624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:69:70:41:42:0.375:23:18:42:27:24:18:43:27 chr17 76503678 . C A 280.02 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00114048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.781;QD=11.9159;RBI=0.00944195;REFB=-0.024195;REVB=-0.00937282;RO=61;SAF=14;SAR=19;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167269;STB=0.596355;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0288671;OID=.;OPOS=76503678;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:61:61:33:33:0.351064:19:14:35:26:19:14:35:26 chr17 76525565 . A G 253.79 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0106198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0164;QD=21.5994;RBI=0.0216039;REFB=0.00859416;REVB=-0.0188135;RO=23;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279866;STB=0.657011;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00906437;OID=.;OPOS=76525565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:16:8:15:8:16:8:15:8 chr17 76528591 . C T 154.9 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00949063;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.961;QD=14.0822;RBI=0.00949649;REFB=-0.00750699;REVB=-0.000333392;RO=27;SAF=13;SAR=4;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084144;STB=0.549235;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00960014;OID=.;OPOS=76528591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:27:27:17:17:0.386364:4:13:19:8:4:13:19:8 chr17 76528790 . A G 370.46 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.00243404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.955;QD=14.8183;RBI=0.0146349;REFB=-0.0169159;REVB=-0.0144311;RO=60;SAF=22;SAR=18;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175041;STB=0.598961;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0256577;OID=.;OPOS=76528790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:60:40:40:0.4:18:22:23:37:18:22:23:37 chr17 76529053 . A G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00667632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.975;QD=12.4824;RBI=0.0133705;REFB=-0.0149458;REVB=0.0115844;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979377;STB=0.55804;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0145759;OID=.;OPOS=76529053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:11:8:4:8:11:8 chr17 76533456 . G A 457.06 PASS AF=0.55;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.000573454;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9588;QD=22.8532;RBI=0.0178469;REFB=-0.0156215;REVB=0.0178377;RO=37;SAF=14;SAR=30;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127647;STB=0.57546;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.013721;OID=.;OPOS=76533456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:37:36:44:44:0.55:30:14:17:20:30:14:17:19 chr17 76535948 . T C 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00315996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.828;QD=17.5877;RBI=0.0159594;REFB=-0.0132355;REVB=0.0156434;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534818;STB=0.530391;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00982895;OID=.;OPOS=76535948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:13:9:10:18:13:9:10:18 chr17 76557862 . T C 1382.17 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381251;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.249;QD=62.8257;RBI=0.0181019;REFB=0;REVB=-0.0176958;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696213;OID=.;OPOS=76557862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:48:40:0:0:48:40:0:0 chr17 76567707 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6828;QD=62.9826;RBI=0.0202133;REFB=0;REVB=-0.0201037;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014251;OID=.;OPOS=76567707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr17 76670233 . C G 250.57 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00354694;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.928;QD=16.4308;RBI=0.00642894;REFB=-0.00394244;REVB=-0.00536195;RO=33;SAF=8;SAR=20;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150133;STB=0.585043;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00370579;OID=.;OPOS=76670233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:33:33:28:28:0.459016:20:8:14:19:20:8:14:19 chr17 76798548 . TTTTTTC T 67.04 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=21;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0160072;FXX=0.219459;HRUN=7;LEN=6;MLLD=195.706;QD=8.38031;RBI=0.0161707;REFB=-0.0203487;REVB=-0.00229373;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144541;STB=0.645683;STBP=0.266;TYPE=del;VARB=0.0322199;OID=.;OPOS=76798549;OREF=TTTTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375:10:21:11:32:21:3:8:10:11:67:6:3:7:3:3 chr17 76799795 . G A 524.45 PASS AF=0.3875;AO=62;DP=160;FAO=62;FDP=160;FR=.;FRO=98;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=-0.016077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.99;QD=13.1113;RBI=0.0220535;REFB=-0.0359284;REVB=0.0150959;RO=93;SAF=27;SAR=35;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142628;STB=0.576744;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0666871;OID=.;OPOS=76799795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:93:98:62:62:0.3875:35:27:53:40:35:27:55:43 chr17 76799860 . T C 550.15 PASS AF=0.4375;AO=43;DP=122;FAO=56;FDP=128;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=67;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-6.71727e-05;FXX=0.0303007;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.819;QD=17.1923;RBI=0.00802529;REFB=-0.0240323;REVB=-0.00802501;RO=47;SAF=15;SAR=28;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117873;STB=0.522585;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0120996;OID=.;OPOS=76799860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:128:47:67:43:56:0.4375:28:15:22:25:38:18:24:43 chr17 76799898 . A G 481.31 PASS AF=0.434426;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0137833;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.503;QD=15.7806;RBI=0.0151336;REFB=-0.0102274;REVB=-0.00624874;RO=69;SAF=19;SAR=34;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199746;STB=0.511189;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0139502;OID=.;OPOS=76799898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:69:69:53:53:0.434426:34:19:26:43:34:19:26:43 chr17 76814782 . G A 779.89 PASS AF=0.574803;AO=68;DP=124;FAO=73;FDP=127;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=0.0537414;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.679;QD=24.5634;RBI=0.0539896;REFB=-0.00958624;REVB=-0.00517018;RO=55;SAF=22;SAR=46;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00348969;STB=0.525433;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00940691;OID=.;OPOS=76814782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:55:54:68:73:0.574803:46:22:18:37:46:27:17:37 chr17 76817090 . C T 46.01 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0199397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.072;QD=9.20106;RBI=0.0511427;REFB=-0.028982;REVB=-0.0470955;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351603;STB=0.711799;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0276104;OID=.;OPOS=76817090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:3:10:3:4:3:10 chr17 76867017 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.173;QD=47.8217;RBI=0.0341749;REFB=0;REVB=0.034023;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441282;OID=.;OPOS=76867017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr17 76970879 . A G 1377.73 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.558;QD=62.6243;RBI=0.0191817;REFB=0;REVB=0.00443507;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53264e-05;OID=.;OPOS=76970879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:41:46:0:0:41:47:0:0 chr17 76988785 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0101135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.644;QD=10.5423;RBI=0.0106488;REFB=-0.0152049;REVB=0.00333395;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760866;STB=0.545372;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0151515;OID=.;OPOS=76988785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:19:21:11:11:0.34375:6:5:10:9:6:5:11:10 chr17 76989782 . G A 179.96 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0170724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.436;QD=11.0742;RBI=0.0288605;REFB=-0.00543088;REVB=-0.0232693;RO=42;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324809;STB=0.688933;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0175055;OID=.;OPOS=76989782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:7:16:17:25:7:16:17:25 chr17 76993546 . A G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.0333103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.499;QD=12.3288;RBI=0.0723334;REFB=-0.00917406;REVB=-0.0642071;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436168;STB=0.749642;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0359022;OID=.;OPOS=76993546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:15:2:6:5:15:2 chr17 77039835 . G A 141.96 PASS AF=0.390244;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0296012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8819;QD=13.8492;RBI=0.107995;REFB=0.00456488;REVB=0.103859;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12221;STB=0.598066;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00339003;OID=.;OPOS=77039835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:25:15:16:0.390244:8:7:14:10:9:7:15:10 chr17 77039852 . G A 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0271453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.056;QD=9.70495;RBI=0.0284455;REFB=-0.0291151;REVB=0.00850188;RO=37;SAF=8;SAR=10;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199567;STB=0.624866;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0547883;OID=.;OPOS=77039852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:38:18:18:0.321429:10:8:23:14:10:8:24:14 chr17 77040128 . T C 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.072495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.811;QD=24.0296;RBI=0.0725148;REFB=-0.0202677;REVB=-0.00169699;RO=9;SAF=2;SAR=13;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518115;STB=0.795465;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00656348;OID=.;OPOS=77040128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:13:2:7:2:13:2:7:2 chr17 77040185 . G C 43.67 PASS AF=0.75;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00952359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.162;QD=21.8343;RBI=0.0471507;REFB=-0.0200913;REVB=0.0461789;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.545299;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00677719;OID=.;OPOS=77040185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:8:2:2:5:6:0.75:3:2:1:1:4:2:1:1 chr17 77042718 . C T 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.00730735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.218;QD=12.3391;RBI=0.00734201;REFB=-0.00793984;REVB=-0.000712579;RO=39;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315935;STB=0.680168;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00936733;OID=.;OPOS=77042718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:10:14:11:28:10:14:11:28 chr17 77073566 . G A 488.38 PASS AF=0.46087;AO=52;DP=114;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0246781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.314;QD=16.9873;RBI=0.0248706;REFB=-0.00819433;REVB=0.00308802;RO=61;SAF=24;SAR=28;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135016;STB=0.508096;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00866862;OID=.;OPOS=77073566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:61:62:52:53:0.46087:28:24:29:32:29:24:29:33 chr17 77075670 . C T 198.98 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0306757;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.683;QD=11.37;RBI=0.0345756;REFB=0.00470067;REVB=0.0159521;RO=45;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070852;STB=0.540951;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0051978;OID=.;OPOS=77075670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:14:11:17:28:14:11:17:28 chr17 77075673 . A G 254.49 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=68;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=37;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00110961;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.844;QD=14.9702;RBI=0.0083851;REFB=-0.000926417;REVB=-0.00831135;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00907633;STB=0.533308;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00491728;OID=.;OPOS=77075673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:34:37:26:26:0.382353:14:12:16:18:14:12:15:22 chr17 77076440 . G T 414.29 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0353262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.449;QD=21.8048;RBI=0.0358513;REFB=-0.0156636;REVB=-0.00611362;RO=34;SAF=21;SAR=20;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870429;STB=0.540521;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0137716;OID=.;OPOS=77076440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:35:41:41:0.539474:20:21:21:13:20:21:21:14 chr17 77078109 . A G 400.05 PASS AF=0.451613;AO=39;DP=90;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0187217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.73;QD=17.2064;RBI=0.0214397;REFB=-0.0247455;REVB=0.010448;RO=45;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196732;STB=0.500775;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0280634;OID=.;OPOS=77078109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:45:51:39:42:0.451613:20:19:21:24:23:19:23:28 chr17 77086914 . TG GT,TGT 60.79 PASS AF=0.0222222,0.377778;AO=3,5;DP=45;FAO=1,17;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=1,7;FSAR=0,10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0660205,0.154317;FXX=0;HRUN=8,7;LEN=2,1;MLLD=11.0565,7.20856;QD=5.40397;RBI=0.0660249,0.202067;REFB=-0.0710173,-0.124616;REVB=-0.000768026,-0.130451;RO=22;SAF=2,1;SAR=1,4;SRF=17;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.144656,-0.599887;STB=0.988118,0.609951;STBP=0.492,0.277;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.00894148,0.123839;OID=.,.;OPOS=77086914,77086916;OREF=TG,-;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:45:45:22:27:3,5:1,17:0.0222222,0.377778:1,4:2,1:17:5:0,10:1,7:16:11 chr17 77087005 . C CA 287.69 PASS AF=0.464789;AO=26;DP=73;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0125255;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=224.087;QD=16.2076;RBI=0.01275;REFB=-0.00502145;REVB=-0.00238207;RO=43;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291339;STB=0.534226;STBP=0.6;TYPE=ins;VARB=0.00465588;OID=.;OPOS=77087006;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464789:26:73:33:71:38:16:17:16:22:99:43:12:14:21:22 chr17 77093768 . T C 233.16 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=0.0122962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.2376;QD=13.715;RBI=0.137279;REFB=-0.00904512;REVB=-0.136727;RO=37;SAF=7;SAR=20;SRF=5;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183324;STB=0.58558;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0200786;OID=.;OPOS=77093768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:37:40:27:28:0.411765:20:7:5:32:20:8:7:33 chr17 77758484 . G A 350.02 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00758301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.107;QD=17.7226;RBI=0.0119599;REFB=-0.0185214;REVB=0.00924858;RO=42;SAF=17;SAR=19;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117814;STB=0.557648;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0190963;OID=.;OPOS=77758484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:36:37:0.468354:19:17:25:17:19:18:25:17 chr17 77758691 . G A 545.96 PASS AF=0.518519;AO=55;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0238379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3488;QD=20.2207;RBI=0.0239378;REFB=-0.0157307;REVB=0.00218418;RO=51;SAF=27;SAR=28;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119107;STB=0.555536;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0110591;OID=.;OPOS=77758691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:52:55:56:0.518519:28:27:32:19:28:28:32:20 chr17 77768654 . C A 324.48 PASS AF=0.338843;AO=40;DP=122;FAO=41;FDP=121;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.00179447;FXX=0.0162588;HRUN=8;LEN=1;MLLD=279.723;QD=10.7266;RBI=0.00526929;REFB=-0.00702572;REVB=-0.00495432;RO=69;SAF=24;SAR=16;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882668;STB=0.515482;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0130097;OID=.;OPOS=77768654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:69:80:40:41:0.338843:16:24:36:33:17:24:45:35 chr17 77772068 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0323889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.603;QD=12.9748;RBI=0.0360419;REFB=-0.0320105;REVB=0.0158107;RO=18;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172661;STB=0.603257;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0429902;OID=.;OPOS=77772068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:10:2:5:13:10:2:5:13 chr17 78013724 . G C 657.55 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.074;QD=59.7769;RBI=0.0431478;REFB=-0.0292802;REVB=0.0295042;RO=1;SAF=27;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170778;STB=0.509087;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000504483;OID=.;OPOS=78013724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:16:27:1:0:16:27:1:0 chr17 78022378 . C G 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00253833;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.499;QD=5.78807;RBI=0.0149723;REFB=-0.00105256;REVB=-0.0147555;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110511;STB=0.603481;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00451687;OID=.;OPOS=78022378;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:21:23:7:7:0.233333:4:3:11:10:4:3:13:10 chr17 78055758 . T G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00591054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.597;QD=6.81348;RBI=0.00942133;REFB=0.00120939;REVB=0.00733669;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113243;STB=0.585974;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00331348;OID=.;OPOS=78055758;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:18:19:7:7:0.269231:3:4:12:6:3:4:13:6 chr17 78063957 . A G 180.47 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0328489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.559;QD=9.25497;RBI=0.0329327;REFB=-0.0193478;REVB=-0.00234832;RO=52;SAF=10;SAR=14;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119645;STB=0.558141;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0380764;OID=.;OPOS=78063957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:54:24:24:0.307692:14:10:27:25:14:10:27:27 chr17 78063964 . A G 138.18 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00852023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2909;QD=7.36972;RBI=0.0504507;REFB=-0.00763563;REVB=-0.0497261;RO=55;SAF=7;SAR=13;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174998;STB=0.606202;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0162501;OID=.;OPOS=78063964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:55:55:20:20:0.266667:13:7:27:28:13:7:27:28 chr17 78063966 . A G 138.26 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.05145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.783;QD=7.3736;RBI=0.0526754;REFB=-0.0204039;REVB=-0.0112954;RO=55;SAF=7;SAR=13;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174998;STB=0.606202;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0737105;OID=.;OPOS=78063966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:55:55:20:20:0.266667:13:7:27:28:13:7:27:28 chr17 78063996 . A G 83.19 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00724128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5291;QD=5.63974;RBI=0.01953;REFB=-0.0207364;REVB=-0.0181379;RO=46;SAF=4;SAR=9;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291481;STB=0.684753;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0652852;OID=.;OPOS=78063996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:46:46:13:13:0.220339:9:4:25:21:9:4:25:21 chr17 78071052 . T C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.593;QD=64.1521;RBI=0.00909181;REFB=0;REVB=0.00238955;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07215e-05;OID=.;OPOS=78071052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:17:32:0:0:17:32:0:0 chr17 78073355 . A G 342.48 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.027472;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1289;QD=21.0757;RBI=0.0696255;REFB=-0.00779255;REVB=-0.0639766;RO=30;SAF=16;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200363;STB=0.511085;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00439727;OID=.;OPOS=78073355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:30:30:35:35:0.538462:19:16:13:17:19:16:13:17 chr17 78073562 . A G 107.49 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0146536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.937;QD=12.646;RBI=0.0182353;REFB=-0.00955702;REVB=-0.0108534;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24777;STB=0.673286;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0132018;OID=.;OPOS=78073562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:21:12:13:0.382353:9:3:8:9:10:3:10:11 chr17 78078709 . T C 1549.24 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.407;QD=63.886;RBI=0.0182111;REFB=0;REVB=0.00918834;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30647e-05;OID=.;OPOS=78078709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr17 78079597 . A G 803.78 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0723592;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2165;QD=57.4131;RBI=0.0723693;REFB=0;REVB=0.0012141;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000588079;OID=.;OPOS=78079597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr17 78079669 . G A 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.849;QD=59.8338;RBI=0.047049;REFB=0;REVB=0.0457919;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210797;OID=.;OPOS=78079669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr17 78082504 . G A 1573.31 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0068135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.434;QD=58.8154;RBI=0.00945619;REFB=0.0418188;REVB=0.00655711;RO=1;SAF=45;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010429;STB=0.505493;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.000121918;OID=.;OPOS=78082504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:107:1:1:105:106:0.990654:60:45:1:0:61:45:1:0 chr17 78084769 . G A 395.4 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00450136;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.526;QD=20.2767;RBI=0.0301735;REFB=-0.0313162;REVB=-0.0298358;RO=37;SAF=27;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769479;STB=0.551382;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0241156;OID=.;OPOS=78084769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:38:40:40:0.512821:13:27:22:15:13:27:22:16 chr17 78091405 . G A 1607.75 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.166;QD=64.31;RBI=0.0209593;REFB=0;REVB=0.0208985;RO=0;SAF=34;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47619e-05;OID=.;OPOS=78091405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:65:34:0:0:66:34:0:0 chr17 78092063 . G A 246.57 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0396659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=338.354;QD=46.9662;RBI=0.0550825;REFB=-0.119242;REVB=0.0382191;RO=1;SAF=17;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026357;STB=0.514272;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.000603799;OID=.;OPOS=78092063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:3:17:1:0:3:17:1:0 chr17 78092473 . G C 244.1 PASS AF=0.5;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0273044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.365;QD=18.7771;RBI=0.0273056;REFB=-0.0143231;REVB=0.000254084;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107791;STB=0.557648;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0134509;OID=.;OPOS=78092473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:25:26:0.5:13:12:9:16:13:13:10:16 chr17 78113832 . G A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00721851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.879;QD=12.7911;RBI=0.00735092;REFB=-0.0155182;REVB=-0.00138893;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18878;STB=0.609611;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0199783;OID=.;OPOS=78113832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:6:8:17:6:6:8:17:6 chr17 78162170 . G A 362.66 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0270209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1895;QD=20.7236;RBI=0.0272082;REFB=-0.0161438;REVB=0.00318667;RO=33;SAF=20;SAR=17;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475045;STB=0.526302;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00821233;OID=.;OPOS=78162170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:17:20:16:17:17:20:16:17 chr17 78171944 . G C 171.22 PASS AF=0.44186;AO=15;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0193835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.2886;QD=15.9273;RBI=0.0784974;REFB=-0.0331698;REVB=0.0760665;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244146;STB=0.631571;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0423172;OID=.;OPOS=78171944;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:15:19:0.44186:10:5:13:10:13:6:13:11 chr17 78178893 . C T 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0829364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2128;QD=20.2096;RBI=0.095387;REFB=-0.0254173;REVB=0.0471194;RO=10;SAF=2;SAR=11;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848985;STB=0.547876;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0272982;OID=.;OPOS=78178893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:11:2:1:9:11:2:1:9 chr17 78184393 . C T 734.53 PASS AF=0.478261;AO=77;DP=163;FAO=77;FDP=161;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.0286591;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7577;QD=18.2491;RBI=0.0304405;REFB=0.00123725;REVB=-0.0102605;RO=84;SAF=37;SAR=40;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605519;STB=0.533444;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00224923;OID=.;OPOS=78184393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:161:84:84:77:77:0.478261:40:37:35:49:40:37:35:49 chr17 78187954 . A G 98.56 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00763442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.976;QD=14.0793;RBI=0.00987867;REFB=-0.0263609;REVB=-0.00626927;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565967;STB=0.562399;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0311677;OID=.;OPOS=78187954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:16:16:11:12:0.428571:4:7:11:5:5:7:11:5 chr17 78219065 . C A 180.67 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.012597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.726;QD=16.0592;RBI=0.0244721;REFB=0.00752012;REVB=0.020981;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118019;STB=0.568049;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.015787;OID=.;OPOS=78219065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:13:6:11:15:13:6:11:15 chr17 78293189 . A T 318.92 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.016976;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.393;QD=15.3694;RBI=0.0202268;REFB=-0.0090119;REVB=-0.0109972;RO=46;SAF=13;SAR=22;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111219;STB=0.576443;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0132973;OID=.;OPOS=78293189;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:46:48:35:35:0.421687:22:13:22:24:22:13:24:24 chr17 78298938 . A G 955.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7369;QD=58.7759;RBI=0.0601734;REFB=0;REVB=-0.0338576;RO=0;SAF=16;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68993e-05;OID=.;OPOS=78298938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:49:16:0:0:49:16:0:0 chr17 78302157 . C A 232.73 PASS AF=0.41791;AO=25;DP=65;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00769528;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.058;QD=13.8943;RBI=0.0150301;REFB=-0.0170818;REVB=0.0129108;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00762778;STB=0.513359;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.024494;OID=.;OPOS=78302157;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:39:39:25:28:0.41791:13:12:19:20:15:13:19:20 chr17 78306280 . A G 140.82 PASS AF=0.652174;AO=13;DP=21;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.183813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3743;QD=24.4899;RBI=0.189453;REFB=-0.0167958;REVB=0.0458828;RO=6;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207161;STB=0.578841;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0192831;OID=.;OPOS=78306280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:21:23:6:8:13:15:0.652174:6:7:1:5:6:9:3:5 chr17 78311508 . G A 119.56 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.013068;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7116;QD=12.2622;RBI=0.0361083;REFB=-0.0140939;REVB=0.0336606;RO=25;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933857;STB=0.555473;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0424391;OID=.;OPOS=78311508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:25:25:14:14:0.358974:10:4:9:16:10:4:9:16 chr17 78319136 . G A 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0117293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.143;QD=9.53621;RBI=0.0562005;REFB=-0.00746863;REVB=-0.0549629;RO=26;SAF=10;SAR=2;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116427;STB=0.563267;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0153573;OID=.;OPOS=78319136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:26:27:12:12:0.307692:2:10:20:6:2:10:21:6 chr17 78319380 . G C 327.45 PASS AF=0.380952;AO=39;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.025688;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2658;QD=12.4742;RBI=0.02763;REFB=0.0149223;REVB=0.0101759;RO=65;SAF=19;SAR=20;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112983;STB=0.556381;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0246107;OID=.;OPOS=78319380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:65:39:40:0.380952:20:19:25:40:21:19:25:40 chr17 78327358 . G A 282.27 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=10;FWDB=-0.0232714;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.198;QD=14.4755;RBI=0.0237786;REFB=-0.0364971;REVB=0.00488506;RO=47;SAF=21;SAR=10;SRF=36;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112702;STB=0.587029;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0497312;OID=.;OPOS=78327358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:46:31:32:0.410256:10:21:36:11:11:21:36:10 chr17 78354661 . C T 156.77 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00437701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.344;QD=16.9483;RBI=0.00591867;REFB=-0.023737;REVB=-0.00398402;RO=20;SAF=12;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617758;STB=0.503812;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0304219;OID=.;OPOS=78354661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:16:17:0.459459:4:12:14:6:5:12:14:6 chr17 78401588 . G T 196.04 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0133347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6933;QD=19.6044;RBI=0.0179939;REFB=-0.0136985;REVB=0.0120816;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884614;STB=0.54995;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00957681;OID=.;OPOS=78401588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:11:9:11:9:11:9 chr17 78444658 . T C,G 509.17 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=2,33;DP=35;FAO=2,33;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121383,-0.0357819;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.376,87.6297;QD=58.1907;RBI=0.0168005,0.0482429;REFB=0,0;REVB=0.0116154,0.032358;RO=0;SAF=2,20;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.82173e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.071608,-0.008591;OID=.,.;OPOS=78444658,78444658;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:0:0:2,33:2,33:0.0571429,0.942857:0,13:2,20:0:0:0,13:2,20:0:0 chr17 78445702 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.685;QD=58.061;RBI=0.0194788;REFB=0;REVB=0.00451962;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53366e-05;OID=.;OPOS=78445702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:40:21:0:0:40:21:0:0 chr17 78820329 . C T 379.8 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0454263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.337;QD=14.894;RBI=0.045606;REFB=-0.0180012;REVB=0.00404452;RO=59;SAF=22;SAR=21;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841114;STB=0.547303;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.020269;OID=.;OPOS=78820329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:43:43:0.421569:21:22:35:24:21:22:35:24 chr17 78854223 . A G 83.17 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0122568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9473;QD=9.50501;RBI=0.0698993;REFB=0.00350715;REVB=-0.0688163;RO=24;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354125;STB=0.715392;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0139065;OID=.;OPOS=78854223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:8:3:14:10:8:3:14:10 chr17 78896529 . C T 184.71 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=31;FWDB=0.11139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.528;QD=12.1122;RBI=0.111506;REFB=-0.00724838;REVB=0.00508689;RO=36;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420738;STB=0.747481;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0164187;OID=.;OPOS=78896529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:38:23:23:0.377049:9:14:7:29:9:14:7:31 chr17 78919558 . C T 643.16 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.0167463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.694;QD=18.2456;RBI=0.0305528;REFB=-0.00362595;REVB=0.0255546;RO=75;SAF=31;SAR=35;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111813;STB=0.56196;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00357914;OID=.;OPOS=78919558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:75:75:66:66:0.468085:35:31:44:31:35:31:44:31 chr17 78921117 . C T 262.88 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0020409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0592;QD=12.6689;RBI=0.0405771;REFB=-0.0143772;REVB=-0.0405257;RO=50;SAF=14;SAR=17;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20131;STB=0.613129;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0192663;OID=.;OPOS=78921117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:52:31:31:0.373494:17:14:32:18:17:14:33:19 chr17 78935197 . C T 406.68 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0432492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.001;QD=17.4916;RBI=0.0579466;REFB=-0.0126053;REVB=-0.0385657;RO=50;SAF=24;SAR=18;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700062;STB=0.534145;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0166441;OID=.;OPOS=78935197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:51:42:42:0.451613:18:24:25:25:18:24:26:25 chr17 79004893 . G A 500.55 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0322679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.6622;QD=24.4169;RBI=0.0333468;REFB=0.00882894;REVB=-0.00841406;RO=35;SAF=25;SAR=22;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855932;STB=0.50469;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00979269;OID=.;OPOS=79004893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:35:47:47:0.573171:22:25:19:16:22:25:19:16 chr17 79006850 . T C 333.68 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0129991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.285;QD=19.3438;RBI=0.0196267;REFB=-0.0190111;REVB=0.0147048;RO=34;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277134;STB=0.506021;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.017372;OID=.;OPOS=79006850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:34:34:35:0.507246:13:21:20:14:14:21:20:14 chr17 79006900 . G A 540.21 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0445723;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.252;QD=21.8266;RBI=0.0589127;REFB=-0.0177317;REVB=0.038523;RO=45;SAF=19;SAR=32;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064186;STB=0.533098;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0200709;OID=.;OPOS=79006900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:48:51:51:0.515152:32:19:20:25:32:19:21:27 chr17 79089590 . A G 258.11 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0276521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.289;QD=16.388;RBI=0.0276525;REFB=0.00013154;REVB=-0.000154875;RO=32;SAF=18;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115749;STB=0.566882;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.000272743;OID=.;OPOS=79089590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:32:34:29:29:0.460317:11:18:16:16:11:18:17:17 chr17 79091103 . G T 121.97 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0174831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.935;QD=15.246;RBI=0.0215749;REFB=0.00773898;REVB=-0.0126419;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350135;STB=0.660139;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00994501;OID=.;OPOS=79091103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:18:13:14:0.4375:10:3:10:8:10:4:10:8 chr17 79095144 . G A 567.15 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.987;QD=59.7004;RBI=0.0559951;REFB=0;REVB=0.0213742;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120503;OID=.;OPOS=79095144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:17:21:0:0 chr17 79139473 . C G 66.32 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00361224;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.807;QD=12.0587;RBI=0.00618444;REFB=-0.00746976;REVB=-0.00501987;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242158;STB=0.643262;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0103091;OID=.;OPOS=79139473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:4:9:4:5:4:9 chr17 79140505 . C G 173.74 PASS AF=0.354167;AO=14;DP=49;FAO=17;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0207587;FXX=0.020404;HRUN=7;LEN=1;MLLD=112.621;QD=14.4784;RBI=0.0611525;REFB=-0.0254096;REVB=-0.0575214;RO=30;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238185;STB=0.668231;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0339952;OID=.;OPOS=79140505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:30:29:14:17:0.354167:5:9:13:17:5:12:13:16 chr17 79152798 . G A 220.72 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=88;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=-0.00706209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.842;QD=10.0326;RBI=0.00781403;REFB=-0.00634071;REVB=-0.00334454;RO=59;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172592;STB=0.591775;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0161798;OID=.;OPOS=79152798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:60:28:28:0.318182:16:12:17:42:16:12:18:42 chr17 79163649 . G A 547.32 PASS AF=0.536842;AO=49;DP=94;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0133027;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.761;QD=23.0451;RBI=0.0260794;REFB=-0.0386093;REVB=0.0224315;RO=44;SAF=26;SAR=23;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127952;STB=0.516522;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0322955;OID=.;OPOS=79163649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:44:44:49:51:0.536842:23:26:24:20:25:26:24:20 chr17 79170576 . C T 419.39 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0825615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.626;QD=25.8085;RBI=0.0870598;REFB=-0.0518783;REVB=0.0276226;RO=25;SAF=16;SAR=24;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290982;STB=0.515916;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0291535;OID=.;OPOS=79170576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:24:16:11:14:24:16:11:14 chr17 79171967 . A G 560.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221095;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.382;QD=60.5527;RBI=0.0823249;REFB=0;REVB=-0.0793004;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293193;OID=.;OPOS=79171967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr17 79172711 . G A 238.94 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0387406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.8331;QD=22.7558;RBI=0.0557096;REFB=-0.0319265;REVB=-0.040034;RO=17;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510151;STB=0.549957;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0169388;OID=.;OPOS=79172711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:17:19:23:23:0.547619:12:11:7:10:12:11:7:12 chr17 79173184 . T C 393.21 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.873;QD=56.1732;RBI=0.0830441;REFB=0;REVB=0.0722031;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966379;OID=.;OPOS=79173184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr17 79173224 . T C,G 463.27 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=30,2;DP=33;FAO=30,3;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14,2;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00336804,-0.0198254;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.473,139.196;QD=56.1535;RBI=0.0203776,0.0287931;REFB=0,0;REVB=-0.0200973,-0.0208804;RO=0;SAF=14,1;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.56309e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=4.03309e-05,0.136047;OID=.,.;OPOS=79173224,79173224;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:33:33:0:0:30,2:30,3:0.909091,0.0909091:16,1:14,1:0:0:16,1:14,2:0:0 chr17 79174221 . T C 2105.69 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366547;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.274;QD=62.8563;RBI=0.0437433;REFB=0;REVB=0.0238728;RO=0;SAF=39;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113189;OID=.;OPOS=79174221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:133:134:1:94:39:0:0:95:39:0:0 chr17 79182778 . T C 195.08 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00292776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7922;QD=14.1874;RBI=0.0225012;REFB=0.0248054;REVB=-0.02231;RO=31;SAF=19;SAR=4;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214795;STB=0.618489;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.03411;OID=.;OPOS=79182778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:4:19:21:10:4:19:22:10 chr17 79205736 . G A 506.93 PASS AF=0.5;AO=48;DP=97;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0288071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3432;QD=20.6909;RBI=0.0351625;REFB=-0.0303108;REVB=0.0201631;RO=48;SAF=27;SAR=21;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970347;STB=0.562635;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0302357;OID=.;OPOS=79205736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:48:49:48:49:0.5:21:27:32:16:22:27:33:16 chr17 79206137 . G A 180.43 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00766541;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.488;QD=23.2808;RBI=0.0100542;REFB=-0.00894631;REVB=0.00650606;RO=12;SAF=14;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241378;STB=0.624849;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00535825;OID=.;OPOS=79206137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:13:18:18:0.580645:4:14:6:6:4:14:7:6 chr17 79219419 . TC CT 30.99 PASS AF=0.10101;AO=12;DP=101;FAO=10;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=88;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=32;FWDB=-0.073273;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=2;MLLD=22.239;QD=1.2522;RBI=0.103815;REFB=-0.0315074;REVB=-0.0735429;RO=56;SAF=5;SAR=7;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212211;STB=0.852327;STBP=0.033;TYPE=mnp;VARB=0.172223;OID=.;OPOS=79219419;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:101:99:56:88:12:10:0.10101:7:5:33:23:8:2:56:32 chr17 79220016 . T C 285.1 PASS AF=0.308943;AO=38;DP=122;FAO=38;FDP=123;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0318012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7633;QD=9.27153;RBI=0.0374188;REFB=-0.0159521;REVB=-0.0197192;RO=84;SAF=20;SAR=18;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590876;STB=0.530352;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0293267;OID=.;OPOS=79220016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:84:85:38:38:0.308943:18:20:40:44:18:20:41:44 chr17 79223847 . A G 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0421709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.102;QD=12.579;RBI=0.042276;REFB=-0.00768503;REVB=0.00297818;RO=31;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152422;STB=0.590053;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0235277;OID=.;OPOS=79223847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:12:5:13:18:12:5:13:18 chr17 79226362 . G A 307.19 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0444181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1823;QD=15.5541;RBI=0.0506137;REFB=-0.0118324;REVB=0.0242649;RO=45;SAF=16;SAR=18;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632526;STB=0.535693;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0420125;OID=.;OPOS=79226362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:18:16:24:21:18:16:24:21 chr17 79244802 . T C 632.62 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.249;QD=61.7192;RBI=0.0516599;REFB=0;REVB=-0.00613404;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15988e-05;OID=.;OPOS=79244802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:25:15:0:0:25:16:0:0 chr17 79255998 . G A 156.22 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0490888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8545;QD=15.6224;RBI=0.0943445;REFB=0.00295481;REVB=0.0805679;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876095;STB=0.563723;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000260294;OID=.;OPOS=79255998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:7:10:11:11:7:10:11:12 chr17 79279017 . C G 89.79 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0329928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4042;QD=14.9655;RBI=0.03371;REFB=-0.0228403;REVB=0.00691671;RO=12;SAF=9;SAR=1;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.643365;STB=0.817603;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0273505;OID=.;OPOS=79279017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:24:12:13:10:11:0.458333:1:9:3:9:2:9:3:10 chr17 79386952 . A G 64.81 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00297442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.069;QD=10.3694;RBI=0.0263536;REFB=-0.0174322;REVB=-0.0261852;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529345;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0258732;OID=.;OPOS=79386952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:6:3:5:10:6:3:6:10 chr17 79402514 . C T 54.99 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0785981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.851;QD=9.16417;RBI=0.0835461;REFB=-0.0193687;REVB=-0.0283247;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11411;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0522102;OID=.;OPOS=79402514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:24:15:16:7:8:0.333333:4:3:8:7:4:4:8:8 chr17 79414307 . A G 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0912751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.781;QD=47.8125;RBI=0.0915152;REFB=0;REVB=-0.00662552;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000802305;OID=.;OPOS=79414307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr17 79418770 . C T 340.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0795;QD=54.4751;RBI=0.0235111;REFB=0;REVB=0.0115519;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274982;OID=.;OPOS=79418770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:11:14:0:0 chr17 79424516 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7054;QD=47.8221;RBI=0.0176074;REFB=0;REVB=0.00279487;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037665;OID=.;OPOS=79424516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr17 79429852 . C T 1084.15 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00356605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.691;QD=58.6028;RBI=0.0124861;REFB=-0.0145909;REVB=0.011966;RO=1;SAF=50;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00936786;STB=0.504949;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.000134525;OID=.;OPOS=79429852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:23:50:1:0:23:50:1:0 chr17 79507107 . CGGG CCGG,CGG,GGGC 92.55 PASS AF=0.166667,0.266667,0;AO=7,4,2;DP=28;FAO=5,8,0;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=2,2,0;FSAR=3,6,0;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0655097,0.010579,-0.222868;FXX=0;HRUN=3,3,9;LEN=1,1,4;MLLD=22.8102,19.1351,25.9838;QD=12.3394;RBI=0.1805,0.0827465,0.289164;REFB=0.0145033,0.0296091,-0.0209755;REVB=0.168193,0.0820674,-0.184245;RO=14;SAF=2,1,2;SAR=5,3,0;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.168697,-0.220153,0.576453;STB=0.5996,0.701598,0.5;STBP=0.679,0.202,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0252417,-0.0293832,0;OID=.,.,.;OPOS=79507108,79507108,79507107;OREF=G,G,CGGG;OALT=C,-,GGGC;OMAPALT=CCGG,CGG,GGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:28:30:14:17:7,4,2:5,8,0:0.166667,0.266667,0:5,3,0:2,1,2:6:8:3,6,0:2,2,0:9:8 chr17 79507169 . CT C,CC 394.94 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=3,26;DP=30;FAO=1,28;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369935,-0.0422915;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.594,168.052;QD=54.4744;RBI=0.0527302,0.058269;REFB=0,0;REVB=0.037576,0.0400837;RO=0;SAF=0,11;SAR=3,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.114774,-0.000761452;OID=.,.;OPOS=79507170,79507170;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0344828,0.965517:3,26:30:1,28:29:0:1,11:0,17:0:0:5:0:0,11:3,15:0:0 chr17 79508400 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.295;QD=63.2863;RBI=0.0393448;REFB=0;REVB=0.0135222;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.03671e-05;OID=.;OPOS=79508400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr17 79511135 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.983;QD=60.9779;RBI=0.0216707;REFB=0;REVB=-0.017145;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79146e-05;OID=.;OPOS=79511135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr17 79514129 . G A 58.96 PASS AF=0.444444;AO=9;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0182535;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.387;QD=13.1018;RBI=0.167804;REFB=-0.0306757;REVB=-0.166809;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315978;STB=0.728476;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.043375;OID=.;OPOS=79514129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:17:18:8:10:9:8:0.444444:2:7:6:2:1:7:6:4 chr17 79514832 . G A 207.29 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00463496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.447;QD=24.387;RBI=0.0693595;REFB=0.00660797;REVB=0.0692045;RO=14;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895656;STB=0.54995;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00279259;OID=.;OPOS=79514832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:9:11:6:8:9:11:6:8 chr17 79514849 . C T 108.37 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00702169;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=114.946;QD=13.983;RBI=0.0119801;REFB=-0.00363712;REVB=0.00970658;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932572;STB=0.554372;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0175614;OID=.;OPOS=79514849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:10:8:7:6:10:8 chr17 79525118 . T G 116.65 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0251034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.612;QD=11.6653;RBI=0.0257057;REFB=-0.00797618;REVB=0.00553183;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28395;STB=0.666444;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0111338;OID=.;OPOS=79525118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:6:8:8:18:6:8:8:18 chr17 79526402 . G C 152.07 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00671434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.786;QD=15.5966;RBI=0.0138427;REFB=-0.0112936;REVB=-0.0121053;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149081;STB=0.550399;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0128026;OID=.;OPOS=79526402;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:22:16:17:0.435897:10:6:11:10:10:7:11:11 chr17 79540598 . T C 839.2 PASS AF=1;AO=48;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.4469;QD=56.895;RBI=0.0506225;REFB=0;REVB=0.047608;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167791;OID=.;OPOS=79540598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:48:59:1:30:18:0:0:35:24:0:0 chr17 79571637 . C G 329.52 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0121537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8264;QD=13.3139;RBI=0.0367127;REFB=-0.00375236;REVB=-0.0346426;RO=62;SAF=18;SAR=19;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738369;STB=0.542146;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00657281;OID=.;OPOS=79571637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:62:37:37:0.373737:19:18:26:36:19:18:26:36 chr17 79589242 . G A 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.188;QD=59.8292;RBI=0.029744;REFB=0;REVB=0.0205778;RO=0;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59844e-05;OID=.;OPOS=79589242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:47:56:0:0:47:56:0:0 chr17 79596811 . C T 723.45 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000517648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.711;QD=61.5704;RBI=0.0092106;REFB=0;REVB=0.00919604;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340648;OID=.;OPOS=79596811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:45:47:1:24:21:0:0:25:22:0:0 chr17 79609410 . G T 537.79 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.338;QD=59.7547;RBI=0.0168649;REFB=0;REVB=0.00286681;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69592e-05;OID=.;OPOS=79609410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:21:15:0:0 chr17 79612161 . C T 1194.35 PASS AF=0.921348;AO=82;DP=90;FAO=82;FDP=89;FR=.;FRO=7;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00634599;FXX=0.0111099;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.49;QD=53.6788;RBI=0.0236737;REFB=-0.120067;REVB=0.0228072;RO=7;SAF=44;SAR=38;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520457;STB=0.502756;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.000650576;OID=.;OPOS=79612161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:90:89:7:7:82:82:0.921348:38:44:4:3:38:44:4:3 chr17 79612333 . G A 386.95 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0190958;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.087;QD=53.3724;RBI=0.043561;REFB=-0.0429563;REVB=0.0391524;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538433;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00439862;OID=.;OPOS=79612333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:29:0:1:28:28:0.965517:22:6:0:0:22:6:1:0 chr17 79612382 . T C 188.39 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9202;QD=47.0982;RBI=0.0908082;REFB=0;REVB=0.0883394;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026816;OID=.;OPOS=79612382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr17 79612397 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0645667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5143;QD=48.7363;RBI=0.0671871;REFB=0;REVB=-0.0185807;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00187139;OID=.;OPOS=79612397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr17 79612413 . T C 223.11 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0966107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.558;QD=49.5799;RBI=0.096631;REFB=0;REVB=-0.00198017;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00163217;OID=.;OPOS=79612413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr17 79612442 . CT C,CC 491.16 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=6,27;DP=34;FAO=1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596595,0.00511068;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.656,186.031;QD=57.784;RBI=0.0753366,0.063564;REFB=0,0;REVB=0.0751,0.0633582;RO=0;SAF=1,18;SAR=5,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0514054,0.0026053;OID=.,.;OPOS=79612443,79612443;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0294118,0.970588:6,27:34:1,33:34:0:1,19:0,14:0:0:4:0:1,18:5,9:0:0 chr17 79614481 . A G 160.7 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.518;QD=45.9131;RBI=0.0394269;REFB=0;REVB=0.00221829;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458675;OID=.;OPOS=79614481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:5:7:0:0:5:9:0:0 chr17 79637349 . T C 2129.3 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021026;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.253;QD=63.0903;RBI=0.0231273;REFB=0;REVB=0.00963224;RO=0;SAF=49;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99536e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75526e-07;OID=.;OPOS=79637349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:135:0:0:135:135:1:86:49:0:0:86:49:0:0 chr17 79769466 . T C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.130534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.266;QD=16.4546;RBI=0.130816;REFB=-0.0136145;REVB=-0.00859235;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168827;STB=0.599679;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00224949;OID=.;OPOS=79769466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:1:3:3:3:1:3 chr17 79770740 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0355032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.461;QD=17.2298;RBI=0.0594091;REFB=-0.0265564;REVB=0.0476336;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946669;STB=0.555414;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0144206;OID=.;OPOS=79770740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:3:3:5:3:3:3 chr17 79803101 . A G 204.95 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0578609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1607;QD=15.7657;RBI=0.0644932;REFB=-0.0109942;REVB=-0.0284867;RO=29;SAF=18;SAR=5;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337283;STB=0.519214;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0217992;OID=.;OPOS=79803101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:5:18:22:7:5:18:22:7 chr17 79805134 . G A 277.99 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00867953;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.857;QD=20.592;RBI=0.00879014;REFB=0.00309182;REVB=-0.00139012;RO=25;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18727;STB=0.60399;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00371444;OID=.;OPOS=79805134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:25:29:29:0.537037:17:12:16:9:17:12:16:9 chr17 79818260 . G T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0109314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3849;QD=11.9534;RBI=0.0118556;REFB=-0.0351487;REVB=-0.00458918;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109376;STB=0.565062;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0277175;OID=.;OPOS=79818260;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:3:8:5:3:3:8 chr17 79825897 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00725514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.02;QD=56.1916;RBI=0.0510241;REFB=0;REVB=0.0505056;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195497;OID=.;OPOS=79825897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:6:22:0:0:6:22:0:0 chr17 79872241 . A G 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0375158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.028;QD=54.8831;RBI=0.0380069;REFB=-0.0616643;REVB=0.00609002;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017135;STB=0.509088;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000203822;OID=.;OPOS=79872241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:27:27:1:0:27:27:1:0 chr17 79880994 . CA AC,CAC 57.67 PASS AF=0.0232558,0.27907;AO=2,6;DP=43;FAO=1,12;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=1,9;FSAR=0,3;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0410226,-0.0333458;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=44.8597,35.7312;QD=5.36432;RBI=0.0413512,0.0689232;REFB=-0.0112615,-0.0172932;REVB=0.00520257,-0.0603197;RO=35;SAF=2,3;SAR=0,3;SRF=24;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.365577,-0.226802;STB=0.987394,0.599822;STBP=0.483,0.451;TYPE=mnp,ins;VARB=0.131756,0.147188;OID=.,.;OPOS=79880994,79880996;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:43:43:35:30:2,6:1,12:0.0232558,0.27907:0,3:2,3:24:11:0,3:1,9:19:11 chr17 79891147 . T C 888.67 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.727;QD=56.4233;RBI=0.0337952;REFB=-0.124143;REVB=0.0238975;RO=1;SAF=24;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019264;STB=0.510201;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0012864;OID=.;OPOS=79891147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:38:24:1:0:38:24:1:0 chr17 79899272 . A G 727.0 PASS AF=1;AO=35;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.5494;QD=55.9229;RBI=0.0942714;REFB=0;REVB=0.0714585;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316531;OID=.;OPOS=79899272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:35:52:1:12:23:0:0:23:29:0:0 chr17 79899283 . C T 228.17 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0110904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.137;QD=13.8285;RBI=0.0267071;REFB=-0.00559324;REVB=0.0242955;RO=34;SAF=17;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131258;STB=0.586142;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00759233;OID=.;OPOS=79899283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:39:27:27:0.409091:10:17:17:17:10:17:19:20 chr17 79899495 . G A 1086.91 PASS AF=0.938272;AO=75;DP=81;FAO=76;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.036435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.934;QD=53.6745;RBI=0.0384017;REFB=-0.0151728;REVB=0.0121318;RO=4;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629291;STB=0.527006;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000817874;OID=.;OPOS=79899495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:81:81:4:5:75:76:0.938272:28:47:0:4:29:47:1:4 chr17 79899698 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.244;QD=57.2026;RBI=0.0278219;REFB=0;REVB=0.025857;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124466;OID=.;OPOS=79899698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr17 79910602 . A AC 45.91 PASS AF=0.126126;AO=26;DP=116;FAO=14;FDP=111;FR=.;FRO=97;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=56;FSRR=41;FWDB=-0.00731826;FXX=0.0176975;HRUN=0;LEN=1;MLLD=153.385;QD=1.65438;RBI=0.0193704;REFB=-0.000546847;REVB=-0.0179347;RO=88;SAF=25;SAR=1;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.689444;STB=0.887147;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.0590929;OID=.;OPOS=79910603;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.126126:26:116:14:111:97:13:1:56:41:45:88:25:1:45:43 chr17 79954544 . T A 1388.39 PASS AF=0.988764;AO=77;DP=91;FAO=88;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138056;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.709;QD=62.3996;RBI=0.0587207;REFB=0;REVB=0.0570747;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197221;OID=.;OPOS=79954544;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:89:0:0:77:88:0.988764:49:28:0:0:55:33:0:0 chr17 79974731 . T C 727.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0645039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.963;QD=63.2471;RBI=0.0781097;REFB=0;REVB=0.0440497;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001236;OID=.;OPOS=79974731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:29:15:0:0:30:16:0:0 chr17 79976582 . G A 738.99 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00190499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0212;QD=54.7397;RBI=0.0539335;REFB=-0.0368582;REVB=0.0538999;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177765;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00128793;OID=.;OPOS=79976582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:26:27:0:1:26:27:0:1 chr17 79980756 . C A 402.11 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119658;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2344;QD=55.4628;RBI=0.166522;REFB=0;REVB=0.115808;RO=2;SAF=3;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113235;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00474794;OID=.;OPOS=79980756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:2:0:27:29:1:24:3:1:1:25:4:0:0 chr17 80006957 . A C 669.91 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3692;QD=62.3175;RBI=0.00894453;REFB=0;REVB=-0.00401743;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50305e-05;OID=.;OPOS=80006957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr17 80007887 . A G 1377.23 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4224;QD=62.6014;RBI=0.0395341;REFB=0;REVB=0.00109219;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284808;OID=.;OPOS=80007887;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:48:40:0:0:48:40:0:0 chr17 80008392 . G T 1636.96 PASS AF=0.982609;AO=103;DP=105;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.096429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4494;QD=56.9378;RBI=0.0968045;REFB=0.0134069;REVB=0.00851859;RO=2;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160794;STB=0.508332;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00655755;OID=.;OPOS=80008392;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:105:115:2:2:103:113:0.982609:58:45:0:2:59:54:0:2 chr17 80009155 . GT G,GC,GG 373.83 PASS AF=0.0714286,0.785714,0.142857;AO=4,21,3;DP=28;FAO=2,22,4;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17,4;FSAR=0,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124134,-0.014238,-0.0109119;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=114.676,70.994,116.352;QD=53.4047;RBI=0.0181069,0.0402529,0.0115979;REFB=0,0,0;REVB=-0.013182,-0.0376507,0.00392963;RO=0;SAF=4,16,3;SAR=0,5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.78933e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0429861,0.00457207,0.0312758;OID=.,.,.;OPOS=80009156,80009156,80009156;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0714286,0.785714,0.142857:4,21,3:28:2,22,4:28:0:2,17,4:0,5,0:0:0:15:0:4,16,3:0,5,0:0:0 chr17 80013235 . A G 1592.45 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00552813;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.949;QD=60.0925;RBI=0.00808434;REFB=0;REVB=-0.00589885;RO=0;SAF=39;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154577;OID=.;OPOS=80013235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:66:39:0:0:67:39:0:0 chr17 80013662 . C T 813.21 PASS AF=0.527397;AO=77;DP=142;FAO=77;FDP=146;FR=.;FRO=69;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=50;FSRR=19;FWDB=0.0121213;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.307;QD=22.2797;RBI=0.0226393;REFB=-0.0164432;REVB=-0.019121;RO=65;SAF=42;SAR=35;SRF=50;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193402;STB=0.586713;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0313757;OID=.;OPOS=80013662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:146:65:69:77:77:0.527397:35:42:50:15:35:42:50:19 chr17 80019183 . G A 200.84 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00489109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.809;QD=20.5992;RBI=0.0135413;REFB=-0.0250455;REVB=0.0126271;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206105;STB=0.511616;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0261464;OID=.;OPOS=80019183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:9:10:11:9:9:10 chr17 80039481 . G A 230.69 PASS AF=0.421875;AO=28;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0218736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8686;QD=14.4179;RBI=0.0575679;REFB=0.0089936;REVB=0.0532504;RO=36;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355488;STB=0.502895;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.010292;OID=.;OPOS=80039481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:37:28:27:0.421875:15:13:18:18:14:13:18:19 chr17 80040034 . A G 145.16 PASS AF=0.5;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0531572;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5716;QD=18.1455;RBI=0.0537882;REFB=-0.0632674;REVB=-0.00821448;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675673;STB=0.568884;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.100513;OID=.;OPOS=80040034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:15:16:0.5:10:5:4:11:10:6:4:12 chr17 80044211 . G A 430.58 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.0186484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2678;QD=20.0271;RBI=0.0376695;REFB=-0.0204401;REVB=0.0327297;RO=41;SAF=22;SAR=21;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214455;STB=0.627163;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0155193;OID=.;OPOS=80044211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:43:43:43:0.5:21:22:11:30:21:22:11:32 chr17 80051183 . A G 782.58 PASS AF=0.58871;AO=70;DP=122;FAO=73;FDP=124;FR=.;FRO=51;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00887337;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.579;QD=25.2445;RBI=0.0467973;REFB=0.0010603;REVB=-0.0459483;RO=51;SAF=43;SAR=27;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986387;STB=0.5598;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000617317;OID=.;OPOS=80051183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:51:51:70:73:0.58871:27:43:25:26:27:46:25:26 chr17 80059596 . T C 91.85 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.00277822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.63;QD=8.74804;RBI=0.0123828;REFB=-0.00401268;REVB=-0.0120671;RO=29;SAF=10;SAR=2;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776949;STB=0.576783;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.012662;OID=.;OPOS=80059596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:29:30:12:12:0.285714:2:10:23:6:2:10:23:7 chr17 80071244 . T C 114.03 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0158718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6899;QD=10.1359;RBI=0.0247114;REFB=0.00239491;REVB=-0.0189404;RO=31;SAF=5;SAR=9;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35518;STB=0.710964;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00654371;OID=.;OPOS=80071244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:9:5:21:10:9:5:21:10 chr17 80071450 . G A 187.98 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0187567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.924;QD=19.7868;RBI=0.0188919;REFB=-0.00675879;REVB=0.00225635;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467664;STB=0.526435;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00449003;OID=.;OPOS=80071450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:10:9:8:11:10:9:8:11 chr17 80085633 . A G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.00353715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.796;QD=13.2126;RBI=0.0190544;REFB=0.000400844;REVB=0.0187232;RO=22;SAF=12;SAR=2;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139991;STB=0.508185;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.000483446;OID=.;OPOS=80085633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:2:12:19:3:2:12:19:3 chr17 80085703 . G T 178.1 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=4;FWDB=0.0470404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.545;QD=14.8421;RBI=0.0608037;REFB=0.00259815;REVB=-0.0385265;RO=29;SAF=18;SAR=1;SRF=25;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294339;STB=0.676453;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00385526;OID=.;OPOS=80085703;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:1:18:25:4:1:18:25:4 chr17 80086386 . C T 474.79 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=39;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0258572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.76;QD=18.9914;RBI=0.0262362;REFB=-0.01227;REVB=0.00444317;RO=53;SAF=39;SAR=8;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330121;STB=0.686451;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0262851;OID=.;OPOS=80086386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:8:39:30:23:8:39:30:23 chr17 80086389 . C T 489.84 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=40;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0148444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.506;QD=19.5937;RBI=0.0293714;REFB=-0.00498124;REVB=0.0253441;RO=51;SAF=40;SAR=8;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328247;STB=0.691873;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00355387;OID=.;OPOS=80086389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:52:48:48:0.48:8:40:29:22:8:40:29:23 chr17 80086395 . T C 432.47 PASS AF=0.460784;AO=46;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=39;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0123638;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.396;QD=16.9594;RBI=0.0740185;REFB=-0.0229462;REVB=-0.0729785;RO=54;SAF=38;SAR=8;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354237;STB=0.70899;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0279014;OID=.;OPOS=80086395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:55:46:47:0.460784:8:38:29:25:8:39:29:26 chr17 80099639 . C A 196.92 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00221766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9242;QD=12.9131;RBI=0.034783;REFB=0.0164006;REVB=0.0347122;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149034;STB=0.585702;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.022856;OID=.;OPOS=80099639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:9:15:18:19:9:15:18:19 chr17 80103737 . T C 406.84 PASS AF=0.5;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=34;FWDB=0.0175875;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.668;QD=19.846;RBI=0.017766;REFB=-0.0123802;REVB=-0.00251224;RO=41;SAF=6;SAR=35;SRF=7;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423451;STB=0.523578;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0122193;OID=.;OPOS=80103737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:41:41:41:41:0.5:35:6:7:34:35:6:7:34 chr17 80136418 . C T 231.33 PASS AF=0.490909;AO=25;DP=53;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0592493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7374;QD=16.8238;RBI=0.0646399;REFB=-0.0377947;REVB=-0.0258426;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451088;STB=0.507687;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0896126;OID=.;OPOS=80136418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:28:28:25:27:0.490909:11:14:17:11:11:16:17:11 chr17 80151881 . G A 474.03 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=129;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.00896346;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.014;QD=14.8133;RBI=0.0162747;REFB=-0.0172034;REVB=0.0135839;RO=74;SAF=23;SAR=30;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151816;STB=0.588891;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.023722;OID=.;OPOS=80151881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:74:75:53:53:0.414062:30:23:43:31:30:23:44:31 chr17 80159566 . T C 651.93 PASS AF=0.909091;AO=52;DP=55;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0334088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1647;QD=47.4131;RBI=0.0381664;REFB=0.0224167;REVB=0.0184534;RO=3;SAF=27;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151567;STB=0.507286;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.0315906;OID=.;OPOS=80159566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:55:55:3:5:52:50:0.909091:25:27:2:1:24:26:3:2 chr17 80159665 . G A 133.36 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00233062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.286;QD=16.1648;RBI=0.014012;REFB=-0.00572069;REVB=0.0138168;RO=18;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212814;STB=0.578836;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0100328;OID=.;OPOS=80159665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:18:14:15:0.454545:11:3:7:11:11:4:7:11 chr17 80195582 . T C 414.77 PASS AF=0.885714;AO=31;DP=35;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00656486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.476;QD=47.4022;RBI=0.00895371;REFB=-0.0782952;REVB=-0.00608864;RO=4;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23044;STB=0.624911;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00607089;OID=.;OPOS=80195582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:35:35:4:4:31:31:0.885714:6:25:0:4:6:25:0:4 chr17 80280865 . G A 262.1 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0186889;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=134.812;QD=25.5705;RBI=0.0216083;REFB=-0.0181616;REVB=0.0108463;RO=17;SAF=12;SAR=12;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243313;STB=0.634043;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00567127;OID=.;OPOS=80280865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:12:12:3:14:12:12:3:14 chr17 80320561 . G A 245.06 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0264418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.652;QD=15.5595;RBI=0.0265819;REFB=-0.0337075;REVB=0.00272482;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546039;STB=0.547911;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0280905;OID=.;OPOS=80320561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:35:28:28:0.444444:16:12:16:17:16:12:18:17 chr17 80350331 . G A 676.57 PASS AF=0.507576;AO=66;DP=132;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0381516;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4139;QD=20.502;RBI=0.053578;REFB=-0.00919699;REVB=0.0376172;RO=65;SAF=30;SAR=36;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893196;STB=0.552331;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0085212;OID=.;OPOS=80350331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:65:65:66:67:0.507576:36:30:36:29:36:31:37:28 chr17 80373452 . C T 208.54 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00302414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6224;QD=13.9029;RBI=0.0143186;REFB=-0.0289867;REVB=0.0139956;RO=35;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350515;STB=0.519984;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0301945;OID=.;OPOS=80373452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:13:12:18:17:13:12:18:17 chr17 80377690 . T G 299.93 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00703104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6993;QD=30.762;RBI=0.0347595;REFB=-0.0166664;REVB=0.0340409;RO=13;SAF=14;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139368;STB=0.576412;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00999493;OID=.;OPOS=80377690;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:12:14:4:9:12:14:4:9 chr17 80382271 . T C 38.95 PASS AF=0.224138;AO=8;DP=59;FAO=13;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00837499;FXX=0.0169463;HRUN=5;LEN=1;MLLD=73.3598;QD=2.68645;RBI=0.0112929;REFB=-0.0106015;REVB=-0.00757554;RO=33;SAF=8;SAR=0;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.703769;STB=0.853256;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.200761;OID=.;OPOS=80382271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:59:58:33:45:8:13:0.224138:0:8:18:15:1:12:27:18 chr17 80391684 . A G 448.14 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0399017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.293;QD=17.5742;RBI=0.0468366;REFB=0.00288289;REVB=-0.0245259;RO=53;SAF=19;SAR=29;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094987;STB=0.545673;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00472651;OID=.;OPOS=80391684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:54:48:48:0.470588:29:19:16:37:29:19:17:37 chr17 80394530 . G T 79.59 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0164636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9238;QD=15.9186;RBI=0.096399;REFB=-0.0642687;REVB=0.0949827;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453193;STB=0.549901;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.045379;OID=.;OPOS=80394530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:20:20:9:10:10:10:0.5:5:5:5:4:5:5:6:4 chr17 80452592 . G C 92.14 PASS AF=0.55;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0471835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.02;QD=18.4289;RBI=0.0697162;REFB=-0.0441114;REVB=0.0513232;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453193;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0188334;OID=.;OPOS=80452592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:10:11:0.55:5:5:5:4:5:6:5:4 chr17 80614933 . T C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7792;QD=56.189;RBI=0.0248476;REFB=0;REVB=0.0160438;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.9508e-05;OID=.;OPOS=80614933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr17 80615040 . A C 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.013;QD=57.8834;RBI=0.0260011;REFB=0;REVB=-0.00187901;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.85783e-05;OID=.;OPOS=80615040;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr17 80615643 . G A 267.82 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0102254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.832;QD=22.7928;RBI=0.0543811;REFB=-0.00405614;REVB=0.0534111;RO=22;SAF=17;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270159;STB=0.500978;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00470396;OID=.;OPOS=80615643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:22:24:25:0.531915:7:17:15:7:8:17:15:7 chr17 80674643 . C G 310.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105216;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.34;QD=53.9627;RBI=0.0306697;REFB=0;REVB=-0.0288084;RO=0;SAF=22;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106386;OID=.;OPOS=80674643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:1:22:0:0:1:22:0:0 chr17 80696410 . A C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.766;QD=59.4356;RBI=0.0165806;REFB=0;REVB=0.0159099;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87412e-05;OID=.;OPOS=80696410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr17 80700592 . T C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.642;QD=58.9627;RBI=0.0346151;REFB=0;REVB=0.0196613;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57427e-05;OID=.;OPOS=80700592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr17 80706928 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0350935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.788;QD=16.9316;RBI=0.0450702;REFB=0.0160397;REVB=0.0282801;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245037;STB=0.642602;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0061901;OID=.;OPOS=80706928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:6:6:9:3:6:6 chr17 80708601 . C G 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0349811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.695;QD=14.7015;RBI=0.035053;REFB=-0.00341017;REVB=-0.00224418;RO=15;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229432;STB=0.636106;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00619838;OID=.;OPOS=80708601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:10:2:5:10:10:2:5:10 chr17 80788465 . T C 365.21 PASS AF=0.636364;AO=34;DP=54;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.00109694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.919;QD=26.5606;RBI=0.0332481;REFB=-0.00460088;REVB=-0.03323;RO=20;SAF=20;SAR=14;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190617;STB=0.606501;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00193956;OID=.;OPOS=80788465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:20:20:34:35:0.636364:14:20:17:3:15:20:17:3 chr17 80788492 . A G 338.15 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=1;FWDB=-0.0133255;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.618;QD=22.5434;RBI=0.0162166;REFB=-0.00817443;REVB=0.00924172;RO=26;SAF=23;SAR=11;SRF=25;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289069;STB=0.656641;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00554362;OID=.;OPOS=80788492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:11:23:25:1:11:23:25:1 chr17 80863857 . T C 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.915;QD=58.9612;RBI=0.0387731;REFB=0;REVB=0.00671097;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171367;OID=.;OPOS=80863857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr17 80887244 . T C 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.012367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.511;QD=19.3436;RBI=0.0140523;REFB=-0.0189136;REVB=0.00667263;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507894;STB=0.528814;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0181319;OID=.;OPOS=80887244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:11:7:8:10:11:7:8:10 chr17 80887451 . A G 331.44 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0103949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7107;QD=18.6726;RBI=0.0271711;REFB=-0.0181585;REVB=-0.025104;RO=35;SAF=15;SAR=20;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775422;STB=0.550578;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0140257;OID=.;OPOS=80887451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:36:35:35:0.492958:20:15:18:17:20:15:19:17 chr17 80895745 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.986;QD=58.6001;RBI=0.0407221;REFB=0;REVB=0.0290023;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142699;OID=.;OPOS=80895745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr17 80895769 . A G 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7802;QD=57.7092;RBI=0.0677976;REFB=0;REVB=-0.025686;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358527;OID=.;OPOS=80895769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr17 80895933 . A G 224.33 PASS AF=1;AO=13;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.101;QD=49.8508;RBI=0.0839782;REFB=0;REVB=0.0792392;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000844558;OID=.;OPOS=80895933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:13:18:1:10:3:0:0:15:3:0:0 chr17 80899281 . G A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00546006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.137;QD=21.1726;RBI=0.0407575;REFB=-0.00045285;REVB=-0.0403902;RO=8;SAF=11;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484843;STB=0.7851;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-7.42877e-05;OID=.;OPOS=80899281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:1:11:4:4:1:11:4:4 chr17 80904844 . C T 450.58 PASS AF=0.529412;AO=44;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0450572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.168;QD=21.2036;RBI=0.0473162;REFB=0.0028579;REVB=0.0144452;RO=39;SAF=24;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027924;STB=0.526304;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00225372;OID=.;OPOS=80904844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:40:44:45:0.529412:20:24:20:19:20:25:20:20 chr17 80992932 . A C 282.87 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0409884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0028;QD=14.8877;RBI=0.0425697;REFB=-0.0262149;REVB=-0.011495;RO=43;SAF=20;SAR=11;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695531;STB=0.52082;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0339988;OID=.;OPOS=80992932;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:31:32:0.421053:11:20:25:18:12:20:26:18 chr17 81006387 . G A 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00706578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0116;QD=14.1957;RBI=0.0597138;REFB=-0.0207503;REVB=-0.0592942;RO=32;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180564;STB=0.60368;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0221123;OID=.;OPOS=81006387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:16:7:15:17:16:7:15:17 chr17 81006629 . C T 399.01 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.026421;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.785;QD=17.5388;RBI=0.0275977;REFB=0.00244223;REVB=0.00797245;RO=50;SAF=20;SAR=21;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186163;STB=0.603725;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00438595;OID=.;OPOS=81006629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:50:50:41:41:0.450549:21:20:15:35:21:20:15:35 chr17 81050982 . G C 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0156703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.444;QD=14.6971;RBI=0.0157034;REFB=-0.0347746;REVB=-0.00101975;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760933;STB=0.527834;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0389269;OID=.;OPOS=81050982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:23:16:16:0.410256:9:7:8:14:9:7:9:14 chr18 47492 . G A 743.09 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0193623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.034;QD=59.447;RBI=0.0243029;REFB=0.0193601;REVB=0.0146878;RO=2;SAF=33;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162924;STB=0.508667;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.000335105;OID=.;OPOS=47492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:15:33:1:1:15:33:1:1 chr18 48104 . T C 54.5 PASS AF=0.139241;AO=11;DP=79;FAO=11;FDP=79;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.00904452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8376;QD=2.75932;RBI=0.054391;REFB=-0.00981879;REVB=0.0536337;RO=68;SAF=9;SAR=2;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353056;STB=0.753421;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0771103;OID=.;OPOS=48104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:79:79:68:68:11:11:0.139241:2:9:38:30:2:9:38:30 chr18 49034 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00428482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.274;QD=50.4135;RBI=0.0119536;REFB=0;REVB=-0.0111593;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73388e-05;OID=.;OPOS=49034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr18 49169 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.9;QD=49.5989;RBI=0.0368143;REFB=0;REVB=0.0321157;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349177;OID=.;OPOS=49169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr18 224131 . G A 208.94 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00464751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.303;QD=9.49745;RBI=0.0215659;REFB=-0.00751974;REVB=-0.0210592;RO=61;SAF=16;SAR=11;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175861;STB=0.603444;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0102928;OID=.;OPOS=224131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:61:61:27:27:0.306818:11:16:27:34:11:16:27:34 chr18 252559 . G A 725.91 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.457;QD=56.9338;RBI=0.0445784;REFB=0;REVB=0.0113522;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189299;OID=.;OPOS=252559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:21:29:0:0:21:30:0:0 chr18 319446 . C A 640.16 PASS AF=0.409091;AO=68;DP=172;FAO=72;FDP=176;FR=.;FRO=104;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=0.0694349;FXX=0.0056494;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5418;QD=14.5491;RBI=0.0838167;REFB=-0.0175641;REVB=0.0469471;RO=104;SAF=35;SAR=33;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057006;STB=0.547291;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0249373;OID=.;OPOS=319446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:176:104:104:68:72:0.409091:33:35:48:56:33:39:48:56 chr18 334742 . C T 280.91 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0360072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.64;QD=14.4059;RBI=0.037997;REFB=-0.00465444;REVB=0.0121347;RO=44;SAF=10;SAR=22;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591232;STB=0.551938;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00649186;OID=.;OPOS=334742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:46:32:32:0.410256:22:10:16:28:22:10:18:28 chr18 334758 . T C,G 1162.43 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=74,3;DP=78;FAO=75,3;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29,1;FSAR=46,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401779,-0.000665707;FXX=0.0126566;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.48,130.966;QD=59.6117;RBI=0.0391496,0.00578079;REFB=0,0;REVB=0.0389429,0.00574233;RO=0;SAF=29,1;SAR=45,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.97903e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00112136,0.058638;OID=.,.;OPOS=334758,334758;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:78:78:0:0:74,3:75,3:0.961538,0.0384615:45,2:29,1:0:0:46,2:29,1:0:0 chr18 334994 . A G 250.19 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.021642;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.116;QD=16.4056;RBI=0.0329068;REFB=-0.0241648;REVB=-0.0247887;RO=32;SAF=22;SAR=6;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485021;STB=0.501741;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.023655;OID=.;OPOS=334994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:32:33:28:28:0.459016:6:22:24:8:6:22:26:7 chr18 346821 . C T 499.75 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0146034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5281;QD=18.3395;RBI=0.0224118;REFB=-0.00158035;REVB=-0.0170009;RO=56;SAF=28;SAR=25;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235318;STB=0.513039;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00124919;OID=.;OPOS=346821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:56:53:53:0.486239:25:28:31:25:25:28:31:25 chr18 580623 . T C 317.23 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0150344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.817;QD=25.8961;RBI=0.0170838;REFB=0.00155994;REVB=-0.00811302;RO=20;SAF=20;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100073;STB=0.570417;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00120463;OID=.;OPOS=580623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:20:21:28:28:0.571429:8:20:12:8:8:20:12:9 chr18 581201 . T A 786.56 PASS AF=0.439153;AO=83;DP=190;FAO=83;FDP=189;FR=.;FRO=106;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=44;FSRR=62;FWDB=0.0552326;FXX=0.0156242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.538;QD=16.6468;RBI=0.0652178;REFB=0.00396663;REVB=0.0346803;RO=105;SAF=29;SAR=54;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748156;STB=0.539547;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0029519;OID=.;OPOS=581201;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:105:106:83:83:0.439153:54:29:44:61:54:29:44:62 chr18 581203 . TT GA 731.89 PASS AF=0.429348;AO=79;DP=185;FAO=79;FDP=184;FR=.;FRO=105;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=0.00574552;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=2;MLLD=182.529;QD=15.9107;RBI=0.00718477;REFB=-0.00849702;REVB=0.00431392;RO=105;SAF=31;SAR=48;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283519;STB=0.515829;STBP=0.749;TYPE=mnp;VARB=0.00966231;OID=.;OPOS=581203;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:105:105:79:79:0.429348:48:31:44:61:48:31:44:61 chr18 586736 . C T 263.52 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00686614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.159;QD=17.5677;RBI=0.0262475;REFB=-0.0194292;REVB=-0.0253335;RO=31;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604034;STB=0.533846;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0225548;OID=.;OPOS=586736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:14:15:14:17:14:15:14:17 chr18 658064 . G C 248.99 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0102376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.388;QD=11.8566;RBI=0.0256439;REFB=-0.0147117;REVB=-0.0235118;RO=54;SAF=17;SAR=13;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135781;STB=0.578271;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0252295;OID=.;OPOS=658064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:54:30:30:0.357143:13:17:24:30:13:17:24:30 chr18 674320 . A G 436.73 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0518341;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.125;QD=23.6069;RBI=0.0531296;REFB=0.0106678;REVB=-0.0116613;RO=32;SAF=21;SAR=21;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123132;STB=0.567536;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00815422;OID=.;OPOS=674320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:21:21:11:21:21:21:11:21 chr18 722355 . T G 264.79 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0106916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.059;QD=20.7681;RBI=0.0112816;REFB=-0.00904137;REVB=0.00360059;RO=24;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114445;STB=0.563829;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00681055;OID=.;OPOS=722355;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:11:16:11:13:11:16:11:13 chr18 722366 . T TG 233.24 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00963445;FXX=0.039208;HRUN=0;LEN=1;MLLD=245.624;QD=19.0403;RBI=0.011169;REFB=-0.0170389;REVB=-0.00565017;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139724;STB=0.595774;STBP=0.204;TYPE=ins;VARB=0.0149117;OID=.;OPOS=722367;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.489796:23:51:24:49:25:15:9:11:14:99:26:14:9:12:14 chr18 724612 . A G 465.43 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4092;QD=58.179;RBI=0.102715;REFB=0;REVB=0.1007;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237793;OID=.;OPOS=724612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:16:16:0:0 chr18 904766 . G C 269.39 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.735;QD=51.3126;RBI=0.0382519;REFB=0;REVB=0.0313511;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222975;OID=.;OPOS=904766;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:10:11:0:0 chr18 907675 . G A 940.97 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0415515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.708;QD=57.0282;RBI=0.0650441;REFB=-0.143521;REVB=0.050042;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125975;STB=0.506665;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00174902;OID=.;OPOS=907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:37:28:0:1:37:28:0:1 chr18 2538644 . G A 91.22 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0247019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4114;QD=17.3753;RBI=0.0435719;REFB=0.0249908;REVB=-0.0358933;RO=10;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430006;STB=0.75698;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0250756;OID=.;OPOS=2538644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:10:1:4:6:10:1:4:6 chr18 2539016 . C G 801.32 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0727;QD=57.2371;RBI=0.0902415;REFB=0;REVB=0.0858468;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517866;OID=.;OPOS=2539016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:19:36:0:0:19:37:0:0 chr18 2547500 . G T 300.75 PASS AF=0.5;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0037122;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.541;QD=18.7967;RBI=0.00470702;REFB=-0.0118961;REVB=0.00289407;RO=30;SAF=12;SAR=19;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011951;STB=0.516086;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0109182;OID=.;OPOS=2547500;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:30:32:31:32:0.5:19:12:12:18:19:13:14:18 chr18 2616457 . G C 702.0 PASS AF=0.418478;AO=77;DP=181;FAO=77;FDP=184;FR=.;FRO=107;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=67;FWDB=0.00412092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.796;QD=15.2608;RBI=0.0180276;REFB=-0.0145763;REVB=0.0175503;RO=102;SAF=29;SAR=48;SRF=38;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00443535;STB=0.50173;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0195047;OID=.;OPOS=2616457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:184:102:107:77:77:0.418478:48:29:38:64:48:29:40:67 chr18 2656248 . G C 145.75 PASS AF=0.75;AO=11;DP=24;FAO=15;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.244167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.776;QD=29.1492;RBI=0.245619;REFB=-0.0750827;REVB=0.0266697;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258248;STB=0.533289;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0258391;OID=.;OPOS=2656248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:24:20:9:5:11:15:0.75:7:4:3:6:7:8:2:3 chr18 2705700 . A G 417.78 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.022;QD=55.7037;RBI=0.00671269;REFB=0;REVB=0.00480075;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262683;OID=.;OPOS=2705700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:12:17:0:0:12:18:0:0 chr18 2707619 . G A 1509.2 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220173;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.846;QD=63.5452;RBI=0.0230959;REFB=0;REVB=0.00697556;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10908e-05;OID=.;OPOS=2707619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:95:0:0:94:95:1:47:47:0:0:47:48:0:0 chr18 2740714 . A G 918.92 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.435;QD=58.3442;RBI=0.0312054;REFB=0;REVB=0.0145381;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116301;OID=.;OPOS=2740714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:25:37:0:0:25:38:0:0 chr18 2750477 . A G 850.98 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.085213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2305;QD=57.6935;RBI=0.0908938;REFB=0;REVB=0.0316295;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000855217;OID=.;OPOS=2750477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:35:23:0:0:36:23:0:0 chr18 2774946 . C T 327.91 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0341548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.554;QD=20.4941;RBI=0.0362186;REFB=0.0032277;REVB=-0.0120514;RO=30;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.004624;OID=.;OPOS=2774946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:17:17:15:15:17:17:15:15 chr18 2778979 . G T 1344.17 PASS AF=0.967391;AO=88;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0675802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5487;QD=58.4421;RBI=0.0701994;REFB=0.0867369;REVB=0.0189967;RO=3;SAF=34;SAR=54;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183656;STB=0.509302;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00874669;OID=.;OPOS=2778979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:92:92:3:3:88:89:0.967391:54:34:2:1:54:35:2:1 chr18 2891847 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0431714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.987;QD=15.7843;RBI=0.0453421;REFB=-0.0211282;REVB=-0.0138614;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115907;STB=0.548319;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0247922;OID=.;OPOS=2891847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:7:7:6:10:7:7:7:10 chr18 2913431 . T C 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000553765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5022;QD=56.9346;RBI=0.0244174;REFB=0;REVB=0.0244111;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125928;OID=.;OPOS=2913431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr18 2914073 . TA T 48.67 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0636342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.5242;QD=8.84896;RBI=0.0701157;REFB=0.0156841;REVB=0.0294432;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912387;STB=0.581189;STBP=0.592;TYPE=del;VARB=-0.00548977;OID=.;OPOS=2914074;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:8:22:8:22:14:3:5:7:7:48:13:3:5:6:7 chr18 2920288 . G A 182.19 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0176599;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.454;QD=15.8429;RBI=0.0405449;REFB=-0.0153411;REVB=0.0364968;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122546;STB=0.517223;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0230592;OID=.;OPOS=2920288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:9:10:14:12:9:10:15:12 chr18 2946291 . C T 2121.55 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.984;QD=62.8608;RBI=0.0527423;REFB=0;REVB=-0.0510026;RO=0;SAF=64;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.26516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312325;OID=.;OPOS=2946291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:71:64:0:0:71:64:0:0 chr18 3025464 . A G 439.47 PASS AF=0.5;AO=43;DP=87;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.161215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.174;QD=19.9757;RBI=0.161254;REFB=-0.00418558;REVB=-0.00353998;RO=44;SAF=19;SAR=24;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516204;STB=0.534576;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00428011;OID=.;OPOS=3025464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:44:44:43:44:0.5:24:19:17:27:24:20:17:27 chr18 3067278 . A G 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00592583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.251;QD=18.4899;RBI=0.0734333;REFB=-0.0139248;REVB=-0.0731938;RO=26;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1344;STB=0.5764;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0169969;OID=.;OPOS=3067278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:8:14:13:13:8:14:13:13 chr18 3075503 . C CAAA 962.74 PASS AF=1;AO=61;DP=70;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00769095;FXX=0.0579626;HRUN=0;LEN=3;MLLD=263.388;QD=59.2456;RBI=0.0173812;REFB=0;REVB=0.015587;RO=5;SAF=34;SAR=27;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513163;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.74097e-05;OID=.;OPOS=3075504;OREF=-;OALT=AAA;OMAPALT=CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:70:65:65:0:38:27:0:0:5:5:34:27:1:4 chr18 3075712 . C A 191.64 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0101201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0304;QD=11.6146;RBI=0.0102926;REFB=-0.010078;REVB=-0.00187668;RO=42;SAF=7;SAR=17;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359656;STB=0.70816;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0141049;OID=.;OPOS=3075712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:17:7:26:16:17:7:26:16 chr18 3089522 . G T 286.45 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00624903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.071;QD=15.6959;RBI=0.00639757;REFB=-0.00873839;REVB=-0.00137059;RO=41;SAF=14;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122679;STB=0.569188;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00778156;OID=.;OPOS=3089522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:18:14:23:18:18:14:23:18 chr18 3126811 . A G 268.86 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0233786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.119;QD=10.5436;RBI=0.0234594;REFB=-0.0159696;REVB=-0.00194518;RO=68;SAF=14;SAR=20;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135609;STB=0.578657;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0246183;OID=.;OPOS=3126811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:68:68:34:34:0.333333:20:14:36:32:20:14:36:32 chr18 3126888 . T C 223.3 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.000453383;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.363;QD=12.2357;RBI=0.029583;REFB=-0.0017478;REVB=0.0295796;RO=43;SAF=9;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124019;STB=0.582461;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00215255;OID=.;OPOS=3126888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:43:46:27:27:0.369863:18:9:19:24:18:9:21:25 chr18 3168816 . G A 337.47 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00302159;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.603;QD=17.306;RBI=0.0234676;REFB=-0.020046;REVB=-0.0232723;RO=41;SAF=22;SAR=14;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16498;STB=0.598799;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0216675;OID=.;OPOS=3168816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:14:22:18:23:14:22:18:24 chr18 3173964 . G A 223.84 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00987523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9078;QD=19.4643;RBI=0.0200851;REFB=0.00165315;REVB=-0.0174897;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420867;STB=0.523788;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00182978;OID=.;OPOS=3173964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:10:12:12:12:10:12:12:12 chr18 3176040 . C G 823.76 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.92;QD=55.8484;RBI=0.0234897;REFB=-0.115624;REVB=0.0211414;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44481e-05;OID=.;OPOS=3176040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:0:0:58:59:1:33:25:0:0:34:25:0:0 chr18 3176063 . C T 359.27 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0453994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5992;QD=19.9593;RBI=0.0537002;REFB=-0.0236717;REVB=0.0286811;RO=35;SAF=14;SAR=23;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146814;STB=0.581564;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0232238;OID=.;OPOS=3176063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:23:14:19:16:23:14:19:16 chr18 3188976 . A G 2585.04 PASS AF=1;AO=165;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262791;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.161;QD=61.9172;RBI=0.0268314;REFB=0;REVB=0.00541625;RO=0;SAF=45;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90996e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.52436e-05;OID=.;OPOS=3188976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:167:0:0:165:167:1:120:45:0:0:121:46:0:0 chr18 3256112 . A G 161.14 PASS AF=0.37037;AO=19;DP=53;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00815487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.643;QD=11.936;RBI=0.0110765;REFB=-0.0163921;REVB=0.00749581;RO=34;SAF=3;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490935;STB=0.747701;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0201085;OID=.;OPOS=3256112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:34:19:20:0.37037:16:3:19:15:16:4:19:15 chr18 3571217 . T C 724.02 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0356445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.38;QD=54.6432;RBI=0.125582;REFB=0.0719105;REVB=0.120417;RO=1;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209274;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00011629;OID=.;OPOS=3571217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:22:30:0:1:22:30:0:1 chr18 3597864 . A G 310.45 PASS AF=0.551724;AO=31;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0220472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.167;QD=21.4105;RBI=0.02513;REFB=-0.00315657;REVB=0.0120598;RO=25;SAF=19;SAR=12;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294414;STB=0.658519;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00186003;OID=.;OPOS=3597864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:26:31:32:0.551724:12:19:6:19:13:19:6:20 chr18 5292030 . A G 1358.14 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0202;QD=62.4434;RBI=0.00321674;REFB=0;REVB=0.00272591;RO=0;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09119e-05;OID=.;OPOS=5292030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:33:54:0:0:33:54:0:0 chr18 5410574 . A G 386.76 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00343104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.19;QD=20.9058;RBI=0.0184724;REFB=-0.01844;REVB=-0.018151;RO=35;SAF=16;SAR=23;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345482;STB=0.519096;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0126073;OID=.;OPOS=5410574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:23:16:13:22:23:16:13:22 chr18 5416160 . T C 248.35 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0191995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.296;QD=13.9917;RBI=0.0312805;REFB=-0.0265043;REVB=-0.0246952;RO=42;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029198;STB=0.516623;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0552404;OID=.;OPOS=5416160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:16:13:20:22:16:13:20:22 chr18 5630531 . G A 1348.63 PASS AF=0.941176;AO=94;DP=105;FAO=96;FDP=102;FR=.;FRO=6;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.025266;FXX=0.0285687;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.891;QD=52.8874;RBI=0.0309976;REFB=-0.12573;REVB=0.0179578;RO=6;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516288;STB=0.527267;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00322476;OID=.;OPOS=5630531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:105:102:6:6:94:96:0.941176:52:42:0:6:52:44:0:6 chr18 5955911 . C G,T 600.95 PASS AF=0.05,0.95;AO=2,38;DP=40;FAO=2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2,12;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150326,-0.0768661;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.4298,113.717;QD=60.0951;RBI=0.0191872,0.0774044;REFB=0,0;REVB=-0.0119236,-0.00911317;RO=0;SAF=2,12;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.05056e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0819726,-0.000865477;OID=.,.;OPOS=5955911,5955911;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:0:2,38:2,38:0.05,0.95:0,26:2,12:0:0:0,26:2,12:0:0 chr18 5955932 . G A 428.84 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6478;QD=57.1781;RBI=0.137984;REFB=0;REVB=0.137517;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291712;OID=.;OPOS=5955932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr18 5956145 . T C 723.74 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.057;QD=61.5946;RBI=0.0450848;REFB=0;REVB=0.0267339;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349668;OID=.;OPOS=5956145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:17:27:0:0:17:30:0:0 chr18 5956238 . C T 1000.36 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0211048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.64;QD=56.3584;RBI=0.0213145;REFB=-0.152357;REVB=0.00298267;RO=2;SAF=49;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449444;STB=0.523803;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00188332;OID=.;OPOS=5956238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:20:49:0:2:20:49:0:2 chr18 5960165 . G A 2064.92 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.857;QD=62.5733;RBI=0.0138727;REFB=0;REVB=0.00434358;RO=0;SAF=67;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45421e-06;OID=.;OPOS=5960165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:65:67:0:0:65:67:0:0 chr18 6046717 . T C 579.49 PASS AF=0.42953;AO=64;DP=152;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.0110516;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4988;QD=15.5567;RBI=0.0253731;REFB=0.00113165;REVB=0.0228397;RO=84;SAF=30;SAR=34;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533336;STB=0.532759;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00181659;OID=.;OPOS=6046717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:149:84:85:64:64:0.42953:34:30:35:49:34:30:35:50 chr18 6455000 . C T 1062.29 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6942;QD=59.8475;RBI=0.035884;REFB=0;REVB=0.0164452;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263606;OID=.;OPOS=6455000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr18 6455037 . T C 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0028444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.464;QD=59.855;RBI=0.00595487;REFB=0;REVB=0.00523162;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10471e-06;OID=.;OPOS=6455037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr18 6588865 . T C 255.56 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0303098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0414;QD=29.2063;RBI=0.0308656;REFB=0.00535714;REVB=-0.00583114;RO=12;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100496;STB=0.555506;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.000845535;OID=.;OPOS=6588865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:15:8:6:6:15:8:6:6 chr18 6851058 . C G 403.35 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0126176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1234;QD=16.8062;RBI=0.0323809;REFB=-0.0203197;REVB=0.0298214;RO=53;SAF=17;SAR=25;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17881;STB=0.595193;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0309484;OID=.;OPOS=6851058;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:54:42:42:0.4375:25:17:31:22:25:17:31:23 chr18 6889973 . A G 242.42 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00343112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.557;QD=14.9181;RBI=0.0216745;REFB=-0.0191012;REVB=0.0214012;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145132;STB=0.573718;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0160616;OID=.;OPOS=6889973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:37:28:28:0.430769:13:15:14:22:13:15:15:22 chr18 6890434 . A G 190.29 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.014744;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.038;QD=14.6377;RBI=0.0147542;REFB=-0.00324077;REVB=0.000549584;RO=30;SAF=16;SAR=6;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11184;STB=0.564254;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00565413;OID=.;OPOS=6890434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:30:30:22:22:0.423077:6:16:19:11:6:16:19:11 chr18 6912143 . A C 554.23 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7254;QD=58.3403;RBI=0.0507727;REFB=0;REVB=-0.00479337;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148417;OID=.;OPOS=6912143;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:38:1:0:37:38:1:22:15:1:0:22:16:0:0 chr18 6928180 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.125;QD=53.2768;RBI=0.046016;REFB=0;REVB=-0.0416387;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202361;OID=.;OPOS=6928180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr18 6956504 . ACAGCTCCAGCTC A 96.04 PASS AF=0.227273;AO=13;DP=64;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0224778;FXX=0.0704126;HRUN=1;LEN=12;MLLD=334.739;QD=5.82044;RBI=0.0252336;REFB=-0.00270552;REVB=0.0114666;RO=42;SAF=10;SAR=3;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297941;STB=0.595613;STBP=0.402;TYPE=del;VARB=0.00927015;OID=.;OPOS=6956505;OREF=CAGCTCCAGCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.227273:13:64:15:66:51:10:5:28:23:96:42:10:3:23:19 chr18 6980523 . T C 1044.02 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00169927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.603;QD=55.6811;RBI=0.00271242;REFB=-0.102057;REVB=0.00211416;RO=2;SAF=38;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00142359;STB=0.505575;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.000429764;OID=.;OPOS=6980523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:75:2:3:72:72:0.96:34:38:1:1:34:38:2:1 chr18 6985631 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.312;QD=51.1844;RBI=0.0431886;REFB=0;REVB=0.0252517;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00074391;OID=.;OPOS=6985631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr18 6999628 . T C 212.02 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0277284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1363;QD=12.2911;RBI=0.0338474;REFB=-0.0129929;REVB=-0.0194109;RO=43;SAF=17;SAR=9;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232187;STB=0.633794;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0378554;OID=.;OPOS=6999628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:9:17:19:24:9:17:19:24 chr18 7567803 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.927;QD=43.4854;RBI=0.0502639;REFB=0;REVB=0.0269524;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526215;OID=.;OPOS=7567803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr18 8069868 . C T 560.61 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239402;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.54;QD=60.6062;RBI=0.0348935;REFB=0;REVB=0.0253855;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027967;OID=.;OPOS=8069868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr18 8387195 . G A 1589.56 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.304;QD=59.9833;RBI=0.0590939;REFB=0;REVB=0.0429818;RO=0;SAF=57;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147648;OID=.;OPOS=8387195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:47:57:0:0:47:59:0:0 chr18 8387219 . G C 1347.06 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0493219;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7599;QD=61.23;RBI=0.0493886;REFB=-0.06666;REVB=0.00256667;RO=1;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126337;STB=0.506665;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000364549;OID=.;OPOS=8387219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:88:1:1:87:87:0.988636:37:50:0:1:37:50:0:1 chr18 8471976 . A G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0130344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.977;QD=17.1563;RBI=0.0136575;REFB=0.0210609;REVB=-0.00407808;RO=20;SAF=2;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442827;STB=0.759997;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0245378;OID=.;OPOS=8471976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:15:2:9:11:15:2:9:11 chr18 8545736 . A G 423.19 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0132306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.056;QD=23.8417;RBI=0.0159746;REFB=-0.0407867;REVB=0.0089521;RO=29;SAF=19;SAR=22;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146674;STB=0.515499;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0270997;OID=.;OPOS=8545736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:29:30:41:41:0.577465:22:19:14:15:22:19:15:15 chr18 8545785 . A G 392.35 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00345132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8584;QD=27.533;RBI=0.0304422;REFB=-0.02099;REVB=-0.030246;RO=18;SAF=16;SAR=21;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612745;STB=0.54792;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.006489;OID=.;OPOS=8545785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:18:20:37:37:0.649123:21:16:6:12:21:16:6:14 chr18 8545823 . T C 445.93 PASS AF=0.714286;AO=35;DP=49;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00224129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5044;QD=36.4024;RBI=0.0397842;REFB=-0.0191899;REVB=-0.039721;RO=14;SAF=16;SAR=19;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917438;STB=0.549735;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00715951;OID=.;OPOS=8545823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:14:14:35:35:0.714286:19:16:4:10:19:16:4:10 chr18 8545859 . A G 344.04 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0215721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1455;QD=31.2763;RBI=0.032173;REFB=-0.00989742;REVB=-0.0238695;RO=15;SAF=15;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728224;STB=0.539879;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00565225;OID=.;OPOS=8545859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:14:15:6:9:14:15:6:9 chr18 8720092 . G T 169.45 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.03462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.727;QD=16.5321;RBI=0.0346404;REFB=0.00584056;REVB=-0.00118943;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271402;STB=0.677224;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00910455;OID=.;OPOS=8720092;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:23:18:18:0.439024:6:12:8:13:6:12:8:15 chr18 8720368 . C T 226.97 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0109832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.006;QD=15.6531;RBI=0.0191392;REFB=-0.00646566;REVB=-0.0156742;RO=32;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195072;STB=0.610153;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00652667;OID=.;OPOS=8720368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:15:11:20:12:15:11:20:12 chr18 8783835 . T C 215.0 PASS AF=0.525;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0209265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.264;QD=21.5004;RBI=0.0524921;REFB=-0.011769;REVB=-0.0481405;RO=18;SAF=6;SAR=15;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323108;STB=0.671473;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.018071;OID=.;OPOS=8783835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:19:21:21:0.525:15:6:12:6:15:6:12:7 chr18 8784370 . A G 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000405013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.724;QD=63.8873;RBI=0.0214285;REFB=0;REVB=-0.0214247;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76107e-05;OID=.;OPOS=8784370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr18 8786354 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0196943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.864;QD=10.0747;RBI=0.0337904;REFB=-0.0118216;REVB=-0.0274577;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583904;STB=0.535624;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0295443;OID=.;OPOS=8786354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:6:8:5:3:6:8 chr18 8809445 . G C 1207.1 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0928;QD=61.1188;RBI=0.0352669;REFB=0;REVB=0.0341422;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179428;OID=.;OPOS=8809445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr18 8826083 . G C 447.59 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.975;QD=57.7533;RBI=0.0594373;REFB=0;REVB=0.0593787;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157556;OID=.;OPOS=8826083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:8:22:0:0:9:22:0:0 chr18 9117867 . T C 1141.08 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=82;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00753861;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.971;QD=57.0542;RBI=0.0290556;REFB=-0.0318229;REVB=0.0280606;RO=3;SAF=39;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122783;STB=0.506492;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000322657;OID=.;OPOS=9117867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:80:3:3:77:77:0.9625:38:39:1:2:38:39:1:2 chr18 9255982 . A G 579.25 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00458182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2919;QD=57.9254;RBI=0.0048934;REFB=0.114123;REVB=0.00171824;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191347;STB=0.510199;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00266215;OID=.;OPOS=9255982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:24:15:0:1:24:15:0:1 chr18 9402174 . A G 200.41 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0352957;FXX=0.0689536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.993;QD=14.8449;RBI=0.0357638;REFB=-0.0140407;REVB=-0.00576698;RO=31;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179489;STB=0.581715;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0169673;OID=.;OPOS=9402174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:31:22:23:0.425926:15:7:15:16:15:8:15:16 chr18 9518126 . G A 359.13 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0292927;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6975;QD=13.8129;RBI=0.040634;REFB=-0.0097201;REVB=0.0281613;RO=61;SAF=20;SAR=22;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070004;STB=0.534054;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0169863;OID=.;OPOS=9518126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:61:62:42:42:0.403846:22:20:25:36:22:20:26:36 chr18 9562042 . C T 71.72 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0149747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.704;QD=8.19711;RBI=0.0150167;REFB=-0.0129944;REVB=0.0011223;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815562;STB=0.530061;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0436015;OID=.;OPOS=9562042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:24:25:10:10:0.285714:6:4:8:16:6:4:9:16 chr18 9618005 . A G 401.17 PASS AF=0.90625;AO=28;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00304718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9284;QD=50.1465;RBI=0.0963934;REFB=0.0345399;REVB=0.0963453;RO=2;SAF=14;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619468;STB=0.53331;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000433613;OID=.;OPOS=9618005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:28:29:0.90625:14:14:2:0:15:14:2:0 chr18 9618049 . C T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00590458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.367;QD=62.0201;RBI=0.00672697;REFB=0;REVB=-0.00322304;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33342e-06;OID=.;OPOS=9618049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr18 9888027 . C T 594.56 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0244164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3284;QD=19.1793;RBI=0.0349735;REFB=-0.020135;REVB=-0.0250396;RO=63;SAF=15;SAR=46;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168136;STB=0.593516;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0229798;OID=.;OPOS=9888027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:63:63:61:61:0.491935:46:15:25:38:46:15:25:38 chr18 9955960 . A G 1062.28 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.7673;QD=59.8468;RBI=0.0544898;REFB=0;REVB=0.00526326;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183204;OID=.;OPOS=9955960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr18 10454960 . C G 115.82 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4202;QD=42.1153;RBI=0.0487504;REFB=0;REVB=-0.0187861;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148001;OID=.;OPOS=10454960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr18 10487918 . C T 883.78 PASS AF=0.592593;AO=80;DP=135;FAO=80;FDP=135;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.00114788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.86;QD=26.1861;RBI=0.0443116;REFB=-0.00852061;REVB=0.0442967;RO=55;SAF=36;SAR=44;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152461;STB=0.582761;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00485015;OID=.;OPOS=10487918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:55:55:80:80:0.592593:44:36:36:19:44:36:36:19 chr18 10741011 . G A 1018.13 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00420268;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.648;QD=56.5628;RBI=0.0212256;REFB=0.00350415;REVB=0.0208054;RO=2;SAF=40;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382552;STB=0.502024;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-5.05965e-05;OID=.;OPOS=10741011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:30:40:1:1:30:40:1:1 chr18 10748603 . A T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00519307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.78;QD=13.6609;RBI=0.0104817;REFB=-0.00657677;REVB=-0.00910482;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050373;STB=0.52937;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00886013;OID=.;OPOS=10748603;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:8:6:8:13:8:6:8:13 chr18 10752666 . C T 136.65 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.0291721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1481;QD=10.932;RBI=0.0294925;REFB=-0.00642013;REVB=-0.00433569;RO=33;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236264;STB=0.644577;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0226808;OID=.;OPOS=10752666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:34:16:16:0.32:9:7:8:25:9:7:8:26 chr18 10758023 . G A 1476.0 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00305444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.852;QD=57.3202;RBI=0.00913646;REFB=0.0192781;REVB=-0.00861077;RO=2;SAF=39;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00441808;STB=0.502329;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-2.77584e-05;OID=.;OPOS=10758023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:62:39:1:1:62:39:1:1 chr18 10762962 . G A 1060.15 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0324901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.593;QD=55.7975;RBI=0.0539978;REFB=-0.0548597;REVB=0.0431295;RO=1;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119748;STB=0.505254;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0177331;OID=.;OPOS=10762962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:1:3:73:73:0.960526:39:34:0:1:39:34:1:2 chr18 10763007 . T C 1171.89 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.282;QD=60.8776;RBI=0.00459958;REFB=0;REVB=-0.00228679;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02076e-05;OID=.;OPOS=10763007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr18 10787047 . G A 742.15 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419725;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.066;QD=57.0882;RBI=0.0432065;REFB=0;REVB=0.0102526;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15534e-05;OID=.;OPOS=10787047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr18 11609727 . C A 129.23 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0435503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8723;QD=8.47426;RBI=0.0436973;REFB=-0.0232933;REVB=0.00358117;RO=40;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508188;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.039544;OID=.;OPOS=11609727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:40:43:18:18:0.295082:9:9:20:20:9:9:22:21 chr18 11609754 . G A 359.08 PASS AF=0.653846;AO=33;DP=51;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.027686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.072;QD=27.6217;RBI=0.0281109;REFB=0.0108431;REVB=0.00486892;RO=16;SAF=16;SAR=17;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837279;STB=0.557659;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00393581;OID=.;OPOS=11609754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:16:18:33:34:0.653846:17:16:10:6:17:17:12:6 chr18 11609863 . G A 747.89 PASS AF=0.865672;AO=57;DP=67;FAO=58;FDP=67;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0220227;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.627;QD=44.6504;RBI=0.0316997;REFB=-0.0476183;REVB=0.0228007;RO=9;SAF=32;SAR=25;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115123;STB=0.561608;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00203691;OID=.;OPOS=11609863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:67:9:9:57:58:0.865672:25:32:1:8:25:33:1:8 chr18 11609903 . CA GG 1095.31 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397854;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=326.775;QD=60.0168;RBI=0.043577;REFB=0;REVB=0.0177785;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.4073e-05;OID=.;OPOS=11609903;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr18 11609978 . C T 183.57 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0133963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.153;QD=9.92262;RBI=0.0165994;REFB=-0.00235894;REVB=0.00980212;RO=50;SAF=6;SAR=18;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223922;STB=0.632694;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00293613;OID=.;OPOS=11609978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:50:24:24:0.324324:18:6:21:29:18:6:21:29 chr18 11609981 . T C 182.78 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0370385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.879;QD=9.74818;RBI=0.037044;REFB=0.000770619;REVB=0.000633573;RO=50;SAF=6;SAR=18;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223922;STB=0.627793;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0018824;OID=.;OPOS=11609981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:51:24:24:0.32:18:6:21:29:18:6:21:30 chr18 11609994 . C T 210.85 PASS AF=0.366197;AO=24;DP=70;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0397883;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.229;QD=11.8786;RBI=0.0397987;REFB=-0.00866592;REVB=0.000909105;RO=45;SAF=6;SAR=18;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221514;STB=0.61054;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0222444;OID=.;OPOS=11609994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:45:45:24:26:0.366197:18:6:19:26:19:7:19:26 chr18 11610001 . A G 221.73 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0291783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.998;QD=12.318;RBI=0.0316555;REFB=-0.00868034;REVB=0.0122759;RO=44;SAF=8;SAR=19;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185627;STB=0.615553;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00899942;OID=.;OPOS=11610001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:45:27:27:0.375:19:8:20:24:19:8:21:24 chr18 11610024 . A G 217.23 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.028176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.649;QD=11.2847;RBI=0.0450806;REFB=-0.0226657;REVB=-0.0351905;RO=48;SAF=9;SAR=18;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277856;STB=0.66075;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0324244;OID=.;OPOS=11610024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:50:27:27:0.350649:18:9:28:20:18:9:29:21 chr18 11610042 . G A 253.46 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00557226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.297;QD=12.8332;RBI=0.00568394;REFB=-0.0177819;REVB=-0.0011212;RO=49;SAF=9;SAR=21;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280526;STB=0.661307;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0254206;OID=.;OPOS=11610042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:21:9:27:22:21:9:27:22 chr18 11610052 . T C 519.13 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0299143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.299;QD=25.636;RBI=0.0362264;REFB=-0.0162071;REVB=-0.0204325;RO=33;SAF=24;SAR=24;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147089;STB=0.580214;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0154394;OID=.;OPOS=11610052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:24:24:10:23:24:24:10:23 chr18 11610073 . G A 576.73 PASS AF=0.694444;AO=50;DP=73;FAO=50;FDP=72;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0404756;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.303;QD=32.0403;RBI=0.0412659;REFB=0.0213609;REVB=0.00803752;RO=22;SAF=27;SAR=23;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994502;STB=0.553748;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00845702;OID=.;OPOS=11610073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:22:22:50:50:0.694444:23:27:8:14:23:27:8:14 chr18 11610121 . G A 94.87 PASS AF=0.195122;AO=16;DP=82;FAO=16;FDP=82;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0384309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7746;QD=4.62787;RBI=0.105959;REFB=-0.00266283;REVB=0.0987435;RO=64;SAF=5;SAR=11;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258278;STB=0.665938;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0165728;OID=.;OPOS=11610121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:82:82:64:66:16:16:0.195122:11:5:33:31:11:5:34:32 chr18 11610149 . G A 108.14 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0278255;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.097;QD=5.76756;RBI=0.0302263;REFB=-0.00575011;REVB=0.0118054;RO=57;SAF=6;SAR=11;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215886;STB=0.640779;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.017233;OID=.;OPOS=11610149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:57:58:17:17:0.226667:11:6:30:27:11:6:31:27 chr18 11610162 . GG AT,GC 1004.65 PASS AF=0.225352,0.774648;AO=16,52;DP=72;FAO=16,55;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=4,28;FSAR=12,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262887,0.0338814;FXX=0.0273935;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=208.985,38.8285;QD=56.5998;RBI=0.00928951,0.0340083;REFB=-0.00795602,-0.0633085;REVB=0.00890978,0.00293491;RO=0;SAF=4,26;SAR=12,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.07465e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0188207,0.0125185;OID=.,.;OPOS=11610162,11610163;OREF=GG,G;OALT=AT,C;OMAPALT=AT,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:72:71:0:0:16,52:16,55:0.225352,0.774648:12,26:4,26:0:0:12,27:4,28:0:0 chr18 11610349 . G A 706.27 PASS AF=0.979167;AO=39;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0876109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4166;QD=58.8562;RBI=0.14955;REFB=-0.0998839;REVB=0.1212;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028395;STB=0.513508;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00359412;OID=.;OPOS=11610349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:39:47:0.979167:23:16:1:0:29:18:1:0 chr18 11610362 . G C 128.77 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00340222;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.734;QD=11.446;RBI=0.022337;REFB=-0.00547874;REVB=-0.0220764;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241101;STB=0.523334;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0112692;OID=.;OPOS=11610362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:30:15:15:0.333333:9:6:11:18:9:6:11:19 chr18 11610382 . C A 429.69 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574567;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9595;QD=57.2917;RBI=0.0495112;REFB=0;REVB=0.0491767;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953592;OID=.;OPOS=11610382;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:20:9:0:0:21:9:0:0 chr18 11619521 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0741808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4935;QD=13.9591;RBI=0.081489;REFB=0.0010424;REVB=0.0337292;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52454;STB=0.817189;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00420376;OID=.;OPOS=11619521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:1:6:2:5:1:6:2:5 chr18 11619523 . C A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0236574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.176;QD=15.8391;RBI=0.0252179;REFB=-0.0213386;REVB=0.00873331;RO=7;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539065;STB=0.822615;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0179678;OID=.;OPOS=11619523;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:1:7:2:5:1:7:2:5 chr18 11619551 . TC T,TT 284.75 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=12,10;DP=22;FAO=18,4;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=6,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162905,-0.0541519;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.679,225.825;QD=51.7731;RBI=0.0168785,0.0541524;REFB=0,0;REVB=0.00441627,-0.000217405;RO=0;SAF=6,6;SAR=6,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000591748,0.0100788;OID=.,.;OPOS=11619552,11619552;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.818182,0.181818:12,10:22:18,4:22:0:12,0:6,4:0:0:15:0:6,6:6,4:0:0 chr18 11619799 . ATGT A 1025.09 PASS AF=1;AO=67;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391582;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=3;MLLD=202.962;QD=59.4255;RBI=0.0668693;REFB=0;REVB=0.0542046;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.78293e-05;OID=.;OPOS=11619800;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:71:69:69:0:25:44:0:0:6:0:25:42:0:0 chr18 11619908 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9405;QD=39.2068;RBI=0.0209691;REFB=0;REVB=0.0139623;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103651;OID=.;OPOS=11619908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr18 11621447 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5537;QD=33.4271;RBI=0.0549169;REFB=0;REVB=-0.0123938;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00442369;OID=.;OPOS=11621447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr18 11625886 . T C 1395.43 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.258;QD=62.7161;RBI=0.0681093;REFB=0;REVB=-0.0552669;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115062;OID=.;OPOS=11625886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr18 11639356 . G C 810.21 PASS AF=0.516779;AO=76;DP=148;FAO=77;FDP=149;FR=.;FRO=72;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.00891299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.97;QD=21.7506;RBI=0.0258534;REFB=-0.0319997;REVB=0.0242684;RO=72;SAF=51;SAR=25;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978666;STB=0.548581;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0260203;OID=.;OPOS=11639356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:72:72:76:77:0.516779:25:51:41:31:26:51:41:31 chr18 11853053 . A G 760.46 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.554;QD=63.3714;RBI=0.0434771;REFB=0;REVB=0.0278529;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.95137e-06;OID=.;OPOS=11853053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:44:48:1:21:23:0:0:25:23:0:0 chr18 11853731 . A G 942.47 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109062;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.532;QD=58.9042;RBI=0.0202239;REFB=0;REVB=-0.0170312;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374628;OID=.;OPOS=11853731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:22:42:0:0:22:42:0:0 chr18 12008391 . C T 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0181069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.413;QD=22.9079;RBI=0.018108;REFB=-0.00599099;REVB=-0.000198547;RO=17;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743127;STB=0.541626;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00463315;OID=.;OPOS=12008391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:8:13:9:8:8:13:9:8 chr18 12094031 . G T 424.21 PASS AF=0.939394;AO=28;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0616253;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.1307;QD=51.42;RBI=0.0768059;REFB=-0.156721;REVB=0.0458417;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.509548;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0159587;OID=.;OPOS=12094031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:0:2:28:31:0.939394:17:11:0:0:20:11:1:1 chr18 12254956 . G A 256.46 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.000196947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7394;QD=14.4485;RBI=0.0294466;REFB=-0.0153726;REVB=0.0294459;RO=40;SAF=21;SAR=8;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295629;STB=0.656784;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0493039;OID=.;OPOS=12254956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:29:30:0.422535:8:21:18:22:9:21:18:23 chr18 12348285 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.645;QD=57.7118;RBI=0.0300042;REFB=0;REVB=-0.0056607;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149637;OID=.;OPOS=12348285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr18 12351342 . C T 1521.23 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.106;QD=59.6561;RBI=0.0358232;REFB=0;REVB=0.0202082;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15337e-05;OID=.;OPOS=12351342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:49:53:0:0:49:53:0:0 chr18 12448203 . G A 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00620174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.778;QD=14.7348;RBI=0.0145937;REFB=-0.0047272;REVB=-0.0132104;RO=36;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093337;STB=0.505296;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00662217;OID=.;OPOS=12448203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:14:13:17:19:14:13:17:19 chr18 12760740 . T A 236.21 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0245713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7448;QD=15.7475;RBI=0.0496004;REFB=0.00517462;REVB=-0.0430865;RO=33;SAF=21;SAR=6;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207698;STB=0.618509;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00596107;OID=.;OPOS=12760740;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:6:21:20:13:6:21:20:13 chr18 12830961 . C T 157.42 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0255806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0489;QD=16.1452;RBI=0.0260159;REFB=-0.0459099;REVB=0.00473911;RO=22;SAF=5;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376688;STB=0.716166;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0620408;OID=.;OPOS=12830961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:12:5:15:7:12:5:15:7 chr18 12984144 . C A 184.55 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0326799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3247;QD=18.4548;RBI=0.035708;REFB=-0.00258113;REVB=-0.0143903;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00231994;STB=0.501318;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00271945;OID=.;OPOS=12984144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:10:11:10:9:10:11 chr18 13001512 . G C 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00428199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.89;QD=15.5772;RBI=0.00574681;REFB=-0.00544211;REVB=-0.0038328;RO=30;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757961;STB=0.542823;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00670212;OID=.;OPOS=13001512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:16:8:8:22:16:8:8:22 chr18 13038431 . A G 239.89 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00163673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0112;QD=14.3218;RBI=0.0806389;REFB=-0.00168508;REVB=0.0806223;RO=39;SAF=11;SAR=17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200944;STB=0.614159;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00381078;OID=.;OPOS=13038431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:17:11:23:16:17:11:23:16 chr18 13068132 . T C 602.96 PASS AF=0.545455;AO=59;DP=109;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.031468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.726;QD=21.9257;RBI=0.0341244;REFB=-0.0146965;REVB=0.0132;RO=50;SAF=27;SAR=32;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135081;STB=0.569338;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.012941;OID=.;OPOS=13068132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:50:50:59:60:0.545455:32:27:31:19:32:28:31:19 chr18 13069782 . C T 219.84 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00516681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.966;QD=17.5869;RBI=0.0124197;REFB=-0.0200922;REVB=0.0112939;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183646;STB=0.604224;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0138015;OID=.;OPOS=13069782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:12:10:18:10:12:10:18:10 chr18 13092424 . G A 436.24 PASS AF=0.5375;AO=39;DP=77;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.071783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.493;QD=21.8121;RBI=0.0720054;REFB=-0.0129614;REVB=-0.00565539;RO=37;SAF=18;SAR=21;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693454;STB=0.534867;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00859732;OID=.;OPOS=13092424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:37:37:39:43:0.5375:21:18:20:17:23:20:20:17 chr18 13095609 . T C 412.94 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0448645;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.676;QD=15.8822;RBI=0.0448891;REFB=-0.0272796;REVB=-0.00148719;RO=57;SAF=25;SAR=21;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517822;STB=0.524318;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0361928;OID=.;OPOS=13095609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:58:46:46:0.442308:21:25:28:29:21:25:29:29 chr18 13100451 . A G 102.67 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0187086;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.898;QD=9.33356;RBI=0.0187746;REFB=0.00400115;REVB=-0.00157244;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225499;STB=0.636471;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00937944;OID=.;OPOS=13100451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:8:5:18:13:8:5:18:13 chr18 13116432 . G T 893.94 PASS AF=0.463415;AO=95;DP=205;FAO=95;FDP=205;FR=.;FRO=110;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=0.0245156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.399;QD=17.4427;RBI=0.0251039;REFB=0.00323481;REVB=-0.00540289;RO=110;SAF=56;SAR=39;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880005;STB=0.548723;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00414081;OID=.;OPOS=13116432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:110:110:95:95:0.463415:39:56:55:55:39:56:55:55 chr18 13646107 . A C 443.6 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0102566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.349;QD=17.744;RBI=0.0240558;REFB=-0.0073295;REVB=0.0217597;RO=54;SAF=21;SAR=24;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767704;STB=0.547149;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00660714;OID=.;OPOS=13646107;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:55:45:45:0.45:24:21:21:33:24:21:21:34 chr18 13885141 . G A 86.28 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.016652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.965;QD=12.3262;RBI=0.0175997;REFB=-0.0239241;REVB=0.0056973;RO=17;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122387;STB=0.571311;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0359035;OID=.;OPOS=13885141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:9:2:2:15:9:2:2:15 chr18 14105016 . C A 264.29 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.135;QD=50.3412;RBI=0.0288438;REFB=0;REVB=0.0242003;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130209;OID=.;OPOS=14105016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:11:10:0:0 chr18 14105853 . C A 728.67 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.954;QD=57.1509;RBI=0.0179077;REFB=0;REVB=0.0175177;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46714e-05;OID=.;OPOS=14105853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr18 14105923 . T C 749.47 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0205017;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=267.173;QD=51.6878;RBI=0.0217818;REFB=-0.1661;REVB=-0.00735709;RO=1;SAF=36;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129164;STB=0.500693;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.000588869;OID=.;OPOS=14105923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:58:58:1:3:55:55:0.948276:19:36:1:0:19:36:2:1 chr18 14186497 . G C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.971;QD=57.2022;RBI=0.0380354;REFB=0;REVB=-0.0163694;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04336e-05;OID=.;OPOS=14186497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr18 14187255 . A T 36.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0264964;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0363;QD=6.42525;RBI=0.0274407;REFB=-0.0299984;REVB=-0.00713686;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404914;STB=0.755997;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0763462;OID=.;OPOS=14187255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:24:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:12:5:4:2:12:5 chr18 14187273 . C G 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0120665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.074;QD=7.12516;RBI=0.014908;REFB=0.00158081;REVB=-0.00875485;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466567;STB=0.788742;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00650735;OID=.;OPOS=14187273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:5:2:13:5:5:2:13:5 chr18 14187304 . G A 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00677011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.58;QD=7.04799;RBI=0.0068706;REFB=-0.00332592;REVB=-0.00117077;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295682;STB=0.685043;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0121748;OID=.;OPOS=14187304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:5:3:14:8:5:3:14:8 chr18 14187327 . T G 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0229441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.113;QD=4.30363;RBI=0.024133;REFB=-0.00521394;REVB=0.00748127;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366226;STB=0.744357;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0120652;OID=.;OPOS=14187327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:4:2:17:9:4:2:17:9 chr18 14524966 . T C 396.58 PASS AF=0.325153;AO=51;DP=161;FAO=53;FDP=163;FR=.;FRO=110;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=0.00933515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1377;QD=9.73192;RBI=0.0246391;REFB=0.00228006;REVB=0.0228022;RO=109;SAF=23;SAR=28;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416528;STB=0.538698;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00398443;OID=.;OPOS=14524966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:109:110:51:53:0.325153:28:23:53:56:30:23:54:56 chr18 14533105 . G C 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0119874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.758;QD=16.1065;RBI=0.0121234;REFB=0.0101756;REVB=-0.00181082;RO=22;SAF=14;SAR=3;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799701;STB=0.546284;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.0146453;OID=.;OPOS=14533105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:3:14:17:5:3:14:17:5 chr18 14537949 . A G 350.88 PASS AF=0.529412;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0242494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.021;QD=20.6399;RBI=0.0246393;REFB=-0.00371608;REVB=-0.00436628;RO=30;SAF=20;SAR=15;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276554;STB=0.639348;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00331947;OID=.;OPOS=14537949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:32:35:36:0.529412:15:20:7:23:15:21:9:23 chr18 14542648 . C A 213.41 PASS AF=0.5;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00298325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.433;QD=20.3247;RBI=0.0148783;REFB=-0.00613803;REVB=0.0145762;RO=20;SAF=3;SAR=17;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21247;STB=0.570398;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00450829;OID=.;OPOS=14542648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:20:21:0.5:17:3:6:14:17:4:6:15 chr18 14542890 . G C 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0918955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.525;QD=27.154;RBI=0.102254;REFB=-0.0488885;REVB=0.0448461;RO=6;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255318;STB=0.642653;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00808263;OID=.;OPOS=14542890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:9:5:5:1:9:5:5:1 chr18 14543057 . T G 372.05 PASS AF=0.450549;AO=37;DP=88;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00438645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.534;QD=16.3539;RBI=0.0082496;REFB=-0.0224362;REVB=0.00698677;RO=51;SAF=25;SAR=12;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159664;STB=0.554095;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0260118;OID=.;OPOS=14543057;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:51:50:37:41:0.450549:12:25:27:24:15:26:27:23 chr18 14543098 . C T 392.83 PASS AF=0.44086;AO=40;DP=92;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0100817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.173;QD=16.8957;RBI=0.0114508;REFB=-0.0161787;REVB=-0.00542951;RO=52;SAF=22;SAR=18;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00781653;STB=0.501862;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0188466;OID=.;OPOS=14543098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:52:52:40:41:0.44086:18:22:29:23:18:23:29:23 chr18 14543139 . T C 1247.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.3415;QD=60.8578;RBI=0.0697801;REFB=0;REVB=-0.0532865;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97175e-05;OID=.;OPOS=14543139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:82:0:0:76:82:1:34:42:0:0:34:48:0:0 chr18 14752957 . G A 865.06 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000860705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0273;QD=57.6708;RBI=0.00650436;REFB=0;REVB=-0.00644716;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70395e-05;OID=.;OPOS=14752957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:29:30:0:0:30:30:0:0 chr18 14759244 . G C 888.5 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.106;QD=56.4126;RBI=0.0142427;REFB=-0.0141253;REVB=-0.00912747;RO=1;SAF=39;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119514;STB=0.506327;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000329508;OID=.;OPOS=14759244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:22:39:1:0:23:39:1:0 chr18 14848820 . C T 1453.12 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=97;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0049344;FXX=0.0510152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.796;QD=62.4997;RBI=0.0147821;REFB=-0.00753531;REVB=0.0139342;RO=1;SAF=31;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00770909;STB=0.504064;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.000172401;OID=.;OPOS=14848820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:93:1:1:92:92:0.989247:61:31:0:1:61:31:0:1 chr18 19079853 . A G 1268.03 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343159;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.834;QD=61.8551;RBI=0.046446;REFB=0;REVB=0.0312994;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68455e-05;OID=.;OPOS=19079853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr18 19100758 . A ATCT 280.59 PASS AF=0.557692;AO=27;DP=56;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00162586;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=176.22;QD=21.5837;RBI=0.0120553;REFB=-0.0296946;REVB=-0.0119451;RO=27;SAF=5;SAR=22;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469922;STB=0.778552;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0295491;OID=.;OPOS=19100759;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.557692:27:56:29:52:23:5:24:17:6:99:27:5:22:18:9 chr18 19119974 . GATATATATATATATATAT GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC 306.52 PASS AF=0.442623,0.114754;AO=19,7;DP=62;FAO=27,7;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=4,4;FSAR=23,3;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00685008,0.0017162;FXX=0.0468677;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=70.2557,53.8315;QD=20.0999;RBI=0.00993593,0.00876391;REFB=-0.137617,-0.0646275;REVB=0.00719715,0.00859423;RO=26;SAF=3,4;SAR=16,3;SRF=9;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.272742,0.26455;STB=0.667905,0.655318;STBP=0.053,0.412;TYPE=del,snp;VARB=0.103574,0.147333;OID=.,.;OPOS=19119975,19119992;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442623,0.114754:19,7:62:27,7:61:27:4,4:23,3:10:17:99:26:3,4:16,3:9:17 chr18 19153494 . C T 319.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0320616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6996;QD=15.7537;RBI=0.0342268;REFB=0.0038324;REVB=-0.0119802;RO=46;SAF=18;SAR=17;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117746;STB=0.566228;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00528322;OID=.;OPOS=19153494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:17:18:29:17:17:18:29:17 chr18 19154143 . G A 579.47 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191615;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7729;QD=60.9966;RBI=0.026722;REFB=0;REVB=-0.0186254;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27191e-06;OID=.;OPOS=19154143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr18 19231208 . T A 108.77 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00292526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.236;QD=13.5965;RBI=0.0335164;REFB=0.000862391;REVB=-0.0333885;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153067;STB=0.606048;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00131821;OID=.;OPOS=19231208;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:19:19:12:13:0.40625:4:8:10:9:4:9:10:9 chr18 19373962 . T TATG 681.01 PASS AF=1;AO=42;DP=46;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323454;FXX=0.0652032;HRUN=0;LEN=3;MLLD=274.779;QD=63.3498;RBI=0.00507554;REFB=0;REVB=-0.00391138;RO=2;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.16528e-05;OID=.;OPOS=19373963;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:46:43:43:0:26:17:0:0:4:2:26:16:0:2 chr18 19373993 . G A 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0261288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.278;QD=15.6431;RBI=0.0274125;REFB=-0.0129896;REVB=-0.00829023;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147169;STB=0.508466;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0188271;OID=.;OPOS=19373993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:8:12:17:12:8:12:17:12 chr18 19444661 . A C 357.18 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0291613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2631;QD=16.8083;RBI=0.0311431;REFB=-0.0153319;REVB=0.0109322;RO=47;SAF=23;SAR=15;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529327;STB=0.529735;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0180236;OID=.;OPOS=19444661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:15:23:26:21:15:23:26:21 chr18 19450386 . T C 110.55 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0193955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.6775;QD=15.2483;RBI=0.0371372;REFB=0.000717803;REVB=0.0316699;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139734;STB=0.598777;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.000217759;OID=.;OPOS=19450386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:16:13:13:0.448276:8:5:8:7:8:5:9:7 chr18 19508949 . G A 297.86 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315038;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.026;QD=54.1558;RBI=0.0315077;REFB=0;REVB=-0.000496611;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315677;OID=.;OPOS=19508949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr18 19840623 . A G 1137.99 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.097186;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6325;QD=60.6927;RBI=0.097262;REFB=0;REVB=0.00384542;RO=1;SAF=26;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178459;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522216;OID=.;OPOS=19840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:1:0:74:75:1:48:26:1:0:48:27:0:0 chr18 19995729 . T C 173.49 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0180606;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.638;QD=11.3764;RBI=0.018062;REFB=-0.00822998;REVB=0.000224947;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494359;STB=0.528675;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0128057;OID=.;OPOS=19995729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:39:39:22:22:0.360656:12:10:16:23:12:10:16:23 chr18 19995753 . T C 815.2 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00238473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.778;QD=57.2068;RBI=0.00251653;REFB=0;REVB=-0.000803731;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20342e-07;OID=.;OPOS=19995753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:31:25:0:0:31:26:0:0 chr18 19996011 . G A 438.27 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0131841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1118;QD=50.0879;RBI=0.0810606;REFB=0.00556716;REVB=0.0799813;RO=2;SAF=19;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106312;STB=0.522921;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.000385103;OID=.;OPOS=19996011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:2:3:32:32:0.914286:13:19:1:1:13:19:1:2 chr18 20953720 . G A 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0307262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0513;QD=14.4905;RBI=0.0834189;REFB=0.00268339;REVB=0.077554;RO=30;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603978;STB=0.535071;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.000888321;OID=.;OPOS=20953720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:13:6:11:19:13:6:11:19 chr18 21017836 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.383;QD=54.5177;RBI=0.0210409;REFB=0;REVB=0.0197257;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0912e-05;OID=.;OPOS=21017836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr18 21100240 . C T 2015.23 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0252282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.83;QD=60.6085;RBI=0.0411411;REFB=-0.166232;REVB=0.0324982;RO=1;SAF=63;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748452;STB=0.507811;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000649018;OID=.;OPOS=21100240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:1:2:131:131:0.984962:68:63:1:0:68:63:2:0 chr18 21109250 . T C 672.75 PASS AF=1;AO=26;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040114;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.651;QD=62.5815;RBI=0.012969;REFB=0;REVB=0.0123331;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89763e-05;OID=.;OPOS=21109250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:26:43:1:13:13:0:0:14:29:0:0 chr18 21112206 . C T 219.84 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0280642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.221;QD=11.8833;RBI=0.0335563;REFB=-0.00491622;REVB=-0.0183964;RO=47;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165334;STB=0.595169;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0147359;OID=.;OPOS=21112206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:12:15:19:28:12:15:19:28 chr18 21119777 . G A 1265.11 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260798;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.461;QD=60.969;RBI=0.0365672;REFB=0;REVB=0.025632;RO=0;SAF=50;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206568;OID=.;OPOS=21119777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:78:83:1:28:50:0:0:32:51:0:0 chr18 21120444 . T C 272.01 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6206;QD=51.8118;RBI=0.0481819;REFB=0;REVB=0.0384014;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000828562;OID=.;OPOS=21120444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr18 21124945 . C G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0035721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3833;QD=59.4339;RBI=0.0239878;REFB=0;REVB=-0.0237203;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000400616;OID=.;OPOS=21124945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr18 21140432 . T C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00895477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.439;QD=16.5354;RBI=0.00899666;REFB=0.00494111;REVB=-0.00086721;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560012;STB=0.524469;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.00687595;OID=.;OPOS=21140432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:23:18:18:0.439024:11:7:7:14:11:7:8:15 chr18 21141343 . G A 336.34 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0135976;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.034;QD=14.1617;RBI=0.0203025;REFB=-0.00205069;REVB=0.0150764;RO=58;SAF=16;SAR=21;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0015274;STB=0.500869;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00319174;OID=.;OPOS=21141343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:21:16:25:33:21:16:25:33 chr18 21413869 . T C 1844.0 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000357949;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.803;QD=61.4668;RBI=0.0796312;REFB=0;REVB=0.0796304;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18822e-05;OID=.;OPOS=21413869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:110:120:0:0:109:120:1:57:52:0:0:68:52:0:0 chr18 21511089 . A G 1268.94 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233429;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.376;QD=61.8997;RBI=0.0235634;REFB=0;REVB=0.00321606;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475927;OID=.;OPOS=21511089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:33:48:0:0:34:48:0:0 chr18 21710321 . C T 2350.84 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224168;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.121;QD=63.9684;RBI=0.0343333;REFB=0;REVB=-0.0260051;RO=0;SAF=44;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85462e-05;OID=.;OPOS=21710321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:146:147:1:102:44:0:0:103:44:0:0 chr18 21712554 . C T 280.83 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0513752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.187;QD=17.02;RBI=0.0587759;REFB=-0.0186;REVB=0.0285515;RO=35;SAF=18;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363895;STB=0.520425;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0317296;OID=.;OPOS=21712554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:13:18:19:16:13:18:19:16 chr18 21736933 . T G 1235.72 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252672;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.604;QD=61.7862;RBI=0.0253149;REFB=0;REVB=-0.00155438;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.26888e-06;OID=.;OPOS=21736933;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:46:34:0:0:46:34:0:0 chr18 21759055 . G C 271.12 PASS AF=0.418919;AO=30;DP=73;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0336814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.448;QD=14.6553;RBI=0.0345432;REFB=-0.0168106;REVB=-0.00766748;RO=42;SAF=9;SAR=21;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309385;STB=0.686764;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0149069;OID=.;OPOS=21759055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:42:43:30:31:0.418919:21:9:25:17:22:9:26:17 chr18 21759190 . G C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.081062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3308;QD=21.2669;RBI=0.0822713;REFB=-0.032322;REVB=0.0140541;RO=14;SAF=2;SAR=15;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529479;STB=0.804456;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0114008;OID=.;OPOS=21759190;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:15:2:9:5:15:2:9:5 chr18 22009559 . CTTAA C,CTTAG 815.49 PASS AF=1,0;AO=50,4;DP=58;FAO=58,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178524,-0.00137069;FXX=0.107676;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=182.591,23.0917;QD=56.2403;RBI=0.0259522,0.0824955;REFB=0,0;REVB=0.0188363,0.0824841;RO=0;SAF=14,0;SAR=36,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00104924,0;OID=.,.;OPOS=22009560,22009563;OREF=TTAA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CTTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:50,4:58:58,0:58:0:15,0:43,0:0:0:5:0:14,0:36,4:0:0 chr18 22020543 . C G 769.51 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.594;QD=57.0007;RBI=0.0554329;REFB=0;REVB=0.0126498;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.91107e-05;OID=.;OPOS=22020543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:30:23:0:0:30:24:0:0 chr18 23597811 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.009;QD=61.684;RBI=0.0349915;REFB=0;REVB=-0.0330382;RO=0;SAF=34;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33091e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.70651e-05;OID=.;OPOS=23597811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:7:34:0:0:7:34:0:0 chr18 23866185 . G C 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0289725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9955;QD=19.0783;RBI=0.0296805;REFB=-0.0156246;REVB=-0.0064439;RO=31;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427333;STB=0.523795;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0134885;OID=.;OPOS=23866185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:16:16:14:17:16:16:14:17 chr18 23873463 . T C 2701.67 PASS AF=1;AO=170;DP=173;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224151;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.103;QD=62.1073;RBI=0.0405955;REFB=-0.0593454;REVB=0.0338461;RO=0;SAF=89;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.85996e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220478;OID=.;OPOS=23873463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:173:174:0:0:170:174:1:81:89:0:0:83:91:0:0 chr18 23879134 . T C 72.79 PASS AF=0.45;AO=12;DP=23;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0110801;FXX=0.130378;HRUN=10;LEN=1;MLLD=238.914;QD=14.5582;RBI=0.0131544;REFB=0.0032134;REVB=-0.00709013;RO=8;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439022;STB=0.749499;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00190971;OID=.;OPOS=23879134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:23:20:8:11:12:9:0.45:9:3:7:1:6:3:9:2 chr18 23879142 . T A 192.07 PASS AF=0.653846;AO=12;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.091028;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=28.8187;QD=29.5494;RBI=0.280285;REFB=-0.0377442;REVB=0.265092;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139548;STB=0.607911;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0240638;OID=.;OPOS=23879142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:26:26:7:7:12:17:0.653846:6:6:5:2:11:6:5:2 chr18 24035399 . A G 399.47 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00126422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.603;QD=53.2624;RBI=0.00563469;REFB=-0.0862014;REVB=0.00549104;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513504;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0182761;OID=.;OPOS=24035399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:0:1:29:29:0.966667:18:11:0:0:18:11:0:1 chr18 24127313 . C T 490.46 PASS AF=0.494845;AO=47;DP=96;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.044808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.618;QD=20.225;RBI=0.0448561;REFB=-0.00464917;REVB=-0.00207713;RO=48;SAF=24;SAR=23;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123468;STB=0.566983;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0062843;OID=.;OPOS=24127313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:48:49:47:48:0.494845:23:24:18:30:24:24:18:31 chr18 24269386 . G A 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.0055442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3595;QD=15.6537;RBI=0.0448134;REFB=-0.0339331;REVB=-0.0444691;RO=32;SAF=10;SAR=16;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217029;STB=0.621219;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.023715;OID=.;OPOS=24269386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:16:10:6:26:16:10:6:26 chr18 25543387 . G A 643.48 PASS AF=0.577982;AO=62;DP=109;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.017264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.592;QD=23.6139;RBI=0.0213643;REFB=-0.0277276;REVB=0.0125852;RO=46;SAF=29;SAR=33;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927806;STB=0.553311;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0132532;OID=.;OPOS=25543387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:46:46:62:63:0.577982:33:29:27:19:34:29:27:19 chr18 25565082 . A G 1713.1 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.269;QD=60.6408;RBI=0.0346022;REFB=0;REVB=0.0223908;RO=0;SAF=56;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116781;OID=.;OPOS=25565082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:57:56:0:0:57:56:0:0 chr18 25570228 . G C 1845.39 PASS AF=0.968504;AO=123;DP=128;FAO=123;FDP=127;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-5.07559e-05;FXX=0.00781189;HRUN=6;LEN=1;MLLD=276.429;QD=58.1227;RBI=0.023284;REFB=-0.0508526;REVB=0.0232839;RO=4;SAF=63;SAR=60;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142324;STB=0.507496;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.000412877;OID=.;OPOS=25570228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:128:127:4:4:123:123:0.968504:60:63:3:1:60:63:3:1 chr18 28570025 . G T 1245.43 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6935;QD=61.5026;RBI=0.00852099;REFB=0;REVB=0.00714339;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54576e-05;OID=.;OPOS=28570025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:37:43:0:0:37:44:0:0 chr18 28574472 . G A 106.81 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00384513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.199;QD=14.2416;RBI=0.00584526;REFB=-0.0165961;REVB=-0.0044025;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208227;STB=0.528454;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0229369;OID=.;OPOS=28574472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:17:12:13:0.433333:7:5:7:9:7:6:7:10 chr18 28586964 . A G 1434.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00782332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.732;QD=63.0529;RBI=0.0311543;REFB=0;REVB=0.030156;RO=0;SAF=59;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82538e-05;OID=.;OPOS=28586964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:30:59:0:0:32:59:0:0 chr18 28611139 . A C 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.749;QD=60.7135;RBI=0.0370865;REFB=0;REVB=0.0151719;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122943;OID=.;OPOS=28611139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:46:30:0:0:46:30:0:0 chr18 28673565 . T C 179.43 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0192472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.504;QD=13.8022;RBI=0.0208729;REFB=-0.00886318;REVB=0.00807593;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238511;STB=0.636894;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0191851;OID=.;OPOS=28673565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:8:13:12:19:8:13:12:19 chr18 28722039 . G A 291.61 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=80;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.066319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3102;QD=14.4005;RBI=0.066554;REFB=-0.0107308;REVB=0.00558867;RO=48;SAF=16;SAR=16;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219529;STB=0.503369;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0183555;OID=.;OPOS=28722039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:48:48:32:33:0.407407:16:16:23:25:17:16:23:25 chr18 28722103 . T C 184.04 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00171227;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.77;QD=9.43795;RBI=0.0275021;REFB=-0.0138389;REVB=0.0274487;RO=51;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567431;STB=0.52562;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0259318;OID=.;OPOS=28722103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:54:24:24:0.307692:12:12:23:28:12:12:25:29 chr18 28734749 . A G 416.04 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00572364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.324;QD=16.9814;RBI=0.00592265;REFB=-0.014254;REVB=0.00152242;RO=55;SAF=31;SAR=12;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177154;STB=0.599951;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0166628;OID=.;OPOS=28734749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:12:31:31:24:12:31:31:24 chr18 28968371 . G A 1935.52 PASS AF=0.916667;AO=132;DP=144;FAO=132;FDP=144;FR=.;FRO=12;FSAF=80;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0326351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8444;QD=53.7643;RBI=0.0749752;REFB=-0.1189;REVB=0.0674999;RO=12;SAF=80;SAR=52;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446128;STB=0.523557;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0105461;OID=.;OPOS=28968371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:144:144:12:12:132:132:0.916667:52:80:4:8:52:80:4:8 chr18 28968959 . C T 923.55 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334588;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.22;QD=58.6379;RBI=0.0342767;REFB=0;REVB=-0.00744355;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000388849;OID=.;OPOS=28968959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr18 28986333 . A C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.398;QD=58.061;RBI=0.033593;REFB=0;REVB=0.00706126;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89222e-05;OID=.;OPOS=28986333;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr18 28993183 . A G 166.1 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0304962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9836;QD=22.146;RBI=0.0322518;REFB=-0.0199419;REVB=-0.0104957;RO=12;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113857;STB=0.583573;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00761621;OID=.;OPOS=28993183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:17:17:0.566667:6:11:6:6:6:11:6:7 chr18 28993501 . C A 239.42 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023372;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.4983;QD=50.4044;RBI=0.0173664;REFB=0;REVB=-0.0172084;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000696539;OID=.;OPOS=28993501;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr18 29055957 . A G 1658.4 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9059;QD=60.3054;RBI=0.0146415;REFB=0;REVB=0.0122103;RO=0;SAF=69;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108564;OID=.;OPOS=29055957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:41:69:0:0:41:69:0:0 chr18 29104698 . C T 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.471;QD=57.1726;RBI=0.113526;REFB=0;REVB=0.0299152;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013849;OID=.;OPOS=29104698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr18 29122799 . G A 100.04 PASS AF=0.478261;AO=9;DP=25;FAO=11;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0124146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.044;QD=17.3983;RBI=0.0559679;REFB=-0.0227656;REVB=0.0545737;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170594;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0283798;OID=.;OPOS=29122799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:23:13:11:9:11:0.478261:5:4:6:7:6:5:5:6 chr18 29125854 . A G 256.47 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0232004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.267;QD=22.7969;RBI=0.0243477;REFB=-0.0291785;REVB=-0.00738579;RO=20;SAF=8;SAR=16;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309278;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0325199;OID=.;OPOS=29125854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:16:8:6:14:16:8:7:14 chr18 29126670 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.563;QD=61.684;RBI=0.0357367;REFB=0;REVB=0.0342928;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117257;OID=.;OPOS=29126670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr18 29178554 . C T 442.89 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00234159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.968;QD=16.2527;RBI=0.0172091;REFB=-0.00976843;REVB=0.0170491;RO=57;SAF=17;SAR=32;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128642;STB=0.587923;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0121485;OID=.;OPOS=29178554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:60:49:49:0.449541:32:17:27:30:32:17:30:30 chr18 29178640 . GGACTTCTCC G 108.74 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0245826;FXX=0;HRUN=3;LEN=9;MLLD=331.881;QD=12.4269;RBI=0.0248093;REFB=-0.0141126;REVB=-0.00334597;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.231618;SSSB=-0.0112983;STB=0.50908;STBP=0.933;TYPE=del;VARB=0.0171444;OID=.;OPOS=29178641;OREF=GACTTCTCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457143:15:35:16:35:19:7:9:8:11:99:17:6:9:7:10 chr18 29339910 . G T 198.72 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0313326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.397;QD=44.1597;RBI=0.0381588;REFB=-0.185174;REVB=0.0217799;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053738;STB=0.526285;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00173594;OID=.;OPOS=29339910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:1:1:16:17:0.944444:8:8:1:0:8:9:1:0 chr18 29432624 . T C 67.93 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00219991;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4387;QD=12.3507;RBI=0.0857863;REFB=-0.0092764;REVB=0.0857581;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346427;STB=0.705442;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.021646;OID=.;OPOS=29432624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:9:4:6:3:9:4 chr18 29497573 . A G 1108.19 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016379;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.476;QD=59.1033;RBI=0.0279363;REFB=-0.0821228;REVB=0.0226311;RO=1;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122823;OID=.;OPOS=29497573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:75:1:0:74:75:1:31:43:0:1:32:43:0:0 chr18 29617198 . C G 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0100593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1314;QD=16.6157;RBI=0.0206062;REFB=0.00972478;REVB=0.0179841;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407305;STB=0.523337;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.0101833;OID=.;OPOS=29617198;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:9:12:9:8:9:12 chr18 29710880 . A AAG,G 294.19 PASS AF=0.388235,0;AO=33,6;DP=94;FAO=33,0;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=17,0;FSAR=16,0;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.023988,0.022955;FXX=0.0659268;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=309.493,207.572;QD=13.8442;RBI=0.0243938,0.0235574;REFB=-0.00163984,-0.00742803;REVB=0.00443091,0.00529319;RO=55;SAF=17,3;SAR=16,3;SRF=29;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0132435,-0.030845;STB=0.514277,0.5;STBP=0.848,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00220707,0;OID=.,.;OPOS=29710881,29710880;OREF=-,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:85:55:52:33,6:33,0:0.388235,0:16,3:17,3:29:26:16,0:17,0:28:24 chr18 29795076 . T C 1549.61 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000391756;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.214;QD=63.9016;RBI=0.0329706;REFB=0;REVB=0.0329683;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170139;OID=.;OPOS=29795076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:96:97:1:43:53:0:0:44:53:0:0 chr18 29795101 . T C 1605.77 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.444;QD=60.0286;RBI=0.0615859;REFB=0;REVB=0.0603347;RO=0;SAF=58;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99526e-05;OID=.;OPOS=29795101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:107:0:0:104:107:1:46:58:0:0:49:58:0:0 chr18 30253010 . TAAG CAAG,TAG,TCAA,TCAAG 378.83 PASS AF=0,0.173913,0,0.586957;AO=3,7,2,21;DP=48;FAO=0,8,0,27;FDP=46;FR=.;FRO=11;FSAF=0,0,0,12;FSAR=0,8,0,15;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.017637,0.076568,0.0241938,0.031704;FXX=0.041658;HRUN=4,2,2,0;LEN=1,1,3,1;MLLD=76.5536,21.2587,77.2641,78.1078;QD=32.9414;RBI=0.0277459,0.0766392,0.0319893,0.035663;REFB=-0.00694907,0.0753402,-0.01113,-0.0123351;REVB=-0.0214189,0.0033028,-0.0209279,-0.0163313;RO=13;SAF=2,0,1,9;SAR=1,7,1,12;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.267542,-0.823522,-0.412624,-0.281915;STB=0.5,0.998815,0.5,0.63209;STBP=1,0,1,0.016;TYPE=snp,del,mnp,ins;VARB=0.0509331,0.0527428,0,0.0180106;OID=.,.,.,.;OPOS=30253010,30253011,30253011,30253011;OREF=T,A,AAG,-;OALT=C,-,CAA,C;OMAPALT=CAAG,TAG,TCAA,TCAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/4:83:48:46:13:11:3,7,2,21:0,8,0,27:0,0.173913,0,0.586957:1,7,1,12:2,0,1,9:11:2:0,8,0,15:0,0,0,12:10:1 chr18 30349691 . C T 147.08 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0112609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.487;QD=9.1927;RBI=0.0221754;REFB=-0.00803802;REVB=-0.0191033;RO=43;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402551;STB=0.531219;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0168085;OID=.;OPOS=30349691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:43:44:20:20:0.3125:10:10:20:23:10:10:20:24 chr18 30804756 . C T 831.24 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1572;QD=57.3272;RBI=0.0759154;REFB=0;REVB=-0.0653002;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106603;OID=.;OPOS=30804756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:24:33:0:0:24:34:0:0 chr18 30846895 . A T 1123.22 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.983;QD=59.9049;RBI=0.0565778;REFB=0;REVB=-0.04161;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.00422e-06;OID=.;OPOS=30846895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:75:0:0:69:75:1:42:27:0:0:44:31:0:0 chr18 30908046 . GATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT G,GTT 101.47 PASS AF=0,1;AO=2,5;DP=10;FAO=0,10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020454,-0.0203557;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=24,22;MLLD=171.033,172.328;QD=40.5877;RBI=0.212607,0.232561;REFB=0,0;REVB=-0.211621,-0.231668;RO=0;SAF=1,4;SAR=1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.011569,-2.05603e-05;OID=.,.;OPOS=30908047,30908047;OREF=ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;OALT=-,-;OMAPALT=G,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,5:10:0,10:10:0:0,8:0,2:0:0:3:0:1,4:1,1:0:0 chr18 31320229 . A G 699.62 PASS AF=0.979592;AO=45;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0095516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.8977;QD=57.1121;RBI=0.0699869;REFB=-0.144065;REVB=0.069332;RO=3;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531214;STB=0.51219;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00400216;OID=.;OPOS=31320229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:49:49:3:1:45:48:0.979592:25:20:0:3:28:20:1:0 chr18 31324934 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.616;QD=59.0185;RBI=0.0425533;REFB=0;REVB=0.0275809;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358291;OID=.;OPOS=31324934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr18 31325357 . T C 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0153161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.329;QD=14.2701;RBI=0.0155687;REFB=-0.00885712;REVB=0.00279264;RO=33;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769306;STB=0.543823;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0121388;OID=.;OPOS=31325357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:12:12:14:19:12:12:14:19 chr18 32470291 . G A 302.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.00632862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0515;QD=19.5;RBI=0.0514954;REFB=-0.0103294;REVB=-0.051105;RO=30;SAF=22;SAR=10;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120271;STB=0.566464;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0143158;OID=.;OPOS=32470291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:10:22:24:6:10:22:24:6 chr18 32720752 . C T 582.78 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00469323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1941;QD=21.0012;RBI=0.0700625;REFB=-0.00290671;REVB=-0.0699052;RO=50;SAF=32;SAR=28;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110903;STB=0.51084;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00209674;OID=.;OPOS=32720752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:51:60:60:0.540541:28:32:26:24:28:32:26:25 chr18 32721136 . C G 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.040611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.365;QD=11.3682;RBI=0.0443068;REFB=-0.00465581;REVB=-0.0177155;RO=17;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375057;STB=0.783659;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0145036;OID=.;OPOS=32721136;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:30:17:19:11:11:0.366667:10:1:5:12:10:1:7:12 chr18 32833263 . A C 655.59 PASS AF=0.583333;AO=62;DP=108;FAO=63;FDP=108;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.017122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.562;QD=24.281;RBI=0.0182768;REFB=-0.00111821;REVB=-0.00639364;RO=44;SAF=26;SAR=36;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147862;STB=0.587274;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000812829;OID=.;OPOS=32833263;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:44:45:62:63:0.583333:36:26:27:17:37:26:28:17 chr18 32916162 . T C 96.3 PASS AF=0.375;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00957943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.102;QD=12.0369;RBI=0.00989845;REFB=-0.00511439;REVB=0.00249276;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110534;STB=0.543407;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00623705;OID=.;OPOS=32916162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:19:20:12:12:0.375:5:7:13:6:5:7:13:7 chr18 32917644 . T C 180.84 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0132754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0294;QD=13.9105;RBI=0.0255987;REFB=-0.0168292;REVB=0.0218874;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242671;STB=0.513953;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0221103;OID=.;OPOS=32917644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:9:12:17:14:9:12:17:14 chr18 32947616 . A ATTTTAT 136.38 PASS AF=0.517241;AO=12;DP=31;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0173303;FXX=0.0644953;HRUN=4;LEN=6;MLLD=238.612;QD=18.8112;RBI=0.0344803;REFB=0.00152954;REVB=-0.0298086;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066069;STB=0.512803;STBP=0.919;TYPE=ins;VARB=-0.00227488;OID=.;OPOS=32947617;OREF=-;OALT=TTTTAT;OMAPALT=ATTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241:12:31:15:29:14:5:10:5:9:99:13:3:9:4:9 chr18 33058319 . A G 554.75 PASS AF=1;AO=2;DP=34;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957758;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=143.02;QD=48.239;RBI=0.1675;REFB=-0.014997;REVB=0.167226;RO=2;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444185;OID=.;OPOS=33058319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:46:2:0:2:46:1:1:1:0:2:18:28:0:0 chr18 33647254 . A C 884.95 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.924;QD=58.0295;RBI=0.0382449;REFB=0;REVB=-0.0101556;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70134e-05;OID=.;OPOS=33647254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr18 33702162 . G A 253.9 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0271753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.085;QD=21.6089;RBI=0.0306422;REFB=-0.00690661;REVB=-0.014158;RO=22;SAF=5;SAR=19;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786475;STB=0.537243;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00942355;OID=.;OPOS=33702162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:19:5:6:16:19:5:6:17 chr18 33706614 . C G 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.608;QD=59.9376;RBI=0.0465465;REFB=0;REVB=0.0426459;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3863e-05;OID=.;OPOS=33706614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:54:47:0:0:54:47:0:0 chr18 33721376 . G C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0152711;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.109;QD=12.3961;RBI=0.0155019;REFB=-0.0224371;REVB=0.00266543;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179553;STB=0.608297;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.029382;OID=.;OPOS=33721376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:4:1:2:3:4:1 chr18 33754507 . A G 165.32 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0244487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7606;QD=14.3753;RBI=0.0387305;REFB=0.0048712;REVB=0.0300385;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112677;STB=0.565146;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00555978;OID=.;OPOS=33754507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:9:9:17:11:9:9:17:11 chr18 33779821 . C A 1299.33 PASS AF=1;AO=83;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155388;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.976;QD=61.873;RBI=0.019817;REFB=0;REVB=0.0122988;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195449;OID=.;OPOS=33779821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:84:0:0:83:84:1:43:40:0:0:43:41:0:0 chr18 33779855 . C T 1075.6 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00636545;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.3392;QD=57.3655;RBI=0.027043;REFB=-0.0825507;REVB=0.0262832;RO=2;SAF=33;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00243926;STB=0.50129;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000340806;OID=.;OPOS=33779855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:40:33:1:1:40:33:1:1 chr18 33779896 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.969;QD=58.6006;RBI=0.0360155;REFB=0;REVB=-0.0100476;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01173e-05;OID=.;OPOS=33779896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr18 33780020 . A G 697.67 PASS AF=1;AO=29;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8787;QD=62.0147;RBI=0.0664196;REFB=0;REVB=0.0535741;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373729;OID=.;OPOS=33780020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:29:45:1:17:12:0:0:20:25:0:0 chr18 33780021 . C G 138.47 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0454469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.9664;QD=11.785;RBI=0.0457715;REFB=-0.0676526;REVB=0.0054412;RO=31;SAF=13;SAR=3;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491128;STB=0.791865;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0190766;OID=.;OPOS=33780021;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:3:13:12:19:3:13:12:19 chr18 33785093 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.489;QD=58.2396;RBI=0.040715;REFB=0;REVB=0.0380822;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97924e-05;OID=.;OPOS=33785093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr18 33785185 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.325;QD=64.4151;RBI=0.0149992;REFB=0;REVB=0.00724161;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1346e-05;OID=.;OPOS=33785185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr18 34156497 . A G 249.46 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0126483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.165;QD=14.2547;RBI=0.0236043;REFB=-0.0159283;REVB=0.0199295;RO=40;SAF=10;SAR=19;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608521;STB=0.528888;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.024165;OID=.;OPOS=34156497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:41:29:29:0.414286:19:10:16:24:19:10:16:25 chr18 34205551 . C T 570.55 PASS AF=0.487603;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.0220505;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.849;QD=18.861;RBI=0.0236883;REFB=-0.0182241;REVB=0.00865526;RO=60;SAF=28;SAR=31;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129169;STB=0.578686;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0143532;OID=.;OPOS=34205551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:60:62:59:59:0.487603:31:28:37:23:31:28:39:23 chr18 34310668 . C T 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00254085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.438;QD=19.0785;RBI=0.0325652;REFB=0.0120379;REVB=-0.0324659;RO=31;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101895;STB=0.556635;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00963197;OID=.;OPOS=34310668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:17:15:11:20:17:15:11:20 chr18 34324091 . G A 225.92 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.015357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.874;QD=17.0502;RBI=0.0154385;REFB=-0.0105628;REVB=0.00158443;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108765;STB=0.50613;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0224336;OID=.;OPOS=34324091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:11:14:16:12:11:14:16:12 chr18 34398883 . G A 320.5 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0159142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.665;QD=27.2762;RBI=0.0210494;REFB=0.0028329;REVB=0.0137774;RO=18;SAF=11;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379912;STB=0.533728;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00116091;OID=.;OPOS=34398883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:19:28:28:0.595745:17:11:8:10:17:11:9:10 chr18 34850846 . G A 220.23 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0442132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.452;QD=24.4702;RBI=0.0448295;REFB=-0.0219982;REVB=0.00740805;RO=15;SAF=15;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992364;STB=0.555501;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0211999;OID=.;OPOS=34850846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:6:15:9:6:6:15:9:6 chr18 39761310 . A G 233.74 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0362204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0341;QD=19.0811;RBI=0.0378966;REFB=0.0206985;REVB=0.0111463;RO=26;SAF=7;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231566;STB=0.63146;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0102833;OID=.;OPOS=39761310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:16:7:14:12:16:7:14:12 chr18 40323497 . G T 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0257217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.965;QD=9.44281;RBI=0.0330764;REFB=0.00037348;REVB=-0.0207953;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467859;STB=0.794397;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00263407;OID=.;OPOS=40323497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:1:5:4:6:1:5:4:6 chr18 42456653 . G A 725.67 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729588;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8453;QD=56.9156;RBI=0.0737341;REFB=0;REVB=-0.0106643;RO=0;SAF=11;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457776;OID=.;OPOS=42456653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:39:11:0:0:39:12:0:0 chr18 42456670 . C CTCTT,T 670.63 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=39,8;DP=52;FAO=40,8;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=27,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238446,0.000149394;FXX=0.12725;HRUN=0,1;LEN=4,1;MLLD=237.605,50.9054;QD=55.8861;RBI=0.0285353,0.0280784;REFB=0,0;REVB=0.0156747,0.028078;RO=2;SAF=12,2;SAR=27,6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.020432,-0.108557;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00710523,0.0250982;OID=.,.;OPOS=42456671,42456670;OREF=-,C;OALT=TCTT,T;OMAPALT=CTCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:50:52:48:2:0:39,8:40,8:0.833333,0.166667:27,6:12,2:1:1:27,6:13,2:0:0 chr18 42532693 . C A 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.000979701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.826;QD=16.6611;RBI=0.0113682;REFB=0.0211543;REVB=-0.0113259;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068273;STB=0.538434;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.0199834;OID=.;OPOS=42532693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:12:16:16:16:12:16:16:16 chr18 42533130 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.653;QD=57.8848;RBI=0.0093026;REFB=0;REVB=0.0010927;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11869e-05;OID=.;OPOS=42533130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr18 43206985 . A G 1936.89 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844266;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.64;QD=61.9806;RBI=0.0117947;REFB=0;REVB=-0.00823629;RO=0;SAF=51;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42488e-06;OID=.;OPOS=43206985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:74:51:0:0:74:51:0:0 chr18 43247001 . C G 285.09 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0329368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.066;QD=23.7577;RBI=0.0405962;REFB=-0.0118602;REVB=0.0237323;RO=21;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957115;STB=0.541635;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0119273;OID=.;OPOS=43247001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:13:13:13:8:13:13:13:9 chr18 43262359 . G A 769.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0853196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.556;QD=56.9904;RBI=0.090736;REFB=0;REVB=0.0308802;RO=0;SAF=6;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000893485;OID=.;OPOS=43262359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:48:6:0:0:48:6:0:0 chr18 43299836 . C A 405.5 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00309208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7125;QD=22.528;RBI=0.0234231;REFB=-0.00464324;REVB=0.0232181;RO=32;SAF=21;SAR=19;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132713;STB=0.572896;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00760842;OID=.;OPOS=43299836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:19:21:22:10:19:21:22:10 chr18 43310415 . G A 253.59 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=12;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0021584;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.288;QD=26.0093;RBI=0.0381068;REFB=-0.0598305;REVB=0.0380456;RO=10;SAF=11;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513399;STB=0.818475;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.065177;OID=.;OPOS=43310415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:39:39:10:12:12:12:0.307692:1:11:5:5:1:11:6:6 chr18 43316538 . A G 284.84 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0364784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.638;QD=23.7365;RBI=0.0394793;REFB=-0.0131884;REVB=0.0150978;RO=22;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13312;STB=0.574409;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00504766;OID=.;OPOS=43316538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:18:8:10:12:18:8:10:12 chr18 43416974 . T A 146.94 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0102496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.476;QD=16.793;RBI=0.0105678;REFB=-0.0108646;REVB=-0.00257387;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178829;STB=0.509422;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0105495;OID=.;OPOS=43416974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:17:19:16:16:0.457143:4:12:13:4:4:12:14:5 chr18 43420177 . G A 231.18 PASS AF=0.594595;AO=19;DP=35;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0181067;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.537;QD=24.9928;RBI=0.0185404;REFB=-0.0300184;REVB=0.00398692;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273118;STB=0.544001;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0173076;OID=.;OPOS=43420177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:13:15:19:22:0.594595:8:11:8:5:8:14:8:7 chr18 43427677 . T G 193.11 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0166904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.503;QD=12.0693;RBI=0.0387366;REFB=-0.0122617;REVB=0.0349564;RO=39;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11324;STB=0.557095;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0128241;OID=.;OPOS=43427677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:40:24:24:0.375:13:11:22:17:13:11:22:18 chr18 43481075 . G A 198.92 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00492864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.225;QD=19.4071;RBI=0.0198378;REFB=-0.016077;REVB=0.0192158;RO=21;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176717;STB=0.573694;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0161306;OID=.;OPOS=43481075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:19:20:0.487805:5:14:12:9:6:14:12:9 chr18 43490602 . G A 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00144443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.829;QD=16.4059;RBI=0.0237778;REFB=9.72873e-05;REVB=0.0237338;RO=37;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111826;STB=0.562873;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=1.65178e-05;OID=.;OPOS=43490602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:14:17:16:21:14:17:16:21 chr18 43547127 . TG T 341.11 PASS AF=0.977273;AO=36;DP=41;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0496967;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.0361;QD=31.0098;RBI=0.169625;REFB=-0.024591;REVB=-0.162181;RO=2;SAF=24;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.47619;SSEP=0;SSSB=-0.0374231;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=del;VARB=0.00449962;OID=.;OPOS=43547128;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.977273:36:41:43:44:1:26:17:1:0:4:2:24:12:2:0 chr18 43563677 . T C 582.43 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266282;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8005;QD=61.308;RBI=0.0270608;REFB=0;REVB=-0.00481932;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151196;OID=.;OPOS=43563677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr18 43565380 . A G 782.31 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0318689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.89;QD=52.1536;RBI=0.0474881;REFB=-0.216339;REVB=0.0352065;RO=2;SAF=34;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269356;STB=0.521119;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00314155;OID=.;OPOS=43565380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:60:60:2:3:57:57:0.95:23:34:2:0:23:34:3:0 chr18 43565399 . C A 887.75 PASS AF=0.984127;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00632168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.991;QD=56.3652;RBI=0.00819869;REFB=-0.0591503;REVB=-0.00522061;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000640654;OID=.;OPOS=43565399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:63:0:1:60:62:0.984127:27:33:0:0:27:35:0:1 chr18 43568717 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00168198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.926;QD=52.6132;RBI=0.00658967;REFB=0;REVB=0.0063714;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00223e-05;OID=.;OPOS=43568717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr18 43595851 . AA TA,TT 131.68 PASS AF=0.34,0.3;AO=2,2;DP=41;FAO=17,15;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=10,13;FSAR=7,2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.172713,0.0724868;FXX=0;HRUN=10,10;LEN=1,2;MLLD=10.9092,42.2721;QD=10.5344;RBI=0.23851,0.144327;REFB=-0.210962,-0.186511;REVB=-0.164491,-0.124803;RO=0;SAF=2,1;SAR=0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.517221,0.738258;STBP=0.843,0.042;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.120588,0.0588059;OID=.,.;OPOS=43595851,43595851;OREF=A,AA;OALT=T,TT;OMAPALT=TA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:83:41:50:0:18:2,2:17,15:0.34,0.3:0,1:2,1:0:0:7,2:10,13:10:8 chr18 43701587 . G A 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00224701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.012;QD=26.3063;RBI=0.035577;REFB=-0.0393116;REVB=0.035506;RO=13;SAF=20;SAR=1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476913;STB=0.774829;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0176929;OID=.;OPOS=43701587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:1:20:9:4:1:20:9:4 chr18 43833701 . T TCTG 220.77 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=0.00829926;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=278.709;QD=12.0972;RBI=0.0118046;REFB=-0.000791489;REVB=0.00839467;RO=46;SAF=12;SAR=15;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293918;STB=0.667541;STBP=0.035;TYPE=ins;VARB=0.00129303;OID=.;OPOS=43833702;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369863:27:73:27:73:46:12:15:33:13:99:46:12:15:33:13 chr18 43843736 . T G 594.01 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0939341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.431;QD=60.9244;RBI=0.122324;REFB=0;REVB=0.0783558;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00307844;OID=.;OPOS=43843736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:15:23:0:0:15:24:0:0 chr18 44063598 . G A 2140.06 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00935977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0446;QD=62.9429;RBI=0.0665725;REFB=0;REVB=0.0659113;RO=0;SAF=57;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180509;OID=.;OPOS=44063598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:135:136:1:78:57:0:0:79:57:0:0 chr18 44126909 . T C 1268.26 PASS AF=1;AO=73;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.582;QD=61.8662;RBI=0.0485085;REFB=0;REVB=0.0444219;RO=0;SAF=49;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364207;OID=.;OPOS=44126909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:73:82:1:24:49:0:0:33:49:0:0 chr18 44135143 . T C 1453.28 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.84;QD=63.1859;RBI=0.0304978;REFB=0;REVB=0.0192943;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26077e-05;OID=.;OPOS=44135143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr18 44149474 . G A 736.39 PASS AF=0.484277;AO=76;DP=159;FAO=77;FDP=159;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=-0.0713184;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0543;QD=18.5255;RBI=0.0713848;REFB=-0.00728478;REVB=-0.00307606;RO=80;SAF=37;SAR=39;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080999;STB=0.553324;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00879752;OID=.;OPOS=44149474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:80:82:76:77:0.484277:39:37:32:48:39:38:32:50 chr18 44560300 . C T 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0284;QD=56.6986;RBI=0.0675051;REFB=0;REVB=0.0347382;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193251;OID=.;OPOS=44560300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:6:23:0:0:6:23:0:0 chr18 44560429 . C A 447.02 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000364027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.025;QD=57.6799;RBI=0.0775633;REFB=0;REVB=0.0775624;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320878;OID=.;OPOS=44560429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:7:22:0:0:9:22:0:0 chr18 44560778 . C A 594.38 PASS AF=0.545455;AO=45;DP=114;FAO=60;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00473299;FXX=0.0350846;HRUN=6;LEN=1;MLLD=100.006;QD=21.6137;RBI=0.0152593;REFB=-0.088999;REVB=0.0145067;RO=31;SAF=19;SAR=26;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142098;STB=0.601194;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.038447;OID=.;OPOS=44560778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:110:31:48:45:60:0.545455:26:19:19:12:35:25:31:17 chr18 44560875 . C A 1128.25 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.153;QD=60.1733;RBI=0.0392194;REFB=0;REVB=0.0314707;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73613e-05;OID=.;OPOS=44560875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:41:32:0:0:42:33:0:0 chr18 44561100 . C G 198.6 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7264;QD=44.1343;RBI=0.0610814;REFB=0.0174308;REVB=-0.0574412;RO=1;SAF=16;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298625;STB=0.666417;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00168509;OID=.;OPOS=44561100;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:1:1:17:17:0.944444:1:16:0:1:1:16:0:1 chr18 44561516 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5876;QD=35.5757;RBI=0.0721734;REFB=0;REVB=-0.0721734;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00590047;OID=.;OPOS=44561516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr18 44561795 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.21;QD=57.2006;RBI=0.102967;REFB=0;REVB=-0.0972866;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000439833;OID=.;OPOS=44561795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr18 44585955 . G A 170.19 PASS AF=0.5;AO=16;DP=34;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00331991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.661;QD=18.9099;RBI=0.00338161;REFB=-0.0193702;REVB=-0.00064305;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079858;STB=0.529573;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0154606;OID=.;OPOS=44585955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:17:18:16:18:0.5:10:6:5:12:11:7:6:12 chr18 44593458 . T G 477.71 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.016173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4306;QD=22.2189;RBI=0.0258326;REFB=0.0140395;REVB=-0.0201434;RO=40;SAF=21;SAR=25;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162177;STB=0.58923;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0122657;OID=.;OPOS=44593458;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:25:21:26:14:25:21:26:14 chr18 44610718 . T C 292.71 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0010426;FXX=0.0163908;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.316;QD=19.514;RBI=0.00746144;REFB=-0.00809007;REVB=-0.00738824;RO=29;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673286;STB=0.537406;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00775123;OID=.;OPOS=44610718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:29:31:31:0.516667:18:13:10:19:18:13:10:19 chr18 44626630 . T G 176.15 PASS AF=0.392157;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.000167066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.826;QD=13.8156;RBI=0.00654994;REFB=-0.0249077;REVB=-0.00654781;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156636;STB=0.528897;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0290239;OID=.;OPOS=44626630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:31:31:19:20:0.392157:12:7:11:20:12:8:11:20 chr18 44662729 . C T 206.62 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00738561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.654;QD=17.2185;RBI=0.0210928;REFB=-0.0248596;REVB=-0.0197575;RO=27;SAF=16;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119188;STB=0.568459;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0581944;OID=.;OPOS=44662729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:5:16:18:9:5:16:18:9 chr18 45555829 . T C 157.15 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0951242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.5644;QD=11.2249;RBI=0.11332;REFB=-0.0264164;REVB=-0.061586;RO=35;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193414;STB=0.602373;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0400382;OID=.;OPOS=45555829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:9:11:13:22:9:11:14:22 chr18 45566276 . G A 177.49 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00173151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.897;QD=21.5139;RBI=0.0139236;REFB=-0.0148815;REVB=0.0138155;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101757;STB=0.540495;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0123994;OID=.;OPOS=45566276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:7:10:7:8:8:10:7:8 chr18 45696158 . G A 113.91 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0416066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.866;QD=11.1131;RBI=0.0431798;REFB=-0.00788287;REVB=0.0115493;RO=27;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283347;STB=0.683184;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0200091;OID=.;OPOS=45696158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:13:14:0.341463:4:9:12:15:4:10:12:15 chr18 45696204 . T C 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0180536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.457;QD=11.5633;RBI=0.0311068;REFB=-0.00475888;REVB=0.0253319;RO=29;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328953;STB=0.695932;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00745678;OID=.;OPOS=45696204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:4:11:13:16:4:11:13:16 chr18 45696256 . A G 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0134587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.221;QD=10.715;RBI=0.0135548;REFB=0.00117654;REVB=0.00161158;RO=29;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237033;STB=0.642644;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00216169;OID=.;OPOS=45696256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:4:10:15:14:4:10:15:14 chr18 46001932 . A G 851.06 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=357.704;QD=57.6986;RBI=0.00563392;REFB=0;REVB=0.00480929;RO=0;SAF=51;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15842e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44756e-06;OID=.;OPOS=46001932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:8:51:0:0:8:51:0:0 chr18 46284587 . T C 333.5 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=-0.0140088;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0562;QD=15.8807;RBI=0.0140787;REFB=-0.0232717;REVB=0.00140065;RO=47;SAF=15;SAR=21;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301233;STB=0.672987;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0242265;OID=.;OPOS=46284587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:47:48:36:36:0.428571:21:15:34:13:21:15:35:13 chr18 46385948 . A G 446.62 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0851236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.742;QD=57.6278;RBI=0.0871421;REFB=0;REVB=-0.0186474;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204796;OID=.;OPOS=46385948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:24:4:0:0:24:7:0:0 chr18 46545924 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.056;QD=58.4196;RBI=0.0316598;REFB=0;REVB=-0.0100877;RO=0;SAF=12;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78951e-05;OID=.;OPOS=46545924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:51:12:0:0:51:12:0:0 chr18 46545979 . A C 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=-0.0405074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.569;QD=15.7386;RBI=0.0421428;REFB=-0.0445843;REVB=0.0116261;RO=36;SAF=3;SAR=26;SRF=6;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143389;STB=0.582026;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.058568;OID=.;OPOS=46545979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:26:3:6:30:26:3:6:30 chr18 47369758 . C T 444.28 PASS AF=0.474747;AO=43;DP=96;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0279051;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.911;QD=17.9505;RBI=0.0292785;REFB=-0.0100982;REVB=-0.00886197;RO=52;SAF=22;SAR=21;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489641;STB=0.536926;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0150147;OID=.;OPOS=47369758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:52:52:43:47:0.474747:21:22:24:28:22:25:24:28 chr18 47383243 . C T 325.21 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0252702;FXX=0.040808;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.0419;QD=27.6775;RBI=0.0612467;REFB=0.00829683;REVB=0.0557905;RO=20;SAF=9;SAR=19;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144849;STB=0.567115;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00331135;OID=.;OPOS=47383243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:20:19:28:28:0.595745:19:9:10:10:19:9:9:10 chr18 47397996 . T C 313.78 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00415919;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.025;QD=22.0198;RBI=0.0223394;REFB=-0.00630813;REVB=-0.0219488;RO=25;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135252;STB=0.574654;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00424702;OID=.;OPOS=47397996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:25:25:32:32:0.561404:17:15:16:9:17:15:16:9 chr18 47398549 . G A 370.53 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00229157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.894;QD=17.2338;RBI=0.0122745;REFB=-0.0218926;REVB=-0.0120587;RO=47;SAF=13;SAR=26;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00775479;STB=0.504346;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0235921;OID=.;OPOS=47398549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:26:13:16:31:26:13:16:31 chr18 47405425 . T TGAG 259.58 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0201956;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=3;MLLD=269.532;QD=11.4102;RBI=0.0211783;REFB=-0.00308041;REVB=0.00637607;RO=62;SAF=14;SAR=17;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509994;STBP=0.893;TYPE=ins;VARB=0.00535425;OID=.;OPOS=47405426;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340659:31:96:31:91:60:14:17:28:32:99:62:14:17:28:34 chr18 47429022 . C T 704.26 PASS AF=0.420765;AO=77;DP=183;FAO=77;FDP=183;FR=.;FRO=106;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=67;FSRR=39;FWDB=0.000853784;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.731;QD=15.3937;RBI=0.0126503;REFB=-0.0156617;REVB=-0.0126214;RO=106;SAF=41;SAR=36;SRF=67;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104609;STB=0.558365;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0179299;OID=.;OPOS=47429022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:106:106:77:77:0.420765:36:41:67:39:36:41:67:39 chr18 47563299 . T C 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1268;QD=56.9535;RBI=0.0347883;REFB=0;REVB=0.0290534;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101564;OID=.;OPOS=47563299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr18 47777937 . G A 808.4 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.731;QD=56.7294;RBI=0.0708372;REFB=0;REVB=0.038369;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004213;OID=.;OPOS=47777937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:57:0:0:54:57:1:32:22:0:0:34:23:0:0 chr18 47795629 . C A 1305.9 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0199392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8471;QD=60.7394;RBI=0.0377161;REFB=-0.100571;REVB=0.0320146;RO=1;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126298;STB=0.505262;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00157406;OID=.;OPOS=47795629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:84:85:0.988372:37:47:0:1:38:47:1:0 chr18 47803354 . C T 1014.62 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304566;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.953;QD=58.8186;RBI=0.0315936;REFB=0;REVB=-0.00839958;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154939;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261622;OID=.;OPOS=47803354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:69:1:0:68:69:1:38:30:1:0:38:31:0:0 chr18 47810251 . C G 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.636;QD=63.0525;RBI=0.0461717;REFB=0;REVB=0.0452621;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94487e-05;OID=.;OPOS=47810251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr18 47810351 . A G 920.51 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.965;QD=57.532;RBI=0.0406407;REFB=0;REVB=0.0360664;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024373;OID=.;OPOS=47810351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:64:0:0:58:64:1:20:38:0:0:25:39:0:0 chr18 47908556 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.166;QD=64.1538;RBI=0.0244749;REFB=0;REVB=-0.0204037;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.64347e-05;OID=.;OPOS=47908556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:35:14:0:0:35:14:0:0 chr18 48190440 . G A 674.61 PASS AF=0.467532;AO=72;DP=154;FAO=72;FDP=154;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=0.0134431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6731;QD=17.5223;RBI=0.0628624;REFB=-0.0305759;REVB=0.0614082;RO=82;SAF=29;SAR=43;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000338249;STB=0.500187;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0349348;OID=.;OPOS=48190440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:82:82:72:72:0.467532:43:29:33:49:43:29:33:49 chr18 48190514 . G A 385.57 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.033182;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9192;QD=14.8297;RBI=0.0368555;REFB=-0.0214609;REVB=0.01604;RO=60;SAF=17;SAR=27;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050052;STB=0.528194;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0302529;OID=.;OPOS=48190514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:60:60:44:44:0.423077:27:17:26:34:27:17:26:34 chr18 48327815 . G A 282.0 PASS AF=0.52;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.075793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.217;QD=22.5604;RBI=0.075801;REFB=-0.00323647;REVB=-0.00109976;RO=22;SAF=11;SAR=15;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130028;STB=0.544695;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00382362;OID=.;OPOS=48327815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:22:24:26:26:0.52:15:11:6:16:15:11:8:16 chr18 48333203 . C G 167.13 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0169505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.899;QD=15.1939;RBI=0.0181271;REFB=-0.0156067;REVB=0.00642446;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175487;STB=0.5999;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0297892;OID=.;OPOS=48333203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:12:6:5:21:12:6:5:21 chr18 48346024 . G T 575.97 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0414669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5924;QD=19.8611;RBI=0.0634316;REFB=-0.00477412;REVB=0.0480007;RO=55;SAF=28;SAR=31;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162389;STB=0.500439;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00474545;OID=.;OPOS=48346024;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:55:57:59:59:0.508621:31:28:26:29:31:28:27:30 chr18 48458717 . T A 275.17 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00682831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.032;QD=13.1034;RBI=0.0172634;REFB=-0.0043336;REVB=-0.0158555;RO=52;SAF=17;SAR=15;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338491;STB=0.519362;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00776575;OID=.;OPOS=48458717;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:15:17:26:26:15:17:26:26 chr18 48577782 . G C 670.6 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.363;QD=62.3813;RBI=0.0707634;REFB=0;REVB=0.0707323;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019954;OID=.;OPOS=48577782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:28:15:0:0 chr18 48610367 . T C 60.75 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00240594;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6983;QD=5.78598;RBI=0.00241613;REFB=-0.0143909;REVB=-0.000221752;RO=31;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222664;STB=0.666297;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0338651;OID=.;OPOS=48610367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:42:42:31:33:9:9:0.214286:6:3:16:15:6:3:18:15 chr18 48633216 . G T 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.37;QD=53.3628;RBI=0.0148533;REFB=0.0198262;REVB=-0.0099436;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518506;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-9.70175e-05;OID=.;OPOS=48633216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:16:13:0:0:16:13:1:0 chr18 48723217 . C T 335.43 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0241601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.158;QD=46.2659;RBI=0.0500805;REFB=-0.112294;REVB=0.0438673;RO=1;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841069;STB=0.522803;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00145094;OID=.;OPOS=48723217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:29:29:1:3:26:26:0.896552:5:21:0:1:5:21:2:1 chr18 49088752 . A G 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0126899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.942;QD=19.6924;RBI=0.0167721;REFB=-0.0161761;REVB=-0.0109668;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190037;STB=0.51063;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0139298;OID=.;OPOS=49088752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:12:14:14:11:12:14:14:11 chr18 49867224 . T C 2642.43 PASS AF=0.982955;AO=172;DP=175;FAO=173;FDP=176;FR=.;FRO=3;FSAF=80;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.039734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.634;QD=60.0553;RBI=0.043086;REFB=-0.0729322;REVB=0.0166617;RO=2;SAF=80;SAR=92;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000766911;STB=0.503499;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000933874;OID=.;OPOS=49867224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:175:176:2:3:172:173:0.982955:92:80:1:1:93:80:2:1 chr18 50432602 . C G 318.26 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0128948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6098;QD=18.1862;RBI=0.0248305;REFB=0.0122169;REVB=0.0212198;RO=36;SAF=18;SAR=16;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103518;STB=0.557755;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0132439;OID=.;OPOS=50432602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:16:18:15:21:16:18:15:21 chr18 51681244 . T C 340.66 PASS AF=0.586207;AO=33;DP=57;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00137139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.136;QD=23.4936;RBI=0.0955749;REFB=-0.0248162;REVB=0.095565;RO=24;SAF=22;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696223;STB=0.528367;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0147222;OID=.;OPOS=51681244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:24:24:33:34:0.586207:11:22:14:10:12:22:14:10 chr18 51795957 . GCGACGACGACGAG GCGACGACGAG,GCGACGACGAGGAA,GCGGCGACGACGAG 552.55 PASS AF=0.794872,0.0512821,0.153846;AO=24,4,4;DP=42;FAO=31,2,6;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0,1;FSAR=16,2,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451371,0.044046,0.0261611;FXX=0.0249938;HRUN=1,1,1;LEN=3,4,1;MLLD=131.766,105.464,71.0251;QD=56.6713;RBI=0.0653775,0.0498518,0.042979;REFB=0,0,0;REVB=0.0472955,0.0233484,0.0340997;RO=0;SAF=13,0,1;SAR=11,4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.00461954,0.0517916,0.100096;OID=.,.,.;OPOS=51795958,51795967,51795960;OREF=CGA,CGAG,A;OALT=-,GGAA,G;OMAPALT=GCGACGACGAG,GCGACGACGAGGAA,GCGGCGACGACGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.794872,0.0512821,0.153846:24,4,4:42:31,2,6:39:0:15,0,1:16,2,5:0:0:34:0:13,0,1:11,4,3:0:0 chr18 51795990 . C G 174.49 PASS AF=0.529412;AO=16;DP=32;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00210404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9046;QD=20.5279;RBI=0.0522023;REFB=-0.0136687;REVB=0.0521599;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529379;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0250146;OID=.;OPOS=51795990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:16:16:16:18:0.529412:7:9:9:7:9:9:9:7 chr18 51820805 . G A 195.28 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422716;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.479;QD=48.8199;RBI=0.0479027;REFB=0;REVB=0.022534;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592795;OID=.;OPOS=51820805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr18 51855721 . C T 183.1 PASS AF=0.487179;AO=16;DP=36;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0625136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8285;QD=18.7792;RBI=0.0736848;REFB=0.020156;REVB=0.0390065;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350462;STB=0.716315;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0165555;OID=.;OPOS=51855721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:20:20:16:19:0.487179:6:10:5:15:6:13:5:15 chr18 51887123 . C T 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0101294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.618;QD=13.7746;RBI=0.018211;REFB=-0.0057026;REVB=-0.015134;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165883;STB=0.594138;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0145911;OID=.;OPOS=51887123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:14:14:14:27:14:14:14:27 chr18 51887171 . G A 117.7 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00917952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.246;QD=12.3897;RBI=0.0107286;REFB=-0.00867827;REVB=-0.00555329;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12046;STB=0.590429;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0126738;OID=.;OPOS=51887171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:24:14:14:0.368421:8:6:7:15:8:6:7:17 chr18 51888169 . G C 379.15 PASS AF=0.506494;AO=38;DP=76;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00226449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.909;QD=19.6958;RBI=0.0159895;REFB=-0.0101603;REVB=0.0158283;RO=38;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715568;STB=0.545735;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00976644;OID=.;OPOS=51888169;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:38:38:38:39:0.506494:20:18:15:23:20:19:15:23 chr18 52265308 . A C 695.82 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0476597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8459;QD=60.5058;RBI=0.0493228;REFB=-0.0143788;REVB=-0.0127003;RO=0;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507243;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00235799;OID=.;OPOS=52265308;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:34:11:0:0:34:11:0:1 chr18 52570281 . G A 410.82 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.905;QD=56.6646;RBI=0.0552634;REFB=0;REVB=0.0544238;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117351;OID=.;OPOS=52570281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr18 52570345 . C A 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0323717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.431;QD=12.5695;RBI=0.0330152;REFB=0.0112876;REVB=-0.00648663;RO=26;SAF=11;SAR=4;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190917;STB=0.613222;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0199876;OID=.;OPOS=52570345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:4:11:15:11:4:11:15:11 chr18 52605188 . C T 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.000200429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9084;QD=17.8391;RBI=0.0272489;REFB=-0.000273337;REVB=-0.0272481;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124945;STB=0.571329;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.000916716;OID=.;OPOS=52605188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:9:5:7:7:9:5 chr18 52889967 . T C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0290608;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.853;QD=17.8006;RBI=0.0296199;REFB=0.0155954;REVB=-0.00572765;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877436;STB=0.54995;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0128788;OID=.;OPOS=52889967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:11:13:9:11:11:13 chr18 52895531 . T C 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=3.37072e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.977;QD=10.8325;RBI=0.0101918;REFB=-0.0103121;REVB=-0.0101917;RO=41;SAF=7;SAR=15;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145026;STB=0.584943;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0131891;OID=.;OPOS=52895531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:15:7:18:23:15:7:18:23 chr18 53177774 . G C 501.99 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0864361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4332;QD=59.0575;RBI=0.0870328;REFB=0;REVB=0.0101742;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183205;OID=.;OPOS=53177774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:18:16:0:0 chr18 53303100 . GC G,GG 1409.33 PASS AF=0.0113636,0.988636;AO=40,48;DP=92;FAO=1,87;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=1,43;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105466,0.00645001;FXX=0.0434735;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=242.472,266.889;QD=64.0604;RBI=0.129731,0.15492;REFB=0,0;REVB=0.129301,0.154786;RO=0;SAF=0,44;SAR=40,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.63106e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0134077,2.85858e-05;OID=.,.;OPOS=53303101,53303101;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0113636,0.988636:40,48:92:1,87:88:0:1,43:0,44:0:0:3:0:0,44:40,4:0:0 chr18 54339818 . C G 1567.76 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8915;QD=63.9904;RBI=0.018144;REFB=0;REVB=-0.0144547;RO=0;SAF=40;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05578e-05;OID=.;OPOS=54339818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:58:40:0:0:58:40:0:0 chr18 54448778 . G A 333.0 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0087037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.585;QD=16.4443;RBI=0.0293145;REFB=-0.0229266;REVB=0.0279926;RO=44;SAF=21;SAR=15;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775862;STB=0.548361;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0328647;OID=.;OPOS=54448778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:45:36:36:0.444444:15:21:29:15:15:21:30:15 chr18 54814841 . G A 457.27 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.000281574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.764;QD=18.2907;RBI=0.0266043;REFB=-0.00547137;REVB=0.0266028;RO=54;SAF=21;SAR=25;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421969;STB=0.52355;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00612481;OID=.;OPOS=54814841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:25:21:27:27:25:21:27:27 chr18 54815025 . G T 280.68 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.012422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0834;QD=28.0681;RBI=0.0142731;REFB=0.00754969;REVB=0.00702966;RO=15;SAF=5;SAR=20;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673143;STB=0.537282;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00393298;OID=.;OPOS=54815025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:20:5:4:11:20:5:4:11 chr18 55021725 . A C 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0177202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.012;QD=19.4209;RBI=0.0219967;REFB=-0.00499777;REVB=0.0130326;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947963;STB=0.552789;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00416655;OID=.;OPOS=55021725;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:14:15:11:16:14:15:11:16 chr18 55027334 . G T 130.86 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0449367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2236;QD=10.2636;RBI=0.0497608;REFB=-0.0105434;REVB=0.0213735;RO=32;SAF=12;SAR=4;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303685;STB=0.677184;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0106699;OID=.;OPOS=55027334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:32:35:16:16:0.313725:4:12:16:16:4:12:18:17 chr18 55103512 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00215556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.392;QD=11.0196;RBI=0.0269553;REFB=-0.00915348;REVB=-0.026869;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162008;STB=0.599657;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0140692;OID=.;OPOS=55103512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:4:4:4:2:4:4 chr18 55104016 . T C 335.85 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.00434352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.75;QD=22.3898;RBI=0.00506215;REFB=-0.0220945;REVB=-0.00259984;RO=26;SAF=6;SAR=27;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107509;STB=0.563427;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0196757;OID=.;OPOS=55104016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:33:34:0.566667:27:6:7:19:28:6:7:19 chr18 55124087 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00298665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.051;QD=56.7066;RBI=0.073043;REFB=0;REVB=0.072982;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108233;OID=.;OPOS=55124087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr18 55143766 . C T 940.81 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0406722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.55;QD=57.019;RBI=0.0522937;REFB=0.00634498;REVB=0.0328695;RO=1;SAF=40;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011665;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=3.15507e-05;OID=.;OPOS=55143766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:25:40:1:0:25:40:1:0 chr18 55144035 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00298567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.56;QD=60.6103;RBI=0.0225211;REFB=0;REVB=-0.0223223;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102826;OID=.;OPOS=55144035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr18 55144045 . G A 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4869;QD=60.9767;RBI=0.0255518;REFB=0;REVB=-0.0104049;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247432;OID=.;OPOS=55144045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr18 55144748 . G A 1506.98 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00381411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.635;QD=58.5236;RBI=0.0158849;REFB=-0.126993;REVB=0.0154202;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=1.56274e-05;OID=.;OPOS=55144748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:103:0:1:102:102:0.990291:51:51:0:0:51:51:0:1 chr18 55145575 . C G 892.27 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294606;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2498;QD=58.5094;RBI=0.0527697;REFB=0;REVB=0.0437803;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364699;OID=.;OPOS=55145575;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr18 55145765 . G C 400.34 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00949848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.26;QD=48.5262;RBI=0.0114864;REFB=-0.0898182;REVB=0.00645889;RO=3;SAF=11;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536801;STB=0.528888;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0013971;OID=.;OPOS=55145765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:19:11:2:1:19:11:2:1 chr18 55145906 . C T 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.688;QD=57.1759;RBI=0.028869;REFB=0;REVB=0.017902;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24393e-05;OID=.;OPOS=55145906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr18 55146261 . G A 1181.95 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0343054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.265;QD=58.3677;RBI=0.0355141;REFB=-0.0154004;REVB=0.00918623;RO=2;SAF=46;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00394874;STB=0.502086;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000348423;OID=.;OPOS=55146261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:33:46:1:1:33:46:1:1 chr18 55150271 . A C 393.03 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.648;QD=56.1473;RBI=0.08946;REFB=0;REVB=0.0831482;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112705;OID=.;OPOS=55150271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr18 55151334 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.228;QD=59.4356;RBI=0.00481361;REFB=0;REVB=-0.0023763;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51876e-06;OID=.;OPOS=55151334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr18 55153371 . T C 607.91 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.053;QD=60.7911;RBI=0.0320444;REFB=0;REVB=0.00997989;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12572e-05;OID=.;OPOS=55153371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:28:11:0:0:29:11:0:0 chr18 55155489 . A G 1240.75 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0371503;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.372;QD=59.0832;RBI=0.0380931;REFB=0.00488153;REVB=0.00842264;RO=2;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249076;STB=0.513155;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-5.67599e-05;OID=.;OPOS=55155489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:84:2:2:82:82:0.97619:37:45:0:2:37:45:0:2 chr18 55155711 . C G 575.61 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.549;QD=60.5909;RBI=0.0214178;REFB=0;REVB=-0.000605108;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53596e-05;OID=.;OPOS=55155711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr18 55155870 . G A 1044.21 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7141;QD=59.669;RBI=0.0340782;REFB=0;REVB=0.0146774;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359663;OID=.;OPOS=55155870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr18 55158489 . A AATTCTGC 568.94 PASS AF=0.824561;AO=44;DP=57;FAO=47;FDP=57;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0062214;FXX=0;HRUN=3;LEN=7;MLLD=281.719;QD=39.9257;RBI=0.0128516;REFB=-0.0252261;REVB=0.0112453;RO=10;SAF=18;SAR=26;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101637;STB=0.548512;STBP=0.12;TYPE=ins;VARB=0.0058207;OID=.;OPOS=55158490;OREF=-;OALT=ATTCTGC;OMAPALT=AATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.824561:44:57:47:57:10:20:27:7:3:60:10:18:26:7:3 chr18 55221648 . T C 574.47 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0129799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.255;QD=18.0935;RBI=0.0143692;REFB=-0.0040733;REVB=-0.00616411;RO=67;SAF=35;SAR=25;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302238;STB=0.516773;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00597134;OID=.;OPOS=55221648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:67:60:60:0.472441:25:35:37:30:25:35:37:30 chr18 55226383 . G C 73.68 PASS AF=0.2;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00797248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.8312;QD=4.91167;RBI=0.0300233;REFB=-3.4024e-05;REVB=-0.0289454;RO=47;SAF=5;SAR=7;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243863;STB=0.646504;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00130302;OID=.;OPOS=55226383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:59:60:47:48:12:12:0.2:7:5:29:18:7:5:29:19 chr18 55247336 . C A 533.62 PASS AF=0.456;AO=56;DP=124;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.017468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.397;QD=17.0758;RBI=0.0174684;REFB=-0.0176163;REVB=0.000126023;RO=67;SAF=34;SAR=22;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554579;STB=0.531221;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0248907;OID=.;OPOS=55247336;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:67:68:56:57:0.456:22:34:37:30:22:35:38:30 chr18 55313704 . AT A 98.3 PASS AF=0.595238;AO=21;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.155189;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.44951;QD=9.36205;RBI=0.172501;REFB=0.12154;REVB=-0.0753202;RO=13;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293603;STB=0.576861;STBP=0.224;TYPE=del;VARB=0.00502395;OID=.;OPOS=55313705;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.595238:21:42:25:42:17:10:15:10:7:42:13:6:15:9:4 chr18 55314820 . C A 452.75 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=65;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0180416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.042;QD=27.8616;RBI=0.0180801;REFB=-0.0297209;REVB=-0.00117971;RO=22;SAF=26;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780193;STB=0.55149;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0135303;OID=.;OPOS=55314820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:22:23:42:42:0.646154:16:26:11:11:16:26:11:12 chr18 55317676 . C T 619.93 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0559876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3934;QD=59.0413;RBI=0.0761745;REFB=-0.0243947;REVB=-0.0516521;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00094909;OID=.;OPOS=55317676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:23:18:0:0:23:18:0:1 chr18 55346232 . A G 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0748074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5202;QD=37.8926;RBI=0.0748488;REFB=-0.0440934;REVB=-0.00248785;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0188381;OID=.;OPOS=55346232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:0:1:7:5:0:1 chr18 55362532 . T G 1012.09 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0422391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.998;QD=57.8339;RBI=0.0480827;REFB=-0.0699247;REVB=0.022974;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.505881;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00200558;OID=.;OPOS=55362532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:0:1:69:69:0.985714:42:27:0:0:42:27:0:1 chr18 55364852 . A G 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.447;QD=58.7807;RBI=0.0254525;REFB=0;REVB=0.0101486;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45714e-05;OID=.;OPOS=55364852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr18 56148796 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.905;QD=45.8065;RBI=0.0638068;REFB=0;REVB=0.00399894;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056035;OID=.;OPOS=56148796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr18 56149099 . T C 1192.65 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0650082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.344;QD=59.6326;RBI=0.0705008;REFB=-0.153828;REVB=0.0272819;RO=1;SAF=37;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126228;STB=0.506665;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000906391;OID=.;OPOS=56149099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:42:37:1:0:42:37:1:0 chr18 56202418 . T C 239.06 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.4914;QD=50.3288;RBI=0.04967;REFB=0;REVB=0.0491372;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596168;OID=.;OPOS=56202418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr18 56202982 . A T 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00207183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.034;QD=19.1729;RBI=0.00210824;REFB=-0.0267411;REVB=0.000390147;RO=32;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119678;STB=0.506663;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0192099;OID=.;OPOS=56202982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:19:14:14:18:19:14:14:18 chr18 56203411 . G C 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0274872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.44;QD=20.4855;RBI=0.0400933;REFB=-0.0275054;REVB=0.0291878;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283868;STB=0.66079;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00850489;OID=.;OPOS=56203411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:9:5:8:3:9:5:8:3 chr18 56203447 . A G 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0864525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6436;QD=17.7314;RBI=0.0905109;REFB=-0.0296976;REVB=0.026799;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582958;STB=0.533294;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0152866;OID=.;OPOS=56203447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:9:10:10:7:9:10 chr18 56203891 . G T 230.44 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.000579306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.26;QD=20.0378;RBI=0.0104144;REFB=-0.0210742;REVB=0.0103983;RO=23;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207967;STB=0.594955;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0257186;OID=.;OPOS=56203891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:23:22:23:0.5:16:6:11:12:16:7:11:12 chr18 56203898 . T G 219.2 PASS AF=0.5;AO=20;DP=42;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0197617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.335;QD=19.9276;RBI=0.0210534;REFB=-0.00951812;REVB=-0.00726085;RO=21;SAF=4;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261478;STB=0.603674;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0135981;OID=.;OPOS=56203898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:21:22:20:22:0.5:16:4:9:12:16:6:10:12 chr18 56204250 . A C 207.86 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0572394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6634;QD=17.6898;RBI=0.0638363;REFB=0.00788273;REVB=0.0282616;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809754;STB=0.546174;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00731121;OID=.;OPOS=56204250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:13:8:12:14:13:8:12:14 chr18 56204644 . T G 216.49 PASS AF=0.46;AO=21;DP=48;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0041122;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.351;QD=17.3194;RBI=0.0162451;REFB=-0.0262469;REVB=0.015716;RO=27;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968653;STB=0.571363;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0234598;OID=.;OPOS=56204644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:27:27:21:23:0.46:15:6:10:17:17:6:10:17 chr18 56204747 . G A 393.23 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00158276;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.563;QD=19.4188;RBI=0.00844458;REFB=-0.00684409;REVB=-0.00829493;RO=39;SAF=16;SAR=24;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124635;STB=0.569965;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0057898;OID=.;OPOS=56204747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:41:40:40:0.493827:24:16:21:18:24:16:22:19 chr18 56279025 . T G 639.01 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.847;QD=59.4425;RBI=0.019206;REFB=-0.0621259;REVB=0.0102715;RO=1;SAF=12;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375076;STB=0.51999;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000296623;OID=.;OPOS=56279025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:30:12:1:0:30:12:1:0 chr18 56470255 . G C 144.93 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2854;QD=44.5944;RBI=0.0680186;REFB=0;REVB=0.0219006;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0042123;OID=.;OPOS=56470255;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:6:7:0:0 chr18 56593521 . T G 228.96 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.027372;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7548;QD=21.2986;RBI=0.0355643;REFB=-0.0140935;REVB=0.0227066;RO=20;SAF=5;SAR=17;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183356;STB=0.595594;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.020232;OID=.;OPOS=56593521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:21:22:22:0.511628:17:5:8:12:17:5:8:13 chr18 56887507 . C A 427.66 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0676905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0968;QD=51.8373;RBI=0.0800225;REFB=-0.0743072;REVB=0.04268;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252169;STB=0.526299;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00339545;OID=.;OPOS=56887507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:1:2:31:31:0.939394:18:13:0:1:18:13:0:2 chr18 57567699 . G A 477.14 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0164225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8143;QD=18.0052;RBI=0.0281325;REFB=0.00823673;REVB=-0.0228416;RO=53;SAF=25;SAR=26;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104337;STB=0.547451;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.0116325;OID=.;OPOS=57567699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:55:51:51:0.481132:26:25:32:21:26:25:32:23 chr18 57640352 . C CAA,CAAA 493.57 PASS AF=1,0;AO=33,9;DP=44;FAO=43,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0589843,-0.0425417;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,3;MLLD=31.9089,22.9067;QD=45.9138;RBI=0.100955,0.0695257;REFB=0,0;REVB=-0.0819311,-0.0549912;RO=1;SAF=10,2;SAR=23,7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0444293,-0.175672;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00647346,0.0635849;OID=.,.;OPOS=57640353,57640353;OREF=-,-;OALT=AA,AAA;OMAPALT=CAA,CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:33,9:44:43,0:43:0:13,0:30,0:0:0:9:1:10,2:23,7:1:0 chr18 59166541 . C T 632.09 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.573;QD=61.667;RBI=0.0250626;REFB=0;REVB=0.00811661;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171038;OID=.;OPOS=59166541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr18 59170304 . C G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.63;QD=60.0307;RBI=0.016349;REFB=0;REVB=0.00595505;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48313e-05;OID=.;OPOS=59170304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr18 59482283 . A G 153.1 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0022477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0006;QD=13.9183;RBI=0.126949;REFB=-0.0258731;REVB=0.126929;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455323;STB=0.526432;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0436194;OID=.;OPOS=59482283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:7:10:17:10:7:10:17:10 chr18 59483514 . A G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0256445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.242;QD=17.0333;RBI=0.0258998;REFB=-0.0250936;REVB=-0.00362766;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00981228;STB=0.505612;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0305715;OID=.;OPOS=59483514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:12:10:8:10:12:10 chr18 59805532 . T C 1157.21 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0323784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5722;QD=59.3441;RBI=0.0593314;REFB=-0.0786049;REVB=0.0497177;RO=1;SAF=25;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185522;STB=0.509801;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00227499;OID=.;OPOS=59805532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:52:25:1:0:52:25:1:0 chr18 59814268 . G A 305.95 PASS AF=0.425;AO=33;DP=79;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.00099003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.862;QD=15.2975;RBI=0.0015782;REFB=-0.0181605;REVB=0.00122905;RO=46;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164989;STB=0.599944;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0205575;OID=.;OPOS=59814268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:46:46:33:34:0.425:17:16:15:31:17:17:15:31 chr18 59814324 . G C 941.47 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127864;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.131;QD=58.8418;RBI=0.0133227;REFB=0;REVB=0.00374187;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32942e-05;OID=.;OPOS=59814324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr18 60027241 . C T 809.44 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.688;QD=56.8028;RBI=0.0464042;REFB=0;REVB=0.000532974;RO=1;SAF=31;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149682;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142269;OID=.;OPOS=60027241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:1:0:56:57:1:25:31:1:0:25:32:0:0 chr18 60036083 . A G 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.942;QD=56.953;RBI=0.0282691;REFB=0;REVB=0.0217667;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9122e-05;OID=.;OPOS=60036083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:39:13:0:0:39:13:0:0 chr18 60111488 . G A 362.35 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367078;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5299;QD=55.7457;RBI=0.0457095;REFB=0;REVB=-0.0272378;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00598306;OID=.;OPOS=60111488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr18 60237388 . A G 556.69 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5741;QD=60.1828;RBI=0.0145813;REFB=0;REVB=-0.0122137;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.25243e-05;OID=.;OPOS=60237388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr18 60241732 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.454;QD=58.5876;RBI=0.0483113;REFB=0;REVB=-0.0254661;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44049e-05;OID=.;OPOS=60241732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr18 60244856 . A G 2360.41 PASS AF=1;AO=153;DP=156;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297149;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.271;QD=61.3094;RBI=0.0527675;REFB=0;REVB=0.0436054;RO=0;SAF=80;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55022e-05;OID=.;OPOS=60244856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:154:0:0:153:154:1:73:80:0:0:74:80:0:0 chr18 60562298 . A T 305.45 PASS AF=0.471429;AO=34;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0302926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6493;QD=17.4545;RBI=0.0498105;REFB=-0.0204904;REVB=-0.0395404;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408235;STB=0.533313;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0202136;OID=.;OPOS=60562298;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:37:34:33:0.471429:15:19:18:17:14:19:19:18 chr18 60985773 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.103396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7666;QD=16.1976;RBI=0.103527;REFB=-0.0450914;REVB=-0.00520356;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23409;STB=0.635921;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00926208;OID=.;OPOS=60985773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:3:0:1:4:3:0 chr18 61057244 . AG A 126.43 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0531411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.3367;QD=18.0616;RBI=0.0813061;REFB=-0.0457329;REVB=-0.0615362;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329238;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=del;VARB=0.0245229;OID=.;OPOS=61057245;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.607143:16:28:17:28:11:8:9:6:5:60:11:8:8:6:5 chr18 61151697 . C T 379.56 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0138432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.757;QD=22.0032;RBI=0.0146181;REFB=-0.00897673;REVB=-0.00469637;RO=31;SAF=18;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180396;STB=0.509949;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00771024;OID=.;OPOS=61151697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:20:18:14:17:20:18:14:17 chr18 61156606 . G C 1116.86 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1494;QD=60.371;RBI=0.0200241;REFB=0;REVB=0.019069;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05394e-05;OID=.;OPOS=61156606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr18 61160287 . T C 853.59 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00856063;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.3124;QD=55.973;RBI=0.0838507;REFB=-0.118668;REVB=-0.0834126;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.507934;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00230061;OID=.;OPOS=61160287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:31:29:0:0:31:29:0:1 chr18 61160320 . G C 327.9 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00502534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0637;QD=20.4936;RBI=0.0364809;REFB=-0.0186443;REVB=0.0361331;RO=29;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388029;STB=0.513804;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0160863;OID=.;OPOS=61160320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:30:34:34:0.53125:18:16:15:14:18:16:15:15 chr18 61160385 . T C 267.06 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.011919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.707;QD=18.4182;RBI=0.0128046;REFB=-0.00935793;REVB=0.00467922;RO=29;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215798;STB=0.620606;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0332078;OID=.;OPOS=61160385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:18:11:18:11:18:11:18:11 chr18 61170721 . T C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0264757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6541;QD=7.12509;RBI=0.036633;REFB=-0.000936516;REVB=-0.0253182;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415612;STB=0.760171;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00311604;OID=.;OPOS=61170721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:2:5:6:12:2:5:6:12 chr18 61170782 . A G 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0133276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.842;QD=11.5979;RBI=0.0168204;REFB=-0.00759213;REVB=-0.0102615;RO=21;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478794;STB=0.782162;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.022029;OID=.;OPOS=61170782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:3:9:6:15:3:9:6:15 chr18 61170925 . T C 922.72 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0175076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.625;QD=56.7826;RBI=0.0175141;REFB=-0.0758967;REVB=-0.000474812;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000197066;OID=.;OPOS=61170925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:33:31:0:0:33:31:1:0 chr18 61233907 . C T 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0089477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8643;QD=11.9186;RBI=0.0117936;REFB=-0.0118728;REVB=0.00768298;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163877;STB=0.5997;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0099402;OID=.;OPOS=61233907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:5:4:2:5:5:4 chr18 61234004 . G C 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0158862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.185;QD=18.9485;RBI=0.0580305;REFB=0.00103542;REVB=0.0558137;RO=27;SAF=20;SAR=8;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113173;STB=0.506325;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.000327213;OID=.;OPOS=61234004;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:8:20:19:8:8:20:19:8 chr18 61264298 . G A 1788.3 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00552971;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.657;QD=61.1383;RBI=0.0153864;REFB=0;REVB=0.0143584;RO=0;SAF=48;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11346e-06;OID=.;OPOS=61264298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:69:48:0:0:69:48:0:0 chr18 61264468 . C T 994.2 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.97;QD=57.635;RBI=0.0232206;REFB=-0.0371888;REVB=0.0176846;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.50769;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000437439;OID=.;OPOS=61264468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:36:32:0:0:36:32:1:0 chr18 61326597 . A C 704.98 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0474043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.792;QD=54.2295;RBI=0.0496499;REFB=-0.11526;REVB=-0.014763;RO=1;SAF=49;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00951375;STB=0.504948;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.000807573;OID=.;OPOS=61326597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:50:51:0.980769:1:49:1:0:1:50:1:0 chr18 61326602 . A G 775.28 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0173414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.277;QD=53.4672;RBI=0.0300937;REFB=0.00290892;REVB=0.0245949;RO=2;SAF=55;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016841;STB=0.508925;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=3.71367e-05;OID=.;OPOS=61326602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:1:55:2:0:1:55:2:0 chr18 61326609 . T G 888.01 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00421193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.754;QD=56.3813;RBI=0.255921;REFB=-0.123152;REVB=0.255887;RO=0;SAF=61;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00141261;OID=.;OPOS=61326609;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:0:1:61:62:0.984127:0:61:0:0:1:61:1:0 chr18 61326628 . A AT,ATT,T 983.74 PASS AF=0.922078,0,0.0779221;AO=55,9,6;DP=79;FAO=71,0,6;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=69,0,6;FSAR=2,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.170663,-0.0876393,-0.0921821;FXX=0;HRUN=2,2,3;LEN=1,2,1;MLLD=18.4782,8.29853,10.6051;QD=51.1031;RBI=0.387913,0.263894,0.259109;REFB=0,0,0;REVB=0.348354,0.248916,0.242157;RO=8;SAF=55,9,5;SAR=0,0,1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.883984,0.758805,-0.074933;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.00202385,0,0.0860726;OID=.,.,.;OPOS=61326629,61326629,61326628;OREF=-,-,A;OALT=T,TT,T;OMAPALT=AT,ATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:20:79:77:8:0:55,9,6:71,0,6:0.922078,0,0.0779221:0,0,1:55,9,5:7:1:2,0,0:69,0,6:0:0 chr18 61471523 . G A 1576.04 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.377;QD=63.6784;RBI=0.0109108;REFB=0;REVB=0.00508802;RO=0;SAF=33;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12339e-05;OID=.;OPOS=61471523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:64:33:0:0:66:33:0:0 chr18 61471670 . G A 407.7 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0109056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.825;QD=15.3849;RBI=0.0114238;REFB=0.00474162;REVB=-0.00340169;RO=59;SAF=23;SAR=23;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594773;STB=0.53772;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00178217;OID=.;OPOS=61471670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:60:46:46:0.433962:23:23:33:26:23:23:34:26 chr18 61564394 . A G 763.03 PASS AF=1;AO=42;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00154504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.5205;QD=55.4928;RBI=0.19366;REFB=0;REVB=0.193654;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258042;OID=.;OPOS=61564394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:42:55:1:18:24:0:0:31:24:0:0 chr18 61570470 . T G 967.73 PASS AF=0.886076;AO=69;DP=80;FAO=70;FDP=79;FR=.;FRO=9;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0102741;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.5028;QD=48.9992;RBI=0.0354536;REFB=-0.175616;REVB=0.0339323;RO=9;SAF=36;SAR=33;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735723;STB=0.503084;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0119673;OID=.;OPOS=61570470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:80:79:9:9:69:70:0.886076:33:36:5:4:33:37:5:4 chr18 61570503 . C G 905.83 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270442;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7252;QD=58.4406;RBI=0.0417274;REFB=0;REVB=-0.0317771;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67704e-05;OID=.;OPOS=61570503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr18 61570529 . C G 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.278;QD=62.3444;RBI=0.0271126;REFB=0;REVB=-0.00965516;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33622e-05;OID=.;OPOS=61570529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr18 61575232 . A G 2512.62 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0357614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.609;QD=60.9119;RBI=0.0360564;REFB=-0.0647011;REVB=0.00460339;RO=0;SAF=72;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502702;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=4.4021e-05;OID=.;OPOS=61575232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:165:0:1:164:164:0.993939:92:72:0:0:92:72:0:1 chr18 61582751 . T G 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.02;QD=60.3753;RBI=0.0751483;REFB=0;REVB=0.0736335;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295932;OID=.;OPOS=61582751;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr18 61582867 . A G 1246.1 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.529;QD=61.5359;RBI=0.0116035;REFB=0;REVB=0.00816705;RO=0;SAF=52;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24985e-07;OID=.;OPOS=61582867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:28:52:0:0:28:53:0:0 chr18 61585260 . T C 771.32 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.639;QD=61.7059;RBI=0.108545;REFB=0;REVB=0.0121222;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255046;OID=.;OPOS=61585260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:46:50:1:29:17:0:0:29:21:0:0 chr18 61587067 . C T 785.59 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.096;QD=64.1295;RBI=0.0225105;REFB=0;REVB=-0.0112614;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99093e-05;OID=.;OPOS=61587067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr18 61600384 . C T 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346039;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.681;QD=59.8621;RBI=0.0367004;REFB=0;REVB=-0.0122266;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56824e-05;OID=.;OPOS=61600384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr18 61620766 . G A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.492;QD=56.1901;RBI=0.0337465;REFB=0;REVB=-0.00182844;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311458;OID=.;OPOS=61620766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr18 61650865 . G A 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0268595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.588;QD=10.6295;RBI=0.0268916;REFB=-0.0081745;REVB=0.00131285;RO=44;SAF=17;SAR=6;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488954;STB=0.528616;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0159128;OID=.;OPOS=61650865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:6:17:31:13:6:17:31:13 chr18 61654463 . A G 650.75 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.176466;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0212;QD=61.9765;RBI=0.183198;REFB=0;REVB=0.0492046;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0044616;OID=.;OPOS=61654463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr18 62036875 . G A 1637.13 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.371;QD=60.0783;RBI=0.0114228;REFB=0;REVB=-0.00523319;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21257e-06;OID=.;OPOS=62036875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:56:52:0:0:56:53:0:0 chr18 63489378 . C T 371.17 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.01299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2568;QD=17.4668;RBI=0.0345818;REFB=-0.00989644;REVB=-0.0320493;RO=44;SAF=20;SAR=19;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767768;STB=0.530424;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00963707;OID=.;OPOS=63489378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:46:39:39:0.458824:19:20:19:25:19:20:21:25 chr18 63530016 . A G 406.75 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00399966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.516;QD=17.4945;RBI=0.0105754;REFB=-0.0166631;REVB=-0.00978988;RO=50;SAF=16;SAR=26;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397508;STB=0.517753;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0155966;OID=.;OPOS=63530016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:51:42:42:0.451613:26:16:21:29:26:16:21:30 chr18 65178103 . G GCA 48.7 PASS AF=0.205128;AO=7;DP=47;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0591471;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=2;MLLD=114.797;QD=4.99471;RBI=0.0643767;REFB=-0.0136408;REVB=0.0254163;RO=39;SAF=0;SAR=7;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.682102;STB=0.868341;STBP=0.029;TYPE=ins;VARB=0.113234;OID=.;OPOS=65178104;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205128:7:47:8:39:31:1:7:18:13:48:39:0:7:20:19 chr18 65179829 . G A 322.78 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00182155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.191;QD=19.2706;RBI=0.0197945;REFB=-0.0165176;REVB=-0.0197105;RO=33;SAF=21;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038807;STB=0.521606;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0174735;OID=.;OPOS=65179829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:13:21:19:14:13:21:19:14 chr18 66504093 . A C 1562.82 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.34;QD=59.536;RBI=0.0360372;REFB=0;REVB=0.0312554;RO=0;SAF=59;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172162;OID=.;OPOS=66504093;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:97:105:0:0:97:105:1:38:59:0:0:42:63:0:0 chr18 66504459 . A T 698.68 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.71;QD=54.7986;RBI=0.0552601;REFB=-0.103139;REVB=0.0541585;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00055652;OID=.;OPOS=66504459;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:23:27:0:0:23:27:1:0 chr18 66513615 . A G 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00561732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.768;QD=14.6979;RBI=0.0152625;REFB=-0.0115746;REVB=0.0141912;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221035;STB=0.512805;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0160695;OID=.;OPOS=66513615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:8:8:11:12:8:8:11:12 chr18 66513662 . T C 234.41 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00182192;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.299;QD=18.3851;RBI=0.00931388;REFB=-0.00356554;REVB=0.00913395;RO=21;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184917;STB=0.534196;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00517155;OID=.;OPOS=66513662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:26:25:25:0.490196:16:9:8:13:16:9:11:15 chr18 66526176 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.592;QD=51.9167;RBI=0.0707707;REFB=0;REVB=0.068431;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673866;OID=.;OPOS=66526176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr18 67345034 . T C 1607.12 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.405;QD=64.2848;RBI=0.0463609;REFB=0;REVB=0.0338674;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63314e-06;OID=.;OPOS=67345034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:41:59:0:0:41:59:0:0 chr18 67365668 . A G 336.31 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0115562;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.191;QD=19.7831;RBI=0.0219269;REFB=-0.0184615;REVB=0.0186344;RO=33;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119472;STB=0.571866;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0124168;OID=.;OPOS=67365668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:34:35:0.514706:16:18:13:20:16:19:13:20 chr18 67531642 . T C 462.44 PASS AF=0.60274;AO=43;DP=72;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00800992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.507;QD=25.3393;RBI=0.0277089;REFB=-0.0149789;REVB=0.0265259;RO=29;SAF=14;SAR=29;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423894;STB=0.519642;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00688876;OID=.;OPOS=67531642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:29:29:43:44:0.60274:29:14:8:21:30:14:8:21 chr18 67687860 . T C 394.18 PASS AF=0.450549;AO=40;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0135974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.39;QD=17.3266;RBI=0.0157144;REFB=-0.0127154;REVB=-0.00787737;RO=50;SAF=28;SAR=12;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304327;STB=0.658565;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0202564;OID=.;OPOS=67687860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:40:41:0.450549:12:28:20:30:13:28:20:30 chr18 67718688 . A G 1266.3 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00591052;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.466;QD=61.7706;RBI=0.00728707;REFB=0;REVB=0.0042623;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60107e-06;OID=.;OPOS=67718688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr18 67801786 . T C 54.39 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00268011;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.353;QD=12.0857;RBI=0.00304701;REFB=-0.0216519;REVB=0.00144959;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211205;STB=0.705344;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0688346;OID=.;OPOS=67801786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:20:18:8:10:8:8:0.444444:3:5:3:5:2:6:4:6 chr18 67863850 . T TCTC 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023689;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=219.724;QD=53.3624;RBI=0.035953;REFB=-0.0191788;REVB=0.0270453;RO=1;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216718;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=ins;VARB=0.000833936;OID=.;OPOS=67863851;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.966667:29:30:29:30:1:8:21:0:1:5:1:8:21:0:1 chr18 67871343 . A C 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.779;QD=58.0568;RBI=0.0482875;REFB=0;REVB=0.0453884;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375174;OID=.;OPOS=67871343;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr18 67994632 . A AATT 429.45 PASS AF=0.5;AO=42;DP=89;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.011329;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=297.375;QD=19.9745;RBI=0.0159995;REFB=-0.01528;REVB=-0.0112976;RO=44;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126046;STB=0.569398;STBP=0.232;TYPE=ins;VARB=0.0163458;OID=.;OPOS=67994633;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=AATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:42:89:43:86:43:23:20:17:26:99:44:22:20:17:27 chr18 68180082 . G A 247.48 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0228545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.677;QD=17.6773;RBI=0.0232968;REFB=-0.0142214;REVB=-0.00451812;RO=28;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483609;STB=0.538017;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0160958;OID=.;OPOS=68180082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:28:27:28:0.5:17:10:9:19:17:11:9:19 chr18 70417396 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.974;QD=57.2376;RBI=0.0452326;REFB=0;REVB=0.00601612;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127121;OID=.;OPOS=70417396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr18 70532840 . T G 424.41 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0097704;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.963;QD=15.0233;RBI=0.0497847;REFB=-0.00612191;REVB=-0.0488166;RO=63;SAF=22;SAR=26;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00202089;STB=0.50706;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00735236;OID=.;OPOS=70532840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:65:48:48:0.424779:26:22:29:34:26:22:29:36 chr18 71826115 . C T 142.78 PASS AF=0.6;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0399761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4086;QD=22.8455;RBI=0.0566717;REFB=-0.0243755;REVB=-0.0401695;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593147;STB=0.553121;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0117712;OID=.;OPOS=71826115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:24:25:9:10:15:15:0.6:7:8:4:5:7:8:4:6 chr18 71894984 . A G 67.44 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0230127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0714;QD=13.4885;RBI=0.0284523;REFB=0.00897427;REVB=0.0167317;RO=11;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.61306;STB=0.866593;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0234724;OID=.;OPOS=71894984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:1:8:3:8:1:8:3:8 chr18 72021717 . T C 228.12 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0318862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.057;QD=45.624;RBI=0.0356581;REFB=-0.00799727;REVB=-0.0159615;RO=1;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705879;STB=0.53842;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00883392;OID=.;OPOS=72021717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:6:13:0:1:6:13:0:1 chr18 72103782 . T C 1683.26 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0062197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1585;QD=58.548;RBI=0.010258;REFB=0.0638583;REVB=-0.00815737;RO=1;SAF=62;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759727;STB=0.500854;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00160595;OID=.;OPOS=72103782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:1:2:113:113:0.982609:51:62:1:0:51:62:1:1 chr18 72114455 . C T 794.09 PASS AF=1;AO=35;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.692;QD=57.7522;RBI=0.13357;REFB=0;REVB=0.119719;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518168;OID=.;OPOS=72114455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:35:55:1:11:24:0:0:30:25:0:0 chr18 72223591 . G GTGC 629.78 PASS AF=0.862069;AO=47;DP=61;FAO=50;FDP=58;FR=.;FRO=8;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0712621;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=3;MLLD=218.284;QD=43.4331;RBI=0.0920556;REFB=-0.12322;REVB=0.0582746;RO=13;SAF=32;SAR=15;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417007;STB=0.511178;STBP=0.733;TYPE=ins;VARB=0.0170682;OID=.;OPOS=72223592;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.862069:47:61:50:58:8:34:16:6:2:41:13:32:15:10:3 chr18 72228124 . A G 1485.79 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301116;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.949;QD=60.0321;RBI=0.0302524;REFB=0;REVB=-0.00291517;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000853184;OID=.;OPOS=72228124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:48:50:0:0:48:51:0:0 chr18 72244208 . G A 426.87 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0135701;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.19;QD=24.3925;RBI=0.021311;REFB=-0.0357171;REVB=0.016432;RO=30;SAF=15;SAR=26;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10751;STB=0.550742;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0254556;OID=.;OPOS=72244208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:30:29:41:41:0.585714:26:15:15:15:26:15:14:15 chr18 72343008 . T C 351.5 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.599;QD=54.0764;RBI=0.0694084;REFB=0;REVB=0.0683976;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110462;OID=.;OPOS=72343008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:11:15:0:0 chr18 72343181 . A G 44.04 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0316822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.16;QD=6.52387;RBI=0.0325173;REFB=-0.0139046;REVB=0.00732206;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169726;STB=0.594953;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0187629;OID=.;OPOS=72343181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:19:20:7:7:0.259259:2:5:11:8:2:5:12:8 chr18 72344223 . T C 323.12 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00180707;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.86;QD=13.6052;RBI=0.00518796;REFB=-0.00994805;REVB=-0.00486306;RO=60;SAF=22;SAR=14;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159187;STB=0.595942;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0186769;OID=.;OPOS=72344223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:60:59:36:36:0.378947:14:22:28:32:14:22:27:32 chr18 72345890 . A C 155.5 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0316908;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.9854;QD=15.1711;RBI=0.0328215;REFB=0.0140317;REVB=0.00854099;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254988;STB=0.635677;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.012568;OID=.;OPOS=72345890;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:11:6:14:9:11:6:14:10 chr18 72347482 . T C 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00545816;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.576;QD=17.2231;RBI=0.00570573;REFB=-0.0136351;REVB=0.00166247;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230751;STB=0.512931;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0153705;OID=.;OPOS=72347482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:17:15:16:20:17:15:16:20 chr18 72776121 . G A 311.81 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0266856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2964;QD=16.6299;RBI=0.0542977;REFB=-0.0141239;REVB=0.0472876;RO=41;SAF=18;SAR=16;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548591;STB=0.530788;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0219559;OID=.;OPOS=72776121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:16:18:24:17:16:18:24:17 chr18 72914280 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.971;QD=44.6898;RBI=0.030924;REFB=0;REVB=0.000488842;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000377731;OID=.;OPOS=72914280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr18 72998004 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00716536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.274;QD=57.5451;RBI=0.00717849;REFB=0;REVB=-0.000434017;RO=0;SAF=45;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03412e-05;OID=.;OPOS=72998004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:13:45:0:0:13:45:0:0 chr18 72998268 . T C 788.19 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000690616;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5635;QD=57.3232;RBI=0.012289;REFB=0;REVB=0.0122695;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61873e-05;OID=.;OPOS=72998268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr18 72998526 . G A 139.54 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.000239546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.206;QD=12.4032;RBI=0.00353156;REFB=-0.00629403;REVB=-0.00352343;RO=29;SAF=4;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24463;STB=0.645375;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00749012;OID=.;OPOS=72998526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:12:4:13:16:12:4:13:16 chr18 72998886 . T C 1540.62 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.15;QD=63.5306;RBI=0.0296483;REFB=0;REVB=0.0240904;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55199e-05;OID=.;OPOS=72998886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:44:52:0:0:44:53:0:0 chr18 72999359 . T C 422.66 PASS AF=0.463158;AO=42;DP=92;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=9;FWDB=-0.0136363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.428;QD=17.7962;RBI=0.0359297;REFB=-0.0180132;REVB=-0.0332415;RO=47;SAF=28;SAR=14;SRF=38;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161511;STB=0.593601;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.009005;OID=.;OPOS=72999359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:47:51:42:44:0.463158:14:28:38:9:14:30:42:9 chr18 74208573 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3477;QD=35.5744;RBI=0.203841;REFB=0;REVB=0.19834;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119441;OID=.;OPOS=74208573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr18 74611127 . A G 1153.28 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.305;QD=60.6992;RBI=0.0491826;REFB=0;REVB=0.0257027;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208575;OID=.;OPOS=74611127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr18 74671768 . T C,G 1167.42 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=75,3;DP=78;FAO=75,3;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=39,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00823092,-0.0280664;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=151.112,19.1839;QD=59.8679;RBI=0.00823318,0.0612736;REFB=0,0;REVB=-0.000193015,-0.0544678;RO=0;SAF=36,0;SAR=39,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.6999e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000718391,0.158148;OID=.,.;OPOS=74671768,74671768;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:78:78:0:0:75,3:75,3:0.961538,0.0384615:39,3:36,0:0:0:39,3:36,0:0:0 chr18 74680207 . A AT 317.75 PASS AF=1;AO=4;DP=35;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029807;FXX=0.0605877;HRUN=0;LEN=1;MLLD=81.9672;QD=40.9996;RBI=0.0362991;REFB=0;REVB=0.0207164;RO=29;SAF=2;SAR=2;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265771;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000844923;OID=.;OPOS=74680208;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:35:31:31:0:8:23:0:0:3:29:2:2:8:21 chr18 74680208 . C G,T 428.89 PASS AF=0.09375,0.875;AO=3,28;DP=32;FAO=3,28;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=1,6;FSAR=2,22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014627,-0.00311077;FXX=0.0302939;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=23.7776,158.226;QD=53.6107;RBI=0.0365472,0.0162367;REFB=-0.19726,-0.135631;REVB=-0.0334925,0.015936;RO=1;SAF=1,6;SAR=2,22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.266641,-0.0713682;STB=0.665547,0.538433;STBP=0.558,0.128;TYPE=snp,snp;VARB=0.178822,0.000901343;OID=.,.;OPOS=74680208,74680208;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:32:32:1:1:3,28:3,28:0.09375,0.875:2,22:1,6:1:0:2,22:1,6:1:0 chr18 74680259 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.725;QD=60.2306;RBI=0.0147175;REFB=0;REVB=0.00428779;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011748;OID=.;OPOS=74680259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr18 74682214 . C T 2277.62 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240803;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9822;QD=63.7098;RBI=0.0876475;REFB=0;REVB=-0.0842747;RO=0;SAF=58;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000470355;OID=.;OPOS=74682214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:85:58:0:0:85:58:0:0 chr18 74702864 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4584;QD=59.5012;RBI=0.0366736;REFB=0;REVB=0.0307797;RO=0;SAF=49;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237298;OID=.;OPOS=74702864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:20:49:0:0:20:49:0:0 chr18 74728823 . C T 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00181356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.432;QD=18.6756;RBI=0.00826939;REFB=-0.0168317;REVB=-0.00806807;RO=32;SAF=21;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306687;STB=0.51712;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0115755;OID=.;OPOS=74728823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:11:21:20:12:11:21:20:12 chr18 74962645 . T C 468.03 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0298505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2264;QD=22.8306;RBI=0.0377019;REFB=-0.0194363;REVB=-0.0230299;RO=37;SAF=35;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238054;STB=0.632043;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0306399;OID=.;OPOS=74962645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:10:35:20:17:10:35:20:17 chr18 74980809 . G A 462.9 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7839;QD=57.8619;RBI=0.0301998;REFB=0;REVB=0.0299174;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219556;OID=.;OPOS=74980809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:18:13:0:0:19:13:0:0 chr18 76753588 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.081;QD=35.5755;RBI=0.0690069;REFB=0;REVB=0.0288579;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00746004;OID=.;OPOS=76753588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr18 76754466 . C T 559.73 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199813;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9422;QD=57.4085;RBI=0.0396331;REFB=-0.164718;REVB=0.0342277;RO=1;SAF=6;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148726;STB=0.507932;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00387528;OID=.;OPOS=76754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:39:1:1:37:38:0.974359:31:6:0:1:31:7:0:1 chr18 76873288 . A G 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0121662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.375;QD=16.4256;RBI=0.0154562;REFB=0.0018825;REVB=-0.00953298;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235046;STB=0.636115;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00242248;OID=.;OPOS=76873288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:4:7:4:7:4:7 chr18 77067000 . T G 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.011191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.341;QD=16.1558;RBI=0.0140757;REFB=-0.035663;REVB=0.00853746;RO=32;SAF=17;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128246;STB=0.572484;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0292558;OID=.;OPOS=77067000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:10:17:16:16:10:17:16:16 chr18 77170539 . GT TG 37.14 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00177316;FXX=0.0869187;HRUN=4;LEN=2;MLLD=91.4102;QD=7.07447;RBI=0.0278774;REFB=-0.0108678;REVB=-0.027821;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521733;STB=0.818575;STBP=0.074;TYPE=mnp;VARB=0.134794;OID=.;OPOS=77170539;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:21:14:15:6:6:0.285714:1:5:5:9:1:5:6:9 chr18 77171061 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.987;QD=35.5759;RBI=0.0586971;REFB=0;REVB=0.0108286;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350305;OID=.;OPOS=77171061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr18 77211764 . T C 697.48 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.939;QD=61.998;RBI=0.0220936;REFB=0;REVB=-0.0195433;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.49768e-06;OID=.;OPOS=77211764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:17:27:0:0:17:28:0:0 chr18 77227476 . A G 1142.55 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016639;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.746;QD=60.134;RBI=0.0182374;REFB=0;REVB=0.0181613;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000944691;OID=.;OPOS=77227476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:28:46:0:0:29:47:0:0 chr18 77246406 . T G 433.7 PASS AF=0.465347;AO=46;DP=98;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0238732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.814;QD=17.1763;RBI=0.026093;REFB=-0.0229437;REVB=-0.0105315;RO=50;SAF=11;SAR=35;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347289;STB=0.700845;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0256932;OID=.;OPOS=77246406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:50:54:46:47:0.465347:35:11:29:21:35:12:33:21 chr18 77420703 . C G 718.39 PASS AF=0.865672;AO=57;DP=67;FAO=58;FDP=67;FR=.;FRO=9;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0153931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4185;QD=42.8892;RBI=0.0810592;REFB=-0.149581;REVB=-0.0795842;RO=10;SAF=40;SAR=17;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155886;STB=0.569451;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0115104;OID=.;OPOS=77420703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:67:67:10:9:57:58:0.865672:17:40:2:8:18:40:2:7 chr18 77439532 . T C 279.77 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0141868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.575;QD=48.6558;RBI=0.0266393;REFB=-0.150188;REVB=0.0225474;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00101686;OID=.;OPOS=77439532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:1:0:12:10:1:0 chr18 77513721 . T C 1685.3 PASS AF=1;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028181;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.205;QD=60.7317;RBI=0.0330168;REFB=0;REVB=-0.0172028;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86531e-05;OID=.;OPOS=77513721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:111:0:0:110:111:1:54:56:0:0:55:56:0:0 chr18 77728135 . G T 569.9 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000771447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.343;QD=58.4513;RBI=0.00629534;REFB=-0.0738781;REVB=-0.00624789;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301243;OID=.;OPOS=77728135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:23:16:0:0 chr18 77736735 . T C 435.83 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0558948;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.4059;QD=54.4787;RBI=0.0847153;REFB=-0.101556;REVB=-0.0636589;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345339;STB=0.518507;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0021997;OID=.;OPOS=77736735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:13:18:0:1:13:18:0:1 chr18 77772974 . C A 34.29 PASS AF=0.108108;AO=7;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=49;FWDB=0.0276438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7161;QD=1.8533;RBI=0.0302477;REFB=-0.002627;REVB=0.0122778;RO=66;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.611543;STB=0.868653;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0354145;OID=.;OPOS=77772974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:74:74:66:66:7:8:0.108108:1:6:17:49:2:6:17:49 chr18 77773006 . A G 113.85 PASS AF=0.219512;AO=18;DP=82;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=48;FWDB=-0.0223521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.299;QD=5.55372;RBI=0.0453934;REFB=-0.000605655;REVB=-0.0395088;RO=64;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261073;STB=0.658937;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00292882;OID=.;OPOS=77773006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:64:64:18:18:0.219512:10:8:16:48:10:8:16:48 chr18 77773035 . G A 109.71 PASS AF=0.236111;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=-0.00873953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.057;QD=6.09514;RBI=0.0170179;REFB=-0.000734851;REVB=-0.0146024;RO=55;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213555;STB=0.629494;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00235986;OID=.;OPOS=77773035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:55:55:17:17:0.236111:10:7:14:41:10:7:14:41 chr18 77805856 . A C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0233001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0331;QD=16.4264;RBI=0.0293873;REFB=-0.00789637;REVB=0.0179086;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105136;STB=0.560337;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0149407;OID=.;OPOS=77805856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:9:2:3:8:9:2 chr18 77805949 . A C 229.79 PASS AF=0.482143;AO=21;DP=58;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00281293;FXX=0.0344768;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.294;QD=16.4139;RBI=0.0377935;REFB=-0.0213424;REVB=0.0376887;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00649354;STB=0.65049;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0349924;OID=.;OPOS=77805949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:19:29:21:27:0.482143:12:9:8:11:18:9:18:11 chr18 77891039 . T A 443.72 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00723047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.422;QD=17.749;RBI=0.0743099;REFB=-0.00519913;REVB=0.0739573;RO=55;SAF=22;SAR=23;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338121;STB=0.518906;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0048586;OID=.;OPOS=77891039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:23:22:25:30:23:22:25:30 chr18 77893683 . A G 236.39 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=34;FWDB=0.0132883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1905;QD=13.5081;RBI=0.0165085;REFB=-0.0025459;REVB=-0.00979544;RO=42;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389642;STB=0.718615;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00268292;OID=.;OPOS=77893683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:12:16:8:34:12:16:8:34 chr18 77894844 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.024721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6735;QD=13.959;RBI=0.0269727;REFB=0.0202;REVB=0.0107889;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0435663;OID=.;OPOS=77894844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:4:3:3:4:4:3 chr18 77895192 . G A 351.25 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0787349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.639;QD=26.0187;RBI=0.116223;REFB=-0.0274473;REVB=0.0854905;RO=20;SAF=12;SAR=22;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783165;STB=0.542763;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0240179;OID=.;OPOS=77895192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:22:12:5:15:22:12:5:15 chr18 77897478 . C G 600.24 PASS AF=0.492063;AO=61;DP=125;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0179461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.648;QD=19.0554;RBI=0.0319672;REFB=-0.0230768;REVB=-0.0264545;RO=63;SAF=36;SAR=25;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14889;STB=0.581375;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0280683;OID=.;OPOS=77897478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:63:64:61:62:0.492063:25:36:27:36:25:37:28:36 chr18 77915113 . C T 260.7 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0193408;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.562;QD=16.5525;RBI=0.0516212;REFB=-0.0103494;REVB=-0.047861;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100894;STB=0.55673;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0114684;OID=.;OPOS=77915113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:34:34:29:29:0.460317:14:15:14:20:14:15:14:20 chr18 77915906 . T C 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0393429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.883;QD=17.3789;RBI=0.0398902;REFB=-0.00641484;REVB=0.00658517;RO=37;SAF=11;SAR=22;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226888;STB=0.627372;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0049157;OID=.;OPOS=77915906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:22:11:21:16:22:11:21:16 chr19 372661 . C A 34.76 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.03388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9477;QD=4.79424;RBI=0.0485426;REFB=-0.00703695;REVB=-0.034764;RO=23;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150725;STB=0.51017;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0460596;OID=.;OPOS=372661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:5:1:4:19:5:1:4:19 chr19 439006 . C T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0772624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0999;QD=20.8975;RBI=0.0866153;REFB=-0.0257046;REVB=0.0391501;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788369;STB=0.545344;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0229062;OID=.;OPOS=439006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:5:3:1:3:5:3:1:3 chr19 453160 . A G 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00972531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.069;QD=60.2016;RBI=0.013856;REFB=0;REVB=-0.00986952;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09245e-05;OID=.;OPOS=453160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr19 463528 . G A 3045.98 PASS AF=0.985294;AO=200;DP=204;FAO=201;FDP=204;FR=.;FRO=3;FSAF=109;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.04646;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8578;QD=59.725;RBI=0.070324;REFB=-0.0589887;REVB=0.0527913;RO=3;SAF=109;SAR=91;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00600201;STB=0.503093;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00156011;OID=.;OPOS=463528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:204:204:3:3:200:201:0.985294:91:109:1:2:92:109:1:2 chr19 496532 . G A 101.21 PASS AF=0.5;AO=9;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0204113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9791;QD=16.868;RBI=0.0205157;REFB=-0.0461489;REVB=0.0020669;RO=9;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.54831;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0884077;OID=.;OPOS=496532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:24:24:9:12:9:12:0.5:1:8:8:1:4:8:9:3 chr19 498524 . A G 731.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.305;QD=56.3045;RBI=0.0177101;REFB=0;REVB=-0.0118708;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431108;OID=.;OPOS=498524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:28:23:0:0:28:24:0:0 chr19 501701 . G A 66.57 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0156705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7385;QD=8.87591;RBI=0.0216902;REFB=-0.0587722;REVB=0.0149967;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428515;STB=0.571292;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.086464;OID=.;OPOS=501701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:29:30:20:20:9:10:0.333333:6:3:6:14:6:4:6:14 chr19 504830 . C G 265.61 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00547813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.221;QD=13.6209;RBI=0.00697227;REFB=-0.0413548;REVB=0.00431309;RO=44;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176225;STB=0.593021;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0558115;OID=.;OPOS=504830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:47:31:31:0.397436:13:18:18:26:13:18:20:27 chr19 549678 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00482192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.433;QD=60.6088;RBI=0.00510509;REFB=0;REVB=0.00167662;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.47411e-06;OID=.;OPOS=549678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr19 579010 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7982;QD=42.1825;RBI=0.0617276;REFB=0;REVB=-0.0610156;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00405251;OID=.;OPOS=579010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr19 579035 . C T 233.76 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.484;QD=46.7517;RBI=0.175521;REFB=-0.123413;REVB=0.17423;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00513359;OID=.;OPOS=579035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:20:20:0:0:19:20:1:4:15:0:0:5:15:0:0 chr19 580389 . G C 431.94 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0364522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.143;QD=20.3267;RBI=0.0367671;REFB=-0.0160804;REVB=-0.00480115;RO=41;SAF=23;SAR=20;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200612;STB=0.517271;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0167121;OID=.;OPOS=580389;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:42:43:43:0.505882:20:23:21:20:20:23:21:21 chr19 580665 . T C 1011.89 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395749;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.622;QD=59.5228;RBI=0.0395806;REFB=0;REVB=0.000672983;RO=0;SAF=48;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96487e-05;OID=.;OPOS=580665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:20:48:0:0:20:48:0:0 chr19 582505 . G A 179.83 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599633;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2245;QD=47.9533;RBI=0.0872344;REFB=0;REVB=0.0633581;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00471326;OID=.;OPOS=582505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr19 582775 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9291;QD=62.6708;RBI=0.0358924;REFB=0;REVB=0.0356091;RO=0;SAF=35;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366542;OID=.;OPOS=582775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:9:35:0:0:9:35:0:0 chr19 582878 . CTTTTTT CTTTT,CTTTTCT,CTTTTT,CTTTTTA 295.77 PASS AF=0.0952381,0.174603,0.428571,0.031746;AO=8,3,16,3;DP=66;FAO=6,11,27,2;FDP=63;FR=.;FRO=17;FSAF=6,11,22,1;FSAR=0,0,5,1;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0119968,-0.0734315,-0.0235402,0.0276219;FXX=0.0454477;HRUN=6,6,6,6;LEN=2,1,1,1;MLLD=15.2556,77.1717,9.84441,9.64623;QD=18.7793;RBI=0.0660976,0.0735477,0.127532,0.203004;REFB=-0.050337,-0.00660717,-0.0971943,-0.0822332;REVB=0.0649998,0.00413331,0.125341,0.201116;RO=15;SAF=8,3,16,3;SAR=0,0,0,0;SRF=2;SRR=13;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.835495,0.774868,0.862859,0.774868;STB=0.998695,0.999091,0.769583,0.787551;STBP=0,0,0,0.725;TYPE=del,snp,del,snp;VARB=0.0699491,0.186551,-0.0375914,0.137585;OID=.,.,.,.;OPOS=582879,582883,582879,582884;OREF=TT,T,T,T;OALT=-,C,-,A;OMAPALT=CTTTT,CTTTTCT,CTTTTT,CTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0952381,0.174603,0.428571,0.031746:8,3,16,3:66:6,11,27,2:63:17:6,11,22,1:0,0,5,1:3:14:56:15:8,3,16,3:0,0,0,0:2:13 chr19 582927 . T A 783.01 PASS AF=0.880597;AO=59;DP=67;FAO=59;FDP=67;FR=.;FRO=8;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00545827;FXX=0.0563301;HRUN=7;LEN=1;MLLD=217.812;QD=46.7467;RBI=0.0114876;REFB=-0.0646365;REVB=0.010108;RO=8;SAF=32;SAR=27;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018691;STB=0.509951;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.000535933;OID=.;OPOS=582927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:67:67:8:8:59:59:0.880597:27:32:5:3:27:32:5:3 chr19 605171 . T C 2016.99 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9606;QD=62.0612;RBI=0.102247;REFB=0;REVB=0.0139603;RO=0;SAF=61;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214763;OID=.;OPOS=605171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:130:0:0:128:130:1:67:61:0:0:69:61:0:0 chr19 613898 . T C 527.15 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272767;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.156;QD=60.2455;RBI=0.0472963;REFB=0;REVB=0.0386384;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147145;OID=.;OPOS=613898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:14:19:0:0:16:19:0:0 chr19 652238 . A G 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.967;QD=62.6667;RBI=0.0185773;REFB=0;REVB=-0.0154147;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21726e-05;OID=.;OPOS=652238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr19 691909 . T C 1171.66 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.28;QD=60.8657;RBI=0.0191519;REFB=0;REVB=0.017637;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55362e-05;OID=.;OPOS=691909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr19 804396 . C T 151.28 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=38;FWDB=0.0359126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.737;QD=10.0852;RBI=0.0359145;REFB=-0.00516701;REVB=0.000372061;RO=40;SAF=1;SAR=19;SRF=2;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.08975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0108824;OID=.;OPOS=804396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:19:1:2:38:19:1:2:38 chr19 804642 . C T 367.9 PASS AF=0.6;AO=16;DP=61;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0238546;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.149;QD=24.5269;RBI=0.0282676;REFB=-0.03535;REVB=-0.0151662;RO=21;SAF=13;SAR=3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198346;STB=0.583287;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0323966;OID=.;OPOS=804642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:21:24:16:36:0.6:3:13:14:7:21:15:15:9 chr19 811420 . G A 556.68 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.634;QD=60.1814;RBI=0.0174178;REFB=0;REVB=-0.0141241;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167165;OID=.;OPOS=811420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr19 815086 . A G 762.06 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.504;QD=63.5053;RBI=0.0334737;REFB=0;REVB=-0.00335878;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20077e-05;OID=.;OPOS=815086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:29:17:0:0:31:17:0:0 chr19 829568 . C T 64.88 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0106239;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.397;QD=10.3803;RBI=0.0233544;REFB=-0.0120717;REVB=-0.020798;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555787;STB=0.515118;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0237542;OID=.;OPOS=829568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:13:16:9:9:0.36:6:3:5:8:6:3:5:11 chr19 830854 . T C 516.21 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00515478;FXX=0.0341851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.993;QD=18.273;RBI=0.0066101;REFB=-0.0171631;REVB=-0.00413785;RO=54;SAF=27;SAR=27;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522116;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.018521;OID=.;OPOS=830854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:113:54:59:54:54:0.477876:27:27:27:27:27:27:32:27 chr19 880066 . G A 200.04 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0137336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.255;QD=21.0571;RBI=0.0202623;REFB=-0.00498064;REVB=0.0148979;RO=17;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153852;STB=0.576391;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00483017;OID=.;OPOS=880066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:18:20:20:0.526316:14:6:8:9:14:6:8:10 chr19 885818 . A G 127.68 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0682612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7414;QD=11.8768;RBI=0.0756874;REFB=0.00688339;REVB=0.0326955;RO=28;SAF=10;SAR=5;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606357;STB=0.535668;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.0133655;OID=.;OPOS=885818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:5:10:20:8:5:10:20:8 chr19 900951 . A G 441.27 PASS AF=0.463636;AO=41;DP=101;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0222448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.538;QD=16.0463;RBI=0.0224283;REFB=-0.0309787;REVB=0.00286321;RO=57;SAF=16;SAR=25;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124254;STB=0.500713;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0428386;OID=.;OPOS=900951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:110:57:59:41:51:0.463636:25:16:29:28:25:26:30:29 chr19 901507 . A G 564.22 PASS AF=0.611765;AO=47;DP=74;FAO=52;FDP=85;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0148737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.045;QD=26.5515;RBI=0.0288215;REFB=-0.025595;REVB=0.0246871;RO=24;SAF=26;SAR=21;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110796;STB=0.588202;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0120138;OID=.;OPOS=901507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:85:24:33:47:52:0.611765:21:26:9:15:26:26:9:24 chr19 965043 . T C 524.36 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363595;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.967;QD=59.927;RBI=0.0450187;REFB=0;REVB=0.0265456;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326982;OID=.;OPOS=965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr19 966693 . C T 229.71 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0465441;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0376;QD=16.1201;RBI=0.0467475;REFB=-0.0212222;REVB=0.00435614;RO=31;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199529;STB=0.612949;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0245554;OID=.;OPOS=966693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:31:31:26:26:0.45614:17:9:17:14:17:9:17:14 chr19 971933 . A G 85.59 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0394448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.014;QD=11.4117;RBI=0.0426665;REFB=-0.0113838;REVB=-0.0162647;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18633;STB=0.610583;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0308982;OID=.;OPOS=971933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:7:12:5:6:7:12 chr19 971949 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0509844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2335;QD=11.1037;RBI=0.0531202;REFB=-0.0197063;REVB=-0.0149112;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22218;STB=0.635955;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0344372;OID=.;OPOS=971949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:5:5:2:5:5:5 chr19 984533 . T C 673.83 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137865;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.63;QD=62.6821;RBI=0.0263728;REFB=0;REVB=0.0224823;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184453;OID=.;OPOS=984533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr19 984554 . C G 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0329063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.179;QD=49.3981;RBI=0.0460328;REFB=0.118721;REVB=0.03219;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298695;STB=0.516115;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.000954312;OID=.;OPOS=984554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:15:8:0:1:15:8:0:1 chr19 990281 . G A 456.99 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178728;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.046;QD=55.3928;RBI=0.0576937;REFB=0.0680996;REVB=0.0548555;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301077;STB=0.516119;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000137733;OID=.;OPOS=990281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:1:1:32:32:0.969697:15:17:0:1:15:17:0:1 chr19 1003172 . C T 1501.8 PASS AF=0.990385;AO=98;DP=100;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.451;QD=57.7615;RBI=0.0349979;REFB=-0.0716853;REVB=0.0139847;RO=1;SAF=47;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998494;STB=0.50495;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000394447;OID=.;OPOS=1003172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:104:1:1:98:103:0.990385:51:47:1:0:53:50:1:0 chr19 1036552 . T C 1716.1 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0547294;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.364;QD=60.7468;RBI=0.0563843;REFB=0;REVB=-0.0135603;RO=0;SAF=86;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285101;OID=.;OPOS=1036552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:27:86:0:0:27:86:0:0 chr19 1038995 . A C 3190.33 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.588;QD=64.1273;RBI=0.00901706;REFB=0;REVB=-0.00270687;RO=0;SAF=76;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10734e-07;OID=.;OPOS=1038995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:199:0:0:197:199:1:121:76:0:0:122:77:0:0 chr19 1041352 . A G 229.61 PASS AF=0.5;AO=20;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.017004;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.501;QD=20.8734;RBI=0.0360667;REFB=-0.0389015;REVB=-0.0318068;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113503;STB=0.522801;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0318897;OID=.;OPOS=1041352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:20:22:0.5:12:8:11:10:12:10:11:11 chr19 1042809 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0212696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.933;QD=14.0792;RBI=0.0219053;REFB=-0.0178615;REVB=0.00523886;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208227;STB=0.512175;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.02086;OID=.;OPOS=1042809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:9:7:5:7:9:7 chr19 1044589 . T C 252.55 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=-0.0170335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1716;QD=12.6275;RBI=0.0332752;REFB=-0.0185756;REVB=-0.0285849;RO=49;SAF=15;SAR=15;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279569;STB=0.662403;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0315891;OID=.;OPOS=1044589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:50:30:30:0.375:15:15:37:12:15:15:38:12 chr19 1047002 . A G 446.93 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5077;QD=57.6677;RBI=0.0410566;REFB=0;REVB=-0.0407448;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000390972;OID=.;OPOS=1047002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr19 1047161 . A G 1387.39 PASS AF=0.988764;AO=80;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130875;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.342;QD=62.3544;RBI=0.013791;REFB=0;REVB=-0.00434836;RO=1;SAF=31;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150268;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134371;OID=.;OPOS=1047161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:90:89:1:0:80:88:0.988764:49:31:1:0:52:36:0:0 chr19 1049269 . G A 815.52 PASS AF=0.419355;AO=91;DP=216;FAO=91;FDP=217;FR=.;FRO=126;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=58;FSRR=68;FWDB=-0.0103683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.114;QD=15.0326;RBI=0.0105935;REFB=-0.0260107;REVB=-0.00217288;RO=125;SAF=41;SAR=50;SRF=57;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570005;STB=0.50572;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0317471;OID=.;OPOS=1049269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:125:126:91:91:0.419355:50:41:57:68:50:41:58:68 chr19 1049305 . C A 1439.31 PASS AF=0.545098;AO=138;DP=254;FAO=139;FDP=255;FR=.;FRO=116;FSAF=58;FSAR=81;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=0.0279148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5347;QD=22.5775;RBI=0.0820445;REFB=-0.0142233;REVB=0.0771496;RO=113;SAF=58;SAR=80;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336409;STB=0.522397;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0134407;OID=.;OPOS=1049305;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:255:113:116:138:139:0.545098:80:58:52:61:81:58:54:62 chr19 1052005 . C T 258.25 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0246554;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.34;QD=16.1405;RBI=0.026605;REFB=-0.0329294;REVB=-0.00999682;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582233;STB=0.532808;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0292239;OID=.;OPOS=1052005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:35:35:29:29:0.453125:14:15:16:19:14:15:16:19 chr19 1054060 . A G 396.87 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00809645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.938;QD=20.3524;RBI=0.015811;REFB=-0.0282343;REVB=0.0135807;RO=36;SAF=21;SAR=19;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742897;STB=0.526404;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0223368;OID=.;OPOS=1054060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:38:40:40:0.512821:19:21:22:14:19:21:22:16 chr19 1055191 . G A 122.89 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.058246;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.109;QD=15.3616;RBI=0.0623644;REFB=-0.00606563;REVB=0.0222873;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395996;STB=0.522903;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0076562;OID=.;OPOS=1055191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:7:11:8:6:7:11 chr19 1056065 . A G 56.89 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00223063;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.523;QD=10.3432;RBI=0.0306544;REFB=-0.00862485;REVB=-0.0305731;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377549;STB=0.670704;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0158496;OID=.;OPOS=1056065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:22:13:14:8:8:0.363636:5:3:1:12:5:3:2:12 chr19 1059004 . A G 207.68 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0681171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5811;QD=17.6745;RBI=0.0952242;REFB=-0.0237212;REVB=-0.0665411;RO=26;SAF=15;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274702;STB=0.62901;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0247238;OID=.;OPOS=1059004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:5:15:13:13:6:15:13:13 chr19 1064193 . G A 518.71 PASS AF=0.413043;AO=56;DP=137;FAO=57;FDP=138;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=26;FWDB=0.0022228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.141;QD=15.0351;RBI=0.0192751;REFB=-0.0152137;REVB=0.0191465;RO=81;SAF=29;SAR=27;SRF=55;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171486;STB=0.600273;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0180318;OID=.;OPOS=1064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:81:81:56:57:0.413043:27:29:55:26:28:29:55:26 chr19 1068734 . T C 619.6 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0161871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.737;QD=19.5149;RBI=0.0336216;REFB=-0.0356638;REVB=-0.0294685;RO=60;SAF=28;SAR=35;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789159;STB=0.559422;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0399183;OID=.;OPOS=1068734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:60:64:63:63:0.496063:35:28:32:28:35:28:36:28 chr19 1068738 . G A 603.71 PASS AF=0.484375;AO=62;DP=128;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0368964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.538;QD=18.8658;RBI=0.0534318;REFB=-0.015167;REVB=0.0386472;RO=65;SAF=28;SAR=34;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945327;STB=0.556097;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00819478;OID=.;OPOS=1068738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:65:66:62:62:0.484375:34:28:36:29:34:28:37:29 chr19 1074000 . A T 359.7 PASS AF=0.403846;AO=41;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00196872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.182;QD=13.8347;RBI=0.00755279;REFB=-0.0215825;REVB=-0.0072917;RO=62;SAF=24;SAR=17;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573806;STB=0.523666;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0220361;OID=.;OPOS=1074000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:62:41:42:0.403846:17:24:33:29:18:24:33:29 chr19 1077985 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0286952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.989;QD=13.4415;RBI=0.0318976;REFB=-0.0186784;REVB=-0.01393;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274414;STB=0.660708;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0176463;OID=.;OPOS=1077985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:9:4:6:4:9:4 chr19 1080311 . G C 35.91 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.163243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8889;QD=6.52856;RBI=0.165337;REFB=-0.0151802;REVB=-0.0262345;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513116;STB=0.53322;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0520849;OID=.;OPOS=1080311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:6:10:4:2:6:10 chr19 1094004 . G A 1375.41 PASS AF=0.988889;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0304078;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.601;QD=61.1291;RBI=0.0307024;REFB=-0.137969;REVB=0.00424298;RO=1;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119943;STB=0.506328;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000178427;OID=.;OPOS=1094004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:90:1:1:87:89:0.988889:39:48:0:1:39:50:0:1 chr19 1113701 . G A 300.18 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0253292;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.903;QD=37.5224;RBI=0.0257615;REFB=-0.0625603;REVB=0.00469985;RO=6;SAF=8;SAR=17;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714132;STB=0.526739;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00813733;OID=.;OPOS=1113701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:6:7:25:25:0.78125:17:8:3:3:17:8:3:4 chr19 1119019 . C T 255.95 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0123385;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.224;QD=19.6887;RBI=0.0261869;REFB=-0.0270952;REVB=0.023098;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136111;STB=0.575831;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0194322;OID=.;OPOS=1119019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:25:25:27:27:0.519231:13:14:9:16:13:14:9:16 chr19 1119963 . A G 309.34 PASS AF=0.447368;AO=33;DP=75;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0185253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.618;QD=16.281;RBI=0.025582;REFB=0.00415939;REVB=-0.0176423;RO=41;SAF=17;SAR=16;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693685;STB=0.552601;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00456487;OID=.;OPOS=1119963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:41:42:33:34:0.447368:16:17:24:17:17:17:25:17 chr19 1122147 . G A 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00522483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.72;QD=20.7373;RBI=0.00530222;REFB=0.0204452;REVB=0.000902601;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949381;STB=0.553631;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.00351951;OID=.;OPOS=1122147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:8:8:11:7:8:8 chr19 1222012 . G C 133.7 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00791052;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7108;QD=14.8561;RBI=0.0234;REFB=-0.00346667;REVB=0.0220224;RO=22;SAF=1;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.522276;STB=0.799466;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00413122;OID=.;OPOS=1222012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:22:21:15:15:0.416667:14:1:8:14:14:1:7:14 chr19 1223125 . C G 538.77 PASS AF=0.426471;AO=57;DP=135;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.00315889;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.39;QD=15.8462;RBI=0.0194926;REFB=-0.0222423;REVB=-0.0192349;RO=78;SAF=32;SAR=25;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128957;STB=0.576138;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0240757;OID=.;OPOS=1223125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:78:78:57:58:0.426471:25:32:34:44:25:33:34:44 chr19 1231142 . T C 410.62 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022344;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.801;QD=56.6365;RBI=0.0559232;REFB=-0.0727626;REVB=0.0512655;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102913;OID=.;OPOS=1231142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:30:29:0:0:29:29:1:6:23:0:0:6:23:0:0 chr19 1231217 . T TC 32.1 PASS AF=0.105691;AO=21;DP=125;FAO=13;FDP=123;FR=.;FRO=110;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=65;FSRR=45;FWDB=-0.0188069;FXX=0.0159987;HRUN=0;LEN=1;MLLD=92.8196;QD=1.04393;RBI=0.0224154;REFB=-0.00680097;REVB=-0.0121963;RO=100;SAF=6;SAR=15;SRF=64;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430408;STB=0.678527;STBP=0.211;TYPE=ins;VARB=0.14275;OID=.;OPOS=1231218;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.105691:21:125:13:123:110:5:8:65:45:32:100:6:15:64:36 chr19 1256998 . C T 540.95 PASS AF=0.525773;AO=50;DP=96;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00582208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.025;QD=22.307;RBI=0.0107402;REFB=-0.0102733;REVB=-0.00902526;RO=45;SAF=29;SAR=21;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021467;STB=0.521731;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00829882;OID=.;OPOS=1256998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:45:46:50:51:0.525773:21:29:25:20:21:30:25:21 chr19 1272040 . T C 1949.78 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.833;QD=61.8977;RBI=0.0233641;REFB=0;REVB=0.0116139;RO=0;SAF=57;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44658e-05;OID=.;OPOS=1272040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:69:57:0:0:69:57:0:0 chr19 1277275 . G C 789.45 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139776;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9454;QD=64.4446;RBI=0.0270019;REFB=0;REVB=-0.0231025;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265894;OID=.;OPOS=1277275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:17:32:0:0:17:32:0:0 chr19 1495634 . G A 355.92 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0616151;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.942;QD=19.5025;RBI=0.0618338;REFB=-0.0247658;REVB=0.00519602;RO=36;SAF=21;SAR=15;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758524;STB=0.533614;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0335927;OID=.;OPOS=1495634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:36:36:36:37:0.506849:15:21:18:18:16:21:18:18 chr19 1510661 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.451;QD=46.848;RBI=0.0266246;REFB=0;REVB=0.00188428;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695057;OID=.;OPOS=1510661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr19 1533972 . C G 329.28 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0351229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.845;QD=20.9066;RBI=0.0355306;REFB=-0.0309153;REVB=0.00536713;RO=28;SAF=19;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402332;STB=0.512813;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0406705;OID=.;OPOS=1533972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:29:34:34:0.539683:15:19:17:11:15:19:17:12 chr19 1534042 . T C 277.75 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0341763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5398;QD=18.5164;RBI=0.0879789;REFB=-0.0365221;REVB=-0.0810695;RO=28;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025621;STB=0.51723;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0445595;OID=.;OPOS=1534042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:30:30:30:0.5:12:18:16:12:12:18:17:13 chr19 1535084 . G A 405.89 PASS AF=0.405172;AO=46;DP=115;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.00106622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.256;QD=13.9961;RBI=0.0113789;REFB=-0.0134273;REVB=-0.0113289;RO=69;SAF=25;SAR=21;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385687;STB=0.5147;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0241093;OID=.;OPOS=1535084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:69:69:46:47:0.405172:21:25:35:34:22:25:35:34 chr19 1535179 . G A 347.69 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0332046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.715;QD=19.8677;RBI=0.0366914;REFB=0.00600427;REVB=0.0156113;RO=33;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391949;STB=0.514278;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.0045994;OID=.;OPOS=1535179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:33:34:36:36:0.514286:18:18:18:15:18:18:18:16 chr19 1535193 . GCCC G,GCCA 213.96 PASS AF=0.37931,0.0689655;AO=20,5;DP=59;FAO=22,4;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14,1;FSAR=8,3;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00455049,-0.036051;FXX=0.0169463;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=47.6543,228.093;QD=14.756;RBI=0.0158911,0.0360511;REFB=-0.0142631,-0.0132804;REVB=0.0152256,2.33067e-05;RO=30;SAF=12,2;SAR=8,3;SRF=15;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.105585,-0.11668;STB=0.564852,0.748754;STBP=0.437,0.394;TYPE=del,snp;VARB=0.0224938,0.0273306;OID=.,.;OPOS=1535194,1535196;OREF=CCC,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931,0.0689655:20,5:59:22,4:58:32:14,1:8,3:17:15:99:30:12,2:8,3:15:15 chr19 1535205 . G C 190.98 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0315249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6711;QD=13.4024;RBI=0.042887;REFB=-0.00778803;REVB=-0.029077;RO=34;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115032;STB=0.566038;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0168482;OID=.;OPOS=1535205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:9:14:17:17:9:14:17:17 chr19 1609267 . A G 449.04 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0109634;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.962;QD=52.8281;RBI=0.0113229;REFB=-0.0222734;REVB=-0.00283051;RO=2;SAF=18;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00695581;STB=0.503729;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00162417;OID=.;OPOS=1609267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:14:18:1:1:14:18:1:1 chr19 1624007 . A G 3743.53 PASS AF=0.968;AO=243;DP=250;FAO=242;FDP=250;FR=.;FRO=8;FSAF=123;FSAR=119;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0197947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8517;QD=59.8965;RBI=0.0250809;REFB=0.00661458;REVB=-0.0154021;RO=7;SAF=123;SAR=120;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187239;STB=0.507739;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00269556;OID=.;OPOS=1624007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:250:250:7:8:243:242:0.968:120:123:6:1:119:123:6:2 chr19 1782798 . A G 119.52 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00591123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.464;QD=13.6597;RBI=0.014959;REFB=-0.00937023;REVB=0.0137415;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272583;STB=0.65694;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0188984;OID=.;OPOS=1782798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:5:16:7:7:5:16 chr19 1789556 . C T 333.66 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00444648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8453;QD=21.879;RBI=0.0366842;REFB=-0.0174299;REVB=-0.0364137;RO=27;SAF=23;SAR=11;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603439;STB=0.533239;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0234966;OID=.;OPOS=1789556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:11:23:20:7:11:23:20:7 chr19 1796166 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.961;QD=57.7122;RBI=0.0205038;REFB=0;REVB=0.0161108;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21759e-05;OID=.;OPOS=1796166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:35:23:0:0:36:23:0:0 chr19 1810605 . T C 207.02 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.635;QD=48.7109;RBI=0.0305986;REFB=0;REVB=0.00145883;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140535;OID=.;OPOS=1810605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr19 1811547 . A G 1099.14 PASS AF=0.986486;AO=69;DP=72;FAO=73;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.262;QD=59.4127;RBI=0.0794703;REFB=0;REVB=0.0794579;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541583;OID=.;OPOS=1811547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:74:0:0:69:73:0.986486:37:32:0:0:41:32:0:0 chr19 1811603 . C T 145.17 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0144571;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.562;QD=8.79828;RBI=0.014788;REFB=-0.0164969;REVB=-0.00311061;RO=46;SAF=7;SAR=13;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228373;STB=0.635948;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.030104;OID=.;OPOS=1811603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:46:46:20:20:0.30303:13:7:25:21:13:7:25:21 chr19 1819125 . T C 227.96 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0177806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.146;QD=11.5424;RBI=0.0206567;REFB=-0.0120915;REVB=-0.0105142;RO=51;SAF=18;SAR=10;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647999;STB=0.537545;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0201533;OID=.;OPOS=1819125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:10:18:30:21:10:18:30:21 chr19 1821637 . A G 464.76 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9999;QD=58.0948;RBI=0.0751626;REFB=0;REVB=0.00511784;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557616;OID=.;OPOS=1821637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:17:15:0:0 chr19 1825927 . TCTC T 313.65 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=88;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=37;FWDB=0.0203495;FXX=0.0777691;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.448;QD=15.1154;RBI=0.0203681;REFB=-0.014367;REVB=-0.000870611;RO=44;SAF=12;SAR=21;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764806;STB=0.572775;STBP=0.323;TYPE=del;VARB=0.0142273;OID=.;OPOS=1825928;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409639:33:88:34:83:49:12:22:12:37:99:44:12:21:13:31 chr19 1825937 . G T 83.03 PASS AF=0.15;AO=12;DP=80;FAO=12;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=45;FWDB=-0.0930133;FXX=0.0123442;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.8695;QD=4.15131;RBI=0.0930807;REFB=-0.0634077;REVB=-0.00354249;RO=41;SAF=1;SAR=11;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326738;STB=0.758066;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.15183;OID=.;OPOS=1825937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:80:80:41:60:12:12:0.15:11:1:9:32:11:1:15:45 chr19 1826966 . A C 38.13 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0354928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.088;QD=2.38284;RBI=0.0663183;REFB=-0.00560744;REVB=-0.0560212;RO=52;SAF=2;SAR=6;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40356;STB=0.760896;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.167724;OID=.;OPOS=1826966;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:64:64:52:56:8:8:0.125:6:2:31:21:6:2:31:25 chr19 1827565 . A G 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0139574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.134;QD=17.9559;RBI=0.0706305;REFB=-0.0362836;REVB=-0.0692376;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415896;STB=0.523779;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0129358;OID=.;OPOS=1827565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:5:11:11:6:5:11:11:6 chr19 1880950 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.031;QD=57.7121;RBI=0.0287887;REFB=0;REVB=0.0245862;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105084;OID=.;OPOS=1880950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr19 1912934 . T C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.024782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.596;QD=12.1824;RBI=0.0341857;REFB=-0.00855856;REVB=-0.0235482;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209438;STB=0.608469;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0116518;OID=.;OPOS=1912934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:3:7:7:7:3:7:8:7 chr19 1925970 . T C 271.23 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165903;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.551;QD=51.6628;RBI=0.0172354;REFB=0;REVB=-0.0046715;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208093;OID=.;OPOS=1925970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr19 1986520 . G A 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.016834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.949;QD=15.4182;RBI=0.0203531;REFB=0.00329162;REVB=0.0114396;RO=37;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432063;STB=0.524399;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00650458;OID=.;OPOS=1986520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:13:16:22:15:13:16:22:15 chr19 1997363 . A G 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6825;QD=63.8695;RBI=0.0357205;REFB=0;REVB=-0.034174;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126351;OID=.;OPOS=1997363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr19 2041032 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.322;QD=61.3352;RBI=0.0380784;REFB=0;REVB=-0.0365665;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98422e-05;OID=.;OPOS=2041032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr19 2249477 . G T 420.61 PASS AF=0.5;AO=41;DP=83;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00272068;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.305;QD=20.0291;RBI=0.0390146;REFB=-0.016769;REVB=0.0389196;RO=41;SAF=21;SAR=20;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219895;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0236831;OID=.;OPOS=2249477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:41:42:41:42:0.5:20:21:22:19:20:22:22:20 chr19 2250469 . G A 171.81 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0128214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.721;QD=18.0857;RBI=0.0239063;REFB=-0.0233172;REVB=-0.0201773;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266391;STB=0.502955;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0525462;OID=.;OPOS=2250469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:18:18:0.473684:10:8:9:10:10:8:9:11 chr19 2251817 . T C 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.779;QD=51.9106;RBI=0.0166559;REFB=0;REVB=-0.00429811;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123343;OID=.;OPOS=2251817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr19 2252990 . C G 871.44 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122545;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.955;QD=56.2221;RBI=0.0399447;REFB=-0.0390945;REVB=0.0380185;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145233;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000119298;OID=.;OPOS=2252990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:32:29:0:1:32:29:0:1 chr19 2337468 . G A 490.91 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0253315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.548;QD=19.8346;RBI=0.0254187;REFB=-0.0188345;REVB=-0.00210421;RO=50;SAF=19;SAR=29;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11603;STB=0.569813;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0311251;OID=.;OPOS=2337468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:51:48:48:0.484848:29:19:26:24:29:19:27:24 chr19 2339949 . T C 105.44 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0603458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.878;QD=15.6204;RBI=0.0670432;REFB=-0.0177767;REVB=-0.0292092;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191053;STB=0.64263;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.049969;OID=.;OPOS=2339949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:27:13:14:12:13:0.481481:8:4:7:6:9:4:8:6 chr19 2339958 . T C 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.834;QD=54.5132;RBI=0.0361793;REFB=0;REVB=0.0243883;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267824;OID=.;OPOS=2339958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr19 2341047 . C T 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0347661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2405;QD=14.9777;RBI=0.0435206;REFB=-0.0215659;REVB=0.0261795;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131181;STB=0.576768;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0276119;OID=.;OPOS=2341047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:6:5:6:4:6:5 chr19 2341059 . GT AC,GC 297.01 PASS AF=0.478261,0.521739;AO=11,12;DP=23;FAO=11,12;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6,7;FSAR=5,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00523998,-0.0128019;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=105.96,79.0928;QD=51.6546;RBI=0.0121356,0.0162578;REFB=0,0;REVB=-0.010946,-0.0100214;RO=0;SAF=6,7;SAR=5,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00474121,0.0187389;OID=.,.;OPOS=2341059,2341060;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:89:23:23:0:0:11,12:11,12:0.478261,0.521739:5,5:6,7:0:0:5,5:6,7:0:0 chr19 2341577 . G A 147.95 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0234056;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.227;QD=12.5912;RBI=0.0253164;REFB=-0.011387;REVB=0.00964868;RO=30;SAF=2;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489165;STB=0.79429;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0377019;OID=.;OPOS=2341577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:30:30:17:17:0.361702:15:2:14:16:15:2:14:16 chr19 2353150 . C A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0104114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.784;QD=19.3686;RBI=0.0147264;REFB=-0.0407582;REVB=-0.0104149;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122361;STB=0.507028;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0285454;OID=.;OPOS=2353150;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:3:7:5:2:3:7:5:2 chr19 2389872 . G C 211.08 PASS AF=0.436364;AO=25;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0205801;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.395;QD=15.3514;RBI=0.0205802;REFB=-0.00288233;REVB=6.20713e-05;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20662;STB=0.633373;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00341064;OID=.;OPOS=2389872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:31:25:24:0.436364:10:15:12:19:9:15:12:19 chr19 2396611 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.000147151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.199;QD=16.8229;RBI=0.00991135;REFB=-0.0295642;REVB=-0.00991025;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121017;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00858322;OID=.;OPOS=2396611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:3:2:4:3:3:2 chr19 2398849 . A G 404.12 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0170706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.855;QD=19.4756;RBI=0.0187331;REFB=-0.00900751;REVB=-0.00771497;RO=41;SAF=12;SAR=29;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316258;STB=0.681645;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00896117;OID=.;OPOS=2398849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:42:41:41:0.493976:29:12:26:15:29:12:27:15 chr19 2408486 . T C 129.99 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0264661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9445;QD=13.332;RBI=0.0365743;REFB=-0.00788271;REVB=-0.0252433;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172758;STB=0.599877;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0145998;OID=.;OPOS=2408486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:6:18:9:6:6:18 chr19 2408495 . T G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0199763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.052;QD=11.8143;RBI=0.0199875;REFB=0.00715595;REVB=0.00066877;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224913;STB=0.631394;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0110778;OID=.;OPOS=2408495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:6:17:7:6:6:17 chr19 2408530 . G A 62.41 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0378143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.516;QD=7.8018;RBI=0.0386325;REFB=-0.000120324;REVB=-0.00790905;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268247;STB=0.67532;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00013546;OID=.;OPOS=2408530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:32:22:23:9:9:0.28125:4:5:7:15:4:5:7:16 chr19 2410332 . T C 306.61 PASS AF=0.6;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0779593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.811;QD=27.2543;RBI=0.0790441;REFB=-0.0463592;REVB=-0.0130509;RO=17;SAF=17;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307799;STB=0.531227;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0285453;OID=.;OPOS=2410332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:18:27:27:0.6:10:17:10:7:10:17:10:8 chr19 2413961 . G C 250.21 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0408575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.765;QD=26.3374;RBI=0.0409401;REFB=-0.013204;REVB=0.00259849;RO=15;SAF=6;SAR=17;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266706;STB=0.648717;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00224714;OID=.;OPOS=2413961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:17:6:9:6:17:6:9:6 chr19 2415801 . G A 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0185438;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.558;QD=14.0472;RBI=0.0203609;REFB=-0.00874029;REVB=0.00840787;RO=29;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131436;STB=0.575756;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0147356;OID=.;OPOS=2415801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:11:7:8:21:11:7:8:21 chr19 2418031 . C T 132.12 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00177168;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.493;QD=13.9075;RBI=0.0337175;REFB=0.010564;REVB=-0.0336709;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236042;STB=0.636506;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0201348;OID=.;OPOS=2418031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:16:7:8:7:16:7 chr19 2422177 . G A 174.68 PASS AF=0.6;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00358882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.884;QD=23.2904;RBI=0.00495024;REFB=-0.0177982;REVB=0.00340958;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102381;STB=0.545405;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00920975;OID=.;OPOS=2422177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:17:18:0.6:9:8:4:8:10:8:4:8 chr19 2427266 . G A 497.58 PASS AF=0.5;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00358867;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.195;QD=20.7325;RBI=0.0119139;REFB=-0.0161045;REVB=-0.0113606;RO=46;SAF=16;SAR=32;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971447;STB=0.567135;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0156281;OID=.;OPOS=2427266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:46:48:48:48:0.5:32:16:20:26:32:16:22:26 chr19 2433890 . A G 83.09 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0139709;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.25;QD=8.10623;RBI=0.0609146;REFB=-0.0154194;REVB=-0.0592908;RO=27;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405087;STB=0.717089;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0414865;OID=.;OPOS=2433890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:42:41:27:30:11:11:0.268293:3:8:10:17:3:8:13:17 chr19 2538760 . A T 82.35 PASS AF=0.47619;AO=14;DP=23;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00531654;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.1;QD=15.6858;RBI=0.00782195;REFB=-0.00819143;REVB=0.00573736;RO=8;SAF=11;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230493;STB=0.538383;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00955476;OID=.;OPOS=2538760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:23:21:8:11:14:10:0.47619:3:11:4:4:3:7:7:4 chr19 2714720 . A G 136.51 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0424986;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.082;QD=26.0025;RBI=0.0452497;REFB=-0.00995485;REVB=0.0155372;RO=7;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167062;STB=0.594448;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00606458;OID=.;OPOS=2714720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:21:7:7:14:14:0.666667:11:3:3:4:11:3:3:4 chr19 2714771 . T C 330.44 PASS AF=1;AO=18;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.8665;QD=52.8708;RBI=0.0330524;REFB=0;REVB=0.0244553;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254417;OID=.;OPOS=2714771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:18:25:1:13:5:0:0:16:9:0:0 chr19 2717256 . C G 140.15 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0212078;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.682;QD=16.488;RBI=0.0736005;REFB=-0.0243859;REVB=0.0704788;RO=17;SAF=12;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353611;STB=0.649799;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0133737;OID=.;OPOS=2717256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:18:15:16:0.470588:3:12:8:9:4:12:9:9 chr19 2732986 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00952888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.23;QD=46.8479;RBI=0.0272614;REFB=0;REVB=0.0255418;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161399;OID=.;OPOS=2732986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr19 2762585 . A C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.19;QD=62.6706;RBI=0.0462063;REFB=0;REVB=0.0303657;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351538;OID=.;OPOS=2762585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr19 2767192 . G T 382.4 PASS AF=0.493976;AO=38;DP=79;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0114552;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.234;QD=18.4291;RBI=0.0314432;REFB=-0.0238575;REVB=-0.0292823;RO=40;SAF=24;SAR=14;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102031;STB=0.531721;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0362791;OID=.;OPOS=2767192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:40:42:38:41:0.493976:14:24:21:19:17:24:22:20 chr19 2833802 . A G 184.87 PASS AF=0.475;AO=16;DP=37;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0201434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.12;QD=18.4866;RBI=0.0431967;REFB=-0.0302651;REVB=0.0382125;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311226;STB=0.518499;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0408008;OID=.;OPOS=2833802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:21:21:16:19:0.475:5:11:15:6:6:13:15:6 chr19 2833864 . G A 270.16 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.041937;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3182;QD=22.0535;RBI=0.0571531;REFB=-0.0229758;REVB=-0.0388299;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231739;STB=0.608944;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0130897;OID=.;OPOS=2833864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:9:16:20:3:9:16:20:4 chr19 2834808 . T C 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0276343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6144;QD=21.1671;RBI=0.067647;REFB=-0.0375607;REVB=0.0617451;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295447;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0203646;OID=.;OPOS=2834808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:1:2:5:2:1:2 chr19 2853566 . A G 340.5 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0846137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.009;QD=54.4798;RBI=0.0849917;REFB=0;REVB=0.00800631;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181657;OID=.;OPOS=2853566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr19 2896818 . C T 363.92 PASS AF=0.475;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=8;FWDB=0.00237559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4883;QD=18.1961;RBI=0.025732;REFB=-0.00258123;REVB=-0.0256221;RO=41;SAF=24;SAR=14;SRF=33;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184219;STB=0.60592;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00668255;OID=.;OPOS=2896818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:41:42:38:38:0.475:14:24:33:8:14:24:34:8 chr19 2896948 . T C 415.61 PASS AF=0.40678;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=0.053187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.11;QD=14.0883;RBI=0.0533547;REFB=-0.000763244;REVB=0.00422688;RO=70;SAF=30;SAR=18;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00400943;STB=0.502262;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0014058;OID=.;OPOS=2896948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:70:70:48:48:0.40678:18:30:44:26:18:30:44:26 chr19 2896953 . A G 388.46 PASS AF=0.386555;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=26;FWDB=-0.00404876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.606;QD=13.0576;RBI=0.0140005;REFB=-0.00511584;REVB=0.0134023;RO=71;SAF=28;SAR=18;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284457;STB=0.522841;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00756061;OID=.;OPOS=2896953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:71:73:46:46:0.386555:18:28:45:26:18:28:47:26 chr19 2915738 . T A 303.97 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00172386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.3;QD=17.3694;RBI=0.0147189;REFB=-0.0173898;REVB=0.0146177;RO=36;SAF=13;SAR=20;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493599;STB=0.508639;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0181939;OID=.;OPOS=2915738;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:20:13:14:22:20:13:14:23 chr19 2916982 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0296345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.381;QD=16.3856;RBI=0.0297069;REFB=0.0531265;REVB=0.00207293;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14199;STB=0.583142;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.0526924;OID=.;OPOS=2916982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:4:4:3:6:4:4 chr19 2917186 . T C 369.5 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0191902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.652;QD=16.9885;RBI=0.0193112;REFB=-0.00981549;REVB=-0.00215807;RO=45;SAF=9;SAR=30;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380645;STB=0.730213;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00812152;OID=.;OPOS=2917186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:48:39:39:0.448276:30:9:27:18:30:9:30:18 chr19 2917287 . C A 271.6 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0331711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7978;QD=20.8924;RBI=0.0631467;REFB=0.00939502;REVB=-0.0537325;RO=24;SAF=9;SAR=19;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258316;STB=0.643963;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0258205;OID=.;OPOS=2917287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:19:9:15:9:19:9:15:9 chr19 2917612 . T C 170.38 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00335809;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.396;QD=15.4891;RBI=0.0141965;REFB=0.00327085;REVB=-0.0137936;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118338;STB=0.568107;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00417574;OID=.;OPOS=2917612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:10:16:9:9:10:16 chr19 2993427 . T C 691.42 PASS AF=0.50365;AO=67;DP=135;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.00636036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.402;QD=20.1876;RBI=0.0175932;REFB=-0.0281154;REVB=0.0164033;RO=62;SAF=27;SAR=40;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864178;STB=0.533149;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0235338;OID=.;OPOS=2993427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:62:68:67:69:0.50365:40:27:31:31:42:27:31:37 chr19 2994903 . T C 605.69 PASS AF=0.410714;AO=61;DP=159;FAO=69;FDP=168;FR=.;FRO=99;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=62;FWDB=0.000385817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.98;QD=14.4213;RBI=0.0162546;REFB=-0.0177767;REVB=-0.01625;RO=96;SAF=22;SAR=39;SRF=36;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167272;STB=0.536938;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0286139;OID=.;OPOS=2994903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:168:96:99:61:69:0.410714:39:22:36:60:39:30:37:62 chr19 2994921 . G A 701.63 PASS AF=0.418478;AO=77;DP=184;FAO=77;FDP=184;FR=.;FRO=107;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=69;FWDB=-0.0371269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.241;QD=15.2527;RBI=0.0511283;REFB=-0.0263227;REVB=0.0351525;RO=107;SAF=30;SAR=47;SRF=38;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380531;STB=0.521265;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0315146;OID=.;OPOS=2994921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:107:107:77:77:0.418478:47:30:38:69:47:30:38:69 chr19 2997897 . G A 260.58 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0130511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.588;QD=24.817;RBI=0.034082;REFB=0.00450576;REVB=-0.0314841;RO=18;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472351;STB=0.526294;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.00305092;OID=.;OPOS=2997897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:8:16:11:7:8:16:11:7 chr19 3014639 . A G 181.96 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.008414;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.426;QD=22.7446;RBI=0.00996363;REFB=-0.00234596;REVB=0.00533652;RO=14;SAF=13;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395323;STB=0.721975;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00172251;OID=.;OPOS=3014639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:14:14:18:18:0.5625:5:13:3:11:5:13:3:11 chr19 3028871 . GCA CAC,CCA 200.37 PASS AF=0,0.5;AO=3,16;DP=42;FAO=0,21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=0,13;FSAR=0,8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0244219,0.0364758;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=203.879,211.398;QD=19.083;RBI=0.0316591,0.0435547;REFB=-0.0219176,-0.0249401;REVB=-0.0201462,-0.023802;RO=20;SAF=3,8;SAR=0,8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.633891,0.096654;STB=0.5,0.618934;STBP=1,0.142;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.034724;OID=.,.;OPOS=3028871,3028871;OREF=GCA,G;OALT=CAC,C;OMAPALT=CAC,CCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:42:42:20:21:3,16:0,21:0,0.5:0,8:3,8:8:12:0,8:0,13:8:13 chr19 3150238 . A G 537.33 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.933;QD=59.7028;RBI=0.0385022;REFB=0;REVB=-0.0221859;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39524e-05;OID=.;OPOS=3150238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:19:17:0:0 chr19 3155902 . G A 1438.52 PASS AF=0.979167;AO=90;DP=93;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00747636;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.426;QD=59.9383;RBI=0.010901;REFB=-0.00319391;REVB=0.00793322;RO=2;SAF=53;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00377829;STB=0.502069;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=6.47455e-05;OID=.;OPOS=3155902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:96:2:2:90:94:0.979167:37:53:1:1:38:56:1:1 chr19 3207422 . T C 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.77;QD=54.5143;RBI=0.0404791;REFB=0;REVB=0.0347138;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93247e-05;OID=.;OPOS=3207422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr19 3207646 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0614;QD=51.9166;RBI=0.0199496;REFB=0;REVB=-0.0170407;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000760462;OID=.;OPOS=3207646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr19 3281298 . G A 515.43 PASS AF=0.4375;AO=56;DP=127;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0221689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.762;QD=16.1072;RBI=0.0283487;REFB=-0.0202404;REVB=-0.017669;RO=70;SAF=32;SAR=24;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127914;STB=0.563736;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0291771;OID=.;OPOS=3281298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:70:72:56:56:0.4375:24:32:31:39:24:32:33:39 chr19 3534842 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0216017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.083;QD=18.2489;RBI=0.0237413;REFB=-0.0130518;REVB=-0.00984977;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191108;STB=0.610503;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0100896;OID=.;OPOS=3534842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:10:3:5:7:10:3:5:7 chr19 3543397 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00472753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.333;QD=13.4417;RBI=0.0152846;REFB=0.000482448;REVB=0.0145351;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151473;STB=0.555448;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.000320622;OID=.;OPOS=3543397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:4:6:9:3:4:6:9:4 chr19 3576314 . CCTTCT CCT,CCTTCC 796.72 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=50,2;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18,2;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183716,-0.0166294;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=222.113,21.4142;QD=55.9103;RBI=0.0229448,0.0881185;REFB=0,0;REVB=-0.0137459,-0.0865352;RO=0;SAF=17,2;SAR=33,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.56458e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000656262,-0.0103438;OID=.,.;OPOS=3576315,3576319;OREF=CTT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CCT,CCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.964912,0.0350877:50,2:57:55,2:57:0:18,2:37,0:0:0:7:0:17,2:33,0:0:0 chr19 3586543 . G A 219.69 PASS AF=0.394366;AO=26;DP=68;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00725021;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=122.947;QD=12.377;RBI=0.00738034;REFB=-0.010284;REVB=0.0013798;RO=42;SAF=17;SAR=9;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012973;STB=0.518758;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0304197;OID=.;OPOS=3586543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:42:43:26:28:0.394366:9:17:27:15:9:19:28:15 chr19 3591590 . T C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0623173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.405;QD=22.7197;RBI=0.0639476;REFB=-0.0134393;REVB=-0.0143474;RO=9;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811842;STB=0.504581;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0107004;OID=.;OPOS=3591590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:11:3:2:7:11:3:2:7 chr19 3592133 . A G 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0507763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7344;QD=24.3901;RBI=0.0545663;REFB=0.0407034;REVB=0.0199813;RO=14;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159973;STB=0.50892;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.0264484;OID=.;OPOS=3592133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:9:11:8:6:9:11:8:6 chr19 3592171 . T C 179.81 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00211087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9314;QD=23.2014;RBI=0.0222455;REFB=-0.0338126;REVB=0.0221451;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842929;STB=0.55876;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0331401;OID=.;OPOS=3592171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:13:17:18:0.580645:7:10:9:4:8:10:9:4 chr19 3592734 . C T 153.95 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0138328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.472;QD=21.9932;RBI=0.0171587;REFB=-0.0322879;REVB=0.0101525;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237239;STB=0.642704;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0133595;OID=.;OPOS=3592734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:27:28:11:12:16:16:0.571429:10:6:1:10:10:6:1:11 chr19 3595923 . G A 75.18 PASS AF=0.4;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0150009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.036;QD=12.0295;RBI=0.0266535;REFB=-0.0151459;REVB=0.0220314;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407492;STB=0.758071;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0237733;OID=.;OPOS=3595923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:25:15:15:9:10:0.4:2:7:6:9:2:8:6:9 chr19 3611765 . A G 76.81 PASS AF=0.357143;AO=7;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0106832;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.973;QD=10.9728;RBI=0.0123377;REFB=0.00111367;REVB=0.00617165;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183138;STB=0.517207;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00126854;OID=.;OPOS=3611765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:28:18:18:7:10:0.357143:4:3:5:13:7:3:5:13 chr19 3614403 . T C 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.056;QD=58.1356;RBI=0.0537175;REFB=0;REVB=0.0380713;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22859e-07;OID=.;OPOS=3614403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr19 3614538 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.014207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.903;QD=15.1664;RBI=0.0243854;REFB=-0.02106;REVB=0.0198194;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219383;STB=0.627277;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0278766;OID=.;OPOS=3614538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:11:9:10:5:11:9 chr19 3618928 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00256195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.747;QD=18.2489;RBI=0.00317207;REFB=-0.0259484;REVB=-0.00187041;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239512;STB=0.636165;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0244466;OID=.;OPOS=3618928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:9:3:7:6:9:3 chr19 3653525 . C T 357.14 PASS AF=0.641509;AO=29;DP=52;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0193709;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=200.856;QD=26.9538;RBI=0.0195785;REFB=-0.0146729;REVB=0.00284416;RO=13;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315444;STB=0.53878;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.006628;OID=.;OPOS=3653525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:13:19:29:34:0.641509:15:14:7:6:18:16:11:8 chr19 3728609 . G A 602.15 PASS AF=1;AO=30;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363645;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.586;QD=61.7589;RBI=0.0501403;REFB=0;REVB=0.0345207;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034337;OID=.;OPOS=3728609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:30:39:1:19:11:0:0:22:17:0:0 chr19 3730041 . C T 537.77 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0580531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6973;QD=59.7522;RBI=0.0595207;REFB=0;REVB=0.0131355;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000510512;OID=.;OPOS=3730041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr19 3738649 . A C 800.88 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0541353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8911;QD=57.2055;RBI=0.0593147;REFB=0;REVB=-0.0242405;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000588499;OID=.;OPOS=3738649;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:41:15:0:0:41:15:0:0 chr19 3738971 . A G 549.41 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6345;QD=59.3957;RBI=0.0416811;REFB=0;REVB=0.0319964;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277722;OID=.;OPOS=3738971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:13:23:0:0:14:23:0:0 chr19 3740658 . T G 1607.07 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00421835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.367;QD=64.2829;RBI=0.018541;REFB=0;REVB=0.0180548;RO=0;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5019e-05;OID=.;OPOS=3740658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:58:42:0:0:58:42:0:0 chr19 3746087 . G A 406.86 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.019945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.106;QD=17.4995;RBI=0.0199492;REFB=-0.0184078;REVB=-0.000412058;RO=49;SAF=16;SAR=26;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146685;STB=0.572292;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0124295;OID=.;OPOS=3746087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:49:51:42:42:0.451613:26:16:26:23:26:16:26:25 chr19 3750205 . T TGG 172.51 PASS AF=0.459016;AO=24;DP=69;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=-0.045195;FXX=0.031741;HRUN=4;LEN=2;MLLD=27.6324;QD=11.3119;RBI=0.0606537;REFB=0.0473449;REVB=-0.040451;RO=37;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185808;STB=0.609686;STBP=0.196;TYPE=ins;VARB=-0.0514593;OID=.;OPOS=3750206;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459016:24:69:28:61:33:10:18:6:27:99:37:8:16:7:30 chr19 3750615 . T C 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00213134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.056;QD=18.3007;RBI=0.0107909;REFB=0.00614151;REVB=0.0105783;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204483;STB=0.511616;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.00882049;OID=.;OPOS=3750615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:11:12:10:10:11:12 chr19 3750622 . A C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0210102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.765;QD=17.4275;RBI=0.0249733;REFB=0.00429014;REVB=-0.0134995;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972164;STB=0.555497;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00495487;OID=.;OPOS=3750622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:11:12:8:11:11:12 chr19 3752874 . A G 330.63 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00766007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.696;QD=23.6162;RBI=0.014956;REFB=-0.019773;REVB=0.0128454;RO=23;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374308;STB=0.520595;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0136599;OID=.;OPOS=3752874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:16:17:13:10:16:17:13:10 chr19 3753769 . C T 314.36 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00972381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.469;QD=17.225;RBI=0.0200933;REFB=-0.0381105;REVB=0.0175837;RO=39;SAF=12;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108945;STB=0.561188;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0405329;OID=.;OPOS=3753769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:22:12:18:21:22:12:18:21 chr19 3762698 . C T 301.67 PASS AF=0.409639;AO=32;DP=82;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.036972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.462;QD=14.5383;RBI=0.0390518;REFB=-0.0275699;REVB=0.0125746;RO=50;SAF=12;SAR=20;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115448;STB=0.58402;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0363486;OID=.;OPOS=3762698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:50:49:32:34:0.409639:20:12:24:26:22:12:24:25 chr19 3767265 . C T 270.91 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0534642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.055;QD=21.2482;RBI=0.0534645;REFB=-0.016911;REVB=0.000189597;RO=23;SAF=14;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140649;STB=0.584086;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.020711;OID=.;OPOS=3767265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:23:27:28:0.54902:13:14:8:15:13:15:8:15 chr19 3783977 . G C 221.0 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0281744;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1367;QD=15.5086;RBI=0.0281744;REFB=-0.0344865;REVB=1.63977e-05;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596718;STB=0.512186;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0382787;OID=.;OPOS=3783977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:31:25:26:0.45614:14:11:16:16:14:12:15:16 chr19 3969698 . A AC 39.83 PASS AF=0.114943;AO=15;DP=87;FAO=10;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0346432;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=75.6558;QD=1.83123;RBI=0.0361798;REFB=-0.00311964;REVB=-0.0104321;RO=70;SAF=0;SAR=15;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.712685;STB=0.83885;STBP=0.047;TYPE=ins;VARB=0.0802368;OID=.;OPOS=3969699;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.114943:15:87:10:87:77:1:9:31:46:39:70:0:15:30:40 chr19 3977486 . A G 331.54 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.626;QD=53.0462;RBI=0.0180375;REFB=0;REVB=0.01689;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424462;OID=.;OPOS=3977486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:11:14:0:0 chr19 3979408 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0962005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.338;QD=52.6128;RBI=0.104367;REFB=0;REVB=0.0404712;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000748219;OID=.;OPOS=3979408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr19 4028783 . C T 517.94 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0660754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.764;QD=54.5198;RBI=0.0665104;REFB=-0.148085;REVB=-0.00759388;RO=2;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346573;STB=0.518508;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00234911;OID=.;OPOS=4028783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:26:10:0:2:26:10:0:2 chr19 4033462 . T C 2064.59 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0835051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.734;QD=62.5633;RBI=0.0836463;REFB=0;REVB=-0.00485817;RO=0;SAF=74;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014548;OID=.;OPOS=4033462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:58:74:0:0:58:74:0:0 chr19 4042858 . G A 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.047;QD=57.1755;RBI=0.0370673;REFB=0;REVB=0.0361784;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012852;OID=.;OPOS=4042858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr19 4042923 . A G 936.12 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2152;QD=58.5073;RBI=0.0369363;REFB=0;REVB=-0.0108626;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186359;OID=.;OPOS=4042923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr19 4043024 . T C 817.19 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.026;QD=57.3466;RBI=0.056927;REFB=0;REVB=-0.0215866;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39702e-05;OID=.;OPOS=4043024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:32:24:0:0:32:25:0:0 chr19 4045518 . T C 69.63 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00472697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.811;QD=34.8143;RBI=0.00472697;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149945;OID=.;OPOS=4045518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:0:7:0:0:0:8:0:0 chr19 4046430 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTG CTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTGTC 170.27 PASS AF=0.193548,0.612903,0.16129;AO=3,7,2;DP=30;FAO=6,19,5;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=3,9,5;FSAR=3,10,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0859015,-0.14249,-0.0337229;FXX=0.0605877;HRUN=17,17,17;LEN=5,3,3;MLLD=7.19858,6.64601,192.494;QD=21.9704;RBI=0.346618,0.57367,0.102002;REFB=0.278089,0.420415,0.0991075;REVB=-0.335805,-0.555692,-0.0962661;RO=0;SAF=2,6,2;SAR=1,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.571194,0.526288,0.5;STBP=0.516,0.537,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0535661,-0.0712979,-0.0328478;OID=.,.,.;OPOS=4046431,4046431,4046446;OREF=TTTTT,TTT,TTG;OALT=-,-,GTC;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.193548,0.612903,0.16129:3,7,2:30:6,19,5:31:1:3,9,5:3,10,0:1:0:31:0:2,6,2:1,1,0:0:0 chr19 4101062 . G T 205.12 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0288459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.659;QD=16.4092;RBI=0.0312497;REFB=-0.0208181;REVB=-0.0120189;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529383;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0259746;OID=.;OPOS=4101062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:29:21:21:0.42:14:7:9:18:14:7:11:18 chr19 4168437 . C A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0382211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.653;QD=12.7386;RBI=0.0382211;REFB=-0.0225921;REVB=3.81929e-05;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295637;STB=0.675253;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0237767;OID=.;OPOS=4168437;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:3:7:3:5:3:7 chr19 4180836 . C T 271.37 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0322319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.44;QD=23.5977;RBI=0.0350223;REFB=-0.00604628;REVB=-0.0136992;RO=21;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358603;STB=0.519984;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00444614;OID=.;OPOS=4180836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:12:13:10:11:12:13:10:11 chr19 4186395 . T G 375.46 PASS AF=0.642857;AO=33;DP=53;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00279899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.313;QD=26.8186;RBI=0.00560001;REFB=-0.0156983;REVB=0.00485034;RO=19;SAF=19;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138266;STB=0.545519;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00783244;OID=.;OPOS=4186395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:19:20:33:36:0.642857:14:19:7:12:17:19:8:12 chr19 4200156 . G A 227.8 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00435019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.914;QD=21.6955;RBI=0.0558966;REFB=-0.0179292;REVB=0.0557271;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585855;STB=0.502181;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0301256;OID=.;OPOS=4200156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:20:22:22:0.52381:12:10:9:8:12:10:9:11 chr19 4207940 . G A 132.01 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0556515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.205;QD=14.6673;RBI=0.0556644;REFB=-0.0200279;REVB=0.00119513;RO=21;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185286;STB=0.608357;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0226435;OID=.;OPOS=4207940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:11:4:9:12:11:4:9:12 chr19 4210084 . GGC G,GG 112.73 PASS AF=0.466667,0.166667;AO=9,7;DP=30;FAO=14,5;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=1,1;FSAR=13,4;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.211206,-0.704523;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=21.4873,12.4063;QD=15.0304;RBI=0.21506,0.704707;REFB=-0.18015,-0.226875;REVB=-0.0405338,0.0160953;RO=9;SAF=0,2;SAR=9,5;SRF=0;SRR=9;SSEN=0.375,0;SSEP=0,0.305263;SSSB=0,0.41721;STB=0.530566,0.635926;STBP=0.86,0.814;TYPE=del,del;VARB=0.113528,0.128972;OID=.,.;OPOS=4210085,4210086;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667,0.166667:9,7:30:14,5:30:11:1,1:13,4:1:10:54:9:0,2:9,5:0:9 chr19 4210356 . G A 445.66 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.03335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.828;QD=52.431;RBI=0.0333722;REFB=-0.127959;REVB=-0.0012184;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.519219;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0028567;OID=.;OPOS=4210356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:0:2:31:32:0.941176:7:24:0:0:8:24:1:1 chr19 4216910 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2642;QD=37.4884;RBI=0.0432221;REFB=0;REVB=-0.00650126;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00171334;OID=.;OPOS=4216910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr19 4217207 . T G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.772;QD=58.2391;RBI=0.0243869;REFB=0;REVB=0.0198001;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18555e-05;OID=.;OPOS=4217207;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr19 4236996 . G A 388.92 PASS AF=0.431373;AO=43;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0488641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.965;QD=15.2517;RBI=0.049842;REFB=-0.00566711;REVB=0.00982482;RO=57;SAF=18;SAR=25;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109843;STB=0.558508;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00724088;OID=.;OPOS=4236996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:58:43:44:0.431373:25:18:30:27:25:19:31:27 chr19 4237067 . A G 243.84 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0298056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.247;QD=15.2401;RBI=0.0431387;REFB=-0.0308713;REVB=-0.0311861;RO=34;SAF=10;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171691;STB=0.613554;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0407157;OID=.;OPOS=4237067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:34:36:28:28:0.4375:18:10:18:16:18:10:20:16 chr19 4251069 . T C 436.18 PASS AF=0.429825;AO=47;DP=116;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0246163;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0588;QD=15.3044;RBI=0.0248633;REFB=-0.0125851;REVB=0.00349592;RO=64;SAF=19;SAR=28;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146922;STB=0.586921;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0257481;OID=.;OPOS=4251069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:64:65:47:49:0.429825:28:19:35:29:30:19:35:30 chr19 4254375 . C T 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00827729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.014;QD=14.1942;RBI=0.0342978;REFB=-0.0253152;REVB=0.033284;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221949;STB=0.629453;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0439027;OID=.;OPOS=4254375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:5:10:10:12:5:10:10:12 chr19 4280186 . C T 383.53 PASS AF=0.513158;AO=35;DP=72;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0265742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8385;QD=20.186;RBI=0.0340313;REFB=-0.0165044;REVB=0.0212589;RO=37;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271354;STB=0.512189;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0197727;OID=.;OPOS=4280186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:76:37:37:35:39:0.513158:16:19:19:18:18:21:19:18 chr19 4283059 . G A 362.51 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0148536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.878;QD=27.8854;RBI=0.0163141;REFB=-0.0034975;REVB=0.00674696;RO=18;SAF=19;SAR=15;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699763;STB=0.538172;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00151369;OID=.;OPOS=4283059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:15:19:12:6:15:19:12:6 chr19 4292597 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0303134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5497;QD=12.3287;RBI=0.0373083;REFB=0.00660617;REVB=0.0217488;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340247;STB=0.699657;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00180429;OID=.;OPOS=4292597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:5:12:4:7:5:12 chr19 4306311 . T C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0380768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.688;QD=21.2676;RBI=0.0471045;REFB=-0.0405894;REVB=0.0277307;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128419;STB=0.572433;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0250011;OID=.;OPOS=4306311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:10:7:8:6:10:7:8:6 chr19 4325433 . G A 108.7 PASS AF=0.419355;AO=11;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00957109;FXX=0.0312402;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.141;QD=14.0262;RBI=0.0103362;REFB=-0.00895831;REVB=-0.00390278;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169053;STB=0.613308;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0158212;OID=.;OPOS=4325433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:18:11:13:0.419355:8:3:6:8:10:3:7:11 chr19 4333711 . C T 646.99 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=138;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.00201746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9688;QD=18.3544;RBI=0.04552;REFB=-0.00956731;REVB=0.0454752;RO=72;SAF=43;SAR=23;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961424;STB=0.551898;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0112491;OID=.;OPOS=4333711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:141:72:75:66:66:0.468085:23:43:40:32:23:43:42:33 chr19 4352959 . A G 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00699108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.749;QD=32.8203;RBI=0.0371039;REFB=-0.181949;REVB=0.0364393;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599759;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00381466;OID=.;OPOS=4352959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:10:0:1:9:9:0.9:7:2:0:0:7:2:1:0 chr19 4357555 . A G 912.59 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0174834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9892;QD=56.1596;RBI=0.0219338;REFB=-0.106369;REVB=0.0132448;RO=1;SAF=31;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149896;STB=0.507934;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00242894;OID=.;OPOS=4357555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:32:31:1:0:33:31:1:0 chr19 4359199 . G A 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0153449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6673;QD=13.7745;RBI=0.0452385;REFB=0.0057002;REVB=0.0425565;RO=40;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608599;STB=0.528383;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00738398;OID=.;OPOS=4359199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:28:28:0.405797:17:11:18:22:17:11:18:23 chr19 4362691 . G C 284.59 PASS AF=0.35;AO=34;DP=98;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0185261;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.876;QD=11.3834;RBI=0.0214765;REFB=-0.0112491;REVB=-0.0108638;RO=64;SAF=13;SAR=21;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203739;STB=0.609499;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0173354;OID=.;OPOS=4362691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:64:65:34:35:0.35:21:13:36:28:21:14:37:28 chr19 4442336 . C T 305.44 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0131208;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.102;QD=14.2065;RBI=0.0146383;REFB=-0.0238567;REVB=-0.00649031;RO=51;SAF=24;SAR=10;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298761;STB=0.665618;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.053419;OID=.;OPOS=4442336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:51:52:34:34:0.395349:10:24:22:29:10:24:23:29 chr19 4442999 . T G 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.077;QD=16.0334;RBI=0.0395875;REFB=-0.0135438;REVB=-0.0374611;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011497;STB=0.529259;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0184966;OID=.;OPOS=4442999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:28:20:20:0.416667:9:11:14:12:9:11:14:14 chr19 4443046 . T C 367.09 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00863309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.773;QD=19.0696;RBI=0.0243192;REFB=-0.00937093;REVB=-0.0227353;RO=39;SAF=21;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106082;STB=0.559013;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0113838;OID=.;OPOS=4443046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:17:21:17:22:17:21:17:22 chr19 4457650 . C T 264.73 PASS AF=0.528302;AO=21;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0500996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.957;QD=19.9793;RBI=0.051026;REFB=-0.0137873;REVB=-0.00967907;RO=25;SAF=4;SAR=17;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173826;STB=0.53656;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0192033;OID=.;OPOS=4457650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:21:28:0.528302:17:4:8:17:17:11:8:17 chr19 4491810 . C G 54.16 PASS AF=0.117647;AO=5;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00516843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.0835;QD=4.24795;RBI=0.17902;REFB=-0.0126667;REVB=-0.178946;RO=39;SAF=3;SAR=2;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242173;STB=0.721526;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.171987;OID=.;OPOS=4491810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:51:51:39:40:5:6:0.117647:2:3:15:24:2:4:16:24 chr19 4493708 . A G 350.14 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0122354;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.587;QD=14.8997;RBI=0.0171047;REFB=-0.036129;REVB=-0.0119526;RO=53;SAF=22;SAR=16;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724735;STB=0.55803;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0364099;OID=.;OPOS=4493708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:56:38:38:0.404255:16:22:27:26:16:22:27:29 chr19 4504602 . G A 83.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0178912;FXX=0.124948;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6914;QD=15.9316;RBI=0.0514454;REFB=-0.0078649;REVB=0.0482342;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355177;STB=0.710646;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0201885;OID=.;OPOS=4504602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:22:21:11:11:10:10:0.47619:8:2:6:5:8:2:6:5 chr19 4508945 . A G 911.98 PASS AF=1;AO=51;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00219116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.132;QD=57.9035;RBI=0.0492934;REFB=0;REVB=0.0492447;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3374e-05;OID=.;OPOS=4508945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:51:63:1:26:25:0:0:29:34:0:0 chr19 4510560 . C T 381.8 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0146031;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.733;QD=22.1334;RBI=0.0164693;REFB=-0.00096676;REVB=0.00761502;RO=31;SAF=15;SAR=23;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745383;STB=0.541155;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00118215;OID=.;OPOS=4510560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:31:31:38:38:0.550725:23:15:15:16:23:15:15:16 chr19 4511140 . C G 49.6 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00331345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.718;QD=15.2615;RBI=0.0363582;REFB=-0.00394015;REVB=-0.0362069;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23478;STB=0.642384;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0012137;OID=.;OPOS=4511140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:4:2:1:6:4:2 chr19 4511278 . C T 130.77 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0191369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.895;QD=8.86598;RBI=0.0279376;REFB=-0.0125932;REVB=-0.0203541;RO=41;SAF=15;SAR=3;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.601785;STB=0.855244;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0438646;OID=.;OPOS=4511278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:3:15:12:29:3:15:12:29 chr19 4511281 . G A 184.86 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0335187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.262;QD=12.1218;RBI=0.0418824;REFB=-0.0214537;REVB=0.0251124;RO=38;SAF=4;SAR=19;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.53695;STB=0.811208;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0123119;OID=.;OPOS=4511281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:19:4:25:13:19:4:25:13 chr19 4511283 . CA TG 136.28 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.00114678;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.955;QD=8.51763;RBI=0.0230582;REFB=0.00213849;REVB=-0.0230297;RO=45;SAF=16;SAR=3;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.618492;STB=0.865175;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=-0.00587568;OID=.;OPOS=4511283;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:3:16:13:32:3:16:13:32 chr19 4511350 . T A 533.94 PASS AF=0.814815;AO=44;DP=54;FAO=44;FDP=54;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0423653;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.084;QD=39.5507;RBI=0.0434352;REFB=0.012501;REVB=0.00958089;RO=10;SAF=15;SAR=29;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157881;STB=0.508471;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.00429291;OID=.;OPOS=4511350;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:54:54:10:10:44:44:0.814815:29:15:3:7:29:15:3:7 chr19 4511453 . G A 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595141;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2583;QD=57.2414;RBI=0.0561103;REFB=0;REVB=0.0557938;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804579;OID=.;OPOS=4511453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr19 4511479 . A T 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0184033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.032;QD=3.8875;RBI=0.0290654;REFB=-0.016175;REVB=-0.0224971;RO=28;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355248;STB=0.749251;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0362097;OID=.;OPOS=4511479;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:28:29:6:6:0.171429:2:4:10:18:2:4:10:19 chr19 4511491 . A G 61.0 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0160374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3079;QD=6.5951;RBI=0.0929336;REFB=-0.0159643;REVB=-0.0915394;RO=28;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451889;STB=0.786355;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0116907;OID=.;OPOS=4511491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:2:7:11:17:2:7:11:17 chr19 4511525 . A G 698.92 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00331168;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.813;QD=63.5378;RBI=0.0196932;REFB=0;REVB=0.0194128;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000873153;OID=.;OPOS=4511525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr19 4511647 . C G 728.9 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7449;QD=57.1688;RBI=0.0449398;REFB=0;REVB=0.0418867;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000733304;OID=.;OPOS=4511647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr19 4511674 . C T 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.00744021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8996;QD=3.78985;RBI=0.0205004;REFB=0.0011034;REVB=-0.0191026;RO=43;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065985;STB=0.545344;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.0101172;OID=.;OPOS=4511674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:5:3:14:29:5:3:14:29 chr19 4511677 . A G 144.7 PASS AF=0.346154;AO=19;DP=53;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00724149;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.7;QD=11.1306;RBI=0.0263544;REFB=0.00277778;REVB=-0.02534;RO=34;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286826;STB=0.684462;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0108354;OID=.;OPOS=4511677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:34:34:19:18:0.346154:9:10:9:25:8:10:9:25 chr19 4511679 . CA TG 48.34 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00891416;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.974;QD=3.79136;RBI=0.0222949;REFB=-0.00428168;REVB=-0.0204353;RO=42;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553588;STB=0.523751;STBP=0.86;TYPE=mnp;VARB=0.0125872;OID=.;OPOS=4511679;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:42:43:8:8:0.156863:5:3:14:28:5:3:15:28 chr19 4511719 . G GC 336.52 PASS AF=1;AO=5;DP=40;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.219548;FXX=0.0512689;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.0248;QD=36.3805;RBI=0.221886;REFB=0;REVB=-0.0321225;RO=34;SAF=3;SAR=2;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214555;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00709592;OID=.;OPOS=4511720;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:40:37:37:0:16:21:0:0:7:34:3:2:14:20 chr19 4511723 . CCT CCC,GTC 598.3 PASS AF=0.95,0.05;AO=37,2;DP=40;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16,2;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622496,0.00724274;FXX=0;HRUN=2,5;LEN=1,3;MLLD=48.371,241.721;QD=59.8304;RBI=0.0276565,0.0113963;REFB=0,0;REVB=0.0269469,-0.00879875;RO=0;SAF=16,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.7558e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0046081,-2.78166e-05;OID=.,.;OPOS=4511725,4511723;OREF=T,CCT;OALT=C,GTC;OMAPALT=CCC,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:0:37,2:38,2:0.95,0.05:21,0:16,2:0:0:22,0:16,2:0:0 chr19 4511730 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.211;QD=61.3356;RBI=0.0152922;REFB=0;REVB=-0.0135043;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.50841e-06;OID=.;OPOS=4511730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr19 4511737 . T C 232.72 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0366723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8195;QD=17.9018;RBI=0.0381821;REFB=-0.00807218;REVB=0.0106308;RO=27;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069568;STB=0.539139;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00756114;OID=.;OPOS=4511737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:12:13:12:15:12:13:12:15 chr19 4511746 . A T 86.11 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00985538;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.053;QD=5.21862;RBI=0.0130715;REFB=-0.00311302;REVB=0.00858697;RO=52;SAF=9;SAR=5;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202253;STB=0.628636;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0092299;OID=.;OPOS=4511746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:67:66:52:52:14:14:0.212121:5:9:25:27:5:9:25:27 chr19 4511791 . A C 121.4 PASS AF=0.215909;AO=18;DP=87;FAO=19;FDP=88;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0262129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.832;QD=5.51837;RBI=0.0335106;REFB=-0.00485587;REVB=-0.0208768;RO=69;SAF=10;SAR=8;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426589;STB=0.545297;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0163918;OID=.;OPOS=4511791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:69:69:18:19:0.215909:8:10:36:33:8:11:36:33 chr19 4511830 . A G 401.53 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00249218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.024;QD=18.8954;RBI=0.018398;REFB=-0.010725;REVB=-0.0182284;RO=44;SAF=25;SAR=16;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401626;STB=0.522377;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0126497;OID=.;OPOS=4511830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:16:25:25:19:16:25:25:19 chr19 4511908 . C T 346.99 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0370629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.053;QD=14.6102;RBI=0.0373751;REFB=-0.00977983;REVB=-0.00482039;RO=57;SAF=26;SAR=12;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121707;STB=0.569305;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.017675;OID=.;OPOS=4511908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:38:38:0.4:12:26:33:24:12:26:33:24 chr19 4511920 . T C 165.96 PASS AF=0.242424;AO=23;DP=98;FAO=24;FDP=99;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.0152037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.818;QD=6.70564;RBI=0.0165119;REFB=-0.00845766;REVB=-0.00644113;RO=75;SAF=13;SAR=10;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617429;STB=0.55513;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0324915;OID=.;OPOS=4511920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:75:75:23:24:0.242424:10:13:46:29:11:13:46:29 chr19 4511927 . G A 713.28 PASS AF=0.622449;AO=61;DP=99;FAO=61;FDP=98;FR=.;FRO=37;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0429589;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.6892;QD=29.1136;RBI=0.0439042;REFB=-0.0472654;REVB=0.00906147;RO=35;SAF=38;SAR=23;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095561;STB=0.543032;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.015526;OID=.;OPOS=4511927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:35:37:61:61:0.622449:23:38:17:18:23:38:19:18 chr19 4511929 . A G 658.33 PASS AF=0.606383;AO=59;DP=95;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0101953;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.997;QD=28.0141;RBI=0.0207293;REFB=-0.0168519;REVB=-0.0180488;RO=36;SAF=39;SAR=20;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119753;STB=0.564862;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00681951;OID=.;OPOS=4511929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:36:37:59:57:0.606383:20:39:18:18:19:38:19:18 chr19 4511935 . T C 34.49 PASS AF=0.122449;AO=5;DP=90;FAO=12;FDP=98;FR=.;FRO=86;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=-0.0175664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.4785;QD=1.40783;RBI=0.0243583;REFB=-0.0250646;REVB=0.0168745;RO=85;SAF=1;SAR=4;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358989;STB=0.569224;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.142892;OID=.;OPOS=4511935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:90:98:85:86:5:12:0.122449:4:1:50:35:4:8:51:35 chr19 4511948 . A G 50.62 PASS AF=0.109091;AO=12;DP=110;FAO=12;FDP=110;FR=.;FRO=98;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=37;FWDB=-0.0256165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.157;QD=1.84062;RBI=0.0539829;REFB=-0.0103902;REVB=-0.0475179;RO=97;SAF=7;SAR=5;SRF=60;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442387;STB=0.536218;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0410299;OID=.;OPOS=4511948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:110:110:97:98:12:12:0.109091:5:7:60:37:5:7:61:37 chr19 4511955 . T C 1637.49 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.92;QD=59.5452;RBI=0.0281028;REFB=0;REVB=0.002097;RO=0;SAF=69;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89526e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12658e-05;OID=.;OPOS=4511955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:108:110:1:39:69:0:0:41:69:0:0 chr19 4512669 . T C 513.83 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0246037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7322;QD=21.865;RBI=0.0293593;REFB=-0.00925233;REVB=0.0160195;RO=45;SAF=31;SAR=18;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185455;STB=0.602431;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00711946;OID=.;OPOS=4512669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:18:31:19:26:18:31:19:26 chr19 4513143 . CA TG 60.48 PASS AF=0.571429;AO=9;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.05545;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=73.5964;QD=17.2801;RBI=0.168723;REFB=-0.118138;REVB=-0.159351;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970608;STB=0.599771;STBP=0.535;TYPE=mnp;VARB=0.142874;OID=.;OPOS=4513143;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:14:14:5:6:9:8:0.571429:6:3:1:4:5:3:1:5 chr19 4513559 . A G 868.17 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.951;QD=57.8778;RBI=0.0204749;REFB=0;REVB=-0.020424;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31874e-05;OID=.;OPOS=4513559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr19 4525046 . A G 116.1 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.377;QD=42.2192;RBI=0.0642597;REFB=0;REVB=0.0280563;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523983;OID=.;OPOS=4525046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:8:2:0:0:8:3:0:0 chr19 4538599 . G A 2063.32 PASS AF=0.957746;AO=136;DP=142;FAO=136;FDP=142;FR=.;FRO=6;FSAF=61;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.021533;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.843;QD=58.1218;RBI=0.0241014;REFB=-0.105308;REVB=0.0108263;RO=6;SAF=61;SAR=75;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00934985;STB=0.504924;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.000316832;OID=.;OPOS=4538599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:142:142:6:6:136:136:0.957746:75:61:2:4:75:61:2:4 chr19 4558431 . C G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0082476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.293;QD=11.9535;RBI=0.0252695;REFB=-0.00720402;REVB=0.0238856;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043798;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0159002;OID=.;OPOS=4558431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:5:6:4:4:5:6 chr19 4652820 . TAC GTA,TA,TAG 743.75 PASS AF=0.0408163,0.0612245,0.897959;AO=5,6,37;DP=51;FAO=2,3,44;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1,27;FSAR=0,2,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223875,0.00564291,0.00834701;FXX=0.019996;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=87.9673,95.2995,109.578;QD=60.7144;RBI=0.0111768,0.00679557,0.0236697;REFB=0,0,0;REVB=-0.0109503,0.00378648,-0.0221491;RO=0;SAF=5,4,19;SAR=0,2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-3.68991e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0263948,0.0307327,0.00470301;OID=.,.,.;OPOS=4652820,4652822,4652822;OREF=TAC,C,C;OALT=GTA,-,G;OMAPALT=GTA,TA,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:13:51:49:0:0:5,6,37:2,3,44:0.0408163,0.0612245,0.897959:0,2,18:5,4,19:0:0:0,2,17:2,1,27:0:0 chr19 4653370 . C G 371.88 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175388;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.383;QD=55.0936;RBI=0.0477375;REFB=0;REVB=-0.0443988;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352918;OID=.;OPOS=4653370;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:14:12:0:0:14:13:0:0 chr19 4653420 . A G 272.4 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8215;QD=51.8862;RBI=0.0713792;REFB=0;REVB=-0.0499882;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0029964;OID=.;OPOS=4653420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr19 4654163 . A C 198.67 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0797472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.725;QD=19.3823;RBI=0.089875;REFB=0.031491;REVB=-0.0414475;RO=21;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690132;STB=0.538885;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.0216804;OID=.;OPOS=4654163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:14:6:5:16:14:6:5:16 chr19 4654757 . G A 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0320046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.058;QD=11.2963;RBI=0.0321757;REFB=-0.0087101;REVB=0.00331393;RO=33;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779237;STB=0.552183;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0181314;OID=.;OPOS=4654757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:18:18:0.346154:12:6:9:24:12:6:9:25 chr19 4655166 . A G 276.64 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603398;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.237;QD=52.6942;RBI=0.0778342;REFB=0;REVB=0.0491657;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633754;OID=.;OPOS=4655166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr19 4655190 . C T 53.42 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0286663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1468;QD=10.1757;RBI=0.0328013;REFB=-0.0258075;REVB=0.0159428;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16722;STB=0.599771;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0458071;OID=.;OPOS=4655190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:10:3:3:5:10:3 chr19 4655540 . G A 172.84 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00634712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.298;QD=18.6857;RBI=0.0686727;REFB=-0.0148857;REVB=-0.0683788;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148115;STB=0.567494;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0077635;OID=.;OPOS=4655540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:19:17:18:0.486486:8:9:7:12:9:9:7:12 chr19 4670236 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9786;QD=46.8479;RBI=0.0123266;REFB=0;REVB=0.012259;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356841;OID=.;OPOS=4670236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr19 4685276 . A C 943.27 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0532818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1059;QD=57.1677;RBI=0.053843;REFB=-0.115402;REVB=-0.00775319;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.506491;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.002368;OID=.;OPOS=4685276;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:38:27:0:0:38:27:0:1 chr19 4769740 . C A,G 741.55 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=51,2;DP=54;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755686,0.0456485;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.311,88.0191;QD=54.9298;RBI=0.0768226,0.0459077;REFB=0,0;REVB=-0.0138242,-0.004871;RO=1;SAF=28,0;SAR=23,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0165215,-0.697199;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000749278,0.145133;OID=.,.;OPOS=4769740,4769740;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:54:54:1:0:51,2:52,2:0.962963,0.037037:23,2:28,0:1:0:23,2:29,0:0:0 chr19 4794257 . T G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.807;QD=59.8394;RBI=0.0498423;REFB=0;REVB=-0.0365985;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.2657e-06;OID=.;OPOS=4794257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr19 4794948 . A AAACCTCAC 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231792;FXX=0;HRUN=1;LEN=8;MLLD=355.566;QD=40.7629;RBI=0.0353594;REFB=0;REVB=0.0267023;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000319181;OID=.;OPOS=4794949;OREF=-;OALT=AACCTCAC;OMAPALT=AAACCTCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:10:10:10:0:3:7:0:0:4:0:3:7:0:0 chr19 4816719 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0140756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.168;QD=10.39;RBI=0.0770593;REFB=-0.00421524;REVB=0.0757629;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350103;STB=0.713673;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0212063;OID=.;OPOS=4816719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:7:4:5:2:7:4 chr19 4818378 . T C 257.77 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.01897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.995;QD=23.4332;RBI=0.0193077;REFB=-0.0134977;REVB=0.00359535;RO=20;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155156;STB=0.586395;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.011728;OID=.;OPOS=4818378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:11:13:7:13:11:13:7:13 chr19 4847713 . A G 768.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.947;QD=56.9574;RBI=0.0229857;REFB=0;REVB=0.0121473;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28418e-05;OID=.;OPOS=4847713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:19:32:0:0:21:33:0:0 chr19 4847874 . A G 921.52 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.117164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.1909;QD=56.709;RBI=0.118445;REFB=0;REVB=0.0173718;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127508;OID=.;OPOS=4847874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:65:0:0:60:65:1:35:25:0:0:40:25:0:0 chr19 4852106 . A G 1044.13 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.637;QD=59.6645;RBI=0.0119211;REFB=0;REVB=-0.0115828;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88963e-05;OID=.;OPOS=4852106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:27:43:0:0:27:43:0:0 chr19 4852137 . C T 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.016749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.293;QD=16.7848;RBI=0.0180814;REFB=-0.0184385;REVB=0.00681246;RO=33;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523489;STB=0.529392;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0199946;OID=.;OPOS=4852137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:13:16:20:13:13:16:20:13 chr19 4852278 . CT C 63.08 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.190379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.5229;QD=7.6466;RBI=0.194401;REFB=-0.0879945;REVB=0.0393378;RO=16;SAF=15;SAR=1;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.599134;STB=0.848481;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0639841;OID=.;OPOS=4852279;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:16:32:16:33:17:15:1:9:8:63:16:15:1:8:8 chr19 4910889 . G T 176.29 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00978953;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.861;QD=12.592;RBI=0.016042;REFB=-0.0110713;REVB=0.0127088;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947294;STB=0.56305;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0201514;OID=.;OPOS=4910889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:33:34:22:22:0.392857:12:10:18:15:12:10:19:15 chr19 4910924 . C T 151.53 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.021929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.283;QD=10.1017;RBI=0.0235303;REFB=-0.0134597;REVB=0.00853174;RO=38;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588911;STB=0.51665;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0341175;OID=.;OPOS=4910924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:40:20:20:0.333333:10:10:17:21:10:10:19:21 chr19 4945974 . T C 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9904;QD=56.6963;RBI=0.0649125;REFB=0;REVB=0.06416;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656306;OID=.;OPOS=4945974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr19 4950770 . C T 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0172185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.81;QD=20.4403;RBI=0.0194164;REFB=-0.00691039;REVB=0.00897321;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273066;STB=0.515142;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00707326;OID=.;OPOS=4950770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:16:17:14:15:16:17:14:15 chr19 4954454 . C T 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0012029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.19;QD=10.2706;RBI=0.00861814;REFB=-0.0154727;REVB=-0.00853377;RO=35;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228358;STB=0.513631;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0180984;OID=.;OPOS=4954454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:7:9:19:16:7:9:19:16 chr19 4954679 . G GC 421.07 PASS AF=1;AO=27;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.3506;QD=41.0802;RBI=0.106458;REFB=0;REVB=-0.0150284;RO=15;SAF=22;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449727;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00303168;OID=.;OPOS=4954680;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:42:41:41:0:24:17:0:0:8:15:22:5:3:12 chr19 5041178 . T C 1091.6 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.961;QD=59.0055;RBI=0.0738653;REFB=0;REVB=0.0689379;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037944;OID=.;OPOS=5041178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:74:74:0:0:73:74:1:34:39:0:0:35:39:0:0 chr19 5110794 . A G 785.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0633943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.663;QD=64.1436;RBI=0.0652099;REFB=0;REVB=0.0152807;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258374;OID=.;OPOS=5110794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr19 5111865 . C T 254.73 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0338824;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5482;QD=19.225;RBI=0.0346818;REFB=-0.0200543;REVB=0.00740352;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499385;STB=0.527912;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0208173;OID=.;OPOS=5111865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:26:27:27:0.509434:13:14:12:14:13:14:12:14 chr19 5135392 . A G 1581.44 PASS AF=0.972973;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0184732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.524;QD=56.9889;RBI=0.0206654;REFB=-0.00208851;REVB=0.00926283;RO=3;SAF=71;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183264;STB=0.509661;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=8.90739e-05;OID=.;OPOS=5135392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:111:3:3:108:108:0.972973:37:71:1:2:37:71:1:2 chr19 5206775 . A G 168.3 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0547934;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.1088;QD=19.2346;RBI=0.10661;REFB=-0.042321;REVB=-0.0914517;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144712;STB=0.59984;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0985064;OID=.;OPOS=5206775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:35:35:17:17:12:13:0.371429:4:8:9:8:4:9:9:8 chr19 5212380 . C T 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00206287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.691;QD=23.7582;RBI=0.0116053;REFB=0.00168877;REVB=-0.0114205;RO=21;SAF=22;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48516;STB=0.767209;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00134249;OID=.;OPOS=5212380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:4:22:7:14:4:22:8:14 chr19 5214697 . A G 782.22 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00502876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.801;QD=56.8888;RBI=0.0493267;REFB=0;REVB=-0.0490697;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178046;OID=.;OPOS=5214697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:23:31:0:0:23:32:0:0 chr19 5273571 . T G 230.41 PASS AF=0.621622;AO=20;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00694286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.095;QD=24.9096;RBI=0.00816858;REFB=-0.0294965;REVB=-0.00430377;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105524;STB=0.578386;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0180469;OID=.;OPOS=5273571;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:14:20:23:0.621622:10:10:5:9:10:13:5:9 chr19 5696146 . G A 133.73 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0126985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2512;QD=15.7323;RBI=0.0322388;REFB=-0.0146073;REVB=0.0296326;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291127;STB=0.646411;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0455019;OID=.;OPOS=5696146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:19:14:15:0.441176:7:7:4:15:8:7:4:15 chr19 5707159 . CGA C 162.22 PASS AF=0.533333;AO=14;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00706414;FXX=0.142816;HRUN=1;LEN=2;MLLD=248.238;QD=21.6288;RBI=0.00976424;REFB=-0.0333779;REVB=0.0067408;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585624;STB=0.514688;STBP=0.903;TYPE=del;VARB=0.026205;OID=.;OPOS=5707160;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:14:29:16:30:14:5:11:4:10:99:13:4:10:3:10 chr19 5766090 . T C 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.087861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6897;QD=54.5127;RBI=0.0932969;REFB=0;REVB=-0.0313808;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00137476;OID=.;OPOS=5766090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr19 5772950 . G A 233.84 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=-8.05825e-06;FXX=0.0156226;HRUN=6;LEN=1;MLLD=115.074;QD=14.8471;RBI=0.00133515;REFB=0.00196741;REVB=-0.00133513;RO=35;SAF=10;SAR=17;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19436;STB=0.614076;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00150005;OID=.;OPOS=5772950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:36:27:27:0.428571:17:10:7:28:17:10:7:29 chr19 5783614 . T A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0312856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3442;QD=11.9536;RBI=0.0315704;REFB=0.0331069;REVB=-0.00423057;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286032;STB=0.517197;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.017499;OID=.;OPOS=5783614;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:8:3:2:6:8:3 chr19 5784370 . C T 58.59 PASS AF=0.4;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0145423;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.777;QD=11.7179;RBI=0.0413512;REFB=-0.00113827;REVB=0.0387098;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462091;STB=0.583139;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00302526;OID=.;OPOS=5784370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:20:12:12:7:8:0.4:2:5:9:3:3:5:9:3 chr19 5789565 . T C 269.87 PASS AF=0.685714;AO=23;DP=34;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00724052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.799;QD=30.8428;RBI=0.0145306;REFB=-0.0442041;REVB=0.0125982;RO=11;SAF=14;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14572;STB=0.56932;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0189391;OID=.;OPOS=5789565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:35:11:11:23:24:0.685714:9:14:4:7:10:14:4:7 chr19 5831672 . G C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0301783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7065;QD=10.075;RBI=0.0625495;REFB=-0.0209894;REVB=0.0547879;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502138;STB=0.828027;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0430687;OID=.;OPOS=5831672;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:22:14:14:7:8:0.363636:1:6:6:8:1:7:6:8 chr19 5831724 . T C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00481659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2281;QD=15.8392;RBI=0.0062151;REFB=-0.0190421;REVB=0.00392784;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446316;STB=0.526249;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0071213;OID=.;OPOS=5831724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:4:3:3:5:4:3 chr19 5832209 . G A 395.22 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0178249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.697;QD=22.9114;RBI=0.0242763;REFB=-0.0150378;REVB=-0.0164807;RO=30;SAF=21;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829424;STB=0.545634;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0130001;OID=.;OPOS=5832209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:18:21:13:17:18:21:13:17 chr19 5844537 . A G 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.131;QD=60.1578;RBI=0.0300114;REFB=0.00431037;REVB=0.0152346;RO=1;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017728;STB=0.50943;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=6.49975e-07;OID=.;OPOS=5844537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:26:18:0:1:26:18:0:1 chr19 5844649 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.945;QD=46.8475;RBI=0.0315429;REFB=0;REVB=0.0206042;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29255e-05;OID=.;OPOS=5844649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr19 5866654 . A G 376.0 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.201;QD=55.7031;RBI=0.0195199;REFB=0;REVB=0.0177166;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012603;OID=.;OPOS=5866654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:18:8:0:0:19:8:0:0 chr19 5866724 . G A 50.17 PASS AF=0.7;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0239242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.297;QD=20.0668;RBI=0.05271;REFB=-0.0244239;REVB=0.0469679;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28674;STB=0.636015;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0126355;OID=.;OPOS=5866724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:6:7:0.7:3:3:0:3:4:3:0:3 chr19 5866736 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0560712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.156;QD=35.5758;RBI=0.0707336;REFB=0;REVB=0.0431192;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000352782;OID=.;OPOS=5866736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr19 5867177 . G A 118.8 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0166121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.573;QD=22.6277;RBI=0.0177197;REFB=0.00342732;REVB=0.00616666;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801912;STB=0.545384;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00226804;OID=.;OPOS=5867177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:5:8:4:4:5:8:4:4 chr19 5867748 . G T 54.52 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0846434;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.159;QD=36.3439;RBI=0.0861976;REFB=0;REVB=0.0162949;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214474;OID=.;OPOS=5867748;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr19 5892954 . T C 144.01 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0321671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.079;QD=15.1587;RBI=0.0416829;REFB=0.00488877;REVB=-0.0265093;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261743;STB=0.64023;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00723544;OID=.;OPOS=5892954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:5:11:9:12:5:11:10:12 chr19 6156483 . T C 794.79 PASS AF=0.966667;AO=55;DP=57;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0262746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.215;QD=52.9858;RBI=0.0589885;REFB=-0.120294;REVB=0.0528137;RO=2;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348843;STB=0.517235;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00273105;OID=.;OPOS=6156483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:60:2:2:55:58:0.966667:26:29:0:2:28:30:0:2 chr19 6333476 . G A 379.42 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00553946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.045;QD=19.2113;RBI=0.00839087;REFB=-0.0243958;REVB=-0.00630247;RO=40;SAF=14;SAR=25;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157582;STB=0.508767;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0248524;OID=.;OPOS=6333476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:25:14:15:25:25:14:15:25 chr19 6378573 . A T 136.39 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00921697;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.629;QD=25.9782;RBI=0.0134497;REFB=-0.0316129;REVB=0.00979498;RO=7;SAF=11;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603092;STB=0.53393;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0112513;OID=.;OPOS=6378573;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:21:7:7:14:14:0.666667:3:11:5:2:3:11:5:2 chr19 6411830 . C G 509.37 PASS AF=0.434109;AO=55;DP=128;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.00734404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.776;QD=15.7944;RBI=0.0077886;REFB=-0.0160402;REVB=0.00259372;RO=72;SAF=36;SAR=19;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243558;STB=0.624815;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0363754;OID=.;OPOS=6411830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:72:73:55:56:0.434109:19:36:30:42:20:36:31:42 chr19 6415443 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=22;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4529;QD=57.2012;RBI=0.0861174;REFB=0;REVB=0.0843114;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199396;OID=.;OPOS=6415443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:22:30:1:5:17:0:0:11:19:0:0 chr19 6477256 . G T 549.26 PASS AF=0.952381;AO=38;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0144501;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=238.163;QD=52.3105;RBI=0.0154356;REFB=-0.168061;REVB=0.00542723;RO=2;SAF=24;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131768;STB=0.506326;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.000545866;OID=.;OPOS=6477256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:42:42:2:2:38:40:0.952381:14:24:1:1:15:25:1:1 chr19 6495736 . A G 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4336;QD=47.8127;RBI=0.071686;REFB=0;REVB=-0.0533593;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216233;OID=.;OPOS=6495736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr19 6535080 . T C 776.77 PASS AF=0.369048;AO=93;DP=252;FAO=93;FDP=252;FR=.;FRO=159;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=101;FSRR=58;FWDB=-0.0128734;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.949;QD=12.3296;RBI=0.0617818;REFB=-0.00424503;REVB=-0.0604257;RO=158;SAF=50;SAR=43;SRF=100;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107889;STB=0.562492;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00935876;OID=.;OPOS=6535080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:158:159:93:93:0.369048:43:50:100:58:43:50:101:58 chr19 6665020 . T C 805.03 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6818;QD=64.4023;RBI=0.14192;REFB=0;REVB=0.0565368;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000918331;OID=.;OPOS=6665020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr19 6669934 . G A 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0249209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.371;QD=13.7845;RBI=0.0249797;REFB=-0.0079873;REVB=-0.00171324;RO=31;SAF=3;SAR=20;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406089;STB=0.759226;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.010319;OID=.;OPOS=6669934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:33:23:23:0.410714:20:3:13:18:20:3:15:18 chr19 6677989 . G A 458.88 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00851072;FXX=0.0519413;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.063;QD=25.1443;RBI=0.0301558;REFB=-0.0354562;REVB=0.02893;RO=30;SAF=25;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143732;STB=0.50787;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0254251;OID=.;OPOS=6677989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:30:30:43:43:0.589041:18:25:18:12:18:25:18:12 chr19 6679511 . C T 159.24 PASS AF=0.388889;AO=19;DP=52;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0419692;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.479;QD=11.7955;RBI=0.0505659;REFB=-0.0510378;REVB=-0.0282046;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736774;STB=0.53128;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0980172;OID=.;OPOS=6679511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:31:33:19:21:0.388889:11:8:11:20:13:8:11:22 chr19 6690742 . A G 231.5 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.00437724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.824;QD=12.3465;RBI=0.0222967;REFB=-0.00951496;REVB=-0.0218628;RO=47;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162008;STB=0.592565;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0152013;OID=.;OPOS=6690742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:15:13:15:32:15:13:15:32 chr19 6696597 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00272376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.679;QD=10.0741;RBI=0.0438451;REFB=-0.0189211;REVB=-0.0437604;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104179;STB=0.512165;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.029388;OID=.;OPOS=6696597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:22:13:14:8:8:0.363636:5:3:5:8:5:3:5:9 chr19 6697406 . A G 1396.3 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.936;QD=62.7549;RBI=0.0221928;REFB=0;REVB=-0.00597035;RO=0;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00721e-05;OID=.;OPOS=6697406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:34:55:0:0:34:55:0:0 chr19 6702157 . C G 272.75 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0232464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.038;QD=14.9451;RBI=0.0849223;REFB=-0.00645708;REVB=0.0816787;RO=42;SAF=11;SAR=20;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222346;STB=0.626036;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00594465;OID=.;OPOS=6702157;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:20:11:24:18:20:11:24:18 chr19 6709704 . C T 162.57 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00245114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.799;QD=19.7056;RBI=0.00395972;REFB=-0.0350402;REVB=-0.00310987;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251857;STB=0.514269;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0376636;OID=.;OPOS=6709704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:8:8:8:9:8:8 chr19 6709848 . C T 185.58 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0306903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7137;QD=13.7464;RBI=0.0340068;REFB=0.0144598;REVB=-0.0146481;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177837;STB=0.510195;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.00476804;OID=.;OPOS=6709848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:12:10:14:18:12:10:14:18 chr19 6713291 . C T 152.03 PASS AF=0.395349;AO=15;DP=41;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.073972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9283;QD=14.1427;RBI=0.105499;REFB=-0.00276673;REVB=0.0752208;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00555343;STB=0.540935;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0099857;OID=.;OPOS=6713291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:26:26:15:17:0.395349:8:7:12:14:8:9:12:14 chr19 6718387 . G C 289.26 PASS AF=0.566038;AO=26;DP=49;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0103775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.622;QD=21.8307;RBI=0.0141124;REFB=-0.0173423;REVB=-0.00956386;RO=20;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163602;STB=0.57247;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0185074;OID=.;OPOS=6718387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:20:23:26:30:0.566038:18:8:10:10:18:12:13:10 chr19 6731057 . T C 146.69 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0438961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6388;QD=17.2579;RBI=0.0454176;REFB=-0.0269813;REVB=-0.0116575;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00651334;STB=0.503727;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0291114;OID=.;OPOS=6731057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:10:8:7:9:10:8 chr19 6737481 . T C 222.94 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.918;QD=46.9344;RBI=0.0286485;REFB=0;REVB=-0.00434892;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00483504;OID=.;OPOS=6737481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:17:19:1:13:4:0:0:15:4:0:0 chr19 6737509 . G A 184.38 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0725341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.65;QD=46.0958;RBI=0.0888246;REFB=0;REVB=0.0512701;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248905;OID=.;OPOS=6737509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:11:5:0:0 chr19 6755007 . T C 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00386909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.903;QD=9.83031;RBI=0.0236944;REFB=-0.0171834;REVB=-0.0233764;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950042;STB=0.557426;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.030733;OID=.;OPOS=6755007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:5:7:13:13:5:7:13:13 chr19 6833777 . A G 1697.97 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247683;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.925;QD=60.6418;RBI=0.0402879;REFB=0;REVB=0.0317749;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012251;OID=.;OPOS=6833777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:50:62:0:0:50:62:0:0 chr19 6833989 . G T 308.18 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.105862;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.6023;QD=49.3081;RBI=0.133497;REFB=-0.070703;REVB=0.0813308;RO=1;SAF=15;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298695;STB=0.516116;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0124128;OID=.;OPOS=6833989;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:1:1:23:24:0.96:8:15:1:0:9:15:1:0 chr19 6897464 . C G 799.68 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.321;QD=57.1202;RBI=0.066939;REFB=0;REVB=0.00473093;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149351;OID=.;OPOS=6897464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:35:19:0:0:35:21:0:0 chr19 6913811 . A G 263.49 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.044464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.866;QD=17.5658;RBI=0.05181;REFB=0.00457825;REVB=-0.0265936;RO=31;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730345;STB=0.54962;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00768768;OID=.;OPOS=6913811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:28:29:0.483333:15:13:12:19:15:14:12:19 chr19 6919624 . A C 109.16 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=-0.0597889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6092;QD=6.14958;RBI=0.0947787;REFB=-0.00298375;REVB=-0.073541;RO=52;SAF=12;SAR=5;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00837572;STB=0.515134;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00522503;OID=.;OPOS=6919624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:52:54:17:17:0.239437:5:12:37:15:5:12:39:15 chr19 6919753 . A G 110.9 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0169808;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.051;QD=13.0467;RBI=0.0173737;REFB=-0.000592014;REVB=-0.00367391;RO=20;SAF=1;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518867;STB=0.832679;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000146776;OID=.;OPOS=6919753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:12:1:8:12:12:1:9:12 chr19 6972357 . C T 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.126447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.904;QD=19.6978;RBI=0.126991;REFB=-0.00206814;REVB=-0.0117378;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021567;STB=0.512183;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00315305;OID=.;OPOS=6972357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:11:11:10:11:11:11 chr19 6974556 . C A 211.91 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0223349;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.637;QD=24.2181;RBI=0.0233492;REFB=-0.00600467;REVB=-0.0068071;RO=11;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126582;STB=0.522161;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00149492;OID=.;OPOS=6974556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:36:35:11:12:19:19:0.542857:10:9:5:6:10:9:5:7 chr19 6974564 . C T 144.03 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.000800701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.645;QD=15.1612;RBI=0.00933623;REFB=-0.0152024;REVB=0.00930183;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851303;STB=0.536378;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0364494;OID=.;OPOS=6974564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:16:16:0.421053:7:9:10:11:7:9:11:11 chr19 7005905 . T A 341.61 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0578868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1829;QD=54.6582;RBI=0.0651072;REFB=0;REVB=0.0298005;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000669749;OID=.;OPOS=7005905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:22:25:1:12:10:0:0:12:13:0:0 chr19 7006048 . G A 250.45 PASS AF=0.605263;AO=20;DP=35;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0222081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.179;QD=26.3635;RBI=0.029849;REFB=-0.0214591;REVB=0.019944;RO=15;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948697;STB=0.550078;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0109063;OID=.;OPOS=7006048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:15:15:20:23:0.605263:7:13:8:7:8:15:8:7 chr19 7013179 . A C 37.76 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.09236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6505;QD=9.43934;RBI=0.0952377;REFB=-0.0108304;REVB=0.0232345;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383856;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0105996;OID=.;OPOS=7013179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:3:7:4:2:3:7 chr19 7076418 . C A 359.29 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=0.00311966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.177;QD=17.3151;RBI=0.0430073;REFB=-0.00808125;REVB=-0.042894;RO=45;SAF=21;SAR=17;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181777;STB=0.601129;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00929622;OID=.;OPOS=7076418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:17:21:33:12:17:21:33:12 chr19 7125297 . G A 152.35 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0151612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2302;QD=21.0143;RBI=0.0155059;REFB=0.0126917;REVB=-0.00325127;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042887;STB=0.524199;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.0122513;OID=.;OPOS=7125297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:5:8:9:7:5:8 chr19 7504982 . C T 267.79 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0746643;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7931;QD=23.2862;RBI=0.0747418;REFB=-0.0374582;REVB=0.00340322;RO=21;SAF=18;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877732;STB=0.55501;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.013173;OID=.;OPOS=7504982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:21:21:24:25:0.543478:6:18:14:7:6:19:14:7 chr19 7528734 . A G 696.5 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0486;QD=61.9107;RBI=0.0184366;REFB=0;REVB=0.0132292;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025386;OID=.;OPOS=7528734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:14:30:0:0:15:30:0:0 chr19 7533767 . T G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.734;QD=60.6103;RBI=0.0353799;REFB=0;REVB=0.0348722;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07038e-05;OID=.;OPOS=7533767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr19 7533850 . A G 764.72 PASS AF=0.919355;AO=57;DP=62;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00424474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5647;QD=49.337;RBI=0.0148315;REFB=-0.0176933;REVB=0.0142111;RO=4;SAF=30;SAR=27;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325591;STB=0.510201;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00579878;OID=.;OPOS=7533850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:62:62:4:5:57:57:0.919355:27:30:2:2:27:30:2:3 chr19 7538039 . A G 1529.93 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.557;QD=63.7472;RBI=0.0342155;REFB=0;REVB=0.00937309;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10027e-05;OID=.;OPOS=7538039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:54:42:0:0:54:42:0:0 chr19 7538117 . A G 1011.07 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370704;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.895;QD=59.4744;RBI=0.0427034;REFB=0;REVB=0.0211981;RO=0;SAF=18;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178771;OID=.;OPOS=7538117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:50:18:0:0:50:18:0:0 chr19 7569282 . A G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0240955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.114;QD=16.3858;RBI=0.024295;REFB=-0.00979727;REVB=0.00310754;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238988;STB=0.639683;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00613587;OID=.;OPOS=7569282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:5:3:6:3:5:3 chr19 7570978 . T C 172.48 PASS AF=0.392157;AO=17;DP=48;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=-0.102051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.159;QD=13.5277;RBI=0.102214;REFB=-0.0508185;REVB=0.00576442;RO=31;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066838;STB=0.506167;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.080737;OID=.;OPOS=7570978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:31:31:17:20:0.392157:13:4:6:25:16:4:6:25 chr19 7570990 . A G 138.72 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=-0.0651682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8558;QD=12.0629;RBI=0.0704374;REFB=-0.0171624;REVB=-0.0267309;RO=28;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111111;STB=0.578036;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0341486;OID=.;OPOS=7570990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:30:16:16:0.347826:12:4:5:23:12:4:5:25 chr19 7571030 . T A 76.15 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00228215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.973;QD=12.1845;RBI=0.0444837;REFB=-0.0285427;REVB=-0.0444251;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409094;STB=0.524224;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0625126;OID=.;OPOS=7571030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:4:11:7:3:4:11 chr19 7573098 . T A 241.48 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.0387393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4411;QD=12.3838;RBI=0.0422452;REFB=-0.00648637;REVB=0.0168501;RO=48;SAF=17;SAR=12;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141389;STB=0.571381;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0135809;OID=.;OPOS=7573098;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:49:29:29:0.371795:12:17:34:14:12:17:34:15 chr19 7573287 . C T 241.5 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.0116606;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.065;QD=12.3843;RBI=0.0117067;REFB=-0.0068222;REVB=-0.00103825;RO=49;SAF=9;SAR=20;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00540219;STB=0.503103;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0111169;OID=.;OPOS=7573287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:20:9:15:34:20:9:15:34 chr19 7573297 . T C 256.77 PASS AF=0.38961;AO=22;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0877721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.131;QD=13.3387;RBI=0.104855;REFB=-0.024834;REVB=-0.0573647;RO=43;SAF=1;SAR=21;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586626;STB=0.501547;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0258752;OID=.;OPOS=7573297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:47:22:30:0.38961:21:1:14:29:21:9:14:33 chr19 7573301 . C T 217.37 PASS AF=0.368421;AO=26;DP=71;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.03656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.0609;QD=11.4403;RBI=0.0476098;REFB=-0.0362992;REVB=-0.0304969;RO=45;SAF=6;SAR=20;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114372;STB=0.504584;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0577838;OID=.;OPOS=7573301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:76:45:48:26:28:0.368421:20:6:14:31:20:8:14:34 chr19 7685843 . G A 423.82 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0423191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.755;QD=33.9055;RBI=0.0460782;REFB=-0.0250324;REVB=-0.0182288;RO=16;SAF=20;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896896;STB=0.548897;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0177782;OID=.;OPOS=7685843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:14:20:7:9:14:20:7:9 chr19 7706656 . C T 201.79 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.119112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5817;QD=14.161;RBI=0.122127;REFB=-0.0104403;REVB=0.0269727;RO=32;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683754;STB=0.526045;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0195751;OID=.;OPOS=7706656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:15:9:10:22:15:9:11:22 chr19 7712277 . A G 564.53 PASS AF=0.417219;AO=63;DP=150;FAO=63;FDP=151;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.00540045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.354;QD=14.9543;RBI=0.025764;REFB=-0.021125;REVB=-0.0251916;RO=84;SAF=31;SAR=32;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202621;STB=0.504624;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0284993;OID=.;OPOS=7712277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:84:88:63:63:0.417219:32:31:43:41:32:31:44:44 chr19 7755056 . G A 237.66 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00196064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6205;QD=18.6403;RBI=0.00257067;REFB=0.00817837;REVB=0.00166261;RO=26;SAF=6;SAR=19;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354895;STB=0.519984;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00998676;OID=.;OPOS=7755056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:19:6:7:19:19:6:7:19 chr19 7761667 . A G 118.69 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0583252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2487;QD=14.3868;RBI=0.066472;REFB=-0.0029843;REVB=0.0318856;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294597;STB=0.526279;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0113903;OID=.;OPOS=7761667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:13:14:0.424242:4:9:12:6:5:9:13:6 chr19 7763248 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00463683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.136;QD=18.3454;RBI=0.0112895;REFB=-0.0130079;REVB=-0.0102933;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764494;STB=0.543347;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0134068;OID=.;OPOS=7763248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:11:6:5:13:11:6:5:13 chr19 7828177 . G A 170.28 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.0268092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.983;QD=17.0278;RBI=0.0268241;REFB=-0.026087;REVB=-0.000894283;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435711;STB=0.744559;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0147032;OID=.;OPOS=7828177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:11:7:19:3:11:7:19:3 chr19 7831628 . G A 434.9 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.018278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.406;QD=20.9592;RBI=0.0605828;REFB=-0.031642;REVB=0.0577598;RO=39;SAF=17;SAR=26;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586995;STB=0.527218;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.03008;OID=.;OPOS=7831628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:40:43:43:0.518072:26:17:18:21:26:17:18:22 chr19 7913974 . T C 309.39 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0016962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.303;QD=16.0722;RBI=0.00197178;REFB=0.00333819;REVB=0.0010054;RO=43;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00877199;STB=0.516882;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.0067243;OID=.;OPOS=7913974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:43:43:33:34:0.441558:22:11:14:29:22:12:14:29 chr19 7916620 . A G 133.72 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.000422224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.997;QD=16.2086;RBI=0.0282;REFB=-0.0174442;REVB=-0.0281968;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323285;STB=0.695931;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0149123;OID=.;OPOS=7916620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:18:14:15:0.454545:10:4:11:7:11:4:11:7 chr19 7928462 . T C 801.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.988;QD=57.2307;RBI=0.0449241;REFB=0;REVB=0.0445782;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62231e-05;OID=.;OPOS=7928462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr19 7928788 . A C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.592;QD=53.9081;RBI=0.121799;REFB=0;REVB=-0.0278275;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00167407;OID=.;OPOS=7928788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr19 7936208 . A G 85.05 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0231714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.737;QD=22.6809;RBI=0.0282794;REFB=-0.0324227;REVB=0.0162114;RO=5;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671499;STB=0.538382;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0206445;OID=.;OPOS=7936208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:3:7:3:2:3:7:3:2 chr19 7938306 . A AG 558.23 PASS AF=1;AO=42;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.087931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.8114;QD=39.1738;RBI=0.103942;REFB=0;REVB=-0.0554271;RO=13;SAF=37;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395261;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00280808;OID=.;OPOS=7938307;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:57:57:57:0:42:15:0:0:11:13:37:5:4:9 chr19 7944348 . TC T 387.66 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.9521;QD=43.0734;RBI=0.0709649;REFB=0;REVB=0.036991;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00331745;OID=.;OPOS=7944349;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:36:36:36:0:15:21:0:0:7:0:14:20:0:0 chr19 7963914 . A C 651.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.922;QD=62.0152;RBI=0.0480245;REFB=0;REVB=0.0375827;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50498e-05;OID=.;OPOS=7963914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr19 7963949 . A G 175.14 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0608411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1322;QD=20.0156;RBI=0.0758547;REFB=-0.00930385;REVB=-0.0453023;RO=17;SAF=4;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202902;STB=0.61586;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0051077;OID=.;OPOS=7963949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:14:4:7:10:14:4:7:10 chr19 7963976 . T C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0466655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.571;QD=20.1593;RBI=0.0481552;REFB=-0.0316284;REVB=-0.011885;RO=14;SAF=3;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194728;STB=0.61161;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0104219;OID=.;OPOS=7963976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:13:3:5:9:13:3:5:9 chr19 7964727 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0999285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.194;QD=11.1037;RBI=0.0999427;REFB=-0.00451727;REVB=0.001688;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258458;STB=0.655317;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0113808;OID=.;OPOS=7964727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:3:7:3:4:3:7 chr19 7965339 . C T 579.51 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00673912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.556;QD=20.3336;RBI=0.0254098;REFB=-0.00123654;REVB=0.0244998;RO=55;SAF=34;SAR=25;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274984;STB=0.515146;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.000923952;OID=.;OPOS=7965339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:55:59:59:0.517544:25:34:30:25:25:34:30:25 chr19 7968168 . G A 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=2;FWDB=-0.00108215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.651;QD=7.79838;RBI=0.0446812;REFB=-0.0100594;REVB=0.0446681;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=21;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392695;STB=0.729379;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0171384;OID=.;OPOS=7968168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:3:6:21:2:3:6:21:2 chr19 7976127 . C G 225.38 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0146916;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=208.822;QD=27.3186;RBI=0.0177585;REFB=-0.0310169;REVB=-0.00997602;RO=11;SAF=17;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339608;STB=0.708112;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0185206;OID=.;OPOS=7976127;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:11:12:21:21:0.636364:4:17:4:7:4:17:4:8 chr19 7986638 . C G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.426;QD=58.5877;RBI=0.0335351;REFB=0;REVB=0.0141027;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89041e-05;OID=.;OPOS=7986638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr19 8122737 . G A 708.45 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9473;QD=62.9735;RBI=0.0553063;REFB=0;REVB=-0.0460869;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000990686;OID=.;OPOS=8122737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:28:16:0:0:29:16:0:0 chr19 8122767 . T C 728.91 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.851;QD=57.1692;RBI=0.0515236;REFB=0;REVB=-0.0475406;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.62487e-05;OID=.;OPOS=8122767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr19 8145921 . C T 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0627381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.626;QD=6.25133;RBI=0.0701581;REFB=0.00683026;REVB=0.031402;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346032;STB=0.721525;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00207687;OID=.;OPOS=8145921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:11:6:4:2:11:6 chr19 8152725 . A G 162.92 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0155474;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.987;QD=9.05101;RBI=0.0157168;REFB=-0.000900199;REVB=-0.00230161;RO=49;SAF=13;SAR=9;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259072;STB=0.506539;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00544812;OID=.;OPOS=8152725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:50:22:22:0.305556:9:13:30:19:9:13:30:20 chr19 8159362 . G T 151.13 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0112122;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.705;QD=20.15;RBI=0.0120735;REFB=0.00563014;REVB=-0.00447823;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129841;STB=0.573188;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00590153;OID=.;OPOS=8159362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:10:4:7:9:10:4 chr19 8159409 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.978;QD=56.1908;RBI=0.0400596;REFB=0;REVB=0.03796;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194343;OID=.;OPOS=8159409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:9:16:0:0:12:16:0:0 chr19 8160897 . G C 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00617293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.614;QD=23.0009;RBI=0.0360136;REFB=-0.00649628;REVB=0.0354806;RO=22;SAF=10;SAR=19;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231002;STB=0.628009;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00530533;OID=.;OPOS=8160897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:19:10:14:8:19:10:14:8 chr19 8161450 . C T 213.84 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00842891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.146;QD=20.8625;RBI=0.0144231;REFB=0.00840988;REVB=-0.0117038;RO=20;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27628;STB=0.655588;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00634349;OID=.;OPOS=8161450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:7:14:7:13:7:14:7:13 chr19 8168545 . C T 181.2 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.000866126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.161;QD=16.4729;RBI=0.00612129;REFB=0.00648906;REVB=0.00605971;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853572;STB=0.548875;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0114975;OID=.;OPOS=8168545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:10:9:14:11:10:9:14:11 chr19 8176009 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.059039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.13;QD=19.4672;RBI=0.0591865;REFB=-0.0225921;REVB=-0.00417582;RO=24;SAF=5;SAR=17;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359898;STB=0.70504;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0162452;OID=.;OPOS=8176009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:17:5:14:10:17:5:14:10 chr19 8176569 . G A 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0320718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7168;QD=17.7324;RBI=0.05079;REFB=-0.0467896;REVB=0.0393831;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238079;STB=0.513602;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0577559;OID=.;OPOS=8176569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:12:5:6:13:12:5:6:13 chr19 8176640 . C T 170.0 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0139875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.042;QD=16.585;RBI=0.0139876;REFB=-0.00514542;REVB=-4.80349e-05;RO=23;SAF=4;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141104;STB=0.546872;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00338195;OID=.;OPOS=8176640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:23:17:18:0.439024:13:4:8:15:13:5:8:15 chr19 8176919 . C T 293.22 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0279865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.931;QD=22.9972;RBI=0.0289446;REFB=-0.00426464;REVB=0.00738562;RO=21;SAF=12;SAR=17;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258503;STB=0.522457;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00410448;OID=.;OPOS=8176919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:22:29:29:0.568627:17:12:8:13:17:12:8:14 chr19 8191238 . C T 464.98 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5212;QD=58.1224;RBI=0.0320493;REFB=0;REVB=0.0298988;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781181;OID=.;OPOS=8191238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr19 8191248 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.761;QD=57.679;RBI=0.027638;REFB=0;REVB=0.0209651;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.25347e-05;OID=.;OPOS=8191248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr19 8191401 . G A 54.36 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0055337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1284;QD=8.69737;RBI=0.0869245;REFB=-0.00420828;REVB=0.0867482;RO=15;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.666793;STB=0.912181;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00594686;OID=.;OPOS=8191401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:15:17:8:8:0.32:1:7:3:12:1:7:3:14 chr19 8196443 . TC T,TT 757.33 PASS AF=0.0208333,0.979167;AO=11,37;DP=48;FAO=1,47;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000909686,0.00371484;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=285.43,297.761;QD=63.1111;RBI=0.0516701,0.0579414;REFB=0,0;REVB=0.0516621,0.0578222;RO=0;SAF=4,24;SAR=7,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0317093,0.00149335;OID=.,.;OPOS=8196444,8196444;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0208333,0.979167:11,37:48:1,47:48:0:1,27:0,20:0:0:5:0:4,24:7,13:0:0 chr19 8196508 . G C 298.93 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0623857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2343;QD=16.1583;RBI=0.0816261;REFB=0.00176269;REVB=-0.0526388;RO=41;SAF=21;SAR=12;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308288;STB=0.672975;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00199527;OID=.;OPOS=8196508;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:12:21:13:28:12:21:13:28 chr19 8197865 . C T 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0133814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.674;QD=14.7015;RBI=0.0151815;REFB=-0.00848572;REVB=-0.00717043;RO=15;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509371;STB=0.799466;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.014784;OID=.;OPOS=8197865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:2:10:5:10:2:10:5:10 chr19 8203328 . G A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.273;QD=59.5009;RBI=0.0170067;REFB=0;REVB=-0.000466848;RO=0;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1979e-05;OID=.;OPOS=8203328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:24:45:0:0:24:45:0:0 chr19 8321182 . A T 329.9 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00785858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5396;QD=20.9461;RBI=0.0164031;REFB=0.00211376;REVB=0.0143981;RO=29;SAF=15;SAR=19;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112178;STB=0.561924;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00218013;OID=.;OPOS=8321182;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:19:15:9:20:19:15:9:20 chr19 8321562 . C T 316.81 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00759062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.729;QD=20.4392;RBI=0.00854497;REFB=-0.0144168;REVB=-0.00392415;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221023;STB=0.622278;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0197832;OID=.;OPOS=8321562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:19:14:20:9:19:14:20:9 chr19 8321916 . C T 184.15 PASS AF=0.463415;AO=17;DP=39;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00862438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.255;QD=17.9654;RBI=0.0362524;REFB=-0.0393486;REVB=-0.0352115;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428787;STB=0.548335;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0423117;OID=.;OPOS=8321916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:22:22:17:19:0.463415:7:10:12:10:7:12:12:10 chr19 8321946 . T C 158.22 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0631204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.598;QD=16.655;RBI=0.0667967;REFB=-0.020662;REVB=-0.0218543;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384175;STB=0.503102;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0308625;OID=.;OPOS=8321946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:16:17:0.447368:7:9:11:10:8:9:11:10 chr19 8326904 . G A 799.87 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.397;QD=56.131;RBI=0.0608378;REFB=0;REVB=0.0608189;RO=1;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171432;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324149;OID=.;OPOS=8326904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:1:0:56:57:1:27:29:0:1:28:29:0:0 chr19 8367033 . T C 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0225674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2885;QD=20.2095;RBI=0.0316617;REFB=-0.000622774;REVB=-0.0222075;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180782;STB=0.602495;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000478301;OID=.;OPOS=8367033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:7:3:7:6:7:3 chr19 8387207 . G A 454.28 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=0.00584586;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.759;QD=19.5388;RBI=0.0089463;REFB=-0.0298859;REVB=0.00677216;RO=47;SAF=32;SAR=13;SRF=36;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634186;STB=0.52493;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0349501;OID=.;OPOS=8387207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:47:48:45:45:0.483871:13:32:36:11:13:32:36:12 chr19 8389520 . C T 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.000897538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.759;QD=20.0305;RBI=0.0149961;REFB=-0.0178124;REVB=0.0149692;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178977;STB=0.600578;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00876532;OID=.;OPOS=8389520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:11:13:9:17:11:13:9:17 chr19 8468337 . C T 205.01 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.117456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.618;QD=15.7697;RBI=0.118688;REFB=-0.0245546;REVB=0.017059;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131848;STB=0.583954;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0435339;OID=.;OPOS=8468337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:10:13:12:16:10:13:12:17 chr19 8503864 . AC A 89.93 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=39;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0902101;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.3944;QD=8.56504;RBI=0.0906692;REFB=0.025001;REVB=-0.00911183;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0.308176;SSSB=-0.0603055;STB=0.565147;STBP=0.502;TYPE=del;VARB=-0.0526412;OID=.;OPOS=8503865;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:14:39:18:42:24:8:10:8:16:89:24:4:10:8:16 chr19 8553630 . C T 1124.23 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755602;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.321;QD=60.7693;RBI=0.0268623;REFB=0;REVB=0.0257777;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46759e-05;OID=.;OPOS=8553630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr19 8563456 . C G 79.02 PASS AF=0.818182;AO=10;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0717474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6956;QD=28.7361;RBI=0.0905619;REFB=0.0688633;REVB=-0.0552608;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.0158524;OID=.;OPOS=8563456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:0:2:10:9:0.818182:5:5:0:0:5:4:1:1 chr19 8578035 . T C 972.82 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.424;QD=58.9588;RBI=0.021467;REFB=0;REVB=0.0205059;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94745e-05;OID=.;OPOS=8578035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:64:66:1:35:29:0:0:37:29:0:0 chr19 8645786 . A C 805.19 PASS AF=1;AO=42;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.013;QD=64.4153;RBI=0.0592082;REFB=0;REVB=0.0342602;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162568;OID=.;OPOS=8645786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:42:50:1:29:13:0:0:30:20:0:0 chr19 8651562 . A G 259.8 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0134146;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.636;QD=23.6179;RBI=0.0207783;REFB=-0.020161;REVB=0.0158678;RO=20;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215716;STB=0.512038;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0208806;OID=.;OPOS=8651562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:20:24:24:0.545455:15:9:8:12:15:9:8:12 chr19 8654399 . G A 420.24 PASS AF=0.6;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0.0110492;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.781;QD=30.5629;RBI=0.0135371;REFB=0.000450037;REVB=0.007821;RO=15;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307865;STB=0.666574;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0476648;OID=.;OPOS=8654399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:15:15:33:33:0.6:15:18:0:15:15:18:0:15 chr19 8669931 . G C 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0586974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.074;QD=58.2274;RBI=0.0595215;REFB=-0.0458796;REVB=0.00987084;RO=0;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000189024;OID=.;OPOS=8669931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:49:22:0:0:49:22:0:1 chr19 8808373 . G T 346.1 PASS AF=0.507042;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0568804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9784;QD=19.4987;RBI=0.10255;REFB=-0.0187156;REVB=0.0853291;RO=35;SAF=9;SAR=26;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180448;STB=0.60498;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0203582;OID=.;OPOS=8808373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:35:36:0.507042:26:9:15:20:27:9:15:20 chr19 8808900 . A G 47.2 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0435686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3183;QD=11.1049;RBI=0.0449847;REFB=0.00470916;REVB=0.0111981;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228386;STB=0.650814;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0145556;OID=.;OPOS=8808900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:2:5:8:1:2:5:9:1 chr19 8808942 . A G 68.07 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.116727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.764;QD=14.3311;RBI=0.193153;REFB=-0.0291844;REVB=-0.153892;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404446;STB=0.726923;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.014768;OID=.;OPOS=8808942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:10:0:3:6:10:0 chr19 8841558 . T C 890.06 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036186;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.792;QD=58.3648;RBI=0.0361868;REFB=0;REVB=-0.00024226;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130374;OID=.;OPOS=8841558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr19 8953801 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4017;QD=57.6804;RBI=0.0132264;REFB=0;REVB=0.00035287;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148584;OID=.;OPOS=8953801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:8:23:0:0:8:23:0:0 chr19 8953922 . C T 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3717;QD=61.6823;RBI=0.0433706;REFB=0;REVB=0.0191431;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444826;OID=.;OPOS=8953922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr19 8961981 . C G 1806.57 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00556222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4115;QD=60.2191;RBI=0.0595387;REFB=-0.0517204;REVB=0.0592783;RO=0;SAF=55;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000721593;OID=.;OPOS=8961981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:120:0:1:118:119:0.991667:63:55:0:0:63:56:0:1 chr19 8987218 . G T 617.77 PASS AF=0.54955;AO=59;DP=109;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0271032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.128;QD=22.2619;RBI=0.0473466;REFB=-0.0503528;REVB=0.0388216;RO=50;SAF=36;SAR=23;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944533;STB=0.54134;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0394426;OID=.;OPOS=8987218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:50:50:59:61:0.54955:23:36:25:25:25:36:25:25 chr19 8996019 . A T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00135447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.4274;QD=10.391;RBI=0.0361767;REFB=0.00463242;REVB=-0.0361514;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671836;STB=0.540869;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00367734;OID=.;OPOS=8996019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:7:4:3:4:7:4 chr19 8999438 . A T 52.98 PASS AF=0.114286;AO=12;DP=105;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.0136768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8896;QD=2.01823;RBI=0.0214438;REFB=-0.000907317;REVB=0.016516;RO=91;SAF=6;SAR=6;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600816;STB=0.542786;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0114987;OID=.;OPOS=8999438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:105:105:91:93:12:12:0.114286:6:6:41:50:6:6:42:51 chr19 8999449 . G T 51.44 PASS AF=0.111111;AO=12;DP=107;FAO=12;FDP=108;FR=.;FRO=96;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=-0.0385201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9823;QD=1.9053;RBI=0.0691249;REFB=-0.00675744;REVB=-0.0573974;RO=95;SAF=5;SAR=7;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693421;STB=0.546796;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0490085;OID=.;OPOS=8999449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:107:108:95:96:12:12:0.111111:7:5:45:50:7:5:45:51 chr19 8999453 . C T 1049.26 PASS AF=0.8;AO=84;DP=105;FAO=84;FDP=105;FR=.;FRO=21;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.041035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.123;QD=39.9719;RBI=0.0411054;REFB=-0.0109496;REVB=0.00240352;RO=21;SAF=42;SAR=42;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267915;STB=0.514282;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00280298;OID=.;OPOS=8999453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:21:21:84:84:0.8:42:42:9:12:42:42:9:12 chr19 9001822 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.285;QD=56.1915;RBI=0.0499399;REFB=0;REVB=0.04023;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404974;OID=.;OPOS=9001822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr19 9001833 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.817;QD=56.7061;RBI=0.0416292;REFB=0;REVB=0.0414942;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203718;OID=.;OPOS=9001833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr19 9001835 . G A 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.181;QD=53.9324;RBI=0.0131329;REFB=-0.0165781;REVB=0.00529168;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372625;STB=0.519987;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00107814;OID=.;OPOS=9001835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:18:12:1:0:18:12:1:0 chr19 9002504 . T C 103.35 PASS AF=0.2;AO=18;DP=90;FAO=18;FDP=90;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0207872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5509;QD=4.59357;RBI=0.0232349;REFB=-0.00858446;REVB=-0.0103804;RO=70;SAF=8;SAR=10;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123115;STB=0.588138;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0196813;OID=.;OPOS=9002504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:70:72:18:18:0.2:10:8:38:32:10:8:40:32 chr19 9002519 . G C 70.73 PASS AF=0.152381;AO=12;DP=101;FAO=16;FDP=105;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.0256535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.476;QD=2.69442;RBI=0.0535305;REFB=-0.0121651;REVB=0.0469831;RO=85;SAF=2;SAR=10;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469517;STB=0.664136;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.120249;OID=.;OPOS=9002519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:101:105:85:89:12:16:0.152381:10:2:47:38:10:6:51:38 chr19 9002576 . T C 73.49 PASS AF=0.140187;AO=15;DP=107;FAO=15;FDP=107;FR=.;FRO=92;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.0602265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6574;QD=2.74713;RBI=0.0726507;REFB=-0.00453185;REVB=-0.0406312;RO=91;SAF=5;SAR=10;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242357;STB=0.662283;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0312484;OID=.;OPOS=9002576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:107:107:91:92:15:15:0.140187:10:5:48:43:10:5:48:44 chr19 9002587 . C T 55.41 PASS AF=0.121212;AO=12;DP=99;FAO=12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.00902376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.772;QD=2.23862;RBI=0.0112036;REFB=-0.0118864;REVB=-0.00664023;RO=86;SAF=5;SAR=7;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115835;STB=0.578284;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0325298;OID=.;OPOS=9002587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:99:99:86:87:12:12:0.121212:7:5:44:42:7:5:44:43 chr19 9002597 . C T 56.83 PASS AF=0.12766;AO=12;DP=92;FAO=12;FDP=94;FR=.;FRO=82;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.0244816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.788;QD=2.41824;RBI=0.0295817;REFB=-0.000441902;REVB=-0.016605;RO=80;SAF=5;SAR=7;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117701;STB=0.583195;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00257946;OID=.;OPOS=9002597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:92:94:80:82:12:12:0.12766:7:5:41:39:7:5:42:40 chr19 9002612 . TG GA 43.49 PASS AF=0.10989;AO=10;DP=92;FAO=10;FDP=91;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.0128182;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=2;MLLD=231.962;QD=1.91175;RBI=0.0130033;REFB=0.00187172;REVB=0.00218618;RO=76;SAF=4;SAR=6;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166548;STB=0.625839;STBP=0.437;TYPE=mnp;VARB=-0.00932548;OID=.;OPOS=9002612;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:92:91:76:81:10:10:0.10989:6:4:41:35:6:4:44:37 chr19 9003618 . C T 2132.28 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690837;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.858;QD=62.7143;RBI=0.0162651;REFB=0;REVB=-0.0147251;RO=1;SAF=62;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760554;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2666e-05;OID=.;OPOS=9003618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:1:0:135:136:1:73:62:1:0:73:63:0:0 chr19 9003645 . G A 452.27 PASS AF=0.418033;AO=52;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.0180341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5678;QD=14.8284;RBI=0.019869;REFB=-0.00625521;REVB=-0.00833966;RO=69;SAF=20;SAR=32;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15611;STB=0.584112;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00795929;OID=.;OPOS=9003645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:69:71:52:51:0.418033:32:20:37:32:31:20:38:33 chr19 9005719 . A G 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8771;QD=58.5809;RBI=0.0441982;REFB=0;REVB=-0.00961964;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000567988;OID=.;OPOS=9005719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr19 9006370 . A G 31.42 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0537414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.664;QD=1.82129;RBI=0.0601747;REFB=-0.0101647;REVB=-0.0270714;RO=59;SAF=4;SAR=3;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05366;STB=0.549857;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0608425;OID=.;OPOS=9006370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:59:62:7:7:0.101449:3:4:31:28:3:4:32:30 chr19 9018452 . C T 444.54 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0152118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.861;QD=15.1979;RBI=0.0199562;REFB=-0.0190536;REVB=-0.0129171;RO=67;SAF=28;SAR=22;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229447;STB=0.512869;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0261051;OID=.;OPOS=9018452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:22:28:39:28:22:28:39:28 chr19 9019605 . C G 2584.64 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.62;QD=61.9076;RBI=0.0233184;REFB=0;REVB=-0.00427615;RO=0;SAF=75;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39122e-05;OID=.;OPOS=9019605;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:92:75:0:0:92:75:0:0 chr19 9020154 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.33;QD=58.1421;RBI=0.0101459;REFB=0;REVB=0.00262281;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85149e-05;OID=.;OPOS=9020154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr19 9064309 . AG A,GA 30.15 PASS AF=0.311111,0;AO=13,4;DP=46;FAO=14,0;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=3,0;FSAR=11,0;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.125634,-0.0081784;FXX=0.0217344;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.28896,32.7731;QD=2.67971;RBI=0.12565,0.0390252;REFB=-0.112936,-0.0245071;REVB=0.00200568,-0.0381586;RO=24;SAF=3,0;SAR=10,4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.281763,-0.616534;STB=0.668936,0.5;STBP=0.175,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.145738,0;OID=.,.;OPOS=9064310,9064309;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:46:45:24:31:13,4:14,0:0.311111,0:10,4:3,0:11:13:11,0:3,0:13:18 chr19 9070194 . A G 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.924;QD=63.869;RBI=0.0184429;REFB=0;REVB=0.0160261;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38028e-05;OID=.;OPOS=9070194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr19 9083791 . G A 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0957;QD=59.8319;RBI=0.0312901;REFB=0;REVB=0.000634393;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000310231;OID=.;OPOS=9083791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr19 9084372 . A G 382.22 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=0.00863231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.76;QD=19.8557;RBI=0.0283179;REFB=-0.0124984;REVB=0.0269701;RO=37;SAF=20;SAR=19;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241451;STB=0.637519;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0129218;OID=.;OPOS=9084372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:38:39:39:0.506494:19:20:29:8:19:20:30:8 chr19 9085958 . A G 1943.12 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.091;QD=61.6864;RBI=0.0419341;REFB=0;REVB=0.0399707;RO=0;SAF=63;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4969e-05;OID=.;OPOS=9085958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:126:0:0:122:126:1:59:63:0:0:62:64:0:0 chr19 9086145 . G C 447.11 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.827;QD=55.889;RBI=0.0385794;REFB=0;REVB=0.0341114;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186342;OID=.;OPOS=9086145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:9:21:0:0:11:21:0:0 chr19 9087615 . T A 756.35 PASS AF=0.920635;AO=55;DP=60;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0328717;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.703;QD=48.0221;RBI=0.0523863;REFB=-0.0624955;REVB=0.0407893;RO=5;SAF=39;SAR=16;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567045;STB=0.529402;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00511115;OID=.;OPOS=9087615;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:60:63:5:5:55:58:0.920635:16:39:5:0:18:40:5:0 chr19 9088017 . T G 766.16 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3904;QD=63.8469;RBI=0.0602183;REFB=0;REVB=0.0586247;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548669;OID=.;OPOS=9088017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr19 9090182 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.93;QD=59.0181;RBI=0.0309952;REFB=0;REVB=0.0226124;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58183e-05;OID=.;OPOS=9090182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:17:17:0:0 chr19 9090784 . C T 483.3 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.229;QD=58.5816;RBI=0.0185363;REFB=0;REVB=0.00675243;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33035e-05;OID=.;OPOS=9090784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:11:21:0:0:11:22:0:0 chr19 9204307 . A G 354.31 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0102627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.551;QD=27.7886;RBI=0.0145573;REFB=-0.00748556;REVB=-0.0103243;RO=18;SAF=18;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652577;STB=0.535693;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00577;OID=.;OPOS=9204307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:18:33:33:0.647059:15:18:8:10:15:18:8:10 chr19 9225685 . T C 113.21 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0102643;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.056;QD=16.1728;RBI=0.0764502;REFB=0.00576094;REVB=-0.075758;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664503;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00736702;OID=.;OPOS=9225685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:8:7:7:6:8:7 chr19 9226017 . C G 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0100641;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.443;QD=8.30758;RBI=0.0101427;REFB=-0.0159425;REVB=0.0012598;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241269;STB=0.651767;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0371528;OID=.;OPOS=9226017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:6:2:8:10:6:2:8:10 chr19 9226192 . A G 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0363849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2701;QD=8.25437;RBI=0.0443239;REFB=-0.00528248;REVB=-0.0253129;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343123;STB=0.713605;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0105006;OID=.;OPOS=9226192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:8:4:4:2:8:4 chr19 9236698 . G GATGGT 72.08 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0415368;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=5;MLLD=260.528;QD=7.79215;RBI=0.0425441;REFB=-0.0172366;REVB=0.0092031;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216774;STB=0.513487;STBP=0.933;TYPE=ins;VARB=0.0505117;OID=.;OPOS=9236699;OREF=-;OALT=ATGGT;OMAPALT=GATGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27027:10:38:10:37:27:5:5:14:13:72:27:5:5:14:13 chr19 9236886 . A G 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0034029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.651;QD=24.2461;RBI=0.00688418;REFB=-0.0130878;REVB=0.00598434;RO=20;SAF=15;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236738;STB=0.631475;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00833213;OID=.;OPOS=9236886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:10:15:6:14:10:15:6:14 chr19 9237435 . A G 125.82 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0213381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.099;QD=18.64;RBI=0.0217621;REFB=-0.0256817;REVB=0.00427495;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380779;STB=0.521708;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0122495;OID=.;OPOS=9237435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:5:8:8:6:5:8 chr19 9237542 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0061327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.129;QD=10.0339;RBI=0.01721;REFB=-0.0297932;REVB=0.0160802;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0412063;OID=.;OPOS=9237542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:3:4:3:2:3:4 chr19 9297874 . G A 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0473296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.302;QD=26.4612;RBI=0.0474441;REFB=-0.0314066;REVB=0.00329413;RO=17;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21955;STB=0.632875;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0179838;OID=.;OPOS=9297874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:18:26:26:0.590909:17:9:11:6:17:9:12:6 chr19 9346427 . T C 683.56 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0725843;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.616;QD=54.6845;RBI=0.0873456;REFB=-0.119744;REVB=0.0485879;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115583;OID=.;OPOS=9346427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:50:0:0:46:50:1:31:15:0:0:33:17:0:0 chr19 9346599 . C G 919.89 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7631;QD=58.4054;RBI=0.0414502;REFB=0;REVB=0.00614809;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447257;OID=.;OPOS=9346599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr19 9362343 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.219;QD=55.6556;RBI=0.0220814;REFB=0;REVB=0.0214911;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77051e-05;OID=.;OPOS=9362343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr19 9362443 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229466;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=305.236;QD=53.2772;RBI=0.0250246;REFB=0;REVB=0.0249191;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37001e-05;OID=.;OPOS=9362443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:4:19:0:0:4:19:0:0 chr19 9362799 . T G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243107;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.676;QD=60.9786;RBI=0.025855;REFB=0;REVB=0.00880176;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72825e-05;OID=.;OPOS=9362799;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr19 9453187 . G C 149.57 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.040331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6012;QD=19.2998;RBI=0.068371;REFB=-0.0213793;REVB=0.0552087;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193237;STB=0.609428;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0222183;OID=.;OPOS=9453187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:10:5:9:7:10:5 chr19 9720978 . T C 214.36 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00953049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.547;QD=12.7977;RBI=0.0103262;REFB=-0.00964085;REVB=-0.00397496;RO=41;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173532;STB=0.509957;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0256274;OID=.;OPOS=9720978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:11:15:23:18:11:15:23:18 chr19 9801440 . TCTCTC T 172.78 PASS AF=0.392157;AO=18;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00259696;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=334.997;QD=13.551;RBI=0.00660558;REFB=-0.00523274;REVB=0.00607367;RO=32;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156898;STB=0.571357;STBP=0.421;TYPE=del;VARB=0.00878683;OID=.;OPOS=9801441;OREF=CTCTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392157:18:51:20:51:31:12:8:15:16:99:32:11:7:15:17 chr19 9804424 . T G 491.98 PASS AF=0.741379;AO=43;DP=58;FAO=43;FDP=58;FR=.;FRO=15;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00919675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.4718;QD=33.9296;RBI=0.0242318;REFB=-0.0177429;REVB=-0.0224188;RO=15;SAF=24;SAR=19;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120244;STB=0.50649;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00634093;OID=.;OPOS=9804424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:15:15:43:43:0.741379:19:24:8:7:19:24:8:7 chr19 9868278 . T C 237.48 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0507229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.839;QD=20.2113;RBI=0.0775796;REFB=-0.0196318;REVB=0.0587007;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943123;STB=0.553027;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0281898;OID=.;OPOS=9868278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:12:11:9:15:12:11:9:15 chr19 9868404 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00857925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1011;QD=13.4417;RBI=0.047229;REFB=0.0333068;REVB=-0.0464433;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945612;STB=0.555448;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.0100846;OID=.;OPOS=9868404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:4:9:6:4:4:9 chr19 9922223 . G A 223.37 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0334825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5054;QD=26.2785;RBI=0.0906734;REFB=-0.0101096;REVB=0.0842649;RO=13;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230733;STB=0.512808;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00838588;OID=.;OPOS=9922223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:9:12:7:6:9:12:7:6 chr19 10071063 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.139;QD=45.8046;RBI=0.0433772;REFB=0;REVB=0.0289655;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100781;OID=.;OPOS=10071063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr19 10080253 . C T 264.84 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0208893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0442;QD=16.5525;RBI=0.0412156;REFB=0.00181784;REVB=0.0355298;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001318;OID=.;OPOS=10080253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:34:30:30:0.46875:15:15:16:16:15:15:17:17 chr19 10090649 . A G 179.65 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.00252767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1747;QD=15.6213;RBI=0.0261364;REFB=-0.00409598;REVB=-0.0260139;RO=27;SAF=1;SAR=18;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312653;STB=0.686768;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00504121;OID=.;OPOS=10090649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:18:1:4:23:18:1:4:23 chr19 10100061 . C A 519.52 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=33;FWDB=0.00151076;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.104;QD=24.7389;RBI=0.0112461;REFB=-0.0105415;REVB=-0.0111441;RO=36;SAF=20;SAR=28;SRF=3;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285351;STB=0.654451;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00694064;OID=.;OPOS=10100061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:36:36:48:48:0.571429:28:20:3:33:28:20:3:33 chr19 10102676 . A G 129.34 PASS AF=0.8125;AO=12;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000996134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.279;QD=32.3351;RBI=0.046181;REFB=-0.0131418;REVB=0.0461702;RO=3;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596449;STB=0.524235;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00142674;OID=.;OPOS=10102676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:12:13:0.8125:6:6:2:1:6:7:2:1 chr19 10104322 . A C 107.79 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0218798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.804;QD=14.8679;RBI=0.0267559;REFB=-0.0205902;REVB=-0.0153998;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14236;STB=0.55547;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0161515;OID=.;OPOS=10104322;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:16:16:12:13:0.448276:7:5:9:7:7:6:9:7 chr19 10106936 . G C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.294;QD=58.1413;RBI=0.0543271;REFB=0;REVB=0.0362265;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676194;OID=.;OPOS=10106936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr19 10108714 . G A 773.18 PASS AF=0.982143;AO=52;DP=54;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0751453;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5325;QD=55.2268;RBI=0.0849549;REFB=0.079789;REVB=0.0396298;RO=1;SAF=31;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149535;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000612026;OID=.;OPOS=10108714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:56:1:1:52:55:0.982143:21:31:1:0:21:34:1:0 chr19 10112346 . T C 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0360348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.752;QD=15.6938;RBI=0.0376011;REFB=-0.0125941;REVB=-0.0107395;RO=41;SAF=21;SAR=11;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220445;STB=0.624593;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0192591;OID=.;OPOS=10112346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:11:21:18:23:11:21:18:23 chr19 10116298 . CGGGGGC CGGGG,CGGGGC 31.14 PASS AF=0.0416667,0.291667;AO=3,5;DP=25;FAO=1,7;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=1,2;FSAR=0,5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0532036,0.0796727;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=20.1333,11.4245;QD=5.19062;RBI=0.0630822,0.134126;REFB=-0.0134864,-0.0343246;REVB=0.0338932,0.107899;RO=15;SAF=3,1;SAR=0,4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.61006,-0.393696;STB=0.988464,0.695633;STBP=0.477,0.223;TYPE=del,del;VARB=0.0782046,0.0946497;OID=.,.;OPOS=10116303,10116299;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=CGGGG,CGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0416667,0.291667:3,5:25:1,7:24:16:1,2:0,5:9:7:28:15:3,1:0,4:8:7 chr19 10116375 . G T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0646571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.438;QD=16.2717;RBI=0.0696868;REFB=-0.0235894;REVB=-0.0259944;RO=18;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230948;STB=0.634721;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0424311;OID=.;OPOS=10116375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:12:3:7:11:12:3:7:11 chr19 10129552 . C G 324.58 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0320524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7283;QD=17.0834;RBI=0.0345105;REFB=-0.0137791;REVB=-0.0127915;RO=37;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00214774;STB=0.516607;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0133089;OID=.;OPOS=10129552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:41:35:35:0.460526:16:19:20:17:16:19:21:20 chr19 10131999 . T C 815.86 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.589;QD=56.2658;RBI=0.0448808;REFB=0;REVB=0.0446937;RO=0;SAF=43;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60164e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448733;OID=.;OPOS=10131999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:13:43:0:0:15:43:0:0 chr19 10132859 . T A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.275;QD=35.5757;RBI=0.00766671;REFB=0;REVB=-0.00766671;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.39961e-05;OID=.;OPOS=10132859;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr19 10149018 . C T 182.89 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00958171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8308;QD=18.289;RBI=0.0200495;REFB=-0.00175611;REVB=-0.0176117;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00231994;STB=0.501318;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00464622;OID=.;OPOS=10149018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:10:11:10:9:10:11 chr19 10172516 . T C 492.38 PASS AF=0.489796;AO=46;DP=96;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00879507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.51;QD=20.0972;RBI=0.0278824;REFB=-0.00886059;REVB=0.0264589;RO=50;SAF=19;SAR=27;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101176;STB=0.54229;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0121023;OID=.;OPOS=10172516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:50:50:46:48:0.489796:27:19:26:24:27:21:26:24 chr19 10218332 . A G 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00201318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9884;QD=17.6421;RBI=0.0185122;REFB=0.019256;REVB=-0.0184025;RO=7;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569092;STB=0.533255;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.0160218;OID=.;OPOS=10218332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:8:1:1:6:8:1:1:6 chr19 10218408 . G A 49.58 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00486035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.654;QD=15.2563;RBI=0.0366842;REFB=-0.011502;REVB=-0.0363608;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183303;STB=0.609426;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00624231;OID=.;OPOS=10218408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:3:3:2:5:3:3 chr19 10224548 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0155697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1577;QD=16.1994;RBI=0.0437561;REFB=-0.0389051;REVB=0.0408923;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0261945;OID=.;OPOS=10224548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr19 10226393 . G A 307.14 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0127026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.151;QD=15.5511;RBI=0.0265081;REFB=-0.031378;REVB=-0.0232663;RO=43;SAF=22;SAR=12;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694771;STB=0.542105;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0384736;OID=.;OPOS=10226393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:45:34:34:0.43038:12:22:25:18:12:22:26:19 chr19 10265312 . T C 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.974;QD=61.3322;RBI=0.0372427;REFB=0;REVB=0.0102982;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.74729e-05;OID=.;OPOS=10265312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr19 10267077 . T C 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.685;QD=59.1428;RBI=0.00986206;REFB=0;REVB=0.00820882;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41021e-06;OID=.;OPOS=10267077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr19 10271034 . C G 436.03 PASS AF=0.591549;AO=41;DP=70;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0387952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6425;QD=24.5652;RBI=0.0390299;REFB=-0.027929;REVB=-0.004274;RO=29;SAF=28;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109066;STB=0.550996;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0210875;OID=.;OPOS=10271034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:29:29:41:42:0.591549:13:28:16:13:14:28:16:13 chr19 10273372 . T C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00262371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.109;QD=18.637;RBI=0.0216117;REFB=0.00194589;REVB=-0.0214518;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320827;STB=0.681601;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00192151;OID=.;OPOS=10273372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:6:10:4:12:6:10:4:12 chr19 10291181 . T C 214.36 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.028749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.691;QD=12.7974;RBI=0.029165;REFB=-0.0133636;REVB=-0.00490821;RO=41;SAF=16;SAR=10;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601971;STB=0.534579;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0227176;OID=.;OPOS=10291181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:10:16:23:18:10:16:23:18 chr19 10370444 . A C 396.28 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.191455;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8227;QD=56.6113;RBI=0.191478;REFB=0;REVB=0.00293739;RO=0;SAF=0;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114817;OID=.;OPOS=10370444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:27:0:0:0:27:1:0:0 chr19 10426422 . A C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4253;QD=10.0339;RBI=0.00888765;REFB=0.0204219;REVB=0.00888765;RO=7;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0268634;OID=.;OPOS=10426422;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:5:0:0:7:5:0:0:7 chr19 10426628 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00517012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.77;QD=42.1826;RBI=0.0993211;REFB=0;REVB=-0.0991865;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00241306;OID=.;OPOS=10426628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr19 10449392 . A G 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=-0.0022096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.518;QD=23.2632;RBI=0.0305906;REFB=-0.0319924;REVB=0.0305107;RO=19;SAF=17;SAR=6;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252416;STB=0.6382;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0282286;OID=.;OPOS=10449392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:6:17:18:1:6:17:18:1 chr19 10469919 . G A 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0148095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.375;QD=16.5034;RBI=0.0428968;REFB=-0.0100172;REVB=0.0402593;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224179;STB=0.625263;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00906998;OID=.;OPOS=10469919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:14:12:7:23:14:12:7:23 chr19 10472565 . CG CGC,GC 30.56 PASS AF=0.114286,0.0857143;AO=4,2;DP=36;FAO=4,3;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=3,3;FSAR=1,0;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0119786,0.0386075;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=23.2981,34.785;QD=3.49256;RBI=0.104724,0.0587428;REFB=-0.0255809,-0.016241;REVB=-0.104037,-0.0442738;RO=28;SAF=4,2;SAR=0,0;SRF=12;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.641374,0.499993;STB=0.792759,0.997002;STBP=0.318,0.047;TYPE=ins,mnp;VARB=0.134803,0.108503;OID=.,.;OPOS=10472567,10472565;OREF=-,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CGC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:36:35:28:28:4,2:4,3:0.114286,0.0857143:0,0:4,2:12:16:1,0:3,3:11:17 chr19 10475652 . C A 228.53 PASS AF=0.490566;AO=24;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.102107;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.473;QD=17.2477;RBI=0.103506;REFB=-0.0150522;REVB=0.016956;RO=27;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310598;STB=0.662214;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.010885;OID=.;OPOS=10475652;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:24:26:0.490566:16:8:18:9:17:9:18:9 chr19 10579866 . T C 203.13 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0225346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.567;QD=21.9598;RBI=0.0265477;REFB=0.0246317;REVB=0.0140348;RO=17;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128189;STB=0.571362;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0201033;OID=.;OPOS=10579866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:6:14:14:3:6:14:14:3 chr19 10659659 . C T 250.86 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00417912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.9702;QD=14.5424;RBI=0.00442604;REFB=-0.0182927;REVB=-0.00145766;RO=39;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092504;STB=0.558243;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0134526;OID=.;OPOS=10659659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:16:13:14:25:16:13:14:26 chr19 10665951 . G A 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0841421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.949;QD=30.8214;RBI=0.0863683;REFB=-0.0240695;REVB=0.0194833;RO=3;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108501;STB=0.559908;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0167653;OID=.;OPOS=10665951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:11:1:0:3:11:1:0:3 chr19 10668383 . T C 72.92 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0113669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.178;QD=20.8341;RBI=0.0223962;REFB=-0.0235745;REVB=-0.0192973;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300734;STB=0.555432;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.012261;OID=.;OPOS=10668383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:4:5:9:9:0.642857:5:4:2:2:5:4:3:2 chr19 10668452 . A G 160.08 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5107;QD=45.7369;RBI=0.0547654;REFB=0;REVB=-0.0524177;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00155853;OID=.;OPOS=10668452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr19 10670184 . C G 203.06 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0153117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.522;QD=12.3066;RBI=0.015706;REFB=-0.0283838;REVB=0.00349717;RO=40;SAF=9;SAR=16;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25583;STB=0.639888;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0339957;OID=.;OPOS=10670184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:41:25:25:0.378788:16:9:24:16:16:9:24:17 chr19 10672493 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0463917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.043;QD=12.7388;RBI=0.0483735;REFB=0.020123;REVB=0.0137042;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258322;STB=0.655832;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0148395;OID=.;OPOS=10672493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:5:5:6:2:5:5 chr19 10676423 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0140855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.777;QD=13.631;RBI=0.014611;REFB=-0.0456613;REVB=0.00388318;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164675;STB=0.599716;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0406226;OID=.;OPOS=10676423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:7:1:2:7:7:1:2:7 chr19 10676681 . T C 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00969156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.729;QD=18.2489;RBI=0.0433616;REFB=-0.0216529;REVB=-0.0422647;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327611;STB=0.689341;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0336315;OID=.;OPOS=10676681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:5:7:3:10:5:7 chr19 10676691 . C T 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.000603563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.362;QD=20.7548;RBI=0.0139751;REFB=-0.0132042;REVB=-0.013962;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202987;STB=0.615227;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0120513;OID=.;OPOS=10676691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:5:10:5:7:5:10:5:7 chr19 10683477 . A G 717.04 PASS AF=1;AO=42;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.321;QD=62.3512;RBI=0.0105649;REFB=0;REVB=0.00530613;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149784;OID=.;OPOS=10683477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:46:0:0:42:46:1:25:17:0:0:27:19:0:0 chr19 10692000 . T C 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00724891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.301;QD=14.231;RBI=0.0115225;REFB=-0.00642639;REVB=-0.00895667;RO=35;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923944;STB=0.542681;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0094456;OID=.;OPOS=10692000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:14:12:13:22:14:12:14:22 chr19 10736346 . G A 212.72 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00479107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.21;QD=20.2591;RBI=0.0159496;REFB=-0.00925828;REVB=0.015213;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252247;STB=0.64113;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0160436;OID=.;OPOS=10736346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:10:11:5:16:10:11:5:16 chr19 10738639 . C G,T 339.73 PASS AF=0.0740741,0.888889;AO=2,24;DP=27;FAO=2,24;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=0,8;FSAR=2,16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00212756,0.00392506;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.5338,90.1252;QD=50.3305;RBI=0.00259193,0.0182171;REFB=0.0928384,-0.0174185;REVB=0.0014804,0.0177892;RO=1;SAF=0,8;SAR=2,16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0544279;STB=0.993266,0.529387;STBP=0.232,0.288;TYPE=snp,snp;VARB=0.0576057,0.00727353;OID=.,.;OPOS=10738639,10738639;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:1:1:2,24:2,24:0.0740741,0.888889:2,16:0,8:1:0:2,16:0,8:1:0 chr19 10742170 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.721;QD=55.6559;RBI=0.0684786;REFB=0;REVB=-0.0622321;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254023;OID=.;OPOS=10742170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr19 10794630 . G T 1812.69 PASS AF=0.96063;AO=122;DP=127;FAO=122;FDP=127;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0309716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.148;QD=57.0925;RBI=0.0368752;REFB=-0.0308;REVB=0.0200134;RO=4;SAF=57;SAR=65;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131586;STB=0.502658;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.000857026;OID=.;OPOS=10794630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:127:127:4:5:122:122:0.96063:65:57:1:3:65:57:2:3 chr19 10939792 . T C 589.74 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=126;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=12;FSRR=54;FWDB=-0.0147897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.401;QD=18.5744;RBI=0.0186745;REFB=-0.00942303;REVB=-0.0114018;RO=65;SAF=17;SAR=44;SRF=12;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115943;STB=0.566261;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0105121;OID=.;OPOS=10939792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:65:66:61:61:0.480315:44:17:12:53:44:17:12:54 chr19 10941991 . A T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0134526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.7;QD=12.0156;RBI=0.0292432;REFB=-0.00656069;REVB=-0.0259652;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090705;STB=0.555365;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00837516;OID=.;OPOS=10941991;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:4:3:2:4:4:3 chr19 10943338 . G A 197.56 PASS AF=0.633333;AO=16;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0136732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.089;QD=26.3416;RBI=0.018789;REFB=-0.0245597;REVB=0.0128869;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262232;STB=0.526288;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0141806;OID=.;OPOS=10943338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:10:11:16:19:0.633333:9:7:4:6:9:10:5:6 chr19 10961219 . G C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0120736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.991;QD=17.4275;RBI=0.0200101;REFB=-0.013968;REVB=0.0159572;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382123;STB=0.715782;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0210908;OID=.;OPOS=10961219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:12:7:18:5:12:7:18:5 chr19 11031127 . G A 502.46 PASS AF=0.580247;AO=46;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0302233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.418;QD=24.8128;RBI=0.0367701;REFB=-0.0165249;REVB=0.0209426;RO=33;SAF=25;SAR=21;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0015187;STB=0.502391;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0184365;OID=.;OPOS=11031127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:34:46:47:0.580247:21:25:18:15:21:26:19:15 chr19 11105608 . T C 218.32 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0322921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.631;QD=16.4773;RBI=0.0329898;REFB=-0.0116472;REVB=0.0067486;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909835;STB=0.55064;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.016076;OID=.;OPOS=11105608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:28:24:25:0.471698:13:11:15:12:14:11:15:13 chr19 11224265 . A G 198.38 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0240905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.65;QD=18.8929;RBI=0.0453852;REFB=-0.0329965;REVB=0.0384638;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18428;STB=0.582006;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0358804;OID=.;OPOS=11224265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:22:19:20:0.47619:6:13:11:11:7:13:11:11 chr19 11226800 . C T 46.87 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.011015;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.909;QD=8.92721;RBI=0.0162832;REFB=-0.00477978;REVB=0.0119922;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242376;STB=0.65172;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0220815;OID=.;OPOS=11226800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:7:7:5:2:7:7 chr19 11233941 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.071;QD=46.848;RBI=0.0376037;REFB=0;REVB=-0.016299;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208581;OID=.;OPOS=11233941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr19 11242044 . G A 905.93 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0122679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.5;QD=56.6206;RBI=0.0182925;REFB=0.0149395;REVB=0.0135689;RO=1;SAF=27;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171678;STB=0.509088;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=4.31615e-06;OID=.;OPOS=11242044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:36:27:1:0:36:27:1:0 chr19 11242765 . A G,T 547.77 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=35,2;DP=37;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169583,-0.0265765;FXX=0.0263089;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.3477,175.136;QD=59.2188;RBI=0.0312476,0.0276548;REFB=0,0;REVB=-0.0262455,-0.00764722;RO=0;SAF=6,2;SAR=29,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.61498e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00179303,0.109077;OID=.,.;OPOS=11242765,11242765;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:0:0:35,2:35,2:0.945946,0.0540541:29,0:6,2:0:0:29,0:6,2:0:0 chr19 11303422 . G A 178.29 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0101208;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.025;QD=20.9755;RBI=0.0382364;REFB=-0.028663;REVB=-0.0368726;RO=16;SAF=15;SAR=3;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659797;STB=0.536998;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.018521;OID=.;OPOS=11303422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:3:15:14:2:3:15:14:2 chr19 11303469 . C A 74.92 PASS AF=0.727273;AO=4;DP=18;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00941447;FXX=0.388673;HRUN=12;LEN=1;MLLD=157.01;QD=27.2441;RBI=0.0102016;REFB=0.03992;REVB=0.00392945;RO=0;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529336;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.000402651;OID=.;OPOS=11303469;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:11:0:3:4:8:0.727273:4:0:0:0:6:2:1:2 chr19 11303554 . A G 263.71 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0677788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2883;QD=21.5273;RBI=0.0939938;REFB=-0.0592961;REVB=-0.065122;RO=23;SAF=8;SAR=17;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183113;STB=0.614363;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0542399;OID=.;OPOS=11303554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:24:25:25:0.510204:17:8:12:11:17:8:13:11 chr19 11303943 . A G 72.73 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.025639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4909;QD=8.81578;RBI=0.0472266;REFB=-0.0114256;REVB=-0.039661;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326955;STB=0.697312;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0231409;OID=.;OPOS=11303943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:6:4:16:7:6:4:16:7 chr19 11304404 . C T 254.12 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0170749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.432;QD=21.6274;RBI=0.0369041;REFB=-0.00244366;REVB=0.0327163;RO=23;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073308;STB=0.540951;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00350374;OID=.;OPOS=11304404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:8:16:17:6:8:16:17:6 chr19 11304498 . C T 261.61 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.1018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3097;QD=17.1547;RBI=0.107647;REFB=-0.0208739;REVB=0.0349935;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16153;STB=0.590162;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0252385;OID=.;OPOS=11304498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:13:16:23:9:13:16:23:9 chr19 11305161 . A G 206.3 PASS AF=0.4375;AO=18;DP=45;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0272966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.676;QD=17.1918;RBI=0.0307634;REFB=-0.0240259;REVB=0.0141874;RO=27;SAF=3;SAR=15;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951058;STB=0.527923;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0247659;OID=.;OPOS=11305161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:27:27:18:21:0.4375:15:3:6:21:17:4:6:21 chr19 11314748 . C T 109.02 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=2;FWDB=-0.00725273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.793;QD=12.4599;RBI=0.00728115;REFB=-0.000440374;REVB=-0.000642678;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217615;STB=0.634868;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=3.62133e-05;OID=.;OPOS=11314748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:21:12:13:0.371429:3:9:16:2:3:10:19:2 chr19 11319491 . G A 145.57 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0829355;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7223;QD=22.3946;RBI=0.0864116;REFB=-0.0242637;REVB=-0.0242621;RO=11;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21872;STB=0.594465;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0255763;OID=.;OPOS=11319491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:28:26:11:11:14:15:0.576923:10:4:6:5:10:5:6:5 chr19 11326119 . A G 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00470133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.78;QD=14.0474;RBI=0.0237652;REFB=-0.0116338;REVB=-0.0232956;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191516;STB=0.621042;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0151504;OID=.;OPOS=11326119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:7:11:12:16:7:11:12:17 chr19 11326125 . C T 153.31 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0352556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.127;QD=13.9376;RBI=0.035709;REFB=-0.0124249;REVB=-0.00567195;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234575;STB=0.646886;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0340133;OID=.;OPOS=11326125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:6:11:11:15:6:11:11:16 chr19 11327608 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00396572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.537;QD=57.6807;RBI=0.0155906;REFB=0;REVB=0.0150778;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65206e-05;OID=.;OPOS=11327608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:7:24:0:0:7:24:0:0 chr19 11327626 . A G 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.437;QD=59.8353;RBI=0.0461936;REFB=0;REVB=-0.0382034;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000412198;OID=.;OPOS=11327626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chr19 11332570 . T A 904.72 PASS AF=1;AO=54;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.887;QD=58.3693;RBI=0.0912099;REFB=0;REVB=0.0870661;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250799;OID=.;OPOS=11332570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:54:62:1:26:28:0:0:34:28:0:0 chr19 11347493 . T C 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00643468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.269;QD=21.2649;RBI=0.0258577;REFB=-0.0188567;REVB=0.0250443;RO=18;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853248;STB=0.548143;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0145677;OID=.;OPOS=11347493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:14:6:7:11:14:6:7:11 chr19 11348911 . A G 76.15 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0168242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.48;QD=12.1848;RBI=0.0195;REFB=-0.0122464;REVB=-0.00985875;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179822;STB=0.608457;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0121699;OID=.;OPOS=11348911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:8:2:5:10:8:2:5:10 chr19 11348960 . G A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0417983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.041;QD=18.8866;RBI=0.0449898;REFB=-0.00463295;REVB=0.0166427;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453777;STB=0.526251;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0031974;OID=.;OPOS=11348960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:1:4:6:2:1:4 chr19 11350340 . C G 474.67 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0478948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.825;QD=51.3154;RBI=0.0634468;REFB=-0.133898;REVB=0.0416124;RO=3;SAF=18;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717646;STB=0.538439;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00252106;OID=.;OPOS=11350340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:3:3:34:34:0.918919:16:18:3:0:16:18:3:0 chr19 11350488 . C T 251.7 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.013149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.849;QD=17.0643;RBI=0.0239213;REFB=-0.0269041;REVB=-0.0199833;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218981;STB=0.512306;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.031414;OID=.;OPOS=11350488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:12:16:17:14:12:16:17:14 chr19 11362874 . C A 367.88 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.015948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.528;QD=29.4305;RBI=0.0255757;REFB=-0.0329302;REVB=0.0199945;RO=19;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111028;STB=0.560999;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.018513;OID=.;OPOS=11362874;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:18:13:11:8:18:13:11:8 chr19 11411868 . C A 520.29 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0196414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0993;QD=19.6337;RBI=0.0199077;REFB=-0.0155485;REVB=0.00324573;RO=52;SAF=31;SAR=23;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321688;STB=0.517762;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0135349;OID=.;OPOS=11411868;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:54:54:0.509434:23:31:28:24:23:31:28:24 chr19 11465316 . G C 858.17 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.498;QD=57.211;RBI=0.0298111;REFB=0;REVB=-0.0215568;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143231;OID=.;OPOS=11465316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:33:26:0:0:33:27:0:0 chr19 11508177 . G A 388.42 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00372254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.271;QD=21.2831;RBI=0.0302858;REFB=-0.0145283;REVB=0.0300562;RO=33;SAF=18;SAR=21;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824198;STB=0.537295;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0100717;OID=.;OPOS=11508177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:33:34:39:39:0.534247:21:18:12:21:21:18:13:21 chr19 11516007 . T G 178.43 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00929302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.814;QD=19.8253;RBI=0.010002;REFB=-0.00811252;REVB=0.00369875;RO=17;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495621;STB=0.736441;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0109131;OID=.;OPOS=11516007;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:11:12:0.333333:2:9:6:11:3:9:6:11 chr19 11516009 . C G 41.66 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.05661;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.1981;QD=4.62889;RBI=0.0712643;REFB=-0.0233725;REVB=-0.0432887;RO=27;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193675;STB=0.598147;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0908573;OID=.;OPOS=11516009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:34:36:27:29:7:7:0.194444:4:3:16:11:4:3:16:13 chr19 11526759 . G A 917.78 PASS AF=0.893333;AO=67;DP=76;FAO=67;FDP=75;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.00939957;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1582;QD=48.9484;RBI=0.0417782;REFB=-0.217443;REVB=0.040707;RO=8;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856563;STB=0.545441;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00759719;OID=.;OPOS=11526759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:76:75:8:8:67:67:0.893333:40:27:0:8:40:27:0:8 chr19 11526765 . G T 385.18 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00915719;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=183.086;QD=20.5431;RBI=0.0126842;REFB=-0.0137912;REVB=0.00877692;RO=35;SAF=13;SAR=26;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088365;STB=0.557662;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0141782;OID=.;OPOS=11526765;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:36:39:39:0.52:26:13:15:20:26:13:16:20 chr19 11569316 . G A 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0863855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.788;QD=7.71661;RBI=0.0907102;REFB=-0.0171746;REVB=0.0276745;RO=26;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416908;STB=0.772158;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0140226;OID=.;OPOS=11569316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:26:27:10:10:0.27027:8:2:14:12:8:2:15:12 chr19 11598483 . T C 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00911437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.028;QD=7.40608;RBI=0.0272662;REFB=-0.00611375;REVB=-0.0256977;RO=40;SAF=4;SAR=10;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212546;STB=0.631986;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0198272;OID=.;OPOS=11598483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:40:14:14:0.259259:10:4:18:22:10:4:18:22 chr19 11660538 . G T 220.41 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0105883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.392;QD=24.4899;RBI=0.0227718;REFB=-0.026822;REVB=0.0201605;RO=15;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818895;STB=0.545413;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0104825;OID=.;OPOS=11660538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:6:15:12:3:6:15:12:3 chr19 11664068 . A G 496.19 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.049;QD=58.3753;RBI=0.0729853;REFB=0;REVB=0.0705218;RO=0;SAF=31;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201371;OID=.;OPOS=11664068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:2:31:0:0:2:32:0:0 chr19 11708464 . G C 168.05 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0039711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2447;QD=16.0047;RBI=0.0534176;REFB=-0.00594193;REVB=0.0532698;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192488;STB=0.618923;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0154333;OID=.;OPOS=11708464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:9:9:16:7:9:9:17:7 chr19 11891003 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.783;QD=59.4354;RBI=0.0131983;REFB=0;REVB=0.00500398;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80933e-05;OID=.;OPOS=11891003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr19 11943697 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.769;QD=46.8479;RBI=0.0310686;REFB=0;REVB=0.0305965;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304556;OID=.;OPOS=11943697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr19 11979254 . G A 168.87 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0124389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.806;QD=24.1237;RBI=0.0144603;REFB=-0.0334467;REVB=0.00737387;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242206;STB=0.634705;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.032111;OID=.;OPOS=11979254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:2:9:8:9:2:9 chr19 12128726 . T C 185.58 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0401424;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.991;QD=13.7467;RBI=0.0438076;REFB=-0.0218766;REVB=-0.0175411;RO=32;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258499;STB=0.648651;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0470147;OID=.;OPOS=12128726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:32:32:22:22:0.407407:7:15:14:18:7:15:14:18 chr19 12187020 . G A 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00390929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.098;QD=15.7383;RBI=0.010184;REFB=-0.0137942;REVB=-0.00940376;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138253;STB=0.514276;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0170241;OID=.;OPOS=12187020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:12:17:21:14:12:17:22:14 chr19 12222381 . C G 583.61 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.695;QD=59.857;RBI=0.0348945;REFB=0;REVB=0.0308893;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159682;OID=.;OPOS=12222381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:18:19:0:0:20:19:0:0 chr19 12256358 . T G 472.12 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00542555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.47;QD=55.5439;RBI=0.0152027;REFB=-0.163546;REVB=0.0142016;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00164821;OID=.;OPOS=12256358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:1:1:33:33:0.970588:14:19:1:0:14:19:1:0 chr19 12541214 . G T 750.62 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110832;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6806;QD=63.8823;RBI=0.0999404;REFB=0;REVB=-0.099324;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00146695;OID=.;OPOS=12541214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr19 12541532 . C A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.144;QD=57.1775;RBI=0.0153752;REFB=0;REVB=8.47504e-05;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59778e-05;OID=.;OPOS=12541532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr19 12541542 . C T 803.77 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.69;QD=64.3016;RBI=0.00953473;REFB=0;REVB=0.00812646;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95031e-05;OID=.;OPOS=12541542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr19 12541544 . A C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.35;QD=57.1771;RBI=0.0396848;REFB=0;REVB=0.0396395;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114326;OID=.;OPOS=12541544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr19 12541795 . C A 1095.46 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.523;QD=60.0251;RBI=0.0283042;REFB=0;REVB=-0.0023464;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69674e-05;OID=.;OPOS=12541795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:30:42:0:0:30:43:0:0 chr19 12542355 . A G 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00468111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.883;QD=56.0077;RBI=0.033327;REFB=-0.0764542;REVB=0.0329966;RO=1;SAF=30;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154718;STB=0.508194;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00123256;OID=.;OPOS=12542355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:30:30:1:0:30:30:1:0 chr19 12542653 . TT GA 1032.93 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263591;FXX=0.028165;HRUN=5;LEN=2;MLLD=297.456;QD=59.8799;RBI=0.0297948;REFB=0;REVB=0.0138897;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.64981e-05;OID=.;OPOS=12542653;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr19 12551714 . CA C,CC 739.93 PASS AF=0.0566038,0.943396;AO=6,47;DP=53;FAO=3,50;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=3,20;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146382,0.0592523;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.397,176.912;QD=55.8434;RBI=0.0262195,0.0620314;REFB=0,0;REVB=0.0217528,0.0183591;RO=0;SAF=5,18;SAR=1,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0126574,0.00191961;OID=.,.;OPOS=12551715,12551715;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0566038,0.943396:6,47:53:3,50:53:0:3,20:0,30:0:0:9:0:5,18:1,29:0:0 chr19 12692001 . G A 282.06 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00747332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.913;QD=14.6524;RBI=0.0222163;REFB=0.00465797;REVB=0.0209216;RO=45;SAF=16;SAR=16;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103184;STB=0.558406;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00424721;OID=.;OPOS=12692001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:16:16:27:18:16:16:27:18 chr19 13008607 . G T 2595.94 PASS AF=0.99422;AO=146;DP=178;FAO=172;FDP=173;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=78;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0282191;FXX=0.0114279;HRUN=7;LEN=1;MLLD=307.538;QD=60.0218;RBI=0.0287408;REFB=-0.048225;REVB=-0.00545111;RO=5;SAF=68;SAR=78;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00415772;STB=0.502645;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00023962;OID=.;OPOS=13008607;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:178:173:5:1:146:172:0.99422:78:68:2:3:94:78:0:1 chr19 13010520 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.986;QD=57.1063;RBI=0.0187096;REFB=0;REVB=-0.0129818;RO=0;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2955e-07;OID=.;OPOS=13010520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:39:16:0:0:39:16:0:0 chr19 13319693 . A G 115.41 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0612479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8951;QD=41.9683;RBI=0.0612479;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00210674;OID=.;OPOS=13319693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:0:10:0:0:0:11:0:0 chr19 13387904 . A G 155.97 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.024212;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.425;QD=14.1792;RBI=0.0596541;REFB=-0.00795286;REVB=0.0545196;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151563;STB=0.588131;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0130752;OID=.;OPOS=13387904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:7:10:12:15:7:10:12:15 chr19 13414594 . C T 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0515947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8581;QD=19.3695;RBI=0.0516289;REFB=0.0131754;REVB=0.00187779;RO=14;SAF=13;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260868;STB=0.639149;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00723149;OID=.;OPOS=13414594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:3:13:8:6:3:13:9:6 chr19 13445208 . C T 694.92 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0326518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.419;QD=54.5038;RBI=0.03788;REFB=-0.0343649;REVB=-0.019203;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000367727;OID=.;OPOS=13445208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:51:1:1:48:50:0.980392:24:24:1:0:25:25:1:0 chr19 13868669 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2055;QD=54.5158;RBI=0.029623;REFB=0;REVB=0.0290133;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275398;OID=.;OPOS=13868669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr19 13885309 . C T 308.48 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.000393435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.512;QD=24.1942;RBI=0.0122688;REFB=-0.0157092;REVB=0.0122625;RO=21;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935448;STB=0.556974;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.015501;OID=.;OPOS=13885309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:21:21:29:30:0.588235:16:13:12:9:17:13:12:9 chr19 13885484 . A G 223.85 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0220249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3825;QD=19.4653;RBI=0.0227278;REFB=0.0167266;REVB=-0.00560859;RO=24;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139823;STB=0.579324;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0220262;OID=.;OPOS=13885484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:7:15:13:11:7:15:13:11 chr19 13900981 . G A 353.77 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0254927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0589;QD=13.8733;RBI=0.0269507;REFB=0.021297;REVB=0.00874412;RO=60;SAF=24;SAR=17;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125182;STB=0.566169;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.0312965;OID=.;OPOS=13900981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:60:61:41:41:0.401961:17:24:28:32:17:24:29:32 chr19 13936385 . C T 106.22 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0245165;FXX=0.081616;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.823;QD=9.44186;RBI=0.0272667;REFB=-0.0119066;REVB=-0.0119339;RO=31;SAF=8;SAR=5;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780667;STB=0.531088;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0253843;OID=.;OPOS=13936385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:31:32:13:13:0.288889:5:8:21:10:5:8:21:11 chr19 13941597 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0166145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.415;QD=15.258;RBI=0.0247658;REFB=-0.0360781;REVB=0.0183659;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374419;STB=0.713812;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0194951;OID=.;OPOS=13941597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:0:6:4:3:0:6 chr19 13942221 . A G 355.91 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4826;QD=54.756;RBI=0.129956;REFB=0;REVB=0.123293;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249537;OID=.;OPOS=13942221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:7:18:0:0:8:18:0:0 chr19 13947292 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.404;QD=59.4354;RBI=0.0464693;REFB=0;REVB=-0.0222483;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211394;OID=.;OPOS=13947292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr19 13988416 . A G 381.45 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00654935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6304;QD=22.4381;RBI=0.0132209;REFB=-0.0884952;REVB=-0.0114847;RO=30;SAF=22;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640374;STB=0.535303;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0362317;OID=.;OPOS=13988416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:16:22:15:15:16:22:15:15 chr19 14000170 . T C 428.11 PASS AF=0.459184;AO=37;DP=91;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.024307;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5553;QD=17.4737;RBI=0.037956;REFB=-0.0280015;REVB=0.0291519;RO=53;SAF=25;SAR=12;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269431;STB=0.505842;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0335103;OID=.;OPOS=14000170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:98:53:53:37:45:0.459184:12:25:37:16:14:31:37:16 chr19 14000400 . A G 334.61 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00875547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.37;QD=19.6826;RBI=0.0143874;REFB=-0.0116599;REVB=-0.0114166;RO=31;SAF=17;SAR=17;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152821;STB=0.589131;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00985962;OID=.;OPOS=14000400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:31:33:34:35:0.514706:17:17:10:21:18:17:10:23 chr19 14000870 . C T 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0182995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.147;QD=15.4996;RBI=0.0190569;REFB=-0.0363259;REVB=0.00531912;RO=40;SAF=13;SAR=18;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812701;STB=0.545926;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.027172;OID=.;OPOS=14000870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:18:13:20:20:18:13:20:20 chr19 14015711 . C A 136.9 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0935064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9648;QD=15.6461;RBI=0.0935266;REFB=-0.0216124;REVB=-0.00194078;RO=19;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00435088;STB=0.509422;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0197069;OID=.;OPOS=14015711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:15:16:0.457143:4:11:14:5:4:12:14:5 chr19 14030689 . T C 61.9 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=0.0015838;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.166;QD=6.69232;RBI=0.00401416;REFB=0.000255954;REVB=-0.0036885;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20842;STB=0.644176;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.000883524;OID=.;OPOS=14030689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:38:37:26:28:9:9:0.243243:3:6:21:5:3:6:23:5 chr19 14083761 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9218;QD=51.1832;RBI=0.0503857;REFB=0;REVB=0.0383878;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172194;OID=.;OPOS=14083761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr19 14185225 . G GC 141.05 PASS AF=1;AO=5;DP=32;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305246;FXX=0.333222;HRUN=0;LEN=1;MLLD=123.548;QD=28.2103;RBI=0.0358502;REFB=0;REVB=0.0188011;RO=27;SAF=0;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.619168;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000513179;OID=.;OPOS=14185226;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:32:20:20:0:2:18:0:0:3:27:0:5:10:17 chr19 14185226 . T C,G 412.28 PASS AF=0.9,0.1;AO=27,3;DP=30;FAO=27,3;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=19,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120983,-0.0272343;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.681,100.374;QD=54.9708;RBI=0.016571,0.0316167;REFB=0,0;REVB=0.0113238,-0.0160595;RO=0;SAF=8,0;SAR=19,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.06954e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000362833,0.224002;OID=.,.;OPOS=14185226,14185226;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:30:30:0:0:27,3:27,3:0.9,0.1:19,3:8,0:0:0:19,3:8,0:0:0 chr19 14199911 . G A 267.51 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0313656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.173;QD=21.8374;RBI=0.0317805;REFB=-0.0137331;REVB=0.00511861;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357422;STB=0.530155;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.015151;OID=.;OPOS=14199911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:24:25:25:0.510204:12:13:11:12:12:13:11:13 chr19 14200109 . T C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0273845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.929;QD=8.25456;RBI=0.0605069;REFB=0.0302705;REVB=-0.0539553;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104655;STB=0.565012;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.0609712;OID=.;OPOS=14200109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:3:9:4:2:3:9 chr19 14231325 . C G 287.59 PASS AF=0.404762;AO=29;DP=83;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0298796;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.7274;QD=13.6946;RBI=0.0882527;REFB=-0.0541149;REVB=-0.0830406;RO=38;SAF=8;SAR=21;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137705;STB=0.596214;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0703571;OID=.;OPOS=14231325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:38:50:29:34:0.404762:21:8:15:23:24:10:22:28 chr19 14231330 . A G 287.52 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0416073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4552;QD=13.5305;RBI=0.0622169;REFB=-0.000773581;REVB=-0.0462577;RO=50;SAF=11;SAR=22;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989504;STB=0.546979;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000516548;OID=.;OPOS=14231330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:50:52:33:33:0.388235:22:11:21:29:22:11:21:31 chr19 14259846 . G A 76.38 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0972585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7015;QD=25.4613;RBI=0.110547;REFB=0.119198;REVB=-0.0525483;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177567;STB=0.599799;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0435998;OID=.;OPOS=14259846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:0:3:6:3:0:3 chr19 14268799 . G A 478.03 PASS AF=0.460177;AO=50;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.010448;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9787;QD=16.9214;RBI=0.0262388;REFB=-0.0123433;REVB=-0.024069;RO=60;SAF=26;SAR=24;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195592;STB=0.516387;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0144458;OID=.;OPOS=14268799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:61:50:52:0.460177:24:26:30:30:24:28:31:30 chr19 14273641 . A G 346.11 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00879944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.635;QD=19.499;RBI=0.0320204;REFB=-0.0190712;REVB=-0.0307875;RO=35;SAF=10;SAR=26;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980536;STB=0.554699;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0189734;OID=.;OPOS=14273641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:26:10:13:22:26:10:13:22 chr19 14512489 . G A 90.14 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0259639;FXX=0.0370233;HRUN=6;LEN=1;MLLD=119.476;QD=13.8678;RBI=0.0321816;REFB=-0.0027251;REVB=0.0190141;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947925;STB=0.561929;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0104742;OID=.;OPOS=14512489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:25:26:13:15:11:11:0.423077:7:4:6:7:7:4:7:8 chr19 14561722 . A G 100.69 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.748;QD=40.2772;RBI=0.0265836;REFB=0;REVB=0.019789;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582956;OID=.;OPOS=14561722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:5:5:0:0 chr19 14581651 . G A 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00496775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.98;QD=22.7229;RBI=0.0303108;REFB=-0.0132387;REVB=0.029901;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605442;STB=0.533865;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0163967;OID=.;OPOS=14581651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:9:11:10:6:9:11:10:6 chr19 14589378 . C T 318.66 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.019111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9204;QD=26.5548;RBI=0.0209695;REFB=0.0012788;REVB=0.0086308;RO=20;SAF=6;SAR=22;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137566;STB=0.576554;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00360069;OID=.;OPOS=14589378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:22:6:7:13:22:6:7:13 chr19 14590236 . C T 260.49 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0075999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2963;QD=18.9443;RBI=0.00765253;REFB=-0.0325533;REVB=0.000895961;RO=26;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229356;STB=0.507037;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0157318;OID=.;OPOS=14590236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:27:27:28:0.509091:17:10:9:17:18:10:10:17 chr19 14600305 . C T 261.99 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00743836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9239;QD=47.6344;RBI=0.00760074;REFB=0.0119996;REVB=0.00156266;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341449;STB=0.517225;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.000991537;OID=.;OPOS=14600305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:1:1:20:21:0.954545:13:7:0:1:14:7:0:1 chr19 14600563 . T C 224.23 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0187173;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=154.103;QD=42.7099;RBI=0.0325148;REFB=-0.137796;REVB=0.0265871;RO=2;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460898;STB=0.50251;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00121181;OID=.;OPOS=14600563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:9:10:1:1:9:10:1:1 chr19 14626567 . C G 294.5 PASS AF=0.425;AO=32;DP=78;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.000142411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2006;QD=14.7249;RBI=0.0290039;REFB=-0.0112138;REVB=-0.0290036;RO=46;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761502;STB=0.521501;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0264018;OID=.;OPOS=14626567;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:46:46:32:34:0.425:19:13:22:24:19:15:22:24 chr19 14626911 . A G 406.19 PASS AF=0.597015;AO=39;DP=66;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0176764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.964;QD=24.2504;RBI=0.0185686;REFB=-0.027499;REVB=0.00568648;RO=27;SAF=19;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00425103;STB=0.502617;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.020304;OID=.;OPOS=14626911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:27:27:39:40:0.597015:20:19:13:14:21:19:13:14 chr19 14640399 . G C 94.38 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00890085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7238;QD=20.9738;RBI=0.0098655;REFB=-0.0241769;REVB=-0.00425475;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795615;STB=0.545372;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0312456;OID=.;OPOS=14640399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:4:3:6:5:4:3 chr19 14640435 . T C 312.1 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0274635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.387;QD=29.7233;RBI=0.0278163;REFB=0.000752055;REVB=0.00441573;RO=15;SAF=16;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395016;STB=0.521723;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.000530849;OID=.;OPOS=14640435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:11:16:8:7:11:16:8:7 chr19 14682804 . G C 314.87 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00163435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.923;QD=19.9919;RBI=0.0150121;REFB=-0.01335;REVB=-0.0149229;RO=30;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160022;STB=0.588525;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.015684;OID=.;OPOS=14682804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:16:17:21:9:16:17:21:9 chr19 14698416 . C A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0258313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.289;QD=14.1695;RBI=0.102896;REFB=-0.0112191;REVB=-0.0996012;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234457;STB=0.636111;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00569236;OID=.;OPOS=14698416;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:9:3:5:5:9:3 chr19 14699452 . A G 375.7 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00552838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.956;QD=23.854;RBI=0.00556378;REFB=-0.0260643;REVB=0.000626591;RO=26;SAF=15;SAR=22;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137209;STB=0.507538;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0186551;OID=.;OPOS=14699452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:22:15:11:15:22:15:11:15 chr19 14705509 . T C 356.18 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0169689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.308;QD=21.919;RBI=0.0511708;REFB=0.0055005;REVB=-0.0482753;RO=29;SAF=21;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261322;STB=0.514428;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00629594;OID=.;OPOS=14705509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:15:21:16:13:15:21:16:13 chr19 14752325 . C T 430.99 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0147971;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.13;QD=22.1018;RBI=0.0150758;REFB=-0.0148946;REVB=0.00288515;RO=35;SAF=31;SAR=11;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136018;STB=0.570657;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0133501;OID=.;OPOS=14752325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:35:36:42:42:0.538462:11:31:21:14:11:31:22:14 chr19 14758168 . G A 161.79 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00746372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8961;QD=28.1377;RBI=0.0687972;REFB=0.000262339;REVB=-0.0683912;RO=7;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309522;STB=0.51722;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00246925;OID=.;OPOS=14758168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:6:10:4:3:6:10:4:3 chr19 14769339 . C G 3085.01 PASS AF=0.989899;AO=192;DP=194;FAO=196;FDP=198;FR=.;FRO=2;FSAF=149;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0515581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.92;QD=62.3234;RBI=0.0564724;REFB=-0.0883321;REVB=0.0230411;RO=1;SAF=146;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00325084;STB=0.503591;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.000296057;OID=.;OPOS=14769339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:194:198:1:2:192:196:0.989899:46:146:1:0:47:149:1:1 chr19 14817548 . T A 542.29 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338701;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5006;QD=60.2544;RBI=0.0487133;REFB=0;REVB=-0.0350115;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138949;OID=.;OPOS=14817548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr19 14829749 . C T 440.74 PASS AF=0.650794;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00532138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.272;QD=27.9834;RBI=0.0380769;REFB=-0.0425879;REVB=-0.0377032;RO=21;SAF=25;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115112;STB=0.571281;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0164312;OID=.;OPOS=14829749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:22:41:41:0.650794:16:25:9:12:16:25:9:13 chr19 14862430 . C G 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.495;QD=56.9992;RBI=0.0150089;REFB=0;REVB=0.0141972;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95444e-05;OID=.;OPOS=14862430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr19 14877043 . C T 881.47 PASS AF=0.466321;AO=89;DP=192;FAO=90;FDP=193;FR=.;FRO=103;FSAF=61;FSAR=29;FSRF=62;FSRR=41;FWDB=0.0540706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2705;QD=18.2688;RBI=0.058352;REFB=0.00459336;REVB=-0.021939;RO=102;SAF=60;SAR=29;SRF=62;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706951;STB=0.544841;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00486457;OID=.;OPOS=14877043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:102:103:89:90:0.466321:29:60:62:40:29:61:62:41 chr19 14910210 . C G 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0162439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.049;QD=14.1956;RBI=0.0164161;REFB=-0.0155964;REVB=-0.00237115;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202327;STB=0.642691;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.030616;OID=.;OPOS=14910210;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:22:15:15:0.405405:6:9:15:4:6:9:18:4 chr19 14910321 . A G 63.67 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00664302;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.606;QD=7.27607;RBI=0.112527;REFB=-0.0176272;REVB=-0.112331;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559602;STB=0.521692;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0405414;OID=.;OPOS=14910321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:33:35:24:26:9:9:0.257143:3:6:17:7:3:6:18:8 chr19 14910438 . C T 298.74 PASS AF=0.857143;AO=21;DP=30;FAO=24;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0251295;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.085;QD=42.6767;RBI=0.0285536;REFB=-0.0416566;REVB=0.0135579;RO=4;SAF=3;SAR=18;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361407;STB=0.699799;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000672434;OID=.;OPOS=14910438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:28:4:4:21:24:0.857143:18:3:4:0:21:3:4:0 chr19 14910573 . C T 248.04 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0499686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.511;QD=47.246;RBI=0.0560634;REFB=-0.0419021;REVB=0.0254214;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.538422;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000643565;OID=.;OPOS=14910573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:21:21:0:1:20:20:0.952381:14:6:0:0:14:6:1:0 chr19 14910654 . T C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0764174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.691;QD=19.1341;RBI=0.0853065;REFB=-0.0636895;REVB=0.0379154;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0206117;OID=.;OPOS=14910654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:1:1:1:4:1:1 chr19 14938616 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00692643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.296;QD=62.6706;RBI=0.0263642;REFB=0;REVB=-0.0254381;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.18838e-05;OID=.;OPOS=14938616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr19 14951898 . G T 208.9 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00354777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8647;QD=17.0531;RBI=0.0299598;REFB=-0.0464583;REVB=-0.029749;RO=27;SAF=4;SAR=17;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23553;STB=0.599902;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0581087;OID=.;OPOS=14951898;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:21:22:0.44898:17:4:10:17:17:5:10:17 chr19 14974930 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.79;QD=63.2867;RBI=0.0189116;REFB=0;REVB=0.0157294;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08909e-06;OID=.;OPOS=14974930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr19 14975040 . G A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00160197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.697;QD=18.2512;RBI=0.00439313;REFB=0.00248844;REVB=0.00409064;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230768;STB=0.631406;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00141708;OID=.;OPOS=14975040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:10:5:9:6:10:5 chr19 14975368 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.333;QD=37.4871;RBI=0.0525958;REFB=0;REVB=0.0519724;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173705;OID=.;OPOS=14975368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr19 14991643 . G A 162.48 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00186782;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.513;QD=19.6947;RBI=0.00441014;REFB=-0.0165613;REVB=0.00399507;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184484;STB=0.604121;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0117682;OID=.;OPOS=14991643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:5:11:8:9:5:11 chr19 14991963 . C A 78.27 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=17;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0132416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.968;QD=17.3944;RBI=0.0325972;REFB=-0.0245892;REVB=0.0297865;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417055;STB=0.701759;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0268664;OID=.;OPOS=14991963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:8:8:9:10:0.555556:6:3:7:1:6:4:7:1 chr19 15052983 . T TATC 539.71 PASS AF=0.833333;AO=41;DP=55;FAO=45;FDP=54;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0141156;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=3;MLLD=212.498;QD=39.9783;RBI=0.0238207;REFB=-0.0443076;REVB=0.0191879;RO=9;SAF=16;SAR=25;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950031;STB=0.541197;STBP=0.175;TYPE=ins;VARB=0.00630076;OID=.;OPOS=15052984;OREF=-;OALT=ATC;OMAPALT=TATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:41:55:45:54:9:19:26:6:3:54:9:16:25:6:3 chr19 15083692 . GC G,GA 633.79 PASS AF=0.0243902,0.97561;AO=18,22;DP=40;FAO=1,40;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044387,0.0459494;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.45,219.354;QD=61.8332;RBI=0.0562822,0.0826306;REFB=0,0;REVB=0.0346047,0.0686766;RO=0;SAF=1,14;SAR=17,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0237144,0.00149666;OID=.,.;OPOS=15083693,15083693;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0243902,0.97561:18,22:40:1,40:41:0:0,15:1,25:0:0:5:0:1,14:17,8:0:0 chr19 15131330 . G A 212.49 PASS AF=0.564103;AO=20;DP=40;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0170938;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.0811;QD=21.7935;RBI=0.0545498;REFB=-0.0304391;REVB=0.0518023;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110265;STB=0.533304;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.021066;OID=.;OPOS=15131330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:18:17:20:22:0.564103:12:8:5:13:14:8:5:12 chr19 15133762 . G C 1190.0 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7034;QD=61.0258;RBI=0.0159667;REFB=0;REVB=-0.00723968;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110784;OID=.;OPOS=15133762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr19 15133787 . C A 303.53 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0225601;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.606;QD=19.5828;RBI=0.0247895;REFB=-0.0263058;REVB=0.0102742;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241671;STB=0.640232;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0246876;OID=.;OPOS=15133787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:29:30:32:32:0.516129:14:18:8:21:14:18:8:22 chr19 15198263 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.646;QD=39.2066;RBI=0.0411574;REFB=0;REVB=-0.0229714;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0019525;OID=.;OPOS=15198263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr19 15233581 . C A 117.95 PASS AF=0.35;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0144511;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.887;QD=11.7952;RBI=0.0152652;REFB=-0.0158697;REVB=-0.00491833;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144185;STB=0.574895;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0280169;OID=.;OPOS=15233581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:27:26:14:14:0.35:7:7:17:10:7:7:16:10 chr19 15256078 . G A 356.26 PASS AF=0.625;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00303361;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.322;QD=29.6884;RBI=0.0192835;REFB=-0.00419539;REVB=0.0190434;RO=18;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606462;STB=0.533311;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00205073;OID=.;OPOS=15256078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:18:18:30:30:0.625:16:14:10:8:16:14:10:8 chr19 15270805 . C A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.00380076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3662;QD=10.1735;RBI=0.0396383;REFB=0.011958;REVB=-0.0394557;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415714;STB=0.736367;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.0187487;OID=.;OPOS=15270805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:9:0:1:5:9:0 chr19 15271135 . T G 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00278676;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.087;QD=36.2822;RBI=0.0172269;REFB=0;REVB=-0.017;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.88466e-05;OID=.;OPOS=15271135;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 15278057 . A G 1008.41 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2405;QD=59.3183;RBI=0.111577;REFB=0;REVB=0.00318699;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000744422;OID=.;OPOS=15278057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr19 15285052 . T C 340.51 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.692;QD=54.4811;RBI=0.0616772;REFB=0;REVB=0.0593267;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220061;OID=.;OPOS=15285052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:13:12:0:0 chr19 15292437 . T C 871.14 PASS AF=1;AO=54;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070371;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.81;QD=58.0758;RBI=0.0760886;REFB=0;REVB=0.0289377;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012896;OID=.;OPOS=15292437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:54:60:1:31:23:0:0:31:29:0:0 chr19 15295134 . G A 428.01 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0214103;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.769;QD=21.6714;RBI=0.0222578;REFB=-0.0223586;REVB=0.00608327;RO=35;SAF=13;SAR=29;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227615;STB=0.641953;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0127747;OID=.;OPOS=15295134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:35:37:42:42:0.531646:29:13:20:15:30:12:21:16 chr19 15302844 . T C 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8392;QD=52.6036;RBI=0.0376288;REFB=0;REVB=-0.0222658;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146962;OID=.;OPOS=15302844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr19 15303225 . G A 152.14 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0493557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.889;QD=13.2295;RBI=0.0498295;REFB=-0.0248941;REVB=0.00685484;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158385;STB=0.584423;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0371565;OID=.;OPOS=15303225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:29:17:17:0.369565:5:12:16:12:5:12:17:12 chr19 15350594 . G A 94.94 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0375498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2611;QD=34.5245;RBI=0.0743683;REFB=-0.0381705;REVB=0.0641923;RO=1;SAF=9;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471711;STB=0.526264;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00464193;OID=.;OPOS=15350594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:1:9:1:0:1:9:1:0 chr19 15484618 . TCCCCA TCCCA,TCCCAC 53.41 PASS AF=0.304348,0;AO=12,2;DP=46;FAO=14,0;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=1,0;FSAR=13,0;FSRF=3;FSRR=29;FWDB=0.0222158,-0.0248723;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.668,18.8739;QD=4.64425;RBI=0.042739,0.170618;REFB=-0.0212381,-0.029317;REVB=-0.0365114,-0.168796;RO=22;SAF=1,0;SAR=11,2;SRF=3;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.154786,-0.380676;STB=0.553108,0.5;STBP=0.782,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0149909,0;OID=.,.;OPOS=15484619,15484622;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=TCCCA,TCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348,0:12,2:46:14,0:46:32:1,0:13,0:3:29:54:22:1,0:11,2:3:19 chr19 15508362 . G C 1713.21 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.495;QD=60.6448;RBI=0.00649494;REFB=0;REVB=0.00187529;RO=0;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70213e-05;OID=.;OPOS=15508362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:51:62:0:0:51:62:0:0 chr19 15512164 . TG T 43.77 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0822177;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.8119;QD=7.95797;RBI=0.100497;REFB=-0.0270076;REVB=-0.0577924;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.317919;SSSB=-0.614538;STB=0.874062;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.0263522;OID=.;OPOS=15512165;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:8:22:8:22:14:1:7:10:4:43:14:1:7:10:4 chr19 15533821 . A G 170.34 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.000497856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.201;QD=17.0344;RBI=0.0154918;REFB=-0.0335955;REVB=-0.0154838;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235552;STB=0.634468;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0266143;OID=.;OPOS=15533821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:8:14:7:11:8:14 chr19 15540462 . C CG 30.06 PASS AF=0.170455;AO=20;DP=92;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=-0.0726959;FXX=0.0222198;HRUN=0;LEN=1;MLLD=55.5382;QD=1.36653;RBI=0.0841384;REFB=-0.00220458;REVB=-0.0423626;RO=70;SAF=10;SAR=10;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198669;STB=0.655546;STBP=0.217;TYPE=ins;VARB=0.0617673;OID=.;OPOS=15540463;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170455:20:92:15:88:73:7:8:48:25:30:70:10:10:46:24 chr19 15549939 . C T 430.64 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0981876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.899;QD=49.216;RBI=0.0991757;REFB=-0.189556;REVB=0.0139647;RO=3;SAF=17;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217288;STB=0.511662;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.047108;OID=.;OPOS=15549939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:3:3:32:32:0.914286:15:17:2:1:15:17:2:1 chr19 15574858 . C T 362.67 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00973941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.524;QD=20.7238;RBI=0.0151871;REFB=-0.023396;REVB=0.011653;RO=32;SAF=24;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770649;STB=0.536848;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0166606;OID=.;OPOS=15574858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:13:24:18:14:13:24:19:14 chr19 15586672 . A T 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00695155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.237;QD=18.3007;RBI=0.014954;REFB=-0.0143965;REVB=-0.0132401;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185001;STB=0.604551;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0196534;OID=.;OPOS=15586672;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:7:16:10:10:7:16 chr19 15587185 . C T 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0208959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.249;QD=12.8691;RBI=0.021985;REFB=0.00076606;REVB=-0.0068341;RO=32;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114905;STB=0.551677;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00102888;OID=.;OPOS=15587185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:13:8:9:23:13:8:10:23 chr19 15587345 . T C 152.87 PASS AF=0.425;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.00394559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.803;QD=15.2871;RBI=0.00394929;REFB=-0.0144303;REVB=0.000170933;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397555;STB=0.70401;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0149094;OID=.;OPOS=15587345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:23:16:17:0.425:6:10:5:18:7:10:5:18 chr19 15726487 . G T 62.53 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0237826;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.429;QD=8.62415;RBI=0.0256569;REFB=-0.0226237;REVB=0.0096263;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195762;STB=0.60583;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.042975;OID=.;OPOS=15726487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:29:21:20:9:9:0.310345:5:4:13:8:5:4:12:8 chr19 15729056 . C G 175.74 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.0525677;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.1201;QD=11.9144;RBI=0.0530281;REFB=-0.0056437;REVB=0.00697267;RO=37;SAF=3;SAR=19;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156494;STB=0.591975;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00898514;OID=.;OPOS=15729056;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:19:3:8:29:19:3:8:29 chr19 15730498 . G GC 1481.7 PASS AF=1;AO=91;DP=99;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398102;FXX=0.0204061;HRUN=0;LEN=1;MLLD=76.2388;QD=61.7376;RBI=0.0539921;REFB=0;REVB=-0.0364733;RO=7;SAF=55;SAR=36;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.09904e-05;OID=.;OPOS=15730499;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:91:99:96:96:0:56:40:0:0:8:7:55:36:3:4 chr19 15739597 . A C 326.69 PASS AF=0.961538;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00141992;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.061;QD=50.2593;RBI=0.0267077;REFB=-0.0380296;REVB=0.02667;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.516116;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00458971;OID=.;OPOS=15739597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:26:0:1:23:25:0.961538:9:14:0:0:10:15:1:0 chr19 15757927 . T C 1283.58 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.031;QD=61.8594;RBI=0.0254752;REFB=0;REVB=0.00244019;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04645e-05;OID=.;OPOS=15757927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:48:33:0:0:48:35:0:0 chr19 15763721 . G A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.084;QD=64.1539;RBI=0.0476876;REFB=0;REVB=0.0293983;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160156;OID=.;OPOS=15763721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr19 15769379 . G C 629.97 PASS AF=1;AO=35;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613962;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.785;QD=59.9968;RBI=0.0619374;REFB=0;REVB=0.00817042;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192027;OID=.;OPOS=15769379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:42:0:0:35:42:1:18:17:0:0:20:22:0:0 chr19 15769529 . GC TT 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150966;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=260.318;QD=57.1775;RBI=0.0251518;REFB=0;REVB=0.0201173;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.97918e-05;OID=.;OPOS=15769529;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr19 15769625 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.26;QD=62.6707;RBI=0.0608223;REFB=0;REVB=-0.010557;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48781e-05;OID=.;OPOS=15769625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr19 15784061 . C A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0768321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2569;QD=61.334;RBI=0.077228;REFB=0;REVB=-0.00780946;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102622;OID=.;OPOS=15784061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr19 15784377 . C T 110.83 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0327081;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.208;QD=14.3012;RBI=0.0384999;REFB=-0.0234049;REVB=0.0203082;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170229;STB=0.599845;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0362487;OID=.;OPOS=15784377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:18:13:13:0.419355:8:5:9:7:8:5:10:8 chr19 15784386 . C T 483.23 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.13;QD=58.5734;RBI=0.0321477;REFB=0;REVB=0.0292726;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109465;OID=.;OPOS=15784386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr19 15789098 . A G 1043.02 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633141;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7478;QD=59.6009;RBI=0.0636741;REFB=0;REVB=-0.00676224;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553491;OID=.;OPOS=15789098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:36:33:0:0:36:34:0:0 chr19 15789140 . A G 1320.58 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.505;QD=62.1452;RBI=0.026529;REFB=0;REVB=0.0134193;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30888e-05;OID=.;OPOS=15789140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr19 15791180 . C T 1303.0 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.563;QD=60.6046;RBI=0.0555544;REFB=-0.0153557;REVB=0.0531672;RO=1;SAF=42;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111448;STB=0.505881;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000207473;OID=.;OPOS=15791180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:84:85:0.988372:42:42:1:0:43:42:1:0 chr19 15793235 . T C 1330.77 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0228142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.529;QD=59.8101;RBI=0.0323091;REFB=-0.0701575;REVB=0.0228776;RO=2;SAF=38;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00273376;STB=0.501443;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000480746;OID=.;OPOS=15793235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:49:38:1:1:49:38:1:1 chr19 15807305 . T C 322.98 PASS AF=0.559322;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.000624229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5707;QD=21.8966;RBI=0.0906435;REFB=0.0166862;REVB=-0.0906413;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056437;STB=0.537015;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0146681;OID=.;OPOS=15807305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:32:33:0.559322:17:15:14:12:18:15:14:12 chr19 15807830 . T C 182.72 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.00251799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.865;QD=9.74524;RBI=0.00255499;REFB=-0.0214574;REVB=-0.000433252;RO=51;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531508;STB=0.531152;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0374463;OID=.;OPOS=15807830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:51:24:24:0.32:14:10:19:32:14:10:19:32 chr19 15807884 . A G 740.25 PASS AF=0.903226;AO=56;DP=62;FAO=56;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.044313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3485;QD=47.758;RBI=0.0493859;REFB=-0.0595547;REVB=-0.0218018;RO=6;SAF=23;SAR=33;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108328;STB=0.557672;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0310136;OID=.;OPOS=15807884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:62:62:6:6:56:56:0.903226:33:23:6:0:33:23:6:0 chr19 15838972 . T A 540.88 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0133016;FXX=0.0736765;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.445;QD=24.5856;RBI=0.0148126;REFB=-0.0220109;REVB=0.00651761;RO=34;SAF=16;SAR=33;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205004;STB=0.599369;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0211634;OID=.;OPOS=15838972;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:88:34:39:49:49:0.556818:33:16:20:14:33:16:21:18 chr19 15839081 . C T 370.06 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0025132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.401;QD=19.7364;RBI=0.0151947;REFB=-0.0224997;REVB=0.0149854;RO=36;SAF=14;SAR=24;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334107;STB=0.509086;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0211645;OID=.;OPOS=15839081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:37:38:38:0.506667:24:14:12:24:24:14:13:24 chr19 15839365 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0151249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.46;QD=12.7387;RBI=0.102344;REFB=-0.0243715;REVB=0.10122;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1654;STB=0.599733;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0354038;OID=.;OPOS=15839365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:6:4:2:6:6:4 chr19 15852223 . A C 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0252082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8021;QD=25.1489;RBI=0.0275597;REFB=0.0365311;REVB=0.0111393;RO=21;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252462;STB=0.514008;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.0296827;OID=.;OPOS=15852223;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:15:12:10:11:15:12:10:11 chr19 15852242 . C A 163.25 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0189752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.7;QD=11.6605;RBI=0.0481508;REFB=-0.0248181;REVB=0.0442543;RO=32;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00953089;STB=0.518117;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0603532;OID=.;OPOS=15852242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:35:21:21:0.375:12:9:14:18:12:9:16:19 chr19 15852363 . G A 310.34 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0175583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.003;QD=21.4024;RBI=0.0203071;REFB=-0.0169437;REVB=0.0102023;RO=25;SAF=11;SAR=21;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142066;STB=0.520034;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0176928;OID=.;OPOS=15852363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:26:32:32:0.551724:21:11:9:16:21:11:10:16 chr19 15852544 . C T 109.6 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.107879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.232;QD=14.6138;RBI=0.119014;REFB=-0.0151114;REVB=0.0502639;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21212;STB=0.624792;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0256506;OID=.;OPOS=15852544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:10:3:7:10:10:3:7:10 chr19 15853150 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0181274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3542;QD=10.8848;RBI=0.0277667;REFB=-0.0176912;REVB=0.021033;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128213;STB=0.59612;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0292552;OID=.;OPOS=15853150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:4:5:6:8:4:5:6:9 chr19 15881953 . A G 494.91 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00355246;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.151;QD=20.2002;RBI=0.00696729;REFB=-0.0172578;REVB=-0.00599359;RO=50;SAF=25;SAR=23;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000767545;STB=0.500426;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0148236;OID=.;OPOS=15881953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:23:25:26:24:23:25:26:24 chr19 15905002 . T C 390.39 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0484104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.135;QD=19.0434;RBI=0.0485098;REFB=-0.00758631;REVB=-0.00310407;RO=41;SAF=13;SAR=27;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416271;STB=0.531913;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00539943;OID=.;OPOS=15905002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:27:13:15:26:27:13:16:26 chr19 15905431 . T C 291.59 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=96;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0342617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.397;QD=12.1495;RBI=0.0353813;REFB=-0.0141697;REVB=-0.00883047;RO=60;SAF=15;SAR=19;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285841;STB=0.517317;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0258552;OID=.;OPOS=15905431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:62:34:34:0.354167:19:15:28:32:19:15:29:33 chr19 15905529 . C A 127.15 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0417172;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9416;QD=10.8212;RBI=0.0521548;REFB=-0.00298091;REVB=0.0313017;RO=32;SAF=6;SAR=9;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319166;STB=0.688291;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00757778;OID=.;OPOS=15905529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:9:6:22:10:9:6:22:10 chr19 15989696 . G C 35.77 PASS AF=0.127273;AO=6;DP=54;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=-0.0184782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.292;QD=2.60112;RBI=0.0293442;REFB=-0.00803604;REVB=-0.0227955;RO=48;SAF=4;SAR=2;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11794;STB=0.539365;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0567601;OID=.;OPOS=15989696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:54:55:48:48:6:7:0.127273:2:4:36:12:2:5:36:12 chr19 15989730 . T C 47.93 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=13;FWDB=-0.0260674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.174;QD=3.04298;RBI=0.0438926;REFB=-0.00145374;REVB=0.0353135;RO=54;SAF=6;SAR=3;SRF=41;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138657;STB=0.594746;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0171994;OID=.;OPOS=15989730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:54:54:9:9:0.142857:3:6:41:13:3:6:41:13 chr19 15990431 . C T 301.95 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00345764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4615;QD=22.7886;RBI=0.0295644;REFB=-0.0209323;REVB=-0.0293615;RO=21;SAF=16;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641101;STB=0.525531;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0114039;OID=.;OPOS=15990431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:22:31:31:0.584906:15:16:9:12:15:16:10:12 chr19 16006413 . G A 141.04 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0125044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.971;QD=7.94565;RBI=0.012963;REFB=-0.0196557;REVB=-0.00341746;RO=48;SAF=5;SAR=15;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248233;STB=0.674233;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0560048;OID=.;OPOS=16006413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:51:20:20:0.28169:15:5:21:27:15:5:24:27 chr19 16008257 . T C 191.42 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0278964;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.136;QD=12.9777;RBI=0.0330467;REFB=-0.00846763;REVB=-0.0177166;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113831;STB=0.599919;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0217011;OID=.;OPOS=16008257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:28:36:23:23:0.389831:13:10:9:19:13:10:10:26 chr19 16008388 . A C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0125728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.474;QD=13.4409;RBI=0.0126668;REFB=-0.0197266;REVB=0.00153999;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773769;STB=0.521696;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0244626;OID=.;OPOS=16008388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:5:5:5:7:5:5:6:7 chr19 16024662 . G C 520.93 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00617525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.648;QD=27.061;RBI=0.00863214;REFB=-0.0382701;REVB=-0.00603159;RO=29;SAF=26;SAR=22;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796729;STB=0.543341;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0223882;OID=.;OPOS=16024662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:29:48:48:0.623377:22:26:19:10:22:26:19:10 chr19 16034714 . A G 851.67 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.686;QD=57.7402;RBI=0.036366;REFB=0;REVB=0.0105667;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208571;OID=.;OPOS=16034714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:25:33:0:0:25:34:0:0 chr19 16045141 . T C 875.72 PASS AF=1;AO=51;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.073;QD=57.4243;RBI=0.0698329;REFB=0;REVB=0.0239748;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164123;OID=.;OPOS=16045141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:51:61:1:25:26:0:0:30:31:0:0 chr19 16060021 . C T 300.65 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.000932046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.989;QD=21.4749;RBI=0.0221387;REFB=-0.0345716;REVB=-0.0221191;RO=24;SAF=25;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303223;STB=0.681361;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0300615;OID=.;OPOS=16060021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:25:31:31:0.553571:6:25:12:12:6:25:12:13 chr19 16060117 . C A 80.33 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00358505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3333;QD=11.9013;RBI=0.0729107;REFB=-0.0356701;REVB=0.0728225;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510186;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0646479;OID=.;OPOS=16060117;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:26:27:15:16:10:11:0.407407:6:4:6:9:6:5:7:9 chr19 16060248 . A G 461.93 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.105685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1471;QD=27.1726;RBI=0.112825;REFB=-0.0290761;REVB=-0.0394998;RO=25;SAF=25;SAR=18;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421826;STB=0.523002;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00878166;OID=.;OPOS=16060248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:25:43:43:0.632353:18:25:13:12:18:25:13:12 chr19 16060658 . A G 440.71 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0434617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.146;QD=19.587;RBI=0.061866;REFB=-0.0170408;REVB=0.0440282;RO=46;SAF=21;SAR=23;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807582;STB=0.544839;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0195614;OID=.;OPOS=16060658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:23:21:26:20:23:21:26:20 chr19 16136528 . G GCAGCACCTGGC 660.89 PASS AF=0.47973;AO=63;DP=154;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=52;FSRF=53;FSRR=24;FWDB=-0.0278166;FXX=0.0263141;HRUN=1;LEN=11;MLLD=278.672;QD=17.8618;RBI=0.0299284;REFB=-0.0372673;REVB=0.0110429;RO=81;SAF=17;SAR=46;SRF=55;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412157;STB=0.721602;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0238877;OID=.;OPOS=16136529;OREF=-;OALT=CAGCACCTGGC;OMAPALT=GCAGCACCTGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47973:63:154:71:148:77:19:52:53:24:99:81:17:46:55:26 chr19 16136923 . T C 542.25 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948395;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.864;QD=60.2497;RBI=0.0540281;REFB=0;REVB=-0.0531892;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152748;OID=.;OPOS=16136923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr19 16146400 . A G 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.80777e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.754;QD=63.0525;RBI=0.0036657;REFB=0;REVB=-0.00366539;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25778e-06;OID=.;OPOS=16146400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr19 16244326 . G C 836.69 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000382322;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1525;QD=57.7028;RBI=0.0124946;REFB=0;REVB=0.0124888;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09526e-05;OID=.;OPOS=16244326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr19 16268207 . TAA TA,T 227.6 PASS AF=1,0;AO=24,3;DP=28;FAO=28,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0805352,-0.0426853;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=12.1654,9.12803;QD=32.5141;RBI=0.156944,0.0821294;REFB=0,0;REVB=-0.134706,-0.0701655;RO=1;SAF=11,2;SAR=13,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0343222,0.266641;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00932684,0;OID=.,.;OPOS=16268208,16268208;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:24,3:28:28,0:28:0:13,0:15,0:0:0:4:1:11,2:13,1:0:1 chr19 16275655 . C T 161.48 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00896582;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=153.505;QD=8.8482;RBI=0.0102682;REFB=-0.0100083;REVB=-0.00500493;RO=51;SAF=8;SAR=14;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152498;STB=0.590709;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0232142;OID=.;OPOS=16275655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:51:51:22:22:0.30137:14:8:25:26:14:8:25:26 chr19 16301312 . A G 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0235467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.032;QD=11.0867;RBI=0.0396442;REFB=0.00245019;REVB=-0.0318938;RO=24;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469525;STB=0.768817;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00653784;OID=.;OPOS=16301312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:3:10:8:16:3:10:9:16 chr19 16339715 . C T 487.03 PASS AF=0.5;AO=50;DP=103;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0302446;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3667;QD=19.0993;RBI=0.0402832;REFB=-0.018176;REVB=0.0266083;RO=53;SAF=26;SAR=24;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622225;STB=0.548888;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0284196;OID=.;OPOS=16339715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:53:51:50:51:0.5:24:26:24:29:24:27:22:29 chr19 16591464 . G A,T 689.28 PASS AF=0.941176,0.0392157;AO=48,2;DP=51;FAO=48,2;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26,1;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00766126,-0.0152072;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.926,92.5341;QD=54.0609;RBI=0.0186867,0.0243315;REFB=-0.0448388,-0.0485288;REVB=0.017044,-0.0189937;RO=0;SAF=26,1;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46901e-08,0;STB=0.511106,0.665164;STBP=0.289,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=0.000157949,0.120146;OID=.,.;OPOS=16591464,16591464;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:51:51:0:1:48,2:48,2:0.941176,0.0392157:22,1:26,1:0:0:22,1:26,1:0:1 chr19 16601194 . C T 1039.52 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8588;QD=59.401;RBI=0.0354203;REFB=0;REVB=0.00513051;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616405;OID=.;OPOS=16601194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:31:38:0:0:31:39:0:0 chr19 16633950 . T C 92.34 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149121;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.837;QD=41.0391;RBI=0.0507847;REFB=0;REVB=0.048546;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68411e-05;OID=.;OPOS=16633950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr19 16666101 . G C 397.34 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00405498;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.26;QD=46.7453;RBI=0.0425097;REFB=-0.0689863;REVB=0.0423159;RO=4;SAF=10;SAR=20;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206323;STB=0.511104;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00264416;OID=.;OPOS=16666101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:34:34:4:4:30:30:0.882353:20:10:1:3:20:10:1:3 chr19 16855265 . A G 1171.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.731;QD=60.0629;RBI=0.0425373;REFB=0;REVB=0.0413533;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112409;OID=.;OPOS=16855265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:31:44:0:0:34:44:0:0 chr19 16860105 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.817;QD=56.9567;RBI=0.0343081;REFB=0;REVB=0.012364;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63896e-05;OID=.;OPOS=16860105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr19 16899838 . A T 1749.37 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.495;QD=60.8477;RBI=0.0576751;REFB=0;REVB=-0.0479525;RO=0;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10759e-05;OID=.;OPOS=16899838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:57:58:0:0:57:58:0:0 chr19 16976286 . AT GC,GT 1405.2 PASS AF=0.043956,0.956044;AO=4,87;DP=91;FAO=4,87;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=4,28;FSAR=0,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026602,-0.0254452;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=87.6626,86.4434;QD=61.7669;RBI=0.0358813,0.0270416;REFB=0,0;REVB=-0.024079,-0.00915357;RO=0;SAF=4,28;SAR=0,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0491046,-0.000620124;OID=.,.;OPOS=16976286,16976286;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:91:91:0:0:4,87:4,87:0.043956,0.956044:0,59:4,28:0:0:0,59:4,28:0:0 chr19 17004049 . T C 118.88 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0210407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.545;QD=13.2084;RBI=0.0248379;REFB=-0.0060584;REVB=-0.013199;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433856;STB=0.766002;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0138123;OID=.;OPOS=17004049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:11:3:13:8:11:3:14:8 chr19 17006697 . C A 149.19 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0372594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.134;QD=8.40482;RBI=0.0468894;REFB=-0.0274333;REVB=-0.0284667;RO=50;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240729;STB=0.641784;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0599551;OID=.;OPOS=17006697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:10:11:16:34:10:11:16:34 chr19 17006700 . G T 116.29 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0262051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7372;QD=6.84073;RBI=0.0297517;REFB=-0.0366777;REVB=-0.0140874;RO=50;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401889;STB=0.740496;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.122128;OID=.;OPOS=17006700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:50:18:18:0.264706:6:12:16:34:6:12:16:34 chr19 17006714 . GCACACACACACACACACACACACACGCGCGCGT ACACACACACACACACACACGCGCGCGCGCGCGT,GCACACACACACACACACACACACACGCGCGCGC,GCACACACACACACACACACACACACGCGCGCGCGCGCGT,GCACACACACACACACACACACACGCGCGCGT 497.69 PASS AF=0.0555556,0,0.388889,0.555556;AO=3,2,5,11;DP=41;FAO=2,0,14,20;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,9,9;FSAR=1,0,5,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235048,-0.0897003,0.0299241,0.0192679;FXX=0.181777;HRUN=1,1,0,1;LEN=25,1,6,2;MLLD=216.971,63.7502,137.357,98.9434;QD=55.2992;RBI=0.0272615,0.123018,0.0342378,0.129717;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0138098,-0.0841864,-0.0166366,0.128278;RO=0;SAF=1,2,2,5;SAR=2,0,3,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,ins,del;VARB=0.0443401,0,0.0724169,0.0830666;OID=.,.,.,.;OPOS=17006714,17006747,17006739,17006715;OREF=GCACACACACACACACACACACACA,T,-,CA;OALT=ACACACACACACACACACACGCGCG,C,CGCGCG,-;OMAPALT=ACACACACACACACACACACGCGCGCGCGCGCGT,GCACACACACACACACACACACACACGCGCGCGC,GCACACACACACACACACACACACACGCGCGCGCGCGCGT,GCACACACACACACACACACACACGCGCGCGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:99:41:36:0:0:3,2,5,11:2,0,14,20:0.0555556,0,0.388889,0.555556:2,0,3,6:1,2,2,5:0:0:1,0,5,11:1,0,9,9:0:0 chr19 17006787 . G A 240.75 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0789054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.57;QD=14.5908;RBI=0.0798977;REFB=-0.0134513;REVB=0.0125529;RO=37;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200456;STB=0.60258;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0216823;OID=.;OPOS=17006787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:38:28:28:0.424242:15:13:10:27:15:13:11:27 chr19 17008578 . G C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0116934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.754;QD=10.1733;RBI=0.0381912;REFB=-0.0200402;REVB=-0.036357;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0277217;OID=.;OPOS=17008578;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:5:4:3:3:5:4 chr19 17025292 . G A 255.28 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0164131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.471;QD=24.3127;RBI=0.0222173;REFB=-0.0212495;REVB=0.014974;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267106;STB=0.505995;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.018795;OID=.;OPOS=17025292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:23:24:0.571429:12:11:8:10:13:11:8:10 chr19 17088299 . T C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0409832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.871;QD=9.11027;RBI=0.0420173;REFB=-0.0226687;REVB=0.00926467;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741896;STB=0.545344;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0453918;OID=.;OPOS=17088299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:5:11:5:3:5:11 chr19 17088319 . G T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0429365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.337;QD=11.104;RBI=0.0441387;REFB=0.0120559;REVB=0.0102314;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125396;STB=0.576693;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.0331346;OID=.;OPOS=17088319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:4:6:5:2:4:6 chr19 17091368 . T G 207.56 PASS AF=0.436364;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0158404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.849;QD=15.0952;RBI=0.0306011;REFB=-0.0273739;REVB=-0.0261823;RO=31;SAF=4;SAR=19;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131365;STB=0.540446;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0433734;OID=.;OPOS=17091368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:31:31:23:24:0.436364:19:4:8:23:19:5:8:23 chr19 17100552 . A G 251.79 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.011763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.758;QD=21.8951;RBI=0.025517;REFB=-0.0155552;REVB=0.0226439;RO=21;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206689;STB=0.60423;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00983653;OID=.;OPOS=17100552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:24:24:0.521739:14:10:14:7:14:10:14:8 chr19 17108053 . C T 185.83 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0242517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.023;QD=19.059;RBI=0.0341036;REFB=-0.0103386;REVB=0.0239773;RO=19;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143117;STB=0.569758;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0105602;OID=.;OPOS=17108053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:7:12:9:10:7:12:10:10 chr19 17108135 . C T 211.39 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00138282;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.93;QD=18.7903;RBI=0.0035931;REFB=-0.0193703;REVB=-0.00331635;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959819;STB=0.55432;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0215629;OID=.;OPOS=17108135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:15:9:10:11:15:9 chr19 17111297 . A G 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8211;QD=61.6814;RBI=0.0728983;REFB=0;REVB=0.00855844;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00087949;OID=.;OPOS=17111297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr19 17113147 . A G 283.98 PASS AF=0.604651;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.058897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4583;QD=26.4164;RBI=0.0786671;REFB=-0.00237514;REVB=0.0521504;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164505;STB=0.595673;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00509663;OID=.;OPOS=17113147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:17:17:25:26:0.604651:13:12:12:5:14:12:12:5 chr19 17273893 . G T 249.52 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.371;QD=49.9046;RBI=0.0822935;REFB=0;REVB=0.0815922;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015912;OID=.;OPOS=17273893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:9:11:0:0 chr19 17303774 . T G 1472.53 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.538;QD=63.3346;RBI=0.0203782;REFB=0;REVB=-0.000642854;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89219e-05;OID=.;OPOS=17303774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr19 17305440 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6112;QD=58.0601;RBI=0.0406546;REFB=0;REVB=0.0390735;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143129;OID=.;OPOS=17305440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:22:39:0:0:22:39:0:0 chr19 17306030 . CT C,CC 87.97 PASS AF=0.333333,0.666667;AO=2,7;DP=9;FAO=3,6;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3;FSAR=2,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658594,0.0616682;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=151.462,159.095;QD=39.0978;RBI=0.069529,0.0684784;REFB=0,0;REVB=-0.0222893,-0.0297711;RO=0;SAF=2,2;SAR=0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00753015,0.0157504;OID=.,.;OPOS=17306031,17306031;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.666667:2,7:9:3,6:9:0:1,3:2,3:0:0:11:0:2,2:0,5:0:0 chr19 17312992 . C T 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.109;QD=59.0162;RBI=0.016017;REFB=0;REVB=0.0120005;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176123;OID=.;OPOS=17312992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr19 17316782 . T C,G 726.71 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=50,2;DP=52;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30,1;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354012,-0.0384746;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=180.011,10.1583;QD=54.8459;RBI=0.0506164,0.148576;REFB=0,0;REVB=0.0361769,-0.143508;RO=0;SAF=29,1;SAR=21,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.20481e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00164356,0.0921591;OID=.,.;OPOS=17316782,17316782;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:52:53:0:0:50,2:51,2:0.962264,0.0377358:21,1:29,1:0:0:21,1:30,1:0:0 chr19 17317955 . A C,G 1553.0 PASS AF=0.0280374,0.971963;AO=4,102;DP=107;FAO=3,104;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=3,48;FSAR=0,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000713615,0.141232;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.166,52.8854;QD=58.0559;RBI=0.00455959,0.141825;REFB=0,0;REVB=0.0045034,0.0129494;RO=0;SAF=4,46;SAR=0,56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.169632,0.00164961;OID=.,.;OPOS=17317955,17317955;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:107:107:0:0:4,102:3,104:0.0280374,0.971963:0,56:4,46:0:0:0,56:3,48:0:0 chr19 17323426 . A C 493.66 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0309412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1923;QD=20.3572;RBI=0.0309828;REFB=-0.019165;REVB=0.00160645;RO=48;SAF=20;SAR=28;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194202;STB=0.504423;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0250911;OID=.;OPOS=17323426;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:48:49:48:48:0.494845:28:20:19:29:28:20:20:29 chr19 17330060 . T C 1419.2 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425339;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8068;QD=63.0757;RBI=0.0502984;REFB=0;REVB=-0.0268476;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266657;OID=.;OPOS=17330060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:42:48:0:0:42:48:0:0 chr19 17337871 . A G 42.79 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=23;FAO=7;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0105024;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8175;QD=7.77987;RBI=0.0105664;REFB=-0.016506;REVB=-0.00116145;RO=12;SAF=0;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.696463;STB=0.736049;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0344468;OID=.;OPOS=17337871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:23:22:12:15:6:7:0.318182:6:0:3:9:6:1:6:9 chr19 17337882 . C G 43.33 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=23;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0411723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.754;QD=7.22145;RBI=0.0419972;REFB=-0.0107728;REVB=0.00828302;RO=17;SAF=0;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.704203;STB=0.749167;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.024191;OID=.;OPOS=17337882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:23:24:17:17:6:7:0.291667:6:0:7:10:6:1:7:10 chr19 17338099 . G C 97.23 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0572085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.63;QD=12.5459;RBI=0.0585106;REFB=-0.0256112;REVB=0.0122748;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306435;STB=0.680553;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0554904;OID=.;OPOS=17338099;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:7:12:4:8:7:12 chr19 17339112 . G A 55.11 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.0144494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.958;QD=9.58492;RBI=0.0210582;REFB=-0.0153706;REVB=-0.0153188;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208262;STB=0.599789;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0245503;OID=.;OPOS=17339112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:23:15:15:7:8:0.347826:1:6:14:1:1:7:14:1 chr19 17366278 . T C 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0211642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.126;QD=56.4876;RBI=0.0215491;REFB=-0.0986295;REVB=0.00405452;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519988;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=6.23076e-05;OID=.;OPOS=17366278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:23:12:0:0:23:12:1:0 chr19 17392894 . G A 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00291202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.963;QD=20.4855;RBI=0.0444974;REFB=-0.0275579;REVB=0.044402;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731378;STB=0.541344;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0363048;OID=.;OPOS=17392894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:5:9:8:3:5:9:8:3 chr19 17393015 . C T 44.33 PASS AF=0.75;AO=3;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.126992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.169;QD=22.1656;RBI=0.12704;REFB=-0.0100292;REVB=-0.00350687;RO=2;SAF=0;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.692188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00355203;OID=.;OPOS=17393015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:3:6:0.75:3:0:1:1:3:3:1:1 chr19 17393530 . T A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0552178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1086;QD=18.744;RBI=0.0675027;REFB=-0.0298017;REVB=-0.0388279;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250326;STB=0.64252;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0173193;OID=.;OPOS=17393530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:4:0:2:5:4:0 chr19 17394124 . T G 387.88 PASS AF=0.353383;AO=47;DP=133;FAO=47;FDP=133;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0826772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1875;QD=11.6657;RBI=0.0836554;REFB=0.00115958;REVB=-0.0127562;RO=78;SAF=26;SAR=21;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121205;STB=0.519489;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00482625;OID=.;OPOS=17394124;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:78:86:47:47:0.353383:21:26:44:34:21:26:45:41 chr19 17394504 . A C 84.58 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0113432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2579;QD=10.9135;RBI=0.0300927;REFB=-0.0258549;REVB=-0.0278729;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334266;STB=0.715576;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00643625;OID=.;OPOS=17394504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:18:20:11:11:0.354839:6:5:14:4:6:5:16:4 chr19 17395003 . A G 379.95 PASS AF=0.481481;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0614815;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.954;QD=18.7628;RBI=0.0616532;REFB=-0.0201141;REVB=-0.00459881;RO=41;SAF=19;SAR=19;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567484;STB=0.531293;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0208602;OID=.;OPOS=17395003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:41:42:38:39:0.481481:19:19:18:23:19:20:19:23 chr19 17395055 . C G 347.66 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0226087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8339;QD=19.8663;RBI=0.0286667;REFB=-0.014962;REVB=-0.0176246;RO=34;SAF=21;SAR=15;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00441352;STB=0.50245;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0180697;OID=.;OPOS=17395055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:15:21:20:14:15:21:20:14 chr19 17396549 . T C 453.64 PASS AF=0.511364;AO=44;DP=89;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.06618;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9815;QD=20.6198;RBI=0.0662313;REFB=-0.0206379;REVB=0.00260687;RO=42;SAF=19;SAR=25;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134523;STB=0.583298;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0192375;OID=.;OPOS=17396549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:42:43:44:45:0.511364:25:19:12:30:25:20:12:31 chr19 17412366 . G A 183.8 PASS AF=0.6;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0852649;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.816;QD=24.5073;RBI=0.0856407;REFB=-0.0166123;REVB=0.00801415;RO=12;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422746;STB=0.523596;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00964858;OID=.;OPOS=17412366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:30:12:12:18:18:0.6:11:7:4:8:11:7:4:8 chr19 17412399 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0704124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.21;QD=11.0924;RBI=0.0743299;REFB=-0.028002;REVB=-0.0238122;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0370212;OID=.;OPOS=17412399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:3:3:3:2:3:3 chr19 17435884 . T C 171.64 PASS AF=0.62963;AO=14;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=10;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0202715;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.742;QD=25.4285;RBI=0.0280787;REFB=-0.0481595;REVB=-0.0194288;RO=5;SAF=9;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119729;STB=0.640865;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0367117;OID=.;OPOS=17435884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:27:27:5:10:14:17:0.62963:5:9:2:3:7:10:2:8 chr19 17435887 . C T 183.09 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0425263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.493;QD=25.254;RBI=0.0446921;REFB=-0.0297567;REVB=-0.0137442;RO=11;SAF=11;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286132;STB=0.659005;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00673316;OID=.;OPOS=17435887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:7:11:2:9:7:11:2:9 chr19 17438642 . A G 199.85 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0302518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9969;QD=13.5491;RBI=0.0313866;REFB=-0.0165656;REVB=0.00836327;RO=35;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232262;STB=0.632801;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0208616;OID=.;OPOS=17438642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:9:15:14:21:9:15:14:21 chr19 17448961 . A C 108.6 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0152201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.874;QD=13.575;RBI=0.0277793;REFB=-0.0198532;REVB=-0.0232387;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140483;STB=0.538402;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.031685;OID=.;OPOS=17448961;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:20:19:12:13:0.40625:5:7:9:11:6:7:9:10 chr19 17450016 . T C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0749861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2904;QD=12.1824;RBI=0.0757644;REFB=-0.0275328;REVB=0.0108313;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480118;STB=0.786298;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0287243;OID=.;OPOS=17450016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:8:2:10:5:8:2:10:5 chr19 17547292 . A G 539.34 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.01186;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.666;QD=21.7917;RBI=0.0152736;REFB=-0.0187857;REVB=-0.00962407;RO=48;SAF=21;SAR=30;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203969;STB=0.612442;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0210528;OID=.;OPOS=17547292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:48:48:51:51:0.515152:30:21:31:17:30:21:31:17 chr19 17616171 . G A 566.63 PASS AF=0.522523;AO=48;DP=111;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0367441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3178;QD=20.4191;RBI=0.0490748;REFB=-0.0206429;REVB=0.03253;RO=44;SAF=16;SAR=32;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717484;STB=0.546298;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0258363;OID=.;OPOS=17616171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:44:53:48:58:0.522523:32:16:18:26:34:24:27:26 chr19 17628587 . A G 164.88 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0351345;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.261;QD=11.1782;RBI=0.0357769;REFB=-0.00172813;REVB=0.00674944;RO=38;SAF=8;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162351;STB=0.59468;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00682434;OID=.;OPOS=17628587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:38:38:21:21:0.355932:13:8:20:18:13:8:20:18 chr19 17648350 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.348;QD=51.1824;RBI=0.0194908;REFB=0;REVB=0.0192132;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67991e-05;OID=.;OPOS=17648350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr19 17651370 . A G 272.48 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.073;QD=51.9002;RBI=0.0589846;REFB=0;REVB=0.0332343;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493758;OID=.;OPOS=17651370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr19 17654181 . C T 164.72 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0309269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4759;QD=21.2545;RBI=0.0556008;REFB=-0.0101489;REVB=-0.0462058;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150576;STB=0.58452;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00239184;OID=.;OPOS=17654181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:8:9:10:4:8:9:10:4 chr19 17660300 . G A 212.64 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0312408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8311;QD=19.78;RBI=0.0325233;REFB=-0.0203918;REVB=0.00904314;RO=21;SAF=16;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560203;STB=0.553261;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0125234;OID=.;OPOS=17660300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:22:21:21:0.488372:5:16:15:6:5:16:15:7 chr19 17692324 . T G 502.16 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.676;QD=59.0771;RBI=0.0285214;REFB=0;REVB=0.0264483;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106903;OID=.;OPOS=17692324;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:25:8:0:0:26:8:0:0 chr19 17712711 . C T 313.7 PASS AF=0.622222;AO=26;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0100227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.273;QD=27.884;RBI=0.0467422;REFB=-0.00775111;REVB=0.0456549;RO=16;SAF=17;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218144;STB=0.507457;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00605605;OID=.;OPOS=17712711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:17:26:28:0.622222:9:17:10:6:11:17:10:7 chr19 17741047 . A G 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00531563;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.831;QD=10.5421;RBI=0.010678;REFB=0.00787414;REVB=0.00926085;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240375;STB=0.645683;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.0116264;OID=.;OPOS=17741047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:8:3:10:11:8:3:10:11 chr19 17746947 . A G 1219.03 PASS AF=1;AO=52;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584999;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.08;QD=61.7232;RBI=0.0640295;REFB=0;REVB=0.0260294;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789841;OID=.;OPOS=17746947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:52:79:1:33:19:0:0:36:43:0:0 chr19 17777508 . C G 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00422356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.16;QD=9.49502;RBI=0.0431571;REFB=-0.00389026;REVB=-0.04295;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332306;STB=0.699657;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0236905;OID=.;OPOS=17777508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:16:8:7:4:16:8 chr19 17838966 . A G 210.48 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0306976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.897;QD=26.3095;RBI=0.06492;REFB=-0.0145387;REVB=-0.0572037;RO=12;SAF=13;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163157;STB=0.590816;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0151924;OID=.;OPOS=17838966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:7:13:5:7:7:13:5:7 chr19 17885270 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.282;QD=56.7065;RBI=0.025013;REFB=0;REVB=0.0228623;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02427e-05;OID=.;OPOS=17885270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr19 17886940 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.899;QD=53.911;RBI=0.0462845;REFB=0;REVB=0.0382495;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215684;OID=.;OPOS=17886940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr19 17887024 . T C 666.68 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0388885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.171;QD=57.972;RBI=0.0461315;REFB=-0.0225413;REVB=0.0248153;RO=2;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390966;STB=0.520824;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00141065;OID=.;OPOS=17887024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:43:44:0.956522:23:20:0:2:23:21:0:2 chr19 17892591 . A G 322.82 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.412;QD=53.8028;RBI=0.0769826;REFB=0;REVB=0.0175238;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797438;OID=.;OPOS=17892591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr19 17932138 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6434;QD=52.6107;RBI=0.015612;REFB=0;REVB=0.0107032;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54334e-05;OID=.;OPOS=17932138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr19 18170384 . G A 371.77 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00686787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.165;QD=17.4948;RBI=0.0235807;REFB=-0.0364637;REVB=0.0225584;RO=45;SAF=15;SAR=24;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102545;STB=0.552212;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0431532;OID=.;OPOS=18170384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:45:46:39:39:0.458824:24:15:22:23:24:15:22:24 chr19 18180413 . C G 540.34 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.000821654;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.245;QD=19.4716;RBI=0.0417552;REFB=0.0325968;REVB=0.0417471;RO=54;SAF=30;SAR=26;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846459;STB=0.5413;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0232121;OID=.;OPOS=18180413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:55:56:56:0.504505:26:30:34:20:26:30:34:21 chr19 18180451 . A G 526.94 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.037734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.097;QD=19.1615;RBI=0.037735;REFB=-0.0236729;REVB=0.000272006;RO=55;SAF=30;SAR=25;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332876;STB=0.518388;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0192036;OID=.;OPOS=18180451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:25:30:32:23:25:30:32:23 chr19 18186575 . G A 203.17 PASS AF=0.435484;AO=22;DP=65;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0159202;FXX=0.0461467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.32;QD=13.108;RBI=0.0165453;REFB=-0.0155165;REVB=-0.00450478;RO=29;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122984;STB=0.513762;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.030451;OID=.;OPOS=18186575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:29:35:22:27:0.435484:14:8:14:15:14:13:16:19 chr19 18186618 . T C 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0144577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.975;QD=13.8304;RBI=0.0461592;REFB=-0.0384392;REVB=-0.0438366;RO=39;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854548;STB=0.548676;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0291008;OID=.;OPOS=18186618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:13:14:17:22:13:14:17:22 chr19 18197635 . G A 296.98 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0103031;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.781;QD=13.199;RBI=0.0105005;REFB=-0.0138182;REVB=-0.00202659;RO=56;SAF=19;SAR=15;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121976;STB=0.569711;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0219196;OID=.;OPOS=18197635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:56:56:34:34:0.377778:15:19:25:31:15:19:25:31 chr19 18197744 . T A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.000180784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.21;QD=7.95463;RBI=0.00356574;REFB=-0.000192678;REVB=0.00356116;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337069;STB=0.703279;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000470459;OID=.;OPOS=18197744;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:4:15:4:4:4:15 chr19 18233507 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00863535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.815;QD=17.0892;RBI=0.0121468;REFB=-0.0287925;REVB=-0.00854259;RO=28;SAF=16;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330032;STB=0.518624;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0186827;OID=.;OPOS=18233507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:9:16:17:11:9:16:17:11 chr19 18234441 . C T 727.66 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5072;QD=63.2748;RBI=0.0930845;REFB=0;REVB=0.0867024;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480344;OID=.;OPOS=18234441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:18:27:0:0:18:28:0:0 chr19 18245512 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.798;QD=53.2748;RBI=0.0657586;REFB=0;REVB=0.0624284;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555922;OID=.;OPOS=18245512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr19 18248146 . T C 487.92 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528514;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.162;QD=59.1422;RBI=0.0529484;REFB=0;REVB=-0.00320441;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269526;OID=.;OPOS=18248146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr19 18255359 . G A 591.86 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=46;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0197778;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.235;QD=52.6102;RBI=0.0314622;REFB=-0.0902546;REVB=0.0244685;RO=3;SAF=14;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454086;STB=0.539346;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00242328;OID=.;OPOS=18255359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:46:45:3:4:41:41:0.911111:27:14:2:1:27:14:3:1 chr19 18257750 . C T 1621.31 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0590412;FXX=0.00884877;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.821;QD=57.9038;RBI=0.0600758;REFB=-0.0951546;REVB=0.0111012;RO=2;SAF=45;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206281;STB=0.510868;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000213881;OID=.;OPOS=18257750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:113:112:2:2:110:110:0.982143:65:45:2:0:65:45:2:0 chr19 18273047 . T C 272.32 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.477;QD=51.8705;RBI=0.0585153;REFB=0;REVB=0.00556328;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207853;OID=.;OPOS=18273047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:11:10:0:0 chr19 18279638 . T C 1231.04 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101565;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7014;QD=61.552;RBI=0.0331695;REFB=0;REVB=-0.0315762;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145577;OID=.;OPOS=18279638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr19 18322634 . G A 295.6 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0244201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.605;QD=15.3559;RBI=0.0617504;REFB=-0.0100631;REVB=0.0567166;RO=44;SAF=13;SAR=20;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109184;STB=0.56176;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0155112;OID=.;OPOS=18322634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:20:13:22:22:20:13:22:22 chr19 18331748 . C T 113.77 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0664056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.922;QD=9.89303;RBI=0.0866787;REFB=-0.041543;REVB=-0.055709;RO=32;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153747;STB=0.592461;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0821914;OID=.;OPOS=18331748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:8:6:18:14:8:6:18:14 chr19 18368810 . G T 521.34 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00513323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.162;QD=20.8537;RBI=0.0309809;REFB=-0.0150892;REVB=0.0305527;RO=50;SAF=36;SAR=14;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218871;STB=0.621738;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0104847;OID=.;OPOS=18368810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:50:50:50:0.5:14:36:25:25:14:36:25:25 chr19 18369120 . G A 260.48 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0251556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.626;QD=14.4711;RBI=0.0504245;REFB=-0.00141139;REVB=0.0437015;RO=42;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642501;STB=0.536425;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00414793;OID=.;OPOS=18369120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:16:14:17:25:16:14:17:25 chr19 18369644 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0107219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.562;QD=18.6448;RBI=0.0333716;REFB=0.0034936;REVB=0.0316023;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380779;STB=0.521708;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00371189;OID=.;OPOS=18369644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:6:8:8:5:6:8:8:5 chr19 18370063 . A AG 352.78 PASS AF=1;AO=32;DP=38;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333341;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.8894;QD=40.3175;RBI=0.0462545;REFB=0;REVB=-0.0320674;RO=5;SAF=12;SAR=20;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00667794;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00112736;OID=.;OPOS=18370064;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:38:35:35:0:14:21:0:0:7:5:12:20:2:3 chr19 18375608 . G A 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.00306074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.541;QD=23.3696;RBI=0.0317661;REFB=-0.00589261;REVB=0.0316183;RO=26;SAF=25;SAR=11;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693509;STB=0.538023;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0044237;OID=.;OPOS=18375608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:11:25:20:6:11:25:20:6 chr19 18375815 . G A 229.55 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00554051;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.591;QD=16.1085;RBI=0.0193278;REFB=-0.0488192;REVB=0.0185167;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591297;STB=0.540953;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0255515;OID=.;OPOS=18375815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:31:26:26:0.45614:12:14:18:12:12:14:19:12 chr19 18375846 . G A 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0124801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.374;QD=14.3349;RBI=0.0130128;REFB=-0.0217832;REVB=0.00368543;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306575;STB=0.517787;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0351068;OID=.;OPOS=18375846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:13:13:8:9:13:13 chr19 18375882 . G C 119.16 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0341765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4092;QD=14.019;RBI=0.03724;REFB=-0.0168738;REVB=-0.0147913;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17127;STB=0.599859;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0357577;OID=.;OPOS=18375882;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:19:20:13:14:0.411765:6:7:7:12:6:8:8:12 chr19 18376407 . T A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.000128595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.957;QD=14.9786;RBI=0.00499627;REFB=-0.0116806;REVB=-0.00499461;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204937;STB=0.618823;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0147435;OID=.;OPOS=18376407;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:8:3:5:5:8:3 chr19 18376517 . C T 252.98 PASS AF=0.5;AO=21;DP=46;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00996901;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.56;QD=21.0815;RBI=0.0109087;REFB=-0.0223756;REVB=0.00442927;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753841;STB=0.521259;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0111199;OID=.;OPOS=18376517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:24:24:21:24:0.5:13:8:11:13:14:10:11:13 chr19 18376522 . T G 252.92 PASS AF=0.5;AO=21;DP=46;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0311077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.346;QD=20.2333;RBI=0.0321663;REFB=-0.0133743;REVB=0.0081842;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789497;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00813376;OID=.;OPOS=18376522;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:50:23:25:21:25:0.5:11:10:9:14:14:11:11:14 chr19 18377274 . A G 168.9 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.00310811;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8716;QD=15.3541;RBI=0.049297;REFB=-0.0298752;REVB=-0.0491989;RO=25;SAF=16;SAR=2;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185011;STB=0.602021;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.028277;OID=.;OPOS=18377274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:2:16:20:5:2:16:21:5 chr19 18377496 . C G 206.18 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0250738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.775;QD=13.0908;RBI=0.0262837;REFB=-0.0192575;REVB=-0.00788273;RO=37;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097799;STB=0.566612;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0302765;OID=.;OPOS=18377496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:17:8:15:22:17:8:16:22 chr19 18377647 . G C 74.54 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00547422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.856;QD=21.2957;RBI=0.01678;REFB=-0.0089753;REVB=0.0158619;RO=4;SAF=7;SAR=0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.760919;STB=0.5831;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00998607;OID=.;OPOS=18377647;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:13:14:4:4:7:8:0.571429:0:7:3:1:1:7:3:1 chr19 18377761 . A G 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0406797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.56;QD=16.416;RBI=0.0473846;REFB=-0.0326248;REVB=-0.0242994;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137003;STB=0.579092;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0352164;OID=.;OPOS=18377761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:8:8:5:9:8:8 chr19 18378219 . A G 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0205741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.771;QD=13.9118;RBI=0.0445082;REFB=-0.00699219;REVB=-0.0394675;RO=31;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163805;STB=0.594502;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00888503;OID=.;OPOS=18378219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:7:14:16:15:7:14:16:15 chr19 18444360 . T G 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.836;QD=45.8016;RBI=0.0303776;REFB=0;REVB=-0.0152193;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000889297;OID=.;OPOS=18444360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr19 18497024 . G C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00638004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.421;QD=18.4431;RBI=0.0142664;REFB=-0.00579913;REVB=-0.0127603;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3166;STB=0.681098;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00768677;OID=.;OPOS=18497024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:7:2:7:4:7:2 chr19 18502835 . G A 393.11 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00696896;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.828;QD=19.6554;RBI=0.00912674;REFB=-0.0082308;REVB=-0.0058933;RO=40;SAF=24;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158222;STB=0.587896;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00807668;OID=.;OPOS=18502835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:16:24:17:23:16:24:17:23 chr19 18538742 . A C 207.2 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00514483;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.2;QD=22.4003;RBI=0.00532642;REFB=-0.0139663;REVB=0.00137896;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00472505;STB=0.509527;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00883778;OID=.;OPOS=18538742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:18:17:20:20:0.540541:9:11:10:8:9:11:9:8 chr19 18545786 . G T 391.25 PASS AF=0.393162;AO=45;DP=116;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0273978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0817;QD=13.3761;RBI=0.0342136;REFB=-0.0137897;REVB=-0.0204922;RO=71;SAF=20;SAR=25;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221435;STB=0.505048;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.022347;OID=.;OPOS=18545786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:71:71:45:46:0.393162:25:20:33:38:25:21:33:38 chr19 18546678 . T C 158.65 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0152064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.872;QD=17.1518;RBI=0.0495003;REFB=-0.0132742;REVB=-0.0471068;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748639;STB=0.542807;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00723073;OID=.;OPOS=18546678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:8:9:9:11:8:9:9:11 chr19 18547305 . T A 107.84 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0146968;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1054;QD=11.982;RBI=0.0154816;REFB=-0.0389289;REVB=-0.00486665;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14875;STB=0.588643;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0743941;OID=.;OPOS=18547305;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:23:23:13:13:0.361111:9:4:10:13:9:4:10:13 chr19 18553580 . CAGAT C 138.57 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00453108;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=4;MLLD=300.283;QD=17.3208;RBI=0.0104485;REFB=-0.0160563;REVB=0.00941486;RO=17;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303575;STB=0.676661;STBP=0.096;TYPE=del;VARB=0.0172553;OID=.;OPOS=18553581;OREF=AGAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:15:33:15:32:17:12:3:9:8:99:17:12:3:9:8 chr19 18679379 . C G 216.06 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.000279958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1271;QD=22.1595;RBI=0.0459557;REFB=-0.0241947;REVB=0.0459548;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545012;STB=0.530583;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0219126;OID=.;OPOS=18679379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:8:13:10:8:8:13:10:8 chr19 18684563 . C T 166.59 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00938133;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.421;QD=30.289;RBI=0.0128773;REFB=-0.0142863;REVB=0.0088213;RO=6;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011846;STB=0.506571;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00493108;OID=.;OPOS=18684563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:22:6:6:16:16:0.727273:5:11:4:2:5:11:4:2 chr19 18778612 . C G 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0143985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.877;QD=20.4561;RBI=0.0169119;REFB=-0.0109936;REVB=0.0088711;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00326109;STB=0.501843;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100624;OID=.;OPOS=18778612;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:7:8:9:8:7:8 chr19 18888162 . C T 693.61 PASS AF=0.496403;AO=69;DP=139;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.00903603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8471;QD=19.9599;RBI=0.0281647;REFB=-0.0109442;REVB=0.0266758;RO=67;SAF=34;SAR=35;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107368;STB=0.561203;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0125103;OID=.;OPOS=18888162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:67:70:69:69:0.496403:35:34:25:42:35:34:26:44 chr19 19040312 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2016;QD=39.2065;RBI=0.114819;REFB=0;REVB=-0.00664843;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00825;OID=.;OPOS=19040312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr19 19136541 . C T 723.13 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0338062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.788;QD=59.0312;RBI=0.0351602;REFB=-0.0895904;REVB=0.00966356;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517234;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0020323;OID=.;OPOS=19136541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:0:2:47:47:0.959184:28:19:0:0:28:19:0:2 chr19 19230868 . A G 1703.42 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.326;QD=60.298;RBI=0.033399;REFB=0;REVB=0.0288226;RO=1;SAF=70;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117194;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52228e-05;OID=.;OPOS=19230868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:1:0:110:113:1:40:70:0:1:42:71:0:0 chr19 19329924 . C A 406.6 PASS AF=0.442308;AO=45;DP=98;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0125063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.4;QD=15.6384;RBI=0.017633;REFB=-0.00776969;REVB=0.0124303;RO=53;SAF=31;SAR=14;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18598;STB=0.59795;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0129453;OID=.;OPOS=19329924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:104:53:58:45:46:0.442308:14:31:27:26:14:32:31:27 chr19 19446936 . G A,C 965.15 PASS AF=0.984848,0.0151515;AO=63,3;DP=66;FAO=65,1;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42,1;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028053,0.00375689;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.0992,214.481;QD=58.4942;RBI=0.075107,0.00429935;REFB=0,0;REVB=0.0696713,-0.0020905;RO=0;SAF=42,1;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000196403,0.0639979;OID=.,.;OPOS=19446936,19446936;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:66:66:0:0:63,3:65,1:0.984848,0.0151515:21,2:42,1:0:0:23,0:42,1:0:0 chr19 19449686 . G T 1508.16 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0149884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.503;QD=57.4538;RBI=0.0297414;REFB=0.0338744;REVB=0.0256885;RO=1;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870632;STB=0.500463;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000229091;OID=.;OPOS=19449686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:1:2:103:103:0.980952:54:49:0:1:54:49:1:1 chr19 19467085 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.712;QD=56.1916;RBI=0.00391531;REFB=0;REVB=0.00212536;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.89002e-06;OID=.;OPOS=19467085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr19 19467937 . T C 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0553894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4126;QD=51.5076;RBI=0.0591848;REFB=-0.126784;REVB=0.0208531;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441872;STB=0.523791;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00685294;OID=.;OPOS=19467937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:10:16:0:1:10:16:0:1 chr19 19468709 . GC G,GG 721.05 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=5,41;DP=46;FAO=1,45;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0825276,0.0887203;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.554,204.367;QD=62.7001;RBI=0.0859124,0.0905243;REFB=0,0;REVB=0.0238773,0.0179823;RO=0;SAF=4,15;SAR=1,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0209814,0.000267959;OID=.,.;OPOS=19468710,19468710;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0217391,0.978261:5,41:46:1,45:46:0:0,19:1,26:0:0:4:0:4,15:1,26:0:0 chr19 19468734 . G A 617.18 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136733;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.692;QD=61.7177;RBI=0.0141399;REFB=0;REVB=0.00360225;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08139e-05;OID=.;OPOS=19468734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr19 19606634 . G A 315.1 PASS AF=0.56;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0129216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7642;QD=25.2078;RBI=0.0302526;REFB=-0.0115067;REVB=0.0273542;RO=21;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130188;STB=0.551687;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0145926;OID=.;OPOS=19606634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:21:22:27:28:0.56:11:16:9:12:12:16:10:12 chr19 19625547 . A G 323.77 PASS AF=0.322581;AO=24;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0359206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.692;QD=20.8884;RBI=0.0509462;REFB=0.0163959;REVB=-0.036128;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204813;STB=0.570469;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0501279;OID=.;OPOS=19625547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:62:62:27:28:24:20:0.322581:9:15:11:16:9:11:12:16 chr19 19735257 . G T 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.773;QD=56.4877;RBI=0.0300232;REFB=0.0216036;REVB=0.00979721;RO=1;SAF=6;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158633;STB=0.50847;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=7.48026e-05;OID=.;OPOS=19735257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:29:6:0:1:29:6:0:1 chr19 19737686 . C T 194.85 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0104591;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.789;QD=23.6178;RBI=0.0140428;REFB=-0.0245418;REVB=0.00937063;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273118;STB=0.503265;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156782;OID=.;OPOS=19737686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:14:19:19:0.575758:8:11:8:5:8:11:8:6 chr19 19789528 . A G 195.84 PASS AF=0.488372;AO=19;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0117583;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.087;QD=18.218;RBI=0.013195;REFB=-0.00144094;REVB=0.00598755;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353526;STB=0.692142;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00278148;OID=.;OPOS=19789528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:22:19:21:0.488372:10:9:18:3:12:9:18:4 chr19 19790159 . A C 214.92 PASS AF=0.393939;AO=25;DP=65;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0109151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.045;QD=13.0257;RBI=0.0203984;REFB=0.00493386;REVB=0.0172324;RO=40;SAF=10;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134859;STB=0.586221;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00956976;OID=.;OPOS=19790159;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:40:40:25:26:0.393939:15:10:21:19:16:10:21:19 chr19 19910250 . T C 280.79 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0179604;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.5594;QD=21.1917;RBI=0.0211288;REFB=-0.00460241;REVB=-0.0111287;RO=24;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109943;STB=0.560997;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00261661;OID=.;OPOS=19910250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:16:13:14:10:16:13:14:10 chr19 20003109 . A G 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0510421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9676;QD=16.8975;RBI=0.0733322;REFB=0.00357626;REVB=0.0526529;RO=9;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437098;STB=0.762054;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00522913;OID=.;OPOS=20003109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:9:1:4:5:9:1:4:5 chr19 20044041 . G T 112.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.000426341;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5137;QD=23.6335;RBI=0.0782468;REFB=-0.000426381;REVB=-0.0782457;RO=7;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303269;STB=0.517212;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00208013;OID=.;OPOS=20044041;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:20:19:7:7:12:12:0.631579:3:9:5:2:3:9:5:2 chr19 20150125 . T C 151.74 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.042401;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.705;QD=19.5788;RBI=0.0430235;REFB=-0.00633417;REVB=-0.00729212;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112057;STB=0.5465;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00627082;OID=.;OPOS=20150125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:15:15:16:0.516129:7:8:7:10:7:9:7:8 chr19 20150175 . G C 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0467709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.643;QD=10.2403;RBI=0.0472202;REFB=-0.00934302;REVB=-0.00649839;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284721;STB=0.676633;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0253206;OID=.;OPOS=20150175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:18:19:10:10:0.344828:6:4:3:15:6:4:3:16 chr19 20229486 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00149413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.067;QD=10.3903;RBI=0.0191965;REFB=-0.0075483;REVB=-0.0191383;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205271;STB=0.624653;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0177867;OID=.;OPOS=20229486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:7:4:4:3:7:4 chr19 20369503 . C G 528.49 PASS AF=0.402778;AO=58;DP=145;FAO=58;FDP=144;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0018591;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.534;QD=14.6804;RBI=0.0265767;REFB=-0.00764687;REVB=-0.0265116;RO=86;SAF=39;SAR=19;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238305;STB=0.634568;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0122921;OID=.;OPOS=20369503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:86:86:58:58:0.402778:19:39:39:47:19:39:39:47 chr19 20807891 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0679093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.9537;QD=23.2183;RBI=0.0850552;REFB=-0.0626794;REVB=-0.0512124;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0192881;OID=.;OPOS=20807891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr19 20808149 . A G 219.78 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00518459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.921;QD=11.8802;RBI=0.02515;REFB=-0.0211299;REVB=0.0246098;RO=47;SAF=10;SAR=17;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876049;STB=0.550641;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0282185;OID=.;OPOS=20808149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:17:10:21:26:17:10:21:26 chr19 21299774 . T TATA 271.23 PASS AF=0.916667;AO=21;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00693859;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=216.672;QD=45.2049;RBI=0.00863801;REFB=0.00383534;REVB=0.00514502;RO=3;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182989;STB=0.562441;STBP=0.076;TYPE=ins;VARB=-0.00126438;OID=.;OPOS=21299775;OREF=-;OALT=ATA;OMAPALT=TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916667:21:24:22:24:2:15:7:0:2:9:3:15:6:0:3 chr19 21300462 . A G 426.04 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00473414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.363;QD=53.2549;RBI=0.0126016;REFB=0.0776106;REVB=0.0116786;RO=1;SAF=13;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345091;STB=0.518507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00235834;OID=.;OPOS=21300462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:30:31:0.96875:17:13:1:0:18:13:1:0 chr19 21477431 . T C 1037.01 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00217461;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.64;QD=54.5794;RBI=0.0206776;REFB=-0.200213;REVB=0.020563;RO=1;SAF=27;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171927;STB=0.534473;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00108361;OID=.;OPOS=21477431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:76:76:1:4:72:72:0.947368:45:27:1:0:45:27:4:0 chr19 21492062 . G A 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.227;QD=60.6022;RBI=0.0166807;REFB=0;REVB=0.0104717;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00345e-05;OID=.;OPOS=21492062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr19 21544571 . G A 855.22 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389468;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.784;QD=57.9808;RBI=0.0454086;REFB=0;REVB=0.0233471;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142808;OID=.;OPOS=21544571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:55:59:1:19:36:0:0:19:40:0:0 chr19 21606429 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.176;QD=53.9112;RBI=0.0431479;REFB=0;REVB=0.0215329;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104347;OID=.;OPOS=21606429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr19 21606725 . A G 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0338454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.797;QD=11.1312;RBI=0.0519127;REFB=-0.0155398;REVB=0.0393627;RO=17;SAF=8;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208773;STB=0.627169;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.025607;OID=.;OPOS=21606725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:2:8:11:6:2:8:11:6 chr19 21609614 . G A 180.85 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00416436;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.824;QD=22.6062;RBI=0.00417702;REFB=-0.0141204;REVB=-0.000324975;RO=14;SAF=3;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219339;STB=0.624843;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0151436;OID=.;OPOS=21609614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:14:14:18:18:0.5625:15:3:5:9:15:3:5:9 chr19 21609743 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.449;QD=57.2026;RBI=0.0295855;REFB=0;REVB=0.0189774;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145284;OID=.;OPOS=21609743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr19 21688602 . C G 563.61 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406776;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.727;QD=56.3605;RBI=0.0534758;REFB=-0.115178;REVB=0.034713;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000895802;OID=.;OPOS=21688602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:40:0:0:38:40:1:22:16:0:0:24:16:0:0 chr19 21719401 . T C 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.464;QD=52.1529;RBI=0.0284961;REFB=0.0151091;REVB=0.0177155;RO=1;SAF=9;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488676;STB=0.526296;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=9.951e-06;OID=.;OPOS=21719401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:18:9:1:0:18:9:1:0 chr19 21909948 . G A 192.35 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0168241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0153;QD=16.0295;RBI=0.0196263;REFB=-0.0226675;REVB=0.0101064;RO=28;SAF=7;SAR=13;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326833;STB=0.686811;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0232644;OID=.;OPOS=21909948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:13:7:19:9:13:7:19:9 chr19 22115982 . A G 114.3 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1344;QD=41.5624;RBI=0.0150729;REFB=0;REVB=0.0111757;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00309027;OID=.;OPOS=22115982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:9:11:1:6:3:0:0:8:3:0:0 chr19 22153495 . A T 221.94 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0119567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.562;QD=25.3645;RBI=0.0619391;REFB=-0.00449479;REVB=-0.0607741;RO=14;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862618;STB=0.5479;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00203941;OID=.;OPOS=22153495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:10:11:9:5:10:11:9:5 chr19 22154732 . T C 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0742062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.267;QD=12.7913;RBI=0.0801251;REFB=-0.0457658;REVB=-0.0302236;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387345;STB=0.522789;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0450709;OID=.;OPOS=22154732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:9:5:9:14:9:5:9:14 chr19 22154954 . C T 180.53 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0217841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.57;QD=16.0472;RBI=0.0415324;REFB=-0.0124829;REVB=-0.0353609;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191848;STB=0.599893;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0247132;OID=.;OPOS=22154954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:7:12:11:14:7:12:12:14 chr19 22156482 . G T 169.31 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0473433;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3497;QD=15.7501;RBI=0.0551167;REFB=-0.00652978;REVB=-0.0282216;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266693;STB=0.643609;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00677774;OID=.;OPOS=22156482;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:26:25:18:18:0.418605:7:11:9:17:7:11:9:16 chr19 22156585 . G T 191.25 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2901;QD=47.8121;RBI=0.020552;REFB=0;REVB=0.01062;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132945;OID=.;OPOS=22156585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:9:6:0:0:10:6:0:0 chr19 22156992 . C T 88.99 PASS AF=0.769231;AO=9;DP=12;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00179144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.339;QD=27.3828;RBI=0.0104364;REFB=-0.0193438;REVB=0.0102815;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154191;STB=0.593025;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0057923;OID=.;OPOS=22156992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:13:3:3:9:10:0.769231:6:3:2:1:7:3:2:1 chr19 22157302 . G A 427.36 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.000401276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.231;QD=16.925;RBI=0.00120081;REFB=0.00390876;REVB=0.00113178;RO=53;SAF=19;SAR=27;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182233;STB=0.610708;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0052116;OID=.;OPOS=22157302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:55:46:46:0.455446:27:19:32:21:27:19:34:21 chr19 22375868 . C T 318.08 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00771556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1737;QD=18.1758;RBI=0.0140443;REFB=-0.0053756;REVB=-0.0117351;RO=36;SAF=16;SAR=17;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916732;STB=0.542832;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0134516;OID=.;OPOS=22375868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:36:36:33:34:0.485714:17:16:21:15:17:17:21:15 chr19 23316947 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00553192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.531;QD=14.1699;RBI=0.0164581;REFB=-0.000243347;REVB=-0.0155005;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170018;STB=0.5998;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-2.38673e-05;OID=.;OPOS=23316947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:5:7:4:6:5:7 chr19 23328940 . G A 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.161;QD=60.1583;RBI=0.0296618;REFB=0.0468657;REVB=0.0185986;RO=1;SAF=7;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012532;STB=0.506664;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=8.46332e-05;OID=.;OPOS=23328940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:37:7:0:1:37:7:0:1 chr19 23406165 . T C 105.87 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00652787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.732;QD=21.173;RBI=0.0801855;REFB=-0.0050917;REVB=0.0799194;RO=8;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367814;STB=0.71016;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00911113;OID=.;OPOS=23406165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:9:3:6:2:9:3:6:2 chr19 23542290 . AG GC 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705802;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.785;QD=64.1529;RBI=0.0129381;REFB=0;REVB=0.0108434;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.3038e-05;OID=.;OPOS=23542290;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr19 23543095 . T C 254.54 PASS AF=0.52;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0108834;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.481;QD=20.3633;RBI=0.0279353;REFB=-0.0184405;REVB=0.0257281;RO=24;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524281;STB=0.517228;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0199346;OID=.;OPOS=23543095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:25:26:0.52:10:15:13:11:11:15:13:11 chr19 23545004 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.911;QD=48.7373;RBI=0.0310593;REFB=0;REVB=-0.015336;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48632e-05;OID=.;OPOS=23545004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr19 23545447 . A G 95.03 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0851111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9043;QD=15.8386;RBI=0.0859718;REFB=-0.0255901;REVB=0.0121346;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268832;STB=0.623086;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0379841;OID=.;OPOS=23545447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:23:24:12:12:11:12:0.5:4:7:4:8:5:7:4:8 chr19 23837195 . T C 715.65 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223147;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.805;QD=57.2519;RBI=0.0245216;REFB=0;REVB=-0.0101669;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84079e-05;OID=.;OPOS=23837195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr19 23837365 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6747;QD=48.7365;RBI=0.0673019;REFB=0;REVB=-0.0633682;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147686;OID=.;OPOS=23837365;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr19 23869823 . T G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6497;QD=56.1911;RBI=0.0535951;REFB=0;REVB=0.0290233;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000273013;OID=.;OPOS=23869823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr19 23927252 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.777;QD=33.4285;RBI=0.0139565;REFB=0;REVB=0.00114833;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155827;OID=.;OPOS=23927252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr19 23927345 . T C 142.09 PASS AF=0.875;AO=12;DP=15;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0312986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.115;QD=35.5223;RBI=0.0571819;REFB=-0.0992876;REVB=0.0478557;RO=2;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128507;STB=0.571326;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00240835;OID=.;OPOS=23927345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:15:16:2:2:12:14:0.875:6:6:2:0:8:6:2:0 chr19 23927468 . A G 580.07 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432857;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.672;QD=61.0602;RBI=0.0504611;REFB=0;REVB=0.025936;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202035;OID=.;OPOS=23927468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:36:38:1:17:19:0:0:17:21:0:0 chr19 24183515 . G T 730.15 PASS AF=0.875;AO=56;DP=64;FAO=56;FDP=64;FR=.;FRO=8;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00517024;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.806;QD=45.6341;RBI=0.0253834;REFB=-0.0398101;REVB=-0.0248513;RO=6;SAF=36;SAR=20;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280246;STB=0.519224;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00258977;OID=.;OPOS=24183515;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:64:64:6:8:56:56:0.875:20:36:3:3:20:36:4:4 chr19 24183696 . T C 31.82 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.00638082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.698;QD=2.49565;RBI=0.00949184;REFB=0.00511229;REVB=-0.0070271;RO=45;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287684;STB=0.705313;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.018535;OID=.;OPOS=24183696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:3:3:12:33:3:3:12:33 chr19 24183714 . T C 33.38 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0703985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4714;QD=3.33849;RBI=0.076672;REFB=-0.00427274;REVB=0.0303749;RO=34;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177605;STB=0.62461;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00722343;OID=.;OPOS=24183714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:3:3:12:22:3:3:12:22 chr19 24183723 . T G 33.47 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0332026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1171;QD=3.61863;RBI=0.06608;REFB=-0.00799602;REVB=-0.0571328;RO=31;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216181;STB=0.648197;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0384301;OID=.;OPOS=24183723;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:3:3:10:21:3:3:10:21 chr19 24183727 . A G 34.08 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00983088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.554;QD=3.89438;RBI=0.024328;REFB=-0.000216403;REVB=-0.0222532;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187708;STB=0.628172;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00118947;OID=.;OPOS=24183727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:3:3:10:19:3:3:10:19 chr19 24183734 . T C 34.12 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.031659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.091;QD=4.01407;RBI=0.0339194;REFB=0.000496299;REVB=-0.0121749;RO=28;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217102;STB=0.646611;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.0154904;OID=.;OPOS=24183734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:3:3:9:19:3:3:9:19 chr19 24183736 . T C 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0527764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.716;QD=4.15575;RBI=0.0528062;REFB=-0.00812409;REVB=0.00177286;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249077;STB=0.666173;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0418307;OID=.;OPOS=24183736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:3:3:8:19:3:3:8:19 chr19 24183845 . C T 264.75 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00678903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.525;QD=20.7643;RBI=0.061859;REFB=-0.0169061;REVB=-0.0614853;RO=24;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215846;STB=0.620348;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0110171;OID=.;OPOS=24183845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:10:17:9:15:10:17:9:15 chr19 24184295 . C T 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.77;QD=60.3496;RBI=0.0661712;REFB=0;REVB=-0.0619053;RO=0;SAF=46;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10412e-05;OID=.;OPOS=24184295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:64:46:0:0:64:46:0:0 chr19 24186114 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3351;QD=53.9112;RBI=0.0439752;REFB=0;REVB=0.00931816;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127771;OID=.;OPOS=24186114;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr19 24186163 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7053;QD=44.6898;RBI=0.0258839;REFB=0;REVB=0.017008;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124363;OID=.;OPOS=24186163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr19 24310032 . A T 483.1 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0164;QD=58.558;RBI=0.0888413;REFB=0;REVB=0.085292;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212719;OID=.;OPOS=24310032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr19 29698495 . G A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0140452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.017;QD=21.1726;RBI=0.0200492;REFB=-0.0438424;REVB=0.0143074;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177776;STB=0.59985;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0194174;OID=.;OPOS=29698495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:8:4:1:7:8:4:1:7 chr19 29724086 . A C 783.56 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=60;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226708;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5463;QD=54.0384;RBI=0.0288245;REFB=-0.0428043;REVB=0.0178014;RO=2;SAF=30;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303913;STB=0.507934;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00874118;OID=.;OPOS=29724086;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:60:58:2:1:55:57:0.982759:25:30:2:0:26:31:1:0 chr19 29724111 . T G 930.93 PASS AF=0.956522;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.10338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2414;QD=53.9672;RBI=0.111679;REFB=-0.161599;REVB=-0.0422463;RO=3;SAF=29;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185311;STB=0.509281;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00772939;OID=.;OPOS=29724111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:69:3:3:65:66:0.956522:36:29:2:1:36:30:2:1 chr19 30097268 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.303;QD=37.4885;RBI=0.0689763;REFB=0;REVB=-0.067685;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000513194;OID=.;OPOS=30097268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr19 30101339 . G A 327.7 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00058717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5377;QD=22.9967;RBI=0.0484442;REFB=-0.0463219;REVB=0.0484406;RO=24;SAF=11;SAR=22;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352915;STB=0.519469;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0285611;OID=.;OPOS=30101339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:22:11:9:15:22:11:9:15 chr19 30102856 . A G 959.0 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03888;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.187;QD=59.0155;RBI=0.0502629;REFB=0;REVB=0.0318545;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300993;OID=.;OPOS=30102856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr19 30156601 . G C 43.56 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0281904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7731;QD=6.0085;RBI=0.0382424;REFB=-0.0135139;REVB=0.0258415;RO=21;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248482;STB=0.655731;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0587444;OID=.;OPOS=30156601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:21:22:7:7:0.241379:1:6:15:6:1:6:16:6 chr19 30165639 . C T 137.3 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00760396;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.602;QD=11.4418;RBI=0.00940749;REFB=-0.0129097;REVB=0.00553901;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105384;STB=0.562422;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0284811;OID=.;OPOS=30165639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:9:7:17:15:9:7:17:15 chr19 30193721 . G A 674.25 PASS AF=0.453416;AO=73;DP=161;FAO=73;FDP=161;FR=.;FRO=88;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.00171661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.374;QD=16.7517;RBI=0.0163113;REFB=-0.0254879;REVB=-0.0162207;RO=88;SAF=41;SAR=32;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498546;STB=0.527708;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0266267;OID=.;OPOS=30193721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:88:88:73:73:0.453416:32:41:45:43:32:41:45:43 chr19 30314666 . C T 191.5 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0212882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.64;QD=15.6326;RBI=0.0236375;REFB=-0.0158511;REVB=-0.0102736;RO=28;SAF=18;SAR=2;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539066;STB=0.813177;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0663102;OID=.;OPOS=30314666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:2:18:14:14:2:18:15:14 chr19 30500118 . GTGA G 898.95 PASS AF=1;AO=57;DP=66;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672738;FXX=0.0757461;HRUN=1;LEN=3;MLLD=140.82;QD=58.9474;RBI=0.0655978;REFB=0;REVB=0.0652519;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000245091;OID=.;OPOS=30500119;OREF=TGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:66:61:61:0:26:35:0:0:5:0:24:33:0:0 chr19 30935778 . G A 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0213091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0984;QD=18.0554;RBI=0.029878;REFB=-0.00171155;REVB=0.0209433;RO=35;SAF=11;SAR=22;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148607;STB=0.583281;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00197891;OID=.;OPOS=30935778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:22:11:17:18:22:11:17:18 chr19 31038995 . T C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.019245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.205;QD=20.1594;RBI=0.0292387;REFB=-0.0208192;REVB=-0.022012;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152971;STB=0.566585;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0196525;OID=.;OPOS=31038995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:8:8:9:4:8:8:9:5 chr19 31039663 . G A 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0258323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.544;QD=21.7449;RBI=0.0287526;REFB=-0.0284624;REVB=0.0126255;RO=11;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085345;STB=0.547884;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0122544;OID=.;OPOS=31039663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:4:11:9:2:4:11:9:2 chr19 31769763 . G A 676.06 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.055;QD=58.7879;RBI=0.1988;REFB=-0.140557;REVB=0.19878;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0045426;OID=.;OPOS=31769763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:46:0:0:42:46:1:16:26:0:0:19:27:0:0 chr19 32083696 . T C 1804.12 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.615;QD=61.1566;RBI=0.0105126;REFB=0;REVB=0.00603207;RO=0;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95733e-05;OID=.;OPOS=32083696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:63:54:0:0:64:54:0:0 chr19 32873698 . A G 636.67 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654918;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.697;QD=62.114;RBI=0.0249046;REFB=0;REVB=0.0240281;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12882e-05;OID=.;OPOS=32873698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr19 32930069 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9488;QD=58.5869;RBI=0.00389285;REFB=0;REVB=0.000783296;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43249e-05;OID=.;OPOS=32930069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr19 33088126 . TAG T 248.1 PASS AF=0.589744;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00757263;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=2;MLLD=138.246;QD=25.4459;RBI=0.0145837;REFB=-0.0212554;REVB=0.0124636;RO=16;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484217;STB=0.512184;STBP=0.878;TYPE=del;VARB=0.0156528;OID=.;OPOS=33088127;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.589744:22:40:23:39:16:8:15:6:10:99:16:7:15:6:10 chr19 33096786 . G A 169.92 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0319123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.836;QD=16.9915;RBI=0.0485172;REFB=-0.00292645;REVB=0.0365448;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163499;STB=0.580022;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00328108;OID=.;OPOS=33096786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:10:8:13:8:10:8:13:9 chr19 33099277 . T C 193.99 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00341457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.531;QD=16.8686;RBI=0.00512006;REFB=0.000109913;REVB=-0.0038152;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139818;STB=0.579364;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.000208335;OID=.;OPOS=33099277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:8:12:19:7:8:12:19:7 chr19 33099305 . T C 295.85 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0113227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.422;QD=20.4037;RBI=0.0139928;REFB=-0.0104022;REVB=-0.00822173;RO=26;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560016;STB=0.520843;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.010801;OID=.;OPOS=33099305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:26:27:31:31:0.534483:14:17:16:10:14:17:16:11 chr19 33099336 . A G 286.49 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00496796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.041;QD=18.1896;RBI=0.057958;REFB=0.000157629;REVB=-0.0577447;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000966427;STB=0.507687;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.000657358;OID=.;OPOS=33099336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:32:31:31:0.492063:15:16:15:14:15:16:17:15 chr19 33110204 . T C 88.98 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0229764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3617;QD=7.11805;RBI=0.0419492;REFB=-0.00585051;REVB=0.0350973;RO=38;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101433;STB=0.563652;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0276769;OID=.;OPOS=33110204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:7:5:19:19:7:5:19:19 chr19 33117666 . T C 314.31 PASS AF=0.540984;AO=29;DP=57;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0161837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.368;QD=20.6105;RBI=0.0295259;REFB=-0.0310324;REVB=0.0246955;RO=28;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465551;STB=0.509447;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0242865;OID=.;OPOS=33117666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:28:28:29:33:0.540984:14:15:13:15:17:16:13:15 chr19 33167837 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0762738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.52;QD=11.0921;RBI=0.141777;REFB=-0.0668892;REVB=0.119511;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369772;STB=0.723349;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0788938;OID=.;OPOS=33167837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:5:1:3:2:5:1 chr19 33168412 . C T 228.36 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0126436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.648;QD=21.7481;RBI=0.0148532;REFB=-0.0353938;REVB=-0.00779467;RO=20;SAF=6;SAR=16;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246388;STB=0.5138;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0362326;OID=.;OPOS=33168412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:16:6:5:15:16:6:5:15 chr19 33211008 . C T 178.63 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0780384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5853;QD=31.0666;RBI=0.0844975;REFB=-0.0672202;REVB=0.0324012;RO=6;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153494;STB=0.585004;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0355377;OID=.;OPOS=33211008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:11:6:4:2:11:6:4:2 chr19 33239450 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.617;QD=59.0187;RBI=0.0231006;REFB=0;REVB=0.0110474;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49668e-05;OID=.;OPOS=33239450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr19 33281924 . A G 1526.31 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4742;QD=58.7041;RBI=0.0559263;REFB=-0.0741804;REVB=0.0130407;RO=1;SAF=55;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854831;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018478;OID=.;OPOS=33281924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:102:104:1:0:101:104:1:46:55:1:0:46:58:0:0 chr19 33333155 . G A 306.07 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00521923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.811;QD=20.4043;RBI=0.00665131;REFB=-0.0102587;REVB=0.00412306;RO=28;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112583;STB=0.562461;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00997079;OID=.;OPOS=33333155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:14:18:12:16:14:18:12:16 chr19 33353041 . G A 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00475426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.584;QD=21.5108;RBI=0.0102811;REFB=-0.00803887;REVB=-0.00911585;RO=15;SAF=13;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416371;STB=0.733963;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00960984;OID=.;OPOS=33353041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:5:13:3:12:5:13:3:12 chr19 33353061 . G T 178.5 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0326255;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.345;QD=21.0002;RBI=0.0371148;REFB=-0.0927772;REVB=-0.0176941;RO=14;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571051;STB=0.797149;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0230127;OID=.;OPOS=33353061;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:14:16:18:18:0.529412:4:14:0:14:4:14:2:14 chr19 33353464 . G A 518.28 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0272884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1302;QD=22.7813;RBI=0.0273013;REFB=-0.0326588;REVB=-0.000841459;RO=42;SAF=29;SAR=20;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195719;STB=0.607625;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0297286;OID=.;OPOS=33353464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:20:29:15:27:20:29:15:27 chr19 33353854 . T C 105.32 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00324167;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.094;QD=11.0866;RBI=0.018566;REFB=-0.000936456;REVB=-0.0182808;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718642;STB=0.564215;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00162163;OID=.;OPOS=33353854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:12:13:0.342105:7:5:12:13:8:5:12:13 chr19 33355051 . GCCCA GCCCG,TGCCA 130.33 PASS AF=0.384615,0;AO=11,2;DP=39;FAO=15,0;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=7,0;FSAR=8,0;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00339884,-0.00656634;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=109.166,111.309;QD=13.3674;RBI=0.0300263,0.215086;REFB=-0.0294422,-0.0134422;REVB=0.0298333,-0.214986;RO=13;SAF=7,0;SAR=4,2;SRF=12;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.326124,-0.778926;STB=0.520521,0.5;STBP=0.803,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0330598,0;OID=.,.;OPOS=33355055,33355051;OREF=A,GC;OALT=G,TG;OMAPALT=GCCCG,TGCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:24:11,2:15,0:0.384615,0:4,2:7,0:12:1:8,0:7,0:12:12 chr19 33355081 . G A 125.24 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00486724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.365;QD=10.4366;RBI=0.00979081;REFB=-0.0270681;REVB=0.00849529;RO=33;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846084;STB=0.550496;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0522385;OID=.;OPOS=33355081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:8:7:13:20:8:7:13:20 chr19 33355111 . C T 138.36 PASS AF=0.340426;AO=15;DP=46;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0029523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.706;QD=11.775;RBI=0.0205334;REFB=-0.00955619;REVB=-0.02032;RO=31;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104373;STB=0.577159;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0224867;OID=.;OPOS=33355111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:31:31:15:16:0.340426:10:5:13:18:11:5:13:18 chr19 33370070 . A G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0198578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.254;QD=18.2505;RBI=0.0266936;REFB=-0.0160975;REVB=0.0178386;RO=15;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227272;STB=0.631385;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0129967;OID=.;OPOS=33370070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:3:12:9:6:3:12:9:6 chr19 33370084 . T A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00325696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.281;QD=21.2676;RBI=0.00396607;REFB=-0.0158581;REVB=0.00226316;RO=13;SAF=14;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291666;STB=0.656042;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0153272;OID=.;OPOS=33370084;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:3:14:7:6:3:14:8:6 chr19 33370161 . A C 160.84 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0241007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0457;QD=15.318;RBI=0.0723387;REFB=-0.0402265;REVB=-0.0682059;RO=24;SAF=13;SAR=4;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473741;STB=0.777469;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0599766;OID=.;OPOS=33370161;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:24:17:18:0.428571:4:13:7:17:4:14:7:17 chr19 33390796 . G A 1422.17 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3134;QD=62.5128;RBI=0.0302716;REFB=0;REVB=-0.00258248;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7467e-05;OID=.;OPOS=33390796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:91:0:0:90:91:1:45:45:0:0:46:45:0:0 chr19 33414420 . A G 285.21 PASS AF=0.484375;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0282649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.833;QD=17.8257;RBI=0.0288953;REFB=-0.00280105;REVB=0.00600279;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307651;STB=0.516119;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00370963;OID=.;OPOS=33414420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:32:33:30:31:0.484375:14:16:16:16:15:16:16:17 chr19 33430746 . A T 229.69 PASS AF=0.22449;AO=43;DP=182;FAO=44;FDP=196;FR=.;FRO=152;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=76;FSRR=76;FWDB=-0.0439841;FXX=0.0101005;HRUN=8;LEN=1;MLLD=28.6169;QD=4.68763;RBI=0.0440004;REFB=-0.0349953;REVB=-0.00119683;RO=138;SAF=11;SAR=32;SRF=67;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307536;STB=0.726532;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.110525;OID=.;OPOS=33430746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:196:138:152:43:44:0.22449:32:11:67:71:34:10:76:76 chr19 33444556 . T C 253.28 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=45;FWDB=-0.00433925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4634;QD=10.6646;RBI=0.0521893;REFB=-0.000682641;REVB=-0.0520086;RO=64;SAF=28;SAR=3;SRF=19;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.695936;STB=0.904791;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00109362;OID=.;OPOS=33444556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:64:31:31:0.326316:3:28:19:45:3:28:19:45 chr19 33444576 . C T 213.54 PASS AF=0.28;AO=28;DP=100;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=2.66469e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.796;QD=8.54144;RBI=0.000215368;REFB=-0.00812386;REVB=-0.000213713;RO=70;SAF=25;SAR=3;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.67758;STB=0.9;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0152135;OID=.;OPOS=33444576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:70:72:28:28:0.28:3:25:22:48:3:25:23:49 chr19 33444588 . T G 187.63 PASS AF=0.261682;AO=26;DP=106;FAO=28;FDP=107;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=54;FWDB=0.00757405;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.247;QD=7.01435;RBI=0.00767237;REFB=0.000912579;REVB=0.00122434;RO=67;SAF=24;SAR=2;SRF=19;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.733409;STB=0.934234;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00517087;OID=.;OPOS=33444588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:67:79:26:28:0.261682:2:24:19:48:2:26:25:54 chr19 33465097 . A G 384.91 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00831789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.707;QD=20.5286;RBI=0.0105241;REFB=-0.0204781;REVB=-0.00644736;RO=36;SAF=19;SAR=20;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591918;STB=0.53277;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.020012;OID=.;OPOS=33465097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:20:19:20:16:20:19:20:16 chr19 33467515 . T C 253.59 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.00075669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.322;QD=17.4892;RBI=0.00263929;REFB=-0.0145951;REVB=-0.0025285;RO=29;SAF=18;SAR=10;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353883;STB=0.703654;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0305716;OID=.;OPOS=33467515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:10:18:7:22:10:18:7:23 chr19 33470806 . G C 335.83 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0131833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.741;QD=22.3888;RBI=0.0289297;REFB=-0.0231048;REVB=0.0257513;RO=26;SAF=21;SAR=13;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063197;STB=0.53479;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0202899;OID=.;OPOS=33470806;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:13:21:18:8:13:21:18:8 chr19 33470874 . A G 565.65 PASS AF=0.571429;AO=51;DP=90;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=7;FWDB=0.00358476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.817;QD=24.8637;RBI=0.00868132;REFB=-0.00885348;REVB=-0.00790663;RO=37;SAF=35;SAR=16;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117007;STB=0.575516;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00694359;OID=.;OPOS=33470874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:37:39:51:52:0.571429:16:35:30:7:17:35:32:7 chr19 33487071 . G C 78.69 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.000859364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.634;QD=12.1064;RBI=0.0171532;REFB=-0.0422386;REVB=0.0171316;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531857;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0386232;OID=.;OPOS=33487071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:26:15:15:10:11:0.423077:6:4:6:9:6:5:6:9 chr19 33490566 . T C 187.8 PASS AF=0.262136;AO=28;DP=103;FAO=27;FDP=103;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.00800773;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.076;QD=7.29322;RBI=0.0302901;REFB=-0.00775542;REVB=-0.0292124;RO=72;SAF=8;SAR=20;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208178;STB=0.662855;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0189541;OID=.;OPOS=33490566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:72:76:28:27:0.262136:20:8:32:40:20:7:35:41 chr19 33490585 . G A 40.87 PASS AF=0.1;AO=10;DP=100;FAO=10;FDP=100;FR=.;FRO=90;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=0.00115458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.178;QD=1.63464;RBI=0.0230702;REFB=0.000835466;REVB=0.0230413;RO=90;SAF=6;SAR=4;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257353;STB=0.691953;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0106132;OID=.;OPOS=33490585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:100:100:90:90:10:10:0.1:4:6:34:56:4:6:34:56 chr19 33498978 . A G 1305.77 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121325;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2508;QD=62.1798;RBI=0.0191087;REFB=0;REVB=-0.0147629;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150071;OID=.;OPOS=33498978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr19 33499071 . G A 233.49 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0102929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.01;QD=16.9807;RBI=0.0231658;REFB=-0.001529;REVB=0.0207536;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842919;STB=0.54745;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00144151;OID=.;OPOS=33499071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:14:12:16:13:14:12:16:13 chr19 33572089 . G C 62.56 PASS AF=0.302326;AO=10;DP=40;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0245839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6068;QD=5.81991;RBI=0.172073;REFB=-0.041186;REVB=0.170307;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695676;STB=0.538404;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.200015;OID=.;OPOS=33572089;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:40:43:29:30:10:13:0.302326:6:4:10:19:8:5:10:20 chr19 33579128 . T C 223.11 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0199398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3791;QD=17.162;RBI=0.0691492;REFB=-0.0223438;REVB=0.0662118;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159552;STB=0.597484;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0317725;OID=.;OPOS=33579128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:27:24:25:0.480769:13:11:17:10:14:11:17:10 chr19 33586739 . G C 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0505498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8543;QD=8.37039;RBI=0.0694299;REFB=-0.0118517;REVB=-0.0475944;RO=28;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073258;STB=0.544943;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0236687;OID=.;OPOS=33586739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:6:5:11:17:6:5:11:17 chr19 33600764 . T C 207.07 PASS AF=0.4375;AO=19;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00603534;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.462;QD=17.2557;RBI=0.0114614;REFB=-0.0326546;REVB=0.00974368;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130074;STB=0.559944;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0415145;OID=.;OPOS=33600764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:27:19:21:0.4375:9:10:17:9:10:11:17:10 chr19 33602757 . C T 330.89 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0621096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.933;QD=15.9463;RBI=0.0622117;REFB=-0.0165802;REVB=-0.00356346;RO=47;SAF=16;SAR=20;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109127;STB=0.561463;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0178699;OID=.;OPOS=33602757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:20:16:26:21:20:16:26:21 chr19 33605300 . A G 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0700107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.183;QD=11.1312;RBI=0.0705283;REFB=-0.00959008;REVB=0.00852933;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313073;STB=0.685368;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0124317;OID=.;OPOS=33605300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:12:5:6:4:12:5 chr19 33605312 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000589981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.338;QD=53.2771;RBI=0.0368113;REFB=0;REVB=-0.0368065;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245552;OID=.;OPOS=33605312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr19 33608733 . C A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000352294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.145;QD=60.2302;RBI=0.0280141;REFB=0;REVB=0.0280119;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78348e-05;OID=.;OPOS=33608733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr19 33635761 . C T 801.07 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.944;QD=57.219;RBI=0.0376841;REFB=0;REVB=0.0352294;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178923;OID=.;OPOS=33635761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:29:27:0:0 chr19 33638539 . T A 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.643;QD=63.5791;RBI=0.0199309;REFB=0;REVB=0.0177482;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141302;OID=.;OPOS=33638539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr19 33668046 . G A 180.61 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0255378;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.432;QD=21.2486;RBI=0.0283606;REFB=-0.00158553;REVB=0.0123347;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719337;STB=0.526286;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.000257696;OID=.;OPOS=33668046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:34:15:16:18:18:0.529412:10:8:8:7:10:8:8:8 chr19 33696708 . T C 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0265462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.439;QD=10.885;RBI=0.0367055;REFB=-0.00645824;REVB=-0.0253494;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160115;STB=0.59612;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00355569;OID=.;OPOS=33696708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:6:9:4:5:6:9 chr19 33697380 . C T 137.9 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.000767532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.624;QD=11.4912;RBI=0.0442006;REFB=-0.00177515;REVB=-0.044194;RO=32;SAF=12;SAR=4;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203358;STB=0.621788;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00369078;OID=.;OPOS=33697380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:4:12:19:13:4:12:19:13 chr19 33698291 . T C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0645884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.831;QD=9.10986;RBI=0.0648988;REFB=-0.00892774;REVB=-0.00634042;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0232793;OID=.;OPOS=33698291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:6:10:5:3:6:10 chr19 33698448 . G A 301.71 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00483232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7578;QD=19.465;RBI=0.0361151;REFB=-0.0170181;REVB=0.0357904;RO=29;SAF=12;SAR=19;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104809;STB=0.53945;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0181761;OID=.;OPOS=33698448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:29:30:31:32:0.516129:19:12:8:21:20:12:9:21 chr19 33702245 . A G 170.46 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0228886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2163;QD=25.2528;RBI=0.0985314;REFB=-0.0450833;REVB=-0.0958361;RO=10;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389577;STB=0.521714;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.022476;OID=.;OPOS=33702245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:11:6:3:7:11:6:3:7 chr19 33791942 . G A 321.26 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0367928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.157;QD=18.8977;RBI=0.039233;REFB=-0.0201282;REVB=-0.0136205;RO=33;SAF=17;SAR=17;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939545;STB=0.558789;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0255413;OID=.;OPOS=33791942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:34:34:0.5:17:17:13:20:17:17:13:21 chr19 33873414 . CA C 346.2 PASS AF=0.518519;AO=52;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.151198;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.3699;QD=12.8221;RBI=0.200147;REFB=0.0713751;REVB=-0.131142;RO=48;SAF=26;SAR=26;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544143;STB=0.500662;STBP=0.99;TYPE=del;VARB=-0.0689421;OID=.;OPOS=33873415;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518519:52:108:56:108:52:29:27:27:25:99:48:26:26:27:21 chr19 33882222 . G A 471.27 PASS AF=0.40458;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=-0.0119412;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0219;QD=14.3899;RBI=0.0194928;REFB=-0.0169034;REVB=-0.015407;RO=74;SAF=34;SAR=19;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296738;STB=0.658818;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0231731;OID=.;OPOS=33882222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:74:78:53:53:0.40458:19:34:26:48:19:34:29:49 chr19 34264354 . G A 295.36 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.01581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.05;QD=20.3693;RBI=0.0174245;REFB=-0.0126788;REVB=-0.007325;RO=26;SAF=20;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276244;STB=0.645068;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00685284;OID=.;OPOS=34264354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:26:27:31:31:0.534483:11:20:8:18:11:20:9:18 chr19 34304260 . A AT 169.35 PASS AF=0.529412;AO=31;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0488329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.4237;QD=9.96209;RBI=0.0556601;REFB=-0.0601406;REVB=0.0267094;RO=37;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054744;STB=0.542391;STBP=0.48;TYPE=ins;VARB=0.0763696;OID=.;OPOS=34304261;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:31:68:36:68:32:17:19:18:14:99:37:15:16:20:17 chr19 34583700 . C T 267.06 PASS AF=0.528302;AO=26;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0278431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.545;QD=20.1555;RBI=0.0420586;REFB=-0.0252466;REVB=0.0315229;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193566;STB=0.603703;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0194164;OID=.;OPOS=34583700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:25:25:26:28:0.528302:13:13:7:18:14:14:7:18 chr19 34583716 . T G 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0172729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9107;QD=18.0866;RBI=0.0229191;REFB=0.00710596;REVB=-0.0150642;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217791;STB=0.621687;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0073748;OID=.;OPOS=34583716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:8:19:12:14:8:19 chr19 34842488 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.37;QD=58.4192;RBI=0.0204984;REFB=0;REVB=-0.0154237;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1379e-06;OID=.;OPOS=34842488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr19 34843761 . C A 33.49 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0226894;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.795;QD=19.1377;RBI=0.0248198;REFB=0.0139409;REVB=0.0100605;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.59965;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.000502035;OID=.;OPOS=34843761;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:1:2:5:5:0.714286:4:1:0:1:4:1:0:2 chr19 34872382 . G A 334.83 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000534709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6537;QD=53.573;RBI=0.0238109;REFB=0;REVB=0.0238049;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115728;OID=.;OPOS=34872382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:13:10:0:0:14:11:0:0 chr19 35420841 . A G 550.3 PASS AF=0.518519;AO=55;DP=111;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00493703;FXX=0.0357111;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2615;QD=20.3813;RBI=0.00540504;REFB=-0.0139321;REVB=-0.00220005;RO=51;SAF=26;SAR=29;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835663;STB=0.55407;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00895439;OID=.;OPOS=35420841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:108:51:52:55:56:0.518519:29:26:29:22:30:26:30:22 chr19 35422808 . C T 263.48 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0203703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0852;QD=19.5169;RBI=0.0209803;REFB=0.0213457;REVB=-0.00502237;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108648;STB=0.560398;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0186485;OID=.;OPOS=35422808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:12:16:18:8:12:16:18:8 chr19 35434238 . A G 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0186305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.706;QD=18.49;RBI=0.0186476;REFB=-0.0111566;REVB=-0.000796573;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137578;STB=0.507805;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0131675;OID=.;OPOS=35434238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:13:9:11:15:13:9:11:15 chr19 35434512 . T C 296.36 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.000910011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.702;QD=20.7969;RBI=0.0114078;REFB=-0.0180243;REVB=-0.0113714;RO=26;SAF=19;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218576;STB=0.621117;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0268242;OID=.;OPOS=35434512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:12:19:9:17:12:19:9:17 chr19 35435006 . G A 138.46 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00359422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.811;QD=19.7797;RBI=0.0225187;REFB=-0.0103717;REVB=0.02223;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295747;STB=0.672689;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0105637;OID=.;OPOS=35435006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:13:14:15:0.535714:7:7:11:2:8:7:11:2 chr19 35449409 . G A 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00535126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.346;QD=21.9447;RBI=0.00632695;REFB=-0.0345212;REVB=0.00337556;RO=12;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361316;STB=0.706233;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0103056;OID=.;OPOS=35449409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:13:3:7:5:13:3:7:5 chr19 35449760 . G C 270.59 PASS AF=0.46875;AO=31;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0192972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8737;QD=16.9121;RBI=0.0193016;REFB=0.00672499;REVB=-0.000414693;RO=33;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643113;STB=0.522565;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00787678;OID=.;OPOS=35449760;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:31:30:0.46875:19:12:15:18:18:12:15:19 chr19 35450229 . C T 218.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0102065;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.616;QD=17.1469;RBI=0.017582;REFB=-0.00527085;REVB=-0.0143162;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148724;STB=0.568571;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00827438;OID=.;OPOS=35450229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:24:27:24:24:0.470588:12:12:16:8:12:12:17:10 chr19 35577870 . G A 330.41 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=76;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0140497;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1905;QD=17.8599;RBI=0.0157014;REFB=-0.00803838;REVB=0.00700999;RO=38;SAF=13;SAR=21;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381887;STB=0.535694;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00603158;OID=.;OPOS=35577870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:38:39:34:35:0.472973:21:13:16:22:22:13:17:22 chr19 35590180 . T A 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.569;QD=57.1766;RBI=0.0446817;REFB=0;REVB=0.0314767;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123689;OID=.;OPOS=35590180;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr19 35597352 . T C 214.33 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.784;QD=47.6287;RBI=0.0758691;REFB=0;REVB=0.0751907;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532395;OID=.;OPOS=35597352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:12:5:0:0:13:5:0:0 chr19 35610245 . A G 775.77 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.458;QD=62.0619;RBI=0.0265113;REFB=0;REVB=0.0260871;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130814;OID=.;OPOS=35610245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:50:0:0:49:50:1:15:34:0:0:16:34:0:0 chr19 35612167 . C CA 93.25 PASS AF=1;AO=2;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=166.212;QD=37.2986;RBI=0.0324083;REFB=0;REVB=0.0324083;RO=8;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000591081;OID=.;OPOS=35612168;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:10:10:10:0:0:10:0:0:4:8:0:2:0:8 chr19 35612168 . T A,C 113.47 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=9,2;DP=11;FAO=9,2;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216406,-0.0241546;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=195.803,52.0997;QD=41.2626;RBI=0.0325323,0.0642066;REFB=0,0;REVB=0.0242906,-0.0594898;RO=0;SAF=1,0;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000198619,0.0620682;OID=.,.;OPOS=35612168,35612168;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:11:11:0:0:9,2:9,2:0.818182,0.181818:8,2:1,0:0:0:8,2:1,0:0:0 chr19 35614336 . T C 485.59 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00648428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0712;QD=49.8044;RBI=0.0076492;REFB=-0.0112242;REVB=0.00405763;RO=4;SAF=23;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198348;STB=0.510632;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.020821;OID=.;OPOS=35614336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:4:4:35:35:0.897436:12:23:3:1:12:23:3:1 chr19 35614533 . TA T,TT 424.84 PASS AF=0.258065,0.741935;AO=11,19;DP=31;FAO=8,23;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=3,13;FSAR=5,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040734,-0.0506012;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.5984,27.7688;QD=54.8178;RBI=0.0706703,0.0595813;REFB=0,0;REVB=-0.0577497,-0.0314555;RO=0;SAF=3,12;SAR=8,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00843102,0.0500225;OID=.,.;OPOS=35614534,35614534;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.258065,0.741935:11,19:31:8,23:31:0:3,13:5,10:0:0:22:0:3,12:8,7:0:0 chr19 35616315 . GC AT 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240314;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=251.399;QD=50.4135;RBI=0.0119083;REFB=0;REVB=0.0116633;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.16179e-05;OID=.;OPOS=35616315;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr19 35616663 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.146;QD=56.7049;RBI=0.0537626;REFB=0;REVB=-0.0035553;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193775;OID=.;OPOS=35616663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr19 35616692 . C T 428.85 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0884623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9876;QD=57.18;RBI=0.0894308;REFB=0;REVB=-0.013126;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078335;OID=.;OPOS=35616692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr19 35617122 . A G 592.62 PASS AF=0.886792;AO=47;DP=53;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0236274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4638;QD=44.7258;RBI=0.0342414;REFB=-0.03438;REVB=-0.0247833;RO=6;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852778;STB=0.545436;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0221622;OID=.;OPOS=35617122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:6:6:47:47:0.886792:30:17:0:6:30:17:0:6 chr19 35617270 . T C 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4307;QD=51.181;RBI=0.0337365;REFB=0;REVB=0.0217064;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.26208e-05;OID=.;OPOS=35617270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr19 35622695 . A G 408.97 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2038;QD=54.5287;RBI=0.072877;REFB=0;REVB=0.0134084;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00382202;OID=.;OPOS=35622695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:30:1:0:29:30:1:13:16:1:0:13:17:0:0 chr19 35648365 . T G 546.98 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0259331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.632;QD=23.5261;RBI=0.0266636;REFB=-0.0493464;REVB=-0.00619834;RO=42;SAF=30;SAR=21;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932787;STB=0.551262;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0298933;OID=.;OPOS=35648365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:42:51:51:0.548387:21:30:20:22:21:30:20:22 chr19 35649281 . A G 226.94 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00144125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7149;QD=21.111;RBI=0.0121773;REFB=-0.0202585;REVB=0.0120917;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161549;STB=0.509083;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00955283;OID=.;OPOS=35649281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:14:8:8:13:14:8:8:13 chr19 35649324 . C G 483.27 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.251;QD=58.5778;RBI=0.0364081;REFB=0;REVB=-0.00310023;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8835e-05;OID=.;OPOS=35649324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:19:14:0:0 chr19 35655151 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00278058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.32;QD=54.5174;RBI=0.0237328;REFB=0;REVB=0.0235694;RO=0;SAF=3;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109023;OID=.;OPOS=35655151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:22:3:0:0:22:3:0:0 chr19 35660508 . G A 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7174;QD=53.9061;RBI=0.0497908;REFB=0;REVB=0.00426728;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147668;OID=.;OPOS=35660508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr19 35719020 . C T 868.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.827;QD=57.8801;RBI=0.0345955;REFB=0;REVB=-0.00485963;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157926;OID=.;OPOS=35719020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr19 35719106 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.052;QD=57.6804;RBI=0.0314867;REFB=0;REVB=0.0123788;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.60756e-05;OID=.;OPOS=35719106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr19 35757427 . G A 885.28 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.087;QD=58.0514;RBI=0.0574682;REFB=0;REVB=0.0466541;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215926;OID=.;OPOS=35757427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:40:20:0:0:40:21:0:0 chr19 35758275 . G GGGA 1167.03 PASS AF=0.941176;AO=77;DP=88;FAO=80;FDP=85;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0217452;FXX=0.034087;HRUN=3;LEN=3;MLLD=194.547;QD=54.9189;RBI=0.0239375;REFB=-0.0875392;REVB=-0.0100076;RO=9;SAF=46;SAR=31;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037281;STB=0.525246;STBP=0.088;TYPE=ins;VARB=0.0040436;OID=.;OPOS=35758276;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.941176:77:88:80:85:5:47:33:5:0:16:9:46:31:7:2 chr19 35786868 . C T 444.15 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.0322041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.771;QD=20.4206;RBI=0.0350076;REFB=-0.0133016;REVB=-0.0137269;RO=43;SAF=20;SAR=24;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161106;STB=0.588827;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.01722;OID=.;OPOS=35786868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:24:20:12:31:24:20:12:31 chr19 35790503 . G A 233.18 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0487296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5506;QD=16.9583;RBI=0.0869742;REFB=-0.00261869;REVB=0.0720413;RO=29;SAF=21;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360824;STB=0.705706;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00605506;OID=.;OPOS=35790503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:5:21:14:15:5:21:14:15 chr19 35820708 . C A 99.99 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0892925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.498;QD=18.18;RBI=0.0929029;REFB=-0.0525278;REVB=0.0256476;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578471;STB=0.517213;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0323661;OID=.;OPOS=35820708;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:22:10:10:11:12:0.545455:4:7:7:3:4:8:7:3 chr19 35843086 . G A 594.44 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00392862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9058;QD=60.9686;RBI=0.11354;REFB=0;REVB=0.113472;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119108;OID=.;OPOS=35843086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr19 35849883 . C G 563.26 PASS AF=0.446154;AO=57;DP=130;FAO=58;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0827107;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=160.344;QD=17.331;RBI=0.0829474;REFB=-0.0179938;REVB=-0.00626147;RO=47;SAF=30;SAR=27;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828824;STB=0.500955;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0176154;OID=.;OPOS=35849883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:47:69:57:58:0.446154:27:30:20:27:27:31:37:32 chr19 35849926 . G A 356.45 PASS AF=0.295181;AO=49;DP=166;FAO=49;FDP=166;FR=.;FRO=117;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=-0.0146315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.657;QD=8.58922;RBI=0.0333917;REFB=-0.0193702;REVB=0.0300154;RO=115;SAF=19;SAR=30;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172019;STB=0.6007;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0584563;OID=.;OPOS=35849926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:115:117:49:49:0.295181:30:19:61:54:30:19:62:55 chr19 35851239 . G A 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0241175;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.048;QD=23.3999;RBI=0.0327091;REFB=-0.0147404;REVB=0.0220959;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290717;STB=0.666261;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000792166;OID=.;OPOS=35851239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:3:5:0:3:3:5:0:3 chr19 35863180 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.395;QD=33.4282;RBI=0.0171967;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581557;OID=.;OPOS=35863180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr19 35863226 . G T 255.59 PASS AF=0.657143;AO=22;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0939291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6267;QD=29.21;RBI=0.152589;REFB=-0.046034;REVB=0.120252;RO=11;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192992;STB=0.62059;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.028987;OID=.;OPOS=35863226;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:35:35:11:12:22:23:0.657143:11:11:2:9:11:12:2:10 chr19 35898796 . T TC 117.78 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0486593;FXX=0.0596926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.4151;QD=7.47782;RBI=0.0995722;REFB=-0.00430188;REVB=-0.0868729;RO=47;SAF=12;SAR=10;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214733;STB=0.591637;STBP=0.304;TYPE=ins;VARB=0.0124078;OID=.;OPOS=35898797;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.349206:22:69:22:63:41:12:10:28:13:99:47:12:10:34:13 chr19 35898899 . A G 115.18 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00790461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2287;QD=10.7145;RBI=0.0681553;REFB=-0.00428763;REVB=-0.0676954;RO=29;SAF=11;SAR=3;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143099;STB=0.586533;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00655583;OID=.;OPOS=35898899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:3:11:20:9:3:11:20:9 chr19 35899969 . GCCT GCT,GCTC 254.92 PASS AF=0.464789,0;AO=25,4;DP=71;FAO=33,0;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=18,0;FSAR=15,0;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0144045,-0.0740422;FXX=0.013887;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=25.5108,27.3111;QD=14.3618;RBI=0.195973,0.287215;REFB=0.017073,0.00697671;REVB=-0.195443,-0.277508;RO=35;SAF=18,0;SAR=7,4;SRF=26;SRR=9;SSEN=0.347542,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0294627,-0.700737;STB=0.575872,0.5;STBP=0.26,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0187409,0;OID=.,.;OPOS=35899970,35899971;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCT,GCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464789,0:25,4:71:33,0:71:38:18,0:15,0:26:12:99:35:18,0:7,4:26:9 chr19 35978299 . C T 301.9 PASS AF=0.553571;AO=32;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.003629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.822;QD=21.5644;RBI=0.00563453;REFB=0.00432933;REVB=0.00431025;RO=24;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243021;STB=0.501729;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0036936;OID=.;OPOS=35978299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:25:32:31:0.553571:15:17:12:12:15:16:13:12 chr19 35979696 . C T 502.1 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.00288028;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0037;QD=15.6908;RBI=0.0184282;REFB=-0.0110265;REVB=-0.0182017;RO=72;SAF=22;SAR=33;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319779;STB=0.522572;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0168509;OID=.;OPOS=35979696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:72:73:55:55:0.429688:33:22:31:41:33:22:32:41 chr19 35991373 . C T 657.19 PASS AF=0.943396;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0245871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.039;QD=49.5996;RBI=0.0263012;REFB=-0.133308;REVB=0.00933967;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53332;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00122423;OID=.;OPOS=35991373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:52:53:0:3:49:50:0.943396:29:20:0:0:29:21:3:0 chr19 35991442 . T G 851.14 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.339;QD=57.7045;RBI=0.0723839;REFB=0;REVB=-0.000796702;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327826;OID=.;OPOS=35991442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr19 35997457 . G T 228.33 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0139501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7866;QD=11.709;RBI=0.0857728;REFB=-0.00584767;REVB=0.0846308;RO=49;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539153;STB=0.536037;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0119112;OID=.;OPOS=35997457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:50:28:28:0.358974:17:11:17:32:17:11:17:33 chr19 35998362 . T G 124.63 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0174368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3821;QD=17.8049;RBI=0.0192691;REFB=-0.0233598;REVB=0.008201;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204512;STB=0.6178;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.029579;OID=.;OPOS=35998362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:4:10:7:7:4:10:7:7 chr19 36002393 . C T 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0308726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.078;QD=37.8913;RBI=0.0338372;REFB=-0.0340059;REVB=0.0138505;RO=1;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128042;STB=0.571302;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00748674;OID=.;OPOS=36002393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:3:9:0:1:3:9:0:1 chr19 36002418 . GCCACCA GCCA,GCCAC 109.46 PASS AF=0.65,0;AO=8,3;DP=21;FAO=13,0;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=12,0;FSAR=1,0;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0746812,0.0290026;FXX=0.0475964;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=105.209,92.8265;QD=21.8915;RBI=0.089662,0.0424879;REFB=0.00693619,-0.053429;REVB=0.0496184,0.0310495;RO=5;SAF=7,3;SAR=1,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.2967,0.658479;STB=0.678898,0.5;STBP=0.15,1;TYPE=del,del;VARB=0.000261838,0;OID=.,.;OPOS=36002419,36002423;OREF=CCA,CA;OALT=-,-;OMAPALT=GCCA,GCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65,0:8,3:21:13,0:20:7:12,0:1,0:5:2:46:5:7,3:1,0:3:2 chr19 36004106 . A G 428.6 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2309;QD=57.146;RBI=0.0659512;REFB=0;REVB=-0.0609259;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000573354;OID=.;OPOS=36004106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr19 36017928 . G C 519.94 PASS AF=1;AO=24;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.177596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.784;QD=59.4213;RBI=0.178483;REFB=0;REVB=0.0177717;RO=0;SAF=2;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228866;OID=.;OPOS=36017928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:24:35:1:22:2:0:0:27:8:0:0 chr19 36018130 . G A 33.64 PASS AF=0.714286;AO=3;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0261344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.975;QD=19.223;RBI=0.0708738;REFB=-0.00637081;REVB=0.0658794;RO=2;SAF=1;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39997;STB=0.748924;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0022419;OID=.;OPOS=36018130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:3:5:0.714286:2:1:2:0:4:1:2:0 chr19 36048741 . G T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0089714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.51;QD=19.1341;RBI=0.0400645;REFB=0.0262106;REVB=0.0390471;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171367;STB=0.59965;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0164578;OID=.;OPOS=36048741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:0:2:4:1:0:2 chr19 36066570 . A G 2795.5 PASS AF=0.884444;AO=198;DP=224;FAO=199;FDP=225;FR=.;FRO=26;FSAF=46;FSAR=153;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00920579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.889;QD=49.6977;RBI=0.0106755;REFB=0.0146036;REVB=0.00540543;RO=26;SAF=46;SAR=152;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893902;STB=0.547401;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00122226;OID=.;OPOS=36066570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:26:26:198:199:0.884444:152:46:14:12:153:46:14:12 chr19 36066577 . A G 2684.88 PASS AF=0.877273;AO=192;DP=219;FAO=193;FDP=220;FR=.;FRO=27;FSAF=44;FSAR=149;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0147192;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.905;QD=48.8159;RBI=0.0342984;REFB=-0.00757427;REVB=0.0309794;RO=27;SAF=44;SAR=148;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904333;STB=0.547997;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00163548;OID=.;OPOS=36066577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:27:27:192:193:0.877273:148:44:14:13:149:44:14:13 chr19 36066634 . A G 2184.24 PASS AF=0.895954;AO=155;DP=174;FAO=155;FDP=173;FR=.;FRO=18;FSAF=42;FSAR=113;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0432668;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6195;QD=50.5027;RBI=0.045864;REFB=0.00912794;REVB=-0.0152149;RO=18;SAF=42;SAR=113;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555099;STB=0.529343;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0029764;OID=.;OPOS=36066634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:174:173:18:18:155:155:0.895954:113:42:9:9:113:42:9:9 chr19 36066642 . A G 1905.43 PASS AF=0.875;AO=140;DP=160;FAO=140;FDP=160;FR=.;FRO=20;FSAF=42;FSAR=98;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00360817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.831;QD=47.6357;RBI=0.00617812;REFB=0.0107036;REVB=0.005015;RO=20;SAF=42;SAR=98;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682163;STB=0.536122;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00182777;OID=.;OPOS=36066642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:160:160:20:20:140:140:0.875:98:42:11:9:98:42:11:9 chr19 36066645 . A G 1857.99 PASS AF=0.867925;AO=138;DP=159;FAO=138;FDP=159;FR=.;FRO=21;FSAF=42;FSAR=96;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0101163;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.248;QD=46.742;RBI=0.0121722;REFB=-0.0297663;REVB=0.00676927;RO=21;SAF=42;SAR=96;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761232;STB=0.540332;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00559364;OID=.;OPOS=36066645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:159:159:21:21:138:138:0.867925:96:42:12:9:96:42:12:9 chr19 36066661 . A G 1259.49 PASS AF=0.773438;AO=98;DP=128;FAO=99;FDP=128;FR=.;FRO=29;FSAF=33;FSAR=66;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0373614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.051;QD=39.3592;RBI=0.0375917;REFB=0.00237754;REVB=-0.00415413;RO=29;SAF=33;SAR=65;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144578;STB=0.577762;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000427435;OID=.;OPOS=36066661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:29:29:98:99:0.773438:65:33:19:10:66:33:19:10 chr19 36066667 . A G 797.27 PASS AF=0.669811;AO=71;DP=106;FAO=71;FDP=106;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00878723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.432;QD=30.0858;RBI=0.0127687;REFB=-0.0102507;REVB=0.00926412;RO=35;SAF=29;SAR=42;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152656;STB=0.582377;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00348036;OID=.;OPOS=36066667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:35:35:71:71:0.669811:42:29:23:12:42:29:23:12 chr19 36066744 . C T 74.41 PASS AF=0.157303;AO=14;DP=89;FAO=14;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.00547465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.055;QD=3.34438;RBI=0.00854943;REFB=-0.00185741;REVB=-0.00656665;RO=73;SAF=2;SAR=12;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.516859;STB=0.842301;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00649755;OID=.;OPOS=36066744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:89:89:73:75:14:14:0.157303:12:2:40:33:12:2:40:35 chr19 36066750 . GCCCA GCCA,GCCCG 935.57 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=28,8;DP=87;FAO=77,7;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40,0;FSAR=37,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.576223,-0.0168764;FXX=0.0232531;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=13.996,149.401;QD=44.5508;RBI=0.70942,0.0442056;REFB=-0.0235823,-0.0242923;REVB=0.413816,0.0408573;RO=45;SAF=12,0;SAR=16,8;SRF=26;SRR=19;SSEN=0.385892,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.159553,-0.709932;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0540202,-0.0427957;OID=.,.;OPOS=36066751,36066754;OREF=C,A;OALT=-,G;OMAPALT=GCCA,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.916667,0.0833333:28,8:87:77,7:84:0:40,0:37,7:0:0:26:45:12,0:16,8:26:19 chr19 36142187 . C T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0187157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.663;QD=20.8979;RBI=0.0631208;REFB=0.0120155;REVB=0.0602823;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00793802;OID=.;OPOS=36142187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:2:2:4:4:2:2 chr19 36168914 . T C 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.016068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6903;QD=17.643;RBI=0.0274161;REFB=0.0407219;REVB=0.022214;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041038;STB=0.523757;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0288079;OID=.;OPOS=36168914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:5:2:3:6:5:2 chr19 36214632 . A AG,G 649.64 PASS AF=1,0;AO=38,2;DP=47;FAO=44,0;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142042,-0.0405772;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=26.0362,65.0798;QD=59.0584;RBI=0.155435,0.0504506;REFB=0,0;REVB=-0.06312,-0.0299793;RO=6;SAF=26,2;SAR=12,0;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0529475,0.606693;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00254077,0;OID=.,.;OPOS=36214633,36214632;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:44:6:0:38,2:44,0:1,0:12,0:26,2:3:3:14,0:30,0:0:0 chr19 36218478 . C T 210.88 PASS AF=0.76;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0108645;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.331;QD=33.7407;RBI=0.0198416;REFB=-0.032776;REVB=0.0166027;RO=5;SAF=14;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151063;STB=0.568452;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0123179;OID=.;OPOS=36218478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:26:25:5:6:19:19:0.76:5:14:2:3:5:14:3:3 chr19 36224705 . A G 265.34 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00456686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.864;QD=17.9891;RBI=0.0159625;REFB=-0.0366007;REVB=0.0152952;RO=28;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453995;STB=0.528744;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0295855;OID=.;OPOS=36224705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:30:29:29:0.491525:18:11:12:16:18:11:13:17 chr19 36233470 . G A 262.82 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0217517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.477;QD=15.0183;RBI=0.0243374;REFB=-0.00465389;REVB=0.0109166;RO=40;SAF=15;SAR=15;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15184;STB=0.585659;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0055279;OID=.;OPOS=36233470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:15:15:26:14:15:15:26:14 chr19 36236871 . C T 537.27 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0342941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0668;QD=21.4907;RBI=0.0344477;REFB=0.00604258;REVB=0.00324914;RO=49;SAF=19;SAR=32;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143627;STB=0.579445;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00672555;OID=.;OPOS=36236871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:32:19:26:23:32:19:26:23 chr19 36243089 . T C 792.28 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2839;QD=63.3826;RBI=0.0103752;REFB=0;REVB=-0.00301119;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00411913;OID=.;OPOS=36243089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:22:28:0:0 chr19 36243813 . G A 1779.75 PASS AF=0.96;AO=119;DP=125;FAO=120;FDP=125;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00662054;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.641;QD=56.9518;RBI=0.0186971;REFB=-0.0411873;REVB=0.0174857;RO=5;SAF=56;SAR=63;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00992774;STB=0.505352;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.000305298;OID=.;OPOS=36243813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:125:125:5:5:119:120:0.96:63:56:3:2:64:56:3:2 chr19 36255796 . G A 496.26 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0109757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8905;QD=20.8953;RBI=0.0162623;REFB=-0.0143445;REVB=-0.0119998;RO=47;SAF=12;SAR=36;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263281;STB=0.646641;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0167752;OID=.;OPOS=36255796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:36:12:24:23:36:12:24:23 chr19 36258937 . AG A 520.57 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.206013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.5506;QD=46.2726;RBI=0.245368;REFB=0;REVB=-0.133281;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00906396;OID=.;OPOS=36258938;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:44:45:45:0:31:14:0:0:10:0:31:13:0:0 chr19 36273534 . G A 351.15 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0482907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.254;QD=46.8201;RBI=0.055877;REFB=-0.199581;REVB=0.0281114;RO=2;SAF=13;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662949;STB=0.518505;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00543795;OID=.;OPOS=36273534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:2:3:27:27:0.9:14:13:2:0:14:13:2:1 chr19 36275074 . G A 365.04 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00921434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.558;QD=52.1481;RBI=0.039188;REFB=-0.0340347;REVB=0.0380894;RO=1;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040394;STB=0.521723;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00259137;OID=.;OPOS=36275074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:11:16:0:1:11:16:0:1 chr19 36302921 . T C 2713.68 PASS AF=1;AO=170;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359226;FXX=0.016853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.569;QD=62.0269;RBI=0.0442909;REFB=0;REVB=-0.0259086;RO=0;SAF=96;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58468e-06;OID=.;OPOS=36302921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:170:175:1:74:96:0:0:77:98:0:0 chr19 36322270 . C T 834.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.119;QD=57.5397;RBI=0.040757;REFB=0;REVB=0.00932583;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4019e-05;OID=.;OPOS=36322270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr19 36342212 . C T 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0135;QD=62.0162;RBI=0.135256;REFB=0;REVB=0.0047005;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000982365;OID=.;OPOS=36342212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr19 36355595 . A G 816.23 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5055;QD=57.2796;RBI=0.0825013;REFB=0;REVB=-0.0813954;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106672;OID=.;OPOS=36355595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr19 36430465 . A C 131.16 PASS AF=0.5;AO=11;DP=25;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0260252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.764;QD=17.4884;RBI=0.0299368;REFB=-0.0271493;REVB=0.0147952;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192184;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0285566;OID=.;OPOS=36430465;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:30:12:15:11:15:0.5:2:9:8:4:5:10:10:5 chr19 36430798 . A G 350.87 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00861966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.224;QD=20.6396;RBI=0.0962289;REFB=-0.000363017;REVB=-0.0958421;RO=32;SAF=23;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122738;STB=0.568104;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.000152495;OID=.;OPOS=36430798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:13:23:16:16:13:23:16:16 chr19 36435564 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00167889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.933;QD=12.7299;RBI=0.04588;REFB=-0.00866981;REVB=0.0458492;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820699;STB=0.548286;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0125438;OID=.;OPOS=36435564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:2:7:10:2:2:7:10:2 chr19 36486445 . G C 272.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.546;QD=51.9728;RBI=0.0599625;REFB=0;REVB=0.0125602;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026267;OID=.;OPOS=36486445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:10:11:0:0 chr19 36530892 . C T 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00253749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.936;QD=16.4157;RBI=0.0137294;REFB=-0.0203365;REVB=0.0134928;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666664;STB=0.538406;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0198841;OID=.;OPOS=36530892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:8:8:8:6:8:8 chr19 36549690 . C T 162.78 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0122359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2728;QD=10.8519;RBI=0.0130923;REFB=-0.0126589;REVB=-0.00465726;RO=39;SAF=17;SAR=4;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380211;STB=0.72518;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0173041;OID=.;OPOS=36549690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:4:17:20:19:4:17:20:19 chr19 36575645 . G A 86.71 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00753181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.614;QD=11.9596;RBI=0.0133976;REFB=-0.00724875;REVB=-0.0110801;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113573;STB=0.552534;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0232734;OID=.;OPOS=36575645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:29:17:18:11:11:0.37931:7:4:8:9:7:4:8:10 chr19 36590329 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0107274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.284;QD=16.4168;RBI=0.0336613;REFB=-0.0091732;REVB=-0.0319062;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137003;STB=0.579092;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0127915;OID=.;OPOS=36590329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:8:8:5:9:8:8 chr19 36595436 . A C 250.9 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00372401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.909;QD=17.3034;RBI=0.0541044;REFB=-0.0360268;REVB=-0.0539761;RO=29;SAF=18;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118576;STB=0.505344;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0252281;OID=.;OPOS=36595436;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:29:30:27:28:0.482759:9:18:19:10:10:18:19:11 chr19 36602450 . G A 139.37 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00785977;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.799;QD=19.9099;RBI=0.0110853;REFB=-0.0200773;REVB=0.00781712;RO=13;SAF=2;SAR=13;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438827;STB=0.754437;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0244682;OID=.;OPOS=36602450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:13:13:15:15:0.535714:13:2:7:6:13:2:7:6 chr19 36605552 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0560911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.68;QD=17.8272;RBI=0.0563308;REFB=-0.0154637;REVB=-0.0051909;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457974;STB=0.526272;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.024967;OID=.;OPOS=36605552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:4:7:7:5:4:7 chr19 36612685 . C CG,G 32.54 PASS AF=0.363636,0;AO=4,2;DP=21;FAO=8,0;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7,0;FSAR=1,0;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0374557,0.0115583;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=85.9113,146.954;QD=5.91597;RBI=0.0742088,0.0132962;REFB=-8.18703e-05,-0.00547757;REVB=-0.0640626,0.00657239;RO=15;SAF=4,2;SAR=0,0;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.661837,0.528044;STB=0.799127,0.5;STBP=0.065,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00651344,0;OID=.,.;OPOS=36612686,36612685;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:21:22:15:14:4,2:8,0:0.363636,0:0,0:4,2:8:7:1,0:7,0:7:7 chr19 36642884 . T C 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00229961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.146;QD=12.7914;RBI=0.00376684;REFB=-0.00198444;REVB=0.00298344;RO=22;SAF=2;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454075;STB=0.784583;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00226289;OID=.;OPOS=36642884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:23:14:14:0.378378:12:2:11:11:12:2:12:11 chr19 36674305 . A G 114.1 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0107621;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.697;QD=16.9034;RBI=0.0169566;REFB=0.000179764;REVB=0.0131035;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262554;STB=0.661981;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000130377;OID=.;OPOS=36674305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:12:14:13:13:0.481481:3:10:6:6:3:10:7:7 chr19 36885067 . A T 148.63 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.042;QD=42.4645;RBI=0.0639379;REFB=0;REVB=0.045707;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103701;OID=.;OPOS=36885067;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:8:6:0:0 chr19 36940698 . A G 206.94 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0127913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.476;QD=17.2452;RBI=0.0129437;REFB=-0.00672514;REVB=-0.00198032;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136763;STB=0.577569;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00786476;OID=.;OPOS=36940698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:19:8:9:12:19:8 chr19 36940760 . G T 107.43 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0541337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0744;QD=12.6386;RBI=0.0577149;REFB=0.007883;REVB=-0.0200138;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17156;STB=0.58702;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0141825;OID=.;OPOS=36940760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:5:8:9:11:5:8:10:11 chr19 37004938 . T C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00875989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5041;QD=18.4435;RBI=0.0275893;REFB=-0.00798511;REVB=0.0261617;RO=9;SAF=10;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451608;STB=0.768608;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00176556;OID=.;OPOS=37004938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:1:10:5:4:1:10:5:4 chr19 37038416 . T C 281.23 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0915741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3843;QD=21.2248;RBI=0.0957595;REFB=-0.0067297;REVB=0.0280012;RO=25;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111517;STB=0.542344;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00852963;OID=.;OPOS=37038416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:24:28:29:0.54717:16:12:14:11:16:13:13:11 chr19 37039069 . A C 378.08 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0204725;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7345;QD=18.9039;RBI=0.0242423;REFB=-0.024641;REVB=-0.0129832;RO=39;SAF=22;SAR=17;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160558;STB=0.600584;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0227236;OID=.;OPOS=37039069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:39:41:39:39:0.4875:17:22:15:24:17:22:15:26 chr19 37065732 . A C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00267148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.572;QD=15.1604;RBI=0.00267222;REFB=0.00619806;REVB=6.28318e-05;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851303;STB=0.536378;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.00744093;OID=.;OPOS=37065732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:9:7:11:10:9:7:11:11 chr19 37068081 . G C 704.95 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00377432;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.048;QD=61.2999;RBI=0.0284804;REFB=-0.0625637;REVB=0.0282292;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523739;OID=.;OPOS=37068081;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:46:0:0:45:46:1:17:28:0:0:18:28:0:0 chr19 37117301 . GA G,GG 603.12 PASS AF=0.05,0.95;AO=5,35;DP=40;FAO=2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243832,0.030046;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=183.46,199.63;QD=60.3118;RBI=0.0317498,0.0338442;REFB=0,0;REVB=0.0203349,0.0155777;RO=0;SAF=3,15;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0371448,0.00250448;OID=.,.;OPOS=37117302,37117302;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.05,0.95:5,35:40:2,38:40:0:2,16:0,22:0:0:6:0:3,15:2,20:0:0 chr19 37134737 . T C 625.23 PASS AF=0.448052;AO=67;DP=152;FAO=69;FDP=154;FR=.;FRO=85;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.0236538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2615;QD=16.2397;RBI=0.0246369;REFB=-0.0120205;REVB=0.00689038;RO=85;SAF=40;SAR=27;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929578;STB=0.54125;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0122018;OID=.;OPOS=37134737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:85:85:67:69:0.448052:27:40:43:42:29:40:43:42 chr19 37210529 . A G 156.24 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.093673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5907;QD=15.6237;RBI=0.0938222;REFB=-0.000736063;REVB=-0.00528938;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109992;STB=0.56368;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00412969;OID=.;OPOS=37210529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:12:5:9:14:12:5:9:14 chr19 37210805 . C T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3051;QD=58.1401;RBI=0.0328402;REFB=0;REVB=0.0106658;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383352;OID=.;OPOS=37210805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr19 37240622 . C T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00144582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.91;QD=18.0505;RBI=0.0375258;REFB=-0.0292827;REVB=0.0374979;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662608;STB=0.538383;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0214636;OID=.;OPOS=37240622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:3:5:7:3:3:5 chr19 37241141 . A G 294.51 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0159455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.705;QD=28.0484;RBI=0.0161211;REFB=-0.0094103;REVB=-0.00237355;RO=15;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412641;STB=0.533308;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0052723;OID=.;OPOS=37241141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:16:26:26:0.619048:12:14:9:6:12:14:10:6 chr19 37441111 . C T 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00323782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.367;QD=10.4387;RBI=0.0512162;REFB=-0.0165863;REVB=-0.0511137;RO=27;SAF=10;SAR=3;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190822;STB=0.615921;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0257958;OID=.;OPOS=37441111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:3:10:17:10:3:10:17:10 chr19 37441365 . T C 40.3 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0782075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.269;QD=14.6528;RBI=0.116337;REFB=-0.0573747;REVB=0.0861269;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207272;STB=0.624573;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0815578;OID=.;OPOS=37441365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:2:3:2:4:2:3 chr19 37482151 . A G 398.65 PASS AF=0.408696;AO=45;DP=114;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=21;FWDB=0.0443587;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.912;QD=13.866;RBI=0.0443644;REFB=-0.0125007;REVB=0.000711164;RO=68;SAF=26;SAR=19;SRF=47;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126897;STB=0.559897;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0153092;OID=.;OPOS=37482151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:68:68:45:47:0.408696:19:26:47:21:19:28:47:21 chr19 37487632 . G A 100.64 PASS AF=0.393939;AO=11;DP=31;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=6.61049e-05;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2363;QD=12.1993;RBI=0.0222889;REFB=-0.0307505;REVB=-0.0222888;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352516;STB=0.710815;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.023241;OID=.;OPOS=37487632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:19:20:11:13:0.393939:5:6:4:15:5:8:5:15 chr19 37487723 . G A 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.00662053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.067;QD=14.6975;RBI=0.037258;REFB=0.0011793;REVB=-0.0366651;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292715;STB=0.665261;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.000882454;OID=.;OPOS=37487723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:6:24:11:10:6:24 chr19 37487866 . A T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0122403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.161;QD=14.742;RBI=0.0159651;REFB=-0.00773338;REVB=-0.0102498;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125103;STB=0.507238;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0169996;OID=.;OPOS=37487866;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:15:10:7:10:15:10 chr19 37487873 . C A 155.48 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0183361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.91;QD=15.1685;RBI=0.0200455;REFB=0.000910029;REVB=0.00809998;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141484;STB=0.581303;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00229419;OID=.;OPOS=37487873;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:8:9:16:8:8:9:16:8 chr19 37487975 . G A 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0258724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.209;QD=19.6972;RBI=0.0264353;REFB=-0.0244956;REVB=0.00542646;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102867;STB=0.557981;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0192725;OID=.;OPOS=37487975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:14:8:10:11:14:8 chr19 37488197 . G A 209.52 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0637439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.2202;QD=13.7388;RBI=0.0821963;REFB=-0.0283778;REVB=0.0518937;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754648;STB=0.51919;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0402544;OID=.;OPOS=37488197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:36:25:25:0.409836:11:14:16:17:11:14:19:17 chr19 37488299 . A G 204.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0919021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.5043;QD=13.8578;RBI=0.111476;REFB=-0.0388222;REVB=0.063095;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056054;STB=0.541633;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0560361;OID=.;OPOS=37488299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:34:25:25:0.423729:15:10:15:18:15:10:16:18 chr19 37690375 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0579774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.955;QD=11.257;RBI=0.0589838;REFB=-0.00641124;REVB=-0.0108492;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0096952;OID=.;OPOS=37690375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:6:6:4:4:6:6 chr19 37690420 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.478;QD=55.0975;RBI=0.0293951;REFB=0;REVB=0.00811222;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10519e-05;OID=.;OPOS=37690420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr19 37854580 . C T 100.7 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0554119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8243;QD=16.1113;RBI=0.0554406;REFB=0.0160016;REVB=-0.00178322;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285023;STB=0.66637;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00849235;OID=.;OPOS=37854580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:7:6:9:3:7:6 chr19 37879853 . CA TG 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00944425;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=262.227;QD=7.62907;RBI=0.0101945;REFB=0.00167274;REVB=0.00383839;RO=20;SAF=1;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597084;STB=0.874063;STBP=0.016;TYPE=mnp;VARB=-0.00249008;OID=.;OPOS=37879853;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:7:1:13:7:7:1:13:7 chr19 37879855 . T TGCA 55.58 PASS AF=0.32;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0404457;FXX=0.0384468;HRUN=0;LEN=3;MLLD=274.307;QD=8.89306;RBI=0.0404889;REFB=-0.00104387;REVB=-0.00186876;RO=19;SAF=1;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583399;STB=0.845217;STBP=0.03;TYPE=ins;VARB=0.00119719;OID=.;OPOS=37879856;OREF=-;OALT=GCA;OMAPALT=TGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:8:28:8:25:17:1:7:10:7:55:19:1:7:12:7 chr19 37880775 . G A 301.71 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0307351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7866;QD=25.1422;RBI=0.0528622;REFB=-0.0227831;REVB=-0.043009;RO=21;SAF=17;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233504;STB=0.629534;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0159112;OID=.;OPOS=37880775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:10:17:7:14:10:17:7:14 chr19 38030265 . G A 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00955871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.476;QD=16.9229;RBI=0.0128026;REFB=-0.0102075;REVB=-0.00851695;RO=34;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063531;STB=0.53569;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0120127;OID=.;OPOS=38030265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:17:13:17:17:17:13:17:17 chr19 38046946 . C A 149.97 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00424125;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.336;QD=18.1778;RBI=0.0349307;REFB=0.0094582;REVB=-0.0346723;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243709;STB=0.638925;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0113794;OID=.;OPOS=38046946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:11:6:10:6:11:6 chr19 38161070 . A T 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.013689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.524;QD=13.334;RBI=0.015403;REFB=-0.0277197;REVB=-0.00706149;RO=38;SAF=10;SAR=16;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178695;STB=0.51636;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.032313;OID=.;OPOS=38161070;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:16:10:14:24:16:10:14:25 chr19 38189440 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.494;QD=56.9569;RBI=0.0264196;REFB=0;REVB=0.0240475;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32651e-05;OID=.;OPOS=38189440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr19 38189616 . T C 538.35 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.263;QD=59.8168;RBI=0.0332733;REFB=0;REVB=0.0204415;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342284;OID=.;OPOS=38189616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:22:14:0:0 chr19 38202515 . GA AC,GC 363.04 PASS AF=0.444444,0.555556;AO=12,15;DP=27;FAO=12,15;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4,7;FSAR=8,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403042,0.00968156;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=41.4058,120.726;QD=53.7833;RBI=0.0531265,0.113068;REFB=0,0;REVB=0.0346121,0.112653;RO=0;SAF=4,7;SAR=8,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.023509,0.00529301;OID=.,.;OPOS=38202515,38202516;OREF=GA,A;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:27:27:0:0:12,15:12,15:0.444444,0.555556:8,8:4,7:0:0:8,8:4,7:0:0 chr19 38229824 . T C 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6079;QD=48.7297;RBI=0.0811498;REFB=0;REVB=0.0768455;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369355;OID=.;OPOS=38229824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr19 38230720 . C G 326.12 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00833789;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.059;QD=28.3578;RBI=0.00947808;REFB=-0.0167359;REVB=0.00450707;RO=18;SAF=19;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095996;STB=0.553043;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0126103;OID=.;OPOS=38230720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:18:18:28:28:0.608696:9:19:10:8:9:19:10:8 chr19 38315089 . G A 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.023428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.442;QD=27.2322;RBI=0.0240109;REFB=-0.0158233;REVB=0.00525838;RO=17;SAF=7;SAR=19;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885202;STB=0.548658;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00958987;OID=.;OPOS=38315089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:19:7:3:14:19:7:3:14 chr19 38375666 . C T 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0392472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.31;QD=8.402;RBI=0.0392478;REFB=-0.0205908;REVB=-0.000228844;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588781;STB=0.536502;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0488029;OID=.;OPOS=38375666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:6:3:8:13:6:3:8:13 chr19 38376485 . T A 244.37 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0180176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.523;QD=17.4546;RBI=0.0180676;REFB=0.00455524;REVB=-0.00134308;RO=29;SAF=17;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042321;STB=0.523792;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00404533;OID=.;OPOS=38376485;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:10:17:17:12:10:17:17:12 chr19 38377564 . T C 144.35 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0432934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0741;QD=16.0387;RBI=0.0655625;REFB=-0.0398988;REVB=0.0492354;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369908;STB=0.52125;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0494445;OID=.;OPOS=38377564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:12:8:7:9:12:8 chr19 38378539 . G C 479.33 PASS AF=0.647059;AO=44;DP=68;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00727412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.707;QD=28.196;RBI=0.0161596;REFB=-0.0103081;REVB=-0.0144299;RO=24;SAF=21;SAR=23;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667233;STB=0.536274;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00457588;OID=.;OPOS=38378539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:24:24:44:44:0.647059:23:21:9:15:23:21:9:15 chr19 38379446 . C T 172.67 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00542809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.313;QD=18.6668;RBI=0.00934532;REFB=-0.024544;REVB=-0.00760729;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018107;STB=0.512182;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0213484;OID=.;OPOS=38379446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:19:18:18:0.486486:8:10:8:7:8:10:11:8 chr19 38382328 . C T 344.24 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0131911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7437;QD=14.0508;RBI=0.0324364;REFB=0.00786488;REVB=-0.0296329;RO=60;SAF=12;SAR=26;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173271;STB=0.599024;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0147337;OID=.;OPOS=38382328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:26:12:28:32:26:12:28:32 chr19 38383456 . G A 88.76 PASS AF=0.375;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.003327;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.368;QD=11.0954;RBI=0.0262022;REFB=-0.0558209;REVB=-0.0259901;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666957;STB=0.535652;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0749403;OID=.;OPOS=38383456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:32:32:18:20:11:12:0.375:9:2:4:14:10:2:4:16 chr19 38652993 . C T 230.31 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00786523;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.786;QD=46.062;RBI=0.0287218;REFB=-0.117594;REVB=0.0276239;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368096;STB=0.519979;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00080238;OID=.;OPOS=38652993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:12:7:0:1:12:7:0:1 chr19 38673298 . C G 228.32 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.0794889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.541;QD=21.7448;RBI=0.0807483;REFB=0.014098;REVB=-0.0142057;RO=20;SAF=3;SAR=19;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696265;STB=0.538802;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.0109441;OID=.;OPOS=38673298;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:19:3:2:18:19:3:2:18 chr19 38698997 . G T 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00605872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.198;QD=32.8211;RBI=0.0527404;REFB=0.150393;REVB=0.0523912;RO=1;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684198;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.0113124;OID=.;OPOS=38698997;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:6:3:0:1:6:3:0:1 chr19 38702777 . C T 186.88 PASS AF=0.456522;AO=18;DP=43;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0437434;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.477;QD=16.2501;RBI=0.0438468;REFB=-0.0210172;REVB=-0.00300989;RO=21;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816028;STB=0.516114;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0317001;OID=.;OPOS=38702777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:21:25:18:21:0.456522:14:4:6:15:14:7:9:16 chr19 38706989 . G A 128.88 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0246163;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.185;QD=19.828;RBI=0.0340285;REFB=-0.00557979;REVB=0.0234943;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376074;STB=0.713979;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00400226;OID=.;OPOS=38706989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:9:3:10:4:9:3 chr19 38709568 . C T 329.27 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000187233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.531;QD=50.6565;RBI=0.0511548;REFB=-0.0649594;REVB=0.0511545;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440956;STB=0.52379;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00193757;OID=.;OPOS=38709568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:24:25:0.961538:10:14:0:1:10:15:0:1 chr19 38861333 . G A 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.445;QD=60.9754;RBI=0.0973027;REFB=0;REVB=0.0972549;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376254;OID=.;OPOS=38861333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr19 38935280 . A G 1513.19 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3061;QD=59.9283;RBI=0.0305295;REFB=0;REVB=-0.015297;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3985e-05;OID=.;OPOS=38935280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:47:53:0:0:48:53:0:0 chr19 38939408 . T C 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.522;QD=63.8683;RBI=0.0239007;REFB=0;REVB=-0.0111565;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183313;OID=.;OPOS=38939408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:36:12:0:0:36:12:0:0 chr19 38946182 . G A 801.12 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7576;QD=57.2226;RBI=0.0835714;REFB=0;REVB=0.0825894;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537957;OID=.;OPOS=38946182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr19 38949904 . C T 463.97 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257099;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.076;QD=57.9966;RBI=0.0456685;REFB=0;REVB=-0.037744;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.46725e-05;OID=.;OPOS=38949904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr19 38956803 . G A 2614.6 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.897;QD=61.8841;RBI=0.060855;REFB=0;REVB=0.0563685;RO=0;SAF=77;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38009e-05;OID=.;OPOS=38956803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:169:0:0:159:169:1:82:77:0:0:85:84:0:0 chr19 38990456 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.68;QD=39.2039;RBI=0.060789;REFB=0;REVB=0.0522858;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00564215;OID=.;OPOS=38990456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr19 39196745 . C T 109.84 PASS AF=0.382353;AO=14;DP=36;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00731687;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.555;QD=12.9221;RBI=0.0108483;REFB=-0.00200521;REVB=-0.0080093;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120243;STB=0.528258;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00299222;OID=.;OPOS=39196745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:34:19:21:14:13:0.382353:5:9:10:9:5:8:12:9 chr19 39224413 . A G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0122541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.453;QD=14.6498;RBI=0.0210744;REFB=0.00119019;REVB=-0.0171455;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148346;STB=0.586084;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00186573;OID=.;OPOS=39224413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:11:8:8:6:11:8 chr19 39233146 . A G 618.89 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0291907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7801;QD=20.9793;RBI=0.0364638;REFB=-0.0205332;REVB=0.0218519;RO=56;SAF=22;SAR=40;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083874;STB=0.546179;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0230383;OID=.;OPOS=39233146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:56:56:62:62:0.525424:40:22:25:31:40:22:25:31 chr19 39307103 . C T 166.85 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0432487;FXX=0.113611;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.865;QD=17.1131;RBI=0.0444427;REFB=-0.0206465;REVB=-0.0102327;RO=22;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292634;STB=0.669887;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0499773;OID=.;OPOS=39307103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:39:22:22:17:17:0.435897:13:4:11:11:13:4:11:11 chr19 39367111 . T C 651.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000483557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9128;QD=62.0156;RBI=0.0254331;REFB=0;REVB=-0.0254285;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000390203;OID=.;OPOS=39367111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr19 39385531 . CT C,CC 479.11 PASS AF=1,0;AO=13,20;DP=33;FAO=32,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507912,0.024395;FXX=0.0302939;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.619,182.065;QD=59.8885;RBI=0.147376,0.145474;REFB=0,0;REVB=-0.138347,-0.143414;RO=0;SAF=12,7;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.00075e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000219878,0;OID=.,.;OPOS=39385532,39385532;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:13,20:33:32,0:32:0:18,0:14,0:0:0:4:0:12,7:1,13:0:0 chr19 39402455 . C G 92.97 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0284785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.309;QD=9.53548;RBI=0.0473392;REFB=-0.0255093;REVB=-0.0378151;RO=27;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0634321;OID=.;OPOS=39402455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:8:4:9:18:8:4:9:18 chr19 39416887 . C T 748.3 PASS AF=0.5;AO=77;DP=154;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.0376752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1766;QD=19.4364;RBI=0.043491;REFB=-0.0231761;REVB=0.0217266;RO=77;SAF=38;SAR=39;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827144;STB=0.545504;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0267039;OID=.;OPOS=39416887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:77:77:77:77:0.5:39:38:31:46:39:38:31:46 chr19 39432783 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.521;QD=57.7116;RBI=0.00929424;REFB=0;REVB=0.00887667;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00821e-05;OID=.;OPOS=39432783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr19 39433299 . A G 575.49 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.83;QD=60.5778;RBI=0.0341007;REFB=0;REVB=-0.00182292;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103144;OID=.;OPOS=39433299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr19 39515823 . GCCCCCCCG GCCCCCCG,GCCCCCCGC,GGCCCCCCG 41.78 PASS AF=0.454545,0,0;AO=5,2,4;DP=21;FAO=10,0,0;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0211833,-0.0541006,0.0618704;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=11.5538,20.2341,21.2723;QD=7.59632;RBI=0.0932509,0.0897454,0.0914309;REFB=-0.0736707,-0.0228152,-0.0754225;REVB=-0.090813,-0.0716056,0.0673176;RO=9;SAF=2,2,0;SAR=3,0,4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.264433,0.532037,-0.738373;STB=0.555443,0.5,0.5;STBP=0.608,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0786164,0,0;OID=.,.,.;OPOS=39515824,39515830,39515824;OREF=C,CG,C;OALT=-,GC,G;OMAPALT=GCCCCCCG,GCCCCCCGC,GGCCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545,0,0:5,2,4:21:10,0,0:22:12:4,0,0:6,0,0:6:6:43:9:2,2,0:3,0,4:6:3 chr19 39589189 . C T 860.17 PASS AF=0.518072;AO=86;DP=166;FAO=86;FDP=166;FR=.;FRO=80;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.0236928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.8;QD=20.7269;RBI=0.0253529;REFB=-0.0237288;REVB=-0.00902329;RO=80;SAF=49;SAR=37;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272095;STB=0.514918;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0190837;OID=.;OPOS=39589189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:80:80:86:86:0.518072:37:49:48:32:37:49:48:32 chr19 39590955 . G A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0508816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.204;QD=20.3165;RBI=0.0530729;REFB=-0.011556;REVB=-0.0150932;RO=18;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744928;STB=0.542207;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00953645;OID=.;OPOS=39590955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:5:14:12:6:5:14:12:6 chr19 39688901 . G T 400.12 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0836349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.209;QD=53.3497;RBI=0.0977391;REFB=-0.111785;REVB=0.050578;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512187;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00440628;OID=.;OPOS=39688901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:20:9:0:0:20:9:0:1 chr19 39760191 . A G 219.54 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0111419;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.857;QD=23.1097;RBI=0.0559831;REFB=-0.0377269;REVB=-0.0548631;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295396;STB=0.663128;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0134217;OID=.;OPOS=39760191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:11:10:2:15:11:10:2:15 chr19 39789115 . A G 177.71 PASS AF=0.6;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0177703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3351;QD=23.6945;RBI=0.0721004;REFB=0.0179373;REVB=-0.0698762;RO=12;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113857;STB=0.571347;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.0367627;OID=.;OPOS=39789115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:12:12:17:18:0.6:6:11:6:6:6:12:6:6 chr19 39826138 . C T 80.68 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00206242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.855;QD=9.7789;RBI=0.0042525;REFB=-0.0179314;REVB=-0.0037189;RO=22;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326888;STB=0.650002;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0299942;OID=.;OPOS=39826138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:32:33:22:22:10:11:0.333333:3:7:9:13:4:7:9:13 chr19 39874383 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGCG,TTGGGGC 794.26 PASS AF=0.973333,0,0;AO=48,6,4;DP=72;FAO=73,0,0;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=15,0,0;FSAR=58,0,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.08029,-0.324721,0.121872;FXX=0.0131562;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=16.2183,8.65047,8.6102;QD=42.3607;RBI=0.188555,0.334144,0.186335;REFB=-0.0525131,0.0228342,-0.033257;REVB=0.170607,0.078792,0.140953;RO=7;SAF=1,6,0;SAR=47,0,4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.256698,0.808918,-0.645224;STB=0.508472,0.5,0.5;STBP=0.593,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0124586,0,0;OID=.,.,.;OPOS=39874384,39874388,39874384;OREF=G,GC,G;OALT=-,CG,T;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGCG,TTGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.973333,0,0:48,6,4:72:73,0,0:75:2:15,0,0:58,0,0:0:2:6:7:1,6,0:47,0,4:1:6 chr19 39879663 . A G 536.98 PASS AF=0.574713;AO=47;DP=86;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0131865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7678;QD=24.6886;RBI=0.014485;REFB=-0.00427619;REVB=-0.00599417;RO=38;SAF=24;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086538;STB=0.514254;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00291897;OID=.;OPOS=39879663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:38:37:47:50:0.574713:23:24:19:19:26:24:19:18 chr19 39888449 . C G,T 507.59 PASS AF=0.0540541,0.918919;AO=2,33;DP=37;FAO=2,34;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=2,14;FSAR=0,20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0519138,0.0244629;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.3817,101.452;QD=54.8741;RBI=0.0731249,0.0321421;REFB=0.0348765,-0.0633968;REVB=-0.0514996,0.0208491;RO=0;SAF=2,14;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.71297e-08;STB=0.5,0.517231;STBP=1,0.319;TYPE=snp,snp;VARB=0.113959,0.00360467;OID=.,.;OPOS=39888449,39888449;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:37:37:0:1:2,33:2,34:0.0540541,0.918919:0,19:2,14:0:0:0,20:2,14:1:0 chr19 39899916 . CTT C 1892.1 PASS AF=1;AO=144;DP=167;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0582124;FXX=0.0297601;HRUN=7;LEN=2;MLLD=22.7232;QD=46.432;RBI=0.0611247;REFB=0;REVB=0.0186424;RO=0;SAF=76;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000142499;OID=.;OPOS=39899917;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:144:167:163:163:0:86:77:0:0:35:0:76:68:0:0 chr19 39905903 . A G 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00431218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.917;QD=20.0304;RBI=0.0384931;REFB=-0.0197074;REVB=-0.0382508;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142266;STB=0.579935;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0204571;OID=.;OPOS=39905903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:12:12:17:9:12:12:17:9 chr19 39907036 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.000358401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.169;QD=8.81109;RBI=0.00739858;REFB=-0.0219926;REVB=0.00738989;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194949;STB=0.6187;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0522728;OID=.;OPOS=39907036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:2:9:4:2:2:9 chr19 39908574 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0101699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.6;QD=12.3285;RBI=0.0275506;REFB=-0.018262;REVB=0.0256048;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107964;STB=0.545372;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0369109;OID=.;OPOS=39908574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:6:5:9:7:6:5:9:8 chr19 39911451 . C G 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0223158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.309;QD=14.1385;RBI=0.0282861;REFB=-0.00597623;REVB=0.0173814;RO=18;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366694;STB=0.742876;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00593151;OID=.;OPOS=39911451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:20:14:14:0.411765:11:3:10:8:11:3:12:8 chr19 39913634 . G A 36.62 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0405241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.743;QD=7.32331;RBI=0.042802;REFB=-0.0389885;REVB=0.0137769;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857127;STB=0.555358;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0731142;OID=.;OPOS=39913634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:5:1:3:11:5:1:3:11 chr19 39914002 . G A 199.83 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00231793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.066;QD=13.5481;RBI=0.0421734;REFB=-0.00835165;REVB=0.0421096;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728923;STB=0.533211;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0083246;OID=.;OPOS=39914002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:11:13:16:18:11:13:17:18 chr19 39914748 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.017787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.816;QD=15.2625;RBI=0.0199017;REFB=-0.011519;REVB=-0.00892746;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230345;STB=0.513348;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0108487;OID=.;OPOS=39914748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:9:7:6:7:9:7 chr19 39914986 . C T 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0071168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.56;QD=20.156;RBI=0.00833135;REFB=-0.00965066;REVB=0.00433157;RO=25;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441036;STB=0.524572;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00714397;OID=.;OPOS=39914986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:16:12:12:13:16:12:12:13 chr19 39915757 . C CG 79.02 PASS AF=0.647059;AO=2;DP=18;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00418494;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=178.787;QD=18.5921;RBI=0.0596842;REFB=0.0424228;REVB=-0.0595373;RO=16;SAF=1;SAR=1;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127296;STB=0.511607;STBP=0.964;TYPE=ins;VARB=-0.0328926;OID=.;OPOS=39915758;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:2:18:11:17:6:4:7:2:4:38:16:1:1:6:10 chr19 39915758 . C G 81.26 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00781135;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.954;QD=18.0583;RBI=0.0197685;REFB=-0.0171741;REVB=0.0181598;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201161;STB=0.511605;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00955647;OID=.;OPOS=39915758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:18:8:8:10:10:0.555556:6:4:3:5:6:4:3:5 chr19 39916110 . GGGA G 137.87 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00706648;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=3;MLLD=166.337;QD=10.6052;RBI=0.0126049;REFB=-0.0118087;REVB=0.0104378;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0.318824;SSEP=0;SSSB=0.155175;STB=0.59607;STBP=0.259;TYPE=del;VARB=0.0181673;OID=.;OPOS=39916111;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:22:53:22:52:30:11:11:10:20:99:29:11:11:10:19 chr19 39926307 . A C 220.08 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00704709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.743;QD=18.7298;RBI=0.0279681;REFB=-0.0191486;REVB=-0.0270657;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878716;STB=0.534852;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0353881;OID=.;OPOS=39926307;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:25:21:22:0.468085:12:9:13:12:12:10:13:12 chr19 39926509 . A C 149.36 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0543385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.201;QD=14.5715;RBI=0.0544446;REFB=-0.0264706;REVB=-0.00339722;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337983;STB=0.696913;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0342861;OID=.;OPOS=39926509;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:13:4:13:11:13:4:13:11 chr19 39926521 . G A 155.4 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0151293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.8774;QD=15.9382;RBI=0.0169013;REFB=-0.00357094;REVB=-0.00753384;RO=21;SAF=4;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35025;STB=0.714943;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00282277;OID=.;OPOS=39926521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:13:4:12:9:13:4:13:9 chr19 39932023 . T C 561.65 PASS AF=0.444444;AO=59;DP=134;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.000471984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.487;QD=16.6415;RBI=0.0261867;REFB=-0.0177176;REVB=0.0261824;RO=75;SAF=21;SAR=38;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890527;STB=0.542843;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0239927;OID=.;OPOS=39932023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:75:75:59:60:0.444444:38:21:33:42:38:22:33:42 chr19 39932066 . T C 483.53 PASS AF=0.449153;AO=47;DP=111;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.0106499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.164;QD=16.3908;RBI=0.0336435;REFB=-0.0207199;REVB=0.0319134;RO=63;SAF=15;SAR=32;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034705;STB=0.517964;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0283795;OID=.;OPOS=39932066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:118:63:65:47:53:0.449153:32:15:22:41:35:18:24:41 chr19 39944082 . C T 303.68 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=7.02195e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.052;QD=20.2455;RBI=0.0158462;REFB=-0.00473316;REVB=0.0158461;RO=28;SAF=9;SAR=22;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364091;STB=0.704944;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00603104;OID=.;OPOS=39944082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:28:31:32:0.533333:22:9:20:8:23:9:20:8 chr19 39967318 . T C 48.85 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.085405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4514;QD=17.7633;RBI=0.122606;REFB=-0.0298291;REVB=0.0879667;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119263;STB=0.58797;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0103952;OID=.;OPOS=39967318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:11:4:4:6:7:0.636364:4:2:2:2:5:2:2:2 chr19 39967320 . T C 47.51 PASS AF=0.583333;AO=6;DP=11;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0178294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.748;QD=15.8367;RBI=0.0424789;REFB=-0.100756;REVB=0.0385561;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553146;STB=0.55539;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0202829;OID=.;OPOS=39967320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:12:5:5:6:7:0.583333:4:2:2:3:5:2:2:3 chr19 39967322 . T C 39.69 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.110889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.145;QD=13.2316;RBI=0.117448;REFB=-0.119552;REVB=0.0386992;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0917167;OID=.;OPOS=39967322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:2:4:4:2:2:4 chr19 39994711 . T C 369.67 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0307022;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0596;QD=16.8034;RBI=0.0368221;REFB=-0.0213921;REVB=-0.0203284;RO=49;SAF=24;SAR=15;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106921;STB=0.560112;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0145225;OID=.;OPOS=39994711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:49:49:39:39:0.443182:15:24:25:24:15:24:25:24 chr19 40023308 . A G 190.33 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.064;QD=47.5812;RBI=0.0194196;REFB=0;REVB=0.00348239;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103021;OID=.;OPOS=40023308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:5:10:0:0:6:10:0:0 chr19 40149297 . T A 902.05 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0473185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9617;QD=55.5106;RBI=0.100262;REFB=-0.0801218;REVB=0.0883941;RO=2;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236012;STB=0.506171;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00228978;OID=.;OPOS=40149297;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:2:1:63:64:0.984615:39:24:0:2:40:24:0:1 chr19 40174236 . G A 695.86 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0264019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8983;QD=56.8046;RBI=0.044759;REFB=0.0189821;REVB=0.0361428;RO=3;SAF=17;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447272;STB=0.502382;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00741158;OID=.;OPOS=40174236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:29:17:1:2:29:17:1:2 chr19 40197924 . T C 1511.75 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412631;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5404;QD=59.8712;RBI=0.0416404;REFB=0;REVB=0.00559326;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363083;OID=.;OPOS=40197924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:101:101:1:54:47:0:0:54:47:0:0 chr19 40199914 . C G 598.07 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646661;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7975;QD=61.3401;RBI=0.0647057;REFB=0;REVB=0.0022615;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11558e-05;OID=.;OPOS=40199914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr19 40224986 . A G 1115.42 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8827;QD=60.2931;RBI=0.025394;REFB=0;REVB=0.0204192;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024378;OID=.;OPOS=40224986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:28:46:0:0:28:46:0:0 chr19 40225646 . G A 785.8 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0449;QD=64.1465;RBI=0.00620127;REFB=0;REVB=0.00590568;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32896e-05;OID=.;OPOS=40225646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr19 40329762 . C T 636.42 PASS AF=0.477941;AO=64;DP=135;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0158794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.63;QD=18.7182;RBI=0.0219775;REFB=-0.0144881;REVB=-0.015194;RO=70;SAF=31;SAR=33;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819832;STB=0.552331;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0156527;OID=.;OPOS=40329762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:70:71:64:65:0.477941:33:31:40:30:34:31:41:30 chr19 40357683 . T G 312.03 PASS AF=0.397727;AO=34;DP=87;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0358853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2873;QD=14.183;RBI=0.0377003;REFB=-0.0153909;REVB=0.0115568;RO=51;SAF=21;SAR=13;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749867;STB=0.544161;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0172276;OID=.;OPOS=40357683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:51:53:34:35:0.397727:13:21:28:23:14:21:28:25 chr19 40363020 . G A 210.4 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0468192;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.305;QD=15.5855;RBI=0.0517642;REFB=-0.0230488;REVB=0.0220794;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032853;STB=0.5232;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0310656;OID=.;OPOS=40363020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:26:30:24:24:0.444444:11:13:15:11:11:13:15:15 chr19 40363916 . C T 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0321549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.542;QD=24.9291;RBI=0.0331566;REFB=-0.000490442;REVB=0.00808815;RO=19;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140187;STB=0.577919;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000473483;OID=.;OPOS=40363916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:15:10:11:8:15:10:11:8 chr19 40363926 . C G 176.89 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00754114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.87;QD=16.4548;RBI=0.0606163;REFB=-0.0123337;REVB=-0.0601454;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197124;STB=0.612474;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0465051;OID=.;OPOS=40363926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:8:11:9:15:8:11:9:15 chr19 40366240 . G A 82.33 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00157102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.864;QD=19.3718;RBI=0.019361;REFB=-0.0104146;REVB=-0.0192971;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123877;STB=0.571284;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0105693;OID=.;OPOS=40366240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:7:7:10:10:0.588235:4:6:3:4:4:6:3:4 chr19 40366362 . G C 724.19 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.717;QD=55.7065;RBI=0.0266609;REFB=0;REVB=0.0150726;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00602943;OID=.;OPOS=40366362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:31:18:0:0:32:20:0:0 chr19 40368395 . C T 1107.48 PASS AF=0.927711;AO=77;DP=83;FAO=77;FDP=83;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0264552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.721;QD=53.3725;RBI=0.0264553;REFB=-0.00879464;REVB=6.85691e-05;RO=6;SAF=29;SAR=48;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416646;STB=0.522077;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000627054;OID=.;OPOS=40368395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:83:83:6:6:77:77:0.927711:48:29:4:2:48:29:4:2 chr19 40368498 . AA CC 595.21 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03479;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=210.888;QD=61.0472;RBI=0.0361989;REFB=0;REVB=0.0100008;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.64814e-05;OID=.;OPOS=40368498;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:27:11:0:0:27:12:0:0 chr19 40368520 . G C 328.14 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0374;QD=50.4824;RBI=0.166418;REFB=0;REVB=0.0258222;RO=2;SAF=7;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115254;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00526451;OID=.;OPOS=40368520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:26:2:0:24:26:1:17:7:2:0:17:9:0:0 chr19 40370213 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0279773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.354;QD=12.0149;RBI=0.0451052;REFB=0.00214852;REVB=0.0353801;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392853;STB=0.523732;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.0018129;OID=.;OPOS=40370213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:6:1:1:5:6:1 chr19 40376880 . T C 198.51 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0420703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6074;QD=44.1133;RBI=0.0457539;REFB=-0.14737;REVB=-0.0179864;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533294;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00588645;OID=.;OPOS=40376880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:10:7:0:0:10:7:1:0 chr19 40392482 . A G 618.81 PASS AF=0.697368;AO=53;DP=76;FAO=53;FDP=76;FR=.;FRO=23;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0554424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5678;QD=32.5688;RBI=0.0743774;REFB=0.0163822;REVB=-0.0495795;RO=23;SAF=32;SAR=21;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285319;STB=0.515399;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00773568;OID=.;OPOS=40392482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:23:23:53:53:0.697368:21:32:15:8:21:32:15:8 chr19 40406029 . C T 260.25 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.00391385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.048;QD=15.0866;RBI=0.007708;REFB=-0.0288802;REVB=0.00664041;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245575;STB=0.625874;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0319429;OID=.;OPOS=40406029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:39:30:30:0.434783:14:16:10:26:14:16:12:27 chr19 40433042 . G A 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0458174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.098;QD=13.8498;RBI=0.0461421;REFB=-0.000305925;REVB=-0.0054649;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2731;STB=0.658489;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000668711;OID=.;OPOS=40433042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:10:6:16:9:10:6:16:9 chr19 40480501 . C T 119.57 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00571811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.95;QD=13.2853;RBI=0.0169723;REFB=-0.0135838;REVB=-0.0159801;RO=22;SAF=12;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415998;STB=0.749583;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0183287;OID=.;OPOS=40480501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:2:12:12:10:2:12:12:10 chr19 40541039 . C T 258.89 PASS AF=0.397436;AO=28;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0177298;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4511;QD=13.2762;RBI=0.0530537;REFB=-0.0204336;REVB=-0.0500035;RO=47;SAF=13;SAR=15;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142537;STB=0.548142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0448548;OID=.;OPOS=40541039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:28:31:0.397436:15:13:28:19:15:16:28:19 chr19 40719076 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.696;QD=43.4861;RBI=0.0130306;REFB=0;REVB=0.0127831;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4835e-05;OID=.;OPOS=40719076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr19 40739513 . A G 416.84 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0154109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.603;QD=53.7862;RBI=0.0247427;REFB=-0.0992012;REVB=0.0193573;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321345;STB=0.51723;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00344773;OID=.;OPOS=40739513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:16:14:1:0:16:14:1:0 chr19 40848240 . G A 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0091293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.983;QD=7.12516;RBI=0.00966292;REFB=-0.00207639;REVB=-0.00316667;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093687;STB=0.558666;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0023391;OID=.;OPOS=40848240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:2:5:14:4:2:5:14:4 chr19 40886993 . C T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0165632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.996;QD=21.511;RBI=0.0285709;REFB=-0.0245397;REVB=0.02328;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866726;STB=0.548647;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0164744;OID=.;OPOS=40886993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:11:10:11:8:11:10:11:8 chr19 40900865 . C T 1430.73 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=103;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0373335;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.664;QD=56.1072;RBI=0.0469538;REFB=-0.0879888;REVB=0.0284757;RO=3;SAF=44;SAR=55;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312432;STB=0.51648;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00186409;OID=.;OPOS=40900865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:102:3:3:99:99:0.970588:55:44:3:0:55:44:3:0 chr19 40903710 . AGGGGCA AGGGCA,AGGGCAG 31.04 PASS AF=0.190476,0.142857;AO=4,2;DP=21;FAO=4,3;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1,3;FSAR=3,0;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00910296,0.0210037;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=15.0236,33.4037;QD=5.91309;RBI=0.0118361,0.0218959;REFB=-0.0460459,-0.0372552;REVB=-0.00756501,-0.00618674;RO=14;SAF=1,2;SAR=3,0;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0508503,0.644719;STB=0.53553,0.99726;STBP=0.963,0.021;TYPE=del,mnp;VARB=0.0202106,0.159242;OID=.,.;OPOS=40903711,40903714;OREF=G,GCA;OALT=-,CAG;OMAPALT=AGGGCA,AGGGCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.190476,0.142857:4,2:21:4,3:21:14:1,3:3,0:4:10:17:14:1,2:3,0:4:10 chr19 41094563 . C G 165.1 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0656836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.993;QD=12.4603;RBI=0.0663091;REFB=-0.0117936;REVB=-0.00908606;RO=32;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472756;STB=0.535474;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0157326;OID=.;OPOS=41094563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:9:11:19:13:9:11:20:13 chr19 41096189 . A G 296.94 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00351233;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.1;QD=17.9962;RBI=0.0177326;REFB=-0.0164515;REVB=-0.0173813;RO=35;SAF=16;SAR=16;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120135;STB=0.575711;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0270771;OID=.;OPOS=41096189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:35:34:32:32:0.484848:16:16:22:13:16:16:22:12 chr19 41097276 . C G 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0111903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.606;QD=18.3009;RBI=0.0192843;REFB=-0.0215045;REVB=-0.0157055;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108155;STB=0.561424;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00856622;OID=.;OPOS=41097276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:9:11:10:13:9:11:10:13 chr19 41111069 . G A 298.32 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0288331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8023;QD=20.9348;RBI=0.0385362;REFB=0.0099392;REVB=0.0255673;RO=26;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642943;STB=0.542346;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00262739;OID=.;OPOS=41111069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:30:31:0.54386:15:15:15:11:16:15:15:11 chr19 41117869 . A G 253.87 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0599903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9831;QD=21.6057;RBI=0.0621856;REFB=-0.0292572;REVB=-0.0163773;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949181;STB=0.553148;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0236852;OID=.;OPOS=41117869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:12:12:14:9:12:12:14:9 chr19 41118056 . A G 45.32 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0252616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.895;QD=8.23909;RBI=0.0364212;REFB=0.00136863;REVB=-0.0262364;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236887;STB=0.642522;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.00121857;OID=.;OPOS=41118056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:2:13:5:2:2:13 chr19 41123093 . A AG 472.64 PASS AF=1;AO=44;DP=67;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0574602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.2216;QD=33.1673;RBI=0.167353;REFB=0;REVB=-0.15718;RO=19;SAF=25;SAR=19;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236633;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00782743;OID=.;OPOS=41123094;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:67:57:57:0:29:28:0:0:11:19:25:19:10:9 chr19 41128309 . C T 42.21 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.16401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.905;QD=18.7604;RBI=0.171453;REFB=-0.0461368;REVB=0.0499687;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200664;STB=0.615062;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00782518;OID=.;OPOS=41128309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:5:1:0:3:5:1:0:3 chr19 41129842 . C T 84.97 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00928955;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.069;QD=10.6207;RBI=0.0527281;REFB=-0.0263107;REVB=-0.0519034;RO=21;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288232;STB=0.674367;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0481044;OID=.;OPOS=41129842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:3:8:10:11:3:8:10:11 chr19 41211056 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.029;QD=47.8224;RBI=0.0386714;REFB=0;REVB=-0.00928719;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106012;OID=.;OPOS=41211056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:2:14:0:0:2:14:0:0 chr19 41316355 . T C 275.65 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00691075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9785;QD=32.4291;RBI=0.0121933;REFB=-0.0293262;REVB=0.0100458;RO=10;SAF=9;SAR=15;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142377;STB=0.507806;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00730764;OID=.;OPOS=41316355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:15:9:4:6:15:9:4:6 chr19 41316370 . T C 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00912533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.952;QD=24.0303;RBI=0.0261109;REFB=-0.0095795;REVB=0.0244644;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132903;STB=0.574487;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0030369;OID=.;OPOS=41316370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:7:8:3:6:7:8:3:6 chr19 41350664 . A T 909.26 PASS AF=0.970149;AO=63;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.132448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.335;QD=54.284;RBI=0.132449;REFB=-0.0120917;REVB=0.000245548;RO=3;SAF=27;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00834624;STB=0.513509;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000730294;OID=.;OPOS=41350664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:67:3:2:63:65:0.970149:36:27:1:2:36:29:0:2 chr19 41356214 . A G 249.71 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0396524;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5314;QD=11.7512;RBI=0.0473655;REFB=-0.0144646;REVB=-0.025907;RO=55;SAF=15;SAR=15;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112224;STB=0.564663;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0235434;OID=.;OPOS=41356214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:55:55:30:30:0.352941:15:15:33:22:15:15:33:22 chr19 41356281 . T C 1396.04 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6974;QD=62.7436;RBI=0.0334007;REFB=0;REVB=-0.0127252;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232244;OID=.;OPOS=41356281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:39:50:0:0:39:50:0:0 chr19 41381638 . G C 141.91 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00153171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.163;QD=8.22663;RBI=0.0127343;REFB=-0.00424481;REVB=0.0126419;RO=47;SAF=14;SAR=6;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23401;STB=0.628349;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0139463;OID=.;OPOS=41381638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:49:20:20:0.289855:6:14:24:23:6:14:26:23 chr19 41381647 . A C 68.74 PASS AF=0.2;AO=11;DP=66;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00792104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9235;QD=3.92802;RBI=0.0119993;REFB=-0.00758128;REVB=0.00901329;RO=53;SAF=10;SAR=1;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524716;STB=0.638559;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0946847;OID=.;OPOS=41381647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:66:70:53:56:11:14:0.2:1:10:29:24:4:10:31:25 chr19 41383153 . A G 347.16 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00479961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.098;QD=19.8379;RBI=0.0291873;REFB=-0.00694012;REVB=-0.0287899;RO=34;SAF=21;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099488;STB=0.555258;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00711574;OID=.;OPOS=41383153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:15:21:16:18:15:21:16:18 chr19 41383799 . G A 446.14 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00520782;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8386;QD=23.1759;RBI=0.0456827;REFB=-0.0238155;REVB=0.0453849;RO=34;SAF=20;SAR=23;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671681;STB=0.536896;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0210982;OID=.;OPOS=41383799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:34:34:43:43:0.558442:23:20:13:21:23:20:13:21 chr19 41384675 . T C 1110.72 PASS AF=0.647059;AO=99;DP=154;FAO=99;FDP=153;FR=.;FRO=54;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.04177;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3998;QD=29.0384;RBI=0.0520363;REFB=-0.0320599;REVB=0.0310329;RO=53;SAF=44;SAR=55;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192717;STB=0.513272;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0184464;OID=.;OPOS=41384675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:53:54:99:99:0.647059:55:44:22:31:55:44:22:32 chr19 41386136 . A C 204.2 PASS AF=0.384615;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.053358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.664;QD=12.5662;RBI=0.055029;REFB=-0.0198266;REVB=0.0134576;RO=40;SAF=12;SAR=12;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190666;STB=0.5962;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0318161;OID=.;OPOS=41386136;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:24:25:0.384615:12:12:27:13:12:13:27:13 chr19 41386420 . A C 295.94 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0344771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5089;QD=22.3353;RBI=0.0447993;REFB=-0.0138205;REVB=-0.028606;RO=23;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15944;STB=0.588327;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0144834;OID=.;OPOS=41386420;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:19:11:13:10:19:11:13:10 chr19 41386486 . CA AG 261.18 PASS AF=0.467742;AO=27;DP=59;FAO=29;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0152972;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.644;QD=16.8505;RBI=0.0500041;REFB=-0.0248383;REVB=-0.0476068;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239235;STB=0.59728;STBP=0.184;TYPE=mnp;VARB=0.0335975;OID=.;OPOS=41386486;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:25:33:27:29:0.467742:14:13:19:6:15:14:22:11 chr19 41386494 . A C 224.99 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.026373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.479;QD=15.2533;RBI=0.0316433;REFB=-0.011837;REVB=-0.0174862;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148571;STB=0.57289;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0181721;OID=.;OPOS=41386494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:33:25:26:0.440678:12:13:22:11:12:14:22:11 chr19 41386527 . G A 169.13 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0151082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.455;QD=13.0098;RBI=0.0287691;REFB=-0.0143602;REVB=-0.0244828;RO=32;SAF=12;SAR=8;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633515;STB=0.53655;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.033646;OID=.;OPOS=41386527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:8:12:21:11:8:12:21:11 chr19 41387620 . A G 118.58 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.042412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3908;QD=7.77552;RBI=0.0515537;REFB=-0.00837453;REVB=-0.0293088;RO=44;SAF=2;SAR=15;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.580424;STB=0.855784;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0109076;OID=.;OPOS=41387620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:15:2:25:19:15:2:25:19 chr19 41387647 . A G 134.45 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00413602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8306;QD=8.14846;RBI=0.0380685;REFB=-0.00209061;REVB=-0.0378431;RO=47;SAF=5;SAR=14;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309222;STB=0.686766;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00383652;OID=.;OPOS=41387647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:47:19:19:0.287879:14:5:24:23:14:5:24:23 chr19 41387656 . A T 136.16 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.000713675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.37;QD=8.50993;RBI=0.0201438;REFB=-0.00661551;REVB=-0.0201311;RO=44;SAF=5;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270807;STB=0.671213;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0318744;OID=.;OPOS=41387656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:45:19:19:0.296875:14:5:21:23:14:5:22:23 chr19 41404196 . A G 561.12 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0056793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.996;QD=23.6261;RBI=0.00576968;REFB=-0.00815477;REVB=-0.00101723;RO=43;SAF=32;SAR=20;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687664;STB=0.5378;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00680348;OID=.;OPOS=41404196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:43:52:52:0.547368:20:32:23:20:20:32:23:20 chr19 41405962 . T G 438.75 PASS AF=0.640625;AO=39;DP=62;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0540032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.543;QD=27.4216;RBI=0.0549369;REFB=-0.0507485;REVB=0.0100857;RO=23;SAF=22;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881367;STB=0.554673;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0207851;OID=.;OPOS=41405962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:23:23:39:41:0.640625:17:22:10:13:17:24:10:13 chr19 41414481 . G A 1922.26 PASS AF=0.984375;AO=125;DP=127;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0140167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.845;QD=60.0707;RBI=0.0228322;REFB=-0.0352552;REVB=0.0180234;RO=2;SAF=52;SAR=73;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179208;STB=0.509258;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00164936;OID=.;OPOS=41414481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:128:2:2:125:126:0.984375:73:52:2:0:73:53:2:0 chr19 41512841 . G T 375.24 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0342634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9249;QD=18.3046;RBI=0.0383839;REFB=-0.0221128;REVB=-0.0173015;RO=43;SAF=16;SAR=23;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202944;STB=0.613086;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0221907;OID=.;OPOS=41512841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:23:16:27:16:23:16:27:16 chr19 41531522 . G T 741.64 PASS AF=0.610619;AO=68;DP=113;FAO=69;FDP=113;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0415109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6241;QD=26.2529;RBI=0.0614142;REFB=-0.045253;REVB=0.0452609;RO=44;SAF=35;SAR=33;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141773;STB=0.573456;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0269675;OID=.;OPOS=41531522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:44:44:68:69:0.610619:33:35:14:30:34:35:14:30 chr19 41531597 . C G 301.32 PASS AF=0.351852;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0215601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.122;QD=11.16;RBI=0.0215681;REFB=-0.00434871;REVB=0.000586445;RO=70;SAF=13;SAR=25;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183794;STB=0.606003;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00693429;OID=.;OPOS=41531597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:70:38:38:0.351852:25:13:35:35:25:13:35:35 chr19 41531656 . A C 722.88 PASS AF=0.648936;AO=61;DP=95;FAO=61;FDP=94;FR=.;FRO=33;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00262506;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.441;QD=30.7607;RBI=0.0173061;REFB=-0.0235629;REVB=0.0171059;RO=33;SAF=35;SAR=26;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583405;STB=0.531604;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0170467;OID=.;OPOS=41531656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:33:33:61:61:0.648936:26:35:16:17:26:35:16:17 chr19 41531705 . G A 487.39 PASS AF=0.676923;AO=44;DP=65;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0120209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.341;QD=29.9933;RBI=0.0222447;REFB=-0.00849438;REVB=0.018717;RO=21;SAF=25;SAR=19;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150197;STB=0.581174;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00182728;OID=.;OPOS=41531705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:21:21:44:44:0.676923:19:25:17:4:19:25:17:4 chr19 41532005 . G A 428.53 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0116941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.182;QD=22.2613;RBI=0.0318328;REFB=-0.0181382;REVB=0.0296071;RO=35;SAF=20;SAR=22;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549386;STB=0.53027;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0128452;OID=.;OPOS=41532005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:22:20:19:16:22:20:19:16 chr19 41700493 . G C 535.62 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.005;QD=59.5128;RBI=0.055067;REFB=0;REVB=0.0425472;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163045;OID=.;OPOS=41700493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:20:16:0:0 chr19 41743861 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00607421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.119;QD=62.6711;RBI=0.00609671;REFB=0;REVB=0.000523273;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25642e-05;OID=.;OPOS=41743861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr19 41812842 . T C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0409802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.962;QD=12.9747;RBI=0.0446819;REFB=-0.00533715;REVB=0.0178071;RO=18;SAF=1;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.600501;STB=0.86356;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00884166;OID=.;OPOS=41812842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:11:1:10:8:11:1:10:8 chr19 41848139 . GC AG,G 151.22 PASS AF=0,1;AO=2,10;DP=16;FAO=0,17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110547,-0.101403;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=7.30269,15.4314;QD=35.5818;RBI=0.113714,0.106683;REFB=-0.0255029,-0.0327421;REVB=0.026653,-0.0331462;RO=2;SAF=2,5;SAR=0,5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0.397173;SSEP=0,0;SSSB=0.639851,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.00201939;OID=.,.;OPOS=41848139,41848140;OREF=GC,C;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:16:17:2:0:2,10:0,17:0,1:0,5:2,5:1:1:0,7:0,10:0:0 chr19 41858921 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.466;QD=43.486;RBI=0.0354237;REFB=0;REVB=0.0199965;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00084278;OID=.;OPOS=41858921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr19 41869392 . T C 733.28 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.751;QD=56.4058;RBI=0.0468512;REFB=0;REVB=0.0307793;RO=0;SAF=44;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151883;OID=.;OPOS=41869392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:48:52:1:4:44:0:0:6:46:0:0 chr19 41889748 . T C 1658.4 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7675;QD=60.3056;RBI=0.0579391;REFB=0;REVB=0.00516014;RO=0;SAF=45;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116596;OID=.;OPOS=41889748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:65:45:0:0:65:45:0:0 chr19 41903220 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.946;QD=60.2305;RBI=0.0228365;REFB=0;REVB=0.0119253;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113855;OID=.;OPOS=41903220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr19 41928652 . C T 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7881;QD=53.9058;RBI=0.116058;REFB=0;REVB=0.0235038;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00376812;OID=.;OPOS=41928652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr19 41930396 . A G 511.17 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.092;QD=56.797;RBI=0.0183626;REFB=-0.170937;REVB=-0.0129587;RO=1;SAF=10;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444566;STB=0.521726;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00426136;OID=.;OPOS=41930396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:35:36:1:1:34:35:0.972222:24:10:1:0:24:11:1:0 chr19 41932084 . G T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0462358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.162;QD=34.6647;RBI=0.0466323;REFB=-0.1393;REVB=-0.00606779;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538386;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0046504;OID=.;OPOS=41932084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:6:4:0:0:6:4:0:1 chr19 41932120 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.746;QD=39.2066;RBI=0.0407151;REFB=0;REVB=0.0102872;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068989;OID=.;OPOS=41932120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr19 41932275 . T C 354.53 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4205;QD=54.5426;RBI=0.12619;REFB=0;REVB=0.103914;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022058;OID=.;OPOS=41932275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:12:14:0:0 chr19 42070360 . C T 260.29 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0293744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.719;QD=18.9301;RBI=0.0403237;REFB=-0.00925029;REVB=0.0276251;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190404;STB=0.510631;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0085041;OID=.;OPOS=42070360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:12:16:16:11:12:16:16:11 chr19 42070528 . G C 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0162458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.683;QD=13.9113;RBI=0.0164022;REFB=-0.0101128;REVB=0.00225933;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592832;STB=0.534038;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00831482;OID=.;OPOS=42070528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:13:18:11:10:13:18 chr19 42071167 . T G 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0115748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.892;QD=24.9293;RBI=0.0119236;REFB=-0.0118477;REVB=0.00286319;RO=19;SAF=9;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377535;STB=0.520941;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00945827;OID=.;OPOS=42071167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:16:9:6:13:16:9:6:13 chr19 42071289 . T C 2389.84 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00529227;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3838;QD=60.5023;RBI=0.00694123;REFB=-0.0365872;REVB=0.00449139;RO=0;SAF=97;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502564;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000230471;OID=.;OPOS=42071289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:158:0:1:157:157:0.993671:60:97:0:0:60:97:1:0 chr19 42083673 . T C 392.17 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.000445008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.185;QD=14.6607;RBI=0.000906417;REFB=-0.0123528;REVB=-0.000789657;RO=61;SAF=22;SAR=23;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00298251;STB=0.502908;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0161183;OID=.;OPOS=42083673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:62:45:45:0.420561:23:22:30:31:23:22:30:32 chr19 42083739 . A AGAC 414.13 PASS AF=0.43;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.00269382;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=271.777;QD=16.5651;RBI=0.0181541;REFB=-0.00842361;REVB=-0.0179531;RO=59;SAF=25;SAR=18;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19511;STB=0.610267;STBP=0.068;TYPE=ins;VARB=0.0100408;OID=.;OPOS=42083740;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=AGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43:43:102:43:100:57:25:18:22:35:99:59:25:18:23:36 chr19 42083820 . C G 337.37 PASS AF=0.467532;AO=34;DP=75;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00959843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.672;QD=17.5255;RBI=0.015657;REFB=-0.0258031;REVB=0.0123698;RO=41;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456975;STB=0.523243;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0327731;OID=.;OPOS=42083820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:41:41:34:36:0.467532:19:15:20:21:20:16:20:21 chr19 42083849 . C A 309.29 PASS AF=0.485714;AO=30;DP=66;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0363679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4819;QD=17.6734;RBI=0.046353;REFB=-0.0374252;REVB=-0.0287397;RO=36;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106278;STB=0.51612;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.031257;OID=.;OPOS=42083849;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:36:36:30:34:0.485714:19:11:17:19:19:15:17:19 chr19 42085873 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.785;QD=61.684;RBI=0.0246877;REFB=0;REVB=0.0191406;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41129e-05;OID=.;OPOS=42085873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr19 42132273 . C T 323.01 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.812;QD=53.8346;RBI=0.03196;REFB=0;REVB=0.0250805;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188842;OID=.;OPOS=42132273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr19 42132314 . G C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.346;QD=49.5969;RBI=0.0456191;REFB=0;REVB=0.0274564;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398565;OID=.;OPOS=42132314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr19 42190859 . A T 1181.65 PASS AF=0.975309;AO=80;DP=80;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0152426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7249;QD=58.353;RBI=0.0194844;REFB=0.0245164;REVB=0.0121369;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512192;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00515652;OID=.;OPOS=42190859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:81:0:2:80:79:0.975309:39:41:0:0:39:40:2:0 chr19 42213944 . A C 518.42 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00953309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.434;QD=22.7878;RBI=0.00965654;REFB=-0.0110033;REVB=-0.00153914;RO=40;SAF=15;SAR=34;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151485;STB=0.574807;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00775872;OID=.;OPOS=42213944;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:42:49:49:0.538462:34:15:19:21:34:15:19:23 chr19 42221607 . A G 696.78 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0560937;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.163;QD=59.3007;RBI=0.0561657;REFB=-0.00271201;REVB=-0.00284248;RO=1;SAF=18;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025382;STB=0.509087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00076417;OID=.;OPOS=42221607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:44:46:0.978723:26:18:1:0:27:19:0:1 chr19 42265889 . G T 194.84 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0461612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9038;QD=12.5702;RBI=0.0606122;REFB=-0.0149392;REVB=-0.0392808;RO=35;SAF=18;SAR=6;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47073;STB=0.773218;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0311899;OID=.;OPOS=42265889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:38:24:24:0.387097:6:18:10:25:6:18:11:27 chr19 42315281 . G T 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0139367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.398;QD=22.1886;RBI=0.0202501;REFB=-0.00847369;REVB=0.0146913;RO=22;SAF=16;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706889;STB=0.539649;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00689175;OID=.;OPOS=42315281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:8:16:13:9:8:16:13:9 chr19 42342319 . A G 137.69 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00148968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.968;QD=18.992;RBI=0.0134583;REFB=-0.00452824;REVB=-0.0133756;RO=14;SAF=2;SAR=13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515364;STB=0.798426;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0172527;OID=.;OPOS=42342319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:13:2:9:5:13:2:9:5 chr19 42354629 . T C 264.81 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.030759;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.751;QD=17.6539;RBI=0.0457493;REFB=-0.0121637;REVB=-0.0338657;RO=31;SAF=18;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693006;STB=0.538895;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0137102;OID=.;OPOS=42354629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:31:31:29:29:0.483333:11:18:17:14:11:18:17:14 chr19 42463447 . C T 669.36 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0725081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.906;QD=62.2656;RBI=0.0829036;REFB=0;REVB=0.0401943;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025726;OID=.;OPOS=42463447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:24:19:0:0 chr19 42489516 . A C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.958;QD=60.5473;RBI=0.0382633;REFB=0;REVB=0.0247889;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07854e-05;OID=.;OPOS=42489516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:28:47:0:0:28:47:0:0 chr19 42572986 . AC AT,GT 225.52 PASS AF=0.5,0;AO=20,2;DP=45;FAO=22,0;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12,0;FSAR=10,0;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0312487,-0.0124021;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=83.6196,103.63;QD=20.5014;RBI=0.0315616,0.0469061;REFB=-0.0410336,-0.0298637;REVB=0.00443314,-0.0452368;RO=21;SAF=10,2;SAR=10,0;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0215333,0.514114;STB=0.522801,0.5;STBP=0.724,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0329876,0;OID=.,.;OPOS=42572987,42572986;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:21:22:20,2:22,0:0.5,0:10,0:10,2:10:11:10,0:12,0:11:11 chr19 42736267 . A G 1356.69 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0637459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.801;QD=62.3765;RBI=0.0678752;REFB=0;REVB=0.0233132;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.90965e-05;OID=.;OPOS=42736267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:44:42:0:0:44:43:0:0 chr19 42882829 . TA T 199.69 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0527427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9972;QD=15.0711;RBI=0.0570831;REFB=-0.00810903;REVB=0.0218331;RO=30;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06165;STB=0.552195;STBP=0.561;TYPE=del;VARB=0.00663454;OID=.;OPOS=42882830;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433962:22:52:23:53:30:8:15:8:22:99:30:7:15:8:22 chr19 43243217 . AA GG 869.33 PASS AF=0.455882;AO=91;DP=202;FAO=93;FDP=204;FR=.;FRO=111;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=52;FSRR=59;FWDB=0.00497941;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=2;MLLD=127.157;QD=17.0457;RBI=0.0184109;REFB=-0.00261377;REVB=0.0177248;RO=110;SAF=39;SAR=52;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351049;STB=0.527191;STBP=0.473;TYPE=mnp;VARB=0.00322005;OID=.;OPOS=43243217;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:204:110:111:91:93:0.455882:52:39:51:59:54:39:52:59 chr19 43243238 . A G 717.33 PASS AF=0.450292;AO=77;DP=171;FAO=77;FDP=171;FR=.;FRO=94;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.0115857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.88;QD=16.7795;RBI=0.0127848;REFB=-0.0031037;REVB=-0.00540568;RO=94;SAF=28;SAR=49;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097106;STB=0.554055;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00464861;OID=.;OPOS=43243238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:94:94:77:77:0.450292:49:28:43:51:49:28:43:51 chr19 43371292 . A T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0149965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.647;QD=14.9787;RBI=0.0221678;REFB=-0.0239361;REVB=-0.0163253;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501495;STB=0.529352;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0140971;OID=.;OPOS=43371292;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:6:5:4:6:6:5 chr19 43371294 . C A 69.46 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0796038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.292;QD=13.2314;RBI=0.139203;REFB=-0.0897999;REVB=0.114196;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873356;STB=0.567442;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.057579;OID=.;OPOS=43371294;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:21:10:10:10:11:0.52381:4:6:5:5:4:7:5:5 chr19 43372386 . T C 1044.82 PASS AF=0.526316;AO=100;DP=190;FAO=100;FDP=190;FR=.;FRO=90;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=0.0202181;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.228;QD=21.9963;RBI=0.0207597;REFB=0.00473928;REVB=-0.00471121;RO=90;SAF=50;SAR=50;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866204;STB=0.547359;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00505137;OID=.;OPOS=43372386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:90:90:100:100:0.526316:50:50:36:54:50:50:36:54 chr19 43372941 . T C 233.41 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=15;FWDB=-0.00399105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.677;QD=10.6096;RBI=0.0114368;REFB=-0.00722992;REVB=-0.0107178;RO=58;SAF=24;SAR=5;SRF=43;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150766;STB=0.585301;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00964708;OID=.;OPOS=43372941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:59:29:29:0.329545:5:24:43:15:5:24:44:15 chr19 43382368 . T G 690.23 PASS AF=0.424581;AO=76;DP=180;FAO=76;FDP=179;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=-0.0152856;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5239;QD=15.4241;RBI=0.0187444;REFB=-0.00103742;REVB=0.0108491;RO=103;SAF=37;SAR=39;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214689;STB=0.517592;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00213763;OID=.;OPOS=43382368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:103:103:76:76:0.424581:39:37:48:55:39:37:47:56 chr19 43382374 . C G 733.89 PASS AF=0.436464;AO=79;DP=181;FAO=79;FDP=181;FR=.;FRO=102;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.0175549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.68;QD=16.2186;RBI=0.0203143;REFB=-0.0109789;REVB=-0.0102224;RO=102;SAF=38;SAR=41;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105626;STB=0.505884;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0150474;OID=.;OPOS=43382374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:102:102:79:79:0.436464:41:38:48:54:41:38:48:54 chr19 43383680 . G T 589.84 PASS AF=0.541284;AO=59;DP=109;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0116362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1322;QD=21.6453;RBI=0.0164045;REFB=-0.00796942;REVB=-0.0115632;RO=50;SAF=25;SAR=34;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138874;STB=0.507621;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00574811;OID=.;OPOS=43383680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:50:59:59:0.541284:34:25:22:28:34:25:22:28 chr19 43420451 . G C 935.11 PASS AF=0.480198;AO=97;DP=202;FAO=97;FDP=202;FR=.;FRO=105;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=57;FSRR=48;FWDB=-0.013202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.636;QD=18.5169;RBI=0.0132386;REFB=-0.023506;REVB=0.000983333;RO=105;SAF=50;SAR=47;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025868;STB=0.514262;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.028243;OID=.;OPOS=43420451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:105:105:97:97:0.480198:47:50:57:48:47:50:57:48 chr19 43433805 . A G 316.46 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=42;FWDB=-0.0186766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.922;QD=15.251;RBI=0.0196733;REFB=-0.00318818;REVB=0.0061823;RO=48;SAF=7;SAR=28;SRF=6;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132012;STB=0.573733;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00543819;OID=.;OPOS=43433805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:28:7:6:42:28:7:6:42 chr19 43439793 . G A 2333.14 PASS AF=0.993289;AO=146;DP=148;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=109;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00718133;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.743;QD=62.6347;RBI=0.00808935;REFB=-0.00552809;REVB=0.00372372;RO=1;SAF=107;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120365;STB=0.506328;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00049254;OID=.;OPOS=43439793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:149:1:1:146:148:0.993289:39:107:0:1:39:109:0:1 chr19 43519362 . C T 2239.52 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00357062;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.735;QD=63.5325;RBI=0.0154317;REFB=0;REVB=0.0150129;RO=0;SAF=65;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78419e-05;OID=.;OPOS=43519362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:139:141:1:74:65:0:0:75:66:0:0 chr19 43519442 . T C 1774.21 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0352297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.67;QD=59.1402;RBI=0.0550703;REFB=0.090232;REVB=0.0423273;RO=2;SAF=55;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169556;STB=0.508927;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.000179026;OID=.;OPOS=43519442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:118:118:0.983333:63:55:2:0:63:55:2:0 chr19 43529026 . CA TG 1785.86 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00120093;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=190.52;QD=61.0552;RBI=0.00144433;REFB=0;REVB=-0.000802403;RO=0;SAF=55;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.44336e-07;OID=.;OPOS=43529026;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:62:55:0:0:62:55:0:0 chr19 43679410 . A G 2158.57 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101765;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.827;QD=63.0239;RBI=0.0502585;REFB=0;REVB=0.0492174;RO=0;SAF=82;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84364e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51435e-05;OID=.;OPOS=43679410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:135:137:1:53:82:0:0:55:82:0:0 chr19 43680051 . C T 1829.14 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0347314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.66;QD=59.4843;RBI=0.0408297;REFB=-0.0753875;REVB=0.0214661;RO=2;SAF=84;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111759;STB=0.505881;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.000326885;OID=.;OPOS=43680051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:2:2:121:121:0.98374:37:84:2:0:37:84:2:0 chr19 43680147 . C T 716.23 PASS AF=0.514706;AO=70;DP=136;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=19;FWDB=-0.0290005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.352;QD=21.0655;RBI=0.0323975;REFB=-0.026273;REVB=0.0144417;RO=65;SAF=43;SAR=27;SRF=47;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103511;STB=0.551256;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0160355;OID=.;OPOS=43680147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:65:66:70:70:0.514706:27:43:47:18:27:43:47:19 chr19 43687589 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00140616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0564;QD=20.0168;RBI=0.0425956;REFB=0.000232968;REVB=0.0425724;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172046;STB=0.597335;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000715447;OID=.;OPOS=43687589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:11:7:10:7:11:7:10:7 chr19 43687613 . T C 216.99 PASS AF=0.525;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00988515;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.762;QD=21.6992;RBI=0.0259725;REFB=0.00416944;REVB=0.0240177;RO=18;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146124;STB=0.595089;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00276222;OID=.;OPOS=43687613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:19:21:21:0.525:13:8:10:8:13:8:11:8 chr19 43689004 . G A 367.12 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.000326272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.763;QD=14.397;RBI=0.00652428;REFB=-0.00556508;REVB=0.00651612;RO=59;SAF=15;SAR=27;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109014;STB=0.567416;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00669907;OID=.;OPOS=43689004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:60:42:42:0.411765:27:15:27:32:27:15:28:32 chr19 43690506 . G C 1119.92 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.616;QD=59.729;RBI=0.0453239;REFB=0;REVB=0.0433654;RO=1;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171877;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53705e-05;OID=.;OPOS=43690506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:75:1:0:70:75:1:27:43:0:1:28:47:0:0 chr19 43699278 . A G 331.52 PASS AF=0.349206;AO=38;DP=122;FAO=44;FDP=126;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.0178295;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.331;QD=10.5245;RBI=0.0180703;REFB=-0.00790064;REVB=-0.00294012;RO=81;SAF=16;SAR=22;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100167;STB=0.522717;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0164751;OID=.;OPOS=43699278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:126:81:82:38:44:0.349206:22:16:41:40:23:21:42:40 chr19 43699336 . T C 1770.14 PASS AF=0.96748;AO=117;DP=123;FAO=119;FDP=123;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00641688;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.978;QD=57.5657;RBI=0.0224884;REFB=-0.133926;REVB=0.0215535;RO=4;SAF=48;SAR=69;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104091;STB=0.50519;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0061281;OID=.;OPOS=43699336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:123:123:4:4:117:119:0.96748:69:48:1:3:71:48:1:3 chr19 43699417 . A G 2048.19 PASS AF=1;AO=123;DP=127;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391893;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8747;QD=62.0663;RBI=0.0813249;REFB=0;REVB=0.0712596;RO=0;SAF=56;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.60146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490132;OID=.;OPOS=43699417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:132:0:0:123:132:1:67:56:0:0:76:56:0:0 chr19 43702342 . C T 1519.77 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123957;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.092;QD=63.3238;RBI=0.0175086;REFB=0;REVB=0.0123652;RO=0;SAF=57;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78384e-05;OID=.;OPOS=43702342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:94:96:1:37:57:0:0:37:59:0:0 chr19 43708100 . T A 1144.98 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3595;QD=59.4795;RBI=0.089144;REFB=-0.0497659;REVB=0.0748222;RO=1;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141235;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103605;OID=.;OPOS=43708100;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:77:1:0:76:77:1:33:43:0:1:34:43:0:0 chr19 43708926 . G T 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00817346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.188;QD=36.3482;RBI=0.0209511;REFB=-0.0883128;REVB=0.0192911;RO=1;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599362;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00655789;OID=.;OPOS=43708926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:4:7:1:0:4:7:1:0 chr19 43708968 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.225;QD=42.1826;RBI=0.0167718;REFB=0;REVB=0.0159326;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89358e-05;OID=.;OPOS=43708968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr19 43708977 . TTC T,TT,TTT 105.0 PASS AF=0,0.8,0.2;AO=2,5,3;DP=11;FAO=0,8,2;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,1;FSAR=0,2,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171493,0.0156739,0.0142401;FXX=0.0908265;HRUN=3,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=267.908,276.877,274.692;QD=41.9998;RBI=0.0659767,0.0635197,0.0616043;REFB=0,0,0;REVB=0.063709,0.0615555,0.0599358;RO=0;SAF=0,5,2;SAR=2,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0406873,0.00194922,-0.0158424;OID=.,.,.;OPOS=43708978,43708979,43708979;OREF=TC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.8,0.2:2,5,3:11:0,8,2:10:0:0,6,1:0,2,1:0:0:9:0:0,5,2:2,0,1:0:0 chr19 43709619 . C T 544.48 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8939;QD=57.3133;RBI=0.0713238;REFB=0.0137552;REVB=0.0633449;RO=1;SAF=28;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164281;STB=0.50847;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00107118;OID=.;OPOS=43709619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:36:37:0.973684:8:28:1:0:8:29:1:0 chr19 43709647 . G A 723.08 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153669;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.715;QD=62.8764;RBI=0.102048;REFB=0;REVB=0.100885;RO=1;SAF=36;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128795;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015079;OID=.;OPOS=43709647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:1:0:45:46:1:9:36:1:0:10:36:0:0 chr19 43709654 . C A 733.95 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.837;QD=62.4635;RBI=0.0925688;REFB=0;REVB=0.0905438;RO=0;SAF=37;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133582;OID=.;OPOS=43709654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:9:37:0:0:10:37:0:0 chr19 43709656 . C G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.549;QD=63.5815;RBI=0.0417807;REFB=0;REVB=0.0109325;RO=0;SAF=37;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86717e-05;OID=.;OPOS=43709656;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:10:37:0:0:10:37:0:0 chr19 43766104 . C T 353.14 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0355031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.523;QD=16.2362;RBI=0.0364111;REFB=-0.0362567;REVB=-0.00808049;RO=49;SAF=17;SAR=21;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123795;STB=0.569584;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0460084;OID=.;OPOS=43766104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:21:17:28:21:21:17:28:21 chr19 43772270 . G T 729.79 PASS AF=0.60177;AO=68;DP=116;FAO=68;FDP=113;FR=.;FRO=45;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=-0.0322881;FXX=0.0258598;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5302;QD=25.8333;RBI=0.0467787;REFB=0.0487407;REVB=0.0338485;RO=45;SAF=37;SAR=31;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159006;STB=0.586128;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.031755;OID=.;OPOS=43772270;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:113:45:45:68:68:0.60177:31:37:34:11:31:37:34:11 chr19 43772302 . C T 536.3 PASS AF=0.504505;AO=54;DP=109;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0202124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.381;QD=19.3262;RBI=0.0292537;REFB=-0.0162536;REVB=-0.021148;RO=52;SAF=29;SAR=25;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840623;STB=0.531219;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.014441;OID=.;OPOS=43772302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:52:55:54:56:0.504505:25:29:23:29:26:30:26:29 chr19 43773532 . G C 318.76 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=67;FAO=22;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0165372;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.988;QD=19.3188;RBI=0.0388676;REFB=-0.0296058;REVB=0.035174;RO=25;SAF=1;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.648096;STB=0.729258;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0972681;OID=.;OPOS=43773532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:25:30:17:22:0.333333:16:1:13:12:17:5:18:12 chr19 43773572 . G A 320.09 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.139211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3193;QD=16.0045;RBI=0.148001;REFB=-0.0383233;REVB=0.0502449;RO=44;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141413;STB=0.501786;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0455082;OID=.;OPOS=43773572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:45:35:35:0.4375:17:18:22:22:17:18:23:22 chr19 43773599 . T C 1245.96 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000836842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2087;QD=61.529;RBI=0.00188208;REFB=0;REVB=0.0016858;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17014e-05;OID=.;OPOS=43773599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr19 43857873 . G C 469.53 PASS AF=0.47;AO=38;DP=91;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0377496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.313;QD=18.7813;RBI=0.0396603;REFB=-0.0249983;REVB=-0.0121617;RO=53;SAF=20;SAR=18;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215856;STB=0.538445;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0268662;OID=.;OPOS=43857873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:100:53:53:38:47:0.47:18:20:29:24:18:29:29:24 chr19 43864426 . C T 228.88 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.000950848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.485;QD=11.8897;RBI=0.0208855;REFB=-0.0045834;REVB=-0.0208638;RO=49;SAF=19;SAR=9;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299482;STB=0.672756;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0043418;OID=.;OPOS=43864426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:9:19:20:29:9:19:20:29 chr19 43865692 . G A 222.54 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0958947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1763;QD=49.4533;RBI=0.234961;REFB=0;REVB=0.214501;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00864194;OID=.;OPOS=43865692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:14:18:1:6:8:0:0:10:8:0:0 chr19 43883273 . G C 492.9 PASS AF=0.698413;AO=43;DP=63;FAO=44;FDP=63;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0116825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.111;QD=31.2955;RBI=0.011951;REFB=-0.0264201;REVB=-0.00251918;RO=18;SAF=26;SAR=17;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17867;STB=0.583175;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0105827;OID=.;OPOS=43883273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:18:19:43:44:0.698413:17:26:5:13:18:26:6:13 chr19 43910764 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.894;QD=59.8372;RBI=0.0266998;REFB=0;REVB=0.0239462;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163183;OID=.;OPOS=43910764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr19 43912131 . A C 469.1 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.023569;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.844;QD=15.1324;RBI=0.0244497;REFB=-0.00860116;REVB=0.00650327;RO=70;SAF=23;SAR=29;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174503;STB=0.597074;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0149596;OID=.;OPOS=43912131;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:70:72:52:52:0.419355:29:23:43:27:29:23:44:28 chr19 43998863 . G C 40.3 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.000607672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.726;QD=14.6549;RBI=0.0260478;REFB=-0.0122738;REVB=-0.0260407;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0115419;OID=.;OPOS=43998863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:2:3:3:3:2:3 chr19 44047550 . T C 175.41 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6539;QD=46.7761;RBI=0.0491372;REFB=0;REVB=-0.0448836;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000996999;OID=.;OPOS=44047550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr19 44047826 . T A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.248;QD=57.3856;RBI=0.0684131;REFB=0;REVB=0.00877659;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166348;OID=.;OPOS=44047826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr19 44055726 . T C 288.31 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0132763;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.918;QD=22.6125;RBI=0.0144957;REFB=-0.0569604;REVB=0.00581951;RO=22;SAF=7;SAR=21;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264406;STB=0.628649;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0473164;OID=.;OPOS=44055726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:28:29:0.568627:21:7:12:10:21:8:12:10 chr19 44057574 . G A 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0181245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.176;QD=10.973;RBI=0.0192196;REFB=-0.0130533;REVB=0.00639509;RO=31;SAF=10;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104373;STB=0.562414;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0236607;OID=.;OPOS=44057574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:5:10:18:13:5:10:18:13 chr19 44081288 . A C,G 811.66 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=4,51;DP=55;FAO=4,54;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=4,32;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00078093,0.0156345;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.56,58.829;QD=55.9766;RBI=0.00347062,0.0473951;REFB=0,0;REVB=-0.00338162,0.0447421;RO=0;SAF=4,32;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.2152e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.139273,-0.000651959;OID=.,.;OPOS=44081288,44081288;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:55:58:0:0:4,51:4,54:0.0689655,0.931034:0,19:4,32:0:0:0,22:4,32:0:0 chr19 44082791 . T C 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0213376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.747;QD=20.4561;RBI=0.0354022;REFB=-0.00992876;REVB=0.0282493;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172443;STB=0.596906;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0103304;OID=.;OPOS=44082791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:8:9:11:4:8:9:11:4 chr19 44082945 . T C 283.35 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017996;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.01;QD=49.2785;RBI=0.018003;REFB=-0.0719234;REVB=0.000503218;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.518502;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000859554;OID=.;OPOS=44082945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:13:9:0:0:13:9:0:1 chr19 44098963 . C G 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.048;QD=64.0209;RBI=0.0414737;REFB=0;REVB=0.0382056;RO=0;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18614e-05;OID=.;OPOS=44098963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:59:39:0:0:59:39:0:0 chr19 44126738 . G A 97.79 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=8;FWDB=-0.0110248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.826;QD=7.11173;RBI=0.0162043;REFB=-0.00233363;REVB=0.0118758;RO=37;SAF=12;SAR=2;SRF=32;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190804;STB=0.571317;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00595674;OID=.;OPOS=44126738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:54:55:37:41:14:14:0.254545:2:12:32:5:2:12:33:8 chr19 44303065 . GCG GG,GGG,GGT 171.28 PASS AF=0,0.866667,0.133333;AO=2,11,2;DP=15;FAO=0,13,2;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,0;FSAR=0,7,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451658,0.0339651,0.0402565;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=172.112,188.443,153.763;QD=45.6745;RBI=0.0523866,0.0366361,0.0563625;REFB=0,0,0;REVB=0.0265407,0.0137323,0.039448;RO=0;SAF=0,6,0;SAR=2,5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.000937751,0.0186888,-0.0410262;OID=.,.,.;OPOS=44303066,44303066,44303066;OREF=C,C,CG;OALT=-,G,GT;OMAPALT=GG,GGG,GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.866667,0.133333:2,11,2:15:0,13,2:15:0:0,6,0:0,7,2:0:0:9:0:0,6,0:2,5,2:0:0 chr19 44377357 . C T 557.62 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.194;QD=60.2835;RBI=0.0249496;REFB=0;REVB=0.0171321;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152014;OID=.;OPOS=44377357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:35:37:1:21:14:0:0:23:14:0:0 chr19 44377669 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.587;QD=52.6131;RBI=0.0220402;REFB=0;REVB=-0.0135892;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000276813;OID=.;OPOS=44377669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr19 44417575 . A G 833.37 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8312;QD=55.5579;RBI=0.0548193;REFB=-0.0226408;REVB=-0.0507207;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149779;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000213384;OID=.;OPOS=44417575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:28:31:1:0:28:31:1:0 chr19 44418077 . C T 825.81 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0382722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8017;QD=54.1512;RBI=0.0513818;REFB=-0.0384864;REVB=0.0342831;RO=1;SAF=33;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140845;STB=0.514701;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00838618;OID=.;OPOS=44418077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:61:1:2:59:59:0.967213:26:33:1:0:26:33:2:0 chr19 44418343 . C T 731.24 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00703768;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.91;QD=53.1812;RBI=0.0109726;REFB=-0.0942245;REVB=0.00841837;RO=2;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00194369;STB=0.501032;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000661726;OID=.;OPOS=44418343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:55:2:2:53:53:0.963636:25:28:1:1:25:28:1:1 chr19 44418544 . A G 1007.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291732;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8156;QD=59.2632;RBI=0.0314518;REFB=0;REVB=-0.0117533;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133622;OID=.;OPOS=44418544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr19 44418680 . G C 453.89 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000828115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.14;QD=51.8735;RBI=0.0180863;REFB=0.016526;REVB=0.0180674;RO=2;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00343954;STB=0.500866;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00086217;OID=.;OPOS=44418680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:35:2:2:32:33:0.942857:17:15:1:1:17:16:1:1 chr19 44418693 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.645;QD=58.5877;RBI=0.0219059;REFB=0;REVB=0.00844959;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123539;OID=.;OPOS=44418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr19 44418824 . C T 1327.81 PASS AF=0.956522;AO=88;DP=92;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00777534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1392;QD=57.7308;RBI=0.0084161;REFB=-0.00215445;REVB=0.00322099;RO=3;SAF=47;SAR=41;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292867;STB=0.520404;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.000374042;OID=.;OPOS=44418824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:92:92:3:4:88:88:0.956522:41:47:3:0:41:47:4:0 chr19 44419030 . A G 575.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.734;QD=60.5996;RBI=0.0593087;REFB=0;REVB=0.058997;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264527;OID=.;OPOS=44419030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr19 44470189 . T A 345.95 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0410449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.517;QD=51.2519;RBI=0.0459849;REFB=-0.12266;REVB=0.0207348;RO=1;SAF=7;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617183;STB=0.533307;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0017865;OID=.;OPOS=44470189;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:1:1:25:26:0.962963:18:7:1:0:19:7:1:0 chr19 44470420 . T C 635.88 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178685;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.009;QD=62.0371;RBI=0.0273277;REFB=0;REVB=0.0206765;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.48083e-06;OID=.;OPOS=44470420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr19 44470548 . A G 313.17 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0185523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.407;QD=50.1066;RBI=0.0470537;REFB=-0.13864;REVB=-0.0432419;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440445;STB=0.52379;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0392534;OID=.;OPOS=44470548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:1:1:23:24:0.96:10:13:0:1:10:14:0:1 chr19 44470663 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0020773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.207;QD=61.684;RBI=0.00670407;REFB=0;REVB=-0.00637412;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14494e-05;OID=.;OPOS=44470663;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr19 44471209 . T A 804.33 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00548119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.788;QD=64.3461;RBI=0.00620442;REFB=0;REVB=0.00290712;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3405e-05;OID=.;OPOS=44471209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr19 44471323 . G A 788.46 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0381004;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.011;QD=55.3307;RBI=0.056088;REFB=-0.0235984;REVB=0.041161;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149682;STB=0.507934;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=8.43981e-05;OID=.;OPOS=44471323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:1:1:56:56:0.982456:31:25:0:1:31:25:0:1 chr19 44494215 . T C 687.97 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6062;QD=62.5426;RBI=0.102089;REFB=0;REVB=0.0713389;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225989;OID=.;OPOS=44494215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:25:17:0:0:27:17:0:0 chr19 44496070 . A G 961.72 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015886;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.287;QD=57.4159;RBI=0.0171864;REFB=0.0152708;REVB=0.00655794;RO=1;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149975;STB=0.507934;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=1.26816e-05;OID=.;OPOS=44496070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:1:1:66:66:0.985075:31:35:0:1:31:35:0:1 chr19 44500478 . A T 735.46 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.997;QD=55.5067;RBI=0.0408065;REFB=0;REVB=0.0398964;RO=1;SAF=22;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209274;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336388;OID=.;OPOS=44500478;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:1:0:52:53:1:30:22:1:0:30:23:0:0 chr19 44500761 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.09;QD=60.2306;RBI=0.0170305;REFB=0;REVB=0.0168488;RO=0;SAF=30;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5724e-05;OID=.;OPOS=44500761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:7:30:0:0:7:30:0:0 chr19 44501116 . A G 503.42 PASS AF=0.9;AO=35;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0371821;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.467;QD=50.3419;RBI=0.0372048;REFB=-0.12818;REVB=0.00130067;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346204;STB=0.562465;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00416159;OID=.;OPOS=44501116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:40:40:1:4:35:36:0.9:22:13:1:0:22:14:4:0 chr19 44501227 . A G 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1281;QD=61.6737;RBI=0.037429;REFB=0;REVB=0.0359761;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427536;OID=.;OPOS=44501227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr19 44501518 . G A 1525.6 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.118;QD=59.8274;RBI=0.013425;REFB=0;REVB=0.00698322;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2724e-05;OID=.;OPOS=44501518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:49:53:0:0:49:53:0:0 chr19 44511223 . T G 1175.17 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120626;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2466;QD=61.0476;RBI=0.0201327;REFB=0;REVB=0.0161189;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22443e-05;OID=.;OPOS=44511223;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr19 44515352 . T G 376.59 PASS AF=0.535211;AO=37;DP=70;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0147161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.281;QD=21.2164;RBI=0.016033;REFB=-0.00558733;REVB=0.00636336;RO=31;SAF=17;SAR=20;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733571;STB=0.545633;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0053165;OID=.;OPOS=44515352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:31:33:37:38:0.535211:20:17:17:14:21:17:18:15 chr19 44515514 . C A 409.65 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0222379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8681;QD=20.7417;RBI=0.0249682;REFB=-0.0151975;REVB=-0.0113528;RO=38;SAF=24;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752523;STB=0.541672;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0132638;OID=.;OPOS=44515514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:17:24:19:19:17:24:19:19 chr19 44564981 . G A 463.88 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00604462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.643;QD=19.3285;RBI=0.0168053;REFB=-0.0191818;REVB=-0.0156806;RO=49;SAF=27;SAR=19;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110052;STB=0.556294;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0198435;OID=.;OPOS=44564981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:50:46:46:0.479167:19:27:23:26:19:27:24:26 chr19 44570551 . G A 274.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.000194131;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.635;QD=23.859;RBI=0.000255587;REFB=-0.0481478;REVB=-0.000166247;RO=20;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759698;STB=0.555713;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0389312;OID=.;OPOS=44570551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:20:21:25:25:0.543478:16:9:9:11:16:9:10:11 chr19 44589999 . TCTC T 153.88 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00158496;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=236.666;QD=16.1983;RBI=0.0437322;REFB=-0.0285221;REVB=-0.0437035;RO=21;SAF=13;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459074;STB=0.752359;STBP=0.015;TYPE=del;VARB=0.0310269;OID=.;OPOS=44590000;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447368:16:39:17:38:21:14:3:9:12:99:21:13:3:8:13 chr19 44591360 . G A 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.24;QD=58.0583;RBI=0.0312299;REFB=0;REVB=0.0297555;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47107e-05;OID=.;OPOS=44591360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr19 44610665 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.639;QD=62.9826;RBI=0.0621737;REFB=0;REVB=0.0260936;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151237;OID=.;OPOS=44610665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr19 44610798 . A T 750.96 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302961;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.078;QD=63.9116;RBI=0.0398238;REFB=0;REVB=0.0258473;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020655;OID=.;OPOS=44610798;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr19 44611066 . T C 508.97 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0057334;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9653;QD=58.1674;RBI=0.00724439;REFB=0;REVB=-0.00442825;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222381;OID=.;OPOS=44611066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:35:0:0:33:35:1:23:10:0:0:24:11:0:0 chr19 44611420 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.78;QD=62.9829;RBI=0.026243;REFB=0;REVB=0.00671807;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76281e-05;OID=.;OPOS=44611420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr19 44612005 . A G 756.6 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.257;QD=63.0497;RBI=0.0311929;REFB=0;REVB=0.0293376;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54095e-05;OID=.;OPOS=44612005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:17:28:0:0:17:31:0:0 chr19 44612014 . A T 727.38 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.433;QD=57.0492;RBI=0.0499121;REFB=0;REVB=0.013938;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66196e-05;OID=.;OPOS=44612014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:17:32:0:0:18:33:0:0 chr19 44612231 . A G 535.72 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00496566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.0259;QD=54.9454;RBI=0.00730387;REFB=-0.122293;REVB=0.00535619;RO=2;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042533;STB=0.522715;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00431752;OID=.;OPOS=44612231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:21:16:0:2:21:16:0:2 chr19 44652954 . G A 1190.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.318;QD=61.0479;RBI=0.058401;REFB=0;REVB=0.0529929;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119113;OID=.;OPOS=44652954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:32:46:0:0:32:46:0:0 chr19 44660967 . A G 143.58 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0316487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5307;QD=33.7846;RBI=0.0501287;REFB=-0.0276473;REVB=-0.0388748;RO=3;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530824;STB=0.52937;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00654243;OID=.;OPOS=44660967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:7:7:1:2:7:7:1:2 chr19 44721699 . C T 315.6 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0160803;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.155;QD=17.2929;RBI=0.0177578;REFB=-0.023522;REVB=0.00753416;RO=38;SAF=17;SAR=17;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199474;STB=0.616374;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0501905;OID=.;OPOS=44721699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:38:39:34:34:0.465753:17:17:27:11:17:17:28:11 chr19 44739303 . T C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0108263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1995;QD=21.8389;RBI=0.0561168;REFB=0.00464283;REVB=0.0550626;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00667542;OID=.;OPOS=44739303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:1:1:3:3:1:1 chr19 44739399 . T C 56.4 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.000559839;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.116;QD=9.80784;RBI=0.0657112;REFB=0.00779561;REVB=0.0657088;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319318;STB=0.697155;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00906359;OID=.;OPOS=44739399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:8:7:6:2:8:7 chr19 44764064 . A G 1659.5 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2145;QD=60.3455;RBI=0.0151739;REFB=0;REVB=-0.0149271;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.36936e-05;OID=.;OPOS=44764064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:61:49:0:0:61:49:0:0 chr19 44778405 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.953;QD=49.5992;RBI=0.0496577;REFB=0;REVB=0.0456508;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236376;OID=.;OPOS=44778405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr19 44778797 . T A 207.4 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0167961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.002;QD=24.3999;RBI=0.0196563;REFB=-0.0196748;REVB=-0.0102109;RO=14;SAF=4;SAR=16;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42059;STB=0.736585;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0285308;OID=.;OPOS=44778797;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:16:4:10:4:16:4:10:4 chr19 44778799 . G A 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.033997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3263;QD=25.3153;RBI=0.0502492;REFB=-0.0494491;REVB=-0.0370026;RO=13;SAF=4;SAR=16;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439417;STB=0.746401;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0250748;OID=.;OPOS=44778799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:16:4:10:3:16:4:10:3 chr19 44792701 . T G 246.77 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0213636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.862;QD=17.9467;RBI=0.0838307;REFB=-0.021275;REVB=0.0810628;RO=28;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888254;STB=0.549892;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0251556;OID=.;OPOS=44792701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:10:17:15:13:10:17:15:13 chr19 44792969 . G A 303.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.4;QD=52.7532;RBI=0.0218992;REFB=0;REVB=-0.0144781;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161556;OID=.;OPOS=44792969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr19 44832684 . T G 1163.33 PASS AF=0.975;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0312316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.019;QD=58.1665;RBI=0.0317687;REFB=-0.0182577;REVB=0.00581709;RO=1;SAF=26;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017855;STB=0.504672;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.000126347;OID=.;OPOS=44832684;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:80:1:2:78:78:0.975:52:26:1:0:52:26:1:1 chr19 44832875 . A G 710.29 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00570365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.748;QD=54.6377;RBI=0.0122569;REFB=-0.114546;REVB=0.010849;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184631;STB=0.5098;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=8.30813e-05;OID=.;OPOS=44832875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:26:25:1:0:26:25:1:0 chr19 44832992 . C G 923.15 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614313;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5699;QD=58.6125;RBI=0.00621401;REFB=0;REVB=0.000935885;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42956e-05;OID=.;OPOS=44832992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr19 44833506 . C T 1230.83 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1955;QD=60.0405;RBI=0.0595299;REFB=-0.128207;REVB=0.0583545;RO=1;SAF=39;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119868;STB=0.506328;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00230967;OID=.;OPOS=44833506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:42:39:1:0:42:39:1:0 chr19 44833851 . G C 1167.5 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924684;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.839;QD=60.6493;RBI=0.0505101;REFB=0;REVB=0.0496565;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188868;OID=.;OPOS=44833851;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:32:43:0:0:34:43:0:0 chr19 44840789 . T C 1133.87 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.899;QD=60.473;RBI=0.0358363;REFB=0;REVB=0.0344983;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37357e-05;OID=.;OPOS=44840789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:39:34:0:0:40:35:0:0 chr19 44891784 . T C 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0120882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.64;QD=19.7627;RBI=0.0138633;REFB=-0.0159689;REVB=0.00678714;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109815;STB=0.561746;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00786095;OID=.;OPOS=44891784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:10:13:17:8:10:13:17:8 chr19 44898662 . C T 77.23 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00579166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2565;QD=13.4307;RBI=0.0364599;REFB=0.0153528;REVB=0.035997;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538234;STB=0.8268;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.010803;OID=.;OPOS=44898662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:9:1:7:6:9:1:7:6 chr19 44930880 . G A 3121.48 PASS AF=1;AO=194;DP=196;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192847;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.977;QD=64.0303;RBI=0.0238755;REFB=0;REVB=-0.0140763;RO=0;SAF=105;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171386;OID=.;OPOS=44930880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:195:0:0:194:195:1:89:105:0:0:90:105:0:0 chr19 44932972 . C T 164.88 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0291356;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.355;QD=13.4594;RBI=0.0300615;REFB=-0.0158321;REVB=-0.00740346;RO=31;SAF=2;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434434;STB=0.761548;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0149475;OID=.;OPOS=44932972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:31:31:18:18:0.367347:16:2:12:19:16:2:12:19 chr19 44933504 . G A 219.08 PASS AF=0.385714;AO=26;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00164986;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.914;QD=12.5189;RBI=0.0524731;REFB=-0.0151745;REVB=0.0524472;RO=43;SAF=19;SAR=7;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304094;STB=0.6536;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0299788;OID=.;OPOS=44933504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:26:27:0.385714:7:19:20:23:8:19:20:23 chr19 44933706 . C T 236.04 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0144815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9234;QD=19.2687;RBI=0.0146323;REFB=0.000131315;REVB=-0.00209539;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885263;STB=0.549957;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000500815;OID=.;OPOS=44933706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:12:11:10:16:12:11:10:16 chr19 44933947 . G A 321.19 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0143549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7237;QD=16.2628;RBI=0.0208609;REFB=-0.00603618;REVB=0.0151365;RO=42;SAF=20;SAR=15;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023711;STB=0.511105;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00776436;OID=.;OPOS=44933947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:44:35:35:0.443038:15:20:25:17:15:20:26:18 chr19 44934489 . G A 1100.45 PASS AF=0.975;AO=75;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0362164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4296;QD=55.0226;RBI=0.088205;REFB=-0.0927885;REVB=0.080427;RO=5;SAF=49;SAR=26;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578887;STB=0.517237;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00736697;OID=.;OPOS=44934489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:80:80:5:2:75:78:0.975:26:49:1:4:28:50:0:2 chr19 44934653 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0115916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6503;QD=11.0199;RBI=0.0120927;REFB=-0.010045;REVB=-0.00344473;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0117871;OID=.;OPOS=44934653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:4:4:3:3:4:4 chr19 44981318 . G A 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0242912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.454;QD=17.8385;RBI=0.0249036;REFB=-0.00505239;REVB=-0.0054891;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316706;STB=0.678349;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00616212;OID=.;OPOS=44981318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:2:12:7:7:2:12 chr19 44981525 . G A 67.26 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0215253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8247;QD=13.4523;RBI=0.0258559;REFB=-0.0137905;REVB=0.0143244;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545355;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.014133;OID=.;OPOS=44981525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:11:9:9:0.45:4:5:5:4:4:5:7:4 chr19 44981883 . C G 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0153668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.627;QD=16.0718;RBI=0.0155935;REFB=-0.00644821;REVB=-0.00264903;RO=35;SAF=21;SAR=8;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777943;STB=0.54401;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00921018;OID=.;OPOS=44981883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:8:21:23:12:8:21:23:12 chr19 44983567 . C G 419.94 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.00420531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.754;QD=14.7346;RBI=0.00647054;REFB=-0.00441364;REVB=-0.00491764;RO=66;SAF=28;SAR=20;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132915;STB=0.574749;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00625936;OID=.;OPOS=44983567;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:66:48:48:0.421053:20:28:30:36:20:28:30:36 chr19 45001346 . G A 143.9 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.000980655;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6906;QD=11.0688;RBI=0.00517743;REFB=-0.00227894;REVB=-0.00508371;RO=32;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527664;STB=0.524973;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00935092;OID=.;OPOS=45001346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:34:18:18:0.346154:7:11:21:11:7:11:22:12 chr19 45016990 . CT C 1776.72 PASS AF=1;AO=141;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226668;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.0779;QD=48.3462;RBI=0.105301;REFB=0;REVB=0.102832;RO=0;SAF=65;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.52843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000651244;OID=.;OPOS=45016991;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:141:146:147:147:0:67:80:0:0:32:0:65:76:0:0 chr19 45021210 . G A 162.76 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=0.0306743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8518;QD=10.8504;RBI=0.0649094;REFB=-0.000598214;REVB=0.0572042;RO=39;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345661;STB=0.696765;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00363429;OID=.;OPOS=45021210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:11:10:7:32:11:10:7:32 chr19 45029208 . G A 251.99 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00155397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.16;QD=15.0441;RBI=0.0028335;REFB=-0.0131812;REVB=0.00236937;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037685;STB=0.505151;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0360462;OID=.;OPOS=45029208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:38:29:29:0.432836:14:15:20:16:14:15:20:18 chr19 45050747 . C T 341.29 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0330354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.112;QD=25.758;RBI=0.0330518;REFB=-0.000490948;REVB=-0.00103876;RO=20;SAF=22;SAR=11;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319176;STB=0.674895;STBP=0;TYPE=snp;VARB=9.81922e-05;OID=.;OPOS=45050747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:11:22:4:16:11:22:4:16 chr19 45050756 . T C 139.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0205615;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.855;QD=12.1715;RBI=0.020565;REFB=-0.00956471;REVB=0.000379549;RO=30;SAF=4;SAR=12;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452231;STB=0.765633;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0149803;OID=.;OPOS=45050756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:30:30:16:16:0.347826:12:4:20:10:12:4:20:10 chr19 45121424 . G A 293.36 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0148651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.901;QD=14.8536;RBI=0.0161817;REFB=-0.0344237;REVB=0.00639352;RO=45;SAF=18;SAR=15;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333569;STB=0.524461;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0501809;OID=.;OPOS=45121424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:46:33:33:0.417722:15:18:26:19:15:18:27:19 chr19 45162038 . A G 1548.53 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1714;QD=63.857;RBI=0.0577731;REFB=0;REVB=0.0553674;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457164;OID=.;OPOS=45162038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:41:56:0:0:41:56:0:0 chr19 45206632 . T C 252.62 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0122562;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.836;QD=19.0657;RBI=0.0130042;REFB=-0.00966369;REVB=0.0043468;RO=26;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563638;STB=0.531456;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0132758;OID=.;OPOS=45206632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:16:11:9:17:16:11:9:17 chr19 45261705 . C T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0152049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.658;QD=18.2511;RBI=0.0254131;REFB=-0.008636;REVB=-0.0203626;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285636;STB=0.66213;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0137734;OID=.;OPOS=45261705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:11:4:9:6:11:4 chr19 45284266 . A C 289.4 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0139395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.465;QD=32.156;RBI=0.014128;REFB=-0.0136463;REVB=-0.00229963;RO=11;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869597;STB=0.547634;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00605597;OID=.;OPOS=45284266;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:36:36:11:11:25:25:0.694444:13:12:7:4:13:12:7:4 chr19 45316804 . C T 189.05 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.126241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.013;QD=21.0057;RBI=0.131362;REFB=-0.0317505;REVB=0.0363204;RO=17;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140662;STB=0.579531;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0334658;OID=.;OPOS=45316804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:6:13:9:8:6:13:9:8 chr19 45316807 . C T 188.95 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0136514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.103;QD=20.9941;RBI=0.101875;REFB=-0.0128819;REVB=0.100956;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591671;STB=0.521716;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0095154;OID=.;OPOS=45316807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:7:12:9:7:7:12:10:7 chr19 45389224 . A G 499.94 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0376935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.76;QD=54.0473;RBI=0.0903554;REFB=-0.173802;REVB=-0.0821176;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022817;STB=0.503935;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00146461;OID=.;OPOS=45389224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:37:37:1:2:35:35:0.945946:20:15:0:1:20:15:1:1 chr19 45392254 . C T 73.36 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00535191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.185;QD=9.46574;RBI=0.00731384;REFB=-0.0039634;REVB=0.00498491;RO=21;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473356;STB=0.788884;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0268986;OID=.;OPOS=45392254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:2:8:8:13:2:8:8:13 chr19 45395714 . T C 259.18 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0380544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.9848;QD=14.2017;RBI=0.0723044;REFB=0.0102058;REVB=-0.06148;RO=41;SAF=18;SAR=12;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365546;STB=0.502855;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.0139245;OID=.;OPOS=45395714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:43:30:30:0.410959:12:18:26:15:12:18:26:17 chr19 45397307 . C T 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.020308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.754;QD=20.8118;RBI=0.0281369;REFB=-0.0113918;REVB=-0.0194749;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266171;STB=0.649224;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.010046;OID=.;OPOS=45397307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:14:9:16:7:14:9:16:7 chr19 45409167 . C G 432.92 PASS AF=0.465347;AO=45;DP=94;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.00478368;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.774;QD=17.1454;RBI=0.007712;REFB=-0.0162113;REVB=0.00604908;RO=48;SAF=13;SAR=32;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489525;STB=0.533547;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.014913;OID=.;OPOS=45409167;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:101:48:54:45:47:0.465347:32:13:16:32:33:14:19:35 chr19 45448036 . T C 747.25 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.759;QD=63.5959;RBI=0.0816726;REFB=0;REVB=-0.0816074;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.63441e-05;OID=.;OPOS=45448036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:22:24:0:0:22:25:0:0 chr19 45448465 . T G 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0285313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.611;QD=16.884;RBI=0.0317414;REFB=-0.0231065;REVB=-0.0139098;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226093;STB=0.62946;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0198784;OID=.;OPOS=45448465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:6:11:6:9:6:11 chr19 45452694 . G GT 242.14 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00430593;FXX=0.0289813;HRUN=0;LEN=1;MLLD=292.254;QD=14.4561;RBI=0.00599726;REFB=-0.0111174;REVB=-0.00417446;RO=39;SAF=11;SAR=16;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162315;STB=0.599928;STBP=0.178;TYPE=ins;VARB=0.01505;OID=.;OPOS=45452695;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.41791:27:69:28:67:39:11:17:22:17:99:39:11:16:22:17 chr19 45476422 . T C 1225.1 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.584;QD=61.255;RBI=0.031268;REFB=0;REVB=-1.71746e-05;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5381e-05;OID=.;OPOS=45476422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:80:0:0:76:80:1:40:36:0:0:40:40:0:0 chr19 45488567 . T C 106.77 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.877;QD=38.8263;RBI=0.242326;REFB=0;REVB=0.242162;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0034161;OID=.;OPOS=45488567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:11:0:0:9:11:1:2:7:0:0:4:7:0:0 chr19 45490570 . A G 205.36 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0058667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6965;QD=12.8351;RBI=0.0505661;REFB=-0.0195092;REVB=-0.0502247;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619774;STB=0.535552;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0294336;OID=.;OPOS=45490570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:13:12:21:18:13:12:21:18 chr19 45490636 . T C 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00506535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2289;QD=17.753;RBI=0.0147592;REFB=-0.0172244;REVB=-0.0138627;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355086;STB=0.519984;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.023453;OID=.;OPOS=45490636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:13:12:14:13:13:12:14:13 chr19 45561063 . A G 1036.06 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000226689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9221;QD=56.7704;RBI=0.00784738;REFB=0.0447689;REVB=-0.0078441;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137051;STB=0.514282;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0108398;OID=.;OPOS=45561063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:71:71:0.972603:34:37:0:1:34:37:0:2 chr19 45594170 . A G 63.94 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00424549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.909;QD=7.99222;RBI=0.0157396;REFB=-0.00919898;REVB=-0.0151562;RO=23;SAF=7;SAR=2;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231342;STB=0.646702;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0247123;OID=.;OPOS=45594170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:32:32:23:23:9:9:0.28125:2:7:14:9:2:7:14:9 chr19 45594504 . C G 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0115894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.629;QD=16.9415;RBI=0.0115895;REFB=-0.00880887;REVB=-4.55809e-05;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187431;STB=0.606688;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00808249;OID=.;OPOS=45594504;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:10:9:16:8:10:9:16:8 chr19 45683448 . T A 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0103375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.751;QD=13.5807;RBI=0.0103446;REFB=-0.00438243;REVB=0.000382674;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610216;STB=0.535478;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00696606;OID=.;OPOS=45683448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:7:10:18:10:7:10:18:10 chr19 45790001 . T A 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0670465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6437;QD=36.3456;RBI=0.0686876;REFB=-0.121107;REVB=-0.014925;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.007927;OID=.;OPOS=45790001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:6:5:0:0:6:5:0:1 chr19 45801018 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.777;QD=33.4284;RBI=0.0234058;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00068031;OID=.;OPOS=45801018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr19 45806609 . A G 609.71 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0196523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4999;QD=56.7175;RBI=0.0250505;REFB=-0.0948815;REVB=0.0155344;RO=1;SAF=11;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407439;STB=0.541646;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00493136;OID=.;OPOS=45806609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:30:11:1:0:30:11:2:0 chr19 45810035 . A G 330.48 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0276644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8478;QD=50.8429;RBI=0.0276744;REFB=-0.0418731;REVB=-0.000745244;RO=1;SAF=17;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026521;STB=0.514274;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00152076;OID=.;OPOS=45810035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:8:17:1:0:8:17:1:0 chr19 45818835 . A G 696.31 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.495;QD=61.8941;RBI=0.0282506;REFB=0;REVB=-0.0198838;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95108e-06;OID=.;OPOS=45818835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:23:20:0:0:24:21:0:0 chr19 45849909 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.081;QD=55.655;RBI=0.0284121;REFB=0;REVB=-0.00329134;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194767;OID=.;OPOS=45849909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr19 45854919 . T G 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.359;QD=61.6814;RBI=0.0197257;REFB=0;REVB=0.0153856;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20665e-05;OID=.;OPOS=45854919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr19 45855524 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.857;QD=56.9382;RBI=0.0408253;REFB=0;REVB=0.0244859;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147485;OID=.;OPOS=45855524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:16:37:0:0:16:37:0:0 chr19 45865001 . G GA 129.54 PASS AF=1;AO=2;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156304;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=80.7005;QD=39.857;RBI=0.15852;REFB=0;REVB=0.026413;RO=11;SAF=2;SAR=0;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.622114;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00422499;OID=.;OPOS=45865002;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:13:13:13:0:6:7:0:0:4:11:2:0:4:7 chr19 45865002 . C A 105.15 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0330426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.938;QD=32.3525;RBI=0.0390445;REFB=-0.00690681;REVB=-0.0208004;RO=2;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178335;STB=0.599815;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.000668785;OID=.;OPOS=45865002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:7:4:2:0:7:4:2:0 chr19 45867259 . C T 62.12 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0811871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.104;QD=35.498;RBI=0.081663;REFB=0;REVB=0.00880291;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254073;OID=.;OPOS=45867259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:5:7:1:2:3:0:0:3:4:0:0 chr19 45868309 . T G 483.17 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.568;QD=58.5655;RBI=0.0554624;REFB=0;REVB=0.0518666;RO=0;SAF=26;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530458;OID=.;OPOS=45868309;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:7:26:0:0:7:26:0:0 chr19 45873469 . C T 401.06 PASS AF=0.584615;AO=17;DP=66;FAO=38;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00339158;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.587;QD=24.6804;RBI=0.274676;REFB=-0.0304588;REVB=-0.274655;RO=8;SAF=14;SAR=3;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203272;STB=0.515781;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.014801;OID=.;OPOS=45873469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:8:27:17:38:0.584615:3:14:8:0:24:14:9:18 chr19 45911871 . GA G 54.68 PASS AF=0.645161;AO=13;DP=32;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.104725;FXX=0.0312402;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.51079;QD=7.05604;RBI=0.123383;REFB=-0.147667;REVB=0.0652382;RO=12;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23066;STB=0.526289;STBP=0.757;TYPE=del;VARB=0.137811;OID=.;OPOS=45911872;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.645161:13:32:20:31:11:6:14:4:7:29:12:2:11:4:8 chr19 45971961 . C G 74.2 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0870756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4303;QD=5.60014;RBI=0.0984509;REFB=0.00257922;REVB=-0.0459393;RO=39;SAF=10;SAR=1;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.624576;STB=0.911425;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0119441;OID=.;OPOS=45971961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:51:53:39:42:11:11:0.207547:1:10:16:23:1:10:16:26 chr19 45978375 . A G 257.04 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0168572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8309;QD=23.3673;RBI=0.0259113;REFB=-0.0378473;REVB=-0.0196782;RO=20;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638945;STB=0.535684;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0295879;OID=.;OPOS=45978375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:15:9:9:11:15:9:9:11 chr19 45998346 . C A 166.72 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0488873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5992;QD=15.5089;RBI=0.0707271;REFB=0.0136862;REVB=0.0511112;RO=25;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223322;STB=0.629478;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0154291;OID=.;OPOS=45998346;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:13:5:12:13:13:5:12:13 chr19 46002766 . G T 32.67 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0422001;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.647;QD=9.33532;RBI=0.0512311;REFB=-0.018494;REVB=0.0290478;RO=9;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386659;STB=0.748928;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.110564;OID=.;OPOS=46002766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:14:14:9:9:5:5:0.357143:4:1:5:4:4:1:5:4 chr19 46026970 . T A 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0372422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.864;QD=15.619;RBI=0.0714414;REFB=0.0269078;REVB=0.0609664;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966124;STB=0.543992;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.0277123;OID=.;OPOS=46026970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:8:10:11:13:8:10:12:13 chr19 46029981 . T C 556.46 PASS AF=0.407643;AO=64;DP=158;FAO=64;FDP=157;FR=.;FRO=93;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.00667882;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8589;QD=14.1773;RBI=0.0400456;REFB=0.00574305;REVB=0.0394848;RO=93;SAF=38;SAR=26;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832037;STB=0.546803;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0072903;OID=.;OPOS=46029981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:93:93:64:64:0.407643:26:38:48:45:26:38:48:45 chr19 46057081 . A G 322.22 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00382311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.753;QD=28.0194;RBI=0.0260851;REFB=-0.0513912;REVB=-0.0258034;RO=18;SAF=20;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405259;STB=0.522372;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.021984;OID=.;OPOS=46057081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:8:20:12:6:8:20:12:6 chr19 46095651 . A G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0258781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.656;QD=21.2669;RBI=0.0379621;REFB=-0.0254267;REVB=-0.0277749;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602254;STB=0.533859;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0266779;OID=.;OPOS=46095651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:6:11:10:4:6:11:10:4 chr19 46129999 . C A 100.11 PASS AF=0.361111;AO=10;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.088408;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=64.6742;QD=11.1231;RBI=0.089802;REFB=-0.00908698;REVB=0.0157615;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155187;STB=0.59308;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0809061;OID=.;OPOS=46129999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:23:10:13:0.361111:5:5:6:11:6:7:9:14 chr19 46154806 . T C 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0604248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.32;QD=20.2097;RBI=0.0813171;REFB=-0.0514115;REVB=0.054418;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125599;STB=0.594448;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0162769;OID=.;OPOS=46154806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:9:10:13:13:0.565217:8:5:5:4:8:5:6:4 chr19 46154820 . G A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.000817252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.1424;QD=21.5465;RBI=0.00621021;REFB=-0.0480967;REVB=0.0061562;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182643;STB=0.603508;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0171153;OID=.;OPOS=46154820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:9:5:6:4:9:5:6:4 chr19 46154902 . G GC 134.29 PASS AF=0.475;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00510075;FXX=0.0243843;HRUN=0;LEN=1;MLLD=190.282;QD=13.4285;RBI=0.0067277;REFB=-0.0102508;REVB=0.00438683;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17182;STB=0.558841;STBP=0.479;TYPE=ins;VARB=0.00355868;OID=.;OPOS=46154903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475:19:44:19:40:21:7:12:10:11:99:24:7:12:13:11 chr19 46154906 . C CT 149.93 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.015125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=348.11;QD=14.9928;RBI=0.0242229;REFB=-0.00396052;REVB=0.0189204;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901606;STB=0.550969;STBP=0.483;TYPE=ins;VARB=0.00481211;OID=.;OPOS=46154907;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:20:40:20:40:20:8:12:10:10:99:20:8:12:10:10 chr19 46216642 . G T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0154695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.874;QD=9.44485;RBI=0.0354976;REFB=-0.00833534;REVB=-0.0319495;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357304;STB=0.719306;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0115527;OID=.;OPOS=46216642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:3:7:2:4:3:7 chr19 46248558 . G A 181.23 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0528354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.686;QD=16.4758;RBI=0.0556164;REFB=-0.0164789;REVB=-0.0173666;RO=25;SAF=4;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313043;STB=0.681608;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0341092;OID=.;OPOS=46248558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:15:4:12:13:15:4:12:13 chr19 46269075 . G GA 113.67 PASS AF=1;AO=2;DP=16;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155881;FXX=0.312305;HRUN=0;LEN=1;MLLD=161.956;QD=41.3347;RBI=0.156259;REFB=0;REVB=-0.0108615;RO=14;SAF=2;SAR=0;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.608678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.004691;OID=.;OPOS=46269076;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:16:11:11:0:5:6:0:0:3:14:2:0:5:9 chr19 46269076 . G A 147.7 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0197509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.542;QD=36.9247;RBI=0.0382179;REFB=-0.143819;REVB=0.0327187;RO=2;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150537;STB=0.583212;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00194844;OID=.;OPOS=46269076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:16:16:2:2:14:14:0.875:9:5:2:0:9:5:2:0 chr19 46269313 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0562671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.114;QD=37.4885;RBI=0.0619971;REFB=0;REVB=0.0260318;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000617781;OID=.;OPOS=46269313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr19 46275976 . G C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3269;QD=53.2747;RBI=0.0693284;REFB=0;REVB=0.0653505;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057783;OID=.;OPOS=46275976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr19 46282503 . A C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.387;QD=58.5878;RBI=0.0312712;REFB=0;REVB=-0.028979;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57562e-05;OID=.;OPOS=46282503;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr19 46287200 . C G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.196;QD=55.0975;RBI=0.0437058;REFB=0;REVB=0.0301687;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346213;OID=.;OPOS=46287200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr19 46289392 . G C 526.29 PASS AF=0.844444;AO=38;DP=45;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0151144;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=222.393;QD=46.7814;RBI=0.0260909;REFB=-0.213549;REVB=0.0212671;RO=4;SAF=32;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171689;STB=0.571388;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0021812;OID=.;OPOS=46289392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:4:7:38:38:0.844444:6:32:1:3:6:32:4:3 chr19 46318907 . T C 226.93 PASS AF=0.402985;AO=25;DP=64;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0408126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.792;QD=13.548;RBI=0.0421339;REFB=-0.018172;REVB=-0.0104688;RO=39;SAF=9;SAR=16;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318504;STB=0.676946;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0203806;OID=.;OPOS=46318907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:39:40:25:27:0.402985:16:9:26:13:17:10:27:13 chr19 46341824 . C T 754.57 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0310914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.491;QD=54.8779;RBI=0.0311357;REFB=-0.0521275;REVB=-0.0016607;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177809;STB=0.50943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00019695;OID=.;OPOS=46341824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:28:26:1:0:28:26:1:0 chr19 46352122 . A G 851.15 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000792817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9856;QD=57.7049;RBI=0.107172;REFB=0;REVB=-0.107169;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121289;OID=.;OPOS=46352122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr19 46404579 . A G 745.38 PASS AF=1;AO=41;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.22;QD=63.4364;RBI=0.0723081;REFB=0;REVB=0.0325663;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488229;OID=.;OPOS=46404579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:41:47:1:22:19:0:0:26:21:0:0 chr19 46443886 . C A 81.4 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233818;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.726;QD=40.7013;RBI=0.0233818;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297277;OID=.;OPOS=46443886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr19 46457160 . A G 464.01 PASS AF=0.422764;AO=53;DP=123;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.00868231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.876;QD=15.0899;RBI=0.0214752;REFB=-0.0155829;REVB=-0.0196419;RO=70;SAF=27;SAR=26;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485354;STB=0.536571;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0293171;OID=.;OPOS=46457160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:70:71:53:52:0.422764:26:27:39:31:26:26:40:31 chr19 46498353 . C G 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00654593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.264;QD=16.7315;RBI=0.0107502;REFB=-0.0129453;REVB=-0.00852752;RO=36;SAF=12;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568635;STB=0.531979;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0150527;OID=.;OPOS=46498353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:19:12:16:20:19:12:16:20 chr19 46520026 . A G 884.08 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00479667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.808;QD=55.2549;RBI=0.00846267;REFB=0;REVB=0.006972;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670801;OID=.;OPOS=46520026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:64:0:0:56:64:1:41:15:0:0:48:16:0:0 chr19 46627592 . G A 208.76 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0231629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.914;QD=13.6894;RBI=0.0308712;REFB=-0.0250272;REVB=-0.0204086;RO=34;SAF=7;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182393;STB=0.625075;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0166057;OID=.;OPOS=46627592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:36:25:25:0.409836:18:7:15:19:18:7:17:19 chr19 46811984 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0665268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.959;QD=47.8223;RBI=0.0688993;REFB=0;REVB=0.0179247;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000732157;OID=.;OPOS=46811984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr19 46815499 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3305;QD=48.736;RBI=0.0285111;REFB=0;REVB=-0.00469132;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116785;OID=.;OPOS=46815499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr19 46815705 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0275;QD=50.4133;RBI=0.0534298;REFB=0;REVB=-0.0145018;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112316;OID=.;OPOS=46815705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr19 46857015 . C T 454.98 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0171138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.218;QD=16.5447;RBI=0.0180393;REFB=-0.0149288;REVB=0.00570387;RO=60;SAF=24;SAR=26;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520899;STB=0.529058;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0161585;OID=.;OPOS=46857015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:60:60:50:50:0.454545:26:24:32:28:26:24:32:28 chr19 46893810 . G A 108.03 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0806398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4761;QD=13.094;RBI=0.085294;REFB=-0.0201689;REVB=0.02779;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121279;STB=0.571317;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0339628;OID=.;OPOS=46893810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:5:8:10:10:5:8:10:10 chr19 46914921 . G A 59.23 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0187603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.219;QD=15.7945;RBI=0.0418338;REFB=-0.0157868;REVB=0.0373915;RO=7;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539065;STB=0.822615;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0220449;OID=.;OPOS=46914921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:1:7:2:5:1:7:2:5 chr19 46973981 . G A 294.2 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0277031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.133;QD=17.5642;RBI=0.0277414;REFB=-0.010743;REVB=-0.00145843;RO=35;SAF=9;SAR=23;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985579;STB=0.555398;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00621012;OID=.;OPOS=46973981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:23:9:13:22:23:9:13:22 chr19 46974233 . G A 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00482107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.798;QD=17.4898;RBI=0.00573096;REFB=-0.0222036;REVB=0.00309857;RO=28;SAF=23;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356937;STB=0.707525;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0217347;OID=.;OPOS=46974233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:30:28:28:0.482759:5:23:14:14:5:23:15:15 chr19 47030234 . T C 41.97 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0165469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.338;QD=4.41832;RBI=0.0199353;REFB=-0.00515236;REVB=-0.0111182;RO=31;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525429;STB=0.856124;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0317844;OID=.;OPOS=47030234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:1:6:13:18:1:6:13:18 chr19 47177913 . A G 822.09 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0812215;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.413;QD=57.6906;RBI=0.0817634;REFB=0;REVB=0.00939775;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604582;OID=.;OPOS=47177913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr19 47184991 . C T 124.11 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0126289;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.295;QD=16.0139;RBI=0.0165904;REFB=-0.00698775;REVB=-0.0107588;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150849;STB=0.587032;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00658921;OID=.;OPOS=47184991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:10:7:8:6:10:7 chr19 47223543 . T C 752.27 PASS AF=0.55814;AO=71;DP=128;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=16;FWDB=-0.00594064;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.313;QD=23.3261;RBI=0.072774;REFB=-0.0237771;REVB=-0.0725312;RO=54;SAF=40;SAR=31;SRF=41;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161803;STB=0.568789;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0171402;OID=.;OPOS=47223543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:54:57:71:72:0.55814:31:40:41:13:31:41:41:16 chr19 47543774 . G A 1035.96 PASS AF=0.576471;AO=97;DP=169;FAO=98;FDP=170;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=22;FSRR=50;FWDB=0.0501474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9789;QD=24.3755;RBI=0.0638313;REFB=-0.0106857;REVB=0.0394927;RO=72;SAF=37;SAR=60;SRF=22;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641428;STB=0.537268;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0095004;OID=.;OPOS=47543774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:72:72:97:98:0.576471:60:37:22:50:60:38:22:50 chr19 47548678 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.020933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.331;QD=16.199;RBI=0.0228662;REFB=-0.00818922;REVB=-0.00920187;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00879152;OID=.;OPOS=47548678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr19 47570790 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.00458925;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=342.142;QD=18.8207;RBI=0.00909106;REFB=-0.00384527;REVB=-0.00784768;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374176;STB=0.708064;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00285393;OID=.;OPOS=47570790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:10:0:5:7:10:0 chr19 47570906 . A G 286.75 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=-0.00753802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.228;QD=15.2931;RBI=0.0516071;REFB=-0.00280376;REVB=-0.0510536;RO=40;SAF=21;SAR=11;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428377;STB=0.74104;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00405892;OID=.;OPOS=47570906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:43:32:32:0.426667:11:21:8:32:11:21:9:34 chr19 47585517 . G C 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.037681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.37;QD=18.4978;RBI=0.0376906;REFB=-0.00209954;REVB=-0.000848965;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660356;STB=0.536959;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00304793;OID=.;OPOS=47585517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:13:14:12:15:13:14:12:15 chr19 47588325 . G A 147.93 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0059832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5743;QD=18.4916;RBI=0.0120078;REFB=0.0245678;REVB=0.010411;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151806;STB=0.564438;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0229035;OID=.;OPOS=47588325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:9:7:4:11:9:7:5:11 chr19 47593449 . G A 154.14 PASS AF=0.357143;AO=19;DP=55;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0250823;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.829;QD=11.0098;RBI=0.0590802;REFB=-0.00581869;REVB=0.0534916;RO=36;SAF=5;SAR=14;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464566;STB=0.775597;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0199924;OID=.;OPOS=47593449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:36:36:19:20:0.357143:14:5:25:11:15:5:25:11 chr19 47761646 . G C 253.58 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.18;QD=50.7158;RBI=0.0537113;REFB=0;REVB=0.0527484;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233158;OID=.;OPOS=47761646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:5:14:0:0:6:14:0:0 chr19 47768128 . G C 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.858;QD=57.6735;RBI=0.048204;REFB=0;REVB=0.0248685;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403434;OID=.;OPOS=47768128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr19 47770015 . A C 805.06 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00826864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4091;QD=64.4046;RBI=0.0784517;REFB=0;REVB=0.0780147;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810381;OID=.;OPOS=47770015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr19 47773647 . C T 885.0 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0202306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.638;QD=53.6366;RBI=0.0301374;REFB=-0.137106;REVB=0.022338;RO=3;SAF=41;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00149779;STB=0.500794;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00198611;OID=.;OPOS=47773647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:66:66:3:3:63:63:0.954545:22:41:2:1:22:41:2:1 chr19 47774447 . G A 191.16 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.748;QD=47.7903;RBI=0.121932;REFB=0;REVB=0.0017459;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000941114;OID=.;OPOS=47774447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:11:5:0:0 chr19 47774572 . C T 289.16 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.388;QD=52.5748;RBI=0.0758489;REFB=0;REVB=0.0626028;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755672;OID=.;OPOS=47774572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr19 47774665 . TGAG T 379.89 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415588;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=3;MLLD=213.873;QD=56.2804;RBI=0.0444712;REFB=0;REVB=0.0158289;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000214102;OID=.;OPOS=47774666;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:28:27:27:0:11:16:0:0:4:0:10:16:0:0 chr19 47774772 . T C 173.8 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.548;QD=46.3474;RBI=0.0642628;REFB=0;REVB=0.0611282;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116033;OID=.;OPOS=47774772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:9:6:0:0 chr19 47813165 . G A 160.5 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0354262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.204;QD=18.3433;RBI=0.0530129;REFB=-0.0133921;REVB=0.0394379;RO=17;SAF=13;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339574;STB=0.683978;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0227323;OID=.;OPOS=47813165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:4:13:7:10:4:13:8:10 chr19 47823038 . G A 289.12 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5683;QD=52.5663;RBI=0.0519173;REFB=0;REVB=-0.024914;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00208628;OID=.;OPOS=47823038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr19 47823484 . T C 674.36 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207764;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.235;QD=62.7315;RBI=0.0207876;REFB=0;REVB=0.000683276;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20349e-05;OID=.;OPOS=47823484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr19 47823871 . G T 1135.17 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000343951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.384;QD=60.5423;RBI=0.00966969;REFB=0;REVB=-0.00966357;RO=0;SAF=51;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27545e-05;OID=.;OPOS=47823871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:24:51:0:0:24:51:0:0 chr19 47883157 . TGGAGGA T 42.87 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00677961;FXX=0;HRUN=2;LEN=6;MLLD=291.538;QD=7.79392;RBI=0.0198369;REFB=-0.0109182;REVB=-0.0186424;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143714;STB=0.637842;STBP=0.455;TYPE=del;VARB=0.0264163;OID=.;OPOS=47883158;OREF=GGAGGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:7:20:7:22:15:6:1:11:4:42:12:6:1:11:1 chr19 47935352 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.241;QD=51.1818;RBI=0.043334;REFB=0;REVB=-0.0419993;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189837;OID=.;OPOS=47935352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr19 47978671 . G A 270.67 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00219604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1257;QD=23.0361;RBI=0.0249767;REFB=-0.00761256;REVB=0.0248799;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388191;STB=0.530588;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00923744;OID=.;OPOS=47978671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:22:24:25:0.531915:12:12:10:12:12:13:10:12 chr19 47980153 . G A 150.99 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00814118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.028;QD=11.1846;RBI=0.0385183;REFB=-0.00824778;REVB=0.0376481;RO=34;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117865;STB=0.562579;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0191899;OID=.;OPOS=47980153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:35:19:19:0.351852:14:5:12:22:14:5:12:23 chr19 47996010 . C T 154.33 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0092098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.419;QD=10.6436;RBI=0.00983021;REFB=-0.00760276;REVB=0.00343695;RO=35;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254668;STB=0.531566;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0174096;OID=.;OPOS=47996010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:38:20:20:0.344828:13:7:13:22:13:7:15:23 chr19 48000071 . CCTT C 151.21 PASS AF=0.364865;AO=26;DP=76;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0186823;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=3;MLLD=257.707;QD=8.17337;RBI=0.0190056;REFB=-0.0140176;REVB=0.00349037;RO=47;SAF=6;SAR=20;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400319;STB=0.737834;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0167645;OID=.;OPOS=48000072;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.364865:26:76:27:74:47:6:21:27:20:99:47:6:20:27:20 chr19 48042976 . C T 152.78 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0463876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4254;QD=21.8263;RBI=0.0467561;REFB=-0.0321309;REVB=0.00585862;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633569;STB=0.53567;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0269334;OID=.;OPOS=48042976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:7:5:8:8:7:5 chr19 48047821 . C T 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0161403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.467;QD=8.508;RBI=0.0161993;REFB=-0.0055793;REVB=0.00138166;RO=31;SAF=11;SAR=1;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415831;STB=0.768653;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0138555;OID=.;OPOS=48047821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:1:11:22:9:1:11:22:9 chr19 48244194 . A G 107.99 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0133281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.149;QD=13.0901;RBI=0.0419404;REFB=-0.0125235;REVB=-0.0397662;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064306;STB=0.537678;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0266607;OID=.;OPOS=48244194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:12:8:6:7:12:8 chr19 48244569 . G A 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0642589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0082;QD=26.8486;RBI=0.0697273;REFB=-0.0296502;REVB=0.0270681;RO=7;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595398;STB=0.533288;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0361323;OID=.;OPOS=48244569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:10:5:3:4:10:5:3:4 chr19 48255804 . A G 120.36 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0105775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.028;QD=24.072;RBI=0.0155112;REFB=-0.0182157;REVB=-0.0113452;RO=7;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155171;STB=0.58809;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0277083;OID=.;OPOS=48255804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:10:3:3:4:10:3:3:4 chr19 48259797 . A G 85.73 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00813599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.885;QD=11.8248;RBI=0.00813601;REFB=-0.00888131;REVB=-1.94984e-05;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766352;STB=0.52825;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0242632;OID=.;OPOS=48259797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:5:6:8:9:5:6:9:9 chr19 48282077 . C CGCAGCGG 39.92 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0207625;FXX=0.179441;HRUN=0;LEN=7;MLLD=279.924;QD=4.98942;RBI=0.0270828;REFB=-0.00218834;REVB=-0.0173895;RO=33;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403469;STB=0.722836;STBP=0.293;TYPE=ins;VARB=0.00924663;OID=.;OPOS=48282078;OREF=-;OALT=GCAGCGG;OMAPALT=CGCAGCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1875:6:39:6:32:26:1:5:10:16:39:33:1:5:16:17 chr19 48282078 . C G 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.000922781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.319;QD=4.28888;RBI=0.014887;REFB=-0.0111439;REVB=-0.0148584;RO=32;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424863;STB=0.781589;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0393101;OID=.;OPOS=48282078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:2:5:11:21:2:5:11:21 chr19 48389425 . A G 1568.48 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.829;QD=64.0195;RBI=0.0295114;REFB=0;REVB=0.0112134;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28343e-05;OID=.;OPOS=48389425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:55:43:0:0:55:43:0:0 chr19 48495304 . G A 286.32 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0182635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4845;QD=18.1789;RBI=0.0184725;REFB=-0.00604214;REVB=-0.0027711;RO=32;SAF=20;SAR=11;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075017;STB=0.541784;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00553656;OID=.;OPOS=48495304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:11:20:23:9:11:20:23:9 chr19 48495306 . C T 286.49 PASS AF=0.492063;AO=28;DP=60;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.00962285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.417;QD=18.1897;RBI=0.00986372;REFB=-0.0180678;REVB=-0.00216654;RO=32;SAF=19;SAR=9;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445026;STB=0.541784;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0209009;OID=.;OPOS=48495306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:32:32:28:31:0.492063:9:19:23:9:11:20:23:9 chr19 48523136 . TA T 61.35 PASS AF=0.678571;AO=14;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.216109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=9.29387;QD=8.76499;RBI=0.259041;REFB=-0.029875;REVB=0.142825;RO=11;SAF=14;SAR=0;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.843713;STB=0.877521;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0994173;OID=.;OPOS=48523137;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.678571:14:28:19:28:9:18:1:2:7:42:11:14:0:3:8 chr19 48525507 . G A 288.72 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0148533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.421;QD=20.9976;RBI=0.0266007;REFB=-0.0418452;REVB=0.0220676;RO=25;SAF=12;SAR=18;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195925;STB=0.608623;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0143132;OID=.;OPOS=48525507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:18:12:16:9:18:12:16:9 chr19 48543862 . G A 619.97 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00122249;FXX=0.0652032;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.877;QD=57.6718;RBI=0.0395123;REFB=-0.171675;REVB=0.0394934;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228826;STB=0.500567;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00166484;OID=.;OPOS=48543862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:43:1:2:41:41:0.953488:21:20:1:0:21:20:1:1 chr19 48598823 . A G 445.69 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.721;QD=57.5086;RBI=0.0379246;REFB=0;REVB=0.0212674;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180576;OID=.;OPOS=48598823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:22:8:0:0:22:9:0:0 chr19 48601454 . T C 1083.86 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222469;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.847;QD=60.2145;RBI=0.0434418;REFB=0;REVB=0.0373131;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08955e-05;OID=.;OPOS=48601454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr19 48602948 . T C 313.56 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0082755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0002;QD=50.1688;RBI=0.0798917;REFB=-0.037477;REVB=0.0794619;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440445;STB=0.52379;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00243414;OID=.;OPOS=48602948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:23:24:0.96:13:10:1:0:14:10:1:0 chr19 48608598 . C G 109.41 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0435356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3209;QD=13.2612;RBI=0.0693893;REFB=-0.0628689;REVB=0.0540326;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28299;STB=0.629432;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0713877;OID=.;OPOS=48608598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:20:12:13:0.393939:5:7:5:12:5:8:8:12 chr19 48613788 . T G 39.88 PASS AF=0.076087;AO=15;DP=185;FAO=14;FDP=184;FR=.;FRO=170;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=93;FSRR=77;FWDB=-0.027733;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.347;QD=0.866982;RBI=0.0289109;REFB=-0.00463129;REVB=-0.00816824;RO=161;SAF=2;SAR=13;SRF=89;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476015;STB=0.864439;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0602211;OID=.;OPOS=48613788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:185:184:161:170:15:14:0.076087:13:2:89:72:12:2:93:77 chr19 48622375 . C T 778.67 PASS AF=0.378723;AO=89;DP=241;FAO=89;FDP=235;FR=.;FRO=146;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=68;FSRR=78;FWDB=0.00717338;FXX=0.0248952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.503;QD=13.254;RBI=0.0172143;REFB=-0.0230839;REVB=-0.0156484;RO=143;SAF=41;SAR=48;SRF=66;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000950605;STB=0.503173;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0405107;OID=.;OPOS=48622375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:235:143:146:89:89:0.378723:48:41:66:77:48:41:68:78 chr19 48622427 . A G 934.83 PASS AF=0.40458;AO=104;DP=260;FAO=106;FDP=262;FR=.;FRO=156;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=59;FSRR=97;FWDB=0.0191947;FXX=0.00757547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.961;QD=14.2722;RBI=0.0202512;REFB=-0.0270977;REVB=-0.00645572;RO=154;SAF=43;SAR=61;SRF=58;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040818;STB=0.528462;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0421375;OID=.;OPOS=48622427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:262:154:156:104:106:0.40458:61:43:58:96:61:45:59:97 chr19 48654553 . G T 120.09 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00552991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6481;QD=14.1286;RBI=0.0136093;REFB=-0.0058417;REVB=0.0124352;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643408;STB=0.537331;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00812249;OID=.;OPOS=48654553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:5:9:14:6:5:9:14:6 chr19 48668830 . G A 388.31 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0129404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.959;QD=21.2772;RBI=0.019654;REFB=-0.00616172;REVB=0.0147927;RO=34;SAF=21;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00766358;STB=0.504235;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00532692;OID=.;OPOS=48668830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:18:21:18:16:18:21:18:16 chr19 48685877 . G A 277.66 PASS AF=0.5;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0313333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.566;QD=18.5106;RBI=0.0316577;REFB=-0.028737;REVB=0.00452043;RO=25;SAF=10;SAR=20;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19334;STB=0.651583;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0485853;OID=.;OPOS=48685877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:60:25:30:30:30:0.5:20:10:14:11:20:10:19:11 chr19 48697961 . C T 339.63 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0369591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8142;QD=15.4377;RBI=0.0446747;REFB=0.0182991;REVB=0.0250969;RO=51;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843314;STB=0.547503;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0182404;OID=.;OPOS=48697961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:21:16:18:33:21:16:18:33 chr19 48715153 . T C 214.02 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0757584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.494;QD=14.7599;RBI=0.075852;REFB=-0.00725429;REVB=-0.00376749;RO=32;SAF=3;SAR=22;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384197;STB=0.736172;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00997163;OID=.;OPOS=48715153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:33:25:25:0.431034:22:3:12:20:22:3:13:20 chr19 48737706 . A T 223.88 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0036786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.041;QD=19.4682;RBI=0.00982828;REFB=-0.0149798;REVB=-0.00911389;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420867;STB=0.523788;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00982501;OID=.;OPOS=48737706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:10:12:12:12:10:12:12:12 chr19 48823545 . G A 369.99 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00506307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.091;QD=19.7326;RBI=0.0442309;REFB=-0.0202873;REVB=-0.0439401;RO=37;SAF=20;SAR=18;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154734;STB=0.58573;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0174037;OID=.;OPOS=48823545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:18:20:13:24:18:20:13:24 chr19 48835668 . G C 496.75 PASS AF=0.594937;AO=46;DP=79;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0173639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6478;QD=25.1517;RBI=0.0220719;REFB=-0.010628;REVB=0.0136259;RO=32;SAF=28;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360112;STB=0.513898;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00680317;OID=.;OPOS=48835668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:32:46:47:0.594937:18:28:18:14:19:28:18:14 chr19 48836673 . G T 99.22 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0361153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.606;QD=14.6991;RBI=0.0418117;REFB=-0.00541546;REVB=-0.0210692;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134759;STB=0.578812;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00888959;OID=.;OPOS=48836673;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:7:8:8:4:7:8 chr19 48918157 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.858;QD=50.4123;RBI=0.0102505;REFB=0;REVB=0.00444758;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144626;OID=.;OPOS=48918157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr19 48949286 . G T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0550038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.767;QD=17.4014;RBI=0.0562273;REFB=-0.0212583;REVB=-0.0116658;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469729;STB=0.774171;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0242477;OID=.;OPOS=48949286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:11:2:8:5:11:2:8:5 chr19 48972740 . T C 153.57 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0203912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.59;QD=21.9383;RBI=0.02477;REFB=-0.0122949;REVB=0.0140625;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165224;STB=0.571341;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00864007;OID=.;OPOS=48972740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:11:12:16:16:0.571429:8:8:8:3:8:8:8:4 chr19 48975746 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0401058;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=261.494;QD=21.0138;RBI=0.0401075;REFB=-0.00528848;REVB=-0.000371995;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110704;STB=0.506317;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00364024;OID=.;OPOS=48975746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:8:3:2:5:8:3:2:5 chr19 48975807 . C T 264.79 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0130831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.615;QD=20.7677;RBI=0.0199075;REFB=-0.0183115;REVB=-0.0150047;RO=21;SAF=20;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116471;STB=0.543445;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0160321;OID=.;OPOS=48975807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:24:27:27:0.529412:7:20:13:8:7:20:16:8 chr19 48977479 . C T 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0193762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.164;QD=22.724;RBI=0.0381967;REFB=0.0130881;REVB=0.0329173;RO=16;SAF=19;SAR=1;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.653384;STB=0.879121;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00296928;OID=.;OPOS=48977479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:1:19:7:9:1:19:7:9 chr19 48979664 . T A,TAAAATA 140.4 PASS AF=0.0535714,0.303571;AO=4,12;DP=59;FAO=3,17;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=3,14;FSAR=0,3;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00196121,-0.0154418;FXX=0.0344768;HRUN=1,4;LEN=1,6;MLLD=146.092,150.161;QD=10.0288;RBI=0.0164949,0.0263406;REFB=0.00169542,0.00380293;REVB=0.0163779,-0.0213396;RO=34;SAF=4,9;SAR=0,3;SRF=16;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.601644,0.345585;STB=0.996937,0.793961;STBP=0.034,0.006;TYPE=snp,ins;VARB=0.0383159,-0.0120161;OID=.,.;OPOS=48979664,48979665;OREF=T,-;OALT=A,AAAATA;OMAPALT=A,TAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:59:56:34:36:4,12:3,17:0.0535714,0.303571:0,3:4,9:16:18:0,3:3,14:15:21 chr19 48985178 . TA T 518.9 PASS AF=0.513514;AO=74;DP=148;FAO=76;FDP=148;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.0300458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.8028;QD=14.0244;RBI=0.0952912;REFB=-0.00338835;REVB=-0.0904304;RO=72;SAF=32;SAR=42;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00171353;STB=0.504733;STBP=0.925;TYPE=del;VARB=0.00269003;OID=.;OPOS=48985179;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513514:74:148:76:148:72:32:44:31:41:99:72:32:42:31:41 chr19 49102399 . C T 1205.85 PASS AF=0.522124;AO=118;DP=226;FAO=118;FDP=226;FR=.;FRO=108;FSAF=69;FSAR=49;FSRF=57;FSRR=51;FWDB=-0.00359474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.861;QD=21.3425;RBI=0.0047207;REFB=-0.0285224;REVB=-0.00305988;RO=107;SAF=69;SAR=49;SRF=57;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461704;STB=0.52776;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0251586;OID=.;OPOS=49102399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:107:108:118:118:0.522124:49:69:57:50:49:69:57:51 chr19 49106995 . G A 70.54 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00578055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5721;QD=17.636;RBI=0.0787305;REFB=0.021484;REVB=0.078518;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394541;STB=0.730799;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00802103;OID=.;OPOS=49106995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:7:2:5:2:7:2:5:2 chr19 49116359 . TG CG,GT 236.03 PASS AF=0.564103,0;AO=22,2;DP=41;FAO=22,0;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=7,0;FSAR=15,0;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0126952,-0.032621;FXX=0.0487686;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=53.0132,38.9942;QD=24.2084;RBI=0.0437962,0.0799844;REFB=-0.0420942,-0.0104068;REVB=-0.0419158,-0.07303;RO=16;SAF=7,2;SAR=15,0;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.148256,0.534299;STB=0.572451,0.5;STBP=0.301,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0256978,0;OID=.,.;OPOS=49116359,49116359;OREF=T,TG;OALT=C,GT;OMAPALT=CG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:16:17:22,2:22,0:0.564103,0:15,0:7,2:8:8:15,0:7,0:8:9 chr19 49116438 . A G 272.4 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0606951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3261;QD=17.2954;RBI=0.060927;REFB=0.00434712;REVB=-0.00531067;RO=32;SAF=10;SAR=20;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552221;STB=0.51806;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.0077223;OID=.;OPOS=49116438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:32:33:30:30:0.47619:20:10:9:23:20:10:10:23 chr19 49116555 . A G 663.0 PASS AF=0.918367;AO=44;DP=48;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0958447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9006;QD=54.1221;RBI=0.0960371;REFB=-0.0947855;REVB=0.00607461;RO=4;SAF=16;SAR=28;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638874;STB=0.534417;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00498233;OID=.;OPOS=49116555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:49:4:4:44:45:0.918367:28:16:3:1:29:16:3:1 chr19 49183284 . G A 137.9 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0655748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.214;QD=19.0199;RBI=0.0660099;REFB=-0.0156697;REVB=-0.00756587;RO=13;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124619;STB=0.603622;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00573525;OID=.;OPOS=49183284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:14:15:15:0.517241:12:3:4:9:12:3:5:9 chr19 49183705 . G A 182.83 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0365967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8179;QD=17.4121;RBI=0.0380056;REFB=-0.00767888;REVB=0.0102521;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806656;STB=0.546169;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0146568;OID=.;OPOS=49183705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:6:13:14:9:6:13:14:9 chr19 49206603 . C T 579.41 PASS AF=1;AO=32;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0007;QD=59.4271;RBI=0.0415905;REFB=0;REVB=-0.00194136;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00623699;OID=.;OPOS=49206603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:32:39:1:18:14:0:0:23:16:0:0 chr19 49217261 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000866876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9385;QD=54.5147;RBI=0.0350095;REFB=0;REVB=-0.0349988;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389354;OID=.;OPOS=49217261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr19 49217305 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00299883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.82;QD=55.656;RBI=0.00989589;REFB=0;REVB=0.00943057;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09439e-05;OID=.;OPOS=49217305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr19 49244219 . CG AA 756.43 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150378;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=2;MLLD=214.917;QD=57.0889;RBI=0.0570567;REFB=0;REVB=0.0550394;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-7.05097e-05;OID=.;OPOS=49244219;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:52:53:1:17:35:0:0:18:35:0:0 chr19 49247786 . G A 552.33 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.287;QD=59.7113;RBI=0.0417106;REFB=0;REVB=0.0309497;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185073;OID=.;OPOS=49247786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:22:15:0:0 chr19 49254211 . C T 188.94 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00593262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.7912;QD=20.9933;RBI=0.0227275;REFB=-0.0248791;REVB=0.0219395;RO=16;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210827;STB=0.634001;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0246226;OID=.;OPOS=49254211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:17:19:19:0.527778:13:6:9:7:13:6:10:7 chr19 49259529 . A G 1079.7 PASS AF=0.986667;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0250547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.764;QD=57.5839;RBI=0.0338833;REFB=-0.0821;REVB=0.0228109;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.509088;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0012185;OID=.;OPOS=49259529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:75:0:1:71:74:0.986667:25:46:0:0:27:47:0:1 chr19 49261368 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.171;QD=45.8068;RBI=0.0296186;REFB=0;REVB=-0.000972838;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41838e-05;OID=.;OPOS=49261368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr19 49416456 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.662;QD=48.7373;RBI=0.0251783;REFB=0;REVB=0.0236939;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100646;OID=.;OPOS=49416456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:8:9:0:0 chr19 49421966 . T C 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.263;QD=60.9762;RBI=0.0181607;REFB=0;REVB=0.0158707;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49186e-05;OID=.;OPOS=49421966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr19 49438363 . G A 246.92 PASS AF=0.534884;AO=21;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0107254;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.071;QD=22.9693;RBI=0.0145703;REFB=-0.0316035;REVB=0.00986212;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106082;STB=0.556403;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0317644;OID=.;OPOS=49438363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:20:21:23:0.534884:9:12:10:12:11:12:8:12 chr19 49442933 . T C 1377.49 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00910342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.142;QD=62.6131;RBI=0.012705;REFB=0;REVB=0.00886261;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.98388e-07;OID=.;OPOS=49442933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:50:38:0:0:50:38:0:0 chr19 49445817 . T C,G 647.32 PASS AF=0.906977,0.0930233;AO=38,3;DP=42;FAO=39,4;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=8,4;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013467,0.00469745;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.981,50.6422;QD=60.2153;RBI=0.043862,0.0563309;REFB=0,0;REVB=0.0417435,-0.0561347;RO=0;SAF=7,3;SAR=31,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00186388,0.0447094;OID=.,.;OPOS=49445817,49445817;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:42:43:0:0:38,3:39,4:0.906977,0.0930233:31,0:7,3:0:0:31,0:8,4:0:0 chr19 49481253 . G C 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0159074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5625;QD=16.8974;RBI=0.0426388;REFB=-0.0238411;REVB=-0.0395603;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130908;STB=0.576311;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0205814;OID=.;OPOS=49481253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:5:4:3:7:5:4 chr19 49485548 . G A 340.26 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0113105;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2468;QD=20.6217;RBI=0.0571857;REFB=-0.00630095;REVB=0.056056;RO=32;SAF=20;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168103;STB=0.586158;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00915436;OID=.;OPOS=49485548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:31:35:35:0.530303:15:20:12:20:15:20:12:19 chr19 49513349 . C G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534409;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.818;QD=59.8379;RBI=0.0538497;REFB=0;REVB=-0.0066222;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000241748;OID=.;OPOS=49513349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr19 49547446 . G C 536.19 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0142695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.574;QD=17.4372;RBI=0.0204898;REFB=-0.00493072;REVB=-0.0147042;RO=65;SAF=33;SAR=24;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113089;STB=0.55898;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00844879;OID=.;OPOS=49547446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:66:57:57:0.463415:24:33:30:35:24:33:31:35 chr19 49557572 . T C 289.59 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.142;QD=52.6534;RBI=0.0266965;REFB=0;REVB=0.0066062;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96418e-05;OID=.;OPOS=49557572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:15:6:0:0:15:7:0:0 chr19 49558667 . T C 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0544778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.407;QD=15.1656;RBI=0.0547855;REFB=-0.0316686;REVB=0.00579837;RO=20;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137755;STB=0.580529;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0437373;OID=.;OPOS=49558667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:12:3:6:14:12:3:6:14 chr19 49559518 . C G 135.03 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.113713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3806;QD=16.879;RBI=0.131023;REFB=0.0344645;REVB=0.0650866;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188518;STB=0.608547;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.0422951;OID=.;OPOS=49559518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:9:8:10:5:9:8 chr19 49559693 . T C 86.09 PASS AF=0.461538;AO=10;DP=23;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00791617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.9926;QD=13.2444;RBI=0.00791874;REFB=-0.0233981;REVB=0.000201419;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227183;STB=0.647867;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0425557;OID=.;OPOS=49559693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:23:26:13:14:10:12:0.461538:8:2:5:8:10:2:5:9 chr19 49560461 . G A 616.89 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.3812;QD=60.184;RBI=0.234701;REFB=0;REVB=0.228792;RO=2;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049227;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00455521;OID=.;OPOS=49560461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:2:0:37:41:1:18:19:0:2:22:19:0:0 chr19 49573438 . A G 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0133093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.981;QD=19.9746;RBI=0.0140639;REFB=-0.0189875;REVB=0.00454473;RO=19;SAF=3;SAR=17;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226228;STB=0.653668;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0297066;OID=.;OPOS=49573438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:17:3:6:13:17:3:7:13 chr19 49574125 . G C 215.96 PASS AF=0.525;AO=22;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0130948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6543;QD=21.5962;RBI=0.0144434;REFB=0.00937371;REVB=-0.0060941;RO=18;SAF=17;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112417;STB=0.617038;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00907379;OID=.;OPOS=49574125;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:22:21:0.525:5:17:12:6:4:17:12:7 chr19 49621592 . G C 230.81 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=0.00301178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.921;QD=17.7542;RBI=0.00485083;REFB=0.00557288;REVB=-0.00380259;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259659;STB=0.643968;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00320992;OID=.;OPOS=49621592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:15:10:4:23:15:10:4:23 chr19 49621964 . T C 769.97 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186044;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.4;QD=64.1638;RBI=0.0478732;REFB=0;REVB=0.0441103;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199559;OID=.;OPOS=49621964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr19 49640002 . G T 289.31 PASS AF=0.369565;AO=32;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.00538302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.857;QD=12.5788;RBI=0.0185386;REFB=-0.0130806;REVB=-0.0177399;RO=58;SAF=18;SAR=14;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668432;STB=0.521264;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.022348;OID=.;OPOS=49640002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:32:34:0.369565:14:18:36:22:14:20:36:22 chr19 49646066 . GGTG GGT,TGGT 1105.27 PASS AF=0.934066,0.0659341;AO=12,6;DP=91;FAO=85,6;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=60,0;FSAR=25,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.784189,0.0678129;FXX=0.0108684;HRUN=3,3;LEN=1,4;MLLD=17.2916,169.31;QD=48.5833;RBI=0.784329,0.155181;REFB=0,0;REVB=-0.0148148,-0.13958;RO=60;SAF=4,0;SAR=8,6;SRF=55;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.253927,0;SSSB=-0.687508,-0.825524;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0292415,0.245665;OID=.,.;OPOS=49646069,49646066;OREF=G,GGTG;OALT=-,TGGT;OMAPALT=GGT,TGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:91:91:60:0:12,6:85,6:0.934066,0.0659341:8,6:4,0:55:5:25,6:60,0:0:0 chr19 49658209 . A C 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00292909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.07;QD=18.4387;RBI=0.00455602;REFB=0.00145863;REVB=-0.00348966;RO=28;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453995;STB=0.518135;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00139121;OID=.;OPOS=49658209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:29:29:0.5:18:11:12:16:18:11:12:17 chr19 49705306 . C A 707.77 PASS AF=0.48366;AO=74;DP=153;FAO=74;FDP=153;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.000282431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.458;QD=18.5036;RBI=0.00804829;REFB=-0.0203776;REVB=0.00804333;RO=79;SAF=38;SAR=36;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10121;STB=0.555854;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0189532;OID=.;OPOS=49705306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:79:79:74:74:0.48366:36:38:32:47:36:38:32:47 chr19 49839015 . T C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.525;QD=46.8456;RBI=0.0397307;REFB=0;REVB=0.0344966;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435544;OID=.;OPOS=49839015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr19 49869051 . T G 360.03 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0181141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.825;QD=22.8591;RBI=0.0358404;REFB=-0.0303593;REVB=-0.0309259;RO=27;SAF=14;SAR=22;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046032;STB=0.525314;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0237484;OID=.;OPOS=49869051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:22:14:9:18:22:14:9:18 chr19 49878115 . G A 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0148454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.668;QD=18.413;RBI=0.017547;REFB=-0.0111391;REVB=0.00935478;RO=33;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027484;STB=0.506845;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.007245;OID=.;OPOS=49878115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:15:18:19:14:15:18:19:15 chr19 49878196 . G A 302.07 PASS AF=0.455882;AO=21;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00213564;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.852;QD=17.7689;RBI=0.0550875;REFB=-0.0331968;REVB=0.055046;RO=36;SAF=17;SAR=4;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333293;STB=0.520425;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0385273;OID=.;OPOS=49878196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:35:21:31:0.455882:4:17:20:16:13:18:19:16 chr19 49894152 . C T 444.44 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0115464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.133;QD=23.0878;RBI=0.012688;REFB=-0.0340366;REVB=0.00526004;RO=33;SAF=22;SAR=21;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123187;STB=0.559973;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0274877;OID=.;OPOS=49894152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:34:43:43:0.558442:21:22:22:11:21:22:22:12 chr19 49899076 . G A 208.76 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0255848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.701;QD=18.1532;RBI=0.0283564;REFB=-0.0111256;REVB=0.0122272;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149733;STB=0.5844;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.015829;OID=.;OPOS=49899076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:13:8:6:19:13:8:6:19 chr19 49901318 . T C 301.8 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00462195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.239;QD=26.2435;RBI=0.00463716;REFB=-0.0215633;REVB=0.000375342;RO=19;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00582875;STB=0.503223;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0134684;OID=.;OPOS=49901318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:14:13:9:10:14:13:9:10 chr19 49930721 . T C 427.2 PASS AF=0.552632;AO=39;DP=73;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.030273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7976;QD=22.4844;RBI=0.034778;REFB=-0.025166;REVB=0.0171188;RO=33;SAF=13;SAR=26;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553385;STB=0.551383;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0296102;OID=.;OPOS=49930721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:33:34:39:42:0.552632:26:13:13:20:29:13:14:20 chr19 49930786 . C A 346.09 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0170587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.067;QD=24.7207;RBI=0.017209;REFB=-0.0290864;REVB=-0.00226894;RO=22;SAF=10;SAR=24;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945048;STB=0.552026;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0151322;OID=.;OPOS=49930786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:24:10:9:13:24:10:9:13 chr19 49932762 . G T 163.71 PASS AF=0.4;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0419238;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3668;QD=14.5516;RBI=0.0443136;REFB=-0.0169402;REVB=-0.0143558;RO=26;SAF=12;SAR=6;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146613;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0172439;OID=.;OPOS=49932762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:26:27:18:18:0.4:6:12:17:9:6:12:18:9 chr19 49950298 . C T 280.39 PASS AF=0.369565;AO=33;DP=91;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.00552402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1362;QD=12.1907;RBI=0.0167414;REFB=0.00754375;REVB=0.0158037;RO=57;SAF=20;SAR=13;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714223;STB=0.54421;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.0145083;OID=.;OPOS=49950298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:57:58:33:34:0.369565:13:20:38:19:14:20:38:20 chr19 49950356 . C G 214.66 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00854339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5812;QD=10.8689;RBI=0.0562623;REFB=-0.0270087;REVB=-0.0556099;RO=51;SAF=12;SAR=15;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204052;STB=0.611031;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.06044;OID=.;OPOS=49950356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:51:52:27:27:0.341772:15:12:32:19:15:12:32:20 chr19 49954803 . C T 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00697206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.977;QD=15.2681;RBI=0.0271213;REFB=-0.0356113;REVB=-0.0262098;RO=33;SAF=9;SAR=17;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189099;STB=0.510721;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0422805;OID=.;OPOS=49954803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:17:9:12:21:17:9:12:21 chr19 49954807 . T G 226.95 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00525031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6484;QD=15.6517;RBI=0.014319;REFB=-0.0318844;REVB=0.0133217;RO=32;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00259037;STB=0.501465;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0364637;OID=.;OPOS=49954807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:17:9:11:21:17:9:11:21 chr19 49964977 . C G 121.47 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0101302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.35;QD=9.52701;RBI=0.0177699;REFB=-0.00437279;REVB=-0.0145996;RO=35;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331607;STB=0.709391;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0162373;OID=.;OPOS=49964977;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:36:15:15:0.294118:4:11:16:19:4:11:16:20 chr19 49965173 . A T 98.24 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00875418;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2868;QD=12.6765;RBI=0.0157192;REFB=-0.0190807;REVB=-0.0130559;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289056;STB=0.535459;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.041831;OID=.;OPOS=49965173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:31:18:19:12:12:0.387097:7:5:8:10:7:5:9:10 chr19 49967680 . G A 223.67 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0568631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6835;QD=19.4494;RBI=0.0569915;REFB=-0.00798198;REVB=-0.00382292;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167894;STB=0.595054;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0105244;OID=.;OPOS=49967680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:14:8:13:11:14:8:13:11 chr19 49973615 . C T 467.61 PASS AF=0.642857;AO=43;DP=71;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.151973;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7355;QD=26.7203;RBI=0.152617;REFB=-0.0649422;REVB=-0.0140047;RO=26;SAF=7;SAR=36;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26219;STB=0.598377;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0343816;OID=.;OPOS=49973615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:26:25:43:45:0.642857:36:7:11:15:36:9:10:15 chr19 50028163 . A G 516.73 PASS AF=0.635135;AO=47;DP=74;FAO=47;FDP=74;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0122599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3523;QD=27.9313;RBI=0.075838;REFB=-0.033247;REVB=-0.0748404;RO=27;SAF=29;SAR=18;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430754;STB=0.523456;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0175747;OID=.;OPOS=50028163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:27:27:47:47:0.635135:18:29:15:12:18:29:15:12 chr19 50038017 . C T 75.85 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0311528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.336;QD=10.8357;RBI=0.0311613;REFB=-0.0345139;REVB=-0.000727146;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231237;STB=0.517207;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0685258;OID=.;OPOS=50038017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:28:28:6:18:5:10:0.357143:2:3:2:4:3:7:13:5 chr19 50086806 . C T 177.13 PASS AF=0.37931;AO=23;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0394157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1753;QD=12.2159;RBI=0.0742636;REFB=0.00713264;REVB=0.0629404;RO=35;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246064;STB=0.623728;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00881334;OID=.;OPOS=50086806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:36:23:22:0.37931:14:9:22:13:13:9:22:14 chr19 50091798 . G T 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0425678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.724;QD=19.9924;RBI=0.0458142;REFB=-0.00357843;REVB=-0.0169389;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293246;STB=0.663894;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00267238;OID=.;OPOS=50091798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:10:12:5:18:10:12:5:18 chr19 50093300 . C G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0104332;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=199.651;QD=14.6503;RBI=0.0111248;REFB=-0.00980359;REVB=0.0038613;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.571205;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00575027;OID=.;OPOS=50093300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:4:1:2:4:4:1 chr19 50097784 . T C 690.08 PASS AF=0.476821;AO=72;DP=151;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=23;FSRR=56;FWDB=-0.0249905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.866;QD=18.2803;RBI=0.0439306;REFB=-0.00406101;REVB=-0.0361299;RO=79;SAF=31;SAR=41;SRF=23;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137821;STB=0.575923;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00507237;OID=.;OPOS=50097784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:79:79:72:72:0.476821:41:31:23:56:41:31:23:56 chr19 50099422 . C T 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00780683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9692;QD=19.9927;RBI=0.0078074;REFB=-0.00146995;REVB=9.39697e-05;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268159;STB=0.515138;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.000843112;OID=.;OPOS=50099422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:14:8:9:14:14:8:9:14 chr19 50100295 . A G 212.34 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0119925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.629;QD=19.7528;RBI=0.0233168;REFB=-0.00295405;REVB=0.0199963;RO=22;SAF=17;SAR=4;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505314;STB=0.786753;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0042347;OID=.;OPOS=50100295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:4:17:6:16:4:17:6:16 chr19 50140092 . G A 182.97 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.021323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.094;QD=43.0507;RBI=0.0306053;REFB=-0.131802;REVB=0.0219548;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.518496;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00126392;OID=.;OPOS=50140092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:13:3:0:0:13:3:0:1 chr19 50156896 . T C 379.85 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00764276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.079;QD=52.393;RBI=0.0197173;REFB=0.00530077;REVB=-0.0181758;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344248;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000632361;OID=.;OPOS=50156896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:1:1:27:28:0.965517:14:13:1:0:15:13:1:0 chr19 50162909 . C G 370.82 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00535998;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.013;QD=17.0493;RBI=0.0223214;REFB=-0.0129682;REVB=-0.0216683;RO=48;SAF=20;SAR=19;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739943;STB=0.541474;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0104444;OID=.;OPOS=50162909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:48:48:39:39:0.448276:19:20:21:27:19:20:21:27 chr19 50183446 . C G 312.87 PASS AF=0.6;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.00573267;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.656;QD=25.0299;RBI=0.0445253;REFB=-0.0251539;REVB=0.0441547;RO=20;SAF=23;SAR=6;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00781036;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103017;OID=.;OPOS=50183446;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:29:30:0.6:6:23:16:4:6:24:16:4 chr19 50193435 . G A 603.83 PASS AF=0.5;AO=61;DP=123;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0107371;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.74;QD=19.4783;RBI=0.0200826;REFB=-0.0211984;REVB=0.0169713;RO=60;SAF=31;SAR=30;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736743;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0261311;OID=.;OPOS=50193435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:60:62:61:62:0.5:30:31:30:30:30:32:32:30 chr19 50213828 . C T 123.96 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00144348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.475;QD=17.0985;RBI=0.0131049;REFB=-0.00812728;REVB=-0.0130252;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245508;STB=0.62119;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0117797;OID=.;OPOS=50213828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:6:8:4:10:6:8:5:10 chr19 50321858 . G A 89.9 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=21;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0152982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.992;QD=15.6345;RBI=0.0284667;REFB=-0.0217938;REVB=0.0240066;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341912;STB=0.564402;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0137682;OID=.;OPOS=50321858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:21:23:11:12:10:11:0.478261:4:6:7:4:5:6:8:4 chr19 50333773 . CGGGA CGGA,CGGG,TGGGA 72.4 PASS AF=0.52381,0,0.142857;AO=2,2,3;DP=19;FAO=11,0,3;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=6,0,0;FSAR=5,0,3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0395005,-0.439923,-0.0841772;FXX=0.0454339;HRUN=3,2,3;LEN=1,1,1;MLLD=12.4893,13.1522,74.0464;QD=13.7902;RBI=0.083092,0.50953,0.0886024;REFB=-0.0720893,-0.0352761,0.0518108;REVB=0.0731025,-0.257076,0.0276512;RO=5;SAF=0,0,0;SAR=2,2,3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.544828,-0.544828,-0.622974;STB=0.599822,0.5,0.994663;STBP=0.313,1,0.232;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0969129,0,-0.0721557;OID=.,.,.;OPOS=50333774,50333777,50333773;OREF=G,A,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=CGGA,CGGG,TGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:21:5:7:2,2,3:11,0,3:0.52381,0,0.142857:2,2,3:0,0,0:1:4:5,0,3:6,0,0:2:5 chr19 50354211 . C T 787.85 PASS AF=0.982759;AO=52;DP=55;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.203095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9148;QD=54.3342;RBI=0.203902;REFB=-0.0675873;REVB=0.0181243;RO=2;SAF=13;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670964;STB=0.515146;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00118892;OID=.;OPOS=50354211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:58:2:1:52:57:0.982759:39:13:2:0:41:16:1:0 chr19 50358133 . T G 41.18 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0681734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.435;QD=16.471;RBI=0.0756896;REFB=-0.0549041;REVB=0.0328831;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921951;STB=0.555356;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0360391;OID=.;OPOS=50358133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:1:3:5:1:1:3 chr19 50360989 . A G 183.33 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0151685;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.29;QD=13.3329;RBI=0.0372506;REFB=-0.0077828;REVB=-0.0340224;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142987;STB=0.572303;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00909741;OID=.;OPOS=50360989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:12:10:19:13:12:10:19:14 chr19 50361353 . C T 135.67 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00669179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2262;QD=27.1334;RBI=0.0636215;REFB=-0.0457548;REVB=0.0632686;RO=5;SAF=10;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638545;STB=0.57366;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00896764;OID=.;OPOS=50361353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:5:6:14:14:0.7:4:10:3:2:4:10:3:3 chr19 50383591 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.264;QD=60.0305;RBI=0.00217284;REFB=0;REVB=-0.00129841;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.31381e-06;OID=.;OPOS=50383591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr19 50383636 . T C 847.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.077;QD=57.4491;RBI=0.0128392;REFB=0;REVB=0.00920873;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32784e-05;OID=.;OPOS=50383636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:31:27:0:0:32:27:0:0 chr19 50392036 . T C 168.63 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00662211;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.345;QD=15.3297;RBI=0.0085737;REFB=-0.0124925;REVB=-0.00544573;RO=26;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317494;STB=0.683999;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0198689;OID=.;OPOS=50392036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:18:18:0.409091:5:13:11:15:5:13:11:15 chr19 50393269 . A G 142.66 PASS AF=0.6;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00989879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.353;QD=22.8261;RBI=0.0480245;REFB=-0.0219918;REVB=-0.0469932;RO=9;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105445;STB=0.580537;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0101653;OID=.;OPOS=50393269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:9:10:15:15:0.6:6:9:4:5:6:9:4:6 chr19 50404939 . T G 165.17 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0140631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.6311;QD=12.4658;RBI=0.0197693;REFB=0.00435804;REVB=0.0138943;RO=32;SAF=2;SAR=18;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304683;STB=0.676476;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0265926;OID=.;OPOS=50404939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:18:2:8:24:18:2:8:25 chr19 50411742 . A G 850.88 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00819736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.351;QD=57.687;RBI=0.0102426;REFB=0;REVB=0.0061412;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.7029e-06;OID=.;OPOS=50411742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr19 50412417 . G A 417.9 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2435;QD=53.9226;RBI=0.0357576;REFB=-0.0837231;REVB=0.0214727;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321345;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00322229;OID=.;OPOS=50412417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:0:1:14:16:0:1 chr19 50455180 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00817324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5313;QD=11.0198;RBI=0.0262787;REFB=0.00931002;REVB=-0.0249754;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.613938;STB=0.868462;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0142176;OID=.;OPOS=50455180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:7:1:5:1:7:1 chr19 50463982 . T G 89.78 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0131699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.903;QD=7.48137;RBI=0.016;REFB=-0.00951373;REVB=-0.00908587;RO=36;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205141;STB=0.628353;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0290676;OID=.;OPOS=50463982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:4:8:18:18:4:8:18:18 chr19 50464023 . C G 33.78 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0623867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2377;QD=3.65202;RBI=0.0624258;REFB=0.0021195;REVB=-0.00220914;RO=31;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432217;STB=0.808442;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0191589;OID=.;OPOS=50464023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:5:1:16:15:5:1:16:15 chr19 50475114 . G C 710.12 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0700469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9411;QD=54.6248;RBI=0.0714471;REFB=-0.130264;REVB=0.0140753;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209217;STB=0.511107;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00234272;OID=.;OPOS=50475114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:29:22:1:0:29:22:1:0 chr19 50475174 . A C 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0100121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.77;QD=10.7151;RBI=0.0193064;REFB=-0.00325843;REVB=0.0165074;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098492;STB=0.558539;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00514957;OID=.;OPOS=50475174;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:6:8:19:10:6:8:19:10 chr19 50475208 . C T 127.72 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00403761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.777;QD=11.881;RBI=0.0199505;REFB=-0.000196704;REVB=0.0195377;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498331;STB=0.529373;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.000313792;OID=.;OPOS=50475208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:6:9:18:10:6:9:18:10 chr19 50475211 . T G 106.41 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=40;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00204544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.99;QD=10.1342;RBI=0.0236853;REFB=-0.0283788;REVB=0.0235969;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252682;STB=0.64267;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0748127;OID=.;OPOS=50475211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:24:28:15:14:0.333333:8:7:17:7:7:7:20:8 chr19 50475259 . G C 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.00152134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.752;QD=15.5757;RBI=0.0150581;REFB=-0.0150316;REVB=0.0149811;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25237;STB=0.643458;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.019002;OID=.;OPOS=50475259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:31:25:25:0.446429:13:12:21:7:13:12:23:8 chr19 50479999 . A G 278.01 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0286865;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.102;QD=18.534;RBI=0.0295117;REFB=-0.00842048;REVB=-0.00693011;RO=30;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613718;STB=0.534224;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00873226;OID=.;OPOS=50479999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:30:30:30:30:0.5:17:13:11:19:17:13:11:19 chr19 50485454 . A G 164.05 PASS AF=0.372549;AO=20;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0400988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2626;QD=12.8665;RBI=0.0416166;REFB=-0.0211198;REVB=0.0111367;RO=31;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663241;STB=0.519979;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.015841;OID=.;OPOS=50485454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:32:20:19:0.372549:14:6:11:20:13:6:11:21 chr19 50510989 . ACAG ACCC 137.91 PASS AF=0.202532;AO=15;DP=81;FAO=16;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=13;FWDB=-0.0116775;FXX=0.202;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.291;QD=6.98291;RBI=0.0129647;REFB=-0.012203;REVB=0.00563211;RO=51;SAF=9;SAR=6;SRF=39;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229256;STB=0.634469;STBP=0.289;TYPE=mnp;VARB=0.0372724;OID=.;OPOS=50510991;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=ACCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.202532:15:81:16:79:58:10:6:45:13:99:51:9:6:39:12 chr19 50510998 . CTT CAC 36.8 PASS AF=0.0990099;AO=9;DP=97;FAO=10;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=91;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=65;FSRR=26;FWDB=-0.0191707;FXX=0.0288434;HRUN=2;LEN=2;MLLD=230.81;QD=1.45737;RBI=0.0302225;REFB=-0.00296688;REVB=-0.0233641;RO=70;SAF=5;SAR=4;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12723;STB=0.611865;STBP=0.506;TYPE=mnp;VARB=0.0400167;OID=.;OPOS=50510999;OREF=TT;OALT=AC;OMAPALT=CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0990099:9:97:10:101:91:6:4:65:26:37:70:5:4:46:24 chr19 50562372 . T C 564.0 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00187474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.81;QD=57.8464;RBI=0.0273962;REFB=-0.10974;REVB=0.0273319;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00033935;OID=.;OPOS=50562372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:1:0:16:22:1:0 chr19 50562459 . T G 1196.3 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9117;QD=60.572;RBI=0.0498896;REFB=0;REVB=0.0269639;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349724;OID=.;OPOS=50562459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:44:34:0:0:44:35:0:0 chr19 50726570 . G A 189.01 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00184258;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4889;QD=18.9013;RBI=0.0368955;REFB=-0.00286049;REVB=0.0368495;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00231994;STB=0.501318;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0061484;OID=.;OPOS=50726570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:10:11:10:9:10:11 chr19 50747589 . A G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0398036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5525;QD=19.134;RBI=0.0434706;REFB=0.0439257;REVB=0.0174748;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171367;STB=0.59965;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0247364;OID=.;OPOS=50747589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:0:2:4:1:0:2 chr19 50760716 . C G 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0109986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.576;QD=11.3329;RBI=0.0224697;REFB=-0.0141527;REVB=0.0195939;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290364;STB=0.517217;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0290252;OID=.;OPOS=50760716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:5:9:18:9:5:9:18:9 chr19 50762418 . A G 272.34 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2237;QD=51.8743;RBI=0.0200843;REFB=0;REVB=-0.00836976;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000473033;OID=.;OPOS=50762418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr19 50763889 . C T 297.05 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0376302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.993;QD=36.0066;RBI=0.0378228;REFB=-0.0240952;REVB=-0.00381168;RO=8;SAF=11;SAR=14;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269443;STB=0.514694;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00626656;OID=.;OPOS=50763889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:14:11:4:4:14:11:4:4 chr19 50771609 . G A 150.1 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0332862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4545;QD=19.367;RBI=0.0420885;REFB=-0.0174391;REVB=0.0257578;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24656;STB=0.639826;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0120993;OID=.;OPOS=50771609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:6:10:5:10:6:10:5:10 chr19 50796905 . G A 771.51 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0328411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.499;QD=55.1081;RBI=0.0362713;REFB=-0.0852273;REVB=0.0153969;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000449339;OID=.;OPOS=50796905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:56:0:1:53:55:0.982143:29:24:0:0:30:25:1:0 chr19 50863023 . A G 373.05 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00873354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.464;QD=20.441;RBI=0.00943437;REFB=-0.019078;REVB=-0.00356827;RO=34;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785616;STB=0.53554;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.018318;OID=.;OPOS=50863023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:35:38:38:0.520548:20:18:13:21:20:18:14:21 chr19 50865490 . T A 95.67 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00347481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.075;QD=11.5963;RBI=0.0162097;REFB=-0.00131037;REVB=-0.0158329;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028677;STB=0.545379;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00646815;OID=.;OPOS=50865490;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:11:12:0.363636:5:6:12:9:6:6:12:9 chr19 50865535 . A G 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0377686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.391;QD=14.1388;RBI=0.0379303;REFB=-0.0212806;REVB=-0.00349833;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504553;STB=0.52937;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0361051;OID=.;OPOS=50865535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:11:9:7:7:11:9 chr19 50881089 . G GC 60.32 PASS AF=0.461538;AO=9;DP=29;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.246966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.8618;QD=9.27977;RBI=0.248368;REFB=-0.0635862;REVB=-0.0263542;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198373;STB=0.514262;STBP=0.924;TYPE=ins;VARB=0.0805406;OID=.;OPOS=50881090;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:9:29:12:26:14:4:8:5:9:59:19:2:7:7:12 chr19 50881906 . C T 81.11 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00147451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.857;QD=18.0251;RBI=0.00159706;REFB=-0.0125438;REVB=-0.00061353;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144653;STB=0.555446;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0115791;OID=.;OPOS=50881906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:9:10:0.555556:5:4:5:3:5:5:5:3 chr19 50886181 . C G 193.94 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0.0226483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8728;QD=22.8161;RBI=0.0260559;REFB=-0.0444381;REVB=-0.0128827;RO=15;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280971;STB=0.652942;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0121938;OID=.;OPOS=50886181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:17:2:0:15:17:2:0:15 chr19 50905042 . G A 390.39 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.00415553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.483;QD=19.0435;RBI=0.0525079;REFB=-0.0267874;REVB=0.0523432;RO=42;SAF=22;SAR=18;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11005;STB=0.561068;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0316103;OID=.;OPOS=50905042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:18:22:28:14:18:22:28:14 chr19 50905074 . G A 301.78 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0151211;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8011;QD=18.0165;RBI=0.0900895;REFB=-0.046449;REVB=0.0888114;RO=31;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983949;STB=0.568408;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0391782;OID=.;OPOS=50905074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:31:34:32:33:0.492537:19:13:16:15:19:14:19:15 chr19 50918758 . C T 584.1 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00048766;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.71;QD=22.2513;RBI=0.0160096;REFB=-0.0344587;REVB=0.0160022;RO=47;SAF=15;SAR=43;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283925;STB=0.656431;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0304004;OID=.;OPOS=50918758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:47:47:58:58:0.552381:43:15:27:20:43:15:27:20 chr19 50926264 . TG CC,CG 1074.06 PASS AF=0.394737,0.605263;AO=29,46;DP=75;FAO=30,46;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=20,22;FSAR=10,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033774,0.0339739;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=123.683,87.2035;QD=56.5294;RBI=0.0340127,0.0343451;REFB=0,0;REVB=-0.00402177,-0.00503584;RO=0;SAF=20,22;SAR=9,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0536809,-0.0143872;OID=.,.;OPOS=50926264,50926264;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:75:76:0:0:29,46:30,46:0.394737,0.605263:9,24:20,22:0:0:10,24:20,22:0:0 chr19 50954584 . C T 124.11 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0475392;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.822;QD=16.0137;RBI=0.0479722;REFB=-0.0224465;REVB=0.00643056;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743153;STB=0.542797;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0279308;OID=.;OPOS=50954584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:11:6:6:8:11:6 chr19 50957397 . G A 348.82 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00322332;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.694;QD=17.4411;RBI=0.00643559;REFB=-0.00573203;REVB=-0.00557019;RO=43;SAF=15;SAR=22;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147213;STB=0.58244;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00702181;OID=.;OPOS=50957397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:22:15:24:19:22:15:24:19 chr19 50965272 . T C 320.46 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.124797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9784;QD=27.2729;RBI=0.125522;REFB=-0.0092786;REVB=-0.0134762;RO=19;SAF=12;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855762;STB=0.547137;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00335391;OID=.;OPOS=50965272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:16:12:6:13:16:12:6:13 chr19 50983930 . C T 96.07 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0379138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.921;QD=13.2516;RBI=0.0380365;REFB=-0.0186427;REVB=-0.00305265;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398606;STB=0.533276;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00924864;OID=.;OPOS=50983930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:29:29:13:17:11:12:0.413793:8:3:4:9:9:3:5:12 chr19 51015404 . T C 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0130766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.724;QD=21.1692;RBI=0.0229651;REFB=0.0171708;REVB=-0.0188785;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122639;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00192163;OID=.;OPOS=51015404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:2:1:4:3:2:1 chr19 51020903 . A G 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0150398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.949;QD=5.57566;RBI=0.0528313;REFB=-0.00132888;REVB=-0.0506453;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181028;STB=0.617852;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00212585;OID=.;OPOS=51020903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:3:4:10:14:3:4:10:14 chr19 51128661 . T C 98.56 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0460868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.764;QD=14.08;RBI=0.0489802;REFB=0.00218586;REVB=-0.0165851;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339089;STB=0.697354;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00368052;OID=.;OPOS=51128661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:5:11:4:8:5:11 chr19 51133356 . C G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0759576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4318;QD=13.6305;RBI=0.0770691;REFB=0.0183305;REVB=0.0130417;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494619;STB=0.529338;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0135841;OID=.;OPOS=51133356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:5:4:4:4:5:4 chr19 51159571 . T G 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00657461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.773;QD=18.7122;RBI=0.00662218;REFB=-0.0122409;REVB=0.000792297;RO=18;SAF=4;SAR=14;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374549;STB=0.727005;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0203052;OID=.;OPOS=51159571;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:14:4:11:7:14:4:12:7 chr19 51170839 . G A 33.57 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.111755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.288;QD=19.1831;RBI=0.115304;REFB=-0.0393367;REVB=0.0283884;RO=2;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210252;STB=0.62455;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0180772;OID=.;OPOS=51170839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:7:2:2:4:5:0.714286:3:1:0:2:3:2:0:2 chr19 51217550 . G A 153.31 PASS AF=0.386364;AO=16;DP=43;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0250804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.319;QD=13.9369;RBI=0.033426;REFB=-0.0329417;REVB=0.0220969;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595853;STB=0.51611;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0328198;OID=.;OPOS=51217550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:27:27:16:17:0.386364:8:8:12:15:9:8:12:15 chr19 51297825 . GC AA 430.77 PASS AF=0.552632;AO=41;DP=75;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.000130802;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.768;QD=22.6721;RBI=0.00181092;REFB=-0.016071;REVB=0.00180619;RO=33;SAF=24;SAR=17;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202392;STB=0.620291;STBP=0.026;TYPE=mnp;VARB=0.0182583;OID=.;OPOS=51297825;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:33:34:41:42:0.552632:17:24:11:22:17:25:11:23 chr19 51301395 . C T 473.3 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0098862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.857;QD=14.7905;RBI=0.0208641;REFB=-0.0115334;REVB=0.0183732;RO=74;SAF=19;SAR=34;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178737;STB=0.604723;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0142909;OID=.;OPOS=51301395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:74:75:53:53:0.414062:34:19:39:35:34:19:40:35 chr19 51301456 . G A 467.69 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0169938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.423;QD=20.1159;RBI=0.017248;REFB=-0.0197095;REVB=-0.00295065;RO=47;SAF=14;SAR=32;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16296;STB=0.590728;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0224046;OID=.;OPOS=51301456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:32:14:22:25:32:14:22:25 chr19 51302066 . A G 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0178947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.844;QD=24.3901;RBI=0.0264484;REFB=0.00227026;REVB=-0.0194756;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698218;STB=0.538884;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00128865;OID=.;OPOS=51302066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:11:9:5:9:11:9:5:9 chr19 51302154 . G A 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00246687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.221;QD=7.46503;RBI=0.0942464;REFB=-0.00311358;REVB=0.0942141;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370948;STB=0.726721;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00468862;OID=.;OPOS=51302154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:4:13:3:4:4:13 chr19 51321813 . A G 253.47 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00532103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.409;QD=17.4806;RBI=0.00918485;REFB=-0.00975381;REVB=-0.00748653;RO=29;SAF=18;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210789;STB=0.626774;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00705514;OID=.;OPOS=51321813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:10:18:12:17:10:18:12:18 chr19 51323232 . T C 210.77 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0153286;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=141.161;QD=12.0442;RBI=0.0160931;REFB=-0.00237595;REVB=0.00490129;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923067;STB=0.538432;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00360016;OID=.;OPOS=51323232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:44:26:26:0.371429:14:12:23:19:14:12:23:21 chr19 51323473 . C G 163.01 PASS AF=0.375;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0455461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.129;QD=13.5837;RBI=0.051229;REFB=-0.0194948;REVB=-0.0234512;RO=29;SAF=12;SAR=5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208218;STB=0.523784;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0593995;OID=.;OPOS=51323473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:29:30:17:18:0.375:5:12:20:9:6:12:21:9 chr19 51323501 . A G 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0131742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.57;QD=15.1567;RBI=0.0247307;REFB=-0.0247096;REVB=0.0209296;RO=32;SAF=17;SAR=8;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266507;STB=0.515139;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0239793;OID=.;OPOS=51323501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:8:17:21:11:8:17:21:11 chr19 51359497 . T C 264.78 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00504208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3707;QD=20.7669;RBI=0.0132135;REFB=-0.00591046;REVB=-0.0122137;RO=24;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20701;STB=0.620601;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00386556;OID=.;OPOS=51359497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:24:26:27:0.529412:15:11:16:8:16:11:16:8 chr19 51359503 . A G 218.99 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.00161348;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.832;QD=15.6423;RBI=0.00306707;REFB=-0.0096982;REVB=0.00260837;RO=31;SAF=10;SAR=15;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324875;STB=0.682622;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0138651;OID=.;OPOS=51359503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:15:10:23:8:15:10:23:8 chr19 51379893 . C T 717.8 PASS AF=0.643564;AO=64;DP=100;FAO=65;FDP=101;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00598221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4829;QD=28.4278;RBI=0.0876001;REFB=-0.0120435;REVB=0.0873956;RO=36;SAF=27;SAR=37;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153274;STB=0.504961;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00701634;OID=.;OPOS=51379893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:36:36:64:65:0.643564:37:27:16:20:37:28:16:20 chr19 51381777 . C T 358.26 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0175334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.4;QD=14.6228;RBI=0.0183544;REFB=-0.00968492;REVB=-0.00542797;RO=59;SAF=23;SAR=16;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513385;STB=0.529145;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0152888;OID=.;OPOS=51381777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:59:39:39:0.397959:16:23:32:27:16:23:32:27 chr19 51411636 . G T 867.8 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.326;QD=57.8535;RBI=0.0316365;REFB=0;REVB=0.0206516;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146839;OID=.;OPOS=51411636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:37:22:0:0:38:22:0:0 chr19 51412668 . A C 115.59 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0101568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.184;QD=30.8243;RBI=0.0369993;REFB=-0.00461566;REVB=0.0355779;RO=3;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903656;STB=0.550477;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00110514;OID=.;OPOS=51412668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:7:5:2:1:7:5:2:1 chr19 51452250 . T C 1030.06 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.024623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.216;QD=58.0317;RBI=0.0261049;REFB=0.0740349;REVB=-0.00867026;RO=1;SAF=51;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0091821;STB=0.504853;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.000389595;OID=.;OPOS=51452250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:19:51:1:0:19:51:1:0 chr19 51485622 . A G 3671.28 PASS AF=0.991525;AO=233;DP=235;FAO=234;FDP=236;FR=.;FRO=2;FSAF=108;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00657246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8658;QD=62.225;RBI=0.051913;REFB=-0.0326217;REVB=-0.0514953;RO=2;SAF=108;SAR=125;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00756337;STB=0.503937;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000260276;OID=.;OPOS=51485622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:235:236:2:2:233:234:0.991525:125:108:0:2:126:108:0:2 chr19 51487175 . T G 245.55 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601523;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.115;QD=51.6951;RBI=0.0613394;REFB=0;REVB=-0.0120095;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22339e-05;OID=.;OPOS=51487175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr19 51517731 . A G 990.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.6;QD=59.1539;RBI=0.0275053;REFB=0;REVB=0.0273786;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59878e-05;OID=.;OPOS=51517731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:34:32:0:0:35:32:0:0 chr19 51519236 . A G 202.56 PASS AF=1;AO=9;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.637;QD=47.6601;RBI=0.0381708;REFB=0;REVB=0.0227735;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.56145e-05;OID=.;OPOS=51519236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:9:17:1:1:8:0:0:5:12:0:0 chr19 51519259 . C T 576.96 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.787;QD=60.733;RBI=0.0415578;REFB=0;REVB=0.0377893;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167182;OID=.;OPOS=51519259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:35:38:1:15:20:0:0:17:21:0:0 chr19 51519364 . T G 755.62 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00226866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1357;QD=60.4492;RBI=0.0202694;REFB=0;REVB=0.020142;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00724003;OID=.;OPOS=51519364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:50:0:0:45:50:1:22:23:0:0:27:23:0:0 chr19 51520487 . A C 923.24 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104591;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1301;QD=58.6181;RBI=0.0226005;REFB=0;REVB=0.0200347;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05096e-05;OID=.;OPOS=51520487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:61:63:1:36:25:0:0:38:25:0:0 chr19 51530693 . G A 1294.85 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551816;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.728;QD=61.6595;RBI=0.071691;REFB=0;REVB=0.0457667;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409928;OID=.;OPOS=51530693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:84:0:0:79:84:1:37:42:0:0:40:44:0:0 chr19 51535130 . A G 135.9 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175216;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.376;QD=45.3005;RBI=0.0333728;REFB=0;REVB=-0.0284031;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104575;OID=.;OPOS=51535130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr19 51537682 . C A 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00214963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.7686;QD=24.1885;RBI=0.016518;REFB=-0.026539;REVB=0.0163775;RO=6;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116132;STB=0.565115;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0168952;OID=.;OPOS=51537682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:4:8:5:1:4:8:5:1 chr19 51584916 . G A 333.0 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.191;QD=53.2806;RBI=0.0520434;REFB=0;REVB=0.0444856;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271062;OID=.;OPOS=51584916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:9:15:0:0:10:15:0:0 chr19 51584951 . T C 318.39 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.125;QD=53.0655;RBI=0.0683584;REFB=0;REVB=0.00353661;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120482;OID=.;OPOS=51584951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:11:13:0:0 chr19 51628529 . A G 285.23 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0075312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.779;QD=15.4176;RBI=0.00753186;REFB=-0.00881719;REVB=9.98416e-05;RO=42;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973885;STB=0.54466;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0150299;OID=.;OPOS=51628529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:42:42:31:32:0.432432:14:17:19:23:15:17:19:23 chr19 51628631 . C T 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0244833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.826;QD=10.377;RBI=0.0264089;REFB=0.00559627;REVB=-0.00989934;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124271;STB=0.575055;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00910932;OID=.;OPOS=51628631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:7:9:4:5:7:9 chr19 51630482 . C A 728.22 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.905;QD=63.3231;RBI=0.0601577;REFB=0;REVB=0.0301317;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203427;OID=.;OPOS=51630482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:20:26:0:0 chr19 51630485 . C A 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0201807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.896;QD=16.444;RBI=0.0202877;REFB=-0.0210682;REVB=-0.00208134;RO=27;SAF=7;SAR=13;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345311;STB=0.696719;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0264849;OID=.;OPOS=51630485;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:13:7:19:8:13:7:19:8 chr19 51631682 . G C 456.62 PASS AF=0.458716;AO=49;DP=108;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.00283679;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.674;QD=16.7566;RBI=0.0103535;REFB=-0.0135107;REVB=0.0099573;RO=59;SAF=23;SAR=26;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153578;STB=0.589699;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0162671;OID=.;OPOS=51631682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:59:59:49:50:0.458716:26:23:37:22:27:23:37:22 chr19 51656454 . A T 501.86 PASS AF=1;AO=20;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.088;QD=59.0424;RBI=0.0052502;REFB=0;REVB=0.00193359;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16898e-05;OID=.;OPOS=51656454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:20:34:1:16:4:0:0:17:17:0:0 chr19 51835892 . T TG 273.12 PASS AF=1;AO=20;DP=29;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.674;QD=40.4628;RBI=0.0773103;REFB=0;REVB=0.0730445;RO=9;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937307;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00290747;OID=.;OPOS=51835893;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:29:27:27:0:11:16:0:0:5:9:10:10:3:6 chr19 51841417 . C T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0032447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.298;QD=18.3452;RBI=0.0163182;REFB=-0.00277107;REVB=-0.0159923;RO=18;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224182;STB=0.628868;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00466785;OID=.;OPOS=51841417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:4:13:10:8:4:13:10:8 chr19 51843808 . C T 132.14 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.127263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8258;QD=24.0247;RBI=0.128883;REFB=-0.00532763;REVB=0.0203736;RO=8;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120515;STB=0.567474;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.011191;OID=.;OPOS=51843808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:8:6:2:6:8:6:2:6 chr19 51844978 . G T 275.38 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.010635;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.172;QD=24.4781;RBI=0.028449;REFB=-0.0417143;REVB=-0.0263865;RO=14;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150852;STB=0.545418;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0241635;OID=.;OPOS=51844978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:20:24:25:0.555556:14:10:9:5:15:10:10:10 chr19 51845371 . T G 361.01 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0420787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3393;QD=25.7867;RBI=0.0428676;REFB=0.00170701;REVB=-0.00818616;RO=21;SAF=20;SAR=15;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334705;STB=0.518314;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00303727;OID=.;OPOS=51845371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:15:20:13:8:15:20:13:8 chr19 51850290 . G A 230.87 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0237349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.464;QD=23.0865;RBI=0.0327801;REFB=-0.0407739;REVB=0.0226094;RO=18;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243816;STB=0.63624;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0224054;OID=.;OPOS=51850290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:14:8:12:6:14:8:12:6 chr19 51919240 . C T 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00315321;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.537;QD=5.69659;RBI=0.00396314;REFB=-0.00250816;REVB=-0.00240077;RO=33;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123349;STB=0.508004;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0081447;OID=.;OPOS=51919240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:4:5:18:15:4:5:18:15 chr19 51920196 . G T 83.04 PASS AF=0.189189;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=74;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0127417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7851;QD=4.48888;RBI=0.014208;REFB=0.00144451;REVB=-0.00628627;RO=58;SAF=3;SAR=11;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200875;STB=0.637466;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0120319;OID=.;OPOS=51920196;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:72:74:58:60:14:14:0.189189:11:3:20:38:11:3:21:39 chr19 51920613 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.111206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0526;QD=12.3282;RBI=0.138774;REFB=-0.01177;REVB=0.0830154;RO=17;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300567;STB=0.684514;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0279052;OID=.;OPOS=51920613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:10:1:4:13:10:1:4:13 chr19 51981753 . G C 670.46 PASS AF=0.445122;AO=73;DP=165;FAO=73;FDP=164;FR=.;FRO=91;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.0237222;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.328;QD=16.3526;RBI=0.0289776;REFB=-0.0130559;REVB=0.016642;RO=90;SAF=42;SAR=31;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130019;STB=0.563363;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0167229;OID=.;OPOS=51981753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:90:91:73:73:0.445122:31:42:40:50:31:42:42:49 chr19 51981879 . G A 832.25 PASS AF=0.488506;AO=85;DP=174;FAO=85;FDP=174;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=0.0401361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8593;QD=19.1322;RBI=0.0876788;REFB=0.00680143;REVB=0.077953;RO=88;SAF=29;SAR=56;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679457;STB=0.541291;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00725067;OID=.;OPOS=51981879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:88:89:85:85:0.488506:56:29:36:52:56:29:37:52 chr19 51984725 . T A 2220.71 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256446;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.505;QD=63.4489;RBI=0.0312411;REFB=0;REVB=0.0311357;RO=0;SAF=67;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02371e-05;OID=.;OPOS=51984725;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:140:0:0:140:140:1:73:67:0:0:73:67:0:0 chr19 51984727 . A G 851.73 PASS AF=0.552448;AO=79;DP=143;FAO=79;FDP=143;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0106277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.912;QD=23.8246;RBI=0.0123779;REFB=-0.014133;REVB=-0.00634535;RO=64;SAF=40;SAR=39;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435736;STB=0.523795;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.013546;OID=.;OPOS=51984727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:64:64:79:79:0.552448:39:40:29:35:39:40:29:35 chr19 52000624 . T G 350.14 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0444662;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.381;QD=17.5071;RBI=0.0514184;REFB=-0.0076951;REVB=-0.0258188;RO=42;SAF=14;SAR=23;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14104;STB=0.585638;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00854912;OID=.;OPOS=52000624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:43:37:37:0.4625:23:14:22:20:23:14:23:20 chr19 52000672 . G A 346.96 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0106419;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.848;QD=16.925;RBI=0.0141955;REFB=-0.0235096;REVB=0.00939489;RO=45;SAF=11;SAR=26;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180884;STB=0.601968;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0192492;OID=.;OPOS=52000672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:45:45:37:37:0.45122:26:11:21:24:26:11:21:24 chr19 52002488 . C A 498.91 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00714631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.058;QD=24.0439;RBI=0.0160481;REFB=-0.0162303;REVB=-0.0143691;RO=35;SAF=20;SAR=27;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157558;STB=0.592006;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0164145;OID=.;OPOS=52002488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:36:47:47:0.566265:27:20:22:13:27:20:23:13 chr19 52003331 . G C 833.43 PASS AF=0.488764;AO=78;DP=167;FAO=87;FDP=178;FR=.;FRO=91;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=55;FSRR=36;FWDB=0.046593;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.277;QD=18.7287;RBI=0.0491415;REFB=-0.0100454;REVB=0.01562;RO=89;SAF=37;SAR=41;SRF=53;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116211;STB=0.538973;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00868631;OID=.;OPOS=52003331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:178:89:91:78:87:0.488764:41:37:53:36:41:46:55:36 chr19 52004747 . G T 346.38 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00386541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.096;QD=16.8964;RBI=0.0392113;REFB=-0.0147075;REVB=-0.0390203;RO=45;SAF=15;SAR=22;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830744;STB=0.54665;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0182898;OID=.;OPOS=52004747;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:22:15:22:23:22:15:22:23 chr19 52076959 . CT C,CC 354.13 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=3,23;DP=26;FAO=1,25;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230657,0.0230419;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=266.031,286.22;QD=54.4822;RBI=0.0252768,0.0300723;REFB=0,0;REVB=0.0103389,0.019324;RO=0;SAF=2,9;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.84921e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0349492,0.000471988;OID=.,.;OPOS=52076960,52076960;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0384615,0.961538:3,23:26:1,25:26:0:0,11:1,14:0:0:4:0:2,9:1,14:0:0 chr19 52076974 . C T 373.35 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.529;QD=55.3115;RBI=0.0179653;REFB=0;REVB=0.0169055;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133942;OID=.;OPOS=52076974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr19 52077030 . TGGGGTTTG T 258.53 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014903;FXX=0;HRUN=4;LEN=8;MLLD=289.639;QD=44.9615;RBI=0.0205075;REFB=0;REVB=-0.0140875;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.49768e-05;OID=.;OPOS=52077031;OREF=GGGGTTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:23:23:23:0:9:14:0:0:5:0:9:14:0:0 chr19 52077069 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000331475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.134;QD=59.8394;RBI=0.00399585;REFB=0;REVB=0.00398208;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01151e-06;OID=.;OPOS=52077069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr19 52096033 . GATAAA G 333.91 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000846018;FXX=0.11107;HRUN=1;LEN=5;MLLD=317.118;QD=55.6514;RBI=0.00089213;REFB=0;REVB=-0.000283108;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.96557e-05;OID=.;OPOS=52096034;OREF=ATAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:26:24:24:0:19:5:0:0:3:0:18:5:0:0 chr19 52096053 . T A 495.79 PASS AF=0.823529;AO=41;DP=51;FAO=42;FDP=51;FR=.;FRO=9;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0173604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.2982;QD=38.8856;RBI=0.0219745;REFB=-0.0825157;REVB=-0.013472;RO=10;SAF=29;SAR=12;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238052;STB=0.609555;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00755484;OID=.;OPOS=52096053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:51:51:10:9:41:42:0.823529:12:29:1:9:13:29:1:8 chr19 52096270 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.739;QD=44.6888;RBI=0.0465639;REFB=0;REVB=0.0259828;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168771;OID=.;OPOS=52096270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr19 52097461 . A C 982.0 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0205651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.388;QD=56.114;RBI=0.0210411;REFB=-0.042913;REVB=-0.00444988;RO=1;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160186;STB=0.516662;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000616928;OID=.;OPOS=52097461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:70:1:2:68:68:0.971429:29:39:0:1:29:39:0:2 chr19 52115645 . G C 999.53 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00159188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.647;QD=54.0286;RBI=0.0162286;REFB=-0.137219;REVB=0.0161503;RO=4;SAF=21;SAR=49;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533615;STB=0.528294;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00177986;OID=.;OPOS=52115645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:74:74:4:4:70:70:0.945946:49:21:3:1:49:21:3:1 chr19 52130488 . G A 279.48 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0292271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8366;QD=48.606;RBI=0.0320118;REFB=0.0139594;REVB=-0.0130589;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519982;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00243808;OID=.;OPOS=52130488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:23:0:1:22:22:0.956522:12:10:0:0:12:10:0:1 chr19 52132325 . A T 261.64 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0337452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5345;QD=14.7404;RBI=0.0531709;REFB=0.00243971;REVB=-0.0410903;RO=41;SAF=12;SAR=17;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175946;STB=0.587244;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00467632;OID=.;OPOS=52132325;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:29:30:0.422535:17:12:24:17:17:13:24:17 chr19 52222552 . G A 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.289;QD=61.0483;RBI=0.115746;REFB=0;REVB=0.00171376;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033475;OID=.;OPOS=52222552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr19 52223121 . A G 594.46 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.388;QD=60.9697;RBI=0.0606742;REFB=0;REVB=0.0561247;RO=0;SAF=32;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200966;OID=.;OPOS=52223121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:7:32:0:0:7:32:0:0 chr19 52227137 . TACACACACACACACACACACACACAC T 638.82 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0377371;FXX=0;HRUN=1;LEN=26;MLLD=608.208;QD=59.425;RBI=0.0391227;REFB=-0.0224432;REVB=0.0103197;RO=0;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09277e-08;STB=0.507689;STBP=0.619;TYPE=del;VARB=0.000231306;OID=.;OPOS=52227138;OREF=ACACACACACACACACACACACACAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.976744:41:42:42:43:1:32:10:1:0:5:0:31:10:0:0 chr19 52249211 . T G 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00332669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.288;QD=13.4159;RBI=0.0102214;REFB=-0.0059093;REVB=0.00966493;RO=37;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635555;STB=0.536394;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0064826;OID=.;OPOS=52249211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:10:15:20:17:10:15:20:17 chr19 52249672 . A C 79.53 PASS AF=0.75;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0245645;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.389;QD=26.5093;RBI=0.0490911;REFB=0.0189705;REVB=0.0425032;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974346;STB=0.555432;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0272056;OID=.;OPOS=52249672;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:13:12:3:3:9:9:0.75:5:4:2:1:5:4:2:1 chr19 52249702 . G T 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00329804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=369.418;QD=9.19979;RBI=0.00599932;REFB=-0.00092952;REVB=0.00501147;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343745;STB=0.71926;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00155939;OID=.;OPOS=52249702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:1:6:8:5:1:6:8:5 chr19 52249947 . C G 286.2 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0117211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8434;QD=18.1717;RBI=0.0117328;REFB=-0.0131688;REVB=-0.000525239;RO=32;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708318;STB=0.539543;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0094588;OID=.;OPOS=52249947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:16:15:13:19:16:15:13:19 chr19 52250216 . A G 1227.43 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2164;QD=61.3715;RBI=0.0391122;REFB=0;REVB=0.00156132;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145001;OID=.;OPOS=52250216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr19 52273307 . GTTTTT GTTT,GTTTTA,GTTTT 109.62 PASS AF=0.030303,0.0606061,0.545455;AO=4,2,13;DP=33;FAO=1,2,18;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=1,2,15;FSAR=0,0,3;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=-0.0676137,-0.01854,-0.127651;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=16.1067,208.235,11.1452;QD=13.2869;RBI=0.100036,0.0186586,0.190222;REFB=-0.0452888,-0.00879713,-0.0838192;REVB=0.0737259,0.00210013,0.141031;RO=11;SAF=4,2,11;SAR=0,0,2;SRF=0;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0.4,0,0.4;SSSB=0.840896,0.831607,0.64652;STB=0.99843,0.998559,0.832963;STBP=0.038,0.002,0;TYPE=del,snp,del;VARB=0.0819447,0.0607942,-0.028371;OID=.,.,.;OPOS=52273308,52273312,52273308;OREF=TT,T,T;OALT=-,A,-;OMAPALT=GTTT,GTTTTA,GTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.030303,0.0606061,0.545455:4,2,13:33:1,2,18:33:12:1,2,15:0,0,3:0:12:59:11:4,2,11:0,0,2:0:11 chr19 52618775 . G GT 40.85 PASS AF=0.259259;AO=6;DP=34;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.00790813;FXX=0.156201;HRUN=0;LEN=1;MLLD=74.0289;QD=6.0521;RBI=0.0162054;REFB=-0.00109016;REVB=-0.0141448;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435824;STB=0.759414;STBP=0.178;TYPE=ins;VARB=0.0130508;OID=.;OPOS=52618776;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:6:34:7:27:20:4:3:4:16:40:25:4:2:7:18 chr19 52658510 . T C 132.13 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0355784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.598;QD=24.0241;RBI=0.0668145;REFB=-0.0260332;REVB=0.056554;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162078;STB=0.590783;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0178352;OID=.;OPOS=52658510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:7:7:2:6:7:7:2:6 chr19 52659991 . A G 179.5 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0154659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.956;QD=15.6082;RBI=0.0257757;REFB=-0.00849623;REVB=-0.0206202;RO=27;SAF=15;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32112;STB=0.687115;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0156578;OID=.;OPOS=52659991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:4:15:14:13:4:15:14:13 chr19 52660279 . C T 215.15 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0259301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1759;QD=21.5152;RBI=0.0713262;REFB=0.00266364;REVB=-0.066446;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991378;STB=0.555504;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0038791;OID=.;OPOS=52660279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:9:12:13:6:9:12:13:6 chr19 52803669 . CTG C 799.46 PASS AF=1;AO=52;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187313;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.484;QD=57.1045;RBI=0.0502609;REFB=0;REVB=0.050226;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.18301e-05;OID=.;OPOS=52803670;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:57:56:56:0:39:17:0:0:4:0:35:17:0:0 chr19 52825032 . C T 372.22 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0150791;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.483;QD=31.0183;RBI=0.0163814;REFB=-0.00640335;REVB=-0.00640107;RO=17;SAF=19;SAR=12;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234068;STB=0.512812;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00352013;OID=.;OPOS=52825032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:12:19:11:6:12:19:11:6 chr19 52825235 . A G 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00867354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.941;QD=18.2484;RBI=0.00956867;REFB=-0.00850011;REVB=-0.00404092;RO=12;SAF=12;SAR=1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.63028;STB=0.870278;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00538791;OID=.;OPOS=52825235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:1:12:4:8:1:12:4:8 chr19 52856955 . C T 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.00437688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.006;QD=9.25815;RBI=0.0309099;REFB=0.00107024;REVB=-0.0305984;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371621;STB=0.724701;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00470547;OID=.;OPOS=52856955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:27:28:12:12:0.3:6:6:22:5:6:6:23:5 chr19 52869022 . G T 251.84 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0391631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0515;QD=14.8142;RBI=0.040968;REFB=-0.0189545;REVB=0.0120262;RO=39;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390698;STB=0.522127;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0114738;OID=.;OPOS=52869022;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:13:16:23:16:13:16:23:16 chr19 52869278 . G C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0420076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.979;QD=15.2939;RBI=0.0425218;REFB=0.00528727;REVB=0.00659292;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195767;STB=0.615121;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00464106;OID=.;OPOS=52869278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:4:5:3:6:4:5 chr19 52887145 . TA T 72.12 PASS AF=0.425;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0934042;FXX=0.0476077;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.6162;QD=7.21172;RBI=0.147846;REFB=-0.00552363;REVB=-0.114604;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.3125;SSSB=0.345274;STB=0.669369;STBP=0.092;TYPE=del;VARB=0.0215097;OID=.;OPOS=52887146;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425:16:42:17:40:23:11:6:8:15:72:21:11:5:7:14 chr19 52887246 . T TCAA 103.19 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00124102;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=312.583;QD=11.4652;RBI=0.0100085;REFB=-0.0128698;REVB=0.00993124;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16234;STB=0.615207;STBP=0.322;TYPE=ins;VARB=0.0221046;OID=.;OPOS=52887247;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=TCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:12:36:13:36:23:8:5:10:13:99:23:7:5:10:13 chr19 52887282 . A G 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.080771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.004;QD=23.3816;RBI=0.0814871;REFB=-0.0152979;REVB=0.0107797;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204321;STB=0.61474;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00325963;OID=.;OPOS=52887282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:13:6:8:6:13:6:8:6 chr19 52887427 . A C 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0225494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.71;QD=24.8187;RBI=0.0358196;REFB=-0.0164027;REVB=0.0278311;RO=18;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561095;STB=0.531224;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0108476;OID=.;OPOS=52887427;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:15:9:8:10:15:9:8:10 chr19 52887437 . A C 244.55 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0343894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7005;QD=23.8589;RBI=0.118856;REFB=0.0133636;REVB=0.113772;RO=18;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157175;STB=0.570407;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00861043;OID=.;OPOS=52887437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:22:23:0.560976:15:7:9:9:15:8:9:9 chr19 52887904 . T C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0317282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7189;QD=8.69804;RBI=0.0412881;REFB=-0.0143351;REVB=0.0264201;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301111;STB=0.68373;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0479632;OID=.;OPOS=52887904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:4:10:3:4:4:10 chr19 52888210 . T C 152.14 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0157026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.537;QD=30.4287;RBI=0.0496476;REFB=-0.00434824;REVB=0.047099;RO=5;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128204;STB=0.57133;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00215803;OID=.;OPOS=52888210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:10:5:3:2:10:5:3:2 chr19 52888245 . A G 184.42 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00873924;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.472;QD=33.5311;RBI=0.0582586;REFB=-0.0207394;REVB=0.0575994;RO=6;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145644;STB=0.562091;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00589715;OID=.;OPOS=52888245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:23:22:6:5:17:17:0.772727:9:8:1:5:9:8:1:4 chr19 52937100 . G T 228.85 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00368363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5165;QD=11.7357;RBI=0.0425062;REFB=0.0103419;REVB=-0.0423463;RO=50;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105902;STB=0.561088;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0287225;OID=.;OPOS=52937100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:13:15:22:28:13:15:22:28 chr19 52937339 . G A 184.4 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00628617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3429;QD=43.3889;RBI=0.063407;REFB=-0.137509;REVB=0.0630947;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608641;STB=0.533291;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00872273;OID=.;OPOS=52937339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:17:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:1:0:9:7:1:0 chr19 52938361 . C A 1268.46 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0544554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5756;QD=60.403;RBI=0.0791032;REFB=-0.0843582;REVB=-0.0573753;RO=1;SAF=49;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956859;STB=0.505049;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00229966;OID=.;OPOS=52938361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:34:49:1:0:34:49:1:0 chr19 52938417 . A G 1027.17 PASS AF=0.91358;AO=73;DP=82;FAO=74;FDP=81;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0619739;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9531;QD=50.7244;RBI=0.0636332;REFB=-0.0864705;REVB=0.0144366;RO=1;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122856;STB=0.531991;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0133441;OID=.;OPOS=52938417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:82:81:1:7:73:74:0.91358:38:35:0:1:38:36:6:1 chr19 52938459 . A G 945.89 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3401;QD=57.3268;RBI=0.0421051;REFB=0;REVB=0.0402918;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154834;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188048;OID=.;OPOS=52938459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:1:0:64:66:1:30:34:0:1:32:34:0:0 chr19 52941171 . T C 555.16 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0215221;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.6029;QD=55.5162;RBI=0.0589434;REFB=-0.239987;REVB=-0.0548737;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.523797;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0110497;OID=.;OPOS=52941171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:40:40:0:2:38:38:0.95:18:20:0:0:18:20:2:0 chr19 52941540 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.279;QD=45.8068;RBI=0.0124684;REFB=0;REVB=-0.00390812;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31069e-05;OID=.;OPOS=52941540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr19 52941847 . A T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4293;QD=51.1844;RBI=0.0483904;REFB=0;REVB=0.0479455;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980101;OID=.;OPOS=52941847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr19 52942159 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7763;QD=37.4884;RBI=0.0901654;REFB=0;REVB=0.0816052;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00622635;OID=.;OPOS=52942159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr19 52942445 . C T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.297;QD=37.4861;RBI=0.0323401;REFB=0;REVB=0.0320917;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326053;OID=.;OPOS=52942445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr19 52942495 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.207;QD=44.6898;RBI=0.0830713;REFB=0;REVB=0.067462;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104061;OID=.;OPOS=52942495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr19 52954507 . T C 2701.86 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00976464;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.782;QD=62.4708;RBI=0.00976469;REFB=0;REVB=-3.28632e-05;RO=0;SAF=81;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53369e-05;OID=.;OPOS=52954507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:173:0:0:173:173:1:92:81:0:0:92:81:0:0 chr19 53014346 . G A 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0041901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.703;QD=16.0647;RBI=0.0148098;REFB=-0.00744645;REVB=0.0142046;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414175;STB=0.523783;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00755926;OID=.;OPOS=53014346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:13:11:9:9:13:11 chr19 53015384 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.025055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.515;QD=15.3789;RBI=0.0321479;REFB=-0.0187388;REVB=0.0201428;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20736;STB=0.620056;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.025087;OID=.;OPOS=53015384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:9:5:7:5:9:5 chr19 53015864 . T G 67.25 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0775641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1419;QD=12.8092;RBI=0.0821162;REFB=-0.000713792;REVB=0.0269608;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255081;STB=0.636033;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00390183;OID=.;OPOS=53015864;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:21:21:11:12:9:9:0.428571:2:7:6:5:2:7:7:5 chr19 53015987 . C G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0111074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.765;QD=12.0513;RBI=0.0196232;REFB=-0.000359869;REVB=0.016177;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167732;STB=0.599782;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00176042;OID=.;OPOS=53015987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:5:8:4:5:5:8 chr19 53016129 . G A 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0398565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8085;QD=11.4379;RBI=0.0678145;REFB=0.0212068;REVB=-0.0548658;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103585;STB=0.562357;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0404122;OID=.;OPOS=53016129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:8:6:3:6:8:6 chr19 53117531 . C T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00116847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.463;QD=21.3528;RBI=0.0628914;REFB=-0.0238681;REVB=0.0628806;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518484;STB=0.512176;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0225212;OID=.;OPOS=53117531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:8:9:13:13:0.590909:4:9:5:3:4:9:6:3 chr19 53117809 . C A 234.9 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0117935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.9583;QD=18.792;RBI=0.0405491;REFB=-0.0131648;REVB=0.0387962;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801687;STB=0.545415;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0111489;OID=.;OPOS=53117809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:10:13:13:14:10:13:13:14 chr19 53122211 . A G 343.14 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.000381714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.251;QD=16.1479;RBI=0.000403543;REFB=-0.0226362;REVB=-0.000130924;RO=47;SAF=16;SAR=21;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120114;STB=0.573294;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0266565;OID=.;OPOS=53122211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:48:37:37:0.435294:21:16:26:21:21:16:27:21 chr19 53122219 . A G 369.49 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0140265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.107;QD=16.9879;RBI=0.0151881;REFB=-0.00972598;REVB=0.00582547;RO=47;SAF=16;SAR=23;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160116;STB=0.584127;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0117674;OID=.;OPOS=53122219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:48:39:39:0.448276:23:16:27:20:23:16:27:21 chr19 53122226 . A G 291.3 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.015918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.359;QD=14.385;RBI=0.0229184;REFB=-0.00295721;REVB=-0.0164885;RO=47;SAF=12;SAR=21;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198738;STB=0.618975;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00401918;OID=.;OPOS=53122226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:48:33:33:0.407407:21:12:26:21:21:12:27:21 chr19 53122229 . T C 292.43 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00444056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.029;QD=14.6213;RBI=0.00485644;REFB=-0.0101814;REVB=0.0019663;RO=47;SAF=12;SAR=21;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198738;STB=0.612834;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0152628;OID=.;OPOS=53122229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:21:12:26:21:21:12:26:21 chr19 53269614 . G A 303.21 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00561053;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.654;QD=24.752;RBI=0.0112629;REFB=-0.0180409;REVB=0.009766;RO=19;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583949;STB=0.540862;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.019045;OID=.;OPOS=53269614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:20:29:29:0.591837:13:16:12:7:13:16:13:7 chr19 53270384 . A G 189.96 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00492106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.668;QD=13.1005;RBI=0.0320698;REFB=-0.0195779;REVB=-0.03169;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098376;STB=0.530987;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0277288;OID=.;OPOS=53270384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:32:35:23:23:0.396552:10:13:15:17:10:13:18:17 chr19 53303527 . A G 315.11 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.383;QD=52.5186;RBI=0.0207015;REFB=0;REVB=0.0173473;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911029;OID=.;OPOS=53303527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:14:10:0:0 chr19 53303890 . C G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0247862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7012;QD=15.2925;RBI=0.0624098;REFB=0.00334391;REVB=-0.0572768;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782009;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0074195;OID=.;OPOS=53303890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:8:9:9:9:0.5:3:6:6:2:3:6:6:3 chr19 53304563 . T C 1141.75 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0361322;FXX=0.0249969;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7819;QD=58.5513;RBI=0.081115;REFB=0.0203521;REVB=0.072623;RO=2;SAF=40;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00127989;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00369759;OID=.;OPOS=53304563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:78:78:2:1:76:77:0.987179:36:40:1:1:37:40:1:0 chr19 53321171 . G A 267.37 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00918331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.491;QD=18.4393;RBI=0.0136972;REFB=-0.0283231;REVB=-0.0101627;RO=29;SAF=18;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955207;STB=0.553468;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.027596;OID=.;OPOS=53321171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:11:18:15:14:11:18:15:14 chr19 53345321 . T G 431.93 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0154313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.329;QD=23.0362;RBI=0.0496064;REFB=-0.0266305;REVB=0.0471452;RO=33;SAF=20;SAR=22;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175791;STB=0.596424;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0191164;OID=.;OPOS=53345321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:22:20:23:10:22:20:23:10 chr19 53384691 . CT C 51.96 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.143217;FXX=0.0322477;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.1711;QD=6.92817;RBI=0.269737;REFB=-0.0918904;REVB=0.228576;RO=15;SAF=12;SAR=1;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545133;STB=0.83655;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=0.125646;OID=.;OPOS=53384692;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:13:31:13:30:17:12:1:9:8:51:15:12:1:8:7 chr19 53384700 . CA C 49.47 PASS AF=0.428571;AO=16;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0338028;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.9783;QD=5.65419;RBI=0.0742325;REFB=-0.0912359;REVB=0.0660897;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176129;STB=0.571331;STBP=0.501;TYPE=del;VARB=0.143497;OID=.;OPOS=53384701;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:16:35:15:35:20:10:5:11:9:49:16:11:5:8:8 chr19 53391402 . A G 409.37 PASS AF=0.387097;AO=48;DP=124;FAO=48;FDP=124;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=59;FSRR=17;FWDB=0.0108864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8398;QD=13.2054;RBI=0.0129758;REFB=-0.023036;REVB=0.00706104;RO=76;SAF=30;SAR=18;SRF=59;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185477;STB=0.604033;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0355555;OID=.;OPOS=53391402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:76:76:48:48:0.387097:18:30:59:17:18:30:59:17 chr19 53453777 . C T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0203048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.636;QD=7.62905;RBI=0.0246693;REFB=-0.00235006;REVB=0.0140103;RO=20;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362117;STB=0.73613;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00559484;OID=.;OPOS=53453777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:7:1:7:13:7:1:7:13 chr19 53454475 . C CACT 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00468396;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=271.413;QD=6.31776;RBI=0.029902;REFB=-0.00564017;REVB=-0.0295328;RO=25;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246785;STB=0.660587;STBP=0.339;TYPE=ins;VARB=0.0163272;OID=.;OPOS=53454476;OREF=-;OALT=ACT;OMAPALT=CACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242424:8:33:8:33:25:6:2:14:11:52:25:6:2:14:11 chr19 53454543 . G A 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0084609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7915;QD=10.4717;RBI=0.0100197;REFB=-0.00286829;REVB=0.00536735;RO=24;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212154;STB=0.628802;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00721735;OID=.;OPOS=53454543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:3:9:14:10:3:9:14:10 chr19 53454789 . A T 191.91 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00876976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5961;QD=11.8099;RBI=0.0441139;REFB=-0.0144877;REVB=-0.0432334;RO=41;SAF=16;SAR=8;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175965;STB=0.602063;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0182562;OID=.;OPOS=53454789;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:8:16:21:20:8:16:21:20 chr19 53553125 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455518;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.117;QD=58.1421;RBI=0.0459298;REFB=0;REVB=-0.00588052;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22949e-05;OID=.;OPOS=53553125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr19 53553686 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.257;QD=61.6839;RBI=0.0105339;REFB=0;REVB=0.00816828;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45154e-05;OID=.;OPOS=53553686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr19 53576589 . C G 1047.72 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238743;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.008;QD=59.8698;RBI=0.0282809;REFB=0;REVB=-0.0151601;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.5388e-05;OID=.;OPOS=53576589;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr19 53577419 . G C 1221.81 PASS AF=0.964706;AO=81;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0399807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6663;QD=57.4971;RBI=0.0794284;REFB=0.0428105;REVB=-0.0686324;RO=3;SAF=49;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281086;STB=0.51456;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00832675;OID=.;OPOS=53577419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:3:3:81:82:0.964706:32:49:3:0:32:50:3:0 chr19 53612311 . T C 392.27 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0201396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.02;QD=50.6155;RBI=0.0201532;REFB=-0.0614834;REVB=0.000739716;RO=1;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048951;STB=0.549964;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00354957;OID=.;OPOS=53612311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:1:2:29:29:0.935484:9:20:0:1:9:20:0:2 chr19 53612720 . T C 142.88 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0249797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.628;QD=14.6544;RBI=0.0250636;REFB=-0.00249131;REVB=0.00204928;RO=23;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170819;STB=0.599867;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00410273;OID=.;OPOS=53612720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:12:4:9:14:12:4:9:14 chr19 53612745 . T C 638.24 PASS AF=0.976744;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0038486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.902;QD=59.3714;RBI=0.00818933;REFB=0.0266002;REVB=0.00722865;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00124689;OID=.;OPOS=53612745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:43:1:1:40:42:0.976744:21:19:1:0:23:19:1:0 chr19 53612757 . T G 743.98 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0216651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3528;QD=59.5185;RBI=0.036715;REFB=-0.186465;REVB=0.0296414;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020015;STB=0.500834;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00474291;OID=.;OPOS=53612757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:50:50:1:2:48:48:0.96:25:23:1:0:25:23:1:1 chr19 53612989 . A G 331.08 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.022554;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8939;QD=21.0208;RBI=0.0253533;REFB=-0.0144549;REVB=0.0115804;RO=29;SAF=18;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095859;STB=0.553042;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00776541;OID=.;OPOS=53612989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:29:29:34:34:0.539683:16:18:12:17:16:18:12:17 chr19 53645291 . T C 595.3 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00382548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8936;QD=54.1183;RBI=0.0502658;REFB=-0.0340066;REVB=0.05012;RO=2;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468564;STB=0.536568;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00165428;OID=.;OPOS=53645291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:44:44:2:3:41:41:0.931818:19:22:0:2:19:22:0:3 chr19 53667804 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3487;QD=57.7117;RBI=0.0381359;REFB=0;REVB=-0.0207304;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027525;OID=.;OPOS=53667804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr19 53667913 . A G 517.75 PASS AF=0.86;AO=41;DP=52;FAO=43;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00692387;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3054;QD=41.4203;RBI=0.00771206;REFB=0.00371379;REVB=0.00339644;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.612848;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00342048;OID=.;OPOS=53667913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:52:50:0:7:41:43:0.86:12:29:0:0:12:31:0:7 chr19 53667940 . AT GC,GT 629.69 PASS AF=0.0465116,0.930233;AO=2,40;DP=44;FAO=2,40;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=0,22;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320021,-0.0276794;FXX=0.0227221;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=115.433,142.649;QD=58.5761;RBI=0.0322039,0.0320782;REFB=-0.0237138,0.115343;REVB=-0.00359954,-0.016213;RO=1;SAF=0,22;SAR=2,18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0253417;STB=0.5,0.513507;STBP=1,0.31;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0459543,-0.0018924;OID=.,.;OPOS=53667940,53667940;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:43:1:1:2,40:2,40:0.0465116,0.930233:2,18:0,22:0:1:2,18:0,22:0:1 chr19 53668478 . C A 267.19 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0218149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.182;QD=28.1253;RBI=0.0240226;REFB=-0.0388098;REVB=0.0100597;RO=14;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0157765;OID=.;OPOS=53668478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:12:12:7:7:12:12:7:7 chr19 53669273 . T C 658.01 PASS AF=0.977273;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00861325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.562;QD=59.8189;RBI=0.0154355;REFB=-0.115346;REVB=0.0128089;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.515144;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00030902;OID=.;OPOS=53669273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:44:0:1:41:43:0.977273:25:16:0:0:27:16:1:0 chr19 53669492 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.37;QD=62.3509;RBI=0.0249463;REFB=0;REVB=0.0234628;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77842e-05;OID=.;OPOS=53669492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr19 53727097 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0188033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.509;QD=14.9787;RBI=0.0265243;REFB=-0.0154733;REVB=0.0187076;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384612;STB=0.749464;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0047036;OID=.;OPOS=53727097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:2:8:4:6:2:8:4:7 chr19 53741068 . C T 242.91 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00366239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8356;QD=22.5965;RBI=0.0159344;REFB=-0.00586005;REVB=0.0155078;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725604;STB=0.540506;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00690436;OID=.;OPOS=53741068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:10:13:13:7:10:13:13:7 chr19 53741188 . C T 450.8 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00538615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9792;QD=19.183;RBI=0.0140226;REFB=0.00478219;REVB=-0.0129469;RO=49;SAF=22;SAR=23;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963418;STB=0.553539;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00436248;OID=.;OPOS=53741188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:23:22:29:20:23:22:29:20 chr19 53793042 . G A 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0153659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.669;QD=20.6011;RBI=0.0155787;REFB=0.00706198;REVB=-0.00256581;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20201;STB=0.614057;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00487838;OID=.;OPOS=53793042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:13:7:11:8:13:7:11:8 chr19 53793574 . A G 478.96 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0030376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.914;QD=25.2083;RBI=0.00719397;REFB=-0.0136462;REVB=-0.00652121;RO=31;SAF=28;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182781;STB=0.509996;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0066971;OID=.;OPOS=53793574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:31:45:45:0.592105:17:28:20:11:17:28:20:11 chr19 53793995 . C T 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.00454897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.17;QD=9.82167;RBI=0.00984305;REFB=0.00328291;REVB=0.00872884;RO=23;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150346;STB=0.509075;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.0065561;OID=.;OPOS=53793995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:9:2:4:19:9:2:4:19 chr19 53794579 . T A 382.02 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0300669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5641;QD=20.3741;RBI=0.0531264;REFB=-0.0208676;REVB=0.0437996;RO=36;SAF=25;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783404;STB=0.543456;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00797962;OID=.;OPOS=53794579;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:14:25:20:16:14:25:20:16 chr19 53794858 . G A 309.94 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00426432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.315;QD=18.7843;RBI=0.00429763;REFB=-0.0207275;REVB=0.000534007;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176949;STB=0.59011;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0325814;OID=.;OPOS=53794858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:18:15:21:11:18:15:21:12 chr19 53854397 . G C 365.46 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.215;QD=54.1426;RBI=0.0335181;REFB=0;REVB=0.023086;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222389;OID=.;OPOS=53854397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:17:10:0:0 chr19 53879561 . GACA G 1242.44 PASS AF=1;AO=79;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376644;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=3;MLLD=304.823;QD=61.355;RBI=0.024609;REFB=0;REVB=0.0243191;RO=0;SAF=53;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77523e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.74603e-05;OID=.;OPOS=53879562;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:82:81:81:0:55:26:0:0:7:0:53:26:0:0 chr19 53884412 . G A 435.52 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0333435;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5857;QD=54.4399;RBI=0.0369865;REFB=0.0610359;REVB=0.0160065;RO=2;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00386007;OID=.;OPOS=53884412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:2:1:30:31:0.96875:15:15:1:1:15:16:0:1 chr19 53911660 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00315368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9775;QD=12.0515;RBI=0.0208307;REFB=-0.0212427;REVB=0.0205906;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223548;STB=0.631314;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0242893;OID=.;OPOS=53911660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:3:10:5:4:3:10 chr19 53912242 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.485;QD=54.5176;RBI=0.0397979;REFB=0;REVB=-0.0205309;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108015;OID=.;OPOS=53912242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr19 53926318 . T A 163.63 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0121007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.474;QD=20.4535;RBI=0.0122532;REFB=-0.00794014;REVB=-0.00192738;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208164;STB=0.617837;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0117295;OID=.;OPOS=53926318;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:11:6:9:6:11:6:9:6 chr19 53926320 . T G 170.35 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.000982563;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.782;QD=22.7134;RBI=0.017217;REFB=-0.0357592;REVB=0.0171889;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208164;STB=0.583573;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0122143;OID=.;OPOS=53926320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:30:15:13:17:17:0.566667:11:6:9:6:11:6:7:6 chr19 53952885 . TC GT,T 379.13 PASS AF=0,1;AO=2,27;DP=30;FAO=0,30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255992,0.0245797;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=13.5401,24.3883;QD=50.5503;RBI=0.0570265,0.042263;REFB=0,0;REVB=-0.056969,-0.0343803;RO=1;SAF=1,16;SAR=1,11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0.423503;SSSB=0.25849,0.040394;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.000644223;OID=.,.;OPOS=53952885,53952886;OREF=TC,C;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:30:30:1:0:2,27:0,30:0,1:1,11:1,16:0:1:0,13:0,17:0:0 chr19 53958126 . T G 224.0 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0182121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.94;QD=26.3525;RBI=0.0478463;REFB=0.00191595;REVB=0.0442446;RO=13;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117913;STB=0.571356;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.000606081;OID=.;OPOS=53958126;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:13:20:21:0.617647:15:5:5:8:16:5:5:8 chr19 53958263 . G A 240.4 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0349487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.644;QD=28.2829;RBI=0.0382518;REFB=-0.00235757;REVB=0.0155495;RO=12;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532078;STB=0.529385;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00130451;OID=.;OPOS=53958263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:11:11:7:5:11:11:7:5 chr19 53989945 . G A 273.99 PASS AF=0.242775;AO=42;DP=173;FAO=42;FDP=173;FR=.;FRO=131;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=68;FSRR=63;FWDB=0.00702474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.448;QD=6.33512;RBI=0.0075321;REFB=-0.00533025;REVB=-0.00271764;RO=131;SAF=25;SAR=17;SRF=68;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096818;STB=0.558475;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.018196;OID=.;OPOS=53989945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:131:131:42:42:0.242775:17:25:68:63:17:25:68:63 chr19 53990002 . G A 375.25 PASS AF=0.276596;AO=52;DP=188;FAO=52;FDP=188;FR=.;FRO=136;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=70;FSRR=66;FWDB=0.0128141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.438;QD=7.98408;RBI=0.0134891;REFB=-0.000726493;REVB=0.00421365;RO=136;SAF=30;SAR=22;SRF=70;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769685;STB=0.545437;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00208704;OID=.;OPOS=53990002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:136:136:52:52:0.276596:22:30:70:66:22:30:70:66 chr19 53993923 . C T 210.47 PASS AF=0.40625;AO=24;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0102274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.87;QD=13.154;RBI=0.0263468;REFB=-0.0203191;REVB=-0.0242807;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714019;STB=0.531226;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0343378;OID=.;OPOS=53993923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:37:38:24:26:0.40625:12:12:16:21:13:13:17:21 chr19 54080144 . A G 608.63 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369944;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.024;QD=59.379;RBI=0.0374788;REFB=0;REVB=0.00600587;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173014;OID=.;OPOS=54080144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:14:24:0:0:17:24:0:0 chr19 54132976 . A G 89.72 PASS AF=0.5;AO=10;DP=21;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00359181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.256;QD=16.3133;RBI=0.065611;REFB=-0.0256963;REVB=-0.0655126;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231477;STB=0.593048;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0233205;OID=.;OPOS=54132976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:21:22:11:11:10:11:0.5:3:7:5:6:4:7:5:6 chr19 54307322 . G A 902.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.839;QD=58.236;RBI=0.0510072;REFB=0;REVB=0.0453499;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231055;OID=.;OPOS=54307322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr19 54308554 . C T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.184;QD=37.4867;RBI=0.0337955;REFB=0;REVB=-0.017621;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104647;OID=.;OPOS=54308554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr19 54378485 . T G 40.05 PASS AF=0.6;AO=4;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0947031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.6037;QD=16.018;RBI=0.0948098;REFB=-0.0324175;REVB=0.00449555;RO=5;SAF=4;SAR=0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.672226;STB=0.555356;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0237703;OID=.;OPOS=54378485;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:10:10:5:4:4:6:0.6:0:4:4:1:1:5:3:1 chr19 54378627 . T A 2352.09 PASS AF=0.964286;AO=158;DP=169;FAO=162;FDP=168;FR=.;FRO=6;FSAF=106;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00313176;FXX=0.00591681;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.667;QD=56.0021;RBI=0.00580688;REFB=-0.0238965;REVB=0.00488999;RO=4;SAF=106;SAR=52;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00421248;STB=0.506068;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.000522438;OID=.;OPOS=54378627;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:169:168:4:6:158:162:0.964286:52:106:3:1:56:106:3:3 chr19 54378789 . C G 2744.97 PASS AF=0.98895;AO=172;DP=180;FAO=179;FDP=181;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.054269;FXX=0.0572887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4208;QD=60.6623;RBI=0.0543289;REFB=-0.113468;REVB=0.00255092;RO=2;SAF=66;SAR=106;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00268766;STB=0.504545;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00593677;OID=.;OPOS=54378789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:180:181:2:2:172:179:0.98895:106:66:1:1:109:70:0:2 chr19 54379573 . C T 375.43 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9686;QD=55.6188;RBI=0.0208549;REFB=0;REVB=0.00559691;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000320258;OID=.;OPOS=54379573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr19 54385820 . C T 2960.3 PASS AF=0.964824;AO=190;DP=197;FAO=192;FDP=199;FR=.;FRO=7;FSAF=93;FSAR=99;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0192177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.794;QD=59.5035;RBI=0.0287819;REFB=-0.0650833;REVB=0.0214261;RO=6;SAF=92;SAR=98;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106334;STB=0.503064;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.000864645;OID=.;OPOS=54385820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:197:199:6:7:190:192:0.964824:98:92:4:2:99:93:4:3 chr19 54394965 . T C 480.95 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00788299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.189;QD=22.9025;RBI=0.00788311;REFB=0.00782158;REVB=-4.4954e-05;RO=37;SAF=21;SAR=25;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154846;STB=0.59031;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00479057;OID=.;OPOS=54394965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:38:46:46:0.547619:25:21:24:13:25:21:25:13 chr19 54409996 . C T 356.72 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0112121;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.272;QD=19.0253;RBI=0.0302737;REFB=-0.00380275;REVB=0.0281209;RO=38;SAF=15;SAR=22;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863188;STB=0.54792;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00427823;OID=.;OPOS=54409996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:22:15:12:26:22:15:12:26 chr19 54545186 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00444949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.413;QD=13.4416;RBI=0.0134017;REFB=-0.00625098;REVB=-0.0126415;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11072;STB=0.565089;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0101811;OID=.;OPOS=54545186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:8:5:5:5:8:5 chr19 54545531 . T C 425.33 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00556134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.026;QD=21.5357;RBI=0.0288647;REFB=-0.0261455;REVB=-0.0283239;RO=36;SAF=21;SAR=21;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930241;STB=0.556935;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.031503;OID=.;OPOS=54545531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:37:42:42:0.531646:21:21:22:14:21:21:23:14 chr19 54578328 . A G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0148951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.775;QD=12.73;RBI=0.0159683;REFB=-0.0223408;REVB=0.00575539;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281248;STB=0.644834;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.017893;OID=.;OPOS=54578328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:3:6:4:7:3:6:5:7 chr19 54649671 . T C 130.19 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.438;QD=43.3954;RBI=0.0477088;REFB=0;REVB=0.0369544;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171806;OID=.;OPOS=54649671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:5:5:0:0:5:7:0:0 chr19 54652203 . T C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00760537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.438;QD=12.396;RBI=0.0224699;REFB=-0.0316054;REVB=-0.0211436;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00875536;OID=.;OPOS=54652203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:4:1:1:4:4:1 chr19 54664209 . G C 247.33 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0886876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7779;QD=11.6391;RBI=0.100124;REFB=-0.0362618;REVB=0.0464683;RO=55;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806638;STB=0.546453;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0602449;OID=.;OPOS=54664209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:17:13:20:35:17:13:20:35 chr19 54664752 . A C 285.31 PASS AF=0.625;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00531156;FXX=0.0476077;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.18;QD=28.5311;RBI=0.0140716;REFB=-0.0106279;REVB=-0.0130306;RO=15;SAF=17;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103566;STB=0.505716;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.006824;OID=.;OPOS=54664752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:15:15:25:25:0.625:8:17:10:5:8:17:10:5 chr19 54665970 . C T 77.71 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.11598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7371;QD=14.1292;RBI=0.116221;REFB=-0.00979147;REVB=0.00748601;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289235;STB=0.636111;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0194389;OID=.;OPOS=54665970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:5:5:2:9:5:5:3:9 chr19 54674742 . C T 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0108671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.63;QD=14.4904;RBI=0.0124189;REFB=-0.0165687;REVB=-0.0060112;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114534;STB=0.566093;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0290593;OID=.;OPOS=54674742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:9:10:19:11:9:10:19:11 chr19 54676763 . C T 374.24 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.000299675;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.18;QD=18.0355;RBI=0.00527914;REFB=-0.00891723;REVB=-0.00527062;RO=44;SAF=17;SAR=22;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167542;STB=0.593453;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0115683;OID=.;OPOS=54676763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:22:17:27:17:22:17:27:17 chr19 54676814 . G GC 150.02 PASS AF=0.402778;AO=27;DP=75;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0431265;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.9948;QD=8.33456;RBI=0.0449155;REFB=0.0236918;REVB=0.0125503;RO=47;SAF=14;SAR=13;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147717;STB=0.503353;STBP=0.974;TYPE=ins;VARB=-0.0339078;OID=.;OPOS=54676815;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402778:27:75:29:72:43:15:14:22:21:99:47:14:13:25:22 chr19 54677189 . C T 463.28 PASS AF=0.476636;AO=49;DP=109;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0684582;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3832;QD=17.3187;RBI=0.0686161;REFB=-0.0372687;REVB=0.00465235;RO=55;SAF=30;SAR=19;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242986;STB=0.500384;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0294671;OID=.;OPOS=54677189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:55:56:49:51:0.476636:19:30:35:20:20:31:34:22 chr19 54677759 . T C 1036.59 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00115521;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.573;QD=59.2335;RBI=0.0230267;REFB=0;REVB=0.0229977;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1609e-05;OID=.;OPOS=54677759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:29:40:0:0:29:41:0:0 chr19 54721090 . A G 178.29 PASS AF=0.403846;AO=19;DP=50;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0145829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.324;QD=13.7149;RBI=0.0146563;REFB=-0.00936173;REVB=0.00146537;RO=30;SAF=6;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302204;STB=0.618934;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0117207;OID=.;OPOS=54721090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:30:31:19:21:0.403846:13:6:18:12:13:8:18:13 chr19 54722275 . G A 298.65 PASS AF=0.445946;AO=32;DP=73;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00841716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.782;QD=16.1432;RBI=0.00947666;REFB=-0.022375;REVB=0.00435414;RO=41;SAF=16;SAR=16;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158323;STB=0.595706;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.022626;OID=.;OPOS=54722275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:41:32:33:0.445946:16:16:27:14:17:16:27:14 chr19 54723355 . A G 194.88 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0303946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2076;QD=17.323;RBI=0.0335096;REFB=-0.00921546;REVB=-0.0141091;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175487;STB=0.589196;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0292772;OID=.;OPOS=54723355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:25:20:20:0.444444:8:12:10:14:8:12:11:14 chr19 54723738 . G C 746.96 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.148;QD=63.5711;RBI=0.0258078;REFB=0;REVB=-0.0161816;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145787;OID=.;OPOS=54723738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr19 54723898 . T C 219.92 PASS AF=0.904762;AO=16;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00642823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.4438;QD=41.8893;RBI=0.0339893;REFB=-0.152742;REVB=0.0333759;RO=5;SAF=2;SAR=14;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330238;STB=0.539525;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0112543;OID=.;OPOS=54723898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:5:2:16:19:0.904762:14:2:3:2:15:4:1:1 chr19 54724006 . C A 92.19 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.128581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.073;QD=18.4372;RBI=0.12862;REFB=0.00123848;REVB=-0.00317595;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32335;STB=0.679754;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.000376788;OID=.;OPOS=54724006;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:0:9:8:3:0:9 chr19 54725930 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00716695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9992;QD=46.8477;RBI=0.070421;REFB=0;REVB=-0.0700554;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00304616;OID=.;OPOS=54725930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:1:14:0:0:1:14:0:0 chr19 54725995 . G A 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0649572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1597;QD=45.106;RBI=0.0704197;REFB=-0.094761;REVB=0.0271936;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340316;STB=0.518498;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00566655;OID=.;OPOS=54725995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:5:13:1:0:5:13:1:0 chr19 54726226 . T C 248.16 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.998;QD=49.6325;RBI=0.0272084;REFB=0;REVB=-0.0257617;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72436e-05;OID=.;OPOS=54726226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:18:20:1:3:15:0:0:3:17:0:0 chr19 54726241 . C T 105.41 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.015104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1155;QD=20.078;RBI=0.0154505;REFB=-0.00746237;REVB=-0.00325409;RO=8;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551717;STB=0.545383;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00302377;OID=.;OPOS=54726241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:21:21:8:9:12:12:0.571429:2:10:7:1:2:10:8:1 chr19 54726299 . A C 83.53 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0245674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1505;QD=20.8823;RBI=0.0362953;REFB=-0.0316177;REVB=-0.026717;RO=6;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034987;STB=0.519961;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0179541;OID=.;OPOS=54726299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:2:8:5:1:2:8:5:1 chr19 54726816 . A T 269.79 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0452652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.74;QD=29.1667;RBI=0.052372;REFB=-0.0179406;REVB=-0.0263417;RO=11;SAF=12;SAR=12;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130225;STB=0.594518;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0101918;OID=.;OPOS=54726816;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:11:13:24:24:0.648649:12:12:3:8:12:12:3:10 chr19 54726833 . T C 272.65 PASS AF=0.595238;AO=26;DP=43;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0603423;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8904;QD=25.9663;RBI=0.0635781;REFB=-0.0649984;REVB=-0.0200245;RO=16;SAF=12;SAR=14;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149276;STB=0.599924;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0406631;OID=.;OPOS=54726833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:16:17:26:25:0.595238:14:12:4:12:13:12:4:13 chr19 54726839 . C T 244.83 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0388008;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0131;QD=22.7753;RBI=0.0470794;REFB=-0.0679697;REVB=0.026664;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251149;STB=0.647881;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0138171;OID=.;OPOS=54726839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:20:23:23:0.534884:11:12:4:15:11:12:4:16 chr19 54726843 . C G 243.3 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0047691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.587;QD=22.6326;RBI=0.004872;REFB=-0.0292485;REVB=0.000996027;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256983;STB=0.647881;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0209422;OID=.;OPOS=54726843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:20:22:23:0.534884:10:12:4:14:11:12:4:16 chr19 54726861 . C T 237.97 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.000672214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.979;QD=20.2528;RBI=0.0203103;REFB=-0.0023652;REVB=-0.0202992;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290595;STB=0.66153;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00699438;OID=.;OPOS=54726861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:12:11:4:20:12:11:4:20 chr19 54726872 . C G 126.26 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.00368926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.498;QD=12.9502;RBI=0.0219693;REFB=-0.0152631;REVB=-0.0216573;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454763;STB=0.749722;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0571142;OID=.;OPOS=54726872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:24:14:15:0.384615:5:9:4:18:6:9:4:20 chr19 54744104 . T G 141.91 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0110611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5903;QD=13.8449;RBI=0.0546135;REFB=-0.0207818;REVB=-0.0534817;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401239;STB=0.523336;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0296677;OID=.;OPOS=54744104;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:7:9:15:10:7:9:15:10 chr19 54744209 . TA CG 268.86 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.021071;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=127.414;QD=10.5433;RBI=0.0253319;REFB=-0.0252125;REVB=-0.0140612;RO=67;SAF=20;SAR=14;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281978;STB=0.510149;STBP=0.885;TYPE=mnp;VARB=0.0410812;OID=.;OPOS=54744209;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:67:68:34:34:0.333333:14:20:41:26:14:20:41:27 chr19 54744361 . A C 412.65 PASS AF=0.4;AO=49;DP=120;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0336186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5526;QD=13.755;RBI=0.0509625;REFB=-0.0207294;REVB=-0.038301;RO=69;SAF=16;SAR=33;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166829;STB=0.588197;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.032777;OID=.;OPOS=54744361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:69:72:49:48:0.4:33:16:33:36:32:16:34:38 chr19 54744387 . C T 340.84 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.00934154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.352;QD=13.3661;RBI=0.0121513;REFB=-0.0079205;REVB=-0.00777111;RO=62;SAF=11;SAR=29;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175067;STB=0.600059;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0127046;OID=.;OPOS=54744387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:29:11:26:36:29:11:26:36 chr19 54744794 . G A 84.15 PASS AF=0.174419;AO=14;DP=85;FAO=15;FDP=86;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=-0.00999098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.047;QD=3.91373;RBI=0.0255453;REFB=-0.00406614;REVB=0.0235105;RO=71;SAF=8;SAR=6;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100522;STB=0.541817;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.02862;OID=.;OPOS=54744794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:85:86:71:71:14:15:0.174419:6:8:46:25:6:9:46:25 chr19 54744799 . G C 288.54 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0103302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.055;QD=13.7401;RBI=0.0118769;REFB=-0.0135529;REVB=0.0058608;RO=48;SAF=20;SAR=13;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208067;STB=0.52634;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0176551;OID=.;OPOS=54744799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:51:33:33:0.392857:13:20:30:18:13:20:33:18 chr19 54746051 . A C 792.9 PASS AF=0.435233;AO=84;DP=192;FAO=84;FDP=193;FR=.;FRO=109;FSAF=59;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=-0.0490665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9488;QD=16.4332;RBI=0.0620019;REFB=-0.00411437;REVB=-0.037904;RO=107;SAF=59;SAR=25;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223109;STB=0.625549;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00478786;OID=.;OPOS=54746051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:107:109:84:84:0.435233:25:59:53:54:25:59:54:55 chr19 54746081 . T C 34.95 PASS AF=0.0710383;AO=13;DP=183;FAO=13;FDP=183;FR=.;FRO=170;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=93;FSRR=77;FWDB=-0.0407515;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.489;QD=0.763825;RBI=0.0408867;REFB=-0.00377069;REVB=-0.0033225;RO=162;SAF=6;SAR=7;SRF=90;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103863;STB=0.578828;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0423399;OID=.;OPOS=54746081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:183:183:162:170:13:13:0.0710383:7:6:90:72:7:6:93:77 chr19 54754752 . T C 689.27 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.336;QD=62.6609;RBI=0.0502452;REFB=0;REVB=0.0344298;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433635;OID=.;OPOS=54754752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:16:27:0:0:17:27:0:0 chr19 54754820 . T G 44.6 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.230052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3934;QD=25.4836;RBI=0.239474;REFB=-0.116382;REVB=-0.0665119;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0469812;OID=.;OPOS=54754820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:7:1:1:5:6:0.857143:3:2:0:1:3:3:0:1 chr19 54755911 . C T 320.67 PASS AF=0.595745;AO=27;DP=46;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0360376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9584;QD=27.2907;RBI=0.036473;REFB=-0.0298297;REVB=-0.00561901;RO=19;SAF=18;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291155;STB=0.521425;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0232148;OID=.;OPOS=54755911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:19:19:27:28:0.595745:9:18:12:7:9:19:12:7 chr19 54755922 . CA TG 268.22 PASS AF=0.538462;AO=26;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.005512;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.831;QD=20.6319;RBI=0.0344788;REFB=-0.0129764;REVB=-0.0340354;RO=24;SAF=17;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270783;STB=0.527758;STBP=0.702;TYPE=mnp;VARB=0.0124462;OID=.;OPOS=54755922;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:26:28:0.538462:9:17:15:9:9:19:15:9 chr19 54759361 . T C 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0606448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.476;QD=12.5695;RBI=0.0680286;REFB=0.00102628;REVB=-0.0308237;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474041;STB=0.527832;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00259298;OID=.;OPOS=54759361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:8:7:11:15:8:7:11:15 chr19 54767879 . T C 1556.02 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00749979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.268;QD=58.7176;RBI=0.0216749;REFB=-0.0583492;REVB=0.0203361;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50505;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=1.98861e-05;OID=.;OPOS=54767879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:0:1:104:105:0.990566:49:55:0:0:49:56:0:1 chr19 54782919 . C T 220.63 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00825799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5806;QD=14.4673;RBI=0.0100348;REFB=-0.0309603;REVB=-0.00570104;RO=35;SAF=15;SAR=10;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618541;STB=0.547802;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0370247;OID=.;OPOS=54782919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:35:25:26:0.42623:10:15:23:12:11:15:23:12 chr19 54783375 . T A 513.96 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.0160326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.361;QD=17.4224;RBI=0.0171589;REFB=-0.00391171;REVB=-0.00611425;RO=63;SAF=37;SAR=18;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735054;STB=0.540957;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00564428;OID=.;OPOS=54783375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:63:63:55:55:0.466102:18:37:38:25:18:37:38:25 chr19 54783923 . A G 363.08 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8419;QD=53.7899;RBI=0.0472633;REFB=0;REVB=0.0242587;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97873e-05;OID=.;OPOS=54783923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:11:14:0:0:12:15:0:0 chr19 54784130 . T C 362.6 PASS AF=0.587302;AO=27;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0861799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3067;QD=23.0224;RBI=0.086563;REFB=-0.0512017;REVB=0.00813507;RO=26;SAF=18;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220004;STB=0.548389;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.032752;OID=.;OPOS=54784130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:27:37:0.587302:9:18:11:15:17:20:11:15 chr19 54802540 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.382;QD=46.847;RBI=0.0451451;REFB=0;REVB=0.0358856;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580507;OID=.;OPOS=54802540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr19 54848684 . G A 45.88 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00317351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.879;QD=9.65908;RBI=0.00456542;REFB=-0.0116541;REVB=0.00328205;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577328;STB=0.535609;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0306633;OID=.;OPOS=54848684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:8:4:2:5:8:4 chr19 54848741 . T C 181.93 PASS AF=0.6;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00861471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.536;QD=24.2571;RBI=0.0208431;REFB=-0.0103739;REVB=0.0189796;RO=12;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737045;STB=0.533298;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00919618;OID=.;OPOS=54848741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:12:12:17:18:0.6:4:13:10:2:4:14:10:2 chr19 54849942 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.302;QD=51.9167;RBI=0.0303959;REFB=0;REVB=-0.00137191;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.99145e-05;OID=.;OPOS=54849942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr19 54946784 . A G 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0175115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.126;QD=11.0864;RBI=0.0192153;REFB=-0.0114696;REVB=-0.00791048;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125248;STB=0.5678;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0257878;OID=.;OPOS=54946784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:25:13:13:0.342105:6:7:15:8:6:7:16:9 chr19 54962579 . C T 275.05 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0090292;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8605;QD=15.2803;RBI=0.0106892;REFB=-0.0257672;REVB=0.00572122;RO=41;SAF=19;SAR=12;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791833;STB=0.544837;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0331536;OID=.;OPOS=54962579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:41:41:31:31:0.430556:12:19:22:19:12:19:22:19 chr19 54965860 . G A 501.84 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.892;QD=59.0401;RBI=0.036585;REFB=0;REVB=0.00856636;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4528e-05;OID=.;OPOS=54965860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:21:12:0:0:21:13:0:0 chr19 54966557 . G C 264.65 PASS AF=0.455882;AO=28;DP=65;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.103271;FXX=0.0144907;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.8495;QD=15.5675;RBI=0.141983;REFB=-0.0398463;REVB=0.0974385;RO=37;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960648;STB=0.537031;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0402479;OID=.;OPOS=54966557;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:37:37:28:31:0.455882:17:11:18:19:18:13:18:19 chr19 54966579 . C G 1061.92 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.072;QD=59.8263;RBI=0.107086;REFB=0;REVB=-0.0350533;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107409;OID=.;OPOS=54966579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr19 54972918 . T C 60.62 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0161539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7101;QD=18.6535;RBI=0.062969;REFB=0.0197814;REVB=0.0608617;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258785;STB=0.651766;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0412645;OID=.;OPOS=54972918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:3:2:6:2:3:2 chr19 54973280 . C G 904.57 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.759;QD=58.3595;RBI=0.0421164;REFB=0;REVB=0.00551586;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51105e-05;OID=.;OPOS=54973280;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:62:0:0:57:62:1:33:24:0:0:34:28:0:0 chr19 54973988 . GCCT G 82.82 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0194449;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=237.159;QD=7.52945;RBI=0.039853;REFB=-0.0366337;REVB=-0.0347874;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=19;SSEN=0.319864;SSEP=0;SSSB=0.0806267;STB=0.543803;STBP=0.713;TYPE=del;VARB=0.0733219;OID=.;OPOS=54973989;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340909:15:43:15:44:29:5:10:8:21:82:26:5:10:7:19 chr19 55014124 . G A 203.39 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.000460452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.628;QD=14.2727;RBI=0.0145829;REFB=-0.0149693;REVB=0.0145756;RO=32;SAF=16;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112142;STB=0.556913;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0211207;OID=.;OPOS=55014124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:8:16:18:14:8:16:19:14 chr19 55019261 . C T 359.0 PASS AF=0.513514;AO=36;DP=72;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0179862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0839;QD=19.4052;RBI=0.018159;REFB=-0.0040542;REVB=0.00249899;RO=36;SAF=16;SAR=20;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124419;STB=0.565923;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00606029;OID=.;OPOS=55019261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:36:36:36:38:0.513514:20:16:21:15:21:17:21:15 chr19 55019371 . C G 244.09 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0290103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.609;QD=18.7763;RBI=0.0373548;REFB=-0.0511381;REVB=-0.0235327;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104673;STB=0.558515;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0441056;OID=.;OPOS=55019371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:12:14:17:9:12:14:17:9 chr19 55019402 . A G 536.21 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.072002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.237;QD=54.9957;RBI=0.0721113;REFB=-0.0291105;REVB=0.00396792;RO=2;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155589;STB=0.508316;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00020922;OID=.;OPOS=55019402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:13:24:1:1:13:24:1:1 chr19 55045042 . G A 250.71 PASS AF=0.361446;AO=28;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00591869;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.861;QD=12.0822;RBI=0.0244659;REFB=-0.0354663;REVB=-0.0237392;RO=50;SAF=20;SAR=8;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273566;STB=0.677958;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0449008;OID=.;OPOS=55045042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:53:28:30:0.361446:8:20:24:26:8:22:25:28 chr19 55086244 . G A 375.32 PASS AF=0.425532;AO=38;DP=92;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0453457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0266;QD=15.9711;RBI=0.0528272;REFB=-0.0171892;REVB=0.0271013;RO=54;SAF=21;SAR=17;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168682;STB=0.605849;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0110908;OID=.;OPOS=55086244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:54:54:38:40:0.425532:17:21:21:33:17:23:21:33 chr19 55086249 . T C 588.19 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0116344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.08;QD=23.7651;RBI=0.0224414;REFB=-0.011577;REVB=-0.0191901;RO=45;SAF=21;SAR=33;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175825;STB=0.596574;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.016397;OID=.;OPOS=55086249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:45:54:54:0.545455:33:21:27:18:33:21:27:18 chr19 55086775 . C T 1151.96 PASS AF=0.962963;AO=67;DP=82;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.016234;FXX=0.0121936;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.415;QD=56.8868;RBI=0.0185886;REFB=-0.204223;REVB=0.009055;RO=0;SAF=20;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501526;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.000496178;OID=.;OPOS=55086775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:81:0:3:67:78:0.962963:47:20:0:0:49:29:1:2 chr19 55142101 . G A 548.78 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0218832;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1024;QD=57.7663;RBI=0.0265466;REFB=-0.0232284;REVB=0.0150282;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191166;STB=0.510199;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000153523;OID=.;OPOS=55142101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:1:1:37:37:0.973684:13:24:1:0:13:24:1:0 chr19 55142739 . A C 736.68 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.699;QD=62.6958;RBI=0.0216178;REFB=0;REVB=0.0196664;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06988e-05;OID=.;OPOS=55142739;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:31:14:0:0:31:16:0:0 chr19 55143083 . T C 2923.03 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00467712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.285;QD=63.2007;RBI=0.0091657;REFB=0;REVB=0.00788255;RO=0;SAF=84;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73474e-06;OID=.;OPOS=55143083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:185:0:0:185:185:1:101:84:0:0:101:84:0:0 chr19 55143156 . TG CA 712.09 PASS AF=0.466258;AO=75;DP=163;FAO=76;FDP=163;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.022703;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.359;QD=17.4746;RBI=0.0227469;REFB=-0.0113024;REVB=0.00141308;RO=83;SAF=27;SAR=48;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975482;STB=0.571192;STBP=0.096;TYPE=mnp;VARB=0.0135998;OID=.;OPOS=55143156;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:83:87:75:76:0.466258:48:27:38:45:49:27:42:45 chr19 55143452 . T C 990.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.043;QD=59.1157;RBI=0.0227523;REFB=0;REVB=0.0191968;RO=0;SAF=15;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15396e-05;OID=.;OPOS=55143452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:50:15:0:0:52:15:0:0 chr19 55143491 . G T 1555.94 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105837;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.2;QD=64.1624;RBI=0.027621;REFB=0;REVB=0.0255128;RO=0;SAF=19;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04335e-05;OID=.;OPOS=55143491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:97:97:1:78:19:0:0:78:19:0:0 chr19 55148242 . C T 224.62 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0219409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.714;QD=13.0216;RBI=0.0275464;REFB=-0.0145794;REVB=0.0166553;RO=41;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186253;STB=0.611861;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0297567;OID=.;OPOS=55148242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:42:27:27:0.391304:13:14:14:27:13:14:14:28 chr19 55148249 . G A 222.6 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00348125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.689;QD=12.5409;RBI=0.0193642;REFB=-0.00119825;REVB=0.0190487;RO=43;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181323;STB=0.609249;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00310085;OID=.;OPOS=55148249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:44:27:27:0.380282:13:14:15:28:13:14:15:29 chr19 55175009 . G T 213.03 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00807859;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.704;QD=14.4424;RBI=0.0167957;REFB=-0.0156256;REVB=-0.0147252;RO=32;SAF=19;SAR=5;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366114;STB=0.669073;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0213427;OID=.;OPOS=55175009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:34:24:25:0.423729:5:19:15:17:6:19:17:17 chr19 55175740 . C T 759.77 PASS AF=0.982143;AO=50;DP=51;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0434517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2716;QD=54.2689;RBI=0.0467441;REFB=-0.012809;REVB=0.0172324;RO=1;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209158;STB=0.510634;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0052859;OID=.;OPOS=55175740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:56:1:1:50:55:0.982143:22:28:0:1:23:32:0:1 chr19 55176262 . A G 447.17 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.432;QD=57.6987;RBI=0.0483461;REFB=0;REVB=0.0327963;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83435e-05;OID=.;OPOS=55176262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:18:10:0:0:20:11:0:0 chr19 55176534 . GC G,GT 852.12 PASS AF=0.016129,0.983871;AO=10,47;DP=63;FAO=1,61;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=0,34;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139553,-0.00990838;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.2434,95.3646;QD=54.9752;RBI=0.0295769,0.0218374;REFB=0,0;REVB=0.0260776,-0.0194601;RO=0;SAF=0,30;SAR=10,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0410864,0.000725025;OID=.,.;OPOS=55176535,55176535;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.016129,0.983871:10,47:63:1,61:62:0:0,34:1,27:0:0:3:0:0,30:10,17:0:0 chr19 55178162 . A G 326.14 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0289436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1487;QD=20.0701;RBI=0.0928927;REFB=0.016246;REVB=-0.0882684;RO=31;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970846;STB=0.553815;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.0188453;OID=.;OPOS=55178162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:17:17:12:19:17:17:12:19 chr19 55179364 . A G 446.91 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.556;QD=57.6653;RBI=0.0358106;REFB=0;REVB=0.0279777;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314955;OID=.;OPOS=55179364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr19 55237616 . C T 544.39 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0193659;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.303;QD=25.3203;RBI=0.0204279;REFB=-0.00130749;REVB=0.00650087;RO=35;SAF=17;SAR=33;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243111;STB=0.638754;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000363249;OID=.;OPOS=55237616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:35:36:50:50:0.581395:33:17:23:12:33:17:24:12 chr19 55237677 . C T 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00991888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.327;QD=21.5949;RBI=0.0140412;REFB=-0.00072874;REVB=0.0099383;RO=31;SAF=8;SAR=30;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188412;STB=0.599943;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000653972;OID=.;OPOS=55237677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:32:38:38:0.542857:30:8:12:19:30:8:12:20 chr19 55237697 . C T 174.34 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.036483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3491;QD=11.6227;RBI=0.0395947;REFB=-0.01469;REVB=0.0153861;RO=38;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145299;STB=0.583264;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0283786;OID=.;OPOS=55237697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:15:7:8:30:15:7:8:30 chr19 55239223 . G A 292.74 PASS AF=0.404762;AO=33;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0017144;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.568;QD=13.9402;RBI=0.0267659;REFB=-0.0123253;REVB=0.0267109;RO=49;SAF=15;SAR=18;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156968;STB=0.511325;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0204556;OID=.;OPOS=55239223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:33:34:0.404762:18:15:23:26:19:15:23:27 chr19 55246731 . C T 894.87 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175634;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.985;QD=57.7335;RBI=0.0785382;REFB=-0.0338002;REVB=-0.0765491;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00050364;OID=.;OPOS=55246731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr19 55246741 . T C 935.6 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.887;QD=58.475;RBI=0.0262488;REFB=0;REVB=0.0261997;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8138e-05;OID=.;OPOS=55246741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:30:33:0:0:30:34:0:0 chr19 55247353 . C A 949.33 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0121949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.841;QD=55.8426;RBI=0.0466052;REFB=-0.0420419;REVB=0.0449814;RO=1;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192778;STB=0.504321;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.000390206;OID=.;OPOS=55247353;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:68:1:2:66:66:0.970588:24:42:0:1:24:42:1:1 chr19 55250036 . T C 526.32 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8472;QD=56.8996;RBI=0.0521083;REFB=-0.0410192;REVB=0.0500107;RO=1;SAF=28;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549407;STB=0.529395;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00515118;OID=.;OPOS=55250036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:8:28:0:1:8:28:0:1 chr19 55250061 . C A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.379;QD=58.1419;RBI=0.0507998;REFB=0;REVB=0.0497719;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227102;OID=.;OPOS=55250061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:8:24:0:0:8:24:0:0 chr19 55250928 . G C 640.45 PASS AF=0.186709;AO=117;DP=631;FAO=118;FDP=632;FR=.;FRO=514;FSAF=74;FSAR=44;FSRF=238;FSRR=276;FWDB=-0.0118069;FXX=0.00157975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.979;QD=4.05348;RBI=0.0128465;REFB=-0.00296428;REVB=0.00506262;RO=512;SAF=73;SAR=44;SRF=237;SRR=275;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208918;STB=0.632997;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0155601;OID=.;OPOS=55250928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:631:632:512:514:117:118:0.186709:44:73:237:275:44:74:238:276 chr19 55250939 . A G 224.05 PASS AF=0.104135;AO=68;DP=654;FAO=68;FDP=653;FR=.;FRO=585;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=292;FSRR=293;FWDB=-0.0136553;FXX=0.00305339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.784;QD=1.37242;RBI=0.0195896;REFB=-0.00215627;REVB=-0.0140458;RO=578;SAF=26;SAR=42;SRF=291;SRR=287;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15056;STB=0.605244;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0226781;OID=.;OPOS=55250939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:654:653:578:585:68:68:0.104135:42:26:291:287:42:26:292:293 chr19 55250962 . T G 178.61 PASS AF=0.0923994;AO=62;DP=671;FAO=62;FDP=671;FR=.;FRO=609;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=297;FSRR=312;FWDB=0.0227652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0577;QD=1.06471;RBI=0.0345883;REFB=0.00450418;REVB=0.0260403;RO=605;SAF=23;SAR=39;SRF=293;SRR=312;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138224;STB=0.607176;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0466402;OID=.;OPOS=55250962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:671:671:605:609:62:62:0.0923994:39:23:293:312:39:23:297:312 chr19 55250979 . C A 1538.76 PASS AF=0.305389;AO=200;DP=662;FAO=204;FDP=668;FR=.;FRO=464;FSAF=83;FSAR=121;FSRF=235;FSRR=229;FWDB=0.0329532;FXX=0.00149475;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0858;QD=9.2141;RBI=0.0368021;REFB=-0.0199139;REVB=-0.0163854;RO=460;SAF=83;SAR=117;SRF=234;SRR=226;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113849;STB=0.569801;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0473973;OID=.;OPOS=55250979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:662:668:460:464:200:204:0.305389:117:83:234:226:121:83:235:229 chr19 55250991 . G A 177.03 PASS AF=0.0940439;AO=60;DP=636;FAO=60;FDP=638;FR=.;FRO=578;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=275;FSRR=303;FWDB=0.051444;FXX=0.00156492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.152;QD=1.10988;RBI=0.0518584;REFB=0.000492181;REVB=-0.00654309;RO=574;SAF=24;SAR=36;SRF=273;SRR=301;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925399;STB=0.569501;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00453323;OID=.;OPOS=55250991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:636:638:574:578:60:60:0.0940439:36:24:273:301:36:24:275:303 chr19 55251010 . CG AA,AG 332.33 PASS AF=0.0755396,0.0755396;AO=41,42;DP=543;FAO=42,42;FDP=556;FR=.;FRO=472;FSAF=17,25;FSAR=25,17;FSRF=213;FSRR=259;FWDB=-0.0413123,-0.0487126;FXX=0.0141841;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=178.608,157.86;QD=2.39085;RBI=0.0414086,0.0493241;REFB=-0.00552054,-0.00786388;REVB=-0.00282311,-0.00774254;RO=450;SAF=16,25;SAR=25,17;SRF=193;SRR=257;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0466236,0.19424;STB=0.54356,0.630307;STBP=0.559,0.077;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0247632,0.056114;OID=.,.;OPOS=55251010,55251010;OREF=CG,C;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:543:556:450:472:41,42:42,42:0.0755396,0.0755396:25,17:16,25:193:257:25,17:17,25:213:259 chr19 55251013 . G T 787.37 PASS AF=0.233393;AO=130;DP=557;FAO=130;FDP=557;FR=.;FRO=427;FSAF=51;FSAR=79;FSRF=208;FSRR=219;FWDB=-0.0195571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5011;QD=5.65436;RBI=0.0234922;REFB=-0.0168207;REVB=0.0130154;RO=422;SAF=51;SAR=79;SRF=203;SRR=219;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11489;STB=0.573785;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0521286;OID=.;OPOS=55251013;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:557:557:422:427:130:130:0.233393:79:51:203:219:79:51:208:219 chr19 55253465 . C G 385.25 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0222103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.576;QD=23.3482;RBI=0.0222911;REFB=-0.00759738;REVB=0.0018956;RO=28;SAF=22;SAR=16;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00594066;STB=0.503266;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00548983;OID=.;OPOS=55253465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:16:22:16:12:16:22:16:12 chr19 55253521 . C G 2083.8 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000120732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.514;QD=62.6706;RBI=0.0313432;REFB=0;REVB=0.031343;RO=0;SAF=72;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81737e-05;OID=.;OPOS=55253521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:132:133:1:60:72:0:0:61:72:0:0 chr19 55253544 . A G 705.1 PASS AF=0.449704;AO=76;DP=169;FAO=76;FDP=169;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=0.0127641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9943;QD=16.6888;RBI=0.0793411;REFB=-0.00247036;REVB=-0.0783077;RO=91;SAF=37;SAR=39;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721467;STB=0.533822;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00362953;OID=.;OPOS=55253544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:91:93:76:76:0.449704:39:37:51:40:39:37:51:42 chr19 55253552 . T A 777.96 PASS AF=0.453039;AO=82;DP=181;FAO=82;FDP=181;FR=.;FRO=99;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=0.00829218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=353.262;QD=17.1924;RBI=0.0089183;REFB=0.00791189;REVB=0.00328268;RO=99;SAF=42;SAR=40;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328243;STB=0.518214;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00825151;OID=.;OPOS=55253552;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:99:99:82:82:0.453039:40:42:54:45:40:42:54:45 chr19 55253601 . G A 1033.34 PASS AF=0.514851;AO=100;DP=198;FAO=104;FDP=202;FR=.;FRO=98;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=-0.0260724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0743;QD=20.4621;RBI=0.0474644;REFB=-0.0347557;REVB=0.0396623;RO=98;SAF=48;SAR=52;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958562;STB=0.50086;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0412117;OID=.;OPOS=55253601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:202:98:98:100:104:0.514851:52:48:46:52:55:49:46:52 chr19 55255357 . G C 60.72 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.011051;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.454;QD=3.68005;RBI=0.0348254;REFB=-0.00665885;REVB=-0.0330255;RO=55;SAF=9;SAR=2;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317152;STB=0.719552;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0242674;OID=.;OPOS=55255357;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:66:55:55:11:11:0.166667:2:9:33:22:2:9:33:22 chr19 55255377 . C T 711.84 PASS AF=0.628571;AO=65;DP=105;FAO=66;FDP=105;FR=.;FRO=39;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00598217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.976;QD=27.1175;RBI=0.0257531;REFB=-0.0232573;REVB=0.0250487;RO=38;SAF=35;SAR=30;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00970665;STB=0.506991;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0122754;OID=.;OPOS=55255377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:38:39:65:66:0.628571:30:35:21:17:30:36:22:17 chr19 55255490 . A C 509.87 PASS AF=0.304933;AO=69;DP=223;FAO=68;FDP=223;FR=.;FRO=155;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=75;FSRR=80;FWDB=0.000370918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.538;QD=9.14559;RBI=0.00897486;REFB=0.000399545;REVB=-0.00896719;RO=154;SAF=31;SAR=38;SRF=74;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374487;STB=0.529872;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.000789054;OID=.;OPOS=55255490;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:154:155:69:68:0.304933:38:31:74:80:38:30:75:80 chr19 55255493 . C T 538.5 PASS AF=0.321101;AO=70;DP=218;FAO=70;FDP=218;FR=.;FRO=148;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=74;FSRR=74;FWDB=0.00761262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.379;QD=9.88079;RBI=0.00946384;REFB=-0.00502321;REVB=0.00562248;RO=148;SAF=32;SAR=38;SRF=74;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505663;STB=0.529156;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00800101;OID=.;OPOS=55255493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:148:148:70:70:0.321101:38:32:74:74:38:32:74:74 chr19 55255534 . C T 410.55 PASS AF=0.271889;AO=59;DP=217;FAO=59;FDP=217;FR=.;FRO=158;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=73;FSRR=85;FWDB=-0.0295459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7303;QD=7.56781;RBI=0.030814;REFB=-0.00866351;REVB=-0.00874873;RO=158;SAF=26;SAR=33;SRF=73;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265857;STB=0.515701;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0209659;OID=.;OPOS=55255534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:158:158:59:59:0.271889:33:26:73:85:33:26:73:85 chr19 55258778 . G A 992.28 PASS AF=0.910256;AO=71;DP=78;FAO=71;FDP=78;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00203092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.429;QD=50.8861;RBI=0.018715;REFB=-0.032668;REVB=-0.0186045;RO=7;SAF=27;SAR=44;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589845;STB=0.531312;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00622643;OID=.;OPOS=55258778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:78:78:7:7:71:71:0.910256:44:27:5:2:44:27:5:2 chr19 55258830 . CG TA 1259.38 PASS AF=0.894231;AO=93;DP=107;FAO=93;FDP=104;FR=.;FRO=11;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00398404;FXX=0.0280348;HRUN=2;LEN=2;MLLD=198.269;QD=48.4377;RBI=0.00400661;REFB=0.0256171;REVB=-0.000424714;RO=11;SAF=36;SAR=57;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703139;STB=0.537267;STBP=0.034;TYPE=mnp;VARB=-0.00337585;OID=.;OPOS=55258830;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:107:104:11:11:93:93:0.894231:57:36:8:3:57:36:8:3 chr19 55266447 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.904;QD=55.0949;RBI=0.0644712;REFB=0;REVB=-0.0635322;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360328;OID=.;OPOS=55266447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:5:21:0:0:5:21:0:0 chr19 55267541 . C G 378.98 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00629738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.049;QD=33.6871;RBI=0.0066674;REFB=-0.00298603;REVB=-0.00219027;RO=14;SAF=16;SAR=15;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171612;STB=0.593379;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00191778;OID=.;OPOS=55267541;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:15:16:3:11:15:16:3:11 chr19 55267621 . TTA CTC,TTC 757.07 PASS AF=0,0.910448;AO=5,39;DP=67;FAO=0,61;FDP=67;FR=.;FRO=6;FSAF=0,29;FSAR=0,32;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00845538,0.0542807;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=104.282,135.791;QD=45.1983;RBI=0.0283833,0.0644042;REFB=-0.0119296,-0.00421135;REVB=-0.0270946,-0.0346628;RO=6;SAF=5,8;SAR=0,31;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.739739,-0.104513;STB=0.5,0.502206;STBP=1,0.921;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00171031;OID=.,.;OPOS=55267621,55267623;OREF=TTA,A;OALT=CTC,C;OMAPALT=CTC,TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:67:67:6:6:5,39:0,61:0,0.910448:0,31:5,8:3:3:0,32:0,29:3:3 chr19 55275334 . A G 256.94 PASS AF=0.183594;AO=47;DP=256;FAO=47;FDP=256;FR=.;FRO=209;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=101;FSRR=108;FWDB=0.000677936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.223;QD=4.01467;RBI=0.0181273;REFB=-0.00838606;REVB=-0.0181146;RO=208;SAF=29;SAR=18;SRF=100;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176231;STB=0.609563;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0445664;OID=.;OPOS=55275334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:208:209:47:47:0.183594:18:29:100:108:18:29:101:108 chr19 55275336 . G A 606.82 PASS AF=0.313725;AO=78;DP=258;FAO=80;FDP=255;FR=.;FRO=175;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=90;FSRR=85;FWDB=-0.0239925;FXX=0.0116275;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.721;QD=9.51879;RBI=0.0248436;REFB=-0.0146489;REVB=-0.00644714;RO=175;SAF=41;SAR=37;SRF=90;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135898;STB=0.501226;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0269618;OID=.;OPOS=55275336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:255:175:175:78:80:0.313725:37:41:90:85:39:41:90:85 chr19 55275348 . C T 72.78 PASS AF=0.0905512;AO=23;DP=253;FAO=23;FDP=254;FR=.;FRO=231;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=113;FSRR=118;FWDB=-0.0104298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.153;QD=1.1461;RBI=0.0109517;REFB=-0.00168929;REVB=-0.00334047;RO=230;SAF=15;SAR=8;SRF=112;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195765;STB=0.648464;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0157912;OID=.;OPOS=55275348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:253:254:230:231:23:23:0.0905512:8:15:112:118:8:15:113:118 chr19 55275387 . A G 494.31 PASS AF=0.261818;AO=71;DP=276;FAO=72;FDP=275;FR=.;FRO=203;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=99;FSRR=104;FWDB=0.0031216;FXX=0.00721996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.6126;QD=7.1899;RBI=0.00366009;REFB=0.0032761;REVB=0.00191099;RO=202;SAF=43;SAR=28;SRF=98;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151208;STB=0.581354;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0120874;OID=.;OPOS=55275387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:275:202:203:71:72:0.261818:28:43:98:104:29:43:99:104 chr19 55281368 . T C 289.49 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0156598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0077;QD=46.3185;RBI=0.0340171;REFB=-0.132837;REVB=0.0301982;RO=2;SAF=17;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446753;STB=0.524207;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0169603;OID=.;OPOS=55281368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:6:17:1:1:6:17:1:1 chr19 55282351 . C A 4489.45 PASS AF=1;AO=238;DP=286;FAO=283;FDP=283;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=127;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.230959;FXX=0.0104891;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7471;QD=63.4552;RBI=0.236127;REFB=0;REVB=0.0491348;RO=1;SAF=85;SAR=153;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0055739;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000963832;OID=.;OPOS=55282351;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:286:283:1:0:238:283:1:153:85:1:0:156:127:0:0 chr19 55284787 . G T 32.81 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0258378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9202;QD=2.91639;RBI=0.0452054;REFB=-0.00500587;REVB=0.0370937;RO=39;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757164;STB=0.555373;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0636248;OID=.;OPOS=55284787;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:3:3:22:17:3:3:22:17 chr19 55284791 . A G 40.52 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00411651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5535;QD=3.4487;RBI=0.0243549;REFB=0.00541328;REVB=0.0240045;RO=40;SAF=3;SAR=4;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174376;STB=0.622413;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0239968;OID=.;OPOS=55284791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:4:3:23:17:4:3:23:17 chr19 55284858 . G A 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000383938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.968;QD=63.1948;RBI=0.0259337;REFB=0;REVB=-0.0259309;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113286;OID=.;OPOS=55284858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:38:54:0:0:38:54:0:0 chr19 55284882 . A G 38.87 PASS AF=0.0887097;AO=11;DP=124;FAO=11;FDP=124;FR=.;FRO=113;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=72;FSRR=41;FWDB=-0.0110434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.674;QD=1.25377;RBI=0.0297295;REFB=-0.0034894;REVB=-0.0276023;RO=113;SAF=4;SAR=7;SRF=72;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308093;STB=0.734425;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0561084;OID=.;OPOS=55284882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:124:124:113:113:11:11:0.0887097:7:4:72:41:7:4:72:41 chr19 55284908 . T C 63.85 PASS AF=0.108844;AO=16;DP=147;FAO=16;FDP=147;FR=.;FRO=131;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=80;FSRR=51;FWDB=-0.017529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.219;QD=1.73741;RBI=0.0268398;REFB=0.000508811;REVB=-0.0203251;RO=130;SAF=5;SAR=11;SRF=79;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347739;STB=0.750715;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00611466;OID=.;OPOS=55284908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:147:147:130:131:16:16:0.108844:11:5:79:51:11:5:80:51 chr19 55284939 . A G 91.63 PASS AF=0.128834;AO=21;DP=163;FAO=21;FDP=163;FR=.;FRO=142;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=83;FSRR=59;FWDB=-0.012604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.937;QD=2.24861;RBI=0.0160186;REFB=-0.00367996;REVB=-0.00988613;RO=142;SAF=9;SAR=12;SRF=83;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193562;STB=0.633268;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0367033;OID=.;OPOS=55284939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:163:163:142:142:21:21:0.128834:12:9:83:59:12:9:83:59 chr19 55284943 . CA AT 59.54 PASS AF=0.100629;AO=16;DP=160;FAO=16;FDP=159;FR=.;FRO=143;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=83;FSRR=60;FWDB=0.0107104;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=2;MLLD=51.8512;QD=1.49789;RBI=0.0416943;REFB=0.00033615;REVB=-0.0402951;RO=138;SAF=5;SAR=11;SRF=78;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298997;STB=0.731396;STBP=0.059;TYPE=mnp;VARB=-0.00363676;OID=.;OPOS=55284943;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:160:159:138:143:16:16:0.100629:11:5:78:60:11:5:83:60 chr19 55284976 . A G 70.48 PASS AF=0.113333;AO=17;DP=152;FAO=17;FDP=150;FR=.;FRO=133;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=74;FSRR=59;FWDB=-0.0436568;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.071;QD=1.87947;RBI=0.0441517;REFB=-0.00392575;REVB=0.00659222;RO=131;SAF=7;SAR=10;SRF=72;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16788;STB=0.626305;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0363014;OID=.;OPOS=55284976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:152:150:131:133:17:17:0.113333:10:7:72:59:10:7:74:59 chr19 55284986 . C A 1025.92 PASS AF=0.654135;AO=85;DP=142;FAO=87;FDP=133;FR=.;FRO=46;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0422826;FXX=0.0763836;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.255;QD=30.8546;RBI=0.0547733;REFB=-0.0275412;REVB=0.0348181;RO=46;SAF=51;SAR=34;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667356;STB=0.538974;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.017333;OID=.;OPOS=55284986;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:133:46:46:85:87:0.654135:34:51:23:23:34:53:23:23 chr19 55285045 . G T 938.28 PASS AF=0.737374;AO=73;DP=99;FAO=73;FDP=99;FR=.;FRO=26;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0595091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2582;QD=37.9101;RBI=0.0691728;REFB=-0.0527277;REVB=0.0352639;RO=26;SAF=39;SAR=34;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00207382;STB=0.501112;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.020527;OID=.;OPOS=55285045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:26:26:73:73:0.737374:34:39:14:12:34:39:14:12 chr19 55285082 . T C 54.65 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0318259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.095;QD=3.41552;RBI=0.032153;REFB=-0.000155534;REVB=0.00457517;RO=54;SAF=5;SAR=5;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456263;STB=0.531188;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00287025;OID=.;OPOS=55285082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:64:64:54:54:10:10:0.15625:5:5:29:25:5:5:29:25 chr19 55286650 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.234;QD=59.8559;RBI=0.0199289;REFB=0;REVB=0.0115668;RO=0;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42329e-05;OID=.;OPOS=55286650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:49:22:0:0:49:22:0:0 chr19 55286769 . C A 1938.97 PASS AF=0.776042;AO=107;DP=193;FAO=149;FDP=192;FR=.;FRO=43;FSAF=56;FSAR=93;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0106223;FXX=0.0103087;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.059;QD=40.3953;RBI=0.0473922;REFB=-0.015586;REVB=0.0461865;RO=34;SAF=56;SAR=51;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830403;STB=0.563628;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00533211;OID=.;OPOS=55286769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:34:43:107:149:0.776042:51:56:24:10:93:56:28:15 chr19 55286781 . G A 208.64 PASS AF=0.179724;AO=39;DP=217;FAO=39;FDP=217;FR=.;FRO=178;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=67;FSRR=111;FWDB=-0.0324144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.784;QD=3.84585;RBI=0.0347387;REFB=-0.00406171;REVB=-0.0124932;RO=178;SAF=24;SAR=15;SRF=67;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300654;STB=0.688904;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0175763;OID=.;OPOS=55286781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:178:178:39:39:0.179724:15:24:67:111:15:24:67:111 chr19 55286795 . TG CA,CG 3451.42 PASS AF=0.79476,0.20524;AO=182,47;DP=230;FAO=182,47;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=73,25;FSAR=109,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044887,-0.0116529;FXX=0.00865763;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=267.533,156.192;QD=60.2868;RBI=0.0058876,0.0150381;REFB=0.0695463,0.0875212;REVB=0.0038099,0.00950548;RO=1;SAF=73,25;SAR=109,22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00434807,0.0208969;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00236303,-0.00417091;OID=.,.;OPOS=55286795,55286795;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:230:229:1:0:182,47:182,47:0.79476,0.20524:109,22:73,25:0:1:109,22:73,25:0:0 chr19 55286809 . G A 269.3 PASS AF=0.189922;AO=49;DP=258;FAO=49;FDP=258;FR=.;FRO=209;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=87;FSRR=122;FWDB=-0.00585701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.528;QD=4.17515;RBI=0.0126831;REFB=-0.00303634;REVB=-0.0112498;RO=207;SAF=29;SAR=20;SRF=86;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22455;STB=0.639584;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0239205;OID=.;OPOS=55286809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:207:209:49:49:0.189922:20:29:86:121:20:29:87:122 chr19 55286822 . C T 2801.85 PASS AF=0.788104;AO=212;DP=290;FAO=212;FDP=269;FR=.;FRO=57;FSAF=90;FSAR=122;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0195299;FXX=0.0755988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.943;QD=41.6632;RBI=0.0226915;REFB=-0.0089932;REVB=0.0115536;RO=57;SAF=90;SAR=122;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694465;STB=0.536869;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00232935;OID=.;OPOS=55286822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:269:57:57:212:212:0.788104:122:90:34:23:122:90:34:23 chr19 55286828 . G A 55.1 PASS AF=0.0740741;AO=22;DP=297;FAO=22;FDP=297;FR=.;FRO=275;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=128;FSRR=147;FWDB=-0.0496253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5334;QD=0.742133;RBI=0.0802282;REFB=-0.00380029;REVB=0.0630389;RO=274;SAF=13;SAR=9;SRF=127;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142363;STB=0.615001;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0536507;OID=.;OPOS=55286828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:297:297:274:275:22:22:0.0740741:9:13:127:147:9:13:128:147 chr19 55286854 . A G 3719.29 PASS AF=0.881188;AO=266;DP=304;FAO=267;FDP=303;FR=.;FRO=36;FSAF=134;FSAR=133;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00848809;FXX=0.0098036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.402;QD=49.0996;RBI=0.0127796;REFB=-0.0219969;REVB=0.00955359;RO=36;SAF=133;SAR=133;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251172;STB=0.512979;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00364223;OID=.;OPOS=55286854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:303:36:36:266:267:0.881188:133:133:22:14:133:134:22:14 chr19 55286864 . A C 134.63 PASS AF=0.120401;AO=32;DP=296;FAO=36;FDP=299;FR=.;FRO=263;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=133;FSRR=130;FWDB=0.00308685;FXX=0.00333322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.438;QD=1.80109;RBI=0.0139501;REFB=-0.00219106;REVB=-0.0136042;RO=264;SAF=18;SAR=14;SRF=134;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679227;STB=0.593428;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0197079;OID=.;OPOS=55286864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:299:264:263:32:36:0.120401:14:18:134:130:14:22:133:130 chr19 55290108 . A G 453.82 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00884258;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.2225;QD=55.0079;RBI=0.0734544;REFB=-0.0250347;REVB=-0.0729202;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239419;STB=0.512812;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=9.74214e-08;OID=.;OPOS=55290108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:13:19:1:0:13:19:1:0 chr19 55294454 . C T 366.44 PASS AF=0.315068;AO=46;DP=147;FAO=46;FDP=146;FR=.;FRO=100;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=0.0406381;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.089;QD=10.0394;RBI=0.0407062;REFB=-0.00885494;REVB=-0.00235461;RO=101;SAF=23;SAR=23;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761239;STB=0.541078;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0190727;OID=.;OPOS=55294454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:101:100:46:46:0.315068:23:23:57:44:23:23:56:44 chr19 55294927 . A G 2135.48 PASS AF=0.966887;AO=145;DP=151;FAO=146;FDP=151;FR=.;FRO=5;FSAF=67;FSAR=79;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0104398;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.898;QD=56.5689;RBI=0.0185817;REFB=0.00200776;REVB=0.0153717;RO=5;SAF=66;SAR=79;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346675;STB=0.517983;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-2.88335e-05;OID=.;OPOS=55294927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:151:151:5:5:145:146:0.966887:79:66:5:0:79:67:5:0 chr19 55294931 . T C 919.76 PASS AF=0.578947;AO=87;DP=153;FAO=88;FDP=152;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0401179;FXX=0.0129862;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5807;QD=24.2042;RBI=0.0566702;REFB=-0.0206604;REVB=0.0400258;RO=65;SAF=38;SAR=49;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068218;STB=0.542159;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0148384;OID=.;OPOS=55294931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:65:64:87:88:0.578947:49:38:34:31:50:38:34:30 chr19 55294969 . A G 1013.65 PASS AF=0.59375;AO=94;DP=159;FAO=95;FDP=160;FR=.;FRO=65;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0064899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8331;QD=25.3413;RBI=0.0424784;REFB=-0.0499015;REVB=-0.0419797;RO=65;SAF=40;SAR=54;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062615;STB=0.535683;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0318309;OID=.;OPOS=55294969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:65:65:94:95:0.59375:54:40:33:32:55:40:33:32 chr19 55295215 . A G 125.71 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0219483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.701;QD=9.66987;RBI=0.0486826;REFB=-0.00615552;REVB=0.0434542;RO=34;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640885;STB=0.552568;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0159582;OID=.;OPOS=55295215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:36:16:16:0.307692:10:6:11:23:10:6:11:25 chr19 55297784 . C T 84.32 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0160485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8288;QD=10.54;RBI=0.0352343;REFB=-0.00792642;REVB=0.0313673;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819168;STB=0.549045;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0195486;OID=.;OPOS=55297784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:6:5:8:13:6:5:8:13 chr19 55297955 . T C 622.16 PASS AF=0.615385;AO=54;DP=89;FAO=56;FDP=91;FR=.;FRO=35;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0252704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.761;QD=27.3478;RBI=0.0587334;REFB=-0.0233674;REVB=0.053019;RO=35;SAF=33;SAR=21;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721479;STB=0.529472;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0133711;OID=.;OPOS=55297955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:35:35:54:56:0.615385:21:33:18:17:23:33:18:17 chr19 55315326 . A C 1016.77 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.995;QD=58.9434;RBI=0.031109;REFB=0;REVB=0.0247861;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03121e-05;OID=.;OPOS=55315326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:39:29:0:0:39:30:0:0 chr19 55316329 . A G,T 1417.67 PASS AF=0.945652,0.0543478;AO=86,6;DP=92;FAO=87,5;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49,0;FSAR=38,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250186,-0.00559499;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.292,133.092;QD=61.6379;RBI=0.0371329,0.0265045;REFB=0,0;REVB=-0.0274394,-0.0259072;RO=0;SAF=49,0;SAR=37,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000243593,0.0200007;OID=.,.;OPOS=55316329,55316329;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:92:92:0:0:86,6:87,5:0.945652,0.0543478:37,6:49,0:0:0:38,5:49,0:0:0 chr19 55320279 . G A 2213.31 PASS AF=0.97931;AO=142;DP=146;FAO=142;FDP=145;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=83;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0169376;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9537;QD=61.0568;RBI=0.0171469;REFB=0.00881884;REVB=-0.00267065;RO=3;SAF=59;SAR=83;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101494;STB=0.505339;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=6.98977e-05;OID=.;OPOS=55320279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:146:145:3:3:142:142:0.97931:83:59:2:1:83:59:2:1 chr19 55324635 . T C 1025.59 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000934619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.125;QD=59.4545;RBI=0.0311346;REFB=0;REVB=0.0311206;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74525e-05;OID=.;OPOS=55324635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr19 55325123 . T C 975.14 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00471435;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9089;QD=56.5296;RBI=0.135591;REFB=-0.0712364;REVB=0.135509;RO=2;SAF=39;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461499;STB=0.506327;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00295257;OID=.;OPOS=55325123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:2:1:67:68:0.985507:28:39:1:1:29:39:1:0 chr19 55327960 . C T 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0173738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.821;QD=53.9322;RBI=0.041372;REFB=-0.00612337;REVB=0.0375473;RO=1;SAF=24;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714849;STB=0.538435;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.000516437;OID=.;OPOS=55327960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:6:24:0:1:6:24:0:1 chr19 55328959 . G T 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.436;QD=62.7621;RBI=0.00425681;REFB=0;REVB=0.00271249;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0316e-06;OID=.;OPOS=55328959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:47:42:0:0:47:42:0:0 chr19 55329783 . A C,G 632.6 PASS AF=0.0232558,0.953488;AO=3,39;DP=43;FAO=1,41;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=1,27;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.069958,0.00414693;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=30.3883,166.702;QD=58.8469;RBI=0.0749196,0.0491343;REFB=-0.0708568,-0.149644;REVB=-0.0268109,-0.048959;RO=1;SAF=3,25;SAR=0,14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727144,0.0323034;STB=0.989913,0.517233;STBP=0.496,0.287;TYPE=snp,snp;VARB=0.135001,0.000917132;OID=.,.;OPOS=55329783,55329783;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:43:43:1:1:3,39:1,41:0.0232558,0.953488:0,14:3,25:0:1:0,14:1,27:0:1 chr19 55329822 . A C 711.66 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=59;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0366347;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6199;QD=49.9409;RBI=0.0369602;REFB=-8.30674e-05;REVB=-0.00489408;RO=4;SAF=28;SAR=25;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626877;STB=0.533321;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000151691;OID=.;OPOS=55329822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:59:57:4:4:53:53:0.929825:25:28:4:0:25:28:4:0 chr19 55329901 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.612;QD=63.8717;RBI=0.0156864;REFB=0;REVB=0.0107087;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44375e-05;OID=.;OPOS=55329901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr19 55329934 . A G 687.89 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.487;QD=62.5352;RBI=0.0301665;REFB=0;REVB=-0.00271141;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08045e-05;OID=.;OPOS=55329934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:25:17:0:0:25:19:0:0 chr19 55330036 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.991;QD=40.7629;RBI=0.0156562;REFB=0;REVB=-0.0123478;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.16858e-05;OID=.;OPOS=55330036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr19 55331287 . G T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169918;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.198;QD=60.031;RBI=0.0314394;REFB=0;REVB=0.0264521;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25796e-05;OID=.;OPOS=55331287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr19 55331362 . C T 1055.67 PASS AF=1;AO=47;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1739;QD=60.3243;RBI=0.269516;REFB=0;REVB=0.269249;RO=0;SAF=34;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261337;OID=.;OPOS=55331362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:47:70:1:13:34:0:0:36:34:0:0 chr19 55331372 . T G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8649;QD=58.9621;RBI=0.033198;REFB=0;REVB=-0.00503752;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124479;OID=.;OPOS=55331372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr19 55333023 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000342418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=338.768;QD=43.4862;RBI=0.0139424;REFB=0;REVB=0.0139381;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92945e-05;OID=.;OPOS=55333023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr19 55336525 . C T 100.71 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0988868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7983;QD=16.1142;RBI=0.101878;REFB=-0.0059331;REVB=0.0245037;RO=13;SAF=1;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564627;STB=0.837394;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0125138;OID=.;OPOS=55336525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:11:1:7:6:11:1:7:6 chr19 55344191 . C T 361.34 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0331195;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.791;QD=28.3407;RBI=0.0398427;REFB=-0.0495562;REVB=0.0221481;RO=17;SAF=20;SAR=14;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114019;STB=0.562009;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0192653;OID=.;OPOS=55344191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:17:17:34:34:0.666667:14:20:13:4:14:20:13:4 chr19 55344208 . A T 223.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.016835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.463;QD=16.5267;RBI=0.0405858;REFB=-0.0118372;REVB=-0.0369295;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157335;STB=0.508878;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00993939;OID=.;OPOS=55344208;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:9:16:19:10:9:16:19:10 chr19 55344215 . G C 220.38 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0214955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.823;QD=16.0279;RBI=0.0379315;REFB=-0.0376044;REVB=-0.0312529;RO=30;SAF=16;SAR=9;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281658;STB=0.515911;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0239415;OID=.;OPOS=55344215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:9:16:20:10:9:16:20:10 chr19 55344239 . T G 834.22 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00649251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8255;QD=57.5324;RBI=0.00964253;REFB=0;REVB=0.00712922;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14656e-06;OID=.;OPOS=55344239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:19:39:0:0:19:39:0:0 chr19 55344246 . G A 249.73 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00431277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.316;QD=16.6485;RBI=0.0438427;REFB=-0.024267;REVB=0.04363;RO=31;SAF=18;SAR=10;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356248;STB=0.526297;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.020798;OID=.;OPOS=55344246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:10:18:21:10:10:18:22:10 chr19 55344267 . G A 109.73 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0677633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1184;QD=7.43952;RBI=0.0890309;REFB=-0.0132342;REVB=0.0577463;RO=42;SAF=11;SAR=5;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284646;STB=0.587512;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0456909;OID=.;OPOS=55344267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:42:43:16:16:0.271186:5:11:28:14:4:12:28:15 chr19 55344285 . C T 84.25 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0118907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9523;QD=5.81067;RBI=0.0334448;REFB=-0.00617034;REVB=-0.0312597;RO=44;SAF=10;SAR=3;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194908;STB=0.618695;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0416853;OID=.;OPOS=55344285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:44:45:13:13:0.224138:3:10:28:16:3:10:29:16 chr19 55346534 . G C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00392468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.989;QD=11.9199;RBI=0.0325527;REFB=-0.0319553;REVB=0.0323152;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172968;STB=0.631215;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0301309;OID=.;OPOS=55346534;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:3:4:3:5:3:4:3:6 chr19 55346543 . T G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0202344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9298;QD=13.6301;RBI=0.0235643;REFB=-0.0171557;REVB=0.0120767;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162764;STB=0.596769;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0179431;OID=.;OPOS=55346543;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:5:4:5:3:5:4 chr19 55346565 . G T 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0070829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.074;QD=44.0922;RBI=0.0182262;REFB=-0.0352838;REVB=0.0167936;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00133959;OID=.;OPOS=55346565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:8:9:0:0:8:9:0:1 chr19 55346592 . G A 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9215;QD=47.8121;RBI=0.04959;REFB=0.107001;REVB=-0.0474306;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369221;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00888671;OID=.;OPOS=55346592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:0:1:12:9:0:1 chr19 55349320 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.738;QD=33.4285;RBI=0.0620297;REFB=0;REVB=0.0389261;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026087;OID=.;OPOS=55349320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr19 55349328 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7981;QD=33.4275;RBI=0.0222727;REFB=0;REVB=0.0138142;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000421981;OID=.;OPOS=55349328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr19 55358645 . C T 312.09 PASS AF=0.170455;AO=60;DP=352;FAO=60;FDP=352;FR=.;FRO=292;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=157;FSRR=135;FWDB=-0.0258908;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.366;QD=3.54649;RBI=0.0282197;REFB=-0.00187055;REVB=-0.0112257;RO=292;SAF=34;SAR=26;SRF=157;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379694;STB=0.524321;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0124042;OID=.;OPOS=55358645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:352:292:292:60:60:0.170455:26:34:157:135:26:34:157:135 chr19 55358655 . A G 1540.06 PASS AF=0.450549;AO=164;DP=364;FAO=164;FDP=364;FR=.;FRO=200;FSAF=80;FSAR=84;FSRF=114;FSRR=86;FWDB=-0.00699584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.393;QD=16.9237;RBI=0.00763777;REFB=-0.0125438;REVB=0.00306493;RO=200;SAF=80;SAR=84;SRF=114;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815902;STB=0.545084;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.024132;OID=.;OPOS=55358655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:364:200:200:164:164:0.450549:84:80:114:86:84:80:114:86 chr19 55358658 . TG CA,CG 1568.93 PASS AF=0.181058,0.300836;AO=65,107;DP=360;FAO=65,108;FDP=359;FR=.;FRO=186;FSAF=36,60;FSAR=29,48;FSRF=94;FSRR=92;FWDB=-0.0407928,0.00654613;FXX=0.00554001;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=164.877,133.677;QD=17.4811;RBI=0.0408855,0.00823297;REFB=-0.00740066,-0.0103865;REVB=0.002751,0.00499299;RO=181;SAF=36,60;SAR=29,47;SRF=93;SRR=88;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0499695,0.0525843;STB=0.536046,0.531909;STBP=0.481,0.415;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0203513,0.0119965;OID=.,.;OPOS=55358658,55358658;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:360:359:181:186:65,107:65,108:0.181058,0.300836:29,47:36,60:93:88:29,48:36,60:94:92 chr19 55358686 . A C 745.45 PASS AF=0.282609;AO=103;DP=370;FAO=104;FDP=368;FR=.;FRO=264;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=126;FSRR=138;FWDB=-0.0303886;FXX=0.00808604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.192;QD=8.10275;RBI=0.0315144;REFB=-0.00490496;REVB=-0.008348;RO=262;SAF=56;SAR=47;SRF=126;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770704;STB=0.543851;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0232098;OID=.;OPOS=55358686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:368:262:264:103:104:0.282609:47:56:126:136:48:56:126:138 chr19 55358734 . G A 2170.93 PASS AF=0.669091;AO=183;DP=273;FAO=184;FDP=275;FR=.;FRO=91;FSAF=83;FSAR=101;FSRF=33;FSRR=58;FWDB=0.0147796;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8925;QD=31.5772;RBI=0.0216509;REFB=-0.0139587;REVB=0.0158217;RO=86;SAF=82;SAR=101;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390199;STB=0.52972;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00411542;OID=.;OPOS=55358734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:275:86:91:183:184:0.669091:101:82:33:53:101:83:33:58 chr19 55359195 . G A 94.03 PASS AF=0.0934579;AO=29;DP=319;FAO=30;FDP=321;FR=.;FRO=291;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=145;FSRR=146;FWDB=-0.0117401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.793;QD=1.17168;RBI=0.0241197;REFB=-0.00119684;REVB=-0.0210696;RO=290;SAF=20;SAR=9;SRF=144;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231409;STB=0.685282;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.018955;OID=.;OPOS=55359195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:319:321:290:291:29:30:0.0934579:9:20:144:146:9:21:145:146 chr19 55359210 . TG AT 96.05 PASS AF=0.0922619;AO=31;DP=337;FAO=31;FDP=336;FR=.;FRO=305;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=153;FSRR=152;FWDB=-0.00953031;FXX=0.00296727;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.105;QD=1.14343;RBI=0.014556;REFB=-0.00256014;REVB=-0.0110023;RO=301;SAF=21;SAR=10;SRF=151;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212488;STB=0.661505;STBP=0.061;TYPE=mnp;VARB=0.0276428;OID=.;OPOS=55359210;OREF=TG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:337:336:301:305:31:31:0.0922619:10:21:151:150:10:21:153:152 chr19 55359227 . A G 133.12 PASS AF=0.108824;AO=37;DP=341;FAO=37;FDP=340;FR=.;FRO=303;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=147;FSRR=156;FWDB=-0.0256272;FXX=0.00293247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.232;QD=1.56613;RBI=0.0256456;REFB=-0.00560175;REVB=-0.000971874;RO=300;SAF=24;SAR=13;SRF=144;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208938;STB=0.645884;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0393627;OID=.;OPOS=55359227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:340:300:303:37:37:0.108824:13:24:144:156:13:24:147:156 chr19 55359234 . A G 148.91 PASS AF=0.115607;AO=39;DP=344;FAO=40;FDP=346;FR=.;FRO=306;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=151;FSRR=155;FWDB=-0.0110051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.858;QD=1.7215;RBI=0.0283416;REFB=-0.00556678;REVB=-0.0261177;RO=291;SAF=23;SAR=16;SRF=149;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980881;STB=0.594391;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0440839;OID=.;OPOS=55359234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:346:291:306:39:40:0.115607:16:23:149:142:16:24:151:155 chr19 55359243 . AAC A 298.15 PASS AF=0.24269;AO=78;DP=341;FAO=83;FDP=342;FR=.;FRO=259;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=132;FSRR=127;FWDB=0.0029048;FXX=0.0086954;HRUN=2;LEN=2;MLLD=167.876;QD=3.4871;RBI=0.0122171;REFB=-0.00308209;REVB=-0.0118668;RO=255;SAF=39;SAR=39;SRF=130;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124653;STB=0.530113;STBP=0.526;TYPE=del;VARB=0.00953604;OID=.;OPOS=55359244;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24269:78:341:83:342:259:39:44:132:127:99:255:39:39:130:125 chr19 55359255 . C G 191.5 PASS AF=0.130682;AO=45;DP=352;FAO=46;FDP=352;FR=.;FRO=306;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=157;FSRR=149;FWDB=-0.019043;FXX=0.00283278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.908;QD=2.17618;RBI=0.0648065;REFB=-0.00518367;REVB=-0.0619455;RO=306;SAF=24;SAR=21;SRF=157;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257798;STB=0.507541;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0404033;OID=.;OPOS=55359255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:352:306:306:45:46:0.130682:21:24:157:149:22:24:157:149 chr19 55359272 . C G 4693.69 PASS AF=0.968652;AO=309;DP=320;FAO=309;FDP=319;FR=.;FRO=10;FSAF=146;FSAR=163;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0543507;FXX=0.0031249;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2329;QD=58.855;RBI=0.0545609;REFB=-0.104815;REVB=0.00478503;RO=5;SAF=146;SAR=163;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996869;STB=0.513421;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0087678;OID=.;OPOS=55359272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:320:319:5:10:309:309:0.968652:163:146:4:1:163:146:9:1 chr19 55359371 . A G 291.06 PASS AF=0.226131;AO=45;DP=199;FAO=45;FDP=199;FR=.;FRO=154;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=85;FSRR=69;FWDB=-0.00828031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7934;QD=5.85043;RBI=0.0231501;REFB=0.00131889;REVB=0.0216186;RO=152;SAF=14;SAR=31;SRF=84;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306684;STB=0.686648;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00410759;OID=.;OPOS=55359371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:152:154:45:45:0.226131:31:14:84:68:31:14:85:69 chr19 55359404 . T A 167.76 PASS AF=0.2;AO=28;DP=141;FAO=28;FDP=140;FR=.;FRO=112;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=55;FWDB=-0.00769476;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.735;QD=4.79303;RBI=0.0190605;REFB=-0.00551297;REVB=-0.0174383;RO=111;SAF=11;SAR=17;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154157;STB=0.593362;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0182891;OID=.;OPOS=55359404;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:111:112:28:28:0.2:17:11:57:54:17:11:57:55 chr19 55359426 . A G 277.11 PASS AF=0.321739;AO=36;DP=116;FAO=37;FDP=115;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.00383452;FXX=0.00861995;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.762;QD=9.63866;RBI=0.00546032;REFB=-0.00632032;REVB=-0.00388736;RO=77;SAF=16;SAR=20;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081377;STB=0.551499;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0110536;OID=.;OPOS=55359426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:77:78:36:37:0.321739:20:16:29:48:20:17:30:48 chr19 55361942 . G T 671.53 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0410207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.493;QD=52.6691;RBI=0.0501372;REFB=-0.159019;REVB=0.0288278;RO=2;SAF=39;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328512;STB=0.517484;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00271005;OID=.;OPOS=55361942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:10:39:1:1:10:39:1:1 chr19 55362719 . G T 1966.03 PASS AF=0.992248;AO=124;DP=125;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.889;QD=60.9622;RBI=0.0277455;REFB=-0.0457469;REVB=0.0178644;RO=1;SAF=71;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00888003;STB=0.504672;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000146309;OID=.;OPOS=55362719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:125:129:1:1:124:128:0.992248:53:71:0:1:53:75:0:1 chr19 55365302 . C T 406.96 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=80;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0256475;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5614;QD=20.0969;RBI=0.0473793;REFB=-0.0160901;REVB=-0.0398372;RO=40;SAF=21;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134529;STB=0.579256;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0183135;OID=.;OPOS=55365302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:40:40:41:0.506173:19:21:15:25:19:22:15:25 chr19 55365320 . G T 490.61 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0105381;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.145;QD=22.3004;RBI=0.0153138;REFB=0.000756428;REVB=-0.0111112;RO=41;SAF=21;SAR=26;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555264;STB=0.530599;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.000945747;OID=.;OPOS=55365320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:26:21:21:20:26:21:21:20 chr19 55367311 . G A 534.89 PASS AF=0.459677;AO=57;DP=124;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00144152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.747;QD=17.2543;RBI=0.00606604;REFB=-0.0120312;REVB=-0.00589227;RO=66;SAF=29;SAR=28;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230775;STB=0.516826;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0197359;OID=.;OPOS=55367311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:66:67:57:57:0.459677:28:29:32:34:28:29:32:35 chr19 55396900 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.918;QD=60.9786;RBI=0.0240549;REFB=0;REVB=0.0234622;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90899e-05;OID=.;OPOS=55396900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr19 55418054 . A C 353.76 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0238113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1053;QD=16.08;RBI=0.0440529;REFB=0.00224543;REVB=-0.0370632;RO=50;SAF=21;SAR=17;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533279;STB=0.530032;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00322109;OID=.;OPOS=55418054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:17:21:25:25:17:21:25:25 chr19 55420801 . C A 620.46 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0505953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.625;QD=59.0917;RBI=0.0570653;REFB=-0.100678;REVB=0.0263925;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000452544;OID=.;OPOS=55420801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:1:1:41:41:0.97619:20:21:1:0:20:21:1:0 chr19 55423530 . C T 231.62 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00698732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.318;QD=12.5202;RBI=0.0425309;REFB=0.000757245;REVB=0.041953;RO=46;SAF=10;SAR=18;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29191;STB=0.667183;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.000399888;OID=.;OPOS=55423530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:18:10:29:17:18:10:29:17 chr19 55441902 . T C 226.02 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0135049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.065;QD=20.5469;RBI=0.0330941;REFB=-0.0179851;REVB=0.0302132;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806656;STB=0.545413;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0173147;OID=.;OPOS=55441902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:10:12:10:12:10:12:10:12 chr19 55441995 . A G 258.68 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0588661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.575;QD=24.0632;RBI=0.0624261;REFB=-0.0120057;REVB=-0.0207797;RO=19;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10448;STB=0.558092;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0123744;OID=.;OPOS=55441995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:12:12:7:12:12:12:7:12 chr19 55451050 . C T 59.33 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.177216;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.1749;QD=15.8201;RBI=0.181745;REFB=-0.0112909;REVB=0.0403169;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566609;STB=0.53325;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0246534;OID=.;OPOS=55451050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:4:3:4:4:4:3 chr19 55451232 . C T 257.7 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0157674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7228;QD=18.4071;RBI=0.0181485;REFB=-0.00867702;REVB=-0.00898654;RO=27;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207243;STB=0.607066;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0202328;OID=.;OPOS=55451232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:11:17:10:17:11:17:11:17 chr19 55458816 . G A 221.94 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0404636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2456;QD=25.365;RBI=0.0645413;REFB=-0.0226599;REVB=-0.050282;RO=14;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00705788;OID=.;OPOS=55458816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:6:15:10:4:6:15:10:4 chr19 55485899 . G A 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=2;FWDB=0.0207419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.213;QD=11.4394;RBI=0.0282879;REFB=-0.00400941;REVB=-0.0192348;RO=22;SAF=4;SAR=9;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.58137;STB=0.841346;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00233318;OID=.;OPOS=55485899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:24:13:13:0.351351:9:4:20:2:9:4:22:2 chr19 55493651 . C T 200.8 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0189066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.715;QD=20.5951;RBI=0.0189826;REFB=-0.00364726;REVB=-0.00169689;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227307;STB=0.512808;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00248018;OID=.;OPOS=55493651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:10:9:10:10:10:9 chr19 55493672 . C T 184.82 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00376256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.129;QD=18.4824;RBI=0.0446757;REFB=0.000928924;REVB=-0.0445169;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721724;STB=0.554319;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.0029722;OID=.;OPOS=55493672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:8:11:10:10:8:11:10:11 chr19 55494157 . G A 74.25 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.078075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3107;QD=10.2418;RBI=0.122866;REFB=0.00333819;REVB=0.0948697;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856821;STB=0.551622;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00374861;OID=.;OPOS=55494157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:11:8:5:5:11:8 chr19 55494632 . A G 99.13 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0669742;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4764;QD=7.34307;RBI=0.0747816;REFB=0.00793919;REVB=-0.0332676;RO=41;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073684;STB=0.536984;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.0267036;OID=.;OPOS=55494632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:41:40:14:14:0.259259:7:7:18:23:7:7:18:22 chr19 55494740 . T C 116.01 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00579818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.341;QD=11.3176;RBI=0.0211589;REFB=-0.00193015;REVB=0.020349;RO=27;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219896;STB=0.629957;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00258778;OID=.;OPOS=55494740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:6:8:10:17:6:8:10:17 chr19 55497572 . G A 241.66 PASS AF=0.386667;AO=28;DP=74;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0233024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.618;QD=12.8885;RBI=0.0233832;REFB=-0.0173221;REVB=-0.00194185;RO=46;SAF=16;SAR=12;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414945;STB=0.535556;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0274283;OID=.;OPOS=55497572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:46:46:28:29:0.386667:12:16:28:18:13:16:28:18 chr19 55512137 . C A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.844;QD=56.1914;RBI=0.0127219;REFB=0;REVB=0.0117198;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06833e-05;OID=.;OPOS=55512137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr19 55525596 . T C 61.75 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.712;QD=35.2879;RBI=0.0331334;REFB=0;REVB=3.03878e-05;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569047;OID=.;OPOS=55525596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:1:5:0:0:1:6:0:0 chr19 55525894 . G A 572.07 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.1011;QD=58.6736;RBI=0.0380244;REFB=0;REVB=0.0312444;RO=0;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321794;OID=.;OPOS=55525894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:39:0:0:38:39:1:9:29:0:0:10:29:0:0 chr19 55526345 . T G 350.94 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.645;QD=51.991;RBI=0.0160648;REFB=-0.117335;REVB=-0.00536064;RO=1;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545422;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545157;OID=.;OPOS=55526345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:27:27:1:0:26:27:1:8:18:0:1:9:18:0:0 chr19 55526359 . A T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.78;QD=51.9167;RBI=0.0619211;REFB=0;REVB=-0.00093954;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388827;OID=.;OPOS=55526359;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr19 55526373 . G C 104.6 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0264214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.0125;QD=19.9239;RBI=0.0343152;REFB=0.0337399;REVB=0.0218962;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324008;STB=0.679766;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00482896;OID=.;OPOS=55526373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:4:8:9:0:4:8:9:0 chr19 55527081 . C T 946.95 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412274;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.428;QD=59.1843;RBI=0.0413284;REFB=0;REVB=0.00288838;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010698;OID=.;OPOS=55527081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr19 55530035 . C T 582.09 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0458;QD=58.2087;RBI=0.0198618;REFB=0.0932238;REVB=0.0125014;RO=1;SAF=14;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322882;STB=0.516121;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00203527;OID=.;OPOS=55530035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:38:39:0.975:24:14:1:0:24:15:1:0 chr19 55536595 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.086;QD=57.5452;RBI=0.0217832;REFB=0;REVB=-0.014482;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58714e-06;OID=.;OPOS=55536595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr19 55538980 . T C 932.77 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017926;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.304;QD=58.2979;RBI=0.039385;REFB=0;REVB=0.035069;RO=0;SAF=47;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113449;OID=.;OPOS=55538980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:16:47:0:0:17:47:0:0 chr19 55539061 . A G 1408.67 PASS AF=0.979381;AO=90;DP=95;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0565931;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.543;QD=58.0896;RBI=0.058042;REFB=-0.0976934;REVB=-0.0128877;RO=5;SAF=61;SAR=29;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00883562;STB=0.50438;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.005233;OID=.;OPOS=55539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:95:97:5:2:90:95:0.979381:29:61:3:2:30:65:1:1 chr19 55539072 . T G 1510.75 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00849035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.751;QD=63.6106;RBI=0.0126364;REFB=0;REVB=-0.00935908;RO=0;SAF=63;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.18502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.71095e-05;OID=.;OPOS=55539072;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:32:63:0:0:32:63:0:0 chr19 55559715 . G A 295.49 PASS AF=0.735294;AO=24;DP=33;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00651925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.18;QD=34.7631;RBI=0.0211442;REFB=-0.020931;REVB=0.0201141;RO=9;SAF=18;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120059;STB=0.551489;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00657206;OID=.;OPOS=55559715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:33:34:9:9:24:25:0.735294:6:18:5:4:7:18:5:4 chr19 55568084 . CG TT 261.36 PASS AF=0.461538;AO=28;DP=63;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0151986;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=269.161;QD=16.0837;RBI=0.0166259;REFB=0.00490564;REVB=0.00673977;RO=35;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702261;STB=0.5562;STBP=0.443;TYPE=mnp;VARB=-0.00467236;OID=.;OPOS=55568084;OREF=CG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:35:35:28:30:0.461538:14:14:15:20:14:16:15:20 chr19 55570574 . A G 1271.2 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.063;QD=61.2628;RBI=0.0337516;REFB=0;REVB=0.0310737;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22956e-05;OID=.;OPOS=55570574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:32:49:0:0:33:50:0:0 chr19 55614923 . T C 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0964608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1718;QD=51.1795;RBI=0.0983925;REFB=0;REVB=0.019401;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00253589;OID=.;OPOS=55614923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr19 55644325 . A C 239.38 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00935409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9367;QD=50.3956;RBI=0.0413396;REFB=0;REVB=-0.0402674;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116341;OID=.;OPOS=55644325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr19 55658352 . AGGGC ACGGC,AGG,AGGC 132.35 PASS AF=0,0,0.612903;AO=2,4,9;DP=30;FAO=0,0,19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=0,0,17;FSAR=0,0,2;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00166534,-0.0446598,0.167051;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,2,1;MLLD=25.1347,15.7598,13.7558;QD=17.0776;RBI=0.0953132,0.0956766,0.185391;REFB=-0.0237522,-0.0473925,-0.109454;REVB=-0.0952986,0.084614,0.0803982;RO=13;SAF=1,4,8;SAR=1,0,1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0.253535,0.253535;SSEP=0,0,0;SSSB=0.118967,0.713165,0.568639;STB=0.5,0.5,0.823383;STBP=1,1,0;TYPE=snp,del,del;VARB=0.025958,0,0.0939954;OID=.,.,.;OPOS=55658353,55658355,55658353;OREF=G,GC,G;OALT=C,-,-;OMAPALT=ACGGC,AGG,AGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.612903:2,4,9:30:0,0,19:31:12:0,0,17:0,0,2:3:9:58:13:1,4,8:1,0,1:5:8 chr19 55658397 . C T 199.41 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0184877;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.9;QD=18.1277;RBI=0.0186722;REFB=-0.0145529;REVB=-0.00261881;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260366;STB=0.514836;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0260822;OID=.;OPOS=55658397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:24:20:20:0.454545:7:13:15:9:7:13:15:9 chr19 55660537 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5958;QD=51.9142;RBI=0.0685969;REFB=0;REVB=0.0555162;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340877;OID=.;OPOS=55660537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr19 55668509 . A T 901.66 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0178;QD=57.248;RBI=0.0675103;REFB=0;REVB=-0.00590815;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282871;OID=.;OPOS=55668509;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:63:0:0:56:63:1:35:21:0:0:35:28:0:0 chr19 55670989 . G A 53.95 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0446732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6596;QD=8.30027;RBI=0.0447421;REFB=-0.0110638;REVB=0.00248237;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801251;STB=0.549873;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0428854;OID=.;OPOS=55670989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:10:8:3:5:10:8 chr19 55671337 . C T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0074;QD=50.4097;RBI=0.0568441;REFB=0;REVB=0.0355605;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181166;OID=.;OPOS=55671337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr19 55672055 . A G 238.72 PASS AF=0.511111;AO=21;DP=43;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0172158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.027;QD=21.2196;RBI=0.0290647;REFB=-0.0226052;REVB=-0.0234173;RO=22;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419967;STB=0.507456;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0176108;OID=.;OPOS=55672055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:22:22:21:23:0.511111:16:5:6:16:17:6:6:16 chr19 55673145 . C T 140.66 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0401356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.224;QD=13.0849;RBI=0.0541419;REFB=-0.0119954;REVB=0.0363384;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00265522;STB=0.519264;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0545839;OID=.;OPOS=55673145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:27:16:16:0.372093:7:9:14:11:7:9:16:11 chr19 55673164 . T C 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0146954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8257;QD=14.047;RBI=0.0582873;REFB=-0.0139852;REVB=-0.0564043;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182975;STB=0.510626;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.023438;OID=.;OPOS=55673164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:15:14:9:9:15:14 chr19 55673654 . T C 243.79 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0579924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0717;QD=15.2366;RBI=0.0656472;REFB=0.0170571;REVB=-0.0307641;RO=35;SAF=13;SAR=15;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243638;STB=0.627666;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0236516;OID=.;OPOS=55673654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:15:13:25:10:15:13:25:11 chr19 55686705 . G T 305.49 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0397696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.6842;QD=17.7096;RBI=0.0398904;REFB=-0.00400023;REVB=0.00310178;RO=34;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414729;STB=0.538235;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00501905;OID=.;OPOS=55686705;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:36:33:33:0.478261:15:18:17:17:15:18:17:19 chr19 55690424 . G A 565.35 PASS AF=0.479675;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.0259069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.16;QD=18.3853;RBI=0.0316673;REFB=0.00489876;REVB=0.0182113;RO=63;SAF=27;SAR=32;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149651;STB=0.578445;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00839524;OID=.;OPOS=55690424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:63:64:59:59:0.479675:32:27:39:24:32:27:39:25 chr19 55693123 . T C 391.69 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0305087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7312;QD=19.3425;RBI=0.030516;REFB=-0.0260488;REVB=-0.000668178;RO=41;SAF=22;SAR=18;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123146;STB=0.506846;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0140415;OID=.;OPOS=55693123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:18:22:22:19:18:22:22:19 chr19 55693244 . T C 1063.05 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.912;QD=59.89;RBI=0.0206589;REFB=0;REVB=-0.0205963;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.00081e-05;OID=.;OPOS=55693244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:40:30:0:0:40:31:0:0 chr19 55699454 . T C 727.73 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.174;QD=63.2804;RBI=0.0299027;REFB=0;REVB=-0.0298473;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188486;OID=.;OPOS=55699454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr19 55702910 . C A 337.66 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0335519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1133;QD=15.0071;RBI=0.0337925;REFB=-0.0144585;REVB=0.0040253;RO=52;SAF=21;SAR=16;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504413;STB=0.534527;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0212109;OID=.;OPOS=55702910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:53:37:37:0.411111:16:21:27:25:16:21:27:26 chr19 55703237 . C CG 108.54 PASS AF=0.555556;AO=12;DP=30;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0342427;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.9175;QD=16.0799;RBI=0.0348462;REFB=0.0728962;REVB=-0.00645715;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610571;STB=0.514832;STBP=0.944;TYPE=ins;VARB=-0.0613817;OID=.;OPOS=55703238;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:12:30:15:27:12:8:7:6:6:77:16:6:6:9:7 chr19 55708557 . A G 1349.77 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0316738;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.063;QD=61.3531;RBI=0.0317757;REFB=0.0420476;REVB=-0.00254282;RO=1;SAF=45;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104136;STB=0.505493;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00101084;OID=.;OPOS=55708557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:90:88:1:1:87:87:0.988636:42:45:1:0:42:45:1:0 chr19 55710021 . A G 269.2 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=71;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=-0.0245284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.48;QD=14.9556;RBI=0.0333839;REFB=-0.0133556;REVB=-0.0226459;RO=40;SAF=16;SAR=14;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25236;STB=0.652086;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0244032;OID=.;OPOS=55710021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:40:41:30:31:0.430556:14:16:31:9:15:16:32:9 chr19 55713535 . G A 1759.79 PASS AF=0.97541;AO=118;DP=122;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0465389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.445;QD=57.6979;RBI=0.057872;REFB=-0.0305107;REVB=0.0343992;RO=3;SAF=53;SAR=65;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010333;STB=0.5055;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0010972;OID=.;OPOS=55713535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:122:122:3:3:118:119:0.97541:65:53:2:1:66:53:2:1 chr19 55715319 . C G 1208.65 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00701483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.278;QD=61.1976;RBI=0.0232774;REFB=0;REVB=0.0221952;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38137e-05;OID=.;OPOS=55715319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:38:40:0:0:39:40:0:0 chr19 55716800 . A G 1970.9 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.546;QD=62.0756;RBI=0.023995;REFB=0;REVB=-0.0100342;RO=0;SAF=62;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21279e-05;OID=.;OPOS=55716800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:65:62:0:0:65:62:0:0 chr19 55738634 . T C 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00733639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2808;QD=63.284;RBI=0.0593778;REFB=0;REVB=0.0589228;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529965;OID=.;OPOS=55738634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:13:33:0:0:13:33:0:0 chr19 55738746 . G A 220.25 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00800587;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.039;QD=22.5901;RBI=0.0142167;REFB=-0.0490386;REVB=0.0117482;RO=18;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468048;STB=0.52629;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0602838;OID=.;OPOS=55738746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:18:18:21:21:0.538462:6:15:12:6:6:15:12:6 chr19 55739605 . C T 252.04 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.039285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.555;QD=14.8259;RBI=0.0467755;REFB=-0.0278437;REVB=0.0253896;RO=37;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109243;STB=0.578184;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0293676;OID=.;OPOS=55739605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:39:29:29:0.426471:18:11:18:19:18:11:20:19 chr19 55739689 . G A 483.38 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.00726501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.134;QD=17.5774;RBI=0.0556387;REFB=-0.0427202;REVB=-0.0551623;RO=52;SAF=25;SAR=27;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105077;STB=0.581365;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.053855;OID=.;OPOS=55739689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:110:52:58:52:52:0.472727:27:25:19:33:27:25:19:39 chr19 55739813 . G A 473.31 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0658983;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8641;QD=16.3209;RBI=0.105;REFB=-0.0102191;REVB=0.0817455;RO=60;SAF=24;SAR=28;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496128;STB=0.513364;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0125022;OID=.;OPOS=55739813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:64:52:52:0.448276:28:24:28:32:28:24:28:36 chr19 55791091 . C T 770.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.553;QD=62.8943;RBI=0.0186185;REFB=0;REVB=0.0100681;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25261e-05;OID=.;OPOS=55791091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:27:22:0:0 chr19 55815034 . GAC CGA,GA 88.57 PASS AF=0,0.473684;AO=4,31;DP=77;FAO=0,36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=0,20;FSAR=0,16;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.01399,0.0415626;FXX=0.0129853;HRUN=1,8;LEN=3,1;MLLD=31.4991,6.66799;QD=4.66139;RBI=0.118298,0.160689;REFB=-0.0192549,-0.163852;REVB=-0.117468,-0.15522;RO=34;SAF=1,16;SAR=3,15;SRF=21;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.388764,-0.0952966;STB=0.5,0.502957;STBP=1,0.972;TYPE=mnp,del;VARB=0.0302824,0.166099;OID=.,.;OPOS=55815034,55815036;OREF=GAC,C;OALT=CGA,-;OMAPALT=CGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:89:77:76:34:40:4,31:0,36:0,0.473684:3,15:1,16:21:13:0,16:0,20:22:18 chr19 55815159 . C A 484.82 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0213186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.651;QD=21.0791;RBI=0.0217699;REFB=-0.0189856;REVB=-0.00440965;RO=44;SAF=22;SAR=25;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02798;STB=0.5102;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0174057;OID=.;OPOS=55815159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:45:47:47:0.51087:25:22:22:22:25:22:22:23 chr19 55824332 . T G 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00371743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.511;QD=16.5355;RBI=0.0303992;REFB=-0.0239079;REVB=-0.030171;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530323;STB=0.530353;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0335806;OID=.;OPOS=55824332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:9:14:10:8:9:14 chr19 55856083 . T C 689.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.242;QD=62.6646;RBI=0.0226944;REFB=0;REVB=-0.0110182;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173631;OID=.;OPOS=55856083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr19 55856211 . C T 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0122144;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.473;QD=14.3999;RBI=0.0176045;REFB=-0.00395521;REVB=-0.0126778;RO=34;SAF=7;SAR=18;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119982;STB=0.568663;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00585826;OID=.;OPOS=55856211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:18:7:13:21:18:7:13:21 chr19 55859439 . C A 899.56 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316559;FXX=0.061529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.047;QD=58.9873;RBI=0.0035589;REFB=0;REVB=0.00162627;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69608e-05;OID=.;OPOS=55859439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr19 55870104 . G C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.853;QD=59.1432;RBI=0.0147364;REFB=0;REVB=0.0139161;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05425e-06;OID=.;OPOS=55870104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr19 55870289 . C T 743.26 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1602;QD=63.2559;RBI=0.0588599;REFB=0;REVB=0.037777;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487134;OID=.;OPOS=55870289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:24:23:0:0 chr19 55870351 . T C,G 543.08 PASS AF=0.918919,0.0810811;AO=34,3;DP=37;FAO=34,3;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13,3;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195371,0.022629;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=191.073,27.0583;QD=58.7113;RBI=0.0198516,0.063535;REFB=0,0;REVB=0.00351955,-0.0593685;RO=0;SAF=13,3;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00320315,0.0244463;OID=.,.;OPOS=55870351,55870351;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:37:37:0:0:34,3:34,3:0.918919,0.0810811:21,0:13,3:0:0:21,0:13,3:0:0 chr19 55870599 . TC T,TG 333.81 PASS AF=0.2,0.8;AO=5,19;DP=25;FAO=5,20;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=4,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0647279,-0.102127;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.12,187.859;QD=53.4099;RBI=0.0653125,0.103572;REFB=0,0;REVB=0.00871884,0.0172402;RO=0;SAF=0,10;SAR=5,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.33753e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0164031,0.00739599;OID=.,.;OPOS=55870600,55870600;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.8:5,19:25:5,20:25:0:1,10:4,10:0:0:23:0:0,10:5,9:0:0 chr19 55871019 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000244649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.284;QD=40.7624;RBI=0.000244649;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49545e-05;OID=.;OPOS=55871019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr19 55872397 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.038;QD=56.1911;RBI=0.012503;REFB=0;REVB=-0.010162;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53949e-05;OID=.;OPOS=55872397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr19 55872531 . C G 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0246093;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.256;QD=12.181;RBI=0.0356212;REFB=0.00912486;REVB=-0.0257537;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400953;STB=0.726777;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.016225;OID=.;OPOS=55872531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:2:8:6:8:2:8:7:8 chr19 55872566 . A G 287.51 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00165158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.822;QD=52.2739;RBI=0.0268053;REFB=0;REVB=0.0267544;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0110596;OID=.;OPOS=55872566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:11:11:0:0 chr19 55873642 . C T 946.88 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138977;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.655;QD=59.1797;RBI=0.0367172;REFB=0;REVB=0.0339854;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424855;OID=.;OPOS=55873642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:60:64:1:29:31:0:0:29:35:0:0 chr19 55879872 . C T 289.07 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.00138298;FXX=0.0140825;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.15;QD=16.5181;RBI=0.00193996;REFB=-0.0111031;REVB=0.00136045;RO=38;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121878;STB=0.568224;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0241265;OID=.;OPOS=55879872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:18:14:12:26:18:14:12:26 chr19 55914444 . T C 569.14 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.111177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.812;QD=25.0173;RBI=0.111556;REFB=-0.00402008;REVB=0.0091819;RO=37;SAF=29;SAR=23;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15603;STB=0.573866;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0036244;OID=.;OPOS=55914444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:37:39:52:52:0.571429:23:29:13:24:23:29:15:24 chr19 55999993 . A G 266.53 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00503578;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.735;QD=20.1155;RBI=0.0309128;REFB=-0.0103569;REVB=-0.0304998;RO=25;SAF=17;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293779;STB=0.516347;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0105199;OID=.;OPOS=55999993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:25:25:28:28:0.528302:11:17:16:9:11:17:16:9 chr19 56000797 . C T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0514293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.926;QD=20.838;RBI=0.0524974;REFB=-0.00973544;REVB=0.0105359;RO=5;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482256;STB=0.777159;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.022922;OID=.;OPOS=56000797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:2:7:0:5:2:7:0:5 chr19 56011460 . C T 340.51 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2901;QD=54.4812;RBI=0.201797;REFB=0;REVB=0.100105;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00648077;OID=.;OPOS=56011460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr19 56024519 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.937;QD=56.7066;RBI=0.023788;REFB=0;REVB=-0.0011228;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07214e-05;OID=.;OPOS=56024519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr19 56030009 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0033997;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=321.226;QD=22.1441;RBI=0.0353131;REFB=-0.00808614;REVB=0.035149;RO=13;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736839;STB=0.541616;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0060956;OID=.;OPOS=56030009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:4:13:9:4:4:13:9:4 chr19 56041255 . C G 143.37 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0739788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.98;QD=44.1135;RBI=0.0833356;REFB=0;REVB=0.0383661;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715268;OID=.;OPOS=56041255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:10:13:1:6:4:0:0:6:7:0:0 chr19 56047448 . A G 282.21 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.00692335;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.844;QD=12.1381;RBI=0.0316862;REFB=-0.00651294;REVB=-0.0309206;RO=60;SAF=8;SAR=25;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208072;STB=0.621039;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0186778;OID=.;OPOS=56047448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:60:33:33:0.354839:25:8:24:36:25:8:24:36 chr19 56052337 . A AC,C 251.92 PASS AF=1,0;AO=15,2;DP=24;FAO=22,0;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.119264,-0.111497;FXX=0.0434594;HRUN=3,4;LEN=1,1;MLLD=24.0462,8.77837;QD=45.8043;RBI=0.180687,0.172067;REFB=-0.020547,-0.0368453;REVB=-0.135734,-0.131055;RO=6;SAF=3,1;SAR=12,1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0991174,0.168213;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0103761,0;OID=.,.;OPOS=56052338,56052337;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:22:6:0:15,2:22,0:1,0:12,1:3,1:2:4:16,0:6,0:0:0 chr19 56052770 . C T 164.52 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00371835;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.189;QD=19.9416;RBI=0.00703302;REFB=-0.0295967;REVB=-0.00596969;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164901;STB=0.592493;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0310143;OID=.;OPOS=56052770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:16:17:17:0.515152:6:11:13:3:6:11:13:3 chr19 56056184 . A G 279.09 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0528326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4043;QD=14.4982;RBI=0.12586;REFB=0.00202561;REVB=-0.114234;RO=45;SAF=19;SAR=13;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169853;STB=0.509634;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.00543695;OID=.;OPOS=56056184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:13:19:26:19:13:19:26:19 chr19 56089353 . C T 699.92 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0105415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3218;QD=49.1169;RBI=0.0703213;REFB=-0.0690647;REVB=0.0695267;RO=3;SAF=37;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427812;STB=0.536218;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.017832;OID=.;OPOS=56089353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:57:57:3:4:53:53:0.929825:16:37:1:2:16:37:1:3 chr19 56114237 . G A 1259.19 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0909306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7281;QD=59.2561;RBI=0.178948;REFB=-0.163784;REVB=0.154124;RO=2;SAF=37;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0022194;STB=0.500999;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00670971;OID=.;OPOS=56114237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:84:85:2:2:82:83:0.976471:45:37:1:1:45:38:1:1 chr19 56154518 . GTTT G 67.74 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00805008;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=3;MLLD=80.486;QD=7.52704;RBI=0.0302632;REFB=-0.0101871;REVB=-0.0291729;RO=22;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287461;STB=0.657594;STBP=0.255;TYPE=del;VARB=0.0202678;OID=.;OPOS=56154519;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:12:37:12:36:24:2:10:8:16:67:22:2:10:8:14 chr19 56154545 . A C 331.56 PASS AF=0.58;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0189972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.89;QD=26.525;RBI=0.0426926;REFB=-0.0163828;REVB=-0.038233;RO=20;SAF=9;SAR=20;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114427;STB=0.555516;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0206531;OID=.;OPOS=56154545;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:20:21:29:29:0.58:20:9:9:11:20:9:9:12 chr19 56154718 . G A 53.98 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0886848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.223;QD=8.30422;RBI=0.0887433;REFB=0.00407822;REVB=0.00322269;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801251;STB=0.549873;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00669178;OID=.;OPOS=56154718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:10:8:3:5:10:8 chr19 56156447 . A G 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0223023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.137;QD=5.90476;RBI=0.048006;REFB=-0.00340637;REVB=-0.042511;RO=27;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129007;STB=0.583729;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0121026;OID=.;OPOS=56156447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:5:3:13:14:5:3:13:14 chr19 56160399 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1752;QD=62.6701;RBI=0.0343939;REFB=0;REVB=-0.012872;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315109;OID=.;OPOS=56160399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr19 56162776 . C T 728.26 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.206289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.918;QD=63.3271;RBI=0.20643;REFB=0;REVB=0.0076203;RO=0;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149321;OID=.;OPOS=56162776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:34:11:0:0:34:12:0:0 chr19 56180968 . C T 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.141;QD=59.5018;RBI=0.07292;REFB=0;REVB=0.0456377;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153565;OID=.;OPOS=56180968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr19 56241265 . A G 873.81 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0156322;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.737;QD=56.3751;RBI=0.0201369;REFB=0.069804;REVB=0.0126937;RO=1;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113758;STB=0.506022;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00218642;OID=.;OPOS=56241265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:41:20:0:1:41:20:0:1 chr19 56249615 . G C 203.39 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0168252;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.074;QD=16.6031;RBI=0.0173592;REFB=0.000604638;REVB=0.00427254;RO=27;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160802;STB=0.581318;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000602667;OID=.;OPOS=56249615;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:28:21:21:0.428571:12:9:16:11:12:9:16:12 chr19 56274086 . G A 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0172996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.114;QD=3.15728;RBI=0.026445;REFB=0.00304796;REVB=0.0200015;RO=34;SAF=4;SAR=2;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133333;STB=0.622532;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.132946;OID=.;OPOS=56274086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:34:36:6:6:0.142857:2:4:19:15:2:4:19:17 chr19 56274424 . C A 193.03 PASS AF=0.265306;AO=26;DP=99;FAO=26;FDP=98;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.00382088;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.506;QD=7.87859;RBI=0.00466425;REFB=-0.00525616;REVB=-0.00267509;RO=67;SAF=4;SAR=22;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365341;STB=0.7177;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0114337;OID=.;OPOS=56274424;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:67:72:26:26:0.265306:22:4:26:41:22:4:27:45 chr19 56274453 . G A 87.17 PASS AF=0.189873;AO=15;DP=79;FAO=15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.00855158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2946;QD=4.41391;RBI=0.0424814;REFB=0.0068682;REVB=0.0416118;RO=64;SAF=2;SAR=13;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388313;STB=0.760851;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0250246;OID=.;OPOS=56274453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:79:79:64:64:15:15:0.189873:13:2:24:40:13:2:24:40 chr19 56283254 . T G 51.48 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0326467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.096;QD=3.55012;RBI=0.0336778;REFB=-0.00736982;REVB=0.00826991;RO=48;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194225;STB=0.622378;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0314125;OID=.;OPOS=56283254;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:48:49:9:9:0.155172:4:5:19:29:4:5:20:29 chr19 56283289 . A G 93.32 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.000702198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1749;QD=9.82289;RBI=0.0451198;REFB=-0.00641691;REVB=-0.0451144;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214241;STB=0.61798;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0109301;OID=.;OPOS=56283289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:25:26:12:12:0.315789:4:8:12:13:4:8:13:13 chr19 56283297 . G A 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0203794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.734;QD=10.1698;RBI=0.0221819;REFB=-0.0181171;REVB=-0.00875883;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153944;STB=0.593048;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0267664;OID=.;OPOS=56283297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:11:11:4:7:11:11 chr19 56284090 . G A 1160.46 PASS AF=0.91954;AO=80;DP=88;FAO=80;FDP=87;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0117102;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.381;QD=53.3546;RBI=0.100657;REFB=-0.0274007;REVB=0.0999736;RO=7;SAF=35;SAR=45;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00137782;STB=0.50073;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00164543;OID=.;OPOS=56284090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:88:87:7:7:80:80:0.91954:45:35:3:4:45:35:3:4 chr19 56284457 . G A 44.51 PASS AF=0.140351;AO=9;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0231006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.894;QD=3.12335;RBI=0.0251026;REFB=0.00691533;REVB=-0.00982364;RO=48;SAF=3;SAR=6;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082157;STB=0.511599;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.0530045;OID=.;OPOS=56284457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:48:49:9:8:0.140351:6:3:19:29:5:3:19:30 chr19 56284507 . T G 135.17 PASS AF=0.25;AO=20;DP=79;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-9.67737e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.324;QD=6.75832;RBI=0.0147291;REFB=-0.00222323;REVB=-0.0147288;RO=58;SAF=8;SAR=12;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265273;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0335279;OID=.;OPOS=56284507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:58:60:20:20:0.25:12:8:22:36:12:8:24:36 chr19 56284511 . C G 135.18 PASS AF=0.25;AO=20;DP=80;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0526383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.525;QD=6.75878;RBI=0.0573328;REFB=-0.00618697;REVB=-0.0227213;RO=60;SAF=8;SAR=12;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0267363;OID=.;OPOS=56284511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:60:60:20:20:0.25:12:8:24:36:12:8:24:36 chr19 56284529 . C A 127.28 PASS AF=0.25974;AO=18;DP=77;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.055036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2436;QD=6.6121;RBI=0.0555519;REFB=-0.0293858;REVB=-0.00755284;RO=55;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557123;STB=0.516113;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0790325;OID=.;OPOS=56284529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:57:18:20:0.25974:10:8:22:33:12:8:24:33 chr19 56284535 . A G 126.3 PASS AF=0.246753;AO=18;DP=76;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00863625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.051;QD=6.56125;RBI=0.00884733;REFB=-0.00780439;REVB=0.00192107;RO=57;SAF=7;SAR=11;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411292;STB=0.505612;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0205167;OID=.;OPOS=56284535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:57:58:18:19:0.246753:11:7:24:33:11:8:24:34 chr19 56307583 . A G 560.54 PASS AF=0.62963;AO=50;DP=81;FAO=51;FDP=81;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0478466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.48;QD=27.6811;RBI=0.0478526;REFB=-0.0231053;REVB=0.000758061;RO=31;SAF=23;SAR=27;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981289;STB=0.563852;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00694362;OID=.;OPOS=56307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:31:30:50:51:0.62963:27:23:10:21:27:24:9:21 chr19 56320200 . C T 332.63 PASS AF=0.362832;AO=41;DP=114;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0466468;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3571;QD=11.7746;RBI=0.0836864;REFB=-0.00063018;REVB=-0.0694801;RO=73;SAF=17;SAR=24;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103885;STB=0.546148;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000125489;OID=.;OPOS=56320200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:73:72:41:41:0.362832:24:17:37:36:24:17:35:37 chr19 56321295 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0114845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8533;QD=14.7989;RBI=0.0182471;REFB=0.0122554;REVB=-0.0141797;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468943;STB=0.791443;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0265076;OID=.;OPOS=56321295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:11:11:0.458333:2:9:4:8:2:9:4:9 chr19 56321414 . C A 745.42 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.987;QD=63.4403;RBI=0.115209;REFB=0;REVB=0.112474;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677736;OID=.;OPOS=56321414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:19:26:0:0:21:26:0:0 chr19 56369189 . G A 128.25 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00183513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.146;QD=12.2143;RBI=0.00742895;REFB=-0.00134237;REVB=-0.00719872;RO=27;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175333;STB=0.604248;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0053487;OID=.;OPOS=56369189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:4:11:16:11:4:11:16:11 chr19 56369215 . C T 105.27 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0475706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4364;QD=11.3806;RBI=0.0502789;REFB=-0.00900116;REVB=0.0162789;RO=21;SAF=10;SAR=2;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35202;STB=0.694123;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0229637;OID=.;OPOS=56369215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:24:12:13:0.351351:2:10:12:9:3:10:12:12 chr19 56369314 . G A 290.71 PASS AF=0.675676;AO=24;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00556301;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.17;QD=31.4279;RBI=0.0265894;REFB=0.0210177;REVB=-0.026001;RO=12;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756913;STB=0.5466;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00150425;OID=.;OPOS=56369314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:37:37:12:12:24:25:0.675676:11:13:5:7:11:14:5:7 chr19 56369593 . T C 185.7 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00607804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.239;QD=19.0461;RBI=0.0129139;REFB=-0.0312879;REVB=-0.0113941;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113833;STB=0.564449;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0271809;OID=.;OPOS=56369593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:10:9:12:8:10:9:12:8 chr19 56373462 . G A 721.32 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.947;QD=56.5741;RBI=0.0715083;REFB=0;REVB=0.0609457;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173579;OID=.;OPOS=56373462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:32:19:0:0 chr19 56392920 . C T 596.96 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00343962;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.803;QD=61.2266;RBI=0.00450641;REFB=0;REVB=-0.00291149;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014184;OID=.;OPOS=56392920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr19 56410222 . C T 192.87 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0134222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.54;QD=23.3781;RBI=0.0229493;REFB=-0.00291114;REVB=-0.0186148;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255609;STB=0.643409;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00419871;OID=.;OPOS=56410222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:13:6:9:5:13:6:9:5 chr19 56419263 . T C 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0232106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.174;QD=14.4111;RBI=0.0241845;REFB=-0.00181925;REVB=0.00679401;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191516;STB=0.610988;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00574797;OID=.;OPOS=56419263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:7:11:12:16:7:11:12:16 chr19 56423074 . C G 137.43 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00591932;FXX=0.0832986;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.221;QD=24.9868;RBI=0.0112625;REFB=-0.0224075;REVB=-0.00958149;RO=8;SAF=11;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310905;STB=0.676646;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0303906;OID=.;OPOS=56423074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:24:22:8:8:14:14:0.636364:3:11:3:5:3:11:3:5 chr19 56423254 . G A 306.01 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0179647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8447;QD=20.4006;RBI=0.0185902;REFB=-0.00542154;REVB=-0.0047818;RO=28;SAF=21;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449735;STB=0.524984;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00264912;OID=.;OPOS=56423254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:11:21:17:11:11:21:17:11 chr19 56423668 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.685;QD=51.1836;RBI=0.0104293;REFB=0;REVB=-0.00210244;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07725e-05;OID=.;OPOS=56423668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr19 56423692 . C T 174.8 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.547;QD=46.6139;RBI=0.0311649;REFB=0;REVB=-0.0240031;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79874e-05;OID=.;OPOS=56423692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:8:7:0:0 chr19 56423728 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.266;QD=52.613;RBI=0.0143512;REFB=0;REVB=0.0128667;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114416;OID=.;OPOS=56423728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:5:17:0:0:5:17:0:0 chr19 56423893 . G A 726.86 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427211;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.842;QD=57.0086;RBI=0.0442144;REFB=0;REVB=-0.0113941;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100622;OID=.;OPOS=56423893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr19 56424443 . T C 358.37 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.41;QD=55.1343;RBI=0.0460694;REFB=0;REVB=-0.00951437;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136413;OID=.;OPOS=56424443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:15:11:0:0 chr19 56424532 . G A 109.23 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0471285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3494;QD=14.0935;RBI=0.0554205;REFB=0.00708764;REVB=0.0291605;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367603;STB=0.70987;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00678538;OID=.;OPOS=56424532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:6:7:3:15:6:7:3:15 chr19 56459342 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0239369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.969;QD=9.84388;RBI=0.0619087;REFB=-0.00727268;REVB=0.0570939;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21739;STB=0.63132;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00750985;OID=.;OPOS=56459342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:8:12:4:6:8:12 chr19 56459614 . G C 243.29 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0150592;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.252;QD=22.1174;RBI=0.0213792;REFB=-0.0201165;REVB=0.0151754;RO=20;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0019894;STB=0.517226;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0188044;OID=.;OPOS=56459614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:21:23:23:0.522727:8:15:13:7:8:15:13:8 chr19 56473460 . T C 444.76 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00414793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.196;QD=16.4727;RBI=0.0184231;REFB=-0.00242466;REVB=0.0179501;RO=59;SAF=23;SAR=26;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071335;STB=0.53981;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00337616;OID=.;OPOS=56473460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:26:23:32:27:26:23:32:27 chr19 56477687 . A G 619.93 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0088262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6932;QD=59.041;RBI=0.0254089;REFB=0.0111693;REVB=0.0238267;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-6.81991e-05;OID=.;OPOS=56477687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:23:18:0:1:23:18:0:1 chr19 56477710 . T C 129.12 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0899401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.615;QD=12.5975;RBI=0.0945615;REFB=-0.0334629;REVB=-0.0292001;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218069;STB=0.677173;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0801989;OID=.;OPOS=56477710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:25:13:14:0.341463:5:8:9:13:5:9:9:16 chr19 56487603 . A G 432.53 PASS AF=0.446429;AO=39;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.000103969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8932;QD=15.4475;RBI=0.0386196;REFB=-0.0469623;REVB=0.0386195;RO=57;SAF=18;SAR=21;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569617;STB=0.522854;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0628091;OID=.;OPOS=56487603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:62:39:50:0.446429:21:18:26:31:31:19:26:36 chr19 56490778 . C T 279.9 PASS AF=0.565217;AO=24;DP=44;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00836177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9447;QD=24.3393;RBI=0.00843861;REFB=-0.0201278;REVB=-0.0011362;RO=20;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277624;STB=0.511936;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0284603;OID=.;OPOS=56490778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:20:20:24:26:0.565217:10:14:11:9:11:15:11:9 chr19 56499279 . G C 178.77 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0123561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.085;QD=14.8972;RBI=0.0245456;REFB=-0.00630939;REVB=-0.0212089;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265689;STB=0.610868;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0143599;OID=.;OPOS=56499279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:27:29:19:19:0.395833:12:7:4:23:12:7:6:23 chr19 56511082 . C G 537.19 PASS AF=0.973684;AO=33;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0252664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.55;QD=56.5468;RBI=0.0263969;REFB=0.0364578;REVB=0.00764237;RO=1;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405767;STB=0.517232;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.000975191;OID=.;OPOS=56511082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:33:37:0.973684:11:22:0:1:14:23:0:1 chr19 56539240 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.078;QD=56.9381;RBI=0.0247265;REFB=0;REVB=0.0122934;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96408e-05;OID=.;OPOS=56539240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:27:26:0:0 chr19 56552456 . G T 278.25 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0132352;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3429;QD=20.611;RBI=0.0167696;REFB=-0.0163778;REVB=0.0102981;RO=25;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266087;STB=0.51479;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0138642;OID=.;OPOS=56552456;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:13:16:13:12:13:16:13:12 chr19 56565164 . G A 365.01 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.128006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5731;QD=52.1447;RBI=0.139284;REFB=0.0390518;REVB=0.0549048;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.517229;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00104736;OID=.;OPOS=56565164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:14:13:0:0:14:13:0:1 chr19 56663213 . GAAA GAA,GAAG 90.93 PASS AF=0.5,0;AO=9,4;DP=31;FAO=15,0;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6,0;FSAR=9,0;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.167496,-0.0452651;FXX=0.0322477;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=17.212,120.348;QD=12.1237;RBI=0.171517,0.0801909;REFB=-0.0621036,0.00986965;REVB=0.0369189,-0.066194;RO=15;SAF=5,0;SAR=4,4;SRF=12;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.271745,-0.770385;STB=0.692071,0.5;STBP=0.047,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0703703,0.0534057;OID=.,.;OPOS=56663214,56663216;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:9,4:31:15,0:30:15:6,0:9,0:12:3:86:15:5,0:4,4:12:3 chr19 56694505 . C T 405.58 PASS AF=0.455556;AO=32;DP=84;FAO=41;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0177074;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.348;QD=18.026;RBI=0.0178666;REFB=-0.0182951;REVB=-0.00238012;RO=37;SAF=14;SAR=18;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199587;STB=0.584906;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0240516;OID=.;OPOS=56694505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:90:37:49:32:41:0.455556:18:14:24:13:27:14:24:25 chr19 56703248 . G A 349.71 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0224726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.008;QD=20.5711;RBI=0.02449;REFB=-0.0320735;REVB=0.00973368;RO=31;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992047;STB=0.546103;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0196946;OID=.;OPOS=56703248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:32:36:36:0.529412:17:19:20:11:17:19:20:12 chr19 56704101 . G A 240.35 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0276727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.488;QD=21.3641;RBI=0.0299716;REFB=-0.00320249;REVB=0.0115116;RO=22;SAF=6;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234007;STB=0.632262;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00279919;OID=.;OPOS=56704101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:17:6:11:11:17:6:11:11 chr19 56718608 . G A 491.14 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.00525126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.291;QD=24.868;RBI=0.015895;REFB=-0.0275861;REVB=0.0150025;RO=32;SAF=17;SAR=29;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046571;STB=0.530281;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0134093;OID=.;OPOS=56718608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:33:46:46:0.582278:29:17:10:22:29:17:10:23 chr19 56827938 . C A 303.56 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0679662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5217;QD=21.3026;RBI=0.0914128;REFB=-0.0342175;REVB=-0.0611303;RO=25;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00895167;STB=0.504947;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0269087;OID=.;OPOS=56827938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:15:17:13:12:15:17:13:12 chr19 56888450 . A G 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0191713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.867;QD=24.2686;RBI=0.0191787;REFB=-0.00949414;REVB=0.000532179;RO=22;SAF=20;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176934;STB=0.597286;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00810501;OID=.;OPOS=56888450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:13:20:8:14:13:20:8:14 chr19 56888454 . A C 188.69 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00761357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0461;QD=14.2408;RBI=0.02198;REFB=0.00863517;REVB=0.0206193;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283711;STB=0.662017;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0113731;OID=.;OPOS=56888454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:14:8:20:11:14:8:20:11 chr19 56888526 . A T 77.27 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=4.62472e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.8;QD=13.4375;RBI=0.00162979;REFB=-0.030357;REVB=0.00162913;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036821;STB=0.521696;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0375876;OID=.;OPOS=56888526;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:7:6:5:5:7:6 chr19 56895496 . C T 155.54 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00687661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7097;QD=23.043;RBI=0.122331;REFB=-0.0486585;REVB=-0.122138;RO=8;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162296;STB=0.507033;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0141018;OID=.;OPOS=56895496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:27:8:11:15:16:0.592593:6:9:5:3:7:9:6:5 chr19 56935527 . A G 98.51 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0253359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.789;QD=14.0727;RBI=0.0266583;REFB=-0.0169909;REVB=-0.00829205;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191053;STB=0.633918;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.042833;OID=.;OPOS=56935527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:13:16:12:12:0.428571:4:8:6:7:4:8:7:9 chr19 56953272 . G A 362.64 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00878656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.299;QD=20.7224;RBI=0.0119086;REFB=-0.00971872;REVB=0.00803816;RO=33;SAF=26;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093966;STB=0.552183;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0125179;OID=.;OPOS=56953272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:11:26:20:13:11:26:20:13 chr19 56953585 . T C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.034727;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.151;QD=17.8275;RBI=0.0347288;REFB=0.00386675;REVB=0.000353445;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247797;STB=0.514262;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00362144;OID=.;OPOS=56953585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:9:3:3:8:9:3:3:8 chr19 56953863 . T C 1012.06 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0220364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5986;QD=57.8322;RBI=0.0220784;REFB=0.0262727;REVB=0.0013612;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00153913;OID=.;OPOS=56953863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:0:1:69:69:0.985714:32:37:0:0:32:37:1:0 chr19 56953963 . G A 579.68 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.024993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5777;QD=24.667;RBI=0.0265839;REFB=0.00691146;REVB=0.00905845;RO=41;SAF=35;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16426;STB=0.590184;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00859785;OID=.;OPOS=56953963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:41:53:53:0.56383:18:35:19:22:18:35:19:22 chr19 56954103 . C A 219.38 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0347558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.0899;QD=24.3755;RBI=0.0416805;REFB=-0.00546197;REVB=-0.0230066;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923117;STB=0.551402;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00182824;OID=.;OPOS=56954103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:10:11:6:9:10:11:6:9 chr19 57036653 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.674;QD=57.2011;RBI=0.0432101;REFB=0;REVB=0.0346709;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294837;OID=.;OPOS=57036653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr19 57036678 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000613429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.172;QD=61.6837;RBI=0.00601202;REFB=0;REVB=0.00598065;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06121e-05;OID=.;OPOS=57036678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr19 57050515 . C G 338.99 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0625806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.9416;QD=48.4272;RBI=0.0653325;REFB=-0.09223;REVB=-0.0187619;RO=2;SAF=19;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380451;STB=0.520532;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00835217;OID=.;OPOS=57050515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:28:28:2:2:26:26:0.928571:7:19:1:1:7:19:1:1 chr19 57062073 . T C 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.092;QD=60.5462;RBI=0.00579386;REFB=0;REVB=-0.00419785;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07514e-05;OID=.;OPOS=57062073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr19 57088850 . T C 713.22 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.368;QD=62.0191;RBI=0.0367199;REFB=0;REVB=0.000602006;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118462;OID=.;OPOS=57088850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:23:21:0:0:25:21:0:0 chr19 57089050 . C T 574.83 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4082;QD=60.5085;RBI=0.0532191;REFB=0;REVB=-0.00431993;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417094;OID=.;OPOS=57089050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:16:22:0:0 chr19 57132968 . G A 331.35 PASS AF=0.591837;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.000339695;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.943;QD=27.0489;RBI=0.00877602;REFB=-0.00570778;REVB=0.00876944;RO=20;SAF=4;SAR=24;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411981;STB=0.699297;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00254536;OID=.;OPOS=57132968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:28:29:0.591837:24:4:11:9:24:5:11:9 chr19 57135023 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.984;QD=63.5818;RBI=0.0273816;REFB=0;REVB=0.0224311;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41646e-05;OID=.;OPOS=57135023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr19 57175484 . A G 47.18 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.025651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9737;QD=11.1023;RBI=0.0665614;REFB=-0.0504538;REVB=-0.0614202;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167433;STB=0.510175;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0180034;OID=.;OPOS=57175484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:3:7:5:2:3:7 chr19 57175578 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0112062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.94;QD=16.4544;RBI=0.0137391;REFB=0.0390827;REVB=0.00794876;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0274773;OID=.;OPOS=57175578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:1:3:4:2:1:3 chr19 57176198 . T G 176.16 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0150151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.572;QD=10.2124;RBI=0.0236606;REFB=0.000138625;REVB=0.0182858;RO=46;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250657;STB=0.514674;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=4.01144e-05;OID=.;OPOS=57176198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:13:10:21:25:13:10:21:25 chr19 57176304 . T G 178.03 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0136203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.872;QD=10.6285;RBI=0.0171813;REFB=-0.0299742;REVB=-0.010473;RO=43;SAF=8;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137009;STB=0.588554;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0504614;OID=.;OPOS=57176304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:44:23:23:0.343284:15:8:20:23:15:8:21:23 chr19 57176482 . C T 511.4 PASS AF=0.404255;AO=54;DP=138;FAO=57;FDP=141;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.0740106;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6549;QD=14.5078;RBI=0.0745154;REFB=-0.00947072;REVB=0.0086595;RO=84;SAF=23;SAR=31;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156003;STB=0.571829;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.014417;OID=.;OPOS=57176482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:141:84:84:54:57:0.404255:31:23:48:36:32:25:47:37 chr19 57176820 . C A 213.3 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0363389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.738;QD=12.5473;RBI=0.0368517;REFB=0.00473109;REVB=-0.00612655;RO=41;SAF=10;SAR=16;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163518;STB=0.587088;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00681198;OID=.;OPOS=57176820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:42:26:26:0.382353:16:10:22:19:16:10:22:20 chr19 57176838 . C G 174.26 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.076043;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.474;QD=11.6176;RBI=0.0761347;REFB=0.00239101;REVB=-0.00373541;RO=37;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888181;STB=0.57226;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.0035741;OID=.;OPOS=57176838;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:21:22:0.366667:13:8:17:20:14:8:18:20 chr19 57293394 . A G 829.94 PASS AF=0.983607;AO=57;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0149676;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9634;QD=54.4223;RBI=0.0440523;REFB=0.0678156;REVB=0.0414315;RO=2;SAF=36;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00900834;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=9.13974e-05;OID=.;OPOS=57293394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:61:2:1:57:60:0.983607:21:36:1:1:24:36:1:0 chr19 57293831 . G A 660.76 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1174;QD=61.4662;RBI=0.0243907;REFB=0;REVB=-0.00138436;RO=1;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323448;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378099;OID=.;OPOS=57293831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:1:0:42:43:1:14:28:0:1:15:28:0:0 chr19 57325083 . C T 523.97 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132539;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.856;QD=59.8822;RBI=0.0296638;REFB=0;REVB=0.0265382;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169083;OID=.;OPOS=57325083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr19 57335799 . C T 413.38 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0157225;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.073;QD=18.5787;RBI=0.0200465;REFB=-0.00791149;REVB=0.0124363;RO=46;SAF=24;SAR=18;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148147;STB=0.576886;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00790944;OID=.;OPOS=57335799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:47:42:42:0.47191:18:24:19:27:18:24:20:27 chr19 57433619 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.895;QD=63.5828;RBI=0.0247148;REFB=0;REVB=-0.0140396;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74128e-05;OID=.;OPOS=57433619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr19 57433712 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.763;QD=59.0184;RBI=0.0495922;REFB=0;REVB=0.0309282;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558019;OID=.;OPOS=57433712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr19 57641146 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.68;QD=60.2307;RBI=0.0341613;REFB=0;REVB=0.0249468;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194754;OID=.;OPOS=57641146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr19 57641799 . G A 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0114035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.358;QD=25.2766;RBI=0.0306699;REFB=0.010226;REVB=0.028471;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952202;STB=0.553135;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00877512;OID=.;OPOS=57641799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:7:12:6:6:7:12:6:6 chr19 57642782 . C A 616.83 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215335;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4059;QD=61.6828;RBI=0.0220301;REFB=0;REVB=0.00465142;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133999;OID=.;OPOS=57642782;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr19 57643051 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0689732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.658;QD=57.3852;RBI=0.0691211;REFB=0;REVB=0.00452002;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207879;OID=.;OPOS=57643051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr19 57643099 . G A 143.12 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0198702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.693;QD=14.6793;RBI=0.0246538;REFB=0.00887587;REVB=0.014594;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151826;STB=0.588123;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0127323;OID=.;OPOS=57643099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:10:6:12:11:10:6:12:11 chr19 57647015 . A G 189.86 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00245127;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4074;QD=13.0935;RBI=0.0154146;REFB=-0.00982707;REVB=-0.0152184;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379565;STB=0.52172;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0170284;OID=.;OPOS=57647015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:33:35:23:23:0.396552:11:12:16:17:11:12:17:18 chr19 57647236 . T C 825.67 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00834554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.038;QD=54.142;RBI=0.0102286;REFB=0.000339487;REVB=0.00591405;RO=1;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184984;STB=0.519224;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-9.40055e-05;OID=.;OPOS=57647236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:1:2:59:59:0.967213:25:34:0:1:25:34:0:2 chr19 57649901 . G A 324.78 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0282271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.506;QD=17.0934;RBI=0.0302462;REFB=-0.01409;REVB=0.0108658;RO=38;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111176;STB=0.579731;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0236278;OID=.;OPOS=57649901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:38:41:35:35:0.460526:18:17:23:15:18:17:26:15 chr19 57649940 . A T 234.61 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0345777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.031;QD=15.3845;RBI=0.0363984;REFB=-0.0216496;REVB=0.0113678;RO=34;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205367;STB=0.61604;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0206628;OID=.;OPOS=57649940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:16:11:21:13:16:11:21:13 chr19 57649962 . C T 341.1 PASS AF=0.62963;AO=32;DP=55;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00885265;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.982;QD=25.2669;RBI=0.0127142;REFB=-0.0136107;REVB=0.00912582;RO=23;SAF=17;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105806;STB=0.594977;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00758159;OID=.;OPOS=57649962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:23:20:32:34:0.62963:15:17:9:14:15:19:6:14 chr19 57742472 . G C 393.32 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.348;QD=56.1878;RBI=0.136221;REFB=0;REVB=0.113341;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228792;OID=.;OPOS=57742472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:18:9:0:0:19:9:0:0 chr19 57742489 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.94;QD=53.9104;RBI=0.0259525;REFB=0;REVB=0.0197011;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329646;OID=.;OPOS=57742489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr19 57742493 . AGGACGAGCAGGATT A 206.12 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399788;FXX=0;HRUN=2;LEN=14;MLLD=388.107;QD=48.4979;RBI=0.0262072;REFB=0;REVB=0.0259005;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.41182e-05;OID=.;OPOS=57742494;OREF=GGACGAGCAGGATT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:16:17:17:0:4:13:0:0:4:0:4:11:0:0 chr19 57773447 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00310451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.311;QD=37.4885;RBI=0.0151841;REFB=0;REVB=0.0148633;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215873;OID=.;OPOS=57773447;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr19 57832257 . T C 94.17 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0078701;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.167;QD=10.463;RBI=0.00872141;REFB=-0.00934809;REVB=-0.00375826;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186435;STB=0.610935;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0263872;OID=.;OPOS=57832257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:6:6:8:16:6:6:8:16 chr19 57868336 . A G 246.55 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00309912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.49;QD=46.9612;RBI=0.0032031;REFB=-0.0528385;REVB=-0.000809489;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000475512;OID=.;OPOS=57868336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:0:1:10:10:0:1 chr19 57909872 . G A 1179.03 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0799;QD=60.4629;RBI=0.0382794;REFB=0;REVB=-0.0114234;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23184e-05;OID=.;OPOS=57909872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:44:33:0:0:44:34:0:0 chr19 57955244 . A G 567.58 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.788;QD=58.213;RBI=0.036965;REFB=-0.101493;REVB=0.0347845;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104665;OID=.;OPOS=57955244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:18:21:0:0 chr19 57967049 . G T 263.48 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00572903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5946;QD=19.5172;RBI=0.018465;REFB=-0.0231309;REVB=-0.0175538;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192629;STB=0.607254;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.011526;OID=.;OPOS=57967049;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:12:16:9:17:12:16:9:17 chr19 57967133 . G A 230.87 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0328194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9355;QD=16.4904;RBI=0.0328827;REFB=-0.05185;REVB=0.00203974;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633213;STB=0.535687;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0605738;OID=.;OPOS=57967133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:13:13:13:17:13:13:13:17 chr19 57984426 . C A 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00448772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.342;QD=14.8515;RBI=0.00941752;REFB=0.00825564;REVB=-0.00827949;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454997;STB=0.526288;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0121538;OID=.;OPOS=57984426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:10:9:15:14:10:9:15:14 chr19 57984918 . A G 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.010411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.689;QD=15.7819;RBI=0.0358392;REFB=-0.00350565;REVB=0.0342938;RO=29;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335861;STB=0.519109;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00405684;OID=.;OPOS=57984918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:8:15:18:11:8:15:18:11 chr19 57985460 . T A 1099.96 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527451;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9518;QD=60.2716;RBI=0.0692556;REFB=0;REVB=-0.0448809;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00085929;OID=.;OPOS=57985460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:29:44:0:0:29:44:0:0 chr19 57985566 . G C 1401.15 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.571;QD=62.2734;RBI=0.030711;REFB=0;REVB=0.0296876;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306106;OID=.;OPOS=57985566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:40:48:0:0:41:49:0:0 chr19 57987895 . C T 321.92 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.000125669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.812;QD=13.9963;RBI=0.0056742;REFB=-0.0195623;REVB=0.00567281;RO=56;SAF=23;SAR=13;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114896;STB=0.565537;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0325353;OID=.;OPOS=57987895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:13:23:30:26:13:23:30:26 chr19 57987905 . G A 551.34 PASS AF=0.56044;AO=50;DP=90;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00468825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.482;QD=24.2348;RBI=0.0154365;REFB=-0.0318428;REVB=0.0147073;RO=40;SAF=27;SAR=23;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697519;STB=0.542356;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0228525;OID=.;OPOS=57987905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:40:40:50:51:0.56044:23:27:25:15:24:27:25:15 chr19 57988666 . A AGCC 121.06 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0192903;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=184.816;QD=14.2421;RBI=0.020884;REFB=-0.0170965;REVB=0.00800175;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171518;STB=0.610474;STBP=0.333;TYPE=ins;VARB=0.023935;OID=.;OPOS=57988667;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=AGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:13:34:14:34:20:6:8:5:15:99:20:6:7:6:14 chr19 58001512 . T A 362.91 PASS AF=0.625;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00214396;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.879;QD=25.9218;RBI=0.0113916;REFB=-0.0279879;REVB=-0.011188;RO=22;SAF=16;SAR=19;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302919;STB=0.525062;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0176535;OID=.;OPOS=58001512;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:22:21:35:35:0.625:19:16:11:11:19:16:11:10 chr19 58002964 . G C 646.26 PASS AF=0.438272;AO=71;DP=162;FAO=71;FDP=162;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0419065;FXX=0.00613459;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.9281;QD=15.957;RBI=0.0422947;REFB=0.00110649;REVB=-0.0057172;RO=91;SAF=37;SAR=34;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489359;STB=0.527278;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0012159;OID=.;OPOS=58002964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:91:91:71:71:0.438272:34:37:43:48:34:37:43:48 chr19 58003141 . A G 177.45 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0357175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4819;QD=39.4341;RBI=0.0529503;REFB=0.00870194;REVB=-0.0390896;RO=2;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151283;STB=0.583225;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00643311;OID=.;OPOS=58003141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:5:11:0:2:5:11:0:2 chr19 58003488 . A G 443.25 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0025145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8832;QD=20.1475;RBI=0.0739392;REFB=0.00998753;REVB=0.0738964;RO=44;SAF=14;SAR=30;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687087;STB=0.538177;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00889536;OID=.;OPOS=58003488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:30:14:17:27:30:14:17:27 chr19 58003580 . A G 2305.74 PASS AF=1;AO=151;DP=153;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00712049;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.984;QD=61.0792;RBI=0.0106369;REFB=0;REVB=0.00790207;RO=0;SAF=61;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84104e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.57735e-05;OID=.;OPOS=58003580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:151:0:0:151:151:1:90:61:0:0:90:61:0:0 chr19 58003613 . C T 2351.53 PASS AF=1;AO=141;DP=144;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2262;QD=63.1284;RBI=0.045577;REFB=0;REVB=0.014696;RO=0;SAF=50;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158647;OID=.;OPOS=58003613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:149:0:0:141:149:1:91:50:0:0:93:56:0:0 chr19 58004346 . G C 815.67 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6338;QD=57.2398;RBI=0.0303108;REFB=0;REVB=0.0296632;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288605;OID=.;OPOS=58004346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr19 58004931 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3312;QD=40.7604;RBI=0.154373;REFB=0;REVB=0.148943;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00704159;OID=.;OPOS=58004931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr19 58011420 . C CT 55.77 PASS AF=0.666667;AO=3;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0730862;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=150.504;QD=14.8708;RBI=0.0775744;REFB=-0.0458813;REVB=0.0260038;RO=12;SAF=1;SAR=2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109789;STB=0.540904;STBP=0.749;TYPE=ins;VARB=0.0142457;OID=.;OPOS=58011421;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:3:15:10:15:5:3:7:1:4:31:12:1:2:3:9 chr19 58011421 . G T 53.53 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0442579;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.132;QD=15.2938;RBI=0.0547125;REFB=-0.045809;REVB=0.0321668;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441607;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0157408;OID=.;OPOS=58011421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:15:14:6:7:7:7:0.5:5:2:2:4:5:2:2:5 chr19 58038964 . T A 1509.29 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.6142;QD=57.4967;RBI=0.128612;REFB=-0.0825414;REVB=0.12602;RO=2;SAF=63;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148152;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0035224;OID=.;OPOS=58038964;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:97:105:2:0:95:105:1:32:63:2:0:39:66:0:0 chr19 58058536 . A G 365.1 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.00231039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0235;QD=16.0485;RBI=0.0430374;REFB=-0.0146478;REVB=-0.0429754;RO=52;SAF=17;SAR=22;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940527;STB=0.552819;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0206203;OID=.;OPOS=58058536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:22:17:18:34:22:17:18:34 chr19 58058739 . T C 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0207736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8053;QD=13.6605;RBI=0.0774022;REFB=0.00103907;REVB=-0.0745625;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171752;STB=0.585244;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00370806;OID=.;OPOS=58058739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:21:14:14:0.4:8:6:12:8:8:6:12:9 chr19 58084930 . G A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0456906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.354;QD=7.83723;RBI=0.0456912;REFB=-0.0100946;REVB=0.000224986;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482165;STB=0.794719;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.010439;OID=.;OPOS=58084930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:12:4:5:2:12:4 chr19 58117223 . T A 343.88 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0160624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.104;QD=30.5669;RBI=0.0168106;REFB=-0.0198901;REVB=0.00495922;RO=15;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116659;STB=0.553451;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0117471;OID=.;OPOS=58117223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:15:16:29:29:0.644444:17:12:9:6:17:12:9:7 chr19 58200099 . T C 648.54 PASS AF=0.959184;AO=38;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0357428;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=78.8636;QD=52.9421;RBI=0.0910556;REFB=-0.173365;REVB=0.083747;RO=2;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623306;STB=0.508437;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00333848;OID=.;OPOS=58200099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:49:49:2:2:38:47:0.959184:14:24:0:2:15:32:1:1 chr19 58200628 . G T 729.52 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139043;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0684;QD=63.4369;RBI=0.019176;REFB=0;REVB=-0.0132056;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50227e-06;OID=.;OPOS=58200628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr19 58201360 . C T 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5953;QD=62.6685;RBI=0.00900472;REFB=0;REVB=-0.00793701;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66184e-05;OID=.;OPOS=58201360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr19 58201740 . TACACACAC T 44.71 PASS AF=0.5;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0473824;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=8;MLLD=163.655;QD=12.7752;RBI=0.0479008;REFB=-0.0400287;REVB=-0.0070279;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.65172;STBP=0.317;TYPE=del;VARB=0.0650667;OID=.;OPOS=58201741;OREF=ACACACAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:6:10:7:14:7:5:2:3:4:44:0:4:2:0:0 chr19 58201817 . A G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8323;QD=30.7897;RBI=0.114607;REFB=-0.066644;REVB=0.112455;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286738;STB=0.666169;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00656565;OID=.;OPOS=58201817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:1:0:7:1:1:0 chr19 58202016 . ATTCATTT ATT,ATTC 413.48 PASS AF=1,0;AO=27,3;DP=30;FAO=29,0;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000150679,0.00384683;FXX=0.0333222;HRUN=1,1;LEN=5,4;MLLD=262.208,234.644;QD=57.0319;RBI=0.0378591,0.0310143;REFB=0,0;REVB=0.0378588,0.0307748;RO=0;SAF=15,1;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=3.31923e-05,0;OID=.,.;OPOS=58202017,58202020;OREF=TTCAT,ATTT;OALT=-,-;OMAPALT=ATT,ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:27,3:30:29,0:29:0:15,0:14,0:0:0:4:0:15,1:12,2:0:0 chr19 58213969 . T G 936.08 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0206647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6493;QD=55.8856;RBI=0.0814824;REFB=-0.101041;REVB=0.0788184;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00579919;OID=.;OPOS=58213969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:64:66:0.985075:20:44:0:0:22:44:0:1 chr19 58352522 . G A 696.77 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0181302;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.174;QD=54.6486;RBI=0.082198;REFB=-0.0784532;REVB=0.0801736;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.508768;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0019982;OID=.;OPOS=58352522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:0:1:50:50:0.980392:28:22:0:0:28:22:0:1 chr19 58371136 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.901;QD=61.6837;RBI=0.0298242;REFB=0;REVB=-0.00381962;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166901;OID=.;OPOS=58371136;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr19 58371274 . G T 1277.6 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0361889;FXX=0.0232531;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.531;QD=60.838;RBI=0.0364159;REFB=0.0186596;REVB=-0.00405953;RO=1;SAF=31;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150318;STB=0.507935;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-2.42855e-05;OID=.;OPOS=58371274;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:84:1:1:83:83:0.988095:52:31:1:0:52:31:1:0 chr19 58371593 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0853519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.709;QD=46.8475;RBI=0.09367;REFB=0;REVB=0.0385891;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016763;OID=.;OPOS=58371593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr19 58386038 . C T 820.03 PASS AF=0.983051;AO=59;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0077688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.993;QD=55.5951;RBI=0.0203526;REFB=-0.0584689;REVB=-0.0188116;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.509801;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00034101;OID=.;OPOS=58386038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:59:58:0.983051:26:33:0:0:25:33:0:1 chr19 58420152 . C A 746.6 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.26;QD=62.2166;RBI=0.032473;REFB=0;REVB=0.0303923;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101771;OID=.;OPOS=58420152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:23:25:0:0 chr19 58420162 . T C 736.25 PASS AF=0.96;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00947747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.709;QD=58.9002;RBI=0.053383;REFB=-0.0636457;REVB=0.0525349;RO=2;SAF=29;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947167;STB=0.504346;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00139339;OID=.;OPOS=58420162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:50:2:2:47:48:0.96:18:29:1:1:19:29:1:1 chr19 58420167 . T C 754.62 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000884419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.177;QD=54.8813;RBI=0.0153125;REFB=-0.0467467;REVB=0.0152869;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.511624;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000267904;OID=.;OPOS=58420167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:21:33:0:0:21:33:0:1 chr19 58420699 . C A 1019.82 PASS AF=1;AO=44;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.651;QD=59.9895;RBI=0.0886887;REFB=0;REVB=0.0680523;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457426;OID=.;OPOS=58420699;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:44:68:1:25:19:0:0:27:41:0:0 chr19 58421128 . C T 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00978982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.971;QD=24.3281;RBI=0.0134797;REFB=-0.0170891;REVB=-0.00926621;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145918;STB=0.583115;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00117557;OID=.;OPOS=58421128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:2:0:2:5:2:0 chr19 58438116 . C T 278.82 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00655981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7722;QD=21.8685;RBI=0.0091176;REFB=-0.0228384;REVB=-0.00633242;RO=23;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176448;STB=0.509797;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0183549;OID=.;OPOS=58438116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:14:14:11:12:14:14:11:12 chr19 58453342 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.595;QD=63.872;RBI=0.0353333;REFB=0;REVB=0.0333269;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23412e-05;OID=.;OPOS=58453342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr19 58455381 . C T 1032.61 PASS AF=1;AO=54;DP=65;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.647;QD=59.8617;RBI=0.118768;REFB=0;REVB=0.00402462;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278192;OID=.;OPOS=58455381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:69:0:0:54:69:1:36:18:0:0:38:31:0:0 chr19 58549366 . C G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00425045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.358;QD=23.2183;RBI=0.0933541;REFB=-0.00895186;REVB=0.0932573;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00632905;OID=.;OPOS=58549366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr19 58549593 . C G 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0390256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0033;QD=12.1814;RBI=0.137616;REFB=0.0206282;REVB=0.131966;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341696;STB=0.726777;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0247738;OID=.;OPOS=58549593;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:2:8:7:7:2:8:7:8 chr19 58572959 . G A 611.97 PASS AF=0.613636;AO=54;DP=90;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.000431571;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.681;QD=27.8168;RBI=0.0330299;REFB=-0.00396875;REVB=0.0330271;RO=34;SAF=28;SAR=26;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028675;STB=0.515606;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00258461;OID=.;OPOS=58572959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:34:34:54:54:0.613636:26:28:19:15:26:28:19:15 chr19 58572979 . G A 861.23 PASS AF=0.674157;AO=59;DP=89;FAO=60;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00547867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7526;QD=38.7068;RBI=0.00547923;REFB=-0.0689472;REVB=-7.85234e-05;RO=12;SAF=31;SAR=28;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13931;STB=0.563116;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0201198;OID=.;OPOS=58572979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:89:89:12:15:59:60:0.674157:28:31:1:11:29:31:3:12 chr19 58581572 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00905104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.696;QD=15.8821;RBI=0.036038;REFB=-0.0149406;REVB=0.0348829;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185184;STB=0.608469;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0161058;OID=.;OPOS=58581572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:5:5:7:3:5:5 chr19 58600048 . C T 68.64 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0138707;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.261;QD=12.4799;RBI=0.0334002;REFB=-0.0369448;REVB=-0.0303838;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379034;STB=0.777253;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0678289;OID=.;OPOS=58600048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:23:22:7:13:8:9:0.409091:2:6:2:5:3:6:2:11 chr19 58718360 . A AG 244.56 PASS AF=1;AO=20;DP=25;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.2599;QD=42.5313;RBI=0.141917;REFB=0;REVB=-0.0281712;RO=4;SAF=8;SAR=12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315344;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00596402;OID=.;OPOS=58718361;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:25:23:23:0:8:15:0:0:5:4:8:12:2:2 chr19 58774071 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.988;QD=51.1845;RBI=0.0430773;REFB=0;REVB=0.0243879;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395917;OID=.;OPOS=58774071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr19 58790675 . T C 651.6 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.667;QD=62.057;RBI=0.0509388;REFB=0;REVB=-0.00355792;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173047;OID=.;OPOS=58790675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:40:42:1:27:13:0:0:27:15:0:0 chr19 58790713 . G C 468.55 PASS AF=1;AO=25;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.7369;QD=56.7944;RBI=0.135644;REFB=0;REVB=-0.0116566;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00617311;OID=.;OPOS=58790713;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:25:33:1:17:8:0:0:19:14:0:0 chr19 58806083 . T C 368.06 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0352734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.867;QD=29.4445;RBI=0.0383095;REFB=-0.0156667;REVB=-0.0149466;RO=18;SAF=24;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263177;STB=0.6384;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00812817;OID=.;OPOS=58806083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:19:31:31:0.62:7:24:8:10:7:24:9:10 chr19 58864479 . T C 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0623547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6155;QD=62.3473;RBI=0.0686449;REFB=0;REVB=0.0287057;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291876;OID=.;OPOS=58864479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr19 58870087 . TG GT,T 635.15 PASS AF=0,1;AO=2,44;DP=51;FAO=0,48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230908,0.0416732;FXX=0.058812;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=5.25549,20.8302;QD=52.9289;RBI=0.0242043,0.0416816;REFB=0,0;REVB=-0.00725703,-0.000834747;RO=0;SAF=2,19;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0.445813;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.00142703;OID=.,.;OPOS=58870087,58870088;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:51:48:0:0:2,44:0,48:0,1:0,25:2,19:0:0:0,25:0,23:0:0 chr19 58898193 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.717;QD=50.4133;RBI=0.0184351;REFB=0;REVB=0.00919135;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193076;OID=.;OPOS=58898193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr19 58928302 . T C 912.85 PASS AF=1;AO=46;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0494;QD=57.9586;RBI=0.179893;REFB=0;REVB=0.179039;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217042;OID=.;OPOS=58928302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:46:63:1:13:33:0:0:30:33:0:0 chr19 58928786 . A G 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.167;QD=60.8833;RBI=0.0772839;REFB=0;REVB=0.0161776;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119017;OID=.;OPOS=58928786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr19 58929052 . G A 320.26 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9479;QD=53.3762;RBI=0.119911;REFB=0;REVB=0.032811;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00396055;OID=.;OPOS=58929052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:21:24:1:13:8:0:0:14:10:0:0 chr19 58929136 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0835931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.229;QD=39.2041;RBI=0.108846;REFB=0;REVB=0.0697108;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00966179;OID=.;OPOS=58929136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr19 58945961 . AC A,AT 365.39 PASS AF=0.392857,0.607143;AO=10,17;DP=27;FAO=11,17;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=9,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189779,-0.0055447;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.961,177.105;QD=52.1985;RBI=0.0130973,0.0148217;REFB=0,0;REVB=0.012959,0.0137455;RO=0;SAF=1,10;SAR=9,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.8593e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0179927,0.00561225;OID=.,.;OPOS=58945962,58945962;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.392857,0.607143:10,17:27:11,17:28:0:2,9:9,8:0:0:34:0:1,10:9,7:0:0 chr19 58946056 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499409;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.877;QD=48.7373;RBI=0.0508832;REFB=0;REVB=0.00974693;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035971;OID=.;OPOS=58946056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr19 58951123 . T C 1512.17 PASS AF=0.990385;AO=101;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0084931;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.371;QD=58.1603;RBI=0.0302301;REFB=-0.0691532;REVB=0.0290125;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.504347;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00108405;OID=.;OPOS=58951123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:101:103:0.990385:46:55:0:0:46:57:1:0 chr19 58966644 . A T 206.58 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.03076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.05;QD=11.0178;RBI=0.030762;REFB=0.000557678;REVB=0.000351757;RO=49;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149776;STB=0.586602;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00103445;OID=.;OPOS=58966644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:49:26:26:0.346667:13:13:18:31:13:13:18:31 chr19 58969179 . C A 99.22 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00790542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.338;QD=14.6986;RBI=0.0111239;REFB=-0.00859909;REVB=0.0078259;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141797;STB=0.555464;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00345388;OID=.;OPOS=58969179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:15:15:11:12:0.444444:5:6:6:9:6:6:6:9 chr19 58982384 . A G 847.59 PASS AF=0.983607;AO=47;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0716479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.489;QD=55.5796;RBI=0.0741962;REFB=0.0144897;REVB=0.0192783;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171015;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000207633;OID=.;OPOS=58982384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:47:60:0.983607:27:20:0:1:27:33:0:1 chr19 58989495 . A C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0293422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.22;QD=12.4823;RBI=0.0296687;REFB=-0.0162623;REVB=0.00438951;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256991;STB=0.651918;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0161817;OID=.;OPOS=58989495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:11:8:8:4:11:8 chr19 58991900 . G A 646.28 PASS AF=0.396739;AO=73;DP=185;FAO=73;FDP=184;FR=.;FRO=111;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=-0.0143808;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.856;QD=14.0495;RBI=0.0201382;REFB=-0.0185373;REVB=-0.0140976;RO=110;SAF=38;SAR=35;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219685;STB=0.509684;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0267471;OID=.;OPOS=58991900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:110:111:73:73:0.396739:35:38:55:55:35:38:56:55 chr19 59082605 . C T 229.34 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=5;FWDB=0.0187248;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.055;QD=16.094;RBI=0.033873;REFB=-0.0236989;REVB=0.0282269;RO=30;SAF=19;SAR=7;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133535;STB=0.580055;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0289133;OID=.;OPOS=59082605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:7:19:25:5:7:19:26:5 chr20 76962 . T C 188.45 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.00914317;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.851;QD=10.9248;RBI=0.00920608;REFB=-0.025027;REVB=-0.00107437;RO=46;SAF=18;SAR=6;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474688;STB=0.532682;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0403543;OID=.;OPOS=76962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:46:45:24:24:0.347826:6:18:33:13:6:18:32:13 chr20 126310 . ACC A 1171.38 PASS AF=1;AO=87;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103285;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=32.6448;QD=49.3214;RBI=0.0972838;REFB=0;REVB=0.0967339;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000362462;OID=.;OPOS=126311;OREF=CC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:87:94:95:95:0:40:55:0:0:21:0:37:50:0:0 chr20 139456 . G A 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6495;QD=59.8361;RBI=0.0609646;REFB=0;REVB=0.0389907;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131753;OID=.;OPOS=139456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr20 139576 . C A 734.97 PASS AF=1;AO=42;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2208;QD=56.5358;RBI=0.0611429;REFB=0;REVB=0.0260433;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107441;OID=.;OPOS=139576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:42:52:1:23:19:0:0:24:28:0:0 chr20 139577 . G A 35.41 PASS AF=0.188679;AO=9;DP=52;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.107701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4041;QD=2.67221;RBI=0.109117;REFB=-0.0139477;REVB=-0.0175203;RO=43;SAF=8;SAR=1;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.559697;STB=0.888516;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.109693;OID=.;OPOS=139577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:52:53:43:43:9:10:0.188679:1:8:19:24:1:9:19:24 chr20 170198 . T C 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0145733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.006;QD=18.0733;RBI=0.0410845;REFB=-0.0114334;REVB=0.038413;RO=30;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506845;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00973984;OID=.;OPOS=170198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:18:12:12:18:18:12:12:19 chr20 210061 . G A 363.25 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0111371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.872;QD=18.1625;RBI=0.0122824;REFB=-0.0278279;REVB=-0.0051791;RO=42;SAF=12;SAR=26;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139495;STB=0.57815;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0180765;OID=.;OPOS=210061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:26:12:19:23:26:12:19:23 chr20 210306 . C G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.035592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.521;QD=18.8204;RBI=0.03621;REFB=-0.0146816;REVB=0.00666145;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793454;STB=0.545379;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00923092;OID=.;OPOS=210306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:6:6:6:4:6:6:6:4 chr20 238435 . CTGGTCT C 393.02 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269903;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=308.554;QD=56.1461;RBI=0.038001;REFB=0;REVB=0.0267507;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000154011;OID=.;OPOS=238436;OREF=TGGTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:27:28:28:0:7:21:0:0:4:0:7:20:0:0 chr20 256727 . T A,G 799.22 PASS AF=0.982456,0.0175439;AO=55,2;DP=57;FAO=56,1;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=42,0;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306254,-0.00973891;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.071,31.841;QD=56.0855;RBI=0.0348299,0.0720226;REFB=0,0;REVB=0.0165895,-0.0713611;RO=0;SAF=42,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.70796e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00191489,0.0164853;OID=.,.;OPOS=256727,256727;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:57:57:0:0:55,2:56,1:0.982456,0.0175439:13,2:42,0:0:0:14,1:42,0:0:0 chr20 257733 . A G 740.75 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011706;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.08;QD=56.9804;RBI=0.0216311;REFB=0;REVB=0.0181899;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110464;OID=.;OPOS=257733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:1:0:52:52:1:23:29:0:1:23:29:0:0 chr20 259969 . G C 2220.67 PASS AF=1;AO=141;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.721;QD=62.1166;RBI=0.0352559;REFB=-0.096563;REVB=-0.00143243;RO=1;SAF=48;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00980223;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000719752;OID=.;OPOS=259969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:143:143:1:0:141:143:1:93:48:1:0:94:49:0:0 chr20 271225 . T A 62.17 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324016;FXX=0;HRUN=21;LEN=1;MLLD=35.2908;QD=35.524;RBI=0.0484427;REFB=0;REVB=-0.0360115;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299137;OID=.;OPOS=271225;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:3:4:0:0 chr20 278806 . C T 171.17 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00196121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.663;QD=17.5555;RBI=0.0326274;REFB=-0.0100068;REVB=0.0325685;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157753;STB=0.589647;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0127013;OID=.;OPOS=278806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:14:7:9:9:14:7 chr20 279483 . T C 174.08 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0320745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.466;QD=19.3422;RBI=0.0321829;REFB=-0.0134049;REVB=-0.00263999;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564227;STB=0.53188;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0188779;OID=.;OPOS=279483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:12:6:5:13:12:6:5:13 chr20 371972 . T C 1771.46 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109539;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7171;QD=61.0849;RBI=0.0139299;REFB=0;REVB=0.00860555;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117606;OID=.;OPOS=371972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:56:59:0:0:57:59:0:0 chr20 376857 . G A 363.53 PASS AF=0.475;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00474988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.278;QD=18.1765;RBI=0.0862337;REFB=-0.00520866;REVB=0.0861027;RO=42;SAF=26;SAR=11;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658428;STB=0.524651;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00537617;OID=.;OPOS=376857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:42:42:37:38:0.475:11:26:27:15:12:26:27:15 chr20 377226 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167642;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.133;QD=57.6807;RBI=0.0386638;REFB=0;REVB=0.0348403;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129463;OID=.;OPOS=377226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr20 397940 . C T 437.93 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00577168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.581;QD=21.6262;RBI=0.0215415;REFB=-0.00355995;REVB=-0.0207539;RO=38;SAF=19;SAR=24;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07204;STB=0.539774;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0035496;OID=.;OPOS=397940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:24:19:20:18:24:19:20:18 chr20 642325 . G A 150.89 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00889617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.018;QD=12.574;RBI=0.0414462;REFB=-0.00477731;REVB=0.0404801;RO=31;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282853;STB=0.665667;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00856161;OID=.;OPOS=642325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:6:11:12:19:6:11:12:19 chr20 741847 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.592;QD=63.5828;RBI=0.0490173;REFB=0;REVB=-0.0355554;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.67171e-06;OID=.;OPOS=741847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr20 744570 . G A 2690.53 PASS AF=0.967213;AO=177;DP=183;FAO=177;FDP=183;FR=.;FRO=6;FSAF=120;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0169548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.749;QD=58.8094;RBI=0.0412205;REFB=-0.062375;REVB=0.0375722;RO=1;SAF=120;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0039508;STB=0.506649;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000541191;OID=.;OPOS=744570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:183:183:1:6:177:177:0.967213:57:120:1:0:57:120:3:3 chr20 825678 . T C 670.08 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.013;QD=62.3333;RBI=0.0315578;REFB=0;REVB=-0.00188592;RO=0;SAF=33;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153516;OID=.;OPOS=825678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:10:33:0:0:10:33:0:0 chr20 826513 . C G 177.22 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.000964522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6766;QD=12.222;RBI=0.0197066;REFB=0.00348981;REVB=-0.019683;RO=36;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179977;STB=0.603358;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00576878;OID=.;OPOS=826513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:11:11:12:24:11:11:12:24 chr20 826666 . G T 195.83 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00519265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.403;QD=17.8024;RBI=0.0113742;REFB=-0.0120311;REVB=0.0101197;RO=23;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221978;STB=0.639278;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0140793;OID=.;OPOS=826666;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:6:14:11:12:6:14:11:13 chr20 854940 . T C 43.42 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0778095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4225;QD=6.43193;RBI=0.0787003;REFB=-0.0203922;REVB=0.0118078;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308427;STB=0.693379;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0558365;OID=.;OPOS=854940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:20:20:7:7:0.259259:4:3:14:6:4:3:14:6 chr20 1099523 . T G 1033.16 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.003;QD=58.206;RBI=0.0230169;REFB=-0.0814065;REVB=0.0118954;RO=1;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122803;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248956;OID=.;OPOS=1099523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:71:1:0:70:71:1:38:32:0:1:39:32:0:0 chr20 1285933 . G A 1452.69 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0174534;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.818;QD=59.9048;RBI=0.0255744;REFB=-0.0980486;REVB=0.0186929;RO=2;SAF=58;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488306;STB=0.50924;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000851987;OID=.;OPOS=1285933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:97:97:2:3:94:94:0.969072:36:58:1:1:36:58:1:2 chr20 1293247 . C T 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.746;QD=58.0581;RBI=0.063188;REFB=0;REVB=0.013431;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295529;OID=.;OPOS=1293247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr20 1298794 . G A 698.45 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0163047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.087;QD=60.735;RBI=0.0195114;REFB=-0.021254;REVB=-0.0107169;RO=1;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025391;STB=0.513507;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00170655;OID=.;OPOS=1298794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:46:1:1:45:45:0.978261:18:27:0:1:18:27:0:1 chr20 1350709 . T C 302.44 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00306334;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.709;QD=19.2027;RBI=0.00388354;REFB=-0.00657609;REVB=-0.00238702;RO=29;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886822;STB=0.539658;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00458469;OID=.;OPOS=1350709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:31:31:32:0.507937:16:15:17:12:16:16:18:13 chr20 1424303 . G A 780.48 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0198613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.024;QD=54.7703;RBI=0.021181;REFB=-0.0455489;REVB=-0.00735978;RO=1;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254644;STB=0.513509;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00406665;OID=.;OPOS=1424303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:18:37:0:1:18:38:0:1 chr20 1426393 . C T 2166.23 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.43;QD=62.7891;RBI=0.0598014;REFB=0;REVB=-0.00678116;RO=0;SAF=84;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102365;OID=.;OPOS=1426393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:137:138:1:53:84:0:0:53:85:0:0 chr20 1457910 . C A 618.77 PASS AF=0.576923;AO=60;DP=104;FAO=60;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00689342;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.246;QD=23.7989;RBI=0.00853089;REFB=-0.0234308;REVB=-0.00502562;RO=44;SAF=16;SAR=44;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205664;STB=0.612863;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0127148;OID=.;OPOS=1457910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:44:44:60:60:0.576923:44:16:22:22:44:16:22:22 chr20 1459060 . T G 915.26 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.054;QD=58.1119;RBI=0.0547238;REFB=0;REVB=0.0526391;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105319;OID=.;OPOS=1459060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:24:38:0:0:24:39:0:0 chr20 1532595 . T C 1465.27 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=105;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0168778;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.778;QD=56.3564;RBI=0.0194791;REFB=-0.00544764;REVB=0.00972497;RO=2;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182392;STB=0.514283;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.000158709;OID=.;OPOS=1532595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:104:2:3:101:101:0.971154:51:50:0:2:51:50:0:3 chr20 1546911 . C G 336.9 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.896;QD=53.904;RBI=0.041306;REFB=0;REVB=-0.0253262;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79999e-05;OID=.;OPOS=1546911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:10:15:0:0 chr20 1551485 . C T 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7792;QD=57.3844;RBI=0.0455867;REFB=0;REVB=-0.0376315;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116001;OID=.;OPOS=1551485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr20 1552430 . T C 4108.84 PASS AF=1;AO=262;DP=263;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217059;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.595;QD=62.2551;RBI=0.0291243;REFB=0.0266462;REVB=0.0290433;RO=0;SAF=143;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34677e-05;OID=.;OPOS=1552430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:263:264:0:0:262:264:1:119:143:0:0:120:144:0:0 chr20 1559101 . T G 4863.72 PASS AF=1;AO=312;DP=314;FAO=313;FDP=313;FR=.;FRO=0;FSAF=169;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513859;FXX=0.00318461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.972;QD=62.1561;RBI=0.0197722;REFB=0.0504271;REVB=0.0190928;RO=1;SAF=168;SAR=144;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0028309;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43427e-06;OID=.;OPOS=1559101;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:314:313:1:0:312:313:1:144:168:1:0:144:169:0:0 chr20 1592215 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4627;QD=37.4882;RBI=0.171438;REFB=0;REVB=0.167646;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0146944;OID=.;OPOS=1592215;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr20 1592265 . A G 137.49 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0690654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2838;QD=39.2832;RBI=0.0776727;REFB=-0.023719;REVB=-0.0355389;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603742;STB=0.533282;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0371253;OID=.;OPOS=1592265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:7:6:0:1:7:6:0:1 chr20 1592284 . G A 160.24 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00396186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.24;QD=45.7834;RBI=0.0541287;REFB=0;REVB=0.0539835;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729909;OID=.;OPOS=1592284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr20 1592312 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.767;QD=40.7584;RBI=0.0604372;REFB=0;REVB=0.0071095;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000968452;OID=.;OPOS=1592312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr20 1610894 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.122;QD=51.1835;RBI=0.0172921;REFB=0;REVB=0.00724517;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51081e-05;OID=.;OPOS=1610894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr20 1610939 . G A 167.48 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.583;QD=41.8694;RBI=0.0259454;REFB=-0.102083;REVB=-0.0216978;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607183;STB=0.533289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00175946;OID=.;OPOS=1610939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:8:7:1:0:8:7:1:0 chr20 1615959 . T C 1609.95 PASS AF=1;AO=107;DP=111;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252631;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.938;QD=59.0806;RBI=0.0321155;REFB=-0.0712739;REVB=0.0198288;RO=1;SAF=54;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088714;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324791;OID=.;OPOS=1615959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:111:109:1:0:107:109:1:53:54:0:1:54:55:0:0 chr20 1616137 . G A 2656.6 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.886;QD=61.7815;RBI=0.0660289;REFB=0;REVB=-0.0408347;RO=0;SAF=87;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92111e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109555;OID=.;OPOS=1616137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:172:0:0:169:172:1:82:87:0:0:84:88:0:0 chr20 1616206 . A G 1921.43 PASS AF=1;AO=121;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106644;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.825;QD=61.4856;RBI=0.0151519;REFB=0;REVB=-0.0107635;RO=0;SAF=59;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76546e-05;OID=.;OPOS=1616206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:121:125:1:62:59:0:0:64:61:0:0 chr20 1616892 . A G 3157.68 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234433;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.684;QD=64.1153;RBI=0.023487;REFB=0;REVB=0.00143216;RO=0;SAF=111;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25155e-05;OID=.;OPOS=1616892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:197:0:0:197:197:1:86:111:0:0:86:111:0:0 chr20 1895889 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3524;QD=37.4884;RBI=0.0905131;REFB=0;REVB=-0.0877662;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00777434;OID=.;OPOS=1895889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr20 1895950 . CCT GTC 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025892;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=238.544;QD=50.4135;RBI=0.0269486;REFB=0;REVB=0.00747204;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000165987;OID=.;OPOS=1895950;OREF=CCT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr20 1895963 . A G 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00752215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.777;QD=49.3981;RBI=0.016583;REFB=-0.0333464;REVB=0.0147788;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342828;STB=0.518502;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000191384;OID=.;OPOS=1895963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:13:10:0:1:13:10:0:1 chr20 1895965 . C A 316.8 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.708;QD=52.7995;RBI=0.190681;REFB=0;REVB=0.137127;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00412281;OID=.;OPOS=1895965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr20 1895984 . C A 468.92 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000880773;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.226;QD=58.6147;RBI=0.00449213;REFB=0;REVB=-0.00440493;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6082e-05;OID=.;OPOS=1895984;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr20 1895990 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.819;QD=59.4356;RBI=0.0149381;REFB=0;REVB=-0.0103483;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24467e-06;OID=.;OPOS=1895990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr20 1896051 . CCGA C 545.31 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012632;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=341.82;QD=47.4181;RBI=0.0126536;REFB=0;REVB=-0.000738984;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.576471;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.34041e-05;OID=.;OPOS=1896052;OREF=CGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:46:46:46:0:28:18:0:0:10:0:28:18:0:0 chr20 1896059 . GT AC 733.58 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513904;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.057;QD=63.7894;RBI=0.00774072;REFB=0;REVB=0.0057887;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00043495;OID=.;OPOS=1896059;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr20 1896100 . C T 709.65 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0234726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.181;QD=54.5885;RBI=0.0566175;REFB=0.0392395;REVB=0.0515226;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165215;STB=0.508768;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000298019;OID=.;OPOS=1896100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:23:28:1:0:23:28:1:0 chr20 1920048 . A G 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.093639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5758;QD=2.43214;RBI=0.100867;REFB=0.00520618;REVB=-0.0374965;RO=52;SAF=6;SAR=1;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528711;STB=0.882933;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0305277;OID=.;OPOS=1920048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:52:52:7:7:0.118644:1:6:20:32:1:6:20:32 chr20 1959939 . G A 1443.04 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0298317;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.213;QD=62.0663;RBI=0.0299569;REFB=-0.140814;REVB=0.00273588;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000398838;OID=.;OPOS=1959939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:93:0:1:92:92:0.989247:51:41:0:0:51:41:0:1 chr20 2082767 . G A 160.26 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3522;QD=45.7892;RBI=0.0704166;REFB=0;REVB=0.0557657;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00401671;OID=.;OPOS=2082767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr20 2097688 . T C 767.42 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.446;QD=56.8455;RBI=0.0471709;REFB=0;REVB=0.0432005;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73289e-05;OID=.;OPOS=2097688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:18:33:0:0:19:35:0:0 chr20 2127684 . C T 2240.03 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229777;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0946;QD=59.3385;RBI=0.0232283;REFB=-0.0210699;REVB=0.00340288;RO=1;SAF=79;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0059827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000752977;OID=.;OPOS=2127684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:149:151:1:0:148:151:1:69:79:1:0:70:81:0:0 chr20 2127930 . C T 786.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0518;QD=64.1963;RBI=0.096566;REFB=0;REVB=0.0920661;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158447;OID=.;OPOS=2127930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:33:15:0:0:34:15:0:0 chr20 2290333 . C A 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0708975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.066;QD=26.4612;RBI=0.0714431;REFB=-0.0312024;REVB=0.0088127;RO=18;SAF=7;SAR=19;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582326;STB=0.532302;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0197806;OID=.;OPOS=2290333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:19:7:6:12:19:7:6:12 chr20 2321105 . G C 1757.38 PASS AF=0.959677;AO=119;DP=124;FAO=119;FDP=124;FR=.;FRO=5;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0137373;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.564;QD=56.6897;RBI=0.0222178;REFB=0.0265651;REVB=-0.0174618;RO=3;SAF=66;SAR=53;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104426;STB=0.5063;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000380554;OID=.;OPOS=2321105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:124:124:3:5:119:119:0.959677:53:66:1:2:53:66:2:3 chr20 2375262 . A G 492.42 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00686848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.903;QD=20.0987;RBI=0.0127409;REFB=0.00277452;REVB=-0.010731;RO=50;SAF=19;SAR=29;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11603;STB=0.564419;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00297793;OID=.;OPOS=2375262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:29:19:26:24:29:19:26:24 chr20 2380323 . G A 187.41 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.045605;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.3711;QD=15.299;RBI=0.136097;REFB=-0.0563409;REVB=-0.128228;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136077;STB=0.5479;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0661951;OID=.;OPOS=2380323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:17:28:21:21:0.428571:11:10:11:6:11:10:11:17 chr20 2398017 . G A 937.02 PASS AF=0.608696;AO=81;DP=129;FAO=84;FDP=138;FR=.;FRO=54;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00306189;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.411;QD=27.1599;RBI=0.0300622;REFB=-0.0512334;REVB=0.0299058;RO=48;SAF=55;SAR=26;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118705;STB=0.518487;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0269854;OID=.;OPOS=2398017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:138:48:54:81:84:0.608696:26:55:25:23:32:52:31:23 chr20 2539387 . G A 737.08 PASS AF=1;AO=34;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1086;QD=57.8101;RBI=0.281763;REFB=0;REVB=0.276324;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00439861;OID=.;OPOS=2539387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:34:51:1:14:20:0:0:31:20:0:0 chr20 2618140 . T C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.69;QD=64.1516;RBI=0.0164465;REFB=0;REVB=0.0150609;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12422e-05;OID=.;OPOS=2618140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr20 2621998 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00360481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.557;QD=53.9112;RBI=0.00708636;REFB=0;REVB=0.00610097;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32656e-06;OID=.;OPOS=2621998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr20 2633936 . T C 340.78 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00397371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.603;QD=15.668;RBI=0.017803;REFB=-0.0264059;REVB=0.0173538;RO=50;SAF=30;SAR=7;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317762;STB=0.681708;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0278211;OID=.;OPOS=2633936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:7:30:28:22:7:30:28:22 chr20 2636326 . A G 430.37 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0287431;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.455;QD=24.9491;RBI=0.0417154;REFB=-0.0211468;REVB=-0.0302326;RO=28;SAF=22;SAR=19;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798991;STB=0.543764;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00814441;OID=.;OPOS=2636326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:28:28:41:41:0.594203:19:22:12:16:19:22:12:16 chr20 2637071 . T C 262.68 PASS AF=0.585366;AO=23;DP=40;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.00967856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.229;QD=25.6275;RBI=0.0179591;REFB=0.00118031;REVB=-0.015128;RO=17;SAF=11;SAR=12;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235304;STB=0.634043;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.000783167;OID=.;OPOS=2637071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:17:17:23:24:0.585366:12:11:3:14:12:12:3:14 chr20 2644407 . C G 253.92 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00846197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7565;QD=21.6105;RBI=0.033764;REFB=-0.0433324;REVB=-0.0326864;RO=23;SAF=18;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348987;STB=0.670437;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0286922;OID=.;OPOS=2644407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:23:23:24:0.510638:5:18:10:13:6:18:10:13 chr20 2739583 . T C 288.97 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.010695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2451;QD=18.949;RBI=0.0118385;REFB=-0.0397663;REVB=-0.00507607;RO=29;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309654;STB=0.508469;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0422718;OID=.;OPOS=2739583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:30:31:31:0.508197:16:15:13:16:16:15:14:16 chr20 2778834 . G A 87.82 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00412055;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.405;QD=12.546;RBI=0.0176251;REFB=-0.00623851;REVB=0.0171367;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345893;STB=0.507029;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0131878;OID=.;OPOS=2778834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:28:18:17:11:11:0.392857:7:4:6:12:7:4:6:11 chr20 2797015 . G A 257.62 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0204198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.855;QD=23.4202;RBI=0.0246235;REFB=-0.0208445;REVB=0.0137604;RO=19;SAF=16;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234572;STB=0.648465;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0297431;OID=.;OPOS=2797015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:20:23:24:0.545455:7:16:8:11:7:17:8:12 chr20 2840773 . C T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00591362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.674;QD=17.9406;RBI=0.0133429;REFB=-0.0206515;REVB=0.0119608;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675074;STB=0.538421;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0193915;OID=.;OPOS=2840773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:12:10:10:9:12:10 chr20 2840929 . G A 576.92 PASS AF=0.557895;AO=50;DP=92;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0393853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5403;QD=24.2913;RBI=0.0875034;REFB=-0.0171481;REVB=0.0781386;RO=42;SAF=26;SAR=24;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00316803;STB=0.501991;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0148329;OID=.;OPOS=2840929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:42:42:50:53:0.557895:24:26:22:20:25:28:22:20 chr20 2844911 . C T 116.32 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0413378;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.637;QD=10.8202;RBI=0.0417235;REFB=-0.0328393;REVB=0.00565992;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816695;STB=0.53686;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.056531;OID=.;OPOS=2844911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:30:29:14:14:0.325581:8:6:15:15:8:6:14:15 chr20 2996497 . C T 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00147643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.523;QD=12.8966;RBI=0.0354619;REFB=-0.0120027;REVB=-0.0354311;RO=30;SAF=12;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237355;STB=0.639828;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0244497;OID=.;OPOS=2996497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:5:12:15:15:5:12:15:15 chr20 3005207 . G A 197.84 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0226371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6032;QD=21.3883;RBI=0.0261267;REFB=-0.0668519;REVB=0.0130448;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405079;STB=0.522705;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0237334;OID=.;OPOS=3005207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:8:12:11:6:8:12:11:6 chr20 3008448 . C T 243.33 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0402639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.249;QD=12.8069;RBI=0.0532125;REFB=-0.0124957;REVB=-0.0347906;RO=46;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170556;STB=0.603162;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0263751;OID=.;OPOS=3008448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:47:29:29:0.381579:13:16:18:28:13:16:18:29 chr20 3018782 . G A 289.6 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.0273448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8256;QD=18.9902;RBI=0.0283255;REFB=0.0120732;REVB=-0.0073886;RO=30;SAF=7;SAR=24;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332803;STB=0.518507;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00917422;OID=.;OPOS=3018782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:24:7:6:24:24:7:6:24 chr20 3018839 . T A 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00226014;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.134;QD=14.6688;RBI=0.00229033;REFB=-0.0117374;REVB=-0.000370677;RO=32;SAF=7;SAR=17;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127291;STB=0.50724;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0170612;OID=.;OPOS=3018839;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:17:7:9:23:17:7:9:23 chr20 3025107 . C T 606.97 PASS AF=0.872727;AO=48;DP=55;FAO=48;FDP=55;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0988854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6078;QD=44.1429;RBI=0.0988867;REFB=-0.0605878;REVB=-0.000508622;RO=7;SAF=26;SAR=22;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762414;STB=0.54069;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0073549;OID=.;OPOS=3025107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:7:7:48:48:0.872727:22:26:6:1:22:26:6:1 chr20 3026345 . A AGCCCC,AGGCCCCG 79.14 PASS AF=0.466667,0.2;AO=5,2;DP=18;FAO=7,3;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0;FSAR=7,3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00586261,-0.00655701;FXX=0.062461;HRUN=1,1;LEN=5,7;MLLD=155.378,161.359;QD=21.1037;RBI=0.00613166,0.00771907;REFB=-0.027003,-0.0288964;REVB=0.00179639,0.00407305;RO=9;SAF=0,0;SAR=5,2;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.663036,-0.476258;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00785591,0.0356074;OID=.,.;OPOS=3026346,3026346;OREF=-,-;OALT=GCCCC,GGCCCCG;OMAPALT=AGCCCC,AGGCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667,0.2:5,2:18:7,3:15:5:0,0:7,3:0:5:36:9:0,0:5,2:1:8 chr20 3172246 . A C 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0102164;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.635;QD=16.7848;RBI=0.0118071;REFB=0.00825704;REVB=0.00591889;RO=33;SAF=21;SAR=8;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129949;STB=0.573419;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00890357;OID=.;OPOS=3172246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:8:21:20:13:8:21:20:13 chr20 3193842 . C A 215.75 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0212841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9507;QD=15.1401;RBI=0.0217171;REFB=0.0031139;REVB=-0.00431518;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266217;STB=0.657413;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00509378;OID=.;OPOS=3193842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:32:25:25:0.438596:10:15:10:21:10:15:10:22 chr20 3193978 . G A 551.43 PASS AF=0.579545;AO=52;DP=89;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0158422;FXX=0.0112347;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.5134;QD=25.0649;RBI=0.0730254;REFB=-0.0347077;REVB=0.0712863;RO=37;SAF=30;SAR=22;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190634;STB=0.610037;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0320482;OID=.;OPOS=3193978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:37:37:52:51:0.579545:22:30:12:25:21:30:12:25 chr20 3204084 . G A 634.76 PASS AF=0.44;AO=63;DP=148;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.0174272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7562;QD=16.9269;RBI=0.0425122;REFB=-0.0194814;REVB=0.038776;RO=82;SAF=40;SAR=23;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140733;STB=0.581793;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0239043;OID=.;OPOS=3204084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:82:84:63:66:0.44:23:40:41:41:23:43:43:41 chr20 3214581 . C T 246.67 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00504565;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0388;QD=23.4922;RBI=0.0133276;REFB=-0.000595782;REVB=0.0123356;RO=19;SAF=18;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408352;STB=0.729517;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00253118;OID=.;OPOS=3214581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:5:18:6:13:5:18:6:13 chr20 3285140 . T C 523.74 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0491828;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0942;QD=59.8556;RBI=0.0844751;REFB=0;REVB=0.0686812;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001989;OID=.;OPOS=3285140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:22:12:0:0:23:12:0:0 chr20 3564672 . C T 717.21 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0116099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.853;QD=51.229;RBI=0.0123874;REFB=-0.215633;REVB=0.0043195;RO=2;SAF=25;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362056;STB=0.510462;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0025123;OID=.;OPOS=3564672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:56:56:2:3:53:53:0.946429:28:25:2:0:28:25:2:1 chr20 3624830 . G A 359.16 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0253221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6699;QD=14.8107;RBI=0.0254764;REFB=-0.00370964;REVB=-0.00279987;RO=58;SAF=30;SAR=9;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301755;STB=0.672631;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00617825;OID=.;OPOS=3624830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:9:30:30:28:9:30:30:28 chr20 3628918 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.669;QD=57.0006;RBI=0.0277294;REFB=0;REVB=0.0113919;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64996e-05;OID=.;OPOS=3628918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr20 3630107 . G A 393.4 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00279559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.631;QD=22.48;RBI=0.00646894;REFB=-0.00703521;REVB=0.00583369;RO=31;SAF=15;SAR=24;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559989;STB=0.530876;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00596355;OID=.;OPOS=3630107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:24:15:14:17:24:15:14:17 chr20 3650205 . G A 142.71 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00669181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.012;QD=22.8337;RBI=0.0137993;REFB=-0.0485529;REVB=0.0120682;RO=10;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259226;STB=0.646851;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00392636;OID=.;OPOS=3650205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:10:10:15:15:0.6:4:11:4:6:4:11:4:6 chr20 3650234 . A G 195.19 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00844622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.433;QD=25.1863;RBI=0.0129027;REFB=-0.0360149;REVB=-0.00975406;RO=12;SAF=14;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24728;STB=0.638628;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0217995;OID=.;OPOS=3650234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:5:14:5:7:5:14:5:7 chr20 3651742 . C G 379.64 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0180456;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.25;QD=22.0082;RBI=0.0402589;REFB=-0.0310207;REVB=-0.0359879;RO=31;SAF=24;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124315;STB=0.568684;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0246772;OID=.;OPOS=3651742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:14:24:15:16:14:24:15:16 chr20 3675333 . G A 966.21 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0240758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.605;QD=56.8359;RBI=0.0916929;REFB=-0.0907969;REVB=0.0884757;RO=2;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349599;STB=0.509088;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00184769;OID=.;OPOS=3675333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:2:1:66:67:0.985294:26:40:0:2:27:40:0:1 chr20 3675498 . T G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.672;QD=53.9112;RBI=0.0215751;REFB=0;REVB=-0.00439564;RO=0;SAF=21;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82951e-05;OID=.;OPOS=3675498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:3:21:0:0:3:21:0:0 chr20 3677357 . T C 1090.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0934;QD=59.7535;RBI=0.0388503;REFB=0;REVB=-0.00945148;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303403;OID=.;OPOS=3677357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:33:39:0:0:34:39:0:0 chr20 3677736 . T G 475.38 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.044;QD=57.6223;RBI=0.0353107;REFB=0;REVB=0.0345601;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213537;OID=.;OPOS=3677736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:20:13:0:0 chr20 3682011 . G A 1340.49 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.768;QD=62.3485;RBI=0.0192207;REFB=0;REVB=0.0191533;RO=0;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23409e-05;OID=.;OPOS=3682011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:31:54:0:0:32:54:0:0 chr20 3682275 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00329156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.05;QD=51.9167;RBI=0.0297305;REFB=0;REVB=0.0295477;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77967e-05;OID=.;OPOS=3682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr20 3684022 . A G 396.6 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252913;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.877;QD=56.6567;RBI=0.0260048;REFB=0;REVB=0.00604986;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61894e-05;OID=.;OPOS=3684022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:26:28:1:17:9:0:0:18:10:0:0 chr20 3684729 . T C 368.3 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0234048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1307;QD=47.522;RBI=0.0434643;REFB=0.0087288;REVB=-0.0366246;RO=2;SAF=11;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773479;STB=0.559957;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.026771;OID=.;OPOS=3684729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:2:3:28:28:0.903226:17:11:2:0:17:11:3:0 chr20 3686436 . C T 2205.66 PASS AF=1;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000202463;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.041;QD=63.4721;RBI=0.0249361;REFB=0;REVB=0.0249353;RO=0;SAF=75;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129717;OID=.;OPOS=3686436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:139:0:0:139:139:1:64:75:0:0:64:75:0:0 chr20 3732225 . G A 298.31 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5085;QD=29.8307;RBI=0.0623922;REFB=-0.0377214;REVB=0.047546;RO=14;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121504;STB=0.566877;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0238983;OID=.;OPOS=3732225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:16:10:8:6:16:10:8:6 chr20 3784110 . C T 175.86 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0292715;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.986;QD=18.512;RBI=0.0299219;REFB=-0.0168447;REVB=-0.00620487;RO=20;SAF=13;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130549;STB=0.574743;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0184475;OID=.;OPOS=3784110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:5:13:12:8:5:13:12:8 chr20 3838441 . C G 292.9 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0124787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9697;QD=15.8325;RBI=0.0131192;REFB=-0.0508072;REVB=0.00404938;RO=37;SAF=17;SAR=15;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221927;STB=0.58468;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0733804;OID=.;OPOS=3838441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:74:37:42:32:32:0.432432:15:17:11:26:15:17:16:26 chr20 3842984 . C T 220.07 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0226531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.48;QD=18.7297;RBI=0.0254794;REFB=-0.0282231;REVB=0.0116636;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883468;STB=0.549854;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0230397;OID=.;OPOS=3842984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:9:13:17:8:9:13:17:8 chr20 4053254 . A G 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.92;QD=60.4469;RBI=0.0178141;REFB=0;REVB=0.00836618;RO=0;SAF=60;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48235e-05;OID=.;OPOS=4053254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:51:60:0:0:51:60:0:0 chr20 4124037 . TACACACACACACACAC T 131.53 PASS AF=0.8;AO=11;DP=17;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000565578;FXX=0.249875;HRUN=1;LEN=16;MLLD=506.634;QD=35.0746;RBI=0.00255315;REFB=-0.0188985;REVB=0.00248971;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.636132;STBP=0.062;TYPE=del;VARB=0.00411913;OID=.;OPOS=4124038;OREF=ACACACACACACACAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:11:17:12:15:3:4:8:3:0:18:0:4:7:0:0 chr20 4158164 . C A 219.96 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0576735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9939;QD=24.4401;RBI=0.0657996;REFB=-0.0485986;REVB=-0.0316758;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107809;STB=0.559944;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0365548;OID=.;OPOS=4158164;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:11:10:5:10:11:10:5:10 chr20 4163019 . A T 134.39 PASS AF=0.432432;AO=14;DP=40;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00113531;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5091;QD=14.5285;RBI=0.0594774;REFB=-0.0160092;REVB=-0.0594666;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136269;STB=0.525516;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0674807;OID=.;OPOS=4163019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:37:20:21:14:16:0.432432:6:8:14:6:6:10:14:7 chr20 4163302 . A G 613.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.019;QD=61.3248;RBI=0.0614163;REFB=0;REVB=0.036068;RO=0;SAF=31;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254089;OID=.;OPOS=4163302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:9:31:0:0:9:31:0:0 chr20 4164283 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.614;QD=62.3509;RBI=0.0217739;REFB=0;REVB=0.0214088;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7413e-05;OID=.;OPOS=4164283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr20 4705718 . C T 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00517736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.549;QD=11.2571;RBI=0.0360254;REFB=0.00131413;REVB=-0.0356514;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413789;STB=0.749375;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0055746;OID=.;OPOS=4705718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:8:4:6:2:8:4 chr20 4705756 . T C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0170135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.155;QD=7.32143;RBI=0.031805;REFB=-0.0324877;REVB=-0.0268719;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260867;STB=0.666111;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.109585;OID=.;OPOS=4705756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:8:6:4:2:8:6 chr20 4705865 . T C 308.61 PASS AF=0.425;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00647162;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.368;QD=15.4305;RBI=0.00649545;REFB=-0.0269475;REVB=0.000555804;RO=48;SAF=19;SAR=15;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478485;STB=0.542144;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0362488;OID=.;OPOS=4705865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:48:46:34:34:0.425:15:19:29:19:15:19:29:17 chr20 4705924 . G A 298.37 PASS AF=0.345455;AO=38;DP=110;FAO=38;FDP=110;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0121122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.093;QD=10.8498;RBI=0.0324161;REFB=-0.00647371;REVB=0.0300682;RO=72;SAF=20;SAR=18;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299052;STB=0.517232;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0121719;OID=.;OPOS=4705924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:72:72:38:38:0.345455:18:20:36:36:18:20:36:36 chr20 4706310 . T C 309.91 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0534668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6208;QD=18.7827;RBI=0.0817948;REFB=-0.0205418;REVB=0.0619006;RO=32;SAF=18;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149822;STB=0.575297;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0214671;OID=.;OPOS=4706310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:15:18:12:20:15:18:13:20 chr20 4707066 . G C 146.19 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00246476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.823;QD=13.5987;RBI=0.00616099;REFB=-0.0123277;REVB=0.00564648;RO=25;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562203;STB=0.536697;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0185106;OID=.;OPOS=4707066;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:26:16:17:0.395349:11:5:9:16:12:5:9:17 chr20 4707388 . G T 151.65 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00811456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.084;QD=20.2196;RBI=0.0168172;REFB=-0.0354737;REVB=0.01473;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250535;STB=0.504232;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0267838;OID=.;OPOS=4707388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:14:15:16:0.533333:6:9:8:6:7:9:8:6 chr20 4707553 . G A 322.67 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00448143;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.528;QD=27.4613;RBI=0.00933309;REFB=-0.00102346;REVB=0.00818678;RO=19;SAF=16;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185634;STB=0.602337;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.000647898;OID=.;OPOS=4707553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:12:16:6:13:12:16:6:13 chr20 4708130 . T C 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3943;QD=55.6478;RBI=0.033485;REFB=0;REVB=0.0075514;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000934901;OID=.;OPOS=4708130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr20 4708979 . T C 273.7 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0119497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.986;QD=24.8814;RBI=0.0228643;REFB=0.0130029;REVB=0.0194931;RO=18;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11158;STB=0.548408;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00720375;OID=.;OPOS=4708979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:19:25:25:0.568182:12:13:12:6:12:13:12:7 chr20 4713176 . A G 221.02 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0193273;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.855;QD=16.074;RBI=0.0239809;REFB=-0.0326583;REVB=-0.0141964;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110201;STB=0.562177;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0308627;OID=.;OPOS=4713176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:19:11:12:13:19:11 chr20 4762577 . C G 281.6 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0164263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.517;QD=12.2435;RBI=0.023179;REFB=-0.00668479;REVB=0.0163537;RO=59;SAF=20;SAR=13;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1106;STB=0.563719;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0165831;OID=.;OPOS=4762577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:13:20:30:29:13:20:30:29 chr20 4762869 . G A 1568.5 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.896;QD=64.0206;RBI=0.0375427;REFB=0;REVB=0.0373615;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71552e-05;OID=.;OPOS=4762869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:49:49:0:0:49:49:0:0 chr20 4764682 . T C 551.91 PASS AF=0.974359;AO=35;DP=37;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0860758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.823;QD=56.6057;RBI=0.0881762;REFB=-0.0529476;REVB=0.0191312;RO=1;SAF=9;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491493;STB=0.521727;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000962922;OID=.;OPOS=4764682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:39:1:1:35:38:0.974359:26:9:1:0:27:11:1:0 chr20 4768846 . GTG GG,GT 297.37 PASS AF=0.583333,0.0416667;AO=27,5;DP=50;FAO=28,2;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=16,0;FSAR=12,2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00777215,-0.0955577;FXX=0.058812;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=248.52,18.8525;QD=24.7806;RBI=0.0318067,0.182112;REFB=-0.0327657,-0.10503;REVB=0.0308425,-0.155027;RO=15;SAF=16,1;SAR=11,4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0.257627;SSSB=-0.0503769,-0.503591;STB=0.515912,0.995527;STBP=0.769,0.094;TYPE=del,del;VARB=0.0188466,0.101174;OID=.,.;OPOS=4768847,4768848;OREF=T,G;OALT=-,-;OMAPALT=GG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333,0.0416667:27,5:50:28,2:48:18:16,0:12,2:11:7:99:15:16,1:11,4:10:5 chr20 4880308 . G A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.785;QD=60.7156;RBI=0.0695185;REFB=0;REVB=0.0618449;RO=0;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125016;OID=.;OPOS=4880308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:49:27:0:0:49:27:0:0 chr20 5169799 . C T 457.15 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0198982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.227;QD=20.546;RBI=0.0202226;REFB=0.00320361;REVB=-0.0036074;RO=44;SAF=17;SAR=28;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294646;STB=0.516326;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00334086;OID=.;OPOS=5169799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:28:17:18:26:28:17:18:26 chr20 5527291 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0040021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.447;QD=55.0987;RBI=0.0292645;REFB=0;REVB=0.0289896;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87291e-05;OID=.;OPOS=5527291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr20 5753579 . C T 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0105974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.19;QD=16.0644;RBI=0.0384936;REFB=-0.0122683;REVB=0.0370061;RO=24;SAF=14;SAR=4;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314539;STB=0.682706;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0138536;OID=.;OPOS=5753579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:4:14:12:12:4:14:12:12 chr20 5903067 . T A 526.73 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.048414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4269;QD=56.9432;RBI=0.0484205;REFB=0.0909427;REVB=-0.000793134;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239982;STB=0.512813;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00322287;OID=.;OPOS=5903067;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:1:0:17:19:1:0 chr20 5903323 . G A 146.03 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0579372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.85;QD=36.5073;RBI=0.101336;REFB=-0.0871686;REVB=0.0831396;RO=1;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433252;STB=0.545392;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00819764;OID=.;OPOS=5903323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:1:2:14:14:0.875:10:4:0:1:10:4:0:2 chr20 5903517 . A G 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.4;QD=61.3285;RBI=0.0410244;REFB=0;REVB=0.0358383;RO=0;SAF=7;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170266;OID=.;OPOS=5903517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:33:7:0:0:33:7:0:0 chr20 5903848 . C G 594.06 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8789;QD=60.9288;RBI=0.111417;REFB=0;REVB=-0.111338;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00199465;OID=.;OPOS=5903848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr20 5903894 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9954;QD=60.9774;RBI=0.0295822;REFB=0;REVB=0.00980365;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020937;OID=.;OPOS=5903894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr20 5904040 . G A 289.0 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3799;QD=52.5445;RBI=0.0707423;REFB=0;REVB=0.0705918;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140238;OID=.;OPOS=5904040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr20 5974228 . A G 437.04 PASS AF=0.457143;AO=47;DP=104;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0209281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.115;QD=16.649;RBI=0.0236824;REFB=-0.00285276;REVB=0.0110847;RO=56;SAF=26;SAR=21;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520394;STB=0.538906;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.004587;OID=.;OPOS=5974228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:56:57:47:48:0.457143:21:26:28:28:21:27:28:29 chr20 6022813 . C T 364.45 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0142581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.426;QD=23.8983;RBI=0.0181146;REFB=-0.0274656;REVB=0.0111734;RO=24;SAF=13;SAR=23;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904255;STB=0.536737;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0178298;OID=.;OPOS=6022813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:25:36:36:0.590164:23:13:6:18:23:13:7:18 chr20 6064710 . A G 392.83 PASS AF=0.415929;AO=45;DP=111;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00106004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.4853;QD=13.9055;RBI=0.0409438;REFB=-0.00567715;REVB=0.04093;RO=66;SAF=28;SAR=17;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131571;STB=0.556763;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00612315;OID=.;OPOS=6064710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:66:66:45:47:0.415929:17:28:33:33:19:28:33:33 chr20 6065729 . C T 216.98 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0145102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.738;QD=15.7802;RBI=0.0423139;REFB=-0.0253236;REVB=0.0397481;RO=21;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161707;STB=0.634368;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.078636;OID=.;OPOS=6065729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:21:27:27:28:0.509091:17:10:12:9:18:10:17:10 chr20 6065731 . T C 180.96 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00473993;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.786;QD=12.9255;RBI=0.0155279;REFB=-0.0081978;REVB=0.0147868;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956672;STB=0.545413;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00858808;OID=.;OPOS=6065731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:34:22:22:0.392857:12:10:17:14:12:10:18:16 chr20 6751034 . A G 213.26 PASS AF=0.329268;AO=26;DP=80;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.028641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.931;QD=10.4027;RBI=0.0289653;REFB=-0.0211385;REVB=0.00432219;RO=50;SAF=16;SAR=10;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00552045;STB=0.507457;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0358713;OID=.;OPOS=6751034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:50:55:26:27:0.329268:10:16:31:19:11:16:32:23 chr20 6759115 . A T 182.76 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00578399;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8713;QD=11.6039;RBI=0.0444754;REFB=-0.0017451;REVB=0.0440977;RO=40;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125969;STB=0.572939;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00417134;OID=.;OPOS=6759115;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:40:40:23:23:0.365079:13:10:22:18:13:10:22:18 chr20 6760276 . GTG AGT,GT 423.97 PASS AF=0,0.625;AO=8,25;DP=72;FAO=0,45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=0,23;FSAR=0,22;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0695198,-0.0901864;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=21.4329,22.5876;QD=23.554;RBI=0.0898401,0.113546;REFB=0.0180745,-0.0250938;REVB=0.0569055,0.0689868;RO=13;SAF=1,12;SAR=7,13;SRF=0;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.429499,0.306293;STB=0.5,0.607821;STBP=1,0.028;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0173757;OID=.,.;OPOS=6760276,6760278;OREF=GTG,G;OALT=AGT,-;OMAPALT=AGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:72:72:13:27:8,25:0,45:0,0.625:7,13:1,12:0:13:0,22:0,23:6:21 chr20 7963041 . C T 151.07 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00701469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.55;QD=10.2422;RBI=0.0239016;REFB=-0.0142173;REVB=0.0228491;RO=38;SAF=6;SAR=14;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366505;STB=0.706865;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0857716;OID=.;OPOS=7963041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:39:20:20:0.338983:14:6:24:14:14:6:24:15 chr20 7980390 . C T 289.29 PASS AF=0.342593;AO=37;DP=108;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=0.0151648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.453;QD=10.7145;RBI=0.0295604;REFB=-0.00333146;REVB=-0.0253742;RO=69;SAF=28;SAR=9;SRF=47;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107821;STB=0.577817;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.011192;OID=.;OPOS=7980390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:69:71:37:37:0.342593:9:28:47:22:9:28:47:24 chr20 7999642 . G A 486.37 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0092363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3374;QD=16.6279;RBI=0.0223678;REFB=-0.0102493;REVB=0.0203718;RO=64;SAF=31;SAR=22;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00894675;STB=0.504988;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0106522;OID=.;OPOS=7999642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:64:53:53:0.452991:22:31:38:26:22:31:38:26 chr20 8755243 . T C 196.18 PASS AF=0.347222;AO=22;DP=69;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00882315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.247;QD=10.8987;RBI=0.0211491;REFB=-0.0193877;REVB=0.0192207;RO=47;SAF=12;SAR=10;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902335;STB=0.521722;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0310755;OID=.;OPOS=8755243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:47:47:22:25:0.347222:10:12:26:21:12:13:26:21 chr20 8769180 . C T 384.17 PASS AF=0.90625;AO=28;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0450208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.665;QD=48.0214;RBI=0.0454849;REFB=-0.177801;REVB=-0.00648132;RO=4;SAF=16;SAR=12;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103104;STB=0.540513;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0188359;OID=.;OPOS=8769180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:32:32:4:3:28:29:0.90625:12:16:4:0:12:17:3:0 chr20 9424810 . A C 111.39 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0160992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7443;QD=15.9122;RBI=0.0161505;REFB=0.0125719;REVB=0.00128536;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239512;STB=0.608534;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0201409;OID=.;OPOS=9424810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:15:13:13:0.464286:6:7:3:9:6:7:5:10 chr20 9424904 . C A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0171542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.782;QD=10.0752;RBI=0.0178412;REFB=-0.00281238;REVB=0.0049034;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274631;STB=0.666263;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00498143;OID=.;OPOS=9424904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:5:9:3:5:5:9 chr20 9519735 . CTTTTTT CTTTTCT,CTTTT,CTTTTT,TCTTTTC 231.81 PASS AF=0.487179,0.358974,0.0769231,0;AO=3,4,5,3;DP=40;FAO=19,14,3,0;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=1,11,3,0;FSAR=18,3,0,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000593207,-0.0311408,-0.0590884,0.000341087;FXX=0.0487686;HRUN=16,16,16,1;LEN=1,2,1,7;MLLD=161.516,4.16369,2.17388,165.671;QD=23.7756;RBI=0.179284,0.647888,1.1978,0.169366;REFB=-0.0381813,-0.478538,-0.477573,-0.0446441;REVB=-0.179283,-0.647139,-1.19634,-0.169365;RO=3;SAF=1,4,5,0;SAR=2,0,0,3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.483116,0,0,-0.767807;STB=0.739383,0.530076,0.99438,0.5;STBP=0.012,0.735,0.271,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=-0.107596,-0.340666,-0.693408,0;OID=.,.,.,.;OPOS=9519740,9519736,9519736,9519735;OREF=T,TT,T,CTTTTTT;OALT=C,-,-,TCTTTTC;OMAPALT=CTTTTCT,CTTTT,CTTTTT,TCTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:40:39:3:3:3,4,5,3:19,14,3,0:0.487179,0.358974,0.0769231,0:2,0,0,3:1,4,5,0:3:0:18,3,0,0:1,11,3,0:2:1 chr20 9543622 . C T 251.05 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.02053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.394;QD=19.6901;RBI=0.0455679;REFB=-0.0144589;REVB=0.0406811;RO=25;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505672;STB=0.528309;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0131234;OID=.;OPOS=9543622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:11:15:13:12:11:15:13:12 chr20 9547018 . C G 346.13 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0751356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.89;QD=19.5;RBI=0.0754804;REFB=-0.0251463;REVB=-0.00720586;RO=34;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175357;STB=0.590786;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0195698;OID=.;OPOS=9547018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:22:14:20:14:22:14:20:15 chr20 10006682 . T A 772.13 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000238342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.178;QD=61.7704;RBI=0.00360506;REFB=-0.0463606;REVB=-0.00359717;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209097;STB=0.511107;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00305431;OID=.;OPOS=10006682;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:27:22:1:0:27:22:1:0 chr20 10019093 . A G 163.92 PASS AF=0.388889;AO=16;DP=49;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0478619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.444;QD=12.1425;RBI=0.0613686;REFB=-0.0483984;REVB=0.0384103;RO=33;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120539;STB=0.578874;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0459181;OID=.;OPOS=10019093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:54:33:33:16:21:0.388889:8:8:20:13:11:10:20:13 chr20 10633237 . G A 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00228336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.631;QD=11.2962;RBI=0.0135356;REFB=-0.0115976;REVB=0.0133416;RO=34;SAF=3;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346928;STB=0.708068;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0192399;OID=.;OPOS=10633237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:15:3:14:20:15:3:14:20 chr20 11790885 . C CTT 95.38 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.0188644;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=2;MLLD=42.2856;QD=10.0405;RBI=0.0560654;REFB=0.023797;REVB=0.0527964;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333918;STB=0.682156;STBP=0.136;TYPE=ins;VARB=-0.0336343;OID=.;OPOS=11790886;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737:15:40:15:38:23:9:6:20:3:95:24:9:6:21:3 chr20 11791008 . C T 1078.97 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3105;QD=59.1219;RBI=0.0448874;REFB=0;REVB=0.00238404;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471302;OID=.;OPOS=11791008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:27:45:0:0:28:45:0:0 chr20 11799583 . G C 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0161687;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.893;QD=17.0891;RBI=0.0194467;REFB=-0.0121809;REVB=0.0108049;RO=28;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757569;STB=0.542822;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0127733;OID=.;OPOS=11799583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:17:8:11:17:17:8:11:17 chr20 11903654 . G A 284.66 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.058797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.414;QD=29.9641;RBI=0.0609801;REFB=-0.0286825;REVB=0.0161704;RO=13;SAF=14;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155991;STB=0.585706;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0217522;OID=.;OPOS=11903654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:11:14:4:9:11:14:4:9 chr20 11907058 . C T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.242;QD=60.3764;RBI=0.0131022;REFB=0;REVB=-0.00815066;RO=0;SAF=23;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.13875e-05;OID=.;OPOS=11907058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:51:23:0:0:51:23:0:0 chr20 13029764 . A C 958.82 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.43;QD=57.243;RBI=0.0302566;REFB=-0.0799294;REVB=-0.00275308;RO=0;SAF=6;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538449;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000212312;OID=.;OPOS=13029764;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:60:6:0:0:60:6:1:0 chr20 13029790 . C T 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=0.0186251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.195;QD=20.8117;RBI=0.0378795;REFB=-0.00307039;REVB=-0.0329842;RO=23;SAF=2;SAR=21;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108122;STB=0.561439;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00402895;OID=.;OPOS=13029790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:21:2:3:20:21:2:3:20 chr20 13029862 . C T 746.73 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5995;QD=63.5511;RBI=0.0346914;REFB=0;REVB=0.023873;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71424e-05;OID=.;OPOS=13029862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr20 13029920 . C G 856.83 PASS AF=0.955224;AO=59;DP=66;FAO=64;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00036577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.234;QD=51.1541;RBI=0.0285757;REFB=-0.151428;REVB=0.0285734;RO=3;SAF=43;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445714;STB=0.50588;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00325947;OID=.;OPOS=13029920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:66:67:3:2:59:64:0.955224:16:43:1:2:21:43:1:1 chr20 13053018 . T G 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0295133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.777;QD=15.643;RBI=0.0549987;REFB=-0.0154632;REVB=-0.0464093;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510408;STB=0.529382;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0336616;OID=.;OPOS=13053018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:8:12:16:13:8:12:16:13 chr20 13053035 . A G 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00336236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.343;QD=14.2418;RBI=0.0183965;REFB=-0.00370012;REVB=-0.0180866;RO=31;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824267;STB=0.547127;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00596314;OID=.;OPOS=13053035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:11:11:18:13:11:11:18:13 chr20 13134768 . T C 622.15 PASS AF=0.534483;AO=62;DP=116;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0492871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8341;QD=21.4534;RBI=0.0688371;REFB=-0.0458675;REVB=0.0480554;RO=54;SAF=41;SAR=21;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144442;STB=0.579479;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0406512;OID=.;OPOS=13134768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:54:62:62:0.534483:21:41:27:27:21:41:27:27 chr20 13269248 . C T 818.87 PASS AF=0.614754;AO=71;DP=120;FAO=75;FDP=122;FR=.;FRO=47;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0207636;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.415;QD=26.8481;RBI=0.0211477;REFB=-0.0302122;REVB=0.0040118;RO=43;SAF=39;SAR=32;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074858;STB=0.540929;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0134913;OID=.;OPOS=13269248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:43:47:71:75:0.614754:32:39:19:24:32:43:22:25 chr20 13747441 . A G 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00237352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.745;QD=12.1357;RBI=0.0150004;REFB=-0.0225193;REVB=0.0148115;RO=47;SAF=16;SAR=12;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0033821;STB=0.505743;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0323323;OID=.;OPOS=13747441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:48:28:28:0.368421:12:16:27:20:12:16:27:21 chr20 13830137 . A C 397.78 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0153991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.907;QD=16.927;RBI=0.0178304;REFB=-0.0169435;REVB=0.00898841;RO=50;SAF=15;SAR=28;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132384;STB=0.555529;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0309922;OID=.;OPOS=13830137;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:50:51:43:43:0.457447:28:15:24:26:27:16:24:27 chr20 13847420 . A G 534.95 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00353209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4357;QD=54.867;RBI=0.0484514;REFB=-0.123618;REVB=0.0483225;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531233;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00684574;OID=.;OPOS=13847420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:0:2:36:37:0.948718:14:22:0:0:15:22:0:2 chr20 13954028 . A G 221.98 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0126722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7981;QD=14.5561;RBI=0.0822546;REFB=-0.0138141;REVB=0.0812726;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110524;STB=0.562766;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0206383;OID=.;OPOS=13954028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:15:20:12:14:15:20 chr20 14203735 . T C 916.33 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.2;QD=58.1797;RBI=0.200664;REFB=0;REVB=0.200643;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108992;OID=.;OPOS=14203735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:32:30:0:0:33:30:0:0 chr20 14306953 . G T 1950.67 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5014;QD=61.926;RBI=0.0451448;REFB=0;REVB=-0.0216222;RO=0;SAF=67;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272731;OID=.;OPOS=14306953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:59:67:0:0:59:67:0:0 chr20 15874325 . A G 852.14 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0085855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.798;QD=55.878;RBI=0.073786;REFB=-0.137199;REVB=0.0732848;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159925;STB=0.508472;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000948438;OID=.;OPOS=15874325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:1:1:59:60:0.983607:29:30:0:1:29:31:0:1 chr20 15874488 . G A 629.46 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0845121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2023;QD=61.4104;RBI=0.101808;REFB=0;REVB=0.0567673;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141527;OID=.;OPOS=15874488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:25:15:0:0:25:16:0:0 chr20 15967719 . T C 129.57 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0125953;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.316;QD=11.7789;RBI=0.0195971;REFB=-0.00503668;REVB=-0.0150135;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179334;STB=0.510624;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00889011;OID=.;OPOS=15967719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:8:7:14:15:8:7:14:15 chr20 16240344 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0520729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.003;QD=33.4285;RBI=0.0549598;REFB=0;REVB=0.017578;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00059032;OID=.;OPOS=16240344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr20 16359567 . A G 578.03 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187886;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1147;QD=60.8457;RBI=0.0189952;REFB=0;REVB=-0.00279426;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116395;OID=.;OPOS=16359567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr20 16486698 . G A 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00771725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.848;QD=14.8326;RBI=0.0202719;REFB=-0.0118081;REVB=-0.0187455;RO=46;SAF=14;SAR=20;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068783;STB=0.552295;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0121157;OID=.;OPOS=16486698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:48:34:34:0.414634:20:14:22:24:20:14:24:24 chr20 16493533 . T C 263.61 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=52;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00337216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.408;QD=19.5266;RBI=0.00574719;REFB=-0.028961;REVB=0.00465389;RO=24;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156365;STB=0.501329;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.020058;OID=.;OPOS=16493533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:24:26:27:28:0.518519:13:14:12:12:13:15:14:12 chr20 16712401 . TAAAAAG TAAAA,TAAAAG 80.55 PASS AF=0,0.558824;AO=7,11;DP=36;FAO=0,19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=0,9;FSAR=0,10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0737646,0.0322066;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.8352,13.2873;QD=9.47598;RBI=0.172807,0.114704;REFB=0.00795996,-0.0705101;REVB=-0.156272,0.11009;RO=13;SAF=2,7;SAR=5,4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.275446,0.0947925;STB=0.5,0.503102;STBP=1,0.98;TYPE=del,del;VARB=0.0813534,0.074966;OID=.,.;OPOS=16712406,16712402;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=TAAAA,TAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.558824:7,11:36:0,19:34:15:0,9:0,10:7:8:70:13:2,7:5,4:7:6 chr20 16729654 . A AAGATG 50.0 PASS AO=30;DP=51;LEN=5;RO=21;SAF=12;SAR=23;SRF=10;SRR=6;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=16729655;OREF=-;OALT=AGATG;OMAPALT=AAGATG GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:51:21:30:23:12:10:6 chr20 16963522 . G C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0371;QD=58.1415;RBI=0.0468005;REFB=0;REVB=-0.0424379;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000660792;OID=.;OPOS=16963522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr20 16963542 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0031179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.331;QD=16.7278;RBI=0.0425431;REFB=-0.014301;REVB=0.0424287;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16392;STB=0.594472;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.023151;OID=.;OPOS=16963542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:11:5:9:10:11:5:9:10 chr20 17470035 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.501;QD=53.2772;RBI=0.0413449;REFB=0;REVB=0.039918;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168078;OID=.;OPOS=17470035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr20 17474968 . T C 1158.9 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0053766;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.135;QD=60.9946;RBI=0.0127376;REFB=0;REVB=-0.0115472;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000796027;OID=.;OPOS=17474968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr20 17475217 . C T 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.45;QD=59.8535;RBI=0.0304143;REFB=0;REVB=0.00213705;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126146;OID=.;OPOS=17475217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr20 17477592 . C T 753.28 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00097912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3875;QD=61.4918;RBI=0.0440836;REFB=-0.0389605;REVB=-0.0440727;RO=0;SAF=38;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36352e-08;STB=0.506491;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000238921;OID=.;OPOS=17477592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:10:38:0:0:10:38:1:0 chr20 17594714 . GC G 901.86 PASS AF=0.610294;AO=79;DP=135;FAO=83;FDP=136;FR=.;FRO=53;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0236366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.973;QD=26.5253;RBI=0.0236521;REFB=-0.0106428;REVB=0.000854553;RO=53;SAF=39;SAR=40;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721602;STB=0.538125;STBP=0.283;TYPE=del;VARB=0.0122686;OID=.;OPOS=17594715;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.610294:79:135:83:136:53:41:42:21:32:99:53:39:40:21:32 chr20 17594729 . G A 461.47 PASS AF=0.378571;AO=53;DP=140;FAO=53;FDP=140;FR=.;FRO=87;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.0101948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.34;QD=13.1849;RBI=0.0103381;REFB=-0.00631171;REVB=-0.00171527;RO=87;SAF=16;SAR=37;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199121;STB=0.613572;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0102983;OID=.;OPOS=17594729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:87:87:53:53:0.378571:37:16:41:46:37:16:41:46 chr20 17596155 . C A 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0113481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.272;QD=14.2414;RBI=0.0192231;REFB=-0.00456968;REVB=0.0155161;RO=30;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269658;STB=0.64492;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00872888;OID=.;OPOS=17596155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:8:14:11:19:8:14:12:19 chr20 17600357 . G A 486.21 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0204107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.563;QD=18.882;RBI=0.0204425;REFB=-0.00128713;REVB=0.00113949;RO=52;SAF=25;SAR=26;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789462;STB=0.543669;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00176301;OID=.;OPOS=17600357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:26:25:21:31:26:25:21:31 chr20 17605240 . A T 830.03 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00886878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.038;QD=56.2733;RBI=0.0206615;REFB=0;REVB=0.0186612;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374874;OID=.;OPOS=17605240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:57:59:1:27:30:0:0:27:32:0:0 chr20 17705677 . A G 961.29 PASS AF=0.957746;AO=66;DP=69;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0157991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5971;QD=54.1569;RBI=0.054067;REFB=-0.0806192;REVB=-0.0517071;RO=3;SAF=38;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00764485;STB=0.503424;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0017688;OID=.;OPOS=17705677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:69:71:3:3:66:68:0.957746:28:38:2:1:28:40:2:1 chr20 17716416 . C G 283.13 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0197871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6552;QD=12.5835;RBI=0.0213192;REFB=-0.0118498;REVB=-0.00793585;RO=56;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204772;STB=0.610713;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0256232;OID=.;OPOS=17716416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:57:33:33:0.366667:15:18:20:36:15:18:21:36 chr20 17932210 . C T 205.36 PASS AF=0.428571;AO=25;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0127762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.35;QD=14.6688;RBI=0.0134792;REFB=-0.0143588;REVB=-0.00429626;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07463;STB=0.523861;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0188519;OID=.;OPOS=17932210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:25:24:0.428571:14:11:16:15:13:11:16:16 chr20 17968923 . T C 179.65 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0415034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3062;QD=15.6213;RBI=0.0511267;REFB=0.00389475;REVB=0.0298565;RO=27;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246024;STB=0.642697;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00451417;OID=.;OPOS=17968923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:5:14:14:13:5:14:14:13 chr20 18131563 . T C 222.51 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00262301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.668;QD=10.3494;RBI=0.00860752;REFB=-0.0151989;REVB=0.00819813;RO=58;SAF=11;SAR=17;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164194;STB=0.595924;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0244747;OID=.;OPOS=18131563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:58:28:28:0.325581:17:11:31:27:17:11:31:27 chr20 18143112 . T TG 324.86 PASS AF=1;AO=5;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0945283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.4859;QD=38.2191;RBI=0.177568;REFB=0;REVB=-0.150315;RO=30;SAF=1;SAR=4;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331286;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0119247;OID=.;OPOS=18143113;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:35:34:34:0:15:19:0:0:7:30:1:4:14:16 chr20 18143117 . T G 575.11 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3832;QD=60.5383;RBI=0.0103935;REFB=0;REVB=0.00145017;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014417;OID=.;OPOS=18143117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr20 18143355 . C T 399.3 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00162459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.876;QD=15.3576;RBI=0.00571837;REFB=-0.0129359;REVB=-0.00548275;RO=58;SAF=21;SAR=24;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852306;STB=0.552406;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0165753;OID=.;OPOS=18143355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:59:45:45:0.432692:24:21:32:26:24:21:33:26 chr20 18167977 . T C 984.28 PASS AF=0.985714;AO=65;DP=68;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0616977;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.197;QD=56.2444;RBI=0.0637781;REFB=-0.22374;REVB=-0.0161566;RO=1;SAF=21;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219605;STB=0.509801;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00135567;OID=.;OPOS=18167977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:70:1:1:65:69:0.985714:44:21:1:0:44:25:1:0 chr20 18296043 . G A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.000455632;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.021;QD=17.1565;RBI=0.00905515;REFB=-0.0178947;REVB=0.00904368;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315778;STB=0.677345;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0197258;OID=.;OPOS=18296043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:3:17:9:8:3:17 chr20 18296072 . T A 375.09 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6924;QD=55.5681;RBI=0.0594415;REFB=0;REVB=0.0574058;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522327;OID=.;OPOS=18296072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr20 18309650 . GT G 572.4 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.9375;QD=46.7269;RBI=0.0330834;REFB=0;REVB=-0.00674163;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000620534;OID=.;OPOS=18309651;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:49:49:49:0:25:24:0:0:10:0:25:23:0:0 chr20 18327570 . G A 165.97 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00748267;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.152;QD=20.7465;RBI=0.00773544;REFB=-0.00353514;REVB=-0.0019613;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338267;STB=0.533294;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00260123;OID=.;OPOS=18327570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:14:15:17:17:0.53125:9:8:6:8:9:8:6:9 chr20 18393312 . C G 258.15 PASS AF=0.378049;AO=30;DP=81;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0120545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0057;QD=12.5928;RBI=0.064019;REFB=6.22637e-05;REVB=-0.0628739;RO=50;SAF=24;SAR=6;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353932;STB=0.68681;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.000678796;OID=.;OPOS=18393312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:50:51:30:31:0.378049:6:24:26:24:7:24:26:25 chr20 18393499 . C T 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0213036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.294;QD=18.4899;RBI=0.0215041;REFB=-0.00280724;REVB=0.00292949;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976477;STB=0.555504;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00382766;OID=.;OPOS=18393499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:14:8:12:14:14:8:12:14 chr20 18414356 . A G 208.43 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0592461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4261;QD=16.3475;RBI=0.110719;REFB=-0.0548108;REVB=-0.0935344;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149702;STB=0.592757;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0605336;OID=.;OPOS=18414356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:23:24:0.470588:10:13:11:16:10:14:11:16 chr20 18445963 . A G 124.77 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0500478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5126;QD=17.8244;RBI=0.0542577;REFB=-0.0218166;REVB=0.0209552;RO=14;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373859;STB=0.713979;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0350984;OID=.;OPOS=18445963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:10:4:10:4:10:4:10:4 chr20 18462421 . A G 199.16 PASS AF=0.431034;AO=21;DP=54;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0214187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.108;QD=13.7352;RBI=0.035526;REFB=-0.0275572;REVB=-0.0283432;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920612;STB=0.50276;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0418913;OID=.;OPOS=18462421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:33:33:21:25:0.431034:12:9:17:16:12:13:17:16 chr20 18523002 . C G 88.84 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0712767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.845;QD=15.4501;RBI=0.0788715;REFB=-0.0403879;REVB=-0.0337691;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296512;STB=0.51721;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0499349;OID=.;OPOS=18523002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:4:8:7:4:4:8 chr20 18573108 . T G 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0283915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.238;QD=17.5589;RBI=0.0466706;REFB=0.00639568;REVB=0.0370414;RO=21;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3319;STB=0.690048;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.009821;OID=.;OPOS=18573108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:5:13:8:13:5:13:8:13 chr20 18794714 . C T 329.82 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.000670807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.665;QD=15.7056;RBI=0.00533163;REFB=-0.0192432;REVB=-0.00528926;RO=48;SAF=18;SAR=18;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148153;STB=0.583288;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0258635;OID=.;OPOS=18794714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:18:18:31:17:18:18:31:17 chr20 18794754 . C T 209.34 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00775873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.608;QD=11.63;RBI=0.0132355;REFB=-0.0111225;REVB=-0.0107229;RO=45;SAF=12;SAR=14;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17523;STB=0.606686;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0311644;OID=.;OPOS=18794754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:46:26:26:0.361111:14:12:28:17:14:12:29:17 chr20 18810705 . C T 220.37 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=46;FWDB=-0.00127742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.363;QD=9.90447;RBI=0.00177503;REFB=-0.00832474;REVB=-0.00123246;RO=61;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47523;STB=0.773331;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0124471;OID=.;OPOS=18810705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:61:28:28:0.314607:9:19:15:46:9:19:15:46 chr20 19261623 . G A 816.2 PASS AF=0.522293;AO=82;DP=157;FAO=82;FDP=157;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.00835657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7382;QD=20.795;RBI=0.0431948;REFB=-0.0169091;REVB=0.0423788;RO=75;SAF=39;SAR=43;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270726;STB=0.514846;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0103794;OID=.;OPOS=19261623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:75:75:82:82:0.522293:43:39:38:37:43:39:38:37 chr20 19560664 . G A 538.01 PASS AF=0.467213;AO=56;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.022054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.782;QD=17.6397;RBI=0.0415817;REFB=-0.00439034;REVB=0.0352514;RO=65;SAF=17;SAR=39;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210631;STB=0.608776;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00804075;OID=.;OPOS=19560664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:65:56:57:0.467213:39:17:33:32:39:18:33:32 chr20 19634732 . G A 503.1 PASS AF=0.397163;AO=56;DP=142;FAO=56;FDP=141;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.00527324;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.817;QD=14.2724;RBI=0.0091383;REFB=-0.00383789;REVB=0.00746335;RO=84;SAF=31;SAR=25;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107487;STB=0.557054;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00437721;OID=.;OPOS=19634732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:84:85:56:56:0.397163:25:31:38:46:25:31:39:46 chr20 19634747 . T C 438.21 PASS AF=0.375;AO=51;DP=136;FAO=51;FDP=136;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.00188132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.697;QD=12.8886;RBI=0.00339411;REFB=-0.00157607;REVB=-0.002825;RO=85;SAF=32;SAR=19;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16227;STB=0.592382;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00259761;OID=.;OPOS=19634747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:85:85:51:51:0.375:19:32:41:44:19:32:41:44 chr20 19702049 . G A 990.78 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0844063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.023;QD=59.1513;RBI=0.0844353;REFB=0;REVB=0.00221265;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.48803e-05;OID=.;OPOS=19702049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:27:39:0:0:28:39:0:0 chr20 19951534 . T A 498.7 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00449952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7308;QD=24.0335;RBI=0.00713111;REFB=0.0109488;REVB=0.00553237;RO=36;SAF=24;SAR=23;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575903;STB=0.531574;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.0086032;OID=.;OPOS=19951534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:23:24:21:15:23:24:21:15 chr20 19970705 . C T 309.15 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0158797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1306;QD=13.589;RBI=0.0190109;REFB=0.00464203;REVB=-0.0104521;RO=55;SAF=14;SAR=21;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156561;STB=0.594659;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00764273;OID=.;OPOS=19970705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:56:35:35:0.384615:21:14:30:25:21:14:31:25 chr20 19983022 . ATTTTTT ATTTTT,ATTTTTA 152.09 PASS AF=0.55814,0;AO=21,2;DP=45;FAO=24,0;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=7,0;FSAR=17,0;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0629786,-0.187052;FXX=0.0444346;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=12.7757,17.9159;QD=14.1478;RBI=0.137814,0.229619;REFB=0.00244378,0.0350006;REVB=0.122583,0.133178;RO=14;SAF=4,2;SAR=17,0;SRF=2;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0.4,0;SSSB=0.0579397,0.731324;STB=0.515427,0.5;STBP=0.858,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0181992,0.0216417;OID=.,.;OPOS=19983023,19983028;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55814,0:21,2:45:24,0:43:19:7,0:17,0:5:14:99:14:4,2:17,0:2:12 chr20 20032998 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5363;QD=58.5875;RBI=0.0436272;REFB=0;REVB=-0.00488837;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00064881;OID=.;OPOS=20032998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr20 20033137 . T A 1378.01 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.989;QD=62.6368;RBI=0.0166063;REFB=0;REVB=0.011866;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71218e-05;OID=.;OPOS=20033137;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:53:33:0:0:54:34:0:0 chr20 20033242 . A T 740.26 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6761;QD=56.9432;RBI=0.042478;REFB=0;REVB=-0.0299795;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000725094;OID=.;OPOS=20033242;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr20 20033319 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.448;QD=57.6805;RBI=0.0188841;REFB=0;REVB=0.00767318;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9316e-05;OID=.;OPOS=20033319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr20 20033380 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.165;QD=50.4132;RBI=0.0294371;REFB=0;REVB=-0.0268841;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129837;OID=.;OPOS=20033380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr20 20050397 . G A 800.98 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0161632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.877;QD=52.5235;RBI=0.0161636;REFB=-0.119184;REVB=0.00010449;RO=2;SAF=36;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254872;STB=0.519993;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00309733;OID=.;OPOS=20050397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:61:61:2:3:58:58:0.95082:22:36:2:0:22:36:3:0 chr20 20152462 . A C 215.97 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00326192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9046;QD=15.1556;RBI=0.0196168;REFB=-0.00259092;REVB=0.0193437;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00250873;STB=0.501423;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00254188;OID=.;OPOS=20152462;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:14:11:14:18:14:11:14:18 chr20 20341333 . G C 1789.26 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470566;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.579;QD=61.1712;RBI=0.0239883;REFB=0;REVB=0.0235222;RO=0;SAF=60;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55522e-05;OID=.;OPOS=20341333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:57:60:0:0:57:60:0:0 chr20 20350516 . T G 712.19 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267265;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.036;QD=63.3055;RBI=0.0552751;REFB=0;REVB=0.0483842;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32678e-05;OID=.;OPOS=20350516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr20 20373813 . C T 305.94 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00560297;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.949;QD=14.5687;RBI=0.0155585;REFB=-0.0318165;REVB=0.0145146;RO=49;SAF=21;SAR=13;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593995;STB=0.511055;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0434725;OID=.;OPOS=20373813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:34:34:0.404762:13:21:30:19:13:21:30:20 chr20 20475781 . C T 264.07 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0293328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8156;QD=21.1256;RBI=0.0558893;REFB=-0.0226889;REVB=-0.0475731;RO=25;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729235;STB=0.54095;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0206088;OID=.;OPOS=20475781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:10:15:13:12:10:15:13:12 chr20 21142523 . C G 156.22 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0220651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.79;QD=15.6224;RBI=0.0223633;REFB=0.00301553;REVB=-0.00363941;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541645;STB=0.531112;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00539182;OID=.;OPOS=21142523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:11:6:7:16:11:6:7:16 chr20 21142813 . T C 200.8 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0135169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.211;QD=20.5948;RBI=0.0495134;REFB=-0.00105583;REVB=0.0476327;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227307;STB=0.512808;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00171231;OID=.;OPOS=21142813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:10:9:10:10:10:9 chr20 21362703 . TA T 1411.26 PASS AF=1;AO=112;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114092;FXX=0.00833264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.2948;QD=47.4372;RBI=0.112369;REFB=0;REVB=-0.111788;RO=1;SAF=57;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.00825711;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000883216;OID=.;OPOS=21362704;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:112:117:119:119:0:61:58:0:0:25:1:57:55:1:0 chr20 22562674 . T C 574.97 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486971;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.789;QD=58.9717;RBI=0.0207519;REFB=-0.0857843;REVB=0.0201725;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337759;OID=.;OPOS=22562674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:39:0:0:37:39:1:17:20:0:0:19:20:0:0 chr20 23016970 . T G 1225.66 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.521;QD=61.2832;RBI=0.0385388;REFB=0;REVB=0.000512506;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01919e-05;OID=.;OPOS=23016970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr20 23017017 . T C 1607.11 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.102;QD=64.2842;RBI=0.0140849;REFB=0;REVB=0.00892707;RO=0;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01905e-05;OID=.;OPOS=23017017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:57:43:0:0:57:43:0:0 chr20 23017044 . C T 1449.52 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=104;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0117455;FXX=0.0190458;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.909;QD=56.2922;RBI=0.011776;REFB=-0.063321;REVB=-0.000846983;RO=1;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825052;STB=0.502874;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=4.09675e-06;OID=.;OPOS=23017044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:103:1:3:100:100:0.970874:57:43:0:1:57:43:1:2 chr20 23017082 . T C 1390.04 PASS AF=0.951456;AO=99;DP=103;FAO=98;FDP=103;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0113831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3432;QD=53.9821;RBI=0.0146165;REFB=0.0384058;REVB=0.00916875;RO=4;SAF=38;SAR=61;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473483;STB=0.520872;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0101221;OID=.;OPOS=23017082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:103:103:4:5:99:98:0.951456:61:38:4:0:60:38:4:1 chr20 23028388 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.000564059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6092;QD=16.3849;RBI=0.0945508;REFB=0.0122573;REVB=0.0945491;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163174;STB=0.594396;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00596099;OID=.;OPOS=23028388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:6:2:4:5:6:2 chr20 23028724 . G A 135.93 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00719922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.334;QD=17.5393;RBI=0.0127153;REFB=-0.0047082;REVB=0.0104809;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201563;STB=0.615232;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00616259;OID=.;OPOS=23028724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:10:6:9:6:10:6 chr20 23063580 . CT C 256.29 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0755534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.1186;QD=19.3424;RBI=0.0958269;REFB=0.0423711;REVB=0.0589447;RO=20;SAF=21;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101671;STB=0.505573;STBP=0.944;TYPE=del;VARB=-0.0257698;OID=.;OPOS=23063581;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.622642:33:53:33:53:20:21:12:13:7:99:20:21:12:13:7 chr20 23065209 . G A 828.01 PASS AF=0.402597;AO=93;DP=231;FAO=93;FDP=231;FR=.;FRO=138;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=54;FSRR=84;FWDB=0.0166407;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.798;QD=14.3378;RBI=0.0263603;REFB=-0.0111557;REVB=0.0204438;RO=134;SAF=49;SAR=44;SRF=53;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137978;STB=0.580509;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0128674;OID=.;OPOS=23065209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:134:138:93:93:0.402597:44:49:53:81:44:49:54:84 chr20 23065342 . A G 1111.15 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.163;QD=60.0624;RBI=0.085368;REFB=0;REVB=-0.0741211;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.09066e-05;OID=.;OPOS=23065342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr20 23065548 . C A 184.49 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0111226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0325;QD=26.3553;RBI=0.0113135;REFB=0.0201515;REVB=0.00206936;RO=10;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162376;STB=0.590803;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0109723;OID=.;OPOS=23065548;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:13:5:5:5:13:5:5:5 chr20 23345844 . A C 472.54 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9177;QD=57.2778;RBI=0.0644783;REFB=0;REVB=0.0112246;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161595;OID=.;OPOS=23345844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:31:33:1:10:21:0:0:10:23:0:0 chr20 23352480 . A G 689.49 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3999;QD=62.6809;RBI=0.0549248;REFB=0;REVB=-0.0466468;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109742;OID=.;OPOS=23352480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:21:23:0:0 chr20 23352685 . C A 1147.0 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00528276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7253;QD=60.3686;RBI=0.0120931;REFB=0;REVB=0.0108782;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01131e-05;OID=.;OPOS=23352685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:37:37:0:0:38:38:0:0 chr20 23355454 . ATAC A 246.78 PASS AF=1;AO=15;DP=21;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00336311;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=3;MLLD=273.544;QD=51.9528;RBI=0.0304667;REFB=0;REVB=-0.0302805;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00016;OID=.;OPOS=23355455;OREF=TAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:21:19:19:0:5:14:0:0:4:0:4:11:0:0 chr20 23361613 . C T 746.99 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00856202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.962;QD=63.5736;RBI=0.0113357;REFB=0;REVB=-0.00742893;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.5433e-05;OID=.;OPOS=23361613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr20 23472391 . A G 1983.74 PASS AF=1;AO=122;DP=126;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177391;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.246;QD=59.6613;RBI=0.0177619;REFB=0.00948271;REVB=-0.000899691;RO=1;SAF=55;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085593;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105611;OID=.;OPOS=23472391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:133:1:0:122:133:1:67:55:1:0:71:62:0:0 chr20 23472397 . G A 968.52 PASS AF=0.625;AO=85;DP=136;FAO=85;FDP=136;FR=.;FRO=51;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.022816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.294;QD=28.4859;RBI=0.0229725;REFB=-7.28993e-05;REVB=0.0026768;RO=50;SAF=38;SAR=47;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327227;STB=0.51342;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=4.12452e-05;OID=.;OPOS=23472397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:50:51:85:85:0.625:47:38:20:30:47:38:21:30 chr20 23531276 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0350978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.039;QD=9.75938;RBI=0.0400639;REFB=-0.0108495;REVB=-0.0193199;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408238;STB=0.742287;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0350656;OID=.;OPOS=23531276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:2:10:3:4:2:10 chr20 23546639 . T G 451.93 PASS AF=0.446429;AO=49;DP=111;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.00384442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.253;QD=16.1403;RBI=0.00384938;REFB=-0.00435463;REVB=-0.000195261;RO=62;SAF=16;SAR=33;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137341;STB=0.511793;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00519834;OID=.;OPOS=23546639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:62:62:49:50:0.446429:33:16:21:41:34:16:21:41 chr20 23586360 . G A 383.8 PASS AF=0.41;AO=40;DP=99;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.10823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2856;QD=15.352;RBI=0.109571;REFB=-0.0228149;REVB=0.0170895;RO=59;SAF=22;SAR=18;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132312;STB=0.566262;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0345116;OID=.;OPOS=23586360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:59:59:40:41:0.41:18:22:25:34:19:22:25:34 chr20 23618395 . T C 1304.07 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161669;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.536;QD=62.0987;RBI=0.00679054;REFB=0;REVB=0.00659528;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62011e-05;OID=.;OPOS=23618395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:82:84:1:38:44:0:0:40:44:0:0 chr20 23729722 . G T 3879.88 PASS AF=0.992157;AO=253;DP=255;FAO=253;FDP=255;FR=.;FRO=2;FSAF=124;FSAR=129;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0141018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.937;QD=60.8609;RBI=0.0249375;REFB=-0.0727728;REVB=-0.0205674;RO=2;SAF=124;SAR=129;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00762592;STB=0.504;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0001682;OID=.;OPOS=23729722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:255:255:2:2:253:253:0.992157:129:124:2:0:129:124:2:0 chr20 23731494 . A G 375.19 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0677328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1136;QD=18.3019;RBI=0.0681302;REFB=0.00241455;REVB=0.00734706;RO=43;SAF=16;SAR=23;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304775;STB=0.517011;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00411528;OID=.;OPOS=23731494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:23:16:19:24:23:16:19:24 chr20 23860178 . A G 324.45 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0150446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.199;QD=19.6636;RBI=0.0152534;REFB=-0.010017;REVB=0.00251508;RO=32;SAF=22;SAR=12;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880272;STB=0.504889;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0107944;OID=.;OPOS=23860178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:12:22:21:11:12:22:21:11 chr20 23967075 . G C 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0167917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.126;QD=7.67876;RBI=0.0174133;REFB=-0.0048054;REVB=-0.00461125;RO=30;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858716;STB=0.543299;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0111283;OID=.;OPOS=23967075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:30:31:11:11:0.261905:7:4:13:17:7:4:13:18 chr20 24939590 . G C 511.14 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0374098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.12;QD=56.7934;RBI=0.0503157;REFB=-0.157688;REVB=0.0336477;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239852;STB=0.512813;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00189919;OID=.;OPOS=24939590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:36:36:1:1:35:35:0.972222:19:16:0:1:19:16:0:1 chr20 24954887 . A T 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.492;QD=43.4846;RBI=0.0906512;REFB=0;REVB=0.0757612;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137321;OID=.;OPOS=24954887;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr20 25027526 . G A 180.84 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00380757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8237;QD=13.9106;RBI=0.0380548;REFB=-0.0192322;REVB=-0.0378638;RO=31;SAF=6;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155563;STB=0.589972;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0235309;OID=.;OPOS=25027526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:15:6:13:18:15:6:13:18 chr20 25059442 . C T 883.38 PASS AF=0.489011;AO=89;DP=183;FAO=89;FDP=182;FR=.;FRO=93;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=-0.00846965;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.173;QD=19.415;RBI=0.0170842;REFB=-0.0120013;REVB=-0.0148369;RO=90;SAF=50;SAR=39;SRF=54;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356378;STB=0.515415;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0117064;OID=.;OPOS=25059442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:90:93:89:89:0.489011:39:50:54:36:39:50:55:38 chr20 25195387 . A AT 390.26 PASS AF=1;AO=9;DP=78;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388855;FXX=0.0958773;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.47202;QD=23.6523;RBI=0.0801683;REFB=0.0147424;REVB=-0.0701062;RO=67;SAF=4;SAR=5;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754051;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00314567;OID=.;OPOS=25195388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:78:66:66:0:36:30:0:0:5:67:4:5:34:33 chr20 25195394 . C T 1213.32 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4124;QD=59.1861;RBI=0.0304527;REFB=0;REVB=0.0205125;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43309e-05;OID=.;OPOS=25195394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:82:0:0:74:82:1:35:39:0:0:38:44:0:0 chr20 25195509 . A G 876.72 PASS AF=0.914286;AO=64;DP=70;FAO=64;FDP=70;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00721098;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=254.436;QD=50.0982;RBI=0.0072466;REFB=-0.122361;REVB=0.000717678;RO=4;SAF=32;SAR=32;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277255;STB=0.514281;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000703931;OID=.;OPOS=25195509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:70:70:4:6:64:64:0.914286:32:32:1:3:32:32:2:4 chr20 25207074 . T C 975.47 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00411555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.734;QD=57.3806;RBI=0.014269;REFB=-0.0930952;REVB=0.0136626;RO=1;SAF=27;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171769;STB=0.509088;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000875818;OID=.;OPOS=25207074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:39:27:1:0:40:27:1:0 chr20 25259006 . G T 305.09 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.018179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.491;QD=15.0661;RBI=0.0185894;REFB=-0.0128004;REVB=0.00388484;RO=46;SAF=10;SAR=24;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364162;STB=0.710859;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0273476;OID=.;OPOS=25259006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:24:10:30:16:24:10:31:16 chr20 25260931 . A G 888.56 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.488;QD=56.4167;RBI=0.0184821;REFB=-0.0562112;REVB=0.0134639;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000502604;OID=.;OPOS=25260931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:26:36:0:0:26:36:1:0 chr20 25260976 . C G 431.8 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0295312;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4957;QD=22.7263;RBI=0.0325946;REFB=-0.0145964;REVB=0.0137956;RO=34;SAF=24;SAR=18;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586566;STB=0.532304;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0117714;OID=.;OPOS=25260976;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:34:34:42:42:0.552632:18:24:17:17:18:24:17:17 chr20 25262769 . G A 353.54 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00586117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.891;QD=23.969;RBI=0.035893;REFB=0.000426869;REVB=0.0354112;RO=24;SAF=13;SAR=22;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160068;STB=0.588068;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-7.68872e-05;OID=.;OPOS=25262769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:22:13:14:10:22:13:14:10 chr20 25264814 . T C 746.97 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6898;QD=63.5722;RBI=0.0461714;REFB=0;REVB=0.00609891;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365592;OID=.;OPOS=25264814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr20 25268920 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.167;QD=63.5815;RBI=0.0584251;REFB=0;REVB=0.0557489;RO=0;SAF=35;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079619;OID=.;OPOS=25268920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:12:35:0:0:12:35:0:0 chr20 25276297 . G A 517.04 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0623726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.621;QD=59.0904;RBI=0.0673687;REFB=0;REVB=0.0254598;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010414;OID=.;OPOS=25276297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:20:14:0:0:21:14:0:0 chr20 25282944 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.274;QD=63.2868;RBI=0.0172082;REFB=0;REVB=-0.00621276;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26173e-05;OID=.;OPOS=25282944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr20 25456888 . A G 1755.22 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5522;QD=60.5248;RBI=0.0619318;REFB=0;REVB=-0.0592331;RO=0;SAF=33;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75698e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113864;OID=.;OPOS=25456888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:82:33:0:0:83:33:0:0 chr20 25457049 . GCTCCCA G 269.52 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023954;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=6;MLLD=237.27;QD=51.3367;RBI=0.0239545;REFB=0;REVB=-0.000142714;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000499356;OID=.;OPOS=25457050;OREF=CTCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:23:21:21:0:13:8:0:0:3:0:11:8:0:0 chr20 25457690 . G A 68.84 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00701548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.453;QD=15.2976;RBI=0.00774643;REFB=-0.00967852;REVB=-0.00328485;RO=8;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.6405;STB=0.888024;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.033827;OID=.;OPOS=25457690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:8:9:9:9:0.5:8:1:7:1:8:1:8:1 chr20 25520665 . GT G 87.09 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=22;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0964432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.6597;QD=15.1465;RBI=0.100425;REFB=-0.113222;REVB=-0.0279971;RO=9;SAF=0;SAR=13;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.835206;STB=0.849828;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.11767;OID=.;OPOS=25520666;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.608696:13:22:14:23:9:1:13:6:3:34:9:0:13:6:3 chr20 25591864 . A T 192.79 PASS AF=0.894737;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0837736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.955;QD=40.5882;RBI=0.0843967;REFB=-0.0391596;REVB=0.0102365;RO=1;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295327;STB=0.529378;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0022264;OID=.;OPOS=25591864;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:19:1:2:16:17:0.894737:15:1:0:1:16:1:0:2 chr20 25595829 . C T 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0108851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.954;QD=22.7947;RBI=0.0135722;REFB=0.0160634;REVB=-0.00810681;RO=21;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04556;STB=0.525403;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.0125768;OID=.;OPOS=25595829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:8:16:15:6:8:16:15:6 chr20 25595868 . G A 200.96 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0252634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4934;QD=15.1665;RBI=0.0605008;REFB=0.0119626;REVB=0.0549737;RO=30;SAF=15;SAR=8;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204658;STB=0.511659;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0131273;OID=.;OPOS=25595868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:8:15:19:11:8:15:19:11 chr20 25657518 . G A 209.39 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0174879;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.162;QD=24.634;RBI=0.024213;REFB=-0.0303488;REVB=0.0167465;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739392;STB=0.54995;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0211347;OID=.;OPOS=25657518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:14:14:19:20:0.588235:9:10:6:8:9:11:6:8 chr20 25755672 . G T 234.17 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0216276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.482;QD=10.7662;RBI=0.0216444;REFB=-0.00648649;REVB=0.000851919;RO=58;SAF=20;SAR=9;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129738;STB=0.575862;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0163418;OID=.;OPOS=25755672;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:58:29:29:0.333333:9:20:34:24:9:20:34:24 chr20 26063560 . G A 655.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323169;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.188;QD=62.4116;RBI=0.0357446;REFB=0;REVB=0.0152739;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121616;OID=.;OPOS=26063560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:17:23:0:0:19:23:0:0 chr20 26094525 . T C 31.74 PASS AF=0.0549133;AO=19;DP=347;FAO=19;FDP=346;FR=.;FRO=327;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=178;FSRR=149;FWDB=0.00410549;FXX=0.00288176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3018;QD=0.366972;RBI=0.0161789;REFB=-0.000580915;REVB=0.0156494;RO=306;SAF=8;SAR=11;SRF=174;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15203;STB=0.615034;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0183061;OID=.;OPOS=26094525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:347:346:306:327:19:19:0.0549133:11:8:174:132:11:8:178:149 chr20 26094564 . T G 1925.36 PASS AF=0.519126;AO=188;DP=366;FAO=190;FDP=366;FR=.;FRO=176;FSAF=106;FSAR=84;FSRF=86;FSRR=90;FWDB=-0.0271564;FXX=0.00272472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.264;QD=21.0422;RBI=0.0352764;REFB=-0.00414635;REVB=-0.0225157;RO=170;SAF=104;SAR=84;SRF=82;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619132;STB=0.533492;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00710261;OID=.;OPOS=26094564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:366:170:176:188:190:0.519126:84:104:82:88:84:106:86:90 chr20 26094567 . T C 2517.66 PASS AF=0.615385;AO=223;DP=365;FAO=224;FDP=364;FR=.;FRO=140;FSAF=118;FSAR=106;FSRF=72;FSRR=68;FWDB=0.00585068;FXX=0.00546433;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.817;QD=27.6666;RBI=0.0125469;REFB=-0.0100434;REVB=0.0110993;RO=137;SAF=118;SAR=105;SRF=69;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180584;STB=0.504819;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00700212;OID=.;OPOS=26094567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:364:137:140:223:224:0.615385:105:118:69:68:106:118:72:68 chr20 26094605 . G A 1585.76 PASS AF=0.486322;AO=160;DP=328;FAO=160;FDP=329;FR=.;FRO=169;FSAF=89;FSAR=71;FSRF=78;FSRR=91;FWDB=-0.0167989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.372;QD=19.2798;RBI=0.0270499;REFB=-0.0258346;REVB=-0.0212012;RO=167;SAF=89;SAR=71;SRF=77;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886712;STB=0.548728;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0267607;OID=.;OPOS=26094605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:329:167:169:160:160:0.486322:71:89:77:90:71:89:78:91 chr20 26094609 . C A 1506.79 PASS AF=0.485804;AO=150;DP=312;FAO=154;FDP=317;FR=.;FRO=163;FSAF=85;FSAR=69;FSRF=73;FSRR=90;FWDB=-0.0333013;FXX=0.00314456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0843;QD=19.0132;RBI=0.0351898;REFB=-0.00256413;REVB=-0.011373;RO=162;SAF=82;SAR=68;SRF=72;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096398;STB=0.553501;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00278331;OID=.;OPOS=26094609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:317:162:163:150:154:0.485804:68:82:72:90:69:85:73:90 chr20 29623218 . A G 33.14 PASS AF=0.0714286;AO=12;DP=169;FAO=12;FDP=168;FR=.;FRO=156;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=73;FSRR=83;FWDB=-0.0168137;FXX=0.011764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5756;QD=0.789045;RBI=0.0516827;REFB=-0.00111729;REVB=-0.0488713;RO=154;SAF=4;SAR=8;SRF=73;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156391;STB=0.628353;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0196535;OID=.;OPOS=29623218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:169:168:154:156:12:12:0.0714286:8:4:73:81:8:4:73:83 chr20 29623223 . T C 378.41 PASS AF=0.301775;AO=51;DP=169;FAO=51;FDP=169;FR=.;FRO=118;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=65;FSRR=53;FWDB=0.00608221;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.813;QD=8.9564;RBI=0.00867656;REFB=-0.00726905;REVB=-0.00618784;RO=117;SAF=13;SAR=38;SRF=65;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370622;STB=0.714647;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0104439;OID=.;OPOS=29623223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:117:118:51:51:0.301775:38:13:65:52:38:13:65:53 chr20 29623248 . AAAGAAG AAAGAAA,AAAG 542.28 PASS AF=0.0915033,0.333333;AO=13,49;DP=162;FAO=14,51;FDP=153;FR=.;FRO=88;FSAF=11,15;FSAR=3,36;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.0171096,-0.00413002;FXX=0.0613459;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=34.9675,238.972;QD=14.1774;RBI=0.0849757,0.036422;REFB=0.0458897,0.00705013;REVB=0.0832354,0.0361871;RO=78;SAF=10,15;SAR=3,34;SRF=42;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.305292,-0.261029;STB=0.764827,0.632099;STBP=0.05,0.028;TYPE=snp,del;VARB=-0.0754264,-0.000549924;OID=.,.;OPOS=29623254,29623249;OREF=G,AAG;OALT=A,-;OMAPALT=AAAGAAA,AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0915033,0.333333:13,49:162:14,51:153:88:11,15:3,36:43:45:99:78:10,15:3,34:42:36 chr20 29623263 . C T 45.79 PASS AF=0.0858896;AO=14;DP=163;FAO=14;FDP=163;FR=.;FRO=149;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=67;FSRR=82;FWDB=0.00218322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.202;QD=1.12365;RBI=0.0181215;REFB=-0.00138615;REVB=-0.0179895;RO=148;SAF=11;SAR=3;SRF=67;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379174;STB=0.799412;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0270652;OID=.;OPOS=29623263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:163:163:148:149:14:14:0.0858896:3:11:67:81:3:11:67:82 chr20 29624020 . G GT 89.37 PASS AF=0.441176;AO=27;DP=69;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.026751;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.64775;QD=5.25703;RBI=0.0466346;REFB=-0.0381533;REVB=-0.0381991;RO=37;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430176;STB=0.537524;STBP=0.602;TYPE=ins;VARB=-0.0105111;OID=.;OPOS=29624021;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176:27:69:30:68:38:13:17:19:19:89:37:12:15:18:19 chr20 29624068 . T C 73.38 PASS AF=0.138889;AO=12;DP=105;FAO=15;FDP=108;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.00731975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.33;QD=2.71761;RBI=0.00764405;REFB=-0.00116348;REVB=0.00220288;RO=92;SAF=7;SAR=5;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114028;STB=0.649798;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00562485;OID=.;OPOS=29624068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:105:108:92:93:12:15:0.138889:5:7:45:47:5:10:46:47 chr20 29624070 . G A 576.71 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00536709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.662;QD=21.3595;RBI=0.00733881;REFB=-0.0114837;REVB=-0.00500525;RO=48;SAF=27;SAR=31;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799687;STB=0.552848;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.01117;OID=.;OPOS=29624070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:50:58:58:0.537037:31:27:27:21:31:27:29:21 chr20 29625876 . C T 211.65 PASS AF=0.280374;AO=30;DP=107;FAO=30;FDP=107;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.00335415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.731;QD=7.91221;RBI=0.0190291;REFB=-0.0129112;REVB=-0.0187311;RO=77;SAF=13;SAR=17;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260157;STB=0.515467;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0288815;OID=.;OPOS=29625876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:77:77:30:30:0.280374:17:13:35:42:17:13:35:42 chr20 29625877 . G A 222.45 PASS AF=0.28972;AO=31;DP=107;FAO=31;FDP=107;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00712737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.045;QD=8.3158;RBI=0.0274778;REFB=-0.000307785;REVB=-0.0265373;RO=73;SAF=10;SAR=21;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195287;STB=0.630702;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.000580227;OID=.;OPOS=29625877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:73:76:31:31:0.28972:21:10:35:38:21:10:38:38 chr20 29625925 . C CTTG 178.76 PASS AF=0.254902;AO=26;DP=105;FAO=26;FDP=102;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.000632602;FXX=0.0377323;HRUN=2;LEN=3;MLLD=236.505;QD=7.01033;RBI=0.0193785;REFB=-0.00996218;REVB=-0.0193682;RO=75;SAF=6;SAR=20;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33308;STB=0.708231;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=0.0265325;OID=.;OPOS=29625926;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.254902:26:105:26:102:76:6:20:37:39:99:75:6:20:36:39 chr20 29625934 . CA CG,TG 107.24 PASS AF=0.142857,0.0659341;AO=13,5;DP=91;FAO=13,6;FDP=91;FR=.;FRO=72;FSAF=5,1;FSAR=8,5;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=0.0165166,0.0053267;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=128.348,194.459;QD=4.71403;RBI=0.0328763,0.0283711;REFB=-0.00158769,-0.00324214;REVB=-0.0284264,-0.0278666;RO=71;SAF=5,1;SAR=8,4;SRF=25;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0435746,-0.180123;STB=0.521203,0.724951;STBP=0.894,0.352;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000547694,0.0238127;OID=.,.;OPOS=29625935,29625934;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:91:91:71:72:13,5:13,6:0.142857,0.0659341:8,4:5,1:25:46:8,5:5,1:26:46 chr20 29625965 . G A 38.25 PASS AF=0.0873016;AO=11;DP=126;FAO=11;FDP=126;FR=.;FRO=115;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=71;FWDB=-0.00341631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.116;QD=1.21436;RBI=0.0447962;REFB=-0.00085592;REVB=-0.0446657;RO=115;SAF=7;SAR=4;SRF=44;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285031;STB=0.719798;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00853788;OID=.;OPOS=29625965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:126:126:115:115:11:11:0.0873016:4:7:44:71:4:7:44:71 chr20 29625979 . C A 63.37 PASS AF=0.11811;AO=15;DP=128;FAO=15;FDP=127;FR=.;FRO=112;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=66;FWDB=-0.00424958;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.865;QD=1.99584;RBI=0.0251346;REFB=0.00073734;REVB=-0.0247728;RO=108;SAF=4;SAR=11;SRF=45;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200387;STB=0.640826;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0137558;OID=.;OPOS=29625979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:128:127:108:112:15:15:0.11811:11:4:45:63:11:4:46:66 chr20 29625984 . TG CC,TA 171.85 PASS AF=0.105263,0.120301;AO=14,16;DP=133;FAO=14,16;FDP=133;FR=.;FRO=103;FSAF=6,9;FSAR=8,7;FSRF=35;FSRR=68;FWDB=0.00284703,-0.0639954;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=265.63,61.4033;QD=5.16838;RBI=0.00342636,0.0795872;REFB=-6.0599e-05,-0.0096766;REVB=0.00190639,-0.0473149;RO=101;SAF=6,9;SAR=8,7;SRF=35;SRR=66;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.106349,0.268114;STB=0.581522,0.686463;STBP=0.569,0.135;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000231865,0.0387672;OID=.,.;OPOS=29625984,29625985;OREF=TG,G;OALT=CC,A;OMAPALT=CC,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:74:133:133:101:103:14,16:14,16:0.105263,0.120301:8,7:6,9:35:66:8,7:6,9:35:68 chr20 29628236 . G C 48.93 PASS AF=0.0794393;AO=17;DP=214;FAO=17;FDP=214;FR=.;FRO=197;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=91;FSRR=106;FWDB=0.0128622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6315;QD=0.914571;RBI=0.013141;REFB=0.00224824;REVB=0.00269247;RO=197;SAF=10;SAR=7;SRF=91;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142811;STB=0.615;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.0296802;OID=.;OPOS=29628236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:214:214:197:197:17:17:0.0794393:7:10:91:106:7:10:91:106 chr20 29628237 . C A 60.05 PASS AF=0.0883721;AO=19;DP=215;FAO=19;FDP=215;FR=.;FRO=196;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=93;FSRR=103;FWDB=-0.0354185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.319;QD=1.11724;RBI=0.0364009;REFB=-0.000955893;REVB=-0.0083995;RO=185;SAF=9;SAR=10;SRF=92;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279812;STB=0.500736;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0177518;OID=.;OPOS=29628237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:215:215:185:196:19:19:0.0883721:10:9:92:93:10:9:93:103 chr20 29628254 . A G 59.28 PASS AF=0.088785;AO=19;DP=214;FAO=19;FDP=214;FR=.;FRO=195;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=91;FSRR=104;FWDB=-0.0180455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.9;QD=1.10801;RBI=0.0185333;REFB=-0.000983906;REVB=-0.00422386;RO=194;SAF=10;SAR=9;SRF=90;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731501;STB=0.554137;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0230653;OID=.;OPOS=29628254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:214:214:194:195:19:19:0.088785:9:10:90:104:9:10:91:104 chr20 29628271 . C T 1010.82 PASS AF=0.5;AO=102;DP=206;FAO=103;FDP=206;FR=.;FRO=103;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=-0.00714463;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.002;QD=19.6276;RBI=0.0487294;REFB=-0.0246118;REVB=-0.0482028;RO=101;SAF=51;SAR=51;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583189;STB=0.538802;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0211572;OID=.;OPOS=29628271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:101:103:102:103:0.5:51:51:44:57:51:52:44:59 chr20 29628328 . C G 43.17 PASS AF=0.0982143;AO=11;DP=112;FAO=11;FDP=112;FR=.;FRO=101;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=65;FWDB=-0.0638557;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2115;QD=1.54184;RBI=0.0683909;REFB=-0.00795959;REVB=-0.0244901;RO=100;SAF=3;SAR=8;SRF=35;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104189;STB=0.587403;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0854665;OID=.;OPOS=29628328;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:112:112:100:101:11:11:0.0982143:8:3:35:65:8:3:36:65 chr20 29628361 . A C 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00369512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.45;QD=14.7349;RBI=0.0041431;REFB=-0.0223746;REVB=0.00187386;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160362;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0294102;OID=.;OPOS=29628361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:15:12:15:20:15:12:16:20 chr20 29628431 . C T 339.62 PASS AF=0.630435;AO=28;DP=45;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0369146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.288;QD=29.5323;RBI=0.037413;REFB=-0.0128734;REVB=-0.00608669;RO=17;SAF=12;SAR=16;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534648;STB=0.535853;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00970494;OID=.;OPOS=29628431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:17:17:28:29:0.630435:16:12:6:11:16:13:6:11 chr20 29630666 . T C 134.3 PASS AF=0.159763;AO=27;DP=167;FAO=27;FDP=169;FR=.;FRO=142;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=76;FSRR=66;FWDB=-0.00770309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.9805;QD=3.17875;RBI=0.00890195;REFB=-0.0231803;REVB=0.00446172;RO=140;SAF=21;SAR=6;SRF=75;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33232;STB=0.721888;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0429072;OID=.;OPOS=29630666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:140:142:27:27:0.159763:6:21:75:65:6:21:76:66 chr20 29630674 . A T 142.68 PASS AF=0.164706;AO=28;DP=170;FAO=28;FDP=170;FR=.;FRO=142;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=78;FSRR=64;FWDB=0.00924189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.339;QD=3.35718;RBI=0.0108461;REFB=-0.00228309;REVB=-0.00567676;RO=142;SAF=20;SAR=8;SRF=78;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223636;STB=0.647372;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0083334;OID=.;OPOS=29630674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:142:142:28:28:0.164706:8:20:78:64:8:20:78:64 chr20 29630681 . G A 165.82 PASS AF=0.176136;AO=31;DP=174;FAO=31;FDP=176;FR=.;FRO=145;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=81;FSRR=64;FWDB=-0.0113207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.787;QD=3.7686;RBI=0.0114536;REFB=-0.00424446;REVB=0.00173955;RO=130;SAF=21;SAR=10;SRF=76;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127151;STB=0.603661;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0123655;OID=.;OPOS=29630681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:130:145:31:31:0.176136:10:21:76:54:10:21:81:64 chr20 29630695 . C A 192.58 PASS AF=0.182292;AO=34;DP=190;FAO=35;FDP=192;FR=.;FRO=157;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=90;FSRR=67;FWDB=-0.0167155;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.328;QD=4.01216;RBI=0.0193657;REFB=-0.00861358;REVB=-0.00977884;RO=154;SAF=17;SAR=17;SRF=89;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100446;STB=0.571304;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0386269;OID=.;OPOS=29630695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:192:154:157:34:35:0.182292:17:17:89:65:18:17:90:67 chr20 29630697 . A G 185.14 PASS AF=0.177083;AO=34;DP=192;FAO=34;FDP=192;FR=.;FRO=158;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=84;FSRR=74;FWDB=0.00963647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8749;QD=3.85699;RBI=0.0409158;REFB=-0.00682837;REVB=0.0397649;RO=157;SAF=22;SAR=12;SRF=83;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156037;STB=0.597919;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0318495;OID=.;OPOS=29630697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:157:158:34:34:0.177083:12:22:83:74:12:22:84:74 chr20 29630725 . T C 338.38 PASS AF=0.24878;AO=51;DP=205;FAO=51;FDP=205;FR=.;FRO=154;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=85;FSRR=69;FWDB=-0.0314711;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.599;QD=6.60253;RBI=0.0425539;REFB=-0.00254223;REVB=-0.0286427;RO=154;SAF=28;SAR=23;SRF=85;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0037078;STB=0.502221;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00783074;OID=.;OPOS=29630725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:154:154:51:51:0.24878:23:28:85:69:23:28:85:69 chr20 29632635 . C G 33.69 PASS AF=0.0873786;AO=9;DP=103;FAO=9;FDP=103;FR=.;FRO=94;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.0108752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.384;QD=1.30818;RBI=0.012389;REFB=-0.00271134;REVB=0.00593441;RO=94;SAF=3;SAR=6;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201366;STB=0.661976;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0331494;OID=.;OPOS=29632635;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:103:103:94:94:9:9:0.0873786:6:3:48:46:6:3:48:46 chr20 29632638 . C A 159.7 PASS AF=0.242718;AO=23;DP=103;FAO=25;FDP=103;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.014265;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.782;QD=6.2018;RBI=0.0156243;REFB=-0.00195551;REVB=-0.00637402;RO=75;SAF=8;SAR=15;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216693;STB=0.626366;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00642355;OID=.;OPOS=29632638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:75:78:23:25:0.242718:15:8:39:36:16:9:41:37 chr20 29632643 . T C 50.47 PASS AF=0.109091;AO=12;DP=110;FAO=12;FDP=110;FR=.;FRO=98;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.01154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2206;QD=1.8352;RBI=0.0119724;REFB=0.0025692;REVB=0.00318827;RO=98;SAF=6;SAR=6;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122497;STB=0.509076;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0285258;OID=.;OPOS=29632643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:110:110:98:98:12:12:0.109091:6:6:48:50:6:6:48:50 chr20 29632660 . G T 52.17 PASS AF=0.107438;AO=13;DP=123;FAO=13;FDP=121;FR=.;FRO=108;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=-0.0357285;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0192;QD=1.72463;RBI=0.0473516;REFB=-0.00282993;REVB=-0.0310748;RO=106;SAF=9;SAR=4;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285561;STB=0.70932;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0198028;OID=.;OPOS=29632660;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:123:121:106:108:13:13:0.107438:4:9:48:58:4:9:49:59 chr20 29632662 . G C 398.85 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=122;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0173681;FXX=0.106549;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.223;QD=14.6366;RBI=0.0183134;REFB=-0.00973476;REVB=0.00580757;RO=62;SAF=22;SAR=23;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051671;STB=0.502651;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0173734;OID=.;OPOS=29632662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:109:62:64:45:45:0.412844:23:22:30:32:23:22:31:33 chr20 29632674 . T TA 46.73 PASS AF=0.204545;AO=36;DP=132;FAO=27;FDP=132;FR=.;FRO=105;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=-0.182297;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.6599;QD=1.41591;RBI=0.193993;REFB=-0.0374967;REVB=-0.0663415;RO=89;SAF=17;SAR=19;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132057;STB=0.56295;STBP=0.477;TYPE=ins;VARB=0.0315858;OID=.;OPOS=29632675;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.204545:36:132:27:132:105:11:16:51:54:46:89:17:19:43:46 chr20 29632707 . G A 107.15 PASS AF=0.159091;AO=21;DP=132;FAO=21;FDP=132;FR=.;FRO=111;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=64;FWDB=0.00212389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.759;QD=3.24697;RBI=0.0310527;REFB=-0.00342747;REVB=-0.03098;RO=110;SAF=14;SAR=7;SRF=47;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29919;STB=0.699323;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0242719;OID=.;OPOS=29632707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:110:111:21:21:0.159091:7:14:47:63:7:14:47:64 chr20 29632709 . C T 61.83 PASS AF=0.114504;AO=14;DP=130;FAO=15;FDP=131;FR=.;FRO=116;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=-0.0220439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.2;QD=1.88795;RBI=0.0236195;REFB=-0.00501514;REVB=-0.00848212;RO=116;SAF=6;SAR=8;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553307;STB=0.566474;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0177861;OID=.;OPOS=29632709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:130:131:116:116:14:15:0.114504:8:6:55:61:9:6:55:61 chr20 29632714 . CT AG 62.18 PASS AF=0.115385;AO=15;DP=130;FAO=15;FDP=130;FR=.;FRO=115;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=54;FSRR=61;FWDB=-0.00809862;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.234;QD=1.91328;RBI=0.0104223;REFB=-0.00263496;REVB=-0.00656022;RO=114;SAF=6;SAR=9;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911278;STB=0.562416;STBP=0.645;TYPE=mnp;VARB=0.0252073;OID=.;OPOS=29632714;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:130:130:114:115:15:15:0.115385:9:6:54:60:9:6:54:61 chr20 29633861 . A T 48.17 PASS AF=0.096;AO=11;DP=123;FAO=12;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=112;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=67;FSRR=45;FWDB=-0.00739319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.889;QD=1.5413;RBI=0.04475;REFB=-0.0031532;REVB=-0.0441351;RO=98;SAF=7;SAR=4;SRF=67;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625701;STB=0.513866;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0237717;OID=.;OPOS=29633861;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:123:125:98:112:11:12:0.096:4:7:67:31:5:7:67:45 chr20 29633887 . G A 40.45 PASS AF=0.0863309;AO=12;DP=139;FAO=12;FDP=139;FR=.;FRO=127;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=70;FSRR=57;FWDB=-0.0383972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.74;QD=1.16391;RBI=0.0461318;REFB=-0.0069267;REVB=-0.0255695;RO=122;SAF=6;SAR=6;SRF=68;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665784;STB=0.546685;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0433783;OID=.;OPOS=29633887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:139:139:122:127:12:12:0.0863309:6:6:68:54:6:6:70:57 chr20 29633900 . A G 86.08 PASS AF=0.131034;AO=19;DP=145;FAO=19;FDP=145;FR=.;FRO=126;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=65;FSRR=61;FWDB=0.0635386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2506;QD=2.37454;RBI=0.0969058;REFB=-0.00438478;REVB=0.0731681;RO=126;SAF=8;SAR=11;SRF=65;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118477;STB=0.58222;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0365111;OID=.;OPOS=29633900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:145:145:126:126:19:19:0.131034:11:8:65:61:11:8:65:61 chr20 29633915 . C T 38.15 PASS AF=0.0816327;AO=11;DP=147;FAO=12;FDP=147;FR=.;FRO=135;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=61;FSRR=74;FWDB=-0.0417611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.576;QD=1.0381;RBI=0.0604147;REFB=-0.000809986;REVB=-0.0436572;RO=128;SAF=9;SAR=2;SRF=54;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428745;STB=0.767008;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0193937;OID=.;OPOS=29633915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:147:147:128:135:11:12:0.0816327:2:9:54:74:3:9:61:74 chr20 29633916 . G T 630.32 PASS AF=0.54717;AO=57;DP=145;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00120737;FXX=0.273954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.503;QD=23.7856;RBI=0.0145947;REFB=-0.0154567;REVB=-0.0145447;RO=45;SAF=26;SAR=31;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853577;STB=0.523552;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0261082;OID=.;OPOS=29633916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:106:45:48:57:58:0.54717:31:26:21:24:32:26:24:24 chr20 29633929 . A G 543.3 PASS AF=0.415493;AO=59;DP=142;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0111225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.583;QD=15.3043;RBI=0.0143671;REFB=-0.00911403;REVB=0.00909407;RO=82;SAF=28;SAR=31;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116047;STB=0.502752;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00662269;OID=.;OPOS=29633929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:82:83:59:59:0.415493:31:28:38:44:31:28:39:44 chr20 29633938 . A G 207.24 PASS AF=0.22695;AO=31;DP=140;FAO=32;FDP=141;FR=.;FRO=109;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=-0.0453328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5001;QD=5.87922;RBI=0.0453475;REFB=0.00284744;REVB=-0.00115614;RO=109;SAF=16;SAR=15;SRF=50;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725254;STB=0.531895;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.014832;OID=.;OPOS=29633938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:109:109:31:32:0.22695:15:16:50:59:16:16:50:59 chr20 29633952 . C T 455.62 PASS AF=0.393939;AO=52;DP=131;FAO=52;FDP=132;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.00709029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.154;QD=13.8067;RBI=0.0180845;REFB=-0.0232708;REVB=-0.0166366;RO=79;SAF=24;SAR=28;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199002;STB=0.514683;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.019549;OID=.;OPOS=29633952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:79:80:52:52:0.393939:28:24:35:44:28:24:35:45 chr20 29652157 . G A 84.54 PASS AF=0.102564;AO=24;DP=235;FAO=24;FDP=234;FR=.;FRO=210;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=84;FSRR=126;FWDB=-0.034782;FXX=0.00425514;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.388;QD=1.44511;RBI=0.0348198;REFB=-0.00500766;REVB=-0.00162186;RO=210;SAF=14;SAR=10;SRF=84;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220575;STB=0.660068;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0513732;OID=.;OPOS=29652157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:235:234:210:210:24:24:0.102564:10:14:84:126:10:14:84:126 chr20 29652164 . GC AC,TT 129.57 PASS AF=0.107317,0.0439024;AO=21,9;DP=219;FAO=22,9;FDP=205;FR=.;FRO=174;FSAF=13,2;FSAR=9,7;FSRF=60;FSRR=114;FWDB=-0.0350398,0.000298101;FXX=0.063924;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=141.732,86.882;QD=2.52819;RBI=0.0352342,0.0410644;REFB=-0.00153965,-0.00779274;REVB=0.00369573,-0.0410633;RO=164;SAF=13,2;SAR=8,7;SRF=56;SRR=108;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.334446,-0.134822;STB=0.708607,0.641668;STBP=0.036,0.448;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0447814,0.0769718;OID=.,.;OPOS=29652164,29652164;OREF=G,GC;OALT=A,TT;OMAPALT=AC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:219:205:164:174:21,9:22,9:0.107317,0.0439024:8,7:13,2:56:108:9,7:13,2:60:114 chr20 29652166 . G A 159.69 PASS AF=0.153488;AO=32;DP=215;FAO=33;FDP=215;FR=.;FRO=182;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=67;FSRR=115;FWDB=-0.0355582;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1904;QD=2.97102;RBI=0.0360299;REFB=-0.00403894;REVB=-0.00581094;RO=182;SAF=12;SAR=20;SRF=66;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169907;STB=0.523086;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0303162;OID=.;OPOS=29652166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:182:182:32:33:0.153488:20:12:66:116:20:13:67:115 chr20 29652172 . TG CA,CG 2513.52 PASS AF=0.369231,0.553846;AO=72,107;DP=196;FAO=72,108;FDP=195;FR=.;FRO=15;FSAF=23,34;FSAR=49,74;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0165862,-0.00717699;FXX=0.00510178;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=143.371,91.9747;QD=51.5593;RBI=0.0317577,0.0262058;REFB=-0.00367539,0.0296622;REVB=0.0270822,-0.0252038;RO=14;SAF=23,34;SAR=49,73;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0119098,0.00810105;STB=0.510541,0.506838;STBP=0.74,0.732;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00387146,-0.0015685;OID=.,.;OPOS=29652172,29652172;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:196:195:14:15:72,107:72,108:0.369231,0.553846:49,73:23,34:4:10:49,74:23,34:4:11 chr20 29652182 . C T 33.96 PASS AF=0.0695187;AO=13;DP=187;FAO=13;FDP=187;FR=.;FRO=174;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=125;FWDB=-0.0301607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3089;QD=0.726414;RBI=0.0377892;REFB=-0.000993915;REVB=0.0227674;RO=171;SAF=4;SAR=9;SRF=47;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437657;STB=0.529078;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0151882;OID=.;OPOS=29652182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:187:187:171:174:13:13:0.0695187:9:4:47:124:9:4:49:125 chr20 29652183 . G A 198.4 PASS AF=0.190217;AO=35;DP=182;FAO=35;FDP=184;FR=.;FRO=149;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=106;FWDB=-0.0389435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.383;QD=4.31308;RBI=0.0407352;REFB=-0.014399;REVB=0.0119481;RO=146;SAF=10;SAR=25;SRF=40;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186644;STB=0.502845;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0440906;OID=.;OPOS=29652183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:146:149:35:35:0.190217:25:10:40:106:25:10:43:106 chr20 29652191 . C T 1913.49 PASS AF=0.827586;AO=142;DP=172;FAO=144;FDP=174;FR=.;FRO=30;FSAF=40;FSAR=104;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0714856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4722;QD=43.9882;RBI=0.0734237;REFB=-0.0379186;REVB=0.0167583;RO=29;SAF=39;SAR=103;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142247;STB=0.511809;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00795437;OID=.;OPOS=29652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:174:29:30:142:144:0.827586:103:39:9:20:104:40:10:20 chr20 29652194 . C T 72.58 PASS AF=0.107955;AO=19;DP=175;FAO=19;FDP=176;FR=.;FRO=157;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=111;FWDB=0.0211099;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.354;QD=1.64955;RBI=0.0232228;REFB=-0.00348655;REVB=0.0096784;RO=155;SAF=3;SAR=16;SRF=45;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222517;STB=0.672752;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0475881;OID=.;OPOS=29652194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:175:176:155:157:19:19:0.107955:16:3:45:110:16:3:46:111 chr20 29652196 . T C 140.49 PASS AF=0.16092;AO=28;DP=174;FAO=28;FDP=174;FR=.;FRO=146;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=102;FWDB=-0.0558259;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.983;QD=3.2297;RBI=0.0564809;REFB=-0.00945217;REVB=0.00857696;RO=144;SAF=5;SAR=23;SRF=42;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19861;STB=0.64315;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0610613;OID=.;OPOS=29652196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:144:146:28:28:0.16092:23:5:42:102:23:5:44:102 chr20 29652235 . CG CC,GC 1385.43 PASS AF=0.788618,0.0813008;AO=89,10;DP=127;FAO=97,10;FDP=123;FR=.;FRO=16;FSAF=26,2;FSAR=71,8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0395353,-0.0301629;FXX=0.046508;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=94.2114,157.613;QD=45.0546;RBI=0.0436038,0.0339174;REFB=-0.00436695,0.0100131;REVB=0.0183917,0.0155108;RO=14;SAF=18,2;SAR=71,8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0323978,-0.119127;STB=0.50796,0.595536;STBP=0.704,0.517;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00450705,0.0109766;OID=.,.;OPOS=29652236,29652235;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:127:123:14:16:89,10:97,10:0.788618,0.0813008:71,8:18,2:4:10:71,8:26,2:5:11 chr20 29652254 . G A 246.09 PASS AF=0.313725;AO=32;DP=102;FAO=32;FDP=102;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=-0.0493439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.583;QD=9.65062;RBI=0.0542179;REFB=-0.0124211;REVB=0.0224668;RO=69;SAF=8;SAR=24;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100272;STB=0.567029;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0196988;OID=.;OPOS=29652254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:69:70:32:32:0.313725:24:8:22:47:24:8:23:47 chr20 29964935 . A G 161.2 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0364397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2157;QD=19.5389;RBI=0.0469407;REFB=-0.0164573;REVB=0.0295902;RO=16;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149707;STB=0.585478;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0114564;OID=.;OPOS=29964935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:4:13:10:6:4:13:10:6 chr20 29965014 . T C 277.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0160636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6327;QD=18.4908;RBI=0.0342967;REFB=-0.00675052;REVB=0.0303022;RO=30;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203458;STB=0.604586;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00822629;OID=.;OPOS=29965014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:29:30:0.5:13:16:23:7:13:17:23:7 chr20 29978216 . T C 272.24 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00301474;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.941;QD=17.2853;RBI=0.0040548;REFB=-0.0260111;REVB=0.00271159;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088111;STB=0.541199;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0188923;OID=.;OPOS=29978216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:32:33:30:30:0.47619:16:14:18:14:16:14:18:15 chr20 30064331 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00333945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.245;QD=11.1041;RBI=0.0114498;REFB=0.0144554;REVB=-0.010952;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125396;STB=0.576693;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00896187;OID=.;OPOS=30064331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:4:6:5:2:4:6 chr20 30070239 . C A 284.74 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0737568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.733;QD=17.796;RBI=0.0865107;REFB=-0.0446111;REVB=0.0452111;RO=30;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131553;STB=0.547253;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0333334;OID=.;OPOS=30070239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:30:33:31:31:0.484375:15:16:11:19:15:16:14:19 chr20 30193539 . ACCCCCG ACCCC,ACCCCG,ACCCCGG 49.41 PASS AF=0.229167,0,0;AO=6,7,3;DP=53;FAO=11,0,0;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=6,0,0;FSAR=5,0,0;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.103964,-0.0672831,0.0344995;FXX=0.020404;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=23.1631,11.9413,20.4894;QD=4.11737;RBI=0.112765,0.06788,0.0489216;REFB=-0.0498773,-0.0635375,-0.0164819;REVB=-0.0436727,-0.00898211,0.0346859;RO=31;SAF=0,6,3;SAR=6,1,0;SRF=11;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.633526,0.572856,0.609902;STB=0.64659,0.5,0.5;STBP=0.307,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.178259,0,0;OID=.,.,.;OPOS=30193544,30193540,30193544;OREF=CG,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=ACCCC,ACCCCG,ACCCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.229167,0,0:6,7,3:53:11,0,0:48:37:6,0,0:5,0,0:13:24:49:31:0,6,3:6,1,0:11:20 chr20 30452782 . C T 337.17 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00168566;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.219;QD=19.546;RBI=0.0109239;REFB=-0.0123937;REVB=0.0107931;RO=31;SAF=13;SAR=22;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141529;STB=0.509798;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0120311;OID=.;OPOS=30452782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:31:34:35:35:0.507246:22:13:12:19:22:13:12:22 chr20 30489131 . G A 463.9 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0178193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7101;QD=19.3292;RBI=0.0179925;REFB=0.00715383;REVB=-0.00249055;RO=49;SAF=26;SAR=20;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133759;STB=0.502761;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.00805969;OID=.;OPOS=30489131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:49:50:46:46:0.479167:20:26:27:22:20:26:28:22 chr20 30676401 . AG A 490.84 PASS AF=0.980392;AO=43;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00936876;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.6299;QD=38.4971;RBI=0.288061;REFB=-0.0305493;REVB=0.287909;RO=7;SAF=17;SAR=26;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.618056;SSSB=0.0701925;STB=0.513508;STBP=0.286;TYPE=del;VARB=0.0130209;OID=.;OPOS=30676402;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.980392:43:52:50:51:1:18:32:1:0:6:7:17:26:1:6 chr20 30746248 . T C 1719.11 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651844;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7485;QD=60.8533;RBI=0.0728646;REFB=0;REVB=0.0325613;RO=0;SAF=77;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401137;OID=.;OPOS=30746248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:113:0:0:113:113:1:36:77:0:0:36:77:0:0 chr20 30777336 . G T 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00517482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.444;QD=23.598;RBI=0.00805903;REFB=-0.014418;REVB=-0.00617812;RO=21;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422618;STB=0.523541;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0121178;OID=.;OPOS=30777336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:12:13:12:9:12:13:12:9 chr20 30777800 . T C 780.79 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.595;QD=56.7847;RBI=0.0303244;REFB=0;REVB=0.027092;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80901e-05;OID=.;OPOS=30777800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:55:0:0:51:55:1:23:28:0:0:25:30:0:0 chr20 30777860 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3784;QD=61.3349;RBI=0.0337696;REFB=0;REVB=-0.0333846;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351372;OID=.;OPOS=30777860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr20 30795818 . CT C,CC 927.57 PASS AF=0.015625,0.984375;AO=17,47;DP=64;FAO=1,63;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=1,60;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528883,0.067002;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=193.579,208.892;QD=57.9728;RBI=0.0531263,0.0804362;REFB=0,0;REVB=-0.00502264,-0.0445053;RO=0;SAF=17,44;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0294753,0.00177933;OID=.,.;OPOS=30795819,30795819;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.015625,0.984375:17,47:64:1,63:64:0:1,60:0,3:0:0:4:0:17,44:0,3:0:0 chr20 30825596 . C T 52.14 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0075138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1877;QD=9.47992;RBI=0.00808724;REFB=-0.0113167;REVB=-0.00299103;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746008;STB=0.545342;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0366415;OID=.;OPOS=30825596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:8:6:4:4:8:6 chr20 30915461 . T C 445.97 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.00239312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.107;QD=15.3783;RBI=0.0139762;REFB=-0.0143441;REVB=-0.0137698;RO=64;SAF=20;SAR=30;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0098149;STB=0.51263;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0340081;OID=.;OPOS=30915461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:66:50:50:0.431034:30:20:25:39:30:20:25:41 chr20 30922398 . C T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00415895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.671;QD=13.2126;RBI=0.0115647;REFB=-0.0026787;REVB=0.010791;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948902;STB=0.555477;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00469738;OID=.;OPOS=30922398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:13:9:7:7:13:9 chr20 30922435 . T TA,TAA 71.87 PASS AF=0.535714,0;AO=12,3;DP=28;FAO=15,0;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10,0;FSAR=5,0;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.210225,-0.110586;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.3286,13.5964;QD=10.2672;RBI=0.210267,0.110606;REFB=0.0730955,0.0376703;REVB=-0.00420811,-0.00212246;RO=13;SAF=9,2;SAR=3,1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.285023,0.223739;STB=0.564015,0.5;STBP=0.493,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0649508,-0.000125904;OID=.,.;OPOS=30922436,30922436;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535714,0:12,3:28:15,0:28:13:10,0:5,0:7:6:45:13:9,2:3,1:6:7 chr20 31022959 . T C 954.97 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.122;QD=58.7676;RBI=0.0611358;REFB=0;REVB=0.0600643;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178486;OID=.;OPOS=31022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr20 31024274 . T C 175.1 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00957628;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.587;QD=18.9296;RBI=0.0108265;REFB=0.00331958;REVB=0.00505045;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248975;STB=0.654372;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00392502;OID=.;OPOS=31024274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:19:18:18:0.486486:12:6:11:7:12:6:12:7 chr20 31025163 . A G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0117904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8152;QD=7.62888;RBI=0.0205707;REFB=0.00185017;REVB=-0.0168565;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251243;STB=0.659573;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00398148;OID=.;OPOS=31025163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:6:2:9:11:6:2:9:11 chr20 31025535 . A G 331.25 PASS AF=0.417582;AO=35;DP=88;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00376476;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.476;QD=14.5606;RBI=0.022873;REFB=-0.00151324;REVB=-0.022561;RO=44;SAF=24;SAR=11;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216689;STB=0.647919;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00191615;OID=.;OPOS=31025535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:44:53:35:38:0.417582:11:24:21:23:11:27:25:28 chr20 31035129 . A G 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00506969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.078;QD=25.2545;RBI=0.0147075;REFB=-0.0107803;REVB=0.0138061;RO=11;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472407;STB=0.526287;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00697709;OID=.;OPOS=31035129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:12:6:3:8:12:6:3:8 chr20 31386347 . T C 593.46 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.10694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.886;QD=56.5197;RBI=0.109498;REFB=-0.122891;REVB=0.0235307;RO=2;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159703;OID=.;OPOS=31386347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:42:42:2:2:40:40:0.952381:20:20:1:1:20:20:1:1 chr20 31386449 . T C 108.06 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183888;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.969;QD=43.2221;RBI=0.0216832;REFB=0;REVB=-0.0114897;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140743;OID=.;OPOS=31386449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr20 31388636 . T C 695.5 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0357286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.576;QD=60.4782;RBI=0.0371272;REFB=0.0136082;REVB=0.0100941;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191802;STB=0.5102;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=5.03124e-05;OID=.;OPOS=31388636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:24:21:0:1:24:21:0:1 chr20 31436747 . C T 481.5 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.776;QD=58.3638;RBI=0.0279282;REFB=0;REVB=-0.0258181;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.83582e-05;OID=.;OPOS=31436747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr20 31584178 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00211428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.437;QD=60.6098;RBI=0.00573997;REFB=0;REVB=0.00533639;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78893e-06;OID=.;OPOS=31584178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr20 31587752 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.803;QD=40.7629;RBI=0.0659807;REFB=0;REVB=0.0655229;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100439;OID=.;OPOS=31587752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr20 31587793 . A G 375.52 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.718;QD=55.632;RBI=0.103226;REFB=0;REVB=0.0974097;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183853;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr20 31609117 . GT G,TG 53.89 PASS AF=0.337079,0.011236;AO=27,15;DP=87;FAO=30,1;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=2,0;FSAR=28,1;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0208211,-0.000504485;FXX=0.0219756;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=11.0577,123.016;QD=2.42192;RBI=0.158842,0.175272;REFB=-0.153736,-0.00548318;REVB=-0.157472,-0.175272;RO=37;SAF=3,0;SAR=24,15;SRF=25;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.628797,-0.820397;STB=0.893303,0.990677;STBP=0,0.296;TYPE=del,mnp;VARB=0.141981,-0.0615019;OID=.,.;OPOS=31609118,31609117;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:87:89:37:58:27,15:30,1:0.337079,0.011236:24,15:3,0:25:12:28,1:2,0:31:27 chr20 31622083 . G A 1274.22 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01806;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.397;QD=62.1573;RBI=0.0303256;REFB=0;REVB=0.0243615;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061721;OID=.;OPOS=31622083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:82:82:1:47:35:0:0:47:35:0:0 chr20 31627291 . A G 689.77 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.079;QD=62.706;RBI=0.0482319;REFB=0;REVB=0.0294574;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115393;OID=.;OPOS=31627291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:17:25:0:0:18:26:0:0 chr20 31652292 . G A 1355.44 PASS AF=0.977778;AO=84;DP=87;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0898775;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9381;QD=60.2416;RBI=0.0960576;REFB=-0.0936615;REVB=0.0338983;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.500506;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00217865;OID=.;OPOS=31652292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:90:0:2:84:88:0.977778:46:38:0:0:46:42:1:1 chr20 31656632 . C G 1822.49 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.856;QD=61.2602;RBI=0.0595104;REFB=0;REVB=0.0315646;RO=0;SAF=60;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68553e-05;OID=.;OPOS=31656632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:59:60:0:0:59:60:0:0 chr20 31673846 . A G 1416.09 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051681;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.108;QD=61.569;RBI=0.0548058;REFB=0;REVB=-0.0182416;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207256;OID=.;OPOS=31673846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:92:0:0:86:92:1:43:43:0:0:44:48:0:0 chr20 31676804 . A C 769.35 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00614202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9056;QD=54.9535;RBI=0.0229497;REFB=0.0263251;REVB=-0.0221125;RO=1;SAF=22;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209431;STB=0.511107;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00394304;OID=.;OPOS=31676804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:33:22:1:0:33:22:1:0 chr20 31812923 . G A 429.48 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0183837;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.581;QD=19.5217;RBI=0.0200921;REFB=-0.00549869;REVB=-0.0081075;RO=43;SAF=24;SAR=19;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104781;STB=0.546878;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00530661;OID=.;OPOS=31812923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:43:45:43:43:0.488636:19:24:19:24:19:24:21:24 chr20 31876681 . A G 241.68 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0825018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.812;QD=21.9705;RBI=0.0863618;REFB=-0.0134294;REVB=-0.0255306;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193846;STB=0.608601;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0170819;OID=.;OPOS=31876681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:9:14:8:13:9:14:8:13 chr20 31897554 . G C 159.65 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0140635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.546;QD=17.7389;RBI=0.0150737;REFB=-0.0245636;REVB=-0.0054253;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165154;STB=0.594481;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0217073;OID=.;OPOS=31897554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:6:11:9:10:6:11:9:10 chr20 31981849 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.657;QD=49.5983;RBI=0.0414902;REFB=0;REVB=0.0244905;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000711707;OID=.;OPOS=31981849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr20 32000218 . GC G 139.92 PASS AF=0.456522;AO=39;DP=97;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0524883;FXX=0.0515411;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.8924;QD=6.08352;RBI=0.118363;REFB=-0.0768262;REVB=-0.106089;RO=45;SAF=17;SAR=22;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0.307692;SSSB=-0.197776;STB=0.626219;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=0.0743994;OID=.;OPOS=32000219;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456522:39:97:42:92:50:17:25:32:18:99:45:17:22:29:16 chr20 32212690 . C T 393.3 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=-0.000263609;FXX=0.0238067;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.54;QD=19.1855;RBI=0.000305628;REFB=-0.0131841;REVB=-0.000154657;RO=32;SAF=19;SAR=21;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15861;STB=0.635626;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00911801;OID=.;OPOS=32212690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:32:42:40:40:0.487805:21:19:9:23:21:19:9:33 chr20 32232389 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0249132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.352;QD=12.0157;RBI=0.0332338;REFB=-0.0236943;REVB=0.0219958;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0314443;OID=.;OPOS=32232389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:5:2:2:4:5:2 chr20 32256195 . AC A 72.11 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.155815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.5429;QD=9.01383;RBI=0.184238;REFB=-0.10548;REVB=-0.0983122;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.392857;SSSB=-0.118918;STB=0.59988;STBP=0.401;TYPE=del;VARB=0.0938221;OID=.;OPOS=32256196;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:14:32:15:32:17:10:5:14:3:72:16:10:4:13:3 chr20 32379263 . T C 317.74 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00750663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.642;QD=52.9567;RBI=0.0523655;REFB=0;REVB=0.0518247;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62027e-05;OID=.;OPOS=32379263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:10:14:0:0 chr20 32664864 . C CCAG 38.14 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.000443138;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=3;MLLD=230.706;QD=8.02862;RBI=0.0385449;REFB=-0.0149716;REVB=-0.0385423;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19019;STB=0.683679;STBP=0.363;TYPE=ins;VARB=0.0336272;OID=.;OPOS=32664865;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:6:41:6:19:13:3:3:3:10:38:35:3:3:12:23 chr20 32664866 . G A 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0322798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.416;QD=8.12844;RBI=0.0330338;REFB=-0.0049658;REVB=0.00701744;RO=28;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342355;STB=0.70744;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00675935;OID=.;OPOS=32664866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:40:28:29:11:11:0.275:9:2:12:16:9:2:12:17 chr20 32972053 . TGCA T 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100852;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=306.09;QD=37.893;RBI=0.0130366;REFB=-0.010102;REVB=0.00826082;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599814;STBP=0.138;TYPE=del;VARB=0.00101132;OID=.;OPOS=32972054;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.923077:12:13:12:13:1:10:2:0:1:6:0:10:2:0:0 chr20 33104592 . G C 285.86 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0279429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6743;QD=21.9892;RBI=0.0758454;REFB=0.00922792;REVB=0.0705104;RO=23;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11669;STB=0.564757;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00531078;OID=.;OPOS=33104592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:18:11:12:11:18:11:12:11 chr20 33147165 . C T 114.22 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.00512077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.204;QD=10.1533;RBI=0.0288128;REFB=-0.00798707;REVB=-0.0283541;RO=31;SAF=8;SAR=6;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209764;STB=0.624;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0396117;OID=.;OPOS=33147165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:6:8:23:8:6:8:23:8 chr20 33328253 . T A 155.22 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0108212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9808;QD=9.26679;RBI=0.0299567;REFB=0.00326968;REVB=-0.027934;RO=46;SAF=5;SAR=16;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329212;STB=0.696535;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.005567;OID=.;OPOS=33328253;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:16:5:23:23:16:5:23:23 chr20 33337751 . T C 165.09 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0135602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3353;QD=14.0503;RBI=0.0194393;REFB=0.00551602;REVB=0.0139286;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117513;STB=0.528936;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00381034;OID=.;OPOS=33337751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:29:18:18:0.382979:7:11:15:10:7:11:19:10 chr20 33462951 . G T 98.19 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0331824;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.823;QD=12.6698;RBI=0.0401181;REFB=-0.007215;REVB=-0.0225474;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27225;STB=0.659433;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0252422;OID=.;OPOS=33462951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:6:13:5:7:6:13 chr20 33470694 . C T 311.86 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0178496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.253;QD=14.1753;RBI=0.0178613;REFB=-0.00339754;REVB=0.000645847;RO=51;SAF=12;SAR=23;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119662;STB=0.570207;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00515405;OID=.;OPOS=33470694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:53:35:35:0.397727:23:12:23:28:23:12:24:29 chr20 33568407 . C T 261.83 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.020987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.129;QD=25.5442;RBI=0.125271;REFB=-0.0673494;REVB=0.1235;RO=15;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041004;STB=0.544293;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0202339;OID=.;OPOS=33568407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:17:24:24:0.585366:13:11:6:9:13:11:6:11 chr20 33572941 . A G 412.01 PASS AF=0.911765;AO=29;DP=33;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0223858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.743;QD=48.4721;RBI=0.093794;REFB=-0.0279366;REVB=-0.0910834;RO=3;SAF=15;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260706;STB=0.513299;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00496101;OID=.;OPOS=33572941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:34:3:3:29:31:0.911765:14:15:2:1:15:16:2:1 chr20 33574765 . T C 184.38 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0547511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6249;QD=13.6577;RBI=0.0615955;REFB=0.0162401;REVB=0.0282192;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105895;STB=0.560445;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.033425;OID=.;OPOS=33574765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:13:9:10:22:13:9:10:22 chr20 33578251 . A G 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0342462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.802;QD=24.8184;RBI=0.0343852;REFB=-0.0174837;REVB=-0.00308823;RO=18;SAF=5;SAR=19;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016034;STB=0.508921;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0148519;OID=.;OPOS=33578251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:19:5:4:14:19:5:4:14 chr20 33578899 . T C 1587.24 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.69;QD=64.1311;RBI=0.0139479;REFB=0;REVB=-0.00221217;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41426e-05;OID=.;OPOS=33578899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:51:48:0:0:51:48:0:0 chr20 33581955 . G A 275.17 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0365226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.418;QD=13.1033;RBI=0.0737283;REFB=-0.0209575;REVB=0.0640465;RO=50;SAF=13;SAR=19;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32621;STB=0.671616;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0315719;OID=.;OPOS=33581955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:52:32:32:0.380952:19:13:36:14:19:13:36:16 chr20 33583331 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4519;QD=45.8063;RBI=0.0775796;REFB=0;REVB=0.0753814;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00390596;OID=.;OPOS=33583331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr20 33584289 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0063458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.047;QD=16.2716;RBI=0.00826562;REFB=-0.0165141;REVB=-0.00529635;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840217;STB=0.548323;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0264451;OID=.;OPOS=33584289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:8:10:7:8:8:10 chr20 33586193 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0148004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.719;QD=14.6657;RBI=0.0180133;REFB=-0.018057;REVB=-0.0102679;RO=21;SAF=11;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185286;STB=0.608357;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0170181;OID=.;OPOS=33586193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:4:11:12:9:4:11:12:9 chr20 33587198 . G C 72.23 PASS AF=0.6;AO=6;DP=16;FAO=9;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0196505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6577;QD=19.2619;RBI=0.0393949;REFB=-0.0126304;REVB=-0.0341441;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.545355;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00754291;OID=.;OPOS=33587198;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:16:15:7:6:6:9:0.6:4:2:4:3:4:5:4:2 chr20 33588698 . TGAGGCTGGGCAAGGGCTGTGGG T 124.08 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0179871;FXX=0;HRUN=1;LEN=22;MLLD=369.277;QD=16.544;RBI=0.0280388;REFB=-0.0202985;REVB=0.021509;RO=14;SAF=13;SAR=1;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186725;STB=0.590759;STBP=0.614;TYPE=del;VARB=0.0244464;OID=.;OPOS=33588699;OREF=GAGGCTGGGCAAGGGCTGTGGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:14:30:14:30:16:13:1:14:2:99:14:13:1:12:2 chr20 33657126 . G A 1120.73 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3866;QD=58.9857;RBI=0.0311914;REFB=0.0265702;REVB=0.0217904;RO=1;SAF=30;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155095;STB=0.508195;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-4.43162e-05;OID=.;OPOS=33657126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:45:30:1:0:45:30:1:0 chr20 33703607 . C T 242.12 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0205435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.263;QD=16.9908;RBI=0.0266718;REFB=-0.00948277;REVB=-0.0170103;RO=29;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386579;STB=0.514046;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0103718;OID=.;OPOS=33703607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:27:27:0.473684:11:16:16:13:11:16:17:13 chr20 33783173 . G A 372.15 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.000128816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2869;QD=31.0121;RBI=0.00988262;REFB=-0.00425029;REVB=-0.00988178;RO=17;SAF=23;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313209;STB=0.672397;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00223341;OID=.;OPOS=33783173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:8:23:5:12:8:23:5:12 chr20 33867924 . G A 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00679357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.55;QD=15.2296;RBI=0.0140799;REFB=-0.00154611;REVB=-0.0123325;RO=28;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210579;STB=0.621493;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00304329;OID=.;OPOS=33867924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:12:7:16:12:12:7:16:12 chr20 33872166 . CCGG CCG,C,CG 107.21 PASS AF=0.55,0.2,0;AO=7,3,3;DP=20;FAO=11,4,0;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=8,0,0;FSAR=3,4,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0474317,0.0217633,0.0302385;FXX=0.0475964;HRUN=4,4,4;LEN=1,3,2;MLLD=11.8989,22.9329,15.3107;QD=21.4419;RBI=0.0977604,0.0388547,0.130768;REFB=-0.144177,-0.0507526,-0.038195;REVB=0.0854829,-0.0321877,-0.127224;RO=5;SAF=7,0,0;SAR=0,3,3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.768751,-0.698233,-0.698233;STB=0.547855,0.996662,0.5;STBP=0.668,0.068,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0663796,0.058767,0.0201461;OID=.,.,.;OPOS=33872168,33872167,33872167;OREF=G,CGG,CG;OALT=-,-,-;OMAPALT=CCG,C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55,0.2,0:7,3,3:20:11,4,0:20:5:8,0,0:3,4,0:3:2:17:5:7,0,0:0,3,3:3:2 chr20 33874720 . C T 220.63 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0511194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.19;QD=14.2339;RBI=0.053871;REFB=-0.0192166;REVB=0.0169967;RO=35;SAF=7;SAR=19;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417393;STB=0.743092;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0154984;OID=.;OPOS=33874720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:19:7:24:11:19:7:25:11 chr20 33894674 . G A 90.42 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0629056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.036;QD=19.0356;RBI=0.0903993;REFB=-0.00582491;REVB=0.0649224;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260141;STB=0.611445;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0113549;OID=.;OPOS=33894674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:19:8:8:10:11:0.578947:7:3:5:3:7:4:5:3 chr20 34022196 . C T 236.2 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.035644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2964;QD=13.4974;RBI=0.0604016;REFB=-0.00796672;REVB=-0.0487633;RO=39;SAF=9;SAR=19;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348519;STB=0.702858;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0219175;OID=.;OPOS=34022196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:42:28:28:0.4:19:9:26:13:19:9:28:14 chr20 34022672 . C A 283.67 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00742759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.558;QD=19.9065;RBI=0.0131275;REFB=-0.0128519;REVB=0.0108242;RO=26;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148776;STB=0.574418;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0116626;OID=.;OPOS=34022672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:30:30:0.526316:12:18:11:15:12:18:12:15 chr20 34062642 . C T 320.66 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00684678;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.158;QD=20.0413;RBI=0.065329;REFB=-0.00197698;REVB=-0.0649693;RO=30;SAF=22;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317307;STB=0.50701;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00176848;OID=.;OPOS=34062642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:30:30:33:34:0.53125:11:22:19:11:12:22:19:11 chr20 34089718 . G T 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.000177285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.473;QD=12.083;RBI=0.0230795;REFB=-0.0179147;REVB=0.0230788;RO=35;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171839;STB=0.599902;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0303547;OID=.;OPOS=34089718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:7:14:18:17:7:14:18:17 chr20 34095588 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00272999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.649;QD=19.0177;RBI=0.026014;REFB=-0.0265632;REVB=-0.0258704;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940743;STB=0.553418;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0191744;OID=.;OPOS=34095588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:9:5:7:8:9:5 chr20 34116307 . C T 121.08 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0477058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7837;QD=14.6761;RBI=0.0482146;REFB=0.00126826;REVB=0.00698603;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383039;STB=0.726997;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00036414;OID=.;OPOS=34116307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:14:14:0.424242:6:8:3:15:6:8:3:16 chr20 34144107 . T C 883.91 PASS AF=0.954545;AO=62;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0291799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.023;QD=53.5703;RBI=0.0303442;REFB=-0.181121;REVB=0.00832474;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518981;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00105644;OID=.;OPOS=34144107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:0:3:62:63:0.954545:38:24:0:0:38:25:0:3 chr20 34144746 . A G 434.78 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0332091;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9306;QD=17.9292;RBI=0.0336609;REFB=-0.00778118;REVB=0.00549656;RO=52;SAF=19;SAR=25;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851805;STB=0.542689;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00621655;OID=.;OPOS=34144746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:52:53:44:44:0.453608:25:19:27:25:25:19:27:26 chr20 34146779 . T C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.018167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.645;QD=15.101;RBI=0.0183;REFB=0.00373654;REVB=0.00220255;RO=31;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254187;STB=0.514448;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.00411641;OID=.;OPOS=34146779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:13:11:15:16:13:11:15:16 chr20 34147998 . A G 399.25 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.015468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.464;QD=15.3559;RBI=0.0318955;REFB=-0.0216997;REVB=-0.0278938;RO=57;SAF=25;SAR=20;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991113;STB=0.565003;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0278791;OID=.;OPOS=34147998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:59:45:45:0.432692:20:25:26:31:20:25:26:33 chr20 34148001 . C T 418.62 PASS AF=0.443396;AO=46;DP=105;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0296815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.848;QD=15.7971;RBI=0.0327179;REFB=-0.024085;REVB=0.0137647;RO=59;SAF=26;SAR=20;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124668;STB=0.574436;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0269397;OID=.;OPOS=34148001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:59:59:46:47:0.443396:20:26:26:33:20:27:26:33 chr20 34148322 . T G 172.1 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0188677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.074;QD=18.1159;RBI=0.0216339;REFB=-0.0047542;REVB=-0.0105847;RO=20;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310763;STB=0.677709;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0076048;OID=.;OPOS=34148322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:5:13:8:12:5:13:8:12 chr20 34150714 . C G 140.17 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0190416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.013;QD=12.7425;RBI=0.0209656;REFB=-0.0226458;REVB=-0.00877348;RO=28;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821686;STB=0.547888;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0268063;OID=.;OPOS=34150714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:11:5:7:21:11:5:7:21 chr20 34152684 . C T 263.74 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00607161;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.731;QD=25.1176;RBI=0.0129556;REFB=0.00615755;REVB=0.0114448;RO=18;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472351;STB=0.526294;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00522498;OID=.;OPOS=34152684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:18:18:24:24:0.571429:16:8:7:11:16:8:7:11 chr20 34164422 . T C 1283.29 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00932776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3353;QD=61.8453;RBI=0.0126475;REFB=0;REVB=0.00854123;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04514e-06;OID=.;OPOS=34164422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr20 34169971 . T C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0689172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.421;QD=16.8985;RBI=0.0757504;REFB=-0.0392562;REVB=0.0314411;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787205;STB=0.545367;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0199156;OID=.;OPOS=34169971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:2:7:7:3:2:7 chr20 34170035 . C CG,G 246.97 PASS AF=0.05,0.95;AO=2,16;DP=20;FAO=1,19;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120052,0.117396;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=162.915,175.919;QD=49.3942;RBI=0.122144,0.123609;REFB=0,0;REVB=0.0225079,0.0386941;RO=2;SAF=0,3;SAR=2,13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.639851,-0.0963741;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0476884,5.37594e-05;OID=.,.;OPOS=34170036,34170035;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:20:20:2:0:2,16:1,19:0.05,0.95:2,13:0,3:1:1:1,15:0,4:0:0 chr20 34170316 . C A 342.43 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00302113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.959;QD=48.9182;RBI=0.0673642;REFB=-0.023882;REVB=0.0672965;RO=1;SAF=21;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021616;STB=0.533871;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0010542;OID=.;OPOS=34170316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:28:28:1:2:26:26:0.928571:5:21:1:0:5:21:1:1 chr20 34173046 . C T 162.62 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00554939;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.815;QD=18.5852;RBI=0.0456536;REFB=-0.0488133;REVB=0.045315;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195133;STB=0.511098;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0492328;OID=.;OPOS=34173046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:18:17:17:0.485714:6:11:12:6:6:11:12:6 chr20 34173178 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.039;QD=53.9108;RBI=0.0365516;REFB=0;REVB=-0.00045345;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106949;OID=.;OPOS=34173178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:13:11:0:0 chr20 34179907 . C T 1264.7 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4695;QD=61.6928;RBI=0.0514152;REFB=0;REVB=-0.0509133;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000306791;OID=.;OPOS=34179907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:33:49:0:0:33:49:0:0 chr20 34183479 . C T 270.53 PASS AF=0.413333;AO=23;DP=73;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00545139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1442;QD=14.4281;RBI=0.0342202;REFB=-0.0225973;REVB=-0.0337832;RO=37;SAF=15;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154047;STB=0.503873;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0453508;OID=.;OPOS=34183479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:37:44:23:31:0.413333:8:15:19:18:16:15:21:23 chr20 34186953 . T C 324.64 PASS AF=0.523077;AO=33;DP=64;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0299208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3625;QD=19.9779;RBI=0.0310731;REFB=-0.0400892;REVB=0.00838346;RO=31;SAF=17;SAR=16;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195473;STB=0.612839;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0287928;OID=.;OPOS=34186953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:31:31:33:34:0.523077:16:17:9:22:16:18:9:22 chr20 34187697 . A G 86.77 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0385235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.333;QD=12.8553;RBI=0.0469811;REFB=-0.029101;REVB=-0.0268918;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294572;STB=0.691913;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0258542;OID=.;OPOS=34187697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:10:11:0.407407:8:2:7:9:9:2:7:9 chr20 34187728 . T G 87.95 PASS AF=0.423077;AO=8;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0326157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.055;QD=13.5303;RBI=0.0885201;REFB=-0.00513358;REVB=0.0822923;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354271;STB=0.785857;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0239803;OID=.;OPOS=34187728;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:26:26:14:15:8:11:0.423077:7:1:5:9:10:1:6:9 chr20 34194054 . T C 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0236559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0841;QD=17.7534;RBI=0.0693597;REFB=-0.0119833;REVB=-0.065201;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14441;STB=0.58133;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0102037;OID=.;OPOS=34194054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:15:10:15:12:15:10:15:12 chr20 34194243 . A G 428.75 PASS AF=0.688525;AO=20;DP=61;FAO=42;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.190453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.897;QD=28.1145;RBI=0.201254;REFB=-0.0874744;REVB=0.0650436;RO=17;SAF=5;SAR=15;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158992;STB=0.617036;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0480072;OID=.;OPOS=34194243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:17:19:20:42:0.688525:15:5:2:15:22:20:2:17 chr20 34206071 . C CG 45.83 PASS AF=0.533333;AO=6;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0758037;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=56.1176;QD=12.2217;RBI=0.0760402;REFB=-0.0139642;REVB=-0.0059928;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373885;STB=0.776953;STBP=0.058;TYPE=ins;VARB=0.0965659;OID=.;OPOS=34206072;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:6:15:8:15:7:7:1:3:4:41:8:5:1:4:4 chr20 34214173 . G A 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00213504;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=225.854;QD=12.4027;RBI=0.0188279;REFB=0.00602835;REVB=-0.0187065;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158041;STB=0.593102;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0144596;OID=.;OPOS=34214173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:6:10:14:15:6:10:14:15 chr20 34219496 . T C 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0458082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8561;QD=16.7278;RBI=0.0471225;REFB=-0.0243075;REVB=-0.0110514;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225818;STB=0.628421;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0258528;OID=.;OPOS=34219496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:14:5:8:8:14:5 chr20 34220755 . C T 81.93 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0202;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.354;QD=17.2493;RBI=0.032454;REFB=0.0092372;REVB=-0.0254012;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128055;STB=0.574318;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00534288;OID=.;OPOS=34220755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:20:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:4:5:4:6:4:5 chr20 34242660 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0127409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.08;QD=11.9197;RBI=0.0137806;REFB=-0.00733821;REVB=-0.0052511;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642184;STB=0.538357;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00664015;OID=.;OPOS=34242660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:8:1:1:6:8:1 chr20 34243017 . C T 464.84 PASS AF=0.451327;AO=49;DP=111;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00732704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.853;QD=16.4544;RBI=0.00816961;REFB=-0.00458929;REVB=0.00361347;RO=58;SAF=24;SAR=25;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935942;STB=0.530054;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00489322;OID=.;OPOS=34243017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:58:62:49:51:0.451327:25:24:34:24:25:26:35:27 chr20 34596371 . C T 227.02 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.000698753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.961;QD=13.5536;RBI=0.00545052;REFB=-0.0102603;REVB=0.00540555;RO=40;SAF=7;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322829;STB=0.685435;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0177802;OID=.;OPOS=34596371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:20:7:22:18:20:7:22:18 chr20 34743164 . G C 283.73 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00284552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.208;QD=23.1614;RBI=0.00348512;REFB=-0.0268043;REVB=-0.00201223;RO=23;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189767;STB=0.606075;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0334122;OID=.;OPOS=34743164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:17:9:13:10:17:9:13:10 chr20 35155634 . CAAAAAA CAAAAAAAATC,CAAAAA 108.85 PASS AF=0.302326,0;AO=8,8;DP=45;FAO=13,0;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=6,0;FSAR=7,0;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0021012,0.133532;FXX=0.0652032;HRUN=8,8;LEN=4,1;MLLD=266.671,6.27684;QD=10.1259;RBI=0.00270557,0.142061;REFB=-0.00172488,0.000792606;REVB=-0.00170443,-0.0484826;RO=17;SAF=2,5;SAR=6,3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.203766,0.232376;STB=0.549923,0.5;STBP=0.674,1;TYPE=ins,del;VARB=0.00255337,0.0249959;OID=.,.;OPOS=35155641,35155635;OREF=-,A;OALT=AATC,-;OMAPALT=CAAAAAAAATC,CAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.302326,0:8,8:45:13,0:43:30:6,0:7,0:16:14:99:17:2,5:6,3:7:10 chr20 35156509 . TAAAAAT TAAAAT,TAAAATA,TAAAT,TAAATAT 106.4 PASS AF=0.421053,0.0789474,0.0263158,0.0526316;AO=13,3,6,2;DP=36;FAO=16,3,1,2;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=2,3,0,0;FSAR=14,0,1,2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0208433,-0.0669592,-0.0114835,-0.0211328;FXX=0;HRUN=5,5,5,5;LEN=1,2,2,1;MLLD=10.0122,22.4283,19.2497,190.129;QD=11.2003;RBI=0.277712,0.103859,0.148955,0.0786459;REFB=-0.0935561,-0.0458245,-0.0503602,-0.0071953;REVB=-0.276929,-0.0793919,-0.148512,-0.0757534;RO=12;SAF=3,3,0,0;SAR=10,0,6,2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.387481,0.590401,-0.774871,-0.630414;STB=0.807248,0.995462,0.991868,0.99558;STBP=0.002,0.121,0.245,0.091;TYPE=del,mnp,del,snp;VARB=0.00989076,0.0490387,-0.0154889,0.0442122;OID=.,.,.,.;OPOS=35156510,35156514,35156510,35156513;OREF=A,AT,AA,A;OALT=-,TA,-,T;OMAPALT=TAAAAT,TAAAATA,TAAAT,TAAATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053,0.0789474,0.0263158,0.0526316:13,3,6,2:36:16,3,1,2:38:16:2,3,0,0:14,0,1,2:10:6:69:12:3,3,0,0:10,0,6,2:8:4 chr20 35236275 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTC 78.0 PASS AF=0.338983,0.0508475;AO=13,3;DP=59;FAO=20,3;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=9,3;FSAR=11,0;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0395641,0.075134;FXX=0.0327815;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.33055,19.3478;QD=5.2883;RBI=0.23461,0.117441;REFB=-0.0876473,-0.0632384;REVB=0.23125,0.0902626;RO=31;SAF=6,3;SAR=7,0;SRF=11;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.126736,0.609902;STB=0.558337,0.997275;STBP=0.51,0.018;TYPE=del,snp;VARB=0.113379,0.0634773;OID=.,.;OPOS=35236276,35236282;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338983,0.0508475:13,3:59:20,3:59:36:9,3:11,0:13:23:68:31:6,3:7,0:11:20 chr20 35532618 . C T 216.51 PASS AF=0.4;AO=25;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00590747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0469;QD=13.3239;RBI=0.0243924;REFB=0.00342159;REVB=-0.0236662;RO=38;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078556;STB=0.515501;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00654035;OID=.;OPOS=35532618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:39:25:26:0.4:14:11:17:21:14:12:17:22 chr20 35740794 . T C 893.51 PASS AF=0.915493;AO=65;DP=71;FAO=65;FDP=71;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0033635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7271;QD=50.3388;RBI=0.0281918;REFB=-0.0393503;REVB=0.0279904;RO=4;SAF=32;SAR=33;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026507;STB=0.52754;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0152797;OID=.;OPOS=35740794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:71:71:4:6:65:65:0.915493:33:32:1:3:33:32:1:5 chr20 35769592 . T C 769.58 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041421;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.5414;QD=55.9697;RBI=0.0852764;REFB=0;REVB=0.074541;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116645;OID=.;OPOS=35769592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:22:32:0:0:23:32:0:0 chr20 35769644 . AGGG AGG,AGGT 638.59 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=7,34;DP=42;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101046,0.0997024;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=21.4955,33.6156;QD=60.8176;RBI=0.104537,0.169191;REFB=0,0;REVB=0.0267886,0.136693;RO=0;SAF=6,23;SAR=1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.469521,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.067798,0.00577082;OID=.,.;OPOS=35769645,35769647;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=AGG,AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0238095,0.97619:7,34:42:1,41:42:0:0,29:1,12:0:0:5:0:6,23:1,11:0:0 chr20 35783494 . T C 723.94 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0257803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.018;QD=54.6366;RBI=0.0822089;REFB=-0.133059;REVB=0.0780621;RO=1;SAF=37;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125594;STB=0.506491;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00325815;OID=.;OPOS=35783494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:51:52:0.981132:14:37:1:0:14:38:1:0 chr20 35807790 . GC CT,GCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACTC,TC 258.37 PASS AF=0.097561,0.390244,0.121951;AO=4,14,5;DP=46;FAO=4,16,5;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=1,10,1;FSAR=3,6,4;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=0.0242254,-0.00601622,0.00528115;FXX=0.108672;HRUN=2,3,2;LEN=2,29,1;MLLD=91.2965,541.049,117.264;QD=25.2073;RBI=0.0273862,0.0170449,0.0278615;REFB=0.0489233,-0.0149504,-0.0363794;REVB=0.0127722,0.0159478,0.0273564;RO=17;SAF=1,10,1;SAR=3,4,4;SRF=16;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.710953,-0.313286,-0.727257;STB=0.9436,0.722021,0.943642;STBP=0.504,0.079,0.317;TYPE=mnp,ins,snp;VARB=0.00958729,0.00499558,0.043041;OID=.,.,.;OPOS=35807790,35807791,35807790;OREF=GC,-,G;OALT=CT,CTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,T;OMAPALT=CT,GCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:46:41:17:16:4,14,5:4,16,5:0.097561,0.390244,0.121951:3,4,4:1,10,1:16:1:3,6,4:1,10,1:16:0 chr20 35865054 . C T 973.06 PASS AF=0.8875;AO=70;DP=80;FAO=71;FDP=80;FR=.;FRO=9;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.03445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1384;QD=48.6531;RBI=0.0372543;REFB=-0.0427458;REVB=-0.0141804;RO=10;SAF=33;SAR=37;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100491;STB=0.546017;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0335123;OID=.;OPOS=35865054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:80:80:10:9:70:71:0.8875:37:33:9:1:37:34:8:1 chr20 35945238 . C G 834.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5157;QD=57.5398;RBI=0.0556126;REFB=0;REVB=0.0407411;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30271e-05;OID=.;OPOS=35945238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chr20 36030939 . G C 1001.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00800298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2431;QD=58.9182;RBI=0.0689719;REFB=0;REVB=0.0685061;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062849;OID=.;OPOS=36030939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:27:40:0:0:28:40:0:0 chr20 36032893 . C T 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0062461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.587;QD=15.617;RBI=0.0128641;REFB=-0.0151406;REVB=0.011246;RO=43;SAF=22;SAR=11;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230836;STB=0.63055;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0162885;OID=.;OPOS=36032893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:11:22:19:24:11:22:19:24 chr20 36146148 . T C 1556.46 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00558765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.384;QD=59.864;RBI=0.00636111;REFB=0;REVB=-0.00304005;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14356e-05;OID=.;OPOS=36146148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:50:52:0:0:50:54:0:0 chr20 36603611 . A C 446.13 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00302562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.02;QD=20.7502;RBI=0.028761;REFB=-0.0222751;REVB=-0.0286014;RO=42;SAF=20;SAR=24;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821044;STB=0.545434;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0223141;OID=.;OPOS=36603611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:24:20:23:19:24:20:23:19 chr20 36603780 . T C 147.2 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.024013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.576;QD=17.3177;RBI=0.0357156;REFB=-0.0308303;REVB=0.0264383;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307288;STB=0.677184;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0177182;OID=.;OPOS=36603780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:12:4:10:8:12:4:10:8 chr20 36603807 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.249;QD=57.6807;RBI=0.0690823;REFB=0;REVB=0.00753512;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176391;OID=.;OPOS=36603807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr20 36841756 . T C 151.1 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0140248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5136;QD=20.1472;RBI=0.0265341;REFB=-0.0185912;REVB=0.0225247;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166101;STB=0.594472;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0267759;OID=.;OPOS=36841756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:11:5:7:7:11:5:7:7 chr20 36841914 . G A 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0185445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.358;QD=19.3697;RBI=0.0207515;REFB=0.00203956;REVB=0.00931256;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137855;STB=0.578216;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00184698;OID=.;OPOS=36841914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:9:6:9:7:9:6 chr20 36845738 . C T 148.0 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.00555095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.019;QD=9.3966;RBI=0.0260048;REFB=-0.0115872;REVB=0.0254054;RO=42;SAF=11;SAR=9;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138266;STB=0.570663;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0259384;OID=.;OPOS=36845738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:43:20:20:0.31746:9:11:28:14:9:11:28:15 chr20 36850940 . G C 252.02 PASS AF=0.414286;AO=30;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00282107;FXX=0.0277739;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0787;QD=14.4014;RBI=0.0632769;REFB=-0.0309939;REVB=-0.063214;RO=40;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504582;STB=0.545691;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0377141;OID=.;OPOS=36850940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:40:41:30:29:0.414286:15:15:18:22:14:15:18:23 chr20 36851071 . C T 215.99 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=0.0202552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.175;QD=15.1572;RBI=0.0234797;REFB=-0.000445239;REVB=0.0118753;RO=32;SAF=7;SAR=18;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166312;STB=0.593154;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.000611944;OID=.;OPOS=36851071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:18:7:5:27:18:7:5:27 chr20 36854106 . G T 222.1 PASS AF=0.6;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.00942187;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.755;QD=25.3824;RBI=0.0148898;REFB=-0.00964298;REVB=-0.0115297;RO=12;SAF=11;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233173;STB=0.650405;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00421382;OID=.;OPOS=36854106;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:12:14:21:21:0.6:10:11:2:10:10:11:2:12 chr20 36856616 . G A 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00812558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1984;QD=21.5101;RBI=0.00812664;REFB=-0.0472388;REVB=-0.000131695;RO=15;SAF=4;SAR=14;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388588;STB=0.720327;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0357445;OID=.;OPOS=36856616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:14:4:10:5:14:4:10:5 chr20 36859627 . C G 314.97 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.000167887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8386;QD=19.9983;RBI=0.0604806;REFB=0.000283622;REVB=-0.0604803;RO=30;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415412;STB=0.523063;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.000895175;OID=.;OPOS=36859627;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:17:16:16:14:17:16:16:14 chr20 36946848 . G A 781.87 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8828;QD=56.8633;RBI=0.0502383;REFB=0;REVB=0.016034;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038339;OID=.;OPOS=36946848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:29:24:0:0:29:26:0:0 chr20 36989381 . G A 165.65 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0160128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.056;QD=11.424;RBI=0.0766381;REFB=-0.00751033;REVB=-0.0749466;RO=37;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888181;STB=0.551733;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0159636;OID=.;OPOS=36989381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:13:8:17:20:13:8:17:20 chr20 36989391 . G A 353.57 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0029992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.981;QD=23.9706;RBI=0.0030738;REFB=-0.0144216;REVB=0.000673087;RO=24;SAF=16;SAR=19;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932573;STB=0.551152;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00745099;OID=.;OPOS=36989391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:19:16:8:16:19:16:8:16 chr20 37005536 . T C 580.14 PASS AF=0.54717;AO=57;DP=105;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0199495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.199;QD=21.8921;RBI=0.0227766;REFB=-0.0153319;REVB=-0.0109905;RO=47;SAF=20;SAR=37;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474602;STB=0.516393;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0108885;OID=.;OPOS=37005536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:47:48:57:58:0.54717:37:20:19:28:37:21:19:29 chr20 37062583 . T C 590.45 PASS AF=0.69863;AO=51;DP=73;FAO=51;FDP=73;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00287257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.153;QD=32.3535;RBI=0.00316949;REFB=-0.0168716;REVB=-0.00133941;RO=22;SAF=25;SAR=26;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308072;STB=0.516642;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00683661;OID=.;OPOS=37062583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:22:22:51:51:0.69863:26:25:12:10:26:25:12:10 chr20 37203813 . C T 912.39 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490119;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.816;QD=57.9292;RBI=0.0239406;REFB=0;REVB=0.0234336;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014813;OID=.;OPOS=37203813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:61:63:1:26:35:0:0:28:35:0:0 chr20 37277271 . C T 119.54 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0069956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.974;QD=13.6612;RBI=0.0150491;REFB=0.00596097;REVB=-0.0133243;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31134;STB=0.681024;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0095139;OID=.;OPOS=37277271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:5:9:7:14:5:9:7:14 chr20 37377139 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0714461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.217;QD=21.1679;RBI=0.145083;REFB=0.0399921;REVB=0.126272;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202067;STB=0.615098;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00259875;OID=.;OPOS=37377139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:3:0:2:5:3:0 chr20 37383640 . T C 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00462344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.899;QD=10.8828;RBI=0.0647832;REFB=0.00747202;REVB=0.064618;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33795;STB=0.702267;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00801426;OID=.;OPOS=37383640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:10:5:6:3:10:5 chr20 37390255 . G GTC 221.43 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00778158;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=2;MLLD=327.419;QD=14.2859;RBI=0.0086078;REFB=-0.0111686;REVB=-0.00367984;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675194;STB=0.538432;STBP=0.63;TYPE=ins;VARB=0.015606;OID=.;OPOS=37390256;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:26:63:26:62:36:12:14:19:17:99:36:12:14:19:17 chr20 37396120 . A G 225.55 PASS AF=0.594595;AO=21;DP=36;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00824963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.126;QD=24.384;RBI=0.00834724;REFB=-0.00600215;REVB=0.00127279;RO=15;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176686;STB=0.585289;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00485425;OID=.;OPOS=37396120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:15:15:21:22:0.594595:12:9:10:5:12:10:10:5 chr20 37501507 . T C 937.25 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.015;QD=58.5781;RBI=0.00961585;REFB=0;REVB=-0.00602947;RO=0;SAF=47;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43998e-06;OID=.;OPOS=37501507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:17:47:0:0:17:47:0:0 chr20 37534665 . C T 595.4 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.017144;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.904;QD=24.8084;RBI=0.0348049;REFB=-0.00407303;REVB=-0.0302896;RO=42;SAF=31;SAR=23;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116514;STB=0.563831;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00235884;OID=.;OPOS=37534665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:42:54:54:0.5625:23:31:18:24:23:31:18:24 chr20 37547374 . G A 104.38 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0193097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.839;QD=10.7056;RBI=0.0396643;REFB=-0.00689778;REVB=0.0346467;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178135;STB=0.526707;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0135987;OID=.;OPOS=37547374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:8:5:10:15:8:5:11:15 chr20 37570725 . C T 396.49 PASS AF=0.5;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00555617;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.397;QD=19.8247;RBI=0.0074367;REFB=-0.0103369;REVB=0.00494303;RO=40;SAF=23;SAR=17;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512831;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0103122;OID=.;OPOS=37570725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:40:40:40:40:0.5:17:23:23:17:17:23:24:16 chr20 37581437 . A G 379.63 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0272892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9231;QD=22.0074;RBI=0.0291512;REFB=-0.00634863;REVB=-0.0102513;RO=31;SAF=22;SAR=16;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140004;STB=0.576884;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00389925;OID=.;OPOS=37581437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:16:22:23:8:16:22:23:8 chr20 37667182 . C T 188.68 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0571809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.12;QD=29.0276;RBI=0.0581309;REFB=-0.0228694;REVB=0.0104661;RO=8;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637946;STB=0.535358;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00747864;OID=.;OPOS=37667182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:7:11:4:4:7:11:4:4 chr20 37977945 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00749821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.551;QD=57.6807;RBI=0.00817477;REFB=0;REVB=0.00325633;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92151e-05;OID=.;OPOS=37977945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr20 39609426 . C T 301.49 PASS AF=0.35;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=0.0351948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9539;QD=12.0597;RBI=0.0570578;REFB=-0.0187057;REVB=-0.0449102;RO=64;SAF=20;SAR=15;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117902;STB=0.560797;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0341787;OID=.;OPOS=39609426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:64:65:35:35:0.35:15:20:43:21:15:20:43:22 chr20 40045231 . G C 346.06 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0172112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.73;QD=19.4965;RBI=0.0363999;REFB=-0.0204778;REVB=0.0320738;RO=34;SAF=25;SAR=11;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429581;STB=0.511622;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0132112;OID=.;OPOS=40045231;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:11:25:25:9:11:25:25:10 chr20 40049586 . T C 172.7 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0749937;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.05;QD=19.7373;RBI=0.0786837;REFB=-0.0308254;REVB=0.0238133;RO=15;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315986;STB=0.653674;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0354201;OID=.;OPOS=40049586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:17:17:18:0.514286:5:12:5:10:6:12:6:11 chr20 40049873 . T C 249.85 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.000742824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.512;QD=16.6566;RBI=0.0496976;REFB=0.000184348;REVB=-0.049692;RO=31;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301581;STB=0.510302;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.000448519;OID=.;OPOS=40049873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:31:32:28:28:0.466667:18:10:12:19:18:10:12:20 chr20 40050314 . G A 256.07 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0640966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.123;QD=22.7618;RBI=0.0669604;REFB=-0.0183701;REVB=-0.0193731;RO=20;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184293;STB=0.59367;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0144965;OID=.;OPOS=40050314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:16:8:11:9:16:8:11:10 chr20 40162062 . G C 144.74 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0155306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.812;QD=15.6475;RBI=0.0335711;REFB=0.00612737;REVB=-0.0297627;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851303;STB=0.549091;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00655215;OID=.;OPOS=40162062;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:10:11:7:9:10:11 chr20 40179920 . C T 48.25 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00625853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.632;QD=12.8662;RBI=0.038599;REFB=-0.0129507;REVB=-0.0380883;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206125;STB=0.624625;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0118278;OID=.;OPOS=40179920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:4:4:2:5:4:4 chr20 40701456 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00259106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.432;QD=56.9381;RBI=0.006868;REFB=0;REVB=0.00636049;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9457e-06;OID=.;OPOS=40701456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr20 40702071 . G A 76.79 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0220572;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.616;QD=11.8133;RBI=0.0243215;REFB=-0.0151976;REVB=-0.0102477;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270173;STB=0.516097;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0213341;OID=.;OPOS=40702071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:6:10:6:4:6:10 chr20 40714479 . G A 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0377615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.687;QD=12.2288;RBI=0.0377914;REFB=-0.0283946;REVB=-0.00150171;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19629;STB=0.612904;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0301648;OID=.;OPOS=40714479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:12:10:23:13:12:10:23:13 chr20 42034206 . A T 42.21 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0659763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.398;QD=18.7612;RBI=0.0661792;REFB=-0.07291;REVB=-0.00517851;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0180946;OID=.;OPOS=42034206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:1:2:3:3:1:2 chr20 42089511 . T C 949.2 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396261;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.783;QD=58.4121;RBI=0.0426569;REFB=0;REVB=0.0157919;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79981e-05;OID=.;OPOS=42089511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:62:65:1:35:27:0:0:35:30:0:0 chr20 42164791 . A C 723.98 PASS AF=0.534351;AO=70;DP=130;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0217872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9259;QD=22.1061;RBI=0.0252614;REFB=-0.0309603;REVB=-0.012785;RO=60;SAF=42;SAR=28;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146726;STB=0.511179;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0168936;OID=.;OPOS=42164791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:60:61:70:70:0.534351:28:42:37:23:28:42:38:23 chr20 42169613 . C G 366.79 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00834204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8104;QD=24.4525;RBI=0.00903882;REFB=0.0122806;REVB=-0.00348002;RO=24;SAF=20;SAR=16;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102317;STB=0.505615;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00831328;OID=.;OPOS=42169613;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:16:20:13:11:16:20:13:11 chr20 42225114 . G A 550.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.683;QD=59.5165;RBI=0.0196032;REFB=0;REVB=0.0143338;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99088e-05;OID=.;OPOS=42225114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:13:23:0:0:14:23:0:0 chr20 42310509 . T C 376.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.294;QD=55.7188;RBI=0.0472651;REFB=0;REVB=0.0129712;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242312;OID=.;OPOS=42310509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:15:11:0:0:15:12:0:0 chr20 42328639 . T C 1530.46 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00580141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.836;QD=63.7691;RBI=0.0149577;REFB=0;REVB=0.0137869;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68288e-05;OID=.;OPOS=42328639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:93:96:1:45:48:0:0:46:50:0:0 chr20 42425127 . G A 727.57 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.868;QD=63.2671;RBI=0.0392001;REFB=0;REVB=-0.0296095;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07226e-05;OID=.;OPOS=42425127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:43:46:1:22:21:0:0:22:24:0:0 chr20 42425178 . A G 536.94 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0516568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.882;QD=55.0707;RBI=0.0553094;REFB=-0.104022;REVB=0.0197663;RO=2;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445524;STB=0.523797;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00311815;OID=.;OPOS=42425178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:39:39:2:2:37:37:0.948718:20:17:0:2:20:17:0:2 chr20 42743454 . A G 174.61 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.00964807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.604;QD=18.3797;RBI=0.0218738;REFB=-0.0303964;REVB=-0.019631;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791356;STB=0.553379;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0404609;OID=.;OPOS=42743454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:18:18:0.473684:5:13:15:4:5:13:16:4 chr20 42747247 . C T 225.62 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0106187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.824;QD=13.0795;RBI=0.0126107;REFB=-0.0108366;REVB=0.00680238;RO=36;SAF=6;SAR=21;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237534;STB=0.636253;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0166257;OID=.;OPOS=42747247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:69:36:42:27:27:0.391304:21:6:15:21:21:6:17:25 chr20 42747254 . G A 398.92 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00270117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.433;QD=23.8164;RBI=0.0155842;REFB=-0.0252031;REVB=0.0153483;RO=27;SAF=14;SAR=25;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516596;STB=0.533881;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.025633;OID=.;OPOS=42747254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:28:39:39:0.58209:25:14:8:19:25:14:8:20 chr20 42815190 . G A 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.69;QD=58.5786;RBI=0.0558339;REFB=0;REVB=0.0293843;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.54541e-05;OID=.;OPOS=42815190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr20 42939750 . T C 175.52 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00389197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0323;QD=46.8059;RBI=0.0219176;REFB=0;REVB=0.0215693;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582557;OID=.;OPOS=42939750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr20 43059211 . A T 219.07 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00142804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.103;QD=18.2558;RBI=0.0197501;REFB=-0.0108616;REVB=-0.0196984;RO=25;SAF=17;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260531;STB=0.649332;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0171166;OID=.;OPOS=43059211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:26:21:22:0.458333:4:17:15:10:4:18:16:10 chr20 43089819 . G A 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0230575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1415;QD=25.3153;RBI=0.060066;REFB=0.0282166;REVB=0.0554642;RO=13;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448418;STB=0.524975;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.0164831;OID=.;OPOS=43089819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:8:12:7:6:8:12:7:6 chr20 43248953 . A G 206.73 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00961275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3289;QD=17.2273;RBI=0.0194805;REFB=0.0218206;REVB=0.0169435;RO=27;SAF=1;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.6594;STB=0.891225;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0272403;OID=.;OPOS=43248953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:20:1:13:14:20:1:13:14 chr20 43264927 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.529;QD=63.2867;RBI=0.0109427;REFB=0;REVB=0.00517494;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14668e-05;OID=.;OPOS=43264927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:18:27:0:0:19:27:0:0 chr20 43348734 . G GA 105.13 PASS AF=1;AO=3;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256868;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=68.526;QD=38.2306;RBI=0.0283261;REFB=0;REVB=-0.0119398;RO=8;SAF=2;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047266;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000411134;OID=.;OPOS=43348735;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:11:11:11:0:7:4:0:0:4:8:2:1:5:3 chr20 43348735 . C A 64.34 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0108967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.387;QD=23.3966;RBI=0.0150641;REFB=0.00189551;REVB=-0.0104014;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212058;STB=0.512165;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00329179;OID=.;OPOS=43348735;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:3:5:2:1:3:5:2:1 chr20 43374713 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.042159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.699;QD=21.1692;RBI=0.0486006;REFB=-0.0271089;REVB=0.0241793;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122639;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.010916;OID=.;OPOS=43374713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:1:2:3:4:1:2 chr20 43378770 . A G 416.99 PASS AF=0.5;AO=41;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0118731;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.087;QD=19.8568;RBI=0.0245173;REFB=-0.0220902;REVB=-0.0214505;RO=43;SAF=20;SAR=21;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107371;STB=0.571073;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0184604;OID=.;OPOS=43378770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:42:41:42:0.5:21:20:26:17:22:20:26:16 chr20 43382443 . C T 306.17 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.015747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.732;QD=15.3084;RBI=0.0306512;REFB=-0.0182847;REVB=0.0262969;RO=46;SAF=20;SAR=14;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134494;STB=0.576026;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0228904;OID=.;OPOS=43382443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:14:20:21:25:14:20:21:25 chr20 43530234 . A C 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00167856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.196;QD=23.0879;RBI=0.00441502;REFB=-0.0067731;REVB=-0.00408348;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118842;STB=0.566453;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00738248;OID=.;OPOS=43530234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:9:13:8:10:9:13:8:10 chr20 43708297 . T G 1953.61 PASS AF=0.969925;AO=129;DP=133;FAO=129;FDP=133;FR=.;FRO=4;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0113913;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.201;QD=58.7552;RBI=0.011412;REFB=-0.146863;REVB=0.000687182;RO=2;SAF=64;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146176;STB=0.500117;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-1.69042e-05;OID=.;OPOS=43708297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:133:133:2:4:129:129:0.969925:65:64:2:0:65:64:2:2 chr20 43723627 . T C 222.72 PASS AF=0.472727;AO=23;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.017678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0033;QD=16.1979;RBI=0.0391886;REFB=-0.0983579;REVB=-0.0349748;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128376;STB=0.576864;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0451421;OID=.;OPOS=43723627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:28:23:26:0.472727:13:10:9:11:15:11:16:12 chr20 43727155 . C T 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.10806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.188;QD=33.9783;RBI=0.111005;REFB=-0.026633;REVB=0.0253975;RO=2;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136871;STB=0.576783;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0103392;OID=.;OPOS=43727155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:10:2:1:1:10:2:1:1 chr20 43933021 . G T 582.62 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0829439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.859;QD=56.841;RBI=0.084736;REFB=-0.123168;REVB=0.0173349;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517233;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00196652;OID=.;OPOS=43933021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:39:40:0.97561:26:13:0:0:26:14:1:0 chr20 43933163 . T C 1255.19 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00327925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2941;QD=59.0679;RBI=0.0373066;REFB=0.00273821;REVB=0.0371622;RO=2;SAF=48;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00396046;STB=0.502196;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=4.14063e-06;OID=.;OPOS=43933163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:85:2:2:82:83:0.976471:34:48:1:1:34:49:1:1 chr20 43942676 . T C 210.52 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00274786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.115;QD=10.269;RBI=0.00855117;REFB=-0.022162;REVB=-0.00809764;RO=51;SAF=18;SAR=9;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246611;STB=0.666543;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0435133;OID=.;OPOS=43942676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:55:27:27:0.329268:9:18:23:28:9:18:23:32 chr20 43951032 . C T 487.59 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0147474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2564;QD=21.6705;RBI=0.0802786;REFB=-0.0034827;REVB=0.0789124;RO=42;SAF=27;SAR=20;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00265786;STB=0.507956;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00452833;OID=.;OPOS=43951032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:43:47:47:0.522222:20:27:24:18:20:27:24:19 chr20 43995880 . T G 324.5 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.021453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.188;QD=19.6666;RBI=0.0383995;REFB=-0.0256125;REVB=-0.031848;RO=30;SAF=17;SAR=17;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198148;STB=0.621145;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.020983;OID=.;OPOS=43995880;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:32:34:34:0.515152:17:17:8:22:17:17:8:24 chr20 43996012 . G T 178.52 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0130184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5171;QD=22.315;RBI=0.0497291;REFB=-0.038646;REVB=0.0479949;RO=14;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312556;STB=0.677205;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0267422;OID=.;OPOS=43996012;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:14:4:8:6:14:4:8:6 chr20 43996132 . C T 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.0167381;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.961;QD=7.32771;RBI=0.0167662;REFB=-0.00726529;REVB=0.000970981;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433964;STB=0.758146;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0232323;OID=.;OPOS=43996132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:4:4:18:3:4:4:18:3 chr20 43996466 . C T 371.63 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00873048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.805;QD=22.8693;RBI=0.0180353;REFB=-0.0237594;REVB=0.0157813;RO=27;SAF=20;SAR=17;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101862;STB=0.548147;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0139341;OID=.;OPOS=43996466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:28:37:37:0.569231:17:20:11:16:17:20:12:16 chr20 44003785 . G A 322.87 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00592686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.864;QD=19.2759;RBI=0.00593283;REFB=0.00184494;REVB=0.000266072;RO=33;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412839;STB=0.522955;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00178588;OID=.;OPOS=44003785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:16:18:19:14:16:18:19:14 chr20 44004155 . CATT C 146.54 PASS AF=0.652174;AO=14;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0293015;FXX=0.11534;HRUN=1;LEN=3;MLLD=216.183;QD=25.4853;RBI=0.0321489;REFB=-0.0308318;REVB=0.0132278;RO=7;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454578;STB=0.562414;STBP=0.452;TYPE=del;VARB=0.0128798;OID=.;OPOS=44004156;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.652174:14:23:15:23:8:10:5:4:4:59:7:9:5:4:3 chr20 44052992 . G A 453.74 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00543319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.027;QD=22.4071;RBI=0.00611579;REFB=0.00291043;REVB=0.00280772;RO=37;SAF=30;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150563;STB=0.583193;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00190185;OID=.;OPOS=44052992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:14:30:19:18:14:30:19:18 chr20 44054349 . T C 843.88 PASS AF=0.542484;AO=83;DP=154;FAO=83;FDP=153;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0047279;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.423;QD=22.0623;RBI=0.00508994;REFB=-0.0253509;REVB=-0.00188531;RO=69;SAF=41;SAR=42;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251043;STB=0.516857;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0188646;OID=.;OPOS=44054349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:69:70:83:83:0.542484:42:41:32:37:42:41:32:38 chr20 44141331 . A G 270.65 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00232922;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.92;QD=18.9931;RBI=0.00316094;REFB=-0.0195803;REVB=0.00213689;RO=23;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155462;STB=0.628042;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0229893;OID=.;OPOS=44141331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:57:23:28:29:29:0.508772:17:12:14:9:17:12:19:9 chr20 44174423 . G A 568.81 PASS AF=0.454545;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.000959006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.187;QD=17.2367;RBI=0.000960487;REFB=0.00130048;REVB=5.33121e-05;RO=71;SAF=38;SAR=22;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127188;STB=0.567587;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00164546;OID=.;OPOS=44174423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:71:72:60:60:0.454545:22:38:36:35:22:38:37:35 chr20 44184498 . A G 255.13 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0168142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6093;QD=15.9455;RBI=0.0211547;REFB=-0.0144717;REVB=0.0128377;RO=35;SAF=19;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869012;STB=0.549098;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0201007;OID=.;OPOS=44184498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:10:19:20:15:10:19:20:15 chr20 44188489 . A C 244.59 PASS AF=0.5;AO=24;DP=50;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00491631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.822;QD=18.8143;RBI=0.0113401;REFB=0.00308982;REVB=0.010219;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00607167;STB=0.519388;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00329598;OID=.;OPOS=44188489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:26:26:24:26:0.5:14:10:11:15:14:12:11:15 chr20 44238741 . T G 390.5 PASS AF=0.455556;AO=40;DP=88;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0220177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3401;QD=17.3557;RBI=0.030422;REFB=0.017642;REVB=-0.0209933;RO=48;SAF=23;SAR=17;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00831485;STB=0.503632;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0227514;OID=.;OPOS=44238741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:48:49:40:41:0.455556:17:23:28:20:17:24:29:20 chr20 44314609 . A G 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3809;QD=63.8702;RBI=0.0284379;REFB=0;REVB=-0.0190422;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49643e-05;OID=.;OPOS=44314609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:36:12:0:0:36:12:0:0 chr20 44352620 . G A 1227.48 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6021;QD=61.3741;RBI=0.0279917;REFB=0;REVB=-0.00242533;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158848;OID=.;OPOS=44352620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:40:39:0:0:40:40:0:0 chr20 44515339 . C T 345.98 PASS AF=0.5;AO=35;DP=72;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0146856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9011;QD=18.7015;RBI=0.0172602;REFB=-0.00758795;REVB=0.00906902;RO=36;SAF=10;SAR=25;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352185;STB=0.679513;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00422722;OID=.;OPOS=44515339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:36:37:35:37:0.5:25:10:24:12:26:11:24:13 chr20 44581348 . G A 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.633;QD=59.4307;RBI=0.0560132;REFB=0;REVB=0.0272453;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196657;OID=.;OPOS=44581348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr20 44599911 . CCG C 39.44 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0853023;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=20.5891;QD=6.06743;RBI=0.0864145;REFB=-0.0480471;REVB=0.0138193;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274862;STB=0.705323;STBP=0.225;TYPE=del;VARB=0.0938697;OID=.;OPOS=44599912;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:8:29:9:26:17:1:8:5:12:39:18:1:7:5:13 chr20 44637624 . C T 843.23 PASS AF=0.562914;AO=80;DP=138;FAO=85;FDP=151;FR=.;FRO=66;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=18;FWDB=0.0115531;FXX=0.013071;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.1827;QD=22.3373;RBI=0.0459394;REFB=-0.0346064;REVB=-0.0444629;RO=57;SAF=50;SAR=30;SRF=43;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109043;STB=0.549462;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0343723;OID=.;OPOS=44637624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:151:57:66:80:85:0.562914:30:50:43:14:32:53:48:18 chr20 44640225 . A G 305.9 PASS AF=0.453333;AO=32;DP=73;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00535532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.644;QD=16.3146;RBI=0.0328582;REFB=-0.0067916;REVB=-0.0324189;RO=39;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322635;STB=0.514756;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00756216;OID=.;OPOS=44640225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:39:41:32:34:0.453333:15:17:22:17:15:19:24:17 chr20 44642406 . G C 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00813972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2194;QD=59.3215;RBI=0.00826408;REFB=0;REVB=0.00142826;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24375e-05;OID=.;OPOS=44642406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chr20 44642833 . A C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.34;QD=60.6092;RBI=0.0831618;REFB=0;REVB=0.0347129;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144172;OID=.;OPOS=44642833;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr20 44678348 . G A 919.08 PASS AF=0.929577;AO=66;DP=71;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0112166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.691;QD=51.7791;RBI=0.0163189;REFB=-0.077361;REVB=0.011853;RO=5;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066386;STB=0.535201;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.000892715;OID=.;OPOS=44678348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:71:71:5:5:66:66:0.929577:33:33:0:5:33:33:0:5 chr20 44680412 . C T 443.31 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.00273835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.268;QD=15.0275;RBI=0.00359773;REFB=-0.0100118;REVB=-0.00233347;RO=58;SAF=27;SAR=23;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220292;STB=0.523104;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0133132;OID=.;OPOS=44680412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:58:68:50:50:0.423729:23:27:30:28:23:27:34:34 chr20 44688665 . G A 491.65 PASS AF=0.41791;AO=49;DP=127;FAO=56;FDP=134;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00311833;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.1444;QD=14.676;RBI=0.0391767;REFB=-0.0248075;REVB=0.0390524;RO=78;SAF=15;SAR=34;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22186;STB=0.635053;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0353925;OID=.;OPOS=44688665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:134:78:78:49:56:0.41791:34:15:39:39:40:16:39:39 chr20 44688730 . G A 1512.86 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0762;QD=59.9151;RBI=0.0224919;REFB=0;REVB=0.0224082;RO=0;SAF=42;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6685e-05;OID=.;OPOS=44688730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:59:42:0:0:59:42:0:0 chr20 44746982 . T C 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0158826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.537;QD=22.3411;RBI=0.0262238;REFB=-0.0347804;REVB=0.0208669;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125302;STB=0.507034;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0298316;OID=.;OPOS=44746982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:8:6:8:10:8:6 chr20 44757407 . G A 48.34 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00203495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.79;QD=12.8906;RBI=0.026934;REFB=-0.0205031;REVB=-0.026857;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197466;STB=0.68509;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00993653;OID=.;OPOS=44757407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:8:7:7:0.466667:1:6:5:2:1:6:5:3 chr20 44996182 . A G 556.68 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.198;QD=60.1815;RBI=0.151926;REFB=0;REVB=0.000401637;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465081;OID=.;OPOS=44996182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr20 45179157 . C T 376.62 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0218196;FXX=0.0576812;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.916;QD=30.7443;RBI=0.0259111;REFB=-0.00625868;REVB=-0.0139747;RO=14;SAF=23;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103575;STB=0.548315;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00205208;OID=.;OPOS=45179157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:14:15:34:34:0.693878:11:23:7:7:11:23:8:7 chr20 45204266 . G A 804.25 PASS AF=0.983051;AO=55;DP=56;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00645422;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7678;QD=54.5256;RBI=0.0260919;REFB=-0.0570731;REVB=-0.025281;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020053;STB=0.510635;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0063737;OID=.;OPOS=45204266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:59:1:1:55:58:0.983051:23:32:0:1:23:35:0:1 chr20 45242269 . G C 441.5 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00178632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.428;QD=17.1457;RBI=0.0048232;REFB=-0.00714117;REVB=0.00448021;RO=55;SAF=23;SAR=25;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634587;STB=0.535339;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0103414;OID=.;OPOS=45242269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:25:23:30:25:25:23:30:25 chr20 45717954 . C T 449.05 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0151318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.426;QD=21.3832;RBI=0.0372073;REFB=-0.00990057;REVB=0.0339914;RO=39;SAF=24;SAR=20;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604392;STB=0.526304;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0114913;OID=.;OPOS=45717954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:40:44:44:0.52381:20:24:24:15:20:24:24:16 chr20 45817255 . A C 462.75 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0234452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7846;QD=18.1471;RBI=0.0239088;REFB=0.0160561;REVB=0.00468504;RO=52;SAF=25;SAR=24;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00946552;STB=0.5102;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.0189781;OID=.;OPOS=45817255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:53:49:49:0.480392:24:25:26:26:24:25:26:27 chr20 45853037 . A G 575.48 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2641;QD=60.5767;RBI=0.0553648;REFB=0;REVB=-0.0277806;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133261;OID=.;OPOS=45853037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:10:28:0:0:10:28:0:0 chr20 46268394 . C T 577.4 PASS AF=0.604651;AO=52;DP=86;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00279672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6905;QD=26.8557;RBI=0.00971618;REFB=0.00878168;REVB=-0.00930497;RO=34;SAF=21;SAR=31;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113792;STB=0.562079;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00845238;OID=.;OPOS=46268394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:34:34:52:52:0.604651:31:21:19:15:31:21:19:15 chr20 46268493 . A G 261.47 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0164061;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8076;QD=16.8691;RBI=0.0233797;REFB=-0.00978508;REVB=-0.0166569;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125231;STB=0.570421;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00933383;OID=.;OPOS=46268493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:33:33:29:29:0.467742:17:12:18:15:17:12:18:15 chr20 46279827 . G A 79.73 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0256562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.448;QD=7.08711;RBI=0.0658668;REFB=-0.0419218;REVB=0.0606646;RO=34;SAF=9;SAR=2;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144721;STB=0.59263;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.112085;OID=.;OPOS=46279827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:2:9:25:9:2:9:25:9 chr20 46279866 . A G 222.03 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0159229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.492;QD=14.5594;RBI=0.0639877;REFB=-0.0470119;REVB=-0.0619749;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00745939;STB=0.50209;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0524864;OID=.;OPOS=46279866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:35:26:26:0.42623:9:17:22:12:9:17:23:12 chr20 46283490 . TGGGG TGGG,TGGGA 35.21 PASS AF=0.109375,0.046875;AO=10,4;DP=64;FAO=7,3;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=1,2;FSAR=6,1;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0428357,0.0833433;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.1537,26.8892;QD=2.20043;RBI=0.0615395,0.0846445;REFB=-0.0482363,-0.0309757;REVB=0.0441838,0.0147841;RO=44;SAF=1,2;SAR=9,2;SRF=25;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.589009,-0.0721334;STB=0.82553,0.673269;STBP=0.098,0.572;TYPE=del,snp;VARB=-0.00261739,0.112604;OID=.,.;OPOS=46283491,46283494;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=TGGG,TGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.109375,0.046875:10,4:64:7,3:64:54:1,2:6,1:26:28:22:44:1,2:9,2:25:19 chr20 46365571 . A G 748.31 PASS AF=0.496599;AO=73;DP=147;FAO=73;FDP=147;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.00247689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.225;QD=20.362;RBI=0.0302249;REFB=-0.0273639;REVB=-0.0301233;RO=74;SAF=34;SAR=39;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933511;STB=0.551372;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0285493;OID=.;OPOS=46365571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:74:74:73:73:0.496599:39:34:27:47:39:34:27:47 chr20 47253150 . T C 868.19 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0641168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1755;QD=57.8796;RBI=0.072825;REFB=0;REVB=0.0345328;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193581;OID=.;OPOS=47253150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr20 47630449 . C T 603.87 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.198;QD=60.3868;RBI=0.0334539;REFB=0;REVB=0.0279956;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128067;OID=.;OPOS=47630449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr20 47712930 . G T 512.33 PASS AF=0.618421;AO=47;DP=76;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00200501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9891;QD=26.9649;RBI=0.02168;REFB=-0.0208976;REVB=-0.0215871;RO=29;SAF=24;SAR=23;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195078;STB=0.510634;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0103001;OID=.;OPOS=47712930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:29:29:47:47:0.618421:23:24:14:15:23:24:14:15 chr20 47827009 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTC 47.31 PASS AF=0.30303,0.0909091;AO=11,3;DP=33;FAO=10,3;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8,3;FSAR=2,0;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.131653,-0.0466222;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.48125,32.208;QD=5.73491;RBI=0.149031,0.0857246;REFB=-0.129473,-0.0761469;REVB=0.0698395,0.071938;RO=16;SAF=9,3;SAR=2,0;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.319104,0.594791;STB=0.726777,0.99625;STBP=0.111,0.065;TYPE=del,snp;VARB=0.0964386,0.0387074;OID=.,.;OPOS=47827010,47827016;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303,0.0909091:11,3:33:10,3:33:20:8,3:2,0:10:10:30:16:9,3:2,0:9:7 chr20 47874063 . T C 414.17 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0323968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6756;QD=19.4902;RBI=0.0388583;REFB=-0.0262686;REVB=-0.0214572;RO=43;SAF=29;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132522;STB=0.573866;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0195415;OID=.;OPOS=47874063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:13:29:24:19:13:29:24:19 chr20 48257149 . C T 453.62 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0131574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6059;QD=54.9837;RBI=0.0171032;REFB=0.0382969;REVB=-0.0109271;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239419;STB=0.512812;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0291477;OID=.;OPOS=48257149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:13:19:1:0:13:19:1:0 chr20 48259034 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0036;QD=45.8064;RBI=0.0495776;REFB=0;REVB=0.0248808;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278383;OID=.;OPOS=48259034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr20 48429508 . GG CC 175.34 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164235;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=249.084;QD=46.7575;RBI=0.167557;REFB=0;REVB=0.0331992;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000454596;OID=.;OPOS=48429508;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr20 48466166 . G A 567.23 PASS AF=0.483607;AO=57;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00907841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3938;QD=18.5976;RBI=0.0539178;REFB=-0.0202621;REVB=0.053148;RO=65;SAF=35;SAR=22;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104542;STB=0.571813;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.020617;OID=.;OPOS=48466166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:63:57:59:0.483607:22:35:33:32:22:37:31:32 chr20 48491258 . T G 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0107675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.48;QD=20.8913;RBI=0.0147368;REFB=-0.017245;REVB=0.0100616;RO=27;SAF=8;SAR=24;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122765;STB=0.568376;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0141112;OID=.;OPOS=48491258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:24:8:10:17:24:8:10:17 chr20 48600557 . T C 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00717168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.638;QD=14.1954;RBI=0.0363142;REFB=-0.0132979;REVB=-0.035599;RO=32;SAF=6;SAR=17;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654179;STB=0.537516;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0148765;OID=.;OPOS=48600557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:17:6:10:22:17:6:10:22 chr20 48600631 . T C 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0016533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9759;QD=20.7377;RBI=0.0138461;REFB=-0.0109845;REVB=-0.013747;RO=16;SAF=2;SAR=16;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139352;STB=0.579611;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00443296;OID=.;OPOS=48600631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:16:2:3:13:16:2:3:13 chr20 48600809 . G A 550.88 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.026122;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2344;QD=17.4882;RBI=0.0270379;REFB=-0.00359546;REVB=-0.00697758;RO=66;SAF=39;SAR=19;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00623218;STB=0.51536;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00671185;OID=.;OPOS=48600809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:126:66:68:58:58:0.460317:19:39:44:22:19:39:44:24 chr20 48713049 . G A 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132472;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.274;QD=53.9322;RBI=0.014558;REFB=-0.023238;REVB=-0.00603712;RO=1;SAF=13;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345091;STB=0.518506;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000113542;OID=.;OPOS=48713049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:17:13:1:0:17:13:1:0 chr20 48746189 . C T 383.62 PASS AF=0.418182;AO=44;DP=108;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0279427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.107;QD=13.9498;RBI=0.0280268;REFB=-0.0255822;REVB=-0.0021706;RO=60;SAF=12;SAR=32;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220622;STB=0.627304;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0278102;OID=.;OPOS=48746189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:60:64:44:46:0.418182:32:12:28:32:34:12:29:35 chr20 48894756 . C T 661.4 PASS AF=0.894737;AO=51;DP=57;FAO=51;FDP=57;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00419088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6692;QD=46.4143;RBI=0.145638;REFB=-0.222996;REVB=0.145578;RO=2;SAF=19;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047012;STB=0.514238;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0260851;OID=.;OPOS=48894756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:57:57:2:6:51:51:0.894737:32:19:2:0:32:19:3:3 chr20 49367076 . T G 513.41 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0240291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.642;QD=24.4479;RBI=0.0792662;REFB=-0.0244775;REVB=0.0755363;RO=36;SAF=27;SAR=21;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709769;STB=0.538906;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0119499;OID=.;OPOS=49367076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:21:27:17:19:21:27:17:19 chr20 49369006 . A G 628.53 PASS AF=0.588235;AO=60;DP=102;FAO=60;FDP=102;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0241321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8026;QD=24.6481;RBI=0.0295236;REFB=0.0132762;REVB=0.0170083;RO=42;SAF=24;SAR=36;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00374161;STB=0.50204;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.0106954;OID=.;OPOS=49369006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:42:42:60:60:0.588235:36:24:17:25:36:24:17:25 chr20 49369613 . T TC 188.03 PASS AF=0.44898;AO=17;DP=61;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0249359;FXX=0.0925755;HRUN=0;LEN=1;MLLD=193.411;QD=15.349;RBI=0.0458504;REFB=-0.0232862;REVB=-0.0384768;RO=42;SAF=6;SAR=11;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204526;STB=0.503996;STBP=0.96;TYPE=ins;VARB=0.0305675;OID=.;OPOS=49369614;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44898:17:61:22:49:27:8:14:10:17:99:42:6:11:22:20 chr20 49369614 . T C 45.19 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00579556;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=131.076;QD=2.65818;RBI=0.0222293;REFB=-0.00524099;REVB=-0.0214605;RO=58;SAF=5;SAR=4;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150265;STB=0.59849;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0165013;OID=.;OPOS=49369614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:68:58:59:9:9:0.132353:4:5:25:33:4:5:26:33 chr20 49620783 . G T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.734;QD=64.4146;RBI=0.0689576;REFB=0;REVB=-0.00534505;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301902;OID=.;OPOS=49620783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr20 50092027 . T G 494.7 PASS AF=0.486239;AO=52;DP=108;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00251361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.639;QD=18.1542;RBI=0.00781497;REFB=-0.00961369;REVB=-0.0073997;RO=56;SAF=20;SAR=32;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811436;STB=0.508434;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00675726;OID=.;OPOS=50092027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:56:56:52:53:0.486239:32:20:22:34:33:20:22:34 chr20 50092151 . A G 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0204078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.253;QD=17.1667;RBI=0.0205092;REFB=-0.000524626;REVB=-0.00203721;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131485;STB=0.573428;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000743535;OID=.;OPOS=50092151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:17:12:9:23:17:12:9:23 chr20 50217620 . A G 258.48 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.025235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0064;QD=16.4114;RBI=0.0256125;REFB=-0.00568962;REVB=0.0043808;RO=32;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567525;STB=0.550985;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0112573;OID=.;OPOS=50217620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:34:29:29:0.460317:18:11:14:18:18:11:16:18 chr20 50287736 . C T 1165.5 PASS AF=0.975904;AO=72;DP=76;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0154597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.017;QD=56.1686;RBI=0.0643511;REFB=-0.0442218;REVB=0.0624665;RO=3;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435904;STB=0.513155;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00103517;OID=.;OPOS=50287736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:83:3:2:72:81:0.975904:31:41:0:3:37:44:0:2 chr20 50287790 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8162;QD=57.0004;RBI=0.00814743;REFB=0;REVB=0.00645697;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10338e-05;OID=.;OPOS=50287790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr20 50407162 . T C 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.13;QD=59.4306;RBI=0.0193438;REFB=0;REVB=0.0152993;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153854;OID=.;OPOS=50407162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr20 50407502 . A C 414.96 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156838;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.315;QD=57.2356;RBI=0.0240779;REFB=0;REVB=0.0182691;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88391e-05;OID=.;OPOS=50407502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr20 50408482 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.02;QD=60.9775;RBI=0.00196966;REFB=0;REVB=-0.0016474;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69447e-06;OID=.;OPOS=50408482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:10:29:0:0:10:29:0:0 chr20 50769549 . A G 153.6 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0196495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.108;QD=14.9856;RBI=0.0240224;REFB=0.00135184;REVB=-0.0138193;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386781;STB=0.721071;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00742818;OID=.;OPOS=50769549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:6:11:6:18:6:11:6:18 chr20 51218359 . C T 543.31 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=1.82866e-06;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.747;QD=22.6379;RBI=0.0153685;REFB=-0.00602482;REVB=0.0153685;RO=45;SAF=23;SAR=28;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247887;STB=0.513642;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00575103;OID=.;OPOS=51218359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:28:23:19:26:28:23:19:26 chr20 51870579 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0335427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.45;QD=18.8285;RBI=0.049309;REFB=-0.000375983;REVB=-0.0361423;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126165;STB=0.571359;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.000233482;OID=.;OPOS=51870579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:8:14:10:10:8:14 chr20 51870849 . T C 1594.28 PASS AF=0.973451;AO=108;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0699284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.379;QD=56.4348;RBI=0.0849536;REFB=0.0249461;REVB=0.0482405;RO=4;SAF=57;SAR=51;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321462;STB=0.512394;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.000468768;OID=.;OPOS=51870849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:113:113:4:3:108:110:0.973451:51:57:4:0:51:59:3:0 chr20 52105972 . C T 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0554;QD=58.5845;RBI=0.0369939;REFB=0;REVB=0.0320892;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016775;OID=.;OPOS=52105972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr20 52184384 . TT AA,AT 89.06 PASS AF=0,0.4;AO=3,17;DP=43;FAO=0,22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=0,1;FSAR=0,21;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.102136,-0.222612;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=26.3083,10.683;QD=6.47698;RBI=0.103799,0.22377;REFB=-0.0282467,-0.161241;REVB=0.0185053,0.0227321;RO=22;SAF=3,3;SAR=0,14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.641296,-0.251371;STB=0.5,0.922603;STBP=1,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.165746;OID=.,.;OPOS=52184384,52184384;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:90:43:55:22:33:3,17:0,22:0,0.4:0,14:3,3:8:14:0,21:0,1:19:14 chr20 52192408 . C T 421.75 PASS AF=0.455446;AO=45;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0821115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.56;QD=16.7031;RBI=0.0821355;REFB=-0.0213854;REVB=-0.00198655;RO=55;SAF=18;SAR=27;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369004;STB=0.51303;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0287978;OID=.;OPOS=52192408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:45:46:0.455446:27:18:24:31:27:19:24:31 chr20 52193368 . C T 367.37 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0212238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.044;QD=13.8628;RBI=0.027954;REFB=-0.00311273;REVB=-0.0181929;RO=63;SAF=15;SAR=28;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366377;STB=0.520734;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00361526;OID=.;OPOS=52193368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:63:43:43:0.40566:28:15:24:39:28:15:24:39 chr20 52193660 . G A 249.14 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00832797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.841;QD=11.8637;RBI=0.00846438;REFB=-0.0119229;REVB=0.00151348;RO=53;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183575;STB=0.599933;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0306703;OID=.;OPOS=52193660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:54:30:30:0.357143:12:18:23:30:12:18:24:30 chr20 52193698 . G A 230.7 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00418092;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.754;QD=11.9844;RBI=0.00566907;REFB=-0.00269866;REVB=-0.00382862;RO=49;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162326;STB=0.593311;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00615248;OID=.;OPOS=52193698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:49:49:28:28:0.363636:13:15:19:30:13:15:19:30 chr20 52198340 . T A 390.84 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00675327;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.492;QD=24.4274;RBI=0.0170451;REFB=-0.00222853;REVB=0.0156502;RO=26;SAF=13;SAR=25;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235053;STB=0.629125;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0014631;OID=.;OPOS=52198340;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:26:38:38:0.59375:25:13:17:9:25:13:17:9 chr20 52561469 . A G 688.43 PASS AF=0.467949;AO=72;DP=156;FAO=73;FDP=156;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.00545909;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.019;QD=17.652;RBI=0.00590962;REFB=-0.0140079;REVB=-0.00226316;RO=78;SAF=35;SAR=37;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491951;STB=0.526937;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0153611;OID=.;OPOS=52561469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:78:83:72:73:0.467949:37:35:42:36:38:35:44:39 chr20 52573971 . T G 301.11 PASS AF=0.4;AO=33;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0577835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.277;QD=14.1697;RBI=0.0577837;REFB=-0.00658425;REVB=-0.000153609;RO=51;SAF=16;SAR=17;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152101;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104752;OID=.;OPOS=52573971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:33:34:0.4:17:16:24:27:18:16:24:27 chr20 52674615 . A G 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0029839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.824;QD=13.368;RBI=0.00649879;REFB=-0.0138967;REVB=-0.00577327;RO=31;SAF=14;SAR=4;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28772;STB=0.670007;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0281183;OID=.;OPOS=52674615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:4:14:17:14:4:14:17:14 chr20 52675188 . G T 123.09 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0398887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8856;QD=16.4119;RBI=0.0401034;REFB=0.0054746;REVB=-0.0041444;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057851;STB=0.533286;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00845828;OID=.;OPOS=52675188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:9:7:7:7:9:7 chr20 52775528 . C T 333.8 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00732561;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.35;QD=14.0545;RBI=0.0505533;REFB=0.00496537;REVB=-0.0500197;RO=58;SAF=25;SAR=12;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142407;STB=0.58135;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00787337;OID=.;OPOS=52775528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:12:25:32:26:12:25:32:26 chr20 54944791 . C G 302.24 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00101921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.97;QD=19.4995;RBI=0.00695051;REFB=0.000327352;REVB=-0.00687537;RO=30;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140777;STB=0.578265;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.000238778;OID=.;OPOS=54944791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:14:18:12:18:14:18:12:18 chr20 54961463 . T C 1156.21 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336687;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.137;QD=60.8532;RBI=0.0336989;REFB=0;REVB=0.00142552;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.37423e-05;OID=.;OPOS=54961463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:75:76:1:31:44:0:0:31:45:0:0 chr20 54961541 . A T 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.2811;QD=60.6049;RBI=0.0501567;REFB=0;REVB=0.0359239;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02677e-05;OID=.;OPOS=54961541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr20 55033476 . C G 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0111275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7859;QD=20.0303;RBI=0.0260957;REFB=-0.0114613;REVB=0.0236043;RO=26;SAF=20;SAR=4;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317162;STB=0.681644;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00794048;OID=.;OPOS=55033476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:4:20:15:11:4:20:15:11 chr20 55033635 . C T 104.58 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00982886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.509;QD=19.9192;RBI=0.0122819;REFB=-0.0310909;REVB=0.0073646;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652227;STB=0.537129;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0262545;OID=.;OPOS=55033635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:3:6:7:5:3:6 chr20 55033647 . T C 78.44 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.028274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.295;QD=14.9414;RBI=0.029316;REFB=-0.0198472;REVB=-0.00774672;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341912;STB=0.51996;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.014785;OID=.;OPOS=55033647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:4:7:6:4:4:7 chr20 55033713 . G A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0239757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.557;QD=20.8979;RBI=0.0411788;REFB=-0.0371848;REVB=0.0334793;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0216585;OID=.;OPOS=55033713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:6:2:1:3:6:2:1:3 chr20 55070268 . A T 112.94 PASS AF=0.481481;AO=11;DP=25;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0322413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.865;QD=16.7318;RBI=0.0450851;REFB=-0.0126102;REVB=0.0315145;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435331;STB=0.561308;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0115372;OID=.;OPOS=55070268;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:27:14:14:11:13:0.481481:6:5:7:7:8:5:7:7 chr20 55072472 . A G 456.88 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0931763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.37;QD=57.1104;RBI=0.114317;REFB=0;REVB=0.0662303;RO=0;SAF=1;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642844;OID=.;OPOS=55072472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:26:32:1:25:1:0:0:29:3:0:0 chr20 55088404 . A G 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.328;QD=64.4109;RBI=0.0225752;REFB=0;REVB=0.0204319;RO=0;SAF=37;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76648e-05;OID=.;OPOS=55088404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:13:37:0:0:13:37:0:0 chr20 55108617 . C A 431.04 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0153372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.55;QD=17.5933;RBI=0.0158794;REFB=-0.0338821;REVB=-0.00411415;RO=54;SAF=16;SAR=28;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243576;STB=0.636302;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0397716;OID=.;OPOS=55108617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:28:16:33:21:28:16:33:21 chr20 55111371 . G A 193.18 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0217478;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.942;QD=13.7982;RBI=0.021987;REFB=-0.00442553;REVB=0.00323449;RO=33;SAF=8;SAR=15;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265696;STB=0.652042;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00701468;OID=.;OPOS=55111371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:33:33:23:23:0.410714:15:8:20:13:15:8:20:13 chr20 55263544 . AGT A 36.62 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0146848;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.571;QD=7.32372;RBI=0.0151547;REFB=-0.0126829;REVB=-0.00374463;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414775;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0217508;OID=.;OPOS=55263545;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:6:20:6:20:14:3:3:7:7:36:13:3:3:6:7 chr20 55263662 . T G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0510995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2568;QD=11.4396;RBI=0.0633256;REFB=-0.01126;REVB=-0.0374028;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19924;STB=0.618791;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0102924;OID=.;OPOS=55263662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:5:9:4:5:5:9 chr20 55840992 . CCAAAA CAAA,CCAAAG,CCAAA 42.6 PASS AF=0,0,0.352941;AO=5,2,8;DP=34;FAO=0,0,12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=0,0,8;FSAR=0,0,4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0816676,-0.0380072,0.152108;FXX=0;HRUN=3,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=23.7123,67.6273,9.997;QD=5.01195;RBI=0.294839,0.0958775,0.210827;REFB=-0.0774238,-0.0327541,-0.193971;REVB=-0.283302,-0.0880224,-0.145984;RO=16;SAF=0,2,5;SAR=5,0,3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0.290634,0,0.422302;SSSB=-0.686156,0.560396,0.202856;STB=0.5,0.5,0.666389;STBP=1,1,0.177;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0,0.197031;OID=.,.,.;OPOS=55840993,55840997,55840994;OREF=CA,A,A;OALT=-,G,-;OMAPALT=CAAA,CCAAAG,CCAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.352941:5,2,8:34:0,0,12:34:22:0,0,8:0,0,4:9:13:43:16:0,2,5:5,0,3:7:9 chr20 56090807 . A G 204.43 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0176961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.643;QD=16.6882;RBI=0.0193449;REFB=-0.0149636;REVB=-0.00781506;RO=28;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339003;STB=0.693154;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0153897;OID=.;OPOS=56090807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:14:7:19:9:14:7:19:9 chr20 56098733 . T C 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.153;QD=59.4297;RBI=0.0106711;REFB=0;REVB=0.0101289;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.966e-05;OID=.;OPOS=56098733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr20 56099114 . C G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0211622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.078;QD=13.456;RBI=0.0217394;REFB=-0.0113868;REVB=0.00497634;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169434;STB=0.599815;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0178368;OID=.;OPOS=56099114;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:7:8:4:7:7:8 chr20 56131216 . A G 239.13 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0495831;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4709;QD=25.8514;RBI=0.107254;REFB=-0.0181531;REVB=-0.0951048;RO=15;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139797;STB=0.577707;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00730896;OID=.;OPOS=56131216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:13:9:9:6:13:9:9:6 chr20 56136536 . A G 417.35 PASS AF=0.5;AO=41;DP=85;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00489469;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.744;QD=19.4116;RBI=0.0112244;REFB=-0.00460046;REVB=-0.010101;RO=42;SAF=25;SAR=16;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22836;STB=0.614921;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00416691;OID=.;OPOS=56136536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:42:43:41:43:0.5:16:25:15:27:18:25:15:28 chr20 56137895 . G C 499.12 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0410106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.5141;QD=53.9587;RBI=0.127173;REFB=-0.154102;REVB=0.120379;RO=2;SAF=20;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735457;STB=0.503935;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0119941;OID=.;OPOS=56137895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:37:37:2:2:35:35:0.945946:15:20:1:1:15:20:1:1 chr20 56139403 . T C 1302.02 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4363;QD=62.0011;RBI=0.026672;REFB=0;REVB=0.0116079;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133017;OID=.;OPOS=56139403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr20 56179422 . C A 137.98 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0935644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.786;QD=29.0494;RBI=0.0952025;REFB=-0.000318214;REVB=0.0175842;RO=5;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228263;STB=0.62837;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000559586;OID=.;OPOS=56179422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:11:3:3:2:11:3:3:2 chr20 56182183 . G C 316.9 PASS AF=0.491803;AO=27;DP=62;FAO=30;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00931739;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.601;QD=20.7804;RBI=0.00993916;REFB=-0.0457688;REVB=-0.00346022;RO=19;SAF=11;SAR=16;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114511;STB=0.530542;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00728302;OID=.;OPOS=56182183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:19:25:27:30:0.491803:16:11:5:14:16:14:10:15 chr20 56182296 . A C 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0337226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.98;QD=20.44;RBI=0.0356347;REFB=-0.0234588;REVB=-0.011516;RO=29;SAF=19;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136533;STB=0.575712;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0279268;OID=.;OPOS=56182296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:14:19:12:17:14:19:12:17 chr20 56186884 . T C 817.79 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5808;QD=57.3889;RBI=0.0915693;REFB=0;REVB=0.0678274;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000822741;OID=.;OPOS=56186884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:38:16:0:0:39:18:0:0 chr20 56189985 . C G 496.46 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00990837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.079;QD=20.9037;RBI=0.0214932;REFB=-0.0106551;REVB=0.0190731;RO=47;SAF=10;SAR=38;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181698;STB=0.601361;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00872232;OID=.;OPOS=56189985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:38:10:17:30:38:10:17:30 chr20 56190634 . C T 381.8 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00047522;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.238;QD=56.5634;RBI=0.00252355;REFB=0;REVB=-0.0024784;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488087;OID=.;OPOS=56190634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:12:15:0:0 chr20 56227532 . T C 82.88 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00617219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.246;QD=11.4318;RBI=0.0414142;REFB=-0.00902739;REVB=0.0409517;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487512;STB=0.506318;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0215064;OID=.;OPOS=56227532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:29:29:18:18:10:11:0.37931:4:6:10:8:5:6:10:8 chr20 56285540 . T C 407.44 PASS AF=0.5;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.018246;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.681;QD=19.8751;RBI=0.0426502;REFB=-0.00267444;REVB=0.0385502;RO=41;SAF=18;SAR=23;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152942;STB=0.58482;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00258784;OID=.;OPOS=56285540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:41:41:41:41:0.5:23:18:25:16:23:18:25:16 chr20 56470456 . C T 238.89 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00441006;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.41;QD=16.4754;RBI=0.0107852;REFB=-0.00468139;REVB=-0.00984232;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489472;STB=0.52122;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00487968;OID=.;OPOS=56470456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:26:27:0.465517:14:12:14:16:15:12:15:16 chr20 56793706 . G A 207.33 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0373591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3461;QD=15.0786;RBI=0.0379704;REFB=-0.0263507;REVB=0.00678579;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790217;STB=0.544986;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0384291;OID=.;OPOS=56793706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:15:9:14:17:15:9:14:17 chr20 56793764 . G A 212.89 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0188515;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.475;QD=16.0668;RBI=0.0246265;REFB=-0.0174296;REVB=0.0158458;RO=29;SAF=6;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253958;STB=0.645032;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0202024;OID=.;OPOS=56793764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:18:6:14:15:18:6:14:15 chr20 56796528 . A T 237.13 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.048799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.935;QD=19.7608;RBI=0.0540419;REFB=-0.0114746;REVB=-0.0232205;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109815;STB=0.561746;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0106822;OID=.;OPOS=56796528;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:13:10:8:17:13:10:8:17 chr20 56814892 . G T 245.42 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0308128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2673;QD=15.5825;RBI=0.0385673;REFB=0.0221274;REVB=0.023195;RO=33;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610493;STB=0.520598;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.0283862;OID=.;OPOS=56814892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:35:28:28:0.444444:17:11:15:18:17:11:15:20 chr20 56820880 . C T 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0101052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.09;QD=25.3613;RBI=0.0150442;REFB=-0.0196552;REVB=-0.0111451;RO=8;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301656;STB=0.666473;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0134715;OID=.;OPOS=56820880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:7:8:8:0:7:8:8:0 chr20 56821127 . A G 413.02 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=87;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00331781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1695;QD=18.7735;RBI=0.00603123;REFB=-0.00658546;REVB=0.00503665;RO=44;SAF=16;SAR=25;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617695;STB=0.529398;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00749386;OID=.;OPOS=56821127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:44:46:41:42:0.477273:25:16:20:24:26:16:20:26 chr20 56822536 . G A 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.000700231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.098;QD=13.5764;RBI=0.0117036;REFB=-0.0153007;REVB=-0.0116827;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123178;STB=0.571326;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0169757;OID=.;OPOS=56822536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:9:4:4:15:9:4:4:15 chr20 56942591 . G T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0047478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.555;QD=7.9658;RBI=0.00534852;REFB=-0.0010363;REVB=-0.00246273;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115879;STB=0.583171;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00192133;OID=.;OPOS=56942591;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:25:26:10:10:0.277778:5:5:15:10:5:5:16:10 chr20 57020556 . G C 417.38 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0550059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.372;QD=14.2695;RBI=0.0550238;REFB=-0.00824192;REVB=0.00140272;RO=68;SAF=18;SAR=30;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874023;STB=0.545638;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0114401;OID=.;OPOS=57020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:69:48:48:0.410256:30:18:31:37:30:18:31:38 chr20 57020573 . A G 550.29 PASS AF=0.533333;AO=56;DP=105;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0538623;FXX=0.0186898;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.9792;QD=20.9635;RBI=0.086032;REFB=-0.0274249;REVB=0.0670847;RO=48;SAF=22;SAR=34;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157858;STB=0.50746;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0237193;OID=.;OPOS=57020573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:49:56:56:0.533333:34:22:18:30:34:22:20:29 chr20 57045667 . T C 1590.53 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968338;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.011;QD=59.4591;RBI=0.0169211;REFB=0;REVB=0.0138765;RO=0;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160262;OID=.;OPOS=57045667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:107:0:0:100:107:1:58:42:0:0:63:44:0:0 chr20 57045765 . A G 834.31 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.809;QD=57.5384;RBI=0.0314538;REFB=0;REVB=-0.00678808;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67028e-05;OID=.;OPOS=57045765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr20 57564070 . C T 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0123119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.339;QD=23.5284;RBI=0.0224557;REFB=-0.01846;REVB=0.0187796;RO=15;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199213;STB=0.610516;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00986634;OID=.;OPOS=57564070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:9:11:12:3:9:11:12:3 chr20 57572675 . A G 1427.23 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0092355;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.118;QD=63.4325;RBI=0.0169765;REFB=0;REVB=0.0142445;RO=0;SAF=55;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172155;OID=.;OPOS=57572675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:90:0:0:90:90:1:35:55:0:0:35:55:0:0 chr20 57597970 . AG CC 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00587839;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.347;QD=10.4723;RBI=0.0166049;REFB=-0.00380822;REVB=-0.0155296;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257001;STB=0.655971;STBP=0.211;TYPE=mnp;VARB=0.00739864;OID=.;OPOS=57597970;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:9:3:11:13:9:3:11:13 chr20 57599016 . T G 393.19 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1309;QD=56.1698;RBI=0.0459521;REFB=0;REVB=-0.0354099;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.79036e-05;OID=.;OPOS=57599016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr20 57599402 . G A 82.31 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00301021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.646;QD=8.89878;RBI=0.0512502;REFB=-0.017192;REVB=0.0511617;RO=26;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159583;STB=0.597809;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0275833;OID=.;OPOS=57599402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:4:7:13:13:4:7:13:13 chr20 57610059 . C A 157.72 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00364578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.306;QD=16.602;RBI=0.0167854;REFB=-0.0263441;REVB=-0.0163847;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187863;STB=0.60724;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0282452;OID=.;OPOS=57610059;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:7:14:8:9:7:14 chr20 57612390 . C G 393.57 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00640693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4711;QD=25.3916;RBI=0.00948943;REFB=-0.050754;REVB=-0.00700004;RO=24;SAF=17;SAR=21;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14391;STB=0.578494;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0358222;OID=.;OPOS=57612390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:21:17:6:18:21:17:6:18 chr20 57766360 . C G 425.4 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00632098;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.65;QD=21.27;RBI=0.00761349;REFB=-0.0547636;REVB=0.00424387;RO=38;SAF=21;SAR=21;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512494;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0393993;OID=.;OPOS=57766360;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:21:21:19:19:21:21:18:20 chr20 57767043 . G C 595.92 PASS AF=0.97561;AO=37;DP=38;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.042033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5516;QD=58.1382;RBI=0.149229;REFB=-0.0886115;REVB=0.143187;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208135;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00477147;OID=.;OPOS=57767043;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:41:1:1:37:40:0.97561:15:22:1:0:18:22:1:0 chr20 57767049 . G T 168.89 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0220956;FXX=0.0856898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.273;QD=21.1116;RBI=0.0224303;REFB=-0.0447128;REVB=-0.00386053;RO=12;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857078;STB=0.523781;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0540581;OID=.;OPOS=57767049;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:32:12:15:17:17:0.53125:6:11:9:3:6:11:9:6 chr20 57768399 . T C 1007.0 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.822;QD=59.2352;RBI=0.0213875;REFB=0;REVB=0.0213327;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84669e-05;OID=.;OPOS=57768399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:68:0:0:64:68:1:37:27:0:0:40:28:0:0 chr20 57768657 . T C 319.81 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.581;QD=53.3013;RBI=0.0439519;REFB=0;REVB=0.0439292;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229184;OID=.;OPOS=57768657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:8:14:0:0:10:14:0:0 chr20 57768743 . C T 465.12 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.416;QD=58.14;RBI=0.0190691;REFB=0;REVB=0.01891;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126778;OID=.;OPOS=57768743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:16:16:0:0 chr20 57769140 . G C 297.14 PASS AF=1;AO=14;DP=20;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067671;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=86.8825;QD=47.5424;RBI=0.0711684;REFB=0;REVB=0.0220357;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138378;OID=.;OPOS=57769140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:25:0:0:14:25:1:8:6:0:0:16:9:0:0 chr20 57829301 . T C 651.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6167;QD=62.0153;RBI=0.0417855;REFB=0;REVB=0.0417669;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255105;OID=.;OPOS=57829301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr20 57833518 . G A 557.88 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.298;QD=58.7238;RBI=0.0325611;REFB=0;REVB=0.0197579;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250782;OID=.;OPOS=57833518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:17:18:0:0:18:20:0:0 chr20 57833740 . T C 1229.08 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0396267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9553;QD=59.9549;RBI=0.0412809;REFB=0.00120194;REVB=-0.0115687;RO=1;SAF=31;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150285;STB=0.507935;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000425599;OID=.;OPOS=57833740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:1:1:81:81:0.987805:50:31:1:0:50:31:1:0 chr20 57834150 . A T 977.74 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753805;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.5891;QD=56.6806;RBI=0.0787381;REFB=-0.0490946;REVB=0.0227479;RO=2;SAF=29;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314754;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065177;OID=.;OPOS=57834150;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:69:69:2:0:67:69:1:38:29:2:0:38:31:0:0 chr20 58467393 . A G 152.7 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.0245378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6705;QD=14.205;RBI=0.0285746;REFB=-0.0151394;REVB=0.0146425;RO=25;SAF=3;SAR=14;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298487;STB=0.524244;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.032312;OID=.;OPOS=58467393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:14:3:4:21:14:3:4:22 chr20 58558000 . G A 284.62 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=25;FWDB=0.00648117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0599;QD=19.2964;RBI=0.00762413;REFB=-0.0103617;REVB=-0.0040152;RO=28;SAF=5;SAR=25;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100519;STB=0.550726;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00888055;OID=.;OPOS=58558000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:28:30:31:0.525424:25:5:3:25:26:5:3:25 chr20 60293919 . C A 2127.59 PASS AF=0.992701;AO=135;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0626521;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7499;QD=62.1193;RBI=0.0644748;REFB=-0.00555259;REVB=0.0152222;RO=1;SAF=71;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664856;STB=0.503496;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000256634;OID=.;OPOS=60293919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:135:136:0.992701:64:71:1:0:65:71:1:0 chr20 60294279 . A G 166.06 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.024826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.539;QD=22.1407;RBI=0.0276029;REFB=0.00478693;REVB=-0.0120661;RO=13;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392056;STB=0.522062;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00328984;OID=.;OPOS=60294279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:10:7:6:7:10:7:6:7 chr20 60485627 . C T 369.11 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0210575;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.82;QD=14.6183;RBI=0.0323914;REFB=-0.0301365;REVB=0.0246126;RO=58;SAF=12;SAR=30;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254398;STB=0.649472;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0434706;OID=.;OPOS=60485627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:58:59:42:42:0.415842:30:12:30:28:30:12:31:28 chr20 60503350 . A G 1036.37 PASS AF=0.514851;AO=104;DP=203;FAO=104;FDP=202;FR=.;FRO=98;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=57;FSRR=41;FWDB=0.0228872;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3184;QD=20.5221;RBI=0.0237519;REFB=-0.0192294;REVB=-0.00635057;RO=97;SAF=48;SAR=56;SRF=56;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101748;STB=0.558075;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0216322;OID=.;OPOS=60503350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:97:98:104:104:0.514851:56:48:56:41:56:48:57:41 chr20 60509209 . C T 439.93 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0417735;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5912;QD=19.1275;RBI=0.0417983;REFB=-0.0202504;REVB=-0.00143961;RO=48;SAF=25;SAR=19;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838833;STB=0.546698;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.023167;OID=.;OPOS=60509209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:48:48:44:44:0.478261:19:25:23:25:19:25:23:25 chr20 60511860 . C T 391.59 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0182553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.082;QD=24.8628;RBI=0.0182628;REFB=-0.0146327;REVB=-0.000523053;RO=25;SAF=23;SAR=15;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398218;STB=0.502182;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00843753;OID=.;OPOS=60511860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:15:23:15:10:15:23:15:10 chr20 60572663 . C A 936.99 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683976;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4671;QD=56.7873;RBI=0.0824677;REFB=-0.0886893;REVB=0.0460727;RO=1;SAF=29;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160078;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266247;OID=.;OPOS=60572663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:66:1:0:64:66:1:35:29:1:0:35:31:0:0 chr20 60709311 . G A 1104.02 PASS AF=0.559783;AO=103;DP=184;FAO=103;FDP=184;FR=.;FRO=81;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0066389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.666;QD=24.0004;RBI=0.0139307;REFB=-0.0155398;REVB=-0.012247;RO=81;SAF=57;SAR=46;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284212;STB=0.515477;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.01185;OID=.;OPOS=60709311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:81:81:103:103:0.559783:46:57:42:39:46:57:42:39 chr20 60712511 . A G 131.28 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0166477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.58;QD=14.1924;RBI=0.0184894;REFB=-0.0145575;REVB=0.00804445;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172185;STB=0.58684;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0239692;OID=.;OPOS=60712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:6:9:9:12:6:9:10:12 chr20 60713311 . G A 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00762154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5416;QD=12.897;RBI=0.00773292;REFB=0.00135527;REVB=-0.00130774;RO=30;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00428607;STB=0.50251;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00410646;OID=.;OPOS=60713311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:8:9:16:14:8:9:16:14 chr20 60713332 . A G 116.97 PASS AF=0.35;AO=13;DP=39;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0326479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0481;QD=11.6971;RBI=0.0455386;REFB=-0.00995626;REVB=0.031747;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128007;STB=0.595609;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0367909;OID=.;OPOS=60713332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:26:26:13:14:0.35:7:6:15:11:8:6:15:11 chr20 60768497 . C T 312.59 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=51;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0170873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.904;QD=22.3278;RBI=0.0336471;REFB=-0.0110142;REVB=0.0289854;RO=24;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120826;STB=0.553538;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00892719;OID=.;OPOS=60768497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:56:24:24:27:32:0.571429:13:14:9:15:16:16:9:15 chr20 60791404 . C T 257.14 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0442636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.645;QD=16.0713;RBI=0.0622547;REFB=-0.0152558;REVB=0.0437765;RO=35;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152846;STB=0.586147;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0237647;OID=.;OPOS=60791404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:17:12:20:15:17:12:20:15 chr20 60808026 . C T 1475.28 PASS AF=0.990291;AO=100;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0277564;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.955;QD=57.2926;RBI=0.0322767;REFB=-0.196476;REVB=0.0164732;RO=1;SAF=35;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133598;STB=0.503816;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00136124;OID=.;OPOS=60808026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:103:1:1:100:102:0.990291:65:35:1:0:65:37:0:1 chr20 60831300 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.654;QD=62.3496;RBI=0.0211758;REFB=0;REVB=0.0116652;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74275e-05;OID=.;OPOS=60831300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr20 60881330 . G A 1441.03 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000909424;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.808;QD=63.3421;RBI=0.110656;REFB=0;REVB=0.110652;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82023e-05;OID=.;OPOS=60881330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr20 60881780 . T C 832.83 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8778;QD=57.4363;RBI=0.0549648;REFB=0;REVB=0.0524011;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287173;OID=.;OPOS=60881780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:19:38:0:0:20:38:0:0 chr20 60887581 . G A 648.57 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.143717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8425;QD=58.9609;RBI=0.166288;REFB=-0.10544;REVB=0.0836494;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00548838;OID=.;OPOS=60887581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:42:43:0.977273:19:23:0:0:19:24:1:0 chr20 60892526 . A G 1502.8 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298156;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.6;QD=63.9488;RBI=0.0298286;REFB=0;REVB=-0.000880745;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68266e-06;OID=.;OPOS=60892526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:94:94:1:39:55:0:0:39:55:0:0 chr20 60893570 . G A 726.17 PASS AF=0.5;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=142;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0271606;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.037;QD=20.4555;RBI=0.0368684;REFB=-0.0263685;REVB=0.0249316;RO=70;SAF=26;SAR=45;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00506992;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0272842;OID=.;OPOS=60893570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:142:70:71:71:71:0.5:45:26:26:44:45:26:26:45 chr20 60893639 . G C 362.01 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0101624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.24;QD=17.8768;RBI=0.0106174;REFB=-0.0252448;REVB=-0.00307483;RO=43;SAF=10;SAR=28;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989249;STB=0.555525;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0268831;OID=.;OPOS=60893639;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:28:10:15:28:28:10:15:28 chr20 60897487 . C T 703.49 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5345;QD=62.5325;RBI=0.0608243;REFB=0;REVB=0.0581117;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000761084;OID=.;OPOS=60897487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr20 60897721 . C T 211.66 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0248932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4052;QD=19.6893;RBI=0.0670804;REFB=-0.0342835;REVB=0.0622905;RO=22;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304565;STB=0.517225;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.029416;OID=.;OPOS=60897721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:7:14:14:8:7:14:14:8 chr20 60899206 . C T 746.28 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6212;QD=55.2803;RBI=0.115962;REFB=0;REVB=-0.0226475;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00309783;OID=.;OPOS=60899206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:1:0:52:54:1:28:24:1:0:28:26:0:0 chr20 60900481 . A G 1680.28 PASS AF=0.97479;AO=102;DP=107;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0152141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.5777;QD=56.48;RBI=0.0785634;REFB=-0.0731818;REVB=0.0770762;RO=4;SAF=56;SAR=46;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145375;STB=0.504201;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00298209;OID=.;OPOS=60900481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:107:119:4:3:102:116:0.97479:46:56:3:1:58:58:2:1 chr20 60900579 . C A 885.32 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7839;QD=58.0538;RBI=0.0665812;REFB=0;REVB=0.0258246;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564807;OID=.;OPOS=60900579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr20 60904853 . T C 495.89 PASS AF=0.754386;AO=43;DP=57;FAO=43;FDP=57;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0167457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.976;QD=34.7992;RBI=0.0167836;REFB=-0.0155815;REVB=0.00112732;RO=14;SAF=17;SAR=26;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209552;STB=0.612956;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00823629;OID=.;OPOS=60904853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:14:14:43:43:0.754386:26:17:12:2:26:17:12:2 chr20 60904854 . G C 90.96 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00567084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.6548;QD=6.0637;RBI=0.0988854;REFB=-0.0422164;REVB=-0.0987226;RO=46;SAF=12;SAR=2;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570469;STB=0.856633;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.13597;OID=.;OPOS=60904854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:60:60:46:46:14:14:0.233333:2:12:18:28:2:12:18:28 chr20 60905878 . A G 134.63 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212127;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.298;QD=44.878;RBI=0.0212127;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202273;OID=.;OPOS=60905878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chr20 60907446 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.423;QD=61.5362;RBI=0.0664398;REFB=0;REVB=0.0604768;RO=0;SAF=56;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104923;OID=.;OPOS=60907446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:25:56:0:0:25:56:0:0 chr20 60907675 . G A 632.39 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208963;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.466;QD=61.6964;RBI=0.025576;REFB=0;REVB=0.0147471;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03387e-05;OID=.;OPOS=60907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr20 60908964 . G A 115.86 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8769;QD=42.1316;RBI=0.0957963;REFB=0;REVB=0.0957479;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00579325;OID=.;OPOS=60908964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr20 60908969 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.988;QD=42.1826;RBI=0.0176143;REFB=0;REVB=0.0175266;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343136;OID=.;OPOS=60908969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr20 60909060 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.729;QD=59.018;RBI=0.0324938;REFB=0;REVB=-0.0199033;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.72353e-05;OID=.;OPOS=60909060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr20 60911958 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0795932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1938;QD=47.8221;RBI=0.0807395;REFB=0;REVB=0.0135569;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197684;OID=.;OPOS=60911958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr20 60912683 . T C 712.74 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228296;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.639;QD=63.355;RBI=0.02297;REFB=0;REVB=-0.00253566;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196269;OID=.;OPOS=60912683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr20 60917294 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4816;QD=46.8468;RBI=0.061941;REFB=0;REVB=-0.0183711;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00326361;OID=.;OPOS=60917294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr20 60920624 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2312;QD=55.0983;RBI=0.0365414;REFB=0;REVB=0.0360783;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283695;OID=.;OPOS=60920624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr20 60920887 . G A 669.28 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2603;QD=62.2584;RBI=0.0199965;REFB=0;REVB=-0.0165479;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.6348e-05;OID=.;OPOS=60920887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr20 60921643 . T C 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0644915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8284;QD=45.803;RBI=0.102075;REFB=0;REVB=0.0791209;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325014;OID=.;OPOS=60921643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr20 60927349 . C T 785.13 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.993;QD=57.1004;RBI=0.0397529;REFB=0;REVB=0.0383304;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012921;OID=.;OPOS=60927349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:19:36:0:0:19:36:0:0 chr20 60927412 . G A 509.85 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.077839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4702;QD=52.2922;RBI=0.104587;REFB=-0.133757;REVB=0.0698537;RO=3;SAF=19;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200355;STB=0.510724;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00549833;OID=.;OPOS=60927412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:3:3:36:36:0.923077:17:19:2:1:17:19:2:1 chr20 60937597 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0699046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3828;QD=56.1914;RBI=0.0703333;REFB=0;REVB=0.00775291;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121497;OID=.;OPOS=60937597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr20 60963494 . C T 1339.53 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0592997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.606;QD=62.3037;RBI=0.12706;REFB=0;REVB=-0.112374;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013047;OID=.;OPOS=60963494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:34:52:0:0:34:52:0:0 chr20 60966318 . G T 632.84 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.07;QD=61.7409;RBI=0.0874366;REFB=0;REVB=0.0571779;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083444;OID=.;OPOS=60966318;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:13:26:0:0:15:26:0:0 chr20 60989365 . C T 126.82 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0102491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8714;QD=15.3724;RBI=0.0526725;REFB=-0.0213993;REVB=0.0516657;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390222;STB=0.679762;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0262094;OID=.;OPOS=60989365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:18:14:15:0.454545:10:4:13:6:10:5:12:6 chr20 61039958 . T C 1404.05 PASS AF=0.942857;AO=99;DP=108;FAO=99;FDP=105;FR=.;FRO=6;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0319348;FXX=0.0277752;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.08;QD=53.4874;RBI=0.0320301;REFB=-0.0570224;REVB=-0.0024697;RO=6;SAF=55;SAR=44;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489839;STB=0.525857;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00568265;OID=.;OPOS=61039958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:108:105:6:6:99:99:0.942857:44:55:6:0:44:55:6:0 chr20 61040453 . C G 235.12 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.0178523;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9601;QD=12.709;RBI=0.0208034;REFB=-0.00209463;REVB=0.0106805;RO=45;SAF=23;SAR=5;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10978;STB=0.578342;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=6.91121e-05;OID=.;OPOS=61040453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:46:28:28:0.378378:5:23:34:11:5:23:34:12 chr20 61040951 . C T 476.74 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0233847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.765;QD=17.9903;RBI=0.026656;REFB=-0.00830569;REVB=0.0127945;RO=55;SAF=30;SAR=21;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409107;STB=0.522718;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0110131;OID=.;OPOS=61040951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:21:30:30:25:21:30:30:25 chr20 61048549 . G A 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.427;QD=64.4132;RBI=0.0471789;REFB=0;REVB=0.0438948;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207214;OID=.;OPOS=61048549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr20 61143487 . T C 326.95 PASS AF=0.413793;AO=35;DP=86;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0191812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.444;QD=15.0323;RBI=0.0203152;REFB=-0.00392481;REVB=0.00669258;RO=51;SAF=17;SAR=18;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468719;STB=0.505744;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00651612;OID=.;OPOS=61143487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:51:51:35:36:0.413793:18:17:25:26:18:18:25:26 chr20 61303264 . C T 574.56 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=87;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0360382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.426;QD=26.1165;RBI=0.0394605;REFB=-0.0185047;REVB=0.0160742;RO=35;SAF=20;SAR=32;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556239;STB=0.537191;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0103262;OID=.;OPOS=61303264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:35:36:52:52:0.590909:32:20:16:19:32:20:17:19 chr20 61326380 . C T 941.26 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757265;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.958;QD=58.8285;RBI=0.0567078;REFB=0;REVB=0.0561999;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.0656e-05;OID=.;OPOS=61326380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:21:42:0:0:21:43:0:0 chr20 61431531 . C T 601.58 PASS AF=0.593407;AO=54;DP=91;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0269663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.855;QD=26.443;RBI=0.0343971;REFB=-0.0363818;REVB=0.0213536;RO=35;SAF=32;SAR=22;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238999;STB=0.629167;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0330625;OID=.;OPOS=61431531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:35:37:54:54:0.593407:22:32:9:26:22:32:10:27 chr20 61444584 . G A 42.28 PASS AF=0.2;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0249873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.722;QD=4.83235;RBI=0.0268466;REFB=-0.0219175;REVB=-0.00981713;RO=27;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114136;STB=0.565841;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0843679;OID=.;OPOS=61444584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:35:27:28:7:7:0.2:5:2:10:17:5:2:10:18 chr20 61444633 . G A 36.82 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0146966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1337;QD=8.18193;RBI=0.0902994;REFB=-0.0148452;REVB=0.0890954;RO=12;SAF=0;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.699781;STB=0.713469;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0565842;OID=.;OPOS=61444633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:17:18:12:12:5:6:0.333333:5:0:5:7:5:1:5:7 chr20 61460107 . T C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0308053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.404;QD=7.83714;RBI=0.0792239;REFB=-0.0147958;REVB=-0.0729894;RO=16;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909561;STB=0.55796;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.038195;OID=.;OPOS=61460107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:1:6:13:3:1:6:13:3 chr20 61460124 . G A 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00481609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.055;QD=26.6376;RBI=0.0559843;REFB=0.00352169;REVB=-0.0557768;RO=8;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643111;STB=0.535672;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00221808;OID=.;OPOS=61460124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:3:13:7:1:3:13:7:1 chr20 61463501 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00396441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.033;QD=12.2159;RBI=0.0150958;REFB=-0.0190491;REVB=-0.0145659;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173508;STB=0.504944;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0215997;OID=.;OPOS=61463501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:9:6:10:16:9:6:11:16 chr20 61463522 . C A 145.23 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0124052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.571;QD=16.1369;RBI=0.0215448;REFB=-0.0305962;REVB=0.0176151;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457626;STB=0.514687;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0402268;OID=.;OPOS=61463522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:10:6:8:11:10:6:8:12 chr20 61464440 . G A 595.18 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00224338;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.277;QD=24.293;RBI=0.0212638;REFB=-0.0111399;REVB=-0.0211451;RO=42;SAF=30;SAR=24;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825607;STB=0.555535;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00668019;OID=.;OPOS=61464440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:44:54:54:0.55102:24:30:19:23:24:30:19:25 chr20 61467800 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.659;QD=57.1771;RBI=0.0236648;REFB=0;REVB=-0.0135128;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010187;OID=.;OPOS=61467800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr20 61468571 . T C 1026.15 PASS AF=0.409894;AO=107;DP=274;FAO=116;FDP=283;FR=.;FRO=167;FSAF=75;FSAR=41;FSRF=116;FSRR=51;FWDB=-0.00106795;FXX=0.003521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.7;QD=14.5039;RBI=0.00353515;REFB=-0.00796617;REVB=0.00336998;RO=163;SAF=70;SAR=37;SRF=113;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472747;STB=0.531595;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00977694;OID=.;OPOS=61468571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:283:163:167:107:116:0.409894:37:70:113:50:41:75:116:51 chr20 61512606 . T C 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.089;QD=58.1374;RBI=0.0142727;REFB=0;REVB=0.00823626;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180642;OID=.;OPOS=61512606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr20 61528074 . T C 1835.0 PASS AF=0.976;AO=121;DP=124;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0347498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.173;QD=58.72;RBI=0.0608219;REFB=-0.151898;REVB=0.0499175;RO=0;SAF=52;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510488;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000904402;OID=.;OPOS=61528074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:124:125:0:3:121:122:0.976:69:52:0:0:70:52:0:3 chr20 61528271 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0700647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.62;QD=33.4285;RBI=0.0889401;REFB=0;REVB=0.0547839;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000706034;OID=.;OPOS=61528271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr20 61576777 . A G 393.24 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.486;QD=56.1773;RBI=0.0548774;REFB=0;REVB=0.0296407;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451569;OID=.;OPOS=61576777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr20 61577274 . CT C,CC 742.03 PASS AF=0.0208333,0.979167;AO=5,42;DP=48;FAO=1,47;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573366,0.0403519;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.121,201.028;QD=61.8359;RBI=0.0577602,0.0415517;REFB=0,0;REVB=-0.0069821,-0.00991325;RO=0;SAF=5,19;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0326363,0.00015514;OID=.,.;OPOS=61577275,61577275;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0208333,0.979167:5,42:48:1,47:48:0:0,24:1,23:0:0:5:0:5,19:0,23:0:0 chr20 61588159 . A G 955.08 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8584;QD=58.7742;RBI=0.0594633;REFB=0;REVB=0.0326193;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45108e-05;OID=.;OPOS=61588159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr20 61594679 . A G 759.72 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00653088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.463;QD=53.3134;RBI=0.0156927;REFB=-0.136793;REVB=0.0142692;RO=2;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285525;STB=0.515146;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00117325;OID=.;OPOS=61594679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:57:57:2:2:55:55:0.964912:32:23:0:2:32:23:0:2 chr20 61597946 . CTTA CCTA,CTA,CTAC 1138.13 PASS AF=0,1,0;AO=4,68,6;DP=79;FAO=0,81,0;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25,0;FSAR=0,56,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.069253,-0.0768807,-0.0521877;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=5.0835,22.6005,10.4399;QD=56.2039;RBI=0.0885697,0.0790617,0.0945175;REFB=0,0,0;REVB=0.0552143,0.0184423,-0.0788036;RO=0;SAF=3,19,2;SAR=1,49,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,-0.00075081,0;OID=.,.,.;OPOS=61597947,61597947,61597948;OREF=T,T,TA;OALT=C,-,AC;OMAPALT=CCTA,CTA,CTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:4,68,6:79:0,81,0:81:0:0,25,0:0,56,0:0:0:6:0:3,19,2:1,49,4:0:0 chr20 61834695 . G A 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.024822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3079;QD=18.7115;RBI=0.0305018;REFB=-0.0198376;REVB=0.0177265;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195539;STB=0.511099;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0241333;OID=.;OPOS=61834695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:7:11:12:7:7:11:12:7 chr20 61869826 . C T 568.25 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0287675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2462;QD=20.2946;RBI=0.0480166;REFB=0.0159177;REVB=0.0384451;RO=54;SAF=28;SAR=30;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047479;STB=0.526145;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.0137422;OID=.;OPOS=61869826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:54:58:58:0.517857:30:28:29:25:30:28:29:25 chr20 61873080 . T A 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.000302093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.182;QD=19.9285;RBI=0.00035739;REFB=-0.0173228;REVB=-0.000190965;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977979;STB=0.555467;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0154691;OID=.;OPOS=61873080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:8:4:2:7:8:4:2:7 chr20 61878950 . A C 50.44 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0605882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0499;QD=16.8148;RBI=0.152501;REFB=0.0952102;REVB=0.139949;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.666109;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0562046;OID=.;OPOS=61878950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:6:1:2:3:6:1:2:3 chr20 61880169 . T G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0027824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.482;QD=10.8848;RBI=0.0239104;REFB=-0.0103714;REVB=-0.023748;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276263;STB=0.666296;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0144148;OID=.;OPOS=61880169;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:3:6:6:9:3:6:6:9 chr20 61881296 . A G 1446.21 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00712571;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.818;QD=62.8787;RBI=0.0275079;REFB=0;REVB=0.026569;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641844;OID=.;OPOS=61881296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:41:50:0:0:42:50:0:0 chr20 61912715 . T C 163.49 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=39;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.048061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.875;QD=15.5707;RBI=0.0499908;REFB=-0.0266613;REVB=-0.013756;RO=24;SAF=2;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318432;STB=0.538173;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0344764;OID=.;OPOS=61912715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:24:24:15:18:0.428571:13:2:8:16:13:5:8:16 chr20 61918164 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00688509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.802;QD=35.5759;RBI=0.0623178;REFB=0;REVB=0.0619363;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183793;OID=.;OPOS=61918164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr20 61941746 . GA G,GG 550.39 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=4,33;DP=37;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364223,0.00474739;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.6877,103.602;QD=59.5016;RBI=0.0223652,0.0268559;REFB=0,0;REVB=0.0220666,0.026433;RO=0;SAF=4,16;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.60901e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0364654,0.000662206;OID=.,.;OPOS=61941747,61941747;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.027027,0.972973:4,33:37:1,36:37:0:1,19:0,17:0:0:4:0:4,16:0,17:0:0 chr20 61951489 . G C 129.62 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0232246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.9859;QD=37.0352;RBI=0.0233287;REFB=-0.112203;REVB=0.00220107;RO=2;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218866;STB=0.545384;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0127787;OID=.;OPOS=61951489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:2:1:12:13:0.928571:7:5:1:1:8:5:1:0 chr20 61956779 . TCTT CTCT,TCT,TCTC 725.87 PASS AF=0.0377358,0,0.962264;AO=2,6,39;DP=52;FAO=2,0,51;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,17;FSAR=2,0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579395,-0.195035,-0.180932;FXX=0;HRUN=1,2,2;LEN=3,1,1;MLLD=130.614,25.5401,36.8064;QD=54.7829;RBI=0.0323314,0.225122,0.181367;REFB=0,0,0;REVB=-0.031808,-0.112432,-0.0125625;RO=0;SAF=0,1,14;SAR=2,5,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.05216,0.0133215,0.00731559;OID=.,.,.;OPOS=61956779,61956781,61956782;OREF=TCT,T,T;OALT=CTC,-,C;OMAPALT=CTCT,TCT,TCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:6:52:53:0:0:2,6,39:2,0,51:0.0377358,0,0.962264:2,5,25:0,1,14:0:0:2,0,34:0,0,17:0:0 chr20 61981104 . C T 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.065478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.025;QD=19.6674;RBI=0.0655641;REFB=-0.0205587;REVB=0.0033589;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093917;STB=0.553018;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0223302;OID=.;OPOS=61981104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:10:9:7:12:10:9:7:12 chr20 61981134 . G A 109.91 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0439982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6646;QD=14.6545;RBI=0.0466625;REFB=-0.0334064;REVB=0.0155418;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957353;STB=0.57132;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0540693;OID=.;OPOS=61981134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:6:7:7:9:6:7:7:10 chr20 61981536 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00204466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.551;QD=51.9148;RBI=0.0191211;REFB=0;REVB=-0.0190115;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00035047;OID=.;OPOS=61981536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:4:17:0:0:4:17:0:0 chr20 61981554 . C A 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0275806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.811;QD=27.3146;RBI=0.0473856;REFB=-0.0786792;REVB=0.0385318;RO=12;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033438;STB=0.518501;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0341862;OID=.;OPOS=61981554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:8:13:8:4:8:13:8:4 chr20 61982085 . A G 1396.37 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.061;QD=62.7581;RBI=0.0542863;REFB=0;REVB=-0.0242662;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36664e-05;OID=.;OPOS=61982085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr20 61982124 . A G 304.05 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0039539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.288;QD=14.8319;RBI=0.0291625;REFB=-0.0103706;REVB=-0.0288932;RO=47;SAF=19;SAR=15;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178811;STB=0.606322;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0154189;OID=.;OPOS=61982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:47:48:34:34:0.414634:15:19:18:29:15:19:18:30 chr20 61986863 . C G 212.96 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0387589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.075;QD=12.527;RBI=0.0403092;REFB=-0.0281508;REVB=0.0110715;RO=42;SAF=13;SAR=13;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180047;STB=0.602865;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0432789;OID=.;OPOS=61986863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:13:13:28:14:13:13:28:14 chr20 61986949 . T C 127.69 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00300624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5072;QD=14.5936;RBI=0.0328374;REFB=-0.0579973;REVB=0.0326995;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136269;STB=0.560897;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0498928;OID=.;OPOS=61986949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:20:14:15:0.428571:6:8:14:6:6:9:14:6 chr20 61990939 . G A 244.24 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.00772035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.487;QD=13.026;RBI=0.0783821;REFB=-0.0278141;REVB=0.078001;RO=45;SAF=6;SAR=23;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903183;STB=0.547585;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.054059;OID=.;OPOS=61990939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:46:29:29:0.386667:23:6:12:33:23:6:12:34 chr20 62038277 . T G 580.68 PASS AF=0.258503;AO=30;DP=137;FAO=38;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=48;FWDB=-0.0110479;FXX=0.0199987;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.14;QD=15.8008;RBI=0.0110856;REFB=-0.0711996;REVB=0.000913933;RO=64;SAF=23;SAR=7;SRF=19;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522529;STB=0.785875;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.059691;OID=.;OPOS=62038277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:147:64:69:30:38:0.258503:7:23:19:45:9:29:21:48 chr20 62044847 . G A 427.88 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0150894;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.769;QD=21.9426;RBI=0.019428;REFB=-0.00649541;REVB=0.0122375;RO=35;SAF=19;SAR=23;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980498;STB=0.560264;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00705065;OID=.;OPOS=62044847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:36:42:42:0.538462:23:19:20:15:23:19:21:15 chr20 62126185 . A G 370.05 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.016252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4198;QD=19.7361;RBI=0.0854632;REFB=0.00087924;REVB=-0.0839037;RO=35;SAF=20;SAR=18;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597978;STB=0.532942;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.00246105;OID=.;OPOS=62126185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:37:38:38:0.506667:18:20:16:19:18:20:17:20 chr20 62152917 . CGGGG CGGG,CGGGA 55.21 PASS AF=0.222222,0.047619;AO=9,2;DP=56;FAO=14,3;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=12,3;FSAR=2,0;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0434329,0.0898396;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=9.72651,20.7274;QD=3.50518;RBI=0.118408,0.23365;REFB=-0.0849194,-0.0460088;REVB=0.110155,0.215688;RO=37;SAF=9,2;SAR=0,0;SRF=14;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.757195,0.487509;STB=0.864608,0.99729;STBP=0.006,0.021;TYPE=del,snp;VARB=0.0676202,0.0573121;OID=.,.;OPOS=62152918,62152921;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=CGGG,CGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222,0.047619:9,2:56:14,3:63:46:12,3:2,0:17:29:42:37:9,2:0,0:14:23 chr20 62172219 . G A 1404.53 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.266;QD=62.4236;RBI=0.116398;REFB=0;REVB=0.114503;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149903;OID=.;OPOS=62172219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:90:0:0:85:90:1:47:38:0:0:50:40:0:0 chr20 62173562 . G T 731.36 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0256734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.163;QD=52.2399;RBI=0.0280144;REFB=-0.116039;REVB=0.0112109;RO=2;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392157;STB=0.519993;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00219056;OID=.;OPOS=62173562;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:53:54:0.964286:23:30:0:2:24:30:0:2 chr20 62174724 . G A 678.9 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00498525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8496;QD=52.2231;RBI=0.132268;REFB=-0.0931553;REVB=0.132174;RO=2;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049451;STB=0.52499;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00492521;OID=.;OPOS=62174724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:52:52:2:2:49:50:0.961538:18:31:0:2:19:31:0:2 chr20 62187187 . T C 353.62 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.365;QD=54.4025;RBI=0.0599983;REFB=0;REVB=0.0578773;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692958;OID=.;OPOS=62187187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:10:14:0:0:10:16:0:0 chr20 62187439 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.101;QD=39.2067;RBI=0.0549184;REFB=0;REVB=-0.0417606;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000994646;OID=.;OPOS=62187439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr20 62191321 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.631;QD=56.7063;RBI=0.0238271;REFB=0;REVB=-0.0232714;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001533;OID=.;OPOS=62191321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr20 62191937 . G A 101.49 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0278285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.03;QD=16.9155;RBI=0.0278591;REFB=0.0114652;REVB=0.00130485;RO=11;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505199;STB=0.780737;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00469516;OID=.;OPOS=62191937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:10:2:8:3:10:2:8:4 chr20 62193019 . C T 248.48 PASS AF=0.638889;AO=15;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00947464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.684;QD=27.6088;RBI=0.0354436;REFB=-0.0339908;REVB=0.0341537;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294963;STB=0.576377;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0126383;OID=.;OPOS=62193019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:15:23:0.638889:6:9:3:10:13:10:3:10 chr20 62193020 . G T 33.93 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0064201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9238;QD=3.77038;RBI=0.0222936;REFB=-0.0437301;REVB=-0.0213491;RO=27;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371962;STB=0.737737;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0718955;OID=.;OPOS=62193020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:33:36:27:30:6:6:0.166667:5:1:12:15:5:1:12:18 chr20 62193445 . G A 339.52 PASS AF=0.617021;AO=27;DP=45;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.02127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.641;QD=28.8954;RBI=0.0270431;REFB=-0.0115376;REVB=0.0167008;RO=17;SAF=15;SAR=12;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181556;STB=0.616757;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00425132;OID=.;OPOS=62193445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:17:18:27:29:0.617021:12:15:5:12:12:17:5:13 chr20 62194030 . G C 1419.75 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287546;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.886;QD=63.1;RBI=0.0379457;REFB=0;REVB=0.0247598;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35595e-05;OID=.;OPOS=62194030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr20 62194103 . A G 776.27 PASS AF=1;AO=52;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.915;QD=56.4557;RBI=0.0250974;REFB=0;REVB=0.0152387;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93714e-05;OID=.;OPOS=62194103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:52:55:1:30:22:0:0:31:24:0:0 chr20 62194128 . G A 280.57 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0343733;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5275;QD=17.2658;RBI=0.0445368;REFB=-0.00293438;REVB=0.0283197;RO=32;SAF=12;SAR=18;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093823;STB=0.545053;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00386897;OID=.;OPOS=62194128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:32:34:30:31:0.476923:18:12:16:16:19:12:16:18 chr20 62194298 . G A 339.77 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.00828181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.481;QD=15.4442;RBI=0.0273066;REFB=-0.0139769;REVB=-0.0260204;RO=51;SAF=25;SAR=12;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550796;STB=0.531169;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0193689;OID=.;OPOS=62194298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:12:25:32:19:12:25:32:19 chr20 62195220 . C T 77.92 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00996882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.716;QD=14.1667;RBI=0.0100255;REFB=-0.00708133;REVB=-0.00106446;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170018;STB=0.5998;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0110395;OID=.;OPOS=62195220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:5:7:4:6:5:7 chr20 62195672 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.064154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.667;QD=18.8207;RBI=0.0646167;REFB=-0.013118;REVB=-0.00771914;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579899;STB=0.533277;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0135968;OID=.;OPOS=62195672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:4:6:8:4:4:6 chr20 62196033 . C T 288.89 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.048579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1563;QD=21.0101;RBI=0.0788556;REFB=-0.00223035;REVB=-0.0621152;RO=25;SAF=19;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00588925;STB=0.503266;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00132189;OID=.;OPOS=62196033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:11:19:16:9:11:19:16:9 chr20 62196182 . G C 61.5 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0466886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8133;QD=7.02825;RBI=0.0566073;REFB=0.00103619;REVB=0.0320087;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202753;STB=0.512792;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00234649;OID=.;OPOS=62196182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:4:5:14:12:4:5:14:12 chr20 62196807 . T C 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.682;QD=63.5802;RBI=0.0371386;REFB=0;REVB=0.016256;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183206;OID=.;OPOS=62196807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr20 62196884 . A G 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.749;QD=61.0484;RBI=0.0480204;REFB=0;REVB=-0.0475976;RO=0;SAF=50;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.41556e-05;OID=.;OPOS=62196884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:28:50:0:0:28:50:0:0 chr20 62198236 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0135594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.694;QD=12.0147;RBI=0.020585;REFB=-0.0208669;REVB=0.0154882;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.631131;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0329619;OID=.;OPOS=62198236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:4:3:4:2:4:3 chr20 62198348 . C T 884.15 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.988;QD=57.9772;RBI=0.0648746;REFB=0;REVB=0.0177983;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09493e-05;OID=.;OPOS=62198348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:57:61:1:39:18:0:0:41:20:0:0 chr20 62198662 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.987;QD=40.7629;RBI=0.0732404;REFB=0;REVB=0.0728489;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798369;OID=.;OPOS=62198662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr20 62200017 . G A 168.86 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.000212175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.095;QD=24.1234;RBI=0.0216809;REFB=-0.0303;REVB=0.0216798;RO=10;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149988;STB=0.596307;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0237143;OID=.;OPOS=62200017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:10:11:17:17:0.607143:7:10:8:2:7:10:9:2 chr20 62200575 . TG CA,CG 481.94 PASS AF=0.411765,0.588235;AO=14,20;DP=34;FAO=14,20;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9,9;FSAR=5,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101547,-0.0642794;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=64.1716,54.6084;QD=56.6991;RBI=0.0518125,0.0802678;REFB=0,0;REVB=0.0508077,0.0480738;RO=0;SAF=9,9;SAR=5,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.0487e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0159945,0.0280432;OID=.,.;OPOS=62200575,62200575;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:34:34:0:0:14,20:14,20:0.411765,0.588235:5,11:9,9:0:0:5,11:9,9:0:0 chr20 62200860 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.562;QD=57.2368;RBI=0.0562903;REFB=0;REVB=0.0411722;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242693;OID=.;OPOS=62200860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr20 62221610 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.503;QD=59.5017;RBI=0.00871981;REFB=0;REVB=-0.00763101;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.54559e-06;OID=.;OPOS=62221610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr20 62227081 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.956;QD=56.9556;RBI=0.0209602;REFB=0;REVB=0.00941598;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.08244e-05;OID=.;OPOS=62227081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:18:34:0:0:18:34:0:0 chr20 62309554 . C T 1205.88 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00509085;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.911;QD=58.8233;RBI=0.024156;REFB=-0.266164;REVB=0.0236135;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.51351;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00102999;OID=.;OPOS=62309554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:82:0:2:80:80:0.97561:36:44:0:0:36:44:0:2 chr20 62319464 . T C 481.07 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.078;QD=58.3117;RBI=0.0377474;REFB=0;REVB=0.0276873;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14607e-05;OID=.;OPOS=62319464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:16:15:0:0:18:15:0:0 chr20 62319561 . C G 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0167324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.838;QD=22.5829;RBI=0.0281375;REFB=-0.00940798;REVB=-0.0226218;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210156;STB=0.616935;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00732607;OID=.;OPOS=62319561;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:12:14:7:17:12:14:7:17 chr20 62320968 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.628;QD=53.9112;RBI=0.0365341;REFB=0;REVB=0.0162032;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135432;OID=.;OPOS=62320968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr20 62321655 . G A 752.0 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0262872;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.316;QD=52.7721;RBI=0.075792;REFB=-0.173538;REVB=0.0710873;RO=1;SAF=35;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132766;STB=0.505153;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00305758;OID=.;OPOS=62321655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:58:57:1:2:54:55:0.964912:19:35:1:0:20:35:1:1 chr20 62322288 . T C 732.14 PASS AF=1;AO=42;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451206;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.596;QD=57.4225;RBI=0.0464541;REFB=0;REVB=0.0110505;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311222;OID=.;OPOS=62322288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:42:51:1:29:13:0:0:30:21:0:0 chr20 62324289 . C T 379.41 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00232911;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5765;QD=18.9704;RBI=0.0138599;REFB=0.0120912;REVB=0.0136627;RO=41;SAF=19;SAR=20;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444117;STB=0.524714;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.0119174;OID=.;OPOS=62324289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:41:41:39:39:0.4875:20:19:18:23:20:19:18:23 chr20 62326110 . A C 529.05 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0115966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8018;QD=22.7549;RBI=0.082894;REFB=-0.0237265;REVB=-0.0820788;RO=43;SAF=27;SAR=23;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01536;STB=0.508449;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0459735;OID=.;OPOS=62326110;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:23:27:24:19:23:27:24:19 chr20 62326159 . G A 448.73 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0491083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.257;QD=19.5098;RBI=0.052582;REFB=-0.0184055;REVB=0.0187947;RO=45;SAF=24;SAR=21;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401349;STB=0.511623;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0162823;OID=.;OPOS=62326159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:47:45:45:0.48913:21:24:22:23:21:24:24:23 chr20 62328375 . A G 637.1 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172901;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.673;QD=62.1563;RBI=0.0177293;REFB=0;REVB=-0.00392174;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218824;OID=.;OPOS=62328375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr20 62329719 . CT TC 55.69 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0134393;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=32.2529;QD=5.56904;RBI=0.0397223;REFB=-0.0604885;REVB=0.0373798;RO=27;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21081;STB=0.652961;STBP=0.297;TYPE=mnp;VARB=0.221547;OID=.;OPOS=62329719;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:40:40:27:31:9:9:0.225:7:2:10:17:7:2:12:19 chr20 62332636 . TCACCTG CACCCTG,TCACCCT,TCACCCTG 970.71 PASS AF=0,0,1;AO=3,4,67;DP=75;FAO=0,0,70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,26;FSAR=0,0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0739926,-0.0297693,0.0124526;FXX=0;HRUN=2,1,2;LEN=3,2,1;MLLD=9.69047,6.61582,24.0428;QD=55.4689;RBI=0.154108,0.112828,0.150942;REFB=0,0,0;REVB=-0.135183,-0.10883,-0.150428;RO=0;SAF=0,0,26;SAR=3,4,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,ins;VARB=0,0,-0.00237859;OID=.,.,.;OPOS=62332636,62332641,62332639;OREF=TCA,TG,-;OALT=CAC,CT,C;OMAPALT=CACCCTG,TCACCCT,TCACCCTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:6:75:70:0:0:3,4,67:0,0,70:0,0,1:3,4,41:0,0,26:0:0:0,0,44:0,0,26:0:0 chr20 62340115 . C G 753.44 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151777;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.892;QD=64.1223;RBI=0.0202949;REFB=0;REVB=0.0202381;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335036;OID=.;OPOS=62340115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr20 62367176 . GCC G,GC 88.31 PASS AF=0.189189,0.27027;AO=10,8;DP=38;FAO=7,10;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7,9;FSAR=0,1;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0878672,-0.167851;FXX=0.0263089;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=28.4581,15.555;QD=9.54697;RBI=0.109514,0.20826;REFB=-0.0301653,-0.0575543;REVB=-0.0653657,-0.12328;RO=19;SAF=10,7;SAR=0,1;SRF=5;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0.276576,0.276576;SSSB=0.821814,0.647233;STB=0.998625,0.8992;STBP=0,0.005;TYPE=del,del;VARB=0.118028,-0.191624;OID=.,.;OPOS=62367177,62367177;OREF=CC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.189189,0.27027:10,8:38:7,10:37:20:7,9:0,1:6:14:37:19:10,7:0,1:5:14 chr20 62372813 . G A 351.87 PASS AF=0.962963;AO=11;DP=28;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0223366;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5471;QD=52.1291;RBI=0.023607;REFB=-0.0383064;REVB=0.00763985;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526295;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00381595;OID=.;OPOS=62372813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:27:0:1:11:26:0.962963:6:5:0:0:17:9:1:0 chr20 62373707 . G T 735.15 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0223818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.016;QD=61.2623;RBI=0.034024;REFB=-0.12588;REVB=0.0256259;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515145;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00115058;OID=.;OPOS=62373707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:0:1:47:47:0.979167:16:31:0:0:16:31:0:1 chr20 62378349 . C T 594.36 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6278;QD=60.9595;RBI=0.121385;REFB=0;REVB=0.0918468;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00280848;OID=.;OPOS=62378349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr20 62378364 . C T 604.75 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180365;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.297;QD=58.9997;RBI=0.0194997;REFB=0.00685696;REVB=-0.00741081;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-5.34473e-06;OID=.;OPOS=62378364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:0:1:40:40:0.97561:25:15:0:0:25:15:0:1 chr20 62421622 . A G 680.01 PASS AF=0.462025;AO=72;DP=157;FAO=73;FDP=158;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=54;FSRR=31;FWDB=-0.0141812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.836;QD=17.2156;RBI=0.0287089;REFB=-0.0144303;REVB=0.0249619;RO=85;SAF=37;SAR=35;SRF=54;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119156;STB=0.569226;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0174307;OID=.;OPOS=62421622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:85:85:72:73:0.462025:35:37:54:31:36:37:54:31 chr20 62422080 . T C 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00445136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.318;QD=22.7237;RBI=0.0593235;REFB=-0.0138422;REVB=0.0591563;RO=16;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307373;STB=0.517224;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0124644;OID=.;OPOS=62422080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:8:12:9:7:8:12:9:7 chr20 62522466 . A G 482.42 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.918;QD=58.4753;RBI=0.0253126;REFB=0;REVB=0.0251608;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177053;OID=.;OPOS=62522466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:13:20:0:0 chr20 62540460 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2011;QD=63.286;RBI=0.0331734;REFB=0;REVB=0.0309383;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023232;OID=.;OPOS=62540460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr20 62576030 . GC G 156.03 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.003084;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.2312;QD=9.31527;RBI=0.185395;REFB=-0.097716;REVB=-0.18537;RO=30;SAF=13;SAR=21;SRF=19;SRR=11;SSEN=0.451456;SSEP=0;SSSB=-0.21213;STB=0.566131;STBP=0.297;TYPE=del;VARB=0.0806129;OID=.;OPOS=62576031;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507463:34:67:34:67:33:15:19:19:14:99:30:13:21:19:11 chr20 62576991 . G A 745.72 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.243;QD=56.2809;RBI=0.0168683;REFB=0;REVB=0.0124519;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0791e-05;OID=.;OPOS=62576991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:28:24:0:0:28:25:0:0 chr20 62703490 . C T 156.11 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0201999;FXX=0.0444346;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.451;QD=14.522;RBI=0.0272779;REFB=-0.0232137;REVB=0.0183316;RO=25;SAF=13;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284533;STB=0.658027;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0227956;OID=.;OPOS=62703490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:25:26:17:17:0.395349:4:13:13:12:4:13:14:12 chr20 62714783 . C G 706.69 PASS AF=0.452381;AO=76;DP=167;FAO=76;FDP=168;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=28;FSRR=64;FWDB=0.0388126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.087;QD=16.8259;RBI=0.038974;REFB=-0.0309528;REVB=-0.00354342;RO=90;SAF=25;SAR=51;SRF=26;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451627;STB=0.515414;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0414017;OID=.;OPOS=62714783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:90:92:76:76:0.452381:51:25:26:64:51:25:28:64 chr20 62729225 . C T 439.23 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0247351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1257;QD=19.965;RBI=0.0579534;REFB=-0.0202915;REVB=0.0524096;RO=44;SAF=25;SAR=19;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102731;STB=0.556969;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0177513;OID=.;OPOS=62729225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:19:25:20:24:19:25:20:24 chr20 62737537 . C A 248.86 PASS AF=0.405405;AO=24;DP=68;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00315933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.684;QD=13.4518;RBI=0.0153037;REFB=-0.0157968;REVB=-0.0149741;RO=44;SAF=13;SAR=11;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107661;STB=0.618928;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0415601;OID=.;OPOS=62737537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:74:44:44:24:30:0.405405:11:13:28:16:17:13:28:16 chr20 62737568 . T C 354.02 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0292439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.398;QD=15.911;RBI=0.0292538;REFB=-0.0237817;REVB=-0.00076022;RO=46;SAF=17;SAR=21;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198054;STB=0.591155;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0295644;OID=.;OPOS=62737568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:51:38:38:0.426966:21:17:30:16:21:17:31:20 chr20 62737952 . G A 178.04 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00994327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.408;QD=14.837;RBI=0.0124074;REFB=-0.010328;REVB=-0.00742124;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118707;STB=0.558437;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0185704;OID=.;OPOS=62737952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:8:11:13:15:8:11:14:15 chr20 62959184 . T C 69.94 PASS AF=0.164557;AO=13;DP=79;FAO=13;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.0377214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7004;QD=3.54101;RBI=0.0378319;REFB=-0.0137044;REVB=-0.00288922;RO=66;SAF=5;SAR=8;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324958;STB=0.712134;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0617751;OID=.;OPOS=62959184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:79:79:66:66:13:13:0.164557:8:5:43:23:8:5:43:23 chr21 9907271 . A G 1398.69 PASS AF=0.652174;AO=119;DP=183;FAO=120;FDP=184;FR=.;FRO=64;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0207979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0752;QD=30.4063;RBI=0.075751;REFB=0.00297829;REVB=-0.07284;RO=64;SAF=59;SAR=60;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175748;STB=0.507974;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.00247525;OID=.;OPOS=9907271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:64:64:119:120:0.652174:60:59:30:34:61:59:30:34 chr21 9907302 . C T 246.16 PASS AF=0.199074;AO=43;DP=217;FAO=43;FDP=216;FR=.;FRO=173;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=88;FSRR=85;FWDB=0.0105266;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.348;QD=4.55852;RBI=0.0298275;REFB=-0.00450679;REVB=-0.0279083;RO=173;SAF=23;SAR=20;SRF=88;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337196;STB=0.521026;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0232589;OID=.;OPOS=9907302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:216:173:173:43:43:0.199074:20:23:88:85:20:23:88:85 chr21 9907309 . G A 76.86 PASS AF=0.100457;AO=22;DP=219;FAO=22;FDP=219;FR=.;FRO=197;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=103;FSRR=94;FWDB=0.0414033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.022;QD=1.40382;RBI=0.0415552;REFB=-0.00327285;REVB=-0.00355068;RO=197;SAF=10;SAR=12;SRF=103;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823465;STB=0.561203;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.027011;OID=.;OPOS=9907309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:219:219:197:197:22:22:0.100457:12:10:103:94:12:10:103:94 chr21 9907322 . G T 299.16 PASS AF=0.227488;AO=48;DP=211;FAO=48;FDP=211;FR=.;FRO=163;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=83;FSRR=80;FWDB=0.00866571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4902;QD=5.67136;RBI=0.00891945;REFB=0.00338218;REVB=-0.00211236;RO=163;SAF=25;SAR=23;SRF=83;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147807;STB=0.50899;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.0132193;OID=.;OPOS=9907322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:163:163:48:48:0.227488:23:25:83:80:23:25:83:80 chr21 9907328 . G C 69.94 PASS AF=0.097561;AO=20;DP=206;FAO=20;FDP=205;FR=.;FRO=185;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=98;FSRR=87;FWDB=0.0282008;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5805;QD=1.36464;RBI=0.035162;REFB=0.00128483;REVB=0.0210018;RO=184;SAF=9;SAR=11;SRF=98;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988008;STB=0.571566;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.0193173;OID=.;OPOS=9907328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:206:205:184:185:20:20:0.097561:11:9:98:86:11:9:98:87 chr21 9907340 . A G 975.1 PASS AF=0.494845;AO=96;DP=194;FAO=96;FDP=194;FR=.;FRO=98;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.0159439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.914;QD=20.1052;RBI=0.016249;REFB=-0.0111672;REVB=-0.0031343;RO=97;SAF=52;SAR=44;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024057;STB=0.515959;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0105306;OID=.;OPOS=9907340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:97:98:96:96:0.494845:44:52:50:47:44:52:50:48 chr21 9907345 . C T 167.33 PASS AF=0.166667;AO=32;DP=191;FAO=32;FDP=192;FR=.;FRO=160;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=85;FSRR=75;FWDB=0.00273419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.437;QD=3.48598;RBI=0.0227409;REFB=-0.00434639;REVB=-0.0225759;RO=158;SAF=14;SAR=18;SRF=84;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120527;STB=0.577773;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0242491;OID=.;OPOS=9907345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:158:160:32:32:0.166667:18:14:84:74:18:14:85:75 chr21 9907375 . T C 1202.12 PASS AF=0.654321;AO=106;DP=162;FAO=106;FDP=162;FR=.;FRO=56;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0108448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0886;QD=29.682;RBI=0.0306601;REFB=0.0248482;REVB=-0.0286781;RO=55;SAF=56;SAR=50;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122195;STB=0.50362;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0127562;OID=.;OPOS=9907375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:55:56:106:106:0.654321:50:56:28:27:50:56:29:27 chr21 9907384 . GC AA,AC 1104.41 PASS AF=0.0506329,0.594937;AO=8,92;DP=158;FAO=8,94;FDP=158;FR=.;FRO=56;FSAF=4,50;FSAR=4,44;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0162143,0.00221394;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=145.68,147.838;QD=27.9597;RBI=0.0163091,0.027233;REFB=-0.0030382,-0.0261765;REVB=0.00175607,0.0271429;RO=56;SAF=4,48;SAR=4,44;SRF=28;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0152219;STB=0.5,0.511943;STBP=1,0.707;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0320577,0.00951371;OID=.,.;OPOS=9907384,9907384;OREF=GC,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:158:158:56:56:8,92:8,94:0.0506329,0.594937:4,44:4,48:28:28:4,44:4,50:28:28 chr21 9907397 . C T 970.22 PASS AF=0.597222;AO=86;DP=144;FAO=86;FDP=144;FR=.;FRO=58;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0185715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.374;QD=26.9506;RBI=0.0230311;REFB=-0.00859866;REVB=-0.0136209;RO=58;SAF=46;SAR=40;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131414;STB=0.507132;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0146846;OID=.;OPOS=9907397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:58:58:86:86:0.597222:40:46:30:28:40:46:30:28 chr21 9907402 . G C 33.96 PASS AF=0.0774648;AO=11;DP=142;FAO=11;FDP=142;FR=.;FRO=131;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=65;FSRR=66;FWDB=-0.0585578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9828;QD=0.956728;RBI=0.0587406;REFB=-0.00265095;REVB=-0.00463088;RO=130;SAF=6;SAR=5;SRF=65;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506097;STB=0.545372;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0459392;OID=.;OPOS=9907402;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:142:142:130:131:11:11:0.0774648:5:6:65:65:5:6:65:66 chr21 9907416 . C T 174.72 PASS AF=0.241071;AO=27;DP=113;FAO=27;FDP=112;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.0261366;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.774;QD=6.2401;RBI=0.0261395;REFB=-0.0112443;REVB=0.00038867;RO=85;SAF=12;SAR=15;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00329518;STB=0.502007;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0272376;OID=.;OPOS=9907416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:85:85:27:27:0.241071:15:12:38:47:15:12:38:47 chr21 9907419 . A G 175.09 PASS AF=0.25;AO=25;DP=104;FAO=26;FDP=104;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.019056;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.926;QD=6.73438;RBI=0.0278818;REFB=-0.0133908;REVB=-0.0203534;RO=76;SAF=11;SAR=14;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238914;STB=0.50968;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0361706;OID=.;OPOS=9907419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:76:78:25:26:0.25:14:11:32:44:14:12:35:43 chr21 9907422 . G A 180.94 PASS AF=0.252525;AO=25;DP=99;FAO=25;FDP=99;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.00434395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1436;QD=7.31053;RBI=0.0356575;REFB=-0.0114983;REVB=0.0353919;RO=74;SAF=12;SAR=13;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00868258;STB=0.505259;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0246732;OID=.;OPOS=9907422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:74:74:25:25:0.252525:13:12:35:39:13:12:35:39 chr21 9907434 . T A 79.98 PASS AF=0.159574;AO=14;DP=91;FAO=15;FDP=94;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.097522;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.019;QD=3.40349;RBI=0.0987309;REFB=0.000926218;REVB=0.0154031;RO=77;SAF=6;SAR=8;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.51885e-08;STB=0.519973;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0119721;OID=.;OPOS=9907434;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:91:94:77:79:14:15:0.159574:8:6:33:44:8:7:35:44 chr21 9907438 . A T 84.15 PASS AF=0.174419;AO=15;DP=86;FAO=15;FDP=86;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0237373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.55;QD=3.9138;RBI=0.0393669;REFB=-0.00355298;REVB=-0.0314053;RO=70;SAF=7;SAR=8;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851158;STB=0.548526;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.015719;OID=.;OPOS=9907438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:86:86:70:71:15:15:0.174419:8:7:28:42:8:7:29:42 chr21 9907470 . G A 74.26 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00770142;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=126.388;QD=5.03479;RBI=0.00858155;REFB=-0.00643987;REVB=-0.00378565;RO=47;SAF=6;SAR=6;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092243;STB=0.559225;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0276144;OID=.;OPOS=9907470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:47:47:12:12:0.20339:6:6:20:27:6:6:20:27 chr21 9908330 . AC GC,GG 2222.29 PASS AF=0.205298,0.794702;AO=31,120;DP=152;FAO=31,120;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=17,61;FSAR=14,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00242072,-0.000968531;FXX=0.00657851;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=151.682,111.26;QD=58.8686;RBI=0.0258266,0.0350611;REFB=0,0;REVB=-0.0257129,-0.0350478;RO=0;SAF=17,61;SAR=14,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0265477,-0.00192196;OID=.,.;OPOS=9908330,9908330;OREF=A,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:152:151:0:0:31,120:31,120:0.205298,0.794702:14,59:17,61:0:0:14,59:17,61:0:0 chr21 9908380 . G A 53.67 PASS AF=0.0801688;AO=19;DP=237;FAO=19;FDP=237;FR=.;FRO=218;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=113;FSRR=105;FWDB=-0.00785353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.467;QD=0.905863;RBI=0.00925494;REFB=8.36052e-05;REVB=0.00489653;RO=215;SAF=10;SAR=9;SRF=113;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000844134;STB=0.507335;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.00089971;OID=.;OPOS=9908380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:237:237:215:218:19:19:0.0801688:9:10:113:102:9:10:113:105 chr21 9909078 . G A 1211.44 PASS AF=0.595628;AO=109;DP=184;FAO=109;FDP=183;FR=.;FRO=74;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0130545;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.823;QD=26.4797;RBI=0.0614047;REFB=-0.0323733;REVB=0.060001;RO=73;SAF=57;SAR=52;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839644;STB=0.501658;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0198945;OID=.;OPOS=9909078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:73:74:109:109:0.595628:52:57:39:34:52:57:39:35 chr21 9909080 . G A 612.0 PASS AF=0.371728;AO=71;DP=191;FAO=71;FDP=191;FR=.;FRO=120;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=64;FSRR=56;FWDB=-0.00282792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.894;QD=12.8168;RBI=0.030088;REFB=-0.0258148;REVB=0.0299548;RO=120;SAF=34;SAR=37;SRF=64;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603014;STB=0.534168;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0410453;OID=.;OPOS=9909080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:120:120:71:71:0.371728:37:34:64:56:37:34:64:56 chr21 9909103 . G A 243.12 PASS AF=0.188841;AO=45;DP=233;FAO=44;FDP=233;FR=.;FRO=189;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=99;FSRR=90;FWDB=-0.000850582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9985;QD=4.17366;RBI=0.034461;REFB=-0.01198;REVB=0.0344505;RO=184;SAF=25;SAR=20;SRF=94;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576887;STB=0.517639;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0243371;OID=.;OPOS=9909103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:184:189:45:44:0.188841:20:25:94:90:20:24:99:90 chr21 9909121 . C T 439.12 PASS AF=0.250936;AO=66;DP=266;FAO=67;FDP=267;FR=.;FRO=200;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=107;FSRR=93;FWDB=0.015004;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.249;QD=6.57852;RBI=0.0162226;REFB=-0.0040919;REVB=0.00616869;RO=196;SAF=32;SAR=34;SRF=107;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765253;STB=0.542895;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0124761;OID=.;OPOS=9909121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:267:196:200:66:67:0.250936:34:32:107:89:35:32:107:93 chr21 9909124 . C T 104.37 PASS AF=0.107407;AO=29;DP=270;FAO=29;FDP=270;FR=.;FRO=241;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=132;FSRR=109;FWDB=0.0119469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.876;QD=1.54624;RBI=0.0124494;REFB=-0.00279915;REVB=0.00350131;RO=241;SAF=10;SAR=19;SRF=132;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247;STB=0.67811;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.030977;OID=.;OPOS=9909124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:241:241:29:29:0.107407:19:10:132:109:19:10:132:109 chr21 9909149 . G A 49.44 PASS AF=0.0722022;AO=20;DP=277;FAO=20;FDP=277;FR=.;FRO=257;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=128;FSRR=129;FWDB=0.00127219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.93;QD=0.713908;RBI=0.00731258;REFB=-0.00192287;REVB=0.00720107;RO=257;SAF=13;SAR=7;SRF=128;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169343;STB=0.6416;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0310468;OID=.;OPOS=9909149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:277:277:257:257:20:20:0.0722022:7:13:128:129:7:13:128:129 chr21 9909159 . C A 36.57 PASS AF=0.062963;AO=17;DP=270;FAO=17;FDP=270;FR=.;FRO=253;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=127;FSRR=126;FWDB=-0.0055471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.412;QD=0.541823;RBI=0.0269237;REFB=-0.00357582;REVB=0.026346;RO=253;SAF=13;SAR=4;SRF=127;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281429;STB=0.75081;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0200014;OID=.;OPOS=9909159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:270:270:253:253:17:17:0.062963:4:13:127:126:4:13:127:126 chr21 9909163 . G A 41.3 PASS AF=0.0679245;AO=15;DP=261;FAO=18;FDP=265;FR=.;FRO=247;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=125;FSRR=122;FWDB=0.0125721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.165;QD=0.623407;RBI=0.0408359;REFB=-0.00625995;REVB=0.0388525;RO=246;SAF=11;SAR=4;SRF=124;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236356;STB=0.705022;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0944497;OID=.;OPOS=9909163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:261:265:246:247:15:18:0.0679245:4:11:124:122:5:13:125:122 chr21 9909176 . C A 2148.67 PASS AF=0.700389;AO=179;DP=257;FAO=180;FDP=257;FR=.;FRO=77;FSAF=92;FSAR=88;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0575337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8883;QD=33.4424;RBI=0.0614113;REFB=0.00108507;REVB=0.0214761;RO=75;SAF=92;SAR=87;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180882;STB=0.514195;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.000230997;OID=.;OPOS=9909176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:75:77:179:180:0.700389:87:92:41:34:88:92:43:34 chr21 9909179 . C A 148.15 PASS AF=0.132812;AO=34;DP=255;FAO=34;FDP=256;FR=.;FRO=222;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=121;FSRR=101;FWDB=-0.00615384;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.121;QD=2.31479;RBI=0.0118498;REFB=-0.00522495;REVB=-0.0101266;RO=221;SAF=10;SAR=24;SRF=120;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314188;STB=0.715396;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0361098;OID=.;OPOS=9909179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:256:221:222:34:34:0.132812:24:10:120:101:24:10:121:101 chr21 9909204 . C T 33.2 PASS AF=0.0627615;AO=15;DP=239;FAO=15;FDP=239;FR=.;FRO=224;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=113;FSRR=111;FWDB=0.0416723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9348;QD=0.555627;RBI=0.0416726;REFB=-0.00613661;REVB=0.000165169;RO=224;SAF=10;SAR=5;SRF=113;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171923;STB=0.653315;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0550974;OID=.;OPOS=9909204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:239:239:224:224:15:15:0.0627615:5:10:113:111:5:10:113:111 chr21 9909208 . C T 59.21 PASS AF=0.0877193;AO=19;DP=228;FAO=20;FDP=228;FR=.;FRO=208;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=112;FSRR=96;FWDB=0.0096996;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.655;QD=1.03872;RBI=0.0283156;REFB=-0.00448956;REVB=-0.0266024;RO=208;SAF=7;SAR=12;SRF=113;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200347;STB=0.624877;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0488543;OID=.;OPOS=9909208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:228:228:208:208:19:20:0.0877193:12:7:113:95:12:8:112:96 chr21 9909218 . GT AA,GC 95.16 PASS AF=0.0582524,0.0679612;AO=12,14;DP=209;FAO=12,14;FDP=206;FR=.;FRO=180;FSAF=4,10;FSAR=8,4;FSRF=94;FSRR=86;FWDB=-0.0141088,-0.139594;FXX=0.0190467;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=186.106,87.827;QD=1.84778;RBI=0.0153448,0.139647;REFB=-0.00278374,-0.00130756;REVB=0.00603357,0.003852;RO=178;SAF=4,10;SAR=8,4;SRF=92;SRR=86;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.191957,0.221538;STB=0.675572,0.683621;STBP=0.214,0.187;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0386224,0.043698;OID=.,.;OPOS=9909218,9909219;OREF=GT,T;OALT=AA,C;OMAPALT=AA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:209:206:178:180:12,14:12,14:0.0582524,0.0679612:8,4:4,10:92:86:8,4:4,10:94:86 chr21 9909273 . C T 96.83 PASS AF=0.17;AO=17;DP=102;FAO=17;FDP=100;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=0.0294681;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.165;QD=3.8731;RBI=0.0308509;REFB=-0.00943465;REVB=-0.00913296;RO=80;SAF=5;SAR=12;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130475;STB=0.574377;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0501476;OID=.;OPOS=9909273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:102:100:80:83:17:17:0.17:12:5:31:49:12:5:31:52 chr21 10181184 . T C 69.18 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.00472049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.154;QD=6.14948;RBI=0.045352;REFB=-0.00986998;REVB=-0.0451057;RO=34;SAF=5;SAR=5;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372075;STB=0.710764;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0278638;OID=.;OPOS=10181184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:34:35:10:10:0.222222:5:5:27:7:5:5:27:8 chr21 10862599 . C T 144.86 PASS AF=0.15847;AO=29;DP=183;FAO=29;FDP=183;FR=.;FRO=154;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=74;FSRR=80;FWDB=-0.00368351;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.323;QD=3.16643;RBI=0.00980848;REFB=-0.00317492;REVB=0.00909054;RO=154;SAF=13;SAR=16;SRF=74;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414511;STB=0.527254;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0175368;OID=.;OPOS=10862599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:154:154:29:29:0.15847:16:13:74:80:16:13:74:80 chr21 10862618 . T C 2365.8 PASS AF=0.857843;AO=175;DP=207;FAO=175;FDP=204;FR=.;FRO=29;FSAF=79;FSAR=96;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0206495;FXX=0.0144921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.091;QD=46.3883;RBI=0.026201;REFB=-0.0272992;REVB=0.0161272;RO=29;SAF=79;SAR=96;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019613;STB=0.510369;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00446453;OID=.;OPOS=10862618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:204:29:29:175:175:0.857843:96:79:11:18:96:79:11:18 chr21 10862846 . A T 1232.73 PASS AF=0.776;AO=97;DP=126;FAO=97;FDP=125;FR=.;FRO=28;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00296779;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.176;QD=39.4474;RBI=0.00399781;REFB=0.00678599;REVB=0.00267856;RO=28;SAF=39;SAR=58;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196994;STB=0.510504;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00192069;OID=.;OPOS=10862846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:28:28:97:97:0.776:58:39:10:18:58:39:10:18 chr21 10862874 . A G 79.94 PASS AF=0.12766;AO=18;DP=141;FAO=18;FDP=141;FR=.;FRO=123;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=61;FWDB=-0.00331556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1429;QD=2.26778;RBI=0.0687407;REFB=-0.00480675;REVB=-0.0686607;RO=120;SAF=9;SAR=9;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208009;STB=0.503542;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0370407;OID=.;OPOS=10862874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:141:141:120:123:18:18:0.12766:9:9:62:58:9:9:62:61 chr21 10862947 . G A 59.81 PASS AF=0.117647;AO=15;DP=121;FAO=14;FDP=119;FR=.;FRO=105;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=-0.000811781;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.466;QD=2.01033;RBI=0.0227673;REFB=3.52526e-05;REVB=-0.0227528;RO=105;SAF=10;SAR=5;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157767;STB=0.599116;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.000361989;OID=.;OPOS=10862947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:121:119:105:105:15:14:0.117647:5:10:57:48:5:9:56:49 chr21 10906989 . C T 372.6 PASS AF=0.340741;AO=46;DP=135;FAO=46;FDP=135;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.0110831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3804;QD=11.0401;RBI=0.0341443;REFB=0.0257741;REVB=-0.0322955;RO=89;SAF=25;SAR=21;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342504;STB=0.519692;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.0500566;OID=.;OPOS=10906989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:89:89:46:46:0.340741:21:25:51:38:21:25:51:38 chr21 10909652 . G A 140.62 PASS AF=0.212963;AO=23;DP=108;FAO=23;FDP=108;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=61;FWDB=-0.0096913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.344;QD=5.20804;RBI=0.0334897;REFB=-0.00803117;REVB=-0.0320568;RO=85;SAF=7;SAR=16;SRF=24;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333869;STB=0.520755;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0292639;OID=.;OPOS=10909652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:85:85:23:23:0.212963:16:7:24:61:16:7:24:61 chr21 10910311 . T G 743.18 PASS AF=0.75;AO=60;DP=81;FAO=60;FDP=80;FR=.;FRO=20;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00586037;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.047;QD=37.1589;RBI=0.00787004;REFB=-0.00454234;REVB=0.00525296;RO=20;SAF=41;SAR=19;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177935;STB=0.509557;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00201248;OID=.;OPOS=10910311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:20:20:60:60:0.75:19:41:13:7:19:41:13:7 chr21 10910347 . A G 1134.27 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6521;QD=60.4942;RBI=0.0303831;REFB=0;REVB=0.025135;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243741;OID=.;OPOS=10910347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:26:49:0:0:26:49:0:0 chr21 10920098 . T C 1111.2 PASS AF=0.927711;AO=77;DP=85;FAO=77;FDP=83;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0111747;FXX=0.0235266;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.27;QD=53.5516;RBI=0.0364675;REFB=-0.117996;REVB=0.0347132;RO=6;SAF=34;SAR=43;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05383;STB=0.527465;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00205375;OID=.;OPOS=10920098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:85:83:6:6:77:77:0.927711:43:34:5:1:42:35:5:1 chr21 10942756 . G A 169.75 PASS AF=0.135417;AO=39;DP=288;FAO=39;FDP=288;FR=.;FRO=249;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=110;FSRR=139;FWDB=-0.00640881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.581;QD=2.35757;RBI=0.030312;REFB=-0.000260662;REVB=-0.0296267;RO=249;SAF=15;SAR=24;SRF=110;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748637;STB=0.550938;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00198086;OID=.;OPOS=10942756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:249:249:39:39:0.135417:24:15:110:139:24:15:110:139 chr21 10942924 . CCTT C 65.79 PASS AF=0.1625;AO=25;DP=161;FAO=26;FDP=160;FR=.;FRO=134;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=87;FWDB=-0.00214003;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=3;MLLD=206.818;QD=1.64474;RBI=0.0053822;REFB=-0.000568029;REVB=0.00493845;RO=127;SAF=15;SAR=10;SRF=45;SRR=82;SSEN=0.256819;SSEP=0;SSSB=0.306949;STB=0.682956;STBP=0.043;TYPE=del;VARB=0.00389339;OID=.;OPOS=10942925;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1625:25:161:26:160:134:15:11:47:87:65:127:15:10:45:82 chr21 10942981 . C A 92.13 PASS AF=0.147287;AO=19;DP=129;FAO=19;FDP=129;FR=.;FRO=110;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=67;FWDB=0.00228423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.546;QD=2.85666;RBI=0.00424864;REFB=-0.000304237;REVB=-0.00358234;RO=110;SAF=9;SAR=10;SRF=43;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106292;STB=0.571238;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00168257;OID=.;OPOS=10942981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:129:129:110:110:19:19:0.147287:10:9:43:67:10:9:43:67 chr21 10943003 . C T 71.85 PASS AF=0.136364;AO=15;DP=111;FAO=15;FDP=110;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=-0.0118152;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6507;QD=2.61285;RBI=0.0161366;REFB=-0.0026882;REVB=-0.0109905;RO=96;SAF=6;SAR=9;SRF=40;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214358;STB=0.509421;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0102123;OID=.;OPOS=10943003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:111:110:96:95:15:15:0.136364:9:6:40:56:9:6:39:56 chr21 10951387 . T G 93.47 PASS AF=0.0866142;AO=33;DP=381;FAO=33;FDP=381;FR=.;FRO=348;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=184;FSRR=164;FWDB=-0.00261222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.658;QD=0.98131;RBI=0.00758546;REFB=-0.00372009;REVB=-0.00712148;RO=345;SAF=9;SAR=24;SRF=182;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300018;STB=0.732308;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0298437;OID=.;OPOS=10951387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:381:381:345:348:33:33:0.0866142:24:9:182:163:24:9:184:164 chr21 10951426 . G T 112.31 PASS AF=0.0997067;AO=34;DP=340;FAO=34;FDP=341;FR=.;FRO=307;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=155;FSRR=152;FWDB=-0.0196999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0287;QD=1.31745;RBI=0.0469517;REFB=-0.00658475;REVB=-0.0426189;RO=301;SAF=10;SAR=24;SRF=151;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256268;STB=0.692193;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.046882;OID=.;OPOS=10951426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:341:301:307:34:34:0.0997067:24:10:151:150:24:10:155:152 chr21 10959806 . G T 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.000284439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.983;QD=22.3224;RBI=0.00796037;REFB=-0.00283047;REVB=0.00795529;RO=23;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432316;STB=0.523914;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00217387;OID=.;OPOS=10959806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:14:16:11:12:14:16:11:12 chr21 10970003 . G A 441.22 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0309268;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.423;QD=15.8998;RBI=0.0320989;REFB=-0.0176061;REVB=-0.00859499;RO=62;SAF=17;SAR=32;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280788;STB=0.657068;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0171808;OID=.;OPOS=10970003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:62:62:49:49:0.441441:32:17:39:23:32:17:39:23 chr21 10970017 . C T 515.12 PASS AF=0.470085;AO=54;DP=116;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.0090806;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8867;QD=17.6111;RBI=0.0217781;REFB=-0.00918345;REVB=0.0197946;RO=62;SAF=20;SAR=34;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218387;STB=0.614097;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0126921;OID=.;OPOS=10970017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:62:62:54:55:0.470085:34:20:37:25:34:21:37:25 chr21 11029596 . AC A 134.68 PASS AF=0.271429;AO=45;DP=140;FAO=38;FDP=140;FR=.;FRO=102;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=59;FSRR=43;FWDB=-0.190135;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.9864;QD=3.84797;RBI=0.210702;REFB=-0.0378026;REVB=-0.0907978;RO=93;SAF=32;SAR=13;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0.227959;SSSB=0.193549;STB=0.561764;STBP=0.393;TYPE=del;VARB=0.0665983;OID=.;OPOS=11029597;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.271429:45:140:38:140:102:25:13:59:43:99:93:32:13:52:41 chr21 11029616 . G T 303.45 PASS AF=0.277419;AO=43;DP=149;FAO=43;FDP=155;FR=.;FRO=112;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=70;FSRR=42;FWDB=-0.078266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0477;QD=7.83102;RBI=0.0786833;REFB=0.00522317;REVB=-0.00809333;RO=106;SAF=22;SAR=21;SRF=64;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112182;STB=0.582241;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0155945;OID=.;OPOS=11029616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:155:106:112:43:43:0.277419:21:22:64:42:21:22:70:42 chr21 11029624 . C T 60.91 PASS AF=0.102564;AO=16;DP=155;FAO=16;FDP=156;FR=.;FRO=140;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=85;FSRR=55;FWDB=-0.00967026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.376;QD=1.56181;RBI=0.0652501;REFB=-0.00382907;REVB=-0.0645295;RO=139;SAF=8;SAR=8;SRF=85;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135894;STB=0.596038;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0203389;OID=.;OPOS=11029624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:155:156:139:140:16:16:0.102564:8:8:85:54:8:8:85:55 chr21 11029630 . GC G 69.71 PASS AF=0.112583;AO=17;DP=151;FAO=17;FDP=151;FR=.;FRO=134;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=82;FSRR=52;FWDB=-0.0152792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.42;QD=1.84673;RBI=0.0237434;REFB=0.000311243;REVB=0.018174;RO=131;SAF=8;SAR=9;SRF=80;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172352;STB=0.623898;STBP=0.283;TYPE=del;VARB=-0.00353467;OID=.;OPOS=11029631;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.112583:17:151:17:151:134:8:9:82:52:69:131:8:9:80:51 chr21 11029653 . C T 77.94 PASS AF=0.121622;AO=18;DP=148;FAO=18;FDP=148;FR=.;FRO=130;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=76;FSRR=54;FWDB=-0.00869462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.963;QD=2.10652;RBI=0.0100248;REFB=0.00153417;REVB=-0.00499008;RO=128;SAF=8;SAR=10;SRF=74;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164902;STB=0.621172;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00674056;OID=.;OPOS=11029653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:148:148:128:130:18:18:0.121622:10:8:74:54:10:8:76:54 chr21 11029679 . C G 217.52 PASS AF=0.22293;AO=35;DP=156;FAO=35;FDP=157;FR=.;FRO=122;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=71;FSRR=51;FWDB=-0.00797221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.276;QD=5.54179;RBI=0.0711763;REFB=-0.000702366;REVB=-0.0707284;RO=120;SAF=16;SAR=19;SRF=70;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158683;STB=0.596052;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00252794;OID=.;OPOS=11029679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:120:122:35:35:0.22293:19:16:70:50:19:16:71:51 chr21 11038753 . GAAAAT GAAA,GAAAT,GAAATT 459.12 PASS AF=0.47619,0,0;AO=45,33,7;DP=170;FAO=80,0,0;FDP=168;FR=.;FRO=88;FSAF=77,0,0;FSAR=3,0,0;FSRF=86;FSRR=2;FWDB=0.0199981,-0.0502907,-0.0735299;FXX=0.011764;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=19.9959,11.2415,17.6093;QD=10.9314;RBI=0.142712,0.11724,0.0772979;REFB=-0.116094,-0.108223,0.0021721;REVB=-0.141303,-0.105906,0.0238397;RO=79;SAF=42,33,5;SAR=3,0,2;SRF=78;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0.368573,0.368573,0;SSSB=-0.332213,0.738193,-0.724833;STB=0.559483,0.5,0.5;STBP=0.597,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.175196,0,0;OID=.,.,.;OPOS=11038757,11038754,11038757;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=GAAA,GAAAT,GAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619,0,0:45,33,7:170:80,0,0:168:88:77,0,0:3,0,0:86:2:99:79:42,33,5:3,0,2:78:1 chr21 11038796 . T C 106.37 PASS AF=0.1;AO=32;DP=320;FAO=32;FDP=320;FR=.;FRO=288;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=175;FSRR=113;FWDB=-0.0250403;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=286.477;QD=1.32956;RBI=0.0399512;REFB=-0.00204488;REVB=-0.0311301;RO=286;SAF=14;SAR=18;SRF=175;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211378;STB=0.649644;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0174642;OID=.;OPOS=11038796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:320:286:288:32:32:0.1:18:14:175:111:18:14:175:113 chr21 11038802 . G A 94.49 PASS AF=0.0943396;AO=30;DP=319;FAO=30;FDP=318;FR=.;FRO=288;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=168;FSRR=120;FWDB=0.0172555;FXX=0.0031347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3305;QD=1.18855;RBI=0.0192724;REFB=-0.00440774;REVB=-0.00858331;RO=288;SAF=18;SAR=12;SRF=168;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206692;STB=0.515615;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0310874;OID=.;OPOS=11038802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:319:318:288:288:30:30:0.0943396:12:18:168:120:12:18:168:120 chr21 11038843 . G C 1788.73 PASS AF=0.633466;AO=159;DP=252;FAO=159;FDP=251;FR=.;FRO=92;FSAF=83;FSAR=76;FSRF=62;FSRR=30;FWDB=0.0185697;FXX=0.0039681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.022;QD=28.5056;RBI=0.0256752;REFB=-0.0426354;REVB=0.0177309;RO=92;SAF=83;SAR=76;SRF=62;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104242;STB=0.556053;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0272937;OID=.;OPOS=11038843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:251:92:92:159:159:0.633466:76:83:62:30:76:83:62:30 chr21 11057855 . A T 571.61 PASS AF=0.731343;AO=49;DP=67;FAO=49;FDP=67;FR=.;FRO=18;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00132489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.672;QD=34.1259;RBI=0.00819809;REFB=-0.0275807;REVB=-0.00809032;RO=18;SAF=26;SAR=23;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152912;STB=0.508243;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0076046;OID=.;OPOS=11057855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:18:18:49:49:0.731343:23:26:9:9:23:26:9:9 chr21 11057888 . T A 110.75 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0439992;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.749;QD=6.23928;RBI=0.0440687;REFB=-0.00303793;REVB=-0.00247484;RO=52;SAF=7;SAR=10;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619207;STB=0.553628;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0119101;OID=.;OPOS=11057888;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:52:54:17:17:0.239437:10:7:24:28:10:7:26:28 chr21 11057929 . T C 65.21 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=72;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0171598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3068;QD=3.62293;RBI=0.0228009;REFB=-0.00396157;REVB=0.0150141;RO=60;SAF=1;SAR=10;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515459;STB=0.770777;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.024093;OID=.;OPOS=11057929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:72:72:60:60:11:12:0.166667:10:1:27:33:10:2:27:33 chr21 11058226 . G C 703.96 PASS AF=0.392344;AO=82;DP=209;FAO=82;FDP=209;FR=.;FRO=127;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=63;FSRR=64;FWDB=-0.0145942;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.858;QD=13.473;RBI=0.015854;REFB=-0.00742768;REVB=0.00619361;RO=126;SAF=42;SAR=40;SRF=63;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131327;STB=0.509802;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0106309;OID=.;OPOS=11058226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:126:127:82:82:0.392344:40:42:63:63:40:42:63:64 chr21 11097557 . A G 62.71 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0143081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3322;QD=8.09193;RBI=0.0172627;REFB=-0.00162327;REVB=0.00965804;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951184;STB=0.558696;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00259201;OID=.;OPOS=11097557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:5:4:8:14:5:4:8:14 chr21 11097574 . T A 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0690169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.117;QD=9.8217;RBI=0.0705701;REFB=-0.01725;REVB=0.0147244;RO=23;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294975;STB=0.682383;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0273649;OID=.;OPOS=11097574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:9:2:9:14:9:2:9:14 chr21 11098674 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.456;QD=58.5878;RBI=0.0467022;REFB=0;REVB=0.0335686;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218655;OID=.;OPOS=11098674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:12:19:0:0:12:21:0:0 chr21 11098704 . A G 33.04 PASS AF=0.139535;AO=5;DP=42;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0111293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6628;QD=3.07315;RBI=0.0136905;REFB=-0.0143769;REVB=0.007973;RO=37;SAF=2;SAR=3;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189936;STB=0.557949;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0367742;OID=.;OPOS=11098704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:43:37:37:5:6:0.139535:3:2:21:16:3:3:21:16 chr21 11098723 . TG CA,CG 458.46 PASS AF=0.313725,0.470588;AO=16,24;DP=51;FAO=16,24;FDP=51;FR=.;FRO=11;FSAF=9,2;FSAR=7,22;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0181309,-0.0226953;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=167.721,97.5277;QD=35.9573;RBI=0.0404268,0.0377316;REFB=-0.0112702,-0.0236632;REVB=-0.036133,-0.0301429;RO=11;SAF=9,2;SAR=7,22;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0125162,-0.470435;STB=0.507033,0.764932;STBP=0.941,0.001;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0262734,-0.00495932;OID=.,.;OPOS=11098723,11098723;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:51:51:11:11:16,24:16,24:0.313725,0.470588:7,22:9,2:6:5:7,22:9,2:6:5 chr21 11098728 . C T 37.24 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.00788344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.261;QD=2.81025;RBI=0.0125667;REFB=-0.00741112;REVB=0.00978637;RO=45;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360271;STB=0.54128;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0262871;OID=.;OPOS=11098728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:53:53:45:46:7:7:0.132075:5:2:14:31:5:2:15:31 chr21 14419915 . A G 229.34 PASS AF=0.171875;AO=44;DP=258;FAO=44;FDP=256;FR=.;FRO=212;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=82;FSRR=130;FWDB=-0.0144463;FXX=0.00775164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.835;QD=3.58336;RBI=0.0148032;REFB=-0.0022055;REVB=0.0032309;RO=214;SAF=20;SAR=24;SRF=82;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944382;STB=0.557138;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0112014;OID=.;OPOS=14419915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:256:214:212:44:44:0.171875:24:20:82:132:24:20:82:130 chr21 14420005 . A G 3231.9 PASS AF=0.746313;AO=252;DP=343;FAO=253;FDP=339;FR=.;FRO=86;FSAF=112;FSAR=141;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.0114578;FXX=0.0145345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.006;QD=38.1345;RBI=0.0117103;REFB=-0.0165426;REVB=0.00241847;RO=85;SAF=111;SAR=141;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00249287;STB=0.500213;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00518024;OID=.;OPOS=14420005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:339:85:86:252:253:0.746313:141:111:37:48:141:112:38:48 chr21 14778721 . A T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2089;QD=45.8067;RBI=0.0321743;REFB=0;REVB=-0.0124923;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121203;OID=.;OPOS=14778721;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr21 14982716 . T C 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=-0.0351469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.513;QD=5.21545;RBI=0.0369885;REFB=-0.00430292;REVB=0.0115259;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396609;STB=0.741402;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0170163;OID=.;OPOS=14982716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:4:2:2:19:4:2:2:19 chr21 14982886 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0441721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0248;QD=11.9188;RBI=0.0471043;REFB=-0.0188506;REVB=0.0163596;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118071;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0236787;OID=.;OPOS=14982886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:5:4:4:3:5:4 chr21 14982952 . A G 35.74 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00936825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.353;QD=5.95631;RBI=0.0460558;REFB=-0.00825638;REVB=-0.0450929;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513116;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0397227;OID=.;OPOS=14982952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:16:18:6:6:0.25:4:2:6:10:4:2:6:12 chr21 15013735 . A G 380.68 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.000416276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3698;QD=16.9192;RBI=0.0376721;REFB=-0.0100082;REVB=0.0376698;RO=50;SAF=15;SAR=25;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18499;STB=0.60388;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0175657;OID=.;OPOS=15013735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:25:15:28:22:25:15:28:22 chr21 15457003 . C A 955.08 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3435;QD=58.7743;RBI=0.0433082;REFB=0;REVB=0.00904848;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361651;OID=.;OPOS=15457003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:29:35:0:0:29:36:0:0 chr21 15457034 . A T 1116.97 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319379;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.865;QD=60.3767;RBI=0.0319392;REFB=0;REVB=-0.000295617;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80425e-05;OID=.;OPOS=15457034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:32:41:0:0:33:41:0:0 chr21 15457086 . A G 1008.39 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.593;QD=59.3168;RBI=0.0599568;REFB=0;REVB=-0.0174396;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199765;OID=.;OPOS=15457086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr21 15457199 . GC G 45.15 PASS AF=0.363636;AO=9;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0726995;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.7583;QD=8.20903;RBI=0.17012;REFB=-0.0437618;REVB=0.153804;RO=11;SAF=9;SAR=0;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.760545;STB=0.672562;STBP=0.335;TYPE=del;VARB=0.0926921;OID=.;OPOS=15457200;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:9:22:8:22:14:7:1:10:4:45:11:9:0:8:3 chr21 15457293 . T G 34.2 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00533288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2085;QD=4.14583;RBI=0.0927072;REFB=-0.012168;REVB=-0.0925537;RO=27;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437238;STB=0.805375;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0420631;OID=.;OPOS=15457293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:5:1:14:13:5:1:14:13 chr21 15457297 . C G 33.96 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.057669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0866;QD=4.11641;RBI=0.0742466;REFB=-0.0100005;REVB=-0.0467637;RO=27;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437238;STB=0.805375;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0482116;OID=.;OPOS=15457297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:33:33:27:27:6:6:0.181818:5:1:14:13:5:1:14:13 chr21 15457318 . T G 51.44 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0127264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5851;QD=5.7152;RBI=0.0136326;REFB=0.00681127;REVB=-0.00488732;RO=27;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29284;STB=0.681336;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.0104374;OID=.;OPOS=15457318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:36:27:28:8:8:0.222222:6:2:13:14:6:2:13:15 chr21 15457339 . T G 82.21 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0213643;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8907;QD=7.82955;RBI=0.0258658;REFB=-0.010124;REVB=0.0145811;RO=30;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143814;STB=0.502179;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0426452;OID=.;OPOS=15457339;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:42:42:30:31:11:11:0.261905:6:5:14:16:6:5:14:17 chr21 15457350 . TA CG 106.59 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.000531479;FXX=0.062487;HRUN=3;LEN=2;MLLD=265.738;QD=9.47441;RBI=0.0207581;REFB=-0.000556839;REVB=-0.0207513;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117446;STB=0.57132;STBP=0.542;TYPE=mnp;VARB=0.000632382;OID=.;OPOS=15457350;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:45:32:32:13:13:0.288889:6:7:14:18:6:7:14:18 chr21 15457374 . G C 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0135416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.688;QD=11.2961;RBI=0.0137034;REFB=-0.0102105;REVB=0.00209963;RO=34;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12679;STB=0.574386;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0143055;OID=.;OPOS=15457374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:8:10:15:19:8:10:15:19 chr21 15457399 . G C 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0129611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.008;QD=10.9363;RBI=0.0148317;REFB=-0.000232009;REVB=-0.00721028;RO=34;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272579;STB=0.661568;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000430156;OID=.;OPOS=15457399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:6:10:13:21:6:10:13:21 chr21 15457410 . C G 68.83 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0686127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5703;QD=5.98524;RBI=0.0694286;REFB=-0.00496229;REVB=-0.0106127;RO=35;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121802;STB=0.565089;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0332743;OID=.;OPOS=15457410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:35:36:10:10:0.217391:5:5:14:21:5:5:15:21 chr21 15457463 . CACACACAGT C 238.39 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532083;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=313.568;QD=50.1872;RBI=0.0053822;REFB=0;REVB=-0.000810498;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.19196e-05;OID=.;OPOS=15457464;OREF=ACACACAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:19:19:19:0:10:9:0:0:4:0:9:9:0:0 chr21 15516976 . T A 993.86 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00561829;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6564;QD=59.3351;RBI=0.0274951;REFB=0;REVB=0.026915;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140908;OID=.;OPOS=15516976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr21 15558346 . G A 434.22 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00471252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.169;QD=17.0282;RBI=0.00516795;REFB=-0.0170355;REVB=0.00212127;RO=55;SAF=16;SAR=31;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135113;STB=0.575564;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0182694;OID=.;OPOS=15558346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:31:16:26:29:31:16:26:29 chr21 15596772 . T G 385.1 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0900872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0537;QD=20.5387;RBI=0.0972197;REFB=0.0463859;REVB=-0.0365508;RO=36;SAF=18;SAR=21;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00930292;STB=0.505152;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.0433994;OID=.;OPOS=15596772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:21:18:17:19:21:18:17:19 chr21 15600210 . A T 460.39 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0115082;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.2;QD=18.0546;RBI=0.0115083;REFB=-0.00935285;REVB=1.83148e-05;RO=53;SAF=23;SAR=26;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726682;STB=0.540351;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00956587;OID=.;OPOS=15600210;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:53:53:49:49:0.480392:26:23:29:24:26:23:29:24 chr21 15646397 . A G 1944.48 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249253;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.956;QD=61.7296;RBI=0.0559612;REFB=0;REVB=0.0501037;RO=0;SAF=79;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09296e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80369e-05;OID=.;OPOS=15646397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:126:0:0:122:126:1:43:79:0:0:46:80:0:0 chr21 15926544 . G A 264.93 PASS AF=0.330097;AO=34;DP=103;FAO=34;FDP=103;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0111496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.704;QD=10.2885;RBI=0.0148617;REFB=-0.0112922;REVB=0.00982628;RO=69;SAF=17;SAR=17;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418045;STB=0.524258;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0210521;OID=.;OPOS=15926544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:69:69:34:34:0.330097:17:17:37:32:17:17:37:32 chr21 15964920 . C G 127.69 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00715298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.138;QD=11.8783;RBI=0.0253579;REFB=-0.0038998;REVB=-0.0243281;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334376;STB=0.696714;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00798388;OID=.;OPOS=15964920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:10:5:18:10:10:5:18:10 chr21 15974409 . T C 840.6 PASS AF=0.938462;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0339601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.948;QD=51.7294;RBI=0.0413784;REFB=-0.0865287;REVB=0.0236408;RO=4;SAF=32;SAR=29;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00285728;STB=0.501516;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00151671;OID=.;OPOS=15974409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:65:65:4:4:61:61:0.938462:29:32:2:2:29:32:2:2 chr21 15984982 . C A 226.83 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.020019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4014;QD=15.6431;RBI=0.021725;REFB=0.00764636;REVB=-0.00843892;RO=31;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410029;STB=0.513359;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.0166439;OID=.;OPOS=15984982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:31:32:26:26:0.448276:14:12:13:18:14:12:14:18 chr21 16335260 . C T 140.17 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00269235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.562;QD=10.3831;RBI=0.0170972;REFB=-0.0150137;REVB=-0.0168839;RO=36;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278579;STB=0.662483;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0149304;OID=.;OPOS=16335260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:8:10:11:25:8:10:11:25 chr21 16339570 . T A 485.84 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0336099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6775;QD=21.3556;RBI=0.0336222;REFB=-0.0211023;REVB=-0.00090991;RO=44;SAF=30;SAR=17;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145492;STB=0.580517;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0251608;OID=.;OPOS=16339570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:17:30:21:23:17:30:21:23 chr21 16340289 . C T 287.74 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0299456;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.597;QD=25.0204;RBI=0.0299591;REFB=-0.0146148;REVB=-0.000900862;RO=19;SAF=7;SAR=19;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219314;STB=0.635577;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0106561;OID=.;OPOS=16340289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:19:20:26:26:0.565217:19:7:10:9:19:7:11:9 chr21 16424607 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0217871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.365;QD=16.3859;RBI=0.0237505;REFB=0.0127464;REVB=0.00945549;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355772;STB=0.709643;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00732173;OID=.;OPOS=16424607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:5:3:7:2:5:3 chr21 16986637 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.95;QD=53.2771;RBI=0.0404929;REFB=0;REVB=0.0182706;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210433;OID=.;OPOS=16986637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr21 18827106 . C T 153.01 PASS AF=0.377778;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0130951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.525;QD=13.6007;RBI=0.0203531;REFB=-0.0280459;REVB=0.015581;RO=28;SAF=3;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282786;STB=0.618896;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0867754;OID=.;OPOS=18827106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:28:28:16:17:0.377778:13:3:11:17:13:4:11:17 chr21 19163707 . C T 394.28 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0101524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.491;QD=17.3311;RBI=0.0359011;REFB=-0.0212942;REVB=-0.0344357;RO=48;SAF=25;SAR=16;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265824;STB=0.528351;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0217579;OID=.;OPOS=19163707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:50:41:41:0.450549:16:25:28:20:16:25:28:22 chr21 19165259 . ACT A 465.35 PASS AF=0.564103;AO=43;DP=80;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0149822;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176.345;QD=23.8639;RBI=0.0182958;REFB=-0.0270194;REVB=-0.0105009;RO=33;SAF=26;SAR=17;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167335;STB=0.590868;STBP=0.078;TYPE=del;VARB=0.0202673;OID=.;OPOS=19165260;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.564103:43:80:44:78:34:26:18:13:21:99:33:26:17:13:20 chr21 19169218 . G C 424.02 PASS AF=0.512195;AO=25;DP=85;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00163176;FXX=0.03529;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.428;QD=20.6838;RBI=0.00343644;REFB=-0.00756222;REVB=-0.00302431;RO=34;SAF=22;SAR=3;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497606;STB=0.535946;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0082239;OID=.;OPOS=19169218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:82:34:40:25:42:0.512195:3:22:17:17:20:22:18:22 chr21 19666910 . A G 315.9 PASS AF=0.651163;AO=21;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00841974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1686;QD=29.386;RBI=0.0198163;REFB=-0.0039086;REVB=0.0179386;RO=15;SAF=21;SAR=0;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.852456;STB=0.662523;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00371225;OID=.;OPOS=19666910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:21:28:0.651163:0:21:6:9:6:22:6:9 chr21 19670118 . G A 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00169308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.438;QD=18.7957;RBI=0.0108603;REFB=-0.00926213;REVB=-0.0107275;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523984;STB=0.529704;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0119675;OID=.;OPOS=19670118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:9:14:15:12:9:14:15:12 chr21 19713821 . C T 707.75 PASS AF=0.48366;AO=74;DP=153;FAO=74;FDP=153;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.00160258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.263;QD=18.5033;RBI=0.0160648;REFB=-0.00810862;REVB=-0.0159846;RO=79;SAF=28;SAR=46;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146066;STB=0.580786;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00860054;OID=.;OPOS=19713821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:79:79:74:74:0.48366:46:28:42:37:46:28:42:37 chr21 21728991 . C A 1124.28 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00549094;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4921;QD=59.1728;RBI=0.027512;REFB=-0.0771413;REVB=-0.0269585;RO=1;SAF=51;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193036;STB=0.510201;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00214868;OID=.;OPOS=21728991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:1:1:75:75:0.986842:24:51:0:1:24:51:0:1 chr21 24804558 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.826;QD=57.1051;RBI=0.0144878;REFB=0;REVB=-0.00127796;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43731e-05;OID=.;OPOS=24804558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr21 26965148 . G A 227.1 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.010848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.722;QD=11.3551;RBI=0.102666;REFB=0.00507092;REVB=-0.102091;RO=47;SAF=20;SAR=8;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193082;STB=0.624906;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0073771;OID=.;OPOS=26965148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:52:28:28:0.35:8:20:26:21:8:20:28:24 chr21 26965205 . T C 274.31 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0033643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.929;QD=12.9086;RBI=0.0190445;REFB=-0.0003782;REVB=0.0187449;RO=53;SAF=20;SAR=12;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878858;STB=0.550427;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000640159;OID=.;OPOS=26965205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:12:20:29:24:12:20:29:24 chr21 26969703 . T C 339.46 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00606468;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.5332;QD=28.2887;RBI=0.0119049;REFB=0.00881415;REVB=0.0102444;RO=19;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137082;STB=0.575704;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00497275;OID=.;OPOS=26969703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:19:10:10:9:19:10:10:9 chr21 26976250 . A G 124.9 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00420364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.376;QD=17.8427;RBI=0.0185187;REFB=-0.0194701;REVB=0.0180353;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12462;STB=0.571326;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0209793;OID=.;OPOS=26976250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:8:6:8:6:8:6 chr21 26978950 . A G 246.46 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0714101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3715;QD=46.9441;RBI=0.100015;REFB=-0.0934927;REVB=-0.0700259;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484648;STB=0.526289;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0065312;OID=.;OPOS=26978950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:11:9:1:0:11:9:1:0 chr21 27121358 . A G 220.38 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0319271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.333;QD=16.0279;RBI=0.0430369;REFB=-0.0142429;REVB=0.0288589;RO=27;SAF=8;SAR=17;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378803;STB=0.687712;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0179186;OID=.;OPOS=27121358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:30:25:25:0.454545:17:8:20:7:17:8:20:10 chr21 27563105 . G A 763.29 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161019;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.513;QD=56.5401;RBI=0.0190145;REFB=0;REVB=0.0101135;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480257;OID=.;OPOS=27563105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:31:22:0:0:32:22:0:0 chr21 27852724 . A G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.031967;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.319;QD=18.6451;RBI=0.0319756;REFB=-0.0152399;REVB=0.000739856;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165626;STB=0.595095;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00818476;OID=.;OPOS=27852724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:10:4:6:7:10:4:6:7 chr21 28215826 . C CACA 364.23 PASS AF=0.463415;AO=39;DP=92;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.00489724;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.939;QD=17.7674;RBI=0.0358291;REFB=-0.0435347;REVB=-0.0354929;RO=52;SAF=22;SAR=17;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23724;STB=0.635493;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=0.0483854;OID=.;OPOS=28215827;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415:39:92:38:82:44:21:17:13:31:99:52:22:17:17:35 chr21 28215836 . GC G 275.74 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.0543616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.5195;QD=13.1304;RBI=0.129778;REFB=-0.0163776;REVB=-0.117844;RO=39;SAF=23;SAR=19;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228446;STB=0.628847;STBP=0.023;TYPE=del;VARB=0.0108258;OID=.;OPOS=28215837;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:42:84:42:84:42:23:19:12:30:99:39:23:19:11:28 chr21 28216038 . C A 195.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00639792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.351;QD=12.6189;RBI=0.0227135;REFB=0.00317885;REVB=-0.0217938;RO=38;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127939;STB=0.573469;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0032941;OID=.;OPOS=28216038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:13:11:22:16:13:11:22:16 chr21 28216059 . A G 306.75 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0306584;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5442;QD=17.7824;RBI=0.0342535;REFB=-0.00623519;REVB=-0.0152762;RO=36;SAF=20;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486804;STB=0.527256;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00599473;OID=.;OPOS=28216059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:36:36:33:33:0.478261:13:20:20:16:13:20:20:16 chr21 28216066 . C T 335.44 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0203509;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.802;QD=19.4457;RBI=0.038064;REFB=-0.0309168;REVB=0.0321669;RO=24;SAF=21;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183746;STB=0.552099;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0233611;OID=.;OPOS=28216066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:24:33:34:34:0.492754:13:21:9:15:13:21:17:16 chr21 28216595 . C G 1051.67 PASS AF=0.64539;AO=87;DP=135;FAO=91;FDP=141;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=65;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.128714;FXX=0.00704176;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1313;QD=29.8346;RBI=0.128753;REFB=-0.0185276;REVB=-0.00318287;RO=48;SAF=21;SAR=66;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23326;STB=0.593586;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0125731;OID=.;OPOS=28216595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:141:48:50:87:91:0.64539:66:21:26:22:65:26:26:24 chr21 28216674 . G C 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.00146718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.581;QD=28.7484;RBI=0.0314394;REFB=-0.034328;REVB=-0.0314051;RO=19;SAF=10;SAR=20;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101378;STB=0.55552;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.017548;OID=.;OPOS=28216674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:20:10:4:15:20:10:4:15 chr21 28216692 . G T 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0266023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1757;QD=24.292;RBI=0.0267767;REFB=0.000540323;REVB=-0.00305071;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102358;STB=0.581234;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000164428;OID=.;OPOS=28216692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:11:13:19:19:0.59375:11:8:3:8:11:8:3:10 chr21 28295339 . T C 658.82 PASS AF=0.455782;AO=66;DP=146;FAO=67;FDP=147;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.00207995;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2563;QD=17.9271;RBI=0.0359101;REFB=-0.0188331;REVB=0.0358498;RO=79;SAF=32;SAR=34;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00376194;STB=0.505388;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0171632;OID=.;OPOS=28295339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:79:80:66:67:0.455782:34:32:38:41:35:32:39:41 chr21 28296324 . A G 305.11 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00270582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.37;QD=15.0671;RBI=0.0157172;REFB=0.00296846;REVB=0.0154825;RO=45;SAF=20;SAR=14;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832481;STB=0.543354;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00437198;OID=.;OPOS=28296324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:47:34:34:0.419753:14:20:30:15:14:20:31:16 chr21 28302355 . A G 472.65 PASS AF=0.511111;AO=42;DP=86;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0215572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.25;QD=21.0068;RBI=0.027162;REFB=-0.0246774;REVB=-0.0165246;RO=43;SAF=21;SAR=21;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741583;STB=0.52345;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0232861;OID=.;OPOS=28302355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:90:43:44:42:46:0.511111:21:21:25:18:21:25:26:18 chr21 28326276 . G A 1218.93 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0281215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.402;QD=58.7436;RBI=0.0284986;REFB=-0.0420468;REVB=0.00462082;RO=2;SAF=46;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201389;STB=0.510414;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.000196648;OID=.;OPOS=28326276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:83:2:2:80:81:0.975904:34:46:2:0:34:47:2:0 chr21 30250555 . T C 947.11 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0108759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.336;QD=55.7124;RBI=0.011144;REFB=0.110662;REVB=0.00242993;RO=2;SAF=38;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430369;STB=0.502278;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000583769;OID=.;OPOS=30250555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:28:38:1:1:28:38:1:1 chr21 30250615 . T C 965.4 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0181332;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.473;QD=55.9654;RBI=0.0194697;REFB=-0.123633;REVB=0.0070891;RO=2;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325587;STB=0.517236;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000337781;OID=.;OPOS=30250615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:69:2:2:67:67:0.971014:28:39:0:2:28:39:0:2 chr21 30257560 . C G 632.87 PASS AF=0.445946;AO=65;DP=149;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=16;FSAR=50;FSRF=28;FSRR=54;FWDB=-0.0296042;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2588;QD=17.1045;RBI=0.0603727;REFB=-0.0214747;REVB=0.052616;RO=81;SAF=16;SAR=49;SRF=28;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123405;STB=0.569336;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0199871;OID=.;OPOS=30257560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:81:82:65:66:0.445946:49:16:28:53:50:16:28:54 chr21 30257566 . GTT GT,GTC 2270.16 PASS AF=0.167785,0.832215;AO=24,123;DP=150;FAO=25,124;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=4,38;FSAR=21,86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.12397,-0.0546634;FXX=0.00666622;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.3292,44.6893;QD=60.9438;RBI=0.136353,0.0659965;REFB=0,0;REVB=-0.0567755,-0.036979;RO=0;SAF=3,37;SAR=21,86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86584e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0520368,-0.00303898;OID=.,.;OPOS=30257567,30257568;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.167785,0.832215:24,123:150:25,124:149:0:4,38:21,86:0:0:99:0:3,37:21,86:0:0 chr21 30257570 . A C 86.82 PASS AF=0.144654;AO=25;DP=159;FAO=23;FDP=159;FR=.;FRO=136;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=92;FWDB=-0.00379575;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.014;QD=2.18414;RBI=0.0675028;REFB=-0.0317845;REVB=-0.067396;RO=134;SAF=4;SAR=21;SRF=44;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283257;STB=0.672396;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.209417;OID=.;OPOS=30257570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:159:159:134:136:25:23:0.144654:21:4:44:90:19:4:44:92 chr21 30338165 . G A 52.36 PASS AF=0.282051;AO=4;DP=30;FAO=11;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00528537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.125;QD=5.37058;RBI=0.0218148;REFB=0.00310349;REVB=0.0211648;RO=23;SAF=3;SAR=1;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27031;STB=0.852896;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0422877;OID=.;OPOS=30338165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:30:39:23:27:4:11:0.282051:1:3:12:11:1:10:14:13 chr21 30341891 . A G 93.75 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00257868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.164;QD=10.1355;RBI=0.00704954;REFB=-0.0093831;REVB=-0.00656098;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157864;STB=0.594443;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.02853;OID=.;OPOS=30341891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:6:6:16:9:6:6:16:9 chr21 30342933 . C A 373.37 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0204059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.047;QD=15.3966;RBI=0.0310843;REFB=-0.0204273;REVB=-0.0234486;RO=56;SAF=16;SAR=24;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229988;STB=0.624428;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0352372;OID=.;OPOS=30342933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:56:57:40:40:0.412371:24:16:35:21:24:16:35:22 chr21 30343017 . T C 460.14 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.000217783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8337;QD=16.5815;RBI=0.0225443;REFB=-0.0106949;REVB=0.0225432;RO=60;SAF=23;SAR=28;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143764;STB=0.580025;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0135927;OID=.;OPOS=30343017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:28:23:36:24:28:23:36:24 chr21 30511691 . G A 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.15292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.331;QD=10.1416;RBI=0.15314;REFB=-0.00928857;REVB=-0.00821667;RO=25;SAF=3;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396744;STB=0.739321;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00719459;OID=.;OPOS=30511691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:9:3:15:10:9:3:15:10 chr21 30552839 . A G 561.31 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0201874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.285;QD=23.6339;RBI=0.03768;REFB=-0.00895383;REVB=-0.031816;RO=43;SAF=21;SAR=31;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12835;STB=0.570525;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0122881;OID=.;OPOS=30552839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:43:52:52:0.547368:31:21:24:19:31:21:24:19 chr21 30552877 . T C 566.37 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00046349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.294;QD=21.3723;RBI=0.00597461;REFB=-0.0141133;REVB=0.0059566;RO=49;SAF=24;SAR=33;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109967;STB=0.560418;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0150228;OID=.;OPOS=30552877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:49:57:57:0.537736:33:24:27:22:33:24:27:22 chr21 30714776 . T C 746.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1255;QD=63.4909;RBI=0.0832323;REFB=0;REVB=0.080443;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116733;OID=.;OPOS=30714776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr21 30717151 . C T 657.22 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00449022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.072;QD=50.5556;RBI=0.0701157;REFB=-0.0216971;REVB=-0.0699718;RO=3;SAF=25;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019171;STB=0.5102;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000678916;OID=.;OPOS=30717151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:24:25:1:2:24:25:1:2 chr21 30718201 . G A 429.35 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.398;QD=57.247;RBI=0.0414238;REFB=0;REVB=0.03981;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12117e-05;OID=.;OPOS=30718201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:17:13:0:0 chr21 30830393 . T G 940.46 PASS AF=0.505435;AO=93;DP=184;FAO=93;FDP=184;FR=.;FRO=91;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=-0.0168274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8408;QD=20.4447;RBI=0.0553995;REFB=-0.00326228;REVB=0.052782;RO=91;SAF=47;SAR=46;SRF=36;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988123;STB=0.554221;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0033653;OID=.;OPOS=30830393;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:91:91:93:93:0.505435:46:47:36:55:46:47:36:55 chr21 30969901 . T C 972.74 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1253;QD=58.9541;RBI=0.0201094;REFB=0;REVB=-0.00860854;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147792;OID=.;OPOS=30969901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:25:41:0:0:25:41:0:0 chr21 31062070 . T G 448.64 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0332779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.327;QD=14.8311;RBI=0.0426127;REFB=-0.00411988;REVB=0.0266161;RO=69;SAF=26;SAR=25;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270965;STB=0.519136;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00586391;OID=.;OPOS=31062070;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:69:70:51:51:0.421488:25:26:37:32:25:26:38:32 chr21 31655212 . A C 1395.25 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.023;QD=62.7079;RBI=0.0156268;REFB=0;REVB=0.0108906;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85534e-05;OID=.;OPOS=31655212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:40:47:0:0:42:47:0:0 chr21 31661691 . A G 786.0 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9184;QD=64.1634;RBI=0.125418;REFB=0;REVB=0.123583;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170959;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439106;OID=.;OPOS=31661691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:1:0:46:49:1:27:19:0:1:30:19:0:0 chr21 31802768 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00333642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9012;QD=57.1057;RBI=0.0306561;REFB=0;REVB=-0.030474;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220239;OID=.;OPOS=31802768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr21 31803159 . T C 99.32 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193836;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.3311;QD=39.7278;RBI=0.103095;REFB=0;REVB=-0.101257;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0052214;OID=.;OPOS=31803159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr21 31812737 . C T 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00411056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.21;QD=16.0643;RBI=0.00411132;REFB=-0.00884979;REVB=-7.93391e-05;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181409;STB=0.602332;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00996811;OID=.;OPOS=31812737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:11:15:12:19:11:15:12:19 chr21 31812772 . C A 845.35 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.373;QD=57.312;RBI=0.0700707;REFB=0;REVB=0.0488285;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203071;OID=.;OPOS=31812772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:59:0:0:55:59:1:27:28:0:0:31:28:0:0 chr21 31859677 . G A 1276.29 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-4.36712e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.022;QD=61.508;RBI=0.0135029;REFB=0;REVB=0.0135029;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46438e-05;OID=.;OPOS=31859677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:83:0:0:79:83:1:32:47:0:0:36:47:0:0 chr21 31869286 . T C 2159.64 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.5;QD=63.0552;RBI=0.0234398;REFB=0;REVB=0.010949;RO=0;SAF=61;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99465e-05;OID=.;OPOS=31869286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:76:61:0:0:76:61:0:0 chr21 31913981 . AG A,AA 1100.17 PASS AF=0.946667,0.0533333;AO=69,4;DP=75;FAO=71,4;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47,1;FSAR=24,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238853,0.0237107;FXX=0.0131562;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=265.327,245.902;QD=58.6755;RBI=0.0249382,0.0241572;REFB=0,0;REVB=-0.00716986,-0.00462333;RO=0;SAF=46,1;SAR=23,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00205537,-0.0566275;OID=.,.;OPOS=31913982,31913982;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.946667,0.0533333:69,4:75:71,4:75:0:47,1:24,3:0:0:11:0:46,1:23,3:0:0 chr21 31914000 . T A 1178.82 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00681899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.011;QD=60.4524;RBI=0.00700186;REFB=0;REVB=0.00158977;RO=0;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407081;OID=.;OPOS=31914000;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:28:48:0:0:29:49:0:0 chr21 31964916 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.279;QD=49.5991;RBI=0.0279477;REFB=0;REVB=-0.00083596;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325727;OID=.;OPOS=31964916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr21 31973516 . T A 982.33 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253983;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.972;QD=57.7841;RBI=0.0488332;REFB=-0.13721;REVB=0.0417086;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00294657;OID=.;OPOS=31973516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:0:1:67:67:0.985294:29:38:0:0:29:38:0:1 chr21 32201969 . GA G 1177.61 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.5809;QD=49.5834;RBI=0.033383;REFB=0;REVB=-0.0317402;RO=0;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000275311;OID=.;OPOS=32201970;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:92:95:95:95:0:36:59:0:0:21:0:36:56:0:0 chr21 32253629 . C T 1503.16 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00438692;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.881;QD=62.6316;RBI=0.012;REFB=-0.00104828;REVB=0.0111694;RO=1;SAF=46;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101972;STB=0.505375;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=4.83187e-06;OID=.;OPOS=32253629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:96:1:1:95:95:0.989583:49:46:1:0:49:46:1:0 chr21 32493031 . A G 747.02 PASS AF=0.464706;AO=79;DP=170;FAO=79;FDP=170;FR=.;FRO=91;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=-0.0169596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2766;QD=17.5768;RBI=0.0703275;REFB=0.0108919;REVB=-0.0682519;RO=91;SAF=54;SAR=25;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129744;STB=0.572108;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0256721;OID=.;OPOS=32493031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:91:91:79:79:0.464706:25:54:51:40:25:54:51:40 chr21 32499473 . A G 181.32 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0559792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.991;QD=32.9675;RBI=0.056553;REFB=-0.00509092;REVB=0.00803546;RO=5;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00500611;STB=0.502759;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00276263;OID=.;OPOS=32499473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:10:7:2:3:10:7:2:3 chr21 32638549 . CC AT 305.95 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106313;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=315.667;QD=53.2082;RBI=0.0129617;REFB=0;REVB=0.00741484;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.56687e-05;OID=.;OPOS=32638549;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:7:15:0:0:7:16:0:0 chr21 33068536 . TA AT,T 103.39 PASS AF=0.0294118,0.441176;AO=5,21;DP=69;FAO=2,30;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=0,13;FSAR=2,17;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.00890799,0.16953;FXX=0.0144907;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=205.111,6.99094;QD=6.08193;RBI=0.0633382,0.236878;REFB=-0.00798731,-0.140294;REVB=-0.0627087,-0.165441;RO=34;SAF=0,7;SAR=5,14;SRF=26;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.745348,-0.438047;STB=0.996856,0.653749;STBP=0.029,0.032;TYPE=mnp,del;VARB=0.105413,0.170138;OID=.,.;OPOS=33068536,33068537;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:93:69:68:34:36:5,21:2,30:0.0294118,0.441176:5,14:0,7:26:8:2,17:0,13:26:10 chr21 33368188 . T C 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0516739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.829;QD=19.6661;RBI=0.0517876;REFB=-0.00652067;REVB=-0.00342992;RO=32;SAF=22;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133929;STB=0.574582;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00674037;OID=.;OPOS=33368188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:12:22:16:16:12:22:16:16 chr21 33370900 . T C 392.8 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0108841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.429;QD=22.4459;RBI=0.0110142;REFB=-0.0113223;REVB=-0.0016875;RO=31;SAF=25;SAR=14;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518;STB=0.528568;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00576741;OID=.;OPOS=33370900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:14:25:18:13:14:25:18:13 chr21 33371001 . A AC,C 35.23 PASS AF=0.125,0;AO=11,3;DP=72;FAO=9,0;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=7,0;FSAR=2,0;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.0205621,-0.0234469;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=63.9969,77.3828;QD=1.95705;RBI=0.0256433,0.0317059;REFB=0.000351664,0.00100082;REVB=-0.0153226,-0.0213426;RO=57;SAF=6,2;SAR=5,1;SRF=21;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.218571,0.258728;STB=0.829855,0.5;STBP=0.05,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0405501,0.081859;OID=.,.;OPOS=33371002,33371001;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:72:72:57:63:11,3:9,0:0.125,0:5,1:6,2:21:36:2,0:7,0:23:40 chr21 33372749 . T C 907.43 PASS AF=0.484211;AO=92;DP=187;FAO=92;FDP=190;FR=.;FRO=98;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=58;FSRR=40;FWDB=0.0228811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.28;QD=19.1038;RBI=0.0238726;REFB=-0.0144274;REVB=0.00680879;RO=94;SAF=42;SAR=50;SRF=56;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127328;STB=0.563911;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0109077;OID=.;OPOS=33372749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:190:94:98:92:92:0.484211:50:42:56:38:49:43:58:40 chr21 33374318 . C T 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0225962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.547;QD=15.6032;RBI=0.0227901;REFB=0.00773966;REVB=-0.00296729;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114683;STB=0.570531;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0150658;OID=.;OPOS=33374318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:37:38:30:30:0.441176:16:14:13:24:16:14:13:25 chr21 33694224 . C G 246.9 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0969846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4888;QD=16.4599;RBI=0.127347;REFB=-0.0159784;REVB=0.0825305;RO=29;SAF=22;SAR=6;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784135;STB=0.571374;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0180489;OID=.;OPOS=33694224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:32:28:28:0.466667:6:22:21:8:6:22:22:10 chr21 33697576 . G A 340.97 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0221319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.167;QD=20.9825;RBI=0.0380219;REFB=-0.00913217;REVB=0.0309167;RO=30;SAF=12;SAR=23;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138;STB=0.576557;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0108592;OID=.;OPOS=33697576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:23:12:15:15:23:12:15:15 chr21 33719695 . C T 178.48 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0318453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5083;QD=22.3096;RBI=0.0648987;REFB=0.00607702;REVB=0.0565483;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261824;STB=0.51469;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.000539514;OID=.;OPOS=33719695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:7:11:9:5:7:11:9:5 chr21 33726326 . G A 156.95 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0348666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6325;QD=10.2917;RBI=0.0486833;REFB=-0.00170498;REVB=0.0339763;RO=40;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163121;STB=0.595485;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0073629;OID=.;OPOS=33726326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:13:8:21:19:13:8:21:19 chr21 33749533 . A C 575.05 PASS AF=0.64557;AO=51;DP=79;FAO=51;FDP=79;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0143351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.783;QD=29.1162;RBI=0.0193665;REFB=-0.0297099;REVB=0.0130218;RO=28;SAF=27;SAR=24;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984267;STB=0.553363;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0172679;OID=.;OPOS=33749533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:28:28:51:51:0.64557:24:27:19:9:24:27:19:9 chr21 33755763 . G A 136.06 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.017676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3591;QD=10.4659;RBI=0.058019;REFB=-0.00868955;REVB=-0.0552609;RO=34;SAF=3;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442527;STB=0.759354;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0159828;OID=.;OPOS=33755763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:34:35:17:17:0.326923:14:3:18:16:14:3:18:17 chr21 33840208 . A G 278.94 PASS AF=0.336449;AO=36;DP=107;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0326256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.339;QD=10.4277;RBI=0.0335133;REFB=-0.0113716;REVB=0.00766234;RO=70;SAF=17;SAR=19;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833475;STB=0.542624;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0249194;OID=.;OPOS=33840208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:70:71:36:36:0.336449:19:17:28:42:19:17:29:42 chr21 33887130 . C CA 883.36 PASS AF=0.986111;AO=8;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.103629;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=77.2733;QD=49.0756;RBI=0.117275;REFB=-0.0471692;REVB=0.0549043;RO=64;SAF=2;SAR=6;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236012;STB=0.506022;STBP=0.515;TYPE=ins;VARB=0.00125325;OID=.;OPOS=33887131;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.986111:8:73:71:72:1:30:41:0:1:3:64:2:6:28:36 chr21 33887131 . G A,C 944.54 PASS AF=0.875,0.0833333;AO=62,6;DP=72;FAO=63,6;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=28,0;FSAR=35,6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0469249,0.0475228;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=109.155,15.637;QD=52.4744;RBI=0.0626148,0.0774569;REFB=-0.0439383,0.152036;REVB=0.0414569,-0.061165;RO=4;SAF=27,0;SAR=35,6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0363382,-0.787851;STB=0.510201,0.997391;STBP=0.491,0.032;TYPE=snp,snp;VARB=0.00126405,0.196303;OID=.,.;OPOS=33887131,33887131;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:72:72:4:3:62,6:63,6:0.875,0.0833333:35,6:27,0:3:1:35,6:28,0:2:1 chr21 33951068 . T C 944.66 PASS AF=0.574324;AO=85;DP=148;FAO=85;FDP=148;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=60;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.00557991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.997;QD=25.5314;RBI=0.0182669;REFB=0.00173164;REVB=0.0173938;RO=63;SAF=25;SAR=60;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244794;STB=0.633698;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00105252;OID=.;OPOS=33951068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:63:63:85:85:0.574324:60:25:37:26:60:25:37:26 chr21 33956579 . T C 250.73 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00656599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8643;QD=15.6707;RBI=0.0173169;REFB=-0.0218377;REVB=0.0160238;RO=34;SAF=9;SAR=19;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06502;STB=0.536561;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0527915;OID=.;OPOS=33956579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:34:35:28:29:0.453125:19:9:9:25:19:10:10:25 chr21 34003928 . A AAGTATT 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316074;FXX=0;HRUN=4;LEN=6;MLLD=325.669;QD=59.4356;RBI=0.00481846;REFB=0;REVB=0.00363693;RO=1;SAF=24;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190966;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.18388e-06;OID=.;OPOS=34003929;OREF=-;OALT=AGTATT;OMAPALT=AAGTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:37:35:35:0:24:11:0:0:4:1:24:11:1:0 chr21 34014192 . G A 117.21 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00821921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.252;QD=8.5246;RBI=0.0082194;REFB=-0.00967478;REVB=-5.58912e-05;RO=39;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150738;STB=0.50908;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0265228;OID=.;OPOS=34014192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:8:8:19:20:8:8:19:20 chr21 34014283 . C A 253.2 PASS AF=0.434783;AO=26;DP=64;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00219527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.59;QD=14.6782;RBI=0.00948936;REFB=-0.0131074;REVB=-0.00923194;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956379;STB=0.521725;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0184789;OID=.;OPOS=34014283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:69:36:39:26:30:0.434783:14:12:20:16:15:15:21:18 chr21 34059352 . T C 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0113665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.785;QD=12.2757;RBI=0.0173581;REFB=-0.0119546;REVB=0.0131189;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292532;STB=0.517221;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.025015;OID=.;OPOS=34059352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:7:10:18:14:7:10:18:14 chr21 34163742 . A G 685.61 PASS AF=0.59633;AO=65;DP=109;FAO=65;FDP=109;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0144661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.361;QD=25.1602;RBI=0.0149207;REFB=-0.0171743;REVB=0.00365475;RO=44;SAF=29;SAR=36;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279067;STB=0.515182;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0120235;OID=.;OPOS=34163742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:44:44:65:65:0.59633:36:29:18:26:36:29:18:26 chr21 34166190 . A T 1266.68 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7915;QD=60.3182;RBI=0.0469032;REFB=-0.0593879;REVB=-0.0420841;RO=1;SAF=49;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956859;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.13576e-05;OID=.;OPOS=34166190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:84:84:1:0:83:84:1:34:49:1:0:34:50:0:0 chr21 34166343 . C T 399.32 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00604934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3538;QD=15.8146;RBI=0.00658479;REFB=-0.0301389;REVB=0.00260095;RO=57;SAF=19;SAR=25;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602622;STB=0.533833;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0552843;OID=.;OPOS=34166343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:25:19:28:29:25:19:28:29 chr21 34169317 . C CT 91.72 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00114008;FXX=0.0571265;HRUN=0;LEN=1;MLLD=166.138;QD=11.1179;RBI=0.00661883;REFB=-0.00700679;REVB=0.0065199;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120243;STB=0.570033;STBP=0.531;TYPE=ins;VARB=0.0123053;OID=.;OPOS=34169318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:14:34:14:33:19:9:5:10:9:91:19:9:5:10:9 chr21 34400237 . G C 45.96 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.137073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.6261;QD=26.2602;RBI=0.137073;REFB=-0.102071;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0280786;OID=.;OPOS=34400237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:0:6:1:0:0:6:1:0 chr21 34444674 . T C 408.38 PASS AF=0.448276;AO=37;DP=88;FAO=39;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0539466;FXX=0.0224694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.7129;QD=18.776;RBI=0.0962408;REFB=-0.0681953;REVB=-0.0796997;RO=32;SAF=11;SAR=26;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185535;STB=0.60426;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0245399;OID=.;OPOS=34444674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:32:41:37:39:0.448276:26:11:16:16:28:11:19:22 chr21 34614255 . T G 130.0 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00883665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.824;QD=13.333;RBI=0.0117187;REFB=-0.0122993;REVB=-0.00769689;RO=24;SAF=12;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235448;STB=0.639793;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0269915;OID=.;OPOS=34614255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:3:12:15:9:3:12:15:9 chr21 34666376 . A G 177.34 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0327151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5562;QD=20.2679;RBI=0.0364342;REFB=-0.00665013;REVB=-0.0160367;RO=16;SAF=13;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255949;STB=0.618918;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0110044;OID=.;OPOS=34666376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:18:19:0.542857:5:13:7:9:6:13:7:9 chr21 34668747 . A G 48.21 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0838836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5396;QD=12.8553;RBI=0.0861495;REFB=-0.0239727;REVB=0.0196283;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490947;STB=0.788741;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0201368;OID=.;OPOS=34668747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:7:1:5:2:7:1 chr21 34821570 . G A 133.35 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0284545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.082;QD=15.6884;RBI=0.0285009;REFB=-0.0139851;REVB=0.00162492;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209193;STB=0.620001;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0131256;OID=.;OPOS=34821570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:13:6:8:7:13:6 chr21 34821807 . C T 63.32 PASS AF=0.3;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0037093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6687;QD=8.44257;RBI=0.0277606;REFB=-0.0184363;REVB=-0.0275117;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199028;STB=0.636055;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0355337;OID=.;OPOS=34821807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:30:20:21:8:9:0.3:3:5:9:11:3:6:10:11 chr21 34822150 . T A 127.74 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0168002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6707;QD=11.8824;RBI=0.0225898;REFB=-0.0168106;REVB=-0.0151015;RO=28;SAF=11;SAR=4;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118055;STB=0.570272;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0294184;OID=.;OPOS=34822150;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:4:11:18:10:4:11:18:10 chr21 34822452 . T C 289.26 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.49;QD=52.5931;RBI=0.0375311;REFB=0;REVB=0.0322575;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546262;OID=.;OPOS=34822452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr21 34860749 . CAATTA C 209.52 PASS AF=0.517857;AO=26;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-6.82724e-05;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=5;MLLD=220.545;QD=14.9657;RBI=0.0317987;REFB=0.00455669;REVB=0.0317986;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139675;STB=0.586738;STBP=0.193;TYPE=del;VARB=-0.00452082;OID=.;OPOS=34860750;OREF=AATTA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517857:26:56:29:56:27:13:16:17:10:99:24:12:14:15:9 chr21 34870990 . G A 270.21 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0232985;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.156;QD=20.7852;RBI=0.0244742;REFB=-0.0145107;REVB=0.00749437;RO=24;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128361;STB=0.571378;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0148659;OID=.;OPOS=34870990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:24:24:28:28:0.538462:12:16:10:14:12:16:10:14 chr21 34883618 . T C 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0161772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.052;QD=23.3816;RBI=0.0215558;REFB=0.00214002;REVB=0.014246;RO=14;SAF=1;SAR=18;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.668573;STB=0.886168;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00505444;OID=.;OPOS=34883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:18:1:9:5:18:1:9:5 chr21 34897113 . C T 1591.57 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000916211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.649;QD=58.9472;RBI=0.00644956;REFB=-0.133559;REVB=0.00638415;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=3.52899e-06;OID=.;OPOS=34897113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:0:1:106:107:0.990741:60:46:0:0:60:47:0:1 chr21 34924243 . T C 1377.45 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.016;QD=62.6115;RBI=0.0486035;REFB=0;REVB=0.0422282;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119535;OID=.;OPOS=34924243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr21 34925142 . C T 905.9 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.536;QD=56.6187;RBI=0.0212518;REFB=-0.00830867;REVB=-0.00135422;RO=1;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185128;STB=0.509801;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000157415;OID=.;OPOS=34925142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:25:38:0:1:25:38:0:1 chr21 34925689 . G A 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.895;QD=59.8292;RBI=0.0421906;REFB=0;REVB=0.0304855;RO=0;SAF=75;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62273e-05;OID=.;OPOS=34925689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:28:75:0:0:28:75:0:0 chr21 34926260 . C T 1153.29 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00552119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.892;QD=60.6996;RBI=0.0214036;REFB=0;REVB=-0.0206792;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.60474e-05;OID=.;OPOS=34926260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr21 34939589 . TTAAAAAAAA TAAAAAAA,TTAAAAAAA,TTAAAAAAAT 52.3 PASS AF=0,0.25641,0.153846;AO=4,6,2;DP=39;FAO=0,10,6;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=0,2,6;FSAR=0,8,0;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0889412,0.237383,-0.0278328;FXX=0.0487686;HRUN=6,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=12.6802,7.50712,20.0318;QD=5.3637;RBI=0.109218,0.23776,0.0536341;REFB=0.055008,-0.00845265,-0.00270796;REVB=-0.0633886,-0.0133884,0.045847;RO=10;SAF=0,0,2;SAR=4,6,0;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.650438,-0.715304,0.655147;STB=0.5,0.634622,0.998393;STBP=1,0.357,0;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0485743,0.042697,-0.13759;OID=.,.,.;OPOS=34939590,34939591,34939598;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAAAAA,TTAAAAAAA,TTAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.25641,0.153846:4,6,2:39:0,10,6:39:23:0,2,6:0,8,0:8:15:24:10:0,0,2:4,6,0:3:7 chr21 34948684 . G GA 945.53 PASS AF=1;AO=79;DP=87;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106872;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.5686;QD=45.5675;RBI=0.106893;REFB=0;REVB=-0.00212289;RO=7;SAF=37;SAR=42;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378326;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00112965;OID=.;OPOS=34948685;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:87:83:83:0:39:44:0:0:18:7:37:42:5:2 chr21 34948696 . GA G,GC 1138.07 PASS AF=0.935065,0.0649351;AO=71,5;DP=79;FAO=72,5;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34,2;FSAR=38,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512041,0.0504557;FXX=0.0253133;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.485,93.0076;QD=59.1204;RBI=0.0513098,0.0508687;REFB=0,0;REVB=0.00329208,0.00646879;RO=0;SAF=34,2;SAR=37,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.12261e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000763168,0.00614719;OID=.,.;OPOS=34948697,34948697;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.935065,0.0649351:71,5:79:72,5:77:0:34,2:38,3:0:0:15:0:34,2:37,3:0:0 chr21 35237608 . T C 727.58 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0903146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.933;QD=63.2674;RBI=0.0903155;REFB=0;REVB=-0.000399047;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000517996;OID=.;OPOS=35237608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr21 35260481 . T C 217.76 PASS AF=0.4;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0110159;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7565;QD=13.4008;RBI=0.0181698;REFB=-0.0105447;REVB=0.0144496;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703694;STB=0.531077;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0258558;OID=.;OPOS=35260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:38:39:26:26:0.4:12:14:23:15:12:14:23:16 chr21 35275955 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.642;QD=53.9105;RBI=0.0269215;REFB=0;REVB=0.0246146;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56103e-05;OID=.;OPOS=35275955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr21 35281393 . A G 244.27 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0230056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.481;QD=17.4476;RBI=0.0231647;REFB=-0.00122065;REVB=0.00271087;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159667;STB=0.589409;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00109062;OID=.;OPOS=35281393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:14:13:19:10:14:13:19:10 chr21 35467645 . A G 2225.51 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197585;FXX=0.0138879;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.653;QD=62.6905;RBI=0.0262197;REFB=0.0695392;REVB=-0.0172359;RO=0;SAF=85;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-2.28836e-06;OID=.;OPOS=35467645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:142:0:1:141:141:0.992958:56:85:0:0:56:85:0:1 chr21 35469193 . C A 279.56 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00406761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7309;QD=48.6197;RBI=0.0477966;REFB=0.0278975;REVB=-0.0476232;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318424;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00875852;OID=.;OPOS=35469193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:21:22:0.956522:7:14:1:0:7:15:1:0 chr21 35469708 . G GA,GAA 289.45 PASS AF=1,0;AO=30,11;DP=62;FAO=57,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0937162,0.0524781;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.15569,8.63672;QD=20.312;RBI=0.129088,0.0695132;REFB=0.091263,0.071554;REVB=-0.0887748,-0.0455867;RO=18;SAF=17,4;SAR=13,7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.150516,-0.412848;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00665395,-0.0458466;OID=.,.;OPOS=35469709,35469709;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:30,11:62:57,0:57:0:33,0:24,0:0:0:3:18:17,4:13,7:14:4 chr21 35469726 . G GT 658.4 PASS AF=1;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335578;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.001;QD=48.7702;RBI=0.0528641;REFB=0;REVB=-0.0408471;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144976;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0019711;OID=.;OPOS=35469727;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:56:54:54:0:33:21:0:0:12:1:32:21:1:0 chr21 35469852 . C A 601.38 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0548696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7069;QD=54.6707;RBI=0.0652754;REFB=-0.0291555;REVB=-0.0353583;RO=2;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066852;STB=0.526963;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00945186;OID=.;OPOS=35469852;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:2:3:41:41:0.931818:13:28:0:2:13:28:1:2 chr21 35470042 . G T 744.21 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127347;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.779;QD=63.3371;RBI=0.027628;REFB=0;REVB=0.0245181;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62923e-05;OID=.;OPOS=35470042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:43:47:1:18:25:0:0:18:29:0:0 chr21 35470210 . T G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.412;QD=63.872;RBI=0.0175084;REFB=0;REVB=-0.000565668;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07799e-05;OID=.;OPOS=35470210;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr21 35470213 . C A 760.13 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3216;QD=63.3445;RBI=0.0509666;REFB=0;REVB=-0.0472778;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000681408;OID=.;OPOS=35470213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr21 35471815 . T C 242.44 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00453461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.008;QD=14.9195;RBI=0.0229107;REFB=-0.0184841;REVB=0.0224575;RO=37;SAF=17;SAR=11;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131544;STB=0.507457;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0220683;OID=.;OPOS=35471815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:11:17:22:15:11:17:22:15 chr21 35474410 . G A 165.66 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0122448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.981;QD=11.4245;RBI=0.0124834;REFB=-0.00252843;REVB=-0.0024292;RO=37;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204602;STB=0.618934;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00483626;OID=.;OPOS=35474410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:8:13:16:21:8:13:16:21 chr21 35772734 . A T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00931682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.729;QD=15.9167;RBI=0.00931687;REFB=-0.00436187;REVB=2.99766e-05;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170764;STB=0.568761;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00384633;OID=.;OPOS=35772734;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:5:8:11:3:5:8:11:4 chr21 35773137 . C T 334.27 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0119536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.9069;QD=16.7136;RBI=0.0130401;REFB=-6.97397e-06;REVB=0.00521116;RO=44;SAF=20;SAR=16;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324032;STB=0.518197;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.000173626;OID=.;OPOS=35773137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:16:20:23:21:16:20:23:21 chr21 35821821 . T C,G 721.36 PASS AF=0.884615,0.115385;AO=45,7;DP=52;FAO=46,6;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=13,4;FSAR=33,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103528,0.0111733;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.401,95.835;QD=55.4889;RBI=0.0245432,0.0161617;REFB=0,0;REVB=0.0222528,-0.0116773;RO=0;SAF=13,4;SAR=32,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0015934,0.000808367;OID=.,.;OPOS=35821821,35821821;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:52:52:0:0:45,7:46,6:0.884615,0.115385:32,3:13,4:0:0:33,2:13,4:0:0 chr21 35890409 . C T 1266.82 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=88;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.027572;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.606;QD=58.2447;RBI=0.0331547;REFB=-0.033387;REVB=0.0184124;RO=2;SAF=51;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493958;STB=0.502153;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.000694362;OID=.;OPOS=35890409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:87:2:3:84:84:0.965517:33:51:1:1:33:51:2:1 chr21 35893737 . T C 903.09 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9103;QD=58.2642;RBI=0.0204513;REFB=0;REVB=-0.00996768;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50708e-05;OID=.;OPOS=35893737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:36:25:0:0:36:26:0:0 chr21 36080290 . C T 206.91 PASS AF=0.428571;AO=22;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.015445;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.493;QD=16.8909;RBI=0.022119;REFB=-0.0035203;REVB=-0.0158335;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252491;STB=0.634495;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00599953;OID=.;OPOS=36080290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:28:22:21:0.428571:10:12:8:20:10:11:8:20 chr21 37420650 . G A 108.85 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00184329;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.326;QD=12.8054;RBI=0.005743;REFB=-0.0100918;REVB=0.00543915;RO=21;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272467;STB=0.664137;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0119779;OID=.;OPOS=37420650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:21:21:13:13:0.382353:11:2:7:14:11:2:7:14 chr21 37429679 . G C 134.75 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143946;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4075;QD=44.9158;RBI=0.144744;REFB=0;REVB=-0.0151754;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00455664;OID=.;OPOS=37429679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr21 37442632 . G C 165.69 PASS AF=0.4;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0241381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.65;QD=14.7282;RBI=0.0258579;REFB=-0.0365909;REVB=-0.00927261;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166926;STB=0.609637;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0469481;OID=.;OPOS=37442632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:27:17:18:0.4:8:9:10:17:8:10:10:17 chr21 37443480 . T G 296.35 PASS AF=0.634146;AO=25;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0412758;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.115;QD=28.9126;RBI=0.0428857;REFB=-0.0293212;REVB=0.01164;RO=15;SAF=6;SAR=19;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234302;STB=0.633373;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.013079;OID=.;OPOS=37443480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:25:26:0.634146:19:6:8:7:20:6:8:7 chr21 37444120 . C T 343.26 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0108504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.209;QD=20.8038;RBI=0.0476421;REFB=-0.0109295;REVB=0.0463901;RO=30;SAF=23;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192665;STB=0.595801;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.01029;OID=.;OPOS=37444120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:35:36:0.545455:12:23:13:17:13:23:13:17 chr21 37444696 . C T 314.61 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0162128;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.442;QD=17.9776;RBI=0.0243827;REFB=-0.0216357;REVB=-0.0182116;RO=30;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256597;STB=0.514278;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0238713;OID=.;OPOS=37444696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:70:30:35:32:35:0.5:18:14:14:16:18:17:18:17 chr21 37444973 . C T 294.16 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0148941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.403;QD=17.5615;RBI=0.0200365;REFB=-0.0153872;REVB=0.0134024;RO=33;SAF=24;SAR=8;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951273;STB=0.57793;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0169906;OID=.;OPOS=37444973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:35:32:32:0.477612:8:24:22:11:8:24:22:13 chr21 37507745 . C T 376.21 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00323415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.69;QD=21.1949;RBI=0.0200754;REFB=0.0126315;REVB=0.0198132;RO=33;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041785;STB=0.523088;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.0144277;OID=.;OPOS=37507745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:18:20:19:14:18:20:19:14 chr21 37518706 . G A 337.8 PASS AF=0.576271;AO=26;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0548194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.21;QD=22.9015;RBI=0.0699905;REFB=-0.0292689;REVB=0.0435143;RO=25;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877992;STB=0.522436;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0297433;OID=.;OPOS=37518706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:24:26:34:0.576271:17:9:11:14:18:16:10:14 chr21 37609571 . T C 727.7 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0761366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3111;QD=63.2782;RBI=0.084408;REFB=0;REVB=0.0364407;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000462362;OID=.;OPOS=37609571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr21 37617524 . C T 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.041973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8297;QD=21.6305;RBI=0.0428098;REFB=-0.0346463;REVB=0.00842318;RO=24;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539703;STB=0.529905;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0210619;OID=.;OPOS=37617524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:13:17:12:12:13:17:12:12 chr21 37617630 . T G 247.49 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.791;QD=49.4983;RBI=0.0407923;REFB=0;REVB=0.00103054;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229782;OID=.;OPOS=37617630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:9:11:0:0 chr21 37692542 . T C 219.82 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0129607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.334;QD=17.5852;RBI=0.0132564;REFB=-0.019381;REVB=0.00278446;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616093;STB=0.535024;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0248116;OID=.;OPOS=37692542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:12:10:11:17:12:10:11:17 chr21 37781046 . C T 195.65 PASS AF=0.4;AO=23;DP=62;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0753342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3405;QD=12.0399;RBI=0.0833622;REFB=-0.023055;REVB=0.0356935;RO=39;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26692;STB=0.651049;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0393598;OID=.;OPOS=37781046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:39:39:23:26:0.4:9:14:14:25:10:16:14:25 chr21 38081562 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.928;QD=42.1825;RBI=0.0156929;REFB=0;REVB=0.0144867;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176321;OID=.;OPOS=38081562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr21 38081577 . C G 116.05 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.137;QD=42.2002;RBI=0.118559;REFB=0;REVB=0.099182;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016272;OID=.;OPOS=38081577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:9:11:1:7:2:0:0:9:2:0:0 chr21 38444863 . C T 1069.94 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0563543;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.529;QD=58.6266;RBI=0.0572115;REFB=-0.0318944;REVB=0.00986654;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141159;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000443962;OID=.;OPOS=38444863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:73:1:1:72:72:0.986301:39:33:1:0:39:33:1:0 chr21 38495269 . GA AT,GAT 739.32 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,44;DP=57;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=2,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106099,-0.20437;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=125.821,26.2097;QD=52.8088;RBI=0.108331,0.223125;REFB=0,0;REVB=-0.0218775,0.0895415;RO=5;SAF=0,18;SAR=2,26;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.78221,-0.114054;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0430198,-0.00358283;OID=.,.;OPOS=38495269,38495271;OREF=GA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:56:5:0:2,44:2,54:0.0357143,0.964286:2,26:0,18:5:0:2,26:0,28:0:0 chr21 38512956 . A G 781.79 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0170071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.697;QD=52.1191;RBI=0.0170477;REFB=2.94455e-05;REVB=-0.00117532;RO=3;SAF=30;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182043;STB=0.509663;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-5.49709e-05;OID=.;OPOS=38512956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:3:3:57:57:0.95:27:30:1:2:27:30:1:2 chr21 38520844 . AGGGT AGG,AGGT 49.36 PASS AF=0.222222,0.185185;AO=6,8;DP=31;FAO=6,5;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=1,0;FSAR=5,5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0428876,-0.0246849;FXX=0.128991;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=25.817,15.4075;QD=7.31211;RBI=0.132878,0.12972;REFB=-0.0947772,-0.152126;REVB=-0.125767,-0.12735;RO=13;SAF=1,0;SAR=5,8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0.549261,0.549261;SSEP=0,0;SSSB=-0.551606,-0.803192;STB=0.805374,0.997718;STBP=0.12,0.01;TYPE=del,del;VARB=0.14513,0.141512;OID=.,.;OPOS=38520847,38520845;OREF=GT,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGG,AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222,0.185185:6,8:31:6,5:27:16:1,0:5,5:9:7:25:13:1,0:5,8:9:4 chr21 38525356 . T C 1959.11 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=131;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00600785;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.466;QD=61.2221;RBI=0.00699862;REFB=-0.0634751;REVB=0.00358977;RO=1;SAF=45;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104414;STB=0.505376;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000652659;OID=.;OPOS=38525356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:131:128:1:1:126:127:0.992188:81:45:1:0:81:46:1:0 chr21 38532058 . TG T 1169.8 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.7683;QD=48.7416;RBI=0.0600733;REFB=0;REVB=-0.0465998;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-9.50407e-05;OID=.;OPOS=38532059;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:96:96:96:96:0:46:50:0:0:21:0:46:50:0:0 chr21 38532068 . G GA 876.09 PASS AF=1;AO=80;DP=92;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.193067;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.3236;QD=39.3746;RBI=0.231668;REFB=0;REVB=0.128043;RO=11;SAF=39;SAR=41;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338848;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00459989;OID=.;OPOS=38532069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:80:92:89:89:0:43:46:0:0:17:11:39:41:7:4 chr21 38539844 . G A 446.54 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00908371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.274;QD=57.6187;RBI=0.0162401;REFB=0;REVB=0.0134621;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43628e-06;OID=.;OPOS=38539844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:18:13:0:0 chr21 38563725 . G A 1302.36 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5797;QD=62.017;RBI=0.0518325;REFB=0;REVB=-0.0472958;RO=0;SAF=28;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000417903;OID=.;OPOS=38563725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:55:28:0:0:55:29:0:0 chr21 38568009 . G C 1283.4 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.45;QD=61.8507;RBI=0.0197406;REFB=0;REVB=0.0186802;RO=0;SAF=56;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92336e-05;OID=.;OPOS=38568009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:26:56:0:0:27:56:0:0 chr21 38568308 . C T 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.062889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2173;QD=53.362;RBI=0.0629593;REFB=-0.0141223;REVB=0.00297299;RO=1;SAF=7;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619467;STB=0.53331;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.000357408;OID=.;OPOS=38568308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:22:7:1:0:22:7:1:0 chr21 38587916 . A G 1078.24 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7123;QD=59.9023;RBI=0.0195331;REFB=0;REVB=0.0194879;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61393e-05;OID=.;OPOS=38587916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr21 38997701 . G A 736.44 PASS AF=0.652632;AO=62;DP=95;FAO=62;FDP=95;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0245989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.453;QD=31.0081;RBI=0.0251612;REFB=0.00161385;REVB=-0.00528942;RO=32;SAF=31;SAR=31;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505261;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.000596706;OID=.;OPOS=38997701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:32:33:62:62:0.652632:31:31:16:16:31:31:16:17 chr21 39086965 . T C 322.29 PASS AF=0.636364;AO=27;DP=43;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00961057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.855;QD=29.2991;RBI=0.0107338;REFB=-0.0251034;REVB=0.00478037;RO=13;SAF=13;SAR=14;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103741;STB=0.545422;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0130265;OID=.;OPOS=39086965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:13:16:27:28:0.636364:14:13:4:9:14:14:6:10 chr21 39213020 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6354;QD=50.4122;RBI=0.0407658;REFB=0;REVB=0.0195563;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309848;OID=.;OPOS=39213020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr21 39671476 . G A 413.93 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00324147;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.253;QD=15.9205;RBI=0.0116265;REFB=-0.0200356;REVB=0.0111655;RO=58;SAF=27;SAR=19;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104704;STB=0.558674;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0230297;OID=.;OPOS=39671476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:58:58:46:46:0.442308:19:27:28:30:19:27:28:30 chr21 39672624 . C G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.736;QD=63.8716;RBI=0.0234427;REFB=0;REVB=-0.00233148;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50133e-05;OID=.;OPOS=39672624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr21 39673299 . C T 285.26 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0135941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.925;QD=15.4196;RBI=0.0258779;REFB=-0.0234778;REVB=-0.0220197;RO=39;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552055;STB=0.540492;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0276951;OID=.;OPOS=39673299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:39:42:32:32:0.432432:19:13:18:21:19:13:20:22 chr21 40191431 . T G 1562.02 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.619;QD=63.7558;RBI=0.0426161;REFB=0;REVB=0.036695;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110639;OID=.;OPOS=40191431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:55:42:0:0:55:43:0:0 chr21 40191638 . A G 861.74 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0156295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.855;QD=54.7138;RBI=0.0165082;REFB=-0.0539061;REVB=-0.00531396;RO=1;SAF=24;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192603;STB=0.519993;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.000118937;OID=.;OPOS=40191638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:63:63:1:2:61:61:0.968254:37:24:1:0:37:24:2:0 chr21 40195164 . ATTTTC ATTTC,ATTTCT 180.47 PASS AF=0.295082,0.0655738;AO=33,5;DP=127;FAO=36,8;FDP=122;FR=.;FRO=78;FSAF=31,8;FSAR=5,0;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.114399,-0.0583927;FXX=0.039367;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.7319,18.7132;QD=5.91711;RBI=0.163677,0.0938521;REFB=-0.0502256,-0.0444801;REVB=0.11706,0.0734746;RO=67;SAF=30,5;SAR=3,0;SRF=28;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.640708,0.572152;STB=0.833662,0.998839;STBP=0,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.0548457,-0.177636;OID=.,.;OPOS=40195165,40195168;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=ATTTC,ATTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295082,0.0655738:33,5:127:36,8:122:78:31,8:5,0:32:46:99:67:30,5:3,0:28:39 chr21 40195277 . T A 1017.93 PASS AF=0.462882;AO=106;DP=229;FAO=106;FDP=229;FR=.;FRO=123;FSAF=32;FSAR=74;FSRF=44;FSRR=79;FWDB=-0.0045575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3222;QD=17.7804;RBI=0.0151487;REFB=-0.00808017;REVB=0.0144469;RO=122;SAF=32;SAR=74;SRF=43;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565171;STB=0.534594;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0100129;OID=.;OPOS=40195277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:122:123:106:106:0.462882:74:32:43:79:74:32:44:79 chr21 40720494 . C T 125.74 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0161018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7662;QD=18.628;RBI=0.0192515;REFB=-0.0294651;REVB=0.0105522;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279836;STB=0.65946;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0266993;OID=.;OPOS=40720494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:9:4:9:5:9:4 chr21 40823981 . G A 1445.85 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00227877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.431;QD=62.8629;RBI=0.0320184;REFB=0;REVB=0.0319372;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74873e-05;OID=.;OPOS=40823981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:89:92:1:53:36:0:0:54:38:0:0 chr21 40871810 . T C 355.63 PASS AF=0.493671;AO=35;DP=75;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0296212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8583;QD=18.0066;RBI=0.0714857;REFB=-0.0497558;REVB=0.0650599;RO=39;SAF=24;SAR=11;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100151;STB=0.508192;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0404445;OID=.;OPOS=40871810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:39:40:35:39:0.493671:11:24:23:16:15:24:24:16 chr21 40883671 . G GAGA 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0408826;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=252.365;QD=21.0076;RBI=0.0409333;REFB=-0.0455757;REVB=-0.0020378;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144674;STB=0.581311;STBP=0.329;TYPE=ins;VARB=0.0311178;OID=.;OPOS=40883672;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527778:19:36:19:36:17:10:9:6:11:99:17:10:9:6:11 chr21 40969826 . G C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.711;QD=59.8559;RBI=0.0422695;REFB=0;REVB=0.0299578;RO=0;SAF=21;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42453e-05;OID=.;OPOS=40969826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:50:21:0:0:50:21:0:0 chr21 41137507 . G C 275.96 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0384217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.377;QD=22.527;RBI=0.0826428;REFB=-0.00983112;REVB=-0.0731683;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330838;STB=0.50788;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00719423;OID=.;OPOS=41137507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:25:26:0.530612:11:14:12:11:12:14:12:11 chr21 41142932 . C T 336.67 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00127543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216;QD=17.2649;RBI=0.00337218;REFB=-0.0042375;REVB=0.00312168;RO=40;SAF=16;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09935;STB=0.542833;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00356539;OID=.;OPOS=41142932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:42:36:36:0.461538:20:16:22:18:20:16:22:20 chr21 41173549 . T G 69.63 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00782901;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.7171;QD=16.3846;RBI=0.0198057;REFB=-0.0342366;REVB=-0.0181927;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371297;STB=0.52169;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0300918;OID=.;OPOS=41173549;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:3:5:6:3:3:5 chr21 41297992 . C T 563.37 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0675751;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9435;QD=22.0929;RBI=0.0763396;REFB=-0.00954051;REVB=0.0355153;RO=47;SAF=20;SAR=36;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971613;STB=0.557501;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0104301;OID=.;OPOS=41297992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:47:46:56:56:0.54902:36:20:22:25:36:20:22:24 chr21 41434841 . T C 403.82 PASS AF=0.539474;AO=40;DP=77;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0286578;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4112;QD=21.2537;RBI=0.0402472;REFB=0.00611133;REVB=0.028259;RO=34;SAF=11;SAR=29;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233297;STB=0.611757;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00830929;OID=.;OPOS=41434841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:34:35:40:41:0.539474:29:11:18:16:29:12:18:17 chr21 41465748 . G A 309.61 PASS AF=0.532258;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0200654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.25;QD=19.9751;RBI=0.0268596;REFB=-0.0101281;REVB=-0.0178555;RO=29;SAF=19;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12549;STB=0.559885;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00792654;OID=.;OPOS=41465748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:32:33:0.532258:13:19:13:16:14:19:13:16 chr21 41684090 . C T 625.47 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.010917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.514;QD=25.7925;RBI=0.062889;REFB=-0.0158214;REVB=-0.0619342;RO=41;SAF=32;SAR=24;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499398;STB=0.527263;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0113269;OID=.;OPOS=41684090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:41:56:56:0.57732:24:32:26:15:24:32:26:15 chr21 41725630 . G C 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00461989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.299;QD=19.9928;RBI=0.00646757;REFB=-0.0260698;REVB=-0.00452616;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821771;STB=0.555506;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.035181;OID=.;OPOS=41725630;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:10:12:14:8:10:12:15:8 chr21 42622786 . C T 920.0 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.748;QD=58.4126;RBI=0.0118981;REFB=0;REVB=0.0113755;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06647e-05;OID=.;OPOS=42622786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr21 42717662 . T C 817.66 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.062;QD=57.3793;RBI=0.0524216;REFB=0;REVB=0.0434205;RO=0;SAF=43;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023416;OID=.;OPOS=42717662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:14:43:0:0:14:43:0:0 chr21 42775555 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0092;QD=39.2059;RBI=0.0392922;REFB=0;REVB=-0.00731754;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00288592;OID=.;OPOS=42775555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr21 42821113 . T C 787.91 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278039;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.154;QD=57.3029;RBI=0.0316829;REFB=0;REVB=0.0151905;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186224;OID=.;OPOS=42821113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:28:27:0:0 chr21 42848560 . CAG C 320.54 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281985;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.724;QD=53.4239;RBI=0.00295086;REFB=0;REVB=0.00086949;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000235969;OID=.;OPOS=42848561;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:23:24:24:0:11:13:0:0:4:0:9:12:0:0 chr21 42866296 . T C 96.68 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0164231;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.156;QD=11.0493;RBI=0.0166066;REFB=0.00458361;REVB=-0.00246194;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238515;STB=0.514262;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0103106;OID=.;OPOS=42866296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:36:35:23:23:12:12:0.342857:6:6:12:11:6:6:12:11 chr21 43133145 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412653;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.715;QD=57.1061;RBI=0.00526569;REFB=0;REVB=0.00327096;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.63529e-07;OID=.;OPOS=43133145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:22:32:0:0:23:32:0:0 chr21 43133829 . AT GC,GT 729.92 PASS AF=0.0192308,0.980769;AO=2,46;DP=51;FAO=1,51;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415173,-0.0138007;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=81.1258,86.3685;QD=56.1477;RBI=0.0419455,0.0214692;REFB=0,0;REVB=-0.00597831,0.016446;RO=0;SAF=2,18;SAR=0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.06241e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.132796,-0.000351924;OID=.,.;OPOS=43133829,43133829;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:51:52:0:0:2,46:1,51:0.0192308,0.980769:0,28:2,18:0:0:0,30:1,21:0:0 chr21 43161022 . C T 213.23 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0342699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.339;QD=20.8032;RBI=0.0356191;REFB=-0.0603705;REVB=0.00971044;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703917;STB=0.539531;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0470146;OID=.;OPOS=43161022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:9:12:13:7:9:12:13:7 chr21 43161357 . T C 632.46 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9403;QD=60.2338;RBI=0.0491504;REFB=0;REVB=0.0353248;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024745;OID=.;OPOS=43161357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:22:18:0:0:24:18:0:0 chr21 43161805 . G A 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00684208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.698;QD=8.11471;RBI=0.0261053;REFB=-0.00617917;REVB=0.0251928;RO=39;SAF=8;SAR=7;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368267;STB=0.522358;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0136766;OID=.;OPOS=43161805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:7:8:22:17:7:8:22:17 chr21 43161877 . C T 194.33 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0266812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.936;QD=12.3383;RBI=0.028562;REFB=-0.00939016;REVB=-0.0101932;RO=39;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104017;STB=0.55995;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0252706;OID=.;OPOS=43161877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:10:14:19:20:10:14:19:20 chr21 43162150 . G A 560.86 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.014136;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.724;QD=23.1283;RBI=0.027136;REFB=-0.00581664;REVB=0.0231633;RO=42;SAF=20;SAR=32;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264905;STB=0.629872;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00614138;OID=.;OPOS=43162150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:45:52:52:0.536082:32:20:30:12:32:20:30:15 chr21 43164232 . C A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0405679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.837;QD=11.2568;RBI=0.0434894;REFB=-0.0311619;REVB=0.0156708;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166665;STB=0.59976;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0278755;OID=.;OPOS=43164232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:8:4:4:4:8:4 chr21 43218520 . G A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00185087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.767;QD=61.3756;RBI=0.0154744;REFB=0;REVB=0.0153633;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65465e-05;OID=.;OPOS=43218520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:32:48:0:0:32:48:0:0 chr21 43218806 . ACG ATG,CAT 1030.15 PASS AF=0.929577,0.0704225;AO=62,4;DP=70;FAO=66,5;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0;FSAR=18,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462612,0.0362817;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=68.0022,30.9105;QD=58.0368;RBI=0.0613913,0.0386771;REFB=0,0;REVB=0.0403583,0.0133998;RO=0;SAF=47,0;SAR=15,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00413802,0.146442;OID=.,.;OPOS=43218807,43218806;OREF=C,ACG;OALT=T,CAT;OMAPALT=ATG,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:70:71:0:0:62,4:66,5:0.929577,0.0704225:15,4:47,0:0:0:18,5:48,0:0:0 chr21 43219728 . A T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.894;QD=57.712;RBI=0.0191665;REFB=0;REVB=-0.0060011;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.24349e-05;OID=.;OPOS=43219728;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr21 43220380 . C A 739.41 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00260554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.897;QD=62.9281;RBI=0.0139258;REFB=0;REVB=0.0136799;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38708e-05;OID=.;OPOS=43220380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:18:28:0:0:19:28:0:0 chr21 43221483 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.497;QD=48.7373;RBI=0.0164737;REFB=0;REVB=-0.0108971;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89472e-06;OID=.;OPOS=43221483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr21 43221826 . T C 582.44 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0793339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4848;QD=58.2441;RBI=0.0798434;REFB=-0.130615;REVB=-0.00900478;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228522;STB=0.512189;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00265255;OID=.;OPOS=43221826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:38:39:0.975:20:18:0:1:20:19:0:1 chr21 43236176 . G A 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0583768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.271;QD=19.976;RBI=0.0591319;REFB=-0.0177618;REVB=0.00941983;RO=20;SAF=4;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276408;STB=0.658052;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0138295;OID=.;OPOS=43236176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:16:4:9:11:16:4:9:11 chr21 43239972 . A G 156.8 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0177681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.681;QD=15.2973;RBI=0.0320647;REFB=-0.0194336;REVB=0.0266916;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172932;STB=0.589178;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0154344;OID=.;OPOS=43239972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:24:17:17:0.414634:6:11:11:12:6:11:12:12 chr21 43305619 . C G,T 720.98 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=4,48;DP=52;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2,33;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029441,0.0244466;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.2819,203.089;QD=55.4601;RBI=0.0345011,0.0754935;REFB=0,0;REVB=-0.0179877,0.0714257;RO=0;SAF=2,33;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.234621,-0.000265223;OID=.,.;OPOS=43305619,43305619;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:4,48:2,50:0.0384615,0.961538:2,15:2,33:0:0:0,17:2,33:0:0 chr21 43315057 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0801327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.874;QD=40.7629;RBI=0.0828157;REFB=0;REVB=0.0209091;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197437;OID=.;OPOS=43315057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr21 43327117 . C T 287.94 PASS AF=0.5;AO=29;DP=60;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.012033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.038;QD=18.5767;RBI=0.0154747;REFB=-0.0160572;REVB=-0.00973008;RO=31;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287648;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138848;OID=.;OPOS=43327117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:31:31:29:31:0.5:15:14:14:17:17:14:14:17 chr21 43327856 . A G 249.67 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00554079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.7457;QD=18.494;RBI=0.0195547;REFB=0.025671;REVB=-0.0187533;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066439;STB=0.537163;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0367711;OID=.;OPOS=43327856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:13:14:16:11:13:14:16:11 chr21 43408317 . T TAAAGA 349.66 PASS AF=1;AO=22;DP=28;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407507;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=180.911;QD=53.7934;RBI=0.0424812;REFB=0;REVB=0.0120015;RO=2;SAF=10;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083825;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000455853;OID=.;OPOS=43408318;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=TAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:28:26:26:0:13:13:0:0:4:2:10:12:2:0 chr21 43413731 . C T 1539.96 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00370995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.591;QD=61.5982;RBI=0.00946674;REFB=-0.0759488;REVB=0.0087095;RO=2;SAF=44;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00195494;STB=0.501031;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-2.02486e-06;OID=.;OPOS=43413731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:54:44:1:1:54:44:1:1 chr21 43442372 . C T 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.844;QD=60.5465;RBI=0.0185567;REFB=0;REVB=0.0103305;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15863e-05;OID=.;OPOS=43442372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:28:47:0:0:28:47:0:0 chr21 43504228 . T C 340.78 PASS AF=0.468354;AO=35;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0146024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.629;QD=17.2546;RBI=0.0153707;REFB=-0.00138925;REVB=0.00479879;RO=40;SAF=19;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309316;STB=0.503788;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00206846;OID=.;OPOS=43504228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:42:35:37:0.468354:16:19:23:17:17:20:23:19 chr21 43510427 . T C 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00675651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.252;QD=17.991;RBI=0.00961272;REFB=-0.015332;REVB=0.00683768;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445683;STB=0.524924;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0179352;OID=.;OPOS=43510427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:16:13:12:18:16:13:12:18 chr21 43510437 . A C 252.82 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0117184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.765;QD=17.436;RBI=0.0223718;REFB=-0.00298559;REVB=0.0190572;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912398;STB=0.551086;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00410368;OID=.;OPOS=43510437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:15:13:11:19:15:13:11:19 chr21 43513989 . C T 171.68 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0133177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4658;QD=18.0718;RBI=0.0294399;REFB=-0.0134177;REVB=-0.0262554;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104911;STB=0.559813;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0154509;OID=.;OPOS=43513989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:7:11:10:10:7:11:10:10 chr21 43522349 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.502;QD=62.0212;RBI=0.0479869;REFB=0;REVB=0.0336668;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05228e-06;OID=.;OPOS=43522349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:32:10:0:0:32:10:0:0 chr21 43523941 . C A 655.96 PASS AF=0.434524;AO=72;DP=167;FAO=73;FDP=168;FR=.;FRO=95;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.0147485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.009;QD=15.618;RBI=0.0157205;REFB=-0.00326707;REVB=0.0054422;RO=95;SAF=41;SAR=31;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552307;STB=0.534095;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00373364;OID=.;OPOS=43523941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:95:95:72:73:0.434524:31:41:49:46:31:42:49:46 chr21 43523972 . G C 998.89 PASS AF=0.539326;AO=95;DP=176;FAO=96;FDP=178;FR=.;FRO=82;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.0144414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.664;QD=22.4471;RBI=0.0158139;REFB=-0.0364518;REVB=0.00644389;RO=81;SAF=50;SAR=45;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024736;STB=0.508114;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0285259;OID=.;OPOS=43523972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:81:82:95:96:0.539326:45:50:45:36:45:51:45:37 chr21 43531008 . T C 986.09 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256134;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.547;QD=58.871;RBI=0.0443629;REFB=0;REVB=0.0362219;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238996;OID=.;OPOS=43531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:26:40:0:0:26:41:0:0 chr21 43531553 . A C 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00586029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.11;QD=15.6033;RBI=0.0418877;REFB=-0.029992;REVB=-0.0414757;RO=37;SAF=17;SAR=13;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552976;STB=0.537274;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0266037;OID=.;OPOS=43531553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:13:17:23:14:13:17:24:14 chr21 43531632 . T C 1208.9 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00808233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.066;QD=61.2102;RBI=0.0183413;REFB=0;REVB=-0.0164645;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5081e-05;OID=.;OPOS=43531632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr21 43539293 . G A 592.14 PASS AF=0.546296;AO=59;DP=108;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0442288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0393;QD=21.931;RBI=0.0564904;REFB=-0.0230495;REVB=0.0351423;RO=49;SAF=30;SAR=29;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103078;STB=0.556445;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.013767;OID=.;OPOS=43539293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:49:49:59:59:0.546296:29:30:31:18:29:30:31:18 chr21 43547788 . T C 901.67 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.176;QD=58.1722;RBI=0.0230123;REFB=0;REVB=-0.0222738;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.70284e-05;OID=.;OPOS=43547788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:31:29:0:0:31:31:0:0 chr21 43547873 . G A 412.11 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.034275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.187;QD=14.8506;RBI=0.0342767;REFB=0.00479662;REVB=0.000335888;RO=63;SAF=19;SAR=28;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248068;STB=0.50818;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.00570959;OID=.;OPOS=43547873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:64:47:47:0.423423:28:19:24:39:28:19:25:39 chr21 43557559 . T A 1064.87 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389241;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7459;QD=59.9926;RBI=0.0320992;REFB=0;REVB=0.0318623;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331782;OID=.;OPOS=43557559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:32:38:0:0:32:39:0:0 chr21 43557698 . A C 728.13 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2413;QD=63.3158;RBI=0.0741977;REFB=0;REVB=-0.026473;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587287;OID=.;OPOS=43557698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:22:24:0:0 chr21 43641347 . G A 540.32 PASS AF=0.475;AO=56;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0295658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.205;QD=18.0107;RBI=0.0303776;REFB=0.000495199;REVB=0.00697613;RO=63;SAF=29;SAR=27;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208447;STB=0.516237;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.000536623;OID=.;OPOS=43641347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:63:56:57:0.475:27:29:34:29:28:29:34:29 chr21 43676586 . A T 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0038572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.696;QD=18.2899;RBI=0.00528585;REFB=-0.0115083;REVB=-0.00361417;RO=33;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686473;STB=0.538289;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0117567;OID=.;OPOS=43676586;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:15:17:20:13:15:17:20:13 chr21 43679438 . T C 266.57 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.027095;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.176;QD=20.1184;RBI=0.0302424;REFB=-0.012829;REVB=0.0134337;RO=25;SAF=18;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038966;STB=0.521723;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0158127;OID=.;OPOS=43679438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:10:18:15:10:10:18:15:10 chr21 43679513 . C T 338.08 PASS AF=0.576271;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0402265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2218;QD=22.9204;RBI=0.0432865;REFB=0.0074319;REVB=-0.0159859;RO=25;SAF=21;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951691;STB=0.556928;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00384079;OID=.;OPOS=43679513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:33:34:0.576271:12:21:13:12:12:22:13:12 chr21 43679554 . C T 215.01 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0318036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.684;QD=21.5012;RBI=0.0320473;REFB=0.00720647;REVB=-0.00394473;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831478;STB=0.546718;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00478871;OID=.;OPOS=43679554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:12:9:10:9:12:9:10:9 chr21 43786512 . C T 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0305429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.295;QD=13.3359;RBI=0.031793;REFB=-0.0223286;REVB=-0.00882766;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149589;STB=0.587511;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0269324;OID=.;OPOS=43786512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:13:11:9:6:13:11 chr21 43855067 . A C 325.56 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0137915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.823;QD=14.7981;RBI=0.0251377;REFB=-0.00757416;REVB=-0.0210166;RO=51;SAF=22;SAR=14;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869099;STB=0.555668;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0115278;OID=.;OPOS=43855067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:52:36:36:0.409091:14:22:27:24:14:22:27:25 chr21 43863521 . A G 277.59 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0373633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8438;QD=20.5625;RBI=0.0554365;REFB=-0.00522147;REVB=0.0409535;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750427;STB=0.541638;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00560796;OID=.;OPOS=43863521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:16:13:9:16:16:13:9:16 chr21 43896143 . C T 341.85 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.015171;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.197;QD=18.4782;RBI=0.0173654;REFB=-0.0295685;REVB=0.00844963;RO=36;SAF=20;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501957;STB=0.528685;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.030508;OID=.;OPOS=43896143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:38:36:36:0.486486:16:20:18:18:16:20:19:19 chr21 43905887 . C T 658.0 PASS AF=0.561404;AO=64;DP=114;FAO=64;FDP=114;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00838775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.099;QD=23.0877;RBI=0.0142898;REFB=-0.0235213;REVB=0.0115691;RO=50;SAF=25;SAR=39;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153543;STB=0.584;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0149485;OID=.;OPOS=43905887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:50:50:64:64:0.561404:39:25:29:21:39:25:29:21 chr21 43974226 . T C 187.54 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0220925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0105;QD=20.275;RBI=0.0372349;REFB=-0.00992206;REVB=-0.0299727;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236942;STB=0.632094;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0119945;OID=.;OPOS=43974226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:8:11:15:3:8:11:15:3 chr21 43979127 . C T 302.2 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0573282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7641;QD=25.1832;RBI=0.0646494;REFB=-0.0466746;REVB=0.0298834;RO=21;SAF=3;SAR=23;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394552;STB=0.680937;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0466492;OID=.;OPOS=43979127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:21:26:27:0.5625:23:3:9:12:23:4:9:12 chr21 43985955 . G A 252.76 PASS AF=0.5;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0189779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.545;QD=21.0636;RBI=0.0206878;REFB=-0.0134206;REVB=0.00823547;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776697;STB=0.541632;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0119087;OID=.;OPOS=43985955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:23:24:0.5:13:10:12:11:13:11:13:11 chr21 44189166 . TG CG,GC 998.38 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=62,3;DP=68;FAO=66,3;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=25,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00831411,-0.0543233;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=111.155,27.3341;QD=57.8771;RBI=0.0089003,0.0664402;REFB=0,0;REVB=0.00317663,-0.0382529;RO=0;SAF=40,0;SAR=22,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000528055,0.127584;OID=.,.;OPOS=44189166,44189166;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:68:69:0:0:62,3:66,3:0.956522,0.0434783:22,3:40,0:0:0:25,3:41,0:0:0 chr21 44189172 . A C 1021.81 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.987;QD=59.2355;RBI=0.0621367;REFB=0;REVB=0.0616127;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45065e-05;OID=.;OPOS=44189172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:63:69:0:0:63:69:1:22:41:0:0:27:42:0:0 chr21 44371114 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5276;QD=43.485;RBI=0.0245788;REFB=0;REVB=-0.0229202;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000623062;OID=.;OPOS=44371114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr21 44430325 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.159;QD=49.5992;RBI=0.0119529;REFB=0;REVB=0.00942281;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92735e-06;OID=.;OPOS=44430325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr21 44437142 . A G 230.28 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00931498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5793;QD=46.0567;RBI=0.0515127;REFB=-0.0186235;REVB=0.0506635;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00321231;OID=.;OPOS=44437142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:9:10:0:0:9:10:0:1 chr21 44450404 . C T 53.44 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.0255339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.947;QD=7.63445;RBI=0.0378844;REFB=-0.00245537;REVB=-0.0279865;RO=20;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.714539;STB=0.925664;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000567447;OID=.;OPOS=44450404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:1:7:3:17:1:7:3:17 chr21 44480616 . G A 481.07 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.090845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5592;QD=54.9793;RBI=0.0913408;REFB=0;REVB=0.0095036;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00318311;OID=.;OPOS=44480616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:35:0:0:31:35:1:23:8:0:0:23:12:0:0 chr21 44589215 . C T 611.39 PASS AF=0.572917;AO=55;DP=95;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.011241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.691;QD=25.4747;RBI=0.0207539;REFB=-0.0339332;REVB=0.017446;RO=40;SAF=31;SAR=24;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878614;STB=0.543016;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0238693;OID=.;OPOS=44589215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:40:41:55:55:0.572917:24:31:18:22:24:31:19:22 chr21 44592483 . T G 237.6 PASS AF=0.469388;AO=24;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00520134;FXX=0.019996;HRUN=6;LEN=1;MLLD=275.634;QD=19.3958;RBI=0.0119896;REFB=-0.0122961;REVB=-0.0108026;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032853;STB=0.529386;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0119366;OID=.;OPOS=44592483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:26:24:23:0.469388:11:13:15:11:11:12:15:11 chr21 44748660 . G A 1099.95 PASS AF=1;AO=69;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00220006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.92;QD=60.2711;RBI=0.00872214;REFB=0;REVB=0.00844011;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50413e-06;OID=.;OPOS=44748660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:69:73:1:28:41:0:0:31:42:0:0 chr21 44748707 . T G 737.99 PASS AF=0.537879;AO=69;DP=130;FAO=71;FDP=132;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.017486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.591;QD=22.3632;RBI=0.031498;REFB=-0.0291287;REVB=0.0261985;RO=60;SAF=26;SAR=43;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177367;STB=0.590706;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0157016;OID=.;OPOS=44748707;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:60:61:69:71:0.537879:43:26:35:25:44:27:35:26 chr21 44749141 . G A 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.965;QD=45.8028;RBI=0.043219;REFB=0;REVB=-0.0328474;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68261e-05;OID=.;OPOS=44749141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr21 44835508 . A G 54.69 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0373385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.367;QD=9.11419;RBI=0.0379912;REFB=-0.0118878;REVB=0.0070119;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135949;STB=0.583131;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0198957;OID=.;OPOS=44835508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:10:6:4:4:10:6 chr21 44837551 . GGGGG AGGGA 181.45 PASS AF=0.678571;AO=13;DP=29;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00481477;FXX=0.0344709;HRUN=5;LEN=5;MLLD=231.46;QD=25.9219;RBI=0.0297151;REFB=-0.0505853;REVB=0.0293224;RO=8;SAF=11;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229842;STB=0.525869;STBP=0.749;TYPE=mnp;VARB=0.0337321;OID=.;OPOS=44837551;OREF=GGGGG;OALT=AGGGA;OMAPALT=AGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:28:8:9:13:19:0.678571:2:11:5:3:7:12:5:4 chr21 45107518 . A G 1122.28 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736742;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.068;QD=59.0671;RBI=0.00739978;REFB=-0.0488002;REVB=-0.000691336;RO=1;SAF=27;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171998;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165558;OID=.;OPOS=45107518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:77:76:1:0:75:76:1:48:27:1:0:48:28:0:0 chr21 45157128 . G A 244.52 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00485202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.188;QD=30.5651;RBI=0.00536045;REFB=-0.016594;REVB=0.00227866;RO=10;SAF=7;SAR=15;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522814;STB=0.528819;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0145842;OID=.;OPOS=45157128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:15:7:4:6:15:7:4:6 chr21 45157488 . C T 153.64 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0178947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.7;QD=21.9486;RBI=0.0213544;REFB=-0.0563913;REVB=0.0116528;RO=12;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153092;STB=0.586841;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0373006;OID=.;OPOS=45157488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:12:4:5:7:12:4:5:7 chr21 45168884 . G A 262.71 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00301699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.099;QD=20.6049;RBI=0.0121093;REFB=-0.0288313;REVB=0.0117274;RO=24;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801908;STB=0.553533;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0264558;OID=.;OPOS=45168884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:24:26:27:0.529412:11:15:16:8:12:15:16:8 chr21 45175571 . C A 171.18 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0154163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.757;QD=17.557;RBI=0.016823;REFB=-0.0132928;REVB=0.00673433;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142977;STB=0.593118;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0241547;OID=.;OPOS=45175571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:10:8:12:8:10:8:13:8 chr21 45181189 . C G 620.34 PASS AF=0.559633;AO=61;DP=110;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0259639;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.551;QD=22.7646;RBI=0.0268801;REFB=-0.0203494;REVB=-0.00695816;RO=48;SAF=33;SAR=28;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174606;STB=0.509551;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0137969;OID=.;OPOS=45181189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:48:48:61:61:0.559633:28:33:27:21:28:33:27:21 chr21 45181311 . G A 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=-0.0028726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.185;QD=13.0607;RBI=0.00885673;REFB=-0.0221077;REVB=0.00837794;RO=40;SAF=20;SAR=6;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00864318;STB=0.504947;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0262866;OID=.;OPOS=45181311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:6:20:31:9:6:20:31:9 chr21 45181492 . T C 779.28 PASS AF=0.453039;AO=82;DP=175;FAO=82;FDP=181;FR=.;FRO=99;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=-0.0357882;FXX=0.0054942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.3;QD=17.2216;RBI=0.0360993;REFB=-0.0152114;REVB=-0.00472929;RO=93;SAF=42;SAR=40;SRF=36;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119962;STB=0.548011;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0224187;OID=.;OPOS=45181492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:181:93:99:82:82:0.453039:40:42:36:57:40:42:42:57 chr21 45215055 . C G 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00072229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.463;QD=18.0095;RBI=0.00851626;REFB=0.0041909;REVB=0.00848557;RO=38;SAF=27;SAR=8;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107033;STB=0.56013;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00344292;OID=.;OPOS=45215055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:8:27:26:12:8:27:26:12 chr21 45217559 . T C 326.05 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00477833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.577;QD=17.3895;RBI=0.00486978;REFB=-0.00944875;REVB=-0.000939301;RO=39;SAF=12;SAR=22;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181528;STB=0.600891;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0102032;OID=.;OPOS=45217559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:40:34:35:0.466667:22:12:21:18:23:12:21:19 chr21 45217929 . T C 357.56 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0238545;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.173;QD=16.6308;RBI=0.0240251;REFB=-0.02809;REVB=0.00285848;RO=47;SAF=24;SAR=14;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184573;STB=0.609607;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.036917;OID=.;OPOS=45217929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:48:38:38:0.44186:14:24:21:26:14:24:21:27 chr21 45219524 . T C 76.98 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0594229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8069;QD=6.28375;RBI=0.0610515;REFB=-0.00721784;REVB=0.0140073;RO=35;SAF=7;SAR=4;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273758;STB=0.503993;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0327981;OID=.;OPOS=45219524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:49:49:35:38:11:11:0.22449:4:7:23:12:4:7:24:14 chr21 45220483 . A G 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00544706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.536;QD=21.227;RBI=0.00544865;REFB=-0.0148974;REVB=0.00013143;RO=24;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232214;STB=0.629049;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.015264;OID=.;OPOS=45220483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:19:10:15:9:19:10:15:9 chr21 45220787 . A G 654.72 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280425;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.783;QD=62.354;RBI=0.00284935;REFB=0;REVB=-0.000504952;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97058e-06;OID=.;OPOS=45220787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr21 45402820 . G A 499.66 PASS AF=0.461538;AO=53;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0049034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.738;QD=17.0822;RBI=0.0157548;REFB=-0.0383474;REVB=0.0149723;RO=61;SAF=33;SAR=20;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815516;STB=0.550543;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.037261;OID=.;OPOS=45402820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:61:63:53:54:0.461538:20:33:33:28:20:34:34:29 chr21 45404974 . C A 207.77 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0300135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5493;QD=17.6828;RBI=0.0332579;REFB=0.00613482;REVB=0.0143277;RO=26;SAF=14;SAR=7;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406577;STB=0.729526;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00519144;OID=.;OPOS=45404974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:7:14:6:20:7:14:6:20 chr21 45479055 . C T 362.32 PASS AF=0.40566;AO=42;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0114356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9904;QD=13.6723;RBI=0.0243325;REFB=-0.00975442;REVB=-0.0214779;RO=63;SAF=16;SAR=26;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05264;STB=0.535253;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0112135;OID=.;OPOS=45479055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:63:42:43:0.40566:26:16:27:36:27:16:27:36 chr21 45502844 . T G 680.71 PASS AF=0.585586;AO=65;DP=111;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0412101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1753;QD=24.5301;RBI=0.0790408;REFB=0.0126707;REVB=-0.0674475;RO=46;SAF=34;SAR=31;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340869;STB=0.518574;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.00911018;OID=.;OPOS=45502844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:46:46:65:65:0.585586:31:34:22:24:31:34:22:24 chr21 45503121 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00795966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.428;QD=12.8607;RBI=0.0115526;REFB=-0.0123493;REVB=-0.00837299;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172968;STB=0.603481;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00974205;OID=.;OPOS=45503121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:5:3:4:3:5:3 chr21 45506819 . T C 325.78 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00574606;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.723;QD=14.1644;RBI=0.00808042;REFB=-0.00909934;REVB=-0.00568119;RO=56;SAF=16;SAR=20;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760517;STB=0.543186;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0126054;OID=.;OPOS=45506819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:56:56:36:36:0.391304:20:16:21:35:20:16:21:35 chr21 45523260 . G A 205.66 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.045268;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.334;QD=22.2334;RBI=0.0611135;REFB=-0.0254334;REVB=-0.0410569;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199317;STB=0.612074;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0180587;OID=.;OPOS=45523260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:17:20:20:0.540541:7:13:7:10:7:13:7:10 chr21 45528919 . G A 649.86 PASS AF=0.507812;AO=64;DP=127;FAO=65;FDP=128;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00614424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.394;QD=20.3082;RBI=0.0278705;REFB=-0.0215233;REVB=0.0271848;RO=63;SAF=35;SAR=29;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637146;STB=0.538338;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0120452;OID=.;OPOS=45528919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:63:63:64:65:0.507812:29:35:30:33:29:36:30:33 chr21 45538647 . T C 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00618734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.584;QD=14.0443;RBI=0.0113972;REFB=0.00290797;REVB=-0.00957143;RO=40;SAF=13;SAR=15;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165043;STB=0.593684;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00445314;OID=.;OPOS=45538647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:15:13:25:15:15:13:25:15 chr21 45538725 . C A 151.24 PASS AF=0.318182;AO=18;DP=63;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.000925406;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.844;QD=9.166;RBI=0.000931826;REFB=-0.00754221;REVB=0.000109192;RO=33;SAF=4;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325158;STB=0.779536;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00875581;OID=.;OPOS=45538725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:33:45:18:21:0.318182:14:4:16:17:17:4:26:19 chr21 45540919 . A G 553.63 PASS AF=0.52;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0160779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.565;QD=22.1451;RBI=0.035087;REFB=-0.013378;REVB=-0.0311866;RO=48;SAF=32;SAR=20;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139099;STB=0.576773;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0104136;OID=.;OPOS=45540919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:48:52:52:0.52:20:32:22:26:20:32:22:26 chr21 45544594 . T C 465.65 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0125762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.204;QD=17.7389;RBI=0.0136688;REFB=-0.00548155;REVB=-0.00535472;RO=55;SAF=35;SAR=15;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322575;STB=0.679539;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00808413;OID=.;OPOS=45544594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:15:35:20:35:15:35:20:35 chr21 45553596 . T C 153.3 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0301629;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4615;QD=10.22;RBI=0.0441459;REFB=-0.0128218;REVB=0.0322344;RO=38;SAF=11;SAR=9;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328457;STB=0.533865;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0275453;OID=.;OPOS=45553596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:38:40:20:20:0.333333:9:11:22:16:9:11:24:16 chr21 45560135 . C T 399.3 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00728467;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.742;QD=20.4769;RBI=0.00822182;REFB=-0.0016907;REVB=0.00381208;RO=36;SAF=19;SAR=21;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451858;STB=0.537753;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0019501;OID=.;OPOS=45560135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:36:38:40:40:0.512821:21:19:19:17:21:19:21:17 chr21 45565473 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.653;QD=13.9591;RBI=0.00860405;REFB=-0.00398343;REVB=-0.00860405;RO=7;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00399441;OID=.;OPOS=45565473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:7:0:0:7:7:0:0:7 chr21 45708277 . C T 179.02 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.027262;FXX=0.0555401;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.007;QD=21.0615;RBI=0.0274071;REFB=-0.0292716;REVB=-0.00281628;RO=15;SAF=4;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342305;STB=0.709894;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0477843;OID=.;OPOS=45708277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:34:15:16:18:18:0.529412:14:4:9:6:14:4:10:6 chr21 45712977 . T C 486.25 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00392081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.342;QD=21.3735;RBI=0.00435527;REFB=-0.0193861;REVB=0.00189621;RO=44;SAF=25;SAR=22;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874219;STB=0.548276;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0183888;OID=.;OPOS=45712977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:22:25:19:25:22:25:19:25 chr21 45717550 . T C 2801.92 PASS AF=0.994536;AO=179;DP=183;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.018;QD=61.2442;RBI=0.0676001;REFB=-0.0842293;REVB=0.0665736;RO=0;SAF=95;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2973e-08;STB=0.502857;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000561892;OID=.;OPOS=45717550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:183:183:0:1:179:182:0.994536:84:95:0:0:87:95:0:1 chr21 45725715 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.558;QD=57.1772;RBI=0.0168567;REFB=0;REVB=-0.0125217;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43612e-06;OID=.;OPOS=45725715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:15:36:0:0:15:36:0:0 chr21 45750168 . A G 208.74 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0198235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.992;QD=18.555;RBI=0.0222933;REFB=-0.0423537;REVB=0.010199;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19106;STB=0.608407;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0242704;OID=.;OPOS=45750168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:13:8:14:10:13:8:14:10 chr21 45754107 . C T 945.56 PASS AF=0.513812;AO=93;DP=181;FAO=93;FDP=181;FR=.;FRO=88;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.0271047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2802;QD=20.8964;RBI=0.0332042;REFB=-0.00913537;REVB=0.0191794;RO=82;SAF=49;SAR=44;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230545;STB=0.503516;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0122578;OID=.;OPOS=45754107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:82:88:93:93:0.513812:44:49:41:41:44:49:47:41 chr21 45798885 . C T 180.88 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0685119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7074;QD=13.9134;RBI=0.109309;REFB=-0.0033152;REVB=0.0851741;RO=31;SAF=5;SAR=16;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111675;STB=0.564641;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0088597;OID=.;OPOS=45798885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:16:5:10:21:16:5:10:21 chr21 45811343 . T G 39.19 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00258616;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.656;QD=9.2209;RBI=0.0120186;REFB=-0.00581754;REVB=0.011737;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469701;STB=0.529314;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00782889;OID=.;OPOS=45811343;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:5:6:3:3:5:6 chr21 45817713 . G A 261.84 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.049657;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.009;QD=17.1699;RBI=0.058723;REFB=-0.0405202;REVB=0.0313459;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485445;STB=0.527254;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0410789;OID=.;OPOS=45817713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:32:29:29:0.47541:16:13:16:16:16:13:16:16 chr21 45821582 . T G 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00203861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.182;QD=8.30733;RBI=0.036531;REFB=-0.0205503;REVB=-0.0364741;RO=18;SAF=7;SAR=1;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274862;STB=0.676891;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0359063;OID=.;OPOS=45821582;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:1:7:13:5:1:7:13:5 chr21 45844751 . A G 1049.7 PASS AF=0.490826;AO=107;DP=216;FAO=107;FDP=218;FR=.;FRO=111;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=-3.22404e-05;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.604;QD=19.2605;RBI=0.018487;REFB=-0.0349457;REVB=-0.018487;RO=108;SAF=43;SAR=64;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082912;STB=0.553207;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0414863;OID=.;OPOS=45844751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:218:108:111:107:107:0.490826:64:43:53:55:64:43:56:55 chr21 45858948 . AGGGC AGGCG,GAGGC 81.5 PASS AF=0.393939,0;AO=6,2;DP=35;FAO=13,0;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=7,0;FSAR=6,0;FSRF=19;FSRR=0;FWDB=-0.093841,-0.0976702;FXX=0.0571265;HRUN=3,1;LEN=2,2;MLLD=117.923,108.958;QD=9.87934;RBI=0.279203,0.106474;REFB=-0.00760228,-0.0028029;REVB=0.262961,0.0423951;RO=17;SAF=5,1;SAR=1,1;SRF=16;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.292427,-0.605052;STB=0.787594,0.5;STBP=0.048,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.19848,0;OID=.,.;OPOS=45858951,45858948;OREF=GC,AG;OALT=CG,GA;OMAPALT=AGGCG,GAGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:35:33:17:19:6,2:13,0:0.393939,0:1,1:5,1:16:1:6,0:7,0:19:0 chr21 45876620 . C T 609.96 PASS AF=0.572917;AO=55;DP=96;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0141452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1356;QD=25.4148;RBI=0.0147736;REFB=-0.0152015;REVB=0.00426306;RO=41;SAF=34;SAR=21;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054371;STB=0.529688;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0115018;OID=.;OPOS=45876620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:41:55:55:0.572917:21:34:28:13:21:34:28:13 chr21 45878480 . C T 129.44 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0117676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.831;QD=12.9443;RBI=0.0170414;REFB=-0.00845293;REVB=-0.0123262;RO=25;SAF=2;SAR=13;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198617;STB=0.618866;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0108534;OID=.;OPOS=45878480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:13:2:6:19:13:2:6:19 chr21 45959195 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0745933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.527;QD=42.1825;RBI=0.0814073;REFB=0;REVB=0.0326035;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000460043;OID=.;OPOS=45959195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr21 45959312 . C G,T 158.4 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,12;DP=14;FAO=1,13;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126268,0.00940178;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=30.8526,158.783;QD=45.2568;RBI=0.0344124,0.0669059;REFB=0,0;REVB=-0.0343893,0.0662421;RO=0;SAF=1,10;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0248843,0.0015744;OID=.,.;OPOS=45959312,45959312;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:14:14:0:0:2,12:1,13:0.0714286,0.928571:1,2:1,10:0:0:0,3:1,10:0:0 chr21 45959386 . G A 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0192863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.421;QD=35.4874;RBI=0.0247651;REFB=-0.0293612;REVB=-0.0155355;RO=2;SAF=11;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14104;STB=0.578814;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0168584;OID=.;OPOS=45959386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:2:11:1:1:2:11:1:1 chr21 45959557 . ATC TGA 122.0 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0630123;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=3;MLLD=243.555;QD=37.5384;RBI=0.0630153;REFB=-0.251469;REVB=0.00060629;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.307;TYPE=mnp;VARB=0.0202049;OID=.;OPOS=45959557;OREF=ATC;OALT=TGA;OMAPALT=TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:14:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:1:0:7:5:1:0 chr21 45959733 . C T 50.32 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.842;QD=33.5463;RBI=0.107695;REFB=0;REVB=0.0373067;RO=0;SAF=3;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312469;OID=.;OPOS=45959733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:4:6:1:1:3:0:0:2:4:0:0 chr21 45959918 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000109927;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.275;QD=33.4285;RBI=0.0721474;REFB=0;REVB=-0.0721473;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00192335;OID=.;OPOS=45959918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr21 45970718 . C T 35.95 PASS AF=0.545455;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0781853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.884;QD=13.0731;RBI=0.0810141;REFB=-0.056741;REVB=0.021221;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231237;STB=0.70522;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0201196;OID=.;OPOS=45970718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:5:5:6:0.545455:2:3:2:4:2:4:1:4 chr21 45970812 . G A 35.18 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.026087;FXX=0.0908265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.755;QD=14.0718;RBI=0.0379198;REFB=-0.0760923;REVB=-0.0275206;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179553;STB=0.608297;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0681127;OID=.;OPOS=45970812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:1:4:3:2:1:4 chr21 45970993 . C G 69.75 PASS AF=0.75;AO=7;DP=13;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000792656;FXX=0.076864;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.956;QD=23.251;RBI=0.0137824;REFB=-0.08066;REVB=0.0137596;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202067;STB=0.588061;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0265413;OID=.;OPOS=45970993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:13:12:3:3:7:9:0.75:5:2:0:3:7:2:0:3 chr21 45978090 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.557;QD=40.7625;RBI=0.0589779;REFB=0;REVB=0.0527098;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223064;OID=.;OPOS=45978090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr21 45978488 . G A 54.64 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0923551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1028;QD=24.2845;RBI=0.134727;REFB=-0.0833598;REVB=0.0980912;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955799;STB=0.55539;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0468186;OID=.;OPOS=45978488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:1:1:2:5:1:1 chr21 45978499 . T G 88.32 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.532;QD=39.2511;RBI=0.15729;REFB=0;REVB=0.147885;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181092;OID=.;OPOS=45978499;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:7:9:1:2:5:0:0:3:6:0:0 chr21 45978503 . G A 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8447;QD=40.7578;RBI=0.217769;REFB=0;REVB=0.185509;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100591;OID=.;OPOS=45978503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr21 45978591 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0383231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.331;QD=18.767;RBI=0.0413939;REFB=-0.0658281;REVB=-0.0156459;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0347911;OID=.;OPOS=45978591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:1:2:3:3:1:2 chr21 45993727 . A C 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0115097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.005;QD=14.652;RBI=0.0115218;REFB=-0.0160445;REVB=0.000527177;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15636;STB=0.590707;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.011082;OID=.;OPOS=45993727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:1:7:6:2:1:7 chr21 46011745 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0375242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.768;QD=11.9193;RBI=0.0633882;REFB=-0.0363171;REVB=-0.0510881;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308464;STB=0.713673;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0290376;OID=.;OPOS=46011745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:2:5:3:5:2:5:3:6 chr21 46011751 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.013493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.788;QD=10.1733;RBI=0.0151574;REFB=-0.012647;REVB=-0.00690555;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271446;STB=0.695017;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0291614;OID=.;OPOS=46011751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:8:9:6:6:0.4:2:4:3:5:2:4:3:6 chr21 46012181 . CG TA 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0226599;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.005;QD=16.199;RBI=0.0459688;REFB=-0.0124867;REVB=0.0399958;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23409;STB=0.635921;STBP=0.698;TYPE=mnp;VARB=0.00943624;OID=.;OPOS=46012181;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:3:0:1:4:3:0 chr21 46012240 . A G 91.79 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0108705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.4651;QD=13.5985;RBI=0.124108;REFB=-0.0545844;REVB=-0.123631;RO=12;SAF=10;SAR=1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389405;STB=0.815611;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0438019;OID=.;OPOS=46012240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:27:12:15:11:11:0.407407:1:10:8:4:1:10:8:7 chr21 46020527 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0100559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.062;QD=15.2624;RBI=0.0248197;REFB=-0.037594;REVB=-0.0226913;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00534704;STB=0.503101;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0669939;OID=.;OPOS=46020527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:11:5:4:9:11:5 chr21 46021607 . A G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0265816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5623;QD=7.46528;RBI=0.0269779;REFB=-0.0157339;REVB=-0.0046071;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112877;STB=0.571225;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0332098;OID=.;OPOS=46021607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:8:9:3:4:8:9 chr21 46021759 . A G 470.45 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00401081;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.358;QD=22.9486;RBI=0.0181865;REFB=-0.0175649;REVB=-0.0177387;RO=37;SAF=21;SAR=24;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10459;STB=0.557511;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0131548;OID=.;OPOS=46021759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:24:21:22:15:24:21:22:15 chr21 46021934 . C T 253.94 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.014718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.539;QD=21.1615;RBI=0.015021;REFB=-0.00850458;REVB=-0.00300165;RO=23;SAF=6;SAR=18;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106374;STB=0.576855;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0100233;OID=.;OPOS=46021934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:18:6:8:15:18:6:9:15 chr21 46021946 . C G 233.04 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.041726;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.443;QD=18.2777;RBI=0.0424902;REFB=0.00415756;REVB=-0.0080223;RO=26;SAF=7;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184289;STB=0.604152;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0105453;OID=.;OPOS=46021946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:18:7:12:14:18:7:12:14 chr21 46021954 . CTG C 185.57 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00970919;FXX=0.0754575;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.722;QD=15.1488;RBI=0.00995011;REFB=-0.00872286;REVB=-0.00217631;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117237;STB=0.579632;STBP=0.359;TYPE=del;VARB=0.0116324;OID=.;OPOS=46021955;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:21:48:21:49:28:7:14:13:15:99:27:7:14:12:15 chr21 46032094 . A G 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=0.00238918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.922;QD=18.7119;RBI=0.0347343;REFB=-0.0142966;REVB=0.034652;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385456;STB=0.71319;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00944564;OID=.;OPOS=46032094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:8:10:18:1:8:10:18:1 chr21 46047633 . A G 112.29 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00521409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5371;QD=16.6352;RBI=0.0940712;REFB=-0.057241;REVB=-0.0939266;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136804;STB=0.592887;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.036108;OID=.;OPOS=46047633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:6:7:9:4:6:7:10:4 chr21 46047710 . T C 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00127599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.144;QD=17.3782;RBI=0.0169864;REFB=-0.0345874;REVB=0.0169385;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320029;STB=0.518484;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0266792;OID=.;OPOS=46047710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:4:6:7:4:4:6 chr21 46047857 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.318;QD=16.4543;RBI=0.00362135;REFB=-0.0530364;REVB=-0.00362135;RO=4;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0291249;OID=.;OPOS=46047857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:6:0:0:4:6:0:0:4 chr21 46047925 . G T 56.09 PASS AF=0.7;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00544549;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.096;QD=22.4363;RBI=0.0287235;REFB=-0.0245738;REVB=0.0282026;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200664;STB=0.599755;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00635099;OID=.;OPOS=46047925;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:10:10:3:3:6:7:0.7:5:1:0:3:6:1:0:3 chr21 46047971 . T C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0318403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0967;QD=15.8388;RBI=0.0512233;REFB=-0.0180066;REVB=-0.0401251;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29599;STB=0.666364;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0101026;OID=.;OPOS=46047971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:7:1:0:7:7:1:0:7 chr21 46057393 . T A 104.61 PASS AF=0.351351;AO=11;DP=34;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.014961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.6009;QD=11.3087;RBI=0.0349617;REFB=-0.0126837;REVB=0.0315989;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831883;STB=0.529367;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.024818;OID=.;OPOS=46057393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:23:24:11:13:0.351351:4:7:13:10:6:7:14:10 chr21 46057548 . A C 183.28 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0143333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0414;QD=18.3277;RBI=0.0192342;REFB=-0.0931505;REVB=0.0128262;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228917;STB=0.631443;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0338104;OID=.;OPOS=46057548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:20:18:18:0.45:9:9:13:4:9:9:15:5 chr21 46057579 . C T 129.56 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0116955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.08;QD=13.2883;RBI=0.0411483;REFB=-0.0300335;REVB=0.0394512;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218426;STB=0.646282;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0849039;OID=.;OPOS=46057579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:24:15:15:0.384615:8:7:15:7:8:7:17:7 chr21 46057806 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0083433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4449;QD=16.8229;RBI=0.00960548;REFB=-0.0712075;REVB=0.00475968;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363051;STB=0.713672;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0495294;OID=.;OPOS=46057806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:1:4:2:5:1:4 chr21 46057958 . C T 64.32 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0200141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2306;QD=23.3902;RBI=0.0802048;REFB=-0.0889261;REVB=0.0776676;RO=2;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233526;STB=0.608384;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0439971;OID=.;OPOS=46057958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:2:3:8:8:0.727273:7:1:1:1:7:1:1:2 chr21 46058060 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0113622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.175;QD=17.8285;RBI=0.0480621;REFB=-0.0295411;REVB=0.0466997;RO=11;SAF=1;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551328;STB=0.827269;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0364436;OID=.;OPOS=46058060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:11:1:6:5:11:1:6:5 chr21 46077946 . A G 170.31 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0189363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8832;QD=17.0311;RBI=0.0445131;REFB=-0.0131315;REVB=-0.0402844;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345678;STB=0.519752;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0154897;OID=.;OPOS=46077946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:13:9:8:10:13:9 chr21 46086718 . GA CG 193.8 PASS AF=0.72;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0357749;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=2;MLLD=217.418;QD=31.0082;RBI=0.0357855;REFB=-0.0498469;REVB=0.000869291;RO=7;SAF=5;SAR=13;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00499447;STB=0.502759;STBP=0.999;TYPE=mnp;VARB=0.0155117;OID=.;OPOS=46086718;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:26:25:7:7:18:18:0.72:13:5:2:5:13:5:2:5 chr21 46086757 . GC AT 186.91 PASS AF=0.692308;AO=17;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0338954;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.401;QD=28.7553;RBI=0.0418038;REFB=-0.0522465;REVB=0.0244675;RO=8;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013827;STB=0.51427;STBP=0.873;TYPE=mnp;VARB=0.0208606;OID=.;OPOS=46086757;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:8:8:17:18:0.692308:11:6:3:5:12:6:3:5 chr21 46117792 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00554056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.728;QD=19.1341;RBI=0.0591223;REFB=-0.0128844;REVB=0.0588621;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212944;STB=0.62455;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00906204;OID=.;OPOS=46117792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:2:0:2:3:2:0 chr21 46233836 . C A 800.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6697;QD=63.9998;RBI=0.129549;REFB=0;REVB=0.0312087;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700032;OID=.;OPOS=46233836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:19:28:0:0:20:30:0:0 chr21 46311813 . A G 1050.79 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4511;QD=59.1995;RBI=0.133512;REFB=0;REVB=-0.00208364;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287537;OID=.;OPOS=46311813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:68:71:1:36:32:0:0:37:34:0:0 chr21 46314907 . T A 990.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.509;QD=59.1393;RBI=0.0214587;REFB=0;REVB=0.0141482;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70456e-05;OID=.;OPOS=46314907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr21 46328099 . T C 1364.5 PASS AF=0.978022;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0294076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.301;QD=59.978;RBI=0.0299838;REFB=0.0110188;REVB=0.00584961;RO=0;SAF=27;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504342;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-1.96806e-05;OID=.;OPOS=46328099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:91:0:2:87:89:0.978022:60:27:0:0:60:29:1:1 chr21 46330628 . C T 310.64 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0194236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.606;QD=16.3492;RBI=0.0257463;REFB=-0.00832605;REVB=-0.0168996;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560804;STB=0.531484;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.015784;OID=.;OPOS=46330628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:20:14:15:27:20:14:15:27 chr21 46353637 . T C 742.6 PASS AF=0.419192;AO=82;DP=202;FAO=83;FDP=198;FR=.;FRO=115;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=66;FSRR=49;FWDB=-0.0109668;FXX=0.019801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.967;QD=15.0019;RBI=0.0110058;REFB=0.0043691;REVB=0.000926532;RO=113;SAF=40;SAR=42;SRF=64;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813604;STB=0.546372;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0077328;OID=.;OPOS=46353637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:198:113:115:82:83:0.419192:42:40:64:49:42:41:66:49 chr21 46353678 . G A 591.34 PASS AF=0.422819;AO=63;DP=149;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=0.0403359;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8407;QD=15.875;RBI=0.0595325;REFB=-0.0197621;REVB=0.0437851;RO=86;SAF=33;SAR=30;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476039;STB=0.526645;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.019979;OID=.;OPOS=46353678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:86:86:63:63:0.422819:30:33:49:37:30:33:49:37 chr21 46353949 . C G 138.41 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0282917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.421;QD=11.7792;RBI=0.0606051;REFB=-0.0118463;REVB=-0.0535962;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539783;STB=0.531875;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.040738;OID=.;OPOS=46353949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:8:8:17:14:8:8:17:14 chr21 46353985 . A G 124.97 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0317371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.809;QD=10.8666;RBI=0.0467208;REFB=-0.0350595;REVB=-0.0342869;RO=31;SAF=7;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16455;STB=0.597574;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0650324;OID=.;OPOS=46353985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:8:7:19:12:8:7:19:12 chr21 46354055 . A G 1341.69 PASS AF=0.988764;AO=82;DP=83;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00778633;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1109;QD=60.3007;RBI=0.0202112;REFB=-0.0625127;REVB=-0.0186511;RO=1;SAF=55;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853372;STB=0.504503;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000906956;OID=.;OPOS=46354055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:89:1:1:82:88:0.988764:27:55:1:0:33:55:1:0 chr21 46355710 . A G 422.07 PASS AF=0.359712;AO=50;DP=139;FAO=50;FDP=139;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=-0.0303684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.451;QD=12.1458;RBI=0.0305933;REFB=-0.0172935;REVB=-0.00370275;RO=89;SAF=24;SAR=26;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141694;STB=0.580724;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0277853;OID=.;OPOS=46355710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:89:89:50:50:0.359712:26:24:54:35:26:24:54:35 chr21 46572572 . A G 837.43 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260069;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2387;QD=57.7539;RBI=0.0275012;REFB=0;REVB=-0.00894191;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145304;OID=.;OPOS=46572572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr21 46641968 . G A 498.34 PASS AF=0.384146;AO=49;DP=149;FAO=63;FDP=164;FR=.;FRO=101;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=0.0131327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.751;QD=12.1547;RBI=0.0171345;REFB=-0.0256307;REVB=-0.0110056;RO=98;SAF=21;SAR=28;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948125;STB=0.531325;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0424883;OID=.;OPOS=46641968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:164:98:101:49:63:0.384146:28:21:50:48:28:35:51:50 chr21 46705345 . G A 211.87 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00195774;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.178;QD=16.6176;RBI=0.0248139;REFB=-0.00403543;REVB=-0.0247365;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323443;STB=0.507686;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00486083;OID=.;OPOS=46705345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:12:11:12:15:12:11:13:15 chr21 46705621 . G A 466.79 PASS AF=0.528736;AO=45;DP=84;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0023322;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.651;QD=21.4618;RBI=0.0165931;REFB=-0.00269248;REVB=0.0164283;RO=39;SAF=22;SAR=23;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848372;STB=0.540213;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00640512;OID=.;OPOS=46705621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:39:41:45:46:0.528736:23:22:23:16:23:23:24:17 chr21 46875564 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.917;QD=60.7161;RBI=0.0518083;REFB=0;REVB=0.000732182;RO=0;SAF=22;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97309e-05;OID=.;OPOS=46875564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:54:22:0:0:54:22:0:0 chr21 46876083 . A G 98.75 PASS AF=0.4;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00525113;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.711;QD=13.1666;RBI=0.0204757;REFB=-0.029814;REVB=-0.0197909;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521702;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0299502;OID=.;OPOS=46876083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:30:16:18:12:12:0.4:9:3:4:12:9:3:5:13 chr21 46876580 . C T 76.37 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.195391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9819;QD=25.4579;RBI=0.195585;REFB=-0.0535302;REVB=-0.0087201;RO=3;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292304;STB=0.666295;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0453045;OID=.;OPOS=46876580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:3:6:0:3:3:6:0:3 chr21 46896303 . C G 282.13 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0455406;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.5304;QD=15.047;RBI=0.0458793;REFB=-0.0302053;REVB=0.00556446;RO=35;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158635;STB=0.515497;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0650668;OID=.;OPOS=46896303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:43:32:32:0.426667:17:15:17:18:17:15:19:24 chr21 46896312 . G T 411.32 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0190575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.932;QD=21.0933;RBI=0.0277521;REFB=-0.0225184;REVB=0.020174;RO=36;SAF=18;SAR=23;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283981;STB=0.509812;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0196908;OID=.;OPOS=46896312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:37:41:41:0.525641:23:18:17:19:23:18:17:20 chr21 46902273 . A G 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0490984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.145;QD=16.4805;RBI=0.0510874;REFB=-0.0272782;REVB=0.0141165;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106659;STB=0.571354;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0320849;OID=.;OPOS=46902273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:25:19:19:0.431818:10:9:14:10:10:9:15:10 chr21 46912658 . G GCCCGCCACTGCCCT 38.13 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.000746901;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=14;MLLD=288.698;QD=7.26291;RBI=0.00549399;REFB=-0.0152004;REVB=-0.00544299;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442109;STB=0.78843;STBP=0.131;TYPE=ins;VARB=0.0483929;OID=.;OPOS=46912659;OREF=-;OALT=CCCGCCACTGCCCT;OMAPALT=GCCCGCCACTGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:6:22:6:21:15:1:5:8:7:38:15:1:5:8:7 chr21 46924383 . C T 115.79 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0198168;FXX=0.105235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.275;QD=13.6222;RBI=0.0221567;REFB=-0.019836;REVB=-0.00991042;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202481;STB=0.624816;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0324862;OID=.;OPOS=46924383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:34:18:21:13:13:0.382353:7:6:12:6:7:6:14:7 chr21 46924425 . CGGCCCCCCA C 40.16 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.000634522;FXX=0.142789;HRUN=2;LEN=9;MLLD=305.034;QD=8.92376;RBI=0.00228027;REFB=-0.00156022;REVB=0.00219021;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666111;STBP=0.379;TYPE=del;VARB=0.00557551;OID=.;OPOS=46924426;OREF=GGCCCCCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:6:10:6:18:12:2:4:7:5:40:0:2:4:0:0 chr21 46951556 . A G 151.56 PASS AF=0.425;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0222976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.037;QD=15.156;RBI=0.022586;REFB=-0.0294376;REVB=-0.00359775;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267971;STB=0.635683;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0196295;OID=.;OPOS=46951556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:23:16:17:0.425:9:7:15:6:10:7:15:8 chr21 46957794 . T C 284.93 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.0687993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.46;QD=12.9511;RBI=0.0721028;REFB=-0.015065;REVB=0.0215747;RO=55;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142822;STB=0.581348;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.025198;OID=.;OPOS=46957794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:18:15:18:37:18:15:18:37 chr21 47329352 . T C 1579.54 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140694;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.639;QD=59.0484;RBI=0.022634;REFB=0;REVB=0.0177299;RO=0;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000847276;OID=.;OPOS=47329352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:107:0:0:101:107:1:43:58:0:0:49:58:0:0 chr21 47409503 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.84;QD=56.9564;RBI=0.0100329;REFB=0;REVB=0.00803389;RO=0;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49789e-06;OID=.;OPOS=47409503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:15:37:0:0:15:37:0:0 chr21 47417415 . C A 364.22 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0887716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9805;QD=52.0311;RBI=0.122764;REFB=-0.0648927;REVB=0.084797;RO=1;SAF=2;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183855;STB=0.599914;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00649644;OID=.;OPOS=47417415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:25:2:1:0:25:2:1:0 chr21 47420726 . C G 1207.76 PASS AF=1;AO=62;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=63;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0794833;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7998;QD=57.5122;RBI=0.09116;REFB=0;REVB=0.044638;RO=0;SAF=56;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112133;OID=.;OPOS=47420726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:84:0:0:62:84:1:6:56:0:0:21:63:0:0 chr21 47536546 . C T 143.38 PASS AF=0.241379;AO=21;DP=89;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.0151119;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1729;QD=6.59199;RBI=0.0386669;REFB=-0.0119423;REVB=-0.0355916;RO=66;SAF=11;SAR=10;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19798;STB=0.620281;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0401745;OID=.;OPOS=47536546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:66:66:21:21:0.241379:10:11:24:42:10:11:24:42 chr21 47538960 . G A 288.47 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.201;QD=52.4488;RBI=0.0632912;REFB=0;REVB=0.0430582;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652256;OID=.;OPOS=47538960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:9:12:0:0:9:13:0:0 chr21 47540421 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00812883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5102;QD=14.0779;RBI=0.0366165;REFB=0.00704442;REVB=-0.0357028;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228527;STB=0.633918;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0602689;OID=.;OPOS=47540421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:7:9:4:8:7:9 chr21 47542861 . A G 440.56 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0857;QD=56.8464;RBI=0.0391979;REFB=0;REVB=-0.0176847;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00063463;OID=.;OPOS=47542861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:20:11:0:0 chr21 47544838 . G A 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00694735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7427;QD=17.501;RBI=0.031062;REFB=0.0229564;REVB=0.0302751;RO=28;SAF=6;SAR=20;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10918;STB=0.561748;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0235129;OID=.;OPOS=47544838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:20:6:9:19:20:6:9:19 chr21 47545155 . A G 977.79 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259822;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.669;QD=57.5173;RBI=0.120195;REFB=-0.10405;REVB=-0.117353;RO=1;SAF=38;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122726;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02169e-05;OID=.;OPOS=47545155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:68:1:0:66:68:1:28:38:1:0:28:40:0:0 chr21 47545346 . C T 101.66 PASS AF=0.44;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00504075;FXX=0.166611;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.516;QD=16.2647;RBI=0.0077615;REFB=0.00366393;REVB=0.00590185;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406606;STB=0.586311;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00205282;OID=.;OPOS=47545346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:25:11:13:10:11:0.44:5:5:6:5:6:5:8:5 chr21 47545768 . G A 145.52 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00748081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.222;QD=16.169;RBI=0.0560624;REFB=-0.00452646;REVB=-0.055561;RO=19;SAF=13;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171974;STB=0.590785;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0047159;OID=.;OPOS=47545768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:20:16:16:0.444444:3:13:13:6:3:13:14:6 chr21 47545823 . G A 267.05 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0182739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.998;QD=16.1846;RBI=0.0193203;REFB=0.0135941;REVB=0.00627193;RO=34;SAF=23;SAR=7;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143327;STB=0.605188;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0100397;OID=.;OPOS=47545823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:34:36:30:30:0.454545:7:23:22:12:7:23:22:14 chr21 47545826 . C T 258.26 PASS AF=0.447761;AO=29;DP=66;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.000245886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.91;QD=15.4183;RBI=0.00626834;REFB=-0.006198;REVB=0.00626352;RO=37;SAF=23;SAR=6;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218512;STB=0.599928;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0482805;OID=.;OPOS=47545826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:37:29:30:0.447761:6:23:23:14:7:23:23:14 chr21 47545913 . G A 344.01 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0137237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.219;QD=16.3815;RBI=0.0170674;REFB=-0.0303475;REVB=-0.0101468;RO=47;SAF=22;SAR=15;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00118674;STB=0.500667;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0302142;OID=.;OPOS=47545913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:15:22:28:19:15:22:28:19 chr21 47556793 . C T 138.92 PASS AF=0.5;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0127369;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.232;QD=18.5228;RBI=0.0193793;REFB=-0.0427491;REVB=0.0146057;RO=11;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216161;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.041272;OID=.;OPOS=47556793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:30:11:15:15:15:0.5:3:12:9:2:3:12:12:3 chr21 47556808 . AC AT,CA 149.18 PASS AF=0.457143,0;AO=15,3;DP=38;FAO=16,0;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=14,0;FSAR=2,0;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0603255,-0.0308274;FXX=0.0789266;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=66.659,51.6304;QD=17.0488;RBI=0.0760067,0.0349012;REFB=-0.0122175,-0.00329498;REVB=0.046237,0.0163636;RO=18;SAF=13,3;SAR=2,0;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.297231,0.550424;STB=0.674439,0.5;STBP=0.16,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0348833,0.0968212;OID=.,.;OPOS=47556809,47556808;OREF=C,AC;OALT=T,CA;OMAPALT=AT,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:35:18:19:15,3:16,0:0.457143,0:2,0:13,3:12:6:2,0:14,0:13:6 chr21 47557222 . G A 94.67 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.015374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5713;QD=10.8191;RBI=0.0161812;REFB=-0.0251701;REVB=0.00504697;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234759;STB=0.650922;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0295994;OID=.;OPOS=47557222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:5:7:8:14:5:7:8:15 chr21 47571845 . C T 840.72 PASS AF=0.538961;AO=83;DP=154;FAO=83;FDP=154;FR=.;FRO=71;FSAF=55;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.0187602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.134;QD=21.8368;RBI=0.0189806;REFB=-0.0089109;REVB=-0.00288423;RO=69;SAF=55;SAR=28;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208013;STB=0.614547;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00691552;OID=.;OPOS=47571845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:69:71:83:83:0.538961:28:55:29:40:28:55:30:41 chr21 47572887 . C T 497.74 PASS AF=0.49;AO=45;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=0.00814163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.779;QD=19.9097;RBI=0.00961116;REFB=-0.0506678;REVB=-0.00510768;RO=43;SAF=33;SAR=12;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641094;STB=0.523385;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0490825;OID=.;OPOS=47572887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:43:50:45:49:0.49:12:33:29:14:12:37:36:14 chr21 47608580 . G A 755.75 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021696;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.28;QD=57.0379;RBI=0.0224975;REFB=0;REVB=-0.00595189;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98001e-05;OID=.;OPOS=47608580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr21 47609677 . A G 554.37 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.021104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.226;QD=55.4374;RBI=0.0211192;REFB=-0.0212867;REVB=-0.000803517;RO=2;SAF=28;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281422;STB=0.515042;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00340256;OID=.;OPOS=47609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:10:28:1:1:10:28:1:1 chr21 47610066 . T C 653.92 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118466;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.41;QD=62.2783;RBI=0.0239977;REFB=0;REVB=0.0208698;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17843e-05;OID=.;OPOS=47610066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr21 47612466 . A G 607.38 PASS AF=0.934783;AO=39;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.234191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.851;QD=52.8153;RBI=0.236995;REFB=-0.0620192;REVB=0.0363521;RO=6;SAF=22;SAR=17;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016162;STB=0.540522;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00782001;OID=.;OPOS=47612466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:46:46:6:3:39:43:0.934783:17:22:3:3:17:26:0:3 chr21 47612471 . T C 531.05 PASS AF=0.95122;AO=36;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.193016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3653;QD=51.8097;RBI=0.194057;REFB=0.0141466;REVB=0.020072;RO=4;SAF=18;SAR=18;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526302;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00356977;OID=.;OPOS=47612471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:41:41:4:2:36:39:0.95122:18:18:2:2:18:21:0:2 chr21 47612512 . C CTG 303.21 PASS AF=0.888889;AO=23;DP=30;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.002365;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=2;MLLD=161.456;QD=44.9202;RBI=0.0480467;REFB=-0.0438389;REVB=0.0479885;RO=5;SAF=8;SAR=15;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154717;STB=0.533952;STBP=0.289;TYPE=ins;VARB=0.00980538;OID=.;OPOS=47612513;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:23:30:24:27:3:9:15:2:1:14:5:8:15:4:1 chr21 47612603 . G A 31.6 PASS AF=0.0821918;AO=10;DP=74;FAO=6;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.208167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3139;QD=1.7317;RBI=0.22465;REFB=-0.041119;REVB=-0.0844654;RO=55;SAF=6;SAR=4;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156207;STB=0.69661;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.297966;OID=.;OPOS=47612603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:74:73:55:65:10:6:0.0821918:4:6:26:29:4:2:36:29 chr21 47613004 . T C 487.87 PASS AF=1;AO=29;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.209766;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.649;QD=48.7867;RBI=0.252399;REFB=0;REVB=0.14037;RO=10;SAF=11;SAR=18;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243968;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00478444;OID=.;OPOS=47613004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:40:10:0:29:40:1:18:11:9:1:19:21:0:0 chr21 47613168 . G A 33.44 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0914415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.486;QD=19.1089;RBI=0.0933675;REFB=0.0241313;REVB=-0.0188662;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212944;STB=0.62455;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.00184627;OID=.;OPOS=47613168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:0:2:3:2:0:2 chr21 47613623 . C T 122.25 PASS AF=0.225806;AO=22;DP=93;FAO=21;FDP=93;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0526097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.5938;QD=5.25819;RBI=0.052711;REFB=-0.0603032;REVB=0.00326552;RO=67;SAF=8;SAR=14;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891666;STB=0.517744;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.190861;OID=.;OPOS=47613623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:67:72:22:21:0.225806:14:8:29:38:13:8:29:43 chr21 47613639 . C T 172.73 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.034475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8109;QD=9.09087;RBI=0.0446806;REFB=-0.0652822;REVB=-0.0284223;RO=50;SAF=8;SAR=16;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107096;STB=0.565981;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.122287;OID=.;OPOS=47613639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:52:24:24:0.315789:16:8:21:29:16:8:22:30 chr21 47614443 . A G 505.4 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358572;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7761;QD=59.4586;RBI=0.0358572;REFB=0;REVB=9.34599e-06;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000466112;OID=.;OPOS=47614443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr21 47614469 . A C 536.21 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0269563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.766;QD=54.9959;RBI=0.0274187;REFB=-0.0236667;REVB=-0.00501381;RO=2;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00129717;STB=0.500693;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00084449;OID=.;OPOS=47614469;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:19:18:1:1:19:18:1:1 chr21 47769636 . A G 501.78 PASS AF=0.44;AO=54;DP=124;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.000684626;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.742;QD=16.057;RBI=0.00844933;REFB=0.00213584;REVB=0.00842155;RO=68;SAF=31;SAR=23;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891439;STB=0.562203;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00202893;OID=.;OPOS=47769636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:68:70:54:55:0.44:23:31:33:35:23:32:33:37 chr21 47773103 . C A 729.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.32947e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.269;QD=57.1767;RBI=0.0442314;REFB=0;REVB=0.0442314;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44695e-05;OID=.;OPOS=47773103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:20:30:0:0:20:31:0:0 chr21 47777063 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=334.911;QD=60.6103;RBI=0.00800853;REFB=0;REVB=0.00397597;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42481e-06;OID=.;OPOS=47777063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr21 47783796 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.28;QD=57.6788;RBI=0.00330175;REFB=0;REVB=-0.00245245;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62502e-06;OID=.;OPOS=47783796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr21 47786817 . C G 1036.35 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00984308;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3526;QD=60.0782;RBI=0.0248494;REFB=0;REVB=0.0228168;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172602;OID=.;OPOS=47786817;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr21 47787002 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.722;QD=59.0185;RBI=0.0257233;REFB=0;REVB=0.0256495;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224907;OID=.;OPOS=47787002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr21 47811272 . C T 134.57 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.097444;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.426;QD=44.8579;RBI=0.105893;REFB=0;REVB=0.0414491;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171709;OID=.;OPOS=47811272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr21 47836652 . CCG CTG,GCT 1069.17 PASS AF=0.986111,0.0138889;AO=46,5;DP=70;FAO=71,1;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=35,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185713,-0.00822183;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=54.5107,30.4539;QD=59.3986;RBI=0.0503825,0.068473;REFB=0,0;REVB=0.0468349,-0.0679776;RO=0;SAF=35,0;SAR=11,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.31358e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000658483,0.0977909;OID=.,.;OPOS=47836653,47836652;OREF=C,CCG;OALT=T,GCT;OMAPALT=CTG,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:70:72:0:0:46,5:71,1:0.986111,0.0138889:11,5:35,0:0:0:35,1:36,0:0:0 chr21 47850484 . G C 934.74 PASS AF=0.823529;AO=70;DP=84;FAO=70;FDP=85;FR=.;FRO=15;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0241153;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.688;QD=43.9875;RBI=0.0789029;REFB=-0.134356;REVB=-0.0751274;RO=5;SAF=37;SAR=33;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597215;STB=0.522698;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00242668;OID=.;OPOS=47850484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:84:85:5:15:70:70:0.823529:33:37:5:0:33:37:6:9 chr21 47851753 . A G 721.37 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.517;QD=62.7278;RBI=0.0251109;REFB=0;REVB=-0.0154691;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104691;OID=.;OPOS=47851753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:20:26:0:0 chr21 47863757 . A C 851.14 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.815;QD=57.7045;RBI=0.0176803;REFB=0;REVB=-0.00173716;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6209e-05;OID=.;OPOS=47863757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr21 47910523 . A G 409.85 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.119;QD=52.8833;RBI=0.112318;REFB=0;REVB=0.111983;RO=2;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644649;OID=.;OPOS=47910523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:2:0:29:31:1:14:15:0:2:16:15:0:0 chr21 47945533 . GCTC G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040611;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=317.828;QD=58.1421;RBI=0.0133883;REFB=0;REVB=0.0127575;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.40509e-05;OID=.;OPOS=47945534;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:32:32:32:0:22:10:0:0:4:0:22:10:0:0 chr21 47959692 . G A 800.84 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0368167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9966;QD=53.3893;RBI=0.0462951;REFB=0.00663219;REVB=0.0280672;RO=1;SAF=34;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136737;STB=0.514281;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=1.30128e-05;OID=.;OPOS=47959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:60:1:2:58:58:0.966667:24:34:1:0:24:34:2:0 chr21 47959698 . C T 815.98 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159523;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.584;QD=55.3209;RBI=0.0404719;REFB=-0.00871185;REVB=0.0371954;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000331022;OID=.;OPOS=47959698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:0:1:57:58:0.983051:25:32:0:0:25:33:1:0 chr21 47961711 . G A 1656.87 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0609;QD=60.2499;RBI=0.0376696;REFB=0;REVB=0.0218419;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54011e-05;OID=.;OPOS=47961711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:59:50:0:0:59:51:0:0 chr21 47978321 . G C,GC 1376.57 PASS AF=0.0106383,0.989362;AO=5,83;DP=97;FAO=1,93;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=1,49;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100109,0.0231331;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=12.9486,27.3729;QD=58.5775;RBI=0.114355,0.131737;REFB=0,0;REVB=0.113915,0.12969;RO=5;SAF=4,43;SAR=1,40;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.20967,-0.00881469;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0379997,0.0022415;OID=.,.;OPOS=47978321,47978322;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:97:94:5:0:5,83:1,93:0.0106383,0.989362:1,40:4,43:3:2:0,44:1,49:0:0 chr21 47985655 . C T 660.88 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00941653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.425;QD=48.9538;RBI=0.0119912;REFB=-0.0237874;REVB=0.00742414;RO=4;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986899;STB=0.55261;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00103709;OID=.;OPOS=47985655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:54:4:4:50:50:0.925926:17:33:0:4:17:33:0:4 chr21 48063476 . C G 975.03 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00215751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3251;QD=57.3547;RBI=0.0345908;REFB=-0.0599628;REVB=0.0345235;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126017;STB=0.506665;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00376621;OID=.;OPOS=48063476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:37:30:0:1:37:30:0:1 chr21 48084820 . C G 478.78 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.027518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.546;QD=25.1991;RBI=0.031145;REFB=-0.00711435;REVB=-0.0145868;RO=31;SAF=16;SAR=29;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254228;STB=0.513918;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00534853;OID=.;OPOS=48084820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:31:45:45:0.592105:29:16:12:19:29:16:12:19 chr22 17072483 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.793;QD=57.3847;RBI=0.0233828;REFB=0;REVB=0.00348537;RO=0;SAF=43;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71465e-05;OID=.;OPOS=17072483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:14:43:0:0:14:43:0:0 chr22 17073066 . A G 332.88 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.195;QD=51.2118;RBI=0.0533913;REFB=0;REVB=0.052341;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00465828;OID=.;OPOS=17073066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:26:0:0:23:26:1:10:13:0:0:13:13:0:0 chr22 17073225 . A G 131.91 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00295828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.865;QD=17.0204;RBI=0.0133331;REFB=-0.0253432;REVB=0.0130008;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434626;STB=0.547883;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0219137;OID=.;OPOS=17073225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:16:14:15:0.483871:9:5:6:11:9:6:5:11 chr22 17073475 . C T 273.25 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0141856;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.613;QD=23.761;RBI=0.0303091;REFB=-0.00111826;REVB=0.0267845;RO=21;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00950496;STB=0.505296;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0012495;OID=.;OPOS=17073475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:21:21:25:25:0.543478:14:11:9:12:14:11:9:12 chr22 17446991 . C T 751.04 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0048165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.258;QD=51.7962;RBI=0.0239013;REFB=-0.0520909;REVB=-0.023411;RO=1;SAF=41;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113612;STB=0.517641;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0102049;OID=.;OPOS=17446991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:58:58:1:3:55:55:0.948276:14:41:1:0:14:41:3:0 chr22 17582877 . G T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00531184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270;QD=14.3349;RBI=0.0123764;REFB=-0.00620218;REVB=0.0111786;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012121;STB=0.507034;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00716454;OID=.;OPOS=17582877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:7:10:15:11:7:10:15:11 chr22 17586471 . C T 1545.28 PASS AF=0.990566;AO=101;DP=103;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0454034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.836;QD=58.3126;RBI=0.0481483;REFB=-0.116741;REVB=0.0160246;RO=1;SAF=66;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713477;STB=0.503596;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00114739;OID=.;OPOS=17586471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:106:1:1:101:105:0.990566:35:66:1:0:36:69:1:0 chr22 17590599 . C T 219.46 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00450004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.236;QD=13.934;RBI=0.0260728;REFB=-0.0112994;REVB=0.0256815;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751104;STB=0.533308;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.018922;OID=.;OPOS=17590599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:37:26:26:0.412698:14:12:14:22:14:12:15:22 chr22 17597940 . CA C 129.9 PASS AF=0.56;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00157936;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.749;QD=20.7841;RBI=0.0102259;REFB=0.020883;REVB=0.0101032;RO=9;SAF=13;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397727;STB=0.711936;STBP=0.122;TYPE=del;VARB=-0.00994744;OID=.;OPOS=17597941;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56:14:26:14:25:11:13:1:8:3:86:9:13:1:6:3 chr22 17600689 . G A 48.06 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0183226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.224;QD=12.8151;RBI=0.0792207;REFB=-0.0264318;REVB=0.0770727;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538351;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0354106;OID=.;OPOS=17600689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:8:8:6:7:0.466667:3:3:4:4:4:3:4:4 chr22 17602839 . G A 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.606;QD=63.8659;RBI=0.00248321;REFB=0;REVB=-0.00158567;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82646e-05;OID=.;OPOS=17602839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr22 17603477 . A G 1067.94 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185546;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.813;QD=60.1657;RBI=0.0215413;REFB=0;REVB=0.0109434;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333977;OID=.;OPOS=17603477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr22 17630486 . C A 382.63 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.918;QD=52.7766;RBI=0.0316254;REFB=-0.152007;REVB=0.0297766;RO=1;SAF=19;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238715;STB=0.512811;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000835138;OID=.;OPOS=17630486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:9:19:1:0:9:19:1:0 chr22 17690430 . C CG,G 836.16 PASS AF=0.0169492,0.983051;AO=9,51;DP=60;FAO=1,58;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.080926,0.0107973;FXX=0;HRUN=0,7;LEN=1,1;MLLD=80.7509,87.0237;QD=56.6887;RBI=0.08096,0.0115267;REFB=0,0;REVB=-0.00234777,0.00403516;RO=0;SAF=0,13;SAR=9,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0201802,-0.000964228;OID=.,.;OPOS=17690431,17690430;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:60:59:0:0:9,51:1,58:0.0169492,0.983051:9,38:0,13:0:0:1,45:0,13:0:0 chr22 17990852 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.009;QD=62.9828;RBI=0.00175572;REFB=0;REVB=-0.000554475;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32229e-06;OID=.;OPOS=17990852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr22 18209612 . CA C,CG 185.31 PASS AF=0.4375,0.5625;AO=7,9;DP=17;FAO=7,9;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329772,-0.0455427;FXX=0.0587889;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=48.5592,60.1576;QD=46.3281;RBI=0.0331651,0.0576961;REFB=0,0;REVB=0.00352586,-0.0354219;RO=0;SAF=7,1;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00579083,0.0149506;OID=.,.;OPOS=18209613,18209613;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4375,0.5625:7,9:17:7,9:16:0:7,1:0,8:0:0:42:0:7,1:0,8:0:0 chr22 18324564 . C T 496.86 PASS AF=0.5875;AO=42;DP=80;FAO=47;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=0.0589553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.337;QD=24.8429;RBI=0.0790677;REFB=-0.0896952;REVB=0.0526875;RO=21;SAF=32;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07671;STB=0.52397;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0542842;OID=.;OPOS=18324564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:21:33:42:47:0.5875:10:32:14:7:12:35:26:7 chr22 18354766 . C T 284.73 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.033206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.341;QD=17.7958;RBI=0.0350663;REFB=0.00422555;REVB=0.0112697;RO=33;SAF=6;SAR=25;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144124;STB=0.581339;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00633109;OID=.;OPOS=18354766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:25:6:10:23:25:6:10:23 chr22 18571828 . T C 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.019;QD=55.6515;RBI=0.0112667;REFB=0;REVB=0.00160802;RO=0;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5013e-05;OID=.;OPOS=18571828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:23:4:0:0:23:4:0:0 chr22 18609642 . C T 737.51 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00717345;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7589;QD=61.4591;RBI=0.0186444;REFB=-0.0174706;REVB=-0.0172092;RO=1;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016502;STB=0.508768;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.01066;OID=.;OPOS=18609642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:28:19:0:1:28:19:0:1 chr22 18628436 . T C 754.68 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00202099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.811;QD=54.8856;RBI=0.0858132;REFB=-0.118387;REVB=-0.0857894;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184775;STB=0.5098;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000553096;OID=.;OPOS=18628436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:25:29:0:1:25:29:0:1 chr22 18628499 . G T 1488.91 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00936297;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.898;QD=59.5564;RBI=0.0104024;REFB=0;REVB=0.00453261;RO=0;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71793e-05;OID=.;OPOS=18628499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:99:100:1:42:57:0:0:42:58:0:0 chr22 18628632 . C T 1662.4 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671676;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3756;QD=60.4507;RBI=0.0160141;REFB=0;REVB=0.0145374;RO=0;SAF=46;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79902e-05;OID=.;OPOS=18628632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:64:46:0:0:64:46:0:0 chr22 18628715 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.746;QD=57.1058;RBI=0.0260498;REFB=0;REVB=0.017625;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41464e-05;OID=.;OPOS=18628715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:40:15:0:0:40:15:0:0 chr22 18899103 . G C 488.17 PASS AF=0.456897;AO=52;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0374193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.621;QD=16.8335;RBI=0.0401846;REFB=-0.0421583;REVB=0.0146492;RO=63;SAF=29;SAR=23;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136926;STB=0.502981;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0515913;OID=.;OPOS=18899103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:63:52:53:0.456897:23:29:36:27:23:30:36:27 chr22 18900750 . G A 481.47 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.729;QD=58.3595;RBI=0.0565844;REFB=0;REVB=0.0197864;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439345;OID=.;OPOS=18900750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:13:20:0:0 chr22 18901004 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.926;QD=52.6132;RBI=0.0320413;REFB=0;REVB=0.0191287;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259437;OID=.;OPOS=18901004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr22 18904414 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.5864;QD=59.4339;RBI=0.0515656;REFB=0;REVB=-0.0331549;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09053e-05;OID=.;OPOS=18904414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr22 18905977 . C T 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0397388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.665;QD=16.0642;RBI=0.0419324;REFB=-0.001554;REVB=0.0133848;RO=30;SAF=11;SAR=15;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288542;STB=0.652062;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00158344;OID=.;OPOS=18905977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:15:11:22:8:15:11:22:9 chr22 18907124 . G A 378.09 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00699178;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.325;QD=18.9046;RBI=0.0113149;REFB=-0.0123582;REVB=0.00889623;RO=40;SAF=17;SAR=22;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17091;STB=0.600584;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0139888;OID=.;OPOS=18907124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:41:39:39:0.4875:22:17:25:15:22:17:26:15 chr22 18908875 . A G 213.59 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.158378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3249;QD=16.1202;RBI=0.166084;REFB=0.0413317;REVB=-0.0500035;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909835;STB=0.550978;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.048996;OID=.;OPOS=18908875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:29:24:24:0.45283:13:11:15:12:13:11:16:13 chr22 18910355 . G T 274.13 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0087304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3457;QD=19.9368;RBI=0.0120163;REFB=-0.0421184;REVB=-0.00825662;RO=25;SAF=20;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186997;STB=0.614891;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0576623;OID=.;OPOS=18910355;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:9:20:12:13:9:20:12:14 chr22 18912678 . A G 1491.17 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.671;QD=63.4543;RBI=0.0148876;REFB=0;REVB=0.000958393;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79526e-05;OID=.;OPOS=18912678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:53:40:0:0:53:41:0:0 chr22 19026613 . A G 503.65 PASS AF=0.630137;AO=47;DP=74;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0905423;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6589;QD=27.5972;RBI=0.104896;REFB=-0.0273139;REVB=-0.0529656;RO=27;SAF=17;SAR=30;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207294;STB=0.505926;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0164826;OID=.;OPOS=19026613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:27:27:47:46:0.630137:30:17:9:18:30:16:9:18 chr22 19034240 . A G 509.46 PASS AF=0.514851;AO=48;DP=96;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0149168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7746;QD=20.1768;RBI=0.0259464;REFB=-0.0231488;REVB=0.0212298;RO=48;SAF=22;SAR=26;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112502;STB=0.562547;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0268781;OID=.;OPOS=19034240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:101:48:49:48:52:0.514851:26:22:28:20:29:23:28:21 chr22 19048413 . A G 299.77 PASS AF=0.348624;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=109;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0179118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.238;QD=11.0008;RBI=0.0183371;REFB=-0.0110502;REVB=-0.00392635;RO=70;SAF=15;SAR=23;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198406;STB=0.609581;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0172878;OID=.;OPOS=19048413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:70:71:38:38:0.348624:23:15:40:30:23:15:40:31 chr22 19118992 . A G 351.18 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00229537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.657;QD=23.4121;RBI=0.00850563;REFB=-0.00799821;REVB=0.00819006;RO=25;SAF=22;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229966;STB=0.512657;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00531738;OID=.;OPOS=19118992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:13:22:15:10:13:22:15:10 chr22 19119400 . G A 84.77 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0084954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.586;QD=14.128;RBI=0.00880954;REFB=-0.0155599;REVB=0.00233158;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154027;STB=0.538392;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0257242;OID=.;OPOS=19119400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:23:24:13:13:10:11:0.458333:6:4:5:8:6:5:5:8 chr22 19119938 . G A 90.14 PASS AF=0.44;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00975144;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.429;QD=14.4229;RBI=0.0265738;REFB=-0.00542293;REVB=-0.0247199;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299811;STB=0.678877;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00550519;OID=.;OPOS=19119938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:26:25:14:14:11:11:0.44:2:9:8:6:2:9:8:6 chr22 19132061 . C T 521.91 PASS AF=0.482759;AO=57;DP=115;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=45;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0861036;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3851;QD=17.997;RBI=0.0966318;REFB=-0.0107943;REVB=-0.0438619;RO=57;SAF=44;SAR=13;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278701;STB=0.698886;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0171947;OID=.;OPOS=19132061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:57:60:57:56:0.482759:13:44:29:28:11:45:29:31 chr22 19163577 . C CAT 673.75 PASS AF=1;AO=46;DP=55;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442183;FXX=0.078416;HRUN=0;LEN=2;MLLD=291.688;QD=57.3403;RBI=0.0514667;REFB=0;REVB=0.0263355;RO=8;SAF=21;SAR=25;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121086;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00012993;OID=.;OPOS=19163578;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:55:47:47:0:21:26:0:0:4:8:21:25:4:4 chr22 19167385 . C A 330.59 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00618614;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1063;QD=15.3761;RBI=0.0718864;REFB=-0.00267132;REVB=-0.0716197;RO=47;SAF=23;SAR=13;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195967;STB=0.628017;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.000580432;OID=.;OPOS=19167385;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:47:50:36:36:0.418605:13:23:21:26:13:23:21:29 chr22 19167409 . T C 1252.45 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181579;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5908;QD=61.8492;RBI=0.0194939;REFB=0;REVB=-0.00709257;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113547;OID=.;OPOS=19167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr22 19172006 . T C,G 1539.31 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=97,8;DP=105;FAO=98,7;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=55,7;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091233,0.00800618;FXX=0.00943307;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=180.249,138.21;QD=58.6404;RBI=0.0174841,0.00920033;REFB=0,0;REVB=-0.014915,0.00453289;RO=0;SAF=55,7;SAR=42,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00445883,0.0536521;OID=.,.;OPOS=19172006,19172006;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:105:105:0:0:97,8:98,7:0.933333,0.0666667:42,1:55,7:0:0:43,0:55,7:0:0 chr22 19184095 . T C 250.98 PASS AF=0.42029;AO=30;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0860095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.523;QD=14.5497;RBI=0.086248;REFB=-0.00149703;REVB=0.0064099;RO=39;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362996;STB=0.503309;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00140648;OID=.;OPOS=19184095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:30:29:0.42029:19:11:13:26:19:10:14:26 chr22 19189003 . A AC,C 678.57 PASS AF=1,0;AO=33,13;DP=47;FAO=46,0;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289422,-0.276629;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=26.2924,4.24536;QD=59.0061;RBI=0.0701977,0.277515;REFB=0,0;REVB=0.0639536,0.0221508;RO=1;SAF=7,13;SAR=26,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0621254,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00267289,0;OID=.,.;OPOS=19189004,19189003;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:1:0:33,13:46,0:1,0:26,0:7,13:1:0:26,0:20,0:0:0 chr22 19196502 . G A 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0153933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.246;QD=20.5427;RBI=0.0156194;REFB=-0.0036916;REVB=-0.00264781;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131169;STB=0.573418;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00426839;OID=.;OPOS=19196502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:7:18:14:10:7:18 chr22 19197896 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.511;QD=58.0604;RBI=0.0453167;REFB=0;REVB=0.0298479;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4551e-05;OID=.;OPOS=19197896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr22 19458224 . C T 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00938408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=362.862;QD=25.4671;RBI=0.00946447;REFB=0.0028969;REVB=0.00123097;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204298;STB=0.615147;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00127044;OID=.;OPOS=19458224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:5:4:0:3:5:4:0:3 chr22 19511925 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.893;QD=45.8046;RBI=0.0767378;REFB=0;REVB=0.0554619;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884861;OID=.;OPOS=19511925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:11:2:0:0:11:3:0:0 chr22 19704812 . C T 696.19 PASS AF=0.563025;AO=67;DP=119;FAO=67;FDP=119;FR=.;FRO=52;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0190193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.82;QD=23.4012;RBI=0.0285197;REFB=-0.0309114;REVB=-0.0212518;RO=50;SAF=47;SAR=20;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157322;STB=0.596878;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0168772;OID=.;OPOS=19704812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:50:52:67:67:0.563025:20:47:26:24:20:47:26:26 chr22 19750773 . T C 1790.83 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0179492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2017;QD=59.2009;RBI=0.0220482;REFB=-0.197808;REVB=0.0128042;RO=1;SAF=56;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840652;STB=0.50877;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00202997;OID=.;OPOS=19750773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:121:121:1:2:119:119:0.983471:63:56:1:0:63:56:2:0 chr22 19776406 . G A 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00674539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.317;QD=22.341;RBI=0.0244727;REFB=-0.0237293;REVB=0.0235247;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206689;STB=0.511615;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0185053;OID=.;OPOS=19776406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:12:6:5:9:12:6:5:9 chr22 19789541 . A C 281.64 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0104572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.765;QD=17.0693;RBI=0.0232526;REFB=-0.0173601;REVB=-0.0207684;RO=35;SAF=28;SAR=3;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.5039;STB=0.790257;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0351975;OID=.;OPOS=19789541;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:3:28:19:16:3:28:19:16 chr22 19868218 . A G 656.91 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356009;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1145;QD=62.5625;RBI=0.0697731;REFB=0;REVB=0.0600072;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00347961;OID=.;OPOS=19868218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr22 19905702 . GAT AGT,GA 30.98 PASS AF=0.0377358,0.132075;AO=2,8;DP=52;FAO=2,7;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=2,5;FSAR=0,2;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.040634,-0.0622412;FXX=0.0185151;HRUN=2,3;LEN=2,1;MLLD=56.4046,19.2223;QD=2.33787;RBI=0.0459485,0.143504;REFB=-0.0188311,-0.0301566;REVB=-0.021451,-0.129304;RO=40;SAF=2,6;SAR=0,2;SRF=21;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0.405797;SSSB=0.403343,0.287588;STB=0.994191,0.635956;STBP=0.192,0.513;TYPE=mnp,del;VARB=0.1741,0.0839082;OID=.,.;OPOS=19905702,19905704;OREF=GA,T;OALT=AG,-;OMAPALT=AGT,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:52:53:40:44:2,8:2,7:0.0377358,0.132075:0,2:2,6:21:19:0,2:2,5:25:19 chr22 19907099 . C A 1471.75 PASS AF=0.971698;AO=102;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0310485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3826;QD=55.5376;RBI=0.0908327;REFB=-0.144984;REVB=0.0853614;RO=4;SAF=53;SAR=49;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00140448;STB=0.505413;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00374067;OID=.;OPOS=19907099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:106:4:3:102:103:0.971698:49:53:2:2:49:54:1:2 chr22 19907117 . G GA 1187.84 PASS AF=1;AO=12;DP=101;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471282;FXX=0.010203;HRUN=0;LEN=1;MLLD=155.062;QD=48.983;RBI=0.0879463;REFB=0;REVB=-0.0742528;RO=88;SAF=10;SAR=2;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460905;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0013608;OID=.;OPOS=19907118;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:101:97:97:0:49:48:0:0:8:88:10:2:40:48 chr22 19907118 . G A,C 1462.83 PASS AF=0.878788,0.10101;AO=87,10;DP=99;FAO=87,10;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=39,10;FSAR=48,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0326228,0.0249341;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=224.412,121.819;QD=59.1043;RBI=0.0371753,0.0250015;REFB=-0.03864,-0.0392428;REVB=0.0178257,-0.0018338;RO=1;SAF=39,10;SAR=48,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00976975,0.819712;STB=0.501174,0.99813;STBP=0.87,0.073;TYPE=snp,snp;VARB=0.000576406,0.143785;OID=.,.;OPOS=19907118,19907118;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:99:99:1:2:87,10:87,10:0.878788,0.10101:48,0:39,10:0:1:48,0:39,10:1:1 chr22 19920949 . G A 169.86 PASS AF=0.428571;AO=16;DP=40;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00538049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.234;QD=16.1767;RBI=0.0130679;REFB=-0.0155061;REVB=0.0119089;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430056;STB=0.555494;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0376418;OID=.;OPOS=19920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:24:24:16:18:0.428571:8:8:13:11:10:8:13:11 chr22 19921003 . T C 602.08 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0534816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8584;QD=54.7343;RBI=0.0534955;REFB=-0.0308404;REVB=-0.00121808;RO=2;SAF=17;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00765436;STB=0.517585;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00555378;OID=.;OPOS=19921003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:2:3:41:41:0.931818:24:17:1:1:24:17:2:1 chr22 20074006 . A G 82.3 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0108492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.184;QD=8.89726;RBI=0.0478223;REFB=-0.0193301;REVB=-0.0465754;RO=23;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294975;STB=0.732088;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0884716;OID=.;OPOS=20074006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:23:26:11:11:0.297297:9:2:9:14:9:2:12:14 chr22 20098359 . T G 327.92 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.000555545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.526;QD=20.495;RBI=0.00524965;REFB=0.00195405;REVB=-0.00522017;RO=30;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103823;STB=0.557587;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00186549;OID=.;OPOS=20098359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:20:14:16:14:20:14:16:14 chr22 20103189 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0455069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.169;QD=14.9786;RBI=0.0499328;REFB=3.47911e-05;REVB=0.0205526;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286528;STB=0.666349;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.000315745;OID=.;OPOS=20103189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:8:3:6:4:8:3 chr22 20117046 . T C 244.11 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.037749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8925;QD=18.7773;RBI=0.0378673;REFB=-0.0345137;REVB=-0.00299131;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068626;STB=0.538432;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0278077;OID=.;OPOS=20117046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:13:13:11:15:13:13:11:15 chr22 20126741 . G T 525.52 PASS AF=0.510204;AO=49;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00713507;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.887;QD=21.45;RBI=0.0154251;REFB=-0.0156638;REVB=0.0136757;RO=49;SAF=20;SAR=29;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378267;STB=0.519143;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0166098;OID=.;OPOS=20126741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:48:49:50:0.510204:29:20:22:27:29:21:22:26 chr22 20131116 . GC AC,CA 189.36 PASS AF=0.5,0.09375;AO=15,3;DP=33;FAO=16,3;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=3,1;FSAR=13,2;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00253225,-0.00414794;FXX=0.0588062;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=102.311,105.088;QD=23.6701;RBI=0.0164138,0.00989076;REFB=-0.0409521,-0.0329821;REVB=0.0162173,0.00897896;RO=12;SAF=2,1;SAR=13,2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.167584,0.109789;STB=0.530573,0.5994;STBP=0.768,0.82;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0356541,0.0773623;OID=.,.;OPOS=20131116,20131116;OREF=G,GC;OALT=A,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:12:13:15,3:16,3:0.5,0.09375:13,2:2,1:3:9:13,2:3,1:3:10 chr22 20134739 . C T 207.36 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00509298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5325;QD=18.0317;RBI=0.00509614;REFB=-0.0066652;REVB=0.000179528;RO=25;SAF=5;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187494;STB=0.607485;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00426521;OID=.;OPOS=20134739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:16:5:10:15:16:5:10:15 chr22 20136379 . C A 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00991267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2435;QD=18.4267;RBI=0.0494788;REFB=-0.016507;REVB=0.0484757;RO=27;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175422;STB=0.605986;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0274219;OID=.;OPOS=20136379;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:16:12:17:10:16:12:18:10 chr22 20137723 . C T 89.52 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0118973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.207;QD=15.5679;RBI=0.020053;REFB=-0.0210045;REVB=0.0161424;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161818;STB=0.60957;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0216354;OID=.;OPOS=20137723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:6:5:3:8:6:5:3:9 chr22 20138105 . T C 720.4 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.321;QD=61.3105;RBI=0.0724513;REFB=0;REVB=0.0595179;RO=0;SAF=34;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000821638;OID=.;OPOS=20138105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:11:34:0:0:13:34:0:0 chr22 20302798 . C A 78.66 PASS AF=0.205882;AO=13;DP=46;FAO=7;FDP=34;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00733094;FXX=0.260813;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.3367;QD=9.25428;RBI=0.0214364;REFB=-0.0671454;REVB=0.0201439;RO=13;SAF=1;SAR=12;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.681005;STB=0.904718;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0278337;OID=.;OPOS=20302798;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:46:34:13:19:13:7:0.205882:12:1:10:3:6:1:15:4 chr22 20307256 . G A 306.72 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00836357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.054;QD=22.7203;RBI=0.0161059;REFB=0.00835881;REVB=-0.0137641;RO=23;SAF=17;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120723;STB=0.566624;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0127371;OID=.;OPOS=20307256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:14:17:9:14:14:17:9:14 chr22 20458029 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.231;QD=48.7359;RBI=0.0281209;REFB=0;REVB=0.0264727;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179231;OID=.;OPOS=20458029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr22 20718525 . T C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.153;QD=11.0924;RBI=0.0488948;REFB=-0.0605969;REVB=-0.0488948;RO=6;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0677717;OID=.;OPOS=20718525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:5:0:0:6:5:0:0:6 chr22 20771144 . A T 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.097;QD=56.9979;RBI=0.0124422;REFB=0;REVB=0.00176667;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68096e-05;OID=.;OPOS=20771144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr22 20784050 . T A 238.57 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0101706;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.276;QD=18.0049;RBI=0.0107108;REFB=-0.0187717;REVB=-0.00335841;RO=27;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189368;STB=0.606332;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0380092;OID=.;OPOS=20784050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:10:16:11:16:10:16:11:16 chr22 20800835 . A G 237.47 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0258343;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.604;QD=15.572;RBI=0.0261544;REFB=-0.0189534;REVB=-0.0040795;RO=33;SAF=18;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240692;STB=0.629116;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0264006;OID=.;OPOS=20800835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:34:27:27:0.442623:9:18:14:19:9:18:15:19 chr22 20847472 . A T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00111389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.588;QD=17.4542;RBI=0.02292;REFB=-0.00731045;REVB=-0.0228929;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180682;STB=0.609643;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00447327;OID=.;OPOS=20847472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:11:16:11:17:11:16:11:18 chr22 20862646 . T G 167.7 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.0355828;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.769;QD=10.0122;RBI=0.0357895;REFB=0.000688539;REVB=-0.00384112;RO=45;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383838;STB=0.721114;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00167287;OID=.;OPOS=20862646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:45:45:22:22:0.328358:9:13:11:34:9:13:11:34 chr22 20891497 . GC GCCCTA,G 222.87 PASS AF=0.431373,0.0980392;AO=20,11;DP=52;FAO=22,5;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=9,0;FSAR=13,5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0107162,0.00661701;FXX=0.0192271;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=246.667,17.9096;QD=17.48;RBI=0.0190459,0.0306514;REFB=-0.0119273,-0.200648;REVB=0.0157451,-0.0299287;RO=18;SAF=9,0;SAR=11,11;SRF=14;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.272086,-0.835345;STB=0.590826,0.997935;STBP=0.274,0.013;TYPE=ins,del;VARB=0.014763,0.206137;OID=.,.;OPOS=20891499,20891498;OREF=-,C;OALT=CCTA,-;OMAPALT=GCCCTA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431373,0.0980392:20,11:52:22,5:51:24:9,0:13,5:14:10:99:18:9,0:11,11:14:4 chr22 20940085 . G A 45.65 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=20;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0233571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.629;QD=8.6946;RBI=0.0615426;REFB=-0.0352505;REVB=0.056938;RO=13;SAF=1;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393238;STB=0.594327;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0782351;OID=.;OPOS=20940085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:21:13:14:5:7:0.333333:4:1:7:6:4:3:8:6 chr22 21066789 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.617;QD=63.583;RBI=0.0055094;REFB=0;REVB=0.00236818;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.98779e-06;OID=.;OPOS=21066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr22 21066897 . G A 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.029944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1629;QD=32.8219;RBI=0.0332649;REFB=-0.019055;REVB=0.0144882;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00585436;OID=.;OPOS=21066897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:1:0:5:4:1:0 chr22 21079785 . G T 395.17 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.0295316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6047;QD=22.9082;RBI=0.0329226;REFB=0.0297352;REVB=-0.0145527;RO=29;SAF=23;SAR=16;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199541;STB=0.597728;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0224021;OID=.;OPOS=21079785;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:29:30:39:39:0.565217:16:23:24:5:16:23:24:6 chr22 21079909 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.368;QD=56.1915;RBI=0.0227098;REFB=0;REVB=0.00220039;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127528;OID=.;OPOS=21079909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr22 21141300 . T C 1120.74 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0077062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.564;QD=58.9864;RBI=0.00780359;REFB=0.0522223;REVB=0.00122899;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.506848;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00239639;OID=.;OPOS=21141300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:39:36:0:0:39:36:1:0 chr22 21167787 . G A 866.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.929;QD=57.7503;RBI=0.0369514;REFB=0;REVB=0.0322989;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20514e-05;OID=.;OPOS=21167787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:32:28:0:0 chr22 21301005 . T C 289.7 PASS AF=1;AO=13;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0888205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.518;QD=52.6732;RBI=0.0893439;REFB=0;REVB=0.00965669;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149648;OID=.;OPOS=21301005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:13:22:1:12:1:0:0:14:8:0:0 chr22 21304408 . A G 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.487;QD=59.8334;RBI=0.0499884;REFB=0;REVB=0.0475167;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439433;OID=.;OPOS=21304408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr22 21306743 . A G 489.53 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0709127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0437;QD=55.9468;RBI=0.0923747;REFB=-0.0823949;REVB=0.0591986;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00624077;OID=.;OPOS=21306743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:14:20:0:1:14:20:0:1 chr22 21307712 . AAAC A 110.91 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.000925716;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=157.65;QD=20.1652;RBI=0.0397465;REFB=-0.00614966;REVB=0.0397358;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.325513;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.653663;STBP=0.133;TYPE=del;VARB=0.00527373;OID=.;OPOS=21307713;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:6:22:14:22:8:9:5:8:0:48:0:4:2:0:0 chr22 21327589 . C T 205.56 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0201356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.38;QD=17.1302;RBI=0.0597357;REFB=-0.0178831;REVB=-0.0562397;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172714;STB=0.599103;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.029264;OID=.;OPOS=21327589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:25:27:21:21:0.4375:8:13:11:14:8:13:12:15 chr22 21331043 . A T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.595;QD=48.7371;RBI=0.0108771;REFB=0;REVB=-0.00510945;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0844e-05;OID=.;OPOS=21331043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr22 21335606 . C T 538.43 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.287;QD=59.826;RBI=0.07406;REFB=0;REVB=-0.0175587;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070289;OID=.;OPOS=21335606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr22 21335611 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000953476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.169;QD=60.2307;RBI=0.0305629;REFB=0;REVB=0.030548;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58344e-05;OID=.;OPOS=21335611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr22 21337325 . G A 747.93 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.091818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.384;QD=63.6537;RBI=0.101989;REFB=0;REVB=0.0443986;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346884;OID=.;OPOS=21337325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:25:22:0:0 chr22 21349676 . TC AT 319.87 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00797473;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.543;QD=26.1118;RBI=0.00841395;REFB=-0.0195411;REVB=0.00268297;RO=21;SAF=8;SAR=19;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344023;STB=0.505819;STBP=0.978;TYPE=mnp;VARB=0.0194667;OID=.;OPOS=21349676;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:21:21:27:28:0.571429:19:8:7:14:19:9:7:14 chr22 21354970 . C G 339.22 PASS AF=0.41573;AO=35;DP=87;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00190804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.998;QD=15.2457;RBI=0.0313064;REFB=-0.0125014;REVB=0.0312482;RO=50;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267394;STB=0.503342;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0166278;OID=.;OPOS=21354970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:50:52:35:37:0.41573:18:17:23:27:19:18:25:27 chr22 21377301 . C A 679.23 PASS AF=0.507576;AO=67;DP=134;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0166421;FXX=0.0222206;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.9873;QD=20.5826;RBI=0.0264792;REFB=-0.0190473;REVB=-0.0205958;RO=63;SAF=30;SAR=37;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532479;STB=0.522069;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0101407;OID=.;OPOS=21377301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:63:65:67:67:0.507576:37:30:32:31:37:30:32:33 chr22 21384578 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.163215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2696;QD=14.6498;RBI=0.164145;REFB=0.0409822;REVB=0.0174474;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207272;STB=0.624573;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00512467;OID=.;OPOS=21384578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:3:2:4:2:3:2 chr22 21385277 . C T 304.23 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0206628;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7287;QD=17.1399;RBI=0.0278794;REFB=-0.0187993;REVB=0.0187165;RO=38;SAF=13;SAR=20;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780716;STB=0.543833;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0283094;OID=.;OPOS=21385277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:20:13:18:20:20:13:18:20 chr22 21385843 . G A 96.16 PASS AF=0.375;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0292589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7002;QD=12.0206;RBI=0.0526425;REFB=-0.00307772;REVB=0.0437625;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272843;STB=0.531198;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00718224;OID=.;OPOS=21385843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:19:20:12:12:0.375:6:6:10:9:6:6:11:9 chr22 21570296 . A G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0550239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.551;QD=19.1341;RBI=0.0553043;REFB=0.0215965;REVB=-0.00556199;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190062;STB=0.614874;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00203742;OID=.;OPOS=21570296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:1:1:4:1:1:1 chr22 21570340 . G A 54.31 PASS AF=0.32;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0236054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3909;QD=8.68995;RBI=0.0298602;REFB=-0.0121456;REVB=-0.0182871;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147359;STB=0.64321;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.066608;OID=.;OPOS=21570340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:25:16:17:7:8:0.32:3:4:7:9:3:5:7:10 chr22 21797094 . C G 67.14 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.161665;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=22.5282;QD=14.9209;RBI=0.177525;REFB=-0.0796485;REVB=-0.0733461;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187606;STB=0.651879;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0755601;OID=.;OPOS=21797094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:18:9:8:9:10:0.555556:4:5:3:6:4:6:2:6 chr22 21800444 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.176;QD=59.8394;RBI=0.0474625;REFB=0;REVB=0.0415075;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287715;OID=.;OPOS=21800444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr22 21801588 . T A 483.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.039;QD=58.5761;RBI=0.0112177;REFB=0;REVB=-0.0109378;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64338e-05;OID=.;OPOS=21801588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr22 21822725 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8402;QD=58.4193;RBI=0.0413607;REFB=0;REVB=-0.0168993;RO=0;SAF=1;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170764;OID=.;OPOS=21822725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:61:1:0:0:62:1:0:0 chr22 21982892 . C T 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0839506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.727;QD=24.3271;RBI=0.0915273;REFB=-0.0633998;REVB=0.036463;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278747;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0210217;OID=.;OPOS=21982892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:1:1:3:4:1:1 chr22 21984205 . A G 321.22 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0201514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3127;QD=18.8952;RBI=0.0277981;REFB=-0.0145051;REVB=-0.0191482;RO=34;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105552;STB=0.558789;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0165808;OID=.;OPOS=21984205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:19:15:19:15:19:15:19:15 chr22 22049783 . C T 381.37 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0102243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.608;QD=22.4335;RBI=0.0166736;REFB=-0.0240463;REVB=-0.0131709;RO=28;SAF=14;SAR=24;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201213;STB=0.530262;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0179563;OID=.;OPOS=22049783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:30:38:38:0.558824:24:14:11:17:24:14:13:17 chr22 22277571 . A C 198.41 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.024824;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.731;QD=13.0107;RBI=0.0310438;REFB=-0.0123855;REVB=-0.018641;RO=35;SAF=5;SAR=19;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148273;STB=0.574602;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0180437;OID=.;OPOS=22277571;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:35:37:24:24:0.393443:19:5:11:24:19:5:11:26 chr22 22318370 . G A 261.03 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0125057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.885;QD=16.8403;RBI=0.0298088;REFB=-0.0204303;REVB=0.0270586;RO=32;SAF=8;SAR=20;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161452;STB=0.590727;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0188584;OID=.;OPOS=22318370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:32:33:28:29:0.467742:20:8:14:18:21:8:14:19 chr22 22330082 . T C 375.48 PASS AF=0.769231;AO=30;DP=39;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0294736;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.473;QD=38.5111;RBI=0.0530347;REFB=0.0521913;REVB=-0.0440906;RO=9;SAF=14;SAR=16;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00949862;STB=0.505151;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00793214;OID=.;OPOS=22330082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:9:9:30:30:0.769231:16:14:4:5:16:14:4:5 chr22 22385610 . C T 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.018324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.067;QD=21.1302;RBI=0.0187534;REFB=-0.0316447;REVB=0.00399051;RO=21;SAF=7;SAR=15;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832325;STB=0.546559;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0278056;OID=.;OPOS=22385610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:15:7:5:16:15:7:5:16 chr22 22453513 . C T 344.65 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0300716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8515;QD=19.147;RBI=0.0322412;REFB=-0.0480312;REVB=-0.0116274;RO=34;SAF=15;SAR=21;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219505;STB=0.51421;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0189461;OID=.;OPOS=22453513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:36:36:36:0.5:21:15:15:19:21:15:16:20 chr22 22516998 . C T 375.29 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00742555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.945;QD=18.3067;RBI=0.0357917;REFB=-0.0211346;REVB=-0.035013;RO=43;SAF=14;SAR=24;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201107;STB=0.505791;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0212702;OID=.;OPOS=22516998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:38:39:0.47561:24:14:15:28:25:14:15:28 chr22 22517026 . T C 1065.87 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301526;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.05;QD=60.049;RBI=0.0301568;REFB=0;REVB=0.00050311;RO=0;SAF=21;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71072e-05;OID=.;OPOS=22517026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:49:21:0:0:49:22:0:0 chr22 22550401 . C G 407.31 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0384378;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.56;QD=22.947;RBI=0.0393768;REFB=-0.0400006;REVB=-0.00854775;RO=31;SAF=12;SAR=28;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211087;STB=0.511622;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0307015;OID=.;OPOS=22550401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:28:12:10:21:28:12:10:21 chr22 22550450 . C G 403.05 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.00155552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3542;QD=16.7936;RBI=0.00385734;REFB=-0.0195856;REVB=0.00352979;RO=54;SAF=18;SAR=24;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796214;STB=0.544595;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0227568;OID=.;OPOS=22550450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:24:18:19:35:24:18:19:35 chr22 22550510 . T G 1399.21 PASS AF=0.925926;AO=100;DP=111;FAO=100;FDP=108;FR=.;FRO=8;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.021846;FXX=0.0270246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.013;QD=51.8226;RBI=0.0247369;REFB=-0.0240616;REVB=0.0116046;RO=8;SAF=37;SAR=63;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194281;STB=0.510271;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00200711;OID=.;OPOS=22550510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:111:108:8:8:100:100:0.925926:63:37:4:4:63:37:4:4 chr22 22569448 . T A 713.62 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4908;QD=62.0536;RBI=0.0313256;REFB=0;REVB=0.00544161;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297891;OID=.;OPOS=22569448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:28:16:0:0:29:17:0:0 chr22 22569554 . C A 197.55 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00206982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.768;QD=20.7949;RBI=0.0146358;REFB=-0.0211476;REVB=-0.0144887;RO=18;SAF=15;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327776;STB=0.685518;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.025568;OID=.;OPOS=22569554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:5:15:7:11:5:15:7:11 chr22 22569640 . T G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3815;QD=46.8465;RBI=0.0741062;REFB=0;REVB=0.047474;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00391034;OID=.;OPOS=22569640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr22 22681721 . T C 111.4 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0661905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.81;QD=15.9146;RBI=0.0879606;REFB=-0.037894;REVB=-0.05793;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192087;STB=0.609603;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0388885;OID=.;OPOS=22681721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:3:12:8:5:3:12 chr22 22681765 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.117814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.556;QD=15.2624;RBI=0.118251;REFB=-0.0062981;REVB=-0.0101573;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228988;STB=0.629967;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00968277;OID=.;OPOS=22681765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:2:14:9:4:2:14 chr22 22698027 . A G 743.05 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0496552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.491;QD=59.4443;RBI=0.0503366;REFB=-0.0320282;REVB=-0.00825426;RO=2;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324231;STB=0.517234;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00282903;OID=.;OPOS=22698027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:28:20:0:2:28:20:0:2 chr22 22707275 . C A 402.67 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00849048;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.419;QD=16.4355;RBI=0.0231172;REFB=-0.0106893;REVB=-0.0215016;RO=54;SAF=25;SAR=17;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133455;STB=0.565357;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0174068;OID=.;OPOS=22707275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:54:56:42:42:0.428571:17:25:25:29:17:25:27:29 chr22 22712467 . T G 1399.12 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02274;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4198;QD=62.1831;RBI=0.0425367;REFB=0;REVB=0.0359481;RO=0;SAF=57;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260619;OID=.;OPOS=22712467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:86:90:1:29:57:0:0:32:58:0:0 chr22 22724341 . A C 356.12 PASS AF=0.377193;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.000797943;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.926;QD=12.4954;RBI=0.0226829;REFB=-0.00245102;REVB=-0.0226689;RO=71;SAF=22;SAR=21;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412622;STB=0.523487;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00409684;OID=.;OPOS=22724341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:71:71:43:43:0.377193:21:22:39:32:21:22:39:32 chr22 22724394 . T C 2091.51 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0366439;FXX=0.0145975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.131;QD=61.9705;RBI=0.0390235;REFB=-0.122076;REVB=0.0134185;RO=0;SAF=73;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.72667e-08;STB=0.504064;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=3.14046e-05;OID=.;OPOS=22724394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:135:0:1:134:134:0.992593:61:73:0:0:61:73:0:1 chr22 22730634 . G A 291.97 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0473233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.375;QD=21.6276;RBI=0.047478;REFB=-0.0040806;REVB=0.00382933;RO=24;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819321;STB=0.545424;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0119784;OID=.;OPOS=22730634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:18:12:12:12:18:12:12:12 chr22 22730635 . C T 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0716875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.819;QD=16.1144;RBI=0.0732329;REFB=-0.00496922;REVB=0.0149651;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833033;STB=0.547131;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00889266;OID=.;OPOS=22730635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:12:12:12:17:12:12:12:17 chr22 22842206 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.977;QD=63.5821;RBI=0.0234631;REFB=0;REVB=0.00965588;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135755;OID=.;OPOS=22842206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr22 22842722 . C T 291.69 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=50;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0044051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.382;QD=22.8778;RBI=0.00505126;REFB=-0.0279011;REVB=-0.0024719;RO=21;SAF=19;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166996;STB=0.589038;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.017101;OID=.;OPOS=22842722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:21:22:28:29:0.568627:9:19:10:11:9:20:11:11 chr22 22842957 . T G 1796.21 PASS AF=0.945736;AO=122;DP=130;FAO=122;FDP=129;FR=.;FRO=7;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0284121;FXX=0.00769172;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.928;QD=55.6965;RBI=0.0289877;REFB=-0.0170859;REVB=0.00574805;RO=4;SAF=52;SAR=70;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351447;STB=0.523732;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000368834;OID=.;OPOS=22842957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:130:129:4:7:122:122:0.945736:70:52:4:0:70:52:6:1 chr22 22843118 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.034;QD=57.8848;RBI=0.00225081;REFB=0;REVB=0.00174003;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2492e-07;OID=.;OPOS=22843118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr22 22868413 . G A 532.36 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.012388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.752;QD=16.9002;RBI=0.0153585;REFB=-0.0190936;REVB=-0.00907865;RO=68;SAF=30;SAR=27;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00303279;STB=0.505447;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0216303;OID=.;OPOS=22868413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:69:57:57:0.452381:27:30:36:32:27:30:37:32 chr22 22899234 . A G,T 758.51 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=46,2;DP=49;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=30,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240187,-0.0490575;FXX=0.019996;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.0397,61.6331;QD=61.9195;RBI=0.0429378,0.0550146;REFB=0,0;REVB=-0.0355915,-0.0248993;RO=0;SAF=16,1;SAR=30,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.31553e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00130798,0.086943;OID=.,.;OPOS=22899234,22899234;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:49:0:0:46,2:47,2:0.959184,0.0408163:30,1:16,1:0:0:30,1:17,1:0:0 chr22 22989256 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00534069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.879;QD=12.8689;RBI=0.00585261;REFB=-0.0102844;REVB=-0.00239376;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201167;STB=0.618829;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0120919;OID=.;OPOS=22989256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:7:9:4:7:7:9 chr22 23029263 . T C 284.31 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.116893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.143;QD=13.0716;RBI=0.152573;REFB=-0.0262239;REVB=-0.0980537;RO=52;SAF=18;SAR=15;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282503;STB=0.516797;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0464251;OID=.;OPOS=23029263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:52:54:33:33:0.37931:15:18:27:25:15:18:28:26 chr22 23029526 . G C 327.17 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0179443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.203;QD=17.6849;RBI=0.0184257;REFB=-0.0168794;REVB=0.00418404;RO=39;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028416;STB=0.515895;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0175183;OID=.;OPOS=23029526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:16:19:20:19:16:19:20:19 chr22 23029608 . T C 32.89 PASS AF=0.0849057;AO=9;DP=107;FAO=9;FDP=106;FR=.;FRO=97;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=0.00416367;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4103;QD=1.24115;RBI=0.0142738;REFB=-0.00444547;REVB=-0.013653;RO=95;SAF=4;SAR=5;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045115;STB=0.53676;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0189773;OID=.;OPOS=23029608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:107:106:95:97:9:9:0.0849057:5:4:46:49:5:4:47:50 chr22 23029698 . T C 802.26 PASS AF=0.815789;AO=61;DP=78;FAO=62;FDP=76;FR=.;FRO=14;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00978176;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.176;QD=42.2241;RBI=0.0221141;REFB=-0.0267509;REVB=0.019833;RO=14;SAF=23;SAR=38;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00741402;STB=0.505828;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00685229;OID=.;OPOS=23029698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:78:76:14:14:61:62:0.815789:38:23:5:9:38:24:5:9 chr22 23040807 . C G 332.79 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0348471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.126;QD=19.0168;RBI=0.0444426;REFB=-0.0287329;REVB=0.0275829;RO=35;SAF=13;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705493;STB=0.544807;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0247745;OID=.;OPOS=23040807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:35:34:35:0.5:21:13:16:19:22:13:16:19 chr22 23055421 . G A 699.21 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.747;QD=54.8402;RBI=0.0213399;REFB=-0.135509;REVB=0.0160976;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-1.20651e-05;OID=.;OPOS=23055421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:24:26:0:0:24:26:1:0 chr22 23055440 . C A 712.76 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0437903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.195;QD=60.6608;RBI=0.0440415;REFB=0.000865267;REVB=-0.00469719;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000112116;OID=.;OPOS=23055440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:0:1:46:46:0.978723:27:19:0:0:27:19:1:0 chr22 23055533 . G A 1445.54 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00434749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.992;QD=60.8649;RBI=0.0364844;REFB=-0.124682;REVB=0.0362245;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.508927;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000564575;OID=.;OPOS=23055533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:0:2:93:93:0.978947:55:38:0:0:55:38:0:2 chr22 23055539 . G T 1606.14 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.577;QD=64.2454;RBI=0.0432707;REFB=0;REVB=0.0145175;RO=0;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300412;OID=.;OPOS=23055539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:59:39:0:0:61:39:0:0 chr22 23077555 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00833869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.134;QD=57.8847;RBI=0.0404477;REFB=0;REVB=0.0395788;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122387;OID=.;OPOS=23077555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:36:23:0:0:36:24:0:0 chr22 23089941 . ACT A 495.28 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102928;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.778;QD=58.2677;RBI=0.103127;REFB=0;REVB=0.00639504;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000301656;OID=.;OPOS=23089942;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:33:34:34:0:14:20:0:0:4:0:11:20:0:0 chr22 23090324 . T C 89.8 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00580227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3805;QD=7.64287;RBI=0.0286132;REFB=-0.0158162;REVB=-0.0280187;RO=35;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150623;STB=0.593484;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0215992;OID=.;OPOS=23090324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:47:47:35:35:12:12:0.255319:5:7:16:19:5:7:16:19 chr22 23090331 . A G 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.017419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.97;QD=6.66156;RBI=0.0186092;REFB=0.00119569;REVB=0.00654839;RO=32;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120938;STB=0.576768;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00343012;OID=.;OPOS=23090331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:4:6:16:16:4:6:16:16 chr22 23101216 . A G 253.83 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.206;QD=50.7652;RBI=0.0228165;REFB=0;REVB=0.0063557;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175671;OID=.;OPOS=23101216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:12:6:0:0:14:6:0:0 chr22 23101221 . A G 240.05 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.283;QD=50.5376;RBI=0.018513;REFB=0;REVB=0.0100539;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155112;OID=.;OPOS=23101221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:14:3:0:0:14:5:0:0 chr22 23101247 . GC AT 468.92 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266974;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.043;QD=58.6152;RBI=0.0446228;REFB=0;REVB=0.0357553;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000282065;OID=.;OPOS=23101247;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr22 23101280 . C G,T 659.91 PASS AF=0.0666667,0.911111;AO=3,41;DP=45;FAO=3,41;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=0,25;FSAR=3,16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0145556,0.0111457;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.775,145.405;QD=58.6587;RBI=0.0319482,0.0452273;REFB=-0.143925,-0.112459;REVB=0.0284397,0.0438325;RO=1;SAF=0,25;SAR=3,16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727144,-0.0184012;STB=0.994936,0.509799;STBP=0.121,0.525;TYPE=snp,snp;VARB=0.0208252,0.00514241;OID=.,.;OPOS=23101280,23101280;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:45:45:1:1:3,41:3,41:0.0666667,0.911111:3,16:0,25:1:0:3,16:0,25:1:0 chr22 23101301 . A G 733.69 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016774;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.777;QD=63.7991;RBI=0.0236835;REFB=0;REVB=0.0167195;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25241e-05;OID=.;OPOS=23101301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr22 23101523 . G A 1811.69 PASS AF=0.991736;AO=117;DP=118;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00753281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.518;QD=59.8905;RBI=0.0117646;REFB=0.00720572;REVB=0.00903676;RO=0;SAF=61;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-7.60291e-05;OID=.;OPOS=23101523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:121:0:1:117:120:0.991736:56:61:0:0:57:63:0:1 chr22 23101559 . G T 1749.28 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.985;QD=60.8446;RBI=0.0239026;REFB=0;REVB=-0.016768;RO=0;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68199e-07;OID=.;OPOS=23101559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:57:58:0:0:57:58:0:0 chr22 23114327 . T C 465.1 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4555;QD=58.1373;RBI=0.0355208;REFB=0;REVB=-0.0212772;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7711e-05;OID=.;OPOS=23114327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:24:7:0:0:25:7:0:0 chr22 23114350 . A G 428.24 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.288;QD=57.0986;RBI=0.135711;REFB=0;REVB=0.00371745;RO=0;SAF=4;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00404892;OID=.;OPOS=23114350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:25:4:0:0:25:5:0:0 chr22 23114993 . G A 1935.67 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168358;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.358;QD=61.9415;RBI=0.0427872;REFB=0;REVB=0.0393357;RO=0;SAF=69;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48527e-05;OID=.;OPOS=23114993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:56:69:0:0:56:69:0:0 chr22 23223278 . A T 181.89 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0146754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.944;QD=16.9199;RBI=0.0343633;REFB=-0.00437601;REVB=-0.031072;RO=24;SAF=4;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275604;STB=0.667461;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00497615;OID=.;OPOS=23223278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:24:18:19:0.44186:14:4:11:13:15:4:11:13 chr22 23241705 . G A 513.22 PASS AF=1;AO=22;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637047;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.9254;QD=58.6538;RBI=0.0812424;REFB=0;REVB=0.0504186;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126299;OID=.;OPOS=23241705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:22:35:1:17:5:0:0:17:18:0:0 chr22 23241752 . CT CTA,TA 647.26 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=22,7;DP=48;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107128,-0.00263902;FXX=0.0370302;HRUN=0,1;LEN=1,2;MLLD=82.2912,78.2618;QD=49.7895;RBI=0.0697912,0.0029827;REFB=0,0;REVB=0.0689641,0.00138998;RO=12;SAF=14,2;SAR=8,5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.295609,0.16606;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.000689788,-0.00301202;OID=.,.;OPOS=23241754,23241752;OREF=-,CT;OALT=A,TA;OMAPALT=CTA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:48:52:12:0:22,7:50,2:0.961538,0.0384615:8,5:14,2:2:10:32,1:18,1:0:0 chr22 23241754 . G A 93.2 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0137669;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3692;QD=6.657;RBI=0.0145745;REFB=-0.0279377;REVB=0.00478424;RO=42;SAF=2;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42207;STB=0.768787;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0338449;OID=.;OPOS=23241754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:56:56:42:42:14:14:0.25:12:2:18:24:12:2:18:24 chr22 23247082 . C G 1266.04 PASS AF=0.71831;AO=101;DP=141;FAO=102;FDP=142;FR=.;FRO=40;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0338128;FXX=0.00699252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.9627;QD=35.6632;RBI=0.0378067;REFB=-0.0299113;REVB=0.0169129;RO=38;SAF=55;SAR=46;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415967;STB=0.503057;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0180068;OID=.;OPOS=23247082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:38:40:101:102:0.71831:46:55:21:17:47:55:22:18 chr22 23248758 . G A 76.69 PASS AF=0.75;AO=7;DP=13;FAO=9;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0550073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.009;QD=25.5618;RBI=0.0555946;REFB=-0.0345366;REVB=0.00806003;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298189;STB=0.588033;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0123492;OID=.;OPOS=23248758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:12:4:3:7:9:0.75:5:2:3:1:6:3:2:1 chr22 23256464 . G C 976.39 PASS AF=0.985294;AO=68;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0369338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9666;QD=57.4349;RBI=0.0401609;REFB=0.0112627;REVB=0.015773;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000259242;OID=.;OPOS=23256464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:68:67:0.985294:44:24:0:0:43:24:0:1 chr22 23263602 . C T 1497.39 PASS AF=1;AO=68;DP=106;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162668;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.736;QD=54.4507;RBI=0.146461;REFB=0;REVB=0.145555;RO=0;SAF=56;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117006;OID=.;OPOS=23263602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:110:0:0:68:110:1:12:56:0:0:52:58:0:0 chr22 23264785 . C A 216.41 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0239969;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=139.956;QD=13.3173;RBI=0.0262022;REFB=-0.00931474;REVB=0.0105216;RO=36;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655715;STB=0.556062;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0128791;OID=.;OPOS=23264785;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:39:26:26:0.4:15:11:13:23:15:11:13:26 chr22 23401674 . C T 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0117026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.709;QD=12.9224;RBI=0.0476475;REFB=-0.0193636;REVB=0.046188;RO=34;SAF=13;SAR=9;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00291251;STB=0.501676;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.028936;OID=.;OPOS=23401674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:9:13:20:14:9:13:20:14 chr22 23503170 . A G 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5387;QD=54.5143;RBI=0.0469367;REFB=0;REVB=-0.0469189;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000633787;OID=.;OPOS=23503170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr22 23503205 . G C 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0563426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.284;QD=46.9601;RBI=0.0723209;REFB=0.0184126;REVB=0.0453413;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00025072;OID=.;OPOS=23503205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:11:9:0:1:11:9:0:1 chr22 23503756 . G A 106.49 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189928;FXX=0.0908265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.818;QD=42.5968;RBI=0.0256912;REFB=0;REVB=0.0173006;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531314;OID=.;OPOS=23503756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:5:5:0:0 chr22 23504862 . C T 290.14 PASS AF=0.92;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0419963;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.851;QD=46.422;RBI=0.060295;REFB=-0.169334;REVB=0.0432642;RO=2;SAF=6;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430223;STB=0.524207;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00138405;OID=.;OPOS=23504862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:22:23:0.92:16:6:1:1:17:6:1:1 chr22 23504916 . G A 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00983471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.76;QD=62.3486;RBI=0.0273235;REFB=0;REVB=0.0254922;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101731;OID=.;OPOS=23504916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr22 23504959 . C T 806.08 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.541;QD=64.4864;RBI=0.0716582;REFB=0;REVB=0.0656966;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170329;OID=.;OPOS=23504959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:25:23:0:0:25:25:0:0 chr22 23513128 . C G 1543.26 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0593921;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8408;QD=58.791;RBI=0.06104;REFB=0.000539153;REVB=0.0140876;RO=1;SAF=61;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0077163;STB=0.504064;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0003845;OID=.;OPOS=23513128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:43:61:1:0:43:61:1:0 chr22 23513523 . A C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.264;QD=53.9111;RBI=0.0337801;REFB=0;REVB=0.0273687;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44923e-05;OID=.;OPOS=23513523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr22 23585132 . A G 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00763169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.153;QD=26.4612;RBI=0.00938979;REFB=-0.0257903;REVB=0.0054704;RO=18;SAF=8;SAR=18;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1125;STB=0.56245;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0167484;OID=.;OPOS=23585132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:18:8:8:10:18:8:8:10 chr22 23627369 . A G 352.54 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0272554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.908;QD=21.0473;RBI=0.0274105;REFB=-0.0165057;REVB=-0.00291186;RO=31;SAF=13;SAR=23;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518542;STB=0.528719;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0151364;OID=.;OPOS=23627369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:23:13:13:18:23:13:13:18 chr22 23630313 . T C 191.34 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0625978;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3944;QD=13.4271;RBI=0.0635111;REFB=-0.0101601;REVB=0.0107319;RO=34;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024448;STB=0.514007;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0125114;OID=.;OPOS=23630313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:34:23:23:0.403509:13:10:14:20:13:10:14:20 chr22 23915652 . G A 309.45 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0146276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.556;QD=16.0752;RBI=0.0198356;REFB=-0.0083899;REVB=0.0133972;RO=43;SAF=11;SAR=23;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242697;STB=0.513648;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00955656;OID=.;OPOS=23915652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:23:11:13:30:23:11:13:30 chr22 23962744 . T TTTC 209.5 PASS AF=0.567568;AO=18;DP=38;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.011748;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=286.116;QD=22.6484;RBI=0.026607;REFB=-0.00792025;REVB=0.0238729;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980718;STB=0.544;STBP=0.539;TYPE=ins;VARB=0.00613396;OID=.;OPOS=23962745;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567568:18:38:21:37:16:11:10:10:6:99:18:9:9:11:7 chr22 23974200 . A G 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0217953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4115;QD=16.9292;RBI=0.0371306;REFB=-0.0517572;REVB=0.0300607;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171635;STB=0.599822;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0299874;OID=.;OPOS=23974200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:5:7:9:3:5:7 chr22 24034288 . A G 755.36 PASS AF=1;AO=43;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6432;QD=52.0937;RBI=0.123291;REFB=0;REVB=0.11589;RO=0;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0054111;OID=.;OPOS=24034288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:58:0:0:43:58:1:12:31:0:0:24:34:0:0 chr22 24035970 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.605;QD=61.683;RBI=0.0430772;REFB=0;REVB=0.0249969;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229028;OID=.;OPOS=24035970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr22 24036563 . G A 342.32 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2543;QD=50.7136;RBI=0.0351252;REFB=0.0362047;REVB=0.0334177;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299354;STB=0.516117;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000550721;OID=.;OPOS=24036563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:1:1:25:26:0.962963:15:10:0:1:15:11:0:1 chr22 24038847 . T C 695.01 PASS AF=0.957447;AO=37;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8329;QD=59.15;RBI=0.0208763;REFB=-0.117887;REVB=0.00617787;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346573;STB=0.512815;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0285424;OID=.;OPOS=24038847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:1:1:37:45:0.957447:13:24:0:1:19:26:0:1 chr22 24086107 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.087;QD=57.2369;RBI=0.0325491;REFB=0;REVB=-0.0292153;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.81334e-05;OID=.;OPOS=24086107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr22 24087319 . A C 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0281752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.094;QD=19.8256;RBI=0.0281927;REFB=-0.0023821;REVB=0.000993203;RO=25;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637919;STB=0.535636;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00208551;OID=.;OPOS=24087319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:16:11:12:13:16:11:12:13 chr22 24108412 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.757;QD=47.8223;RBI=0.0311048;REFB=0;REVB=0.0177553;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415986;OID=.;OPOS=24108412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr22 24121378 . C T 61.86 PASS AF=1;AO=4;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.7896;QD=35.3508;RBI=0.0342251;REFB=0;REVB=0.00599906;RO=0;SAF=3;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201783;OID=.;OPOS=24121378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:4:7:1:1:3:0:0:1:6:0:0 chr22 24143502 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588296;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.781;QD=55.0987;RBI=0.061013;REFB=0;REVB=0.0161762;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232456;OID=.;OPOS=24143502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr22 24158895 . A G 205.63 PASS AF=0.322034;AO=18;DP=62;FAO=19;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00308712;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.739;QD=13.9411;RBI=0.00832673;REFB=-0.00786076;REVB=0.00773331;RO=36;SAF=13;SAR=5;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237356;STB=0.567612;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0182758;OID=.;OPOS=24158895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:36:34:18:19:0.322034:5:13:19:17:6:13:20:14 chr22 24167513 . G A 370.85 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0539212;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.047;QD=17.0506;RBI=0.0597694;REFB=-0.0178579;REVB=0.0257853;RO=48;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361178;STB=0.520235;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0207336;OID=.;OPOS=24167513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:48:48:39:39:0.448276:23:16:18:30:23:16:18:30 chr22 24167657 . G A,GAA 230.01 PASS AF=0,0.446154;AO=4,19;DP=68;FAO=0,29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=0,11;FSAR=0,18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0335906,0.0876658;FXX=0.0151492;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=239.186,28.7306;QD=14.1541;RBI=0.0340301,0.124263;REFB=0.000539047,0.0012228;REVB=0.00545122,0.0880676;RO=37;SAF=2,6;SAR=2,13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0440733,-0.258504;STB=0.5,0.598644;STBP=1,0.201;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00484999;OID=.,.;OPOS=24167657,24167658;OREF=G,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:68:65:37:36:4,19:0,29:0,0.446154:2,13:2,6:20:17:0,18:0,11:20:16 chr22 24176287 . G A 571.75 PASS AF=0.435714;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.064192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0744;QD=16.3357;RBI=0.110722;REFB=-0.0243794;REVB=0.0902152;RO=77;SAF=18;SAR=43;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201249;STB=0.614247;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.033325;OID=.;OPOS=24176287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:77:79:61:61:0.435714:43:18:37:40:43:18:38:41 chr22 24179132 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00300969;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.371;QD=12.7381;RBI=0.0549464;REFB=-0.0228064;REVB=0.054864;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214881;STB=0.624738;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0292358;OID=.;OPOS=24179132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:9:1:2:6:9:1 chr22 24180449 . C T 621.68 PASS AF=0.444444;AO=68;DP=153;FAO=68;FDP=153;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.00688204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.692;QD=16.2529;RBI=0.0126593;REFB=-0.0136868;REVB=-0.0106252;RO=85;SAF=34;SAR=34;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410681;STB=0.522869;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0164321;OID=.;OPOS=24180449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:85:85:68:68:0.444444:34:34:46:39:34:34:46:39 chr22 24237463 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.838;QD=63.2867;RBI=0.00293124;REFB=0;REVB=0.000808284;RO=0;SAF=35;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54764e-06;OID=.;OPOS=24237463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:11:35:0:0:11:35:0:0 chr22 24238079 . T A 422.21 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.362;QD=54.4787;RBI=0.0244358;REFB=-0.0983106;REVB=0.0243959;RO=1;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443379;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208951;OID=.;OPOS=24238079;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:31:1:0:30:31:1:10:20:0:1:11:20:0:0 chr22 24459438 . T C 1800.69 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.621;QD=61.0404;RBI=0.0465497;REFB=0;REVB=0.0380147;RO=0;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177677;OID=.;OPOS=24459438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:118:0:0:115:118:1:54:61:0:0:56:62:0:0 chr22 24579049 . G A 124.35 PASS AF=0.234568;AO=19;DP=81;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=0.00144395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.293;QD=6.14052;RBI=0.00623812;REFB=-4.14032e-05;REVB=0.0060687;RO=61;SAF=11;SAR=8;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144318;STB=0.592501;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.000186777;OID=.;OPOS=24579049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:61:62:19:19:0.234568:8:11:42:19:8:11:43:19 chr22 24579157 . GA TC 99.04 PASS AF=0.180851;AO=17;DP=94;FAO=17;FDP=94;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0111515;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=275.684;QD=4.21459;RBI=0.0178926;REFB=-0.00487175;REVB=-0.0139925;RO=76;SAF=11;SAR=6;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139841;STB=0.586372;STBP=0.48;TYPE=mnp;VARB=0.023375;OID=.;OPOS=24579157;OREF=GA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:76:77:17:17:0.180851:6:11:41:35:6:11:42:35 chr22 24622648 . T C 218.06 PASS AF=0.391304;AO=22;DP=61;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00665456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5954;QD=12.6414;RBI=0.00691101;REFB=-0.0161224;REVB=-0.00186518;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00774881;STB=0.51127;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0668199;OID=.;OPOS=24622648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:69:39:42:22:27:0.391304:12:10:18:21:14:13:21:21 chr22 24629973 . C CG 31.18 PASS AF=0.228571;AO=7;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0411618;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=70.1274;QD=3.56383;RBI=0.0435112;REFB=-0.00588962;REVB=0.0141045;RO=27;SAF=1;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508233;STB=0.854021;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=0.0853438;OID=.;OPOS=24629974;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.228571:7:35:8:35:27:1:7:15:12:31:27:1:6:15:12 chr22 24672718 . A G 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00512614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.364;QD=21.744;RBI=0.00559999;REFB=-0.00975713;REVB=0.00225444;RO=16;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147108;STB=0.582196;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00924053;OID=.;OPOS=24672718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:8:11:12:4:8:11:12:4 chr22 24717850 . A G 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.768;QD=49.5964;RBI=0.0123043;REFB=0;REVB=0.0114652;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88903e-05;OID=.;OPOS=24717850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr22 24761467 . G A 685.66 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-1.57979e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.926;QD=58.3537;RBI=0.0394034;REFB=-0.07132;REVB=0.0394034;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361215;STB=0.519222;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000981602;OID=.;OPOS=24761467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:20:25:2:0:20:25:2:0 chr22 24811667 . G A 51.24 PASS AF=0.216216;AO=7;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00114583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.743;QD=5.53962;RBI=0.0231661;REFB=-0.010436;REVB=-0.0231377;RO=28;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253124;STB=0.709195;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0346225;OID=.;OPOS=24811667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:28:29:7:8:0.216216:3:4:10:18:3:5:10:19 chr22 24813165 . G T 446.0 PASS AF=0.462963;AO=49;DP=107;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00340123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.262;QD=16.5185;RBI=0.00596721;REFB=-0.0258058;REVB=-0.00490298;RO=54;SAF=26;SAR=23;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463473;STB=0.529226;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0271145;OID=.;OPOS=24813165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:54:58:49:50:0.462963:23:26:26:28:24:26:27:31 chr22 24898310 . C T 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0177613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2937;QD=16.8244;RBI=0.0208112;REFB=0.00526526;REVB=-0.0108463;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719406;STB=0.541137;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00833187;OID=.;OPOS=24898310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:12:9:14:14:12:9:14:14 chr22 25003922 . G A 509.47 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.019176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.875;QD=23.4237;RBI=0.0296121;REFB=-0.0403156;REVB=0.0225645;RO=38;SAF=14;SAR=34;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286487;STB=0.653119;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00911489;OID=.;OPOS=25003922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:38:39:48:48:0.551724:34:14:24:14:34:14:24:15 chr22 25003934 . G A 286.69 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0027771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.822;QD=13.3343;RBI=0.0176001;REFB=-0.0179591;REVB=-0.0173796;RO=51;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172573;STB=0.584511;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0238299;OID=.;OPOS=25003934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:53:33:33:0.383721:16:17:18:33:16:17:20:33 chr22 25024076 . G A 136.97 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.014214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.999;QD=18.2625;RBI=0.01422;REFB=-0.029168;REVB=0.000412234;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130632;STB=0.571338;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0271381;OID=.;OPOS=25024076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:15:14:15:0.5:6:8:10:4:6:9:11:4 chr22 25045855 . G A 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00584784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.869;QD=25.4292;RBI=0.0254784;REFB=-0.0080499;REVB=0.0247983;RO=15;SAF=11;SAR=11;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220008;STB=0.621518;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00627876;OID=.;OPOS=25045855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:11:11:3:12:11:11:3:12 chr22 25145453 . C T 464.81 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.926;QD=58.1009;RBI=0.0251376;REFB=0;REVB=-0.00250782;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018413;OID=.;OPOS=25145453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr22 25145471 . A G,T 373.93 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=25,2;DP=27;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0905508,-0.0158164;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.107,17.3173;QD=53.4185;RBI=0.0905528,0.0427893;REFB=0,0;REVB=-0.00060129,-0.0397588;RO=0;SAF=4,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.661e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000871985,0.128041;OID=.,.;OPOS=25145471,25145471;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:28:0:0:25,2:26,2:0.928571,0.0714286:21,0:4,2:0:0:21,0:5,2:0:0 chr22 25151842 . TGT GTT,TGTT,TTG,TTT 91.92 PASS AF=0,0.242857,0.0428571,0.0285714;AO=8,13,4,5;DP=72;FAO=0,17,3,2;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=0,15,3,2;FSAR=0,2,0,0;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.101003,-0.218845,0.0902599,-0.0563416;FXX=0.0140825;HRUN=5,1,1,1;LEN=2,1,2,1;MLLD=22.4698,15.4071,84.3009,212.357;QD=5.25271;RBI=0.101388,0.219447,0.090409,0.0563416;REFB=-0.0381009,-0.0496399,0.00514878,-0.0030525;REVB=0.00883422,-0.0162452,0.00519096,-4.73151e-05;RO=39;SAF=8,10,3,5;SAR=0,3,1,0;SRF=12;SRR=27;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.76224,0.524345,0.451949,0.698445;STB=0.5,0.87867,0.997267,0.996026;STBP=1,0.001,0.027,0.106;TYPE=mnp,ins,mnp,snp;VARB=0,0.14552,-0.202729,0.127948;OID=.,.,.,.;OPOS=25151842,25151844,25151843,25151843;OREF=TG,-,GT,G;OALT=GT,T,TG,T;OMAPALT=GTT,TGTT,TTG,TTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:61:72:70:39:48:8,13,4,5:0,17,3,2:0,0.242857,0.0428571,0.0285714:0,3,1,0:8,10,3,5:12:27:0,2,0,0:0,15,3,2:18:30 chr22 25294253 . G A 91.21 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0125519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7744;QD=17.3731;RBI=0.108531;REFB=0.00843369;REVB=0.107802;RO=10;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358864;STB=0.707579;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.000841761;OID=.;OPOS=25294253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:3:8:3:7:3:8:3:7 chr22 25294369 . G A 179.53 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0291315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0795;QD=15.6115;RBI=0.0983763;REFB=-0.021269;REVB=0.0939641;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192674;STB=0.610993;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.034491;OID=.;OPOS=25294369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:12:7:15:12:12:7:15:12 chr22 25294376 . C T 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0280553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0799;QD=16.4442;RBI=0.0434634;REFB=-0.00948328;REVB=-0.033196;RO=27;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173955;STB=0.599898;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0125829;OID=.;OPOS=25294376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:13:7:14:13:13:7:14:13 chr22 25425181 . C G 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0221933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.875;QD=16.4256;RBI=0.0227831;REFB=-0.00843758;REVB=-0.00515007;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512816;STB=0.560337;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00719606;OID=.;OPOS=25425181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:9:11:11:11:0.5:3:8:7:2:3:8:9:2 chr22 25425340 . T C 207.4 PASS AF=0.512195;AO=18;DP=38;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00178299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.823;QD=20.2339;RBI=0.00334238;REFB=-0.0150234;REVB=0.00282709;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107618;STB=0.509795;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0126456;OID=.;OPOS=25425340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:20:20:18:21:0.512195:7:11:12:8:8:13:12:8 chr22 25425439 . A C 52.61 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.0252661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.748;QD=6.78784;RBI=0.0257005;REFB=-0.00562442;REVB=-0.00470566;RO=22;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100718;STB=0.509068;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0173694;OID=.;OPOS=25425439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:22:23:8:8:0.258065:7:1:2:20:7:1:3:20 chr22 25436904 . T C 54.67 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00854664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.614;QD=9.11176;RBI=0.00866135;REFB=-0.0163116;REVB=0.00140498;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137746;STB=0.584891;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0299778;OID=.;OPOS=25436904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:3:5:8:8:3:5:8:8 chr22 25577688 . G A 744.82 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8416;QD=63.389;RBI=0.0811779;REFB=0;REVB=0.0764233;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138735;OID=.;OPOS=25577688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:17:29:0:0:18:29:0:0 chr22 25577733 . T C 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.248;QD=62.3469;RBI=0.0448994;REFB=0;REVB=-0.0266615;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24003e-05;OID=.;OPOS=25577733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr22 25601196 . C G 512.03 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00772296;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3908;QD=56.892;RBI=0.0108162;REFB=-0.0302592;REVB=-0.00757276;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301623;STB=0.51612;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00130328;OID=.;OPOS=25601196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:1:0:20:15:1:0 chr22 25627604 . G A 337.27 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0046603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.231;QD=13.0978;RBI=0.0162707;REFB=-0.00942353;REVB=0.015589;RO=62;SAF=25;SAR=15;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187165;STB=0.601914;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0187182;OID=.;OPOS=25627604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:63:40:40:0.38835:15:25:28:34:15:25:29:34 chr22 25715923 . G A 1100.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.125;QD=60.3002;RBI=0.0627159;REFB=0;REVB=0.0172503;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152042;OID=.;OPOS=25715923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:73:0:0:68:73:1:36:32:0:0:36:37:0:0 chr22 25715931 . A G 1133.8 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5714;QD=60.4693;RBI=0.0539582;REFB=0;REVB=0.0524679;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336293;OID=.;OPOS=25715931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr22 26159289 . G A 114.36 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0149666;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.638;QD=10.1653;RBI=0.0152751;REFB=-0.00244976;REVB=0.00305445;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194423;STB=0.533286;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00471443;OID=.;OPOS=26159289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:31:14:14:0.311111:7:7:14:15:7:7:14:17 chr22 26164079 . C T 127.44 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.019117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.3028;QD=12.4327;RBI=0.029959;REFB=-0.00904151;REVB=-0.0230668;RO=26;SAF=3;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366995;STB=0.718781;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0358518;OID=.;OPOS=26164079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:12:3:13:13:12:3:13:13 chr22 26164413 . C T 70.27 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.046815;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=60.2332;QD=7.80724;RBI=0.0558898;REFB=-0.00404857;REVB=-0.0305292;RO=22;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232628;STB=0.692905;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0578214;OID=.;OPOS=26164413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:35:36:22:26:10:10:0.277778:8:2:8:14:8:2:11:15 chr22 26166900 . G C 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0196033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.65;QD=59.7967;RBI=0.0290104;REFB=-0.0621106;REVB=0.0213849;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00234237;OID=.;OPOS=26166900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:22:21:0:1:22:21:0:1 chr22 26173661 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.924;QD=53.9112;RBI=0.0295083;REFB=0;REVB=0.0291459;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54574e-05;OID=.;OPOS=26173661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr22 26193982 . C G 295.77 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=-0.0359465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4945;QD=17.6577;RBI=0.0550173;REFB=-0.0552524;REVB=0.0416503;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273501;STB=0.642843;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0334607;OID=.;OPOS=26193982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:34:32:33:0.492537:16:16:7:27:17:16:7:27 chr22 26194045 . T C 220.39 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.0114112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.805;QD=16.0282;RBI=0.0234978;REFB=-0.0135688;REVB=-0.0205409;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=2;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269255;STB=0.603158;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0107477;OID=.;OPOS=26194045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:30:20:25:0.454545:15:5:2:24:17:8:5:25 chr22 26222454 . C T 493.86 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.00694534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.384;QD=17.638;RBI=0.0584752;REFB=-0.0188745;REVB=0.0580612;RO=59;SAF=34;SAR=19;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147545;STB=0.5082;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0178638;OID=.;OPOS=26222454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:59:53:53:0.473214:19:34:37:22:19:34:37:22 chr22 26849247 . G A 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00602447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.061;QD=17.7534;RBI=0.0154947;REFB=-0.0240674;REVB=0.0142756;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140118;STB=0.578804;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.020121;OID=.;OPOS=26849247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:14:11:16:11:14:11:16:11 chr22 26853905 . C A 715.92 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.094;QD=60.9297;RBI=0.0217931;REFB=-0.159349;REVB=0.0182508;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00126042;OID=.;OPOS=26853905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:47:0:1:46:46:0.978723:23:23:0:0:23:23:0:1 chr22 26854441 . G A 639.19 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00226743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.04;QD=59.4594;RBI=0.0581396;REFB=-0.10725;REVB=0.0580954;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208598;STB=0.511106;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00165723;OID=.;OPOS=26854441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:22:20:0:1:22:20:0:1 chr22 26859942 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.421;QD=56.7065;RBI=0.0245768;REFB=0;REVB=0.0119346;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50915e-05;OID=.;OPOS=26859942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr22 26860269 . G C 287.37 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00983452;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1;QD=20.5261;RBI=0.0104446;REFB=-0.013566;REVB=-0.00351744;RO=27;SAF=19;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164353;STB=0.582052;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0151583;OID=.;OPOS=26860269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:27:26:30:30:0.535714:11:19:12:15:11:19:12:14 chr22 26862041 . G A 385.16 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0412727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1983;QD=20.5417;RBI=0.0471345;REFB=-0.0196847;REVB=-0.0227646;RO=36;SAF=15;SAR=24;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738901;STB=0.540818;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00990035;OID=.;OPOS=26862041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:24:15:11:25:24:15:11:25 chr22 26862212 . T C 956.28 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.658;QD=58.8477;RBI=0.0601743;REFB=0;REVB=0.0569137;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18604e-05;OID=.;OPOS=26862212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:62:65:1:26:36:0:0:29:36:0:0 chr22 26879958 . C G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0142194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.467;QD=21.8421;RBI=0.0413487;REFB=-0.0183802;REVB=0.0388268;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144764;STB=0.583085;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0152413;OID=.;OPOS=26879958;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:2:0:1:5:2:0 chr22 26879962 . G C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=5.53e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.949;QD=21.8421;RBI=0.00877765;REFB=-0.0365576;REVB=0.00877747;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144764;STB=0.583085;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00733709;OID=.;OPOS=26879962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:2:0:1:5:2:0 chr22 26879967 . A G 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0117501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.593;QD=30.5927;RBI=0.108503;REFB=-0.105225;REVB=0.107865;RO=2;SAF=8;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994744;STB=0.555452;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00446919;OID=.;OPOS=26879967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:2:8:2:0:2:8:2:0 chr22 26884039 . G A,C 1089.3 PASS AF=0.898734,0.0759494;AO=70,6;DP=79;FAO=71,6;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=36,5;FSAR=35,1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00933893,0.0268769;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=128.654,21.0138;QD=55.1547;RBI=0.0165926,0.030381;REFB=0.00252028,-0.0144066;REVB=0.0137149,-0.0141647;RO=2;SAF=35,5;SAR=35,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0262494,-0.144764;STB=0.51351,0.583085;STBP=0.223,0.683;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00415425,0.0394804;OID=.,.;OPOS=26884039,26884039;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:79:79:2:2:70,6:71,6:0.898734,0.0759494:35,1:35,5:2:0:35,1:36,5:2:0 chr22 26895337 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.231;QD=57.5452;RBI=0.0172972;REFB=0;REVB=0.00661429;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8274e-05;OID=.;OPOS=26895337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr22 26932150 . G A 262.78 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00701282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0181;QD=15.0162;RBI=0.0369148;REFB=0.0143301;REVB=-0.0362425;RO=38;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141015;STB=0.509665;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.0331938;OID=.;OPOS=26932150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:40:30:30:0.428571:13:17:21:17:13:17:22:18 chr22 26937327 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.217;QD=53.2772;RBI=0.0492561;REFB=0;REVB=0.02201;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149875;OID=.;OPOS=26937327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr22 27021457 . T C,G 638.13 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=40,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603185,-0.0475948;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=233.903,10.2252;QD=60.7745;RBI=0.0320776,0.0776266;REFB=0,0;REVB=0.0315054,-0.0613239;RO=0;SAF=22,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.19993e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000222699,0.129534;OID=.,.;OPOS=27021457,27021457;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:40,2:40,2:0.952381,0.047619:18,2:22,0:0:0:18,2:22,0:0:0 chr22 28196401 . GGC G,GG 604.61 PASS AF=0.907895,0;AO=28,18;DP=76;FAO=69,0;FDP=76;FR=.;FRO=7;FSAF=32,0;FSAR=37,0;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.180504,0.0606765;FXX=0;HRUN=5,6;LEN=2,1;MLLD=19.5973,9.925;QD=31.8216;RBI=0.288008,0.0653776;REFB=-0.127361,-0.052202;REVB=0.224426,-0.0243431;RO=14;SAF=19,3;SAR=9,15;SRF=12;SRR=2;SSEN=0.555556,0.515152;SSEP=0,0.611111;SSSB=-0.131613,-0.558326;STB=0.536221,0.5;STBP=0.07,1;TYPE=del,del;VARB=0.025286,0.00882958;OID=.,.;OPOS=28196402,28196403;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.907895,0:28,18:76:69,0:76:7:32,0:37,0:6:1:9:14:19,3:9,15:12:2 chr22 28378472 . A G 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0234183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.528;QD=19.4667;RBI=0.0241755;REFB=-0.00154242;REVB=0.00600305;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735939;STB=0.541448;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00143896;OID=.;OPOS=28378472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:14:8:7:17:14:8:7:17 chr22 29182500 . C A 1441.69 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.602;QD=62.6821;RBI=0.023197;REFB=0;REVB=-0.00448431;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0063e-05;OID=.;OPOS=29182500;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:51:40:0:0:52:40:0:0 chr22 29446611 . A C 1521.16 PASS AF=1;AO=71;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=79;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.435;QD=60.2439;RBI=0.102858;REFB=0;REVB=0.0801326;RO=0;SAF=60;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237001;OID=.;OPOS=29446611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:71:101:1:11:60:0:0:22:79:0:0 chr22 29449691 . AAT A,AAA 127.86 PASS AF=0.882353,0;AO=9,4;DP=33;FAO=15,0;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=4,0;FSAR=11,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.265996,-0.0547368;FXX=0.291545;HRUN=6,7;LEN=2,1;MLLD=17.4629,4.95739;QD=30.0843;RBI=0.26954,0.071664;REFB=0.00343091,-0.151359;REVB=-0.0435604,0.0462559;RO=15;SAF=1,0;SAR=8,4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.570485,-0.701367;STB=0.533934,0.5;STBP=0.564,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0194478,0;OID=.,.;OPOS=29449692,29449693;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353,0:9,4:33:15,0:17:2:4,0:11,0:1:1:9:15:1,0:8,4:9:6 chr22 29450923 . A G 766.45 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.361;QD=63.8708;RBI=0.0543554;REFB=0;REVB=0.0276017;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352861;OID=.;OPOS=29450923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:28:19:0:0:28:20:0:0 chr22 29453027 . A G 740.36 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.161;QD=56.9505;RBI=0.0207377;REFB=0;REVB=0.00185543;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.58069e-05;OID=.;OPOS=29453027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:31:20:0:0:31:21:0:0 chr22 29453193 . G C 749.32 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.293;QD=54.4958;RBI=0.0610149;REFB=-0.089976;REVB=0.058766;RO=1;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209328;STB=0.510634;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00164406;OID=.;OPOS=29453193;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:53:54:0.981818:22:31:0:1:23:31:0:1 chr22 29456733 . T C 2500.33 PASS AF=0.993939;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00337235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9984;QD=60.614;RBI=0.0351257;REFB=-0.0525049;REVB=0.0349634;RO=0;SAF=86;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1879e-08;STB=0.50289;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000965547;OID=.;OPOS=29456733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:165:0:1:163:164:0.993939:77:86:0:0:78:86:1:0 chr22 29517463 . G T 191.06 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0449363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5452;QD=23.1582;RBI=0.0453184;REFB=-0.035923;REVB=-0.00587266;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199634;STB=0.51117;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0269757;OID=.;OPOS=29517463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:10:9:7:7:10:9:7:7 chr22 29540198 . T G 333.57 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0177749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.988;QD=21.1788;RBI=0.0237832;REFB=-0.0036852;REVB=0.0158017;RO=27;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087506;STB=0.506348;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00241948;OID=.;OPOS=29540198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:28:34:35:0.555556:18:16:13:14:18:17:14:14 chr22 29542182 . AT A 300.53 PASS AF=0.451327;AO=48;DP=115;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.109347;FXX=0.0258598;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.3609;QD=10.6382;RBI=0.109603;REFB=-0.0365125;REVB=0.007485;RO=59;SAF=26;SAR=22;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175656;STB=0.50673;STBP=0.919;TYPE=del;VARB=0.0489233;OID=.;OPOS=29542183;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451327:48:115:51:113:62:29:22:36:26:99:59:26:22:33:26 chr22 29542748 . C A 2383.74 PASS AF=1;AO=154;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312207;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4826;QD=61.1215;RBI=0.0339967;REFB=0;REVB=-0.0134552;RO=0;SAF=72;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.34609e-05;OID=.;OPOS=29542748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:154:156:1:82:72:0:0:84:72:0:0 chr22 29627431 . ACC A,AC 127.01 PASS AF=0,1;AO=3,15;DP=24;FAO=0,22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139156,-0.02932;FXX=0.0832986;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=10.4841,7.87057;QD=23.093;RBI=0.0749104,0.133481;REFB=-0.0065257,-0.00403702;REVB=-0.0736065,-0.130221;RO=2;SAF=3,11;SAR=0,4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.692188,0.0615517;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0521202,0.00245223;OID=.,.;OPOS=29627432,29627432;OREF=CC,C;OALT=-,-;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:3,15:24:0,22:22:0:0,17:0,5:0:0:3:2:3,11:0,4:1:1 chr22 29656228 . T G,TG 45.1 PASS AF=0,0.244444;AO=5,8;DP=46;FAO=0,11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=0,9;FSAR=0,2;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=-0.0203004,-0.124144;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=177.82,17.7575;QD=4.00862;RBI=0.0210314,0.13136;REFB=-0.00741469,-0.0587126;REVB=-0.00549668,0.042937;RO=33;SAF=5,6;SAR=0,2;SRF=26;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.54914,-0.0643914;STB=0.5,0.529356;STBP=1,0.895;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.144993;OID=.,.;OPOS=29656228,29656229;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:46:46:45:33:34:5,8:0,11:0,0.244444:0,2:5,6:26:7:0,2:0,9:27:7 chr22 29659960 . C T 323.82 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0431102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6333;QD=25.9056;RBI=0.0489934;REFB=-0.0334733;REVB=0.023278;RO=20;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098771;STB=0.542907;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0419679;OID=.;OPOS=29659960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:21:29:29:0.58:15:14:7:13:15:14:8:13 chr22 29704125 . C T 301.43 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00188759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.251;QD=16.7459;RBI=0.010024;REFB=-0.0102183;REVB=-0.00984464;RO=37;SAF=6;SAR=27;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279076;STB=0.664317;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0128901;OID=.;OPOS=29704125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:39:33:33:0.458333:27:6:15:22:27:6:16:23 chr22 29727866 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0317735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3375;QD=19.1804;RBI=0.0330948;REFB=0.0140931;REVB=0.00925822;RO=11;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400481;STB=0.732918;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00705098;OID=.;OPOS=29727866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:11:2:6:5:11:2:6:5 chr22 29727886 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9962;QD=35.5758;RBI=0.0383283;REFB=0;REVB=0.0348133;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00390805;OID=.;OPOS=29727886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr22 29730334 . G A 337.52 PASS AF=0.576271;AO=33;DP=58;FAO=34;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00952026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.038;QD=22.8829;RBI=0.0214839;REFB=-0.0399989;REVB=0.0192594;RO=18;SAF=12;SAR=21;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553144;STB=0.559964;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0275933;OID=.;OPOS=29730334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:18:25:33:34:0.576271:21:12:8:10:21:13:13:12 chr22 29755888 . T C 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00433777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.756;QD=12.4136;RBI=0.0213783;REFB=0.00159993;REVB=-0.0209336;RO=37;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364081;STB=0.709405;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00198187;OID=.;OPOS=29755888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:7:16:13:24:7:16:13:24 chr22 29837537 . T C 203.9 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.0105811;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.772;QD=14.3084;RBI=0.0128605;REFB=0.00228371;REVB=-0.00730969;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225335;STB=0.626864;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00236292;OID=.;OPOS=29837537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:33:24:24:0.421053:14:10:7:26:14:10:7:26 chr22 29837566 . TTCC T 159.3 PASS AF=0.402985;AO=25;DP=65;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0102836;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=242.108;QD=9.51021;RBI=0.0140339;REFB=-0.00381902;REVB=-0.00954982;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207323;STB=0.600881;STBP=0.229;TYPE=del;VARB=0.00622236;OID=.;OPOS=29837567;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402985:25:65:27:67:40:11:16:10:30:99:33:10:15:7:26 chr22 29885861 . T C 253.83 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0030219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.362;QD=50.7656;RBI=0.0564378;REFB=0;REVB=0.0563568;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257117;OID=.;OPOS=29885861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:11:8:0:0:12:8:0:0 chr22 29886413 . A G 563.77 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2691;QD=57.8222;RBI=0.0238357;REFB=0.0161407;REVB=0.00947024;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511105;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00162925;OID=.;OPOS=29886413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:0:1:38:38:0.974359:22:16:0:0:22:16:0:1 chr22 29886886 . GCCCCCA GCCCCAT 237.95 PASS AF=1;AO=3;DP=40;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650758;FXX=0.487055;HRUN=5;LEN=2;MLLD=170.637;QD=47.5902;RBI=0.0676737;REFB=0;REVB=0.0185704;RO=26;SAF=3;SAR=0;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.674844;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00154725;OID=.;OPOS=29886891;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=GCCCCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:40:20:20:0:15:5:0:0:4:26:3:0:7:19 chr22 29886893 . G T 534.18 PASS AF=1;AO=32;DP=39;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308768;FXX=0.0769034;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.551;QD=59.3537;RBI=0.0316521;REFB=0;REVB=0.00696277;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286217;OID=.;OPOS=29886893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:36:0:0:32:36:1:20:12:0:0:21:15:0:0 chr22 29904354 . G A 276.57 PASS AF=0.426667;AO=31;DP=74;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0133198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.982;QD=14.7503;RBI=0.0170211;REFB=-0.0160633;REVB=-0.0105972;RO=39;SAF=20;SAR=11;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280515;STB=0.650115;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0205118;OID=.;OPOS=29904354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:43:31:32:0.426667:11:20:14:25:11:21:17:26 chr22 29913272 . C T 137.0 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00312937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1569;QD=8.69817;RBI=0.0142074;REFB=-0.0263443;REVB=-0.0138585;RO=43;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15906;STB=0.586576;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0388976;OID=.;OPOS=29913272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:44:19:19:0.301587:8:11:19:24:8:11:20:24 chr22 29960335 . A G 229.43 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00592126;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.566;QD=11.6165;RBI=0.0072488;REFB=-0.0133209;REVB=-0.00418136;RO=51;SAF=15;SAR=13;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00706406;STB=0.504084;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0242289;OID=.;OPOS=29960335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:13:15:27:24:13:15:27:24 chr22 30198025 . C T 440.62 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00788005;FXX=0.0309246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.219;QD=18.7498;RBI=0.0095576;REFB=-0.00899123;REVB=-0.00540855;RO=48;SAF=19;SAR=25;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838833;STB=0.547157;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00899503;OID=.;OPOS=30198025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:94:48:50:44:44:0.468085:25:19:25:23:25:19:26:24 chr22 30221201 . G A 324.23 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.016114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3951;QD=19.6503;RBI=0.0173914;REFB=-0.0325004;REVB=0.00654211;RO=32;SAF=18;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800367;STB=0.544458;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0291603;OID=.;OPOS=30221201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:16:18:14:18:16:18:14:18 chr22 30234192 . TGCC T 31.58 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0703988;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=148.153;QD=14.0346;RBI=0.0704543;REFB=-0.0758724;REVB=-0.0027959;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.699373;STBP=0.342;TYPE=del;VARB=0.0498212;OID=.;OPOS=30234193;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:5:9:5:9:4:2:3:0:4:22:3:2:3:0:3 chr22 30367014 . A T 94.23 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0228417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0648;QD=10.4703;RBI=0.0555149;REFB=0.00101712;REVB=-0.050598;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45341e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00436559;OID=.;OPOS=30367014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:9:3:6:18:9:3:6:18 chr22 30403996 . C T 255.99 PASS AF=0.446154;AO=27;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0044073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.853;QD=15.7533;RBI=0.00485029;REFB=-0.00273056;REVB=-0.00202509;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217077;STB=0.501638;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0038019;OID=.;OPOS=30403996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:36:27:29:0.446154:11:16:20:15:12:17:21:15 chr22 30423744 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00555745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.619;QD=21.971;RBI=0.0240959;REFB=-0.00788417;REVB=0.0234462;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122574;STB=0.567501;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00482809;OID=.;OPOS=30423744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:19:20:0.540541:10:9:10:6:10:10:11:6 chr22 30662817 . C T 57.91 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00434089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.349;QD=13.6268;RBI=0.0168954;REFB=-0.0367334;REVB=-0.0163283;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256503;STB=0.6518;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0316973;OID=.;OPOS=30662817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:3:6:3:5:3:6 chr22 30681257 . C G 191.64 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.832;QD=47.9089;RBI=0.0612896;REFB=0;REVB=0.0605984;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174932;OID=.;OPOS=30681257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:13:16:1:3:10:0:0:6:10:0:0 chr22 30714684 . A C 780.1 PASS AF=1;AO=32;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00963027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.555;QD=65.0079;RBI=0.13991;REFB=0;REVB=0.139578;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405567;OID=.;OPOS=30714684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:32:48:1:14:18:0:0:30:18:0:0 chr22 30766509 . C G 172.0 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0170763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.17;QD=18.1048;RBI=0.0170763;REFB=-0.00656252;REVB=4.64383e-05;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418177;STB=0.523783;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00953729;OID=.;OPOS=30766509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:8:12:10:8:8:12 chr22 30770603 . T A 1019.21 PASS AF=0.972603;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0110056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.777;QD=55.847;RBI=0.0110818;REFB=-0.0484928;REVB=0.00129746;RO=2;SAF=38;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00226602;STB=0.500969;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.000197106;OID=.;OPOS=30770603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:70:71:0.972603:32:38:1:1:33:38:1:1 chr22 30771554 . T G 873.72 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.692;QD=57.2933;RBI=0.0605622;REFB=0;REVB=-0.0454691;RO=0;SAF=14;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158743;OID=.;OPOS=30771554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:61:0:0:56:61:1:42:14:0:0:44:17:0:0 chr22 30772686 . C T 326.78 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.102041;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.787;QD=48.4124;RBI=0.102487;REFB=-0.0628156;REVB=-0.00954287;RO=2;SAF=14;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00834051;STB=0.504501;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00339206;OID=.;OPOS=30772686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:28:27:2:2:25:25:0.925926:11:14:1:1:11:14:1:1 chr22 30782089 . A G 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.663;QD=58.5994;RBI=0.0637634;REFB=0;REVB=-0.0491722;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.25285e-05;OID=.;OPOS=30782089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr22 30793137 . G A 74.61 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=0.104932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7508;QD=10.6591;RBI=0.108026;REFB=-0.0107139;REVB=-0.0256722;RO=18;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155007;STB=0.590754;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0249;OID=.;OPOS=30793137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:9:1:1:17:9:1:1:17 chr22 30794719 . C T 378.15 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0136218;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9185;QD=16.2645;RBI=0.0421613;REFB=-0.00803814;REVB=0.0399001;RO=53;SAF=16;SAR=24;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398309;STB=0.502241;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0104086;OID=.;OPOS=30794719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:24:16:21:32:24:16:21:32 chr22 30819758 . G A 546.77 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.000992056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5629;QD=26.0365;RBI=0.0382981;REFB=0.0330059;REVB=-0.0382853;RO=34;SAF=28;SAR=22;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448283;STB=0.524486;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0223612;OID=.;OPOS=30819758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:34:50:50:0.595238:22:28:17:17:22:28:17:17 chr22 30820707 . A G 186.9 PASS AF=0.5;AO=17;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0101046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.481;QD=19.6736;RBI=0.0167175;REFB=-0.0223631;REVB=-0.0133181;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201429;STB=0.604287;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0180112;OID=.;OPOS=30820707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:19:17:19:0.5:7:10:7:12:8:11:7:12 chr22 30823113 . T G 632.26 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120409;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.864;QD=61.684;RBI=0.0140296;REFB=0;REVB=0.00720046;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67774e-05;OID=.;OPOS=30823113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:17:23:0:0:18:23:0:0 chr22 30823196 . T C 923.42 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123675;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.599;QD=58.6296;RBI=0.0138675;REFB=0;REVB=0.00627318;RO=0;SAF=43;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705782;OID=.;OPOS=30823196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:19:43:0:0:19:44:0:0 chr22 30857373 . A C 924.24 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226388;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4172;QD=58.6818;RBI=0.053246;REFB=0;REVB=0.0481936;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359352;OID=.;OPOS=30857373;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr22 30857448 . A G 784.54 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.503;QD=64.0438;RBI=0.0161966;REFB=0;REVB=0.00104847;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85388e-05;OID=.;OPOS=30857448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr22 30862400 . T A 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162;QD=60.976;RBI=0.0128857;REFB=0;REVB=-0.00153905;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61169e-05;OID=.;OPOS=30862400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr22 30864610 . A G 1008.31 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.944;QD=59.3123;RBI=0.0427737;REFB=0;REVB=-0.00659702;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88899e-05;OID=.;OPOS=30864610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr22 30864792 . C T 101.09 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8865;QD=40.4356;RBI=0.0868806;REFB=0;REVB=0.0648577;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00705259;OID=.;OPOS=30864792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr22 30864817 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0971544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0786;QD=35.575;RBI=0.0987983;REFB=0;REVB=-0.0179477;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00396965;OID=.;OPOS=30864817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr22 30927975 . C T 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9694;QD=46.8432;RBI=0.145876;REFB=0;REVB=0.0872102;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00806535;OID=.;OPOS=30927975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr22 31266546 . T C 750.61 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123378;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.982;QD=63.8819;RBI=0.0268296;REFB=0;REVB=-0.0238244;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92392e-05;OID=.;OPOS=31266546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr22 31302125 . C G 266.82 PASS AF=0.727273;AO=23;DP=32;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0399925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9293;QD=32.3422;RBI=0.232458;REFB=-0.0902688;REVB=0.228992;RO=7;SAF=23;SAR=0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.851838;STB=0.803834;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0443416;OID=.;OPOS=31302125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:32:33:7:9:23:24:0.727273:0:23:5:2:1:23:5:4 chr22 31302233 . T C 325.91 PASS AF=0.591837;AO=28;DP=48;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00309553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.065;QD=26.6049;RBI=0.0206758;REFB=-0.0389277;REVB=0.0204427;RO=20;SAF=17;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193685;STB=0.596007;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0250026;OID=.;OPOS=31302233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:20:20:28:29:0.591837:11:17:7:13:12:17:7:13 chr22 31333631 . T C 601.72 PASS AF=0.602273;AO=53;DP=89;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0143558;FXX=0.0537577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.043;QD=27.3507;RBI=0.0154757;REFB=-0.0222478;REVB=0.00577994;RO=31;SAF=37;SAR=16;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906648;STB=0.557044;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0104732;OID=.;OPOS=31333631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:31:35:53:53:0.602273:16:37:18:13:16:37:20:15 chr22 31342376 . G C 317.21 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00485111;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.278;QD=15.1054;RBI=0.0152372;REFB=-0.0138141;REVB=0.0144444;RO=49;SAF=21;SAR=14;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094214;STB=0.553367;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0190031;OID=.;OPOS=31342376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:49:49:35:35:0.416667:14:21:25:24:14:21:25:24 chr22 31354653 . G A 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0101563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=335.45;QD=20.8117;RBI=0.0154607;REFB=-0.00818527;REVB=-0.0116568;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390575;STB=0.521969;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00930043;OID=.;OPOS=31354653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:13:10:11:12:13:10:11:12 chr22 31456006 . C T 331.26 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0339545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.452;QD=13.6602;RBI=0.0340324;REFB=-0.0188655;REVB=0.00230155;RO=58;SAF=11;SAR=26;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139139;STB=0.571568;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0294705;OID=.;OPOS=31456006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:60:37:37:0.381443:26:11:24:34:26:11:24:36 chr22 31491295 . G C 206.7 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0247328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.848;QD=17.2251;RBI=0.0303135;REFB=-0.0140095;REVB=-0.0175271;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206105;STB=0.544512;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0163966;OID=.;OPOS=31491295;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:27:20:21:0.4375:11:9:9:10:11:10:15:12 chr22 31521850 . A C 94.43 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00568673;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.498;QD=18.8858;RBI=0.00614707;REFB=-0.0105235;REVB=0.00233401;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576918;STB=0.589302;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00833693;OID=.;OPOS=31521850;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:3:6:8:3:4:5 chr22 31529463 . C A 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0280515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.913;QD=20.5631;RBI=0.029494;REFB=-0.0136093;REVB=-0.0091109;RO=31;SAF=13;SAR=22;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179862;STB=0.599766;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0198685;OID=.;OPOS=31529463;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:22:13:18:13:22:13:18:13 chr22 31533967 . G A 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0277284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.714;QD=15.8386;RBI=0.0277713;REFB=-0.0497779;REVB=0.00154172;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566609;STB=0.53325;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0243044;OID=.;OPOS=31533967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:4:3:4:4:4:3 chr22 31535872 . G C 106.75 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0696896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5775;QD=12.2002;RBI=0.0744371;REFB=-0.0133365;REVB=-0.0261579;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323268;STB=0.704037;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0137396;OID=.;OPOS=31535872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:22:22:12:13:0.371429:8:4:14:8:9:4:14:8 chr22 31536133 . A C 902.44 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.471;QD=58.2218;RBI=0.00350164;REFB=0;REVB=0.00162376;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17398e-05;OID=.;OPOS=31536133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr22 31556103 . A G 913.25 PASS AF=0.363036;AO=109;DP=300;FAO=110;FDP=303;FR=.;FRO=193;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=105;FSRR=88;FWDB=-0.00556264;FXX=0.00328937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.258;QD=12.0561;RBI=0.00686687;REFB=-0.00865311;REVB=-0.00402629;RO=190;SAF=51;SAR=58;SRF=102;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773001;STB=0.545327;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.01534;OID=.;OPOS=31556103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:303:190:193:109:110:0.363036:58:51:102:88:58:52:105:88 chr22 31663842 . C G 740.33 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.685;QD=56.9483;RBI=0.0222065;REFB=0;REVB=0.00585071;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113231;OID=.;OPOS=31663842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr22 31679110 . G C 631.29 PASS AF=0.862069;AO=50;DP=58;FAO=50;FDP=58;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0193648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.404;QD=43.537;RBI=0.124484;REFB=-0.131952;REVB=0.122968;RO=3;SAF=27;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220838;STB=0.539984;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00319361;OID=.;OPOS=31679110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:58:58:3:8:50:50:0.862069:23:27:1:2:23:27:2:6 chr22 31838085 . G A 603.78 PASS AF=0.484375;AO=62;DP=128;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.00975078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.437;QD=18.8681;RBI=0.0108;REFB=-0.0106048;REVB=-0.0046436;RO=65;SAF=29;SAR=33;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512257;STB=0.532248;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0112904;OID=.;OPOS=31838085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:65:66:62:62:0.484375:33:29:34:31:33:29:35:31 chr22 31859859 . A G 298.66 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0045427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.25;QD=18.6663;RBI=0.0137879;REFB=-0.013745;REVB=-0.013018;RO=32;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292205;STB=0.516283;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0107547;OID=.;OPOS=31859859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:13:19:20:12:13:19:20:12 chr22 31971258 . T C 785.06 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00827281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6807;QD=57.0952;RBI=0.0402405;REFB=0;REVB=0.0393809;RO=0;SAF=41;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264028;OID=.;OPOS=31971258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:14:41:0:0:14:41:0:0 chr22 31998612 . G A 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0347649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1163;QD=14.7421;RBI=0.0779389;REFB=-0.0127;REVB=0.0697558;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27568;STB=0.636222;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0354562;OID=.;OPOS=31998612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:7:10:20:4:7:10:20:5 chr22 32377135 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.595;QD=49.5986;RBI=0.15759;REFB=0;REVB=0.157534;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015909;OID=.;OPOS=32377135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:3:15:0:0:3:15:0:0 chr22 32586854 . C T 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0250527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.988;QD=5.37224;RBI=0.0250629;REFB=-0.00708372;REVB=0.000714862;RO=30;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303012;STB=0.695743;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0171482;OID=.;OPOS=32586854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:5:3:19:11:5:3:19:11 chr22 32586875 . G A 49.47 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0377825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4756;QD=4.30143;RBI=0.0390596;REFB=0.000895798;REVB=0.00990622;RO=37;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20011;STB=0.624688;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.000198638;OID=.;OPOS=32586875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:37:38:8:8:0.173913:5:3:20:17:5:3:20:18 chr22 32586878 . A G 48.76 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.001423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.484;QD=3.90045;RBI=0.0125141;REFB=0.00343927;REVB=0.0124329;RO=42;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180665;STB=0.624688;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.01308;OID=.;OPOS=32586878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:5:3:22:20:5:3:22:20 chr22 32586926 . T C 40.22 PASS AF=0.113924;AO=8;DP=76;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.0545731;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9141;QD=2.03661;RBI=0.0587572;REFB=-0.00591792;REVB=-0.0217759;RO=68;SAF=3;SAR=5;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228741;STB=0.623004;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0334873;OID=.;OPOS=32586926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:76:79:68:70:8:9:0.113924:5:3:39:29:5:4:41:29 chr22 32587023 . C G 430.7 PASS AF=0.354167;AO=51;DP=144;FAO=51;FDP=144;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.021981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0847;QD=11.964;RBI=0.0544463;REFB=0.00420443;REVB=-0.049812;RO=92;SAF=33;SAR=18;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158376;STB=0.594557;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00780188;OID=.;OPOS=32587023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:92:93:51:51:0.354167:18:33:47:45:18:33:47:46 chr22 32587027 . G C 414.98 PASS AF=0.33557;AO=50;DP=149;FAO=50;FDP=149;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=0.00467028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.328;QD=11.1404;RBI=0.00824937;REFB=-0.00513152;REVB=0.00680005;RO=98;SAF=33;SAR=17;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201389;STB=0.619669;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0108561;OID=.;OPOS=32587027;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:98:99:50:50:0.33557:17:33:48:50:17:33:48:51 chr22 32589023 . C T 285.03 PASS AF=0.333333;AO=37;DP=111;FAO=37;FDP=111;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0140322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1861;QD=10.2714;RBI=0.0191581;REFB=-0.00451333;REVB=0.0130434;RO=74;SAF=19;SAR=18;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155585;STB=0.509006;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00698564;OID=.;OPOS=32589023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:74:74:37:37:0.333333:18:19:37:37:18:19:37:37 chr22 32589034 . T C 213.6 PASS AF=0.287129;AO=28;DP=102;FAO=29;FDP=101;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0266113;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.243;QD=8.45943;RBI=0.0319123;REFB=-0.0131869;REVB=-0.0176136;RO=72;SAF=15;SAR=13;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432237;STB=0.536961;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0398944;OID=.;OPOS=32589034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:72:72:28:29:0.287129:13:15:36:36:13:16:36:36 chr22 32589090 . C T 210.98 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0226074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5615;QD=9.92845;RBI=0.0226887;REFB=-0.00809652;REVB=0.00191901;RO=58;SAF=14;SAR=13;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415872;STB=0.524372;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0108605;OID=.;OPOS=32589090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:58:58:27:27:0.317647:13:14:28:30:13:14:28:30 chr22 32590449 . G A 230.22 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0263865;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.982;QD=15.8772;RBI=0.0267057;REFB=-0.0244551;REVB=-0.00411625;RO=31;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114231;STB=0.572504;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.027253;OID=.;OPOS=32590449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:14:12:18:13:14:12:19:13 chr22 32650200 . C T 343.12 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0293003;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.992;QD=15.9592;RBI=0.0437785;REFB=-0.0167664;REVB=-0.0325277;RO=47;SAF=13;SAR=24;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786386;STB=0.534755;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0247333;OID=.;OPOS=32650200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:47:49:37:37:0.430233:24:13:20:27:24:13:20:29 chr22 32651306 . G A 280.34 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0143911;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.26;QD=16.2514;RBI=0.0144513;REFB=-0.0116985;REVB=0.00131769;RO=38;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870551;STB=0.549101;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0272311;OID=.;OPOS=32651306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:38:38:31:31:0.449275:19:12:18:20:19:12:18:20 chr22 32756744 . A G 959.86 PASS AF=0.886076;AO=69;DP=79;FAO=70;FDP=79;FR=.;FRO=9;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00665988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6814;QD=48.6002;RBI=0.0284488;REFB=-0.027944;REVB=0.0276583;RO=10;SAF=40;SAR=29;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067497;STB=0.527465;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00854139;OID=.;OPOS=32756744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:10:9:69:70:0.886076:29:40:3:7:30:40:3:6 chr22 32759025 . G C 313.22 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00281303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.247;QD=19.5763;RBI=0.00905496;REFB=-0.0372131;REVB=-0.00860692;RO=28;SAF=17;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101135;STB=0.561814;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0409506;OID=.;OPOS=32759025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:28:31:33:33:0.515625:16:17:11:17:16:17:12:19 chr22 32811952 . A G 244.15 PASS AF=0.5;AO=24;DP=50;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0642066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2798;QD=18.781;RBI=0.0651634;REFB=-0.0308286;REVB=0.0111259;RO=26;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118604;STB=0.559224;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0396055;OID=.;OPOS=32811952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:26:26:24:26:0.5:9:15:13:13:10:16:13:13 chr22 32891535 . T G 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0231475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0041;QD=20.404;RBI=0.0301969;REFB=0.00589784;REVB=0.019392;RO=28;SAF=12;SAR=20;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160908;STB=0.508923;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00406442;OID=.;OPOS=32891535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:20:12:10:18:20:12:10:18 chr22 32909251 . G A 276.55 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173573;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.512;QD=52.6754;RBI=0.0199772;REFB=0;REVB=0.00988989;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.22734e-05;OID=.;OPOS=32909251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr22 33253280 . T C 289.46 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00390188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4747;QD=13.9496;RBI=0.00600102;REFB=0.0284092;REVB=-0.00455934;RO=50;SAF=16;SAR=17;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160349;STB=0.509125;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0305096;OID=.;OPOS=33253280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:17:16:25:25:17:16:25:25 chr22 33253290 . TCC TC,TCT 664.97 PASS AF=0.333333,0.571429;AO=17,35;DP=63;FAO=21,36;FDP=63;FR=.;FRO=6;FSAF=1,16;FSAR=20,20;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0167611,0.0178079;FXX=0.0156226;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.7321,173.995;QD=42.2204;RBI=0.0411956,0.0185792;REFB=-0.0550347,-0.0458355;REVB=-0.0376317,-0.00529759;RO=7;SAF=0,15;SAR=17,20;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.852394,-0.0889907;STB=0.819244,0.531897;STBP=0.002,0.349;TYPE=del,snp;VARB=-0.112586,0.05307;OID=.,.;OPOS=33253291,33253292;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.571429:17,35:63:21,36:63:6:1,16:20,20:4:2:99:7:0,15:17,20:5:2 chr22 33257163 . GAAA AGAA,GA,GAAG 94.92 PASS AF=0.0625,0.5625,0.375;AO=2,3,4;DP=14;FAO=1,9,6;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,0;FSAR=1,7,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.529923,-0.623901,-0.0964116;FXX=0;HRUN=1,13,13;LEN=2,2,1;MLLD=11.375,9.75897,129.718;QD=23.7309;RBI=0.565353,0.624088,0.105795;REFB=-0.164612,-0.168353,-0.0570065;REVB=-0.196991,-0.0152639,-0.0435589;RO=0;SAF=0,1,0;SAR=2,2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.399972,0.0927481,0.0546648;OID=.,.,.;OPOS=33257163,33257164,33257166;OREF=GA,AA,A;OALT=AG,-,G;OMAPALT=AGAA,GA,GAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:40:14:16:0:0:2,3,4:1,9,6:0.0625,0.5625,0.375:2,2,4:0,1,0:0:0:1,7,6:0,2,0:0:0 chr22 34022284 . G A 293.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0107783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.729;QD=19.9052;RBI=0.0293637;REFB=0.00499085;REVB=0.027314;RO=28;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746196;STB=0.541458;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00312253;OID=.;OPOS=34022284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:15:16:12:16:15:16:12:16 chr22 35463162 . A G 320.43 PASS AF=0.38;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0464602;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.719;QD=12.8171;RBI=0.0465771;REFB=-0.0224519;REVB=0.00329846;RO=63;SAF=14;SAR=24;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138732;STB=0.583739;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0271546;OID=.;OPOS=35463162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:63:62:38:38:0.38:24:14:31:32:24:14:31:31 chr22 35463179 . T C 298.6 PASS AF=0.359223;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00328529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3862;QD=11.5962;RBI=0.00545386;REFB=-0.00664451;REVB=-0.00435332;RO=66;SAF=12;SAR=25;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171478;STB=0.598831;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0166285;OID=.;OPOS=35463179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:66:66:37:37:0.359223:25:12:31:35:25:12:31:35 chr22 35658379 . C T 265.24 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00927915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.763;QD=15.6026;RBI=0.0126227;REFB=-0.000924247;REVB=-0.00855745;RO=38;SAF=17;SAR=13;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934306;STB=0.552597;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00202758;OID=.;OPOS=35658379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:13:17:25:13:13:17:25:13 chr22 35660875 . G T 151.44 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0175882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6508;QD=12.8882;RBI=0.0443171;REFB=-0.0205789;REVB=0.0406775;RO=29;SAF=10;SAR=7;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157518;STB=0.598822;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0166424;OID=.;OPOS=35660875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:7:10:21:8:7:10:22:8 chr22 35679951 . T C 183.57 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00318281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.984;QD=9.92251;RBI=0.00629186;REFB=-0.000252631;REVB=0.00542745;RO=50;SAF=8;SAR=16;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263008;STB=0.654416;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00151724;OID=.;OPOS=35679951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:50:24:24:0.324324:16:8:28:22:16:8:28:22 chr22 35742925 . T G 777.25 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.172;QD=63.4485;RBI=0.0543903;REFB=0;REVB=0.0121249;RO=0;SAF=7;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60623e-05;OID=.;OPOS=35742925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:41:7:0:0:42:7:0:0 chr22 35743120 . AGGGG AGGG,AGGGC 223.58 PASS AF=0.340909,0.363636;AO=12,12;DP=45;FAO=15,16;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=4,10;FSAR=11,6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0458802,-0.0767172;FXX=0.0222173;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.3336,15.3952;QD=20.3259;RBI=0.388711,0.275925;REFB=0.00689383,-0.0618504;REVB=-0.385994,-0.265046;RO=6;SAF=3,9;SAR=9,3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0.509542,0;SSEP=0.466667,0;SSSB=-0.274166,0.0629385;STB=0.523777,0.640851;STBP=0.84,0.119;TYPE=del,snp;VARB=-0.0505773,0.037319;OID=.,.;OPOS=35743121,35743124;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGGG,AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.340909,0.363636:12,12:45:15,16:44:13:4,10:11,6:4:9:44:6:3,9:9,3:4:2 chr22 36007045 . G A 379.42 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0206287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.441;QD=19.2112;RBI=0.0588;REFB=-0.0277709;REVB=0.0550627;RO=40;SAF=20;SAR=19;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567455;STB=0.531539;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0236712;OID=.;OPOS=36007045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:19:20:23:17:19:20:23:17 chr22 36007075 . C T 287.59 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0156912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.371;QD=15.9772;RBI=0.019203;REFB=-0.00599641;REVB=-0.0110699;RO=40;SAF=15;SAR=17;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128852;STB=0.572494;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00739355;OID=.;OPOS=36007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:17:15:24:16:17:15:24:16 chr22 36122517 . T C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00819892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.573;QD=15.2625;RBI=0.0448469;REFB=-0.00484979;REVB=-0.0440911;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208073;STB=0.619395;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00441277;OID=.;OPOS=36122517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:4:12:7:6:4:12 chr22 36122930 . C T 398.86 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00379963;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.885;QD=15.3406;RBI=0.0269098;REFB=-0.0221586;REVB=-0.0266402;RO=58;SAF=26;SAR=19;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960395;STB=0.558873;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0260061;OID=.;OPOS=36122930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:58:59:45:45:0.432692:19:26:28:30:19:26:28:31 chr22 36124860 . C G 460.54 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0319948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.121;QD=23.9241;RBI=0.0348779;REFB=-0.0103614;REVB=0.0138854;RO=33;SAF=15;SAR=29;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00659726;STB=0.503619;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00946541;OID=.;OPOS=36124860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:29:15:11:22:29:15:11:22 chr22 36537500 . A T 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.001854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.637;QD=8.89989;RBI=0.0339361;REFB=0.00235549;REVB=-0.0338855;RO=26;SAF=10;SAR=1;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482263;STB=0.808122;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00516233;OID=.;OPOS=36537500;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:1:10:16:10:1:10:16:10 chr22 36545137 . A T 803.54 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.823;QD=55.4164;RBI=0.0287208;REFB=-0.114253;REVB=0.0109184;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000351674;OID=.;OPOS=36545137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:21:36:0:0:21:36:1:0 chr22 36556823 . G T 868.07 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2753;QD=57.8715;RBI=0.0432237;REFB=0;REVB=0.00802194;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018168;OID=.;OPOS=36556823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr22 36573945 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.2326;QD=57.6784;RBI=0.0291914;REFB=0;REVB=0.0288116;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043288;OID=.;OPOS=36573945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr22 36575664 . G A 1376.0 PASS AF=0.95098;AO=97;DP=102;FAO=97;FDP=102;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00806495;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.569;QD=53.9607;RBI=0.0126793;REFB=0.0134169;REVB=0.00978377;RO=5;SAF=59;SAR=38;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584155;STB=0.530858;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=5.94273e-05;OID=.;OPOS=36575664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:102:102:5:5:97:97:0.95098:38:59:0:5:38:59:0:5 chr22 36587202 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.74;QD=49.5992;RBI=0.0484407;REFB=0;REVB=0.0400865;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173441;OID=.;OPOS=36587202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr22 36587222 . TG T,TC,TT 346.22 PASS AF=0.0384615,0.115385,0.846154;AO=6,3,17;DP=26;FAO=1,3,22;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3,7;FSAR=0,0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597022,0.00309562,0.0029308;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=224.097,214.627,233.599;QD=53.2652;RBI=0.0253417,0.0261792,0.0258562;REFB=0,0,0;REVB=0.0246284,0.0259955,0.0256896;RO=0;SAF=1,3,7;SAR=5,0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.18042e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0255202,0.0177111,-0.00315991;OID=.,.,.;OPOS=36587223,36587223,36587223;OREF=G,G,G;OALT=-,C,T;OMAPALT=T,TC,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0384615,0.115385,0.846154:6,3,17:26:1,3,22:26:0:1,3,7:0,0,15:0:0:14:0:1,3,7:5,0,10:0:0 chr22 36587279 . A G 612.31 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4784;QD=61.2311;RBI=0.0364002;REFB=0;REVB=0.0230984;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48302e-05;OID=.;OPOS=36587279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:20:20:0:0 chr22 36587486 . A G 715.88 PASS AF=0.915254;AO=52;DP=57;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0491437;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.2915;QD=48.5341;RBI=0.0507763;REFB=-0.0859228;REVB=0.0127723;RO=4;SAF=16;SAR=36;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299013;STB=0.530091;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00730841;OID=.;OPOS=36587486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:57:59:4:5:52:54:0.915254:36:16:2:2:38:16:3:2 chr22 36587511 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9;QD=57.1773;RBI=0.0161288;REFB=0;REVB=-0.0112895;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224162;OID=.;OPOS=36587511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr22 36587627 . C T 203.19 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0080423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4643;QD=21.9662;RBI=0.0122726;REFB=-0.00348333;REVB=-0.00927028;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00264095;STB=0.501482;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189108;OID=.;OPOS=36587627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:13:7:6:11:13:7:6:11 chr22 36587845 . A ACT 238.56 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0125845;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.109;QD=41.4888;RBI=0.0298274;REFB=0.0277569;REVB=0.0270426;RO=5;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184848;STB=0.528356;STBP=0.476;TYPE=ins;VARB=-0.00437683;OID=.;OPOS=36587846;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.869565:20:26:20:23:3:9:11:2:1:15:5:9:11:2:3 chr22 36587952 . C T 88.13 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7346;QD=39.1687;RBI=0.0443791;REFB=0;REVB=0.0383864;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749871;OID=.;OPOS=36587952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr22 36591380 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.67;QD=56.9999;RBI=0.0420074;REFB=0;REVB=0.0409926;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51035e-05;OID=.;OPOS=36591380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr22 36598049 . C G 728.8 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9405;QD=57.161;RBI=0.0750034;REFB=0;REVB=0.0602138;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751304;OID=.;OPOS=36598049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr22 36598057 . AT AC,GC 708.92 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=47,2;DP=54;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161201,-0.00969172;FXX=0.0555453;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=117.317,159.543;QD=55.6012;RBI=0.0200248,0.0251242;REFB=0,0;REVB=-0.01188,-0.0231796;RO=0;SAF=20,2;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00600259,0.047613;OID=.,.;OPOS=36598058,36598057;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:51:0:0:47,2:49,2:0.960784,0.0392157:27,0:20,2:0:0:27,0:22,2:0:0 chr22 36623731 . T C 1102.12 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000674724;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.203;QD=60.3902;RBI=0.0263878;REFB=0;REVB=0.0263792;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80688e-05;OID=.;OPOS=36623731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr22 36661330 . G A 891.37 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.506;QD=57.5078;RBI=0.0430456;REFB=0;REVB=-0.031033;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09031e-05;OID=.;OPOS=36661330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:42:19:0:0:42:20:0:0 chr22 36661536 . C A 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6873;QD=61.3288;RBI=0.0223843;REFB=0;REVB=0.0186274;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040594;OID=.;OPOS=36661536;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr22 36661566 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.979;QD=62.6711;RBI=0.0177442;REFB=0;REVB=-0.00585553;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02408e-05;OID=.;OPOS=36661566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr22 36661646 . G A 785.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3593;QD=57.0998;RBI=0.0541942;REFB=0;REVB=0.0409517;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000929487;OID=.;OPOS=36661646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr22 36661842 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.415;QD=42.1826;RBI=0.0388088;REFB=0;REVB=0.0287937;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470456;OID=.;OPOS=36661842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr22 36677400 . G A 817.69 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.522;QD=57.3817;RBI=0.0281211;REFB=0;REVB=0.0268257;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129282;OID=.;OPOS=36677400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:23:33:0:0:24:33:0:0 chr22 36678453 . C G 724.66 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.505;QD=61.6734;RBI=0.0623423;REFB=0;REVB=0.0177675;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000713729;OID=.;OPOS=36678453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:18:27:0:0:18:29:0:0 chr22 36678476 . C A 561.34 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0812273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.905;QD=57.5732;RBI=0.0960633;REFB=-0.0281021;REVB=0.0512862;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000415088;OID=.;OPOS=36678476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:16:22:0:0:16:22:1:0 chr22 36684354 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.337;QD=58.5869;RBI=0.0410872;REFB=0;REVB=-0.016809;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000468443;OID=.;OPOS=36684354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:18:15:0:0 chr22 36684358 . C A 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.011;QD=59.0168;RBI=0.052449;REFB=0;REVB=0.00507135;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401186;OID=.;OPOS=36684358;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr22 36691607 . A C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.883;QD=57.2005;RBI=0.0330152;REFB=0;REVB=-0.012563;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12613e-05;OID=.;OPOS=36691607;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chr22 36900271 . T C 478.88 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=122;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.00467773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.021;QD=15.5735;RBI=0.00660925;REFB=-0.0177832;REVB=-0.00466916;RO=69;SAF=25;SAR=28;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671258;STB=0.532889;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0231645;OID=.;OPOS=36900271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:69:70:53:53:0.430894:28:25:28:41:28:25:29:41 chr22 36900806 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0556165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.2434;QD=9.76072;RBI=0.0564671;REFB=0.00571635;REVB=0.00976424;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577328;STB=0.535609;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.0323644;OID=.;OPOS=36900806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:4:8:5:2:4:8 chr22 37163329 . C T 684.17 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0490494;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2594;QD=58.2268;RBI=0.13191;REFB=-0.0572039;REVB=0.122452;RO=1;SAF=29;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159327;STB=0.516659;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00302379;OID=.;OPOS=37163329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:1:2:45:45:0.957447:16:29:1:0:16:29:2:0 chr22 37196970 . AC A,AA 34.21 PASS AF=0.153846,0.0769231;AO=3,3;DP=26;FAO=4,2;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2,2;FSAR=2,0;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0274634,-0.0269324;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=220.435,223.002;QD=5.26368;RBI=0.0556996,0.0434977;REFB=0.00422458,0.0033914;REVB=-0.0484583,-0.034157;RO=18;SAF=1,3;SAR=2,0;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0652331,0.647452;STB=0.582929,0.995483;STBP=0.818,0.092;TYPE=del,snp;VARB=0.00972791,-0.0295263;OID=.,.;OPOS=37196971,37196971;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846,0.0769231:3,3:26:4,2:26:20:2,2:2,0:8:12:16:18:1,3:2,0:7:11 chr22 37267767 . A C,G 713.27 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=2,44;DP=46;FAO=2,44;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,32;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131761,-0.000310752;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=36.9305,184.547;QD=62.0238;RBI=0.017238,0.0077655;REFB=0,0;REVB=-0.0111149,0.00775928;RO=0;SAF=1,32;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.103969,0.000356214;OID=.,.;OPOS=37267767,37267767;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:46:46:0:0:2,44:2,44:0.0434783,0.956522:1,12:1,32:0:0:1,12:1,32:0:0 chr22 37268257 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.093;QD=60.6103;RBI=0.045151;REFB=0;REVB=-0.0183034;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47228e-05;OID=.;OPOS=37268257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr22 37271882 . T C 688.48 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.191;QD=62.5895;RBI=0.0392508;REFB=0;REVB=-0.0243161;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38059e-05;OID=.;OPOS=37271882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr22 37333794 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.708;QD=58.5856;RBI=0.0103279;REFB=0;REVB=0.00920879;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55472e-06;OID=.;OPOS=37333794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr22 37453378 . C T 137.75 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00106673;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.623;QD=18.9996;RBI=0.090574;REFB=-0.0187132;REVB=-0.0905678;RO=14;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104493;STB=0.559915;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0244503;OID=.;OPOS=37453378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:12:3:4:10:12:3:4:10 chr22 37453452 . C T 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.917;QD=60.6069;RBI=0.0669845;REFB=0;REVB=0.0183623;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364233;OID=.;OPOS=37453452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr22 37480181 . A G 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.0161768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.301;QD=23.9644;RBI=0.0653357;REFB=-0.026097;REVB=-0.0633014;RO=15;SAF=19;SAR=4;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052351;STB=0.55114;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0178206;OID=.;OPOS=37480181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:18:23:23:0.560976:4:19:13:2:4:19:16:2 chr22 37480269 . A G 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.00952199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.965;QD=12.4132;RBI=0.0420258;REFB=-0.00912369;REVB=-0.0409329;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189959;STB=0.59992;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0155678;OID=.;OPOS=37480269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:37:23:23:0.383333:9:14:27:8:9:14:28:9 chr22 37578579 . C T 535.69 PASS AF=0.6125;AO=49;DP=80;FAO=49;FDP=80;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0714059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5182;QD=26.7844;RBI=0.0714125;REFB=-0.0262031;REVB=0.000964938;RO=31;SAF=30;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706071;STB=0.538527;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.019739;OID=.;OPOS=37578579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:31:31:49:49:0.6125:19:30:16:15:19:30:16:15 chr22 37578807 . G A 135.89 PASS AF=0.28169;AO=18;DP=70;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00387664;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.743;QD=7.65603;RBI=0.0238514;REFB=-0.00132842;REVB=0.0235342;RO=51;SAF=10;SAR=8;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404024;STB=0.527869;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00717305;OID=.;OPOS=37578807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:51:51:18:20:0.28169:8:10:30:21:9:11:30:21 chr22 37581485 . C A 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.029928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.808;QD=11.336;RBI=0.0311903;REFB=-0.00501966;REVB=-0.00878348;RO=43;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590161;STB=0.534218;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00972766;OID=.;OPOS=37581485;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:13:11:22:21:13:11:22:21 chr22 37602583 . G GC,GCC 150.76 PASS AF=1,0;AO=14,2;DP=19;FAO=19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.186375,-0.101286;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=10.9773,7.10272;QD=31.738;RBI=0.186547,0.101437;REFB=0,0;REVB=-0.00801364,-0.00553408;RO=2;SAF=5,2;SAR=9,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0347762,0.639851;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0106684,0.0310435;OID=.,.;OPOS=37602584,37602584;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:14,2:19:19,0:19:0:9,0:10,0:0:0:3:2:5,2:9,0:1:1 chr22 37603021 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0524001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.396;QD=18.767;RBI=0.0563123;REFB=-0.0392936;REVB=0.0206229;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146968;STB=0.58791;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0148898;OID=.;OPOS=37603021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:5:1:1:2:5:1:1:2 chr22 37603390 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.307;QD=35.5759;RBI=0.0583077;REFB=0;REVB=0.0207167;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189432;OID=.;OPOS=37603390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr22 37603744 . C T 66.39 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0197161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.8284;QD=12.645;RBI=0.0202994;REFB=-0.0192212;REVB=0.0048313;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243311;STB=0.644834;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0549667;OID=.;OPOS=37603744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:5:7:3:6:5:7 chr22 37622815 . A G 329.98 PASS AF=0.5;AO=33;DP=71;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.035865;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.336;QD=18.3323;RBI=0.0364242;REFB=-0.0290035;REVB=0.00635832;RO=37;SAF=21;SAR=12;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243326;STB=0.583287;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0387372;OID=.;OPOS=37622815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:36:33:36:0.5:12:21:14:23:15:21:15:21 chr22 37637653 . G C 392.03 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00675792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.05;QD=16.8617;RBI=0.00675972;REFB=-0.00528506;REVB=-0.000155786;RO=52;SAF=11;SAR=30;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234798;STB=0.63262;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00960557;OID=.;OPOS=37637653;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:30:11:25:27:30:11:25:27 chr22 37678551 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.165;QD=63.5824;RBI=0.0199561;REFB=0;REVB=0.0124927;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97308e-05;OID=.;OPOS=37678551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr22 37678565 . G A 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.020226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.995;QD=19.4401;RBI=0.0214607;REFB=-0.0232533;REVB=0.00717415;RO=29;SAF=12;SAR=19;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390804;STB=0.521725;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.025116;OID=.;OPOS=37678565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:19:12:10:19:19:12:10:19 chr22 37693612 . A G 157.85 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00140629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.267;QD=12.1423;RBI=0.00903064;REFB=-0.00875122;REVB=-0.00892048;RO=33;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022643;STB=0.502073;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0187646;OID=.;OPOS=37693612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:33:33:18:19:0.365385:8:10:19:14:8:11:19:14 chr22 37699377 . T C 287.92 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0384903;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.146;QD=25.0366;RBI=0.0461007;REFB=-0.0180135;REVB=0.0253727;RO=20;SAF=15;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138476;STB=0.576864;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00778231;OID=.;OPOS=37699377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:11:15:8:12:11:15:8:12 chr22 37770066 . G T 491.55 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0202797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.698;QD=20.2703;RBI=0.0210047;REFB=-0.00112093;REVB=0.00547105;RO=49;SAF=30;SAR=18;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18114;STB=0.60048;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0011397;OID=.;OPOS=37770066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:18:30:21:28:18:30:21:28 chr22 37770357 . A G 310.96 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.022611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.4752;QD=13.9759;RBI=0.0318319;REFB=0.00755061;REVB=-0.0224056;RO=54;SAF=15;SAR=20;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192767;STB=0.609462;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0121559;OID=.;OPOS=37770357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:20:15:33:21:20:15:33:21 chr22 37771158 . G A 342.86 PASS AF=0.644444;AO=30;DP=46;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00198608;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1977;QD=30.4763;RBI=0.0182265;REFB=-0.0141546;REVB=0.0181179;RO=16;SAF=20;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113759;STB=0.574271;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00788839;OID=.;OPOS=37771158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:16:16:30:29:0.644444:10:20:8:8:9:20:8:8 chr22 37771985 . A G 221.54 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0685087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9884;QD=16.4101;RBI=0.0685306;REFB=-0.0322582;REVB=-0.00173393;RO=29;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19726;STB=0.611801;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0338928;OID=.;OPOS=37771985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:17:8:15:14:17:8:15:14 chr22 37900771 . A G 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.025066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5774;QD=26.3059;RBI=0.0333906;REFB=-0.0081448;REVB=-0.0220598;RO=13;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200815;STB=0.611009;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00515147;OID=.;OPOS=37900771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:11:10:10:3:11:10:10:3 chr22 37906262 . C T 595.79 PASS AF=0.462687;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=134;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=50;FWDB=0.00498745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1667;QD=17.7848;RBI=0.0109443;REFB=-0.0120959;REVB=0.00974182;RO=72;SAF=24;SAR=38;SRF=22;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851011;STB=0.547136;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0152621;OID=.;OPOS=37906262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:72:72:62:62:0.462687:38:24:22:50:38:24:22:50 chr22 37964299 . C G 171.24 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00783486;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.064;QD=10.8725;RBI=0.0295176;REFB=-0.00965693;REVB=0.0284588;RO=41;SAF=9;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115924;STB=0.567624;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0224535;OID=.;OPOS=37964299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:41:41:22:22:0.349206:13:9:21:20:13:9:21:20 chr22 38043444 . C A 273.0 PASS AF=0.552632;AO=12;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0712963;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=298.68;QD=28.7371;RBI=0.0730594;REFB=-0.0313802;REVB=0.0159532;RO=9;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173541;STB=0.523786;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0119561;OID=.;OPOS=38043444;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:38:38:9:10:12:21:0.552632:9:3:4:5:14:7:4:6 chr22 38051999 . C T 281.6 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=-0.0177126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.371;QD=12.2435;RBI=0.0398762;REFB=-0.0112093;REVB=-0.0357264;RO=59;SAF=21;SAR=12;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029993;STB=0.517231;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0166076;OID=.;OPOS=38051999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:12:21:39:20:12:21:39:20 chr22 38062112 . C G 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.027584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.864;QD=22.3968;RBI=0.0340669;REFB=-0.0198498;REVB=-0.0199919;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215248;STB=0.620476;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0143891;OID=.;OPOS=38062112;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:9:16:9:14:9:16:9:14 chr22 38065655 . A G 144.49 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00723259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.913;QD=18.6437;RBI=0.0452656;REFB=-0.0452467;REVB=0.044684;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915042;STB=0.551804;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0325734;OID=.;OPOS=38065655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:5:10:9:7:5:10 chr22 38074343 . C T 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0255346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.343;QD=13.9118;RBI=0.0270811;REFB=-0.00698768;REVB=-0.0090203;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442495;STB=0.5254;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0127539;OID=.;OPOS=38074343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:12:9:12:19:12:9:12:19 chr22 38074434 . G A 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0104289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.833;QD=14.119;RBI=0.0451733;REFB=-0.0221432;REVB=0.043953;RO=38;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302594;STB=0.517229;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0296446;OID=.;OPOS=38074434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:15:12:18:20:15:12:18:20 chr22 38119213 . G A 620.78 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0591419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.058;QD=59.1216;RBI=0.064039;REFB=-0.0413118;REVB=0.0245608;RO=1;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323034;STB=0.517233;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00154965;OID=.;OPOS=38119213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:42:1:1:39:41:0.97619:14:25:0:1:14:27:0:1 chr22 38119754 . TCAA T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00733904;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=274.954;QD=46.848;RBI=0.0136128;REFB=0;REVB=-0.0114651;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.13442e-05;OID=.;OPOS=38119755;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:15:15:15:0:6:9:0:0:4:0:6:9:0:0 chr22 38121152 . C A 698.95 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8247;QD=60.778;RBI=0.0510732;REFB=-0.161626;REVB=-0.0225922;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00891122;OID=.;OPOS=38121152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:46:1:0:45:46:1:19:26:1:0:19:27:0:0 chr22 38122122 . T C 1120.62 PASS AF=0.986842;AO=76;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0450576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0165;QD=58.9801;RBI=0.0605161;REFB=0.0180095;REVB=-0.0403981;RO=0;SAF=5;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6596e-08;STB=0.555539;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00356979;OID=.;OPOS=38122122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:76:75:0.986842:71:5:0:0:71:4:1:0 chr22 38122448 . C T 187.26 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0129058;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9814;QD=44.061;RBI=0.0921325;REFB=-0.11299;REVB=0.0912241;RO=1;SAF=2;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180145;STB=0.599858;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0095823;OID=.;OPOS=38122448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:17:1:1:15:16:0.941176:13:2:1:0:14:2:1:0 chr22 38122462 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.372;QD=43.4862;RBI=0.00986028;REFB=0;REVB=0.00952494;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154006;OID=.;OPOS=38122462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr22 38129332 . G A 1992.77 PASS AF=0.922078;AO=140;DP=154;FAO=142;FDP=154;FR=.;FRO=12;FSAF=78;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0159224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.195;QD=51.7604;RBI=0.159318;REFB=-0.0721155;REVB=0.158521;RO=14;SAF=78;SAR=62;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716493;STB=0.529926;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0189981;OID=.;OPOS=38129332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:154:154:14:12:140:142:0.922078:62:78:2:12:64:78:2:10 chr22 38130472 . T C 791.5 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00192638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.452;QD=53.6608;RBI=0.0212877;REFB=0.0276159;REVB=-0.0212003;RO=2;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254818;STB=0.513509;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00477372;OID=.;OPOS=38130472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:36:21:0:2:36:21:0:2 chr22 38151170 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00127132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9097;QD=13.5052;RBI=0.040689;REFB=0.00169951;REVB=0.0406692;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338708;STB=0.695836;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-5.61286e-05;OID=.;OPOS=38151170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:13:4:7:5:13:4 chr22 38170295 . G A 179.6 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0802072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2906;QD=23.1748;RBI=0.129805;REFB=-0.0550886;REVB=0.102059;RO=13;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217374;STB=0.622083;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0456996;OID=.;OPOS=38170295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:12:6:8:5:12:6:8:5 chr22 38202552 . T C 698.92 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.5981;QD=54.8169;RBI=0.0248225;REFB=0.142857;REVB=0.0152147;RO=1;SAF=18;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254237;STB=0.512815;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00211174;OID=.;OPOS=38202552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:49:50:0.980392:31:18:1:0:31:19:1:0 chr22 38202642 . G T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683338;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.613;QD=56.7066;RBI=0.0101775;REFB=0;REVB=-0.00754225;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.54966e-07;OID=.;OPOS=38202642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr22 38202734 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00140046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.718;QD=51.9167;RBI=0.0244352;REFB=0;REVB=0.024395;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43263e-05;OID=.;OPOS=38202734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr22 38204089 . C G,T 699.02 PASS AF=0.0384615,0.942308;AO=2,49;DP=52;FAO=2,49;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=2,24;FSAR=0,25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0183202,0.037118;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.4803,201.016;QD=53.7705;RBI=0.0351873,0.0419442;REFB=-0.0448271,0.0641597;REVB=-0.0300419,0.0195338;RO=0;SAF=2,24;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5102;STBP=1,0.534;TYPE=snp,snp;VARB=0.142785,-0.000116605;OID=.,.;OPOS=38204089,38204089;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:1:2,49:2,49:0.0384615,0.942308:0,25:2,24:0:0:0,25:2,24:1:0 chr22 38273749 . T C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0644091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4928;QD=14.6538;RBI=0.075054;REFB=-0.0032869;REVB=-0.03853;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105859;STB=0.562346;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00369814;OID=.;OPOS=38273749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:5:3:4:4:5:3 chr22 38341134 . T C 955.12 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.855;QD=58.7765;RBI=0.0457672;REFB=0;REVB=-0.0166747;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7701e-05;OID=.;OPOS=38341134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr22 38369976 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.714;QD=51.9137;RBI=0.0332135;REFB=0;REVB=0.0329993;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135167;OID=.;OPOS=38369976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr22 38474696 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.951;QD=55.0986;RBI=0.0274518;REFB=0;REVB=-0.00165883;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135764;OID=.;OPOS=38474696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr22 38477342 . T A 49.94 PASS AF=1;AO=3;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2738;QD=33.2929;RBI=0.0969713;REFB=0;REVB=0.080256;RO=0;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183346;OID=.;OPOS=38477342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:3:6:1:3:0:0:0:4:2:0:0 chr22 38477930 . G A 347.54 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0282011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1316;QD=51.487;RBI=0.0300688;REFB=-0.116088;REVB=0.010432;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265471;STB=0.514275;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0119711;OID=.;OPOS=38477930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:17:9:0:1:17:9:0:1 chr22 38503847 . C T 374.75 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0100922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.644;QD=49.9669;RBI=0.0221925;REFB=-0.0613079;REVB=0.019765;RO=2;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546874;STB=0.529391;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00586952;OID=.;OPOS=38503847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:16:12:0:2:16:12:0:2 chr22 38506509 . A G 302.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.324;QD=52.5718;RBI=0.0187294;REFB=0;REVB=0.0115364;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71711e-06;OID=.;OPOS=38506509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr22 38565347 . C T 388.31 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0625801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.393;QD=21.2772;RBI=0.0661129;REFB=-0.0178032;REVB=0.0213226;RO=34;SAF=18;SAR=21;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042355;STB=0.523392;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0145059;OID=.;OPOS=38565347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:21:18:14:20:21:18:14:20 chr22 38611080 . C G 1043.5 PASS AF=0.520833;AO=100;DP=193;FAO=100;FDP=192;FR=.;FRO=92;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.0342064;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.396;QD=21.7396;RBI=0.0651564;REFB=-0.0242068;REVB=-0.0554552;RO=85;SAF=42;SAR=58;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533063;STB=0.544047;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0224674;OID=.;OPOS=38611080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:85:92:100:100:0.520833:58:42:41:44:58:42:47:45 chr22 38612372 . A C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.0105562;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.9737;QD=16.6273;RBI=0.034792;REFB=0.0138697;REVB=0.0331519;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464746;STB=0.761572;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00308638;OID=.;OPOS=38612372;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:13:1:8:5:13:1 chr22 38622871 . G A 277.43 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0800011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2916;QD=18.4953;RBI=0.0807441;REFB=-0.00998795;REVB=-0.0109281;RO=30;SAF=14;SAR=16;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214646;STB=0.618974;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0108618;OID=.;OPOS=38622871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:16:14:7:23:16:14:7:23 chr22 38823136 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3012;QD=62.021;RBI=0.0264747;REFB=0;REVB=-0.020217;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333957;OID=.;OPOS=38823136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr22 38881701 . T A 172.7 PASS AF=0.8;AO=17;DP=21;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0140137;FXX=0.0475964;HRUN=14;LEN=1;MLLD=135.45;QD=34.5398;RBI=0.0191053;REFB=-0.0245066;REVB=0.0129857;RO=4;SAF=9;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102057;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00629142;OID=.;OPOS=38881701;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:21:20:4:4:17:16:0.8:8:9:2:2:8:8:2:2 chr22 38881703 . T A 36.68 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00875352;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=101.226;QD=6.66976;RBI=0.0139795;REFB=0.0156182;REVB=0.0108997;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515236;STB=0.832223;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00519718;OID=.;OPOS=38881703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:1:5:6:10:1:5:6:10 chr22 39034786 . C T 583.5 PASS AF=1;AO=26;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0693212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.746;QD=61.4209;RBI=0.235995;REFB=0;REVB=0.225584;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002673;OID=.;OPOS=39034786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:26:38:1:10:16:0:0:22:16:0:0 chr22 39095987 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.891;QD=57.1062;RBI=0.0384015;REFB=0;REVB=0.0179526;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120835;OID=.;OPOS=39095987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr22 39122038 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.918;QD=63.583;RBI=0.0259857;REFB=0;REVB=-0.0252772;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06242e-05;OID=.;OPOS=39122038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:17:29:0:0:17:30:0:0 chr22 39125529 . G A 1540.47 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8847;QD=63.5244;RBI=0.0906013;REFB=0;REVB=0.0691947;RO=0;SAF=34;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00074904;OID=.;OPOS=39125529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:61:34:0:0:63:34:0:0 chr22 39130843 . C G 198.6 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0239768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.065;QD=44.1324;RBI=0.0243717;REFB=-0.118408;REVB=0.00436975;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703222;STB=0.538415;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000663071;OID=.;OPOS=39130843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:1:1:17:17:0.944444:11:6:1:0:11:6:1:0 chr22 39138332 . G A 377.92 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=-0.00899184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.106;QD=24.3822;RBI=0.0153961;REFB=0.0169315;REVB=0.0124975;RO=25;SAF=10;SAR=27;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151845;STB=0.582599;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00816881;OID=.;OPOS=39138332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:27:10:3:22:27:10:3:22 chr22 39178701 . A G 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0647563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.454;QD=15.1961;RBI=0.0648904;REFB=-0.0137596;REVB=0.00416918;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548562;STB=0.531868;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0202338;OID=.;OPOS=39178701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:4:10:12:6:4:10:12:6 chr22 39222652 . G A 1289.09 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00156901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.074;QD=60.6631;RBI=0.0543388;REFB=-0.128923;REVB=0.0543162;RO=1;SAF=63;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220173;STB=0.511625;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00131299;OID=.;OPOS=39222652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:85:1:1:84:84:0.988235:21:63:0:1:21:63:0:1 chr22 39357581 . C T 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.021877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.314;QD=9.26171;RBI=0.0228362;REFB=-0.00337078;REVB=0.00654913;RO=38;SAF=3;SAR=14;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318341;STB=0.693956;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0122476;OID=.;OPOS=39357581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:14:3:15:23:14:3:15:23 chr22 39381826 . A G 1305.44 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153404;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.562;QD=62.1637;RBI=0.0253673;REFB=0;REVB=0.0202032;RO=0;SAF=28;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52829e-05;OID=.;OPOS=39381826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:56:28:0:0:56:28:0:0 chr22 39381999 . T C 1253.84 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00942109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.27;QD=60.426;RBI=0.0118031;REFB=-0.0161278;REVB=0.00711038;RO=1;SAF=29;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902011;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631665;OID=.;OPOS=39381999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:83:1:0:81:83:1:52:29:0:1:54:29:0:0 chr22 39382079 . C A 670.34 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.234;QD=62.3573;RBI=0.0533289;REFB=0;REVB=0.0218422;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219829;OID=.;OPOS=39382079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:29:13:0:0:30:13:0:0 chr22 39387558 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1209;QD=59.3227;RBI=0.0274396;REFB=0;REVB=0.0212877;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122891;OID=.;OPOS=39387558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr22 39388207 . G A 46.31 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=-0.0354983;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.018;QD=8.05351;RBI=0.0355708;REFB=0.0236491;REVB=-0.0022708;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22718;STB=0.636059;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00596503;OID=.;OPOS=39388207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:1:15:6:1:1:15 chr22 39440149 . C T 47.17 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.128013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.7211;QD=11.0998;RBI=0.131187;REFB=0.0118817;REVB=-0.0286823;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425185;STB=0.765078;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00606809;OID=.;OPOS=39440149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:5:5:6:1:5:5 chr22 39441096 . G T 286.52 PASS AF=0.252941;AO=43;DP=170;FAO=43;FDP=170;FR=.;FRO=127;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=68;FSRR=59;FWDB=-0.00367657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.251;QD=6.74153;RBI=0.0114538;REFB=-0.0086779;REVB=-0.0108477;RO=126;SAF=26;SAR=17;SRF=68;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826849;STB=0.552857;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0301272;OID=.;OPOS=39441096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:126:127:43:43:0.252941:17:26:68:58:17:26:68:59 chr22 39441203 . C T 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00375865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.217;QD=18.5414;RBI=0.00882866;REFB=0.00025904;REVB=-0.0079886;RO=35;SAF=9;SAR=25;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560322;STB=0.531331;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.000256572;OID=.;OPOS=39441203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:25:9:11:24:25:9:11:24 chr22 39445554 . G A 440.68 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0128699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3933;QD=19.5858;RBI=0.0338963;REFB=0.0106527;REVB=-0.0313581;RO=46;SAF=28;SAR=16;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20771;STB=0.615489;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0271547;OID=.;OPOS=39445554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:16:28:19:27:16:28:19:27 chr22 39477566 . A G 235.83 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0211039;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.865;QD=10.7195;RBI=0.0504244;REFB=-0.0175722;REVB=0.0457957;RO=58;SAF=13;SAR=16;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790616;STB=0.540428;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0296716;OID=.;OPOS=39477566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:58:59:29:29:0.329545:16:13:30:28:16:13:30:29 chr22 39496322 . TAAC T 227.06 PASS AF=0.39;AO=38;DP=95;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=0.0138579;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=3;MLLD=322.276;QD=9.08232;RBI=0.0143374;REFB=0.0060961;REVB=0.00367681;RO=55;SAF=16;SAR=22;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143802;STB=0.552889;STBP=0.46;TYPE=del;VARB=-0.0105172;OID=.;OPOS=39496323;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.39:38:95:39:100:61:16:23:20:41:99:55:16:22:16:39 chr22 39496336 . G T 459.22 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.0286879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.634;QD=18.3689;RBI=0.0287909;REFB=-0.0323847;REVB=-0.00243368;RO=54;SAF=22;SAR=24;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178767;STB=0.599256;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0158076;OID=.;OPOS=39496336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:24:22:16:38:24:22:16:38 chr22 39496412 . G C 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0212102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.844;QD=15.0179;RBI=0.0261575;REFB=-0.00282377;REVB=0.0153083;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167878;STB=0.594374;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00274543;OID=.;OPOS=39496412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:17:13:11:29:17:13:11:29 chr22 39497404 . G C 448.47 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0121581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.52;QD=18.6863;RBI=0.0128669;REFB=-0.0308063;REVB=-0.00421168;RO=51;SAF=18;SAR=27;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689213;STB=0.538444;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0277384;OID=.;OPOS=39497404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:27:18:24:27:27:18:24:27 chr22 39497452 . A G 219.48 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0167385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.522;QD=16.2578;RBI=0.0740401;REFB=-0.0151997;REVB=-0.0721233;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647651;STB=0.52315;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0151264;OID=.;OPOS=39497452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:29:24:25:0.462963:14:10:14:15:14:11:14:15 chr22 39497454 . G C 244.44 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0760648;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.053;QD=18.4483;RBI=0.0766937;REFB=-0.0442364;REVB=0.0098008;RO=24;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904365;STB=0.528731;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0176783;OID=.;OPOS=39497454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:24:26:27:27:0.509434:14:13:9:15:14:13:11:15 chr22 39497509 . A G 222.99 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.5564e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0637;QD=49.554;RBI=0.0230092;REFB=0;REVB=-0.023009;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354881;OID=.;OPOS=39497509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr22 39498038 . G C 85.8 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00346212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.194;QD=12.2568;RBI=0.0103607;REFB=-0.00420523;REVB=0.00976515;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113573;STB=0.567442;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0104922;OID=.;OPOS=39498038;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:8:9:7:4:8:9 chr22 39499653 . C T 188.69 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.000200643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.492;QD=29.0287;RBI=0.0157209;REFB=-0.0389516;REVB=0.0157196;RO=8;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161258;STB=0.588693;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0287202;OID=.;OPOS=39499653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:11:7:1:7:11:7:1:7 chr22 39712981 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.468;QD=64.4151;RBI=0.0378975;REFB=0;REVB=0.0152994;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71153e-05;OID=.;OPOS=39712981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:29:20:0:0:29:21:0:0 chr22 39714490 . C T 134.25 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0365379;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.105;QD=14.9165;RBI=0.0369458;REFB=-0.00938721;REVB=-0.0054747;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228813;STB=0.615237;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0126805;OID=.;OPOS=39714490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:21:15:15:0.416667:7:8:6:14:7:8:7:14 chr22 39770597 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4936;QD=49.5978;RBI=0.0593276;REFB=0;REVB=-0.0265927;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676211;OID=.;OPOS=39770597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr22 39777822 . C CCAA 716.3 PASS AF=0.931034;AO=51;DP=61;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0277078;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=254.541;QD=49.3997;RBI=0.0352281;REFB=-0.0313399;REVB=0.0217554;RO=8;SAF=16;SAR=35;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122075;STB=0.514636;STBP=0.441;TYPE=ins;VARB=0.0014031;OID=.;OPOS=39777823;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.931034:51:61:54:58:4:17:37:2:2:16:8:16:35:6:2 chr22 39781585 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7273;QD=57.2371;RBI=0.0153587;REFB=0;REVB=0.0128382;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157638;OID=.;OPOS=39781585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr22 39886217 . C G 170.7 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0103179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.449;QD=17.5071;RBI=0.0193614;REFB=-0.015215;REVB=-0.0163831;RO=20;SAF=14;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204267;STB=0.636198;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0127992;OID=.;OPOS=39886217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:4:14:12:8:4:14:12:9 chr22 39887686 . A G 552.14 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.522;QD=59.6905;RBI=0.0171786;REFB=0;REVB=0.00886876;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.30343e-06;OID=.;OPOS=39887686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:23:12:0:0:24:13:0:0 chr22 39913557 . G A 951.43 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4984;QD=58.5494;RBI=0.0471971;REFB=0;REVB=0.010479;RO=0;SAF=46;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267795;OID=.;OPOS=39913557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:17:46:0:0:18:47:0:0 chr22 39917515 . A C 306.14 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.483;QD=53.2417;RBI=0.017857;REFB=0;REVB=0.0146313;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90232e-05;OID=.;OPOS=39917515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:11:12:0:0 chr22 40054948 . T C 125.88 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0534061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.564;QD=18.6485;RBI=0.0542243;REFB=-0.0294813;REVB=-0.00938401;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376074;STB=0.728845;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0709056;OID=.;OPOS=40054948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:4:10:3:9:4:10:3:10 chr22 40057273 . T C 484.54 PASS AF=0.412214;AO=54;DP=132;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=-0.00266646;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9366;QD=14.795;RBI=0.0108079;REFB=-0.0244754;REVB=0.0104738;RO=73;SAF=38;SAR=16;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101809;STB=0.545675;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0296808;OID=.;OPOS=40057273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:73:77:54:54:0.412214:16:38:45:28:16:38:49:28 chr22 40059828 . G C 154.96 PASS AF=0.418605;AO=16;DP=41;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0309406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.498;QD=14.4146;RBI=0.0325697;REFB=-0.0288317;REVB=-0.0101716;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219357;STB=0.65101;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0513857;OID=.;OPOS=40059828;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:25:25:16:18:0.418605:9:7:6:19:9:9:6:19 chr22 40161491 . T A 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0170667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.011;QD=12.0146;RBI=0.0170926;REFB=-0.00626536;REVB=0.000940894;RO=34;SAF=14;SAR=6;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198342;STB=0.615879;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.013229;OID=.;OPOS=40161491;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:6:14:18:16:6:14:18:16 chr22 40417571 . G A 116.17 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0403771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8525;QD=20.2032;RBI=0.0735505;REFB=-0.0212361;REVB=0.0614765;RO=10;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708289;STB=0.540476;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0199016;OID=.;OPOS=40417571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:3:10:7:3:3:10:7:3 chr22 40417780 . C T 407.46 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00797375;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.329;QD=17.5249;RBI=0.00955695;REFB=-0.0104467;REVB=0.00526825;RO=50;SAF=24;SAR=18;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050564;STB=0.534145;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0152364;OID=.;OPOS=40417780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:51:42:42:0.451613:18:24:26:24:18:24:26:25 chr22 40417820 . A G 149.58 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0121114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.945;QD=11.0796;RBI=0.0182234;REFB=-0.00681811;REVB=-0.0136165;RO=35;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160146;STB=0.507804;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0218695;OID=.;OPOS=40417820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:35:35:18:19:0.351852:9:9:17:18:10:9:17:18 chr22 40574170 . T A 456.43 PASS AF=1;AO=13;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.187197;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=25.4473;QD=53.6978;RBI=0.237481;REFB=0;REVB=0.146131;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00998366;OID=.;OPOS=40574170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:13:34:1:10:3:0:0:22:12:0:0 chr22 40673999 . C T 244.26 PASS AF=0.42029;AO=26;DP=66;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0412257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2853;QD=14.1597;RBI=0.0528833;REFB=-0.0159922;REVB=0.0331222;RO=40;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528949;STB=0.538895;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0306549;OID=.;OPOS=40673999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:40:40:26:29:0.42029:13:13:18:22:14:15:18:22 chr22 40697176 . TGCA T 187.92 PASS AF=0.380952;AO=21;DP=66;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0652184;FXX=0.0596926;HRUN=1;LEN=3;MLLD=165.951;QD=11.9317;RBI=0.0714792;REFB=-0.0760244;REVB=-0.0292546;RO=35;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717878;STB=0.50793;STBP=0.952;TYPE=del;VARB=0.131242;OID=.;OPOS=40697177;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:21:66:24:63:39:12:12:19:20:99:35:11:10:16:19 chr22 40719120 . TGGGGGC TGGGG,TGGGGC,TGGGGG 116.65 PASS AF=0.727273,0,0;AO=6,4,4;DP=23;FAO=16,0,0;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=9,0,0;FSAR=7,0,0;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.125157,0.35702,-0.125149;FXX=0.0434594;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=17.5998,9.32751,8.8634;QD=21.2083;RBI=0.125242,0.450547,0.281717;REFB=-0.127391,-0.0747781,-0.154692;REVB=-0.00463075,-0.274827,0.252393;RO=3;SAF=3,0,4;SAR=3,4,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0.326531,0.326531,0;SSEP=0,0,0.305263;SSSB=0.0941184,-0.705357,0.74182;STB=0.606611,0.5,0.5;STBP=0.125,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0774309,0.0238621,0.0543629;OID=.,.,.;OPOS=40719125,40719121,40719126;OREF=GC,G,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC,TGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273,0,0:6,4,4:23:16,0,0:22:6:9,0,0:7,0,0:1:5:22:3:3,0,4:3,4,0:1:2 chr22 40720704 . A G 804.66 PASS AF=0.482558;AO=83;DP=172;FAO=83;FDP=172;FR=.;FRO=89;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=55;FSRR=34;FWDB=-0.0532878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3526;QD=18.7131;RBI=0.0552428;REFB=-0.000529923;REVB=-0.0145665;RO=89;SAF=49;SAR=34;SRF=55;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269195;STB=0.514848;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.000186962;OID=.;OPOS=40720704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:89:89:83:83:0.482558:34:49:55:34:34:49:55:34 chr22 40721062 . G A 250.36 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00334005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.294;QD=20.0289;RBI=0.0248878;REFB=-0.0028561;REVB=0.0246627;RO=26;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126246;STB=0.571367;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00206208;OID=.;OPOS=40721062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:8:16:14:12:8:16:14:12 chr22 40722745 . A G 210.82 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=8.83359e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.074;QD=14.0543;RBI=0.00866136;REFB=-0.01782;REVB=-0.00866091;RO=35;SAF=15;SAR=10;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618541;STB=0.535184;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0198791;OID=.;OPOS=40722745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:10:15:23:12:10:15:23:12 chr22 40726749 . C T 905.96 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0296801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.24;QD=56.6224;RBI=0.0298257;REFB=-0.0778307;REVB=0.00294366;RO=1;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136847;STB=0.507244;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00031013;OID=.;OPOS=40726749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:34:28:0:1:34:29:0:1 chr22 40726762 . A G 834.19 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5387;QD=57.5307;RBI=0.11823;REFB=0;REVB=-0.00726476;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113606;OID=.;OPOS=40726762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr22 40728545 . ATTC A 147.71 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00978771;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=182.639;QD=11.3619;RBI=0.013194;REFB=-0.00517653;REVB=0.00884767;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435255;STB=0.565161;STBP=0.442;TYPE=del;VARB=0.00659119;OID=.;OPOS=40728546;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442308:22:50:23:52:29:13:10:13:16:99:26:12:10:13:13 chr22 40803186 . G T 538.34 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1576;QD=59.8155;RBI=0.0563111;REFB=0;REVB=-0.0294545;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319197;OID=.;OPOS=40803186;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr22 40814500 . T C,G 327.01 PASS AF=0.88,0.12;AO=21,3;DP=25;FAO=22,3;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8,3;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173941,0.013152;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.307,85.9551;QD=52.3223;RBI=0.026267,0.0236148;REFB=0,0;REVB=0.0196824,0.0196134;RO=0;SAF=8,3;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00425336,0.0917816;OID=.,.;OPOS=40814500,40814500;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:25:25:0:0:21,3:22,3:0.88,0.12:13,0:8,3:0:0:14,0:8,3:0:0 chr22 40814594 . C T 40.3 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.020953;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.928;QD=14.6532;RBI=0.0228417;REFB=-0.00415568;REVB=-0.0090947;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344363;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.006088;OID=.;OPOS=40814594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:5:6:6:0.545455:3:3:4:0:3:3:4:1 chr22 40814950 . C T 441.09 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0471145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.174;QD=20.0494;RBI=0.0471889;REFB=-0.0131123;REVB=0.00264872;RO=43;SAF=16;SAR=28;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136457;STB=0.582052;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0152042;OID=.;OPOS=40814950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:44:44:44:0.5:28:16:22:21:28:16:23:21 chr22 41075543 . A G 49.6 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0331701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7284;QD=15.2615;RBI=0.0470252;REFB=-0.0621695;REVB=-0.0333334;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441607;STB=0.526239;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0196541;OID=.;OPOS=41075543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:4:2:2:5:4:2 chr22 41075695 . C T 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0413297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.589;QD=24.8028;RBI=0.0439494;REFB=-0.0151574;REVB=-0.0149467;RO=4;SAF=8;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200612;STB=0.61513;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0120482;OID=.;OPOS=41075695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:2:8:2:2:2:8:2:2 chr22 41604353 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0126604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.815;QD=16.199;RBI=0.134493;REFB=0.0210559;REVB=0.133896;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23409;STB=0.635921;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00553878;OID=.;OPOS=41604353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:3:0:1:4:3:0 chr22 41604399 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0250699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9193;QD=11.2561;RBI=0.0315526;REFB=0.00964062;REVB=-0.019159;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166665;STB=0.59976;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.028473;OID=.;OPOS=41604399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:8:4:4:4:8:4 chr22 41610024 . G A 298.08 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0735562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.393;QD=20.9179;RBI=0.0738635;REFB=8.73153e-05;REVB=0.00673051;RO=26;SAF=12;SAR=19;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00215139;STB=0.501193;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000504066;OID=.;OPOS=41610024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:19:12:10:16:19:12:10:16 chr22 41612157 . CAAA CAA,CAAC 57.26 PASS AF=0.358974,0.0512821;AO=14,2;DP=41;FAO=14,2;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=3,0;FSAR=11,2;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.147313,0.0155131;FXX=0.0714116;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.8812,248.965;QD=5.87251;RBI=0.154876,0.0457465;REFB=-0.190097,-0.019417;REVB=-0.0478074,-0.0430359;RO=20;SAF=3,0;SAR=11,2;SRF=18;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.624559,-0.757212;STB=0.842779,0.997602;STBP=0.006,0.016;TYPE=del,snp;VARB=0.130435,0.134525;OID=.,.;OPOS=41612158,41612160;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CAA,CAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358974,0.0512821:14,2:41:14,2:39:23:3,0:11,2:19:4:47:20:3,0:11,2:18:2 chr22 41617318 . G C 453.57 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0148127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.604;QD=18.8988;RBI=0.0161785;REFB=-0.0355314;REVB=-0.00650604;RO=50;SAF=19;SAR=27;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258862;STB=0.514399;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0399224;OID=.;OPOS=41617318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:46:46:0.479167:27:19:22:28:27:19:22:28 chr22 41645757 . C G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0129558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.98;QD=18.2512;RBI=0.0182066;REFB=-0.0104897;REVB=-0.0127918;RO=15;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160305;STB=0.592458;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0104012;OID=.;OPOS=41645757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:12:3:5:10:12:3:5:10 chr22 41652733 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00478427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.925;QD=9.19973;RBI=0.0985382;REFB=-0.00531771;REVB=0.098422;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115383;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0110308;OID=.;OPOS=41652733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:6:7:3:4:6:7 chr22 41829794 . C G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.716;QD=57.2026;RBI=0.0169912;REFB=0;REVB=-0.00848057;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18061e-05;OID=.;OPOS=41829794;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr22 41833116 . C T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.461;QD=56.7054;RBI=0.0310789;REFB=0;REVB=0.012557;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272981;OID=.;OPOS=41833116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr22 41911525 . C T 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0348375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.112;QD=21.2645;RBI=0.034841;REFB=-0.00639009;REVB=-0.000495929;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222391;STB=0.624877;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00883325;OID=.;OPOS=41911525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:8:12:6:12:8:12:6:12 chr22 42078341 . G GC 183.89 PASS AF=0.507692;AO=31;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0644674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.8638;QD=11.3162;RBI=0.0933634;REFB=0.00348175;REVB=0.0675328;RO=33;SAF=19;SAR=12;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529656;STB=0.526144;STBP=0.714;TYPE=ins;VARB=-0.000942291;OID=.;OPOS=42078342;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507692:31:65:33:65:32:20:13:21:11:99:33:19:12:22:11 chr22 42089623 . T C 906.82 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659492;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.237;QD=58.5042;RBI=0.0344043;REFB=0;REVB=-0.0337663;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.79912e-05;OID=.;OPOS=42089623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr22 42159229 . G T 955.06 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9693;QD=58.7726;RBI=0.0331652;REFB=0;REVB=0.0148358;RO=0;SAF=15;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418538;OID=.;OPOS=42159229;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:50:15:0:0:50:15:0:0 chr22 42341308 . A G 285.2 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00597094;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.612;QD=23.2812;RBI=0.0099449;REFB=-0.0178102;REVB=-0.00795292;RO=22;SAF=17;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241507;STB=0.644438;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0115408;OID=.;OPOS=42341308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:22:23:26:26:0.530612:9:17:8:14:9:17:8:15 chr22 42343091 . G A 353.0 PASS AF=0.653846;AO=33;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00706067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5876;QD=27.1536;RBI=0.00888254;REFB=0.00876224;REVB=0.00538947;RO=18;SAF=15;SAR=18;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652577;STB=0.539749;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00105535;OID=.;OPOS=42343091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:33:34:0.653846:18:15:10:8:19:15:10:8 chr22 42354389 . A C 294.49 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.00250243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.284;QD=17.5815;RBI=0.0149838;REFB=-0.0163025;REVB=-0.0147734;RO=35;SAF=11;SAR=20;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332055;STB=0.672623;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.029732;OID=.;OPOS=42354389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:35:31:32:0.477612:20:11:25:10:20:12:25:10 chr22 42423110 . G C 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0143913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.599;QD=18.1193;RBI=0.0618005;REFB=-0.0118258;REVB=-0.0601015;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280492;STB=0.657737;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0106468;OID=.;OPOS=42423110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:16:4:9:9:16:4 chr22 42463814 . C T 376.18 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0193674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.358;QD=32.7118;RBI=0.019862;REFB=0.0133795;REVB=-0.00440475;RO=14;SAF=16;SAR=15;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131043;STB=0.580954;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00601319;OID=.;OPOS=42463814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:15:31:31:0.673913:15:16:4:10:15:16:4:11 chr22 42474138 . C G 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00954624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.172;QD=6.26148;RBI=0.0161439;REFB=-0.00806153;REVB=-0.013019;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0218396;OID=.;OPOS=42474138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:4:3:9:12:4:3:9:12 chr22 42474676 . A ATTCTGC 201.85 PASS AF=0.44;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0029346;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=6;MLLD=307.285;QD=16.1476;RBI=0.00679644;REFB=-0.00442258;REVB=-0.00613023;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111063;STB=0.539964;STBP=0.615;TYPE=ins;VARB=0.00450125;OID=.;OPOS=42474677;OREF=-;OALT=TTCTGC;OMAPALT=ATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:21:51:22:50:28:11:11:16:12:99:29:10:11:17:12 chr22 42486723 . G A 430.04 PASS AF=0.545455;AO=41;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0115149;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.534;QD=22.3396;RBI=0.0147125;REFB=-0.0326884;REVB=0.00915768;RO=36;SAF=26;SAR=15;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825164;STB=0.536066;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0242892;OID=.;OPOS=42486723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:35:41:42:0.545455:15:26:26:10:15:27:25:10 chr22 42523636 . C A 103.13 PASS AF=0.174757;AO=18;DP=103;FAO=18;FDP=103;FR=.;FRO=85;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.0284911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.899;QD=4.00511;RBI=0.0285752;REFB=-0.00360873;REVB=-0.00219107;RO=85;SAF=5;SAR=13;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295605;STB=0.693883;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0149292;OID=.;OPOS=42523636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:85:85:18:18:0.174757:13:5:43:42:13:5:43:42 chr22 42523943 . A G 192.33 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=0.0162202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.092;QD=16.0275;RBI=0.0442799;REFB=-0.0200976;REVB=-0.0412021;RO=27;SAF=14;SAR=6;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514566;STB=0.795203;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0224779;OID=.;OPOS=42523943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:6:14:4:23:6:14:4:24 chr22 42525756 . G A 317.84 PASS AF=0.55;AO=31;DP=59;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.000274038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.623;QD=21.1896;RBI=0.0689547;REFB=-0.0228242;REVB=0.0689542;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693361;STB=0.551693;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0205085;OID=.;OPOS=42525756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:27:27:31:33:0.55:14:17:17:10:16:17:17:10 chr22 42526694 . G A 317.64 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=0.021645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.282;QD=13.0984;RBI=0.024772;REFB=-0.016544;REVB=0.0120477;RO=59;SAF=13;SAR=23;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676431;STB=0.522929;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0256009;OID=.;OPOS=42526694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:61:36:36:0.371134:23:13:18:41:23:13:20:41 chr22 42536313 . G A 200.33 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00358019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.659;QD=20.5467;RBI=0.0141664;REFB=-0.00849351;REVB=0.0137066;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184613;STB=0.5877;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00992283;OID=.;OPOS=42536313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:19:19:20:0.512821:8:11:7:12:9:11:7:12 chr22 42537252 . G A 69.56 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=65;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0427081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0509;QD=4.28059;RBI=0.0461991;REFB=-0.00759235;REVB=0.0176176;RO=52;SAF=7;SAR=5;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173795;STB=0.605424;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0448189;OID=.;OPOS=42537252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:52:53:12:12:0.184615:5:7:23:29:5:7:24:29 chr22 42537271 . T C 456.02 PASS AF=0.706897;AO=41;DP=58;FAO=41;FDP=58;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0157155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.853;QD=31.4496;RBI=0.0282149;REFB=-0.0237275;REVB=0.023433;RO=17;SAF=22;SAR=19;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675102;STB=0.536568;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0129322;OID=.;OPOS=42537271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:17:17:41:41:0.706897:19:22:7:10:19:22:7:10 chr22 42537404 . G C 1044.31 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00776002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1718;QD=59.6749;RBI=0.00809106;REFB=0;REVB=0.00229072;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53315e-05;OID=.;OPOS=42537404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr22 42537628 . T C 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0355882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.855;QD=16.0289;RBI=0.0460464;REFB=-0.0220323;REVB=-0.029219;RO=30;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171052;STB=0.596936;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0244167;OID=.;OPOS=42537628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:9:16:14:16:9:16:14:16 chr22 42537630 . C G 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0269636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.569;QD=15.1011;RBI=0.0360458;REFB=-0.0121231;REVB=-0.0239221;RO=30;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157594;STB=0.581326;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0308548;OID=.;OPOS=42537630;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:9:15:14:16:9:15:15:16 chr22 42538029 . A G 306.2 PASS AF=0.425;AO=33;DP=79;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0172306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.016;QD=15.3102;RBI=0.0220721;REFB=-0.016287;REVB=-0.0137943;RO=44;SAF=7;SAR=26;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395227;STB=0.716401;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0249302;OID=.;OPOS=42538029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:44:46:33:34:0.425:26:7:25:19:26:8:27:19 chr22 42538508 . AG GA 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172699;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.716;QD=59.4291;RBI=0.0247367;REFB=0;REVB=0.0177104;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000113393;OID=.;OPOS=42538508;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr22 42538514 . T TC 353.07 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0829289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.2015;QD=40.3505;RBI=0.088509;REFB=0;REVB=0.0309296;RO=3;SAF=13;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413623;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00484369;OID=.;OPOS=42538515;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:35:35:35:0:15:20:0:0:7:3:13:18:2:1 chr22 42538670 . G T 67.13 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0275872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9197;QD=12.7866;RBI=0.0308344;REFB=-0.00418278;REVB=0.0137734;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286347;STB=0.636033;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00377009;OID=.;OPOS=42538670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:21:21:10:12:9:9:0.428571:7:2:5:5:7:2:5:7 chr22 42538876 . A T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.243;QD=46.848;RBI=0.0425273;REFB=0;REVB=0.0264678;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685815;OID=.;OPOS=42538876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr22 42606257 . C T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0155992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.256;QD=18.3452;RBI=0.0298988;REFB=0.0048327;REVB=0.0255069;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138146;STB=0.578852;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00481187;OID=.;OPOS=42606257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:6:11:9:9:6:11:9:9 chr22 42610099 . T C 310.67 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00847449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.543;QD=19.417;RBI=0.0278268;REFB=-0.0171765;REVB=-0.026505;RO=31;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596417;STB=0.533121;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0205709;OID=.;OPOS=42610099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:15:18:19:12:15:18:19:12 chr22 42783070 . G A 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00196508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.732;QD=8.37096;RBI=0.00747818;REFB=-0.0208301;REVB=0.00721537;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943631;STB=0.558034;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0652631;OID=.;OPOS=42783070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:5:6:13:15:5:6:13:15 chr22 42793873 . A G 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0317237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.739;QD=15.7844;RBI=0.0390822;REFB=-0.0161705;REVB=-0.022826;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297983;STB=0.672821;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0203689;OID=.;OPOS=42793873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:4:10:7:10:4:10:7:10 chr22 42912106 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.307;QD=56.1912;RBI=0.0264509;REFB=0;REVB=0.0065888;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147678;OID=.;OPOS=42912106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr22 42961277 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.034;QD=47.8223;RBI=0.0158483;REFB=0;REVB=-0.013806;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.30376e-05;OID=.;OPOS=42961277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr22 42965167 . C A,CA 442.76 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=3,29;DP=36;FAO=1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0056414,-0.0265525;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=225.534,23.4449;QD=52.0895;RBI=0.00859828,0.041636;REFB=0,0;REVB=-0.00648883,0.0320706;RO=4;SAF=1,18;SAR=2,11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.149914,0.0285727;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0612167,0.00041495;OID=.,.;OPOS=42965167,42965168;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:36:34:4:0:3,29:1,33:0.0294118,0.970588:2,11:1,18:2:2:0,15:1,18:0:0 chr22 42970032 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.712;QD=42.1826;RBI=0.0319389;REFB=0;REVB=0.0190088;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.36542e-05;OID=.;OPOS=42970032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr22 42993781 . G A 60.16 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00624137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.428;QD=8.29729;RBI=0.0213162;REFB=-0.0121304;REVB=0.020382;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52682;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0349526;OID=.;OPOS=42993781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:29:29:20:20:8:9:0.310345:2:6:15:5:2:7:15:5 chr22 43036245 . G A 389.09 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0081732;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.84;QD=18.7515;RBI=0.0165521;REFB=-0.0112934;REVB=0.0143935;RO=43;SAF=14;SAR=26;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134656;STB=0.575183;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.010646;OID=.;OPOS=43036245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:26:14:21:22:26:14:21:22 chr22 43088971 . C T 160.24 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00788475;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.612;QD=24.652;RBI=0.0263692;REFB=-0.0396678;REVB=0.0251628;RO=10;SAF=2;SAR=14;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50273;STB=0.787076;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0167629;OID=.;OPOS=43088971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:26:10:10:16:16:0.615385:14:2:7:3:14:2:7:3 chr22 43089849 . T C 46.98 PASS AF=0.388889;AO=6;DP=17;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0079224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.079;QD=10.4397;RBI=0.0250477;REFB=-0.0193481;REVB=0.0237618;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346033;STB=0.540869;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0335891;OID=.;OPOS=43089849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:18:11:11:6:7:0.388889:2:4:7:4:3:4:7:4 chr22 43195109 . T C 192.02 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0417492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.719;QD=15.6748;RBI=0.0449156;REFB=-0.0147633;REVB=0.0165655;RO=29;SAF=5;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286012;STB=0.673972;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0494824;OID=.;OPOS=43195109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:29:19:20:0.408163:14:5:15:14:15:5:15:14 chr22 43435812 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0465103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.769;QD=11.2569;RBI=0.050338;REFB=-0.0245815;REVB=0.0192537;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829008;STB=0.549876;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0198203;OID=.;OPOS=43435812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:7:5:4:4:7:5 chr22 43455432 . G A 659.69 PASS AF=0.597938;AO=58;DP=97;FAO=58;FDP=97;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00372474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.106;QD=27.2036;RBI=0.0346348;REFB=-0.0269526;REVB=-0.0344339;RO=38;SAF=24;SAR=34;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543078;STB=0.533717;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.014924;OID=.;OPOS=43455432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:38:39:58:58:0.597938:34:24:13:25:34:24:13:26 chr22 43466247 . G C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0299549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.676;QD=9.76014;RBI=0.0301311;REFB=-0.00744442;REVB=-0.00325323;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150055;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0107357;OID=.;OPOS=43466247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:5:7:5:2:5:7 chr22 43529314 . G C 1530.25 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.178;QD=63.7603;RBI=0.0455399;REFB=0;REVB=0.0291788;RO=0;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60382e-05;OID=.;OPOS=43529314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:55:39:0:0:56:40:0:0 chr22 43558926 . A G 784.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00862317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2827;QD=57.0268;RBI=0.0211381;REFB=0;REVB=-0.0192993;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105642;OID=.;OPOS=43558926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr22 43558972 . G A 273.75 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00770245;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.838;QD=20.6603;RBI=0.0652907;REFB=-0.0230794;REVB=0.0648348;RO=24;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045733;STB=0.518206;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0168686;OID=.;OPOS=43558972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:24:28:29:0.54717:12:16:15:9:12:17:15:9 chr22 43565703 . C T 329.54 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00642943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.822;QD=13.3147;RBI=0.00643186;REFB=-0.013891;REVB=0.000177033;RO=61;SAF=14;SAR=23;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1441;STB=0.577847;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0201119;OID=.;OPOS=43565703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:62:37:37:0.373737:23:14:31:30:23:14:31:31 chr22 43565855 . C T 190.25 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0357758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.04;QD=21.7427;RBI=0.04012;REFB=-0.019292;REVB=0.0181577;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214157;STB=0.512035;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0141567;OID=.;OPOS=43565855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:8:8:10:9:8:8 chr22 43568512 . C T 302.82 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00994506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.399;QD=17.0601;RBI=0.0108088;REFB=-0.00814215;REVB=0.00423393;RO=38;SAF=20;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526424;STB=0.529549;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0157152;OID=.;OPOS=43568512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:13:20:21:17:13:20:21:17 chr22 43576904 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00526794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.92;QD=12.8626;RBI=0.0456879;REFB=-0.0287397;REVB=0.0453832;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135151;STB=0.555391;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.056836;OID=.;OPOS=43576904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:8:7:7:0.466667:5:2:3:4:5:2:3:5 chr22 43594636 . G C 294.27 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.00642435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.049;QD=17.5686;RBI=0.0107137;REFB=-0.00432964;REVB=-0.00857391;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273501;STB=0.641709;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00548185;OID=.;OPOS=43594636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:16:16:7:27:16:16:8:27 chr22 43606143 . C T 1034.06 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284724;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9258;QD=59.9455;RBI=0.0622066;REFB=0;REVB=0.055308;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88102e-05;OID=.;OPOS=43606143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr22 43610207 . A G 365.68 PASS AF=0.368852;AO=42;DP=119;FAO=45;FDP=122;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.040577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4842;QD=11.9896;RBI=0.041098;REFB=-0.0299616;REVB=0.00652282;RO=76;SAF=16;SAR=26;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622253;STB=0.557238;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0457272;OID=.;OPOS=43610207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:76:77:42:45:0.368852:26:16:33:43:29:16:34:43 chr22 43614316 . C G 344.8 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-7.80303e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.49;QD=21.8921;RBI=0.0146156;REFB=-0.0190769;REVB=0.0146154;RO=27;SAF=20;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472894;STB=0.51627;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0110665;OID=.;OPOS=43614316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:28:35:35:0.555556:15:20:17:10:15:20:17:11 chr22 43830996 . C T 397.0 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0133754;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.065;QD=17.6445;RBI=0.0532193;REFB=-0.0120282;REVB=0.0515111;RO=49;SAF=24;SAR=17;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027085;STB=0.515144;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0162022;OID=.;OPOS=43830996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:49:49:41:41:0.455556:17:24:30:19:17:24:30:19 chr22 43831056 . C T 199.8 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0480728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5085;QD=11.5823;RBI=0.0515719;REFB=-0.000454477;REVB=0.0186726;RO=42;SAF=15;SAR=10;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00538143;STB=0.509084;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.000861713;OID=.;OPOS=43831056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:44:25:25:0.362319:10:15:25:17:10:15:27:17 chr22 43894121 . C T 213.93 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00296444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2343;QD=28.5234;RBI=0.0428755;REFB=0.0444484;REVB=-0.0427729;RO=10;SAF=10;SAR=10;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181347;STB=0.599904;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0251944;OID=.;OPOS=43894121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:30:30:10:10:20:20:0.666667:10:10:2:8:10:10:2:8 chr22 43976396 . G A 468.92 PASS AF=0.490196;AO=49;DP=101;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00327902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.699;QD=18.3892;RBI=0.011343;REFB=-0.0185253;REVB=-0.0108587;RO=52;SAF=31;SAR=18;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109311;STB=0.564371;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0262022;OID=.;OPOS=43976396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:52:52:49:50:0.490196:18:31:27:25:18:32:27:25 chr22 44083442 . T C 190.08 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0494609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1345;QD=16.5283;RBI=0.0495584;REFB=-0.0243822;REVB=0.00310681;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194604;STB=0.521717;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0663909;OID=.;OPOS=44083442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:10:10:12:13:10:10:12:14 chr22 44112845 . C T 1724.58 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0758755;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7819;QD=60.5115;RBI=0.076487;REFB=0;REVB=-0.00965235;RO=0;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283577;OID=.;OPOS=44112845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:54:60:0:0:54:60:0:0 chr22 44178103 . T C 693.79 PASS AF=0.449102;AO=75;DP=167;FAO=75;FDP=167;FR=.;FRO=92;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.0214166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.489;QD=16.6176;RBI=0.0395566;REFB=-0.0146395;REVB=0.0332574;RO=92;SAF=39;SAR=36;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00172589;STB=0.500959;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0177637;OID=.;OPOS=44178103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:92:92:75:75:0.449102:36:39:48:44:36:39:48:44 chr22 44221565 . C A,CAATA 693.49 PASS AF=0,0.814286;AO=6,47;DP=70;FAO=0,57;FDP=70;FR=.;FRO=13;FSAF=0,31;FSAR=0,26;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0154106,-0.0354335;FXX=0.0140825;HRUN=1,2;LEN=1,4;MLLD=147.251,118.684;QD=39.6282;RBI=0.0158773,0.035471;REFB=0.00976728,-0.0038308;REVB=-0.00382165,-0.00163087;RO=14;SAF=2,27;SAR=4,20;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.468168,-0.0937003;STB=0.5,0.542479;STBP=1,0.16;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000531118;OID=.,.;OPOS=44221565,44221566;OREF=C,-;OALT=A,AATA;OMAPALT=A,CAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:73:70:70:14:13:6,47:0,57:0,0.814286:4,20:2,27:11:3:0,26:0,31:10:3 chr22 44282276 . A G 746.94 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.438;QD=63.5695;RBI=0.0195083;REFB=0;REVB=-0.0149874;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.61665e-06;OID=.;OPOS=44282276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr22 44282307 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6004;QD=60.9782;RBI=0.0187223;REFB=0;REVB=-0.00157696;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116952;OID=.;OPOS=44282307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:13:25:0:0:14:25:0:0 chr22 44285765 . A G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.368;QD=61.3342;RBI=0.0440356;REFB=0;REVB=0.016396;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206493;OID=.;OPOS=44285765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr22 44286950 . G A 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.033671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.872;QD=50.8365;RBI=0.034011;REFB=0.0270026;REVB=-0.00479703;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370998;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000132801;OID=.;OPOS=44286950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:1:0:13:12:1:0 chr22 44322970 . G T 403.77 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0156191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.867;QD=22.1246;RBI=0.0157028;REFB=0.00463765;REVB=0.00161992;RO=33;SAF=14;SAR=26;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390218;STB=0.521534;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.0046457;OID=.;OPOS=44322970;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:26:14:13:20:26:14:13:20 chr22 44324727 . C G 418.34 PASS AF=0.5;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00305852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.081;QD=19.9208;RBI=0.00887508;REFB=-0.0195471;REVB=-0.00833142;RO=41;SAF=25;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118696;STB=0.560316;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0175294;OID=.;OPOS=44324727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:41:42:42:42:0.5:17:25:19:22:17:25:20:22 chr22 44324730 . C T 434.13 PASS AF=0.518072;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00365145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3098;QD=20.9217;RBI=0.00369782;REFB=-0.0143936;REVB=0.000583806;RO=40;SAF=25;SAR=17;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107277;STB=0.551758;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0112822;OID=.;OPOS=44324730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:40:40:42:43:0.518072:17:25:19:21:18:25:19:21 chr22 44342116 . A G 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.35;QD=61.5104;RBI=0.0187933;REFB=0.0534726;REVB=0.00343807;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171068;STB=0.509087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-9.86073e-05;OID=.;OPOS=44342116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:21:27:1:0:21:27:1:0 chr22 44368204 . A G 524.6 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.085046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.851;QD=21.6332;RBI=0.0892685;REFB=-0.0227359;REVB=0.0271301;RO=46;SAF=25;SAR=25;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056659;STB=0.525763;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.019833;OID=.;OPOS=44368204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:46:47:50:50:0.515464:25:25:26:20:25:25:26:21 chr22 44379822 . T C 741.63 PASS AF=0.888889;AO=54;DP=66;FAO=56;FDP=63;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00577119;FXX=0.0454477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.785;QD=47.0877;RBI=0.0196306;REFB=0.00266564;REVB=0.0187631;RO=5;SAF=36;SAR=18;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241005;STB=0.510982;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.000463366;OID=.;OPOS=44379822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:66:63:5:7:54:56:0.888889:18:36:4:1:19:37:4:3 chr22 44379838 . A G 904.43 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169714;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.726;QD=55.6571;RBI=0.0220552;REFB=0;REVB=-0.0140856;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000988299;OID=.;OPOS=44379838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:65:0:0:62:65:1:23:39:0:0:23:42:0:0 chr22 44386281 . C T 473.14 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00748741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.859;QD=23.9565;RBI=0.0114413;REFB=-0.00226952;REVB=0.0086511;RO=34;SAF=23;SAR=22;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778267;STB=0.542678;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00215371;OID=.;OPOS=44386281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:22:23:14:20:22:23:14:20 chr22 44395451 . T C 89.59 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0311162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7367;QD=17.0652;RBI=0.0510528;REFB=-0.0388443;REVB=0.0404743;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453193;STB=0.521699;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0199344;OID=.;OPOS=44395451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:10:10:11:0.52381:5:5:4:5:5:6:5:5 chr22 44489868 . T C 589.78 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0326981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1331;QD=57.5391;RBI=0.0466354;REFB=-0.128664;REVB=0.033252;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.512814;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00711276;OID=.;OPOS=44489868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:0:1:38:40:0.97561:18:20:0:0:19:21:0:1 chr22 44489896 . T C 187.92 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00214401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.123;QD=20.3151;RBI=0.0118697;REFB=-0.0181035;REVB=0.0116744;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255221;STB=0.643917;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0128021;OID=.;OPOS=44489896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:12:6:12:7:12:6 chr22 44582499 . T C 668.95 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.932;QD=62.2279;RBI=0.0411811;REFB=0;REVB=-0.035031;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24704e-05;OID=.;OPOS=44582499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chr22 44594584 . C G 403.15 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00160992;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.727;QD=27.3323;RBI=0.0171852;REFB=-0.0127741;REVB=-0.0171096;RO=20;SAF=28;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140616;STB=0.589424;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00638675;OID=.;OPOS=44594584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:20:21:38:38:0.644068:10:28:11:9:10:28:11:10 chr22 44602229 . A C 893.81 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780445;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.969;QD=57.6654;RBI=0.0240133;REFB=0;REVB=0.0227097;RO=0;SAF=43;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430301;OID=.;OPOS=44602229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:18:43:0:0:18:44:0:0 chr22 44681612 . A G 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0689936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3835;QD=16.873;RBI=0.0705827;REFB=-0.0297676;REVB=-0.0148931;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309681;STB=0.678382;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0301723;OID=.;OPOS=44681612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:15:5:14:12:15:5:14:12 chr22 44891370 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00889754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=371.018;QD=54.5177;RBI=0.00938594;REFB=0;REVB=0.00298825;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01598e-05;OID=.;OPOS=44891370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr22 44893563 . A G 181.29 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0208746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7834;QD=16.8643;RBI=0.0608121;REFB=-0.0185136;REVB=-0.057117;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150284;STB=0.50859;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0571413;OID=.;OPOS=44893563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:10:9:11:13:10:9:11:13 chr22 44965320 . G A 139.23 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00432853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.676;QD=9.28215;RBI=0.04126;REFB=-0.0174108;REVB=0.0410323;RO=40;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175281;STB=0.595014;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0431569;OID=.;OPOS=44965320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:41:19:19:0.316667:8:11:17:23:8:11:18:23 chr22 45075738 . T C 131.04 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0271523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.213;QD=14.1666;RBI=0.0343352;REFB=-0.0123939;REVB=0.0210157;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237804;STB=0.645582;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00754913;OID=.;OPOS=45075738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:22:15:15:0.405405:7:8:16:5:7:8:17:5 chr22 45198009 . A G 224.5 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0279372;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.716;QD=19.9559;RBI=0.0537464;REFB=-0.00478165;REVB=-0.0459151;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704467;STB=0.601518;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00459067;OID=.;OPOS=45198009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:23:21:22:0.488889:12:9:7:9:13:9:14:9 chr22 45258324 . C T 685.44 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00279398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.193;QD=58.3351;RBI=0.00410396;REFB=-0.100496;REVB=0.00300602;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.523799;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000718792;OID=.;OPOS=45258324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:0:2:45:45:0.957447:20:25:0:0:20:25:0:2 chr22 45278187 . A T 301.96 PASS AF=0.516129;AO=30;DP=60;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00790868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.806;QD=19.481;RBI=0.00923244;REFB=-0.0123978;REVB=0.00476349;RO=30;SAF=12;SAR=18;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955055;STB=0.554338;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00969302;OID=.;OPOS=45278187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:30:30:30:32:0.516129:18:12:9:21:19:13:9:21 chr22 45404497 . G A 160.47 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=44;FWDB=0.10018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8744;QD=8.6738;RBI=0.100373;REFB=-0.00958593;REVB=-0.00622328;RO=49;SAF=5;SAR=17;SRF=8;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115644;STB=0.579783;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0312532;OID=.;OPOS=45404497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:52:22:22:0.297297:17:5:8:41:17:5:8:44 chr22 45566843 . A G 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00400479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.154;QD=59.5018;RBI=0.0108429;REFB=0;REVB=0.0100762;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32334e-06;OID=.;OPOS=45566843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr22 45566912 . C A 871.79 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00121177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.849;QD=56.2444;RBI=0.0198932;REFB=-0.155851;REVB=0.0198562;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014984;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000456319;OID=.;OPOS=45566912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:30:31:1:0:30:31:1:0 chr22 45577231 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000266776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.558;QD=55.0983;RBI=0.0490691;REFB=0;REVB=0.0490683;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365168;OID=.;OPOS=45577231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr22 45583898 . A G 573.14 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0191821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.938;QD=55.9158;RBI=0.0249584;REFB=0.0219058;REVB=0.0159679;RO=2;SAF=14;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139327;STB=0.507439;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0023453;OID=.;OPOS=45583898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:25:14:1:1:25:14:1:1 chr22 45593055 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0122139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.402;QD=14.6577;RBI=0.0228563;REFB=-0.0487984;REVB=-0.0193192;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213164;STB=0.603905;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0492745;OID=.;OPOS=45593055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:17:13:13:0.433333:7:6:11:5:7:6:11:6 chr22 45603631 . C G 1000.43 PASS AF=0.448718;AO=103;DP=218;FAO=105;FDP=234;FR=.;FRO=129;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=61;FSRR=68;FWDB=-0.0160656;FXX=0.0126577;HRUN=6;LEN=1;MLLD=183.939;QD=17.1014;RBI=0.016772;REFB=-0.0198556;REVB=-0.00481642;RO=114;SAF=54;SAR=49;SRF=52;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647957;STB=0.533327;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0321428;OID=.;OPOS=45603631;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:234:114:129:103:105:0.448718:49:54:52:62:49:56:61:68 chr22 45683304 . G C 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.002065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.903;QD=22.7239;RBI=0.0140734;REFB=-0.000185412;REVB=-0.013921;RO=16;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901357;STB=0.550266;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=8.34947e-05;OID=.;OPOS=45683304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:13:7:4:12:13:7:4:12 chr22 45685002 . A G 658.24 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.419;QD=61.2319;RBI=0.0184395;REFB=0;REVB=0.0130586;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378811;OID=.;OPOS=45685002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:20:23:0:0 chr22 45691521 . C T 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0232831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6477;QD=13.8993;RBI=0.0539033;REFB=-0.0062196;REVB=-0.0486154;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301668;STB=0.517227;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00534444;OID=.;OPOS=45691521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:12:12:18:16:12:12:18:16 chr22 45691594 . A G 746.6 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3984;QD=63.5403;RBI=0.0368176;REFB=0;REVB=0.0346222;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295676;OID=.;OPOS=45691594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr22 45718041 . A G 1500.4 PASS AF=0.962963;AO=104;DP=108;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0193777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.356;QD=55.5703;RBI=0.0294453;REFB=-0.106538;REVB=0.0221706;RO=2;SAF=60;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155537;STB=0.516126;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00193357;OID=.;OPOS=45718041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:108:108:2:4:104:104:0.962963:44:60:2:0:44:60:4:0 chr22 45723807 . G C 1264.62 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9758;QD=61.689;RBI=0.0550166;REFB=0;REVB=-0.0435805;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90943e-05;OID=.;OPOS=45723807;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr22 45723842 . G A 1175.94 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000158197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.429;QD=59.541;RBI=0.00642405;REFB=-0.088205;REVB=0.00642211;RO=1;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150232;STB=0.507934;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-2.91112e-05;OID=.;OPOS=45723842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:31:47:0:1:31:47:0:1 chr22 45723947 . A G 302.39 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0734944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2167;QD=52.59;RBI=0.0969098;REFB=0;REVB=0.0631672;RO=0;SAF=21;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122891;OID=.;OPOS=45723947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:2:21:0:0:2:21:0:0 chr22 45724281 . TG T 38.96 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0156381;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.662;QD=6.4929;RBI=0.0299302;REFB=-0.164088;REVB=-0.0255199;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481956;STB=0.6996;STBP=0.136;TYPE=del;VARB=0.191191;OID=.;OPOS=45724282;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:10:24:10:24:14:3:7:9:5:38:13:2:8:9:4 chr22 45728370 . G A 1140.22 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0478451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7979;QD=58.4727;RBI=0.0496812;REFB=-0.0562901;REVB=0.0133818;RO=1;SAF=35;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133285;STB=0.50704;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00110354;OID=.;OPOS=45728370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:76:77:0.987179:41:35:1:0:42:35:1:0 chr22 45736485 . C T 516.47 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0166732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.596;QD=19.1286;RBI=0.0453395;REFB=-0.0143517;REVB=-0.0421624;RO=53;SAF=25;SAR=29;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024827;STB=0.509294;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0148971;OID=.;OPOS=45736485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:54:54:54:0.5:29:25:26:27:29:25:26:28 chr22 45737787 . A G 298.56 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0544757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8702;QD=19.2616;RBI=0.0721586;REFB=-0.0113208;REVB=-0.0473208;RO=30;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547552;STB=0.530469;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00904968;OID=.;OPOS=45737787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:18:14:15:15:18:14:15:15 chr22 45741364 . G A 415.19 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.00680078;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.515;QD=16.124;RBI=0.0186352;REFB=-0.0296009;REVB=0.0173499;RO=56;SAF=24;SAR=22;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667173;STB=0.541578;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0357855;OID=.;OPOS=45741364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:56:57:46:46:0.446602:22:24:33:23:22:24:34:23 chr22 45767391 . C T 154.74 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0106773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.535;QD=14.7369;RBI=0.0230576;REFB=-0.0227125;REVB=0.0204365;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293802;STB=0.677312;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0289007;OID=.;OPOS=45767391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:10:7:17:7:10:7:18:7 chr22 45767455 . A G 428.92 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5573;QD=57.1898;RBI=0.0926181;REFB=0;REVB=0.0164526;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000990232;OID=.;OPOS=45767455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr22 45782903 . T C 1510.8 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.045;QD=63.6126;RBI=0.06207;REFB=0;REVB=-0.0135071;RO=0;SAF=33;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56627e-05;OID=.;OPOS=45782903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:62:33:0:0:62:33:0:0 chr22 45789642 . A C 635.5 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260555;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.9787;QD=61.9997;RBI=0.0432726;REFB=0;REVB=0.0345489;RO=0;SAF=7;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25704e-05;OID=.;OPOS=45789642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:40:41:1:33:7:0:0:33:8:0:0 chr22 45813687 . G A 380.74 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0178321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6453;QD=16.9217;RBI=0.0187467;REFB=0.00444249;REVB=0.00578419;RO=50;SAF=14;SAR=26;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322431;STB=0.518107;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0052935;OID=.;OPOS=45813687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:26:14:19:31:26:14:19:31 chr22 45821887 . G A 408.42 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.172;QD=56.3341;RBI=0.048461;REFB=0;REVB=0.00880384;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182434;OID=.;OPOS=45821887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:15:14:0:0 chr22 45821909 . C T 199.39 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0272005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.397;QD=27.502;RBI=0.0317718;REFB=-0.0501698;REVB=-0.016419;RO=10;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460427;STB=0.525521;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00700405;OID=.;OPOS=45821909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:29:10:10:19:19:0.655172:9:10:6:4:9:10:6:4 chr22 45821935 . G A 300.11 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0302836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2999;QD=37.5141;RBI=0.0810304;REFB=-0.0358554;REVB=0.0751586;RO=7;SAF=14;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531612;STB=0.528944;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0120097;OID=.;OPOS=45821935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:7:7:25:25:0.78125:11:14:3:4:11:14:3:4 chr22 45821956 . C G 69.79 PASS AF=0.193548;AO=5;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0626122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.789;QD=9.00575;RBI=0.0626559;REFB=0.00998689;REVB=0.00233858;RO=21;SAF=1;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431387;STB=0.821684;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0196364;OID=.;OPOS=45821956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:31:31:21:21:5:6:0.193548:4:1:12:9:5:1:12:9 chr22 45826880 . G A 902.01 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.74;QD=58.1942;RBI=0.0632947;REFB=0;REVB=0.0145188;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323747;OID=.;OPOS=45826880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr22 45898117 . T C 156.06 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0122504;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6924;QD=10.9514;RBI=0.0123208;REFB=-0.00850778;REVB=-0.00131574;RO=37;SAF=6;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190609;STB=0.61205;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00934515;OID=.;OPOS=45898117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:14:6:17:20:14:6:17:20 chr22 45898130 . A T 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00675514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7861;QD=11.4257;RBI=0.0239867;REFB=-0.0216203;REVB=-0.0230159;RO=36;SAF=7;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158788;STB=0.585282;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0191871;OID=.;OPOS=45898130;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:37:21:21:0.362069:14:7:17:19:14:7:17:20 chr22 45913547 . G A 294.8 PASS AF=0.4125;AO=31;DP=81;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0194593;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.129;QD=14.7398;RBI=0.0194663;REFB=-0.00624335;REVB=0.000524677;RO=47;SAF=13;SAR=18;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523219;STB=0.526138;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0102512;OID=.;OPOS=45913547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:47:47:31:33:0.4125:18:13:22:25:19:14:22:25 chr22 45923827 . A G 2439.28 PASS AF=0.993789;AO=159;DP=160;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00635597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.179;QD=60.6031;RBI=0.00876978;REFB=-0.0444467;REVB=-0.00604241;RO=1;SAF=89;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674853;STB=0.503546;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000278453;OID=.;OPOS=45923827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:161:1:1:159:160:0.993789:70:89:0:1:70:90:0:1 chr22 45937149 . C T 479.92 PASS AF=0.504762;AO=46;DP=99;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0564234;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.617;QD=18.2827;RBI=0.056466;REFB=-0.0237032;REVB=-0.00219167;RO=51;SAF=26;SAR=20;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144408;STB=0.589489;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0301401;OID=.;OPOS=45937149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:105:51:52:46:53:0.504762:20:26:21:30:22:31:21:31 chr22 46318285 . A G 198.65 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0274229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5337;QD=19.3805;RBI=0.0282754;REFB=-0.00936541;REVB=0.00689083;RO=21;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275908;STB=0.657366;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0207037;OID=.;OPOS=46318285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:5:15:10:11:5:15:10:11 chr22 46402715 . G T 2037.61 PASS AF=0.950704;AO=135;DP=143;FAO=135;FDP=142;FR=.;FRO=7;FSAF=65;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0268679;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.576;QD=57.3974;RBI=0.0268739;REFB=-0.0536757;REVB=0.000568878;RO=7;SAF=65;SAR=70;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00495772;STB=0.502612;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00272171;OID=.;OPOS=46402715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:143:142:7:7:135:135:0.950704:70:65:3:4:70:65:3:4 chr22 46403039 . G A 1992.9 PASS AF=0.924658;AO=133;DP=146;FAO=135;FDP=146;FR=.;FRO=11;FSAF=79;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.00656326;FXX=0.0135126;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.7073;QD=54.6;RBI=0.0414565;REFB=-0.129648;REVB=0.0409337;RO=4;SAF=77;SAR=56;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186484;STB=0.537853;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00266051;OID=.;OPOS=46403039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:146:146:4:11:133:135:0.924658:56:77:1:3:56:79:1:10 chr22 46493852 . C T 238.57 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0346343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.105;QD=14.4588;RBI=0.035058;REFB=-0.0167299;REVB=-0.00543409;RO=37;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661947;STB=0.539142;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0455593;OID=.;OPOS=46493852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:38:27:28:0.424242:17:10:16:21:18:10:16:22 chr22 46677607 . T C 435.32 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0297715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1235;QD=49.7508;RBI=0.0584279;REFB=-0.106679;REVB=0.050274;RO=2;SAF=9;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929902;STB=0.571382;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0193726;OID=.;OPOS=46677607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:35:2:3:32:32:0.914286:23:9:2:0:23:9:3:0 chr22 46722400 . T C 557.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.383;QD=60.2197;RBI=0.0130998;REFB=0;REVB=0.012989;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00784e-05;OID=.;OPOS=46722400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr22 46787681 . G A 304.97 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0155979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6755;QD=15.0602;RBI=0.0604106;REFB=-0.0133718;REVB=0.0583621;RO=47;SAF=14;SAR=20;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123903;STB=0.570134;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0178943;OID=.;OPOS=46787681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:20:14:25:22:20:14:25:22 chr22 46929692 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000249399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.228;QD=57.5449;RBI=0.0248071;REFB=0;REVB=-0.0248059;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107133;OID=.;OPOS=46929692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr22 46930794 . G A 238.49 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0227838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.236;QD=27.2565;RBI=0.0231251;REFB=-0.0442387;REVB=0.00395838;RO=13;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475351;STB=0.526292;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0180316;OID=.;OPOS=46930794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:10:12:8:5:10:12:8:5 chr22 46931077 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.822;QD=61.684;RBI=0.0134841;REFB=0;REVB=-0.00188447;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33315e-05;OID=.;OPOS=46931077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr22 46931793 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.793;QD=59.4355;RBI=0.0209074;REFB=0;REVB=0.00225734;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.73734e-05;OID=.;OPOS=46931793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr22 46931838 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.58;QD=57.2024;RBI=0.0264135;REFB=0;REVB=0.0112236;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284598;OID=.;OPOS=46931838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr22 47058992 . T C 2843.53 PASS AF=0.989189;AO=176;DP=185;FAO=183;FDP=185;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=107;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0166123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.3158;QD=61.4817;RBI=0.0166925;REFB=-0.0157128;REVB=0.00163431;RO=1;SAF=105;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451234;STB=0.500942;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000675567;OID=.;OPOS=47058992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:185:185:1:2:176:183:0.989189:71:105:1:0:76:107:1:1 chr22 47075462 . C T 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.439;QD=58.2384;RBI=0.0660031;REFB=0;REVB=-0.0603129;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.46369e-05;OID=.;OPOS=47075462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr22 47185265 . G T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0127834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8209;QD=9.76015;RBI=0.0137088;REFB=-0.00137451;REVB=0.00495144;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125019;STB=0.50767;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00221942;OID=.;OPOS=47185265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:5:7:4:3:5:7 chr22 47311404 . A T 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.164;QD=60.716;RBI=0.0564232;REFB=0;REVB=0.0507027;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06943e-05;OID=.;OPOS=47311404;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr22 47569571 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.131;QD=48.7373;RBI=0.0374931;REFB=0;REVB=0.0107339;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540853;OID=.;OPOS=47569571;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr22 47569605 . G C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.154659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2322;QD=11.0921;RBI=0.173475;REFB=0.00657168;REVB=0.0785762;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0186677;OID=.;OPOS=47569605;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:2:4:2:3:2:4 chr22 48023241 . G T 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00949906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.978;QD=56.0077;RBI=0.0103818;REFB=-0.0655907;REVB=-0.00418932;RO=1;SAF=27;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171579;STB=0.509088;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00139645;OID=.;OPOS=48023241;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:33:27:1:0:33:27:1:0 chr22 48940553 . T C 1065.82 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307721;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.243;QD=60.0464;RBI=0.0370124;REFB=0;REVB=0.0205669;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79275e-06;OID=.;OPOS=48940553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr22 48940644 . C T 469.29 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00146649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2287;QD=18.5858;RBI=0.0117225;REFB=-0.00203213;REVB=-0.0116304;RO=51;SAF=22;SAR=27;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347325;STB=0.523585;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00126427;OID=.;OPOS=48940644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:52:49:49:0.485149:27:22:21:30:27:22:21:31 chr22 48940714 . T TC 190.32 PASS AF=0.5;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.107587;FXX=0.0357079;HRUN=0;LEN=1;MLLD=100.92;QD=14.098;RBI=0.107741;REFB=-0.00648436;REVB=0.00576166;RO=29;SAF=6;SAR=20;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304362;STB=0.689988;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=0.00382524;OID=.;OPOS=48940715;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:26:57:27:54:27:6:21:15:12:99:29:6:20:15:14 chr22 49246723 . A C 723.84 PASS AF=0.475309;AO=76;DP=162;FAO=77;FDP=162;FR=.;FRO=85;FSAF=21;FSAR=56;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=-0.0295128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1861;QD=17.8726;RBI=0.0311141;REFB=-0.012172;REVB=-0.00985293;RO=68;SAF=20;SAR=56;SRF=15;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485645;STB=0.557625;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0112923;OID=.;OPOS=49246723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:68:85:76:77:0.475309:56:20:15:53:56:21:31:54 chr22 50277835 . T C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.138;QD=56.1858;RBI=0.024123;REFB=0;REVB=0.0111707;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160101;OID=.;OPOS=50277835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr22 50277883 . A G,T 527.48 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=34,2;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=26,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124823,0.0756357;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.8852,146.396;QD=58.6091;RBI=0.128714,0.0906866;REFB=0,0;REVB=-0.0314064,-0.0500329;RO=0;SAF=8,0;SAR=26,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00554011,0.170069;OID=.,.;OPOS=50277883,50277883;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:34,2:34,2:0.944444,0.0555556:26,2:8,0:0:0:26,2:8,0:0:0 chr22 50278438 . A G 785.19 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.664;QD=57.1046;RBI=0.0262497;REFB=0;REVB=-0.00266729;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98398e-05;OID=.;OPOS=50278438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:22:32:0:0:22:33:0:0 chr22 50278568 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.548;QD=54.5165;RBI=0.0337746;REFB=0;REVB=0.0131452;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165077;OID=.;OPOS=50278568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:11:14:0:0 chr22 50278642 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.019;QD=53.2756;RBI=0.0461905;REFB=0;REVB=-0.00873451;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564882;OID=.;OPOS=50278642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr22 50279740 . C T 486.56 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.021206;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.934;QD=17.8555;RBI=0.0378716;REFB=-0.0153158;REVB=0.0313778;RO=54;SAF=29;SAR=23;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152965;STB=0.501967;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0211313;OID=.;OPOS=50279740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:57:52:52:0.477064:23:29:31:23:23:29:32:25 chr22 50280136 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.191;QD=57.1058;RBI=0.0113232;REFB=0;REVB=0.00606159;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14484e-05;OID=.;OPOS=50280136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr22 50281917 . A G 1139.06 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000526585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.06;QD=59.1718;RBI=0.00371983;REFB=0.052688;REVB=-0.00368237;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-2.46666e-06;OID=.;OPOS=50281917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:31:45:0:0:31:45:0:1 chr22 50356693 . T C 165.96 PASS AF=0.338235;AO=20;DP=64;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0119673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7742;QD=9.76219;RBI=0.0142567;REFB=-0.0235223;REVB=-0.00774847;RO=42;SAF=13;SAR=7;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671993;STB=0.57055;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0441768;OID=.;OPOS=50356693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:42:45:20:23:0.338235:7:13:25:17:7:16:27:18 chr22 50435480 . A G 334.78 PASS AF=0.389474;AO=34;DP=93;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.022778;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.5581;QD=14.0962;RBI=0.0422382;REFB=-0.0162104;REVB=-0.03557;RO=55;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119904;STB=0.582958;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00690651;OID=.;OPOS=50435480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:55:58:34:37:0.389474:16:18:23:32:16:21:25:33 chr22 50439194 . C T 155.29 PASS AF=0.466667;AO=11;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=11;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00882351;FXX=0.0322477;HRUN=7;LEN=1;MLLD=164.49;QD=20.7051;RBI=0.0133096;REFB=-0.0361933;REVB=0.00996445;RO=10;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243156;STB=0.587651;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0320109;OID=.;OPOS=50439194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:31:30:10:11:11:14:0.466667:2:9:6:4:3:11:7:4 chr22 50468907 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00551507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.965;QD=13.6609;RBI=0.0055282;REFB=-0.0130748;REVB=0.000380795;RO=21;SAF=11;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310684;STB=0.683922;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0174137;OID=.;OPOS=50468907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:3:11:11:10:3:11:11:10 chr22 50468933 . G T 107.17 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00848016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.633;QD=12.2481;RBI=0.0676415;REFB=-0.0114901;REVB=-0.0671078;RO=22;SAF=11;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438363;STB=0.764243;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00932038;OID=.;OPOS=50468933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:2:11:11:11:2:11:11:11 chr22 50480108 . C T 484.69 PASS AF=0.716667;AO=43;DP=60;FAO=43;FDP=60;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0916211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6045;QD=32.3129;RBI=0.120846;REFB=0.0329044;REVB=0.0787989;RO=17;SAF=19;SAR=24;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152193;STB=0.508231;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.0117222;OID=.;OPOS=50480108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:17:17:43:43:0.716667:24:19:8:9:24:19:8:9 chr22 50547247 . A G 1327.96 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726485;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.753;QD=61.7656;RBI=0.00731088;REFB=0;REVB=0.000819102;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7461e-05;OID=.;OPOS=50547247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:84:86:1:44:40:0:0:45:41:0:0 chr22 50555619 . C T 1495.36 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0250139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.942;QD=56.4286;RBI=0.0367208;REFB=-0.02836;REVB=0.0268835;RO=1;SAF=54;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870632;STB=0.50404;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.000478805;OID=.;OPOS=50555619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:106:1:3:103:103:0.971698:49:54:1:0:49:54:2:1 chr22 50555686 . A C 1540.22 PASS AF=0.963636;AO=106;DP=112;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0248555;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.528;QD=56.008;RBI=0.0280512;REFB=0.030154;REVB=0.0130028;RO=4;SAF=52;SAR=54;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351128;STB=0.518515;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.000951834;OID=.;OPOS=50555686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:112:110:4:4:106:106:0.963636:54:52:4:0:54:52:4:0 chr22 50582626 . A G 1513.31 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.709;QD=59.9331;RBI=0.0361021;REFB=0;REVB=-0.00909165;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95465e-05;OID=.;OPOS=50582626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:50:50:0:0:50:51:0:0 chr22 50589196 . C A 754.54 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00525588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.089;QD=54.8758;RBI=0.0425466;REFB=-0.126631;REVB=0.0422208;RO=1;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285388;STB=0.515146;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00322663;OID=.;OPOS=50589196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:16:38:0:1:16:38:0:1 chr22 50618738 . G A 197.77 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.936;QD=46.5344;RBI=0.0430088;REFB=0;REVB=-0.00493917;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116897;OID=.;OPOS=50618738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:12:4:0:0:12:5:0:0 chr22 50637597 . G C 785.8 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.843;QD=64.1468;RBI=0.0231953;REFB=0;REVB=0.0226725;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43827e-05;OID=.;OPOS=50637597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr22 50646936 . G C 716.45 PASS AF=0.946429;AO=54;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00700895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5978;QD=51.175;RBI=0.0261169;REFB=-0.133242;REVB=0.0251588;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.504515;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00748313;OID=.;OPOS=50646936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:56:0:3:54:53:0.946429:23:31:0:0:22:31:2:1 chr22 50657010 . C G 753.1 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.140574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6369;QD=60.2479;RBI=0.146669;REFB=-0.126105;REVB=0.0418429;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229399;STB=0.511623;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0034814;OID=.;OPOS=50657010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:48:49:0.98:28:20:1:0:28:21:1:0 chr22 50658165 . G A 222.69 PASS AF=0.36;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0109776;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.639;QD=11.877;RBI=0.0370756;REFB=-0.0184789;REVB=0.0354132;RO=47;SAF=9;SAR=18;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132746;STB=0.584841;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0342077;OID=.;OPOS=50658165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:47:48:27:27:0.36:18:9:21:26:18:9:22:26 chr22 50658698 . T A 523.81 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400586;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.89;QD=59.8635;RBI=0.0437265;REFB=0;REVB=0.0435426;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171181;OID=.;OPOS=50658698;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr22 50664612 . A G 838.38 PASS AF=0.968254;AO=59;DP=62;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0183632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2998;QD=53.2306;RBI=0.0495243;REFB=-0.09878;REVB=0.045994;RO=3;SAF=33;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994043;STB=0.502392;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00453928;OID=.;OPOS=50664612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:63:3:2:59:61:0.968254:26:33:2:1:26:35:1:1 chr22 50688348 . A G 884.88 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6117;QD=58.0249;RBI=0.0179054;REFB=0;REVB=0.0136026;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115793;OID=.;OPOS=50688348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr22 50693521 . C T 95.84 PASS AF=0.785714;AO=10;DP=13;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0138534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.3657;QD=27.3814;RBI=0.014401;REFB=-0.15563;REVB=0.00393324;RO=3;SAF=9;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209237;STB=0.62473;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.125945;OID=.;OPOS=50693521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:14:3:3:10:11:0.785714:1:9:2:1:1:10:2:1 chr22 50693534 . A G 163.43 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300663;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.093;QD=46.6935;RBI=0.0375889;REFB=0;REVB=-0.0225597;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42226e-05;OID=.;OPOS=50693534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:1:13:0:0:1:13:0:0 chr22 50693537 . C CA 143.76 PASS AF=1;AO=2;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016667;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=98.2391;QD=41.0753;RBI=0.016667;REFB=0;REVB=0;RO=12;SAF=2;SAR=0;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000146177;OID=.;OPOS=50693538;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:14:14:14:0:14:0:0:0:4:12:2:0:12:0 chr22 50693538 . G A 118.99 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00378111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.752;QD=33.9972;RBI=0.00378111;REFB=-0.136437;REVB=0;RO=2;SAF=12;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00386422;OID=.;OPOS=50693538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:0:12:2:0:0:12:2:0 chr22 50693554 . A G 173.93 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.463;QD=46.3814;RBI=0.0839218;REFB=0;REVB=0.0534044;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460758;OID=.;OPOS=50693554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:13:15:1:4:9:0:0:4:11:0:0 chr22 50694297 . A G 330.68 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0289186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.232;QD=50.8745;RBI=0.0298085;REFB=0.043398;REVB=-0.00722926;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53843;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.000198094;OID=.;OPOS=50694297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:0:1:25:25:0.961538:7:18:0:0:6:19:0:1 chr22 50699668 . A G 637.25 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.833;QD=57.932;RBI=0.0583601;REFB=-0.135404;REVB=-0.0226994;RO=2;SAF=16;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113862;OID=.;OPOS=50699668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:44:2:0:42:44:1:26:16:2:0:26:18:0:0 chr22 50704661 . T C 608.24 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.876;QD=60.824;RBI=0.010814;REFB=0;REVB=-0.00319283;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017976;OID=.;OPOS=50704661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:20:20:0:0 chr22 50705059 . A C,G 805.44 PASS AF=0.0350877,0.964912;AO=2,53;DP=55;FAO=2,55;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=2,19;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181471,0.0161357;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.7404,107.744;QD=56.522;RBI=0.0259205,0.030418;REFB=0,0;REVB=0.0185082,0.0257856;RO=0;SAF=2,19;SAR=0,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.97342e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.171158,0.000321105;OID=.,.;OPOS=50705059,50705059;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:55:57:0:0:2,53:2,55:0.0350877,0.964912:0,34:2,19:0:0:0,36:2,19:0:0 chr22 50705466 . A G 207.07 PASS AF=1;AO=12;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.6088;QD=46.0155;RBI=0.109531;REFB=0;REVB=0.0375577;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029599;OID=.;OPOS=50705466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:12:18:1:9:3:0:0:12:6:0:0 chr22 50713866 . G C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.44;QD=58.1418;RBI=0.0325572;REFB=0;REVB=-0.00268546;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170468;OID=.;OPOS=50713866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr22 50716167 . G A 314.72 PASS AF=0.6;AO=31;DP=54;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00933144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.371;QD=20.9813;RBI=0.0220794;REFB=-0.0326547;REVB=0.0200105;RO=23;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113075;STB=0.562465;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0224694;OID=.;OPOS=50716167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:60:23:24:31:36:0.6:18:13:13:10:22:14:13:11 chr22 50719251 . A G 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=0.00188024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.608;QD=11.3457;RBI=0.0261436;REFB=-0.00810583;REVB=-0.0260759;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361702;STB=0.695496;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0183571;OID=.;OPOS=50719251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:39:22:22:0.360656:12:10:30:8:12:10:30:9 chr22 50720622 . C T 906.84 PASS AF=0.546012;AO=86;DP=160;FAO=89;FDP=163;FR=.;FRO=74;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.001426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4617;QD=22.2538;RBI=0.0476834;REFB=-0.0162297;REVB=0.0476621;RO=73;SAF=49;SAR=37;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534198;STB=0.53354;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0122259;OID=.;OPOS=50720622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:163:73:74:86:89:0.546012:37:49:37:36:38:51:37:37 chr22 50728062 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.061953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.358;QD=62.0218;RBI=0.065561;REFB=0;REVB=0.0214494;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172138;OID=.;OPOS=50728062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr22 50751529 . G C 363.44 PASS AF=0.414894;AO=36;DP=90;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=-0.00208157;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=153.57;QD=15.4657;RBI=0.0173491;REFB=-0.00240342;REVB=0.0172238;RO=16;SAF=13;SAR=23;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319929;STB=0.669585;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00339473;OID=.;OPOS=50751529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:16:55:36:39:0.414894:23:13:15:1:23:16:39:16 chr22 50752150 . C T 283.02 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0158039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.674;QD=17.4169;RBI=0.0362582;REFB=-0.0281879;REVB=0.0326327;RO=34;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123142;STB=0.568819;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0438404;OID=.;OPOS=50752150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:15:16:22:12:15:16:22:12 chr22 50754466 . C T 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0163982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6404;QD=17.6719;RBI=0.0174033;REFB=0.0205285;REVB=-0.00582881;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905467;STB=0.550722;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0140331;OID=.;OPOS=50754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:13:17:15:17:13:17:15:17 chr22 50754648 . T C 136.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0859067;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.142;QD=17.008;RBI=0.0859346;REFB=-0.00885985;REVB=-0.00218865;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961734;STB=0.555478;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00815081;OID=.;OPOS=50754648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:17:17:15:15:0.46875:11:4:6:11:11:4:6:11 chr22 50757470 . T C 238.25 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0159672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.366;QD=16.1527;RBI=0.0345725;REFB=-0.00410235;REVB=0.0306644;RO=31;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257906;STB=0.621599;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00447694;OID=.;OPOS=50757470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:32:26:27:0.457627:17:9:19:12:17:10:19:13 chr22 50877166 . G C 229.57 PASS AF=0.95;AO=13;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0675939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.154;QD=45.9145;RBI=0.0702896;REFB=-0.0178629;REVB=0.0192792;RO=1;SAF=10;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431971;STB=0.518499;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00316122;OID=.;OPOS=50877166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:13:19:0.95:3:10:1:0:6:13:1:0 chr22 50898026 . G A 2034.19 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0326523;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2657;QD=61.642;RBI=0.0497858;REFB=-0.0989524;REVB=0.0375826;RO=1;SAF=74;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841113;STB=0.504424;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000541997;OID=.;OPOS=50898026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:130:131:0.992424:56:74:0:1:56:75:0:1 chr22 50901009 . C T 712.37 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265222;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.496;QD=63.3217;RBI=0.0454937;REFB=0;REVB=0.0369628;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17388e-05;OID=.;OPOS=50901009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr22 50923042 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.611;QD=44.6894;RBI=0.0304085;REFB=0;REVB=-0.0116461;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00190691;OID=.;OPOS=50923042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr22 50923217 . T C 616.71 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02751;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.767;QD=61.6711;RBI=0.0275203;REFB=0;REVB=0.000753945;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105651;OID=.;OPOS=50923217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr22 50941985 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0569852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.138;QD=12.216;RBI=0.0578914;REFB=-0.000741393;REVB=-0.0102028;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234359;STB=0.636198;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000548114;OID=.;OPOS=50941985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:7:20:8:7:7:20 chr22 50944128 . G A 745.58 PASS AF=1;AO=47;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.899;QD=59.6465;RBI=0.152298;REFB=-0.0539847;REVB=0.152004;RO=3;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721518;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138221;OID=.;OPOS=50944128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:50:3:0:47:50:1:18:29:0:3:21:29:0:0 chr22 50944163 . G A 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.000424766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.869;QD=13.7477;RBI=0.0116955;REFB=-0.014897;REVB=0.0116878;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645749;STB=0.537004;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0188786;OID=.;OPOS=50944163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:11:11:18:14:11:11:18:14 chr22 50959478 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00462649;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.169;QD=18.4438;RBI=0.00586567;REFB=-0.0027593;REVB=0.00360578;RO=9;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171427;STB=0.5998;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00217703;OID=.;OPOS=50959478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:9:2:3:6:9:2:3:6 chr22 50960682 . C T 1548.79 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00216239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4282;QD=63.8675;RBI=0.00556293;REFB=0;REVB=-0.00512545;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31511e-05;OID=.;OPOS=50960682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:48:49:0:0:48:49:0:0 chr22 50961169 . A G 74.73 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.223;QD=37.3669;RBI=0.188846;REFB=0;REVB=0.188568;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143908;OID=.;OPOS=50961169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:2:5:0:0:3:5:0:0 chr22 50964236 . G A 147.2 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8819;QD=42.056;RBI=0.111769;REFB=0;REVB=0.108505;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00746073;OID=.;OPOS=50964236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:12:14:1:10:2:0:0:11:3:0:0 chr22 50988695 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00282273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.268;QD=51.9167;RBI=0.00728206;REFB=0;REVB=-0.00671272;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06848e-05;OID=.;OPOS=50988695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr22 51011376 . G C 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.103;QD=51.5087;RBI=0.0218545;REFB=0.0567973;REVB=-0.00107122;RO=1;SAF=3;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131699;STB=0.571368;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000205901;OID=.;OPOS=51011376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:23:3:1:0:23:3:1:0 chr22 51012311 . G T 831.78 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284226;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.306;QD=57.3644;RBI=0.0345189;REFB=0;REVB=0.0195886;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4327e-05;OID=.;OPOS=51012311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:58:0:0:57:58:1:29:28:0:0:29:29:0:0 chr22 51015838 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6044;QD=56.1899;RBI=0.0425988;REFB=0;REVB=0.00168777;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000724348;OID=.;OPOS=51015838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr22 51043278 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.443;QD=50.4134;RBI=0.051501;REFB=0;REVB=0.0230114;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387858;OID=.;OPOS=51043278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr22 51045190 . C T 145.22 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.175;QD=44.6842;RBI=0.0550217;REFB=0;REVB=0.0271901;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464708;OID=.;OPOS=51045190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:10:13:1:6:4:0:0:8:5:0:0 chr22 51045433 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3202;QD=43.4859;RBI=0.0538211;REFB=0;REVB=-0.0158268;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152321;OID=.;OPOS=51045433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr22 51048721 . G A 128.01 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0635863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.982;QD=20.4808;RBI=0.0665324;REFB=-0.0213833;REVB=-0.0195793;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347201;STB=0.695865;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.047089;OID=.;OPOS=51048721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:5:9:2:9:5:9:2:9 chr22 51117580 . T C 256.25 PASS AF=0.340426;AO=31;DP=92;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=44;FWDB=0.00863971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.878;QD=10.9041;RBI=0.0117745;REFB=-0.0226499;REVB=-0.00799963;RO=60;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265468;STB=0.638218;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0292705;OID=.;OPOS=51117580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:60:62:31:32:0.340426:15:16:17:43:16:16:18:44 chr22 51183255 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.859;QD=46.8475;RBI=0.0485672;REFB=0;REVB=-0.00880663;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060692;OID=.;OPOS=51183255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chrX 200860 . T C 1466.47 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214149;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.341;QD=58.0781;RBI=0.0611442;REFB=0;REVB=0.0572715;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011293;OID=.;OPOS=200860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:101:0:0:95:101:1:40:55:0:0:46:55:0:0 chrX 207362 . C T 1328.29 PASS AF=0.956522;AO=88;DP=92;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0408517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.153;QD=57.752;RBI=0.0489366;REFB=-0.0779395;REVB=0.0269431;RO=3;SAF=45;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305442;STB=0.521272;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000735154;OID=.;OPOS=207362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:92:92:3:4:88:88:0.956522:43:45:3:0:43:45:4:0 chrX 228892 . C A 171.18 PASS AF=0.404762;AO=15;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=0;FWDB=-0.0862247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.33;QD=16.3032;RBI=0.0889445;REFB=-0.0329859;REVB=0.0218274;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=23;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533579;STB=0.780268;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0377414;OID=.;OPOS=228892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:15:17:0.404762:7:8:23:0:8:9:23:0 chrX 228934 . A G 443.57 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0292999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1133;QD=52.1849;RBI=0.048812;REFB=-0.0230156;REVB=-0.0390401;RO=2;SAF=21;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227043;STB=0.512704;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.000451575;OID=.;OPOS=228934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:2:2:31:32:0.941176:10:21:1:1:10:22:1:1 chrX 228940 . A G 427.22 PASS AF=0.939394;AO=30;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0461246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.227;QD=51.7843;RBI=0.0667237;REFB=0.0162695;REVB=-0.0482138;RO=3;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163187;STB=0.555518;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0177831;OID=.;OPOS=228940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:3:2:30:31:0.939394:7:23:0:3:8:23:0:2 chrX 228976 . G C 421.5 PASS AF=0.672414;AO=39;DP=58;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00100307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.055;QD=29.0688;RBI=0.0625232;REFB=-0.0801521;REVB=0.0625151;RO=19;SAF=23;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711551;STB=0.538719;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0267977;OID=.;OPOS=228976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:19:39:39:0.672414:16:23:9:10:16:23:9:10 chrX 229137 . A G 1034.95 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.362;QD=59.1399;RBI=0.0903987;REFB=0;REVB=0.0899118;RO=0;SAF=64;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036685;OID=.;OPOS=229137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:3:64:0:0:6:64:0:0 chrX 295132 . T C 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5893;QD=47.8179;RBI=0.0427001;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=16;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00154798;OID=.;OPOS=295132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:0:16:0:0:0:16:0:0 chrX 295231 . A G 390.53 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.829;QD=55.7894;RBI=0.0066508;REFB=0;REVB=0.00607721;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14554e-05;OID=.;OPOS=295231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:9:18:0:0:9:19:0:0 chrX 299362 . A G 231.83 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.596;QD=48.8069;RBI=0.0734059;REFB=0;REVB=0.0183797;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000741547;OID=.;OPOS=299362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:10:9:0:0 chrX 299591 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.997;QD=61.5362;RBI=0.0319617;REFB=0;REVB=-0.0138233;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3039e-05;OID=.;OPOS=299591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:33:48:0:0:33:48:0:0 chrX 306152 . T G 74.93 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0662884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.215;QD=37.4672;RBI=0.072209;REFB=0;REVB=0.0286354;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116204;OID=.;OPOS=306152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:6:8:1:3:3:0:0:4:4:0:0 chrX 322161 . A G 2912.05 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451658;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.15;QD=63.3053;RBI=0.0678217;REFB=0;REVB=-0.0676711;RO=0;SAF=133;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16142e-05;OID=.;OPOS=322161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:184:0:0:184:184:1:51:133:0:0:51:133:0:0 chrX 322193 . C T 3562.4 PASS AF=0.967611;AO=239;DP=252;FAO=239;FDP=247;FR=.;FRO=8;FSAF=156;FSAR=83;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0286505;FXX=0.0237145;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.433;QD=57.6907;RBI=0.029246;REFB=-0.0858873;REVB=0.00587185;RO=8;SAF=156;SAR=83;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187699;STB=0.50986;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00161572;OID=.;OPOS=322193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:252:247:8:8:239:239:0.967611:83:156:3:5:83:156:3:5 chrX 606325 . G A 1130.86 PASS AF=0.46371;AO=115;DP=248;FAO=115;FDP=248;FR=.;FRO=133;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=65;FSRR=68;FWDB=-0.0141166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.485;QD=18.2396;RBI=0.0272688;REFB=-0.00808716;REVB=-0.0233304;RO=130;SAF=46;SAR=69;SRF=62;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756669;STB=0.548591;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00902625;OID=.;OPOS=606325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:130:133:115:115:0.46371:69:46:62:68:69:46:65:68 chrX 610715 . C G 1098.25 PASS AF=0.407895;AO=124;DP=305;FAO=124;FDP=304;FR=.;FRO=180;FSAF=70;FSAR=54;FSRF=90;FSRR=90;FWDB=-0.0145391;FXX=0.00327858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.287;QD=14.4506;RBI=0.0153682;REFB=-0.0132217;REVB=-0.00497956;RO=175;SAF=70;SAR=54;SRF=88;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651105;STB=0.538455;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0177092;OID=.;OPOS=610715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:304:175:180:124:124:0.407895:54:70:88:87:54:70:90:90 chrX 612147 . G A 60.45 PASS AF=0.615385;AO=6;DP=11;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0400264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.229;QD=18.6002;RBI=0.0422707;REFB=-0.0110817;REVB=0.0135904;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290708;STB=0.631318;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00348346;OID=.;OPOS=612147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:13:5:5:6:8:0.615385:5:1:0:5:7:1:0:5 chrX 1422868 . G A 1038.33 PASS AF=0.439689;AO=113;DP=258;FAO=113;FDP=257;FR=.;FRO=144;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=55;FSRR=89;FWDB=0.000860014;FXX=0.00387582;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.911;QD=16.1608;RBI=0.0105635;REFB=0.00586946;REVB=0.0105284;RO=143;SAF=61;SAR=52;SRF=55;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15527;STB=0.587766;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.007906;OID=.;OPOS=1422868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:257:143:144:113:113:0.439689:52:61:55:88:52:61:55:89 chrX 1428421 . G T 380.33 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0137576;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.931;QD=14.9148;RBI=0.0421351;REFB=-0.00752446;REVB=-0.0398258;RO=57;SAF=30;SAR=13;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764718;STB=0.546568;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00892537;OID=.;OPOS=1428421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:57:59:43:43:0.421569:13:30:36:21:13:30:37:22 chrX 1460740 . A G 724.18 PASS AF=0.981132;AO=45;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100888;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=210.524;QD=54.6547;RBI=0.0155147;REFB=-0.0252367;REVB=0.0117865;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5102;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=7.24566e-05;OID=.;OPOS=1460740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:45:52:0.981132:20:25:0:0:24:28:0:1 chrX 1508324 . G A 413.34 PASS AF=0.505882;AO=41;DP=83;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00935286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.006;QD=19.4515;RBI=0.0299444;REFB=-0.00956167;REVB=0.0284462;RO=41;SAF=20;SAR=21;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109673;STB=0.575591;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0142369;OID=.;OPOS=1508324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:41:42:41:43:0.505882:21:20:25:16:23:20:26:16 chrX 1508583 . T C 210.7 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0280952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.926;QD=14.0463;RBI=0.0417139;REFB=-0.0112056;REVB=0.0308337;RO=35;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823529;STB=0.54688;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0129806;OID=.;OPOS=1508583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:12:13:21:14:12:13:21:14 chrX 1537002 . C G 2143.48 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00788475;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7972;QD=63.0434;RBI=0.00789342;REFB=0;REVB=-0.000369917;RO=0;SAF=72;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79745e-05;OID=.;OPOS=1537002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:64:72:0:0:64:72:0:0 chrX 1537881 . C T 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.887;QD=60.2039;RBI=0.0195259;REFB=0;REVB=0.00103022;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91629e-05;OID=.;OPOS=1537881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:32:41:0:0:32:41:0:0 chrX 1546792 . G A,C 398.48 PASS AF=0.903226,0.0967742;AO=26,2;DP=28;FAO=28,3;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00989193,0.0106289;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.5197,81.7049;QD=51.417;RBI=0.0694113,0.0123012;REFB=0,0;REVB=0.0687029,0.0061925;RO=0;SAF=9,1;SAR=17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00202432,0.0823647;OID=.,.;OPOS=1546792,1546792;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:28:31:0:0:26,2:28,3:0.903226,0.0967742:17,1:9,1:0:0:18,1:10,2:0:0 chrX 1546876 . A G 791.26 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8348;QD=56.5182;RBI=0.032555;REFB=0;REVB=-0.0297204;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119755;OID=.;OPOS=1546876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:26:30:0:0 chrX 1554649 . T C 642.43 PASS AF=0.421053;AO=71;DP=170;FAO=72;FDP=171;FR=.;FRO=99;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=60;FWDB=-0.0351638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.531;QD=15.0276;RBI=0.0353839;REFB=-0.0100983;REVB=-0.00394062;RO=99;SAF=31;SAR=40;SRF=39;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045429;STB=0.529793;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0108968;OID=.;OPOS=1554649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:99:99:71:72:0.421053:40:31:39:60:40:32:39:60 chrX 1554655 . T C 647.08 PASS AF=0.423529;AO=72;DP=170;FAO=72;FDP=170;FR=.;FRO=98;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=0.0133892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1278;QD=15.2255;RBI=0.0277389;REFB=0.00680613;REVB=-0.0242936;RO=92;SAF=32;SAR=40;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209809;STB=0.527289;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00876012;OID=.;OPOS=1554655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:92:98:72:72:0.423529:40:32:39:53:40:32:39:59 chrX 1713021 . C T 2296.35 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0520628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7469;QD=62.9138;RBI=0.0555799;REFB=-0.0443987;REVB=-0.0194574;RO=1;SAF=70;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674542;STB=0.503546;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=5.79828e-05;OID=.;OPOS=1713021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:1:1:145:145:0.993151:75:70:1:0:75:70:1:0 chrX 1718360 . G A 60.31 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0121665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.269;QD=17.231;RBI=0.0125172;REFB=-0.0254085;REVB=0.00294234;RO=4;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.624664;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0161869;OID=.;OPOS=1718360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:4:6:8:8:0.571429:2:6:3:1:2:6:3:3 chrX 1718400 . G A 100.71 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00326989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.589;QD=16.1142;RBI=0.0954338;REFB=-0.0192564;REVB=0.0953778;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346521;STB=0.701774;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0256973;OID=.;OPOS=1718400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:3:9:5:8:3:9:5:8 chrX 1720027 . C T 118.88 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0144195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.802;QD=13.209;RBI=0.018058;REFB=-0.00906141;REVB=-0.0108706;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576655;STB=0.533849;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0195699;OID=.;OPOS=1720027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:9:13:9:5:9:13 chrX 2139186 . C T 1792.69 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00373275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.949;QD=60.7693;RBI=0.0322666;REFB=0;REVB=0.0320499;RO=0;SAF=58;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209068;OID=.;OPOS=2139186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:116:118:1:58:58:0:0:60:58:0:0 chrX 2139200 . T C 1702.84 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794765;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.171;QD=59.7489;RBI=0.00846954;REFB=-0.0943816;REVB=-0.00292711;RO=1;SAF=55;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811651;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.79584e-05;OID=.;OPOS=2139200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:115:114:1:0:113:114:1:58:55:0:1:59:55:0:0 chrX 2609983 . T C 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00267987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.752;QD=15.1967;RBI=0.00286921;REFB=0.00240728;REVB=-0.00102502;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162458;STB=0.593621;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00388315;OID=.;OPOS=2609983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:6:12:7:7:6:12 chrX 2632482 . C T 3314.11 PASS AF=0.990783;AO=215;DP=217;FAO=215;FDP=217;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0467802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.045;QD=61.0896;RBI=0.0556423;REFB=-0.0642675;REVB=0.0301277;RO=2;SAF=103;SAR=112;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00843086;STB=0.504424;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00030934;OID=.;OPOS=2632482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:217:217:2:2:215:215:0.990783:112:103:0:2:112:103:0:2 chrX 2645366 . G C 5160.98 PASS AF=1;AO=329;DP=333;FAO=331;FDP=331;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155813;FXX=0.00898177;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.594;QD=62.3683;RBI=0.0159985;REFB=-0.0691071;REVB=0.00362979;RO=4;SAF=137;SAR=192;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00983315;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30552e-05;OID=.;OPOS=2645366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:333:331:4:0:329:331:1:192:137:0:4:193:138:0:0 chrX 2724760 . T C 505.17 PASS AF=1;AO=27;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.858;QD=59.4321;RBI=0.0904026;REFB=0;REVB=0.0894595;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407091;OID=.;OPOS=2724760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:27:34:1:14:13:0:0:21:13:0:0 chrX 2748253 . G C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.85;QD=57.2376;RBI=0.0457389;REFB=0;REVB=0.0356541;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115983;OID=.;OPOS=2748253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chrX 2777985 . C T 2046.0 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.156;QD=62.4733;RBI=0.0378295;REFB=0;REVB=0.011364;RO=0;SAF=63;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141638;OID=.;OPOS=2777985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:68:63:0:0:68:63:0:0 chrX 2779570 . A G 1606.85 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00220422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7276;QD=60.0693;RBI=0.00262641;REFB=0;REVB=-0.00142808;RO=0;SAF=45;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.66338e-06;OID=.;OPOS=2779570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:62:45:0:0:62:45:0:0 chrX 2832668 . A G 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00859879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1948;QD=7.04746;RBI=0.0420825;REFB=-0.0112507;REVB=-0.0411947;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326529;STB=0.69958;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00774959;OID=.;OPOS=2832668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:17:5:4:4:17:5 chrX 2832696 . T C 60.28 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00570486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.327;QD=6.02792;RBI=0.0481046;REFB=-0.00436794;REVB=-0.0477651;RO=30;SAF=4;SAR=5;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224317;STB=0.628141;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0131895;OID=.;OPOS=2832696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:30:31:9:9:0.225:5:4:19:11:5:4:19:12 chrX 2832708 . G T 79.44 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0114661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.209;QD=6.9077;RBI=0.0151495;REFB=-0.0132484;REVB=0.00990133;RO=34;SAF=4;SAR=7;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266149;STB=0.65597;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0360699;OID=.;OPOS=2832708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:46:34:35:11:11:0.23913:7:4:20:14:7:4:20:15 chrX 2832715 . T C 79.41 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0384624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2964;QD=6.90509;RBI=0.0480115;REFB=0.0176689;REVB=0.0287358;RO=35;SAF=4;SAR=7;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248253;STB=0.65597;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.0488048;OID=.;OPOS=2832715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:7:4:20:15:7:4:20:15 chrX 2832739 . C T 424.68 PASS AF=0.684211;AO=38;DP=56;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0189314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.292;QD=29.802;RBI=0.034802;REFB=-0.0276873;REVB=-0.0292024;RO=18;SAF=18;SAR=20;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173429;STB=0.513507;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00965731;OID=.;OPOS=2832739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:18:18:38:39:0.684211:20:18:8:10:20:19:8:10 chrX 2832742 . G C 786.84 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000378511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7833;QD=55.217;RBI=0.0295632;REFB=-0.021891;REVB=0.0295608;RO=1;SAF=26;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177894;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000312219;OID=.;OPOS=2832742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:30:26:1:0:30:26:1:0 chrX 2832771 . C T 130.04 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00195081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.669;QD=8.66926;RBI=0.0140613;REFB=0.0032401;REVB=-0.0139254;RO=42;SAF=7;SAR=11;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104294;STB=0.56243;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00520912;OID=.;OPOS=2832771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:11:7:20:22:11:7:20:22 chrX 2832787 . A G 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00138163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.304;QD=9.37503;RBI=0.0256517;REFB=-0.0147272;REVB=0.0256145;RO=41;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495626;STB=0.529381;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0196423;OID=.;OPOS=2832787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:11:8:19:22:11:8:19:22 chrX 2833605 . C T 32.91 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0166926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.268;QD=2.92516;RBI=0.0547882;REFB=-0.00612037;REVB=-0.0521834;RO=38;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169354;STB=0.614991;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.03056;OID=.;OPOS=2833605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:45:38:39:6:6:0.133333:4:2:18:20:4:2:18:21 chrX 2833628 . A C 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00357646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.842;QD=4.99983;RBI=0.00368875;REFB=-0.00867537;REVB=-0.000903219;RO=37;SAF=3;SAR=6;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1911;STB=0.617379;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0375576;OID=.;OPOS=2833628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:37:38:9:9:0.191489:6:3:18:19:6:3:18:20 chrX 2833631 . A G 59.8 PASS AF=0.2;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0116807;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.971;QD=5.31512;RBI=0.0143907;REFB=-0.0162207;REVB=0.00840556;RO=35;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503224;STB=0.522338;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00736992;OID=.;OPOS=2833631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:46:45:35:36:9:9:0.2:5:4:17:18:5:4:17:19 chrX 2833638 . C T 85.43 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.031654;FXX=0.104145;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.951;QD=7.94691;RBI=0.0318106;REFB=0.00715728;REVB=0.00315216;RO=30;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385343;STB=0.53357;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.0879395;OID=.;OPOS=2833638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:46:43:30:32:11:11:0.255814:7:4:11:19:7:4:13:19 chrX 2833643 . C A 89.5 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0567793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.519;QD=7.30575;RBI=0.0595792;REFB=-0.00275162;REVB=0.0180498;RO=37;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849746;STB=0.553175;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00946037;OID=.;OPOS=2833643;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:7:5:18:19:7:5:18:19 chrX 2835863 . G T 742.96 PASS AF=0.390909;AO=86;DP=220;FAO=86;FDP=220;FR=.;FRO=134;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=65;FSRR=69;FWDB=0.00762592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.755;QD=13.5083;RBI=0.0116348;REFB=-0.00357387;REVB=-0.00878715;RO=133;SAF=43;SAR=43;SRF=64;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202904;STB=0.509089;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00436688;OID=.;OPOS=2835863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:133:134:86:86:0.390909:43:43:64:69:43:43:65:69 chrX 2835964 . G A 643.5 PASS AF=0.440994;AO=72;DP=159;FAO=71;FDP=161;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.0150705;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4129;QD=15.9877;RBI=0.0152891;REFB=-0.00708507;REVB=0.00257566;RO=80;SAF=41;SAR=31;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784374;STB=0.566415;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0149451;OID=.;OPOS=2835964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:80:90:72:71:0.440994:31:41:39:41:31:40:40:50 chrX 2835985 . G A 407.06 PASS AF=0.413043;AO=56;DP=136;FAO=57;FDP=138;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=0.214923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1887;QD=11.7987;RBI=0.220026;REFB=-0.0690769;REVB=0.0471124;RO=67;SAF=33;SAR=23;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209471;STB=0.617206;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.291909;OID=.;OPOS=2835985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:67:81:56:57:0.413043:23:33:25:42:23:34:32:49 chrX 2835989 . A C 484.02 PASS AF=0.412214;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.00960944;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.798;QD=14.7793;RBI=0.0104264;REFB=-0.00842747;REVB=-0.00404572;RO=77;SAF=32;SAR=22;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210256;STB=0.618098;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0101312;OID=.;OPOS=2835989;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:77:77:54:54:0.412214:22:32:30:47:22:32:30:47 chrX 2835993 . G A 389.88 PASS AF=0.383333;AO=47;DP=123;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.0355673;FXX=0.0322555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1599;QD=12.9959;RBI=0.0367956;REFB=0.000876167;REVB=-0.00942775;RO=76;SAF=25;SAR=22;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162675;STB=0.596072;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00480877;OID=.;OPOS=2835993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:120:76:74:47:46:0.383333:22:25:29:47:22:24:27:47 chrX 2835995 . C A 270.59 PASS AF=0.376068;AO=45;DP=118;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.0445795;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.144;QD=9.2508;RBI=0.044723;REFB=-0.0181636;REVB=0.00358003;RO=72;SAF=25;SAR=20;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208414;STB=0.63554;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0448253;OID=.;OPOS=2835995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:72:73:45:44:0.376068:20:25:26:46:18:26:27:46 chrX 2835998 . CCCACGCCGG C,CCCATGCCGG 179.96 PASS AF=0.287356,0;AO=22,10;DP=98;FAO=25,0;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=11,0;FSAR=14,0;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.0324596,0.0214679;FXX=0.0224694;HRUN=3,1;LEN=9,1;MLLD=270.434,102.217;QD=8.27392;RBI=0.0329311,0.0236424;REFB=0.000356191,-0.00261101;REVB=0.00555256,-0.00990409;RO=61;SAF=10,10;SAR=12,0;SRF=22;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.1173,0.733381;STB=0.55048,0.5;STBP=0.559,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00112804,0;OID=.,.;OPOS=2835999,2836002;OREF=CCACGCCGG,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,CCCATGCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.287356,0:22,10:98:25,0:87:62:11,0:14,0:23:39:99:61:10,10:12,0:22:39 chrX 2836041 . A T 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0257494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.826;QD=16.4202;RBI=0.028186;REFB=-0.00202353;REVB=0.0114637;RO=34;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00200401;STB=0.501128;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00364667;OID=.;OPOS=2836041;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:17:12:14:20:17:12:14:20 chrX 2836047 . C T 281.4 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00783056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.901;QD=19.4068;RBI=0.00946843;REFB=-0.00522531;REVB=0.00532291;RO=28;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572157;STB=0.531893;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00304536;OID=.;OPOS=2836047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:18:12:13:15:18:12:13:15 chrX 2836060 . G A 318.8 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0023868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.298;QD=26.5667;RBI=0.00713857;REFB=-0.0227999;REVB=0.00672773;RO=20;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193685;STB=0.607066;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.020869;OID=.;OPOS=2836060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:17:11:13:7:17:11:13:7 chrX 2836084 . C G 231.54 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0138134;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.16;QD=22.5889;RBI=0.0183738;REFB=-0.0293075;REVB=-0.0121156;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202888;STB=0.601716;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0232075;OID=.;OPOS=2836084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:19:22:22:0.536585:14:8:12:8:14:8:11:8 chrX 2836138 . G A 173.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00443317;FXX=0.0249938;HRUN=6;LEN=1;MLLD=208.004;QD=17.7647;RBI=0.0176334;REFB=-0.0047262;REVB=-0.017067;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713554;STB=0.512806;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00531788;OID=.;OPOS=2836138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:19:21:18:18:0.461538:9:9:11:8:9:9:11:10 chrX 2836181 . A T 152.12 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0407332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.209;QD=13.2282;RBI=0.0421261;REFB=-0.0220805;REVB=-0.0107433;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617763;STB=0.53604;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0527087;OID=.;OPOS=2836181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:9:8:12:17:9:8:12:17 chrX 2836184 . C T 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.01344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.665;QD=13.2307;RBI=0.020671;REFB=-0.0122998;REVB=-0.0157053;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617763;STB=0.53604;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0168639;OID=.;OPOS=2836184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:9:8:12:17:9:8:12:17 chrX 2836211 . A T 166.67 PASS AF=0.414634;AO=14;DP=39;FAO=17;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0100075;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.88;QD=16.26;RBI=0.013996;REFB=0.00481223;REVB=-0.00978463;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101061;STB=0.501556;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00483609;OID=.;OPOS=2836211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:20:22:14:17:0.414634:7:7:8:12:10:7:9:13 chrX 2836238 . G A 142.3 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0471063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6601;QD=14.2304;RBI=0.0718339;REFB=0.00675551;REVB=0.0542319;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204671;STB=0.617512;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00595042;OID=.;OPOS=2836238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:9:7:6:18:9:7:6:18 chrX 2852951 . G A 783.62 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112;QD=56.9903;RBI=0.0421238;REFB=0;REVB=0.0184129;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255347;OID=.;OPOS=2852951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chrX 2856155 . C G,T 686.78 PASS AF=0.0545455,0.890909;AO=3,49;DP=55;FAO=3,49;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=0,25;FSAR=3,24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0151755,0.0280239;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.1899,137.783;QD=49.9479;RBI=0.0564669,0.054697;REFB=-0.176298,-0.113457;REVB=-0.0543895,-0.0469725;RO=3;SAF=0,25;SAR=3,24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.767807,-0.0531864;STB=0.996656,0.52829;STBP=0.041,0.101;TYPE=snp,snp;VARB=0.0261604,0.00129224;OID=.,.;OPOS=2856155,2856155;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:55:55:3:3:3,49:3,49:0.0545455,0.890909:3,24:0,25:3:0:3,24:0,25:3:0 chrX 2942109 . T C 785.59 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3166;QD=64.1301;RBI=0.0416513;REFB=0;REVB=-0.0409242;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000599248;OID=.;OPOS=2942109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chrX 3002687 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0853313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1128;QD=39.2063;RBI=0.0910824;REFB=0;REVB=-0.0318524;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00356238;OID=.;OPOS=3002687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chrX 3228411 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00243483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.423;QD=59.4355;RBI=0.00763615;REFB=0;REVB=0.00723757;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40356e-05;OID=.;OPOS=3228411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chrX 3228891 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.518;QD=63.5822;RBI=0.0554068;REFB=0;REVB=-0.0354935;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245738;OID=.;OPOS=3228891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chrX 3235724 . C T 2520.0 PASS AF=0.982249;AO=166;DP=169;FAO=166;FDP=169;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00479665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.368;QD=59.6449;RBI=0.0227492;REFB=0.10686;REVB=0.0222378;RO=1;SAF=81;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055661;STB=0.502746;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00011965;OID=.;OPOS=3235724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:169:169:1:3:166:166:0.982249:85:81:0:1:85:81:1:2 chrX 3238167 . T G 1907.52 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0020824;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=358.376;QD=61.533;RBI=0.0268434;REFB=0;REVB=0.0267625;RO=0;SAF=33;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31463e-06;OID=.;OPOS=3238167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:124:0:0:122:124:1:89:33:0:0:91:33:0:0 chrX 3238733 . G A 1115.37 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0398;QD=60.2905;RBI=0.0577323;REFB=0;REVB=0.023863;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681604;OID=.;OPOS=3238733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:45:29:0:0:45:29:0:0 chrX 3239545 . C T 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0522;QD=59.8368;RBI=0.0558462;REFB=0;REVB=-0.0372136;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12078e-05;OID=.;OPOS=3239545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chrX 3240343 . G A 686.07 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8649;QD=62.3699;RBI=0.0698081;REFB=0;REVB=0.0127908;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443106;OID=.;OPOS=3240343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:24:20:0:0 chrX 3241050 . G A 365.1 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.801;QD=52.1575;RBI=0.0358214;REFB=-0.136993;REVB=-0.0274199;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00196672;OID=.;OPOS=3241050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:13:14:1:0:13:14:1:0 chrX 3241256 . T C 418.74 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455374;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3869;QD=57.7572;RBI=0.0502101;REFB=0;REVB=0.0211518;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165347;OID=.;OPOS=3241256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chrX 3241284 . A G 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.945;QD=58.1384;RBI=0.0406916;REFB=0;REVB=0.0406688;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168767;OID=.;OPOS=3241284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chrX 3241317 . T C,G 641.24 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=38,4;DP=43;FAO=38,4;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22,3;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126247,-0.0162318;FXX=0.0454442;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.872,65.9248;QD=61.0709;RBI=0.0466161,0.0263973;REFB=0,0;REVB=0.0448741,0.020817;RO=0;SAF=22,3;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00514102,0.041424;OID=.,.;OPOS=3241317,3241317;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:43:42:0:0:38,4:38,4:0.904762,0.0952381:16,1:22,3:0:0:16,1:22,3:0:0 chrX 3241791 . G A 772.82 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0230184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.468;QD=61.8252;RBI=0.0252504;REFB=-0.137926;REVB=0.0103795;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021881;STB=0.511623;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00159617;OID=.;OPOS=3241791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:49:49:0.98:21:28:0:1:21:28:0:1 chrX 3261847 . G C 114.5 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0551695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.7546;QD=8.64112;RBI=0.0565775;REFB=-0.00867092;REVB=-0.0125437;RO=37;SAF=11;SAR=5;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181415;STB=0.60943;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0870105;OID=.;OPOS=3261847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:5:11:20:17:5:11:20:17 chrX 3592725 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.724;QD=58.2393;RBI=0.0477006;REFB=0;REVB=0.0437822;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9302e-05;OID=.;OPOS=3592725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chrX 5810090 . A G 201.35 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0660908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.27;QD=28.7646;RBI=0.0663715;REFB=-0.0801437;REVB=0.00609742;RO=8;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168527;STB=0.566861;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0337526;OID=.;OPOS=5810090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:8:9:19:19:0.678571:11:8:1:7:11:8:2:7 chrX 6451842 . G C 278.25 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.137622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0498;QD=16.6118;RBI=0.138188;REFB=-0.0220957;REVB=-0.0124912;RO=35;SAF=22;SAR=8;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884875;STB=0.527379;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0457888;OID=.;OPOS=6451842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:35:36:30:31:0.462687:8:22:23:12:9:22:24:12 chrX 6451856 . A G 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0257104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.116;QD=14.6583;RBI=0.0373827;REFB=-0.0286821;REVB=0.0271375;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349999;STB=0.699733;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0345782;OID=.;OPOS=6451856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:14:3:7:6:14:3 chrX 6975782 . C G 206.02 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00105782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.827;QD=48.4749;RBI=0.00472361;REFB=0;REVB=-0.00460365;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87297e-05;OID=.;OPOS=6975782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:8:9:0:0 chrX 6995315 . C T 1120.77 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000195049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.203;QD=58.9879;RBI=0.0211068;REFB=-0.0837653;REVB=0.0211059;RO=1;SAF=51;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193036;STB=0.510201;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.000346977;OID=.;OPOS=6995315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:24:51:0:1:24:51:0:1 chrX 6995417 . C T 923.22 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291309;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.464;QD=58.617;RBI=0.0488064;REFB=0;REVB=0.0391594;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66452e-05;OID=.;OPOS=6995417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chrX 6995438 . C A,T 796.94 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=2,54;DP=56;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0828747,0.00967915;FXX=0.0175408;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.2945,143.351;QD=56.9241;RBI=0.0857323,0.031381;REFB=0,0;REVB=0.0219503,0.029851;RO=0;SAF=1,30;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0327085,-0.000109938;OID=.,.;OPOS=6995438,6995438;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:56:56:0:0:2,54:1,55:0.0178571,0.982143:1,24:1,30:0:0:1,24:0,31:0:0 chrX 7023678 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.708;QD=56.9381;RBI=0.0244012;REFB=0;REVB=0.0240244;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44356e-05;OID=.;OPOS=7023678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chrX 7066050 . CA C,CC 145.67 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=2,10;DP=13;FAO=1,12;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072748,0.0742503;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=280.822,301.168;QD=44.8216;RBI=0.0742332,0.0745345;REFB=0,0;REVB=0.0147752,0.00650237;RO=1;SAF=2,4;SAR=0,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0990155;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0336716,0.00446683;OID=.,.;OPOS=7066051,7066051;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0769231,0.923077:2,10:13:1,12:13:0:0,7:1,5:0:0:3:1:2,4:0,6:1:0 chrX 7812052 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2351;QD=39.2025;RBI=0.00226649;REFB=0;REVB=-0.00226649;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101652;OID=.;OPOS=7812052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chrX 8138080 . G C 313.42 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00435474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.418;QD=50.1478;RBI=0.0385015;REFB=-0.163407;REVB=0.0382544;RO=0;SAF=21;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86584e-08;STB=0.571363;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.000167001;OID=.;OPOS=8138080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:3:21:0:0:3:21:0:1 chrX 8138160 . T C 306.25 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0368034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4839;QD=47.1157;RBI=0.0536461;REFB=-0.104776;REVB=-0.0390309;RO=2;SAF=19;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463424;STB=0.52498;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00933378;OID=.;OPOS=8138160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:5:19:2:0:5:19:2:0 chrX 8138165 . C G 272.9 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0282961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.987;QD=45.4825;RBI=0.0304645;REFB=-0.0618976;REVB=0.0112881;RO=2;SAF=19;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462387;STB=0.524978;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0122491;OID=.;OPOS=8138165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:3:19:2:0:3:19:2:0 chrX 8138170 . CT GC 235.9 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.101193;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.222;QD=42.8907;RBI=0.205692;REFB=-0.0339923;REVB=0.179079;RO=1;SAF=18;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249712;STB=0.513501;STBP=0.631;TYPE=mnp;VARB=0.00334483;OID=.;OPOS=8138170;OREF=CT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:3:18:1:0:3:18:1:0 chrX 8138182 . A G 226.55 PASS AF=0.9;AO=14;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.87;QD=45.3101;RBI=0.0145773;REFB=-0.063855;REVB=0.00680773;RO=1;SAF=13;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337274;STB=0.516111;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00481365;OID=.;OPOS=8138182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:14:18:0.9:1:13:1:0:3:15:1:0 chrX 8497510 . C T 2282.17 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110258;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.933;QD=61.2662;RBI=0.0126667;REFB=0;REVB=0.00623506;RO=0;SAF=77;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159203;OID=.;OPOS=8497510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:149:0:0:144:149:1:67:77:0:0:71:78:0:0 chrX 8503641 . G A 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5816;QD=55.0947;RBI=0.0263306;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=26;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596607;OID=.;OPOS=8503641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:0:26:0:0:0:26:0:0 chrX 8504833 . C T 912.96 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0301;QD=57.0598;RBI=0.0697218;REFB=0;REVB=-0.0454643;RO=1;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017815;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132199;OID=.;OPOS=8504833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:1:0:63:64:1:26:37:0:1:27:37:0:0 chrX 9370281 . CAAAAAAT CAAAAA,CAAAAAT 37.04 PASS AF=0,0.5;AO=3,7;DP=24;FAO=0,11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=0,2;FSAR=0,9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0432881,0.196155;FXX=0.0832986;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=217.859,11.2039;QD=6.73482;RBI=0.0479462,0.200489;REFB=-0.0169207,-0.0653473;REVB=0.0206149,0.0414582;RO=9;SAF=1,0;SAR=2,7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.38,0.38;SSSB=-0.23456,-0.776003;STB=0.5,0.756498;STBP=1,0.027;TYPE=del,del;VARB=0,0.11559;OID=.,.;OPOS=9370287,9370282;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=CAAAAA,CAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5:3,7:24:0,11:22:11:0,2:0,9:7:4:38:9:1,0:2,7:5:4 chrX 9842669 . G A 157.02 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0546157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9457;QD=39.2558;RBI=0.067628;REFB=0.000944065;REVB=0.0398832;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529373;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00339623;OID=.;OPOS=9842669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:14:15:0.9375:7:7:0:0:7:8:1:0 chrX 9859098 . A G 2194.8 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373266;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0754;QD=63.1598;RBI=0.037346;REFB=0;REVB=-0.00120313;RO=0;SAF=78;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.00069e-05;OID=.;OPOS=9859098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:138:139:1:60:78:0:0:60:79:0:0 chrX 9863112 . A C,G 453.66 PASS AF=0.09375,0.90625;AO=4,28;DP=32;FAO=3,29;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=3,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214391,0.0370586;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.871,120.012;QD=56.7068;RBI=0.0404188,0.0387733;REFB=0,0;REVB=-0.0342643,-0.0114032;RO=0;SAF=0,14;SAR=4,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.108009,0.00307792;OID=.,.;OPOS=9863112,9863112;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:32:32:0:0:4,28:3,29:0.09375,0.90625:4,14:0,14:0:0:3,15:0,14:0:0 chrX 9863374 . G C 536.26 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0189263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.335;QD=55.0013;RBI=0.0293073;REFB=-0.150799;REVB=0.0223766;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283678;STB=0.529396;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0009054;OID=.;OPOS=9863374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:37:37:0.948718:21:16:1:0:21:16:2:0 chrX 9935526 . G T 941.26 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498149;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.455;QD=58.8287;RBI=0.0504325;REFB=0;REVB=0.00786871;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767488;OID=.;OPOS=9935526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:43:21:0:0:43:21:0:0 chrX 9935844 . C T 289.31 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.919;QD=52.6017;RBI=0.0606736;REFB=0;REVB=0.0547184;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707732;OID=.;OPOS=9935844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chrX 10062312 . C A 1061.88 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6441;QD=59.8244;RBI=0.0875282;REFB=0;REVB=0.0106557;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431093;OID=.;OPOS=10062312;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:71:0:0:65:71:1:43:22:0:0:43:28:0:0 chrX 10085674 . T C 165.64 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554181;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.832;QD=47.3243;RBI=0.0367398;REFB=0;REVB=0.0363194;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195207;OID=.;OPOS=10085674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:3:10:0:0:3:11:0:0 chrX 10202343 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.49;QD=50.4133;RBI=0.013895;REFB=0;REVB=-0.013314;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018781;OID=.;OPOS=10202343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chrX 10204812 . A G 232.14 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.292;QD=48.8707;RBI=0.0269813;REFB=0;REVB=0.0217581;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00436027;OID=.;OPOS=10204812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:11:8:0:0 chrX 12725701 . C G 1606.99 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.458;QD=64.2798;RBI=0.0281524;REFB=0;REVB=0.0260248;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117006;OID=.;OPOS=12725701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chrX 12924826 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.458;QD=64.1537;RBI=0.00822493;REFB=0;REVB=-0.00815628;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20445e-05;OID=.;OPOS=12924826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:15:33:0:0:15:34:0:0 chrX 12937513 . C T 109.77 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.527;QD=39.9155;RBI=0.0360098;REFB=0;REVB=0.0022452;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840085;OID=.;OPOS=12937513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:7:4:0:0 chrX 12937804 . C T 1452.94 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1756;QD=63.1712;RBI=0.0400483;REFB=0;REVB=0.0375115;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7991e-05;OID=.;OPOS=12937804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:41:51:0:0:41:51:0:0 chrX 12939112 . G C 1453.42 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6164;QD=63.1923;RBI=0.0260403;REFB=0;REVB=0.0232158;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206578;OID=.;OPOS=12939112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:38:54:0:0:38:54:0:0 chrX 12939412 . C A 357.33 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00311517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.848;QD=54.9732;RBI=0.0234339;REFB=0;REVB=-0.023226;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.03419e-05;OID=.;OPOS=12939412;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:11:15:0:0 chrX 12939928 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.037;QD=45.8068;RBI=0.0582947;REFB=0;REVB=0.0581882;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220185;OID=.;OPOS=12939928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chrX 13337059 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00746349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.52;QD=64.4153;RBI=0.0136883;REFB=0;REVB=0.0114746;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67548e-05;OID=.;OPOS=13337059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chrX 13337115 . C T 837.08 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0300498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.389;QD=55.8052;RBI=0.0310271;REFB=0.0212762;REVB=0.00772596;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=6.07972e-05;OID=.;OPOS=13337115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:1:1:58:59:0.983333:30:28:0:1:30:29:0:1 chrX 13624615 . G A 766.35 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5895;QD=63.8625;RBI=0.075806;REFB=0;REVB=-0.0521606;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4753e-05;OID=.;OPOS=13624615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chrX 13681115 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.835;QD=55.6554;RBI=0.0179867;REFB=0;REVB=0.00254728;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153548;OID=.;OPOS=13681115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chrX 13681638 . C T 789.18 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188437;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.39;QD=64.4227;RBI=0.0210396;REFB=0;REVB=0.00935843;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.28055e-05;OID=.;OPOS=13681638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chrX 13681679 . G T 657.64 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000511869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6188;QD=59.7858;RBI=0.00281627;REFB=0.0496799;REVB=-0.00276936;RO=1;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268199;STB=0.514279;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.010075;OID=.;OPOS=13681679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:17:26:0:1:17:26:0:1 chrX 13682066 . G A 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.027816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0228;QD=45.1039;RBI=0.034463;REFB=0.0476794;REVB=0.0203463;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.0113941;OID=.;OPOS=13682066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:6:12:1:0:6:12:1:0 chrX 13682577 . G A 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0374401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.147;QD=53.9322;RBI=0.0382925;REFB=-0.0903597;REVB=0.00803464;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00341688;OID=.;OPOS=13682577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:11:19:0:0:11:19:0:1 chrX 13682715 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0762866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8454;QD=45.8066;RBI=0.105066;REFB=0;REVB=-0.0722438;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00623667;OID=.;OPOS=13682715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chrX 13683170 . G A 2809.11 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.007186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.688;QD=62.7735;RBI=0.0214797;REFB=0;REVB=0.020242;RO=0;SAF=87;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57087e-06;OID=.;OPOS=13683170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:92:87:0:0:92:87:0:0 chrX 13684432 . T A 2180.67 PASS AF=0.992857;AO=137;DP=138;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0032058;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=130.512;QD=62.3049;RBI=0.00931952;REFB=-0.0938417;REVB=0.00875079;RO=0;SAF=63;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51641e-08;STB=0.503311;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-2.82358e-05;OID=.;OPOS=13684432;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:140:0:1:137:139:0.992857:74:63:0:0:75:64:0:1 chrX 15415583 . C T 1116.02 PASS AF=0.962025;AO=75;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0502326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3833;QD=56.5072;RBI=0.0519455;REFB=-0.0351863;REVB=0.0132299;RO=4;SAF=36;SAR=39;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220584;STB=0.505346;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00117263;OID=.;OPOS=15415583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:4:3:75:76:0.962025:39:36:1:3:40:36:1:2 chrX 15800751 . G A 1171.05 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.118;QD=60.8338;RBI=0.0659685;REFB=0;REVB=0.0651991;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42693e-05;OID=.;OPOS=15800751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:45:29:0:0:48:29:0:0 chrX 16168467 . T C 669.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.608;QD=62.2548;RBI=0.0107593;REFB=0;REVB=0.00853819;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8777e-05;OID=.;OPOS=16168467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:18:23:0:0:19:24:0:0 chrX 16168677 . T C 519.84 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5429;QD=59.4107;RBI=0.0584464;REFB=0;REVB=0.0563531;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613625;OID=.;OPOS=16168677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chrX 16859628 . G A 816.45 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.897;QD=57.2944;RBI=0.0267824;REFB=0;REVB=0.0254003;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18359e-05;OID=.;OPOS=16859628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:28:28:0:0:28:29:0:0 chrX 16860134 . T C 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.085;QD=45.7983;RBI=0.159017;REFB=0;REVB=-0.0257196;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323448;OID=.;OPOS=16860134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chrX 17166219 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.928;QD=56.9379;RBI=0.0282054;REFB=0;REVB=0.00531424;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.413e-05;OID=.;OPOS=17166219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chrX 17705850 . C CT 1158.32 PASS AF=1;AO=98;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.9992;QD=43.3017;RBI=0.0499023;REFB=0;REVB=-0.00981158;RO=5;SAF=57;SAR=41;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020703;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000896699;OID=.;OPOS=17705851;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:98:106:107:107:0:64:43:0:0:20:5:57:41:4:1 chrX 17746244 . T C 3044.07 PASS AF=0.985294;AO=201;DP=204;FAO=201;FDP=204;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=131;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0140964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.0666;QD=59.6876;RBI=0.0204546;REFB=-0.0170823;REVB=0.0148217;RO=3;SAF=70;SAR=131;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199704;STB=0.510488;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000189203;OID=.;OPOS=17746244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:204:204:3:3:201:201:0.985294:131:70:3:0:131:70:3:0 chrX 17819377 . T C 101.84 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7214;QD=40.736;RBI=0.0870873;REFB=0;REVB=0.0728459;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059973;OID=.;OPOS=17819377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chrX 18230715 . A C 713.61 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00993568;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.478;QD=52.8599;RBI=0.0102066;REFB=-0.0959171;REVB=0.00233611;RO=2;SAF=29;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313793;STB=0.51666;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000323138;OID=.;OPOS=18230715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:23:29:2:0:23:29:2:0 chrX 18342034 . G A 1626.86 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416816;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2462;QD=60.254;RBI=0.0475607;REFB=0;REVB=-0.0229055;RO=0;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386881;OID=.;OPOS=18342034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:50:58:0:0:50:58:0:0 chrX 19482476 . C T 354.62 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.200764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4768;QD=52.5363;RBI=0.201978;REFB=-0.0541968;REVB=0.0221111;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487725;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00620024;OID=.;OPOS=19482476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:27:1:0:25:27:1:16:9:1:0:17:10:0:0 chrX 22291606 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.137;QD=44.6898;RBI=0.0504309;REFB=0;REVB=0.0456972;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333969;OID=.;OPOS=22291606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chrX 22291732 . C T 953.91 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7341;QD=56.1124;RBI=0.12321;REFB=-0.0783982;REVB=0.122393;RO=2;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349541;STB=0.509088;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00328708;OID=.;OPOS=22291732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:2:1:65:67:0.985294:26:39:0:2:27:40:0:1 chrX 22546002 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8763;QD=48.7362;RBI=0.0386344;REFB=0;REVB=0.00125543;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133599;OID=.;OPOS=22546002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chrX 23019773 . T C 859.63 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0127569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.982;QD=54.5795;RBI=0.0193143;REFB=-0.0319406;REVB=0.0145018;RO=1;SAF=35;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132969;STB=0.502392;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00110459;OID=.;OPOS=23019773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:26:35:1:0:26:35:1:1 chrX 23398214 . T C 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6238;QD=58.5826;RBI=0.0172761;REFB=0;REVB=5.19975e-05;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193544;OID=.;OPOS=23398214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chrX 23858452 . G A 868.12 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5391;QD=57.8749;RBI=0.0560085;REFB=0;REVB=-0.00213393;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165531;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550257;OID=.;OPOS=23858452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:1:0:59:60:1:31:28:1:0:31:29:0:0 chrX 23925834 . A T 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00356857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2237;QD=62.0172;RBI=0.00565069;REFB=0;REVB=-0.00438128;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.44384e-05;OID=.;OPOS=23925834;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chrX 24006602 . A G 1595.62 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.749;QD=63.8247;RBI=0.0356849;REFB=0;REVB=0.0165006;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76394e-05;OID=.;OPOS=24006602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:53:46:0:0:53:47:0:0 chrX 24576289 . AG A 39.47 PASS AF=0.444444;AO=6;DP=19;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0722231;FXX=0.0526039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.5351;QD=8.77171;RBI=0.0762861;REFB=-0.0996853;REVB=0.024564;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336785;STB=0.749581;STBP=0.208;TYPE=del;VARB=0.144597;OID=.;OPOS=24576290;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:6:19:8:18:10:5:3:10:0:39:11:4:2:10:1 chrX 24751958 . T C 988.05 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.244;QD=58.9883;RBI=0.047584;REFB=0;REVB=0.0475635;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0475e-05;OID=.;OPOS=24751958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:34:31:0:0:36:31:0:0 chrX 27479339 . A G 696.34 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0292821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.759;QD=56.8444;RBI=0.030252;REFB=-0.049716;REVB=0.00759871;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545434;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0009865;OID=.;OPOS=27479339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:0:3:46:46:0.938776:31:15:0:0:31:15:3:0 chrX 30236878 . G A 2377.7 PASS AF=0.97546;AO=159;DP=163;FAO=159;FDP=163;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0198659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9385;QD=58.3484;RBI=0.020092;REFB=-0.0431456;REVB=0.0030053;RO=4;SAF=62;SAR=97;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192128;STB=0.5101;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00891051;OID=.;OPOS=30236878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:163:163:4:4:159:159:0.97546:97:62:0:4:97:62:0:4 chrX 30254361 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3091;QD=60.6096;RBI=0.02045;REFB=0;REVB=-0.0199768;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254817;OID=.;OPOS=30254361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chrX 30254376 . T C 483.43 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.285;QD=58.5974;RBI=0.0648822;REFB=0;REVB=0.0264591;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267203;OID=.;OPOS=30254376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:17:16:0:0 chrX 30254530 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2814;QD=51.9167;RBI=0.0417955;REFB=0;REVB=0.0218428;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000396117;OID=.;OPOS=30254530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chrX 30255520 . C T 1147.27 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.055;QD=59.5987;RBI=0.00972408;REFB=0;REVB=0.00536151;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205334;OID=.;OPOS=30255520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:77:0:0:70:77:1:43:27:0:0:45:32:0:0 chrX 30261002 . A G 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189115;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.751;QD=59.862;RBI=0.0365644;REFB=0;REVB=0.0312939;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61143e-05;OID=.;OPOS=30261002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chrX 30261158 . G C 340.07 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.442;QD=54.4113;RBI=0.0459196;REFB=0;REVB=0.020388;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266348;OID=.;OPOS=30261158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chrX 30269887 . T A 1508.14 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.74;QD=63.5007;RBI=0.0227887;REFB=0;REVB=0.0134579;RO=0;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80884e-05;OID=.;OPOS=30269887;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:57:37:0:0:58:37:0:0 chrX 30323948 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.404;QD=51.1846;RBI=0.0498349;REFB=0;REVB=0.0194426;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561918;OID=.;OPOS=30323948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chrX 30327367 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.966;QD=42.1825;RBI=0.0723168;REFB=0;REVB=0.0393606;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174844;OID=.;OPOS=30327367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chrX 30577846 . A C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00617647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3211;QD=59.0182;RBI=0.0352352;REFB=0;REVB=0.0346897;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032672;OID=.;OPOS=30577846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chrX 30715827 . C T 1414.09 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.515;QD=62.8486;RBI=0.0435505;REFB=0;REVB=0.0427642;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58926e-05;OID=.;OPOS=30715827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:36:52:0:0:37:53:0:0 chrX 30872602 . A G 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.866;QD=63.8701;RBI=0.0452301;REFB=0;REVB=0.0154881;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258448;OID=.;OPOS=30872602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chrX 31132807 . G A,GA,GGA 510.04 PASS AF=0,0.794872,0.153846;AO=4,13,15;DP=47;FAO=0,31,6;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=0,31,6;FSAR=0,0,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0272639,0.0264324,0.0281743;FXX=0.0249938;HRUN=15,0,15;LEN=1,1,2;MLLD=240.634,256.407,253.738;QD=52.3119;RBI=0.0272639,0.0264324,0.0281743;REFB=-0.198644,-0.0751168,-0.0793224;REVB=0,0,0;RO=13;SAF=3,13,15;SAR=1,0,0;SRF=12;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.341385,0.775701,0.791469;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.00604272,0.0123095,-0.0163538;OID=.,.,.;OPOS=31132807,31132808,31132808;OREF=G,-,-;OALT=A,A,GA;OMAPALT=A,GA,GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:13:47:39:13:2:4,13,15:0,31,6:0,0.794872,0.153846:1,0,0:3,13,15:12:1:0,0,0:0,31,6:2:0 chrX 32380996 . C T 1230.53 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113346;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4858;QD=61.5264;RBI=0.0118691;REFB=0;REVB=-0.00352172;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.85864e-05;OID=.;OPOS=32380996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chrX 32503194 . T C 487.05 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958325;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.272;QD=59.0358;RBI=0.106509;REFB=0;REVB=0.106077;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241136;OID=.;OPOS=32503194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:30:33:1:13:17:0:0:16:17:0:0 chrX 34648280 . G A 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0698;QD=64.4104;RBI=0.00843805;REFB=0;REVB=-0.00646755;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113669;OID=.;OPOS=34648280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chrX 34674970 . C G 1163.7 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0104188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.857;QD=58.1848;RBI=0.011904;REFB=-0.106975;REVB=0.00575786;RO=1;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010637;STB=0.511108;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0015236;OID=.;OPOS=34674970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:1:2:78:78:0.975:44:34:0:1:44:34:0:2 chrX 34962909 . A C 323.22 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.058472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.958;QD=47.8845;RBI=0.0591019;REFB=-0.152933;REVB=0.00860551;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281249;STB=0.529389;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0139509;OID=.;OPOS=34962909;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:1:2:25:25:0.925926:16:9:0:1:16:9:0:2 chrX 37315947 . G A 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00682322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.793;QD=63.4762;RBI=0.0126379;REFB=0;REVB=0.0106377;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17071e-05;OID=.;OPOS=37315947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:39:55:0:0:39:55:0:0 chrX 37365036 . T C 769.98 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246332;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.269;QD=64.1651;RBI=0.0346558;REFB=0;REVB=0.0243768;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59547e-05;OID=.;OPOS=37365036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chrX 37518806 . C T 1320.73 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00908395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.215;QD=61.4295;RBI=0.0123503;REFB=0;REVB=-0.00836725;RO=1;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133422;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.17573e-05;OID=.;OPOS=37518806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:1:0:85:86:1:35:50:0:1:36:50:0:0 chrX 37527658 . CT C,CC 866.61 PASS AF=1,0;AO=18,44;DP=63;FAO=63,0;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505022,0.0118123;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.654,106.348;QD=55.0228;RBI=0.0530603,0.428604;REFB=0,0;REVB=-0.0162766,-0.428441;RO=0;SAF=18,10;SAR=0,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.74446e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000271935,0;OID=.,.;OPOS=37527659,37527659;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:18,44:63:63,0:63:0:28,0:35,0:0:0:5:0:18,10:0,34:0:0 chrX 37701048 . G A 698.3 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0193119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8232;QD=54.7685;RBI=0.0196861;REFB=0.0249582;REVB=-0.00381983;RO=1;SAF=26;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017757;STB=0.509087;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00647963;OID=.;OPOS=37701048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:1:1:49:50:0.980392:23:26:1:0:23:27:1:0 chrX 37883200 . A G 804.16 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.684;QD=64.3325;RBI=0.0663659;REFB=0;REVB=0.0127083;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118113;OID=.;OPOS=37883200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:32:17:0:0:32:18:0:0 chrX 37932886 . A G 1040.21 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103982;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.599;QD=58.6032;RBI=0.0222154;REFB=0;REVB=0.0196317;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119991;OID=.;OPOS=37932886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:36:33:0:0:37:34:0:0 chrX 37967868 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.926;QD=58.9623;RBI=0.0304661;REFB=0;REVB=-0.0131508;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63315e-05;OID=.;OPOS=37967868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chrX 38146029 . C T 152.34 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0560973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4293;QD=40.6231;RBI=0.0818626;REFB=-0.0898556;REVB=0.0596203;RO=1;SAF=13;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337274;STB=0.518492;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0315361;OID=.;OPOS=38146029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:1:13:1:0:1:13:1:0 chrX 38146601 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.323;QD=39.2068;RBI=0.0382352;REFB=0;REVB=-0.00552592;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000399529;OID=.;OPOS=38146601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chrX 38147170 . C T 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.693;QD=61.8144;RBI=0.0186414;REFB=0.0256012;REVB=0.00840662;RO=1;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200211;STB=0.510634;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=2.99528e-05;OID=.;OPOS=38147170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:23:26:0:1:23:26:0:1 chrX 38150201 . T C 2981.75 PASS AF=0.980198;AO=198;DP=202;FAO=198;FDP=202;FR=.;FRO=4;FSAF=109;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0177637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6168;QD=59.0447;RBI=0.0208309;REFB=-0.0768944;REVB=-0.0108802;RO=3;SAF=109;SAR=89;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00333682;STB=0.50101;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00549509;OID=.;OPOS=38150201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:202:202:3:4:198:198:0.980198:89:109:2:1:89:109:2:2 chrX 38156660 . T C 1859.42 PASS AF=0.984127;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0568385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4643;QD=59.0292;RBI=0.0575912;REFB=-0.196462;REVB=-0.00928049;RO=3;SAF=46;SAR=77;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140757;STB=0.502037;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00460921;OID=.;OPOS=38156660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:3:2:123:124:0.984127:77:46:2:1:77:47:1:1 chrX 38156677 . C T 1546.12 PASS AF=0.972477;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.054899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8748;QD=56.7383;RBI=0.0752735;REFB=-0.0408956;REVB=0.0514994;RO=2;SAF=36;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256323;STB=0.509967;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00251281;OID=.;OPOS=38156677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:109:2:3:106:106:0.972477:70:36:2:0:70:36:2:1 chrX 38157623 . C A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00819175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.005;QD=60.716;RBI=0.0251557;REFB=0;REVB=0.0237846;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6352e-05;OID=.;OPOS=38157623;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chrX 38182130 . T C 821.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283844;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.911;QD=57.6357;RBI=0.0609275;REFB=0;REVB=0.0539118;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437308;OID=.;OPOS=38182130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:24:32:0:0:25:32:0:0 chrX 38182776 . A T 632.12 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7024;QD=61.6706;RBI=0.032776;REFB=0;REVB=-0.0170679;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125021;OID=.;OPOS=38182776;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chrX 38422214 . T A 189.9 PASS AF=0.894737;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0194211;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.6957;QD=39.9793;RBI=0.0213973;REFB=-0.0970734;REVB=0.00898147;RO=2;SAF=4;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064866;STB=0.537145;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0142134;OID=.;OPOS=38422214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:18:19:2:2:16:17:0.894737:12:4:1:1:13:4:1:1 chrX 38425551 . C T 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0031;QD=60.2266;RBI=0.0952116;REFB=0;REVB=-0.0926763;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117157;OID=.;OPOS=38425551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chrX 38547862 . G A 754.52 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0473063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.562;QD=54.8739;RBI=0.0485498;REFB=-0.0240771;REVB=-0.0109177;RO=1;SAF=11;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108366;STB=0.505745;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.000248003;OID=.;OPOS=38547862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:43:11:0:1:43:11:0:1 chrX 39661306 . G A 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.84;QD=59.0138;RBI=0.0284303;REFB=0;REVB=0.0259748;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3516e-05;OID=.;OPOS=39661306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:28:6:0:0:28:6:0:0 chrX 39932907 . TG CA 102.05 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612776;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.994;QD=40.8214;RBI=0.0900309;REFB=0;REVB=0.0659593;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00174254;OID=.;OPOS=39932907;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:4:6:0:0 chrX 39933339 . A G,T 688.36 PASS AF=0.911111,0.0888889;AO=42,3;DP=45;FAO=41,4;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=20,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221999,0.0131288;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.634,61.5683;QD=61.1878;RBI=0.00654707,0.0317587;REFB=0,0;REVB=-0.00615921,-0.0289179;RO=0;SAF=21,0;SAR=21,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000784405,0.0354015;OID=.,.;OPOS=39933339,39933339;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:45:45:0:0:42,3:41,4:0.911111,0.0888889:21,3:21,0:0:0:20,4:21,0:0:0 chrX 40510961 . A T 34.39 PASS AF=0.0733945;AO=9;DP=108;FAO=8;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=0.0711369;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=17.1841;QD=1.26194;RBI=0.116952;REFB=-0.0515794;REVB=-0.0928289;RO=56;SAF=7;SAR=2;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312973;STB=0.689339;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0680007;OID=.;OPOS=40510961;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:108:109:56:93:9:8:0.0733945:2:7:30:26:2:6:52:41 chrX 40573157 . G A 1226.83 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1159;QD=61.3417;RBI=0.0064017;REFB=0;REVB=-0.00112121;RO=0;SAF=51;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66691e-05;OID=.;OPOS=40573157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:29:51:0:0:29:51:0:0 chrX 41030903 . T A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.54;QD=58.5875;RBI=0.0769622;REFB=0;REVB=0.0525599;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700929;OID=.;OPOS=41030903;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chrX 41198279 . ATT ATA,AT 91.51 PASS AF=0.0689655,0.396552;AO=5,18;DP=61;FAO=4,23;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=1,12;FSAR=3,11;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00835705,0.0539951;FXX=0.107676;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=186.025,7.93463;QD=6.31084;RBI=0.0496213,0.171829;REFB=-0.00710782,-0.132831;REVB=-0.0489125,-0.163125;RO=28;SAF=1,10;SAR=4,8;SRF=21;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.58118,-0.214749;STB=0.834058,0.590169;STBP=0.271,0.283;TYPE=snp,del;VARB=0.0233926,0.0913294;OID=.,.;OPOS=41198281,41198280;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0689655,0.396552:5,18:61:4,23:58:31:1,12:3,11:21:10:66:28:1,10:4,8:21:7 chrX 41556195 . A T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.849;QD=57.2021;RBI=0.0355343;REFB=0;REVB=0.0130036;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4079e-05;OID=.;OPOS=41556195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chrX 41587218 . T A,C 1470.7 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=4,97;DP=101;FAO=4,98;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=0,41;FSAR=4,57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100789,0.0196982;FXX=0.0192289;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.646,152.978;QD=57.6746;RBI=0.0176898,0.0200017;REFB=-0.0615762,-0.0505032;REVB=-0.0145376,0.00347089;RO=0;SAF=0,40;SAR=4,57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.58683e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.136517,-0.00096782;OID=.,.;OPOS=41587218,41587218;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:101:102:0:0:4,97:4,98:0.0392157,0.960784:4,57:0,40:0:0:4,57:0,41:0:0 chrX 41587569 . C G 670.08 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.91;QD=62.3333;RBI=0.0405164;REFB=0;REVB=0.0345677;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179045;OID=.;OPOS=41587569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chrX 41588169 . T C 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.331;QD=62.4654;RBI=0.0305321;REFB=0;REVB=0.0302831;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60303e-05;OID=.;OPOS=41588169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chrX 42033560 . A G 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3616;QD=58.5832;RBI=0.0621233;REFB=0;REVB=0.0620771;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823994;OID=.;OPOS=42033560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chrX 43591036 . G T 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.372;QD=59.6765;RBI=0.0294379;REFB=0;REVB=-0.0197298;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109547;OID=.;OPOS=43591036;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chrX 43603391 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.468;QD=56.1914;RBI=0.0271285;REFB=0;REVB=0.027011;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122467;OID=.;OPOS=43603391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chrX 44202890 . G GC 467.48 PASS AF=1;AO=40;DP=51;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00893071;FXX=0.0888691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.3462;QD=45.6074;RBI=0.0350471;REFB=0;REVB=0.0338901;RO=10;SAF=14;SAR=26;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202688;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000734615;OID=.;OPOS=44202891;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:51:41:41:0:14:27:0:0:9:10:14:26:4:6 chrX 44938563 . G A 728.14 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152168;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.322;QD=57.1088;RBI=0.0161444;REFB=0;REVB=0.00539361;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175591;OID=.;OPOS=44938563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chrX 45051111 . C T 1183.31 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.163;QD=60.6824;RBI=0.0420864;REFB=0;REVB=0.0418062;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00084045;OID=.;OPOS=45051111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:78:0:0:70:78:1:26:44:0:0:33:45:0:0 chrX 46472826 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.062;QD=62.0215;RBI=0.0355201;REFB=0;REVB=0.0279947;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23707e-05;OID=.;OPOS=46472826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chrX 46618321 . C G 716.54 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0481053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3846;QD=51.1814;RBI=0.0491574;REFB=-0.130069;REVB=-0.0101158;RO=2;SAF=27;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000646073;STB=0.508426;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00444022;OID=.;OPOS=46618321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:56:2:3:53:53:0.946429:26:27:1:1:26:27:2:1 chrX 46740032 . G A 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.761;QD=56.9974;RBI=0.0132732;REFB=0;REVB=-0.0120655;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8362e-05;OID=.;OPOS=46740032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chrX 46920599 . C A 669.09 PASS AF=0.881356;AO=52;DP=59;FAO=52;FDP=59;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.000473847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.759;QD=45.362;RBI=0.016696;REFB=0.0415318;REVB=0.0166892;RO=7;SAF=25;SAR=27;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116315;STB=0.506203;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.000206851;OID=.;OPOS=46920599;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:7:7:52:52:0.881356:27:25:3:4:27:25:3:4 chrX 47057647 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.18;QD=57.6802;RBI=0.028557;REFB=0;REVB=0.0269015;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116274;OID=.;OPOS=47057647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chrX 47487912 . T TG 311.33 PASS AF=1;AO=26;DP=31;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.4832;QD=44.4751;RBI=0.0454113;REFB=0;REVB=0.0374686;RO=5;SAF=12;SAR=14;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184491;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00213647;OID=.;OPOS=47487913;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:31:28:28:0:12:16:0:0:6:5:12:14:2:3 chrX 47705684 . C T 1343.13 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216999;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.822;QD=62.471;RBI=0.0634067;REFB=0;REVB=0.0595779;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206142;OID=.;OPOS=47705684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:44:42:0:0:44:42:0:0 chrX 48049666 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6767;QD=60.9782;RBI=0.0539779;REFB=0;REVB=-0.0433795;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161437;OID=.;OPOS=48049666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chrX 48054740 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.832;QD=57.6801;RBI=0.0543464;REFB=0;REVB=0.0526251;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162022;OID=.;OPOS=48054740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:14:17:0:0 chrX 48125798 . T C 798.67 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846685;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6013;QD=57.0479;RBI=0.0810537;REFB=0;REVB=0.0806102;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861493;OID=.;OPOS=48125798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chrX 48156264 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.964;QD=55.0984;RBI=0.0775021;REFB=0;REVB=0.0731789;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398134;OID=.;OPOS=48156264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chrX 48161189 . A G 575.67 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0318;QD=60.5965;RBI=0.0202414;REFB=0;REVB=-0.0163876;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000466806;OID=.;OPOS=48161189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chrX 48163105 . A G 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.703;QD=62.0188;RBI=0.0492982;REFB=0;REVB=0.027248;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.3221e-05;OID=.;OPOS=48163105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chrX 48163717 . C T 698.95 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0287125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.735;QD=54.8194;RBI=0.0396044;REFB=0.224897;REVB=0.0272781;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513508;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00064048;OID=.;OPOS=48163717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:18:32:0:0:18:32:0:1 chrX 48382174 . G T 375.55 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.869;QD=55.6371;RBI=0.00818129;REFB=0;REVB=-0.00762016;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50301e-05;OID=.;OPOS=48382174;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chrX 48418126 . A G 1405.79 PASS AF=0.951923;AO=99;DP=104;FAO=99;FDP=104;FR=.;FRO=5;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0038356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.536;QD=54.0687;RBI=0.0322827;REFB=-0.0404745;REVB=0.0320541;RO=5;SAF=51;SAR=48;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286973;STB=0.515148;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00196325;OID=.;OPOS=48418126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:104:104:5:5:99:99:0.951923:48:51:1:4:48:51:1:4 chrX 48418659 . G A 869.03 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0288648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6987;QD=56.0666;RBI=0.0546999;REFB=0.00391595;REVB=0.046464;RO=1;SAF=42;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111061;STB=0.505745;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000259899;OID=.;OPOS=48418659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:60:61:0.983871:18:42:1:0:18:43:1:0 chrX 48435928 . C T 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.543;QD=48.6257;RBI=0.0269787;REFB=-0.103112;REVB=-0.0127191;RO=1;SAF=16;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280287;STB=0.515138;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00821756;OID=.;OPOS=48435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:6:16:1:0:6:16:1:0 chrX 48459102 . C G 533.8 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00745311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1416;QD=54.7492;RBI=0.0114136;REFB=-0.00981961;REVB=0.00864416;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240105;STB=0.524987;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00933589;OID=.;OPOS=48459102;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:37:37:0.948718:19:18:0:1:19:18:0:2 chrX 48460314 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4372;QD=57.2373;RBI=0.0223769;REFB=0;REVB=-0.0221611;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196375;OID=.;OPOS=48460314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chrX 48751471 . A G 312.18 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586877;FXX=0.079968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4611;QD=54.2927;RBI=0.0778692;REFB=0;REVB=0.0511798;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00909438;OID=.;OPOS=48751471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chrX 48759204 . C T 406.51 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4198;QD=56.0709;RBI=0.045545;REFB=0;REVB=0.0219263;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538116;OID=.;OPOS=48759204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:12:17:0:0 chrX 49021256 . A G 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.879;QD=63.3366;RBI=0.0372892;REFB=0;REVB=0.0184624;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03345e-05;OID=.;OPOS=49021256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:45:48:0:0:45:48:0:0 chrX 49021537 . G C 1066.11 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00924889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6521;QD=58.4167;RBI=0.0346766;REFB=-0.0805581;REVB=-0.0334204;RO=1;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00955431;STB=0.505049;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.000324568;OID=.;OPOS=49021537;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:71:72:0.986301:49:22:0:1:49:23:0:1 chrX 49022700 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00185623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.619;QD=49.5967;RBI=0.0273186;REFB=0;REVB=0.0272555;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213521;OID=.;OPOS=49022700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:9:9:0:0 chrX 49071964 . A G 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00614395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.569;QD=36.3479;RBI=0.0318567;REFB=-0.0947404;REVB=0.0312586;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00333329;OID=.;OPOS=49071964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:5:6:1:0:5:6:1:0 chrX 49081291 . G A 491.22 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0136039;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5027;QD=54.5801;RBI=0.0534803;REFB=-0.102817;REVB=0.0517211;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.531232;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0110218;OID=.;OPOS=49081291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:0:2:34:34:0.944444:15:19:0:0:15:19:0:2 chrX 49103224 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.123;QD=54.5177;RBI=0.00916575;REFB=0;REVB=0.00904664;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24654e-05;OID=.;OPOS=49103224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chrX 49767832 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470377;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=224.774;QD=51.1846;RBI=0.0471346;REFB=0;REVB=0.00302063;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186731;OID=.;OPOS=49767832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chrX 49767835 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326417;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=213.165;QD=51.1846;RBI=0.0354861;REFB=0;REVB=0.0139204;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186055;OID=.;OPOS=49767835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chrX 50051666 . T C 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.746;QD=57.1759;RBI=0.0218948;REFB=0;REVB=0.00380655;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42513e-05;OID=.;OPOS=50051666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chrX 50121146 . A AG 424.07 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.197727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.4341;QD=48.4652;RBI=0.199934;REFB=0;REVB=0.0296246;RO=2;SAF=9;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931601;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00857583;OID=.;OPOS=50121147;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:37:35:35:0:9:26:0:0:7:2:9:26:2:0 chrX 50659210 . C CTCT 260.54 PASS AF=0.814815;AO=20;DP=32;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00567541;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=3;MLLD=250;QD=38.5984;RBI=0.0138134;REFB=-0.0533023;REVB=0.0125936;RO=8;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064822;STB=0.547902;STBP=0.312;TYPE=ins;VARB=0.00567949;OID=.;OPOS=50659211;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=CTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.814815:20:32:22:27:5:12:10:4:1:27:8:10:10:5:3 chrX 50659280 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.64;QD=50.4134;RBI=0.0183537;REFB=0;REVB=0.00394778;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101682;OID=.;OPOS=50659280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chrX 52825546 . C G 848.28 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9617;QD=57.5108;RBI=0.0265308;REFB=0;REVB=-0.0186236;RO=0;SAF=43;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300249;OID=.;OPOS=52825546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:16:43:0:0:16:43:0:0 chrX 52891619 . GT G 139.73 PASS AF=0.378378;AO=27;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0379717;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.4065;QD=7.55311;RBI=0.0930626;REFB=0.0211648;REVB=0.0849635;RO=44;SAF=11;SAR=16;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10106;STB=0.531228;STBP=0.691;TYPE=del;VARB=-0.0213933;OID=.;OPOS=52891620;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378378:27:74:28:74:46:12:16:22:24:99:44:11:16:22:22 chrX 52891645 . A G 212.34 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00641129;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4845;QD=11.6349;RBI=0.00641753;REFB=-0.00526572;REVB=0.000282797;RO=47;SAF=9;SAR=17;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187822;STB=0.609035;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00513262;OID=.;OPOS=52891645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:47:47:26:26:0.356164:17:9:24:23:17:9:24:23 chrX 52891653 . C T 256.34 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0624183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1773;QD=13.4916;RBI=0.0624512;REFB=0.00841571;REVB=-0.00202505;RO=43;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153762;STB=0.582976;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.02056;OID=.;OPOS=52891653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:46:30:30:0.394737:19:11:22:21:19:11:23:23 chrX 53563589 . A G 392.1 PASS AF=1;AO=22;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.585;QD=56.0135;RBI=0.100945;REFB=0;REVB=0.00127464;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777185;OID=.;OPOS=53563589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:22:28:1:14:8:0:0:14:14:0:0 chrX 53652846 . G T 598.75 PASS AF=0.857143;AO=42;DP=49;FAO=42;FDP=49;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00372657;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.393;QD=48.8772;RBI=0.0506542;REFB=-0.214156;REVB=0.0505169;RO=6;SAF=23;SAR=19;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889321;STB=0.557684;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00225238;OID=.;OPOS=53652846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:49:49:6:7:42:42:0.857143:19:23:1:5:19:23:1:6 chrX 53652852 . T G 868.73 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.965;QD=57.9153;RBI=0.0325834;REFB=0;REVB=0.0306841;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18285e-05;OID=.;OPOS=53652852;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:28:32:0:0 chrX 54836361 . A G 984.34 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.133;QD=57.9022;RBI=0.0357134;REFB=0;REVB=0.021516;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000801128;OID=.;OPOS=54836361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:65:68:1:37:28:0:0:37:31:0:0 chrX 54836505 . A G 468.92 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294018;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.893;QD=58.6145;RBI=0.0423425;REFB=0;REVB=0.03047;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113568;OID=.;OPOS=54836505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:6:26:0:0:6:26:0:0 chrX 54837340 . C T 1381.47 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.599;QD=61.3988;RBI=0.026806;REFB=-0.0149872;REVB=-0.0133095;RO=1;SAF=41;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114189;STB=0.506023;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000153078;OID=.;OPOS=54837340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:48:41:1:0:48:41:1:0 chrX 54838077 . C T 376.52 PASS AF=0.90625;AO=28;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0178527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4304;QD=47.0643;RBI=0.0269296;REFB=-0.0789403;REVB=-0.0201615;RO=3;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145957;STB=0.571378;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0324171;OID=.;OPOS=54838077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:28:29:0.90625:8:20:0:3:9:20:0:3 chrX 55042064 . A C 46.87 PASS AF=0.18;AO=8;DP=48;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0635702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7401;QD=3.74971;RBI=0.0690088;REFB=-0.0152058;REVB=0.0268524;RO=39;SAF=7;SAR=1;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539641;STB=0.777161;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0941593;OID=.;OPOS=55042064;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:48:50:39:41:8:9:0.18:1:7:17:22:2:7:18:23 chrX 55116466 . C G 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2635;QD=61.6823;RBI=0.0598769;REFB=0;REVB=0.0112392;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000994327;OID=.;OPOS=55116466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chrX 55172516 . A C 44.83 PASS AF=0.116279;AO=10;DP=86;FAO=10;FDP=86;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=9.88699e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.846;QD=2.08515;RBI=0.00390845;REFB=-0.00336191;REVB=-0.0039072;RO=76;SAF=6;SAR=4;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07382;STB=0.554392;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.029437;OID=.;OPOS=55172516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:86:86:76:76:10:10:0.116279:4:6:41:35:4:6:41:35 chrX 55172521 . G T 49.72 PASS AF=0.11828;AO=11;DP=93;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=-0.00367321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.768;QD=2.13846;RBI=0.00368446;REFB=-0.00194099;REVB=-0.000287761;RO=82;SAF=4;SAR=7;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277382;STB=0.698341;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0164346;OID=.;OPOS=55172521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:93:82:82:11:11:0.11828:7:4:49:33:7:4:49:33 chrX 55172537 . G A 1193.65 PASS AF=0.858491;AO=91;DP=106;FAO=91;FDP=106;FR=.;FRO=15;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00992058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5009;QD=45.0433;RBI=0.0337183;REFB=-0.0123407;REVB=-0.0322259;RO=15;SAF=52;SAR=39;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283752;STB=0.515065;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00187727;OID=.;OPOS=55172537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:106:106:15:15:91:91:0.858491:39:52:7:8:39:52:7:8 chrX 55172572 . G A 244.56 PASS AF=0.265152;AO=35;DP=132;FAO=35;FDP=132;FR=.;FRO=97;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=-0.032526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.994;QD=7.41076;RBI=0.0329484;REFB=-0.00905329;REVB=0.00525893;RO=97;SAF=19;SAR=16;SRF=55;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300455;STB=0.517925;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0279161;OID=.;OPOS=55172572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:97:97:35:35:0.265152:16:19:55:42:16:19:55:42 chrX 55172606 . G A 260.94 PASS AF=0.245399;AO=40;DP=163;FAO=40;FDP=163;FR=.;FRO=123;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=73;FSRR=50;FWDB=-0.025625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.822;QD=6.40349;RBI=0.0281391;REFB=-0.00892301;REVB=-0.0116262;RO=123;SAF=24;SAR=16;SRF=73;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00846067;STB=0.505099;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0234195;OID=.;OPOS=55172606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:123:123:40:40:0.245399:16:24:73:50:16:24:73:50 chrX 55172630 . G A 318.36 PASS AF=0.248677;AO=47;DP=188;FAO=47;FDP=189;FR=.;FRO=142;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=86;FSRR=56;FWDB=0.00142333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.9246;QD=6.73773;RBI=0.0341264;REFB=0.00483966;REVB=0.0340968;RO=141;SAF=32;SAR=15;SRF=86;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972514;STB=0.562071;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.012158;OID=.;OPOS=55172630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:141:142:47:47:0.248677:15:32:86:55:15:32:86:56 chrX 55172645 . C T 2060.26 PASS AF=0.794118;AO=160;DP=202;FAO=162;FDP=204;FR=.;FRO=42;FSAF=115;FSAR=47;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0149773;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8269;QD=40.3972;RBI=0.0210857;REFB=-0.0382274;REVB=-0.0148422;RO=38;SAF=114;SAR=46;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110908;STB=0.571656;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0211928;OID=.;OPOS=55172645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:204:38:42:160:162:0.794118:46:114:17:21:47:115:17:25 chrX 55172680 . G C 328.03 PASS AF=0.239437;AO=51;DP=213;FAO=51;FDP=213;FR=.;FRO=162;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=106;FSRR=56;FWDB=-0.0494417;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.52;QD=6.16021;RBI=0.0503645;REFB=-0.0110009;REVB=-0.00959732;RO=161;SAF=38;SAR=13;SRF=105;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13989;STB=0.58341;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0260329;OID=.;OPOS=55172680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:161:162:51:51:0.239437:13:38:105:56:13:38:106:56 chrX 55172686 . CT CC,TC 2026.3 PASS AF=0.551887,0.235849;AO=116,50;DP=212;FAO=117,50;FDP=212;FR=.;FRO=45;FSAF=88,38;FSAR=29,12;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0145567,-0.0102506;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=41.1225,192.51;QD=38.232;RBI=0.0164122,0.0187157;REFB=-0.0274874,-0.0353918;REVB=-0.00758027,-0.015659;RO=45;SAF=88,38;SAR=28,12;SRF=19;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.210755,0.321776;STB=0.609322,0.678495;STBP=0,0.001;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000721316,0.0315065;OID=.,.;OPOS=55172687,55172686;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:212:212:45:45:116,50:117,50:0.551887,0.235849:28,12:88,38:19:26:29,12:88,38:19:26 chrX 55172708 . T G 1960.66 PASS AF=0.792553;AO=148;DP=187;FAO=149;FDP=188;FR=.;FRO=39;FSAF=126;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.019156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.262;QD=41.7161;RBI=0.0204563;REFB=0.00236747;REVB=-0.00717704;RO=38;SAF=125;SAR=23;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263209;STB=0.646131;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000990013;OID=.;OPOS=55172708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:38:39:148:149:0.792553:23:125:15:23:23:126:15:24 chrX 55185568 . A G 304.38 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00158096;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.706;QD=12.4235;RBI=0.001874;REFB=-0.00168989;REVB=0.00100621;RO=62;SAF=13;SAR=22;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181062;STB=0.609248;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00206858;OID=.;OPOS=55185568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:62:63:35:35:0.357143:22:13:33:29:22:13:34:29 chrX 55205242 . CTT C,CT 70.43 PASS AF=0.166667,0.5;AO=2,8;DP=18;FAO=3,9;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=3,7;FSAR=0,2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0225524,0.040627;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=18.8628,13.4271;QD=15.6512;RBI=0.0294231,0.0516216;REFB=-0.0153097,-0.0266372;REVB=0.0188973,0.0318471;RO=7;SAF=2,8;SAR=0,0;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.67228,0.808729;STB=0.996299,0.699519;STBP=0.052,0.101;TYPE=del,del;VARB=0.113303,-0.0581789;OID=.,.;OPOS=55205243,55205243;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.166667,0.5:2,8:18:3,9:18:6:3,7:0,2:2:4:35:7:2,8:0,0:2:5 chrX 55215274 . C G 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3347;QD=59.5004;RBI=0.0481485;REFB=0;REVB=-0.0474633;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214317;OID=.;OPOS=55215274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chrX 55247030 . C G 1511.15 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644689;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.952;QD=59.8475;RBI=0.0171244;REFB=0;REVB=0.0158645;RO=0;SAF=38;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04557e-05;OID=.;OPOS=55247030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:63:38:0:0:63:38:0:0 chrX 55287031 . T G 3885.52 PASS AF=0.992188;AO=253;DP=256;FAO=254;FDP=256;FR=.;FRO=2;FSAF=121;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0647647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0558;QD=60.7113;RBI=0.0872539;REFB=-0.130157;REVB=0.0584703;RO=3;SAF=121;SAR=132;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010709;STB=0.503731;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00142546;OID=.;OPOS=55287031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:256:256:3:2:253:254:0.992188:132:121:0:3:133:121:0:2 chrX 55289774 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.834;QD=63.5821;RBI=0.0198505;REFB=0;REVB=0.0153101;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60591e-05;OID=.;OPOS=55289774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:21:25:0:0:22:25:0:0 chrX 55479299 . G A 836.11 PASS AF=0.820513;AO=60;DP=80;FAO=64;FDP=78;FR=.;FRO=14;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.0191374;FXX=0.0249969;HRUN=5;LEN=1;MLLD=89.392;QD=42.8772;RBI=0.0209531;REFB=0.0368727;REVB=-0.00853181;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599969;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00185132;OID=.;OPOS=55479299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:80:78:0:14:60:64:0.820513:32:28:0:0:36:28:14:0 chrX 55479536 . GT G,GG 53.48 PASS AF=0.571429,0.047619;AO=10,2;DP=21;FAO=12,1;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=12,1;FSAR=0,0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0160615,-0.0285982;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=44.8466,48.3082;QD=10.187;RBI=0.0160615,0.0285982;REFB=-0.0253559,-0.0161024;REVB=0,0;RO=8;SAF=10,2;SAR=0,0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.228899,0.0945213;OID=.,.;OPOS=55479537,55479537;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429,0.047619:10,2:21:12,1:21:8:12,1:0,0:8:0:45:8:10,2:0,0:8:0 chrX 55651001 . T C 276.73 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00643444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5785;QD=50.3151;RBI=0.0150801;REFB=0;REVB=0.0136385;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000770042;OID=.;OPOS=55651001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:16:5:0:0:16:6:0:0 chrX 56591800 . AGG AG,AGC 72.41 PASS AF=0.357143,0;AO=6,2;DP=42;FAO=15,0;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=1,0;FSAR=14,0;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.113493,-0.0533202;FXX=0.0454442;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=11.2544,16.5446;QD=6.89594;RBI=0.171089,0.136465;REFB=-0.0982618,-0.0515044;REVB=0.128026,-0.125618;RO=21;SAF=0,0;SAR=6,2;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.729568,-0.535809;STB=0.895372,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=del,snp;VARB=0.132783,0;OID=.,.;OPOS=56591801,56591802;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AG,AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143,0:6,2:42:15,0:42:27:1,0:14,0:15:12:70:21:0,0:6,2:12:9 chrX 57313357 . T C 1061.92 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4428;QD=59.8263;RBI=0.0390261;REFB=0;REVB=-0.0326306;RO=0;SAF=19;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.70386e-05;OID=.;OPOS=57313357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:52:19:0:0:52:19:0:0 chrX 57405163 . T C 1572.7 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0379469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.948;QD=62.9082;RBI=0.0399544;REFB=-0.1375;REVB=0.0125055;RO=1;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870378;STB=0.504586;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000478012;OID=.;OPOS=57405163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:54:45:0:1:54:45:0:1 chrX 57619648 . G T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.663;QD=61.684;RBI=0.0357266;REFB=0;REVB=-0.0091379;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98245e-05;OID=.;OPOS=57619648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chrX 57622607 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000445954;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.145;QD=62.022;RBI=0.0352844;REFB=0;REVB=0.0352816;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104082;OID=.;OPOS=57622607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chrX 65382685 . T C 635.3 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163342;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0984;QD=61.9808;RBI=0.0183886;REFB=0;REVB=-0.00844583;RO=0;SAF=6;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.21163e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000392603;OID=.;OPOS=65382685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:40:41:1:34:6:0:0:34:7:0:0 chrX 65822607 . T C 1589.87 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000468518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.51;QD=59.995;RBI=0.0324479;REFB=0;REVB=-0.0324446;RO=0;SAF=45;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7494e-05;OID=.;OPOS=65822607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:61:45:0:0:61:45:0:0 chrX 65824986 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00125306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.057;QD=60.3767;RBI=0.023566;REFB=0;REVB=0.0235327;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94235e-05;OID=.;OPOS=65824986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chrX 67321920 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000311432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.129;QD=56.9996;RBI=0.00729741;REFB=0;REVB=0.00729077;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32242e-05;OID=.;OPOS=67321920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chrX 68751608 . T TC 30.44 PASS AF=0.189655;AO=19;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0907291;FXX=0.0169463;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.8003;QD=2.09944;RBI=0.0954928;REFB=-0.00965772;REVB=-0.0297844;RO=38;SAF=2;SAR=17;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487652;STB=0.817464;STBP=0.062;TYPE=ins;VARB=0.10458;OID=.;OPOS=68751609;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.189655:19:58:11:58:47:1:10:17:30:30:38:2:17:16:22 chrX 69341839 . G A 708.49 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.299;QD=62.9766;RBI=0.00776754;REFB=0;REVB=-0.00525025;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83653e-06;OID=.;OPOS=69341839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:15:29:0:0:15:30:0:0 chrX 69510335 . C T 909.2 PASS AF=1;AO=63;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315058;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.852;QD=55.951;RBI=0.038632;REFB=-0.11674;REVB=0.0223565;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164126;OID=.;OPOS=69510335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:65:1:0:63:65:1:33:30:0:1:35:30:0:0 chrX 69652762 . A G 698.8 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0278596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5053;QD=54.8077;RBI=0.0319516;REFB=0.0201491;REVB=-0.0156444;RO=1;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149453;STB=0.507933;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00116191;OID=.;OPOS=69652762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:31:19:0:1:31:19:0:1 chrX 69774517 . A T 368.52 PASS AF=0.903226;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00919019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.6;QD=47.5507;RBI=0.0102483;REFB=-0.115774;REVB=-0.00453515;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509427;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0015809;OID=.;OPOS=69774517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:30:31:0:3:27:28:0.903226:15:12:0:0:16:12:1:2 chrX 70146398 . A G 1306.09 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.035996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.214;QD=60.7482;RBI=0.0382547;REFB=-0.0273403;REVB=-0.0129504;RO=1;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114144;STB=0.506023;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0013207;OID=.;OPOS=70146398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:41:44:0:1:41:44:0:1 chrX 70343521 . T A 842.54 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0361148;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.657;QD=54.3576;RBI=0.0427783;REFB=0.0234105;REVB=-0.0229282;RO=2;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362622;STB=0.519224;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.000290596;OID=.;OPOS=70343521;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:25:35:0:2:25:35:0:2 chrX 70445350 . T C 243.48 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301618;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.877;QD=51.258;RBI=0.0118767;REFB=0;REVB=-0.0114873;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.48041e-05;OID=.;OPOS=70445350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chrX 70836831 . GGC G,GG,GGG 218.13 PASS AF=0.588235,0,0;AO=15,5,3;DP=45;FAO=30,0,0;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=13,0,0;FSAR=17,0,0;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0698429,-0.017679,0.0517536;FXX=0.0192271;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=16.9595,8.59325,10.1652;QD=17.1082;RBI=0.151368,0.128492,0.277633;REFB=-0.0643828,-0.13352,-0.0742872;REVB=-0.134292,0.12727,0.272767;RO=18;SAF=6,5,3;SAR=9,0,0;SRF=12;SRR=6;SSEN=0.375,0,0;SSEP=0,0.375,0;SSSB=-0.248822,0.651228,0.550424;STB=0.632777,0.5,0.5;STBP=0.028,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0332828,0.14748,0;OID=.,.,.;OPOS=70836832,70836833,70836833;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235,0,0:15,5,3:45:30,0,0:51:21:13,0,0:17,0,0:16:5:99:18:6,5,3:9,0,0:12:6 chrX 71351519 . C A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8064;QD=35.5757;RBI=0.0182328;REFB=0;REVB=0.0182328;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605909;OID=.;OPOS=71351519;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chrX 71363415 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478527;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.374;QD=50.4135;RBI=0.0488981;REFB=0;REVB=-0.0100573;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134598;OID=.;OPOS=71363415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chrX 71379881 . G A 538.21 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2729;QD=59.8009;RBI=0.0507082;REFB=0;REVB=-0.00646274;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277755;OID=.;OPOS=71379881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:22:13:0:0:22:14:0:0 chrX 71406301 . T C 955.73 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9858;QD=57.0583;RBI=0.0546326;REFB=0;REVB=0.0424009;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116424;OID=.;OPOS=71406301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:64:67:1:28:36:0:0:30:37:0:0 chrX 71416721 . C T 1534.64 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0254662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.791;QD=62.6383;RBI=0.0293819;REFB=-0.153076;REVB=0.0146549;RO=1;SAF=46;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101988;STB=0.505375;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00025894;OID=.;OPOS=71416721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:1:1:97:97:0.989796:51:46:1:0:51:46:1:0 chrX 71418669 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017656;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.093;QD=37.4885;RBI=0.0373117;REFB=0;REVB=0.0328699;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353845;OID=.;OPOS=71418669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chrX 71791912 . C T 920.54 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.572;QD=58.4471;RBI=0.0410009;REFB=0;REVB=0.0391638;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103823;OID=.;OPOS=71791912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:61:63:1:30:31:0:0:31:32:0:0 chrX 71819691 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00278926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.122;QD=62.6709;RBI=0.0173573;REFB=0;REVB=0.0171317;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25986e-05;OID=.;OPOS=71819691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chrX 71904407 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.232;QD=57.6807;RBI=0.0430606;REFB=0;REVB=0.0381244;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51176e-05;OID=.;OPOS=71904407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chrX 73043817 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.67;QD=59.0181;RBI=0.0458835;REFB=0;REVB=0.0453127;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192354;OID=.;OPOS=73043817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chrX 73045315 . ATTTTTA ATTTTA,ATTTTAG,ATTTTAT 31.75 PASS AF=0.137255,0,0.0588235;AO=7,2,4;DP=53;FAO=7,0,3;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=3,0,3;FSAR=4,0,0;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.286837,-0.0204319,-0.216504;FXX=0.0555453;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,2;MLLD=12.8433,28.066,102.469;QD=2.48982;RBI=0.293284,0.10371,0.216525;REFB=-0.0466074,-0.0259682,-0.00683145;REVB=0.0611568,0.101678,-0.00301336;RO=31;SAF=3,1,4;SAR=4,1,0;SRF=5;SRR=26;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.377158,0.378934,0.765952;STB=0.645204,0.5,0.997884;STBP=0.499,1,0.014;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.00635649,0,0.0349908;OID=.,.,.;OPOS=73045316,73045320,73045320;OREF=T,TA,TA;OALT=-,AG,AT;OMAPALT=ATTTTA,ATTTTAG,ATTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.137255,0,0.0588235:7,2,4:53:7,0,3:51:41:3,0,3:4,0,0:11:30:21:31:3,1,4:4,1,0:5:26 chrX 73062009 . AATT AAAT,AAT,A,AT 327.31 PASS AF=0,0.464286,0.303571,0.107143;AO=5,16,11,10;DP=66;FAO=0,26,17,6;FDP=56;FR=.;FRO=7;FSAF=0,2,3,1;FSAR=0,24,14,5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.139255,-0.0854845,-0.126901,-0.261996;FXX=0.0967586;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,1,3,2;MLLD=5.8257,9.13366,19.703,13.3308;QD=23.3794;RBI=0.140897,0.154909,0.14361,0.280639;REFB=0.0405993,0.0264584,-0.000252449,-0.0108592;REVB=0.0214468,0.129187,0.0672314,0.100581;RO=12;SAF=0,0,1,2;SAR=5,16,10,8;SRF=0;SRR=12;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0.338352,0.384535;STB=0.5,0.563592,0.599899,0.705426;STBP=1,0.646,0.368,0.788;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0,0.0592739,0.0800285,0.0574714;OID=.,.,.,.;OPOS=73062011,73062011,73062010,73062010;OREF=T,T,ATT,AT;OALT=A,-,-,-;OMAPALT=AAAT,AAT,A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.464286,0.303571,0.107143:5,16,11,10:66:0,26,17,6:56:7:0,2,3,1:0,24,14,5:0:7:78:12:0,0,1,2:5,16,10,8:0:12 chrX 73066439 . T C 673.91 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368836;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.861;QD=62.6891;RBI=0.0408422;REFB=0;REVB=0.0175411;RO=0;SAF=33;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.62545e-05;OID=.;OPOS=73066439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:10:33:0:0:10:33:0:0 chrX 73462520 . T C 459.83 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.459;QD=57.4792;RBI=0.0708265;REFB=0;REVB=0.0706952;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320803;OID=.;OPOS=73462520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:18:13:0:0:18:14:0:0 chrX 74494470 . T G 651.68 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.78;QD=62.0644;RBI=0.0405521;REFB=0;REVB=0.00888602;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43246e-05;OID=.;OPOS=74494470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:24:18:0:0 chrX 74511202 . G C 1025.69 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2493;QD=59.4604;RBI=0.055005;REFB=0;REVB=0.0505845;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057171;OID=.;OPOS=74511202;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:27:42:0:0:27:42:0:0 chrX 77298857 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.855;QD=57.6807;RBI=0.0396777;REFB=0;REVB=0.0372245;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179142;OID=.;OPOS=77298857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chrX 77528317 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.17;QD=61.6835;RBI=0.0168947;REFB=0;REVB=-0.012755;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10393e-06;OID=.;OPOS=77528317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chrX 77913569 . G A 152.52 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00105549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.335;QD=40.6711;RBI=0.0893416;REFB=-0.0809041;REVB=0.0893354;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521709;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0021126;OID=.;OPOS=77913569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:3:11:0:0:3:11:1:0 chrX 78011737 . T C 465.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9405;QD=58.1294;RBI=0.0498808;REFB=0;REVB=0.0480107;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026534;OID=.;OPOS=78011737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chrX 78426988 . T C 1025.28 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.466;QD=59.4364;RBI=0.0307411;REFB=0;REVB=-0.00783572;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14699e-05;OID=.;OPOS=78426988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:66:69:1:33:33:0:0:33:36:0:0 chrX 79699998 . T A 769.25 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.754;QD=56.9816;RBI=0.0384225;REFB=0;REVB=-0.0234401;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34361e-05;OID=.;OPOS=79699998;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chrX 79931831 . CGTGTGTGTGTGTC CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG 416.2 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=11,13;DP=29;FAO=20,10;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=13,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051081,0.00652352;FXX=0.0322477;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=143.12,101.544;QD=55.4938;RBI=0.0521122,0.0122111;REFB=0,0;REVB=0.0103154,0.0103225;RO=0;SAF=4,4;SAR=7,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0138934,0.0318519;OID=.,.;OPOS=79931832,79931840;OREF=GTGT,GTGTC;OALT=-,CTGTG;OMAPALT=CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.666667,0.333333:11,13:29:20,10:30:0:7,1:13,9:0:0:80:0:4,4:7,9:0:0 chrX 79931852 . G A 44.38 PASS AF=0.28;AO=6;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0685972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.715;QD=7.10082;RBI=0.070764;REFB=-0.0313778;REVB=0.0173775;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102181;STB=0.59968;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0815707;OID=.;OPOS=79931852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:6:7:0.28:5:1:4:14:6:1:4:14 chrX 79943569 . T C 1711.23 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0784332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3388;QD=60.5744;RBI=0.113448;REFB=0;REVB=0.0819681;RO=0;SAF=57;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95943e-05;OID=.;OPOS=79943569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:56:57:0:0:56:57:0:0 chrX 79989018 . C G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.649;QD=57.1763;RBI=0.0204461;REFB=0;REVB=0.000352772;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24799e-05;OID=.;OPOS=79989018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chrX 81816730 . G A 1153.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.107;QD=60.7144;RBI=0.0553405;REFB=0;REVB=-0.0469967;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.4301e-05;OID=.;OPOS=81816730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chrX 81816758 . A AAT 389.14 PASS AF=0.744186;AO=28;DP=52;FAO=32;FDP=43;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0051114;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=183.406;QD=36.199;RBI=0.0478646;REFB=-0.104484;REVB=0.0475909;RO=24;SAF=9;SAR=19;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351179;STB=0.604855;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.0272048;OID=.;OPOS=81816759;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.744186:28:52:32:43:11:13:19:9:2:77:24:9:19:18:6 chrX 81816771 . G T 487.1 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448208;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2294;QD=59.0424;RBI=0.0488477;REFB=0;REVB=0.0194214;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765667;OID=.;OPOS=81816771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chrX 81816778 . T C 400.29 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0343199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1573;QD=53.3721;RBI=0.0629089;REFB=-0.0892608;REVB=0.0527227;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00327992;OID=.;OPOS=81816778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:16:13:1:0:16:13:1:0 chrX 84350010 . A G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3006;QD=48.7343;RBI=0.0616944;REFB=0;REVB=0.0143949;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233724;OID=.;OPOS=84350010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chrX 84358864 . C T 654.7 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00810889;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.613;QD=62.3523;RBI=0.0101742;REFB=0;REVB=-0.00614496;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52223e-05;OID=.;OPOS=84358864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chrX 84363140 . A G 1358.58 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.5;QD=62.4634;RBI=0.0260456;REFB=0;REVB=0.0170366;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02482e-05;OID=.;OPOS=84363140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chrX 84534383 . A C 856.3 PASS AF=1;AO=29;DP=65;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321875;FXX=0.0461467;HRUN=10;LEN=1;MLLD=121.692;QD=55.2451;RBI=0.115424;REFB=0;REVB=0.110845;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806912;OID=.;OPOS=84534383;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:62:0:0:29:62:1:18:11:0:0:31:31:0:0 chrX 84563135 . T A 1823.39 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00362941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.18;QD=61.2905;RBI=0.0249803;REFB=0;REVB=0.0247152;RO=0;SAF=51;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37062e-05;OID=.;OPOS=84563135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:119:0:0:116:119:1:65:51:0:0:68:51:0:0 chrX 85404081 . GA G 45.77 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.125673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.458;QD=9.63527;RBI=0.135661;REFB=-0.0799468;REVB=-0.0510908;RO=7;SAF=9;SAR=0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.777749;STB=0.627605;STBP=0.451;TYPE=del;VARB=0.0662081;OID=.;OPOS=85404082;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:9:19:10:19:9:9:1:7:2:45:7:9:0:5:2 chrX 86877348 . G T 702.64 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0455672;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.615;QD=52.0473;RBI=0.0501085;REFB=-0.121882;REVB=-0.0208445;RO=2;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552953;STB=0.51428;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00205441;OID=.;OPOS=86877348;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:2:1:52:53:0.981481:16:36:0:2:17:36:0:1 chrX 86887244 . C T 636.45 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153221;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.022;QD=62.0927;RBI=0.0413199;REFB=0;REVB=0.0383741;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107442;OID=.;OPOS=86887244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chrX 88008423 . A C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0942;QD=57.1766;RBI=0.0736041;REFB=0;REVB=0.0698346;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115491;OID=.;OPOS=88008423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:15:36:0:0:15:36:0:0 chrX 88009322 . A G 1246.07 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.892;QD=61.5341;RBI=0.0145218;REFB=0;REVB=-0.0103364;RO=0;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70553e-08;OID=.;OPOS=88009322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:50:31:0:0:50:31:0:0 chrX 89177673 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.743;QD=42.1826;RBI=0.0387572;REFB=0;REVB=0.0145275;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260817;OID=.;OPOS=89177673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chrX 91874939 . G A 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0865479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.679;QD=35.5677;RBI=0.0872383;REFB=0;REVB=-0.0109529;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00188666;OID=.;OPOS=91874939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chrX 96139406 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.277;QD=63.5828;RBI=0.0204169;REFB=0;REVB=-0.0109781;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170284;OID=.;OPOS=96139406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chrX 96139459 . T C 714.77 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.019;QD=56.0602;RBI=0.0369048;REFB=0;REVB=0.0186283;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308213;OID=.;OPOS=96139459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:30:21:0:0 chrX 99355146 . C T 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.381;QD=59.4333;RBI=0.0369717;REFB=0;REVB=0.00327037;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119751;OID=.;OPOS=99355146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chrX 99849017 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.109;QD=53.9111;RBI=0.114357;REFB=0;REVB=0.00470612;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000545147;OID=.;OPOS=99849017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chrX 99941705 . T C 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6141;QD=57.6776;RBI=0.121786;REFB=0;REVB=0.112874;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022946;OID=.;OPOS=99941705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chrX 100168659 . GC G 108.94 PASS AF=0.666667;AO=15;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0255204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.0832;QD=18.1558;RBI=0.268101;REFB=-0.0422501;REVB=-0.266884;RO=7;SAF=1;SAR=14;SRF=6;SRR=1;SSEN=0.299652;SSEP=0;SSSB=-0.639283;STB=0.881752;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.00170839;OID=.;OPOS=100168660;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:15:24:16:24:8:1:15:7:1:47:7:1:14:6:1 chrX 100243459 . G T 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.68;QD=56.9973;RBI=0.0386562;REFB=0;REVB=0.0206676;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31809e-05;OID=.;OPOS=100243459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chrX 100245606 . A G 375.51 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9894;QD=55.6311;RBI=0.0490103;REFB=0;REVB=0.0110343;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069559;OID=.;OPOS=100245606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chrX 100375368 . AATA AA,AAT,AATT 197.73 PASS AF=0,1,0;AO=3,11,2;DP=17;FAO=0,17,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,0;FSAR=0,9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346708,0.0335945,0.0322333;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=282.069,289.378,284.479;QD=46.5235;RBI=0.0453609,0.0432679,0.0419692;REFB=0,0,0;REVB=0.0292497,0.0272676,0.026878;RO=0;SAF=2,6,0;SAR=1,5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0168535,-0.000771342,0.0385666;OID=.,.,.;OPOS=100375369,100375371,100375371;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=AA,AAT,AATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:3,11,2:17:0,17,0:17:0:0,8,0:0,9,0:0:0:3:0:2,6,0:1,5,2:0:0 chrX 100395663 . G T 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8377;QD=60.9727;RBI=0.0548607;REFB=0;REVB=0.0268718;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053799;OID=.;OPOS=100395663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chrX 100517135 . T C 820.17 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00211088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.08;QD=55.6048;RBI=0.0183014;REFB=-0.00884594;REVB=0.0181793;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159891;STB=0.508472;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000665644;OID=.;OPOS=100517135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:29:29:1:0:29:29:1:0 chrX 100518165 . T C 987.55 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727467;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.566;QD=58.0911;RBI=0.0222673;REFB=0;REVB=0.0210454;RO=1;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141028;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61934e-05;OID=.;OPOS=100518165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:1:0:66:68:1:33:33:0:1:34:34:0:0 chrX 100532621 . T C 725.28 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.605;QD=56.885;RBI=0.0707946;REFB=0;REVB=0.0560613;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440559;OID=.;OPOS=100532621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:28:22:0:0:29:22:0:0 chrX 100547933 . A G 1514.79 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0373488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4233;QD=62.4655;RBI=0.0389329;REFB=-0.147348;REVB=-0.0109927;RO=0;SAF=38;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00229011;OID=.;OPOS=100547933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:58:38:0:0:58:38:0:1 chrX 100608191 . G A 850.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.533;QD=57.6497;RBI=0.0176229;REFB=0;REVB=-0.0122412;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.94416e-05;OID=.;OPOS=100608191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:22:36:0:0:22:37:0:0 chrX 100743037 . C T 689.51 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.972;QD=62.6822;RBI=0.0203586;REFB=0;REVB=-0.00968812;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67215e-05;OID=.;OPOS=100743037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:14:28:0:0:16:28:0:0 chrX 100743826 . A G 374.96 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00129216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.706;QD=55.5494;RBI=0.0431083;REFB=0;REVB=0.0430889;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57516e-05;OID=.;OPOS=100743826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:18:8:0:0:19:8:0:0 chrX 100745825 . T C 255.57 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.011;QD=51.1134;RBI=0.0129533;REFB=0;REVB=0.00508936;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81795e-05;OID=.;OPOS=100745825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:7:12:0:0:7:13:0:0 chrX 100748078 . A G 182.81 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00750596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7022;QD=43.0149;RBI=0.01386;REFB=-0.082757;REVB=-0.0116516;RO=1;SAF=14;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031564;STB=0.51722;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00450115;OID=.;OPOS=100748078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:2:14:1:0:2:14:1:0 chrX 100749585 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.717;QD=33.4285;RBI=0.080973;REFB=0;REVB=-0.0200232;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183803;OID=.;OPOS=100749585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chrX 100911066 . C T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1722;QD=56.1899;RBI=0.0310038;REFB=0;REVB=-0.010869;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000542045;OID=.;OPOS=100911066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chrX 101138792 . T C 255.58 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.741;QD=51.1155;RBI=0.0411666;REFB=0;REVB=0.041068;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483869;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217124;OID=.;OPOS=101138792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:1:0:19:20:1:9:10:0:1:10:10:0:0 chrX 101395780 . T G,TG 402.44 PASS AF=0,1;AO=3,25;DP=38;FAO=0,32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733153,0.226522;FXX=0.0302939;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=8.65875,19.562;QD=50.305;RBI=0.0776831,0.229901;REFB=0,0;REVB=-0.0256814,-0.0392696;RO=10;SAF=3,14;SAR=0,11;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.573898,-0.129634;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00695589;OID=.,.;OPOS=101395780,101395781;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:38:32:10:0:3,25:0,32:0,1:0,11:3,14:8:2:0,11:0,21:0:0 chrX 101912118 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.271;QD=56.7066;RBI=0.0640018;REFB=0;REVB=0.0636896;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291424;OID=.;OPOS=101912118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chrX 101972439 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.676;QD=56.1916;RBI=0.068289;REFB=0;REVB=0.0576529;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265998;OID=.;OPOS=101972439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chrX 102192528 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.151;QD=53.2772;RBI=0.0271877;REFB=0;REVB=-0.01737;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297475;OID=.;OPOS=102192528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chrX 102471531 . G T 711.47 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0035698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.036;QD=52.7018;RBI=0.0211945;REFB=-0.038425;REVB=-0.0208917;RO=2;SAF=42;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219051;STB=0.511624;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00290318;OID=.;OPOS=102471531;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:10:42:2:0:10:42:2:0 chrX 102564583 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.142;QD=55.6561;RBI=0.0312782;REFB=0;REVB=0.00569082;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.27055e-05;OID=.;OPOS=102564583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chrX 102979486 . T C 673.91 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316932;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0648;QD=62.6892;RBI=0.0570141;REFB=0;REVB=0.0473935;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000800293;OID=.;OPOS=102979486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chrX 103042882 . T C 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.755;QD=60.5467;RBI=0.030094;REFB=0;REVB=0.019966;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8468e-05;OID=.;OPOS=103042882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chrX 103046526 . TG T 438.85 PASS AF=1;AO=40;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027238;FXX=0.0227221;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.7716;QD=40.8235;RBI=0.084111;REFB=0;REVB=0.0795786;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00320583;OID=.;OPOS=103046527;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:44:43:43:0:21:22:0:0:9:0:20:20:0:0 chrX 103347406 . C G 625.68 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0173508;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.1181;QD=59.5887;RBI=0.0209377;REFB=-0.14503;REVB=-0.011719;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208513;STB=0.511106;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00149911;OID=.;OPOS=103347406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:22:19:0:1:22:19:0:1 chrX 105153001 . A G 392.19 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0328006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5331;QD=50.6047;RBI=0.0458844;REFB=-0.0233788;REVB=0.0320858;RO=1;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238907;STB=0.524983;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00305856;OID=.;OPOS=105153001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:1:2:29:29:0.935484:19:10:0:1:19:10:0:2 chrX 106200202 . G A 1453.31 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8026;QD=63.1873;RBI=0.0354142;REFB=0;REVB=0.0122548;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.98611e-05;OID=.;OPOS=106200202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:47:45:0:0:47:45:0:0 chrX 107224660 . C T 222.99 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5542;QD=49.5529;RBI=0.12605;REFB=0;REVB=0.0292137;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287428;OID=.;OPOS=107224660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chrX 107417730 . G A,C 1713.94 PASS AF=0.93913,0.0608696;AO=108,7;DP=115;FAO=108,7;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=36,3;FSAR=72,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944802,-1.2252e-05;FXX=0.00861995;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=171.033,132.73;QD=59.6153;RBI=0.0308419,0.0179438;REFB=0,0;REVB=0.0293591,0.0179438;RO=0;SAF=36,3;SAR=72,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00093168,0.00790437;OID=.,.;OPOS=107417730,107417730;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:115:115:0:0:108,7:108,7:0.93913,0.0608696:72,4:36,3:0:0:72,4:36,3:0:0 chrX 107418906 . A G 771.17 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399969;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.103;QD=57.1239;RBI=0.0615966;REFB=0;REVB=0.0614666;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025607;OID=.;OPOS=107418906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chrX 107976940 . G C 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0343967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7323;QD=54.8226;RBI=0.0426203;REFB=-0.100795;REVB=0.0251666;RO=1;SAF=31;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149453;STB=0.507933;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00255715;OID=.;OPOS=107976940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:19:31:1:0:19:31:1:0 chrX 107979512 . C T 1170.73 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0509871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.94;QD=57.1087;RBI=0.0653358;REFB=-0.072984;REVB=0.0408544;RO=2;SAF=40;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000295811;STB=0.506328;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00302374;OID=.;OPOS=107979512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:2:3:79:79:0.963415:39:40:1:1:39:40:1:2 chrX 107979515 . C T 1197.85 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201433;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.047;QD=59.8924;RBI=0.0342072;REFB=0.0538737;REVB=0.0276474;RO=1;SAF=39;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011984;STB=0.506328;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.000245511;OID=.;OPOS=107979515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:79:79:0.9875:40:39:1:0:40:39:1:0 chrX 108297375 . T C 5955.5 PASS AF=1;AO=376;DP=383;FAO=380;FDP=380;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=287;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066364;FXX=0.00783269;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.19;QD=62.6895;RBI=0.02321;REFB=0.0277683;REVB=-0.022241;RO=2;SAF=93;SAR=283;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0033605;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000818329;OID=.;OPOS=108297375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:383:380:2:0:376:380:1:283:93:0:2:287:93:0:0 chrX 108297445 . A G 8039.15 PASS AF=1;AO=508;DP=511;FAO=511;FDP=511;FR=.;FRO=0;FSAF=161;FSAR=350;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00156346;FXX=0.00583646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.625;QD=62.9287;RBI=0.00162122;REFB=0.00373606;REVB=-0.000428892;RO=2;SAF=159;SAR=349;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00162725;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.56612e-06;OID=.;OPOS=108297445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:511:511:2:0:508:511:1:349:159:1:1:350:161:0:0 chrX 108297500 . G C 5981.03 PASS AF=0.982051;AO=381;DP=390;FAO=383;FDP=390;FR=.;FRO=7;FSAF=127;FSAR=256;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0142193;FXX=0.00255748;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.807;QD=61.3439;RBI=0.0199401;REFB=-0.0528258;REVB=0.0139793;RO=6;SAF=126;SAR=255;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00564387;STB=0.504839;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.000762351;OID=.;OPOS=108297500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:390:390:6:7:381:383:0.982051:255:126:3:3:256:127:4:3 chrX 108297573 . A G 1238.37 PASS AF=0.965517;AO=75;DP=80;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0192641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.074;QD=56.9365;RBI=0.0255273;REFB=-0.0519885;REVB=0.0167493;RO=4;SAF=19;SAR=56;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306591;STB=0.518792;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00339765;OID=.;OPOS=108297573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:80:87:4:3:75:84:0.965517:56:19:2:2:63:21:2:1 chrX 108297602 . T C 789.31 PASS AF=0.95082;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.017127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.366;QD=51.7583;RBI=0.0172448;REFB=0.0441325;REVB=0.00201163;RO=3;SAF=6;SAR=51;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269413;STB=0.514014;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00165692;OID=.;OPOS=108297602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:61:3:3:57:58:0.95082:51:6:0:3:52:6:0:3 chrX 108297641 . G A 902.42 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.146908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8719;QD=56.4015;RBI=0.151365;REFB=-0.0118976;REVB=0.036461;RO=1;SAF=6;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00835876;STB=0.504346;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00183706;OID=.;OPOS=108297641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:62:63:0.984375:56:6:0:1:57:6:0:1 chrX 108297675 . G GC,GCC 415.58 PASS AF=1,0;AO=44,12;DP=63;FAO=63,0;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=57,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.247719,0.154656;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=9.38787,8.73181;QD=26.386;RBI=0.285123,0.169858;REFB=0.0154583,0.0217021;REVB=-0.141176,-0.0702375;RO=6;SAF=2,1;SAR=42,11;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.366264,-0.442724;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00929936,-0.028859;OID=.,.;OPOS=108297676,108297676;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:44,12:63:63,0:63:0:6,0:57,0:0:0:7:6:2,1:42,11:3:3 chrX 108297699 . T C,G 731.65 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=43,2;DP=45;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=41,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0954524,0.105151;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=239.598,192.907;QD=62.2681;RBI=0.0955837,0.105363;REFB=0,0;REVB=-0.00500792,-0.00668807;RO=0;SAF=4,0;SAR=39,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=8.15207e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00246446,0.0342755;OID=.,.;OPOS=108297699,108297699;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:47:0:0:43,2:45,2:0.957447,0.0425532:39,2:4,0:0:0:41,2:4,0:0:0 chrX 108297702 . A C,G 734.34 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=3,44;DP=47;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=2,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453138,0.0377068;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.177,282.371;QD=62.4967;RBI=0.046292,0.038327;REFB=0,0;REVB=-0.00946626,-0.0068671;RO=0;SAF=0,6;SAR=3,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00118498,4.47734e-05;OID=.,.;OPOS=108297702,108297702;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:47:47:0:0:3,44:2,45:0.0425532,0.957447:3,38:0,6:0:0:2,39:0,6:0:0 chrX 108297713 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.598;QD=46.848;RBI=0.0294351;REFB=0;REVB=0.00890037;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24529e-05;OID=.;OPOS=108297713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chrX 108708516 . C T 1111.53 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00639106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.995;QD=60.083;RBI=0.0127393;REFB=0;REVB=-0.0110201;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88823e-06;OID=.;OPOS=108708516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chrX 110537079 . C T 340.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2324;QD=54.5073;RBI=0.0145141;REFB=0;REVB=-0.013852;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232332;OID=.;OPOS=110537079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chrX 113193211 . A T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.972;QD=46.8479;RBI=0.0603098;REFB=0;REVB=0.0478569;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595499;OID=.;OPOS=113193211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chrX 113219823 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0879437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.002;QD=35.5759;RBI=0.0900762;REFB=0;REVB=-0.0194839;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232071;OID=.;OPOS=113219823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chrX 114425400 . G A 78.17 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0744383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9853;QD=28.424;RBI=0.128285;REFB=-0.0640933;REVB=0.10448;RO=2;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288883;STB=0.666261;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0612198;OID=.;OPOS=114425400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:11:2:2:8:9:0.818182:6:2:2:0:7:2:2:0 chrX 114426171 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.172;QD=35.5754;RBI=0.0530313;REFB=0;REVB=0.038012;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234984;OID=.;OPOS=114426171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chrX 114426917 . C T 428.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.067;QD=57.0767;RBI=0.077853;REFB=0;REVB=0.0638277;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452591;OID=.;OPOS=114426917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:14:16:0:0 chrX 115305728 . G C 938.37 PASS AF=0.909091;AO=63;DP=73;FAO=70;FDP=77;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0245533;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3959;QD=48.7467;RBI=0.0520515;REFB=-0.151167;REVB=0.0458966;RO=10;SAF=24;SAR=39;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161702;STB=0.55071;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00310525;OID=.;OPOS=115305728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:73:77:10:7:63:70:0.909091:39:24:10:0:39:31:7:0 chrX 115590299 . C G 1189.76 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00759797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7389;QD=61.0136;RBI=0.0501054;REFB=0;REVB=0.049526;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352289;OID=.;OPOS=115590299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:39:38:0:0:40:38:0:0 chrX 118148229 . A G 595.18 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.704;QD=61.0445;RBI=0.026724;REFB=0;REVB=0.0185955;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173198;OID=.;OPOS=118148229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:19:20:0:0 chrX 118281538 . C A 435.91 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00925069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3516;QD=54.4881;RBI=0.0592652;REFB=-0.0164598;REVB=0.0585388;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321345;STB=0.51723;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00499072;OID=.;OPOS=118281538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:1:1:30:31:0.96875:16:14:1:0:17:14:1:0 chrX 118587003 . C T 561.14 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158305;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.255;QD=60.664;RBI=0.0189549;REFB=0;REVB=0.0104251;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028193;OID=.;OPOS=118587003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chrX 118587321 . A G 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5687;QD=46.9595;RBI=0.046921;REFB=-0.0511606;REVB=0.036823;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0044657;OID=.;OPOS=118587321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:1:0:10:10:1:0 chrX 118603668 . A G 45.07 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0225653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5613;QD=7.83782;RBI=0.0342953;REFB=-0.00886568;REVB=0.0258258;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793713;STB=0.549857;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0224879;OID=.;OPOS=118603668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:8:8:4:3:8:8 chrX 118603706 . A AG 43.49 PASS AF=0.25;AO=12;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0315625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.8647;QD=3.9539;RBI=0.242664;REFB=-0.0246914;REVB=-0.240603;RO=31;SAF=7;SAR=5;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247785;STB=0.576613;STBP=0.624;TYPE=ins;VARB=0.0151181;OID=.;OPOS=118603707;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:12:44:11:44:33:7:4:24:9:43:31:7:5:24:7 chrX 118603713 . T C 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.00157569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.416;QD=8.06724;RBI=0.0100666;REFB=-0.000671202;REVB=-0.00994253;RO=33;SAF=7;SAR=5;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227343;STB=0.637248;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00127061;OID=.;OPOS=118603713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:5:7:25:8:5:7:25:8 chrX 118603729 . G A 81.91 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.0168905;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.878;QD=7.9915;RBI=0.0170061;REFB=0.00710341;REVB=-0.00197977;RO=30;SAF=6;SAR=5;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324651;STB=0.694154;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0136872;OID=.;OPOS=118603729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:42:41:30:30:11:11:0.268293:5:6:24:6:5:6:24:6 chrX 118603742 . A C 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0248676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.082;QD=7.67872;RBI=0.0318425;REFB=-0.00729629;REVB=-0.0198884;RO=31;SAF=6;SAR=5;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290711;STB=0.675404;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0373492;OID=.;OPOS=118603742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:5:6:24:7:5:6:24:7 chrX 118603747 . A T 87.64 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=39;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0686884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.916;QD=8.3463;RBI=0.0714966;REFB=-0.00583259;REVB=0.019841;RO=30;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38568;STB=0.640819;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0162925;OID=.;OPOS=118603747;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:39:42:30:30:9:12:0.285714:5:4:23:7:5:7:23:7 chrX 118603773 . T C 68.61 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.0301959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.732;QD=5.71754;RBI=0.0313705;REFB=-0.0095721;REVB=-0.00850355;RO=38;SAF=7;SAR=3;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977172;STB=0.562383;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.039154;OID=.;OPOS=118603773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:3:7:29:9:3:7:29:9 chrX 118603844 . T G 693.76 PASS AF=0.945455;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00077489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.717;QD=50.4554;RBI=0.00283455;REFB=0.00273257;REVB=-0.00272658;RO=3;SAF=30;SAR=21;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00846949;STB=0.503998;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.000383532;OID=.;OPOS=118603844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:55:3:3:51:52:0.945455:21:30:2:1:21:31:2:1 chrX 118604436 . T A,C 698.09 PASS AF=0.0384615,0.942308;AO=2,48;DP=51;FAO=2,49;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=1,18;FSAR=1,31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.031971,-0.0375546;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=26.0969,113.047;QD=53.6989;RBI=0.0319778,0.0375549;REFB=-0.143754,-0.133448;REVB=0.000659424,0.000154417;RO=1;SAF=1,18;SAR=1,30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25849,-0.025416;STB=0.665164,0.513508;STBP=0.662,0.294;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00863146,0.000749491;OID=.,.;OPOS=118604436,118604436;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:52:1:1:2,48:2,49:0.0384615,0.942308:1,30:1,18:1:0:1,31:1,18:1:0 chrX 118678364 . G A 1034.16 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.582;QD=58.2627;RBI=0.0158898;REFB=0;REVB=0.0116509;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73995e-05;OID=.;OPOS=118678364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:71:0:0:63:71:1:29:34:0:0:31:40:0:0 chrX 118699320 . A G 1208.83 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6097;QD=61.2066;RBI=0.0267259;REFB=0;REVB=0.00792527;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137411;OID=.;OPOS=118699320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chrX 118829479 . G A 3277.44 PASS AF=1;AO=210;DP=214;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00392439;FXX=0.0139528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.795;QD=61.8385;RBI=0.0268287;REFB=0;REVB=0.0265401;RO=0;SAF=74;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85518e-05;OID=.;OPOS=118829479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:212:0:0:210:212:1:136:74:0:0:138:74:0:0 chrX 118893413 . T C 712.09 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118238;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.105;QD=63.2965;RBI=0.118727;REFB=0;REVB=-0.0107641;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000712943;OID=.;OPOS=118893413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chrX 119005705 . C G 313.41 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0512047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.343;QD=50.1459;RBI=0.0512236;REFB=-0.129705;REVB=0.00139306;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040273;STB=0.521721;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00119087;OID=.;OPOS=119005705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:0:1:11:13:0:1 chrX 119065893 . G A 428.68 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0722928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.311;QD=55.314;RBI=0.0794583;REFB=0;REVB=0.0329753;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321345;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231464;OID=.;OPOS=119065893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:1:0:30:31:1:14:16:0:1:15:16:0:0 chrX 119500459 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.726;QD=55.6545;RBI=0.0388544;REFB=0;REVB=-0.00958049;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021863;OID=.;OPOS=119500459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chrX 119513629 . A C 1566.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7772;QD=63.9419;RBI=0.0489623;REFB=0;REVB=0.0410304;RO=0;SAF=60;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417019;OID=.;OPOS=119513629;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:98:0:0:93:98:1:33:60:0:0:36:62:0:0 chrX 120008978 . CT C,CC 304.73 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=5,19;DP=24;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=2,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464549,0.0449581;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=293.165,318.456;QD=50.7878;RBI=0.0503199,0.0658519;REFB=0,0;REVB=0.01934,0.0481169;RO=0;SAF=3,18;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00780875,0.000255961;OID=.,.;OPOS=120008979,120008979;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:5,19:24:2,22:24:0:0,21:2,1:0:0:5:0:3,18:2,1:0:0 chrX 122250996 . G T 1044.96 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.245;QD=59.712;RBI=0.0405997;REFB=0;REVB=-0.00138834;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133153;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48074e-05;OID=.;OPOS=122250996;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:1:0:69:70:1:34:35:1:0:34:36:0:0 chrX 122318386 . A AG 1484.67 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319028;FXX=0.0294089;HRUN=0;LEN=1;MLLD=283.301;QD=59.9866;RBI=0.0320042;REFB=0;REVB=-0.00254558;RO=0;SAF=58;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000190189;OID=.;OPOS=122318387;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:98:100:99:99:0:59:40:0:0:8:0:58:40:0:0 chrX 122336600 . T TG 437.17 PASS AF=1;AO=42;DP=50;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112068;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.0939;QD=37.2062;RBI=0.12715;REFB=0;REVB=0.0600656;RO=7;SAF=23;SAR=19;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000424536;OID=.;OPOS=122336601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:50:47:47:0:25:22:0:0:8:7:23:19:4:3 chrX 122537277 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.97;QD=49.5992;RBI=0.0336935;REFB=0;REVB=0.0172304;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149962;OID=.;OPOS=122537277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chrX 125298690 . G A 1524.49 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221996;FXX=0.0404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.438;QD=64.189;RBI=0.113741;REFB=0;REVB=0.111554;RO=0;SAF=59;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108866;OID=.;OPOS=125298690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:95:0:0:95:95:1:36:59:0:0:36:59:0:0 chrX 125299188 . T G 746.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.634;QD=63.5698;RBI=0.0151694;REFB=0;REVB=-0.00615786;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31494e-05;OID=.;OPOS=125299188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chrX 125299467 . G T 923.16 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0653358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1829;QD=56.8098;RBI=0.0654074;REFB=-0.0990842;REVB=-0.00306116;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.509801;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00284575;OID=.;OPOS=125299467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:25:39:0:0:25:39:0:1 chrX 128780176 . A AAGC 52.74 PASS AF=0.7;AO=5;DP=11;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0619615;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=195.715;QD=21.0944;RBI=0.139288;REFB=-0.135165;REVB=0.124747;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666221;STBP=0.198;TYPE=ins;VARB=0.0193727;OID=.;OPOS=128780177;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:5:11:7:10:3:3:4:3:0:15:5:3:2:3:2 chrX 128781864 . C A 379.96 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142173;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.937;QD=56.2902;RBI=0.0247502;REFB=0;REVB=0.0202593;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00091242;OID=.;OPOS=128781864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chrX 128880614 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.553;QD=57.1062;RBI=0.0282803;REFB=0;REVB=0.0126668;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39898e-05;OID=.;OPOS=128880614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:29:26:0:0 chrX 128888541 . G A 454.19 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0190281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.475;QD=55.0531;RBI=0.021626;REFB=-0.166847;REVB=0.0102769;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512188;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00196219;OID=.;OPOS=128888541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:20:12:0:0:20:12:0:1 chrX 129058882 . T C 475.6 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.258;QD=57.6488;RBI=0.0671107;REFB=0;REVB=0.0370793;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265357;OID=.;OPOS=129058882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:23:8:0:0:25:8:0:0 chrX 129147079 . T C 495.51 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0985;QD=58.2948;RBI=0.0215739;REFB=0;REVB=-0.0121043;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000773408;OID=.;OPOS=129147079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chrX 129147638 . T TC 37.11 PASS AF=0.321429;AO=7;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0163635;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=53.8176;QD=5.30081;RBI=0.0360013;REFB=-0.00898574;REVB=-0.0320676;RO=20;SAF=0;SAR=7;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.653774;STB=0.510182;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.118678;OID=.;OPOS=129147639;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:7:28:9:28:19:1:8:2:17:37:20:0:7:2:18 chrX 130408745 . G A 764.69 PASS AF=0.934426;AO=56;DP=60;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0265749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0443;QD=50.1438;RBI=0.0278527;REFB=-0.0647024;REVB=0.0083395;RO=4;SAF=33;SAR=23;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115411;STB=0.506553;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0272962;OID=.;OPOS=130408745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:61:4:4:56:57:0.934426:23:33:2:2:23:34:2:2 chrX 130415818 . T C 710.17 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0349741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.265;QD=54.6284;RBI=0.0481315;REFB=-0.0613078;REVB=0.0330674;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.510634;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0023683;OID=.;OPOS=130415818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:23:28:0:0:23:28:0:1 chrX 130416523 . T G 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1335;QD=56.9542;RBI=0.0271977;REFB=0;REVB=-0.0227673;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.45647e-05;OID=.;OPOS=130416523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:19:33:0:0:19:33:0:0 chrX 130416958 . C T 838.48 PASS AF=0.887324;AO=61;DP=69;FAO=63;FDP=71;FR=.;FRO=8;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.109598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.4474;QD=47.2381;RBI=0.115819;REFB=0.0432389;REVB=0.0374485;RO=8;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101672;STB=0.554037;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00372179;OID=.;OPOS=130416958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:69:71:8:8:61:63:0.887324:33:28:0:8:33:30:0:8 chrX 130420006 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.88;QD=57.2376;RBI=0.0277396;REFB=0;REVB=-0.00135072;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34609e-05;OID=.;OPOS=130420006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chrX 130420415 . T C 446.76 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0586243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.753;QD=57.6462;RBI=0.0623577;REFB=0;REVB=0.0212526;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000344381;OID=.;OPOS=130420415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chrX 130678467 . A G 594.2 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0731298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.778;QD=60.9434;RBI=0.0747672;REFB=0;REVB=0.0155617;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300989;OID=.;OPOS=130678467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chrX 130678844 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.602;QD=49.5992;RBI=0.00225357;REFB=0;REVB=0.00225357;RO=0;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74231e-06;OID=.;OPOS=130678844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:18:0:0:0:18:0:0:0 chrX 131072890 . AG AA,A 127.91 PASS AF=0.107143,0.5;AO=3,11;DP=28;FAO=3,14;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=3,13;FSAR=0,1;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0133849,0.00738592;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=18.6881,15.9085;QD=18.273;RBI=0.0192759,0.0659777;REFB=-0.0633567,-0.0736836;REVB=-0.013871,0.0655629;RO=10;SAF=3,10;SAR=0,1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0.368794;SSEP=0,0;SSSB=0.71177,0.609152;STB=0.997147,0.879041;STBP=0.03,0.002;TYPE=snp,del;VARB=0.0311943,0.0624455;OID=.,.;OPOS=131072891,131072891;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.107143,0.5:3,11:28:3,14:28:11:3,13:0,1:3:8:67:10:3,10:0,1:3:7 chrX 132161673 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2561;QD=50.4117;RBI=0.0660818;REFB=0;REVB=0.0364427;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000466022;OID=.;OPOS=132161673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chrX 132437337 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.78;QD=64.1532;RBI=0.0362572;REFB=0;REVB=0.0248483;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113337;OID=.;OPOS=132437337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chrX 132438872 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8892;QD=50.4118;RBI=0.0603577;REFB=0;REVB=0.000942266;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018794;OID=.;OPOS=132438872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chrX 133379551 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00677828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.294;QD=63.872;RBI=0.0117866;REFB=0;REVB=0.00964252;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66367e-05;OID=.;OPOS=133379551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:26:22:0:0 chrX 133380034 . AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC 725.02 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=31,4;DP=57;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=30,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469788,0.052263;FXX=0.0847314;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=122.787,131.862;QD=53.7051;RBI=0.127519,0.0722055;REFB=0,0;REVB=0.11855,-0.0498218;RO=1;SAF=10,3;SAR=21,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0217036,0.272709;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0089666,0.0599808;OID=.,.;OPOS=133380035,133380063;OREF=GT,GT;OALT=-,AC;OMAPALT=AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.962963,0.037037:31,4:57:52,2:54:0:22,1:30,1:0:0:9:1:10,3:21,1:0:1 chrX 133620478 . T G 41.22 PASS AF=0.1;AO=9;DP=106;FAO=11;FDP=110;FR=.;FRO=99;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=68;FSRR=31;FWDB=0.00137782;FXX=0.0090082;HRUN=14;LEN=1;MLLD=141.554;QD=1.49906;RBI=0.054769;REFB=-0.000723899;REVB=-0.0547517;RO=95;SAF=0;SAR=9;SRF=68;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.701204;STB=0.886769;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0702311;OID=.;OPOS=133620478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:106:110:95:99:9:11:0.1:9:0:68:27:9:2:68:31 chrX 134125475 . C G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.854;QD=59.8553;RBI=0.040471;REFB=0;REVB=0.0225022;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6459e-05;OID=.;OPOS=134125475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:47:24:0:0:47:24:0:0 chrX 134126394 . G A 296.56 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0291036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.45;QD=49.4262;RBI=0.0350328;REFB=-0.044553;REVB=-0.0195006;RO=1;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838249;STB=0.545413;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000361201;OID=.;OPOS=134126394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:5:18:0:1:5:18:0:1 chrX 134156121 . G C 340.43 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2317;QD=54.4692;RBI=0.143724;REFB=0;REVB=-0.0754758;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139207;OID=.;OPOS=134156121;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:22:25:1:13:9:0:0:13:12:0:0 chrX 134185997 . T A 1252.31 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00205399;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.282;QD=60.3524;RBI=0.0371076;REFB=-0.0327137;REVB=0.0370507;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=8.18883e-05;OID=.;OPOS=134185997;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:0:1:82:82:0.987952:37:45:0:0:37:45:1:0 chrX 134483151 . C T 765.16 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0177874;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.595;QD=51.8753;RBI=0.030672;REFB=-0.0851171;REVB=0.0249876;RO=2;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351986;STB=0.511297;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00140295;OID=.;OPOS=134483151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:2:3:56:56:0.949153:31:25:1:1:31:25:2:1 chrX 134807372 . A G 1540.53 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4226;QD=59.8266;RBI=0.0510327;REFB=0;REVB=0.0373661;RO=0;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039111;OID=.;OPOS=134807372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:44:59:0:0:44:59:0:0 chrX 134807391 . A G 718.85 PASS AF=0.643564;AO=65;DP=101;FAO=65;FDP=101;FR=.;FRO=36;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0172052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.201;QD=28.4694;RBI=0.017343;REFB=0.00685759;REVB=-0.00218201;RO=34;SAF=43;SAR=22;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166421;STB=0.581804;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00415026;OID=.;OPOS=134807391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:34:36:65:65:0.643564:22:43:14:20:22:43:16:20 chrX 134807868 . A T 484.73 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0225936;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.8818;QD=52.4033;RBI=0.0328566;REFB=-0.0745097;REVB=-0.0238556;RO=2;SAF=17;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518991;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00433735;OID=.;OPOS=134807868;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:37:37:2:1:35:36:0.972973:18:17:2:0:18:18:1:0 chrX 134807875 . T C 526.76 PASS AF=0.972973;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0373155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.228;QD=56.9474;RBI=0.0383276;REFB=-0.04236;REVB=0.00874985;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267062;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000816858;OID=.;OPOS=134807875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:34:36:0.972973:17:17:1:0:18:18:1:0 chrX 134978425 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.557;QD=60.6099;RBI=0.0196878;REFB=0;REVB=-0.0190887;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120504;OID=.;OPOS=134978425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chrX 134986700 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.908;QD=49.5992;RBI=0.0385351;REFB=0;REVB=0.0265841;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74534e-05;OID=.;OPOS=134986700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chrX 134991078 . A G 1043.61 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0248464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.285;QD=55.6591;RBI=0.027136;REFB=-0.124879;REVB=0.0109097;RO=3;SAF=38;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105359;STB=0.505575;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=6.16579e-06;OID=.;OPOS=134991078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:75:3:3:72:72:0.96:34:38:2:1:34:38:2:1 chrX 134994005 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000547028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.358;QD=52.613;RBI=0.016315;REFB=0;REVB=0.0163058;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46875e-05;OID=.;OPOS=134994005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:18:22:1:11:7:0:0:11:11:0:0 chrX 134994052 . AAG A,AA,AAA 188.74 PASS AF=0,0.0625,0.9375;AO=2,4,10;DP=16;FAO=0,1,15;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,8;FSAR=0,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445119,0.0447219,0.042976;FXX=0;HRUN=3,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=236.628,247.048,251.308;QD=47.1852;RBI=0.072746,0.0656876,0.0585361;REFB=0,0,0;REVB=0.0575384,0.0481125,0.0397435;RO=0;SAF=2,2,5;SAR=0,2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.06144,0.0141442,0.00116378;OID=.,.,.;OPOS=134994053,134994054,134994054;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0625,0.9375:2,4,10:16:0,1,15:16:0:0,1,8:0,0,7:0:0:6:0:2,2,5:0,2,5:0:0 chrX 135046818 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.287;QD=44.6883;RBI=0.0430923;REFB=0;REVB=-0.0220676;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000574455;OID=.;OPOS=135046818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:4:8:0:0:5:8:0:0 chrX 135426693 . A G 869.71 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.180505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.452;QD=56.1105;RBI=0.181134;REFB=0;REVB=0.0150821;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244165;OID=.;OPOS=135426693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:57:62:1:37:20:0:0:38:24:0:0 chrX 135426968 . C A 560.88 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132456;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.343;QD=60.6357;RBI=0.0160422;REFB=0;REVB=0.00905017;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.55842e-05;OID=.;OPOS=135426968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chrX 135429503 . C A 191.13 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8096;QD=47.783;RBI=0.0875774;REFB=0;REVB=0.0728408;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00501271;OID=.;OPOS=135429503;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chrX 135430044 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.68;QD=57.3856;RBI=0.0132993;REFB=0;REVB=0.012068;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13536e-05;OID=.;OPOS=135430044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chrX 135430483 . T C 483.29 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6758;QD=58.5806;RBI=0.0629776;REFB=0;REVB=-0.0585129;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252339;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00161149;OID=.;OPOS=135430483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:1:0:32:33:1:14:18:1:0:14:19:0:0 chrX 135431236 . T C 229.82 PASS AF=0.95;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0383724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.2277;QD=45.9632;RBI=0.0406048;REFB=-0.130501;REVB=-0.0132782;RO=2;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212765;STB=0.533298;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00985514;OID=.;OPOS=135431236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:2:1:18:19:0.95:7:11:1:1:7:12:0:1 chrX 135431358 . C T 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.299;QD=57.173;RBI=0.0423348;REFB=0;REVB=-0.0223241;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013595;OID=.;OPOS=135431358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chrX 135474420 . C A 817.61 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.257;QD=57.3764;RBI=0.0175007;REFB=0;REVB=0.0171325;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62389e-05;OID=.;OPOS=135474420;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chrX 135474444 . AGAT A 796.28 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239905;FXX=0.0833194;HRUN=1;LEN=3;MLLD=252.419;QD=57.9109;RBI=0.041659;REFB=0;REVB=0.0340577;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.683e-05;OID=.;OPOS=135474445;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:58:55:55:0:19:36:0:0:4:0:19:35:0:0 chrX 135480126 . T C 357.58 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00407357;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.2567;QD=55.0115;RBI=0.0409499;REFB=0;REVB=-0.0407468;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000894039;OID=.;OPOS=135480126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chrX 135496398 . G A 1218.11 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0344078;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.675;QD=60.1535;RBI=0.0578071;REFB=-0.0222755;REVB=-0.0464518;RO=1;SAF=40;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116896;STB=0.506171;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000341916;OID=.;OPOS=135496398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:1:1:80:80:0.987654:40:40:1:0:40:40:1:0 chrX 135956342 . C G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.041664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.283;QD=13.4559;RBI=0.0455024;REFB=-0.00820008;REVB=-0.0182915;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141797;STB=0.583184;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0120993;OID=.;OPOS=135956342;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:6:9:5:6:6:9 chrX 135956370 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0108621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4079;QD=10.2404;RBI=0.0406199;REFB=-0.00471343;REVB=0.0391406;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201589;STB=0.620462;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0115922;OID=.;OPOS=135956370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:6:13:5:5:6:13 chrX 135956391 . A G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0364408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.481;QD=9.13199;RBI=0.0402827;REFB=-0.00303343;REVB=-0.0171687;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206666;STB=0.624766;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00794189;OID=.;OPOS=135956391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:5:5:7:15:5:5:7:15 chrX 135956408 . A G 85.09 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0165043;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.199;QD=10.3145;RBI=0.0167617;REFB=0.00183828;REVB=0.00292617;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819168;STB=0.530671;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00298556;OID=.;OPOS=135956408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:33:33:21:22:11:11:0.333333:6:5:8:13:6:5:9:13 chrX 135956462 . G C 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00580489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.09;QD=10.1407;RBI=0.0157091;REFB=-0.00305488;REVB=-0.0145972;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187898;STB=0.622042;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00232237;OID=.;OPOS=135956462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:28:13:13:0.317073:6:7:10:17:6:7:10:18 chrX 135956467 . C T 94.6 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0146309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.729;QD=9.22894;RBI=0.0264617;REFB=0.00493215;REVB=-0.022049;RO=28;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255892;STB=0.663774;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00837173;OID=.;OPOS=135956467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:40:41:28:29:12:12:0.292683:5:7:10:18:5:7:10:19 chrX 135956506 . C G 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00908972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.923;QD=9.47556;RBI=0.0127769;REFB=0.00931436;REVB=0.0089792;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138367;STB=0.584246;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00749864;OID=.;OPOS=135956506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:4:6:10:11:4:6:10:11 chrX 135961585 . ATG A,AT,ATT 399.87 PASS AF=0.4,0,0.6;AO=10,9,9;DP=30;FAO=12,0,18;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0,12;FSAR=3,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121058,0.0116424,0.011158;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=227.182,230.884,232.913;QD=53.3154;RBI=0.089538,0.163283,0.185216;REFB=0,0,0;REVB=0.0887158,0.162867,0.18488;RO=1;SAF=8,7,5;SAR=2,2,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.176689,0.175672,0.0984833;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00526502,0.00230381,0.00849798;OID=.,.,.;OPOS=135961586,135961587,135961587;OREF=TG,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=A,AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.4,0,0.6:10,9,9:30:12,0,18:30:0:9,0,12:3,0,6:0:0:22:1:8,7,5:2,2,4:0:1 chrX 138067202 . A G 1008.16 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7136;QD=59.3038;RBI=0.0110084;REFB=0;REVB=-0.00453805;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58202e-05;OID=.;OPOS=138067202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:29:39:0:0:29:39:0:0 chrX 138774209 . C T 1601.58 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.133;QD=59.8721;RBI=0.0216095;REFB=0;REVB=0.0136048;RO=0;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36965e-05;OID=.;OPOS=138774209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:104:107:1:43:61:0:0:45:62:0:0 chrX 138811003 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2276;QD=63.5817;RBI=0.0380088;REFB=0;REVB=0.028942;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83819e-05;OID=.;OPOS=138811003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chrX 138897130 . A C 1158.7 PASS AF=1;AO=66;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7145;QD=60.9843;RBI=0.116518;REFB=0;REVB=-0.0130839;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466579;OID=.;OPOS=138897130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:66:76:1:43:23:0:0:43:33:0:0 chrX 139099827 . T G 293.15 PASS AF=1;AO=6;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135127;FXX=0.058812;HRUN=2;LEN=1;MLLD=8.13969;QD=24.4287;RBI=0.248756;REFB=0;REVB=0.208855;RO=34;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.304555;OID=.;OPOS=139099827;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:48:48:34:0:6:48:1:4:2:12:22:31:17:0:0 chrX 139099828 . T A 572.9 PASS AF=0.882353;AO=41;DP=50;FAO=45;FDP=51;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00299115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.352;QD=44.933;RBI=0.009771;REFB=-0.018417;REVB=0.00930191;RO=6;SAF=14;SAR=27;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413735;STB=0.521729;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0123648;OID=.;OPOS=139099828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:50:51:6:6:41:45:0.882353:27:14:3:3:30:15:3:3 chrX 140270418 . T C 201.68 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.197;QD=47.4545;RBI=0.0604811;REFB=0;REVB=0.059867;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399724;OID=.;OPOS=140270418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:11:6:0:0 chrX 140714231 . A G 482.15 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.311;QD=58.4419;RBI=0.0165592;REFB=0;REVB=-0.00741245;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23635e-05;OID=.;OPOS=140714231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chrX 140714251 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5821;QD=59.8391;RBI=0.0477257;REFB=0;REVB=0.0241147;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668561;OID=.;OPOS=140714251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chrX 140967165 . T C 820.65 PASS AF=0.9375;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0577387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9804;QD=51.2906;RBI=0.0590276;REFB=-0.0363195;REVB=-0.012268;RO=4;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448909;STB=0.523802;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00572735;OID=.;OPOS=140967165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:64:64:4:4:60:60:0.9375:40:20:0:4:40:20:0:4 chrX 140967195 . T A 695.99 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=54;FAO=51;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0388871;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.538;QD=52.5276;RBI=0.0388973;REFB=0.00282643;REVB=0.000892591;RO=2;SAF=15;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170932;STB=0.50928;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00126119;OID=.;OPOS=140967195;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:53:2:2:50:51:0.962264:35:15:1:1:36:15:1:1 chrX 140983064 . G A 2791.38 PASS AF=1;AO=177;DP=182;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732447;FXX=0.0218567;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6581;QD=62.3772;RBI=0.134509;REFB=-0.0587041;REVB=0.112818;RO=1;SAF=93;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509144;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131634;OID=.;OPOS=140983064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:182:179:1:0:177:179:1:84:93:1:0:85:94:0:0 chrX 140983127 . G A 4166.09 PASS AF=0.99262;AO=261;DP=265;FAO=269;FDP=271;FR=.;FRO=2;FSAF=139;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00608601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.097;QD=61.492;RBI=0.0092456;REFB=-0.0215415;REVB=0.00696;RO=1;SAF=132;SAR=129;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00368147;STB=0.503817;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000103174;OID=.;OPOS=140983127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:265:271:1:2:261:269:0.99262:129:132:0:1:130:139:0:2 chrX 140993320 . A G 34.29 PASS AF=0.0891089;AO=9;DP=102;FAO=9;FDP=101;FR=.;FRO=92;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.0271292;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.402;QD=1.35821;RBI=0.0319292;REFB=-0.00980667;REVB=-0.016837;RO=91;SAF=5;SAR=4;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820869;STB=0.560306;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.103447;OID=.;OPOS=140993320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:102:101:91:92:9:9:0.0891089:4:5:44:47:4:5:45:47 chrX 140993852 . C G 65.23 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0139744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3384;QD=10.4361;RBI=0.0241186;REFB=-0.0115389;REVB=0.0196577;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265032;STB=0.662762;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.02095;OID=.;OPOS=140993852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:25:16:16:9:9:0.36:7:2:7:9:7:2:7:9 chrX 140993859 . T A 43.54 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00156264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.92;QD=7.91634;RBI=0.0318167;REFB=-0.00821039;REVB=-0.0317783;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278858;STB=0.675158;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0701697;OID=.;OPOS=140993859;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:8:7:5:2:8:7 chrX 140994171 . C G 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00871051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.194;QD=40.6388;RBI=0.0290155;REFB=-0.096881;REVB=-0.0276772;RO=1;SAF=10;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433252;STB=0.523776;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00470991;OID=.;OPOS=140994171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:4:10:1:0:4:10:1:0 chrX 140994407 . C G 373.18 PASS AF=0.903226;AO=29;DP=33;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0611129;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4579;QD=48.1524;RBI=0.0999151;REFB=-0.0858466;REVB=0.0790458;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282257;STB=0.545422;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00944059;OID=.;OPOS=140994407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:31:1:3:29:28:0.903226:13:16:1:0:13:15:3:0 chrX 140994419 . T C 489.22 PASS AF=0.971429;AO=30;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0947072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2509;QD=55.9107;RBI=0.131251;REFB=-0.0993443;REVB=0.09087;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282472;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00733233;OID=.;OPOS=140994419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:30:34:0.971429:14:16:1:0:15:19:1:0 chrX 140994517 . C G 76.8 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0470664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.955;QD=25.6001;RBI=0.0617121;REFB=-0.048419;REVB=0.0399141;RO=2;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11124;STB=0.538372;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00278422;OID=.;OPOS=140994517;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:12:12:2:3:9:9:0.75:2:7:2:0:2:7:2:1 chrX 140995315 . C T 1540.59 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.371;QD=59.8287;RBI=0.0317173;REFB=0;REVB=0.0220274;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12919e-05;OID=.;OPOS=140995315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:45:57:0:0:46:57:0:0 chrX 140996672 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.886;QD=53.9112;RBI=0.0175406;REFB=0;REVB=-0.00874577;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57287e-05;OID=.;OPOS=140996672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chrX 141290865 . C T 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3983;QD=58.5975;RBI=0.0169812;REFB=0;REVB=-0.0160825;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.00356e-05;OID=.;OPOS=141290865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chrX 141498956 . GT G 59.4 PASS AF=0.535714;AO=12;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.113511;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.33267;QD=8.48533;RBI=0.157924;REFB=-0.129807;REVB=0.109796;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.348485;SSSB=0;STB=0.604248;STBP=0.296;TYPE=del;VARB=0.137968;OID=.;OPOS=141498957;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535714:12:28:15:28:13:4:11:6:7:46:12:5:7:5:7 chrX 142285253 . C T 789.31 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.415;QD=56.379;RBI=0.0375584;REFB=0;REVB=0.0341948;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08089e-05;OID=.;OPOS=142285253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:30:23:0:0:31:25:0:0 chrX 142795225 . G A 85.98 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0620551;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.969;QD=22.9274;RBI=0.0620677;REFB=-0.0443292;REVB=0.00124794;RO=3;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285311;STB=0.571292;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0402523;OID=.;OPOS=142795225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:15:15:3:5:10:10:0.666667:6:4:1:2:6:4:1:4 chrX 144904882 . T C 159.99 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.807;QD=45.7116;RBI=0.0482787;REFB=0;REVB=0.0107433;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033364;OID=.;OPOS=144904882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:8:6:0:0 chrX 144905438 . C T 323.4 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.583;QD=53.9002;RBI=0.0215089;REFB=0;REVB=0.0198567;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47909e-05;OID=.;OPOS=144905438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chrX 144905744 . T C 593.52 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7799;QD=59.3517;RBI=0.015172;REFB=0;REVB=0.0117855;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.40791e-05;OID=.;OPOS=144905744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chrX 144909301 . T G 1106.13 PASS AF=1;AO=65;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320032;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.942;QD=59.791;RBI=0.0690105;REFB=0;REVB=0.0611411;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192597;OID=.;OPOS=144909301;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:65:74:1:34:31:0:0:36:38:0:0 chrX 144909302 . C G 42.44 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00232259;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.7191;QD=2.29424;RBI=0.00386376;REFB=-0.010409;REVB=0.00308775;RO=65;SAF=7;SAR=2;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365003;STB=0.767689;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00930141;OID=.;OPOS=144909302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:65:65:9:9:0.121622:2:7:31:34:2:7:31:34 chrX 144910936 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.756;QD=59.4356;RBI=0.0200912;REFB=0;REVB=-0.00608584;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25342e-05;OID=.;OPOS=144910936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chrX 147014960 . C T 1694.52 PASS AF=0.966387;AO=115;DP=119;FAO=115;FDP=119;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0102621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1324;QD=56.9588;RBI=0.0167426;REFB=-0.0629271;REVB=-0.0132289;RO=4;SAF=41;SAR=74;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249754;STB=0.513156;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00190717;OID=.;OPOS=147014960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:119:119:4:4:115:115:0.966387:74:41:0:4:74:41:0:4 chrX 147088249 . C T 820.88 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103789;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.932;QD=57.6057;RBI=0.0116072;REFB=0;REVB=-0.00519667;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60683e-05;OID=.;OPOS=147088249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chrX 147903704 . C T 1476.51 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0386084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6815;QD=62.169;RBI=0.048323;REFB=0.0483484;REVB=-0.0290603;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000522512;OID=.;OPOS=147903704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:94:94:0.989474:47:47:0:0:47:47:0:1 chrX 147903927 . C G,T 364.15 PASS AF=0.1,0.833333;AO=3,25;DP=30;FAO=3,25;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=3,14;FSAR=0,11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.117373,0.0450199;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=12.5355,109.651;QD=48.5539;RBI=0.117394,0.0459365;REFB=-0.0802843,-0.103494;REVB=0.00218288,-0.00913092;RO=2;SAF=3,14;SAR=0,11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.692188,0.00834051;STB=0.994603,0.504501;STBP=0.221,0.876;TYPE=snp,snp;VARB=0.0465157,0.00682432;OID=.,.;OPOS=147903927,147903927;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:30:30:2:2:3,25:3,25:0.1,0.833333:0,11:3,14:1:1:0,11:3,14:1:1 chrX 148628490 . A T 224.99 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211725;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.666;QD=44.9986;RBI=0.111823;REFB=-0.0354412;REVB=-0.1098;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545405;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.000348439;OID=.;OPOS=148628490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:19:20:0:1:18:19:0.95:5:13:0:0:5:14:0:1 chrX 149013727 . A G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6946;QD=53.2748;RBI=0.0108846;REFB=0;REVB=-0.000972001;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199219;OID=.;OPOS=149013727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chrX 149931106 . C T 738.89 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0303844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.616;QD=54.7324;RBI=0.0332578;REFB=0.0861036;REVB=0.013523;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171263;STB=0.508769;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000446673;OID=.;OPOS=149931106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:27:25:0:1:28:25:0:1 chrX 149933341 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.125;QD=57.1062;RBI=0.0514703;REFB=0;REVB=0.0414683;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128159;OID=.;OPOS=149933341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chrX 150832744 . T C 34.41 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=42;FWDB=-0.0480919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7025;QD=2.11757;RBI=0.0493374;REFB=-0.00647234;REVB=-0.011016;RO=56;SAF=8;SAR=0;SRF=14;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.758113;STB=0.931111;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.032968;OID=.;OPOS=150832744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:64:65:56:57:8:8:0.123077:0:8:14:42:1:7:15:42 chrX 150840185 . T C 724.36 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.121;QD=54.6689;RBI=0.0218673;REFB=-0.134691;REVB=0.010064;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016526;STB=0.508769;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000467132;OID=.;OPOS=150840185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:28:24:0:1:28:24:0:1 chrX 150869267 . A C,G 1122.46 PASS AF=0.0379747,0.936709;AO=3,74;DP=79;FAO=3,74;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=0,41;FSAR=3,33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0275809,0.0220442;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.8496,127.787;QD=56.8335;RBI=0.0445251,0.0220494;REFB=0.0839995,-0.081711;REVB=-0.034954,-0.00047757;RO=1;SAF=0,41;SAR=3,33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0141198;STB=0.5,0.514702;STBP=1,0.163;TYPE=snp,snp;VARB=0.0726438,0.00244904;OID=.,.;OPOS=150869267,150869267;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:79:79:1:2:3,74:3,74:0.0379747,0.936709:3,33:0,41:0:1:3,33:0,41:0:2 chrX 150884620 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.738;QD=53.9111;RBI=0.0352328;REFB=0;REVB=0.0289983;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364594;OID=.;OPOS=150884620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chrX 151092220 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4348;QD=57.5446;RBI=0.0677717;REFB=0;REVB=-0.0658974;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000828377;OID=.;OPOS=151092220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chrX 151092653 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.033;QD=62.3505;RBI=0.0126101;REFB=0;REVB=-0.00385512;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.98335e-05;OID=.;OPOS=151092653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chrX 151127053 . CT C,GC 42.84 PASS AF=0.275862,0;AO=5,3;DP=29;FAO=8,0;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=7,0;FSAR=1,0;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0165672,0.0144641;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=17.4367,28.768;QD=5.90909;RBI=0.142165,0.0514824;REFB=0.0101929,0.00796285;REVB=0.141196,0.0494087;RO=19;SAF=4,3;SAR=1,0;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.437367,0.629797;STB=0.849528,0.5;STBP=0.036,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0220994,0;OID=.,.;OPOS=151127054,151127053;OREF=T,CT;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:29:29:19:21:5,3:8,0:0.275862,0:1,0:4,3:8:11:1,0:7,0:9:12 chrX 151138179 . A C 766.81 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019125;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7622;QD=63.9007;RBI=0.0410346;REFB=0;REVB=0.0363053;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578658;OID=.;OPOS=151138179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chrX 151303393 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.344;QD=53.911;RBI=0.0215661;REFB=0;REVB=-0.0123891;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173849;OID=.;OPOS=151303393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chrX 151303596 . C T 321.36 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.687;QD=53.5591;RBI=0.0217727;REFB=0;REVB=-0.00725852;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.56583e-05;OID=.;OPOS=151303596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:12:12:0:0 chrX 151899913 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.259;QD=59.8389;RBI=0.0051056;REFB=0;REVB=0.0043052;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41099e-06;OID=.;OPOS=151899913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chrX 151904488 . C A 798.56 PASS AF=0.95082;AO=57;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00130119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.235;QD=52.3643;RBI=0.0139863;REFB=0.0287896;REVB=-0.0139256;RO=3;SAF=41;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440311;STB=0.523537;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.000412761;OID=.;OPOS=151904488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:3:3:57:58:0.95082:16:41:1:2:16:42:1:2 chrX 152018832 . T G 759.0 PASS AF=1;AO=42;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.775;QD=63.25;RBI=0.0311183;REFB=0;REVB=0.030068;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138081;OID=.;OPOS=152018832;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:42:48:1:17:25:0:0:20:28:0:0 chrX 152226542 . T C 689.17 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.91;QD=62.6514;RBI=0.00601721;REFB=0;REVB=0.000473821;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13823e-05;OID=.;OPOS=152226542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chrX 152227132 . C T 1231.8 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649444;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.287;QD=61.5898;RBI=0.0420649;REFB=0;REVB=0.0415605;RO=0;SAF=26;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103094;OID=.;OPOS=152227132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:54:26:0:0:54:26:0:0 chrX 152482198 . G A 716.89 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312358;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.968;QD=57.3514;RBI=0.0366556;REFB=0;REVB=0.0191821;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76261e-05;OID=.;OPOS=152482198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chrX 152482917 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00828848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.324;QD=60.6084;RBI=0.0293966;REFB=0;REVB=0.0282039;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119935;OID=.;OPOS=152482917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chrX 152609668 . T C 1591.18 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162739;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0081;QD=60.0444;RBI=0.0697922;REFB=0;REVB=0.0678683;RO=0;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305012;OID=.;OPOS=152609668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:106:0:0:98:106:1:39:59:0:0:47:59:0:0 chrX 152610224 . CGTGACCTCT C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137852;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=340.1;QD=39.2068;RBI=0.0296246;REFB=0;REVB=0.0295925;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000181358;OID=.;OPOS=152610225;OREF=GTGACCTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:9:9:9:0:2:7:0:0:4:0:2:7:0:0 chrX 152613112 . C T 508.31 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.125797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4961;QD=56.4787;RBI=0.130355;REFB=-0.0118086;REVB=0.0341699;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022817;STB=0.512188;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00196465;OID=.;OPOS=152613112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:0:1:20:15:0:1 chrX 152613702 . A G 1630.4 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00834543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.039;QD=58.2287;RBI=0.0104223;REFB=-0.12278;REVB=0.00624322;RO=2;SAF=56;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000308213;STB=0.500162;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000264889;OID=.;OPOS=152613702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:2:2:110:110:0.982143:54:56:1:1:54:56:1:1 chrX 152613826 . G A 1051.02 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.083;QD=59.2125;RBI=0.00817913;REFB=0;REVB=-0.00656849;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59554e-05;OID=.;OPOS=152613826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:68:71:1:39:29:0:0:39:32:0:0 chrX 152616741 . A T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.391;QD=56.1898;RBI=0.0402102;REFB=0;REVB=0.0243247;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.13745e-05;OID=.;OPOS=152616741;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chrX 152616952 . A G 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.152;QD=58.418;RBI=0.0326698;REFB=0;REVB=0.0138733;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39815e-05;OID=.;OPOS=152616952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chrX 152616983 . G C 769.34 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00822043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3749;QD=56.9883;RBI=0.0115699;REFB=0;REVB=0.00814163;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.46656e-07;OID=.;OPOS=152616983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chrX 152770230 . G A 2261.93 PASS AF=0.973333;AO=145;DP=149;FAO=146;FDP=150;FR=.;FRO=4;FSAF=80;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0330612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.741;QD=60.318;RBI=0.0461836;REFB=-0.0681675;REVB=0.0322472;RO=3;SAF=79;SAR=66;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473542;STB=0.505443;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.000200803;OID=.;OPOS=152770230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:149:150:3:4:145:146:0.973333:66:79:2:1:66:80:3:1 chrX 152815089 . A G 531.18 PASS AF=1;AO=22;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911618;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.072;QD=60.7067;RBI=0.0917109;REFB=0;REVB=0.010021;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004354;OID=.;OPOS=152815089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:22:35:1:18:4:0:0:18:17:0:0 chrX 152823728 . G C 651.93 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5966;QD=62.0882;RBI=0.105175;REFB=0;REVB=0.0679466;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230123;OID=.;OPOS=152823728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:23:17:0:0:25:17:0:0 chrX 152936886 . G A 888.58 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.006341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.603;QD=56.4175;RBI=0.0313717;REFB=-0.0764101;REVB=0.0307242;RO=1;SAF=22;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209743;STB=0.511108;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00050146;OID=.;OPOS=152936886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:40:22:1:0:40:22:1:0 chrX 153010059 . G T 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0117266;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.356;QD=4.85445;RBI=0.023033;REFB=-0.00850359;REVB=-0.0198244;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338253;STB=0.72517;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0365741;OID=.;OPOS=153010059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:2:5:12:16:2:5:12:16 chrX 153032601 . T C,TC 45.72 PASS AF=0,0.2;AO=2,9;DP=51;FAO=0,10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=0,9;FSAR=0,1;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0993486,-0.0235801;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=48.323,122.385;QD=3.65727;RBI=0.107373,0.0316149;REFB=-0.00882938,-0.00521365;REVB=-0.040728,-0.021059;RO=40;SAF=1,9;SAR=1,0;SRF=18;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.040728,0.729762;STB=0.5,0.883799;STBP=1,0.01;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0977414;OID=.,.;OPOS=153032601,153032602;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:51:50:40:40:2,9:0,10:0,0.2:1,0:1,9:18:22:0,1:0,9:18:22 chrX 153035798 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.713;QD=53.2756;RBI=0.0443587;REFB=0;REVB=0.0384187;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399225;OID=.;OPOS=153035798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chrX 153038181 . T C 414.96 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276702;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.611;QD=57.2364;RBI=0.0562179;REFB=0;REVB=-0.0489369;RO=0;SAF=26;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195272;OID=.;OPOS=153038181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:3:26:0:0:3:26:0:0 chrX 153039502 . G C 374.86 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.16;QD=55.535;RBI=0.105825;REFB=0;REVB=-0.000908449;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000942722;OID=.;OPOS=153039502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chrX 153041544 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.123;QD=57.2023;RBI=0.0594537;REFB=0;REVB=0.0591131;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277222;OID=.;OPOS=153041544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chrX 153042419 . G A 1986.77 PASS AF=0.956522;AO=131;DP=138;FAO=132;FDP=138;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=81;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00261157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4163;QD=57.5876;RBI=0.0448023;REFB=-0.0389891;REVB=0.0447261;RO=4;SAF=50;SAR=81;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218311;STB=0.512774;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00359701;OID=.;OPOS=153042419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:138:138:4:6:131:132:0.956522:81:50:3:1:81:51:4:2 chrX 153048657 . A C 237.47 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.889;QD=49.9929;RBI=0.0421282;REFB=0;REVB=0.0421282;RO=0;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44983e-05;OID=.;OPOS=153048657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:18:0:0:0:19:0:0:0 chrX 153149708 . G GC 723.51 PASS AF=1;AO=55;DP=68;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013146;FXX=0.031741;HRUN=0;LEN=1;MLLD=255.92;QD=47.4433;RBI=0.0208313;REFB=0;REVB=0.0161593;RO=8;SAF=33;SAR=22;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00620915;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.0823e-05;OID=.;OPOS=153149709;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:68:61:61:0:36:25:0:0:13:8:33:22:5:3 chrX 153149715 . C G 868.03 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00304394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.856;QD=57.8684;RBI=0.0288986;REFB=0;REVB=-0.0287379;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.68846e-05;OID=.;OPOS=153149715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chrX 153178459 . G GC 526.14 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.1969;QD=44.7776;RBI=0.214458;REFB=0;REVB=0.202596;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191868;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00755666;OID=.;OPOS=153178460;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:47:47:47:0:22:25:0:0:10:1:22:24:0:1 chrX 153218365 . C A 724.89 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5063;QD=63.0337;RBI=0.0761539;REFB=0;REVB=0.0734099;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665716;OID=.;OPOS=153218365;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:26:19:0:0:27:19:0:0 chrX 153219665 . C T 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5906;QD=43.4819;RBI=0.0479893;REFB=0;REVB=0.0100798;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218817;OID=.;OPOS=153219665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chrX 153221657 . T C,G 127.94 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=10,2;DP=12;FAO=10,2;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156989,0.0151576;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=144.615,30.6611;QD=42.6474;RBI=0.0162704,0.0547855;REFB=0,0;REVB=-0.00427436,-0.0526469;RO=0;SAF=7,2;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00801461,-0.0018077;OID=.,.;OPOS=153221657,153221657;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:12:12:0:0:10,2:10,2:0.833333,0.166667:3,0:7,2:0:0:3,0:7,2:0:0 chrX 153222835 . G C 612.42 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0563159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.015;QD=56.9689;RBI=0.0730985;REFB=-0.195511;REVB=0.0466037;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.524988;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00233576;OID=.;OPOS=153222835;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:43:43:1:2:41:41:0.953488:19:22:0:1:19:22:0:2 chrX 153247720 . G GT 153.72 PASS AF=1;AO=4;DP=31;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750155;FXX=0.103413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.21516;QD=23.6487;RBI=0.0828426;REFB=0;REVB=0.0351505;RO=27;SAF=3;SAR=1;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269908;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00967409;OID=.;OPOS=153247721;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:31:26:26:0:15:11:0:0:4:27:3:1:14:13 chrX 153247722 . C G,T 397.47 PASS AF=0.137931,0.862069;AO=4,25;DP=29;FAO=4,25;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=3,12;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133311,0.0529947;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=27.763,55.5534;QD=54.8233;RBI=0.0276585,0.0556099;REFB=0,0;REVB=0.0242337,0.0168531;RO=0;SAF=3,12;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,-3.94263e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.030918,0.00495216;OID=.,.;OPOS=153247722,153247722;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:29:29:0:0:4,25:4,25:0.137931,0.862069:1,13:3,12:0:0:1,13:3,12:0:0 chrX 153247745 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00796549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.533;QD=56.1895;RBI=0.0207131;REFB=0;REVB=-0.0191202;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.89458e-05;OID=.;OPOS=153247745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chrX 153247954 . C T 817.98 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000809439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.395;QD=54.5318;RBI=0.0441648;REFB=-0.117598;REVB=0.0441574;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159891;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00143367;OID=.;OPOS=153247954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:58:59:0.983333:29:29:1:0:30:29:1:0 chrX 153248248 . G A 3352.56 PASS AF=1;AO=216;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.342;QD=61.7984;RBI=0.0772242;REFB=-0.0562151;REVB=0.0768852;RO=0;SAF=135;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202514;OID=.;OPOS=153248248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:217:217:0:0:216:217:1:81:135:0:0:82:135:0:0 chrX 153290173 . G GT,T 37.24 PASS AF=0.269231,0;AO=4,3;DP=27;FAO=7,0;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3,0;FSAR=4,0;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0111116,-0.00409207;FXX=0.0370233;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=14.5918,204.081;QD=5.72883;RBI=0.114939,0.0417796;REFB=-0.0518569,-0.00400934;REVB=-0.1144,-0.0415787;RO=18;SAF=0,3;SAR=4,0;SRF=13;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.734914,0.534405;STB=0.680377,0.5;STBP=0.333,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0157841,0;OID=.,.;OPOS=153290174,153290173;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:27:26:18:19:4,3:7,0:0.269231,0:4,0:0,3:13:5:4,0:3,0:13:6 chrX 153533463 . C CG,G 41.51 PASS AF=0.243243,0.027027;AO=7,4;DP=38;FAO=9,1;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=3,0;FSAR=6,1;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0410841,-0.119445;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=75.5821,40.7973;QD=4.48801;RBI=0.0772914,0.138096;REFB=-0.00432863,-0.0152727;REVB=-0.0654679,-0.0693053;RO=25;SAF=1,2;SAR=6,2;SRF=14;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.511756,-0.0681309;STB=0.64119,0.990175;STBP=0.338,0.484;TYPE=ins,snp;VARB=0.159288,0.0277839;OID=.,.;OPOS=153533464,153533463;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:38:37:25:27:7,4:9,1:0.243243,0.027027:6,2:1,2:14:11:6,1:3,0:14:13 chrX 153609616 . GC CT 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576052;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.541;QD=43.4862;RBI=0.0605635;REFB=0;REVB=0.0186969;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000604917;OID=.;OPOS=153609616;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chrX 153629155 . A G 638.8 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0354576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.73;QD=59.4229;RBI=0.0541729;REFB=6.86147e-05;REVB=-0.0409568;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284313;STB=0.515144;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-3.00076e-05;OID=.;OPOS=153629155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:16:26:0:1:16:26:0:1 chrX 153633359 . G C 791.63 PASS AF=0.907692;AO=59;DP=65;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0173638;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.306;QD=48.7155;RBI=0.0201763;REFB=-0.213221;REVB=0.0102752;RO=4;SAF=20;SAR=39;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537665;STB=0.549279;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0028911;OID=.;OPOS=153633359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:65:65:4:6:59:59:0.907692:39:20:3:1:39:20:5:1 chrX 153657083 . A G 50.11 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6227;QD=33.407;RBI=0.0593474;REFB=0;REVB=-0.043697;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00365839;OID=.;OPOS=153657083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chrX 153693811 . C T 867.5 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.073;QD=57.8332;RBI=0.0443351;REFB=0;REVB=0.0424381;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90396e-05;OID=.;OPOS=153693811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:60:0:0:55:60:1:28:27:0:0:32:28:0:0 chrX 153694334 . C G 744.02 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439274;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.799;QD=62.0013;RBI=0.052474;REFB=0;REVB=0.0287037;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688085;OID=.;OPOS=153694334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:22:24:0:0:22:26:0:0 chrX 153695908 . G T 1210.73 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.024126;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.166;QD=57.6539;RBI=0.025319;REFB=-0.0664632;REVB=0.00768012;RO=3;SAF=40;SAR=41;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108477;STB=0.505732;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00440052;OID=.;OPOS=153695908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:84:3:3:81:81:0.964286:41:40:1:2:41:40:1:2 chrX 153696247 . G C 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000683329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6163;QD=60.2216;RBI=0.106702;REFB=0;REVB=0.106699;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135501;OID=.;OPOS=153696247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chrX 153713787 . C T 777.49 PASS AF=0.90625;AO=58;DP=65;FAO=58;FDP=64;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0127665;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2026;QD=48.5934;RBI=0.0271088;REFB=-0.170955;REVB=0.0239145;RO=2;SAF=28;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00108476;STB=0.53282;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0132693;OID=.;OPOS=153713787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:65:64:2:6:58:58:0.90625:30:28:1:1:30:28:5:1 chrX 153724351 . G A 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9822;QD=43.4832;RBI=0.132329;REFB=0;REVB=0.0183194;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00440847;OID=.;OPOS=153724351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chrX 153724598 . GC G 237.36 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.6918;QD=45.2104;RBI=0.0414974;REFB=0;REVB=0.000879503;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.292629;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00229089;OID=.;OPOS=153724599;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:21:21:21:0:15:6:0:0:4:0:15:6:0:0 chrX 153760654 . G A 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0191623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.607;QD=49.3983;RBI=0.0457342;REFB=0.0627911;REVB=0.0415261;RO=1;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543643;STB=0.529386;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00037118;OID=.;OPOS=153760654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:8:15:0:1:8:15:0:1 chrX 153880830 . A C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.64;QD=60.9783;RBI=0.0114739;REFB=0;REVB=0.00957757;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92736e-06;OID=.;OPOS=153880830;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:29:10:0:0:29:10:0:0 chrX 153881525 . G C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8451;QD=56.7054;RBI=0.047143;REFB=0;REVB=-0.0407808;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333888;OID=.;OPOS=153881525;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chrX 153994596 . G T 955.07 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.092;QD=58.7733;RBI=0.0306851;REFB=0;REVB=0.0298371;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06111e-05;OID=.;OPOS=153994596;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:24:41:0:0:24:41:0:0 chrX 154005148 . G A 375.58 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.214;QD=55.6419;RBI=0.0433476;REFB=0;REVB=0.0424232;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236878;OID=.;OPOS=154005148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chrX 154456747 . A G 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643246;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.953;QD=56.1869;RBI=0.0645502;REFB=0;REVB=-0.00539146;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194008;OID=.;OPOS=154456747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chrX 155004437 . G T 230.62 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0561203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6406;QD=19.6268;RBI=0.0561715;REFB=-0.0324669;REVB=-0.00239808;RO=24;SAF=6;SAR=16;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303003;STB=0.677128;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0462698;OID=.;OPOS=155004437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:24:22:23:0.489362:16:6:14:10:17:6:14:10 chrX 155005254 . C T 1708.43 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.48;QD=60.4756;RBI=0.0554707;REFB=0;REVB=0.0263574;RO=0;SAF=72;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297096;OID=.;OPOS=155005254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:111:113:1:39:72:0:0:40:73:0:0 chrX 155006050 . C T 416.81 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0629185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.874;QD=53.7813;RBI=0.0735109;REFB=0.0998755;REVB=-0.0380147;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00619697;OID=.;OPOS=155006050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:13:17:0:0:13:17:1:0 chrX 155006982 . A C,T 763.75 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=2,46;DP=48;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=2,19;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101724,0.0977468;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=185.764,64.9404;QD=62.3466;RBI=0.0107518,0.0977576;REFB=0,0;REVB=-0.00348216,0.00145204;RO=0;SAF=2,18;SAR=0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.06241e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.113817,-0.00176641;OID=.,.;OPOS=155006982,155006982;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:48:49:0:0:2,46:2,47:0.0408163,0.959184:0,28:2,18:0:0:0,28:2,19:0:0 chrX 155008583 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.311;QD=47.8221;RBI=0.00963511;REFB=0;REVB=-0.00919487;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203441;OID=.;OPOS=155008583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chrX 155008671 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.941;QD=63.5829;RBI=0.0348898;REFB=0;REVB=0.0331784;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04436e-05;OID=.;OPOS=155008671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chrX 155009102 . G A 1044.51 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0834955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.972;QD=59.686;RBI=0.0854703;REFB=0;REVB=0.0182669;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137171;OID=.;OPOS=155009102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:70:0:0:66:70:1:35:31:0:0:36:34:0:0 chrX 155009225 . C T 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.488;QD=56.7017;RBI=0.0265357;REFB=0;REVB=0.019341;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226395;OID=.;OPOS=155009225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chrX 155009829 . C T 711.54 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.011422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.839;QD=52.7068;RBI=0.0149744;REFB=-0.0846297;REVB=-0.00968348;RO=2;SAF=29;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00407395;STB=0.502164;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.000444144;OID=.;OPOS=155009829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:23:29:1:1:23:29:1:1 chrX 155010062 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.701;QD=64.1534;RBI=0.0350918;REFB=0;REVB=0.0155368;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.27325e-05;OID=.;OPOS=155010062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chrX 155010077 . G A 708.96 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.762;QD=63.0189;RBI=0.0428552;REFB=0;REVB=0.0257975;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66688e-05;OID=.;OPOS=155010077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:18:27:0:0 chrX 155010230 . A C 304.88 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0520357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4628;QD=26.5116;RBI=0.0542762;REFB=-0.00800376;REVB=0.0154334;RO=18;SAF=18;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128911;STB=0.584551;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0310718;OID=.;OPOS=155010230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:19:27:27:0.586957:9:18:9:9:9:18:9:10 chrX 155010308 . G A 709.43 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00214396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1504;QD=60.3769;RBI=0.0274414;REFB=-0.0691901;REVB=-0.0273575;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00138546;OID=.;OPOS=155010308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:45:46:0.978723:24:21:0:0:25:21:1:0 chrX 155011216 . T A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.662;QD=50.4135;RBI=0.0282304;REFB=0;REVB=-0.0272955;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141165;OID=.;OPOS=155011216;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chrX 155011276 . C T 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0319662;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.596;QD=45.1041;RBI=0.0418445;REFB=-0.0241986;REVB=0.0270023;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340316;STB=0.518498;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00533749;OID=.;OPOS=155011276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:5:13:1:0:5:13:1:0 chrX 155011472 . T A 625.39 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00232472;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.365;QD=49.0503;RBI=0.00405672;REFB=-0.209178;REVB=0.00332456;RO=2;SAF=30;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303261;STB=0.511665;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00249606;OID=.;OPOS=155011472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:2:4:47:47:0.921569:17:30:2:0:17:30:2:2 chrX 155254962 . G A 1141.22 PASS AF=0.576923;AO=103;DP=182;FAO=105;FDP=182;FR=.;FRO=77;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=0.0160012;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8874;QD=25.0818;RBI=0.0202311;REFB=-0.00464359;REVB=0.0123799;RO=76;SAF=54;SAR=49;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740763;STB=0.532884;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00336693;OID=.;OPOS=155254962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:76:77:103:105:0.576923:49:54:47:29:49:56:47:30 chrY 2734854 . C T 854.18 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00893902;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.071;QD=57.9107;RBI=0.0102952;REFB=0;REVB=-0.00510742;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61237e-05;OID=.;OPOS=2734854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chrY 6932146 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7244;QD=58.5862;RBI=0.0362292;REFB=0;REVB=0.036066;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307138;OID=.;OPOS=6932146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chrY 10035664 . C G 343.89 PASS AF=0.928571;AO=25;DP=29;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00301602;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.649;QD=49.1267;RBI=0.00301622;REFB=-0.0858587;REVB=3.43938e-05;RO=2;SAF=8;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280356;STB=0.512039;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00812466;OID=.;OPOS=10035664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:28:2:2:25:26:0.928571:17:8:1:1:17:9:1:1 chrY 10035889 . T G 47.41 PASS AF=0.318182;AO=5;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00269713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7218;QD=8.62082;RBI=0.171169;REFB=-0.0239902;REVB=-0.171148;RO=11;SAF=1;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463715;STB=0.773293;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0122756;OID=.;OPOS=10035889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:22:11:15:5:7:0.318182:4:1:7:4:6:1:7:8 chrY 10036057 . GT AC 456.7 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=39;FAO=31;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00802299;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=2;MLLD=143.825;QD=48.0737;RBI=0.0249392;REFB=0.0121676;REVB=-0.0236134;RO=4;SAF=24;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00731112;STB=0.503934;STBP=0.98;TYPE=mnp;VARB=0.0017318;OID=.;OPOS=10036057;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:39:38:4:4:31:31:0.815789:7:24:3:1:7:24:3:1 chrY 10036088 . A G 4024.12 PASS AF=0.97417;AO=264;DP=271;FAO=264;FDP=271;FR=.;FRO=7;FSAF=176;FSAR=88;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0110721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.742;QD=59.3965;RBI=0.0181469;REFB=-0.0164864;REVB=-0.0143777;RO=7;SAF=176;SAR=88;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131183;STB=0.506886;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.000400825;OID=.;OPOS=10036088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:271:271:7:7:264:264:0.97417:88:176:3:4:88:176:3:4 chrY 10036105 . T C 5041.35 PASS AF=0.961988;AO=329;DP=343;FAO=329;FDP=342;FR=.;FRO=13;FSAF=244;FSAR=85;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0143927;FXX=0.00291537;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.92;QD=58.9632;RBI=0.0655198;REFB=-0.035598;REVB=0.0639195;RO=11;SAF=244;SAR=85;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156511;STB=0.513707;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000998874;OID=.;OPOS=10036105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:343:342:11:13:329:329:0.961988:85:244:6:5:85:244:6:7 chrY 10036107 . T C 5160.31 PASS AF=0.966102;AO=342;DP=355;FAO=342;FDP=354;FR=.;FRO=12;FSAF=254;FSAR=88;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0129443;FXX=0.00840313;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.679;QD=58.3086;RBI=0.0144739;REFB=-0.0326725;REVB=0.00647602;RO=12;SAF=254;SAR=88;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133716;STB=0.507018;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000480551;OID=.;OPOS=10036107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:355:354:12:12:342:342:0.966102:88:254:7:5:88:254:7:5 chrY 10036132 . T C 5780.19 PASS AF=0.976501;AO=374;DP=383;FAO=374;FDP=383;FR=.;FRO=9;FSAF=280;FSAR=94;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00341961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9253;QD=60.3676;RBI=0.018942;REFB=0.0125054;REVB=0.0186307;RO=9;SAF=280;SAR=94;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114257;STB=0.505993;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.000236611;OID=.;OPOS=10036132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:383:383:9:9:374:374:0.976501:94:280:5:4:94:280:5:4 chrY 10036156 . G C 5703.76 PASS AF=0.976253;AO=370;DP=379;FAO=370;FDP=379;FR=.;FRO=9;FSAF=276;FSAR=94;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00131655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.689;QD=60.198;RBI=0.0221972;REFB=0.00392523;REVB=0.0221581;RO=9;SAF=276;SAR=94;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113043;STB=0.505929;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=1.28478e-05;OID=.;OPOS=10036156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:379:379:9:9:370:370:0.976253:94:276:5:4:94:276:5:4 chrY 10036164 . T C 5643.3 PASS AF=0.970976;AO=368;DP=379;FAO=368;FDP=379;FR=.;FRO=11;FSAF=275;FSAR=93;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00305739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.578;QD=59.5599;RBI=0.027386;REFB=-0.0510387;REVB=0.0272148;RO=11;SAF=275;SAR=93;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146663;STB=0.507695;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.000403633;OID=.;OPOS=10036164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:379:379:11:11:368:368:0.970976:93:275:6:5:93:275:6:5 chrY 10036171 . A G 5705.24 PASS AF=0.976253;AO=369;DP=378;FAO=370;FDP=379;FR=.;FRO=9;FSAF=276;FSAR=94;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0294716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.338;QD=60.2137;RBI=0.0296273;REFB=-0.0187888;REVB=-0.00303315;RO=9;SAF=275;SAR=94;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112733;STB=0.505929;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.000185053;OID=.;OPOS=10036171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:378:379:9:9:369:370:0.976253:94:275:5:4:94:276:5:4 chrY 10036189 . C CCGTT 5595.63 PASS AF=0.970822;AO=356;DP=379;FAO=366;FDP=377;FR=.;FRO=11;FSAF=273;FSAR=93;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00511239;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=194.42;QD=59.3701;RBI=0.00624008;REFB=0.00502108;REVB=-0.00357799;RO=14;SAF=265;SAR=91;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162417;STB=0.507656;STBP=0.139;TYPE=ins;VARB=-0.000198722;OID=.;OPOS=10036190;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=CCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.970822:356:379:366:377:11:273:93:6:5:6:14:265:91:8:6 chrY 10036204 . T C 5484.14 PASS AF=0.962766;AO=361;DP=376;FAO=362;FDP=376;FR=.;FRO=14;FSAF=272;FSAR=90;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00815007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0912;QD=58.3419;RBI=0.0313877;REFB=-0.012126;REVB=0.0303111;RO=15;SAF=271;SAR=90;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218061;STB=0.51237;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00045827;OID=.;OPOS=10036204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:376:376:15:14:361:362:0.962766:90:271:8:7:90:272:7:7 chrY 10036229 . T C 4377.88 PASS AF=0.960656;AO=292;DP=304;FAO=293;FDP=305;FR=.;FRO=12;FSAF=225;FSAR=68;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0051292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.295;QD=57.4148;RBI=0.0103892;REFB=-0.011824;REVB=0.00903474;RO=12;SAF=225;SAR=67;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367961;STB=0.51899;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000343898;OID=.;OPOS=10036229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:304:305:12:12:292:293:0.960656:67:225:5:7:68:225:5:7 chrY 10036233 . G C 4203.17 PASS AF=0.952055;AO=275;DP=289;FAO=278;FDP=292;FR=.;FRO=14;FSAF=217;FSAR=61;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0211112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.12;QD=57.5776;RBI=0.026501;REFB=-0.0144244;REVB=-0.0160194;RO=14;SAF=215;SAR=60;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372063;STB=0.51921;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000823796;OID=.;OPOS=10036233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:289:292:14:14:275:278:0.952055:60:215:7:7:61:217:7:7 chrY 10036269 . A G 862.95 PASS AF=0.855263;AO=65;DP=76;FAO=65;FDP=76;FR=.;FRO=11;FSAF=57;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0157066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.81;QD=45.4182;RBI=0.0171366;REFB=-0.0108883;REVB=0.0068532;RO=11;SAF=57;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217056;STB=0.616651;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00275736;OID=.;OPOS=10036269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:76:11:11:65:65:0.855263:8:57:5:6:8:57:5:6 chrY 10036277 . A G 164.79 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0150875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.991;QD=21.2626;RBI=0.0171911;REFB=-0.00596592;REVB=-0.00824009;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220472;STB=0.603652;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00109797;OID=.;OPOS=10036277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:14:16:17:0.548387:6:10:5:9:7:10:5:9 chrY 10036280 . A G 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0164581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.579;QD=20.455;RBI=0.0165063;REFB=0.0167342;REVB=-0.0012605;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209241;STB=0.618045;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00475465;OID=.;OPOS=10036280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:7:10:5:10:7:10:5:10 chrY 10036408 . C A 46.59 PASS AF=0.2;AO=5;DP=25;FAO=5;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.056665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.025;QD=7.45495;RBI=0.0576748;REFB=-0.00771681;REVB=-0.0107452;RO=13;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.662759;STB=0.835212;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0361209;OID=.;OPOS=10036408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:25:25:13:17:5:5:0.2:2:3:0:13:2:3:2:15 chrY 10036422 . C T 63.33 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0435805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.051;QD=8.73521;RBI=0.0462827;REFB=0.00320635;REVB=-0.0155831;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457998;STB=0.738643;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0171421;OID=.;OPOS=10036422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:18:20:9:9:0.310345:3:6:4:14:3:6:6:14 chrY 10036438 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0177244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.855;QD=8.73786;RBI=0.0180554;REFB=-0.0145504;REVB=0.00344094;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394059;STB=0.738643;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0223426;OID=.;OPOS=10036438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:3:6:6:14:3:6:6:14 chrY 10036483 . T C 133.67 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0115917;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.59;QD=14.0702;RBI=0.0202607;REFB=-0.0104128;REVB=0.0166171;RO=23;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383547;STB=0.733022;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0037413;OID=.;OPOS=10036483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:14:15:0.394737:4:10:8:15:4:11:8:15 chrY 10036486 . C G 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00148704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.054;QD=14.6982;RBI=0.00722858;REFB=-0.00601484;REVB=-0.00707397;RO=23;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413484;STB=0.739956;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0101426;OID=.;OPOS=10036486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:4:12:8:15:4:12:8:15 chrY 10036503 . T C 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0245972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.564;QD=5.85756;RBI=0.0246826;REFB=-0.0072439;REVB=-0.00205122;RO=32;SAF=8;SAR=1;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548458;STB=0.8614;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0185163;OID=.;OPOS=10036503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:1:8:15:17:1:8:15:17 chrY 10036518 . C T 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00696697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.375;QD=6.39526;RBI=0.0105204;REFB=-0.00249473;REVB=-0.00788288;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799301;STB=0.550788;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00625822;OID=.;OPOS=10036518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:4:5:18:11:4:5:18:11 chrY 10036519 . G A,GTTGA 38.6 PASS AF=0.0526316,0.131579;AO=2,5;DP=38;FAO=2,5;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=2,4;FSAR=0,1;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00553532,-0.00550738;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=194.442,233.912;QD=4.06298;RBI=0.0110226,0.0193186;REFB=0.000818911,-0.00186028;REVB=0.00953199,-0.0185169;RO=31;SAF=2,4;SAR=0,1;SRF=17;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.43203,0.316033;STB=0.994297,0.739703;STBP=0.207,0.291;TYPE=snp,ins;VARB=0.0140647,-0.0135003;OID=.,.;OPOS=10036519,10036520;OREF=G,-;OALT=A,TTGA;OMAPALT=A,GTTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:27:38:38:31:31:2,5:2,5:0.0526316,0.131579:0,1:2,4:17:14:0,1:2,4:17:14 chrY 10036530 . A G 73.24 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0114355;FXX=0.105235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.586;QD=8.61614;RBI=0.0158863;REFB=-0.0143169;REVB=-0.0110273;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390509;STB=0.702009;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0204244;OID=.;OPOS=10036530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:36:34:16:21:8:8:0.235294:3:5:4:12:3:5:7:14 chrY 10036545 . T C 190.36 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00370057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.904;QD=18.5721;RBI=0.0225763;REFB=0.00284422;REVB=-0.0222709;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301757;STB=0.517222;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.00222573;OID=.;OPOS=10036545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:18:18:0.439024:8:10:11:10:8:10:11:10 chrY 10036549 . A C 92.19 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0192347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.938;QD=8.99438;RBI=0.0246812;REFB=-0.00906103;REVB=-0.0154658;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157706;STB=0.609981;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0176637;OID=.;OPOS=10036549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:28:29:12:12:0.292683:4:8:15:13:4:8:15:14 chrY 10036561 . T C 104.21 PASS AF=0.325;AO=12;DP=39;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00109207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.759;QD=10.4213;RBI=0.0131865;REFB=-0.00237452;REVB=-0.0131412;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911487;STB=0.574349;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00414113;OID=.;OPOS=10036561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:27:27:12:13:0.325:4:8:16:11:4:9:16:11 chrY 10036586 . T C 113.75 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00824902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3348;QD=12.9994;RBI=0.0400074;REFB=0.00757516;REVB=-0.0391478;RO=21;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218581;STB=0.631344;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0195321;OID=.;OPOS=10036586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:35:35:21:21:12:12:0.342857:3:9:12:9:3:9:12:9 chrY 10036606 . A G 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0205183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.796;QD=5.21569;RBI=0.0394111;REFB=-0.0221141;REVB=0.0336487;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604803;STB=0.540403;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0276202;OID=.;OPOS=10036606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:13:8:2:4:13:8 chrY 10036613 . T G 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0258917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.649;QD=5.21526;RBI=0.0382881;REFB=0.000177915;REVB=-0.0282063;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604803;STB=0.540403;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00878288;OID=.;OPOS=10036613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:13:8:2:4:13:8 chrY 10036621 . T C 73.82 PASS AF=0.384615;AO=7;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0822719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0598;QD=11.3576;RBI=0.084077;REFB=-0.0629225;REVB=0.0173282;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183097;STB=0.593026;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0520062;OID=.;OPOS=10036621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:26:26:16:16:7:10:0.384615:2:5:9:7:3:7:9:7 chrY 10036627 . A G 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00219196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.876;QD=5.44272;RBI=0.0249614;REFB=-0.00786725;REVB=0.024865;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832872;STB=0.555366;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0126266;OID=.;OPOS=10036627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:2:4:12:8:2:4:12:8 chrY 10036638 . A G 35.57 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00109103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.616;QD=5.69099;RBI=0.02273;REFB=-0.018366;REVB=-0.0227038;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444608;STB=0.529312;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0722563;OID=.;OPOS=10036638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:2:4:12:7:2:4:12:7 chrY 10037768 . T C 1725.03 PASS AF=0.792899;AO=134;DP=169;FAO=134;FDP=169;FR=.;FRO=35;FSAF=58;FSAR=76;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.000188834;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.578;QD=40.8291;RBI=0.013781;REFB=-0.00611068;REVB=0.0137797;RO=35;SAF=58;SAR=76;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00169192;STB=0.500899;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00120613;OID=.;OPOS=10037768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:35:35:134:134:0.792899:76:58:15:20:76:58:15:20 chrY 10037786 . G A 49.86 PASS AF=0.0809524;AO=17;DP=204;FAO=17;FDP=210;FR=.;FRO=193;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=88;FSRR=105;FWDB=-0.011319;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.823;QD=0.94963;RBI=0.0239777;REFB=-0.00245909;REVB=-0.0211378;RO=187;SAF=9;SAR=8;SRF=87;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737578;STB=0.567128;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0201532;OID=.;OPOS=10037786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:204:210:187:193:17:17:0.0809524:8:9:87:100:8:9:88:105 chrY 10037791 . C G 2330.7 PASS AF=0.811927;AO=177;DP=219;FAO=177;FDP=218;FR=.;FRO=41;FSAF=86;FSAR=91;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00478061;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.001;QD=42.7652;RBI=0.0143948;REFB=-0.0342836;REVB=0.0135778;RO=41;SAF=86;SAR=91;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166381;STB=0.508822;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00775776;OID=.;OPOS=10037791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:41:41:177:177:0.811927:91:86:18:23:91:86:18:23 chrY 10037797 . T C 2248.54 PASS AF=0.783784;AO=173;DP=223;FAO=174;FDP=222;FR=.;FRO=48;FSAF=87;FSAR=87;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00224103;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.532;QD=40.5142;RBI=0.0265051;REFB=-0.0225061;REVB=0.0264102;RO=46;SAF=87;SAR=86;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441225;STB=0.518016;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00666377;OID=.;OPOS=10037797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:46:48:173:174:0.783784:86:87:18:28:87:87:20:28 chrY 10037807 . T C 2585.44 PASS AF=0.820513;AO=189;DP=232;FAO=192;FDP=234;FR=.;FRO=42;FSAF=99;FSAR=93;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0274777;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.058;QD=44.1955;RBI=0.0359619;REFB=-0.034035;REVB=0.0232;RO=42;SAF=97;SAR=92;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372015;STB=0.519891;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00915874;OID=.;OPOS=10037807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:234:42:42:189:192:0.820513:92:97:17:25:93:99:17:25 chrY 10037819 . T C 2729.32 PASS AF=0.822581;AO=199;DP=249;FAO=204;FDP=248;FR=.;FRO=44;FSAF=106;FSAR=98;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0216567;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5149;QD=44.0214;RBI=0.0891401;REFB=-0.100545;REVB=0.0864693;RO=45;SAF=104;SAR=95;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194917;STB=0.507517;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0197869;OID=.;OPOS=10037819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:248:45:44:199:204:0.822581:95:104:21:24:98:106:21:23 chrY 10037877 . G GC 1247.57 PASS AF=0.878947;AO=141;DP=212;FAO=167;FDP=190;FR=.;FRO=23;FSAF=100;FSAR=67;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0559637;FXX=0.040402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.1662;QD=26.2645;RBI=0.133919;REFB=0.00768639;REVB=0.121665;RO=60;SAF=79;SAR=62;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152186;STB=0.515092;STBP=0.242;TYPE=ins;VARB=0.0187551;OID=.;OPOS=10037878;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.878947:141:212:167:190:23:100:67:11:12:19:60:79:62:32:28 chrY 10037892 . A G 1835.66 PASS AF=0.875817;AO=76;DP=162;FAO=134;FDP=153;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=87;FSAR=47;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0676342;FXX=0.0496864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.918;QD=47.9911;RBI=0.0698307;REFB=-0.0586336;REVB=-0.0173767;RO=22;SAF=29;SAR=47;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715189;STB=0.523595;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0057442;OID=.;OPOS=10037892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:162:153:22:19:76:134:0.875817:47:29:12:10:47:87:9:10 chrY 10037899 . T C 1652.78 PASS AF=0.84507;AO=120;DP=142;FAO=120;FDP=142;FR=.;FRO=22;FSAF=84;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00337165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9085;QD=46.5573;RBI=0.0203077;REFB=-0.0220758;REVB=0.0200258;RO=22;SAF=84;SAR=36;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524947;STB=0.527864;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00795813;OID=.;OPOS=10037899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:22:22:120:120:0.84507:36:84:12:10:36:84:12:10 chrY 10037912 . T G 872.95 PASS AF=0.848101;AO=65;DP=77;FAO=67;FDP=79;FR=.;FRO=12;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0236115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.28;QD=44.1998;RBI=0.0326218;REFB=-0.0519678;REVB=0.0225095;RO=12;SAF=45;SAR=20;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116983;STB=0.555996;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0132462;OID=.;OPOS=10037912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:79:12:12:65:67:0.848101:20:45:4:8:22:45:4:8 chrY 10037914 . T C 809.0 PASS AF=0.828947;AO=62;DP=75;FAO=63;FDP=76;FR=.;FRO=13;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0223618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.229;QD=42.5792;RBI=0.0253412;REFB=-0.00802124;REVB=0.0119218;RO=13;SAF=45;SAR=17;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157019;STB=0.579373;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0048543;OID=.;OPOS=10037914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:75:76:13:13:62:63:0.828947:17:45:4:9:18:45:4:9 chrY 13262943 . AC A 189.02 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.00409946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.6986;QD=15.7516;RBI=0.039848;REFB=0.0152313;REVB=-0.0396366;RO=20;SAF=24;SAR=2;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.204545;SSSB=0.0596775;STB=0.533307;STBP=0.766;TYPE=del;VARB=-0.00677052;OID=.;OPOS=13262944;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:26:48:27:48:21:24:3:18:3:99:20:24:2:18:2 chrY 13262996 . C G 136.71 PASS AF=0.214286;AO=21;DP=98;FAO=21;FDP=98;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.0318059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.417;QD=5.58016;RBI=0.0454918;REFB=-0.00773171;REVB=0.0325252;RO=77;SAF=14;SAR=7;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110256;STB=0.569275;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0373243;OID=.;OPOS=13262996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:77:77:21:21:0.214286:7:14:45:32:7:14:45:32 chrY 13263010 . G A 158.77 PASS AF=0.23301;AO=24;DP=103;FAO=24;FDP=103;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0164428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.905;QD=6.16567;RBI=0.0183212;REFB=-0.00878664;REVB=0.00808087;RO=78;SAF=15;SAR=9;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461157;STB=0.534322;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0396871;OID=.;OPOS=13263010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:78:79:24:24:0.23301:9:15:46:32:9:15:46:33 chrY 13263091 . G A 606.14 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=100;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0224897;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.344;QD=24.4906;RBI=0.0427868;REFB=-0.0364569;REVB=0.0363995;RO=44;SAF=18;SAR=37;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053212;STB=0.529209;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0210131;OID=.;OPOS=13263091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:44:44:55:55:0.555556:37:18:17:27:37:18:17:27 chrY 13263103 . C A 142.86 PASS AF=0.247059;AO=21;DP=85;FAO=21;FDP=85;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=47;FWDB=-0.0172605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.444;QD=6.72266;RBI=0.0221393;REFB=-0.0082593;REVB=-0.0138645;RO=64;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369752;STB=0.720077;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0482845;OID=.;OPOS=13263103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:64:64:21:21:0.247059:9:12:17:47:9:12:17:47 chrY 13263115 . C T 125.83 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.03672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.849;QD=7.86413;RBI=0.0369038;REFB=-0.0123728;REVB=-0.00367824;RO=46;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20949;STB=0.62487;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0289011;OID=.;OPOS=13263115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:46:18:18:0.28125:9:9:15:31:9:9:15:31 chrY 13263118 . G A 131.21 PASS AF=0.305085;AO=17;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0636564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.122;QD=8.89576;RBI=0.0647265;REFB=-0.0106207;REVB=-0.0117211;RO=41;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22038;STB=0.610053;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0551171;OID=.;OPOS=13263118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:17:18:0.305085:8:9:14:27:9:9:14:27 chrY 13263170 . A T 58.23 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0189526;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.715;QD=10.5866;RBI=0.0206791;REFB=-0.0229338;REVB=-0.00827168;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149874;STB=0.590689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0407606;OID=.;OPOS=13263170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:24:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:9:5:4:4:9:5 chrY 13263175 . A G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0128773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.884;QD=11.4398;RBI=0.0560024;REFB=-0.018901;REVB=-0.0545018;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163296;STB=0.509782;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0483472;OID=.;OPOS=13263175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:8:6:4:5:8:6 chrY 13263194 . T A 37.38 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0309151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.451;QD=8.30585;RBI=0.0310204;REFB=-0.00608591;REVB=0.00255364;RO=12;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109349;STB=0.61499;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0107386;OID=.;OPOS=13263194;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:12:12:5:6:0.333333:3:2:6:6:4:2:6:6 chrY 14832620 . G T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0183;QD=57.2007;RBI=0.0575856;REFB=0;REVB=0.0506274;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145377;OID=.;OPOS=14832620;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chrY 21152662 . CAA C 311.55 PASS AF=0.523256;AO=43;DP=85;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0490174;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=2;MLLD=43.3629;QD=14.4905;RBI=0.0514446;REFB=0.00466645;REVB=0.0156152;RO=40;SAF=17;SAR=26;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491769;STB=0.5425;STBP=0.441;TYPE=del;VARB=-0.00338734;OID=.;OPOS=21152663;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.523256:43:85:45:86:41:17:28:19:22:99:40:17:26:18:22 chrY 21152701 . G T 380.81 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.000104006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.149;QD=19.5285;RBI=0.00359273;REFB=0.00638845;REVB=-0.00359123;RO=38;SAF=16;SAR=23;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00989422;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00968496;OID=.;OPOS=21152701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:39:39:39:0.5:23:16:16:22:23:16:16:23 chrY 21152719 . T C 308.55 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.012069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.395;QD=18.421;RBI=0.0132593;REFB=-0.00399115;REVB=0.00549056;RO=33;SAF=12;SAR=20;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470475;STB=0.524821;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0041344;OID=.;OPOS=21152719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:33:34:32:33:0.492537:20:12:14:19:20:13:15:19 chrY 21153609 . T C 623.63 PASS AF=0.571429;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0319046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1735;QD=25.4541;RBI=0.0467377;REFB=-0.00130077;REVB=0.0341542;RO=42;SAF=34;SAR=22;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291128;STB=0.515927;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00189629;OID=.;OPOS=21153609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:42:56:56:0.571429:22:34:24:18:22:34:24:18 chrY 21154466 . T A 308.57 PASS AF=0.380435;AO=36;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0431888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.116;QD=13.416;RBI=0.0432182;REFB=-0.00185137;REVB=-0.00159257;RO=56;SAF=18;SAR=18;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190927;STB=0.503416;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0039974;OID=.;OPOS=21154466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:57:36:35:0.380435:18:18:27:29:18:17:28:29 chrY 21750231 . A G 1551.92 PASS AF=0.963964;AO=106;DP=110;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00438046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.272;QD=55.9252;RBI=0.0175215;REFB=-0.121683;REVB=0.0169651;RO=4;SAF=57;SAR=49;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014737;STB=0.507555;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-9.55795e-06;OID=.;OPOS=21750231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:110:111:4:4:106:107:0.963964:49:57:3:1:49:58:3:1